JP3386391B2 - 分析用ポリヌクレオチド配列 - Google Patents

分析用ポリヌクレオチド配列

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Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、ポリヌクレオチド
の分析に関する。
【０００２】
【従来の技術】１．概論 核酸配列の分子分析に主として次の３方法がある：制限
フラグメントのゲル電気泳動、分子ハイブリッド形成お
よび迅速ＤＮＡ塩基配列決定方法。これらの３方法は生
物学において基礎研究と、医学および農業のような生物
学の応用分野との両方において広範囲に用いられてい
る。これらの方法が現在用いられている規模についての
若干の示唆は、現在１年間に１００万より充分に大きい
塩基対が蓄積されるＤＮＡ塩基配列の蓄積速度によって
与えられる。
【０００３】
【発明が解決しようとする課題】しかし、これらの方法
は強力ではあるけれども、限界を有している。制限フラ
グメントとハイブリッド形成方法は広範囲な領域を大ざ
っぱに分析するにすぎないが、迅速である。塩基配列分
析法は究極的な分析を与えるが、緩慢であり、一度に短
い範囲（stretch）のみを分析するにすぎない。現在の
方法よりも迅速な方法、および特に核分析において多量
の塩基配列をカバーする方法が必要とされている。
【０００４】
【課題を解決するための手段】本発明は単一分析でフィ
ンガープリントと、部分的または完全な塩基配列との両
方を生じ、複合ＤＮＡおよびＲＮＡの集団にクローニン
グの必要なく直接用いることのできるような新しいアプ
ローチを提供する。
【０００５】本発明は、特定の長さのオリゴヌクレオチ
ドの完全なセットの全体もしくは特定部分のアレイ（ar
ray）をその表面に結合してなる支持体を用いることに
より、ポリヌクレオチドの決定されていない配列もしく
は決定されていない配列の変異体を分析する方法を提供
する。この方法は、ポリヌクレオチドまたはそのフラグ
メントを標識し、ポリヌクレオチドまたはそのフラグメ
ントをハイブリダイゼーション条件下、ポリヌクレオチ
ド中の相補体を有するオリゴヌクレオチドをそれを有し
ないオリゴヌクレオチドから区別しうる条件下でアレイ
に供給し、そしてオリゴヌクレオチドのセットの特定の
構成員に関連する表面上の標識の位置を観察する、こと
を含み、ここで異なるオリゴヌクレオチドはアレイの別
々のセルを占有していることを特徴とする。
【０００６】本発明はまた、特定の長さのオリゴヌクレ
オチドの完全なセットの全体もしくは特定部分のアレイ
をその表面に結合してなる支持体を用いることにより、
あらかじめ決定されているポリヌクレオチド配列を分析
する方法を提供する。この方法は、ポリヌクレオチドま
たはそのフラグメントを標識し、ポリヌクレオチドまた
はそのフラグメントをハイブリダイゼーション条件下で
アレイに供給し、そしてオリゴヌクレオチドのセットの
特定の構成員に関連する表面上の標識の位置を観察す
る、ことを含み、ここで、各々のオリゴヌクレオチドは
末端ヌクレオチドを介して支持体の表面に結合してお
り、異なるオリゴヌクレオチドはアレイの別々のセルを
占有していることを特徴とする。
【０００７】本発明はまた、特定の長さのオリゴヌクレ
オチドの完全なセットの全体もしくは特定部分のアレイ
をその表面に結合してなる支持体を用いることにより、
あらかじめ決定されているポリヌクレオチド配列を分析
する方法を提供する。この方法は、ポリヌクレオチドま
たはそのフラグメントを標識し、ポリヌクレオチドまた
はそのフラグメントをハイブリダイゼーション条件下で
アレイに供給し、そしてオリゴヌクレオチドのセットの
特定の構成員に関連する表面上の標識の位置を観察す
る、ことを含み、ここで各々のオリゴヌクレオチドはイ
ンサイチュで合成されており、共有結合を介して支持体
の表面に結合しており、異なるオリゴヌクレオチドはア
レイの別々のセルを占有していることを特徴とする。
【０００８】本発明はまた、正確な適合（マッチ）と不
適合（ミスマッチ）との間を区別するように選択された
長さのオリゴヌクレオチドの完全なセットの全体もしく
は特定部分のアレイをその表面に結合してなる支持体を
用いることにより、あらかじめ決定されているポリヌク
レオチド配列を分析する方法を提供する。この方法は、
ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを標識し、ポ
リヌクレオチドまたはそのフラグメントをハイブリダイ
ゼーション条件下でアレイに供給し、そしてオリゴヌク
レオチドのセットの特定の構成員に関連する表面上の標
識の位置を観察する、ことを含み、ここで異なるオリゴ
ヌクレオチドはアレイの別々のセルを占有していること
を特徴とする。
【０００９】本発明はまた、ポリヌクレオチドの決定さ
れていない配列もしくは決定されていない配列の変異体
を分析するための装置であって、異なる配列を有する異
なるオリゴヌクレオチドのアレイをその表面に結合して
なる支持体を含み、ここでオリゴヌクレオチドはアレイ
のセルを占有し表面に結合しており、アレイの１つのセ
ルのオリゴヌクレオチドの定められた配列はアレイの他
のセルのオリゴヌクレオチドの定められた配列とは異な
っており、かつ、配置は、分析されるべきポリヌクレオ
チド配列のアレイへの供給がハイブリダイゼーション条
件下でポリヌクレオチド中の相捕体を有するオリゴヌク
レオチドをそれを有しないオリゴヌクレオチドから区別
しうるようなものであることを特徴とする装置を提供す
る。
【００１０】本発明はまた、あらかじめ決定されている
ポリヌクレオチド配列を分析するための装置であって、
少なくとも２つの定められたセルに分画された表面を有
する支持体を含み、各々のセルには既知の配列のオリゴ
ヌクレオチドが結合されており、各々のセルのオリゴヌ
クレオチドは末端ヌクレオチドを介して支持体の表面に
結合されており、ここで第１のセルのオリゴヌクレオチ
ドの配列は別のセルのオリゴヌクレオチドの配列と異な
ることを特徴とする装置を提供する。
【００１１】本発明はまた、あらかじめ決定されている
ポリヌクレオチド配列を分析するための装置であって、
少なくとも２つの定められたセルに分画された表面を有
する支持体を含み、各々のセルには既知の配列のオリゴ
ヌクレオチドが結合されており、各々のセルのオリゴヌ
クレオチドはインサイチュで合成されており、かつ共有
結合を介して支持体の表面に結合されており、ここで第
１のセルのオリゴヌクレオチドの配列は別のセルのオリ
ゴヌクレオチドの配列と異なることを特徴とする装置を
提供する。
【００１２】本発明はまた、あらかじめ決定されている
ポリヌクレオチド配列を分析するための装置であって、
少なくとも２つの定められたセルに分画された表面を有
する支持体を含み、各々のセルには既知の配列のオリゴ
ヌクレオチドが結合されており、各々のセルのオリゴヌ
クレオチドは正確な適合と不適切な適合との間を区別す
るように選択された長さを有しており、ここで第１のセ
ルのオリゴヌクレオチドの配列は別のセルのオリゴヌク
レオチドの配列と異なることを特徴とする装置を提供す
る。
【００１３】本発明はまた、本発明の装置のために、支
持体物質の別々のセル中に選択された長さのオリゴヌク
レオチドのアレイを生成する方法を提供する。この方法
は、 ａ）支持体物質を別々のセル区域に分画し； ｂ）あるヌクレオチドをセル区域の第１のセットにカッ
プリングさせ； ｃ）あるヌクレオチドをセル区域の第２のセットにカッ
プリングさせ； ｄ）あるヌクレオチドをセル区域の第３のセットにカッ
プリングさせ；そして ｅ）所望のアレイが生成するまで一連のカップリング工
程を続ける；の各工程を含み、カップリングは、各々の
区域において、支持体の表面に対してまたは前工程にお
いてその区域にカップリングされたヌクレオチドに対し
て実施されることを特徴とする。
【００１４】本発明は１態様において、支持体とその表
面に取付けた、アレイの別々のセルを占有し、ハイブリ
ッド形成反応に参加しうる特定長さのオリゴヌクレオチ
ドの完全なセットの全体または特定の部分のアレイから
成るポリヌクレオチド塩基配列の分析装置を提供する。
ポリヌクレオチド塩基配列の差異を調べるために、本発
明は他の態様において支持体と、その表面に取付けた、
アレイの別々のセルを占有するハイブリッド形成反応に
参加しうるオリゴヌクレオチドであって、ポリヌクレオ
チド塩基配列を含む特定長さのオリゴヌクレオチドの完
全なセットの全体または特定部分のアレイとから成る装
置を提供する。
【００１５】他の態様において本発明はその表面に特定
長さのオリゴヌクレオチドの完全セットの全体または特
定部分のアレイを取付けた支持体を用いることによるポ
リヌクレオチド塩基配列の分析方法であって（異なるオ
リゴヌクレオチドがアレイの別々のセルを占有する）、
ポリヌクレオチド塩基配列またはそのフラグメントを標
識して標識物質を形成し、ハイブリッド形成条件下で標
識物質をアレイに加え、オリゴヌクレオチドセットの特
定要素と結合した、表面の標識の位置を観察することか
ら成る方法を提供する。
【００１６】このように、本発明の考えは１種類の特定
長さまたは数種類の特定長さのオリゴヌクレオチドの完
全セットの全体または特定部分の組織化アレイ（struct
uredarray）を提供することである。支持フィルムまた
はガラスプレート上に展開されるアレイはハイブリッド
形成反応の標的を形成する。ハイブリッド形成の特定条
件とオリゴヌクレオチドの長さとはいずれにしても正確
に適合したオリゴヌクレオチドと不適合（ミスマッチ）
のオリゴヌクレオチドとを識別する有効な装置のために
充分でなければならない。ハイブリッド形成反応では、
特定長さ以上のポリヌクレオチド塩基配列またはフラグ
メントのオリゴマーを含み、その性質が特定の用途に依
存する標識プローブによって、アレイが利用される。例
えば、プローブはポリメラーゼ連鎖反応によってゲノム
ＤＮＡから増幅される標識塩基配列、またはｍＲＮＡ集
団、または例えば全ゲノムのような、複合塩基配列から
のオリゴヌクレオチドの完全セットを含む。最終結果は
分析塩基配列中に存在するオリゴヌクレオチドに一致す
る充てんセル（filled cell）のセットと、分析塩基配
列中に存在しない配列に一致する「エンプティ」座位の
セットである。このパターンは被分析塩基配列のすべて
を表すフィンガープリントを生ずる。さらに、オリゴヌ
クレオチド長さをオリゴヌクレオチドの殆んどまたはす
べてが１回のみ生ずるように選択するならば、被分析塩
基配列の殆んどまたは全てを集合させることも可能であ
る。
【００１７】アレイ「ルックアップ表」中に存在するオ
リゴヌクレオチドの数、長さおよび塩基配列も用途に依
存する。アレイは被分析塩基配列に関する塩基配列情報
が存在しない場合に必要になるような、特定長さのあら
ゆる可能なオリゴヌクレオチドを含みうる。この場合
に、使用オリゴヌクレオチドの好ましい長さは被分析塩
基配列の長さに依存し、被分析塩基配列中の特定オリゴ
マーの１コピーにすぎないと思われるような長さであ
る。このようなアレイは大きい。被分析塩基配列に関す
る情報が全く得られない場合には、アレイは選択された
部合集合（selectedsubset）でありうる。公知の塩基配
列の分析では、アレイのサイズは塩基配列の長さと同じ
オーダーであり、例えば突然変位遺伝子の分析のような
多くの用途では、きわめて短い。これらの要素について
は下記で詳細に考察する。 ２．塩基配列プローブとしてのオリゴヌクレオチド オリゴヌクレオチドは相補的塩基配列を有するオリゴヌ
クレオチドと塩基対合した二本鎖（base paired duple
x）を形成する。二本鎖の安定性はオリゴヌクレオチド
の長さと塩基組成とに依存する。二本鎖（duplex）安定
性に対する塩基組成の効果は高濃度の４級アミンまたは
３級アミンの存在によって非常に減ぜられる。しかし、
ハイブリッドの熱安定性に対してオリゴヌクレオチド二
本鎖中の不適合（ミスマッチ）の強力な効果が存在し、
このことがオリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成技
術を突然変異分析のためおよびＤＮＡポリメラーゼ連鎖
反応による増幅の特異的塩基配列を選択するためのこの
ような強力な方法にしている。不適合の位置は不安定化
度（degree of destabilisation）に影響を与える。二
本鎖の中心に存在する不適合は末端不適合の１℃に比べ
てＴｍを１０℃低下させる。ここに述べる方法に密接に
関係する、不適合の位置に依存するある範囲の識別力が
存在する。例えば、ハイブリッド形成を二本鎖のＴｍ近
くで実施して不適合二本鎖の形成率を減ずることによ
る。または非反復表現（unique representation）に必
要である以上にオリゴヌクレオチドの長さを増大するこ
とによるような、識別改良方法が幾つか存在する。これ
の系統的実施方法を考察する。 ３．既知塩基配列の分析 オリゴヌクレオチドプローブの最も有効な使用方法の１
つはヒト遺伝子中の単独塩基変化の検出である。最初の
例は鎌状赤血球病を生ずるベータグロビン遺伝子におけ
る単独塩基変化であった。このアプローチを例えばＤＭ
Ｄ遺伝子およびＨＰＲＴ遺伝子のような、同じ表現型を
生ずる多くの異なる突然変異が生ずる遺伝子にまで拡大
して、例えばハンチントン病（Huntington's disease）
およびのう胞性線維症のような疾患遺伝子座（disease
locus）を含むことが結合分析によって判明している領
域における突然変異のヒトゲノムの効果的な走査方法を
発見することが必要とされている。如何なる既知の塩基
配列も重複オリゴヌクレオチドのセットとして完全に表
すことができる。セットのサイズＮはｓ＋１〜Ｎであ
り、Ｎは塩基配列の長さ、ｓはオリゴマーの長さであ
る。例えば１ｋｂの遺伝子は特定長さの約１０００オリ
ゴヌクレオチドの重複セットに分けることができる。別
々のセル内にこれらのオリゴヌクレオチドの各々によっ
て構成されたアレイは例えばヒトゲノム中の単独コピー
遺伝子（single copy gene）または混合ＲＮＡ集団中の
メッセンジャーＲＮＡのような、何らかの意味で相同塩
基配列を検出するための多重ハイブリッド形成プローブ
として用いられる。長さｓは、塩基配列内のオリゴマー
が被分析配列中のどこかで表される確率がごく小さいよ
うに選択することができる。これは下記の統計を考察す
る項に述べる式から算出することができる。あまり完全
ではない分析では、例えば一部重複または非重複セット
で塩基配列を表すことによって、５までのファクターを
用いてアレイのサイズを減ずることが可能である。完全
重複セットを用いることの利点は、ｓ連続オリゴヌクレ
オチド中の不適合が走査されるので、塩基配列差の正確
な位置確認が可能になることである。 ４．未知塩基配列の分析 あらゆる自由生活有機体（free living organism）のゲ
ノムは１００万以上の塩基対であり、いずれのゲノムも
まだ完全には解明されていない。制限座位マッピングは
塩基配列のごく一部のみを明らかにするにすぎず、２ゲ
ノムの比較に用いる場合に突然変異の小部分のみを検出
できるにすぎない。関係する遺伝子に直接接近すること
のできない多くの生物学的問題に分子生物学の全エネル
ギーを集中するには、複合塩基配列のさらに効果的な分
析方法が必要である。多くの場合に、核酸の完全な塩基
配列を決定する必要はなく、重要な配列は２種類の核酸
を区別するような配列である。３例を挙げると、野性型
有機体と突然変異体含有有機体とでは異なるＤＮＡ塩基
配列は問題遺伝子の単離方法を誘導しうる；同様に、癌
細胞とその正常相対細胞との間の塩基配列差によって形
質転換の原因を解明することができる；また、２細胞型
の間で異なるＲＮＡ配列はこれらを区別する機能を与え
る。これらの問題は塩基配列差を確認する方法によっ
て、分子分析で解説することができる。ここに述べるア
プローチを用いると、このような差は２種類の核酸、例
えば２遺伝子型のゲノムＤＮＡまたは２細胞型のｍＲＮ
Ａ集団から全ての可能な塩基配列を表すオリゴヌクレオ
チドアレイにハイブリッド形成することによって示され
る。１塩基配列によって占められ他方の配列によって示
されていないアレイ中の位置は２塩基配列の差を表す。
これは関係する塩基配列のクローンの単離に用いられる
プローブの合成に必要な塩基配列情報を与える。 ４．１塩基配列情報の組立て アレイへのハイブリッド形成の結果を調べることによっ
て、塩基配列を再構成することができる。長い配列内か
らの長さｓのオリゴヌクレオチドは長さｓ−１にわたっ
て他の２塩基配列と重複する。各陽性のオリゴヌクレオ
チドから出発して、左へ４オリゴヌクレオチドおよび１
塩基置換体と重複しうる右方へ４オリゴヌクレオチドに
ついてアレイを調べる。これらの４オリゴヌクレオチド
の中の１個のみが右方へ陽性であることが判明した場合
には、重複と右方への付加塩基とが未知塩基配列中のｓ
塩基を決定する。このプロセスを両方向にくり返して、
アレイ中の他のオリゴヌクレオチドとの独特の適合を求
める。各独特適合が再構成配列に塩基を加える。 ４．２統計学 長さＮの塩基配列は長さｓ塩基対の〜Ｎ重複塩基配列の
セットに分解される。（二重鎖核酸では、Ｎ塩基対の配
列の塩基配列複合度（sequence complexity）は、２本
の鎖が異なる配列を有するので２Ｎであるが、本発明の
ためには、この２という係数は重要ではない）。長さｓ
のオリゴヌクレオチドでは、４s 種類の配列組合せが存
在する。複合度Ｎの被分析配列中に大ていのオリゴヌク
レオチドが１回のみ表われることを保証するには、ｓの
大きさはどの位であるべきか？ランダム配列では、１つ
以上のコピー中に存在するｓマー（ｓ-mer）の期待数は
【００１８】
【数１】
【００１９】である。
【００２０】実用的な理由から、単独塩基変化によって
あらゆるｓマーに如何に多くの配列が関係するかを知る
ことも有用である。各位置は３塩基の１つによって置換
されるので、単独塩基変化によって各ｓマーに関して３
ｓ配列が存在し、Ｎ塩基の配列中のｓマーが１置換を可
能にする配列中の他のｓマーと関係する確率は３ｓ×Ｎ
／４sである。この場合に適合配列と不適合配列の相対
シグナルは、完全適合を単独塩基だけ異る適合から区別
することにハイブリッド形成条件が如何に良好であるか
にも依存する。（４sがＮより大きい、大きさのオーダ
ーである場合には、１塩基変化によるいかなるオリゴヌ
クレオチドに比べてもごく小さい３ｓ／１０であるにち
がいない）。不適合配列からのハイブリッド収量が完全
な二重鎖によって形成される収量の一部にすぎないこと
が示唆される。
【００２１】下記に示すように、プローブ中に相補性を
有するオリゴヌクレオチドを相補性を有さないオリゴヌ
クレオチドから区別させる条件が存在すると考える。 ４．３アレイフォーマット、構成とサイズ 異なる複合度の塩基配列を分析するために必要なアレイ
の規模について考えるために、アレイを方形マトリック
スと見なすことが便利である。一定長さのすべての配列
を４塩基を表す４列を引き、次に同様に４縦列を引くこ
とによって構成されるマトリックス中に１回のみ表すこ
とができる。これは４×４マトリックスを形成し、１６
方形の各々１６ダブレットの１つを表す。次に、大きさ
が１／４である以外は同じ４マトリックスを各オリジナ
ルマトリックス中に描いた。これによって全体で２５６
テトラヌクレオチド配列を含む、１６×１６マトリック
スが形成される。このプロセスをくり返すと、特定の深
さｓ、セル数が４sに等しいマトリックスが得られる。
上述したように、ｓの選択は、これが塩基配列複合度を
決定するので、非常に重要である。下記で検討するよう
に、ｓは、複合ゲノムのために充分に大きくなければな
らない構成マトリックスのサイズをも決定する。最後
に、オリゴヌクレオチドの長さはハイブリッド形成条件
と、ハイブリッド形成プローブとしてのそれらの識別力
とを決定する。
【００２２】 マトリックスの例 フィルム シート数 ｓ ４s ゲノム （ピクセル＝１００μｍ） ８ ６５５３６ ４s ×１０ ９ ２６２１４４ １０ １．０×１０6 コスミド １００ｍｍ １ １１ ４．２×１０6 １２ １．７×１０7 １３ ６．７×１０7 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ） １４ ２．６×１０8 酵母 １．６ｍ ９ １５ １．１×１０9 １６ ４．２×１０9 １７ １．７×１０10 １８ ６．７×１０10 ヒト ２５ｍ ２，５００ １９ ２．７×１０11 ２０ １．１×１０12 １００ｍ この表は数個のゲノムの第１分析を実施するために必要
なアレイの予想規模を示す。例は通常の方法によって塩
基配列を決定された（コスミドスケール）、または現在
塩基配列決定中（大腸菌スケール）であるゲノムである
か、または問題の大きさがかなり検討されている（ヒト
スケール）ゲノムであるために、選択した。表はマトリ
ックスアプローチの予想スケールが通常のアプローチの
ごく一部であることも示す。これは用いられるＸ線フィ
ルムの面積に容易に認められる。分析に要する時間がゲ
ル方法に要する時間のごく一部であることも明らかであ
る。「ゲノム」縦列はマトリックスのセルの約５％を満
たすランダム配列の長さを示す。これは下記で考察する
塩基配列決定法の第一段階の最適条件であるように選択
した。このサイズでは、正シグナルの割合の大きいこと
が各オリゴマーの１回発生を示し、これは２ゲノムを比
較して配列差を知るために必要な条件である。 ５．不完全塩基配列の精製 複合配列の再構成は、配列中でくり返されるオリゴマー
が発生する個所において再構成配列が中断されるという
結果を生ずる。例えばヒトＤＮＡに分散され、タンデム
反復する、ＤＮＡの構造組織の一部をなす長い反復構造
の成分として反復が存在する。しかし、マトリックスに
用いるオリゴヌクレオチドの長さが非反復表現の全体を
与えるために必要であるよりも短い場合には、偶発的に
反復が生ずる。このような反復は単離されやすい。すな
わち、反復オリゴマーを囲む配列は互いに関係していな
い。これらの反復によって生ずるギャップは配列を長い
オリゴマーに伸長することによって解消される。あらゆ
る可能なオリゴマーのアレイ表現を用いた、第１分析に
よって反復することが判明した塩基配列は、原則とし
て、各端部での伸長によって再合成することができる。
各反復オリゴマーに対して、新しいマトリックス中に４
×４＝１６オリゴマーが存在する。ハイブリッド形成分
析は、配列が完成するまで、くり返される。実際には、
ハイブリッド形成における陽性シグナルの結果が不明瞭
であるので、第１分析において明確な陰性結果を与えな
かったすべての配列の伸長による第１結果の精製（refi
nement）を利用することが好ましい。このアプローチの
利点は配列の伸長によって、短いオリゴマーの末端に近
い不適合を伸長オリゴマーの中央近くに持ってきて、二
重鎖形成の識別力を高めることである。 ５．１バクテリオファージλＤＮＡの塩基配列の仮説的
分析 ラムダファージＤＮＡは４８，５０２塩基対長さであ
る。これの塩基配列は完全に決定されているので、これ
の一重鎖を分析のコンピューターシミュレーションにテ
ストケースとして処理した。表は、この複合度の配列に
用いるオリゴマーの適当なサイズが１０マーであること
を示す。１０マーのマトリックスでは、サイズは１０２
４ライン平方であった。コンピューターでのラムダ１０
マーの「ハイブリッド形成」後に、４６，３７７セルが
陽性であり、１９５７が二重発生を示し、７５が三重発
生を示し、３セルが四重発生を示した。これらの４６，
３７７陽性セルはマトリックスのそれらの位置から推定
して、既知の配列を表した。各々を３′末端において４
×１塩基、５′末端において４×１塩基伸長させて、１
６×４６，３３７＝７４２，０３２セルを得た。この伸
長セットは二重発生を１６１に減じ、さらに１６倍の伸
長はこの数を１０に減じ、再度の実験は完全に重複した
結果を示した。完全に重複した配列の同じ最終結果は４
16マトリックスから出発して得られるが、このマトリッ
