JPH06500308A - ランダムバイオオリゴマーライブラリー、その合成方法、およびその使用方法 - Google Patents

ランダムバイオオリゴマーライブラリー、その合成方法、およびその使用方法

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JPH06500308A
JPH06500308A JP3512650A JP51265091A JPH06500308A JP H06500308 A JPH06500308 A JP H06500308A JP 3512650 A JP3512650 A JP 3512650A JP 51265091 A JP51265091 A JP 51265091A JP H06500308 A JPH06500308 A JP H06500308A
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ルビー,ヴィクター ジェイ.
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】
(d)工程(C)で検出された固相担体/バイオオリゴマー組合わせを単離する こと。 (e)工程(d)で単離された固相担体/バイオオリゴマーに残存するバイオオ リゴマーの配列を決定すること;から成る酵素触媒反応を阻害するバイオオリゴ マーの配列を決定する方法。 44、請求項18または43の方法により決定されたバイオオリゴマー配列を含 む酵素阻害剤。 45、請求項18または43の方法により決定されたペプチド配列を含む酵素阻 害剤。 ランダムバイオオリゴマーライブラリー、その合成方法、およびその使用方法 ■、 発明の分野 本発明は、固相担体に結合されたバイオオリゴマーのライブラリーに関するもの であり、その場合それぞれの固相担体が単一のバイオオリゴマー種に結合してお り、またバイオオリゴマーを構成するモノマーサブユニットのあらゆる可能な組 合わせがこのライブラリーに含まれるものである。本発明のバイオオリゴマーは ペプチド、オリゴヌクレオチドまたはキメラ・ペプチド−オリゴヌクレオチド構 築物であり得る。本発明はまたこのようなライブラリーを合成する方法に関する 。本発明はさらに受容体分子と結合するか、または対象となる生物学的活性を仲 介することができるリガンドを同定し、その特性を決定するための、このライブ ラリーのバイオオリゴマーの使用に関する。このライブラリーのバイオオリゴマ ーは化学反応を触媒することもできる。 2、 発明の背景 免疫認識、細胞シグナル発生と伝達、転写と翻訳、細胞内シグナル発生、および 触媒作用(すなわち酵素反応)といった、はとんど全ての生物学的過程は、リガ ンドの認識および結合により調節されている。アゴニストとして作用する分子、 またはリガンド(例えばホルモン、成長因子、神経伝達物質)の活性を発揮また は相殺する分子;B細胞(抗体仲介)免疫またはT細胞(細胞仲介)免疫を誘発 する分子;化学反応を触媒する分子;または転写あるいは翻訳のレベルで遺伝子 発現を調節する分子;を同定することは当分野における長年の関心事となってい る。 特に興味を起こさせるものはタンパク質やペプチドのリガンドである。これらは 大多数のホルモン、成長因子、神経活性物質および免疫エピトープを構成してい る。さらに、以下で述べるように、レセプター仲介生物学的活性、または抗体も しくはT細胞エピトープのアンタゴニストまたはアゴニストを生成する努力はほ とんどがペプチドに集中している。しかしながら、レセプター結合部位に合わせ た薬剤の開発は、ペプチドリガンドの配列を決定することが困難であるためには かどっていない。このようなペプチド配列の絶対的な数と多様性により、これは どんな根本原理(ただし、特定の複合体を苦労して単離し、エピトープの位置を 同定し、そのエピトープの配列を決定することを除く)に基づいても到達し難い ゴールとなっている。この問題は、エピトープが一次配列中で隣接していないア ミノ酸残基から成るという事実によりさらに複雑なものとなっている。 当分野の一部の研究者は、タンパク質のアミノ酸配列をその相補体のヌクレオチ ド配列に基づいて決定することにより、時間がかかるこの方法を回避しようとし た。タンパク質はアミノ酸から成る大きいペプチドであり、各アミノ酸は3つの 核酸残基のコドンによりコードされる。例えば、アミノ酸グルタミンを含むペプ チドAは3つの核酸残基:シトシン、アデニンおよびグアニンのコドンによりコ ードされるだろう。このコドンに対する相補体はグアニン(シトシンに結合する )、チミン(アデニンに結合する)およびシトシンであり、それはペプチドBの アミノ酸をコードするだろう。相補性の理論によれば、ペプチドBはペプチドA に結合するだろう。特に、BostとBlalock (1989,Metho ds inEnzymoLogy 168:16−28)は、ある所定ジペプチ ドが核酸残基ノ相補配列によりコードされる他のペプチドに結合するだろうと提 唱し、この情報を用いて、相補ペプチドのアミノ酸配列を推定した。 彼らはその配列を使用してペプチドを合成し、その結合能を調べた。 しかしながら、この方法は問題の解決にはならなかった。なぜなら、相補ペプチ ド間の結合親和性は一般に非常に弱く、15残基以上の相補ペプチドを必要とし たからである。さらに、この方法は対象となるタンパク質の結合相手のアミノ酸 配列か核酸配列のいずれかの知識を必要とする。その上、この方法は一次配列に おいて隣接していないアミノ酸残基から成るエピトープに対しては有効でないだ ろう。 最近、ペプチドライブラリーの作製と、受容体に結合しうるペプチドリガンドの 同定におけるそれらの使用に関する報告がいくつか出された。1つの方法は大き いライブラリーを作製するために組み換えバクテリオファージを使用している。 “ファージ法”を使って(Scott and Sm1th、 1990.5c ience 249:386−390;Cwirla、et al、、1990 . Proc、Natl、 Acad、Sci、、87:6378−6382;  Devlin et al。、 1990.5cience 249:404 −406) 、非常に大きなライブラリー(10’−10”化学物質)を構築す ることができたが、遺伝暗号と生物学的系がこの系の多能性と多様性に対して厳 しい固有の制限を課している。2番目の方法は主に化学的方法を使用するもので あり、例えばGeysen法(Geysen et al、、 1986゜Mo 1ecular Immunology 23+709−715; Geyse n et al、、 1987. J。 Immunologic Method 102:259−274)とFOdO rらの最近の方法(1991,5cience 251.767−773)があ る。Geysenらの方法では、限定数のペプチド(10’−10’)を2.3 日でポリエチレンビン上に合成することができる。Fodorらの方法は“光誘 導される空間的に指令可能な平行化学合成(light−directed 5 patiallyaddressable parallel chemica l 5ynthesis)”技術を利用している。この技術も光化学ペプチド合 成法の開発の相対的欠如により制限される。 大規模な平行同時ペプチド合成法も開発された。Houghtonは、ポリプロ ピレンメツシュ袋中で何百もの類似ペプチドを同時に合成することを報じた(テ ィーバッグ法) (Houghton、 1985. Proc。 Natl、Acad、Sci、USA 82:5131−5135) 。Ber gら (1989,J、Am。 Chem、 Soc、 111:8024−8026)は、平行法でのペプチド 合成に適する新規なポリスチレン−グラフト化ポリエチレンフィルム担体を報告 した。両方法とも標準的なりocアミノ酸樹脂と共にMerrif 1eld固 相法(1963,J、 Am、 Chem、 Soc、 85:2149−21 54)の標準的な脱保護、中和、カップリングおよび洗浄プロトコールを採用し ていた。 Furka ら (1988,14th International Con gress ofBiochemistry、 Volume 5. Abst ract FR:013)は、3種類の異なるアミノ酸をそれぞれ別々にカップ リングし、その後金ての樹脂を混合することによりペプチドの混合物を製造する 方法を開示した。Furkaらの手法は、製造された多数のペプチドから目的の ペプチドを単離するための満足のゆく方法を何も提示していない。 Geysen、 Fodor 、 Houghton、 Berg、 Furk aと共同研究者らの化学的手法は有用ではあるが、実際の事として、たった数百 から数千のペプチドを一度に合成し、試験することを可能にするにすぎない。何 百万というほどの可能なペプチド配列(そのうちの1つまたはそれ以上が対象と なる物質量の結合部位に相当するかもしれない)を考えると、これらの手法はか なり限られている。5個のアミノ酸の任意の配列において、20種の知られた通 常のアミノ酸を用いるとすると、205つまり約3.2 x 10’の可能なア ミノ酸の組合わせが存在する。これらの手法では、このように多くのペプチドを 一度に合成することはできない。ペプチドの鎖長を変えることによってさらに多 数のペプチドが生じる。同様に、stewartとYoung (1984,5 olid Phase 5ynthesis、 5econdEdition、  Pierce Chemical Co、、 Rockford、 IL)に より開示されたような、通常のペプチド合成も、何千から何百万ものペプチドを 一度に合成する方法を提供しない。 さらに、他の一般的なペプチド合成法からでは、固相担体に結合された真にラン ダムなペプチドのライブラリーを合成することができない。真にランダムなペプ チドライブラリーとは、そのライブラリーが個々のペプチド種の全てをほぼ等モ ル比で含むような、全ての分子種の良好な統計学的分布を有するライブラリーの ことである。 真にランダムなペプチドの合成は、一般に、種々のアミノ酸のカップリング速度 が固相ペプチド合成(S P P S)において非常に異なるので、単一の反応 容器に種々のアミノ酸を同時に添加することによっては達成できない(Ra、g narsson et al、、 1971゜Acta Chem、5cand 、25:1487. 1489; Ragnarsson et al、、19 74、J、 Org、 Chem、 3ワ:3837−3842)。例えば、成 長しツツあるペプチドへのFmoe−グリツジのカップリング速度は、 Fmo c−バリンの速度よりもかなり速く、これは恐らくバリンの嵩高な側鎖からの立 体障害によるものなろう。も(2も各サイクルのカップリングにおいて20種全 での真核生物の活性化L−アミノ酸を樹脂と混合するならば、最も速く反応する アミノ酸がペプチドに優先的に組み込まれ、各ペプチド種の等モル比は得られな いだろう。その上、存在(7うる核試薬はそれぞれ異なる反応性を有するだろう 。 さらに、従来のペプチド合成法はどれも、単一の固相担体に単一のペプチド種が 結合した、105以上のペプチドのライブラリーを合成することはできない。担 体に1・つだけのペプチド種を存在させることにより、現在のペプチド単離技術 が大いに向上するだろう。 かくして、当分野では、単一のバイオオリゴマー種をそのライブラリーの残部か ら簡単かつ迅速に単離し得るような、真にランダムなペプチド配列およびオリゴ ヌクレオチド配列、すなわちバイオオリゴマー配列のライブラリーの必要性が存 在している。また、当分野では、何千から何百万ものこれらの真にランダムなバ イオオリゴマー配列を迅速に、かつ費用をかけずに合成する方法の必要性も存在 している。 3、 発明の要約 本発明は、サブユニットの全ての可能な組合わせを含むバイオオリゴマーのライ ブラリー、該ライブラリーの作製方法、および該ライブラリー・の使用方法に関 する。 特に、本発明は、固相担体の少なくとも2つのアリコートを用意し、固相担体の アリコートに1組のザブユニットを別々に導入し、固相担体の実質的に全ての部 位にサブユニットを完全にカップリングさせて固相担体/新すブユニットの組合 わせを形成し、カップリングの完全性を評価し、必要に応じてこの反応を完全に 進行させ、固相担体/新すブユニットの組合わせのアリコートを完全に混合する 各工程を繰り返し、そして前記工程を希望する回数繰り返した後、バイオオリゴ マーを固相担体に結合させたままで保護基を除去することから成るライブラリー の作製方法を提供する。ある態様において、サブユニットはアミノ酸で、バイオ オリゴマーはペプチドであり得る。他の態様では、サブユニットがヌクレオシド で、バイオオリゴマーがオリゴヌクレオチドであり得る。また、ある態様ではヌ クレオシドがデオキシリボ核酸で、別の態様ではヌクレオシドがリボ核酸である 。更なる態様において、サブユニットはアミノ酸またはヌクレオシドで、バイオ オリゴマーはペプチド−オリゴヌクレオチドキメラであり得る。 本発明は、固相担体に結合されたバイオオリゴマーのランダムライブラリーを作 製しくその場合、それぞれの固相担体は単一のバイオオリゴマー種に結合してお り、またバイオオリゴマーを構成する七ツマーサブユニットのあらゆる可能な組 合わせがこのコレクションに含まれるものである)、このランダムライブラリー に対象の受容体分子または基質分子を導入しくその結果として、前記受容体分子 が該ライブラリーに含まれる1つまたはそれ以上の固相担体/バイオオリゴマー 種を認識して、それに結合するか、または前記基質分子が該ライブラリーに含ま れる1つまたはそれ以上の固相担体/バイオオリゴマー種により触媒される化学 反応を受ける)、希望する性質を有する固相担体/ノ<イオオリゴマーの組合わ せを単離し、そして単離した固相担体/ノ<イオオリゴマーのバイオオリゴマー を配列解析にかけることから成る、受容体分子のバイオオリゴマーリガンドの配 列を決定する方法を提供する。異なる態様では、バイオオリゴマーの部分を固相 担体/ノ<イオオリゴマーの組合わせからその場で放出させ、対象となる生物学 的活性をその場で検出する。ある態様では、ノくイオオリゴマーはペプチドであ る。他の態様では、バイオオリゴマーはオリゴヌクレオチド、特にDNAまたは RNAである。別の態様では、ノ(イオオリゴマーはキメラ・ペプチド/オリゴ ヌクレオチドである。 本発明はさらに、前記方法により決定された/くイオオリゴマー配列を含む治療 薬および診断薬を提供する。 4、
【図面の簡単な説明】
図1.末端トリプトファンを有するランダムトリペプチド:X−X−X−W ( こ、::でX=S、A、またはv:33つまり27の可能性がある)のためのス プリット合成法によるランダムペプチド合成を示す略図。 図2.環状ペプチドの略図。n=o、1,2,3.、、、、およびm=1. 2 . 3. 、 、 、;nとmは等しくてもよいが、その必要はない。実線は線 状ペプチドの結合を示し、破線は架橋結合を示す。特異的に架橋可能なサブユニ ツトの対はAおよびBで示しである。AはAとのみ架橋し、BはBとのみ架橋す る。(a)“かご”モチーフ: (b)“はしご”モチーフ; (C)“輪なわ ”モチーフ。 図3. (A)新しい手法(本文参照)および(B)標準固相ペプチド合成によ り合成されたランダムテトラペプチド(X−X−X−W、ここでX=S、 A、 またはV)のクロマトグラム(C18逆相HP L C,Vydac )。クロ マトグラムはカラムをアセトニトリルの直線勾配で溶離することにより得られた 。溶媒A:O,1%トリフルオロ酢酸および5Xアセトニトリル;溶媒B:0. 1%トリフルオロ酢酸および100%アセトニトリル。 図4.抗−v−mos抗体と第二抗体で標識した“I ongv−mos”ペプ チド/ビーズの写真。 図5.抗−v−mos抗体と第二抗体で標識した“longv−mos” ビー ズと“5hort v−mos” ビーズの混合物の写真。 図6.抗−v−mos抗体と第二抗体で標識した“longv −mos”ビー ズと“5hort v−mos”ビーズの混合物の写真。 図7.無数の陰性(無色)ビーズのバックグラウンドにおいて陽性(暗青色)ビ ーズを同定することができる、代表的なペプチドリガンドライブラリースクリー ニングの顕微鏡写真。 図8.ストレプトアビジンーアルカリホスファターゼによるLHPQF−樹脂ミ モトープ(mimotope)ビーズの染色に対するビオチンの濃度依存性阻害 効果を示す顕微鏡写真。A : 100 nM;B : lonM; C: 1  nM;およびD:0.1nMビオチン。内部陰性対照として役立つように、ス トレプトアビジン−アルカリホスファターゼとのインキュベーションに先立って 、ブランクビーズ(β−Ala−カプロン酸−樹脂)をLHPQFD−樹脂と1 :1で混合した。 5、 発明の詳細な説明 目下のところ好適な本発明の実施態様について詳細に言及することにする。 本明細書中で用いる用語“ライブラリー”は実質的にランダムなバイオオリゴマ ーのコレクションを意味する。本明細書中で用いる用語“バイオオリゴマー”は 約100サブユニツトより小さいポリマーを意味する。本発明のバイオオリゴマ ーはアミノ酸サブユニットから構成されるペプチド、またはヌクレオシドサブユ ニットから構成されるオリゴヌクレオチド、あるいはペプチド−オリゴヌクレオ チドのキメラであり得る。 5.1. ランダムバイオオリゴマーライブラリーの作製方法上で述べたように 、本発明はランダムなモノマーサブユニット配列のバイオオリゴマーを合成する ことによるバイオオリゴマーライブラリーの作製方法に関する。ここで用いる“ ランダムなモノマーサブユニット配列”という表現は、どのモノマーサブユニッ トが他のどのモノマーサブユニットの前または後に存在していてもよい配列のこ とである。 ある態様において、モノマーサブユニットはアミノ酸、アミノ酸類縁体、または ペプチド類似体であり得る。ここで用いる“ペプチド類似体(peptidom imeLic)″は2個以上のアミノ酸のペプチドに構造的かつ化学的に似てい る分子を意味する。他の態様において、モノマーサブユニットはヌクレオシドで あり得、ヌクレオシドはリポ核酸であっても、デオキシリボ核酸であってもよい 。 また、他の態様では、モノマーサブユニットがアミノ酸とヌクレオシドであり得 る。バイオオリゴマーはペプチド(アミノ酸から成る)、RNAオリゴヌクレオ チド(リボヌクレオシドから成る)、DNAオリゴヌクレオチド(デオキシリポ ヌクレオシドから成る) 、DNA−RNAキメラオリゴヌクレオチド、または ペプチド−オリゴヌクレオチドのキメラであり得る。ペプチド、オリゴヌクレオ チド、またはペプチド−オリゴヌクレオチドキメラから成るライブラリーは: (i)ランダムサブユツト配列のための固相担体のアリコートを少なくとも2つ 用意し、 (ii)固相担体のアリコートに1組のサブユニットを別々に導入し、 (iii)固相担体の実質的に全ての部位にサブユニットを完全にカップリング させて、固相担体/新すブユニットの組合わせを形成し、 (iv)カップリングの完全性を評価し、必要に応じてこの反応を完全に進行さ せ、 (V)固相担体/新すブユニットの組合わせのアリコートを完全に混合する 各工程を繰り返し、そして工程(i)−(v)を希望する回数繰り返した後、最 終工程として (vi)バイオオリゴマーを固相担体に結合させたままで保護基を除去する ことから成る方法によって作製することができる。別の態様において、ランダム バイオオリゴマーライブラリーは、少なくとも1っの工程において、同しサブユ ニットを固相担体の全てにカップリングさせ、そして少なくとも1つの他の工程 で、少なくとも2種のサブユニットを固相担体にカップリングさせることによっ ても作製することができる。ランダムバイオオリゴマーライブラリーは上記工程 (i)−(v)の1回の繰り返しによって作製してもよい。 別の態様では、ランダムバイオオリゴマーライブラリーを上記工程(D−(v) の2回以上の繰り返しによって作製してもよい。1つまたはそれ以上のサブユニ ットがすてにカップリングされた固相担体を用意することもてきる。 バイオオリゴマーライブラリーは予め決められた、限られた数のサブユニットか ら構成することができる。他の態様では、ランダムバイオオリゴマーライブラリ ーを全ての利用可能なサブユニットから構成してもよい。 更なる態様において、対象となるバイオオリゴマーは、最初にライブラリーを作 製し、希望する性質を示すバイオオリゴマー配列を同定することにより、連続プ ロセスで同定することができる。 このように同定されたバイオオリゴマー配列を含む固相担体を製造する。モノマ ーサブユニット配列の新しいセグメントを先に同定された配列に付加し、既知配 列と希望する性質を示すランダム配列を含む新しい配列を同定する。この連続最 適化−ランダム化戦略は対象のバイオオリゴマーの迅速同定を可能にする。 本発明のライブラリーのバイオオリゴマーは実質的に等モル量でこのライブラリ ー中に存在しうるが、等モル量である必要はない。当分野で習熟した者にはよく 知られているように、1モル量は1リツトルの溶液を作るのに十分な溶媒に1グ ラム分子量(モル)の物質を溶解した濃度である。ここで用いるバイオオリゴマ ーの“実質的に等モル量”とは、はぼ同じ濃度で存在するモノマーサブユニット 種のことである。従って、150.000のバイオオリゴマーのコレクションに おいて、もしもバイオオリゴマーAが200ピコモル/リットルで存在するとす ると、150.000のバイオオリゴマー種の残りも全て約200ピコモル/リ ットルの濃度で存在するだろう。しかしながら、ここで用いる“実質的に等モル 量”という用語は固相担体のサイズの不均質性を説明するものと解釈される。固 相担体の不均質性により、所定の担体に結合することができるバイオオリゴマー の量は変化するだろう。 本発明の方法では、固相担体の少なくとも2つのアリコートが用意され、アリコ ート中の固相担体の数は少なくとも合成しようとするバイオオリゴマーの数に一 致することが好ましい。これにより、各固相担体が単一のバイオオリゴマー種を 含む(つまりlビーズ/1バイオオリゴマー)ライブラリーを作製することがで きる。ここで用いる“アリコート”は固相担体の総量の一定画分を意味する。 (本頁以下余白) 5.2.ランダムペプチドライブラリー特別な実施態様において、ランダムバイ オ−オリゴマーライブラリーはペプチドを含んでいてもよい。「ペプチド」とい う言葉は、その広い意味において、2種類以上のサブユニットアミノ酸、アミノ 酸類似体またはペプチド類似物の化合物を示すために用いられている。このサブ ユニットは、ペプチド結合によって結合していてもよい。もう一つの実施態様に おいて、サブユニットは他の結合、例えば、エステル、エーテル等によって結合 していてもよい。ここで用いられているように、「アミノ酸」という言葉は、天 然および/または非天然または合成アミノ酸のどれかを指しており、これらには グリシンおよびD−またはL−光学異性体、およびアミノ酸類似体およびペプチ ド類似物が含まれている。 3種類以上のアミノ酸のペプチドは、もしそのペプチド鎖が短いのであれば、一 般的にオリゴペプチドと呼ばれる。もし、そのペプチド鎖が長いのであれば、該 ペプチドは一般的にポリペプチドはタンパクと呼ばれる。 