CN109852697A - 腺鳞癌诊断的分子靶点及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明涉及腺鳞癌诊断的分子靶点及其应用。本发明公开了一组用于腺鳞癌分子分型的基因及其转录本。本发明还公开了一种用于腺鳞癌分子分型的试剂盒及其应用。本发明有助于对腺鳞癌亚型进行鉴别诊断，在获得胰腺癌、肺癌和食管癌等样品后，可以通过上述基因的检测和联合分析，客观准确地判别癌症的亚型，从而对患者进行有针对性的治疗。

Description

腺鳞癌诊断的分子靶点及其应用

技术领域

本发明涉及诊断学领域；具体地，本发明涉及腺鳞癌诊断的分子靶点及其应用。

背景技术

腺鳞癌是一种既有腺癌病理特征又有鳞癌病理特征的恶性肿瘤。它是多种组织肿瘤的一个低频率亚型，包括：非小细胞肺癌，胰腺癌，乳腺癌，卵巢癌，食管癌，结直肠癌和宫颈癌等等。除了有腺癌组分和鳞癌组分，不同组织的腺鳞癌也有自己的特征。例如，乳房腺鳞癌的特点是梭形细胞基质和基质角蛋白；渗透性巨型胰腺癌，如果有中央坏死，则有可能是腺鳞癌。腺鳞癌有可能影响病人的生存期和癌细胞的分化程度。例如：胰腺鳞癌病人可能比胰导管腺癌病人生存期短；宫颈腺鳞癌的分化程度更低。

组织病理学检查是腺鳞癌诊断的主要手段，并且诊断标准因疾病组织而异，较依赖病理科医生的经验和主观判断。病理诊断会受到一些因素的干扰，例如，能被染色的粘蛋白，肿瘤的分化程度和组分比例。用病理内镜活检很难准确诊断食管腺鳞癌。

近年来，通过癌症标志物加深了对癌症亚型的认识，使得对其进一步诊断及预后成为可能。但是，通过组织病理学判断腺鳞癌亚型诊断效率较低。腺癌部分和鳞癌部分的遗传学特征是接近的，起源于同一癌症祖细胞，例如肺腺鳞癌和胰腺鳞癌。

相比基于组织病理学的诊断方法，基于基因分子的诊断方法可能会更精确方便地发现多组织腺鳞癌，这将对患者进行精准治疗具有重要的临床意义。因此，本领域需要进行广泛的研究，来找到基因分子诊断的靶向基因，开发出具有临床意义的试剂。

发明内容

本发明的目的在于提供腺鳞癌诊断的分子靶点及其应用。

在本发明的第一方面，提供一种MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的用途，用于制备进行腺鳞癌诊断或分型的试剂或试剂盒。

在本发明的另一方面，提供特异性识别MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的试剂的用途，用于制备进行腺鳞癌诊断或分型的试剂盒。

在另一优选例中，所述的腺鳞癌的分型包括：肺癌，胰腺癌，乳腺癌，前列腺癌，胃癌。

在另一优选例中，所述的试剂选自：

特异性扩增MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的引物；

特异性识别MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的探针；

特异性识别MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因所编码的多肽的抗体；或

特异性分析MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的芯片。

在另一优选例中，所述的转录本包括：

ENST00000354600(TP63-203)基因转录本，

ENST00000419143(MIR205HG-202)基因转录本，

ENST00000433108(MIR205HG-205)基因转录本，

ENST00000444286(MIR205HG-207)基因转录本，

ENST00000487017(COL7A1-210)基因转录本，

ENST00000602877(ANXA8-207)基因转录本，

ENST00000613703(ANXA8L1-203)基因转录本。

在另一优选例中，所述的ENST00000354600(TP63-203)基因转录本包含SEQ IDNO:15所示序列或其简并体、类似物或片段；

ENST00000419143(MIR205HG-202)基因转录本包含SEQ ID NO:16所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000433108(MIR205HG-205)基因转录本包含SEQ ID NO:17所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000444286(MIR205HG-207)基因转录本包含SEQ ID NO:18所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000487017(COL7A1-210)基因转录本包含SEQ ID NO:19所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000602877(ANXA8-207)基因转录本包含SEQ ID NO:20所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000613703(ANXA8L1-203)基因转录本包含SEQ ID NO:21所示序列或其简并体、类似物或片段。

