JP2008513782A - 分子解析のための装置及び方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、本明細書にその全体が全ての目的のために引用される、係属中である、2004年9月17日に出願された米国実用特許出願10/944,106の部分継続である。本願は、各々、全ての目的のために本明細書に引用される、2005年1月31日、2005年2月9日に出願された米国仮出願番号60/649,009及び60/651,846の優先権も請求する。
照射及びシグナル検出の閉じ込めは、蛍光相関分光法(FCS)の適用から、分子的診断における重要なツールとして長く認識されてきた。FCSは、フルオロフォア-標識分子を含む試料体積の照射、及び当該分子が有効観察体積に拡散したり有効観察体積から出たり時の、当該分子によって生成される蛍光シグナルのバラツキの検出を含む。観察下の体積が少数の蛍光分子のみを含む場合及びバックグランドシグナルが低い場合、蛍光強度のバラツキは、最も良く分析できる。これは、劇的に制限された観察体積と低試料濃度との組み合わせによって達成できる。典型的なFCSの検出体積は、約0.5フェトリットル(又は0.5 x 10-15リットル)であり、ぴったりとレーザービームに焦点を合わせるための高開口数顕微鏡対物レンズの使用により達成される。この検出体積において、単一分子は、最高約1ナノモーラーの濃度の溶液で観察できる。この濃度範囲は、典型的にマイクロモーラー範囲で又は上記のマイクロモーラー範囲である反応定数を有する、ほとんどの生化学的反応には許容されないほど低い。より低濃度では、これらの反応は、許容される速さで進行しないか、又はほとんどの分析で有用である形式とは定量的に異なった形式で進行する。単一分子をより高い、より関連する濃度で観察するために、観察体積は、典型的には、かなり小体積に限定される必要がある。
本発明の主な局面は、分子を特徴づけ及び/又は化学反応を監視するための光学システム及び方法のデザインである。本発明の装置及び方法は、特に単一-分子分析に適している。
本発明の実施は、特に示さない限り、当該分野の技術内である、集積回路(IC)プロセシング生化学、化学、分子生物、ゲノミクス及び再結合DNAの慣用的な方法を採用することになる。例えば、Stanley Wolf他, SILICON PROCESSING FOR THE VLSI ERA, 第1-4巻 (Lattice Press); Michael Quirk他 SEMICONDUCTOR MANUFACTURING TECHNOLOGY; Sambrook, Fritsch and Maniatis, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, 第2版 (1989); METHODS IN ENZYMOLOGY (Academic Press, Inc.)のシリーズ: PCR 2: A PRACTICAL APPROACH (MJ. MacPherson, B.D. Hames and G.R. Taylor著. (1995)を参照されたい。これらは本明細書に参照として引用されている。
明細書及びクレームに使用される、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」及び「その(the)」は、文脈が他に明確に特定しない限り、複数形を含む。
本発明の1つの局面は、分子を特徴付け及び/又は化学反応を監視するための光装置及び方法のデザインである。本発明の光装置は、生理学的に関連する条件下で膨大な数の単一-分子分析の多重化を可能にする。
本発明はまた、本発明の光閉じ込めアレイを含むキットを包含する。本発明によって具体化されるキットは、分子を特徴付け及び/又は単一-分子レベルでの化学反応を監視することができるキットを含む。各キットは、通常、かかる特徴を与え及び/又は可能な手段を監視する装置及び試薬を含む。キットの意図した使用によって、キットの内容物及び包装は異なることになる。キットがDNAシーケンスのためである場合には、キットは、典型的に、以下を含む:(a) 個々の分子の分離又は個々の分子、例えば約1マイクロモーラー超の濃度で存在する分子、の反応を可能にする、光閉じ込めのアレイ、好ましくは本発明のゼロ-モード導波;及び (b) ポリメラーゼ、水溶性緩衝液、塩、プライマー、及びヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを典型的に含むシーケンス試薬。必要であれば、公知の配列の「対照」核酸は、反応の精度又は進行を監視するために含まれる。
本発明のアレイは、本発明によって提供されるナノファブリケーション技術、並びに集積回路(IC)及び微小電気機械システム(MEMS)の分野で公知の技術を用いて製造することができる。ファブリケーションプロセスは、典型的には、アレイ基板を選択し、次いで光閉じ込め及び他の関連する部品を構築し一体化するために、好適なIC処理法及び/又はMEMSミクロ機械加工技術を用いて、進行する。