本発明は合成ペプチド化学に基づくものであり、増幅またはスクリーニングのた めの生体系によるものではない。ペプチドライブラリーは、非天然のアミノ酸を 含んでいてもよい。従って、本発明のペプチドはD−アミノ酸、D−およびL− アミノ酸の混合物、およびライブラリー中のペプチドに特別な性質を与える多様 な「設計」アミノ酸(例えば、β−メチルアミノ酸、Cα−メチルアミノ酸、お よびNα−メチルアミノ酸等)を含んでいてもよい。 更に、特定のカップリングステップで特定のアミノ酸を割り当てることにより、 α−へリックス、βターン、βシート、γターン、および環状ペプチドを有する ペプチドライブラリーを作ることができる。 本発明のペプチドライブラリーには、ペプチドを構成するあらゆる可能な組み合 わせのアミノ酸が含まれる。グリシンとプロリンの2種類のアミノ酸から作られ るジペプチドを実例に挙げると、グリシン−グリシン、グリシン−プロリン、プ ロリン−グリシン、およびプロリン−プロリンの4種類の可能な組合せがあり、 ランダムライブラリーは4種類のすべての組合せを含むものとなるだろう。 一組の最初のアミノ酸は、個々のアリコートに別個に入れる。 一般に、ペプチド合成に用いられるアミノ酸は、CarpinoおよびHan  (1972,J、 Org、 Chem、37:3403−3409)により最 初に記載され、塩基に不安定で、N″アミノ保護9−フルオレニルメトキシカル ボニル(Fmoc)アミノ酸である。本発明の方法は、Boc−アミノ酸(N“ で保護されたN“−t−ブチルオキシカポニル)とともに用いることもできる。  FmocおよびBocのN′アミノ酸で保護されたアミノ酸が、Fluka、  Bachem、 Advanced Chemtech、SigmaXCam bridge Re5earch Biochemical、 Bachem、 またはPen1nsula Labsまたは当業者によく知られている他の化学 会社から得ることができる。更に、本発明の方法は、当業者にあよく知られてい る他のN″保護基とともに用いることができる。 上記のジペプチド例について言えば、導入された最初の一組のアミノ酸は、グリ シンとプロリンからなるであろう; それぞれのアリコートは、N″−Fmoc −グリシンまたはN”−Fmoc−プロリンのどちらかを受容する。 導入後、最初の一組のアミノ酸は、固相支持体の実質的にすべての部位に完全に 結合する。ここで用いられている完全な結合(カップリング)が意味することは 、個々のアミノ酸のカップリング速度の差異とは無関係にカップリング反応が完 了せしめられるいうことである。更に、アミノ酸は、固相支持体上の実質的にす べての利用できるカップリング部位に結合するために、それぞれの固相支持体は 本質的にわずか1種類のペプチドのみを含むことになる。完全なカップリングの 結果、固相支持体/最初のアミノ酸の結合が起こる。上記のジペプチドを実例と して用いるならば、該カップリングの完了はビーズ−グリシン結合とビーズ−プ ロリン結合を生むであろう。 アミノ酸のカップリングは当業者によく知られている技術、例えば、Stewa rtおよびYoung、1984.5olid Phase 5ynthesi s、5econd Edition、 Pierce Chemical Co 、、Rockford、 ILに記載の技術によって達成することができる。当 業者にとっては公知であろうが、固体支持体上のペプチド合成の方法は、カルボ キシルまたはC末端(ここでは、α−アミノ基が保護されているC末端アミノ酸 が固相ポリマーに結合している)から始めてペプチドを作げていくことからなる 。次に、この保護基は切除され、次のアミノ酸(これも保護されている)を、固 相に結合したアミノ酸のα−アミノ基とペプチド結合によりカップリングする。 前のアミノ酸と脱保護と付加されるアミノ酸のカップリングのサイクルは、ペプ チドが完成するまで繰り返される。アミノ酸のどのような反応性側鎖もカップリ ングおよびN″−脱保護操作には耐えられるが、合成の終了時に除去することの できる化学基で保護する。 アミノ酸を成長合成鎖にカップリングさせるために、ブロックされたアミノ酸の カルボキシル基を活性化しなければならない。 活性化の多くの方法が本発明の実施に用いられてもよく、その方法として、例え ば前もって作った対称的な酸無水物(PSA)、前もって作って混合酸無水物( PMA) 、酸塩化物、活性エステルカルボン酸のその場での(in 5itu )活性化(FieldsとNoble、1990、”5olid phase  peptide 5ynthesis utilizing 9−fluore nylmethoxycarbonyl amino acids”5Int、  J、 Pept、 Protein Res。 35:161−214に記載)がある。 Fmocアミノ酸の使用はペプチド合成の一つの手法でしかない。 Boc(t−ブチルオキシカルボニル保護アミノ基)の手法も固相支持体に結合 したペプチドライブラリーを作成するために用いてもよい(例えば、Geyse nら、1987、J、 [mmunol、 Methods 102:259− 274)。 カップリングが完了したかどうかは評定の必要がある。当業者は公知の定量測定 試験(例えば、ニンヒドリン(Kaiser試験)、ピクリン酸、2,4.6− ドリニトロベンゼンスルホン酸(TNBS)、フルオレサミン、およびクロラニ ル)を熟知しており、これらの試験は、発色化合物を形成させるための試薬とフ リーアミノ基との反応に基づくものである。もし、イミノ酸(例えば、Pr。 およびHyp)が用いられるならば、イサチン測定が望ましい方法である。上記 のFieldsおよびNobleを参照。反応の完了の定量化を、例えばSal  1sburyら(国際特許公報No、 W091103485)により記載さ れているように、反応の過程の量測定(モニター)してもよい。 Fmoc合成では、Kaiser試験が望ましい。Kaiser試験において、 それぞれの試験管からの試料は、Pierce Chemicalから得られた ニンヒドリン試薬を用いて、5arinら(1981,Anal、 Bioch em、117:147−157)により述べられた方法で試験することができる 。 もし、カップリング反応がこの試験により決定することが不充分であるとすると 、反応はa)1倍〜5倍過剰の保護アミノ酸を用いる2回目のカップリング、b )異なるか追加された溶媒(例えば、トリフルオロエタン)を用いる追加カップ リング、またはC)カオトロピック塩、例えば、NaCl0.またはLiBrの 添加(KitsおよびStewart、 1990. ”Peptides:  Chemistry、 5tructure and Bio1ogy″、 R 4vierおよびMarshall、 eds、、 ESCOM Publ、、  pp、 904−906)を含む当業者に馴染みのある幾つかの方法により完 了せしめることができる。 該カップリング反応が完了した後、面相支持体/最初のアミノ酸の結合物の試料 (アリコート中を完全に混合する。完全な混合は、アリコートの均一な混合物が できたとき、好ましくは単一の反応容器において試料を混合することにより得ら れる。完全な混合のいかなる手段も本発明の範囲内にあり、多様な手段が当業者 にとって熟知されているものであるが、好ましい手段としては、例えば、市販の 動力装置の付いた振とう装置中または不活性ガス、例えば、窒素またはアルゴン をバブルすることによる撹拌または振とうがある。 得られた混合物は、少なくとも2つの試料(アリコート)に分ける。これらのア リコートは容積が等しく、もし混合が十分に完全であるならば、実質的に等しい 量の固相支持体/最初のアミノ酸の結合物を含むものとなる。前記のジペプチド 例を用いれば、それぞれの試料は基本的に等しい量のビーズ−グリシン結合物と  ′−ビーズープロリン結合物を含むものとなろう。 それぞれのアリコート中に、別個に第二の組のアミノ酸を導入する。この第二の 組は、(a)最初の組で加えられた同じアミノ酸、すなわちグリシンもしくはプ ロリン; (b)異なる組のアミノ酸、例えばトリプトファンまたはロイシン; (c)1種類のアミノ酸のみ、例えばインロイシンからなってもよい。 最初の組のアミノ酸と同じく、第二の組のアミノ酸は個々に固相支持体/それぞ れの試料(アリコート)の最初のアミノ酸結合物と完全に結合され、最初のアミ ノ酸と第二のアミノ酸からなるペプチドを形成する。上記カップリングと同じく 、カップリングは、その反応のために当技術分野で用いられるいがなる技術によ っても達成してもよい。上で議論したジペプチド例を用いれば、(a)同じ組の アミノ酸の付加によれば、得られるペプチドはグリシン−グリシン、グリシン− プロリン、プロリン−グリシン、またはプロリン−プロリンである: (b)異 なる組のアミノ酸によれば、得られるペプチドはGly−Trp、 Gly−L euSPro−TrpまたはPro−Leuであり; (C)一種類のアミノ酸 によれば、得られるペプチドはGly−11eまたはPro−11eである。 この方法は、添加するアミノ酸があればそれだけの回数を繰り返すことができる 。もし、対象のペプチドがテトラペプチドX−X−X−Trp(ここでXは、例 えば、バリン、セリンもしくはアラニンのどれかである)ならば、この方法は3 回繰り返して、X−X−X−Trpテトラペプチドを得ることができる。最初、 2番目、そして3番目のアミノ酸の導入において、N”−Fmocバリン、N″ −Fmocセリン(0−Bul) 、またはN”−Fmocアラニンのどれかを 固相支持体のアリコートに添加すれば、実質的に等モル量の27種類の異なるペ プチドが生じる(第1図)。もしヘキサペプチドを望むのであれば、この方法は 6回繰り返される。もし、該ヘキサペプチドが5種類の異なるアミノ酸からなる ことが必要ならば、5種類のアリコート(それぞれが異なるアミノ酸を含んでい る)をそれぞれのカップリングステップで使用することにより、この方法を用い ることができる。しかし、もし該ヘキサペプチドが20のアミノ酸のどの基本の 組からもなるべきものとすると、20のアリコートをそれぞれのカップリングス テップで用いる方法が利用できる。 本発明のペプチド合成の方法は、アミノ酸が結合しているか、まだ結合していな い固相支持体を用いて利用できる。更に、固相支持体に既に結合しているリンカ −を用いてもよい。アミノ酸が既に結合している1つの一般的な支持体はBac hem Biochemicalから得られるβ−アラニン−PAM−樹脂であ る。これらの樹脂は、多くの会社より市販され利用可能であり、またペプチド合 成分野に知識のある者により実験室で作られる。 固相支持体/アミノ酸の結合物または固相支持体/リンカ−を初めの試薬として 用いる場合は、これを少なくとも2つの試料(アリコート)に分割し、それぞれ が最初の組のアミノ酸からアミノ酸を受容する。上で述べたように、最初の組の アミノ酸は、固相支持体/アミノ酸の結合物または固相支持体/リンカ−上の実 質的にすべての結合部位に完全にカップリングされ、これらの新しく加えられた アミノ酸を含む試料は完全に混合される。上記したように、混合物は少なくとも 2つのアリコートに分割され、それぞれのアリコートは第二の組のアミノ酸から アミノ酸を受け取り、カップリング反応が繰り返され、成長ペプチドを形成する 。 上記のように、この方法は対象のペプチドを作るために望む回数を繰り返すこと ができる。 この方法は、ランダムペプチドの合成および前もって決定した配列からなるペプ チドライブラリーの合成のために用いることができる。前もって決定した配列の 合成は、特定のN″−Boc−1N″−Fmoc−または他の適当に保護された アミノ酸を特定のカップリングステップの開側用することからなる。例えば、得 られたペプチドが、特別な二次構造、例えばβ−シート、α−へワックス、β− ターン等々を取れる可能性を持つか、取り易いように、特定のカップリングステ ップでアミノ酸を選択してもよい。例えば、もしGlu、 Ala、 Leu、 旧s、 Trpが選択アミノ酸として用いられると、α−へワックスが選ばれる であろう; 一方、もしVal、lie、 TyrおよびMetが用いられると 、β−シートが選ばれるであろう。代わりに、もしGly、 Asn、 Set 、 Pro、Aspが用いられると、β−ターン構造が選ばれるであろう。N末 端近くの酸性アミノ酸やC末端近く近くの塩基性アミノ酸などの他の例を考慮す れば、α−へワックスを安定化することができる。D−アミノ酸はある種のター ンを安定化することができ、数多くの他の構造モチーフを取り入れることができ る(下記のセクション5゜2.1.および5. 2. 2.を参照)。ジスルフ ィド、ラクタム、ラクトンまたは他の環閉鎖部分を有する環状ペプチドライブラ リーを調製することさえ可能である(下記のセクション5.2゜1.を参照)。 本発明の方法は、それぞれの固相支持体、例えば樹脂ビーズがわずかに1種類の ペプチドのみを含むようにペプチドを合成することが可能である。この方法は、 個々のカップリングサイクルの間に個々の樹脂ビーズを僅かに一つのFmocア ミノ酸のみと接触させること、および該カップリングを完了せしめることを保証 するものである。この1ビーズ−1ペプチド合成により、結合するものに特異的 なペプチドの感度と単離効率性を高めることが可能となる。 本方法は容易に応用でき、105〜107の異なるペプチドを有するランダムペ プチドブールの合成を可能とする。 本発明の一つの側面において、ライブラリーのペプチドは、フリーのグリシンも しくはグリシン−アミド基に類似するC02HまたはCON H2側鎖が導入さ れている特別なアミノ酸をC−末端に有していてもよい。この特別な残基を考慮 するもう一つの方法は、ビーズに対するリンカ−もしくは結合からなる側鎖を有 するDまたはLアミノ酸類似体としてである。一つの実施態様において、擬似フ リーC末端残基は、DまたはL光学的立体配置を有していてもよい: もう一つ の実施態様において、DまたはL異性体のラセミ混合物を用いてもよい。 付加的な実施態様において、ピログルタメートは、ライブラリーのペプチドのN −末端残基として含まれていてもよい。ピログルタメートはエドマン分解による 配列決定には適用しがたいが、与えられたビーズ上でペプチドN−末端ピログル タメートにょる置換のペプチドを僅かに50%に限定することにより、ビーズ上 に配列決定のための非ピログルタメートペプチドが充分に存在するであろう。こ の技術は、N末端でエドマン分解に抵抗性のある残基を取り込んでいるどんなペ プチドの配列決定のためにも利用できることを当業者は容易に認識するであろう 。所望の活性を示す個々のペプチドを特性決定する他の方法は、以下に詳細に記 載する。特別なN末端基が50%のペプチドに存在しているとき、そのブロック されたN末端基(例えばピログルタメート)を有するペプチドの比活性は、完全 に(100%)ブロックされたペプチドの活性をブロックされていない(0%) ペプチドと比較することにより容易に示されるであろう。 さらに別の実施態様において、有用な化学および構造的性質を与えるペプチドの サブユニットが選択されるであろう。例えば、D−アミノ酸からなるペプチドは 、インビボでL−アミノ酸に特異的なプロテアーゼに耐性を示すであろう。更に 、より良く定義された構造的性質を有するペプチドのライブラリーの調製、およ びペプチド類似物の利用、およびエステル結合などのペプチド類似結合を本発明 は想定しており、新規な性質を有するライブラリーを調製するものである。もう 一つの別な実施態様において、還元されたペプチド結合、すなわちR,−CH2 −NH−R2(ここでR1およびR2はアミノ酸残基であるか配列である)を取 り込むペプチドライブラリーを作ってもよい。還元されたペプチド結合はジペプ チドサブユニットとして導入してもよい。そうした分子は、ペプチド結合加水分 解、例えばプロテアーゼ活性に抵抗性を示すものである。そうしたライブラリー は、ユニークな機能と活性(代謝分解またはプロテアーゼ活性に対する耐性のた めにインビボで延長された半減期など)を有するリガンドを提供するであろう。 更に、ある種のシステムにおいて、強いられたペプチドは向上した機能的活性を 示すことはよく知られている(Hruby、 1982、Life 5cien ces 31:l89−199; )lrubyら、1990. Bioche m、J、268:249−262) : 本発明は、ランダムな配列をすべての 他の位置で取り込む拘束されたペプチドを作る方法を提供する。 5、 2. 1.拘束された環状ペプチドライブラリーのすべてのペプチドの配 列において、少なくとも2つの位置において、架橋を形成するための処理の後、 ペプチドを拘束させ(Constrain ) 、環状化させ、または硬直化さ せるために架橋可能な化学官能基を提供するアミノ酸またはアミノ酸類似体が導 入されているのであれば、拘束され、環状もしくは硬直化したペプチドが上記に 記載の方法に従って調製してもよい。ターン誘導アミノ酸が取り入れられると、 環状化は優先的に起こるであろう。ペプチドを架橋できるアミノ酸の例は、ジス ルヒドを形成するシスティン、ラクトンもしくはラクタムを形成するアスパラギ ン酸、および遷移金属をキレートし、架橋を形成するγ−カルボキシルーグルタ ミン酸(Gla) (Bachem)などのキレータ−である。保護されたγ− カルボキシルグルタミン酸は、Zee−Chengおよび01son (198 0,Biophys、 Biochem、 Res、 Commun、 94: 1128−1132)により記載の合成を改良することにより調製してもよい。 架橋が可能な少なくとも2つのアミノ酸からなるペプチド配列のペプチドライブ ラリーは、ペプチドを架橋し、拘束され、環状もしくは硬直化したペプチドを形 成させるように、例えばジスルヒドを形成するシスティン残基の酸化、もしくは キレートを形成する金属イオンの添加により処理してもよい。 本発明に従うライブラリーの作成に使用される一組の一般的な硬直モチーフを本 発明は提供する。第2a図に示される一つの実施態様において、2つのベアーの 架橋残基が「バスケット」を作るために配置されている。そうした「バスケット 」モチーフは、その拘束されたフンフォメーションから生じる新規な結合的性質 に加えて、触媒ポケットとして特別な応用を持つものかも知れない。2つのペア ーの架橋残基からなるもう一つ別の実施態様において、第2bに示される「はし ご」モチーフが設計されてもよい。「はしご」モチーフ中のD−およびL−アミ ノ酸を交互に入れ替える利用によって、(グラミシジン中に見られるβ−バレル に類似の)すべての側鎖が一つの表面に向いているペプチドが調製される。そう した表面はユニークな触媒部位を潜在的に提供するかも知れない。さらに別の実 施態様において、単純な「投げなわ」モチーフを作ることもでき、ここでは2つ の残基が第2c図に示すように架橋を形成している。ペプチドループを提供する のに加えて、より短い「投げなわ」モチーフは、結果として配座的に拘束された 直線ペプチドとなり、二次構造、例えばアルファへリフラスを安定化させている 。 更に、インターペプチド架橋が形成されてもよく、結果として、硬直なペプチド マトリックスができることも考えられる。 本発明は架橋を系統的に作る手法を提供する。例えば、もし4つのシスティン残 基をペプチド配列に導入するならば、異なる保護基を使ってもよい(Hiske y、 1981. in The Peptides: Analysis、  5ynthesis、 Biology、 Vat、 3. Grossおよび Mo1enhofer、 eds。 、Academic Press: New York、pp、137−167 ; Pon5antiら、1990、 Tetrahedron 46:825 5−8266) o最初のベアーのシスティンは、脱保護され、酸化され、次に 第2組が脱保護されて酸化される。 このようにして、定義された組のジスルヒド架橋を形成してもよい。代りに、ベ アーのシスティンとベアーのキレートアミノ酸類似体を導入してもよく、従って 、架橋は異なる化学的性質を持つようになる。 5.2.2. コンフォメーショナル束縛を誘導する非標準アミノ酸 以下の非標準アミノ酸は、特別なコンブオメーショナルモチーフを導入するため に、ランダムペプチドライブラリーに導入されてもよい:l、2,3.4−テト ラヒドロイソキノリン−3−カルボキシレート(Kazmierskiら、19 91SJ、 Am、 Chem、 Soc、113:2275−2283) ;  (2S、3S)−メチル−フェニルアラニン、 (2S、3R)−メチル−フ ェニルアラニン、 (2R,3R)−メチル−フェニルアラニンおよび(2R, 3R)−メチル−フェニルアラニン(Kazmierskiおよび)!ruby 、 1991. TetrahedronLett、) ; 2−アミノテトラ ヒドロナフタレン〜2−カルボン酸(Landis、1989、博士論文、Un iversity of Ar1zona) ; ヒドロキシ−1,2,3,4 −テトラヒドロイソキノリン−3−カルボキシレート(Miyakeら、198 9. J、Takeda Res、 Labs、 43:53−76) 、β− カルポリン(DおよびL ) (Kazmierski、1988、博士論文、 University of Ar1zona) ; HI C(ヒスチジンイ ソキノリンカルボン酸) (Zechelら、1991、Int、 J、 Pe p、 Pr。 tein Res、 43) ;およびHIC(ヒスチジン環状尿素) (Dh aranipragada)。 以下のアミノ酸類似体およびペプチド類似物は、特定の二次構造を引き起こすか 選択されるように、選択ライブラリーに導入されてもよい: LL−Acp ( LL−3−アミノ−2−プロベニトン−6−カルボン酸)、β〜ターン誘導ジペ プチド類似体(Kempら、1985、 J、 Org、 Chem、 50: 5834−5838) ;β−シート誘導類似体(Kempら、1988. T etrahedron Lett、29:5081−5082) ;β−ターン 誘導類似体(Kempら、 1988. Tetrahedron Lett、  29+5057−5060) ;α−へリックス誘導類似体(Kempら、  1988. Tetrahedron Lett。 29:4935−4938) ; 7−ターン誘導類似体(Kempら、 19 89. J 、 Org、 Chem、 54:109−115) ;および以 下の引例により提供される類似体: Nagaiおよび5ato、 1985.  Tetrahedron Lett、 26:647−650; DiMai o et al、、 1989. J、 Chem、 Sac、 Perkin  Trans、 p、 1687; Gly−Alaターン類似体(Kahnら 、1989. TetrahedronLett、 30:2317) ;アミ ド結合イソステレ(Jonesら、 1988゜Tetrahedron Le tt、 29:3853−3856) ; トレトラゾーズ(ZabroCki ら、1988. J、Am、Chem、Soc、110:5875−5880)  ; DTC(Samanenら、1990. Int、J、Protein  Pep、Res、35:501−509) ; および01sonら、1990 . J、Am、 Chem、 Sci、 112:323−333およびGar veyら、 1990. J、 Org、 Chem、 56:436に教示の 類似体。 