ES2379805T3

ES2379805T3 - ECT2 como diana terapéutica del cáncer de esófago

Info

Publication number: ES2379805T3
Application number: ES06782211T
Authority: ES
Inventors: Yusuke Nakamura; Yataro Daigo; Shuichi Nakatsuru
Original assignee: Oncotherapy Science Inc
Current assignee: Oncotherapy Science Inc
Priority date: 2005-07-27
Filing date: 2006-07-26
Publication date: 2012-05-03
Anticipated expiration: 2026-07-26
Also published as: US8053183B2; US8771963B2; EP2311986B1; US20090208514A1; JP5150909B2; EP2298933A1; WO2007013671A2; EP2295602B1; EP2295602A1; EP1907582A2; EP2311985A1; EP1907582B1; CN101273144B; EP2311986A1; JP2009502116A; WO2007013671A3; US20120021946A1; CN101273144A

Abstract

Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de: (a) poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por el gen ECT 2; (b) detectar la actividad de unión entre el polipéptido y el compuesto de prueba; y (c) seleccionar el compuesto de prueba que se une al polipéptido.

Description

ECT2 como diana terapéutica del cáncer de esófago.

Campo de la invención

La presente invención se refiere al gen ECT2 o a un polipéptido codificado por el mismo para su uso en métodos para detectar, diagnosticar y proporcionar un pronóstico de cáncer de esófago, por ejemplo carcinoma de células escamosas de esófago (ESCC) y cáncer de pulmón, así como en métodos de tratamiento y prevención de cáncer de esófago, metástasis de cáncer de esófago, recidiva de cáncer de esófago. La presente invención da a conocer métodos para detectar, diagnosticar y proporcionar un pronóstico del cáncer, incluyendo cáncer de esófago, o cáncer de pulmón.

Antecedentes de la invención

El cáncer de pulmón es la principal causa de muerte relacionada con el cáncer en el mundo. A pesar de algunos avances en la detección temprana y recientes mejoras en su tratamiento, el pronóstico de los pacientes con cáncer de pulmón sigue siendo malo (Parkin et al, Lancet Oncol. Septiembre de 2001; 2(9):533-43). Por otro lado, el carcinoma de células escamosas de esófago (ESCC) es uno de los tumores malignos más letales en la familia de carcinoma gastrointestinal. La mayoría de los cánceres de esófago están avanzados en el momento de presentación y diagnóstico, haciendo que la cura sea poco probable, especialmente mediante cirugía sola (Shimada et al., Surgery. 2003; 133(5):486-94). A pesar del uso de técnicas quirúrgicas modernas combinadas con modalidades de múltiples tratamientos, tales como radioterapia y quimioterapia, la tasa de supervivencia a los 5 años global sigue siendo del 40-60% (Tamoto et al., Clin Cancer Res. 2004; 10(11):3629-38) mientras que la del cáncer de pulmón es de sólo el 15% (Parkin et al, Lancet Oncol. Septiembre de 2001; 2(9):533-43). De hecho, se notifica que se había desarrollado ESCC recurrente en casi la mitad de los pacientes que se sometieron a una resección aparentemente curativa, a una mediana del seguimiento de 37,3 meses (Mariette et al., Cancer. 2003; 97(7):1616-23). En consecuencia, se ha dirigido un gran esfuerzo de investigación hacia estudios de quimiorradiación y quimioterapia adyuvante, particularmente en la definición de los mejores regímenes desde el punto de vista de toxicidad mínima y eficacia y en un intento por predecir la respuesta. Sin embargo, los desarrollos en terapias adyuvantes y neoadyuvantes han conducido a conclusiones mixtas. Conjuntamente, estudios anteriores no han mostrado un régimen adyuvante o neoadyuvante óptimo en cuanto a beneficio de supervivencia. Por tanto, hay una urgente necesidad de herramientas de diagnóstico novedosas para la detección temprana del cáncer y terapias moleculares dirigidas que impliquen enfoques basados en anticuerpos y moléculas pequeñas.

Asimismo, se usan varios marcadores tumorales para el diagnóstico y el seguimiento de pacientes con ESCC, por ejemplo; SCC (antígeno de carcinoma de células escamosas), CEA (antígeno carcinoembrionario) y CYFRA 21-1. Recientemente, se notificó que MK (midkina), CD147, MMP-2 (metaloproteinasa 2 de la matriz), MMP-26 y MMP-9 séricos en pacientes con ESCC estaban asociados con un mal pronóstico (Shimada et al., Cancer Sci. 2003; 94(7):628-32; Kawaguchi et al., Cancer. 2000; 89(7): 1413-7; Ishibashi et al., Cancer. 2004; 101(9):1994-2000; Yamamoto et al., Carcinogenesis. 2004;25(12):2353-60). Sin embargo, en la actualidad, ningún marcador tumoral específico es clínicamente útil para la detección de ESCC en un estadio temprano y potencialmente curativo. Por tanto, se necesitan urgentemente nuevas estrategias terapéuticas y de diagnóstico tales como un desarrollo de anticuerpos y agentes moleculares dirigidos así como vacunas contra el cáncer. Varios marcadores tumorales, tales como proGPP, NSE, fragmento de citoqueratina 19 (CYFRA 21-1), antígeno de carcinoma de células escamosas (SCC) y antígeno carcinoembrionario (CEA) están aumentados en la circulación de pacientes con cáncer de pulmón (Castaldo G, et al., J Clin Oncol. Noviembre de 1997; 15(11):3388-93.; Peck et al., Cancer Res. 1 de julio de 1998; 58(13):2761-5.; Salerno et al., Chest. Junio de 1998; 113(6):1526-32.), mientras que SCC, CEA y CYFRA 21-1 para ESCC, se usan en la práctica clínica para el diagnóstico así como en el seguimiento de los pacientes (Shimada et al., Surgery. Mayo de 2003; 133(5):486-94, Kawaguchi et al., Cancer. 1 de octubre de 2000; 89(7):1413-7). En pacientes con NSCLC, la sensibilidad de CEA era del 25% en carcinoma de células escamosas y del 50% en adenocarcinoma, mientras que la sensibilidad de SCC era del 30% en carcinoma de células escamosas (Rastel et al., Eur J Cancer. 1994; 30A(5):601-6). La sensibilidad de CYFRA 21-1 era del 57% en carcinoma de células escamosas y del 27% en adenocarcinoma (Rastel et al., Eur J Cancer. 1994; 30A(5):601-6). Según se informa, la tasa positiva de SCC sérico en pacientes con ESCC era del 18% en el estadio I, del 22% en el estadio II, del 34% en el estadio III y del 37% en el estadio IV. La incidencia de positividad para CEA en pacientes con ESCC en estadio IV era de solo el 16%. Aunque CEA no era un factor de pronóstico, se demostró que SCC era un factor de pronóstico independiente a factores de pTNM usando análisis multivariante (Shimada et al., Surgery. Mayo de 2003; 133(5):486-94). Estos hechos indican que ningún marcador tumoral ha demostrado ser útil para la detección de cáncer de pulmón y ESCC en un estadio potencialmente curativo, y en la actualidad está disponible un número limitado de marcadores de pronóstico prácticos para la selección de modalidades de tratamiento para pacientes individuales.

El análisis de los perfiles de expresión génica en microalineamientos de ADNc permite el análisis exhaustivo de los perfiles de expresión génica en células cancerosas, y se han notificado algunos estudios que describen tales perfiles de transcripción. Por ejemplo, con respecto a ESCC, varios estudios notificaron los perfiles de expresión génica de ESCC humano que son candidatos como marcadores de diagnóstico o dianas terapéuticas (Luo et al., Oncogene.

2004; 23(6):1291-9; Kihara et al., Cancer Res. 2001; 61(17): 6474-9; Tamoto et al., Clin Cancer Res. 2004; 10(11):3629-38). Sin embargo, todos los estudios previos en ESCC humano implicaban tejidos tumorales a granel y, puesto que ESCC contiene diversos tipos de células, tales como células mesenquimales y células inflamatorias, no pueden reflejar cambios en la expresión precisos durante la carcinogénesis de esófago (Nishida et al., Cancer Res. 2005; 65(2):401-9). Por consiguiente, se necesitan estudios más precisos.

La presente invención aborda estas necesidades. Específicamente, en un esfuerzo por entender los mecanismos carcinogénicos asociados con el cáncer e identificar dianas para desarrollar agentes anticancerígenos novedosos, los presentes inventores realizaron análisis en todo el genoma, a gran escala de los perfiles de expresión génica encontrados en poblaciones purificadas de células de cáncer de esófago, incluyendo 19 muestras de ESCC purificadas mediante microdisección con microhaz láser (LMM), usando un microalineamiento de ADNc que consistía en 32.256 genes transcritos.

Para aislar posibles dianas moleculares para el diagnóstico, el tratamiento y/o la prevención de carcinomas de esófago y de pulmón, los presentes inventores realizaron un análisis en todo el genoma de los perfiles de expresión génica de células cancerosas de 101 pacientes con cáncer de pulmón y 19 con ESCC, todas las cuales se habían purificado mediante microdisección con microhaz láser (LMM) usando un microalineamiento de ADNc (Kikuchi et al., Oncogene. 10 de abril de 2003; 22(14):2192-205, Int J Oncol. Abril de 2006; 28(4):799-805; Kakiuchi et al., Mol Cancer Res. Mayo de 2003; 1(7):485-99, Hum Mol Genet. 15 de diciembre de 2004; 13(24):3029-43. Epub 20 de octubre de 2004 ; Yamabuki T, et al, Int J Oncol. Junio de 2006; 28(6):1375-84). Para verificar la relevancia biológica y clinicopatológica de los respectivos productos génicos, los presentes inventores han establecido un sistema de selección mediante una combinación del análisis de microalineamientos de tejido tumoral de materiales clínicos de cáncer de pulmón con la técnica de interferencia por ARN (iARN) (Suzuki et al., Cancer Res. 1 de noviembre de 2003; 63(21):7038-41, Cancer Res. 15 de diciembre de 2005; 65(24):11314-25; Ishikawa et al., Clin Cancer Res. 15 de diciembre de 2004; 10(24):8363-70, Cancer Res. 2005 Oct 15;65(20):9176-84; Kato et al., Cancer Res. 1 de julio de 2005; 65(13):5638-46; Furukawa et al., Cancer Res. 15 de agosto de 2005;65(16):7102-10). En el procedimiento, los presentes inventores identificaron Dikkopf-1 (DKK1) como un biomarcador histoquímico y serológico novedoso y como una diana terapeútica para cáncer de esófago y de pulmón.

Se notifica que DKK1 es una proteína secretada que desempeña un papel crucial en la formación de la cabeza en el desarrollo de vertebrados, y se conoce como un regulador negativo de la señalización de Wnt (Niida et al., Oncogene. 4 de noviembre de 2004; 23(52):8520-6). Dkk1 se une a proteínas Kremen y LRP5/6, induciendo así la endocitosis de LRP que impide la formación de complejos de Wnt-Frizzled-receptor LRP5/6 (Gonzalez et al., Oncogene. 3 de febrero de 2005; 24(6):1098-103). A pesar de estos estudios biológicos, no ha habido ningún estudio que describa la relevancia de la activación de DKK1 en cáncer humano y su potencial como diana terapéutica y de diagnóstico.

Los presentes inventores notifican en el presente documento la identificación de DKK1 como un biomarcador de pronóstico y diagnóstico novedoso y una posible diana para agentes terapéuticos/anticuerpos, y también proporcionan pruebas de su posible papel en la carcinogénesis de esófago y pulmonar humana.

Sumario de la invención

La presente invención se refiere a los siguientes puntos:

Punto 1. Un método para seleccionar un compuesto un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a): poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b): detectar la actividad de unión entre el polipéptido y el compuesto de prueba; y

(c): seleccionar el compuesto de prueba que se une al polipéptido.

Punto 2. Un método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a): poner en contacto un compuesto candidato con una célula que expresa el gen ECT 2; y

(b): seleccionar el compuesto candidato que reduce el nivel de expresión del gen ECT 2, en comparación con un nivel de expresión detectado en ausencia del compuesto candidato.

Punto 3. El método del punto 2, en el que dicha célula comprende una célula de cáncer de esófago.

Punto 4. Un método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b): detectar la actividad biológica del polipéptido de la etapa (a); y

(c): seleccionar el compuesto de prueba que suprime la actividad biológica del polipéptido codificado por el gen ECT 2 en comparación con la actividad biológica de dicho polipéptido detectado en ausencia del compuesto de prueba.

5: Punto 5. Un método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a): poner en contacto un compuesto candidato con una célula en la que se ha introducido un vector, que comprende la región reguladora de la transcripción del gen marcador ECT 2 y un gen indicador que se expresa bajo el control de la región reguladora de la transcripción;

10: (b) medir el nivel de expresión o la actividad de dicho gen indicador; y

(c): seleccionar el compuesto candidato que reduce el nivel de expresión o la actividad de dicho gen indicador, en comparación con un nivel de expresión o actividad detectado en ausencia del compuesto candidato.

15: Punto 6. Una molécula bicatenaria que comprende una hebra sentido y una hebra antisentido, en la que la hebra antisentido consiste en una secuencia de nucleótidos que es complementaria a dicha hebra sentido, en la que dicha hebra sentido y dicha hebra antisentido se hibridan entre sí para formar dicha molécula bicatenaria, e inhibiendo dicha molécula bicatenaria la expresión del gen ECT 2, en la que la secuencia diana de la hebra sentido consiste en la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 ó 9.

20: Punto 7. Uso de una cantidad farmacéuticamente eficaz de un anticuerpo, o fragmento inmunológicamente activo del mismo, que se une a una proteína codificada por el gen ECT 2 para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.

Punto 8.: Una composición para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una vacuna que comprende

(a): un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

25: (b) un fragmento inmunológicamente activo de dicho polipéptido; o

(c): un polinucleótido que codifica para el polipéptido.

Punto 9.: Uso de una vacuna que comprende

(a): un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b): un fragmento inmunológicamente activo de dicho polipéptido; o

30: (c) un polinucleótido que codifica para el polipéptido;

para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.

35: Punto 10. Una composición para su uso en la inducción de una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición un polipéptido, un polinucleótido que codifica para el polipéptido o un vector que comprende el polinucleótido, en la que el polipéptido está codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo.

Punto 11.: Uso de un polipéptido, un polinucleótido que codifica para el polipéptido o un vector que comprende el polinucleótido, en el que el polipéptido está codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo para la preparación de una composición farmacéutica para inducir una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago.

40: Punto 12. Una composición para su uso en la inducción de una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una célula presentadora de antígeno que presenta un polipéptido codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo.

45: Punto 13. Uso de una célula presentadora de antígeno que presenta un polipéptido codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo para la preparación de una composición farmacéutica para inducir una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago.

Punto 14.: Una composición para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polinucleótido antisentido o ARNip contra el gen ECT 2.

Punto 15. La composición del punto 14 para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, en la

que dicho ARNip comprende una hebra sentido que comprende una secuencia de nucleótidos de SEQ ID

NO: 8 ó 9 como secuencia diana.

Punto 16. Uso de una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polinucleótido antisentido o ARNip contra el gen ECT 2 para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.

Punto 17. Uso del punto 16, en el que dicho ARNip comprende una hebra sentido que comprende una secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 ó 9 como secuencia diana.

Punto 18. Composición para su uso en el tratamiento o prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha

composición una cantidad farmacéuticamente eficaz de un anticuerpo o fragmento del mismo que se une

a una proteína codificada por el gen ECT 2.

En el contexto de la presente invención, se da a conocer el descubrimiento de patrones únicos de expresión génica que se correlacionan con cáncer de esófago así como el descubrimiento de dianas para el desarrollo de estrategias de supresión de señales en cáncer de esófago humano. Los genes que se expresan diferencialmente en cáncer de esófago (EC), por ejemplo, carcinoma de células escamosas de esófago (ESCC), se denominan colectivamente en el presente documento como “ácidos nucleicos de EC” o “polinucleótidos EC” y los polipéptidos codificados correspondientes se denominan en el presente documento “polipéptidos de EC” o “proteínas de EC”.

Por tanto, se da a conocer en el contexto de la presente invención un método para detectar, diagnosticar, proporcionar un pronóstico o determinar una predisposición a cáncer de esófago en un sujeto determinando un nivel de expresión de un gen asociado a EC en una muestra biológica de un paciente, por ejemplo, un tejido sólido o muestra de fluido corporal. La expresión “gen asociado a EC” se refiere a un gen que se caracteriza por un nivel de expresión que difiere en una célula de EC en comparación con una célula normal. Una célula normal es una obtenida de tejido de esófago a partir de un individuo que se sabe que no tiene EC. En el contexto de la presente invención, un gen asociado a EC es un gen enumerado en las tablas 1-2 y 4-7 (es decir, genes de EC n.os 1-1716), o un gen que tiene al menos el 90%, el 95%, el 96%, el 97%, el 98% o el 99% de identidad de secuencia con un gen enumerado en las tablas 1-2 y 4-7 y la misma función (por ejemplo, homólogos, variantes genéticas y polimorfismos). Pueden usarse algoritmos conocidos en la técnica para determinar la identidad de secuencia de dos

o más secuencias de ácido nucleico (por ejemplo, BLAST, véase a continuación). Una alteración, por ejemplo, un aumento o una disminución en el nivel de expresión de un gen en comparación con un nivel de control normal del gen, indica que el sujeto padece o corre el riesgo de desarrollar EC.

En el contexto de la presente invención, la frase “nivel de control” se refiere a un nivel de expresión de proteína o ARNm detectado en una muestra control e incluye tanto un nivel de control normal como un nivel de control de cáncer de esófago. Un nivel de control puede ser un único patrón de expresión a partir de una única población de referencia o a partir de una pluralidad de patrones de expresión. Por ejemplo, el nivel de control puede ser una base de datos de patrones de expresión a partir de células sometidas a prueba previamente. Un “nivel de control normal” se refiere a un nivel de expresión génica detectado en un individuo sano, normal o en una población de individuos que se sabe que no padecen cáncer de esófago. Un individuo normal es uno sin síntomas clínicos de cáncer de esófago. Por otro lado, un “nivel de control de EC” se refiere a un perfil de expresión de genes asociados a EC encontrados en una población que padece cáncer de esófago.

Un aumento en el nivel de expresión de uno o más genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7 (es decir, genes de EC n.os 728-1543, 1603-1679 y 1689-1716) detectado en una muestra de prueba en comparación con el nivel de expresión de una muestra control normal indica que el sujeto (del que se obtuvo la muestra de prueba) padece o corre el riesgo de desarrollar EC. En cambio, una disminución en el nivel de expresión de uno o más genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 4, y 6 (es decir, genes de EC n.os 1-727, 1544-1602 y 16801688) detectada en una muestra de prueba en comparación con el nivel de expresión de una muestra control normal indica que el sujeto (del que se obtuvo la muestra de prueba) padece o corre el riesgo de desarrollar EC.

Alternativamente, los niveles de expresión de un panel de genes asociados a EC en una muestra de prueba pueden compararse con los niveles de expresión de un panel de control de EC de los mismos genes. Una similitud en los niveles de expresión entre los genes en el panel de muestras de prueba y los genes en el panel de control de EC indica que el sujeto (del que se obtuvo la muestra de prueba) padece o corre el riesgo de desarrollar EC.

Según la presente invención, el nivel de expresión génica se considera “alterado” o que “difiere” cuando la expresión génica aumenta o disminuye en un 10%, un 25% o un 50% en comparación con el nivel de control. Alternativamente, un nivel de expresión se considera “aumentado” o “disminuido” cuando la expresión génica aumenta o disminuye en al menos 0,1, al menos 0,2, al menos 1, al menos 2, al menos 5 o al menos 10 o más veces en comparación con un nivel de control. La expresión se determina detectando la hibridación, por ejemplo, en un microalineamiento, de una sonda génica asociada a EC con un transcrito génico en una muestra de tejido de un paciente.

En el contexto de la presente invención, la muestra de tejido de un paciente es cualquier tejido obtenido de un sujeto de muestra, por ejemplo, un paciente que se sabe o que se sospecha que tiene EC. Por ejemplo, el tejido puede contener células epiteliales. Más particularmente, el tejido puede ser células epiteliales de carcinoma de células

escamosas de esófago.

También se da a conocer en el presente documento un perfil de expresión de referencia de EC, que comprende un nivel de expresión génica de dos o más de genes asociados a EC enumerados en las tablas 1-2 y 4-7.

Además se dan a conocer en el presente documento métodos de identificación de un agente que inhibe o potencia la expresión o actividad de un gen asociado a EC, por ejemplo, un gen asociado a EC enumerados en las tablas 1-2 y 4-7, poniendo en contacto una célula de prueba que expresa un gen asociado a EC con un compuesto de prueba y determinando el nivel de expresión del gen asociado a EC o la actividad de su producto génico. La célula de prueba puede ser una célula epitelial, por ejemplo, una célula epitelial obtenida de un carcinoma de células escamosas de esófago. Una disminución en el nivel de expresión de un gen asociado a EC regulado por incremento o la actividad de su producto génico en comparación con un nivel de expresión de control normal o actividad del gen o producto génico indica que el agente de prueba es un inhibidor del gen asociado a EC y puede usarse para reducir un síntoma de EC, por ejemplo, la expresión de uno o más genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7. Alternativamente, un aumento en el nivel de expresión de un gen asociado a EC regulado por disminución o la actividad de su producto génico en comparación con un nivel de expresión de control normal o actividad del gen o producto génico indica que el agente de prueba es un potenciador de la expresión o función del gen asociado a EC y puede usarse para reducir un síntoma de EC, por ejemplo, la subexpresión de uno o más genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 4 y 6.

También se da a conocer en el presente documento un kit que comprende un reactivo de detección que se une a uno o más ácidos nucleicos de EC o polipéptidos de EC. También se da a conocer un microalineamiento (array) de ácidos nucleicos que se unen a uno o más ácidos nucleicos de EC.

Los métodos terapéuticos tal como se les hace referencia en el presente documento incluyen métodos de tratamiento o prevención de EC en un sujeto incluyendo la etapa de administrar al sujeto una composición que comprende uno o más oligonucleótidos antisentido. En el contexto de la presente invención, la composición antisentido reduce la expresión de uno o más genes diana específicos. Por ejemplo, la composición antisentido puede contener uno o más nucleótidos que son complementarios a una o más secuencias génicas asociadas con EC reguladas por incremento seleccionadas del grupo que consiste en los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7. Alternativamente, los métodos a los que se hace referencia en el presente documento pueden incluir las etapas de administrar a un sujeto una composición que comprende uno o más oligonucleótidos de ARN de interferencia pequeño (ARNip). En el contexto de la presente invención, la composición de ARNip reduce la expresión de uno o más ácidos nucleicos de EC seleccionados del grupo que consiste en los genes asociados a EC regulados por incremento enumerados en las tablas 2, 5 y 7. Aún en otro método al que se hace referencia en el presente documento, el tratamiento o la prevención de EC en un sujeto puede llevarse a cabo administrando a un sujeto una composición que comprende uno o más oligonucleótidos de ribozima. En el contexto de la presente invención, la composición de ribozima específica de ácido nucleico reduce la expresión de uno o más ácidos nucleicos de EC seleccionados del grupo que consiste en los genes asociados a EC regulados por incremento enumerados en las tablas 2, 5 y 7. El efecto de inhibición del ARNip para genes asociados a EC enumerados en las tablas se confirma en el presente documento. Específicamente, se demuestra en el presente documento que un ARNip frente a un oncogén de secuencia transformante 2 de células epiteliales de Homo sapiens (ECT2) (SEQ ID NO; 30, 31) y un tipo de homólogo de S. Cerevisiae del ciclo de división celular 45 (CDC45L) (SEQ ID NO; 32, 33) inhiben la proliferación y viabilidad de células de cáncer de esófago. Por tanto, en algunos de los aspectos dados a conocer en el presente documento, los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7, incluyendo ECT2 y CDC45L, son dianas terapéuticas de cáncer de esófago.

Otros métodos terapéuticos a los que se hace referencia en el presente documento incluyen aquellos en los que se le administra a un sujeto un compuesto que aumenta la expresión de uno o más de los genes asociados a EC regulados por disminución enumerados en las tablas 1, 4 y 6 o la actividad de un polipéptido codificado por uno o más de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 4 y 6.

También se describen en el presente documento vacunas y métodos de vacunación. Por ejemplo, los métodos de tratamiento o prevención de EC en un sujeto tal como se les hace referencia en el presente documento pueden implicar administrar al sujeto una composición de vacuna que comprende uno o más polipéptidos codificados por uno o más ácidos nucleicos seleccionados del grupo que consiste en genes asociados a EC regulados por incremento enumerados en las tablas 2, 5 y 7 o fragmentos inmunológicamente activos de tales polipéptidos. En el contexto de la presente invención, un fragmento inmunológicamente activo es un polipéptido que es más corto en longitud que la proteína que se produce de manera natural de longitud completa que ya induce una respuesta inmunitaria análoga a la inducida por la proteína de longitud completa. Por ejemplo, un fragmento inmunológicamente activo tiene al menos 8 residuos de longitud y puede estimular una célula inmunitaria incluyendo una célula T o una célula B. La estimulación de células inmunitarias puede medirse detectando la proliferación celular, la elaboración de citocinas (por ejemplo, IL-2) o la producción de un anticuerpo. Véase, por ejemplo, Harlow y Lane, Using Antibodies: A Laboratory Manual, 1998, Cold Spring Harbor Laboratory Press; y Coligan, et al., Current Protocols in Immunology, 1991-2006, John Wiley & Sons.

Se dan a conocer adicionalmente en el presente documento dianas moleculares novedosas y patrones de expresión

únicos para EC. Los genes identificados sirven como candidatos en el desarrollo de fármacos terapéuticos novedosos o inmunoterapia. Por ejemplo, ECT2 y CDC45L se caracterizan en el presente documento como dos candidatos representativos identificados mediante el sistema de selección prometedor de la presente invención. Adicionalmente, se dan a conocer en el presente documento moléculas diana para tratar o prevenir cáncer de esófago maligno, más particularmente para tratar o prevenir metástasis o recidiva tras cirugía de cáncer de esófago. Los genes enumerados en las tablas 4-5 (es decir, los genes de EC n.os 1544-1679) se identificaron como genes que tenían patrones de expresión alterada únicos en células de cáncer de esófago con metástasis de ganglios linfáticos y los genes enumerados en las tablas 6-7 (es decir, genes de EC n.os 1680-1716) se identificaron como genes que tenían patrones de expresión alterada únicos en cánceres de esófago asociados con recidiva tras cirugía. Por tanto, la metástasis y/o recidiva de cáncer de esófago puede tratarse o prevenirse por medio de la supresión de la expresión o actividad de los genes regulados por incremento de las tablas 5 y 7 o sus productos génicos. Alternativamente, la metástasis y/o recidiva de cáncer de esófago puede tratarse o prevenirse potenciando la expresión o actividad en células cancerosas de los genes regulados por disminución de las tablas 4 y 6 o sus productos génicos.

En el presente documento, también se hace referencia a métodos para predecir la metástasis de cáncer de esófago. Específicamente, un método de este tipo comprende la etapa de medir el nivel de expresión de uno o más genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en los genes enumerados en las tablas 4 y 5. Estos genes marcadores se identifican en el presente documento como genes que tienen patrones de expresión alterada únicos en las células de cáncer de esófago aisladas de pacientes con metástasis de ganglios linfáticos. Por tanto, la metástasis del cáncer de esófago en un sujeto puede predecirse determinando si el nivel de expresión detectado en una muestra del sujeto es más cercano al nivel de expresión medio de casos positivos o casos negativos de metástasis de ganglios linfáticos en muestras de referencia.

En el contexto de esta memoria descriptiva, también se hace referencia a métodos para predecir la recidiva tras cirugía del cáncer de esófago. Específicamente, un método de este tipo comprende la etapa de medir el nivel de expresión de uno o más genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en los genes enumerados en las tablas 6 y 7. Estos genes marcadores se identifican en el presente documento como genes que tienen patrones de expresión alterada únicos en las células de cáncer de esófago aisladas de pacientes con recidiva tras cirugía. Por tanto, la recidiva del cáncer de esófago en un sujeto puede predecirse determinando si el nivel de expresión detectado en una muestra del sujeto es más cercano al nivel de expresión medio de casos positivos o casos negativos de recidiva en muestras de referencia.

Una ventaja de los métodos descritos en el presente documento es que el cáncer de esófago se identifica antes de la detección de síntomas clínicos manifiestos. Estos y otros objetos y características descritas en el presente documento resultarán más completamente evidentes cuando se lee la siguiente descripción detallada conjuntamente con las figuras y los ejemplos adjuntos. Sin embargo, debe entenderse que tanto el sumario precedente como la siguiente descripción detallada no son restrictivos de la invención u otras realizaciones alternativas de la invención.

Breve descripción de los dibujos

La figura 1 ilustra la microdisección con microhaz láser (LMM) de un ESCC representativo. La fila superior (A) muestra las muestras antes de la disección; la fila inferior (B), las mismas secciones tras la microdisección (tinción con H.E. X100). También se mostraron las células cancerosas microdisecadas capturadas sobre el tapón de recogida (C).

Figura 2. Expresiones de 38 genes candidatos en tumores, líneas celulares y tejidos normales. La figura 2A representa los resultados de RT-PCR semicuantitativa de 38 genes candidatos. ACTB es un control interno. La figura 2B representa la expresión de DKK1 en un tejido de pulmón normal y 15 muestras clínicas de cáncer de pulmón. La figura 2C representa 25 líneas celulares de cáncer de pulmón, detectadas mediante análisis de RT-PCR semicuantitativa. La figura 2D representa la expresión de la proteína DKK1 en 5 pares representativos de muestras de NSCLC, detectadas mediante análisis de inmunotransferencia de tipo Western.

La figura 3 representa los resultados de un análisis de transferencia de tipo Northern. La figura 3A representa la expresión de ECT2 en órganos normales usando transferencia de tipo Northern de múltiples tejidos (MTN). Un transcrito de aproximadamente 4,3 kb se expresaba sólo en testículos. La figura 3B representa la expresión de CDC45L en órganos normales usando transferencia de tipo Northern de múltiples tejidos (MTN). Un transcrito de aproximadamente 2,2 kb se expresaba sólo en testículos. La figura 3C representa el análisis de transferencia de tipo Northern del transcrito de DKK1 en tejidos humanos adultos normales. Se observó una señal fuerte en la placenta y una señal muy débil en la próstata. La figura 3D representa la ubicación subcelular de la proteína DKK1 endógena en células TE8. DKK1 se teñía en el citoplasma de la célula.

La figura 4 representa los resultados de un experimento de ARN de interferencia pequeño (ARNip) contra ECT2. En la parte (A), el efecto de desactivación de si-ECT2-1 y si-ECT2-2 se confirmó mediante RT-PCR. El ensayo de MTT

(C) y el ensayo de formación de colonias (B) revelaron la inhibición del crecimiento celular en células transfectadas con si-ECT2-1 y si-ECT2-2.

La figura 5 representa los resultados de un experimento de ARN de interferencia pequeño (ARNip) contra CDC45L. En la parte (A), el efecto de desactivación de si-CDC45L-1 y si-CDC45L-2 se confirmó mediante RT-PCR. El ensayo de MTT (C) y el ensayo de formación de colonias (B) revelaron la inhibición del crecimiento celular en células transfectadas con si-CDC45L-1 y si-CDC45L-2.

La figura 6 representa los resultados de un análisis de agrupamiento jerárquico bidimensional supervisado usando 136 genes asociados con metástasis de ganglios linfáticos que se seleccionaron mediante prueba de permutación al azar.

La figura 7 representa los resultados de un análisis de agrupamiento jerárquico bidimensional supervisado usando 37 genes asociados con recidiva tras cirugía que se seleccionaron mediante prueba de permutación al azar.

Figura 8. Asociación de la sobreexpresión de DKK1 con un mal pronóstico de pacientes con NSCLC y ESCC. La figura 8A, C representa ejemplos tal como se muestran de expresión de DKK1 fuerte, débil y ausente en cáncer y de no expresión en tejido normal (aumentos originales x100); (A) cáncer de esófago, (C) cáncer de pulmón. La figura 8B, D representa el análisis de Kaplan-Meier de la supervivencia de pacientes con ESCC (B) y NSCLC (D) según las expresiones de DKK1.

Figura 9. Concentración serológica de DKK1 determinada mediante ELISA en pacientes con ESCC, cánceres de pulmón y en controles sanos. La figura 9A representa la distribución de DKK1 en sueros de pacientes con ESCC, ADC de pulmón, SCC de pulmón o SCLC. Las diferencias eran significativas entre pacientes con ESCC e individuos sanos (P < 0,001, prueba de la U de Mann-Whitney), pacientes con ADC e individuos sanos (P < 0,001, prueba de la U de Mann-Whitney), entre pacientes con SCC e individuos sanos (P < 0,001) y entre pacientes con SCLC e individuos sanos (P < 0,001). Figura 9B, análisis de la curva de rendimiento diagnóstico (ROC) de DKK1 (negro) como marcadores séricos para cáncer de esófago y de pulmón (eje X, especificidad 1; eje Y, sensibilidad).

Figura 10. La figura 10A representa la modificación postraduccional de DKK1 secretada en células cancerosas. El mutante de sustitución de alanina de DKK1 aparecía como bandas inmunorreactivas con peso molecular similar a la forma desglicosilada de DKK1 de tipo natural. El tratamiento con N-glicosidasa F no provocó ningún desplazamiento de una banda de la DKK1 mutante en el medio condicionado así como en el sedimento celular, lo que sugiere que DKK1 está N-glicosilada sólo en la asparagina 256. Promoción de la invasividad de células de mamífero transfectadas con plásmidos que expresan DKK1. La figura 10B representa un ensayo que demuestra la naturaleza invasiva de células NIH3T3 y COS-7 en matriz Matrigel tras la transfección con plásmidos de expresión para DKK1 humana. Paneles superiores, expresión transitoria de DKK1 en células NIH3T3 y COS-7 detectada mediante análisis de inmunotransferencia de tipo Western. Paneles medios y paneles inferiores, tinción con Giemsa (x200) y el número de células que migran a través de los filtros recubiertos con Matrigel. Los ensayos se realizaron tres veces, y en pocillos por triplicado.

Descripción detallada de las realizaciones preferidas

I. Visión general

Las palabras “un”, “una” y “el/la” tal como se usan en el presente documento significan “al menos uno” a menos que se indique específicamente lo contrario.

Generalmente, las células de cáncer de esófago existen como una masa sólida que tiene una reacción altamente inflamatoria y que contiene diversos componentes celulares, incluyendo células no cancerosas tales como células mesenquimales y células inflamatorias. Por tanto, datos de expresión génica publicados anteriormente reflejan perfiles heterogéneos y no reflejan necesariamente cambios de expresión precisos durante la carcinogénesis de esófago.

Por consiguiente, para evitar la contaminación de estas células normales, se utiliza un sistema de microdisección por microhaz láser (LMM) para purificar las poblaciones de células cancerosas y células epiteliales normales a partir de muestras quirúrgicas (Gjerdrum et al., J Mol Diagn. 2001; 3(3):105-10; Kitahara et al., Cancer Res. 2001; 61(9):35449; Kakiuchi et al., Hum Mol Genet. 2004; 13(24):3029-43). Se cree que es el primer estudio de los perfiles de expresión génica de ESCC humano en microalineamiento de ADNc combinado con un sistema de LMM.

Específicamente, en el presente documento, se establece una base de datos en todo el genoma detallada para conjuntos de genes que se expresan diferencialmente en ESCC. Los datos en los 32.256 genes se vincularon con su expresión en ESCC y se determinó su distribución mediante el microalineamiento de ADNc en 34 tejidos humanos normales (4 órganos fetales y 30 adultos). Los datos en el presente documento no sólo proporcionan importante información sobre la carcinogénesis de esófago, sino que también facilitan la identificación de genes candidatos cuyos productos sirven como marcadores de diagnóstico y/o como dianas moleculares para el tratamiento de pacientes con cáncer de esófago y que proporcionan información clínicamente relevante.

Hasta la fecha, se han identificado 816 genes candidatos como marcadores tumorales o dianas terapéuticas (véase la tabla 2) específicamente regulados por incremento en cáncer. Los genes regulados por incremento representan una variedad de funciones, incluyendo genes que codifican para antígenos oncofetales o de cáncer de testículos así

como unos importantes para el crecimiento, la proliferación, la supervivencia, la movilidad/invasión y la transformación celulares. Estas dianas encuentran utilidad como marcadores de diagnóstico/pronóstico así como dianas terapéuticas para el desarrollo de nuevos agentes moleculares dirigidos o la inmunoterapia en el tratamiento de cáncer de esófago. Los genes regulados por incremento también representan proteínas transmembrana/secretoras específicas de tumor que tienen ventajas significativas porque están presentes en la superficie celular o dentro del espacio extracelular, y/o en suero, lo que las hace fácilmente accesibles como marcadores moleculares y dianas terapéuticas. Algunos marcadores específicos tumorales ya disponibles, tales como CYFRA o ProGRP, son proteínas transmembrana/secretoras (Pujol JL, et al., Cancer Res. 1993; 53(1):61-6; Miyake Y, et al., Cancer Res. 15 de abril de 1994; 54(8):2136-40); el ejemplo de rituximab (Rituxan), un anticuerpo monoclonal humanizado contra linfomas positivos para CD20, proporciona la prueba de que la selección como diana de proteínas de superficie celular específicas puede dar como resultado beneficios clínicos significativos (Hennessy BT, et al., Lancet Oncol. 2004; 5(6):341-53). Entre los genes regulados por incremento, se seleccionaron 38 genes para su validación mediante experimentos de RT-PCR semicuantitativa y confirmaron su expresión específica de cáncer (figura 2).

A continuación, se compararon perfiles de expresión de casos metástasis de ganglios linfáticos (ganglio positivo) con perfiles de expresión de casos de ganglio negativo, porque la metástasis de ganglios linfáticos es una etapa clave en la evolución tumoral y un factor de riesgo de un mal pronóstico. Por consiguiente, se identificaron 136 genes que están asociados con metástasis de ganglios linfáticos. Adicionalmente, se identificaron 37 genes que están asociados con recidiva tras cirugía. Los patrones de recidiva durante el periodo de observación de 32 meses incluían recidiva local, ganglio linfático regional y metástasis distante (pulmón). El tiempo medio (DE) de la recidiva tras la operación era de 21,8!11,1 meses (intervalo, 2-32). Estos genes son moléculas clave en el proceso de evolución del tumor de EC. Por consiguiente, estos datos permiten la identificación y selección de pacientes que pueden tomar terapia adyuvante tras la cirugía.

A partir del sistema de microalineamiento de ADN de la presente invención, que contiene 32.256 genes, se identificó ECT2 (n.º de registro de GenBank AY376439; SEQ ID NO; 30, 31) como un gen regulado por incremento en cáncer de esófago. Esta molécula, que se ha descubierto que es un antígeno de cáncer de testículos activado en la gran mayoría de ESCC, se cree que desempeña un papel central en la supervivencia/crecimiento celular, tal como se demuestra mediante análisis de transferencia de tipo Northern y experimentos de ARNip tratados a continuación. El gen ECT2 codifica para una proteína de 882 aminoácidos con un par de dominios BRCT, un dominio RhoGEF y un dominio PH. Se notifica que es un factor de intercambio de nucleótidos, y está implicado en la regulación de la citocinesis (Tatsumoto et al., J Cell Biol. 1999; 147(5):921-8; Saito et al., J Cell Biochem. 2003; 90(4):819-36, Liu et al., Mol Cell Biol. 2004; 24(15):6665-75).

Además, se aisló CDC45L (n.º de registro de GenBank AJ223728; SEQ ID NO; 32, 33) como un gen regulado por incremento. Se descubrió que esta molécula era un antígeno de cáncer de testículos activados en la mayoría de ESCC. Tal como se demuestra mediante análisis de transferencia de tipo Northern y experimentos de ARNip, se sugirió que CDC45L estaba asociado con la supervivencia y el crecimiento celulares. El gen CDC45L codifica para una proteína de 566 aminoácidos. La proteína se identificó mediante su fuerte similitud con Cdc45 de Saccharomyces cerevisiae, una proteína esencial para la iniciación de la replicación del DNA (Saha et al., J Biol Chem. 1998; 273(29):18205-9).

Entre los antígenos tumorales identificados hasta la fecha, los antígenos de cáncer de testículos se han reconocido como un grupo de dianas altamente atractivas para una vacuna contra el cáncer (Li et al., Clin Cancer Res. 2005; 11(5):1809-14). Aunque otros factores, incluyendo la inmunogenicidad in vivo de la proteína, son también importantes (Wang et al., Clin Cancer Res. 2004; 10(19):6544-50), ECT2 y CDC45L parecen ser ambos buenas dianas para la inmunoterapia así como para el desarrollo de nuevos fármacos anticancerígenos.

En resumen, el microalineamiento de ADNc combinado con un sistema de LMM descrito en el presente documento reveló perfiles de expresión génica característicos de ESCC que estaban asociados con carcinogénesis; metástasis de ganglios linfáticos y recidiva tras cirugía. El uso de la base de datos de expresión génica integrada de ESCC humano ofrece una estrategia poderosa para la identificación rápida y evaluación adicional de moléculas diana como ECT2 y CDC45L para una terapia personalizada del cáncer de esófago.

Los perfiles de expresión génica de carcinomas de esófago y de pulmón y los análisis posteriores revelaron que Dikkopf-1 (DKK1; n.º de registro NM_012242; SEQ ID NO: 109, 110) estaba transactivado en la gran mayoría de los diversos tipos de cánceres de pulmón y carcinomas de células escamosas de esófago (ESCC). El análisis de transferencia de tipo Northem detectó la expresión del gen DKK1 sólo en la placenta y la próstata entre los tejidos normales. La tinción inmunohistoquímica usando microalineamientos de tejido tumoral que consistían en 279 cánceres de células de pulmón no pequeñas archivados y (NSCLC) y 220 muestras de ESCC confirmaron que la proteína DKK1 estaba frecuentemente sobreexpresada en estos tumores; su tinción positiva se observó en 227 de 279 (81,4%) NSCLC y en 135 de 220 (61,4%) ESCC examinados. Además, un alto nivel de expresión de DKK1 estaba asociado con un mal pronóstico de pacientes con NSCLC así como ESCC, y el análisis multivariante confirmó su valor de pronóstico independiente. Los niveles séricos de DKK1 eran significativamente superiores en pacientes con cáncer de esófago y de pulmón que en controles sanos. La proporción de los casos positivos para DKK1 sérico definida por el criterio de los inventores era de 101 de 162 (62,3%) pacientes con NSCLC, 47 de 71

(66,2%) pacientes con SCLC y 45 de 67 (67,2%) pacientes con ESCC, mientras que sólo 11 de 220 (5,0%) voluntarios sanos se diagnosticaron falsamente como positivos. Un ensayo combinado usando tanto DKK1 como CEA aumentó la sensibilidad, ya que el 78,6% de los pacientes con NSCLC se diagnosticaron entonces como positivos mientras que sólo el 8,2% de los voluntarios sanos se diagnosticaron falsamente como positivos. El uso de tanto DKK1 como proGRP aumentó la sensibilidad para detectar SCLC hasta el 84,8%, mientras que la tasa de falsos positivos en donantes sanos era de solo el 6,2%. Además, la expresión exógena de DKK1 aumentó la actividad migratoria e invasiva de células de mamífero, una indicación de que DKK1 puede desempeñar un papel significativo en la evolución de ciertos tipos de cáncer. Los datos implican que DKK1 debe se útil como marcador de diagnóstico/pronóstico novedoso y probablemente como diana terapéutica para cáncer de esófago y de pulmón.

II. Diagnóstico de cáncer de esófago

Los genes expresados diferencialmente identificados en el presente documento encuentran utilidad de diagnóstico y pronóstico como marcadores de EC y como dianas génicas de EC, cuya expresión puede alterarse para tratar o aliviar un síntoma de EC. Los genes cuyo nivel de expresión está modulado (es decir, aumentado o disminuido) en pacientes con EC se resumen en las tablas 1, 2 y 4-7 y se denominan colectivamente en el presente documento “Genes asociados a EC”, “ácidos nucleicos de EC” o “polinucleótidos de EC” y los polipéptidos codificados correspondientes se denominan “polipéptidos de EC” o “proteínas de EC”. A menos que se indique lo contrario, “EC” se refiere a cualquiera de las secuencias dadas a conocer en el presente documento (por ejemplo, los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7) y secuencias que comparten la misma función y que tienen al menos el 90%, el 95%, el 96%, el 97%, el 98%, el 99% de identidad de secuencia (es decir, homólogos, variantes y polimorfismos). Se presentan genes que se han descrito anteriormente junto con un número de registro de base de datos.

Midiendo la expresión de los diversos genes en una muestra de células, puede diagnosticarse EC. De manera similar, la medición de la expresión de estos genes en respuesta a diversos agentes puede identificar agentes para tratar EC.

Se describe en el presente documento la determinación (por ejemplo, medición) de la expresión de al menos uno, y hasta todos los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7. Usando la información de secuencia proporcionada por las entradas de la base de datos GenBank™ para secuencias conocidas, pueden detectarse y medirse los genes asociados a EC usando técnicas bien conocidas por un experto habitual en la técnica. Por ejemplo, secuencias dentro de las entradas de la base de datos de secuencias correspondientes a genes asociados a EC pueden usarse para construir sondas para detectar secuencias de ARN que corresponden a genes asociados a EC en, por ejemplo, análisis de hibridación de transferencia de tipo Northern. Las sondas incluyen normalmente al menos 10, al menos 20, al menos 50, al menos 100, o al menos 200 nucleótidos de una secuencia de referencia. Como otro ejemplo, las secuencias pueden usarse para construir cebadores para amplificar específicamente el ácido nucleico de EC en, por ejemplo, métodos de detección basados en amplificación, por ejemplo, reacción en cadena de la polimerasa basada en transcripción inversa.

El nivel de expresión de uno o más de los genes asociados a EC en una población celular de prueba, por ejemplo, una muestra de tejido de un paciente, se compara entonces con el/los nivel(es) de expresión del/de los mismo(s) gen(es) en una población celular de referencia. La población celular de referencia incluye una o más células para las que se conoce el parámetro comparado, es decir, células de carcinoma de células escamosas de esófago (por ejemplo, células de EC) o células epiteliales de esófago normales (por ejemplo, células que no son de EC).

Si un patrón de expresión génica en una población celular de prueba en comparación con una población celular de referencia indica o no EC o una predisposición al mismo depende de la composición de la población celular de referencia. Por ejemplo, si la población celular de referencia está compuesta por células que no son de EC, una similitud en el patrón de expresión génica entre la población celular de prueba y la población celular de referencia indica que la población celular de prueba no es de EC. A la inversa, si la población celular de referencia está constituida por células de EC, una similitud en el perfil de expresión génica entre la población celular de prueba y la población celular de referencia indica que la población celular de prueba incluye células de EC.

Un nivel de expresión de un gen marcador de EC en una población celular de prueba se considera “alterado” o “que difiere” si varía con respecto al nivel de expresión del gen marcador de EC correspondiente en una población celular de referencia en más de 1,1, más de 1,5, más de 2,0, más de 5,0, más de 10,0 o más veces.

La expresión génica diferencial entre una población celular de prueba y una población celular de referencia puede normalizarse con respecto a un ácido nucleico de control, por ejemplo, un gen de mantenimiento. Por ejemplo, un ácido nucleico de control es uno que se sabe que no difiere dependiendo del estado canceroso o no canceroso de la célula. El nivel de expresión de un ácido nucleico de control puede usarse para normalizar los niveles de señales en las poblaciones celulares de prueba y de referencia. Los genes de control a modo de ejemplo incluyen, pero no se limitan a, por ejemplo, ∀-actina, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa y proteína ribosómica P1.

La población celular de prueba puede compararse con múltiples poblaciones celulares de referencia. Cada una de las múltiples poblaciones celulares de referencia puede diferir en el parámetro conocido. Por tanto, una población

celular de prueba puede compararse con una primera población celular de referencia que se sabe que contiene, por ejemplo, células de EC, así como una segunda población celular de referencia que se sabe que contiene, por ejemplo, células que no son de EC (células normales). La población celular de prueba puede estar incluida en una muestra celular o tisular de un sujeto que se sabe que contiene, o se sospecha que contiene, células de EC.

La población celular de prueba puede obtenerse a partir de un tejido corporal o un fluido corporal, por ejemplo, líquido biológico (por ejemplo, sangre, esputos, saliva). Por ejemplo, la población celular de prueba puede purificarse a partir de tejido de esófago. Preferiblemente, la población celular de prueba comprende una célula epitelial. La célula epitelial es preferiblemente de un tejido que se sabe o se sospecha que es un carcinoma de células escamosas de esófago. Las células en la población celular de referencia son de un tipo de tejido similar al de la populación celular de prueba. Opcionalmente, la población celular de referencia es una línea celular, por ejemplo una línea celular de EC (es decir, un control positivo) o una línea celular que no es de EC normal (es decir, un control negativo). Alternativamente, la población celular de control puede proceder de una base de datos de información molecular de células para las que se conoce la condición o el parámetro sometido a ensayo.

