ES2841809T3 - Biomarcadores para pronosticar y evaluar el grado de respuesta de sujetos con cáncer de tiroides y de riñón a compuestos de lenvatinib - Google Patents

Abstract

Un método para pronosticar la respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de desarrollar, cáncer de tiroides diferenciado, a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable, en donde el método comprende: proporcionar una primera muestra de sangre obtenida del sujeto antes de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; proporcionar una segunda muestra de sangre obtenida del sujeto después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; medir la concentración de tiroglobulina en la primera muestra de sangre y la segunda muestra de sangre; y calcular la relación de la primera/segunda concentraciones de tiroglobulina, en donde una relación reducida, en comparación con un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre es indicativa de que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable, y en donde una relación aumentada, en comparación con un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre es indicativa de que el sujeto responderá menos eficazmente a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable que un sujeto que exhibe una relación reducida, en comparación con un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre.

Description

DESCRIPCIÓN

Biomarcadores para pronosticar y evaluar el grado de respuesta de sujetos con cáncer de tiroides y de riñón a compuestos de lenvatinib

Campo de la invención

La presente invención se refiere en general a biomarcadores y a cáncer de tiroides y riñón.

Antecedentes de la invención

Se ha desarrollado un número de inhibidores de cinasa como agentes antitumorales. Por ejemplo, se sabe que un grupo de compuestos que tienen actividad inhibidora contra los receptores de tirosina cinasas, como el receptor del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGFR), inhiben la angiogénesis y se consideran una nueva clase de agentes antitumorales. El mesilato de lenvatinib (también conocido como E7080) es un inhibidor oral de tirosina cinasa que dirige VEGFR1-3, el receptor del factor de crecimiento de fibroblastos (FGFR) 1-4, reordenado durante la transfección del receptor (RET), KIT, y el receptor del factor de crecimiento derivado de plaquetas (PDGFR). En estudios clínicos de fase I de mesilato de lenvatinib, se observó respuesta al tratamiento en cáncer de tiroides, riñón y endometrio, así como también en melanoma.

Desafortunadamente, la mayoría de los tratamientos antitumorales se asocian con efectos secundarios indeseables, como náuseas profundas, vómitos o fatiga intensa. Además, si bien los tratamientos antitumorales han sido exitosos, no producen respuestas clínicas significativas en todos los pacientes que los reciben, y se producen efectos secundarios indeseables, demoras y costes asociados con tratamientos ineficaces. Por consiguiente, son muy necesarios los biomarcadores que se puedan utilizar para pronosticar la respuesta de un sujeto a un agente antitumoral antes de su administración. A su vez, es útil contar con biomarcadores que se puedan utilizar para evaluar si la terapia que comprende un agente antitumoral es eficaz.

El objetivo primario descrito en Yamada et al., 2011. Clin Cancer Res. 17(8):2528-37 consistió en determinar la dosis máxima tolerada (MTD) y la toxicidad limitante de la dosis (DLT) de E7080 oral administrado dos veces al día en un ciclo intermitente de 2 semanas de administración/1 semana de descanso en pacientes con tumores sólidos avanzados.

Woyach & Shah, 2009. Endocrine-Related Cancer. 16: 715-31 ofrece una revisión de los avances terapéuticos en el manejo del cáncer de tiroides progresivo.

Carr et al., 2010. Clin Cancer Res. 16(21):5260-8 describe un estudio de fase II dirigido a evaluar la eficacia de la administración continua de sunitinib en pacientes con cáncer de tiroides medular bien diferenciado refractario al yodo ávido de tomografía por emisión de positrones de fluorodesoxiglucosa, y para evaluar la respuesta temprana por tomografía de emisión de positrones de fluorodesoxiglucosa.

Cooper et al., 2009. Thyroid. 19(11):1167-1214 describe una revisión de los Lineamientos de Gestión de la Asociación Estadounidense de Tiroides (American Thyroid Association Management Guidelines) para pacientes con nódulos de tiroides y cáncer diferenciado basada en la información que estaba disponible en ese entonces.

Compendio

La presente solicitud se basa, al menos en parte, en la identificación de biomarcadores que son predictivos del grado de respuesta de un sujeto con cáncer de tiroides o riñón a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). La presencia de una mutación en uno o más genes es un indicador útil del grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por ejemplo, una o más mutaciones en uno o más de los genes NRAS, KRAS, VHL, BRAF, ERBB2, PTEN y MET es indicativa de que un sujeto que padece cáncer de tiroides o renal responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Además, la relación de niveles de tiroglobulina pre- y post-tratamiento con una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable puede ser útil para determinar la probabilidad de que un sujeto que padece cáncer de tiroides diferenciado responda a la terapia continua con el compuesto de lenvatinib. Asimismo, el nivel de expresión de ciertas proteínas (p. ej., aquellas mencionadas en la Tabla 3) o bien antes o después del tratamiento, o la relación del nivel de expresión post/pre-tratamiento en comparación con un control, puede también ser un indicador útil del grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Además, la combinación de estas dos clases de biomarcadores (biomarcadores de sangre y mutaciones) o tres clases de biomarcadores (biomarcadores de mutaciones, tiroglobulina y sangre) puede proporcionar pronósticos incluso más fuertes de la probabilidad de que un sujeto que padece cáncer de tiroides o renal responda a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

La descripción también da a conocer métodos para evaluar si continuar el tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) para un sujeto que tiene cáncer de tiroides o renal. Los bajos o altos niveles de ciertas proteínas (p. ej., aquellos mencionados en la Tabla 3) antes y/o después del tratamiento con la terapia pueden ser útiles para evaluar si continuar con el tratamiento de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por ejemplo, las relaciones inferiores de niveles de tiroglobulina (post/pretratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib)) en comparación con relaciones control de muestras de pacientes que se sabe que no responden a dicha terapia pueden ser útiles para determinar/evaluar si el sujeto de ensayo se beneficiará con la terapia continua que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

Por lo tanto, los biomarcadores y composiciones descritos en este documento son útiles, por ejemplo, para identificar y/o seleccionar a un paciente o a un subconjunto de pacientes que presentan cáncer de tiroides o de riñón que podrían beneficiarse con el tratamiento de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Además, los métodos descritos en este documento son útiles, por ejemplo, para seleccionar modalidades de tratamiento adecuadas (p. ej., terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib)) para un sujeto que padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de desarrollar cáncer de tiroides o renal. Además, los métodos permiten que un profesional de la salud determine si continuar con una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) o cambiar de terapia y usar un tratamiento diferente.

En un aspecto, la descripción da a conocer un método para pronosticar la respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de desarrollar cáncer de tiroides o cáncer renal a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. El método implica proporcionar una muestra biológica obtenida del sujeto y detectar la presencia de una mutación en por lo menos un gen seleccionado del grupo que consiste en RAS, VHL y BRAF en la muestra biológica. La presencia de una mutación en por lo menos un gen es indicativa de que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En un caso, RAS es KRAS o NRAS. En un caso, la mutación en al menos un gen es una mutación enumerada en la Tabla 1. En otro caso, la mutación en al menos un gen es una mutación enumerada en la Tabla 2. En otro caso, la mutación en RAS se selecciona del grupo que consiste en KRAS Q61R, KRAS G12R, NRAS Q61P y NRAS Q61R. En otro caso, el método de este aspecto implica además detectar la presencia de una mutación en por lo menos un gen seleccionado del grupo que consiste en ERBB2, PTEN y MET en la muestra biológica, en donde la presencia de un RAS mutado y una mutación en por lo menos uno de ERBB2, PTEN y MET es incluso más fuertemente indicativa de que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En un caso, el método comprende además la etapa de determinar el nivel de expresión de por lo menos un gen seleccionado del grupo que consiste en ANGPT2, VEGFA, FLT4, CCL3 y CCL4.

En un segundo aspecto, la solicitud da a conocer otro método para pronosticar la respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece, o conlleva riesgo de desarrollar un cáncer diferenciado, a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. Este método se puede usar también para evaluar/determinar el beneficio de la administración continua de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. El método implica proporcionar una primera muestra de sangre obtenida del sujeto antes de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; proporcionar una segunda muestra de sangre obtenida del sujeto después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; medir la concentración de tiroglobulina en la primera muestra de sangre y la segunda muestra de sangre; y calcular la relación (segunda/primera) de las concentraciones de tiroglobulina. Una relación reducida, en comparación con un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre es indicativa de que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable, y una relación aumentada, en comparación con un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre es indicativa de que el sujeto responderá menos eficazmente a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable que un sujeto que posee una relación reducida, en comparación a un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre. En una realización, la segunda muestra de sangre se obtiene del sujeto 1 semana a 9 meses después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En otra realización, la segunda muestra de sangre se obtiene del sujeto 2 semanas a 9 meses después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En otra realización, la segunda muestra de sangre se obtiene del sujeto 4 semanas a 6 meses después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En otra realización, la segunda muestra de sangre se obtiene del sujeto 4 días a 2 semanas después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

En un tercer aspecto, la descripción da a conocer otro método para pronosticar la respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece, o conlleva riesgo de desarrollar cáncer de tiroides o cáncer renal, a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. Este método implica proporcionar una muestra biológica obtenida del sujeto antes de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; y medir la concentración de por lo menos una proteína seleccionada del grupo que consiste en ANGPT2, VEGFA, IFNG, KDR (VEGFR2 soluble), FLT4 (VEGFR3 soluble), IL6, PDGFAB, CSF3 (G-CSF), CCL3 (MIP-1a), CCL4 (MIP-1B), FGF2 e IL13 en la muestra biológica. Una concentración reducida, en comparación con un control, de ANGPT2, VEGFA, IFNG o KDR soluble (VEGFR2 soluble) y/o una concentración aumentada, en comparación con un control, de IL-6, IL-13, PDGFAB, CSF3 (G-CSF), CCL3 (MIP-1a), CCL4 (MIP-1 p), FLT4 (VEGFR3 soluble) o FGF2 es indicativa de que el sujeto responderá a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En un caso, se mide la concentración de por lo menos dos genes. En un caso, los dos genes se seleccionan del grupo que consiste en VEGFA, ANGPT2 y CSF3; o IL13, CCL3 y CCL4. En otro caso, se mide la concentración de por lo menos tres genes. Incluso en otro caso, se mide la concentración de por lo menos cuatro genes.

En un cuarto aspecto, la descripción da a conocer otro método para pronosticar la respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece, o conlleva riesgo de desarrollar un cáncer de tiroides o un cáncer de riñón, a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. Este método también se puede utilizar para evaluar/determinar el beneficio de la administración continua de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. El método implica proporcionar una muestra de sangre obtenida del sujeto después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; y medir la concentración de por lo menos una proteína seleccionada del grupo que consiste en ANGPT2, IL13, VEGFA, IL6, PGF, IL10, CXCL12 y CCL5 en la muestra biológica. Una concentración reducida, en comparación con un control, de ANGPT2, IL13, VEGFA, IL6 o PGF, y una concentración aumentada, en comparación con un control, de IL10, CXCL12 o CCL5 es indicativa de que el sujeto responderá a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En un caso, la muestra se obtiene aproximadamente 15 días después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En un caso, la muestra se obtiene aproximadamente 29 días o el primer día de cada ciclo de tratamiento (cuatro semanas por ciclo) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

En un cuarto aspecto, la descripción da a conocer otro método para pronosticar la respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de padecer cáncer de tiroides o cáncer de riñón, a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. Este método también se puede utilizar para evaluar/determinar el beneficio de la administración continua de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. El método implica proporcionar una primera muestra biológica obtenida del sujeto antes de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; proporcionar una segunda muestra biológica obtenida del sujeto después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; medir la concentración de por lo menos una proteína seleccionada del grupo que consiste en CCL5, FLT3LG, IL12(p40), EGF, PDGF-BB, PDGF-AA, CSF2, FLT1, TEK, HGF, VEGFA, IL6, CSF3, FIGF, IL1RN, CCL11, ILIA, TGFA, PGF, PDGF-AB, IL10 y FGF2, en las primera y segunda muestras biológicas; y calcular la relación (segunda / primera) de las concentraciones de la proteína. Una relación reducida, en comparación con un control, de la concentración de CCL5, FLT3LG, IL12(p40), EGF, PDGF-BB, PDGF-AA, CSF3, FLT1, TEK, HGF, VEGFA o IL6, y una relación aumentada, en comparación con un control, de la concentración de CSF2, FIGF, IL1RN, CCL11, ILIA, TGFA, PGF, PDGF AB, IL10 o FGF2 es indicativa de que el sujeto responderá a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En un caso, la muestra se obtiene aproximadamente 15 días después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En un caso, la muestra se obtiene aproximadamente 29 días o el primer día de cada ciclo de tratamiento (cuatro semanas por ciclo) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

En un quinto aspecto, la descripción da a conocer un método para tratar cáncer de tiroides o riñón, en donde el método incluye la etapa de administrar a un sujeto que lo necesita, una cantidad eficaz de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable, en donde se ha identificado que el sujeto presenta una mutación asociada con el grado de respuesta a esta terapia, y/o expresa un nivel o tiene una relación de expresión de un biomarcador que se asocia con el grado de respuesta a esta terapia, y/o, para el caso de cáncer de tiroides, tiene una relación de expresión de tiroglobulina asociada con el grado de respuesta a esta terapia.

En un sexto aspecto, la descripción da a conocer un método para pronosticar el grado de respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece, o conlleva riesgo de padecer cáncer de tiroides o riñón. El método implica evaluar el estado de mutación de NRAS y las concentraciones pre-tratamiento de ANGPT2 en una muestra(s) biológica obtenida del sujeto. En un caso, la presencia de una mutación en NRAS (p. ej., una mutación en NRAS enumerada en la Tabla 1 o 2) y concentraciones de ANGPT2 cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción: (0,000751)*(Ang2) (2,69)*-D(NRAS,WT) - (3,92) < 0,716, en donde la función D se define en la sección de descripción detallada, que satisfacen la fórmula, son incluso más fuertemente indicativas de que el sujeto es sensible a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que un sujeto que presenta uno de estos biomarcadores individualmente (pendientes, inserciones y valor de corte en la fórmula se pueden optimizar de modo diferencial cuando se analiza una población diferente de la muestra).

En un séptimo aspecto, la descripción da a conocer un método para pronosticar el grado de respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de desarrollar cáncer de tiroides o riñón. El método implica evaluar el estado de mutación de NRAS o KRAS y las concentraciones pre-tratamiento de ANGPT2 en una muestra(s) biológica obtenida del sujeto. En un caso, la presencia de una mutación en NRAS o KRAS (p. ej., una mutación de NRAS o una mutación de KRAS enumerada en la Tabla 1 o 2) y concentraciones de ANGPT2 cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción: (0,000869)*(ANG290) (2,16)*D(KRASNRAS,WT) - (2,24) < 0,508, que satisfacen la fórmula, son incluso más fuertemente indicativas de que el sujeto es sensible a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que un sujeto que presenta uno de estos biomarcadores individualmente (pendientes, inserciones y valor de corte en la fórmula se pueden optimizar de modo diferencial cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Las siguientes realizaciones se contemplan para el segundo aspecto. En una realización el lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable es mesilato de lenvatinib. En una realización, el cáncer de tiroides es un cáncer de tiroides diferenciado. En otra realización, el cáncer de tiroides es un cáncer de tiroides medular. En una realización, el cáncer de tiroides es un cáncer de tiroides papilar. En otra realización, el cáncer de tiroides es un cáncer de tiroides folicular. En otra realización, el cáncer de tiroides es un cáncer de tiroides de células Hürthle. En una realización determinada, el cáncer de tiroides es cáncer de tiroides diferenciado avanzado refractario a la terapia con yodo radiactivo. En ciertas realizaciones, el sujeto es un ser humano. En algunas realizaciones, el método incluye además comunicar los resultados de los ensayos al profesional de la salud del sujeto. En determinadas realizaciones, el método incluye también modificar la historia clínica del sujeto para indicar que el sujeto probablemente responderá o probablemente no responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En realizaciones específicas, la historia clínica se crea en un medio que pueda leerse por ordenador. En determinadas realizaciones, el método incluye también prescribir una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable para el sujeto, si el perfil de expresión del biomarcador es indicativo de que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En algunas realizaciones, el método incluye también administrar al sujeto una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En algunas realizaciones, el método comprende además seleccionar a un sujeto que padece o conlleva riesgo de desarrollar, un cáncer que se beneficiaría con el tratamiento que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

A menos que se defina otra cosa, todos los términos técnico-científicos utilizados en este documento tienen el mismo significado que entiende comúnmente el experto en la técnica a la cual pertenece la presente invención. Si bien los métodos y materiales o equivalentes a aquellos descritos en este documento se pueden utilizar en la práctica o pruebas de la presente invención, los métodos y materiales ilustrativos se describen a continuación. En caso de controversia, regirá la presente solicitud, incluidas las definiciones. Los materiales, métodos y ejemplos son solamente ilustrativos y no limitativos.

Otras características y ventajas de la invención serán obvias a partir de la siguiente descripción detallada, y de las reivindicaciones.

Breve descripción de los dibujos

La Fig. 1 es un diagrama esquemático de supervivencia libre de progresión (PFS) de pacientes con mutaciones en NRAS solo o con mutaciones o bien en NRAS o KRAS. La prueba del orden logarítmico demostró que los pacientes con mutaciones en NRAS solo, o con mutaciones o bien en NRAS o KRAS tenían una mejor PFS que aquellos pacientes de tipo salvaje para NRAS o KRAS.

La Fig. 2 es un diagrama esquemático del cambio en los niveles de tiroglobulina después del tratamiento con E7080. "PR" se refiere a los valores medianos entre grupos de pacientes que exhiben una respuesta parcial a la terapia con E7080. "Otros" se refiere a los valores medianos entre grupos de pacientes que tienen enfermedad estable o enfermedad progresiva después de la terapia con E7080.

Descripción detallada

La presente invención da a conocer métodos y composiciones para pronosticar la respuesta de un sujeto que padece cáncer de tiroides o riñón (tal como un paciente humano) a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). La invención da a conocer biomarcadores predictivos (p. ej., niveles de expresión de proteínas y/o mutaciones de genes) para identificar a aquellos sujetos que padecen, se sospecha que padecen o presentan riesgo de desarrollar cáncer de tiroides (p. ej., cáncer de tiroides diferenciado) o cáncer de riñón (p. ej., carcinoma de células renales), para quienes la administración de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) probablemente sería eficaz o ineficaz. Además, la invención da a conocer biomarcadores útiles para evaluar/determinar el tratamiento continuo de sujetos que presentan cáncer de tiroides o riñón con una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Los biomarcadores, composiciones y métodos descritos en este documento son útiles para seleccionar modalidades terapéuticas adecuadas (p. ej., una terapia de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib)) para sujetos que sufren de cáncer de tiroides o cáncer de riñón. Asimismo, la presente descripción da a conocer métodos para seleccionar a pacientes que padecen, se sospecha que padecen o conllevan riesgo de desarrollar cáncer de tiroides o riñón, que podrían beneficiarse con una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) así como también métodos de tratamiento.

Definiciones

La expresión "células tumorales circulantes" (CTC) se refiere a células que se han desprendido de un tumor primario y circulan por el torrente sanguíneo. Las CTC pueden constituir semillas para subsiguiente crecimiento de tumores adicionales (metástasis) en diferentes tejidos (Kitago et al., Clin. Chem., 55(4):757:764 (2009)).

La expresión "ADN circulante" se refiere al ADN que está presente en cantidades aumentadas en el plasma o el suero de pacientes con cáncer. Los pacientes con cáncer presentan niveles superiores de ADN circulante que los controles sanos (Leon et al., Cancer Res., 37: 646-650 (1977); Chuang et al., Head & Neck, 229-234 (2010)).

La expresión "nivel de expresión disminuido/reducido" significa un nivel de expresión inferior al nivel de expresión en un control.

La expresión "nivel de expresión elevado" significa un nivel de expresión superior al nivel de expresión en un control.

El término "lenvatinib" se refiere a 4-(3-cloro-4(ciclopropilaminocarbonil)aminofenoxi)-7-metoxi-6-quinolinacarboxamida.Este compuesto se describe en el Ejemplo 368 (véase, columna 270) de la patente de EE. UU. núm. 7.253.286. El mesilato de lenvatinib también se denomina E7080.