上記の非標準ペプチドとペプチド類似物は古典的エドマン分解配列分析に適用し 難いが、最初にエドマン分解を行い、それに引き続く残りの鎖のアミノ酸分析が 、所望の活性を有するペプチドの構造を決定するために用いることができる。代 わりの方法として、マススペクトル分析を用いてもよい。 5.2.3.誘導および修飾ペプチド 本発明は更にライブラリー中のペプチドの修飾または誘導体化を提供する。ペプ チドの修飾は当業者にとってはよく知られていることであり、これにはリン酸化 、カルボキシメチル化、およびアシル化がある。修飾は化学的もしくは酵素的手 段により達成できる。 もう一つの側面において、グリコジル化もしくは脂肪アシル化されたペプチド誘 導体を調製してもよい。グリコジル化もしくは脂肪アシル化されたペプチドは、 以下の引例に例示されているように、本技術分野においてよく知られているもの である:1、 GargおよびJeanloz、 1985. in Adva nces in Carbohydrate Chemistry and B iochemistry、 Vol、 43. Academic Press 。 2、 Kunz、 1987. in Ang、 Chem、Int、 Ed、  English 26:294−308゜3、Horvatら、198B、I nt、J、Pept、Protein Res、31:499−507゜4、B ardajiら、+990. Ang、Chem、Int、Ed、Englis h、23:231゜5、Tothら、1990. in Peptides:  Chemistry、5tructure and Biology、 Riv ierおよびMarshal、 eds、、 ESCOM Publ、、 Le iden、 pp、 1078−1079゜ 6、Torresら、1989. Experientia 45:574−5 76゜7、Torresら、1989. EMBOJ、8:2925−2932 ゜8、 HordeverおよびMusiol、1990. in Pepti des: Chemistry、 5tructure and Biolog y、log、cit、pp、811−812゜9、 Zee−Chengおよび 01son、1989. Biochem、 Biophys、 Res、 C ommun、94:1128−1132゜ 10、Markiら、1977、He1v、Chem、 Acta、、60:8 07゜11、Fujuら、1987. J、Chem、Sac、Chem、Co mmun、、pp、163−16412、 Pon5atiら、1990. P eptides 1990. GiraltおよびAndreu。 eds、、ESCOM Publ、、pp、238−240゜13、Fujiら 、1987. 1988. Peptides: Chemistry and  Biology。 Marshall、ed、、ESCOM Publ、、Leiden、pp、2 17−219゜ペプチド−炭水化物結合には二種類の大きなりラスがある。最初 に、エーテル結合は、セリンまたはスレオニンヒドロキシルを糖のヒドロキシル に結合させる。第二に、アミド結合はグルタメートもしくはアスパラテートのカ ルボキシル基を糖上のアミノ基に結合させる。特に、上記引例1と2は、ペプチ ド−炭水化物エーテルとアミドを調製する方法を教示している。アセタールとケ タール結合も炭水化物をペプチドに結合させることができる。 脂肪アシルペプチド誘導体も調製できる。実施例のためであり、限定のために挙 げるのではないが、フリーアミノ基(N−末端またはリシル)はアシル化、例え ば、ミリソトイル化してもよい。もう一つの実施態様において、(CH= )n CH3構造の脂肪鎖からなるアミノ酸がライブラリーのペプチド中に導入するこ とができる。本発明での使用に適するこのペプチド−脂肪酸複合体および他のも のが、U、 K、特許GB−8809162,4、国際特許出願PCT/AU8 9100166、および上記引例5に開示されている。 5.3.ランダムオリゴヌクレオチドライブラリー核酸から構成される選択的ラ イブラリーの合成方法は、Caruthers (1985,5cience  230:281; Caruthersら、1987、Methodsin E nzymology 154:287−313)により開拓されたホスホルアミ ダイト法によるDNAの固相合成法を採用することができる。 シリカに基づく不溶性高分子支持体と保護されたデオキシヌクレオシドの両方が 、市販されており利用できる(例えば、Pen1nsula Laborato ries、 Inc、、 Ca1ifornia、 Applied Bios ystems、 InC,)。保護されたデオキシヌクレオシドの例は、5’  −0−ジメトキシトリチルデオキシチミジン、5′−〇−ジメトキシトリチルー 4−N−ベンゾイルデオキシシチジン、5′−〇−ジメトキシトリチルーN−ベ ンゾイルデオキシアデノシン、および5°−〇−ジメトキシトリチルーN−イソ ブチルデオキシグアノシンである。他の具体的な保護基は適用に応じて用いるこ とができる。 相応するデオキシヌクレオシド3′−ホスホルアミダイトは合成することができ 、続いて上記のCaruthersら、1987年に従って固相支持体にカップ リングすることができる。最初のデオキシヌクレオシドは、例えばデオキシアデ ノシンとして固定化することができる。脱トリチル化し、ジクロロメタン続いて アセトニトリルによる洗浄後、固体−支持体は4つの等しい試料(アリコート) に区分けし、4つの分離した反応容器中に移しかえる。次に、その4つのデオキ シヌクレオシド3゛ −ホスホルアミダイトをそれぞれ4つの分離した反応容器 に移しかえる。カップリングの完了後、4つの反応容器からの固体−支持体はと もに混合し、完全に洗浄し、次にI2/H2o/ルチジン/THFの混合物で酸 化させる。酸化後、固体−支持体をアセトニトリルで完全に洗浄し、上記サイク ルを繰り返す。ランダムポリデオキシヌクレオチド鎖の合成が完了した後(例え ば、11回のカップリングステップ後)、メチルエステル基をチオフェノールで 切断し、DMT基はトリクロロ酢酸で切断される。脱保護ポリヌクレオチド鎖は (適当なリンカ−が選択されるとき)固体支持体に共有的に結合した状態であり 続けることができ、以下に概説する選択されたスクリーニングの方法にすぐに用 いることができる。 本発明は、ホスホジエステル結合以外の結合を持つオリゴヌクレオチドを用いる ことを前もって規定するものである。例えば、オリゴヌクレオチドはホスホロチ オネート結合を取り込むかもしれない。他の修飾されたホスホジエステル結合ま たは結合類似体は本技術分野においてよく知られているものである。そのような 修飾された結合は、エキソヌクレアーゼおよびエンドヌクレアーゼ活性に耐性が あることが知られている。 12ヌクレオシド塩基を有するライブラリー中に、1カツプリングステツプあた り僅かに4つのDNAかRNA配列があるために、412の可能なポリヌクレオ チド配列、すなわち、全部で1゜68X10’の可能性があることになる。更に 、オリゴヌクレオチドは、DNAかRNAのヌクレオシドの両方を用いて合成し てもよい。当業者は、主要ヌクレオシドに加えて、一般的ではない修飾ヌクレオ シドを使ってもよい。一般的ではない修飾ヌクレオシドとして、イノシン、メチ ル化プリンヌクレオシド、ウリジン誘導体、および2°−0−メチルリポースが あり、これらはどのリポヌクレオシドと共にも生じ得る。 本発明に用いられる固相支持体は、パイオーオリゴマー合成(例えば、ペプチド 合成またはオリゴヌクレオチド合成、またはその両方)の反応条件に不活性であ る。本発明に用いられる固相支持体は、モノマーサブユニットに結合するか、ま たはモノマーサブユニットのための最初の結合点として機能することのできるリ ンカ−またはハンドルに結合するために、反応性基を持たなければならない。一 つの実施態様において、固相支持体は、インビボにおける利用に適するものかも しれず、すなわちパイオーオリゴマーライブラリーの直接の利用のためのキャリ アーか支持体として機能するかもしれない(例えば、TentaGel Rap pポリマー、テユービンゲン、ドイツ; 下記のセクション5,8.を参照)。 特別な実施態様において、固相支持体は美味であり経口的に食べられるものであ ってもよい。もう一つの実施態様において、固相支持体は、有用なりロマトグラ フィー支持体であってもよい。 ここで用いられている固相支持体は、特定の種類の支持体に限定されるものでは ない。むしろ多くの数の支持体が利用可能であり、当業者に知られているもので ある。固相支持体として、シリカゲル、樹脂、誘導体化プラスチックフィルム、 ガラスピーズ、綿、プラスチックビーズ、アルミナゲルがある。好適な固相支持 体は、所望の最終使用および多様な合成プロトコールの適性に基づいて選択して よい。例えば、ペプチド合成のために、固相支持体はポリスチレン(例えば、B achem Inc、、 Pen1nsula Laboratories等よ り得られるPAM樹脂) 、POLYHIPE (登録商標)樹脂(カナダのA m1nOteChより得られる)、ポリアミド樹脂(Peninsula t、 aboratortesより得られる)、ポリエチレングリコールでグラフト化 したポリスチレン樹脂(TentaGel (登録商標) 、Rappポリマー 、テユービンゲン、ドイツ)またはポリジメチルアクリルアミド樹脂(カルホル ニアのMi lligen/Biosearchから得られる)を指すものであ る。好ましい実施態様において、ペプチド合成のために固相支持体はポリジメチ ルアクリルアミド樹脂を指している。 本発明の固相支持体はリンカ−を含んでいてもよい。ここで用いられるリンカ− は、支持体と合成されるペプチドとの間の空間距離を提供する分子を指している 。リンカ−は、N”−BOCまたはN“−Fmocまたは適当に保護されたアミ ノ酸とカップリングする前に、固相支持体上に共有結合できる。多様なリンカ− がオリゴマーを固相支持体に結合させるために用いることができる。リンカ−の 例は、アミノブチル酸、アミノカプロン酸、7−アミノカプロン酸、8−アミノ カプリル酸がある。Fmoc−アミノカプロン酸は、Bachem Bioch emから市販されて利用でき、好適な実施態様である。更に別の実施態様におい て、リンカ−は更に1つ以上のβ−アラニンをスペーサーとして含んでいてもよ い。更に、固相支持体は、バイオアッセイや検出の特別な目的のための特定の要 件に合致するように修飾することができる。固相支持体の修飾は、特定のリンカ −を取り入れることにより行なってもよい。例えば、修飾された固相支持体は、 酸感受性、塩基感受性、求核感受性、求電子感受性、光感受性、酸化感受性また は還元感受性とすることができる。 上記に記載のリンカ−に加えて、選択的に切断可能なリンカ−を用いることがで きる。紫外線光に感受性のあるリンカ−であるONbの使用は、下記セクション 12に示されている( BaranyおよびAlbenicia、 1985.  J、 Am、 Chem、 Soc、 107:4936−4942を参照) 。他の切断可能なリンカ−は、ハイドロゲノリシスまたはフオトリシスを必要と する。光感受性(光切断性)リンカ−の例は、Wang (1976、J、Or g、Chem、 41:32−58) 、Hammerら(1990,Int。 J、 Pept、 Protein Res、 36+3l−45) 、および Kreib−Cordonierら(1990,in Peptides −C hemistry、 5tructure and Biology。 RivierおよびMarshall、 eds、、 pp、 895−897 )中に見られる。Landen (1977、Methods Enzym、  47:145−149)は、水性の蟻酸を用いてAsp−Pro結合を切断した ; このアプローチはGeysen pin合成法に関連してT−細胞決定基を 特性決定するために用いられた(Van der Zeeら、 1989. E ur、 J、 Immunol、 191:43−47) o塩基性条件下で切 断可能な他の潜在的リンカ−グループとして、p−(ヒドロキシメチル)ベンゼ ン酸(Anthertonら、 1981. J、 Chem、 Sac、 P erkin I:538−546)およびヒドロキシ酢酸(Baleauxら、  1986. Int、 J、 Pept、 Protein Res、 28 :22−28)がある。Geysenら(1990,J、Immunol、 M ethods 134:23−33)は、ジケトピペラジン機構によるペプチド 切断を報告した。酵素は、感受性のある配列を含むリンカ−もしくは酵素切断の ための基質(例えば、ペプチドのプロテアーゼ切断:オリゴヌクレオチドのエン ドヌクレアーゼ切断)を特異的に切断することができる。ある例において、10 〜50%の樹脂を切断可能なリンカ−による置換で誘導体化してもよく、残りの 50〜90%は非切断性のリンカ−て置換され、配列決定のためにリンカ−の切 断後に十分なペプチドを残しておくことを確実にしている。切断できるリンカ− を組合せて用い、単一ビーズから順次切断することもできる。 本発明に用いられる固相支持体は、更に、ランダムサブユニット配列が加えられ た対象のバイオ−オリゴマーを含んでいてもよい。前結合されるバイオ−オリゴ マーはここで記載の方法に従って選択してもよいし、または望む性質を与える公 知の配列を含んでいてもよい。 オリゴヌクレオチドの合成においては、シリカに基づく固相支持体が選ばれるで あろう。上記のセクション5.3.で述べたように、シリカに基づく固相支持体 は市販されている(例えば、Pen1nsula LabOratOrieS、 Inc、およびApplied Biosystems、Inc、から利用でき る)。 5.5.対象のバイオ−オリゴマーの検出と同定の方法バイオ−オリゴマーの真 にランダムなライブラリーとその合成方法を提供するのに加えて、本発明は、更 に、対象となる生物学的活性、例えば、結合、刺激、阻害、毒性、味等々を示す バイオ−オリゴマーをライブラリー内で同定するために、パイオーオリゴマーラ イブラリーのスクリーニング方法を包含するものである。 他のパイオーオリゴマーライブラリーは、酵素活性、酵素阻害活性、および対象 となる化学的物理的性質のための下記記載の方法に従って選抜できる。 最初のスクリーニング中に発見される対象となるバイオ−オリゴマーは、最終的 なリガンドである必要はない。実際、最初のスクリーニング中に選択されるリガ ンドの共通する配列に基ついて、第二のライブラリーを合成するのが望ましい。 このように、もし第二のスクリーニングがより高い厳密な条件下でなされるので あれば、更により高い活性のリガンドの同定が可能かもしれない。 5.5.1.結合アッセイ 本発明は受容体分子と結合するバイオーオリゴマーリカンドの同定を可能にする 。ここで用いられている「受容体分子」という言葉は、バイオ−オリゴマーリガ ンドと結合するとんな物質も意味している。受容体分子は、これらに限定される ものではないが、抗体、レセプター、またはウィルス等の生物学的巨大分子であ ってもよい。更に、受容体分子は、これらに限定されるものではないが、タンパ ク、炭水化物、核酸、脂質、医薬、金属または小分子等の化学的化合物であって もよい。 本発明のパイオーオリゴマーは多くの異なる受容体分子に潜在的に相互作用する ことができる。特定の受容体分子に結合する特別なバイオ−オリゴマー種を同定 することにより、対象のパイオルオリゴマーを物理的に単離することが可能であ る。 小数のビーズのみがそれぞれのスクリーニング/検出/単離ステップの間に除去 されるので、はとんどのビーズがプール中に存在するであろう。従って、ランダ ムバイオ−オリゴマーライブラリーは複数回繰り返し利用できる。もし、異なる 色彩もしくは同定方法「(例えば、受容体上に付けられたフルオレセイン(緑) 、テキサスレッド(赤)およびDAPI(青)などの蛍光を知らせるグループを 用いる)または蛍光顕微鏡または蛍光検出器中における適当な励起フィルターを 用いる]を異なる受容体分子用いるならば、異なる受容体(レセプター)をペプ チドライブラリーに加えると同時に評価することができ、特別なリガンドのため の迅速なスクリーニングを容易にする。これらの方法は費用を下げるだけではな く、選抜することのできる受容体分子の数を増加させている。 本発明の方法において、対象の受容体分子はバイオ−オリゴマーのライブラリー に導入され、ここで該受容体分子はライブラリー中の1種類以上のバイオ−オリ ゴマーをライブラリー中で認識し結合する。受容体分子が結合するそれぞれのバ イオ−オリゴマー種は単一の固相支持体上に見られるであろうから、該支持体( 従って該バイオ−オリゴマー)は容易に同定でき単離することができる。 パイオーオリゴマーは当業者に公知の通常の方法により単離することができ、本 発明は単離の方法により限定されることはない。 実例のためであり、限定をするためではないが、特異的な受容体位分子と最も強 い物理化学的相互作用を示す固相支持体/バイオ−オリゴマー結合体を物理的に 単離することが可能である。物理化学的相互作用に基づく一つの実施態様におい て、特異的な受容体分子溶液は、約105〜107個の固相支持体であるランダ ムペプチドライブラリーに加えられる。受容体分子は、ペプチドと抗体とのカッ プリングを充分に行なわせる時間、例えば22°Cで1時間、該樹脂とインキュ ベートさせる。その後、受容体分子で被覆したパイオーオリゴマー/固体相支持 体が単離される。より具体的な実施態様は、可溶性受容体分子としてモノクロー ナル抗体を用いることを記載する以下の方法に述べられている。これらの方法は 、いかなる受容体分子の結合を検出するためにも、容易に変更改良して採用でき ることは明らかであろう。更に、以下の方法は、ペプチドのライブラリーについ て述べているが、オリゴヌクレオチドまたはペプチド−オリゴヌクレオチドキメ ラのライブラリーも定量できることが理解されよう。 (i)モノクローナル抗体は、当業者の通常の技量の範囲の技術により、最初に 蛍光部分で標識するか、「フルオレセイン化」する。次に、1μg/mlの濃度 の該抗体が、ペプチドライブラリーに導入され、22℃で1時間緩やかに混合し た後、固相支持体を洗浄し、蛍光抗体固相支持体/ペプチド結合物を同定して、 蛍光で活性化されたセルソーターで回収する。代わりの方法として、蛍光抗体固 相支持体/ペプチド結合物は、マイクロマニュピレータ−を用いる蛍光結合によ り、分析顕微鏡下で同定され、物理的に集められる。蛍光の相対的強度は、問題 のモノクローナル抗体に対するペプチド−リガンドの親和性に一般的に比例する 。 (11)モノクローナル抗体は、本技術分野ではルーチンである技法により、最 初にフェロ−マグネティックビーズに結合させる。 次に、lμg/mlの濃度の結合抗体は、22°Cて1時間、ライブラリーとと もにインキュベートする。マグネットビーズは対象の固相支持体/ペプチドの回 りでロゼツトを形成し、これは次に強い磁石を用いて物理的に単離できる。 (i i i)モノクローナル抗体は、本技術分野ではルーチンである技法によ り、最初にアルカリホスファターゼなどの酵素に結合させる。次に、抗体−酵素 結合体はランダムペプチドライブラリーとともに22℃で30分から1時間イン キュベートする。洗浄後、全ライブラリーをアルカリホスファターゼの基質、例 えば、5−ブロモ−4−クロロ−3−インドイルフォスフェート(BCIP)お よびニトローブルーテトラゾレウム(NET)を含むペトリ皿に注ぎ入れる。数 分間インキュベートの後、抗体−固相支持体/ペプチド結合物は、固体相支持体 上の変換された基質の析出のために、色が変わり(青くなり)、マイクロマニュ ピレータ−による分析顕微鏡下で容易に同定でき、物理的に単離することができ る。色反応の相対強度は、問題のモノクローナル抗体に対するペプチドの親和性 に一般的に比例する。 (iv)モノクローナル抗体は、最初に西洋ワサビパーオキシダーゼなどの酵素 に、本技術分野にルーチンの技術により結合させる。次に、この抗体−酵素結合 体は、22℃で30分から1時間ランダムペプチドライブラリーと共にインキュ ベートする。洗浄後、全ライブラリーをパーオキシダーゼの基質、例えば3.3 ’ 、 4.4°−ジアミノベンジジン(DAB) ;a、ao、 5.5’− テトラメチルベンジジン(TMB) ;または4−クロロ−1−ナフトール(4 CN)を含むベトリ皿に注ぎ入れる。数分間のインキュベーション後、抗体−固 相支持体/ペプチド結合物は色が変化し、マイクロマニピュレーターを用いる分 析顕微鏡の下に同定でき、物理的に単離する′ことができる。色反応の相対的強 度は、問題としているモノクローナル抗体に対するペプチドの親和性と一般的に 比例するものである。 (V)モノクローナル抗体は、当分野でルーチン的な技術によって、最初にビオ チンで標識するか、または「ビオチニル化」し、その後、ランダムペプチドライ ブラリーとともに22℃で30分間〜1時間インキュベートする。洗浄後、スト レプタビジンーアルカリホスファターゼまたはストレブタビジンー西洋ワサビパ ーオキシダーゼ複合体を添加して、30分間インキュベートする。 次に、支持体を洗浄し、色を酵素法で上記(iii)で記載のように展開した。 対象のペプチド/固相支持体は、上記のように物理的に単離される。 もう一つの別の実施態様において、可溶性受容体分子の利用に加えて、そのまま の(未処理の)細胞を用い、細胞表面リレブタ−に結合するパイオーオリゴマー を検出することができる。未処理細胞の使用は、マルチサブユニットであるか、 適応性のあるリセプターとともに、もしくは細胞膜の脂質ドメインが機能的であ ることを必要とするりセブターとともに使用するためには好ましい。この技法に 用いられる細胞は生きているか、固定された細胞であってよい。細胞はランダム ペプチドライブラリーとともにインキュベートされ、ライブラリー中のあるペプ チドと結合し、目的細胞と関連固相支持体/ペプチドとの間に「ロゼツト」を形 成する。その後、ロゼツトは、分画遠心分離により単離することができるか、も しくは分析顕微鏡下で物理的に除去することができる。 代りの方法として、該ライブラリーを(i)対象のりセプターがその細胞表面に 存在していない「親」細胞系、および(i i)リセプター陽性細胞系、例えば 対象のレセプターをコードする遺伝子で親細胞系を感染させることにより誘導さ れた細胞系などの細胞系によるバンニング(選り分け)法を用いてライブラリー を選抜してもよい。次に、該ライブラリーを以下の手法によりスクリーニングす ることができる=(i)最初に、レセプターを欠如している細胞に結合するであ ろう非特異的なビーズのライブラリーを、親細胞系の単一層を導入し、標準「パ ンニング技術」により、使い果し、リセブターに特異的な非結合性ビーズまたは 関係のない非結合性ビーズを残しておき、(ii)リセブターに特異的なビーズ もしくは関係のないビーズの両方を含む非結合性ビーズを除去し、それらを、リ セプター陽性細胞系の単一層上に置き、ここでリセブターに特異的なビーズはり セブター陽性細胞系に結合し、(iii)静かに洗浄し、デカントすることによ り、残っている関係のない非結合性ビーズを除去し、そして(iv)リセブター に特異的なビーズをマイクロマニュピレータ−で除去する。 