実施態様によっては、光閉じ込めのアレイは、硬い基板上に存在する。例えば反射インデックス媒体を有する多孔質フィルムに関する他の実施態様では、柔軟性材料を採用できる。一般的に、硬い支持体は、容易に曲がらない。本発明に関する硬い支持体でない固体材料の例は、膜、柔らかな金属又はプラスチックフィルム等を含む。従って、対象アレイの硬質基板は、アッセイが採用されるそのアッセイ条件下、特にハイスループット操作条件下で、物理的支持体及び構造をその上又はその中に存在する光閉じ込めに提供するには十分である。
対象アレイ基板の製造は、以下に記載の方法、又はIC-処理及び/又はMEMSミクロ機械加工の他の標準的技術に従って実行することができる。当該分野で公知の標準的技術は、特に限定されないが、電子-ビームリソグラフィー、フォトリソグラフィー、化学的蒸着又は物理的蒸着、乾式又は湿式エッチング、イオン注入、プラズマエッチング、結合及び電気メッキを含む。別の製造方法は、参考としてその全体が引用される、米国特許出願公開第2003/0174992号に記載されている。
光閉じ込め及び関連する光システムを含む対象装置は、分子を分析し及び化学反応をリアルタイムで監視するための効率的な手段を提供する。対象装置及び検出/監視法は、診断的及び研究的適用のための生化学的及び生物的反応の分析を含む様々な環境で使用することができる。特に好ましい局面では、本発明は、研究的適用のための核酸配列の解明において適用され、特に予防医薬の部分として個々のヒトゲノムをシーケンスすること、遺伝子型-表現型の関連のための迅速な仮定的試験、多-細胞生物の発達における全ての段階でのin vitro及びin situ遺伝子-発現プロファイリング、個々のクローン用の包括的な突然変異群を決定すること、及び様々な疾患又は疾患ステージでのプロファイリングに適用される。他の適用は、酵素反応速度論を測定し、標的分子と標的分子の候補モジュレーターとの間の特異的関係を特定することを含む。更なる適用は、細胞アクセプター多様性をプロファイルし、公知及び新規の病原を特定し、農業的、環境的及び治療的目標に向かって多様性を追及することを含む。
様々な形態の光閉じ込め及び関連する光システムを含む対象装置は、多重化単一-分子シーケンスに特に適している。従って、本発明は、多数の標的核酸を同時にシーケンスする方法を提供する。当該方法は、一般的に、(a) 本発明の光閉じ込めのアレイを提供し;(b) 多数の標的核酸分子、標的核酸分子に相補的なプライマー、重合化酵素、及び多数の新生ヌクレオチド鎖に取り込まれるべき1種以上のヌクレオド又はヌクレオチドアナログ、ここで各鎖は各々の標的核及び分子に相補的である、を閉じ込め内で混合し;(c) 当該混合物を、鋳型-指示重合による新生ヌクレオチド鎖の形成に好適な条件下で重合反応に供し;(d) 入射光ビームで導波路を照射し;並びに (e) 各新生的ヌクレオチド鎖に取り込まれるヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを特定すること、を含む。
次いで、結合された(concatmerized)鎖は、単一鋳型としてシーケンスされ、重複情報はこの態様で単一分子から生じる。
本発明のシーケンス法を実施する際に、対象の標的核酸(複数)、標的核酸に相補的なプライマー、重合酵素及び1種以上のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを含む反応混合物は、光閉じ込めのアレイに適用される。好ましくは、各光閉じ込めは、配列される1つの標的核酸分子のみを受ける。これは、シーケンスプロセスに必要とされる反応物の残りを含む大体積の溶液中の少量の標的核酸を希釈することによって達成することができる。代替的には、開口部が側面積において基板よりも狭い非-円筒形の導波路は、複数の標的核酸の挿入を限定する原因となり得る。
標的核酸は、多数の方法により光閉じ込めの内面に固定することができる。例えば、標的核酸は、(1) プライマー又は (2) 単一-鎖標的核酸又は (3) 二重-鎖もしくは部分的二重-鎖標的核酸分子を結合することにより、光閉じ込め上に固定することができる。従って、(1) 標的核酸分子が、結合されたオリゴヌクレオチドプライマーにハイブリダイズされるか、(2) オリゴヌクレオチドプライマーが、固定された標的核酸分子にハイブリダイズされて、増幅された標的核酸分子複合体を形成するか、又は (3) (例えば、補助的タンパク質、例えばプライマーゼとの相互作用により)ポリメラーゼの認識部位が二重-鎖又は部分的に二重-鎖の標的核酸上につくられる、かのいずれかである。増幅された標的核酸分子複合体上の核酸重合酵素は、標的核酸分子に沿って動くために好適な、及び重合部位でオリゴヌクレオチドプライマーを伸張するために好適な位置で提供される。
単一-分子シーケンス法に従って利用した様々なヌクレオチドの種類は、検出可能な標識で複合化される。量子検出器が対象の光閉じ込め内のそれらの存在を検出し、識別することができるからである。好ましい標識は、発光標識、特に蛍光又は発色体標識である。
本発明のシーケンス方法は、鋳型-指示重合が重合酵素を用いて起こり得るような条件下で行われる。1つの局面では、重合酵素の基質、すなわちシーケンス反応に存在する様々な種類のヌクレオチドは、生理学的に関連する濃度に調整される。例えば、シーケンス反応に用いられるヌクレオチドは、ほぼ重合酵素のミカエリス定数の濃度で存在する。かかる濃度は、典型的には、約1マイクロモーラー〜約50マイクロモーラー又は約100マイクロモーラーの範囲である。
