JP2024012078A - Her2陽性乳癌治療予後予測用新規バイオマーカーおよびその用途 - Google Patents
Her2陽性乳癌治療予後予測用新規バイオマーカーおよびその用途 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2024012078A JP2024012078A JP2023075073A JP2023075073A JP2024012078A JP 2024012078 A JP2024012078 A JP 2024012078A JP 2023075073 A JP2023075073 A JP 2023075073A JP 2023075073 A JP2023075073 A JP 2023075073A JP 2024012078 A JP2024012078 A JP 2024012078A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- her2
- gene
- expression level
- rad21
- protein
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000011282 treatment Methods 0.000 title claims abstract description 57
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 title claims abstract description 48
- 208000017891 HER2 positive breast carcinoma Diseases 0.000 title claims abstract description 44
- 239000000101 novel biomarker Substances 0.000 title description 3
- 101150114778 rad21 gene Proteins 0.000 claims abstract description 50
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 34
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 95
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 83
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 71
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims description 66
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims description 65
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 48
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 37
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 32
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 31
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 31
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 claims description 29
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 claims description 29
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 26
- 230000009946 DNA mutation Effects 0.000 claims description 26
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 claims description 24
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 claims description 22
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 20
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 17
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 16
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 16
- 101150054448 pdl-1 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 13
- 101150054472 HER2 gene Proteins 0.000 claims description 12
- 108700020302 erbB-2 Genes Proteins 0.000 claims description 12
- 229960001592 paclitaxel Drugs 0.000 claims description 10
- 229960002087 pertuzumab Drugs 0.000 claims description 10
- RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N taxol Chemical compound O([C@@H]1[C@@]2(C[C@@H](C(C)=C(C2(C)C)[C@H](C([C@]2(C)[C@@H](O)C[C@H]3OC[C@]3([C@H]21)OC(C)=O)=O)OC(=O)C)OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C=1C=CC=CC=1)C=1C=CC=CC=1)O)C(=O)C1=CC=CC=C1 RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N 0.000 claims description 10
- 229960000575 trastuzumab Drugs 0.000 claims description 10
- 102100039173 Ankyrin repeat domain-containing protein 50 Human genes 0.000 claims description 9
- 102100028202 Cytochrome c oxidase subunit 6C Human genes 0.000 claims description 9
- 102100030438 Derlin-1 Human genes 0.000 claims description 9
- 102100021765 E3 ubiquitin-protein ligase RNF139 Human genes 0.000 claims description 9
- 102100026559 Filamin-B Human genes 0.000 claims description 9
- 101000889453 Homo sapiens Ankyrin repeat domain-containing protein 50 Proteins 0.000 claims description 9
- 101000861049 Homo sapiens Cytochrome c oxidase subunit 6C Proteins 0.000 claims description 9
- 101000842611 Homo sapiens Derlin-1 Proteins 0.000 claims description 9
- 101000913551 Homo sapiens Filamin-B Proteins 0.000 claims description 9
- 101001100101 Homo sapiens Retinoic acid-induced protein 3 Proteins 0.000 claims description 9
- 101000641017 Homo sapiens Sphingomyelin synthase-related protein 1 Proteins 0.000 claims description 9
- 101001056878 Homo sapiens Squalene monooxygenase Proteins 0.000 claims description 9
- 101000659171 Homo sapiens Tetratricopeptide repeat protein 39A Proteins 0.000 claims description 9
- 108010022233 Plasminogen Activator Inhibitor 1 Proteins 0.000 claims description 9
- 102100039418 Plasminogen activator inhibitor 1 Human genes 0.000 claims description 9
- 108091007364 RNF139 Proteins 0.000 claims description 9
- 102100038453 Retinoic acid-induced protein 3 Human genes 0.000 claims description 9
- 102100034292 Sphingomyelin synthase-related protein 1 Human genes 0.000 claims description 9
- 102100025560 Squalene monooxygenase Human genes 0.000 claims description 9
- 229960003852 atezolizumab Drugs 0.000 claims description 9
- ZDZOTLJHXYCWBA-VCVYQWHSSA-N N-debenzoyl-N-(tert-butoxycarbonyl)-10-deacetyltaxol Chemical compound O([C@H]1[C@H]2[C@@](C([C@H](O)C3=C(C)[C@@H](OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)OC(C)(C)C)C=4C=CC=CC=4)C[C@]1(O)C3(C)C)=O)(C)[C@@H](O)C[C@H]1OC[C@]12OC(=O)C)C(=O)C1=CC=CC=C1 ZDZOTLJHXYCWBA-VCVYQWHSSA-N 0.000 claims description 8
- 229960003668 docetaxel Drugs 0.000 claims description 8
- 229960003301 nivolumab Drugs 0.000 claims description 8
- 229960002621 pembrolizumab Drugs 0.000 claims description 8
- 229930012538 Paclitaxel Natural products 0.000 claims description 7
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 7
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 7
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 7
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 7
- 238000009472 formulation Methods 0.000 claims description 6
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 6
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 claims description 5
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 claims description 5
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 5
- 108010012934 Albumin-Bound Paclitaxel Proteins 0.000 claims description 4
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 claims description 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 4
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 4
- 238000002487 chromatin immunoprecipitation Methods 0.000 claims description 4
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 4
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 claims description 4
- 108010058566 130-nm albumin-bound paclitaxel Proteins 0.000 claims description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 3
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 claims description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 3