膜結合性リセブターまたは細胞膜の脂質ドメインが機能的であることを必要とす るりセブターのための全細胞アッセイに代るものとして、リセブター分子はリポ ソームに再構成され、ここでレボ−ティンググループまたは酵素を結合させる。 前記実施例はペプチドリガンドを指しているが、上記セクション5.l、5.2 .および5.3.に記載のどのパイオーオリゴマーも本発明の実施に用いること ができる。従って、受容体分子は非標準、円形、立体配座的に影響を受けている か、もしくは構造的に拘束されたペプチドに、オリゴヌクレオチドに、またはペ プチド−オリゴヌクレオチドキメラに結合させてもよい。 一つの実施態様において、受容体分子は直接に標識されてもよい。もう一つ別の 実施態様においては、対象のパイオーオリゴマーを含む固相支持体と受容体分子 との結合の検出のために、標識化された第2試薬は受容体分子を用いてもよい。 結合は、酵素ラベルにより、発色団をその場(in 5itu)で形成させるこ とにより検出することができる。適当な酵素には、これらに限定されるものでは ないが、アルカリホスファターゼおよび西洋ワサビパーオキシダーゼがある。さ らに別の実施態様において、対象の異なる受容体分子上に2つの酵素標識を用い 、2つの発色性物質を用いて、2種類のカラーアッセイを使用してもよい。架橋 反応性および単一反応リガントは2種類のカラーアッセイにより同定できる。 本発明に用いられる他の標識として、色彩ラテックスビーズ、マグネチックビー ズ、蛍光ラベル(例えば、幾つかの蛍光物質を挙げると、蛍光イソチオシアネー ト(FITc)、フィコエリスリン(PE) 、テキサスレッド(TR)、ロー ダミン、フリーまたはキレート化したランタニド系塩、特にEu3+)、化学発 光性分子、ラジオアイソトープ、または磁気共鳴画像標識がある。2種類のカラ ーアッセイは2種類以上の色のついたラテックスビーズ、または異なる波長で光 を出すフルオロフォアを用いて実施してよい。 標識化されたビーズはマニュアルか機械的手段を用いて分離できる。機械的手段 として、蛍光物質活性化ソーティング(すなわちFAC3に類似するもの)およ びマイクロマニュピレータ−除去手段がある。 以下に記載の具体的な例において、酵素−クロモゲン標識と蛍光(FITC)標 識が用いられる。 反応性ビーズは、標識の強度、例えば幾つかの基準を挙げると、色彩強度、蛍光 強度、磁気強度、または放射活性に基づいて単離してもよい。最も強烈に標識化 されるビーズが選択され、配列決定がなされ、さもなければ構造について、例え ばマススペクトル分析により特性決定される。もう一つの別の実施態様において 、任意のカットオフ以上の標識強度を有するビーズのランダムな選択が選択され 、配列決定がなされてもよい。現代の画像分析マイクロスコピーを用いて、色彩 強度を定量でき、従って、ビーズの配列分析の前に、受容体分子に対するリガン ドの相対的親和性を正確に定義することができる。同じく、もし受容体に蛍光ラ ベルが付されていれば、定量免疫蛍光マイクロスコピーが適用できる。 さらに別の実施態様において、ある標識強度を示すビーズが、組成分析、例えば アミノ酸組成の決定のために選択される。組成分析から重要であると同定された モノマーサブユニットの限定された組からなる純化されたライブラリーは調製し 、選抜してもよい。 もう一つの別の実施態様において、最大の結合親和性(すなわち結合定数)を有 するパイオーオリゴマーは、ライブラリーのわずかに2〜3個の面相支持体への 結合が検出されるまで、段階的に対象の受容体分子を希釈することにより同定し てもよい。代わりの方法として、結合溶液の厳密性(ストリンジエンシイ)、ま たは核酸の場合は、目的の核酸(すなわち、受容体分子)とのハイブリダイゼー ションを高めてもよい。結合の厳密性またはハイブリダイゼーションを高めるに は、(i)溶液のイオン強度を増加させること; (ii)尿素などの変性化合 物の濃度を上げること; (iii) pHを中性(pH7)を基準にして、上 げるか下げること: (iv)核酸の場合、Tm(溶解温度)に近付けることに より達成できることを当業者は理解するであろう。結合を高親和性相互作用に限 定するために溶液条件を変える他の手段は、当分野においてよく知られている。 固相支持体/バイオ−オリゴマーに対する受容体分子の高い希釈や高い厳密性( ストリンジエンシイ)結合は、すべてまたは殆どすべての可能なモノマーサブユ ニットからなるランダムライブラリーにおいて、または限定された純化ライブラ リーにおいて、対象のリガンドを検出するために用いることかできる。 もう一つの別の実施態様において、低い親和性結合を示すパイオーオリゴマーは 興味深いものかもしれない。これらのバイオ−オリゴマーは、すべての高い親和 結合性パイオーオリゴマーを最初に除去し、次に低い厳密性かより小さい希釈条 件下で結合を検出することにより選択することができる。 好適な実施態様において、二重ラベルアッセイを使ってもよい。 最初のラベルは、可溶性リガンドの存在下で、対象の受容体分子のビーズに対す る非特異的な結合を検出するために用いてもよい。 次に、標識したビーズはライブラリーから除去し、可溶性リガンドを除去する。 次に、残存しているビーズに対する特異的結合性受容体分子を検出する。そのよ うなビーズ上のパイオーオリゴマーは、興味のりガントと同し結合部位で受容体 分子と結合する(従って興味のリガントに疑似する)と期待することができる。 アッセイの最初のステップは、非特異的な陽性反応のビーズの除去を可能とする ので、対象の受容体分子は精製の必要がないこといつ利点を二重ラベルアッセイ は提供する。 5.5.2.生物活性のアッセイ 更に、本発明は、合成から残ったままの(例えば、溶媒、滅菌水および培養培地 による中性化および長い洗浄による)毒性物質を除去するように処理されたライ ブラリーからのパイオーオリゴマーの生物学的活性のためのアッセイを提供する 。定量することのできる生物学的活性として、毒性および殺傷性、刺激および成 長促進、および生理学的変化がある。 好適な実施態様において、ライブラリーのバイオ−オリゴマーは、本明細書にお いて「ビーズ」とも称される固相支持体から選択的に切断される。一つの実施態 様において、ビーズは、バイオ−オリゴマーのフラクションのみを選択的に切断 できるように調製される。選択的に切断可能なパイオーオリゴマー、リンカ−お よびビーズは、上記のセクション5.4.で議論している。ライブラリーは、パ イオーオリゴマーのフラクションの切断が起こるように、切断試薬で処理する。 切断試薬の例としては、これらに限定されるものではないが、UV光線、酸、塩 基、酵素、または触媒がある。一つの実施態様において、ライブラリーは10〜 90%のパイオーオリゴマーが放出されるように処理される。より好適な実施態 様において、25〜50%のバイオ−オリゴマーが放出される。すべてのバイオ −オリゴマーが切断可能な場合、非定量的切断は、切断試薬を限定することによ り実施することができる。一つの側面において、UV光線の露光時間と強度が限 定される。もう一つ別の実施対応において、試薬濃度が限定される。 切断を実施するための処理の後、該ライブラリーは、更に、例えば中性化により 、所望のアッセイに生物学的に対応できるようにする。実施において、当業者は 、ライブラリーのすべてのバイオ−オリゴマーが切断可能なリンカ−または結合 により固相に結合されているときに、部分的切断のための適当な切断条件を容易 に決定することができるであろう。当業者は、更に、切断条件を変化させること によって、放出されたパイオーオリゴマーの相対濃度に影響を与えることができ ると理解するであろう。 ライブラリーのビーズは固定化されているので、特別なバイオ−オリゴマーの濃 度勾配が形成される。バイオ−オリゴマーの高濃度は、それが放出されるビーズ の近接部分に見られるであろう。従って、対象の生物学的活性の証拠は、ビーズ の近接部分で、ビーズの同定と単離を可能とし、パイオーオリゴマーの配列決定 と他のキャラクタライゼーションを可能とするであろう。配列決定のための部分 的切断もしくは他のキャラクタライゼーションの後に充分なパイオーオリゴマー がビーズ上に残っているので、バイオ−オリゴマーの同定が可能である。もう一 つ別の実施態様において、ビーズは、マイクロタイターウェル(例えば、10ビ ーズ/ウエル)に分配され、1パーセントのパイオーオリゴマーが放出され、生 物学的活性を試験して、拡散の潜在的問題を取り除いている。以下に述べるよう に、パイオーオリゴマーの異なるフラクションは、順次のアッセイのための異な る切断可能なリンカ−を経て固相支持体もしくはビーズに結合されていてもよい 。これらの実例において、「ビーズ」という用語は固相支持体を指している。 以下の実施例を、生物学的アッセイがどのように行なわれるかを示すために提供 する(ただし、限定を行なうものとしてではない)。 (i)単一細胞懸濁液における細胞群は、ランダムバイオ−オリゴマーライブラ リーを含む液体培地もしくは半固体マトリックス上で層状とする。一つの実施態 様において、この方法は、1ウエルあたり一つ以上のビーズと細胞懸濁液を有す る96ウ工ルマイクロウエル組織培養プレート中で実施される。もう一つの別の 実施態様において、バリヤーマトリックスまたは「クツキーカッター」は、細胞 の懸濁液およびライブラリーのビーズに適用され、個々のチャンバーを作る。そ れぞれのビーズ上のある比率のペプチドは、水で切断可能な(例えば、ジケトピ ペラジン)または光で切断可能なリンカ−に結合される。充分なペプチドが放出 されて生物学的効果を与え、一方で充分なペプチドが配列決定のためのビーズに 結合したままで存在する。細胞懸濁液は溶液中に存在するか、それ自体が半固体 マトリックスに存在していてもよい。 適当な時間のインキュベーション後、細胞群は成長と増殖を、例えばコロニーの 同定により調べられる。もう一つの実施態様において、テトラゾリウム塩MMT  (3−(4,5−ジメチル−タブ−ルー2−イル)−2,5−ジフェニルテト ラゾリウムブロマイド)を添加してもよい(Mossman、 1983. J 、Immunol、 Methods 65:55−63; N1ksおよび0 tto、1990. J、Immunol、 Methods 130:140 −151)。生きている細胞のミトコンドリア中に見いだされるスクシネートデ ヒドロゲナーゼは、MTTをホルマザンブルーに変換する。従って、濃縮された 青色は、代謝的に活性のある細胞を示すものである。更に別の実施態様において 、放射能標識、例えばトチリチェート化したチミジンの導入は、細胞の増殖を示 すためにアッセイしてもよい。同様に、タンパク合成は、35S−メチオニンの 導入により示すことができる。次に、細胞成長を促進するか阻害するペプチドを 放出するビーズは、回収され、配列決定され、次に、同定されたペプチドを用い て、配列を指示細胞タイプに対する確認培地中での溶液中で再度試験を受ける。 (2)更に、前記(i)の実施態様において、ライブラリーのビーズは、それぞ れのウェルが約10ビーズを含むようにマイクロタイターウェル中に配分される 。該ビーズを溶液相中に懸濁する。充分なペプチドが、それぞれのビーズから放 出され、生物学的効果を示し、一方、充分なペプチドが配列決定のためのビーズ 上に残る。放出されたペプチドを含む上清は、リプリケートプレートに移される か、ビーズを有するウェル中に残してもよい。生物学的活性、例えば細胞系の成 長または増殖が決定される。生物学的活性を有するウェルからのビーズの配列を 決定し、それぞれの配列を調製し、試験して、どの配列が生物学的活性を示して いるのかを決定する。 (iii)上記の(ii)のさらに別の実施態様において、最初のステップで約 17′3のパイオーオリゴマーが放出され、第二のステップで約1/3が放出さ れ、残りの1/3がビーズ上に残る。2つの異なる切断可能なリンカ−の利用、 もしくは切断試薬をそれぞれのステップにおいて一部分のみのパイオーオリゴマ ーを放出するように限定することにより、順次的な放出を起こすことができる。 後の例の場合、化学的もしくは酵素的切断試薬に注意深く時間設定して接触させ ることにより、部分的な切断が達成できるが、光で切断可能なリンカ−の制御さ れた照射が好適であろう。 それぞれのウェルが1ウエルあたり約50以上のビーズ、より好適には約50か ら約250までのビーズを含むように、順次に切断可能なバイオ−オリゴマーの ライブラリーがマイクロタイタープレート中で調製され、分散される。ビーズは 約1/3のバイオ−オリゴマーを切断するように処理される。上清は、リプリケ ートアッセイで生物学的活性を測定する。次に、生物学的活性を示すウェルから のビーズを、それぞれのウェルが約1〜10ビーズを含むようにマイクロタイタ ープレートのウェル中に懸濁させ、分散させる。該ビーズは、さらに別の1/3 のバイオ−オリゴマーを放出させるために処理され、上清は生物学的活性を測定 する。生物学的活性を示すウェルからのビーズを単離し、結合したバイオ−オリ ゴマーの配列決定を行なう。1つ以上のビーズが見られるとき、すべての同定さ れた配列を調製し、生物活性のために個々に試験する。この二つのステップの順 次の生物学的アッセイは、特定な生物学的活性を有するパイオーオリゴマーのた めの非常に大きなライブラリーを選抜する充分かつ強力な方法を提供する。 (iv)サイトカイン放出の促進は、半固体マトリックス、例えば、アガロース ゲル中に固定化された単一細胞分散液を添加することにより定量できる。本発明 のバイオ−オリゴマーがサイトカイン、例えば、リンフ才力イン、成長因子、ホ ルモン等々の放出を誘導する場合、サイトカインの存在は、指示細胞系の活性に より検出することができる。指示細胞系による具体的なアッセイは、上記(i) に記載のように行なうことができる。もう一つの別の実施態様において、刺激さ れた細胞により放出されたサイトカインは、膜、例えばニトロセルロース上にプ ロットでき、サイトカインはイムノアッセイまたはりセブター結合アッセイによ り検出できる。 (V)もう一つの別の実施態様において、パイオーオリゴマーの毒性が観察され るかもしれない。例えばバイオ−オリゴマーライブラリー上に層状化された形質 転換したもしくは腫瘍細胞系の非成長のゾーンまたはプラークは、細胞毒活性を 示すかも知れない。特別な側面において、半固体マトリックス中の二つの細胞群 は、互いに層状にできる。こうして、ターゲット細胞に特異的であるが、パイス タンダー(bys tander)細胞には細胞毒ではない細胞毒バイオ−オリ ゴマーを同定することができる。そうしたアッセイは、化学療法剤として用いる ためのパイオーオリゴマーを迅速に同定するであろう。細胞毒バイオ−オリゴマ ーとして、毒性ペプチドおよびアンチ−センスオリゴヌクレオチドがある。 (vi)生理学的変化も定量することができる。一つの実施態様において、心筋 細胞懸濁液は、ライブラリー上に層状にする。バイオ−オリゴマーにより刺激さ れた細胞の「ビーティング」も観察できる。もう一つの実施態様において、特別 な酵素のアップ−レギュレーションは、もし、クロモゲン(例えば上記の(i) のMMT) 、フルオロフォア、または化学発光物質などの適当な基質が利用可 能であれば、特定の酵素活性の増加を検出することにより定量することができる 。代りの方法として、酵素のアップ−レギュレーションは、免疫学的なアッセイ により検出してもよい。 さらなる実施態様において、組織学的手法は、ライブラリーのパイオーオリゴマ ーにより影響を受ける生理学的もしくは形態学的変化を示すかも知れない。 (vii)本発明は極性細胞、例えば基底面とルミナール面を有する細胞に対す るライブラリー中のパイオルオリゴマーの活性を定量する方法を提供する。極性 細胞培養物は、ルーメンに対応させて、半透過性膜上に調製できる。ライブラリ ーは、半固体マトリックス中においてルーメン面もしくは基底面に添加される。 本発明のパイオーオリゴマーの多様な効果、例えば極性輸送、増殖、細胞内コミ ュニケーション等々を定量することができる。特に、パイオーオリゴマーを放射 能標識またはフルオロフォアで標識することにより、輸送可能なバイオ−オリゴ マーが同定できる。当技術分野において、特異的に吸着可能な分子の長期にわた る必要性が存在する。特に、そのような分子は、口もしくは鼻の薬剤の投与(こ こでは上皮組織のルミナール表面から基底面への輸送が望まれている)に有用で ある。 非切断のバイオ−オリゴマーを用いる生物学的アッセイも想定されるものである 。次に、パイオーオリゴマーで被覆した全ビーズの生物学的活性をスクリーニン グする。一つの側面において、ライブラリーは動物中に導入してもよい。対象の ビーズは、特定の組織から単離できる。口、鼻、皮膚投与の後に特異的に吸着さ れるビーズを単離してよい。好適な実施態様において、そのようなビーズは、磁 石であるか、幾つかの他の特有の特徴を有し、従って組織から容易に単離される 。 すべての前記生物学的アッセイが、ペプチド、オリゴヌクレオチド、またはペプ チド−オリゴヌクレオチドキメラからなるバイオ−オリゴマーに適用されること が当業者によって容易に理解されるであろう。ペプチドおよびペプチド同族体は 、成長促進剤、成長抑制剤、および制御分子としてよく知られている。ペプチド は、遺伝子上の調節配列に結合することにより、例えばプロモーター、エンハン サ−1および調節タンパクの効果をアゴナイズまたはアンタゴナイズすることに より、遺伝子調節因子として機能することができる。同様に、核酸は、転写レベ ル(例えば、プロモーター、エンハンサ−1転写停止部位等々に結合するかブロ ッキングすることによる)、プロセシングレベル(例えば、m RNAプロセシ ングを干渉するか助けることによる)、および翻訳レベルでの遺伝子発現の誘導 物質に対する阻害剤として作用することができる。特定のmRNAの翻訳をブロ ックするオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド類似体を用いることは当 技術分野においてよく知られている。上記のセクション5.1.〜5.3゜に記 載のどんなライブラリーおよびすべてのライブラリーが、生物学的活性について アッセイされ得る。 更に、組織培養で長期か短期間維持されるどんな細胞も生物学的アッセイに用い てもよいことが当業者によって理解されるであろう。ここで用いられる「細胞」 という用語は、原核(例えばバクテリア)および真核細胞、酵母、カビおよび真 菌を含むことが意図されている。培養で維持される一次細胞または細胞ラインを 用いてもよい。更に、ウィルスに関する生物学的アッセイは、ウィルスによる細 胞の感染もしくは形質転換により行なうことか可能なことを出願人は想定してい る。例えば、限定するものではないが、パイオーオリゴマーのラムダバクテリオ ファージの溶原活性を阻害する能力は、感染されたときに透明なプラークを形成 しない感染大腸菌コロニーを同定することにより定量することができる。 パイオーオリゴマーのランダムライブラリーのパイオーオリゴマーの活性を定量 するための本発明の方法は、前述の例に限定されるものではない; どんなアッ セイシステムもここで開示された発明を編入するように改変修飾できることを出 願人は想定している。そのようなものは、本発明の範囲に入ることを出願人は想 定するものである。 (本頁以下余白) 5、5.2.1. エリトロポエチンアゴニストのバイオアッセイ特定の態様に おいて、本発明はエリトロポエチンのバイオ−オリゴマーアゴニストのためのア ッセイを提供する。ここに記載される特定の方法は例えば成長因子、ホルモン、 サイトカイン、リンホカイン及び前述の第5.5.2節で記載されたとおりの他 の細胞間メツセンジャーのアゴニストのようなすべてのアゴニストを同定するた めの有用なストラテジーを提供するであろうことが認識されるべきである。 この実施例において、パイオーオリゴマーライブラリーは19の一般のアミノ酸 (シスチンを除く)で構成されるペンタペプチドより成り得る。明確なペプチド の理論数は2.476、099である。ライブラリーは、スクリーニングの成果 を促進させるため19段階で製造しうる。これは、各段階においてC末端に対す る1個のアミノ酸を選択し、その結果他の4個のアミノ酸の位置は無作為化させ ることによりなしつるであろう。このため、各段階の配列はXxxxy−リンカ ー−樹脂となり、ここで、Yはその段階のために選択され、Xはランダムなアミ ノ酸取り込みを表わすものである。このアプローチは各段階で可能なペプチドの 数を130.321に減少させる。96ウエルのマイクロタイタープレートの各 ウェルにlOビーズ(ペプチド)として配分される場合、必要なプレートの数は 136である(lの追加プレートはバイオアッセイのスタンダード及びコントロ ールのために必要であり、合計137個である)。 この方法は、この数のプレート上でライブラリーの全段階の分配を1実働日で可 能にする。 ビーズ上で合成されたペプチドの主要部分(50〜80%)はバイオアッセイに おいて使用するために切断することができ、その結果、少なくとも50pmol のペプチドが各ビーズから一貫して放出されるであろう。光切断可能なリンカ− も使用しうるが、ジケトピペラジン結合が切断可能なリンカ−として好適である 。結合は温和な酸性条件(例えば0.1〜1.0 mM HCI)では、ビーズ の分配(distribution)を6〜8時間の間可能とさせる程度に十分 に安定である。切断は、各ウェルに1.0〜10mMのHEPES緩衝液(pH 8、5)20μmを添加して促進される。切断は、最終ウェル容積の維持に合致 して1晩で(12〜18時間)で生ずる。蒸発は、湿った室内にプレートを置く ことによりコントロールしうる。 ライブラリービーズの切断から生ずるペプチド溶液は実際に滅菌されないとして も無菌でなければならない。溶液は25%の最終培養容積から成り、この培養は 少なくとも24時間かがるであろうから、無菌状態が必要である。無菌状態は、 (1)合成の後で滅菌水中でビーズに含水させる、(2)酸性の滅菌水中で最初 のビーズ懸濁液を希釈する、及び(3)滅菌培養プレートにビーズを分配させる ための滅菌方法を使用することにより達成される。最終のビーズ懸濁液は疎水性 ペプチドの溶解を助けるために約20%以下のDMSOを含有しうる。DMSO は、加えるとしても、溶解を促進させるために含水工程の初期に加えるべきであ る。最終のビーズ懸濁液は10ビーズ150μlの濃度とすべきである。ピペッ ト分取を行う際に、ビーズを懸濁液中に維持することは、メチルセルロースを約 0.8〜3.2%添加することによりなし得る。メチルセルロースの使用は、溶 解性を促進するために使用されるDMSOを減少させることができる。培養時の メチルセルロースの最終濃度は、バイオアッセイを妨げないようにするために0 .8%以下に保持される。 試料プレートと培養プレートの間の正確な対応を維持しながら、放出されたペプ チドは50μlの試料としてバイオアッセイ培養皿に移すことができる。