対象のシーケンス法は、光閉じ込め内に閉じ込められた個々の分子の画像を必要とする。ポリメラーゼ及び/又はヌクレオチドは、特定の種類のヌクレオチドが新生鎖に取り込まれるときに、識別可能な光シグナルを発光するフルオロフォアで標識される。ヌクレオチドが光閉じ込め内で新生鎖に連続的に付加されるので、識別可能なシグナルの配列が検出される。好ましい実施態様では、かかる検出は、各ヌクレオチド付加事象の後に、反応物もしくは副生成物(例えば、ヌクレオチドから開裂されるフルオロフォア)の移動、分離又は洗浄の必要なく実行される。この好ましい実施態様の1つの局面では、配列検出は、取り込まれるべき次の塩基配列ヌクレオチドを読む前に、混合物に反応物を加えることなく実行される。
対象の光閉じ込め及び光閉じ込めのアレイは、単一分子解析が望まれる多くの他の化学的及び生物的適用において有用性を見出す。一般的に、対象の光閉じ込めは、酵素、核酸、抗体、抗原等を含む、表面に結合することができ、基質を標識することができる任意の試薬を含む任意の単一分子解析に適用可能である。かかる適用は、生物分子、例えばタンパク質、糖タンパク質、核酸及び脂質:並びに無機化学物質、又はそれらの任意の組み合わせ、を含む識別可能な相互作用を含む。この相互作用は、核酸分子間、核酸とタンパク質間、及びタンパク質と小分子間でよい。
本発明の光閉じ込めは単一-分子解析を行う点で有用で特に有用であるが、対象の閉じ込めは、大量の測定群のハイスループット実行にも適している。従って、本発明は、多数の分子の間の相互作用を検出する方法であって、以下のステップ:ゼロ-モード導波路のアレイに非常に接近して多数の分子を置き、ここで、当該アレイ内個々の導波路は、光ビームの入射波長で当該アレイを照射した時に、多数の回折オーダーで散乱する検出可能な回折強度を与えるために十分な距離により分離される;入射波長でゼロ-モード導波路のアレイを照射し;及び、当該複数の回折オーダーで入射波長の回折散乱の強度における変化を検出し、それによって当該複数の分子間の相互作用を検出すること、を含む方法を提供する。
以下は、ゼロ-モード導波路の例証的製造方法を提供する。本明細書に記載のパラメータは、例にすぎず、任意の方法において限定するものではない。
2. 洗浄: 5部の脱イオン水、1部の(30% v/v 過酸化水素水)、1部の(30% v/v 水酸化アンモニア水)の混合物をホットプレート上で75℃まで加熱した。テフロン(登録商標)ホルダー又は他の化学抵抗性ホルダーを用いて混合物中にウェハを15分間浸漬した。
3. 濯ぎ: ウェハを含むホルダーをRCAクリーン浴から取り出し、脱イオン水浴に浸漬した。ウェハを2分間、この第二浴に放置した。ウェハを含むホルダーを当該浴から取り出し、脱イオン水でスプレイし、濯ぎプロセスを完了した。
4. 乾燥: 1分間の最終の濯ぎステップにおいて、ウェハを乾燥し、同時に、乾燥したきれいな窒素流を用いてホルダー内に維持した。
5. 酸素プラズマ: 次いで、ウェハをGlenn 1000pプラズマ・アッシャー中に置き、140 mTorrの圧、40kHz周波数での400ワットの前進的力で、プラズマエッチングモードで使用した(ウェハは、粉末状シェルフ上で、かつ別の粉末状シェルフの下に置いた)。プラズマを10分間維持した。分子状酸素の18 sccm流を使用した。
6. 蒸気操作(Vapor Priming): イールドエンジニアリングシステム(Yield Engineering Systems)蒸気操作オーブンにおいて酸素プラズマの後、ウェハを3分以内に装着した。ウェハは、ヘキサメチルジシラザン(HMDS)接着促進剤の層で被覆した。
7. 電子ビームレジストコーティング: NEB-31電子ビームレジスト(Sumitomo Chemical America)を用いるマニュアルスピナーユニット内で蒸気操作を行った後、ウェハを15分以内に被覆した。約3 mlをウェハ上に施行し、次いで60秒間、4500 rpmで回転した。初期加速及び減速は、3秒に設定した。
8. レジスト焼結: ウェハを115℃の温度で2分間、CEEホットプレート上で焼結した。プレートは、ウェハとホットプレート表面との良好な熱接触を可能にする真空構造に備えた。
9. 金蒸発: レジストで被覆された面上にある、10 nmの金層をウェハ上で熱蒸発させた。蒸発前に、2 10e-06 Torr未満の圧力に到達する必要がある。蒸発は約2.5オングストローム/秒の速度で行い、Inficonコントローラを用いて監視した。
10. 電子ビーム曝露: ゼロ-モード導波路からなるパターンは、高分解能の電子ビームリソグラフィー手段、例えばLeica VB6-HR装置を用いて、ウェハ上に曝露した。ゼロ-モード導波路は単一エクセル(exel)要素としてパターン化した。見掛1ナノアンペアの電流及び1の可変分解ユニットにおいて、5ナノメートルのエクセル設定に関して、10000マイクロクーロン/平方センチメートル〜300000マイクロクーロン/平方センチメートルの範囲でよい。
11. 後曝露焼結: 次いで、ウェハを、真空構造に同様に備えた、ホットプレート上で95℃で2分間、後曝露焼結に供した。