在本发明的另一方面，提供用于进行腺鳞癌诊断或分型的引物，包括：

扩增ENST00000354600(TP63-203)基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示序列的引物；

扩增ENST00000419143(MIR205HG-202)基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示序列的引物；

扩增ENST00000433108(MIR205HG-205)基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示序列的引物；

扩增ENST00000444286(MIR205HG-207)基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示序列的引物；

扩增ENST00000487017(COL7A1-210)基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10所示序列的引物；

扩增ENST00000602877(ANXA8-207)基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12所示序列的引物；

扩增ENST00000613703(ANXA8L1-203)基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14所示序列的引物。

在本发明的另一方面，提供用于进行腺鳞癌诊断或分型的探针，包括：

针对ENST00000354600(TP63-203)基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:15所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000419143(MIR205HG-202)基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:16所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000433108(MIR205HG-205)基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:17所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000444286(MIR205HG-207)基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:18所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000487017(COL7A1-210)基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:19所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000602877(ANXA8-207)基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:20所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000613703(ANXA8L1-203)基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:21所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针。

在本发明的另一方面，提供一种进行腺鳞癌诊断或分型的芯片，包括：固相载体(如玻片，微球，金属片，试纸等)，以及附着于其上的权利要求9所述的探针。

在本发明的另一方面，提供所述的引物、探针或芯片的用途，用于制备进行腺鳞癌诊断或分型的试剂盒。

在本发明的另一方面，提供一种用于进行腺鳞癌诊断或分型的试剂盒，其包括：所述的引物、探针或芯片。

在另一优选例中，所述的试剂盒中还包括选自下组的一种或多种：核酸抽提试剂；聚合酶链反应试剂；固相载体；显色剂或指示剂；核酸分析软件；芯片图像分析软件；使用说明书。

本发明的其它方面由于本文的公开内容，对本领域的技术人员而言是显而易见的。

附图说明

图1、临床疾病分类模型的工作示意图。

图2、本发明实施例中7个基因转录本腺鳞癌诊断的判别结果示意图。

具体实施方式

本发明人致力于针对临床疾病样本，寻找区分腺鳞癌亚型的特异性标志物(标记物)，经过深入的研究，揭示了一组新的能够判别或辅助判别腺鳞癌亚型的标志物。可基于这些标志物来开发对于腺鳞癌的诊断、评估或分型有用的试剂或试剂盒。

本发明人针对大量的临床样本，经过深入的研究和比较，确定了与腺鳞癌的分型密切相关的肿瘤标志物，包括如下基因：MIR205HG基因，COL7A1基因，ANXA8基因。所述用于进行分子分型的基因，主要包括以下7个基因转录本:ENST00000354600(TP63-203)，ENST00000419143(MIR205HG-202)，ENST00000433108(MIR205HG-205)，ENST00000444286(MIR205HG-207)，ENST00000487017(COL7A1-210)，ENST00000602877(ANXA8-207)，ENST00000613703(ANXA8L1-203)。

上述各个基因或其转录本的片段、衍生物、变体或修饰形式也包括在本发明中，只要它们的片段、衍生物、变体或修饰形式上包括其全长序列中的代表性的序列，能够实现对基因或其转录本的区分。

基于本发明人的新发现，可以以所述的四个基因及其转录本作为检测(确定、鉴定或诊断)腺鳞癌的标志物(标记物)。通过分析这些基因或转录本的存在情况或表达情况，从而得知受试者的腺鳞癌的分型，为疾病的诊断或预后提供依据，或可早期评估受试者罹患腺鳞癌的可能性。