La expresión "ácido nucleico" y el término "polinucleótido" se emplean de manera intercambiable en este documento, y se refieren tanto a ARN como a ADN, incluidos ADNc, ADN genómico, ADN sintético y ADN (o ARN) que contiene análogos de ácido nucleico. Los polinucleótidos pueden tener cualquier estructura tridimensional. Un ácido nucleico puede ser bicatenario o monocatenario (es decir, una hebra sentido o una hebra antisentido). Los ejemplos no limitativos de polinucleótidos incluyen genes, fragmentos de genes, exones, intrones, ARN mensajero (ARNm), ARN de transferencia, ARN ribosomal, ARNip, micro-ARN, ribozimas, ADNc, polinucleótidos recombinantes, polinucleótidos ramificados, plásmidos, vectores, ADN aislado de cualquier secuencia, ARN aislado de cualquier secuencia, sondas de ácido nucleico y cebadores, además de análogos de ácido nucleico.

La expresión "sal farmacéuticamente aceptable" no se limita particularmente al tipo de sal. Los ejemplos de dichas sales incluyen, aunque sin limitarse a ello, sales de adición con ácido inorgánico como sal de ácido clorhídrico, sal de ácido sulfúrico, sal de ácido carbónico, sal de bicarbonato, sal de ácido bromhídrico y sal de ácido yodhídrico; sal de adición con ácido carboxílico orgánico tal como sal de ácido acético, sal de ácido maleico, sal de ácido láctico, sal de ácido tartárico y sal de ácido trifluoroacético; sal de adición con ácido sulfónico tal como sal de ácido metanosulfónico, sal de ácido hidroximetanosulfónico, sal de ácido hidroxietanosulfónico, sal de ácido bencenosulfónico, sal de ácido toluenosulfónico y sal de taurina; sal de adición de amina tal como sal de trimetilamina, sal de trietilamina, sal de piridina, sal de procaína, sal de picolina, sal de diciclohexilamina, sal de N,N'-dibenciletilendiamina, sal de N-metilglucamina, sal de dietanolamina, sal de trietanolamina, sal de tris(hidroximetilamino)metano y sal de fenetilbencilamina; y sal de adición de aminoácidos tal como sal de arginina, sal de lisina, sal de serina, sal de glicina, sal de ácido aspártico y sal de ácido glutámico. En una realización, la sal farmacéuticamente aceptable es una sal de ácido metanosulfónico ("mesilato"). La forma de sal de ácido metanosulfónico (es decir, el mesilato) de 4-(3-cloro-4-(ciclopropilaminocarbonil)aminofenoxi)-7-metoxi-6-quinolinacarboxamida se describe en la patente de EE. UU.

7.612.208.

"Polipéptido" y "proteína" se usan de manera intercambiable en este documento y significan cualquier cadena de aminoácidos enlazada a péptidos, independientemente de la longitud o la modificación post-traducción. Típicamente, un polipéptido descrito en este documento se "aísla" cuando constituye por lo menos 60%, en peso, de la proteína total en una preparación, p. ej., 60% de la proteína total en una muestra. En algunos casos, un polipéptido descrito en este documento consiste en por lo menos 75%, por lo menos 90% o por lo menos 99%, en peso, de la proteína total de una preparación.

La expresión "responde/es sensible a una terapia" significa que el sujeto al que se le administra la terapia exhibe una respuesta positiva a la terapia provista. Los ejemplos no limitativos de dicha respuesta positiva son: una reducción del tamaño del tumor, una reducción de la metástasis de un tumor o un periodo de aumento de la supervivencia después del tratamiento.

El término "sujeto" significa un mamífero, incluidos, entre otros, un ser humano, un chimpancé, un orangután, un gorila, un babuino, un mono, un ratón, una rata, un cerdo, un caballo, un perro y una vaca.

Mutaciones asociadas con sensibilidad a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable

Las mutaciones en ciertos genes tales como NRAS, KRAS, VHL o BRAFson indicativas de la sensibilidad de un sujeto a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Los ejemplos no limitativos de dichas mutaciones se enumeran en las Tablas 1 y 2 en el contexto de la secuencia de aminoácidos de la proteína codificada por los respectivos genes.

Tabla 1: Biomarcadores de mutación

Tabla 2: Biomarcadores de mutación adicionales

La presencia en un sujeto de una cualquiera o más de las mutaciones enumeradas en la Tabla 1 y/o en la Tabla 2 es indicativa de que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por una cuestión de síntesis, no se enumera expresamente en este documento cada combinación posible de las mutaciones de la Tabla 1 y la Tabla 2 adecuada para uso en la invención. No obstante, se ha de entender que se contempla cada una de dichas combinaciones. El sujeto puede presentar una sola mutación (p. ej., NRAS Q61P) o múltiples mutaciones en el mismo gen (p. ej., NRAS G12D y NRAS Q61R); o una sola mutación en múltiples genes (p. ej., BRAF V600E, NRAS Q61R, KRAS G12R y VHL P81S); o múltiples mutaciones en múltiples genes (p. ej., NRAS G12D, NRAS Q61P, KRAS G12R y KRAS Q61R); o una mezcla de una sola mutación en ciertos genes y múltiples mutaciones en otros genes (p. ej., BRAF V600E; NrAS Q61P, NRAS G13V; KRAS G12R, KRAS Q61R; y VHL P81S). Tan solo una mutación enumerada en la Tabla 1 o en la Tabla 2 es útil para pronosticar el grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). En ciertos casos, la mutación o mutaciones son en NRAS. Los ejemplos no limitativos de mutaciones en NRAS que son indicativos del grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) son NRAS Q61P y NRAS Q61R. En otros casos, la mutación o mutaciones son en NRAS y/o KRAS. Los ejemplos no limitativos de mutaciones en KRAS que son indicativos del grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) son KRAS G12R y KRAS Q61R. En otros casos, la mutación o mutaciones son en n Ra S y/o KRAS y/o VHL. Un ejemplo no limitativo de una mutación en VHL que es indicativo del grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) es P81S. Incluso en otros casos, la mutación o mutaciones son en NRAS y/o KRAS y/o BRAF. Un ejemplo no limitativo de una mutación en BRAF que es indicativo del grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) es BRAF V600E. En otro caso, la mutación o mutaciones son en NRAS y/o KRAS y/o BRAF y/o VHL.

Una o más mutaciones en genes distintos de, o sumados a, NRAS, KRAS, VHL y/o BRAF también pueden ser indicativas del grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Los ejemplos no limitativos de dichos genes incluyen ERBB2, PTEN y MET. Los ejemplos no limitativos de mutaciones en estos genes que pueden ser indicativas del grado de respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) incluyen ERBB2 S779_P780insVGS, PTEN N323fs*2 y MET T1010I.T992I.

En una realización, el sujeto padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de desarrollar cáncer de tiroides (p. ej., cáncer de tiroides diferenciado, tal como cáncer de tiroides papilar o folicular).

El ácido nucleico aislado de muestras biológicas obtenidas del sujeto se puede analizar para presencia de una o más de las mutaciones enumeradas en la Tabla 1 y/o la Tabla 2. Los métodos para identificar mutaciones en un ácido nucleico se conocen en la técnica. Un método para evaluar si un sujeto presenta una mutación en cualquiera de los genes de interés es el método descrito en el Ejemplo 1, concretamente, el uso de paneles de mutación OncoCarta™ de Sequenom. Otros métodos no limitativos para determinar si un gen o ácido nucleico de interés contiene una mutación incluyen: secuenciación Sanger (método de terminación de cadenas), secuenciación masiva en paralelo de firmas (MPSS), secuenciación Polony, pirosecuenciación 454, secuenciación Illumina, secuenciación SOLiD, secuenciación de semiconductor de iones, secuenciación de nanoesferas de ADN y el sistema de detección simultánea de múltiples mutaciones (SMMD) que utiliza chips de ADN electroquímicos y ferrocenil-naftaleno diimida (FND) (véase, Wakai et al., Nucl. Acids. Res., 32(18): e141 (2004).

Las proteínas de interés pueden también aislarse de las muestras biológicas del sujeto y analizarse para presencia de mutaciones tales como aquellas anteriormente descritas. Los métodos de secuenciación de proteínas se conocen en la técnica. Los ejemplos no limitativos de dichos métodos incluyen espectrometría de masas y la reacción de degradación de Edman. La secuenciación de proteínas se puede llevar a cabo en la forma de análisis de proteínas enteras de péptidos producidos en forma enzimática por espectrometría de masas (véase, Chait, Science.

314(5796):65-6 (2006)). La espectrometría de masas en tándem (MS/MS), tal como disociación inducida por colisión (CID) (4), es una técnica clave para secuenciación de proteínas o péptidos. En este método, los iones de péptidos/proteínas en fase gaseosa que son generados por una fuente de iones son calentados internamente por múltiples colisiones con átomos de gases raros. Esto conduce a la fragmentación del esqueleto del péptido del enlace C-N, que resulta en una generación de series de iones de fragmentos. La información de la secuencia se puede leer de la serie de iones de fragmentos.

Las muestras biológicas que se usan para obtener el ácido nucleico o la proteína para análisis incluyen, aunque sin limitarse a ello, una muestra de sangre, una muestra de plasma, una muestra de suero, células tumorales circulantes, ADN circulante, una muestra de orina, una muestra de tejido tiroideo, una muestra de ganglio tiroideo, una muestra de tejido renal o una muestra tumoral.

Tiroglobulina como biomarcador para sensibilidad a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable

Además de los biomarcadores de mutación anteriormente descritos, se puede usar tiroglobulina como un biomarcador eficaz. La tiroglobulina es la proteína principal en el coloide tiroideo y es central para la fisiología tiroidea, funcionando tanto como una pro-hormona como un sitio de almacenamiento para las hormonas tiroideas. El nivel de expresión de tiroglobulina se puede usar para determinar si un sujeto (p. ej., uno que padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de desarrollar cáncer tiroideo diferenciado) será más o menos propenso a responder a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). A su vez, el nivel de expresión de tiroglobulina puede también utilizarse para determinar o evaluar si un sujeto al que ya se le administró una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) debería continuar o finalizar la terapia.

Para evaluar si un sujeto responderá eficazmente a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable o para evaluar la continuación del tratamiento con esta terapia, se puede emplear el siguiente método. Se obtiene una muestra biológica (p. ej., muestra de sangre, suero o plasma) del sujeto antes y después de la administración de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Se calcula la relación del nivel de expresión de tiroglobulina en las dos muestras (concentración de tiroglobulina después de la administración de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable / concentración de tiroglobulina antes de la administración de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable). Si la relación de las muestras del sujeto de ensayo es inferior al control, se determina que probablemente el sujeto responderá a lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), mientras que si la relación de las muestras del sujeto de ensayo es superior o aproximadamente igual (por lo menos 90% pero menos de 100%) al control, se determina que será menos probable que el sujeto responda a lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Si se pronostica que el sujeto responderá al tratamiento, se recomienda continuar la terapia con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. En el contexto del ensayo anterior, el término "control" significa muestras obtenidas prey post-tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable de la fuente (p. ej., muestra de sangre, suero o plasma) ya que las muestras de ensayo y esas se toman en los mismos, o prácticamente los mismos, puntos de tiempo de un sujeto(s) control que las muestras de ensayo de un sujeto (o sujetos) que no respondió al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). El término "control" incluye muestras obtenidas en el pasado (pre- y post-tratamiento con la terapia) y se usa como referencia para comparaciones futuras con muestras de ensayo tomadas de sujetos para los cuales se pronostica un grado de respuesta terapéutica. Por ejemplo, el "control" puede ser pre-establecido por un análisis de expresión de tiroglobulina pre-y post-tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) en uno o más sujetos que no han respondido al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Esta relación de referencia pre-establecida (que puede ser una relación mediana o promedio tomada de múltiples sujetos que no han respondido a la terapia) puede luego utilizarse para la relación "control" en comparación con la muestra de ensayo.

El "control" puede alternativamente ser pre-establecido por un análisis de la expresión de tiroglobulina en uno o más sujetos que han respondido al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Esta relación de referencia pre-establecida (que puede ser una relación mediana o promedio tomada de múltiples sujetos que han respondido a la terapia) puede luego utilizarse como la relación "control" en la comparación con la muestra de ensayo. En dicha comparación, se pronostica que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) si la relación de los niveles de tiroglobulina es comparable con o inferior a, por ejemplo, es inferior a, igual, o aproximadamente igual (por lo menos 90% pero menos de 100%), a la relación de referencia pre-establecida.

En el método anterior, la primera muestra biológica se puede tomar en cualquier punto de tiempo antes del tratamiento con la terapia de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por ejemplo, la primera muestra biológica se puede tomar minutos, horas, días, semanas o meses antes del inicio de la terapia, o prácticamente al mismo tiempo que el inicio de la terapia. La segunda muestra biológica puede también tomarse del sujeto en cualquier punto de tiempo después del inicio del tratamiento con la terapia de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por ejemplo, la segunda muestra biológica puede tomarse minutos, horas, días, semanas o meses después del tratamiento con la terapia de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. Los ejemplos no limitativos de los puntos de tiempo en que se toma la segunda muestra biológica incluyen: 1 semana a 9 meses, 2 semanas a 9 meses, 3 semanas a 9 meses después, 4 semanas a 9 meses después, 1 día a 2 semanas después, 2 días a 2 semanas después, 3 días a 2 semanas después, 4 días a 2 semanas después, 5 días a 2 semanas después, 6 días a 2 semanas después, 1 día a 2 semanas después, 1 semana a 3 semanas después, 1 semana a 4 semanas después, y 1 semana a 5 semanas después, del inicio del tratamiento con la terapia de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

Los niveles de tiroglobulina se pueden determinar midiendo los niveles de ARNm o los niveles de proteína. Los métodos para medir niveles de ARNm y de proteína se conocen en la técnica (véanse, p. ej., Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T, eds. (1989). Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a ed. (Woodbury, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press; Real-time PCR applications guide. Bio-Rad Bulletin 5279 (catálogo #170-9799)).

En determinadas realizaciones, se determina que un sujeto responde al lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), si el sujeto exhibe una respuesta parcial post-tratamiento con la terapia. "Respuesta parcial" significa por lo menos 30% de reducción en la suma del diámetro más largo (LD) de lesiones diana, tomando como referencia el LD basal sumado. En algunas realizaciones, se determina que un sujeto responde al lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), si el sujeto exhibe una reducción del tumor post-tratamiento con la terapia. "Reducción del tumor" (TS) significa el cambio en porcentaje de la suma de diámetros de lesiones diana, tomando como referencia los diámetros basales sumados. En otras realizaciones, se determina que un sujeto responde a lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), si el sujeto exhibe supervivencia libre de progresión. "Supervivencia libre de progresión" (PFS) se refiere al periodo desde la fecha de inicio del tratamiento hasta la última fecha antes de ingresar en estado de Enfermedad progresiva (PD). PD significa por lo menos 20% de aumento en la suma del LD de lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado más pequeño registrado desde que comenzó el tratamiento, o la aparición de una o más lesiones nuevas.

Una reducción mayor en los niveles de tiroglobulina post-tratamiento de niveles pre-tratamiento comparados con un control (p. ej., muestras pre- y post-tratamiento obtenidas de un sujeto que no es sensible a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable) es indicativa de una respuesta parcial a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) en pacientes con cáncer de tiroides diferenciado.

Una reducción en los niveles de tiroglobulina aproximadamente 28 días (p. ej., 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 días) después del tratamiento con una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) es indicativa de supervivencia libre de progresión en pacientes con cáncer de tiroides diferenciado.

Una reducción en los niveles de tiroglobulina aproximadamente 56 días después, aproximadamente 84 días después, aproximadamente 112 días después y aproximadamente 140 días después del tratamiento con una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) es indicativa de reducción del tumor en pacientes con cáncer de tiroides diferenciado.

Citocina, quimiocina y factores angiogénicos como biomarcadores para sensibilidad a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable

Se ha identificado una cantidad de genes cuyos niveles de expresión (p. ej., niveles de expresión de ARNm o proteínas) son útiles para pronosticar el grado de respuesta de un sujeto a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Estos genes, tal como son identificados por la identificación del gen (Gene ID), URL relacionado, identificación de la proteína ID y núm. de acceso en UniProtKB, se enumeran en la Tabla 3.

Tabla 3: Lista de biomarcadores de sangre

Un bajo nivel de expresión (p. ej., expresión de ARNm o proteína) (comparado con un control) de ciertos genes enumerados en la Tabla 3 es indicativo/predictivo de que un sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por ejemplo, las bajas concentraciones (comparadas con un control) de ANGPT2, VEGFA, IFNG y KDR en una muestra biológica obtenida de un sujeto antes del tratamiento con la terapia son indicativas de que un sujeto determinado responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). En este contexto, el término "control" incluye una muestra (del mismo tejido) obtenida de un sujeto que se sabe que no responde a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). El término "control" también incluye una muestra obtenida en el pasado y utilizada como referencia para futuras comparaciones con muestras de ensayo tomadas de sujetos para los que se ha de pronosticar el grado de respuesta terapéutica. Por ejemplo, el nivel de expresión "control" para un gen particular en un tipo de célula o tejido particular se puede pre-establecer con un análisis de la expresión del gen en uno o más sujetos que no han respondido al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Este valor de referencia pre-establecido (que puede ser un nivel de expresión mediano o promedio tomado de múltiples sujetos que han respondido a la terapia) puede luego utilizarse para el nivel de expresión "control" en la comparación con la muestra de ensayo. El nivel de expresión "control" para un gen particular en un tipo de célula o tejido particular puede alternativamente pre-establecerse con un análisis de la expresión del gen en uno o más sujetos que han respondido al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Este valor de referencia pre-establecido (que puede ser un nivel de expresión mediano o promedio tomado de múltiples sujetos que han respondido a la terapia) se puede usar luego como el nivel de expresión "control" en la comparación con la muestra de ensayo. En dicha comparación, se pronostica que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) si el nivel de expresión del gen que se está analizando es comparable con o inferior a, por ejemplo, es inferior, igual o aproximadamente igual (por lo menos 85% pero menos de 100%), a la referencia pre­ establecida.

Un alto nivel de expresión (p. ej., expresión de ARNm o proteína) (comparado con un control) de ciertos genes enumerados en la Tabla 3 es indicativo de que un sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por ejemplo, las altas concentraciones (en comparación con un control) de PDGF-AB, Fg F2, CSF3, IL6, IL13, FLT4, CCL3 y Cc L4 en una muestra biológica obtenida de un sujeto antes del tratamiento con la terapia son indicativas de que un sujeto determinado responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). En este contexto, el término "control" es idéntico a aquel descrito en el párrafo anterior, excepto que cuando el nivel de expresión "control" para un gen particular en un tipo de célula o tejido particular es alternativamente pre-establecido por un análisis de la expresión del gen en uno o más sujetos que han respondido al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), se pronostica que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) si el nivel de expresión del gen que se está analizando es comparable o superior, por ejemplo, es superior, igual o prácticamente igual (por lo menos 85% pero menos de 100%) que la referencia pre-establecida.

También se contemplan sujetos a los que se les administra lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) por periodos de tiempo cortos para determinar si la terapia administrada será eficaz para el sujeto. La determinación de la eficacia de la terapia se basa en los niveles de expresión (p. ej., expresión de ARNm o proteína) de ciertos genes en las muestras biológicas obtenidas de estos sujetos en diferentes puntos de tiempo post­ tratamiento. En función de los niveles de expresión de estos genes, se puede pronosticar si el sujeto responderá al tratamiento continuo. Por lo tanto, estos métodos son útiles para evaluar o determinar si es aconsejable continuar la administración de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por ejemplo, las bajas concentraciones (comparadas con un control) de ciertos genes, p. ej., ANGPT2 y/o IL13 aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) son indicativas de que el sujeto exhibirá un resultado clínico beneficioso (p. ej., respuesta del tumor y/o reducción del tumor) con la terapia continua con compuestos de lenvatinib. De modo similar, las altas concentraciones (en comparación con un control) de ciertos genes, p. ej., IL10 y/o CXCL12 aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) son también indicativas de que el sujeto exhibirá un resultado clínico beneficioso (p. ej., respuesta del tumor y/o reducción del tumor) al continuar con la terapia con compuestos de lenvatinib.