El sujeto es preferiblemente un mamífero. Los mamíferos a modo de ejemplo incluyen, pero no se limitan a, por ejemplo, un ser humano, primate no humano, ratón, rata, perro, gato, caballo o vaca.

La expresión de los genes dados a conocer en el presente documento puede determinarse al nivel de proteína o ácido nucleico, usando métodos conocidos en la técnica. Por ejemplo, pueden usarse análisis de hibridación de tipo Northern, usando sondas que reconocen específicamente uno o más de estas secuencias de ácido nucleico para determinar la expresión génica. Alternativamente, la expresión génica puede medirse usando ensayos de PCR basada en transcripción inversa, por ejemplo, usando cebadores específicos para las secuencias génicas expresadas diferencialmente. La expresión también puede determinarse al nivel de proteína, es decir, midiendo el nivel de polipéptidos codificados por un gen descrito en el presente documento, o la actividad biológica del mismo. Tales métodos se conocen bien en la técnica e incluyen, pero no se limitan a, por ejemplo, inmunoensayos que utilizan anticuerpos frente a proteínas codificadas por los genes. Las actividades biológicas de las proteínas codificadas por los genes generalmente se conocen bien. Véase, Sambrook y Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3ª edición, 2001, Cold Spring Harbor Laboratory Press; Ausubel, Current Protocols in Molecular Biology, 1987-2006, John Wiley and Sons; y Harlow y Lane, Using Antibodies: A Laboratory Manual, 1998, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Tal como se da a conocer en el presente documento, EC va a diagnosticarse midiendo el nivel de expresión de uno

o más ácidos nucleicos de EC a partir de una población de células de prueba, (es decir, una muestra biológica de un paciente). Preferiblemente, la población celular de prueba contiene una célula epitelial, por ejemplo, una célula obtenida de tejido de esófago. La expresión génica también puede medirse a partir de sangre u otros fluidos corporales, por ejemplo, saliva o esputos. Pueden usarse otras muestras biológicas para medir los niveles de proteína. Por ejemplo, el nivel de proteína en la sangre o el suero de un sujeto que va a diagnosticarse puede medirse mediante inmunoensayo u otro ensayo biológico convencional.

La expresión de uno o más genes asociados a EC, por ejemplo, los genes enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7, se determina en la población celular de prueba o muestra biológica y se compara con el nivel de expresión de control normal asociado con el uno o más genes asociados a EC sometidos a ensayo. Un nivel de control normal es un perfil de expresión de un gen asociado a EC normalmente encontrado en una población celular de un sujeto que se sabe que no padece EC. Una alteración o diferencia (por ejemplo, un aumento o una disminución) en el nivel de expresión de uno o más genes asociados a EC en una muestra de tejido de un paciente en comparación con la expresión a partir de una muestra control normal indica que el paciente padece o corre el riesgo de desarrollar EC. Por ejemplo, un aumento en la expresión de uno o más genes asociados a EC regulados por incremento enumerados en las tablas 2, 5 y 7 en la población celular de prueba en comparación con la expresión en una población celular de control normal indica que el sujeto padece o corre el riesgo de desarrollar EC. A la inversa, una disminución en la expresión de uno o más genes asociados a EC regulados por disminución enumerados en las tablas 1, 4 y 6 en la población celular de prueba en comparación con la expresión en una población celular de control normal indica que el sujeto padece o corre el riesgo de desarrollar EC.

Una alteración en los niveles de expresión de uno o más de los genes asociados a EC en la población celular de prueba en comparación con los niveles de expresión de control normal indica que el sujeto padece o corre el riesgo de desarrollar EC. Por ejemplo, una alteración en los niveles de expresión de al menos el 1%, al menos el 5%, al menos el 25%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o más del panel de genes asociados a EC (genes enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7) indica que el sujeto padece o corre el riesgo de desarrollar EC.

III. Ensayos de selección

Identificación de agentes que inhiben o potencian la expresión génica asociada a EC:

Un agente que inhibe la expresión de un gen asociado a EC o la actividad de su producto génico puede identificarse poniendo en contacto una población celular de prueba que expresa un gen regulado por incremento asociado a EC

con un agente de prueba y determinado entonces el nivel de expresión del gen asociado a EC o la actividad de su producto génico. Una disminución en el nivel de expresión del gen asociado a EC o en el nivel de actividad de su producto génico en presencia del agente en comparación con el nivel de actividad o expresión en ausencia del agente de prueba indica que el agente es un inhibidor de un gen regulado por incremento asociado a EC y es útil en la inhibición de EC.

Alternativamente, un agente que potencia la expresión de un gen regulado por disminución asociado a EC o la actividad de su producto génico puede identificarse poniendo en contacto una población celular de prueba que expresa un gen asociado a EC con un agente de prueba y determinando entonces el nivel de expresión o la actividad del gen regulado por disminución asociado a EC. Un aumento en el nivel de expresión del gen asociado a EC o en el nivel de actividad de su producto génico en presencia del agente de prueba en comparación con la expresión o el nivel de actividad en ausencia del agente de prueba indica que el agente de prueba aumenta la expresión del gen regulado por disminución asociado a EC o la actividad de su producto génico.

La población celular de prueba puede ser cualquier célula que expresa los genes asociados a EC. Por ejemplo, la población celular de prueba puede contener células epiteliales, por ejemplo, células de tejido de esófago. Además, la población celular de prueba puede ser una línea celular inmortalizada a partir de una célula de carcinoma de células escamosas de esófago. Alternativamente, la población celular de prueba puede estar compuesta por células que se han transfectado con un gen asociado a EC o que se han transfectado con una secuencia reguladora (por ejemplo secuencia promotora) de un gen asociado a EC unida operativamente a un gen indicador.

El agente puede ser, por ejemplo, un oligonucleótido inhibidor (por ejemplo, un oligonucleótido antisentido, un ARNip, una ribozima), una anticuerpo, un polipéptido, una molécula orgánica pequeña. La selección de agentes puede llevarse a cabo usando métodos de alto rendimiento, seleccionando simultáneamente una pluralidad de agentes usando placas de múltiples pocillos (por ejemplo, 96 pocillos, 192 pocillos, 384 pocillos, 768 pocillos, 1536 pocillos). Están disponibles comercialmente sistemas automatizados para la selección de alto rendimiento de, por ejemplo, Caliper Life Sciences, Hopkinton, MA. Pueden adquirirse bibliotecas de moléculas orgánicas pequeñas disponibles para la selección de, por ejemplo, Reaction Biology Corp., Malvern, PA; TimTec, Newark, DE.

Identificación de agentes terapéuticos:

Los genes asociados a EC expresados diferencialmente dados a conocer en el presente documento pueden usarse también para identificar agentes terapéuticos candidatos para tratar EC. Los métodos dados a conocer en el presente documento implican la selección de un agente terapéutico candidato para determinar si el agente de prueba puede convertir un perfil de expresión de uno o más genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7 característico de un estado de EC en un patrón de expresión génica característico de un estado que no es de EC.

En el presente método al que se hace referencia en el presente documento, una población celular de prueba va a exponerse a un agente de prueba o una pluralidad de agentes de prueba (secuencialmente o en combinación) y se mide la expresión de uno o más de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7 en las células. El perfil de expresión del/de los gen(es) asociado(s) a EC sometido(s) a ensayo en la población celular de prueba se compara con el nivel de expresión del/de los mismo(s) gen(es) asociado(s) a EC en una población celular de referencia que no se expone al agente de prueba.

Un agente que puede estimular la expresión de un gen subexpresado o suprimir la expresión de un gen sobreexpresado tiene beneficio clínico. Tales agentes pueden someterse a prueba adicionalmente para determinar la capacidad para prevenir el crecimiento de carcinoma de esófago en animales o sujetos de prueba.

En el presente documento, se hace referencia además a métodos para seleccionar agentes candidatos que actúan sobre las dianas en el tratamiento de EC. Tal como se trató en detalle anteriormente, controlando los niveles de expresión de genes marcadores o las actividades de sus productos génicos, puede controlarse la aparición y evolución de EC. Por tanto, pueden identificarse agentes candidatos, que actúan sobre las dianas en el tratamiento de EC, a través de métodos de selección que usan tales niveles de expresión y las actividades como índices del estado canceroso o no canceroso. En el contexto de la presente descripción, tal selección puede comprender, por ejemplo, las siguientes etapas:

(a): poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por un polinucleótido seleccionado del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 1, 2, 4, 5, 6 ó 7

(c): seleccionar el compuesto de prueba que se une al polipéptido.

Alternativamente, los métodos de selección tal como se les hace referencia en el presente documento pueden comprender las siguientes etapas:

(a): poner en contacto un compuesto candidato con una célula que expresa uno o más genes marcadores, en los que

el uno o más genes marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 1, 2, 4, 5, 6ó7; y

(b) seleccionar el compuesto candidato que reduce el nivel de expresión de uno o más genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 2, 5 y 7, o eleva el nivel de expresión de uno o más genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 1, 4 y 6, en comparación con el nivel de expresión detectado en ausencia del compuesto candidato.

Las células que expresan un gen marcador incluyen, por ejemplo, líneas celulares establecidas a partir de EC; tales células pueden usarse para la selección anterior.

(a): poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por un polinucleótido seleccionado del grupo que consiste en los genes enumerados en tabla 1, 2, 4, 5, 6 ó 7;

(b): detectar la actividad biológica del polipéptido de la etapa (a); y

(c): seleccionar un compuesto que suprime la actividad biológica del polipéptido codificado por el polinucleótido seleccionado del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 2, 5 y 7, o potencia la actividad biológica del polipéptido codificado por el polinucleótido seleccionado del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 1, 4 y 6, en comparación con la actividad biológica detectada en ausencia del compuesto de prueba.

Una proteína para su uso en los métodos de selección dados a conocer en el presente documento puede obtenerse como una proteína recombinante usando la secuencia de nucleótidos del gen marcador. Basándose en la información referente al gen marcador y su proteína codificada, un experto en la técnica puede seleccionar cualquier actividad biológica de la proteína como índice para la selección y cualquier método de medición adecuado para someter a ensayo la actividad biológica seleccionada.

Alternativamente, los métodos de selección dados a conocer en el presente documento pueden comprender las siguientes etapas:

(a): poner en contacto un compuesto candidato con una célula en la que se ha introducido un vector, que comprende la región reguladora de la transcripción de uno o más genes marcadores y un gen indicador que se expresa bajo el control de la región reguladora de la transcripción, en los que el uno o más genes marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 1, 2, 4, 5, 6 ó 7;

(b): medir la expresión o actividad de dicho gen indicador; y

(c): seleccionar el compuesto candidato que reduce el nivel de expresión o actividad de dicho gen indicador cuando dicho gen marcador es un gen marcador regulado por incremento seleccionado del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 2, 5 y 7, o que potencia el nivel de expresión o actividad de dicho gen indicador cuando dicho gen marcador es un gen marcador regulado por disminución seleccionado del grupo que consiste en los genes enumerados en la tabla 1, 4 y 6, en comparación con el nivel de expresión o actividad detectado en ausencia del compuesto candidato.

Se conocen bien en la técnica células huésped y genes indicadores adecuados. Un constructo indicador adecuado para los métodos de selección tal como se les hace referencia en el presente documento puede prepararse usando la región reguladora de la transcripción de un gen marcador. Cuando la región reguladora de la transcripción del gen marcador la conocen los expertos en la técnica, puede prepararse un constructo indicador usando la información de secuencia previa. Cuando la región reguladora de la transcripción del gen marcador sigue sin identificarse, puede aislarse un segmento de nucleótidos que contiene la región reguladora de la transcripción a partir de una biblioteca genómica basada en la información de secuencia de nucleótidos del gen marcador.

Selección de un agente terapéutico para tratar EC:

Diferencias en la constitución genética de los individuos pueden dan como resultado diferencias en sus capacidades relativas para metabolizar diversos fármacos. Un agente que se metaboliza en un sujeto para actuar como agente anti-EC puede manifestarse por sí mismo induciendo un cambio en un patrón de expresión génica en las células del sujeto a partir del característico de un estado canceroso con respecto a un patrón de expresión génica característico de un estado no canceroso. Por consiguiente, los genes asociados a EC expresados diferencialmente dados a conocer en el presente documento permiten que un inhibidor profiláctico o terapéutico supuesto de EC se someta a prueba en una población celular de prueba de un sujeto seleccionado con el fin de determinar si el agente es un inhibidor adecuado de EC en el sujeto.

Para identificar un inhibidor de EC que es apropiado para un sujeto específico, se expone una población celular de prueba del sujeto a un agente terapéutico, y se determina la expresión de uno o más de los genes asociados a EC enumerados en la tabla 1, 2 y 4-7.

En el contexto de los métodos a los que se hace referencia en el presente documento, la población celular de prueba contiene células de EC que expresan uno o más genes asociados a EC. Preferiblemente, la población celular de prueba comprende células epiteliales. Por ejemplo, una población celular de prueba puede incubarse en presencia de un agente candidato y el patrón de expresión génica de la población celular de prueba puede medirse y compararse con uno o más perfiles de expresión de referencia, por ejemplo, un perfil de expresión de referencia de EC o un perfil de expresión de referencia que no es de EC.

Una disminución en la expresión de uno o más de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7 o un aumento en la expresión de uno o más de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 4 y 6 en una población celular de prueba en relación con una población celular de referencia que contiene EC indica que el agente tiene uso terapéutico.

En el contexto de la descripción de la presente memoria descriptiva, el agente de prueba puede ser cualquier compuesto o composición. Los agentes de prueba a modo de ejemplo incluyen, pero no se limitan a, agentes inmunomoduladores (por ejemplo, anticuerpos), oligonucleótidos inhibidores (por ejemplo, oligonucleótidos antisentido, oligonucleótidos inhibidores cortos y ribozimas) y compuestos orgánicos pequeños.

Identificación de agentes terapéuticos para cáncer de esófago metastásico:

Se dan a conocer en el presente documento moléculas diana que van a usarse para tratar o prevenir la metástasis de cáncer de esófago. Pueden realizarse ensayos de selección para la metástasis de EC tal como se da a conocer en el presente documento según el método para EC descrito anteriormente, usando genes marcadores asociados con metástasis de EC.

Genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en genes enumerados en las tablas 4 y 5 son útiles para la selección. Un agente que suprime la expresión de uno o más de los genes regulados por incremento o la actividad de sus productos génicos obtenidos según la descripción de la presente memoria descriptiva son útiles para tratar o prevenir EC con metástasis de ganglios linfáticos. Alternativamente, un agente que potencia la expresión de uno o más genes regulados por disminución o la actividad de sus productos génicos obtenidos según la descripción de la presente memoria descriptiva es también útil para tratar o prevenir EC con metástasis de ganglios linfáticos.

El agente que regula el nivel de expresión de los genes enumerados en las tablas 4 y 5 puede identificarse de la misma manera que para identificar agentes que inhiben o potencian la expresión génica asociada a EC. Alternativamente, el agente que regula la actividad de sus productos génicos también puede identificarse de la misma manera que para identificar genes que inhiben o potencian un producto génico asociado a EC.

Identificación de agentes terapéuticos para cáncer de esófago recurrente:

Se dan a conocer en el presente documento moléculas diana para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago recurrente. Pueden realizarse ensayos de selección para metástasis de EC a los que se hace referencia en el presente documento según el método para EC descrito anteriormente, usando genes marcadores asociados con metástasis de EC.

Genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en los genes enumerados en las tablas 6 y 7 son útiles para la selección. Un agente que suprime la expresión de uno o más genes regulados por incremento o la actividad de sus productos génicos obtenidos según la descripción de la presente memoria descriptiva son útiles para tratar o prevenir EC con recidiva tras cirugía. Alternativamente, un agente que potencia la expresión de uno o más genes regulados por disminución o la actividad de sus productos génicos obtenidos según la descripción de la presente memoria descriptiva es también útil para tratar o prevenir EC con recidiva tras cirugía.

El agente que regula el nivel de expresión de los genes enumerados en las tablas 6 y 7 puede identificarse de la misma manera que para identificar agentes que inhiben o potencian la expresión génica asociada a EC. Alternativamente, el agente que regula la actividad de sus productos génicos también puede identificarse de la misma manera que para identificar agentes que inhiben o potencian un producto génico asociado a EC.

Kits:

También se da a conocer en el presente documento un reactivo de detección de EC, por ejemplo, un ácido nucleico que se une específicamente a o identifica uno o más ácidos nucleicos de EC, incluyendo secuencias oligonucleotídicas que son complementarias a una parte de un ácido nucleico de EC, o un anticuerpo que se une a una o más proteínas codificadas por un ácido nucleico de EC. Los reactivos de detección pueden envasarse juntos en forma de un kit. Por ejemplo, los reactivos de detección pueden envasarse en recipientes separados, por ejemplo, un ácido nucleico o anticuerpo (o bien unido a una matriz sólida o bien envasado por separado con reactivos para unirlos a la matriz), un reactivo de control (positivo y/o negativo) y/o un marcador detectable. También pueden incluirse en el kit instrucciones (por ejemplo, escritas, cinta magnética, VCR, CD-ROM, etc.) para llevar a cabo el ensayo. El formato de ensayo del kit puede ser una hibridación de tipo Northern o un ELISA de tipo “sándwich”, ambos de los cuales se conocen en la técnica. Véase, por ejemplo, Sambrook y Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3ª edición, 2001, Cold Spring Harbor Laboratory Press; y Using Antibodies, citado

anteriormente.

Por ejemplo, un reactivo de detección de EC puede inmovilizarse sobre una matriz sólida, por ejemplo una tira porosa, para formar al menos un sitio de detección de EC. La región de detección o medición de la tira porosa puede incluir una pluralidad de sitios, que contienen cada uno un ácido nucleico. Una tira de prueba también puede contener sitios para controles negativos y/o positivos. Alternativamente, pueden estar ubicados sitios de control sobre una tira separada de la tira de prueba. Opcionalmente, los diferentes sitios de detección pueden contener diferentes cantidades de ácidos nucleicos inmovilizados, es decir, una cantidad superior en el primer sitio de detección y cantidades menores en sitios posteriores. Tras la adición de la muestra de prueba, el número de sitios que presentan una señal detectable proporciona una indicación cuantitativa de la cantidad de EC presente en la muestra. Los sitios de detección pueden estar configurados en cualquier forma adecuadamente detectable y están normalmente en forma de una barra o punto que abarca la anchura de una tira de prueba.

Alternativamente, el kit puede contener un microalineamiento de sustrato de ácidos nucleicos que comprende uno o más ácidos nucleicos. Los ácidos nucleicos en el microalineamiento identifican específicamente una o más secuencias de ácido nucleico representadas por los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7. La expresión de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 40 ó 50 o más de los ácidos nucleicos representados por los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7 puede identificarse en virtud del nivel de unión a un chip o tira de prueba de microalineamiento. El sustrato de microalineamiento puede ser sobre, por ejemplo, un sustrato sólido, por ejemplo un “chip” descrito en la patente estadounidense n.º 5.744.305. Están disponibles comercialmente sustratos de microalineamiento de uso en los presentes métodos, por ejemplo, de Affymetrix, Santa Clara, CA.

Microalineamientos y pluralidades

También se da a conocer en el presente documento un sustrato de microalineamiento de ácidos nucleicos que comprende uno o más ácidos nucleicos. Los ácidos nucleicos en el microalineamiento corresponden específicamente a una o más secuencias de ácido nucleico representadas por los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7. El nivel de expresión de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 40 ó 50 o más de los ácidos nucleicos representados por los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7 pueden identificarse detectando la unión de ácido nucleico al microalineamiento.

También se da a conocer en el presente documento una pluralidad aislada (es decir, una mezcla de dos o más ácidos nucleicos) de ácidos nucleicos. Los ácidos nucleicos pueden estar en una fase líquida o una fase sólida, por ejemplo, inmovilizados sobre un soporte sólido, por ejemplo, una membrana de nitrocelulosa. La pluralidad incluye uno o más de los ácidos nucleicos representados por los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7. En diversos aspectos, la pluralidad incluye 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 40 ó 50 o más de los ácidos nucleicos representados por los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7.

Compuestos candidatos:

Un compuesto aislado mediante la selección sirve como candidato para el desarrollo de fármacos que inhiben la expresión del gen marcador o la actividad de la proteína codificada por el gen marcador y pueden aplicarse al tratamiento o la prevención de cáncer de esófago.

Además, compuestos en los que una parte de la estructura del compuesto que inhibe la actividad de proteínas codificadas por genes marcadores se convierte mediante adición, deleción y/o sustitución también se incluyen como los compuestos que pueden obtenerse mediante los métodos de selección dados a conocer en el presente documento.

Cuando se administra un compuesto aislado mediante los métodos dados a conocer en el presente documento como un producto farmacéutico para seres humanos y otros mamíferos, incluyendo sin limitación ratones, ratas, hámsteres, cobayas, gatos, perros, ovejas, cerdos, ganado, monos, babuinos y chimpancés, el compuesto aislado puede administrarse directamente o puede formularse en una forma farmacéutica usando métodos de preparación farmacéuticos conocidos. Por ejemplo, según las necesidades del paciente, los fármacos pueden tomarse por vía oral, como comprimidos recubiertos de azúcar, cápsulas, elixires y microcápsulas, o por vía no oral, en forma de inyecciones de suspensiones o disoluciones estériles con agua o cualquier otro líquido farmacéuticamente aceptable. Por ejemplo, los compuestos pueden mezclarse con medios o portadores farmacéuticamente aceptables, específicamente, agua esterilizada, solución salina fisiológica, aceites vegetales, emulsionantes, agentes de suspensión, tensioactivos, estabilizantes, agentes aromatizantes, excipientes, vehículos, conservantes, aglutinantes y similares, en una forma de dosis unitaria requerida para implementación farmacológica generalmente aceptada. La cantidad de principio activo contenida en una preparación de este tipo produce una dosificación adecuada dentro del intervalo indicado adquirible.

Los ejemplos de aditivos que pueden mezclarse en comprimidos y cápsulas incluyen, pero no se limitan a, aglutinantes, incluyendo gelatina, almidón de maíz, goma tragacanto y goma arábiga; excipientes, incluyendo celulosa cristalina; agentes de hinchamiento, incluyendo almidón de maíz, gelatina y ácido algínico; lubricantes, incluyendo estearato de magnesio; edulcorantes, incluyendo sacarosa, lactosa o sacarina; y agentes aromatizantes, incluyendo menta, menta verde, aceite de Gaultheria adenothrix y cereza. Cuando la forma de dosis unitaria es una

cápsula, un portador líquido, incluyendo un aceite, puede incluirse adicionalmente en los componentes anteriores. Pueden formularse composiciones estériles para inyección siguiendo implementaciones farmacológicas normales usando vehículos, por ejemplo, agua destilada o solución salina, adecuados para inyección.

Pueden usarse solución salina fisiológica, glucosa y otros líquidos isotónicos, incluyendo adyuvantes, tales como Dsorbitol, D-manosa, D-manitol y cloruro de sodio, como disoluciones acuosas para inyección. Éstas pueden usarse conjuntamente con solubilizantes adecuados, por ejemplo, alcoholes incluyendo etanol; polialcoholes, incluyendo propilenglicol y polietilenglicol; y tensioactivos no iónicos, incluyendo polisorbato 80 (TM) y HCO-50.

Pueden usarse aceite de sésamo y aceite de semilla de soja como líquido oleaginoso, conjuntamente con benzoato de bencilo o alcohol bencílico como solubilizante, y pueden formularse con un tampón, incluyendo tampón fosfato y tampón acetato de sodio; un analgésico, incluyendo clorhidrato de procaína; un estabilizante, incluyendo alcohol bencílico y fenol; y/o un antioxidante. Puede llenarse una inyección preparada en una ampolla adecuada..

Pueden usarse métodos bien conocidos por los expertos en la técnica para administrar la composición farmacéutica dada a conocer en el presente documento, por ejemplo como una inyección intraarterial, intravenosa o percutánea o como una administración intranasal, transbronquial, intramuscular u oral. La dosificación y el método de administración varían según el peso corporal y la edad de un paciente y el método de administración; sin embargo, un experto en la técnica puede seleccionar rutinariamente un método de administración adecuado. Si dicho compuesto puede codificarse por un ADN, el ADN puede insertarse en un vector para terapia génica y el vector administrarse a un paciente para realizar la terapia. La dosificación y el método de administración varían según el peso corporal, la edad y los síntomas del paciente; sin embargo, un experto en la técnica puede seleccionarlos adecuadamente.

Por ejemplo, aunque la dosis de un compuesto que se une a una proteína dada a conocer en el presente documento y que regula su actividad depende de los síntomas, generalmente la dosis es de aproximadamente 0,1 mg a aproximadamente 100 mg al día, preferiblemente de aproximadamente 1,0 mg a aproximadamente 50 mg al día y más preferiblemente de aproximadamente 1,0 mg a aproximadamente 20 mg al día, cuando se administra por vía oral a un ser humano adulto normal (que pesa aproximadamente 60 kg).

Cuando se administra el compuesto por vía parenteral, en forma de una inyección a un ser humano adulto normal (que pesa aproximadamente 60 kg), aunque hay algunas diferencias según el paciente, el órgano diana, los síntomas y el método de administración, es conveniente inyectar por vía intravenosa una dosis de aproximadamente 0,01 mg a aproximadamente 30 mg al día, preferiblemente de aproximadamente 0,1 a aproximadamente 20 mg al día y más preferiblemente de aproximadamente 0,1 a aproximadamente 10 mg al día. En el caso de otros animales, la cantidad de dosificación apropiada puede calcularse rutinariamente convirtiendo a 60 kg de peso corporal.

IV. Monitorización y pronóstico del cáncer de esófago

Evaluación de la eficacia del tratamiento:

Los genes asociados a EC expresados diferencialmente identificados en el presente documento también permiten que se monitorice el ciclo de tratamiento de EC. En este método, se proporciona una población celular de prueba de un sujeto que se somete a tratamiento para EC. Si se desea, se obtienen poblaciones celulares de prueba a partir del sujeto a diversos puntos de tiempo, antes, durante y/o tras el tratamiento. La expresión de uno o más de los genes asociados a EC en la población celular de prueba se determina entonces y se compara con la expresión de los mismos genes en una población celular de referencia que incluye células cuyo estado de EC se conoce. En el contexto de la presente memoria descriptiva, las células de referencia no se han expuesto al tratamiento de interés.

Si la población celular de referencia no contiene células de EC, una similitud en la expresión de un gen asociado a EC en la población celular de prueba y la población celular de referencia indica que el tratamiento de interés es eficaz. Sin embargo, una diferencia en la expresión de un gen asociado a EC en la población celular de prueba y una población celular de referencia de control normal indica un pronóstico o desenlace clínico menos favorable. De manera similar, si la población celular de referencia contiene células de EC, una diferencia entre la expresión de un gen asociado a EC en la población celular de prueba y la población celular de referencia indica que el tratamiento de interés es eficaz, mientras que una similitud en la expresión de un gen asociado a EC en la población de prueba y una población celular de referencia de control de EC indica un pronóstico o desenlace clínico menos favorable.

Adicionalmente, el nivel de expresión de uno o más genes asociados a EC determinado en una muestra biológica de un sujeto obtenida tras el tratamiento (es decir, niveles tras el tratamiento) puede compararse con el nivel de expresión del uno o más genes asociados a EC determinado en una muestra biológica de un sujeto obtenida antes del comienzo del tratamiento (es decir, niveles antes del tratamiento). Si el gen asociado a EC es un gen regulado por incremento, una disminución en el nivel de expresión en una muestra tras el tratamiento indica que el tratamiento de interés es eficaz mientras que un aumento o mantenimiento en el nivel de expresión en la muestra tras el tratamiento indica un pronóstico o desenlace clínico menos favorable. A la inversa, si el gen asociado a EC es un gen regulado por disminución, un aumento en el nivel de expresión en una muestra tras el tratamiento puede indicar que el tratamiento de interés es eficaz mientras que una disminución o un mantenimiento en el nivel de expresión en la muestra tras el tratamiento indica un pronóstico o desenlace clínico menos favorable.

Tal como se usa en el presente documento, el término “eficaz” indica que el tratamiento conduce a una reducción en la expresión de un gen regulado por incremento patológicamente, un aumento en la expresión de un gen regulado por disminución patológicamente o una disminución en el tamaño, la prevalencia o el potencial metastásico de carcinoma ductal de esófago en un sujeto. Cuando se aplica un tratamiento de interés profilácticamente, el término “eficaz” significa que el tratamiento retrasa o previene que se forme un tumor de esófago o retrasa, previene o alivia un síntoma de EC clínico. La evaluación de los tumores de esófago puede hacerse usando protocolos clínicos convencionales.

Además, la eficacia puede determinarse en asociación con cualquier método conocido para diagnosticar o tratar EC. EC puede diagnosticarse, por ejemplo, identificando anomalías sintomáticas, por ejemplo, pérdida de peso, dolor abdominal, dolor de espalda, anorexia, náuseas, vómitos y malestar generalizado, debilidad e ictericia.

Evaluación del pronóstico de un sujeto con cáncer de esófago:

En el presente documento, se hace referencia a métodos de evaluación del pronóstico de un sujeto con EC que incluye la etapa de comparar la expresión de uno o más genes asociados a EC en una población celular de prueba con la expresión de los mismos genes asociados a EC en una población celular de referencia de pacientes a lo largo de un espectro de estadios de la enfermedad. Comparando la expresión génica de uno o más genes asociados a EC en la población celular de prueba y la(s) población/poblaciones celular(es) de referencia, o comparando el patrón de expresión génica a lo largo del tiempo en poblaciones celulares de prueba del sujeto, puede evaluarse el pronóstico del sujeto.

Por ejemplo, un aumento en la expresión de uno o más de los genes asociados a EC regulados por incremento, incluyendo los enumerados en la tabla 2, 5 ó 7, en una muestra de prueba en comparación con una muestra de control normal, o una disminución en la expresión de uno o más de los genes asociados a EC regulados por disminución, incluyendo los enumerados en las tablas 1, 4 ó 6, en una muestra de prueba en comparación con una muestra de control normal, indica un pronóstico menos favorable. A la inversa, una similitud en la expresión de uno o más de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7, en una muestra de prueba en comparación con una muestra de control normal, indica un pronóstico más favorable prognosis para el sujeto. Preferiblemente, el pronóstico de un sujeto puede evaluarse comparando el perfil de expresión de los genes seleccionados del grupo que consiste en los genes enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7.

Además, se hace referencia en el presente documento a un método para predecir metástasis de cáncer de esófago en un sujeto, comprendiendo el método las etapas de:

(a): detectar el nivel de expresión de uno o más genes marcadores en una muestra recogida de dicho sujeto, en el que el uno o más genes marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los genes de EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5);

(b): comparar el nivel de expresión del uno o más genes marcadores en dicha muestra con el de un caso positivo de metástasis y un caso negativo de metástasis; y

(c): en el que un nivel de expresión de la muestra similar al de un caso positivo de metástasis indica un alto riesgo de metástasis de cáncer de esófago, y en el que un nivel de expresión de la muestra similar al de un caso negativo de metástasis indica un bajo riesgo de metástasis cáncer de esófago.

Alternativamente, se hace referencia en el presente documento a un método para predecir la recidiva de cáncer de esófago en un sujeto, comprendiendo el método las etapas de:

(a): detectar el nivel de expresión de uno o más genes marcadores en una muestra recogida de dicho sujeto, en el que el uno o más genes marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los genes de EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7);

(b): comparar el nivel de expresión del uno o más genes marcadores en dicha muestra con el de un caso positivo de recidiva y un caso negativo de recidiva; y

(c): en el que un nivel de expresión de la muestra similar al de un caso positivo de recidiva indica un alto riesgo de recidiva de cáncer de esófago, y en el que un nivel de expresión de la muestra similar al de un caso negativo de recidiva indica un bajo riesgo de recidiva de cáncer de esófago.

Los EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7) expresados diferencialmente identificados en el presente documento también puede permitir predecir la metástasis y recidiva de cáncer de esófago en un sujeto respectivamente. En este método, se proporciona una muestra biológica de prueba de un sujeto que se somete a tratamiento para cáncer de esófago. Si se desea, se obtienen múltiples muestras biológicas de prueba del sujeto a diversos puntos de tiempo antes, durante y tras el tratamiento, por ejemplo cirugía. La expresión de uno o más genes seleccionados de EC n.os 11544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7) en la muestra se determina entonces y se compara la expresión de los mismos genes en una muestra de referencia con y/o sin una metástasis y recidiva de cáncer de esófago.

Tal como se da a conocer en el presente documento, las células de cáncer de esófago obtenidas de pacientes negativos para metástasis pueden usarse como muestra de referencia de un caso negativo de metástasis. Por ejemplo, generalmente, cuando no se observó metástasis de ganglios linfáticos en tumores resecados quirúrgicamente mediante diagnóstico patológico, el paciente es negativo para metástasis. Por consiguiente, en algunos aspectos preferidos, la metástasis de cáncer de esófago puede predecirse mediante el método que comprende las etapas de:

(i): detectar el nivel de expresión de uno o más genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) en una muestra recogida de un sujeto cuya metástasis de cáncer de esófago va a predecirse,

(ii): comparar el nivel de expresión del uno o más genes marcadores en dicha muestra con el nivel de expresión del mismo uno o más genes marcadores de una muestra negativa para metástasis; y

(iii) en el que una disminución en el nivel de expresión de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en EC n.os 1544-1602 (tabla 4) en la etapa (i), o un aumento en el nivel de expresión de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en EC n.os 1603-1679 (tabla 5) en la etapa (i) en comparación con los niveles de expresión de los mismos genes de la muestra negativa para metástasis indica que dicho sujeto padece o corre el riesgo de metástasis de cáncer de esófago.

De manera similar, pueden usarse células de cáncer de esófago obtenidas de pacientes negativos para recidiva como muestra de referencia de un caso negativo de recidiva. Por ejemplo, generalmente, cuando no se observa recidiva en el plazo de 32 meses tras la cirugía, el paciente es negativo para recidiva. Por consiguiente, en algunas realizaciones preferidas, puede predecirse la recidiva de cáncer de esófago mediante el método que comprende las etapas de:

(i): detectar el nivel de expresión de uno o más genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7) en una muestra recogida de un sujeto cuya recidiva de cáncer de esófago va a predecirse,

(ii): comparar el nivel de expresión del uno o más genes marcadores en dicha muestra con los niveles de expresión del uno o más genes marcadores de una muestra negativa para recidiva; y

(iii) en el que una disminución en el nivel de expresión de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en EC n.os 1680-1688 (tabla 6) de la etapa (i), o un aumento en el nivel de expresión de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en EC n.os 1689-1716 (tabla 7) de la etapa (i) en comparación con los niveles de expresión de los mismos genes en una muestra negativa para recidiva indica que dicho sujeto padece o corre el riesgo de recidiva de cáncer de esófago.

En los métodos a los que se hace referencia en el presente documento, el nivel de expresión de EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7) puede detectarse mediante uno de los siguientes métodos:

(a): detectar el ARNm de EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7),

(b): detectar la proteína de EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7), y

(c): detectar la actividad biológica de la proteína de EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7).

La presente invención también da a conocer kits para predecir una metástasis o recidiva, comprendiendo el kit cualquier componente seleccionado del grupo que consiste en:

(a): reactivo para determinar el ARNm de EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7),

(b): reactivo para detectar la proteína de EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7), y

(c): reactivo para detectar la actividad biológica de la proteína de EC n.os 1544-1679 (tablas 4-5) o EC n.os 1680-1716 (tablas 6-7).

II. Tratamiento y prevención del cáncer de esófago

Métodos de inhibición del cáncer de esófago:

Se dan a conocer adicionalmente en el presente documento composiciones para su uso en un método para prevenir, tratar o aliviar uno o más síntomas de EC en un sujeto disminuyendo la expresión de uno o más de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7 (o la actividad de su producto génico) o aumentando la expresión de uno o más de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 4 y 6 (o la actividad de su producto génico). Pueden administrarse profiláctica o terapéuticamente compuestos terapéuticos adecuados a un sujeto que padece o corre el riesgo de (o es susceptible a) desarrollar EC. Tales sujetos pueden identificarse usando métodos clínicos convencionales o detectando un nivel de expresión aberrante de uno o más de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 1, 2 y 4-7 o la actividad aberrante de su producto génico. Los agentes terapéuticos adecuados incluyen, por ejemplo, inhibidores de la regulación del ciclo celular, proliferación celular y actividad

proteína cinasa.

Los métodos terapéuticos tal como se les hace referencia en el presente documento pueden incluir la etapa de aumentar la expresión, función o ambas de uno o más producto génicos de genes cuya expresión está disminuida (genes “regulados por disminución” o “subexpresados”) en una célula de EC en relación con células normales del mismo tipo de tejido del que se recuperan las células de EC. En estos métodos, el sujeto se trata con una cantidad eficaz de un compuesto que aumenta la cantidad de uno o más de los genes subexpresados (regulados por disminución) en el sujeto. La administración puede ser sistémica o local. Los compuestos terapéuticos adecuados incluyen un producto de polipéptido de un gen subexpresado, un fragmento biológicamente activo del mismo, y un ácido nucleico que codifica para un gen subexpresado y que tiene elementos de control de la expresión que permiten la expresión en las células de EC; por ejemplo, un agente que aumenta el nivel de expresión de un gen de este tipo endógeno para las células de EC (es decir, que regula por incremento la expresión del gen o genes subexpresados). La administración de tales compuestos contrarresta los efectos del gen o genes subexpresados de manera aberrante en las células del esófago del paciente y mejora el estado clínico del sujeto.

Alternativamente, los métodos terapéuticos tal como se les hace referencia en el presente documento pueden incluir la etapa de disminuir la expresión, función o ambas de uno o más producto génicos de genes cuya expresión está aumentada de manera aberrante (genes “regulados por incremento” o “sobreexpresados”) en células de esófago. La expresión puede inhibirse de cualquiera de varios modos conocidos en la técnica. Por ejemplo, la expresión puede inhibirse administrando al sujeto un compuesto, por ejemplo, un ácido nucleico que inhibe o antagoniza la expresión del gen o genes sobreexpresados, por ejemplo, un oligonucleótido antisentido o ARN de interferencia pequeño que altera la expresión del gen o genes sobreexpresados.

�?cidos nucleicos inhibidores

Tal como se indicó anteriormente, pueden usarse ácidos nucleicos inhibidores (por ejemplo, oligonucleótidos antisentido, ARNip, ribozimas) complementarios a la secuencia de nucleótidos de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7 para reducir el nivel de expresión de los genes. Por ejemplo, ácidos nucleicos inhibidores complementarios a los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7 que están regulados por incremento en cáncer de esófago son útiles para el tratamiento de cáncer de esófago. Específicamente, los ácidos nucleicos inhibidores tal como se da a conocer en el presente documento pueden actuar uniéndose a los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7, o los ARNm que corresponden a los mismos, inhibiendo de ese modo la transcripción o traducción de los genes, promoviendo la degradación de los ARNm y/o inhibiendo la expresión de las proteínas codificadas por los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7, inhibiendo de ese modo la función de las proteínas.

La expresión “ácidos nucleicos inhibidores” tal como se usa en el presente documento abarca tanto nucleótidos que son totalmente complementarios a la secuencia diana como los que tienen un apareamiento erróneo de uno o más nucleótidos, siempre que los ácidos nucleicos inhibidores puedan hibridarse específicamente con las secuencias diana. Los ácidos nucleicos inhibidores de la presente invención incluyen polinucleótidos que tienen una identidad de secuencia de al menos el 70%, el 75%, el 80%, el 85%, el 90%, el 95%, el 96%, el 97%, el 98%, el 99% o superior con respecto a un tramo de al menos 15 nucleótidos continuos. Pueden usarse algoritmos conocidos en la técnica para determinar la identidad de secuencia.

Un algoritmo útil es BLAST 2.0, descrito originalmente en Altschul et al., (1990) J. Mol. Biol. 215: 403-10. El software para realizar análisis BLAST está disponible públicamente del Centro Nacional de Información Biotecnológica (“National Center for Biotechnology Information”) (disponible en Internet en ncbi.nlm.nih.gov). Este algoritmo implica en primer lugar identificar pares de secuencia de alta puntuación (HSP) identificando palabras cortas de longitud W en la secuencia de consulta, que o bien coinciden o bien satisfacen alguna puntuación T umbral de valor positivo cuando se alinean con una palabra de la misma longitud en una secuencia de la base de datos. T se denomina umbral de puntuación de palabra vecina (Altschul et al., citado anteriormente). Estos aciertos de palabra vecina inicial actúan como simientes para iniciar búsquedas para encontrar HSP más largos que las contienen. Los aciertos de palabras se extienden entonces en ambas direcciones a lo largo de cada secuencia durante tanto como pueda aumentarse la puntación de alineación acumulativa. Se calculan las puntuaciones acumulativas usando, para secuencias de nucleótidos, los parámetros M (puntuación de recompensa para un par de residuos coincidentes; siempre >0) y N (puntuación de penalización para residuos no coincidentes; siempre <0). Para secuencias de aminoácidos, se usa una matriz de puntuación para calcular la puntuación acumulativa. La extensión de los aciertos de palabra en cada dirección se detiene cuando: la puntuación de alineación acumulativa cae en la cantidad X desde su valor logrado máximo; la puntuación acumulativa llega hasta cero o inferior, debido a la acumulación de una o más alineaciones de residuos de puntuación negativa; o se alcanza el final de cualquier secuencia. Los parámetros W, T y X del algoritmo BLAST determinan la sensibilidad y velocidad de la alineación. El programa BLASTN (para secuencias de nucleótidos) usa por defecto una longitud de palabra (W) de 11, una expectativa (E) de 10, un valor de corte de 100, M=5, N=-4 y una comparación de ambas hebras. Para secuencias de aminoácidos, el programa BLASTP usa por defecto una longitud de palabra (W) de 3, una expectativa (E) de 10 y la matriz de puntuación BLOSUM62 (véase, Henikoff & Henikoff (1989) Proc. Natl. Acad Sci. USA 89: 10915-9).

Un ejemplo adicional de un algoritmo de alineación de secuencias útil es PILEUP. PILEUP crea una alineación de

secuencias múltiple a partir de un grupo de secuencias relacionadas usando alineaciones por parejas, progresivas. También puede representar gráficamente un árbol que muestra las relaciones de agrupamiento usadas para crear la alineación. PILEUP usa una simplificación del método de alineación progresiva de Feng & Doolittle, (1987) J. Mol. Evol. 35: 351-60. El método usado es similar al método descrito por Higgins & Sharp, (1989) CABIOS 5:151-3. El programa puede alinear, por ejemplo, hasta 300 secuencias de una longitud máxima de 5.000 letras. El procedimiento de alineación múltiple comienza con la alineación por parejas de las dos secuencias más similares, producto una agrupación de dos secuencias alineadas. Esta agrupación puede alinearse entonces con la siguiente secuencia más relacionada o agrupación de secuencias alineadas. Pueden alinearse dos agrupaciones de secuencias mediante una simple extensión de la alineación por parejas de dos secuencias individuales. La alineación final se logra mediante una serie de alineaciones por parejas, progresivas. El programa puede usarse también para representar gráficamente un dendrograma o representación en árbol de las relaciones de agrupamiento. El programa se ejecuta designando secuencias específicas y sus coordenadas de nucleótidos o aminoácidos para regiones de comparación de secuencias. Por ejemplo, con el fin de determinar los aminoácidos conservados en una familia de dominios monoméricos o para comparar las secuencias de dominios monoméricos en una familia, se alinean la secuencia dada a conocer en el presente documento, o ácidos nucleicos codificantes, para proporcionar información de estructura-función.

Los ácidos nucleicos antisentido dados a conocer en el presente documento actúan sobre células que producen las proteína codificadas por genes marcadores asociados a EC uniéndose a los ADN o ARNm que codifican para las proteínas, inhibiendo su transcripción o traducción, promoviendo la degradación de los ARNm e inhibiendo la expresión de las proteínas, dando como resultado de ese modo la inhibición de la función de la proteína.

Puede prepararse un ácido nucleico antisentido tal como se da a conocer en el presente documento en una preparación externa, por ejemplo, un linimento o un emplasto, mezclándolo con un material de base adecuado que es inactivo contra el ácido nucleico.

Además, según se necesite, los ácidos nucleicos antisentido dados a conocer en el presente documento pueden formularse en comprimidos, polvos, gránulos, cápsulas, cápsulas de liposomas, inyecciones, disoluciones, gotas nasales y agentes de secado por congelación añadiendo excipientes, agentes isotónicos, solubilizantes, estabilizantes, conservantes, analgésicos y similares. Estos pueden prepararse mediante los siguientes métodos conocidos.

Los ácidos nucleicos antisentido dados a conocer en el presente documento pueden administrarse al paciente mediante aplicación directa en el sitio enfermo o mediante inyección directa en un vaso sanguíneo de modo que alcanzará el sitio de enfermedad. También puede usarse un medio de montaje antisentido para aumentar la durabilidad y permeabilidad de la membrana. Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, liposomas, poli-L-lisina, lípidos, colesterol, lipofectina o derivados de estos.

La dosificación de los ácidos nucleicos inhibidores dados a conocer en el presente documento puede ajustarse adecuadamente según el estado del paciente y usarse en cantidades deseadas. Por ejemplo, puede administrarse un intervalo de dosificación de 0,1 a 100 mg/kg, preferiblemente de 0,1 a 50 mg/kg.

Los ácidos nucleicos antisentido dados a conocer en el presente documento inhiben la expresión de una proteína de la presente invención y de ese modo son útiles para suprimir la actividad biológica de la proteína de la invención. Además, inhibidores de la expresión, que comprenden ácidos nucleicos antisentido de la presente invención, son útiles porque pueden inhibir la actividad biológica de una proteína tal como se da a conocer en el presente documento.

Los métodos a los que se hace referencia en el presente documento pueden usarse para alterar la expresión en una célula de un gen asociado a EC regulado por incremento, por ejemplo, dando como resultado la regulación por incremento la transformación maligna de las células. La unión del ARNip a un transcrito complementario a uno de los genes asociados a EC enumerados en las tablas 2, 5 y 7 en la célula diana da como resultado una reducción en la producción de proteínas por la célula. La longitud del oligonucleótido es de al menos 10 nucleótidos y puede ser tan largo como el transcrito que se produce de manera natural. Preferiblemente, el oligonucleótido tiene menos de 75, 50, 25 nucleótidos de longitud. Lo más preferiblemente, el oligonucleótido tiene 19-25 nucleótidos de longitud.

Los ácidos nucleicos antisentido dados a conocer en el presente documento incluyen oligonucleótidos modificados. Por ejemplo, pueden usarse oligonucleótidos tioados para conferir resistencia a nucleasas a un oligonucleótido.

Además, puede usarse un ARNip contra un gen marcador para reducir el nivel de expresión del gen marcador. En el presente documento, el término “ARNip” se refiere a una molécula de ARN bicatenario que impide la traducción de un ARNm diana. Pueden usarse técnicas convencionales para introducir ARNip en la célula, incluyendo aquéllas en las que el ADN es un molde a partir del cual se transcribe el ARN. En el contexto de la presente invención, el ARNip comprende una secuencia de ácido nucleico sentido y una secuencia de ácido nucleico antisentido contra un gen marcador regulado por incremento, tal como un gen asociado a EC enumerado en las tablas 2, 5 y 7. El ARNip se construye de manera que un único transcrito tiene las secuencias tanto sentido como antisentido complementarias del gen diana, por ejemplo una horquilla.

Un ARNip de un gen asociado a EC, incluyendo los enumerados en las tablas 2, 5 y 7, se hibrida con el ARNm diana y de ese modo disminuye o inhibe la producción de los polipéptidos codificados por el gen asociado a EC enumerado en las tablas 2, 5 y 7 asociándose con el transcrito de ARNm monocatenario, interfiriendo de ese modo con la traducción y por tanto la expresión de la proteína. En el contexto de la presente invención, un ARNip tiene preferiblemente menos de 500, 200, 100, 50 ó 25 nucleótidos de longitud. Más preferiblemente, un ARNip tiene 1925 nucleótidos de longitud. Una secuencia de ácido nucleico a modo de ejemplo para la producción de ARNip de ECT2 incluye las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 y 9 como secuencia diana. Una secuencia de ácido nucleico a modo de ejemplo para la producción de ARNip de CDC45L incluye las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO: 10 y 11 como secuencia diana. Con el fin de potenciar la actividad de inhibición del ARNip, pueden añadirse uno o más nucleótidos de uridina (“u”) al extremo 3’ de la hebra antisentido de la secuencia diana. El número de “u” que va a añadirse es al menos 2, generalmente de 2 a 10, preferiblemente de 2 a 5. Las “u” añadidas forman una única hebra en el extremo 3’ de la hebra antisentido del ARNip.

Un ARNip de un gen asociado a EC, incluyendo los enumerados en las tablas 2, 5 y 7, puede introducirse directamente en las células en una forma que puede unirse a los transcritos de ARNm. Alternativamente, puede portarse un ADN que codifica para el ARNip en un vector.