クスはすべての１０マーを表すために必要なマトリック
スよりも４０００倍大きく、この上に表された配列の大
部分は冗長であった。 ５．２マトリックスのレイダウン ここに述べた方法は、例を上述したように、４塩基の先
駆物質を所定パターンでレイダウンすることによって、
アレイのセル中にオリゴヌクレオチドを合成することに
よってマトリックスが製造されることを可能にする。先
駆物質を供給する自動装置はまだ開発されていないが、
明白に可能性が存在する。この目的にペンプロッターそ
の他のコンピューター制御プリンティング装置を用いる
ことも困難でない筈である。複合ゲノムは非常に多数の
セルを必要とするので、アレイのピクセルサイズが小さ
ければ小さいほど良い。しかし、これらを如何に小さく
製造するかについては限界がある。１００ミクロンはか
なり満足できる上限であるが、組織および拡散のため
に、紙ではおそらく達せられない。例えばガラスのよう
な滑らかな不透過性表面では、例えばレーザータイプセ
ッター（laser typesetter）を用いて溶媒抵抗性グリッ
ドを形成し、暴露部分にオリゴヌクレオチドを構成する
ことによって約１０ミクロンまでの分析が達成される。
本発明のオリゴヌクレオチド合成方法の適用を可能にす
る魅力的な可能性の１つは、ガラスプレートの表面上の
顕微鏡パッチとしての微孔質ガラスを焼結することであ
る。プリンティングメカニズムが緩慢である場合には、
非常に多数のラインまたはドッドのレイダウンには長時
間を要する。しかし、低コストジェットプリンターは約
１０，０００スポット／秒の速度でプリントすることが
できる。このような速度では、約３時間に１０8スポッ
トをプリントすることができる。 ５．３オリゴヌクレオチドの合成 幾つかのオリゴヌクレオチド合成方法が存在する。現在
用いられている大ていの方法は制御孔度ガラス（ＣＰ
Ｇ）の固体支持体にヌクレオチドを結合させる方法であ
り、ガラス面での合成に用いるため適している。それら
をその上で合成したマトリックスにまだ結合した状態の
ハイブリッド形成プローブとしてのオリゴヌクレオチド
の直接使用については、我々の知るところでは、開示さ
れていないが、合成後に結合させた固体支持体上のハイ
ブリッド形成プローブとしてのオリゴヌクレオチドの使
用は報告されている。ＰＣＴ出願第ＷＯ ８５／０１０
５１号はＣＰＧカラムに結合したオリゴヌクレオチドの
合成方法を述べている。我々が実施した実験では、ファ
ージラムダの左手ｃｏｓ座位に相補的な１３マーを合成
するためにアプライドバイオシステムズ（Applied Bios
ystems）オリゴヌクレオチド合成器の支持体としてＣＰ
Ｇを用いた。カップリング工程は理論的収量にすべて密
接した。全合成と脱保護との工程を通して第１塩基は、
支持体媒質に共有結合によって安定に結合した。 ６．プローブ、ハイブリッド形成および検出 微孔質ガラス上に合成されるオリゴヌクレオチドの収量
は約３０μｍｏｌ／ｇである。この物質の１ミクロン厚
さ×１０ミクロン平方のパッチは、ヒトＤＮＡ約２ｇに
等価である、〜３×１０-12μｍｏｌを維持した。それ
故、ハイブリッド形成反応はプローブ中のオリゴヌクレ
オチドよりも非常に大きく過剰な結合オリゴヌクレオチ
ドによって実施される。そのため、収量は反応のすべて
の段階において濃度に比例するので、プローブ塩基配列
の単独発生と多量発生とを含むハイブリッド形成を区別
できる系の設計が可能であるべきである。
【００２３】被分析ポリヌクレオチド配列はＤＮＡまた
はＲＮＡのいずれかである。プローブを製造するには、
ポリヌクレオチドを分解してフラグメントを形成する。
ポリヌクレオチドをできるだけランダムな方法で分解し
て、支持体上の特定の長さを中心とした平均の長さのオ
リゴヌクレオチドおよび塩基配列決定用ゲルでの電気泳
動によって選択される正確な長さｓのオリゴマーを形成
することが好ましい。プローブを次に標識する。例え
ば、長さｓのオリゴヌクレオチドを末端標識することが
できる。32Ｐで標識する場合には、全ヒトＤＮＡからの
個々のｓマーの放射能収量（radioactive yield）は１
０4ｄｐｍ／総ＤＮＡｍｇ以上になりうる。検出のため
には、このごく一部が１０〜１００ミクロン平方のパッ
チに必要である。これはハイブリッド形成条件を二重鎖
（duplex）のＴｍに近いように選択することを可能にす
る、これはハイブリッドの収量および形成速度を減ずる
が、識別力を高める。結合オリゴヌクレオチドが過剰に
存在するので、平衡近くで作用する場合にもシグナルが
問題になる必要はない。
【００２４】ハイブリッド形成条件は、フィルターへの
ハイブリッド形成に用いる標準方法に適することが知ら
れている条件に合わせて選択することができるが、最適
条件を確立することが重要である。特に、温度は±０．
５℃より良好に、密接に制御することが必要である。特
に、オリゴヌクレオチドの選択された長さが小さい場合
に、ハイブリッド形成速度および／またはハイブリッド
形成度の僅かな差を分析が識別しうることが必要であ
る。装置は種々なオリゴヌクレオチドの間の塩基組成の
差に対してプログラムされることが必要である。アレイ
の構成では、これを同じ塩基組成を有するサブマトリッ
クス（sub-matrices）に分割することが好ましい。これ
は塩基組成によって僅かに異なるＴｍを明確にすること
を容易にする。
【００２５】特に32Ｐによるオートラジオグラフィーは
画像分解（image degradation）を生じ、分析を決定す
る限定要素になる；ハロゲン駆動銀フィルムの限界は約
２５ミクロンである。直接検出系が明らかに好ましいと
考えられる。蛍光プローブも考られ、標的オリゴヌクレ
オチドが高濃度であるならば、蛍光の低感度も問題にな
らない。
【００２６】我々はデジタルスキャナーによる走査ラジ
オグラフィー画像もかなり経験している。我々の現在の
設計は２５ミクロンまでの分析を可能にするが、ハイブ
リッド形成反応の質と、１つ以上の塩基配列の存在から
１つの配列の不存在をどのように良好に識別するかとに
依存して、分析範囲は現在の適用よりも低い範囲にまで
容易に伸長される。ぼう大なプレートを測定する装置が
約１μの精度を有する。走査速度は数分間内に数百万セ
ルのマトリックスが走査されるような速度である。デー
タ分析のソフトウェアは直接的であるが、大きなデータ
セットは迅速なコンピュータを必要とする。
【００２７】下記の実験は請求項の実行可能性を実証す
る。市販の顕微鏡スライド〔ＢＤＨスーパープレミウム
（ＢＤＨ Super Premium）７６×２６×１ｍｍ〕を支持
体として用いた。これらは芳香族ヘテロ環塩基の脱保護
に用いられる条件、すなわち３０％ＮＨ3、５℃、１０
時間に耐えることのできる長い脂肪族リンカーによって
誘導体化した（derivatized）。次のオリゴヌクレオチ
ドの出発点として役立つヒドロキシル基を有するリンカ
ー（linker）を２段階で合成する。スライドを最初に、
触媒としてヒューニッヒの塩基（Hunig's base）数滴を
含むキシレン中の３−グリシドキシプロピルトリエトキ
シシランの２５％溶液で最初に処理する。反応は乾燥管
を備えたステイニングジャー（staining jar）中で、９
０℃において２０時間実施する。スライドをＭｅＯＨ，
Ｅｔ2Ｏで洗浄し、風乾させる。ストレート（neat）の
ヘキサエチレングリコールと痕跡量の濃硫酸を加え、混
合物を８０℃に２０時間維持する。スライドをＭｅＯ
Ｈ，Ｅｔ2Ｏで洗浄し、風乾させ、使用するまで−２０
℃において乾燥維持する。この調製法は英国特許第８８
２２２２８，６号（１９８８年９月２１日出願）に述べ
られている。
【００２８】オリゴヌクレオチド合成サイクルは次のよ
うに実施する：カップリング溶液を各工程に対して、無
水アセトニトリル中０．５Ｍテトラゾール６量（vol.）
と必要なベーターシアノエチルホスホーラミジトの０．
２Ｍ溶液５量とを混合することによって新たに製造す
る。カップリング時間は３分間である。ＴＨＦ／ピリジ
ン／Ｈ2Ｏ中Ｉ2の０．１Ｍ溶液による酸化は安定なホス
ホトリエステル結合を生ずる。ジクロロメタン中の３％
トリクロロ酢酸による５′未満の脱トリチル化はオリゴ
ヌクレオチド鎖のさらに伸長を可能にする。スライド上
の反応性部位に対して用いたホスホーラミジドの過剰量
はカップリングを完成させるために充分に大きいので、
キャッピング段階は存在しなかった。合成が完成した後
に、オリゴヌクレオチドを３０％ＮＨ3中、５５℃にお
いて１０時間脱保護する。カップリング段階に用いた化
学薬品は感湿性であるので、この重要な段階は次のよう
に密閉容器内の無水条件下で実施しなければならない。
合成すべきパッチの形を、上述のように誘導体化した顕
微鏡スライドと、同じサイズおよび厚さのテフロン片と
の間にサンドイッチしたシリコーンゴムシート（７６×
２６×０．５ｍｍ）から切断した。これに、カップリン
グ溶液の注射器による注入、抽出およびアルゴンによる
空隙のフラッシュを可能にするプラスチック・チューブ
の小片を取付けた。全組立て体をホールドバックペーパ
ークリップ（foldback paper clip）によって一緒に維
持した。カップリング後に、セットアップを分解し、ス
ライドをスティニングジャー中に浸せきすることによっ
て、次の化学反応（ヨウ素による酸化：ＴＣＡ処理によ
る脱トリチル化）に通した。
【００２９】
【実施例】実施例１ 第１例として、カップリング溶液レベルを工程１０〜１
４に徐々に減ずることによって、スライド上にオリゴー
ｄＴ10−オリゴーｄＴ14の配列を合成した。このように
して、スライドの上部に１０マーを合成し、底部に１４
マーを合成し、この間に１１，１２，１３マーを合成し
た。ハイブリッド形成プローブとしてポリヌクレオチド
キナーゼ反応によって、１５０万ｃ．ｐ．ｍ．の総活性
まで32Ｐによって５′末端において標識した１０ｐｍｏ
ｌオリゴｄＡ12を用いた。ハイブリッド形成は顕微鏡ス
ライドに適合するように製造し：ＴＥ中１Ｍ ＮａＣｌ
１.２ｍｌ、０.１％ＳＤＳを充てんしたパースペックス
（プレキシーガラス）容器内で２０℃において５分間実
施した。オリゴヌクレオチドを含まない同じ溶液中で短
時間すすいだ後に、放射線モニター（radiation monito
r）によって２０００ｃｐｓ以上を検出することができ
た。オートラジオグラフは全てのカウントがオリゴヌク
レオチド合成部分から生じたこと、すなわちガラスまた
はリンカーのみによって誘導体化した領域への非特異的
結合が存在しないことを示した。０.１Ｍ ＮａＣｌ中に
一部溶解した後に、標的への示差結合（differential b
ind）が検出可能である、すなわち長いオリゴーｄＴへ
よりも短いオリゴーｄＴへの結合が少ない。スライドを
洗浄溶液中で徐々に加熱することによって、Ｔｍ（５０
％溶離した場合の転移の中点値）が３３°であることが
測定された。３９°でのインキュベーション後に検出可
能なカウントは存在しなかった。ハイブリッド形成と溶
解はシグナルを弱めることなく８回くり返した。結果は
再現可能である。入力カウントの少なくとも５％が各サ
イクルにおいてスライドに取り込まれたことが考えられ
る。実施例２ 適合または不適合オリゴヌクレオチドを区別できるかど
うかを知るために、２配列３'ＣＣＣ ＧＣＣ ＧＣＴ
ＧＧＡ（ＣｏｓＬ）と３'ＣＣＣ ＧＣＣ ＴＣＴ Ｇ
ＧＡを合成した、これらは７位置の１塩基によって異な
る。第７塩基以外の全ての塩基を長方形パッチに加え
た。第７塩基では、長方形の半分を代わりに露出し、２
ストリップにおいて２種類の塩基を加えた。ｃｏｓＲプ
ローブオリゴヌクレオチド（５′ＧＧＧ ＣＧＧ ＣＧ
Ａ ＣＣＴ）（32Ｐにより１１０万ｃ．ｐ．ｍ．まで標
識したキナーゼ、０．１Ｍ ＮａＣｌ，ＴＥ，０．１％
ＳＤＳ）のハイブリッド形成を３０℃において５時間実
施した。スライドの前面はすすぎ洗い後に１００ｃ．
ｐ．ｓ．を示した。オートラジオグラフィーは完全に相
補的オリゴヌクレオチドを含むスライド部分にのみアニ
ーリングが生ずることを示した。不適合配列を含むパッ
チではシグナルが検出されなかった。実施例３ ハイブリッド形成挙動に対する不適合または短い塩基配
列の影響をさらに調べるために、１つ（ａ）は２４オリ
ゴヌクレオチドのアレイ、他方（ｂ）は７２オリゴヌク
レオチドのアレイの２アレイを構成した。
【００３０】これらのアレイを第１表（ａ）と（ｂ）に
示すようにセットした。これらのアレイのレイダウンに
用いたマスク（mask）は以前の実験に用いたものとは異
なるものであった。シリコーンゴムチューブ（外径１ｍ
ｍ）の長さをプレーンな顕微鏡スライドの表面にＵ字形
にシリコーンゴムセメントで付着させた。これらのマス
クを誘導体化顕微鏡スライドに対してクランプし、生じ
た空隙中にカップリング溶液を注射器によって注入し
た。このようにして、空隙内のスライド部分のみがホス
ホーラミジド溶液と接触した。不適合塩基の位置を例外
として、第１表に挙げたアレイはスライド幅の大部分を
カバーするマスクを用いてレイダウンさせた。次のカッ
プリング反応において誘導体化スライドを３ｍｍ上下さ
せることによってこのマスクをオフセット（off-set）
させると、３′末端と５′末端において切り取られたオ
リゴヌクレオチドが生成した。
【００３１】不適合を導入するために、第１マスクの幅
１／２（アレイ（ａ）のために）または１／３（アレイ
（ｂ）のために）をカバーしたマスクを用いた。６位置
と７位置の塩基は２本または３本の細長いストリップに
よってレイダウンした。これはスライドの各１／２（ア
レイ（ａ））または各１／３（アレイ（ｂ））に１塩基
のみ異なるオリゴヌクレオチドの合成を生じた。他の位
置では、配列は最も長い配列から末端配列のないことに
よって異なった。
【００３２】アレイ（ｂ）では、第１表（ｂ）に示した
配列の間に配列の２縦列が存在し、この場合にはスライ
ドがシリコーンゴムシールによってストリップ状に遮へ
いされたので、全ての位置において第６塩基と第７塩基
とが欠損した。従って、９０の異なる位置においてスラ
イド上に表された７２種類の塩基配列が存在した。
【００３３】１９マー ５′ＣＴＣ ＣＴＧ ＡＧＧ
ＡＧＡ ＡＧＴ ＣＴＧ Ｃを用いてハイブリッド形成
した（２００万ｃｐｍ、ＴＥ中０．１Ｍ ＮａＣｌ
１．２ｍｌ、０．１％ＳＤＳ、２０°）。
【００３４】洗浄と溶離後にオートラジオグラフィーを
行った。スライドは各溶離工程において５分間洗浄液中
に保持し、それから暴露させた（４５分間、強化）。溶
離温度はそれぞれ２３、３６、４２、４７、５５および
６０℃であった。
【００３５】表に示したように、オリゴヌクレオチドは
異なる融解挙動を示した。短いオリゴヌクレオチドは長
いオリゴヌクレオチドよりも前に融解し、５５℃では、
完全適合１９マーのみが安定であり、他のすべてのオリ
ゴヌクレオチドは溶離した。従って、この方法は末端の
１塩基欠損のみによって異なる１８マーと１９マーとを
識別することができる。オリゴヌクレオチド末端と内部
部位における不適合はすべて、完全な二重鎖が残留する
条件下で融解した。
【００３６】従って、不適合配列または長さにおいて１
塩基程度異なるオリゴヌクレオチドを排除する非常に激
しいハイブリッド形成条件を用いることができる。固体
支持体に結合したオリゴヌクレオチドのハイブリッド形
成を用いた方法で不適合の効果にこれほど敏感である方
法は他に存在しない。実施例４ 遺伝疾患の診断への本発明の適用をテストするために、
野性型とβ−グロビン遺伝子の鎌状赤血球突然変異とに
対して特異的なオリゴヌクレオチド配列を有するアレイ
（ａ）と、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いてβ
−グロビン遺伝子から増幅した１１０塩基対フラグメン
トとをハイブリッド形成した。正常固体の血液からの全
ＤＮＡ（１μｇ）を適当なプライマー オリゴヌクレオ
チドの存在下でＰＣＲによって増幅した。生成した１１
０塩基対フラグメントをアガロースゲルを通しての電気
泳動によって精製した。溶離後に、小サンプル（約１０
ピコグラムｐｇ）を第２ＰＣＲ反応においてα−32Ｐ−
ｄＣＴＰ（５０マイクロキュリー）を用いて標識した。
このＰＣＲは上流で開始するオリゴヌクレオチドのみを
含有した。延長時間９分間による６０サイクルの増幅後
にゲル濾過によって先駆物質から生成物を除去した。放
射性生成物のゲル電気泳動は１１０塩基フラグメントに
長さが相当する主要バンドを示した。この生成物（１０
０，０００ｃ．ｐ．ｍ．０．９Ｍ ＮａＣｌ中、ＴＥ，
０．１％ＳＤＳ）の１／４をアレイ（ａ）にハイブリッ
ド形成した。３０°での２時間後に、１５０００ｃ．
ｐ．ｍ．が吸収された。ハイブリッドの融解挙動は実施
例３の１９マーに述べた融解挙動に従い、この融解挙動
はオリゴヌクレオチドの融解挙動と同じであることが判
明した。すなわち、不適合がハイブリッドの融点をかな
り低下させ、完全適合二重鎖が残留するが不適合二重鎖
は完全に融解するような条件が容易に発見された。
【００３７】従って、本発明を用いてＤＮＡの長いフラ
グメントおよびオリゴヌクレオチド分析することができ
る、この例は突然変異の核酸配列を調べるために本発明
を如何に利用するかを示す。特に、遺伝疾患の診断にど
のように利用するかを示す。実施例５ 先駆物質をレイダウンさせるための自動化系をテストす
るために、上記のやり方で加えた１２塩基の中の１１塩
基を用いてｃｏｓＬオリゴヌクレオチドを合成した。し
かし、第７塩基を加えるために、スライドをペンプロッ
ター含有アルゴン充てん室に移した。プロッターのペン
を、ペンと同じ形状およびサイズを有するが、ポリテト
ラフルオロエチレン（ＰＴＦＥ）チューブをも有し、こ
れを通して化学薬品がプロッターの床に配置されたガラ
ススライドの表面に放出される「ナイロン製」の要素と
取り替えた。マイクロコンピューターを用いてプロッタ
ーと、化学薬品を放出する注射器ポンプとを制御した。
注射器からの放出チューブを有するペンはスライド上の
位置に移動し、ペンが降下し、ポンプが始動してカップ
リング溶液をレイダウンさせる。ペンに連続的にＧ、Ｔ
およびＡホスホーラミジド溶液を充てんし、１２スポッ
トのアレイを３種類のオリゴヌクレオチド配列を有す
る、４個ずつの３グループとしてレイダウンさせた。例
２に述べたようにｃｏｓＬにハイブリッド形成し、オー
トラジオグラフィーした後に、シグナルはｄＧを加えた
完全適合オリゴヌクレオチドの４スポット上でのみ見ら
れた。
【００３８】結論として、次のことを実証した。
【００３９】１．平たいガラスプレート上で良好な収量
においてオリゴヌクレオチドを合成することができる。
【００４０】２．サンプル上の小スポットにおいて高密
度で、多重配列を簡単な手動方法またはコンピューター
制御装置を用いて自動的に合成することができる。
【００４１】３．プレート上でのオリゴヌクレオチドへ
のハイブリッド形成を非常に簡単な方法で実施すること
ができる。ハイブリッド形成は効果的であり、ハイブリ
ッドは短時間のオートラジオグラフィー暴露によって検
出することができる。
【００４２】４．ハイブリッド形成は特異的である。オ
リゴヌクレオチドが存在しないプレート部分ではシグナ
ルが検出されない。不適合塩基の効果を調べ、１２マー
〜１９マーの長さの範囲内のオリゴヌクレオチドのいず
れかの位置での単独不適合塩基がハイブリッドの安定性
を充分に低下させ、シグナルは非常に低いレベルに低下
するが、完全適合ハイブリッドへの有意なハイブリッド
形成は保有される。
【００４３】５．オリゴヌクレオチドはガラスに安定に
結合し、プレートはハイブリッド形成に反復して用いる
ことができる。
【００４４】本発明はこのように、ヌクレオチド配列の
新規な分析方法を提供し、広範囲な用途を見出すと思わ
れる。可能な用途の幾つかを下記に挙げる：フィンガープリントまたはマッピングツールとしてのオ
リゴヌクレオチドの小アレイ 遺伝疾患を含めた既知突然変異の分析 上記例４は本発明を如何に用いて突然変異を分析するか
を示す。遺伝病の検出を含めてこのような方法には多く
の用途がある。
【００４５】ゲノムフィンガープリンティング 検出可能な疾患を生ずる突然変異と同様に、この方法を
用いてＤＮＡのいずれかの区間（stretch）における点
変異を検出することができる。制限フラグメント長さ多
型性（ＲＦＬＰ）を生ずる塩基差を含む多くの領域に関
する塩基配列が現在入手可能である。このような多型性
を示すオリゴヌクレオチドのアレイは２つの対立制限部
位を表すオリゴヌクレオチド対から製造することができ
る。ＲＦＬＰを含む配列の増幅および次のプレートへの
ハイブリッド形成は、試験ゲノム中にどのような対立遺
伝子（allele）が存在するかを示すことができる。単独
分析で分析することのできるオリゴヌクレオチド数は非
常に大きい。選択した対立遺伝子から製造した５０対は
個体に特有のフィンガープリントを与えるために充分で
ある。
【００４６】結合分析 最後のパラグラフに述べた方法を系図（pedigree）に適
用すると、組換え（recombination）が指摘される。ア
レイ中の各スポット対はゲル電気泳動とプロッティング
を用いたＲＦＬＰ分析のトラックに認められるような情
報を与え、これは現在ルーチンに結合研究に用いられて
いる。オリゴヌクレオチドの対立遺伝子対のアレイへの
ハイブリッド形成によって、単独分析において多くの対
立遺伝子対を分析することが可能になり、これはＤＮＡ
多型性と例えば疾患遺伝子のような表現型マーカーとの
間の結合の検出に用いられる方法を非常に簡単化する。
【００４７】上記例は我々が開発し、実験によって実証
した方法を用いて実施することができる。
【００４８】配列読み取りツールとしてのオリゴヌクレ
オチドの大きなアレイ オリゴヌクレオチドが小パッチ内の正確に定めた位置に
２方法の１つによって、すなわちペンプロッターのペン
から先駆物質を放出することによってまたはシリコーン
ゴムで部分を遮へいすることによって合成できることを
示した。各位置に異なる配列を有する大きなアレイの合
成にペンプロッターを用いる方法は明白である。幾つか
の用途に対して、アレイは予め定められ、限定されたセ
ットでありうるが、他の用途に対しては、アレイは予め
定められた長さの各配列から構成される。後者に対して
遮へい方法は交差ラインを形成するマスク中に先駆物質
をレイダウンすることによって用いられる。これを実施
する多くの方法があるが、１例のみを説明のために用い
る： １．最初の４塩基Ａ，Ｃ，Ｇ，Ｔを方形プレート上の４
本の幅広ストリップ中に配置する。
【００４９】２．第２セットを第１ストリップと等しい
幅であり、第１ストリップと直交する４本のストリップ
中にレイダウンする。アレイをすべてで１６個のジヌク
レオチドから構成する。
【００５０】３．第３層と第４層を第１ストリップの幅
の１／４である４ストリップの４セット中にレイダウン
する。４本の狭いストリップの各セットは幅広ストリッ
プの１本の内を通る。この場合にアレイはすべてで２５
６個のテトラヌクレオチドから構成される。
【００５１】４．各回に先行２層の幅の１／４であるス
トリップによって２層をレイダウンすることによって、
プロセスをくり返す。加えた各層はオリゴヌクレオチド
の長さを１塩基だけ伸長し、異なるオリゴヌクレオチド
配列の数を４の倍数ずつ増やす。
【００５２】このようなアレイのサイズはストリップの
幅によって定まる。配置した最も狭いストリップは１ｍ
ｍであるが、これが下限でないことは明らかである。
【００５３】塩基配列の一部が予め定められたものであ
り、一部があらゆる可能な配列から構成されたものであ
るアレイには有用な用途が存在する。例えば、ｍＲＮＡ
集団の特徴付けである。ｍＲＮＡ集団の特徴付け 高級真核生物中の大ていのｍＲＮＡは３′末端近くに配
列ＡＡＵＡＡＡを有している。ｍＲＮＡ分析に用いられ
るアレイはプレート全体でこの配列を有すると考えられ
る。ｍＲＮＡ集団を分析するには、これをＮｍＡＡＴＡ
ＡＡＮｎ型のすべての配列から成るアレイとハイブリッ
ド形成させる。例えば哺乳動物細胞のような入手源に存
在すると考えられる数千のｍＲＮＡの大部分に対する非
反復オリゴヌクレオチド表現を与えるために充分である
ｍ＋ｎ＝８に対して、アレイは２５６要素平方である。