A su vez, las bajas concentraciones (comparadas con un control) de ciertos genes, p. ej., VEGFA, IL6 y/o PGF aproximadamente 5 semanas (p. ej., 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) son indicativas de que el sujeto exhibirá un resultado clínico beneficioso (p. ej., respuesta del tumor y/o reducción del tumor) con la terapia continua con compuestos de lenvatinib. Además, las altas concentraciones (en comparación con un control) de ciertos genes, p. ej., CCL5 aproximadamente 5 semanas (p. ej., 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) son indicativas de que el sujeto exhibirá un resultado clínico beneficioso (p. ej., respuesta del tumor y/o reducción del tumor) con la terapia continua con compuesto de lenvatinib.

La relación del nivel de expresión (p. ej., expresión de ARNm o proteína) de ciertos genes post-tratamiento frente a pre-tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (en comparación con un control) también puede ser útil para pronosticar si un sujeto exhibirá un resultado clínico beneficioso (p. ej., la mejor respuesta global, reducción del tumor, supervivencia libre de progresión) tras la terapia continua con compuestos de lenvatinib. Por ejemplo, una relación reducida, en comparación con un control, del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., CCL5, FLT3LG, IL12(p40), EGF, PDGF-BB, PDGF-AA, CSF3, FLT1, TEK, HGF, VEGFA o IL6 es indicativa de que el sujeto responderá a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. A su vez, una relación aumentada, en comparación con un control, de la concentración de ciertos genes, p. ej., CSF2, FIGF, IL1RN, CCL11, IL1A, TGFA, PGF, PDGF AB, IL10 o FGF2 es indicativa de que el sujeto responderá a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

Una relación reducida (en comparación con un control) del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., CCL5, FLT3LG en función de la expresión aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen antes del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto experimentará supervivencia libre de progresión.

Una relación aumentada (en comparación con un control) del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., CSF3 o FGF2 en función de la expresión aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen antes del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá respuesta del tumor.

Una relación aumentada (en comparación con un control) del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., CSF3, IL10 o FGF2 en función de la expresión aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen antes del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá una reducción del tumor.

Una relación aumentada (en comparación con un control) del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., FIGF, ILIRN, PDGFAB o IL10 en función de la expresión aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen antes del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá supervivencia libre de progresión.

Una relación reducida del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., FLT3LG, IL12, EGF, PDGFBB, PDGFAA, CSF3 o FLT1 en función de la expresión aproximadamente 5 semanas (p. ej., 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen antes del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá supervivencia libre de progresión.

Una relación aumentada del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., CCL11 en función de la expresión aproximadamente 5 semanas (p. ej., 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen antes del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá una respuesta del tumor.

Una relación aumentada del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., ILIA o TGFA en función de la expresión aproximadamente 5 semanas (p. ej., 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen antes del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá una reducción del tumor.

Una relación reducida del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., FLT1, TEK, VEGFA o IL6 en función de la expresión aproximadamente 5 semanas (p. ej., 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá una reducción del tumor.

Una relación reducida del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., TEK, HGF o VEGFA en función de la expresión aproximadamente 5 semanas (p. ej., 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas) después del inicio de la of terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá la mejor respuesta global.

Una relación aumentada del nivel de expresión de ciertos genes, p. ej., PGF en función de la expresión aproximadamente 5 semanas (p. ej., 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas) después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y el nivel de expresión del mismo gen aproximadamente 5 días a aproximadamente 18 días después del inicio de esta terapia es indicativa de que el sujeto exhibirá una reducción del tumor, mientras que una relación aumentada bajo las mismas condiciones de p. ej., FGF2, es indicativa de que el sujeto exhibirá una respuesta del tumor.

La supervivencia libre de progresión observada anteriormente puede ser, por ejemplo, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 10 meses, 11 meses, 12 meses, 13 meses, 14 meses, 15 meses, 16 meses, 17 meses, 18 meses, 19 meses, 20 meses, 21 meses, 22 meses, 23 meses o 24 meses, o aproximadamente 4 meses, aproximadamente 5 meses, aproximadamente 6 meses, aproximadamente 7 meses, aproximadamente 8 meses, aproximadamente 9 meses, aproximadamente 10 meses, aproximadamente 11 meses, aproximadamente 12 meses, aproximadamente 13 meses, aproximadamente 14 meses, aproximadamente 15 meses, aproximadamente 15 meses, aproximadamente 17 meses, aproximadamente 18 meses, aproximadamente 19 meses, aproximadamente 20 meses, aproximadamente 21 meses, aproximadamente 22 meses, aproximadamente 23 meses o aproximadamente 24 meses.

Para determinar si la relación aumenta o disminuye, se compara con un control. En este contexto, el término "control" incluye muestras obtenidas de la misma fuente (p. ej., muestra de sangre, suero o plasma) que aquella de las muestras de ensayo y que se toman en los mismos, o prácticamente los mismos, puntos de tiempo, de un sujeto (o sujetos) que no ha respondido al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). El término "control" incluye muestras obtenidas en el pasado (pre- y post-tratamiento con la terapia) y utilizadas como referencia para comparaciones futuras con muestras de ensayo tomadas de sujetos para los cuales se ha de pronosticar un grado de respuesta terapéutica. Por ejemplo, el "control" puede ser una relación pre-establecida de la expresión del gen de interés pre- y post-tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) en uno o más sujetos que no han respondido al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Esta relación de referencia pre-establecida (que puede ser una relación mediana o promedio tomada de múltiples sujetos que no han respondido a la terapia) puede luego utilizarse para la relación "control" en la comparación con la muestra de ensayo.

El "control" puede alternativamente pre-establecerse con análisis de expresión del gen de interés en uno o más sujetos que han respondido al tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Esta relación de referencia pre-establecida (que puede ser una relación mediana o promedio de múltiples sujetos que han respondido a la terapia) puede luego usarse como la relación "control" en la comparación con la muestra de ensayo. En dicha comparación, se pronostica que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) si la relación de los niveles de expresión del gen es comparable con, por ejemplo, la misma o aproximadamente la misma que (por lo menos 90% pero menos de 100%) la relación de referencia pre-establecida.

Métodos combinados

Cualquiera de los biomarcadores anteriormente mencionados se puede evaluar en una combinación para determinar si un sujeto responderá o se beneficiará con la administración continua de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por ejemplo, uno cualquiera o más de los biomarcadores de mutación se puede evaluar en combinación con las relaciones de expresión de tiroglobulina y/o los niveles de expresión de citocina, quimiocina o factores angiogénicos, y/o análisis histológico. En algunos casos, se evalúan uno o más biomarcadores de mutaciones en combinación con análisis histológicos. En otros casos, uno o más biomarcadores de mutaciones se evalúan en combinación con relaciones de expresión de tiroglobulina. En algunos casos, uno o más biomarcadores de mutación se evalúan en combinación con niveles de expresión de o relaciones de expresión de una o más citocinas, quimiocinas o factores angiogénicos. En un caso, el estado de la mutación de NRAS se evalúa en la muestra biológica obtenida del sujeto y se considera en combinación con concentraciones pre-tratamiento de ANGPT2. En otro caso, el estado de mutación de NRAS o KRAS se evalúa en la muestra biológica obtenida del sujeto y se considera en combinación con concentraciones pre-tratamiento de ANGPT2. Dichos análisis combinatorios proporcionan valor predictivo incluso más fuerte que estudiando los biomarcadores individuales, y son útiles, por ejemplo, en pronosticar el grado de respuesta de un sujeto a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

Se puede usar análisis estadístico para determinar qué marcadores, cuando se usan en combinación, se asocian mejor con un resultado clínico deseado que los marcadores individuales. Un ejemplo no limitativo de dicho análisis se expone en el Ejemplo 4 de esta solicitud.

La combinación de los niveles de expresión de VEGFA y ANGPT2 antes del inicio de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) ("pre-tratamiento") puede ser un mejor indicador de respuesta a la terapia que cada uno de estos biomarcadores sanguíneos individuales. Por ejemplo, si las concentraciones pre-tratamiento de VEGFA y ANGPT2 en un sujeto introducidas en la siguiente fórmula de predicción:

(0,000261 )*(Ang2)+(0,00126)*(VEGFA100)-(1,09) <-0,24

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < -0,24 (p. ej., -1,0)), entonces se pronostica que el sujeto tendría un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) después de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos cuyas concentraciones de estos factores no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra). Como otro ejemplo, si las concentraciones pre-tratamiento de VEGFA, ANGPT2 y GCSF en un sujeto al introducirse en la siguiente fórmula de predicción:

(0,000591 )*(ANG290)+(-0,0178)*(GCSF)+(0,00142)*(VEGFA100)-(-0,671) <0,651

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 0,651), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) después de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos cuyas concentraciones pre-tratamiento de estos factores no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si las concentraciones pre-tratamiento de IL13 y MIP1a en un sujeto cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(-0,0459)*(IL13) (0,0459)*(MIP1 a) - (0,0395) <0,268

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 0,268), entonces se pronostica que el sujeto tendría un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) después de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos cuyas concentraciones de estos factores no satisfacen las fórmulas (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si las concentraciones pre-tratamiento de IL13, MIP1a y MIP1b en un sujeto cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(-0,0353)*(IL13) (0,0713)*(MIP1a) (-0,0154)*(MIP1b) - (0,188) <0,222

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 0,222), entonces se pronostica que el sujeto tendría un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) después de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos cuyas concentraciones pre­ tratamiento de esos factores no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

La combinación de una o más mutaciones y niveles de expresión de VEGFA y MIP1b antes del inicio de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) ("pre-tratamiento") puede también ser un mejor indicador de respuesta a la terapia que cada uno de estos biomarcadores de sangre y mutación individuales. Por ejemplo, si la muestra del sujeto presenta una mutación en NRAS (p. ej., una de aquellas enumeradas en la Tabla 1 o 2) y las concentraciones pre-tratamiento de VEGFA y MIP1b en un sujeto cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(-0,025)*(MIP1B) (-0,00616)*(VEGFA100) (3,32)* D(NRAS, WT) -(-0,52) <1,81

(La función D(g, s) es 1 cuando el estado de mutación del gen o genes g es s, y 0 cuando g no es s. El estado s puede ser "WT" (tipo salvaje) o "MU" (mutación). Para el caso de múltiples genes, el estado de mutación es "MU" si uno o más genes presentan mutación y "WT" solamente para el caso de que todos los genes sean de tipo salvaje) tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 1,81 (p. ej., 1,0)), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos que tienen NRAS de tipo salvaje y cuyas concentraciones pre-tratamiento de VEGFA y MIP1b no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si la muestra del sujeto presenta una mutación en NRAS (p. ej., una de aquellas enumeradas en la Tabla 1 o 2) y las concentraciones pre-tratamiento de VEGFA, MIP1b y sVEGFR3 en un sujeto cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(-0,0494)*(MIP1b) (-0,000472)*(sVEGFR3) (-0,0119)*(VEGFA100)

(4,66)* D(NRAS, WT) - (-5,9) <3,55

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 3,55 (p. ej., 3,0)), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos que presentan NRAS de tipo salvaje y cuyas concentraciones pre-tratamiento de VEGFA, MIP1b y sVEGFR3 no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si la muestra del sujeto presenta una mutación en NRAS (p. ej., una de aquellas enumeradas en la Tabla 1 o 2) y las concentraciones pre-tratamiento de VEGFA, MIP1b, sVEGFR3 y Ang2 en un sujeto, cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(0,00148)*(Ang2) (-0,0606)*(MIP1b) (-0,000917)*(sVEGFR3) (-0,0177)*(VEGFA100)

(6,58)*D(NRAS, WT) - (-5,78) <3,97

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 3,97 (p. ej., 3,0)), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos que presentan NRAS de tipo salvaje y cuyas concentraciones pre-tratamiento de VEGFA, MIP1b, sVEGFR3 y Ang2 no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si la muestra del sujeto presenta una mutación en NRAS (p. ej., una de aquellas enumeradas en la Tabla 1 o 2) y las concentraciones pre-tratamiento de Ang2 en un sujeto, cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(0,000751 )*(Ang2) (2,69)* D(NRAS, WT) - (3,92) <0,716

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 0,716 (p. ej., 0,5)), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos que exhiben NRAS de tipo salvaje y cuyas concentraciones pre-tratamiento de Ang2 no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si la muestra del sujeto presenta una mutación en NRAS (p. ej., una de aquellas enumeradas en la Tabla 1 o 2) y las concentraciones pre-tratamiento de ANG2(90) en un sujeto, cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(0,000972)*(ANG290) (2,75)* D(NRAS, WT) - (2,96) <0,633

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 0,633 (p. ej., 0,5)), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos que presentan NRAS de tipo salvaje y cuyas concentraciones pre-tratamiento de ANG2(90) no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si la muestra del sujeto presenta una mutación en NRAS o KRAS (p. ej., una de aquellas enumeradas en la Tabla 1 o 2) y las concentraciones pre-tratamiento de ANG2(90) en un sujeto, cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(0,000869)*(ANG290) (2,16)* D(KRASNRAS, WT) - (2,24) <0,508

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 0,508 (p. ej., 0,4)), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos que presentan NRAS o KRAS de tipo salvaje y cuyas concentraciones pre-tratamiento de ANG2(90) no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si la muestra del sujeto presenta una mutación en NRAS, KRAS o BRAF (p. ej., una de aquellas enumeradas en la Tabla 1 o 2) y las concentraciones pre-tratamiento de MIP1a en un sujeto, cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(-0,0281 )*(MIP1 a) (2,19)* D(BRAFKRASNRAS, WT) -(-0,41) < -0,0348

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < -0,0348 (p. ej., -1,0)), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos que presentan NRAS o KRAS o BRAF de tipo salvaje y cuyas concentraciones pre-tratamiento de MIP1a no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Como otro ejemplo, si la muestra del sujeto presenta una mutación en NRAS, KRAS o BRAF (p. ej., una de aquellas enumeradas en la Tabla 1 o 2) y las concentraciones pre-tratamiento de IL6, VEGFA, MIP1a y MIP1b en un sujeto, cuando se introducen en la siguiente fórmula de predicción:

(0,126)*(IL6) (-0,193)*(MIP1a) (-0,0775)*(MIP1 b)

(-0,0514)*(VEGFA100) (7,94)* D(BRAFKRASNRAS, WT) - (-14,4) <4,69

tornan esta fórmula verdadera (es decir, si el valor es < 4,69 (p. ej., 3,0)), entonces se pronostica que el sujeto tendrá un resultado clínico más robusto (p. ej., supervivencia libre de progresión) con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) que sujetos que presentan NRAS o KRAS o BRAF de tipo salvaje y cuyas concentraciones pre-tratamiento de IL6, VEGFA, MIP1a y MIP1b no satisfacen la fórmula (pendientes, inserciones y valores de corte en la fórmula se pueden optimizar de manera diferente cuando se analiza una población diferente de la muestra).

Muestras biológicas

Las muestras biológicas adecuadas para los métodos descritos en este documento incluyen cualquier fluido biológico, células, tejido o fracción de estos, que incluya biomoléculas de analitos de interés tales como ácido nucleico (p. ej., ADN o ARNm) o proteína. Una muestra biológica puede ser, por ejemplo, una muestra obtenida de un sujeto (p. ej., un mamífero tal como un ser humano) o puede derivar de dicho sujeto. Por ejemplo, una muestra puede ser un corte de tejido obtenido por biopsia, o células que se disponen en cultivo de tejido o se adaptan a este. Una muestra biológica puede ser también un fluido biológico tal como orina, sangre, plasma, suero, saliva, semen, esputo, líquido cefalorraquídeo, lágrimas o mucosa, o dicha muestra puede absorberse en un sustrato (p. ej., vidrio, polímero, papel). Una muestra biológica puede también incluir una muestra de tejido tiroideo, una muestra de tejido renal, una muestra tumoral, células tumorales circulantes y ADN circulante. En casos específicos, la muestra biológica es una célula(s) tumoral o una célula(s) obtenida de una región del sujeto que se sospecha que contiene un tumor o una lesión pre­ cancerosa. Por ejemplo, la muestra biológica puede ser una muestra de tumor tiroideo o una muestra de tumor renal. Una muestra biológica puede además fraccionarse, si se desea, a una fracción que contiene tipos de células particulares. Por ejemplo, una muestra de sangre se puede fraccionar en fracciones de suero o en fracciones que contienen tipos particulares de células sanguíneas tales como glóbulos rojos o glóbulos blancos (leucocitos). Si se desea, una muestra puede ser una combinación de muestras de un sujeto, como una combinación de una muestra de tejido y fluido.

Las muestras biológicas se pueden obtener de un sujeto, p. ej., un sujeto que padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de desarrollar cáncer. En determinadas realizaciones, el sujeto presenta cáncer de tiroides. En algunas realizaciones, el sujeto presenta cáncer de tiroides diferenciado (p. ej., cáncer tiroideo papilar, cáncer tiroideo folicular). En otras realizaciones, el sujeto presenta cáncer tiroideo medular. En ciertos casos, el sujeto presenta cáncer de riñón. En algunos casos, el sujeto presenta un carcinoma de células renales. Se puede emplear cualquier método adecuado para obtener las muestras biológicas, aunque los métodos ilustrativos incluyen, p. ej., flebotomía, hisopado (p. ej., hisopado bucal) o biopsia por aspiración con aguja fina. Los ejemplos no limitativos de tejidos susceptibles a aspiración con aguja fina incluyen ganglios linfáticos, pulmón, tiroides, piel e hígado. Las muestras pueden también recogerse, p. ej., por microdisección (p. ej., microdisección con captura láser (LCM) o microdisección láser (LMD)).

El experto en la técnica conoce los métodos para obtener y/o almacenar muestras que conservan la actividad o integridad de las moléculas (p. ej., ácidos nucleicos o proteínas) en la muestra. Por ejemplo, una muestra biológica puede además ponerse en contacto con uno o más agentes adicionales, como tampones y/o inhibidores adecuados, como inhibidores de nucleasas, proteasas y fosfatasas, que conservan o minimizan los cambios en las moléculas (p. ej., ácidos nucleicos o proteínas) de la muestra. Dichos inhibidores incluyen, por ejemplo, quelantes tales como ácido etilendiaminatetraacético (EDTA), ácido etilenglicol bis(P-aminoetiléter) N,N,N1 ,Nl-tetraacético (EGTA), inhibidores de proteasas tales como fluoruro de fenilmetilsulfonilo (PMSF), aprotinina, leupeptina, antipaína y similares, e inhibidores de fosfatasa tales como fosfato, fluoruro de sodio, vanadato y similares. Los tampones adecuados y las condiciones para aislar moléculas se conocen en la técnica y pueden variar dependiendo, por ejemplo, del tipo de molécula en la muestra a caracterizar (véanse, por ejemplo, Ausubel et al. Current Protocols in Molecular Biology (Suplemento 47), John Wiley & Sons, Nueva York (1999); Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press (1988); Harlow and Lane, Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press (1999); Tietz Textbook of Clinical Chemistry, 3a ed. Burtis and Ashwood, eds. W.B. Saunders, Filadelfia, (1999)). Una muestra también se puede procesar para eliminar o minimizar la presencia de sustancias interferentes. Por ejemplo, una muestra biológica se puede fraccionar o purificar para eliminar uno o más materiales que no sean de interés. Los métodos para fraccionar o purificar una muestra biológica incluyen, entre otros, métodos cromatográficos tales como cromatografía de líquidos, cromatografía de intercambio iónico, cromatografía de exclusión por tamaño o cromatografía de afinidad. Para uso en los métodos descritos en este documento, una muestra puede estar en una diversidad de estados físicos. Por ejemplo, una muestra puede estar en un líquido o un sólido, se puede disolver o suspender en un líquido, puede estar en una emulsión o gel, o puede adsorberse en un material.

Determinación de la expresión de los biomarcadores

La expresión génica se puede detectar como, p. ej., la expresión de proteínas o ARNm de un gen diana. Es decir, la presencia o el nivel de expresión (cantidad) de un gen se pueden determinar detectando y/o midiendo el nivel de expresión de ARNm o proteína del gen. En algunos casos, la expresión del gen se puede detectar como la actividad de una proteína codificada por un gen tal como un gen ilustrado en la Tabla 3.

Se puede emplear una diversidad de métodos para detectar y/o medir el nivel de expresión de ARNm de un gen. Por ejemplo, la expresión de ARNm se puede determinar usando análisis Northern blot o dot blot, transcriptasa inversa-PCR (RT-PCR; p. ej., RT-PCR cuantitativa), hibridación in situ (p. ej., hibridación in situ cuantitativa) o matriz de ácido nucleico (p. ej., matrices de oligonucleótidos o chips de genes). Los detalles de dichos métodos se describen a continuación y, p. ej., en Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual Segunda Edición vol. 1,2 y 3. Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, Nueva York, EE. UU., Nov. 1989; Gibson et al. (1999) Genome Res., 6(10):995-1001; y Zhang et al. (2005) Environ. Sci. Technol., 39(8):2777-2785; publicación de EE. UU. núm.