可采用各种技术来检测所述的四个基因及其转录本的存在情况或表达情况，这些技术均包含在本发明中。检测可以针对基因，也可针对相应的转录本。可用的已有技术如，但不限于：聚合酶链反应(PCR)、原位杂交、Southern印迹、Western印迹、SDS-PAGE、酶联免疫反应、蛋白序列分析、质谱分析或DNA序列分析等。此外，现有的一些核酸分析软件、核酸分析工具、多肽分析工具，也可被应用于进行分析。

本发明还提供了用于在分析物中检测目标基因(MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因)或其转录本的存在情况和表达情况的试剂。所述的试剂包括但不限于：特异性扩增目标基因或转录本的引物，特异性识别目标基因或转录本的探针，特异性结合目标基因的编码产物的结合分子(抗体)，特异性分析目标基因或转录本的芯片等。

作为本发明的一种可选的方式，可以以基于引物的PCR技术来进行测定。在确定了目标基因或其转录本或其序列上的片段后，可以根据本领域公知的方法或应用本领域公知的设计工具来设计出适合的扩增引物。所述的扩增产物可以是目标基因或其转录本的全长，或其中代表性的、能被辨识的片段。

作为本发明的另一种可选的方式，可以以基于探针的杂交技术来进行测定。当应用探针进行检测时，可以在探针上设置可检测信号，从而便于进行扩增产物的识别，所述的可检测信号例如是荧光信号、染料信号、显色剂信号。例如，所述的可检测信号可以是生物素，基于生物素作为显色标记的原位杂交技术已经是本领域技术人员熟知的技术。

作为本发明的另一种可选的方式，可以以高通量测序技术来对样品进行序列分析，以获知这些基因或转录本的存在情况或表达情况。

作为本发明的另一种可选的方式，采用基因芯片技术来检测上述基因或其转录本的存在情况或表达情况。所述的基因芯片上包含针对上述基因的探针；更优选的，所述的基因芯片上包含针对两种或两种以上所述基因的探针。所述的基因芯片可包括固相载体和有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针；所述探针还可以在其5’端包含一段氨基修饰的1-30聚的聚脱氧胸苷酸(聚dT)。所述固相载体可采用基因芯片领域的各种常用材料，例如但不限于尼龙膜，经活性基团(如醛基、氨基、异硫晴酸基等)修饰的玻片或硅片、未修饰的玻片、塑料片等。基因芯片的制备可采用生物芯片的常规制造方法。例如，如果固相载体采用的是修饰玻片或硅片，探针的5’端含有氨基修饰的聚dT串，可将寡核苷酸探针配制成溶液，然后点样仪将其点在修饰玻片或硅片，排列成预定的序列或阵列，固定，就可得到所述的基因芯片。当然，寡核苷酸探针也可不含氨基修饰。对核酸样本进行标记的标记基团包括但不限于：地高辛分子(DIG)、生物素分子(Bio)、荧光素及其衍生生物分子(FITC等)、其他荧光分子(如Cy3、Cy5等)、碱性磷酸酶(AP)、辣根过氧化物酶(HRP)等。

作为本发明的另一种可选的方式，根据本发明提供的基因及其转录本，可建立多组织肿瘤腺鳞癌亚型统计分析模型。模型的建立和分析，也可结合应用本领域已有的生物信息学手段进行。在获得临床样本后，检测该生物学样本中相应基因和转录本的表达模式和表达水平，基于所述基因和转录本的表达水平来判断该生物学样品的亚型。采用数据分析方法，计算该生物学样品是腺鳞癌的概率，根据概率分数最高的判定规则，判定亚型。

本领域的技术人员可通多种分析软件，例如R，WEKA等，实现统计分析模型的建立。尽管本发明的实施例种采用了随机森林算法，但不仅仅局限于该随机森林算法，其他公知的数据挖掘方法都可采用。

以上的多种检测手段，可以独立地运用，也可以结合地运用。

作为一种具体的实施方式，提供一种针对石蜡包埋肿瘤组织、利用实时定量逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)识别亚型的方法，包含以下步骤：