上記遮へい方法を用いて２５６×２５６要素をＡＡＴＡ
ＡＡ上に配置する。約１ｍｍのストリップでは、アレイ
は約２５６ｍｍ平方であると考えられる。
【００５４】この分析はｍＲＮＡ集団の複合度を測定
し、異なる細胞型からの集団の比較の根拠として用いら
れる。このアプローチの利点はハイブリッド形成パター
ンの差が集団において異なるすべてのｍＲＮＡを単離さ
せるために用いられるオリゴヌクレオチドの配列を形成
することである。塩基配列決定 特定の長さのあらゆる可能なオリゴヌクレオチドから成
るアレイを用いて、この概念を未知塩基配列の決定にま
で拡大することは、我々が現在までに合成したよりも大
きなアレイを必要とする。しかし、スポットのサイズを
スケールダウンさせ、数を我々が開発した小アレイでテ
ストしてきた方法の拡大によって必要とされる数にスケ
ールアップすることが可能である。我々の経験による
と、この方法はゲルに基づく方法よりも操作が非常に簡
単である。
【００５５】
【表１】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (56)参考文献 特開 昭60−188100（ＪＰ，Ａ) 特開 昭61−227591（ＪＰ，Ａ) 特開 昭61−219400（ＪＰ，Ａ) 特開 昭62−81564（ＪＰ，Ａ) Ｎａｔｕｒｅ，1986年，ｖｏｌ．324, ｐ．163−166 (58)調査した分野(Int.Cl.7，ＤＢ名) C12N 15/00 - 15/90 C12Q 1/68 ＪＩＣＳＴファイル（ＪＯＩＳ) ＢＩＯＳＩＳ／ＷＰＩ（ＤＩＡＬＯＧ)

Claims (15)

    (57)【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 多数のオリゴヌクレオチドが結合した不
    透過性表面を有する支持体からなるオリゴヌクレオチド
    のアレイであって、それら多数のオリゴヌクレオチドは
    異なるヌクレオチド配列を有し、そして支持体表面上の
    異なる既知の位置において結合している、オリゴヌクレ
    オチドのアレイ。
  2. 【請求項２】 異なるヌクレオチド配列を有するオリゴ
    ヌクレオチドが支持体表面上の７２から１０12の間の異
    なる位置において結合している、請求項１記載のアレ
    イ。
  3. 【請求項３】 複数のオリゴヌクレオチドが結合した不
    透過性表面を有する支持体からなるオリゴヌクレオチド
    のアレイであって、異なるヌクレオチド配列を有するオ
    リゴヌクレオチドが支持体表面上の７２から１０12の間
    の異なる既知の位置において結合している、オリゴヌク
    レオチドのアレイ。
  4. 【請求項４】 複数のオリゴヌクレオチドは群をなして
    並んでおり、そして１つのヌクレオチド残基だけ異な
    る、請求項１または３記載のアレイ。
  5. 【請求項５】 オリゴヌクレオチドの対合が対立遺伝子
    の多型性を表す、請求項１または３記載のアレイ。
  6. 【請求項６】 多数のオリゴヌクレオチドを支持体の不
    透過性表面に結合させるが、但し、オリゴヌクレオチド
    は予め決定された異なる配列を有し、そして支持体表面
    上の異なる既知の位置において結合している、オリゴヌ
    クレオチドのアレイの製造方法。
  7. 【請求項７】 長さがｓであってｎ個の異なるヌクレオ
    チドからなるオリゴヌクレオチドのアレイを構築する請
    求項６記載の方法であって、以下の工程： ａ）ｎ個の異なるヌクレオチドを、別々に支持体のｎ個
    の異なる領域に適用し、 ｂ）ｎ個の異なるヌクレオチドを、ａ）において規定さ
    れたｎ個の異なる領域の各々の範囲でｎ個の異なる領域
    に別々に適用し、そして ｃ）全部でｓ回上記工程を繰り返すことからなる。
  8. 【請求項８】 複数のオリゴヌクレオチドのアレイを製
    造する方法であって、以下の工程： ａ）支持体の不透過性表面にマスクを適用することによ
    り、表面の露出領域を規定し、 ｂ）露出領域にヌクレオチドをカップリングさせ、ｃ） マスクを差し引き（off-setting）することによ
    り、表面の別の露出領域を規定し、ｄ）上記の別の露出領域にヌクレオチドをカップリング
    させ、そして ｅ） 所望のオリゴヌクレオチドアレイが作成されるまで
    工程ｃ）及びｄ）を繰り返すことからなる。
  9. 【請求項９】 異なるヌクレオチド配列を有する複数の
    オリゴヌクレオチドが支持体表面上の７２から１０12の
    間の異なる位置において結合している、請求項６ないし
    ８のいずれか１項記載の方法。
  10. 【請求項１０】 複数のオリゴヌクレオチドがコンピュ
    ーター制御された適用装置を用いて異なる既知の位置に
    結合されている、請求項６記載の方法。
  11. 【請求項１１】 ポリヌクレオチドを分析する方法であ
    って、以下の工程： 分析される標識ポリヌクレオチドまたはそのフラグメン
    トをハイブリダイゼーション条件下でオリゴヌクレオチ
    ドアレイに適用するが、但し、アレイは不透過性表面を
    有する支持体からなり、予め決定された異なる配列を有
    する多数のオリゴヌクレオチドが該表面上の別々の既知
    のセルに結合しており、そしてポリヌクレオチドまたは
    そのフラグメントがハイブリダイズするセルと、ポリヌ
    クレオチドまたはそのフラグメントがハイブリダイズし
    ないセルとを観察することによりポリヌクレオチドを分
    析することからなる。
  12. 【請求項１２】 複数のポリヌクレオチド配列を比較す
    る方法であって、以下の工程： ハイブリダイズする条件下で複数のポリヌクレオチドを
    複数のオリゴヌクレオチドのアレイに適用するが、但
    し、複数のオリゴヌクレオチドは予め決定された異なる
    配列を有し、そして支持体の不透過性表面上の異なる既
    知の位置において結合しており、そしてハイブリダイゼ
    ーションのパターンの違いを比較することからなる。
  13. 【請求項１３】 ポリヌクレオチドがゲノムＤＮＡまた
    はメッセンジャーＲＮＡである、請求項１１または１２
    記載の方法。
  14. 【請求項１４】 ポリヌクレオチドが蛍光標識を付加さ
    れている、請求項１１または１２記載の方法。
  15. 【請求項１５】 予め決定された配列を有する複数のオ
    リゴヌクレオチドが支持体表面上の７２から１０12の間
    の異なる既知の位置において結合している、請求項１１
    または１２記載の方法。
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Families Citing this family (501)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5525464A (en) * 1987-04-01 1996-06-11 Hyseq, Inc. Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes
US5202231A (en) * 1987-04-01 1993-04-13 Drmanac Radoje T Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes
US6270961B1 (en) * 1987-04-01 2001-08-07 Hyseq, Inc. Methods and apparatus for DNA sequencing and DNA identification
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
US5002867A (en) * 1988-04-25 1991-03-26 Macevicz Stephen C Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes
US7811751B2 (en) 1988-05-03 2010-10-12 Oxford Gene Technology Limited Analysing polynucleotide sequences
CA2013317A1 (en) * 1989-04-17 1990-10-17 Fred T. Oakes Diagnostic kit, primer composition and their use for replication or detection of nucleic acids
US5925525A (en) * 1989-06-07 1999-07-20 Affymetrix, Inc. Method of identifying nucleotide differences
US6040138A (en) * 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US5143854A (en) * 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5744101A (en) * 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5871928A (en) * 1989-06-07 1999-02-16 Fodor; Stephen P. A. Methods for nucleic acid analysis
US5547839A (en) * 1989-06-07 1996-08-20 Affymax Technologies N.V. Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection
US5527681A (en) * 1989-06-07 1996-06-18 Affymax Technologies N.V. Immobilized molecular synthesis of systematically substituted compounds
US5183884A (en) * 1989-12-01 1993-02-02 United States Of America Dna segment encoding a gene for a receptor related to the epidermal growth factor receptor
US6040423A (en) * 1990-08-31 2000-03-21 Gsellschaft Fur Biotechnologische Forschung Mbh (Gbf) Process for synthesis of peptides
GB2262987A (en) * 1990-09-21 1993-07-07 Imp Cancer Res Tech Identification of organisms
GB9020621D0 (en) * 1990-09-21 1990-10-31 Imp Cancer Res Tech Identification of organisms
WO1992007093A1 (en) * 1990-10-17 1992-04-30 Jack Love Identification and paternity determination by detecting presence or absence of multiple nucleic acid sequences
EP0834576B1 (en) 1990-12-06 2002-01-16 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Detection of nucleic acid sequences
RU1794088C (ru) * 1991-03-18 1993-02-07 Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени
US5474796A (en) * 1991-09-04 1995-12-12 Protogene Laboratories, Inc. Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface
US6589726B1 (en) 1991-09-04 2003-07-08 Metrigen, Inc. Method and apparatus for in situ synthesis on a solid support
US6921636B1 (en) 1991-09-04 2005-07-26 Metrigen, Inc. Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface
US6051380A (en) * 1993-11-01 2000-04-18 Nanogen, Inc. Methods and procedures for molecular biological analysis and diagnostics
US6017696A (en) 1993-11-01 2000-01-25 Nanogen, Inc. Methods for electronic stringency control for molecular biological analysis and diagnostics
US6569382B1 (en) 1991-11-07 2003-05-27 Nanogen, Inc. Methods apparatus for the electronic, homogeneous assembly and fabrication of devices
US5632957A (en) 1993-11-01 1997-05-27 Nanogen Molecular biological diagnostic systems including electrodes
US5849486A (en) * 1993-11-01 1998-12-15 Nanogen, Inc. Methods for hybridization analysis utilizing electrically controlled hybridization
US6652808B1 (en) 1991-11-07 2003-11-25 Nanotronics, Inc. Methods for the electronic assembly and fabrication of devices
US6048690A (en) * 1991-11-07 2000-04-11 Nanogen, Inc. Methods for electronic fluorescent perturbation for analysis and electronic perturbation catalysis for synthesis
US5605662A (en) * 1993-11-01 1997-02-25 Nanogen, Inc. Active programmable electronic devices for molecular biological analysis and diagnostics
US5846708A (en) * 1991-11-19 1998-12-08 Massachusetts Institiute Of Technology Optical and electrical methods and apparatus for molecule detection
IL103674A0 (en) * 1991-11-19 1993-04-04 Houston Advanced Res Center Method and apparatus for molecule detection
ATE262374T1 (de) * 1991-11-22 2004-04-15 Affymetrix Inc Kombinatorische strategien für polymersynthese
US6943034B1 (en) * 1991-11-22 2005-09-13 Affymetrix, Inc. Combinatorial strategies for polymer synthesis
US5384261A (en) * 1991-11-22 1995-01-24 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis using mechanically directed flow paths
AU3728093A (en) * 1992-02-19 1993-09-13 Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc., The Novel oligonucleotide arrays and their use for sorting, isolating, sequencing, and manipulating nucleic acids
US5376526A (en) * 1992-05-06 1994-12-27 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Genomic mismatch scanning
SE9201929D0 (sv) * 1992-06-23 1992-06-23 Pharmacia Lkb Biotech Method and system for molecular-biological diagnostics
US5554501A (en) * 1992-10-29 1996-09-10 Beckman Instruments, Inc. Biopolymer synthesis using surface activated biaxially oriented polypropylene
US5503980A (en) * 1992-11-06 1996-04-02 Trustees Of Boston University Positional sequencing by hybridization
US6436635B1 (en) 1992-11-06 2002-08-20 Boston University Solid phase sequencing of double-stranded nucleic acids
US5795714A (en) * 1992-11-06 1998-08-18 Trustees Of Boston University Method for replicating an array of nucleic acid probes
ATE179459T1 (de) * 1992-11-27 1999-05-15 Innogenetics Nv Verfahren zur typisierung von hcv-isolaten
US6864048B2 (en) 1993-04-28 2005-03-08 Affymetrix, Inc. Factorial chemical libraries
US7001722B1 (en) 1993-06-22 2006-02-21 Baylor College Of Medicine Parallel primer extension approach to nucleic acid sequence analysis
SE501439C2 (sv) * 1993-06-22 1995-02-13 Pharmacia Lkb Biotech Sätt och anordning för analys av polynukleotidsekvenser
US6153379A (en) * 1993-06-22 2000-11-28 Baylor College Of Medicine Parallel primer extension approach to nucleic acid sequence analysis
JP3954092B2 (ja) * 1993-06-25 2007-08-08 アフィメトリックス インコーポレイテッド 核酸配列のハイブリダイゼーションと配列決定
US7115364B1 (en) 1993-10-26 2006-10-03 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US5858659A (en) * 1995-11-29 1999-01-12 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection
US5837832A (en) * 1993-06-25 1998-11-17 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US6027880A (en) 1995-08-02 2000-02-22 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes and methods of using the same for detecting cystic fibrosis
US5650274A (en) * 1993-06-25 1997-07-22 Hitachi, Ltd. DNA analyzing method
US5861242A (en) * 1993-06-25 1999-01-19 Affymetrix, Inc. Array of nucleic acid probes on biological chips for diagnosis of HIV and methods of using the same
JPH09508003A (ja) * 1993-07-23 1997-08-19 ハイセック，インコーポレイション 未知の生物をスクリーニングするための方法
GB9315847D0 (en) 1993-07-30 1993-09-15 Isis Innovation Tag reagent and assay method
RU2041261C1 (ru) * 1993-08-11 1995-08-09 Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей
US6007987A (en) * 1993-08-23 1999-12-28 The Trustees Of Boston University Positional sequencing by hybridization
US6401267B1 (en) 1993-09-27 2002-06-11 Radoje Drmanac Methods and compositions for efficient nucleic acid sequencing
US6156501A (en) * 1993-10-26 2000-12-05 Affymetrix, Inc. Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use
US7375198B2 (en) 1993-10-26 2008-05-20 Affymetrix, Inc. Modified nucleic acid probes
US6309823B1 (en) 1993-10-26 2001-10-30 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes for analyzing biotransformation genes and methods of using the same
AU8126694A (en) * 1993-10-26 1995-05-22 Affymax Technologies N.V. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US20060229824A1 (en) 1993-10-26 2006-10-12 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes for analyzing biotransformation genes