2004086915; patente europea núm. 0543942; y patente de EE. UU. núm. 7.101.663.

En un ejemplo, la presencia o cantidad de una o más poblaciones de ARNm discretas en una muestra biológica se puede determinar aislando el ARNm total de la muestra biológica (véanse, p. ej., Sambrook et al. (supra) y patente de EE. UU. núm. 6.812.341) y sometiendo el ARNm aislado a electroforesis en gel de agarosa para separar el ARNm por tamaño. Los ARNm separados por tamaño se transfieren luego (p. ej., por difusión) a un soporte sólido tal como una membrana de nitrocelulosa. La presencia o cantidad de una o más poblaciones de ARNm en la muestra biológica puede entonces determinarse usando una o más sondas de polinucleótidos detectablemente etiquetadas, complementarias a la secuencia de ARNm de interés, que se une a sus correspondientes poblaciones de ARNm, y por lo tanto las torna detectables. Las etiquetas detectables incluyen, p. ej., etiquetas fluorescentes (p. ej., umbeliferona, fluoresceína, isotiocianato de fluoresceína, rodamina, diclorotriazinilamina fluoresceína, dansil cloruro, aloficocianina (APC) o ficoeritrina), luminiscentes (p. ej., nanopartículas de europio, terbio, Qdot™ provistas por Quantum Dot Corporation, Palo Alto, CA), radiológicas (p. ej., 125I, 131I, 35S, 32P, 33P o 3H) y enzimáticas (peroxidasa de rábano picante, fosfatasa alcalina, beta-galactosidasa o acetilcolinesterasa).

En otro ejemplo, la presencia o cantidad de poblaciones discretas de ARNm (p. ej., ARNm codificado por uno o más genes ilustrados en la Tabla 3) en una muestra biológica se puede determinar usando matrices de ácido nucleico (u oligonucleótido) (p. ej., una matriz descrita a continuación en "Matrices y kits"). Por ejemplo, el ARNm aislado de una muestra biológica se puede ampliar usando RT-PCR, p. ej., con síntesis de primera hebra mediada por cebador oligo(dT) o hexámeros aleatorios. Los amplicones se pueden fragmentar en segmentos más cortos. La etapa de RT-PCR se puede emplear para etiquetar de manera detectable los amplicones, u, opcionalmente, los amplicones se pueden etiquetar de manera detectable después de la etapa de RT-PCR. Por ejemplo, la etiqueta detectable se puede conjugar enzimáticamente (p. ej., por traducción nick o cinasa tal como T4 polinucleótido cinasa) o químicamente a los amplicones usando cualquiera de una diversidad de técnicas adecuadas (véase, p. ej., Sambrook et al., supra). Los amplicones etiquetados de manera detectable se ponen luego en contacto con una pluralidad de juegos de sondas de polinucleótidos, en donde cada juego contiene una o más sondas de polinucleótidos (p. ej., un oligonucleótido específico para (y capaz de unirse a) un amplicón correspondiente, y donde la pluralidad contiene muchos juegos de sondas, cada uno correspondiente a un amplicón distinto. En general, los juegos de sondas se unen a un soporte sólido y la posición de cada juego de sondas se predetermina en el soporte sólido. La unión de un amplicón unido de manera detectable a una sonda correspondiente de un juego de sondas indica la presencia o cantidad de un ARNm diana en la muestra biológica. Métodos adicionales para detectar expresión de ARNm usando matrices de ácido nucleico se describen, p. ej., en las patentes de EE. UU. núm. 5.445.934; 6.027.880; 6.057.100; 6.156.501; 6.261.776; y 6.576.424.

Los métodos para detectar y/o cuantificar una etiqueta detectable dependen de la naturaleza de la etiqueta. Los productos de reacciones catalizadas por enzimas adecuadas (en donde la etiqueta detectable es una enzima; ver arriba) pueden ser, sin limitación, fluorescentes, luminiscentes o radiactivos, o pueden absorber luz visible o ultravioleta. Los ejemplos de detectores adecuados para detectar dichas etiquetas incluyen, sin limitación, película de rayos x, contadores de radiactividad, contadores de centelleos, espectrofotómetros, colorímetros, fluorómetros, luminómetros y densitómetros.

La expresión de un gen puede también determinarse detectando y/o midiendo la expresión de una proteína codificada por el gen. Los métodos para determinar la expresión de proteínas se conocen en la técnica. Un método generalmente utilizado implica el uso de anticuerpos específicos para la proteína diana de interés. Por ejemplo, los métodos para determinar la expresión de proteínas incluyen, aunque sin limitarse a ello, análisis western blot o dot blot, inmunohistoquímica (p. ej., inmunohistoquímica cuantitativa), inmunocitoquímica, ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA), spot inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISPOT; Coligan, J. E., et al., eds. (1995) Current Protocols in Immunology. Wiley, Nueva York), o análisis de matrices de anticuerpos (véanse, p. ej., las publicaciones de EE. UU. núm. 20030013208 y 2004171068). Una mayor descripción de muchos de los métodos precedentemente mencionados para detectar la expresión de proteínas se puede hallar, p. ej., en Sambrook et al. (supra).

En un ejemplo, la presencia o cantidad de expresión de proteína en un gen (p. ej., un gen ilustrado en la Tabla 3) se puede determinar usando la técnica de western blotting. Por ejemplo, se puede preparar un lisado a partir de una muestra biológica, o la muestra biológica en sí misma se puede poner en contacto con tampón Laemmli y someterse a electroforesis en gel de poliacrilmaida y dodecilsulfato sódico (SDS-PAGE). Las proteínas resueltas por SDS-PAGE, separadas por tamaño pueden luego transferirse a una membrana de filtro (p. ej., nitrocelulosa) y someterse a técnicas de immunoblotting usando un anticuerpo detectablemente marcado específico de la proteína de interés. La presencia o cantidad de anticuerpo detectablemente etiquetado ligado indica la presencia o cantidad de proteína en la muestra biológica.

En otro ejemplo, se puede emplear un inmunoensayo para detectar y/o medir la expresión de proteínas de un gen (p. ej., un gen ilustrado en la Tabla 3). Como en lo precedente, para los fines de detección, se puede efectuar un inmunoensayo con un anticuerpo que porte un resto de detección (p. ej., un agente fluorescente o una enzima). Las proteínas de una muestra biológica se pueden conjugar directamente a una matriz de fase sólida (p. ej., una placa de ensayo de múltiples pocillos, nitrocelulosa, agarosa, sefarosa, partículas codificadas o esferas magnéticas) o se pueden conjugar a un primer miembro de un par de unión específico (p. ej., biotina o estreptavidina) que se adhiere a una matriz de fase sólida tras la unión a un segundo miembro del par de unión específico (p. ej., estreptavidina o biotina). Dicha adherencia a una matriz de fase sólida permite que las proteínas se purifiquen fuera de otros componentes interferentes o irrelevantes de la muestra biológica antes de ponerse en contacto con el anticuerpo de detección, y también permite el lavado subsiguiente de anticuerpo no ligado. Aquí como anteriormente, la presencia o cantidad de anticuerpo detectablemente etiquetado unido indica la presencia o cantidad de proteína en la muestra biológica.

No existe ninguna restricción particular en cuanto a la forma del anticuerpo, y la presente invención incluye anticuerpos policlonales, además de anticuerpos monoclonales. También se incluye el antisuero obtenido inmunizando animales, como conejos con una proteína de la invención, así como también anticuerpos policlonales y monoclonales de todas las clases, anticuerpos humanos y anticuerpos humanizados producidos por recombinación genética.

Se puede utilizar una proteína intacta o su péptido parcial como el antígeno para inmunización. Como péptidos parciales de las proteínas, por ejemplo, se pueden proporcionar el fragmento amino (N)-terminal de la proteína y el fragmento carboxi (C)-terminal.

Un gen que codifica una proteína de interés o su fragmento se inserta en un vector de expresión conocido, y, transformando las células hospedantes con el vector descrito en este documento, se recupera la proteína deseada o su fragmento del exterior o interior de las células hospedantes usando métodos convencionales. Esta proteína se puede usar como el antígeno de sensibilización. Asimismo, las células que expresan la proteína, lisados celulares o proteína químicamente sintetizada de la invención también se pueden emplear como un antígeno de sensibilización.

El mamífero que se inmuniza con el agente de sensibilización no está limitado; no obstante, es preferible seleccionar animales teniendo en cuenta la compatibilidad con las células precursoras utilizada en la fusión celular. En general, se utilizan animales que pertenecen a los órdenes de roedores, lagomorfos o primates. Los ejemplos de animales que pertenecen al orden de roedores que se pueden utilizar incluyen, por ejemplo, ratones, ratas y hámsteres. Los ejemplos de animales que pertenecen al orden de lagomorfos incluyen, por ejemplo, conejos. Los ejemplos de animales que pertenecen al orden de primates que se pueden utilizar incluyen, por ejemplo, monos. Los ejemplos de monos que se han de utilizar incluyen el infraorden catarrhini (monos del viejo mundo), por ejemplo, Macaca fascicularis, mono Rhesus, babuinos sagrados y chimpancés.

Se pueden utilizar métodos conocidos para inmunizar animales con antígeno de sensibilización. Por ejemplo, el antígeno de sensibilización se inyecta por vía intraperitoneal o subcutánea a mamíferos. Concretamente, el antígeno de sensibilización se diluye adecuadamente y se suspende en disolución salina fisiológica, disolución salina tamponada con fosfato (PBS), etc. y se mezcla con una cantidad adecuada de adyuvante general si se desea, por ejemplo, con adyuvante completo de Freund. Luego la disolución se emulsiona e inyecta en el mamífero. De allí en más, el agente de sensibilización mezclado adecuadamente con adyuvante incompleto de Freund se administra varias veces cada 4 a 21 días. Se puede usar también un vehículo adecuado cuando se inmuniza un animal con el agente de sensibilización. Después de la inmunización, se detecta la elevación del nivel de anticuerpo en el suero por métodos habituales.

Los anticuerpos policlonales contra las proteínas de la presente invención se pueden preparar de la siguiente manera. Después de verificar que se haya alcanzado el nivel deseado de anticuerpo en el suero, se extrae sangre del mamífero sensibilizado con antígeno. El suero se aísla de esta sangre usando métodos convencionales. El suero que contiene el anticuerpo policlonal se puede utilizar como el anticuerpo policlonal, o según las necesidades, la fracción que contiene el anticuerpo policlonal puede además aislarse del suero. Por ejemplo, se puede preparar una fracción de anticuerpos que reconocen específicamente la proteína de la invención usando columna de afinidad a la cual se acopla la proteína. Luego, la fracción puede además purificarse usando una columna de Proteína A o Proteína G con el fin de preparar inmunoglobulina G o M.

Para obtener anticuerpos monoclonales, después de verificar que se haya alcanzado el nivel deseado de anticuerpo en el suero en el mamífero sensibilizando con el antígeno anteriormente descrito, se toman inmunocitos del mamífero y se utilizan para fusión celular. Para este propósito, se pueden mencionar los esplenocitos como los inmunocitos preferibles. Como células precursoras condensadas con los inmunocitos previamente mencionados, preferiblemente se utilizan células de mieloma mamífero. Más preferiblemente, las células de mieloma que han adquirido el rasgo, que se pueden usar para distinguir células de fusión por agentes, se emplean como la célula precursora.

La fusión celular entre los inmunocitos mencionados y las células de mieloma se puede efectuar de conformidad con métodos conocidos, por ejemplo, el método de Milstein et al. (Galfre et al., Methods Enzymol. 73:3-46, 1981).

El hibridoma obtenido de la fusión celular se selecciona cultivando las células en un medio de selección estándar, por ejemplo, medio de cultivo HAT (medio que contiene hipoxantina, aminopterina y timidina). El cultivo en este medio HAT continúa por un periodo suficiente para que las células (células no de fusión) distintas del hibridoma objetivo perezcan, usualmente de algunos días a algunas semanas. Luego se lleva a cabo el método de dilución limitante usual, y se examina y clona el hibridoma que produce el anticuerpo.

Aparte del método previamente descrito para obtener hibridomas, inmunizando un animal que no sea un ser humano con el antígeno, se puede obtener un hibridoma que produzca los anticuerpos humanos objetivo, que tenga la actividad de unión a proteínas, por el método de sensibilización de linfocitos humanos, por ejemplo, linfocitos humanos infectados con el virus EB, con proteínas, células que expresan proteínas o sus lisados in vitro y condensando los linfocitos sensibilizados con células de mieloma derivadas de seres humanos, por ejemplo, U266, que tienen una capacidad de división celular permanente.

Los anticuerpos monoclonales obtenidos trasplantando los hibridomas obtenidos en la cavidad abdominal de un ratón y extrayendo ascitis se pueden purificar, por ejemplo, con precipitación de sulfato de amonio, columna de proteína A o proteína G, cromatografía de intercambio iónico DEAE, columna de afinidad a la cual se acopla la proteína de la presente invención, etc.

Los anticuerpos monoclonales también se pueden obtener como anticuerpos recombinantes producidos usando la técnica de ingeniería genética (véase, por ejemplo, Borrebaeck C.A.K. y Larrick, J.W., THERAPEUTIC MONOCLONAL ANTIBODIES, publicado en el Reino Unido por MACMILLAN Pu BLISHERS LTD (1990)). Los anticuerpos recombinantes se producen clonando el ADN codificante de inmunocitos, como linfocitos sensibilizados que producen anticuerpos o hibridoma, incorporando un vector adecuado e introduciendo este vector en un hospedante para producir el anticuerpo. La presente invención abarca también dichos anticuerpos recombinantes.

Los anticuerpos o fragmentos de anticuerpos específicos de una proteína codificada por uno o más biomarcadores pueden también generarse por métodos in vitro como exhibición de fagos.

Asimismo, el anticuerpo de la presente invención puede ser un fragmento de anticuerpo o anticuerpo modificado, siempre y cuando se una a una proteína codificada por un biomarcador de la invención. Por ejemplo, Fab, F (ab') 2, Fv o Fv monocatenario (scFv) en donde la cadena H, Fv y la cadena L, Fv están adecuadamente enlazadas por un enlazador (Huston et al., Proc. Natl. Acad. Sci. EE. UU. 85:5879-5883, (1988)) se pueden proporcionar como fragmentos de anticuerpos. Concretamente, los fragmentos de anticuerpos se generan tratando los anticuerpos con enzimas, por ejemplo, papaína o pepsina. Alternativamente, se pueden generar construyendo un gen que codifica un fragmento de anticuerpo, introduciéndolo en un vector de expresión y expresando este vector en células hospedantes adecuadas (véanse, por ejemplo, Co et al., J. Immunol., 152:2968-2976, 1994; Better et al., Methods Enzymol., 178:476-496, 1989; Pluckthun et al., Methods Enzymol., 178:497-515, 1989; Lamoyi, Methods Enzymol., 121:652-663, 1986; Rousseaux et al., Methods Enzymol., 121:663-669, 1986; Bird et al., Trends Biotechnol, 9:132-137, 1991).

Los anticuerpos se pueden conjugar a varias moléculas como polietilenglicol (PEG), sustancias fluorescentes, sustancias radiactivas y sustancias luminiscentes. Los métodos para adherir dichos restos a un anticuerpo ya están consolidados y son convencionales en el campo (véanse, p. ej., los documentos US 5.057.313 y 5.156.840).

Los ejemplos de métodos que ensayan la actividad de unión al antígeno de los anticuerpos incluyen, por ejemplo, medición de absorbancia, ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA), inmunoensayo enzimático (EIA), radioinmunoensayo (RIA) y/o inmunofluorescencia. Por ejemplo, cuando se usa ELISA, una proteína codificada por un biomarcador de la invención se añade a una placa recubierta con los anticuerpos de la presente invención, y luego se añade la muestra de anticuerpo, por ejemplo, sobrenadantes de cultivo de células que producen anticuerpos, o anticuerpos modificados. Después se añade anticuerpo secundario que reconoce el anticuerpo primario, que es etiquetado con la fosfatasa alcalina y dichas enzimas, la placa se incuba y lava, y la absorbancia se mide para evaluar la actividad de unión al antígeno después de añadir un sustrato enzimático tal como p-nitrofenil fosfato. Como la proteína, se puede utilizar un fragmento de proteína, por ejemplo, un fragmento que comprende el término C, o un fragmento que comprende un término N. Para evaluar la actividad del anticuerpo de la invención se puede usar BIAcore (Pharmacia).

Al usar estos métodos, se ponen en contacto el anticuerpo de la invención y una muestra que se supone contiene una proteína de la invención, y la proteína codificada por un biomarcador de la invención se detecta o ensaya detectando o ensayando el complejo inmune formado entre el anticuerpo anteriormente mencionado y la proteína.

Los métodos de ensayo de cuantificación basada en espectrometría de masas, por ejemplo, aunque sin limitarse a ello, planteamientos basados en monitoreo de reacciones múltiples (MRM) en combinación con estándares internos etiquetados con isótopos estables, son una alternativa a los inmunoensayos para medición cuantitativa de proteínas. Estos planteamientos no requieren el uso de anticuerpos y entonces el análisis se puede efectuar en un modo eficiente entre coste y tiempo (véanse, por ejemplo, Addona et al., Nat. Biotechnol., 27:633-641, 2009; Kuzyk et al., Mol. Cell Proteomics, 8:1860-1877, 2009; Paulovich et al., Proteomics Clin. Appl., 2:1386-1402, 2008). Además, el MRM ofrece capacidades superiores de multiplexación, lo que permite la cuantificación simultánea de numerosas proteínas en paralelo. La teoría básica de estos métodos está muy consolidada y se utiliza ampliamente para metabolismo de fármacos y análisis de farmacocinética de moléculas pequeñas.

Los métodos para detectar o medir la expresión de genes (p. ej., expresión de proteínas o ARNm) se pueden llevar a cabo opcionalmente en formatos que permiten la preparación rápida, el procesamiento y el análisis de múltiples muestras. Esto puede ser, por ejemplo, en placas de ensayo de múltiples pocillos (p. ej., 96 pocillos o 386 pocillos) o matrices (p. ej., chips de ácido nucleico o chips de proteínas). Se pueden proporcionar disoluciones stock para varios reactivos robótica o manualmente, y posteriormente efectuar la preparación de la muestra (p. ej., RT-PCR, etiquetado o fijación de células), introducción con pipeta, dilución, mezcla, distribución, lavado, incubación (p. ej., hibridación), lectura de muestras, recolección de datos (datos ópticos) y/o análisis (análisis de imágenes asistido por ordenador) en forma robótica usando software de análisis comercialmente disponible, robótica e instrumentación para detección capaz de detectar la señal generada del ensayo. Los ejemplos de dichos detectores incluyen, aunque sin limitarse a ello, espectrofotómetros, luminómetros, fluorímetros y dispositivos que miden la desintegración de los radioisótopos. Los ensayos de alto rendimiento basados en células ilustrativos (p. ej., detectar la presencia o el nivel de una proteína diana en una célula) pueden utilizar tecnología ArrayScan® VTI HCS Reader o KineticScan® HCS Reader (Cellomics Inc., Pittsburg, PA).

En algunos casos, se puede evaluar y/o medir el nivel de expresión de dos genes, tres genes, cuatro genes, cinco genes, seis genes, siete genes, ocho genes, nueve genes, 10 genes, 11 genes, 12 genes, 13 genes, 14 genes, 15 genes, 16 genes, 17 genes, 18 genes, 19 genes, 20 genes, 21 genes, 22 genes, 23 genes, por lo menos 24 genes, por lo menos 25 genes o más, o por lo menos dos genes, por lo menos tres genes, por lo menos cuatro genes, por lo menos cinco genes, por lo menos seis genes, por lo menos siete genes, por lo menos ocho genes, por lo menos nueve genes, por lo menos 10 genes, por lo menos 11 genes, por lo menos 12 genes, por lo menos 13 genes, por lo menos 14 genes, por lo menos 15 genes, por lo menos 16 genes, por lo menos 17 genes, por lo menos 18 genes, por lo menos 19 genes, por lo menos 20 genes, por lo menos 21 genes, por lo menos 22 genes, por lo menos 23 genes, por lo menos 24 genes o por lo menos 25 genes o más.