Pueden producirse vectores, por ejemplo, clonando una secuencia diana de un gen asociado a EC en un vector de expresión que tiene secuencias reguladoras operativamente unidas que flanquean la secuencia de una manera que permite la expresión (mediante transcripción de la molécula de ADN) de ambas hebras (Lee, N.S., et al., (2002) Nature Biotechnology 20: 500-5). Una molécula de ARN que es antisentido con respecto al ARNm de un gen asociado a EC se transcribe por un primer promotor (por ejemplo, una secuencia promotora en 3’ del ADN clonado) y una molécula de ARN que es la hebra sentido para el ARNm de un gen asociado a EC se transcribe por un segundo promotor (por ejemplo, una secuencia promotora en 5’ del ADN clonado). Las hebras sentido y antisentido se hibridan in vivo para generar constructos de ARNip para silenciar el gen asociado a EC. Alternativamente, los dos constructos pueden utilizarse para crear las hebras sentido y antisentido de un constructo de ARNip. Los genes asociados a EC clonados pueden codificar para un constructo que tiene una estructura secundaria, por ejemplo, horquillas, en el que un único transcrito tiene las secuencias tanto sentido como antisentido complementarias del gen diana.

Una secuencia de bucle que consiste en una secuencia de nucleótidos arbitraria puede estar ubicada entre la secuencia sentido y antisentido con el fin de formar la estructura de bucle en horquilla. Por tanto, también se dan a conocer en el presente documento ARNip que tienen la fórmula general 5’-[A]-[B]-[A’]-3’, en la que [A] es una secuencia de ribonucleótidos que corresponde a una secuencia de un gen seleccionado de la tabla 2, 5 ó 7,

[B] es una secuencia de ribonucleótidos que consiste en los nucleótidos 3 a 23 y

[A’] es una secuencia de ribonucleótidos que consiste en la secuencia complementaria de [A].

La región [A] se hibrida con [A’], y entonces se forma un bucle que consiste en la región [B]. La secuencia de bucle puede tener de 3 a 23 nucleótidos de longitud. La secuencia de bucle, por ejemplo, puede seleccionarse de las siguientes secuencias (encontradas en Internet en ambion.com/techlib/tb/tb_506.html). Además, una secuencia de bucle que consiste en 23 nucleótidos también proporciona ARNip activo (Jacque, J. M., et al., (2002) Nature 418: 435-8).

CCC, CCACC o CCACACC: Jacque, J. M, et al., (2002) Nature, vol. 418: 435-8.

UUCG: Lee, N.S., et al., (2002) Nature Biotechnology 20: 500-5.; Fruscoloni, P., et al., (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100(4): 1639-44.

UUCAAGAGA: Dykxhoorn, D. M., et al., (2003) Nature Reviews Molecular Cell Biology 4: 457-67.

Por consiguiente, en algunos aspectos, la secuencia de bucle puede seleccionarse del grupo que consiste en CCC, UUCG, CCACC, CCACACC y UUCAAGAGA. Una secuencia de bucle preferible es UUCAAGAGA (“ttcaagaga” en ADN). ARNip en horquilla a modo de ejemplo adecuado para su uso según la descripción de la presente memoria descriptiva incluye:

para ARNip de ECT2

gaugcacucaccuuguagu-[b]-acuacaaggugagugcauc (para la secuencia diana de SEQ ID NO: 8)

ggcaaauacuccugagcuc-[b]-gagcucaggaguauuugcc (para la secuencia diana de SEQ ID NO: 9)

para ARNip de CDC45L

gagacauccucuuugacua-[b]-uagucaaagaggaugucuc (para la secuencia diana de SEQ ID NO: 10)

cagaccagugggugcaaga-[b]-ucuugcacccacuggucug (para la secuencia diana de SEQ ID NO: 11)

La secuencia de nucleótidos de ARNip adecuados puede diseñarse usando un programa informático de diseño de ARNip disponible del sitio Web de Ambion en Internet en ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html. El programa informático selecciona secuencias de nucleótidos para la síntesis de ARNip basándose en el siguiente protocolo.

Selección de sitios diana de ARNip:

1.: Comenzando con el codón de iniciación AUG del transcrito objeto, explorar en el sentido de 3’ para detectar secuencias de dinucleótidos AA. Registrar la aparición de cada AA y los 19 nucleótidos adyacentes en 3’ como sitios diana de ARNip. Tuschl, et al. Genes Dev 13(24):3191-7(1999) no recomiendan el diseño de ARNip contra las regiones no traducidas en 5’ y 3’ (UTR) y regiones cerca del codón de iniciación (dentro de 75 bases) puesto que éstas pueden ser más ricas en sitios de unión de proteínas reguladoras. Proteínas de unión a UTR y/o complejos de iniciación de la traducción pueden interferir con la unión del complejo de ARNip-endonucleasa.

2.: Comparar los sitios diana con la base de datos del genoma humano y eliminar de su consideración cualquier secuencia diana con identidad de secuencia significativa con otras secuencias codificantes. La búsqueda de identidad de secuencia puede realizarse usando BLAST 2.0 (Altschul SF, et al., Nucleic Acids Res. 1997; 25(17):3389-402; Altschul SF, J Mol Biol. 1990; 215(3): 403-10.), que puede encontrarse en el servidor del NCBI en ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/.

3.: Seleccionar secuencias diana calificadas para la síntesis. Usando el algoritmo de Ambion, pueden seleccionarse preferiblemente varias secuencias diana junto con la longitud del gen que va a evaluarse.

Las secuencias reguladoras que flanquean las secuencias génicas asociadas a EC pueden ser idénticas o diferentes, de manera que su expresión puede modularse independientemente, o de una manera temporal o espacial. Se transcriben los ARNip intracelularmente clonando los moldes de genes asociados a EC, respectivamente, en un vector que contiene, por ejemplo, una unidad de transcripción de ARN polimerasa III del ARN nuclear pequeño (ARNnp) U6 o el promotor de ARN H1 humano. Para introducir el vector en la célula, puede usarse un agente de potenciación de la transfección. FuGENE (Roche diagnostics), Lipofectamine 2000 (Invitrogen), Oligofectamine (Invitrogen) y Nucleofector (Wako pure Chemical) son útiles como agente de potenciación de la transfección.

El oligonucleótido antisentido o ARNip tal como se da a conocer en el presente documento inhibe la expresión de un polipéptido dado a conocer en el presente documento y de ese modo es útil para suprimir la actividad biológica de un polipéptido dado a conocer en el presente documento. Además, inhibidores de la expresión, que comprenden el oligonucleótido antisentido o ARNip dado a conocer en el presente documento, son útiles en el momento en el que pueden inhibir la actividad biológica del polipéptido dado a conocer en el presente documento. Por tanto, una composición que comprende uno o más oligonucleótidos antisentido o ARNip tal como se da a conocer en el presente documento es útil para tratar un cáncer de esófago.

Anticuerpos:

Alternativamente, la función de uno o más productos génicos de los genes sobreexpresados en EC puede inhibirse administrando un compuesto que se une a, o inhibe de otro modo la función de, los productos génicos. Por ejemplo, el compuesto puede ser un anticuerpo que se une al producto génico o a los productos génicos sobreexpresados.

La presente memoria descriptiva se refiere al uso de anticuerpos, particularmente anticuerpos frente a una proteína codificada por un gen marcador regulado por incremento, o un fragmento de tal anticuerpo. Tal como se usa en el presente documento, el término “anticuerpo” se refiere a una molécula de inmunoglobulina que tiene una estructura específica, que interacciona (es decir, se une) sólo con el antígeno que se usó para sintetizar el anticuerpo (es decir, el producto génico de un marcador regulado por incremento) o con un antígeno estrechamente relacionado con el mismo. Además, un anticuerpo puede ser un fragmento de un anticuerpo o un anticuerpo modificado, siempre que se una a una o más de las proteínas codificadas por los genes marcadores. Por ejemplo, el fragmento de anticuerpo puede ser Fab, F(ab’)2, Fv, o Fv monocatenario (scFv), en el que los fragmentos Fv de cadenas H y L están ligados mediante un ligador apropiado (Huston J. S. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:5879-83 (1988)). Más específicamente, un fragmento anticuerpo puede generarse tratando un anticuerpo con una enzima, incluyendo papaína o pepsina. Alternativamente, puede construirse un gen que codifica para el fragmento de anticuerpo, insertarse en un vector de expresión, y expresarse en una célula huésped apropiada (véase, por ejemplo, Co M. S. et al. J. Immunol. 152:2968-76 (1994); Better M. y Horwitz A. H. Methods Enzymol. 178:476-96 (1989); Pluckthun A. y Skerra A. Methods Enzymol. 178:497-515 (1989); Lamoyi E. Methods Enzymol. 121:652-63 (1986); Rousseaux J. et al. Methods Enzymol. 121:663-9 (1986); Bird R. E. y Walker B. W. Trends Biotechnol. 9:132-7 (1991)).

Un anticuerpo puede modificarse mediante conjugación con una variedad de moléculas, incluyendo polietilenglicol (PEG). La presente invención proporciona tales anticuerpos modificados. El anticuerpo modificado puede obtenerse modificando químicamente un anticuerpo. Tales métodos de modificación son convencionales en el campo.

Alternativamente, un anticuerpo puede comprender un anticuerpo quimérico que tiene una región variable de un anticuerpo no humano y una región constante de un anticuerpo humano, o un anticuerpo humanizado, que comprende una región determinante de la complementariedad (CDR) de un anticuerpo no humano, una región de

entramado (FR) y una región constante de un anticuerpo humano. Tales anticuerpos pueden prepararse usando tecnologías conocidas.

Se han validado terapias contra el cáncer dirigidas a alteraciones moleculares específicas que se producen en células cancerosas mediante desarrollo clínico y aprobación normativa de fármacos anticancerígenos incluyendo trastuzumab (Herceptin) para el tratamiento de cáncer de mama avanzado, metilato de imatinib (Gleevec) para leucemia mieloide crónica, gefitinib (Iressa) para cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC), y rituximab (AcM anti-CD20) para linfoma de células B y linfoma de células del manto (Ciardiello F y Tortora G. Clin Cancer Res. 2001;7 (10):2958-7Q. Review.; Slamon DJ, et al., N Engl J Med. 2001; 344(11):783-92.; Rehwald U, et al., Blood. 2003;101 (2):420-4.; Fang G, et al., (2000). Blood, 96, 2246-53.). Estos fármacos son clínicamente eficaces y se toleran mejor que agentes anticancerígenos tradicionales porque se dirigen sólo a células transformadas. Por tanto, tales fármacos no sólo mejoran la supervivencia y calidad de vida para pacientes con cáncer, sino que también validan el concepto de terapia contra el cáncer dirigida molecularmente. Además, los fármacos dirigidos pueden potenciar la eficacia de la quimioterapia convencional cuando se usan en combinación con la misma (Gianni L. (2002). Oncology, 63 Sup. 1, 47-56.; Klejman A, et al., (2002). Oncogene, 21, 5868-76.). Por tanto, futuros tratamientos contra el cáncer supondrán la combinación de fármacos convencionales con agentes específicos de diana dirigidos a diferentes características de células tumorales, por ejemplo, angiogénesis e invasividad.

Estos métodos moduladores pueden realizarse ex vivo o in vitro (por ejemplo, cultivando la célula con el agente) o, alternativamente, in vivo (por ejemplo, administrando el agente a un sujeto). Los métodos suponen administrar una proteína o combinación de proteínas o una molécula de ácido nucleico o combinación de moléculas de ácido nucleico como terapia para contrarrestar la expresión aberrante de los genes expresados de manera diferencial o la actividad aberrante de sus productos génicos.

Enfermedades y trastornos que se caracterizan por niveles de expresión o actividades biológicas de genes y productos génicos aumentados (con respecto a un sujeto que no padece la enfermedad o trastorno), respectivamente, pueden tratarse con productos terapéuticos que antagonizan (es decir, reducen o inhiben) la actividad del gen o los genes sobreexpresados. Productos terapéuticos que antagonizan la actividad pueden administrarse de manera terapéutica o profiláctica.

Por consiguiente, productos terapéuticos que pueden usarse según la descripción proporcionada en el presente documento incluyen, por ejemplo, (i) un polipéptido del gen o los genes sobreexpresados o subexpresados, o análogos, derivados, fragmentos u homólogos de los mismos; (ii) anticuerpos frente al gen o los productos génicos sobreexpresados; (iii) ácidos nucleicos que codifican para el gen o genes sobreexpresados o subexpresados; (iv) ácidos nucleicos antisentido o ácidos nucleicos que son “disfuncionales” (es decir, debido a una inserción heteróloga dentro de los ácidos nucleicos de uno o más gen o genes sobreexpresados); (v) ARN de interferencia pequeño (ARNip); o (vi) moduladores (es decir, inhibidores, agonistas y antagonistas que alteran la interacción entre un polipéptido sobreexpresado o subexpresado y su pareja de unión). Las moléculas antisentido disfuncionales se usan para “desactivar” la función endógena de un polipéptido mediante recombinación homóloga (véase, por ejemplo, Capecchi, Science 244: 1288-92 1989).

Enfermedades y trastornos que se caracterizan por actividad biológica disminuida (con respecto a un sujeto que no padece la enfermedad o trastorno) pueden tratarse con productos terapéuticos que aumentan (es decir, son agonistas de) la actividad. Productos terapéuticos que regulan por incremento la actividad pueden administrarse de una manera terapéutica o profiláctica. Productos terapéuticos que pueden usarse incluyen, pero no se limitan a, un polipéptido (o análogos, derivados, fragmentos u homólogos del mismo) o un agonista que aumenta la biodisponibilidad.

Pueden detectarse fácilmente niveles aumentados o disminuidos cuantificando el péptido y/o ARN, obteniendo una muestra de tejido de un paciente (por ejemplo, de tejido de biopsia) y sometiéndola a ensayo in vitro para detectar niveles de ARN o péptido, estructura y/o actividad de los péptidos expresados (o ARNm de un gen cuya expresión está alterada). Métodos que se conocen bien en la técnica incluyen, pero no se limitan a, inmunoensayos (por ejemplo, mediante análisis de inmunotransferencia de tipo Western, inmunoprecipitación seguida por electroforesis en gel de poliacrilamida y dodecilsulfato de sodio (SDS), inmunocitoquímica, etc.) y/o ensayos de hibridación para detectar la expresión de ARNm (por ejemplo, ensayos de tipo Northern, transferencias puntuales, hibridación in situ, etc.).

La administración profiláctica se produce antes de la manifestación de síntomas clínicos manifiestos de la enfermedad o trastorno, de tal manera que se previene una enfermedad o trastorno o, alternativamente, se retrasa su progresión.

Los métodos terapéuticos según se hace referencia en el presente documento pueden incluir la etapa de poner en contacto una célula con un agente que modula una o más de las actividades de los productos génicos de los genes expresados de manera diferencial. Ejemplos de agentes que modulan la actividad de proteína incluyen, pero no se limitan a, ácidos nucleicos, proteínas, ligandos relacionados que se producen de manera natural de tales proteínas, péptidos, agentes peptidomiméticos y otras moléculas pequeñas. Por ejemplo, un agente adecuado puede estimular una o más actividades de proteínas de uno o más genes subexpresados de manera diferencial.

Vacunación contra cáncer de esófago:

En el presente documento también se hace referencia a métodos de tratamiento o prevención de cáncer de esófago en un sujeto que comprende la etapa de administrar a dicho sujeto una vacuna que comprende uno o más polipéptidos codificados por uno o más ácidos nucleicos seleccionados del grupo que consiste en los genes asociados a EC indicados en las tablas 2, 5 y 7 (es decir, genes regulados por incremento), un fragmento inmunológicamente activo de dicho polipéptido (es decir, un epítopo), o un polinucleótido que codifica para tal polipéptido o fragmento del mismo. La administración del polipéptido induce una inmunidad antitumoral en un sujeto. Para inducir inmunidad antitumoral, uno o más polipéptidos codificados por uno o más ácidos nucleicos seleccionados del grupo que consiste en los genes asociados a EC indicados en las tablas 2, 5 y 7, un(os) fragmento(s) inmunológicamente activo(s) de dichos polipéptidos, o polinucleótido(s) que codifica(n) para tal(es) polipéptido(s) o fragmento(s) del/de los mismo(s), se administran a un sujeto que lo necesita. Además, el uno o más polipéptidos codificados por el uno o más ácidos nucleicos seleccionados del grupo que consiste en los genes asociados a EC indicados en las tablas 5 y 7 pueden inducir inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago metastásico y recurrente, respectivamente. El polipéptido o los fragmentos inmunológicamente activos del mismo son útiles como vacunas contra EC. En algunos casos, las proteínas o fragmentos de las mismas pueden administrarse en una forma unida al receptor de células T (TCR) o presentarse por una célula presentadora de antígeno (CPA), incluyendo macrófagos, células dendríticas (CD), o células B. Debido a la fuerte capacidad de presentación de antígeno de las CD, el uso de CD es lo más preferible entre las CPA.

La identificación de fragmentos inmunológicamente activos (es decir, epítopos) se conoce bien en la técnica. Pueden formarse epítopos de células B tanto a partir de aminoácidos contiguos como de aminoácidos no contiguos yuxtapuestos mediante plegamiento terciario de una proteína. Los epítopos formados a partir de aminoácidos contiguos se conservan normalmente tras la exposición a disolventes desnaturalizantes mientras que los epítopos formados por plegamiento terciario (es decir, determinados conformacionalmente) se pierden normalmente tras el tratamiento con disolventes desnaturalizantes. Un epítopo incluye normalmente al menos 3, y más habitualmente, al menos 5 u 8-10 aminoácidos en una conformación espacial única. Métodos de determinación de la conformación espacial de epítopos incluyen, por ejemplo, cristalografía de rayos X y resonancia magnética nuclear de 2 dimensiones. Véase, por ejemplo, Epitope Mapping Protocols in Methods in Molecular Biology, vol. 66, Glenn E. Morris, Ed. (1996). Pueden identificarse anticuerpos que reconocen el mismo epítopo en un inmunoensayo sencillo que muestra la capacidad de un anticuerpo para bloquear la unión de otro anticuerpo a un antígeno diana (por ejemplo, un ELISA competitivo o radioinmunoensayo en fase sólida (SPRIA)). Las células T reconocen epítopos continuos de aproximadamente nueve aminoácidos para células CD8 o aproximadamente 13-15 aminoácidos para células CD4. Las células T que reconocen el epítopo pueden identificarse mediante ensayos in vitro que miden la proliferación dependiente de antígeno, según se determina mediante incorporación de 3H-timidina por células T estimuladas en respuesta a un epítopo (Burke et al., J. Inf. Dis. 170, 1110-19 (1994)), mediante destrucción dependiente de antígeno (ensayo de linfocitos T citotóxicos, Tigges et al., J. Immunol. (1996) 156:3901-10) o mediante secreción de citocinas. Se describen métodos para determinar epítopos inmunogénicos, por ejemplo, en Reineke, et al., Curr Top Microbial Immunol (1999) 243:23-36; Mahler, et al., Clin Immunol (2003) 107:65-79; Anthony y Lehmann, Methods (2003) 29:260-9; Parker y Tomer, Methods Mol Biol (2000) 146: 185-201; DeLisser, Methods Mol Biol (1999) 96:11-20; Van de Water, et al., Clin Immunol Immunopathol (1997) 85: 229-35; Carter, Methods Mol Biol (1994) 36:207-23; y Pettersson, Mol Biol Rep (1992) 16:149-53.

En la presente memoria descriptiva, una vacuna contra EC se refiere a una sustancia que tiene la capacidad de inducir inmunidad antitumoral tras su inoculación en animales. Según la presente memoria descriptiva, polipéptidos codificados por los genes asociados a EC indicados en las tablas 2, 5 y 7, o fragmentos de los mismos, son péptidos de epítopos limitados a HLA-A24 o HLA-A*0201 que inducen una respuesta inmunitaria potente y específica contra células de EC que expresan los genes asociados a EC indicados en las tablas 2, 5 y 7. Por tanto, en el presente documento también se hace referencia a métodos de inducción de inmunidad antitumoral usando los polipéptidos. En general, inmunidad antitumoral incluye respuestas inmunitarias incluyendo las siguientes:

-: inducción de linfocitos citotóxicos contra tumores,

-: inducción de anticuerpos que reconocen tumores, e

-: inducción de producción de citocinas antitumorales.

Por tanto, cuando una determinada proteína induce una cualquiera de esas respuestas inmunitarias tras su inoculación en un animal, se determina que la proteína tiene efecto de inducción de inmunidad antitumoral. La inducción de la inmunidad antitumoral por una proteína puede detectarse observando in vivo o in vitro la respuesta del sistema inmunitario del huésped contra la proteína.

Por ejemplo, se conoce bien un método para detectar la inducción de linfocitos T citotóxicos. Específicamente, una sustancia extraña que entra en el organismo vivo se presenta a células T y células B mediante la acción de células presentadoras de antígeno (CPA). Las células T que responden al antígeno presentado por las CPA de una manera específica del antígeno, se diferencian para dar células T citotóxicas (o linfocitos T citotóxicos; CTL) debido a la estimulación por el antígeno, y después proliferan (a esto se le denomina activación de células T). Por tanto, la

inducción de CTL mediante un determinado péptido puede evaluarse presentando el péptido a una célula T mediante una CPA, y detectando la inducción de CTL. Además, las CPA tienen el efecto de activar células T CD4+, células T CD8+, macrófagos, eosinófilos y células NK. Dado que las células T CD4+ y células T CD8+ también son importantes en la inmunidad antitumoral, la acción de inducción de inmunidad antitumoral del péptido puede evaluarse usando el efecto de activación de estas células como indicadores. Véase, Coligan, Current Protocols in Immunology, citado anteriormente.

En la técnica se conoce bien un método para evaluar la acción de inducción de CTL usando células dendríticas (CD) como CPA. Las CD son unas CPA representativas que tienen la acción de inducción de CTL más fuerte entre las CPA. En este método, el polipéptido de prueba se pone inicialmente en contacto con CD, y después se ponen las CD en contacto con células T. La detección de células T que tienen efectos citotóxicos contra las células de interés tras el contacto con CD muestra que el polipéptido de prueba tiene una actividad de inducción de las células T citotóxicas. La actividad de CTL contra tumores puede detectarse, por ejemplo, usando la lisis de células tumorales marcadas con 51Cr como indicador. Alternativamente, también se conocen bien métodos de evaluación del grado de daño de células tumorales usando la actividad de captación de 3H-timidina o la liberación de LDH (lactosa deshidrogenasa) como indicador.

Aparte de CD; también pueden usarse células mononucleares de sangre periférica (CMSP) como CPA. Se ha notificado que la inducción de CTL se potencia cultivando CMSP en presencia de GM-CSF e IL-4. De manera similar, se ha mostrado que se inducen CTL cultivando CMSP en presencia de hemocianina de lapa californiana (KLH) e IL-7.

Se considera que polipéptidos de prueba que se confirma que presentan actividad de inducción de CTL mediante estos métodos son polipéptidos que tienen un efecto de activación de CD y consiguiente actividad de inducción de CTL. Por tanto, los polipéptidos que inducen induce CTL contra células tumorales son útiles como vacunas contra tumores. Además, las CPA que han adquirido la capacidad de inducir CTL contra tumores mediante contacto con los polipéptidos también son útiles como vacunas contra tumores. Además, también pueden usarse CTL que han adquirido citotoxicidad debido a la presentación de los antígenos polipeptídicos mediante CPA como vacunas contra tumores. Tales métodos terapéuticos para tumores, usando inmunidad antitumoral debida a CPA y CTL, se denominan inmunoterapia celular.

Generalmente, cuando se usa un polipéptido para inmunoterapia celular, se sabe que la eficacia de la inducción de CTL se aumenta combinando una pluralidad de polipéptidos que tienen diferentes estructuras y poniéndolos en contacto con CD. Por tanto, cuando se estimulan CD con fragmentos de proteína, resulta ventajoso usar una mezcla de múltiples tipos de fragmentos.

Alternativamente, la inducción de inmunidad antitumoral mediante un polipéptido puede confirmarse observando la inducción de producción de anticuerpos contra tumores. Por ejemplo, cuando se inducen anticuerpos contra un polipéptido en un animal de laboratorio inmunizado con el polipéptido, y cuando se suprime el crecimiento de células tumorales por esos anticuerpos, se considera que el polipéptido tiene la capacidad de inducir inmunidad antitumoral.

Se induce inmunidad antitumoral administrando la vacuna dada a conocer en el presente documento, y la inducción de inmunidad antitumoral permite el tratamiento y la prevención de EC. La terapia contra cáncer o la prevención del inicio de cáncer incluye cualquiera de las siguientes etapas, incluyendo inhibición del crecimiento de células cancerosas, involución de cáncer, y supresión de la aparición de cáncer. En la terapia o prevención de cáncer también se incluye una disminución de la morbimortalidad de individuos que tienen cáncer, disminución de los niveles de marcadores tumorales en la sangre, alivio de síntomas detectables que acompañan al cáncer, y similares. Preferiblemente, tales efectos terapéuticos y preventivos son estadísticamente significativos. Por ejemplo, en la observación, un nivel de significación del 5% o inferior, en el que un efecto terapéutico o preventivo de una vacuna contra enfermedades de proliferación celular se compara con un control sin administración de vacuna. Por ejemplo, puede usarse la prueba de la t de Student, la prueba de la U de Mann-Whitney o ANOVA para el análisis estadístico.

La proteína mencionada anteriormente que tiene actividad inmunológica o un vector que codifica para la proteína pueden combinarse con un adyuvante. Un adyuvante se refiere a un compuesto que potencia la respuesta inmunitaria contra la proteína cuando se administra junto con (o sucesivamente a) la proteína que tiene actividad inmunológica. Adyuvantes a modo de ejemplo incluyen, pero no se limitan a, toxina del cólera, toxina de Salmonella, alumbre, y similares, pero no se limitan a los mismos. Además, la vacuna de esta invención puede combinarse apropiadamente con un portador farmacéuticamente aceptable. Ejemplos de tales portadores incluyen agua esterilizada, solución salina fisiológica, tampón fosfato, fluido de cultivo y similares. Además, la vacuna puede contener según sea necesario estabilizantes, suspensiones, conservantes, tensioactivos y similares. La vacuna puede administrarse de manera sistemática o por vía local, por ejemplo, por vías intradérmica, intramuscular, subcutánea, transdérmica, bucal o intranasal. La administración de la vacuna puede realizarse mediante una única administración, o reforzarse mediante múltiples administraciones. Las dosis son tal como se expone a continuación.

Cuando se usa una CPA o CTL como vacuna, pueden tratarse o prevenirse tumores, por ejemplo, mediante el método ex vivo. Más específicamente, se extraen CMSP del sujeto que recibe tratamiento o prevención, se ponen las células en contacto con el polipéptido ex vivo, y tras la inducción de CPA o CTL, pueden administrarse las

células al sujeto. También pueden inducirse CPA introduciendo un vector que codifica para el polipéptido en CMSP ex vivo. Pueden clonarse CPA o CTL inducidas in vitro antes de la administración. Clonando y haciendo crecer células que tienen una alta actividad de daño de células diana, puede realizarse la inmunoterapia celular más eficazmente. Además, pueden usarse CPA y CTL aisladas de esta manera para inmunoterapia celular no sólo contra individuos de quienes se extraen las células, sino también contra tipos similares de tumores de otros individuos.

Se describen métodos generales para desarrollar vacunas, por ejemplo, en Vaccine Protocols, Robinson and Cranage, Eds., 2003, Humana Press; Marshall, Vaccine Handbook: A Practical Guide for Clinicians, 2003, Lippincott Williams & Wilkins; y Vaccine Delivery Strategies, Dietrich, et al., Eds., 2003, Springer Verlag.

Composiciones farmacéuticas:

Además, se describe una composición farmacéutica para su uso en el tratamiento o la prevención de una enfermedad de proliferación celular, por ejemplo cáncer, que comprende una cantidad farmacéuticamente eficaz del polipéptido dado a conocer en el presente documento. La composición farmacéutica puede usarse para provocar inmunidad antitumoral.

En el contexto de la presente invención, formulaciones farmacéuticas adecuadas incluyen las adecuadas para su administración oral, rectal, nasal, tópica (incluyendo bucal y sub-lingual), vaginal o parenteral (incluyendo intramuscular, subcutánea e intravenosa), o para su administración mediante inhalación o insuflación. Preferiblemente, la administración es intravenosa. Las formulaciones se envasan opcionalmente en unidades de dosificación diferenciadas.

Formulaciones farmacéuticas adecuadas para la administración oral incluyen cápsulas, sobres o comprimidos, conteniendo cada uno una cantidad predeterminada de principio activo. Formulaciones adecuadas también incluyen polvos, gránulos, disoluciones, suspensiones y emulsiones. El principio activo se administra opcionalmente como pasta o electuario en bolo. Los comprimidos y cápsulas para su administración oral pueden contener excipientes convencionales, incluyendo agentes aglutinantes, cargas, lubricantes, disgregantes y/o agentes humectantes. Un comprimido puede fabricarse mediante compresión o moldeo, opcionalmente con uno o más componentes de formulación. Pueden prepararse comprimidos sometidos a compresión mediante compresión en una máquina adecuada de los principios activos en una forma de flujo libre, por ejemplo, polvo o gránulos, opcionalmente mezclados con un aglutinante, lubricante, diluyente inerte, lubricante, tensioactivo y/o agente dispersante. Pueden prepararse comprimidos moldeados mediante moldeo en una máquina adecuada de una mezcla del compuesto en polvo humedecido con un diluyente líquido inerte. Los comprimidos pueden recubrirse según métodos bien conocidos en la técnica. Las preparaciones fluidas orales pueden estar en forma de, por ejemplo, suspensiones acuosas o aceitosas, disoluciones, emulsiones, jarabes o elixires, o pueden presentarse como un producto seco para su constitución con agua u otro vehículo adecuado antes de su uso. Tales preparaciones líquidas pueden contener aditivos convencionales, por ejemplo, agentes de suspensión, agentes emulsionantes, vehículos no acuosos (que pueden incluir aceites comestibles), y/o conservantes. Los comprimidos pueden formularse opcionalmente de modo que proporcionen una liberación lenta o controlada del principio activo en los mismos. Un envase de comprimidos puede contener un comprimido para tomarse en cada del mes.

Formulaciones adecuadas para su administración parenteral incluyen disoluciones para inyección estériles acuosas y no acuosas, opcionalmente contienen antioxidantes, tampones, agentes bacteriostáticos y solutos que hacen que la formulación sea isotónica con la sangre del receptor previsto; así como suspensiones estériles acuosas y no acuosas que incluyen agentes de suspensión y/o agentes espesantes. Las formulaciones pueden presentarse en recipientes de dosis unitarias o de múltiples dosis, por ejemplo tal como ampollas selladas y viales, y pueden almacenarse en un estado secado por congelación (liofilizado), que sólo requiere la adición del portador líquido estéril, por ejemplo, solución salina, agua para inyección, inmediatamente antes de su uso. Alternativamente, las formulaciones pueden presentarse para su infusión continua. Pueden prepararse suspensiones y disoluciones para inyección extemporánea a partir de polvos estériles, gránulos y comprimidos del tipo descrito anteriormente.

Formulaciones adecuadas para su administración rectal incluyen supositorios con portadores convencionales, por ejemplo, manteca de cacao y polietilenglicol. Formulaciones adecuadas para su administración tópica en la boca, por ejemplo, por vía bucal o por vía sublingual, incluyen pastillas para chupar, que contienen el principio activo en una base aromatizada, por ejemplo, sacarosa y goma arábiga o tragacanto, y pastillas, que comprenden el principio activo en una base, por ejemplo, gelatina y glicerina o sacarosa y goma arábiga. Para su administración intranasal, los compuestos de la invención pueden usarse con una pulverización líquida, un polvo dispersable o en forma de gotas. Las gotas pueden formularse con una base acuosa o no acuosa que también comprende uno o más agentes dispersantes, agentes solubilizantes y/o agentes de suspensión.

Para administración mediante inhalación los compuestos pueden administrarse convenientemente a partir de un insuflador, nebulizador, envases presurizados u otros medios convenientes de administración de una pulverización de aerosol. Los envases presurizados pueden comprender un propelente adecuado, por ejemplo, diclorodifluorometano, triclorofluorometano, diclorotetrafluoroetano, dióxido de carbono u otro gas adecuado. En el caso de un aerosol presurizado, la unidad de dosificación puede determinarse proporcionando una válvula para administrar una cantidad dosificada.

Alternativamente, para la administración mediante inhalación o insuflación, los compuestos pueden adoptar la forma de una composición en polvo seca, por ejemplo una mezcla en polvo del compuesto y una base en polvo adecuada, por ejemplo, lactosa o almidón. La composición en polvo puede presentarse en una forma farmacéutica unitaria, por ejemplo, como cápsulas, cartuchos, gelatina o envases de blíster, a partir de la cual puede administrarse el polvo con ayuda de un inhalador o insufladores.

Otras formulaciones incluyen dispositivos implantables y parches adhesivos que liberan un agente terapéutico.

Cuando se desea, pueden emplearse las formulaciones descritas anteriormente, adaptadas para proporcionar una liberación sostenida del principio activo. Las composiciones farmacéuticas también pueden contener otros principios activos, incluyendo agentes antimicrobianos, inmunosupresores y/o conservantes.

Debe entenderse que además de los componentes particularmente mencionados anteriormente, las formulaciones de esta invención pueden incluir otros agentes convencionales en la técnica con respecto al tipo de formulación en cuestión. Por ejemplo, formulaciones adecuadas para su administración oral pueden incluir agentes aromatizantes.

Formulaciones farmacéuticas unitarias preferidas contienen una dosis eficaz, tal como se menciona a continuación,

o una fracción apropiada de la misma, del principio activo.

Para cada uno de los estados mencionados anteriormente, las composiciones, por ejemplo, polipéptidos y compuestos orgánicos, pueden administrarse por vía oral o mediante inyección a una dosis que oscila entre aproximadamente 0,1 y aproximadamente 250 mg/kg al día. El intervalo de dosis para seres humanos adultos es generalmente de desde aproximadamente 5 mg hasta aproximadamente 17,5 g/día, preferiblemente de aproximadamente 5 mg a aproximadamente 10 g/día, y lo más preferiblemente de aproximadamente 100 mg a aproximadamente 3 g/día. Comprimidos u otras formas farmacéuticas unitarias de presentación proporcionadas en unidades diferenciadas pueden contener convenientemente una cantidad que es eficaz a tal dosificación o como múltiplo de la misma, por ejemplo, unidades que contienen de aproximadamente 5 mg a aproximadamente 500 mg, habitualmente desde aproximadamente 100 mg hasta aproximadamente 500 mg.

La dosis empleada dependerá de varios factores, incluyendo la edad y el sexo del sujeto, el trastorno preciso que está tratándose, y su gravedad. Además la vía de administración puede variar dependiendo del estado y su gravedad. En cualquier caso, pueden calcularse rutinariamente dosificaciones apropiadas y óptimas por los expertos en la técnica, teniendo en consideración los factores mencionados anteriormente.

VI. Serodiagnóstico de cáncer:

Midiendo el nivel de DKK1 en una muestra biológica derivada de un sujeto, puede determinarse la aparición de cáncer o una predisposición a desarrollar cáncer en un sujeto. Preferiblemente, el cáncer es o bien cáncer de esófago o de pulmón, o bien ambos. Por consiguiente, la presente invención implica determinar (por ejemplo, medir) el nivel de DKK1 en una muestra biológica.

Puede usarse cualquier material biológico como muestra biológica para determinar el nivel de DKK1 siempre que pueda detectarse o bien el gen de DKK1 o bien la proteína DKK1 en la muestra. Preferiblemente, la muestra biológica comprende sangre, suero u otros fluidos corporales tales como esputo. La muestra biológica preferida es sangre o muestra derivada de sangre. La muestra derivada de sangre incluye suero, plasma o sangre completa.

El sujeto al que se le diagnostica cáncer según el método es preferiblemente un mamífero e incluye ser humano, primate no humano, ratón, rata, perro, gato, caballo y vaca.

En un aspecto, se detecta un transcrito génico del gen de DKK1 (por ejemplo, la proteína DKK1) para determinar el nivel de DKK1. El gen de DKK1 puede detectarse y medirse usando técnicas bien conocidas por un experto habitual en la técnica. Los transcritos génicos detectados mediante el método incluyen tanto productos de transcripción como de traducción, tales como ARNm y proteínas. Por ejemplo, pueden usarse secuencias correspondientes al gen de DKK1 para construir sondas para detectar ARNm de DKK1 mediante, por ejemplo, análisis de hibridación por transferencia de tipo Northern. La hibridación de la sonda con un transcrito génico en una muestra biológica de un sujeto también puede llevarse a cabo en un microalineamiento de ADN. Como otro ejemplo, la secuencia de DKK1 puede usarse para construir cebadores para amplificar específicamente el polinucleótido de DKK1 en, por ejemplo, métodos de detección basados en amplificación tales como reacción en cadena de la polimerasa basada en transcripción inversa (RT-PCR).

En un aspecto alternativo, el nivel de DKK1 se determina midiendo la cantidad de proteína DKK1 en una muestra biológica. Un método para determinar la cantidad de la proteína DKK1 en una muestra biológica incluye métodos de inmunoensayo. En un aspecto preferido, el inmunoensayo comprende un ELISA.

Entonces se compara el nivel de DKK1 en la muestra biológica con un nivel de DKK1 asociado con una muestra de referencia, tal como una muestra control normal. La frase “nivel de control normal” se refiere al nivel de DKK1 encontrado normalmente en una muestra biológica de una población que no presenta cáncer. La muestra de referencia es preferiblemente de una naturaleza similar a la de la muestra de prueba. Por ejemplo, si la muestra de

prueba comprende suero extraído de un paciente que se va a someter a diagnóstico o pronóstico, la muestra de referencia también debe ser suero. El nivel de DKK1 en las muestras biológicas de sujetos control y de prueba puede determinarse al mismo tiempo o, alternativamente, el nivel de control normal puede determinarse mediante un método estadístico basándose en los resultados obtenidos analizando el nivel de DKK1 en muestras previamente extraídas de un grupo control.

El nivel de DKK1 también puede usarse para monitorizar el transcurso del tratamiento de cáncer. En este método, se proporciona una muestra biológica de prueba de un sujeto que se somete a tratamiento para cáncer. Preferiblemente, el cáncer es cáncer de esófago y de pulmón. Preferiblemente, se obtienen múltiples muestras biológicas de prueba del sujeto en diversos puntos de tiempo antes, durante o después del tratamiento. El nivel de DKK1 en la muestra tras el tratamiento puede compararse entonces con el nivel de DKK1 en la muestra previa al tratamiento o, alternativamente, con una muestra de referencia (por ejemplo, un nivel de control normal). Por ejemplo, si el nivel de DKK1 tras el tratamiento es inferior al nivel de DKK1 previo al tratamiento, puede concluirse que el tratamiento fue eficaz. Asimismo, si el nivel de DKK1 tras el tratamiento es similar al nivel de DKK1 de control normal, también puede concluirse que el tratamiento fue eficaz.

Un tratamiento “eficaz” es uno que conduce a una reducción del nivel de DKK1 o una disminución del tamaño, prevalencia o potencial metastásico de cáncer en un sujeto. Cuando se aplica un tratamiento de manera profiláctica, “eficaz” significa que el tratamiento retrasa o previene la aparición de cáncer o alivia un síntoma clínico del cáncer. La evaluación del cáncer puede realizarse usando protocolos clínicos convencionales. Además, la eficacia de un tratamiento puede determinarse en asociación con cualquier método conocido para diagnosticar o tratar cáncer. Por ejemplo, el cáncer se diagnostica rutinariamente de manera histopatológica o identificando anomalías sintomáticas tales como tos crónica, ronquera, toser sangre, pérdida de peso, pérdida de apetito, dificultad para respirar, respiración sibilante, ataques repetidos de bronquitis o neumonía y dolor en el tórax.

Además, el presente método para diagnosticar cáncer también puede aplicarse para evaluar el pronóstico de un paciente con cáncer comparando el nivel de DKK1 en una muestra biológica derivada de un paciente con el de una muestra de referencia. Preferiblemente, el cáncer es cáncer de esófago y de pulmón. Alternativamente, el nivel de DKK1 en la muestra biológica puede medirse a lo largo de una gama de estadios de la enfermedad para evaluar el pronóstico del paciente. Un aumento en el nivel de DKK1 en comparación con un nivel de control normal indica un pronóstico menos favorable. Una similitud en el nivel de DKK1 en comparación con un nivel de control normal indica un pronóstico más favorable del paciente.

VII. Método para evaluar el pronóstico del cáncer

Según la descripción proporcionada con el presente documento, se descubrió recientemente que la expresión de DKK1 está significativamente asociada con un peor pronóstico de pacientes (véase la figura 2). Por tanto, en el presente documento se hace referencia a un método para determinar o evaluar el pronóstico de un paciente con cáncer, en particular, cáncer de esófago y de pulmón, detectando el nivel de expresión del gen de DKK1 en una muestra biológica del paciente; comparando el nivel de expresión detectado con un nivel de control; y determinando un aumento el nivel de expresión con respecto al nivel de control como indicativo de un mal pronóstico (mala supervivencia).

En el presente documento, el término “pronóstico” se refiere a una previsión en cuanto al posible desenlace de la enfermedad así como a la perspectiva de recuperación de la enfermedad según se indica por la naturaleza y los síntomas del caso. Por consiguiente, un pronóstico malo, negativo, menos favorable, se define por una tasa de supervivencia o plazo de supervivencia tras el tratamiento inferior. Por el contrario, un pronóstico bueno, positivo, favorable, se define por una tasa de supervivencia o plazo de supervivencia tras el tratamiento elevado.

La expresión “evaluar el pronóstico” se refiere a la capacidad de predecir, prever o correlacionar una detección o medición dada con un desenlace futuro del cáncer del paciente (por ejemplo, malignidad, posibilidad de curar el cáncer, supervivencia y similares). Por ejemplo, una determinación del nivel de expresión de DKK1 a lo largo del tiempo permite una predicción de un desenlace para el paciente (por ejemplo, aumento o disminución de la malignidad, aumento o disminución del grado de un cáncer, probabilidad de curar el cáncer, supervivencia y similares).

Tal como se usa en el presente documento, se pretende que la frase “evaluar (o determinar) el pronóstico” abarque predicciones y análisis de probabilidad del cáncer, progresión, particularmente recidiva de cáncer, expansión metastásica y recidiva de la enfermedad. El presente método para evaluar el pronóstico está previsto para usarse clínicamente en la toma de decisiones referentes a modalidades de tratamiento, incluyendo intervención terapéutica, criterios de diagnóstico tales como determinación del estadio de la enfermedad, y monitorización de la enfermedad y vigilancia para detectar metástasis o recidiva de enfermedad neoplásica.

La muestra biológica derivada de un paciente usada para el método puede ser cualquier muestra derivada del sujeto que va a evaluarse siempre que pueda detectarse el gen de DKK1 en la muestra. Preferiblemente, la muestra biológica comprende una célula de esófago y pulmonar (una célula obtenida del esófago y del pulmón). Además, la muestra biológica incluye fluidos corporales tales como esputo, sangre, suero, o plasma. Además, la muestra puede

ser células purificadas de un tejido. Las muestras biológicas pueden obtenerse a partir de un paciente en diversos puntos de tiempo, incluyendo antes, durante y/o después de un tratamiento.

Según la descripción proporcionada con el presente documento, se mostró que cuanto mayor es el nivel de expresión del gen de DKK1 medido en la muestra biológica derivada del paciente, peor es el pronóstico para la remisión, recuperación y/o supervivencia tras el tratamiento y mayor es la posibilidad de un mal desenlace clínico. Por tanto, según el presente método, el “nivel de control” usado para la comparación puede ser, por ejemplo, el nivel de expresión del gen de DKK1 detectado antes de cualquier clase de tratamiento en un individuo o una población de individuos que mostró un pronóstico de cáncer bueno o positivo, después del tratamiento, que se denominará en el presente documento “nivel de control de buen pronóstico”. Alternativamente, el “nivel de control” puede ser el nivel de expresión del gen de DKK1 detectado antes de cualquier clase de tratamiento en un individuo o una población de individuos que mostró un pronóstico de cáncer malo o negativo, después del tratamiento, que se denominará en el presente documento “nivel de control de mal pronóstico”. El “nivel de control” es un patrón de expresión individual derivado de una población de referencia individual o de una pluralidad de patrones de expresión. Por tanto, el nivel de control puede determinarse basándose en el nivel de expresión del gen de DKK1 detectado antes de cualquier clase de tratamiento en un paciente con cáncer, o una población de pacientes cuyo estado patológico (pronóstico bueno o malo) se conoce. Preferiblemente, el cáncer es cáncer de esófago y de pulmón. Se prefiere usar el valor estándar de los niveles de expresión del gen de DKK1 en un grupo de pacientes con un estado patológico conocido. El valor estándar puede obtenerse mediante cualquier método conocido en la técnica. Por ejemplo, puede usarse un intervalo de media ± D.E. o media ± 3 D.E. como valor estándar.

El nivel de control puede determinarse al mismo tiempo con la muestra biológica de prueba usando una(s) muestra(s) previamente extraída(s) y almacenada(s) antes de cualquier clase de tratamiento de paciente(s) con cáncer (control o grupo control) cuyo estado patológico (buen pronóstico o mal pronóstico) se conoce.

Alternativamente, el nivel de control puede determinarse mediante un método estadístico basándose en los resultados obtenidos analizando el nivel de expresión del gen de DKK1 en muestras previamente extraídas y almacenadas de un grupo control. Además, el nivel de control puede ser una base de datos de patrones de expresión de células previamente sometidas a prueba. Además, según un aspecto dado a conocer en el presente documento, el nivel de expresión del gen de DKK1 en una muestra biológica puede compararse con múltiples niveles de control, niveles de control que se determinan a partir de múltiples muestras de referencia. Se prefiere usar un nivel de control determinado a partir de una muestra de referencia derivada de un tipo de tejido similar al de la muestra biológica derivada del paciente.

Según la presente descripción, una similitud en el nivel de expresión del gen de DKK1 con el nivel de control de buen pronóstico indica un pronóstico más favorable del paciente y un aumento en el nivel de expresión con respecto al nivel de control de buen pronóstico indica un pronóstico peor, menos favorable, para la remisión, recuperación, supervivencia y/o desenlace clínico tras el tratamiento. Por otro lado, una disminución en el nivel de expresión del gen de DKK1 con respecto al nivel de control de mal pronóstico indica un pronóstico más favorable del paciente y una similitud en el nivel de expresión con respecto al nivel de control de mal pronóstico indica un pronóstico peor, menos favorable, para la remisión, recuperación, supervivencia y/o desenlace clínico tras el tratamiento.

Un nivel de expresión del gen de DKK1 en una muestra biológica puede considerarse alterado cuando el nivel de expresión se diferencia del nivel de control en más de 1,0, 1,5, 2,0, 5,0, 10,0 o más veces. Alternativamente, un nivel de expresión del gen de DKK1 en una muestra biológica puede considerarse alterado cuando el nivel de expresión aumenta o disminuye con respecto al nivel de control en al menos el 10%, el 20%, el 30%, el 40%, el 50%, el 60%, el 80%, el 90% o más.

La diferencia en el nivel de expresión entre la muestra biológica de prueba y el nivel de control puede normalizarse con respecto a un control, por ejemplo, gen de mantenimiento. Por ejemplo, pueden usarse polinucleótidos cuyos niveles de expresión se sabe que no se diferencian entre células cancerosas y no cancerosas, incluyendo los que codifican para ∀-actina, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa, y proteína ribosómica P1, para normalizar los niveles de expresión del gen de DKK1.

El nivel de expresión puede determinarse detectando el transcrito génico en la muestra biológica derivada del paciente usando técnicas bien conocidas en la técnica. Los transcritos génicos detectados mediante el presente método incluyen tanto los productos de transcripción como de traducción, tales como ARNm y proteína.

Por ejemplo, el producto de transcripción del gen de DKK1 puede detectarse mediante hibridación, por ejemplo, análisis de hibridación de transferencia de tipo Northern, que usan una sonda de gen de DKK1 para el transcrito génico. La detección puede llevarse a cabo en un chip o un microalineamiento. El uso de un microalineamiento es preferible para detectar el nivel de expresión de una pluralidad de genes incluyendo el gen de DKK1. Como otro ejemplo, pueden emplearse métodos de detección basados en amplificación, tales como reacción en cadena de la polimerasa basada en transcripción inversa (RT-PCR) que usan cebadores específicos para el gen de DKK1, para la detección (véase el ejemplo). Los cebadores o la sonda específicos del gen de DKK1 pueden diseñarse y prepararse usando técnicas convencionales haciendo referencia a la secuencia completa del gen de DKK1 (SEQ ID NO: 109). Por ejemplo, los cebadores (SEQ ID NO: 74 y 111, 73 y 74) usados en el ejemplo pueden emplearse para

la detección mediante RT-PCR, pero la presente invención no se limita a los mismos.

