BR112020004264A2 - vesículas extracelulares bacterianas - Google Patents

vesículas extracelulares bacterianas Download PDF

Info

Publication number
BR112020004264A2
BR112020004264A2 BR112020004264-1A BR112020004264A BR112020004264A2 BR 112020004264 A2 BR112020004264 A2 BR 112020004264A2 BR 112020004264 A BR112020004264 A BR 112020004264A BR 112020004264 A2 BR112020004264 A2 BR 112020004264A2
Authority
BR
Brazil
Prior art keywords
oral
prevotella
clostridium
streptococcus
carcinoma
Prior art date
Application number
BR112020004264-1A
Other languages
English (en)
Inventor
Brian Goodman
Baundauna Bose
Christopher J. H. Davitt
Original Assignee
Evelo Biosciences, Inc.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Evelo Biosciences, Inc. filed Critical Evelo Biosciences, Inc.
Publication of BR112020004264A2 publication Critical patent/BR112020004264A2/pt

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/39—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the immunostimulating additives, e.g. chemical adjuvants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
    • A61K35/74—Bacteria
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • A61K38/18—Growth factors; Growth regulators
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • A61K38/19—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/02—Bacterial antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/52—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells
    • A61K2039/521—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells inactivated (killed)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/52—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells
    • A61K2039/522—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells avirulent or attenuated
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55588—Adjuvants of undefined constitution
    • A61K2039/55594—Adjuvants of undefined constitution from bacteria
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/58—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation
    • A61K2039/585—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation wherein the target is cancer
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pain & Pain Management (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

A presente invenção refere-se a métodos e composições relacionados a EVs úteis como agentes terapêuticos.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "VESÍCULAS EXTRACELULARES BACTERIANAS".
PEDIDOS RELACIONADOS
[001] Este pedido reivindica o benefício de prioridade dos pedidos de patente provisórios números U.S. 62/556.015, depositado em 8 de setembro de 2017, e U.S. 62/669.151, depositado em 9 de maio de 2018, cujos conteúdos estão incorporados ao presente documento a título de referência em sua totalidade.
SUMÁRIO
[002] Em certos aspectos, são fornecidos no presente documento composições farmacêuticas que compreendem vesículas extracelulares bacterianas (EV) úteis para o tratamento e/ou prevenção de doença (por exemplo, câncer, doença autoimune, doença inflamatória, doença metabólica), bem como métodos para produzir e/ou identificar tais EV e métodos para usar tais composições farmacêuticas (por exemplo, para o tratamento de cânceres, doenças autoimunes, doenças inflamatórias, doenças metabólicas, isoladamente ou em combinação com outro terapêuticos). Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem tanto EV como bactérias totais (por exemplo, bactérias vivas, bactérias mortas, bactérias debilitadas). Em certas modalidades, são fornecidas no presente documento composições farmacêuticas que compreendem bactérias na ausência de EV. Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem EV na ausência de bactérias. Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem EV e/ou bactérias provenientes de uma ou mais dentre as cepas ou espécies de bactérias listadas na Tabela 1 e/ou Tabela 2.
[003] Em certas modalidades, a composição farmacêutica compreende uma razão específica entre bactérias e partículas de EV. Por exemplo, em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende pelo menos 1 bactéria para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8, 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8, 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8. 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8, 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8, 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8, 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8, 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8, 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 partículas de EV.
Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende cerca de 1 bactéria para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8, 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8, 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8, 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8, 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8, 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8, 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8, 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8, 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50,
51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 partículas de EV.
Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende no máximo 1 bactéria para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8, 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8, 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8. 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8, 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8, 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8, 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8, 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x10 3, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107,
7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 partículas de EV. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende pelo menos 1 partícula de EV para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8, 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8, 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8, 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8, 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8, 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8, 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8, 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17,
18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 bactérias. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende cerca de 1 partícula de EV para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8, 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4,
4,5, 4,6, 4,7, 4,8. 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8, 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8, 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8, 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8, 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8, 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 bactérias.
Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende no máximo 1 partícula de EV para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8, 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8, 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8, 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8, 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8, 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8, 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8, 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99,
100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 bactérias.
[004] Em certos aspectos, as EV são provenientes de uma bactéria geneticamente modificada que é modificada para intensificar certas propriedades desejáveis. Por exemplo, em algumas modalidades, as bactérias geneticamente modificadas são modificadas para aumentar a produção de EV. Em algumas modalidades, as bactérias geneticamente modificadas são modificadas para produzir EV com administração oral intensificada (por exemplo, melhorando-se a resistência a ácido, muco-aderência e/ou penetração e/ou resistência a ácidos biliares, resistência a peptídeos antimicrobianos e/ou neutralização de anticorpo), para alvejar tipos de células desejados (por exemplo, células M, células caliciformes, enterócitos, células dendríticas, macrófagos) para melhorar a biodisponibilidade sistemicamente ou em um nicho adequado (por exemplo, linfonodos mesentéricos, emplastros de Peyer, lâmina própria, linfonodos de drenagem tumoral e/ou sangue), para intensificar o efeito imunomodulador e/ou terapêutico das EV que produzem (por exemplo, isoladamente ou em combinação com um outro agente terapêutico), para intensificar a ativação imunológica pelas EV que produzem e/ou para melhorar a fabricação bacteriana e/ou de EV (por exemplo, maior estabilidade, melhor tolerância ao congelamento-descongelamento,
tempos mais curtos de geração). Em algumas modalidades, são fornecidos no presente documento métodos para produzir tais EV e bactérias.
[005] Em certas modalidades, são fornecidos no presente documento métodos para tratar um sujeito que tem câncer que compreendem administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica descrita no presente documento. Em certas modalidades, são fornecidos no presente documento métodos para tratar um sujeito que tem um distúrbio imunológico (por exemplo, uma doença autoimune, uma doença inflamatória, uma alergia) que compreendem administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica descrita no presente documento. Em certas modalidades, são fornecidos no presente documento métodos para tratar um sujeito que tem uma doença metabólica que compreendem administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica descrita no presente documento.
[006] Em algumas modalidades, o método compreende, ainda, administrar, ao sujeito, um antibiótico. Em algumas modalidades, o método compreende, ainda, administrar, ao sujeito, uma ou mais outras terapias contra câncer (por exemplo, remoção cirúrgica de um tumor, a administração de um agente quimioterápico, a administração de radioterapia e/ou a administração de uma imunoterapia contra câncer, tal como um inibidor de ponto de verificação imune, um anticorpo específico para câncer, uma vacina contra câncer, uma célula apresentadora de antígeno preparada, uma célula T específica para câncer, uma célula T do receptor de antígeno quimérico (CAR) específico para câncer, uma proteína de ativação imunológica e/ou um adjuvante). Em algumas modalidades, o método compreende, ainda, a administração de uma outra bactéria e/ou EV terapêutica. Em algumas modalidades, o método compreende, ainda, a administração de um supressor imunológico e/ou um agente anti-inflamatório. Em algumas modalidades, o método compreende, ainda, a administração de um agente terapêutico contra doença metabólica.
BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
[007] A Figura 1 mostra a eficácia de Blautia massiliensis administrado por iv em comparação com aquele anti-PD-1 administrado por via intraperitoneal (i.p.) em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal.
[008] A Figura 2 mostra a inibição de crescimento tumoral (em volume) pela administração iv de Blautia massiliensis em comparação com anti-PD-1 administrado por via intraperitoneal (i.p.) em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal.
[009] A Figura 3A mostra a eficácia de Prevotella histicola e EV derivadas de P. histicola administrados por via oral ou intraperitoneal na redução do inchaço da orelha específico de antígeno (espessura da orelha) 24 horas após provocação com antígeno em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH. A eficácia foi observada em grupos tanto de administração oral como de administração i.p.
[0010] A Figura 3B mostra a eficácia de Prevotella histicola e EV derivados de P. histicola administrado por via oral ou intraperitoneal na redução do inchaço da orelha específico de antígeno (espessura da orelha) 48 horas após provocação com antígeno em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH.
[0011] A Figura 3C mostra a eficácia de EV derivadas de P. histicola administradas por via intraperitoneal na dose indicada (10 µg, 3 µg, 1 µg e 0,1 µg) na redução do inchaço da orelha específico de antígeno (espessura da orelha) 48 horas após provocação com antígeno em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH.
[0012] A Figura 3D mostra a capacidade de EV derivadas de
Prevotella histicola administradas por via intraperitoneal para reduzir a expressão de IL-1β48 horas após provocação com antígeno em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH.
[0013] A Figura 3E mostra a capacidade de EV derivadas de Prevotella histicola administradas por via intraperitoneal para aumentar o acúmulo de Tregs nos linfonodos cervicais 48 horas após provocação com antígeno em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH.
[0014] A Figura 4 mostra que P. histicola foi eficaz na redução da pontuação de atividade NASH (NAS) em camundongos que receberam uma dieta deficiente de metionina e colina (MCD), o que induz sintomas de NASH.
[0015] A Figura 5A mostra que P. histicola reduziu a esteatose em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0016] A Figura 5B e a Figura 5C mostram que P. histicola reduziu a inflamação em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0017] A Figura 5D mostra que P. histicola reduziu o balonamento em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0018] A Figura 6 mostra que P. histicola reduziu o colesterol hepático total em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0019] A Figura 7A e a Figura 7B mostram que P. histicola reduziu a pontuação de fibrose em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0020] A Figura 8A mostra a eficácia da administração de Prevotella histicola, P. melanogenica, EV derivadas de P. histicola, EV derivadas de P. melanogenica na redução do inchaço da orelha específico de antígeno (espessura da orelha) 24 horas após provocação com antígeno em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH. EV derivadas de P. melanogenica são mais eficazes que P. melanogenica.
[0021] A Figura 8B mostra a eficácia da administração de Prevotella histicola, P. melanogenica, EV derivadas de P. histicola, EV derivadas de P. melanogenica na redução do inchaço da orelha específico de antígeno (espessura da orelha) 48 horas após provocação com antígeno em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH. EV derivadas de P. melanogenica são mais eficazes que P. melanogenica.
[0022] A Figura 9A mostra o efeito de P. histicola em ácidos graxos hepáticos livres em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0023] A Figura 9B mostra o efeito de P. histicola no colesterol hepático total em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0024] A Figura 9C mostra o efeito de P. histicola em triglicerídeos hepáticos em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0025] A Figura 9D mostra o efeito de P. histicola e P. melanogenica em alanina aminotransferase em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0026] A Figura 9E mostra o efeito de P. histicola e P. melanogenica em aspartato aminotransferase em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0027] A Figura 10A mostra que P. histicola é eficaz na redução da pontuação de atividade NASH (NAS) em camundongos que receberam uma dieta deficiente de metionina e colina (MCD), o que induz sintomas de NASH.
[0028] A Figura 10B mostra que Prevotella histicola, P.
melanogenica, P. histicola em combinação com OCD na redução da pontuação de atividade NASH (NAS) em camundongos que receberam uma dieta deficiente de metionina e colina (MCD), o que induz sintomas de NASH.
[0029] A Figura 11 mostra a eficácia de cepas de Veillonella tobetsuensis e Veillonella parvula administradas por via oral na redução do inchaço da orelha específico de antígeno (espessura da orelha) em 24 horas em comparação com veículo (controle negativo), anti-inflamatório dexametasona (controle positivo) e Bifidobacterium animalis lactis em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH.
[0030] A Figura 12 mostra a eficácia de EV provenientes de duas cepas de Veillonella tobetsuensis e Veillonella parvula em comparação com anti-PD-1 injetado por via intraperitoneal (i.p.) ou veículo em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal.
[0031] A Figura 13 mostra a eficácia de EV provenientes de cepas de Veillonella tobetsuensis e Veillonella parvula em comparação com anti-PD-1 injetado por via intraperitoneal (i.p.) ou veículo em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal no dia 11.
[0032] A Figura 14 mostra a eficácia dependente de dose e via de administração de EV provenientes de cepas de Veillonella tobetsuensis e Veillonella parvula em comparação com anti-PD-1 injetado por via intraperitoneal (i.p.) ou veículo em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal.
[0033] A Figura 15 mostra a eficácia dependente de dose e via de administração de EV provenientes de cepas de Veillonella tobetsuensis e Veillonella parvula em comparação com anti-PD-1 injetado por via intraperitoneal (i.p.) ou veículo em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal no dia 11.
[0034] A Figura 16 mostra que Veillonella parvula foi eficaz na redução da pontuação de atividade NASH (NAS) em camundongos que receberam uma dieta deficiente de metionina e colina (MCD), o que induz sintomas de NASH.
[0035] A Figura 17 mostra que Veillonella parvula reduziu a fibrose em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0036] A Figura 18 mostra que Veillonella parvula reduziu o colesterol hepático total em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[0037] A Figura 19 mostra que Veillonella parvula reduziu os triglicerídeos hepáticos em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD
[0038] A Figure 20 mostra a eficácia de EV de Burkholderia pseudomallei em comparação com anti-PD-1 administrado por via intravenosa (i.v.) ou veículo em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal.
[0039] A Figure 21 mostra a eficácia de EV de Burkholderia pseudomallei em comparação com anti-PD-1 administrado por via intravenosa (i.v.) ou veículo em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal no dia 11. ** A diferença no volume tumoral no grupo tratado com EV de Burkholderia pseudomallei em comparação com o grupo de controle tratado com veículo no dia 11 foi altamente significativa, com um valor P de 0,0011, conforme determinado pelo teste T (bicaudal, não pareado, corrigido por Welch) calculado em GraphPad.
[0040] A Figura 22 mostra a eficácia de EV de Neisseria Meningitidis em comparação com aquele de anti-PD-1 administrado por via intraperitoneal (i.p.) ou veículo em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal.
[0041] A Figura 23 mostra a eficácia de EV de Neisseria Meningitidis em comparação com aquele de anti-PD-1 administrado por via intraperitoneal (i.p.) ou veículo em um modelo de camundongo com carcinoma colorretal no dia 11.
DESCRIÇÃO DETALHADA Definições
[0042] "Adjuvante" ou "terapia com adjuvante" refere-se amplamente a um agente que afeta uma resposta imunológica ou fisiológica em um paciente ou sujeito. Por exemplo, um adjuvante pode aumentar a presença de um antígeno ao longo do tempo ou em uma área de interesse como um tumor, ajudar a absorver uma célula apresentadora de antígeno, ativar macrófagos e linfócitos e suportar a produção de citocinas. Alterando-se uma resposta imunológica, um adjuvante pode permitir que uma dose menor de um agente de interação imunológica aumente a eficácia ou segurança de uma dose específica do agente de interação imunológica. Por exemplo, um adjuvante pode impedir a exaustão de células T e, assim, aumentar a eficácia ou segurança de um agente de interação imunológica específico.
[0043] "Administração" refere-se amplamente a uma via de administração de uma composição a um sujeito. Exemplos de vias de administração incluem administração oral, administração retal, administração tópica, inalação (nasal) ou injeção. A administração por injeção inclui administração intravenosa (IV), intramuscular (IM), intratumoral (IT) e subcutânea (SC). As composições farmacêuticas descritas no presente documento podem ser administradas em qualquer forma por qualquer via eficaz, incluindo, porém sem limitação, intratumoral, oral, parenteral, enteral, intravenosa, intraperitoneal, tópica, transdérmica (por exemplo, com o uso de qualquer emplastro padrão), intradérmica, oftálmica, por via (intra)nasal, local, não oral, tal como aerossol, inalação, subcutânea, intramuscular, bucal, sublingual, (trans)retal, vaginal, intra-arterial e intratecal, transmucosal (por exemplo, sublingual, lingual, (trans)bucal, (trans)uretral, vaginal (por exemplo, trans e perivaginalmente), implantada, intravesical, intrapulmonar, intraduodenal, intragástrica e intrabronquial. Em modalidades preferenciais, as composições farmacêuticas descritas no presente documento são administradas por via oral, retal, intratumoral, tópica, intravesical, por injeção no linfonodo de drenagem ou adjacente ao mesmo, por via intravenosa, por inalação ou aerossol ou por via subcutânea.
[0044] Conforme usado no presente documento, o termo "anticorpo" pode se referir tanto a um anticorpo intacto como a um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo. Anticorpos intactos são glicoproteínas que incluem pelo menos duas cadeias pesadas (H) e duas cadeias leves (L) interconectadas por ligações dissulfeto. Cada cadeia pesada inclui uma região variável de cadeia pesada (abreviada no presente documento como VH) e uma região constante de cadeia pesada. Cada cadeia leve inclui uma região variável de cadeia leve (abreviada no presente documento como VL) e uma região constante de cadeia leve. As regiões VH e VL podem ser, ainda, subdivididas em regiões de hipervariabilidade, denominadas regiões de determinação de complementaridade (CDR), intercaladas com regiões que são mais conservadas, denominadas regiões de framework (FR). Cada VH e VL é composta por três CDRs e quatro FRs, dispostas a partir da terminação amino até a terminação carbóxi na seguinte ordem: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. As regiões variáveis das cadeias pesadas e leves contêm um domínio de ligação que interage com um antígeno. O termo "anticorpo" inclui, por exemplo, anticorpos monoclonais, anticorpos policlonais, anticorpos quiméricos, anticorpos humanizados, anticorpos humanos, anticorpos multiespecíficos (por exemplo, anticorpos biespecíficos), anticorpos de cadeia simples e fragmentos de anticorpo de ligação ao antígeno.
[0045] Os termos "fragmento de ligação ao antígeno" e "porção de ligação ao antígeno" de um anticorpo, conforme usado no presente documento, referem-se a um ou mais fragmentos de um anticorpo que retêm a capacidade para se ligar a um antígeno. Exemplos de fragmentos de ligação abrangidos no termo "fragmento de ligação ao antígeno" de um anticorpo incluem Fab, Fab', F(ab')2, Fv, scFv, Fv ligado a dissulfeto, Fd, diacorpos, anticorpos de cadeia simples, NANOBODIES®, CDRH3 isolado e outros fragmentos de anticorpo que retêm pelo menos uma porção da região variável de um anticorpo intacto. Esses fragmentos de anticorpo podem ser obtidos com o uso de técnicas recombinantes e/ou enzimáticas convencionais e podem ser triados quanto à ligação ao antígeno da mesma maneira que os anticorpos intactos.
[0046] "Câncer" refere-se amplamente a um crescimento anormal não controlado das células de um hospedeiro, levando à invasão do tecido circundante e, potencialmente, do tecido distal ao sítio inicial de crescimento celular anormal no hospedeiro. As principais classes incluem carcinomas que são cânceres do tecido epitelial (por exemplo, pele, células escamosas); sarcomas que são cânceres do tecido conjuntivo (por exemplo, osso, cartilagem, gordura, músculo, vasos sanguíneos, etc.); leucemias que são cânceres de tecido formador de sangue (por exemplo, tecido da medula óssea); linfomas e mielomas que são cânceres de células imunológicas; e cânceres do sistema nervoso central que incluem cânceres do cérebro e do tecido da coluna vertebral. "Câncer (ou cânceres)", "neoplasia (ou neoplasias)" e "tumor (ou tumores)" são usados no presente documento de forma intercambiável. Conforme usado no presente documento, "câncer" refere-se a todos os tipos de câncer ou neoplasia ou tumores malignos, incluindo leucemias, carcinomas e sarcomas, novos ou recorrentes. Exemplos específicos de cânceres são: carcinomas,
sarcomas, mielomas, leucemias, linfomas e tumores do tipo misto. Exemplos não limitadores de cânceres são cânceres novos ou recorrentes do cérebro, melanoma, bexiga, mama, colo do útero, cólon, cabeça e pescoço, rim, pulmão, pulmão de células não pequenas, mesotelioma, ovário, próstata, sarcoma, estômago, útero e meduloblastoma.
[0047] "Aumento celular" refere-se amplamente ao influxo de células ou expansão de células em um ambiente que não estão substancialmente presentes no ambiente antes da administração de uma composição e não estão presentes na própria composição. As células que aumentam o ambiente incluem células imunológicas, células estromais, células bacterianas e fúngicas. Os ambientes de interesse específico são os microambientes em que células cancerígenas residem ou estão localizadas. Em alguns casos, o microambiente é um microambiente tumoral ou um linfonodo de drenagem tumoral. Em outros casos, o microambiente é um sítio de tecido pré-cancerígeno ou o sítio de administração local de uma composição ou um sítio no qual a composição se acumulará após administração remota.
[0048] "Clado" refere-se às OTUs ou membros de uma árvore filogenética que estão a jusante de um nó estatisticamente válido em uma árvore filogenética. O clado compreende um conjunto de folhas terminais na árvore filogenética que é uma unidade evolutiva monofilética distinta e que compartilha, até certo ponto, similaridade de sequência. "Unidades taxonômicas operacionais", "OTU" (ou plural, "OTUs") referem-se a uma folha terminal em uma árvore filogenética e são definidas por uma sequência de ácidos nucleicos, por exemplo, o genoma inteiro, ou uma sequência genética específica e todas as sequências que compartilham identidade de sequência com essa sequência de ácidos nucleicos no nível de espécie. Em algumas modalidades, a sequência genética específica pode ser a sequência 16S ou uma porção da sequência 16S.
Em outras modalidades, os genomas inteiros de duas entidades são sequenciados e comparados.
Em uma outra modalidade, regiões selecionadas, tais como etiquetas de sequência multilocus (MLST), genes específicos ou conjuntos de genes podem ser geneticamente comparadas.
Em modalidades de 16S, as OTUs que compartilham ≧97% de identidade média de nucleotídeos através de toda a 16S ou parte da região variável da 16S são consideradas a mesma OTU (consultar, por exemplo, Claesson M J, Wang Q, O'Sullivan O, Greene-Diniz R, Cole J R, Ros R P e O'Toole P W. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions.
Nucleic Acids Res 38: e200. Konstantinidis K T, Ramette A e Tiedje J M. 2006. The bacterial species definition in the genomic era.
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1.929 a 1.940.). Em modalidades que envolvem o genoma completo, MLSTs, genes específicos ou conjuntos de genes, as OTUs que compartilham ≧95% de identidade média de nucleotídeos são consideradas a mesma OTU (consultar, por exemplo, Achtman M e Wagner M. 2008. Microbial diversity e the genetic nature of microbial species.
Nat.
Rev.
Microbiol. 6: 431 a 440. Konstantinidis K T, Ramette A e Tiedje J M. 2006. The bacterial species definition in the genomic era.
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1.929 a 1.940.). OTUs são frequentemente definidas comparando-se sequências entre organismos.
Em geral, sequências com menos de 95% de identidade de sequência não são consideradas como parte da mesma OTU.
OTUs também podem ser caracterizadas por qualquer combinação de marcadores ou genes nucleotídicos, em particular, genes altamente conservados (por exemplo, genes "de manutenção"), ou uma combinação dos mesmos.
Tal caracterização emprega, por exemplo,
dados WGS ou uma sequência genômica completa.
[0049] Uma "combinação" de EV provenientes de duas ou mais cepas microbianas inclui a coexistência física das duas EV, no mesmo material ou produto ou em produtos fisicamente conectados, bem como a coadministração ou colocalização temporal das EV provenientes das duas cepas.
[0050] O termo "diminuir" ou "depletar" significa uma alteração, de modo que a diferença seja, dependendo das circunstâncias, pelo menos 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 1/100, 1/1.000, 1/10.000, 1/100.000, 1/1.000.000 ou indetectável após o tratamento em comparação com um estado de pré-tratamento.
[0051] Conforme usado no presente documento, o termo "dibiose" refere-se a um estado no qual a sinergia entre os micróbios e o tumor é rompida, tal como os micróbios não mais suportam a nucleação, manutenção, progressão ou espalhamento ou metástase de um tumor.
[0052] O termo "epitopo" significa um determinante de proteína com capacidade para se ligar especificamente a um anticorpo ou receptor de células T. Epitopos normalmente consistem em grupamentos de moléculas de superfície quimicamente ativa, tais como aminoácidos ou cadeias laterais de açúcar. Certos epitopos podem ser definidos por uma sequência de aminoácidos específica à qual um anticorpo tem capacidade para se ligar.
[0053] Conforme usado no presente documento, "bactérias geneticamente modificadas" são quaisquer bactérias que tenham sido geneticamente alteradas a partir de seu estado natural por intervenção humana e a progênie de quaisquer tais bactérias. Bactérias geneticamente modificadas incluem, por exemplo, os produtos de modificação genética alvejada, os produtos de triagens mutagênicas aleatórias e os produtos de evolução dirigida.
[0054] O termo "gene" é usado amplamente para se referir a qualquer ácido nucleico associado a uma função biológica. O termo "gene" se aplica a uma sequência genômica específica, bem como a um cDNA ou um mRNA codificado por essa sequência genômica.
[0055] "Identidade" entre sequências de ácidos nucleicos de duas moléculas de ácido nucleico pode ser determinada como uma porcentagem de identidade com o uso de algoritmos de computador conhecidos, tais como o programa "FASTA", com o uso, por exemplo, dos parâmetros padrão como em Pearson et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. EUA 85:2.444 (outros programas incluem o pacote de programas GCG (Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research 12(I):387 (1984)), BLASTP, BLASTN, FASTA Atschul, S. F., et al., J Molec Biol 215:403 (1990); Guide to Huge Computers, Mrtin J. Bishop, ed., Academic Press, San Diego, 1994, e Carillo et al. (1988) SIAM J Applied Math 48:1.073). Por exemplo, a função BLAST do banco de dados do Centro Nacional para Informações de Biotecnologia pode ser usada para determinar a identidade. Outros programas comercial ou publicamente disponíveis incluem, programa "MegAlign" da DNAStar (Madison, Wis.) e o programa "Gap" do grupo de computadores da Universidade de Genética de Wisconsin (UWG) (Madison Wis.)).
[0056] Conforme usado no presente documento, o termo "distúrbio imunológico" refere-se a qualquer doença, distúrbio ou sintoma de doença causado por uma atividade do sistema imunológico, incluindo doenças autoimunes, doenças inflamatórias e alergias. Distúrbios imunológicos incluem, porém sem limitação, doenças autoimunes (por exemplo, lúpus, escleroderma, anemia hemolítica, vasculite, diabetes tipo um, doença de Grave, artrite reumatoide, esclerose múltipla, síndrome de Goodpasture, anemia perniciosa e/ou miopatia), doenças inflamatórias (por exemplo, acne vulgar, asma, doença celíaca, prostatite crônica, glomerulonefrite, doença inflamatória intestinal, doença inflamatória pélvica, lesão por reperfusão, artrite reumatoide,
sarcoidose, rejeição a transplante, vasculite e/ou cistite intersticial) e/ou alergias (por exemplo, alergias alimentares, alergias a fármacos e/ou alergias ambientais).
[0057] "Imunoterapia" é o tratamento que usa o sistema imunológico de um sujeito para tratar a doença (por exemplo, doença imune, doença inflamatória, doença metabólica, câncer) e inclui, por exemplo, inibidores de ponto de verificação, vacinas contra câncer, citocinas, terapia celular, células CAR-T e terapia celular dendrítica.
[0058] O termo "aumentar" significa uma alteração, de modo que a diferença seja, dependendo das circunstâncias, pelo menos 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2 vezes, 4 vezes, 10 vezes, 100 vezes, 10^3 vezes, 10^4 vezes, 10^5 vezes, 10^6 vezes e/ou 10^7 vezes maior após o tratamento em comparação com um estado de pré-tratamento. Propriedades que podem ser aumentadas incluem células imunológicas, células bacterianas, células estromais, células supressoras derivadas de mieloide, fibroblastos, metabólitos e citocinas.
[0059] "Agonistas imunológicos inatos" ou "imunoadjuvates" são pequenas moléculas, proteínas ou outros agentes que alvejam especificamente receptores imunológicos inatos, incluindo receptores tipo Toll (TLR), receptores NOD, RLRs, receptores de lectina tipo C, componentes de via de STING-cGAS, complexos de inflamassomas. Por exemplo, LPS é um agonista TLR-4 que é derivado ou sintetizado por bactérias, e alumínio pode ser usado como um adjuvante de estímulo imunológico. Imunoadjuvantes são uma classe específica de adjuvante ou terapia com adjuvante mais ampla. Exemplos de agonistas de STING incluem, porém sem limitação, 2'3'- cGAMP, 3'3'- cGAMP, c-di-AMP, c-di-GMP, 2'2'-cGAMP e 2'3'-cGAM(PS)2 (Rp/Sp) (isômeros Rp, Sp do análogo de bis-fosforotioato de 2'3'-cGAMP). Exemplos de agonistas de TLR incluem, porém sem limitação, TLRl,
TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLRlO e TLRI l. Exemplos de agonistas de NOD incluem, porém sem limitação, N- acetilmuramil-L-alanil-D-isoglutamina (muramildipeptídeo (MDP)), ácido gama-D-glutamil-meso-diaminopimélico (iE-DAP) e desmuramilpeptídeos (DMP).
[0060] O "espaçador transcrito interno" ou " ITS" é uma parte de RNA não funcional localizada entre RNAs ribossômicos estruturais (rRNA) em um transcrito precursor comum, frequentemente usado para identificação de espécies eucarióticas em fungos específicos. O rRNA de fungos que forma o núcleo do ribossoma é transcrito como um gene sinal e consiste nas regiões 8S, 5.8S e 28S com ITS4 e 5 entre as regiões 8S e 5.8S e 5.8S e 28S, respectivamente. Esses dois segmentos intercistrônicos entre as regiões 18S e 5.8S e 5.8S e 28S são removidos por splicing e contêm variações significativa entre as espécies para fins de código de barras conforme anteriormente descrito (Schoch et al., Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. PNAS 109:6.241 a 6.246. 2012). O rDNA 18S é tradicionalmente usado para reconstrução filogenética, entretanto, o ITS pode desempenhar essa função, visto que geralmente é altamente conservado, mas contém regiões hipervariáveis que abrigam diversidade de nucleotídeos suficiente para diferenciar gêneros e espécies da maioria dos fungos.
[0061] O termo "isolado" ou "enriquecido" abrange um micróbio, uma EV ou outra entidade ou substância que tenha sido (1) separado de pelo menos parte dos componentes aos quais foi associado quando inicialmente produzido (na natureza ou em um ambiente experimental) e/ou (2) produzido, preparado, purificado e/ou fabricado pela mão do homem. Micróbios isolados podem ser separados de pelo menos cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90% ou mais dos outros componentes aos quais foram inicialmente associados.
Em algumas modalidades, micróbios isolados são mais que cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99% ou mais que cerca de 99% puros.
Conforme usado no presente documento, uma substância é "pura" se a mesma é substancialmente livre de outros componentes.
Os termos "purificar", "purificando" e "purificado" referem-se a um micróbio ou outro material que tenha sido separado de pelo menos parte dos componentes com os quais foi associado quando inicialmente produzido ou gerado (por exemplo, na natureza ou em um ambiente experimental), ou durante qualquer momento após sua produção inicial.
Um micróbio ou uma população microbiana pode ser considerado purificado se for isolado na produção ou após a mesma, tal como de um material ou ambiente que contém o micróbio ou população microbiana, e um micróbio ou população microbiana purificado pode conter até cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90% ou acima de cerca de 90% de outros materiais e ainda ser considerado "isolado". Em algumas modalidades, micróbios ou população microbiana purificados são mais que cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99% ou mais que cerca de 99% puros.
No caso das composições microbianas fornecidas no presente documento, o um ou mais tipos microbianos presentes na composição podem ser independentemente purificados de um ou mais outros micróbios produzidos e/ou presentes no material ou ambiente que contém o tipo microbiano.
As composições microbianas e os componentes microbianos das mesmas são geralmente purificados a partir de "produtos residuais do habitat".
[0062] "Metabólito", conforme usado no presente documento, refere-se a qualquer e todos os compostos moleculares, composições, moléculas, íons, cofatores, catalisadores ou nutrientes usados como substratos em qualquer reação metabólica celular ou microbiana ou resultante como compostos de produto, composições, moléculas, íons, cofatores, catalisadores ou nutrientes de qualquer reação metabólica celular ou microbiana.
[0063] "Micróbio" refere-se a qualquer organismo natural ou geneticamente modificado caracterizado como uma bactéria, fungos, alga microscópica, protozoário, e aos estágios de desenvolvimento ou estágios de ciclo de vida (por exemplo, vegetativo, esporo (incluindo esporulação, dormência e germinação), latente, biofilme) associados ao organismo. Exemplos de micróbios do trato gastrointestinal incluem: Actinomyces graevenitzii, Actinomyces odontolyticus, Akkermansia muciniphila, Bacteroides caccae, Bacteroides fragilis, Bacteroides putredinis, Bacteroides thetaiotaomicron, Bacteroides vultagus, Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium bifidum, Bilophila wadswortia, Blautia, Butyrivibrio, Campylobacter gracilis, Clostridia cluster III, Clostridia cluster IV, Clostridia cluster IX (grupo Acidaminococcaceae), Clostridia cluster XI, Clostridia cluster XIII (grupo Peptostreptococcus), Clostridia cluster XIV, Clostridia cluster XV, Collinsella aerofaciens, Coprococcus, Corynebacterium sunsvallense, Desulfomonas pigra, Dorea formicigenerans, Dorea longicatena, Escherichia coli, Eubacterium hadrum, Eubacterium rectale, Faecalibacteria prausnitzii, Gemella, Lactococcus, Lanchnospira, Mollicutes cluster XVI, Mollicutes cluster XVIII, Prevotella, Rotia mucilaginosa, Ruminococcus callidus, Ruminococcus gnavus, Ruminococcus torques e Streptococcus.
[0064] "Microbioma" refere-se amplamente aos micróbios que residem sobre ou no sítio corporal de um sujeito ou paciente. Os micróbios em um microbioma podem incluir bactérias, vírus, micro- organismos eucarióticos e/ou vírus. Micróbios individuais em um microbioma podem ser metabolicamente ativos, dormentes, latentes ou existirem como esporos, podem existir de modo planctônico ou em biofilmes, ou podem estar presentes no microbioma de maneira sustentável ou transitória. O microbioma pode ser um microbioma comensal ou em estado saudável ou um microbioma em estado de doença. O microbioma pode ser nativo ao sujeito ou paciente, ou componentes do microbioma podem ser modulados, introduzidos ou depletados devido a mudanças no estado de saúde (por exemplo, pré- cancerígeno ou estado cancerígeno) ou condições de tratamento (por exemplo, tratamento com antibiótico, exposição a diferentes micróbios). Em alguns aspectos, o microbioma ocorre em uma superfície da mucosa. Em alguns aspectos, o microbioma é um microbioma do trato gastrointestinal. Em alguns aspectos, o microbioma é um microbioma tumoral.
[0065] Um "perfil de microbioma" ou uma "assinatura de microbioma" de um tecido ou amostra refere-se a uma caracterização pelo menos parcial da constituição bacteriana de um microbioma. Em algumas modalidades, um perfil de microbioma indica se pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100 ou mais cepas bacterianas estão presentes ou ausentes em um microbioma. Em algumas modalidades, um perfil de microbioma indica se pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100 ou mais cepas bacterianas associadas ao câncer estão presentes em uma amostra. Em algumas modalidades, o perfil de microbioma indica a quantidade relativa ou absoluta de cada cepa bacteriana detectada na amostra. Em algumas modalidades, o perfil de microbioma é um perfil de microbioma associado ao câncer. Um perfil de microbioma associado ao câncer é um perfil de microbioma que ocorre com mais frequência em um sujeito que tem câncer do que na população em geral. Em algumas modalidades, o perfil de microbioma associado ao câncer compreende um maior número de uma quantidade de bactérias associadas ao câncer do que normalmente está presente em um microbioma de um tecido ou amostra, de outro modo, equivalente colhido de um indivíduo que não tem câncer.
[0066] "Modificado", em referência a uma bactéria, refere-se amplamente a uma bactéria sofreu uma mudança de sua forma do tipo selvagem. Exemplos de modificações bacterianas incluem modificação genética, expressão gênica, modificação de fenótipo, formulação, modificação química e dose ou concentração. Exemplos de propriedades melhoradas são descritos ao longo deste relatório descritivo e incluem, por exemplo, atenuação, auxotrofia, ancoragem ou antigenicidade. A modificação de fenótipo por incluir, a título de exemplo, desenvolvimento de bactérias em meios que modificam o fenótipo de uma bactéria, que aumentam ou diminuem a virulência.
[0067] Conforme usado no presente documento, um gene é "superexpresso" em uma bactéria se for expresso em um nível mais alto em uma bactéria geneticamente modificada sob pelo menos algumas condições do que é expresso por uma bactéria do tipo selvagem da mesma espécie sob as mesmas condições. De modo similar, um gene é "subexpresso" em uma bactéria se for expresso em um nível mais baixo em uma bactéria geneticamente modificada sob pelo menos algumas condições do que é expresso por uma bactéria do tipo selvagem da mesma espécie sob as mesmas condições.
[0068] Os termos "polinucleotídeo" e "ácido nucleico" são usados de forma intercambiável. Os mesmos referem-se a uma forma polimérica de nucleotídeos de qualquer comprimento,
desoxirribonucleotídeos ou ribonucleotídeos, ou análogos dos mesmos. Os polinucleotídeos podem ter qualquer estrutura tridimensional e podem realizar qualquer função. O disposto a seguir trata-se de exemplos não limitadores de polinucleotídeos: regiões codificadoras ou não codificadoras de um gene ou fragmento de gene, locais (local) definidos a partir da análise de ligação, éxons, íntrons, RNA mensageiro (mRNA), micro RNA (miRNA), RNA silenciador (siRNA), RNA de transferência, RNA ribossômico, ribozimas, cDNA, polinucleotídeos recombinantes, polinucleotídeos ramificados, plasmídeos, vetores, DNA isolado de qualquer sequência, RNA isolado de qualquer sequência, sondas de ácido nucleico e iniciadores. Um polinucleotídeo pode compreender nucleotídeos modificados, tais como nucleotídeos metilados e análogos de nucleotídeo. Se presentes, as modificações na estrutura do nucleotídeo podem ser conferidas antes ou após a montagem do polímero. Um polinucleotídeo pode ser, ainda, modificado, tal como por conjugação com um componente de identificação. Em todas as sequências de ácidos nucleicos fornecidas no presente documento, nucleotídeos U são intercambiáveis com nucleotídeos T.
[0069] Um "oncobioma", conforme usado no presente documento, compreende microbiota patogênica, tumorigênica e/ou associada ao câncer, sendo que a microbiota compreende um ou mais dentre um vírus, uma bactéria, um fungo, um protista, um parasita ou um outro micróbio.
[0070] Micróbios e bactérias "oncotróficos" ou "oncofílicos" são micróbios altamente associados ou presentes em um microambiente de câncer. Os mesmos podem ser preferencialmente selecionados para dentro do ambiente, crescer preferencialmente em um microambiente de câncer ou aperfeiçoar um dito ambiente.
[0071] "Unidades taxonômicas operacionais" e "OTU (ou OTUs)"
referem-se a uma folha terminal em uma árvore filogenética e são definidas por uma sequência de ácidos nucleicos, por exemplo, o genoma inteiro, ou uma sequência genética específica e todas as sequências que compartilham identidade de sequência com essa sequência de ácidos nucleicos no nível de espécie. Em algumas modalidades, a sequência genética específica pode ser a sequência 16S ou uma porção da sequência 16S. Em outras modalidades, os genomas inteiros de duas entidades são sequenciados e comparados. Em uma outra modalidade, regiões selecionadas, tais como etiquetas de sequência multilocus (MLST), genes específicos ou conjuntos de genes podem ser geneticamente comparadas. Para 16S, as OTUs que compartilham ≥ 97% de identidade média de nucleotídeos através de toda a 16S ou parte da região variável da 16S são consideradas a mesma OTU. Consultar, por exemplo, Claesson MJ, Wang Q, O'Sullivan O, Greene-Diniz R, Cole JR, Ross RP e O'Toole PW. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Res 38: e200. Konstantinidis KT, Ramette A, e Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1.929 a
1.940. Para genomas completos, MLSTs, genes específicos, além da 16S, ou conjuntos de genes, as OTUs que compartilham ≥ 95% de identidade média de nucleotídeos são consideradas a mesma OTU. Consultar, por exemplo, Achtman M e Wagner M. 2008. Microbial diversity e the genetic nature of microbial species. Nat. Rev. Microbiol. 6: 431 a 440. Konstantinidis KT, Ramette A, e Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1.929 a 1.940. OTUs são frequentemente definidas comparando-se sequências entre organismos. Em geral, sequências com menos de 95% de identidade de sequência não são consideradas como parte da mesma OTU. OTUs também podem ser caracterizadas por qualquer combinação de marcadores ou genes nucleotídicos, em particular, genes altamente conservados (por exemplo, genes "de manutenção"), ou uma combinação dos mesmos. Unidades taxonômicas operacionais (OTUs) com atribuições taxonômicas realizadas para, por exemplo, gênero, espécie e clado filogenético, são fornecidas no presente documento.
[0072] Conforme usado no presente documento, o termo "vesícula extracelular" ou "EV" refere-se a uma composição derivada de uma bactéria que compreende lipídios bacterianos e proteínas bacterianas e/ou ácidos nucleicos bacterianos e/ou porções químicas de carboidrato contidas em uma nanopartícula. Essas EV podem conter 1, 2, 3, 4, 5, 10 ou mais que 10 espécies diferentes de lipídio. EV podem conter 1, 2, 3, 4, 5, 10 ou mais que 10 espécies diferentes de proteína. EV podem conter 1, 2, 3, 4, 5, 10 ou mais que 10 espécies diferentes de ácido nucleico. EV podem conter 1, 2, 3, 4, 5, 10 ou mais que 10 espécies diferentes de carboidrato.
[0073] Conforme usado no presente documento, uma substância é "pura" se a mesma é substancialmente livre de outros componentes. Os termos "purificar", "purificando" e "purificado" referem-se a uma EV ou outro material que tenha sido separado de pelo menos parte dos componentes com os quais foi associado quando inicialmente produzido ou gerado (por exemplo, na natureza ou em um ambiente experimental), ou durante qualquer momento após sua produção inicial. Uma EV pode ser considerada purificada se for isolada na produção ou após a mesma, tal como de um ou mais outros componentes bacterianos, e um micróbio ou população microbiana purificado pode conter até cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90% ou acima de cerca de 90% de outros materiais e ainda ser considerado "isolado". Em algumas modalidades, EV purificadas são mais que cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99% ou mais que cerca de 99% puros. Composições de EV e os componentes microbianos das mesmas são, por exemplo, purificadas a partir de produtos residuais do habitat.
[0074] Conforme usado no presente documento, o termo "composição de EV purificada" ou "composição de EV" refere-se a uma preparação que inclui EV que foram separadas de pelo menos uma substância associada encontrada em um material-fonte (por exemplo, separadas de pelo menos um outro componente bacteriano) ou qualquer material associado às EV em qualquer processo usado para produzir a preparação. Também refere-se a uma composição que foi significativamente enriquecida ou concentrada. Em algumas modalidades, as EV são concentradas em 2 vezes, 3 vezes, 4 vezes, 5 vezes, 10 vezes, 100 vezes, 1.000 vezes, 10.000 vezes ou mais de
10.000 vezes.
[0075] "Produtos residuais do habitat" referem-se ao material derivado do habitat para microbiota dentro ou sobre um sujeito. Por exemplo, os micróbios vivem nas fezes no trato gastrointestinal, na própria pele, na saliva, no muco do trato respiratório ou em secreções do trato geniturinário (isto é, matéria biológica associada à comunidade microbiana). Substancialmente livre de produtos residuais do habitat significa que a composição microbiana já não contém a matéria biológica associada ao ambiente microbiano sobre ou no sujeito humano ou animal e é 100% livre, 99% livre, 98% livre, 97% livre, 96% livre ou 95% livre de qualquer matéria biológica contaminante associada à comunidade microbiana. Produtos residuais do habitat podem incluir materiais abióticos (incluindo alimento não digerido) ou pode incluir micro-organismos indesejados. Substancialmente livre de produtos residuais do habitat também pode significar que a composição microbiana não contém células detectáveis de um ser humano ou animal e que apenas células microbianas são detectáveis. Em uma modalidade, substancialmente livre de produtos residuais do habitat também pode significar que a composição microbiana não contém contaminantes virais (incluindo vírus microbiano (por exemplo, fago)), fúngicos, micoplasmáticos detectáveis. Em uma outra modalidade, isso significa que menos de 1x10 a 2%, 1x10 a 3%, 1x10 a 4%, 1x10 a 5%, 1x10 a 6%, 1x10 a 7%, 1x10 a 8% das células viáveis na composição microbiana são humanas ou animais, em comparação com células microbianas. Há múltiplas formas de alcançar esse grau de pureza, nenhuma das quais é limitadora. Assim, a contaminação pode ser reduzida isolando-se os constituintes desejados através de múltiplas etapas de estriamento em colônias únicas em meios sólidos até que estrias replicadas (tais como, porém sem limitação, duas) de colônias únicas em série mostrassem apenas uma única morfologia de colônia. Alternativamente, a redução de contaminação pode ser alcançada por múltiplas rodadas de diluições em série para únicas células desejadas (por exemplo, uma diluição de 10 a 8 ou 10 a 9), tal como através de múltiplas diluições em série de 10 vezes. Isso pode, ainda, ser confirmado mostrando-se que múltiplas colônias isoladas têm similar formatos de células similares e comportamento de coloração de Gram. Outros métodos para confirmar pureza adequada incluem análise genética (por exemplo, PCR, sequenciamento de DNA), serologia e análise de antígeno, análise enzimática e metabólica, e métodos que usam instrumentação, tais como citometria de fluxo com reagentes que distinguem os constituintes desejados dos contaminantes.
[0076] Conforme usado no presente documento, "ligação específica" refere-se à capacidade de um anticorpo para se ligar a um antígeno predeterminado ou à capacidade de um polipeptídeo para se ligar a seu parceiro de ligação predeterminado. Tipicamente, um anticorpo ou polipeptídeo se liga especificamente a seu antígeno predeterminado ou parceiro de ligação com uma afinidade que corresponde a um KD de cerca de 10-7 M ou menos, e se liga ao antígeno predeterminado/parceiro de ligação com uma afinidade (conforme expressa por KD) que é pelo menos 10 vezes menor, pelo menos 100 vezes menor ou pelo menos 1.000 vezes menor que sua afinidade para ligação a um antígeno não específico e não relacionado/parceiro de ligação (por exemplo, BSA, caseína). Alternativamente, a ligação específica se aplica mais amplamente a um sistema de dois componentes, em que um componente é uma proteína, lipídio ou carboidrato, ou combinação dos mesmos, e engata com o segundo componente que é uma proteína, lipídio, carboidrato ou combinação dos mesmos de uma forma específica.
[0077] Os termos "sujeito" ou "paciente" referem-se a qualquer animal. Um sujeito ou um paciente descrito como "em necessidade do mesmo" refere-se a alguém em necessidade de um tratamento para uma doença. Mamíferos (isto é, animais mamíferos) incluem seres humanos, animais de laboratório (por exemplo, primatas, ratos, camundongos), gado (por exemplo, vacas, ovelha, cabras, porcos) e animais de laboratório (por exemplo, cães, gados, roedores).
[0078] "Cepa" refere-se a um membro de uma espécie bacteriana com uma assinatura genética de modo que possa ser diferenciado de membros intimamente relacionados da mesma espécie bacteriana. A assinatura genética pode ser a ausência da totalidade ou parte de pelo menos um gene, a ausência da totalidade ou parte de pelo menos uma região reguladora (por exemplo, um promotor, a terminador, um riboswitch, um sítio de ligação a ribossoma), a ausência ("cura") de pelo menos um plasmídeo nativo, a presença de pelo menos um gene recombinante, a presença de pelo menos um gene mutado, a presença de pelo menos um gene estranho (um gene derivado de uma outra espécie), a presença de pelo menos uma região reguladora mutada (por exemplo, um promotor, um terminador, um riboswitch, um sítio de ligação a ribossoma), a presença de pelo menos um plasmídeo não nativo, a presença de pelo menos um cassete de resistência a antibiótico, ou uma combinação dos mesmos. Assinaturas genéticas entre cepas diferentes podem ser identificadas por amplificação de PCR opcionalmente seguida por sequenciamento de DNA da região genômica (ou regiões genômicas) de interesse ou de todo o genoma. No caso em que uma cepa (em comparação com uma outra da mesma espécie) ganhou ou perdeu resistência a antibiótico ou ganhou ou perdeu uma capacidade biossintética (tal como uma cepa auxotrófica), as cepas podem ser diferenciadas por seleção ou contrasseleção com o uso de um antibiótico ou nutriente/metabólito, respectivamente.
[0079] Conforme usado no presente documento, o termo "tratar" uma doença em um sujeito ou "tratar" um sujeito com suspeita de ter uma doença refere-se à submissão do sujeito a um tratamento farmacêutico, por exemplo, a administração de um ou mais agentes, de modo que pelo menos um sintoma da doença seja diminuído ou impedido de piorar. Assim, em uma modalidade, o "tratamento" refere- se, entre outros, ao retardamento da progressão, agilização da remissão, indução da remissão, aumento da remissão, aceleração da recuperação, aumento da eficácia ou diminuição da resistência a terapêuticos alternativos, ou uma combinação dos mesmos. Bactérias
[0080] Em certos aspectos, são fornecidas no presente documento composições farmacêuticas que compreendem bactérias e/ou EV produzidas a partir de bactérias.
[0081] Em algumas modalidades, as bactérias a partir das quais as EV são obtidas são modificadas para intensificar a produção de EV, para intensificar a administração oral das EV produzidas (por exemplo, melhorando-se a resistência a ácido, muco-aderência e/ou penetração e/ou resistência a ácidos biliares, enzimas digestivas, resistência a peptídeos antimicrobianos e/ou neutralização de anticorpo), para alvejar tipos de células desejados (por exemplo, células M, células caliciformes, enterócitos, células dendríticas, macrófagos), para intensificar seu efeito imunomodulador e/ou terapêutico das EV produzidas (por exemplo, isoladamente ou em combinação com um outro agente terapêutico) e/ou para intensificar a ativação ou supressão imunológica pelas EV produzidas (por exemplo, através de produção modificada de polissacarídeos, pili, fímbrias, adesinas). Em algumas modalidades, as bactérias geneticamente modificadas descritas no presente documento são modificadas para melhorar a fabricação bacteriana e/ou de EV (por exemplo, tolerância mais alta a oxigênio, estabilidade, melhor tolerância ao congelamento- descongelamento, tempos mais curtos de geração). Por exemplo, em algumas modalidades, as bactérias geneticamente modificadas descritas incluem bactérias que abrigam uma ou mais alterações genéticas, sendo que tal alteração é uma inserção, deleção, translocação ou substituição, ou qualquer combinação das mesmas, de um ou mais nucleotídeos contidos no cromossomo bacteriano ou plasmídeo endógeno e/ou um ou mais plasmídeos estranhos, sendo que a alteração genética pode resultar na superexpressão e/ou subexpressão de um ou mais genes. O micróbio geneticamente modificado (ou micróbios geneticamente modificados) pode ser produzido com o uso de qualquer técnica conhecida na arte, incluindo, porém sem limitação, mutagênese sitiodirigida, mutagênese por transposon, knockouts, knockins, mutagênese por reação em cadeia de polimerase, mutagênese química, mutagênese por luz ultravioleta, transformação (quimicamente ou por eletroporação), transdução de fagos, evolução dirigida ou qualquer combinação das mesmas.
[0082] Conforme usado no presente documento, o termo "bactérias" refere-se amplamente ao domínio de organismos procarióticos, incluindo organismos Gram positivos e Gram negativos. Exemplos de espécies e/ou cepas de bactérias que podem ser usados para produzir as EV descritas no presente documento são fornecidos na Tabela 1 e/ou na Tabela 2 e em outro local ao longo deste relatório descritivo. Em algumas modalidades, a cepa bacteriana é uma cepa bacteriana que tem um genoma que tem pelo menos 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,1%, 99,2%, 99,3%, 99,4%, 99,5%, 99,6%, 99,7%, 99,8% ou 99,9% de identidade de sequência com uma cepa listada na Tabela 1 e/ou na Tabela 2. Em algumas modalidades, as EV são provenientes de uma bactéria oncotrófica. Em algumas modalidades, as EV são provenientes de uma bactéria imunoestimuladora. Em algumas modalidades, as EV são provenientes de uma bactéria imunossupressora. Em algumas modalidades, as EV são provenientes de uma bactéria imunomoduladora. Em certas modalidades, as EV são geradas a partir de uma combinação das cepas bacterianas fornecidas no presente documento. Em algumas modalidades, a combinação é uma combinação de pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45 ou 50 cepas bacterianas. Em algumas modalidades, a combinação inclui EV provenientes de cepas bacterianas listadas na Tabela 1 e/ou na Tabela 2 e/ou cepas bacterianas que têm um genoma que tem pelo menos 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,1%, 99,2%, 99,3%, 99,4%, 99,5%, 99,6%, 99,7%, 99,8% ou 99,9% de identidade de sequência com uma cepa listada na Tabela 1 e/ou na Tabela 2. Tabela 1: Cepas bacterianas exemplificativas OTU Registro DB público Abiotrophia defectiva ACIN02000016 Abiotrophia para_adiacens AB022027 Abiotrophia sp. clone oral P4PA_155 P1 AY207063 Acetanaerobacterium elongatum NR_042930 Acetivibrio cellulolyticus NR_025917 Acetivibrio ethanolgignens FR749897 Acetobacter aceti NR_026121 Acetobacter fabarum NR_042678 Acetobacter lovaniensis NR_040832 Acetobacter malorum NR_025513 Acetobacter orientalis NR_028625 Acetobacter pasteurianus NR_026107 Acetobacter pomorum NR_042112 Acetobacter syzygii NR_040868 Acetobacter tropicalis NR_036881 Acetobacteraceae bacterium A_5844 AGEZ01000040 Acholeplasma laidlawii NR_074448 Achromobacter denitrificans NR_042021 Achromobacter piechaudii ADMS01000149 Achromobacter xylosoxidans ACRC01000072 Acidaminococcus fermentans CP001859 Acidaminococcus intestini CP003058 Acidaminococcus sp.
D21 ACGB01000071 Acidilobus saccharovorans AY350586 Acidithiobacillus ferrivorans NR_074660 Acidovorax sp. 98_63833 AY258065 Acinetobacter baumannii ACYQ01000014 Acinetobacter calcoaceticus AM157426
Acinetobacter genomosp.
C1 AY278636 Acinetobacter haemolyticus ADMT01000017 Acinetobacter johnsonii ACPL01000162 Acinetobacter junii ACPM01000135 Acinetobacter lwoffii ACPN01000204 Acinetobacter parvus AIEB01000124 Acinetobacter radioresistens ACVR01000010 Acinetobacter schindleri NR_025412 Acinetobacter sp. 56A1 GQ178049 Acinetobacter sp.
CIP 101934 JQ638573 Acinetobacter sp.
CIP 102143 JQ638578 Acinetobacter sp.
CIP 53,82 JQ638584 Acinetobacter sp.
M16_22 HM366447 Acinetobacter sp.
RUH2624 ACQF01000094 Acinetobacter sp.
SH024 ADCH01000068 Actinobacillus actinomycetemcomitans AY362885 Actinobacillus minor ACFT01000025 Actinobacillus pleuropneumoniae NR_074857 Actinobacillus succinogenes CP000746 Actinobacillus ureae AEVG01000167 Actinobaculum massiliae AF487679 Actinobaculum schaalii AY957507 Actinobaculum sp.
M L#101342 AY282578 Actinobaculum sp.
P2P_19 P1 AY207066 Actinomyces cardiffensis GU470888 Actinomyces europaeus NR_026363 Actinomyces funkei HQ906497 Actinomyces genomosp.
C1 AY278610 Actinomyces genomosp.
C2 AY278611 Actinomyces genomosp.
P1 clone oral MB6_C03 DQ003632 Actinomyces georgiae GU561319 Actinomyces israelii AF479270
Actinomyces massiliensis AB545934 Actinomyces meyeri GU561321 Actinomyces naeslundii X81062 Actinomyces nasicola AJ508455 Actinomyces neuii X71862 Actinomyces odontolyticus ACYT01000123 Actinomyces oricola NR_025559 Actinomyces orihominis AJ575186 Actinomyces oris BABV01000070 Actinomyces sp. 7400942 EU484334 Actinomyces sp. c109 AB167239 Actinomyces sp.
CCUG 37290 AJ234058 Actinomyces sp.
ChDC B197 AF543275 Actinomyces sp.
GEJ15 GU561313 Actinomyces sp.
HKU31 HQ335393 Actinomyces sp.
ICM34 HQ616391 Actinomyces sp.
ICM41 HQ616392 Actinomyces sp.
ICM47 HQ616395 Actinomyces sp.
ICM54 HQ616398 Actinomyces sp.
M2231_94_1 AJ234063 Actinomyces sp. clone oral GU009 AY349361 Actinomyces sp. clone oral GU067 AY349362 Actinomyces sp. clone oral IO076 AY349363 Actinomyces sp. clone oral IO077 AY349364 Actinomyces sp. clone oral IP073 AY349365 Actinomyces sp. clone oral IP081 AY349366 Actinomyces sp. clone oral JA063 AY349367 Actinomyces sp. táxon oral 170 AFBL01000010 Actinomyces sp. táxon oral 171 AECW01000034 Actinomyces sp. táxon oral 178 AEUH01000060 Actinomyces sp. táxon oral 180 AEPP01000041 Actinomyces sp. táxon oral 848 ACUY01000072
Actinomyces sp. táxon oral C55 HM099646 Actinomyces sp.
TeJ5 GU561315 Actinomyces urogenitalis ACFH01000038 Actinomyces viscosus ACRE01000096 Adlercreutzia equolifaciens AB306661 Aerococcus sanguinicola AY837833 Aerococcus urinae CP002512 Aerococcus urinaeequi NR_043443 Aerococcus viridans ADNT01000041 Aeromicrobium marinum NR_025681 Aeromicrobium sp.
JC14 JF824798 Aeromonas allosaccharophila S39232 Aeromonas enteropelogenes X71121 Aeromonas hydrophila NC_008570 Aeromonas jandaei X60413 Aeromonas salmonicida NC_009348 Aeromonas trota X60415 Aeromonas veronii NR_044845 Afipia genomosp. 4 EU117385 Aggregatibacter actinomycetemcomitans CP001733 Aggregatibacter aphrophilus CP001607 Aggregatibacter segnis AEPS01000017 Agrobacterium radiobacter CP000628 Agrobacterium tumefaciens AJ389893 Agrococcus jenensis NR_026275 Akkermansia muciniphila CP001071 Alcaligenes faecalis AB680368 Alcaligenes sp.
CO14 DQ643040 Alcaligenes sp.
S3 HQ262549 Alicyclobacillus acidocaldarius NR_074721 Alicyclobacillus acidoterrestris NR_040844 Alicyclobacillus contaminans NR_041475
Alicyclobacillus cycloheptanicus NR_024754 Alicyclobacillus herbarius NR_024753 Alicyclobacillus pomorum NR_024801 Alicyclobacillus sp.
CCUG 53762 HE613268 Alistipes finegoldii NR_043064 Alistipes indistinctus AB490804 Alistipes onderdonkii NR_043318 Alistipes putredinis ABFK02000017 Alistipes shahii FP929032 Alistipes sp.
HGB5 AENZ01000082 Alistipes sp.
JC50 JF824804 Alistipes sp.
RMA 9912 GQ140629 Alkaliphilus metalliredigenes AY137848 Alkaliphilus oremlandii NR_043674 Alloscardovia omnicolens NR_042583 Alloscardovia sp.
OB7196 AB425070 Anaerobaculum hydrogeniformans ACJX02000009 Anaerobiospirillum succiniciproducens NR_026075 Anaerobiospirillum thomasii AJ420985 Anaerococcus hydrogenalis ABXA01000039 Anaerococcus lactolyticus ABYO01000217 Anaerococcus octavius NR_026360 Anaerococcus prevotii CP001708 Anaerococcus sp. 8404299 HM587318 Anaerococcus sp. 8405254 HM587319 Anaerococcus sp. 9401487 HM587322 Anaerococcus sp. 9403502 HM587325 Anaerococcus sp. gpac104 AM176528 Anaerococcus sp. gpac126 AM176530 Anaerococcus sp. gpac155 AM176536 Anaerococcus sp. gpac199 AM176539 Anaerococcus sp. gpac215 AM176540
Anaerococcus tetradius ACGC01000107 Anaerococcus vaginalis ACXU01000016 Anaerofustis stercorihominis ABIL02000005 Anaeroglobus geminatus AGCJ01000054 Anaerosporobacter mobilis NR_042953 Anaerostipes caccae ABAX03000023 Anaerostipes sp. 3_2_56FAA ACWB01000002 Anaerotruncus colihominis ABGD02000021 Anaplasma marginale ABOR01000019 Anaplasma phagocytophilum NC_007797 Aneurinibacillus aneurinilyticus AB101592 Aneurinibacillus danicus NR_028657 Aneurinibacillus migulanus NR_036799 Aneurinibacillus terranovensis NR_042271 Aneurinibacillus thermoaerophilus NR_029303 Anoxybacillus contaminans NR_029006 Anoxybacillus flavithermus NR_074667 Arcanobacterium haemolyticum NR_025347 Arcanobacterium pyogenes GU585578 Arcobacter butzleri AEPT01000071 Arcobacter cryaerophilus NR_025905 Arthrobacter agilis NR_026198 Arthrobacter arilaitensis NR_074608 Arthrobacter bergerei NR_025612 Arthrobacter globiformis NR_026187 Arthrobacter nicotianae NR_026190 Atopobium minutum HM007583 Atopobium parvulum CP001721 Atopobium rimae ACFE01000007 Atopobium sp.
BS2 HQ616367 Atopobium sp.
F0209 EU592966 Atopobium sp.
ICM42b10 HQ616393
Atopobium sp.
ICM57 HQ616400 Atopobium vaginae AEDQ01000024 Aurantimonas coralicida AY065627 Aureimonas altamirensis FN658986 Auritibacter ignavus FN554542 Averyella dalhousiensis DQ481464 Bacillus aeolius NR_025557 Bacillus aerophilus NR_042339 Bacillus aestuarii GQ980243 Bacillus alcalophilus X76436 Bacillus amyloliquefaciens NR_075005 Bacillus anthracis AAEN01000020 Bacillus atrophaeus NR_075016 Bacillus badius NR_036893 Bacillus cereus ABDJ01000015 Bacillus circulans AB271747 Bacillus clausii FN397477 Bacillus coagulans DQ297928 Bacillus firmus NR_025842 Bacillus flexus NR_024691 Bacillus fordii NR_025786 Bacillus gelatini NR_025595 Bacillus halmapalus NR_026144 Bacillus halodurans AY144582 Bacillus herbersteinensis NR_042286 Bacillus horti NR_036860 Bacillus idriensis NR_043268 Bacillus lentus NR_040792 Bacillus licheniformis NC_006270 Bacillus megaterium GU252124 Bacillus nealsonii NR_044546 Bacillus niabensis NR_043334
Bacillus niacini NR_024695 Bacillus pocheonensis NR_041377 Bacillus pumilus NR_074977 Bacillus safensis JQ624766 Bacillus simplex NR_042136 Bacillus sonorensis NR_025130 Bacillus sp. 10403023 MM10403188 CAET01000089 Bacillus sp. 2_A_57_CT2 ACWD01000095 Bacillus sp. 2008724126 GU252108 Bacillus sp. 2008724139 GU252111 Bacillus sp. 7_16AIA FN397518 Bacillus sp. 9_3AIA FN397519 Bacillus sp.