Para ayudar en la detección de la presencia o nivel de expresión de uno o más de los genes ilustrados en la Tabla 3, se puede usar cualquier parte de la secuencia de ácido nucleico de los genes, p. ej., como sondas o cebadores de polinucleótidos de hibridación (p. ej., para ampliación o transcripción inversa). Las sondas y cebadores pueden ser oligonucleótidos de longitud suficiente para proporcionar hibridación específica a un ARN, ADN, ADNc o sus fragmentos derivados de una muestra biológica. Dependiendo de la aplicación específica, se pueden emplear distintas condiciones de hibridación para lograr grados variables de selectividad de una sonda o cebador hacia la secuencia diana. Los cebadores y sondas se pueden etiquetar detectablemente con reactivos que facilitan la detección (p. ej., etiquetas fluorescentes, etiquetas químicas (véanse, p. ej., patente de EE. UU. núm. 4.582.789 y 4.563.417) o bases modificadas).

Las condiciones de rigurosidad estándar son descritas por Sambrook, et al. (supra) y Haymes, et al. Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press, Washington, D.C. (1985). Con el fin de que una molécula de ácido nucleico sirva como cebador o sonda, solamente necesita ser lo suficientemente complementaria en secuencia para poder formar una estructura bicatenaria estable bajo las condiciones de hibridación particulares (p. ej., concentraciones de disolvente y sal) empleadas.

La hibridación se puede utilizar para evaluar la homología entre dos secuencias de ácido nucleico. Una secuencia de ácido nucleico descrita en este documento, o su fragmento, se puede utilizar como sonda de hibridación de conformidad con técnicas de hibridación estándar. La hibridación de una sonda de interés (p. ej., una sonda que contiene una porción de una secuencia de nucleótidos descrita en este documento o su complemento) a ADN, a Rn , ADNc o sus fragmentos de una fuente de ensayo es un indicio de la presencia de ADN o ARN correspondiente a la sonda en la fuente de ensayo. El experto en la materia conoce las condiciones de hibridación, y se pueden hallar en Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y., 6.3.1-6.3.6, 1991. Las condiciones de hibridación moderadas se definen como hibridación en cloruro de sodio/citrato de sodio 2X (SSC) a 30°C, seguido de un lavado en 1 X SSC, 0,1% SDS a 50°C. Las condiciones de gran rigurosidad se definen como hibridación en 6X SSC a 45°C, seguida de un lavado en 0,2 X SSC, 0,1% SDS a 65°C.

Se pueden usar cebadores en una diversidad de métodos de tipo PCR. Por ejemplo, se pueden usar técnicas de reacción de la polimerasa en cadena (PCR) para ampliar secuencias específicas de ADN, así como también de ARN, incluidas secuencias de ADN genómico total o ARN celular total. Los cebadores PCR están diseñados para flanquear la región que a uno le interesa ampliar. Los cebadores se pueden localizar cerca del extremo 5', el extremo 3' o cualquier otra parte dentro de la secuencia de nucleótidos que se ha de ampliar. La longitud del amplicón está regida por las metas experimentales. Para qPCR, la longitud diana está cercana a 100 bp y para PCR estándar, está cercana a 500 bp. En general, se emplea la información de la secuencia de los extremos de la región de interés o más allá para diseñar cebadores de oligonucleótidos que sean idénticos o similares en secuencia a hebras opuestas del molde que se ha de ampliar. Los cebadores de PCR se pueden sintetizar químicamente, o bien como una molécula de ácido nucleico sencilla (p. ej., usando síntesis de ADN automática en la dirección 3' a 5' usando tecnología de fosforoamidita) o una serie de oligonucleótidos. Por ejemplo, se pueden sintetizar uno o más pares de oligonucleótidos largos (p. ej., >100 nucleótidos) que contienen la secuencia deseada, en donde cada par contiene un segmento corto de complementaridad (p. ej., aproximadamente 15 nucleótidos) de forma tal que se forme una dupla cuando se aparea el par de oligonucleótidos. Se usa ADN polimerasa para extender los oligonucleótidos, dando como resultado una sola molécula de ácido nucleico bicatenaria por par de oligonucleótidos.

Además, las secuencias de ácido nucleico o sus fragmentos (p. ej., sondas de oligonucleótidos) se pueden usar en matrices de ácido nucleico (como las matrices de ácido nucleico descritas bajo "Matrices") para detección y/o cuantificación de la expresión génica.

Valores de corte

Como se observó anteriormente, los métodos descritos en este documento pueden implicar evaluar el nivel de expresión (p. ej., nivel de expresión de ARNm o proteína) de uno o más genes (p. ej., uno o más genes ilustrados en la Tabla 3), en donde el nivel de expresión de uno o más de los genes pronostica la respuesta de un sujeto al tratamiento que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). "Evaluar" puede incluir, p. ej., comparar la expresión de uno o más genes en una muestra biológica de ensayo con un nivel de expresión conocido o control (p. ej., en una muestra biológica de referencia) del gen o genes particulares de interés. Por ejemplo, el nivel de expresión de uno o más genes en una muestra biológica de ensayo se puede comparar con los correspondientes niveles de expresión en un sujeto que ha respondido o no ha respondido a lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), o un nivel de expresión mediano o promedio de múltiples (p. ej., dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, 10, 15, 20, 25, 30, 35 o 40 o más) sujetos de la misma especie, que han respondido o no a lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Evaluar puede incluir además determinar si el nivel de expresión de uno o más genes (p. ej., uno o más genes ilustrados en la Tabla 3) está dentro de un intervalo de valores predeterminado como indicativo de la sensibilidad de un sujeto a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). En algunos casos, evaluar puede ser, o incluir, determinar si la expresión de uno o más genes (p. ej., uno o más de los genes ilustrados en la Tabla 3) recae encima o debajo de un valor de corte predeterminado. Un valor de corte es típicamente un nivel de expresión de un gen, o una relación del nivel de expresión de un gen con el nivel de expresión de otro gen, encima o debajo del cual se considera indicativo de la sensibilidad de un sujeto a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Por lo tanto, de conformidad con los métodos (y composiciones) descritos en este documento, un nivel de expresión de referencia de un gen (p. ej., un gen ilustrado en la Tabla 3) se identifica como un valor de corte, encima o debajo del cual es indicativo de la sensibilidad a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Algunos valores de corte no son absolutos en el sentido que las correlaciones clínicas todavía pueden permanecer significativas en un intervalo de valores en cualquiera de los lados del corte; no obstante, es posible seleccionar un valor de corte óptimo (p. ej., puntuaciones H variables) de niveles de expresión de genes para un tipo de muestra particular. Los valores de corte determinados para uso en los métodos descritos en este documento se pueden comparar, p. ej., con intervalos publicados de niveles de expresión, pero pueden individualizarse a la metodología utilizada y a la población de pacientes. Se entiende que las mejoras en los valores de corte óptimos podrían determinarse dependiendo de la sofisticación de los métodos estadísticos utilizados y el número y la fuente de muestras utilizadas para determinar los valores de los niveles de referencia para los distintos genes y tipos de muestras. En consecuencia, los valores de corte establecidos se pueden ajustar hacia arriba o hacia abajo, en base a las re-evaluaciones periódicas o a los cambios en la metodología o distribución de la población.

El nivel de expresión de referencia de uno o más genes se puede determinar con una diversidad de métodos. El nivel de referencia se puede determinar por comparación del nivel de expresión de un gen de interés en, p. ej., poblaciones de sujetos (p. ej., pacientes) que son sensibles a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) o insensibles a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable. Esto se puede lograr, por ejemplo, por análisis de histogramas, en donde se presenta gráficamente una cohorte entera de pacientes, en donde un primer eje representa el nivel de expresión de un gen y un segundo eje representa el número de sujetos en la cohorte cuya muestra contiene uno o más niveles de expresión en una cantidad determinada. Luego se puede determinar el nivel de expresión de referencia de un gen en base a una cantidad que distingue de la mejor manera estos grupos separados. El nivel de referencia puede ser un número solo, igualmente aplicable a cada sujeto, o el nivel de referencia puede variar, de acuerdo con subpoblaciones específicas de sujetos. Por ejemplo, sujetos más maduros pueden tener un nivel de referencia diferente que sujetos más jóvenes para el mismo trastorno metabólico. A su vez, un sujeto con enfermedad más avanzada (p. ej., una forma más avanzada de una enfermedad tratable con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib)) puede tener un valor de referencia distinto que uno con una forma más leve de la enfermedad.

Creación de un perfil de respuesta

Los métodos descritos en este documento pueden además utilizarse para generar un perfil de respuesta a una terapia con lenvatinib (p. ej., mesilato de lenvatinib) para un sujeto. El perfil puede incluir información que indica si una o más de las mutaciones tales como aquellas enumeradas en las Tablas 1 y 2 están presentes en una muestra del sujeto; y/o información que indica el nivel de expresión de uno o más (p. ej., uno o más genes ilustrados en la Tabla 3); y/o la relación de expresión de tiroglobulina en una muestra (p. ej., plasma, suero) del sujeto post/pre-tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable; y/o el análisis histológico de cualquiera de los tumores (p. ej., si un cáncer de tiroides es FTC o PTC). Un perfil de respuesta a la terapia con lenvatinib puede incluir el nivel de expresión de uno o más genes adicionales y/u otros marcadores proteómicos, marcadores de suero o marcadores clínicos, Los perfiles de respuesta que se describen en este documento pueden contener información sobre la expresión o el nivel de expresión de por lo menos dos, por lo menos tres, por lo menos cuatro, por lo menos cinco, por lo menos seis, por lo menos siete, por lo menos ocho, por lo menos nueve, por lo menos 10, por lo menos 11, por lo menos 12, por lo menos 13, por lo menos 14, por lo menos 15, por lo menos 16, por lo menos 17, por lo menos 18, por lo menos 19, por lo menos 20, por lo menos 21, por lo menos 22, por lo menos 23, por lo menos 24 o por lo menos 25 genes enumerados en la Tabla 3. Los perfiles de respuesta descritos en este documento pueden contener información sobre la presencia de mutaciones (si las hubiese) y la naturaleza de la mutación o mutaciones en cualquiera de uno o más de los siguientes genes: NRAS, KRAS, VHL, BRAF, ERBB2, PTEN y MET. La información resultante (perfil de respuesta a la terapia con lenvatinib) se puede usar para pronosticar la respuesta de un sujeto (p. ej., un paciente humano) a un tratamiento que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Además, los perfiles de respuesta se pueden usar para pronosticar la respuesta de un sujeto a una diversidad de terapias y/o una diversidad de estados patológicos, ya que, p. ej., los niveles de expresión de uno o más de los genes (p. ej., uno o más de los genes ilustrados en la Tabla 3), las mutaciones, los niveles de tiroglobulina y/o los datos histológicos examinados pueden ser indicativos de dichas respuestas o trastornos, ya sea que los síntomas fisiológicos o conductuales del trastorno se hayan manifestado o no.

Se entiende que un perfil de respuesta a lenvatinib (p. ej., mesilato de lenvatinib) puede estar en forma electrónica (p. ej., una historia clínica electrónica guardada en un ordenador u otro medio electrónico (que se pueda leer con un ordenador) como un DVD, CD, o disco flexible) o en forma escrita. El perfil de respuesta a lenvatinib (p. ej., mesilato de lenvatinib) puede incluir también información para varios sujetos (p. ej., dos, tres, cuatro, cinco, 10, 20, 30, 50 o 100 o más) (p. ej., pacientes humanos). Dichos perfiles de respuesta de múltiples sujetos se pueden utilizar, p. ej., en análisis (p. ej., análisis estadísticos) de características particulares de cohortes de sujetos.

El grado de respuesta de un sujeto a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) se puede clasificar de varias formas, y la clasificación depende de la enfermedad del sujeto (p. ej., cáncer de tiroides, cáncer de riñón o cualquier otra enfermedad tratable con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib)), la gravedad de la enfermedad y el medicamento particular que se administre al sujeto. En el sentido más simple, el grado de respuesta es cualquier reducción en el estado patológico en comparación con pre-tratamiento, y la falta de respuesta es la ausencia de algún cambio en el estado patológico en comparación con pre-tratamiento. El grado de respuesta de un sujeto (p. ej., un ser humano) con cáncer se puede clasificar en función de uno o más de un número de indicios clínicos objetivos tales como, aunque sin limitarse a ello, tamaño del tumor, Beneficio Clínico (CB), Supervivencia Global (OS), Supervivencia Libre de Progresión (PFS), Tasa de Control de la Enfermedad (DCR), Tiempo hasta la Respuesta (TTR), Reducción del Tumor (TS) o Respuesta del Tumor (TR).

"Beneficio Clínico" se refiere a tener uno de los siguientes estados - Respuesta Completa (CR), Respuesta Parcial (PR); o Enfermedad Estable (SD) con 6 meses o más de supervivencia libre de progresión (PFS). "Respuesta Completa" significa la desaparición completa de todas las lesiones diana. "Respuesta Parcial" significa por lo menos 30% de reducción en la suma del diámetro más largo (LD) de lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado basal. "Enfermedad Progresiva" (PD) significa por lo menos 20% de aumento en la suma del LD de lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado más pequeño registrado desde el inicio del tratamiento, o la aparición de una o más lesiones nuevas. "Enfermedad Estable" significa ni una reducción suficiente de las lesiones diana para calificar como PR ni un incremento suficiente para calificar como enfermedad progresiva (PD), tomando como referencia el LD sumado más pequeño desde el inicio del tratamiento.

"Supervivencia Global" (OS) se define como el tiempo desde la aleatorización hasta el deceso por cualquier causa. "Aleatorización" significa aleatorización de un paciente a un grupo de ensayo o grupos control cuando se determina el plan de terapia para un paciente.

"Supervivencia Libre de Progresión" (PFS) se refiere al periodo desde la fecha de inicio del tratamiento hasta la última fecha antes de ingresar en el estado PD.

"Tasa de Control de la Enfermedad" (DCR) se define como CR o PR o SD durante 7 semanas.

"Tiempo hasta la Respuesta" (TTR) se define como el tiempo desde la fecha de inicio del tratamiento hasta la fecha en que se satisfacen por primera vez los criterios de respuesta (CR o PR).

"Reducción del Tumor" (TS) significa el porcentaje de cambio de la suma de diámetros de lesiones diana, tomando como referencia la suma de diámetros basal.

"Respuesta del Tumor" (TR) compara a sujetos con "Respuesta Parcial" (PR) con sujetos o bien con Enfermedad Estable (SD) o con Enfermedad Progresiva (PD).

Métodos de tratamiento

Los métodos descritos en este documento permiten la evaluación de un sujeto en cuanto a sensibilidad a lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Un sujeto que probablemente responderá a lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) puede recibir lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

Los métodos de la presente invención también permiten la clasificación de sujetos en grupos de sujetos que probablemente se beneficiarán más, y grupos de sujetos que probablemente se beneficiarán menos con el tratamiento de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). La capacidad de seleccionar a dichos sujetos de un grupo de sujetos que se consideran para tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) es beneficiosa para el tratamiento eficaz.

Los métodos de la presente invención también se pueden utilizar para determinar si continuar o no con el tratamiento de lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) después de administrar esta terapia por un periodo de tiempo corto y determinar en función del perfil de expresión de uno o más de los biomarcadores anteriormente descritos post-tratamiento, o post-tratamiento frente a pre-tratamiento, si esta terapia será más o menos beneficiosa para el paciente.

Lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) exhibe potentes efectos anti-tumorales en modelos de xenoinjerto de varios tumores, inhibiendo la angiogénesis. Los sujetos que se consideran para tratamiento con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) incluyen, aunque sin limitarse a ello, sujetos que padecen, se sospecha que padecen o son propensos a desarrollar cáncer de tiroides o cáncer de riñón (p. ej., carcinoma de células renales).

En una realización, el sujeto que se ha de tratar con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar cáncer de tiroides. El cáncer de tiroides es un tumor o masa cancerosa que se localiza dentro de la glándula tiroides. Es el cáncer endocrino más frecuente y es uno de los pocos tipos de cáncer que ha aumentado en tasas de incidencia durante los últimos años. Ocurre en todos los grupos de edad, desde niños hasta adultos mayores. La Sociedad Americana contra el Cáncer (American Cancer Society) estima que hubo aproximadamente 44.670 nuevos casos de cáncer de tiroides en los Estados Unidos en 2010. De estos nuevos casos, aproximadamente 33.930 se produjeron en mujeres y aproximadamente 10.740 en hombres. Aproximadamente 1.690 personas (960 mujeres y 730 hombres) murieron de cáncer de tiroides en 2010. Muchos pacientes, especialmente en las etapas tempranas del cáncer de tiroides, no experimentan síntomas. No obstante, a medida que el cáncer se desarrolla, los síntomas pueden incluir una protuberancia o nódulo delante del cuello, disfonía o dificultad para hablar, ganglios linfáticos inflamados, dificultad para tragar o respirar y dolor de garganta o cuello. Existen varios tipos de cáncer de tiroides: papilar, folicular, medular, anaplásico y variantes. El carcinoma papilar es el tipo más común, representando aproximadamente el 85% de todos los tipos de cáncer de tiroides, y por lo general afecta a mujeres en edad de procrear. Se propaga lentamente y es el tipo menos peligroso de cáncer de tiroides. El carcinoma folicular equivale a aproximadamente el 10% de todos los casos y es más propenso a recidivar y a propagarse. El carcinoma medular es un cáncer de células no tiroideas que están normalmente presentes en la glándula tiroides. Esta forma de cáncer de tiroides tiende a ocurrir en familias. Requiere un tratamiento diferente de los otros tipos de cáncer de tiroides. El carcinoma anaplásico (también llamado cáncer de células gigantes y huso) es la forma más peligrosa de cáncer de tiroides. Es infrecuente y no responde a la radioterapia con yodo. El carcinoma anaplásico se propaga rápidamente e invade estructuras cercanas tales como la tráquea, causando dificultades para respirar. Las variantes incluyen células altas (tall), insular, columnar y células de Hurthle. Lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) se puede usar para tratar a un sujeto que padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar cualquiera de los tipos de cáncer de tiroides anteriormente descritos. En determinadas realizaciones, el sujeto que se ha de tratar con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar cáncer de tiroides diferenciado. En otras realizaciones, el sujeto que se ha de tratar con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar cáncer de tiroides medular. En una realización, el sujeto que se ha de tratar con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar cáncer de tiroides papilar. En otra realización, el sujeto que se ha de tratar con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar cáncer de tiroides folicular. En otra realización, el sujeto que se ha de tratar con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar cáncer de tiroides de células de Hürthle.

En un caso, el sujeto que se ha de tratar con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar cáncer de riñón. El cáncer de riñón por lo general se define como un cáncer que se origina en el riñón. Los dos tipos más frecuentes de cáncer de riñón, que reflejan su ubicación dentro del riñón, son el carcinoma de células renales (RCC, también conocido como hipernefroma) y el carcinoma de células uroteliales (UCC) de la pelvis renal. Otros tipos de cáncer de riñón, menos frecuentes, incluyen: carcinoma de células escamosas, tumor de células yuxtaglomerulares (reninoma), angiomiolipoma, oncocitoma renal, carcinoma de conductos Bellini, sarcoma de células claras del riñón, nefroma mesoblástico, tumor de Wilms y tumor estromal y epitelial mixto. El RCC es un cáncer de riñón que se origina en el recubrimiento del túbulo contorneado proximal, los tubos muy pequeños en el riñón que filtran la sangre y extraen los productos de desecho. El RCC es el tipo más frecuente de cáncer de riñón en adultos, responsable de aproximadamente 80% de los casos. Se sabe que es también el más letal de todos los tumores genitourinarios. El tratamiento inicial es por lo general una nefrectomía radical o parcial y sigue siendo el pilar del tratamiento curativo. Si el tumor está confinado en la parénquima renal, la tasa de supervivencia a 5 años es 60-70%, pero esto se reduce considerablemente si se han propagado metástasis. Es resistente a la radioterapia y la quimioterapia, aunque algunos casos responden a la inmunoterapia. Lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) se puede usar para tratar a un sujeto que padece, conlleva riesgo de padecer o es propenso a desarrollar cualquiera de los tipos de cáncer de riñón anteriormente descritos. En un caso específico, el sujeto que se ha de tratar con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) padece, se sospecha que padece o es propenso a desarrollar un carcinoma de células renales.

