JP2015526078A - ヒト二重微小染色体2阻害剤と関連するマーカー - Google Patents
ヒト二重微小染色体2阻害剤と関連するマーカー Download PDFInfo
- Publication number
- JP2015526078A JP2015526078A JP2015524884A JP2015524884A JP2015526078A JP 2015526078 A JP2015526078 A JP 2015526078A JP 2015524884 A JP2015524884 A JP 2015524884A JP 2015524884 A JP2015524884 A JP 2015524884A JP 2015526078 A JP2015526078 A JP 2015526078A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- mdm2i
- biomarker
- cancer
- cell
- biomarkers
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 title claims abstract description 29
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 claims abstract description 275
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 168
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 claims abstract description 106
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims abstract description 8
- 230000009274 differential gene expression Effects 0.000 claims abstract description 4
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 199
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 claims description 176
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 122
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 118
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 87
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 79
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 74
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 67
- 108050002772 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Proteins 0.000 claims description 56
- 102000012199 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Human genes 0.000 claims description 56
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 40
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 claims description 34
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 34
- 102100033270 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 Human genes 0.000 claims description 32
- 108010016788 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p21 Proteins 0.000 claims description 31
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 27
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 claims description 22
- 102100032500 40S ribosomal protein S27-like Human genes 0.000 claims description 21
- 102100027308 Apoptosis regulator BAX Human genes 0.000 claims description 21
- 108050006685 Apoptosis regulator BAX Proteins 0.000 claims description 21
- 102100038252 Cyclin-G1 Human genes 0.000 claims description 21
- 102100021122 DNA damage-binding protein 2 Human genes 0.000 claims description 21
- 102100022477 DNA repair protein complementing XP-C cells Human genes 0.000 claims description 21
- 101000731896 Homo sapiens 40S ribosomal protein S27-like Proteins 0.000 claims description 21
- 101000780559 Homo sapiens Apoptosis-enhancing nuclease Proteins 0.000 claims description 21
- 101000884191 Homo sapiens Cyclin-G1 Proteins 0.000 claims description 21
- 101001041466 Homo sapiens DNA damage-binding protein 2 Proteins 0.000 claims description 21
- 101000618535 Homo sapiens DNA repair protein complementing XP-C cells Proteins 0.000 claims description 21
- 101000928259 Homo sapiens NADPH:adrenodoxin oxidoreductase, mitochondrial Proteins 0.000 claims description 21
- 101001095783 Homo sapiens Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2 B Proteins 0.000 claims description 21
- 101000836394 Homo sapiens Sestrin-1 Proteins 0.000 claims description 21
- 101000610604 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B Proteins 0.000 claims description 21
- 101000723893 Homo sapiens Zinc finger matrin-type protein 3 Proteins 0.000 claims description 21
- 102100036777 NADPH:adrenodoxin oxidoreductase, mitochondrial Human genes 0.000 claims description 21
- 102100038013 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2 B Human genes 0.000 claims description 21
- 102100027288 Sestrin-1 Human genes 0.000 claims description 21
- 102100040112 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B Human genes 0.000 claims description 21
- 102100028482 Zinc finger matrin-type protein 3 Human genes 0.000 claims description 21
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 claims description 21
- 102100034150 Apoptosis-enhancing nuclease Human genes 0.000 claims description 18
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 18
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 claims description 18
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 claims description 18
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 claims description 17
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000004696 endometrium Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000003238 esophagus Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000004324 lymphatic system Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000004224 pleura Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 claims description 17
- 210000001635 urinary tract Anatomy 0.000 claims description 17
- 230000011132 hemopoiesis Effects 0.000 claims description 16
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims description 16
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 16
- 208000021712 Soft tissue sarcoma Diseases 0.000 claims description 14
- VDBNYAPERZTOOF-UHFFFAOYSA-N isoquinolin-1(2H)-one Chemical compound C1=CC=C2C(=O)NC=CC2=C1 VDBNYAPERZTOOF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 claims description 12
- 239000000902 placebo Substances 0.000 claims description 10
- 229940068196 placebo Drugs 0.000 claims description 10
- 230000009467 reduction Effects 0.000 claims description 9
- 230000007423 decrease Effects 0.000 claims description 6
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 4
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 claims description 3
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 abstract description 3
- 239000012819 MDM2-Inhibitor Substances 0.000 description 323
- 229940083338 MDM2 inhibitor Drugs 0.000 description 316
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 212
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 34
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 32
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 32
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 32
- 230000004044 response Effects 0.000 description 30
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 29
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 28
- 230000035572 chemosensitivity Effects 0.000 description 26
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 25
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 25
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 24
- 238000009739 binding Methods 0.000 description 22
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 21
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 19
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 18
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 16
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 16
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 14
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 14
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 13
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 13
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 12
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 11
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 11
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 11
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 10
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 9
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 9
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 9
- 230000008859 change Effects 0.000 description 9
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 9
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 9
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 9
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 9
- BDUHCSBCVGXTJM-WUFINQPMSA-N 4-[[(4S,5R)-4,5-bis(4-chlorophenyl)-2-(4-methoxy-2-propan-2-yloxyphenyl)-4,5-dihydroimidazol-1-yl]-oxomethyl]-2-piperazinone Chemical compound CC(C)OC1=CC(OC)=CC=C1C1=N[C@@H](C=2C=CC(Cl)=CC=2)[C@@H](C=2C=CC(Cl)=CC=2)N1C(=O)N1CC(=O)NCC1 BDUHCSBCVGXTJM-WUFINQPMSA-N 0.000 description 8
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 8
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 8
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 8
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 8
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 8
- -1 nucleoside phosphoramidite Chemical class 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 7
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 7
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 7
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 7
- 230000004547 gene signature Effects 0.000 description 7
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 7
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 7
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 7
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 6
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 6
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 6
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 6
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 6
- 230000004850 protein–protein interaction Effects 0.000 description 6
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 5
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 5
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 5
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 5
- 230000008569 process Effects 0.000 description 5
- 239000000047 product Substances 0.000 description 5
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 5
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 5
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 4
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 4
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 4
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 4
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 4
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 4
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 4
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 4
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 4
- 229920003088 hydroxypropyl methyl cellulose Polymers 0.000 description 4
- 206010024627 liposarcoma Diseases 0.000 description 4
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 4
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 4
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 230000010534 mechanism of action Effects 0.000 description 4
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 4
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 4
- 108700025694 p53 Genes Proteins 0.000 description 4
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 4
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 4
- 239000000092 prognostic biomarker Substances 0.000 description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 4
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 4
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 4
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 4
- 230000005945 translocation Effects 0.000 description 4
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical class CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 3
- 101001015963 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Proteins 0.000 description 3
- 102000008100 Human Serum Albumin Human genes 0.000 description 3
- 108091006905 Human Serum Albumin Proteins 0.000 description 3
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 3
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 3
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 3
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 3
- 102000001742 Tumor Suppressor Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010040002 Tumor Suppressor Proteins Proteins 0.000 description 3
- 230000009471 action Effects 0.000 description 3
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 3
- 239000006172 buffering agent Substances 0.000 description 3
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 3
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 3
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 3
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 3
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 3
- 102000055302 human MDM2 Human genes 0.000 description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 3
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 3
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 3
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 3
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 3
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 3
- 230000003285 pharmacodynamic effect Effects 0.000 description 3
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 3
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 3
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 3
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 3
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 3
- 238000012549 training Methods 0.000 description 3
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 3
- 238000012447 xenograft mouse model Methods 0.000 description 3
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N Ascorbic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1O CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N 0.000 description 2
- 229920000858 Cyclodextrin Polymers 0.000 description 2
- RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N D-gluconic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000729 Fisher's exact test Methods 0.000 description 2