Específicamente, una sonda o cebador usado para el presente método se hibrida en condiciones rigurosas, de rigurosidad moderada o de baja rigurosidad con el ARNm del gen de DKK1. Tal como se usa en el presente documento, la expresión “condiciones (de hibridación) rigurosas” se refiere a condiciones en las que una sonda o cebador se hibridará con su secuencia diana, pero no con otras secuencias. Las condiciones rigurosas son dependientes de la secuencia y serán diferentes en circunstancias diferentes. Se observa la hibridación específica de secuencias más largas a temperaturas superiores que secuencias más cortas. Generalmente, la temperatura de una condición rigurosa se selecciona para ser aproximadamente 5ºC inferior al punto de fusión térmica (Tf) para una secuencia específica a una fuerza iónica y pH definidos. La Tf es la temperatura (con una fuerza iónica, pH y concentración de ácido nucleico definidos) a la que el 50% de las sondas complementarias a la secuencia diana se hibridan con la secuencia diana en equilibrio. Dado que las secuencias diana están generalmente presentes en exceso, a la Tf, el 50% de las sondas están ocupadas en equilibrio. Normalmente, las condiciones rigurosas serán aquéllas en las que la concentración de sal es inferior a aproximadamente 1,0 M de ión sodio, normalmente de aproximadamente 0,01 a 1,0 M de ión sodio (u otras sales) a pH de 7,0 a 8,3 y la temperatura es de al menos aproximadamente 30ºC para sondas o cebadores cortos (por ejemplo, de 10 a 50 nucleótidos) y de al menos aproximadamente 60ºC para sondas o cebadores más largos. También pueden lograrse condiciones rigurosas con la adición de agentes desestabilizantes, tales como formamida.

Alternativamente, puede detectarse el producto de traducción para la evaluación de la presente invención. Por ejemplo, puede determinarse la cantidad de la proteína DKK1. Un método para determinar la cantidad de la proteína como producto de traducción incluye métodos de inmunoensayo que usan un anticuerpo que reconoce específicamente la proteína DKK1. El anticuerpo puede ser monoclonal o policlonal. Además, puede usarse cualquier fragmento o modificación (por ejemplo, anticuerpo quimérico, scFv; Fab, F(ab’)2, Fv, etc.) del anticuerpo para la detección, siempre que el fragmento conserve la capacidad de unión a la proteína DKK1. En la técnica se conocen bien métodos para preparar estas clases de anticuerpos para la detección de proteínas, y puede emplearse cualquier método en la presente invención para preparar tales anticuerpos y equivalentes de los mismos.

Como otro método para detectar el nivel de expresión del gen de DKK1 basándose en su producto de traducción, puede observarse la intensidad de tinción mediante análisis inmunohistoquímico usando un anticuerpo frente a la proteína DKK1. Concretamente, la observación de fuerte tinción indica un aumento de la presencia de la proteína DKK1 y al mismo tiempo un alto nivel de expresión del gen de DKK1.

Además, se sabe que la proteína DKK1 tiene una actividad de proliferación celular. Por tanto, el nivel de expresión del gen de DKK1 puede determinarse usando tal actividad de proliferación celular como índice. Por ejemplo, se preparan células que expresan DKK1 y se cultivan en presencia de una muestra biológica, y después detectando la velocidad de proliferación, o midiendo el ciclo celular o la capacidad de formación de colonias, puede determinarse la actividad de proliferación celular de la muestra biológica.

Además, adicionalmente al nivel de expresión del gen de DKK1, también puede determinarse el nivel de expresión de otros genes asociados con células del esófago y pulmonares, por ejemplo, genes que se sabe que se expresan de manera diferencial en cáncer de esófago y de pulmón, para mejorar la precisión de la evaluación. Tales otros genes asociados con células pulmonares incluyen los descritos en los documentos WO 2004/031413 y WO 2005/090603.

El paciente que va a evaluarse para determinar el pronóstico de cáncer según el método es preferiblemente un mamífero e incluye ser humano, primate no humano, ratón, rata, perro, gato, caballo y vaca.

VIII. Un kit para evaluar el pronóstico de cáncer

En el presente documento se da a conocer un kit para evaluar el pronóstico de cáncer. Preferiblemente, el cáncer es cáncer de esófago y de pulmón. Específicamente, el kit comprende al menos un reactivo para detectar la expresión del gen de DKK1 en una muestra biológica derivada de un paciente, reactivo que puede seleccionarse del grupo de:

(a): un reactivo para detectar ARNm del gen de DKK1;

(b): un reactivo para detectar la proteína DKK1; y

(c): un reactivo para detectar la actividad biológica de la proteína DKK1.

Reactivos adecuados para detectar ARNm del gen de DKK1 incluyen ácidos nucleicos que se unen específicamente al, o identifican el, ARNm de DKK1, tales como oligonucleótidos que tienen una secuencia complementaria a una parte del ARNm de DKK1. Estas clases de oligonucleótidos se muestran a modo de ejemplo por cebadores y sondas que son específicos para el ARNm de DKK1. Estas clases de oligonucleótidos pueden prepararse basándose en métodos bien conocidos en la técnica. Si se necesita, el reactivo para detectar el ARNm de DKK1 puede inmovilizarse sobre una matriz sólida. Además, puede incluirse en el kit más de un reactivo para detectar el ARNm de DKK1.

Por otro lado, reactivos adecuados para detectar la proteína DKK1 incluyen anticuerpos frente a la proteína DKK1. El anticuerpo puede ser monoclonal o policlonal. Además, puede usarse cualquier fragmento o modificación (por ejemplo, anticuerpo quimérico, scFv, Fab, F(ab’)2, Fv, etc.) del anticuerpo como reactivo, siempre que el fragmento conserve la capacidad de unión a la proteína DKK1. En la técnica se conocen bien métodos para preparar estas clases de anticuerpos para la detección de proteínas, y puede emplearse cualquier método para preparar tales anticuerpos y equivalentes de los mismos. Además, el anticuerpo puede marcarse con moléculas generadoras de señal mediante enlace directo o una técnica de marcaje indirecto. En la técnica se conocen bien marcadores y métodos para marcar anticuerpos y detectar la unión de anticuerpos a sus dianas y puede emplearse cualquier marcador y método. Además, puede incluirse en el kit más de un reactivo para detectar la proteína DKK1.

Además, cuando se usa una célula que expresa LRP5/6 y Kremen como reactivo, la actividad biológica puede determinarse, por ejemplo, midiendo la actividad de proliferación celular debida a la proteína DKK1 expresada en proteína en el biológico. Por ejemplo, se cultiva la célula en presencia de una muestra biológica derivada de un paciente, y después detectando la velocidad de proliferación, o midiendo el ciclo celular o la capacidad de formación de colonias, puede determinarse la actividad de proliferación celular de la muestra biológica. Si se necesita, el reactivo para detectar el ARNm de DKK1 puede inmovilizarse sobre una matriz sólida. Además, puede incluirse en el kit más de un reactivo para detectar la actividad biológica de la proteína DKK1.

El kit puede comprender más de uno de los reactivos mencionados anteriormente. Además, el kit puede comprender una matriz sólida y reactivo para unirse a una sonda contra el gen de DKK1 o anticuerpo frente a la proteína DKK1, un medio y recipiente para cultivar células, reactivos de control positivo y negativo, y un anticuerpo secundario para detectar un anticuerpo frente a la proteína DKK1. Por ejemplo, muestras tisulares obtenidas de un paciente con buen pronóstico o mal pronóstico pueden servir como reactivos de control útiles. Un kit de la presente invención puede incluir además otros materiales deseables desde un punto de vista comercial y de usuario, incluyendo tampones, diluyentes, filtros, agujas, jeringuillas y prospectos (por ejemplo, por escrito, en cinta magnética, CD-ROM, etc.) con instrucciones de uso. Estos reactivos y similares pueden estar comprendidos en un recipiente con una etiqueta. Recipientes adecuados incluyen botellas, viales y tubos de ensayo. Los recipientes pueden formarse a partir de una variedad de materiales, tales como vidrio o plástico.

En un aspecto, cuando el reactivo es una sonda contra el ARNm de DKK1, el reactivo puede inmovilizarse sobre una matriz sólida, tal como una tira porosa, para formar al menos un sitio de detección. La región de medición o detección de la tira porosa puede incluir una pluralidad de sitios, conteniendo cada uno un ácido nucleico (sonda). Una tira de prueba también puede contener sitios para controles negativos y/o positivos. Alternativamente, pueden ubicarse sitios de control en una tira separada de la tira de prueba. Opcionalmente, los diferentes sitios de detección pueden contener diferentes cantidades de ácidos nucleicos inmovilizados, es decir, una cantidad superior en el primer sitio de detección y cantidades menores en sitios posteriores. Tras la adición de muestra de prueba, el número de sitios que presentan una señal detectable proporciona una indicación cuantitativa de la cantidad de ARNm de DKK1 presente en la muestra. Los sitios de detección pueden configurarse en cualquier forma detectable de manera adecuada y normalmente están en forma de una barra o punto que abarca el ancho de una tira de prueba.

El kit dado a conocer en el presente documento puede comprender además una muestra control positiva o una muestra patrón de DKK1. La muestra control positiva de la presente invención puede prepararse extrayendo muestras de sangre positivas para DKK1 y después se someten a ensayo esos niveles de DKK1. Adicionalmente, puede añadirse polinucleótido o proteína DKK1 purificada al suero libre de DKK1 para formar la muestra positiva o el patrón de DKK1. DKK1 purificada puede ser una proteína recombinante. El nivel de DKK1 de la muestra control positiva es, por ejemplo, más del valor de corte.

A continuación en el presente documento, la presente invención se describe con más detalle mediante referencia a los ejemplos. Sin embargo, los siguientes materiales, métodos y ejemplos sólo ilustran aspectos de la invención y no se pretende de ninguna manera que limiten el alcance de la presente invención. Como tales, en la práctica o las pruebas de la presente invención pueden usarse métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en el presente documento.

Ejemplos

Ejemplo 1:

Materiales y métodos

Líneas celulares:

Las 10 líneas celulares de ESCC humano y una línea celular de carcinoma faríngeo usadas en el presente documento incluyeron 10 carcinomas de células escamosas (SCC; TE1, TE2, TE3, TE4, TE5, TE6, TE8, TE9, TE10 y FaDu), y un adenocarcinoma (ADC; TE7). Las 25 líneas celulares de cáncer de pulmón humano usadas en este estudio incluyeron nueve adenocarcinomas (ADC), A427, A549, LC319, PC-3, PC-9, PC-14, NCI-H1373, NCI-H1666 y NCI-H1781, dos carcinomas adenoescamosos (ASC), NCI-H226, NCI-H647, siete carcinomas de células escamosas (SCC), EBC-1, LU61, NCI-H520, NCI-H1703, NCI-H2170, RERF-LC-AI y SK-MES-1, un carcinoma de

células grandes (LCC), LX1 y seis cánceres de pulmón de células pequeñas (SCLC), DMS114, DMS273, SBC-3, SBC-5, NCI-H196 y NCI-H446. Todas las células se hicieron crecer en monocapas en medios apropiados complementados con suero bovino fetal al 10% (FCS) y se mantuvieron a 37ºC en una atmósfera de aire humidificado con CO2 al 5%.

Muestras tisulares y microdisección:

Se obtuvieron muestras tisulares de ESCC (n=19) y de esófago normal (n=5) de muestras quirúrgicas con consentimiento informado. Este estudio y el uso de todos los materiales clínicos mencionados se aprobaron por comités éticos institucionales individuales. Patólogos han confirmado histológicamente todos los tejidos cancerosos como carcinoma de células escamosas del esófago. Se obtuvo información clínica de historias médicas (cinco mujeres y 14 hombres; mediana de edad 66,6 con un intervalo de 51-76 años). Se consideró el estadio clínico según la clasificación de TNM de la UICC. Los tejidos de esófago normales se observaron como un epitelio patológicamente normal, y sin displasia. Todas las muestras se recogieron inmediatamente tras la resección quirúrgica y se introdujeron en medio TissueTek OCT (Sakura, Tokio, Japón) antes del almacenamiento a -80ºC. Estos tejidos congelados se cortaron en cortes de 8 #m usando un criostato (Sakura, Tokio, Japón) y luego se tiñeron con hematoxilina y eosina para el examen histológico. Se recogieron selectivamente células de ESCC y células epiteliales esofágicas normales usando el sistema de corte EZ con un láser de enfoque de haz estrecho ultravioleta pulsado (SL Microtest GmbH, Alemania) según los protocolos del fabricante.

Para obtener perfiles de expresión precisos de células de ESCC, se empleó LMM para evitar la contaminación de las muestras por células no cancerosas. Tras la microdisección, se mezclaron las cinco células epiteliales esofágicas normales para obtener un “control universal” para hibridación por microalineamiento. La figura 1 muestra las imágenes microscópicas de cánceres representativos (A) antes y tras la microdisección (B) y células cancerosas disecadas (C).

Células epiteliales de vías respiratorias pequeñas (SAEC) humanas usadas como control normal se hicieron crecer en medio optimizado (SAGM) adquirido de Cambrex Bio Science Inc. Quince muestras de cáncer de pulmón primario, de las que 5 se clasificaron como ADC, 5 como SCC y 5 como SCLC, así como 10 muestras tisulares de ESCC primario se han obtenido de manera temprana con consentimiento informado (Kikuchi et al., Oncogene. 10 de abril de 2003; 22(14):2192-205, Yamabuki et al., Int J Oncol. Junio de 2006; 28(6):1375-84). Se consideró el estadio clínico según la clasificación de TNM de la UICC (Sobin et al., TNM Classification of Malignant Tumours, 6ª edición. Nueva York: Wiley-Liss, Inc., 2002). Se han obtenido muestras de tumores de pulmón primarios fijados con formalina y tejido pulmonar normal adyacente usadas para inmunotinción en microalineamientos de tejido de 279 pacientes (161 ADC, 96 SCC, 18 LCC, 4 ASC; 96 mujeres y 183 hombres; mediana de edad 63,3 con un intervalo de 26 -84 años) que se sometieron a cirugía en el Saitama Cancer Center (Saitama, Japón), y en la Universidad de Hokkaido y sus hospitales afiliados (Sapporo, Japón). También se han obtenido un total de 220 ESCC primarios fijados con formalina (18 mujeres y 202 hombres; mediana de edad 61,4 con un intervalo de 42 -81 años) y muestras de tejido esofágico normales adyacentes de pacientes que se sometieron a cirugía. Este estudio y el uso de todos los materiales clínicos mencionados se aprobaron por comités éticos institucionales individuales.

Muestras séricas:

Se obtuvieron muestras séricas con consentimiento informado por escrito de 220 individuos control sanos (179 hombres y 41 mujeres; mediana de edad, 50,2 ! 6,8 DE; intervalo, 31 -61 años) que no mostraban anomalías en los recuentos de células en sangre completa, proteína C reactiva, tasas de sedimentación de eritrocitos, pruebas de función hepática, pruebas de función renal, análisis de orina, exámenes fecales, rayos X de tórax, o electrocardiogramas. También se obtuvieron muestras séricas con consentimiento informado de 94 pacientes con cáncer de pulmón (72 hombres y 22 mujeres; mediana de edad, 65,5 ! 12,3 DE; intervalo, 30 -86 años) ingresados en el Hospital Universitario de Hiroshima y en sus hospitales afiliados, 139 pacientes con cáncer de pulmón incluidos como parte del Japanese Project for Personalized Medicine (proyecto japonés para medicina personalizada) (BioBank Japan; 100 hombres y 39 mujeres; mediana de edad, 64,5 ! 8,8 DE; intervalo, 41 -89 años). Estos 233 casos de cáncer de pulmón incluyeron 106 ADC, 56 SCC y 71 SCLC. También se obtuvieron muestras séricas con consentimiento informado de 67 pacientes con ESCC que se registraron en el mismo proyecto de BioBank Japan (55 hombres y 12 mujeres; mediana de edad, 63,8 ! 6,3 DE; intervalo, 46 -74 años). Estas muestras séricas de 300 pacientes con cáncer en total se seleccionaron para el estudio basándose en los siguientes criterios: (a) los pacientes estaban recién diagnosticados y no se habían tratado previamente y (b) sus tumores se habían diagnosticado patológicamente como cánceres de pulmón o de esófago (estadios I -IV). Se obtuvo el suero en el momento del diagnóstico y se almacenó a -80ºC. Los registros clinicopatológicos se documentaron completamente.

Microalineamiento de ADNc:

Se fabricó un microalineamiento de ADNc en todo el genoma con 32.256 ADNc seleccionados de la base de datos UniGene (construcción n.º 131) del National Center for Biotechnology Information (NCBI). Este sistema de microalineamiento se construyó esencialmente tal como se describió anteriormente (Ono et al., Cancer Res. 2000;60(18):5007-11). En resumen, se amplificaron los ADNc mediante RT-PCR usando ARN-poli (A) aislados de diversos órganos humanos como moldes; las longitudes de los amplicones oscilaron desde 200 hasta 1100 pb, sin

ninguna secuencia repetitiva o poli (A).

Extracción de ARN, amplificación de ARN basada en T7 e hibridación:

Se extrajeron ARN totales de cada muestra de células microdisecadas con láser en 350 #l de tampón de lisis RLT (QIAGEN, Hilden, Alemania). Se trataron los ARN extraídos durante 30 min. a temperatura ambiente con 30 U de ADNasa I (Roche, Basilea, Suiza) en presencia de 1 U de inhibidor de ARNasa (TOYOBO, Osaka, Japón) para eliminar cualquier ADN genómico contaminante. Tras la inactivación a 70ºC durante 10 min., se purificaron los ARN con un kit RNeasy Mini (QIAGEN) según las recomendaciones del fabricante. Todos los ARN tratados con ADNasa I se sometieron a amplificación de ARN basada en T7; dos rondas de amplificación dieron 50-100 #g de ARNa de cada muestra. Luego se marcaron alícuotas de 2,5 #g de ARNa de células de cáncer o células epiteliales esofágicas normales mediante transcripción inversa con Cy5-dCTP o Cy3-dCTP (GE Healthcare/Amersham Biosciences Corp.), respectivamente, tal como se describió en otra parte (Ono et al., Cancer Res. 2000;60(18):5007-11). También se llevaron a cabo hibridación, lavado y exploración según los métodos descritos anteriormente (Ono et al., Cancer Res. 2000;60(18):5007-11).

Análisis de los datos:

Se cuantificaron las intensidades de señal de Cy3 y Cy5 de las 32.256 manchas y se analizaron mediante fondos de sustitución, usando el software ArrayVision (Imaging Research, Inc., St Catharines, Ontario, Canadá). Posteriormente, se ajustaron las intensidades fluorescentes de Cy5 (tumor) y Cy3 (control) para cada punto diana de manera que la razón media Cy3/Cy5 de 52 genes de mantenimiento en el microalineamiento fue igual a uno. Dado que los datos derivados de intensidades de señal baja son menos fiables, se determinó un valor de punto de corte en cada portaobjetos tal como se describió anteriormente (Ono et al., Cancer Res. 2000; 60(18): 5007-11) y se excluyeron los genes de análisis adicional cuando tanto las tinciones con Cy3 como con Cy5 dieron intensidades de señal menores al punto de corte (Saito-Hisaminato et al., DNA Res. 2002;9(2):35-45). Para otros genes, se calculó la razón Cy5/Cy3 usando los datos sin procesar de cada muestra.

RT-PCR semicuantitativa:

Se seleccionaron genes altamente regulados por incremento y se examinaron sus niveles de expresión por medio de experimentos de RT-PCR semicuantitativa. Se sometieron a transcripción inversa un total de alícuota de 3 #g de ARNa de cada muestra para obtener ADNc monocatenario usando un cebador aleatorio (Roche) y Superscript II (Invitrogen). Se diluyó cada mezcla de ADNc para la amplificación por PCR posterior con el mismo conjunto de cebadores que se preparó para las reacciones específicas de beta-actina (ACTB) o ADN diana. (La secuencia del cebador se muestra en la tabla 3). La expresión de ACTB sirvió como control interno. Se optimizaron las reacciones de PCR para el número de ciclos para garantizar la intensidad del producto dentro de la fase lineal de amplificación.

Análisis de transferencia de tipo Northern:

Para el análisis de transferencia de tipo Northern, se hibridaron múltiples transferencias de tipo Northern de tejido humano (BD Bioscience, Palo Alto, CA) con un producto de PCR de ECT2 de 269 pb marcado con [∃-32P]-dCTP (C9098) que se preparó como una sonda mediante transcripción inversa-PCR (RT-PCR) usando los cebadores

5’-CAATTTTCCCATGGTCTTATCC-3’ (SEQ ID NO; 1) y

5’-GCGTTTTCAAGATCTAGCATGTG-3’ (SEQ ID NO; 2). Se preparó el producto de PCR de CDC45L de 1019 pb (A2466) como una sonda mediante transcripción inversa-PCR (RT-PCR) usando los cebadores

5’-ATGAGGAGAACACACTCTCCGT-3’ (SEQ ID NO; 3) y

5’-GCTTCTACATCTCAAATCATGTCC-3’ (SEQ ID NO; 4). Se preparó el producto de PCR de DKK1 de 776 pb como una sonda usando los cebadores 5’-CATCAGACTGTGCCTCAGGA-3’ (SEQ ID NO: 111) y 5’-CAAAAACTATCACAGCCTAAAGGG-3’ (SEQ ID NO: 74).

Se realizaron pre-hibridación, hibridación y lavado siguiendo las especificaciones del fabricante. Las transferencias se sometieron a autorradiografía con pantallas de intensificación a -80ºC durante 7 días.

Ensayo de interferencia por ARN:

Para evaluar las funciones biológicas de ECT2 y CDC45L en las células cancerosas, se usó un vector psiH1BX3.0 para la expresión de ARN en horquilla pequeño frente al gen diana, tal como se describió anteriormente (Shimokawa T, et al., Cancer Res. 2003;63(19):6116-20). Se clonó el promotor H1 en el sentido de 5’ de la secuencia específica del gen (secuencia de 19 nucleótidos del transcrito diana, separada del complemento inverso de la misma secuencia por un espaciador corto, TTCAAGAGA (SEQ ID NO; 5)), con cinco timiditas como señal de terminación y un neocasete para la selección mediante Geneticin (Sigma). Las secuencias diana de los oligonucleótidos sintéticos para el iARN fueron los siguientes: control 1 (EGFP: gen de proteína fluorescente verde (GFP) potenciado, un mutante de GPF de Aequorea victoria), 5’-GAAGCAGCACGACTTCTTC-3’ (SEQ ID NO; 6); control 2 ((SCR) reorganizado al

azar: gen de cloroplasto de Euglena gracilis que codifica para ARNr 5S y 16S), 5’-GCGCGCTTTGTAGGATTCG-3’ (SEQ ID NO; 7);

si-ECT2-1, 5’-GATGCACTCACCTTGTAGT-3’ (SEQ ID NO; 8);

si-ECT2-2, 5’-GGCAAATACTCCTGAGCTC-3’; (SEQ ID NO; 9)

si-CDC45L-1, 5’-GAGACATCCTCTTTGACTA-3 ; (SEQ ID NO; 10)

si-CDC45L-2, 5’-CAGACCAGTGGGTGCAAGA-3’ (SEQ ID NO; 11). Se sembraron en placa células FaDu y TE9 en placas de 10 cm (1,5 x 106 células por placa), y se transfectaron con vectores psiH1BX que incluían las secuencias diana para EGFP, SCR, ECT2 y CDC45L, usando Lipofectamine 2000 (Invitrogen), según las instrucciones del fabricante. Se seleccionaron las células en medio que contenía 1 mg/ml de Geneticin (Invitrogen) durante 7 días y se recogieron tras 4 días para el análisis de RT-PCR de efectos de silenciamiento en genes individuales. Los cebadores para estos experimentos de RT-PCR fueron los mismos que los descritos anteriormente. Tras 7 días de incubación, se tiñeron estas células mediante disolución Giemsa para evaluar la formación de colonias, y se evaluaron los números de células mediante ensayo con bromuro de 3-(4,5-dimetiltiazol-2-il)-2,5-difeniltetrazolio (MTT).

Inmunotransferencia de tipo Western:

Se lisaron tejidos o células tumorales en tampón de lisis; Tris-HCl 50 mM (pH 8,0), NaCl 150 mM, NP40 al 0,5%, desoxicolato sódico al 0,5% y conjunto de cócteles de inhibidores de proteasa III (Calbiochem). Se determinó el contenido en proteínas de cada lisado mediante un ensayo de proteínas de Bio-Rad (Bio-Rad, Hercules, CA) con albúmina sérica bovina (BSA) como patrón. Se resolvieron diez microgramos de cada lisado en un gel de poliacrilamida desnaturalizante a del 10% al 12% (con gel de apilamiento de poliacrilamida al 3%) y se transfirieron electroforéticamente a una membrana de nitrocelulosa (GE Healthcare Bio-sciences). Tras bloquear con leche en polvo desnatada al 5% en TBST, se incubó la membrana con anticuerpos primarios durante 1 hora a temperatura ambiente. Se incubaron las proteínas inmunorreactivas con anticuerpos secundarios conjugados con peroxidasa de rábano (GE Healthcare Bio-sciences) durante 1 hora a temperatura ambiente. Tras el lavado con TBST, se revelaron los reactivos usando el kit de quimioluminiscencia potenciado (GE Healthcare Bio-sciences). Se demostró que un anticuerpo policlonal de conejo disponible comercialmente frente a DKK1 humana (n.º de catálogo sc-25516, Santa Cruz, CA) era específico frente a DKK1 humana, mediante análisis de inmunotransferencia de tipo Western usando lisados de tejidos y líneas celulares de NSCLC y ESCC así como tejidos normales (véase la figura 2).

Análisis inmunocitoquímico:

Se sembraron células en portaobjetos de vidrio (Becton Dickinson Labware, Franklin Lakes, NJ), se fijaron con paraformaldehído al 4% y se permeabilizaron con Triton X-100 al 0,1% en PBS durante 3 minutos a temperatura ambiente. Se bloqueó la unión no específica mediante CASBLOCK (ZYMED) durante 10 minutos a temperatura ambiente. Entonces se incubaron las células durante 60 minutos a temperatura ambiente con anticuerpos primarios diluidos en PBS que contenía BSA al 3%. Tras lavarse con PBS, se tiñeron las células mediante anticuerpo secundario conjugado con FITC (Santa Cruz) durante 60 minutos a temperatura ambiente. Tras otro lavado con PBS, se montó cada muestra con Vectashield (Vector Laboratories, Inc, Burlingame, CA) que contenía diclorhidrato de 4’,6’-diamidin-2’-fenilindol (DAPI) y se visualizó con sistemas de exploración confocal espectral (TSC SP2 AOBS: Leica Microsystems, Wetzlar, Alemania).

Inmunohistoquímica y microalineamiento de tejido:

Para investigar la presencia de proteína DKK1 en muestras clínicas que se habían embebido en bloques de parafina, los presentes inventores tiñeron los cortes de la siguiente forma. En resumen, se añadieron 3,3 mg/ml de un anticuerpo policlonal de conejo anti-DKK1 humana (Santa Cruz) a cada portaobjetos tras el bloqueo de las proteínas y la peroxidasa endógenas, y se incubaron los cortes con anticuerpo anti-IgG de conejo marcado con peroxidasa de rábano (Histofine Simple Stain MAX PO (G), Nichirei, Tokio, Japón) como el anticuerpo secundario. Se añadió sustrato-cromógeno y se contratiñeron las muestras con hematoxilina. Se construyeron microalineamientos de tejido tumoral con 220 cánceres de esófago primarios y 279 cánceres de pulmón primarios fijados con formalina, tal como se describió en otra parte (Chin et al., Mol Pathol. Octubre de 2003; 56(5):275-9; Callagy et al., Diagn Mol Pathol. Marzo de 2003; 12(1):27-34, J Pathol. Febrero de 2005; 205(3):388-96). Se seleccionó el área tisular para la toma de muestras basándose en el alineamiento visual con el corte teñido con H y E correspondiente en un portaobjetos. Se colocaron tres, cuatro o cinco núcleos de tejido (diámetro, 0,6 mm; profundidad, 3 -4 mm) tomados de un bloque de tumor de donador en un bloque de parafina receptor con un dispositivo de microalineamiento tisular (Beecher Instruments, Sun Prairie, WI). Se perforó un núcleo de tejido normal de cada caso y se usaron cortes de 5 #m del bloque de microalineamiento resultante para el análisis inmunohistoquímico. Tres investigadores independientes evaluaron de manera semicuantitativa la positividad para DKK1 sin conocimiento previo de los datos clinicopatológicos, tal como se notificó anteriormente (Suzuki et al., Cancer Res. 15 de diciembre de 2005; 65(24):11314-25; Ishikawa et al., Clin Cancer Res. 15 de diciembre de 2004; 10(24):8363-70, Cancer Res. 15 de octubre de 2005; 65(20):9176-84; Kato et al., Cancer Res. 1 de julio de 2005; 65(13):5638-46; Furukawa et al., Cancer Res. 15 de agosto de 2005; 65(16):7102-10). Se evaluó la intensidad de la

tinción de DKK1 usando los siguientes criterios: fuerte positiva (puntuada como 2+), tinción marrón oscuro en más del 50% de las células tumorales que oscureció completamente el citoplasma; débil positiva (1+), cualquier grado inferior de tinción marrón apreciable en el citoplasma de la célula tumoral; ausente (puntuada como 0), sin tinción apreciable en células tumorales. Los casos se aceptaron como fuertemente positivos sólo si los revisores los definieron independientemente como tal.

Análisis estadístico:

Se realizaron análisis estadísticos usando el programa estadístico StatView (SaS, Cary, NC). Se calcularon curvas de supervivencia específicas de tumor desde la fecha de la cirugía hasta el momento del fallecimiento relacionado con NSCLC o ESCC, o hasta la última observación de seguimiento. Se calcularon curvas de Kaplan-Meier para cada variable relevante y para la expresión de DKK1; se analizaron las diferencias en los tiempos de supervivencia entre subgrupos de pacientes usando la prueba de rangos logarítmicos. Se realizaron análisis de una variable o de múltiples variables con el modelo de regresión de riesgos proporcionales de Cox para determinar asociaciones entre las variables clinicopatológicas y la mortalidad relacionada con el cáncer. En primer lugar, los presentes inventores analizaron las asociaciones entre el fallecimiento y posibles factores de pronóstico incluyendo edad, sexo, histología, clasificación de pT y clasificación de pN teniendo en cuenta un factor cada vez. En segundo lugar, se aplicó el análisis de múltiples variables de Cox en procedimientos anteriores (por etapas) que siempre forzaban una fuerte expresión de DKK1 en el modelo, junto con todas las variables que satisfacían un nivel de entrada de un valor de P inferior a 0,05. Puesto que el modelo continuaba añadiendo factores, los factores independientes no superaron un nivel de salida de P < 0,05.

ELISA:

Se midieron los niveles séricos de DKK1 mediante el sistema de ELISA que se había construido originalmente. En primer lugar, se añadió un anticuerpo policlonal de conejo específico para DKK1 (Santa Cruz) a una microplaca de 96 pocillos (Apogent, Dinamarca) como anticuerpo de captura y se incubó durante 2 horas a temperatura ambiente. Tras eliminar por lavado cualquier anticuerpo no unido, se añadió BSA al 5% a los pocillos y se incubaron durante 16 horas a 4ºC para el bloqueo. Tras un lavado, se añadieron sueros diluidos 3 veces a los pocillos y se incubaron durante 2 horas a temperatura ambiente. Tras eliminar por lavado cualquier sustancia no unida, se añadió un anticuerpo policlonal biotinilado específico para DKK1 usando el kit de marcado Biotina-NH2 (Dojindo Molecular Technologies, Inc.) a los pocillos como anticuerpo de detección y se incubaron durante 2 horas a temperatura ambiente. Tras un lavado para eliminar cualquier reactivo enzimático-anticuerpo no unido, se añadió, HRPestreptavidina a los pocillos y se incubaron durante 20 minutos. Tras un lavado, se añadió una disolución de sustrato (R&D Systems, Inc.) a los pocillos y se dejó que reaccionara durante 30 minutos. Se detuvo la reacción añadiendo 100 #l de ácido sulfúrico 2 N. Se determinó la intensidad del color mediante un fotómetro a una longitud de onda de 450 nm, con una longitud de onda de referencia de 570 nm. Se midieron los niveles de CEA en suero mediante ELISA con un kit de prueba de enzimas disponible comercialmente (HOPE Laboratories, Belmont, CA), según las recomendaciones del proveedor. Se midieron los niveles de ProGRP en suero mediante ELISA con un kit de prueba de enzimas disponible comercialmente (TFB, Tokio, Japón), según el protocolo del fabricante. Se analizaron las diferencias en los niveles de DKK1, CEA y proGRP entre los grupos de tumor y un grupo control sano mediante pruebas U de Mann-Whitney. Se evaluaron adicionalmente los niveles de DKK1, CEA y ProGRP mediante análisis de la curva de características operativas del receptor (ROC) para determinar los niveles de punto de corte con razones de probabilidad y exactitud de diagnóstico óptimas. Se calcularon los coeficientes de correlación entre DKK1 y CEA/proGRP con la correlación de rangos de Spearman. Se definió la significación como P < 0,05.

Plásmidos de expresión de DKK1:

Se generaron constructos de una forma de tipo natural y una forma mutante puntual de DKK1 marcada con FLAG en el extremo C-terminal con la asparagina 256 cambiada por alanina, tal como se notificó en otra parte (Suzuki et al., Cancer Res. 15 de diciembre de 2005; 65(24):11314-25). Se usaron células COS-7 transfectadas o bien con plásmidos marcados con p3XFLAG que expresan DKK1 (tipo natural o mutante puntual) o bien con plásmidos vacíos para los análisis de inmunotransferencia de tipo Western.

Ensayo de invasión en Matrigel:

Se transfectaron células NIH3T3 y COS-7 o bien con plásmidos marcados con p3XFLAG (extremo C-terminal) que expresan DKK1 o bien con plásmidos vacíos que se habían hecho crecer hasta casi la confluencia en medio DMEM que contenía FCS al 10%. Se recogieron las células mediante tripsinización, se lavaron en medio DMEM sin adición de suero o inhibidor de proteinasa, y se suspendieron en medio DMEM a 1 x 105 células/ml. Antes de preparar la suspensión celular, se rehidrató la capa seca de matriz Matrigel (Becton Dickinson Labware) con medio DMEM durante 2 horas a temperatura ambiente. Se añadió medio DMEM (0,75 ml) que contenía FCS al 10% a cada cámara inferior en cámaras de invasión Matrigel de 24 pocillos, y se añadieron 0,5 ml (5 x 104 células) de suspensión celular a cada inserto de la cámara superior. Se incubaron las placas de insertos durante 24 horas a 37ºC. Tras la incubación, se procesaron las cámaras; las células que invadían a través de Matrigel se fijaron y se tiñeron mediante Giemsa según las indicaciones del proveedor (Becton Dickinson Labware).

Ejemplo 2:

Genes comúnmente regulados por incremento/disminución en ESCC

Se identificaron los genes comúnmente regulados por incremento y disminución en ESCC según los siguientes criterios: (1) genes para los que se disponía de datos de expresión en más del 50% (al menos 10 de los 19 casos) de los cánceres examinados; y (2) genes cuya razón de expresión era superior a 3,0 en células de ESCC (definidos como genes regulados por incremento) en más del 40% de los casos informativos o genes cuya razón de expresión era inferior a 0,33 (definidos como genes regulados por disminución) en más del 50% de los casos informativos. En la tabla 1 se enumeran un total de 727 genes comúnmente regulados por disminución en ESCC, mientras que en la tabla 2 se enumeran 816 genes comúnmente regulados por incremento.

Para validar los datos de expresión obtenidos mediante análisis de microalineamiento, se realizaron experimentos de RT-PCR semicuantitativa para los genes que estaban altamente sobreexpresados en casi todos los casos informativos. Entre los candidatos anteriores, se seleccionaron 38 genes (C1948, A9371, E0341, A3097, A2735, A5065, D9504, C6209, B3827, A4513, E0556, A8172, A3802, C8926, A9723, G3996, F5946, B7534, A7296, A8487, C9490, C9858, E0133, A7856, A7608, A7908, C9098, C9517, C9046, A8335, C9016, A6598, B4161, E2191, B6125N, D8457, B8814 y A2466) y se confirmó su patrón de expresión génica en tejidos tumorales y normales usando RT-PCR semicuantitativa (figura 2). Los resultados de los experimentos de RT-PCR concordaron de manera exclusiva con los datos de microalineamiento en los casos sometidos a prueba.

Ejemplo 3:

Genes asociados con metástasis de los ganglios linfáticos o recidiva tras cirugía.

Para detectar las relaciones entre los perfiles de expresión génica y las características clinicopatológicas, los presentes inventores buscaron genes que estaban posiblemente asociados con metástasis de los ganglios linfáticos, un factor importante en la determinación del pronóstico de un paciente.

Se escogieron genes asociados con características clinicopatológicas, tales como metástasis de los ganglios linfáticos positiva (ganglio linfático positivo) (r) y ganglio linfático negativo (n), recidiva positiva (r) y recidiva negativa (n), según dos criterios: (i) las intensidades de señal son superiores al valor de punto de corte en al menos el 80% de los casos; y (ii) |Medr-Medn| ≥ 0,5, donde Med indica la mediana de la derivada de las razones de expresión relativa transformadas logarítmicamente en dos grupos. Se seleccionaron los genes como candidatos cuando cumplían los criterios con un valor de P de permutación menor de 0,05 en cada estado clinicopatológico.

Para empezar, se examinaron los perfiles de expresión y el estado de metástasis de los ganglios linfáticos usando 13 casos de ganglio linfático positivo y seis de ganglio linfático negativo. Se aplicó una prueba de permutación aleatoria para identificar genes que se expresaban de manera diferente en los dos grupos. Se calcularon la media (#) y la desviación estándar (%) de las razones de expresión relativa transformadas logarítmicamente de cada gen en los casos de ganglio linfático positivo (r) y ganglio linfático negativo (n), recidiva positiva (r) y recidiva negativa (n), respectivamente. Se definió una puntuación de discriminación (PD) para cada gen de la siguiente forma:

Se llevaron a cabo pruebas de permutación para estimar la capacidad de los genes individuales para distinguir entre dos grupos; se permutaron aleatoriamente las muestras entres las dos clases 10.000 veces. Puesto que el conjunto de datos de PD de cada gen mostró una distribución normal, los presentes inventores calcularon un valor de P para el agrupamiento definido por el usuario (Golub et al., Science. 1999;286(5439):531-7).

En el presente documento, se utilizaron los datos de expresión de 19 casos que consistían en 13 casos de ganglio linfático positivo y 6 de ganglio linfático negativo, y los de 19 casos que consistían en seis casos de recidiva positiva y 13 casos de recidiva negativa. Los análisis dieron como resultado la identificación de 136 genes que se asociaron con el estado de los ganglios linfáticos mediante una permutación aleatoria (valor de P <0,05). De estos, 59 genes estaban regulados por disminución (tabla 4), y 77 genes estaban regulados relativamente por incremento (tabla 5) en tumores de ganglio linfático negativo (figura 6). Además, se compararon los perfiles de expresión de seis casos con recidiva con los de 13 casos sin recidiva tras cirugía durante periodos de observación de 32 meses. Los sitios de recidiva incluyeron ganglios linfáticos regionales, de pulmón y locales. Se identificaron 37 genes que mostraron patrones de expresión alterados únicamente en los casos que tenían recidiva: 28 de ellos (tabla 7) estaban regulados relativamente por incremento 9 de ellos (tabla 6) estaban regulados relativamente por disminución en tumores (figura 7). Los análisis de agrupamiento jerárquico supervisados usando estos conjuntos de genes identificados también pudieron clasificar claramente los grupos con respecto al estado de los ganglios linfáticos o a los que tienen recidiva (figuras 6 y 7).

Ejemplo 4: ECT2

El análisis de transferencia tipo Northern usando un fragmento de ADNc de ECT2 como sonda identificó un

transcrito de 4,3 kb que se expresaba sólo en testículo; no se observó expresión en ningún otro órgano examinado. Se pensó que ECT2 codificaba para un antígeno de cáncer de testículo (CTA) (figura 3A).

Para evaluar si ECT2 desempeña un papel en el crecimiento o la supervivencia de células cancerosas, se diseñaron y construyeron plásmidos para expresar ARNip frente a ECT2 (si-ECT2-1 (n.º 1) y -2 (n.º 2)), junto con dos plásmidos control diferentes (ARNip para EGFP y SCR), y se transfectaron con ellos células TE9 que expresaban endógenamente altos niveles de ECT2 para suprimir la expresión de ECT2 endógeno. La cantidad de ARNm de ECT2 en las células transfectadas con si-ECT2-1 y si-ECT2-2 disminuyó significativamente en comparación con las células transfectadas con cualquiera de los dos ARNip control (figura 4A). De acuerdo con su efecto supresor sobre los niveles de ECT2, si-ECT2-1 y si-ECT2-2 transfectados produjeron disminuciones significativas en los números de colonias y en la viabilidad celular medida mediante ensayos de MTT y formación de colonias (figuras 4B y 4C). Se observaron efectos similares en la línea celular FaDu (datos no mostrados).

Ejemplo 5: CDC45L

El análisis de transferencia tipo Northern usando un fragmento de ADNc de CDC45L como sonda identificó un transcrito de 2,2 kb que se expresaba sólo en testículo; no se observó expresión en ningún otro órgano examinado. Se pensó que CDC45L codificaba para un antígeno de cáncer de testículo (CTA) (figura 3B).

Para evaluar si CDC45L desempeña un papel en el crecimiento o la supervivencia de células cancerosas se diseñaron y construyeron plásmidos para expresar ARNip frente a CDC45L (si-CDC45L-1 (n.º 1) y -2 (n.º 2)), junto con dos plásmidos control diferentes (ARNip para EGFP y SCR), y se transfectaron con ellos células FaDu que expresaban endógenamente altos niveles de CDC45L para suprimir la expresión de CDC45L endógeno. La cantidad de ARNm de CDC45L en las células transfectadas con si-CDC45L-1 y si-CDC45L-2 disminuyó significativamente en comparación con las células transfectadas con cualquiera de los dos ARNip control (figura 5A). De acuerdo con su efecto supresor sobre los niveles de CDC45L, si-CDC45L-1 y si-CDC45L-2 transfectados produjeron disminuciones significativas en los números de colonias y en la viabilidad celular medida mediante ensayos de MTT y formación de colonias (figura 5B y 5C). Se observaron efectos similares en la línea celular TE9 (datos no mostrados).

Ejemplo 6: DKK1

Expresión de DKK1 en cánceres de esófago y de pulmón y tejidos normales:

Para identificar moléculas novedosas que pueden detectar células cancerosas en un estadio temprano y aplicarse para tratamientos individualizados basados en las características biológicas de las células cancerosas, los presentes inventores realizaron un análisis en todo el genoma de los perfiles de expresión génica de carcinoma de pulmón y células de ESCC purificadas mediante microdisección con láser usando un microalineamiento de ADNc (Kikuchi T et al., Oncogene. 10 de abril de 2003; 22(14):2192-205, Int J Oncol: abril de 2006; 28(4):799-805, Kakiuchi S et al., Mol Cancer Res. mayo de 2003; 1(7):485-99, Hum Mol Genet. 15 de diciembre de 2004; 13(24):3029-43. Epub 20 de octubre de 2004, Yamabuki et al., Int J Oncol. Junio de 2006; 28(6):1375-84). Entre los 27.648 genes examinados, los presentes inventores identificaron el transcrito de DKK1, lo que indica una expresión de 3 veces o un número medio de veces superior en células cancerosas que en células epiteliales normales (control) en la gran mayoría de las muestras de cáncer de esófago y de pulmón examinadas. Los presentes inventores confirmaron su sobreexpresión por medio de experimentos de RT-PCR semicuantitativa en 10 de 15 tejidos de cáncer de pulmón, en 21 de 25 líneas celulares de cáncer de pulmón, en 10 de 10 tejidos de ESCC, y en 10 de 10 líneas celulares de ESCC (figuras 2A-C).

Los presentes inventores confirmaron posteriormente mediante análisis de inmunotransferencia de tipo Western usando un anticuerpo anti-DKK1 una expresión de proteína DKK1 de 35 kDa en tejidos tumorales en pares representativos de muestras de NSCLC analizadas (figura 2D).

El análisis de transferencia de tipo Northern usando un fragmento de ADNc de DKK1 como sonda identificó un transcrito de aproximadamente 1,8 kb que estaba altamente expresado en placenta y a un nivel muy bajo en la próstata; no se observó expresión en ningún otro tejido normal (figura 3C). Los presentes inventores realizaron análisis de inmunofluorescencia para examinar la ubicación subcelular de DKK1 endógeno en la línea celular de ESCC, TE8 y en la línea celular de NSCLC, LC319. Se detectó DKK1 en el citoplasma de las células tumorales con aspecto granular (en la figura 3D se muestran datos representativos de células TE8).

Asociación de expresión de DKK1 con mal pronóstico.

Para verificar la importancia biológica y clinicopatológica de DKK1, los presentes inventores llevaron a cabo tinción inmunohistoquímica en microalineamiento de tejido que contenía cortes de tejido de 279 casos de NSCLC y 220 de ESCC que se sometieron a resección quirúrgica curativa. La tinción de DKK1 con un anticuerpo policlonal específico para DKK1 se observó principalmente en el citoplasma de células tumorales, pero no se detectó en células normales (figuras 8A, C). Los presentes inventores clasificaron un patrón de expresión de DKK1 en el alineamiento de tejido que oscilaba desde ausente (puntuada como 0) hasta débil/fuerte positiva (puntuada como 1+ ~ 2+). De los 279 NSCLC, DKK1 se tiñó fuertemente en 125 (44,8%; puntuación 2+), se tiñó débilmente en 102 (36,6%; puntuación 1+), y no se tiñó en 52 casos (18,6%: puntuación 0) (en la tabla 10A se muestran los detalles). La mediana del

tiempo de supervivencia de los pacientes con NSCLC fue significativamente más corta según los niveles de expresión superiores de DKK1 (P = 0,0039 mediante la prueba de rango logarítmico; figura 8D). Los presentes inventores también aplicaron análisis de una variable para evaluar las asociaciones entre el pronóstico del paciente y varios factores incluyendo edad, sexo, histología (ADC frente a no ADC), estadio de pT (tamaño de tumor; T1+T2 frente a T3+T4), estadio de pN (N0 frente a N1+N2), y estado de DKK1 (puntuación 2+ frente a 0, 1+). Todos estos parámetros se asociaron significativamente con un mal pronóstico. El análisis de múltiples variables usando un modelo de riesgos proporcionales de Cox determinó que DKK1 (P = 0,0163) era un factor de pronóstico independiente para los pacientes con NSCLC tratados quirúrgicamente (tabla 10B). Por otra parte, de los 220 casos de ESCC examinados, DKK1 se tiñó fuertemente en 60 (27,3%; puntuación 2+), se tiñó débilmente en 75 (34,1%; puntuación 1+) y no se tiñó en 85 casos (38,6%; puntuación 0) (en la tabla 9A se muestran los detalles). La mediana del tiempo de supervivencia de los pacientes con ESCC fue significativamente más corta según los niveles de expresión superiores de DKK1 (P = 0,042 la prueba de rango logarítmico; figura 8B). Los presentes inventores también aplicaron análisis de una variable para evaluar las asociaciones entre el pronóstico de los pacientes con ESCC y varios factores incluyendo edad, sexo, estadio de pT (profundidad del tumor; T1+T2 frente a T3+T4), estadio de pN (N0 frente a N1), y estado de DKK1 (puntuación 2+ frente a 0, 1+). Todos estos parámetros se asociaron significativamente con un mal pronóstico. El análisis de múltiples variables usando un modelo de riesgos proporcionales de Cox determinó que DKK1 no era un factor de pronóstico independiente para los pacientes con ESCC tratados quirúrgicamente (tabla 9B).

N-glicosilación de DKK1 en células cancerosas.

Se notificó que la proteína DKK1 se expresaba como una proteína de aproximadamente 35 kDa en células transfectadas con un vector que expresaba DKK1, y se secretaba en el medio de cultivo como formas de proteína de 35 -40 kDa (Fedi et al., J Biol Chem. 2 de julio de 1999; 274(27):19465-72, Niida et al., Oncogene. 4 de noviembre de 2004; 23(52):8520-6). Tal como se muestra en la figura 10A, la proteína DKK1 exógena se reconoció mediante análisis de inmunotransferencia de tipo Western como una banda de aproximadamente 35 – 40 kDa en el medio condicionado de células COS-7 transfectadas. La proteína DKK1 secretada se detectó como bandas dobles mediante inmunotransferencia de tipo Western. Por tanto, los presentes inventores incubaron en primer lugar extractos celulares y proteínas recogidas del medio condicionado de las células COS-7 transfectadas en presencia o ausencia de N-glicosidasa F y analizaron el peso molecular de la proteína DKK1 mediante análisis de inmunotransferencia de tipo Western. Tal como se esperaba, el peso medido de la mayoría de la proteína DKK1 en los extractos celulares y el medio condicionado tratado con N-glicosidasa F fue menor que en las células no tratadas (figura 10A). Dado que DKK1 posee un sitio potencial de N-glicosilación ubicado cerca del extremo C-terminal de la proteína (asparagina 256), los presentes inventores sustituyeron el sitio potencial de N-glicosilación (asparagina 256) en DKK1 por alanina. Se detectó la DKK1 mutada mediante análisis de inmunotransferencia de tipo Western como bandas inmunorreactivas de peso molecular similar al de la forma desglicosilada de DKK1 de tipo natural en el medio condicionado y en el sedimento celular (figura 10A). El tratamiento con N-glicosidasa F no produjo ningún cambio de una banda mutante de DKK1 en el sedimento celular y el medio condicionado (figura 10A). Estos resultados sugirieron que la asparagina 256 era un sitio de N-glicosilación relacionado de DKK1, pero no afectaba a la secreción de DKK1.