(1)获取肿瘤组织的石蜡包埋组织；

(2)以实时定量逆转录聚合酶链式反应检测该样品中7个基因转录本的表达；

(3)检测该样品中7个基因转录本的表达模式，根据模型计算样品属于腺鳞癌的概率，判定亚型。

本发明还提供一种用于检测所述基因或其转录本的存在情况或表达情况的试剂盒。所述的试剂盒可用于进行腺鳞癌诊断或分型。所述的试剂盒中包括本发明所述的引物、探针或芯片等。

所述的试剂盒中还可包括用于提取RNA、PCR、杂交、显色等所需的各种试剂，包括但不限于：核酸抽提试剂；聚合酶链反应试剂；固相载体；显色剂或指示剂。

此外，所述的试剂盒中还可包括使用说明书和/或芯片图像分析软件、核酸分析软件等。

本发明的主要优点在于：

(1)通过大规模地对临床样本和临床数据进行研究，揭示了与腺鳞癌的分型密切相关的基因，为临床诊断试剂的开发提供了全新的靶点。

(2)首次针对新的靶点，设计出特异性的检测试剂和试剂盒，为准确评估相关人群的疾病亚型或患病风险提供了新的途径。

(3)本发明有助于实现个体化医疗，帮助医生进行用药指导，实现精准医疗，以提高癌患者的生存率，改善患者生存状况。

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件如J.萨姆布鲁克等编著，分子克隆实验指南，第三版，科学出版社，2002中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1、用于腺鳞癌分子分型的基因及转录本

本发明人经过大量的研究工作，确定了多个能够用于进行腺鳞癌分子分型的基因及转录本。

1、用于腺鳞癌分子分型的基因

所述的用于腺鳞癌分子分型的基因包括如下：

MIR205HG基因，

COL7A1基因，

ANXA8基因，

ANXA8L1基因。

2、基因转录本

与前述4个基因对应，共有7个基因转录本(表1)，包括如下：

ENST00000354600(TP63-203)基因转录本，

ENST00000419143(MIR205HG-202)基因转录本，

ENST00000433108(MIR205HG-205)基因转录本，

ENST00000444286(MIR205HG-207)基因转录本，

ENST00000487017(COL7A1-210)基因转录本，

ENST00000602877(ANXA8-207)基因转录本，

ENST00000613703(ANXA8L1-203)基因转录本。

表1

2、针对用于腺鳞癌分子分型的基因转录本进行检测试剂设计

引物设计区域(表2)如下：

ENST00000354600(TP63-203)基因转录本：引物设计区域一序列如SEQ ID NO:1所示，引物设计区域二序列如SEQ ID NO:2所示；

ENST00000419143(MIR205HG-202)基因转录本：引物设计区域一序列如SEQ IDNO:3所示，引物设计区域二序列如SEQ ID NO:4所示；

ENST00000433108(MIR205HG-205)基因转录本：引物设计区域一序列如SEQ IDNO:5所示，引物设计区域二序列如SEQ ID NO:6所示；

ENST00000444286(MIR205HG-207)基因转录本：引物设计区域一序列如SEQ IDNO:7所示，引物设计区域二序列如SEQ ID NO:8所示；

ENST00000487017(COL7A1-210)基因转录本：引物设计区域一序列如SEQ ID NO:9所示，引物设计区域二序列如SEQ ID NO:10所示；

ENST00000602877(ANXA8-207)基因转录本：引物设计区域一序列如SEQ ID NO:11所示，引物设计区域二序列如SEQ ID NO:12所示；

ENST00000613703(ANXA8L1-203)基因转录本：引物设计区域一序列如SEQ ID NO:13所示，引物设计区域二序列如SEQ ID NO:14所示。

表2

实施例2、样本收集、处理及疾病分析

本发明分析了大样本量的肿瘤患者生物学样品数据，其中包括肺癌，胰腺癌，乳腺癌，前列腺癌，胃癌。

测试数据均是公开数据，存储在开源数据中，包括NCBI SRA数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)，The Cancer Genome Atlas(https://cancergenome.nih.gov)，SRP042620breast Breast Cancer RNA-seq。