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WZUVPPKBWHMQCE-UHFFFAOYSA-N Haematoxylin Chemical compound C12=CC(O)=C(O)C=C2CC2(O)C1C1=CC=C(O)C(O)=C1OC2 WZUVPPKBWHMQCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000944380 Homo sapiens Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 Proteins 0.000 description 2
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 2
- 206010054949 Metaplasia Diseases 0.000 description 2
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 2
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 2
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 2
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 2
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 2
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 2
- 102000006275 Ubiquitin-Protein Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108010083111 Ubiquitin-Protein Ligases Proteins 0.000 description 2
- 238000001793 Wilcoxon signed-rank test Methods 0.000 description 2
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 2
- TVXBFESIOXBWNM-UHFFFAOYSA-N Xylitol Natural products OCCC(O)C(O)C(O)CCO TVXBFESIOXBWNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 2
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 2
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 2
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 2
- 238000000423 cell based assay Methods 0.000 description 2
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 2
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 2
- 238000001516 cell proliferation assay Methods 0.000 description 2
- 101150109048 chlI gene Proteins 0.000 description 2
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 2
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 2
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 2
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 2
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 2
- 230000008482 dysregulation Effects 0.000 description 2
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 2
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 2
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 2
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 2
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 2
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 2
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 2
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 2
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N glycine betaine Chemical compound C[N+](C)(C)CC([O-])=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 2
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 2
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012188 high-throughput screening assay Methods 0.000 description 2
- 239000001866 hydroxypropyl methyl cellulose Substances 0.000 description 2
- 235000010979 hydroxypropyl methyl cellulose Nutrition 0.000 description 2
- UFVKGYZPFZQRLF-UHFFFAOYSA-N hydroxypropyl methyl cellulose Chemical compound OC1C(O)C(OC)OC(CO)C1OC1C(O)C(O)C(OC2C(C(O)C(OC3C(C(O)C(O)C(CO)O3)O)C(CO)O2)O)C(CO)O1 UFVKGYZPFZQRLF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 2
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 2
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 2
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- HEBKCHPVOIAQTA-UHFFFAOYSA-N meso ribitol Natural products OCC(O)C(O)C(O)CO HEBKCHPVOIAQTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000015689 metaplastic ossification Effects 0.000 description 2
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 2
- 229940126619 mouse monoclonal antibody Drugs 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000011580 nude mouse model Methods 0.000 description 2
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 2
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 description 2
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 2
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 2
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 description 2
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 2
- YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N phenylmethanesulfonyl fluoride Chemical compound FS(=O)(=O)CC1=CC=CC=C1 YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000006303 photolysis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000015843 photosynthesis, light reaction Effects 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 2
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 2
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 2
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 2
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 2
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 2
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 238000000528 statistical test Methods 0.000 description 2
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 2
- 150000005846 sugar alcohols Chemical class 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- 230000004565 tumor cell growth Effects 0.000 description 2
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 2
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- 239000000811 xylitol Substances 0.000 description 2
- 235000010447 xylitol Nutrition 0.000 description 2
- HEBKCHPVOIAQTA-SCDXWVJYSA-N xylitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-SCDXWVJYSA-N 0.000 description 2
- 229960002675 xylitol Drugs 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VRYALKFFQXWPIH-PBXRRBTRSA-N (3r,4s,5r)-3,4,5,6-tetrahydroxyhexanal Chemical class OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CC=O VRYALKFFQXWPIH-PBXRRBTRSA-N 0.000 description 1
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150025032 13 gene Proteins 0.000 description 1
- AVRPFRMDMNDIDH-UHFFFAOYSA-N 1h-quinazolin-2-one Chemical class C1=CC=CC2=NC(O)=NC=C21 AVRPFRMDMNDIDH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LKXJUIISRKMRCJ-UHFFFAOYSA-N 2-(1h-imidazol-2-yl)-1h-indole Chemical compound C1=CNC(C=2NC3=CC=CC=C3C=2)=N1 LKXJUIISRKMRCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010600 3H thymidine incorporation assay Methods 0.000 description 1
- NBOCQTNZUPTTEI-UHFFFAOYSA-N 4-[4-(hydrazinesulfonyl)phenoxy]benzenesulfonohydrazide Chemical compound C1=CC(S(=O)(=O)NN)=CC=C1OC1=CC=C(S(=O)(=O)NN)C=C1 NBOCQTNZUPTTEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 208000024893 Acute lymphoblastic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000014697 Acute lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 108010011485 Aspartame Proteins 0.000 description 1
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 241001092081 Carpenteria Species 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 238000003734 CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assay Methods 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-CUHNMECISA-N D-Cellobiose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-CUHNMECISA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 description 1
- RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N D-gluconic acid Natural products OCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N D-mannopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N 0.000 description 1
- 230000005778 DNA damage Effects 0.000 description 1
- 231100000277 DNA damage Toxicity 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N Dextrotartaric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N 0.000 description 1
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 1
- 229910052693 Europium Inorganic materials 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- 229930091371 Fructose Natural products 0.000 description 1
- 239000005715 Fructose Substances 0.000 description 1
- RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N Fructose Chemical compound OC[C@H]1O[C@](O)(CO)[C@@H](O)[C@@H]1O RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N 0.000 description 1
- 206010018338 Glioma Diseases 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- LKDRXBCSQODPBY-AMVSKUEXSA-N L-(-)-Sorbose Chemical compound OCC1(O)OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O LKDRXBCSQODPBY-AMVSKUEXSA-N 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 239000005517 L01XE01 - Imatinib Substances 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 239000005913 Maltodextrin Substances 0.000 description 1
- 229920002774 Maltodextrin Polymers 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 240000004658 Medicago sativa Species 0.000 description 1
- 235000010624 Medicago sativa Nutrition 0.000 description 1
- NPPQSCRMBWNHMW-UHFFFAOYSA-N Meprobamate Chemical compound NC(=O)OCC(C)(CCC)COC(N)=O NPPQSCRMBWNHMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101000944379 Mus musculus Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101100344553 Mus musculus Max gene Proteins 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 108010066154 Nuclear Export Signals Proteins 0.000 description 1
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 208000006664 Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 229940079156 Proteasome inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 102000001253 Protein Kinase Human genes 0.000 description 1
- 238000011530 RNeasy Mini Kit Methods 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-RMMQSMQOSA-N Raffinose Natural products O(C[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O[C@@]2(CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O1)[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-RMMQSMQOSA-N 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000007562 Serum Albumin Human genes 0.000 description 1
- 108010071390 Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 108010008038 Synthetic Vaccines Proteins 0.000 description 1
- 230000033540 T cell apoptotic process Effects 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N Tartaric acid Natural products [H+].[H+].[O-]C(=O)C(O)C(O)C([O-])=O FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 102000004243 Tubulin Human genes 0.000 description 1
- 108090000704 Tubulin Proteins 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-UHFFFAOYSA-N UNPD196149 Natural products OC1C(O)C(CO)OC1(CO)OC1C(O)C(O)C(O)C(COC2C(C(O)C(O)C(CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 239000002313 adhesive film Substances 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000011256 aggressive treatment Methods 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- PNEYBMLMFCGWSK-UHFFFAOYSA-N aluminium oxide Inorganic materials [O-2].[O-2].[O-2].[Al+3].[Al+3] PNEYBMLMFCGWSK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 239000004599 antimicrobial Substances 0.000 description 1
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 1
- 235000006708 antioxidants Nutrition 0.000 description 1
- 239000002216 antistatic agent Substances 0.000 description 1
- 230000005775 apoptotic pathway Effects 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011668 ascorbic acid Substances 0.000 description 1
- 229960005070 ascorbic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000010323 ascorbic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000000605 aspartame Substances 0.000 description 1
- IAOZJIPTCAWIRG-QWRGUYRKSA-N aspartame Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)OC)CC1=CC=CC=C1 IAOZJIPTCAWIRG-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- 235000010357 aspartame Nutrition 0.000 description 1
- 229960003438 aspartame Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000012131 assay buffer Substances 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 1
- 229960003237 betaine Drugs 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 238000010256 biochemical assay Methods 0.000 description 1
- 230000008236 biological pathway Effects 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- OWMVSZAMULFTJU-UHFFFAOYSA-N bis-tris Chemical compound OCCN(CCO)C(CO)(CO)CO OWMVSZAMULFTJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003139 buffering effect Effects 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000009702 cancer cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 208000035269 cancer or benign tumor Diseases 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-N carbonic acid Chemical compound OC(O)=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005018 casein Substances 0.000 description 1
- BECPQYXYKAMYBN-UHFFFAOYSA-N casein, tech. Chemical compound NCCCCC(C(O)=O)N=C(O)C(CC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CC(C)C)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(CC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(C(C)O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(COP(O)(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(N)CC1=CC=CC=C1 BECPQYXYKAMYBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000021240 caseins Nutrition 0.000 description 1
- 238000000006 cell growth inhibition assay Methods 0.000 description 1
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 description 1
- 239000008004 cell lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 230000003750 conditioning effect Effects 0.000 description 1
- 238000004624 confocal microscopy Methods 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 1
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 1
- 229940097362 cyclodextrins Drugs 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 230000002074 deregulated effect Effects 0.000 description 1
- 230000003831 deregulation Effects 0.000 description 1
- 238000009795 derivation Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 229940096516 dextrates Drugs 0.000 description 1
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 1
- 150000002016 disaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000001647 drug administration Methods 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 238000001952 enzyme assay Methods 0.000 description 1
- 238000011067 equilibration Methods 0.000 description 1