この移 動の間に、滅菌状態を維持することが重要である。ヒトの組換えEPOは正陽性 コントロールとして使用するため(各プレート)及び標準曲線を作成するために (第1及び最終のプレート)、プレートの選択されたウェルに添加され得る。コ ントロールのウェルは0.IIUEPOを受けることができ、標準曲線は1.0 〜lOOミリ単位のEPOを受けた重複したウェルの6個のセットより得られる (D’ Andreaら、 1991. M。 1、Ce1l Biol、 11:1980−1987)。 バイオアッセイは、エリトロポエチン受容体(EPO−R)を発現するBa/F 3−T組換えセルラインで行うことができる。 これらの細胞はインターロイキン−3(IL−3)又はエリトロポエチンの存在 に依存する。11−3の存在時における(10%(V/V)のWEHI−コンデ ィション化培地として供給される)これらの細胞の培養は、培地中のEPOのあ り得べきバイオアッセイとの干渉を防止するであろう。Ba/F3−T細胞のた めの基礎増殖培地は、2.0g/LのNaHCOz 10%(v/v)ウシ胎児 血清、1×ペニシリソーストレプトマシイン、5μmβ−メルカプトエタノール /L及び10mM HE P E S (最終濃度)でpH7,40に調節した ものを含有するR PM I 1640培地である。この培地は、IL−3を供 給する10%(V/V)のWHEI−コンディション化培地が補給されねばなら ない。WHEI−コンディション化培地は、同じ基礎培地中でWHEI細胞が集 密になるまで培養することにより製造される。コンディション化培地は、細胞を 除くために遠心分離され、0.22μmフィルターに通され、凍結保存される。 Ba/F 3−T細胞は、培養により1.31 X 10’個の細胞を与え、こ れは記述の如くして、150μlの容積中lXl0”個細胞/ウェルとして分配 されるであろう (ヨシムラら、 1990. Proc、 Natl、 Ac ad。 Sci、 U、 S、 A、 87 : 4139−4143)。 Ba/F3−T細胞はローラボトルから大きな(250ml)滅菌遠心ボトルへ 移される。細胞は、約500Xgで5分間の遠心分離により集められる。次いで 、細胞は細胞計測のためにIL−3を有しない200m1の新鮮な基礎培地中に 再懸濁される。次いで、追加の培地を添加して最終容積を6.67X10’個細 胞/ml (I XIO’細胞/150μm)に調節する。長時間の分配工程( distribution process)の間インキュベーターに保存する ため、最終の細胞懸濁液を4〜8個のアリコートに分けることが必要である。細 胞数及び生存度は、同様の生細胞の数が最初及び最後の培養皿中に存在すること を確保するために、分配工程の初めと終了時に採取した試料において決定される べきである。細胞は放出されたペプチド上清を含有する培養皿へ分配される。プ レートは3日間培養される(ヨシムラら、上掲)。 バイオアッセイの終点は、各培養ウェル中に存在する生細胞の数である。これは 、ニクス及びオツトーにより修飾された(Niksと0tto、 1990.  J、Immunol、 Methods 130:140−151)モスマンの MTTアッセイ (Mosmann、1983. J、 Immunol、 M ethods 65:55−63)を使用して決定される。修飾されたアッセイ は、培地を除去することなく、生きた細胞の数を測定可能とする。 MTT (3(4,5−ジメチルチアゾール−2−イル)2,5−ジフェニルテ トラゾリウムプロミド)は、PBS (、約270m1が必要)中の5mg/m l溶液として調整される。バイオアッセイプレートの各ウェルは、20μmのこ の溶液を受け、プレートは37℃で4時間インキュベートされる。この後、10 0μmの抽出溶液が各ウェルに添加され、プレートは浴槽音波処理機中に120 秒間置かれる。 この抽出溶液は、ハンセンらにより記載されるように、酢酸−塩酸でpi(4, 7に調節されたドデシル硫酸ナトリウム(SDS)の20%(W/V)溶液中に 50%(V/V)のN、 N−ジメチルホルムアミドを含有する(Hansen ら、 1989. J、Immunol、 Method 119:203)。 この処理は、マイクロプレートリーダーによる570nmでの光学密度の測定の ため、MTT代謝のホルマザン生成物を溶解する。 バイオアッセイから得られたODデータは、平均値に対する95%信頼区間を決 定するために、すべての試料ウェルに亘って平均化される。この区間外のウェル に対するOD値は、有意性測定のスチューデントtテストの為に使用される。有 意な値は、EPO標準曲線と比較され、EPOに関連するIUとして効力概算値 が得られる。標準曲線は、ロジスティック方程式(logistic equa tion)を使用する非線形回帰分析により決定される。両方の標準曲線から得 られたデータは、バイオアツセイ工程の両方の終点において測定される応答に有 意差が存在するか否かを決定するために一緒に、又は別個に分析されるであろう (F−比テスト)。全部のアッセイに亘って各プレートについて測定されたコン トロール値の比較は、アッセイの応答において一致した変化があるか否かを決定 するために使用されるであろう。 Ba/F3−T細胞上に2つの成長因子受容体(IL−3R及びEPO−R)が 存在すること、及びいずれかの活性化が陽性のバイオアッセイ応答を生ずること を認識することが重要である。 こうして、前述のバイオアッセイは、IL−3及びEPO受容体アゴニストの両 方を選択するであろう。この問題については、2つの解決法がある。1つの方法 は、異なるセルライン又は恐らくフェニルヒドラジン処理したマウスからの膵臓 細胞を使用することである(Krystal、 1983. Exp、 Hem atol、 11:649−660)。2番目の方法は、第2番目のバイオアッ セイにおいてEPO及びIL−3活性の両方について合成ペプチドを試験するか 、又は放射性リガンド結合方法によるものである。 5、5.3. 酵素類似体/酵素阻害剤本発明は、さらに、反応を触媒するバイ オオリゴマー、即ち、補酵素として作用する酵素ライブラリー、又は酵素反応を 阻害するバイオ−オリゴマーを含む。このため、本発明は、酵素又は補酵素の活 性を、又は、酵素活性の阻害をアッセイするための方法を提供する。 酵素活性は、検出しうる反応生成物の生成により観察し得る。 特定の態様において、ライブラリーのバイオ−オリゴマーはアルカリホスファタ ーゼ基質、例えば5−ブロモ−4−クロロ−3−インドイルホスフェート(BC IP)の酵素反応を触媒し、固相支持体上に青色の不溶性反応生成物を形成する (後記実施例13を参照)。 他の態様において、検出可能な生成物の帯域、例えば、色又は蛍光が、半固形マ トリックス上に形成される。ライブラリーは半固形マトリックス、例えば寒天ゲ ル中で層を形成し、発色又は他の指示基質が添加される。バイオ−オリゴマー/ 固相支持体が所望の酵素活性を示す場合には、生成物の帯域が生ずるであろう。 例えば、これに限定されるものではないが、セイヨウワサビペルオキシダーゼの バイオ−オリゴマー類似体は、アミノアンチピレン(0,25mg/ml ;  Kodak)、フェノール(8mg/ml)及び H20□(0,005%)を 含むO,1Mのリン酸緩衝液、pH7,0の溶液を添加することにより同定でき る。酵素活性を有するビーズは紫色の帯域を形成する。他の態様において、プロ テアーゼ活性を有するバイオ−オリゴマー/ビーズは、良く知られた比色性プロ テアーゼ基質を添加することにより同定され得る。 補酵素活性は、天然の又は一般の補酵素が不存在の場合には、補酵素により仲介 される酵素活性をアッセイすることにより観察され得る。 酵素阻害活性は、部分的に放出されるパイオーオリゴマーにより検出てきる。バ イオ−オリゴマーの放出は前述の第5.4及び5゜52節において議論される。 一つの態様において、これに限定されるものではないが、パイオーオリゴマーラ イブラリーは酵素を含む半固形マトリックス中で層形成される。ライブラリーは 処理されて、部分的にパイオーオリゴマーを放出する。バイオ−オリゴマーが酵 素活性を阻害する場合には、帯域欠除生成物が同定され得る。1の態様において 、酵素基質は発色性であり、着色された生成物が形成される。酵素阻害剤の存在 は、無色の帯域を生ずるであろう。他の態様において、ヘモグロビン又はアルカ リホスファターゼのような指示酵素のタンパク質分解の阻害は、半固形マトリッ クス中の不透明の帯域の存在により検出され得る。これは、タンパク質分解の阻 害剤の存在がヘモグロビン又は指示酵素の分解を防止するからである。 酵素活性、補酵素活性を示す、又は、酵素活性を阻害するパイオーオリゴマーは 、ペプチド、オリゴヌクレオチド又はペプチド−オリゴヌクレオチドキメラであ り得るということは、当業者にとっては良く知られているであろう。特に興味の あることは、拘束された又は環化されたペプチドであり、これは独特の触媒結合 ポケット又は表面を形成することができる(前記第5.2.1節)。 また、ペプチド−オリゴヌクレオチドキメラは、相応の官能基の独特の並置のた め、酵素又は補酵素活性のような独特の化学的特性を示すことが期待され得る。 さらに、フリーのバイオ−オリゴマーは活性を有しないが、バイオ−オリゴマー /固相支持体は酵素又は補酵素活性を示しうることが想像される。これは、バイ オ−オリゴマーの高密度の接近(proximi ty)がバイオ−オリゴマー /固相支持体に独特の化学特性を付与しうるからである。また、パイオーオリゴ マーはビーズから放出される時、酵素又は補酵素活性を示し得ることが想像され る。例えば、電子移動鏡を含む単−又は複合酵素を刺激するために、既知の補酵 素(補助因子)は拘束されたバイオ−オリゴマーに化学的にとり込まれ得ること が想像される。 5.6. バイオ−オリゴマーの特性決定性前記第5.5節の方法のいずれか− の方法に従がって当該バイオ−オリゴマーを含むビーズが選択される場合、本発 明はバイオ−オリゴマーの構造及び配列を決定する方法を提供する。 パイオーオリゴマーがペプチドである場合、好適な配列決定方法はエドマン分解 法である。特に好適な方法では、アプライドバイオシステム477Aプロテイン シークエンサーを用いる。ペプチドのアミノ酸配列は、また、高速原子照射質量 分析(FAB−MS)又は他の分析方法のいずれかにより決定することができる 。 ペプチドは、固相支持体に付着させて、又はそれから切断して配列を決定するこ とができる。ペプチドを切断するために、採取されたペプチド−ビーズは、固相 支持体からポリマーを分離するため当業者に知られている伝統的な切断剤で処理 される。切断剤の選択は、使用される固相支持体に依存するであろう。例えば、 ワング樹脂からペプチドを分離するためには、ジクロロメタン中の50%トリフ ルオロ酢酸を使用することが好ましい。 また、本発明の範囲内の他の態様においては、付着したバイオ−オリゴマーを有 する1個の固相支持体、例えばビーズを分離し、このビーズを、ビーズからバイ オ−オリゴマーを予め切断させることなくシークエンサーに適用することが可能 である。例えば、バイオ−オリゴマーがペプチドであるならば、0.5mEq/ グラム樹脂の置換を有する単一の100μmの直径の樹脂は、約200ピコモル のペプチドを含有する。0.5mEq/ダラム樹脂の置換を有する単一の[径2 50I1m PAM樹脂は約3125ピコモルのペプチドを含む。従来水準のペ プチドシークエンサーにより、十分な配列決定のためには僅かに5〜10ピコモ ルが必要である。それゆえ、1つの標準的なサイズの単一のPAM樹脂支持体で あって、100μmの直径のものは、配列決定のために十分量以上のペプチドを 含有する。 ペプチドがエドマン分析を施せないアミノ酸又はペプチド類似物質を含有する場 合には、10〜50%のペプチドが配列決定できない残基を含まないようにビー ズを製造してもよい。残りの配列が決定でき、配列決定できない残基を含む配列 はそれから推定してもよい。 配列決定できない残基に対する他のアプローチは、ライブラリーの合成の間に配 列決定できない残基を組み込む前に一部分のペプチドを一時的にキャップするこ とである。その後の構造の同定において、配列決定できない残基までエドマン分 解が使用され、次いで、一時的なキャップを脱離させ、配列決定できない残基の 末端(即ち、C−末端)で配列決定を再開する。 オリゴヌクレオチドの場合、配列決定は自動オリゴヌクレオチドシークエンサー (Applied Biosystems)上で成し得る。他の好適な方法は、 マキサム(Maxam)とギルバート(Gilbert)法を使用することであ る(1977、 Proc、 Natl、 Acad、 Sci、 U、S、A 、 74:560−564)。本分野で既知のオリゴヌクレオチド配列決定の他 の方法も使用され得る。 高速イオン照射質量分析は、恐らく最も強力な構造分析を提供する。フラグメン ト並びにバイオ−オリゴマー種それ自体を検出することにより、配列は再構成さ れ得る。エレクトロスプレー高性能質量分析(Finnigan MAT)は、 同様に構造及び配列データを提供することができる。 一度選択されたバイオ−オリゴマーの配列が決定されると、自動ペプチド合成機 又は他のバイオ又は化学合成手段を使用して、化学的に大量に合成できる。加え て、バイオ−オリゴマー配列が同定されると、サブユニット類似体は特異的なパ イオーオリゴマーの活性を高めるために置換されるかもしれない。 当該バイオ−オリゴマー配列が一度決定されると、本発明は疾病の治療又は診断 において使用するためのバイオ−オリゴマー配列を含む分子が提供される。バイ オ−オリゴマーの配列だけで診断又は治療剤を提供することができ、又は、巨大 分子に組み込んでもよい。生物学的又は結合活性を有するバイオ−オリゴマー配 列を含む分子は、“エフェクター分子(effector molecule) ″と呼ばれ得る。本発明は、さらに、種々の応用において使用するためのライブ ラリーを提供する。上記のエフェクター分子の“エフェクター”機能は、本明細 書で記載された、又は当該分野で知られた機能のいずれであってもよい。 本明細書に記載された方法は、潜在的な診断又は治療的価値の特異的なりガント に対する新しいサーチ手段を提供するのみならず、同一の受容体分子と物理的に 相互作用しうるが、潜在的に非常に異なった一次配列又は化学組成の一連のリガ ンドに関する重要な情報を提供する。分子モデルに関してかかる情報を蓄積する こと、及び現代的なコンピュータ手法は、リガンド−受容体の相互作用について 新たな基本的な理解を提供することができるであろう。 本発明の治療剤は、サイトカイン、成長因子、又はホルモン剤の生物学的活性部 位に結合し、そのことによりその活性を増大し、又は中和し、及び転写及び/又 は翻訳を抑制し又は高めるエフェクター分子を含む。 本発明の治療剤は、例えば、成長因子受容体、神経伝達物質受容体又はホルモン 受容体のような薬理的に興味のある受容体に結合するエフェクター分子を含む。 これらのエフェクター分子は、天然の受容体リガンドの作用のアゴニスト又はア ンタゴニストのいずれかとして使用できる。 受容体に結合するエフェクター分子の他の利用は、正常の細胞受容体に付着する こと及び取り込まれることにより細胞へ接近するウィルス又は微生物の付着を抑 制するためにその結合を使用することであろう。この現象の例として、CD4受 容体へのヒトの免疫不全ウィルスの結合、及び単純ヘルペスウィルスの繊維芽細 胞増殖因子受容体への結合が含まれる。受容体を占有するエフェクター分子は、 標的細胞のウィルス感染を阻止するための薬剤として使用され得るであろう。細 胞の寄生的侵入は、適当なエフェクター分子が本発明に従がって同定された後に おいては、同様にして阻止され得るであろう。 他の態様において、対象の受容体分子に結合するパイオーオリゴマーの配列を含 むエフェクター分子は、医薬又は毒素をターゲットにするために使用し得る。好 適な態様において、対象の受容体分子は腫瘍細胞、動物の寄生物又は微生物、例 えばバクテリア、ウィルス、単細胞寄生物、単細胞病原体、カビ又は真菌の表面 に見い出される受容体又は抗原である。 さらに、プールされた何百万のパイオーオリゴマーの2〜3が生物学的活性を有 する配列を提供しうるということは可能である。 抗腫瘍、抗動物寄生物又は抗微生物、例えば、抗真菌、抗ノくクチリア、抗単細 胞寄生物、抗単細胞病原体又は抗ウィルス活性を有するバイオ−オリゴマーを分 離できるかもしれない。加えて、これらのバイオ−オリゴマーのいくつかは、2 .3の名を挙げると、成長因子、例えば、エリトロポエチン、上皮成長因子、繊 維芽細胞成長因子、腫瘍成長因子の、並びに、ホルモン、神経伝達物質、免疫モ ジュレータ−又は他の調節分子のアゴニスト又はアンタゴニストとして作用し得 る。1の態様において、バイオ−オリゴマーはペプチドである。 本発明の治療剤は、又、薬剤、例えは、ジゴキシン、ベンゾジアゼパム、ヘロイ ン、コカイン又はテオフィリンに対して高い親和性を有するパイオーオリゴマー の配列を含むエフェクター分子を含有する。かかるペプチドは、これらの薬剤の 過剰投与に対する解毒剤として使用され得る。同様に、治療剤は、小分子又は重 金属を含む金属イオンに結合するエフェクター分子を含む。ビリルビンに対して 高い親和性を有するパイオーオリゴマー配列は、高ビリルビン症を有する新生児 の治療において有用であろう。 一般に、本発明は、フィシシアンデスク レファレンスのプロダクトカテゴリー インデックス(Product Category Indexof The  Physicians Desk Reference)に記載されているよう な疾病又は病気の治療のためのパイオーオリゴマー配列を同定するための方法を 提供することを想定させる(PDR,1991,45版、 Medical E conomics Data: 0radell、 NJ、第201−202頁 )。例えば、抗寄生虫、抗凝血、抗凝血拮抗剤、抗糖尿病剤、抗ケイレン、抗つ ツ、抗下痢、解毒、抗ゴナドトロピン、抗ヒスタミン、抗高血圧、抗炎症、抗悪 心、抗片頭痛、抗パーキンソン症、抗血小板、抗掻痒、抗精神、解熱、抗毒素( 例えば、抗毒血清(antivenum))、気管支拡張剤、血管拡張剤、キレ ート化剤、避妊剤、筋弛緩剤、抗緑内障又は鎮静活性を有するエフェクター分子 が同定され得る。 本発明の治療剤は、また、相応の製剤的に許容し得る担体、希釈剤及びアジュバ ントを含み得る。このような製剤上の担体は、水及び石油、動物、植物又は合成 物由来のもの、即ちビーナツツ油、大豆油、鉱物油、ゴマ油等を含む油などの無 菌液であり得る。 薬剤組成物が静脈投与されるときは、水が好適な担体である。食塩水及びデキス トロース水溶液及びグリセロール溶液は、特に注射可能な溶液のための液体担体 として使用しうる。適当な製剤上の賦形剤には、でん粉、グルコース、ラクトー ス、ショ糖、ゼチラン、モルト、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、炭酸マグ ネシウム、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリ ン酸グリセロール、タルク、食塩、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレ ン、グリコール、水、エタノールその他が含まれる。これらの組成物は溶液、懸 濁液、錠剤、火剤、カプセル剤、粉末、持続的放出剤等の形態にすることができ る。 適当な製剤上の担体は、E、 W、マーチン著の“レミントンの製剤化学 (R emington’s Pharmaceutical 5ciences)” に記載されている。かかる組成物は、患者に対して適当な投与形態を提供するよ うに、適当量の担体とともに治療上有効量の活性化合物を含有するであろう。静 注は極めて効果的な投与形態であるが、注入、又は経口、経鼻又は非経口投与に よる等の他の方法を使用することができる。 本発明に従がって決定されたパイオーオリゴマー配列を有する分子は、又、診断 剤を形成させるために使用しうる。この診断剤は、本発明の1又は複数のバイオ −オリゴマー配列、例えば、1以上のペプチド配列又はオリゴヌクレオチド配列 から構成され得る。加えて、診断剤は上記した治療剤に対するいずれかの担体を 含有することができる。 本明細書で使用されるとき、′診断剤”はこれに限定されるものではないが、T 又はB細胞リンパ腫のような癌、及び上記したとおりの感染性疾患のような症状 の検出のために使用され得る剤をいう。検出は、症状の存在の指標、症状に関連 する身体の部分の位置又は症状の重さの指標を示すために、最も広範囲の意味に おいて使用される。例えば、ペプチド−セイヨウワサビイムノペルオキシダーゼ 複合体又は関連する免疫組織化学剤は、組織、血清又は体液中の特異的受容体又 は抗体分子を検出し、及び定量するために使用され得るであろう。診断剤は、イ ンビトロ又はインビボでの使用に適しているかもしれない。特に、本発明はイム ノアッセイ、サザン又はノーザンハイブリダイゼーション及び1nsituアツ セイにおいて使用するために有用な診断試薬を提供するであろう。 加えて、診断剤は、限定されるものではないが、ラジオアイソトープ、蛍光標識 、常磁性物質又は他の画像増強剤のような1以上のマーカーを含み得る。当業者 にとり、診断剤を形成させるために剤中に組み入れるためのマーカーの範囲及び 方法は周知であろう。 本発明の治療剤及び診断剤は、動物、より好ましくはヒトを含む哺乳類並びに犬 、猫、馬、牛、豚、モルモット、マウス及びラットのような哺乳類の治療及び/ 又は診断のために使用され得る。 治療又は診断剤は、また、植物の病気を治療及び/又は診断するために使用され 得る。 本発明に従がい発見されたパイオーオリゴマーて治療又は診断しうる病気及び症 状は、ランダムバイオ−オリゴマーライブラリーにおける構造の順列と同じ程、 変化し、広範囲に亘るものである。以下の実施例は、例示の目的のために提供さ れるものであって、限定するものではない。 5、7.1. 細胞毒組成物 バイオ−オリゴマー配列を有する分子は、それ自体特異的な細胞毒活性を有しう る。また、対象の受容体と結合するパイオーオリゴマーは、例えば、細胞毒分子 を創製するために、薬物又は放射性核種のような細胞毒性化合物に結合させるこ とによる等の慣用技術となった手法により修飾され得る。バイオ−オリゴマー、 例えば、ペプチドは、細胞毒性化合物を“ターゲット”にすることができ、特定 の受容体分子を示す細胞を特異的に破壊する。例えば、かかる細胞毒性ペプチド 複合体は、直接に患者の不所望のB細胞集団、B細胞リンパ腫、T細胞集団又は T細胞リンパ腫を消失させることができるであろう。可能な臨床的応用は自己免 疫疾患、リンパ腫及び臓器移植のための特異的な免疫抑制治療剤を含む。上皮増 殖因子(EGF)受容体が役割を果たしていると信じられている乳癌又は卵巣癌 のように、腫瘍細胞がリガンドの受容体介在結合を示す場合の他の形態の癌もこ の方法で治療しつるであろう。 癌細胞又はウィルスに感染された細胞のようなターゲット細胞には特異的である が、無関係の細胞、組織又は器官は殺さない細胞毒性剤は、本発明の方法により 得られる。腫瘍のような有害な細胞をターゲットにすることに加えて、これらの 特異的な毒素は有用な抗微生物剤になり得る。