US6893816B1 (en) 1993-10-28 2005-05-17 Houston Advanced Research Center Microfabricated, flowthrough porous apparatus for discrete detection of binding reactions
US5429807A (en) * 1993-10-28 1995-07-04 Beckman Instruments, Inc. Method and apparatus for creating biopolymer arrays on a solid support surface
ATE424927T1 (de) * 1993-10-28 2009-03-15 Houston Advanced Res Ct Mikrofabriziertes poröses durchflussgerät zur diskreten bestimmung von bindungsreaktionen
US7101661B1 (en) 1993-11-01 2006-09-05 Nanogen, Inc. Apparatus for active programmable matrix devices
US6254827B1 (en) 1993-11-01 2001-07-03 Nanogen, Inc. Methods for fabricating multi-component devices for molecular biological analysis and diagnostics
US6287517B1 (en) 1993-11-01 2001-09-11 Nanogen, Inc. Laminated assembly for active bioelectronic devices
US6309602B1 (en) 1993-11-01 2001-10-30 Nanogen, Inc. Stacked, reconfigurable system for electrophoretic transport of charged materials
US6319472B1 (en) 1993-11-01 2001-11-20 Nanogen, Inc. System including functionally separated regions in electrophoretic system
US7172864B1 (en) 1993-11-01 2007-02-06 Nanogen Methods for electronically-controlled enzymatic reactions
US7582421B2 (en) 1993-11-01 2009-09-01 Nanogen, Inc. Methods for determination of single nucleic acid polymorphisms using a bioelectronic microchip
US6638482B1 (en) 1993-11-01 2003-10-28 Nanogen, Inc. Reconfigurable detection and analysis apparatus and method
US6726880B1 (en) 1993-11-01 2004-04-27 Nanogen, Inc. Electronic device for performing active biological operations and method of using same
US6375899B1 (en) 1993-11-01 2002-04-23 Nanogen, Inc. Electrophoretic buss for transport of charged materials in a multi-chamber system
US6468742B2 (en) 1993-11-01 2002-10-22 Nanogen, Inc. Methods for determination of single nucleic acid polymorphisms using bioelectronic microchip
US6068818A (en) 1993-11-01 2000-05-30 Nanogen, Inc. Multicomponent devices for molecular biological analysis and diagnostics
US6331274B1 (en) 1993-11-01 2001-12-18 Nanogen, Inc. Advanced active circuits and devices for molecular biological analysis and diagnostics
US6315953B1 (en) 1993-11-01 2001-11-13 Nanogen, Inc. Devices for molecular biological analysis and diagnostics including waveguides
US7314708B1 (en) 1998-08-04 2008-01-01 Nanogen, Inc. Method and apparatus for electronic synthesis of molecular structures
CA2175695A1 (en) * 1993-11-03 1995-05-11 Philip Goelet Single nucleotide polymorphisms and their use in genetic analysis
US6015880A (en) * 1994-03-16 2000-01-18 California Institute Of Technology Method and substrate for performing multiple sequential reactions on a matrix
AU2360195A (en) * 1994-05-05 1995-11-29 Beckman Instruments, Inc. Oligonucleotide repeat arrays
US6287850B1 (en) 1995-06-07 2001-09-11 Affymetrix, Inc. Bioarray chip reaction apparatus and its manufacture
US5807522A (en) * 1994-06-17 1998-09-15 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for fabricating microarrays of biological samples
US6403367B1 (en) 1994-07-07 2002-06-11 Nanogen, Inc. Integrated portable biological detection system
RU2111254C1 (ru) * 1994-07-11 1998-05-20 Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ МАТРИЧНЫХ РНК И КЛОНИРОВАНИЯ СООТВЕТСТВУЮЩИХ ИМ ФРАГМЕНТОВ кДНК
US5849483A (en) * 1994-07-28 1998-12-15 Ig Laboratories, Inc. High throughput screening method for sequences or genetic alterations in nucleic acids
US5710000A (en) 1994-09-16 1998-01-20 Affymetrix, Inc. Capturing sequences adjacent to Type-IIs restriction sites for genomic library mapping
US6558633B1 (en) * 1994-09-21 2003-05-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Chemical reaction apparatus and methods
US6121048A (en) * 1994-10-18 2000-09-19 Zaffaroni; Alejandro C. Method of conducting a plurality of reactions
US6600996B2 (en) 1994-10-21 2003-07-29 Affymetrix, Inc. Computer-aided techniques for analyzing biological sequences
US5556752A (en) 1994-10-24 1996-09-17 Affymetrix, Inc. Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA
US6974666B1 (en) 1994-10-21 2005-12-13 Appymetric, Inc. Methods of enzymatic discrimination enhancement and surface-bound double-stranded DNA
US5795716A (en) * 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
SE9404166D0 (sv) * 1994-11-30 1994-11-30 Pharmacia Biotech Ab Multifunctional surfaces
US6239273B1 (en) 1995-02-27 2001-05-29 Affymetrix, Inc. Printing molecular library arrays
US5599695A (en) * 1995-02-27 1997-02-04 Affymetrix, Inc. Printing molecular library arrays using deprotection agents solely in the vapor phase
EP0813610A1 (de) * 1995-03-04 1997-12-29 Roche Diagnostics GmbH Sequenzspezifischer nachweis von nukleinsäuren
US5922534A (en) 1995-03-28 1999-07-13 Hewlett-Packard Company Dry biochemical assay plate and method for making the same
AU5532196A (en) * 1995-04-03 1996-10-23 New York University Methods for measuring physical characteristics of nucleic ac ids by microscopic imaging
GB9507238D0 (en) * 1995-04-07 1995-05-31 Isis Innovation Detecting dna sequence variations
US6001562A (en) * 1995-05-10 1999-12-14 The University Of Chicago DNA sequence similarity recognition by hybridization to short oligomers
US6720149B1 (en) 1995-06-07 2004-04-13 Affymetrix, Inc. Methods for concurrently processing multiple biological chip assays
US5968740A (en) * 1995-07-24 1999-10-19 Affymetrix, Inc. Method of Identifying a Base in a Nucleic Acid
US5633724A (en) * 1995-08-29 1997-05-27 Hewlett-Packard Company Evanescent scanning of biochemical array
US5759779A (en) * 1995-08-29 1998-06-02 Dehlinger; Peter J. Polynucleotide-array assay and methods
US5733729A (en) 1995-09-14 1998-03-31 Affymetrix, Inc. Computer-aided probability base calling for arrays of nucleic acid probes on chips
DE19543065C2 (de) * 1995-11-09 2002-10-31 Gag Bioscience Gmbh Zentrum Fu Verfahren zur Genomanalyse und Mittel zur Durchführung des Verfahrens
US5763263A (en) * 1995-11-27 1998-06-09 Dehlinger; Peter J. Method and apparatus for producing position addressable combinatorial libraries
US6953663B1 (en) 1995-11-29 2005-10-11 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection
US6300063B1 (en) 1995-11-29 2001-10-09 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection
US6022963A (en) * 1995-12-15 2000-02-08 Affymetrix, Inc. Synthesis of oligonucleotide arrays using photocleavable protecting groups
US6147205A (en) * 1995-12-15 2000-11-14 Affymetrix, Inc. Photocleavable protecting groups and methods for their use
US5908745A (en) * 1996-01-16 1999-06-01 University Of Chicago Use of continuous/contiguous stacking hybridization as a diagnostic tool
US6660233B1 (en) 1996-01-16 2003-12-09 Beckman Coulter, Inc. Analytical biochemistry system with robotically carried bioarray
US6090549A (en) * 1996-01-16 2000-07-18 University Of Chicago Use of continuous/contiguous stacking hybridization as a diagnostic tool
US7423143B2 (en) 1996-01-23 2008-09-09 Affymetrix. Inc. Nucleic acid labeling compounds
US7291463B2 (en) 1996-01-23 2007-11-06 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US7282327B2 (en) 1996-01-23 2007-10-16 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US6965020B2 (en) 1996-01-23 2005-11-15 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US6864059B2 (en) 1996-01-23 2005-03-08 Affymetrix, Inc. Biotin containing C-glycoside nucleic acid labeling compounds
US20010018514A1 (en) 1998-07-31 2001-08-30 Mcgall Glenn H. Nucleic acid labeling compounds
US6924094B1 (en) 1996-02-08 2005-08-02 Affymetrix, Inc. Chip-based species identification and phenotypic characterization of microorganisms
AU2189397A (en) * 1996-02-08 1997-08-28 Affymetrix, Inc. Chip-based speciation and phenotypic characterization of microorganisms
US6852487B1 (en) 1996-02-09 2005-02-08 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
CA2244891C (en) * 1996-02-09 2008-12-30 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
US6881571B1 (en) 1998-03-11 2005-04-19 Exonhit Therapeutics S.A. Qualitative differential screening
US6361937B1 (en) 1996-03-19 2002-03-26 Affymetrix, Incorporated Computer-aided nucleic acid sequencing
AU2320597A (en) 1996-03-19 1997-10-10 Molecular Tool, Inc. Method for determining the nucleotide sequence of a polynucleotide
US6114122A (en) 1996-03-26 2000-09-05 Affymetrix, Inc. Fluidics station with a mounting system and method of using
US6458530B1 (en) 1996-04-04 2002-10-01 Affymetrix Inc. Selecting tag nucleic acids
US5958342A (en) * 1996-05-17 1999-09-28 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Jet droplet device
EP2369007B1 (en) 1996-05-29 2015-07-29 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions
US5770370A (en) * 1996-06-14 1998-06-23 David Sarnoff Research Center, Inc. Nuclease protection assays
FR2750504B1 (fr) * 1996-06-27 1998-08-28 Appligene Oncor Procede d'analyse d'acides nucleiques par hybridation et dispositif pour sa mise en oeuvre
FR2750505B1 (fr) * 1996-06-27 1998-10-16 Appligene Oncor Procede de preparation de supports d'analyse de substances chimiques ou biologiques presentant un ensemble ordonne de zones de reaction
US5821060A (en) * 1996-08-02 1998-10-13 Atom Sciences, Inc. DNA sequencing, mapping, and diagnostic processes using hybridization chips and unlabeled DNA
WO1998012354A1 (en) * 1996-09-19 1998-03-26 Affymetrix, Inc. Identification of molecular sequence signatures and methods involving the same
US6391550B1 (en) 1996-09-19 2002-05-21 Affymetrix, Inc. Identification of molecular sequence signatures and methods involving the same
US20050202499A1 (en) 1996-10-31 2005-09-15 Billing-Medel Patricia A. Reagents and methods useful for detecting diseases of the breast
US6083697A (en) * 1996-11-14 2000-07-04 Affymetrix, Inc. Chemical amplification for the synthesis of patterned arrays
US6706473B1 (en) 1996-12-06 2004-03-16 Nanogen, Inc. Systems and devices for photoelectrophoretic transport and hybridization of oligonucleotides
US6303301B1 (en) 1997-01-13 2001-10-16 Affymetrix, Inc. Expression monitoring for gene function identification
US6297006B1 (en) 1997-01-16 2001-10-02 Hyseq, Inc. Methods for sequencing repetitive sequences and for determining the order of sequence subfragments
US6309824B1 (en) 1997-01-16 2001-10-30 Hyseq, Inc. Methods for analyzing a target nucleic acid using immobilized heterogeneous mixtures of oligonucleotide probes
US20020042048A1 (en) 1997-01-16 2002-04-11 Radoje Drmanac Methods and compositions for detection or quantification of nucleic acid species
US5837475A (en) * 1997-01-30 1998-11-17 Hewlett-Packard Co. Apparatus and method for scanning a chemical array