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N ethylene glycol bis(2-aminoethyl)tetraacetic acid Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCOCCOCCN(CC(O)=O)CC(O)=O DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OGPBJKLSAFTDLK-UHFFFAOYSA-N europium atom Chemical compound [Eu] OGPBJKLSAFTDLK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000013213 extrapolation Methods 0.000 description 1
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 1
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 1
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 239000000796 flavoring agent Substances 0.000 description 1
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 1
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 1
- 235000013355 food flavoring agent Nutrition 0.000 description 1
- 235000003599 food sweetener Nutrition 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 1
- 238000012215 gene cloning Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 1
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 1
- 229940080856 gleevec Drugs 0.000 description 1
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 1
- 239000000174 gluconic acid Substances 0.000 description 1
- 235000012208 gluconic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 230000004190 glucose uptake Effects 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 229940093915 gynecological organic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000003394 haemopoietic effect Effects 0.000 description 1
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000024200 hematopoietic and lymphoid system neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000049765 human CDKN1A Human genes 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 206010020718 hyperplasia Diseases 0.000 description 1
- YLMAHDNUQAMNNX-UHFFFAOYSA-N imatinib methanesulfonate Chemical compound CS(O)(=O)=O.C1CN(C)CCN1CC1=CC=C(C(=O)NC=2C=C(NC=3N=C(C=CN=3)C=3C=NC=CC=3)C(C)=CC=2)C=C1 YLMAHDNUQAMNNX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000003017 in situ immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000000099 in vitro assay Methods 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 229960000367 inositol Drugs 0.000 description 1
- CDAISMWEOUEBRE-GPIVLXJGSA-N inositol Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O CDAISMWEOUEBRE-GPIVLXJGSA-N 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- 229940043355 kinase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 238000011005 laboratory method Methods 0.000 description 1
- 239000000832 lactitol Substances 0.000 description 1
- 235000010448 lactitol Nutrition 0.000 description 1
- VQHSOMBJVWLPSR-JVCRWLNRSA-N lactitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O VQHSOMBJVWLPSR-JVCRWLNRSA-N 0.000 description 1
- 229960003451 lactitol Drugs 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 239000000845 maltitol Substances 0.000 description 1
- 235000010449 maltitol Nutrition 0.000 description 1
- VQHSOMBJVWLPSR-WUJBLJFYSA-N maltitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O[C@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O VQHSOMBJVWLPSR-WUJBLJFYSA-N 0.000 description 1
- 229940035436 maltitol Drugs 0.000 description 1
- 229940035034 maltodextrin Drugs 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 229960001855 mannitol Drugs 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 101150024228 mdm2 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 239000003471 mutagenic agent Substances 0.000 description 1
- 231100000707 mutagenic chemical Toxicity 0.000 description 1
- 230000003505 mutagenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 description 1
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 230000030147 nuclear export Effects 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 1
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 1
- 150000007530 organic bases Chemical class 0.000 description 1
- 229940118537 p53 inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 239000003002 pH adjusting agent Substances 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 1
- 229940124531 pharmaceutical excipient Drugs 0.000 description 1
- 230000002974 pharmacogenomic effect Effects 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 1
- 150000003904 phospholipids Chemical class 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 239000003757 phosphotransferase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 150000003021 phthalic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 230000035479 physiological effects, processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 239000002985 plastic film Substances 0.000 description 1
- 229920006255 plastic film Polymers 0.000 description 1
- 229920001992 poloxamer 407 Polymers 0.000 description 1
- 229920006122 polyamide resin Polymers 0.000 description 1
- 229920013716 polyethylene resin Polymers 0.000 description 1
- 239000002685 polymerization catalyst Substances 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 229940068965 polysorbates Drugs 0.000 description 1
- 229920005990 polystyrene resin Polymers 0.000 description 1
- 239000001267 polyvinylpyrrolidone Substances 0.000 description 1
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 1
- 235000013855 polyvinylpyrrolidone Nutrition 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000023603 positive regulation of transcription initiation, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 238000002600 positron emission tomography Methods 0.000 description 1
- 238000007781 pre-processing Methods 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 208000037821 progressive disease Diseases 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 239000003207 proteasome inhibitor Substances 0.000 description 1
- 108060006633 protein kinase Proteins 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N raffinose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 238000002777 redistribution assay Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000008844 regulatory mechanism Effects 0.000 description 1
- 208000015347 renal cell adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000008261 resistance mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 1
- 230000000284 resting effect Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 235000002020 sage Nutrition 0.000 description 1
- CDAISMWEOUEBRE-UHFFFAOYSA-N scyllo-inosotol Natural products OC1C(O)C(O)C(O)C(O)C1O CDAISMWEOUEBRE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 238000012289 standard assay Methods 0.000 description 1
- 238000011425 standardization method Methods 0.000 description 1
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 239000003765 sweetening agent Substances 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 239000011975 tartaric acid Substances 0.000 description 1
- 235000002906 tartaric acid Nutrition 0.000 description 1
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002877 time resolved fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940073585 tromethamine hydrochloride Drugs 0.000 description 1
- 239000000225 tumor suppressor protein Substances 0.000 description 1
- 238000010798 ubiquitination Methods 0.000 description 1
- 230000034512 ubiquitination Effects 0.000 description 1
- 238000009281 ultraviolet germicidal irradiation Methods 0.000 description 1
- 230000009452 underexpressoin Effects 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 1
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
- 239000012130 whole-cell lysate Substances 0.000 description 1
- 239000008096 xylene Substances 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
- A61K31/495—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
- A61K31/496—Non-condensed piperazines containing further heterocyclic rings, e.g. rifampin, thiothixene or sparfloxacin
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D401/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, at least one ring being a six-membered ring with only one nitrogen atom
- C07D401/02—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, at least one ring being a six-membered ring with only one nitrogen atom containing two hetero rings
- C07D401/12—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, at least one ring being a six-membered ring with only one nitrogen atom containing two hetero rings linked by a chain containing hetero atoms as chain links
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y603/00—Ligases forming carbon-nitrogen bonds (6.3)
- C12Y603/02—Acid—amino-acid ligases (peptide synthases)(6.3.2)
- C12Y603/02019—Ubiquitin-protein ligase (6.3.2.19), i.e. ubiquitin-conjugating enzyme
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5011—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing antineoplastic activity
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/5748—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving oncogenic proteins
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
- G01N33/57496—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving intracellular compounds
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6875—Nucleoproteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
- G01N2333/4701—Details
- G01N2333/4703—Regulators; Modulating activity
- G01N2333/4704—Inhibitors; Supressors
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
- G01N2333/4701—Details
- G01N2333/4748—Details p53
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/9015—Ligases (6)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
Abstract
本発明は、ヒト二重微小染色体阻害剤(MDM2i)への患者の感受性を判定するためにバイオマーカーの差別的遺伝子発現を監視する方法、バイオマーカーを測定することによってMDM2iへの細胞の感受性を判定する方法、および候補MDM2iについてスクリーニングする方法を提供する。
Description
発明の分野
本発明は、薬理ゲノミクスの分野、ならびに処置の前に患者の感受性を判定すること、処置後の患者の応答、すなわちがん感受性を追跡すること、および化合物をスクリーニングすることにおいて有益な、バイオマーカーの使用に関する。
本発明は、薬理ゲノミクスの分野、ならびに処置の前に患者の感受性を判定すること、処置後の患者の応答、すなわちがん感受性を追跡すること、および化合物をスクリーニングすることにおいて有益な、バイオマーカーの使用に関する。
背景
腫瘍タンパク質53としても知られるp53は、がんの予防に関与する、しばしばゲノムのゲートキーパーまたはガーディアンと呼ばれる腫瘍抑制遺伝子である(Levine、Cell 1997、88:323〜331)。p53遺伝子は、通例静止している転写因子をコードし、細胞がストレスまたは傷害を受けるとき、例えばDNA傷害が変異原から発生するときに活性化される。細胞がストレスまたは傷害を受けるとき、傷害を受けた細胞を除去し、生物体にとってもはや脅威でないように、p53は傷害を制限するかそれを除き、アポトーシス経路を始動させる作用をする(Vogelsteinら、Nature 2000、408:307〜310)。様々ながんの分析は、p53がヒトがんの約50%で変異することを示した(Hollsteinら、Nucleic Acids Res. 1994、22:3551〜3555:Hollsteinら、Science 1991、253(5015):49〜53)。単一の機能性コピーのみを有するp53がヘテロ接合であるヒトは、成人期の早期に、リー・フロイメニ症候群として知られる障害である腫瘍を発症する(Varleyら、Hum. Mutat. 2003、21(3):313〜320)。しかし、p53が細胞の消長を調節するのと同じくらい、p53はMDM2として知られる別のタンパク質によって調節される。
腫瘍タンパク質53としても知られるp53は、がんの予防に関与する、しばしばゲノムのゲートキーパーまたはガーディアンと呼ばれる腫瘍抑制遺伝子である(Levine、Cell 1997、88:323〜331)。p53遺伝子は、通例静止している転写因子をコードし、細胞がストレスまたは傷害を受けるとき、例えばDNA傷害が変異原から発生するときに活性化される。細胞がストレスまたは傷害を受けるとき、傷害を受けた細胞を除去し、生物体にとってもはや脅威でないように、p53は傷害を制限するかそれを除き、アポトーシス経路を始動させる作用をする(Vogelsteinら、Nature 2000、408:307〜310)。様々ながんの分析は、p53がヒトがんの約50%で変異することを示した(Hollsteinら、Nucleic Acids Res. 1994、22:3551〜3555:Hollsteinら、Science 1991、253(5015):49〜53)。単一の機能性コピーのみを有するp53がヘテロ接合であるヒトは、成人期の早期に、リー・フロイメニ症候群として知られる障害である腫瘍を発症する(Varleyら、Hum. Mutat. 2003、21(3):313〜320)。しかし、p53が細胞の消長を調節するのと同じくらい、p53はMDM2として知られる別のタンパク質によって調節される。
二重微小染色体2タンパク質(Double minute 2 protein)(MDM2)は、p53の負の調節因子として発見された(Fakharzadehら、EMBO J. 1991、10(6):1565〜1565)。MDM2は、p53結合ドメインおよび核外移行シグナル配列を含有するE3リガーゼをコードし、p53と複合体を形成すると、核からそれを除去してユビキチン化し、そのことはユビキチン−プロテオゾーム経路によるp53タンパク質の分解を促進する(Hauptら、Nature 1997、387(6630):296〜299;Pietteら、Oncogene 1997、15(9):1001〜1010)。さらに、MDM2はp53トランス活性化ドメインへの結合によってp53の活性を直接に阻害し、そのこともp53媒介遺伝子発現を阻止する(Wuら、Genes Dev. 1993、7:1126〜1132)。したがって、MDM2は複数の方法でp53を調節する。
MDM2は、いくつかのがん、例えば脂肪肉腫、グリア芽細胞腫および白血病で過剰発現される(Momandら、Nucleic Acids Res. 1998、26(15):3453〜3459)。MDM2の過剰発現はp53の活性に干渉し、腫瘍のアポトーシスおよび増殖停止を阻止することができる(de Rozieresら、Oncogene 2000、19(13):1691〜1697)。MDM2の過剰発現は、神経膠腫および急性リンパ球性白血病での不良な予後と相関する(Onelら、Mol. Cancer Res. 2004、2(1):1〜8)。
MDM2はp53の阻害剤であるので、p53へのMDM2の結合を阻止する治療薬はp53の分解を阻止し、遊離のp53を結合させ、がん細胞での遺伝子発現を媒介し、細胞周期の停止およびアポトーシスをもたらす。p53−MDM2相互作用の小分子阻害剤に関する以前の報告がある(Vassilevら、Science、2004、303(5659):844〜888;Zhangら、Anticancer drugs、2009、20(6):416〜424;Vuら、Curr. Topics Microbiol. Immuno.、2011、348:151〜172)。これらの化合物の結合様式およびヒトMDM2−Nutlin複合体の結晶構造、ならびにMDM2の上のp53結合部位の足場およびポケットも公知である(Vassilev、上記)。Nutlinとして知られるこれらのMDM2阻害剤の最初のものはMDM2に結合し、p53結合ポケットを占有し、MDM2−p53複合体の形成を阻止する。これは、p53タンパク質のより少ない分解、およびp53標的遺伝子の発現につながる。Nutlinで処置されたがん細胞系は、増殖停止およびアポトーシスの増加を示した。例えば、SJSA−1骨肉腫系は、MDM2遺伝子の増幅されたコピーを含有する。Nutlin−3によるこの系の処置は、増殖を低減し、アポトーシスを増加させた(Vassilevら、Science、2004、303(5659):844〜888)。SJSA−1細胞系は、マウスでの異種移植の作製で使用された。Nutlin−3の投与は、異種移植の増殖を90%低減した。非がん性細胞に及ぼすNutlin化合物の効果を調査するために、ヒトおよびマウスの正常な線維芽細胞をNutlin−3で処置したところ、細胞の増殖が遅くなるものの、それらは生存力を保持した(Vassilev、上記)。
特にがんに関して、どの患者が治療薬を与えられるべきかについて指示するバイオマーカーを見出すことは有益である。これは、試行錯誤のアプローチと対照的に、よりタイムリーで攻撃的な処置を可能にする。さらに、投与後に細胞が療法に感受性であり続けることを示すバイオマーカーの発見も有益である。これらのバイオマーカーは、治療薬を与えられている患者の応答を監視するために使用することができる。患者が処置に非感受性になったことをバイオマーカーが示すならば、投与する薬量を増加するか、減少させるか、完全に中止するか、または追加の治療薬を投与することができる。このように、MDM2阻害剤と関連するバイオマーカーを開発する必要性がある。このアプローチは正しい患者が適当な処置を受けることを確実にし、処置期間中に、継続するMDM2阻害剤感受性について患者を監視することができる。
MDM2阻害剤の開発においては、特異的バイオマーカーが、投与による作用機構の理解を助ける。作用機構は、細胞周期および差別的遺伝子発現における調節機構の複合カスケードを含む可能性がある。この分析は、MDM2阻害剤候補へのがん細胞の特定の感受性およびその候補の活性を判定するために、薬物開発の前臨床段階で行われる。薬力学的調査で特に興味があるものは、本明細書に開示されるものなどの、感度および活性のある特異的マーカーの同定である。
発明の要旨
本発明は、表2の同定されたいくつかの遺伝子が、MDM2阻害剤(以降、「MDM2i」)への細胞の感受性の判定で特異的バイオマーカーとして働くという分析に関する。本発明は、表2のバイオマーカーの少なくとも1つが、どのがん細胞がMDM2iに感受性であるか予測することにおいて、精度および特異性が増加したMDM2iの「遺伝子サイン」を提供するという分析に関する。この方法は、MDM2iへのがん試料の感受性を予測する、患者からとられたがん試料における表2のバイオマーカーの少なくとも1つの遺伝子発現またはタンパク質レベルを分析する。発現レベルの変化のパターンは、好ましい応答または好ましからぬ応答の指標となることができる。さらに、表2で提供される遺伝子サインは、p53経路が機能的であることも示すため、高い予測値を有する。多くの腫瘍が、変異したp53、および腫瘍に増殖優位性を提供する非機能的経路を有するため、これは予想外の結果である。本発明は、その個体に特異的である機能的ゲノムサインに基づいて患者が処置される「カスタマイズされた薬」の例である。
本発明は、表2の同定されたいくつかの遺伝子が、MDM2阻害剤(以降、「MDM2i」)への細胞の感受性の判定で特異的バイオマーカーとして働くという分析に関する。本発明は、表2のバイオマーカーの少なくとも1つが、どのがん細胞がMDM2iに感受性であるか予測することにおいて、精度および特異性が増加したMDM2iの「遺伝子サイン」を提供するという分析に関する。この方法は、MDM2iへのがん試料の感受性を予測する、患者からとられたがん試料における表2のバイオマーカーの少なくとも1つの遺伝子発現またはタンパク質レベルを分析する。発現レベルの変化のパターンは、好ましい応答または好ましからぬ応答の指標となることができる。さらに、表2で提供される遺伝子サインは、p53経路が機能的であることも示すため、高い予測値を有する。多くの腫瘍が、変異したp53、および腫瘍に増殖優位性を提供する非機能的経路を有するため、これは予想外の結果である。本発明は、その個体に特異的である機能的ゲノムサインに基づいて患者が処置される「カスタマイズされた薬」の例である。