Si el sujeto probablemente responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (en base a la presencia de biomarcadores mutacionales y/o relaciones/niveles de expresión de los biomarcadores anteriormente descritos), se le puede administrar una cantidad eficaz del compuesto de lenvatinib (p. ej., mesilato de lenvatinib). El profesional de la salud puede determinar adecuadamente una cantidad eficaz del compuesto teniendo en cuenta, por ejemplo, las características del paciente (edad, sexo, peso, raza, etc.), la progresión de la enfermedad y la exposición previa al fármaco. Si es menos probable que el sujeto responda a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), el sujeto puede entonces recibir opcionalmente una terapia que no comprenda lenvatinib. Estas terapias incluyen, aunque sin limitarse a ello, tratamiento con yodo radiactivo, doxorrubicina, carboplatino, cisplatino, paclitaxel, sorafenib, docetaxel, trastumab, interleucina-2, interferón, everolimus, sunitinib, pazopanib, vandetanib y "estándar de atención médica" (es decir, el estándar de atención médica predominante según lo determinado por el profesional de atención médica o lo especificado en el estudio clínico) como fármacos bajo investigación y quimioterapia.

Sujetos de todas las edades pueden estar afectados por trastornos tratables con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). En consecuencia, se puede obtener una muestra biológica utilizada en un método descrito en este documento de un sujeto (p. ej., un ser humano) de cualquier edad, incluido un niño, un adolescente o un adulto, como un adulto que padece o se sospecha que padece una enfermedad (p. ej., cáncer de tiroides papilar, carcinoma de células renales) tratable con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

Los métodos también se pueden aplicar a individuos en riesgo de desarrollar un cáncer tratable con lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). Dichos individuos incluyen aquellos que presentan (i) un antecedente familiar de (una predisposición genética para) dichos trastornos o (ii) uno o más factores de riesgo para desarrollar dichos trastornos.

Después de clasificar o seleccionar a un sujeto en función de si el sujeto será más o menos propenso a responder a lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), un profesional médico (p. ej., un doctor) puede administrar la modalidad terapéutica adecuada al sujeto. Los métodos para administrar terapias de lenvatinib se conocen en la técnica.

Se entiende que cualquier terapia descrita en este documento (p. ej., una terapia que comprende lenvatinib o una terapia que no comprende lenvatinib) puede incluir uno o más agentes terapéuticos adicionales, Es decir, cualquier terapia descrita en este documento se puede co-administrar (administrarse en combinación) con uno o más agentes terapéuticos adicionales tales como, aunque sin limitarse a ello, doxorrubicina, carboplatino, cisplatino, paclitaxel, docetaxel, trastumab, interleucina-2, interferón y everolimus. Asimismo, cualquier terapia descrita en este documento puede incluir uno o más agentes para tratar, por ejemplo, dolor, náuseas y/o uno o más efectos secundarios de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

Las terapias combinadas (p. ej., co-administración de una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y uno o más agentes terapéuticos adicionales) pueden ser, p. ej., simultáneas o sucesivas. Por ejemplo, se pueden administrar lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y uno o más agentes terapéuticos adicionales al mismo tiempo, o se puede administrar primero un compuesto de lenvatinib (p. ej., mesilato de lenvatinib) y luego uno o más agentes terapéuticos adicionales. En algunas realizaciones, uno o más agentes terapéuticos adicionales se pueden administrar primero y luego lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

En casos en los que el sujeto que se pronostica responderá a una terapia con lenvatinib (p. ej., mesilato de lenvatinib) haya recibido previamente una o más terapias sin lenvatinib, la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) puede reemplazar o aumentar una terapia previa o actualmente administrada. Por ejemplo, al tratar con la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), se puede suspender o disminuir la administración de la terapia sin lenvatinib, p. ej., administrarse en niveles inferiores. La administración de la terapia previa se puede mantener mientras se administra la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib). En algunas realizaciones, una terapia previa se puede mantener hasta que el nivel de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) alcanza un nivel suficiente para proporcionar un efecto terapéutico.

Matrices

Las matrices de ácido nucleico, incluidos los biomarcadores de ácido nucleico descritos en este documento, son útiles, p. ej., para detectar la expresión génica y/o medir los niveles de expresión génica. Las matrices son también útiles, p. ej., para pronosticar la respuesta de un sujeto a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), para identificar a sujetos que pueden beneficiarse con una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) y para orientar a sujetos que probablemente no se beneficiarían con una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib) hacia otras terapias para el cáncer.

Una matriz es una disposición ordenada de muestras en las que se efectúa un emparejamiento de muestras de ADN conocidas y desconocidas en base a reglas de apareamiento de bases (p. ej., pares de Adenosina con Timidina o Uracil; pares de Guanosina con Citosina). Un experimento de micromatrices típico implica la hibridación de una molécula de ARNm, ADNc, o sus fragmentos, a un molde de ADN del cual origina o deriva. Muchas muestras de ADN se usan para construir una matriz. Un experimento de matriz utiliza sistemas de ensayo comunes tales como microplacas o membranas de inmunotransferencia estándar. Los tamaños de las manchas en la muestra típicamente son de menos de 200 micrómetros de diámetro y la matriz por lo general contiene miles de manchas. Miles de muestras manchadas conocidas como sondas (con identidad conocida) se inmovilizan sobre un sustrato (p. ej., portaobjetos de vidrio de un microscopio, chips de silicio, membrana de nylon). Las manchas pueden ser ADN, ADNc u oligonucleótidos. Se utilizan para determinar la unión de complementaridad de secuencias desconocidas, permitiendo de este modo el análisis paralelo para expresión de genes y descubrimiento de genes. Un experimento con un solo chip de ADN puede proporcionar información de miles de genes simultáneamente. Es importante la disposición ordenada de las sondas en el soporte, ya que la localización de cada mancha en la matriz se usa para la identificación de un gen. La cantidad de ARNm unido a cada sitio en la matriz indica el nivel de expresión de los distintos genes que se incluyen en la matriz. Al usar una matriz que contiene muchas muestras de ADN, se pueden determinar, en un solo experimento, los niveles de expresión de cientos o miles de genes midiendo la cantidad de ARNm unido a cada sitio en la matriz. Con la ayuda de un ordenador, la cantidad de ARNm unido a las manchas en la micromatriz se puede medir en forma precisa, generando un perfil de expresión génica en la célula.

Las dos plataformas de micromatrices de ADN principales que en general se utilizan son micromatrices de ADNc y de oligonucleótidos. Las micromatrices de ADNc se realizan con moléculas de ADN bicatenario largas generadas con reacciones enzimáticas tales como PCR (Schena,M. et al., Science, 270:467-470 (1995)), mientras que las micromatrices de oligonucleótidos emplean sondas de oligonucleótidos manchadas o bien por deposición robótica o por síntesis in situ en un sustrato (Lockhart,D.J. et al., Nat. Biotechnol., 14, 1675-1680 (1996)).

Kits

La presente invención también da a conocer kits. En algunos casos, los kits incluyen sondas que se pueden utilizar para identificar o detectar cualquiera de los biomarcadores de la Tabla 3. En algunos casos, los kits incluyen cebadores que se pueden utilizar para ampliar la región que contiene cualquiera de las mutaciones enumeradas en la Tabla 1 y/o la Tabla 2. En algunos casos, los kits incluyen cualquiera de las matrices de ácido nucleico descritas en este documento. En ciertos casos, los kits incluyen anticuerpos que se pueden usar para detectar tiroglobulina o para detectar cualquiera de los biomarcadores de la Tabla 3 o su expresión o niveles de expresión. En algunos casos, los kits incluyen sondas y anticuerpos que se pueden usar para identificar o detectar cualquiera de los marcadores de la Tabla 3 o su expresión o niveles de expresión. Los kits pueden, opcionalmente, contener instrucciones para detectar y/o medir el nivel de uno o más genes en una muestra biológica.

Los kits pueden opcionalmente incluir, p. ej., una muestra biológica control o un juego de amplicones etiquetados control que contiene cantidades conocidas de uno o más amplicones reconocidos por sondas de ácido nucleico de la matriz. En algunos casos, el control puede ser un prospecto (p. ej., un prospecto en papel o electrónico como un CD, DVD o disco flexible) que contiene intervalos de los niveles de expresión de uno o más genes indicativos de una respuesta a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

En algunos casos, los kits pueden incluir uno o más reactivos para procesar una muestra biológica. Por ejemplo, un kit puede incluir reactivos para aislar una proteína de una muestra biológica y/o reactivos para detectar la presencia y/o cantidad de una proteína en una muestra biológica (p. ej., un anticuerpo que se une a la proteína que es objeto del ensayo de detección y/o un anticuerpo que se une al anticuerpo que se une a la proteína).

En algunos casos, los kits pueden incluir un paquete de software para analizar los resultados de, p. ej., un análisis de micromatrices o perfil de expresión.

Los kits pueden además incluir uno o más anticuerpos para detectar la expresión de proteínas de cualquiera de los genes descritos en este documento. Por ejemplo, un kit puede incluir (o en algunos casos consistir en) una pluralidad de anticuerpos capaces de unirse específicamente a una o más proteínas codificadas por cualquiera de los genes que se ilustran en la Tabla 3 y opcionalmente, instrucciones para detectar una o más proteínas y/o un anticuerpo de detección que comprende un anticuerpo detectablemente marcado capaz de unirse a por lo menos un anticuerpo de la pluralidad. En algunos casos, los kits pueden incluir anticuerpos que reconocen una, por lo menos dos, por lo menos tres, por lo menos cuatro, por lo menos cinco, por lo menos seis, por lo menos siete, por lo menos ocho, por lo menos nueve, por lo menos 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45 o 46 proteínas codificadas por los genes ilustrados en la Tabla 3.

Los kits descritos en este documento pueden también, opcionalmente, incluir instrucciones para administrar una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib), en donde el nivel de expresión de uno o más genes detectables por matriz pronostica que un sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable (p. ej., mesilato de lenvatinib).

Ejemplos

Ejemplo 1: Estado de mutación como biomarcadores predictivos para sensibilidad a una terapia que comprende E7080

Propósito: se observó respuesta del tumor y estabilización prolongada de la enfermedad en pacientes con cáncer de tiroides diferenciado tratados en fase II con E7080 (lenvatinib). Este experimento se dirigió a identificar mutaciones de aminoácidos que son útiles para pronosticar si los sujetos responderán al tratamiento con E7080 usando tres criterios de respuesta: la mejor respuesta global, reducción del tumor y supervivencia libre de progresión. Materiales y métodos: las muestras de tejido se obtuvieron en una cirugía antes de que los pacientes recibieran cualquier terapia que comprende E7080 y se procesaron en el modo habitual con tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE). El protocolo que se usó fue aprobado por el comité de revisión institucional, y se obtuvo el consentimiento informado de cada sujeto. Las muestras de tejido tumoral de 27 pacientes, para los cuales hubo tejido disponible, se usaron para análisis de mutación. Se aisló ADN de los bloques de tumores FFPE recogidos de los pacientes que participaron en el ensayo. Se extrajo ADN genómico de dos a cinco cortes no teñidos de 10 micrómetros por desparafinización y protocolo Qiagen DNA Mini Kit Tissue con leves modificaciones. Para detección de mutaciones se usaron las plataformas SEQUENOM® (San Diego, CA), el panel OncoCarta™ Panel v1.0 y el panel OncoCarta™ Panel v3.0 (véase, www.sequenom.com/Files/Genetic-Analysis---Graphics/All-Application-PDFs/AssayExplorer2010_1110-Web/). Los Paneles OncoCarta™ de Sequenom son un juego de ensayos pre­ diseñados y pre-validados para estudios de mutación eficientes. Los genes del panel OncoCarta™ Panel v1.0 y el número de mutaciones (entre paréntesis) son: ABL1 (14); AKT1 (7); AKT2 (2); BRAF (25); CDK4 (2); EGFR (40); ERBB2 (9); FGFR1 (2); FGRF3 (7); FLT3 (3); HRAS (10); JAK2 (1); KIT (32); KRAS (16); MET (5); NRAS (19); PDGFRA (11); PIK3CA (14); y r ET (6). Los genes del panel OncoCarta™ Panel v3.0 y el número de mutaciones (entre paréntesis) son: ABL1 (2) AKT1 (1); APC (12); BRAF (19); CDKN2A (7); CSF1R (6); CTTNB1 (28); EGFR (32); ERBB2 (2); FLT3 (3); HRAS (2); JAK3 (3); KIT (3); KRAS (5); MET (6); MLH1 (1); MYC (6); PDGFRA (11); PIK3CA (4); PTEN (14); RB1 (11); RET (13); SRC (1); STK11 (12); P53 (7); y VH1 (7). Los genes del panel OncoCarta™ Panel v3.0 y el número de mutaciones (entre paréntesis) son: ABL1 (2) AkT1 (1); APC (12); BRAF (19); CDKN2A (7); CSF1R (6); CTTNB1 (28); EGFR (32); ERBB2 (2); FLT3 (3); HRAS (2); JAK3 (3); KIT (3); KRAS (5); MET (6); MLH1 (1); MYC (6); PDGFRA (11); PIK3CA (4); PTEN (14); RB1 (11); RET (13); SRC (1); STK11 (12); P53 (7); y VH1 (7).

Se amplió ADN usando los grupos de cebadores PCR de OncoCarta™, los nucleótidos no incorporados se inactivaron con fosfatasa alcalina de camarón (SAP), y se efectuó una reacción de extensión de una sola base usando cebadores de extensión que se hibridan inmediatamente adyacentes a las mutaciones y una mezcla habitual de nucleótidos. Se eliminaron las sales por adición de una resina de intercambio catiónico. Se mancharon reacciones de multiplexación en SpectroChipII, y las mutaciones, si las había, se resolvieron por MALDI-TOF en el espectrómetro de masas Compact (Sequenom®, San Diego, CA). El panel OncoCarta™ Panel v1.0 (Sequenom®, San Diego, CA) consiste en 24 grupos de pares de cebadores y 24 grupos de cebadores de extensión, y tiene la capacidad de detectar 225 mutaciones en 19 genes. El panel OncoCarta™ Panel v 3.0 consiste en 24 grupos de pares de cebadores y 24 grupos de cebadores de extensión, y tiene la capacidad de detectar 218 mutaciones en 26 genes. Cada grupo consiste en 5­ 9 pares de cebadores en la reacción PCR. Se diseñaron dos tipos de ensayos en el panel OncoCarta, denominados simples y complejos. Los ensayos simples son aquellos en los que un solo ensayo es capaz de detectar los cambios de aminoácidos en ese codón. Los ensayos complejos son aquellos que requieren que un ensayo identifique cambios de codones o eliminaciones e inserciones, y son por lo tanto capaces de detectar múltiples sustituciones o eliminaciones de distintos aminoácidos. Un ejemplo de un ensayo complejo implica el uso de los ensayos KRAS_1 y KRAS_2, que interrogan 2 posiciones de nucleótidos diferentes dentro del codón 12 y juntos identifican todos los cambios de aminoácidos del codón 12. En la mutación de KRAS G12R, el alelo mutante tiene el codón CGT (Arginina) en contraste con el alelo de tipo salvaje que tiene el codón GGT (Glicina). Entonces, es necesario que el primer nucleótido del codón 12 sea "C" y que el segundo nucleótido sea "G". El ensayo KRAS_2 revela qué nucleótido se incorpora en el primer nucleótido del codón 12, y el ensayo KRAS_1 es para el segundo nucleótido. Juntos, los datos de estos dos ensayos detectan la sustitución de G12R. Para la mutación de BRAF V600E (GTG a GAG), el ensayo BRAF_16 (para el primer nucleótido del codón 600) identifica "G" y BRAF_15 (para el segundo nucleótido) identifica "A". Para la mutación de VHL P81S, el alelo mutante tiene TCG (Serina) mientras que el alelo de tipo salvaje tiene CCG (Prolina). El ensayo VHL_498 revela qué nucleótido se incorpora en el primer nucleótido del codón 81. Para la mutación de KRAS Q61R, el ensayo KRAS_7 discrimina el alelo mutante (CGA, Arginina) del alelo de tipo salvaje (CAA, Glutamina) examinando la variación de nucleótidos en la segunda posición del codón. En el caso del codón 61 de NRAS, hay tres mutaciones conocidas, Q61L (CAA a CTA), Q61R (c Aa a CGA) y Q61P (CAA a CCA). El ensayo NRAS_6 detecta la variación de nucleótidos en la segunda posición del codón. Se incluyen también ensayos incluso más complejos en OncoCarta™, que interrogan inserciones y eliminaciones dentro del gen EGFR.

El análisis de los datos se efectuó usando el software MassArray Type Analyzer (Sequenom®), que facilita la visualización de patrones de datos, además de espectros en bruto. Todas las mutaciones del informe de mutaciones Onco se revisaron manualmente para identificar picos mutantes "reales" de picos de sal u otros picos de fondo.

El periodo durante el cual un paciente toma E7080 se dividió artificialmente en Ciclos diferentes para facilidad de evaluación y seguimiento. Los pacientes recibieron E7080 en una dosis de 24 mg oral una vez al día en ciclos de 28 días. Para fines de análisis, se realizaron evaluaciones de resultados clínicos en el mes 9 y en el seguimiento mínimo del mes 14. Para el ensayo de cáncer de tiroides con E7080, cada Ciclo tiene 28 días (4 semanas), entonces el Día 1 -28 es el ciclo 1; el Día 29 es el Día 1 del Ciclo 2; y el Día 57 es el Día 1 del Ciclo 3. Se extrajeron muestras de sangre para análisis de farmacocinética (PK), los Días 1 y 8 del Ciclo 1, el Día 1 del Ciclo 2, y el Día 1 del Ciclo 3. Se recogió un total de 9 muestras por paciente de la siguiente manera: Día 1 del Ciclo 1: inmediatamente antes de la dosis de E7080, y 0,5 y 2 horas después de la primera dosis de E7080 (post-dosis); Día 8 del Ciclo 1: inmediatamente antes de la dosis de E7080; Día 1 del Ciclo 2: inmediatamente antes de la dosis de E7080, 0,5 y 2 horas post-dosis; Día 1 del Ciclo 3: inmediatamente antes de la dosis de E7080 y 2 horas post-dosis. Para análisis de supervivencia libre de progresión, se usó el parámetro de PK como covariable en el modelo de riesgos proporcionales de Cox.

Los tres criterios de respuesta: la mejor respuesta global, reducción del tumor y supervivencia libre de progresión se definen a continuación.

"La mejor respuesta global" (BOR) se refiere a presentar uno de los siguientes estados - Respuesta Completa (CR), Respuesta Parcial (PR), Enfermedad Estable (SD) o Enfermedad Progresiva (PD).

"Beneficio Clínico" (CB) se refiere a presentar uno de los siguientes estados - Respuesta Completa (CR), Respuesta Parcial (PR); o Enfermedad Estable (SD) con 6 meses o más de supervivencia libre de progresión (PFS).

"Respuesta Completa" significa la desaparición completa de todas las lesiones diana.

"Respuesta Parcial" significa por lo menos 30% de reducción en la suma del diámetro más largo (LD) de las lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado basal.

"Enfermedad Progresiva" (PD) significa por lo menos 20% de aumento en la suma del LD de las lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado más pequeño registrado desde el inicio del tratamiento, o la aparición de una o más lesiones nuevas.

"Enfermedad Estable" significa ni una reducción suficiente de las lesiones diana para calificar como PR ni un aumento suficiente para calificar como enfermedad progresiva (PD), tomando como referencia el LD sumado más pequeño desde el inicio del tratamiento.

"Supervivencia Libre de Progresión" (PFS) se refiere al periodo desde la fecha de inicio del tratamiento hasta la última fecha antes de ingresar en el estado PD.

"Reducción del tumor" (TS) significa el porcentaje de cambio de la suma de los diámetros de las lesiones diana, tomando como referencia los diámetros sumados basales.

Resultados: Se ensayó un total de 443 mutaciones entre 33 genes usando el panel OncoCarta™ Panel v1.0 y el panel de mutaciones OncoCarta™ Panel v3.0, y se hallaron mutaciones en 16 de los 23 sujetos examinados. De 27 pacientes, se analizaron 23 muestras usando el panel OncoCarta™ Panel v1.0 y el panel OncoCarta™ Panel v3.0. Se identificaron 12 mutaciones entre 10 genes y se enumeran en la Tabla 4. 7 pacientes tenían el tipo salvaje para todos los genes ensayados.