采样量如下：

肺癌(lung，TCGA，LUAD)：517个样本；

胰腺癌(pancreatic，SRA，SRP051606和SRP072492)：80个样本；

乳腺癌(breast，SRA，SRP042620)：168个样本；

前列腺癌(prostate，SRA，SRP069337)：300个样本；

胃癌(gastric，SRA，SRP016059)：23个样本。

基于7个基因转录本在癌样本中的表达模式，发明人采用随机森林(RandomForest)算法，建立统计分析模型用于判别腺鳞癌亚型。

模型的实现是基于R语言中的软件包，包括caret，pROC，randomForest等等。分三部分描述模型地构建过程：

1)模型训练的控制参数，这些参数将传递给函数trainControl，它们包括：method＝"cv"，summaryFunction＝twoClassSummary，classProbs＝TRUE。参数的含义：cv代表cross-validation，twoClassSummary代表模型的训练目的是二分类，classProbs代表对于每一个输入样本，模型将输出一个[0,1]的数，表示这个样本属于腺鳞癌的概率，即score值；

2)为了调试模型，设定了调试参数mtry，这个参数的取值是c(5，10，20，32，50，100，250，500，1000)；

3)随机森林算法中，ntree设为500。

对于每一例待测样品，模型根据该样品的7个基因转录本表达模式计算属于腺鳞癌亚型的概率。

图2展示了根据大样本量的肿瘤患者生物学样品数据，考察7个基因转录本，分析几种癌症中腺鳞癌亚型占的比例。测试的癌症包括肺癌，胰腺癌，乳腺癌，前列腺癌。图2中的score具体数值为：胃癌3.44e-06；肺癌0.55；胰腺癌0.28；前列腺癌0.28；乳腺癌0.28。

临床样本的分析：根据上述模型进行计算，获得临床样本score值，然后与上述图2获得的score值进行比较，若高于图2所述score值，则判断为腺鳞癌亚型高危。

本发明人将临床样本采用上述方法进行评估获得的结果，与临床传统方法的确诊结果进行比较，结果基本上相符，同时其检测方法简便，具有临床应用价值。

在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

序列表

<110> 中国科学院上海生命科学研究院

<120> 腺鳞癌诊断的分子靶点及其应用

<130> 190387

<160> 21

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 18

<212> DNA

<213> 引物(Primer)

<400> 1

ttggatggct tgtctata 18

<210> 2

<211> 22

<212> DNA

<213> 引物(Primer)

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<210> 3

<211> 18

<212> DNA

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<210> 4

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<212> DNA

<213> 引物(Primer)

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<210> 5

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<212> DNA

<213> 引物(Primer)

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<212> DNA

<213> 引物(Primer)

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<213> 引物(Primer)

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<213> 引物(Primer)

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<213> 引物(Primer)

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caattctcaa ccatactcca a 21

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<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 15

gatttctcat tgacttttat aaagcatgtt cacccttata gtctaagact atatatataa 60

atgtataaat atacagtata gatttttggg tggggggcat tgagtattgt ttaaaatgta 120

atttaaatga aagaaaattg agttgcactt attgaccatt ttttaattta cttgttttgg 180

atggcttgtc tatactcctt cccttaaggg gtatcatgta tggtgatagg tatctagagc 240

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tcctctttag tttttggttg ggaatgagga aaattcttaa a 521

<210> 16

<211> 540

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 16

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tcttcttccc ctcactaccc agatctctgc ctgccaacaa gccccgtgtt caccctggca 420