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims description 3
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 3
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 claims description 2
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 claims description 2
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 claims description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 2
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 claims description 2
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 claims description 2
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 2
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 claims description 2
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 claims description 2
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 2
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 2
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 claims description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 claims description 2
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 claims 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 29
- 102000008096 B7-H1 Antigen Human genes 0.000 description 25
- 108010074708 B7-H1 Antigen Proteins 0.000 description 25
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 22
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 18
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 12
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 12
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 11
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 11
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 11
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 11
- 230000004044 response Effects 0.000 description 11
- 102100029952 Double-strand-break repair protein rad21 homolog Human genes 0.000 description 10
- 101000584942 Homo sapiens Double-strand-break repair protein rad21 homolog Proteins 0.000 description 10
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 10
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 10
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 10
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 10
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 10
- XRXANEMIFVRKLN-UHFFFAOYSA-N 2-hydroperoxy-2-methylbutane Chemical compound CCC(C)(C)OO XRXANEMIFVRKLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 108091008039 hormone receptors Proteins 0.000 description 9
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 9
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 8
- 101001030211 Homo sapiens Myc proto-oncogene protein Proteins 0.000 description 7
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 7
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 7
- 239000002585 base Substances 0.000 description 7
- 239000000091 biomarker candidate Substances 0.000 description 7
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 7
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 7
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 7
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 7
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 7
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 7
- 230000008859 change Effects 0.000 description 6
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 6
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 6
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 6
- 230000008569 process Effects 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 5
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 5
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 4
- 238000000729 Fisher's exact test Methods 0.000 description 4
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 3
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 3
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 3
- 101150029707 ERBB2 gene Proteins 0.000 description 3
- 101001117317 Homo sapiens Programmed cell death 1 ligand 1 Proteins 0.000 description 3
- 108700012912 MYCN Proteins 0.000 description 3
- 101150022024 MYCN gene Proteins 0.000 description 3
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 108700026495 N-Myc Proto-Oncogene Proteins 0.000 description 3
- 102100030124 N-myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 3
- 238000011394 anticancer treatment Methods 0.000 description 3
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 3
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 3
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 description 3
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 3
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 3
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 3
- 102000048776 human CD274 Human genes 0.000 description 3
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 3
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 3
- 239000012474 protein marker Substances 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 3
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 2
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 2
- 208000002633 Febrile Neutropenia Diseases 0.000 description 2
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 2
- 239000002136 L01XE07 - Lapatinib Substances 0.000 description 2
- -1 Margetuximab Chemical compound 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 2
- 102100040678 Programmed cell death protein 1 Human genes 0.000 description 2
- 101710089372 Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 2
- 208000007660 Residual Neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 102100036124 Tetratricopeptide repeat protein 39A Human genes 0.000 description 2
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 2
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 2
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 229960004891 lapatinib Drugs 0.000 description 2
- BCFGMOOMADDAQU-UHFFFAOYSA-N lapatinib Chemical compound O1C(CNCCS(=O)(=O)C)=CC=C1C1=CC=C(N=CN=C2NC=3C=C(Cl)C(OCC=4C=C(F)C=CC=4)=CC=3)C2=C1 BCFGMOOMADDAQU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000026535 luminal A breast carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 208000026534 luminal B breast carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- 238000009598 prenatal testing Methods 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 239000013076 target substance Substances 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 238000007482 whole exome sequencing Methods 0.000 description 2