12. 金エッチング: 電子ビーム装置から除いた後、10ナノメートルの金層を、金腐食液TFAを用いて室温で、10秒間で除いた(GE 8148, Transene Corporation)。ウェハは、ステップ2で用いたものと同様のテフロン(登録商標)ホルダーに維持した。
13. 濯ぎ: ウェハを含むホルダーを金腐食液浴から取り出し、脱イオン水の浴に浸漬した。ウェハをこの第二浴中で、2分間以内、穏やかに手攪拌しながら放置した。ウェハを含むホルダーを当該浴槽から取り出し、脱イオン水でスプレイし、濯ぎプロセスを終了した。代替的に、ウェハを含むホルダーを、別の脱イオン水を含む新しい容器に入れた。
14. 乾燥: 1分間の最終の濯ぎステップにおいて、ウェハを乾燥し、同時に、乾燥したきれいな窒素流を用いて、ホルダー内に維持した。
15. 後曝露焼結: 次いで、ウェハを、真空構造に同様に備えた、ホットプレート上で95℃で2分間、後曝露焼結に供した。
16.現像:化学抵抗性のホルダー内のウェハを、現像剤MF-321 (Shipley Chemicals, Rohm-Haas)に室温で30秒間浸漬した。
17.濯ぎ:ウェハを含むホルダーを現像剤の腐食液浴から取り出し、脱イオン水の浴に浸漬した。ウェハをこの第二浴中で、2分間以内、穏やかに手攪拌しながら放置した。ウェハを含むホルダーを当該浴槽から取り出し、脱イオン水でスプレイし、濯ぎプロセスを終了した。
18.乾燥:1分間の最終の濯ぎステップにおいて、ウェハを乾燥し、同時に、乾燥したきれいな窒素流を用いて、ホルダー内に維持した。
19.表面ディスカミング処理:ウェハをアッシャリングモードでのGlenn 1000pプラズマ・アッシャー運転に装填した(ウェハは、粉末状プレートの下のベースプレート上にある)。140 mTorr圧の圧力及び40 kHzでの100ワット前進的力で、酸素プラズマをディスカミング処理する表面に30秒間供した。分子状酸素の18 scm流を使用した。
20.アルミニウム蒸発:ウェハを、表面ディスカミングプロセスの5分以内に、金属蒸発器内に装填した。100 nmの熱で蒸発したアルミニウム層は、ウェハ上に蒸着された。25オングストローム/秒の速度で2 x 10-6 Torr未満の圧力で蒸発させ、Inficonコントローラにより監視した。
21.アルミニウム厚測定: P-10 Profilometer (Tencor)で、アルミニウム厚を測定した。
22.ゼロ-モード導波路デキャスティング:ゼロ-モード導波路は、1165 Stripper (Shipley Chemicals, Rohm-Haas) 浴又はAZ-300T Stripper (Shipley Chemicals, Rohm-Haas) 浴中で、テフロン(登録商標)ホルダー又は他の化学的抵抗性ホルダーにそれらを浸漬することにより、包含されるアルミニウムフィルムからデキャストした。当該浴槽は、超音波装置にStripper及びウェハホルダーを維持する容器を浸漬することにより、超音波に供した。ウェハを30分間又は約45分間超、デキャスティング浴に放置し、追加的に穏やかに攪拌した。
23.濯ぎ:剥離浴を、超音波から取り出した。ウェハを剥離剤(stripper)浴から取り出し、脱イオン水の浴槽に漬けた。ウェハをこの第二浴に2分間、穏やかに手攪拌しながら放置し、ウェハを当該浴から取り出し、脱イオン水でスプレイし、濯ぎプロセスを完了した。
24 乾燥:1分間の最終の濯ぎステップにおいて、ウェハを乾燥し、同時に、乾燥したきれいな窒素流を用いてホルダー内に維持した。
25.フォトレジストコーティング:ウェハを、1500 rpmの速度で、Shipley 1827フォトレジストスパンで被覆した。約5mlのレジストを散布した。加速及び減速を5秒に設定した。
26.レジスト焼結:115℃の温度で15分間、ウェハをCEEホットプレート上で焼結した。プレートは、ウェハとホットプレート表面との間に良好な熱接触を可能にする真空構造を備えた。
27.ダイシング:ウェハを、樹脂/ダイアモンド刃 (ADT 00777-1030-010-QIP 600) により、K&S-7100ダイシングソー(dicing saw) (Kuhcke & Soffa) を用いて切断した。ダイシング前に、ウェハを低-タック接着テープ上に置いた。
28.ダイ除去:ダイを接着テープから手でとり、保存した。
29.レジスト除去:ダイを最初にアセトン浴に1分間浸漬し、次いで2-プロパノー浴に2分間、穏やかに手攪拌しながら浸漬することにより、1827フォトレジスト層を除いた。
30.ダイ乾燥:乾燥したきれいな空気を用いて2-プロパノール浴を取り出した後、ダイを乾燥した。
31.プラズマ洗浄:ウェハをDrytek 100プラズマエッチャーに装填し、140 mTorrの圧力で酸素状プラズマ、85 sccm酸素の分子状酸素流、及び13 Mhzでの500ワット前進的力のRF力に1分間供した。代替的に、Harrick Plasma Cleaner PDC-32Gを、2 Torrの圧力及び10.5ワットで、乾燥したきれいな空気プラズマに5分間供した。
単一DNAポリメラーゼ分子によるDNA鎖の酵素合成のリアルタイムでのモニタリング