AP8 JX101689 Bacillus sp.
B27(2008) EU362173 Bacillus sp.
BT1B_CT2 ACWC01000034 Bacillus sp.
GB1,1 FJ897765 Bacillus sp.
GB9 FJ897766 Bacillus sp.
HU19,1 FJ897769 Bacillus sp.
HU29 FJ897771 Bacillus sp.
HU33,1 FJ897772 Bacillus sp.
JC6 JF824800 Bacillus sp. táxon oral F26 HM099642 Bacillus sp. táxon oral F28 HM099650 Bacillus sp. táxon oral F79 HM099654 Bacillus sp.
SRC_DSF1 GU797283 Bacillus sp.
SRC_DSF10 GU797292 Bacillus sp.
SRC_DSF2 GU797284 Bacillus sp.
SRC_DSF6 GU797288 Bacillus sp. tc09 HQ844242 Bacillus sp. zh168 FJ851424 Bacillus sphaericus DQ286318 Bacillus sporothermodurans NR_026010
Bacillus subtilis EU627588 Bacillus thermoamylovorans NR_029151 Bacillus thuringiensis NC_008600 Bacillus weihenstephanensis NR_074926 Bacteroidales bacterium ph8 JN837494 Bacteroidales genomosp.
P1 AY341819 Bacteroidales genomosp.
P2 clone oral MB1_G13 DQ003613 Bacteroidales genomosp.
P3 clone oral MB1_G34 DQ003615 Bacteroidales genomosp.
P4 clone oral MB2_G17 DQ003617 Bacteroidales genomosp.
P5 clone oral MB2_P04 DQ003619 Bacteroidales genomosp.
P6 clone oral MB3_C19 DQ003634 Bacteroidales genomosp.
P7 clone oral MB3_P19 DQ003623 Bacteroidales genomosp.
P8 clone oral MB4_G15 DQ003626 Bacteroides acidifaciens NR_028607 Bacteroides barnesiae NR_041446 Bacteroides caccae EU136686 Bacteroides cellulosilyticus ACCH01000108 Bacteroides clarus AFBM01000011 Bacteroides coagulans AB547639 Bacteroides coprocola ABIY02000050 Bacteroides coprophilus ACBW01000012 Bacteroides dorei ABWZ01000093 Bacteroides eggerthii ACWG01000065 Bacteroides faecis GQ496624 Bacteroides finegoldii AB222699 Bacteroides fluxus AFBN01000029 Bacteroides fragilis AP006841 Bacteroides galacturonicus DQ497994 Bacteroides helcogenes CP002352 Bacteroides heparinolyticus JN867284 Bacteroides intestinalis ABJL02000006 Bacteroides massiliensis AB200226
Bacteroides nordii NR_043017 Bacteroides oleiciplenus AB547644 Bacteroides ovatus ACWH01000036 Bacteroides pectinophilus ABVQ01000036 Bacteroides plebeius AB200218 Bacteroides pyogenes NR_041280 Bacteroides salanitronis CP002530 Bacteroides salyersiae EU136690 Bacteroides sp. 1_1_14 ACRP01000155 Bacteroides sp. 1_1_30 ADCL01000128 Bacteroides sp. 1_1_6 ACIC01000215 Bacteroides sp. 2_1_22 ACPQ01000117 Bacteroides sp. 2_1_56FAA ACWI01000065 Bacteroides sp. 2_2_4 ABZZ01000168 Bacteroides sp. 20_3 ACRQ01000064 Bacteroides sp. 3_1_19 ADCJ01000062 Bacteroides sp. 3_1_23 ACRS01000081 Bacteroides sp. 3_1_33FAA ACPS01000085 Bacteroides sp. 3_1_40A ACRT01000136 Bacteroides sp. 3_2_5 ACIB01000079 Bacteroides sp. 315_5 FJ848547 Bacteroides sp. 31SF15 AJ583248 Bacteroides sp. 31SF18 AJ583249 Bacteroides sp. 35AE31 AJ583244 Bacteroides sp. 35AE37 AJ583245 Bacteroides sp. 35BE34 AJ583246 Bacteroides sp. 35BE35 AJ583247 Bacteroides sp. 4_1_36 ACTC01000133 Bacteroides sp. 4_3_47FAA ACDR02000029 Bacteroides sp. 9_1_42FAA ACAA01000096 Bacteroides sp.
AR20 AF139524 Bacteroides sp.
AR29 AF139525
Bacteroides sp.
B2 EU722733 Bacteroides sp.
D1 ACAB02000030 Bacteroides sp.
D2 ACGA01000077 Bacteroides sp.
D20 ACPT01000052 Bacteroides sp.
D22 ADCK01000151 Bacteroides sp.
F_4 AB470322 Bacteroides sp.
NB_8 AB117565 Bacteroides sp.
WH2 AY895180 Bacteroides sp.
XB12B AM230648 Bacteroides sp.
XB44A AM230649 Bacteroides stercoris ABFZ02000022 Bacteroides thetaiotaomicron NR_074277 Bacteroides uniformis AB050110 Bacteroides ureolyticus GQ167666 Bacteroides vulgatus CP000139 Bacteroides xylanisolvens ADKP01000087 Bacteroidetes bacterium táxon oral D27 HM099638 Bacteroidetes bacterium táxon oral F31 HM099643 Bacteroidetes bacterium táxon oral F44 HM099649 Barnesiella intestinihominis AB370251 Barnesiella viscericola NR_041508 Bartonella bacilliformis NC_008783 Bartonella grahamii CP001562 Bartonella henselae NC_005956 Bartonella quintana BX897700 Bartonella tamiae EF672728 Bartonella washoensis FJ719017 Bdellovibrio sp.
MPA AY294215 Bifidobacteriaceae genomosp.
C1 AY278612 Bifidobacterium adolescentis AAXD02000018 Bifidobacterium angulatum ABYS02000004 Bifidobacterium animalis CP001606
Bifidobacterium bifidum ABQP01000027 Bifidobacterium breve CP002743 Bifidobacterium catenulatum ABXY01000019 Bifidobacterium dentium CP001750 Bifidobacterium gallicum ABXB03000004 Bifidobacterium infantis AY151398 Bifidobacterium kashiwanohense AB491757 Bifidobacterium longum ABQQ01000041 Bifidobacterium pseudocatenulatum ABXX02000002 Bifidobacterium pseudolongum NR_043442 Bifidobacterium scardovii AJ307005 Bifidobacterium sp.
HM2 AB425276 Bifidobacterium sp.
HMLN12 JF519685 Bifidobacterium sp.
M45 HM626176 Bifidobacterium sp.
MSX5B HQ616382 Bifidobacterium sp.
TM_7 AB218972 Bifidobacterium thermophilum DQ340557 Bifidobacterium urinalis AJ278695 Bilophila wadsworthia ADCP01000166 Bisgaard Taxon AY683487 Bisgaard Taxon AY683489 Bisgaard Taxon AY683491 Bisgaard Taxon AY683492 Blastomonas natatoria NR_040824 Blautia coccoides AB571656 Blautia glucerasea AB588023 Blautia glucerasei AB439724 Blautia hansenii ABYU02000037 Blautia hydrogenotrophica ACBZ01000217 Blautia luti AB691576 Blautia producta AB600998 Blautia schinkii NR_026312
Blautia sp.
M25 HM626178 Blautia stercoris HM626177 Blautia wexlerae EF036467 Bordetella bronchiseptica NR_025949 Bordetella holmesii AB683187 Bordetella parapertussis NR_025950 Bordetella pertussis BX640418 Borrelia afzelii ABCU01000001 Borrelia burgdorferi ABGI01000001 Borrelia crocidurae DQ057990 Borrelia duttonii NC_011229 Borrelia garinii ABJV01000001 Borrelia hermsii AY597657 Borrelia hispanica DQ057988 Borrelia persica HM161645 Borrelia recurrentis AF107367 Borrelia sp.
NE49 AJ224142 Borrelia spielmanii ABKB01000002 Borrelia turicatae NC_008710 Borrelia valaisiana ABCY01000002 Brachybacterium alimentarium NR_026269 Brachybacterium conglomeratum AB537169 Brachybacterium tyrofermentans NR_026272 Brachyspira aalborgi FM178386 Brachyspira pilosicoli NR_075069 Brachyspira sp.
HIS3 FM178387 Brachyspira sp.
HIS4 FM178388 Brachyspira sp.
HIS5 FM178389 Brevibacillus agri NR_040983 Brevibacillus brevis NR_041524 Brevibacillus centrosporus NR_043414 Brevibacillus choshinensis NR_040980
Brevibacillus invocatus NR_041836 Brevibacillus laterosporus NR_037005 Brevibacillus parabrevis NR_040981 Brevibacillus reuszeri NR_040982 Brevibacillus sp. phR JN837488 Brevibacillus thermoruber NR_026514 Brevibacterium aurantiacum NR_044854 Brevibacterium casei JF951998 Brevibacterium epidermidis NR_029262 Brevibacterium frigoritolerans NR_042639 Brevibacterium linens AJ315491 Brevibacterium mcbrellneri ADNU01000076 Brevibacterium paucivorans EU086796 Brevibacterium sanguinis NR_028016 Brevibacterium sp.
H15 AB177640 Brevibacterium sp.
JC43 JF824806 Brevundimonas subvibrioides CP002102 Brucella abortus ACBJ01000075 Brucella canis NR_044652 Brucella ceti ACJD01000006 Brucella melitensis AE009462 Brucella microti NR_042549 Brucella ovis NC_009504 Brucella sp. 83_13 ACBQ01000040 Brucella sp.
BO1 EU053207 Brucella suis ACBK01000034 Bryantella formatexigens ACCL02000018 Buchnera aphidicola NR_074609 Bulleidia extructa ADFR01000011 Burkholderia ambifaria AAUZ01000009 Burkholderia cenocepacia AAHI01000060 Burkholderia cepacia NR_041719
Burkholderia mallei CP000547 Burkholderia multivorans NC_010086 Burkholderia oklahomensis DQ108388 Burkholderia pseudomallei CP001408 Burkholderia rhizoxinica HQ005410 Burkholderia sp. 383 CP000151 Burkholderia xenovorans U86373 Burkholderiales bacterium 1_1_47 ADCQ01000066 Butyricicoccus pullicaecorum HH793440 Butyricimonas virosa AB443949 Butyrivibrio crossotus ABWN01000012 Butyrivibrio fibrisolvens U41172 Caldimonas manganoxidans NR_040787 Caminicella sporogenes NR_025485 Campylobacter coli AAFL01000004 Campylobacter concisus CP000792 Campylobacter curvus NC_009715 Campylobacter fetus ACLG01001177 Campylobacter gracilis ACYG01000026 Campylobacter hominis NC_009714 Campylobacter jejuni AL139074 Campylobacter lari CP000932 Campylobacter rectus ACFU01000050 Campylobacter showae ACVQ01000030 Campylobacter sp.
FOBRC14 HQ616379 Campylobacter sp.
FOBRC15 HQ616380 Campylobacter sp. clone oral BB120 AY005038 Campylobacter sputorum NR_044839 Campylobacter upsaliensis AEPU01000040 Candidatus Arthromitus sp.
SFB_mouse_Yit NR_074460 Candidatus Sulcia muelleri CP002163 Capnocytophaga canimorsus CP002113
Capnocytophaga genomosp.
C1 AY278613 Capnocytophaga gingivalis ACLQ01000011 Capnocytophaga granulosa X97248 Capnocytophaga ochracea AEOH01000054 Capnocytophaga sp.
GEJ8 GU561335 Capnocytophaga sp. clone oral AH015 AY005074 Capnocytophaga sp. clone oral ASCH05 AY923149 Capnocytophaga sp. clone oral ID062 AY349368 Capnocytophaga sp. cepa oral A47ROY AY005077 Capnocytophaga sp. cepa oral S3 AY005073 Capnocytophaga sp. táxon oral 338 AEXX01000050 Capnocytophaga sp.
S1b U42009 Capnocytophaga sputigena ABZV01000054 Cardiobacterium hominis ACKY01000036 Cardiobacterium valvarum NR_028847 Carnobacterium divergens NR_044706 Carnobacterium maltaromaticum NC_019425 Catabacter hongkongensis AB671763 Catenibacterium mitsuokai AB030224 Catonella genomosp.
P1 clone oral MB5_P12 DQ003629 Catonella morbi ACIL02000016 Catonella sp. clone oral FL037 AY349369 Cedecea davisae AF493976 Cellulosimicrobium funkei AY501364 Cetobacterium somerae AJ438155 Chlamydia muridarum AE002160 Chlamydia psittaci NR_036864 Chlamydia trachomatis U68443 Chlamydiales bacterium NS11 JN606074 Chlamydiales bacterium NS13 JN606075 Chlamydiales bacterium NS16 JN606076 Chlamydophila pecorum D88317
Chlamydophila pneumoniae NC_002179 Chlamydophila psittaci D85712 Chloroflexi genomosp.
P1 AY331414 Christensenella minuta AB490809 Chromobacterium violaceum NC_005085 Chryseobacterium anthropi AM982793 Chryseobacterium gleum ACKQ02000003 Chryseobacterium hominis NR_042517 Citrobacter amalonaticus FR870441 Citrobacter braakii NR_028687 Citrobacter farmeri AF025371 Citrobacter freundii NR_028894 Citrobacter gillenii AF025367 Citrobacter koseri NC_009792 Citrobacter murliniae AF025369 Citrobacter rodentium NR_074903 Citrobacter sedlakii AF025364 Citrobacter sp. 30_2 ACDJ01000053 Citrobacter sp.
KMSI_3 GQ468398 Citrobacter werkmanii AF025373 Citrobacter youngae ABWL02000011 Cloacibacillus evryensis GQ258966 Clostridiaceae bacterium END_2 EF451053 Clostridiaceae bacterium JC13 JF824807 Clostridiales bacterium 1_7_47FAA ABQR01000074 Clostridiales bacterium 9400853 HM587320 Clostridiales bacterium 9403326 HM587324 Clostridiales bacterium clone oral P4PA_66 P1 AY207065 Clostridiales bacterium táxon oral 093 GQ422712 Clostridiales bacterium táxon oral F32 HM099644 Clostridiales bacterium ph2 JN837487 Clostridiales bacterium SY8519 AB477431
Clostridiales genomosp.
BVAB3 CP001850 Clostridiales sp.
SM4_1 FP929060 Clostridiales sp.
SS3_4 AY305316 Clostridiales sp.
SSC_2 FP929061 Clostridium acetobutylicum NR_074511 Clostridium aerotolerans X76163 Clostridium aldenense NR_043680 Clostridium aldrichii NR_026099 Clostridium algidicarnis NR_041746 Clostridium algidixylanolyticum NR_028726 Clostridium aminovalericum NR_029245 Clostridium amygdalinum AY353957 Clostridium argentinense NR_029232 Clostridium asparagiforme ACCJ01000522 Clostridium baratii NR_029229 Clostridium bartlettii ABEZ02000012 Clostridium beijerinckii NR_074434 Clostridium bifermentans X73437 Clostridium bolteae ABCC02000039 Clostridium botulinum NC_010723 Clostridium butyricum ABDT01000017 Clostridium cadaveris AB542932 Clostridium carboxidivorans FR733710 Clostridium carnis NR_044716 Clostridium celatum X77844 Clostridium celerecrescens JQ246092 Clostridium cellulosi NR_044624 Clostridium chauvoei EU106372 Clostridium citroniae ADLJ01000059 Clostridium clariflavum NR_041235 Clostridium clostridiiformes M59089 Clostridium clostridioforme NR_044715
Clostridium coccoides EF025906 Clostridium cochlearium NR_044717 Clostridium cocleatum NR_026495 Clostridium colicanis FJ957863 Clostridium colinum NR_026151 Clostridium difficile NC_013315 Clostridium disporicum NR_026491 Clostridium estertheticum NR_042153 Clostridium fallax NR_044714 Clostridium favososporum X76749 Clostridium felsineum AF270502 Clostridium frigidicarnis NR_024919 Clostridium gasigenes NR_024945 Clostridium ghonii AB542933 Clostridium glycolicum FJ384385 Clostridium glycyrrhizinilyticum AB233029 Clostridium haemolyticum NR_024749 Clostridium hathewayi AY552788 Clostridium hiranonis AB023970 Clostridium histolyticum HF558362 Clostridium hylemonae AB023973 Clostridium indolis AF028351 Clostridium innocuum M23732 Clostridium irregulare NR_029249 Clostridium isatidis NR_026347 Clostridium kluyveri NR_074165 Clostridium lactatifermentans NR_025651 Clostridium lavalense EF564277 Clostridium leptum AJ305238 Clostridium limosum FR870444 Clostridium magnum X77835 Clostridium malenominatum FR749893
Clostridium mayombei FR733682 Clostridium methylpentosum ACEC01000059 Clostridium nexile X73443 Clostridium novyi NR_074343 Clostridium orbiscindens Y18187 Clostridium oroticum FR749922 Clostridium paraputrificum AB536771 Clostridium perfringens ABDW01000023 Clostridium phytofermentans NR_074652 Clostridium piliforme D14639 Clostridium putrefaciens NR_024995 Clostridium quinii NR_026149 Clostridium ramosum M23731 Clostridium rectum NR_029271 Clostridium saccharogumia DQ100445 Clostridium saccharolyticum CP002109 Clostridium sardiniense NR_041006 Clostridium sartagoforme NR_026490 Clostridium scindens AF262238 Clostridium septicum NR_026020 Clostridium sordellii AB448946 Clostridium sp. 7_2_43FAA ACDK01000101 Clostridium sp.
D5 ADBG01000142 Clostridium sp.
HGF2 AENW01000022 Clostridium sp.
HPB_46 AY862516 Clostridium sp.
JC122 CAEV01000127 Clostridium sp.
L2_50 AAYW02000018 Clostridium sp.
LMG 16094 X95274 Clostridium sp.
M62_1 ACFX02000046 Clostridium sp.
MLG055 AF304435 Clostridium sp.
MT4 E FJ159523 Clostridium sp.
NMBHI_1 JN093130
Clostridium sp.
NML 04A032 EU815224 Clostridium sp.
SS2_1 ABGC03000041 Clostridium sp.
SY8519 AP012212 Clostridium sp.
TM_40 AB249652 Clostridium sp.
YIT 12069 AB491207 Clostridium sp.
YIT 12070 AB491208 Clostridium sphenoides X73449 Clostridium spiroforme X73441 Clostridium sporogenes ABKW02000003 Clostridium sporosphaeroides NR_044835 Clostridium stercorarium NR_025100 Clostridium sticklandii L04167 Clostridium straminisolvens NR_024829 Clostridium subterminale NR_041795 Clostridium sulfidigenes NR_044161 Clostridium symbiosum ADLQ01000114 Clostridium tertium Y18174 Clostridium tetani NC_004557 Clostridium thermocellum NR_074629 Clostridium tyrobutyricum NR_044718 Clostridium viride NR_026204 Clostridium xylanolyticum NR_037068 Collinsella aerofaciens AAVN02000007 Collinsella intestinalis ABXH02000037 Collinsella stercoris ABXJ01000150 Collinsella tanakaei AB490807 Comamonadaceae bacterium NML000135 JN585335 Comamonadaceae bacterium NML790751 JN585331 Comamonadaceae bacterium NML910035 JN585332 Comamonadaceae bacterium NML910036 JN585333 Comamonadaceae bacterium táxon oral F47 HM099651 Comamonas sp.
NSP5 AB076850
Conchiformibius kuhniae NR_041821 Coprobacillus cateniformis AB030218 Coprobacillus sp. 29_1 ADKX01000057 Coprobacillus sp.
D7 ACDT01000199 Coprococcus catus EU266552 Coprococcus comes ABVR01000038 Coprococcus eutactus EF031543 Coprococcus sp.
ART55_1 AY350746 Coriobacteriaceae bacterium BV3Ac1 JN809768 Coriobacteriaceae bacterium JC110 CAEM01000062 Coriobacteriaceae bacterium phI JN837493 Corynebacterium accolens ACGD01000048 Corynebacterium ammoniagenes ADNS01000011 Corynebacterium amycolatum ABZU01000033 Corynebacterium appendicis NR_028951 Corynebacterium argentoratense EF463055 Corynebacterium atypicum NR_025540 Corynebacterium aurimucosum ACLH01000041 Corynebacterium bovis AF537590 Corynebacterium canis GQ871934 Corynebacterium casei NR_025101 Corynebacterium confusum Y15886 Corynebacterium coyleae X96497 Corynebacterium diphtheriae NC_002935 Corynebacterium durum Z97069 Corynebacterium efficiens ACLI01000121 Corynebacterium falsenii Y13024 Corynebacterium flavescens NR_037040 Corynebacterium genitalium ACLJ01000031 Corynebacterium glaucum NR_028971 Corynebacterium glucuronolyticum ABYP01000081 Corynebacterium glutamicum BA000036
Corynebacterium hansenii AM946639 Corynebacterium imitans AF537597 Corynebacterium jeikeium ACYW01000001 Corynebacterium kroppenstedtii NR_026380 Corynebacterium lipophiloflavum ACHJ01000075 Corynebacterium macginleyi AB359393 Corynebacterium mastitidis AB359395 Corynebacterium matruchotii ACSH02000003 Corynebacterium minutissimum X82064 Corynebacterium mucifaciens NR_026396 Corynebacterium propinquum NR_037038 Corynebacterium pseudodiphtheriticum X84258 Corynebacterium pseudogenitalium ABYQ01000237 Corynebacterium pseudotuberculosis NR_037070 Corynebacterium pyruviciproducens FJ185225 Corynebacterium renale NR_037069 Corynebacterium resistens ADGN01000058 Corynebacterium riegelii EU848548 Corynebacterium simulans AF537604 Corynebacterium singulare NR_026394 Corynebacterium sp. 1 ex ovelha Y13427 Corynebacterium sp.
L_2012475 HE575405 Corynebacterium sp.
NML 93_0481 GU238409 Corynebacterium sp.
NML 97_0186 GU238411 Corynebacterium sp.
NML 99_0018 GU238413 Corynebacterium striatum ACGE01000001 Corynebacterium sundsvallense Y09655 Corynebacterium tuberculostearicum ACVP01000009 Corynebacterium tuscaniae AY677186 Corynebacterium ulcerans NR_074467 Corynebacterium urealyticum X81913 Corynebacterium ureicelerivorans AM397636
Corynebacterium variabile NR_025314 Corynebacterium xerosis FN179330 Coxiella burnetii CP000890 Cronobacter malonaticus GU122174 Cronobacter sakazakii NC_009778 Cronobacter turicensis FN543093 Cryptobacterium curtum GQ422741 Cupriavidus metallidurans GU230889 Cytophaga xylanolytica FR733683 Deferribacteres sp. clone oral JV001 AY349370 Deferribacteres sp. clone oral JV006 AY349371 Deferribacteres sp. clone oral JV023 AY349372 Deinococcus radiodurans AE000513 Deinococcus sp.
R_43890 FR682752 Delftia acidovorans CP000884 Dermabacter hominis FJ263375 Dermacoccus sp.
Ellin185 AEIQ01000090 Desmospora activa AM940019 Desmospora sp. 8437 AFHT01000143 Desulfitobacterium frappieri AJ276701 Desulfitobacterium hafniense NR_074996 Desulfobulbus sp. clone oral CH031 AY005036 Desulfotomaculum nigrificans NR_044832 Desulfovibrio desulfuricans DQ092636 Desulfovibrio fairfieldensis U42221 Desulfovibrio piger AF192152 Desulfovibrio sp. 3_1_syn3 ADDR01000239 Desulfovibrio vulgaris NR_074897 Dialister invisus ACIM02000001 Dialister micraerophilus AFBB01000028 Dialister microaerophilus AENT01000008 Dialister pneumosintes HM596297
Dialister propionicifaciens NR_043231 Dialister sp. táxon oral 502 GQ422739 Dialister succinatiphilus AB370249 Dietzia natronolimnaea GQ870426 Dietzia sp.
BBDP51 DQ337512 Dietzia sp.
CA149 GQ870422 Dietzia timorensis GQ870424 Dorea formicigenerans AAXA02000006 Dorea longicatena AJ132842 Dysgonomonas gadei ADLV01000001 Dysgonomonas mossii ADLW01000023 Edwardsiella tarda CP002154 Eggerthella lenta AF292375 Eggerthella sinensis AY321958 Eggerthella sp. 1_3_56FAA ACWN01000099 Eggerthella sp.
HGA1 AEXR01000021 Eggerthella sp.
YY7918 AP012211 Ehrlichia chaffeensis AAIF01000035 Eikenella corrodens ACEA01000028 Enhydrobacter aerosaccus ACYI01000081 Enterobacter aerogenes AJ251468 Enterobacter asburiae NR_024640 Enterobacter cancerogenus Z96078 Enterobacter cloacae FP929040 Enterobacter cowanii NR_025566 Enterobacter hormaechei AFHR01000079 Enterobacter sp. 247BMC HQ122932 Enterobacter sp. 638 NR_074777 Enterobacter sp.
JC163 JN657217 Enterobacter sp.
SCSS HM007811 Enterobacter sp.
TSE38 HM156134 Enterobacteriaceae bacterium 9_2_54FAA ADCU01000033
Enterobacteriaceae bacterium CF01Ent_1 AJ489826 Enterobacteriaceae bacterium Smarlab 3302238 AY538694 Enterococcus avium AF133535 Enterococcus caccae AY943820 Enterococcus casseliflavus AEWT01000047 Enterococcus durans AJ276354 Enterococcus faecalis AE016830 Enterococcus faecium AM157434 Enterococcus gallinarum AB269767 Enterococcus gilvus AY033814 Enterococcus hawaiiensis AY321377 Enterococcus hirae AF061011 Enterococcus italicus AEPV01000109 Enterococcus mundtii NR_024906 Enterococcus raffinosus FN600541 Enterococcus sp.
BV2CASA2 JN809766 Enterococcus sp.
CCRI_16620 GU457263 Enterococcus sp.
F95 FJ463817 Enterococcus sp.
RfL6 AJ133478 Enterococcus thailandicus AY321376 Eremococcus coleocola AENN01000008 Erysipelothrix inopinata NR_025594 Erysipelothrix rhusiopathiae ACLK01000021 Erysipelothrix tonsillarum NR_040871 Erysipelotrichaceae bacterium 3_1_53 ACTJ01000113 Erysipelotrichaceae bacterium 5_2_54FAA ACZW01000054 Escherichia albertii ABKX01000012 Escherichia coli NC_008563 Escherichia fergusonii CU928158 Escherichia hermannii HQ407266 Escherichia sp. 1_1_43 ACID01000033 Escherichia sp. 4_1_40B ACDM02000056
Escherichia sp.
B4 EU722735 Escherichia vulneris NR_041927 Ethanoligenens harbinense AY675965 Eubacteriaceae bacterium P4P_50 P4 AY207060 Eubacterium barkeri NR_044661 Eubacterium biforme ABYT01000002 Eubacterium brachy U13038 Eubacterium budayi NR_024682 Eubacterium callanderi NR_026330 Eubacterium cellulosolvens AY178842 Eubacterium contortum FR749946 Eubacterium coprostanoligenes HM037995 Eubacterium cylindroides FP929041 Eubacterium desmolans NR_044644 Eubacterium dolichum L34682 Eubacterium eligens CP001104 Eubacterium fissicatena FR749935 Eubacterium hadrum FR749933 Eubacterium hallii L34621 Eubacterium infirmum U13039 Eubacterium limosum CP002273 Eubacterium moniliforme HF558373 Eubacterium multiforme NR_024683 Eubacterium nitritogenes NR_024684 Eubacterium nodatum U13041 Eubacterium ramulus AJ011522 Eubacterium rectale FP929042 Eubacterium ruminantium NR_024661 Eubacterium saburreum AB525414 Eubacterium saphenum NR_026031 Eubacterium siraeum ABCA03000054 Eubacterium sp. 3_1_31 ACTL01000045
Eubacterium sp.
AS15b HQ616364 Eubacterium sp.
OBRC9 HQ616354 Eubacterium sp. clone oral GI038 AY349374 Eubacterium sp. clone oral IR009 AY349376 Eubacterium sp. clone oral JH012 AY349373 Eubacterium sp. clone oral JI012 AY349379 Eubacterium sp. clone oral JN088 AY349377 Eubacterium sp. clone oral JS001 AY349378 Eubacterium sp. clone oral OH3A AY947497 Eubacterium sp.
WAL 14571 FJ687606 Eubacterium tenue M59118 Eubacterium tortuosum NR_044648 Eubacterium ventriosum L34421 Eubacterium xylanophilum L34628 Eubacterium yurii AEES01000073 Ewingella americana JN175329 Exiguobacterium acetylicum FJ970034 Facklamia hominis Y10772 Faecalibacterium prausnitzii ACOP02000011 Filifactor alocis CP002390 Filifactor villosus NR_041928 Finegoldia magna ACHM02000001 Flavobacteriaceae genomosp.
C1 AY278614 Flavobacterium sp.
NF2_1 FJ195988 Flavonifractor plautii AY724678 Flexispira rappini AY126479 Flexistipes sinusarabici NR_074881 Francisella novicida ABSS01000002 Francisella philomiragia AY928394 Francisella tularensis ABAZ01000082 Fulvimonas sp.
NML 060897 EF589680 Fusobacterium canifelinum AY162222
Fusobacterium genomosp.
C1 AY278616 Fusobacterium genomosp.
C2 AY278617 Fusobacterium gonidiaformans ACET01000043 Fusobacterium mortiferum ACDB02000034 Fusobacterium naviforme HQ223106 Fusobacterium necrogenes X55408 Fusobacterium necrophorum AM905356 Fusobacterium nucleatum ADVK01000034 Fusobacterium periodonticum ACJY01000002 Fusobacterium russii NR_044687 Fusobacterium sp. 1_1_41FAA ADGG01000053 Fusobacterium sp. 11_3_2 ACUO01000052 Fusobacterium sp. 12_1B AGWJ01000070 Fusobacterium sp. 2_1_31 ACDC02000018 Fusobacterium sp. 3_1_27 ADGF01000045 Fusobacterium sp. 3_1_33 ACQE01000178 Fusobacterium sp. 3_1_36A2 ACPU01000044 Fusobacterium sp. 3_1_5R ACDD01000078 Fusobacterium sp.
AC18 HQ616357 Fusobacterium sp.
ACB2 HQ616358 Fusobacterium sp.
AS2 HQ616361 Fusobacterium sp.
CM1 HQ616371 Fusobacterium sp.
CM21 HQ616375 Fusobacterium sp.
CM22 HQ616376 Fusobacterium sp.
D12 ACDG02000036 Fusobacterium sp. clone oral ASCF06 AY923141 Fusobacterium sp. clone oral ASCF11 AY953256 Fusobacterium ulcerans ACDH01000090 Fusobacterium varium ACIE01000009 Gardnerella vaginalis CP001849 Gemella haemolysans ACDZ02000012 Gemella morbillorum NR_025904
Gemella morbillorum ACRX01000010 Gemella sanguinis ACRY01000057 Gemella sp. clone oral ASCE02 AY923133 Gemella sp. clone oral ASCF04 AY923139 Gemella sp. clone oral ASCF12 AY923143 Gemella sp.
WAL 1945J EU427463 Gemmiger formicilis GU562446 Geobacillus kaustophilus NR_074989 Geobacillus sp.
E263 DQ647387 Geobacillus sp.
WCH70 CP001638 Geobacillus stearothermophilus NR_040794 Geobacillus thermocatenulatus NR_043020 Geobacillus thermodenitrificans NR_074976 Geobacillus thermoglucosidasius NR_043022 Geobacillus thermoleovorans NR_074931 Geobacter bemidjiensis CP001124 Gloeobacter violaceus NR_074282 Gluconacetobacter azotocaptans NR_028767 Gluconacetobacter diazotrophicus NR_074292 Gluconacetobacter entanii NR_028909 Gluconacetobacter europaeus NR_026513 Gluconacetobacter hansenii NR_026133 Gluconacetobacter johannae NR_024959 Gluconacetobacter oboediens NR_041295 Gluconacetobacter xylinus NR_074338 Gordonia bronchialis NR_027594 Gordonia polyisoprenivorans DQ385609 Gordonia sp.
KTR9 DQ068383 Gordonia sputi FJ536304 Gordonia terrae GQ848239 Gordonibacter pamelaeae AM886059 Gordonibacter pamelaeae FP929047
Gracilibacter thermotolerans NR_043559 Gramella forsetii NR_074707 Granulicatella adiacens ACKZ01000002 Granulicatella elegans AB252689 Granulicatella paradiacens AY879298 Granulicatella sp.
M658_99_3 AJ271861 Granulicatella sp. clone oral ASC02 AY923126 Granulicatella sp. clone oral ASCA05 DQ341469 Granulicatella sp. clone oral ASCB09 AY953251 Granulicatella sp. clone oral ASCG05 AY923146 Grimontia hollisae ADAQ01000013 Haematobacter sp.
BC14248 GU396991 Haemophilus aegyptius AFBC01000053 Haemophilus ducreyi AE017143 Haemophilus genomosp.
P2 clone oral MB3_C24 DQ003621 Haemophilus genomosp.
P3 clone oral MB3_C38 DQ003635 Haemophilus haemolyticus JN175335 Haemophilus influenzae AADP01000001 Haemophilus parahaemolyticus GU561425 Haemophilus parainfluenzae AEWU01000024 Haemophilus paraphrophaemolyticus M75076 Haemophilus parasuis GU226366 Haemophilus somnus NC_008309 Haemophilus sp. 70334 HQ680854 Haemophilus sp.
HK445 FJ685624 Haemophilus sp. clone oral ASCA07 AY923117 Haemophilus sp. clone oral ASCG06 AY923147 Haemophilus sp. clone oral BJ021 AY005034 Haemophilus sp. clone oral BJ095 AY005033 Haemophilus sp. clone oral JM053 AY349380 Haemophilus sp. táxon oral 851 AGRK01000004 Haemophilus sputorum AFNK01000005
Hafnia alvei DQ412565 Halomonas elongata NR_074782 Halomonas johnsoniae FR775979 Halorubrum lipolyticum AB477978 Helicobacter bilis ACDN01000023 Helicobacter canadensis ABQS01000108 Helicobacter cinaedi ABQT01000054 Helicobacter pullorum ABQU01000097 Helicobacter pylori CP000012 Helicobacter sp.
None U44756 Helicobacter winghamensis ACDO01000013 Heliobacterium modesticaldum NR_074517 Herbaspirillum seropedicae CP002039 Herbaspirillum sp.
JC206 JN657219 Histophilus somni AF549387 Holdemania filiformis Y11466 Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans NR_044425 Hyperthermus butylicus CP000493 Hyphomicrobium sulfonivorans AY468372 Hyphomonas neptunium NR_074092 Ignatzschineria indica HQ823562 Ignatzschineria sp.
NML 95_0260 HQ823559 Ignicoccus islandicus X99562 Inquilinus limosus NR_029046 Janibacter limosus NR_026362 Janibacter melonis EF063716 Janthinobacterium sp.
SY12 EF455530 Johnsonella ignava X87152 Jonquetella anthropi ACOO02000004 Kerstersia gyiorum NR_025669 Kingella denitrificans AEWV01000047 Kingella genomosp.
P1 clone oral MB2_C20 DQ003616
Kingella kingae AFHS01000073 Kingella oralis ACJW02000005 Kingella sp. clone oral ID059 AY349381 Klebsiella oxytoca AY292871 Klebsiella pneumoniae CP000647 Klebsiella sp.
AS10 HQ616362 Klebsiella sp.
Co9935 DQ068764 Klebsiella sp. clone da cultura de enriquecimento HM195210 SRC_DSD25 Klebsiella sp.
OBRC7 HQ616353 Klebsiella sp.
SP_BA FJ999767 Klebsiella sp.
SRC_DSD1 GU797254 Klebsiella sp.
SRC_DSD11 GU797263 Klebsiella sp.
SRC_DSD12 GU797264 Klebsiella sp.
SRC_DSD15 GU797267 Klebsiella sp.
SRC_DSD2 GU797253 Klebsiella sp.
SRC_DSD6 GU797258 Klebsiella variicola CP001891 Kluyvera ascorbata NR_028677 Kluyvera cryocrescens NR_028803 Kocuria marina GQ260086 Kocuria palustris EU333884 Kocuria rhizophila AY030315 Kocuria rosea X87756 Kocuria varians AF542074 Lachnobacterium bovis GU324407 Lachnospira multipara FR733699 Lachnospira pectinoschiza L14675 Lachnospiraceae bacterium 1_1_57FAA ACTM01000065 Lachnospiraceae bacterium 1_4_56FAA ACTN01000028 Lachnospiraceae bacterium 2_1_46FAA ADLB01000035 Lachnospiraceae bacterium 2_1_58FAA ACTO01000052
Lachnospiraceae bacterium 3_1_57FAA_CT1 ACTP01000124 Lachnospiraceae bacterium 4_1_37FAA ADCR01000030 Lachnospiraceae bacterium 5_1_57FAA ACTR01000020 Lachnospiraceae bacterium 5_1_63FAA ACTS01000081 Lachnospiraceae bacterium 6_1_63FAA ACTV01000014 Lachnospiraceae bacterium 8_1_57FAA ACWQ01000079 Lachnospiraceae bacterium 9_1_43BFAA ACTX01000023 Lachnospiraceae bacterium A4 DQ789118 Lachnospiraceae bacterium DJF VP30 EU728771 Lachnospiraceae bacterium ICM62 HQ616401 Lachnospiraceae bacterium MSX33 HQ616384 Lachnospiraceae bacterium táxon oral 107 ADDS01000069 Lachnospiraceae bacterium táxon oral F15 HM099641 Lachnospiraceae genomosp.
C1 AY278618 Lactobacillus acidipiscis NR_024718 Lactobacillus acidophilus CP000033 Lactobacillus alimentarius NR_044701 Lactobacillus amylolyticus ADNY01000006 Lactobacillus amylovorus CP002338 Lactobacillus antri ACLL01000037 Lactobacillus brevis EU194349 Lactobacillus buchneri ACGH01000101 Lactobacillus casei CP000423 Lactobacillus catenaformis M23729 Lactobacillus coleohominis ACOH01000030 Lactobacillus coryniformis NR_044705 Lactobacillus crispatus ACOG01000151 Lactobacillus curvatus NR_042437 Lactobacillus delbrueckii CP002341 Lactobacillus dextrinicus NR_036861 Lactobacillus farciminis NR_044707 Lactobacillus fermentum CP002033
Lactobacillus gasseri ACOZ01000018 Lactobacillus gastricus AICN01000060 Lactobacillus genomosp.
C1 AY278619 Lactobacillus genomosp.
C2 AY278620 Lactobacillus helveticus ACLM01000202 Lactobacillus hilgardii ACGP01000200 Lactobacillus hominis FR681902 Lactobacillus iners AEKJ01000002 Lactobacillus jensenii ACQD01000066 Lactobacillus johnsonii AE017198 Lactobacillus kalixensis NR_029083 Lactobacillus kefiranofaciens NR_042440 Lactobacillus kefiri NR_042230 Lactobacillus kimchii NR_025045 Lactobacillus leichmannii JX986966 Lactobacillus mucosae FR693800 Lactobacillus murinus NR_042231 Lactobacillus nodensis NR_041629 Lactobacillus oeni NR_043095 Lactobacillus oris AEKL01000077 Lactobacillus parabrevis NR_042456 Lactobacillus parabuchneri NR_041294 Lactobacillus paracasei ABQV01000067 Lactobacillus parakefiri NR_029039 Lactobacillus pentosus JN813103 Lactobacillus perolens NR_029360 Lactobacillus plantarum ACGZ02000033 Lactobacillus pontis HM218420 Lactobacillus reuteri ACGW02000012 Lactobacillus rhamnosus ABWJ01000068 Lactobacillus rogosae GU269544 Lactobacillus ruminis ACGS02000043
Lactobacillus sakei DQ989236 Lactobacillus salivarius AEBA01000145 Lactobacillus saniviri AB602569 Lactobacillus senioris AB602570 Lactobacillus sp. 66c FR681900 Lactobacillus sp.
BT6 HQ616370 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0701 EU600905 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0702 EU600906 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0703 EU600907 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0704 EU600908 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0705 EU600909 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0707 EU600911 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0709 EU600913 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0711 EU600915 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0712 EU600916 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0713 EU600917 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0716 EU600921 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0718 EU600922 Lactobacillus sp.
KLDS 1,0719 EU600923 Lactobacillus sp. clone oral HT002 AY349382 Lactobacillus sp. clone oral HT070 AY349383 Lactobacillus sp. táxon oral 052 GQ422710 Lactobacillus tucceti NR_042194 Lactobacillus ultunensis ACGU01000081 Lactobacillus vaginalis ACGV01000168 Lactobacillus vini NR_042196 Lactobacillus vitulinus NR_041305 Lactobacillus zeae NR_037122 Lactococcus garvieae AF061005 Lactococcus lactis CP002365 Lactococcus raffinolactis NR_044359 Lactonifactor longoviformis DQ100449
Laribacter hongkongensis CP001154 Lautropia mirabilis AEQP01000026 Lautropia sp. clone oral AP009 AY005030 Legionella hackeliae M36028 Legionella longbeachae M36029 Legionella pneumophila NC_002942 Legionella sp.
D3923 JN380999 Legionella sp.
D4088 JN381012 Legionella sp.
H63 JF831047 Legionella sp.
NML 93L054 GU062706 Legionella steelei HQ398202 Leminorella grimontii AJ233421 Leminorella richardii HF558368 Leptospira borgpetersenii NC_008508 Leptospira broomii NR_043200 Leptospira interrogans NC_005823 Leptospira licerasiae EF612284 Leptotrichia buccalis CP001685 Leptotrichia genomosp.
C1 AY278621 Leptotrichia goodfellowii ADAD01000110 Leptotrichia hofstadii ACVB02000032 Leptotrichia shahii AY029806 Leptotrichia sp.
Paciente neutropênico AF189244 Leptotrichia sp. clone oral GT018 AY349384 Leptotrichia sp. clone oral GT020 AY349385 Leptotrichia sp. clone oral HE012 AY349386 Leptotrichia sp. clone oral IK040 AY349387 Leptotrichia sp. clone oral P2PB_51 P1 AY207053 Leptotrichia sp. táxon oral 223 GU408547 Leuconostoc carnosum NR_040811 Leuconostoc citreum AM157444 Leuconostoc gasicomitatum FN822744
Leuconostoc inhae NR_025204 Leuconostoc kimchii NR_075014 Leuconostoc lactis NR_040823 Leuconostoc mesenteroides ACKV01000113 Leuconostoc pseudomesenteroides NR_040814 Listeria grayi ACCR02000003 Listeria innocua JF967625 Listeria ivanovii X56151 Listeria monocytogenes CP002003 Listeria welshimeri AM263198 Luteococcus sanguinis NR_025507 Lutispora thermophila NR_041236 Lysinibacillus fusiformis FN397522 Lysinibacillus sphaericus NR_074883 Macrococcus caseolyticus NR_074941 Mannheimia haemolytica ACZX01000102 Marvinbryantia formatexigens AJ505973 Massilia sp.
CCUG 43427A FR773700 Megamonas funiformis AB300988 Megamonas hypermegale AJ420107 Megasphaera elsdenii AY038996 Megasphaera genomosp.
C1 AY278622 Megasphaera genomosp. type_1 ADGP01000010 Megasphaera micronuciformis AECS01000020 Megasphaera sp.
BLPYG_07 HM990964 Megasphaera sp.
UPII 199_6 AFIJ01000040 Metallosphaera sedula D26491 Methanobacterium formicicum NR_025028 Methanobrevibacter acididurans NR_028779 Methanobrevibacter arboriphilus NR_042783 Methanobrevibacter curvatus NR_044796 Methanobrevibacter cuticularis NR_044776
Methanobrevibacter filiformis NR_044801 Methanobrevibacter gottschalkii NR_044789 Methanobrevibacter millerae NR_042785 Methanobrevibacter olleyae NR_043024 Methanobrevibacter oralis HE654003 Methanobrevibacter ruminantium NR_042784 Methanobrevibacter smithii ABYV02000002 Methanobrevibacter thaueri NR_044787 Methanobrevibacter woesei NR_044788 Methanobrevibacter wolinii NR_044790 Methanosphaera stadtmanae AY196684 Methylobacterium extorquens NC_010172 Methylobacterium podarium AY468363 Methylobacterium radiotolerans GU294320 Methylobacterium sp. 1sub AY468371 Methylobacterium sp.
MM4 AY468370 Methylocella silvestris NR_074237 Methylophilus sp.
ECd5 AY436794 Microbacterium chocolatum NR_037045 Microbacterium flavescens EU714363 Microbacterium gubbeenense NR_025098 Microbacterium lacticum EU714351 Microbacterium oleivorans EU714381 Microbacterium oxydans EU714348 Microbacterium paraoxydans AJ491806 Microbacterium phyllosphaerae EU714359 Microbacterium schleiferi NR_044936 Microbacterium sp. 768 EU714378 Microbacterium sp. cepa oral C24KA AF287752 Microbacterium testaceum EU714365 Micrococcus antarcticus NR_025285 Micrococcus luteus NR_075062
Micrococcus lylae NR_026200 Micrococcus sp. 185 EU714334 Microcystis aeruginosa NC_010296 Mitsuokella jalaludinii NR_028840 Mitsuokella multacida ABWK02000005 Mitsuokella sp. táxon oral 521 GU413658 Mitsuokella sp. táxon oral G68 GU432166 Mobiluncus curtisii AEPZ01000013 Mobiluncus mulieris ACKW01000035 Moellerella wisconsensis JN175344 Mogibacterium diversum NR_027191 Mogibacterium neglectum NR_027203 Mogibacterium pumilum NR_028608 Mogibacterium timidum Z36296 Mollicutes bacterium pACH93 AY297808 Moorella thermoacetica NR_075001 Moraxella catarrhalis CP002005 Moraxella lincolnii FR822735 Moraxella osloensis JN175341 Moraxella sp. 16285 JF682466 Moraxella sp.
GM2 JF837191 Morganella morganii AJ301681 Morganella sp.
JB_T16 AJ781005 Morococcus cerebrosus JN175352 Moryella indoligenes AF527773 Mycobacterium abscessus AGQU01000002 Mycobacterium africanum AF480605 Mycobacterium alsiensis AJ938169 Mycobacterium avium CP000479 Mycobacterium chelonae AB548610 Mycobacterium colombiense AM062764 Mycobacterium elephantis AF385898
Mycobacterium gordonae GU142930 Mycobacterium intracellulare GQ153276 Mycobacterium kansasii AF480601 Mycobacterium lacus NR_025175 Mycobacterium leprae FM211192 Mycobacterium lepromatosis EU203590 Mycobacterium mageritense FR798914 Mycobacterium mantenii FJ042897 Mycobacterium marinum NC_010612 Mycobacterium microti NR_025234 Mycobacterium neoaurum AF268445 Mycobacterium parascrofulaceum ADNV01000350 Mycobacterium paraterrae EU919229 Mycobacterium phlei GU142920 Mycobacterium seoulense DQ536403 Mycobacterium smegmatis CP000480 Mycobacterium sp. 1761 EU703150 Mycobacterium sp. 1776 EU703152 Mycobacterium sp. 1781 EU703147 Mycobacterium sp. 1791 EU703148 Mycobacterium sp. 1797 EU703149 Mycobacterium sp.
AQ1GA4 HM210417 Mycobacterium sp.
B10_07,09,0206 HQ174245 Mycobacterium sp.
GN_10546 FJ497243 Mycobacterium sp.
GN_10827 FJ497247 Mycobacterium sp.
GN_11124 FJ652846 Mycobacterium sp.
GN_9188 FJ497240 Mycobacterium sp.
GR_2007_210 FJ555538 Mycobacterium sp.
HE5 AJ012738 Mycobacterium sp.
NLA001000736 HM627011 Mycobacterium sp.
W DQ437715 Mycobacterium tuberculosis CP001658
Mycobacterium ulcerans AB548725 Mycobacterium vulneris EU834055 Mycoplasma agalactiae AF010477 Mycoplasma amphoriforme AY531656 Mycoplasma arthritidis NC_011025 Mycoplasma bovoculi NR_025987 Mycoplasma faucium NR_024983 Mycoplasma fermentans CP002458 Mycoplasma flocculare X62699 Mycoplasma genitalium L43967 Mycoplasma hominis AF443616 Mycoplasma orale AY796060 Mycoplasma ovipneumoniae NR_025989 Mycoplasma penetrans NC_004432 Mycoplasma pneumoniae NC_000912 Mycoplasma putrefaciens U26055 Mycoplasma salivarium M24661 Mycoplasmataceae genomosp.
P1 clone oral DQ003614 MB1_G23 Myroides odoratimimus NR_042354 Myroides sp.
MY15 GU253339 Neisseria bacilliformis AFAY01000058 Neisseria cinerea ACDY01000037 Neisseria elongata ADBF01000003 Neisseria flavescens ACQV01000025 Neisseria genomosp.
P2 clone oral MB5_P15 DQ003630 Neisseria gonorrhoeae CP002440 Neisseria lactamica ACEQ01000095 Neisseria macacae AFQE01000146 Neisseria meningitidis NC_003112 Neisseria mucosa ACDX01000110 Neisseria pharyngis AJ239281
Neisseria polysaccharea ADBE01000137 Neisseria sicca ACKO02000016 Neisseria sp.
KEM232 GQ203291 Neisseria sp. clone oral AP132 AY005027 Neisseria sp. clone oral JC012 AY349388 Neisseria sp. cepa oral B33KA AY005028 Neisseria sp. táxon oral 014 ADEA01000039 Neisseria sp.
SMC_A9199 FJ763637 Neisseria sp.
TM10_1 DQ279352 Neisseria subflava ACEO01000067 Neorickettsia risticii CP001431 Neorickettsia sennetsu NC_007798 Nocardia brasiliensis AIHV01000038 Nocardia cyriacigeorgica HQ009486 Nocardia farcinica NC_006361 Nocardia puris NR_028994 Nocardia sp. 01_Je_025 GU574059 Nocardiopsis dassonvillei CP002041 Novosphingobium aromaticivorans AAAV03000008 Oceanobacillus caeni NR_041533 Oceanobacillus sp.
Ndiop CAER01000083 Ochrobactrum anthropi NC_009667 Ochrobactrum intermedium ACQA01000001 Ochrobactrum pseudintermedium DQ365921 Odoribacter laneus AB490805 Odoribacter splanchnicus CP002544 Okadaella gastrococcus HQ699465 Oligella ureolytica NR_041998 Oligella urethralis NR_041753 Olsenella genomosp.
C1 AY278623 Olsenella profusa FN178466 Olsenella sp.
F0004 EU592964
Olsenella sp. táxon oral 809 ACVE01000002 Olsenella uli CP002106 Opitutus terrae NR_074978 Oribacterium sinus ACKX01000142 Oribacterium sp.
ACB1 HM120210 Oribacterium sp.
ACB7 HM120211 Oribacterium sp.
CM12 HQ616374 Oribacterium sp.
ICM51 HQ616397 Oribacterium sp.
OBRC12 HQ616355 Oribacterium sp. táxon oral 078 ACIQ02000009 Oribacterium sp. táxon oral 102 GQ422713 Oribacterium sp. táxon oral 108 AFIH01000001 Orientia tsutsugamushi AP008981 Ornithinibacillus bavariensis NR_044923 Ornithinibacillus sp. 7_10AIA FN397526 Oscillibacter sp.
G2 HM626173 Oscillibacter valericigenes NR_074793 Oscillospira guilliermondii AB040495 Oxalobacter formigenes ACDQ01000020 Paenibacillus barcinonensis NR_042272 Paenibacillus barengoltzii NR_042756 Paenibacillus chibensis NR_040885 Paenibacillus cookii NR_025372 Paenibacillus durus NR_037017 Paenibacillus glucanolyticus D78470 Paenibacillus lactis NR_025739 Paenibacillus lautus NR_040882 Paenibacillus pabuli NR_040853 Paenibacillus polymyxa NR_037006 Paenibacillus popilliae NR_040888 Paenibacillus sp.
CIP 101062 HM212646 Paenibacillus sp.
HGF5 AEXS01000095
Paenibacillus sp.
HGF7 AFDH01000147 Paenibacillus sp.
JC66 JF824808 Paenibacillus sp. táxon oral F45 HM099647 Paenibacillus sp.
R_27413 HE586333 Paenibacillus sp.
R_27422 HE586338 Paenibacillus timonensis NR_042844 Pantoea agglomerans AY335552 Pantoea ananatis CP001875 Pantoea brenneri EU216735 Pantoea citrea EF688008 Pantoea conspicua EU216737 Pantoea septica EU216734 Papillibacter cinnamivorans NR_025025 Parabacteroides distasonis CP000140 Parabacteroides goldsteinii AY974070 Parabacteroides gordonii AB470344 Parabacteroides johnsonii ABYH01000014 Parabacteroides merdae EU136685 Parabacteroides sp.
D13 ACPW01000017 Parabacteroides sp.
NS31_3 JN029805 Parachlamydia sp.
UWE25 BX908798 Paracoccus denitrificans CP000490 Paracoccus marcusii NR_044922 Paraprevotella clara AFFY01000068 Paraprevotella xylaniphila AFBR01000011 Parascardovia denticolens ADEB01000020 Parasutterella excrementihominis AFBP01000029 Parasutterella secunda AB491209 Parvimonas micra AB729072 Parvimonas sp. táxon oral 110 AFII01000002 Pasteurella bettyae L06088 Pasteurella dagmatis ACZR01000003
Pasteurella multocida NC_002663 Pediococcus acidilactici ACXB01000026 Pediococcus pentosaceus NR_075052 Peptococcus niger NR_029221 Peptococcus sp. clone oral JM048 AY349389 Peptococcus sp. táxon oral 167 GQ422727 Peptoniphilus asaccharolyticus D14145 Peptoniphilus duerdenii EU526290 Peptoniphilus harei NR_026358 Peptoniphilus indolicus AY153431 Peptoniphilus ivorii Y07840 Peptoniphilus lacrimalis ADDO01000050 Peptoniphilus sp. gpac007 AM176517 Peptoniphilus sp. gpac018A AM176519 Peptoniphilus sp. gpac077 AM176527 Peptoniphilus sp. gpac148 AM176535 Peptoniphilus sp.
JC140 JF824803 Peptoniphilus sp. táxon oral 386 ADCS01000031 Peptoniphilus sp. táxon oral 836 AEAA01000090 Peptostreptococcaceae bacterium ph1 JN837495 Peptostreptococcus anaerobius AY326462 Peptostreptococcus micros AM176538 Peptostreptococcus sp. 9succ1 X90471 Peptostreptococcus sp. clone oral AP24 AB175072 Peptostreptococcus sp. clone oral FJ023 AY349390 Peptostreptococcus sp.
P4P_31 P3 AY207059 Peptostreptococcus stomatis ADGQ01000048 Phascolarctobacterium faecium NR_026111 Phascolarctobacterium sp.
YIT 12068 AB490812 Phascolarctobacterium succinatutens AB490811 Phenylobacterium zucineum AY628697 Photorhabdus asymbiotica Z76752
Pigmentiphaga daeguensis JN585327 Planomicrobium koreense NR_025011 Plesiomonas shigelloides X60418 Porphyromonadaceae bacterium NML 060648 EF184292 Porphyromonas asaccharolytica AENO01000048 Porphyromonas endodontalis ACNN01000021 Porphyromonas gingivalis AE015924 Porphyromonas levii NR_025907 Porphyromonas macacae NR_025908 Porphyromonas somerae AB547667 Porphyromonas sp. clone oral BB134 AY005068 Porphyromonas sp. clone oral F016 AY005069 Porphyromonas sp. clone oral P2PB_52 P1 AY207054 Porphyromonas sp. clone oral P4GB_100 P2 AY207057 Porphyromonas sp.
UQD 301 EU012301 Porphyromonas uenonis ACLR01000152 Prevotella albensis NR_025300 Prevotella amnii AB547670 Prevotella bergensis ACKS01000100 Prevotella bivia ADFO01000096 Prevotella brevis NR_041954 Prevotella buccae ACRB01000001 Prevotella buccalis JN867261 Prevotella copri ACBX02000014 Prevotella corporis L16465 Prevotella dentalis AB547678 Prevotella denticola CP002589 Prevotella disiens AEDO01000026 Prevotella genomosp.
C1 AY278624 Prevotella genomosp.
C2 AY278625 Prevotella genomosp.
P7 clone oral MB2_P31 DQ003620 Prevotella genomosp.
P8 clone oral MB3_P13 DQ003622
Prevotella genomosp.
P9 clone oral MB7_G16 DQ003633 Prevotella heparinolytica GQ422742 Prevotella histicola JN867315 Prevotella intermedia AF414829 Prevotella loescheii JN867231 Prevotella maculosa AGEK01000035 Prevotella marshii AEEI01000070 Prevotella melaninogenica CP002122 Prevotella micans AGWK01000061 Prevotella multiformis AEWX01000054 Prevotella multisaccharivorax AFJE01000016 Prevotella nanceiensis JN867228 Prevotella nigrescens AFPX01000069 Prevotella oralis AEPE01000021 Prevotella oris ADDV01000091 Prevotella oulorum L16472 Prevotella pallens AFPY01000135 Prevotella ruminicola CP002006 Prevotella salivae AB108826 Prevotella sp.
BI_42 AJ581354 Prevotella sp.
CM38 HQ610181 Prevotella sp.
ICM1 HQ616385 Prevotella sp.
ICM55 HQ616399 Prevotella sp.
JCM 6330 AB547699 Prevotella sp. clone oral AA020 AY005057 Prevotella sp. clone oral ASCG10 AY923148 Prevotella sp. clone oral ASCG12 DQ272511 Prevotella sp. clone oral AU069 AY005062 Prevotella sp. clone oral CY006 AY005063 Prevotella sp. clone oral DA058 AY005065 Prevotella sp. clone oral FL019 AY349392 Prevotella sp. clone oral FU048 AY349393
Prevotella sp. clone oral FW035 AY349394 Prevotella sp. clone oral GI030 AY349395 Prevotella sp. clone oral GI032 AY349396 Prevotella sp. clone oral GI059 AY349397 Prevotella sp. clone oral GU027 AY349398 Prevotella sp. clone oral HF050 AY349399 Prevotella sp. clone oral ID019 AY349400 Prevotella sp. clone oral IDR_CEC_0055 AY550997 Prevotella sp. clone oral IK053 AY349401 Prevotella sp. clone oral IK062 AY349402 Prevotella sp. clone oral P4PB_83 P2 AY207050 Prevotella sp. táxon oral 292 GQ422735 Prevotella sp. táxon oral 299 ACWZ01000026 Prevotella sp. táxon oral 300 GU409549 Prevotella sp. táxon oral 302 ACZK01000043 Prevotella sp. táxon oral 310 GQ422737 Prevotella sp. táxon oral 317 ACQH01000158 Prevotella sp. táxon oral 472 ACZS01000106 Prevotella sp. táxon oral 781 GQ422744 Prevotella sp. táxon oral 782 GQ422745 Prevotella sp. táxon oral F68 HM099652 Prevotella sp. táxon oral G60 GU432133 Prevotella sp. táxon oral G70 GU432179 Prevotella sp. táxon oral G71 GU432180 Prevotella sp.
SEQ053 JN867222 Prevotella sp.
SEQ065 JN867234 Prevotella sp.
SEQ072 JN867238 Prevotella sp.
SEQ116 JN867246 Prevotella sp.
SG12 GU561343 Prevotella sp. sp24 AB003384 Prevotella sp. sp34 AB003385 Prevotella stercorea AB244774
Prevotella tannerae ACIJ02000018 Prevotella timonensis ADEF01000012 Prevotella veroralis ACVA01000027 Prevotella jejuni, Prevotella aurantiaca, Prevotella baroniae, Prevotella colorans, Prevotella corporis, Prevotella dentasini, Prevotella enoeca, Prevotella falsenii, Prevotella fusca, Prevotella heparinolytica, Prevotella loescheii, Prevotella multisaccharivorax, Prevotella nanceiensis, Prevotella oryzae, Prevotella paludivivens, Prevotella pleuritidis, Prevotella ruminicola, Prevotella saccharolytica, Prevotella scopos, Prevotella shahii, Prevotella zoogleoformans Prevotellaceae bacterium P4P_62 P1 AY207061 Prochlorococcus marinus CP000551 Propionibacteriaceae bacterium NML 02_0265 EF599122 Propionibacterium acidipropionici NC_019395 Propionibacterium acnes ADJM01000010 Propionibacterium avidum AJ003055 Propionibacterium freudenreichii NR_036972 Propionibacterium granulosum FJ785716 Propionibacterium jensenii NR_042269 Propionibacterium propionicum NR_025277 Propionibacterium sp. 434_HC2 AFIL01000035 Propionibacterium sp.
H456 AB177643 Propionibacterium sp.
LG AY354921 Propionibacterium sp. táxon oral 192 GQ422728 Propionibacterium sp.
S555a AB264622 Propionibacterium thoenii NR_042270 Proteus mirabilis ACLE01000013 Proteus penneri ABVP01000020 Proteus sp.
HS7514 DQ512963
Proteus vulgaris AJ233425 Providencia alcalifaciens ABXW01000071 Providencia rettgeri AM040492 Providencia rustigianii AM040489 Providencia stuartii AF008581 Pseudoclavibacter sp.
Timone FJ375951 Pseudoflavonifractor capillosus AY136666 Pseudomonas aeruginosa AABQ07000001 Pseudomonas fluorescens AY622220 Pseudomonas gessardii FJ943496 Pseudomonas mendocina AAUL01000021 Pseudomonas monteilii NR_024910 Pseudomonas poae GU188951 Pseudomonas pseudoalcaligenes NR_037000 Pseudomonas putida AF094741 Pseudomonas sp. 2_1_26 ACWU01000257 Pseudomonas sp.
G1229 DQ910482 Pseudomonas sp.
NP522b EU723211 Pseudomonas stutzeri AM905854 Pseudomonas tolaasii AF320988 Pseudomonas viridiflava NR_042764 Pseudoramibacter alactolyticus AB036759 Psychrobacter arcticus CP000082 Psychrobacter cibarius HQ698586 Psychrobacter cryohalolentis CP000323 Psychrobacter faecalis HQ698566 Psychrobacter nivimaris HQ698587 Psychrobacter pulmonis HQ698582 Psychrobacter sp. 13983 HM212668 Pyramidobacter piscolens AY207056 Ralstonia pickettii NC_010682 Ralstonia sp. 5_7_47FAA ACUF01000076
Raoultella ornithinolytica AB364958 Raoultella planticola AF129443 Raoultella terrigena NR_037085 Rhodobacter sp. táxon oral C30 HM099648 Rhodobacter sphaeroides CP000144 Rhodococcus corynebacterioides X80615 Rhodococcus equi ADNW01000058 Rhodococcus erythropolis ACNO01000030 Rhodococcus fascians NR_037021 Rhodopseudomonas palustris CP000301 Rickettsia akari CP000847 Rickettsia conorii AE008647 Rickettsia prowazekii M21789 Rickettsia rickettsii NC_010263 Rickettsia slovaca L36224 Rickettsia typhi AE017197 Robinsoniella peoriensis AF445258 Roseburia cecicola GU233441 Roseburia faecalis AY804149 Roseburia faecis AY305310 Roseburia hominis AJ270482 Roseburia intestinalis FP929050 Roseburia inulinivorans AJ270473 Roseburia sp. 11SE37 FM954975 Roseburia sp. 11SE38 FM954976 Roseiflexus castenholzii CP000804 Roseomonas cervicalis ADVL01000363 Roseomonas mucosa NR_028857 Roseomonas sp.