- SDEAXTCZPQIFQM-UHFFFAOYSA-N 6-n-(4,4-dimethyl-5h-1,3-oxazol-2-yl)-4-n-[3-methyl-4-([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yloxy)phenyl]quinazoline-4,6-diamine Chemical compound C=1C=C(OC2=CC3=NC=NN3C=C2)C(C)=CC=1NC(C1=C2)=NC=NC1=CC=C2NC1=NC(C)(C)CO1 SDEAXTCZPQIFQM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100027211 Albumin Human genes 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 102000000844 Cell Surface Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010001857 Cell Surface Receptors Proteins 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 101150027068 DEGS1 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 1
- 206010012735 Diarrhoea Diseases 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 208000010201 Exanthema Diseases 0.000 description 1
- 229930186217 Glycolipid Natural products 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 101000653548 Homo sapiens Trichoplein keratin filament-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 208000007433 Lymphatic Metastasis Diseases 0.000 description 1
- 206010029155 Nephropathy toxic Diseases 0.000 description 1
- 206010029350 Neurotoxicity Diseases 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 241000276498 Pollachius virens Species 0.000 description 1
- 108091081062 Repeated sequence (DNA) Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 238000000692 Student's t-test Methods 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 206010044221 Toxic encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 102100030645 Trichoplein keratin filament-binding protein Human genes 0.000 description 1
- 206010047700 Vomiting Diseases 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 229940050528 albumin Drugs 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000011498 curative surgery Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 229950002205 dacomitinib Drugs 0.000 description 1
- LVXJQMNHJWSHET-AATRIKPKSA-N dacomitinib Chemical compound C=12C=C(NC(=O)\C=C\CN3CCCCC3)C(OC)=CC2=NC=NC=1NC1=CC=C(F)C(Cl)=C1 LVXJQMNHJWSHET-AATRIKPKSA-N 0.000 description 1
- 238000013480 data collection Methods 0.000 description 1
- 238000012350 deep sequencing Methods 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 206010014599 encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 108010038795 estrogen receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000015694 estrogen receptors Human genes 0.000 description 1
- 201000005884 exanthem Diseases 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 231100001158 immune-related toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 229960005386 ipilimumab Drugs 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 229950003135 margetuximab Drugs 0.000 description 1
- 230000010534 mechanism of action Effects 0.000 description 1
- 229960005558 mertansine Drugs 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 238000011227 neoadjuvant chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000007694 nephrotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000417 nephrotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 229950008835 neratinib Drugs 0.000 description 1
- ZNHPZUKZSNBOSQ-BQYQJAHWSA-N neratinib Chemical compound C=12C=C(NC\C=C\CN(C)C)C(OCC)=CC2=NC=C(C#N)C=1NC(C=C1Cl)=CC=C1OCC1=CC=CC=N1 ZNHPZUKZSNBOSQ-BQYQJAHWSA-N 0.000 description 1
- 230000007135 neurotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000228 neurotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 208000004235 neutropenia Diseases 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 102000003998 progesterone receptors Human genes 0.000 description 1
- 108090000468 progesterone receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 238000003498 protein array Methods 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 206010037844 rash Diseases 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 231100000004 severe toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000009097 single-agent therapy Methods 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012353 t test Methods 0.000 description 1
- YCCHNFGPIFYNTF-UHFFFAOYSA-N tertiary cymene hydroperoxide Natural products CC1=CC=C(C(C)(C)OO)C=C1 YCCHNFGPIFYNTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940126585 therapeutic drug Drugs 0.000 description 1
- 230000006016 thyroid dysfunction Effects 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 229960001612 trastuzumab emtansine Drugs 0.000 description 1
- WLPUWLXVBWGYMZ-UHFFFAOYSA-N tricyclohexylphosphine Chemical compound C1CCCCC1P(C1CCCCC1)C1CCCCC1 WLPUWLXVBWGYMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 229950003463 tucatinib Drugs 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
- 238000012070 whole genome sequencing analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012049 whole transcriptome sequencing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57415—Specifically defined cancers of breast
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
【課題】本発明が解決しようとする課題は、HER2陽性乳癌治療の予後を予測する手段を提供することである。【解決手段】本発明は、RAD21遺伝子を検出する製剤を含むHER2陽性乳癌治療予後予測用組成物に関する。【選択図】図3
Description
特許法第30条第2項適用申請有り ANNALS of ONCOLOGY,Vol.33,Supplement 33,S125-S126に公開された「Exploratory biomarker analysis from neoadjuvant atezolizumab,pertuzumab,trastuzumab plus docetaxel(NEO-PATH)in HER2+ early breast cancer」及びポスタープレゼンテーション「Exploratory biomarker analysis from neoadjuvant atezolizumab,pertuzumab,trastuzumab plus docetaxel(NEO-PATH,KCSG-BR-18-23,NCT03881878)in HER2+ early breast cancer」
本発明は、HER2陽性乳癌治療予後予測用新規バイオマーカーおよびその用途に関する。
乳癌は、ホルモン受容体(hormone receptor、HR)とヒト上皮細胞成長因子受容体2(human epidermal growth factor receptor 2、HER2)のタンパク質の発現に基づいてHR+HER2-、HR+HER2+、HR-HER2+およびTNBC(triple-negative breast cancer)の4つのIHC(Immunohistochemistry)タイプに分類され、RNA発現量に基づいて分子タイプを分けるPAM50 subtypingを適用してLuminal A、Luminal B、Her2-enriched、Basal-likeおよびNormal-likeの5つの分子タイプに分けられ、このようなタイプによって臨床的特性と抗癌治療に対する反応が異なって現れる。HER2の増幅または過発現を有するHER2陽性乳癌(HER2 positive breast cancer)は、全体乳癌の15~25%を占め、再発率が高くて予後が悪い方である。HER2陽性乳癌において、HER2は、乳癌の予後を予測するためのバイオマーカーや治療の標的として活用される。FDAで承認されたHER2標的治療剤であるトラスツズマブ(Trastuzumab)はHER2に対するヒト化単クローン抗体で、HER2陽性乳癌患者の無病生存率および全体生存率を改善させることが知られている。しかし、一部の患者だけがトラスツズマブの単独治療に反応し、多くの患者が持続的な治療に対して耐性を有するので、このようなトラスツズマブの限界を克服するために、ラパチニブ(Lapatinib)、ペルツズマブ(Pertuzumab)など他のHER2標的治療剤や細胞毒性抗癌剤、免疫抗癌剤などを併用する多様な治療戦略が試みられている。