表2の少なくとも1つのバイオマーカーの予測値は、患者が処置に感受性であり続けているかどうか判定するために、MDM2iによる処置の後に使用することもできる。MDM2i治療薬が投与されたならば、MDM2i処置への患者の継続した感受性を監視するためにバイオマーカーが使用される。本開示は、MDM2i処置の後の、同定された遺伝子の発現の上方または下方制御にも関する。これは、患者が正しい処置クールを受けると判定することにおいて有益である。本発明は、MDM2i処置への患者の感受性を予測および監視する方法を含む。本方法は、患者へのMDM2iの投与のステップ、および患者から得た生体試料でのバイオマーカー遺伝子の発現の測定のステップを含む。患者の応答は、表2からの少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現の検出に基づいて評価される。少なくとも1つのバイオマーカーの発現レベルの検出および/または変化は、処置への患者の感受性の指標となる。発現レベルのパターンは、患者の好ましい応答または好ましからぬ応答の指標となることができる。
発明の説明
本発明の態様、特色および実施形態は、以下の項目に要約され、それぞれ単独でまたは組み合わせて使用することができる:
本発明の態様、特色および実施形態は、以下の項目に要約され、それぞれ単独でまたは組み合わせて使用することができる:
1.ヒト二重微小染色体2(Human Double Minute 2)阻害剤(MDM2i)による処置へのがん患者の感受性を予測する方法であって、患者から得たがん試料中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程を含み、少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現は、MDM2iによる処置に患者が感受性であることを示す方法。
2.患者から得たがん試料中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程;MDM2iへの患者の感受性を判定する工程;および患者にMDM2iを投与する工程を含む、がん患者を処置する方法。
3.患者から得たがん試料中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現についてアッセイする工程であり、少なくとも1つのバイオマーカーの存在は、MDM2iへの患者の感受性を示す、工程;および患者にMDM2iを投与する工程を含む、がん患者を処置する方法。
4.ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)へのがん細胞の感受性を予測する方法であって、患者のがん試料から得たがん細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現についてアッセイする工程を含み、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現は、MDM2iによる処置にがん細胞が感受性であることを示す方法。
5.ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)へのがん細胞の感受性を予測する方法であって、細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程を含み、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現は、MDM2iによる処置にがん細胞が感受性であることを示す方法。
6.MDM2i候補についてスクリーニングする方法であって、
a)細胞をMDM2i候補と接触させる工程;
b)MDM2i候補と接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程であり、少なくとも1つのバイオマーカーの発現はMDM2iへの感受性を示す、工程;ならびに
c)MDM2i候補と接触させた細胞からの細胞増殖の低減を、表1からとられたMDM2iと接触させた細胞の細胞増殖の低減、および未処置またはプラセボ処置した細胞の細胞増殖と比較する工程を含む方法。
a)細胞をMDM2i候補と接触させる工程;
b)MDM2i候補と接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程であり、少なくとも1つのバイオマーカーの発現はMDM2iへの感受性を示す、工程;ならびに
c)MDM2i候補と接触させた細胞からの細胞増殖の低減を、表1からとられたMDM2iと接触させた細胞の細胞増殖の低減、および未処置またはプラセボ処置した細胞の細胞増殖と比較する工程を含む方法。
7.ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)へのがん細胞の感受性を判定する方法であって、a)がん細胞を少なくとも1つのMDM2iと接触させる工程;b)MDM2iと接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程;c)少なくとも1つのMDM2iで処置したがん細胞の細胞増殖を、未処置またはプラセボ処置がん細胞と比較する工程を含み、未処置またはプラセボ処置がん細胞(untreated to placebo treated cancer cell)と比較するとき、処置されたがん細胞の細胞増殖が低減されている、工程を含む方法。
8.表2から1つ超のバイオマーカーが選択される、項目1〜7のいずれか一項の方法。
9.表2から少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12個、または13個全てのバイオマーカーが選択される、項目1または8の方法。
10.表2から選択される任意のバイオマーカーに加えて、バイオマーカーとしてp53が選択される、項目1〜9のいずれか一項の方法。
11.バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10Bおよび/またはAENを含む、項目1〜10のいずれか一項の方法。
12.少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を対照試料の遺伝子発現と比較することは、機能的p53遺伝子経路を示す、項目1〜11のいずれか一項の方法。
13.がん試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される、項目1〜4または8〜12のいずれか一項の方法。
14.少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質が測定される、項目1〜13のいずれか一項の方法。
15.対照と比較するとき、少なくとも1つのバイオマーカーの発現ががん試料で増加する、項目1、2または5〜11のいずれか一項の方法。
16.MDM2iが表1から選択される、項目1〜15のいずれか一項の方法。
17.MDM2iがMDM2のp53結合ポケットに結合する化合物である、項目1〜16のいずれか一項の方法。
18.MDM2iが、Nutlin−3aまたは表1のMDM2iと実質的に同じであるMDM2のp53結合ポケットに結合する化合物である、項目1〜16のいずれか一項の方法。
19.MDM2iが、p53とMDM2の間のタンパク質間相互作用を阻止する化合物である、項目1〜18のいずれか一項の方法。
20.MDM2iが、p53経路活性を誘導することによって細胞増殖を阻害する化合物である、項目1〜19のいずれか一項の方法。
21.MDM2iの投与の前に患者から生体試料を得る工程をさらに含む、項目2〜20のいずれか一項の方法。
22.MDM2iが治療的有効量で投与される、項目2〜21のいずれか一項の方法。
23.少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現ががん細胞で増加する、項目4〜14、または16〜22のいずれか一項の方法。
24.少なくとも1つのMDM2iと接触させたがん細胞のIC50が1μM未満である、項目3〜5または7〜23のいずれか一項の方法。
25.少なくとも2つの異なる時点で細胞をMDM2iと接触させる、項目3〜5または7〜25のいずれか一項の方法。
26.細胞を2つの異なるMDM2iと接触させる、項目3〜5または7〜26のいずれか一項の方法。
27.細胞を2つの異なるMDM2iと同時に接触させる、項目26の方法。
28.細胞を2つの異なるMDM2iと異なる時点で接触させる、項目26の方法。
29.MDM2iがイソキノリノンである、項目1〜28のいずれか一項の方法。
30.MDM2i候補についてスクリーニングする方法であって、a)細胞をMDM2i候補と接触させる工程;b)MDM2i候補と接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程であって;c)少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現はMDM2iへの感受性を示すこと;およびd)MDM2i候補と接触させた細胞からの細胞増殖の低減を、表1からとられたMDM2iと接触させた細胞の細胞増殖の低減、および未処置またはプラセボ処置した細胞の細胞増殖と比較する工程を含む方法。
31.MDM2i候補の遺伝子発現を表1から選択されるMDM2iの遺伝子発現と比較する、項目30の方法。
32.MDM2i候補が、表2からの少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12個、または13個全てのバイオマーカーの遺伝子発現を増加させる、項目30または31の方法。
33.細胞が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択されるがん細胞である、項目30〜32のいずれか一項の方法。
34.表2の少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質の発現が測定される、項目30〜33のいずれか一項の方法。
35.バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENを含む、項目30〜34のいずれか一項の方法。
36.選択されたがん患者集団におけるがんの処置で使用するためのMDM2iを含む組成物であって、がん患者集団が、前記患者から得たがん細胞試料中での、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現に基づいて選択される組成物。
37.表2から少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12個、または13個全てのバイオマーカーが選択される、項目36の組成物。
38.表2から選択される任意のバイオマーカーに加えて、バイオマーカーとしてp53が選択される、項目36または37の組成物。
39.バイオマーカーがMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10Bおよび/またはAENである、項目36〜38のいずれか一項の組成物。
40.MDM2iが表1から選択される、項目36〜39のいずれか一項の組成物。
41.MDM2iがMDM2のp53結合ポケットに結合する化合物である、項目36〜40のいずれか一項の組成物。
42.MDM2iが、Nutlin−3aまたは表1のMDM2iと実質的に同じであるMDM2のp53結合ポケットに結合する化合物である、項目36〜41のいずれか一項の組成物。
43.MDM2iが、p53とMDM2の間のタンパク質間相互作用を阻止する化合物である、項目36〜42のいずれか一項の組成物。
44.MDM2iが、p53経路活性を誘導することによって細胞増殖を阻害する化合物である、項目36〜43のいずれか一項の組成物。
45.MDM2iがイソキノリノンである、項目36〜44のいずれか一項の組成物。
46.がん細胞試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される、項目36〜45のいずれか一項の組成物。
47.バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENの遺伝子発現に基づいて患者が選択される、項目36〜46のいずれか一項の組成物。
48.野生型p53の予め選択されたがん患者集団から選択される、選択されたがん患者集団でのがんの処置で使用するための、項目36、37または39〜47のいずれか一項の組成物。
49.ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)による処置へのがん患者の感受性を予測するためのキットであって、i)表2からのバイオマーカーのいずれか1つ、好ましくは表2から選択される1つ超の、特に少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12個、または13個全てのバイオマーカーの発現を検出する手段;およびii)前記キットの使用説明書を含むキット。
50.バイオマーカーがMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10Bおよび/またはAENである、項目49のキット。
51.p53の発現を検出するための手段をさらに含む、項目49または50のキット。
52.項目1〜32の方法のいずれかのための、項目49〜51によるキットの使用。
一態様では、本開示は、がん細胞を含有する試料において表2で特定されるバイオマーカーの少なくとも1つを分析する方法を提供し、この方法において、少なくとも1つのバイオマーカーの発現は、がん細胞がMDM2i処置に感受性になるかどうかを示す。発現変化のパターンは、良好な患者応答、または好ましからぬ応答の指標となることができ、表2からの少なくとも1つのバイオマーカーの発現に基づいて患者を選択することもできるし、拒絶することもできる。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
MDM2iによる処置の後、本開示は、がん細胞を含有する試料中で、表2で特定されるバイオマーカーの少なくとも1つを分析する方法を提供し、この方法において、MDM2i処置の後のバイオマーカーの発現は、患者がなおMDM2i処置に感受性であることを示す。少なくとも1つのバイオマーカーの発現レベルの検出および/または変化は、MDM2i感受性の指標であり、これは処置への患者の応答と相関する。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。発現のパターンは、好ましい患者応答または好ましからぬ応答の指標となることができる。
したがって、本開示は、ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)による処置へのがん患者の感受性を予測する方法であって、患者から得たがん試料中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現をアッセイする工程を含み、少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現は、MDM2iによる処置に患者が感受性であることを示す方法を提供する。
表2から1つ超のバイオマーカーが選択される方法。
バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENの遺伝子発現についてアッセイする工程を含む方法。
少なくとも1つのバイオマーカーのアッセイの前にp53を変異についてアッセイし、p53の変異の存在はMDM2iへの感受性の低下を示す方法。
がん試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される方法。
少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質が測定される方法。
MDM2iがイソキノリノンである方法。
MDM2iが表1から選択される方法。
患者から得たがん試料中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現についてアッセイする工程であり、少なくとも1つのバイオマーカーの存在は、MDM2iへの患者の感受性を示す、工程;および患者にMDM2iを投与する工程を含む、がん患者を処置する方法。
表2から1つ超のバイオマーカーが選択される方法。
バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする工程を含む方法。
少なくとも1つのバイオマーカーのアッセイの前にp53を変異についてアッセイし、p53の変異の存在はMDM2iへの感受性の低下を示す方法。
MDM2iの投与の前に患者から生体試料を得る工程、およびMDM2i未処置のがん試料中での表2からの少なくとも1つのバイオマーカーの差別的遺伝子発現を、MDM2i処置がん試料と比較する工程をさらに含み、遺伝子発現の増加は継続した患者感受性を示す方法。
がん試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される方法。
MDM2iがイソキノリノンである方法。
MDM2iが表1から選択される方法。
MDM2iが治療的有効量で投与される方法。
ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)へのがん細胞の感受性を予測する方法であって、患者試料から得たがん細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現についてアッセイする工程を含み、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現は、MDM2iによる処置にがん細胞が感受性であることを示す方法。
表2から1つ超のバイオマーカーが選択される方法。
バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする工程を含む方法。
少なくとも1つのバイオマーカーのアッセイの前にp53を変異についてアッセイし、p53の変異の存在はMDM2iへの感受性の低下を示す方法。
がん試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される方法。
少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質が測定される方法。
MDM2iがイソキノリノンである方法。
MDM2iが表1から選択される方法。
MDM2iが治療的有効量で投与される方法。
ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)へのがん細胞の感受性を判定する方法であって、a)がん細胞を少なくとも1つのMDM2iと接触させる工程;b)MDM2iと接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程であり、少なくとも1つのバイオマーカーの発現はMDM2iへの感受性を示す、工程;およびc)少なくとも1つのMDM2iで処置したがん細胞の細胞増殖を、未処置またはプラセボ処置がん細胞と比較する工程を含み、未処置またはプラセボ処置がん細胞と比較するとき、処置されたがん細胞の細胞増殖が低減されている方法。
少なくとも1つのMDM2iと接触させたがん細胞の低減された細胞増殖が1μM未満のIC50を有する方法。
MDM2iがイソキノリノンである方法。
MDM2iが表1から選択される方法。
少なくとも2つの異なる時点で細胞をMDM2iと接触させる方法。
ステップa)において、細胞を2つの異なるMDM2iと接触させる方法。
細胞を2つの異なるMDM2iと同時に接触させる方法。
細胞を2つの異なるMDM2iと異なる時点で接触させる方法。
がん細胞が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される方法。
少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質が測定される方法。
バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする工程を含む方法。
ステップb)およびc)が、MDM2iの各用量(dose)の投与から4時間、8時間、16時間、24時間、48時間、3日、1週、1カ月および数カ月後からなる群から選択される時点で繰り返される方法。
MDM2i候補についてスクリーニングする方法であって、
a)細胞をMDM2i候補と接触させる工程;
b)MDM2i候補と接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程であり、少なくとも1つのバイオマーカーの発現はMDM2iへの感受性を示す、工程;および
c)MDM2i候補と接触させた細胞からの細胞増殖の低減を、表1からとられたMDM2iと接触させた細胞の細胞増殖の低減、および未処置またはプラセボ処置した細胞の細胞増殖と比較する工程を含む方法。
a)細胞をMDM2i候補と接触させる工程;
b)MDM2i候補と接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程であり、少なくとも1つのバイオマーカーの発現はMDM2iへの感受性を示す、工程;および
c)MDM2i候補と接触させた細胞からの細胞増殖の低減を、表1からとられたMDM2iと接触させた細胞の細胞増殖の低減、および未処置またはプラセボ処置した細胞の細胞増殖と比較する工程を含む方法。
バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする方法。
MDM2i候補が表2の少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を増加させる方法。
細胞が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択されるがん細胞である方法。
表2の少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質の発現が測定される方法。
バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする工程を含む方法。
選択されたがん患者集団におけるがんの処置で使用するためのMDM2iを含む組成物であって、がん患者集団が、前記患者から得たがん細胞試料中での、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現の出現(showing)に基づいて選択される組成物。
がん細胞試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される組成物。
バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENの遺伝子発現に基づいて患者が選択される組成物。
ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)による処置へのがん患者の感受性を予測するためのキットであって、
i)バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENの発現を検出する手段;ならびにii)前記キットの使用説明書を含むキット。
i)バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENの発現を検出する手段;ならびにii)前記キットの使用説明書を含むキット。
上に記載する方法のいずれかのためのキットの使用。
定義
本明細書および請求項で用いる場合、単数形「a」、「an」および「the」には、文脈が明らかに別に指示しない限り、複数形が含まれる。例えば、用語「細胞」には、その混合物を含めて複数の細胞が含まれる。
本明細書および請求項で用いる場合、単数形「a」、「an」および「the」には、文脈が明らかに別に指示しない限り、複数形が含まれる。例えば、用語「細胞」には、その混合物を含めて複数の細胞が含まれる。
全ての数値呼称、例えば、範囲を含むpH、温度、時間、濃度および分子量は、0.1の増分だけ(+)または(−)に変化する近似値である。必ずしも明言されていないが、全ての数値呼称には用語「約」が先行することを理解するべきである。必ずしも明言されていないが、本明細書に記載される試薬は例示に過ぎないこと、およびそのようなものの均等物は当技術分野で公知であることも理解するべきである。
用語「マーカー」または「バイオマーカー」は、本明細書において互換的に使用される。バイオマーカーは核酸またはポリペプチドであり、核酸またはポリペプチドの存在、不在または差別的発現は、任意のMDM2iへの感受性を判定するために使用される。例えば、CDKN1Aはバイオマーカーである。
「MDM2」は、p53のユビキチン化を媒介し、p53の核外移行を許し、p53分解を誘発するE3ユビキチン−タンパク質リガーゼを指す。特に明記されていなければ、本明細書で用いられるMDM2はヒトMDM2の受託番号NM_002392/NP_002383(配列番号1/配列番号2)を指す。
「p53」は、腫瘍サプレッサータンパク質を指し、ヒトp53(p53受託番号:DNA−NM_000546、タンパク質−NP_000537)を指す。
細胞は、表2に開示されるバイオマーカーの少なくとも1つが差別的に発現されるときに、MDM2iによる阻害に「感受性である」か「感受性」を提示する。あるいは、細胞は、表2に開示されるバイオマーカーの全てがセットとして差別的に発現されるときに、MDM2iによる阻害に「感受性である」。一実施形態では、細胞増殖の低減に関してMDM2iのIC50が10μM未満、好ましくは1μM未満であるとき、細胞は「感受性である」か、「感受性」を提示するか、「処置に感受性である」。
「対照細胞」、「対照組織」および「対照試料」は、MDM2iに非感受性である(すなわち、細胞増殖の低減に関してMDM2iのIC50が10μMを超える;または、細胞増殖の低減に関してMDM2iのIC50が1μM未満と「感受性」が規定されるならば、「非感受性」は細胞増殖の低減に関してMDM2iのIC50が1μMを超えることを表す)、ベースライン対照、またはがんの細胞、組織もしくは試料をそれぞれ指す。
「正常な試料」は、非がん性の組織または細胞を指す。
用語「核酸」および「ポリヌクレオチド」は互換的に使用され、デオキシリボヌクレオチドであれ、リボヌクレオチドであれ、またはその類似体であれ、任意の長さのヌクレオチドの重合体形を指す。ポリヌクレオチドは任意の三次元構造を有することができ、任意の機能を果たすことができる。以下のものは、ポリヌクレオチドの非限定例である:遺伝子または遺伝子断片(例えば、プローブ、プライマー、ESTまたはSAGEタグ)、エクソン、イントロン、メッセンジャーRNA(mRNA)、転移RNA、リボソームRNA、リボザイム、cDNA、組換えポリヌクレオチド、分枝状ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたDNA、任意の配列の単離されたRNA、核酸プローブおよびプライマー。ポリヌクレオチドは、改変ヌクレオチド、例えばメチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチド類似体を含むことができる。存在するならば、ヌクレオチド構造の改変は重合体のアセンブリーの前後に付与することができる。ヌクレオチド配列には、非ヌクレオチド構成成分が割り込んでもよい。ポリヌクレオチドは、例えば標識構成成分とのコンジュゲーションによって、重合の後にさらに改変されてもよい。この用語は、二本鎖と一本鎖の両方の分子も指す。別に規定または要求されない限り、ポリヌクレオチドである本発明の任意の実施形態は、二本鎖形と、二本鎖形を構成することが公知であるか予測される2本の相補的一本鎖形の各々の両方を包含する。
「遺伝子」は、転写および翻訳された後に特定のポリペプチドまたはタンパク質をコードすることが可能である少なくとも1つのオープンリーディングフレーム(ORF)を含有するポリヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチド配列は、それらが関連する遺伝子のより大きな断片または完全長コード配列を同定するために使用することができる。より大きな断片配列を単離する方法は、当業者に公知である。
「遺伝子発現」あるいは「遺伝子生成物」は、遺伝子が転写および翻訳されるときに生成される、核酸またはアミノ酸(例えば、ペプチドまたはポリペプチド)を指す。
用語「ポリペプチド」は用語「タンパク質」と互換的に使用され、最も広義には、2個以上のサブユニットのアミノ酸、アミノ酸類似体またはペプチド様物質(peptidomimetics)の化合物を指す。サブユニットは、ペプチド結合によって連結されてもよい。別の実施形態では、サブユニットは他の結合、例えばエステル、エーテルなどによって連結されてもよい。
本明細書で用いる場合、用語「アミノ酸」は、天然および/または非天然もしくは合成のアミノ酸、ならびにDおよびLの両光学異性体、アミノ酸類似体およびペプチド様物質を指す。ペプチド鎖が短い場合は、3つ以上のアミノ酸のペプチドはオリゴペプチドと一般的に呼ばれる。ペプチド鎖が長い場合は、ペプチドはポリペプチドまたはタンパク質と一般的に呼ばれる。
用語「単離された」は、ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片が天然で通例関連している、細胞性その他の構成要素から分離されたことを意味する。例えば、単離されたポリヌクレオチドは、その生来または天然の環境、例えば染色体の中でそれが通例関連する3’および5’の連続したヌクレオチドから分離される。当業者に明白であるように、天然に存在しないポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片は、それをその天然に存在する対応物から区別するために「単離」を必要としない。さらに、「濃縮」、「分離」または「希釈」されたポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片は、濃度または容積あたりの分子の数がその天然に存在する対応物のそれより「濃縮された」バージョンでは大きいか、「分離された」バージョンでは小さいという点で、その天然に存在する対応物から区別可能である。その一次配列で、または例えばそのグリコシル化パターンが天然に存在する対応物と異なる、ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片は、その単離された形で存在する必要がないが、その理由は、一次配列、あるいはグリコシル化パターンなどの別の特徴によってそれがその天然に存在する対応物から識別可能だからである。したがって、天然に存在しないポリヌクレオチドは、単離された天然に存在するポリヌクレオチドとは別個の実施形態として提供される。細菌細胞で生成されるタンパク質は、それが天然に生成される真核細胞から単離された天然に存在するタンパク質とは別個の実施形態として提供される。