NML94_0193 AF533357 Roseomonas sp.
NML97_0121 AF533359 Roseomonas sp.
NML98_0009 AF533358 Roseomonas sp.
NML98_0157 AF533360
Rothia aeria DQ673320 Rothia dentocariosa ADDW01000024 Rothia mucilaginosa ACVO01000020 Rothia nasimurium NR_025310 Rothia sp. táxon oral 188 GU470892 Ruminobacter amylophilus NR_026450 Ruminococcaceae bacterium D16 ADDX01000083 Ruminococcus albus AY445600 Ruminococcus bromii EU266549 Ruminococcus callidus NR_029160 Ruminococcus champanellensis FP929052 Ruminococcus flavefaciens NR_025931 Ruminococcus gnavus X94967 Ruminococcus hansenii M59114 Ruminococcus lactaris ABOU02000049 Ruminococcus obeum AY169419 Ruminococcus sp. 18P13 AJ515913 Ruminococcus sp. 5_1_39BFAA ACII01000172 Ruminococcus sp. 9SE51 FM954974 Ruminococcus sp.
ID8 AY960564 Ruminococcus sp.
K_1 AB222208 Ruminococcus torques AAVP02000002 Saccharomonospora viridis X54286 Salmonella bongori NR_041699 Salmonella enterica NC_011149 Salmonella enterica NC_011205 Salmonella enterica DQ344532 Salmonella enterica ABEH02000004 Salmonella enterica ABAK02000001 Salmonella enterica NC_011080 Salmonella enterica EU118094 Salmonella enterica NC_011094
Salmonella enterica AE014613 Salmonella enterica ABFH02000001 Salmonella enterica ABEM01000001 Salmonella enterica ABAM02000001 Salmonella typhimurium DQ344533 Salmonella typhimurium AF170176 Sarcina ventriculi NR_026146 Scardovia inopinata AB029087 Scardovia wiggsiae AY278626 Segniliparus rotundus CP001958 Segniliparus rugosus ACZI01000025 Selenomonas artemidis HM596274 Selenomonas dianae GQ422719 Selenomonas flueggei AF287803 Selenomonas genomosp.
C1 AY278627 Selenomonas genomosp.
C2 AY278628 Selenomonas genomosp.
P5 AY341820 Selenomonas genomosp.
P6 clone oral MB3_C41 DQ003636 Selenomonas genomosp.
P7 clone oral MB5_C08 DQ003627 Selenomonas genomosp.
P8 clone oral MB5_P06 DQ003628 Selenomonas infelix AF287802 Selenomonas noxia GU470909 Selenomonas ruminantium NR_075026 Selenomonas sp.
FOBRC9 HQ616378 Selenomonas sp. clone oral FT050 AY349403 Selenomonas sp. clone oral GI064 AY349404 Selenomonas sp. clone oral GT010 AY349405 Selenomonas sp. clone oral HU051 AY349406 Selenomonas sp. clone oral IK004 AY349407 Selenomonas sp. clone oral IQ048 AY349408 Selenomonas sp. clone oral JI021 AY349409 Selenomonas sp. clone oral JS031 AY349410
Selenomonas sp. clone oral OH4A AY947498 Selenomonas sp. clone oral P2PA_80 P4 AY207052 Selenomonas sp. táxon oral 137 AENV01000007 Selenomonas sp. táxon oral 149 AEEJ01000007 Selenomonas sputigena ACKP02000033 Serratia fonticola NR_025339 Serratia liquefaciens NR_042062 Serratia marcescens GU826157 Serratia odorifera ADBY01000001 Serratia proteamaculans AAUN01000015 Shewanella putrefaciens CP002457 Shigella boydii AAKA01000007 Shigella dysenteriae NC_007606 Shigella flexneri AE005674 Shigella sonnei NC_007384 Shuttleworthia satelles ACIP02000004 Shuttleworthia sp.
MSX8B HQ616383 Shuttleworthia sp. táxon oral G69 GU432167 Simonsiella muelleri ADCY01000105 Slackia equolifaciens EU377663 Slackia exigua ACUX01000029 Slackia faecicanis NR_042220 Slackia heliotrinireducens NR_074439 Slackia isoflavoniconvertens AB566418 Slackia piriformis AB490806 Slackia sp.
NATTS AB505075 Solobacterium moorei AECQ01000039 Sphingobacterium faecium NR_025537 Sphingobacterium mizutaii JF708889 Sphingobacterium multivorum NR_040953 Sphingobacterium spiritivorum ACHA02000013 Sphingomonas echinoides NR_024700
Sphingomonas sp. clone oral FI012 AY349411 Sphingomonas sp. clone oral FZ016 AY349412 Sphingomonas sp. táxon oral A09 HM099639 Sphingomonas sp. táxon oral F71 HM099645 Sphingopyxis alaskensis CP000356 Spiroplasma insolitum NR_025705 Sporobacter termitidis NR_044972 Sporolactobacillus inulinus NR_040962 Sporolactobacillus nakayamae NR_042247 Sporosarcina newyorkensis AFPZ01000142 Sporosarcina sp. 2681 GU994081 Staphylococcaceae bacterium NML 92_0017 AY841362 Staphylococcus aureus CP002643 Staphylococcus auricularis JQ624774 Staphylococcus capitis ACFR01000029 Staphylococcus caprae ACRH01000033 Staphylococcus carnosus NR_075003 Staphylococcus cohnii JN175375 Staphylococcus condimenti NR_029345 Staphylococcus epidermidis ACHE01000056 Staphylococcus equorum NR_027520 Staphylococcus fleurettii NR_041326 Staphylococcus haemolyticus NC_007168 Staphylococcus hominis AM157418 Staphylococcus lugdunensis AEQA01000024 Staphylococcus pasteuri FJ189773 Staphylococcus pseudintermedius CP002439 Staphylococcus saccharolyticus NR_029158 Staphylococcus saprophyticus NC_007350 Staphylococcus sciuri NR_025520 Staphylococcus sp. clone bottae7 AF467424 Staphylococcus sp.
H292 AB177642
Staphylococcus sp.
H780 AB177644 Staphylococcus succinus NR_028667 Staphylococcus vitulinus NR_024670 Staphylococcus warneri ACPZ01000009 Staphylococcus xylosus AY395016 Stenotrophomonas maltophilia AAVZ01000005 Stenotrophomonas sp.
FG_6 EF017810 Streptobacillus moniliformis NR_027615 Streptococcus agalactiae AAJO01000130 Streptococcus alactolyticus NR_041781 Streptococcus anginosus AECT01000011 Streptococcus australis AEQR01000024 Streptococcus bovis AEEL01000030 Streptococcus canis AJ413203 Streptococcus constellatus AY277942 Streptococcus cristatus AEVC01000028 Streptococcus downei AEKN01000002 Streptococcus dysgalactiae AP010935 Streptococcus equi CP001129 Streptococcus equinus AEVB01000043 Streptococcus gallolyticus FR824043 Streptococcus genomosp.
C1 AY278629 Streptococcus genomosp.
C2 AY278630 Streptococcus genomosp.
C3 AY278631 Streptococcus genomosp.
C4 AY278632 Streptococcus genomosp.
C5 AY278633 Streptococcus genomosp.
C6 AY278634 Streptococcus genomosp.
C7 AY278635 Streptococcus genomosp.
C8 AY278609 Streptococcus gordonii NC_009785 Streptococcus infantarius ABJK02000017 Streptococcus infantis AFNN01000024
Streptococcus intermedius NR_028736 Streptococcus lutetiensis NR_037096 Streptococcus massiliensis AY769997 Streptococcus milleri X81023 Streptococcus mitis AM157420 Streptococcus mutans AP010655 Streptococcus oligofermentans AY099095 Streptococcus oralis ADMV01000001 Streptococcus parasanguinis AEKM01000012 Streptococcus pasteurianus AP012054 Streptococcus peroris AEVF01000016 Streptococcus pneumoniae AE008537 Streptococcus porcinus EF121439 Streptococcus pseudopneumoniae FJ827123 Streptococcus pseudoporcinus AENS01000003 Streptococcus pyogenes AE006496 Streptococcus ratti X58304 Streptococcus salivarius AGBV01000001 Streptococcus sanguinis NR_074974 Streptococcus sinensis AF432857 Streptococcus sp. 16362 JN590019 Streptococcus sp. 2_1_36FAA ACOI01000028 Streptococcus sp. 2285_97 AJ131965 Streptococcus sp. 69130 X78825 Streptococcus sp.
AC15 HQ616356 Streptococcus sp.
ACS2 HQ616360 Streptococcus sp.
AS20 HQ616366 Streptococcus sp.
BS35a HQ616369 Streptococcus sp.
C150 ACRI01000045 Streptococcus sp.
CM6 HQ616372 Streptococcus sp.
CM7 HQ616373 Streptococcus sp.
ICM10 HQ616389
Streptococcus sp.
ICM12 HQ616390 Streptococcus sp.
ICM2 HQ616386 Streptococcus sp.
ICM4 HQ616387 Streptococcus sp.
ICM45 HQ616394 Streptococcus sp.
M143 ACRK01000025 Streptococcus sp.
M334 ACRL01000052 Streptococcus sp.
OBRC6 HQ616352 Streptococcus sp. clone oral ASB02 AY923121 Streptococcus sp. clone oral ASCA03 DQ272504 Streptococcus sp. clone oral ASCA04 AY923116 Streptococcus sp. clone oral ASCA09 AY923119 Streptococcus sp. clone oral ASCB04 AY923123 Streptococcus sp. clone oral ASCB06 AY923124 Streptococcus sp. clone oral ASCC04 AY923127 Streptococcus sp. clone oral ASCC05 AY923128 Streptococcus sp. clone oral ASCC12 DQ272507 Streptococcus sp. clone oral ASCD01 AY923129 Streptococcus sp. clone oral ASCD09 AY923130 Streptococcus sp. clone oral ASCD10 DQ272509 Streptococcus sp. clone oral ASCE03 AY923134 Streptococcus sp. clone oral ASCE04 AY953253 Streptococcus sp. clone oral ASCE05 DQ272510 Streptococcus sp. clone oral ASCE06 AY923135 Streptococcus sp. clone oral ASCE09 AY923136 Streptococcus sp. clone oral ASCE10 AY923137 Streptococcus sp. clone oral ASCE12 AY923138 Streptococcus sp. clone oral ASCF05 AY923140 Streptococcus sp. clone oral ASCF07 AY953255 Streptococcus sp. clone oral ASCF09 AY923142 Streptococcus sp. clone oral ASCG04 AY923145 Streptococcus sp. clone oral BW009 AY005042 Streptococcus sp. clone oral CH016 AY005044
Streptococcus sp. clone oral GK051 AY349413 Streptococcus sp. clone oral GM006 AY349414 Streptococcus sp. clone oral P2PA_41 P2 AY207051 Streptococcus sp. clone oral P4PA_30 P4 AY207064 Streptococcus sp. táxon oral 071 AEEP01000019 Streptococcus sp. táxon oral G59 GU432132 Streptococcus sp. táxon oral G62 GU432146 Streptococcus sp. táxon oral G63 GU432150 Streptococcus sp.
SHV515 Y07601 Streptococcus suis FM252032 Streptococcus thermophilus CP000419 Streptococcus uberis HQ391900 Streptococcus urinalis DQ303194 Streptococcus vestibularis AEKO01000008 Streptococcus viridans AF076036 Streptomyces albus AJ697941 Streptomyces griseus NR_074787 Streptomyces sp. 1 AIP_2009 FJ176782 Streptomyces sp.
SD 511 EU544231 Streptomyces sp.
SD 524 EU544234 Streptomyces sp.
SD 528 EU544233 Streptomyces sp.
SD 534 EU544232 Streptomyces thermoviolaceus NR_027616 Subdoligranulum variabile AJ518869 Succinatimonas hippei AEVO01000027 Sutterella morbirenis AJ832129 Sutterella parvirubra AB300989 Sutterella sanguinus AJ748647 Sutterella sp.
YIT 12072 AB491210 Sutterella stercoricanis NR_025600 Sutterella wadsworthensis ADMF01000048 Synergistes genomosp.
C1 AY278615
Synergistes sp.
RMA 14551 DQ412722 Synergistetes bacterium ADV897 GQ258968 Synergistetes bacterium LBVCM1157 GQ258969 Synergistetes bacterium táxon oral 362 GU410752 Synergistetes bacterium táxon oral D48 GU430992 Syntrophococcus sucromutans NR_036869 Syntrophomonadaceae genomosp.
P1 AY341821 Tannerella forsythia CP003191 Tannerella sp. 6_1_58FAA_CT1 ACWX01000068 Tatlockia micdadei M36032 Tatumella ptyseos NR_025342 Tessaracoccus sp. táxon oral F04 HM099640 Tetragenococcus halophilus NR_075020 Tetragenococcus koreensis NR_043113 Thermoanaerobacter pseudethanolicus CP000924 Thermobifida fusca NC_007333 Thermofilum pendens X14835 Thermus aquaticus NR_025900 Tissierella praeacuta NR_044860 Trabulsiella guamensis AY373830 Treponema denticola ADEC01000002 Treponema genomosp.
P1 AY341822 Treponema genomosp.
P4 clone oral MB2_G19 DQ003618 Treponema genomosp.
P5 clone oral MB3_P23 DQ003624 Treponema genomosp.
P6 clone oral MB4_G11 DQ003625 Treponema lecithinolyticum NR_026247 Treponema pallidum CP001752 Treponema parvum AF302937 Treponema phagedenis AEFH01000172 Treponema putidum AJ543428 Treponema refringens AF426101 Treponema socranskii NR_024868
Treponema sp. 6:H:D15A_4 AY005083 Treponema sp. clone DDKL_4 Y08894 Treponema sp. clone oral JU025 AY349417 Treponema sp. clone oral JU031 AY349416 Treponema sp. clone oral P2PB_53 P3 AY207055 Treponema sp. táxon oral 228 GU408580 Treponema sp. táxon oral 230 GU408603 Treponema sp. táxon oral 231 GU408631 Treponema sp. táxon oral 232 GU408646 Treponema sp. táxon oral 235 GU408673 Treponema sp. táxon oral 239 GU408738 Treponema sp. táxon oral 247 GU408748 Treponema sp. táxon oral 250 GU408776 Treponema sp. táxon oral 251 GU408781 Treponema sp. táxon oral 254 GU408803 Treponema sp. táxon oral 265 GU408850 Treponema sp. táxon oral 270 GQ422733 Treponema sp. táxon oral 271 GU408871 Treponema sp. táxon oral 508 GU413616 Treponema sp. táxon oral 518 GU413640 Treponema sp. táxon oral G85 GU432215 Treponema sp. podridão dos casos dos ovinos AJ010951 Treponema vincentii ACYH01000036 Tropheryma whipplei BX251412 Trueperella pyogenes NR_044858 Tsukamurella paurometabola X80628 Tsukamurella tyrosinosolvens AB478958 Turicibacter sanguinis AF349724 Ureaplasma parvum AE002127 Ureaplasma urealyticum AAYN01000002 Ureibacillus composti NR_043746 Ureibacillus suwonensis NR_043232
Ureibacillus terrenus NR_025394 Ureibacillus thermophilus NR_043747 Ureibacillus thermosphaericus NR_040961 Vagococcus fluvialis NR_026489 Veillonella atypica AEDS01000059 Veillonella dispar ACIK02000021 Veillonella genomosp.
P1 clone oral MB5_P17 DQ003631 Veillonella montpellierensis AF473836 Veillonella parvula ADFU01000009 Veillonella sp. 3_1_44 ADCV01000019 Veillonella sp. 6_1_27 ADCW01000016 Veillonella sp.
ACP1 HQ616359 Veillonella sp.
AS16 HQ616365 Veillonella sp.
BS32b HQ616368 Veillonella sp.
ICM51a HQ616396 Veillonella sp.
MSA12 HQ616381 Veillonella sp.
NVG 100cf EF108443 Veillonella sp.
OK11 JN695650 Veillonella sp. clone oral ASCA08 AY923118 Veillonella sp. clone oral ASCB03 AY923122 Veillonella sp. clone oral ASCG01 AY923144 Veillonella sp. clone oral ASCG02 AY953257 Veillonella sp. clone oral OH1A AY947495 Veillonella sp. táxon oral 158 AENU01000007 Veillonellaceae bacterium táxon oral 131 GU402916 Veillonellaceae bacterium táxon oral 155 GU470897 Vibrio cholerae AAUR01000095 Vibrio fluvialis X76335 Vibrio furnissii CP002377 Vibrio mimicus ADAF01000001 Vibrio parahaemolyticus AAWQ01000116 Vibrio sp.
RC341 ACZT01000024
Vibrio vulnificus AE016796 Victivallaceae bacterium NML 080035 FJ394915 Victivallis vadensis ABDE02000010 Virgibacillus proomii NR_025308 Weissella beninensis EU439435 Weissella cibaria NR_036924 Weissella confusa NR_040816 Weissella hellenica AB680902 Weissella kandleri NR_044659 Weissella koreensis NR_075058 Weissella paramesenteroides ACKU01000017 Weissella sp.
KLDS 7,0701 EU600924 Wolinella succinogenes BX571657 Xanthomonadaceae bacterium NML 03_0222 EU313791 Xanthomonas campestris EF101975 Xanthomonas sp. kmd_489 EU723184 Xenophilus aerolatus JN585329 Yersinia aldovae AJ871363 Yersinia aleksiciae AJ627597 Yersinia bercovieri AF366377 Yersinia enterocolitica FR729477 Yersinia frederiksenii AF366379 Yersinia intermedia AF366380 Yersinia kristensenii ACCA01000078 Yersinia mollaretii NR_027546 Yersinia pestis AE013632 Yersinia pseudotuberculosis NC_009708 Yersinia rohdei ACCD01000071 Yokenella regensburgei AB273739 Zimmermannella bifida AB012592 Zymomonas mobilis NR_074274
Tabela 2: Bactérias oncofílicas exemplificativas Gêneros Espécies Associação tumoral Mycoplasma hyorhinis Carcinoma gástrico Propionibacterium Acnes Câncer de próstata Mycoplasma genitalium Câncer de próstata Methylophilus sp.
Câncer de próstata Chlamydia trachomatis Câncer de próstata Helicobacter pylori MALT gástrico Listeria welshimeri Câncer renal Streptococcus pneumoniae Linfoma e Leucemia Haemophilus influenzae Linfoma e Leucemia Staphylococcus aureus Câncer de mama Listeria monocytogenes Câncer de mama Methylobacterium radiotolerans Câncer de mama Shingomonas yanoikuyae Câncer de mama Fusobacterium sp Câncer de laringe Provetelis sp Câncer de laringe streptococcus pneumoniae Câncer de laringe Gemella sp Câncer de laringe Bordetella Pertussis Câncer de laringe Carcinoma oral de células Corumebacterium tuberculosteraricum escamosas Carcinoma oral de células Micrococcus luteus escamosas Carcinoma oral de células Prevotella melaninogenica escamosas Carcinoma oral de células Exiguobacterium oxidotolerans escamosas Carcinoma oral de células Fusobacterium naviforme escamosas Carcinoma oral de células Veillonella parvula escamosas Carcinoma oral de células Streptococcus salivarius escamosas Carcinoma oral de células Streptococcus mitis/oralis escamosas Carcinoma oral de células veillonella dispar escamosas
Carcinoma oral de células Peptostreptococcus stomatis escamosas Carcinoma oral de células Streptococcus gordonii escamosas Carcinoma oral de células Gemella Haemolysans escamosas Carcinoma oral de células Gemella morbillorum escamosas Carcinoma oral de células Johnsonella ignava escamosas Carcinoma oral de células Streptococcus parasanguins escamosas Carcinoma oral de células Granulicatella adiacens escamosas Mycobacteria marinum Infecção pulmonar Campylobacter concisus Esôfago de Barrett Campylobacter rectus Esôfago de Barrett Oribacterium sp Adenocarcinoma esofágico Catonella sp Adenocarcinoma esofágico Peptostreptococcus sp Adenocarcinoma esofágico Eubacterium sp Adenocarcinoma esofágico Dialister sp Adenocarcinoma esofágico Veillonella sp Adenocarcinoma esofágico Anaeroglobus sp Adenocarcinoma esofágico Megasphaera sp Adenocarcinoma esofágico Atoppbium sp Adenocarcinoma esofágico Solobacterium sp Adenocarcinoma esofágico Rothia sp Adenocarcinoma esofágico Actinomyces sp Adenocarcinoma esofágico Fusobacterium sp Adenocarcinoma esofágico Sneathia sp Adenocarcinoma esofágico Leptotrichia sp Adenocarcinoma esofágico Capnocytophaga sp Adenocarcinoma esofágico Prevotella sp Adenocarcinoma esofágico Porphyromonas sp Adenocarcinoma esofágico Campylobacter sp Adenocarcinoma esofágico Haemophilus sp Adenocarcinoma esofágico Neisseria sp Adenocarcinoma esofágico
TM7 sp Adenocarcinoma esofágico Granulicatella sp Adenocarcinoma esofágico Variovorax sp Pseudomixoma peritoneal Escherichia Shigella Pseudomixoma peritoneal Pseudomonas sp Pseudomixoma peritoneal Tessaracoccus sp Pseudomixoma peritoneal Acinetobacter sp Pseudomixoma peritoneal Helicobacter hepaticus Câncer de mama Chlamydia psittaci Linfoma de MALT Borrelia burgdorferi Linfoma de células B cutâneo Escherichia Coli NC101 Câncer colorretal Salmonella typhimurium Ferramenta Eterococcus faecalis Sangue Streptococcus mitis Sangue Streptococcus sanguis Sangue Streptococcus anginosus Sangue Streptococcus salvarius Sangue Staphylococcus epidermidis Sangue Streptococcus gallolyticus Câncer colorretal Campylobacter showae CC57C Câncer colorretal Leptotrichia sp Câncer colorretal
[0083] Em certas modalidades, as EV descritas no presente documento são obtidas a partir de bactérias obrigatoriamente anaeróbicas. Exemplos de bactérias obrigatoriamente anaeróbicas incluem bastonetes gram-negativos (incluindo os gêneros de Bacteroides, Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium, Bilophila e Sutterella spp.), cocci gram-positivos (principalmente Peptostreptococcus spp.), formadores de esporos gram-positivos (Clostridium spp.), bacilos não formadores de esporos (Actinomyces, Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus e Bifidobacterium spp.) e cocci gram-negativos (principalmente Veillonella spp.). Em algumas modalidades, as bactérias obrigatoriamente anaeróbicas são de um gênero selecionado dentre Agathobaculum, Atopobium, Blautia, Burkholderia, Dielma, Longicatena, Paraclostridium, Turicibacter e
Tyzzerella.
[0084] Em algumas modalidades, as EV descritas no presente documento são obtidas a partir da bactéria de um gênero selecionado dentre Escherichia, Klebsiella, Lactobacillus, Shigella e Staphylococcusa.
[0085] Em algumas modalidades, as bactérias e/ou EV descritas no presente documento são de uma espécie selecionada dentre Blautia massiliensis, Paraclostridium benzoelyticum, Dielma fastidiosa, Longicatena caecimuris, Veillonella tobetsuensis.
[0086] Em algumas modalidades, as EV e/ou bactérias descritas no presente documento são modificadas de modo que compreendam, sejam vinculadas e/ou sejam ligadas por uma porção química terapêutica. Em algumas modalidades, a porção química terapêutica é uma porção química específica para câncer. Em algumas modalidades, a porção química específica para câncer tem especificidade de ligação para uma célula cancerígena (por exemplo, tem especificidade de ligação para um antígeno específico para câncer). Em algumas modalidades, a porção química específica para câncer compreende um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo. Em algumas modalidades, a porção química específica para câncer compreende um receptor de células T ou um receptor de antígeno quimérico (CAR). Em algumas modalidades, a porção química específica para câncer compreende um ligante para um receptor expresso na superfície de uma célula cancerígena ou um fragmento de ligação ao receptor do mesmo. Em algumas modalidades, a porção química específica para câncer é uma proteína de fusão bipartida que tem duas partes: uma primeira parte que se liga e/ou é ligada à bactéria e uma segunda parte que tem capacidade para se ligar a uma célula cancerígena (por exemplo, por ter especificidade de ligação para um antígeno específico para câncer).
Em algumas modalidades, a primeira parte é um fragmento ou uma proteína de reconhecimento de peptidoglicano de comprimento total, tal como PGRP. Em algumas modalidades, a primeira parte tem especificidade de ligação para a EV (por exemplo, por ter especificidade de ligação para um antígeno bacteriano). Em algumas modalidades, a primeira e/ou segunda parte compreende um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo. Em algumas modalidades, a primeira e/ou segunda parte compreende um receptor de células T ou um receptor de antígeno quimérico (CAR). Em algumas modalidades, a primeira e/ou segunda parte compreende um ligante para um receptor expresso na superfície de uma célula cancerígena ou um fragmento de ligação ao receptor do mesmo. Em certas modalidades, a coadministração da porção química específica para câncer com as EV (em combinação ou em administrações separadas) aumenta o alvejamento das EV nas células cancerígenas.
[0087] Em algumas modalidades, as EV descritas no presente documento são modificadas de modo que compreendam, sejam vinculadas e/ou sejam ligadas por uma porção química magnética e/ou paramagnética (por exemplo, uma microesfera magnética). Em algumas modalidades, a porção química magnética e/ou paramagnética é compreendida por e/ou diretamente vinculada às bactérias. Em algumas modalidades, a porção química magnética e/ou paramagnética é vinculada e/ou faz parte de uma porção química de ligação à EV que se liga à EV. Em algumas modalidades, a porção química de ligação à EV é um fragmento ou uma proteína de reconhecimento de peptidoglicano de comprimento total, tal como PGRP. Em algumas modalidades, a porção química de ligação à EV tem especificidade de ligação para a EV (por exemplo, por ter especificidade de ligação para um antígeno bacteriano). Em algumas modalidades, a porção química de ligação à EV compreende um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo. Em algumas modalidades, a porção química de ligação à EV compreende um receptor de células T ou um receptor de antígeno quimérico (CAR). Em algumas modalidades, a porção química de ligação à EV compreende um ligante para um receptor expresso na superfície de uma célula cancerígena ou um fragmento de ligação ao receptor do mesmo. Em certas modalidades, a coadministração da porção química magnética e/ou paramagnética com as EV (em conjunto ou em administrações separadas) pode ser usada para aumentar o alvejamento das EV nas células cancerígenas e/ou em uma parte de um sujeito em que as células cancerígenas estão presentes. Produção de EV
[0088] Em certos aspectos, as EV descritas no presente documento podem ser preparadas com o uso de qualquer método conhecido na técnica.
[0089] Em algumas modalidades, as EV são preparadas sem uma etapa de purificação de EV. Por exemplo, em algumas modalidades, as bactérias que compreendem as EV descritas no presente documento são exterminadas com o uso de um método que deixa as EV bacterianas intactas, e os componentes bacterianos resultantes, incluindo as EV, são usados nos métodos e composições descritos no presente documento. Em algumas modalidades, as bactérias são exterminadas com o uso de um antibiótico (por exemplo, com o uso de um antibiótico descrito no presente documento). Em algumas modalidades, as bactérias são exterminadas com o uso de irradiação UV.
[0090] Em algumas modalidades, as EV descritas no presente documento são purificadas a partir de um ou mais outros componentes bacterianos. Métodos para purificar EV provenientes de bactérias são conhecidos na técnica. Em algumas modalidades, as EV são preparadas a partir de culturas bacterianas com o uso dos métodos descritos em S. Bin Park, et al. PLoS ONE. 6(3):e17629 (2011) ou G. Norheim, et al. PLoS ONE. 10(9): e0134353 (2015), cada um dos quais é aqui incorporado a título de referência em sua totalidade. Em algumas modalidades, as bactérias são cultivadas em alta densidade óptica e, então, centrifugadas para aglomerar as bactérias (por exemplo, a 10.000 x g por 30 min a 4 °C). Em algumas modalidades, os sobrenadantes de cultura são, então, passados através do filtro para excluir as células bacterianas intactas (por exemplo, um filtro de 022 µm). Em algumas modalidades, os sobrenadantes filtrados são centrifugados para aglomerar as EV bacterianas (por exemplo, a
100.000 a 150.000 x g por 1 a 3 horas a 4 °C). Em algumas modalidades, as EV são, ainda, purificadas ressuspendendo-se os aglomerados de EV resultantes (por exemplo, em PBS) e aplicando-se as EV ressuspensas ao gradiente de sacarose (por exemplo, um gradiente de sacarose descontínuo a 30 a 60%), seguido por centrifugação (por exemplo, a 200.000 x g por 20 horas a 4°C). As bandas de EV podem ser coletadas, lavadas (por exemplo, com PBS) e centrifugada para aglomerar as EV (por exemplo, a 150.000 x g por 3 horas a 4°C). As EV purificadas podem ser armazenadas, por exemplo, a -80°C até o uso. Em algumas modalidades, as EV são, ainda, purificadas por tratamento com DNase e/ou proteinase K.
[0091] Por exemplo, em algumas modalidades, as culturas de bactérias reveladas no presente documento podem ser centrifugadas a
11.000 x g por 20 a 40 min a 4°C para aglomerar as bactérias. Os sobrenadantes de cultura podem ser passados através de um filtro de 0,22 µm para excluir células bacterianas intactas. Os sobrenadantes filtrados podem, então, ser concentrados com o uso dos métodos podem incluir, porém sem limitação, precipitação com sulfato de amônio, ultracentrifugação ou filtração. Por exemplo, para precipitação com sulfato de amônio, sulfato de amônio 1,5 a 3 M pode ser adicionado ao sobrenadante filtrado lentamente, com agitação a 4°C. As precipitações pode ser incubadas a 4°C por 8 a 48 horas e, então, centrifugadas a 11.000 x g por 20 a 40 min a 4°C. Os aglomerados resultantes contêm EV bacterianas e outros detritos. Com o uso da ultracentrifugação, os sobrenadantes filtrados podem ser centrifugados a 100.000 a 200.000 x g por 1 a 16 horas a 4°C. O aglomerado dessa centrifugação contém EV bacterianas e outros detritos. Em algumas modalidades, com o uso de uma técnica de filtração, tal como através do uso de um filtro rotatório Amicon Ultra ou por filtração de fluxo tangencial, os sobrenadantes podem ser filtrados de modo a reter espécies de peso molecular > 50 ou 100 kDa.
[0092] Alternativamente, as EV podem ser obtidas a partir de culturas bacterianas continuamente durante o desenvolvimento, ou em pontos no tempo selecionados durante o desenvolvimento, conectando-se um biorreator a um sistema de fluxo tangencial alternante (ATF) (por exemplo, XCell ATF da Repligen). O sistema ATF retém células intactas (>0,22 um) no biorreator e permite que componentes menores (por exemplo, EV, proteínas livres) passem através de um filtro para coleta. Por exemplo, o sistema pode ser configurado de modo que o filtrado <0,22 um seja, então, passado através de um segundo filtro de 100 kDa, permitindo que espécies, tais como EV entre 0,22 um e 100 kDa, sejam coletadas e espécies menores que 100 kDa sejam bombeadas de volta para o biorreator. Alternativamente, o sistema pode ser configurado para permitir que o meio no biorreator seja reabastecido e/ou modificado durante o desenvolvimento da cultura. As EV coletadas por esse método podem ser, ainda, purificadas e/ou concentradas por ultracentrifugação ou filtração conforme descrito acima para sobrenadantes filtrados.
[0093] As EV obtidas por métodos fornecidos no presente documento podem ser, ainda, purificadas por cromatografia em coluna com base em tamanho, cromatografia de afinidade e por ultracentrifugação em gradiente, com o uso dos métodos que podem incluir, porém sem limitação, uso de um gradiente de sacarose ou gradiente Optiprep. Brevemente, com o uso de um método com gradiente de sacarose, se a precipitação com sulfato de amônio ou a ultracentrifugação foram usadas para concentrar os sobrenadantes filtrados, os aglomerados são ressuspensos em sacarose a 60%, Tris 30 mM, pH 8,0. Se filtração foi usada para concentrar o sobrenadante filtrado, o concentrado é trocado de tampão para sacarose a 60%, Tris 30 mM, pH 8,0, com o uso de uma coluna Amicon Ultra. Amostras são aplicadas a um gradiente de sacarose descontínuo a 35 a 60% e centrifugadas a 200.000 x g por 3 a 24 horas a 4 °C. Brevemente, com o uso de um método com gradiente Optiprep, se a precipitação com sulfato de amônio ou ultracentrifugação for usada para concentrar os sobrenadantes filtrados, os aglomerados são ressuspensos em Optiprep a 35% em PBS. Em algumas modalidades, se filtração for usada para concentrar o sobrenadante filtrado, o concentrado é diluído com o uso de Optiprep a 60% até uma concentração final de Optiprep a 35%. Amostras são aplicadas a um gradiente de sacarose descontínuo a 35 a 60% e centrifugadas a 200.000 x g por 3 a 24 horas a 4°C.
[0094] Em algumas modalidades, para confirmar a esterilidade e o isolamento das preparações de EV, as EV são diluídas em série em meio de ágar usado para cultura de rotina das bactérias a serem testadas e incubadas com o uso de condições de rotina. Preparações não estéreis são passadas através de um filtro de 0,22 um para excluir as células intactas. Para aumentar ainda mais a pureza, EV isoladas podem ser tratadas com DNase ou proteinase K.
[0095] Em algumas modalidades, para a preparação de EV usadas para injeções in vivo, as EV purificadas são processadas conforme descrito anteriormente (G. Norheim, et al. PLoS ONE. 10(9): e0134353 (2015)). Brevemente, após a centrifugação em gradiente de sacarose, bandas que contêm EV são ressuspensas até uma concentração final de 50 µg/ml em uma solução que contém sacarose a 3% ou outra solução adequada para injeção in vivo conhecida pelo versado na técnica. Essa solução também pode conter adjuvante, por exemplo, hidróxido de alumínio, a uma concentração de 0 a 0,5% (p/v).
[0096] Em certas modalidades, para tornar as amostras compatíveis com testes adicionais (por exemplo, para remover a sacarose antes do imageamento TEM ou ensaios in vitro), as amostras são trocadas de tampão para PBS ou Tris 30 mM, pH 8,0 com o uso de filtração (por exemplo, colunas Amicon Ultra), diálise, ou ultracentrifugação (200.000 x g, ≥ 3 horas, 4 °C) e ressuspensão.
[0097] Em algumas modalidades, a esterilidade das preparações de EV pode ser confirmada colocando-se em placar uma porção das EV em meio de ágar usado para cultura padrão das bactérias usadas na geração das EV e incubando-a com o uso de condições padrão.
[0098] Em algumas modalidades, as EV selecionadas são isoladas e enriquecidas por cromatografia e porções químicas de superfície de ligação em EV. Em outras modalidades, as EV selecionadas são isoladas e/ou enriquecidas por classificação de células fluorescentes por métodos que usam reagentes de afinidade, corantes químicos, proteínas recombinantes ou outros métodos conhecidos pelo versado na técnica. Composições farmacêuticas
[0099] Em certas modalidades, os métodos fornecidos no presente documento são composições farmacêuticas que compreendem EV e/ou bactérias fornecidas no presente documento (por exemplo, uma composição de EV). Em algumas modalidades, a composição de EV compreende uma EV e/ou uma combinação de EV descrita no presente documento e um carreador farmaceuticamente aceitável.
[00100] Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem EV substancial ou inteiramente livres de bactérias. Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem tanto EV como bactérias totais (por exemplo, bactérias vivas, bactérias mortas, bactérias debilitadas). Em certas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem bactérias que são substancial ou inteiramente livres de EV. Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem EV e/ou bactérias de uma ou mais (por exemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais) dentre as cepas ou espécies de bactérias listadas na Tabela 1 e/ou Tabela 2.
[00101] Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende pelo menos 1 bactéria para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8. 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8. 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8. 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8. 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8. 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8. 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8. 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8. 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107,
3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011 e/ou 1x1012 partículas de EV.
[00102] Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende cerca de 1 bactéria para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8. 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8. 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8. 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8. 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8. 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8. 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8. 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8. 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 partículas de EV.
[00103] Em certas modalidades, a composição farmacêutica compreende uma certa razão entre partículas de bactérias e partículas de EV. O número de partículas de bactérias pode se basear no número real de partículas ou (se as bactérias estiverem vivas) no número de CFUs. O número de partículas pode ser estabelecido combinando-se um número definido de EV purificadas com um número definido de bactérias purificadas, modificando-se as condições de desenvolvimento sob as quais as bactérias são cultivadas ou modificando-se as próprias bactérias para produzirem mais ou menos EV.
[00104] Em algumas modalidades, para quantificar os números de EV e/ou bactérias presentes em uma amostra bacteriana, microscopia eletrônica (por exemplo, EM de seções congeladas ultrafinas) pode ser usada para visualizar as vesículas e bactérias e contar seus números relativos. Alternativamente, combinações de análise de rastreamento de nanopartículas (NTA), contador de partículas e dispersão dinâmica de luz (DLS) ou uma combinação dessas técnicas podem ser usadas. NTA e o contador de partículas contam partículas e mostram seus tamanhos. DLS fornece a distribuição de tamanho de partículas, mas não a concentração. Bactérias frequentemente têm diâmetros de 1 a 2 um. A faixa total é de 0,2 a 20 um. Resultados combinados do contador de partículas e NTA podem revelar os números de bactérias em uma determinada amostra. O contador de partículas revela os números de partículas com diâmetros de 0,7 a 10 um. NTA revela os números de partículas com diâmetros de 50 a 1.400 nm. Para a maioria das amostras bacterianas, o contador de partículas isoladamente pode revelar o número de bactérias em uma amostra. EV têm um diâmetro de 20 a 250 nm. NTA permitirá a contagem dos números de partículas que têm diâmetro de 50 a 250 nm. DLS revela a distribuição de partículas de diferentes diâmetros em uma faixa aproximada de 1 nm a 3 um.
[00105] Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende no máximo 1 bactéria para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5,
1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8. 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8. 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8. 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8. 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8. 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8. 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8. 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8. 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 partículas de EV.
[00106] Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende pelo menos 1 partícula de EV para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8. 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8. 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8. 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8. 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8. 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8. 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8. 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8. 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62,
63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107 , 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 bactérias.
[00107] Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende cerca de 1 partícula de EV para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8. 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8. 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8. 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8. 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8. 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8. 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8. 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8. 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107 , 1x108, 2x108, 3x108,
4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 bactérias. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende no máximo 1 partícula de EV para cada 1, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8. 1,9, 2, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8. 2,9, 3, 3,1, 3,2, 3,3, 3,4, 3,5, 3,6, 3,7, 3,8. 3,9, 4, 4,1, 4,2, 4,3, 4,4, 4,5, 4,6, 4,7, 4,8. 4,9, 5, 5,1, 5,2, 5,3, 5,4, 5,5, 5,6, 5,7, 5,8. 5,9, 6, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8. 6,9, 7, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5, 7,6, 7,7, 7,8. 7,9, 8, 8,1, 8,2, 8,3, 8,4, 8,5, 8,6, 8,7, 8,8. 8,9, 9, 9,1, 9,2, 9,3, 9,4, 9,5, 9,6, 9,7, 9,8. 9,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18. 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28. 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38. 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48. 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58. 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68. 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78. 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87,
88. 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98. 99, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1x103, 2x103, 3x103, 4x103, 5x103, 6x103, 7x103, 8x103, 9x103, 1x104, 2x104, 3x104, 4x104, 5x104, 6x104, 7x104, 8x104, 9x104, 1x105, 2x105, 3x105, 4x105, 5x105, 6x105, 7x105, 8x105, 9x105, 1x106, 2x106, 3x106, 4x106, 5x106, 6x106, 7x106, 8x106, 9x106, 1x107, 2x107, 3x107, 4x107, 5x107, 6x107, 7x107, 8x107, 9x107, 1x108, 2x108, 3x108, 4x108, 5x108, 6x108, 7x108, 8x108, 9x108 , 1x109, 2x109, 3x109, 4x109, 5x109, 6x109, 7x109, 8x109, 9x109, 1x1010, 2x1010, 3x1010, 4x1010, 5x1010, 6x1010, 7x1010, 8x1010, 9x1010, 1x1011, 2x1011, 3x1011, 4x1011, 5x1011, 6x1011, 7x1011, 8x1011, 9x1011, e/ou 1x1012 bactérias.
[00108] Em algumas modalidades, pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%,
42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% das partículas na composição farmacêutica são EV.
[00109] Em algumas modalidades, pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% das partículas na composição farmacêutica são bactérias.
[00110] Em algumas modalidades, no máximo 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% das partículas na composição farmacêutica são EV.
[00111] Em algumas modalidades, no máximo 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%,
42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% das partículas na composição farmacêutica são bactérias.
[00112] Em algumas modalidades, cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% das partículas na composição farmacêutica são EV.
[00113] Em algumas modalidades, cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% das partículas na composição farmacêutica são bactérias.
[00114] Em algumas modalidades, pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%,
42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% da proteína na composição farmacêutica é proteína de EV.
[00115] Em algumas modalidades, pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% da proteína na composição farmacêutica é proteína de bactérias.
[00116] Em algumas modalidades, no máximo 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% da proteína na composição farmacêutica é proteína de EV.
[00117] Em algumas modalidades, no máximo 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%,
42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% da proteína na composição farmacêutica é proteína de bactérias.
[00118] Em algumas modalidades, cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% da proteína na composição farmacêutica é proteína de EV.
[00119] Em algumas modalidades, cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% da proteína na composição farmacêutica é proteína de bactérias.
[00120] Em algumas modalidades, pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%,
42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% dos lipídios na composição farmacêutica são lipídios de EV.
[00121] Em algumas modalidades, pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% dos lipídios na composição farmacêutica são lipídios de bactérias.
[00122] Em algumas modalidades, no máximo 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% dos lipídios na composição farmacêutica são lipídios de EV.
[00123] Em algumas modalidades, no máximo 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%,
42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% dos lipídios na composição farmacêutica são lipídios de bactérias.
[00124] Em algumas modalidades, cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% dos lipídios na composição farmacêutica são lipídios de EV.
[00125] Em algumas modalidades, cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% dos lipídios na composição farmacêutica são lipídios de bactérias.
[00126] Em algumas modalidades, as EV na composição farmacêutica são purificadas a partir de um ou mais outros componentes bacterianos. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende, ainda, outros componentes bacterianos.
Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende células de bactérias.
[00127] Em certos aspectos, são fornecidas composições farmacêuticas para administração a sujeitos. Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas são combinadas com materiais adicionais ativos e/ou inativos a fim de produzir um produto final, que pode estar em uma unidade de dosagem única ou em um formato de múltiplas doses. Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas são combinadas com um adjuvante, tal como um imunoadjuvante (por exemplo, agonistas de STING, agonistas de TLR, agonistas de NOD).
[00128] Em algumas modalidades, a composição compreende pelo menos um carboidrato. Um "carboidrato" refere-se a um açúcar ou polímero de açúcares. Os termos "sacarídeo", "polissacarídeo", "carboidrato" e "oligossacarídeo" podem ser usados de forma intercambiável. A maioria dos carboidratos são aldeídos ou cetonas com muitos grupos hidroxila, normalmente um em cada átomo de carbono da molécula. Carboidratos têm geralmente a fórmula molecular CnH2nOn. Um carboidrato pode ser um monossacarídeo, um dissacarídeo, trissacarídeo, oligossacarídeo ou polissacarídeo. A maioria dos carboidratos básicos é um monossacarídeo, tal como glicose, sacarose, galactose, manose, ribose, arabinose, xilose e frutose. Dissacarídeos são dois monossacarídeos unidos. Dissacarídeos exemplificativos incluem sacarose, maltose, celobiose e lactose. Tipicamente, um oligossacarídeo inclui entre três e seis unidades de monossacarídeo (por exemplo, rafinose, estaquiose), e polissacarídeos incluem seis ou mais unidades de monossacarídeo. Polissacarídeos exemplificativos incluem amido, glicogênio e celulose. Carboidratos podem conter unidades de sacarídeo modificadas, tais como 2'-desoxirribose, sendo que um grupo hidroxila é removido, 2'-
fluororribose, sendo que um grupo hidroxila é substituído por um flúor, ou N-acetilglucosamina, uma forma de glicose que contém nitrogênio (por exemplo, 2'-fluororribose, desoxirribose e hexose). Carboidratos podem existir em muitas formas diferentes, por exemplo, conformadoras, formas cíclicas, formas acíclicas, estereoisômeros, tautômeros, anômeros e isômeros.
[00129] Em algumas modalidades, a composição compreende pelo menos um lipídio. Conforme usado no presente documento, um "lipídio" inclui gorduras, óleos, triglicerídeos, colesterol, fosfolipídios, ácidos graxos em qualquer forma, incluindo ácidos graxos livres. Gorduras, óleos, e ácidos graxos podem ser saturados, insaturados (cis ou trans) ou parcialmente insaturados (cis ou trans). Em algumas modalidades, o lipídio compreende pelo menos um ácido graxo selecionado dentre ácido láurico (12:0), ácido mirístico (14:0), ácido palmítico (16:0), ácido palmitoleico (16:1), ácido margárico (17:0), ácido heptadecenoico (17:1), ácido esteárico (18:0), ácido oleico (18:1), ácido linoleico (18:2), ácido linolênico (18:3), ácido octadecatetraenoico (18:4), ácido araquídico (20:0), ácido eicosenoico (20:1), ácido eicosadienoico (20:2), ácido eicosatetraenoico (20:4), ácido eicosapentaenoico (20:5) (EPA), ácido docosanoico (22:0), ácido docosenoico (22:1), ácido docosapentaenoico (22:5), ácido docosa- hexaenoico (22:6) (DHA) e ácido tetracosanoico (24:0). Em algumas modalidades, a composição compreende pelo menos um lipídio modificado, por exemplo, um lipídio que foi modificado por cozimento.
[00130] Em algumas modalidades, a composição compreende pelo menos um mineral suplementar ou fonte mineral. Exemplos de minerais incluem, sem limitação: cloreto, sódio, cálcio, ferro, cromo, cobre, iodo, zinco, magnésio, manganês, molibdênio, fósforo, potássio e selênio. Formas adequadas de qualquer um dos minerais supracitados incluem sais minerais solúveis, sais minerais ligeiramente solúveis, sais minerais insolúveis, minerais quelados, complexos minerais, minerais não reativos, tais como minerais de carbonila, e minerais reduzidos, e combinações dos mesmos.
[00131] Em algumas modalidades, a composição compreende pelo menos uma vitamina suplementar. A pelo menos uma vitamina pode ser solúvel em gordura ou vitaminas solúveis em água. Vitaminas adequadas incluem, porém sem limitação, vitamina C, vitamina A, vitamina E, vitamina B12, vitamina K, riboflavina, niacina, vitamina D, vitamina B6, ácido fólico, piridoxina, tiamina, ácido pantotênico e biotina. Formas adequadas de qualquer um dos supracitados são sais da vitamina, derivados da vitamina, compostos que têm atividade igual ou similar à da vitamina e metabólitos da vitamina.
[00132] Em algumas modalidades, a composição compreende um excipiente. Exemplos não limitadores de excipientes adequados incluem um agente de tamponamento, um conservante, um estabilizante, um aglutinante, um agente de compactação, um lubrificante, um acentuador de dispersão, um agente de desintegração, um agente flavorizante, um adoçante e um agente colorante.
[00133] Em algumas modalidades, o excipiente é um agente de tamponamento. Exemplos não limitadores de agentes de tamponamento adequados incluem citrato de sódio, carbonato de magnésio, bicarbonato de magnésio, carbonato de cálcio e bicarbonato de cálcio.
[00134] Em algumas modalidades, o excipiente compreende um conservante. Exemplos não limitadores de conservantes adequados incluem antioxidantes, tais como alfa-tocoferol e ascorbato, e antimicrobianos, tais como parabenos, clorobutanol e fenol.
[00135] Em algumas modalidades, a composição compreende um aglutinante como um excipiente. Exemplos não limitadores de aglutinantes adequados incluem amidos, amidos pré-gelatinizados,
gelatina, polivinilpirolidona, celulose, metilcelulose, carboximetilcelulose sódica, etilcelulose, poliacrilamidas, poliviniloxoazolidona, álcoois polivinílicos, álcool de C12-C18 ácido graxo, polietilenoglicol, polióis, sacarídeos, oligossacarídeos e combinações dos mesmos.
[00136] Em algumas modalidades, a composição compreende um lubrificante como um excipiente. Exemplos não limitadores de lubrificantes adequados incluem estearato de magnésio, estearato de cálcio, estearato de zinco, óleos vegetais hidrogenados, esterotex, monoestearato de polioxietileno, talco, polietilenoglicol, benzoato de sódio, lauril sulfato de sódio, lauril sulfato de magnésio e óleo mineral leve.
[00137] Em algumas modalidades, a composição compreende um acentuador de dispersão como um excipiente. Exemplos não limitadores de dispersantes adequados incluem amido, ácido algínico, polivinilpirrolidonas, goma guar, caulim, bentonita, celulose de madeira purificada, glicolato de amido de sódio, silicato isoarmórfico e celulose microcristalina como tensoativos emulsionantes de alto HLB.
[00138] Em algumas modalidades, a composição compreende um desintegrante como um excipiente. Em algumas modalidades, o desintegrante é um desintegrante não efervescente. Exemplos não limitadores de desintegrantes não efervescentes incluem amidos, tais como amido de milho, amido da batata, amidos pré-gelatinizados e modificados dos mesmos, adoçantes, argilas, tais como bentonita, celulose microcristalina, alginatos, glicolato de amido de sódio, gomas, tais como água, guar, alfarrobeira, caraia, pectina e tragacanto. Em algumas modalidades, o desintegrante é um desintegrante efervescente. Exemplos não limitadores de desintegrantes efervescentes adequados incluem bicarbonato de sódio em combinação com ácido cítrico, e bicarbonato de sódio em combinação com ácido tartárico.
[00139] Em algumas modalidades, a composição é um produto alimentício (por exemplo, um alimento ou uma bebida), tal como um alimento ou bebida saudável, um alimento ou bebida para bebês, um alimento ou bebida para mulheres grávidas, atletas, idosos ou outro grupo especificado, um alimento funcional, uma bebida, um alimento ou bebida para uso especificado de saúde, um suplemento dietético, um alimento ou bebida para pacientes ou uma ração animal. Exemplos específicos de alimentos e bebidas incluem várias bebidas, tais como sucos, bebidas refrescantes, bebidas de chá, preparações para drinques, bebidas gelatinosas e bebidas funcionais; bebidas alcoólicas, tais como cervejas; alimentos contendo carboidratos, tais como produtos alimentícios de arroz, macarrão, pães e massas; produtos de pasta como presuntos de peixe, salsichas, produtos de pasta de frutos do mar; produtos de embalagens retort, tais como curries, alimento coberto com molhos espessos ricos em amido e sopas chinesas; sopas; produtos lácteos, tais como leite, bebidas lácteas, sorvetes, queijos e iogurtes; produtos fermentados, tais como pastas de soja fermentadas, iogurtes, bebidas fermentadas e picles; produtos de feijão; vários produtos de confeitaria, incluindo biscoitos, bolachas e semelhantes, doces, gomas de mascar, gomas, sobremesas frias, incluindo geleias, caramelos de creme e sobremesas congeladas; alimentos instantâneos, tais como sopas instantâneas e sopas instantâneas de soja; alimentos para micro- ondas; e semelhantes Adicionalmente, os exemplos também incluem alimentos e bebidas saudáveis nas formas de pós, grânulos, tabletes, cápsulas, líquidos, pastas e geleias.
[00140] Em algumas modalidades, a composição é um produto alimentício para animais, incluindo seres humanos. Os animais, além dos seres humanos, não são particularmente limitados, e a composição pode ser usada por vários animais de rebanho, aves, animais de estimação, animais experimentais e semelhantes. Exemplos específicos dos animais incluem porcos, gado, cavalos, ovelha, cabras, frangos, patos selvagens, avestruzes, patos domésticos, cães, gatos, coelhos, hamsters, camundongos, ratos, macacos e semelhantes, mais os animais não se limitam a estes. Agentes terapêuticos
[00141] Em certos aspectos, os métodos fornecidos no presente documento incluem a administração, a um sujeito, de uma composição farmacêutica descrita no presente documento isoladamente ou em combinação com um terapêutico adicional. Em algumas modalidades, o terapêutico adicional é um imunossupressor, um esteroide, um terapêutico contra câncer.
[00142] Em algumas modalidades, a EV é administrada ao sujeito antes do terapêutico ser administrado (por exemplo, pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 ou 24 horas antes ou pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 dias antes). Em algumas modalidades, a EV é administrada ao sujeito após o terapêutico ser administrado (por exemplo, pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 ou 24 horas depois ou pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 dias depois). Em algumas modalidades, a EV e o terapêutico são administrados ao sujeito simultaneamente ou quase simultaneamente (por exemplo, as administrações ocorrem dentro de uma hora uma da outra). Em algumas modalidades, o sujeito é administrado com um antibiótico antes da EV ser administrada ao sujeito (por exemplo, pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 ou 24 horas antes ou pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,
11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 dias antes).Em algumas modalidades, o sujeito é administrado com um antibiótico após a EV ser administrada ao sujeito (por exemplo, pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 ou 24 horas depois ou pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 dias depois). Em algumas modalidades, a EV e o antibiótico são administrados ao sujeito simultaneamente ou quase simultaneamente (por exemplo, as administrações ocorrem dentro de uma hora uma da outra).
[00143] Em algumas modalidades, o terapêutico adicional é um terapêutico contra câncer. Em algumas modalidades, o terapêutico contra câncer é um agente quimioterápico. Exemplos de tais agentes quimioterápicos incluem, porém sem limitação, agentes alquilantes, tais como tiotepa e ciclofosfamida; sulfonatos de alquila, tais como bussulfano, improssulfano e pipossulfano; aziridinas, tais como benzodopa, carbocona, meturedopa e uredopa; etileniminas e metilamelaminas, incluindo altretamina, trietilenomelamina, trietilenofosforamida, trietilenotiofosforamida e trimetilolomelamina; acetogeninas (especialmente bulatacina e bulatacinona); uma camptotecina (incluindo o topotecano análogo sintético); briostatina; calistatina; CC-1065 (incluindo seus análogos sintéticos adozelesina, carzelesina e bizelesina); criptoficinas (particularmente criptoficina 1 e criptoficina 8); dolastatina; duocarmicina (incluindo os análogos sintético KW-2189 e CB1-TM1); eleuterobina; pancratistatina; a sarcodictina; espongistatina; mostardas de nitrogênio, tais como clorambucila, clornafazina, colofosfamida, estramustina, ifosfamida, mecloretamina, cloridrato de óxido de mecloretamina, melfalano, novembiquina, fenesterina, prednimustina , trofosfamida, mostarda de uracila; nitrosureias, tais como carmustina, clorozotocina, fotemustina,
lomustina, nimustina e ranimnustina; antibióticos, tais como os antibióticos de enedina (por exemplo, caliqueamicina, especialmente caliqueamicina gama II e caliqueamicina ômega II; dinemicina, incluindo dinemicina A; bisfosfonatos, tais como clodronato; uma esperamicina; bem como cromóforo de neocarzinostatina e cromóforos antibióticos de cromoproteína enedina relacionados, aclacinomisinas, actinomicina, autrarnicina, azasserina, bleomicinas, cactinomicina, carabicina, caminomicina, carzinofilina, cromomicinas, dactinomicina, daunorrubicina, detorrubicina, 6-diazo-5-oxo-L-norleucina, doxorrubicina (incluindo morfolino-doxorrubicina, cianomorfolino- doxorrubicina, 2-pirrolino-doxorrubicina e desoxidoxorrubicina), epirrubicina, esorrubicina, idarrubicina, marcelomicina, mitomicinas, tais como mitomicina C, ácido micofenólico, nogalamicina, olivomicinas, peplomicina, potfiromicina, puromicina, quelamicina, rodorrubicina, estreptonigrina, estreptozocina, tubercidina, ubenimex, zinostatina, zorubicina; antimetabólitos, tais como metotrexato e 5- fluorouracila (5-FU); análogos de ácido fólico, tais como denopterina, metotrexato, pteropterina, trimetrexato; análogos de purina, tais como fludarabina, 6-mercaptopurina, tiamiprina, tioguanina; análogos de pirimidina, tais como ancitabina, azacitidina, 6-azauridina, carmofur, citarabina, didesoxiuridina, doxifluridina, enocitabina, floxuridina; androgênios, tais como calusterona, propionato de dromostanolona, epitiostanol, mepitiostano, testolactona; antiadrenais, tais como aminoglutetimida, mitotano, trilostano; reforçador de ácido fólico, tal como ácido frolínico; aceglatona; glicosídeo aldofosfamida; ácido aminolevulínico; eniluracila; ansacrina; bestrabucila; bisantreno; edatraxato; defofamina; demecolcina; diaziquona; elformitina; acetato de eliptínio; uma epotilona; etoglucídeo;nitrato de gálio; hidroxiureia; lentinana; lonidainina; maitansinoides, tais como maitansina e ansamitocinas; mitoguazona; mitoxantrona; mopidanmol; nitraerina;
pentostatina; fenamet; pirarubicina; losoxantrona; ácido podofilínico; 2- etil-hidrazida; procarbazina; complexo de polissacarídeos PSK); razoxano; rizoxina; sizofurano; espirogermânio; ácido tenuazônico; triaziquona; 2,2',2''-triclorotrietilamina; tricotecenos (especialmente toxina T-2, verracurina A, roridina A e anguidina); uretano; vindesina; dacarbazina; manomustina; mitobronitol; mitolactol; pipobromano; gacitosina; arabinosídeo ("Ara-C"); ciclofosfamida; tiotepa; taxoides, por exemplo, paclitaxel e doxetaxel; clorambucila; gencitabina; 6- tioguanina; mercaptopurina; metotrexato; complexos de coordenação de platina, tais como cisplatina, oxaliplatina e carboplatina; vimblastina; platina; etoposídeo (VP-16); ifosfamida; mitoxantrona; vincristina; vinorelbina; novantrona; teniposídeo; edatrexato; daunomicina; aminopterina; xeloda; ibandronato; irinotecano (por exemplo, CPT-11); inibidor de topoisomerase RFS 2000; difluorometilomitina (DMFO); retinoides, tais como ácido retinoico; capecitabina; e sais, ácidos ou derivados farmaceuticamente aceitáveis de qualquer um dos mencionados acima
[00144] Em algumas modalidades, o terapêutico contra câncer é um agente imunoterápico contra câncer. Imunoterapia refere-se a um tratamento que usa o sistema imunológico de um sujeito para tratar câncer, por exemplo, inibidores de ponto de verificação, vacinas contra câncer, citocinas, terapia celular, células CAR-T e terapia celular dendrítica. Exemplos não limitadores de imunoterapias são inibidores de ponto de verificação, incluindo, nivolumabe (BMS, anti-PD-1), pembrolizumabe (Merck, anti-PD-1), ipilimumabe (BMS, anti-CTLA-4), MEDI4736 (AstraZeneca, anti-PD-L1) e MPDL3280A (Roche, anti-PD- L1). Outras imunoterapias podem ser vacinas contra tumor, tais como Gardail, Cervarix, BCG, sipulencel-T, Gp100:209-217, AGS-003, DCVax-L, Algenpantucel-L, Tergenpantucel-L, TG4010, ProstAtak, Prostvac-V/R-TRICOM, Rindopepimul, acetato peptídico E75, IMA901,
POL-103A, Belagenpumatucel-L, GSK1572932A, MDX-1279, GV1001 e Tecemotida. A imunoterapia pode ser administrada por meio de injeção (por exemplo, por via intravenosa, intratumoral, subcutânea ou nos linfonodos), mas pode também ser administrada por via oral, tópica ou por meio de aerossol. Imunoterapias podem compreender adjuvantes, tais como citocinas.
[00145] Em algumas modalidades, o agente imunoterápico é um inibidor de ponto de verificação imune. A inibição do ponto de verificação imune refere-se amplamente à inibição dos pontos de verificação que as células cancerígenas podem produzir para impedir ou regular de modo decrescente uma resposta imunológica. Exemplos de proteínas de ponto de verificação imune incluem, porém sem limitação, CTLA4, PD-1, PD-L1, PD-L2, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, KIR, LAG3, TIM-3 ou VISTA. Inibidores de ponto de verificação imune podem ser anticorpos ou fragmentos de ligação ao antígeno dos mesmos que se ligam e inibem uma proteína de ponto de verificação imune. Exemplos de inibidores de ponto de verificação imune incluem, porém sem limitação, nivolumabe, pembrolizumabe, pidilizumabe, AMP-224, AMP-514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, MEDI-4736, MSB-0020718C, AUR-012 e STI-A1010.
[00146] Em algumas modalidades, os métodos fornecidos no presente documento incluem a administração de uma composição farmacêutica descrita no presente documento em combinação com um ou mais terapêuticos adicionais. Em algumas modalidades, os métodos revelados no presente documento incluem a administração de dois agentes imunoterápicos adicionais (por exemplo, inibidor de ponto de verificação imune). Por exemplo, os métodos fornecidos no presente documento incluem a administração de uma composição farmacêutica descrita no presente documento em combinação com um inibidor de PD-1 e um inibidor de CLTA-4 ou um inibidor de PD-L1 e um inibidor de CTLA-4.
[00147] Em algumas modalidades, o agente imunoterápico é um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo que, por exemplo, se liga a um antígeno associado ao câncer. Exemplos de antígenos associados ao câncer incluem, porém sem limitação, adipofilina, AIM-2, ALDH1A1, alfa-actinina-4, alfa-fetoproteína ("AFP"), ARTC1, B-RAF, BAGE-1, BCLX (L), proteína de fusão BCR-ABL b3a2, beta-catenina, BING-4, CA-125, CALCA, antígeno carcinoembrionário ("CEA"), CASP-5, CASP-8, CD274, CD45, Cdc27, CDK12, CDK4, CDKN2A, CEA, CLPP, COA-1, CPSF, CSNK1A1, CTAG1, CTAG2, ciclina D1, ciclina-A1, proteína de fusão dek-can, DKK1, EFTUD2, fator de alongamento 2, ENAH (hMena), Ep-CAM, EpCAM, EphA3, antígeno de tumor epitelial ("ETA"), proteína de fusão ETV6-AML1, EZH2, FGF5, FLT3-ITD, FN1, G250/MN/CAIX, GAGE-1,2,8, GAGE- 3,4,5,6,7, GAS7, glipicano-3, GnTV, gp100/Pmel17, GPNMB, HAUS3, hepsina, HER-2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A11, HLA-A2, HLA-DOB, hsp70-2, IDO1, IGF2B3, IL13Ralfa2, carboxil esterase intestinal, K-ras, calicreína 4, KIF20A, KK-LC-1, KKLC1, KM-HN-1, KMHN1 também conhecido como CCDC110, LAGE-1, proteína de fusão LDLR- fucosiltransferase AS, lengsina, M-CSF, MAGE-A1, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-C1, MAGE-C2, enzima málica, mamaglobina-A, MART2, MATN, MC1R, MCSP, mdm-2, ME1, melan-A/MART-1, Meloe, midquina, MMP-2, MMP-7, MUC1, MUC5AC, mucina, MUM-1, MUM-2, MUM-3, miosina, miosina classe I, N-bruto, NA88-A, neo-PAP, NFYC, NY-BR-1, NY-ESO-1/LAGE-2, OA1, OGT, OS-9, polipeptídeo P, p53, PAP, PAX5, PBF, proteína de fusão pml-RARalfa, mucina epitelial polimórfica ("PEM"), PPP1R3B, PRAME, PRDX5, PSA, PSMA, PTPRK, RAB38/NY-MEL-1, RAGE-1, RBAF600, RGS5, RhoC, RNF43, RU2AS, SAGE, secernina 1, SIRT2, SNRPD1, SOX10, Sp17, SPA17,
SSX-2, SSX-4, STEAP1, survivina, proteína de fusão SYT-SSX1 ou SYT-SSX2, TAG-1, TAG-2, telomerase, TGF-betaRII, TPBG, TRAG-3, triosefosfato isomerase, TRP-1/gp75, TRP-2, TRP2-INT2, tirosinase, tirosinase ("TYR"), VEGF, WT1, XAGE-1b/GAGED2a. Em algumas modalidades, o antígeno é um neo-antígeno.