乳癌の抗癌治療法としては、大きく、根治的抗癌化学療法(先行抗癌化学療法または補助抗癌化学療法)と、緩和的(palliative)抗癌化学療法とに分けられる。このうち、先行抗癌化学療法(neoadjuvant chemotherapy)は、腫瘍を除去できなかったり、手術範囲が過度に大きい時、手術できる水準まで腫瘍を低減したり、病期(stage)を低下させるための手術前の療法で、良い予後を期待することができる。HER2陽性早期乳癌(HER2 positive early breast cancer)の場合、ドセタキセル(Docetaxel)、カルボプラチン(Carboplatin)、トラスツズマブおよびペルツズマブ(Pertuzumab)を併用するTCHP療法により病理学的完全寛解(pathologic complete response)の比率を60%以上に高めた。TCHP療法は、毒性調節が可能であるが、好中球減少熱(neutropenic fever)、神経毒性(neurotoxicity)、腎毒性(nephrotoxicity)、嘔吐(emesis)、下痢(diarrhea)など等級(Grade)3または4の危険度の高い異常反応(adverse effect)を示すというデメリットがある。したがって、患者ごとに治療に対する反応が異なるため、正確な予後予測のためには、乳癌の分子タイプと臨床結果の関連性に対する評価が必要であり、特に各タイプ別乳癌の予後に影響を及ぼす分子的因子に関する研究の実行が必ず要求される。
本発明は、HER2陽性乳癌治療予後予測用組成物およびキットを提供することを目的とする。
また、本発明は、HER2陽性乳癌治療予後を予測するための情報の提供方法を提供することを目的とする。
HER2陽性乳癌治療予後予測用組成物
本発明の一態様は、RAD21遺伝子を検出する製剤を含むHER2陽性乳癌治療予後予測用組成物を提供する。
本発明の一態様は、RAD21遺伝子を検出する製剤を含むHER2陽性乳癌治療予後予測用組成物を提供する。
本発明で使用された「HER2陽性乳癌」は、一般的な癌細胞よりHER2が多く発見されるタイプで、進行が他の乳癌より早く攻撃的であることが特徴である。HER2陽性早期乳癌の場合、腫瘍の大きさが2cm以下であり、脇リンパ節に転移がないもので、HER2標的治療剤を使用すれば治療予後が良い方であり、完治率も高いことが知られている。腫瘍の大きさが2cmを超えたりリンパ節の転移があれば、手術前に標的治療剤治療を施すが、この時、癌が完全に消える場合を病理学的完全寛解(pathologic complete response、pCR)という。
本発明で使用された「治療」は、乳癌の成長、増殖または転移抑制のために通常使用される療法を意味し、標的治療剤や細胞毒性抗癌剤、免疫抗癌剤を単独または併用した場合をすべて含む。一般的な抗癌治療としては、手術前に抗癌剤を投与して腫瘍の大きさを低減する先行抗癌化学療法、根治的切除術(完全切除)後、微細残存癌が残っている可能性が高くて、癌の再発防止を目的として手術後に投与する補助抗癌化学療法、疾病の進行を遅らせたり緩和させて患者の生活の質を良くし、窮極的に生存期間を伸ばすための緩和的抗癌化学療法などがある。
本発明の一具体例によれば、前記HER2陽性乳癌治療は、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2陽性早期乳癌患者を対象にするものであってもよい。
本発明の一具体例によれば、前記先行抗癌化学療法は、HER2標的治療剤を単独で使用するか、細胞毒性抗癌剤、免疫抗癌剤などの抗癌剤と併用するものであってもよい。
前記HER2標的抗癌剤としては、ダコミチニブ(Dacomitinib)、マルゲツキシマブ(Margetuximab)、ネラチニブ(Neratinib)、ペルツズマブ(Pertuzumab)、トラスツズマブ(Trastuzumab)、トラスツズマブエムタンシン(Trastuzumab emtansine)、ツカチニブ(Tucatinib)、ラパチニブ(Lapatinib)などがあるが、これらに限定されるものではない。
前記細胞毒性抗癌剤としては、シクロホスファミド(Cyclophosphamide)、ドセタキセル(Docetaxel)、パクリタキセル(Paclitaxel)、アルブミン結合パクリタキセル(Nab-paclitaxel)、ドキソルビシン(Doxorubicin)などがあるが、これらに限定されるものではない。
前記免疫抗癌剤としては、アテゾリズマブ(Atezolizumab)、イピリムマブ(Ipilimumab)、ニボルマブ(Nivolumab)、ペムブロリズマブ(Pembrolizumab)などがあるが、これらに限定されるものではない。
より具体的には、前記先行抗癌化学療法はTAHP療法で、ドセタキセル、パクリタキセルまたはアルブミン結合パクリタキセル;トラスツズマブ;ペルツズマブ;およびアテゾリズマブ、ニボルマブまたはペムブロリズマブを投与するものであってもよい。
本発明で使用された「予後」は、まだ診断されなかったり、診断された個体を対象に、治療前/後の個体の再発、転移、薬物反応性、耐性などの有無を判断することを意味する。本発明では、HER2陽性乳癌患者、より具体的には、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2陽性早期乳癌患者において薬物治療前にバイオマーカーとしてRAD21遺伝子、より具体的には、RAD21遺伝子の突然変異の有無および/またはRNA発現レベルを確認して治療に対する反応が良いかを予測することを意味し、病理学的完全寛解(pCR)を用いて予後を予測することができる。ここで、「バイオマーカー(biomarker)」とは、一般的に生物学的試料から検出可能な物質であって、生体の変化を知ることができるポリペプチド、タンパク質、核酸、遺伝子、脂質、糖脂質、糖タンパク質、糖などのような有機生体分子をすべて含む。
本発明で使用された「予後」は、まだ診断されなかったり、診断された個体を対象に、治療前/後の個体の再発、転移、薬物反応性、耐性などの有無を判断することを意味する。本発明では、HER2陽性乳癌患者、より具体的には、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2陽性早期乳癌患者において薬物治療前にバイオマーカーとしてRAD21遺伝子、より具体的には、RAD21遺伝子の突然変異の有無および/またはRNA発現レベルを確認して治療に対する反応が良いかを予測することを意味し、病理学的完全寛解(pCR)を用いて予後を予測することができる。ここで、「バイオマーカー(biomarker)」とは、一般的に生物学的試料から検出可能な物質であって、生体の変化を知ることができるポリペプチド、タンパク質、核酸、遺伝子、脂質、糖脂質、糖タンパク質、糖などのような有機生体分子をすべて含む。
本発明によるHER2陽性乳癌治療予後予測用組成物は、バイオマーカーであるRAD21遺伝子を検出するための製剤が要求される。
本発明の一具体例によれば、前記製剤は、RAD21遺伝子のDNA突然変異、RAD21遺伝子のRNA発現レベル、またはこれらの組み合わせを検出するものであってもよい。
本発明の一具体例によれば、前記RAD21遺伝子のDNA突然変異は、RAD21遺伝子の核酸塩基配列(nucleic acid sequence)またはヌクレオチド配列(nucleotide sequence)において、i)単一ヌクレオチド変異;ii)1~50個のヌクレオチドの欠失、置換、挿入、またはこれらの組み合わせ;およびiii)コピー数変異からなる群より選択された1種以上であってもよい。
本発明で使用された「突然変異または変異」は、遺伝体において塩基、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸の変更(alteration)を意味する。前記変異は、塩基、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸の置換(substitution)、挿入(insertion)、欠失(deletion)などを含むことができる。ここで、置換は、塩基、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸が他の塩基、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸に変化する変更を意味する。挿入は、他の塩基、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸が追加される変更を意味する。欠失は、塩基、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸が除去される変更を意味する。
本発明で使用された「単一ヌクレオチド変異(single nucleotide variant、SNV)」は、遺伝体上で1つの塩基またはヌクレオチドの差を示す配列の変更または変異を意味し、様々な人の遺伝体の同じ位置で特定の塩基1つが他の塩基に変化して他の形質で表現されることを意味する一塩基多型(single nucleotide polymorphism)と混用できる。前記1~50個のヌクレオチド欠失または挿入は、遺伝体上で1~50個以上の連続的または非連続的塩基、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸の差を示す配列の変更または変異を意味する。このようなヌクレオチド変異は、3個の塩基配列で構成される1つのアミノ酸にも影響を及ぼすことができ、塩基の差が特定の疾患に対する感受性、疾患の発現様相、治療剤反応性など個人間の差を示すのに寄与することができる。
本発明で使用された「コピー数変異(copy number variant、CNV)」は、参照配列(reference sequence)と比較した時、反復する配列数の差を示す1kb以上の長さの変異区間をいい、コピー数の差によって特定の疾患に対する感受性、疾患の発現様相、治療剤反応性など個人間の差を示すのに寄与することができる。
このようなDNA突然変異の有無は、塩基配列分析(sequencing)または増幅反応により検出可能である。
本発明の実施例では、TAHP療法を受けたHER2陽性早期乳癌患者の薬物治療前の腫瘍組織を用いてDNAおよびRNAシーケンシングを実施した結果、野生型RAD21遺伝子を有する場合(78%)が、RAD21遺伝子の突然変異、より具体的には、コピー数(copy number)が6以上増加したコピー数変異(RAD21_amp)を有する場合(24%)に比べてpCR比率が著しく高く、RAD21遺伝子のDNA突然変異の有無および/またはRNA発現レベルだけでもHER2陽性早期乳癌の治療予後に対する予測性能が高く(RAD21_exprs+RAD21_amp、LOOCV.AUC=0.690;RAD21_amp、LOOCV.AUC=0.733;RAD21_exprs、LOOCV.AUC=0.749)、正確度に優れた予測モデルを形成した。
本発明の一具体例によれば、前記RAD21遺伝子のDNA突然変異を検出する製剤は、RAD21遺伝子のDNAに相補的に結合するセンスおよびアンチセンスプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドからなる群より選択された1種以上であってもよい。
また、本発明の一具体例によれば、前記RAD21遺伝子のRNA発現レベルを検出または測定する製剤は、RAD21遺伝子のRNAに相補的に結合するプライマーまたはプローブであってもよい。
本発明によるRAD21遺伝子を検出する製剤を含むHER2陽性乳癌治療予後予測用組成物は、予測正確度を向上させるように、RAD21のほか、他のバイオマーカーを活用することができる。
本発明の一具体例によれば、前記組成物は、HER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定する製剤をさらに含むものであってもよい。
本発明の一実施例では、TAHP療法を受けたHER2陽性早期乳癌患者の薬物治療前に確保した腫瘍組織を用いてタンパク質の発現レベルを測定した結果、HER2 3+の場合(71%)が、HER2 2+の場合(13%)に比べてpCR比率が著しく高く、RAD21遺伝子のDNA突然変異の有無と共に、HER2の発現の有無によりHER2陽性早期乳癌の治療予後に対する予測性能が高く(LOOCV.AUC=0.807)、正確度に優れた予測モデルを形成した。
また、本発明の一具体例によれば、前記組成物は、PDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定する製剤をさらに含むものであってもよい。
前記PDL1(programmed death-ligand 1)は、癌細胞の表面や造血細胞にあるタンパク質で、癌細胞の表面にあるPDL1がT細胞の表面にあるPD-1(programmed cell death protein 1)と結合してT細胞の癌細胞攻撃を回避するようにする。
本発明の一実施例では、TAHP療法を受けたHER2陽性早期乳癌患者の薬物治療開始前に確保した腫瘍組織を用いてタンパク質の発現レベルを測定した結果、PDL1陽性の場合(100%)が、PDL1陰性の場合(55%)に比べてpCR比率が著しく高く、RAD21遺伝子のDNA突然変異の有無および/またはRNA発現レベルと共に、HER2および/またはPDL1発現の有無によりHER2陽性早期乳癌の治療予後に対する予測性能がより向上し(RAD21_amp+PDL1、LOOCV.AUC=0.757;RAD21_amp+HER2+PDL1+RAD21_exprs、LOOCV.AUC=0.788;RAD21_amp+HER2、LOOCV.AUC=0.807;RAD21_amp+HER2+PDL1、LOOCV.AUC=0.839)、正確度に優れた予測モデルを形成した。
このようなHER2またはPDL1の発現レベルを測定するためには、当該遺伝子またはそのタンパク質の発現量を測定できる製剤が要求される。
本発明の一具体例によれば、前記HER2またはPDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定する製剤は、HER2またはPDL1遺伝子、またはそのタンパク質にそれぞれ相補的または特異的に結合するセンスおよびアンチセンスプライマー、プローブ、アンチセンスヌクレオチド、抗体、オリゴペプチド、リガンド、PNA(peptide nucleic acid)およびアプタマー(aptamer)からなる群より選択された1種以上であってもよい。
本発明の一具体例によれば、前記HER2またはPDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定する製剤は、HER2またはPDL1遺伝子、またはそのタンパク質にそれぞれ相補的または特異的に結合するセンスおよびアンチセンスプライマー、プローブ、アンチセンスヌクレオチド、抗体、オリゴペプチド、リガンド、PNA(peptide nucleic acid)およびアプタマー(aptamer)からなる群より選択された1種以上であってもよい。