特に、かかる治療剤は静菌、殺バ クテリア、抗ウィルス、抗−寄生物又は殺カビ活性を示し得る。同様に、毒素は 殺虫又は除草活性を有することが確認され得る。 1つの態様において、パイオーオリゴマーはペプチドであってよい。ペプチドは 毒素が付着されるターゲット剤として作用し得る。ペプチド自体は細胞をターゲ ットとし、毒素として作用し得る。他の態様において、バイオ−オリゴマーはオ リゴヌクレオチドであり得る。オリゴヌクレオチドは、細胞の生存のために必須 の転写又は翻訳を妨げることにより、毒性効果を媒介することが本発明は、免疫 調整因子として使用するための分子及び組成物を提供する。“免疫調整因子(i mmune modifiers)という語は、免疫系において変化を生じさせ 得る分子又は化合物を含む。特に、免疫調整因子は、T細胞応答、B細胞応答、 及びマクロファージ、好中球、多形核食細胞、顆粒球及び他の骨髄系統細胞の作 用により介在されるような非特異的免疫応答を刺激し又は抑制することができる 。エフェクター分子は次の免疫疾患を治療するために使用しうる: (1)重症 筋無力症、多発性硬化症、グレーヴズ病、リューマチ性関節炎、全身性エリテマ トーデス(SLE)、天庖癒ブルガリス(Pemphigus Vulgari s) 、自己免疫性溶血性貧血、及び免疫性血小板減少症を含む自己免疫疾患、 (2)非ホジキンリンパ腫及び他の種々の腫瘍、(3)アレルギー、(4)免疫 複合症、(5)臓器移植拒絶、(6)感染性疾患、及び(7)真性糖尿病。 免疫調整因子は、2.3の名を挙げると、インターロイキン(IL)−1、IL −2、IL−4、IL−6、顆粒球−コロニー刺激因子(CSF)、マクロファ ージ−C8F及び顆粒球/マクロファージ−CSFのような刺激性リンホカイン の活性をまねることにより免疫活性を刺激しうる。刺激は、リンホカイン受容体 へのリガンドのへブチド結合により、又は細胞の転写機構のオリゴヌクレオチド 仲介活性化により生じ得る。免疫調整因子はFc受容体、LAF−1,LAF− 2等の白血球又はリンパ球に結合することにより、及び食作用のような活性又は 細胞毒の放出を誘導することにより作用するかもしれない。本発明のエフェクタ ー分子はケモタキシン(chemotaxin)として作用するかもしれない。 特定の態様において、バイオ−オリゴマーから成る分子は抗原をまねるかもしれ ない。その場合、バイオ−オリゴマーは特定の病原体に特異的なT細胞又はB細 胞活性を引き出すための有用なワクチンとなりうる。また、抗原、即ちエピトー プ、の類似物は、特定の免疫応答を促進させる際に使用しうるであろう。 本発明のエフェクター分子は放出された形態において効果的であることが想定さ れる。しかしながら、特定のパイオーオリゴマーは、それが固相支持体に結合し た状態にあるとき、一層大きな効果を示すかもしれない。特に、エピトープ類似 物の高密度は、膜イムノグロブリンに結合し、キャップすることにより、又は他 の受容体−仲介応答により、一層効果的にB細胞応答を刺激するかもしれない。 さらに、本発明の限定されたライブラリーは、多様性のあるエピトープをもって 存在する病原体に対するワクチンとして有用であるかもしれないということが想 定される。例えば、トリパノゾーム(trypanosome)のVSG C可 変表面糖蛋白)の−次構造(配列)は、感染において経時的に変化することが知 られている。VSGエピトープを変えることにより、トリパノゾームは免疫認識 を回避する。同様に、マラリア寄生虫は異なるライフサイクルの段階において種 間て、及び亜種内において、異なる抗原エピトープを発現することが見い出され ている。このため限定された多様性をもつペプチドライブラリーは、トリパノゾ ーム又はマラリア寄生虫により与えられる可変抗原多様性に対して免疫しうるて あろう。限定されたライブラリーは、ある範囲の抗原に対する免疫が望まれる場 合にはいかなる場合にも、ワクチンとしての用途を有するかもしれない。 エフェクター分子は、また、(i)T細胞抗原受容体又は抗体のレベルにおいて 特異的免疫認識を阻止すること;(ij、)Fc又は他の免疫受容体の阻止:又 は(iii)リンフ才力イン及びサイトカインの活性に結合すること及びこれを 阻止すること;(iv)免疫細胞に対する負のフィードバックシグナルを提供す ることにより、免疫応答を阻害するかもしれないことが想定される。エフェクタ ー分子は、免疫系、特に自己免疫抗原を寛容化させるために(tolerize )使用しうるかもしれない。例えば、DNAに対する免疫寛容はオリゴヌクレオ チド又はオリゴヌクレオチドライブラリーにより実施されるであろうし、また、 SLHの治療において有用であるかもしれない。さらに、免疫抑制は、前記5. 7.1節に記載された機序により作用されるかもしれない。 加えて、本発明の治療剤は選択された合成抗原ペプチドを含有し、これにより、 免疫系を操作して、抗原に対する寛容性を引き起こし、相応する自己免疫疾病を 抑制し又は治療することが可能となるであろう。同様に、特定の合成抗原ペプチ ドにより、多量体免疫複合体の形成を抑制し、そのことにより特異的免疫複合疾 病を防止することが可能である。 腫瘍特異的モノクローナル抗体に結合するペプチドが分離され、配列決定され、 かつ、腫瘍に対する活性免疫を生じさせるための免疫原として使用するために合 成され得るであろう。 Fc受容体に対して高い親和性を有する特異的ペプチドは細胞内皮系のFc受容 体を抑制するための治療剤として使用することができ、このことは、病因不明の 血小板減少症及び自己免疫性溶血性貧血のような自己免疫疾病を有する患者に有 効である可能性がある。 かかるペプチドによる治療の可能性は、一層意義のあるものである。侵入する生 物体のエピトープに似ているペプチドは、生物体による感染を阻止するために使 用されるかもしれない。例えば、後天的免疫不全症(AIDS)に関する最近の 研究によれば、AIDSウィルスによる感染はAIDSウィルスのエンベロープ の特異的糖蛋白質(gp120)と細胞のCD4表面受容体の間の認識及び結合 により始まることが示されている。gp120に類似したペプチドを投与すると 、CD4受容体は十分に抑制され、その結果、AIDSウィルスはその細胞に結 合し、感染することが可能とはならないであろう。同様に、寄生虫の侵入及び感 染は、また、阻止されるかもしれない。 5、7.3. 神経活性アゴニスト及びアンタゴニスト本発明のエフェクター分 子は、ホルモン、神経伝達物質、鎮痛薬、麻酔薬、抗−精神病薬、抗−うっ薬又 は麻薬の作用を作動(模倣)させ、又は拮抗(抑制)するであろうことが想定さ れる。 かかるフエクター分子は食欲調節剤、精神病薬、注意及び学習モジュレター及び 記憶助剤の発見において有用であろう。本発明は、さらに、味覚及び香気類似体 、例えば“人工の”甘味剤、塩及び香水の供給源を提供する。 (本頁以下余白) 5゜8.制限ライブラリ一 本発明の制限ライブラリーは、低コストで、または香料の偶発のアレルギー作用 を生じないで、例えばスパイスのような複雑な香味を与え得ることが更に想像さ れる。このようにしてサフランのような高価な香辛料が置換し得る。別の局面に おいて、新しい類の香料をつくることができる。 別の実施態様では、制限ライブラリーは特異なりロマトグラフィー担体を提供し 得る。バイオオリゴマー、例えば、一般的な化学的性質を共有するが種々の配列 を有するペプチドのライブラリーは現在市販されているよりも有益なりロマトグ ラフィー担体であることが想像される。このようなりロマトグラフィー担体はイ オン交換担体または逆相担体よりも選択的である。しかも、精製されるアクセプ ター分子は、例えば、免疫アフィニティー担体を使用して可能であるよりも非常 に穏やかな条件下で担体から容易に溶離でき、こうして変性の可能性を減少し得 る。一つの実施態様では、担体は中間のアフィニティー、例えば、中間の標識強 さのものであり、または高濃度の特異的なアクセプター分子のみでボード(bo urd)であることがわかったバイオオリゴマーの組成または構造に基いて調節 し得る。更に、高度に選択的な低いストリンジエンシー(stringency )の担体が精製物質なしに迅速に同定し得る(上記の項目5.5.1を参照のこ と)。 別の実施態様では、低アフィニティー結合ビーズが選択でき、制限ライブラリー が選択されたビーズの組成に基いて調節し得る。 別の実施態様では、本発明により提供された数百刃の配列から同定された一種ま たは数種のバイオオリゴマー配列を含む特注の低アフィニティーまたは高アフィ ニティーの担体がクロマトグラフィーに使用し得る。 本発明は下記の実施例により更に明瞭にされ、これらの実施例は本発明の純然た る例示であることが意図される。 6、実施例:テトラペプチドライブラリーの合成本発明の方法を使用して式X− X−X−Trp(式中、Xはバリン、セリンまたはアラニンのいずれであっても よく、そして最初のアミノ酸は常にトリプトファンである)のテトラペプチドフ ァミリーを合成した。トリプトファンはカルボキシル末端で組み込まれて0D2 80に於ける分光光度モニタリングを容易にした。 Wang(1973,J、 Amer、 Chem、 95:1328−133 3)に記載されたようなN”−Fmoc−トリプトファン−アルコキシメチルポ リスチレン樹脂をBachem Inc、、Torrence、Ca、から入手 し、通常の面相ペプチド合成容器に入れた。また、添加されるアミノ酸はBac hem Inc、から得られたFmoc−修飾アミノ酸であった。使用したその 他の試薬は固相合成に日常使用されるものと実質的に同じであり、Au5ten (1988゜Peptide 5ynthesis”Methods in M o1ecular Biology、3巻、31ト331)により示されたもの である。 テフロン(商標)ライニングキャップを備えた反応容器を力・ノブリング反応に 使用した。通常の固相タンパク質合成反応容器が混合室として利用でき、これに カップリング反応後にアリコートを混合した。 Fmoc−Trpアルコキシメチル樹脂約0.5gをジクロロメタン(DCM) 20mlで膨潤させた。次に樹脂をDCMで2回洗浄し、DCMとジメチルホル ムアミド(DMF)の1=1混合物で1回洗浄し、DMFで3回洗浄した。次に 樹脂をDMF中で20%(V/V)のピペリジンで脱保護した。脱保護した樹脂 をDMF(3回) 、DCM(3回)、そしてDCMとDMFの1=1混合物( 2回)で充分に洗浄した後、樹脂をDMF約7.5ml中で再度懸濁させ、夫々 約2.5mlの三つの別々のアリコートに分け、三つの番号を付したカップリン グ管に分配した。 添加される保護アミノ酸の量を、樹脂に既に結合されたトリプトファンのモル数 に基いて計算した。添加される夫々のアミノ酸に関して、5倍モル過剰のアミノ 酸を夫々の反応容器(これには洗浄樹脂が既にアリコートされていた)に添加し た。夫々の反応容器は5倍過剰の種々のアミノ酸を受け取った。夫々の容器を2 分間振とうし、DCMaml中の5倍モル過剰のジイソプロピルカルボジイミド (DIC)を添加し、続いて1時間振とうした。 カップリングの完結について試験するために、夫々の管からの試料を5arin ら(1981,Anal、Biochem、117:147−157) (本明 細書に参考として含まれる)により記載された方法でPierce Chemi calから得られたニンヒドリン試薬で試験した。カップリング反応がこの試験 により測定して不完全であった場合、その反応を当業者に知られている幾つかの 方法により完結させた。これらの方法は、(a)1〜5倍過剰の保護アミノ酸を 使用する第二のカップリング、(b)異なる溶媒または追加の溶媒(例えば、ト リフルオロエタノール)を使用する付加的なカップリング、または(C)カオト ロピック塩、例えばNaC10,またはLiBrの添加(KlisおよびSte wart 1990、”Peptides: Chemistry、5truc ture and Biology”RivierおよびMarshal1編集 、 ESCOM発行、904−906頁)を含む。 カップリング後に、三つのカップリング管からの樹脂を単一の混合室に注意して 移し、混合した。樹脂をDCM/DMF(1: 1)で2回洗浄し、DCMで3 回洗浄し、DMFで3回洗浄し、20%(v/v)のピペリジン/DMFで脱保 護した。上記のようにしてDCMおよびDMFで充分に洗浄した後、その混合物 を三つのアリコートに分け、三つの別々の反応容器に分配した。第二の組のアミ ノ酸を添加した。カップリングが完結した後、まず樹脂を20%のピペリジンで 脱保護し、続いて上記のようにDCMおよびDMFで充分に洗浄した。第三の組 のアミノ酸を同様に添加した。 ペプチドを固相支持体から開裂するために、DCM中50%(V/V)のトリフ ルオロ酢酸(TFA) + 5%(v/v)のアニソールおよび0.9%(V/ V)のエタンジチオール30m1を樹脂に添加した。その混合物を4時間振とう し、ペプチド上澄みを回収した。次にペプチド上澄みをロータリーエバポレータ ーにより濃縮し、ペプチドをエーテル中で沈殿させた。充分に洗浄した後、ペプ チド沈殿を乾燥し、更に分析するために使用に供した。凍結乾燥したペプチド( 粉末形態)を凍結して貯蔵した。 ランダムテトラペプチドのライブラリーを上記の実施例6に従って生成した。加 えて、上記のAu5tenの文献に記載された通常の固相ペプチド合成(以下、 “5pps”と称する)技術を使用してテトラペプチドのライブラリーを生成し た。Bachem、 Inc、から得られたN″−Fmoc−トリプトファン− アルコキシメチル樹脂を固相支持体/アミノ酸の組み合わせとして使用した。等 モル量の5倍過剰のN”−Fmoc−バリン、N″−Fmoc−セリン(0−’  Bu) 、およびN−−FIIIoc−アラニンを夫々カップリング工程中に 反応容器に添加した。これらの3つの連続のカップリング工程後に、テトラペプ チドを上記のAu5tenの文献に記載されたようにしてDCM中50%(V/ V)のTFA、5%(v/v)のアニソールおよび0.9%(v/v)のエタン ジチオール中で開裂した。 7.2.結果 両方のペプチドライブラリーをC−18逆相HPLCクロマトグラフイーカラム (Vydac)で分析してライブラリー中のペプチド種の数(ピークの数)、ペ プチドの相対濃度(ピークの面積)、およびペプチドの相対的な疎水性(カラム からの早期および後期の溶出)を実証した。結果が図1に示される。上のパネル (図IA)中のクロマトグラムは本発明の方法に従って調製されたペプチドのラ イブラリーで得られたパターンを反映し、下のパネル(図18)中のクロマトグ ラムは5ppsで得られたパターンを反映する。 両方のパターンは21の明瞭なピークを示し、これは夫々のライブラリー内の少 なくとも21の異なるペプチド種の存在を示す。しかしながら、5ppsパター ンは#1.2.3.4.5.6および7でかなり大きなピークを示し、これらは 5ppsライブラリーがペプチド8−21の濃度よりも大きな濃度のペプチド1 −7を含んでいたことを示す。ペプチド1−7の増加数は、これらのペプチドが 21のペプチドの残りよりも優先的に合成されたことを示す。加えて、これらの 主要なピークは早期に溶出され、即ち、これらのペプチドはカラム内で短い保持 時間を示し、これはペプチドが更に親水性であったことを示す。 この結果は5pps系では予測されない。バリンが疎水性であり、嵩高であり、 しかもアラニンまたはセリンのいずれかで見られるカップリング速度よりもかな り遅いカップリング速度を有する(立体障害のためと考えられる)ことは当業界 で知られている。 こうして、ここで行われるような通常のランダムペプチド合成中に(この場合、 バリンがカップリング部位に対してアラニンおよびセリンと本質的に“競合”す る)、合成されたペプチドはバリン不足であり、生産されたペプチドライブラリ ーはランダムペプチドの等モルの分布を示さなかった。 対照的に、本発明の方法に従って生産されたランダムペプチドのライブラリーの パターンはペプチドの等モルの分布を示す。ピーク3.6.12.13および1 8はその他のピークの面積のほぼ2倍であり、これはその点で二種のペプチドの 存在を示すが、残りの16のピークの殆どはほぼ同じパターンを有する。加えて 、全ての21のピークは保持時間の範囲にわたって広がり、これはまたペプチド の等モルの分布を示す。 選択されたピークの配列決定は更なる支持を与えた。小さいピーク8.9、およ び21並びに大きなピーク6をアライド・バイオシステムダ4フフAタンパク質 配列決定装置で配列決定した。 #8=Val−Ala−3er−Trp#9=Val−3er−Ala−Trp #21=Val−Val−Val−Trp#6=(Ser−Val)−(Ser −Ala)−(Ser−Ala)−Trpこれらのバリンを含む配列は、既知の 遅いカップリングのアミノ酸が使用される場合であっても、本発明の方法がペプ チドのランダム合成を可能にすることを確認する。 ピーク#6の配列は、明らかにピーク下の一種より多いペプチドの存在のために 明確ではなかった。おそらく、二種の主要なピークは5er−Ala−Ala− TrpおよびVal−3er−3er−Trpである。 7.3.結論 これらの結果は、本発明のランダムペプチド合成法が、通常の5PPS技術とは 対照的に、実質的に等モル量のランダムペプチドのライブラリーの合成(この場 合、アミノ酸を含むペプチドの組が速いカップリング速度で優位を占める)を可 能にすることを実証する。 8、実施例、レセプター分子に結合するペプチドリガンドの単離特別なペプチド を単離するための本発明の方法の使用を実証するために、v−mos遺伝子生産 物からの所定の配列を含む12のアミノ酸ペプチドを合成した。v−mosはマ ウス肉腫から単離された発癌遺伝子であり、そしてネズミのモロニー肉腫ウィル スに関係する。v−mos遺伝子生産物はセリン/スレオニンキナーゼ活性を有 することが知られている。 8.1.物質および方法 N”−Fmoc化学並びに通常の固相ペプチド合成試薬および技術を使用して配 列、Leu−Gly−Ser−Gly−Gly−Phe−3er−Val−Ty r−Lys−Alaをポリアクリルアミドビード(−300μmの直径)で合成 した。 側鎖保護基を50%のTFAにより除去し、残ったペプチドをリンカ−、アミノ カプロン酸−エチレンジアミンによりポリアクリルアミド樹脂に共有結合して最 終構造: Leu−Gly−3er−Gly−Gly−Phe−3et−Val −Tyr−Lys−Ala−アミノカプロン酸−エチレンジアミン樹脂(以下、 “長いv−mosビード”と称する)を得た。このペプチド配列はV−mO5遺 伝子生産物の残基100〜111に相当する。 同じ方法を使用して、v−mos遺伝子生産物の残基106〜111の短いペプ チド(Glr−3er−Val−Tyr−Lys−Ala)を同じリンカ−によ りポリアクリルアミドビードで合成した(以下、′短いv−mosビード”と称 する)。このペプチドはネガテブの対照として利用できた。 抗v−mosとして知られている長いv−masペプチドに対し特異的なマウス モノクローナル抗体を生産するハイブリドーマ細胞系(ハイブリドーマNo、  165−28E7.5CRF 354. Lot No、 165−119)を メリーランドの帽crobiological As5ociates Inc 、から購入した。ELISA試験では、この抗体はv−mos 、 MOS 、  neu/HER−1、HER−2遺伝子生産物の同種配列を検出する。この抗 体は短いv−mosペプチドに対してごくわずかなアフィニティーを有すること が知られている。アルカリホスファターゼで標識された第二ヤギ−抗マウスIg G(H鎖およびL鎖特異的)をSigmaから得た。 MethOdS in Enz)n+o1ogy、121巻(1986)に記載 されたようなモノクローナル抗体の生産のための通常の技術を使用して、モノク ローナル抗体を腹水の形態で生産し、続いてPharmaciaから入手したプ ロティンGカラムで精製した。 8.2.結果 長いv−mosビーズを1000倍過剰の短いv−mosビーズと混合した。 0.1%のトウイーン(Tween)20を含むPBS中の精製された抗v−m osモノクローナル抗体(I u g/m+) 2 mlを長いv−mosビー ズと短いV−mosビーズの混合物に添加し、室温で1時間にわたって穏やかに 攪拌しながらインキュベートした。次にビーズを1時間にわたつて穏やかに攪拌 しながら洗浄した。次にビーズを小さいポリプロピレンの使い捨てカラム(Is olabから入手した)で洗浄し、そこでビーズはフリットにより保持された。 次にビーズを1時間にわたって1:2000の希釈した第二抗体2岨と混合した 。洗浄後、ビーズをポリスチレンペトリ皿に注ぎ、沈降させた。上澄みを除去し 、5−ブロモ−4−クロロ−3−インドイルホスフェートおよびニトロブルーテ トラゾリウムの溶液を基質として穏やかに添加した。 室温で15分間インキュベートした後、無色のままであった短いv−mosビー ズと対照的に長いv−mosビーズは紫色に変わった。これは単一のダークビー ドを数千の無色のビーズのローン内で直ちに検出することを可能にした。ビーズ 間の区別は図2〜4に示され、これらの全てがペトリ皿中に分布されたビーズの 40倍の倍率の写真である。図2はモノクローナル抗体で標識された長いv−m osビーズのローンを示し、図3は抗v−+nosモノクローナル抗体で標識さ れた長いV−mOsビーズと短いv−mosビーズの混合物を示し、そして図4 は無色のビーズのローン中の単一の青色のビードの容易な検出を示す。それ故、 関係するペプチド配列を含んだビーズを容易に区別し、ライブラリー中のその他 のビーズから単離した。 単離後、アプライド・バイオシステムダ4フフAタンパク質配列決定装置を使用 して単一の“長いv−mos”樹脂ビードのN−末端アミノ酸配列を決定した。 8.3.結論 この実施例は、千倍過剰の非結合性の関係のないビーズの中から関係するバイオ オリゴマーリガンド(この場合、ペプチド)を含むビードを選択する本発明の力 を実証する。更に、この実施例は、反応性ビードを単離でき、そしてペプチドの 配列を決定し得ることを実証する。 特別なペプチドを単離するための本発明の方法の使用を更に実証するために、所 定の配列Gly−Phe−Gly−8er−Val−Tyrを有するヘキサペプ チドを、N“−Fmoe化学および通常の固相ペプチド合成からのその他の試薬 を使用して通常の100μmのPAM樹脂で合成した。 9、■、動物質よび方法 カップリング反応を上記の項目8.1に記載されたようにして行った。α−アミ ノ−ブロッキング基を20%のピペリジンにより除去し、側鎖保護基を50%の TFAにより除去し、残ったペプチドをアミノカプロン酸−β−アラニンリンカ −によりポリスチレン樹脂に共有結合して最終構造Gly−Phe−Gly−5 er−Val−Tyr−アミノカプロン酸−β−Ala樹脂を得た。このペプチ ド配列は上記の実施例8に記載されたv−mos遺伝子生産物の残基104〜1 09に相当する。 実施例8のようにして、抗V−…O8抗体をこのv−mosペプチドに対し特異 的なマウスモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマ細胞系から回収した。 