[00148] Em algumas modalidades, o agente imunoterápico é uma vacina contra câncer e/ou um componente de uma vacina contra câncer (por exemplo, um peptídeo e/ou proteína antigênico). A vacina contra câncer pode ser uma vacina de proteína, uma vacina de ácido nucleico ou uma combinação das mesmas. Por exemplo, em algumas modalidades, a vacina contra câncer compreende um polipeptídeo que compreende um epitopo de um antígeno associado ao câncer. Em algumas modalidades, a vacina contra câncer compreende um ácido nucleico (por exemplo, DNA ou RNA, tal como mRNA) que codifica um epitopo de um antígeno associado ao câncer. Exemplos de antígenos associados ao câncer incluem, porém sem limitação, adipofilina, AIM- 2, ALDH1A1, alfa-actinina-4, alfa-fetoproteína ("AFP"), ARTC1, B-RAF, BAGE-1, BCLX (L), proteína de fusão BCR-ABL b3a2, beta-catenina, BING-4, CA-125, CALCA, antígeno carcinoembrionário ("CEA"), CASP-5, CASP-8, CD274, CD45, Cdc27, CDK12, CDK4, CDKN2A, CEA, CLPP, COA-1, CPSF, CSNK1A1, CTAG1, CTAG2, ciclina D1, ciclina-A1, proteína de fusão dek-can, DKK1, EFTUD2, fator de alongamento 2, ENAH (hMena), Ep-CAM, EpCAM, EphA3, antígeno de tumor epitelial ("ETA"), proteína de fusão ETV6-AML1, EZH2, FGF5, FLT3-ITD, FN1, G250/MN/CAIX, GAGE-1,2,8, GAGE-3,4,5,6,7, GAS7, glipicano-3, GnTV, gp100/Pmel17, GPNMB, HAUS3, hepsina, HER-2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A11, HLA-A2, HLA-DOB, hsp70-2, IDO1, IGF2B3, IL13Ralfa2, carboxil esterase intestinal, K-ras, calicreína 4, KIF20A, KK-LC-1, KKLC1, KM-HN-1, KMHN1 também conhecido como CCDC110, LAGE-1, proteína de fusão LDLR-
fucosiltransferase AS, lengsina, M-CSF, MAGE-A1, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-C1, MAGE-C2, enzima málica, mamaglobina-A, MART2, MATN, MC1R, MCSP, mdm-2, ME1, melan-A/MART-1, Meloe, midquina, MMP-2, MMP-7, MUC1, MUC5AC, mucina, MUM-1, MUM-2, MUM-3, miosina, miosina classe I, N-bruto, NA88-A, neo-PAP, NFYC, NY-BR-1, NY-ESO-1/LAGE-2, OA1, OGT, OS-9, polipeptídeo P, p53, PAP, PAX5, PBF, proteína de fusão pml-RARalfa, mucina epitelial polimórfica ("PEM"), PPP1R3B, PRAME, PRDX5, PSA, PSMA, PTPRK, RAB38/NY-MEL-1, RAGE-1, RBAF600, RGS5, RhoC, RNF43, RU2AS, SAGE, secernina 1, SIRT2, SNRPD1, SOX10, Sp17, SPA17, SSX-2, SSX-4, STEAP1, survivina, proteína de fusão SYT-SSX1 ou SYT-SSX2, TAG-1, TAG-2, telomerase, TGF-betaRII, TPBG, TRAG-3, triosefosfato isomerase, TRP-1/gp75, TRP-2, TRP2-INT2, tirosinase, tirosinase ("TYR"), VEGF, WT1, XAGE-1b/GAGED2a. Em algumas modalidades, o antígeno é um neo-antígeno. Em algumas modalidades, a vacina contra câncer é administrada com um adjuvante. Exemplos de adjuvantes incluem, porém sem limitação, uma proteína imunomoduladora, adjuvante 65, α-GalCer, fosfato de alumínio, hidróxido de alumínio, fosfato de cálcio, peptídeo β-glucano, CpG ODN DNA, GPI-0100, lipídio A, lipopolissacarídeo, Lipovant, montanida, N-acetil-muramil-L-alanil-D-isoglutamina, Pam3CSK4, quil A, toxina da cólera (CT) e toxina lábil ao calor de Escherichia coli enterotoxigênica (LT), incluindo derivados destes (CTB, mmCT, CTA1- DD, LTB, LTK63, LTR72, dmLT) e dimicolato de trealose.
[00149] Em algumas modalidades, o agente imunoterápico é uma proteína imunomoduladora para o sujeito. Em algumas modalidades, a proteína imunomoduladora é uma citocina ou quimiocina. Exemplos de proteínas imunomoduladoras incluem, porém sem limitação, quimioatraente de linfócitos B ("BLC"), quimiocina com motivo C-C 11
("Eotaxina-1"), proteína quimiotática eosinofílica 2 ("Eotaxina-2"), fator estimulador de colônia de granulócitos ("G-CSF"), fator estimulador de colônia de macrófago de granulócitos ("GM-CSF), 1-309, molécula de adesão intercelular 1 ("ICAM-1"), interferon alfa ("IFN-alfa"), interferon beta ("IFN-beta"), interferon gama ("IFN-gama"), interlucina-1 alfa ("IL- 1 alfa"), interlucina-1 beta ("IL-1 beta"), antagonista do receptor de interleucina 1 ("IL-1 ra"), interleucina-2 ("IL-2"), interleucina-4 ("IL-4"), interleucina-5 ("IL-5"), interleucina-6 ("IL-6"), receptor solúvel em interleucina-6 ("IL-6 sR"), interleucina-7 ("IL-7"), interleucina-8 ("IL-8"), interleucina- 10 ("IL-10"), interleucina- 11 ("IL-11"), subunidade beta de interleucina- 12 ("IL-12 p40" ou "IL-12 p70"), interleucina-13 ("IL-13"), interleucina-15 ("IL-15"), interleucina-16 ("IL-16"), interleucina-17A-F ("IL-17A-F"), interleucina-18 ("IL-18"), interleucina-21 ("IL-21"), interleucina-22 ("IL-22"), interleucina-23 ("IL-23"), interleucina-33 ("IL- 33"), ligante (com motivo C-C ) de quimiocina 2 ("MCP-1"), fator estimulador de colônia de macrófagos ("M-CSF"), monocina induzida por interferon gama ("MIG"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 2 ("MIP-1 alfa"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 4 ("MIP-1 beta"), proteína-1-delta inflamatória de macrófagos ("MIP-1 delta"), subunidade B do fator de crescimento derivado de plaquetas ("PDGF- BB"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 5, célula T normal expressa e secretada regulada na ativação ("RANTES"), inibidor de TIMP metalopeptidase 1 ("TIMP-1"), inibidor de TIMP metalopeptidase 2 ("TIMP-2"), linfotoxina-alfa de fator de necrose tumoral ("TNF alfa"), linfotoxina-beta de fator de necrose tumoral ("TNF beta"), receptor solúvel de TNF tipo 1 ("sTNFRI"), sTNFRIIAR, fator neurotrófico derivado do cérebro ("BDNF"), fator básico de crescimento de fibroblastos ("bFGF"), proteína morfogenética óssea 4 ("BMP-4"), proteína morfogenética óssea 5 ("BMP-5"), proteína morfogenética óssea 7 ("BMP-7"), fator de crescimento nervoso ("b-NGF"), fator de crescimento epidérmico ("EGF"), receptor do fator de crescimento epidérmico ("EGFR"), fator de crescimento endotelial vascular derivado da glândula endócrina ("EG-VEGF"), fator de crescimento de fibroblastos 4 ("FGF-4"), fator de crescimento de queratinócitos ("FGF- 7"), fator de diferenciação de crescimento 15 ("GDF-15"), fator neurotrófico derivado de células gliais ("GDNF"), fator de crescimento semelhante ao EGF de ligação à heparina do hormônio de crescimento ("HB-EGF"), fator de crescimento de hepatócitos ("HGF"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 1 ("IGFBP-1"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 2 ("IGFBP-2"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 3 (" IGFBP-3"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 4 ("IGFBP-4"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 6 ("IGFBP-6"), fator de crescimento semelhante à insulina 1 ("IGF-1"), insulina, fator estimulador de colônia de macrófagos ("M-CSF R"), receptor do fator de crescimento nervoso ("NGF R"), neurotrofina-3 ("NT-3"), neurotrofina-4 ("NT-4"), fator inibidor de osteoclastogenese ("osteoprotegerina"), receptores do fator de crescimento derivado de plaquetas ("PDGF-AA"), biossíntese de fosfatidilinositol-glicano ("PIGF"), Skp, culina, complexo contendo F-box ("SCF"), receptor do fator de células-tronco ("SCF R"), fator de crescimento transformador alfa ("TGFalfa"), fator de crescimento transformador beta-1 ("TGF beta 1"), fator de crescimento transformador beta-3 ("TGF beta 3"), fator de crescimento endotelial vascular ("VEGF"), receptor do fator de crescimento endotelial vascular 2 ("VEGFR2"), receptor do fator de crescimento endotelial vascular 3 ("VEGFR3"), VEGF-D 6Ckine, receptor da proteína tirosina quinase UFO ("Axl"), betacelulina ("BTC"), quimiocina epitelial associada à mucosas ("CCL28"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 27 ("CTACK"), ligante (com motivo C-X-C)
de quimiocina 16 ("CXCL16"), quimiocina com motivo C-X-C 5 ("ENA- 78"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 26 ("Eotaxina-3"), proteína quimiotática de granulócitos 2 ("GCP-2"), GRO, ligante (com motivo C-C) de quimiocina 14 ("HCC-l"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 16 ("HCC-4"), interleucina-9 ("IL-9"), interleucina-17 F ("IL- 17F"), proteína de ligação à interleucina-18 ("IL-18 BPa"), interleucina- 28 A ("IL-28A"), interleucina 29 ("IL-29"), interleucina 31 ("IL-31"), quimiocina com motivo C-X-C 10 ("IP-10"), receptor de quimiocina CXCR3 ("I-TAC"), fator inibidor de leucemia ("LIF"), ligantes (com motivo C) de quimiocina na luz ("linfotactina"), proteína quimioatraente de monócitos 2 ("MCP-2"), proteína quimioatraente de monócitos 3 ("MCP-3"), proteína quimioatraente de monócitos 4 ("MCP-4"), quimiocina derivada de macrófagos ("MDC"), fator inibidor de migração de macrófagos ("MIF"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 20 ("MIP-3 alfa"), quimiocina com motivo C-C 19 ("MIP-3 beta"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 23 ("MPIF-1"), cadeia de proteína alfa estimuladora de macrófagos ("MSPalfa"), proteína 1 de montagem de nucleossoma tipo 4 ("NAP-2"), fosfoproteína secretada 1 ("osteopontina"), citocina pulmonar e regulada por ativação ("PARC"), fator plaquetário 4 ("PF4"), fator derivado de células estromais- 1 alfa ("SDF-1 alfa"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 17 ("TARC"), quimiocina expressa no timo ("TECK"), linfopoietina estromal tímica ("TSLP 4- IBB"), antígeno CD 166 ("ALCAM"), agrupamento de diferenciação 80 ("B7-1"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 17 ("BCMA"), agrupamento de diferenciação 14 ("CD14"), agrupamento de diferenciação 30 ("CD30"), agrupamento de diferenciação 40 ("ligante de CD40"), molécula de adesão celular relacionada ao antígeno carcinoembrionário 1 (glicoproteína biliar) ("CEACAM-1"), receptor de morte 6 ("DR6"), deoxitimidina quinase ("Dtk"), glicoproteína de membrana tipo 1 ("endoglina"), proteína tirosina quinase receptora erbB-3 ("ErbB3"), molécula de adesão endotélio-leucócito 1 ("E-selectina"), antígeno da apoptose 1 ("Fas"), tirosina quinase semelhante a Fms 3 ("Flt-3L"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 1 ("GITR"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 14 ("HVEM"), molécula de adesão intercelular 3 ("ICAM-3"), IL-1 R4, IL-1 RI, IL-10 Rbeta, IL-17R, IL-2Rgama, IL-21R, proteína da membrana do lisossomo 2 ("LIMPII"), lipocalina associada à gelatinase neutrofílica ("lipocalina-2"), CD62L ("L-selectina"), endotélio linfático ("LYVE-1"), sequência relacionada ao polipeptídeo MHC classe I A ("MICA"), sequência relacionada ao polipeptídeo MHC classe I B ("MICB"), NRGl-betal, receptor do fator de crescimento derivado de plaquetas tipo beta ("PDGF Rbeta"), molécula de adesão celular endotelial de plaquetas ("PECAM-1"), RAGE, receptor celular do vírus da hepatite A 1 ("TIM-1"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral IOC ("TRAIL R3"), domínio de ligação à transglutaminase da proteína trapina ("trapina-2"), receptor de uroquinase ("uPAR"), proteína de adesão celular vascular 1 ("VCAM-1"), XEDARActivina A, proteína relacionada a Agouti ("AgRP"), ribonuclease 5 ("angiogenina"), angiopoietina 1, angiostatina, cateprina S, CD40, proteína da família críptica IB ("cripto-1"), DAN, proteína relacionada a Dickkopf 1 ("DKK-1"), E-caderina, molécula de adesão celular epitelial ("EpCAM"), ligante de Fas (FasL ou CD95L), Fcg RIIB/C, FoUistatina, galectina-7, molécula de adesão intercelular 2 ("ICAM-2"), IL-13 Rl, IL- 13R2, IL-17B, IL-2 Ra, IL-2 Rb, IL-23, LAP, molécula de adesão celular neuronal ("NrCAM"), inibidor do ativador de plasminogênio- 1 ("PAI-1"), receptores do fator de crescimento derivado de plaquetas ("PDGF- AB"), resistina, fator derivado de células estromais 1 ("SDF-1 beta"), sgpl30, proteína relacionada a frizzled secretada 2 ("ShhN"), lectinas do tipo imunoglobulina de ligação ao ácido siálico ("Siglec-5"), ST2,
fator de crescimento transformador-beta 2 ("TGF beta 2"), Tie-2, trombopoietina ("TPO"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 10D ("TRAIL R4"), receptor de disparo expresso em células mieloides 1 ("TREM-1"), fator de crescimento endotelial vascular C ("VEGF-C"), VEGFRlAdiponectina, adipsina ("AND"), alfa- fetoproteína ("AFP"), angiopoietina-tipo 4 ("ANGPTL4"), beta-2- microglobulina ("B2M"), molécula de adesão de células basais ("BCAM"), antígeno do carboidrato 125 ("CA125"), antígeno de câncer 15-3 ("CA15-3"), antígeno carcinoembrionário ("CEA"), proteína receptora de cAMP ("CRP"), receptor do fator de crescimento epidérmico humano 2 ("ErbB2"), folistatina, hormônio estimulador de folículos ("FSH"), ligante (com motivo C-X-C) de quimiocina 1 ("GRO alfa"), gonadotropina coriônica humana ("beta HCG"), receptor do fator de crescimento semelhante à insulina 1 ("IGF-1 sR"), IL-1 sRII, IL-3, IL- 18 Rb, IL-21, leptina, matriz metaloproteinase-1 ("MMP-1"), matriz metaloproteinase-2 ("MMP-2"), matriz metaloproteinase-3 ("MMP-3"), matriz metaloproteinase-8 ("MMP-8"), matriz metaloproteinase-9 ("MMP-9"), matriz metaloproteinase-10 ("MMP-10"), matriz metaloproteinase-13 ("MMP-13"), molécula de adesão de células neurais ("NCAM-1"), entactina ("Nidogen-1"), enolase específica de neurônios ("NSE"), oncostatina M ("OSM"), procalcitonina, prolactina, antígeno específico da próstata ("PSA"), lectina do tipo Ig de ligação ao ácido siálico 9 ("Siglec-9"), ADAM 17 endopeptidase ("TACE"), tireoglobulina, inibidor da metaloproteinase 4 ("TIMP-4"), TSH2B4, proteína contendo domínio desintegrina e metaloproteinase 9 ("ADAM- 9"), angiopoietina 2, membro da superfamília do ligante do fator de necrose tumoral 13/membro da superfamília da fosfoproteína nuclear 32 rica em leucina ácida B ("APRIL"), proteína morfogenética óssea 2 ("BMP-2"), proteína morfogenética óssea 9 ("BMP-9"), componente complemento 5a ("C5a"), catepsina L, CD200, CD97, quemerina,
membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 6B ("DcR3"), proteína de ligação ao ácido graxo 2 ("FABP2"), proteína de ativação de fibroblastos, alfa ("FAP"), fator de crescimento de fibroblastos 19 ("FGF-19"), galectina-3, receptor do fator de crescimento de hepatócitos ("HGF R"), IFN-gamalfa/beta R2, fator de crescimento semelhante à insulina 2 ("IGF-2"), receptor do fator de crescimento semelhante à insulina 2 ("IGF-2 R"), receptor de interleucina-1 6 ("IL-1R6"), interleucina 24 ("IL-24"), interleucina 33 ("IL-33", calicreína 14, asparaginil endopeptidase ("legumaína"), receptor de lipoproteína de baixa densidade oxidado 1 ("LOX-1"), lectina de ligação à manose ("MBL"), neprilisina ("NEP"), homólogo de Notch 1 associado à translocação (drosofila) ("Notch-1"), nefroblastoma superexpresso ("NOV"), osteoactivina, proteína de morte celular programada 1 ("PD-1"), N-acetilmuramoil-L-alanina amidase ("PGRP-5"), serpina A4, proteína a relacionada a frizzled secretada 3 ("sFRP-3"), trombomodulina, receptor do tipo Toll 2 ("TLR2"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 10A ("TRAIL Rl"), transferrina ("TRF"), WIF-lACE-2, albumina, AMICA, angiopoietina 4, fator de ativação de células B ("BAFF"), antígeno do carboidrato 19-9 ("CA19-9"), CD 163 , clusterina, CRT AM, ligante (com motivo C-X-C) de quimiocina 14 ("CXCL14"), cistatina C, decorina ("DCN"), proteína relacionada a Dickkopf 3 ("Dkk-3"), proteína tipo delta 1 ("DLL1"), fetuína A, fator de crescimento de ligação à heparina 1 ("aFGF"), receptor alfa de folato ("FOLR1"), furina, proteína de classificação associada a GPCR 1 ("GASP-1"), proteína de classificação associada a GPCR 2 ("GASP-2"), receptor do fator estimulador de colônia de granulócitos ("GCSF R"), hepsina serina protease ("HAI-2"), receptor de interleucina-17B ("IL-17B R"), interleucina 27 ("IL-27"), gene de ativação de linfócitos 3 ("LAG-3"), apolipoproteína A-V ("LDL R"), pepsinogênio I, proteína de ligação ao retinol 4 ("RBP4"), SOST, proteoglicado de sulfato de heparano ("Syndecan-1"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 13B ("TACI"), inibidor da via do fator tecidual ("TFPI"), TSP-1, superfamília do receptor do fator de necrose tumoral, membro 10b ("TRAIL R2"), TRANCE, troponina I, ativador do plasminogênio de uroquinase ("uPA"), caderina 5, caderina tipo 2 ou VE (endotelial vascular) também conhecida como CD144 ("VE-caderina"), proteína da via de sinalização induzível por WNTl 1 ("WISP-1") e ativador do receptor de fator nuclear κ B ("RANK").
[00150] Em algumas modalidades, o agente terapêutico contra câncer é um composto anticâncer. Compostos anticâncer exemplificativos incluem, porém sem limitação, alentuzumabe (Campath®), alitretinoína (Panretin®), anastrozol (Arimidex®), bevacizumabe (Avastin®), bexaroteno (Targretin®), bortezomibe (Velcade®), bosutinibe (Bosulif®), vedotina de brentuximabe (Adcetris®), cabozantinibe (Cometriq™), carfilzomibe (Kyprolis™), cetuximabe (Erbitux®), crizotinibe (Xalkori®), dasatinibe (Sprycel®), diftitox de denileucina (Ontak®), cloridrato de erlotinibe (Tarceva®), everolimus (Afinitor®), exemestano (Aromasin®), fulvestrant (Faslodex®), gefitinibe (Iressa®), tiuxetano de ibritumomabe (Zevalin®), mesilato de imatinibe (Gleevec®), ipilimumabe (Yervoy™), ditosilato de lapatinibe (Tykerb®), letrozol (Femara®), nilotinibe (Tasigna®), ofatumumabe (Arzerra®), panitumumabe (Vectibix®), cloridrato de pazopanibe (Votrient®), pertuzumabe (Perjeta™), pralatrexato (Folotyn®), regorafenibe (Stivarga®), rituximabe (Rituxan®), romidepsina (Istodax®), tosilato de sorafenibe (Nexavar®), malato de sunitinibe (Sutent®), tamoxifeno, tensirolimus (Torisel®), toremifeno (Fareston®), tositumomabe e 131I-tositumomabe (Bexxar®), trastuzumabe (Herceptin®), tretinoína (Vesanoid®), vandetanibe (Caprelsa®), vemurafenibe (Zelboraf®), vorinostat
(Zolinza®) e ziv-aflibercept (Zaltrap®).
[00151] Compostos anticâncer exemplificativos que modificam a função de proteínas que regulam a expressão gênica e outras funções celulares (por exemplo, inibidores de HDAC, ligantes receptores de retinoide) são vorinostat (Zolinza®), bexaroteno (Targretin®) e romidepsina (Istodax®), alitretinoína (Panretin®) e tretinoína (Vesanoid®).
[00152] Compostos anticâncer exemplificativos que induzem apoptose (por exemplo, inibidores de proteassoma, antifolatos) são bortezomibe (Velcade®), carfilzomibe (Kyprolis™) e pralatrexato (Folotyn®).
[00153] Compostos anticâncer exemplificativos que aumenta a resposta imunológica antitumoral (por exemplo, anti CD20, anti CD52; antígeno-4 associado ao linfócito T anticitotóxico) são rituximabe (Rituxan®), alentuzumabe (Campath®), ofatumumabe (Arzerra®) e ipilimumabe (Yervoy™).
[00154] Compostos anticâncer exemplificativos que distribuem agentes tóxicos a células cancerígenas (por exemplo, fusões anti- CD20-radionuclídeo; fusões IL-2-toxina da difteria; fusões anti-CD30- monometilauristatina E (MMAE)) são tositumomabe e 131I- tositumomabe (Bexxar®) e tiuxetano de ibritumomabe (Zevalin®), diftitox de denileucina (Ontak®) e vedotina de brentuximabe (Adcetris®).
[00155] Outros compostos anticâncer exemplificativos são inibidores de células pequenas e conjugados dos mesmos de, por exemplo, Janus quinase, ALK, Bcl-2, PARP, PI3K, receptor de VEGF, Braf, MEK, CDK e HSP90.
[00156] Compostos anticâncer à base de platina exemplificativos incluem, por exemplo, cisplatina, carboplatina, oxaliplatina, satraplatina, picoplatina, nedaplatina, triplatina e lipoplatina. Outros fármacos à base de metal adequados para tratamento incluem, porém sem limitação, compostos à base de rutênio, derivados de ferroceno, compostos à base de titânio e compostos à base de gálio.
[00157] Em algumas modalidades, o terapêutico contra câncer é uma porção química radioativa que compreende um radionuclídeo. Radionuclídeos exemplificativos incluem, porém sem limitação, Cr-51, Cs-131, Ce-134, Se-75, Ru-97, I-125, Eu-149, Os-189m, Sb-119, I- 123, Ho-161, Sb-117, Ce-139, In-111, Rh-103m, Ga-67, Tl-201, Pd- 103, Au-195, Hg-197, Sr-87m, Pt-191, P-33, Er-169, Ru-103, Yb-169, Au-199, Sn-121, Tm-167, Yb-175, In-113m, Sn-113, Lu-177, Rh-105, Sn-117m, Cu-67, Sc-47, Pt-195m, Ce-141, I-131, Tb-161, As-77, Pt- 197, Sm-153, Gd-159, Tm-173, Pr-143, Au-198, Tm-170, Re-186, Ag- 111, Pd-109, Ga-73, Dy-165, Pm-149, Sn-123, Sr-89, Ho-166, P-32, Re-188, Pr-142, Ir-194, In-114m/In-114 e Y-90.
[00158] Em algumas modalidades, o terapêutico contra câncer é um antibiótico. Por exemplo, se a presença de uma bactéria associada ao câncer e/ou um perfil de microbioma associado ao câncer for detectada de acordo com os métodos fornecidos no presente documento, antibióticos podem ser administrados para eliminar as bactérias associadas ao câncer do sujeito. "Antibióticos" referem-se amplamente a compostos com capacidade para inibir ou prevenir uma infecção bacteriana. Os antibióticos podem ser classificados de várias formas, incluindo seu uso para infecções específicas, seu mecanismo de ação, sua biodisponibilidade ou seu espectro de micróbio-alvo (por exemplo, bactérias Gram-negativas vs. Gram-positivas, bactérias aeróbicas vs. anaeróbicas, etc.), e estes podem ser usados para exterminar bactérias específicas em áreas específicas do hospedeiro ("nichos") (Leekha, et al 2011. General Principles of Antimicrobial Therapy. Mayo Clin Proc. 86(2): 156 a 167). Em certas modalidades, os antibióticos podem ser usados para alvejar seletivamente bactérias de um nicho específico. Em algumas modalidades, os antibióticos conhecidos para tratar uma infecção específica que inclui um nicho cancerígeno podem ser usados para alvejar micróbios associados ao câncer, incluindo bactérias associadas ao câncer nesse nicho. Em outras modalidades, os antibióticos são administrados após o tratamento bacteriano. Em algumas modalidades, os antibióticos são administrados após o tratamento bacteriano para remover o enxerto.
[00159] Em alguns aspectos, os antibióticos podem ser selecionados com base em suas propriedades bactericidas ou bacteriostáticas. Antibióticos bactericidas incluem mecanismos de ação que rompem a parede celular (por exemplo, β-lactamas), a membrana celular (por exemplo, daptomicina) ou DNA bacteriano (por exemplo, fluoroquinolonas). Agentes bacteriostáticos inibem a replicação bacteriana e incluem sulfonamidas, tetraciclinas e macrolidas, e atuam inibindo a síntese de proteína. Além disso, embora alguns fármacos possam ser bactericidas em certos organismos e bacteriostáticos em outros, conhecer o organismo-alvo permite que o versado na técnica selecione um antibiótico com as propriedades adequadas. Em certas condições de tratamento, antibióticos bacteriostáticos inibem a atividade de antibióticos bactericidas. Assim, em certas modalidades, antibióticos bactericidas e bacteriostáticos não são combinados.
[00160] Antibióticos incluem, porém sem limitação, aminoglicosídeos, ansamicinas, carbacefemas, carbapenemas, cefalosporinas, glicopeptídeos, lincosamidas, lipopeptídeos, macrolidas, monobactamas, nitrofuranos, oxazolidononas, penicilinas, antibióticos polipeptídicos, quinolonas, fluoroquinolona, sulfonamidas, tetraciclinas e compostos antimicobacterianos, e combinações dos mesmos.
[00161] Aminoglicosídeos incluem, porém sem limitação, amicacina,
gentamicina, canamicina, neomicina, netilmicina, tobramicina, paromomicina e espectinomicina. Aminoglicosídeos são eficazes, por exemplo, contra bactérias Gram-negativas, tais como Escherichia coli, Klebsiella, Pseudomonas aeruginosa e Francisella tularensis, e contra certas bactérias aeróbicas, mas menos eficazes contra anaeróbios obrigatórios/facultativos. Acredita-se que os aminoglicosídeos se liguem à subunidade ribossômica bacteriana 30S ou 50S, inibindo, assim, a síntese de proteína bacteriana.
[00162] Ansamicinas incluem, porém sem limitação, geldanamicina, herbimicina, rifamicina e estreptovaricina. Acredita-se que geldanamicina e herbimicina inibam ou alterem a função da proteína de choque térmico 90.
[00163] Carbacefemas incluem, porém sem limitação, loracarbef. Acredita-se que carbacefemas inibam a síntese da parede celular bacteriana.
[00164] Carbapenemas incluem, porém sem limitação, ertapenema, doripenema, imipenema/cilastatina e meropenema. Carbapenemas são bactericidas tanto para bactérias Gram-positivas como para bactérias Gram-negativas como antibióticos de amplo espectro. Acredita-se que carbapenemas inibam a síntese da parede celular bacteriana.
[00165] Cefalosporinas incluem, porém sem limitação, cefadroxila, cefazolina, cefalotina, cefalotina, cefalexina, cefaclor, cefamandol, cefoxitina, cefprozila, cefuroxima, cefixima, cefdinir, cefditorem, cefoperazona, cefotaxima, cefpodoxima, ceftazidima, ceftibuteno, ceftizoxima, ceftriaxona, cefepima, fosamila de ceftarolina e ceftobiprol. Cefalosporinas selecionadas são eficazes, por exemplo, contra bactérias Gram-negativas e contra bactérias Gram-positivas, incluindo Pseudomonas, certas cefalosporinas são eficazes contra Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA). Acredita-se que cefalosporinas inibam a síntese da parede celular bacteriana interrompendo-se a síntese da camada de peptidoglicano de paredes celulares bacterianas.
[00166] Glicopeptídeos incluem, porém sem limitação, teicoplanina, vancomicina e telavancina. Glicopeptídeos são eficazes, por exemplo, contra bactérias Gram-positivas aeróbicas e anaeróbicas, incluindo MRSA e Clostridium difficile. Acredita-se que glicopeptídeos inibam a síntese da parede celular bacteriana interrompendo-se a síntese da camada de peptidoglicano de paredes celulares bacterianas.
[00167] Lincosamidas incluem, porém sem limitação, clindamicina e lincomicina. Lincosamidas são eficazes, por exemplo, contra bactérias anaeróbicas, bem como Staphylococcus e Streptococcus. Acredita-se que lincosamidas se liguem à subunidade ribossômica bacteriana 50S, inibindo, assim, a síntese de proteína bacteriana.
[00168] Lipopeptídeos incluem, porém sem limitação, daptomicina. Lipopeptídeos são eficazes, por exemplo, contra bactérias Gram- positivas. Acredita-se que lipopeptídeos se liguem à membrana bacteriana e provoquem despolarização rápida.
[00169] Macrolidas incluem, porém sem limitação, azitromicina, claritromicina, diritromicina, eritromicina, roxitromicina, troleandomicina, telitromicina e espiramicina. Macrolidas são eficazes, por exemplo, contra Streptococcus e Micoplasma. Acredita-se que macrolidas se liguem à subunidade bacteriana ou ribossômica 50S, inibindo, assim, a síntese de proteína bacteriana.
[00170] Monobactamas incluem, porém sem limitação, aztreonam. Monobactamas são eficazes, por exemplo, contra bactérias Gram- negativas. Acredita-se que monobactamas inibam a síntese da parede celular bacteriana interrompendo-se a síntese da camada de peptidoglicano de paredes celulares bacterianas.
[00171] Nitrofuranos incluem, porém sem limitação, furazolidona e nitrofurantoína.
[00172] Oxazolidononas incluem, porém sem limitação, linezolid, posizolid, radezolid e torezolid. Acredita-se que oxazolidononas sejam inibidores de síntese de proteína.
[00173] Penicilinas incluem, porém sem limitação, amoxicilina, ampicilina, azlocilina, carbenicilina, cloxacilina, dicloxacilina, flucloxacilina, mezlocilina, meticilina, nafcilina, oxacilina, penicilina G, penicilina V, piperacilina, temocilina e ticarcilina. Penicilinas são eficazes, por exemplo, contra bactérias Gram-positivas, anaeróbios facultativos, por exemplo, Streptococcus, Borrelia e Treponema. Acredita-se que penicilinas inibam a síntese da parede celular bacteriana interrompendo-se a síntese da camada de peptidoglicano de paredes celulares bacterianas.
[00174] Combinações de penicilinas incluem, porém sem limitação, amoxicilina/clavulanato, ampicilina/sulbactama, piperacilina/tazobactama e ticarcilina/clavulanato.
[00175] Antibióticos polipeptídicos incluem, porém sem limitação, bacitracina, colistina e polimixina B e E. Antibióticos polipeptídicos são eficazes, por exemplo, contra bactérias Gram-negativas. Acredita-se que certos antibióticos polipeptídicos inibam o pirofosfato de isoprenila envolvido na síntese da camada de peptidoglicano de paredes celulares bacterianas, enquanto outros desestabilizam a membrana externa bacteriana deslocando-se contraíons bacterianos.
[00176] Quinolonas e fluoroquinolona incluem, porém sem limitação, ciprofloxacina, enoxacina, gatifloxacina, gemifloxacina, levofloxacina, lomefloxacina, moxifloxacina, ácido nalidíxico, norfloxacina, ofloxacina, trovafloxacina, grepafloxacina, esparfloxacina e temafloxacina. Quinolonas/fluoroquinolona são eficazes, por exemplo, contra Streptococcus e Neisseria. Acredita-se que quinolonas/fluoroquinolona inibam a girase do DNA bacteriano ou a topoisomerase IV, inibindo, assim, a replicação e a transcrição do DNA.
[00177] Sulfonamidas incluem, porém sem limitação, mafenida, sulfacetamida, sulfadiazina, sulfadiazina de prata, sulfadimetoxina, sulfametizol, sulfametoxazol, sulfanilimida, sulfasalazina, sulfisoxazol, trimetoprim-sulfametoxazol (Co-trimoxazol) e sulfonamidocrisoidina. Acredita-se que sulfonamidas inibam a síntese de folato por inibição competitiva de di-hidropteroato sintetase, inibindo, assim, a síntese de ácido nucleico.
[00178] Tetraciclinas incluem, porém sem limitação, demeclociclina, doxiciclina, minociclina, oxitetraciclina e tetraciclina. Tetraciclinas são eficazes, por exemplo, contra bactérias Gram-negativas. Acredita-se que tetraciclinas se liguem à subunidade ribossômica bacteriana 30S, inibindo, assim, a síntese de proteína bacteriana.
[00179] Compostos antimicobacterianos incluem, porém sem limitação, clofazimina, dapsona, capreomicina, ciclosserina, etambutol, etionamida, isoniazida, pirazinamida, rifampicina, rifabutina, rifapentina e estreptomicina.
[00180] Antibióticos adequados também incluem arsfenamina, cloranfenicol, fosfomicina, ácido fusídico, metronidazol, mupirocina, platensimicina, quinupristina/dalfopristina, tigeciclina, tinidazol, trimetoprim amoxicilina/clavulanato, ampicilina/sulbactama, amfomicina ristocetina, azitromicina, bacitracina, buforina II, carbomicina, cecropina Pl, claritromicina, eritromicinas, furazolidona, ácido fusídico, fusidato de Na, gramicidina, imipenem, indolicidina, josamicina, magainana II, metronidazol, nitroimidazóis, micamicina, mutacina B-Ny266, mutacina B-JHl 140, mutacina J-T8, nisina, nisina A, novobiocina, oleandomicina, ostreogricina, piperacilina/tazobactama, pristinamicina, ramoplanina, ranalexina, reuterina, rifaximina, rosamicina, rosaramicina, espectinomicina,
espiramicina, estafilomicina, estreptogramina, estreptogramina A, sinergistina, taurolidina, teicoplanina, telitromicina, ticarcilina/ácido clavulânico, triacetiloleandomicina, tilosina, tirocidina, tirotricina, vancomicina, vemamicina e virginiamicina.
[00181] Em algumas modalidades, o terapêutico adicional é um agente imunossupressor, um DMARD, um fármaco de controle de dor, um esteroide, um fármaco anti-inflamatório não esteroide (NSAID) ou um antagonista de citocina, e combinações dos mesmos. Agentes representativos incluem, porém sem limitação, ciclosporina, retinoides, corticosteroides, derivado de ácido propiônico, derivado de ácido acético, derivados de ácido enólico, derivados de ácido fenâmico, inibidores de Cox-2, lumiracoxibe, ibuprofeno, magnésio salicilato de colina, fenoprofeno, salsalato, difunisal, tolmetina, cetoprofeno, flurbiprofeno, oxaprozina, indometacina, sulindac, etodolac, cetorolac, nabumetona, naproxeno, valdecoxibe, etoricoxibe, MK0966; rofecoxibe, acetominofeno, celecoxibe, diclofenac, tramadol, piroxicam, meloxicam, tenoxicam, droxicam, lornoxicam, isoxicam, ácido mefanâmico, ácido meclofenâmico, ácido flufenâmico, tolfenamic, valdecoxibe, parecoxibe, etodolac, indometacina, aspirina, ibuprofeno, firocoxibe, metotrexato (MTX), fármacos antimaláricos (por exemplo, hidroxicloroquina e cloroquina), sulfassalazina, leflunomida, azatioprina, ciclosporina, sais de ouro, minociclina, ciclofosfamida, D- penicilamina, minociclina, auranofina, tacrolimus, miocrisina, clorambucila, antagonistas de TNF alfa (por exemplo, antagonistas de TNF alfa ou antagonistas do receptor de TNF alfa), por exemplo, ADALIMUMABE (Humira®), ETANERCEPT (Enbrel®), INFLIXIMABE (Remicade®; TA-650), CERTOLIZUMABE PEGOL (Cimzia®; CDP870), GOLIMUMABE (Simpom®; CNTO 148), ANAKINRA (Kineret®), RITUXIMABE (Rituxan®; MabThera®), ABATACEPT (Orencia®), TOCILIZUMABE (RoActemra /Actemra®), antagonistas de integrina (TYSABRI® (natalizumabe)), antagonistas de IL-1 (ACZ885 (Ilaris)), Anakinra (Kineret®)), antagonistas de CD4, antagonistas de IL-23, antagonistas de IL-20, antagonistas de IL-6, antagonistas de BLyS (por exemplo, Atacicept, Benlysta®/ LymphoStat-B® (belimumabe)), inibidores de p38, antagonistas de CD20 (ocrelizumabe, ofatumumabe (Arzerra®)), antagonistas de interferon gama (fontolizumabe), prednisolona, prednisona, dexametasona, cortisol, cortisona, hidrocortisona, metilprednisolona, betametasona, triancinolona, beclometasoma, fludrocortisona, desoxicorticosterona, aldosterona, doxiciclina, vancomicina, pioglitazona, SBI-087, SCIO- 469, Cura-100, oncoxina + viusida, TwHF, metoxsaleno, vitamina D - ergocalciferol, milnaciprano, paclitaxel, rosig tazona, tacrolimus (Prograf®), RADOOl, rapamune, rapamicina, fostamatinibe, fentanila, XOMA 052, fostamatinibe dissódico, rosigtazona, curcumina (Longvida™), rosuvastatina, maraviroc, ramipnl, milnaciprano, cobiprostona, somatropina, vetor de terapia do gene tgAAC94, MK0359, GW856553, esomeprazol, everolimus, trastuzumabe, inibidores de JAKl e JAK2, inibidores de pan JAK, por exemplo, piridona tetracíclica 6 (P6), 325, PF-956980, denosumabe, antagonistas de IL-6, antagonistas de CD20, antagonistas de CTLA4, antagonistas de IL-8, antagonistas de IL-21, antagonistas de IL-22, antagonistas de integrina (Tysarbri® (natalizumabe)), antagonistas de VGEF, antagonistas de CXCL, antagonistas de MMP, antagonistas de defensina, antagonistas de IL-1 (incluindo antagonistas de IL-1 beta) e antagonistas de IL-23 (por exemplo, engodos receptores, anticorpos antagonistas, etc.).
[00182] Em algumas modalidades, o agente é um agente imunossupressor. Exemplos de agentes imunossupressores incluem, porém sem limitação, corticosteroides, mesalazina, mesalamina, sulfassalazina, derivados de sulfassalazina, fármacos imunossupressores, ciclosporina A, mercaptopurina, azatiopurina, prednisona, metotrexato, anti-histaminas, glicocorticoides, epinefrina, teofilina, cromolina sódica, antileucotrienos, fármacos anticolinérgicos para rinite, antagonistas de TLR, inibidores de inflamassoma, descongestionantes anticolinérgicos, estabilizadores de mastócitos, anticorpos monoclonais anti-IgE, vacinas (por exemplo, vacinas usadas para vacinação em que a quantidade de um alergênio é gradualmente aumentada), inibidores de citocina, tais como anticorpos anti-IL-6, inibidores de TNF, tais como infliximabe, adalimumabe, certolizumabe pegol, golimumabe ou etanercept, e combinações dos mesmos. Administração
[00183] Em certos aspectos, é fornecido no presente documento um método para administrar uma composição farmacêutica descrita no presente documento a um sujeito. Em algumas modalidades dos métodos fornecidos no presente documento, a composição farmacêutica é administrada em conjunto com a administração de um terapêutico adicional. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende EV e/ou bactérias coformuladas com o terapêutico adicional. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica é coadministrada com o terapêutico adicional. Em algumas modalidades, o terapêutico adicional é administrado ao sujeito antes da administração da composição farmacêutica (por exemplo, cerca de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ou 55 minutos antes, cerca de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 ou 23 horas antes ou cerca de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 ou 14 dias antes). Em algumas modalidades, o terapêutico adicional é administrado ao sujeito após a administração da composição farmacêutica (por exemplo, cerca de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ou 55 minutos depois, cerca de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 ou 23 horas depois ou cerca de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 ou 14 dias depois). Em algumas modalidades, o mesmo modo de distribuição é usado para administrar tanto a composição farmacêutica como o terapêutico adicional. Em algumas modalidades, modos diferentes de distribuição são usados para administrar a composição farmacêutica e o terapêutico adicional. Por exemplo, em algumas modalidades, a composição farmacêutica é administrada por via oral, enquanto o terapêutico adicional é administrado por meio de injeção (por exemplo, uma injeção intravenosa, intramuscular e/ou intratumoral).
[00184] Em certas modalidades, as composições farmacêuticas, formas de dosagem e descritos no presente documento podem ser administrados em conjunto com qualquer outro tratamento anticâncer convencional, tal como, por exemplo, radioterapia e remoção cirúrgica do tumor. Esses tratamentos podem ser aplicados conforme necessário e/ou conforme indicado e podem ocorrer antes, concomitantemente ou após a administração das composições farmacêuticas, formas de dosagem e kits descritos no presente documento.
[00185] O regime de dosagem pode ser qualquer um dentre uma variedade de métodos e quantidades e pode ser determinado pelo versado na técnica de acordo com os fatores clínicos conhecidos. Conforme é conhecido nas técnicas médicas, as dosagens para qualquer paciente podem depender de muitos fatores, incluindo a espécie do sujeito, o tamanho, a área de superfície do corpo, idade, sexo, imunocompetência e saúde em geral, o micro-organismo específico a ser administrado, a duração e a via de administração, o tipo e o estágio da doença, por exemplo, tamanho do tumor, e outros compostos, tais como fármacos sendo administrados concomitantemente. Além dos fatores acima, tais níveis podem ser afetados pela infecciosidade do micro-organismo e pela natureza do micro-organismo, conforme pode ser determinado pelo versado na técnica. Nos presentes métodos, níveis de dosagem mínima adequados de micro-organismos podem ser níveis suficientes para que o micro-organismo sobreviva, se desenvolva e sofra replicação. A dose das composições farmacêuticas descritas no presente documento pode ser adequadamente definida ou ajustada de acordo com a forma de dosagem, a via de administração, o grau ou estágio de uma doença-alvo e semelhantes. Por exemplo, a dose eficaz geral dos agentes pode variar entre 0,01 mg/kg de peso corporal/dia e 1.000 mg/kg de peso corporal/dia, entre 0,1 mg/kg de peso corporal/dia e
1.000 mg/kg de peso corporal/dia, 0,5 mg/kg de peso corporal/dia e 500 mg/kg de peso corporal/dia, 1 mg/kg de peso corporal/dia e 100 mg/kg de peso corporal/dia ou entre 5 mg/kg de peso corporal/dia e 50 mg/kg de peso corporal/dia. A dose eficaz pode ser 0,01, 0,05, 0,1, 0,5, 1, 2, 3, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 500 ou
1.000 mg/kg de peso corporal/dia ou mais, mas a dose não se limita a isso.
[00186] Em algumas modalidades, a dose administrada a um sujeito é suficiente para prevenir doenças (por exemplo, doença autoimune, doença inflamatória, doença metabólica, câncer), atrasar seu início ou retardar ou interromper sua progressão. Um indivíduo versado na técnica reconhecerá que a dosagem dependerá de uma variedade de fatores, incluindo a força do composto específico empregue, bem como a idade, a espécie, a condição e o peso corporal do sujeito. O tamanho da dose também será determinado pela via, temporização e frequência de administração, bem como a existência, a natureza e a extensão de quaisquer efeitos colaterais adversos que possam acompanhar a administração de um composto específico e o efeito fisiológico desejado.
[00187] Doses e regimes de dosagem adequados podem ser determinados por técnicas convencionais de detecção de faixa conhecidas por aqueles de habilidade comum na arte. Em geral, o tratamento é iniciado com dosagens menores, que são inferiores à dose ideal do composto. Depois disso, a dosagem é aumentada por pequenos incrementos até que o efeito ideal sob as circunstâncias seja alcançado. Um protocolo eficaz de dosagem e tratamento pode ser determinado por meios de rotina e convencionais, iniciando, por exemplo, com uma baixa dose em animais de laboratório e, então, aumentado a dosagem enquanto monitora os efeitos, e variando sistematicamente o regime de dosagem também. Estudos com animais são comumente usados para determinar a dose máxima tolerável ("MTD") de agente bioativo por quilograma de peso. Aqueles versados na técnica regularmente extrapolam a doses para eficácia, enquanto evita a toxicidade, em outras espécies, incluindo seres humanos.
[00188] De acordo com o disposto acima, em aplicações terapêuticas, as dosagens dos agentes ativos usados de acordo com a invenção variam dependendo do agente ativo, da idade, peso e condição clínica do paciente destinatário, e da experiência e julgamento do médico ou profissional que administra a terapia, entre outros fatores que afetam a dosagem selecionada. Em geral, a dose deve ser suficiente para resultar no retardamento e, de preferência, na regressão do crescimento dos tumores e, com a máxima preferência, provocar a regressão completa do câncer.
[00189] Administrações separadas podem incluir qualquer número dentre duas ou mais administrações, incluindo duas, três, quatro, cinco ou seis administrações. Um indivíduo versado na técnica pode determinar prontamente o número de administrações a serem realizadas ou o desejo de realizar uma ou mais administrações adicionais de acordo com os métodos conhecidos na arte para monitorar métodos terapêuticos e outros métodos de monitoramento fornecidos no presente documento. Consequentemente, os métodos fornecidos no presente documento incluem métodos para fornecer ao sujeito uma ou mais administrações de uma composição farmacêutica, em que o número de administrações pode ser determinado monitorando-se o sujeito e, com base nos resultados do monitoramento, determinar se deve ou não fornecer uma ou mais administrações adicionais. Decidir se deve ou não fornecer uma ou mais administrações adicionais pode se basear em uma variedade de resultados de monitoramento.
[00190] O período de tempo entre as administrações pode ser qualquer um dentre uma variedade de períodos de tempo. O período de tempo entre as administrações pode ser uma função de qualquer um dentre uma variedade de fatores, incluindo etapas de monitoramento, conforme descrito em relação ao número de administrações, o período de tempo para que um sujeito apresente uma resposta imunológica e/ou o período de tempo para que um sujeito elimine a EV do tecido normal. Em um exemplo, o período de tempo pode ser uma função do período de tempo para que um sujeito apresente uma resposta imunológica; por exemplo, o período de tempo pode ser maior do que o período de tempo para que um sujeito apresente uma resposta imunológica, tal como mais que cerca de uma semana, mais que cerca de dez dias, mais de cercar de duas semanas ou mais que cerca de um mês; em um outro exemplo, o período de tempo pode ser menor que o período de tempo para que um sujeito apresente uma resposta imunológica, tal como menos que cerca de uma semana, menos que cerca de dez dias, menos que cerca de duas semanas ou menos que cerca de um mês. Em um outro exemplo, o período de tempo pode ser uma função do período de tempo para que um sujeito elimine a EV do tecido normal; por exemplo, o período de tempo pode ser maior que o período de tempo para que um sujeito elimine a EV do tecido normal, tal como mais que cerca de um dia, mais que cerca de dois dias, mais que cerca de três dias, mais que cerca de cinco dias ou mais que cerca de uma semana.
[00191] Em algumas modalidades, a distribuição de um terapêutico adicional em combinação com a composição farmacêutica descrita no presente documento reduz os efeitos adversos e/ou melhora a eficácia do terapêutico adicional.
[00192] A dose eficaz de um terapêutico adicional descrito no presente documento é a quantidade do agente terapêutico que é eficaz para alcançar a resposta terapêutica desejada para um paciente específico, a composição e o modo de administração, com a menor toxicidade para o paciente. O nível de dosagem eficaz pode ser identificado com o uso dos métodos descritos no presente documento e dependerá de uma variedade de fatores farmacocinéticos, incluindo a atividade das composições específicas administradas, a via de administração, o tempo de administração, a taxa de excreção do composto específico a ser empregue, a duração do tratamento, outros fármacos, compostos e/ou materiais usados em combinação com as composições específicas empregues, a idade, sexo, peso, condição, saúde geral e histórico médico prévio do paciente a ser tratado e fatores semelhantes bem conhecidos nas artes médicas. Em geral, uma dose eficaz de uma terapia adicional será a quantidade do agente terapêutico que é a dose mais baixa eficaz para produzir um efeito terapêutico. Tal dose eficaz dependerá geralmente dos fatores descritos acima.
[00193] A toxicidade de uma terapia adicional é o nível de efeitos adversos experimentados pelo sujeito durante e após o tratamento. Os eventos adversos associados à toxicidade de terapia adicional incluem, porém sem limitação, dor abdominal, indigestão ácida, refluxo ácido, reações alérgicas, alopecia, anafilaxia, anemia, ansiedade, falta de apetite, artralgias, astenia, ataxia, azotemia, perda de equilíbrio, dor óssea, sangramento, coágulos sanguíneos, pressão arterial baixa, pressão arterial elevada, dificuldade para respirar, bronquite, hematomas, contagem baixa de glóbulos brancos, contagem baixa de glóbulos vermelhos, contagem baixa de plaquetas, cardiotoxicidade, cistite, cistite hemorrágica, arritmias, doença da válvula cardíaca, cardiomiopatia, doença arterial coronariana, catarata, neurotoxicidade central, comprometimento cognitivo, confusão, conjuntivite, constipação, tosse, cãibra, cistite, trombose venosa profunda, desidratação, depressão, diarreia, tontura, boca seca, pele seca, dispepsia, dispneia , edema, desequilíbrio eletrolítico, esofagite, fadiga, perda de fertilidade, febre, flatulência, rubor, refluxo gástrico, doença do refluxo gastroesofágico, dor genital, granulocitopenia, ginecomastia, glaucoma, perda de cabelo, síndrome palmar-plantar, dor de cabeça, perda auditiva, insuficiência cardíaca, palpitações cardíacas, azia, hematoma, cistite hemorrágica, hepatotoxicidade, hiperamilasemia, hipercalcemia, hipercloremia, hiperglicemia, hipercalemia, hiperlipasemia, hipermagnesemia, hipernatremia, hiperfosfatemia, hiperpigmentação, hipertrigliceridemia, hiperuricemia, hipoalbuminemia, hipocalcemia, hipocloremia, hipoglicemia, hipocalemia, hipomagnesemia, hiponatremia, hipofosfatemia, impotência, infecção, reações no sítio da injeção, insônia, deficiência de ferro, prurido, dor nas articulações, insuficiência renal, leucopenia, disfunção hepática, perda de memória, menopausa, feridas na boca, mucosite, dor muscular, mialgias, mielossupressão, miocardite, febre neutropênica, náusea, nefrotoxicidade, neutropenia, hemorragias nasais, dormência, ototoxicidade, dor, eritrodisestesia palmar-plantar,
pancitopenia, pericardite, neuropatia periférica, faringite, fotofobia, fotossensibilidade, pneumonia, pneumonite , proteinúria, embolia pulmonar, fibrose pulmonar, toxicidade pulmonar, erupção cutânea, batimento cardíaco acelerado, sangramento retal, inquietação, rinite, convulsões, falta de ar, sinusite, trombocitopenia, zumbido, infecção do trato urinário, sangramento vaginal, secura vaginal, vertigem, retenção de água, fraqueza, perda de peso, ganho de peso e xerostomia. Em geral, a toxicidade é aceitável se os benefícios ao sujeito, alcançados através da terapia, superarem os eventos adversos experimentados pelo sujeito devido à terapia. Distúrbios imunológicos
[00194] Em algumas modalidades, os métodos e composições descritos no presente documento referem-se ao tratamento ou prevenção de uma doença ou distúrbio associado a uma resposta imunológica patológica, tal como uma doença autoimune, uma reação alérgica e/ou uma doença inflamatória. Em algumas modalidades, a doença ou distúrbio é uma doença inflamatória intestinal (por exemplo, doença de Crohn ou colite ulcerativa).
[00195] Os métodos descritos no presente documento podem ser usados para tratar qualquer sujeito em necessidade do mesmo. Conforme usado no presente documento, um "sujeito em necessidade do mesmo" inclui qualquer sujeito que tenha uma doença ou distúrbio associado a uma resposta imunológica patológica (por exemplo, uma doença inflamatória intestinal), bem como qualquer sujeito com uma maior probabilidade de adquirir tal doença ou distúrbio.
[00196] As composições descritas no presente documento podem ser usadas, por exemplo, como uma composição farmacêutica para prevenir ou tratar (reduzir, parcial ou completamente, os efeitos adversos de) uma doença autoimune, tal como doença inflamatória intestinal crônica, lúpus eritematoso sistêmico, psoríase, síndrome de
Muckle-Wells, artrite reumatoide, esclerose múltipla ou doença de Hashimoto; uma doença alérgica, tal como uma alergia alimentar, polinose ou asma; uma doença infecciosa, tal como infecção com Clostridium difficile; uma doença inflamatória, tal como uma doença inflamatória mediada por TNF (por exemplo, uma doença inflamatória do trato gastrointestinal, tal como pouchite, uma condição inflamatória cardiovascular, tal como aterosclerose, ou uma doença inflamatória pulmonar, tal como doença pulmonar obstrutiva crônica); uma composição farmacêutica para suprimir a rejeição de transplante de órgãos ou outras situações nas quais a rejeição tecidual pode ocorrer; um suplemento, alimento ou bebida para melhorar as funções imunológicas; ou um reagente para suprimir a proliferação ou função de células imunológicas.
[00197] Em algumas modalidades, os métodos fornecidos no presente documento são úteis para o tratamento de inflamação. Em certas modalidades, a inflamação de qualquer tecido e órgãos do corpo, incluindo inflamação musculoesquelética, inflamação vascular, inflamação neural, inflamação do sistema digestivo, inflamação ocular, inflamação do sistema reprodutor e outra inflamação, conforme discutido abaixo.
[00198] Distúrbios imunológicos do sistema musculoesquelético incluem, porém sem limitação, aquelas afecções que afetam as articulações esqueléticas, incluindo articulações das mãos, punho, cotovelo, ombro, mandíbula, coluna, pescoço, quadril, joelho, tornozelo e pés, e afecções que afetam os tecidos que conectam os músculos aos ossos, tais como tendões. Exemplos de tais distúrbios imunológicos, que podem ser tratados com os métodos e composições descritos no presente documento, incluem, porém sem limitação, artrite (incluindo, por exemplo, osteoartrite, artrite reumatoide, artrite psoriática, espondilite anquilosante, artrite infecciosa aguda e crônica,
artrite associada à gota e pseudogota e artrite idiopática juvenil), tendinite, sinovite, tenossinovite, bursite, fibrosite (fibromialgia), epicondilite, miosite e osteite (incluindo, por exemplo, doença de Paget, osteite pubiana e osteite fibrosa cística).
[00199] Distúrbios imunológicos oculares referem-se a um distúrbio imunológico que afeta qualquer estrutura do olho, incluindo as pálpebras. Exemplos de distúrbios imunológicos oculares que podem ser tratados com os métodos e composições descritos no presente documento incluem, porém sem limitação, blefarite, blefarocalase, conjuntivite, dacrioadenite, queratite, queeratoconjuntivite seca (olho seco), esclerite, triquíase e uveíte
[00200] Exemplos de distúrbios imunológicos do sistema nervoso que podem ser tratados com os métodos e composições descritos no presente documento incluem, porém sem limitação, encefalite, síndrome de Guillain-Barre, meningite, neuromiotonia, narcolepsia, esclerose múltipla, mielite e esquizofrenia. Exemplos de inflamação da vasculatura ou sistema linfático que pode ser tratada com os métodos e composições descritos no presente documento incluem, porém sem limitação, aterosclerose, artrite, flebite, vasculite e linfangite. Exemplos de distúrbios imunológicos do sistema digestivo que podem ser tratados com os métodos e composições descritos no presente documento incluem, porém sem limitação, colangite, colecistite, enterite, enterocolite, gastrite, gastroenterite, doença inflamatória intestinal, ileíte e proctite. Doenças inflamatórias intestinais incluem, por exemplo, certas formas reconhecidas na técnica de um grupo de afecções relacionadas. São conhecidas diversas formas principais de doenças inflamatórias intestinais, sendo que a doença de Crohn (doença intestinal regional, por exemplo, formas inativas e ativas) e colite ulcerativa (por exemplo, formas inativas e ativas) são as mais comuns desses distúrbios. Além disso, a doença inflamatória intestinal abrange síndrome do intestino irritável, colite microscópica, enterite linfocítica-plasmocítica, doença celíaca, colite colagenosa, colite linfocítica e enterocolie eosinofílica. Outras formas menos comuns de IBD incluem colite indeterminada, colite pseudomembranosa (colite necrosante), doença inflamatória intestinal isquêmica, doença de Behcet, sarcoidose, esclerodermia, displasia associada a IBD, massas ou lesões associadas à displasia e colangite esclerosante primária.
[00201] Exemplos de distúrbios imunológicos do sistema reprodutor que podem ser tratados com os métodos e composições descritos no presente documento incluem, porém sem limitação, cervicite, corioamnionite, endometrite, epididimite, onfalite, ooforite, orquite, salpingite, abcesso no tubo ovariano, uretrite, vaginite, vulvite e vulvodinia.
[00202] Os métodos e composições descritos no presente documento podem ser usados para tratar afecções imunológicas que têm um componente inflamatório. Tais afecções incluem, porém sem limitação, alopecia universalizada disseminada aguda, doença de Behcet, doença de Chagas, síndrome da fadiga crônica, disautonomia, encefalomielite, espondilite anquilosante, anemia aplásica, hidradenite supurativa, hepatite autoimune, ooforite autoimune, doença celíaca, doença de Crohn, diabetes mellitus tipo 1, arterite de células gigantes, síndrome de Goodpasture, doença de Grave, síndrome de Guillain- Barre, doença de Hashimoto, púrpura de Henoch-Schonlein, doença de Kawasaki, lúpus eritematoso, colite microscópica, poliarterite microscópica, doença mista do tecido conjuntivo, síndrome de Muckle- Wells, esclerose múltipla, miastenia grave, síndrome do opsoclonus- mioclonus, neurite óptica, tireoidite de Ord, pênfigo, poliarterite nodosa, polimialgia, artrite reumatoide, síndrome de Reiter, síndrome de Sjogren, arterite temporal, granulomatose de Wegener, anemia hemolítica autoimune quente, cistite intersticial, doença de Lyme,
morfeia, psoríase, sarcoidose, escleroderma, colite ulcerativa e vitiligo.
[00203] Os métodos e composições descritos no presente documento podem ser usados para tratar doenças de hipersensibilidade mediadas por células T que têm um componente inflamatório. Tais afecções incluem, porém sem limitação, hipersensibilidade ao contato, dermatite de contato (incluindo a causada por hera venenosa), urticária, alergias cutâneas, alergias respiratórias (febre do feno, rinite alérgica, alergia a ácaros residenciais) e enteropatia sensível a glúten (doença celíaca).
[00204] Outros distúrbios imunológicos que podem ser tratados com os métodos e composições incluem, por exemplo, apendicite, dermatite, dermatomiosite, endocardite, fibrosite, gengivite, glossite, hepatite, hidradenite supurativa, irite, laringite, mastite, miocardite, nefrite, otite, pancreatite, parotite, percardite, peritonite, faringite, pleurite, pneumonite, prostatite, pielonefrite e estomatite, rejeição a transplante (envolvendo órgãos, tais como rim, fígado, coração, pulmão, pâncreas (por exemplo, células de ilhotas), medula óssea, córnea, intestino delgado, aloenxertos cutâneos, homoenxertos cutâneos e xenoenxertos de válvulas cardíacas, doença de soro e doença do enxerto vs. hospedeiro), pancreatite aguda, pancreatite crônica, síndrome do desconforto respiratório agudo, síndrome de Sexary, hiperplasia adrenal congênita, tiroidite não supurativa, hipercalcemia associada ao câncer, pênfigo, dermatite bolhosa herpetiforme, eritema multiforme grave, dermatite esfoliativa, dermatite seborreica, rinite alérgica sazonal ou perene, asma brônquica, dermatite de contato, dermatite atópica, reações de hipersensibilidade a fármacos, conjuntivite alérgica, queratite, herpes zoster oftálmico, irite e oiridociclite, coriorretinite, neurite óptica, sarcoidose sintomática, quimioterapia da tuberculose pulmonar fulminante ou disseminada, púrpura trombocitopênica idiopática em adultos, trombocitopenia secundária em adultos, anemia hemolítica adquirida (autoimune), leucemia e linfomas em adultos, leucemia aguda da infância, enterite regional, vasculite autoimune, esclerose múltipla, doença pulmonar obstrutiva crônica, rejeição a transplante de órgãos sólidos, sepse. Tratamentos preferenciais incluem tratamento de rejeição a transplante, artrite reumatoide, artrite psoriática, esclerose múltipla, diabetes tipo 1, asma, doença inflamatória intestinal, lúpus eritematoso sistêmico, psoríase, doença pulmonar obstrutiva crônica e inflamação acompanhada de afecções infecciosas (por exemplo, sepse). Distúrbios metabólicos
[00205] Os métodos e composições descritos no presente documento podem ser usados para tratar distúrbios metabólicos e síndromes metabólicas. Tais afecções incluem, porém sem limitação, diabetes tipo II, encefalopatia, doença de Tay-Sachs, doença de Krabbe, galactosemia, fenilcetonúria (PKU) e doença da urina do xarope de bordo. Consequentemente, em certas modalidades, são fornecidos no presente documento métodos para tratar doenças metabólicas que compreendem administrar, a um sujeito, uma composição fornecida no presente documento. Em certas modalidades, a doença metabólica é diabetes tipo II, encefalopatia, doença de Tay-Sachs, doença de Krabbe, galactosemia, fenilcetonúria (PKU) ou doença da urina do xarope de bordo. Câncer
[00206] Em algumas modalidades, os métodos e composições descritos no presente documento referem-se ao tratamento de câncer. Em algumas modalidades, qualquer câncer pode ser tratado com o uso dos métodos descritos no presente documento. Exemplos de cânceres que podem ser tratados pelos métodos e composições descritos no presente documento incluem, porém sem limitação, células cancerígenas da bexiga, sangue, osso, medula óssea, cérebro,
mama, cólon, esôfago, gastrointestino, gengiva, cabeça, rim, fígado, pulmão, nasofaringe, pescoço, ovário, próstata, pele, estômago, testículo, língua ou útero.