また、本発明の一具体例によれば、前記組成物は、ANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39A遺伝子からなる群より選択された1種以上のRNA発現レベルを測定する製剤をさらに含むものであってもよい。
前記10種の遺伝子は、本発明の一実施例により、HER2陽性乳癌患者のうち、pCRグループ対比、non-pCRグループで統計的に有意な発現量の差を示すものとして選定された遺伝子である。
本発明の一実施例では、TAHP療法を受けたHER2陽性早期乳癌患者の薬物治療開始前に確保した腫瘍組織を用いて10種の遺伝子のRNA発現レベルを測定した結果、RAD21遺伝子のDNA突然変異の有無および/またはRNA発現レベルと共に、HER2および/またはPDL1発現の有無、および/または10種の遺伝子のRNA発現レベルによりHER2陽性早期乳癌の治療予後に対する予測性能がより向上し(RAD21_ampおよび/またはRAD21_exprsを含む、LOOCV.AUC=0.734~0.918)、正確度に優れた予測モデルを形成した。
このような10種の遺伝子の発現レベルを測定するためには、当該遺伝子のRNA発現量を測定できる製剤が要求される。
本発明の一具体例によれば、前記10種の遺伝子のRNA発現レベルを測定する製剤は、各遺伝子のRNAにそれぞれ相補的に結合するプライマーまたはプローブであってもよい。
本発明で使用された「プライマー(primer)」は、短い自由3末端水酸化基を有する核酸配列で、相補的な鋳型(template)と塩基対を形成することができ、鋳型鎖コピーのための開始地点として機能する一本鎖オリゴヌクレオチド(single strand oligonucleotide)を意味する。前記プライマーは、適切な緩衝溶液および温度で重合反応(すなわち、DNA重合酵素または逆転写酵素)のための試薬および異なる4つのヌクレオチドトリホスフェートの存在下でDNA合成を開始することができる。プライマー対は、7個~50個のヌクレオチド配列を有するセンス(sense)およびアンチセンス(antisense)オリゴヌクレオチドで構成され、DNA合成の開始点として作用するプライマーの基本性質を変化させないレベルで15~30個のヌクレオチド配列を有することができる。
本発明で使用された「プローブ(probe)」は、自然の、または変形されたモノマー(monomer)または連鎖(linkages)の線状オリゴマーを意味し、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含み、標的ヌクレオチド配列に特異的に混成化することができ、自然的に存在するか、または人為的に合成されたものである。
このようなプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドは、必要な場合、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的または化学的手段によって直接的にまたは間接的に検出可能な標識を含むことができる。前記検出可能な標識は、検出可能な信号を発生させる標識物質であって、蛍光物質、例えば、Cy3、Cy5などのような物質を含む検出可能な信号を発生させることができる標識物質であってもよい。前記検出可能な標識は、核酸の混成化結果を確認することができる。
本発明で使用された「抗体」は、抗原性部位に対して指示される特異的なタンパク質分子を意味する。本発明では、HER2またはPDL1タンパク質に特異的に結合する抗体を意味し、単クローン抗体、多クローン抗体および組換え抗体をすべて含む。ここで、「特異的に結合する」とは、結合によって標的物質の存在の有無を検出できる程度に、他の物質に比べて標的物質に対する結合力に優れていることを意味する。また、前記抗体は、2個の全長の軽鎖(light chain)および2個の全長の重鎖(heavy chain)を有する完全な形態だけでなく、抗体分子の機能的な断片を含む。抗体分子の機能的な断片とは、少なくとも抗原結合機能を保有している断片を意味し、Fab、F(ab’)、F(ab’)2、Fvなどであってもよい。
前記抗体は、当業界にて公知の技術により容易に製造できる。例えば、単クローン抗体は、当業界にて広く公知のハイブリドーマ方法(hybridoma method)KohlerおよびMilstein(1976)European Jounral of Immunology6:511-519参照)、またはファージ抗体ライブラリー(Clackson et al,Nature,352:624-628,1991;Marks et al,J.Mol.Biol.,222:58,1-597,1991)技術を用いて製造できる。多クローン抗体は、標的タンパク質抗原を動物に注射し、動物から採血して抗体を含む血清を得る方法によって生産することができる。このような多クローン抗体は、ヤギ、ウサギ、ヒツジ、サル、ウマ、ブタ、ウシ、イヌなどの動物から製造可能である。
前記方法で製造された抗体は、ゲル電気泳動、透析、塩沈殿、イオン交換クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィーなどの方法を用いて分離および精製することができる。
HER2陽性乳癌治療予後予測用キット
本発明の一態様は、前記組成物を含むHER2陽性乳癌治療予後予測用キットを提供する。
本発明で使用された「HER2陽性乳癌治療予後予測用キット」は、検査対象者またはHER2陽性乳癌患者、より具体的には、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2陽性早期乳癌患者から分離された生物学的試料により予後を予測できる物質を意味し、これにより検査対象者の治療予後を迅速、正確かつ簡便に診断することができる。本発明では、RAD21遺伝子のDNA突然変異の有無および/またはRNA発現レベルを検出または測定する製剤を単独で含むか、またはこれと共に、HER2またはPDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベル、および/または前記10種の遺伝子のRNA発現レベルを測定する製剤をさらに含むことができる。
本発明の一態様は、前記組成物を含むHER2陽性乳癌治療予後予測用キットを提供する。
本発明で使用された「HER2陽性乳癌治療予後予測用キット」は、検査対象者またはHER2陽性乳癌患者、より具体的には、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2陽性早期乳癌患者から分離された生物学的試料により予後を予測できる物質を意味し、これにより検査対象者の治療予後を迅速、正確かつ簡便に診断することができる。本発明では、RAD21遺伝子のDNA突然変異の有無および/またはRNA発現レベルを検出または測定する製剤を単独で含むか、またはこれと共に、HER2またはPDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベル、および/または前記10種の遺伝子のRNA発現レベルを測定する製剤をさらに含むことができる。
前記キットは、通常の遺伝子発現、遺伝子突然変異(例えば、コピー数変異)、RNA(例えば、mRNA)発現およびタンパク質の定量分析に基づいた診断キットを制限なく含むことができる。
本発明の一具体例によれば、前記キットは、PCR(polymerase chain reaction)キット、RT-PCR(reverse transcription PCR)キット、DNAまたはDNAチップキット、NGS(next generation sequencing)キット、タンパク質チップキットおよびタンパク質アレイキットからなる群より選択された1種以上であってもよい。
本発明の一具体例によれば、前記キットは、PCR(polymerase chain reaction)キット、RT-PCR(reverse transcription PCR)キット、DNAまたはDNAチップキット、NGS(next generation sequencing)キット、タンパク質チップキットおよびタンパク質アレイキットからなる群より選択された1種以上であってもよい。
例えば、前記キットがPCR増幅過程に適用される場合、本発明のキットは、選択的にPCR増幅に必要な試薬、例えば、緩衝液、DNA重合酵素、DNA重合酵素補助因子およびdNTPsを含むことができ、前記キットが免疫分析に適用される場合、本発明のキットは、選択的に二次抗体および標識の基質を含むことができる。また、本発明によるキットは、上記の試薬成分を含む多数の別のパッケージングまたはコンパートメントとして作製され、本発明のキットは、DNAチップを行うために必要な必須要素を含む診断用キットであってもよい。DNAチップキットは、遺伝子またはその断片に相当するcDNAがプローブに付着している基板、および蛍光標識プローブを作製するための試薬、製剤、酵素などを含むことができる。また、基板は、定量対照群遺伝子またはその断片に相当するcDNAを含むことができる。
HER2陽性乳癌治療予後を予測するための情報の提供方法
本発明の他の態様は、a)被験者から分離された生物学的試料からRAD21遺伝子を検出するステップと、b)前記検出されたRAD21遺伝子のDNA突然変異レベル、RNA発現レベル、またはこれらの組み合わせを対照群と比較するステップとを含むHER2陽性乳癌治療予後を予測するための情報の提供方法を提供する。
本発明の他の態様は、a)被験者から分離された生物学的試料からRAD21遺伝子を検出するステップと、b)前記検出されたRAD21遺伝子のDNA突然変異レベル、RNA発現レベル、またはこれらの組み合わせを対照群と比較するステップとを含むHER2陽性乳癌治療予後を予測するための情報の提供方法を提供する。
前記a)およびb)ステップについて詳しく説明し、前述した内容と共通した内容は、過度の複雑性を回避するためにその記載を省略する。
前記a)ステップは、HER2陽性乳癌治療予後に対する検査が必要な個体または対象者から生物学的試料を採取して、RAD21遺伝子のDNA突然変異レベルおよび/またはRNA発現レベルを測定する過程である。
本発明の一具体例によれば、前記a)ステップの被験者は、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2陽性早期乳癌患者であってもよい。
より具体的には、前記先行抗癌化学療法は、ドセタキセル(Docetaxel)、パクリタキセル(Paclitaxel)またはアルブミン結合パクリタキセル(Nab-paclitaxel);トラスツズマブ(Trastuzumab);ペルツズマブ(Pertuzumab);およびアテゾリズマブ(Atezolizumab)、ニボルマブ(Nivolumab)またはペムブロリズマブ(Pembrolizumab)を投与するものであってもよい。
本発明の一具体例によれば、前記a)ステップの生物学的試料は、血液、血漿、血清、リンパ液、唾液、尿および組織からなる群より選択された1種以上であってもよい。
前記生物学的試料は、HER2陽性乳癌に対する薬物治療前に確保したものが好ましく、生物学的試料から癌細胞の遺伝子変異の有無および分子(例えば、核酸、タンパク質)の発現レベルを正確に測定するためには、癌組織を用いることが好ましい。
前記b)ステップは、生物学的試料で測定されたRAD21遺伝子の特定変異の有無および/またはRNA発現レベルに基づいて被験者または個体のHER2陽性乳癌治療に対する予後を予測する過程である。
本発明の一具体例によれば、前記RAD21遺伝子のDNA突然変異は、RAD21遺伝子配列において単一ヌクレオチド変異;1~50個のヌクレオチドの欠失、置換、挿入、またはこれらの組み合わせ;およびコピー数変異からなる群より選択された1種以上であってもよい。
また、本発明によるHER2陽性乳癌治療予後を予測するための情報の提供方法は、前記RAD21遺伝子のほか、HER2;PDL1;および/またはANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39Aからなる群より選択された1つ以上の遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルをさらに測定するステップを含むことができる。
より具体的には、前記a)またはb)ステップの後、a-1)前記生物学的試料においてHER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定するステップと、b-1)前記測定されたHER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを対照群と比較するステップとをさらに含むものであってもよい。
また、前記a)またはb)ステップの後、a-2)前記生物学的試料においてPDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定するステップと、b-2)前記測定されたPDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを対照群と比較するステップとをさらに含むものであってもよい。
さらに、前記a)またはb)ステップの後、a-3)前記生物学的試料においてANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39A遺伝子からなる群より選択された1種以上のRNA発現レベルを測定するステップと、b-3)前記測定された遺伝子のRNA発現レベルを対照群と比較するステップとをさらに含むものであってもよい。
本発明の一具体例によれば、前記RAD21遺伝子のDNA突然変異レベルは、蛍光核酸混成化(fluorescence in situ hybridization)、クロマチン免疫沈降(chromatin immunoprecipitation)、次世代塩基配列分析(next generation sequencing、NGS)などにより分析できるが、これに限定されるものではない。
より具体的には、前記RAD21遺伝子のDNA突然変異、特にコピー数変異は、NGSにより測定可能であり、例えば、全長遺伝体シーケンシング(whole genome sequencing)、全長エキソームシーケンシング(whole exome sequencing)、標的遺伝子パネルシーケンシング(target gene panel sequencing)などの方法で測定できるが、これに限定されるものではない。