aagagtcttt acattcagac caaggagagt gtgactcctt ctcagcacta gctagaaacc 480

tcaagccctt gcttaagggc ctttttcaga gagacccaat gcccagaagg ctagatgcgt 540

<210> 17

<211> 540

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 17

acaaaaaaaa aaaattctta ttttgaagca aactcaaagc taggtcctga tgtctcaagg 60

cacaggtact cgtacttaaa ggtgagtctg aaatctgtgg atttggggaa ctttggaaaa 120

acaaagatga gtggctagat cagggggctc attgggcagg aagaggagac tggaaaatgc 180

catattcact gcaagtcaat tatcaacttc ctccaaggct aaaatagctg aacctgctgc 240

attttaaacc aatcctcagc cactttggtg ttttctcaag gatttccagg gatcccaggc 300

agtaaattct gctgataata ggaattggtg tgataaggtg ggtgctgagc agtttaagca 360

ccaagattgt agctctgtct ggttttgtgg agatttactc aactagaaga acagagattt 420

ggctggtttt tcagtcctgg ggtgcagggt gcacctgtac tggaaaattt aggacgtggt 480

ttcattcttt gagtctcatg ttcaagttgg ttttaatgtt atgaagacac ttgggacgta 540

<210> 18

<211> 343

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 18

tgggatcaca ggcgtgagcc accgcatccg gcctcatgtt ctttttcatt aaagagagaa 60

atcaactatt caggaccggc ccccaccttt cctcaggagt catttctgtt ccgcacaggc 120

ctgctgaact gggtgcttta tataggacac tgtcatctct caagtaccca tcttggaggg 180

tacggacccc acatgagggt gaggctctct gcacactcca gagtgaggac tttaataatc 240

tagtggactg tacatgttgg gaggggaaga gcggggtgcc gagggtctgg agggagaaga 300

attgactgcc ccttttgctc ttggagttaa gcagaaatct aaa 343

<210> 19

<211> 803

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 19

ggtgaagctg gccgtgcagg ggagcccgga gaccctgggg aagatgtgag tccggggcct 60

aggcaagggc gagcctggcc tgaggagtgt gatggcgggc ataaggggcc actcttgggc 120

cggggcacat gtctgagccc ctgagtcggg ctgcatgtcc caacatccag gagcctgctc 180

tctggatcac agggagccac acactgtcgg cttccacact ctgagctctg ggggccctgt 240

cttggcttct gtgtgcccat ccttggtctg tttctcacca catctgggca cacgtgtgct 300

ctggtctgat ctcccagatc ccaggacaca cctgagttct tgtgaacctc tccttggtcc 360

tgtgtttaca atcctccttt cccctgcccc tggctgccag cgttcagcct gtggccatgc 420

ctgctctacc cgggagtgga cgtgttgggg ttcccctctg agcgcccgtg tgtccgcact 480

cacgtctgtg gagccagatg tctgcactcg cgtgtgggct ccctgtgcct gtgccatgcc 540

tgaactccca cctgtctatg gtagtatctg agcgtccctc tgtctgtgct gtcctgagat 600

aggccatggt catgtctgag ctcctgtgag ccaattcttg gtcgcatgtc tgagttccca 660

tgtgttcatg gtcacatcag aactcccctg ggaatatttt cagcccgtgt ctgaactctg 720

tgctcatgtt cctaccctct caaatgctgt ttgctgggtt ttcttagggt cagaaagggg 780

ctccaggacc caaaggtttc aag 803

<210> 20

<211> 493

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 20

catgcaggcc tggctttgct ctgttctggg gcgtgggcat gctttcctca gtcgagctgc 60

ttgcacccac acctcgtccc ttctgccacc tgggaattct aagagcctgg agtaagcatg 120

ccaggccctt tgtttctcct cccacctgca ctccacccct aggacaaagc ctgacatttg 180

ggggtacaca gtaaacacag gattaaatat gtgcacagcc atggttgcct caagcctcta 240

gtgactcata tcattagttt ggagatgtaa cgaaggaaga tcagctcaaa tattctcttg 300

gagaacccag tatgcatttt tacagtttcc ctctcttagt cctcacagtg atacattctt 360

tgtattcaaa catttgggga aactggcact cagagaggtt ttaagttgcc caaggtccca 420

gagcctgtaa tcaacaaggt ggggattaaa atccaggtct gacaaagccc ttgatctctc 480

tgctgctctg tag 493

<210> 21

<211> 450

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 21

cttgaaatgg gctgagtccc tcttgctcac ccttgacttg gaaaaaccag tttctctttt 60

attgtctgtt actaatctct attctaaaaa ttcagctcaa ttctcaacca tactccaaac 120

tctctctttt ccagctacct ttactccctc tccttcaatt ccactttcct ctgcttactt 180