ポリヌクレオチド操作との関連で使用されるとき、「プローブ」は、標的とハイブリダイズさせることによって、対象の試料に潜在的に存在する標的を検出する試薬として提供されるオリゴヌクレオチドを指す。通常、プローブは、標識、またはハイブリダイゼーション反応の前か後に標識を付着させることができる手段を含む。適する標識には、限定されるものではないが、放射性同位体、蛍光色素、化学発光化合物、色素、および酵素を含むタンパク質が含まれる。
「プライマー」は、標的とハイブリダイズさせ、その後標的に相補的なポリヌクレオチドの重合を促進することによって対象の試料中に潜在的に存在する標的または「鋳型」に結合する、遊離の3’−OH基を一般に有する短いポリヌクレオチドである。「ポリメラーゼ連鎖反応」(「PCR」)は、複製されたコピーが、「プライマー対」または「上流」および「下流」のプライマーからなる「プライマーセット」、ならびにDNAポリメラーゼ、一般的には熱に安定のポリメラーゼ酵素などの重合触媒を使用して、標的ポリヌクレオチドから作製される反応である。PCRの方法は当技術分野で周知であり、例えば、PCR: A Practical Approach、M. MacPhersonら、IRL Press at Oxford University Press(1991)に教示される。ポリヌクレオチドの複製されたコピーを生成する全ての工程、例えばPCRまたは遺伝子クローニングは、本明細書において「複製」と総称される。プライマーは、ハイブリダイゼーション反応、例えばサザンまたはノーザンブロット分析でプローブとして使用することもできる(Sambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、2版(1989))。
本明細書で用いる場合、「発現」は、DNAがmRNAに転写される工程および/または転写されたmRNAがペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質にその後翻訳される工程を指す。ポリヌクレオチドがゲノムDNAから誘導される場合は、発現は真核細胞でのmRNAのスプライシングを含むことができる。
遺伝子に適用される、「差別的に発現される」は、遺伝子から転写および/もしくは翻訳されるmRNA、または遺伝子によってコードされるタンパク質生成物の差別的生成を指す。差別的に発現される遺伝子は、対照細胞の発現レベルと比較して過剰発現または過小発現されてもよい。しかし、本明細書で用いる場合、過剰発現は遺伝子発現の増加であり、対照の対応物の細胞または組織で検出されるものに対して、一般に少なくとも1.25倍、あるいは少なくとも1.5倍、あるいは少なくとも2倍、あるいは少なくとも3倍、あるいは少なくとも4倍高い発現である。本明細書で用いる場合、過小発現は遺伝子発現の低減であり、対照の対応物の細胞または組織で検出されるものに対して、一般に少なくとも1.25倍、あるいは少なくとも1.5倍、あるいは少なくとも2倍、あるいは少なくとも3倍、あるいは少なくとも4倍低い発現である。用語「差別的に発現される」は、がん細胞またはがん性組織での発現が検出され、存在するが、対照細胞での発現が検出不能である場合も指す。
遺伝子の高い発現レベルは、遺伝子の過剰発現または遺伝子コピー数の増加のために起こることができる。遺伝子は、負の調節因子の調節解除または不在のために、増加するタンパク質レベルに翻訳されることもある。
「遺伝子発現プロファイル」は、複数の試料で繰り返され、それらの試料によって共有される特性、例えば組織型、特定の処置への応答、または細胞での特定の生物学的過程もしくは経路の活性化を反映する、少なくとも1つのバイオマーカーの発現パターンを指す。さらに、遺伝子発現プロファイルは、その共通特性を共有する試料と共有しない試料の間で、2つの群に試料を無作為に割り当てることによっておそらく達成されるより優れた精度で差異が生じる。遺伝子発現プロファイルは、未知の状態の試料がその共通特性を共有するかどうか予測するために使用することができる。少なくとも1つのバイオマーカーのレベルと一般的なプロファイルの間に多少の変動が予想されるはずであるが、一般的なプロファイルへの発現レベルの全体的な類似性は、発現プロファイルが反映する共通特性を共有していない試料で類似性が偶然に観察される可能性が統計学的に低いものである。
用語「cDNA」は、相補的なDNA、すなわち逆転写酵素などの酵素でcDNAに仕立てられる、細胞または生物体に存在するmRNA分子を指す。「cDNAライブラリー」は、細胞または生物体に存在するmRNA分子の全てのコレクションであり、全ては酵素逆転写酵素でcDNA分子に変えられ、その後「ベクター」(外来DNAの添加の後に複製し続けることができる他のDNA分子)に挿入される。ライブラリーのための例示的なベクターには、バクテリオファージ(「ファージ」としても知られる)、細菌に感染するウイルス、例えばラムダファージが含まれる。ライブラリーは、対象の特異的cDNA(したがってmRNA)について次に探ることができる。
本明細書で用いる場合、互換的に使用される「固相支持体」または「固体支持体」は、特定のタイプの支持体に限定されない。むしろ、多数の支持体が利用可能であり、当業者に公知である。固相支持体には、シリカゲル、樹脂、誘導体化されたプラスチックフィルム、ガラスビーズ、プラスチックビーズ、アルミナゲル、マイクロアレイおよびチップが含まれる。本明細書で用いる場合、「固体支持体」には合成抗原提示マトリックス、細胞およびリポソームも含まれる。適する固相支持体は、所望の最終用途および様々なプロトコルへの適合性に基づいて選択することができる。例えば、ペプチド合成のためには、固相支持体は、樹脂、例えばポリスチレン(例えば、Bachem Inc.、Peninsula Laboratoriesから得られるPAM−樹脂)、polyHIPE(R)(商標)樹脂(Aminotech、Canadaから得られる)、ポリアミド樹脂(Peninsula Laboratoriesから得られる)、ポリエチレングリコールを接いだポリスチレン樹脂(TentaGelR(商標)、Rapp Polymere、Tubingen、Germany)、またはポリジメチルアクリルアミド樹脂(Milligen/Biosearch、Californiaから得られる)を指すことができる。
ポリヌクレオチドは、ハイスループットスクリーニングアッセイで使用するために、固体支持体に付着させることもできる。PCT WO97/10365は、例えば、高密度オリゴヌクレオチドチップの構築を開示している。米国特許第5,405,783号;第5,412,087号および第5,445,934号も参照のこと。この方法を使用して、チップアレイを形成するために誘導体化されたガラス表面でプローブが合成される。光保護されたヌクレオシドホスホラミダイトをガラス表面に結合し、写真平板マスクを通して光分解によって選択的に脱保護し、第2の保護されたヌクレオシドホスホラミダイトと反応させる。所望のプローブが完成するまで、結合/脱保護工程を繰り返す。
例えば、Affymetrix(登録商標)HG−U133−Plus−2 GeneChipsなどの遺伝子チップを用いてメッセンジャーRNAのレベルを測定することによって、転写活性を評価することができる。したがって、多数の対象遺伝子のRNAのハイスループットのリアルタイム定量化が再現性のある系で可能になる。
用語「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、核酸プローブがその標的部分配列と特異的にハイブリダイズするが他のいかなる配列ともハイブリダイズしない条件を指す。ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを決定する条件には、以下のものが含まれる:温度、イオン強度およびホルムアミドなどの変性剤の濃度。これらの因子の1つを変更することは別の因子に影響を及ぼすことができ、当業者はストリンジェンシーの所望のレベルを維持するための条件の変更を理解する。高度にストリンジェントなハイブリダイゼーションの例は、以下の通りである:65〜68℃での0.015M塩化ナトリウム、0.0015Mクエン酸ナトリウム、または42℃での0.015M塩化ナトリウム、0.0015Mクエン酸ナトリウムおよび50%ホルムアミド(上記、Sambrookを参照)。「中程度にストリンジェントな」ハイブリダイゼーションの例は、以下の条件である:50〜65℃での0.015M塩化ナトリウム、0.0015Mクエン酸ナトリウム、または37〜50℃での0.015M塩化ナトリウム、0.0015Mクエン酸ナトリウムおよび20%ホルムアミド。中程度にストリンジェントな条件は、中程度の量の核酸ミスマッチが所望されるときに使用される。洗浄がハイブリダイゼーション条件の一部であることを、当業者は理解する。例えば、洗浄条件には、02.×〜0.1×SSC/0.1%SDSおよび42〜68℃の温度が含まれてもよく、そこにおいて、温度を高めることは洗浄条件のストリンジェンシーを増加させる。
ハイブリダイゼーションが2つの一本鎖のポリヌクレオチドの間で、逆行性立体配置で起こる場合は、反応は「アニーリング」と呼ばれ、それらのポリヌクレオチドは「相補的である」と記載される。ハイブリダイゼーションが第1のポリヌクレオチドの1つと第2の鎖の間で起こることができるならば、二本鎖ポリヌクレオチドは別のポリヌクレオチドに「相補的」または「相同的」である可能性がある。「相補性」または「相同性」(1つのポリヌクレオチドがもう1つに相補的である程度)は、一般に認められる塩基対合則により互いと水素結合を形成すると予想される、対向鎖中の塩基の割合で定量化することが可能である。
ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド領域(またはポリペプチドまたはポリペプチド領域)が別の配列と特定の百分率(例えば、80%、85%、90%、95%、98%または99%)の「配列同一性」を有するとは、整列させたときに、2つの配列の比較において塩基(またはアミノ酸)のその百分率が同じであることを意味する。このアラインメントおよび相同性パーセントまたは配列同一性は、当技術分野で公知のソフトウェアプログラム、例えばCurrent Protocols in Molecular Biology、Ausubelら編、(1987)追補30、セクション7.7.18、表7.7.1に記載されるものを使用して判定することができる。好ましくは、アラインメントのためにデフォルトパラメータが使用される。好ましいアラインメントプログラムは、デフォルトパラメータを使用するBLASTである。特に、好ましいプログラムは、以下のデフォルトパラメータを使用するBLASTNおよびBLASTPである:遺伝子コード=標準;フィルター=なし;鎖=両方;カットオフ=60;予想=10;マトリックス=BLOSUM62;記述=50配列;並べ替え=HIGH SCORE;データベース=非冗長。
用語「細胞増殖性障害」は、異常な細胞増殖および/もしくは分裂、または機能喪失で特徴付けられる正常な生理機能の調節不全を含むものとする。「細胞増殖性障害」の例には、限定されるものではないが、過形成、新生物、化生および様々な自己免疫性障害、例えばT細胞アポトーシスの調節不全で特徴付けられるものが含まれる。
本明細書で用いる場合、用語「新生物細胞」、「新生物疾患」、「新生物」、「腫瘍」、「腫瘍細胞」、「がん」および「がん細胞」(互換的に使用される)は、比較的自律的な増殖を示す細胞を指し、そのため、それらは細胞増殖の制御のかなりの喪失(すなわち、脱調節された細胞分裂)で特徴付けられる異常な増殖表現型を示す。新生物細胞は、悪性であっても良性であってもよい。転移性の細胞または組織は、細胞が近隣の身体構造に侵入し、破壊することができることを意味する。
用語「がん」は、例えば、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜を含むがん疾患を指す。
用語「PBMC」は、末梢血単核細胞を指し、「PBL」−末梢血リンパ球を含む。
腫瘍増殖を「抑制する」ことは、MDM2i化合物との接触がない腫瘍の増殖と比較して、MDM2iと接触させたときの腫瘍細胞の増殖の低減を示す。腫瘍細胞の増殖は、それらに限定されないが、腫瘍サイズを測定すること、3H−チミジン組込みアッセイを使用して腫瘍細胞が増殖しているか判定すること、FDG−PET(フッ化デオキシグルコース陽電子放出断層撮影法)画像化でグルコース取り込みを測定すること、または腫瘍細胞を計数することを含む、当技術分野で公知の任意の手段によって評価することができる。腫瘍細胞の増殖を「抑制する」ことは、以下の状態のいずれかまたは全部を意味する:腫瘍増殖を遅くすること、遅延および停止させること、ならびに腫瘍収縮。
「組成物」は、活性薬剤と、別の担体、例えば化合物または組成物であり不活性であるもの(例えば、検出可能な薬剤または標識)または活性であるもの、例えばアジュバント、希釈剤、結合剤、安定剤、緩衝剤、塩、親油性溶媒、保存剤、アジュバント等との組合せである。担体には、医薬用の賦形剤および添加剤、例えば;タンパク質、ペプチド、アミノ酸、脂質および炭水化物(例えば、単糖およびオリゴ糖を含む糖;誘導体化された糖、例えばアルジトール、アルドン酸、エステル型糖等;ならびに多糖または糖重合体)も含まれ、それらは単独または重量もしくは容量で1〜99.99%の組合せを含めて、単独でまたは組合せで存在することができる。炭水化物賦形剤には、例えば;単糖、例えばフルクトース、マルトース、ガラクトース、グルコース、D−マンノース、ソルボース等;二糖、例えばラクトース、スクロース、トレハロース、セロビオース等;多糖、例えばラフィノース、メレチトース、マルトデキストリン、デキストラン、デンプン等;ならびにアルジトール、例えばマンニトール、キシリトール、マルチトール、ラクチトール、キシリトールソルビトール(グルシトール)およびミオイノシトールが含まれる。
例示的なタンパク質賦形剤には、血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミン(HSA)、組換えヒトアルブミン(rHA)、ゼラチン、カゼイン等が含まれる。緩衝能力で機能することもできる代表的なアミノ酸/抗体構成成分には、アラニン、グリシン、アルギニン、ベタイン、ヒスチジン、グルタミン酸、アスパラギン酸、システイン、リシン、ロイシン、イソロイシン、バリン、メチオニン、フェニルアラニン、アスパルテーム等が含まれる。
用語「担体」には、緩衝剤またはpH調整剤がさらに含まれ;一般的に、緩衝剤は、有機の酸または塩基から調製される塩である。代表的な緩衝剤には、有機酸の塩、例えばクエン酸、アスコルビン酸、グルコン酸、炭酸、酒石酸、コハク酸、酢酸またはフタル酸の塩;トリス、トロメタミン塩酸塩またはリン酸緩衝液が含まれる。追加の担体には、重合体の賦形剤/添加剤、例えばポリビニルピロリドン、フィコール(重合糖)、デキストレート(例えば、2−ヒドロキシプロピル−直角位相−シクロデキストリンなどのシクロデキストリン)、ポリエチレングリコール、着香料、抗微生物剤、甘味料、抗酸化物、静電防止剤、界面活性剤(例えば、TWEEN20(商標)およびTWEEN80(商標)などのポリソルベート)、脂質(例えば、リン脂質、脂肪酸)、ステロイド(例えば、コレステロール)およびキレート化剤(例えば、EDTA)が含まれる。
本明細書で用いる場合、用語「薬学的に許容される担体」は、標準の薬用担体、例えばリン酸緩衝生理食塩溶液、水および乳濁液、例えば油/水または水/油乳濁液、および各種の湿潤剤のいずれかを包含する。組成物は、それらがin vivoでの使用に許容されるという追加の条件で、安定剤および保存料、および上記の担体のいずれかを含むこともできる。担体、安定剤およびアジュバントの例については、Remington's Pharmaceutical Science、15版(Mack Publ. Co.、Easton(1975)およびPhysician's Desk Reference、52版、Medical Economics、Montvale、N.J.(1998)を参照のこと。
「有効量」は、有益であるか所望の結果を達成するのに十分な量である。有効量は、1回または複数回の投与、適用または投薬量(dosage)で投与することができる。
「対象」、「個体」または「患者」は本明細書において互換的に使用され、脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトを指す。哺乳動物には、マウス、サル、ヒト、飼育動物、スポーツ動物およびペットが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で用いられるMDM2の「阻害剤」は、p53とMDM2の会合を低減する。この阻害は、例えば、それらが結合する前にp53とMDM2の会合を低減すること、またはそれらが結合した後にp53とMDM2の会合を低減し、このように両方の分子を遊離させることを含むことができる。
MDM2iのバイオマーカーとして、今ではいくつかの遺伝子が同定されている。本明細書および表2において特定されるバイオマーカーの1つまたは複数の存在またはその遺伝子発現の減少もしくは増加は、任意のMDM2iへの患者の感受性を判定するために使用することができ、例えば、バイオマーカーの発現は、がん患者がMDM2iの投与に感受性であり、都合よく応答することを示す。別の例として、MDM2iによる処置の後、患者試料を得て、患者がMDM2i処置になお感受性であるかどうか発見するために、試料を感受性についてアッセイすることができる。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
MDM2阻害剤(MDM2i)は、p53−MDM2会合の阻害剤である化合物であり、本発明の方法または使用と併用して有益である。MDM2iは、p53−MDM2会合の阻害が指示される場合、例えば腫瘍および/またはがん性細胞増殖の処置において、ヒトまたは獣医学での使用のための医薬組成物において有益である。特に、そのような化合物はヒトがんの処置で有益であるが、その理由は、これらのがんの進行がp53の「ゲートキーパー」機能を越えること、例えばMDM2の過剰発現に少なくとも部分的に依存する可能性があるからである。MDM2i化合物は、例えば、癌腫(例えば、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜)の処置で有益である。例示的なMDM2i化合物のリストは、表1に見出される(WO2011076786を参照)。表1に見出されるMDM2i化合物は、イソキノリノンクラスの分子である。MDM2のp53結合ポケット、特にNutlin−3aと実質的に同じであるか、表1からの例示的なMDM2iが結合する場合と実質的に同じMDM2のp53結合ポケットに結合する他のMDM2iを、本発明の方法または使用に適用することもできる。本実施形態に従って使用されるMDM2iは、表1に記載されるもの(すなわち、MDM2i(1)およびMDM2i(2))、またはNutlin 3a、例えば置換されたイソキノリノンもしくはキナゾリノンと構造的に関係していてもよい。本明細書に含まれる方法は、スピロ−オキシインドール、イミダゾリルインドールおよびシス−イミダゾリンなどの他の化合物と使用することもできる(Shangaryら、Mol. Cancer Ther. 2008 7(6): 1533〜1542:Furetら、BioOrg.Med.Chem. Let. 2012 22:3498〜3502およびCarolら、Pediatr. Blood Cancer 2012 1〜9頁を参照、雑誌に編入される前に2012年7月2日にオンラインで公開)。本明細書で用いられるMDM2iは、p53とMDM2の間のタンパク質間相互作用を阻止し、および/またはp53経路活性を誘導することによって細胞増殖を阻害する。
遺伝子発現の測定
遺伝子発現の検出は、例えば遺伝子から転写されるmRNAの量、または遺伝子から転写されるmRNAの逆転写から生成されるcDNAの量、または遺伝子によってコードされるポリペプチドもしくはタンパク質の量を検出することを含む、任意の適当な方法によることができる。これらの方法は試料ごとに実施することができるか、ハイスループット分析のために改変することができる。例えば、Affymetrix(商標)U133マイクロアレイチップを使用する。
遺伝子発現の検出は、例えば遺伝子から転写されるmRNAの量、または遺伝子から転写されるmRNAの逆転写から生成されるcDNAの量、または遺伝子によってコードされるポリペプチドもしくはタンパク質の量を検出することを含む、任意の適当な方法によることができる。これらの方法は試料ごとに実施することができるか、ハイスループット分析のために改変することができる。例えば、Affymetrix(商標)U133マイクロアレイチップを使用する。
一態様では、遺伝子発現は、そのバイオマーカーのための適当なプローブと特異的にハイブリダイズするプローブとのハイブリダイゼーションによって検出され、定量化される。プローブは、当技術分野で公知である方法を使用するハイスループットスクリーニングアッセイで使用するための、固体支持体に付着させることもできる。例えば、WO97/10365および米国特許第5,405,783号、第5,412,087号および第5,445,934号は、本明細書に開示される配列の1つまたは複数を含有することができる高密度オリゴヌクレオチドチップの構築を開示している。米国特許第5,405,783号、第5,412,087号および第5,445,934号に開示されている方法を使用して、本発明のプローブは、誘導体化されたガラス表面で合成される。光保護されたヌクレオシドホスホラミダイトをガラス表面に結合し、写真平板マスクを通して光分解によって選択的に脱保護し、第2の保護されたヌクレオシドホスホラミダイトと反応させる。所望のプローブが完成するまで、結合/脱保護工程を繰り返す。
一態様では、遺伝子の発現レベルは、プローブ改変チップへの核酸試料の曝露を通して判定される。抽出された核酸を、例えば、好ましくは増幅ステップの間、蛍光性タグで標識する。標識試料のハイブリダイゼーションは、適当なストリンジェンシーレベルで実施する。プローブ−核酸ハイブリダイゼーションの程度は、検出装置を用いて定量的に測定される。米国特許第5,578,832号および第5,631,734号を参照のこと。
あるいは、公知の技術を用いて遺伝子コピー数、転写または翻訳のいずれか1つを判定することができる。例えば、PCRなどの増幅方法が有益である場合がある。PCRの一般手順は、MacPhersonら、PCR: A Practical Approach、(IRL Press at Oxford University Press(1991))に教示される。しかし、各適用反応に使用されるPCR条件は、経験的に決定される。いくつかのパラメータは、反応の成功に影響する。それらには、アニーリングの温度および時間、伸長時間、Mg2+および/またはATP濃度、pH、ならびにプライマー、鋳型およびデオキシリボヌクレオチドの相対的濃度がある。増幅の後、生じるDNA断片は、アガロースゲル電気泳動と、続く臭化エチジウム染色および紫外線照射による可視化によって検出することができる。
一実施形態では、ハイブリダイズした核酸は、試料核酸に付着している1つまたは複数の標識を検出することによって検出される。標識は、当業者に周知であるいくつかの手段のいずれかによって組み込むことができる。しかし、一態様では、標識は試料核酸の調製の増幅ステップの間に、同時に組み込まれる。したがって、例えば、標識されたプライマーまたは標識されたヌクレオチドによるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、標識された増幅生成物を提供する。別個の実施形態では、標識されたヌクレオチド(例えばフルオレセイン標識UTPおよび/またはCTP)を使用する上記の転写増幅は、標識を転写された核酸に組み込む。
あるいは、標識は元の核酸試料(例えば、mRNA、ポリA、mRNA、cDNAなど)に直接に、または増幅の完了後に増幅生成物に加えることができる。標識を核酸に付着させる手段は当業者に周知であり、例には、例えば、核酸のリン酸化と、それに続く、試料核酸を標識(例えば、蛍光団)に連結する核酸リンカーの付着(ライゲーション)とによる、ニックトランスレーションまたは末端標識(例えば標識されたRNAによる)が含まれる。
本発明での使用に適する検出可能な標識には、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的または化学的な手段によって検出することが可能な任意の組成物が含まれる。本発明で有益な標識には、標識されたストレプトアビジンコンジュゲートで染色するためのビオチン、磁気ビーズ(例えば、Dynabeads(商標))、蛍光色素(例えば、フルオレセイン、テキサスレッド、ローダミン、緑色蛍光性タンパク質等)、放射標識(例えば、3H、125I、35S、14Cまたは32P)酵素(例えば、ELISAで一般的に使用される西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼおよびその他)、および比色標識、例えばコロイド金または着色されたガラスもしくはプラスチック(例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど)ビーズが含まれる。そのような標識の使用を教示している特許には、米国特許第3,817,837号;第3,850,752号;第3,939,350号;第3,996,345号;第4,277,437号;第4,275,149号;および第4,366,241号が含まれる。
標識の検出は、当業者に周知である。したがって、例えば、放射性標識は、写真フィルムまたはシンチレーションカウンターを使用して検出することができ、蛍光マーカーは、放射された光を検出する光検出器を使用して検出することができる。酵素標識は、酵素に基質を提供し、基質への酵素の作用によって生じる反応生成物を検出することによって一般的に検出され、比色標識は着色標識を単に可視化することによって検出される。
検出可能な標識は、例えばWO97/10365に記載される通り、ハイブリダイゼーションの前か後に標的(試料)核酸に加えることができる。これらの検出可能な標識は、ハイブリダイゼーションの前に標的(試料)核酸に直接に付着させるか、それに組み込まれる。対照的に、「間接標識」は、ハイブリダイゼーションの後にハイブリッド二重鎖に連結される。一般に、間接標識は、ハイブリダイゼーションの前に標的核酸に付着させた結合部分に付着させる。例えば、標的核酸は、ハイブリダイゼーションの前にビオチン化してもよい。ハイブリダイゼーションの後、アビジンコンジュゲート型蛍光団はビオチンを有するハイブリッド二重鎖に結合して、検出が容易な標識を提供する。核酸を標識する方法および標識されたハイブリダイズした核酸を検出する方法の詳細なレビューについては、Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology、24巻: Hybridization with Nucleic Acid Probes、P. Tijssen編Elsevier、N.Y.(1993)を参照する。
ポリペプチドの検出
バイオマーカーの発現レベルは、表2に掲載したバイオマーカーの少なくとも1つのタンパク質発現またはタンパク質生成物を検査することによって判定することもできる。タンパク質レベルを判定することは、患者から得た試料中のバイオマーカーのポリペプチドを選択的に認識して結合する抗体の間で起こる任意の免疫特異的結合の量を測定すること、およびこれを対照試料中の少なくとも1つのバイオマーカーの免疫特異的結合の量と比較することを含む。対照の発現と比較するとき、バイオマーカーのタンパク質発現の量は増加することも、低減することもある。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
バイオマーカーの発現レベルは、表2に掲載したバイオマーカーの少なくとも1つのタンパク質発現またはタンパク質生成物を検査することによって判定することもできる。タンパク質レベルを判定することは、患者から得た試料中のバイオマーカーのポリペプチドを選択的に認識して結合する抗体の間で起こる任意の免疫特異的結合の量を測定すること、およびこれを対照試料中の少なくとも1つのバイオマーカーの免疫特異的結合の量と比較することを含む。対照の発現と比較するとき、バイオマーカーのタンパク質発現の量は増加することも、低減することもある。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
タンパク質分析のために、様々な技術を当技術分野で利用できる。それらには、限定されるものではないが、放射免疫測定法、ELISA(酵素結合免疫吸着検定法)、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫放射線測定法、in situイムノアッセイ(例えば、コロイド金、酵素または放射性同位体標識を使用する)、ウェスタンブロット分析、免疫沈降アッセイ、免疫蛍光アッセイ、フローサイトメトリー、免疫組織化学、共焦点鏡検、酵素アッセイ、表面プラズモン共鳴およびPAGE−SDSが含まれる。
バイオマーカーおよびMDM2i処置のアッセイ
患者がMDM2iに感受性であると予測されると、患者への任意のMDM2iの投与を1回の投与で、処置クール全体で連続的に、または断続的に実行することができる。最も有効な手段および投薬量を判定する方法は当業者に周知であり、療法のために使用される組成物、療法の目的、処置される標的細胞、および処置対象によって異なる。1回または複数回の投与を実施することができ、用量レベルおよびパターンは担当医によって選択される。適する投薬製剤および薬剤の投与方法は、経験的に調整することができる。
患者がMDM2iに感受性であると予測されると、患者への任意のMDM2iの投与を1回の投与で、処置クール全体で連続的に、または断続的に実行することができる。最も有効な手段および投薬量を判定する方法は当業者に周知であり、療法のために使用される組成物、療法の目的、処置される標的細胞、および処置対象によって異なる。1回または複数回の投与を実施することができ、用量レベルおよびパターンは担当医によって選択される。適する投薬製剤および薬剤の投与方法は、経験的に調整することができる。
患者がMDM2i処置に感受性のままであるかどうか判定するために、表2に提供されるバイオマーカーの少なくとも1つをMDM2i投与の後にアッセイすることができる。さらに、単一のMDM2i投与の後に、少なくとも1つのバイオマーカーを複数の時点でアッセイすることができる。例えば、MDM2iの初期ボーラスが投与され、表2からの少なくとも1つのバイオマーカーが、最初の処置から1時間、2時間、3時間、4時間、8時間、16時間、24時間、48時間、3日、1週または1カ月または数カ月の後にアッセイされる。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