前記NGSは、数十万個の反応を同時に行う多重化(multiplexing)能力があり、少量のサンプルでもシーケンシングが可能である。NGSは、商用化された技術により具体的な適用手法がやや異なるが、一般的に、クローン増幅(clonal amplification)、大量並列シーケンシングおよびSanger方法と作用機序が異なる新しい塩基配列決定法を用いる。商用化技術としては、2007年にRocheが発売した454GS改良型FLX model sequencer、2006年にIlluminaが発売したGenome Analyzer HiSeq、2007年にApplied Biosystemsが発売したSOLiDなどがある。このような3つのプラットフォームは、共通して、複雑なライブラリーの構築とクローニング過程を捨ててクローン増幅技術を採用しており、一度に大量処理できる大量並列方式(massively parallel sequencing)技術を採用し、循環シーケンシング(cyclic sequencing)による合成信号読出(sequencing by synthesis)で塩基配列を決定して煩雑な電気泳動過程を排除した。また、shotgun方式を用いて読出された短いリード(read)をコンピュータで配列して重複した部分を見つけて全体を完成するアルゴリズムを用いる。NGSは、臨床的に遺伝子パネル検査、エキソームシーケンシング、全長遺伝体シーケンシング、一塩基多型(single nucleotide polymorphism)検出、血液ベース腫瘍検査(blood-based tumor diagnostic)、非侵襲的出生前検査(noninvasive prenatal testing)、ヒト白血球抗原(Human leukocyte antigen)検査、免疫グロブリン遺伝子組換え(Immunoglobulin rearrangement)検査、RNAシーケンシング、DNAメチル化(methylation)検査、クロマチン免疫沈降(chromatin immunoprecipitation、ChIP)シーケンシング、単一細胞(single cell)シーケンシングなどに用いられる。
本発明の一具体例によれば、前記遺伝子(例えば、DNA、RNA)の発現レベルは、重合酵素連鎖反応(PCR)、逆転写重合酵素連鎖反応(RT-PCR)、競争的RT-PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT-PCR、核酸分解酵素保護分析(nuclease protection assay)、in situハイブリダイゼーション、DNAまたはRNAマイクロアレイ、ノーザンブロット、サザーンブロット、次世代塩基配列分析(NGS)などの方法で測定できるが、これに限定されるものではない。
また、本発明の一具体例によれば、前記遺伝子のタンパク質の発現レベルは、酵素免疫分析(enzyme-linked immunosorbent assay)、ウェスタンブロット(western blot)、放射線免疫分析(radioimmunoassay)、免疫拡散(radioimmunodiffusion)、免疫沈降(immunoprecipitation)、フローサイトメトリー(flow cytometry)免疫組織化学(immunohistochemistry)、免疫蛍光(immunofluorescnce)、タンパク質マイクロアレイなどの方法で測定できるが、これに限定されるものではない。
このように検出または測定されたRAD21遺伝子のDNA突然変異レベルおよび/またはRNA発現レベル、HER2および/またはPDL1遺伝子またはタンパク質の発現レベル、および/または10種の遺伝子のRNA発現レベルは対照群、より具体的には、健常者の試料と遺伝子の変異レベルおよび/または発現レベルを比較分析して、HER2陽性乳癌患者の治療予後を予測することができる。
本発明の一具体例によれば、前記対照群と比較するステップにおいて、対照群対比の被験者において下記のi)およびii)の1つ以上と下記のiii)~v)の1つ以上とを満足する場合、HER2陽性乳癌患者の治療予後が良いと判別するものであってもよい。
i)RAD21遺伝子のDNA突然変異レベルが底い;
ii)RAD21遺伝子のRNA発現レベルが底い;
iii)HER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高い;
iv)PDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高い;および
v)ANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39A遺伝子からなる群より選択された1種以上のRNA発現レベルが低い。
i)RAD21遺伝子のDNA突然変異レベルが底い;
ii)RAD21遺伝子のRNA発現レベルが底い;
iii)HER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高い;
iv)PDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高い;および
v)ANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39A遺伝子からなる群より選択された1種以上のRNA発現レベルが低い。
ここで、RAD21遺伝子のDNA突然変異レベルが低いというのは、突然変異のうちコピー数変異が6未満であるかないことを意味し、RAD21遺伝子のRNA発現レベルが低いというのは、遺伝子を暗号化するDNAで転写されたmRNA発現量が少ないことを意味し、HER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高いというのは、タンパク質またはこれを暗号化する遺伝子の発現量が多いこと(具体的には、3+以上)を意味し、これはHER2遺伝子のDNA突然変異(例えば、コピー数変異)によるものであってもよく、PDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高いというのは、タンパク質またはこれを暗号化する遺伝子を発現すること(陽性、positive)を意味し、前記10種の遺伝子のRNA発現レベルが低いというのは、各遺伝子を暗号化するDNAで転写されたmRNA発現量が少ないことを意味する。
より具体的には、前記被験者が、対照群に比べて、RAD21遺伝子のDNA突然変異レベルおよび/またはRNA発現レベルが低くかつHER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高いか、PDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高いか、および/またはANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39A遺伝子からなる群より選択された1種以上のRNA発現レベルが低い場合には、HER2陽性早期乳癌の治療予後が良いと予測することができ、予測性能および正確度が向上できる。
本発明では、HER2陽性乳癌治療予後予測用新規バイオマーカーを提示することにより、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2早期陽性乳癌患者を対象に前記バイオマーカーを検出または測定できるHER2陽性乳癌治療予後予測用組成物およびキットを提供することができ、ひいては、患者の薬物治療予後を迅速かつ正確に判別して患者に合わせた治療法を選択することができる。
以下、本発明をより詳細に説明する。しかし、このような説明は本発明の理解のために例示的に提示されたものに過ぎず、本発明の範囲がこのような例示的な説明によって制限されるものではない。
実施例1.HER2陽性乳癌治療予後予測用バイオマーカー候補選定
1-1.患者検体準備
2019年5月から2020年5月まで先行抗癌化学療法を受けたHER2陽性早期乳癌患者67人を募集し、そのうち65人が完治手術(curative surgery)を受けた。最後の患者が完治手術を受けた2020年10月末にデータ収集を終了した。先行抗癌化学療法はTAHP療法で、ドセタキセル(Docetaxel)、トラスツズマブ(Trastuzumab)、ペルツズマブ(Pertuzumab)およびアテゾリズマブ(Atezolizumab)を6回周期で投与した。
1-1.患者検体準備
2019年5月から2020年5月まで先行抗癌化学療法を受けたHER2陽性早期乳癌患者67人を募集し、そのうち65人が完治手術(curative surgery)を受けた。最後の患者が完治手術を受けた2020年10月末にデータ収集を終了した。先行抗癌化学療法はTAHP療法で、ドセタキセル(Docetaxel)、トラスツズマブ(Trastuzumab)、ペルツズマブ(Pertuzumab)およびアテゾリズマブ(Atezolizumab)を6回周期で投与した。
67人のうちHR陽性の場合が32人であり、中位年齢(Median age)は52歳(範囲33-74歳)であった。TAHP療法前の患者生検では13人の患者(19.7%)がSP142 AbによるPDL1陽性であった。全体的に病理学的完全寛解(pCR)比率は61.2%(41/67)であり、不完全寛解(non-pCR)比率は35.8%(24/67)であった。1人の患者はTAHP療法中に再発して手術を受けられなかった。好中球減少症(Neutropenia)は13人(19.4%)から発見されたが、好中球減少性発熱(neutropenic fever)は5人(7.5%)から発見された。また、最もありふれた免疫関連毒性である発疹(rash)が43人(64.2%、Grade3の患者1人を含む)、脳炎(encephalitis)が1人(Grade3)、免疫関連肝炎が2人(Grade2およびGrade3)、肺炎が6人(Grade3またはGrade4ではない)、そして甲状腺機能障害が6人となったが、全体的に高い完全寛解比率と中間程度のひどくない毒性を示した。
腫瘍組織は、すべての患者からTAHP療法を受ける前に(T1;n=63、pCR40人およびnon-pCR23人)、そして手術後の病理学的完全寛解が現れない患者(non-pCR)の残留腫瘍組織(T3;n=15)から収集した。収集された腫瘍組織を用いてDNAおよびRNAシーケンシングと免疫組織化学(IHC)を実施して候補バイオマーカーを選定した。
1-2.DNAマーカー選定
腫瘍組織からDNAを抽出して、NGSによりDNAマーカーを選定した。まず、QIAamp DNA Mini Kit(Qiagen)を用いて抽出されたgenomic DNAからwhole-genome shotgun libraryを作製し、プローブハイブリダイゼーション(hybridization)後、FoundationOne○R CDx(F1CDx)パネルを用いて、Illumina○R HiSeq 4000 Systemでディープシーケンシング(deep sequencing)を進行させた。シーケンシング後には、FoundationOne CDxTM自体ソフトウェアを用いて、SNV、Indel(insertion+deletion)、CNV、融合(fusion)などのDNA変異を分析した。品質(Quality)の低い細胞は除外し、MAF(mutant allele frequency)が5%以上の変異のみ(ホットスポット突然変異(hotspot mutation)の場合、MAF1%以上)報告した。遺伝体の特徴とpCR達成との間の関連性は、突然変異(mutation)による濃縮テスト(enrichment test)に対するフィッシャーの正確検定(Fisher’s exact test)で分析した。突然変異のうちコピー数増幅(copy number amplification)は、正常配列(process-matched normal control)と比較してコピー数が6以上の場合をいう(PMA P170019:FDA Summary of Safety and Effectiveness Data参照)。p値<0.05の場合、統計的に有意なものと見なした。
腫瘍組織からDNAを抽出して、NGSによりDNAマーカーを選定した。まず、QIAamp DNA Mini Kit(Qiagen)を用いて抽出されたgenomic DNAからwhole-genome shotgun libraryを作製し、プローブハイブリダイゼーション(hybridization)後、FoundationOne○R CDx(F1CDx)パネルを用いて、Illumina○R HiSeq 4000 Systemでディープシーケンシング(deep sequencing)を進行させた。シーケンシング後には、FoundationOne CDxTM自体ソフトウェアを用いて、SNV、Indel(insertion+deletion)、CNV、融合(fusion)などのDNA変異を分析した。品質(Quality)の低い細胞は除外し、MAF(mutant allele frequency)が5%以上の変異のみ(ホットスポット突然変異(hotspot mutation)の場合、MAF1%以上)報告した。遺伝体の特徴とpCR達成との間の関連性は、突然変異(mutation)による濃縮テスト(enrichment test)に対するフィッシャーの正確検定(Fisher’s exact test)で分析した。突然変異のうちコピー数増幅(copy number amplification)は、正常配列(process-matched normal control)と比較してコピー数が6以上の場合をいう(PMA P170019:FDA Summary of Safety and Effectiveness Data参照)。p値<0.05の場合、統計的に有意なものと見なした。
その結果、図1を参照すれば、DNAマーカー32個のうち、RAD21コピー数増幅(n=17、p=0.0002)、MYCコピー数増幅(n=13、p=0.0095)およびMYC経路(MYC.pathway)突然変異(MYCコピー数増幅またはMYCN突然変異)(n=14、p=0.0095)が、pCRグループ(n=40)に比べてnon-pCRグループ(n=23)でより良く検出された。特に突然変異がない野生型(wild type、WT)RAD21は、他のマーカーに比べてpCR比率が78%で高い水準を示した。
そして、HER2を暗号化するERBB2遺伝子の場合、ERBB2コピー数増幅(n=59、p=0.1338)は2つのグループ間の有意な差がないが、ERBB2およびMYCに対する同時増幅(co-amplification)は不完全寛解(non-pCR)グループ(p=0.01687)で頻度高く検出された。
1-3.RNAマーカー選定