Niveles séricos de DKK1 en pacientes con cáncer de pulmón o ESCC.

Puesto que los hallazgos in vitro han sugerido una posibilidad de desarrollar un marcador tumoral novedoso usando las formas secretadas de DKK1, los presentes inventores investigaron si la proteína DKK1 se secreta en los sueros de pacientes con cáncer de pulmón o esófago. Los experimentos de ELISA detectaron la proteína DKK1 en muestras serológicas de estos pacientes. La media (! 1DE) de DKK1 sérica en pacientes con cáncer de pulmón fue de 27,2 ! 21,0 U/ml y en pacientes con ESCC fue de 33,5 ! 25,3 U/ml. Por el contrario, los niveles séricos medios (! 1DE) de DKK1 en individuos sanos fueron de 6,3 ! 5,0 U/ml. La diferencia fue significativa con un valor de P de < 0,001 (prueba U de Mann-Whitney). Cuando se clasificaron según el tipo histológico en el cáncer de pulmón, los niveles séricos de DKK1 fueron de 25,5 ! 18,4 U/ml en pacientes con ADC, 24,7 ! 17,7 U/ml en pacientes con SCC, y 31,8 ! 25,8 U/ml en pacientes con SCLC (figura 9A); las diferencias entre los tres tipos histológicos no fueron significativas.

Se analizaron adicionalmente los niveles de DKK1 en muestras séricas tanto de pacientes con cáncer de pulmón como con ESCC así como de individuos sanos trazando curvas de características operativas del receptor (ROC) para determinar sus niveles de punto de corte (figura 9B). Los niveles de punto de corte en este ensayo se establecieron para dar como resultado razones de probabilidad y exactitud de diagnóstico óptimas para DKK1, es decir, 14,7 U/ml (con una sensibilidad del 63,7% (191/300) y una especificidad del 95,9% (211/220). La media (! 2DE) de los niveles séricos de DKK1 en individuos sanos fue de 16,3 U/ml, lo que sugiere que este punto de corte es apropiado.

Para evaluar la viabilidad de usar el nivel sérico de DKK1 como biomarcador de detección tumoral, los presentes inventores también midieron mediante ELISA los niveles séricos de CEA para pacientes con NSCLC y de proGRP para pacientes con SCLC, dos marcadores tumorales convencionales para estos tipos histológicos de cáncer de pulmón, en los mismos pacientes y controles. Se determinó que el valor de punto de corte de CEA era de 2,5 ng/ml (con una sensibilidad del 40,3% (64/159) y una especificidad del 97,1% (204/210)) en pacientes con NSCLC. El

coeficiente de correlación entre los valores séricos de DKK1 y CEA no fueron significativos (coeficiente de correlación de rangos de Spearman: & = -0,034, P = 0,668), lo que indica que midiendo ambos marcadores en suero se puede mejorar la sensibilidad global para la detección de NSCLC hasta el 78,6% (125 de 159) (para diagnosticar NSCLC, la sensibilidad de CEA solo es del 40,3% (64 de 159) y la de DKK1 es del 61,6% (98 de 159).). Las tasas de falsos positivos para cualquiera de los dos marcadores tumorales entre voluntarios normales (grupo control) ascendieron al 8,2% (17 de 208), mientras que las tasas de falsos positivos para CEA y DKK1 en el mismo grupo control fueron del 2,9% (6 de 208) y del 5,3% (11 de 208) individualmente. Por otra parte, los análisis de ROC para proGRP en los pacientes con SCLC determinó el valor de punto de corte de ProGRP como 46,0 pg/ml (con una sensibilidad del 60,6% (40 de 66) y una especificad del 99,3% (145 de 146). El coeficiente de correlación entre los valores séricos de DKK1 y ProGRP no fueron significativos (coeficiente de correlación de rangos de Spearman: & = 0,113, P = 0,362), lo que indica que midiendo ambos marcadores en suero se puede mejorar la sensibilidad global para la detección de SCLC hasta el 84,8% (56 de 66) (para diagnosticar SCLC, la sensibilidad de ProGRP solo es del 60,6% (40 de 66) y la de DKK1 es del 63,6% (42 de 66)). Los resultados falsos positivos para cualquiera de los dos marcadores tumorales entre 146 voluntarios normales (grupo control) ascendieron al 6,2% (9 de 146), mientras que las tasas de falsos positivos para proGRP y DKK1 en el mismo grupo control fueron del 0,7% (1 de 146) y del 5,5% (8 de 146) individualmente.

Activación de actividad invasiva celular por DKK1.

Puesto que el análisis inmunohistoquímico en microalineamiento de tejido ha indicado que los pacientes con cáncer de esófago y de pulmón con tumores positivos para DKK1 mostraron un periodo de supervivencia específico de cáncer más corto que los pacientes cuyos tumores fueron negativos para DKK1, los presentes inventores examinaron un posible papel de DKK1 en la motilidad celular y la invasión en ensayos en Matrigel, usando células NIH3T3 y COS-7. Tal como se muestra en la figura 10B, C, la transfección de ADNc de DKK1 en cualquier línea celular potenció significativamente su actividad invasiva a través de Matrigel, en comparación con las células transfectadas con vector vacío.

Discusión

Pese a la mejora de las técnicas quirúrgicas modernas y la quimiorradioterapia adyuvante, se sabe que el cáncer de pulmón y ESCC revelan el peor pronóstico entre los tumores malignos. Por tanto, ahora se requiere urgentemente desarrollar biomarcadores de diagnóstico novedosos para la detección temprana del cáncer y para la mejor elección de las modalidades de tratamiento adyuvante para los pacientes apropiados. Los presentes inventores realizaron un análisis en todo el genoma de los perfiles de expresión génica de 101 cánceres de pulmón y 19 células de ESCC purificadas mediante microdisección con microhaz láser (LMM) usando un microalineamiento de ADNc que contiene

27.648 genes (Yamabuki et al. Int J Oncol. junio de 2006; 28(6):1375-84; Kikuchi et al., Oncogene. 10 de abril de 2003; 22(14): 2192-205, Int J Oncol. Abril de 2006; 28(4):799-805; Kakiuchi et al., Mol Cancer Res. Mayo de 2003; 1(7):485-99, Hum Mol Genet. 15 de diciembre de 2004; 13(24):3029-43. Epub 20 de octubre de 2004). En el procedimiento, los presentes inventores identificaron varios genes que eran potencialmente buenos candidatos para el desarrollo de marcadores de diagnóstico novedosos, fármacos terapéuticos y/o inmunoterapia (Suzuki et al., Cancer Res. 1 de noviembre de 2003; 63(21):7038-41; Cancer Res. 15 de diciembre de 2005; 65(24):11314-25; Ishikawa et al., Clin Cancer Res. 15 de diciembre de 2004; 10(24):8363-70, Cancer Res. 15 de octubre de 2005; 65(20):9176-84; Kato et al., Cancer Res. 1 de julio de 2005; 65(13):5638-46; Furukawa et al., Cancer Res. 15 de agosto de 2005; 65(16):7102-10). Entre ellos, se considera que los genes que codifican para supuestas proteínas transmembrana o secretoras específicas de tumor tienen ventajas significativas, porque están presentes en la superficie celular o dentro del espacio extracelular y/o en suero, lo que las hace fácilmente accesibles como marcadores moleculares y dianas terapéuticas. En este estudio, los presentes inventores seleccionaron un gen regulado por incremento (DKK1) que codifica para una proteína secretora, y examinaron el estado de expresión de la proteína por medio de análisis de microalineamiento de tejido y ELISA para identificar biomarcador(es) de diagnóstico y pronóstico novedoso(s) para el cáncer de pulmón y/o ESCC.

DKK1 es una proteína de 266 aminoácidos que contiene una secuencia de péptido señal y dos dominios ricos en cisteína (Fedi et al., J Biol Chem. 2 de julio de 1999; 274(27):19465-72), y se sabe que es una proteína secretada que funciona como regulador negativo de la señalización de Wnt y desempeña un papel crucial en la formación de la cabeza en el desarrollo de vertebrados (Glinka et al., Nature. 22 de enero de 1998; 391 (6665):357-62; Fedi et al., J Biol Chem. 2 de julio de 1999; 274(27):19465-72; Mao et al., Nature. 6 de junio de 2002; 417(6889):664-7. Epub 26 de mayo de 2002, Nature. 17 de mayo de 2001; 411(6835):321-5; Mukhopadhyay et al., Dev Cell. Septiembre de 2001; 1(3):423-34). Además, se notifica que DKK1 es una diana en el sentido de 3’ de ∀-catenina/TCF y participa en un bucle de retroalimentación negativa en la señalización de Wnt (Gonzalez et al., Oncogene. 3 de febrero de 2005; 24(6):1098-103; Niida et al., Oncogene. 4 de noviembre de 2004; 23(52):8520-6).

Una familia de genes relacionados con DKK humana (hDKK) estaba compuesta por DKK1, DKK2, DKK3 y DKK4, junto con una única proteína relacionada con DKK3 denominada Soggy (Sgy). hDKK 1-4 contienen dos dominios ricos en cisteína distintos en los que las posiciones de 10 residuos de cisteína están altamente conservadas entre miembros de la familia. hDKK1 y hDKK4, pero no hDKK2, hDKK3 o Sgy, suprimen la inducción del eje secundario inducida por Wnt en embriones de Xenopus (Krupnik et al., Gene. 1 de octubre de 1999; 238(2):301-13). Se encontró que DKK4 mostraba alta especificidad por cáncer gástrico mediante análisis en serie de la expresión

génica (SAGE) y (RT)-PCR con transcripción inversa cuantitativa (Aung et al., Oncogene. 20 de abril de 2006; 25(17):2546-57). Otros estudios han demostrado la sobreexpresión de DKK1 en tumor de Wilms, hepatoblastoma y carcinoma hepatocelular (HCC) (Wirths et al., Lab Invest. Marzo de 2003; 83(3):429-34; Patil et al., Oncogene. 26 de mayo de 2005; 24(23):3737-47), pero la utilidad clínica de la proteína DKK1 como marcador serológico/histoquímico en cáncer humano no se indicó anteriormente. Como una proteína DKK1, se sabía que el factor 1 inhibidor de Wnt (WIF-1) y la proteína relacionada con Frizzeled (FRP) eran moléculas secretadas, que se ha indicado que se unen a proteínas Wnt e inhiben su actividad (Hsieh et al., Nature. 1 de abril de 1999; 398(6726): 431-6; Wodarz et al., Annu Rev Cell Dev Biol. 1998; 14:59-88; Moon et al., Dev Suppl. 1993;:85-94). Se notificó que estas dos proteínas estaban asociadas con cáncer humano incluyendo carcinoma colorrectal (Cebrat et al., Cancer Lett. 31 de marzo de 2004; 206(1):107-13). La proteína FRP-4 mostró niveles marcadamente aumentados de expresión en cánceres colorrectales en comparación con mucosa normal, pero ninguna asociación significativa con características patológicas o con el desenlace de pacientes (Horvath et al., Clin Cancer Res. 15 de enero de 2004; 10(2):615-25). Puesto que se había descrito que varias proteínas de la familia de DKK se sobreexpresaban en cánceres humanos (Aung et al., Oncogene. 20 de abril de 2006; 25(17):2546-57; Horvath et al., Clin Cancer Res. 15 de enero de 2004; 10(2):615-25), DKK1 parecía tener un probablemente un posible papel en la evolución o el desarrollo tumoral.

En la presente invención, los presentes inventores demostraron que la inducción de la expresión exógena de DKK1 potenciaba la migración celular/actividad invasiva de células de mamífero normales. En concordancia, la fuerte tinción de DKK1 en tejidos de NSCLC primario detectada mediante análisis de microalineamiento de tejidos se correlacionaba con un peor pronóstico. Aunque la función precisa de DKK1 en la carcinogénesis de esófago y de pulmón se desconoce, y los procesos de invasión de células cancerosas a tejidos adyacentes y metástasis distante consisten en una serie completa de etapas secuenciales, estos resultados indican que la expresión de DKK1 podría promover la diseminación de tumores estimulando la migración celular. DKK1 se ha descrito como una proteína secretada que desempeña un papel crucial en la formación de la cabeza en el desarrollo de vertebrados, y se conoce como regulador negativo de la señalización de Wnt (Niida et al., Oncogene. 4 de noviembre de 2004; 23(52): 8520-6). DKK1 se une a proteínas LRP5/6 y Kremen, induciendo así la endocitosis de LRP, lo que previene la formación de complejos de Wnt-Frizzled-receptor LRP5/6 (Gonzalez et al., Oncogene. 3 de febrero de 2005; 24(6):1098-103). Sin embargo, cuando los presentes inventores analizaron la expresión de ARNm de DKK1 y LRP5/6 en líneas celulares de cáncer de esófago y de pulmón y tejidos cancerosos mediante RT-PCR semicuantitativa, el patrón de expresión de LRP5/6 no concordaba con el de DKK1 (datos no mostrados). Estudios adicionales para identificar receptores y parejas de unión desconocidas de DKK1 en cánceres humanos pueden contribuir no sólo a la identificación de dianas terapéuticas y marcadores tumorales novedosos, sino que también deben proporcionar una nueva comprensión de la ruta de señalización mediada por la expresión de DKK1.

Los presentes inventores confirmaron que el posible sitio C-terminal, asparaginas 256 era un sitio de N-glicosilación en DKK1 usando tratamiento enzimático y un mutante de sustitución de alanina, pero no afectó a la secreción de DKK1. Recientemente, se notificaron diversos antígenos específicos de cáncer incluyendo antígenos de hidratos de carbono como marcadores tumorales séricos. Se ha usado la glicosilación específica para fines de diagnóstico; es decir, alfa-fetoproteína (AFP) para hepatocarcinoma (Poon et al., Clin Chem. Julio de 2002; 48(7):1021-7), ribonucleasa pancreática humana, que tiene diferentes cadenas de oligosacáridos cuando se produce por células tumorales pancreáticas (Peracaula et al., Glycobiology. Abril de 2003; 13(4):227-44. Epub 26 de noviembre de 2002), o antígeno específico de próstata (PSA), el marcador tumoral actualmente usado para el examen de cáncer de próstata (Tabards et al., Glycobiology. Febrero de 2006; 16(2):132-45. Epub 21 de septiembre de 2005). Se notificó que se producían cambios en la glicosilación N-unida durante el desarrollo del cáncer. El aumento de la ramificación de los oligosacáridos se ha asociado con metástasis y se ha correlacionado con la evolución tumoral en cánceres humanos de la mama, el colon y melanomas (Comunale et al., J Proteome Res. Febrero de 2006; 5(2):308-15). Aunque será necesaria evaluación adicional, la glicosilación de DKK1 podría ser una diana terapéutica y de diagnóstico novedosa para el tratamiento del cáncer de esófago y de pulmón.

Para examinar la viabilidad de aplicar DKK1 como herramienta de diagnóstico, los presentes inventores compararon los niveles séricos de DKK1 con los de CEA o ProGRP, unos marcadores de diagnóstico convencionales para NSCLC y SCLC, en cuanto a sensibilidad y especificidad para el diagnóstico. Las proporciones de casos positivos entre las mismas muestras séricas eran de más del 60% para DKK1, mientras que la tasa de falsos positivos para DKK1 era de aproximadamente el 5,0%, lo que indica una potencia de diagnóstico equivalente o mejor de DKK1 con respecto a la de CEA. Además, un ensayo que combinaba ambos marcadores (DKK1+CEA o DKK1+ProGRP) aumentó la sensibilidad de manera que aproximadamente al 80% de los pacientes con cáncer de pulmón se les diagnóstico como positivos mientras que al 6,2 -8,2% de los voluntarios sanos se les diagnóstico falsamente como positivos. Aunque será necesaria validación adicional usando un conjunto más grande de muestras séricas que cubran diversos estadios clínicos, los datos presentados en el presente documento demuestran suficientemente una posible aplicación clínica de la propia DKK1 como marcador serológico/histológico para cánceres de esófago y de pulmón.

En conclusión, los presentes inventores han identificado DKK1 como posible biomarcador para el diagnóstico de cánceres de esófago y de pulmón así como la predicción del mal pronóstico de los pacientes con estas enfermedades. DKK1 se sobreexpresaba específicamente en la mayoría de los tejidos de cáncer de esófago y de pulmón que examinaron los presentes inventores, y estaba elevada en los sueros de una gran proporción de pacientes con estos tumores. DKK1, combinada con otros marcadores tumorales, podría mejorar significativamente

Tabla.1 genes regulados por disminución

la sensibilidad del diagnóstico del cáncer. Además, esta molécula es también un candidato probable para el desarrollo de enfoques terapéuticos tales como terapia con anticuerpos.

Aplicabilidad industrial

El análisis de la expresión génica de cáncer de esófago descrito en el presente documento, obtenido a través de una combinación de disección por captura láser y microalineamiento de ADNc de todo el genoma, ha identificado genes específicos como dianas para la terapia y prevención del cáncer. Basándose en la expresión de un subconjunto de estos genes expresados diferencialmente, la presente invención proporciona marcadores de diagnóstico moleculares para identificar y detectar cáncer de esófago.

Los métodos descritos en el presente documento también son útiles en la identificación de dianas moleculares adicionales para la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de cáncer de esófago. Los datos notificados en el presente documento añaden una comprensión global del cáncer de esófago, facilitan el desarrollo de estrategias de diagnóstico novedosas y proporcionan claves para la identificación de dianas moleculares para fármacos terapéuticos y agentes preventivos. Tal información contribuye a una comprensión más profunda de la tumorigénesis de esófago, y proporciona indicadores para desarrollar estrategias novedosas para el diagnóstico, el tratamiento y en última instancia la prevención de cáncer de esófago.

Además, los métodos descritos en el presente documento también son útiles en el diagnóstico del cáncer incluyendo cánceres de esófago y de pulmón así como la predicción del mal pronóstico de los pacientes con estas enfermedades. Además, los datos notificados en el presente documento también proporcionan un probable candidato para el desarrollo de enfoques terapéuticos para el cáncer incluyendo cánceres de esófago y de pulmón.

A menos que se defina lo contrario, todos los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el mismo significado que entiende comúnmente un experto habitual en la técnica a la que pertenece esta invención. En caso de conflicto, la presente memoria descriptiva, incluyendo las definiciones, prevalecerá.

N.º de: LMMID

asignación

1: A0906

2: A1350

3: A1475

4: A2014

5: A2460

6: A3340

7: A3821

8: A4472

9: A4587

10: A0283

11: A1365

12: A3322

13: A5658

14: A0765

15: A1215

16: A1879

17: A1758

18: A2363

19: A6156

20: A2487

21: A2747

22: A3095

23: A3605

24: A3701

25: A4481

26: A4832

41

REGISTRO S�?MBOLO

NM_002939 RNH NM_013314 BLNK

BC017048 GJB2

L23959 TFDP1 AF000959 CLDN5

M93284 PNLIPRP2

NM_004925 AQP3 AF042081 SH3BGRL AF070609 SLC1A3 NM_021120 DLG3

D10653 TM4SF2 M80899 AHNAK AJ243937 GPSM3

BC004102 ALDH3A1

NM_002275 KRT15 U45955 GPM6B U60553 CES2 NM_000060 BTD BU616881 ARHE D10923 GPR109B

NM_004347 CASP5

U26726 HSD11B2 NM_007366 PLA2R1 BC028412 ELL2 AF053470 BLCAP D78011 DPYS

NOMBRE DEL GEN

Inhibidor de la angiogenina/ribonucleasa Ligador de células B Proteína de unión a Gap, beta 2, de 26 kDa (conexina 26) Factor de transcripción Dp-1

Claudina 5 (proteína transmembrana delecionada en síndrome velocardiofacial) Proteína 2 relacionada con lipasa pancreática Acuaporina 3 Tipo de proteína rica en ácido glutámico de unión al dominio SH3 Proteína DKFZP547J0410 Discos, homólogo grande 3 (neuroendocrina-dlg, Drosophila) Miembro 2 de la superfamilia 4 de la transmembrana Nucleoproteína AHNAK (desmoyoquina) Modulador 3 de señalización de la proteína G (similar a AGS3, C. elegans) Familia 3 de aldehído deshidrogenasa, miembro A1 Queratina 15 Glucoproteína M6B Carboxilesterasa 2 (intestino, hígado) Biotinidasa Familia del gen homólogo a Ras, miembro E Receptor 109B acoplado a proteínas G Caspasa 5, cisteína proteasa relacionada con apoptosis Hidroxiesteroide (11-beta) deshidrogenasa 2 Receptor 1 de la fosfolipasa A2, de 180 kDa Factor de elongación, ARN polimerasa II, 2 Proteína asociada con cáncer de vejiga Dihidropirimidinasa

27: A4744 AF020202 UNC13B Homólogo B de Unc-13 (C. elegans)

1-acilglicerol-3-fosfato O

28: A5888 U56417 AGPAT1 aciltransferasa 1 (ácido lisofosfatídico

aciltransferasa, alfa)

29: A1063 BU600928 SPRR1B Proteína 1B rica en prolina pequeña (cornifina)

30: A2029 BC034227 D4S234E Segmento de ADN en la secuencia expresada 234 de cromosoma 4 (único)

31: A2126 U04241 AES Potenciador de división amino-terminal

32: A3237 L10386 TGM3 Transglutaminasa 3 (polipéptido E, proteínaglutamina-gamma-glutamiltransferasa)

33: A4875 NM_000336 SCNN1B Canal de sodio, no activado por voltaje 1, beta (síndrome de Liddle)

34: A5816 AF014398 IMPA2 Inositol(mio)-1(o 4)-monofosfatasa 2

35: A6077 XM_499570 PLXNA2 Plexina A2

36: A0365 U17077 BENE proteína BENE

37: A0946 U62961 OXCT1 3-oxoácido CoA transferasa 1

38: A1479 NM_000275 OCA2 Albinismo oculocutáneo II (homólogo de dilución de ojo rosa, ratón)

39: A2565 BG676358 S100A8 Proteína A8 de unión a calcio S100 (calgranulina A)

40: A2372 AF458589 PPP1R12A Proteína fosfatasa 1, subunidad 12A reguladora (inhibidor)

41: A2840 BM480033 CRABP2 Proteína 2 de unión a ácido retinoico celular

42: A4474 AF047433 ITGB4BP Proteína de unión a integrina beta 4

43: A5088 U24266 ALDH4A1 Familia 4 de aldehído deshidrogenasa, miembro A1

44: A5127 AF004709 MAPK13 Proteína cinasa 13 activada por mitógenos

45: A0102 BC053866 EDN3 Endotelina 3

46: A1064 NM_024164 TPSB2 Triptasa, alfa

47: A0685 L05779 EPHX2 Epóxido hidrolasa 2, citoplásmico

48: A1591 NM_002534 OAS1 2’,5’-oligoadenilato sintetasa 1, de 40/46 KDa

49: A1199 NM_005018 PDCD1 Muerte celular programada 1

Familia 4 del portador de soluto,

50: A2031 NM_003040 SLC4A2 intercambiador aniónico, miembro 2 (banda 3 de proteína de

membrana de eritrocitos tipo 1)

Prostaglandina-endoperóxido sintasa 1

51: A3454 M59979 PTGS1 (prostaglandina G/H sintasa y

ciclooxigenasa)

52: A4242 BM909803 LGALS7 Lectina, de unión a galactósido, soluble, 7 (galectina 7)

53: A4723 NM_001543 NDST1 N-desacetilasa/N-sulfotransferasa (heparano glucosaminilo) 1

54: A1073 CA312671 CD58 Antígeno CD58, (antígeno 3 asociado con función de linfocito)

55: A2142 AF055008 GRN Granulina

56: A2566 BQ927179 S100A9 Proteína A9 de unión a calcio S100 (calgranulina B)

57: A2366 NM_000700 ANXA1 Anexina A1

58: A4109 AK075003 NEFL Neurofilamento, polipéptido ligero de 68 kDa

59: A5695 NM_001839 CNN3 Calponina 3, ácida

60: A0961 NM_001482 GATM Glicina amidinotransferasa (Larginina:glicina amidinotransferasa)

61: A1592 NM_000177 GSN Gelsolina (amiloidosis, tipo finlandés)

62: A1873 M58297

63: A2129 M29877 FUCA1 Fucosidasa, alfa-L-1, tejido

64: A3246 BC011409 UGT1A6 Familia de UDP glucosiltransferasa 1, polipéptido A9

65: A3853 AF007170 C1orf34 Marco de lectura abierto 34 del cromosoma 1

66: A5399 R44471 NEBL Nebulete

67: A1074 D90228 ACAT1 Acetil-Coenzima A acetiltransferasa 1

(acetoacetil Coenzima A tiolasa)

68: A1610 NM_002084 GPX3 Glutatión peroxidasa 3 (plasma)

69: A1754 AB119995 CES1 Carboxilesterasa 1 (monocito/macrófago serina esterasa 1)

70: A2336 BC032528 LTA4H Leucotrieno A4 hidrolasa

71: A3061 U07643 LTF Lactotransferrina

72: A2742 NM_002272 KRT4 Queratina 4

73: A4614 NM_007283 MGLL Monoglicérido lipasa

74: A0830 NM_002746 MAPK3 Proteína cinasa 3 activada por mitógenos

75: A1501 NM_006225 PLCD1 Fosfolipasa C, delta 1

76: A2886 M20643 MYL1 Miosina, polipéptido ligero 1, alcalino; esquelético, rápido

77: A5400 AK122818 BTBD11 Proteína 11 que contiene el dominio BTB (POZ)

78: A6073 AI290541 ADNc FLJ11723 fis, clon HEMBA1005314

79: A0090 BC040499 TGFBR2 Factor de crecimiento transformante, receptor beta II (70/80 kDa)

80: A1046 AF266280 LGALS3 Lectina, de unión a galactósido, soluble, 3 (galectina 3)

Transglutaminasa 1 (polipéptido epidérmico

81: A0662 BC034699 TGM1 K tipo I, proteína-glutamina-gammaglutamiltransferasa)

82: A2608 NRM_002230 JUP Placoglobina de unión

83: A3338 M93056 SERPINB1 Inhibidor de serina (o cisteína) proteinasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 1

84: A3345 BC004452 GTF2H1 Factor general de transcripción IIH, polipéptido 1, de 62 kDa

85: A4076 BC008837 AKR1B10 Familia 1 de alfo-ceto reductasa, miembro B10 (aldosa reductasa)

Proteína 1 relacionada con lipoproteína de

86: A3738 NM_002332 LRP1 baja densidad (receptor alfa-2

macroglobulina)

87: A4586 D86977 DHX38 caja DEAH (Asp-Glu-Ala-His) polipéptido 38

88: A6282 BC001338 RHOD Familia del gen homólogo a Ras, miembro D

89: A5002 NM_006137 CD7 antígeno CD7 (p41)

90: A0249 U09578 MAPKAPK3 Proteína cinasa 3 activada por proteína cinasa activada por mitógenos

91: A0922 NM_004394 DAP Proteína asociada con muerte

92: A0654 BC000458 MAL Mal, proteína de diferenciación de células T

93: A2733 NM_005013 NUCB2 Nucleobindina 2

94: A3114 M95585 HLF Factor de leucemia hepática

95: A5230 BC021927 TBC1D10 Familia de dominio TBC1, miembro 10

96: A2188 J02770 IF Factor I (complemento)

97: A3037 BC030975 IL1RL1 receptor de interleucina 1 tipo 1

98: A3283 BQ446473 FABP5 Proteína 5 de unión a ácidos grasos (asociada con psoriasis)

99: A4162 BM471531 AP2S1 complejo 2 de proteína relacionada con adaptador, subunidad sigma 1

100: A4677 S80562 CNN3 Calponina 3, ácida

101: A5951 CR610474 MPDU1 Defecto 1 de utilización de manosa-P-dolicol

102: A4015 D29767 TEC Proteína Tec de tirosina cinasa

103: A4054 NM_144505 KLK8 Calicreína 8 (neuropsina/ovasina)

104: A4146 BQ941085 PI3 Inhibidor 3 de proteasa, derivado de la piel (SKALP)

105: A4699 NM_002461 MVD Mevalonato (difosfo)descarboxilasa

Homólogo 2 de oncogén viral de leucemia

106: A5159 BC080193 ERBB2 eritroblástica V-erb-b2, homólogo de oncogén derivado de neuro/glioblastoma

(aviar)

107: A1010 D28475 CLCN6 Canal de cloruro 6

108: A1414 NM_001855 COL15A1 Colágeno, tipo XV, alfa 1

109: A1951 AL833268 MEF2C Factor 2 potenciador de la transcripción de la caja MADS, polipéptido C (factor 2C

potenciador de miocitos)

110: A2158 NM_005410 SEPP1 Selenoproteína P, plasma, 1

111: A2189 NM_000112 SLC26A2 Familia 26 del portador de soluto (transportador de sulfato), miembro 2

112: A4163 NM_006001 TUBA2 Tubulina, alfa 2

113: A4388 NM_001988 EVPL Envoplaquina

114: A2291 AF003341 ALDH1A1 Familia de aldehído deshidrogenasa 1, miembro A1

115: A2444 AY366508 LOH11CR2A Pérdida de heterocigosidad, 11, región cromosómica 2, gen A

116: A2796 NM_006681 NMU Neuromedina U

Caspasa 1, cisteína proteasa relacionada

117: A2802 CR592117 CASP1 con apoptosis (interleucina 1, beta,

convertasa)

118: A3412 NM_000552 VWF Factor de Von Willebrand

119: A0593 NM_002290 LAMA4 Laminina, alfa 4

120: A1415 L25798 HMGCS1 3-hidroxi-3-metilglutaril-Coenzima A sintasa 1 (soluble)

121: A2159 L10340 EEF1A2 factor 1 de elongación de traducción de eucariotas alfa 2

122: A2306 U70063 ASAH1 N-acilesfingosina amidohidrolasa (ceramidasa ácida) 1

123: A4810 AF077599 RNF41 Proteína 41 de dedos anulares

124: A5155 NM_000418 IL4R Receptor de interleucina 4

125: A0304 U80456 SIM2 Homólogo 2 único (Drosophila)

126: A0856 M32402 P11 Serina proteasa 26

127: A0574 NM_033018 PCTK1 Proteína cinasa 1 PCTAIRE

128: A1564 U70370 PITX1 Factor de transcripción 1 de homeodominio de tipo apareado

129: A1832 M74297 HOXA4 Caja homeótica A4

130: A2664 BC033820 FGL2 Fibrinógeno tipo 2

131: A3291 BM805032 PRSS2 Proteasa, serina, 2 (tripsina 2)

132: A4179 NM_002769 PRSS1 Proteasa, serina, 1 (tripsina 1)

133: A4297 NM_012205 HAAO 3-hidroxiantranilato 3,4-dioxigenasa

134: A4695 NM_001003395 TPD52L1 Proteína D52 del tumor tipo 1

135: A5849 NM_024095 ASB8 Repetición de anquirina y proteína 8 que contiene la caja SOCS

136: A0971 AY034086 DSCR1L1 Gen 1 de la región crítica del síndrome de Down tipo 1

137: A2307 NM_004563 PCK2 Fosfoenolpiruvato carboxicinasa 2 (mitocondrial)

138: A4517 L08488 INPP1 Inositol polifosfato-1-fosfatasa

139: A5442 AF105036 KLF4 Factor 4 tipo Kruppel (intestino)

140: A0461 NM_001068 TOP2B Topoisomerasa (ADN) II beta de 180 kDa

141: A6143 BX648675 ATP8A1 ATPasa, transportador de aminofosfolípidos (APLT), clase I, tipo 8A, miembro 1

142: A4298 Z34821 CACNA1C Canal de calcio, dependiente de voltaje, tipo L, subunidad 1C alfa

143: A5048 BC014941 ID4 Inhibidor de unión a ADN 4, proteína de hélice-bucle-hélice negativa dominante

144: A1553 BC023505 ECM1 Proteína 1 de la matriz extracelular

145: A2192 BC011890 ETFDH Flavoproteína deshidrogenasa de transferencia de electrones

146: A3009 BC009799 AREG Anfirregulina (factor de crecimiento derivado de schwannoma)

147: A4144 BC004376 ANXA8 Anexina A8

148: A5966 BX647538 FRMD4A Proteína 4A que contiene el dominio FERM

149: A0578 NM_004417 DUSP1 Fosfatasa 1 de especificidad doble

150: A1938 Y08200 RABGGTA Rab geranilgeraniltransferasa, subunidad alfa

151: A2440 U96628 PDCD4 Muerte celular programada 4 (inhibidor de la transformación neoplásica)

152: A3027 M28827 CD1C Antígeno CD1C, polipéptido c

153: A2836 BQ926240 TNNI2 Troponina I, esquelética, rápida

Pleiotrofina (factor 8 de crecimiento de unión

154: A3269 NM_002825 PTN a heparina, factor de promoción de

crecimiento de neuritas)

155: A3299 BM696587 CRYAB Cristalino, alfa B

Mieloide/linfoide o leucemia de linaje mixto

156: A3816 NM_005938 MLLT7 (homólogo de tritórax, Drosophila);

translocado a, 7

157: A5752 AL832919 AGPAT3 1-acilglicerol-3-fosfato O-aciltransferasa 3

158: A0451 V00497 HBB Hemoglobina, beta

159: A0597 X72760 LAMB2 Laminina, beta 2 (laminina S)

160: A1240 AB001895 ARID1A Dominio 1A interactivo rico en AT (tipo SWI)

161: A1411 BC035812 PCDH1 Protocadherina 1 (cadherina tipo 1)

162: A1932 J03037 CA2 Anhidrasa carbónica II

163: A2822 BQ015859 CSTA Cistatina A (estefina A)

164: A2935 BM552331 MGST2 glutatión S-transferasa 2 microsómica

165: A3502 U43899 STAM Molécula adaptadora de transducción de señal (dominio SH3 y motivo ITAM) 1

166: A3534 NM_005554 KRT6A Queratina 6A

167: A3127 D29642 ARHGAP25 Proteína 25 de activación de Rho GTPasa

168: A3923 AF038440 PLD2 Fosfolipasa D2

169: A4145 AA586894 S100A7 proteína A7 de unión a calcio S100 (psoriasina 1)

170: A4265 BM907670 PPIC Peptidilprolil isomerasa C (ciclofilina C)

171: A5739 AA102482 C14orf114 marco de lectura abierto 114 del cromosoma 14

172: A1163 M94345 CAPG Proteína de encapuchamiento (filamento de actina), tipo gelsolina

173: A2450 NM_001740 CALB2 Calbindina 2, de 29 kDa (calretinina)

174: A3380 L20977 ATP2B2 ATPasa, de transporte de Ca++, membrana plasmática 2

175: A3187 NM_000240 MAOA Monoamina oxidasa A

176: A3300 NM_005046 KLK7 Calicreína 7 (quimotríptico, capa córnea)

177: A4794 AF064493 LDB2 Proteína 2 de unión al dominio LIM

178: A4830 NM_004557 NOTCH4 homólogo 4 de Notch (Drosophila)

179: A5436 BQ009281 ELL2 Factor de elongación, ARN polimerasa II, 2

180: A5200 U10248 RPL29 Proteína L29 ribosómica

181: A8063 AL832598 EPB41L3 Banda 4.1 de proteína de membrana de eritrocitos tipo 3

182: A7978 BC025176 CYP3A5 Citocromo P450, familia 3, subfamilia A, polipéptido 5

183: A9285 AI027810 KIAA1102 Proteína KIAA1102

184: A8996 AK092607 BSPRY Proteína que contiene el dominio SPRY y la caja B

185: B4069 M77830 DSP Desmoplaquina

186: B6764 M14338 PROS1 Proteína S (alfa)

187: C3614 D31883 ABLIM1 Proteína 1 LIM de unión a actina

188: A8863 BM678420 Locus transcrito

189: C4904 AY359010 KLK5 Calicreína 5

190: A7103 NM_004949 DSC2 Desmocolina 2

191: A7156 X78706 CRAT Carnitina acetiltransferasa

192: B0149 AF052090 NNT Nicotinamida nucleótido transhidrogenasa

193: B0259 AA234962 PKP3 Placofilina 3

194: B4864 NM_002145 HOXB2 Caja homeótica B2

195: A6512 AA167624 HSPC159 Proteína HSPC159

196: A8688 CR597998 NPDC1 Control, diferenciación y proliferación neural, 1

197: A9175 NM_015270 ADCY6 Adenilato ciclasa 6

198: C4884 AA036952 Gup1 Proteína anterior del complejo GRINL1A

199: B2793 AA603460 FBXL17 Repetición de proteína 17 rica en leucina y caja F

200: A7307 AB032981 KIAA1155 Proteína KIAA1155

Locus transcrito, moderadamente similar al

201: A9545 AA563634 gen de ADNc 9830002I17 XP_126365.1

RIKEN [Mus musculus]

202: B0878 NM_005797 EVA1 Antígeno 1 similar a V epitelial

203: B4406 AF279865 KIF13B Miembro 13B de la familia cinesina

204: A8203 AK026966 AK3 Adenilato cinasa 3

205: A7795 BC044582 UBL3 Ubiquitina tipo 3

206: A8115 CA310913 GLTP Proteína de transferencia de glicolípidos

207: A9458 AA028101 KIAA0303 Proteína KIAA0303

208: A9467 BC045658 LOC57228 Proteína hipotética del clon 643

209: A7145 X52005

210: A8433 NM_005843 STAM2 Molécula adaptadora de transducción de señales (dominio SH3 y motivo ITAM) 2

211: B4086 NM_006206 PDGFRA Receptor del factor de crecimiento derivado de plaquetas, polipéptido alfa

212: B4409 XM_371116 MYO5B Miosina VB

213: B6820 XM_497078 NUP188 Nucleoporina de 188 kDa

214: A7798 BC015033 PLD2 Fosfolipasa D2

215: A8832 BX648017 C2orf18 Marco de lectura abierto 18 del cromosoma 2

216: A9468 BX110596 Homo sapiens, clon IMAGE:4799216, ARNm

217: B2482 AI125528 KIAA0476 KIAA0476

218: A6944 AI310102 Locus transcrito

219: B0278 AB037832 KIAA1411 KIAA1411

220: B2135 X03212 KRT7 Queratina 7

221: B3676 NM_013334 GMPPB GDP-manosa pirofosforilasa B

222: B4060 NM_001953 ECGF1 Factor de crecimiento de células endoteliales 1 (derivado de plaquetas)

223: B2801 AK130734 FLJ13710 Proteína hipotética FLJ13710

224: A6388 AK056894 FLJ32332 Probable ortólogo de proteína fosfatasa 2C eta de ratón

225: A6673 AL137430 LOC283070 Proteína hipotética LOC283070

226: A8525 W67837 EMP2 Proteína de la membrana epitelial 2

227: A9178 XM_168530 PCLO Piccolo (proteína de citomatriz presináptica)

Clon CS0DF018YA02 de ADNc de longitud

228: B1734 AA633746 completa de cerebro fetal de Homo sapiens

(ser humano)

229: A6522 BC045177 FLJ30046 Proteína hipotética FLJ30046

230: A9011 BQ772268 PCBP2 Proteína 2 de unión a Poli(rC)

231: A9307 BC053677 FLJ37562 Proteína hipotética FLJ37562

232: B5826 AK027572 KCTD6 Proteína 6 que contiene el dominio de tetramerización del canal de potasio

233: B4068 AB011140 PPL Periplaquina

234: C2083 NM_002277 KRTHA1 Queratina, pelo, ácida, 1

235: A6317 AI205684 HSPA2 Proteína 2 de choque térmico de 70 kDa

236: A6581 AK093231 TBC1D10 Familia de dominio TBC1, miembro 10

237: A9099 N70592 PIGN Fosfatidilinositol glicano, clase N

238: A8964 AI091459 FLJ20489 Proteína hipotética FLJ20489

239: B0629 AK126877 FLJ10521 Proteína hipotética FLJ10521

Similar a la familia 16 del portador de soluto,

240: B1354 XM_496241 miembro 6; transportador 6 de

monocarboxilato

241: B1614 AY555274 PF6 Proteína PF6 de proyección

242: B4141 D79994 ANKRD15 Dominio 15 de la repetición de anquirina

243: A7204 CA430351 TXN Tiorredoxina

244: A7244 BQ706286 MXD4 Proteína 4 de dimerización MAX

245: B1495 AK000049 Shax3 Homólogo Snf7 asociado con Alix 3

246: A6712 NM_182643 DLC1 Delecionado en el cáncer de hígado 1

247: A7393 AK123452 RAB6A RAB6A, familia del oncogén del miembro RAS

Receptor de la hormona tiroidea, alfa

248: A7425 NM_003250 THRA (homólogo del oncogén de leucemia viral

eritroblástica (v-erb-a), aviar)

249: A8162 AL832955 TNFAIP9 Factor de necrosis tumoral, proteína 9 inducida por alfa

250: A7679 M97675 ROR1 Receptor 1 huérfano similar a receptor de tirosina cinasa

251: B2073 NM_001002857 ANXA2 Anexina A2

252: B2084 S45018 CHAT Colina acetiltransferasa

253: A6486 W67936 RAI Inhibidor asociado con RelA

254: A7454 AF007162 CRYAB Cristalino, alfa B

ARNm del factor IV de intercambio de

255: B2657 BM696564 nucleótido de guanina de unión a CAMP (cAMP-GEFIV), clon W 15, secuencia

parcial

256: B0364 BC002714 MGC4171 Proteína hipotética MGC4171

257: B0968 BM271861 SPATA11 Proteína 11 asociada con espermatogénesis

258: A7235 M92449 ASAHL N-acilesfingosina amidohidrolasa tipo (ceramidasa ácida)

259: A7689 X00457 HLA-DPA1 Complejo mayor de histocompatibilidad, clase II, DP alfa 1

260: A9203 CR608541 PHF17 Proteína 17 de dedos de PHD

261: A9368 NM_022833 C9orf88 Marco de lectura abierto 88 del cromosoma 9

262: BB4602 NM_005556 KRT7 Queratina 7

263: A6719 AI302184 SQRDL Tipo de sulfuro quinona reductasa (levadura)

CTD (dominio carboxi-terminal, ARN

264: A7464 AF081287 CTDP1 polimerasa II, polipéptido A) fosfatasa,

subunidad 1

265: A7773 NM_002504 NFX1 Factor de transcripción nuclear, Proteína 1 de unión a caja X

266: A8378 NM_032859 C13orf6 Marco de lectura abierto 6 del cromosoma 13

Clon CS0DF014YA22 de ADNc de longitud

267: B0550 AA843150 completa de cerebro fetal de Homo sapiens

(ser humano)

ATP sintasa, de transporte de H+, complejo

268: B4213 NM_001001937 ATP5A1 F1 mitocondrial, subunidad alfa, isoforma 1, músculo cardíaco

269: B4816 NM_003438 ZNF137 Proteína 137 de dedos de zinc (clon pHZ30)

270: B7573 BC040481 ZHX1 Dedos de zinc y cajas homeóticas 1

271: A8790 H70803 SASH1 Proteína 1 que contiene el dominio SH3 y SAM

272: B2399 AY358351 UNC5B Homólogo B de unc-5 (C. elegans)

273: C4330 BC006000 CAPNS2 Calpaína, subunidad 2 pequeña

274: A6336 AK097223 NAGK N-acetilglucosamina cinasa

275: A9115 BC001080 MGC2749 Proteína hipotética MGC2749

276: B2659 AI025259 Locus transcrito

277: B5443 NM_014992 DAAM1 Activador asociado Dishevelled de morfogénesis 1

278: C4095 NM_002122 HLA-DQA1 Complejo mayor de histocompatibilidad, clase II, DQ alfa 1

279: A6322 BU623850 BZRP Receptor de benzodiazapina (periférico)

280: A6358 AK056079 JAM2 Molécula 2 de adhesión de unión

Esteroide-5-alfa-reductasa, polipéptido alfa

281: A7432 M32313 SRD5A1 1 (3-oxo-5 alfa-esteroide delta 4

deshidrogenasa alfa 1)

282: A9103 AK091635 FLJ11200 Proteína hipotética FLJ11200

283: B0646 AA644351 EMP1 Proteína de la membrana epitelial 1

284: B0773 AA761873 SNX16 Nexina 16 de clasificación

285: B4674 AA149429 ATP10D ATPasa, Clase V, tipo 10D

286: B6559 AB002296 KIAA0298 Producto del gen KIAA0298

287: A6599 BC035309 TM4-B Tetraspanina TM4-B

288: A7467 BC034989 P2RY14 Receptor P2Y purinérgico, acoplado a proteína G, 14

289: B2658 N62647 TM4SF9 Miembro 9 de la superfamilia 4 transmembrana

290: B0243 AK000140 PLAC8 Proteína 8 específica de la placenta

291: B1676 BC025985 IGHG4 Gamma 4 constante pesada de inmunoglobulina (marcador G4m)

292: B2253 BX494965 Locus transcrito

293: C4665 AK022877 ARNm de la región Cri-du-chat del clon TUA8

294: A6617 AF182316 FER1L3 Fer-1 tipo 3, mioferlina (C. elegans)

Dominio de pH que contiene proteína

295: A7917 AF169797 APPL adaptadora, dominio PTB y motivo 1 de

cremallera de leucina

296: A9104 AF135168 NSF Factor sensible a N-etilmaleimida

297: A9110 BC006282 MGC10540 Proteína hipotética MGC10540

298: B0340 AK097973 MGC9850 Polipéptido D de la polimerasa (ARN) I, de 16 kDa

299: B0774 AL832398 MGC26717 Proteína hipotética MGC26717

300: B5066 AF318353 MAN1C1 Manosidasa, alfa, clase 1C, miembro 1

301: B6561 AB014544 KIAA0644 Producto del gen KIAA0644

302: A6751 NM_002258 KLRB1 Subfamilia B del receptor similar a lectina de célula citotóxica, miembro 1

303: A7091 N31935 ANGPTL1 Angiopoyetina tipo 1

304: A8186 BM551020 SCAMP2 Proteína 2 de la membrana del portador secretor

305: A8823 N26005 PPP1R3C Proteína fosfatasa 1, subunidad 3C reguladora (inhibidor)

306: A9125 BG745799 CRYL1 Cristalino, lambda 1

307: B1647 BC047536 SCEL Escielina

308: B4810 BM701072 KIAA0103 KIAA0103

309: B5424 NM_020039 ACCN2 Canal 2 catiónico sensible a amilorida, neuronal

310: B2978 AA442090 FLJ10292 Proteína hipotética FLJ10292

311: B7110 AK124752 PCDH21 Protocadherina 21

312: B8940 BX641066 KLF8 Factor 8 tipo Kruppel

313: B9198 AK123132 MSRA Metionina sulfóxido reductasa A

314: A9475N AF081195 RASGRP1 Proteína 1 de liberación de guanilo RAS (regulada por DAG y calcio)

315: B4930 AL110157 DUSP7 Fosfatasa 7 de especificidad doble

316: B6765N AI346913 SDCBP2 Proteína 2 de unión a sindecano (sintenina)

317: B6373 BX423161 LHPP Fosfolisina fosfohistidina inorgánica pirofosfato fosfatasa

318: B8264 NM_025261 LY6G6C Complejo 6 del antígeno de linfocito, locus G6C

319: B8308 NM_001001936 KIAA1914 KIAA1914

320: B8276 BC009831 RAB25 RAB25, familia del oncogén del miembro RAS

321: A3308N NM_000889 ITGB7 Integrina, beta 7

322: A8588 BM683764 PRKWNK4 Proteína cinasa, proteína 4 deficiente en lisina

323: B4591 BM747025 PERP PERP, efector de apoptosis TP53

Familia 6 del portador de soluto

324: B6688 NM_003042 SLC6A1 (transportador del neurotransmisor, GABA),

miembro 1.