US5812272A (en) * 1997-01-30 1998-09-22 Hewlett-Packard Company Apparatus and method with tiled light source array for integrated assay sensing
EP0970101A2 (en) 1997-03-20 2000-01-12 University Of Washington Solvent for biopolymer synthesis, solvent microdroplets and methods of use
US6419883B1 (en) 1998-01-16 2002-07-16 University Of Washington Chemical synthesis using solvent microdroplets
US6028189A (en) * 1997-03-20 2000-02-22 University Of Washington Solvent for oligonucleotide synthesis and methods of use
DE69830395T2 (de) 1997-03-20 2006-01-26 Affymetrix, Inc. (n.d.Ges.d.Staates Delaware), Santa Clara Iterative resequenzierung
US6143496A (en) 1997-04-17 2000-11-07 Cytonix Corporation Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly
NZ516848A (en) 1997-06-20 2004-03-26 Ciphergen Biosystems Inc Retentate chromatography apparatus with applications in biology and medicine
US6333179B1 (en) 1997-06-20 2001-12-25 Affymetrix, Inc. Methods and compositions for multiplex amplification of nucleic acids
CA2244414A1 (en) 1997-08-01 1999-02-01 Canon Kabushiki Kaisha Reaction site array, preparation process of it, reaction process using it and quantitative determination method of substance in sample solution using it
JP4313861B2 (ja) 1997-08-01 2009-08-12 キヤノン株式会社 プローブアレイの製造方法
NL1006733C2 (nl) * 1997-08-07 1999-02-09 Sang He Lee Werkwijze voor het bepalen van genetische polymorfismen.
DE19741715A1 (de) 1997-09-22 1999-03-25 Hoechst Ag Pentopyranosyl-Nucleosid, seine Herstellung und Verwendung
AU753505B2 (en) * 1997-10-30 2002-10-17 Cold Spring Harbor Laboratory Probe arrays and methods of using probe arrays for distinguishing DNA
JP2001521753A (ja) * 1997-10-31 2001-11-13 アフィメトリックス インコーポレイテッド 成人臓器及び胎児臓器中の発現プロフィール
US6177558B1 (en) 1997-11-13 2001-01-23 Protogene Laboratories, Inc. Method and composition for chemical synthesis using high boiling point organic solvents to control evaporation
US7041490B1 (en) 1997-11-28 2006-05-09 Serono Genetics Institute, S.A. Chlamydia trachomatis polynucleotides and vectors, recombinant host cells, DNA chips or kits containing the same
US6333155B1 (en) 1997-12-19 2001-12-25 Affymetrix, Inc. Exploiting genomics in the search for new drugs
US6087102A (en) 1998-01-07 2000-07-11 Clontech Laboratories, Inc. Polymeric arrays and methods for their use in binding assays
US6269846B1 (en) 1998-01-13 2001-08-07 Genetic Microsystems, Inc. Depositing fluid specimens on substrates, resulting ordered arrays, techniques for deposition of arrays
US6407858B1 (en) 1998-05-14 2002-06-18 Genetic Microsystems, Inc Focusing of microscopes and reading of microarrays
US6428752B1 (en) 1998-05-14 2002-08-06 Affymetrix, Inc. Cleaning deposit devices that form microarrays and the like
US6722395B2 (en) 1998-01-13 2004-04-20 James W. Overbeck Depositing fluid specimens on substrates, resulting ordered arrays, techniques for analysis of deposited arrays
US6500938B1 (en) * 1998-01-30 2002-12-31 Incyte Genomics, Inc. Composition for the detection of signaling pathway gene expression
US6741956B1 (en) * 1998-02-03 2004-05-25 Lucent Technologies Inc. Analog computation using hybridization-capable oligomers
US7095032B2 (en) 1998-03-20 2006-08-22 Montagu Jean I Focusing of microscopes and reading of microarrays
US6020135A (en) 1998-03-27 2000-02-01 Affymetrix, Inc. P53-regulated genes
US6077673A (en) * 1998-03-31 2000-06-20 Clontech Laboratories, Inc. Mouse arrays and kits comprising the same
US7108968B2 (en) 1998-04-03 2006-09-19 Affymetrix, Inc. Mycobacterial rpoB sequences
US7321828B2 (en) * 1998-04-13 2008-01-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. System of components for preparing oligonucleotides
US6355419B1 (en) 1998-04-27 2002-03-12 Hyseq, Inc. Preparation of pools of nucleic acids based on representation in a sample
WO1999060158A1 (fr) * 1998-05-19 1999-11-25 Laboratory Of Molecular Biophotonics Phase solide utilisee pour detecter de l'acide nucleique et procede de detection d'acide nucleique
WO2000011218A1 (en) 1998-08-21 2000-03-02 Affymetrix, Inc. Expression monitoring for human cytomegalovirus (hcmv) infection
US6387234B1 (en) 1998-08-31 2002-05-14 Iowa State University Research Foundation, Inc. Integrated multiplexed capillary electrophoresis system
US6461812B2 (en) 1998-09-09 2002-10-08 Agilent Technologies, Inc. Method and multiple reservoir apparatus for fabrication of biomolecular arrays
US6103199A (en) * 1998-09-15 2000-08-15 Aclara Biosciences, Inc. Capillary electroflow apparatus and method
US20020012913A1 (en) * 1998-09-15 2002-01-31 Kevin L. Gunderson Nucleic acid analysis using complete n-mer arrays
US6262216B1 (en) 1998-10-13 2001-07-17 Affymetrix, Inc. Functionalized silicon compounds and methods for their synthesis and use
US6489096B1 (en) * 1998-10-15 2002-12-03 Princeton University Quantitative analysis of hybridization patterns and intensities in oligonucleotide arrays
US6340565B1 (en) 1998-11-03 2002-01-22 Affymetrix, Inc. Determining signal transduction pathways
EP1058739B1 (en) * 1998-11-05 2006-06-07 Ortho-Mcneil Pharmaceutical, Inc. Method for generating gene expression profiles
US6258536B1 (en) 1998-12-01 2001-07-10 Jonathan Oliner Expression monitoring of downstream genes in the BRCA1 pathway
CN1231761C (zh) 1998-12-23 2005-12-14 梅德塞克股份有限公司 一种检测装置及鉴定分子的方法
US6087112A (en) * 1998-12-30 2000-07-11 Oligos Etc. Inc. Arrays with modified oligonucleotide and polynucleotide compositions
JP4355384B2 (ja) 1999-01-14 2009-10-28 キヤノン株式会社 パターン露光方法、露光装置、核酸アレイの形成方法及びペプチドアレイの形成方法
WO2000052204A2 (en) 1999-02-22 2000-09-08 Orntoft Torben F Gene expression in bladder tumors
US6177248B1 (en) 1999-02-24 2001-01-23 Affymetrix, Inc. Downstream genes of tumor suppressor WT1
US6506594B1 (en) 1999-03-19 2003-01-14 Cornell Res Foundation Inc Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
US7014994B1 (en) 1999-03-19 2006-03-21 Cornell Research Foundation,Inc. Coupled polymerase chain reaction-restriction-endonuclease digestion-ligase detection reaction process
US6824866B1 (en) 1999-04-08 2004-11-30 Affymetrix, Inc. Porous silica substrates for polymer synthesis and assays
US7276336B1 (en) * 1999-07-22 2007-10-02 Agilent Technologies, Inc. Methods of fabricating an addressable array of biopolymer probes
AU4698600A (en) 1999-05-05 2000-11-17 Ut-Battelle, Llc Method and apparatus for combinatorial chemistry
US6638719B1 (en) 1999-07-14 2003-10-28 Affymetrix, Inc. Genotyping biallelic markers
US6964847B1 (en) 1999-07-14 2005-11-15 Packard Biosciences Company Derivative nucleic acids and uses thereof
US6346423B1 (en) 1999-07-16 2002-02-12 Agilent Technologies, Inc. Methods and compositions for producing biopolymeric arrays
US6692915B1 (en) 1999-07-22 2004-02-17 Girish N. Nallur Sequencing a polynucleotide on a generic chip
US7144700B1 (en) 1999-07-23 2006-12-05 Affymetrix, Inc. Photolithographic solid-phase polymer synthesis
US7078167B2 (en) 1999-09-17 2006-07-18 Agilent Technologies, Inc. Arrays having background features and methods for using the same
US7122303B2 (en) 1999-09-17 2006-10-17 Agilent Technologies, Inc. Arrays comprising background features that provide for a measure of a non-specific binding and methods for using the same
US6844151B1 (en) 1999-09-29 2005-01-18 Oligos Etc. Inc. Methods for production of arrays with modified oligonucleotide and polynucleotide compositions
US6709816B1 (en) 1999-10-18 2004-03-23 Affymetrix, Inc. Identification of alleles
US6287778B1 (en) 1999-10-19 2001-09-11 Affymetrix, Inc. Allele detection using primer extension with sequence-coded identity tags
US7041445B2 (en) 1999-11-15 2006-05-09 Clontech Laboratories, Inc. Long oligonucleotide arrays
US6489466B2 (en) * 2000-01-28 2002-12-03 Linden Technologies, Inc. C-3′ protected monomeric nucleotides and synthesis of oligonucleotides on solid support
US6800455B2 (en) 2000-03-31 2004-10-05 Scios Inc. Secreted factors
CA2405412A1 (en) 2000-04-14 2001-10-25 Cornell Research Foundation, Inc. Method of designing addressable array for detection of nucleic acid sequence differences using ligase detection reaction
EP1283909A4 (en) * 2000-05-04 2006-06-07 Univ Yale HIGH DENSITY PROTEIN NETWORKS FOR SCREENING PROTEIN ACTIVITY
CA2413931A1 (en) * 2000-06-01 2003-11-28 Nisshinbo Industries, Inc. Kit and method for determining hla types
US20020012905A1 (en) 2000-06-14 2002-01-31 Snodgrass H. Ralph Toxicity typing using liver stem cells
US6511277B1 (en) 2000-07-10 2003-01-28 Affymetrix, Inc. Cartridge loader and methods
US7238795B2 (en) 2000-08-03 2007-07-03 Roche Molecular Systems, Inc. Nucleic acid binding compounds containing pyrazolo[3,4-d]pyrimidine analogues of purin-2,6-diamine and their uses
US6422249B1 (en) 2000-08-10 2002-07-23 Affymetrix Inc. Cartridge washing system and methods
EP1186669B1 (de) 2000-09-05 2006-01-25 Zeltz, Patrick, Dr. Verfahren zur spezifischen Bestimmung von DNA-Sequenzen mittels paralleler Amplifikation
AU2001296645A1 (en) 2000-10-06 2002-04-15 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Massive parallel method for decoding dna and rna
US20040241650A1 (en) 2001-01-19 2004-12-02 Evans Glen A Computer-directed assembly of a polynucleotide encoding a target polypeptide
CA2440615A1 (en) 2001-03-12 2002-09-19 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
ATE549415T1 (de) * 2001-03-16 2012-03-15 Kalim Mir Arrays und verfahren zur deren verwendung
TWI242045B (en) 2001-03-26 2005-10-21 Cheng Technology Corp Image-directed chemical synthesis
US6653082B2 (en) 2001-05-17 2003-11-25 Baylor College Of Medicine Substrate-bound cleavage assay for nucleic acid analysis
US6893822B2 (en) 2001-07-19 2005-05-17 Nanogen Recognomics Gmbh Enzymatic modification of a nucleic acid-synthetic binding unit conjugate
US7196183B2 (en) 2001-08-31 2007-03-27 Innogenetics N.V. Hepatitis C virus genotype, and its use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agent
US7244611B2 (en) 2001-10-23 2007-07-17 Nikon Research Corporation Of America Methods and devices for hybridization and binding assays using thermophoresis
US6902921B2 (en) 2001-10-30 2005-06-07 454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US6956114B2 (en) 2001-10-30 2005-10-18 '454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
GB0129012D0 (en) 2001-12-04 2002-01-23 Solexa Ltd Labelled nucleotides
DE60332406D1 (de) 2002-03-15 2010-06-17 Affymetrix Inc System und Verfahren zur Abtastung von biologischen Materialien
GB2390055B (en) 2002-03-22 2005-09-07 Cypher Science Internat Ltd A marking apparatus
US6916621B2 (en) 2002-03-27 2005-07-12 Spectral Genomics, Inc. Methods for array-based comparitive binding assays
US11008359B2 (en) 2002-08-23 2021-05-18 Illumina Cambridge Limited Labelled nucleotides