Tabla 4: Resumen de mutaciones encontradas en pacientes DTC

El número de acceso en Genbank® para: BRAF es NM_004333.3; para NRAS es NM_002524.2; para KRAS es NM_033360.2 (variante A) y NM_004985.3 (variante B); y para VHL es NM_000551.2 (variante 1) y NM_198156.1 (variante 2).

La mejor respuesta global fue significativamente mejor en pacientes cuyo tumor presentaba mutaciones en cualquiera de los genes KRAS, NRAS, BRAF, VHL-1 (prueba exacta de Fisher) como se muestra en la Tabla 5. Por ejemplo, 8 de 8 pacientes o bien con una mutación de NRAS o de KRAS experimentaron una respuesta parcial (PR), mientras que solamente 5 de 14 pacientes experimentaron PR sin mutaciones en NRAS ni KRAS.

Tabla 5: Mutación y la Mejor Respuesta Global (BOR)

*El tamaño del tumor de 1 paciente de tipo salvaje no fue evaluable Los pacientes con mutaciones en NRAS, NRAS o KRAS, o en BRAF, KRAS o NRAS, experimentaron una reducción mayor del tamaño del tumor indicada como el porcentaje de cambio en la reducción del tumor, en comparación con pacientes de tipo salvaje para NRAS, KRAS y BRAF (véase la Tabla 6).

Tabla 6: Mutación y % de reducción máxima del tumor

*El tamaño del tumor de 1 paciente de tipo salvaje no fue evaluable

La asociación de mutaciones de genes con supervivencia libre de progresión de los pacientes tratados se analizó primero efectuando la prueba del orden logarítmico y luego usando el modelo de riesgos proporcionales Cox con o sin covariables. La covariable utilizada son los siguientes parámetros de PK: día 1 del ciclo 1 Cmáx (concentración de E7080 2 horas después de la administración del día 1 del ciclo 1: MAX1); día 1 ciclo 1 Ctrough (concentración de E7080 antes de la administración del día 8 del ciclo 1 :MIN1); día 1 del ciclo 2 Cmáx (concentración de E70802 horas después de la administración del día 1 del ciclo 21 :MAX2); día 1 del ciclo 2 Ctrough (concentración de E7080 antes de la administración del día 1 del ciclo 2 1 :MIN2). La prueba del orden logarítmico demostró que los pacientes con mutaciones en NRAS solo o con mutaciones en NRAS o KRAS experimentaron mejor supervivencia libre de progresión que aquellos pacientes con el tipo salvaje para NRAS o KRAS (Fig. 1). El modelo de riesgos proporcionales de Cox también demostró que los sujetos con mutaciones o bien en NRAS, KRAS o VHL y mutaciones o bien en NRAS, KRAS o BRAF experimentaron mejor supervivencia libre de progresión que aquellos que no presentaban mutaciones en base a la prueba de riesgos proporcionales de Cox con una covariable del día 1 del ciclo 1 Ctrough (MIN1), ya que el tipo salvaje establecido como 1 y la mutación establecida como 0 y los coeficientes inferiores a 0 generan un menor riesgo para la mutación (véase la Tabla 7).

Tabla 7 Mutación de genes y supervivencia libre de progresión

Conclusión : Las mutaciones en un pequeño conjunto de genes, como cualquiera o una combinación de NRAS, KRAS, BRAF y VHL en tumores de tiroides son útiles para pronosticar la respuesta clínica de un paciente que presenta, se sospecha que presenta o conlleva riesgo de desarrollar cáncer de tiroides, a una terapia que comprende E7080.

Ejemplo 2: Tiroglobulina como biomarcador para terapia que comprende E7080 en tumores de tiroides

Propósito: este experimento se dirigió a determinar si los cambios en los niveles de tiroglobulina son indicativos de si los pacientes responden al tratamiento con E7080, usando tres criterios de respuesta clínica: respuesta del tumor, reducción del tumor y supervivencia libre de progresión.

Material y métodos: se recogió el suero para los ensayos de tiroglobulina dentro de las 72 horas previas al Día 1 de todos los ciclos. Se administraron 24 mg de E7080 por vía oral a diario, continuamente en ciclos de 28 días. Las muestras de suero de 58 pacientes se usaron para mediciones de tiroglobulina. Se extrajeron 6 ml de sangre en tubos con la parte superior de color rojo y se dejó coagular a temperatura ambiente durante por lo menos 30 min. Al cabo de 60 minutos de la extracción de la muestra, los tubos se centrifugaron durante 15 minutos a 20-25°C a 1000x g. Se retiró el sobrenadante sin alterar el sedimento, se dispuso en tubos de muestra con filtro del suero y se envió congelado al laboratorio central para ensayo el día de la extracción. El nivel de tiroglobulina se detectó con un ensayo inmunométrico quimioluminiscente de fase sólida (IMMULITE 2000 Thyroglobulin Assay System, Siemens) siguiendo un procedimiento operativo estándar. En síntesis, se capturó tiroglobulina del suero con esferas recubiertas con anticuerpo anti-tiroglobulina y se detectó usando anticuerpo anti-tiroglobulina unido a fosfatasa alcalina. El nivel de tiroglobulina del suero se calculó a partir de una curva estándar generada con tiroglobulina liofilizada. La tiroglobulina del suero fue estable hasta 2 meses cuando se conservó congelada para el ensayo. La sensibilidad de este ensayo fue 0,2 ng/ml.

Resultados: De 58 muestras de pacientes, se utilizaron como máximo 50 muestras de sangre pre- y post-tratamiento para estos análisis. Se observaron cambios abruptos en los niveles de tiroglobulina 29 días después del inicio del tratamiento con E7080. Los niveles de tiroglobulina disminuyeron significativamente 48 días (dentro de 2 ciclos) después del tratamiento con E7080 y la reducción continuó hasta el ciclo 8.

Los cambios en los niveles de tiroglobulina en grupos de pacientes con respuesta parcial (PR) con E7080 fueron significativamente inferiores que aquellos en grupos de pacientes con enfermedad estable (SD) o enfermedad progresiva (PD) (prueba U de Mann Whitney, Fig. 2; o mediana de grupos PR, • mediana de otros - SD o PD y Tabla 8, parte superior). Los cambios en los niveles de tiroglobulina también se asociaron con reducción del tumor después de completar el ciclo 2 (56 días después del tratamiento) (prueba de coeficiente de correlación de Speaman, Tabla 8, centro). La prueba de riesgos proporcionales de Cox demostró que la supervivencia libre de progresión de los pacientes se asociaba con cambios en los niveles de tiroglobulina 28 días después del tratamiento con E7080, lo que indica que una mayor reducción pronostica una PFS más prolongada (Tabla 8, parte inferior).

Tabla 8: Cambios en los niveles de tiroglobulina después del tratamiento con E7080

Conclusión : los cambios en los niveles de tiroglobulina después de la terapia con E7080 se asocian con respuesta del tumor, reducción del tamaño del tumor y supervivencia libre de progresión, y se pueden utilizar para pronosticar la respuesta clínica tan pronto como 4 semanas después del tratamiento con E7080. Por lo tanto, los niveles de tiroglobulina son útiles para evaluar si continuar o no con la terapia que comprende E7080.

Ejemplo 3: Citocina, quimiocina y factores angiogénicos (biomarcadores sanguíneos) como biomarcadores predictivos y de respuesta a E7080

Propósito: la angiogénesis se regula por señalización a través de múltiples receptores de factores de crecimiento, como los receptores de VEGF y FGF. La señalización del receptor de VEGF también se asocia con la función de las células inmunes. El propósito de este análisis fue medir la citocina, quimiocina y los factores angiogénicos (colectivamente en este documento "biomarcadores sanguíneos") en muestras de suero obtenidas de pacientes en ensayos clínicos tanto pre- como post-tratamiento con E7080 e identificar biomarcadores sanguíneos que se puedan emplear para pronosticar si los pacientes responderán o no al tratamiento con E7080. Para estos análisis, se emplearon tres criterios de respuesta, a saber: respuesta del tumor, % de reducción del tumor y supervivencia libre de progresión. "Respuesta del tumor" (TR) compara a sujetos con "Respuesta Parcial" (PR) con sujetos o bien con Enfermedad Estable (SD) o con Enfermedad Progresiva (PD).

Materiales y métodos: los pacientes recibieron E7080 en una dosis oral de 24 mg una vez al día en ciclos de 28 días. Se recogieron muestras de suero el Día 1 del Ciclo 1 (pre-tratamiento), el Día 8 del Ciclo 1 y el Día 8 del Ciclo 2 (es decir, el día 36 post-tratamiento). Se extrajeron 7,5 ml de sangre, se dispusieron en un tubo de acero inoxidable (SST) para suero y se dejaron coagular a temperatura ambiente por lo menos 30 min. Después de 60 minutos de la recolección de las muestras, los tubos se centrifugaron durante 10 minutos a 20-25°C a 1400x g. Se retiró el sobrenadante sin alterar el sedimento, y el suero se mezcló y dividió en dos tubos de muestras y se conservó congelado (-70°C) en posición vertical hasta posterior tratamiento para análisis. Se usaron muestras de suero de 58 pacientes para análisis de biomarcadores sanguíneos. Se utilizaron en este análisis el suero del día 1 del Ciclo 1 (basal), día 8 del ciclo 1 y día 8 del ciclo 2. Se analizó la asociación de supervivencia libre de progresión con o sin una covariable. Las covariables utilizadas son los siguientes parámetros de PK: día 1 ciclo 1 Cmáx (concentración de E70802 horas después de la administración del día 1 del ciclo 1: MAX1); día 1 del ciclo 1 Ctrough (concentración de E7080 antes de la administración del día 8 del ciclo 1 :MIN1); día 1 del ciclo 2 Cmáx (concentración de E70802 horas después de la administración del día 1 del ciclo 21 :MAX2); día 1 del ciclo 2 Ctrough (concentración de E7080 antes de la administración del día 1 del ciclo 2 1 :MIN2). Se ensayaron muestras del suero en formato de lotes en donde todos los puntos de tiempo del mismo sujeto se analizaron el mismo día. El día del ensayo, se extrajeron las muestras de -80°C y se dejaron descongelar y alcanzar temperatura ambiente. Las muestras del suero se ensayaron usando los siguientes kits de ensayo comerciales de conformidad con las instrucciones del fabricante: Tie-2 ELISA soluble humano (R&D Systems Cat. No. DTE200), Angiopoyetina humana-1 ELISA (R&D Systems Cat. No. DANG10), FGF23 humano ELISA, SDF-1a humano ELISA. Angiopoyetina humana-2 ELISA (R&D Systems Cat. No. DANG20), Receptor Multiplex soluble humano (Millipore Cat. No. HSCR-32K; sVEGF R1, sVEGF R2 y sVEGF R3 solamente), citocina humana/quimiocina Panel I Multiplex (Millipore Cat. No. MPXHCYTO-60K; IL-1 a, IL-1 p, IL-1 ra, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10, IL-12p40, IL-12p70, IL-13, IL-15, IL-17, sCD40L, EGF, Eotaxina, FGF-2, G-CSF, GM-CSF, IFN-y, IP-10, MCP-1, MIP-1a, MIP-1 p, PDGF-AA, rAn TeS, TGF-a, TNF-a y v Eg F solamente) y Factor de crecimiento humano Multiplex (Origene TruPLEX Cat. No. AM100096; PDGF-AB, PDGF-BB, FGF4, VEGFD, FGF2, EGF, HGF, FLT3LG, ANGPT2, PGF y VEGFA).

Las placas ELISA se midieron usando una lectora de microplacas cinética Molecular Devices UVmax con el software SoftMax Pro 5.2. Los ensayos multiplex se realizaron usando el sistema Bio-Rad Bio-Plex con el software Bio-Plex Manager 4.1. Las concentraciones finales de proteínas (pg/ml) se calcularon a partir de la curva estándar para cada ensayo. Dependiendo del ensayo, las muestras de suero pueden haber sido diluidas en tampón de ensayo antes de las pruebas. En estos casos, las concentraciones de proteína se multiplicaron por el factor de dilución.

Resultados y análisis: De 58 muestras de pacientes, se usaron entre 27 y 49 muestras de sangre pre- y post­ tratamiento para los análisis. Se observó el cambio significativo en los niveles de 23 factores entre 46 factores ensayados en 50 ensayos en el día 8 del ciclo1 o en el día 8 del ciclo 2, o en ambos, en el suero de pacientes tratados con E7080 en comparación con los niveles pre-tratamiento (día 1 del ciclo 1 (basal)) (Tabla 9).

Tabla 9: Cambio en los niveles de biomarcadores sanguíneos después del tratamiento con E7080

Luego se evaluó si los cambios en los niveles de expresión de estos factores se asociaban con resultados clínicos (respuesta del tumor; PR y otros (SD o PD), reducción del tumor y PFS).

Tabla 10: Concentración y cociente de biomarcadores sanguíneos y respuesta del tumor

...IFN-g

14,1

Ang-2 CICLO 1 DIA 1 2530,5 914,5 3399,0 2288,0 0,032

i

Las concentraciones medianas de 4 factores (IFN-g, ANG-2, SDF-1a e IL-6) en 5 ensayos pre-tratamiento o 1 semana o 5 semanas después del tratamiento con E7080 fueron significativamente distintas en pacientes que respondieron al tratamiento con E7080 (grupo PR) en comparación con el "otro" grupo (pacientes con SD o PD) (Tabla 10, prueba U de Mann-Whitney). Por ejemplo, las concentraciones de IFN-g y ANG-2 pre-tratamiento fueron significativamente inferiores que aquella observada en pacientes con SD o PD, lo que indica que bajas concentraciones de IFN-g y ANG-2 antes del comienzo del tratamiento con E7080 son indicativas de una respuesta beneficiosa del tumor a E7080. Los cambios en los niveles de expresión de 3 factores (FGF2, Eotaxina, IP-10) se incrementaron en el grupo PR o bien en el día 8 del ciclo 1 o en el día 8 del ciclo 2, mientras que el nivel de expresión de estos 3 factores disminuyó en los "otros" grupos. Cabe destacar que los niveles de expresión de GM-CSF disminuyeron solamente en los otros grupos en el día 8 del ciclo 2, en comparación con el día 1 del ciclo 1 y o el día 8 del ciclo 1. A su vez, los niveles de expresión de Tie-2, HGF y VEGF disminuyeron significativamente en los grupos PR en el día 8 del ciclo 2 más que en el "otro" grupo, en comparación con el día 8 del ciclo 1. Estos resultados demostraron que los cambios en los niveles de expresión de los biomarcadores sanguíneos se asociaron con, y por lo tanto pueden pronosticar, respuestas a la terapia que comprende E7080.

Luego se investigaron los factores asociados con reducción del tumor (coeficiente de correlación de Pearson, Tabla 11).

Tablal 1: Concentración y cociente de biomarcadores sanguíneos y % de reducción máxima del tumor

La concentración de 4 factores (ANG-2, PDGF-AB, sVEGFR2 y VEGF) en 5 ensayos se asoció significativamente con reducción del tumor pre-tratamiento. Estos estudios indicaron que las concentraciones inferiores de estos 4 factores pueden pronosticar mayor reducción del tumor, mientras que una concentración más elevada de PDGF-AB podría pronosticar una mayor reducción del tumor. La concentración de 3 factores (IL-13, PGF y VEGF) en 4 ensayos o bien 1 semana o 5 semanas después de los tratamientos con E7080 se asoció significativamente con una reducción del tumor. Estos estudios demostraron que las bajas concentraciones de estos IL-13, PGF y VEGF son indicativas de una reducción mayor del tumor en los puntos de tiempo indicados. Una concentración mayor de 3 factores (IL-10, SDF1a y RANTES) en 3 ensayos o bien 1 semana o 5 semanas después de los tratamientos de E7080 es indicativa de una mayor reducción del tumor. El aumento en los niveles de expresión (que indican una alta relación) de FGF2, IL10, GMCSF en el día 8 del ciclo 1 comparado con el día 1 del ciclo 1 se asoció significativamente con una reducción del tumor y es indicativo de una reducción mayor del tumor. En el día 8 del ciclo 2 en comparación con el día 1 del ciclo 1, una alta relación de ILla y TGFa es indicativa de una mayor reducción del tumor. Una baja relación de la expresión de 4 factores (IL-6, Tie-2, sVEGFR1 y VEGF) en el día 8 del ciclo 2 en comparación con el día 8 del ciclo 1 se asoció con una mayor reducción del tumor. Una alta relación de la expresión de PGF en el día 8 del ciclo 2 en comparación con el día 8 del ciclo 1 se asoció con una mayor reducción del tumor.

Se efectuó el modelo de riesgos proporcionales de Cox para identificar biomarcadores sanguíneos que pronostiquen supervivencia libre de progresión o bien por concentraciones o por relación (cambios en los niveles de expresión) de factores. Se usó el parámetro de farmacocinética (PK) como una covariable en el modelo de riesgos proporcionales de Cox. Las bajas concentraciones de ANG-2 y VEGF en el día 1 del ciclo 1, o una baja relación de IL-12(p40) en el día 8 del ciclo 2 en comparación con el día 1 del ciclo 1 se asociaron significativamente con PFS más prolongada, lo que indica que estos factores se pueden usar como biomarcadores para pronóstico o respuesta a la terapia de E7080 (Tabla 12). El modelo de riesgos proporcionales de Cox con el parámetro de PK demostró que las altas concentraciones de 7 factores (GCSF, MIP1b, FGF2, MIP1a, IL6, IL13 y sVEGFR3) pre-tratamiento pueden ser indicativas de PFS más prolongada; mientras que las bajas concentraciones de ANG-2 pre-tratamiento pueden ser indicativas de PFS más prolongada. El modelo de riesgos proporcionales de Cox con el parámetro de PK demostró que las bajas relaciones de 7 factores (FLT3LG, RANt Es , GCSF, sVEGFR1, EGF, PDGF-BB, PDGF-AA) son indicativas de mejor PFS y que las altas relaciones de 4 factores (VEGFD, IL10, IL1 RA, PDGF-AB) son indicativas de mejor PFS.

Tabla 12: Concentración y cociente de biomarcadores sanguíneos y supervivencia libre de progresión

Conclusión: la concentración y los cambios en los niveles de expresión de citocinas, quimiocinas y factores angiogénicos se asocian con respuesta del tumor y supervivencia libre de progresión, y se pueden usar para pronosticar la respuesta clínica al tratamiento de E7080.

Ejemplo 4: Análisis de multivariables para desarrollar biomarcadores que combinen dos o más que 3 factores para pronóstico de resultados clínicos

Propósito: el propósito de este análisis fue identificar combinaciones de factores, como mutaciones, tiroglobulina, biomarcadores sanguíneos que se asocian mejor con resultados clínicos, tales como supervivencia libre de progresión (PFS) que un solo factor y pronosticar esos resultados clínicos.

Materiales y métodos:todos los factores (es decir, mutaciones, tiroglobulina, citocina, qumiocina y factores angiogénicos) se usaron como variables de interés independientes, es decir, como biomarcadores candidatos. En este análisis, se usó la PFS como una variable dependiente, es decir, como uno de los resultados clínicos. En primer lugar, se estudiaron todos los factores de acuerdo con valores p calculados con el modelo de riesgos proporcionales de Cox con un solo factor. En segundo lugar, se ensayaron todas las combinaciones de los factores estudiados con el modelo de riesgos proporcionales de Cox para encontrar factores significativos en todas las combinaciones de los factores. Las combinaciones en las que todos los factores fueron significativos se escogieron para posterior análisis. Las funciones de riesgo de las combinaciones de factores definidas por sus coeficientes se obtuvieron de este análisis. Cada paciente tiene su propio valor de riesgo para cada modelo, de manera tal que los pacientes pueden ser asignados en grupos cuando se proporciona un umbral de riesgo para un modelo. Después de agrupar a los pacientes, se realizó la prueba del orden logarítmico de supervivencia libre de progresión para ensayar la diferencia de las curvas de supervivencia entre dos grupos (bajo riesgo y alto riesgo). El mejor umbral de riesgo para cada modelo de combinación de factores se identificó barriendo el umbral para calcular valores p de la prueba del orden logarítmico y hallando un umbral que minimizó la curva suavizada construida a partir de los valores p, que fue similar al planteamiento descrito en U. Abel, J. Berger y H. Wiebelt, "CRITLEVEL: An Exploratory Procedure for the Evaluation of Quantitative Prognostic Factors", Methods Inf. Medicine, 23(3):154-6(1984). Los mejores umbrales dividieron a los pacientes en grupos de alto y bajo riesgo. Se pronostica que los pacientes tendrán una PFS más prolongada si su valor de riesgo es inferior al umbral.