325: B6103 T89283 Secuencia de ARNm del clon IMAGE:110436

326: B7741 NM_177551 GPR109A Receptor 109A acoplado a proteína G

327: B8954 NM_032432 ABLIM2 Familia de la proteína LIM de unión a actina, miembro 2

328: A0774N BC012613 CPA3 Carboxipeptidasa A3 (mastocito)

329: B1821N AA886340 CDH16 Cadherina 16, KSP-cadherina

Inhibidor de proteína 4 de unión a ADN,

330: B0830N BM473615 ID4 proteína de hélice-bucle-hélice negativa

dominante

331: B4592 BC051895 AMMECR1 Proteína hipotética LOC286505

332: B7105 AK055782 PDLIM2 Dominio 2 de PDZ y LIM (místico)

333: B7281 NM_058186 FAM3B Familia con similitud de secuencia 3, miembro B

334: B8081 BM981462 FLJ13710 Proteína hipotética FLJ13710

335: B9611 AB051541 KIAA1754 KIAA1754

336: A0720N L21998 MUC2 Mucina 2, intestinal/traqueal

337: A9346N AY358379 PP2135 Proteína PP2135

338: B3339 AA728828 TNNI2 Troponina I, esquelética, rápida

339: B4613 H57105 FLJ20273 Proteína de unión a ARN

340: B7353N NM_176787 PIGN Fosfatidilinositol glicano, clase N

341: A0955N NM_006520 TCTE1L Tipo 1 expresado en testículos asociados con complejo T

342: B3349N AK056590 FLJ32028 Proteína hipotética FLJ32028

343: B3762 BC035311 ZD52F10 Dermocina

344: B6524 BM992839 MGC39820 Proteína hipotética MGC39820

345: B7323N AB104887 APCDD1 Proteína 1 regulada por disminución por adenomatosis poliposis coli

346: B9836 R79561 ARRDC3 Proteína 3 que contiene el dominio arrestina

Receptor similar a inmunoglobulina de

347: A1779N AF025534 LILRB5 leucocito, subfamilia B (con dominios TM y ITEM), miembro 5

348: A6777 BQ276959 LGALS2 Lectina, de unión a galactósido, soluble, 2 (galectina 2)

349: B3330 AA709236 Locus transcrito

350: B3655 BC068277 MGC42367 Similar a la proteína 2010300C02Rik

351: B3929 AK024356 SOCS6 Supresor de señalización 6 de citocina

352: B6319 BX414085 ICSBP1 Proteína 1 de unión a secuencia consenso de interferón

353: B7526 R40594 CYP2U1 Citocromo P450, familia 2, subfamilia U, polipéptido 1

354: B7360 BU619898 LTB4DH Leucotrieno B4 12-hidroxideshidrogenasa

355: A0708N NM_000092 COL4A4 Colágeno, tipo IV, alfa 4

356: B5126 BX109845 SH3BGRL2 Proteína rica en ácido glutámico de unión al dominio SH3 tipo 2

357: B5917N BX648213 PALMD Palmdelfina

358: B5381N D42047 GPD1L Glicerol-3-fosfato deshidrogenasa tipo 1

359: B6553 AF506799 KIBPA Proteína KIBRA

360: A1807N NM_000860 HPGD Hidroxiprostaglandina deshidrogenasa 15(NAD)

361: A9493N BX094381

362: B3930 XM_290629 C14orf78 Marco de lectura abierto 78 del cromosoma 14

363: B3965 BX538289 ELL2 Factor de elongación, ARN polimerasa II, 2

364: B9454 AA033857 RAB40A RAB40A, familia de oncogén del miembro RAS

365: B9462 BC030115 GAB1 Proteína 1 de unión asociada con GRB2

366: B9652 N47682 CPEB4 Proteína 4 de unión a elemento de poliadenilación citoplasmática

367: A6574N AJ314646 RAB11FIP4 Proteína 4 de interacción con la familia RAB11 (clase II)

368: B4922N AY358399 LRP10 Proteína 10 relacionada con el receptor de lipoproteína de baja densidad

369: B7465 AL161983 MGC39820 Proteína hipotética MGC39820

370: B8295 NM_003884 PCAF Factor asociado con P300/CBP

371: B8485 CA308403 WIPI49 Proteína de repetición WD40 que interacciona con fosfoinosítidos de 49 kDa

Locus transcrito, LOC283585 débilmente

372: B9620 AL050204 similar a proteína hipotética XP_375099.1

[Homo sapiens]

373: A3079 J04599 BGN Biglicano

374: A1981 U58514 CHI3L2 Quitinasa 3 tipo 2

375: A6696 NM_012072 C1QR1 Componente 1 del complemento, subcomponente q, receptor 1

376: B3933 AY358360 ELTD1 EGF, latrofilina y proteína 1 que contiene siete dominios transmembrana

377: B4392N BC006428 CXXC5 Dedos 5 CXXC

378: B7167N BC059408 OVOL1 Ovo tipo 1 (Drosophila)

379: B9455 BQ447358 Similar a proteína B230208J24Rik

380: B7425 BC033858 MGC45474 Proteína hipotética MGC45474

381: B9112 AI096890 RRAGD Proteína D de unión a GTP relacionada con Ras

Proteína A10 de unión a calcio S100

382: A2547N BM017946 S100A10 (ligando de anexina II, calpactina I,

polipéptido ligero (p11))

383: A4385N BC039031 IL1R2 Receptor 1 de interleucina, tipo II

384: B3586 AA748009 PPP2R5E Proteína fosfatasa 2, subunidad B reguladora (B56), isoforma épsilon

385: B4083 NM_003156 STIM1 Molécula 1 de interacción estromal

386: A7666N CA426441 BZRP Receptor de benzodiazapina (periférico)

387: B4291 AK025198 XIST Transcrito específico de X (inactivo)

388: B5776N AF492675 HOP Proteína del homeodominio sólo

389: B8377 AA194913 FLJ38725 Proteína hipotética FLJ38725

390: B7082 AK055323 Clon IMAGE:5263177de ADNc, cds parcial

391: B8932 AK127123 TOLLIP Proteína de interacción Toll

392: B9135 BC066977 C1orf40 Marco de lectura abierto 40 del cromosoma 1

393: A0240N NM_198974 PTK9 Proteína PTK9 de tirosina cinasa 9

394: B3108 NM_015669 PCDHB5 Protocadherina beta 5

395: B6482 BC025724 RDH12 Retinol deshidrogenasa 12 (todo trans y 9 cis)

396: B9470 N29574 RRAGD Proteína D de unión a GTP relacionada con Ras

397: A8259N AA496108 BNC2 Basonuclina 2

398: A8292N AB037811 FLJ11280 Proteína hipotética FLJ11280

399: B3851 BC018984 CDKN2B Inhibidor de la cinasa dependiente de ciclina (p15, inhibe CDK4)

400: B6267 AB020715 PCYOX1 Prenilcisteína oxidasa 1

401: B6807N AA921756 NQO1 NAD(P)H deshidrogenasa, quinona 1

402: A2019N AA442410 EMP1 Proteína 1 de la membrana epitelial

403: A8869N BU737722 HMGCR 3-hidroxi-3-metilglutaril-Coenzima A reductasa

404: B4042 AW966019 APG-1 Proteína de choque térmico (familia hsp110)

405: B8379 XM_113763 C14orf125 Marco de lectura abierto 125 del cromosoma 14

406: A2081N BC012609 SERPINB2 Inhibidor de serina (o cisteína) proteinasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 2

407: B5059N T88953 Locus transcrito

408: B6498 CR613330 PYM Proteína PYM

Familia 7 del portador de soluto

409: B5992 NM_003045 SLC7A1 (transportador de aminoácido catiónico,

sistema y+), miembro 1

410: B8234 AF070632 Secuencia de ARNm del clon 24405

411: A4375N NM_003617 RGS5 Regulador de la señalización 5 de la proteína G

412: B5419 AF287272 KLF5 Factor 5 tipo Kruppel (intestinal)

413: B6656 BU624522 Locus transcrito

414: B7367 CR616479 AMACR Alfa-metilacil-CoA racemasa

415: B7435 AK093246 RPL13 Proteína L13 ribosómica

416: B8627 R39044 RAB27B RAB27B, familia de oncogén del miembro

RAS

417: B8909 BM786734 ADNc: FLJ21274 fis, clon COL01781

418: B6405 AA045332 ME1 Enzima 1 málica, NADP(+)-dependiente, citosólica

419: B7221N AW952452 KNS2 Cinesina 2 de 60/70 kDa

420: B8404 AF173389 EEA1 Antígeno 1 de endosoma temprano, de 162 kD

Factor asociado con hemorragia endometrial

421: A4381N U81523 EBAF (determinación izquierda-derecha, factor A; superfamilia beta del factor de crecimiento

de transformación)

422: B3417 AA719160 Locus transcrito

423: B3725 AL832397 C10orf57 Marco de lectura abierto 57 del cromosoma 10

424: B4062 X14640 KRT13 Queratina 13

425: B4848N AY052784 PRSS2 Proteasa, serina, 2 (tripsina 2)

426: B7193N BX109986 Locus transcrito

427: B4114 NM_012137 DDAH1 Dimetilarginina dimetilaminohidrolasa 1

428: B4330 AB020637 KIAA0830 Proteína KIAA0830

429: B6510 BX648949 C9orf45 Marco de lectura abierto 45 del cromosoma 9

430: C0800 AI037967 TWIST2 Homólogo 2 de Twist (Drosophila)

431: C8469 CR597039 TIAM1 Invasión de linfoma de células T y metástasis 1

432: C4440 AA807607 PITPNC1 Proteína de transferencia de fosfatidilinositol, citoplásmico 1

433: C6675 AY358677 FAM3D Familia con similitud de secuencia 3, miembro D

434: C8953 AL136678 DEPDC6 Proteína 6 que contiene el dominio DEP

435: C6100 BC071614 DKFZp762A217 Proteína hipotética DKFZp762A217

436: C7625 BU684240 EHF Factor homólogo de Ets

437: C7512 NM_000186 CFH Factor H del complemento

438: C9271 AV728846 RG9MTD3 Proteína 3 que contiene el dominio de (guanina-9-)metiltransferasa de ARN

439: C3769 AK023223 RAB10 RAB10, familia de oncogén del miembro RAS

440: C6082 AB041036 KLK11 Calicreína 11

441: C7013 AA058314 LGALS3 Lectina, de unión a galactósido, soluble, 3 (galectina 3)

442: C7133 NM_139205 HDAC5 Histona desacetilasa 5

443: C7172 AF377960 CTTNBP2 Proteína 2 de unión a cortactina

444: C8462 NM_000104 CYP1B1 Citocromo P450, familia 1, subfamilia B, polipéptido 1

445: C8844 BM916826 C20orf104 Marco de lectura abierto 104 del cromosoma 20

446: C4549 N64370 TMOD2 Tropomodulina 2 (neuronal)

447: C7157 NM_017654 SAMD9 Proteína 9 que contiene el dominio de motivo estéril alfa

448: C8471 NM_006315 RNF3 Proteína 3 de dedos anulares

449: C1018 BU615310 ADNc: FLJ22256 fis, clon HRC02860

450: C6068 AL831998 ITGB6 Integrina, beta 6

Familia 9 del portador de soluto

451: C4936 BX648303 SLC9A3R1 (intercambiador sodio/hidrógeno), isoforma

3 regulador 1

452: C8058 BM701368 UNQ1912 HGS_RE408

453: C9354 NM_005555 KRT6B Queratina 6B

454: C1520 BC014640 COL14A1 Colágeno, tipo XIV, alfa 1 (undulina)

455: D1161 BX537988 ST7L Supresión de tumorigenicidad tipo 7

456: C3647 NM_006888 CALM1 Calmodulina 1 (fosforilasa cinasa, delta)

457: C3690 BC000140 PCCA Propionil Coenzima A carboxilasa, alfa polipéptido

458: C6110 W67193 GFPT1 Glutamina-fructosa-6-fosfato transaminasa 1

459: C6130 W68668 Locus transcrito

460: C6808 AA040053 ZDHHC21 Dedo de zinc, proteína 21 que contiene el

dominio DHHC

461: C1466 H03229 GAB1 Proteína 1 de unión asociada con GRB2

462: C6664 AI142832 MGC34923 Proteína hipotética MGC34923

463: C7461 CR609766 SNX24 Nexina 24 de clasificación

464: C7847 BM696919 CRYAB Cristalino, alfa B

465: C8786 AA215586 LOC389119 Similar a ADNc 6530418L21 de RIKEN

466: C8060 AW293412 HDAC11 Histona desacetilasa 11

467: C7882 NM_013261 PPARGC1A Receptor activado proliferativo de peroximas, gamma, coactivator 1, alfa

468: C8848 AF214736 EHD3 Proteína 3 que contiene el dominio EH

469: C9764 AY358433 UNQ473 DMC

470: C2154 AF007144 DIO2 Desyodinasa, yodotironina, tipo II

471: C1030 R87741 Locus transcrito

472: C4886 AI336346 Locus transcrito

473: C6915 AW016811 ADNc: FLJ22648 fis, clon HSI07329

474: C7731 AF245505 DKFZp564I1922 Adlicano

475: C2086 W61361 SERPINB8 Inhibidor de serina (o cisteína) proteinasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 8

476: C6882 AF186022 DAPP1 Adaptador doble de fosfotirosina y 3fosfoinosítidos

477: C8161 AI359788 CEBPA Proteína de unión a CCAAT/potenciador (C/EBP), alfa

478: C9877 BQ001493 EHD3 Proteína 3 que contiene el dominio EH

Dominio Sema, dominio de inmunoglobulina

479: C0909 U38276 SEMA3F (Ig), dominio básico corto, secretado,

(semaforina) 3F

480: C4328 AK023966 ADNc FLJ13904 fis, clon THYRO1001895

481: C6559 AW272352 Locus transcrito

482: C6871 BC028377 ZNF502 Proteína 502 de dedos de zinc

Probable ortólogo de proteína de músculo

483: C7403 XM_166203 CHASM liso asociada con homología de calponina

de ratón

484: C8321 CA435349 ABLIM1 Proteína 1 LIM de unión a actina

485: C8174 NM_016374 ARID4B Dominio 4B interactivo rico en AT (tipo RBP1)

486: C8380 AK026659 ADNc: FLJ23006 fis, clon LNG00414

487: C9008 D82786 TA-PP2C Proteína fosfatasa 2C de activación de células T

488: C0716 AI097310 Locus transcrito

489: C7721 NM_000361 THBD Trombomodulina

490: C9243 AF218020 DBNL Similar a drebrina

491: C0922 AF378757 PLXDC2 Proteína 2 que contiene el dominio plexina

492: C6572 NM_005197 CHES1 Supresor 1 del punto de control

493: C8146 BF697545 MGP Proteína Gla de matriz

494: C4182 BU681491 Locus transcrito

495: C7601 AK129509 GJB5 Proteína de unión a Gap, beta 5 (conexina 31.1)

496: B9861 AL137346 Clon EUROIMAGE 1509279 de ADNc de inserto de longitud completa de ARNm

497: C4331 CR749576 FLJ37099 Proteína FLJ37099

498: C7353 AK122903 EPS8L2 EPSB tipo 2

499: D1274 BF435815 ARNm; ADNc DKFZp56400862 (del clon DKFZp56400862)

500: C7231 XM_036115 ZC3HDC5 Proteína 5 que contiene el dominio tipo CCCH de dedos de zinc

501: D1135 BX100753 COBL Homólogo de Cordon-bleu (ratón)

502: D1258 BC064848 GAB1 Proteína 1 de unión asociada con GRB2

Familia 9 del portador de soluto

503: C0357 BC035779 SLC9A9 (intercambiador sodio/hidrógeno), isoforma

9

504: C1422 AA095034 GK001 Proteína GK001

505: C4970 K03000 ALDH1A1 Familia 1 de aldehído deshidrogenasa, miembro A1

506: C8182 NM_024761 MOBKL2B MOB1, activador de cinasa de un aglutinante Mps tipo 2B (levadura)

507: C8897 AA422013 KRT24 Queratina 24

508: C0568 BX648828 ROBO2 Roundabout, receptor de guía de axones, homólogo 2 (Drosophila)

509: C0903 X80197 KRTHB1 Queratina, pelo, básico, 1

510: C4194 XM_291315 KIAA1815 KIAA1815

511: C4545 N64339 GJB6 Proteína de unión a Gap, beta 6 (conexina 30)

512: C6719 BC013892 PVRL4 Proteína 4 relacionada con receptor de poliovirus

513: C8167 BC008201 C19orf32 Marco de lectura abierto 32 del cromosoma 19

514: C8880 AA224978 CAB39L Tipo de proteína 39 de unión a calcio

515: D0410 BX116168 Locus transcrito

516: C0358 AA037425 OGFRL1 Receptor del factor de crecimiento opioide tipo 1

517: C0578 AA844234 Gen F730108M23 del ADNc similar a RIKEN

518: C0706 BX647199 OIP106 Proteína de 106 KDa de interacción con OGT (O-Glc-NAc transferasa)

519: C2245 AI346181 MAX Proteína MAX

520: C4281 XM_087672 KIAA1935 Proteína KIAA1935

521: C4981 AK074480 ANXA1 Anexina A1

522: C8388 N92299 AZI2 Proteína 2 inducida por 5-azacitidina

523: C7956 AK001763 FLJ10901 Proteína hipotética FLJ10901

524: C8152 D87463 PHYHIP Proteína de interacción fitanoil-CoA hidroxilasa

525: C9054 AW629018

526: C8580 CR611223 CLDN7 Claudina 7

527: D0385 AK125106 SYTL5 Sinaptotagmina tipo 5

528: D1418 BC014006 PGLS 6-fosfogluconolactonasa

529: C8023 M81141 HLA-DQB1 Complejo mayor de histocompatibilidad, clase II, DQ beta 1

530: D2960 NM_033281 MRPS36 Proteína S36 ribosómica mitocondrial

531: D3738 AA854756 ZYX Zixina

532: D3747 AA843607 LOC120376 Proteína hipotética LOC120376

Familia 7 del portador de soluto

533: E0702 BE045592 SLC7A1 (transportador de aminoácido catiónico,

sistema y+), miembro 1

534: D6549 BC004888 FLJ10052 Proteína hipotética FLJ10052

535: D7675 AK127140 RAB7B RAB7B, familia de oncogén del miembro RAS

536: E0203 BC081542 MAF Homólogo del oncogén de fibrosarcoma musculoaponeurótico V-maf (aviar)

537: E1379 AK123877 ALDH3A2 Familia 3 de aldehído deshidrogenasa, miembro A2

538: D3758 H28090 CYYR1 Proteína 1 rica en cisteína y tirosina

539: D9508 AA928325 FLJ25124 Proteína hipotética FLJ25124

540: D3013 AK096741 SARG Proteína regulada específicamente por andrógeno

541: E0942 NM_173060 CAST Calpastatina

Tanquirasa, ADP-ribosa polimerasa 2

542: E0921 AF309033 TNKS2 relacionada con anquirina de interacción con

TRF1

543: D3229 BC054488 RICS Proteína de activación de Rho GTPasa

544: D5318 NM_004185 WNT2B Familia del sitio de integración MMTV de tipo Wingless, miembro 2B

545: D5082 XM_374137 LOC389328 hipotética.

546: E0523 BC017483 AHNAK Nucleoproteína AHNAK (desmoyoquina)

547: E1815 XM_041162 NDFIP2 Proteína 2 de interacción de la familia Nedd4

548: E0542 NM_152243 CDC42EP1 Proteína efectora CDC42 (unión a Rho GTPasa) 1

549: E0387 AI242329 ANKRD22 Dominio 22 de repetición de anquirina

550: E0785 BC039269 NALP2 NACHT, proteína 2 que contiene PYD y repetición rica en leucina

551: D3359 AJ272268 CACNA2D3 Canal de calcio, dependiente de voltaje, subunidad de alfa 2/delta 3

552: D4215 AB096175 SP5 Factor de transcripción Sp5

553: D4784 AK026652 PADI1 Peptidil arginina desiminasa, tipo I

554: D5720 AA970157 FLJ10052 Proteína hipotética FLJ10052

555: D9210 CA844321 MGC3196 Proteína hipotética MGC3196

556: D8412 BC071956 ZBED2 Dedo de zinc, proteína 2 que contiene el dominio BED

557: E0009 AA947873

558: D5189 BX101094 FLJ21128 Proteína hipotética FLJ21128

559: D7736 AI022908 Locus transcrito

560: D3893 AK074037 CAPN3 Calpaína 3, (p94)

561: D3442 NM_145800 6-Sep Septina 6

562: D5553 AA031882 Locus transcrito

563: D3309 AA768426 EVA1 Antígeno 1 similar a V epitelial

564: D4861 AA913741 Locus transcrito

565: D5799 CA450336 Locus transcrito

566: D9407 CR749484 LOC152519 Proteína hipotética LOC152519

567: E0630 CR591347 KRT13 Queratina 13

568: D4231 C05897 ARL5 Factor de ribosilación de ADP tipo 5

569: E0476 AF000984 DDX3Y Polipéptido 3 de caja DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp), ligado al cromosoma Y

ATP sintasa, de transporte de H+, complejo

570: E0606 AU159959 ATP5A1 de F1 mitocondrial, subunidad alfa, isoforma

1, músculo cardíaco

571: E0733 NM_004684 SPARCL1 SPARC tipo 1 (mast9, hevina)

572: E1304

UDP-N-acetil-alfa-D

573: D6657 AA554045 GALNT12 galactosamina:polipéptido Nacetilgalactosaminiltransferasa 12

(GalNAc-T12)

574: D8524 BX537500 PDCD4 Muerte celular programada 4 (inhibidor de la transformación neoplásica)

575: D1811 AK128814 ADNc FLJ25106 fis, clon CBR01467

576: D4059 BF512606 Locus transcrito

577: D4493 BC040438 MGC48915 Proteína hipotética MGC48915

578: D7516 AI074524 DKFZp434H2111 Proteína hipotética DKFZp434H2111

579: D4241 CD356848 SERPINB1 Inhibidor de serina (o cisteína) proteinasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 1

580: D5210 AA937197 Locus transcrito

581: D5265 NM_015976 SNX7 Nexina 7 de clasificación

582: D8527 CR613409 CA2 Anhidrasa carbónica II

583: D8911 NM_014912 CPEB3 Proteína 3 de unión a elemento de poliadenilación citoplasmática

584: E1348 BX640908 EVI1 Sitio 1 de integración viral ecotrópico

585: D3664 BM726206 LOC387723 hipotética

Acetil-Coenzima A aciltransferasa 2

586: D8494 CR599578 ACAA2 (mitocondrial 3-oxoacil-Coenzima A tiolasa)

587: E1775 NM_002773 PRSS8 Proteasa, serina, 8 (prostasina)

588: D1767 BC014357 CCND2 Ciclina D2

589: D3483 AI261804 TRERF1 Factor 1 de regulación transcripcional

590: E0274 AI094825 Locus transcrito

591: D4235 BC068512 FLJ20323 Proteína hipotética FLJ20323

592: D4858 AA913711 T2BP Proteína de unión a TRAF2

593: D9098 BM971909 HOXA3 Caja homeótica A3

594: D9339 AI033474 SNTB1 Sintrofina, beta 1 (proteína A1 asociada con distrofina, de 59 kDa, componente básico 1)

595: D9939 CA313473 Locus transcrito

596: A3096 CR601701 ANXA3 Anexina A3

Sialiltransferasa 7 ((alfa-N-acetilneuraminil

597: F0352 NM_018414 SIAT7A 2,3-beta-galactosil-1,3)-N-acetil

galactosaminida alfa-2,6-sialiltransferasa) A

598: B2819N XM_209073 LOC284207 Proteína hipotética LOC284207

599: F2306 NM_015278 SASH1 Proteína 1 que contiene el dominio SH3 y SAM

600: F3391 NM_005461 MAFB Homólogo B del oncogén de fibrosarcoma musculoaponeurótico V-maf (aviar)

601: F7019 AK001590 C14orf132 Marco de lectura abierto 132 del cromosoma 14

602: F8408 AJ007590 RP2 Retinitis pigmentosa 2 (recesiva ligada al cromosoma X)

603: A3113 M60445 HDC Histidina descarboxilasa

604: B7331 H45412 EHD2 Proteína 2 que contiene el dominio EH

605: F1393 CR623808 CPB1 Carboxipeptidasa B1 (tejido)

606: F1134 AL833218 FMO2 Monooxigenasa 2 que contiene flavina

607: F2073 NM_020990 CKMT1 Creatina cinasa, mitocondrial 1 (ubicua)

608: F6601 AL360204 Clon EUROIMAGE 980547 de ADNc de inserto de longitud completa de ARNm

Locus transcrito, débilmente similar a serina

609: B6922 AK075271 palmitoiltransferasa NP_035609.1, subunidad 2 de base de cadena larga [Mus

musculus]

610: F3501 AK021708 PDZRN3 Dedo 3 RING que contiene el dominio PDZ

611: F8409 BC041096 CLCA2 Canal de cloruro, activado por calcio, miembro 2 de la familia

612: A3116 M38258 RARG Receptor de ácido retinoico, gamma

613: F3313 AK025164 FLJ21511 Proteína hipotética FLJ21511

614: F3839 AF131754 SH3BGRL2 Proteína rica en ácido glutámico de unión al dominio SH3 tipo 2

615: F5488 AK075247 GJB6 Proteína de unión a Gap, beta 6 (conexina 30)

616: A4387N AB006190 AQP7 Acuaporina 7

617: F0482 AK000008 BHMT2 Betaína-homocisteína metiltransferasa 2

618: F1478 BC030816 C9orf13 Marco de lectura abierto 13 del cromosoma 9

619: F5638 NM_004669 CLIC3 Canal 3 intracelular de cloruro

620: F5279 L76566 HLA-DRB6 Complejo mayor de histocompatibilidad, clase II, DR beta 6 (pseudogén)

621: F6365 AL080114 C10orf72 Marco de lectura abierto 72 del cromosoma 10

622: F7620 AI090141 KSR Supresor de cinasa de ras

623: F8132 AW975713 Gen hipotético suportado por AK125149

624: F8153 BF435861 Similar al homólogo de EVI-5

625: F3457 AB020630 PPP1R16B Proteína fosfatasa 1, subunidad 16B reguladora (inhibidor)

626: F6060 AK023814 FLJ41603 Proteína FLJ41603

Similar a envoplaquina (antígenos del

627: F6860 BE464137 pénfigo paraneoplásico de 210 kDa) (p210)

(precursor de la envuelta cornificada de 210

kDa)

628: F7748 AW139719 Locus transcrito

629: B8706 R52614 CDK5R1 Cinasa 5 dependiente de ciclina, subunidad 1 reguladora (p35)

630: G0364 AF339767 Clon IMAGE:116415, secuencia de ARNm

631: C8700 AK125664 ADNc FLJ43676 fis, clon SYNOV4009129

632: F0411 AW898615

633: C6003 M20030 SPRR2B Proteína 2B rica en prolina pequeña

634: D8310 AA772401

635: F3398 AK027031 ELOVL6 Miembro 6 de la familia ELOVL, elongación

de ácidos grasos de cadena larga (tipo

FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, levadura)

636: F4079 M60047 FGFBP1 Proteína 1 de unión a factor de crecimiento de fibroblastos

637: F5885 AK023050

638: A0203N NM_000043 TNFRSF6 Superfamilia del receptor de factor de necrosis tumoral, miembro 6

639: E2113 BC005248 EIF1AY Factor 1A de iniciación de la traducción de eucariotas, ligado al cromosoma Y

640: F3641 AY099469 SLAC2-B SLAC2-B

641: B8192 R53538 BCL2L10 Proteína 10 de tipo BCL2 (facilitador de la apoptosis)

642: D8475 A1242023 ARNm; ADNc DKFZp564F212 (del clon DKFZp564F212)

643: F0236 AK021710 KIAA1164 Proteína hipotética KIAA1164

644: F3279 M61854 CYP2C19 Citocromo P450, familia 2, subfamilia C, polipéptido 19

645: F5888 AK001044 Locus transcrito, débilmente similar a

proteína hipotética XT_ 375099.1

LOC283585 [Homo sapiens]

646: F7716 BE178490 Gen hipotético soportado por AK093334; AL833330; BC020871; BC032492

647: A0375N BC057815 RRAD Proteína relacionada con Ras asociada con diabetes

648: F1451 NM_000070 CAPN3 Calpaína 3, (p94)

649: F7080 A973637 GGTA1 Glicoproteína, alfa-galactosiltransferasa 1

650: F7457 BQ276976 PIP Proteína inducida por prolactina

651: F7477 AW868740 SYNPO2 Sinaptopodina 2

652: F8116 BF593260 F8A Proteína asociada al factor de coagulación VIII (transcrito intrónico)

653: F0672 AB007861 MGC22014 Proteína hipotética MGC22014

654: A3263N CR591371 CSTB Cistatina B (estefina B)

655: B3543 AK092257 Similar a calpaína 9 (calpaína específica del tubo digestivo) (nCL-4) (proteína CG36)

656: B4617 BG259776 COBLL1 Proteína 1 de tipo COBL

657: C6813 BC025756 MGC35558 Proteína hipotética MGC35558

658: F0243 AL359055 Clon de ADNc de inserto de longitud completa ZD75H06

659: F0647 AK001160 MANSC1 Proteína 1 que contiene dominio MANSC

660: F2106 AK000349 CDKAL1 Proteína 1 de tipo proteína 1 asociada con la subunidad reguladora CDK5

661: F3287 X56807 DSC2 Desmocolina 2

662: A5977N BX648892 MLSTD2 Proteína 2 que contiene dominio de esterilidad masculina

663: F0035 NM_000779 CYP4B1 Citocromo P450, familia 4, subfamilia B, polipéptido 1

664: F0461 BC033897 LOC51244 Proteína hipotética LOC51244

665: F0501 NM_000389 CDKN1A Inhibidor 1A de cinasa dependiente de ciclina (p21, Cip1)

666: F3565 M61853 CYP2C18 Citocromo P450, familia 2, subfamilia C, polipéptido 18

667: B9118 AK002158 IAN4L1 Nucleótido 4 asociado con inmunidad tipo 1 (ratón)

668: C4829 Auk095022 BOK Asesino ovárico relacionado con BCL-2

669: D8392 BC040326 LOC338758 Proteína hipotética LOC338758

670: F0726 AF217974 TSRC1 Proteína 1 que contiene repetición de trombospondina

671: F0555 BC004557 FLJ22457 Proteína hipotética FLJ22457

672: F2445 AK022644 MGC3101 Proteína hipotética MGC3101

673: F3821 AL117612 MAL2 Mal, Proteína 2 de diferenciación de células T

674: F5702 AK024358 MPEG1 Gen 1 expresado en macrófagos

675: F0471 AK025015 FLJ13955 Proteína hipotética FLJ13955

676: F1552 AF163573 CARKL Proteína de tipo hidrato de carbono cinasa

677: E0382 AF178930 CARD15 Familia de dominio de reclutamiento de caspasa, miembro 15

678: F3433 L13972 SIAT4A Sialiltransferasa 4A (beta-galactósido alfa2,3-sialiltransferasa)

679: F0915 M55284 PRKCH Proteína cinasa C, eta

680: F1655 AL137343 NSE1 NSE1

Proteína de tipo esterol-C5-desaturasa

681: F3545 AB016247 SC5DL (homólogo de ERG3 delta-5-desaturasa,

fúngico)

682: F7934 A1632692 Locus transcrito

683: A8350 BG210119 Locus transcrito

684: C6412 BX090035 Locus transcrito

685: D1066 AI271468 LOC146439 LOC146439 hipotética

686: F4941 U83115 AIM1 Ausente en melanoma 1

687: F5083 CR596715 FLJ11036 Proteína hipotética FLJ11036

688: F5815 AK022162 XRCC5 Reparación de rayos X que complementa la

reparación defectuosa en células de

hámster chino 5 (reintegración de rotura

bicatenaria; autoantígeno Ku, de 80 kDa)

689: F5904 XM_171054 KIAA0527 Proteína KIAA0527

690: F0238 AK001872 PDCD1LG2 Ligando 2 de muerte celular programada 1

691: B1756 NMU_017520 HSMPP8 Fosfoproteína de fase M, mpp8

692: B3485 AA725671 Gen hipotético soportado por BC039682

693: G2700 AK126982 LHX6 Caja homeótica 6 de LIM

694: G3894 BC034423 Homo sapiens, clon IMAGE:4821 006, ARNm, cds parcial

695: F1384 AK024438 FLJ38705 Proteína hipotética FLJ38705

696: G4040 NM_176792 MRPL43 Proteína L43 ribosómica mitocondrial

Locus transcrito, moderadamente similar a

697: F0428 AL442080 XP_ 371769.1 LOC389321 hipotética [Homo

sapiens] PP12104

698: F6366 BE646407

699: F3811 AK025142

700: F9134 NM_052931 SLAMF6 Miembro 6 de la familia SLAM

701: G2865 BM973051 NEBL Nebulete

702: G0171 BC014429 KCNE4 Canal de potasio activado por voltaje, familia relacionada con Idk, miembro 4

703: G2920 AK056882 RASEF Proteína que contiene dominio de mano RAS y EF

704: F1391 AF131741 Gen hipotético soportado por AF131741

705: G3995 AL833666 ARNm; ADNc DKFZp667H1521 (del clon DKFZp667H1521)

706: G4008 AL832268 ARNm; ADNc DKFZp667N1617 (del clon DKFZp667N1617)

707: F0475 NM_000149 FUT3 Fucosiltransferasa 3 (galactósido 3(4)-L

fucosiltransferasa, grupo de sangre de

Lewis incluido)

708: B2314N R41489 DLGAP3 Discos, proteína grande 3 asociada con homólogo (Drosophila)

709: G3565 AK055411 Gen hipotético soportado por AK055411

710: G6825 AK093529 ADNc FLJ36210 fis, clon THYMU2000155

711: G7829 BM978663 SERPINB3 Inhibidor de serina (o cisteína) proteinasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 3

712: F0996 NM_002034 FUT5 Fucosiltransferasa 5 (alfa (1,3) Fucosiltransferasa)

713: F9178 AF326350 PRRG3 Gla rica en prolina (ácido Gcarboxiglutámico) 3 (transmembrana)

714: G3989 AK091263 Gen hipotético soportado por AK091263

715: F0078 AK172792 SCNN1A Canal de sodio, no activado por voltaje 1 alfa

716: F0216 NM_003954 MAP3K14 Proteína cinasa cinasa cinasa 14 activada por mitógenos

717: F0595 AK024035 KLAA1160 Proteína KIAA1160

718: F9938 XM_373433 LOC90379 Proteína hipotética BC002926

719: F9254 AK027740 FLJ14834 Proteína hipotética FLJ14834

720: G2576 BX537525 ZNF185 Proteína 185 de dedos de zinc (dominio LIM)

721: G4004 AL832797 Gen hipotético soportado por AL832797

722 G5799 A946808 DEFB1 Defensina, beta 1 723 G3001 NM_003956 CH25H Colesterol 25-hidroxilasa Grupo sanguíneo de Rhesus, glicoproteína

724 G3299 AF193809 RHCG

C 725 G3825 AK096000 ADNc FLJ38681 fis, clon KIDNE2000678 726 F1071 AL357535 MESP1 Mesodermo posterior 1 727 F4167 AK092850 SVIL Supervilina

Tabla 2. Genes regulados por incremento

N.º de LMMID REGISTRO S�?MBOLO NOMBRE DEL GEN asignación 728 A0816 NM_004506 HSF2 Factor 2 de transcripción de choque térmico Proteasa 13 específica de ubiquitina

729 A1571 NM_003940 USP13

(isopeptidasa T-3) 730 A1604 X52186 ITGB4 Integrina, beta 4

Procolágeno-prolina, 2-oxoglutarato 4731 A1757 M24486 P4HA1 dioxigenasa (prolina 4-hidroxilasa),

polipéptido alfa I 732 A2480 NM_004484 GPC3 Glipicano 3 733 A3565 L10678 PFN2 Profilina 2 734 A4866 NM_001631 ALPI Fosfatasa alcalina, intestinal 735 A0378 CR599617 ADM Adrenomedulina

Proteína inducible por interferón alfa (clon736 A1054 M13755 G1P2

IFI-15K) Receptor para fragmento Fc de IgG, IIIb de

737 A0797 J04162 FCGR3A for

baja afinidad (CD16) 738 A1589 U97188 IMP-3 Proteína 3 de unión a ARNm de IGF-II 739 A1764 NM_002526 NT5E 5’-nucleotidasa, ecto (CD73)

Similar a ciclo 45 de división celular CDC45 740 A2466 AJ223728 CDC45L

(S. cerevisiae) Transcrito 4 inducido por el factor de

741 A2237 AB082525 TGFB1I4 crecimiento transformante beta 1 Proteína de choque térmico 1 de 60 kDa742 A2355 BC047350 HSPD1 (chaperonina)

743 A4630 U89281 RODH 3-hidroxiesteroide epimerasa 744 A4873 NM_002362 MAGEA4 Antígeno de melanoma, familia A, 4 745 A4963 AB000449 VRK1 Cinasa 1 relacionada con vaccinia 746 A5215 H59101 USP52 Proteasa 52 específica de ubiquitina 747 A6100 BC014274 STARD7 Proteína 7 que contiene el dominio START 748 A1605 NM_203401 STMN1 Estatmina 1/oncoproteína 18 749 A1581 NM_002318 LOXL2 Proteína 2 de tipo lisil oxidasa 750 A3058 NM_202002 FOXM1 Caja Forkhead M1 751 A2735 BC036811 PTHR2 Receptor 2 de hormona paratiroidea

Ubiquitina carboxiterminal esterasa L1752 A2978 X04741 UCHL1

(Ubiquitina tiolesterasa) 753 A3981 AJ000522 DNAH17 Dineína, polipéptido 17 pesado, axonémico 754 A4611 S79851 TXNRD1 Tiorredoxina reductasa 1 755 A4860 NM_000057 BLM Síndrome de Bloom 756 A4750 AL833398 CTBP2 Proteína 2 de unión c-terminal

Marco de lectura abierto 23 del cromosoma757 A5634 XM_031561 C15orf23

15 Factor nuclear del potenciador del gen de 758 A1463 BC002601 NFKBIA polipéptido ligero kappa en inhibidor de células B, alfa 759 A3243 CR624652 TTK Proteína cinasa TTK 760 A5623 AF044588 PRC1 Proteína reguladora de la citocinesis 1 761 A0084 BC075838 LAMB3 Laminina, beta 3 762 A0812 M16937 HOXB7 Caja homeótica B7 Transductor 1 de señales de calcio

763 A0782 M26481 TACSTD1 asociado con tumores

764: A1209 NM_001071 TYMS Timidilato sintetasa

765: A2254 NM_006845 KIF2C Miembro 2C de la familia de cinesina

766: A3097 M65199 EDN2 Endotelina 2

767: A4862 NM_175743 MAGEA2 Antígeno de melanoma, familia A, 2

768: A5211 R55332 LRIG1 Repeticiones ricas en leucina y dominios 1 de tipo inmunoglobulina

769: A0094 NM_002293 LAMC1 Laminina, gamma 1 (anteriormente LAMB2)

770: A0372 BC039299 STIP1 Fosfoproteína 1 inducida por estrés (proteína organizadora de Hsp70/Hsp90)

771: A0277 NM_001406 EFNB3 Efrina-B3

772: A1774 NM_001679 ATP1B3 ATPasa, polipéptido 3 transportador de Na+/K+

773: A2241 BC015122 LDHB Lactato deshidrogenasa B

Homólogo 1 de fascina, proteína de

774: A3587 NM_003088 FSCN1 empaquetamiento de actina

(Strongylocentrotus purpuratus)

775: A0947 NM_006278 SIAT4C Sialiltransferasa 4C (beta-galactosidasa alfa 2,3-sialilltransferasa

776: A1618 X70683 SOX4 SRY (región determinante del sexo del cromosoma Y)-caja 4

777: A4193 BU737730 RBP1 Proteína 1 de unión a retinol, celular

778: A4619 U73727 PTPRU Proteína tirosina fosfatasa, tipo receptor, U

779: A4959 AF042282 EXO1 Exonucleasa 1

780: A0246 U07620 MAPK10 Proteina cinasa activada por mitógeno

Fosfoproteína 1 secretada (osteopontina,

781: A0384 NM_000582 SPP1 sialoproteína ósea I, proteína 1 de

activación de linfocitos T temprana

782: A0828 M59911 ITGA3 Integrina, alfa 3 (antígeno CD49C, subunidad alfa 3 del receptor VLA-3)

783: A1231 X83957 NEB Nebulina

784: A2352 NM_006907 PYCR1 Pirrolin-5-carboxilato reductasa 1

Canal de potasio activado por voltaje,

785: A4960 AF043472 KCNS3 rectificador retrasado, subfamilia S,

miembro 3

786: A2143 NM_001219 CALU Calumenina

787: A2490 BC011674 PLOD3 Procolágeno-lisina, 2-oxoglutarato 5dioxigenasa 3

788: A3984 AJ001381 MYO1B Miosina IB

789: A4585 CR591649 SMS Espermina sintasa

790: A4962 S76474 NTRK2 Tirosina cinasa neurotrófica, receptora, tipo 2

791: A5207 CA422300 MAC30 Proteína hipotética MAC30

792: A1907 X53586 ITGA6 Integrina, alfa 6

793: A2149 U44772 PPT1 Palmitoil-proteína tioestarasa 1 (lipofuscinosis ceroide, neuronal 1, infantil)

794: A5229 AA128437 GNPTAG N-acetilglucosamina-1-fosfotransferasa, subunidad gamma

Clusterina (inhibidor de la lisis del

complemento, SP-40,40, glicoproteína 2

795: A0905 X14723 CLU sulfatada, mensaje 2 de la próstata

reprimido por testosterona, apolipoproteína

J)

796: A2027 D83018 NELL2 NEL-tipo 2 (pollo)

797: A2576 U20582 LOC81569 Proteína de tipo actina

798: A3730 X02761 FN1 Fibronectina 1

799: A0415 M77349 TGFBI Factor de crecimiento transformante, betainducido, 68 kDa

800: A0964 L36818 INPPL1 Proteína 1 de tipo inositol polifosfato fosfatasa

801: A3351 NM_005544 IRS1 Sustrato 1 del receptor de insulina

802: A5262 NM_020182 TMEPAI ARN inducido por andrógeno prostático, transmembrana

803: A5657 BQ219156 HSPC150 Proteína HSPC150 similar a enzima de conjugación de ubiquitina

804: A5407 AB002305 ARNT2 Translocador nuclear 2 del receptor de arilhidrocarburo

805: A0148 M16038 LYN Homólogo del oncogén relacionado con el virus del sarcoma de Yamaguchi V-yes-1

Mantenimiento del minicromosoma

806: A0289 U46838 MCM6 deficiente 6 (homólogo de MIS5, S. pombe)

(S. cerevisiae)

807: A0692 X57548 CDH2 Cadherina 2, tipo 1, N-cadherina (neuronal)

808: A1788 D10704 CHKA Colina cinasa alfa

809: A1687 U29171 CSNK1D Caseína cinasa 1, delta

810: A3526 BQ423966 RQCD1 RCD1 requerido para el homólogo 1 de diferenciación celular (S. pombe)

811: A4376 NM_173075 APBB2 Proteína de unión al precursor de amiloide beta (A4), familia B, miembro 2 (tipo Fe65)

812: A4513 Z21488 CNTN1 Contactina 1

813: A4685 NM_001421 ELF4 Factor 4 de tipo E74 (factor de transcripción de dominio ets)

814: A2523 D21238 GLRX Glutarredoxina (tioltransferasa)

815: A2555 AK056446 HSPCA Proteína 1 de choque térmico de 90 kDa, alfa

816: A0161 BC000013 IGFBP3 Proteína 3 de unión al factor de crecimiento de tipo insulina

817: A1682 D87119 TRIB2 Homólogo 2 de Tribbles (Drosophila)

818: A2543 NM_213674 TPM2 Tropomiosina 2 (beta)

819: A4141 D84239 FCGBP Fragmento Fc de proteína de unión a IgG

Locus transcrito, moderadamente similar a

820: A5679 BC037430 XP_375099.1 proteína hipotética

LOC283585 [Homo sapiens]

Familia 12 del portador de soluto

821: A6307 AA639599 SLC12A2 (transportadores de sodio/potasio/cloruro),

miembro 2

822: A1153 M61199 SSFA2 Antígeno 2 específico de esperma

823: A4672 NM_022173 TIA1 Proteína de unión a ARN asociada con gránulos citotóxicos TIA1

824: A4700 U51336 ITPK1 Inositol 1,3,4-trifosfato 5/6 cinasa

825: A0333 NM_002466 MYBL2 Homólogo del oncogén viral de la mieloblastosis V-myb (aviar)-tipo 2

826: A1783 AK055379 MCM7 Mantenimiento del minicromosoma MCM7 deficiente 7 (S. cerevisiae)

827: A1824 NM_002224 ITPR3 Receptor de inositol 1,4,5-trifosfato, tipo 3

828: A3889 NM_002226 JAG2 Jagged 2

829: A5576 BC008141 TREX2 Tres prima exonucleasa 2 de reparación

830: A0018 NM_198433 STK6 Serina/treonina cinasa 6

831: A4559 AK055599 CTSL Catepsina L

832: A5290 AK126848 DKFZP56 4K0822 Proteína hipotética DKFZp564K0822

833: A1510 NM_004385 CSPG2 Proteoglicano 2 de sulfato de condroitina (versicano)

834: A2898 AB030905 CBX3 Homólogo 3 de chromobox (homólogo de HP1 gamma, Drosophila)

835: A3156 L02870 COL7A1 Colágeno, tipo VII, alfa 1 (epidermolisis ampollosa, distrófica, dominante y recesiva)

836: A3890 AF020774 ALOX12P2 Pseudogén 2 de araquidonato 12lipoxigenasa

837: A5422 W91908 4S-6ST Proteína asociada con RAG de células B

838: A0215 NM_021874 CDC25B Ciclo 25B de división celular

839: A1797 D00244 PLAU Activador de plaminógeno, urocinasa

840: A3298 M91670 UBE2S Enzima E2S de conjugación de ubiquitina

841: A3555 K02581 TK1 Timidina cinasa 1, soluble

842: A4954 AB024402 ING1 Familia de inhibidores del crecimiento, miembro 1

843: A5556 BC071586 TIMP2 Inhibidor tisular de metaloproteinasa 2

844: A0429 BM554470 UBE2C Enzima E2C de conjugación de ubiquitina

845: A3015 NM_201442 C1S Componente 1 del complemento, subcomponente s

846: A1835 U18018 ETV4 Gen 4 variante ets (proteína de unión al potenciador E1A, E1AF)

847: A2647 NM_004350 RUNX3 Factor 3 de transcripción relacionado con Runt

848: A6089 CR749654 PHLDB2 Dominio de tipo homología con pleckstrina, familia B, miembro 2

849: A1956 NM_004010 DMD Distrofina (distrofia muscular, tipos Duchenne y Becker)

850: A4895 BC007290 TSPAN-1 Tetraspanina 1

851: A0611 BC037236 DUSP6 Fosfatasa 6 de especificidad doble

852: A2324 M16650 ODC1 Ornitina descarboxilasa 1

853: A3181 NM_002193 INHBB Inhibina, beta B (polipéptido beta activina AB)

854: A6389 AB005754 POLS Polimerasa (dirigida por ADN) sigma

855: A8210 BM682097 KIAA0934 KIAA0934

856: A9464 NM_181746 LASS2 Homólogo 2 de aseguramiento de longevidad LAG1 (S. cerevisiae)

857: B0593 Z98457 TNIK Cinasa de interacción TRAF2 y NCK

858: B2439 U04735 STCH Proteína chaperona 70 de estrés, asociada con microsomas, 60 kDa

859: B8086 AK027560 CYP26A1 Citocromo P450, familia 26, subfamilia A, polipéptido 1

860: C2112 AI022193 A1BG Alfa-1-B glicoproteína

861: C0649 AK095608 CA5BL Anhidrasa carbónica tipo VB

862: A7341 N68321 Locus transcrito

863: B3449 AF269150 SMBP Proteína de unión a SM-11044

864: B4367 BC020553 PYCR2 Familia de pirrolin-5-carboxilato reductasa, miembro 2

865: B4849 NM_005964 MYH10 Miosina, polipéptido 10 pesado, no muscular

866: B6782 NM_025076 UXS1 UDP-glucuronato descarboxilasa 1

867: A6532 AY358336 LOC255743 Proteína hipotética LOC255743

868: A6923 AA677283 KIRREL Familia de tipo IRRE (Drosophila)

Proteína de tipo 4 regulada por disminución

869: A7793 AI376713 NEDD4L en el desarrollo, expresada en células

precursoras neurales

870: A9286 AA453356 TNRC6 Proteína 6 que contiene repetición de trinucleótidos

871: A9174 AB011089 TRIM2 Proteína 2 que contiene motivo tripartito

872: B2466 BX537724 ITPKB Inositol 1,4,5-trisfosfato 3-cinasa B

873: B4033 CR624122 TUSC3 Candidato 3 supresor de tumores

874: C4869 AA621719 SMC4L1 Mantenimiento estructural SMC4 de cromosomas 1 tipo 4 (levadura)

875: A9531 BM680495 TOP1MT Topoisomerasa (ADN) I, mitocondrial

876: A9014 AK023320 FTS Homólogo de dedos de los pies fusionados (ratón)

877: A9357 R98981 ANKRD10 Dominio 10 de repetición de anquirina

878: B0727 AA631782 Locus transcrito

Proteína precursora de amiloide beta

879: B4084 NM_000484 APP (proteasa nexina-II, enfermedad de

Alzheimer)

880: B8220 AF074264 LRP6 Proteína 6 relacionada con el receptor de

lipoproteínas de baja densidad

881: C3692 AI816254 USP11 Proteasa 11 específica de ubiquitina

882: A6670 AB018279 SV2A Glicoproteína 2A de vesículas sinápticas

883: A8106 AA868635

884: A8521 AI253195 KIAA1126 Proteína KIAA1126

885: B0604 AK128046 ARNm; ADNc DKFZp686C24246 (del clon DKFZp686C24246)

886: B4227 CR625671 FLJ10439 Proteína hipotética FLJ10439

887: C4982 BX647555 SLC20A1 Familia 20 del portador de soluto (transportador de fosfato), miembro 1