EP3363809B1 (en) 2002-08-23 2020-04-08 Illumina Cambridge Limited Modified nucleotides for polynucleotide sequencing
US7414116B2 (en) 2002-08-23 2008-08-19 Illumina Cambridge Limited Labelled nucleotides
US7541152B2 (en) 2002-12-24 2009-06-02 Agilent Technologies, Inc. Integrated light source for diagnostic arrays
WO2004070007A2 (en) 2003-01-29 2004-08-19 454 Corporation Method for preparing single-stranded dna libraries
JP4691014B2 (ja) 2003-02-26 2011-06-01 カリダ ゲノミクス，インコーポレーテッド ハイブリダイゼーションによるランダムアレイｄｎａ分析
CA2463719A1 (en) 2003-04-05 2004-10-05 F. Hoffmann-La Roche Ag Nucleotide analogs with six membered rings
US7833714B1 (en) 2003-04-11 2010-11-16 Affymetrix, Inc. Combinatorial affinity selection
US7917298B1 (en) 2003-04-17 2011-03-29 Nanosys, Inc. Nanocrystal taggants
WO2004096992A2 (en) 2003-04-25 2004-11-11 North Carolina State University Lactobacillus acidophilus nucleic acid sequences encoding cell surface protein homologues and uses therefore
GEP20125384B (en) 2003-05-23 2012-01-25 Cold Spring Harbor Lab Representations of nucleotide sequences
EP2319863A1 (en) 2003-06-23 2011-05-11 North Carolina State University Lactobacillus acidophilus nucleic acids encoding fructo-oligosaccharide utilization compounds and uses thereof
US7917297B2 (en) 2003-08-01 2011-03-29 New York University Methods, software arrangements, storage media, and systems for genotyping or haplotyping polymorphic genetic loci or strain identification
US8124747B2 (en) 2003-08-29 2012-02-28 Innogenetics HCV clade and prototype sequences thereof
US7459289B2 (en) 2004-03-08 2008-12-02 North Carolina State University Lactobacillus acidophilus nucleic acid sequences encoding carbohydrate utilization-related proteins and uses therefor
US7622281B2 (en) 2004-05-20 2009-11-24 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for clonal amplification of nucleic acid
WO2005118806A2 (en) 2004-05-28 2005-12-15 Ambion, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS INVOLVING MicroRNA
US7709247B2 (en) 2004-08-04 2010-05-04 Intel Corporation Methods and systems for detecting biomolecular binding using terahertz radiation
GB0421838D0 (en) 2004-09-30 2004-11-03 Congenia S R L Cancer markers
CA2850323A1 (en) 2004-11-12 2006-12-28 Asuragen, Inc. Methods and compositions involving mirna and mirna inhibitor molecules
US8338093B2 (en) 2004-12-31 2012-12-25 Affymetrix, Inc. Primer array synthesis and validation
US7547775B2 (en) 2004-12-31 2009-06-16 Affymetrix, Inc. Parallel preparation of high fidelity probes in an array format
US7495092B2 (en) 2005-01-14 2009-02-24 North Carolina State University Compositions comprising promoter sequences and methods of use
FR2881437B1 (fr) 2005-01-31 2010-11-19 Biomerieux Sa Procede pour le diagnostic/pronostic d'un syndrome septique
EP2604703B1 (en) 2005-03-14 2017-02-01 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Methods for evaluating graft survival in a solid organ transplant recipient
EP1731620A1 (en) 2005-06-07 2006-12-13 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Method for the diagnosis of immune graft tolerance
EP1945803B1 (en) 2005-08-16 2014-07-02 Merlogen, LLC Methods for identification of merle gene
WO2007053702A2 (en) 2005-10-31 2007-05-10 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Synthesis of four color 3'-o-allyl modified photocleavable fluorescent nucleotides and related methods
US8796432B2 (en) 2005-10-31 2014-08-05 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Chemically cleavable 3'-o-allyl-DNTP-allyl-fluorophore fluorescent nucleotide analogues and related methods
AU2007215218B2 (en) 2006-02-13 2013-09-19 National Institutes Of Health Variants in complement regulatory genes predict age-related macular degeneration
WO2007120975A2 (en) 2006-02-13 2007-10-25 The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Variants in complement regulatory genes predict age-related macular degeneration
US7285388B1 (en) 2006-04-07 2007-10-23 Merlogen, Llc Methods for identification of alport syndrome
US10522240B2 (en) 2006-05-03 2019-12-31 Population Bio, Inc. Evaluating genetic disorders
US7702468B2 (en) 2006-05-03 2010-04-20 Population Diagnostics, Inc. Evaluating genetic disorders
EP3406736B1 (en) 2006-06-14 2022-09-07 Verinata Health, Inc. Methods for the diagnosis of fetal abnormalities
CA2657576C (en) 2006-07-14 2023-10-31 The Regents Of The University Of California Cancer biomarkers and methods of use thereof
EP2145001A2 (en) 2006-09-19 2010-01-20 Asuragen, Inc. Mir-15, mir-26, mir -31,mir -145, mir-147, mir-188, mir-215, mir-216 mir-331, mmu-mir-292-3p regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
AU2007299828C1 (en) 2006-09-19 2014-07-17 Interpace Diagnostics, Llc MicroRNAs differentially expressed in pancreatic diseases and uses thereof
FR2906537A1 (fr) 2006-09-28 2008-04-04 Biomerieux Sa Procede de diagnostic in vitro du cancer broncho-pulmonaire par detection des transcrits majoritaires alternatifs du gene klk8 codant la kallicreine 8 et son utilisation pour le pronostic de survie
GB2457402B (en) 2006-12-01 2011-10-19 Univ Columbia Four-color DNA sequencing by synthesis using cleavable fluorescent nucleotide reversible terminators
US8930178B2 (en) 2007-01-04 2015-01-06 Children's Hospital Medical Center Processing text with domain-specific spreading activation methods
EP2993473A1 (en) 2007-01-30 2016-03-09 Pharmacyclics, Inc. Methods for determining cancer resistance to histone deacetylase inhibitors
EP1961825A1 (en) 2007-02-26 2008-08-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Medicale) Method for predicting the occurrence of metastasis in breast cancer patients
CN101772578A (zh) 2007-05-25 2010-07-07 解码遗传学私营有限责任公司 作为标记物用在乳腺癌风险评估、诊断、预后和治疗中的在CHR 5p12和10q26上的遗传变异体
EP2209911B1 (en) 2007-10-19 2013-10-16 The Trustees of Columbia University in the City of New York Dna sequencing with non-fluorescent nucleotide reversible terminators and cleavable label modified nucleotide terminators and a deoxyinosine analogue with a reversible terminator group
EP2053132A1 (en) 2007-10-23 2009-04-29 Roche Diagnostics GmbH Enrichment and sequence analysis of geomic regions
EP2222851B1 (en) 2007-11-20 2017-06-28 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of cd40 expression
EP2225398A4 (en) 2007-11-28 2011-02-09 Great Basin Scient METHOD AND COMPOSITIONS FOR REINFORCING A DETECTABLE SIGNAL
US8697360B2 (en) 2007-11-30 2014-04-15 Decode Genetics Ehf. Genetic variants on CHR 11Q and 6Q as markers for prostate and colorectal cancer predisposition
WO2009097424A1 (en) 2008-01-29 2009-08-06 University Of Pittsburgh-Of The Commonwealth System Of Higher Education Fstl-1 as a biomarker of inflammation
US8658379B2 (en) 2008-01-29 2014-02-25 University of Pittsburgh—of the Commonwealth System of Higher Education Follistatin-like protein-1 as a biomarker for sepsis
US8828657B2 (en) 2008-02-14 2014-09-09 Decode Genetics Ehf. Susceptibility variants for lung cancer
US9074244B2 (en) 2008-03-11 2015-07-07 Affymetrix, Inc. Array-based translocation and rearrangement assays
AU2009233327B2 (en) 2008-04-01 2014-11-13 Decode Genetics Ehf Susceptibility variants for peripheral arterial disease and abdominal aortic aneurysm
EP2990487A1 (en) 2008-05-08 2016-03-02 Asuragen, INC. Compositions and methods related to mirna modulation of neovascularization or angiogenesis
CN102144036B (zh) 2008-07-07 2014-07-16 解码遗传学私营有限责任公司 用于乳腺癌风险评估的遗传变型
EP2631301B1 (en) 2008-08-18 2017-10-11 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Methods for determining a graft tolerant phenotype in a subject
DK2329259T3 (en) 2008-08-29 2016-05-09 Janssen Biotech Inc MARKERS AND PROCEDURES FOR ASSESSING AND TREATING ULCERATIVE COLITIS AND RELATED DISEASES USING A 20-GEN PANEL
US8383345B2 (en) 2008-09-12 2013-02-26 University Of Washington Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads
DE102008054313B4 (de) 2008-11-03 2012-12-13 Zenteris Gmbh Kartusche und Vorrichtung zur Untersuchung biologischer Proben mit temperaturgesteuerten biologischen Reaktionen
US20120052066A1 (en) 2008-11-07 2012-03-01 Cesar Calderon Markers and methods for assessing and treating lupus patients susceptible to photoprovocation
WO2010054379A2 (en) 2008-11-10 2010-05-14 The United States Of America, As Represensted By The Secretary, Department Of Health And Human Services Gene signature for predicting prognosis of patients with solid tumors
GB0820822D0 (en) 2008-11-13 2008-12-24 Inst Catala D Oncologia Novel product and processes
WO2010093872A2 (en) 2009-02-13 2010-08-19 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Molecular-based method of cancer diagnosis and prognosis
US20120004133A1 (en) 2009-02-20 2012-01-05 The Johns Hopkins University Method for the diagnosis of age-associated vascular disorders
NZ595918A (en) 2009-04-03 2013-07-26 Decode Genetics Ehf Genetic markers for risk management of atrial fibrillation and stroke
CN102448977A (zh) 2009-04-09 2012-05-09 加州理工学院 用于聚合物合成的多路复用位点
US9767342B2 (en) 2009-05-22 2017-09-19 Affymetrix, Inc. Methods and devices for reading microarrays
US8796182B2 (en) 2009-07-10 2014-08-05 Decode Genetics Ehf. Genetic markers associated with risk of diabetes mellitus
SG178536A1 (en) 2009-08-22 2012-03-29 Univ Leland Stanford Junior Imaging and evaluating embryos, oocytes, and stem cells
EP3263124A1 (en) 2009-11-20 2018-01-03 Oregon Health&Science University Methods for producing an immune response to tuberculosis
EP2507630B1 (en) 2009-12-02 2017-01-25 The Board of Trustees of The Leland Stanford Junior University Biomarkers for determining an allograft tolerant phenotype
US8501122B2 (en) 2009-12-08 2013-08-06 Affymetrix, Inc. Manufacturing and processing polymer arrays
GB0922085D0 (en) 2009-12-17 2010-02-03 Cambridge Entpr Ltd Cancer diagnosis and treatment
JP5838169B2 (ja) 2009-12-31 2016-01-06 ヴェンタナ メディカル システムズ， インク． 一意的に特異的核酸プローブを生成するための方法
CA2791662A1 (en) 2010-03-01 2011-09-09 Atsushi Terunuma Gene sets for detection of ultraviolet a exposure and methods of use thereof
WO2011108930A1 (en) 2010-03-04 2011-09-09 Interna Technologies Bv A MiRNA MOLECULE DEFINED BY ITS SOURCE AND ITS DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC USES IN DISEASES OR CONDITIONS ASSOCIATED WITH EMT
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
KR101866401B1 (ko) 2010-04-05 2018-06-11 프로그노시스 바이오사이언스, 인코포레이티드 공간적으로 엔코딩된 생물학적 검정
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
MX2012012235A (es) 2010-04-19 2012-11-23 Procter & Gamble Firmas geneticas y matrices geneticas asociadas con la administracion de corriente de radio frecuencia conducida electricamente a la piel y metodos y tratamiento relacionados a ellos.