表2の少なくとも1つのバイオマーカーは、各MDM2i投与の後にアッセイすることができるので、複数回のMDM2i投与があるならば、継続した患者感受性を判定するために少なくとも1つのバイオマーカーを各投与の後にアッセイすることができる。患者は複数回のMDM2i投与を受けることができ、その後、バイオマーカーは異なる時点でアッセイすることができる。例えば、処置クールは、MDM2iの初期用量、指定された時間の後に第2の用量、および第2の用量の数時間後にさらに第3の用量の投与を必要とすることがある。表2の少なくとも1つのバイオマーカーは、MDM2iの各用量の投与から1時間、2時間、3時間、4時間、8時間、16時間、24時間、48時間、3日、1週または1カ月または数カ月の後にアッセイすることができる。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
異なるバイオマーカーが異なる時点でアッセイされることも、本発明の範囲内である。いかなる1つの理論にも縛られないが、MDM2iまたはバイオマーカーの作用機構のために、MDM2iへの応答は遅れ、患者がMDM2i投与に引き続き感受性であるかどうか判定するために、投与後の任意のときに表2からの少なくとも1つのバイオマーカーがアッセイされる。MDM2iの各投与の後の表2の少なくとも1つのバイオマーカーのアッセイは、処置の手段、投薬量およびクールに関して指針を提供する。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
最後に、異なるMDM2iの投与と、続く表2の少なくとも1つのバイオマーカーのアッセイがある。この実施形態では、複数のMDM2iが選択され、患者に投与される。各々の異なるMDM2iの投与の後に、表2からの少なくとも1つのバイオマーカーを次にアッセイすることができる。このアッセイは、異なるMDM2iの投与の後の複数の時点で行うこともできる。例えば、第1のMDM2iを患者に投与し、投与から1時間、2時間、3時間、4時間、8時間、16時間、24時間、48時間、3日、1週または1カ月または数カ月の後に、少なくとも1つのバイオマーカーをアッセイすることができる。次に第2のMDM2iを投与し、第2のMDM2iの投与から1時間、2時間、3時間、4時間、8時間、16時間、24時間、48時間、3日、1週または1カ月または数カ月の後に、少なくとも1つのバイオマーカーを再びアッセイすることができる。各場合において、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
本発明の別の態様は、MDM2iの適する用量レベルについて評価する方法であって、MDM2iの投与の後に、表2に特定される遺伝子の少なくとも1つの差別的発現を監視することを含む方法を提供する。例えば、MDM2iの最初のボーラスの投与の後に、表2の少なくとも1つのバイオマーカーを分析し、この結果に基づいて、MDM2i投薬量の増加または減少が推奨される。MDM2iの調整された投薬量の投与の後、少なくとも1つのバイオマーカーの分析は、調整された用量に患者がなお感受性であるかどうか、および調整された用量が予想される有益性、例えば腫瘍増殖の抑制を提供することを判定する。あるいは、MDM2iの用量への感受性を評価するための単一のセットとして、表2のバイオマーカーの全てをアッセイすることができる。
任意のMDM2iの活性を評価するためのキットを、作製することができる。例えば、MDM2i感受性を評価するために、表2に掲載されるバイオマーカーのためのPCRまたはマイクロアレイハイブリダイゼーションのための核酸プライマーを含むキットを使用することができる。あるいは、表2に掲載されるバイオマーカーの少なくとも1つの抗体が供給されるキットは、MDM2i感受性についてアッセイするのに有益である。
特にその処置が長期にわたるとき、がんは化学療法処置に抵抗性になることが可能であることは当技術分野で周知である。がんがMDM2iに感受性であるかどうか判定するために、任意の化学療法薬による長期にわたる処置の後に、表2のバイオマーカーの少なくとも1つの差別的発現についてのアッセイを行うことができる。例えば、Gleevec(登録商標)などのキナーゼ阻害剤は、特定のキナーゼを強く阻害するが、他のキナーゼを弱く阻害することもできる。他のMDM2i、例えばNutlinファミリーの化合物もある。患者が別の化学療法薬または別のMDM2iで以前に処置された場合は、腫瘍がMDM2iに感受性であるかどうか判定するために、表2のバイオマーカーの少なくとも1つについてアッセイすることは患者にとって有益な情報である。がんが寛解し、その後再生するか異なる部位に転移した場合に、このアッセイは特に患者に有益である。
MDM2阻害剤のスクリーニング
他のMDM2iについてスクリーニングするために、表2に掲載される少なくとも1つのバイオマーカーについてアッセイすることが可能である。この方法は、細胞がMDM2i候補阻害剤に感受性であるかどうか予測する、表2からの少なくとも1つのバイオマーカーを有する細胞をアッセイすることを含み、細胞を候補MDM2iと次に接触させ、処置した細胞のIC50を既知のMDM2i接触感受性細胞と比較する。例えば、表2の少なくとも1つのバイオマーカーの差別的発現で判定される通り、任意のMDM2iに感受性であると予測される細胞については、候補MDM2iは3μM以下のIC50を有する。表2からの少なくとも1つのバイオマーカーの発現の測定は、前に記載される方法、例えばPCRまたはマイクロアレイ分析によって行うことができる。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
他のMDM2iについてスクリーニングするために、表2に掲載される少なくとも1つのバイオマーカーについてアッセイすることが可能である。この方法は、細胞がMDM2i候補阻害剤に感受性であるかどうか予測する、表2からの少なくとも1つのバイオマーカーを有する細胞をアッセイすることを含み、細胞を候補MDM2iと次に接触させ、処置した細胞のIC50を既知のMDM2i接触感受性細胞と比較する。例えば、表2の少なくとも1つのバイオマーカーの差別的発現で判定される通り、任意のMDM2iに感受性であると予測される細胞については、候補MDM2iは3μM以下のIC50を有する。表2からの少なくとも1つのバイオマーカーの発現の測定は、前に記載される方法、例えばPCRまたはマイクロアレイ分析によって行うことができる。あるいは、表2のバイオマーカーの全てを単一のセットとしてアッセイすることができる。
実施例1: MDM2i(1)およびMDM2i(2)の両方は、生化学アッセイおよび細胞アッセイで等しく強力なp53−MDM2阻害剤である。
IC50判定のためのTR−FRETアッセイ:標準アッセイ条件は、白い384ウェルプレート(Greiner Bio−One:Frickenhausen、Germany)に、125mMのNaCl、0.001%のNovexin、0.01%のゼラチン、0.2%のPluronic F−127、1mMのDTTおよび1.7%の最終DMSOを含有するPBS緩衝剤中で、60μLの総容量からなった。MDM2i(1)およびMDM2i(2)の両方を、0.1nMのビオチン化MDM2(ヒトMDM2アミノ酸2〜188、内部調製物)、0.1nMのユウロピウム標識ストレプトアビジン(Perkin Elmer:Waltham、MA、USA)および10nMのCy5−p53ペプチド(Cy5−p53 aa18〜26、内部調製物)に異なる濃度で加えた。室温で15分間のインキュベーションの後、GeniosPro読取装置(Tecan:Mannedorf、Germany)で試料を測定した。時間分解モードで測定された2つの異なる蛍光シグナルの生データから、FRETアッセイ読み出しを計算した(蛍光665nm/蛍光620nm×1000)。XLfit(登録商標)(Fitモデル#205)を使用する曲線あてはめによってIC50値を計算する。このデータを、図1Aに示す。
IC50判定のためのTR−FRETアッセイ:標準アッセイ条件は、白い384ウェルプレート(Greiner Bio−One:Frickenhausen、Germany)に、125mMのNaCl、0.001%のNovexin、0.01%のゼラチン、0.2%のPluronic F−127、1mMのDTTおよび1.7%の最終DMSOを含有するPBS緩衝剤中で、60μLの総容量からなった。MDM2i(1)およびMDM2i(2)の両方を、0.1nMのビオチン化MDM2(ヒトMDM2アミノ酸2〜188、内部調製物)、0.1nMのユウロピウム標識ストレプトアビジン(Perkin Elmer:Waltham、MA、USA)および10nMのCy5−p53ペプチド(Cy5−p53 aa18〜26、内部調製物)に異なる濃度で加えた。室温で15分間のインキュベーションの後、GeniosPro読取装置(Tecan:Mannedorf、Germany)で試料を測定した。時間分解モードで測定された2つの異なる蛍光シグナルの生データから、FRETアッセイ読み出しを計算した(蛍光665nm/蛍光620nm×1000)。XLfit(登録商標)(Fitモデル#205)を使用する曲線あてはめによってIC50値を計算する。このデータを、図1Aに示す。
結合速度定数(Kon、Koff)の判定:高速結合動態を研究するためにGeniosPro読取装置(Tecan:Mannedorf、Germany)の急速混合ツールを使用した(単一ウェルモード)。50μlのアッセイ緩衝液に阻害剤および20nMのCy5標識p53ペプチドを含有するマイクロプレートを、読取装置内に置いた。25℃で10分間の平衡の後、0.2nMのビオチン化MDM2および0.2nMのユウロピウム−ストレプトアビジンを含有する50μlの緩衝液を475μl/sで注射することによって、結合反応を開始した。蛍光を665nMにより様々な時間間隔で測定し、最初のものは注射の0.6秒後であった。阻害剤の不在下で、Cy5蛍光は0.6秒後に既に最大であって、その後少なくとも15分間、安定していた。MDM2i(1)およびMDM2i(2)の存在下では蛍光は遅く減少し、定常状態に到達するまで測定を続けた。1%のDMSOを含有するウェルと対照として10μMのNutlin−3を含有するウェル間の差として、対照蛍光をとった。各時点の阻害作用は、対応する対照のパーセントとして計算した。異なる濃度の阻害剤の存在下で得られた進行曲線を合わせて、全体としてあてはめた。以下のそれぞれの方程式:Fit=[Imin+((Imax−(((Ki^nH)*Imax)/((y^nH)+(Ki^nH))))*(1−exp(((−1)*(koff+((y*koff)/Ki)))*x)))]およびFit=[Imin+((Imax−(((Ki^nH)*Imax)/((y^nH)+(Ki^nH))))*(1−exp(((−1)*(kon*(Ki+y)))*x)))]、に基づいて正確なKonおよびKoff値を得るように設計された新規あてはめ方法論を使用して、XLfit(登録商標)で非線形回帰を実施し、式中、Kiは阻害の定数を表し、Iminは最小阻害(%)を表し、Imaxは最大阻害(%)を表し、nHはヒル係数を表し、xは時間を表し、yは阻害剤濃度を表す。このデータを、図1Aに示す。
細胞増殖阻害およびGRIP p53転位アッセイ:細胞性増殖および生存力の減少に及ぼすMDM2i(1)およびMDM2i(2)の作用を、DNA相互作用蛍光色素YOPRO(Invitrogen:Lucern、Switzerland)に基づく標準増殖アッセイを使用して、p53野生型(SJSA−1およびHCT116 p53wt/wt細胞)とp53変異細胞系(SAOS2およびHCT116 p53−/−細胞)の両方で測定する。簡潔には、細胞を37℃で一晩、96ウェルプレートに平板培養し、MDM2i(1)またはMDM2i(2)の漸増濃度で72時間処置する。製造業者の指示に従ってDNA相互作用蛍光色素YOPROを使用して各ウェルでの細胞濃度を次に判定し、Gemini−EM標準プレートリーダー(Molecular Devices:Sunnyvale、CA、USA)を使用して蛍光シグナルを測定する。XLfit(登録商標)(Fitモデル#201)を使用する曲線あてはめによってIC50値を計算し、このデータを図1Aに示す。
p53−MDM2タンパク質間相互作用をモジュレートする化合物の能力を細胞で直接に監視するために、メカニズムのp53−MDM2再分配アッセイ(GRIPアッセイ)を使用する。この完全に人工的なアッセイでは、p53タンパク質を蛍光性GFP標識で標識して、細胞の細胞質に固着しているMDM2タンパク質に結合させる。特定の化合物による細胞の処置は、2つのタンパク質の間の相互作用の解離と、細胞質から核への放出されたp53−GFPタンパク質の転位を引き起こす。この作用は、ArrayScan−VTi(Cellomics)を使用する高含有量画像化プラットホームと、続く経時的蛍光シグナルを使用して検出、数量化される(図1B、GRIP p53転位アッセイを参照)。
全体として、in vitroアッセイと細胞アッセイの両方を使用して、図1Aおよび1Bに提示される結果は、MDM2i(1)およびMDM2i(2)の両方が、in vitroで同等の強力なp53−MDM2タンパク質間相互作用阻害剤であり、p53−MDM2タンパク質間相互作用を阻害し、p53依存的に腫瘍細胞の増殖を妨げ、p53の蓄積および核への転位を誘導することを示す。このデータを、図1Bに示す。細胞系の間にIC50の大きな不一致があることに留意する。これは、2つの細胞系の間にMDM2iへの感受性の差があることの指標でもあり、したがって、感受性の判定は、どの患者が治療薬を受けるかについての決定で有益である。
実施例2: p53変異の状態は、細胞系でのMDM2i化学的感受性に関連している
がん関連細胞系のパネルでのMDM2i(2)化学的感受性とのp53変異の関連は、フィッシャーの直接確率検定によって検定された。細胞系パネルは、Cancer Cell Line Encyclopedia(CCLE)イニシアティブ(Barretina J.、Caponigro G.、Stransky N.、Venkatesan K.ら。Cancer Cell Line Encyclopediaは、抗がん剤感受性の予測的モデリングを可能にする。Nature 483:603〜7、2012)によってカバーされるものである。詳細なゲノム、遺伝子および薬理学的特徴付けは、CCLE細胞系で行われた。
がん関連細胞系のパネルでのMDM2i(2)化学的感受性とのp53変異の関連は、フィッシャーの直接確率検定によって検定された。細胞系パネルは、Cancer Cell Line Encyclopedia(CCLE)イニシアティブ(Barretina J.、Caponigro G.、Stransky N.、Venkatesan K.ら。Cancer Cell Line Encyclopediaは、抗がん剤感受性の予測的モデリングを可能にする。Nature 483:603〜7、2012)によってカバーされるものである。詳細なゲノム、遺伝子および薬理学的特徴付けは、CCLE細胞系で行われた。
CCLE細胞系でのp53変異状態は、SangerセンターCOSMICデータおよびExome Capture Sequencingを含む内部ソースから編集された、遺伝子レベルの遺伝子の改変、例えば点変異、挿入、欠失および複合遺伝子改変のデータソースからとられる。これは、CCLE細胞系にわたる概ね1,600個のがん関連遺伝子からのデータを含む。CCLEパネルの分析は、変異体p53を含有する244個の細胞系、および野生型p53(p53受託番号:DNA−NM_000546、タンパク質−NP_000537)を発現する112個の細胞系を明らかにした。
MDM2i(2)化学的感受性は、CCLE細胞系の薬理学的特徴付けから判定された。MDM2i(2)感受性から、細胞系を2つの群に分けた。1つの群はMDM2i(2)化合物に感受性の細胞系を含み、他の群はMDM2i(2)化合物に化学的に非感受性のものを包含する。そのような層化は、それぞれ47個の感受性および309個の非感受性の細胞系の2つの群をもたらした。そのようなin vitro化学的感受性データから、細胞がMDM2i処置に感受性であるという予測は、13%であると推定された。p53変異と感受性群との関連の統計検定は、p53変異(mt)とMDM2i(2)への化学的感受性の間の関連を示す(図2)。図2のmtパネルはp53変異CCLE細胞系のMDM2i(2)感受性プロファイルを提示し、野生型(wt)パネルはp53野生型CCLE細胞系のMDM2i(2)感受性プロファイルを提示する。Amaxは、上で参照したCCLE刊行物に記載の通り、MG132、参照として使用されたプロテアソーム阻害剤に対して較正された、最大作用レベル(最も高いMDM2i(2)試験濃度での阻害)と規定され、IC50は、MDM2i(2)応答が参照阻害剤に対して−50の絶対阻害に到達したμM濃度と規定される。細胞系計数はMDM2i(2)化学的感受性およびp53変異状態、および関連する統計値に細分化される。データは、関連する統計値の分割表としても提示される。
このデータは、そのp53状態が野生型である場合は、細胞系がMDM2i(2)への感受性を示す可能性がより高いことを示す。実際は、大多数のp53変異細胞系は化合物に非感受性であることが見出されるが、p53野生型細胞系の2/3より多くのものは感受性である。
このデータから、p53野生型遺伝子型はMDM2i感受性の第1の指標であり、したがって、MDM2iに応答するがん患者を選択するために考慮すべき第1の層化バイオマーカーであると結論づけることができる。
実施例3: ゲノムデータおよび臨床関連事象からのMDM2iへの細胞系の化学的感受性の予測。
任意のMDM2i処置の前に、感受性細胞系を非感受性細胞系と識別するバイオマーカーを同定する目的で、MDM2i(2)処置によって与えられる2つの細胞系感受性群を比較する。そのようなバイオマーカーは、任意のMDM2i処置の感受性を予測するために使用される。分析するバイオマーカーは、以下のタイプである:1)RMA標準化法によって要約される、Affymetrix GeneChip(商標)技術とHG−U133プラス2アレイによって生成される遺伝子レベルの発現値;2)Affymetrix SNP6.0技術(Affymetrix Santa Clara、CA、USA)で得られ、Affymetrix aptソフトウェアを使用して処理され、HapMap参照正常試料のコレクションに対するlog2変換比で表される、遺伝子レベルの染色体コピー数の値;3)実施例2で上に記載される、遺伝子レベルの遺伝子の改変または変異;4)GeneGo Metacore(登録商標)知識ベースで参照される、経路に寄与する遺伝子にわたる標準化された平均アプローチによって経路発現レベルを要約する、経路レベルの発現値;5)細胞系系統(起源の細胞系組織);6)遺伝子改変、コピー数および発現情報を統合することによる、腫瘍抑制遺伝子のセレクションの活性化状態を要約する、遺伝子レベルの腫瘍サプレッサー状態。そのようなゲノムデータはCCLE細胞系ゲノムおよび遺伝子の特徴付けとの関連で生成され、合計約45,000個のゲノム特性をカバーする。
任意のMDM2i処置の前に、感受性細胞系を非感受性細胞系と識別するバイオマーカーを同定する目的で、MDM2i(2)処置によって与えられる2つの細胞系感受性群を比較する。そのようなバイオマーカーは、任意のMDM2i処置の感受性を予測するために使用される。分析するバイオマーカーは、以下のタイプである:1)RMA標準化法によって要約される、Affymetrix GeneChip(商標)技術とHG−U133プラス2アレイによって生成される遺伝子レベルの発現値;2)Affymetrix SNP6.0技術(Affymetrix Santa Clara、CA、USA)で得られ、Affymetrix aptソフトウェアを使用して処理され、HapMap参照正常試料のコレクションに対するlog2変換比で表される、遺伝子レベルの染色体コピー数の値;3)実施例2で上に記載される、遺伝子レベルの遺伝子の改変または変異;4)GeneGo Metacore(登録商標)知識ベースで参照される、経路に寄与する遺伝子にわたる標準化された平均アプローチによって経路発現レベルを要約する、経路レベルの発現値;5)細胞系系統(起源の細胞系組織);6)遺伝子改変、コピー数および発現情報を統合することによる、腫瘍抑制遺伝子のセレクションの活性化状態を要約する、遺伝子レベルの腫瘍サプレッサー状態。そのようなゲノムデータはCCLE細胞系ゲノムおよび遺伝子の特徴付けとの関連で生成され、合計約45,000個のゲノム特性をカバーする。
2つの細胞系群ゲノム特性を比較するために、特性タイプによってウィルコクソンの符号付順位検定またはフィッシャーの直接確率検定を使用する。連続的値(遺伝子発現およびコピー数、経路発現特性)を有する特性は、ウィルコクソンの符号付順位検定にかけ、別個の値(遺伝子の改変、腫瘍サプレッサー状態および系統特性)を有するものは、感受性と非感受性細胞系群の間の差別的プロファイル評価のために、フィッシャーの直接確率検定にかける。感受性の細胞系群を非感受性のものと区別する重要な特性は、間違った発見率によって制御されるp値カットオフにパスするものである。p値制限にかかわりなく、特性タイプにつき最小または最大数の特性も必要とされる。特性選択ステップに及ぼす特性間の高い相関度の影響を最小にするために、前処理ステップとして統計検定の前に特性データをクラスター化する。このステップは、FreyおよびDueckの親和性増殖法(Clustering by Passing Messages Between Data Points。Frey B.およびDueck D.、Science 315:972〜6、2007)を使用して特性タイプレベルで実施され、ほとんどの変動性を代表する特性セットを検索する。
バイオマーカー同定を狙うこの2つのクラスの比較のために、細胞系感受性群またはクラスは以下の通りに規定される:47個の感受性細胞系の感受性群および204個の非感受性細胞系の非感受性群。この非感受性群を構成する204個の細胞系は、実施例2で指摘する309個の非感受性細胞系セットからの最も非感受性のものである。この特性選択ステップは、非感受性のものから感受性の細胞系群を識別するための重要な差別的プロファイルを有し、したがって、MDM2iへの試料の化学的感受性を予測するマーカーとして考慮すべき必要な特性を有する、合計約200個の重要な特性を与えた。上で実施例2に記載の通り、関連するバイオマーカーはp53変異状態それ自体である。特性選択ステップの統計値(p値1.17E−21)は、MDM2iへの感受性を予測するその役割を確認した。さらに、p53状態に関連するオッズ比(0.024)は、p53変異がMDM2i非感受性細胞系でより多く現れることを示す。さらに注目すべきは、さらに特性選択ステップの統計値によると、大部分の予測的バイオマーカーは、p53転写標的遺伝子のサブセットであることが見出される。これらを、表2/図3に示す。図3に示す通り、それらの変化倍率は、これらのバイオマーカーの転写産物がMDM2i感受性の細胞系集団でより多く発現されることを示す。このことは、MDM2iに感受性である細胞系では、任意の処置の前にあるレベルのp53機能活性が予め存在していることをおそらく示している。
表2/図3のバイオマーカーがMDM2i感受性細胞での機能的p53経路を反映することは、図4で検証される。図4で、細胞溶解の前に、細胞は、漸増濃度のMDM2i(1)で4時間処置された。指示通り、50mMトリス−HCl pH7.5、120mMのNaCl、1mMのEDTA、6mMのEGTA pH8.5、1%のNP−40、20mMのNaF、1mMのPMSFおよび0.5mMのNa−Vanadatを含有する細胞溶解緩衝剤を使用して、全細胞溶解物を調製し、タンパク質をNuPAGE 4〜12%ビス−トリスゲル(Invitrogen#NP0322BOX、Lucerne;Switzerland)で分離し、半湿式ブロットシステムを使用してニトロセルロースProtran(登録商標)BA85膜(Whatman#10401261:Piscataway、NJ、USA)の上に1cm2膜につき1.5mAで2時間移し、抗ホスホ−p53(Ser15)(1/1000;Cell Signaling Technology#9284:Beverly、MA、USA)ウサギポリクローナル抗体、または抗p53(Ab−6)(汎親和性、クローンDO−1)(1/1000;Calbiochem#OP43 San Diego、CA、USA)、抗MDM2(Ab−1、クローンIF2)(1/1000;Calbiochem#OP46)、抗p21WAF1(Ab−1、クローンEA10)(1/500;Calbiochem#OP64:San Diego、CA、USA)または抗α−チューブリン(Sigma#T5168:St.Louis、MO、USA)マウスモノクローナル抗体でイムノブロットした。図4に示すように、MDM2i(1)の濃度を増加させることはp53タンパク質レベルの安定化を誘導し、C3AとCOLO792細胞の両方でホスホ−p53の有意な増加はない。興味深いことに、MDM2i(1)による処置は、C3A感受性細胞でp53標的遺伝子p21(CDKN1A)とMDM2の両方の強力な新規発現も誘導するが、COLO−792非感受性細胞系では誘導しない。全体として、このデータは、MDM2i阻害剤への感受性が内在性の機能的p53経路の存在に直接に関係があること、表2/図3のバイオマーカーがセットとして一緒に、または単独で、処置の前のp53経路の機能性を直接に示すことを示し、および、これらのバイオマーカーがp53の作用機構と相関する患者感受性を予測する強力な能力を有することを示す。
重要なゲノム特性は、2つのMDM2i化学的感受性群またはクラスのナイーブなベイズ確率論モデリングのための基礎特性として使用される。モデリングステップの目標は、未知試料の患者応答(感受性または非感受性)を一定の信頼度で予測する、分類体系または分類子を誘導することである。予測モデルは、前述の2つの感受性クラスに層化される化学的に特徴付けられたCCLE細胞系集団の全体にわたってナイーブなベイズアルゴリズムを訓練することによって規定される。分類子の性能は、モデルを訓練するために使用されるデータの5倍の交差検証を5回反復することによって評価される。モデル性能は、以下のクラスレベルの尺度で要約される:感受性、特異性、正の予測値および負の予測値。感受性クラスは、感受性および正の予測値計算のための参照として使用される。ナイーブなベイズアルゴリズムのデフォルト出力は、1つのクラスまたは他方に割り当てるべき予測される各試料のためのスコアまたは確率である。確率閾値は、確率スコアを感受性または非感受性のクラスレベルの予測に変換すると規定される。確率閾値は、全ての予測される試料にわたって計算される感受性および特異性を最大にする確率と規定される。全体の、ほとんど同一の手順が、実施例2で参照されるCCLE刊行物においてより詳細に記載されている。
p53変異状態だけ、または約200個の遺伝子の全体の予測特性セットからよりも、表2に見出される少なくとも1つのバイオマーカー、あるいはセットとしての表2のバイオマーカーから、より優れた予測力を達成することができることを実証するために、これらの特性セットの各々からのナイーブなベイズモデルを訓練し、それらの性能を上記の通りに交差検証によって評価し、比較した(図5)。図5は、表2に見出される選択されたバイオマーカーが、p53変異状態および約200個の重要な特性のより大きな群より優れ、MDM2iへの患者応答性の予測で実質的な向上を提供することを実証する。正の予測値(PPV)によって性能を評価するとき、これは特に目ざましい。
76%の正の予測値(PPV)は、予測された感受性細胞系の76%がMDM2i処置に感受性であることを示唆する。臨床場面への外挿法として、76%のPPVは、腫瘍生検からMDM2i(2)に感受性であると予測されたがん患者の76%がMDM2i(2)処置に対して臨床応答を示すことも示唆する。表2のバイオマーカーを使用し、ナイーブなベイズ予測モデルに関連する患者層化による臨床応答のこの濃縮を、事前の患者層化のないベースライン臨床応答率と比較した。化学的感受性データから推定されるベースライン臨床応答率は、19%である。したがって、臨床観点では;表2のバイオマーカーは、予測された感受性患者集団で臨床応答の明らかな増加を有する。予測でのこの増加は、p53状態単独、または初期に選択されたおよそ200個のゲノム特性の全てについてアッセイするより大きく、より特異的である。これは図5で見ることができ、そこで、「全200個のバイオマーカー」特性バーは、初期選択されたおよそ200個のゲノム特性のPPVである。「全200個のバイオマーカー」特性について報告されたPPVは、59%である。p53だけを使用した場合のPPVは、56%である(図5)。表2に開示されるバイオマーカーセットのPPVは、76%である(「表2の選択されたバイオマーカー」)。一般に、200個のゲノム特性のより大きなデータセットは、MDM2i感受性の予測に関するより多くのデータポイントおよびより多くの見通しを提供するので、これは意外な結果である。しかし、セットとしてとられるとき、表2のバイオマーカーは予測値の17%の増加を提供するので、これは正しくない。今では100人中の17人のさらなる患者が正しい処置を受けると予測されるので、これはクリニックで重要である。
表2のバイオマーカーの予測値を試験するために、CCLEプロジェクトの一部として薬理学的特徴付けで以前に検討されなかった52個の細胞系を、MDM2iへのそれらの感受性について増殖アッセイでアッセイした。簡潔には、細胞を37℃で一晩、96ウェルプレートに平板培養し、MDM2iの漸増濃度で72時間処置する。製造業者の指示に従ってCellTiter−Glo Luminescent Cell Viability Assay(登録商標)(Promegaカタログ#G7571/2/3:Madison WI、USA)を使用して各ウェルでの細胞濃度を次に判定し、SYNERGY HTプレートリーダー(BioTek:Winooski、VT、USA)を使用して発光シグナルを測定する。XLfit(登録商標)を使用して、曲線あてはめによってIC50値を計算する(図6)。MDM2iへの細胞系の感受性は、実施例1に記載される細胞増殖阻害アッセイで試験した全ての細胞の観察されたIC50を比較することによって判定される。感受性のためのカットオフは、MDM2i(1)およびMDM2i(2)の両方についてIC50≦3μMに決定された。図5に開示される値を確認するために、上記の予測モデルを使用してあらゆる細胞系の感受性の予測を実施する。細胞系は、様々な腫瘍に由来する。例えば;黒色腫(COLO−829、COLO−849、IGR−1、MEL−JUSO、SK−MEL−1、SK−MEL−31、UACC−62、UACC−257)、白血病(BV173、EOL−1、GDM−1、HuNS1、L−540、MV−4−11、OCI−LY3、RS4:11、SUP−B15、HDLM2、JM1)、乳がん(CAL51、EFM−192、HCC202)、膵がん(DAN−G)、肝がん(JHH−5)および肺がん(RERF−LCK−KJ)。このアッセイは、表2に開示されるバイオマーカーの全てを単一のセットとして行った。全体として、36/52個の細胞系がMDM2iに感受性であると予測され、これらの36個の細胞系のうち24個は感受性で、66%の正の予測値をもたらしたが、再び、p53単独についてアッセイしたものより予測値(PPV)の有意な増加であった。非応答細胞をスクリーニングして除くことに関して、16/52個の細胞系はp53−MDM2阻害剤に非感受性であると予測され、13/16個は実際に非感受性であることが見出され、81%の有意な負の予測値(NPV)をもたらした。全体として、これらのデータは、図5に記載される予測モデルの性能に類似している。無関係な細胞系の実際のin vitro試験は、MDM2i化学的感受性予測モデルの試験を可能にし、したがって、表2に開示されるバイオマーカーの検証を可能にした。