腫瘍組織からRNAを抽出して、NGSによりRNAマーカーを選定した。まず、RNeasy Mini Kit(QIAGEN、USA)(凍結組織用)またはPromega Relia Prep FFPE Total RNA Miniprep System kit(Promega、USA)(FFPE組織用)を用いて腫瘍組織から総RNA(total RNA)を抽出し、RNA無欠性(integrity)は2100Bioanalyzer(Agilent、USA)を用いて測定した。全体遺伝子の発現様相を分析するために全長転写体シーケンシング(whole transcriptome sequencing)を実施した。製造会社の指針に従い、RNAシーケンシングライブラリーはTruSeq RNA Access Library Prep Kit(Illumina、Inc.)を用いて作製された。そして、HiSeq 2500 Sequencing Platform(Illumina、Inc.)を用いてpaired-end sequencingを進行させてRNAライブラリーをシーケンシングリード(sequencing read)に変換し、FASTQファイルを生成した。FASTQファイルから品質の不良なreadを除去した後、STARソフトウェア(v2.5.2b)を用いてシーケンシングリードをヒト標準遺伝体(human reference genome、hg19)に整列(align)し、RSEMソフトウェア(v1.3)を用いて各遺伝子別の発現量(リードcountおよびTPM)を測定した。遺伝子の発現量資料ベースでgenefu R packageを用いて研究用PAM50 subtypeを予測した。
腫瘍組織からRNAを抽出して、NGSによりRNAマーカーを選定した。まず、RNeasy Mini Kit(QIAGEN、USA)(凍結組織用)またはPromega Relia Prep FFPE Total RNA Miniprep System kit(Promega、USA)(FFPE組織用)を用いて腫瘍組織から総RNA(total RNA)を抽出し、RNA無欠性(integrity)は2100Bioanalyzer(Agilent、USA)を用いて測定した。全体遺伝子の発現様相を分析するために全長転写体シーケンシング(whole transcriptome sequencing)を実施した。製造会社の指針に従い、RNAシーケンシングライブラリーはTruSeq RNA Access Library Prep Kit(Illumina、Inc.)を用いて作製された。そして、HiSeq 2500 Sequencing Platform(Illumina、Inc.)を用いてpaired-end sequencingを進行させてRNAライブラリーをシーケンシングリード(sequencing read)に変換し、FASTQファイルを生成した。FASTQファイルから品質の不良なreadを除去した後、STARソフトウェア(v2.5.2b)を用いてシーケンシングリードをヒト標準遺伝体(human reference genome、hg19)に整列(align)し、RSEMソフトウェア(v1.3)を用いて各遺伝子別の発現量(リードcountおよびTPM)を測定した。遺伝子の発現量資料ベースでgenefu R packageを用いて研究用PAM50 subtypeを予測した。
その結果、図1を参照すれば、HRであるエストロゲン受容体およびプロゲステロン受容体を発現する内腔腫瘍のLuminal(PAM50 subtypeのうち、Luminal A、Luminal B subtypeに属する患者)では、pCRグループとnon-pCRグループとの間の有意な差がないが、non-Luminal(PAM50 subtypeのうち、Her2-enriched、Basal-likeおよびNormal-like subtypeに属する患者)では、non-pCRグループに比べてpCRグループで高く検出された。
1-4.タンパク質マーカー選定
腫瘍組織でIHCを実施してタンパク質マーカーを選定した。通常の方法によって各組織から細胞表面受容体ER、PRおよびHER2とPDL1タンパク質を染色し、1人の病理科医師が一括分析した。PDL1陽性(positivity)の有無は、免疫細胞(immune cell)の免疫反応性(immunoreactivity)が癌領域で1%以上の場合、陽性(positive)と判定した。
腫瘍組織でIHCを実施してタンパク質マーカーを選定した。通常の方法によって各組織から細胞表面受容体ER、PRおよびHER2とPDL1タンパク質を染色し、1人の病理科医師が一括分析した。PDL1陽性(positivity)の有無は、免疫細胞(immune cell)の免疫反応性(immunoreactivity)が癌領域で1%以上の場合、陽性(positive)と判定した。
その結果、図1を参照すれば、従来のHER2陽性乳癌のマーカーであるHRおよびHER2が検出され、PDL1も検出された。
実施例2.候補バイオマーカーに対する予測モデル分析I
実施例1で選定された候補DNAマーカーRAD21、MYC、MYCNおよびERBB2、RNAマーカーLuminal、そしてタンパク質マーカーHR、HER2およびPDL1を対象に単一マーカーまたはマーカーの組み合わせに対する一般化線形模型(generalized linear model、GLM)のロジスティック回帰分析(logistic regression)を実施して予測モデルを構築した。その結果は下記表1および図2に示した。マーカーの性能評価では、指標としてAUC(area under the curve)を用い、LOOCV(leave-one-out cross validation)方法を適用してLOOCV.AUC≧0.7でかつ正確度(accuracy)が高く、予測誤差(prediction error)が低い最小個数のマーカーを用いたモデルを選定した。
実施例1で選定された候補DNAマーカーRAD21、MYC、MYCNおよびERBB2、RNAマーカーLuminal、そしてタンパク質マーカーHR、HER2およびPDL1を対象に単一マーカーまたはマーカーの組み合わせに対する一般化線形模型(generalized linear model、GLM)のロジスティック回帰分析(logistic regression)を実施して予測モデルを構築した。その結果は下記表1および図2に示した。マーカーの性能評価では、指標としてAUC(area under the curve)を用い、LOOCV(leave-one-out cross validation)方法を適用してLOOCV.AUC≧0.7でかつ正確度(accuracy)が高く、予測誤差(prediction error)が低い最小個数のマーカーを用いたモデルを選定した。
結果として、単一マーカーとしてRAD21_ampを用いたモデルでは、従来の臨床マーカーであるHRまたはHER2モデルに比べて予測性能に優れ、RAD21_ampと共に、HER2、追加的にPDL1を含むモデルでその予測性能がさらに向上した(図3参照)。
このような結果は、RAD21が先行抗癌化学療法を適用可能なHER2早期陽性乳癌患者を対象に薬物治療予後を予測するためのバイオマーカーとして活用されて、RAD21遺伝子のDNA突然変異、特にコピー数増幅がなかったり、コピー数が6未満の場合、薬物治療予後が良いと予測することができ、同時にHER2および/またはPDL1のタンパク質の発現レベルが高い場合、その予測正確度に優れていることを示唆する。
実施例3.HER2陽性乳癌治療予後予測用RNAマーカー候補選定
実施例1と同一の患者検体および腫瘍組織を用いて、NGSにより新しいRNAマーカーを選定した。RNAシーケンシングは実施例1-3と同様の方法で行われた。
実施例1と同一の患者検体および腫瘍組織を用いて、NGSにより新しいRNAマーカーを選定した。RNAシーケンシングは実施例1-3と同様の方法で行われた。
pCRの有無による発現量に差が生じる遺伝子を選別するために、DEG分析を実施した。遺伝子発現量(TPM)をlog2に変換した後、pCRグループ対比のnon-pCRグループで統計的に有意に発現が高い遺伝子(DEG、differentially expressed gene)を選別した。t検定を用いてnon-pCRグループで統計的に有意に発現量が高く(p値<0.01)、グループ間の発現量の差が大きく(log2 fold change>0.05)、平均発現量が高い(log2TPM>3)遺伝子を選定した。計16,726個の遺伝子を分析して、前述した基準を満足する22個を候補バイオマーカーとして選定し、その結果は下記表2に示した。
一方、選定された候補RNAマーカーにもRAD21遺伝子が含まれていて、RAD21遺伝子に対してDNA突然変異とRNA発現との間の相関関係を分析した。
DNAシーケンシングとRNAシーケンシングの結果がすべて確保された患者57人を対象に、RAD21遺伝子のコピー数変異の有無とRNA発現量の中位値を基準としてRNA発現レベルの差(高発現/低発現)で区分し、これらの関連性はフィッシャーの正確検定(Fisher’s exact test)で分析した(一致率77%、p値=6.843e-06)。その結果は下記表3および図4に示した。
結果として、RAD21遺伝子のコピー数変異を有する場合、RNAの発現レベルも高いが、RNAの発現レベルが高いからといって必ずしもコピー数変異を有してはいなかった。したがって、RAD21遺伝子のコピー数変異とRNA発現レベルとの間の関連性は統計的に有意でないため、RAD21に対するDNAマーカー(RAD21_amp)とRNAマーカー(RAD21_exprs)は個別的なマーカーとして使用可能であることを確認した。
実施例4.候補バイオマーカーに対する予測モデル分析II
HER2陽性乳癌患者の治療予後を予測するためのモデルの性能を向上させるために、実施例2で選定されたDNAマーカーRAD21(RAD21_amp)とタンパク質マーカーHER2およびPDL1に、実施例3で選定されたRNAマーカー22個を追加して、一般化線形模型(GLM)のロジスティック回帰分析(logistic regression)を実施して新しい予測モデルを構築した。HER2+PDL1+RAD21_ampを含む患者63人のうち、DNAシーケンシングとRNAシーケンシング結果がすべて確保された患者57人を対象に分析した。DNAシーケンシング結果は突然変異の有無で、RNAシーケンシング結果は遺伝子の発現量でモデルに投入し、ロジスティック回帰分析でforward/backward stepwise selectionにより最適なマーカーの組み合わせを選定した。マーカーの性能評価では、指標としてAUCを用い、LOOCV方法を適用してLOOCV.AUC≧0.7でかつ正確度が高く、予測誤差が低い最小個数のマーカーを用いたモデルを選定した。そして、候補RNAマーカーのうち、個別マーカーとして性能がLOOCV.AUC>0.7であるか、またはDNAマーカーに個別マーカーを追加した時、AUCが0.05以上向上した遺伝子11個を最終的にRNAマーカーとして選定した。
HER2陽性乳癌患者の治療予後を予測するためのモデルの性能を向上させるために、実施例2で選定されたDNAマーカーRAD21(RAD21_amp)とタンパク質マーカーHER2およびPDL1に、実施例3で選定されたRNAマーカー22個を追加して、一般化線形模型(GLM)のロジスティック回帰分析(logistic regression)を実施して新しい予測モデルを構築した。HER2+PDL1+RAD21_ampを含む患者63人のうち、DNAシーケンシングとRNAシーケンシング結果がすべて確保された患者57人を対象に分析した。DNAシーケンシング結果は突然変異の有無で、RNAシーケンシング結果は遺伝子の発現量でモデルに投入し、ロジスティック回帰分析でforward/backward stepwise selectionにより最適なマーカーの組み合わせを選定した。マーカーの性能評価では、指標としてAUCを用い、LOOCV方法を適用してLOOCV.AUC≧0.7でかつ正確度が高く、予測誤差が低い最小個数のマーカーを用いたモデルを選定した。そして、候補RNAマーカーのうち、個別マーカーとして性能がLOOCV.AUC>0.7であるか、またはDNAマーカーに個別マーカーを追加した時、AUCが0.05以上向上した遺伝子11個を最終的にRNAマーカーとして選定した。
DNAマーカーRAD21(RAD21_amp)、タンパク質マーカーHER2およびPDL1、およびRNAマーカーANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RAD21(RAD21_exprs)、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39Aの単独または組み合わせに対する予測モデルを下記表4および図5に示した。
その結果、DNAマーカー、タンパク質マーカーおよびRNAマーカーをすべて含むe43モデル(TTC39A_exprs+SQLE_exprs+SERPINE1_exprs+DERL1_exprs+ANKRD50_exprs+HER2+PDL1+RAD21_amp)が最も高いAUCを示し、RNAマーカーのうち、SERPINE1_exprsのみを含むe33モデル(SERPINE1_exprs+HER2+PDL1+RAD21_amp)がLOOCV.AUCを基準として最も良い性能を示した(図6参照)。
このような結果は、RAD21遺伝子、特にDNA突然変異の有無と共に、DNAマーカーおよびRNAマーカーを用いることにより、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2早期陽性乳癌患者の薬物治療予後をより正確に予測できることを示唆する。
これまで本発明についてその好ましい実施例を中心に説明した。本発明の属する技術分野における通常の知識を有する者は、本発明が本発明の本質的な特性を逸脱しない範囲で変形された形態で実現できることを理解するであろう。そのため、開示された実施例は限定的な観点ではなく説明的な観点で考慮されなければならない。本発明の範囲は上述した説明ではなく特許請求の範囲に示されており、それと同等範囲内にあるすべての差異は本発明に含まれていると解釈されなければならない。
Claims (21)
- RAD21遺伝子を検出する製剤を含むHER2陽性乳癌治療予後予測用組成物。
- 前記HER2陽性乳癌治療は、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2陽性早期乳癌患者を対象にするものである、請求項1に記載の組成物。
- 前記先行抗癌化学療法は、ドセタキセル(Docetaxel)、パクリタキセル(Paclitaxel)またはアルブミン結合パクリタキセル(Nab-paclitaxel);トラスツズマブ(Trastuzumab);ペルツズマブ(Pertuzumab);およびアテゾリズマブ(Atezolizumab)、ニボルマブ(Nivolumab)またはペムブロリズマブ(Pembrolizumab)を投与するものである、請求項2に記載の組成物。
- 前記製剤は、RAD21遺伝子のDNA突然変異、RAD21遺伝子のRNA発現レベル、またはこれらの組み合わせを検出するものである、請求項1に記載の組成物。