標識した第二ヤギ−抗マウスIgG−アルカリホスファターゼをS i gma から入手した。 9.2.結果 上記のPAM樹脂/v−mosペプチド約0.1HをBachem、 Inc、 から入手した100倍過剰のNβ−Fmoc−アラニンPAM樹脂ビーズと混合 した。PBS+0.1%のトウビーン20中の精製モノクローナル抗体(lμg /ml) 2mlをペプチド/担体混合物に添加し、45分間にわたって穏やか に攪拌しながら室温でインキュベートした。 ビーズを小さいポリスチレンの使い捨てカラム(1solabから得られた)で 洗浄し、これはビーズをフリットで保持した。次にビーズをアルカリホスファタ ーゼで標識した第二抗体(1:100に希釈)2m1と1時間混合した。洗浄後 、ビーズをガラスフィルターの片に広げ、H20□を含む2,2′−アジノビス (3−エチルベンゾチオゾリンスルホン酸)(ABTS)基質中で浸軟した。室 温で15分間インキュベートした後、PAM樹脂/v−mosペプチドビーズは 暗緑色に変わった。小さい周囲の明るい緑色の輪がガラスフィルター上に形成し た。v−masペプチドを欠いた固相支持体の大部分がモノクローナル抗体と相 互作用せず、それ故、色の変化を示さなかった。 v−mosビーズを容易に区別した。 9.3.結論 この実施例は、関係するアクセプター分子が固相支持体と非特異的に反応するの ではなく、固相支持体/ペプチド組み合わせに特異的であることを実証する。上 記の実施例8のように、積極的に反応するビードを単離でき、そして結合したペ プチドを配列法この実施例は、本発明のペプチドリガンド同定への非常に異なる アプローチを更に説明する。生物系(例えば、融合繊維状ファージ)に頼ってラ ンダムライブラリーをつくるのに代えて、本法は個々のビードに夫々異なるペプ チドを有する巨大なペプチドライブラリーの化学合成を有効に使用する。次に個 々の特異結合性ペプチドビーズをそのビードで物理的に単離し、結合したペプチ ドの配列を決定する。 そのアプローチは、巨大なランダムペプチドライブラリーを化学的に合成し、そ してそれを適当な検出単離、および構造決定系にカップリングする能力に依存す る。 本発明により提供されるこの問題を解消する手段は、樹脂ビーズを夫々のカップ リングサイクル中に一連の個々の等しいアリコートに分離し、そして樹脂の夫々 のアリコートを個々の活性アミノ酸と完結まで反応させることである。完全なカ ップリング後、樹脂の種々のアリコートを充分に混合し、洗浄し、脱保護し、洗 浄し、再度、カップリングの新しいサイクルのためのアリコートに分離する。そ れ故、一つの樹脂ビードはいずれか一つのカップリングサイクルで一種より多い アミノ酸に暴露されず、そして幾つかのこのような工程の終了時に夫々のビード は単一の特異なペプチド配列を含む。この方法によりつくられたペプチドライブ ラリーは理論上は真にランダムである。更に、夫々ペプチド種の等モル比が得ら れる。パーミューチージョン(permutation)の合計数、ひいてはペ プチドの数は夫々のカップリング工程で選ばれたアリコートおよびアミノ酸の数 、並びに合成中のカップリング工程の数(ペプチドの長さ)に依存する。 ペプチドの巨大なアレイを同時に合成するための新規なアプローチは真にランダ ムにされた等モルのライブラリーを提供するだけでなく、更に重要なことには、 夫々のビードが唯一の特異なペプチド配列を含む固相ペプチド樹脂ビーズのライ ブラリーをもたらす。この最後の性質は確かである。何となれば、ペプチド合成 の夫々のサイクル中に、夫々のビードが唯一の個々のアミノ酸に一時期に接触し 、そして夫々のカップリング反応が完結まで誘導されるからである。一つのビー ドー一つのペプチドの概念は実際に現在開示された方法の成功に主として重要で ある。 考慮中のこの合成アプローチにより、実際にあらゆるペプチドライブラリーを良 く特定された組成で合成することができる。例えば、個々のアリコート中の20 までの全ての天然L−アミノ酸を各カップリング工程で使用でき、または一種も しくは数種のアミノ酸を成るカップリング工程で使用できる。 10、1.物質および方法 10、1.1.ペプチドライブラリーの合成構造x−x−x−x−x−β−Al a−アミノカプロン酸−エチレンジアミン−樹脂を有する大きなライブラリーを 合成した(Xは夫々のカップリング工程中のシスティン以外の全ての20の共通 アミノ酸の19である)。ペプチド合成に選ばれた固相樹脂ビーズはポリジメチ ルアクリルアミド(PAD) (Mi l l igen、 I nc、 US A)であった。 この樹脂によるペプチド合成の化学および方法はAthertonおよび5he ppard(1988,5olid Phase Peptide 5ynth esis、A PracticalApproach、 IRL Press) に従って行った。樹脂3g(約2百万個のビーズ)を−夜にわたってエチレンジ アミンと穏やかに混合した。 充分に洗浄した後、Fmoc化学を使用し、そして開裂可能なリンカ−を使用し ないで、アミノカプロン酸、続いてβ−アラニンを樹脂にカップリングした。ラ ンダム化を次の5つのカップリング工程で行い、そしてシスティン以外の全ての 19のFmoc−アミノ酸−0Pfpを夫々カップリング工程中で別々に使用し た。5つのカップリング工程を完結した後、Fmoc基をDMF中20%(V/ V)のピペリジンで除去した。側鎖保護基を90%のTFA(V/V)、1%の アニソール(V/V) 、および0.9%のエタンジチオール(V/V)の混合 物で除去した。樹脂を10%のジイソプロピルエチルアミン(DMF中)で中和 し、4℃でDMF中で貯蔵した。 リンカ−β−アラニン−アミノカプロン酸−エチレンジアミンは合計11個のC 原子、および4個のN原子からなり、17.6人の最大アーム長さを有する。1 9の異なるアミノ酸を5つのランダムカップリング工程の夫々で使用したので、 ペプチドの理論数はこのライブラリー中で195、即ち2.476、099の個 々のテトラペプチドであった。 先に記載したように、その方法の一般機構は、夫々の樹脂ビードが単一のペプチ ド種を含むように個々の固相樹脂ビーズでランダムペプチドの巨大ライブラリー を合成することである。次に、アクセプター分子と相互作用する個々の樹脂ビー ドを同定し、物理的に単離てき、次にペプチドリガンドのアミノ酸配列をニドマ ン分解により決定する。それ故、その方法の成功は単一ビード上のペプチド配列 の正確な同定を必要とする。自動タンパク質配列決定装置(型式477A−01 Pu1sed Liquid Automattc Protein/Pep− tide 5equencer、Applied Biosystems、Fo ster C1ty、Ca1ifornia)を使用して、50−500 pモ ルのペプチドを夫々の樹脂ビードからルーチンで回収した。更に、配列決定デー タのプレビュー(preview)分析(MiMarehら、 1990.“P eptides:Chemistry、5tructure and Bi−o logy”、Proceedings of the Eleventh Am erican Peptide Sympo−sium、7月9−14日、 1 988. La Jolla、 Ca、 、 ESCOM、 Leiden、  229−230頁)は、固相ペプチド合成のカップリング効率が98%を越えて いるこランダムライブラリーからの特別なペプチドリガンドの同定および選択は 、酵素結合免疫吸着検定法(ELISA) 、蛍光抗体の如き免疫技術または免 疫磁気ビードで容易に行い得る。ここに記載した実験においては、免疫組織化学 技術を検出系で使用した。この研究に使用した特異結合アクセプター分子は(i )ビオチン結合タンパク質ストレプトアビジン、および(ii)抗β−エンドル フィンモノクローナル抗体(MAb)であった。融合繊維状ファージエピトープ ライブラリー系(CwirlaらHDevlinら、上記の項目2)を使用して 、ペプチドリガンドをこれらのアクセプター分子の両方でうまく同定した。 免疫組織化学技術をストレプトアビジン結合ビーズの検出に使用した。ペプチド ビーズのランダムライブラリーを暫増する2回蒸留水と穏やかに混合してDMF を希釈した。続いて、ビーズをPBSで充分に洗浄し、ゼラチン(061%w/ v)を使用して非特異結合を阻止した。次にストレブトアビジンーアルカリホス ファターゼ(Pierce、 Rockford、 l1linois)の1  :200. ooo希釈液を1時間にわたって穏やかに攪拌しながらビーズに添 加した。次にビーズを充分に洗浄し、そして通常の基質5〜ブロモ−4〜クロロ −3−インドリルホスフェート/ニトロブルーテトラゾリウム(BCIP/NB T)を添加した。基質溶液と一緒にビーズを15個のポリスチレンペトリ皿(1 00x 20 nm)に移し、反応を2時間まで行った。結合されたストレプト アビジン−アルカリホスファターゼを含むビーズは暗青色に変わり、一方、ライ ブラリー中のビーズの大部分は無色のままで抗β−エンドルフィンモノクローナ ル抗体に対するペプチドリガンド結合アフィニティーを液相中で測定した。抗β −エンドルフィン結合アッセイは、1. Omg/mlのウシ血清アルブミン、 0.1%(v/v)のトゥイーン20、および0.05%(w/v)のアジ化ナ トリウムを含む]、Omlの40ミリモルのトリス−HCl、150 ミリモル のNaC1、pH7,4の緩衝液中で1l25−200n/mlの抗β−エンド ルフィンMAbに結合する5、OnMの[3oコ [Leu ]エンケファリン (比活性= 39.0Ci/ミリモル、New England Nuclea r、 Boston、MA)のペプチドリガンド抑制を測定した。特異結合は1 .0μMの未標識の[Leu ]エンケファリンの存在下または不在下で測定し た結合の間の差と定義された。結合された放射リガンドを10倍過剰のプロティ ンGセファロース(Pharmacia)の添加、続いて一夜のインキュベーシ ョン(23〜24°C)により沈殿させた。プロティンGセファロースを遠心分 離(13,000x gで5分間)により回収し、ペレットを250μlの5% (V/V)の酢酸中に懸濁させ、その後、液体シンチレーション計測用のバイア ルに移した。K6値(n=3)を、夫々に関して2回の全結合試料および非特異 結合試料でもって[”H] [Leu ]エンケファリンに対して5つの放射リ ガンド濃度(1,8787−30nを使用して飽和分析により測定した。測定し た平均Kd値は9,79±4.63を説明する。 nMであった。ペプチドリガンド抑制曲線を400倍の範囲にわたってペプチド の8つの濃度に関して作成した。飽和および抑制の研究に関する結合データを、 Knappら(1990,J、 Pharmacol、 Exp、 Ther。 255:1278−1282)により報告された適当な一部位モデルを使用して 重みつき非線形回帰法(Weighted−nonlinear regres sion methods)により分析した。抑制結合定数に関するKi値を、 ChengおよびPrusof f (1973,B iochem、 Pha rmaco 1.22 :3099−3102)の方法を使用して計算した。夫 々のKi値を3〜4つの独立の測定から計算した。 10、2.結果 大きな合成ランダムペプチドライブラリー(x−x−x−x−x−樹脂、式中、 Xは合計19S=2.476、099のパーミューチージョンに関する19の共 通のアミノ酸(システィンを使用しなかった)である)をスクリーニングした。 約2百万のビーズがスクリーニングしたライブラリーの部分中に存在した。スト レプトアビジン−アルカリホスファターゼ単独による第一段階スクリーンでは、 約75のビーズを種々の色の強さで染色し、そして物理的に選択し、マイクロマ ニピュレーターの助けにより解剖顕微鏡で除去した。次に夫々のビードを8Mの グアニジン塩酸塩で洗浄して結合ストレプトアビジン酵素複合体を除去した。続 いて、夫々のビードをアプライド・バイオシステムズタンパク質配列決定装置( ABI)カートリッジ用のガラスフィルターに個々に装填した。75のビーズの 28の配列を表1に示す。これらの全てのビーズはHPQまたはHPMの共通配 列を有する。図5の顕微鏡写真は、ポジチブ(暗青色)ビードがペプチドリガン ドライブラリースクリーニング中に何千ものネガテブ(無色)ビーズのバックグ ラウンド中で容易に同定し得る方法カプロン酸−エチレンジアミン−樹脂(LH PQF−樹脂)を合成した。 表1.ストレプトアビジン゛と相互作用する個々のビーズのペプチド配列 HPQFV (bO,8,’ 1120) GHPQG (0,44,250)  PLHPQ(2,5,48)HPQGP (0,35,60) MYHPQ  AIHPQHPQAG (1,5,53) REHPQ (0,56,112)  AAHPQ(0,9,476)LHPQF(0,47,286) IQHPQ (1,8,192) ’TPHPQ(0,158)FHPQG (0,23,7 2) GNHPQ (0,222) WNHPM(2,5,59)GHPQN  (0,5,44) TVHPQ (0,96) WTHPM(1,4,202) THPQN (0,5,44) IGHPQ V)IPMA(0,6,21)Q HPQG (2,3,60) WMHPQ (2,7,257) ’MHPMA (0,31,140)IHPQG (2,l、 57) GAHPQaこれらの リガンドを2.476、099(19’)のペプチドライブラリーをスクリーニ ングすることにより同定した。 b括弧内の最初の数字はエドマン分解のサイクル5に関するプレビューの比率( 即ち、サイクル4の残基5の量/サイクル5の残基5の量)を示した。 C括弧内の2番目の数字は配列決定中に回収されたペプチドの量(pモル)を示 した。 d二つのTPHPQ配列および二つのMHPMA配列を同定した。その他の反復 を検出しなかった。 HPQ共通配列が実際にストレプトアビジン分子中のビオチン結合部位に結合す ることを証明するために、LHPQF−β−Ala−アミノ次にLHPQF−樹 脂を種々の濃度のビオチンの存在下でストレプトアビジン−アルカリホスファタ ーゼと混合した。結果を図6に示す。 1100nのビオチンはLHPQF−樹脂の染色を完全に阻止した。10nMお よび1. OnMでは、ビオチンは染色を部分的に抑制し、そして0.1nMの 濃度では、それはストレプトアビジン−アルカリホスファターゼによるLHPQ F−樹脂の染色に影響しなかった。抑制の研究は、HPQ共通配列がストレプト アビジンのビオチン結合部位に結合することを立証する。 同しランダムペプチドライブラリーを使用して抗−β−エンドルフィンMAbで スクリーニングする前に、ストレプトアビジン−アルカリホスファターゼ単独に 対して染色した全ての青色のビーズを除去した。次に残りのビーズを8Mのグア ニジン塩酸塩で処理して結合タンパク質を除去した。 次に、この循環ライブラリーをビオチニル化した抗−β−エンドルフィンMAb (抗−β−エンドルフィン、クローン3−E7をインジアナ州、インジアナポリ スにあるBoehringer Mannheimから購入した)と16時間混 合した。徹底的に洗浄した後、ストレプトアビジン−アルカリホスファターゼを 用いる第二工程を使用してELISAのための染色反応を誘発した。天然リガン ド、Leu−エンケファリン(YGGFL)に近似する共通配列を有する6種の ペプチドをコノスクリーニングテ同定シタ。YGGMV、 YGALQ、 YG GLS、 YGGFA、 YGGFTおよびYGGFQ 、これらのりガントリ ードの種々のカルボキシル末端を有するペプチド類縁体を合成し、そして[3H ] Leu−エンケファリン(マサチューセッツ州、ボストンにあるNew E ngland NLIC−1ear)を標識リガンドとして使用し、そして未標 識のペプチドを競合リガンドとして使用してそれらのアフィニティー(Ki)を 測定した(抗−β−エンドルフィンアッセイ、上記の項目10.1.2)。 これらの研究の結果を表2に要約する。 表2.抗−β−エンドルフィンモノクローナル抗体に対するペプチドリガンドの アフィニティー Ki、nM ’YGGFL 17.5±3.2 27.9±2,3 17.1±1.8 13 .7±1.7YGGFA 32.9±2.0 72.0±16.482.3±8 .8 93.6±34.7YGGFT 36.9土?、7 65.2±16.8 50.6±8.9 43.3±2.3YGGFQ 15.0±1.7 40.1 ±6,0 39.4±2.3 45.4±1■、6YGGLS 726±134  991±52 916±182 1150±247YGGLQ 1980±3 03 2910±695 1470±120 1910±504YGGMV 8 780+150014000+11105140 +885 7160 +10 10’YGGLは[Leu’] エンケファリン、抗−β−エンドルフィンMA bの天然リガンドである。 10.3.検討 感度の良い特異的な検出および選択系と組み合わせて夫々のビード上で個々のペ プチドを合成する能力は、本発明の方法の成功に重要である。この新しい方法が “セレクチド(selectide)法”と称される。ライブラリーから選択さ れ、8Mのグアニジン塩酸塩で処理された(結合タンパク質を除去するため)個 々のペプチドビードを有効に精製し、残りのペプチドを樹脂に共有結合し、配列 決定に供した。技術水準の自動ペプチド配列決定装置は5〜l。 pモル程度に低い濃度でペプチドを配列決定できる。更に、ビードに不可逆に結 合する青色の染色は配列決定を妨害しない。ラユノダム化の夫々のカップリング サイクル中に、合成法を最適にするのに、Na−Fmoc−アミノ酸の大過剰の 使用を含むあらゆる努力がなされた。配列決定の生データのプレビュー分析は、 合成化学反応のカップリング効率が98%を越えることを明らかに実証した。 染色ビーズは無色のビーズのバックグラウンド中で顕著に目立つ(例えば、図7 )ので、一連の10〜15のペトリ皿中で解剖顕微鏡で2百万のビーズを目視で スクリーニングし、配列決定のための反応性ビーズを選別することは殆ど努力を 要しない。更に、夫々のポジチブビードの相対染色強さを調べることにより種々 のリガンドの相対アフィニティーを推定することができる。この性質は配列決定 に特別な色の強さのビーズを選択することを可能にする。 Devl inら(1990、5cience 259:404−406.上記 の項目2.)は、融合繊維状ファージ技術で単離されたそれらの20のストレプ トアビジン結合リガンド中のHPQ 、 HPM 、および)IPN配列の重要 性を報告した。それらの20の単離体のうち、15はHPQ共通配列を有し、4 はHPM共通配列を有し、lはHPN共通配列を有していた。重要なことに、ペ プチドライブラリーは28の異なるペプチドを生じ、そのうちの23はHPQ共 通配列を有し、そのうちの5はHPM共通配列を有する(表1)。ペンタペプチ ド中のHPQ/HPM配列の位置はストレプトアビジン結合に重要ではなかった ことが明らかである。 同定された全てのHPQまたはHPMペンタペプチド配列のうち、わずかに二つ が反復された(TPHPQおよびMHPMA)。これは上記のDev−finら により報告されたデータ(この場合、それらの20の単離体中に多数の反復があ り、これは選択バイアスがそれらの生合成法中で起こったことを示唆した)とは 鮮明に対照的である。 抗β−エンドルフィン系において、天然リガンドYGGFLの配列に非常に似た 配列を有する6種のペプチドを同定した(表2)。 これらの結果は融合繊維状ファージ技術(これは同じモノクローナル抗体を使用 した(クローン3−E7XCwirlaら、 1990. Proc、 Nat  l。 Acad、Sci U、S、A、87:6378−6382 、上記の文献)) で得られた結果と似ている。ペプチドライブラリーはCwirlaらにより得ら れたものよりも少ないリガンド配列を生じたが、得られたリガンドの50%はフ ァージ技術で選択されたもののいずれよりも抗体に対する非常に高いアフィニテ ィーを有していた。 11、実施例:制限ペプチドライブラリー別の組の実験では、本発明を別の抗体 系(この系では、エピトープがそのN−末端(β−エンドルフィンの場合のよう に)ではなくペプチド鎖の中央に配置される)で試験した。使用した抗体は抗v −mosペプチドモノクローナル抗体(抗v−mos MAb)であった(下記 の項目比1を参照のこと)。この抗体は、マウスをv−mos発癌遺伝子生産物 の残基100〜111に相当する】2のアミノ酸ペプチド(LGSGGFGSV YKA)て免疫感作することにより得られた。そのペプチドを免疫感作の前にキ ャリヤータンパク質に接合した。ELTSA試験において、この抗v−mos  MAbはv−mos 、 MOS 、 neu/HER−1、およびHER−2 遺伝子生産物の同種配列を検出する。 11.1.物質および方法 オーバーラツプペプチド(テトラペプチド、ペンタペプチドおよびヘキサペプチ ドの組)を合成するための市販のマルチ−ピン(multi−pin)系(Ge ysen ら、 1986. Mo1. Immunol、 23ニア09−7 15) −r−ピトーブマッピングキット(Cambridge Re5ear ch Biochemical、ボストン)を使用して、抗v−mos MAb により認識された12のアミノ酸v−mosペプチド内のエピトープをペンタペ プチド配列(FGSVY) (即ち、v−mos ドデカペプチドの残基6−1 0)にマツピングした。 この実験では、制限ランダムライブラリーを使用し、この場合、v−mosエピ トープ中に存在するアミノ酸バリンおよびセリンを故意に省いた。この制限ラン ダムライブラリーは下記の組成: G−X−x−x−x−x−β−Alローアミ ノカプロン酸−エチレンジアミン−樹脂を有する。式中、XはGlu 、 Pr o 、、Asn 、 Phe 、 H4s 、 Thr 、Lys 。 Leu 、 Gly 、 Tyr 、Ala 、 Met 、 Arg 、 T rpである。バリンおよびセリンの両方が省かれ、しかも全ての側鎖官能基が依 然として含まれるようにこれらの14のアミノ酸が選ばれた。即ち、(i)As nが選ばれたがGlnが選ばれず、(ii)Ginが選ばれたがAspが選ばれ ず、(iii)Thrが選ばれたがSerが選ばれず、(iv)Leuが選ばれ たがlieまたはValが選ばれず、そして(v)Metが選ばれたがCysが 選ばれなかった。14のアミノ酸が5つのランダムカップリング工程の夫々で選 ばれたので、ペプチドの理論数は145、即ち537゜824の個々のペプチド であった。 抗v−mosモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマ細胞系を、メリーラ ンドにあるMicrobiological As5ociates Inc、 から購入した(バイブリド−?N0.165−28[!7.5CRF354.  Lot No、 165−119)。 抗v−mns mAbに対するペプチドリガンドアフィニティーを、放射リガン ドとして[’)l]アセチルv−mosペプチド([3H] Ac−v−mos )を使用する液相結合研究により測定した。