Além disso, o câncer pode ser especificamente do seguinte tipo histológico, embora não se limite a estes: neoplasia maligna; carcinoma; carcinoma; carcinoma indiferenciado; carcinoma de células gigantes e fusiformes; carcinoma de células pequenas; carcinoma papilar; carcinoma de células escamosas; carcinoma linfoepitelial; carcinoma basocelular; carcinoma de pilomatriz; carcinoma de células de transição; carcinoma de células de transição papilar; adenocarcinoma; gastrinoma maligno; colangiocarcinoma; carcinoma hepatocelular; carcinoma hepatocelular e colangiocarcinoma combinados; adenocarcinoma trabecular; carcinoma adenoide cístico; adenocarcinoma no pólipo adenomatoso; adenocarcinoma de polipose familiar Coli; carcinoma sólido; tumor carcinoide maligno; adenocarcinoma bronquíolo-alveolar; adenocarcinoma papilar; carcinoma cromofóbico; carcinoma acidófilo; adenocarcinoma oxifílico; carcinoma basófilo; adenocarcinoma de células claras; carcinoma de células granulares; adenocarcinoma folicular; adenocarcinoma papilar e folicular; carcinoma esclerosante não encapsulante; carcinoma cortical adrenal; carcinoma endometoide; carcinoma de apêndice cutâneo; adenocarcinoma apócrino; adenocarcinoma sebáceo; adenocarcinoma ceruminoso; carcinoma mucoepidermoide; cistadenocarcinoma; cistadenocarcinoma papilar; cistadenocarcinoma seroso papilar; cistadenocarcinoma mucinoso; adenocarcinoma mucinoso; carcinoma de células de anel em sinete; carcinoma do duto infiltrante; carcinoma medular; carcinoma lobular; carcinoma inflamatório; doença de Paget mamária; carcinoma de células acinares; carcinoma adenoescamoso; adenocarcinoma com metaplasia escamosa; timoma maligno; tumor estromal ovariano maligno; tecoma maligno; tumor de células granulosas maligno; e roblastoma maligno; carcinoma de células de Sertoli; tumor de células leydig maligno; tumor de células lipídicas maligno; paraganglioma maligno; paraganglioma extra-mamário maligno; feocromocitoma; glomangiossarcoma; melanoma maligno; melanoma amelanótico; melanoma de espalhamento superficial; melanoma maligno em nevo pigmentado gigante; melanoma de células epitelioides; nevo azul maligno; sarcoma; fibrossarcoma; histiocitoma fibroso maligno; mixossarcoma; lipossarcoma; leiomiossarcoma; rabdomiossarcoma; rabdomiossarcoma embrionário; rabdomiossarcoma alveolar; sarcoma estromal; tumor misto maligno; tumor mulleriano misto; nefroblastoma; hepatoblastoma; carcinossarcoma; mesênquima maligno; tumor de Brenner maligno; tumor filodes maligno; sarcoma sinovial; mesotelioma maligno; disgerminoma; carcinoma embrionário; teratoma maligno; struma ovarii maligno; coriocarcinoma; mesonefroma maligno; hemangiossarcoma; hemangioendotelioma maligno; sarcoma de Kaposi; hemangiopericitoma maligno; linfangiossarcoma; osteossarcoma; osteossarcoma justacortical; condrossarcoma; condroblastoma maligno; condrossarcoma mesenquimal; tumor de células gigantes do osso; sarcoma de Ewing; tumor odontogênico maligno; odontossarcoma ameloblástico; ameloblastoma maligno; fibrossarcoma ameloblástico; pinealoma maligno; cordoma; glioma maligno; ependimoma; astrocitoma; astrocitoma protoplasmático; astrocitoma fibrilar; astroblastoma; glioblastoma; oligodendroglioma; oligodendroblastoma; neuroectodérmico primitivo; sarcoma cerebelar; ganglioneuroblastoma; neuroblastoma; retinoblastoma; tumor neurogênico olfativo; meningioma maligno; neurofibrossarcoma; neurilemoma maligno; tumor de células granulares maligno; linfoma maligno; doença de Hodgkin; linfoma de Hodgkin; paragranuloma; linfoma maligno de pequenos linfócitos; linfoma maligno de células grandes difuso; linfoma maligno folicular; micose fungoide; outros linfomas não Hodgkin especificados; histiocitose maligna; mieloma múltiplo; sarcoma de mastócitos; doença imunoproliferativa do intestino delgado; leucemia; leucemia linfoide; leucemia de células plasmáticas; eritroleucemia; leucemia celular de linfossarcoma; Leucemia mieloide; leucemia basofílica; leucemia eosinofílica; leucemia monocítica; leucemia de mastócitos; leucemia megacarioblástica; sarcoma mieloide; e leucemia de células pilosas.
[00207] Em algumas modalidades, os métodos e composições fornecidos no presente documento referem-se ao tratamento de uma leucemia. O termo "leucemia" significa doenças malignas amplamente progressivas dos órgãos/sistemas hematopoiéticos e é geralmente caracterizado por uma proliferação e desenvolvimento distorcidos de leucócitos e seus precursores no sangue e na medula óssea. Exemplos não limitadores de doenças de leucemia incluem, leucemia não linfocítica aguda, leucemia linfocítica crônica, leucemia granulocítica aguda, leucemia granulocítica crônica, leucemia promielocítica aguda, leucemia de células T do adulto, leucemia aleucêmica, uma leucemia leucocitêmica, leucemia basofílica, leucemia de células blásticas, leucemia bovina, leucemia mielocítica crônica, leucemia cutânea, leucemia embrionária, leucemia eosinofílica, leucemia de Gross, leucemia de células de Rieder, leucemia de Schilling, leucemia de células-tronco, leucemia subleucêmica, leucemia celular indiferenciada, leucemia de células pilosas, leucemia hemoblástica, leucemia hemocitoblástica, leucemia histiocítica, leucemia de células-tronco, leucemia monocítica aguda, leucemia leucopênica, leucemia linfática, leucemia linfoblástica, leucemia linfocítica, leucemia linfogênica, leucemia linfoide, leucemia de células de linfossarcoma, leucemia de mastócitos, leucemia megacariocítica, leucemia micromieloblástica, leucemia monocítica,
leucemia mieloblástica, leucemia mielocítica, leucemia granulocítica mieloide, leucemia mileomonocítica, leucemia de Naegeli, leucemia de células plasmáticas, leucemia plasmacítica e leucemia promielocítica.
[00208] Em algumas modalidades, os métodos e composições fornecidos no presente documento referem-se ao tratamento de um carcinoma. O termo "carcinoma" refere-se a um crescimento maligno constituído por células epiteliais que tendem a se infiltrar nos tecidos circundantes e/ou resistir aos sinais de morte celular fisiológicos e não fisiológicos e dá origem a metástases. Tipos exemplificativos não limitadores de carcinomas incluem, carcinoma acinar, carcinoma acinoso, carcinoma adenocístico, carcinoma cístico adenoide, carcinoma adenomatoso, carcinoma do córtex adrenal, carcinoma alveolar, carcinoma celular alveolar, carcinoma de células basais, carcinoma basocelular, carcinoma basaloide, carcinoma de células basoescamosas, carcinoma bronquioalveolar, carcinoma bronquiolar, carcinoma broncogênico, carcinoma cerebriforme, carcinoma colangiocelular, carcinoma coriônico, carcinoma coloide, carcinoma de comedo, carcinoma do corpo, carcinoma cribriforme, carcinoma en cuirasse, carcinoma cutâneo, carcinoma cilíndrico, carcinoma de células cilíndricas, carcinoma de duto, carcinoma duro, carcinoma embrionário, carcinoma encefaloide, carcinoma epienoide, carcinoma epitelial adenoide, carcinoma exofítico, carcinoma ex ulcere, carcinoma fibroso, carcinoma gelatiniforme, carcinoma gelatinoso, carcinoma de células gigantes, carcinoma de células de anel em sinete, carcinoma simplex, carcinoma de células pequenas, carcinoma solanoide, carcinoma de células esferoidais, carcinoma de células fusiformes, carcinoma esponjoso, carcinoma escamoso, carcinoma de células escamosas, carcinoma de cordas, carcinoma telangiectásico, carcinoma telangiectoide, carcinoma de células de transição, carcinoma tuberoso, carcinoma tuberoso, carcinoma verrucoso,
carcinoma viloso, carcinoma gigantocelular, carcinoma glandular, carcinoma de células granulosas, carcinoma de matriz capilar, carcinoma hematoide, carcinoma hepatocelular, carcinoma de células de Hurthle, carcinoma hialino, carcinoma hipernefroide, carcinoma embrionário infantil, carcinoma in situ, carcinoma intraepidérmico, carcinoma intraepitelial, carcinoma de Krompecher, carcinoma de células de Kulchitzky, carcinoma de células grandes, carcinoma lenticular, carcinoma lenticular, carcinoma lipomatoso, carcinoma linfoepitelial, carcinoma medular, carcinoma medular, carcinoma melanótico, carcinoma molle, carcinoma mucinoso, carcinoma muciparo, carcinoma mucocelular, carcinoma mucoepidermoide, carcinoma mucoso, carcinoma do muco, carcinoma mixomatoide, carcinoma nasofaríngeo, carcinoma de células tipo grão de aveia, carcinoma ossificante, carcinoma osteoide, carcinoma papilar, carcinoma periportal, carcinoma pré-invasivo, carcinoma de células espinhosas, carcinoma pultáceo, carcinoma de células renais do rim, carcinoma de células de reserva, carcinoma sarcomatoide, carcinoma schneideriano, carcinoma escirroso e carcinoma do escroto.
[00209] Em algumas modalidades, os métodos e composições fornecidos no presente documento referem-se ao tratamento de um sarcoma. O termo "sarcoma" geralmente refere-se a um tumor que é constituído por uma substância semelhante ao tecido conjuntivo embrionário e é geralmente composto por células estreitamente embaladas embebidas em uma substância fibrilar, heterogênea ou homogênea. Sarcomas incluem, porém sem limitação, condrossarcoma, fibrossarcoma, linfossarcoma, melanossarcoma, mixossarcoma, osteossarcoma, sarcoma endometrial, sarcoma estromal, sarcoma de Ewing, sarcoma fascial, sarcoma fibroblástico, sarcoma de células grandes, sarcoma de Abemethy, sarcoma adiposo, lipossarcoma, sarcoma alveolar de partes moles, sarcoma ameloblástico, sarcoma botrioide, sarcoma cloroma, coriocarcinoma, sarcoma embrionário, sarcoma tumoral de Wilms, sarcoma granulocítico, sarcoma de Hodgkin, sarcoma hemorrágico pigmentado múltiplo idiopático, sarcoma imunoblástico de células B, linfoma, sarcoma imunoblástico de células T, sarcoma de Jensen, sarcoma de Kaposi, sarcoma de células de Kupffer, angiossarcoma, leucossarcoma, sarcoma mesenquimatoso maligno, sarcoma parosteal, sarcoma reticulocítico, sarcoma de Rous, sarcoma serocístico, sarcoma sinovial e sarcoma telangiectásico.
[00210] Neoplasias exemplificativas adicionais que podem ser tratadas com o uso dos métodos e composições descritos no presente documento incluem doença de Hodgkin, linfoma não Hodgkin, mieloma múltiplo, neuroblastoma, câncer de mama, câncer de ovário, câncer de pulmão, rabdomiossarcoma, trombocitose primária, macroglobulinemia primária, tumores pulmonares de células pequenas, tumores cerebrais primários, câncer de estômago, câncer de cólon, insulanoma pancreático maligno, carcinoide maligno, lesões cutâneas pré- malignas, câncer testicular, linfomas, câncer da tireoide, neuroblastoma, câncer de esôfago, câncer do trato geniturinário, hipercalcemia maligna, câncer do colo do útero, câncer endometrial, plasmacitoma, câncer colorretal, câncer retal e câncer cortical adrenal.
[00211] Em algumas modalidades, o câncer tratado é um melanoma. O termo "melanoma" é considerado um tumor que se origina do sistema melanocítico da pele e outros órgãos. Exemplos não limitadores de melanomas são melanoma de Harding-Passey, melanoma juvenil, melanoma lentigo maligno, melanoma maligno, melanoma acral-lentiginoso, melanoma amelanótico, melanoma juvenil benigno, melanoma de Cloudman, melanoma S91, melanoma nodular, melanoma subungueal e melanoma de espalhamento superficial.
[00212] Categorias específicas de tumores que podem ser tratados com o uso dos métodos e composições descritos no presente documento incluem distúrbios linfoproliferativos, câncer de mama, câncer de ovário, câncer de próstata, câncer do colo do útero, câncer endometrial, câncer ósseo, câncer de fígado, câncer de estômago, câncer de cólon, câncer pancreático, câncer da tireoide, câncer de cabeça e pescoço, câncer do sistema nervoso central, câncer do sistema nervoso periférico, câncer de pele, câncer de rim, bem como metástases de todos os citados acima.
Tipos específicos de tumores incluem carcinoma hepatocelular, hepatoma, hepatoblastoma, rabdomiossarcoma, carcinoma esofágico, carcinoma da tireoide, ganglioblastoma, fibrossarcoma, mixossarcoma, lipossarcoma, condrossarcoma, sarcoma osteogênico, cordoma, angiossarcoma, endoteliossarcoma, tumor de Ewing, leimiossarcoma, rabdoteliossarcoma, carcinoma dutal invasivo, adenocarcinoma papilar, melanoma, carcinoma pulmonar de células escamosas, carcinoma de células basais, adenocarcinoma (bem diferenciado, moderadamente diferenciado, insatisfatoriamente diferenciado ou não diferenciado), carcinoma bronquíolo-alveolar , carcinoma de células renais, hipernefroma, adenocarcinoma hipernefroide, carcinoma do duto biliar, coriocarcinoma, seminoma, carcinoma embrionário, tumor de Wilms, tumor testicular, carcinoma pulmonar, incluindo carcinoma pulmonar de células pequenas, de células não pequenas e de células grandes, carcinoma da bexiga, glioma, astrocioma, meduloblastoma, craniofaringioma, ependimoma, pinealoma, retinoblastoma, neuroblastoma, carcinoma do cólon, carcinoma retal, malignidades hematopoiéticas, incluindo todos os tipos de leucemia e linfoma, incluindo: leucemia mieloide aguda, leucemia aguda mielocítica, leucemia aguda linfocítica, leucemia mieloide crônica, leucemia linfocítica crônica, leucemia de mastócitos, mieloma múltiplo, linfoma mieloide, linfoma de Hodgkin, linfoma não Hodgkin, plasmacitoma,
câncer colorretal e câncer retal.
[00213] Cânceres tratados em certas modalidades também include lesões pré-cancerígenas, por exemplo, queratose actínica (queratose solar), toupeiras (nevos displásicos), celite actínica (lábios do agricultor), cornos cutâneos, esôfago de Barrett, gastrite atrófica, disqueratose congênita, disfagia sideropênica, líquen plano, fibrose submucosa oral, elastose actínica (solar) e displasia cervical.
[00214] Cânceres tratados em algumas modalidades incluem tumores não cancerígenos ou benignos, por exemplo, de origem endodérmica, ectodérmica ou mesenquimal, incluindo, porém sem limitação, colangioma, pólipo colônico, adenoma, papiloma, cistadenoma, adenoma de células hepáticas, mole hidatidiforme, adenoma tubular renal, papiloma de células escamosas, pólipo gástrico, hemangioma, osteoma, condroma, lipoma, fibroma, linfangioma, leiomioma, rabdomioma, astrocitoma, nevo, meningioma e ganglioneuroma. Outras doenças e distúrbios
[00215] Em algumas modalidades, os métodos e composições descritos no presente documento referem-se ao tratamento de doença hepática gordurosa não alcoólica (NAFLD) e esteato-hepatite não alcoólica (NASH).
[00216] Em algumas modalidades, os métodos e composições descritos no presente documento referem-se ao tratamento de doenças hepáticas. Tais doenças incluem, porém sem limitação, síndrome de Alagille, doença hepática relacionada ao álcool, deficiência de alfa-1 antitripsina, hepatite autoimune, tumores hepáticos benignos, atresia biliar, cirrose, galactosemia, síndrome de Gilbert, hemocromatose, hepatite A, hepatite B, hepatite C, encefalopatia hepática, colestase intra-hepática da gravidez (ICP), deficiência de lipase ácida lisossômica (LAL-D), cistos hepáticos,
câncer hepático, icterícia do recém-nascido, doença hepática gordurosa não alcoólica, colangite biliar primária (PBC), colangite esclerosante primária (PSC), síndrome de Reye, doença de armazenamento de glicogênio tipo I e doença de Wilson.
[00217] Os métodos e composições descritos no presente documento podem ser usados para tratar doenças neurodegenerativas e neurológicas. Em certas modalidades, a doença neurodegenerativa e/ou neurológica é doença de Parkinson, doença de Alzheimer, doença priônica, doença de Huntington, doenças dos neurônios motores (MND), ataxia espinocerebelar, atrofia muscular espinhal, distonia, hipertensão idiopática intracraniana, epilepsia, doença do sistema nervoso, doença do sistema nervoso central, distúrbios de movimento, esclerose múltipla, encefalopatia, neuropatia periférica ou disfunção cognítica pós-operatória. Métodos para produzir bactérias intensificadas
[00218] Em certos aspectos, são fornecidos no presente documento métodos para produzir bactérias geneticamente modificadas para a produção das EV descritas no presente documento. Em algumas modalidades, as bactérias geneticamente modificadas são modificadas para intensificar certas propriedades desejáveis. Por exemplo, em algumas modalidades, as bactérias geneticamente modificadas são modificadas para aumentar a produção de EV pelas bactérias. Em algumas modalidades, as bactérias geneticamente modificadas são modificadas para produzir EV com administração oral intensificada (por exemplo, melhorando-se a resistência a ácido e/ou resistência a ácidos biliares), para intensificar o efeito imunomodulador e/ou terapêutico das EV que produzem (por exemplo, isoladamente ou em combinação com um outro agente terapêutico), para intensificar a ativação imunológica pelas EV que produzem e/ou para melhorar a fabricação bacteriana e/ou de EV (por exemplo, tolerância mais alta a oxigênio, melhor tolerância ao congelamento-descongelamento, tempos mais curtos de geração). As bactérias geneticamente modificadas podem ser produzidas com o uso de qualquer técnica conhecida na arte, incluindo, porém sem limitação, mutagênese sitiodirigida, mutagênese por transposon, knockouts, knockins, mutagênese por reação em cadeia de polimerase, mutagênese química, mutagênese por luz ultravioleta, transformação (quimicamente ou por eletroporação), transdução de fagos, evolução dirigida, CRISPR/Cas9 ou qualquer combinação das mesmas.
[00219] Em algumas modalidades dos métodos fornecidos no presente documento, a bactéria é modificada por evolução dirigida. Em algumas modalidades, a evolução dirigida compreende a exposição da bactéria a uma condição ambiental e a seleção de bactéria com sobrevivência e/ou desenvolvimento melhorado sob a condição ambiental. Em algumas modalidades, o método compreende uma triagem de bactérias mutagenizadas com o uso de um ensaio que identificar a bactéria intensificada. Em algumas modalidades, o método compreende, ainda, mutagenizar as bactérias (por exemplo, por exposição a mutagênese química e/ou radiação UV) seguido por um ensaio para detectar bactérias que têm o fenótipo desejado (por exemplo, um ensaio in vivo, um ensaio ex vivo ou um ensaio in vitro).
[00220] Em algumas modalidades, a bactéria fornecida no presente documento é modificada por exposição a um ambiente indutor de estresse (por exemplo, um ambiente que induz estresse no envelope). Em algumas modalidades, o desenvolvimento sob tais condições de desenvolvimento aumenta a produção de EV pela bactéria. Por exemplo, em algumas modalidades, a bactéria é desenvolvida na presença de concentrações subinibitórias de um antibiótico descrito no presente documento (por exemplo, 0,1 a 1 µg/ml de cloranfenicol ou 0,1 a 0,3 µg/ml de gentamicina). Em algumas modalidades, peptídeos antimicrobianos hospedeiros (por exemplo, lisozima, defensinas e proteínas Reg) são usados em vez de antibióticos, ou em combinação com os mesmos. Em algumas modalidades, peptídeos antimicrobianos produzidos por bactérias (por exemplo, bacteriocinas e microcinas) são usados. Em algumas modalidades, o estresse é estresse de temperatura (por exemplo, desenvolvimento a 37 a 50 °C). Em algumas modalidades, o estresse é estresse por limitação de carbono (por exemplo, desenvolvimento em um meio que compreende fontes de carbono limitadas, tal como meios com fonte de carbono restrito a abaixo de 1% (p/v)). Em algumas modalidades, o estresse é estresse com sal (por exemplo, desenvolvimento em um meio contendo NaCl 0,5 M). Em algumas modalidades, o estresse é estresse por UV (por exemplo, desenvolvimento sob uma lâmpada UV, ao longo de todo o período de cultivo ou apenas durante uma porção do período de cultivo). Em algumas modalidades, o estresse é estresse por oxigênio reativo (por exemplo, desenvolvimento em meios que contêm concentrações subinibitórias de peróxido de hidrogênio, tais como 250 a 1.000 µM de peróxido de hidrogênio). Em algumas modalidades, uma combinação desses estresses revelados no presente documento é aplicada à bactéria.
EXEMPLOS Exemplo 1: Preparação e purificação de EV provenientes de bactérias.
[00221] Vesículas extracelulares (EV) são preparadas a partir de culturas bacterianas com o uso dos métodos conhecidos pelos versados na técnica (S. Bin Park, et al. PLoS ONE. 6(3):e17629 (2011)).
[00222] Por exemplo, culturas bacterianas são centrifugadas a
11.000 x g por 20 a 40 min a 4 °C para aglomerar as bactérias. Os sobrenadantes de cultura são, então, passados através de um filtro de
0,22 µm para excluir as células bacterianas intactas. Os sobrenadantes filtrados são concentrados com o uso dos métodos que podem incluir, porém sem limitação, precipitação com sulfato de amônio, ultracentrifugação ou filtração. Brevemente, para a precipitação com sulfato de amônio, sulfato de amônio 1,5 a 3 M é adicionado ao sobrenadante filtrado lentamente, com agitação a 4 °C. As precipitações são incubadas a 4 °C por 8 a 48 horas e, então, centrifugadas a 11.000 x g por 20 a 40 min a 4 °C. Os aglomerados contêm EV bacterianas e outros detritos. Brevemente, com o uso da ultracentrifugação, os sobrenadantes filtrados são centrifugados a
100.000 a 200.000 x g por 1 a 16 horas a 4 °C. O aglomerado dessa centrifugação contém EV bacterianas e outros detritos. Brevemente, com o uso de uma técnica de filtração, uso de um filtro rotatório Amicon Ultra ou por filtração de fluxo tangencial, os sobrenadantes são filtrados de modo a reter espécies de peso molecular > 50 ou 100 kDa.
[00223] Alternativamente, as EV são obtidas a partir de culturas bacterianas continuamente durante o desenvolvimento, ou em pontos no tempo selecionados durante o desenvolvimento, conectando-se um biorreator a um sistema de fluxo tangencial alternante (ATF) (por exemplo, XCell ATF da Repligen) de acordo com as instruções do fabricante. O sistema ATF retém as células intactas (>0,22 um) no biorreator e permite que os componentes menores (por exemplo, EV, proteínas livres) passem através de um filtro para coleta. Por exemplo, o sistema pode ser configurado de modo que o filtrado <0,22 um seja, então, passado através de um segundo filtro de 100 kDa, permitindo que espécies, tais como EV entre 0,22 um e 100 kDa, sejam coletadas e espécies menores que 100 kDa sejam bombeadas de volta para o biorreator. Alternativamente, o sistema pode ser configurado para permitir que o meio no biorreator seja reabastecido e/ou modificado durante o desenvolvimento da cultura. As EV coletadas por esse método podem ser, ainda, purificadas e/ou concentradas por ultracentrifugação ou filtração conforme descrito acima para sobrenadantes filtrados.
[00224] As EV obtidas pelos métodos descritos acima podem ser, ainda, purificadas por ultracentrifugação em gradiente, com o uso dos métodos que podem incluir, porém sem limitação, uso de um gradiente de sacarose ou gradiente Optiprep. Brevemente, com o uso de um método com gradiente de sacarose, se a precipitação com sulfato de amônio ou a ultracentrifugação foram usadas para concentrar os sobrenadantes filtrados, os aglomerados são ressuspensos em sacarose a 60%, Tris 30 mM, pH 8,0. Se filtração foi usada para concentrar o sobrenadante filtrado, o concentrado é trocado de tampão para sacarose a 60%, Tris 30 mM, pH 8,0, com o uso de uma coluna Amicon Ultra. Amostras são aplicadas a um gradiente de sacarose descontínuo a 35 a 60% e centrifugadas a 200.000 x g por 3 a 24 horas a 4 °C. Brevemente, com o uso de um método com gradiente Optiprep, se a precipitação com sulfato de amônio ou ultracentrifugação for usada para concentrar os sobrenadantes filtrados, os aglomerados são ressuspensos em Optiprep a 35% em PBS. Se a filtração for usada para concentrar o sobrenadante filtrado, o concentrado é diluído com o uso de Optiprep a 60% até uma concentração final de Optiprep a 35%. Amostras são aplicadas a um gradiente de sacarose descontínuo a 35 a 60% e centrifugadas a
200.000 x g por 3 a 24 horas a 4 °C.
[00225] Para confirmar a esterilidade e o isolamento das preparações de EV, as EV são diluídas em série em meio de ágar usado para cultura de rotina das bactérias a serem testadas e incubadas com o uso de condições de rotina. Preparações não estéreis são passadas através de um filtro de 0,22 um para excluir as células intactas. Para aumentar ainda mais a pureza, EV isoladas podem ser tratadas com DNase ou proteinase K.
[00226] Alternativamente, para a preparação de EV usadas para injeções in vivo, as EV purificadas são processadas conforme descrito anteriormente (G. Norheim, et al. PLoS ONE. 10(9): e0134353 (2015)). Brevemente, após a centrifugação em gradiente de sacarose, bandas que contêm EV são ressuspensas até uma concentração final de 50 µg/ml em uma solução que contém sacarose a 3% ou outra solução adequada para injeção in vivo conhecida pelo versado na técnica. Essa solução também pode conter adjuvante, por exemplo, hidróxido de alumínio, a uma concentração de 0 a 0,5% (p/v).
[00227] Para tornar as amostras compatíveis com testes adicionais (por exemplo, para remover a sacarose antes do imageamento TEM ou ensaios in vitro), as amostras são trocadas de tampão para PBS ou Tris 30 mM, pH 8,0 com o uso de filtração (por exemplo, colunas Amicon Ultra), diálise, ou ultracentrifugação (200.000 x g, ≥ 3 horas, 4 °C) e ressuspensão. Exemplo 2: Identificação de EV bacterianas
[00228] A fim de rastrear sua biodistribuição in vivo e quantificá-las localizá-las in vitro em várias preparações e em ensaios conduzidos com células de mamíferos, as EV são identificadas conforme anteriormente descrito (N. Kesty, et al. EMBO Journal. 23: 4.538 a
4.549 (2004)).
[00229] Por exemplo, as EV purificadas são incubadas com isotiocianato de fluoresceína (FITC) (Sigma-Aldrich, EUA), Cy7, ou qualquer outro fluorocromo adequado para citometria de fluxo, 1:1 por 1 hora a 25 °C. A etapa de incubação pode de prolongar durante a noite a 4 °C. Para remover o fluorocromo excedente, as EV são, então, (1) aglomeradas por centrifugação a 200.000 x g por 3 h - durante a noite, lavadas e ressuspensas em PBS ou um outro tampão adequado para aplicações a jusante; ou (2) trocadas de tampão para PBS ou um outro tampão adequado para aplicações a jusante por diálise ou por filtração (por exemplo, com o uso de uma coluna Amicon Ultra).
[00230] Alternativamente, as EV são obtidas a partir de bactérias cultivadas em meio contendo 3-azido-D-alanina 0,8 mM ou HADA. As EV são ressuspensas ou trocadas de tampão para PBS, e uma porção é adicionalmente identificada com corante fluorescente de dibenzo- aza-ciclo-octina 10 uM (DIBAC) em BSA/PBS a 1% (corantes incluem Cy5, TAMRA, Rodamina-verde e Cy7) se desenvolvidas com 3-azido- D-alanina. O corante não incorporado é removido conforme descrito acima, por (1) ultracentrifugação, lavagem e ressuspensão; ou (2) troca de tampão por diálise ou filtração.
[00231] As EV identificadas também podem ser geradas a partir de bactérias que expressam proteína fluorescente verde (GFP), ou qualquer outra proteína fluorescente. Para bactérias Gram negativas, sequências periplásmicas de alvejamento são anexadas às proteínas fluorescentes, de modo que estejam adequadamente localizadas para serem internalizadas pelas EV à medida que se formam.
[00232] Pontos quânticos podem ser usados para identificar EV para estudos de imageamento não invasivos in vivo (K. Kikushima, et al. Scientific Reports. 3(1913) (2013)). Pontos quânticos são conjugados com um anticorpo confirmado como presente na membrana da EV. As EV isoladas são incubadas com conjugados de pontos quânticos, e os conjugados excedentes são removidos conforme descrito acima, por (1) ultracentrifugação, lavagem e ressuspensão; ou (2) troca de tampão por diálise ou filtração.
[00233] As EV identificadas com fluorescência são detectadas em amostras in vitro e ex vivo por microscopia confocal, análise de rastreamento de nanopartículas e/ou citometria de fluxo. Adicionalmente, as EV identificadas com fluorescência são detectadas em animais inteiros e/ou órgãos e tecidos dissecados com o uso de um instrumento, tal como o espectro IVIS CT (Perkin Elmer), como em H-I. Choi, et al. Experimental & Molecular Medicine. 49: e330 (2017).
[00234] Adicionalmente, as EV podem ser radioidentificadas conforme anteriormente descrito (Z. Varga et al., Cancer Biother Radiopharm. junho de 2016;31(5):168 a 173).
[00235] Por exemplo, as EV purificadas são radioidentificadas com 99m o complexo de Tc-tricarbonila [99mTc(CO)3(H2O)3]+ com o uso de um kit comercial (Isolink®; Mallinckrodt Medical B.V.), de acordo com as instruções do fabricante. Exemplo 3: Microscopia eletrônica de transmissão para visualizar produção bacteriana de EV e EV bacterianas purificadas
[00236] A microscopia eletrônica de transmissão (TEM) é usada para visualizar bactérias à medida que produzem EV ou EV bacterianas purificadas (S. Bin Park, et al. PLoS ONE. 6(3):e17629 (2011). As EV são preparadas a partir de cultura em bateladas de bactérias conforme descrito no Exemplo 1. As EV são montadas em grades de cobre revestidas com carbono com tamanho de trama 300 ou 400 (Electron Microscopy Sciences, EUA) por 2 min e lavadas com água desionizada. As EV são manchadas negativamente com o uso de acetato de uranila a 2% (p/v) por 20 s a 1 min. As grades de cobre são lavadas com água estéril e secas. As imagens são capturadas com o uso de um microscópio eletrônico de transmissão com tensão de aceleração de 100 a 120 kV. As EV manchadas aparecem entre 20 e 250 nm de diâmetro e são eletrodensas. 10 a 50 campos em cada grade são triados. Exemplo 4: Perfilagem de composição e teor de EV
[00237] As EV podem ser caracterizadas por qualquer um dos vários métodos, incluindo, porém sem limitação, caracterização NanoSight, eletroforese em gel SDS-PAGE, Western blot, ELISA,
espectrometria de massa de cromatografia líquida e espectrometria de massa, dispersão dinâmica de luz, níveis de lipídio, proteína total, razões entre lipídio e proteína, análise de ácido nucleico e potencial zeta.
[00238] Caracterização NanoSight de EV
[00239] Análise de rastreamento de nanopartículas (NTA) é usada para caracterizar a distribuição de tamanho de EV bacterianas purificadas. As preparações de EV purificada são executadas em uma máquina NanoSight (Malvern Instruments) para avaliar o tamanho e a concentração de EV.
[00240] Eletroforese em gel SDS-PAGE Gel
[00241] Para identificar os componentes de proteína de EV purificadas (Exemplo 1), as amostras são executadas em um gel Bolt Bis-Tris Plus 4 a 12% (Thermo-Fisher Scientific) com o uso de técnicas-padrão. As amostras são fervidas em tampão de amostra 1x SDS por 10 min, resfriadas a 4 °C e, então, centrifugadas a 16.000 x g por 1 min. As amostras são, então, executadas em um gel SDS-PAGE e manchadas com o uso de uma dentre diversas técnicas-padrão (por exemplo, manchamento Silver, Coomassie Blue, Gel Code Blue) para visualização de bandas.
[00242] Análise Western blot
[00243] Para identificar e quantificar componentes específicos de proteína de EV purificadas, as proteínas de EV são separadas por SDS-PAGE conforme descrito acima e submetidas à análise de Western blot (Cvjetkovic et al., Sci. Rep. 6, 36338 (2016)) e são quantificadas por meio de ELISA.
[00244] Espectrometria de massa de cromatografia líquida (LC- MS/MS) e Espectrometria de massa (MS)
[00245] As proteínas presentas em EV são identificadas e quantificadas por técnicas de espectrometria de massa.
Adicionalmente, o teor metabólico é averiguado com o uso de técnicas de cromatografia líquida combinadas com espectrometria de massa. Existe uma variedade de técnicas para determinar o teor metabolômico de várias amostras, e as mesmas são conhecidas pelo versado na técnica, que envolvem extração de solvente, separação cromatográfica e uma variedade de técnicas de ionização acopladas à determinação de massa (Roberts et al 2012 Targeted Metabolomics. Curr Protoc Mol Biol. 30: 1 a 24; Dettmer et al. 2007, Mass spectrometry-based metabolomics. Mass Spectrom Rev. 26(1):51 a 78). Como um exemplo não limitador, um sistema LC-MS inclui um espectrômetro de massa com triplo quadrupolo 4000 QTRAP (AB SCIEX) combinado com uma bomba 1100 Series (Agilent) e um autoamostrador HTS PAL (Leap Technologies). As amostras de meios ou outras misturas metabólicas complexas (~10 µl) são extraídas com o uso de nove volumes de acetonitrila/metanol/ácido fórmico 74,9:24,9:0,2 (v/v/v) contendo padrões internos identificados com isótopos estáveis (valina-d8, Isotec; e fenilalanina-d8, Cambridge Isotope Laboratories). Os padrões podem ser ajustados ou modificados, dependendo dos metabólitos de interesse. As amostras são centrifugadas (10 min, 9.000 g, 4 °C), e os sobrenadantes (10 µl) são submetidos à LCMS injetando-se a solução na coluna HILIC (150 × 2,1 mm, 3 µm de tamanho de partícula). A coluna é eluída fluindo-se uma fase móvel a 5% [formiato de amônio 10 mM, ácido fórmico a 0,1% em água] por 1 min a uma taxa de 250 ul/min, seguido por um gradiente linear ao longo de 10 min para uma solução de fase móvel a 40% [acetonitrila com ácido fórmico a 0,1%]. A tensão de aspersão iônica é definida para 4,5 kV, e a temperatura de fonte é de 450 °C.
[00246] Os dados são analisados com o uso de software comercialmente disponível como o Multiquant 1.2 da AB SCIEX para integração de pico de espectro de massa. Os picos de interesse devem ser manualmente selecionados e comparados com os padrões para confirmar a identidade do pico. A quantificação com padrões adequados é realizada para determinar o número de metabólitos presentes nos meios iniciais, após o condicionamento bacteriano e após o crescimento de células tumorais.
[00247] Dispersão dinâmica de luz (DLS)
[00248] As medições de DLS, incluindo a distribuição de partículas de diferentes tamanhos em diferentes preparações de EV, são tomadas com o uso de instrumentos, tais como o DynaPro NanoStar (Wyatt Technology) e o Zetasizer Nano ZS (Malvern Instruments).
[00249] Níveis lipídicos
[00250] Os níveis lipídicos são quantificados com o uso de FM4-64 (Life Technologies), por métodos similares àqueles descritos por A.J. McBroom et al. J Bacteriol 188:5.385 a 5.392 e A. Frias, et al. Microb Ecol. 59:476 a 486 (2010). As amostras são incubadas com FM4-64 (3,3 µg/ml em PBS por 10 min a 37 °C no escuro). Após a excitação a 515 nm, a emissão em 635 nm é medida com o uso de um leitor de placas Spectramax M5 (Molecular Devices). As concentrações absolutas são determinadas por comparação de amostras desconhecidas com os padrões (tais como vesículas de palmitoiloleoilfosfatidilglicerol (POPG)) de concentrações conhecidas.
[00251] Proteína total
[00252] Os níveis de proteína são quantificados por ensaios- padrão, tais como ensaios de Bradford e BCA. Os ensaios de Bradford são executados com o uso de um reagente de corante Quick Start Bradford 1x (Bio-Rad), de acordo com os protocolos do fabricante. Os ensaios BCA são executados com o uso do kit de ensaio Pierce BCA (Thermo-Fisher Scientific). As concentrações absolutas são determinadas por comparação com uma curva padrão gerada a partir de BSA de concentrações conhecidas.
[00253] Razões lipídio:proteína
[00254] As razões lipídio:proteína são geradas dividindo-se as concentrações de lipídio pelas concentrações de proteína. Estas fornecem uma medida da pureza de vesículas em comparação com proteína livre em cada preparação.
[00255] Análise de ácido nucleico
[00256] Os ácidos nucleicos são extraídos de EV e quantificados com o uso de um fluorômetro Qubit. A distribuição de tamanho é avaliada com o uso de um bioanalisador, e o material é sequenciado.
[00257] Potencial zeta
[00258] O potencial zeta de diferentes preparações é medido com o uso de instrumentos, tais como o Zetasizer ZS (Malvern Instruments). Exemplo 5: Manipulação de bactérias através de estresse para produzir várias quantidades de EV e/ou para variar o teor de EV
[00259] Demonstrou-se que o estresse e, em particular, estresse no envelope, aumenta a produção de EV em algumas cepas bacterianas (I. MacDonald, M. Kuehn. J Bacteriol 195(13): doi: 10/1128/JB.02267- 12). A fim de variar a produção de EV por bactérias, as bactérias são estressadas com o uso de vários métodos.
[00260] As bactérias podem ser submetidas a estressores únicos ou estressores em combinação. Os efeitos de diferentes estressores em diferentes bactérias são determinados empiricamente variando-se a condição de estresse e determinando-se o valor de IC50 (as condições necessárias para inibir o crescimento celular em 50%). A purificação, quantificação e caracterização de EV ocorrem conforme detalhado nos Exemplos 1 a 4. A produção de EV é quantificada (1) em amostras complexas de bactérias e EV por análise de rastreamento de nanopartículas (NTA) ou microscopia eletrônica de transmissão (TEM); ou (2) após a purificação de EV por NTA, quantificação lipídica ou quantificação de proteínas. O teor de EV é avaliado após a purificação pelos métodos descritos acima.
[00261] Estresse com antibiótico
[00262] As bactérias são cultivadas sob condições de desenvolvimento padrão com a adição de concentrações subinibitórias de antibióticos. Isso pode incluir 0,1 a 1 µg/ml de cloranfenicol ou 0,1 a 0,3 µg/ml de gentamicina, ou concentrações similares de outros antibióticos (por exemplo, ampicilina, polimixina B). Produtos antimicrobianos hospedeiros, tais como lisozima, defensinas e proteínas Reg, podem ser usados em vez de antibióticos. Os peptídeos antimicrobianos produzidos por bactérias, incluindo bacteriocinas e microcinas, também podem ser usados.
[00263] Estresse de temperatura
[00264] As bactérias são cultivadas sob condições de desenvolvimento padrão, mas em temperaturas mais altas ou mais baixas que as temperaturas típicas para seu desenvolvimento. Alternativamente, as bactérias são desenvolvidas sob condições padrão e, então, submetidas a choque frio ou choque quente por incubação por um curto período de tempo em temperaturas baixas ou altas, respectivamente. Por exemplo, as bactérias desenvolvidas a 37 °C são incubadas por 1 hora a 4 °C a 18 °C para choque frio ou 42 °C a 50 °C para choque quente.
[00265] Inanição e limitação de nutrientes
[00266] Para induzir o estresse nutricional, as bactérias são cultivadas sob condições em que um ou mais nutrientes são limitados. As bactérias podem ser submetidas a estresse nutricional ao longo do desenvolvimento ou transferidas de um meio rico para um meio pobre. Alguns exemplos de componentes de meios que são limitados são carbono, nitrogênio, ferro e enxofre. Um meio exemplificativo é o meio mínimo M9 (Sigma-Aldrich), que contém baixo teor de glicose como a única fonte de carbono. Particularmente para Prevotella spp., a disponibilidade de ferro é variada alterando-se a concentração de hemina nos meios e/ou variando-se o tipo de porfirina ou outro carreador de ferro presente nos meios, visto que se constatou que células desenvolvidas em condições de baixo teor de hemina produzem maiores quantidades de EV (S. Stubbs et al. Letters in Applied Microbiology. 29:31 a 36 (1999). Os componentes de meios também são manipulados pela adição de queladores, tais como EDTA e deferoxamina.
[00267] Saturação
[00268] As bactérias são desenvolvidas até a saturação e incubadas após o ponto de saturação por vários períodos de tempo. Alternativamente, o meio condicionado é usado de modo a imitar ambientes de saturação durante o crescimento exponencial. O meio condicionado é preparado removendo-se células intactas das culturas saturadas por centrifugação e filtração, conforme descrito no Exemplo 1, e o meio condicionado pode ser, ainda, tratado para concentrar ou remover componentes específicos.
[00269] Estresse com sal
[00270] As bactérias são cultivadas ou expostas por breves períodos ao meio contendo NaCl, sais biliares ou outros sais.
[00271] Estresse por UV
[00272] O estresse por UV é alcançado cultivando-se bactérias sob uma lâmpada UV ou expondo-se as bactérias a UV com o uso de um instrumento, tal como um Stratalinker (Agilent). UV pode ser administrado ao longo de todo o período de cultivo, em rajadas curtas, ou por um único período definido após o crescimento.
[00273] Estresse com oxigênio reativo
[00274] As bactérias são cultivadas na presença de concentrações subinibitórias de peróxido de hidrogênio (250 a 1.000 µM) para induzir o estresse na forma de espécies reativas de oxigênio. As bactérias anaeróbicas são cultivadas ou expostas a concentrações de oxigênio que são tóxicas para as mesmas.
[00275] Estresse com detergente
[00276] As bactérias são cultivadas ou expostas ao detergente, tal como dodecil sulfato de sódio (SDS) ou desoxicolato.
[00277] Estresse por pH
[00278] As bactérias são cultivadas ou expostas por tempos limitados a meios de pH diferente. Exemplo 6: Preparação de bactérias livres de EV
[00279] As amostras bacterianas contendo quantidades mínimas de EV são preparadas. A produção de EV é quantificada (1) em amostras complexas de bactérias e componentes extracelulares por NTA ou TEM; ou (2) após a purificação de EV a partir de amostras bacterianas, por NTA, quantificação lipídica ou quantificação de proteínas.
[00280] a. Centrifugação e lavagem: As culturas bacterianas são centrifugadas a 11.000 x g para separar as células intactas do sobrenadante (incluindo proteínas livres e vesículas). O aglomerado é lavado com tampão, tal como PBS, e armazenado de uma forma estável (por exemplo, misturado com glicerol, rapidamente congelado e armazenado a -80 °C).
[00281] b. ATF: As bactérias e EV são separadas por conexão de um biorreator a um sistema ATF. As bactérias livres de EV são retidas no biorreator e podem ser, ainda, separadas de EV residuais por centrifugação e lavagem, conforme descrito acima.
[00282] c. As bactérias são desenvolvidas sob condições que limitam a produção de EV. As condições que podem ser variadas incluem aquelas listadas no Exemplo 5. Exemplo 7: Triagem in vitro de EV para ativação intensificada de células dendríticas
[00283] A capacidade de EV de Vibrio cholerae para ativar células dendríticas indiretamente através de células epiteliais é um mecanismo não limitador pelo qual se estimula uma resposta imunológica em hospedeiros mamíferos (D. Chatterjee, K. Chadhuri. J Biol Chem. 288(6):4.299 a 4.309. (2013)). Visto que essa atividade de EV é provavelmente compartilhada com outras bactérias que estimulam cascatas pró-inflamatórias in vivo, métodos in vitro para ensaiar a ativação de DC por EV bacterianas são revelados no presente documento. Brevemente, PBMCs são isoladas do sangue venoso heparinizado de CMs por centrifugação em gradiente com o uso de Lymphoprep (Nycomed, Oslo, Noruega) ou de baços ou medula óssea de camundongo com o uso do kit de isolamento de células dendríticas do sangue humano com base em microesfera magnética (Miltenyi Biotech, Cambridge, MA). Com o uso de CD14 mAb anti-humano, os monócitos são purificados por Moflo e cultivados em cRPMI a uma densidade celular de 5e5 células/ml em uma placa de 96 poços (Costar Corp) por 7 dias a 37 °C. Para maturação de células dendríticas, a cultura é estimulada com 0,2 ng/ml de IL-4 e
1.000 U/ml de GM-CSF a 37 °C por uma semana. Alternativamente, a maturação é alcançada através da incubação com GM-CSF recombinante isoladamente por uma semana. As DCs de camundongos podem ser coletadas diretamente dos baços com o uso de enriquecimento de microesferas ou diferenciadas de células-tronco hematopoiéticas. Brevemente, a medula óssea é obtida a partir dos fêmures de camundongos. As células são recuperadas, e os glóbulos vermelhos são lisados. As células-tronco são cultivadas em meio de cultura celular juntamente com 20 ng/ml de GMCSF de camundongo por 4 dias. Um meio adicional contendo 20 ng/ml de GM-CSF de camundongo é adicionado. No dia 6, o meio e células não aderentes são removidos e substituídos por um meio de cultura celular fresco contendo 20 ng/ml de GMCSF. Uma adição final de meio de cultura celular com 20 ng/ml de GM-CSF é adicionada no dia 7. No dia 10, as células não aderentes são coletadas e semeadas em placas de cultura celular durante a noite e estimuladas conforme necessário. As células dendrítica são, então, tratadas com 25 a 75 ug/ml de EV por 24 horas com antibióticos. As composições de EV testadas podem incluir EV provenientes de uma única espécie ou cepa bacteriana. As composições de EV testadas também podem incluir uma mistura de EV provenientes de gêneros bacterianos, espécies dentro de um gênero ou cepas dentro de uma espécie. PBS e EV provenientes de Lactobacillus são incluídos como controles negativos e LPS, anticorpos anti-CD40 e EV provenientes de Bifidobacterium spp. são usados como controles positivos. Após a incubação, as DCs são manchadas com anti CD11b, CD11c, CD103, CD8a, CD40, CD80, CD83, CD86, MHCI e MHCII, e analisadas por citometria de fluxo. As DCs que têm aumento significativo em CD40, CD80, CD83 e CD86 em comparação com controles negativos são consideradas ativadas pela composição de EV bacteriana associada. Esses experimentos são repetidos três vezes no mínimo.
[00284] Para triagem quanto à capacidade de células epiteliais ativadas por EV para estimular DCs, o protocolo acima é seguido com a adição de uma cocultura de EV de células epiteliais por 24 horas antes da incubação com DCs. As células epiteliais são lavadas após a incubação com EV e são, então, cocultivadas com DCs na ausência de EV por 24 horas antes de serem processadas conforme disposto acima. As linhagens celulares epiteliais podem incluir Int407, HEL293, HT29, T84 e CACO2.
[00285] Como uma medida adicional de ativação de DC, 100 µl de sobrenadante de cultura são removidos dos poços após 24 horas de incubação de DCs com EV ou células epiteliais tratadas com EV e são analisados quanto a citocinas secretadas, quimiocinas e fatores de crescimento com o uso de Luminex Magpix multiplexado. Kit (EMD Millipore, Darmstadt, Alemanha). Brevemente, os poços são pré- molhados com tampão, e 25 µl de microesferas magnéticas revestidas com anticorpo 1x são adicionados e 2x 200 µl de tampão de lavagem são conduzidos em cada poço com o uso do ímã. 50 µl de tampão de incubação, 50 µl de diluente e 50 µl de amostras são adicionados e misturados por meio de chacoalhamento por 2 h à temperatura ambiente no escuro. As microesferas são, então, lavadas duas vezes com 200 µl de tampão de lavagem. 100 µl de anticorpo detector biotinilado 1X são adicionados, e a suspensão é incubada por 1 h com chacoalhamento no escuro. Duas lavagens de 200 µl são, então, realizadas com o tampão de lavagem. 100 µl de 1x reagente SAV-RPE são adicionados a cada poço e são incubados por 30 min a TA no escuro. Três lavagens de 200 µl são realizadas, e 125 µl de tampão de lavagem são adicionados com 2 a 3 min de chacoalhamento. Os poços são, então, submetidos à análise no sistema Luminex xMAP.
[00286] Os padrões permitem a quantificação cuidadosa das citocinas, incluindo GM-CSF, IFN-g, IFN-a, IFN-B, IL-1a, IL-1B, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-8, IL-10, IL-13, IL-12 (p40/p70), IL-17A, IL-17F, IL- 21, IL-22 IL-23, IL-25, IP-10, KC, MCP-1, MIG, MIP1a, TNFa e VEGF. Essas citocinas são avaliadas em amostras tanto de camundongo como de origem humana. Os aumentos nessas citocinas nas amostras tratadas com bactérias indicam produção intensificada de proteínas e citocinas a partir do hospedeiro. Outras variações nesse ensaio que examinam a capacidade de tipos de célula específicos para liberar citocinas são avaliadas adquirindo-se essas células através de métodos de classificação e são reconhecidas por uma pessoa de habilidade comum na técnica. Além disso, o mRNA da citocina também é avaliado para abordar a liberação de citocina em resposta a uma composição de EV. Essas alterações nas células do hospedeiro estimulam uma resposta imunológica de modo similar à resposta in vivo em um microambiente de câncer.
[00287] Esse protocolo de estímulo de DC pode ser repetido com o uso de combinações de EV purificadas e cepas bacterianas vivas para maximizar o potencial de estímulo imunológico. Exemplo 8: Triagem in vitro de EV para ativação intensificada de extermínio de células T CD8+ quando incubadas com células tumorais
[00288] Métodos in vitro para a triagem de EV que podem ativar o extermínio de células T CD8+ de células tumorais são descritos. Brevemente, as DCs são isoladas de PBMCs humanas ou baços de camundongo e incubadas com EV de cepa única, misturas de EV e controles adequados conforme descrito no Exemplo 12. Além disso, as células T CD8+ são obtidas a partir de PBMCs humanas ou baços de camundongo com o uso do kit de isolamento de células T CD8a+ de camundongo com base em microesfera magnética e do kit de isolamento de células T CD8a+ humanas com base em microesfera magnética (ambos da Miltenyi Biotech, Cambridge, MA). Após a incubação por 24 horas de DCs com EV, ou DCs com células epiteliais estimuladas por EV (detalhadas no Exemplo 12), as EV são removidas das células com lavagens com PBS, 100 ul de meio fresco com antibióticos são adicionados a cada poço e 200.000 células T são adicionadas a cada poço experimental na placa de 96 poços. O anticorpo anti-CD3 é adicionado a uma concentração final de 2 ug/ml. Permite-se, então, que as coculturas sejam incubadas a 37 °C por 96 horas sob condições normais de oxigênio.
[00289] 72 horas após a incubação da cocultura, 50.000 células tumorais/poço são colocadas em placas por poço em novas placas de 96 poços. As linhagens celulares tumorais do camundongo usadas incluem B16.F10, SIY+ B16.F10 e outras. As linhagens celulares tumorais humanas são compatíveis com HLA do doador e podem incluir as linhagens celulares PANC-1, UNKPC960/961, UNKC e HELA. Após a conclusão das 96 horas de cocultura, 100 µl da mistura de células T CD8+ e DCs são transferidos para poços contendo células tumorais. As placas são incubadas por 24 horas a 37 °C sob condições normais de oxigênio. Estaurospaurina é usada como controle negativo para explicar a morte celular.
[00290] Após essa incubação, citometria de fluxo é usada para medir morte das células tumorais e caracterizar fenótipo de células imunológicas. Brevemente, as células tumorais são manchadas com o corante de viabilidade. Análise FACS é usada para bloquear especificamente células tumorais e medir a porcentagem de células tumorais mortas (exterminadas). Os dados também são exibidos como o número absoluto de células tumorais mortas por poço. O fenótipo de células T CD8+ citotóxicas pode ser caracterizado pelos seguintes métodos: a) concentração de sobrenadante granzima B, IFNy e TNFa no sobrenadante de cultura conforme descrito abaixo, b) expressão de superfície de células T CD8+ de marcadores de ativação, tais como DC69, CD25, CD154, PD-1, gama/delta TCR, Foxp3, T-bet, granzima B, c) manchamento de citocina intracelular de IFNy, granzima B, TNFa em células T CD8+. O fenótipo de células T CD4+ também pode ser avaliado por manchamento de citocina intracelular além da concentração de citocina no sobrenadante, incluindo INFy, TNFa, IL- 12, IL-4, IL-5, IL-17, IL-10, quimiocinas, etc.
[00291] Como uma medida adicional de ativação de células T CD8+, 100 µl de sobrenadante de cultura são removidos dos poços após 96 horas de incubação de células T com DCs e são analisados quanto a citocinas secretadas, quimiocinas e fatores de crescimento com o uso de Luminex Magpix multiplexado. Kit (EMD Millipore, Darmstadt, Alemanha). Brevemente, os poços são pré-molhados com tampão, e 25 µl de microesferas magnéticas revestidas com anticorpo
1x são adicionados e 2x 200 µl de tampão de lavagem são conduzidos em cada poço com o uso do ímã. 50 µl de tampão de incubação, 50 µl de diluente e 50 µl de amostras são adicionados e misturados por meio de chacoalhamento por 2 h à temperatura ambiente no escuro. As microesferas são, então, lavadas duas vezes com 200 µl de tampão de lavagem. 100 µl de anticorpo detector biotinilado 1X são adicionados, e a suspensão é incubada por 1 h com chacoalhamento no escuro. Duas lavagens de 200 µl são, então, realizadas com o tampão de lavagem. 100 µl de 1x reagente SAV-RPE são adicionados a cada poço e são incubados por 30 min a TA no escuro. Três lavagens de 200 µl são realizadas, e 125 µl de tampão de lavagem são adicionados com 2 a 3 min de chacoalhamento. Os poços são, então, submetidos à análise no sistema Luminex xMAP.
[00292] Os padrões permitem a quantificação cuidados das citocinas, incluindo GM-CSF, IFN-g, IFN-a, IFN-B IL-1a, IL-1B, IL-2, IL- 4, IL-5, IL-6, IL-8, IL-10, IL-13, IL-12 (p40/p70), IL-17, IL-23, IP-10, KC, MCP-1, MIG, MIP1a, TNFa e VEGF. Essas citocinas são avaliadas em amostras tanto de camundongo como de origem humana. Os aumentos nessas citocinas nas amostras tratadas com bactérias indicam produção intensificada de proteínas e citocinas a partir do hospedeiro. Outras variações nesse ensaio que examinam a capacidade de tipos de célula específicos para liberar citocinas são avaliadas adquirindo-se essas células através de métodos de classificação e são reconhecidas por uma pessoa de habilidade comum na técnica. Além disso, o mRNA da citocina também é avaliado para abordar a liberação de citocina em resposta a uma composição de EV. Essas alterações nas células do hospedeiro estimulam uma resposta imunológica de modo similar à resposta in vivo em um microambiente de câncer.
[00293] Esse protocolo de estímulo de células T CD8+ pode ser repetido com o uso de combinações de EV purificadas e cepas bacterianas vivas para maximizar o potencial de estímulo imunológico. Exemplo 9: Triagem in vitro de EV para extermínio de células tumorais intensificado por PBMCs
[00294] Métodos para a triagem de EV quanto à capacidade para estimular PBMCs, que por sua vez ativam células T CD8+ para exterminar células tumorais, estão incluídos. PBMCs são isoladas do sangue venoso heparinizado de CMs por centrifugação em gradiente ficoll-paque para sangue de camundongo ou humano, ou com meio de separação de células linfolíticas (Cedarlane Labs, Ontario, Canadá) do sangue de camundongo. PBMCs são incubadas com EV de cepa única, misturas de EV e controles adequados conforme descrito no Exemplo 12. Além disso, as células T CD8+ são obtidas a partir de PBMCs humanas ou baços de camundongo como no Exemplo 12. Após a incubação por 24 horas de PBMCs com EV, as EV são removidas das células com lavagens com PBS, 100 ul de meio fresco com antibióticos são adicionados a cada poço e 200.000 células T são adicionadas a cada poço experimental na placa de 96 poços. O anticorpo anti-CD3 é adicionado a uma concentração final de 2 ug/ml. Permite-se, então, que as coculturas sejam incubadas a 37 °C por 96 horas sob condições normais de oxigênio.
[00295] 72 horas após a incubação da cocultura, 50.000 células tumorais/poço são colocadas em placas por poço em novas placas de 96 poços. As linhagens celulares tumorais do camundongo usadas incluem B16.F10, SIY+ B16.F10 e outras. As linhagens celulares tumorais humanas são compatíveis com HLA do doador e podem incluir as linhagens celulares PANC-1, UNKPC960/961, UNKC e HELA. Após a conclusão das 96 horas de cocultura, 100 µl da mistura de células T CD8+ e PBMC são transferidos para poços contendo células tumorais. As placas são incubadas por 24 horas a 37 °C sob condições normais de oxigênio. Estaurospaurina é usada como controle negativo para explicar a morte celular.
[00296] Após essa incubação, citometria de fluxo é usada para medir morte das células tumorais e caracterizar fenótipo de células imunológicas. Brevemente, as células tumorais são manchadas com o corante de viabilidade. Análise FACS é usada para bloquear especificamente células tumorais e medir a porcentagem de células tumorais mortas (exterminadas). Os dados também são exibidos como o número absoluto de células tumorais mortas por poço. O fenótipo de células T CD8+ citotóxicas pode ser caracterizado pelos seguintes métodos: a) concentração de sobrenadante granzima B, IFNy e TNFa no sobrenadante de cultura conforme descrito abaixo, b) expressão de superfície de células T CD8+ de marcadores de ativação, tais como DC69, CD25, CD154, PD-1, gama/delta TCR, Foxp3, T-bet, granzima B, c) manchamento de citocina intracelular de IFNy, granzima B, TNFa em células T CD8+. O fenótipo de células T CD4+ também pode ser avaliado por manchamento de citocina intracelular além da concentração de citocina no sobrenadante, incluindo INFy, TNFa, IL- 12, IL-4, IL-5, IL-17, IL-10, quimiocinas, etc.
[00297] Como uma medida adicional de ativação de células T CD8+, 100 µl de sobrenadante de cultura são removidos dos poços após 96 horas de incubação de células T com DCs e são analisados quanto a citocinas secretadas, quimiocinas e fatores de crescimento com o uso de Luminex Magpix multiplexado. Kit (EMD Millipore, Darmstadt, Alemanha). Brevemente, os poços são pré-molhados com tampão, e 25 µl de microesferas magnéticas revestidas com anticorpo 1x são adicionados e 2x 200 µl de tampão de lavagem são conduzidos em cada poço com o uso do ímã. 50 µl de tampão de incubação, 50 µl de diluente e 50 µl de amostras são adicionados e misturados por meio de chacoalhamento por 2 h à temperatura ambiente no escuro.
As microesferas são, então, lavadas duas vezes com 200 µl de tampão de lavagem. 100 µl de anticorpo detector biotinilado 1X são adicionados, e a suspensão é incubada por 1 h com chacoalhamento no escuro. Duas lavagens de 200 µl são, então, realizadas com o tampão de lavagem. 100 µl de 1x reagente SAV-RPE são adicionados a cada poço e são incubados por 30 min a TA no escuro. Três lavagens de 200 µl são realizadas, e 125 µl de tampão de lavagem são adicionados com 2 a 3 min de chacoalhamento. Os poços são, então, submetidos à análise no sistema Luminex xMAP.
[00298] Os padrões permitem a quantificação cuidados das citocinas, incluindo GM-CSF, IFN-g, IFN-a, IFN-B IL-1a, IL-1B, IL-2, IL- 4, IL-5, IL-6, IL-8, IL-10, IL-13, IL-12 (p40/p70), IL-17, IL-23, IP-10, KC, MCP-1, MIG, MIP1a, TNFa e VEGF. Essas citocinas são avaliadas em amostras tanto de camundongo como de origem humana. Os aumentos nessas citocinas nas amostras tratadas com bactérias indicam produção intensificada de proteínas e citocinas a partir do hospedeiro. Outras variações nesse ensaio que examinam a capacidade de tipos de célula específicos para liberar citocinas são avaliadas adquirindo-se essas células através de métodos de classificação e são reconhecidas por uma pessoa de habilidade comum na técnica. Além disso, o mRNA da citocina também é avaliado para abordar a liberação de citocina em resposta a uma composição de EV. Essas alterações nas células do hospedeiro estimulam uma resposta imunológica de modo similar à resposta in vivo em um microambiente de câncer.
[00299] Esse protocolo de estímulo de PBMC pode ser repetido com o uso de combinações de EV purificadas e cepas bacterianas vivas para maximizar o potencial de estímulo imunológico. Exemplo 10. Detecção in vitro de EV em células apresentadoras de antígeno
[00300] Células dendríticas na lâmina própria amostram constantemente bactérias vivas, bactérias mortas e produtos microbianos no lúmen intestinal, estendendo seus dendritos através do epitélio intestinal, que é uma forma em que as EV produzidas por bactérias no lúmen intestinal podem estimular diretamente células dendríticas. Os métodos a seguir representam uma forma de avaliar a absorção diferencial de EV por células apresentadoras de antígeno. Opcionalmente, esses métodos podem ser aplicados para avaliar o comportamento imunomodulador de EV administradas a um paciente.
[00301] As células dendríticas (DCs) são isoladas da medula óssea, sangue ou baços humanos ou de camundongo de acordo com os métodos-padrão ou protocolos de kit (por exemplo, Inaba K, Swiggard WJ, Steinman RM, Romani N, Schuler G, 2001. Isolation of dendritic cells. Current Protocols in Immunology. Capítulo 3:Unidade 3.7) e conforme discutido no Exemplo 12.