この実験は、光システム及び以下に詳述する反応混合物を用いて、行うことができる。しかしながら、任意の特定の光システム及びパラメータについての文献、緩衝剤、試薬。濃度、pH、温度等は、限定されるものではない。それらは、本発明の方法を実行する1例として提供するために含まれる。
複数の異なった標識ヌクレオチドを用いるリアルタイムシーケンス
2つの異なった標識ヌクレオチドアナログを用いて、上記の実施例2に記載の実験と同様の実験を行った。実験は、光セットアップ又はシステム及び以下に詳述する反応混合物を用いて行った。しかしながら、任意の特定の光セットアップ及びパラメータに関する文献、緩衝剤、濃度、pH、温度等は限定されるものではない。それらは、本発明の方法を実施する1例として提供するために含まれる。
Claims (122)
- 4 x 104 閉じ込め/mm2超の基板密度を有する光閉じ込めのアレイ、ここで、当該光閉じ込めは、生物試薬を保持するために好適であり、当該光閉じ込めは、当該生物試薬に存在する個々の分子の観察を許容する有効な観察体積を提供する;及び
当該光閉じ込めの有効観察体積からシグナルを検出する、光閉じ込めに作動的に連結された光学システム
を含む、装置。 - 前記密度が105 光閉じ込め/mm2超である、請求項1記載の装置。
- 前記光閉じ込めが生物試薬を保持する、請求項1又は2記載の装置。
- 前記生物試薬が酵素を含む、請求項3記載の装置。
- 前記生物試薬が、基質用の酵素のほぼミカエリス定数(Km)の濃度で存在する当該酵素の基質を更に含む、請求項3記載の装置。
- 前記濃度が、約1マイクロモーラー超である、請求項5記載の装置。
- 前記濃度が、約50マイクロモーラー超である、請求項5記載の装置。
- 前記基質が標識される、請求項5記載の装置。
- 前記個々の分子が、前記生物試薬に含まれる前記酵素と前記基質との反応の生成物である、請求項5記載の装置。
- 前記個々の分子が、DNA/ポリメラーゼ複合体である、請求項3記載の装置。
- 前記個々の分子が、核酸、ポリペプチド及びそれらの組み合わせからなる群より選ばれる生物分子である、請求項3記載の装置。
- 前記個々の分子が、有機又は無機化学化合物である、請求項3記載の装置。
- 少なくとも1つの個々の閉じ込めが、前記アレイ内の少なくとも1つの他の光閉じ込めから約1000 nm未満の距離で離れている、請求項3記載の装置。
- 前記アレイ内の前記光閉じ込めが、約200 nm〜約1000 nmの距離で互いに離れている、請求項3記載の装置。
- 前記アレイが、少なくとも約2 x 105の光閉じ込めを含む、請求項3記載の装置。
- 前記アレイが、少なくとも約107の光閉じ込めを含む、請求項3記載の装置。
- 前記個々の分子が、検出可能な標識で標識される、請求項3記載の装置。
- 前記検出可能な標識が、蛍光標識、化学発光標識及び放射活性標識からなる群より選ばれる、請求項17記載の装置。
- 前記光閉じ込めが多孔質フィルムからなる、請求項3記載の装置。
- 前記アレイ内の各閉じ込めが、入射光線を送信する光学送信要素に作動的に結合される、請求項3記載の装置。
- 前記光学システムが光量子検出器を更に含む、請求項3記載の装置。
- 前記光閉じ込めが、コアを取り囲む外装材を含む導波路であり、当該外装材が、当該コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射光の大部分の伝達を防ぐ、請求項3記載の装置。
- 前記導波路が、前記コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射光の90%超の伝達を防ぐ、請求項22記載の装置。
- 前記導波路が、前記コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射光の99%超の伝達を防ぐ、請求項22記載の装置。
- 前記外装材が、シート、及び各穴がコアを形成する当該シートを通って拡がる1以上の穴を含む、請求項22記載の装置。
- 前記コアが円筒型の形状である、請求項22記載の装置。
- 前記コアが、非-円筒型の形状である、請求項22記載の装置。
- 前記導波路が合金を含む、請求項22記載の装置。
- 前記合金がアルミニウム合金である、請求項28記載の装置。
- 各閉じ込めが、約1000ゼプトリットル未満の有効観察体積を提供する、請求項3記載の装置。
- 各閉じ込めが、約80ゼプトリットル未満の有効観察体積を提供する、請求項3記載の装置。
- 各閉じ込めが、約10ゼプトリットル未満の有効観察体積を提供する、請求項3記載の装置。
- 請求項3記載の光閉じ込めのアレイ及び当該アレイの使用のための教示マニュアルを含むキット。
- 前記アレイ内の多数の前記光閉じ込めが、それぞれ標的核酸と重合性酵素との単一複合体、及び約1μM〜約50μMの濃度で存在する1種超の標識ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを保持する、請求項3記載の装置。
- 前記閉じ込めがゼロ-モード導波路である、請求項34記載の装置。
- 生物検体の検出方法であって、以下のステップ:
(a) 4 x 104 光閉じ込め/mm2超の基板上密度を有する光閉じ込めのアレイを提供し、ここで、当該光閉じ込めは、個々の分子の観察を許容する有効観察体積;及び当該光閉じ込めの有効観察体積からシグナルを検出する光閉じ込めに作動的に結合された光学システムを提供し;並びに