- 前記RAD21遺伝子のDNA突然変異は、単一ヌクレオチド変異;1~50個のヌクレオチドの欠失、置換、挿入、またはこれらの組み合わせ;およびコピー数変異からなる群より選択された1種以上である、請求項4に記載の組成物。
- 前記製剤は、RAD21遺伝子のDNAまたはRNAに結合するプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドからなる群より選択された1種以上である、請求項1に記載の組成物。
- 前記組成物は、HER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定する製剤をさらに含むものである、請求項1に記載の組成物。
- 前記組成物は、PDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定する製剤をさらに含むものである、請求項1に記載の組成物。
- 前記製剤は、HER2またはPDL1遺伝子、またはそのタンパク質に結合するプライマー、プローブ、アンチセンスヌクレオチド、抗体、オリゴペプチド、リガンド、PNAおよびアプタマーからなる群より選択された1種以上である、請求項7または8に記載の組成物。
- 前記組成物は、ANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39A遺伝子からなる群より選択された1種以上のRNA発現レベルを測定する製剤をさらに含むものである、請求項1に記載の組成物。
- 前記製剤は、RNA配列に結合するプライマーまたはプローブである、請求項10に記載の組成物。
- 請求項1、7、8および10のいずれか1項に記載の組成物を含むHER2陽性乳癌治療予後予測用キット。
- a)被験者から分離された生物学的試料からRAD21遺伝子を検出するステップと、
b)前記検出されたRAD21遺伝子のDNA突然変異レベル、RNA発現レベル、またはこれらの組み合わせを対照群と比較するステップとを含むHER2陽性乳癌治療予後を予測するための情報の提供方法。 - 前記a)ステップの被験者は、先行抗癌化学療法を適用可能なHER2陽性早期乳癌患者である、請求項13に記載の方法。
- 前記先行抗癌化学療法は、ドセタキセル(Docetaxel)、パクリタキセル(Paclitaxel)またはアルブミン結合パクリタキセル(Nab-paclitaxel);トラスツズマブ(Trastuzumab);ペルツズマブ(Pertuzumab);およびアテゾリズマブ(Atezolizumab)、ニボルマブ(Nivolumab)またはペムブロリズマブ(Pembrolizumab)を投与するものである、請求項14に記載の方法。
- 前記a)ステップの生物学的試料は、血液、血漿、血清、リンパ液、唾液、尿および組織からなる群より選択された1種以上である、請求項13に記載の方法。
- 前記a)またはb)ステップの後、
a-1)前記生物学的試料においてHER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定するステップと、
b-1)前記測定されたHER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを対照群と比較するステップとをさらに含む、請求項13に記載の方法。 - 前記a)またはb)ステップの後、
a-2)前記生物学的試料においてPDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを測定するステップと、
b-2)前記測定されたPDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルを対照群と比較するステップとをさらに含む、請求項13に記載の方法。 - 前記a)またはb)ステップの後、
a-3)前記生物学的試料においてANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39A遺伝子からなる群より選択された1種以上のRNA発現レベルを測定するステップと、
b-3)前記測定された遺伝子のRNA発現レベルを対照群と比較するステップとをさらに含むものである、請求項13に記載の方法。 - 前記遺伝子のDNA突然変異レベル、遺伝子またはRNAの発現レベル、またはタンパク質の発現レベルは、蛍光核酸混成化(fluorescence in situ hybridization)、クロマチン免疫沈降(chromatin immunoprecipitation)、次世代塩基配列分析(next generation sequencing)、重合酵素連鎖反応(PCR)、逆転写重合酵素連鎖反応(RT-PCR)、競争的RT-PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT-PCR、核酸分解酵素保護分析(nuclease protection assay)、in situハイブリダイゼーション、DNAまたはRNAマイクロアレイ、ノーザンブロット、酵素免疫分析(enzyme-linked immunosorbent assay)、ウェスタンブロット(western blot)、放射線免疫分析(radioimmunoassay)、免疫拡散(radioimmunodiffusion)、免疫沈降(immunoprecipitation)、フローサイトメトリー(flow cytometry)免疫組織化学(immunohistochemistry)、免疫蛍光(immunofluorescnce)およびタンパク質マイクロアレイからなる群より選択された1種以上の方法で測定されるものである、請求項13、17、18または19に記載の方法。
- 前記対照群と比較するステップにおいて、対照群対比の被験者において下記のi)およびii)の1つ以上と下記のiii)~v)の1つ以上とを満足する場合、HER2陽性乳癌患者の治療予後が良いと判別するものである、請求項13、17、18または19に記載の方法:
i)RAD21遺伝子のDNA突然変異レベルが底い;
ii)RAD21遺伝子のRNA発現レベルが底い;
iii)HER2遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高い;
iv)PDL1遺伝子またはそのタンパク質の発現レベルが高い;および
v)ANKRD50、COX6C、DERL1、FLNB、GPRC5A、RNF139、SAMD8、SERPINE1、SQLEおよびTTC39A遺伝子からなる群より選択された1種以上のRNA発現レベルが低い。
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR10-2022-0086734 | 2022-07-14 | ||
KR20220086734 | 2022-07-14 | ||
KR1020230046214A KR102615451B1 (ko) | 2022-07-14 | 2023-04-07 | Her2 양성 유방암 치료 예후 예측용 신규 바이오마커 및 이의 용도 |
KR10-2023-0046214 | 2023-04-07 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2024012078A true JP2024012078A (ja) | 2024-01-25 |
JP2024012078A5 JP2024012078A5 (ja) | 2024-08-19 |
Family
ID=89376834
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023075073A Pending JP2024012078A (ja) | 2022-07-14 | 2023-04-28 | Her2陽性乳癌治療予後予測用新規バイオマーカーおよびその用途 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20240018601A1 (ja) |
JP (1) | JP2024012078A (ja) |
KR (2) | KR102615451B1 (ja) |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016141375A1 (en) * | 2015-03-05 | 2016-09-09 | Case Western Reserve University | Her2-regulated rna as diagnostic and therapeutic targets in her2-positive breast cancer |
WO2018164518A1 (ko) | 2017-03-08 | 2018-09-13 | 한양대학교 산학협력단 | Her2 양성 암 및 항-her2 치료에 대한 바이오마커 및 이의 용도 |
KR102338510B1 (ko) | 2019-02-01 | 2021-12-13 | 한양대학교 산학협력단 | 항-her2 치료제에 대한 동반진단 마커 및 이의 용도 |
-
2023
- 2023-04-07 KR KR1020230046214A patent/KR102615451B1/ko active IP Right Grant
- 2023-04-28 JP JP2023075073A patent/JP2024012078A/ja active Pending
- 2023-05-17 US US18/198,443 patent/US20240018601A1/en active Pending
- 2023-11-20 KR KR1020230160235A patent/KR20240009911A/ko unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR102615451B1 (ko) | 2023-12-20 |
US20240018601A1 (en) | 2024-01-18 |
KR20240009911A (ko) | 2024-01-23 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
KR101032607B1 (ko) | 간암 진단용 단백질성 마커 | |
WO2010064702A1 (ja) | 癌の予後を予測するためのバイオマーカー | |
JP2005503779A (ja) | 致死性の高い癌の分子シグネチャー | |
WO2013052480A1 (en) | Marker-based prognostic risk score in colon cancer | |
CN105648058A (zh) | 一种评估肝癌预后的试剂盒 | |
US20230047712A1 (en) | Methods of Treatments Based Upon Molecular Response to Treatment | |
US10233502B2 (en) | Compositions for and methods of detecting, diagnosing, and prognosing thymic cancer | |
KR20130046457A (ko) | 신규한 대장암 진단용 마커 및 이를 이용한 대장암 진단 키트 | |
CN113846164A (zh) | 用于预测患者对术前放化疗联合全直肠系膜切除术敏感性的标志分子及其衍生产品 | |
CN113817825A (zh) | 预测直肠癌患者对术前放化疗联合全直肠系膜切除术治疗敏感性的分子标志物 | |
KR101847815B1 (ko) | 삼중음성유방암의 아형 분류 방법 | |
KR101657051B1 (ko) | 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물 | |
KR101200194B1 (ko) | 간암 진단용 마커로서의 socs6의 용도 | |
KR102615451B1 (ko) | Her2 양성 유방암 치료 예후 예측용 신규 바이오마커 및 이의 용도 | |
KR102288299B1 (ko) | 만성간질환의 진행 단계 판별용 바이오마커 조성물 | |
JP7232922B2 (ja) | 抗癌剤反応性予測用バイオマーカーおよびその用途 | |
CN113862357A (zh) | 基于生物标志物预测直肠癌对术前放化疗联合全直肠系膜切除术敏感性的产品及其用途 | |
KR20220039065A (ko) | 대장암에 대한 항암제 감수성 예측을 위한 신규 바이오마커 | |
KR102259708B1 (ko) | 대장암에 대한 항암제 감수성 예측을 위한 신규 바이오마커 | |
KR102259695B1 (ko) | 대장암에 대한 항암제 감수성 예측을 위한 신규 바이오마커 | |
KR101540052B1 (ko) | 난소암 환자의 항암제 치료 반응성 예측을 위한 마커 kdm4d | |
KR102416614B1 (ko) | 방사선 저항성 지표 단백질 및 이의 검출방법 | |
KR101917677B1 (ko) | 폐암의 예후 예측용 바이오 마커로서 메티오닐-티알엔에이 합성효소(mrs)의 유용성 | |
US20230235409A1 (en) | Method of predicting therapeutic response and prognosis of metastatic breast cancer to chemotherapeutic agents, and treating metastatic breast cancer | |
KR102326119B1 (ko) | 암의 면역 치료 후 예후 예측용 바이오 마커 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20230524 |
|
A80 | Written request to apply exceptions to lack of novelty of invention |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A80 Effective date: 20230524 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20240513 |
|
A524 | Written submission of copy of amendment under article 19 pct |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A524 Effective date: 20240808 |