WO2011133539A2 (en) 2010-04-19 2011-10-27 The Procter & Gamble Company Combined energy and topical composition application for regulating the condition of mammalian skin
EP3508854A1 (en) 2010-04-27 2019-07-10 The Regents of The University of California Cancer biomarkers and methods of use thereof
US9422598B2 (en) 2010-06-04 2016-08-23 Biomerieux Method and kit for the prognosis of colorectal cancer
NZ605420A (en) 2010-07-06 2015-02-27 Interna Technologies Bv Mirna and its diagnostic and therapeutic uses in diseases or conditions associated with melanoma, or in diseases or conditions associated with activated braf pathway
WO2012018387A2 (en) 2010-08-02 2012-02-09 Population Diagnotics, Inc. Compositions and methods for discovery of causative mutations in genetic disorders
WO2012019099A2 (en) 2010-08-05 2012-02-09 University Of Pittsburgh - Of The Commonwealth System Of Higher Education Follistatin-like-protein-1 as a biomarker for inflammatory disorders
EP2975399B1 (en) 2010-09-15 2022-05-11 Almac Diagnostic Services Limited Molecular diagnostic test for cancer
US8483969B2 (en) 2010-09-17 2013-07-09 Illuminia, Inc. Variation analysis for multiple templates on a solid support
GB201016403D0 (en) 2010-09-29 2010-11-10 Bath Ventures Novel interaction between staphylococcus aureus Sbi and C3d protiens
WO2012050920A1 (en) 2010-09-29 2012-04-19 Illumina, Inc. Compositions and methods for sequencing nucleic acids
US9110079B2 (en) 2010-09-29 2015-08-18 Biomerieux Method and kit for establishing an in vitro prognosis on a patient exhibiting SIRS
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
ES2629890T3 (es) 2010-11-17 2017-08-16 Interpace Diagnostics, Llc miARN como biomarcadores para distinguir entre neoplasias de tiroides benignas y malignas
US9150926B2 (en) 2010-12-06 2015-10-06 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Diagnosis and treatment of adrenocortical tumors using human microRNA-483
EP2474617A1 (en) 2011-01-11 2012-07-11 InteRNA Technologies BV Mir for treating neo-angiogenesis
EP2663656B1 (en) 2011-01-13 2016-08-24 Decode Genetics EHF Genetic variants as markers for use in urinary bladder cancer risk assessment
MX2013008367A (es) 2011-01-25 2013-08-12 Almac Diagnostics Ltd Firmas de esxpresion genetica de cancer de colon y metodos de uso.
CN103443338B (zh) 2011-02-02 2017-09-22 华盛顿大学商业化中心 大规模平行邻接作图
HUE036056T2 (hu) 2011-02-23 2018-06-28 Univ Leland Stanford Junior Eljárás aneuploidia kimutatására humán embriókban
MX2013009863A (es) 2011-02-28 2013-12-06 Univ Iowa Res Found Cambios de la hormona anti-mulleriana en el embarazo y prediccion de sexo y de resultados adversos en el embarazo.
WO2012129758A1 (en) 2011-03-25 2012-10-04 Biomerieux Method and kit for determining in vitro probability for individual to suffer from colorectal cancer
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
CN103717751A (zh) 2011-05-19 2014-04-09 塞昆纳姆股份有限公司 用于多重核酸鉴定的产品和方法
SG195208A1 (en) 2011-06-02 2013-12-30 Almac Diagnostics Ltd Molecular diagnostic test for cancer
WO2012170936A2 (en) 2011-06-09 2012-12-13 Illumina, Inc. Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis
US9435812B2 (en) 2011-08-31 2016-09-06 Ventana Medical Systems, Inc. Expression of ETS related gene (ERG) and phosphatase and tensin homolog (PTEN) correlates with prostate cancer capsular penetration
US9644241B2 (en) 2011-09-13 2017-05-09 Interpace Diagnostics, Llc Methods and compositions involving miR-135B for distinguishing pancreatic cancer from benign pancreatic disease
DK2766483T3 (da) 2011-10-10 2022-04-19 Hospital For Sick Children Fremgangsmåder og sammensætninger til screening for og behandling af udviklingsforstyrrelser
US20130157884A1 (en) 2011-10-26 2013-06-20 Asuragen, Inc. Methods and compositions involving mirna expression levels for distinguishing pancreatic cysts
EP2771487A1 (en) 2011-10-27 2014-09-03 Asuragen, INC. Mirnas as diagnostic biomarkers to distinguish benign from malignant thyroid tumors
AU2012328662B2 (en) 2011-10-28 2015-12-17 Illumina, Inc. Microarray fabrication system and method
DK2773779T3 (da) 2011-11-04 2020-11-23 Population Bio Inc Fremgangsmåder og sammensætninger til diagnosticering, prognose og forebyggelse af neurologiske tilstande
US9944985B2 (en) 2011-11-30 2018-04-17 Children's Hospital Medical Center Personalized pain management and anesthesia: preemptive risk identification and therapeutic decision support
WO2013087789A1 (en) 2011-12-13 2013-06-20 Glykos Finland Ltd. Antibody isoform arrays and methods thereof
WO2013120018A1 (en) 2012-02-09 2013-08-15 Population Diagnostics, Inc. Methods and compositions for screening and treating developmental disorders
US9428813B2 (en) 2012-03-26 2016-08-30 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health & Human Services DNA methylation analysis for the diagnosis, prognosis and treatment of adrenal neoplasms
US20130274148A1 (en) 2012-04-11 2013-10-17 Illumina, Inc. Portable genetic detection and analysis system and method
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
US8895249B2 (en) 2012-06-15 2014-11-25 Illumina, Inc. Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
EP2864500B1 (en) 2012-06-22 2018-08-22 HTG Molecular Diagnostics, Inc. Molecular malignancy in melanocytic lesions
WO2014007623A1 (en) 2012-07-03 2014-01-09 Interna Technologies B.V. Diagnostic portfolio and its uses
US9976180B2 (en) 2012-09-14 2018-05-22 Population Bio, Inc. Methods for detecting a genetic variation in subjects with parkinsonism
WO2014052855A1 (en) 2012-09-27 2014-04-03 Population Diagnostics, Inc. Methods and compositions for screening and treating developmental disorders
US20140100124A1 (en) 2012-10-04 2014-04-10 Asuragen, Inc. Diagnostic mirnas for differential diagnosis of incidental pancreatic cystic lesions
WO2014074942A1 (en) 2012-11-08 2014-05-15 Illumina, Inc. Risk variants of alzheimer's disease
AU2013353839A1 (en) 2012-12-03 2015-06-18 Almac Diagnostics Limited Molecular diagnostic test for cancer
US9683230B2 (en) 2013-01-09 2017-06-20 Illumina Cambridge Limited Sample preparation on a solid support
US9512422B2 (en) 2013-02-26 2016-12-06 Illumina, Inc. Gel patterned surfaces
DK2969479T3 (da) 2013-03-13 2021-08-02 Illumina Inc Væskeanordninger i flere lag og fremgangsmåder til deres fremstilling
AU2013382098B2 (en) 2013-03-13 2019-02-07 Illumina, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sequencing
US9193998B2 (en) 2013-03-15 2015-11-24 Illumina, Inc. Super resolution imaging
EP3366785A3 (en) 2013-03-15 2018-09-19 Baylor Research Institute Ulcerative colitis (uc)-associated colorectal neoplasia markers
WO2014145612A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Ajay Goel Tissue and blood-based mirna biomarkers for the diagnosis, prognosis and metastasis-predictive potential in colorectal cancer
DK2970356T3 (en) 2013-03-15 2018-08-27 Illumina Cambridge Ltd Modified nucleosides or nucleotides
EP2970909A4 (en) 2013-03-15 2017-02-15 The University of Chicago Methods and compositions related to t-cell activity
US10072300B2 (en) 2013-05-21 2018-09-11 Biomerieux Kit for the prognosis of colorectal cancer
US9868979B2 (en) 2013-06-25 2018-01-16 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays using a microfluidic device
AU2014284584B2 (en) 2013-07-01 2019-08-01 Illumina, Inc. Catalyst-free surface functionalization and polymer grafting
JP6088710B2 (ja) 2013-08-19 2017-03-01 シンギュラー・バイオ・インコーポレイテッド 単分子検出アッセイおよびその使用
DK2891722T3 (en) 2013-11-12 2019-01-07 Population Bio Inc METHODS AND COMPOSITIONS FOR DIAGNOSTICING, PROGRAMMING AND TREATMENT OF ENDOMETRIOSIS
WO2015073709A2 (en) 2013-11-14 2015-05-21 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services Detection of atherosclerotic cardiovascular disease risk and heart failure risk
ES2890078T3 (es) 2013-12-20 2022-01-17 Illumina Inc Conservación de la información de conectividad genómica en muestras de ADN genómico fragmentado
US20180073065A1 (en) 2013-12-23 2018-03-15 Illumina, Inc. Structured substrates for improving detection of light emissions and methods relating to the same
GB201409479D0 (en) 2014-05-28 2014-07-09 Almac Diagnostics Ltd Molecular diagnostic test for cancer
CN106460042A (zh) 2014-02-24 2017-02-22 儿童医院医学中心 用于个性化疼痛管理的方法与组合物
EP3155125A1 (en) 2014-06-13 2017-04-19 Illumina Cambridge Limited Methods and compositions for preparing sequencing libraries
AU2015284464B2 (en) 2014-06-30 2021-06-17 Illumina, Inc. Methods and compositions using one-sided transposition
JP6510029B2 (ja) 2014-07-15 2019-05-08 イラミーナ インコーポレーテッド 生化学的に作動する電子デバイス
US10422004B2 (en) 2014-08-08 2019-09-24 Children's Hospital Medical Center Diagnostic method for distinguishing forms of esophageal eosinophilia
GB201414098D0 (en) 2014-08-08 2014-09-24 Illumina Cambridge Ltd Modified nucleotide linkers
EP3194623B1 (en) 2014-08-12 2022-01-05 Wayne State University Systems and methods to detect stem cell stress and uses thereof
EP3183577B1 (en) 2014-08-21 2020-08-19 Illumina Cambridge Limited Reversible surface functionalization
WO2016036403A1 (en) 2014-09-05 2016-03-10 Population Diagnostics Inc. Methods and compositions for inhibiting and treating neurological conditions
CA2964799A1 (en) 2014-10-17 2016-04-21 Illumina Cambridge Limited Contiguity preserving transposition
CN107108822B (zh) 2014-10-31 2020-02-07 伊鲁米纳剑桥有限公司 聚合物以及dna共聚物涂层
WO2016090323A1 (en) 2014-12-05 2016-06-09 Prelude, Inc. Dcis recurrence and invasive breast cancer
CN107735497B (zh) 2015-02-18 2021-08-20 卓异生物公司 用于单分子检测的测定及其应用
ES2955916T3 (es) 2015-04-10 2023-12-11 Spatial Transcriptomics Ab Análisis múltiplex de especímenes biológicos de ácidos nucleicos espacialmente distinguidos
CN112229834A (zh) 2015-04-14 2021-01-15 亿明达股份有限公司 用于改进对光发射的检测的结构化基底及涉及其的方法
CN114540470A (zh) 2015-04-24 2022-05-27 基纳生物技术有限公司 用于次要等位基因和多态性的鉴定和定量的多重化方法
CA2983227A1 (en) 2015-04-24 2016-10-27 Agena Bioscience, Inc. Multiplex methods for detection and quantification of minor variants
FI3760737T3 (fi) 2015-05-11 2023-07-17 Illumina Inc Alusta lääkinnällisten aineiden löytämiseen ja analysoimiseen
WO2016209772A2 (en) 2015-06-22 2016-12-29 Proteovista Llc Snp arrays
CN107924121B (zh) 2015-07-07 2021-06-08 亿明达股份有限公司 经由纳米压印的选择性表面图案化
ES2945607T3 (es) 2015-07-17 2023-07-04 Illumina Inc Láminas de polímero para aplicaciones de secuenciación
GB201512869D0 (en) 2015-07-21 2015-09-02 Almac Diagnostics Ltd Gene signature for minute therapies
WO2017037078A1 (en) 2015-09-02 2017-03-09 Illumina Cambridge Limited Systems and methods of improving droplet operations in fluidic systems
AU2016370835B2 (en) 2015-12-17 2020-02-13 Illumina, Inc. Distinguishing methylation levels in complex biological samples
WO2017123401A1 (en) 2016-01-13 2017-07-20 Children's Hospital Medical Center Compositions and methods for treating allergic inflammatory conditions
US11306362B2 (en) 2016-02-08 2022-04-19 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Gene signature predictive of hepatocellular carcinoma response to transcatheter arterial chemoembolization (TACE)
ES2861350T3 (es) 2016-03-28 2021-10-06 Illumina Inc Micromatrices de planos múltiples
WO2017177017A1 (en) 2016-04-07 2017-10-12 Omniome, Inc. Methods of quantifying target nucleic acids and identifying sequence variants
US20190128895A1 (en) 2016-04-20 2019-05-02 Ldx Prognostics Limited Co. Methods and compositions for prognosing preterm birth
JP6691617B2 (ja) 2016-05-17 2020-04-28 エルディエックス・プログノスティクス・リミテッド・カンパニーＬｄｘ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ Ｃｏ． 子癇前症の評価を提供するための方法及び組成物
WO2018005284A1 (en) 2016-06-27 2018-01-04 The United State Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Methods and compositions for influenza a virus subtyping
GB201704754D0 (en) 2017-01-05 2017-05-10 Illumina Inc Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
WO2018136728A1 (en) 2017-01-20 2018-07-26 Children's Hospital Medical Center Methods and compositions relating to oprm1 dna methylation for personalized pain management
WO2018136118A1 (en) 2017-01-20 2018-07-26 Omniome, Inc. Genotyping by polymerase binding
US10415029B2 (en) 2017-01-20 2019-09-17 Omniome, Inc. Allele-specific capture of nucleic acids
US10240205B2 (en) 2017-02-03 2019-03-26 Population Bio, Inc. Methods for assessing risk of developing a viral disease using a genetic test
WO2018187013A1 (en) 2017-04-04 2018-10-11 Omniome, Inc. Fluidic apparatus and methods useful for chemical and biological reactions
JP2021500531A (ja) 2017-08-15 2021-01-07 オムニオム インコーポレイテッドＯｍｎｉｏｍｅ， Ｉｎｃ． 化学的および生物学的検体の検出に有用なスキャン装置および方法
US11497762B2 (en) 2017-11-03 2022-11-15 Interna Technologies B.V. MiRNA molecule, equivalent, antagomir, or source thereof for treating and/or diagnosing a condition and/or a disease associated with neuronal deficiency or for neuronal (re)generation
US11859250B1 (en) 2018-02-23 2024-01-02 Children's Hospital Medical Center Methods for treating eosinophilic esophagitis
WO2019203986A1 (en) 2018-04-19 2019-10-24 Omniome, Inc. Improving accuracy of base calls in nucleic acid sequencing methods
US11957695B2 (en) 2018-04-26 2024-04-16 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions targeting glucocorticoid signaling for modulating immune responses
US20210386829A1 (en) 2018-05-04 2021-12-16 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modulating cgrp signaling to regulate innate lymphoid cell inflammatory responses
CA3108807A1 (en) 2018-08-08 2020-02-13 Pml Screening, Llc Methods for assessing the risk of developing progressive multifocal leukoencephalopathy caused by john cunningham virus by genetic testing
WO2020036926A1 (en) 2018-08-17 2020-02-20 Cellecta, Inc. Multiplex preparation of barcoded gene specific dna fragments
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
JP2022500504A (ja) 2018-09-14 2022-01-04 プレリュード コーポレーションPrelude Corporation 浸潤性乳癌のリスクを有する対象の治療の選択方法
WO2020077135A1 (en) 2018-10-10 2020-04-16 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Modulating resistance to bcl-2 inhibitors
GB2585608B (en) 2018-12-04 2021-11-03 Omniome Inc Mixed-phase fluids for nucleic acid sequencing and other analytical assays
CA3103736A1 (en) 2018-12-05 2020-06-11 Illumina Cambridge Limited Methods and compositions for cluster generation by bridge amplification
WO2020123301A2 (en) 2018-12-10 2020-06-18 10X Genomics, Inc. Generating spatial arrays with gradients
CN112739830A (zh) 2018-12-18 2021-04-30 伊卢米纳剑桥有限公司 使用单一表面引物进行配对末端测序的方法和组合物
EP3899037B1 (en) 2018-12-19 2023-10-18 Illumina, Inc. Methods for improving polynucleotide cluster clonality priority
EP3899032A2 (en) 2018-12-20 2021-10-27 Omniome, Inc. Temperature control for analysis of nucleic acids and other analytes
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
EP3918096A1 (en) 2019-01-31 2021-12-08 The United States of America, as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Methods and compositions for detecting transfusion-transmitted pathogens
WO2020167574A1 (en) 2019-02-14 2020-08-20 Omniome, Inc. Mitigating adverse impacts of detection systems on nucleic acids and other biological analytes
CN113795251A (zh) 2019-02-27 2021-12-14 马德拉治疗公司 酪蛋白水解蛋白酶p功能作为药物对imipridone样试剂响应的生物标志物的用途