Resultados y análisis: para encontrar biomarcadores para pronosticar PFS pre-tratamiento analizamos los datos, que estaban disponibles antes del tratamiento. El modelo de riesgos proporcionales de Cox demostró 4 tipos de combinación en dos grupos de biomarcadores. Un grupo es ANG-2, VEGF, GCSF y el otro grupo es IL13, MIP1a y MIP1b. La relación del riesgo determinada por los modelos de predicción indicó que la combinación de VEGF y ANG-2 (cociente de riesgo =0,386) pronosticó mejor PFS que cada factor individual (VEGF; 0,552, ANG-2; cociente de riesgo =0,545). La adición de GCSF a VEGF y ANG-2 no causó mayor reducción de relación del riesgo (0,413). La combinación de IL13 y MIP1a demostró un bajo cociente de riesgo (1,0x10-9) en nuestro modelo de predicción, y la adición de MIP1b no afectó adicionalmente el cociente de riesgo (Tabla 13).

Tabla 13: Biomarcador predictivo que usa una combinación de biomarcadores sanguíneos pre-tratamiento

Luego examinamos si la combinación de la mutación de genes y el biomarcador sanguíneo pronosticaba mejor PFS que la mutación de genes sola. El modelo de riesgos proporcionales de Cox demostró 3 grupos de combinación entre 3 mutaciones de genes (Tabla 14), como:

Grupo (1): mutación NRAS (mu)

a. más ANG-2;

b. más VEGF, MIP1b;

c. más VEGF, MIP1b, sVEGFR3;

d. NRAS mu más ANG-2, VEGF, MIP1b, sVEGFR3;

Grupo (2): NRAS mu o KRAS mu más ANG-2; y

Grupo (3): NRAS mu o KRAS mu o VHL mu

a. más MIP1a;

b. más IL6, VEGF, MIP1a, MIP1b.

Por ejemplo, el cociente de riesgo determinado por los modelos de predicción indicó que la combinación de NRAS mu y ANG-2 (cociente de riesgo =0,085) pronosticó mejor PFS que la mutación sola (NRAS; cociente de riesgo =0,124). Además, la combinación de cualquiera de NRAS mu o KRAS mu y ANG-2 (cociente de riesgo =0,083) tuvo un cociente de riesgo inferior que la mutación solamente (KRAS mu o NRAS mu; cociente de riesgo =0,205). La combinación de cualquiera de BRAf mu o NRAS mu o KRAS mu e IL6, VEGF, MIP1a, MIP1b tuvo un cociente de riesgo inferior (cociente de riesgo =1,9E-10) que la mutación solamente (cociente de riesgo =0,086) (Tabla 14).

Tabla 14: Biomarcador predictivo que usa una combinación de mutación génica

y biomarcadores sanguíneos pre-tratamiento

Conclusión: la combinación de biomarcadores, o bien mutaciones de genes o biomarcadores sanguíneos o una combinación entre los biomarcadores de sangre pronosticó mejor PFS que un biomarcador individual en base a los modelos de predicción después de determinar las combinaciones de estos usando el modelo de riesgos proporcionales de Cox. Las combinaciones de biomarcadores que se hallaron con este análisis se pueden utilizar para pronosticar resultados clínicos tales como PFS con E7080 y respuesta al tratamiento de E7080.

Ejemplo 5: Estado de mutación como biomarcadores predictivos para sensibilidad de pacientes con RCC a la terapia que comprende E7080 o bien solo o combinado con everolimus

Propósito: se observan respuesta del tumor y estabilización prolongada de la enfermedad en pacientes con carcinoma de células renales (RCC) tratados en un estudio de fase II con E7080 (sal de ácido metanosulfónico de lenvatinib) solo o combinado con Everolimus. Este experimento se dirige a identificar mutaciones de aminoácidos que son útiles para pronosticar si los sujetos con RCC responderán o no al tratamiento con E7080, usando tres criterios de respuesta: la mejor respuesta global, reducción del tumor y supervivencia libre de progresión.

Materiales y métodos: se obtienen muestras de tejido en una cirugía antes de que los pacientes reciban cualquier terapia que comprende E7080 y se procesan en forma habitual con tejidos fijados a formalina y embebidos en parafina (FFPE). El protocolo que se usó está aprobado por el comité de revisión institucional, y se obtiene el consentimiento informado de cada sujeto. Las muestras de tejido tumoral de X pacientes, para los cuales hay tejido disponible se usarán para análisis de mutaciones. Se aísla a Dn de bloques de tumores FFPE recogidos de pacientes que participan en el ensayo. Se extrae ADN genómico de dos a cinco cortes no teñidos de 10 micrómetros por desparafinización y protocolo de tejido con el kit Qiagen DNA Mini Kit Tissue Protocol con leves modificaciones. Para detección de la mutación, se usa una tecnología de secuenciación tal como la plataforma SEQUENOM® (San Diego, CA) y el panel OncoCarta™ Panel v1.0 y el panel OncoCarta™ Panel v3.0 descritos en el Ejemplo 1, secuenciación de semiconductores tal como Ion Torrent PGM, High Resolution Melt Analysis, o secuenciación clásica Sanger.

El periodo durante el cual un paciente toma E7080 se divide artificialmente en diferentes Ciclos para facilidad de evaluación y seguimiento. Los pacientes reciben E7080 en una dosis de 24 mg por vía oral una vez al día en ciclos de 28 días, o bien solo o combinado con everolimus (E7080 y/o everolimus). Para el ensayo de carcinoma de células renales con E7080, cada Ciclo tiene 28 días (4 semanas), entonces el Día 1 -28 es el ciclo 1; el Día 29 es el Día 1 del Ciclo 2; y el Día 57 es el Día 1 del Ciclo 3. Se recogen muestras de sangre para análisis de farmacocinética (PK) en los Días 1 del Ciclo 1, Día 1 del Ciclo 2 y Día 1 del Ciclo 3. Se recoge un total de 6 muestras por paciente de la siguiente manera: Día 1 del Ciclo 1: inmediatamente antes de la dosis de E7080, y 2 a 8 horas después de la primera dosis de E7080 (post-dosis); Día 1 del Ciclo 2: inmediatamente antes de la dosis de E7080 y 2 a 8 horas después de la primera dosis de E7080 (post-dosis); Día 1 del Ciclo 3: inmediatamente antes de la dosis de E7080 y 2 a 8 horas después de la primera dosis de E7080 (post-dosis). Para análisis de supervivencia libre de progresión, se usa el parámetro de PK como covariable en el modelo de riesgos proporcionales de Cox.

Los cuatro criterios de respuesta: la mejor respuesta global, respuesta del tumor, reducción del tumor y supervivencia libre de progresión se definen a continuación.

"La mejor respuesta global" (BOR) se refiere a presentar uno de los siguientes estados

- Respuesta Completa (CR), Respuesta Parcial (PR), Enfermedad Estable (SD) o Enfermedad Progresiva, (PD) una asociación de BOR a la mutación de genes se analiza por la prueba exacta de Fisher.

"Beneficio Clínico" (CB) se refiere a presentar uno de los siguientes estados

- Respuesta Completa (CR), Respuesta Parcial (PR); o Enfermedad Estable (SD) con 6 meses o más de supervivencia libre de progresión (PFS).

"Respuesta Completa" significa la desaparición completa de todas las lesiones diana.

"Respuesta Parcial" significa por lo menos 30% de reducción en la suma del diámetro más largo (LD) de lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado basal.

"Enfermedad Progresiva" (PD) significa por lo menos 20% de aumento en la suma del LD de lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado más pequeño registrado desde el inicio del tratamiento, o la aparición de una o más lesiones nuevas.

"Enfermedad Estable" significa ni suficiente reducción de las lesiones diana para calificar para PR ni suficiente aumento para calificar para enfermedad progresiva (PD), tomando como referencia el LD sumado más pequeño desde el inicio del tratamiento.

"Supervivencia Libre de Progresión" (PFS) se refiere al periodo desde la fecha de inicio del tratamiento hasta la última fecha antes de ingresar en el estado PD y la correlación de la mutación del gen se analiza por la prueba del orden logarítmico y el modelo de riesgos proporcionales de Cox.

"Reducción del tumor" (TS) significa el porcentaje de cambio de la suma de diámetros de las lesiones diana, tomando como referencia los diámetros sumados basales, y la correlación de la mutación del gen a TS se analiza por el coeficiente de correlación producto-momento de Pearson y por el coeficiente de correlación de Spearman.

"Respuesta del Tumor" (TR) compara a sujetos con "Respuesta Parcial" (PR) con sujetos con Enfermedad Estable (SD) o Enfermedad Progresiva (PD). => no para análisis de mutación, pero para TG y biomarcadores sanguíneos.

Ejemplo 6: Biomarcadores sanguíneos como biomarcadores predictivos y de respuesta a E7080 o bien solo o combinado con everolimus en sujetos con RCC

Propósito: El propósito de este análisis es medir la citocina, quimiocina y factores angiogénicos (colectivamente en este documento "biomarcadores sanguíneos") en muestras de sangre obtenidas en ensayos clínicos pre- y post­ tratamiento con E7080 y/o everolimus e identificar biomarcadores sanguíneos que se pueden utilizar para pronosticar si los pacientes con carcinoma de células renales responderán o no al tratamiento con E7080. Para estos análisis, se emplean cuatro criterios de respuesta, a saber: la mejor respuesta global, respuesta del tumor, % de reducción del tumor y supervivencia libre de progresión.

Materiales y métodos: los pacientes reciben E7080 en una dosis oral de 24 mg diarios en ciclos de 28 días, o bien solo o combinado con everolimus. Se recogen muestras de suero el Día 1 del Ciclo 1 (pre-tratamiento), el Día 15 del Ciclo 1 e inmediatamente antes de la administración, el Día 1 de cada ciclo subsiguiente y en el momento en que el paciente no recibe tratamiento. Se extraen 7,5 ml de sangre, se disponen en tubos para suero de acero inoxidable (SST) y se deja coagular a temperatura ambiente durante por lo menos 30 min. 60 minutos después de recoger las muestras, se centrifugan los tubos durante 10 minutos a 20-25°C a 1400x g. Se retiran los sobrenadantes sin alterar el sedimento, el suero se mezcla y divide en dos tubos de muestra y se conserva congelado (-70°C) en posición vertical hasta posterior tratamiento para análisis. Se usan las muestras de suero de los pacientes para análisis de biomarcadores sanguíneos. Se usan en este análisis el suero del día 1 del Ciclo 1 (basal), día 15 del ciclo 1, muestra pre-dosis del Día 1 de cada ciclo subsiguiente y la muestra de suero del paciente cuando no recibe tratamiento. Se analiza la asociación de la supervivencia libre de progresión con o sin una covariable. Las covariables utilizadas son los siguientes parámetros de PK: día 1 del ciclo 1 Cmáx (concentración de E7080 2 horas a 8 horas después de la administración en el día 1 del ciclo 1:MAX1); día 1 del ciclo 2 Cmáx (concentración de E7080 2 horas a 8 horas después de la administración del día 1 del ciclo 2:MAX2); día 1 del ciclo 2 Ctrough (concentración de E7080 antes de la administración del día 1 del ciclo 2:MIN2). Las muestras de suero se ensayan en formato de lotes en donde todos los puntos de tiempo del mismo sujeto se ensayan el mismo día. El día del ensayo, las muestras se extraen de -80°C y se dejan descongelar y alcanzar temperatura ambiente. Las muestras de suero se ensayan usando los siguientes kits de ensayo comerciales de conformidad con las instrucciones del fabricante: Human Soluble Tie-2 ELISA (R&D Systems Cat. No. DTE200), Angiopoyetina humana-1 ELISA (R&D Systems Cat. No. DANG10), Angiopoyetina humana-2 ELISA (R&D Systems Cat. No. DANG20), Receptor Multiplex soluble humano (Millipore Cat. No. HSCR-32K; sVEGF R1, sVEGF R2 y sVEGF R3 solamente), Citocina humana/quimiocina Panel I Multiplex (Millipore Cat. No.

MPXHCYT0-60K; IL-1a, IL-1p, IL-1 ra, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10, IL-12p40, IL-12p70, IL-13, IL-15, IL-17, sCD40L, EGF, Eotaxina, FGF-2, G-CSF, GM-CSF, IFN-y, IP-10, MCP-1, MIP-1a, MIP-1 p, PDGF-AA, RANTES, TGF-a, TNF-a y VEGF solamente) y factor de crecimiento humano Multiplex (Origene TruPLEX Cat. No. AM100096; PDGF-AB, PDGF-BB, FGF4, VEGFD, FGF2, EGF, HGF, FLT3LG, ANGPT2, PGF y VEGFA).

Las placas ELISA se miden usando una lectora de microplacas cinética Molecular Devices UVmax con el software SoftMax Pro 5.2. Los ensayos multiplex se realizan usando el sistema Bio-Rad Bio-Plex con el software Bio-Plex Manager 4.1. Las concentraciones de proteína final (pg/ml) se calculan a partir de la curva estándar para cada ensayo. Dependiendo del ensayo, las muestras de suero se pueden diluir en tampón de ensayo antes de las pruebas. En estos casos, las concentraciones de proteína se multiplican por el factor de dilución.

Los cuatro criterios de respuesta; la mejor respuesta global, respuesta del tumor, reducción del tumor y supervivencia libre de progresión, se definen a continuación y analizan por los métodos indicados.

"La Mejor Respuesta Global" (BOR) se refiere a presentar uno de los siguientes estados:

- Respuesta Completa (CR), Respuesta Parcial (PR), Enfermedad Estable (SD) o Enfermedad Progresiva (PD), y la asociación de BOR a la mutación del gen se analiza con la prueba exacta de Fisher

"Beneficio Clínico" (CB) se refiere a presentar uno de los siguientes estados, y la asociación de CB a la mutación del gen se analiza con la prueba de la t de Student y la prueba de la U de Mann-Whitney.

- Respuesta Completa (CR), Respuesta Parcial (PR); o Enfermedad Estable (SD) con 6 meses o más de supervivencia libre de progresión (PFS)

"Respuesta Completa" significa la desaparición completa de todas las lesiones diana.

"Respuesta Parcial" significa por lo menos 30% de reducción en la suma del diámetro más largo (LD) de lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado basal.

"Enfermedad Progresiva" (PD) significa por lo menos 20% de aumento en la suma del LD de lesiones diana, tomando como referencia el LD sumado más pequeño registrado desde el inicio del tratamiento, o la aparición de una o más lesiones nuevas.

"Enfermedad Estable" significa ni suficiente reducción de las lesiones diana para calificar como PR ni suficiente aumento para calificar como enfermedad progresiva (PD), tomando como referencia el LD más pequeño sumado desde el inicio del tratamiento.

Supervivencia Libre de Progresión" (PFS) se refiere al periodo desde la fecha de inicio del tratamiento hasta la última fecha antes de ingresar en estado PD, y la correlación de la mutación del gen a PFS se analiza con la prueba del orden logarítmico y con el modelo de riesgos proporcionales de Cox.

"Reducción del Tumor" (TS) significa el porcentaje de cambio de la suma de los diámetros de las lesiones diana, tomando como referencia los diámetros sumados basales, y la correlación de la mutación del gen a TS se analiza con el coeficiente de correlación producto-momento de Pearson y el coeficiente de correlación de Spearman.

"Respuesta del Tumor" (TR) compara a sujetos con "Respuesta Parcial" (PR) con sujetos o bien con Enfermedad Estable (SD) o Enfermedad Progresiva (PD), y la asociación de biomarcadores sanguíneos se analiza con la prueba de la t de Student y la prueba de la U de Mann-Whitney.

Ejemplo 7: Análisis de multivariables para desarrollar biomarcadores que combinen dos o más de 3 factores para pronóstico de resultados clínicos en pacientes con RCC

Propósito: el propósito de este análisis es identificar combinaciones de factores, como mutaciones, y niveles o cocientes de expresión de citocinas, quimiocinas y factores angiogénicos, que se asocian mejor con supervivencia libre de progresión (PFS) que un factor individual, y pronosticar resultados clínicos, como PFS y TS, en pacientes con RCC.

Materiales y métodos:todos los factores (es decir, mutaciones, citocinas, quimiocinas y factores angiogénicos) se usan como variables de interés independientes, es decir, como biomarcadores candidatos. La PFS se usa como una variable dependiente, es decir, como un resultado clínico en este análisis. En primer lugar, todos los factores se estudian de acuerdo con valores p calculados con el modelo de riesgos proporcionales de Cox con un solo factor En segundo lugar, todas las combinaciones de los factores estudiados se ensayan con el modelo de riesgos proporcionales de Cox para encontrar factores significativos en todas las combinaciones de los factores. Las combinaciones en las que todos los factores son significativos se escogen para posterior análisis. Las funciones de riesgo de las combinaciones de factores definidas por sus coeficientes se obtienen de este análisis. Cada paciente tiene su propio valor de riesgo para cada modelo, de manera tal que los pacientes pueden asignarse en dos grupos cuando se proporciona un umbral de riesgo para un modelo. Después de agrupar a los pacientes, se realiza la prueba del orden logarítmico de supervivencia libre de progresión para ensayar la diferencia de las curvas de supervivencia entre dos grupos (bajo riesgo y alto riesgo). El mejor umbral de riesgo para cada modelo de combinación de factores se identifica barriendo el umbral para calcular los valores p de la prueba del orden logarítmico y encontrando un umbral que minimiza la curva suavizada construida a partir de los valores p, que es similar al planteamiento descrito en U. Abel, J. Berger and H. Wiebelt, "CRITLEVEL: An Exploratory Procedure for the Evaluation of Quantitative Prognostic Factors", Methods Inf. Medicine, 23(3):154-6(1984). Los mejores umbrales de los modelos dividen a los pacientes en grupos de alto y bajo riesgo. Los criterios de pronóstico de pacientes de PFS más prolongada se definen como un valor de riesgo calculado por la función de riesgo que es inferior al umbral.

Otras realizaciones

Si bien la invención se ha descrito junto con su descripción detallada, la descripción anterior tiene como propósito ilustrar y no limitar el alcance de la invención, que se define con el alcance de las reivindicaciones anejas.

Claims (9)

REIVINDICACIONES

1. Un método para pronosticar la respuesta de un sujeto que padece, se sospecha que padece o conlleva riesgo de desarrollar, cáncer de tiroides diferenciado, a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable, en donde el método comprende:

proporcionar una primera muestra de sangre obtenida del sujeto antes de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable;

proporcionar una segunda muestra de sangre obtenida del sujeto después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable;

medir la concentración de tiroglobulina en la primera muestra de sangre y la segunda muestra de sangre; y calcular la relación de la primera/segunda concentraciones de tiroglobulina,

en donde una relación reducida, en comparación con un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre es indicativa de que el sujeto responderá a una terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable, y

en donde una relación aumentada, en comparación con un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre es indicativa de que el sujeto responderá menos eficazmente a la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable que un sujeto que exhibe una relación reducida, en comparación con un control, de la concentración de tiroglobulina en las muestras de sangre.

2. El método según la reivindicación 1, en donde la segunda muestra de sangre se obtiene del sujeto 1 semana a 9 meses después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

3. El método según la reivindicación 1, en donde la segunda muestra de sangre se obtiene del sujeto 2 semanas a 9 meses después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

4. El método según la reivindicación 1, en donde la segunda muestra de sangre se obtiene del sujeto 4 semanas a 6 meses después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

5. El método según la reivindicación 1, en donde la segunda muestra de sangre se obtiene del sujeto 4 días a 2 semanas después del inicio de la terapia que comprende lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable.

6. El método según una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en donde el cáncer de tiroides diferenciado es cáncer de tiroides folicular.

7. El método según una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en donde el cáncer de tiroides diferenciado es cáncer de tiroides papilar.

8. El método según una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en donde el lenvatinib o su sal farmacéuticamente aceptable es mesilato de lenvatinib.

9. El método según una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en donde el sujeto es un ser humano.