入射光ビーム内と共に検体を含むと予測されるアレイ内で、少なくとも1つの光閉じ込めを照射し、それによって当該検体を検出すること
により、形成される光閉じ込め内で当該検体を光学的に捕獲するステップを含む、前記方法。 - 多数の反応試料を含む複数の化学反応を行う方法であって、以下のステップ:
(a) 請求項1記載の光閉じ込めのアレイを提供し;
(b) 標識反応物を含む多数の反応試料を、当該アレイ内の当該光閉じ込め内に置き、ここで別個の反応試料は当該アレイ内の異なった閉じ込め内に置かれる;
(c) 化学反応の生成物の形成に好適な条件に当該アレイを供し;及び
(d) 光学システムで当該生成物の形成を検出すること
を含む、前記方法。 - 多数の標的核酸分子のシーケンス法であって、以下のステップ:
(a) 4 x 104 光閉じ込め/mm2超の基板上密度を有する光閉じ込めアレイを提供し、ここで当該光閉じ込めは、個々の分子の観察を許容する有効観察体積、及び当該光閉じ込めの有効観察体積からのシグナルを検出する光閉じ込めに作動的に連結された光学システムを提供し;
(b) 標的核酸分子、当該標的核酸分子に相補的なプライマー、重合化酵素、及び多数の新生ヌクレオチド鎖に取り込まれるべき1種超のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを、当該光閉じ込め内で混合し、ここで各鎖は反応性標的核酸分子に相補的である;
(c) ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの鋳型-指示重合による新生ヌクレオチド鎖の形成に好適な条件下で、ステップ(b)の混合物を重合反応に供し;
(d) 入射光ビームで当該光閉じ込めを照射し;並びに
(e) 各新生ヌクレオチド鎖に取り込まれるヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを同定すること
を含む、前記方法。 - 生物試薬中に存在する個々の分子を検出するための、請求項1〜32、34及び35のいずれか1項記載の装置の使用。
- 固体支持体上の導波路のアレイ、当該アレイは、約0.0001超の充填率を有し、当該導波路は、生物試薬を保持するために好適であり、そして、当該導波路は、当該生物試薬中に存在する個々の分子の観察を可能にする有効観察体積を提供する;及び
当該導波路の有効観察体積からのシグナルを検出する、導波路に作動的に連結された光学システム
を含む、装置。 - 前記アレイが、約0.001超の充填率を有する、請求項40記載の装置。
- 前記アレイが、約0.01超の充填率を有する、請求項40記載の装置。
- 前記アレイが、約0.1超の充填率を有する、請求項40記載の装置。
- 前記アレイが、約0.001〜約0.1の範囲の充填率を有する、請求項40記載の装置。
- 前記生物試薬が、酵素、及び基質用の酵素のほぼミカエリス定数(Km)の濃度で存在する当該酵素の基質を含む、請求項40記載の装置。
- 前記濃度が、約1マイクロモーラー超である、請求項45記載の装置。
- 前記濃度が、約50マイクロモーラー超である、請求項45記載の装置。
- 前記濃度が、約100マイクロモーラー超である、請求項45記載の装置。
- 前記基質が標識される、請求項45記載の装置。
- 前記個々の分子が、前記生物試薬中に含まれる前記酵素と前記基質との反応生成物である、請求項45記載の装置。
- 前記個々の分子がDNA/ポリメラーゼ複合体である、請求項40記載の装置。
- 前記個々の分子が、核酸、ポリペプチド及びそれらの組み合わせからなる群より選ばれる生物分子である、請求項40記載の装置。
- 個々の分子が有機又は無機化学化合物である、請求項40記載の装置。
- 前記の個々の分子が検出可能な標識で標識される、請求項40記載の装置。
- 前記検出可能な標識が、蛍光標識、化学発光標識及び放射活性標識からなる群より選ばれる、請求項54記載の装置。
- 前記導波路が多孔質フィルムからなる、請求項40記載の装置。
- 前記導波路が入射光ビームを伝達する光学伝達要素に作動的に連結される、請求項40記載の装置。
- 前記光学伝達要素が、マイクロレンズ、ナノレンズ、アレイ導波路格子、光スイッチ、光ファイバ、光減衰器、偏光フィルタ、位相差板及び遅延線からなる群より選ばれる要素を含む、請求項57記載の装置。
- 前記光学システムが、光量子検出器を更に含む、請求項40記載の装置。
- 前記光量子検出器が、光学リーダー、高効率光量子検出システム、光ダイオード、カメラ、電荷結合素子、電子-増幅電荷結合素子、及び強化電荷結合素子からなる群より選ばれる、請求項59記載の装置。
- カットオフ波長よりも長い波長を有する入射電磁エネルギーの大部分の伝達を防ぐ、請求項40記載の装置。
- 前記アレイの個々の導波路が、コアを取り囲む外装材を含み、前記個々の導波路が、当該コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射電磁エネルギーの90 %超の伝達を防ぐ、請求項61記載の装置。