888: A6518 AJ005580 ADAM23 Dominio 23 de metaloproteinasa y desintegrina A

889: A6656 AK096350 C9orf25 Marco de lectura abierto 25 del cromosoma 9

890: A7144 X51441 SAA2 Amiloide sérico A2

891: A7856 AA237013 HNRPL Ribonucleoproteína L nuclear heterogénea

892: A6681 AK023594 SMYD3 Proteína 3 que contiene los dominios SET y MYND

893: A7277 N34387 GRK7 Receptor cinasa 7 acoplado a proteínas G

Proteína 9 regulada por disminución en el

894: A8204 BX648041 NEDD9 desarrollo, expresada en células

precursoras neurales

Inhibidor de serina (o cisteína) proteinasa,

895: B4078 AK093049 SERPINA3 clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina),

miembro 3

896: A6657 BX451670 FLJ30525 Proteína hipotética FLJ30525

897: A6786 CR594469 RHOQ Familia del gen homologo a Ras, miembro Q

898: A7296 N47009 FLJ00012 Proteína hipotética FLJ00012

899: A8544 NM_014519 ZNF232 Proteína 232 de dedos de zinc

900: B0930 AI671885 SLC20A1 Familia 20 del portador de soluto (transportador de fosfato), miembro 1

901: B1423 AA151771 ATP1B3 ATPasa, transportadora de Na+/K+, polipéptido beta 3

902: A6387 NM_016548 GOLPH2 Fosfoproteína 2 de Golgi

903: A6508 R15881 CHRM3 Receptor colinérgico, muscarínico 3

904: A8883 AY358553 DHRS8 Miembro 8 de deshidrogenasa/reductasa (familia SDR)

905: A9459 CR607674 MESDC1 Candidato 1 de desarrollo del mesodermo

906: B0741 BM991954 Locus transcrito

907: B5994 T81301 AFURS1 Homólogo de la familia de ATPasa regulado por incremento en células senescentes

908: B6773 BC077077 DPYSL3 Proteína 3 de tipo dihidropirimidinasa

909: A6410 XM_496907 PEG10 Proteína 10 expresada de manera paterna

910: B1742 BX648888 SSFA2 Antígeno 2 específico de esperma

Receptor 1 del factor de crecimiento de

911: B2451 BM994359 FGFR1 fibroblastos (tirosina cinasa 2 relacionada

con fms, síndrome de Pfeiffer)

912: B4097 CR596974 MLP Proteína de tipo MARCKS

913: A7280 NM_152740 HIBADH 3-Hidroxiisobutirato deshidrogenasa

914: A9825 AF052120 FLJ43806 Proteína hipotética FLJ43806

915: A6979 AI357616 LOC9013 Proteína hipotética LOC90133

916: A7190 BX537966 TFRC Receptor de transferrina (p90, CD71)

917: B4847 AA490011 LTBP1 Proteína de unión 1 a factor de crecimiento transformante beta latente

918: A7608 BG354579 CBX2 Homólogo 2 de chromobox (homólogo de clase Pc, Drosophila)

919: A7863 NM_003388 CYLN2 Ligador citoplasmático 2

920: A8172 XM_371891 KIAA0877 Proteína KIAA0877

921: A8287 R87657 DKFZp76 Proteína hipotética DKFZp762E1312

2E1312

922: B6662 AK128043 OSBPL9 Proteína 9 de tipo proteína de unión a oxiesterol

923: A6625 BX538010 NRCAM Molécula de adhesión de células neuronales

924: A6724 BC033453 DHX35 Polipéptido 35 de caja DEAH (Asp-Glu-Ala-His)

925: B4210 NM_004444 EPHB4 EphB4

926: B9283 NM_015213 RAB6IP1 Proteína 1 de interacción con RAB6

927: A8787 AF281255 BCL2L14 Proteína 14 de tipo BCL2 (facilitador de la apoptosis)

928: B0811 AW183154 KIF14 Miembro 14 de la familia de cinesina

929: A6363 CR621577 Homo sapiens, clon IMAGE:5301514, ARNm

930: A6725 AK096250 LHX4 Caja homeótica 4 de LIM

931: A7710 AK125609 CKIP-1 Proteína 1 de interacción con CK2; proteína HQ0024c

932: A8335 BC028421 MGC33630 Proteína hipotética MGC33630

933: A7426 BG617617 SAA2 Amiloide sérico A2

934: A7908 AA490691 HOXD11 Caja homeótica D11

935: A8487 AA523105 TRIAD3 Proteína TRIAD3

936: B0232 BC060858 SOCS3 Supresor de la señalización 3 de citocinas

937: A9723 BC067131 RDH10 Retinol deshidrogenasa 10 (todo-trans)

938: B2375 BQ025233 BCAS3 Secuencia 3 amplificada de carcinoma de mama

939: A6585 R46164

940: A8648 X54101 GNLY Granulisina

941: A9371 AB098597 FAD104 FAD104

942: B9250 AB027289 HERC5 Dominio Hect y RLD 5

943: A6598 BM677885 RASL11B Tipo RAS, familia 11, miembro B

944: A7024 BU734286 RBP1 Proteína 1 de unión a retinol; celular

Factor 3 de transcripción (factores E12/E47

945: A6869 BC011665 TCF3 de unión al potenciador de inmunoglobulina

E2A)

946: A8156 BQ010373 HEG Homólogo de HEG

947: B3019 CR627386 HEXA Hexosaminidasa A (polipéptido alfa)

948: B4536 AK091608 FADS3 �?cido graso desaturasa 3

949: B4008 XM_167709 C10orf38 Marco de lectura abierto 38 del cromosoma 10

950: C4166 BQ230791 TNNI3 Troponina I, cardiaca

951: A7230 NM_001845 COL4A1 Colágeno, tipo IV, alfa 1

952: A9381 AL117605 ADNc: FLJ21418 fis, clon COL04072

953: B0338 AL136942 LAPTM4 B Proteína transmembrana 4 beta asociada con el lisosoma

954: B1799 NM_013437 LRP12 Proteína 12 relacionada con lipoproteínas de baja densidad

955: B1677 CN415212 Similar a uroplaquina 3B isoforma b; uroplaquina IIIb

Relacionado con SWI/SNF, asociado con la

956: B4220 AA459632 SMARCA 3 matriz, regulador de la cromatina dependiente de actina, subfamilia a,

miembro 3

957: B3753 AK000437 WDR8 Dominio 8 de repetición de WD

958: B4692 AA525966 DKFZP586L0 724 Proteína DKFZP586L0724

959: B4556 NM_020531 C20orf3 Marco de lectura abierto 3 del cromosoma 20

UDP-N-acetil-alfa-D

960: B7330N BM726315 GALNT6 galactosamina:polipéptido N

acetilgalactosaminiltransferasa 6 (GalNAc

T6)

961: B8953 R50344 Locus transcrito

962: B9826 AA055976 SLIT2 Homólogo 2 de Slit (Drosophila)

963: A7605 R15801 NRN1 Neuritina 1

964: B4394 N46424 RAI14 Proteína 14 inducida por ácido retinoico

965: B3827 N20989 ANTXR1 Receptor 1 de la toxina del ántrax

966: B5904 BC008947 C10orf3 Marco de lectura abierto 3 del cromosoma 10

967: B7534 AI298501 SDK1 Homólogo 1 de Sidekick (pollo)

968: B9633 X_085049

969: A9236N BX117945 Locus transcrito

970: B5489 NM_003916 AP1S2 Complejo 1 de proteína relacionada con adaptador, subunidad sigma 2

971: B6359 AA608839 KIAA1212 KIAA1212

972: B6905 BU675191 CGI-72 Proteína CGI-72

973: B4721N BE795997 NCOR2 Co-represor 2 de receptores nucleares

974: B6779 D86961 LHFPL2 Pareja de fusión de HMGIC de lipoma de tipo 2

975: B7749 BC023152 GYG2 Glucogenina 2

Proteína 3 que contiene dominios de

976: B7968 R46597 LRCH3 homología con calponina (CH) y

repeticiones ricas en leucina

977: B9223 AK023319 KIAA0643 Proteína KIAA0643

978: A4739N AJ306929 AFURS1 Homólogo de familia de ATPasa regulado por incremento en células senescentes

979: A8317N BQ13695 FLJ10420 Proteína hipotética FLJ10420

980: B4161 BX538214 C6orf167 Marco de lectura abierto 167 del cromosoma 6

981: B4558N AK027019 MGC45731 Proteína hipotética MGC45731

982: B5373N D86962 GRB10 Proteína 10 unida al receptor del factor de crecimiento

983: B7887 BU580616 FLJ10159 Proteína hipotética FLJ10159

984: B9579 AK055994 FLJ25084 Proteína hipotética FLJ25084

985: A6448N AK127801 FLJ46603 Proteína FLJ46603

986: A8508N BX647338 TM4SF13 Miembro 13 de la superfamilia 4 transmembrana

987: A9518N AA570186 Gen hipotético soportado por AK096951; BC066547

988: B8814 BC007754 SUV39H2 Homólogo 2 del supresor de la variegación 3-9 (Drosophila)

989: A3200N AK122763 COL5A1 Colágeno, tipo V, alfa 1

990: A5073 L09235 ATP6VIA ATPasa, transportadora de H+, lisosómica de 70 kDa, VI subunidad A

991: B5175N BC038183 CAMTA1 Activador 1 de la transcripción de unión a calmodulina

992: B8480 N62352 KIAA1573 Proteína KIAA1573

993: B9615 CA314364 ARNm; ADNc DKFZp434L201 (del clon DKFZp434L201)

AHA1, activador del homólogo 2 de la

994: A8542N AF542548 AHSA2 ATPasa de la proteína de choque térmico

de 90 kDa (levadura)

995: A9534N AK000993 C7orf28B Marco de lectura abierto 28B del cromosoma 7

996: A5065 BC036661 CMKOR1 Receptor 1 huérfano de quimiocinas

997: B3358 AA731746 CPSF6 Factor 6 específico de escisión y poliadenilación, 68 kDa

998: B3958 AF145713 SCHIP1 Proteína 1 de interacción con Schwannomina

999: B4587 AB096683 MGC57827 Similar al gen 2700049P18 de ADNc de RIKEN

1000: B4217 BU608626 WFDC2 Dominio 2 de núcleo de cuatro disulfuros de WAP

1001: B6125N T57349 DRE1 Proteína DRE1

1002: B6968 BC016950 MGC22679 Proteína hipotética MGC22679

1003: B7480 AF407165 PPP1R14C Proteína fosfatasa 1, subunidad 14C reguladora (inhibidora)

1004: B7554 CA503163 ADNP Neuroprotector dependiente de actividad

1005: B8521 AK001617 SNCAIP Sinucleína, proteína de interacción alfa (sinfilina)

1006: B9234 AK090777 PGM2L1 Proteína 1 de tipo fosfoglucomutasa 2

1007: B3160N AA778238 LOC374654 Similar al miembro 21A de la familia de cinesina; cinesina N-5

1008: B4915N NM_175864 CBFA2T2 Factor de unión núcleo, dominio runt, subunidad alfa 2; translocado a, 2

1009: B5382N AK125194 MAP1B Proteína 1B asociada con microtúbulos

1010: B7109 AA872071 C11orf23 Marco de lectura abierto 23 del cromosoma 11

1011: B9838 AA018510 MGC33382 Proteína hipotética MGC33382

1012: B7484 CR617865 ANKRD10 Dominio 10 de repetición de anquirina

1013: B8716 AY376439 ECT2 Oncogén 2 de secuencia transformante de células epiteliales

1014: A5678N BC037346 TMPO Timopoyetina

1015: B4818N NM_033641 COL4A6 Colágeno, tipo IV, alfa 6

1016: B5451 CR627457 11-Sep Septina 11

1017: B5461 R56840 MCM8 Mantenimiento del minicromosoma MCM8 deficiente 8 (S. cerevisiae)

1018: B7370 AA001074 CNNM4 Ciclina M4

1019: B8211 AF382034 NY-REN-41 Proteína hipotética AF301222

1020: A9044 BC003186 Pfs2 Proteína PSF2 del complejo de replicación del ADN GINS

1021: B6813 BX092653 Locus transcrito

1022: A5346N AA747005 PRKWNK2 Proteína cinasa, deficiente en lisina 2

1023: A3822 BC067289 CTSL2 Catepsina L2

1024: A0327N NM_002421 MMP1 Metaloproteínasa 1 de la matriz (colagenasa intersticial)

1025: A0584N NM_003236 TGFA Factor de crecimiento transformante, alfa

1026: B8016 AA528243 RTN4RL1 Proteína 1 de tipo receptor de reticulon 4

1027: A3538 J03464 COL1A2 Colágeno, tipo I, alfa 2

1028: A0061 AF053306 BUB1B BUB1 germinación no inhibida por bencimidazoles 1 homólogo beta (levadura)

1029: A9617N BX109949 FAM24A Familia con similitud de secuencia 24, miembro A

1030: B4456 BX537652 FLJ12892 Proteína hipotética FLJ12892

1031: B9482 NM_020919 ALS2 Esclerosis lateral amiotrófica 2 (juvenil)

1032: A2065N AK124656 ENO2 Enolasa 2 (gamma, neuronal)

1033: B6283 AY257469 CIT Citron (de interacción con rho, serina/treonina cinasa 21)

1034: B2587 BC038986 REV3L Tipo REV3, subunidad catalítica de ADN polimerasa zeta (levadura)

1035: B5279 BC004107 FST Folistatina

1036: B6262 NM_001259 CDK6 Cinasa 6 dependiente de ciclina

1037: B7198N AA193472 USP13 Proteasa 13 específica de ubiquitina (isopeptidasa T-3)

CaM cinasa expresada de manera no

1038: B8547 BC033746 PNCK ubicua regulada por incremento en el

embarazo

1039: A8900N AL512760 FADS1 �?cido graso desaturasa 1

1040: B3732 XM_499250 LFNG Homólogo de Lunatic fringe (Drosophila)

1041: B8059 BC011000 CDCA5 Proteína 5 asociada con ciclo de división celular

Metilentetrahidrofolato deshidrogenasa

1042: A2515 X16396 MTHFD2 (dependiente de NAD+),

meteniltetrahidrofolato ciclohidrolasa

1043: B2404N AF200348 D2S448 Gen asociado con melanoma

1044: B4250 CA420794 LOC339924 Proteína hipotética LOC339924

1045: B8048 BQ448718 CDK11 Cinasa 11 dependiente de ciclina (tipo CDC2)

1046: B9094 AF084481 WFS1 Síndrome 1 de Wolfram (wolframina)

1047: B5081N AL832416 C9orf13 Marco de lectura abierto 13 del cromosoma 9

Enzima de edición de ARNm de

1048: B4812N NM_004900 APOBEC 3B apolipoproteína B, polipéptido catalítico tipo

3B

1049: B8930 AA513445 RBM21 Proteína 21 de motivo de unión a ARN

1050: C1730 BU682808 GNAS Locus del complejo GNAS

1051: C3653 BC066956 VIM Vimentina

1052: C4599 AF189011 RNASE3L ARNasa III nuclear Drosha

1053: C6048 AK075509 NRM Nurim (proteína de membrana de la envuelta nuclear)

1054: C6771 NM_002610 PDK1 Piruvato deshidrogenasa cinasa, isoenzima 1

1055: C6425 W94690 Clon ZE04G11 de ADNc de inserto de longitud completa

1056: C7835 NM_000356 TCOF1 Síndrome 1 de Treacher Collins-Franceschetti

1057: C8621 AW195492 TYRP1 Proteína 1 relacionada con tirosinasa

1058: C9718 W94051 DTNA Distrobrevina, alfa

1059: B9997 AI184562 SR140 Proteína SR140 asociada con U2

1060: C2050 BF060678 C14orf118 Marco de lectura abierto 118 del cromosoma 14

1061: C3797 BC025729 CD99L2 Proteína 2 de tipo antígeno CD99

1062: C4763 AB103330 KIAA1199 KIAA1199

1063: C8947 AL833303 Clon YZ04E02 de ADNc de inserto de longitud completa

1064: C8802 AA436403 FZD3 Homólogo 3 de Frizzled (Drosophila)

1065: D1199 NM_001426 EN1 Homólogo 1 de Engrailed

1066: D1348 BC064663 NLK Cinasa tipo Nemo

1067: B9974 AK126766 LEPREL2 Proteína 2 tipo Leprecan

1068: C8075 X07290 ZNF3 Proteína 3 de dedos de zinc (A8-51)

1069: C8479 BI768625 UNC84B Homólogo B de Unc-84 (C. elegans)

1070: B9998 H99016 USP11 Proteasa 11 específica de ubiquitina

1071: C0236 BC021252 SCMH1 Homólogo 1 de sex comb on midleg (Drosophila)

1072: C3636 XM_056455 D2S448 Gen asociado con melanoma

1073: C2208 AL049246 FLJ10618 Proteína hipotética FLJ10618

1074: C4385 AB032427 TRPV4 Canal catiónico de potencial de receptor transitorio, subfamilia V, miembro 4

1075: C4622 N66741 ABCC1 Casete de unión a ATP, subfamilia C (CFTR/MRP), miembro 1

1076: C6454 BC060820 ZNF281 Proteína 281 de dedos de zinc

1077: C8632 BM682754 IREB2 Proteína 2 de unión a elemento de respuesta a hierro

1078: C0658 W60844 FLJ31340 Proteína hipotética FLJ31340

Locus transcrito, moderadamente similar a

1079: C0777 BC047362 XP_375099.1 proteína hipotética

LOC283585 [Homo sapiens]

1080: C2020 CA420307 SF3B1 Factor 3b de corte y empalme, subunidad 1, 155 kDa

1081: C1538 BM683254 DLG1 Proteína DKFZP586B0319

1082: C7256 NM_021963 NAP1L2 Proteína 2 de tipo proteína 1 de ensamblaje

de nucleosoma

1083: C8051 BM685415 C10orf116 Marco de lectura abierto 116 del cromosoma 10

Dominios de proteoglicano de tipo

1084: C8088 D87465 SPOCK2 sparc/osteonectina, cwcv y kazal (testicano)

2

1085: C8624 NM_005858 AKAP8 Proteína 8 de anclaje a cinasa A (PRKA)

1086: C9490 N26092 SNAI2 Homólogo 2 de Snail (Drosophila)

1087: C0488 AA781195 PRAME Antígeno preferentemente expresado en melanoma

1088: C0186 CR749813 SLC39A1 0 Familia 39 del portador de soluto (transprotador de zinc), miembro 10

1089: C4883 N79601

1090: C5287 N91945 KIAA074 6 Proteína KIAA0746

1091: C7529 AF311339 C6orf162 Marco de lectura abierto 162 del cromosoma 6

1092: C9527 R27734

1093: C0772 AF326917 AUTS2 Candidato 2 de susceptibilidad a autismo

1094: C2021 AL118812 UGT8 UDP glucosiltransferasa 8 (UDP-galactosa ceramida galactosiltransferasa)

Proteína 1 de unión a proteína 5 de choque

1095: C8611 NM_017870 HSPA5BP1 térmico de 70 kDa (proteína regulada por

glucosa, 78 kDa)

Proteína que contiene dominio de

1096: C0787 AL832207 PLEKHH2 homología con pleckstrina, familia H (con

dominio MyTH4) miembro 2

1097: D0587 AA872040 INHBB Inhibina, beta B (polipéptido de activina AB beta)

1098: C1849 BC049171 FJX1 Caja 1 de cuatro uniones (Drosophila)

1099: C0458 H05777 Locus transcrito

1100: C3803 NM_004265 FADS2 �?cido graso desaturasa 2

1101: C3648 AK023450 ANTXR2 Receptor 2 de la toxina del ántrax

1102: C7674 AA148213 TAZ Coactivador transcripcional con motivo de unión a PDZ (TAZ)

1103: C9517 H73947 POLR2J Polipéptido J de polimerasa (ARN) II (dirigida por ADN), 13,3 kDa

Similar a bK246H3.1 (polipéptido 1 de tipo

1104: C6826 X52203 LOC91316 inmunoglobulina lambda, específico de

células pre-B)

1105: C8487 T56982 PDE7A Fosfodiesterasa 7A

1106: D0748 H03747 ADNc: FLJ21652 fis, clon COL08582

1107: C4973 BC013575 PLAU Activador de plasminógeno, urocinasa

1108: C8121 BC040492 SCRN1 Secernina 1

1109: C9016 AA255900 STK38L Proteína 38 de tipo serina/treonina cinasa

1110: C9976 CA431254 SH3MD1 Dominios múltiples SH3 1

1111: C9189 BC065544 C14orf106 Marco de lectura abierto 106 del cromosoma 14

1112: C9608 AI762244 GSTA2 Glutatión S-transferasa A2

1113: D0491 AA815427 FLJ43855 Similar a transportador de creatina dependiente de sodio y cloruro

1114: D0058 BC041882 ATF7IP2 Proteína 2 de interacción con el factor 7 de transcripción activante

Familia 12 del portador de soluto

1115: B9930 AK024493 SLC12A7 (transportadores de potasio/cloruro),

miembro 7

1116: C8557 AA536113 TMEPAI ARN inducido por andrógeno prostático, transmembrana

1117: C9858 NM_006892 DNMT3B ADN (citosina-5-)-metiltransferasa 3 beta

1118: C6209 AF130988 EDAR Receptor de ectodisplasina A

1119: C7607 AL832674 ANP32E Familia 32 de fosfoproteína nuclear ácida (rica en leucina), miembro E

1120: D0006 NM_145697 CDCA1 Proteína 1 asociada con ciclo de división celular

1121: D0062 CR593221 OSR2 Proteína 2A relacionada con odd-skipped

1122: C0400 BC021290 IMP-2 Proteína 2 de unión a ARNm de IGF-II

1123: C0764 AA045020 RDH10 Retinol deshidrogenasa 10 (todo-trans)

1124: C9231 AB011124 ProSAPiP1 Proteína ProSAPiP1

1125: C0318 M16451 CKB Creatina cinasa, cerebro

1126: C5950 CF146489 NKX3-1 Proteína relacionada con el factor de transcripción NK3, locus 1 (Drosophila)

1127: C5013 CR602284 FUS Fusión (implicada en t(12;16) en liposarcoma maligno)

1128: C6875 AA043381 HOXD10 Caja homeótica D10

1129: C3905 AK091130 LOC152485 Proteína hipotética LOC152485

Clon IMAGE:37373 3’ de ADNc de Homo

1130: C7105 R50993 sapiens de 1NIB de cerebro de lactante

yg63f02.s1 Soares, secuencia de ARNm.

1131: C9041 AJ580093 ATP11C ATPasa, clase VI, tipo 11C

1132: C1093 AW976357 CDCA1 Ciclo de división celular asociado 1

1133: C1948 CR594190 NM_012242 DKK1 Homólogo 1 de Dickkopf (Xenopus laevis)

1134: C5005 BX648571 FLJ38736 Proteína hipotética FLJ38736

1135: C8384 X98834 SALL2 Proteína 2 de tipo sal (Drosophila)

1136: C1442 AA807192 FLJ20522 Proteína hipotética FLJ20522

1137: C7756 H03641 FAM13A1 Familia con similitud de secuencia 13, miembro A1

1138: C8926 BU569535 CHODL Condrolectina

1139: C6880 AK027224 DKFZp43 4B227 Proteína hipotética DKFZp434B227

1140: D0648 AA416843 MGC4210 Proteína hipotética MGC42105

1141: C6217 NM_001448 GPC4 Glipicano 4

1142: C6906 AK122672 RAI3 Proteína 3 inducida por ácido retinoico

1143: C9046 BC034999 MGC3321 Similar al gen 4933439B08 de ADNc de RIKEN

1144: D3549 BU620736 MAGI-3 Proteína relacionada con guanilato cinasa asociada con la membrana (MAGI-3)

1145: D6450 BQ001345 GTF2IRD2B Proteína 2 que contiene dominio de repetición de GTF2I

1146: E0002 BF195994 PIAS2 Inhibidor proteico de STAT activado, 2

1147: E0537 BX647115 DPYSL2 Proteína 2 de tipo dihidropirimidinasa

1148: D4376 AA883952 Locus transcrito

1149: D7468 BC010943 OSMR Receptor de oncostatina M

Sindecano 2 (proteoglicano 1 de heparán

1150: E0838 BC030133 SDC2 sulfato, asociado con la superficie celular,

fibroglicano)

1151: E1278 BF353850 ATP11B ATPasa, clase VI, tipo 11B

1152: D9484 NM_021809 TGIF2 Factor 2 inducido por TGFB (caja homeótica de familia TALE)

Procolágeno-prolina, 2-oxoglutarato 4

1153: E1173 CB250397 P4HA1 dioxigenasa (prolina 4-hidroxilasa),

polipéptido alfa I

Familia del portador de soluto 16

1154: E1497 BU625507 SLC16A3 (transportadores de ácido monocarboxílico),

miembro 3

1155: D6136 AF448439 CLIC6 Canal 6 intracelular de cloruro

1156: D6767 BM312795 Locus transcrito

1157: D8920 AI038231 USP13 Proteasa 13 específica de ubiquitina (isopeptidasa T-3).

1158: D8587 AI223250 Locus transcrito

1159: E1387 D87448 TOPBP1 Proteína 1 de unión a topoisomerasa (ADN) II

1160: D3218 AL122043 C20orf112 Marco de lectura abierto 112 del cromosoma 20

1161: D9500 AI361654

1162: D8150 BF965334 PRKRA Proteína cinasa, activador dependiente de ARN bicatenario inducible por interferón

1163: D9437 W67209 SESN3 Sestrina 3

1164: E0167 AI090289 DRE1 Proteína DRE1

1165: E0694 BX641036 CSPG2 Proteoglicano 2 de sulfato de condroitina (versicano)

1166: D5491 AA947258 Locus transcrito

1167: D6311 BI771102 PHYHIPL Familia con similitud de secuencia 13, miembro C1

1168: E0663 CR600961 TM4SF13 Miembro 13 de la superfamilia 4 transmembrana

1169: E0556 BM997546 ECE1 Enzima 1 convertidora de endotelina

1170: E0686 BC036067 FLJ14146 Proteína hipotética FLJ14146

1171: E0787 BM697477 ShrmL Proteína relacionada con Shroom

1172: D4351 BX102008 MECP2 Proteína 2 de unión a metil CpG (síndrome de Rett)

1173: D9504 BC010918 NTS Neurotensina

1174: E0664 AY299090 SPRED2 Proteína 2 que contiene dominio EVH1, relacionada con Sprouty

1175: E0552 AL832438 FLJ20152 Proteína hipotética FLJ20152

1176: D6314 NM_018243 11-Sep Septina 11

Proteína regulada por fosforilación de

1177: D8837 NM_012189 CABYR tirosinas (Y) de unión a calcio

(fibrousheathin 2)

Familia 7 del portador de soluto,

1178: E0837 AB040875 SLC7A11 (transportador de aminoácido catiónico,

sistema y+) miembro 11

1179: D8001 AW976634 Locus transcrito

1180: D9027 CN480522 WTIP Proteína de interacción con WT1

1181: E0451 BC005963 MAGEA3 antígeno de melanoma, familia A, 3

1182: E0139 AL390147 FAM20C Familia con similitud de secuencia 20, miembro C

1183: E1423 NM_152624 DCP2 Enzima de desencapuchamiento hDcp2

1184: D8457 AA830551 FLJ13848 Proteína hipotética FLJ13848

1185: D9933 BX648297 LPP Dominio LIM que contiene pareja de translocacion preferida en lipoma

1186: D6668 AA744607 MFHAS1 Secuencia 1 amplificada de histiocitoma fibroso maligno

1187: D4093 CK299098 Gen hipotético soportado por BC044741

1188: D8458 AA830668

1189: D9544 H05758 Locus transcrito

1190: E0598 NM_005504 BCAT1 Aminotransferasa 1 de cadena ramificada, citosólica

1191: E1001 NM_018212 ENAH Homólogo de Enabled (Drosophila)

1192: D6398 AI792205 Locus transcrito

1193: E0455 CR614398 ODC1 Ornitina descarboxilasa 1

1194: D8515 CR591759 LUM Lumicano

1195: D5583 AK125904 DDHD2 Proteína 2 que contiene dominio DDHD

1196: D5596 BM991753 Clon de ADNc IMAGE:4862812, cds parcial

1197: E0133 AW451133 FLJ10719 Proteína hipotética FLJ10719

1198: D8466 AI619500 Locus transcrito

1199: D8905 AI021894 MAP4K3 Proteína cinasa cinasa cinasa cinasa 3 activada por mitógenos

1200: B0869N AF274048 UHRF1 Proteína 1 de tipo ubiquitina, que contiene dominios de dedos PHD y RING

1201: F1457 M16006 SERPINE1 Inhibidor de serina (o cisteína) proteinasa, clado E (nexina, inhibidor de activador de

plasminógeno tipo 1), miembro 1

1202: F5449 AK026753

1203: F8140 AW976457 MBNL1 Proteína de tipo Muscleblind (Drosophila)

1204: F9101 BC010527 ADNc FLJ31059 fis, clon HSYRA2000832

1205: F8575 BF433322 ELK4 ELK4, proteína con dominio ETS (proteína 1 accesoria de SRF)

1206: A7714 AB002351 DMN Desmuslina

1207: B4412N BC016815 DCBLD2 2 Discoidina, proteína que contiene dominios CUB y LCCL

1208: E1732 NM_014916 LMTK2 Tirosina cinasa 2 de lémur

1209: E1395 AU147322.1 EDD E3 identificado mediante presentación diferencial

1210: F2724 AK024275 FLJ14213 Proteína hipotética FLJ14213

Proteína de interacción (liprina) con

1211: F3387 AK126185 PPFIA4 proteína tirosina fosfatasa, tipo receptor,

polipéptido f (PTPRF), alfa 4

1212: F5148 AL831813 RUNDC1 Proteína 1 que contiene dominio RUN

Proteína de interación (liprina) con proteína

1213: F3888 U22816 PPFIA1 tirosina fosfatasa, tipo receptor, polipéptido f

(PTPRF), alfa 1

1214: F0969 AK026201 RAB3IP Proteína de interacción con RAB3A (rabin3)

1215: F0931 AF026941 cig5 Viperina

1216: F2986 AK027232 LBH Probable ortólogo del gen de corazón y germinación de extremidades de ratón

1217: F3496 AB023148 KIAA0931 Proteína KIAA0931

1218: F6350 AL389956 FBXO32 Proteína 32 de caja F

1219: F3184 NM_033380 COL4A5 Colágeno, tipo IV, alfa 5 (síndrome de Alport)

1220: B4350N AF037364 PNMA1 Antígeno paraneoplásico MA1

1221: F1277 AF151020 TMEM9 Proteína transmembrana 9

1222: A0576N NM_138555 KIF23 Miembro 23 de la familia de cinesina

1223: B0068 R15836 LAPTM4B Proteína transmembrana 4 beta asociada con lisosomas

1224: F0119 AL049354 LOC2213 62 Proteína hipotética LOC221362

1225: F0938 AK160383 CENTD2 Centaurina, delta 2

1226: F2217 AF288571 LEF1 Factor 1 de unión a potenciador linfoide

1227: F4281 AF199023 PLSCR4 Fosfolípido escramblasa 4

1228: F7951 N66690 ATP6V1E2 ATPasa, transportador de H+, lisosómica de 31 kDa, subunidad V1 E isoforma 2

1229: F9119 BC015512 Homo sapiens, clon IMAGE: 3887266, ARNm

1230: F0896 AF131790 SHANK2 Dominios 2 de repetición de anquirina múltiple y SH3

Factor 1 de transcripción relacionado con

1231: A1375 D43968 RUNX1 Runt (leucemia mieloide aguda 1; oncogén

aml1)

1232: A7732 BC017984 ARG99 Proteína ARG99

1233: A3802 NM_005245 FAT Homólogo 1 de supresor de tumores FAT (Drosophila)

1234: F0299 NM_145693 LPIN1 Lipina 1

1235: F3374 AF195765 RAMP Proteína asociada con la matriz nuclear regulada por RA

1236: F4635 AK021519 FLJ11457 Proteína hipotética FLJ11457

1237: A6660 CA418643 GPR153 receptor 153 acoplado a proteínas G

1238: F5376 AK025105 ITGB1BP1 Proteína 1 de unión a integrina beta 1

1239: F7497 AW973864 SYNJ2BP Proteína de unión a sinaptojanina 2

1240: F0924 NM_012309 SHANK2 Dominios 2 de repetición de anquirina múltiple y SH3

1241: A2921 NM_002391 MDK Midkina (factor 2 de promoción del crecimiento de neuritas)

1242: B4390 N AB006624 KIAA0286 Proteína KIAA0286

1243: B4479 AF258572 GSDML Proteína de tipo gasdermina

1244: F1415 NM_002759 PRKR Proteína cinasa, dependiente de ARN bicatenario inducible por interferón

Familia de transportadores aniónicos

1245: F2746 AJ251506 SLCO1B3 orgánicos del portador de soluto, miembro

1B3

1246: F2092 BC001873 HEY1 Peludo/potenciador de la división relacionado con motivo 1 de YRPW

1247: F7332 AI936859 RTKN Rotekina

1248: D8010 AI734110 FMNL2 Proteína 2 de tipo formina

1249: F0920 AF098269 PCOLCE2 Potenciador 2 de procolágeno Cendopeptidasa

1250: F2294 AK024900 AP2B1 Complejo 2 de proteína relacionada con adaptador, subunidad beta 1

1251: F2929 AF022109 CDC6 Homólogo de ciclo 6 de división celular CDC6 (S. cerevisiae)

1252: F2095 NM_006449 CDC42EP3 Proteína efectora CDC42 (de unión a Rho GTPasa) 3

1253: F3395 AB032953 ODZ2 Homólogo 2 de Odz, odd Oz/ten-m (Drosophila)

1254: A0636 Z29066 NEK2 Cinasa 2 relacionada con NIMA (never in mitosis gen a)

1255: F0410 AW369770 PACS1 Proteína 1 de clasificación de la agrupación ácida de fosforurina

1256: F1732 AK023642 ADNc FLJ13580 fis, clon PLACE1008851

1257: F3598 AK001332 LRRC5 Proteína 5 que contiene repeticiones ricas en leucina

Subunidad del proteosoma (prosoma,

1258: F6994 BM920112 PSMB9 macropaína), tipo beta, 9 (proteasa 2

multifuncional grande)

1259: F7579 AW629129 SVH Proteína SVH

Locus transcrito, débilmente similar a

1260: F8888 AK027091 XP_375099.1 proteína hipotética

LOC283585 [Homo sapiens]

1261: B5040N AA126782 CHST2 Hidrato de carbono (N-acetilglucosamina-6-O) sulfotransferasa 2

1262: F5946 AL137529 FLJ23751 Proteína hipotética FLJ23751

Enzima de edición de ARNm de

1263: F4158 BC047767 APOBEC2 apolipoproteína B, polipéptido catalítico tipo

2

1264: A3896 B015050 OIP5 Proteína 5 de interacción con Opa

1265: E2104 CN280172 Clon IMAGE:4734740 de ADNc, cds parcial

1266: F1646 AB011109 ARK5 Miembro 5 de la familia de proteína cinasa activada por AMP

1267: F1446 AJ277587 SPIRE1 Homólogo 1 de Spire (Drosophila)

1268: B9057 AF361494 SOSTDC1 Proteína 1 que contiene dominio de esclerostina

1269: F2462 NM_182734 PLCB1 Fosfolipasa C, beta 1 (específica de fosfoinosítido)

1270: A0359N BC015753 CXCL2 Ligando 2 de quimiocina (motivo C-X-C)

1271: F8483 BG003072 TFCP2L3 Proteína 3 de tipo factor de transcripción CP2

1272: A2439 AF053305 BUB1 BUB1 germinación no inhibida por bencimidazoles 1 homólogo (levadura)

1273: A9111 NM_016607 ARMCX3 Proteína 3 ligada al cromosoma X, que contiene repeticiones de armadillo

Sialiltransferasa 9 (CMP

1274: F1916 AF119418 SIAT9 NeuAc:lactosilceramida alfa-2,3

sialiltransferasa; GM3 sintasa)

1275: F4063 AL109779 HDGFRP3 Proteína 3 relacionada con el factor de crecimiento derivado de hepatoma

1276: E2082 BX537667 FARP1 Proteína 1 con dominios FERM, RhoGEF

(ARHGEF) y pleckstrina (derivada de

condrocitos)

1277: F9079 AF339769 Clon IMAGE:123704, secuencia de ARNm

1278: A3453 BC064689 TNFAIP3 Proteína 3 inducida por factor de necrosis tumoral, alfa

1279: E0341 AK093143 SSFA2 Antígeno 2 específico de esperma

1280: F0283 AK123311 GAP43 Proteína 43 asociada con el crecimiento

1281: F3997 AL049987 FLJ40092 Proteína FLJ40092

1282: F4952 AL080082 ARNm; ADNc DKFZp564G1162 (del clon DKFZp564G1162)

1283: F3618 AK172810 SLC39A14 Familia del portador de soluto 39 (transportador de zinc), miembro 14

1284: F2037 AK024124 LOC80298 Proteína de tipo factor de terminación de la transcripción

1285: F4451 AK022204 EDD E3 identificado mediante presentación diferencial

1286: F3878 NM_020800 KIAA1374 Proteína KIAA1374

1287: F8184 AK022856 ADNc FLJ12794 fis, clon NT2RP2002041

1288: F9909 BC009431 MGC15606 Proteína hipotética MGC15606

1289: G2245 AW450464 ZNF181 Proteína 181 de dedos de zinc (HHZ181)

1290: G2660 AK094334 MRPS25 Proteína S25 ribosómica mitocondrial

1291: G2984 AA778186 KBTBD9 Proteína 9 que contiene dominio BTB (POZ) y repetición Kelch

1292: G3257 BQ020994 KIAA0146 Proteína KIAA0146

1293: G4110 AA128462 Locus transcrito

1294: G4171 BX106478 Locus transcrito

Locus transcrito, débilmente similar a

1295: G4302 AI733332 XP_375099.1 proteína hipotética

LOC283585 [Homo sapiens]

1296: G4661 AK057918 Gen hipotético soportado por AK057918

1297: G4356 BX094336 Similar a proteína AE2

1298: G4650 AK057706 CHD7 Proteína 7 de unión a cromodominio de ADN helicasa

Locus transcrito, débilmente similar a

1299: G4705 AK090872 XP_375099.1 proteína hipotética

LOC283585 [Homo sapiens]

1300: G5030 BX091458 MTSS1 Supresor 1 de la metástasis

1301: G5296 AW975990 ADNc parcial de HepG2, clon hmd1a08m5.

1302: G6837 AA703048 TOP1 Topoisomerasa (ADN) I

1303: G6924 CA503069 EEF1G Factor 1 gamma de elongación de la traducción eucariota

1304: G7153 BM991930 Locus transcrito

1305: G7142 BQ184075 Locus transcrito

1306: G7476 BF591074

1307: G7204 BX537577 ADNc de la región 3’ de HepG2, clon hmd1c07.

1308: G7867 BQ004940

1309: G7894 BX648286 RAB22A RAB22A, miembro de la familia del oncogén RAS

1310: G7821 BM974197 STXBP6 Proteína 6 de unión a sintaxina (amisina)

1311: G7860 BM996527 OPHN1 Oligofrenina 1

1312: G7888 BQ025514 ADK Adenosina cinasa

1313: F5967 NM_003519 CR988892 ADNc de Homo sapiens CR988892 RZPD n.º 9017 clon RZPDp9017D0310 5’, secuencia de ARNm.

1314: G1119 AK025202 LARGE Tipo glicosiltransferasa

1315: F9145 BC001316 MGC5528 Homólogo 1 defectuoso en la cohesión de la cromátida hermana (S. cerevisiae)

1316: G1899 BI490961 ETV6 Gen 6 variante ets (oncogén TEL)

1317: G2801 U55853 GOLPH4 Fosfoproteína 4 de Golgi

1318: G3085 BM992422 FHOD3 Proteína 3 que contiene dominio de homología con formina

1319: G2825 BQ773653 JAG2 Jagged 2

1320: G3673 BM677658 PHIP Proteína de interacción con dominio de homología con pleckstrina

Regulador de la cromatina dependiente de

1321: G3374 AI740551 SMARCA2 actina, relacionado con SWI/SNF, asociado

con la matriz, subfamilia a, miembro 2

1322: G4230 AA460431 HSPC150 Proteína HSPC150 similar a enzima de conjugación de ubiquitina

1323: G5380 BC012776 KUB3 Proteína 3 de unión a Ku70

1324: G5190 NM_006544 SEC10L1 Proteína 1 de tipo SEC10 (S. cerevisiae)

1325: G7017 AL832577 PHACTR3 Regulador 3 de fosfatasa y actina

1326: G7052 AW376957 FP6778

1327: G7074 AW057520 TCF12 Factor 12 de transcripción (HTF4, factores 4 de transcripción de hélice-bucle-hélice)

1328: G7311 AW273713 Cadena pesada de inmunoglobulina, región V (SPH1.17)

1329: G7334 AW444577 PRKDC Proteína cinasa, activada por ADN, polipéptido catalítico

1330: G7392 AI700994 KIAA1287 Proteína KIAA1287

1331: G7756 BM673560 CUL1 Culina 1

1332: G7409 AV661871 ALDOB Aldolasa B, fructosa-bisfosfato

1333: G7433 AK022426

1334: G7944 AL833181 BCL11A LLC de células B/linfoma 11A (proteína de dedos de zinc)

1335: G8118 BC041347 FLNB Filamina B, beta (proteína 278 de unión a actina)

1336: F3260 AK022675 FLJ20542 Proteína hipotética FLJ20542

1337: G1502 BG219755 JMY Proteína reguladora y de mediación de la unión

1338: G2206 AB044088 BHLHB3 Proteína que contiene dominio de hélicebucle-hélice básico, clase B, 3

1339: G2234 BI496248 VEZATIN Proteína transmembrana vezatina

1340: G2919 BF114768 FLJ10808 Proteína hipotética FLJ10808

1341: G2629 AK091973 IGF1R Receptor del factor 1 de crecimiento similar a la insulina

1342: G2620 N39603 MAP3K5 Proteína 5 cinasa cinasa cinasa activada por mitógenos

1343: G3228 AW450394 PLAG1 Gen 1 de adenoma pleiomórfico

1444: G4095 AA022935 FMNL2 Proteína 2 de tipo formina

1345: G4140 BI918168 Clon IMAGE:4811759 de ADNc, cds parcial

1346: G4068 BU078631 PKD2 Enfermedad 2 de riñón poliquístico (dominante autosómico)

Locus transcrito, altamente similar a

1347: G4120 AA151666 XP_343158.1 similar a ADNc de RIKEN

0910001B06 [Rattus norvegicus]

1348: G4165 BM470637 KLF3 Factor 3 de tipo Kruppel (básico)

Locus transcrito, débilmente similar a

XP_214982.2 similar a la proteína

1349: G4451 AU122725 reguladora y de mediación de la unión;

cofactor transcripcional p300 JMY [Rattus

norvegicus]

Canal de potasio activado por voltaje,

1350: G4999 BC043409 KCNH5 subfamilia H (relacionado con eag),

miembro 5

1351: G5013 H16790 Homo sapiens, clon IMAGE: 4821290, ARNm

1352: G6627 BC043583 DNAJC13 Homólogo de DnaJ (Hsp40), subfamilia C, miembro 13

1353: G6831 BQ447463 SAMD4 Proteína 4 que contiene el dominio de motivo alfa estéril

1354: G7491 AI088195 ADNc FLJ41461 fis, clon BRSTN2016335

1355: G7220 AI373767 Locus transcrito

1356: G7267 AW081263 Locus transcrito

1357: G8169 AL832210 WWOX Oxidorreductasa que contiene dominio WW

1358: G7895 BQ027862 GNB5 Proteína de unión a nucleótidos de guanina (proteína G), beta 5

Familia del portador de soluto 7

1359: G7889 BQ025551 SLC7A8 (transportador de aminoácidos catiónicos,

sistema y+), miembro 8

1360: F1800 AK021742 BX951495 DKFZp781G05150_r1 781 (sinónimo: hlcc4) clon de ADNc de Homo sapiens DKFZp781G05150 5’, secuencia de ARNm

1361: G4204 BX100147 LOC402485 hipotética

1362: G5381 XM_373575 Similar a proteína hipotética

1363: G5148 N59381 FLJ12476 Proteína hipotética FLJ12476

1364: G6967 AK093278 ADNc FLJ35959 fis, clon TESTI2012444

1365: G5819 AL832755 SLC30A6 Familia del portador de soluto 30 (transportador de zinc), miembro 6

1366: G5976 H57111 ZNF518 Proteína 518 de dedos de zinc

1367: G7727 BM666927 PROX1 Caja homeótica 1 relacionada con prospero

1368: G7320 AK096522 LOC283514 Similar a siete en ausencia 2

1369: G7410 BQ025216 PHIP Proteína de interacción con dominio de homología con pleckstrina

1370: G7434 AK023377 HEXA Hexosaminidasa A (polipéptido alfa)

1371: G7945 AK097655 ADNc FLJ40336 fis, clon TESTI2031986

1372: G8773 AV699579 DKFZP56 4K0822 Proteína hipotética DKFZp564K0822

Locus transcrito, moderadamente similar a

proteína 24 de activación de Rho GTPasa

1373: G7236 AK130576 NP_083546.1 [Mus musculus]

601659547RAI NIH_ MGC_70 Homo

sapiens

1374: F6729 BE965780 Clon de ADNc IMAGE:3896243 3’, secuencia de ARNm.

1375: G0226 BC006512 MGC4308 Proteína hipotética MGC4308

Una proteína 9 de tipo desintegrina y

1376: G2260 NM_182920 ADAMTS9 metaloproteasa (tipo reprolisina) con motivo

de tipo 1 de trombospondina, 9

1377: G2686 AK056824 PWWP1 Proteína 1 que contiene dominio PWWP

1378: G4082 AA004878 STARD13 Proteína 13 que contiene dominio START

1379: G4173 AK091238 FLJ10211 Proteína hipotética FLJ10211

1380: G5034 CB959761 DAB2 Homólogo 2 de Disabled, fosfoproteína de respuesta a mitógenos (Drosophila)

1381: G5053 H66650 CD58 Antígeno CD58, (antígeno 3 asociado con la función de linfocitos)

1382: G5300 AW007021 TFDP1 Factor de transcripción Dp-1

1383: G5085 AL833602 SLC2A12 Familia del portador de soluto 2 (tansportador de glucosa), miembro 12

1384: G6746 BQ027724 PDE4DIP Proteína de interacción con fosfodiesterasa 4D (miomegalina)

1385: G7446 BC029450 SLC33A1 Familia 33 del portador de soluto (transportador de acetil-CoA), miembro 1

1386: G7163 AI968300 LOC91137 Proteína hipotética BC017169

1387: G7188 BX093022 A2M Alfa-2-macroglobulina

1388: G8170 AL832099 ATXN7L4 Proteína 1 similar a ataxina 7

1389: G7824 BM975524 B4GALT5 UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4galactosiltransferasa, polipéptido 5

1390: G8216 BI494395 ADD3 Aducina 3 (gamma)

1391: F8600 AW977584 HDLBP Proteína de unión a lipoproteínas de alta densidad (vigilina)

1392: G2452 AA525021 MACF1 Factor 1 de reticulación de microtúbulosactina

1393: G2580 AW975290 Locus transcrito

1394: G2876 BX099865 NRXN1 Neurexina 1

1395: G2853 BQ026279 THOC2 Complejo 2 de THO

1396: G2869 BM674818 CENTG2 Proteína 17 que contiene repetición de trinucleótidos

1397: G3659 BM718282 FP6778

1398: G3755 BQ025315 FLJ32810 Proteína hipotética FLJ32810

1399: G4205 AA448989 PTPN3 Proteína tirosina fosfatasa, tipo 3 no receptor

1400: G4233 AK127860 PIK3CG Fosfoinosítido-3-cinasa, catalítica, polipéptido gamma

1401: G4245 AA703239 FAD104 FAD104

1402: G4271 AL599933 PRKG1 Proteína cinasa, dependiente de GMPc, tipo I

1403: G4594 AK056722 AL700484 DKFZp686B17119_r1 686 (sinónimo: hlcc3) clon de ADNc de Homo sapiens DKFZp686B17119 5’,

1404: G6993 BM968300 Locus transcrito

1405: G7010 AW149839 NPAS3 Proteína 3 con dominio PAS neuronal

1406: G7115 BF508564 RBBP7 Proteína 7 de unión a retinoblastoma

1407: G7021 BG190202 FBX015 Proteína 15 de caja F

1408: G6144 R41724 FMNL2 Proteína 2 de tipo formina

1409: G7315 AW277126 Locus transcrito

1410: G7728 BM669438 BFSP2 Proteína 2 estructural de filamentos nucleados, faquinina

1411: G7695 AK122626 GPR82 Receptor 82 acoplado a proteínas G

1412: G7948 AW593931 CENTB2 Centaurina, beta 2

1413: G8010 BQ447982 Homo sapiens, clon IMAGE: 4827253, ARNm

1414: G8055 AK096377 FLJ39058 Proteína hipotética FLJ39058

Proteína precursora de amiloide beta (A4)

1415: G7929 AI827546 APP (proteasa nexina-II, enfermedad de

Alzheimer)

Transcrito asociado con neoplasia de

1416: G2316 AJ412030 células B, (gen BCMS), variante E de corte

y empalme, transcrito no codificante

1417: G2990 AW973337 SPRED2 Proteína 2 relacionada con Sprouty, que contiene dominio EVH1

UI-E-EO1-aiy-h-05-0-UI.s1 UI-E-EO1 clon

1418: G3606 BM680332 de ADNc de Homo sapiens UI-E-EO1-aiy-h-

05-0-UI 3’, secuencia de ARNm

1419: G4372 CK816153 DLG1 Proteína DKFZP586B0319

1420: G5585 BE729311 XYLT1 Xilosiltransferasa I

1421: G6788 X67334 MLM2 Mantenimiento del minicromosoma MCM2 deficiente 2, mitotina (S. cerevisiae)

1422: G6876 AK055712 Homo sapiens, clon IMAGE: 4821804, ARNm, cds parcial

1423: G5694 AA102634 TRAF5 Factor 5 asociado con receptor de TNF

1424: G5547 BF997835 DOCK5 Dedicador de citocinesis 5

1425: G6851 AK056005 ZNF232 Proteína 232 de dedos de zinc

1426: G6893 AI056903 Locus transcrito

Familia del portador de soluto 13

1427: G7199 BF431313 SLC13A3 (transportador de dicarboxilato dependiente

de sodio), miembro 3

1428: G7216 AI953227 Locus transcrito

1429: G7145 AF150329 VAV3 Oncogén Vav 3

1430: G7189 AW977068 AFTIPHI LIN Proteína aftifilina

1431: G7518 AK097137 Locus transcrito, débilmente similar a

NP_078841.2 proteína hipotética FLJ14166

[Homo sapiens]

1432: G7222 BX110631 NT5C2 5’-nucleotidasa, citosólica II

1433: G7870 BQ007450 F2RL2 Proteína 2 de tipo receptor del factor de coagulación II (trombina)

UI-H-EI1-azf-m-15-0-UI.s1 NCI_COAP_EI1

1434: G7877 BQ015552 clon de ADNc de Homo sapiens

IMAGE:5848118 3’, secuencia de ARNm

1435: F8619 AI632567 TFCP2L1 Proteína 1 de tipo factor de transcripción CP2

1436: G0874 BC023611 EFHD2 Proteína 2 que contiene dominio de mano EF

1437: G2535 AI700987 C11orf23 Marco de lectura abierto 23 del cromosoma 11

1438: G3171 AW188318 Locus transcrito

1439: G2892 AI024536 Locus transcrito

Clon CS0DI067YL24 de ADNc de longitud

1440: G3123 AL552527 completa de Cot 25 de placenta normalizado de Homo sapiens (ser

humano)

UI-E-DX1-agw-g-08-0-UI.s1 UI-E-DX1 clon

1441: G3676 BM669634 UI-E-DX1-agw-g-08-0-UI 3’ de ADNc de

Homo sapiens, secuencia de ARNm.