実施例4: MDM2i処置は、腫瘍でのp21(CDKN1A)のmRNAおよびタンパク質レベルの用量依存的増加に相関する、腫瘍増殖阻害をin vivoで阻害する。
図3に開示される予測バイオマーカーをさらに検証するために、ヒト原発試料または細胞系からのin vivoヒト異種移植モデルをマウスの腫瘍に皮下に直接に注射して増殖させ、MDM2i感受性について次に評価した。全ての動物を4日間順応させ、食物および水を無制限に与えて病原体制御環境に収容した(III型ケージにつき5匹のマウス)。動物は、トランスポンダーで識別した。Kantonales Veterinaramt Basel−Stadtによって発行された認可番号1975に含まれた手順によって試験を実施し、Eidgenossisches TierschutzgesetzおよびEidgenossische Tierschutzverordnungを厳守した。3.0×106のSJSA−1骨肉腫細胞を100μlのPBS(Ca2+およびMg2+なし)に濃縮し、Harlanヌードマウスの右側腹部に注射することによって、皮下腫瘍を誘導した。MDM2iの投与は、細胞注射から12〜14日後に開始した。各投与の直前にMDM2iを調製した。MDM2i化合物を0.5%HPMC(ヒドロキシプロピルメチルセルロース)に溶解し、25、50または100mg/kgで毎日注射した(q24h)。ノギスによる測定(式l×w×h×π/6を使用した)から判定される腫瘍体積(TVol)を、1週当たり3回測定した。腫瘍応答は、T/Cのように、腫瘍体積の変化(エンドポイントから出発値を引く、mm3で表す)、すなわち、
図3に開示される予測バイオマーカーをさらに検証するために、ヒト原発試料または細胞系からのin vivoヒト異種移植モデルをマウスの腫瘍に皮下に直接に注射して増殖させ、MDM2i感受性について次に評価した。全ての動物を4日間順応させ、食物および水を無制限に与えて病原体制御環境に収容した(III型ケージにつき5匹のマウス)。動物は、トランスポンダーで識別した。Kantonales Veterinaramt Basel−Stadtによって発行された認可番号1975に含まれた手順によって試験を実施し、Eidgenossisches TierschutzgesetzおよびEidgenossische Tierschutzverordnungを厳守した。3.0×106のSJSA−1骨肉腫細胞を100μlのPBS(Ca2+およびMg2+なし)に濃縮し、Harlanヌードマウスの右側腹部に注射することによって、皮下腫瘍を誘導した。MDM2iの投与は、細胞注射から12〜14日後に開始した。各投与の直前にMDM2iを調製した。MDM2i化合物を0.5%HPMC(ヒドロキシプロピルメチルセルロース)に溶解し、25、50または100mg/kgで毎日注射した(q24h)。ノギスによる測定(式l×w×h×π/6を使用した)から判定される腫瘍体積(TVol)を、1週当たり3回測定した。腫瘍応答は、T/Cのように、腫瘍体積の変化(エンドポイントから出発値を引く、mm3で表す)、すなわち、
MDM2i(1)の抗腫瘍活性は、腫瘍でのp21(CDKN1A)mRNAレベルの有意な用量依存的誘導と相関していた(図7C)。簡潔には、DNA消化を実施しなかったこと以外は製造業者の指示に従ってQIAshredder(登録商標)(79654、Qiagen:Valencia、CA、USA)およびRNeasy Mini Kit(登録商標)(74106、Qiagen:Valencia、CA、USA)を使用して、細胞ペレットから全RNAを精製した。全RNAを50μLの無RNアーゼ水で溶出した。全RNAは、分光計ND−1000 Nanodrop(登録商標)(Wilmington、DE、米国)を使用して定量化した。対照プライマーおよびヒトp21(CDKN1A)(Hs00355782_m1、Applied Biosystems:Carlsbad、CA、USA)またはマウスp21(CDKN1A)(Mm00432448_m1、Applied Biosystems:Carlsbad、CA、USA)のためのプライマーで、すなわちTaqMan遺伝子発現キットアッセイ(20×プローブ色素FAM(商標)(またはVIC)−TAMRA(またはMGB);Applied Biosystems:Carlsbad、CA、USA)により、One−Step RT qPCR Master Mix Plus(RT−QPRT−032X、Eurogentec:Seraing、Belgium)を使用して、試料につき3反復でqRT−PCR(定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応)を設定した。より具体的には、H2Oと組み合わせて8μL/ウェルの総容量で、マスター混合液を、1×Master Mix緩衝液、1×プライマー溶液および1×Euroscript逆転写酵素の最終濃度で、氷の上で調製した。MicroAmp光学384ウェル反応プレート(4309849、Applied Biosystems)をベンチの上に固定し、2μLのmRNA(濃度:10または20ng/μl)(または陰性対照のために水)を3反復でピペットにより移し、続いて8μL/ウェルのマスター混合液を添加した。MicroAmp光学接着フィルムキット(4313663、Applied Biosystems:Carlsbad、CA、USA)でプレートを次にカバーし、4℃において1000rpmで5分間遠心分離し、7900HT高速リアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems:Carlsbad、CA、USA)に置いた。48℃で30分間の1サイクル、95℃で10分間の1サイクル、および最後に95℃で15秒間および60℃で1分間を交互に用いる40サイクルでプログラムを実行した。サイクル数(CT)を判定し、2−CT値を計算し、GAPDH対照から得た2−CT値で割ることによって値を標準化した。対照(すなわちDMSOまたはビヒクルで処置された動物)に対する増加倍率を計算し、棒グラフで表示した。
さらに、免疫組織化学によって判断される通り、MDM2i(1)の抗腫瘍活性は、腫瘍でのp21(CDKN1A)タンパク質レベルの有意な用量依存的誘導と相関していた(図8)。SJSA−1異種移植腫瘍を収集し、腫瘍の中央から3〜4mm切片を取り出し、前標識した組織カセットに移し、4℃で前冷却した中性緩衝ホルマリン(NBF)10(v/v)%(pH6.8〜7.2)(J.T.Baker、Winter Garden、FL、USA)に液浸固定した。腫瘍を次に室温で24時間固定し、続いてパラフィン化のためにTPC 15Duo(Tissue Processing Center、Medite)で処理した。その後、腫瘍切片をパラフィンに包埋し、各パラフィンブロックからいくつかの3μm厚切片を回転式ミクロトーム(Mikrom International AG、Switzerland)で切り出し、48℃の水浴に広げ、ガラススライド(SuperFrost Plus、Thermo Scientific:Waltham、MA、USA)に載せ、37℃で一晩、または60℃で30分間、オーブンで乾燥させた。乾燥させた組織切片を、免疫組織化学(IHC)染色のために処理した。p21(CDKN1A)の免疫組織化学を、Dakoからのマウスモノクローナル抗体クローンSX118(カタログ番号M7202 Dako:Carpenteria、CA、USA)を1:50の希釈で使用して実施した。SA−HRP溶液(Ventana/Roche Diagnostics GmbH、Mannheim、Germany)を省略して、N−Histofine Mousestainキット(Nichirei Bioscience Inc、Japan)をDABMapキット色素体システムと一緒に使用して、Ventana Discovery XT自動免疫染色装置で免疫組織化学を実施した。穏やかな(95℃で8分間+100℃で20分間)条件でCell Conditioning ULTRA(登録商標)(Ventana/Roche Diagnostics GmbH、Mannheim、Germany)を使用して、抗原回収を行った。製造業者の指示に従って、一次抗体のインキュベーションの前後に、N−Histofine Mousestainキット(登録商標)(Nichirei Bioscience Inc、Japan)からのブロック試薬AおよびBを使用して、マウス交差反応性をブロックした。一次抗体はDako抗体希釈剤(AbD)での所望の希釈により手動で適用し、続いて周囲温度で1時間インキュベートした。対応する陰性対照は、AbDだけでインキュベートした。その後N−Histofine Mousestainキット(登録商標)(Nichirei)からの標識ポリマーシステムSimple Stain Mouse MAX PO(M)およびDABMapキット(Ventana/Roche Diagnostics)からのDAB基質を使用して、切片を染色した。切片の対比染色は、ヘマトキシリン(Ventana/Roche Diagnostics)を使用して行った。自動染色を実行した後、スライドはエタノールの段階系列で脱水し、キシレンでクリアにし、Pertex(登録商標)マウント剤でマウントした。
実施例5: ヒト原発腫瘍マウス異種移植モデルおよびヒト原発腫瘍でのMDM2i(2)感受性の予測。
バイオマーカー、およびそれらの関連する予測力がin vitro細胞系の外に存在するかどうか実証するために、ヒト原発腫瘍試料および異種移植モデルのコレクションでMDM2i感受性を予測するために、表2のバイオマーカーをナイーブなベイズ予測モデルと共に使用した。
バイオマーカー、およびそれらの関連する予測力がin vitro細胞系の外に存在するかどうか実証するために、ヒト原発腫瘍試料および異種移植モデルのコレクションでMDM2i感受性を予測するために、表2のバイオマーカーをナイーブなベイズ予測モデルと共に使用した。
ナイーブなベイズ確率論モデリングの特性の基礎として、表2の全てのバイオマーカーの遺伝子レベルの発現値を使用した。それらは実施例3に記載される通りに生成し、唯一の差は、標準化が正常試料と腫瘍試料の参照セットを標的にした、RMA要約ステップであった。ナイーブなベイズモデリングは、実施例3に記載されている通りに実行する。
感受性予測のために提出されたヒト原発腫瘍試料および異種移植モデルは、それぞれ約18,000個および503個の試料のコレクションであり、Affymetrix技術(ヒトゲノムU133プラス2.0アレイ)で生成されたその遺伝子発現プロファイルが利用可能である。コレクションの試料は、病理学、組織学および原発部位を含む試料オントロジーのために管理された用語集により、内部注釈がついていた。公開および内部のソースから関連する遺伝子チップデータを集め、一貫性のための同じ標準試料に対して上記の通り標準化した。
コレクションからのMDM2i予測感受性試料の比を、上の実施例3に記載されるMDM2i(2)化学的感受性データによって与えられる感受性細胞系の割合と比較した。優れた相関は、ヒト原発腫瘍試料でMDM2i感受性を予測する図3に開示されるバイオマーカーの能力を実証すると予想される。明暸性のために、感受性細胞系の割合が細胞系の化学的感受性データで過小評価されている系統を潜在的に同定することに加えて、感受性予測比と感受性細胞系比の比較は組織起源によって分割される。
図9(左パネル)は、コレクションからの予測された感受性ヒト原発腫瘍試料とMDM2i化学的感受性データからの感受性細胞系の間の相関を示す。それは、表2に開示されるバイオマーカーを示し、in vitro細胞系試料の外で感受性を予測するためのその使用は有効である。それは、ヒト原発腫瘍試料でMDM2i化学的感受性を予測するために、表2に開示されるバイオマーカーを使用することができることも示す。それは、以前に調査されていない新しい腫瘍指標を明らかにし、現在の研究で見出される結果を確認する。新しい指標、例えば肝臓(肝細胞癌)および腎臓(腎細胞癌)は、MDM2iによる処置のために表2に開示されるバイオマーカーで前臨床的および臨床的に評価するべき潜在的に新しい疾患指標を表す。図9Aは、原発黒色腫腫瘍でMDM2i化学的感受性を予測するために、表2に開示されるバイオマーカーを使用することができることも示し、現在の研究で見出される結果と一致する。
図9(右パネル)は、予測された感受性ヒト原発腫瘍試料の画分と原発腫瘍異種移植コレクションでの予測された感受性比の間の相関を示す。腫瘍試料/異種移植/細胞系は、系統によって組織化される。両パネル中の破線は、同一系である。それは、例示されたサインおよび関連する予測分類子を研究し、検証することができる、in vivoマウス異種移植モデルから生成されたデータが、in vivoのコレクション試料の残りからのデータと一致することを示す。それは、マウス異種移植モデルが、in vivo前臨床の場面では、がん患者および疾患指標の臨床転帰を予測するための、p53下流標的遺伝子ベースの分類子アプローチを検証するソース材料であることを確認する。
実施例6: 同定された13個のバイオマーカーの単一のバイオマーカーおよび任意の組合せは、MDM2iへの化学的感受性を予測する。
ナイーブなベイズ予測モデリングフレームワークと共に使用するとき、表2に表される13個のバイオマーカーは、実施例3および5に例示されるように、in vitro系とin vivoの両方でMDM2i感受性を予測する。これらの13個のバイオマーカーのサブセットもMDM2i感受性を予測するかどうか調査するために、単一のバイオマーカーおよびそれらの複数の組合せを予測的モデリングの特性基礎として用いる。次にそれらの予測性能を、MDM2i感受性予測のための予測特性として使用するときに、完全な13個のバイオマーカーまたはp53変異状態で達成されるものと比較する。
ナイーブなベイズ予測モデリングフレームワークと共に使用するとき、表2に表される13個のバイオマーカーは、実施例3および5に例示されるように、in vitro系とin vivoの両方でMDM2i感受性を予測する。これらの13個のバイオマーカーのサブセットもMDM2i感受性を予測するかどうか調査するために、単一のバイオマーカーおよびそれらの複数の組合せを予測的モデリングの特性基礎として用いる。次にそれらの予測性能を、MDM2i感受性予測のための予測特性として使用するときに、完全な13個のバイオマーカーまたはp53変異状態で達成されるものと比較する。
p53変異状態の2つの例が、実施例6で考慮される。これらの2つの例は、実施例2で指摘したように、CCLE細胞系のExome Capture Sequencingデータから規定され、患者の層化または臨床注釈のためにp53遺伝子が配列決定をされる臨床場面の代用であることを意図する。
p53変異状態の第1の例は、p53のエクソン5〜8にわたる変異から規定される。エクソン5〜8は、p53のDNA結合性ドメインを包含し、それは記載されたp53変異の大多数を含有し、臨床場面で一般的に配列決定の対象にされるp53エクソンである(例えば、新しい自動DNAシーケンサーによるp53遺伝子の急速配列決定。Bharaj B.、Angelopoulou K.およびDiamandis E.、Clinical Chemistry 44:7 1397〜1403、1998)。第2の例は主なp53転写産物の完全なオープンリーディングフレームを考慮し、したがって全てのコードエクソン変異から規定される。
表2に開示される13個のバイオマーカーのリストから、複数のバイオマーカー組合せを生成することができる。2〜12個のバイオマーカーからの全ての組合せタイプが、MDM2i化学的感受性の予測的モデリングの特性基礎として評価される。50個を超える異なる組合せが所与の組合せタイプに存在するとき、評価される組合せの数は50に制限される。各組合せタイプの50個全ての組合せは、ランダムに選び出した。
上記の特性セット(単一のバイオマーカー、2〜12個のバイオマーカー組合せ、p53変異状態の例)に関連する全ての予測的モデルを大部分は実施例3に記載の通りに訓練し、評価した。実施例3と異なることは、以下の通りである:トレーニングデータは実施例3で使用されたものよりわずかに大きく、264個の細胞系(感受性のクラスから47個および非感受性クラスから217個)を包含する;5倍の交差検証スキームで細胞系を感受性または非感受性と呼ぶために、ナイーブなベイズ確率論モデリングで0.5のp値閾値を使用した。さらに、交差検証過程によって生成された全ての試料層をランダムに選択し、お互いに独立していた。組合せの予測モデルの性能ならびにp53変異状態例および13個のバイオマーカーモデルとのそれらの比較を、図10〜12に示す。
図10は、単一のバイオマーカー、組合せ、13個のバイオマーカーおよびp53変異モデルによって達成された正の予測値(PPV)を表す。PPVは、考慮されたモデリング過程による患者選択の後に臨床試験で予想される臨床効力の推定値である。便宜上、特性セットにつきプロットに5つを超えるデータポイントがあるとき、データは箱髭図で表される。
図10は、わずか2個および3個のバイオマーカーからの組合せが、エクソン5〜8のp53変異(「ex5to8mt」)および全エクソンp53変異特性(「allExMt」)にそれぞれ優ることを示す。実際は、データの正規分布を仮定すると、髭の末端によって規定される上限および下限は、データポイントの約99%を包含する。したがって、評価した2−および3−バイオマーカー組合せの大部分は、p53変異状態例によって達成されたものより高いPPVを示す。さらに、全ての単一の遺伝子モデルが2つのp53変異例に優るとは限らないとしても、それらの大半(およそ75%、箱プラス上髭)はp53全エクソン変異に優る。注目すべきことに、考慮された試料集団では全ての単一遺伝子モデルは感受性細胞系比(約18%)より高いPPVをもたらし、わずか1つのバイオマーカーから構築されたMDM2i感受性予測モデルが、感受性試料で選択された試料を濃縮することが可能なことを示す。
さらに、図10にグラフ表示される通り、このモデリング演習の下で、p53エクソン5〜8変異状態モデルによって与えられるPPVは、5回の交差検証反復の平均で48%である。それは、実施例3に開示されるp53変異PPV(56%)より有意に低い。これは、一般的な慣行である、p53エクソン5〜8の配列決定が患者選択のために用いられる臨床場面では、例示された13個のバイオマーカーに基づく患者選択が、実施例3から予想されるよりさらに高い付加値を有することを示す。
図11は、評価された、いくつかのモデルによって達成された特異性を示す。図10のPPVに関しては、わずか2つのバイオマーカーから構成されるあらゆる組合せは、変異例だけから得られるものより高い特異性を達成するのに十分である。モデル性能を監視するために特異性が使用される場合は、全ての単一バイオマーカーモデルは変異に優る。
図12は、感受性を示す。感受性はリコールとも呼ばれ、患者選択の結果保持される真に感受性の患者集団の推定値である。MDM2i感受性予測モデルのための特性基礎としての9つのバイオマーカーの組合せは、完全な13バイオマーカーリストで達成されるものと同等の感受性を得るのに十分である。しかし、わずか少数の9−バイオマーカー組合せだけが、2つのp53変異状態予測モデルによって与えられるものより高い感受性を達成する。しかし、注目すべきことに、わずか2つのバイオマーカーからの評価された全ての組合せ、および単一バイオマーカーモデルの大半は、ランダム分類の結果偶然に予想されるものより高い感受性を提示する(約18%)。
図10、11および12からの結論では、MDM2iへの化学的感受性を予測するモデルで特性基礎として使用するとき、単一のバイオマーカーは、臨床場面で潜在的にMDM2iに応答する患者の有意な濃縮をもたらす試料感受性予測を達成するのに十分である。さらに、任意の2つ以上のバイオマーカーから構成された組合せは、p53変異に基づく患者選択で得られたものに対して、予想される臨床効力を増加させる。表2に掲載されるバイオマーカーのいずれかから8つのバイオマーカーを組み合わせることは、13個のバイオマーカーモデルによって与えられるものと同等の患者リコールを達成するのに十分である。13個の遺伝子サインおよび関連する組合せについて得られる予測モデル性能測定基準は、実施例3で行われたように、モデルのナイーブベイズ確率論ステップで使用されるクラス帰属p値閾値を最適化することによって、さらに最適化することができる。
さらなる実施形態では、表2に表すバイオマーカーがp53変異状態と共同してMDM2i化学的感受性を予測することができるかどうかについて調査される。単一のバイオマーカーおよび2つ以上のバイオマーカーの組合せは、特性リストでp53変異状態と組み合わせられる。以前におよび上で記載される通り、特性リストは次に感受性予測モデリングの基礎として利用される。生じた複数のモデルの性能は、上記のように評価される。
例として使用されるp53変異状態例は、p53エクソン5〜8の変異である。図13、14および15は、p53変異をバイオマーカーと組み合わせたそれらのモデルのPPV、特異性および感受性をそれぞれ表し、変異のみのモデルおよび完全な13−バイオマーカーモデルによって与えられる結果と比較される。
図13は、13のリストからの少なくとも単一のバイオマーカーが、p53変異状態と共同で、データの基礎感受性比率(18%)より高いPPVを達成するのに十分であることを示す。図13は、予測モデルで特性として用いられるとき、単一のバイオマーカーが、最低限、なおp53変異状態と一緒に、上記の2つのp53変異状態例で得られるものより高いPPVを達成することも示す。最後に、p53変異と一緒の任意の5つのバイオマーカーは、13個のバイオマーカーのモデルによって達成されるPPVを再現する。
特異性および感受性がモデル性能測定基準として考慮されるとき、図14および15から同じ結論が引き出される。図15から注目すべきことは、p53変異と共にモデル化される場合は、わずか1つのバイオマーカーから高い感受性を得ることができる。
結論として、表2からの単一または複数のバイオマーカーをp53変異状態と組み合わせることは、MDM2i感受性の予測を可能にし、治療または臨床場面での患者選択のために適用されるときは、潜在的なMDM2i応答患者の損失を限定して有意な濃縮をもたらす。
実施例7: 同定された13個のバイオマーカーはin vivoおよび前選択された野生型p53ヒト原発異種移植モデルで、MDM2iへの化学的感受性を予測する。
図3に開示される予測的バイオマーカーをさらに検証するために、マウスの皮下にヒト原発腫瘍を直接に移植し、増殖させ、次にMDM2i感受性について評価した。全ての動物を4日間順応させ、食物および水を無制限に与えて病原体制御環境に収容した(III型ケージにつき5匹のマウス)。動物は、トランスポンダーで識別した。Kantonales Veterinaramt Basel−Stadtによって発行された認可番号1975に含まれた手順によって試験を実施し、Eidgenossisches TierschutzgesetzおよびEidgenossische Tierschutzverordnungを厳守した。皮下腫瘍は、ヒト患者腫瘍の腫瘍断片(3×3×3mm3)をHarlanヌードマウスの右腹部に移植することによって誘導した。腫瘍が150〜200mm3のサイズになったときにMDM2i(1)の投与が開始され、処置期間は4週までであった。MDM2i(1)は、各投与のために新たに作製した。MDM2i(1)を0.5%HPMC(ヒドロキシプロピルメチルセルロース)に溶解し、100mg/kgで毎日注射した(q24h)。ノギスによる測定(式l×w×h×π/6を使用した)から判定される腫瘍体積(TVol)を、1週当たり3回測定した。腫瘍応答は、腫瘍体積の変化の百分率、すなわち、
図3に開示される予測的バイオマーカーをさらに検証するために、マウスの皮下にヒト原発腫瘍を直接に移植し、増殖させ、次にMDM2i感受性について評価した。全ての動物を4日間順応させ、食物および水を無制限に与えて病原体制御環境に収容した(III型ケージにつき5匹のマウス)。動物は、トランスポンダーで識別した。Kantonales Veterinaramt Basel−Stadtによって発行された認可番号1975に含まれた手順によって試験を実施し、Eidgenossisches TierschutzgesetzおよびEidgenossische Tierschutzverordnungを厳守した。皮下腫瘍は、ヒト患者腫瘍の腫瘍断片(3×3×3mm3)をHarlanヌードマウスの右腹部に移植することによって誘導した。腫瘍が150〜200mm3のサイズになったときにMDM2i(1)の投与が開始され、処置期間は4週までであった。MDM2i(1)は、各投与のために新たに作製した。MDM2i(1)を0.5%HPMC(ヒドロキシプロピルメチルセルロース)に溶解し、100mg/kgで毎日注射した(q24h)。ノギスによる測定(式l×w×h×π/6を使用した)から判定される腫瘍体積(TVol)を、1週当たり3回測定した。腫瘍応答は、腫瘍体積の変化の百分率、すなわち、
MDM2iへの感受性のために使用したカットオフは、完全腫瘍体積測定(最長直径の合計の代わりに)に適合させたRECISTに基づき、すなわち、感受性であるか応答性であるとみなされたモデルは、完全な応答(完全退行)、または部分的な応答(腫瘍体積の>50%の減少)または安定した疾患(腫瘍体積の50%の減少から35%の増加の間)を提示した。進行性の疾患(腫瘍体積の>35%の増加)を示すin vivoモデルは、MDM2i処置に非応答性であると考えられた。例えばMDM2iによる持続的処置期間の後の抵抗性機構の出現によるいかなる誤ったコールをも避けるために、処置期間中の最大作用時点で感受性コールを出した。研究のために使用したヒト原発異種移植腫瘍モデルは様々な腫瘍に由来し、系統組成は図9に従って選択された、例えば、黒色腫(19)、結腸直腸がん(17)、脂肪肉腫(3)、腎細胞癌(3)、肝がん(7)、乳がん(1)、膵がん(2)および肺がん(3)。あらゆるヒト原発異種移植腫瘍モデルの感受性の予測は、大部分は実施例3および5に例示される通りに、単一のセットとしての表2に開示される全てのバイオマーカーおよび予測モデルを使用して実施した。この特定の例では、77個のMDM2i(2)感受性細胞系を557個の非感受性細胞系と比較することによって、ナイーブなベイズ確率論規則を訓練し、それより上では異種移植腫瘍モデルはMDM2阻害に感受性であると予測されるナイーブなベイズ予測モデル確率閾値は0.2に設定した。さらに、感受性および非感受性クラスへのトレーニング細胞系の化学的感受性の帰属は、実施例2に例示される通りに行い、唯一の差は、所与の細胞系のために薬理学的特徴付けが繰り返されたときに、繰り返された感受性の要約のために細胞系感受性測定基準の中央値を使用したことである。
図16に示すように、27/55個のヒト原発異種移植腫瘍モデルはMDM2iに感受性であると予測され、これらの27個のin vivoモデルのうち、19個は実験により感受性であると確認され、70.5%の正の予測値になり、49%の基礎応答率を向上させた。さらに、28/55個のin vivoモデルはMDM2iに非感受性であると予測され、20/28個は実験により非感受性であると確認され、71.5%の有意な負の予測値(NPV)になった。全体として、これらのデータは、図5に記載される予測モデルの性能と同等である。MDM2i処置へのヒト原発異種移植腫瘍モデルの応答の評価は、in vivoでのMDM2i化学的感受性予測モデルの検証を可能にし、したがって、マウスの患者由来の異種移植腫瘍を使用して、表2に開示されるバイオマーカーの妥当性を確認した(図16)。
この研究で使用した全55個のヒト原発異種移植腫瘍モデルのために、p53変異コールが利用可能である。それらのうちの34個は、野生型p53である。図17に示すように、22/34個の野生型p53ヒト原発異種移植腫瘍モデルはMDM2iに感受性であると予測され、これらの22個のin vivoモデルのうち、18個は実験により感受性であると確認され、82%の正の予測値になり、65%の基礎応答率を再び有意に向上させた。34個のうちの12個のモデルはMDM2iに非感受性であると予測され、8/12個は実験により非感受性であると確認され、66.5%の有意な負の予測値(NPV)になった。全体として、これらのデータは、図5に記載される予測モデルの性能と同等であり、マウスの野生型p53の選択された患者由来の異種移植腫瘍を用いて、表2に開示されるバイオマーカーを再び立証した(図17)。
結論として、図5に記載されるin vitro予測モデルの性能が、ヒト原発異種移植腫瘍モデルを使用して確認され、表2に開示されるバイオマーカーをin vivoでさらに立証した。重要なことに、ここに記載される知見は、選択されていないがん患者または野生型p53の前選択されたがん患者集団における、MDM2i化学的感受性予測モデルの使用を支持する。
Claims (49)
- ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)による処置へのがん患者の感受性を予測する方法であって、
患者から得たがん試料中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現についてアッセイする工程を含み、少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現は、MDM2iによる処置に患者が感受性であることを示す、方法。 - 1つ超のバイオマーカーが表2から選択される、請求項1に記載の方法。
- バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENの遺伝子発現についてアッセイする工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーのアッセイの前にp53を変異についてアッセイし、p53の変異の存在はMDM2iへの感受性の低下を示す、請求項1に記載の方法。
- がん試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質が測定される、請求項1に記載の方法。
- MDM2iがイソキノリノンである、請求項1に記載の方法。
- MDM2iが表1から選択される、請求項1に記載の方法。
- がん患者を処置する方法であって、
患者から得たがん試料中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現についてアッセイする工程であって、少なくとも1つのバイオマーカーの存在はMDM2iへの患者の感受性を示す、工程、および
患者にMDM2iを投与する工程
を含む、方法。 - 1つ超のバイオマーカーが表2から選択される、請求項9に記載の方法。
- バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする工程を含む、請求項9に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーのアッセイの前にp53を変異についてアッセイし、p53の変異の存在はMDM2iへの感受性の低下を示す、請求項9に記載の方法。
- MDM2iの投与の前に患者から生体試料を得る工程、および、MDM2i未処置のがん試料中での表2からの少なくとも1つのバイオマーカーの差別的遺伝子発現を、MDM2i処置がん試料と比較する工程をさらに含み、遺伝子発現の増加は継続した患者感受性を示す、請求項9に記載の方法。