放射リガンドを等モル量のE″H] 酢酸ナトリウム(比活性= 2.52Ci/ミリモル、 NewEngland  Nuclear、Boston、MA)による、側鎖の脱保護前のv−mos ペプチドのN−末端アセチル化により調製した。[’H] Ac−v−mos生 産物(これは逆相HPLCにより未反応のv−mosペプチドから分離された) は2.50Ci/ ミリモルの比活性を有していた。抗v−rnos MAb( =10ug/m])に対するl:3)1]Ac−v−mosの結合アフィニティ ーを3時間のインキュベーション後に23〜24℃のPBS−ゼラチン緩衝液( PBS中0.05%のゼラチン)1,0ml中で測定した。特異結合を、夫々の [”)l] Ac−v−mos濃度に関して100 μMの未標識のv−mos ペプチドの存在(非特異的)および不在(合計)下の[3H] Ac−v−m0 3結合の間の差と定義した。結合された放射リガンドを、抗体を沈殿させるため の10倍過剰(使用した免疫グロブリンに対する結合能力)のプロティンGセフ ァロース(Pharmacia)を使用する遠心分離により分離した。1l25 −5000nの濃度範囲にわたる5つの測定からの飽和結合分析は、[3H]  Ac−v−mosが850±160nMのKd値で抗v−mos mAbに結合 されたことを示した。ペプチドリガンドの結合アフィニティーを、上記の条件で 20nMの[3H] Ac−v−mosを用いてlOμg/mlの抗v−mos  MAbに関して競合して7つのペプチドリガンド濃度を使用する結合抑制研究 で測定した。全結合の50%以上が抑制研究で特異的であった。飽和結合定数お よび抑制結合定数を前記の非線形回帰分析(Knal)pおよびYamamur a、 1990. LifeSci、 46:1457−1463)により単一 部位結合に関して測定した。 11.2.懸 約230.000のビーズを抗v−mosアルカリホスファターゼ複合体でスク リーニングした。それ故、バーミニ−チージョンの43%未満を調べた。基質で インキュベートした後、約50のビーズが青色に強く染色した。24のこれらの ビーズを物理的に選別し、そしてそれらのうちの11のアミノ酸配列を決定した 。更に、17の無色のビーズをスクリーニングのためにランダムに選択した。 抗v−wasリガンド配列決定の結果を表3に示す。バリンおよびセリンの両方 がこのペプチドライブラリーに故意に含まれなかったので、11のペプチドリガ ンド配列のいずれもが天然エピトープ(FGSVY)と似ていないことを知るこ とは驚くべきことではない。 11のペプチドリガンド中に反復がなかったが、それらの配列は非ランダムであ った。アルギニンおよびチロシンの両方がこれらの配列中に頻繁に生じる。更に 、少なくとも一つ、成る場合には二つのアルギニンがこれらのペプチドリガンド の夫々の第二および/または第三の位置に存在する。一方、ランダムに選択され たネガテブビーズは共通アミノ酸パターンを示さなかった。試料サイズは制限さ れるが、ネガテブビーズからの配列に関するχ2ii合度統計量は有意ではなく  (Z2=18.27.df=13.P=0.15) 1.::れは非染色ラン ダムペプチドビーズに関するアミノ酸の不均一分布に確証がないことを示す。 (本頁以下余白) 表3.抗v−mosモノクローナル抗体と相互作用する個々のビーGRRGME  GRYMPK GRRPYG GFRHMA GRRAYE GFRYHN GRREGP GHRYFH GRYAKHGWREKE RKTYY B、非相互作用ビーズ GKELAG GFEKHP GPYLMW GWGAYP GTKMNF GAARPP GEKMEF GLFGME GYEEPK GRLNTL GKKPNP GMTHAY GEYAPP GPYGMA GGFMEF G)IYNNL PKFMA ボジチブリガンドの幾つかを合成し、抗v−mos MAbに対するそれらのア フィニティーを液相結合研究(上記の項目11.1)で測定した。これらの研究 の結果を表4に要約する。 表4Aは抗v−+nosモノクローナル抗体に対するv−masエピトープの結 合アフィニティー(エピトープマツピングにより測定される)を要約する。また 、カルボキシル末端を変えることの効果が示される。表4Bは、v−mosエピ トープ中にアミノ酸の幾つかを欠くペプチドライブラリーから同定されたミモト ーブ(mimotope)の結合アフィニティーを要約する。β−アラニンアミ ドが試験リガンドの幾つか中で含まれて、抗体がビード上で結合する同定リガン ドの構造を模擬した。 (本頁以下余白) 表4、抗v−+nos MAbに対するペプチドリガンドの結合アフイニA、  LGSGGFGSVYKA(v−mosペプチド)3.2±0.4GFGSVY −Nl2(v−mOsエピトープ) 246−337GFGSVY−OH> 1 000 GFGSVY−βA−NH2409−442GFGSVY−βA−OH529− 770B、 GRRAYE−OH6,79±2.31GRRAYE−NHt 2 4.70±7.00GRRAYE−βA−OH15,10±0.50GRRAY E−βA−NH29,02−20,40GRRGME−OH>100 100GRRGβA−NHz 24.00±8.40GRREGP−βA−N) 1226.90±6.20GRRPYG−OH>1000 GRRPYG−βA−NHt 20.50±4.50表4中の最良の抗v−mo sミモトープのアフィニティーは天然ペプチドのアフィニティーより約2.5倍 低い。試験したペプチドリガンドのいずれもが天然v−mos リガンド程度に 低いKi値を有しないが、これらの結果は、天然エピトープ中に存在するアミノ 酸の幾つかを欠くランダムライブラリーを使用することにより、アクセプター分 子、即ち抗v−mos MAbに対してアフィニティーを有する一連の構造上異 なるミモトープを同定し得ることを明らかに実この研究に使用した抗v−mos  MAbはv−mosペプチド(免疫原)に対して比較的低いアフィニティーを 有していた。セリンおよびバリンがv−mos線状エピトープ(FGSVY)中 に存在していたが、使用したスクリーニングライブラリーから故意に省かれた。 それにもかかわらず、その方法は完全に異なる配列およびアミノ酸組成の線状ミ モトープ(但し、抗体に対して匹敵するアフィニティーを有する)の特定を可能 にした。これは巨大分子のペプチド相互作用の複雑さだけでなくその融通性を明 らかに説明する。 12、実施例:選択的に開裂可能なリンカー: 0NbUV開裂可能なリンカ− 0Nb(上記の項目5.4を参照のこと)を組み込む4種のペプチドの組を調製 し、試験した。 12、1.物質および方法 下記の4種のペプチドを、通常の固相合成技術(例えば、上記の項目6および7 )を使用して二種の樹脂で調製した。 i)Fmoc−Trp−Tyr(OBu’ )−Phe−ONb−βAla−A CA−EDA−P@PSYn Ki 1)Trp−Tyr−Phe−ONb−β Ala−ACA−EDA−PaPSYn Kiii)Fmoc−Trp−Tyr (OBu’ )−Phe−ONb−βAla−ACA−4−MBHAiv)Tr p−Tyr−Phe−ONb−βAla−ACA−4−MB[(A夫々のペプチ ドを水またはクロロエタノール:ジクロロメタンの3/7混合物0.3ml中で 1時間および3時間にわたって紫外線(UV)および可視光線(VIS)で照射 した。合計16+16の実験を行0、分析した。 暴露後に、上澄みを濾別し、凍結乾燥し、等容積のMeOH(0,3m1)に再 度溶解した。生成物をHPLCで分析した。 12.2.結果 HPLCによる分析は水中のVIS照射後にトリペプチド放出を明らかに示さな かったが、1時間のUv照射後にトリペプチドの殆と完全な放出を示した。 特に、水中のペプチドiを単一生成物に開裂した。幾つかの場合には、二種の生 成物がHPLCから溶出することが観察された。更に長い暴露時間(UV)では 、二種の生成物の相互変換が少なくともユニの場合に観察された。 12.3.検討 U■感受性リンカ−は明らかに水溶液中でペプチドを放出するように作用する。 暴露時間1時間は不完全なペプチド放出を得るのに適する。また、これらの結果 は、ポリアミド樹脂が水系(二対して安定であり、しかも適合性であることを示 す。 20の共通アミノ酸の19(システィンを除く)を含むペンタペプチドのランダ ムライブラリーを本発明に従って調製した(上記の項目10.1を参照のこと) 。 ペプチドライブラリーを、生成物の生成を誘導する条件下で外因性酵素の不在下 で色素産生基質ニトロブルーテトラゾリウム(NBT)クロリドに暴露し、ポジ チブの反応性ビーズを同定した。 これらのビーズを選択し、配列決定した。 13.2.結果 NOTからその暗青色のジホルマザン生成物への還元を触媒作用することが明ら かであった5種のビーズの配列を表5に示す。 表5.酵素として作用することが明らかであるペプチド−ビーズの配列 NNNH NNNM NNNG NNNR 上記の結果は、ペプチドPNNNH−ビードがNBTを暗青色のジホルマザン色 素に化学的または酵素的に還元できることを示唆する。 このようなものとして、そのペプチドまたはペプチド−ビードは“人工酵素”ま たは酵素擬態としての活性を示す。 14、実施例:抗癌ペプチド配列のスクリーニングチロシンに続いて、グルタミ ン酸、セリン、バリン、グリシン、アルギニンおよびアスパラギンからなるアミ ノ酸の群から選ばれた5種のアミノ酸を含むランダム配列の組成を有するペンタ ペプチドを含む制限ライブラリーは、抗癌(即ち、抗腫瘍)細胞系活性を有する ペプチド配列を含む。 本発明のランタン、ベブヂドライブラリーを加水分解性ジケI・ピペラジンリン カ−で今+i19 した。96のつ、・ルブiノー 1・を抗癌(抗腫瘍細胞) 剤のスクリーニングに使用しt−8側鎖保護基およびトげ−FmoC基の脱保護 後に、ペプチドビーズライブラリーを旧P、A(シイ゛7ノプロビルエチルアミ ン)で中和(7、DMFで徹底的に洗浄して残留する潜在的な毒性の薬品を除去 した。 次にライブラリーを0.01MのHCI(リンカ−が安定である条件)に次第に 交換し、最後に0.OOIMのHCIで洗浄し、た。次に約lOのライブラリー ビーズをプレートの夫々のウェルに移した。次に50μlのRPMI培地(25 ミリモルのHEPES緩衝液を含む)を夫々のウェルに添加して溶液poを中和 した。中性またはわずかにアルカリ性のpi(で、ペプチドは放出される(例え ば、16〜24時間後)。 (1)培地の一部または全部の量を特別な癌細胞系を含む別個の−プレートに移 すか、または(2)癌細胞系をビーズを含むウェルに直接添加する。約2500 の肺癌細胞/ウェルを使用した。次にプレートを37℃で7日間インキュベート し、MTTアッセイを行って夫々のウェル中の放出されたペプチドの相対細胞毒 性を定量した。 種々の株化ヒト癌腫、リンパ腫、骨髄腫、並びに白血病細胞系をスクリーニング に使用することができる。これらの例はNCIパネル腫瘍: L1210リンパ 球白血病、B16メラノーマ;ルイス肺癌腫:M5076肉腫;結腸38癌腫: およびMX−1ヒト乳癌である。その他の例はMcF−7乳癌、 8226骨髄 腫細胞系;P2S5(マウス)白血病細胞系;およびホーキンス・ノンスモール (non−small)細胞肺癌系である。 14、2.結果 配列YXXXXX−[ビード] (式中、YハTyr テあり、かつXはGlu  、 Ser 、 Val 、Gly 、 ArgまたはAsnである)を有す る約8000のペプチドを禽むライブラリーをスクリーニングし7た。二つの実 験では、数千からの放出ペプチドを含む3〜4の上澄みはホーギンス・ノンスモ ール細胞肺癌系の増殖抑制を示1.た。夫々のウェルは約IOのビーズを含んで いたので、8.000の可能な配列の実質的に全部を試験(7,3種程度に多く の活性ペプチドビーズを同定した。同じ型の結果が細胞によるビーズの直接のイ ンキュベーションおよび放出されたペプチド上澄みの移動の両方で見られた。 14、3.検討 これらの結果は、ペプチドの制限ライブラリーが細胞毒性活性を有する幾つかの ペプチド配列を含むことができることを示す。 上記の実施例において、可能な配列の約0.05%が抗癌細胞活性を示した。多 重アッセイで放出されたペプチドを含む上澄みを分析することにより、その他の 癌細胞および正常の組繊細胞に対する毒性を測定することができる。 このようにして、腫瘍細胞に対する広い毒性または特定の腫瘍細胞系に対する毒 性を有するペプチド配列を同定することができる。正常な細胞に対して低毒性を 有するこれらの配列は治療薬として好ましい。この方法は抗菌剤、抗寄生虫剤お よび増殖因子拮抗物質をスクリーニングするのに適用し得る。 増殖因子作用物質に関する同様のスクリーニングアプローチは増殖因子依存性の 細胞系を使用する。このようなアッセイでは、増殖因子作用物質活性を有するペ プチド配列は必須の増殖因子の不在下で培養された細胞の増殖を刺激する。 本発明は、ここに記載された特別な実施態様により範囲を限定されるべきではな い。実際に、ここに記載された改良の他の本発明の種々の改良が以上の説明およ び添付図面から当業者に明らかになる。このような改良は請求の範囲内にあると 意図される。 種々の刊行物が本明細書中で引用され、これらの開示は参考としてそのまま含ま れる。 AW−@ sw−e vw−。 (混合、洗浄、脱保護、洗浄) (混合、洗浄、脱保護、洗浄) FIG、 1 国際調査報告 I州射−ζ^−””” PCT/US91104666フロントページの続き

Claims (45)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.固相担体に結合されたバイオオリゴマーのライブラリーであって、各固相担 体が単一のバイオオリゴマー種に結合しており、かつバイオオリゴマーを構成す るサブユニットのあらゆる可能な組合わせが該ライブラリーに含まれていること を特徴とする上記バイオオリゴマーのライブラリー。
  2. 2.バイオオリゴマーが予め決められた数のサブユニットから構成される、請求 項1記載のバイオオリゴマーのライブラリー。
  3. 3.バイオオリゴマーがペプチドである、請求項1または2記載のバイオオリゴ マーのライブラリー。
  4. 4.サブユニットがグリシン、L−アミノ酸、D−アミノ酸、非標準アミノ酸お よびペプチド類似体より成る群から選ばれる、請求項3記載のペプチドのライブ ラリー。
  5. 5.ペプチド配列が架橋可能な少なくとも2個のアミノ酸を含み、ペプチドのラ イブラリーが該ペプチドを架橋することにより拘束、環化、または固定されたペ プチドを形成するように処理されている、請求項3記載のペプチドのライブラリ ー。
  6. 6.バイオオリゴマーがオリゴヌクレオチドである、請求項1または2記載のバ イオオリゴマーのライブラリー。
  7. 7.サブユニットがリボヌクレオシド、デオキシリボヌクレオシドおよびヌクレ オシド誘導体より成る群から選ばれる、請求項6記載のオリゴヌクレオチドのラ イブラリー。
  8. 8.次の工程: (i)ランダムサブユニット配列のための固相担体のアリコートを少なくとも2 つ用意すること; (ii)1つのサブユニットが各アリコートに導入されるように、固相担体のア リコートに1組のサブユニットを別々に導入すること; (iii)固相担体の実質的に全ての部位にサブユニットを完全にカップリング させて、固相担体/新サブユニットの組合わせを形成すること; (iv)カップリングの完全性を評価し、必要に応じてこの反応を完全に進行さ せること; (v)固相担体/新サブユニットの組合わせのアリコートを完全に混合すること ; を繰り返し、そして工程(i)−(v)を希望の回数繰り返した後、バイオオリ ゴマーを固相担体に結合させたままで保護基を除去する最終工程を行うことから 成る、ランダムバイオオリゴマーライブラリーの作製方法。
  9. 9.固相担体がポリスチレン樹脂、ポリハイプ樹脂、ポリアミド樹脂、ポリエチ レングリコールをグラフトさせたポリスチレン樹脂およびポリジメチルアクリル アミド樹脂より成る群から選ばれる、請求項8記載の方法。
  10. 10.固相担体がポリジメチルアクリルアミドである、請求項9記載の方法。
  11. 11.固相担体がシリカである、請求項8記載の方法。
  12. 12.固相担体がリーンカーを含む、請求項8記載の方法。
  13. 13.リンカーがアミノ酪酸、アミノカプロン酸、7−アミノヘプタン酸、エチ レングリコール、および8−アミノカプリル酸より成る群がら選ばれたリンカー である、請求項12記載の方法。
  14. 14.リンカーがアミノカプロン酸である、請求項13記載の方法。
  15. 15.少なくとも1つの工程で、同じサブユニットを固相担体の全てにカップリ ングさせ、そして少なくとも1つの他の工程で、少なくとも2種のサブユニット を固相担体の少なくとも2つのアリコートに別々にカップリングさせるように、 ランダムバイオオリゴマーライブラリーを作製する、請求項8記載の方法。
  16. 16.工程(i)−(v)を1回繰り返すことによりランダムペプチドライブラ リーを作製する、請求項8記載の方法。
  17. 17.工程(i)−(v)を2回以上繰り返すことによりランダムペプチドライ ブラリーを作製する、請求項8記載の方法。
  18. 18.次の工程: (a)請求項1のランダムバイオオリゴマーライブラリーを作製すること; (b)該ランダムバイオオリゴマーライブラリーに対象の受容体分子を導入する こと、その結果として該受容体分子が該ライブラリー内の1以上の固相担体/バ イオオリゴマー種を認識して、それに結合するだろう; (c)該受容体分子との結合を示す固相担体/バイオオリゴマー組合わせを単離 すること;および (d)工程(c)で単離された固相担体/バイオオリゴマーのバイオオリゴマー を配列解析にかけること;から成る受容体分子のバイオオリゴマーリガンドの配 列を決定する方法。
  19. 19.受容体分子が抗体、レセプター、ウイルス、細菌、タンパク質、炭水化物 、核酸、脂質、薬物、金属および小分子より成る群から選ばれる、請求項18記 載の方法。
  20. 20.受容体分子が抗体である、請求項19記載の方法。
  21. 21.受容体分子がレセプターである、請求項19記載の方法。
  22. 22.次の工程: (a)請求項1のランダムバイオオリゴマーライブラリーを作製すること、その 場合バイオオリゴマーの部分を放出できるように固相担体が修飾されている; (b)固相担体/バイオオリゴマー組合わせからバイオオリゴマーの一部をその 場で放出させること;(c)放出されたバイオオリゴマー対象物の生物学的活性 をその場で検出すること; (d)対象となる特定の生物学的活性を示す固相担体/バイオオリゴマー組合わ せを単離すること;および(e)工程(d)で単離された固相担体/バイオオリ ゴマーに残存するバイオオリゴマーの配列を決定すること;から成る生物学的に 活性なバイオオリゴマーリガンドの配列を決定する方法。
  23. 23.固相担体が酸−感受性、塩基−感受性、求核−感受性、感光性、求電子− 感受性、酸化−感受性、または還元−感受性となるように修飾されている、請求 項22記載の方法。
  24. 24.固相担体が酸−感受性、塩基−感受性、求核−感受性、求電子−感受性、 感光性、酸化−感受性、または還元−感受性であるリンカーを含む、請求項22 記載の方法。
  25. 25.工程(b)のその場での放出が酵素的切断、化学的切断または光化学的切 断により行われる、請求項22記載の方法。
  26. 26.工程(c)の検出が細胞毒性、抗腫瘍活性、抗細菌活性、抗ウイルス活性 、抗真菌活性、抗寄生虫活性、成長因子活性、成長阻止活性、ホルモン活性、神 経伝達物質活性、免疫調整剤活性および調節活性より成る群から選ばれる生物学 的活性の検出である、請求項22記載の方法。
  27. 27.請求項18または22の方法により決定されたバイオオリゴマー配列を含 む治療薬。
  28. 28.請求項18または22の方法により決定されたバイオオリゴマー配列を含 む診断薬。
  29. 29.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含む細胞毒 性分子。
  30. 30.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含む抗腫瘍 分子。
  31. 31.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含む抗菌分 子。
  32. 32.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含む成長因 子アゴニスト。
  33. 33.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含む成長因 子アンタゴニスト。
  34. 34.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含むホルモ ンアゴニスト。
  35. 35.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含むホルモ ンアンタゴニスト。
  36. 36.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含むエリト ロポエチンアゴニスト。
  37. 37.請求項18または22の方法により決定されたオリゴヌクレオチド配列を 含む細胞毒性分子。
  38. 38.請求項18または22の方法により決定されたオリゴヌクレオチド配列を 含む抗腫瘍分子。
  39. 39.請求項18または22の方法により決定されたオリゴヌクレオチド配列を 含む抗菌分子。
  40. 40.請求項18または22の方法により決定されたペプチド配列を含むワクチ ン。
  41. 41.次の工程: (a)請求項1のランダムバイオオリゴマーライブラリーを作製すること; (b)該バイオオリゴマーライブラリーに、酵素反応生成物が検出可能であるよ うな基質を加えること;(c)酵素活性を示す固相担体/バイオオリゴマーの組 合わせを単離すること; (d)工程(c)で単離された固相担体/バイオオリゴマーのバイオオリゴマー を配列解析にかけること;から成る反応を触媒するバイオオリゴマーの配列を決 定する方法。
  42. 42.請求項41の方法により決定されたペプチド配列を含む酵素類似体。
  43. 43.次の工程: (a)請求項1のランダムバイオオリゴマーライブラリーを作製すること、その 場合固相担体が修飾されている;(b)固相担体/バイオオリゴマー組合わせか らバイオオリゴマーの一部をその場で放出させること;(c)対象の酵素触媒反 応の阻害をその場で検出すること;(d)工程(c)で検出された固相担体/バ イオオリゴマー組合わせを単離すること; (e)工程(d)で単離された固相担体/バイオオリゴマーに残存するバイオオ リゴマーの配列を決定すること;から成る酵素触媒反応を阻害するバイオオリゴ マーの配列を決定する方法。
  44. 44.請求項18または43の方法により決定されたバイオオリゴマー配列を含 む酵素阻害剤。
  45. 45.請求項18または43の方法により決定されたペプチド配列を含む酵素阻 害剤。
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