1442: G3386 BC069024 CENTG1 Centaurina, gamma 1

1443: G3756 BQ025740 DSTN Destrina (factor de despolimerización de actina)

1444: G3996 AL833566 ALCAM Molécula de adhesión celular de leucocitos activados

1445: G4272 AA669226 Similar a ADNc 3110050N22 de RIKEN

1446: G4286 AA873056 RAD51 Homólogo de RAD51 (homólogo de RecA, E. coli) (S. cerevisiae)

1447: G4495 AK054746 CACNA1A Canal de calcio, dependiente de voltaje, tipo P/Q, subunidad alfa 1A

Canal de potasio activado por calcio de

1448: G5129 N51068 KCNMA1 gran conductancia, subfamilia M, miembro

alfa 1

1449: G5187 BU626581 NQO2 NAD(P)H deshidrogenasa, quinona 2

1450: G5193 AF113687 RGS6 Regulador de la señalización de la proteína G 66

1451: G6969 AI798727 Locus transcrito

Clon de ADNc de Homo sapiens 1NIB de

1452: G5950 H17455 cerebro de lactante ym36a08.s1 Soares

IMAGE:50060 3’, secuencia de ARNm

1453: G6034 N51961 THRAP1 Proteína 1 asociada con el receptor de la hormona tiroidea

tx53f4.x1 NCI_CGAP_Lu24 clon de ADNc

1454: G7.101 AI630821 de Homo sapiens IMAGE:2273311 3’,

secuencia de ARNm.

1455: G7316 AK097857 LOC157813 hipotética

1456: G7353 AF085854 Clon de ADNc de inserto de longitud completa YI54D04

1457: G7713 BM678413 PPM1H Proteína fosfatasa 1H (que contiene dominio PP2C)

1458: G7772 BM677476 TOX Proteína TOX de caja de grupo de alta movilidad del timo

1459: G7699 BC020838 CLDN20 Claudina 20

1460: G7364 AW978315 PHGDHL1 Proteína 1 de tipo fosfoglicerato dehidrogenasa

1461: G8584 BQ310416 THRAP2 Proteína 2 asociada con el receptor de la hormona tiroidea

1462: G8030 AK098270 FP6778 UI-H-EUO-azv-1-14-0-UI.s1

1463: G7967 BQ181903 Clon NCI_CGAP_Car1 de ADNc de Homo sapiens IMAGE:5854237 3’, secuencia de

ARNm.

1464: G8082 AK094332 Gen hipotético soportado por AK094332

Proteína ligasa E3A de ubiquitina (proteína

1465: F8283 AI133478 UBE3A asociada con el virus del papiloma humano

E6, síndrome de Angelman)

1466: G2616 BX470806 PRKWNK1 Proteína cinasa, deficiente en lisina 1

1467: G2943 BQ448624 C7orf6 Marco de lectura abierto 6 del cromosoma 7

1468: G2981 AA573217 CHD1L Proteína 1 de unión a cromodominio de ADN helicasa

1469: G3016 XM_499110 LOC441345

1470: G2992 AI807658 SNX27 Miembro 27 de la familia de nexina de clasificación

1471: G3600 AK074226 SUV420H1 Supresor de homólogo 1 de la variegación 4-20 (Drosophila)

1472: G4136 AI800735 ADNc FLJ11397 fis, clon HEMBA1000622 UI-H-EU1-bac-c-08-0-UI,s1 NCI_CGAP_Ct1

1473: G3870 BQ446672 Clon de ADNc de Homo sapiens UI-H-EU1bac-c-08-0-UI 3’, secuencia de ARNm.

1474: G4645 AK057639 UBE2B Enzima de conjugación de ubiquitina E2B (homólogo de RAD6)

Clon de ADNc de Homo sapiens 2NbHBst

1475: G4332 AI668557 de mama yj83d08.x5 Soares

IMAGE:155343 3’, secuencia de ARNm.

1476: G5235 R40058 NRCAM Molécula de adhesión de células neuronales

1477: G5028 R11869 ATF6 Factor 6 de transcripción activante de bazo fetal yb49c12.s1 Stratagene (n.º 937205)

1478: G5270 T59016 Clon de ADNc de Homo sapiens IMAGE:74518 3’, secuencia de ARNm.

1479: G5043 AW973785 NIPBL Homólogo de Nipped-B (Drosophila)

1480: G5587 BG281555 Gen hipotético soportado por BC019009

1481: G6767 AB036693 RAB9B RAB9B, miembro de la familia del oncogén RAS

ADNc de Homo sapiens MR2-NT0135

1482: G7916 BF921173 161100-006-a08 NT0135, secuencia de

ARNm

1483: B5869N NM_015259 ICOSL Ligando coestimulador de células T inducible

1484: G2037 BG462138 Locus transcrito

1485: G2819 AK095968 ADNc FLJ3 8649 fis, clon HHDPC2007302

ADNc de Homo sapiens QV0-HT0368

1486: G3342 BE156543 310100-091-h06 HT0368, secuencia de

ARNm.

Fosfodiesterasa 4B, específica de AMPc

1487: G4254 BU739793 PDE4B (homólogo de fosfodiesterasa E4 dunce,

Drosophila)

1488: G4287 BX537672 KIAA0934 KIAA0934

1489: G4511 AK054893 LOC146713 Proteína hipotética LOC146713

1490: G4531 AK055134 STAG1 Antígeno 1 del estroma

1491: G4894 AK096262 ADNc FLJ38943 fis, clon NT2NE2017480

1492: G4925 AK097171 ADNc FLJ39852 fis, clon SPLEN2014865

1493: G5095 H98216 C14orf24 Marco de lectura abierto 24 del cromosoma 14

1494: G5150 N63395 MLSTD2 Proteína 2 que contiene dominio de esterilidad masculina

1495: G5123 N48593 ADNc FLJ36725 fis, clon UTERU2012230

1496: G6039 BC036620 C9orf99 Marco de lectura abierto 99 del cromosoma 9

1497: G7046 AK074042 PARVG Parvina, gamma

Proteína que contiene dominio de

1498: G7119 BM977618 PLEKHA5 homología con pleckstrina, familia A

miembro 5

1499: G6983 CN479411 IREM2 Receptor inmunitario expresado en células mieloides 2

Proteína que contiene dominio de

1500: G6059 N67553 PLEKHA5 homología con pleckstrina, familia A

miembro 5

1501: G7317 AW292370 Locus transcrito

1502: G7733 BM676496 PPEF2 Proteína fosfatasa, dominio 2 de unión a calcio de mano EF

Dominio Sema, dominio transmembrana

1503: G7651 AK055059 SEMA6A (TM) y dominio citoplasmático, (semaforina)

6A

Proteína de interacción (liprina) con

1504: G7346 AW470328 PPFIA1 proteína tirosina fosfatasa, tipo receptor,

polipéptido f (PTPRF), alfa 1

1505: G7960 BI430555 Locus transcrito

Clon nf93d02.s1 NCI_CGAP_Co3 de ADNc

1506: G7979 AA535272 de Homo sapiens IMAGE:927459 3’,

secuencia de ARNm.

1507: G0130 AB058773 COL27A1 Colágeno, tipo XXVII, alfa 1

1508: F8082 BF058212 FLJ40125 Proteína hipotética FLJ40125

1509: G2925 AK093779 Gen hipotético soportado por AK093779

1510: G3578 AK057616 MTVR1 Homólogo 1 del receptor del virus de tumor mamario de ratón

1511: G3255 AK002088 UBE2E3 Enzima de conjugación de ubiquitina E2E 3 (homólogo de UBC4/5, levadura)

1512: G4118 AA149783 Locus transcrito

1513: G4145 W25631 MGC34646 Proteína hipotética MGC34646

1514: G4124 AA169173 RGL1 Proteína 1 de tipo estimulador de la disociación de nucleótidos de guanina Ral

1515: G4333 AI668582 ZNF609 Proteína 609 de dedos de zinc

1516: G5221 NM_005867 DSCR4 Gen 4 de la región crítica del síndrome de Down

1517: G5037 H56731 Locus transcrito

1518: G5542 XM_209824 Similar a precursor de matrilina 2

1519: G5642 XM_212106 BG004461 ADNc de Homo sapiens MR3-GN0186211100-009-f09 GN0186, secuencia de ARNm.

1520: G7141 BQ001753 DISC1 Alterado en esquizofrenia 1

1521: G7202 AI825890 Locus transcrito

1522: G7241 AW003728 Locus transcrito

1523: G7264 AW069500 Locus transcrito

1524: G7462 BF055457 Locus transcrito

1525: G7224 AI951426 DUSP10 Fosfatasa 10 de especificidad doble

Reparación de rayos X que complementa la

1526: G7257 AK023296 XRCC5 reparación defectuosa en células de hámster chino 5 (reintegración de rotura

bicatenaria; autoantígeno Ku, 80 kDa)

UI-H-BW0-aih-c-01-0-UI.s1 NCI_

1527: G8180 AW292980 CGAP_Sub6 clon de ADNc de Homo sapiens IMAGE:2729089 3’, secuencia de

ARNm.

1528: G8234 BU076203 MAPK10 Proteína cinasa 10 activada por mitógenos

1529: G2403 CR591879 TncRNA ARN no codificante derivado de trofoblastos

1530: G3135 AL109783 Clon de ADNc de inserto de longitud completa de ARNm EUROIMAGE 163507

1531: G3399 AF295378 MAGEF1 Antígeno de melanoma, familia F, 1

1532: G4514 AK054930

1533: G4608 AK057035 ADNc FLJ32473 fis, clon SKNMC2000374

Clon de ADNc de Homo sapiens de bazo e

1534: G5177 N72313 hígado fetal yv31b09.r1 Soares

IMAGE:244313 5’, secuencia de ARNm.

1535: G6269 BG755974 C14orf125 Marco de lectura abierto 125 del cromosoma 14

1536: G6250 W86987 IGF1R Receptor del factor 1 de crecimiento similar a la insulina

1537: G7318 BF196963 ZNLYND11 Proteína 11 que contiene dominio MYND, de dedos de Zinc

Familia del portador de soluto 27

1538: G7668 BQ712480 SLC27A1 (transportador de ácidos grasos), miembro

1

1539: G7717 BM681618 Locus transcrito

1540: G7432 AK022190 LDB2 Proteína 2 de unión al dominio LIM

1541: G7398 BE501478 Locus transcrito

1542: G8512 BC028198 FLJ25200 Proteína hipotética FLJ25200

Locus transcrito, débilmente similar al gen

1543: G8117 AK091697 de repetición de tetratricopéptido transcrito de manera ubicua NP-872601.1, ligado al

cromosoma Y [Homo sapiens]

Tabla 3. Conjunto de cebadores de RT-PCR

Tabla 4 genes regulados por disminución en casos de ganglios linfáticos positivos

N.º de: LMMID REGISTRO S�?MBOLO NOMBRE DEL GEN

asignación

1544: C8947 AL833303 Clon YZ04E02 de ADNc de inserto de

longitud completa

1545: B2112 S74221 IK Citocina IK, regulador por disminución de

HLA II

1546: A2720 AJ002231 GNPDA1 Glucosamina-6-fosfato desaminasa 1

1547: B4433 AJ420556 SEC5L1 Proteína 1 de tipo SEC5 (S. cerevisiae)

1548: B8117 AA994071 Proteína 192 de dedos de zinc

1549: C1063 AK096960 RAD1 Homólogo de RAD1 (S. pombe)

1550: A5355 NM_201222 MAGED2 Familia D del antígeno de melanoma, 2

1551: B6373 BX423161 LHPP Fosfolisina fosfohistidina inorgánica pirofosfato fosfatasa

1552: A9475N AF081195 RASGRP1 Proteína 1 de liberación de RAS guanil (regulada por DAG y calcio)

Familia del portador de soluto 9

1553: B7525 NM_015266 SLC9A8 (intercambiador de sodio/hidrógeno),

isoforma 8

1554: B4394 N46424 RAI14 Proteína 14 inducida por ácido retinoico

1555: A2301N BC028600 SLC2A2 Familia del portador de soluto 20 (transportador de fosfato), miembro 2

1556: A1219 NM_001905 CTPS CTP sintasa

1557: A6309 BM701413 SEC61B Subunidad Sec61 beta

1558: D3350 R45979 EST

1559: D6495 AA993602 HSPC63 Proteína HSPC063

1560: A1084 BM905965 HSPE1 Proteína 1 de choque térmico de 10 kDa

(chaperonina 10)

1561: F3819 AK000471 EST

1562: D4231 C05897 ARL5 Proteína 5 de tipo factor de ribosilación de ADP

1563: B5126 BX109845 SH3BGRL2 Tipo 2 de proteína rica en ácido glutámico de unión al dominio SH3

1564: B6528 AF159447 SUFU Supresor de homólogo fusionado

(Drosophila)

1565: A1859N NM_001002295 GATA3 Proteína 3 de unión a GATA

1566: F6308 XM_375105 KIAA329 KIAA0329

1567: B3960 AF234532 MYO1 Miosina X

1568: B6051 R32860 MOBKL2B Locus transcrito

1569: C7642 AK001431 FLJ1569 Proteína hipotética FLJ10569

1570: C6830 R49122 FLJ148 Proteína hipotética FLJ14800

1571: C4865 AK095215 C21orf18 Marco de lectura abierto 18 del cromosoma

21

1572: B4932 AA909294 MUM1 Antígeno asociado con melanoma (mutado)

1

1573: B4159 BU634102 C9orf116 Marco de lectura abierto 116 del cromosoma

9

1574: B6560 BC011728 ARMC7 Proteína 7 que contiene repetición de

armadillo

1575: B9577 N48793 KIAA1546 Proteína KIAA1546

1576: B4930 AL110157 DUSP7 Fosfatasa 7 de especificidad doble

1577: A2759N X16260 ITIH1 Inhibidor H1 inter-alfa (globulina)

1578: B9454 AA033857 RAB4A RAB40A, miembro de la familia del oncogén

RAS

1579: B7123 CA418716 STXBP5 Proteína 5 de unión a sintaxina (tomosina)

1580: B8754 AL833264 FEM1B Homólogo b de Fem-1 (C. elegans)

Inhibidor de proteína 4 de unión a ADN,

1581: B0830 N BM473615 ID4 Proteína de hélice-bucle-hélice negativa

dominante

1582: C3772 U70063 ASAH1 N-acilesfingosina amidohidrolasa (ceramidasa ácida) 1

1583: B9198 AK123132 MSRA Metionina sulfóxido reductasa A

1584: A6996 AL832899 RAPGEF6 Gen KIAA1961

1585: A5364 BC004309 RAB4A RAB4A, miembro de la familia del oncogén RAS

Colabora/coopera con proteína ARF (marco1586 B3769 N91145 CARF

de lectura alternativo) ARNm del antígeno de rechazo de tumores

1587 B8469 CR598871 GFPT1

clon 114, cds completo 1588 B1465N AK074306 FLJ23518 Proteína hipotética FLJ23518 1589 B8098 R42864 PAPOLA Poli(A) polimerasa alfa 1590 B8277 H05711 FLJ3536 Proteína hipotética FLJ35036

Autoantígeno de Golgi, subfamilia golgin a,1591 A6649N AK026613 GOLGA7

7 1592 A4647N NM_004169 SHMT1 Serina hidroximetiltransferasa 1 (soluble) 1593 B4176 AF037629 Locus transcrito

Gen 1 asociado con proliferación inducida1594 A6342N AI057185 SIPA1

por señal DKFZP434

1595 B8141 BC042478 Proteína hipotética DKFZp434F0318

F318 1596 B9157 R44292 FLJ3778 Proteína hipotética FLJ37078 1597 A3384N NM_002024 FMR1 Retraso 1 mental de X frágil 1598 B5168 AL834437 FLJ31818 Proteína hipotética FLJ31818

Lectina, de unión a galactósido, soluble, 21599 A6777 BQ276959 LGALS2

(galectina 2) Proteína 1 que contiene dominio C2 de

1600 C6087 BU676496 MTAC2D1

direccionamiento a la membrana (tándem) 1601 A1878N U88666 SRPK2 Proteína cinasa 2 SFRS Secuencia de ARNm del clon

1602 B6103 T89283 IMAGE:110436

Tabla 5 genes regulados por incremento en casos de ganglios linfáticos positivos

N.º de LMMID REGISTRO S�?MBOLO NOMBRE DEL GEN asignación 1603 A3166N BX953609 GFPT1 Glutamina-fructosa-6-fosfato transaminasa 1

1604 A1750 D31716 BTEB1 Factor 9 de tipo Kruppel 1605 B3701 AY249859 DUSP22 Fosfatasa 22 de especificidad doble 1606 C3692 AI816254 USP11 Proteasa 11 específica de ubiquitina 1607 A1026 M60091 GALT Galactosa-1-fosfato uridililtransferasa 1608 B3777 AW574563 CERK Ceramida cinasa 1609 A3923 AF038440 PLD2 Fosfolipasa D2 1610 B9111 NM_014811 K1AA649 KIAA0649

Subunidad 2 del complejo de promoción de1611 B8069 NM_013366 ANAPC2 anafase Serina/treonina cinasa 24 (homólogo de1612 B6768N AA919178 STK24

STE20, levadura) 1613 B3543 AK092257 Calpaína 14 1614 A1350 NM_013314 BLNK Ligador de células B 1615 B8715 NM_080836 STK35 Serina/treonina cinasa 35 1616 B9038 AY304473 WDR26 Dominio 26 de repetición de WD 1617 B4721N BE795997 NCOR2 Co-represor 2 del receptor nuclear 1618 B9158 CR622145 SCDR1 Deshidrogenasa/reductasa 10 de cadena

corta 1619 B3350 AK056402 TDRKH Proteína que contiene dominio H y Tudor 1620 A4791 AF065482 SNX2 Nexina 2 de clasificación 1621 F3895 AF100742 ZFR Proteína de unión a ARN de dedos de zinc 1622 A2321 NM_005831 NDP52 Proteína de dominio nuclear 10 1623 B0122 BC009534 PINK1 Cinasa 1 supuesta inducida por PTEN

TAF7 ARN Polimerasa II, factor asociado 1624 A2374 X97999 TAF7 con proteína de unión a caja TATA (TBP), 55 kDa 1625 A1619 BC013873 CETN2 Centrina, proteína de mano de EF, 2 CDC23 (ciclo de división celular 23,

1626 A3953 NM_004661 CDC23 levadura, homólogo)

1627 A5419 BU630296 ARRDC4 Proteína 4 que contiene dominio arrestina 1628 B3737 NM_014647 LKAP Lincaína b1 1629 B4095 BC014070 MAGED1 Familia D del antígeno de melanoma, 1

ATPasa, transportadora de H+, proteína 11630 A2079 NM_001183 ATP6AP1 accesoria lisosómica

1631: A6411 AL137764 LOC64744 Proteína hipotética AL133206

1632: A2490 BC011674 PLOD3 Procolágeno-lisina, 2-oxoglutarato 5dioxigenasa 3

1633: A5269 U80743 EP4 Proteína p400 de unión a E1A

1634: A3130 L36529 THOC1 Complejo 1 de THO

1635: A4415 U17838 PRDM2 Proteína 2 que contiene dominio PR, con dominio ZNF

1636: B0132 AK056512 C5orf14 Marco de lectura abierto 14 del cromosoma 5

1637: A8596 AA632025 Locus transcrito

1638: C4735 AL136805 ZNF537 Proteína 537 del dedos de zinc

1639: A4325 AK123352 HRMTIL1 Proteína 1 de tipo HMPT1 hnRNP metiltransferasa (S. cerevisiae)

1640: B3943 XM_377060 LOC23547 Proteína hipotética LOC203547

1641: A6891 BU616541 PIAS2 Inhibidor de proteína de STAT activado, 2

1642: A5825 BX640683 C18orf25 Marco de lectura abierto 25 del cromosoma 18

1643: A2228 AK023953 GNPAT Gliceronofosfato O-aciltransferasa

1644: A9256 BC051850 TMPIT Proteína transmembrana inducida por factor de necrosis tumoral alfa

1645: A0582 BC034409 ICAM3 Molécula 3 de adhesión intercelular

1646: B4362 BX648218 ASXL2 Proteína 2 de tipo peines sexuales adicionales (Drosophila)

1647: B7278 BC005125 FLJ1475 LOC79954 hipotético

1648: B3770 BQ650605 Dlc2 Cadena ligera 2 de dineína

1649: B8113 BC020848 RNASE6 Ribonucleasa, familia de ARNasa A, k6

1650: A5767 AI096898 NKAP Proteína de activación de NF-kappaB

1651: A0232 NM_006219 PIK3CB Fosfoinosítido-3-cinasa, catalítico, polipéptido beta

1652: C4884 AA036952 Gup1 Proteína anterior del complejo GRINL1A

1653: B6529 CA314443 PLXNA3 Plexina A3

1654: C3645 AK000403 CKLFSF6 Superfamilia 6 del factor de tipo quimiocina

Proteína precursora de amiloide beta (A4)

1655: C0258 NM_000484 APP (Proteasa nexina-II, enfermedad de

Alzheimer)

1656: B5104 CR613027 C21orf4 Marco de lectura abierto 4 del cromosoma 21

1657: B4556 NM_020531 C2orf3 Marco de lectura abierto 3 del cromosoma 20

1658: A4719N BC048259 PICALM Proteína de ensamblaje de clatrina de unión a fosfatidilinositol

1659: D9475 AW089912 OAZ1 Ornitina descarboxilasa antizima 1

1660: E0215 AI091879 Locus transcrito

1661: E1229 NM_003470 USP7 Proteasa 7 específica de ubiquitina (asociada con virus del herpes)

1662: E1378 AK025645 SLA2 Adaptador 2 de tipo Src

1663: A0183N NM_004431 EPHA2 Receptor A2 de EPH

1664: D7869 NM_007175 C8orf2 Familia de dominio SPFH, miembro 2

1665: E0052 AI081459 PSMA6 Subunidad de proteasoma (prosoma, macropaína), tipo alfa, 6

1666: E1522 BM550980 MGC521 Clon de ADNc de longitud completa de proteína hipotética MGC52010

1667: C0328 CR592555 CSODE011YI04 de placenta de Homo sapiens (ser humano)

1668: E0523 BC017483 AHNAK Nucleoproteína AHNAK (desmoyoquina)

1669: E1379 AK123877 ALDH3A2 Familia 3 de aldehído deshidrogenasa, miembro A2

1670: D6549 BC004888 FLJ152 Proteína hipotética FLJ10052

1671: D3747 AA843607 LOC12376 Proteína hipotética LOC120376

1672: C7731 AF245505 DKFZp564 I1922 Adlicano

1673: A0954 NM_000252 MTM1 Miotubularina 1

1674: B2801 AK130734 FLJ1371 Proteína hipotética FLJ13710

1675: A8688 CR597998 NPDC1 Control, diferenciación y proliferación neural, 1

1676: B0629 AK126877 FLJ1521 Proteína hipotética FLJ10521

1677: A7145 X52005 EST

1678: A6751 NM_002258 KLRB1 Subfamilia B del receptor de tipo lectina de células citotóxicas, miembro 1

1679: A9307 BC053677 FLJ37562 Proteína hipotética FLJ37562

Tabla 6 Genes regulados por disminución en casos positivos de recidiva positiva

N.º de asignación: LMMID REGISTRO NOMBRE DEL GEN

1680: A1989 M86737 Proteína 1 de reconocimiento específico de estructura

1681: A2156 L15189 Proteína 9B de choque térmico de 70 kDa (mortalina-2)

1682: A6411 AL137764 Proteína hipotética AL133206

1683: A2457 NM_00368 0 Tirosil-ARNt sintetasa

1684: B0201 X71490 EST

1685: B4964 CR622891 Cremallera de leucina básica y dominios 2 de W2

1686: A5713 AK074119 Proteína 3 que contiene dominio ZZ, de dedos de zinc

1687: A8122 AA625409 Mediador de la transcripción de ARN polimerasa II, homólogo de subunidad 9 (levadura)

1688: B8113 B020848 Ribonucleasa, familia de RNasa A, k6

Tabla 7 genes regulados por incremento en casos positivos de recidiva

N.º de asignación: LMMID REGISTRO NOMBRE DEL GEN

1689: F7415 BE964060 EST

1690: A1701 AK130450 Proteína L3 ribosómica

1691: A1701 AK130450 Proteína L3 ribosómica

1692: D5019 AA921313 EST

1693: D1723 BG251399 Proteína L36a ribosómica

1694: A0774N BC012613 Carboxipeptidasa A3 (mastocito)

1695: A3317 NM_033500 Hexocinasa 1

1696: A3317 NM_033500 Hexocinasa 1

1697: F1956 NM_024554 Proteína 5 derivada de elemento transponible PiggyBac

1698: E0569 BU608360 Proteína hipotética LOC51255

1699: D2335 BQ018544 LOC389908 hipotético

1700: F0429 AK022634 Proto-oncogén 8

1701: D4861 AA913741 Locus transcrito

1702: F2429 AF097366 Familia del portador de soluto 24 (intercambiador de sodio/potasio/calcio), miembro 2

1703: C4978 NM_170707 Lamina A/C

1704: A0463 BM923584 Proteína S 15 ribosómica

1705: A8729 AI337816 Proteína L35 ribosómica

1706: E0577 NM_170707 Lamina A/C

1707: C3870 NM_002804 Subunidad 26S de proteasoma (prosoma, macropaína), ATPasa, 3

1708: G2545 NM_001202 Proteína 4 morfogenética ósea

1709: D5183 AA936173 Proteína S11 ribosómica

1710: D8489 AA961412 Producto 1 de la proteína de fusión ribosómica de residuo de ubiquitina A-52

1711: F3279 M61854 Citocromo P450, familia 2, subfamilia C, polipéptido 19

1712: B6765N AI346913 Proteína de unión a sindecano (sintenina) 2

1713: G4019 AI207670 Proteína hipotética FLJ12078

1714: D1736 BG425369 Proteína S17 ribosómica

1715: A2085 CD555959 Proteína L31 ribosómica

1716: A0449 BG110168 Miembro de la superfamilia 4 transmembrana tetraspan NET-5

Tabla 8 Secuencia de oligonucleótido bicatenario especifico insertado en el vector de expresión de ARNip y secuencias diana de cada ARNip.

SEQ ID NO:: Secuencia de nucleótido genes Posiciones

6: GAAGCAGCACGACTTCTTC EGFP diana ARNip

7: GCGCGCTTTGTAGGATTCG SCR diana ARNip

8: GATGCACTCACCTTGTAGT ECT2 diana ARNip 1268-1286

9: GGCAAATACTCCTGAGCTC ECT2 diana ARNip 1416-1434

10: GAGACATCCTCTTTGACTA CDC45L diana ARNip 575-593

11: CAGACCAGTGGGTGCAAGA CDC45L diana ARNip 704-722

12: EGFP inserto ARNip

13: EGFP inserto ARNip

14: EGFP horquilla ARNip

15: SCR inserto ARNip

16: SCR inserto ARNip

17: SCR horquilla ARNip

18: ECT2 inserto ARNip

19: ECT2 inserto ARNip

20: ECT2 horquilla ARNip

21: ECT2 inserto ARNip

22: ECT2 inserto ARNip

23: ECT2 horquilla ARNip

24: CDC45L inserto ARNip

25: CDC45L inserto ARNip

26: CDC45L horquilla ARNip

27: CDC45L inserto ARNip

28: CDC45L inserto ARNip

29: CDC45L horquilla ARNip

Tabla 9A. Asociación entre positividad para DKK1 en tejidos de ESCC y características de los pacientes (n=220)

DKK1 DKK1 DKK1 Valor de Pfuertemente débilmente ausente fuerte/débilTotal

positivo positivo frente a ausente n=220 n=60 n=75 n=85

Género Masculino 202 53 69 80 NS

Femenino 18 7 6 5 Edad (años)

<65 138 40 52 46 NS

≥65 8220 23 39 Factor pT

T1+T2 98 20 37 41 0,0479*

T3+T4 122 40 38 44 Factor pN

N0 8015 30 35 0,0404*N1+N2 140 45 45 50

ADC, adenocarcinoma; SCC, carcinoma de células escamosas *P < 0,05 (Prueba exacta de Fisher) NS, no significativo

Tabla 9B. Análisis de modelo de riesgos proporcionales de Cox de factores de pronóstico en pacientes con ESCC

Variables Razón de IC del 95% Desfavorable/Favorable Valor de

riesgos P Análisis univariado DKK1 1,477 1,012-2,157 Fuerte(+)/Débil(+) o (-) 0,0433* Edad (años) 0,911 0,629-1,319 65≥ / <65 NS Género 2,120 0,932-4,819 Masculino / Femenino NS Factor pT 1,889 1,411-2,528 T3+T4/T1+T2 <0,0001* Factor pN 2,76 1,626-4,571 N1+N2/N0 0,0001* Análisis multivariado DKK1 1,181 0,804-1,734 Fuerte(+)/Débil(+) o (-) NS Factor pT 2,054 1,223-3,447 T3+T4/T1+T2 0,0065* Factor pN 2,256 1,454-3,502 N1+N2/N0 0,0003* *P < 0,05 NS, no significativo

Tabla 10A. Asociación entre positividad para DKK1 en tejidos de NSCLC y características de los pacientes (n=279)

Total: DKK1 fuertemente positivo DKK1 débilmente positivo DKK1 ausente Valor de Pfuerte frente a débil/ausente

n = 279: n = 125 n = 102 n = 52

Género

Masculino: 183 94 62 27 0,0024*

Femenino: 96 31 40 25

Edad (años)

<65: 134 51 59 24 0,0309*

≥65: 145 74 43 28

Tipo histológico

ADC: 161 48 70 43 <0,001*

Sin ADC: 118 77 32 9

Factor pT

T1+T2: 241 111 84 46

T3+T4: 38 14 18 6 NS

Factor pN

N0: 210 88 85 37

N1+N2: 69 37 17 15 NS

ADC, adenocarcinoma; SCC, carcinoma de células escamosas

sin ADC, SCC, carcinoma de células grandes (LCC) y carcinoma de células adenoescamosas (ASC) *P < 0,05 (prueba exacta de Fisher) NS, no significativo

Tabla 10B. Análisis de modelo de riesgos proporcionales de Cox de factores de pronóstico en pacientes con NSCLC

Variables: Razones de IC del 95% Desfavorable/Favorable Valor de

riegos: P

Análisis univariado

DKK1: 1,977 1,234-3,169 Fuerte(+)/Débil(+) o (-) 0,0046*

Edad (años): 2,214 1,365-3,592 65 ≥ / <65 0,0013*

Género: 1,958 1,147-3,345 Masculino / Femenino 0,0138*

Tipo histológico: 2,279 1,418-3,661 sin ADC/ADC1 0,0007*

Factor pT: 2,431 1,374-4,303 T3+T4/T1+T2 0,0023 *

Factor pN: 3,811 2,387-6,084 N1+N2/N0 <0,0001*

Análisis

multivariado

DKK1: 1,798 1,114-2,903 Fuerte(+)/Débil(+) o (-) 0,0163*

Factor pT: 2,407 1,349-4,294 T3+T4 / T1+T2 0,0029 *

Factor pN: 3,418 2,124-5,500 N1+N2/N0 <0,0001 *

1 ADC, adenocarcinoma

*P < 0,05

<110> ONCOTHERAPY SCIENCE, INC. UNIVERSIDAD DE TOKYO: LISTA DE SECUENCIAS

<120> MÉTODO DE DIAGNÓSTICO DE C�?NCER DE ESÓFAGO

<130> ONC-A0516P

<150> US 60/703.263 <151>

<160> 111

<170> PatentIn versión 3.3 <210> 1 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<220> <223> Una secuencia de cebador sintetizado artificialmente para PCR

<400> 1 caattttccc atggtcttat cc <210> 2 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial: 22

<220> <223> Una secuencia de cebador sintetizado artificialmente para PCR <400> 2 gcgttttcaa gatctagcat gtg <210> 3 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial: 23

<220> <223> Una secuencia de cebador sintetizado artificialmente para PCR <400> 3 atgaggagaa cacactctcc gt <210> 4 <211> 24 <212> ADN <213> Artificial: 22

<220> <223> Una secuencia de cebador sintetizado artificialmente para PCR <400> 4 gcttctacat ctcaaatcat gtcc: 24

<210> 5 <211> 9 <212> ADN <213> Artificial

<220> <223> secuencia de bucle para ARNip

<400> 5 ttcaagaga: 9

<210> 6 <211> 19 <212> ADN <213> Artificial

<220> <223> secuencia diana para ARNip

<400> 6 gaagcagcac gacttcttc <210> 7: 19

<211> 19

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> secuencia diana para ARNip

<400> 7 gcgcgctttg taggattcg

<210> 8

<211> 19

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> secuencia diana para ARNip

<400> 8 gatgcactca ccttgtagt

<210> 9

<211> 19

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> secuencia diana para ARNip

<400> 9 ggcaaatact cctgagctc

<210> 10

<211> 19

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> secuencia diana para ARNip

<400> 10

gagacatcct ctttgacta 19

<210> 11

<211> 19

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> secuencia diana para ARNip

<400> 11 cagaccagtg ggtgcaaga 19

<210> 12

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> Una secuencia de oligonucleótidos sintetizada artificialmente para construcción de vector de expresión de ARNip

<400> 12 tcccgaagca gcacgacttc ttcttcaaga gagaagaagt cgtgctgctt c 51

<210> 13

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 13 aaaagaagca gcacgacttc ttctctcttg aagaagaagt cgtgctgctt c 51

<210> 14

<211> 47

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> diseño de horquilla de ARNip

<400> 14 gaagcagcac gacttcttct tcaagagaga agaagtcgtg ctgcttc 47

<210> 15

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 15 tcccgcgcgc tttgtaggat tcgttcaaga gacgaatcct acaaagcgcg c 51

<210> 16

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 16 aaaagcgcgc tttgtaggat tcgtctcttg aacgaatcct acaaagcgcg c 51

<210> 17

<211> 47

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> diseño de horquilla de ARNip

<400> 17 gcgcgctttg taggattcgt tcaagagacg aatcctacaa agcgcgc 47

<210> 18

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 18 tcccgatgca ctcaccttgt agtttcaaga gaactacaag gtgagtgcat c’ 51

<210> 19

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 19 aaaagatgca ctcaccttgt agttctcttg aaactacaag gtgagtgcat c 51

<210> 20

<211> 47

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> diseño de horquilla de ARNip

<400> 20 gatgcactca ccttgtagtt tcaagagaac tacaaggtga gtgcatc 47

<210> 21

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 21 tcccggcaaa tactcctgag ctcttcaaga gagagctcag gagtatttgc c 51

<210> 22

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 22 aaaaggcaaa tactcctgag ctctctcttg aagagctcag gagtatttgc c 51

<210>: 23

<210>: 23

<211> 47

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> diseño de horquilla de ARNip

<400> 23 ggcaaatact cctgagctct tcaagagaga gctcaggagt atttgcc 47

<210> 24

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 24 tcccgagaca tcctctttga ctattcaaga gatagtcaaa gaggatgtct c 51

<210> 25

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 25 aaaagagaca tcctctttga ctatctcttg aatagtcaaa gaggatgtct c 51

<210> 26

<211> 47

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> diseño de horquilla de ARNip

<400> 26 gagacatcct ctttgactat tcaagagata gtcaaagagg atgtctc 47

<210> 27

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 27 tccccagacc agtgggtgca agattcaaga gatcttgcac ccactggtct g 51

<210> 28

<211> 51

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<400> 28 aaaacagacc agtgggtgca agatctcttg aatcttgcac ccactggtct g 51

<210> 29

<211> 47

<212> ADN

<213> Artificial

<220>

<223> diseño de horquilla de ARNip

<400> 29

cagaccagtg ggtgcaagat tcaagagatc ttgcacccac tggtctg: 47

5: <210> 30 <211> 4349 <212> ADN <213> Homo sapiens

10: <220> <221> CDS <222> (445).. (3093)

<400> 30

<210> 31

<211> 882

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 31

<210> 32

<211> 1871

<212> ADN 5 <213> Homo sapiens

<220>

<221> CDS

<222> (31).. (1731)

<400> 32

<210> 33

<211> 566

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 33

5: <210> 34 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<220> <223> Una secuencia de cebador sintetizado artificialmente para RT-PCR

10: <400> 34 cacaaccatt ttgacctctc agt 23

15: <210> 35 <211> 24 <212> ADN

<213> Artificial

<400> 35 cctcaggtct tcactctttc ttct: 24

<210> 36 <211> 24 <212> ADN <213> Artificial

<400> 36 tgccatgtac aatgtagtaa cagc: 24

<210> 37 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<400> 37 tagagaaccc catgcccctt a: 21

<210> 38 <211> 25 <212> ADN <213> Artificial

<400> 38 tcagtaagaa agactggcta atggt: 25

<210> 39 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 39 agccatttga tggagaagaa tg: 22

<210> 40 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<400> 40 tggatgaagg ggttcccgaa t: 21

<210> 41 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 41 ccagtcttgg ctgaaatgtt tt: 22

<210> 42 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 42 ctctctgaaa tgcaactgtt cgt: 23

<210> 43 <211> 25 <212> ADN <213> Artificial

<400> 43 gaggaagaat tgcttttctc ttacc: 25

<210> 44 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 44 ttttaaagtg catctgtgga gg: 22

<210> 45 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<400> 45 gtggtaacgt tcagcaaaag c: 21

<210> 46 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 46 atggctcctt acctgagaga aac: 23

<210> 47 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 47 gacagcaaag tcttgactcc ttc: 23

<210> 48 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 48 aaagtggctg ggagtaaggt atc: 23

<210> 49 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 49 agacaaagag agaaagagac gca: 23

<210> 50 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 50 agaggatcct attgtcttgg agg: 23

<210> 51 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 51 cagaatcgca ggatgaaaga ta: 22

<210> 52

<211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 52 gtgactcatg ccttgatatg aca: 23

<210> 53 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 53 tatctgtgat tgttgctcac ctg: 23

<210> 54 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 54 gcccatcctt actttcctca tac: 23

<210> 55 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 55 cttgaagaag aacttccaga cga: 23

<210> 56 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 56 aatgttctaa agatgagagg ggg: 23

<210> 57 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 57 gccttaaaac tggagagagg aat: 23

<210> 58 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 58

tagcagagcg cacaaacatt ta: 22

<210> 59 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 59 gtgcaccaaa acactgacat tt: 22

<210> 60 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<400> 60 ggctttgcaa ctttgtccat t: 21

<210> 61 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 61 tctgaagcct gattactgtg tga: 23

<210> 62 <211> 23

<212> ADN <213> Artificial

<400> 62 atgtgcactg gactgaaaca tct: 23

<210> 63 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 63 tgtgtgagca tttgacaaga ct: 22

<210> 64 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 64 aattttaaca gcaagtggtg gg: 22

<210> 65 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<220>

<223> Una secuencia de cebador sintetizado artificialmente para RT-PCR

<400> 65 actgcaaatg ggagtgctta gta: 23

<210> 66 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 66 ggagagggta tgagtccttt gat: 23

<210> 67 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 67 cagctgtatc ccctaaacaa cc: 22

<210> 68 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 68 ggtgaggtat cctgtcttca gag: 23

<210> 69 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 69 tccagaattg cttgttacgt agg: 23

<210> 70 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 70 ggttctcaga gctgttttgc tt: 22

<210> 71 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 71 gtattaccga tgcctctgaa aag: 23

<210> 72 <211> 23 <212> ADN

<213> Artificial

<400> 72 tgaggtgtat ggcaagttga atc: 23

<210> 73 <211> 24 <212> ADN <213> Artificial

<400> 73 tagagtctag aacgcaagga tctc: 24

<210> 74 <211> 24 <212> ADN <213> Artificial

<400> 74 caaaaactat cacagcctaa aggg: 24

<210> 75 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 75 attagaattc tggggctgta agg: 23

<210> 76 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 76 ctaccctggg gtgttttcta aat: 23

<210> 77 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 77 ggtgcataaa cactaatgca gtc: 23

<210> 78 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 78 gttaaaagga gcacagggac ata: 23

<210> 79 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 79 cacccataac caagagaact cag: 23

<210> 80 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 80 gggatgtctg ttccttttat tcc: 23

<210> 81 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 81 gtggccactg aatgtaaaac aac: 23

<210> 82 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 82 agtaactctg tcttcatccg cag: 23

<210> 83 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 83 gttttggccc aattaaccag ta: 22

<210> 84 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 84 gcacttggaa ggggtattgt att: 23

<210> 85 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 85 attcattctg gaccaaagat cc: 22

<210> 86 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 86 tctactgtgg acaagaagcc tgt: 23

<210> 87 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 87 agcagtcagg gacagacata cat: 23

<210> 88 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 88 aaggtaaact ctaggcatcc gtc: 23

<210> 89

<211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 89 aaagaggaac acactgggtg taa: 23

<210> 90 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 90 aggagcctag agaagcaatc atc: 23

<210> 91 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 91 tcttcagcat gatgtgttgt gt: 22

<210> 92 <211> 24 <212> ADN <213> Artificial

<400> 92 tgagagattc atgaggaagt cttg: 24

<210> 93 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 93 aggtgtactg agtggggaag aat: 23

<210> 94 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 94 ctggcataac agtggcttaa gtt: 23

<210> 95 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 95

gctccttctc tcatggatta cct: 23

<210> 96 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 96 caagtgggta aaatgctgtc ttc: 23

<210> 97 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<400> 97 acaagtgcga agtctggtaa g: 21

<210> 98 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 98 acagtggtat ttgtggcgta tc: 22

<210> 99 <211> 23

<212> ADN <213> Artificial

<400> 99 ccaaaagcta agcagtggtg aac: 23

<210> 100 <211> 22 <212> ADN <213> Artificial

<400> 100 ctgtgcaaca gttcccaaaa tg: 22

<210> 101 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 101 ttgacaagct gtagaactgg att: 23

<210> 102 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<220>

<223> Una secuencia de cebador sintetizado artificialmente para RT-PCR

<400> 102 aaagttggaa tgccgatgac a: 21

<210> 103 <211> 20 <212> ADN <213> Artificial

<400> 103 cagcctcaat ggatactggc: 20

<210> 104 <211> 24 <212> ADN <213> Artificial

<400> 104 gctagaaagc aaactcatgc tctg: 24

<210> 105 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<400> 105 gaggtgatag cattgctttc g: 21

<210> 106 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<400> 106 caagtcagtg tacaggtaag c: 21

<210> 107 <211> 21 <212> ADN <213> Artificial

<400> 107 tatggtctcc gtgcctacca c: 21

<210> 108 <211> 23 <212> ADN <213> Artificial

<400> 108 atacagacag gaaaagcaga gca: 23

<210> 109 <211> 1815 <212> ADN

<213> Homo sapiens

<220>

<221> CDS

<222> (155)..(955)

<400> 109

<210> 110

<211> 266

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 110

5: <210> 111 <211> 20 <212> ADN <213> Artificial

10: <400> 111 catcagactg tgcctcagga 20

Claims

REIVINDICACIONES

1. Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a)

poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b)

detectar la actividad de unión entre el polipéptido y el compuesto de prueba; y

(c)

seleccionar el compuesto de prueba que se une al polipéptido.
2. Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a)

poner en contacto un compuesto candidato con una célula que expresa el gen ECT 2; y

(b)

seleccionar el compuesto candidato que reduce el nivel de expresión del gen ECT 2, en comparación con un nivel de expresión detectado en ausencia del compuesto candidato.
3.

Método según la reivindicación 2, en el que dicha célula comprende una célula de cáncer de esófago.
4.

Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a)

poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b)

detectar la actividad biológica del polipéptido de la etapa (a); y

(c)

seleccionar el compuesto de prueba que suprime la actividad biológica del polipéptido codificado por el gen ECT 2 en comparación con la actividad biológica de dicho polipéptido detectado en ausencia del compuesto de prueba.
5.

Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a)

poner en contacto un compuesto candidato con una célula en la que se ha introducido un vector, que comprende la región reguladora de la transcripción del gen marcador ECT 2 y un gen indicador que se expresa bajo el control de la región reguladora de la transcripción;

(b)

medir el nivel de expresión o actividad de dicho gen indicador; y

(c)

seleccionar el compuesto candidato que reduce el nivel de expresión o actividad de dicho gen indicador, en comparación con un nivel de expresión o actividad detectado en ausencia del compuesto candidato.
6.

Molécula bicatenaria que comprende una hebra sentido y una hebra antisentido, en la que la hebra antisentido consiste en una secuencia de nucleótidos que es complementaria a dicha hebra sentido, en la que dicha hebra sentido y dicha hebra antisentido se hibridan entre sí para formar dicha molécula bicatenaria, e inhibiendo dicha molécula bicatenaria la expresión del gen ECT 2, en la que la secuencia diana de la hebra sentido consiste en la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 o 9.
7.

Uso de una cantidad farmacéuticamente eficaz de un anticuerpo, o fragmento inmunológicamente activo del mismo, que se une a una proteína codificada por el gen ECT 2 para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.
8.

Composición para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una vacuna que comprende

(a)

un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b)

un fragmento inmunológicamente activo de dicho polipéptido; o

(c)

un polinucleótido que codifica para el polipéptido.
9.

Uso de una vacuna que comprende

(a)

un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b)

un fragmento inmunológicamente activo de dicho polipéptido; o

(c)

un polinucleótido que codifica para el polipéptido;

para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.
10.

Composición para su uso en la inducción de inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición un polipéptido, un polinucleótido que codifica para el polipéptido o un vector que comprende el polinucleótido, en la que el polipéptido está codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo.
11.

Uso de un polipéptido, un polinucleótido que codifica para el polipéptido o un vector que comprende el polinucleótido, en el que el polipéptido está codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo para la preparación de una composición farmacéutica para inducir una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago.
12.

Composición para su uso en la inducción de una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una célula presentadora de antígeno que presenta un polipéptido codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo.
13.

Uso de una célula presentadora de antígeno que presenta un polipéptido codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo para la preparación de una composición farmacéutica para inducir una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago.
14.

Composición para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polinucleótido antisentido o ARNip contra el gen ECT 2.
15.

Composición según la reivindicación 14 para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, en la que dicho ARNip comprende una hebra sentido que comprende una secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 ó 9 como secuencia diana.
16.

Uso de una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polinucleótido antisentido o ARNip contra el gen ECT 2 para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.
17.

Uso según la reivindicación 16, en el que dicho ARNip comprende una hebra sentido que comprende una secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 ó 9 como secuencia diana.
18.

Composición para su uso en el tratamiento o prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una cantidad farmacéuticamente eficaz de un anticuerpo o fragmento del mismo que se une a una proteína codificada por el gen ECT 2.