- 前記アレイの個々の導波路が、コアを取り囲む外装材を含み、前記個々の導波路が、当該コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射電磁エネルギーの99 %超の伝達を防ぐ、請求項61記載の装置。
- 前記アレイの個々の導波路が、コアを取り囲む外装材を含み、前記個々の導波路が、当該コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射電磁エネルギーの90 %超の伝達を防ぐ、請求項62記載の装置。
- 前記外装材がシート、及び各穴が個々の導波路のコアを構成するシートを通って拡張する1以上の穴を含む、請求項61記載の装置。
- 前記アレイの個々の導波路が、円筒型であるコアを取り囲む外装材を含む、請求項61記載の装置。
- 前記アレイの個々の導波路が、非-円筒型であるコアを取り囲む外装材を含む、請求項61記載の装置。
- 前記外装材が合金を含む、請求項61記載の装置。
- 個々の導波路が、約1000ゼプトリットル未満の有効観察体積を提供する、請求項40記載の装置。
- 個々の導波路が、約80ゼプトリットル未満の有効観察体積を提供する、請求項40記載の装置。
- 個々の導波路が、約10ゼプトリットル未満の有効観察体積を提供する、請求項40記載の装置。
- 請求項40記載の導波路のアレイ、及び当該アレイの使用のための教示マニュアルを含むキット。
- 生物検体を検出する方法であって、以下のステップ:
(a) 約0.0001超の充填率を有する導波路のアレイを提供し;及び
(b) 当該検体を含むと予側されるアレイ内で少なくとも1つの導波路を入射光ビームで照射し、それによって当該検体を検出すること
によって生成する光閉じ込め内で当該検体を光学的に捕獲することを含む、前記方法。 - 複数の反応試料を含む多数の化学反応を行う方法であって、以下のステップ:
(a) 約0.0001超の充填率を有する導波路のアレイを提供し;
(b) 標識反応物を含む多数の反応試料を、当該アレイ内の導波路内に置き、別個の反応試料は当該アレイ内の異なった導波路内に置かれる;
(c) 化学反応の生成物の形成に好適な条件に当該アレイを供し;及び
(d) 光学システムで当該生成物の形成を検出すること
を含む、前記方法。 - 多数の標的核酸分子をシーケンスする方法であって、以下のステップ:
(a) 約0.0001超の充填率を有する導波路のアレイを提供し;
(b) 標的核酸分子、当該標的核酸分子に相補的なプライマー、重合酵素、及び多数の新生ヌクレオチド鎖に取り込まれるべき1種超のヌクレオチド又はヌクレオドアナログを混合し、ここで各鎖は各々の標的核酸分子に相補的である;
(c) ステップ(b)の混合物を、ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの鋳型-指示重合による新生ヌクレオチド鎖の形成に好適な条件下で重合反応に供し;
(d) 入射光ビームで当該導波路を照射し;並びに
(e) 各新生ヌクレオチド鎖に取り込まれるヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを同定すること
を含む、前記方法。 - 生物試薬中に存在する個々の分子を検出するための、請求項1〜31のいずれか1項記載の装置の使用。
- 標的核酸分子を鋳型-指示重合反応に供して、多数の種類のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの存在下で当該標的核酸分子に相補的である新生核酸鎖を得;及び
ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの新生ヌクレオチド鎖への取り込みの時間系列を登録すること
を含む、核酸シーケンス法。 - 前記標的核酸分子が、環状核酸である、請求項77記載の方法。
- 前記標的核酸分子が、環状DNAである、請求項78記載の方法。
- 前記鋳型-指示重合反応が、前記標的核酸分子内の同一のヌクレオチド配列を、複数回、処理する、請求項77記載の方法。
- 前記標的核酸分子が、前記標的核酸分子内に複数回存在するヌクレオチド配列を含む、請求項77記載の方法。
- 前記標的核酸分子が、環状核酸の鋳型依存的複製の生成物を含む、請求項77記載の方法。
- 前記標的核酸分子が、重合酵素によって1回超シーケンスされる、請求項77記載の方法。
- 前記標的核酸分子が、重合酵素によって2回超シーケンスされる、請求項77記載の方法。
- 前記ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログが標識を更に含む、請求項77記載の方法。
- 前記標識が、ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの塩基、糖部分、アルファリン酸、又はベータリン酸の位置で、当該ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログに結合される、請求項77記載の方法。
- 前記標識が、末端リン酸の位置で、ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログに結合される、請求項77記載の方法。