- がん試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される、請求項9に記載の方法。
- MDM2iがイソキノリノンである、請求項9に記載の方法。
- MDM2iが表1から選択される、請求項9に記載の方法。
- MDM2iが治療的有効量で投与される、請求項9に記載の方法。
- ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)へのがん細胞の感受性を予測する方法であって、
患者試料から得たがん細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現についてアッセイする工程を含み、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現は、MDM2iによる処置にがん細胞が感受性であることを示す、方法。 - 1つ超のバイオマーカーが表2から選択される、請求項18に記載の方法。
- バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする工程を含む、請求項18に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーのアッセイの前にp53を変異についてアッセイし、p53の変異の存在はMDM2iへの感受性の低下を示す、請求項18に記載の方法。
- がん試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される、請求項18に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質が測定される、請求項18に記載の方法。
- MDM2iがイソキノリノンである、請求項18に記載の方法。
- MDM2iが表1から選択される、請求項18に記載の方法。
- MDM2iが治療的有効量で投与される、請求項18に記載の方法。
- ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)へのがん細胞の感受性を判定する方法であって、
a)がん細胞を少なくとも1つのMDM2iと接触させる工程;
b)MDM2iと接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程であって、少なくとも1つのバイオマーカーの発現はMDM2iへの感受性を示す、工程;および
c)少なくとも1つのMDM2iで処置したがん細胞の細胞増殖を、未処置またはプラセボ処置がん細胞と比較する工程であって、未処置またはプラセボ処置がん細胞と比較するとき、処置されたがん細胞の細胞増殖が低減されている、工程
を含む、方法。 - 少なくとも1つのMDM2iと接触させたがん細胞の低減された細胞増殖が、1μM未満のIC50を有する、請求項27に記載の方法。
- MDM2iがイソキノリノンである、請求項27に記載の方法。
- MDM2iが表1から選択される、請求項27に記載の方法。
- 少なくとも2つの異なる時点で細胞をMDM2iと接触させる、請求項27に記載の方法。
- ステップa)で細胞を2つの異なるMDM2iと接触させる、請求項27に記載の方法。
- 細胞を2つの異なるMDM2iと同時に接触させる、請求項27に記載の方法。
- 細胞を2つの異なるMDM2iと異なる時点で接触させる、請求項27に記載の方法。
- がん細胞が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質が測定される、請求項27に記載の方法。
- バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする工程を含む、請求項27に記載の方法。
- ステップb)およびc)が、MDM2iの各用量の投与の後、4時間、8時間、16時間、24時間、48時間、3日、1週、1カ月および数カ月後からなる群から選択される時点で繰り返される、請求項27に記載の方法。
- MDM2i候補についてスクリーニングする方法であって、
a)細胞をMDM2i候補と接触させる工程;
b)MDM2i候補と接触させた細胞中で、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を測定する工程であって、少なくとも1つのバイオマーカーの発現はMDM2iへの感受性を示す、工程;および
c)MDM2i候補と接触させた細胞からの細胞増殖の低減を、表1からとられたMDM2iと接触させた細胞の細胞増殖の低減、および未処置またはプラセボ処置した細胞の細胞増殖と比較する工程
を含む、方法。 - バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする、請求項39に記載の方法。
- MDM2i候補が、表2の少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現を増加させる、請求項39に記載の方法。
- 細胞が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択されるがん細胞である、請求項39に記載の方法。
- 表2の少なくとも1つのバイオマーカーのmRNAまたはタンパク質の発現が測定される、請求項39に記載の方法。
- バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENについてアッセイする工程を含む、請求項39に記載の方法。
- 選択されたがん患者集団におけるがんの処置で使用するためのMDM2iを含む組成物であって、がん患者集団が、前記患者から得たがん細胞試料中での、表2から選択される少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子発現の出現に基づいて選択される、組成物。
- がん細胞試料が、乳房、肺、すい臓、卵巣、中枢神経系(CNS)、子宮内膜、胃、大腸、結腸、食道、骨、尿路、造血、リンパ系、肝臓、皮膚、黒色腫、腎臓、軟部組織肉腫および胸膜からなる群から選択される、請求項45に記載の組成物。
- バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENの遺伝子発現に基づいて患者が選択される、請求項45または46に記載の組成物。
- ヒト二重微小染色体2阻害剤(MDM2i)による処置へのがん患者の感受性を予測するためのキットであって、
i)バイオマーカーMDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10BおよびAENの発現を検出する手段;ならびに
ii)前記キットの使用説明書
を含む、キット。 - 請求項1〜37に記載の方法のいずれかのための、請求項48に記載のキットの使用。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201261677859P | 2012-07-31 | 2012-07-31 | |
US61/677,859 | 2012-07-31 | ||
PCT/IB2013/056122 WO2014020502A2 (en) | 2012-07-31 | 2013-07-25 | Markers associated with human double minute 2 inhibitors |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2015526078A true JP2015526078A (ja) | 2015-09-10 |
Family
ID=49304035
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015524884A Pending JP2015526078A (ja) | 2012-07-31 | 2013-07-25 | ヒト二重微小染色体2阻害剤と関連するマーカー |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US9371568B2 (ja) |
EP (1) | EP2880447B1 (ja) |
JP (1) | JP2015526078A (ja) |
CN (1) | CN104520714A (ja) |
DK (1) | DK2880447T3 (ja) |
ES (1) | ES2742285T3 (ja) |
HU (1) | HUE045880T2 (ja) |
PL (1) | PL2880447T3 (ja) |
PT (1) | PT2880447T (ja) |
SI (1) | SI2880447T1 (ja) |
WO (1) | WO2014020502A2 (ja) |
Families Citing this family (44)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR101623985B1 (ko) | 2007-03-28 | 2016-05-25 | 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 | 스티칭된 폴리펩티드 |
TW201806968A (zh) | 2011-10-18 | 2018-03-01 | 艾利倫治療公司 | 擬肽巨環化合物 |
JP6450192B2 (ja) | 2012-02-15 | 2019-01-09 | エイルロン セラピューティクス,インコーポレイテッド | トリアゾール架橋した、およびチオエーテル架橋したペプチドミメティック大環状化合物 |
CN107216380A (zh) | 2012-02-15 | 2017-09-29 | 爱勒让治疗公司 | 拟肽大环化合物 |
PL2880447T3 (pl) * | 2012-07-31 | 2019-10-31 | Novartis Ag | Markery związane z wrażliwością na inhibitory ludzkiego białka „double minute " 2 (mdm2) |
US20150038511A1 (en) | 2012-08-09 | 2015-02-05 | Celgene Corporation | Treatment of immune-related and inflammatory diseases |
CN104812384B (zh) | 2012-11-01 | 2020-09-18 | 爱勒让治疗公司 | 二取代的氨基酸及其制备和使用方法 |
SG11201504334WA (en) | 2012-12-10 | 2015-07-30 | Resolution Bioscience Inc | Methods for targeted genomic analysis |
GB201311888D0 (en) | 2013-07-03 | 2013-08-14 | Glaxosmithkline Ip Dev Ltd | Novel compounds |
GB201311891D0 (en) | 2013-07-03 | 2013-08-14 | Glaxosmithkline Ip Dev Ltd | Novel compound |
US9657351B2 (en) | 2013-12-06 | 2017-05-23 | Hoffman-La Roche Inc. | MRNA-based gene expression for personalizing patient cancer therapy with an MDM2 antagonist |
US20160333419A1 (en) * | 2014-01-14 | 2016-11-17 | Daiichi Sankyo Company, Limited | Gene signatures associated with sensitivity to mdm2 inhibitors |
US10394828B1 (en) * | 2014-04-25 | 2019-08-27 | Emory University | Methods, systems and computer readable storage media for generating quantifiable genomic information and results |
JP2017522270A (ja) | 2014-05-19 | 2017-08-10 | セルジーン コーポレイション | 全身性エリテマトーデスの治療のための3−(4−((4−(モルホリノメチル−ベンジル)オキシ)−1−オキソイソインドリン−2−イル)ピペリジン−2,6−ジオン |
TW201613576A (en) | 2014-06-26 | 2016-04-16 | Novartis Ag | Intermittent dosing of MDM2 inhibitor |
KR102570210B1 (ko) | 2014-09-24 | 2023-08-23 | 에일러론 테라퓨틱스 인코포레이티드 | 펩티드모방 거대고리 및 이의 제제 |
EP3197478A4 (en) | 2014-09-24 | 2018-05-30 | Aileron Therapeutics, Inc. | Peptidomimetic macrocycles and uses thereof |
JP2017532959A (ja) * | 2014-10-09 | 2017-11-09 | 第一三共株式会社 | Mdm2阻害剤に対する感受性の遺伝子シグネチャーに基づく予測因子に関するアルゴリズム |
EP3204776B1 (en) * | 2014-10-10 | 2019-09-04 | F.Hoffmann-La Roche Ag | Methods for personalizing patient cancer therapy with an mdm2 antagonist |
KR20220029783A (ko) | 2015-01-20 | 2022-03-08 | 아비나스 오퍼레이션스, 인코포레이티드 | 안드로겐 수용체의 표적화된 분해를 위한 화합물 및 방법 |
US20170327469A1 (en) | 2015-01-20 | 2017-11-16 | Arvinas, Inc. | Compounds and methods for the targeted degradation of androgen receptor |
TWI711452B (zh) | 2015-02-20 | 2020-12-01 | 日商第一三共股份有限公司 | 癌症的倂用治療法 |
BR112017019738A2 (pt) | 2015-03-20 | 2018-05-29 | Aileron Therapeutics Inc | macrociclos peptidomiméticos e usos dos mesmos |
EP3302482A4 (en) | 2015-06-05 | 2018-12-19 | Arvinas, Inc. | Tank-binding kinase-1 protacs and associated methods of use |
TWI750129B (zh) | 2015-08-03 | 2021-12-21 | 瑞士商諾華公司 | 作為血液學毒性生物標記之gdf-15 |
WO2017030814A1 (en) | 2015-08-19 | 2017-02-23 | Arvinas, Inc. | Compounds and methods for the targeted degradation of bromodomain-containing proteins |
BR112018009606A8 (pt) | 2015-11-11 | 2019-02-26 | Resolution Bioscience Inc | construção de alta eficiência de bibliotecas de dna |
IL312894A (en) | 2016-08-25 | 2024-07-01 | Resolution Bioscience Inc | Methods for identifying changes in a genomic copy in DNA samples |
AU2017367872B2 (en) | 2016-11-01 | 2022-03-31 | Arvinas, Inc. | Tau-protein targeting protacs and associated methods of use |
RU2750484C2 (ru) | 2016-12-01 | 2021-06-28 | Эрвинэс Оперейшнс, Инк. | Производные тетрагидронафталина и тетрагидроизохинолина в качестве разрушителей эстрогенового рецептора |
EP3559006A4 (en) | 2016-12-23 | 2021-03-03 | Arvinas Operations, Inc. | COMPOUNDS AND METHODS FOR TARGETED DEGRADATION OF FETAL LIVER KINASE POLYPEPTIDES |
US11173211B2 (en) | 2016-12-23 | 2021-11-16 | Arvinas Operations, Inc. | Compounds and methods for the targeted degradation of rapidly accelerated Fibrosarcoma polypeptides |
WO2018119448A1 (en) | 2016-12-23 | 2018-06-28 | Arvinas, Inc. | Compounds and methods for the targeted degradation of rapidly accelerated fibrosarcoma polypeptides |
CA3047586A1 (en) | 2016-12-23 | 2018-06-28 | Arvinas Operations, Inc. | Egfr proteolysis targeting chimeric molecules and associated methods of use |
US11191741B2 (en) | 2016-12-24 | 2021-12-07 | Arvinas Operations, Inc. | Compounds and methods for the targeted degradation of enhancer of zeste homolog 2 polypeptide |
KR20230140606A (ko) | 2017-01-26 | 2023-10-06 | 아비나스 오퍼레이션스, 인코포레이티드 | 에스트로겐 수용체 단백질 분해 조절제 및 관련 사용 방법 |
WO2019099926A1 (en) | 2017-11-17 | 2019-05-23 | Arvinas, Inc. | Compounds and methods for the targeted degradation of interleukin-1 receptor-associated kinase 4 polypeptides |
KR20230130752A (ko) | 2018-04-04 | 2023-09-12 | 아비나스 오퍼레이션스, 인코포레이티드 | 단백질분해 조절제 및 연관된 사용 방법 |
CN110634534A (zh) * | 2018-06-06 | 2019-12-31 | 中国石油化工股份有限公司 | 基于拓展傅里叶振幅分析的化工过程参数敏感性确定方法 |
WO2020041331A1 (en) | 2018-08-20 | 2020-02-27 | Arvinas Operations, Inc. | Proteolysis targeting chimeric (protac) compound with e3 ubiquitin ligase binding activity and targeting alpha-synuclein protein for treating neurodegenerative diseases |
CN111088266B (zh) * | 2020-03-25 | 2020-08-14 | 合源生物科技(天津)有限公司 | 一种肝癌细胞转移检测用的单克隆抗体及试剂盒 |
WO2021228814A1 (en) * | 2020-05-15 | 2021-11-18 | ETH Zürich | Mdm2 inhibitor response prediction method |
KR20240089427A (ko) * | 2021-10-08 | 2024-06-20 | 마이크로노마, 인크. | 메타후성유전체학-기반 질환 진단 |
WO2024054591A1 (en) | 2022-09-07 | 2024-03-14 | Arvinas Operations, Inc. | Rapidly accelerated fibrosarcoma (raf) degrading compounds and associated methods of use |
Family Cites Families (16)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
NL154598B (nl) | 1970-11-10 | 1977-09-15 | Organon Nv | Werkwijze voor het aantonen en bepalen van laagmoleculire verbindingen en van eiwitten die deze verbindingen specifiek kunnen binden, alsmede testverpakking. |
US3817837A (en) | 1971-05-14 | 1974-06-18 | Syva Corp | Enzyme amplification assay |
US3939350A (en) | 1974-04-29 | 1976-02-17 | Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Fluorescent immunoassay employing total reflection for activation |
US3996345A (en) | 1974-08-12 | 1976-12-07 | Syva Company | Fluorescence quenching with immunological pairs in immunoassays |
US4277437A (en) | 1978-04-05 | 1981-07-07 | Syva Company | Kit for carrying out chemically induced fluorescence immunoassay |
US4275149A (en) | 1978-11-24 | 1981-06-23 | Syva Company | Macromolecular environment control in specific receptor assays |
US4366241A (en) | 1980-08-07 | 1982-12-28 | Syva Company | Concentrating zone method in heterogeneous immunoassays |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US6040138A (en) | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
US5412087A (en) | 1992-04-24 | 1995-05-02 | Affymax Technologies N.V. | Spatially-addressable immobilization of oligonucleotides and other biological polymers on surfaces |
US5578832A (en) | 1994-09-02 | 1996-11-26 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
US5631734A (en) | 1994-02-10 | 1997-05-20 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for detection of fluorescently labeled materials |
AU2004248120B2 (en) * | 2003-05-28 | 2009-04-23 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for predicting response to chemotherapy |
SG176463A1 (en) * | 2005-02-22 | 2011-12-29 | Univ Michigan | Small molecule inhibitors of mdm2 and uses thereof |
US8440693B2 (en) * | 2009-12-22 | 2013-05-14 | Novartis Ag | Substituted isoquinolinones and quinazolinones |
PL2880447T3 (pl) * | 2012-07-31 | 2019-10-31 | Novartis Ag | Markery związane z wrażliwością na inhibitory ludzkiego białka „double minute " 2 (mdm2) |
-
2013
- 2013-07-25 PL PL13773390T patent/PL2880447T3/pl unknown
- 2013-07-25 EP EP13773390.3A patent/EP2880447B1/en active Active
- 2013-07-25 US US13/950,881 patent/US9371568B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2013-07-25 PT PT13773390T patent/PT2880447T/pt unknown
- 2013-07-25 WO PCT/IB2013/056122 patent/WO2014020502A2/en active Application Filing
- 2013-07-25 DK DK13773390.3T patent/DK2880447T3/da active
- 2013-07-25 JP JP2015524884A patent/JP2015526078A/ja active Pending
- 2013-07-25 CN CN201380041188.8A patent/CN104520714A/zh active Pending
- 2013-07-25 ES ES13773390T patent/ES2742285T3/es active Active
- 2013-07-25 HU HUE13773390A patent/HUE045880T2/hu unknown
- 2013-07-25 SI SI201331540T patent/SI2880447T1/sl unknown
- 2013-07-25 US US14/413,510 patent/US20150159222A1/en not_active Abandoned
-
2016
- 2016-05-18 US US15/157,686 patent/US20160289770A1/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN104520714A (zh) | 2015-04-15 |
ES2742285T3 (es) | 2020-02-13 |
WO2014020502A2 (en) | 2014-02-06 |
EP2880447B1 (en) | 2019-05-15 |
HUE045880T2 (hu) | 2020-01-28 |
US20150159222A1 (en) | 2015-06-11 |
SI2880447T1 (sl) | 2019-09-30 |
DK2880447T3 (da) | 2019-08-12 |
PT2880447T (pt) | 2019-08-02 |
EP2880447A2 (en) | 2015-06-10 |
PL2880447T3 (pl) | 2019-10-31 |
US20160289770A1 (en) | 2016-10-06 |
US9371568B2 (en) | 2016-06-21 |
WO2014020502A3 (en) | 2014-04-24 |
US20140038986A1 (en) | 2014-02-06 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP2880447B1 (en) | Markers associated with sensitivity to inhibitors of human double minute 2 (mdm2) | |
US20140005070A1 (en) | Markers associated with cyclin-dependent kinase inhibitors | |
US20130042333A1 (en) | Markers for cancer prognosis and therapy and methods of use | |
JP2009523410A (ja) | 遺伝子転写に対するfgfr3の阻害剤の効果 | |
Schulze et al. | RELN signaling modulates glioblastoma growth and substrate‐dependent migration | |
WO2011133609A2 (en) | Methods and kits to predict therapeutic outcome of btk inhibitors | |
US20180066322A1 (en) | Biomarkers associated with cdk inhibitors | |
JP2009544583A (ja) | Tak1阻害剤を用いた癌の治療方法 | |
JP6445984B2 (ja) | Wnt阻害剤に関連するマーカー | |
US20160091485A1 (en) | Markers for ezh2 inhibitors | |
US20150354006A1 (en) | Markers for acute lymphoblastic leukemia | |
US20240026458A1 (en) | Method for Determining Sensitivity to an Antineoplastic Agent |