US20220154282A1 (en) 2019-03-12 2022-05-19 The Broad Institute, Inc. Detection means, compositions and methods for modulating synovial sarcoma cells
US20220143148A1 (en) 2019-03-14 2022-05-12 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modulating cgrp signaling to regulate intestinal innate lymphoid cells
US20220142948A1 (en) 2019-03-18 2022-05-12 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modulating metabolic regulators of t cell pathogenicity
US20220152148A1 (en) 2019-03-18 2022-05-19 The Broad Institute, Inc. Modulation of type 2 immunity by targeting clec-2 signaling
EP3952849A4 (en) 2019-04-12 2023-03-01 The Regents Of The University Of California COMPOSITIONS AND METHODS FOR INCREASING MUSCLE MASS AND OXIDATIVE METABOLISM
WO2020243579A1 (en) 2019-05-30 2020-12-03 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
US11644406B2 (en) 2019-06-11 2023-05-09 Pacific Biosciences Of California, Inc. Calibrated focus sensing
US10656368B1 (en) 2019-07-24 2020-05-19 Omniome, Inc. Method and system for biological imaging using a wide field objective lens
US20220282333A1 (en) 2019-08-13 2022-09-08 The General Hospital Corporation Methods for predicting outcomes of checkpoint inhibition and treatment thereof
CN114728996B (zh) 2019-09-10 2022-11-29 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 核苷酸的可逆修饰
US11793787B2 (en) 2019-10-07 2023-10-24 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for enhancing anti-tumor immunity by targeting steroidogenesis
CN114599795A (zh) 2019-10-18 2022-06-07 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 用于对核酸加帽的方法和组合物
US11844800B2 (en) 2019-10-30 2023-12-19 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for predicting and preventing relapse of acute lymphoblastic leukemia
WO2021091611A1 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing
EP4025711A2 (en) 2019-11-08 2022-07-13 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
DE202019106694U1 (de) 2019-12-02 2020-03-19 Omniome, Inc. System zur Sequenzierung von Nukleinsäuren in Fluidschaum
US20230044602A1 (en) 2019-12-20 2023-02-09 EDWARD Via COLLEGE OF OSTEOPATHIC MEDICINE Cancer signatures, methods of generating cancer signatures, and uses thereof
SG11202106899SA (en) 2019-12-23 2021-09-29 10X Genomics Inc Methods for spatial analysis using rna-templated ligation
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11821035B1 (en) 2020-01-29 2023-11-21 10X Genomics, Inc. Compositions and methods of making gene expression libraries
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
WO2021158511A1 (en) 2020-02-04 2021-08-12 Omniome, Inc. Flow cells and methods for their manufacture and use
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
US11835462B2 (en) 2020-02-11 2023-12-05 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for partitioning a biological sample
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
US11926863B1 (en) 2020-02-27 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells
WO2021178467A1 (en) 2020-03-03 2021-09-10 Omniome, Inc. Methods and compositions for sequencing double stranded nucleic acids
US11768175B1 (en) 2020-03-04 2023-09-26 10X Genomics, Inc. Electrophoretic methods for spatial analysis
EP4114978A2 (en) 2020-03-06 2023-01-11 Singular Genomics Systems, Inc. Linked paired strand sequencing
ES2965354T3 (es) 2020-04-22 2024-04-12 10X Genomics Inc Métodos para análisis espacial que usan eliminación de ARN elegido como diana
EP4153775A1 (en) 2020-05-22 2023-03-29 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
EP4153776A1 (en) 2020-05-22 2023-03-29 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
EP4158054A1 (en) 2020-06-02 2023-04-05 10X Genomics, Inc. Spatial transcriptomics for antigen-receptors
AU2021283174A1 (en) 2020-06-02 2023-01-05 10X Genomics, Inc. Nucleic acid library methods
WO2021252499A1 (en) 2020-06-08 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
WO2021252591A1 (en) 2020-06-10 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
CN116034166A (zh) 2020-06-25 2023-04-28 10X基因组学有限公司 Dna甲基化的空间分析
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
EP4153606A2 (en) 2020-07-13 2023-03-29 Singular Genomics Systems, Inc. Methods of sequencing complementary polynucleotides
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
WO2022140028A1 (en) 2020-12-21 2022-06-30 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes
US11486001B2 (en) 2021-02-08 2022-11-01 Singular Genomics Systems, Inc. Methods and compositions for sequencing complementary polynucleotides
WO2022174054A1 (en) 2021-02-13 2022-08-18 The General Hospital Corporation Methods and compositions for in situ macromolecule detection and uses thereof
US20240150453A1 (en) 2021-03-09 2024-05-09 Massachusetts Institute Of Technology Methods of predicting response to anti-tnf blockade in inflammatory bowel disease
EP4263868A1 (en) 2021-03-12 2023-10-25 Singular Genomics Systems, Inc. Nanoarrays and methods of use thereof
US11884977B2 (en) 2021-03-12 2024-01-30 Singular Genomics Systems, Inc. Nanoarrays and methods of use thereof
EP4301870A1 (en) 2021-03-18 2024-01-10 10X Genomics, Inc. Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample
CN117222747A (zh) 2021-03-22 2023-12-12 伊鲁米纳剑桥有限公司 用于改善核酸簇克隆性的方法
WO2022232308A1 (en) 2021-04-27 2022-11-03 Singular Genomics Systems, Inc. High density sequencing and multiplexed priming
EP4196605A1 (en) 2021-09-01 2023-06-21 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array
US20230212667A1 (en) 2021-12-29 2023-07-06 Illumina Cambridge Limited Methods of nucleic acid sequencing using surface-bound primers
WO2023172665A2 (en) 2022-03-10 2023-09-14 Singular Genomics Systems, Inc. Nucleic acid delivery scaffolds
WO2024015962A1 (en) 2022-07-15 2024-01-18 Pacific Biosciences Of California, Inc. Blocked asymmetric hairpin adaptors
WO2024028794A1 (en) 2022-08-02 2024-02-08 Temple Therapeutics BV Methods for treating endometrial and ovarian hyperproliferative disorders

Family Cites Families (76)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4000252A (en) * 1974-01-04 1976-12-28 Kenneth Kosak Immunoscintillation cell
IL49685A (en) * 1976-05-31 1978-10-31 Technion Res & Dev Foundation Specific binding assay method for determining the concentration of materials and reagent means therefor
IL52322A (en) 1976-06-18 1980-10-26 Alfa Laval Ab Method of making reagent test device and device made accorording to this method
US4145406A (en) * 1977-04-11 1979-03-20 Miles Laboratories, Inc. Specific binding - adsorbent assay method and test means
US4254082A (en) * 1978-06-12 1981-03-03 Miles Laboratories, Inc. Specific binding-adsorbent assay test means
US4216245A (en) * 1978-07-25 1980-08-05 Miles Laboratories, Inc. Method of making printed reagent test devices
US4299916A (en) * 1979-12-26 1981-11-10 Syva Company Preferential signal production on a surface in immunoassays
US4458066A (en) * 1980-02-29 1984-07-03 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4327073A (en) * 1980-04-07 1982-04-27 Huang Henry V Automated method for quantitative analysis of biological fluids
US4323647A (en) * 1980-10-15 1982-04-06 University Of Miami Steric hindrance enzyme immunoassay
JPS5782769A (en) * 1980-11-10 1982-05-24 Hitachi Ltd Automatic analyzing device
US4442204A (en) * 1981-04-10 1984-04-10 Miles Laboratories, Inc. Homogeneous specific binding assay device and preformed complex method
EP0063810B1 (en) 1981-04-29 1986-03-05 Ciba-Geigy Ag New devices and kits for immunological analysis
US4395486A (en) * 1981-08-19 1983-07-26 Medical College Of Ga. Research Inst., Inc. Method for the direct analysis of sickle cell anemia
FI63596C (fi) * 1981-10-16 1983-07-11 Orion Yhtymae Oy Mikrobdiagnostiskt foerfarande som grundar sig pao skiktshybridisering av nukleinsyror och vid foerfarandet anvaenda kombinationer av reagenser
JPH0664059B2 (ja) 1982-08-27 1994-08-22 マルティライト リミティド 被検体の濃度の測定方法
DE3301833A1 (de) * 1983-01-20 1984-07-26 Gesellschaft für Biotechnologische Forschung mbH (GBF), 3300 Braunschweig Verfahren zur simultanen synthese mehrerer oligonocleotide an fester phase
US4994373A (en) * 1983-01-27 1991-02-19 Enzo Biochem, Inc. Method and structures employing chemically-labelled polynucleotide probes
US4591570A (en) 1983-02-02 1986-05-27 Centocor, Inc. Matrix of antibody-coated spots for determination of antigens
NZ207394A (en) 1983-03-08 1987-03-06 Commw Serum Lab Commission Detecting or determining sequence of amino acids
AU2519184A (en) 1983-03-21 1984-09-27 Miles Laboratories Inc. Microdroplet dispensing apparatus
GB8311018D0 (en) * 1983-04-22 1983-05-25 Amersham Int Plc Detecting mutations in dna
US4483964A (en) * 1983-06-20 1984-11-20 Chiron Corporation Reactor system and method for polynucleotide synthesis
US4713326A (en) 1983-07-05 1987-12-15 Molecular Diagnostics, Inc. Coupling of nucleic acids to solid support by photochemical methods
JP2548112B2 (ja) * 1983-09-02 1996-10-30 シンジェン，インコーポレイテッド 担体およびオリゴヌクレオチドの合成
JPS6091999A (ja) 1983-10-25 1985-05-23 Fujirebio Inc ポリヌクレオチドの測定方法
US4719176A (en) * 1983-10-31 1988-01-12 Klotz Irving M Enzyme-free diagnostic binding reagents
US4703008A (en) * 1983-12-13 1987-10-27 Kiren-Amgen, Inc. DNA sequences encoding erythropoietin
FI71768C (fi) * 1984-02-17 1987-02-09 Orion Yhtymae Oy Foerbaettrade nykleinsyrareagenser och foerfarande foer deras framstaellning.
US4591550A (en) * 1984-03-01 1986-05-27 Molecular Devices Corporation Device having photoresponsive electrode for determining analytes including ligands and antibodies
US4883579A (en) * 1984-04-27 1989-11-28 Molecular Devices Corporation Photoresponsive redox detection and discrimination
US4849330A (en) * 1984-04-27 1989-07-18 Molecular Devices Corporation Photoresponsive redox detection and discrimination
US4704353A (en) * 1984-04-27 1987-11-03 Molecular Devices Corporation Photoresponsive redox detection and discrimination
DE3565986D1 (en) * 1984-05-02 1988-12-08 Brendan James Hamill An apparatus for the chemical synthesis of oligonucleotides
IL75464A (en) 1984-06-12 1990-08-31 Orgenics Ltd Method and apparatus for multi-analyte assay
CA1255586A (en) 1984-07-24 1989-06-13 Hendrik M. Geysen Method of determining mimotopes
JPH0823558B2 (ja) * 1984-11-27 1996-03-06 オ−ジエニクス リミテツド 検定装置
GB8432118D0 (en) 1984-12-19 1985-01-30 Malcolm A D B Sandwich hybridisation technique
GB8500294D0 (en) * 1985-01-07 1985-02-13 Martin W J Automatic chemistry machine
DE3506703C1 (de) 1985-02-26 1986-04-30 Sagax Instrument AB, Sundbyberg Verfahren zur Sequenzanalyse von Nucleinsaeuren,insbesondere der Desoxyribonucleinsaeure (DNA) und der Ribonucleinsaeure (RNA),sowie Traeger zur Durchfuehrung des Verfahrens und Verfahren zur Herstellung des Traegers
EP0194132A3 (en) 1985-03-06 1988-08-03 Murex Corporation Imaging immunoassay detection system and method
WO1986006487A1 (en) 1985-04-22 1986-11-06 Commonwealth Serum Laboratories Commission Method for determining mimotopes
EP0213825A3 (en) * 1985-08-22 1989-04-26 Molecular Devices Corporation Multiple chemically modulated capacitance
US4737464A (en) * 1985-09-26 1988-04-12 Molecular Devices Corporation Solid-state optical assay imaging apparatus
US4789630A (en) * 1985-10-04 1988-12-06 Cetus Corporation Ionic compounds containing the cationic meriquinone of a benzidine
US4888278A (en) * 1985-10-22 1989-12-19 University Of Massachusetts Medical Center In-situ hybridization to detect nucleic acid sequences in morphologically intact cells
EP0228075B1 (en) * 1986-01-03 1991-04-03 Molecular Diagnostics, Inc. Eucaryotic genomic dna dot-blot hybridization method
NO870613L (no) † 1986-03-05 1987-09-07 Molecular Diagnostics Inc Deteksjon av mikroorganismer i en prŸve inneholdende nukleinsyre.
US5348855A (en) * 1986-03-05 1994-09-20 Miles Inc. Assay for nucleic acid sequences in an unpurified sample
US4968602A (en) * 1986-03-05 1990-11-06 Molecular Diagnostics, Inc. Solution-phase single hybridization assay for detecting polynucleotide sequences
CA1284931C (en) 1986-03-13 1991-06-18 Henry A. Erlich Process for detecting specific nucleotide variations and genetic polymorphisms present in nucleic acids
EP0238332A2 (en) 1986-03-19 1987-09-23 Cetus Corporation Liquid hybridization method and kit for detecting the presence of nucleic acid sequences in samples
US4981783A (en) * 1986-04-16 1991-01-01 Montefiore Medical Center Method for detecting pathological conditions
WO1988001302A1 (en) 1986-08-11 1988-02-25 Siska Diagnostics, Inc. Nucleic acid probe assay methods and compositions
AU603617B2 (en) 1986-11-17 1990-11-22 Abbott Laboratories Apparatus and process for reagent fluid dispensing and printing
US4877745A (en) * 1986-11-17 1989-10-31 Abbott Laboratories Apparatus and process for reagent fluid dispensing and printing
GB2197720A (en) 1986-11-20 1988-05-25 Nat Res Dev Immobilisation of polynucleotides
AU601021B2 (en) 1987-03-11 1990-08-30 Molecular Diagnostics, Inc. Assay for necleic acid sequences in a sample
YU57087A (en) 1987-04-01 1990-08-31 Centar Za Genticko Inzenjerstv Process for obtaining genome by hebridization and oligonucleotidic tests
US5202231A (en) * 1987-04-01 1993-04-13 Drmanac Radoje T Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes
US4828386A (en) * 1987-06-19 1989-05-09 Pall Corporation Multiwell plates containing membrane inserts
US4963815A (en) * 1987-07-10 1990-10-16 Molecular Devices Corporation Photoresponsive electrode for determination of redox potential
GB8803000D0 (en) 1988-02-10 1988-03-09 Ekins Roger Philip Determination of ambient concentrations of several analytes
US4923901A (en) 1987-09-04 1990-05-08 Millipore Corporation Membranes with bound oligonucleotides and peptides
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
US5002867A (en) * 1988-04-25 1991-03-26 Macevicz Stephen C Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes
US5700637A (en) * 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
US6054270A (en) * 1988-05-03 2000-04-25 Oxford Gene Technology Limited Analying polynucleotide sequences
AU632494B2 (en) 1988-05-20 1993-01-07 F. Hoffmann-La Roche Ag Immobilized sequence-specific probes
GB8822228D0 (en) 1988-09-21 1988-10-26 Southern E M Support-bound oligonucleotides
JPH02299598A (ja) 1989-04-14 1990-12-11 Ro Inst For Molecular Genetics & Geneteic Res 微視的サイズの別個の粒子と結合している核酸試料中のごく短い配列の全部または一部のオリゴヌクレチドプローブとのハイブリダイゼーションによる決定法
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
AU663300B2 (en) 1990-12-06 1995-10-05 Affymetrix, Inc. Very large scale immobilized polymer synthesis
US5474796A (en) * 1991-09-04 1995-12-12 Protogene Laboratories, Inc. Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface
GB9208921D0 (en) 1992-04-24 1992-06-10 Isis Innovation Electrochemical treatment of surfaces
US5429807A (en) * 1993-10-28 1995-07-04 Beckman Instruments, Inc. Method and apparatus for creating biopolymer arrays on a solid support surface

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Ｎａｔｕｒｅ，１９８６年，ｖｏｌ．３２４，ｐ．１６３−１６６

Also Published As

Publication number Publication date
JPH11243999A (ja) 1999-09-14
DE68917879D1 (de) 1994-10-06
JP3923372B2 (ja) 2007-05-30
EP0373203B1 (en) 1994-08-31
US7888494B2 (en) 2011-02-15
DE68917879T3 (de) 2008-01-17
EP0373203B2 (en) 2007-02-14
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