[00302] Para avaliar a entrada e/ou a presença de EV em DCs,
250.000 DCs são semeadas em uma lamínula redonda em meio RPMI-1640 completo e são, então, incubadas com EV provenientes de cepas bacterianas únicas ou combinações de EV em uma multiplicidade de infecções (MOI) entre 1:1 e 1:10. As EV purificadas foram identificadas com fluorocromos ou proteínas fluorescentes conforme descrito no Exemplo 2. Após 1 hora de incubação, as células foram lavadas duas vezes com PBS gelado, destacadas da placa com o uso de tripsina. Permitiu-se que as células permanecessem intactas ou fossem lisadas. As amostras são, então, processadas por citometria de fluxo. As EV internalizadas totais são quantificadas a partir de amostras lisadas, e a porcentagem de células que absorvem EV é medida contando-se as células fluorescentes. Os métodos descritos acima também podem ser realizados substancialmente da mesma maneira com o uso de macrófagos ou linhagens celulares epiteliais (obtidas a partir de ATCC) em vez de DCs. Exemplo 11: Triagem in vitro de EV com uma capacidade intensificada para ativar o extermínio de células NK quando incubadas com células-alvo
[00303] Para demonstrar a capacidade das composições de EV selecionada para elicitar a citotoxicidade potente de células NK para células tumorais quando incubadas com as células tumorais, o seguinte ensaio in vitro é usado. Brevemente, as células mononucleares do sangue heparinizado são obtidas a partir de doadores humanos saudáveis. Opcionalmente, uma etapa de expansão para aumentar os números de células NK é realizada conforme anteriormente descrito (por exemplo, consultar Somanschi et al 2011 J Vis Exp.). As mesmas são ajustadas para uma concentração de 1e6 células/ml em meio RPMI-1640 contendo soro humano a 5%. As células PMNC são, então, identificadas com anticorpos adequados, e as células NK são isoladas através de FACS como células CD3- /CD56+ e estão prontas para o ensaio de citotoxicidade subsequente. Alternativamente, as células NK são isoladas com o uso do instrumento autoMACs e kit de isolamento de células NK seguindo as instruções do fabricante (Miltenyl Biotec).
[00304] As células NK são contadas e colocadas em placas em um formato de 96 poços com 5.000 células por poço, e incubadas com EV de cepa única, EV provenientes de misturas de cepas bacterianas e controles adequados conforme descrito no Exemplo 12. Como um controle negativo adicional, esse ensaio é executado com EV provenientes de Fusobacterium nucleatum. F. nucleatum é conhecido por inibir a atividade de células NK (consultar, por exemplo, Gur et al 2005 Immunity 42:1 a 12). Após 5 a 24 horas de incubação de células NK com EV, as EV são removidas das células com lavagens com PBS, as células NK são ressuspensas em 10 meios frescos com antibióticos e são adicionadas às placas de 96 poços contendo 50.000 de células tumorais alvo/poço. As linhagens celulares tumorais do camundongo usadas incluem B16.F10, SIY+ B16.F10 e outras. As linhagens celulares tumorais humanas são compatíveis com HLA do doador e podem incluir as linhagens celulares PANC-1, UNKPC960/961, UNKC e HELA. As placas são incubadas por 24 horas a 37 °C sob condições normais de oxigênio. Estaurospaurina é usada como controle negativo para explicar a morte celular.
[00305] Após essa incubação, citometria de fluxo é usada para mediar a morte das células tumorais. Brevemente, as células tumorais são manchadas com o corante de viabilidade. Análise FACS é usada para bloquear especificamente células tumorais e medir a porcentagem de células tumorais mortas (exterminadas). Os dados também são exibidos como o número absoluto de células tumorais mortas por poço.
[00306] Esse protocolo de estímulo de células NK pode ser repetido com o uso de combinações de EV purificadas e cepas bacterianas vivas para maximizar o potencial de estímulo imunológico. Exemplo 12: Uso de ensaios de ativação imunológica in vitro para prever eficácia de imunoterapia contra câncer in vivo de composições de EV
[00307] Ensaios de ativação imunológica in vitro identificam EV que têm capacidade para estimular células dendríticas, que por sua vez ativam o extermínio de células T CD8+. O trabalho de A. Sivan, et al, Science 350(6264): 1.084 a 1.089 (2015) sugeriu que o extermínio intensificado de células tumorais por células T CD8+ em resposta à ingestão oral de Bifidobacterium spp. é uma imunoterapia contra câncer eficaz em camundongos. Portanto, os ensaios in vitro descritos acima são usados como uma triagem rápida preditiva de um grande número de EV candidatas para potencial atividade imunoterápica. As
EV que exibem estímulo intensificado de células dendríticas, estímulo intensificado de extermínio de células T CD8+, estímulo intensificado de extermínio de PBMC e/ou estímulo intensificado de extermínio de células NK são preferencialmente escolhidas para estudos de eficácia de imunoterapia contra câncer in vivo. Exemplo 13: Determinação da biodistribuição de EV quando administradas por via oral a camundongos
[00308] Camundongos do tipo selvagem (por exemplo, C57BL/6 ou BALB/c) são inoculados por via oral com a composição de EV de interesse para determinar o perfil de biodistribuição in vivo de EV purificadas (Exemplo 1). As EV são identificadas como no Exemplo 2 para auxiliar as análises a jusante.
[00309] Os camundongos podem receber uma única dose da EV (25 a 100 µg) ou diversas doses ao longo de um curso de tempo definido (25 a 100 µg). Os camundongos são alojados sob condições livres de patógenos específicas seguindo os protocolos aprovados. Alternativamente, os camundongos podem ser criados e mantidos sob condições estéreis livres de germes. Amostras sanguíneas e de fezes podem ser extraídas em pontos no tempo adequados.
[00310] Os camundongos são humanamente sacrificados em vários pontos no tempo (isto é., horas a dias) após inoculação com as composições de EV, e uma necrópsia completa sob condições estéreis é realizada. Seguindo os protocolos padrão, linfonodos, glândulas adrenais, fígado, cólon, intestino delgado, ceco, estômago, baço, rins, bexiga, pâncreas, coração, pele, pulmões, cérebro e outro tecido de interesse são coletados e usados diretamente ou congelados para testes posteriores. As amostras de tecido são dissecadas e homogeneizadas para preparar suspensões de célula única seguindo os protocolos padrão conhecidos pelo versado na técnica. O número de EV presentes na amostra é, então, quantificado através de citometria de fluxo (Exemplo 17). A quantificação também pode prosseguir com o uso de microscopia de fluorescência após processamento adequado de todo o tecido do camundongo (Vankelecom H., Fixation e paraffin-embedding of mouse tissues for GFP visualization, Cold Spring Harb. Protoc., 2009). Alternativamente, os animais podem ser analisados com o uso de imageamento ao vivo de acordo com a técnica de identificação de EV. Exemplo 14: Administração de composições de EV com ativação imunológica intensificada in vitro para tratar modelos de camundongos com tumor singênico
[00311] Um modelo de camundongo com câncer é gerado injetando-se por via subcutânea uma linhagem de células tumorais ou amostra tumoral derivada do paciente e permitindo-se o enxerto em camundongos C57BL/6 fêmeas com 6 a 8 semanas de idade. Os métodos fornecidos no presente documento são replicados com o uso de diversas linhagens de células tumorais, incluindo: células B16-F10 ou B16-F10-SIY como um modelo ortotópico de melanoma, células Panc02 como um modelo ortotópico de câncer pancreático, injetadas a uma concentração de 1x106 células no flanco direito (Maletzki et al
2008. Gut 57:483 a 491), células LLC1 como um modelo ortotópico de câncer de pulmão, CT-26 como um modelo ortotópico de câncer colorretal e RM-1 como um modelo ortotópico de câncer de próstata. Como um exemplo, os métodos para o modelo B16-F10 são fornecidos em profundidade no presente documento.
[00312] Um modelo de camundongo singênico com melanoma espontâneo com uma frequência metastásica muito alta é usado para testar a capacidade de bactérias para reduzir o crescimento tumoral e o espalhamento de metástases. As EV escolhidas a partir desse ensaio são composições que exibem ativação intensificada de subconjuntos de células imunológicas e estimulam o extermínio de células tumorais in vitro (Exemplos 12 a 16). A linhagem celular de melanoma do camundongo B16-F10 é obtida a partir de ATCC. As células são cultivadas in vitro como uma monocamada em meio RPMI, suplementadas com soro bovino fetal inativado por calor a 10% e penicilina/estreptomicina a 1% a 37 °C em uma atmosfera de CO2 5% no ar. As células tumorais de crescimento exponencial são coletadas por tripsinização, lavadas três vezes com 1x PBS frio, e uma suspensão de 5E6 células/ml é preparada para administração. Camundongos C57BL/6 fêmeas são usados para esse experimento. Os camundongos têm 6 a 8 semanas de idade e pesam aproximadamente 16 a 20 g. Para desenvolvimento tumoral, cada camundongo é injetado SC no flanco com 100 μl da suspensão celular B16-F10. Os camundongos são anestesiados por cetamina e xilazina antes do transplante celular. Os animais usados no experimento podem ser iniciados em um tratamento com antibiótico por meio de instilação de um coquetel e canamicina (0,4 mg/ml), gentamicina, (0,035 mg/ml), colistina (850 U/ml), metronidazol (0,215 mg/ml) e vancomicina (0,045 mg/ml) na água potável do dia 2 ao 5 e uma injeção intraperitoneal de clindamicina (10 mg/kg) no dia 7 após a injeção tumoral.
[00313] O tamanho do tumor primário no flanco é medido com um calibrador a cada 2 a 3 dias e o volume tumoral é calculado com o uso da seguinte fórmula: volume tumoral = largura tumoral2 × comprimento tumoral × 0,5. Após o tumor primário alcançar aproximadamente 100 mm3, os animais são classificados em diversos grupos com base em seu peso corporal. Os camundongos são, então, retirados aleatoriamente de cada grupo e atribuídos a um grupo de tratamento. As composições de EV são preparadas conforme descrito no Exemplo
1. Os camundongos são inoculados por via oral por gavagem com 25 a 100 µg de EV a ser testada, 25 a 100 µg de EV proveniente de
Lactobacillus (controle negativo), PBS ou 25 a 100 µg de EV proveniente de Bifidobacterium spp. (controle positivo). Os camundongos são submetidos à gavagem por via oral com a mesma quantidade de EV diariamente, semanalmente, quinzenalmente, mensalmente, bimensalmente ou em qualquer outro cronograma de dosagem ao longo do período de tratamento. Os camundongos são injetados IV na veia da cauda ou diretamente injetados no tumor. Os camundongos podem ser injetados com 10 ng a 1 ug de EV, bactérias e EV ou bactérias e EV inativadas. Os camundongos podem ser injetados semanalmente ou uma vez ao mês. Os camundongos também podem receber combinações de EV purificadas e bactérias vivas para maximizar o potencial de extermínio de tumor. Todos os camundongos são alojados sob condições livres de patógenos específicas seguindo os protocolos aprovados. O tamanho de tumor, o peso do camundongo e a temperatura corporal são monitorados a cada 3 a 4 dias, e os camundongos são humanamente sacrificados 6 semanas após a injeção com células de melanoma no camundongo B16-F10 ou quando o volume do tumor primário alcança 1.000 mm3. Extrações de sangue são realizadas semanalmente, e uma necrópsia completa sob condições estéreis é realizada na terminação do protocolo.
[00314] As células cancerígenas podem ser facilmente visualizadas no modelo de camundongo B16-F10 com melanoma devido à sua produção de melanina. Seguindo os protocolos padrão, as amostras de tecido de linfonodos e órgãos da região da cabeça e peito são coletadas, e a presença de micro e macrometástases é analisada com o uso da seguinte regra de classificação. Um órgão é classificado como positivo para metástase se pelo menos duas lesões micrometastáticas e uma macrometastática por linfonodo ou órgão foram encontradas. Micrometástases são detectadas manchando-se as seções de tecido linfoide embebidas em parafina com hematoxilina- eosina, seguindo protocolos padrão conhecidos pelo versado na técnica. O número total de metástases está correlacionado ao volume do tumor primário e constatou-se que o volume tumoral se correlacionado significativamente com o crescimento tumoral time e o número de macro e micrometástases nos linfonodos e órgãos viscerais e também com a soma de todas as metástases observadas. Vinte e cinco sítios metastáticos diferentes são identificados conforme anteriormente descrito (Bobek V., et al., Syngeneic lymph-node- targeting model of green fluorescent protein-expressing Lewis lung carcinoma, Clin. Exp. Metastasis, 2004;21(8):705 a 708).
[00315] As amostras de tecido tumoral são, ainda, analisadas quanto a linfócitos infiltrantes de tumor. As células T citotóxicas CD8+ podem ser isoladas por FACS (consultar o Exemplo 17) e podem, então, ser adicionalmente analisadas com o uso de microarranjos customizados p/MHC classe I para revelar sua especificidade de antígeno (consultar, por exemplo, Deviren G., et al., Detection of antigen-specific T cells on p/MHC microarrays, J. Mol. Recognit., janeira a fevereiro de 2007;20(1):32 a 38). As células T CD4+ podem ser analisadas com o uso de microarranjos customizados p/MHC classe II.
[00316] O mesmo experimento é também realizado com um modelo de camundongo com múltiplas metástases de melanoma pulmonar. A linhagem celular do melanoma do camundongo B16-BL6 é obtida a partir de ATCC, e as células são cultivadas in vitro conforme descrito acima. Camundongos C57BL/6 fêmeas são usados para esse experimento. Os camundongos têm 6 a 8 semanas de idade e pesam aproximadamente 16 a 20 g. Para desenvolvimento tumoral, cada camundongo é injetado na veia da cauda com 100 μl de uma suspensão de 2E6 células/ml de células B16-BL6. As células tumorais enxertadas mediante injeção IV acabam nos pulmões.
[00317] Os camundongos são humanamente exterminados após 9 dias. Os pulmões são pesados e analisados quanto à presença de nódulos pulmonares na superfície do pulmão. Os pulmões extraídos são branqueados com solução de Fekete, o que não branqueia os nódulos tumorais devido à melanina nas células B16, embora uma pequena fração dos nódulos seja amelanótica (isto é, branca). O número de nódulos tumorais é cuidadosamente contato para determinar a carga tumoral nos camundongos. Tipicamente, 200 a 250 nódulos pulmonares são encontrados nos pulmões dos camundongos do grupo de controle (isto é, gavagem PBS).
[00318] A porcentagem da carga tumoral é calculada para os três grupos de tratamento. Essa medida é definida como o número médio de nódulos pulmonares nas superfícies do pulmão de camundongos que pertencem a um grupo de tratamento dividido pelo número médio de nódulos pulmonares nas superfícies do pulmão dos camundongos do grupo de controle.
[00319] Determinação de teor metabólico com RMN de 1H
[00320] Triplicatas biológicas de meios e amostras de meios gastos após condicionamento bacteriano e após o desenvolvimento do tumor são desproteinizadas com o uso de filtros Sartorius Centrisart I (corte de 10 kDa). Antes do uso, o filtro é lavado duas vezes por centrifugação de água para remover glicerol e um pequeno volume (20 µl) de ácido trimetilsilil-2,2,3,3-tetradeuteropropiônico 20,2 mM (TSP, sal de sódio) em D2O é adicionado a 700 ul do ultrafiltrado, fornecendo uma referência de deslocamento químico (0,00 ppm) e um sinal de bloqueio de deutério. 650 ul da amostra são colocados em um tubo de RMN de 5 mm. Espectros de pulso único de RMN de 1H (500 MHz) são obtidos em um espectrômetro Bruker DMX-500 ou instrumento comparável conforme descrito anteriormente (por Engelke et al. 2006, NMR spectroscopic studies on the late onset form of 3- metilutaconic aciduria type I and other defects in leucine metabolism. NMR Biomed. 19: 271 a 278). A fase e a linha de base são corrigidas manualmente. Todos os espectros são dimensionados para TSP, e sinais de metabólito são ajustados semiautomaticamente com um formato de linha Lorentziano. As concentrações de metabólito no meio gasto são calculadas em relação à concentração conhecida no meio padrão e correspondentemente expressas em unidades de mM. A concentração de um metabólito específico foi calculada pela área do pico correspondente à área do dupleto de valina a 1,04 ppm ou um padrão adequado.
[00321] Determinação de teor metabólico com LCMS
[00322] O teor metabólico de uma amostra é averiguado com o uso de técnicas de cromatografia líquida combinadas com espectrometria de massa. Existe uma variedade de técnicas para determinar o teor metabolômico de várias amostras, e as mesmas são conhecidas pelo versado na técnica, que envolvem extração de solvente, separação cromatográfica e uma variedade de técnicas de ionização acopladas à determinação de massa (Roberts et al 2012 Targeted Metabolomics. Curr Protoc Mol Biol. 30: 1 a 24; Dettmer et al. 2007, Mass spectrometry-based metabolomics. Mass Spectrom Rev. 26(1):51 a 78). Como um exemplo não limitador, um sistema LC-MS inclui um espectrômetro de massa com triplo quadrupolo 4000 QTRAP (AB SCIEX) combinado com uma bomba 1100 Series (Agilent) e um autoamostrador HTS PAL (Leap Technologies). As amostras de meios ou outras misturas metabólicas complexas (~10 µl) são extraídas com o uso de nove volumes de acetonitrila/metanol/ácido fórmico 74,9:24,9:0,2 (v/v/v) contendo padrões internos identificados com isótopos estáveis (valina-d8, Isotec; e fenilalanina-d8, Cambridge Isotope Laboratories). Os padrões podem ser ajustados ou modificados, dependendo dos metabólitos de interesse. As amostras são centrifugadas (10 min, 9.000 g, 4 °C), e os sobrenadantes (10 µl) são submetidos à LCMS injetando-se a solução na coluna HILIC (150 × 2,1 mm, 3 µm de tamanho de partícula). A coluna é eluída fluindo-se uma fase móvel a 5% [formiato de amônio 10 mM, ácido fórmico a 0,1% em água] por 1 min a uma taxa de 250 ul/min, seguido por um gradiente linear ao longo de 10 min para uma solução de fase móvel a 40% [acetonitrila com ácido fórmico a 0,1%]. A tensão de aspersão iônica é definida para 4,5 kV, e a temperatura de fonte é de 450 °C.
[00323] Os dados são analisados com o uso de software comercialmente disponível, tal como o Multiquant 1.2 da AB SCIEX para integração de pico de espectro de massa. Os picos de interesse são manualmente selecionados e comparados com os padrões para confirmar a identidade do pico. A quantificação com padrões adequados é realizada para determinar a quantidade de metabólitos presentes nos meios iniciais, após o condicionamento bacteriano e após o crescimento de células tumorais.
[00324] A biópsia tumoral e amostras de sangue são submetidas à análise metabólica por meio de técnicas de LCMS descritas no presente documento. Níveis diferenciais de aminoácidos, açúcares, lactato entre outros metabólitos, entre grupos de teste demonstram a capacidade da composição microbiana para interromper o estado metabólico do tumor.
[00325] Seq de RNA para determinar mecanismo de ação
[00326] As células dendríticas são purificadas a partir de tumores, emplastros de Peyers e linfonodos mesentéricos conforme descrito no Exemplo 12. A análise RNAseq é realizada e analisada de acordo com as técnicas-padrão conhecidas pelo versado na arte (Z. Hou. Scientific Reports. 5(9570):doi:10.1038/srep09570 (2015)). Na análise, atenção específica é destinada a genes das vias inflamatórias inatas, incluindo
TLRs, CLRs, NLRs e STING, citocinas, quimiocinas, vias de processamento e apresentação de antígeno, apresentação cruzada e coestímulo de células T. Exemplo 15: Administração de EV com ativação imunológica intensificada in vitro para tratar modelos de camundongos com tumor singênico em combinação com inibição de PD-1 ou PD-L1
[00327] Para determinar a eficácia de EV em modelos de camundongo com tumor singênico, câncer colorretal (CT-26) foi usado. Brevemente, células tumorais CT-26 (número CAT CRL-2638) foram cultivadas in vitro como uma monocamada em RPMI-1640 ou DMEM suplementado com soro bovino fetal inativado por calor a 10% a 37 °C em uma atmosfera de CO2 a 5% no ar. As células de crescimento exponencial foram coletadas e contadas antes da inoculação do tumor. Camundongos BALB/c fêmeas de 6 a 8 semanas de idade foram usados para esse experimento. Para desenvolvimento tumoral, cada camundongo foi injetado por via subcutânea em um ou ambos flancos posteriores com 5x105 células tumorais CT-26 em 0,1 ml de 1x PBS. Alguns camundongos podem receber pré-tratamento com antibiótico. O tamanho do tumor e o peso do camundongo foram monitorados pelo menos três vezes semanalmente em dias não consecutivos.
[00328] As EV foram testadas quanto à sua eficácia no modelo de camundongo com tumor, isoladamente ou em combinação com células bacterianas inteiras e com ou sem anti-PD-1 ou anti-PD-L1. As EV, as células bacterianas e/ou anti-PD-1 ou anti-PD-L1 foram administradas em pontos no tempo variados e em doses variadas. Por exemplo, no dia 10 após a injeção tumoral, ou após o volume tumoral alcançar 100 mm3, os camundongos foram tratados com EV isoladamente ou em combinação com anti-PD-1 ou anti-PD-L1. A quantidade da dosagem foi administrada de acordo com a Tabela 3. O grupo Blautia massiliensis mostrou inibição do crescimento tumoral comparável àquela observada no grupo anti-PD-1 (Figuras 1 e 2). Tabela 3. Quantidade de dosagem. Grupo Tratamento Dose, via, cronograma 1 (n=10) Veículo IV (PBS) N/A, IV, Q3Dx4 2 (n=10) Anti-PD-1 200 ug, IP, Q4Dx3 3 (n=10) EV (IV) Blautia 5 ug, IV, Q3Dx4 massiliensis
[00329] Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Embora alguns camundongos recebam EV através de injeção i.v., outros camundongos podem receber EV através de injeção intraperitoneal (i.p.), injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia (por exemplo, começando no dia 1), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração. Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Assim como com as EV, a administração de células bacterianas pode ser variada em relação à via de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p. ou injeção por via nasal. Alguns grupos de camundongos também são injetados com doses eficazes de inibidor de ponto de verificação. Por exemplo, os camundongos recebem 100 µg de mAB anti-PD-L1 (clone 10f.9g2, BioXCell) ou um outro mAB anti-PD-1 ou anti-PD-L1 em 100 µl de PBS, e alguns camundongos recebem veículo e/ou outro controle adequado (por exemplo, anticorpo de controle). Os camundongos são injetados com mABs 3, 6 e 9 dias após a injeção inicial. Para avaliar se a inibição do ponto de verificação e a imunoterapia com EV têm um efeito antitumoral aditivo, camundongos de controle que recebem mABs anti-PD-1 ou anti-PD-L1 são incluídos no painel de controle padrão. Pontos de extremidade primário (tamanho do tumor) e secundário (análise de linfócitos infiltrantes de tumor e citocina) são avaliados, e alguns grupos de camundongos são novamente provocados com uma inoculação de célula tumoral subsequente para avaliar o efeito do tratamento na resposta de memória. Exemplo 16: EV em um modelo de camundongo com encefalomielite autoimune experimental (EAE)
[00330] A EAE é um modelo de animal com esclerose múltipla bem estudado, conforme revisado por Constantinescu et al. (Experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) as a model for multiple sclerosis (MS). Br J Pharmacol. outubro de 2011; 164(4): 1.079 a 1.106). A mesma pode ser induzida em uma variedade de cepas de camundongo e rato com o uso de diferentes peptídeos associados à mielina, pela transferência adotiva de células T encefalitogênicas ativadas, ou o uso de camundongos transgênicos TCR suscetíveis à EAE, conforme discutido em Mangalam et al. (Two discreet subsets of CD8+ T cells modulate PLP91-110 induced experimental autoimmune encephalomyelitis em HLA-DR3 transgenic mice. J Autoimmun. junho de 2012; 38(4): 344 a 353).
[00331] As EV são testadas quanto à sua eficácia no modelo de roedor com EAE, isoladamente ou em combinação com células bacterianas inteiras, com ou sem a adição de outros tratamentos anti- inflamatórios. Por exemplo, camundongos C57Bl/6 fêmeas com 6 a 8 semanas de idade são obtidos junto à Taconic (Germantown, NY). Grupos de camundongos são administrados com duas injeções subcutâneas (s.c.) em dois sítios nas costas (superior e inferior) de 0,1 ml de glicoproteína de oligodentrócitos de mielina 35 a 55 (MOG35-55; 100 ug por injeção; 200 ug por camundongo (total 0,2 ml por camundongo)), emulsionado em adjuvante completo de Freund (CFA; 2 a 5 mg de mycobacterium tuberculosis H37Ra exterminado/ml de emulsão). Aproximadamente 1 a 2 horas após o ocorrido acima, os camundongos são injetados por via intraperitoneal (i.p.) com 200 ng de toxina Pertussis (PTx) em 0,1 ml de PBS (2 ug/ml). Uma injeção adicional IP de PTx é administrada no dia 2. Alternativamente, uma quantidade adequada de um peptídeo de mielina alternativo (por exemplo, proteína proteolípidica (PLP)) é usada para induzir EAE. Alguns animais representam controles virgens. A gravidade de EAE é avaliada, e uma pontuação de incapacidade é atribuída diariamente começando no dia 4 de acordo com os métodos conhecidos na técnica (Mangalam et al. 2012).
[00332] O tratamento com EV é iniciado em algum momento, seja próximo ao momento da imunização ou após a imunização contra EAE. Por exemplo, as EV podem ser administradas ao mesmo tempo que a imunização (dia 1), ou podem ser administradas após os primeiros sinais de incapacidade (por exemplo, cauda mole), ou durante EAE grave. As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Embora alguns camundongos recebam EV através de injeção i.v., outros camundongos podem receber EV através de injeção intraperitoneal (i.p.), injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia (por exemplo, começando no dia 1), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração.
[00333] Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Assim como com as EV, a administração de células bacterianas pode ser variada em relação à via de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p., injeção subcutânea (s.c.) ou administração por via nasal.
[00334] Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com agente anti-inflamatório adicional (ou agentes anti-inflamatórios adicionais) ou terapêutico para EAE (ou terapêuticos para EAE) (por exemplo, anti-CD154, bloqueio de membros da família TNF, vitamina D ou outro tratamento), e/ou um controle adequado (por exemplo, veículo ou anticorpo de controle) em vários pontos no tempo e em doses eficazes.
[00335] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l), ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento.
Alguns camundongos imunizados são tratados sem o recebimento de antibióticos.
[00336] Em vários pontos no tempo, os camundongos são sacrificados, e os sítios de inflamação (por exemplo, cérebro e medula espinhal), linfonodos ou outros tecidos podem ser removidos por análise histológica, de citocina e/ou citométrica de fluxo ex vivo com o uso dos métodos conhecidos na técnica. Por exemplo, os tecidos são dissociados com o uso de enzimas de dissociação de acordo com as instruções do fabricante. As células são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na arte. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c (células dendríticas), anti-CD80, anti-CD86, anti-CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti-CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de células imunológicas pan CD45, marcadores de células T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4) e marcadores de macrófagos/mieloides (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL- 12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G- CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas infiltradas no sistema nervoso central (CNS) CD45+ purificadas obtidas ex vivo. Finalmente, a imuno-histoquímica é realizada em várias seções de tecido para medir células T, macrófagos, células dendríticas e expressão de proteína na molécula de ponto de verificação.
[00337] A fim de examinar o impacto e a longevidade da proteção contra a doença, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser novamente provocados com um ativador de doença (por exemplo, células T encefalitogênicas ativadas ou reinjeção de peptídeos indutores de EAE). Os camundongos são analisados quanto à suscetibilidade à doença e gravidade de EAE após a nova provocação. Exemplo 17: EV em um modelo de camundongo com artrite induzida por colágeno (CIA)
[00338] A artrite induzida por colágeno (CIA) é um modelo animal comumente usado para estudar artrite reumatoide (RA), conforme descrito por Caplazi et al. (Mouse models of rheumatoid arthritis. Veterinary Pathology. 1 de setembro de 2015. 52(5): 819 a 826) (consultar também Brand et al. Collagen-induced arthritis. Nature Protocols. 2007. 2: 1.269 a 1.275; Pietrosimone et al. Collagen- induced arthritis: a model for murine autoimmune arthritis. Bio Protoc. 20 de outubro de 2015; 5(20): e1626).
[00339] Entre outras versões do modelo de roedor com CIA, um modelo envolve a imunização de camundongos HLA-DQ8 Tg com colágeno tipo II de galinha conforme descrito por Taneja et al. (J. Immunology. 2007. 56: 69 a 78; consultar também Taneja et al. J. Immunology 2008. 181: 2.869 a 2.877; e Taneja et al. Arthritis Rheum.,
2007. 56: 69 a 78). A purificação de CII de galinha foi descrita por Taneja et al. (Arthritis Rheum., 2007. 56: 69 a 78). Os camundongos são monitorados para início e progressão da doença CIA após imunização, e a gravidade da doença é avaliada e "classificada" conforme descrito por Wooley, J. Exp. Med. 1981. 154: 688 a 700.
[00340] Os camundongos são imunizados para indução de CIA e separados em vários grupos de tratamento. As EV são testadas quanto à sua eficácia em CIA, isoladamente ou em combinação com células bacterianas inteiras, com ou sem a adição de outros tratamentos anti-inflamatórios.
[00341] O tratamento com EV é iniciado próximo ao momento da imunização com colágeno ou após a imunização. Por exemplo, em alguns grupos, as EV podem ser administradas ao mesmo tempo que a imunização (dia 1), ou as EV podem ser administradas após os primeiros sinais de doença, ou após o início dos sintomas graves. As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos.
[00342] Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Embora alguns camundongos recebam EV através de injeção i.v., outros grupos de camundongos podem receber EV através de injeção intraperitoneal (i.p.), injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia (por exemplo, começando no dia 1), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração.
[00343] Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Assim como com as EV, a administração de células bacterianas pode ser variada em relação à via de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p., injeção subcutânea (s.c.), injeção intradérmica (i.d.) ou administração por via nasal.
[00344] Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com agente anti-inflamatório adicional (ou agentes anti-inflamatórios adicionais) ou terapêutico para CIA (ou terapêuticos para CIA) (por exemplo, anti-CD154, bloqueio de membros da família TNF, vitamina D ou outro tratamento), e/ou um controle adequado (por exemplo, veículo ou anticorpo de controle) em vários pontos no tempo e em doses eficazes.
[00345] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l), ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento. Alguns camundongos imunizados são tratados sem o recebimento de antibióticos.
[00346] Em vários pontos no tempo, amostras séricas são obtidas para avaliar níveis de anticorpo IgG de CII antigalinha e anticamundongo com o uso de um ELISA padrão (Batsalova et al. Comparative analysis of collagen type II-specific immune responses during development of collagen-induced arthritis in two B10 mouse strains. Arthritis Res Ther. 2012. 14(6): R237). Além disso, alguns camundongos são sacrificados, e os sítios de inflamação (por exemplo, sinóvia), linfonodos ou outros tecidos podem ser removidos por análise histológica, de citocina e/ou citométrica de fluxo ex vivo com o uso dos métodos conhecidos na técnica. A sinóvia e o fluido sinovial são analisados quanto à infiltração de células plasmáticas e à presença de anticorpos com o uso de técnicas conhecidas na arte. Além disso, os tecidos são dissociados com o uso de enzimas de dissociação de acordo com as instruções do fabricante para examinar os perfis dos infiltrados celulares. As células são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na arte. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c
(células dendríticas), anti-CD80, anti-CD86, anti-CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti-CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de células imunológicas pan CD45, marcadores de células T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4) e marcadores de macrófagos/mieloides (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL- 12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G- CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas infiltradas na sinóvia CD45+ purificadas obtidas ex vivo. Finalmente, a imuno- histoquímica é realizada em várias seções de tecido para medir células T, macrófagos, células dendríticas e expressão de proteína na molécula de ponto de verificação.
[00347] A fim de examinar o impacto e a longevidade da proteção contra a doença, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser novamente provocados com um ativador de doença (por exemplo, reinjeção ativada com peptídeos indutores de CIA). Os camundongos são analisados quanto à suscetibilidade à doença e gravidade de CIA após a nova provocação. Exemplo 18: EV em um modelo de camundongo com colite
[00348] Colite induzida por sulfato de dextrano sódico (DSS) é um modelo animal bem estudado de colite, conforme revisado por Randhawa et al. (A review on chemical-induced inflammmatory bowel disease models in rodents. Korean J Physiol Pharmacol. 2014. 18(4): 279 a 288; consultar também Chassaing et al. Dextran sulfate sodium (DSS)-induced colitis in mice. Curr Protoc Immunol. 4 de fevereiro de 2014; 104: Unidade 15.25).
[00349] As EV são testadas quanto à sua eficácia em um modelo de camundongo com colite induzida por DSS, isoladamente ou em combinação com células bacterianas inteiras, com ou sem a adição de outros agentes anti-inflamatórios.
[00350] Os grupos de camundongos são tratados com DSS para induzir colite conforme conhecido na técnica (Randhawa et al. 2014; Chassaing et al. 2014; consultar também Kim et al. Investigating intestinal inflammation in DSS-induced model of IBD. J Vis Exp. 2012. 60: 3.678). Por exemplo, camundongos C57Bl/6 machos de 6 a 8 semanas de idade são obtidos junto à Charles River Labs, Taconic, ou outro fornecedor. A colite é induzida adicionando-se DSS a 3% (MP Biomedicals, número Cat. 0260110) à água potável. Alguns camundongos não recebem DSS na água potável e representam controles virgens. Alguns camundongos recebem água por cinco (5) dias. Alguns camundongos podem receber DSS por um período mais curto ou mais longo que cinco (5) dias. Os camundongos são monitorados e pontuados com o uso de um índice de atividade de incapacidade conhecido na técnica baseado na perda de peso (por exemplo, sem perda de peso (pontuação 0); 1 a 5% de perda de peso (pontuação 1); 5 a 10% de perda de peso (pontuação 2)); consistência das fezes (por exemplo, normal (pontuação 0); fezes soltas (pontuação 2); diarreia (pontuação 4)); e sangramento (por exemplo, sem sangue (pontuação 0), hemocultivo positivo (pontuação 1); hemocultivo positivo e sangramento aglomerado visual (pontuação 2); sangramento ao redor do ânus, sangramento grosseiro (pontuação 4).
[00351] O tratamento com EV é iniciado em algum momento, no dia 1 de administração de DSS ou algum tempo depois disso. Por exemplo, as EV podem ser administradas ao mesmo tempo que a iniciação de DSS (dia 1), ou podem ser administradas após os primeiros sinais da doença (por exemplo, perda de peso ou diarreia),
ou durante os estágios de colite grave. Os camundongos são observados diariamente em relação ao peso, morbidade, sobrevivência, presença de diarreia e/ou sangue nas fezes.
[00352] As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Embora alguns camundongos recebam EV através de injeção i.v., outros camundongos podem receber EV através de injeção intraperitoneal (i.p.), injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia (por exemplo, começando no dia 1), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração.
[00353] Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Assim como com as EV, a administração de células bacterianas pode ser variada em relação à via de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p. ou administração por via nasal.
[00354] Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com agente anti-inflamatório adicional (ou agentes anti-inflamatórios adicionais) (por exemplo, anti-CD154, bloqueio de membros da família TNF ou outro tratamento), e/ou um controle adequado (por exemplo, veículo ou anticorpo de controle) em vários pontos no tempo e em doses eficazes.
[00355] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l), ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento. Alguns camundongos recebem DSS sem receber antibióticos previamente.
[00356] Em vários pontos no tempo, os camundongos são submetidos à endoscopia por vídeo com o uso de um endoscópio para animais pequenos (Karl Storz Endoskipe, Alemanha) sob anestesia com isoflurano. Imagens estáticas e vídeo são gravados para avaliar a extensão da colite e a resposta ao tratamento. A colite é pontuada com o uso de critérios conhecidos na técnica. Material fecal é coletado para estudo.
[00357] Em vários pontos no tempo, os camundongos são sacrificados, e o cólon, intestino delgado, baço e linfonodos (por exemplo, linfonodos mesentéricos) são coletados. Adicionalmente, sangue é coletado em tubos de separação de soro. O dano ao tecido é examinado através de estudos histológicos que avaliam, porém sem limitação, arquitetura de cripta, grau de infiltração por células inflamatórias e depleção de células caliciformes.
[00358] O trato gastrointestinal (GI), os linfonodos e/ou outros tecidos podem ser removidos por análise histológico, de citocina e/ou citométrica de fluxo ex vivo com o uso de métodos conhecidos na técnica. Por exemplo, os tecidos são coletados e podem ser dissociados com o uso de enzimas de dissociação de acordo com as instruções do fabricante. As células são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na arte. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c (células dendríticas), anti-CD80, anti-CD86, anti-CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti-CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de células imunológicas pan CD45, marcadores de células T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4) e marcadores de macrófagos/mieloides (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL- 12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G- CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas infiltradas no trato GI CD45+ purificadas obtidas ex vivo. Finalmente, a imuno- histoquímica é realizada em várias seções de tecido para medir células T, macrófagos, células dendríticas e expressão de proteína na molécula de ponto de verificação.
[00359] A fim de examinar o impacto e a longevidade da proteção contra a doença, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser novamente provocados com um ativador de doença. Os camundongos são analisados quanto à suscetibilidade à gravidade de colite após a nova provocação. Exemplo 19: EV em um modelo de camundongo de hipersensibilidade do tipo retardada (DTH)
[00360] A hipersensibilidade do tipo retardada (DTH) é um modelo animal de dermatite atópica (ou dermatite de contato alérgica), conforme revisado por Petersen et al. (In vivo pharmacological disease models for psoriasis e atopic dermatitis in drug discovery. Basic & Clinical Pharm & Toxicology. 2006. 99(2): 104 a 115; consultar também Irving C. Allen (edição) Mouse Models of Innate Immunity: Methods e Protocols, Methods in Molecular Biology, 2013. volume
1031, DOI 10.1007/978-1-62703-481-4_13). A mesma pode ser induzida em uma variedade de cepas de camundongo e rato com o uso de vários haptenos ou antígenos, por exemplo, um antígeno emulsionado com um adjuvante. A DTH é caracterizada por sensibilização, bem como uma reação mediada por células T específica para antígeno que resulta em eritema, edema e infiltração celular – especialmente infiltração de células apresentadoras de antígeno (APCs), eosinófilos, células T CD4+ ativadas e células Th2 que expressam citocina.
[00361] Em geral, camundongos são preparados com um antígeno administrado no contexto de um adjuvante (por exemplo, adjuvante completo de Freund) a fim de induzir uma resposta imunológica secundária (ou de memória) medida por inchaço e título de anticorpo específico para antígeno.
[00362] As EV são testadas quanto à sua eficácia no modelo de camundongo com DTH, isoladamente ou em combinação com células bacterianas inteiras, com ou sem a adição de outros tratamentos anti- inflamatórios. Por exemplo, camundongos C57Bl/6 com 6 a 8 semanas de idade são obtidos junto à Taconic (Germantown, NY) ou outro fornecedor. Grupos de camundongos são administrados com quatro injeções subcutâneas (s.c.) em quatro sítios nas costas (superior e inferior) de antígeno (por exemplo, ovalbumina (OVA)) em uma dose eficaz (50 ul de volume total por sítio). Para uma resposta DTH, os animais foram injetados por via intradérmica (i.d.) nas orelhas sob anestesia com cetamina/xilazina (aproximadamente 50 mg/kg e 5 mg/kg, respectivamente). Alguns camundongos servem como animais de controle. Alguns grupos de camundongos são provocados com 10 ul por orelha (controle de veículo (DMSO a 0,01% em solução salina) na orelha esquerda e antígeno (21,2 ug (12 nmol) na orelha direita) no dia 8. Para medir a inflamação da orelha, a espessura da orelha de animais manualmente contidos é medida com o uso de um micrômetro Mitutoyo. A espessura da orelha é medida antes da provocação intradérmica como o nível de linha de base para cada animal individual. Subsequentemente, a espessura da orelha é medida duas vezes após provocação intradérmica, em aproximadamente 24 horas e 48 horas (isto é, dias 9 e 10).
[00363] O tratamento com EV é iniciado em algum momento, próximo ao momento de preparação ou próximo ao momento da provocação de DTH. Por exemplo, as EV podem ser administradas ao mesmo tempo que as injeções subcutâneas (dia 0), ou podem ser administradas antes ou após a injeção intradérmica. As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Embora alguns camundongos recebam EV através de injeção i.v., outros camundongos podem receber EV através de injeção intraperitoneal (i.p.), injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral, administração tópica, injeção intradérmica (i.d.) ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia (por exemplo, começando no dia 0), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração.
[00364] Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Assim como com as EV, a administração de células bacterianas pode ser variada em relação à via de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p., injeção i.d., administração tópica ou administração por via nasal.
[00365] Os camundongos foram injetados com KLH e CFA i.d em 4 locais ao longo das costas (50 ug por camundongo de KLH preparado em uma razão de 1:1 com CFA em um volume total de 50 ul por sítio). Os camundongos foram dosados por 9 dias da seguinte forma; 1) administração oral de PBS anaeróbico (veículo); 2) administração oral de 10 mg de Prevotella histicola; 3) administração oral de 100 ug de EV derivadas de P. histicola; 4) administração i.p. de PBS; 5) administração i.p. de dexametasona (controle positivo); e 6) administração i.p. de 10 ug de EV derivadas de Prevotella histicola. Para as EV, a proteína total foi medida com o uso de ensaios Bio-rad (número Cat 5000205) realizados de acordo com as instruções do fabricante. Em 24 e 48 horas após a provocação com 10 ug de KLH (10 ul em volume), os grupos que recebem Prevotella histicola (células vivas) ou EV derivadas de Prevotella histicola, nos grupos de administração tanto oral como i.p, exibiram menos inflamação que os grupos de veículo (Figuras 3A e 3B). Uma resposta DTH dependente de dose após a injeção i.p. de EV derivadas de Prevotella histicola em 10 µg, 3 µg, 1 µg e 0,1 µg foi observada na redução do inchaço da orelha específico de antígeno (espessura da orelha) 48 horas após a provocação com antígeno em um modelo de camundongo com hipersensibilidade do tipo retardada à base de KLH (Figura 3C).
[00366] Os camundongos foram injetados com KLH e CFA i.d em 4 locais ao longo das costas (50 ug por camundongo de KLH preparado em uma razão de 1:1 com CFA em um volume total de 50 ul por sítio). Os camundongos foram dosados por 9 dias da seguinte forma; 1)
administração oral de PBS anaeróbico (veículo); 2) administração oral de 10 mg de Prevotella histicola; 3) administração oral de 1X109 CFU de biomassa de Prevotella histicola; 4) administração oral de 2,09X108 CFU de biomassa de Prevotella melanogenica; 5) administração oral de 100 ug de EV derivadas de P. histicola; 6) administração oral de 100 ug de EV derivadas de P. melanogenica; e 7) administração i.p. de dexametasona (controle positivo). Para as EV, a proteína total foi medida com o uso de ensaios Bio-rad (número Cat 5000205) realizados de acordo com as instruções do fabricante. Em 24 e 48 horas após a provocação com 10 ug de KLH (10 ul em volume), os grupos que recebem Prevotella histicola (células vivas) ou EV derivadas de Prevotella histicola exibiram menos inflamação que os grupos de veículo (Figuras 8A e 8B). Em 24 e 48 horas após provocação com 10 ug de KLH (10 ul em volume), o grupo que recebe EV derivadas de Prevotella melanogenica exibiu menos inflamação que os grupos de veículo e o grupo que recebe Prevotella melanogenica (células vivas) (Figuras 8A e 8B).
[00367] As formulações de teste foram preparadas para modelo com hipersensibilidade do tipo retardada com base em KLH. O modelo com DTH fornece um mecanismo in vivo para estudar a resposta imunológica mediada por células e a inflamação resultante após exposição a um antígeno específico para o qual os camundongos foram sensibilizados. Diversas variações do modelo com DTH foram usadas e são bem conhecidos na técnica (Irving C. Allen (edição). Mouse Models of Innate Immunity: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology. Volume 1.031, DOI 10.1007/978-1-62703-481- 4_13, Springer Science + Business Media, LLC 2013). Por exemplo, a emulsão de hemocianina de Keyhole Limpet (KLH) e adjuvante completo de Freund (CFA) é recém-preparada no dia de imunização (dia 0). Para essa finalidade, 8 mg de KLH em pó são pesados e são cuidadosamente ressuspensos em 16 ml de solução salina. Uma emulsão é preparada misturando-se a KLH/solução salina com um volume igual de solução de CFA (por exemplo, 10 ml de KLH/solução salina + 10 ml de solução de CFA) com o uso de seringas e um conector luer lock. KLH e CFA são vigorosamente misturados por diversos minutos para formar uma emulsão de cor branca de modo a obter a máxima estabilidade. Um teste de gota é realizado para verificar se uma emulsão homogênea foi obtida, a mistura é continuada até que uma gota intacta permaneça visível na água.
[00368] No dia 0, camundongos C57Bl/6J fêmeas, com aproximadamente 7 semanas de idade, foram preparados com antígeno de KLH em CFA por imunização subcutânea (4 sítios, 50 μl por sítio).
[00369] Dexametasona, um corticoesteroide, é um anti-inflamatório conhecido que melhora as reações a DTH em camundongos, e serve como um controle positivo para suprimir a inflamação nesse modelo (Taube e Carlsten, Action of dexamethasone in the suppression of delayed-type hypersensitivity in reconstituted SCID mice. Inflamm Res.
2000. 49(10): 548 a 552). Para o grupo de controle positivo, uma solução de estoque de 17 mg/ml de dexametasona foi preparada no Dia 0 diluindo-se 6,8 mg de dexametasona em 400 μl de etanol a 96%. Para cada dia de dosagem, uma solução de trabalho é preparada diluindo-se a solução de estoque 100x em PBS estéril para obter uma concentração final de 0,17 mg/ml em um frasco de septo para dosagem intraperitoneal. Camundongos tratados com dexametasona receberam 100 μl de dexametasona i.p. (5 ml/kg de uma solução de 0,17 mg/ml). Sacarose congelada serviu como o controle negativo (veículo). Cepas de Veillonella foram dosadas em 1x1010 CFU p.o. diariamente. Dexametasona (controle positivo), veículo (controle negativo) e Bifidobacterium animalis lactis (10 mg em pó) foram dosados diariamente.
[00370] No dia 8, os camundongos foram provocados por via intradérmica (i.d.) com 10 μg de KLH em solução salina (em um volume de 10 μl) na orelha esquerda. As respostas inflamatórias foram medidas com o uso dos métodos conhecidos na técnica. A espessura do pino da orelha foi medida em 24 horas após provocação com antígeno (Figura 11). Conforme determinado pela espessura da orelha, cepas de Veillonella foram eficazes na supressão da inflamação em comparação com camundongos que receberam veículo isoladamente (comparável ao tratamento com dexametasona).
[00371] A eficácia de cepas de Veillonella pode ser estudada ainda mais com o uso de temporização variadas e doses variadas. Por exemplo, o tratamento com uma composição bacteriana de Veillonella pode ser iniciado em algum momento, próximo ao momento de preparação ou próximo ao momento de provocação com DTH. Por exemplo, Veillonella (1x109 CFU por camundongo por dia) pode ser administrada ao mesmo tempo que as injeções subcutâneas (dia 0), ou administrada antes ou após a injeção intradérmica. Cepas de Veillonella podem ser administradas em doses variadas e em intervalos definidos, e em várias combinações. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com Veillonella em uma faixa entre 1x104 e 5x109 células bacterianas por camundongo. Alguns camundongos recebem uma mistura de cepas. Embora alguns camundongos recebam uma Veillonella através de injeção i.v., outros camundongos podem receber uma Veillonella através de injeção intraperitoneal (i.p.), injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral, administração tópica, injeção intradérmica (i.d.) ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber uma Veillonella todo dia (por exemplo, começando no dia 0), enquanto outros podem receber uma Veillonella em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração.
[00372] Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com agente anti-inflamatório (ou agentes anti-inflamatórios) (por exemplo, anti-CD154, bloqueio de membros da família TNF ou outro tratamento), e/ou um controle adequado (por exemplo, veículo ou anticorpo de controle) em vários pontos no tempo e em doses eficazes.
[00373] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l), ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento. Alguns camundongos imunizados são tratados sem o recebimento de antibióticos.
[00374] Em vários pontos no tempo, amostras séricas são extraídas. Outros grupos de camundongos são sacrificados, e linfonodos, baço, linfonodos mesentéricos (MLN), o intestino delgado, cólon e outros tecidos podem ser removidos para estudos histológicos, análise histológica, de citocina e/ou citométrica de fluxo ex vivo com o uso dos métodos conhecidos na técnica. Alguns camundongos são exsanguinados a partir do plexo orbital sob anestesia com O2/CO2, e ensaios ELISA são realizados.
[00375] Os tecidos podem ser dissociados com o uso de enzimas de dissociação de acordo com as instruções do fabricante. As células são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na arte. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c (células dendríticas), anti-CD80, anti-CD86, anti- CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti-CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de células imunológicas pan CD45, marcadores de células T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4) e marcadores de macrófagos/mieloides (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL- 1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. Análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido e/ou em células imunológicas infiltradas CD45+ purificadas obtidas ex vivo. Finalmente, a imuno-histoquímica é realizada em várias seções de tecido para medir células T, macrófagos, células dendríticas e expressão de proteína na molécula de ponto de verificação.
[00376] Os camundongos foram preparados e confrontados com KLH conforme descrito acima e, após medição do inchaço de orelha em 48 horas, os camundongos foram sacrificados.
[00377] As orelhas foram removidas dos animais sacrificados e colocadas em coquetel de inibidor de protease livre de EDTA frio (Roche). As orelhas foram homogeneizadas com o uso de ruptura de esfera e sobrenadantes analisados para Il-1βpor kit de Luminex (EMD Millipore) como por instruções do fabricante. Os camundongos que foram tratados com 10 µg de EV de P. histicola (i.p.) mostraram níveis de Il-1βcomparáveis àqueles observados no grupo de Dexametasona (controle positivo). (Figura 3D). EV derivadas de P. histicola têm capacidade de suprimir citocinas pró-inflamatórias.
[00378] Além disso, os linfonodos cervicais foram dissociados através de um marcador celular, lavados e manchados para FoxP3
(PE-FJK-16s) e CD25 (FITC-PC61.5) com o uso de métodos conhecidos na técnica (Figura 3E). Os camundongos que foram tratados com 10 µg de EV de P. histicola EV (i.p.) mostraram um aumento em Tregs nos linfonodos cervicais em relação aos camundongos nativos (controle negativo), e comparáveis ao grupo de Dexametasona (controle positivo). EV derivadas de P. histicola têm capacidade de induzir Tregs em linfonodos de drenagem de camundongos confrontados.
[00379] A fim de examinar o impacto e longevidade de proteção de DTH, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser novamente contestados com o antígeno contestador (por exemplo, OVA). Os camundongos são analisados para susceptibilidade a DTH e gravidade de resposta. Exemplo 20: EV em um modelo de camundongo de Diabetes Tipo 1 (T1D)
[00380] A diabetes tipo 1 (T1D) é uma doença autoimune na qual o sistema imunológico alveja as ilhotas de Langerhans do pâncreas, destruindo, dessa maneira, a capacidade do corpo para produzir insulina.
[00381] Esses são diversos modelos de modelos de animal de T1D, conforme analisado por Belle et al. (Mouse models for type 1 diabetes. Drug Discov Today Dis Models. 2009; 6(2): 41 a 45; consulte também Aileen JF King. The use de modelos de animal in diabetes research. Br J Pharmacol. junho de 2012; 166(3): 877 a 894. Esses são modelos para T1D quimicamente induzido, T1D induzido por patógeno, bem como modelos nos quais os camundongos desenvolvem espontaneamente T1D.
[00382] EV são testados para sua eficácia em um modelo de camundongo de T1D, isoladamente ou em combinação com todas as células bacterianas, com ou sem a adição de outros tratamentos anti-
inflamatórios.
[00383] Dependendo do método de indução de T1D e/ou se desenvolvimento de T1D é espontâneo, tratamento com EV é iniciado em algum momento, ou em torno do tempo de indução ou após indução, ou antes do início (ou mediante o início) de T1D de ocorrência espontânea. As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Embora alguns camundongos recebam EV através de injeção i.v., outros camundongos podem receber EV através de injeção intraperitoneal (i.p.), injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia, enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias, ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração.
[00384] Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Assim como com as EV, a administração de células bacterianas pode ser variada em relação à via de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p. ou administração por via nasal.
[00385] Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com tratamentos adicionais e/ou um controle apropriado (por exemplo, veículo ou anticorpo de controle) em diversos pontos no tempo e em doses eficazes.
[00386] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l), ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento. Alguns camundongos imunizados são tratados sem o recebimento de antibióticos.
[00387] A glicose no sangue é monitorada a cada duas semanas antes do começo do experimento. Em diversos pontos no tempo, posteriormente, glicose no sangue sem jejum é medida. Em diversos pontos no tempo, camundongos são sacrificados e sítio do pâncreas, linfonodos, ou outros tecidos pode ser removido para análise ex vivo de histologia, citocina e/ou citometria de fluxo com o uso de métodos conhecidos na técnica. Por exemplo, os tecidos são dissociados com o uso de enzimas de dissociação de acordo com as instruções do fabricante. As células são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na arte. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c (células dendríticas), anti- CD80, anti-CD86, anti-CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti- CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de células imunológicas pan CD45, marcadores de células T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4) e marcadores de macrófagos/mieloides (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas de filtragem de tecido purificadas obtidas ex vivo. Finalmente, a imuno-histoquímica é realizada em várias seções de tecido para medir células T, macrófagos, células dendríticas e expressão de proteína na molécula de ponto de verificação. A produção de anticorpo também pode ser avaliada por ELISA.
[00388] A fim de examina o impacto e longevidade de proteção contra doença, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser novamente confrontados com um desencadeador de doença, ou avaliados para susceptibilidade a relapso. Os camundongos são analisados para susceptibilidade a início de diabetes e gravidade após novo confrontamento (ou relapso de ocorrência espontânea). Exemplo 21: EV em um modelo de camundongo de Colangite Esclerosante Primária (PSC)
[00389] A Colangite Esclerosante Primária (PSC) é uma doença crônica do fígado que danifica lentamente os dutos biliares e leva uma cirrose de fase terminal. A mesma é associada à doença inflamatória intestinal (IBD).
[00390] Há diversos modelos de animal para PSC, conforme analisado por Fickert et al. (Characterization of models of animals for primary sclerosing cholangitis (PSC). J Hepatol. junho de 2014. 60(6):
1.290 a 1.303; consulte também Pollheimer e Fickert. Animal modelos in primary biliary cirrhosis e primary sclerosing cholangitis. Clin Rev Allergy Immunol. junho de 2015. 48(2-3): 207 a 217). A indução de doença em PSC modelos inclui indução química (por exemplo, colangite induzida por 3,5-dietoxicarbonil-1,4-di-hidrocolidina (DDC)), induzida por patógeno (por exemplo, Cryptosporidium parvum), obstrução biliar experimental (por exemplo, ligação de duto biliar comum (CBDL)) e modelo transgênico de camundongo de lesão biliar ocasionada por antígeno (por exemplo, camundongos transgênicos
Ova-Bil). Por exemplo, a ligação de duto biliar é realizada conforme descrito por Georgiev et al. (Characterization of time-related changes after experimental bile duct ligation. Br J Surg. 2008. 95(5): 646 a 656), ou doença é induzida por exposição a DCC, conforme descrito por Fickert et al. (A new xenobiotic-induced mouse model of sclerosing cholangitis and biliary fibrosis. Am J Path. Volume 171(2): 525 a 536.
[00391] EV são testados para sua eficácia em um modelo de camundongo de PSC, isoladamente ou em combinação com todas as células bacterianas, com ou sem a adição de algum outro agente terapêutico. Colangite induzida por DCC
[00392] Por exemplo, camundongos C57bl/6 de 6 a 8 semanas são obtidos a partir de Taconic ou outro vendedor. Os camundongos são alimentados com uma dieta suplementada com 0,1% de DCC por diversas durações. Alguns grupos recebem ração suplementada com DCC por 1 semana, outros por 4 semanas, outros por 8 semanas. Alguns grupos de camundongos podem receber uma dieta suplementada com DCC para uma duração de tempo e, então, podem se recuperar, posteriormente, recebendo uma dieta normal. Esses camundongos podem ser estudados por sua capacidade de se recuperar de doença e/ou sua susceptibilidade a relapso mediante exposição subsequente a DCC. O tratamento com EV é iniciado em algum momento, ou em torno do tempo de alimentação com DCC ou subsequente à exposição inicial a DCC. Por exemplo, EV podem ser administrados no dia 1, ou podem ser administrados posteriormente em outro momento. As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV em 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50, 100 mg de EV por camundongo. Enquanto alguns camundongos recebem EV através de injeção i.v.,
outros camundongos podem receber EV através de injeção i.p., injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral, ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia (por exemplo, começando no dia 1), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou as mesmas podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração. Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Como com as EV, administração de célula bacteriana pode ser variada por meio de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p. ou administração por via nasal. Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com agentes adicionais e/ou um controle apropriado (por exemplo, veículo ou anticorpo) em diversos pontos no tempo e em doses eficazes.
[00393] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l), ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento. Alguns camundongos imunizados são tratados sem o recebimento de antibióticos. Em diversos pontos no tempo, amostras de soro são analisadas para ALT, AP, bilirubina e níveis de ácido de bile de soro (BA).
[00394] Em diversos pontos no tempo, camundongos são sacrificados, peso corporal e de fígado são registrados, e sítios de inflamação (por exemplo, fígado, intestino grosso e delgado, baço), linfonodos, ou outros tecidos podem ser removidos para caracterização histomorfológica ex vivo, citocina e/ou análise de citometria de fluxo com o uso de métodos conhecidos na técnica (consulte Fickert et al. Characterization of models of animal for primary sclerosing cholangitis (PSC)). J Hepatol. 2014. 60(6): 1.290 a 1.303). Por exemplo, dutos biliares são manchados para expressão de ICAM- 1, VCAM-1, MadCAM-1. Alguns tecidos são manchados para examinação histológica, enquanto outros são dissociados com o uso de enzimas de dissociação de acordo com as instruções do fabricante. As células são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na arte. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c (células dendríticas), anti-CD80, anti-CD86, anti-CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti-CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de célula pan-imune CD45, marcadores de célula T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4), e marcadores de macrófago/mieloide (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80), bem como expressão de molécula de adesão (ICAM-1, VCAM-1, MadCAM-1). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL- 1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas filtradas por duto biliar CD45+ purificadas obtidas ex vivo.
[00395] O tecido de fígado é preparado para análise histológica, por exemplo, com o uso de tingimento com vermelho Sirius seguido por quantificação da área fibrótica. No final do tratamento, sangue é coletado para análise de plasma de enzimas de fígado, por exemplo, AST ou ALT, e para determinar níveis de Bilirubina. O teor hepático de Hidroxiprolina pode ser medido com o uso de protocolos estabelecidos. A análise de expressão gênica hepática de inflamação e marcadores de fibrose pode ser realizado por qRT-PCR com o uso de iniciadores validados. Esses marcadores podem incluir, porém sem limitação, MCP-1, alfa-SMA, Coll1a1, e TIMP-. Medições de metabólito podem ser realizadas em plasma, tecido e amostras fecais com o uso de métodos metabolômicos estabelecidos. Finalmente, imuno- histoquímica é realizada em seções de fígado para medir neutrófilos, células T, macrófagos, células dendríticas, ou outros infiltrados de célula imune.
[00396] A fim de examinar o impacto e longevidade de proteção contra doença, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser novamente avaliados com DCC em um tempo posterior. Os camundongos são analisados para susceptibilidade a colangite e gravidade de colangite após nova avaliação. Colangite induzida por BDL
[00397] Alternativamente, EV são testadas para sua eficácia em colangite induzida por BDL. Por exemplo, camundongos C57Bl/6J de 6 a 8 semanas são obtidos a partir de Taconic ou outro vendedor. Após um período de aclimação, os camundongos são submetidos a um procedimento cirúrgico para realizar uma ligação de duto biliar (BDL). Alguns animais de controle recebem uma cirurgia simulada. O procedimento de BDL leva a lesão no fígado, inflamação e fibrose dentro de 7-21 dias.
[00398] O tratamento com EV é iniciado em algum momento, ou em torno do tempo de cirurgia ou algum tempo após a cirurgia. As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Enquanto alguns camundongos recebem EV através de injeção i.v., outros camundongos podem receber EV através de injeção i.p., injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral, ou outros meios de administração. Alguns camundongos recebem EV todo dia (por exemplo, começando no dia 1), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias, ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As mesmas células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou as mesmas podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração. Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Como com as EV, administração de célula bacteriana pode ser variada por meio de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p. ou administração por via nasal. Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com agentes adicionais e/ou um controle apropriado (por exemplo, veículo ou anticorpo) em diversos pontos no tempo e em doses eficazes.
[00399] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l), ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento. Alguns camundongos imunizados são tratados sem o recebimento de antibióticos. Em diversos pontos no tempo, amostras de soro são analisadas para ALT, AP, bilirubina e níveis de ácido de bile de soro (BA).
[00400] Em diversos pontos no tempo, camundongos são sacrificados, peso corporal e de fígado são registrados, e sítios de inflamação (por exemplo, fígado, intestino grosso e delgado, baço), linfonodos, ou outros tecidos podem ser removidos para caracterização histomorfológica ex vivo, citocina e/ou análise de citometria de fluxo com o uso de métodos conhecidos na técnica (consulte Fickert et al. Characterization of models of animal for primary sclerosing cholangitis (PSC)). J Hepatol. 2014. 60(6): 1.290 a 1.303). Por exemplo, dutos biliares são manchados para expressão de ICAM- 1, VCAM-1, MadCAM-1. Alguns tecidos são manchados para examinação histológica, enquanto outros são dissociados com o uso de enzimas de dissociação de acordo com as instruções do fabricante. As células são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na arte. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c (células dendríticas), anti-CD80, anti-CD86, anti-CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti-CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de célula pan-imune CD45, marcadores de célula T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4), e marcadores de macrófago/mieloide (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80), bem como expressão de molécula de adesão (ICAM-1, VCAM-1, MadCAM-1). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL- 1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas filtradas por duto biliar CD45+ purificadas obtidas ex vivo.
[00401] O tecido de fígado é preparado para análise histológica, por exemplo, com o uso de tingimento com vermelho Sirius seguido por quantificação da área fibrótica. No final do tratamento, sangue é coletado para análise de plasma de enzimas de fígado, por exemplo, AST ou ALT, e para determinar níveis de Bilirubina. O teor hepático de Hidroxiprolina pode ser medido com o uso de protocolos estabelecidos. A análise de expressão gênica hepática de inflamação e marcadores de fibrose pode ser realizado por qRT-PCR com o uso de iniciadores validados. Esses marcadores podem incluir, porém sem limitação, MCP-1, alfa-SMA, Coll1a1, e TIMP-. Medições de metabólito podem ser realizadas em plasma, tecido e amostras fecais com o uso de métodos metabolômicos estabelecidos. Finalmente, imuno- histoquímica é realizada em seções de fígado para medir neutrófilos, células T, macrófagos, células dendríticas, ou outros infiltrados de célula imune.