tttttttttt tctgacaggg tctcactttg tcgcccgggc aggagtgcag tggctcaatc 240

ttgggctcac tgcagcctca acctcccagg ttcaagcgat tctcctgcct cagcccctca 300

agtagctggg actacaagcg cacaccacca cgcctgacta attttttgta tttttttgta 360

gaggcggggt ttcaccatgt tgcccagact ggtcttgaac tcctgagctt aagcaatcca 420

cctgcctcgg cctcccaaag tgttgggatc 450

Claims (12)

1.一种MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的用途，用于制备进行腺鳞癌诊断或分型的试剂或试剂盒。

2.特异性识别MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的试剂的用途，用于制备进行腺鳞癌诊断或分型的试剂盒。

3.如权利要求1或2所述的用途，其特征在于，所述的腺鳞癌的分型包括：在肺癌，胰腺癌，乳腺癌，前列腺癌，胃癌中对腺鳞癌亚型的分型。

4.如权利要求1或2所述的用途，其特征在于，所述的试剂选自：

特异性扩增MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的引物；

特异性识别MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的探针；

特异性识别MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因所编码的多肽的抗体；或

特异性分析MIR205HG基因、COL7A1基因、ANXA8基因和ANXA8L1基因或其转录本的芯片。

5.如权利要求1或2所述的用途，其特征在于，所述的转录本包括：

ENST00000354600基因转录本，

ENST00000419143基因转录本，

ENST00000433108基因转录本，

ENST00000444286基因转录本，

ENST00000487017基因转录本，

ENST00000602877基因转录本，

ENST00000613703基因转录本。

6.如权利要求5所述的用途，其特征在于，所述的ENST00000354600基因转录本包含SEQID NO:15所示序列或其简并体、类似物或片段；

ENST00000419143基因转录本包含SEQ ID NO:16所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000433108基因转录本包含SEQ ID NO:17所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000444286基因转录本包含SEQ ID NO:18所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000487017基因转录本包含SEQ ID NO:19所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000602877基因转录本包含SEQ ID NO:20所示序列或其简并体、类似物或片段；

所述的ENST00000613703基因转录本包含SEQ ID NO:21所示序列或其简并体、类似物或片段。

7.用于进行腺鳞癌诊断或分型的引物，包括：

扩增ENST00000354600基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:1和SEQID NO:2所示序列的引物；

扩增ENST00000419143基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:3和SEQID NO:4所示序列的引物；

扩增ENST00000433108基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:5和SEQID NO:6所示序列的引物；

扩增ENST00000444286基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:7和SEQID NO:8所示序列的引物；

扩增ENST00000487017基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:9和SEQID NO:10所示序列的引物；

扩增ENST00000602877基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12所示序列的引物；

扩增ENST00000613703基因转录本的引物；较佳地，所述引物是针对SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14所示序列的引物。

8.用于进行腺鳞癌诊断或分型的探针，包括：

针对ENST00000354600基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:15所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000419143基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:16所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000433108基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:17所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000444286基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:18所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000487017基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:19所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000602877基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:20所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针；

针对ENST00000613703基因转录本的探针；较佳地，所述引物是包含SEQ ID NO:21所示序列或其片段、或它们的互补序列的探针。

9.一种进行腺鳞癌诊断或分型的芯片，包括：固相载体，以及附着于其上的权利要求9所述的探针。

10.权利要求7所述的引物、权利要求8所述的探针或权利要求9所述的芯片的用途，用于制备进行腺鳞癌诊断或分型的试剂盒。

11.一种用于进行腺鳞癌诊断或分型的试剂盒，其包括：

权利要求8所述的引物；

权利要求9所述的探针；或。

权利要求10所述的芯片。

12.如权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，其中还包括：

核酸抽提试剂；

聚合酶链反应试剂；

固相载体；

显色剂或指示剂；

核酸分析软件；

芯片图像分析软件；或

使用说明书。