- 前記標識が、一リン酸、二リン酸、三リン酸、四リン酸、五リン酸及び六リン酸からなる群より選ばれるリン酸部分を含む、ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの末端リン酸上にある、請求項77記載の方法。
- 前記ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの各種が、前記登録ステップで、互いに識別される異なった標識を有する、請求項77記載の方法。
- 前記標識が、蛍光共鳴エネルギー転移ドナー又はアクセプターである、請求項77記載の方法。
- 前記標的核酸分子が、支持体に結合される、請求項77記載の方法。
- 前記標的核酸分子が、支持体に結合されるプライマーにハイブリダイズされる、請求項77記載の方法。
- 前記重合酵素が、支持体に結合される、請求項77記載の方法。
- 前記登録が、鋳型-指示重合反応が進行している間に行われる、請求項77記載の方法。
- 前記登録ステップが、前記多種類のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログにおいて提供されるヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを同定することを含む、請求項77記載の方法。
- 前記鋳型-指示重合反応が光閉じ込めで起こる、請求項77記載の方法。
- 前記鋳型-指示重合反応が光閉じ込めのアレイで起こる、請求項77記載の方法。
- 前記鋳型-指示重合反応がゼロ-モード導波路で起こる、請求項77記載の方法。
- 前記標的核酸分子及び重合酵素が、光閉じ込め内に固定された単一複合体を形成する、請求項77記載の方法。
- 前記光閉じ込めのアレイが、約0.0001超の充填率を有する、請求項97記載の方法。
- 前記光閉じ込めのアレイが、4 x 104 光閉じ込め/mm2超の基板密度を有する、請求項97記載の方法。
- 前記光閉じ込めのアレイが、105 光閉じ込め/mm2超の基板密度を有する、請求項97記載の方法。
- 表面がそれに結合される重合酵素アレイを有し、当該アレイのメンバーが、鎖-置換活性を有する個々にかつ光学的に分離された重合酵素を含む、表面を有する固体支持体。
- 前記アレイ内の少なくとも1つの個々の重合酵素が、新生鎖が重合酵素による鋳型-指示重合を介して形成され得る標的核酸に会合される、請求項103記載の固体支持体。
- 個々にかつ光学的に分離された重合酵素の各々が、光閉じ込めに別個に閉じ込められる、請求項103記載の固体支持体。
- 前記閉じ込めがゼロ-モード導波路である、請求項105記載の固体支持体。
- ゼロモード導波路に固定された第一分子複合体を含むゼロモード導波路であって、当該分子複合体が標的核酸と複合化された重合酵素を含み、当該重合酵素が、当該標的核酸の鋳型-依存的複製を介して当該標的核酸内でヌクレオチド配列を複数回処理する、前記導波路。
- 前記標的核酸が環状核酸を含む、請求項107記載のゼロモード導波路。
- 前記標的核酸が、標的核酸内に複数回存在するヌクレオチド配列を含む、請求項107記載のゼロモード導波路。
- 前記標的核酸が環状核酸を含む、請求項108記載のゼロモード導波路。
- 前記標的核酸配列が線状核酸を含む、請求項108記載のゼロモード導波路。
- コアを取り囲む外装材を含む光閉じ込めを製造する方法であって、以下のステップ:
(a) フォトレジスト層で被覆された基板を提供し;
(b) 当該コアの境界を特定するために当該フォトレジスト層をパターン化し;
(c) 十分量のフォトレジストが当該コアを占有するように、当該特定された境界を取り囲む当該フォトレジスト層を取り除き;
(d) 残存しているフォトレジスト及び当該基板上に外装材料の層を蒸着し;
(e) 残存フォトレジスト上に蒸着された当該外装材料の少なくとも一部分を取り除き;並びに
(f) ステップ(e)のフォトレジストを取り除いて、当該光閉じ込めの当該外装材によって取り囲まれる当該コアを形成すること
を含む、前記方法。 - 前記外装材が半導体製である、請求項112記載の方法。
- 前記外装材が合金製である、請求項112記載の方法。
- 前記合金がアルミニウム合金である、請求項114記載の方法。
- 前記アルミニウム合金が0.0001 %超のドーパントを含む、請求項115記載の方法。
- 前記外装材がコーティング材料で被覆される、請求項112記載の方法。
- 前記コアが円筒型である、請求項112記載の方法。
- 前記コアが非-円筒型の形状である、請求項112記載の方法。
- 前記光閉じ込めが、前記コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射光の大部分の伝達を防ぐ、請求項112記載の方法。
- 前記光閉じ込めが、前記コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射光ビームの90 %超の伝達を防ぐ、請求項112記載の方法。
- 前記光閉じ込めが、前記コアを通過するカットオフ波長よりも長い波長を有する入射光ビームの99 %超の伝達を防ぐ、請求項112記載の方法。
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