[00402] A fim de examinar o impacto e longevidade de proteção contra doença, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser analisados para recuperação. Exemplo 22: EV em um modelo de camundongo de Esteato-hepatite Não Alcoólica (NASH)
[00403] A esteato-hepatite não alcoólica (NASH) é uma forma grave de Doença Gordurosa Não Alcoólica do Fígado (NAFLD), em que acúmulo de gordura hepática (esteatose) e inflamação levam a lesão de fígado e morte de célula de hepatócito (balonamento).
[00404] Há diversos modelos de animal de NASH, conforme analisado por Ibrahim et al. (Animal models of nonalcoholic steatohepatitis: Eat, Delete, and Inflame. Dig Dis Sci. Maio de 2016. 61(5): 1.325 a 1.336; consulte também Lau et al. Animal models of non-alcoholic fatty liver disease: current perspectives and recent advances, janeiro de 2017. 241(1): 36 a 44).
[00405] EV são testados para sua eficácia em um modelo de camundongo de NASH, isoladamente ou em combinação com todas as células bacterianas, com ou sem a adição de outro agente terapêutico. Por exemplo, camundongos C57Bl/6J de 8-10 semanas, obtidos a partir de Taconic (Germantown, NY), ou outro vendedor, são colocados em uma dieta deficiente de metionina e colina (MCD) por um período de 4-8 semanas durante o qual recursos de NASH se desenvolvem, incluindo esteatose, inflamação, balonamento e fibrose.
[00406] Células bacterianas Prevotella histicola e EVS derivadas de P. histicolasão testadas para sua eficácia em um modelo de camundongo de NASH, isoladamente ou em combinação entre si, em proporções variadas, com ou sem a adição de outro agente terapêutico. Por exemplo, camundongos C57Bl/6J de 8 semanas, obtidos a partir de Charles River (França), ou outro vendedor, foram aclimatados por um período de 5 dias, aleatorizados em grupos de 10 camundongos com base em peso corporal, e colocados em uma dieta deficiente de metionina e colina (MCD), por exemplo, A02082002B de Research Diets (EUA), por um período de 4 semanas durante o qual recursos de NASH se desenvolveram, incluindo esteatose, inflamação, balonamento e fibrose. Os camundongos de mastigação de controle foram alimentados com uma dieta de mastigação normal, por exemplo, RM1 (E) 801492 de SDS Diets (UK). Mastigação de controle, dieta MCD, e água foram fornecidos ad libitum.
[00407] O tratamento com P. histicola vivo, congelado foi iniciado no dia 1 de dieta MCD para alguns camundongos e continuado por 28 dias consecutivos. Alguns camundongos de dieta MCD foram administrados com células bacterianas através de gavagem oral diária de 100 l de uma suspensão que contém 1,47x109 de células bacterianas.
A mastigação de controle e alguns camundongos de dieta MCD permaneceram sem tratamento, enquanto alguns camundongos de dieta MCD foram administrados diariamente com uma solução veículo, através de gavagem oral diária por 28 dias.
Alguns camundongos de dieta MCD foram administrados com o composto de referência e agonista FXR, ácido obeticólico (OCA; controle positivo), em uma dose de 30 mg/kg, através de gavagem oral diária, por 28 dias.
No final do tratamento (dia 28), camundongos são sacrificados e fígado, intestino delgado, teor de lúmen, sangue e fezes, foram removidos para histologia ex vivo, análise bioquímica, molecular ou citocina e/ou citometria de fluxo com o uso de métodos conhecidos na técnica.
Por exemplo, 0,5 cm3 de amostras de fígado foram armazenadas em formalina por 24 horas e, então, em etanol a 4 °C, antes de hematoxilina/eosina (H&E) e tingimento Vermelho Sirius e determinação de pontuação de atividade NASH (NAS). A análise histológica e pontuação foram conduzidas em Histalim (Montpelier, França) de uma maneira às cegas.
Deslizamentos que contêm uma seção de lóbulo hepático manchada ou com H&E ou vermelho Sirius foram digitalizadas com o uso de um NanoZoomer e visualizadas com o uso de visualizador NDP, ambos disponíveis junto à Hamamatsu (Japão). Cada seção foi avaliada e classificada individualmente.
Um sistema de pontuação de NAS adaptado de Kleiner et al. (Design and validation of a histological scoring system for nonalcoholic fatty liver disease.
Hepatology. junho de 2005. 41(6): 1.313 a 1.321) foi usado para determinar o grau de esteatose (pontuação 0 a 3), inflamação lobular (pontuação 0 a 3), balonamento de hepatócito (pontuação 0 a 3), e fibrose (pontuação 0-4). Uma pontuação de camundongo individual NAS foi calculada somando-se as pontuações para esteatose, inflamação, balonamento, e fibrose (pontuação 0 a 13). Além disso, os níveis de plasma AST e ALT foram determinados com o uso de um instrumento Pentra 400 disponível junto à Horiba (EUA), de acordo com instruções do fabricante. Os níveis de colesterol hepático total, triglicerídeos, ácidos graxos, alanina aminotransferase, e aspartato aminotransferase também foram determinados com o uso de métodos conhecidos na técnica.
[00408] Em camundongos que recebem a dieta MCD (indução de NASH), por via oral administrada P. histicola foram eficazes na redução da pontuação de NAS em comparação com veículo e nenhum grupo de tratamento (controles negativos) (Figura 4). P. histicola reduziu esteatose (Figura 5A), inflamação (Figura 5B e Figura 5C), e balonamento (Figura 5D), bem como colesterol hepático total (Figura 6). P. histicola também reduziu a pontuação de fibrose em camundongos tratados (Figura 7A e Figura 7B).
[00409] A Figura 9A mostra efeito de P. histicola em ácidos graxos hepáticos livres em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD, Figura 9B mostra efeito de P. histicola em colesterol hepático total em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD, Figura 9C mostra efeito de P. histicola em triglicerídeos hepáticos em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD, Figura 9D mostra efeito de P. histicola e P. melanogenica em alanina aminotransferase em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD, Figura 9E mostra efeito de P. histicola e P. melanogenica em aspartato aminotransferase em camundongos que foram alimentados com uma dieta MCD.
[00410] Em camundongos que recebem a dieta MCD (indução de NASH), por via oral administrada, P. histicola e P. melanogenica foram eficazes na redução da pontuação de NAS em comparação com veículo e nenhum grupo de tratamento (controles negativos) (Figuras 10A e 10B).
[00411] Em outros estudos, análise de inflamação de expressão gênica hepática, fibrose, esteatose, estresse por ER, ou marcadores de estresse oxidativos pode ser realizada por qRT-PCR com o uso de iniciadores validados. Esses marcadores podem incluir, porém sem limitação, IL-1, TNF-, MCP-1, -SMA, Coll1a1, CHOP, e NRF2.
[00412] O tratamento com EV é iniciado em algum momento, ou no começo da dieta, ou em algum ponto após o começo da dieta (por exemplo, uma semana após). Por exemplo, EV podem ser administradas começando no mesmo dia que a iniciação da dieta MCD. As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Embora alguns camundongos recebam EV através de injeção i.v., outros camundongos podem receber EV através de injeção intraperitoneal (i.p.), injeção subcutânea (s.c.), administração por via nasal, gavagem oral ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia (por exemplo, começando no dia 1), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração.
[00413] Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Assim como com as EV, a administração de células bacterianas pode ser variada em relação à via de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p. ou administração por via nasal.
Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com agente terapêutico (ou agentes terapêuticos) NASH adicional (por exemplo, agonistas de FXR, agonistas de PPAR, antagonistas de CCR2/5 ou outro tratamento) e/ou controle apropriado em diversos pontos no tempo e doses eficazes.
[00414] Em diversos pontos no tempo e/ou no final do tratamento, camundongos são sacrificados e fígado, intestino, sangue, fezes ou outros tecidos podem ser removidos para análise histológica ex vivo, bioquímica, molecular ou citocina e/ou citometria de fluxo com o uso de métodos conhecidos na técnica. Por exemplo, tecidos de fígado são pesados e preparados para análise histológica, que pode compreender tingimento com H&E, Vermelho Sirius e determinação de pontuação de atividade NASH (NAS). Em diversos pontos no tempo, sangue é coletado para análise de plasma de enzimas de fígado, por exemplo, AST ou ALT, com o uso de ensaios padrão. Além disso, o teor hepático de colesterol, triglicerídeos, ou ácidos de ácido graxo podem ser medidos com o uso de protocolos estabelecidos. A análise de expressão gênica hepática de inflamação, fibrose, esteatose, estresse por ER, ou marcadores de estresse oxidativos pode ser realizada por qRT-PCR com o uso de iniciadores validados. Os marcadores podem incluir, porém sem limitação, IL-6, MCP-1, alfa- SMA, Coll1a1, CHOP, e NRF2. Medições de metabólito podem ser realizadas em plasma, tecido e amostras fecais com o uso de métodos metabolômicos à base de espectrometria de massa e bioquímica estabelecidos. As citocinas de soro são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES, e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas filtradas por duto biliar CD45+ purificadas obtidas ex vivo. Finalmente, imuno-histoquímica é realizada em seções de fígado ou intestino para medir neutrófilos, células T, macrófagos, células dendríticas, ou outros infiltrados de célula imune.
[00415] A fim de examinar o impacto e longevidade de proteção contra doença, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser analisados para recuperação. Exemplo 23: EV em um modelo de camundongo de psoríase
[00416] Psoríase é uma doença de pele inflamatória crônica mediada por célula T. A chamada psoríase do "tipo placa" é a forma mais comum de psoríase e é tipificada por escalas secas, placas vermelhas e espessamento da pele devido à infiltração de células imunológicas na derme e epiderme. Diversos modelos de animal contribuíram para o entendimento dessa doença, conforme analisado por Gudjonsson et al. (Mouse models of psoriasis. J Invest Derm.
2007. 127: 1.292 a 1.308; consulte também van der Fits et al. Imiquimod-induced psoriasis-like skin inflammation in mice is mediated via the IL-23/IL-17 axis. J. Immunol. 1 de maio de 2009. 182(9): 5.836 a 5.845).
[00417] A psoríase pode ser induzida em uma variedade de modelos de camundongo, incluindo aqueles que usam modelos transgênicos, knockout, ou xenoenxerto, bem como aplicação tópica de imiquimod (IMQ), um ligante TLR7/8.
[00418] EV são testadas para sua eficácia no modelo de camundongo de psoríase, isoladamente ou em combinação com todas as células bacterianas, com ou sem a adição de outros tratamentos anti-inflamatórios. Por exemplo, camundongos C57Bl/6 ou Balb/c de 6 a 8 semanas são obtidos a partir de Taconic (Germantown, NY), ou outro vendedor. Os camundongos são raspados nas costas e na orelha direita. Grupos de camundongos recebem uma dose tópica diária de 62,5 mg de creme IMQ comercialmente disponível (5%) (Aldara; 3M Pharmaceuticals). A dose é aplicada às áreas raspadas por 5 ou 6 dias consecutivos. Em intervalos regulares, camundongos são classificados para eritema, escalonamento e espessamento em uma escala de 0 a 4, conforme descrito por van der Fits et al. (2009). Os camundongos são monitorados para espessura da orelha com o uso de um micrômetro Mitutoyo.
[00419] O tratamento com EV é iniciado em algum momento, ou em torno do tempo da primeira aplicação de IMQ, ou algum subsequente. Por exemplo, EV podem ser administradas ao mesmo tempo que as injeções subcutâneas (dia 0), ou as mesmas podem ser administradas antes de, ou mediante a aplicação. As EV são administradas em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos são injetados por via intravenosa com EV a 15, 20 ou 15 ug/camundongo. Outros camundongos podem receber 25, 50 ou 100 mg de EV por camundongo. Enquanto alguns camundongos recebem EV através de injeção i.v., outros camundongos podem receber EV através de injeção intraperitoneal (i.p.), administração por via nasal, gavagem oral, administração tópica, injeção intradermal (i.d.), injeção subcutânea (s.c.) ou outros meios de administração. Alguns camundongos podem receber EV todo dia (por exemplo, começando no dia 0), enquanto outros podem receber EV em intervalos alternados (por exemplo, a cada dois dias ou uma vez a cada três dias). Grupos adicionais de camundongos podem receber alguma razão entre células bacterianas e EV. As células bacterianas podem estar vivas, mortas ou enfraquecidas. As células bacterianas podem ser coletadas frescas (ou congeladas) e administradas, ou podem ser irradiadas ou exterminadas por calor antes da administração.
[00420] Por exemplo, alguns grupos de camundongos podem receber entre 1x104 e 5x109 células bacterianas em uma administração separada ou misturada com a administração de EV. Assim como com as EV, a administração de células bacterianas pode ser variada em relação à via de administração, dose e cronograma. Isso pode incluir gavagem oral, injeção i.v., injeção i.p., injeção i.d., injeção s.c., administração tópica, ou administração por via nasal.
[00421] Alguns grupos de camundongos podem ser tratados com agente anti-inflamatório (ou agentes anti-inflamatórios) (por exemplo, anti-CD154, bloqueio de membros da família TNF ou outro tratamento), e/ou um controle adequado (por exemplo, veículo ou anticorpo de controle) em vários pontos no tempo e em doses eficazes.
[00422] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l), ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento. Alguns camundongos imunizados são tratados sem o recebimento de antibióticos.
[00423] Em diversos pontos no tempo, amostras da pele das costas e orelha são tomadas por análise de tingimento de criosecção com o uso de métodos conhecidos na técnica. Outros grupos de camundongos são sacrificados, e linfonodos, baço, linfonodos mesentéricos (MLN), o intestino delgado, cólon e outros tecidos podem ser removidos para estudos histológicos, análise histológica, de citocina e/ou citométrica de fluxo ex vivo com o uso dos métodos conhecidos na técnica. Alguns tecidos podem ser dissociados com o uso de enzimas de dissociação de acordo com as instruções do fabricante. As amostras de criosecção, as amostras de tecido, ou células obtidas ex vivo são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na técnica. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c (células dendríticas), anti- CD80, anti-CD86, anti-CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti- CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de células imunológicas pan CD45, marcadores de células T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4) e marcadores de macrófagos/mieloides (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas, incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas filtradas por pele CD45+ purificadas obtidas ex vivo. Finalmente, a imuno-histoquímica é realizada em várias seções de tecido para medir células T, macrófagos, células dendríticas e expressão de proteína na molécula de ponto de verificação.
[00424] A fim de examinar o impacto e longevidade de proteção contra psoríase, em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser estudados para avaliar recuperação, ou os mesmos podem ser analisados novamente com IMQ. Os grupos de camundongos novamente analisados são analisados para susceptibilidade à psoríase e gravidade de resposta. Exemplo 24: Condições de fabricação
[00425] Meios enriquecidos são usados para cultivar e preparar a bactéria para uso in vitro e in vivo. Por exemplo, os meios podem conter açúcar, extratos de levedura, peptonas à base de planta, tampões, sais, elementos vestigiais, tensoativos, agentes antiformação de espuma e vitaminas. A composição de componentes complexos, como extratos de levedura e peptonas pode ser indefinida ou parcialmente definida (incluindo concentrações aproximadas de aminoácidos, açúcares etc.). O metabolismo microbiano pode ser dependente da disponibilidade de recursos, como carbono e nitrogênio. Diversos açúcares ou outras fontes de carbono podem ser testados. Alternativamente, os meios podem ser preparados e as bactéria selecionadas cultivadas conforme mostrado por Saarela et al., J. Applied Microbiology. 2005. 99: 1.330 a 1.339, que é aqui incorporado a título de referência. A influência do tempo de fermentação, crioprotetor e neutralização de concentrado celular sobre a sobrevida de secagem por congelamento, estabilidade de armazenamento e exposição a ácido e bile da bactéria selecionada produzida sem ingredientes à base de leite.
[00426] Em grande escala, o meio é esterilizado. A esterilização pode ser processamento em Temperatura Ultra Alta (UHT). O processamento UHT é realizado em temperatura muito alta por períodos de tempo curtos. A faixa de UHT pode ser de 135 a 180 °C. Por exemplo, o meio pode ser esterilizado entre 10 a 30 segundos a 135 °C.
[00427] O inóculo pode ser preparado em frascos ou em biorreatores menores e o crescimento é monitorado. Por exemplo, o tamanho de inóculo pode estar entre aproximadamente 0,5 e 3% do volume total do biorreator. Dependendo da aplicação e necessidade de material, o biorreator volume pode ter pelo menos 2 l, 10 l, 80 l, 100 l, 250 l, 1.000 l, 2.500 l, 5.000 l, 10.000 l.
[00428] Antes da inoculação, o biorreator é preparado com meio em pH, temperatura e concentração de oxigênio desejados. O pH inicial do meio de cultura pode ser diferente do ponto de ajuste de processo. O estresse por pH pode ser prejudicial em baixa concentração celular; o pH inicial poderia estar entre pH 7,5 e o ponto de ajuste de processo. Por exemplo, o pH pode ser ajustado entre 4,5 e 8,0. Durante a fermentação, o pH pode ser controlado através do uso de hidróxido de sódio, hidróxido de potássio ou hidróxido de amônio. A temperatura pode ser controlada de 25 °C a 45 °C, por exemplo, a 37 °C. As condições anaeróbicas são criadas reduzindo-se o nível de oxigênio no caldo de cultura de cerca de 8 mg/l a 0 mg/l. Por exemplo, nitrogênio ou misturas de gás (N2, CO2 e H2) podem ser usados a fim de estabelecer condições anaeróbicas. Alternativamente, nenhum gás é usado e condições anaeróbicas são estabelecidas por células que consomem o oxigênio restante do meio. Dependendo da cepa e tamanho de inóculo, o tempo de fermentação em biorreator pode variar. Por exemplo, o tempo de fermentação pode variar de aproximadamente 5 horas a 48 horas.
[00429] Reviver micróbios de um estado congelado pode exigir considerações especiais. O meio de produção pode estressar células após um descongelamento; um meio de descongelamento específico pode ser necessário para iniciar consistentemente uma série de sementes de material descongelado. A cinética de transferência ou passagem de material de semente a meio fresco, para os propósitos de aumentar o volume de semente ou manter o estado de crescimento microbiano, pode ser influenciada pelo estado atual dos micróbios (por exemplo, crescimento exponencial, crescimento estacionário, sem estresse, com estresse).
[00430] A inoculação do fermentador (ou fermentadores) de produção pode impactar a cinética de crescimento e a atividade celular. O estado inicial do sistema de biorreator precisa ser otimizado para facilitar a produção bem-sucedida e consistente. A fração entre cultura de semente e o meio total (por exemplo, uma porcentagem) tem um impacto drástico sobre a cinética de crescimento. A faixa pode ser 1 a 5% do volume de trabalho do fermentador. O pH inicial do meio de cultura pode ser diferente do ponto de ajuste de processo. O estresse por pH pode ser prejudicial em baixa concentração celular; o pH inicial pode estar entre pH 7,5 e o ponto de ajuste de processo. A agitação e o fluxo de gás no sistema durante a inoculação podem ser diferentes dos pontos de ajuste do processo. Estresses físicos e químicos devido a ambas as condições podem ser prejudiciais em concentração celular baixa.
[00431] As condições de processo e configurações de controle podem influenciar a cinética de crescimento microbiano e atividade celular. Os deslocamentos em condições de processo podem alterar a composição da membrana, a produção de metabólitos, taxa de crescimento, estresse celular, etc. A faixa de temperatura ideal para crescimento pode variar com a cepa. A faixa pode ser 20 a 40 C. O pH ideal para crescimento e desempenho de atividade a jusante pode variar com a cepa. A faixa pode ser pH 5 a 8. Os gases dissolvidos no meio podem ser usados por células para metabolismo. Pode ser necessário ajustar as concentrações de O2, CO2 e N2 por todo o processo. A disponibilidade de nutrientes pode se deslocar o crescimento celular. Os micróbios podem ter cinética alternativa quando nutrientes em excesso estão disponíveis.
[00432] O estado de micróbios na extremidade de uma fermentação e durante a coleta pode impactar a sobrevida e a atividade celulares. Os micróbios podem ser precondicionados brevemente antes da coleta para preparar melhor os mesmos para os estresses físicos e químicos envolvidos na separação e processamento a jusante. Uma alteração em temperatura (frequentemente reduzindo a 20 a 5 C) pode reduzir o metabolismo celular, retardando o crescimento (e/ou morte) e alteração fisiológica quando removida do fermentador. A efetividade de concentração centrífuga pode ser influenciada pelo pH da cultura. Elevar o pH em 1 a 2 pontos pode melhorar a eficácia de concentração, mas pode ser também prejudicial às células. Os micróbios podem ser estressados brevemente antes da coleta por aumento da concentração de sais e/ou açúcares no meio. As células estressadas dessa forma podem sobreviver melhor ao congelamento e liofilização durante a jusante.
[00433] Os métodos e tecnologia de separação podem impactar em quão eficientemente os micróbios são separados do meio de cultura. Os sólidos podem ser removidos com o uso de técnicas de centrifugação. A efetividade de concentração centrífuga pode ser influenciada por pH de cultura ou com o uso de agentes de floculação. Elevar o pH em 1 a 2 pontos pode melhorar a eficácia de concentração, mas pode ser também prejudicial às células. Os micróbios podem ser estressados brevemente antes da coleta por aumento da concentração de sais e/ou açúcares no meio. As células estressadas dessa forma podem sobreviver melhor ao congelamento e liofilização durante a jusante. Adicionalmente, micróbios podem ser também separados por meio de filtração. A filtração é superior às técnicas de centrifugação para purificação se as células exigirem g minutos para centrifugação bem-sucedida. Os excipientes podem ser adicionados antes da separação. Os excipientes podem ser adicionados para crioproteção ou para proteção durante a liofilização. Os excipientes podem incluir, porém sem limitação, sacarose, trealose ou lactose, e os mesmos podem ser alternativamente misturados com tampão e antioxidantes. Antes da liofilização, gotículas de aglomerados celulares misturadas com excipientes são submersas em nitrogênio líquido.
[00434] A coleta pode ser realizada por centrifugação contínua. O produto pode ser ressuspensa com vários excipientes até uma concentração final desejada. Os excipientes podem ser adicionados para crioproteção ou para proteção durante a liofilização. Os excipientes podem incluir, porém sem limitação, sacarose, trealose ou lactose, e os mesmos podem ser alternativamente misturados com tampão e antioxidantes. Antes da liofilização, gotículas de aglomerados celulares misturadas com excipientes são submersas em nitrogênio líquido.
[00435] A liofilização de material, incluindo bactérias vivas, começa com a secagem primária. Durante a fase de secagem primária, o gelo é removido. Aqui, um vácuo é gerado e uma quantidade adequada de calor é fornecida ao material para o gelo sublimar. Durante a fase de secagem secundária, as moléculas de água ligadas a produto são removidas. Aqui, a temperatura é elevada até ser mais alta que na fase de secagem primária para quebrar quaisquer interações físico- químicas que se formaram entre as moléculas de água e o material de produto. A pressão pode ser também reduzida adicionalmente para aumentar a dessorção durante esse estágio. Após o processo de secagem por congelamento ser concluído, a câmara pode ser preenchida com um gás inerte, tal como nitrogênio. O produto pode ser vedado dentro do secador por congelamento sob condições secas, impedindo a exposição à água atmosférica e contaminantes. Exemplo 25: Um modelo de melanoma de camundongo
[00436] Camundongos C57Bl/6 fêmeas com 6 a 8 semanas de idade são obtidas junto à Taconic (Germantown, NY). 100.000 células tumorais B16-F10 (ATCC CRL-6475) são ressuspensas em PBS estéril contendo 50% de Matrigel e inoculadas em um volume final de 100 ul em um flanco traseiro (o primeiro flanco) de cada camundongo. O tratamento com cepas de Veillonella é iniciado em algum ponto após a inoculação de células tumorais em doses variadas e em intervalos definidos. Por exemplo, alguns camundongos recebem entre 1 a 5x10^9 CFU (100 μl de volume final) por dose. As possíveis vias de administração incluem gavagem oral (p.o.), injeção intravenosa, injeção intratumoral (IT) ou injeção peritumoral ou subtumoral ou subcutânea. A fim de avaliar os efeitos antitumorais sistêmicos de tratamento com Veillonella, camundongos adicionais podem ser inoculados com células tumorais no flanco contralateral (não tratado, segundo) antes do tratamento IT, peritumoral ou subtumoral com Veillonella no primeiro flanco.
[00437] Alguns camundongos podem receber Veillonella (p.o.) no dia 1 (o dia após a injeção de célula tumoral). Outros camundongos podem receber sete (7) doses consecutivas de uma cepa bacteriana (uma dose por dia nos dias 14 a 21). Outros camundongos recebem dosagem diária ou, alternativamente, alguns camundongos recebem dosagem em dias alternados. Alternativamente, os camundongos são randomizados em vários grupos de tratamento em um ponto no tempo definido (por exemplo, no dia 13) ou quando os tumores atingem um certo tamanho (por exemplo, 100 mm3) e o tratamento é, então, iniciado consequentemente. Por exemplo, quando os volumes tumorais atingem uma média de 100 mm3 (aproximadamente 10 a 12 dias após a inoculação de célula tumoral), os animais são distribuídos em grupos e tratados com veículo ou uma cepa bacteriana (p.o. ou IT). Alguns grupos adicionais de camundongos podem ser tratados com um terapêutico contra câncer adicional ou anticorpo de controle adequado. Um exemplo de um terapêutico contra câncer que pode ser administrado é um inibidor de um ponto de verificação imunológico, por exemplo, anti-PD-1, anti-PD-L1, ou outro tratamento que bloqueia a ligação de um ponto de verificação imunológico a seu ligante (ou ligantes). Os inibidores de ponto de verificação anti-PD-1 e anti-PD-L1 podem ser formulados em PBS e administrados por via intraperitoneal (i.p.) em doses efetivas. Por exemplo, os camundongos receberam 100 ug de anti-PD-1 (i.p.) a cada quatro dias, começando no dia 1, e continuando pela duração do estudo.
[00438] Além disso, alguns camundongos são tratados com antibióticos antes do tratamento. Por exemplo, vancomicina (0,5 g/l),
ampicilina (1,0 g/l), gentamicina (1,0 g/l) e anfotericina B (0,2 g/l) são adicionadas à água potável, e o tratamento com antibiótico é suspenso no momento do tratamento ou poucos dias antes do tratamento. Alguns camundongos são inoculados com células tumorais sem receber tratamento anterior com antibióticos.
[00439] Em vários pontos no tempo, os camundongos são sacrificados, e os tumores, linfonodos ou outros tecidos podem ser removidos por análise citométrica de fluxo ex vivo com o uso dos métodos conhecidos na técnica. Por exemplo, os tumores são dissociados com o uso de um coquetel de enzimas de dissociação de tumor de Miltenyi de acordo com as instruções do fabricante. Os pesos tumorais são registados e os tumores são cortados e, então, colocados em tubos de 15 ml contendo o coquetel de enzimas e colocados em gelo. As amostras são, então, colocadas em um agitador suave a 37 °C por 45 minutos e bruscamente arrefecidas com até 15 ml de RPMI completo. Cada suspensão de células é coada através de um filtro de 70 μm em um tubo falcon de 50 ml e centrifugada a 1.000 rpm por 10 minutos. As células são suspensas em tampão FACS e lavadas para remover os detritos restantes. Se necessário, as amostras são coadas novamente através de um segundo filtro de 70 μm em um novo tubo. As células são manchadas para análise por citometria de fluxo com o uso de técnicas conhecidas na arte. Os anticorpos de manchamento podem incluir anti-CD11c (células dendríticas), anti-CD80, anti-CD86, anti-CD40, anti-MHCII, anti-CD8a, anti-CD4 e anti-CD103. Outros marcadores que podem ser analisados incluem marcador de células imunológicas pan CD45, marcadores de células T (CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Rorgamat, Granzima B, CD69, PD-1, CTLA-4) e marcadores de macrófagos/mieloides (CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1). Além da imunofenotipagem, citocinas séricas são analisadas,
incluindo, porém sem limitação, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES e MCP-1. A análise de citocina pode ser realizada em células imunológicas obtidas a partir de linfonodos ou outro tecido, e/ou em células imunológicas infiltradas no tumor CD45+ purificadas obtidas ex vivo. Finalmente, a imuno-histoquímica é realizada em seções de tumor para medir células T, macrófagos, células dendríticas e expressão de proteína na molécula de ponto de verificação.
[00440] Em vez de serem sacrificados, alguns camundongos podem ser desafiados novamente com injeção de célula tumoral no flanco contralateral (ou outra área) para determinar o impacto da resposta de memória do sistema imunológico’ sobre o crescimento tumoral.
[00441] Nos camundongos que receberam a dieta MCD (que induz NASH), Veillonella administrada por via oral foi eficaz na redução da pontuação de NAS em comparação com os grupos de veículo e sem tratamento (controles negativos) (Figura 16). Veillonella reduziu a pontuação de fibrose em camundongos tratados (Figura 17). Veillonella reduziu o colesterol hepático total (Figura 18) e os triglicerídeos hepáticos (Figura 19). Exemplo 26: Um modelo de carcinoma colorretal
[00442] Camundongos Balb/c fêmeas com 6 a 8 semanas de idade foram obtidas junto à Taconic (Germantown, NY). 100.000 células tumorais colorretais CT-26 c(ATCC CRL-2638) foram ressuspensas em PBS estéril e inoculadas na presença de 50% de Matrigel. As células tumorais CT-26 foram injetadas por via subcutânea em um flanco traseiro de cada camundongo. Quando os volumes tumorais atingiram uma média de 100 mm3 (aproximadamente 10 a 12 dias após a inoculação de células tumorais), os animais foram distribuídos nos seguintes grupos: 1) Veículo; 2) Cepas de Veillonella 3) anticorpo anti-PD-1. Os anticorpos foram administrados por via intraperitoneal (i.p.) a 200 µg/camundongo (100 µl de volume final) a cada quatro dias, começando no dia 1, por um total de 3 vezes (Q4Dx3) e EV de Veillonella (5 µg) foram injetados por via intravenosa (i.v.) todo terceiro dia, começando no dia 1 por um total de 4 vezes (Q3Dx4). Ambos is grupos Veillonella mostraram inibição de crescimento tumoral maior que aquela vista no grupo anti-PD-1 (Figuras 12 e 13).
[00443] Outro exemplo, quando os volumes tumorais atingiram uma média de 100 mm3 (aproximadamente 10 a 12 dias após a inoculação de células tumorais), os animais foram distribuídos nos seguintes grupos: 1) Veículo; 2) Burkholderia pseudomallei; e 3) anticorpo anti- PD-1. Os anticorpos foram administrados por via intraperitoneal (i.p.) a 200 µg/camundongo (100 µl de volume final) a cada quatro dias, começando no dia 1, e EV de Burkholderia pseudomallei (5 µg) foram injetadas por via intravenosa (i.v.) diariamente, começando no dia 1 até a conclusão do estudo. O grupo Burkholderia pseudomallei mostrou inibição do crescimento tumoral maior que aquela observada no grupo anti-PD-1 (Figuras 20 e 21).
[00444] Outro exemplo, quando os volumes tumorais atingiram uma média de 100 mm3 (aproximadamente 10 a 12 dias após a inoculação de células tumorais), os animais foram distribuídos nos seguintes grupos: 1) Veículo; 2) Evs de Neisseria Meningitidis isoladas da vacina Bexsero®; e 3) anticorpo anti-PD-1. Os anticorpos foram administrados por via intraperitoneal (i.p.) a 200 ug/camundongo (100 ul de volume final) a cada quatro dias, começando no dia 1, e bactérias Neisseria Meningitidis (cerca de 1,1x102) foram administradas por via intraperitoneal (i.p.) diariamente, começando no dia 1 até a conclusão do estudo. O grupo Neisseria Meningitidis mostrou inibição do crescimento tumoral maior que aquela observada no grupo anti-PD-1 (Figuras 22 e 23). Tabela 4. Teste de significância que compara o tumoral nos grupos de tratamento vs. grupos de controle no dia 11. Teste T (bicaudal, não pareado, corrigido por Welch) calculado em GraphPad. Comparação Valor P Sumário Veículo IP vs. Evs de 0,0004 *** Neisseria Meningitidis.
Exemplo 27: A eficácia de EV varia com base no micróbio fonte, dose e via de administração
[00445] Camundongos Balb/c fêmeas com 6 a 8 semanas de idade foram obtidas junto à Taconic (Germantown, NY). 100.000 células tumorais colorretais CT-26 c(ATCC CRL-2638) foram ressuspensas em PBS estéril e inoculadas na presença de 50% de Matrigel. As células tumorais CT-26 foram injetadas por via subcutânea em um flanco traseiro de cada camundongo. Quando os volumes tumorais atingiram uma média de 100 mm3 (aproximadamente 10 a 12 dias após a inoculação de células tumorais), os animais foram distribuídos nos grupos a seguir conforme destacado na Tabela 5. Tabela 5: Grupos de Tratamento Grupo Tratamento Dose/Via/Cronograma 1 Veículo IV (PBS) N/A / IV / Q3Dx4 2 Veículo PO (sacarose) N/A / PO / QD 3 Anti-PD-1 200 µg / IP / Q4Dx3 4 EV de Veillonella parvula 10 µg / IV / Q3Dx4 5 EV de Veillonella parvula 5 µg / IV / Q3Dx4 6 EV de Veillonella parvula 2 µg / IV / Q3Dx4 7 Veillonella tobetsuensis EV 75 µg / PO. QD 8 Veillonella tobetsuensis EV 5 µg / IV / Q3Dx4
[00446] Conforme indicado na tabela, os anticorpos foram administrados por via intraperitoneal (i.p.) a 200 µg/camundongo (100 µl de volume final) a cada quatro dias, começando no dia 1, por um total de 3 vezes (Q4Dx3) e EV quando administrados por via intravenosa (i.v.) receberam injeção todo terceiro dia, começando no dia 1 por um total de 4 vezes (Q3Dx4). Os grupos de tratamento administrados por mês (p.o.) foram administrados diariamente (QD). A eficácia de EV de Veillonella varia com base no micróbio fonte, dose e via de administração (Figuras 14 e 15). Incorporação a Título de Referência
[00447] Todas as publicações e pedidos de patente mencionados no presente documento são incorporados ao presente documento a título de referência em sua totalidade como se cada publicação individual ou pedido de patente fosse específica e individualmente indicado estando incorporado a título de referência. Em caso de conflito, prevalecerá o presente pedido, incluindo as definições no presente documento. Equivalentes
[00448] Os versados na técnica reconhecerão, ou serão capazes de determinar usando não mais do que a experimentação de rotina, muitos equivalentes das modalidades específicas da invenção descrita neste documento. Tais equivalentes são destinados a serem abrangidos pelas reivindicações a seguir.

Claims (161)

REIVINDICAÇÕES
1. Composição farmacêutica caracterizada pelo fato de que compreende vesículas extracelulares (EV) bacterianas isoladas.
2. Composição farmacêutica caracterizada pelo fato de que compreende vesículas extracelulares bacterianas (EV) e bactérias.
3. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que pelo menos, cerca de ou não mais que 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% das partículas totais de EV ou bactérias na composição farmacêutica são EV.
4. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que pelo menos, cerca de ou não mais que 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% das partículas totais de EV ou bactérias na composição farmacêutica são bactérias.
5. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que pelo menos, cerca de ou não mais que 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% da proteína total de EV e bactérias na composição farmacêutica é proteína de EV.
6. Em algumas modalidades, pelo menos, cerca de ou não mais que 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% da proteína total de EV e bactérias na composição farmacêutica é uma proteína de bactérias.
7. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que pelo menos, cerca de ou não mais que 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%,
72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% dos lipídios totais de EV e bactérias na composição farmacêutica são lipídios de EV.
8. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que pelo menos, cerca de ou não mais que 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% dos lipídios totais de EV e bactérias na composição farmacêutica são lipídios de bactérias.
9. Composição farmacêutica caracterizada pelo fato de que compreende bactérias isoladas das EV.
10. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 2 a 9, caracterizada pelo fato de que a composição compreende bactérias vivas, mortas ou debilitadas.
11. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 10, caracterizada pelo fato de que as EV e/ou bactérias são de Abiotrophia defectiva, Abiotrophia para_adiacens, Abiotrophia sp. clone oral P4PA_155 P1, Acetanaerobacterium elongatum, Acetivibrio cellulolyticus, Acetivibrio ethanolgignens, Acetobacter aceti, Acetobacter fabarum, Acetobacter lovaniensis, Acetobacter malorum, Acetobacter orientalis, Acetobacter pasteurianus, Acetobacter pomorum, Acetobacter syzygii, Acetobacter tropicalis, Acetobacteraceae bacterium A_5844, Acholeplasma laidlawii, Achromobacter denitrificans, Achromobacter piechaudii, Achromobacter xylosoxidans, Acidaminococcus fermentans, Acidaminococcus intestini, Acidaminococcus sp.
D21, Acidilobus saccharovorans, Acidithiobacillus ferrivorans, Acidovorax sp. 98_63833, Acinetobacter baumannii, Acinetobacter calcoaceticus, Acinetobacter genomosp.
C1, Acinetobacter haemolyticus, Acinetobacter johnsonii, Acinetobacter junii, Acinetobacter lwoffii, Acinetobacter parvus, Acinetobacter radioresistens, Acinetobacter schindleri, Acinetobacter sp. 56A1, Acinetobacter sp.
CIP 101934, Acinetobacter sp.
CIP 102143, Acinetobacter sp.
CIP 53,82, Acinetobacter sp.
M16_22, Acinetobacter sp.
RUH2624, Acinetobacter sp.
SH024, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Actinobacillus minor, Actinobacillus pleuropneumoniae, Actinobacillus succinogenes, Actinobacillus ureae, Actinobaculum massiliae, Actinobaculum schaalii, Actinobaculum sp.
M L#101342, Actinobaculum sp.
P2P_19 P1, Actinomyces cardiffensis, Actinomyces europaeus, Actinomyces funkei, Actinomyces genomosp.
C1, Actinomyces genomosp.
C2, Actinomyces genomosp.
P1 clone oral MB6_C03, Actinomyces georgiae, Actinomyces israelii, Actinomyces massiliensis, Actinomyces meyeri, Actinomyces naeslundii, Actinomyces nasicola, Actinomyces neuii, Actinomyces odontolyticus, Actinomyces oricola, Actinomyces orihominis, Actinomyces oris, Actinomyces sp. 7400942, Actinomyces sp. c109, Actinomyces sp.
CCUG 37290, Actinomyces sp.
ChDC B197, Actinomyces sp.
GEJ15, Actinomyces sp.
HKU31, Actinomyces sp.
ICM34, Actinomyces sp.
ICM41, Actinomyces sp.
ICM47, Actinomyces sp.
ICM54, Actinomyces sp.
M2231_94_1, Actinomyces sp. clone oral GU009, Actinomyces sp. clone oral GU067, Actinomyces sp. clone oral IO076, Actinomyces sp. clone oral IO077, Actinomyces sp. clone oral IP073, Actinomyces sp. clone oral IP081, Actinomyces sp. clone oral JA063, Actinomyces sp. táxon oral 170, Actinomyces sp.
táxon oral 171, Actinomyces sp. táxon oral 178, Actinomyces sp. táxon oral 180, Actinomyces sp. táxon oral 848, Actinomyces sp. táxon oral C55, Actinomyces sp.
TeJ5, Actinomyces urogenitalis, Actinomyces viscosus, Adlercreutzia equolifaciens, Aerococcus sanguinicola, Aerococcus urinae, Aerococcus urinaeequi, Aerococcus viridans, Aeromicrobium marinum, Aeromicrobium sp.
JC14, Aeromonas allosaccharophila, Aeromonas enteropelogenes, Aeromonas hydrophila, Aeromonas jandaei, Aeromonas salmonicida, Aeromonas trota, Aeromonas veronii, Prevotella jejuni, Prevotella aurantiaca, Prevotella baroniae, Prevotella colorans, Prevotella corporis, Prevotella dentasini, Prevotella enoeca, Prevotella falsenii, Prevotella fusca, Prevotella heparinolytica, Prevotella loescheii, Prevotella multisaccharivorax, Prevotella nanceiensis, Prevotella oryzae, Prevotella paludivivens, Prevotella pleuritidis, Prevotella ruminicola, Prevotella saccharolytica, Prevotella scopos, Prevotella shahii, Prevotella zoogleoformans, Afipia genomosp. 4, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Aggregatibacter aphrophilus, Aggregatibacter segnis, Agrobacterium radiobacter, Agrobacterium tumefaciens, Agrococcus jenensis, Akkermansia muciniphila, Alcaligenes faecalis, Alcaligenes sp.
CO14, Alcaligenes sp.
S3, Alicyclobacillus acidocaldarius, Alicyclobacillus acidoterrestris, Alicyclobacillus contaminans, Alicyclobacillus cycloheptanicus, Alicyclobacillus herbarius, Alicyclobacillus pomorum, Alicyclobacillus sp.
CCUG 53762, Alistipes finegoldii, Alistipes indistinctus, Alistipes onderdonkii, Alistipes putredinis, Alistipes shahii, Alistipes sp.
HGB5, Alistipes sp.
JC50, Alistipes sp.
RMA 9912, Alkaliphilus metalliredigenes, Alkaliphilus oremlandii, Alloscardovia omnicolens, Alloscardovia sp.
OB7196, Anaerobaculum hydrogeniformans, Anaerobiospirillum succiniciproducens, Anaerobiospirillum thomasii, Anaerococcus hydrogenalis, Anaerococcus lactolyticus, Anaerococcus octavius,
Anaerococcus prevotii, Anaerococcus sp. 8404299, Anaerococcus sp. 8405254, Anaerococcus sp. 9401487, Anaerococcus sp. 9403502, Anaerococcus sp. gpac104, Anaerococcus sp. gpac126, Anaerococcus sp. gpac155, Anaerococcus sp. gpac199, Anaerococcus sp. gpac215, Anaerococcus tetradius, Anaerococcus vaginalis, Anaerofustis stercorihominis, Anaeroglobus geminatus, Anaerosporobacter mobilis, Anaerostipes caccae, Anaerostipes sp. 3_2_56FAA, Anaerotruncus colihominis, Anaplasma marginale, Anaplasma phagocytophilum, Aneurinibacillus aneurinilyticus, Aneurinibacillus danicus, Aneurinibacillus migulanus, Aneurinibacillus terranovensis, Aneurinibacillus thermoaerophilus, Anoxybacillus contaminans, Anoxybacillus flavithermus, Arcanobacterium haemolyticum, Arcanobacterium pyogenes, Arcobacter butzleri, Arcobacter cryaerophilus, Arthrobacter agilis, Arthrobacter arilaitensis, Arthrobacter bergerei, Arthrobacter globiformis, Arthrobacter nicotianae, Atopobium minutum, Atopobium parvulum, Atopobium rimae, Atopobium sp.
BS2, Atopobium sp.
F0209, Atopobium sp.
ICM42b10, Atopobium sp.
ICM57, Atopobium vaginae, Aurantimonas coralicida, Aureimonas altamirensis, Auritibacter ignavus, Averyella dalhousiensis, Bacillus aeolius, Bacillus aerophilus, Bacillus aestuarii, Bacillus alcalophilus, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus anthracis, Bacillus atrophaeus, Bacillus badius, Bacillus cereus, Bacillus circulans, Bacillus clausii, Bacillus coagulans, Bacillus firmus, Bacillus flexus, Bacillus fordii, Bacillus gelatini, Bacillus halmapalus, Bacillus halodurans, Bacillus herbersteinensis, Bacillus horti, Bacillus idriensis, Bacillus lentus, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus nealsonii, Bacillus niabensis, Bacillus niacini, Bacillus pocheonensis, Bacillus pumilus, Bacillus safensis, Bacillus simplex, Bacillus sonorensis, Bacillus sp. 10403023 MM10403188, Bacillus sp. 2_A_57_CT2, Bacillus sp. 2008724126, Bacillus sp. 2008724139,
Bacillus sp. 7_16AIA, Bacillus sp. 9_3AIA, Bacillus sp.
AP8, Bacillus sp.
B27(2008), Bacillus sp.
BT1B_CT2, Bacillus sp.
GB1,1, Bacillus sp.
GB9, Bacillus sp.
HU19,1, Bacillus sp.
HU29, Bacillus sp.
HU33,1, Bacillus sp.
JC6, Bacillus sp. táxon oral F26, Bacillus sp. táxon oral F28, Bacillus sp. táxon oral F79, Bacillus sp.
SRC_DSF1, Bacillus sp.
SRC_DSF10, Bacillus sp.
SRC_DSF2, Bacillus sp.
SRC_DSF6, Bacillus sp. tc09, Bacillus sp. zh168, Bacillus sphaericus, Bacillus sporothermodurans, Bacillus subtilis, Bacillus thermoamylovorans, Bacillus thuringiensis, Bacillus weihenstephanensis, Bacteroidales bacterium ph8, Bacteroidales genomosp.
P1, Bacteroidales genomosp.
P2 clone oral MB1_G13, Bacteroidales genomosp.
P3 clone oral MB1_G34, Bacteroidales genomosp.
P4 clone oral MB2_G17, Bacteroidales genomosp.
P5 clone oral MB2_P04, Bacteroidales genomosp.
P6 clone oral MB3_C19, Bacteroidales genomosp.
P7 clone oral MB3_P19, Bacteroidales genomosp.
P8 clone oral MB4_G15, Bacteroides acidifaciens, Bacteroides barnesiae, Bacteroides caccae, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Bacteroides coagulans, Bacteroides coprocola, Bacteroides coprophilus, Bacteroides dorei, Bacteroides eggerthii, Bacteroides faecis, Bacteroides finegoldii, Bacteroides fluxus, Bacteroides fragilis, Bacteroides galacturonicus, Bacteroides helcogenes, Bacteroides heparinolyticus, Bacteroides intestinalis, Bacteroides massiliensis, Bacteroides nordii, Bacteroides oleiciplenus, Bacteroides ovatus, Bacteroides pectinophilus, Bacteroides plebeius, Bacteroides pyogenes, Bacteroides salanitronis, Bacteroides salyersiae, Bacteroides sp. 1_1_14, Bacteroides sp. 1_1_30, Bacteroides sp. 1_1_6, Bacteroides sp. 2_1_22, Bacteroides sp. 2_1_56FAA, Bacteroides sp. 2_2_4, Bacteroides sp. 20_3, Bacteroides sp. 3_1_19, Bacteroides sp. 3_1_23, Bacteroides sp. 3_1_33FAA, Bacteroides sp. 3_1_40A, Bacteroides sp. 3_2_5, Bacteroides sp. 315_5, Bacteroides sp. 31SF15, Bacteroides sp. 31SF18, Bacteroides sp. 35AE31, Bacteroides sp. 35AE37, Bacteroides sp. 35BE34, Bacteroides sp. 35BE35, Bacteroides sp. 4_1_36, Bacteroides sp. 4_3_47FAA, Bacteroides sp. 9_1_42FAA, Bacteroides sp.
AR20, Bacteroides sp.
AR29, Bacteroides sp.
B2, Bacteroides sp.
D1, Bacteroides sp.
D2, Bacteroides sp.
D20, Bacteroides sp.
D22, Bacteroides sp.
F_4, Bacteroides sp.
NB_8, Bacteroides sp.
WH2, Bacteroides sp.
XB12B, Bacteroides sp.
XB44A, Bacteroides stercoris, Bacteroides thetaiotaomicron, Bacteroides uniformis, Bacteroides ureolyticus, Bacteroides vulgatus, Bacteroides xylanisolvens, Bacteroidetes bacterium táxon oral D27, Bacteroidetes bacterium táxon oral F31, Bacteroidetes bacterium táxon oral F44, Barnesiella intestinihominis, Barnesiella viscericola, Bartonella bacilliformis, Bartonella grahamii, Bartonella henselae, Bartonella quintana, Bartonella tamiae, Bartonella washoensis, Bdellovibrio sp.
MPA, Bifidobacteriaceae genomosp.
C1, Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium angulatum, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium breve, Bifidobacterium catenulatum, Bifidobacterium dentium, Bifidobacterium gallicum, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium kashiwanohense, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium pseudocatenulatum, Bifidobacterium pseudolongum, Bifidobacterium scardovii, Bifidobacterium sp.
HM2, Bifidobacterium sp.
HMLN12, Bifidobacterium sp.
M45, Bifidobacterium sp.
MSX5B, Bifidobacterium sp.
TM_7, Bifidobacterium thermophilum, Bifidobacterium urinalis, Bilophila wadsworthia, Bisgaard Taxon, Bisgaard Taxon, Bisgaard Taxon, Bisgaard Taxon, Blastomonas natatoria, Blautia coccoides, Blautia glucerasea, Blautia glucerasei, Blautia hansenii, Blautia hydrogenotrophica, Blautia luti, Blautia producta, Blautia schinkii, Blautia sp.
M25, Blautia stercoris, Blautia wexlerae, Bordetella bronchiseptica, Bordetella holmesii, Bordetella parapertussis,
Bordetella pertussis, Borrelia afzelii, Borrelia burgdorferi, Borrelia crocidurae, Borrelia duttonii, Borrelia garinii, Borrelia hermsii, Borrelia hispanica, Borrelia persica, Borrelia recurrentis, Borrelia sp.
NE49, Borrelia spielmanii, Borrelia turicatae, Borrelia valaisiana, Brachybacterium alimentarium, Brachybacterium conglomeratum, Brachybacterium tyrofermentans, Brachyspira aalborgi, Brachyspira pilosicoli, Brachyspira sp.
HIS3, Brachyspira sp.
HIS4, Brachyspira sp.
HIS5, Brevibacillus agri, Brevibacillus brevis, Brevibacillus centrosporus, Brevibacillus choshinensis, Brevibacillus invocatus, Brevibacillus laterosporus, Brevibacillus parabrevis, Brevibacillus reuszeri, Brevibacillus sp. phR, Brevibacillus thermoruber, Brevibacterium aurantiacum, Brevibacterium casei, Brevibacterium epidermidis, Brevibacterium frigoritolerans, Brevibacterium linens, Brevibacterium mcbrellneri, Brevibacterium paucivorans, Brevibacterium sanguinis, Brevibacterium sp.
H15, Brevibacterium sp.
JC43, Brevundimonas subvibrioides, Brucella abortus, Brucella canis, Brucella ceti, Brucella melitensis, Brucella microti, Brucella ovis, Brucella sp. 83_13, Brucella sp.
BO1, Brucella suis, Bryantella formatexigens, Buchnera aphidicola, Bulleidia extructa, Burkholderia ambifaria, Burkholderia cenocepacia, Burkholderia cepacia, Burkholderia mallei, Burkholderia multivorans, Burkholderia oklahomensis, Burkholderia pseudomallei, Burkholderia rhizoxinica, Burkholderia sp. 383, Burkholderia xenovorans, Burkholderiales bacterium 1_1_47, Butyricicoccus pullicaecorum, Butyricimonas virosa, Butyrivibrio crossotus, Butyrivibrio fibrisolvens, Caldimonas manganoxidans, Caminicella sporogenes, Campylobacter coli, Campylobacter concisus, Campylobacter curvus, Campylobacter fetus, Campylobacter gracilis, Campylobacter hominis, Campylobacter jejuni, Campylobacter lari, Campylobacter rectus, Campylobacter showae, Campylobacter sp.
FOBRC14, Campylobacter sp.
FOBRC15,
Campylobacter sp. clone oral BB120, Campylobacter sputorum, Campylobacter upsaliensis, Candidatus Arthromitus sp.
SFB_mouse_Yit, Candidatus Sulcia muelleri, Capnocytophaga canimorsus, Capnocytophaga genomosp.
C1, Capnocytophaga gingivalis, Capnocytophaga granulosa, Capnocytophaga ochracea, Capnocytophaga sp.
GEJ8, Capnocytophaga sp. clone oral AH015, Capnocytophaga sp. clone oral ASCH05, Capnocytophaga sp. clone oral ID062, Capnocytophaga sp. cepa oral A47ROY, Capnocytophaga sp. cepa oral S3, Capnocytophaga sp. táxon oral 338, Capnocytophaga sp.
S1l, Capnocytophaga sputigena, Cardiobacterium hominis, Cardiobacterium valvarum, Carnobacterium divergens, Carnobacterium maltaromaticum, Catabacter hongkongensis, Catenibacterium mitsuokai, Catonella genomosp.
P1 clone oral MB5_P12, Catonella morbi, Catonella sp. clone oral FL037, Cedecea davisae, Cellulosimicrobium funkei, Cetobacterium somerae, Chlamydia muridarum, Chlamydia psittaci, Chlamydia trachomatis, Chlamydiales bacterium NS11, Chlamydiales bacterium NS13, Chlamydiales bacterium NS16, Chlamydophila pecorum, Chlamydophila pneumoniae, Chlamydophila psittaci, Chloroflexi genomosp.
P1, Christensenella minuta, Chromobacterium violaceum, Chryseobacterium anthropi, Chryseobacterium gleum, Chryseobacterium hominis, Citrobacter amalonaticus, Citrobacter braakii, Citrobacter farmeri, Citrobacter freundii, Citrobacter gillenii, Citrobacter koseri, Citrobacter murliniae, Citrobacter rodentium, Citrobacter sedlakii, Citrobacter sp. 30_2, Citrobacter sp.
KMSI_3, Citrobacter werkmanii, Citrobacter youngae, Cloacibacillus evryensis, Clostridiaceae bacterium END_2, Clostridiaceae bacterium JC13, Clostridiales bacterium 1_7_47FAA, Clostridiales bacterium 9400853, Clostridiales bacterium 9403326, Clostridiales bacterium clone oral P4PA_66 P1, Clostridiales bacterium táxon oral 093, Clostridiales bacterium táxon oral F32, Clostridiales bacterium ph2, Clostridiales bacterium SY8519, Clostridiales genomosp.
BVAB3, Clostridiales sp.
SM4_1, Clostridiales sp.
SS3_4, Clostridiales sp.
SSC_2, Clostridium acetobutylicum, Clostridium aerotolerans, Clostridium aldenense, Clostridium aldrichii, Clostridium algidicarnis, Clostridium algidixylanolyticum, Clostridium aminovalericum, Clostridium amygdalinum, Clostridium argentinense, Clostridium asparagiforme, Clostridium baratii, Clostridium bartlettii, Clostridium beijerinckii, Clostridium bifermentans, Clostridium bolteae, Clostridium botulinum, Clostridium butyricum, Clostridium cadaveris, Clostridium carboxidivorans, Clostridium carnis, Clostridium celatum, Clostridium celerecrescens, Clostridium cellulosi, Clostridium chauvoei, Clostridium citroniae, Clostridium clariflavum, Clostridium clostridiiformes, Clostridium clostridioforme, Clostridium coccoides, Clostridium cochlearium, Clostridium cocleatum, Clostridium colicanis, Clostridium colinum, Clostridium difficile, Clostridium disporicum, Clostridium estertheticum, Clostridium fallax, Clostridium favososporum, Clostridium felsineum, Clostridium frigidicarnis, Clostridium gasigenes, Clostridium ghonii, Clostridium glycolicum, Clostridium glycyrrhizinilyticum, Clostridium haemolyticum, Clostridium hathewayi, Clostridium hiranonis, Clostridium histolyticum, Clostridium hylemonae, Clostridium indolis, Clostridium innocuum, Clostridium irregulare, Clostridium isatidis, Clostridium kluyveri, Clostridium lactatifermentans, Clostridium lavalense, Clostridium leptum, Clostridium limosum, Clostridium magnum, Clostridium malenominatum, Clostridium mayombei, Clostridium methylpentosum, Clostridium nexile, Clostridium novyi, Clostridium orbiscindens, Clostridium oroticum, Clostridium paraputrificum, Clostridium perfringens, Clostridium phytofermentans, Clostridium piliforme, Clostridium putrefaciens, Clostridium quinii, Clostridium ramosum, Clostridium rectum,
Clostridium saccharogumia, Clostridium saccharolyticum, Clostridium sardiniense, Clostridium sartagoforme, Clostridium scindens, Clostridium septicum, Clostridium sordellii, Clostridium sp. 7_2_43FAA, Clostridium sp.
D5, Clostridium sp.
HGF2, Clostridium sp.
HPB_46, Clostridium sp.
JC122, Clostridium sp.
L2_50, Clostridium sp.
LMG 16094, Clostridium sp.
M62_1, Clostridium sp.
MLG055, Clostridium sp.
MT4 E, Clostridium sp.
NMBHI_1, Clostridium sp.
NML 04A032, Clostridium sp.
SS2_1, Clostridium sp.
SY8519, Clostridium sp.
TM_40, Clostridium sp.
YIT 12069, Clostridium sp.
YIT 12070, Clostridium sphenoides, Clostridium spiroforme, Clostridium sporogenes, Clostridium sporosphaeroides, Clostridium stercorarium, Clostridium sticklandii, Clostridium straminisolvens, Clostridium subterminale, Clostridium sulfidigenes, Clostridium symbiosum, Clostridium tertium, Clostridium tetani, Clostridium thermocellum, Clostridium tyrobutyricum, Clostridium viride, Clostridium xylanolyticum, Collinsella aerofaciens, Collinsella intestinalis, Collinsella stercoris, Collinsella tanakaei, Comamonadaceae bacterium NML000135, Comamonadaceae bacterium NML790751, Comamonadaceae bacterium NML910035, Comamonadaceae bacterium NML910036, Comamonadaceae bacterium táxon oral F47, Comamonas sp.
NSP5, Conchiformibius kuhniae, Coprobacillus cateniformis, Coprobacillus sp. 29_1, Coprobacillus sp.
D7, Coprococcus catus, Coprococcus comes, Coprococcus eutactus, Coprococcus sp.
ART55_1, Coriobacteriaceae bacterium BV3Ac1, Coriobacteriaceae bacterium JC110, Coriobacteriaceae bacterium phI, Corynebacterium accolens, Corynebacterium ammoniagenes, Corynebacterium amycolatum, Corynebacterium appendicis, Corynebacterium argentoratense, Corynebacterium atypicum, Corynebacterium aurimucosum, Corynebacterium bovis, Corynebacterium canis, Corynebacterium casei, Corynebacterium confusum, Corynebacterium coyleae,
Corynebacterium diphtheriae, Corynebacterium durum, Corynebacterium efficiens, Corynebacterium falsenii, Corynebacterium flavescens, Corynebacterium genitalium, Corynebacterium glaucum, Corynebacterium glucuronolyticum, Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium hansenii, Corynebacterium imitans, Corynebacterium jeikeium, Corynebacterium kroppenstedtii, Corynebacterium lipophiloflavum, Corynebacterium macginleyi, Corynebacterium mastitidis, Corynebacterium matruchotii, Corynebacterium minutissimum, Corynebacterium mucifaciens, Corynebacterium propinquum, Corynebacterium pseudodiphtheriticum, Corynebacterium pseudogenitalium, Corynebacterium pseudotuberculosis, Corynebacterium pyruviciproducens, Corynebacterium renale, Corynebacterium resistens, Corynebacterium riegelii, Corynebacterium simulans, Corynebacterium singulare, Corynebacterium sp. 1 ex ovelha, Corynebacterium sp.
L_2012475, Corynebacterium sp.
NML 93_0481, Corynebacterium sp.
NML 97_0186, Corynebacterium sp.
NML 99_0018, Corynebacterium striatum, Corynebacterium sundsvallense, Corynebacterium tuberculostearicum, Corynebacterium tuscaniae, Corynebacterium ulcerans, Corynebacterium urealyticum, Corynebacterium ureicelerivorans, Corynebacterium variabile, Corynebacterium xerosis, Coxiella burnetii, Cronobacter malonaticus, Cronobacter sakazakii, Cronobacter turicensis, Cryptobacterium curtum, Cupriavidus metallidurans, Cytophaga xylanolytica, Deferribacteres sp. clone oral JV001, Deferribacteres sp. clone oral JV006, Deferribacteres sp. clone oral JV023, Deinococcus radiodurans, Deinococcus sp.
R_43890, Delftia acidovorans, Dermabacter hominis, Dermacoccus sp.
Ellin185, Desmospora activa, Desmospora sp. 8437, Desulfitobacterium frappieri, Desulfitobacterium hafniense, Desulfobulbus sp. clone oral CH031, Desulfotomaculum nigrificans, Desulfovibrio desulfuricans, Desulfovibrio fairfieldensis,
Desulfovibrio piger, Desulfovibrio sp. 3_1_syn3, Desulfovibrio vulgaris, Dialister invisus, Dialister micraerophilus, Dialister microaerophilus, Dialister pneumosintes, Dialister propionicifaciens, Dialister sp. táxon oral 502, Dialister succinatiphilus, Dietzia natronolimnaea, Dietzia sp.
BBDP51, Dietzia sp.
CA149, Dietzia timorensis, Dorea formicigenerans, Dorea longicatena, Dysgonomonas gadei, Dysgonomonas mossii, Edwardsiella tarda, Eggerthella lenta, Eggerthella sinensis, Eggerthella sp. 1_3_56FAA, Eggerthella sp.
HGA1, Eggerthella sp.
YY7918, Ehrlichia chaffeensis, Eikenella corrodens, Enhydrobacter aerosaccus, Enterobacter aerogenes, Enterobacter asburiae, Enterobacter cancerogenus, Enterobacter cloacae, Enterobacter cowanii, Enterobacter hormaechei, Enterobacter sp. 247BMC, Enterobacter sp. 638, Enterobacter sp.
JC163, Enterobacter sp.
SCSS, Enterobacter sp.
TSE38, Enterobacteriaceae bacterium 9_2_54FAA, Enterobacteriaceae bacterium CF01Ent_1, Enterobacteriaceae bacterium Smarlab 3302238, Enterococcus avium, Enterococcus caccae, Enterococcus casseliflavus, Enterococcus durans, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus gallinarum, Enterococcus gilvus, Enterococcus hawaiiensis, Enterococcus hirae, Enterococcus italicus, Enterococcus mundtii, Enterococcus raffinosus, Enterococcus sp.
BV2CASA2, Enterococcus sp.
CCRI_16620, Enterococcus sp.
F95, Enterococcus sp.
RfL6, Enterococcus thailandicus, Eremococcus coleocola, Erysipelothrix inopinata, Erysipelothrix rhusiopathiae, Erysipelothrix tonsillarum, Erysipelotrichaceae bacterium 3_1_53, Erysipelotrichaceae bacterium 5_2_54FAA, Escherichia albertii, Escherichia coli, Escherichia fergusonii, Escherichia hermannii, Escherichia sp. 1_1_43, Escherichia sp. 4_1_40B, Escherichia sp.
B4, Escherichia vulneris, Ethanoligenens harbinense, Eubacteriaceae bacterium P4P_50 P4, Eubacterium barkeri, Eubacterium biforme, Eubacterium brachy, Eubacterium budayi, Eubacterium callanderi, Eubacterium cellulosolvens, Eubacterium contortum, Eubacterium coprostanoligenes, Eubacterium cylindroides, Eubacterium desmolans, Eubacterium dolichum, Eubacterium eligens, Eubacterium fissicatena, Eubacterium hadrum, Eubacterium hallii, Eubacterium infirmum, Eubacterium limosum, Eubacterium moniliforme, Eubacterium multiforme, Eubacterium nitritogenes, Eubacterium nodatum, Eubacterium ramulus, Eubacterium rectale, Eubacterium ruminantium, Eubacterium saburreum, Eubacterium saphenum, Eubacterium siraeum, Eubacterium sp. 3_1_31, Eubacterium sp.
AS15l, Eubacterium sp.
OBRC9, Eubacterium sp. clone oral GI038, Eubacterium sp. clone oral IR009, Eubacterium sp. clone oral JH012, Eubacterium sp. clone oral JI012, Eubacterium sp. clone oral JN088, Eubacterium sp. clone oral JS001, Eubacterium sp. clone oral OH3A, Eubacterium sp.
WAL 14571, Eubacterium tenue, Eubacterium tortuosum, Eubacterium ventriosum, Eubacterium xylanophilum, Eubacterium yurii, Ewingella americana, Exiguobacterium acetylicum, Facklamia hominis, Faecalibacterium prausnitzii, Filifactor alocis, Filifactor villosus, Finegoldia magna, Flavobacteriaceae genomosp.
C1, Flavobacterium sp.
NF2_1, Flavonifractor plautii, Flexispira rappini, Flexistipes sinusarabici, Francisella novicida, Francisella philomiragia, Francisella tularensis, Fulvimonas sp.
NML 060897, Fusobacterium canifelinum, Fusobacterium genomosp.
C1, Fusobacterium genomosp.
C2, Fusobacterium gonidiaformans, Fusobacterium mortiferum, Fusobacterium naviforme, Fusobacterium necrogenes, Fusobacterium necrophorum, Fusobacterium nucleatum, Fusobacterium periodonticum, Fusobacterium russii, Fusobacterium sp. 1_1_41FAA, Fusobacterium sp. 11_3_2, Fusobacterium sp. 12_1B, Fusobacterium sp. 2_1_31, Fusobacterium sp. 3_1_27, Fusobacterium sp. 3_1_33, Fusobacterium sp. 3_1_36A2, Fusobacterium sp. 3_1_5R,
Fusobacterium sp.
AC18, Fusobacterium sp.
ACB2, Fusobacterium sp.
AS2, Fusobacterium sp.
CM1, Fusobacterium sp.
CM21, Fusobacterium sp.
CM22, Fusobacterium sp.
D12, Fusobacterium sp. clone oral ASCF06, Fusobacterium sp. clone oral ASCF11, Fusobacterium ulcerans, Fusobacterium varium, Gardnerella vaginalis, Gemella haemolysans, Gemella morbillorum, Gemella morbillorum, Gemella sanguinis, Gemella sp. clone oral ASCE02, Gemella sp. clone oral ASCF04, Gemella sp. clone oral ASCF12, Gemella sp.
WAL 1945J, Gemmiger formicilis, Geobacillus kaustophilus, Geobacillus sp.
E263, Geobacillus sp.
WCH70, Geobacillus stearothermophilus, Geobacillus thermocatenulatus, Geobacillus thermodenitrificans, Geobacillus thermoglucosidasius, Geobacillus thermoleovorans, Geobacter bemidjiensis, Gloeobacter violaceus, Gluconacetobacter azotocaptans, Gluconacetobacter diazotrophicus, Gluconacetobacter entanii, Gluconacetobacter europaeus, Gluconacetobacter hansenii, Gluconacetobacter johannae, Gluconacetobacter oboediens, Gluconacetobacter xylinus, Gordonia bronchialis, Gordonia polyisoprenivorans, Gordonia sp.
KTR9, Gordonia sputi, Gordonia terrae, Gordonibacter pamelaeae, Gordonibacter pamelaeae, Gracilibacter thermotolerans, Gramella forsetii, Granulicatella adiacens, Granulicatella elegans, Granulicatella paradiacens, Granulicatella sp.
M658_99_3, Granulicatella sp. clone oral ASC02, Granulicatella sp. clone oral ASCA05, Granulicatella sp. clone oral ASCB09, Granulicatella sp. clone oral ASCG05, Grimontia hollisae, Haematobacter sp.
BC14248, Haemophilus aegyptius, Haemophilus ducreyi, Haemophilus genomosp.
P2 clone oral MB3_C24, Haemophilus genomosp.
P3 clone oral MB3_C38, Haemophilus haemolyticus, Haemophilus influenzae, Haemophilus parahaemolyticus, Haemophilus parainfluenzae, Haemophilus paraphrophaemolyticus, Haemophilus parasuis, Haemophilus somnus,
Haemophilus sp. 70334, Haemophilus sp.
HK445, Haemophilus sp. clone oral ASCA07, Haemophilus sp. clone oral ASCG06, Haemophilus sp. clone oral BJ021, Haemophilus sp. clone oral BJ095, Haemophilus sp. clone oral JM053, Haemophilus sp. táxon oral 851, Haemophilus sputorum, Hafnia alvei, Halomonas elongata, Halomonas johnsoniae, Halorubrum lipolyticum, Helicobacter bilis, Helicobacter canadensis, Helicobacter cinaedi, Helicobacter pullorum, Helicobacter pylori, Helicobacter sp.
None, Helicobacter winghamensis, Heliobacterium modesticaldum, Herbaspirillum seropedicae, Herbaspirillum sp.
JC206, Histophilus somni, Holdemania filiformis, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, Hyperthermus butylicus, Hyphomicrobium sulfonivorans, Hyphomonas neptunium, Ignatzschineria indica, Ignatzschineria sp.
NML 95_0260, Ignicoccus islandicus, Inquilinus limosus, Janibacter limosus, Janibacter melonis, Janthinobacterium sp.
SY12, Johnsonella ignava, Jonquetella anthropi, Kerstersia gyiorum, Kingella denitrificans, Kingella genomosp.
P1 clone oral MB2_C20, Kingella kingae, Kingella oralis, Kingella sp. clone oral ID059, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella sp.
AS10, Klebsiella sp.
Co9935, Klebsiella sp. clone da cultura de enriquecimento SRC_DSD25, Klebsiella sp.
OBRC7, Klebsiella sp.
SP_BA, Klebsiella sp.
SRC_DSD1, Klebsiella sp.
SRC_DSD11, Klebsiella sp.
SRC_DSD12, Klebsiella sp.
SRC_DSD15, Klebsiella sp.
SRC_DSD2, Klebsiella sp.
SRC_DSD6, Klebsiella variicola, Kluyvera ascorbata, Kluyvera cryocrescens, Kocuria marina, Kocuria palustris, Kocuria rhizophila, Kocuria rosea, Kocuria varians, Lachnobacterium bovis, Lachnospira multipara, Lachnospira pectinoschiza, Lachnospiraceae bacterium 1_1_57FAA, Lachnospiraceae bacterium 1_4_56FAA, Lachnospiraceae bacterium 2_1_46FAA, Lachnospiraceae bacterium 2_1_58FAA, Lachnospiraceae bacterium 3_1_57FAA_CT1, Lachnospiraceae bacterium 4_1_37FAA,
Lachnospiraceae bacterium 5_1_57FAA, Lachnospiraceae bacterium 5_1_63FAA, Lachnospiraceae bacterium 6_1_63FAA, Lachnospiraceae bacterium 8_1_57FAA, Lachnospiraceae bacterium 9_1_43BFAA, Lachnospiraceae bacterium A4, Lachnospiraceae bacterium DJF VP30, Lachnospiraceae bacterium ICM62, Lachnospiraceae bacterium MSX33, Lachnospiraceae bacterium táxon oral 107, Lachnospiraceae bacterium táxon oral F15, Lachnospiraceae genomosp.
C1, Lactobacillus acidipiscis, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus alimentarius, Lactobacillus amylolyticus, Lactobacillus amylovorus, Lactobacillus antri, Lactobacillus brevis, Lactobacillus buchneri, Lactobacillus casei, Lactobacillus catenaformis, Lactobacillus coleohominis, Lactobacillus coryniformis, Lactobacillus crispatus, Lactobacillus curvatus, Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus dextrinicus, Lactobacillus farciminis, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus gasseri, Lactobacillus gastricus, Lactobacillus genomosp.
C1, Lactobacillus genomosp.
C2, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus hilgardii, Lactobacillus hominis, Lactobacillus iners, Lactobacillus jensenii, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus kalixensis, Lactobacillus kefiranofaciens, Lactobacillus kefiri, Lactobacillus kimchii, Lactobacillus leichmannii, Lactobacillus mucosae, Lactobacillus murinus, Lactobacillus nodensis, Lactobacillus oeni, Lactobacillus oris, Lactobacillus parabrevis, Lactobacillus parabuchneri, Lactobacillus paracasei, Lactobacillus parakefiri, Lactobacillus pentosus, Lactobacillus perolens, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus pontis, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus rogosae, Lactobacillus ruminis, Lactobacillus sakei, Lactobacillus salivarius, Lactobacillus saniviri, Lactobacillus senioris, Lactobacillus sp. 66c, Lactobacillus sp.
BT6, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0701, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0702, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0703, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0704, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0705, Lactobacillus sp.
KLDS
1,0707, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0709, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0711, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0712, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0713, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0716, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0718, Lactobacillus sp.
KLDS 1,0719, Lactobacillus sp. clone oral HT002, Lactobacillus sp. clone oral HT070, Lactobacillus sp. táxon oral 052, Lactobacillus tucceti, Lactobacillus ultunensis, Lactobacillus vaginalis, Lactobacillus vini, Lactobacillus vitulinus, Lactobacillus zeae, Lactococcus garvieae, Lactococcus lactis, Lactococcus raffinolactis, Lactonifactor longoviformis, Laribacter hongkongensis, Lautropia mirabilis, Lautropia sp. clone oral AP009, Legionella hackeliae, Legionella longbeachae, Legionella pneumophila, Legionella sp.
D3923, Legionella sp.
D4088, Legionella sp.
H63, Legionella sp.
NML 93L054, Legionella steelei, Leminorella grimontii, Leminorella richardii, Leptospira borgpetersenii, Leptospira broomii, Leptospira interrogans, Leptospira licerasiae, Leptotrichia buccalis, Leptotrichia genomosp.
C1, Leptotrichia goodfellowii, Leptotrichia hofstadii, Leptotrichia shahii, Leptotrichia sp. neutropenicPatient, Leptotrichia sp. clone oral GT018, Leptotrichia sp. clone oral GT020, Leptotrichia sp. clone oral HE012, Leptotrichia sp. clone oral IK040, Leptotrichia sp. clone oral P2PB_51 P1, Leptotrichia sp. táxon oral 223, Leuconostoc carnosum, Leuconostoc citreum, Leuconostoc gasicomitatum, Leuconostoc inhae, Leuconostoc kimchii, Leuconostoc lactis, Leuconostoc mesenteroides, Leuconostoc pseudomesenteroides, Listeria grayi, Listeria innocua, Listeria ivanovii, Listeria monocytogenes, Listeria welshimeri, Luteococcus sanguinis, Lutispora thermophila, Lysinibacillus fusiformis, Lysinibacillus sphaericus, Macrococcus caseolyticus, Mannheimia haemolytica, Marvinbryantia formatexigens, Massilia sp.
CCUG 43427A, Megamonas funiformis, Megamonas hypermegale, Megasphaera elsdenii, Megasphaera genomosp.
C1, Megasphaera genomosp. type_1, Megasphaera micronuciformis, Megasphaera sp.
BLPYG_07, Megasphaera sp.
UPII 199_6, Metallosphaera sedula, Methanobacterium formicicum, Methanobrevibacter acididurans, Methanobrevibacter arboriphilus, Methanobrevibacter curvatus, Methanobrevibacter cuticularis, Methanobrevibacter filiformis, Methanobrevibacter gottschalkii, Methanobrevibacter millerae, Methanobrevibacter olleyae, Methanobrevibacter oralis, Methanobrevibacter ruminantium, Methanobrevibacter smithii, Methanobrevibacter thaueri, Methanobrevibacter woesei, Methanobrevibacter wolinii, Methanosphaera stadtmanae, Methylobacterium extorquens, Methylobacterium podarium, Methylobacterium radiotolerans, Methylobacterium sp. 1sul, Methylobacterium sp.
MM4, Methylocella silvestris, Methylophilus sp.
ECd5, Microbacterium chocolatum, Microbacterium flavescens, Microbacterium gubbeenense, Microbacterium lacticum, Microbacterium oleivorans, Microbacterium oxydans, Microbacterium paraoxydans, Microbacterium phyllosphaerae, Microbacterium schleiferi, Microbacterium sp. 768, Microbacterium sp. cepa oral C24KA, Microbacterium testaceum, Micrococcus antarcticus, Micrococcus luteus, Micrococcus lylae, Micrococcus sp. 185, Microcystis aeruginosa, Mitsuokella jalaludinii, Mitsuokella multacida, Mitsuokella sp. táxon oral 521, Mitsuokella sp. táxon oral G68, Mobiluncus curtisii, Mobiluncus mulieris, Moellerella wisconsensis, Mogibacterium diversum, Mogibacterium neglectum, Mogibacterium pumilum, Mogibacterium timidum, Mollicutes bacterium pACH93, Moorella thermoacetica, Moraxella catarrhalis, Moraxella lincolnii, Moraxella osloensis, Moraxella sp. 16285, Moraxella sp.
GM2, Morganella morganii, Morganella sp.
JB_T16, Morococcus cerebrosus, Moryella indoligenes, Mycobacterium abscessus, Mycobacterium africanum, Mycobacterium alsiensis, Mycobacterium avium, Mycobacterium chelonae, Mycobacterium colombiense,
Mycobacterium elephantis, Mycobacterium gordonae, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium lacus, Mycobacterium leprae, Mycobacterium lepromatosis, Mycobacterium mageritense, Mycobacterium mantenii, Mycobacterium marinum, Mycobacterium microti, Mycobacterium neoaurum, Mycobacterium parascrofulaceum, Mycobacterium paraterrae, Mycobacterium phlei, Mycobacterium seoulense, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium sp. 1761, Mycobacterium sp. 1776, Mycobacterium sp. 1781, Mycobacterium sp. 1791, Mycobacterium sp. 1797, Mycobacterium sp.
AQ1GA4, Mycobacterium sp.
B10_07,09,0206, Mycobacterium sp.
GN_10546, Mycobacterium sp.
GN_10827, Mycobacterium sp.
GN_11124, Mycobacterium sp.
GN_9188, Mycobacterium sp.
GR_2007_210, Mycobacterium sp.
HE5, Mycobacterium sp.
NLA001000736, Mycobacterium sp.
W, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycobacterium vulneris, Mycoplasma agalactiae, Mycoplasma amphoriforme, Mycoplasma arthritidis, Mycoplasma bovoculi, Mycoplasma faucium, Mycoplasma fermentans, Mycoplasma flocculare, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Mycoplasma orale, Mycoplasma ovipneumoniae, Mycoplasma penetrans, Mycoplasma pneumoniae, Mycoplasma putrefaciens, Mycoplasma salivarium, Mycoplasmataceae genomosp.
P1 clone oral MB1_G23, Myroides odoratimimus, Myroides sp.
MY15, Neisseria bacilliformis, Neisseria cinerea, Neisseria elongata, Neisseria flavescens, Neisseria genomosp.
P2 clone oral MB5_P15, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria lactamica, Neisseria macacae, Neisseria meningitidis, Neisseria mucosa, Neisseria pharyngis, Neisseria polysaccharea, Neisseria sicca, Neisseria sp.
KEM232, Neisseria sp. clone oral AP132, Neisseria sp. clone oral JC012, Neisseria sp. cepa oral B33KA, Neisseria sp. táxon oral 014, Neisseria sp.
SMC_A9199, Neisseria sp.
TM10_1, Neisseria subflava, Neorickettsia risticii,
Neorickettsia sennetsu, Nocardia brasiliensis, Nocardia cyriacigeorgica, Nocardia farcinica, Nocardia puris, Nocardia sp. 01_Je_025, Nocardiopsis dassonvillei, Novosphingobium aromaticivorans, Oceanobacillus caeni, Oceanobacillus sp.
Ndiop, Ochrobactrum anthropi, Ochrobactrum intermedium, Ochrobactrum pseudintermedium, Odoribacter laneus, Odoribacter splanchnicus, Okadaella gastrococcus, Oligella ureolytica, Oligella urethralis, Olsenella genomosp.
C1, Olsenella profusa, Olsenella sp.
F0004, Olsenella sp. táxon oral 809, Olsenella uli, Opitutus terrae, Oribacterium sinus, Oribacterium sp.
ACB1, Oribacterium sp.
ACB7, Oribacterium sp.
CM12, Oribacterium sp.
ICM51, Oribacterium sp.
OBRC12, Oribacterium sp. táxon oral 078, Oribacterium sp. táxon oral 102, Oribacterium sp. táxon oral 108, Orientia tsutsugamushi, Ornithinibacillus bavariensis, Ornithinibacillus sp. 7_10AIA, Oscillibacter sp.
G2, Oscillibacter valericigenes, Oscillospira guilliermondii, Oxalobacter formigenes, Paenibacillus barcinonensis, Paenibacillus barengoltzii, Paenibacillus chibensis, Paenibacillus cookii, Paenibacillus durus, Paenibacillus glucanolyticus, Paenibacillus lactis, Paenibacillus lautus, Paenibacillus pabuli, Paenibacillus polymyxa, Paenibacillus popilliae, Paenibacillus sp.
CIP 101062, Paenibacillus sp.
HGF5, Paenibacillus sp.
HGF7, Paenibacillus sp.
JC66, Paenibacillus sp. táxon oral F45, Paenibacillus sp.
R_27413, Paenibacillus sp.
R_27422, Paenibacillus timonensis, Pantoea agglomerans, Pantoea ananatis, Pantoea brenneri, Pantoea citrea, Pantoea conspicua, Pantoea septica, Papillibacter cinnamivorans, Parabacteroides distasonis, Parabacteroides goldsteinii, Parabacteroides gordonii, Parabacteroides johnsonii, Parabacteroides merdae, Parabacteroides sp.
D13, Parabacteroides sp.
NS31_3, Parachlamydia sp.
UWE25, Paracoccus denitrificans, Paracoccus marcusii, Paraprevotella clara, Paraprevotella xylaniphila,
Parascardovia denticolens, Parasutterella excrementihominis, Parasutterella secunda, Parvimonas micra, Parvimonas sp. táxon oral 110, Pasteurella bettyae, Pasteurella dagmatis, Pasteurella multocida, Pediococcus acidilactici, Pediococcus pentosaceus, Peptococcus niger, Peptococcus sp. clone oral JM048, Peptococcus sp. táxon oral 167, Peptoniphilus asaccharolyticus, Peptoniphilus duerdenii, Peptoniphilus harei, Peptoniphilus indolicus, Peptoniphilus ivorii, Peptoniphilus lacrimalis, Peptoniphilus sp. gpac007, Peptoniphilus sp. gpac018A, Peptoniphilus sp. gpac077, Peptoniphilus sp. gpac148, Peptoniphilus sp.
JC140, Peptoniphilus sp. táxon oral 386, Peptoniphilus sp. táxon oral 836, Peptostreptococcaceae bacterium ph1, Peptostreptococcus anaerobius, Peptostreptococcus micros, Peptostreptococcus sp. 9succ1, Peptostreptococcus sp. clone oral AP24, Peptostreptococcus sp. clone oral FJ023, Peptostreptococcus sp.
P4P_31 P3, Peptostreptococcus stomatis, Phascolarctobacterium faecium, Phascolarctobacterium sp.
YIT 12068, Phascolarctobacterium succinatutens, Phenylobacterium zucineum, Photorhabdus asymbiotica, Pigmentiphaga daeguensis, Planomicrobium koreense, Plesiomonas shigelloides, Porphyromonadaceae bacterium NML 060648, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas levii, Porphyromonas macacae, Porphyromonas somerae, Porphyromonas sp. clone oral BB134, Porphyromonas sp. clone oral F016, Porphyromonas sp. clone oral P2PB_52 P1, Porphyromonas sp. clone oral P4GB_100 P2, Porphyromonas sp.
UQD 301, Porphyromonas uenonis, Prevotella albensis, Prevotella amnii, Prevotella bergensis, Prevotella bivia, Prevotella brevis, Prevotella buccae, Prevotella buccalis, Prevotella copri, Prevotella corporis, Prevotella dentalis, Prevotella denticola, Prevotella disiens, Prevotella genomosp.
C1, Prevotella genomosp.
C2, Prevotella genomosp.
P7 clone oral
MB2_P31, Prevotella genomosp.
P8 clone oral MB3_P13, Prevotella genomosp.
P9 clone oral MB7_G16, Prevotella heparinolytica, Prevotella histicola, Prevotella intermedia, Prevotella loescheii, Prevotella maculosa, Prevotella marshii, Prevotella melaninogenica, Prevotella micans, Prevotella multiformis, Prevotella multisaccharivorax, Prevotella nanceiensis, Prevotella nigrescens, Prevotella oralis, Prevotella oris, Prevotella oulorum, Prevotella pallens, Prevotella ruminicola, Prevotella salivae, Prevotella sp.
BI_42, Prevotella sp.
CM38, Prevotella sp.
ICM1, Prevotella sp.
ICM55, Prevotella sp.
JCM 6330, Prevotella sp. clone oral AA020, Prevotella sp. clone oral ASCG10, Prevotella sp. clone oral ASCG12, Prevotella sp. clone oral AU069, Prevotella sp. clone oral CY006, Prevotella sp. clone oral DA058, Prevotella sp. clone oral FL019, Prevotella sp. clone oral FU048, Prevotella sp. clone oral FW035, Prevotella sp. clone oral GI030, Prevotella sp. clone oral GI032, Prevotella sp. clone oral GI059, Prevotella sp. clone oral GU027, Prevotella sp. clone oral HF050, Prevotella sp. clone oral ID019, Prevotella sp. clone oral IDR_CEC_0055, Prevotella sp. clone oral IK053, Prevotella sp. clone oral IK062, Prevotella sp. clone oral P4PB_83 P2, Prevotella sp. táxon oral 292, Prevotella sp. táxon oral 299, Prevotella sp. táxon oral 300, Prevotella sp. táxon oral 302, Prevotella sp. táxon oral 310, Prevotella sp. táxon oral 317, Prevotella sp. táxon oral 472, Prevotella sp. táxon oral 781, Prevotella sp. táxon oral 782, Prevotella sp. táxon oral F68, Prevotella sp. táxon oral G60, Prevotella sp. táxon oral G70, Prevotella sp. táxon oral G71, Prevotella sp.
SEQ053, Prevotella sp.
SEQ065, Prevotella sp.
SEQ072, Prevotella sp.
SEQ116, Prevotella sp.
SG12, Prevotella sp. sp24, Prevotella sp. sp34, Prevotella stercorea, Prevotella tannerae, Prevotella timonensis, Prevotella veroralis, Prevotella jejuni, Prevotella aurantiaca, Prevotella baroniae, Prevotella colorans, Prevotella corporis, Prevotella dentasini, Prevotella enoeca,
Prevotella falsenii, Prevotella fusca, Prevotella heparinolytica, Prevotella loescheii, Prevotella multisaccharivorax, Prevotella nanceiensis, Prevotella oryzae, Prevotella paludivivens, Prevotella pleuritidis, Prevotella ruminicola, Prevotella saccharolytica, Prevotella scopos, Prevotella shahii, Prevotella zoogleoformans, Prevotellaceae bacterium P4P_62 P1, Prochlorococcus marinus, Propionibacteriaceae bacterium NML 02_0265, Propionibacterium acidipropionici, Propionibacterium acnes, Propionibacterium avidum, Propionibacterium freudenreichii, Propionibacterium granulosum, Propionibacterium jensenii, Propionibacterium propionicum, Propionibacterium sp. 434_HC2, Propionibacterium sp.
H456, Propionibacterium sp.
LG, Propionibacterium sp. táxon oral 192, Propionibacterium sp.
S555a, Propionibacterium thoenii, Proteus mirabilis, Proteus penneri, Proteus sp.
HS7514, Proteus vulgaris, Providencia alcalifaciens, Providencia rettgeri, Providencia rustigianii, Providencia stuartii, Pseudoclavibacter sp.
Timone, Pseudoflavonifractor capillosus, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas gessardii, Pseudomonas mendocina, Pseudomonas monteilii, Pseudomonas poae, Pseudomonas pseudoalcaligenes, Pseudomonas putida, Pseudomonas sp. 2_1_26, Pseudomonas sp.
G1229, Pseudomonas sp.
NP522l, Pseudomonas stutzeri, Pseudomonas tolaasii, Pseudomonas viridiflava, Pseudoramibacter alactolyticus, Psychrobacter arcticus, Psychrobacter cibarius, Psychrobacter cryohalolentis, Psychrobacter faecalis, Psychrobacter nivimaris, Psychrobacter pulmonis, Psychrobacter sp. 13983, Pyramidobacter piscolens, Ralstonia pickettii, Ralstonia sp. 5_7_47FAA, Raoultella ornithinolytica, Raoultella planticola, Raoultella terrigena, Rhodobacter sp. táxon oral C30, Rhodobacter sphaeroides, Rhodococcus corynebacterioides, Rhodococcus equi, Rhodococcus erythropolis,
Rhodococcus fascians, Rhodopseudomonas palustris, Rickettsia akari, Rickettsia conorii, Rickettsia prowazekii, Rickettsia rickettsii, Rickettsia slovaca, Rickettsia typhi, Robinsoniella peoriensis, Roseburia cecicola, Roseburia faecalis, Roseburia faecis, Roseburia hominis, Roseburia intestinalis, Roseburia inulinivorans, Roseburia sp. 11SE37, Roseburia sp. 11SE38, Roseiflexus castenholzii, Roseomonas cervicalis, Roseomonas mucosa, Roseomonas sp.
NML94_0193, Roseomonas sp.
NML97_0121, Roseomonas sp.
NML98_0009, Roseomonas sp.
NML98_0157, Rothia aeria, Rothia dentocariosa, Rothia mucilaginosa, Rothia nasimurium, Rothia sp. táxon oral 188, Ruminobacter amylophilus, Ruminococcaceae bacterium D16, Ruminococcus albus, Ruminococcus bromii, Ruminococcus callidus, Ruminococcus champanellensis, Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus gnavus, Ruminococcus hansenii, Ruminococcus lactaris, Ruminococcus obeum, Ruminococcus sp. 18P13, Ruminococcus sp. 5_1_39BFAA, Ruminococcus sp. 9SE51, Ruminococcus sp.
ID8, Ruminococcus sp.
K_1, Ruminococcus torques, Saccharomonospora viridis, Salmonella bongori, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella enterica, Salmonella typhimurium, Salmonella typhimurium, Sarcina ventriculi, Scardovia inopinata, Scardovia wiggsiae, Segniliparus rotundus, Segniliparus rugosus, Selenomonas artemidis, Selenomonas dianae, Selenomonas flueggei, Selenomonas genomosp.
C1, Selenomonas genomosp.
C2, Selenomonas genomosp.
P5, Selenomonas genomosp.
P6 clone oral MB3_C41, Selenomonas genomosp.
P7 clone oral MB5_C08, Selenomonas genomosp.
P8 clone oral MB5_P06, Selenomonas infelix, Selenomonas noxia, Selenomonas ruminantium, Selenomonas sp.
FOBRC9, Selenomonas sp. clone oral FT050, Selenomonas sp. clone oral GI064, Selenomonas sp. clone oral GT010, Selenomonas sp. clone oral HU051, Selenomonas sp. clone oral IK004, Selenomonas sp. clone oral IQ048, Selenomonas sp. clone oral JI021, Selenomonas sp. clone oral JS031, Selenomonas sp. clone oral OH4A, Selenomonas sp. clone oral P2PA_80 P4, Selenomonas sp. táxon oral 137, Selenomonas sp. táxon oral 149, Selenomonas sputigena, Serratia fonticola, Serratia liquefaciens, Serratia marcescens, Serratia odorifera, Serratia proteamaculans, Shewanella putrefaciens, Shigella boydii, Shigella dysenteriae, Shigella flexneri, Shigella sonnei, Shuttleworthia satelles, Shuttleworthia sp.
MSX8B, Shuttleworthia sp. táxon oral G69, Simonsiella muelleri, Slackia equolifaciens, Slackia exigua, Slackia faecicanis, Slackia heliotrinireducens, Slackia isoflavoniconvertens, Slackia piriformis, Slackia sp.
NATTS, Solobacterium moorei, Sphingobacterium faecium, Sphingobacterium mizutaii, Sphingobacterium multivorum, Sphingobacterium spiritivorum, Sphingomonas echinoides, Sphingomonas sp. clone oral FI012, Sphingomonas sp. clone oral FZ016, Sphingomonas sp. táxon oral A09, Sphingomonas sp. táxon oral F71, Sphingopyxis alaskensis, Spiroplasma insolitum, Sporobacter termitidis, Sporolactobacillus inulinus, Sporolactobacillus nakayamae, Sporosarcina newyorkensis, Sporosarcina sp. 2681, Staphylococcaceae bacterium NML 92_0017, Staphylococcus aureus, Staphylococcus auricularis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus cohnii, Staphylococcus condimenti, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus equorum, Staphylococcus fleurettii, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus pseudintermedius, Staphylococcus saccharolyticus, Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus sciuri, Staphylococcus sp. clone bottae7, Staphylococcus sp.
H292, Staphylococcus sp.
H780, Staphylococcus succinus, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus warneri, Staphylococcus xylosus, Stenotrophomonas maltophilia, Stenotrophomonas sp.
FG_6, Streptobacillus moniliformis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus alactolyticus, Streptococcus anginosus, Streptococcus australis, Streptococcus bovis, Streptococcus canis, Streptococcus constellatus, Streptococcus cristatus, Streptococcus downei, Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus equi, Streptococcus equinus, Streptococcus gallolyticus, Streptococcus genomosp.
C1, Streptococcus genomosp.
C2, Streptococcus genomosp.
C3, Streptococcus genomosp.
C4, Streptococcus genomosp.
C5, Streptococcus genomosp.
C6, Streptococcus genomosp.
C7, Streptococcus genomosp.
C8, Streptococcus gordonii, Streptococcus infantarius, Streptococcus infantis, Streptococcus intermedius, Streptococcus lutetiensis, Streptococcus massiliensis, Streptococcus milleri, Streptococcus mitis, Streptococcus mutans, Streptococcus oligofermentans, Streptococcus oralis, Streptococcus parasanguinis, Streptococcus pasteurianus, Streptococcus peroris, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus porcinus, Streptococcus pseudopneumoniae, Streptococcus pseudoporcinus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus ratti, Streptococcus salivarius, Streptococcus sanguinis, Streptococcus sinensis, Streptococcus sp. 16362, Streptococcus sp. 2_1_36FAA, Streptococcus sp. 2285_97, Streptococcus sp. 69130, Streptococcus sp.
AC15, Streptococcus sp.
ACS2, Streptococcus sp.
AS20, Streptococcus sp.
BS35a, Streptococcus sp.
C150, Streptococcus sp.
CM6, Streptococcus sp.
CM7, Streptococcus sp.
ICM10, Streptococcus sp.
ICM12, Streptococcus sp.
ICM2, Streptococcus sp.
ICM4, Streptococcus sp.
ICM45, Streptococcus sp.
M143, Streptococcus sp.
M334, Streptococcus sp.
OBRC6, Streptococcus sp.
clone oral ASB02, Streptococcus sp. clone oral ASCA03, Streptococcus sp. clone oral ASCA04, Streptococcus sp. clone oral ASCA09, Streptococcus sp. clone oral ASCB04, Streptococcus sp. clone oral ASCB06, Streptococcus sp. clone oral ASCC04, Streptococcus sp. clone oral ASCC05, Streptococcus sp. clone oral ASCC12, Streptococcus sp. clone oral ASCD01, Streptococcus sp. clone oral ASCD09, Streptococcus sp. clone oral ASCD10, Streptococcus sp. clone oral ASCE03, Streptococcus sp. clone oral ASCE04, Streptococcus sp. clone oral ASCE05, Streptococcus sp. clone oral ASCE06, Streptococcus sp. clone oral ASCE09, Streptococcus sp. clone oral ASCE10, Streptococcus sp. clone oral ASCE12, Streptococcus sp. clone oral ASCF05, Streptococcus sp. clone oral ASCF07, Streptococcus sp. clone oral ASCF09, Streptococcus sp. clone oral ASCG04, Streptococcus sp. clone oral BW009, Streptococcus sp. clone oral CH016, Streptococcus sp. clone oral GK051, Streptococcus sp. clone oral GM006, Streptococcus sp. clone oral P2PA_41 P2, Streptococcus sp. clone oral P4PA_30 P4, Streptococcus sp. táxon oral 071, Streptococcus sp. táxon oral G59, Streptococcus sp. táxon oral G62, Streptococcus sp. táxon oral G63, Streptococcus sp.
SHV515, Streptococcus suis, Streptococcus thermophilus, Streptococcus uberis, Streptococcus urinalis, Streptococcus vestibularis, Streptococcus viridans, Streptomyces albus, Streptomyces griseus, Streptomyces sp. 1 AIP_2009, Streptomyces sp.
SD 511, Streptomyces sp.
SD 524, Streptomyces sp.
SD 528, Streptomyces sp.
SD 534, Streptomyces thermoviolaceus, Subdoligranulum variabile, Succinatimonas hippei, Sutterella morbirenis, Sutterella parvirubra, Sutterella sanguinus, Sutterella sp.
YIT 12072, Sutterella stercoricanis, Sutterella wadsworthensis, Synergistes genomosp.
C1, Synergistes sp.
RMA 14551, Synergistetes bacterium ADV897, Synergistetes bacterium LBVCM1157,
Synergistetes bacterium táxon oral 362, Synergistetes bacterium táxon oral D48, Syntrophococcus sucromutans, Syntrophomonadaceae genomosp.
P1, Tannerella forsythia, Tannerella sp. 6_1_58FAA_CT1, Tatlockia micdadei, Tatumella ptyseos, Tessaracoccus sp. táxon oral F04, Tetragenococcus halophilus, Tetragenococcus koreensis, Thermoanaerobacter pseudethanolicus, Thermobifida fusca, Thermofilum pendens, Thermus aquaticus, Tissierella praeacuta, Trabulsiella guamensis, Treponema denticola, Treponema genomosp.
P1, Treponema genomosp.
P4 clone oral MB2_G19, Treponema genomosp.
P5 clone oral MB3_P23, Treponema genomosp.
P6 clone oral MB4_G11, Treponema lecithinolyticum, Treponema pallidum, Treponema parvum, Treponema phagedenis, Treponema putidum, Treponema refringens, Treponema socranskii, Treponema sp. 6:H:D15A_4, Treponema sp. clone DDKL_4, Treponema sp. clone oral JU025, Treponema sp. clone oral JU031, Treponema sp. clone oral P2PB_53 P3, Treponema sp. táxon oral 228, Treponema sp. táxon oral 230, Treponema sp. táxon oral 231, Treponema sp. táxon oral 232, Treponema sp. táxon oral 235, Treponema sp. táxon oral 239, Treponema sp. táxon oral 247, Treponema sp. táxon oral 250, Treponema sp. táxon oral 251, Treponema sp. táxon oral 254, Treponema sp. táxon oral 265, Treponema sp. táxon oral 270, Treponema sp. táxon oral 271, Treponema sp. táxon oral 508, Treponema sp. táxon oral 518, Treponema sp. táxon oral G85, Treponema sp. podridão dos casos dos ovinos, Treponema vincentii, Tropheryma whipplei, Trueperella pyogenes, Tsukamurella paurometabola, Tsukamurella tyrosinosolvens, Turicibacter sanguinis, Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum, Ureibacillus composti, Ureibacillus suwonensis, Ureibacillus terrenus, Ureibacillus thermophilus, Ureibacillus thermosphaericus, Vagococcus fluvialis, Veillonella atypica, Veillonella dispar, Veillonella genomosp.
P1 clone oral MB5_P17, Veillonella montpellierensis, Veillonella parvula, Veillonella sp. 3_1_44, Veillonella sp. 6_1_27, Veillonella sp. ACP1, Veillonella sp. AS16, Veillonella sp. BS32l, Veillonella sp. ICM51a, Veillonella sp. MSA12, Veillonella sp. NVG 100cf, Veillonella sp. OK11, Veillonella sp. clone oral ASCA08, Veillonella sp. clone oral ASCB03, Veillonella sp. clone oral ASCG01, Veillonella sp. clone oral ASCG02, Veillonella sp. clone oral OH1A, Veillonella sp. táxon oral 158, Veillonellaceae bacterium táxon oral 131, Veillonellaceae bacterium táxon oral 155, Vibrio cholerae, Vibrio fluvialis, Vibrio furnissii, Vibrio mimicus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio sp. RC341, Vibrio vulnificus, Victivallaceae bacterium NML 080035, Victivallis vadensis, Virgibacillus proomii, Weissella beninensis, Weissella cibaria, Weissella confusa, Weissella hellenica, Weissella kandleri, Weissella koreensis, Weissella paramesenteroides, Weissella sp. KLDS 7,0701, Wolinella succinogenes, Xanthomonadaceae bacterium NML 03_0222, Xanthomonas campestris, Xanthomonas sp. kmd_489, Xenophilus aerolatus, Yersinia aldovae, Yersinia aleksiciae, Yersinia bercovieri, Yersinia enterocolitica, Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, Yersinia kristensenii, Yersinia mollaretii, Yersinia pestis, Yersinia pseudotuberculosis, Yersinia rohdei, Yokenella regensburgei, Zimmermannella bifida, Zymomonas mobilis, Blautia massiliensis, Paraclostridium benzoelyticum, Dielma fastidiosa, Longicatena caecimuris , e Veillonella tobetsuensis.
12. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 11, caracterizada pelo fato de que as EV e as bactérias são da mesma espécie ou cepa.
13. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 11, caracterizada pelo fato de que as EV e as bactérias são de espécies ou cepas diferentes.
14. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 13, caracterizada pelo fato de que a composição farmacêutica é formulada para administração oral.
15. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 14, caracterizada pelo fato de que a composição compreende, ainda, um terapêutico adicional.
16. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 15, caracterizada pelo fato de que o terapêutico adicional é um terapêutico contra câncer.
17. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 16, caracterizada pelo fato de que o terapêutico contra câncer compreende um agente quimioterápico.
18. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 17, caracterizada pelo fato de que o agente quimioterápico é selecionado dentre o grupo que consiste em tiotepa, ciclofosfamida, bussulfano, improssulfano, pipossulfano, benzodopa, carbocona, meturedopa, uredopa, altretamina, trietilenomelamina, trietilenofosforamida, trietilenotiofosforamida, trimetilolomelamina, bulatacina, bulatacinona, camptotecina, topotecano, briostatina, calistatina, CC-1065, criptoficina 1, criptoficina 8, dolastatina, duocarmicina, eleuterobina, pancratistatina, sarcodictina, espongistatina, clorambucila, clornafazina, colofosfamida, estramustina, ifosfamida, mecloretamina, cloridrato de óxido de mecloretamina, melfalano, novembiquina, fenesterina, prednimustina , trofosfamida, mostarda de uracila, carmustina, clorozotocina, fotemustina, lomustina, nimustina, ranimnustina, caliqueamicina, dinemicina, clodronato, esperamicina; cromóforo de neocarzinostatina, aclacinomisinas, actinomicina, autrarnicina, azasserina, bleomicinas, cactinomicina, carabicina, caminomicina, carzinofilina, cromomicinas, dactinomicina, daunorrubicina, detorrubicina, 6-diazo-5-oxo-L- norleucina, doxorrubicina, epirrubicina, esorrubicina, idarrubicina,
marcelomicina, mitomicina, mitomicina C, ácido micofenólico, nogalamicina, olivomicina, peplomicina, potfiromicina, puromicina, quelamicina, rodorrubicina, estreptonigrina, estreptozocina, tubercidina, ubenimex, zinostatina, zorrubicina, metotrexato, 5- fluorouracila (5-FU), denopterina, metotrexato, pteropterina, trimetrexato, fludarabina, 6-mercaptopurina, tiamiprina, tioguanina, ancitabina, azacitidina, 6-azauridina, carmofur, citarabina, dideoxiuridina, doxifluridina, enocitabina, floxuridina, calusterona, propionato de dromostanolona, epitiostanol, mepitiostano, testolactona, aminoglutetimida, mitotano, trilostano, ácido frolínico, aceglatona, glicosídeo aldofosfamida, ácido aminolevulínico, eniluracila, ansacrina, bestrabucila, bisantreno, edatraxato, defofamina, demecolcina, diaziquona, elformitina, acetato de eliptínio, epotilona, etoglucide, nitrato de gálio, hidroxiureia, lentinana, lonidainina, maitansina, ansamitocinas, mitoguazona, mitoxantrona, mopidanmol, nitraerina, pentostatina, fenamet, pirarubicina, losoxantrona, ácido podofilínico, 2-etil-hidrazida, procarbazina, complexo de polissacarídeos PSK, razoxano, rizoxina, sizofurano, espirogermânio, ácido tenuazônico, triaziquona; 2,2’,2’’- triclorotrietilamina, tricoteceno, toxina T-2, verracurina A, roridina A, anguidina, uretano, vindesina, dacarbazina, manomustina, mitobronitol, mitolactol, pipobromano, gacitosina, arabinosídeo, ciclofosfamida, tiotepa, paclitaxel, doxetaxel, clorambucila, gencitabina, 6-tioguanina, mercaptopurina, metotrexato, cisplatina, oxaliplatina, carboplatina, vinblastina, platina, etoposídeo, ifosfamida, mitoxantrona, vincristina, vinorelbina, novantrona, teniposídeo, edatrexato, daunomicina, aminopterina, xeloda, ibandronato, irinotecano, RFS 2000, difluorometilomitina, ácido retinoico e capecitabina.
19. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 16 a 18, caracterizada pelo fato de que o terapêutico contra câncer compreende uma agente imunoterápico contra câncer.
20. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 19, caracterizada pelo fato de que o agente imunoterápico contra câncer compreende um inibidor de ponto de verificação imune.
21. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que o inibidor de ponto de verificação imune é um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo que se liga especificamente a uma proteína de ponto de verificação imune.
22. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 21, caracterizada pelo fato de que a proteína de ponto de verificação imune é selecionada dentre o grupo que consiste em CTLA4, PD-1, PD-L1, PD-L2, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, KIR, LAG3, TIM-3 ou VISTA.
23. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que o inibidor de ponto de verificação imune é selecionado dentre o grupo que consiste em nivolumabe, pembrolizumabe, pidilizumabe, AMP-224, AMP-514, STI- A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, MEDI-4736, MSB- 0020718C, AUR-012 e STI-A1010.
24. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 23, caracterizada pelo fato de que o agente imunoterápico contra câncer compreende um anticorpo específico para câncer ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo.
25. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 24, caracterizada pelo fato de que o anticorpo específico para câncer ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo se liga especificamente a um antígeno associado ao câncer.
26. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 25, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em adipofilina, AIM-2, ALDH1A1, alfa-actinina-4, alfa-fetoproteína ("AFP"), ARTC1, B- RAF, BAGE-1, BCLX (L), proteína de fusão BCR-ABL b3a2, beta- catenina, BING-4, CA-125, CALCA, antígeno carcinoembrionário ("CEA"), CASP-5, CASP-8, CD274, CD45, Cdc27, CDK12, CDK4, CDKN2A, CEA, CLPP, COA-1, CPSF, CSNK1A1, CTAG1, CTAG2, ciclina D1, ciclina-A1, proteína de fusão dek-can, DKK1, EFTUD2, fator de alongamento 2, ENAH (hMena), Ep-CAM, EpCAM, EphA3, antígeno de tumor epitelial ("ETA"), proteína de fusão ETV6-AML1, EZH2, FGF5, FLT3-ITD, FN1, G250/MN/CAIX, GAGE-1,2,8, GAGE- 3,4,5,6,7, GAS7, glipicano-3, GnTV, gp100/Pmel17, GPNMB, HAUS3, hepsina, HER-2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A11, HLA-A2, HLA-DOB, hsp70-2, IDO1, IGF2B3, IL13Ralfa2, carboxil esterase intestinal, K-ras, calicreína 4, KIF20A, KK-LC-1, KKLC1, KM-HN-1, KMHN1 também conhecido como CCDC110, LAGE-1, proteína de fusão LDLR- fucosiltransferase AS, lengsina, M-CSF, MAGE-A1, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-C1, MAGE-C2, enzima málica, mamaglobina-A, MART2, MATN, MC1R, MCSP, mdm-2, ME1, melan-A/MART-1, Meloe, midquina, MMP-2, MMP-7, MUC1, MUC5AC, mucina, MUM-1, MUM-2, MUM-3, miosina, miosina classe I, N-bruto, NA88-A, neo-PAP, NFYC, NY-BR-1, NY-ESO-1/LAGE-2, OA1, OGT, OS-9, polipeptídeo P, p53, PAP, PAX5, PBF, proteína de fusão pml-RARalfa, mucina epitelial polimórfica ("PEM"), PPP1R3B, PRAME, PRDX5, PSA, PSMA, PTPRK, RAB38/NY-MEL-1, RAGE-1, RBAF600, RGS5, RhoC, RNF43, RU2AS, SAGE, secernina 1, SIRT2, SNRPD1, SOX10, Sp17, SPA17, SSX-2, SSX-4, STEAP1, survivina, proteína de fusão SYT-SSX1 ou
SYT-SSX2, TAG-1, TAG-2, telomerase, TGF-betaRII, TPBG, TRAG-3, triosefosfato isomerase, TRP-1/gp75, TRP-2, TRP2-INT2, tirosinase, tirosinase ("TYR"), VEGF, WT1 e XAGE-1b/GAGED2a.
27. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 26, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é um neo-antígeno.
28. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 27, caracterizada pelo fato de que o agente imunoterápico contra câncer compreende uma vacina contra câncer.
29. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 28, caracterizada pelo fato de que a vacina contra câncer compreende um polipeptídeo que compreende um epitopo de um antígeno associado ao câncer.
30. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 29, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em adipofilina, AIM-2, ALDH1A1, alfa-actinina-4, alfa-fetoproteína ("AFP"), ARTC1, B- RAF, BAGE-1, BCLX (L), proteína de fusão BCR-ABL b3a2, beta- catenina, BING-4, CA-125, CALCA, antígeno carcinoembrionário ("CEA"), CASP-5, CASP-8, CD274, CD45, Cdc27, CDK12, CDK4, CDKN2A, CEA, CLPP, COA-1, CPSF, CSNK1A1, CTAG1, CTAG2, ciclina D1, ciclina-A1, proteína de fusão dek-can, DKK1, EFTUD2, fator de alongamento 2, ENAH (hMena), Ep-CAM, EpCAM, EphA3, antígeno de tumor epitelial ("ETA"), proteína de fusão ETV6-AML1, EZH2, FGF5, FLT3-ITD, FN1, G250/MN/CAIX, GAGE-1,2,8, GAGE- 3,4,5,6,7, GAS7, glipicano-3, GnTV, gp100/Pmel17, GPNMB, HAUS3, hepsina, HER-2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A11, HLA-A2, HLA-DOB, hsp70-2, IDO1, IGF2B3, IL13Ralfa2, carboxil esterase intestinal, K-ras, calicreína 4, KIF20A, KK-LC-1, KKLC1, KM-HN-1, KMHN1 também conhecido como CCDC110, LAGE-1, proteína de fusão LDLR- fucosiltransferase AS, lengsina, M-CSF, MAGE-A1, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-C1, MAGE-C2, enzima málica, mamaglobina-A, MART2, MATN, MC1R, MCSP, mdm-2, ME1, melan-A/MART-1, Meloe, midquina, MMP-2, MMP-7, MUC1, MUC5AC, mucina, MUM-1, MUM-2, MUM-3, miosina, miosina classe I, N-bruto, NA88-A, neo-PAP, NFYC, NY-BR-1, NY-ESO-1/LAGE-2, OA1, OGT, OS-9, polipeptídeo P, p53, PAP, PAX5, PBF, proteína de fusão pml-RARalfa, mucina epitelial polimórfica ("PEM"), PPP1R3B, PRAME, PRDX5, PSA, PSMA, PTPRK, RAB38/NY-MEL-1, RAGE-1, RBAF600, RGS5, RhoC, RNF43, RU2AS, SAGE, secernina 1, SIRT2, SNRPD1, SOX10, Sp17, SPA17, SSX-2, SSX-4, STEAP1, survivina, proteína de fusão SYT-SSX1 ou SYT-SSX2, TAG-1, TAG-2, telomerase, TGF-betaRII, TPBG, TRAG-3, triosefosfato isomerase, TRP-1/gp75, TRP-2, TRP2-INT2, tirosinase, tirosinase ("TYR"), VEGF, WT1 e XAGE-1b/GAGED2a.
31. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 29, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é um neo-antígeno.
32. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 29 a 31, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo é uma proteína de fusão.
33. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 28, caracterizada pelo fato de que a vacina contra câncer compreende um ácido nucleico que codifica um epitopo de um antígeno associado ao câncer.
34. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 33, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em adipofilina, AIM-2, ALDH1A1, alfa-actinina-4, alfa-fetoproteína ("AFP"), ARTC1, B-
RAF, BAGE-1, BCLX (L), proteína de fusão BCR-ABL b3a2, beta- catenina, BING-4, CA-125, CALCA, antígeno carcinoembrionário ("CEA"), CASP-5, CASP-8, CD274, CD45, Cdc27, CDK12, CDK4, CDKN2A, CEA, CLPP, COA-1, CPSF, CSNK1A1, CTAG1, CTAG2, ciclina D1, ciclina-A1, proteína de fusão dek-can, DKK1, EFTUD2, fator de alongamento 2, ENAH (hMena), Ep-CAM, EpCAM, EphA3, antígeno de tumor epitelial ("ETA"), proteína de fusão ETV6-AML1, EZH2, FGF5, FLT3-ITD, FN1, G250/MN/CAIX, GAGE-1,2,8, GAGE- 3,4,5,6,7, GAS7, glipicano-3, GnTV, gp100/Pmel17, GPNMB, HAUS3, hepsina, HER-2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A11, HLA-A2, HLA-DOB, hsp70-2, IDO1, IGF2B3, IL13Ralfa2, carboxil esterase intestinal, K-ras, calicreína 4, KIF20A, KK-LC-1, KKLC1, KM-HN-1, KMHN1 também conhecido como CCDC110, LAGE-1, proteína de fusão LDLR- fucosiltransferase AS, lengsina, M-CSF, MAGE-A1, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-C1, MAGE-C2, enzima málica, mamaglobina-A, MART2, MATN, MC1R, MCSP, mdm-2, ME1, melan-A/MART-1, Meloe, midquina, MMP-2, MMP-7, MUC1, MUC5AC, mucina, MUM-1, MUM-2, MUM-3, miosina, miosina classe I, N-bruto, NA88-A, neo-PAP, NFYC, NY-BR-1, NY-ESO-1/LAGE-2, OA1, OGT, OS-9, polipeptídeo P, p53, PAP, PAX5, PBF, proteína de fusão pml-RARalfa, mucina epitelial polimórfica ("PEM"), PPP1R3B, PRAME, PRDX5, PSA, PSMA, PTPRK, RAB38/NY-MEL-1, RAGE-1, RBAF600, RGS5, RhoC, RNF43, RU2AS, SAGE, secernina 1, SIRT2, SNRPD1, SOX10, Sp17, SPA17, SSX-2, SSX-4, STEAP1, survivina, proteína de fusão SYT-SSX1 ou SYT-SSX2, TAG-1, TAG-2, telomerase, TGF-betaRII, TPBG, TRAG-3, triosefosfato isomerase, TRP-1/gp75, TRP-2, TRP2-INT2, tirosinase, tirosinase ("TYR"), VEGF, WT1 e XAGE-1b/GAGED2a.
35. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 33, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é um neo-antígeno.
36. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 33 a 35, caracterizada pelo fato de que o ácido nucleico é DNA.
37. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 33 a 35, caracterizada pelo fato de que o ácido nucleico é RNA.
38. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 37, caracterizada pelo fato de que o RNA é mRNA.
39. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 36 a 38, caracterizada pelo fato de que o ácido nucleico está em um vetor.
40. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 39, caracterizada pelo fato de que o vetor é um vetor bacteriano.
41. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 40, caracterizada pelo fato de que o vetor bacteriano é selecionado dentre o grupo que consiste em Mycobacterium bovis (BCG), Salmonella Typhimurium ssp., Salmonella Typhi ssp., esporos de Clostridium sp., Escherichia coli Nissle 1917, Escherichia coli K- 12/LLO, Listeria monocytogenes, e Shigella flexneri.
42. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 39, caracterizada pelo fato de que o vetor é um vetor viral.
43. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 42, caracterizada pelo fato de que o vetor viral é selecionado dentre o grupo que consiste em vaccínia, adenovírus, vírus de RNA, e avipox com defeito de replicação, fowlpox com defeito de replicação, canarypox com defeito de replicação, MVA com defeito de replicação e adenovírus com defeito de replicação.
44. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 43, caracterizada pelo fato de que o agente imunoterápico compreende uma célula apresentadora de antígeno (APC) preparada com um antígeno específico para câncer.
45. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 44, caracterizada pelo fato de que a APC é uma célula dendrítica, um macrófago ou uma célula B.
46. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 44 ou 45, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em adipofilina, AIM-2, ALDH1A1, alfa-actinina-4, alfa-fetoproteína ("AFP"), ARTC1, B-RAF, BAGE-1, BCLX (L), proteína de fusão BCR-ABL b3a2, beta-catenina, BING-4, CA-125, CALCA, antígeno carcinoembrionário ("CEA"), CASP-5, CASP-8, CD274, CD45, Cdc27, CDK12, CDK4, CDKN2A, CEA, CLPP, COA-1, CPSF, CSNK1A1, CTAG1, CTAG2, ciclina D1, ciclina-A1, proteína de fusão dek-can, DKK1, EFTUD2, fator de alongamento 2, ENAH (hMena), Ep-CAM, EpCAM, EphA3, antígeno de tumor epitelial ("ETA"), proteína de fusão ETV6-AML1, EZH2, FGF5, FLT3-ITD, FN1, G250/MN/CAIX, GAGE-1,2,8, GAGE- 3,4,5,6,7, GAS7, glipicano-3, GnTV, gp100/Pmel17, GPNMB, HAUS3, hepsina, HER-2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A11, HLA-A2, HLA-DOB, hsp70-2, IDO1, IGF2B3, IL13Ralfa2, carboxil esterase intestinal, K-ras, calicreína 4, KIF20A, KK-LC-1, KKLC1, KM-HN-1, KMHN1 também conhecido como CCDC110, LAGE-1, proteína de fusão LDLR- fucosiltransferase AS, lengsina, M-CSF, MAGE-A1, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-C1, MAGE-C2, enzima málica, mamaglobina-A, MART2, MATN, MC1R, MCSP, mdm-2, ME1, melan-A/MART-1, Meloe, midquina, MMP-2, MMP-7, MUC1, MUC5AC, mucina, MUM-1, MUM-2, MUM-3, miosina, miosina classe I, N-bruto, NA88-A, neo-PAP, NFYC,
NY-BR-1, NY-ESO-1/LAGE-2, OA1, OGT, OS-9, polipeptídeo P, p53, PAP, PAX5, PBF, proteína de fusão pml-RARalfa, mucina epitelial polimórfica ("PEM"), PPP1R3B, PRAME, PRDX5, PSA, PSMA, PTPRK, RAB38/NY-MEL-1, RAGE-1, RBAF600, RGS5, RhoC, RNF43, RU2AS, SAGE, secernina 1, SIRT2, SNRPD1, SOX10, Sp17, SPA17, SSX-2, SSX-4, STEAP1, survivina, proteína de fusão SYT-SSX1 ou SYT-SSX2, TAG-1, TAG-2, telomerase, TGF-betaRII, TPBG, TRAG-3, triosefosfato isomerase, TRP-1/gp75, TRP-2, TRP2-INT2, tirosinase, tirosinase ("TYR"), VEGF, WT1 e XAGE-1b/GAGED2a.
47. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 44 ou 45, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é um neo-antígeno.
48. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 47, caracterizada pelo fato de que o agente imunoterápico compreende um receptor de antígeno quimérico (CAR) específico para câncer.
49. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 48, caracterizada pelo fato de que o CAR é administrado na superfície de uma célula T.
50. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 48 ou 49, caracterizada pelo fato de que o CAR se liga especificamente a um antígeno associado ao câncer.
51. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 50, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em adipofilina, AIM-2, ALDH1A1, alfa-actinina-4, alfa-fetoproteína ("AFP"), ARTC1, B- RAF, BAGE-1, BCLX (L), proteína de fusão BCR-ABL b3a2, beta- catenina, BING-4, CA-125, CALCA, antígeno carcinoembrionário ("CEA"), CASP-5, CASP-8, CD274, CD45, Cdc27, CDK12, CDK4, CDKN2A, CEA, CLPP, COA-1, CPSF, CSNK1A1, CTAG1, CTAG2,
ciclina D1, ciclina-A1, proteína de fusão dek-can, DKK1, EFTUD2, fator de alongamento 2, ENAH (hMena), Ep-CAM, EpCAM, EphA3, antígeno de tumor epitelial ("ETA"), proteína de fusão ETV6-AML1, EZH2, FGF5, FLT3-ITD, FN1, G250/MN/CAIX, GAGE-1,2,8, GAGE- 3,4,5,6,7, GAS7, glipicano-3, GnTV, gp100/Pmel17, GPNMB, HAUS3, hepsina, HER-2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A11, HLA-A2, HLA-DOB, hsp70-2, IDO1, IGF2B3, IL13Ralfa2, carboxil esterase intestinal, K-ras, calicreína 4, KIF20A, KK-LC-1, KKLC1, KM-HN-1, KMHN1 também conhecido como CCDC110, LAGE-1, proteína de fusão LDLR- fucosiltransferase AS, lengsina, M-CSF, MAGE-A1, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-C1, MAGE-C2, enzima málica, mamaglobina-A, MART2, MATN, MC1R, MCSP, mdm-2, ME1, melan-A/MART-1, Meloe, midquina, MMP-2, MMP-7, MUC1, MUC5AC, mucina, MUM-1, MUM-2, MUM-3, miosina, miosina classe I, N-bruto, NA88-A, neo-PAP, NFYC, NY-BR-1, NY-ESO-1/LAGE-2, OA1, OGT, OS-9, polipeptídeo P, p53, PAP, PAX5, PBF, proteína de fusão pml-RARalfa, mucina epitelial polimórfica ("PEM"), PPP1R3B, PRAME, PRDX5, PSA, PSMA, PTPRK, RAB38/NY-MEL-1, RAGE-1, RBAF600, RGS5, RhoC, RNF43, RU2AS, SAGE, secernina 1, SIRT2, SNRPD1, SOX10, Sp17, SPA17, SSX-2, SSX-4, STEAP1, survivina, proteína de fusão SYT-SSX1 ou SYT-SSX2, TAG-1, TAG-2, telomerase, TGF-betaRII, TPBG, TRAG-3, triosefosfato isomerase, TRP-1/gp75, TRP-2, TRP2-INT2, tirosinase, tirosinase ("TYR"), VEGF, WT1 e XAGE-1b/GAGED2a.
52. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 49, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é um neo-antígeno.
53. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 52, caracterizada pelo fato de que o agente imunoterápico compreende uma célula T específica para câncer.
54. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 53, caracterizada pelo fato de que a célula T é uma célula T CD4+.
55. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 54, caracterizada pelo fato de que a célula T CD4+ é uma célula T TH1, uma célula T TH2 ou uma célula T TH17.
56. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 53 a 55, caracterizada pelo fato de que a célula T expressa um receptor de célula T específico para um antígeno associado ao câncer.
57. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 56, caracterizada pelo fato de que o antígeno associado ao câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em adipofilina, AIM-2, ALDH1A1, alfa-actinina-4, alfa-fetoproteína ("AFP"), ARTC1, B- RAF, BAGE-1, BCLX (L), proteína de fusão BCR-ABL b3a2, beta- catenina, BING-4, CA-125, CALCA, antígeno carcinoembrionário ("CEA"), CASP-5, CASP-8, CD274, CD45, Cdc27, CDK12, CDK4, CDKN2A, CEA, CLPP, COA-1, CPSF, CSNK1A1, CTAG1, CTAG2, ciclina D1, ciclina-A1, proteína de fusão dek-can, DKK1, EFTUD2, fator de alongamento 2, ENAH (hMena), Ep-CAM, EpCAM, EphA3, antígeno de tumor epitelial ("ETA"), proteína de fusão ETV6-AML1, EZH2, FGF5, FLT3-ITD, FN1, G250/MN/CAIX, GAGE-1,2,8, GAGE- 3,4,5,6,7, GAS7, glipicano-3, GnTV, gp100/Pmel17, GPNMB, HAUS3, hepsina, HER-2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A11, HLA-A2, HLA-DOB, hsp70-2, IDO1, IGF2B3, IL13Ralfa2, carboxil esterase intestinal, K-ras, calicreína 4, KIF20A, KK-LC-1, KKLC1, KM-HN-1, KMHN1 também conhecido como CCDC110, LAGE-1, proteína de fusão LDLR- fucosiltransferase AS, lengsina, M-CSF, MAGE-A1, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9,
MAGE-C1, MAGE-C2, enzima málica, mamaglobina-A, MART2, MATN, MC1R, MCSP, mdm-2, ME1, melan-A/MART-1, Meloe, midquina, MMP-2, MMP-7, MUC1, MUC5AC, mucina, MUM-1, MUM-2, MUM-3, miosina, miosina classe I, N-bruto, NA88-A, neo-PAP, NFYC, NY-BR-1, NY-ESO-1/LAGE-2, OA1, OGT, OS-9, polipeptídeo P, p53, PAP, PAX5, PBF, proteína de fusão pml-RARalfa, mucina epitelial polimórfica ("PEM"), PPP1R3B, PRAME, PRDX5, PSA, PSMA, PTPRK, RAB38/NY-MEL-1, RAGE-1, RBAF600, RGS5, RhoC, RNF43, RU2AS, SAGE, secernina 1, SIRT2, SNRPD1, SOX10, Sp17, SPA17, SSX-2, SSX-4, STEAP1, survivina, proteína de fusão SYT-SSX1 ou SYT-SSX2, TAG-1, TAG-2, telomerase, TGF-betaRII, TPBG, TRAG-3, triosefosfato isomerase, TRP-1/gp75, TRP-2, TRP2-INT2, tirosinase, tirosinase ("TYR"), VEGF, WT1 e XAGE-1b/GAGED2a.
58. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 57, caracterizada pelo fato de que o agente imunoterápico compreende uma proteína de ativação imunológica.
59. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 58, caracterizada pelo fato de que a proteína de ativação imunológica é uma citocina ou quimiocina.
60. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 59, caracterizada pelo fato de que a proteína de ativação imunológica é selecionada dentre o grupo que consiste em quimioatraente de linfócito B ("BLC"), quimiocina com motivo C-C 11 ("Eotaxina-1"), proteína quimiotática eosinofílica 2 ("Eotaxina-2"), fator estimulador de colônia de granulócitos ("G-CSF"), fator estimulador de colônia de macrófago de granulócitos ("GM-CSF), 1-309, molécula de adesão intercelular 1 ("ICAM-1"), interferon alfa ("IFN-alfa"), interferon beta ("IFN-beta"), interferon gama ("IFN-gama"), interlucina-1 alfa ("IL- 1 alfa"), interlucina-1 beta ("IL-1 beta"), antagonista do receptor de interleucina 1 ("IL-1 ra"), interleucina-2 ("IL-2"), interleucina-4 ("IL-4"), interleucina-5 ("IL-5"), interleucina-6 ("IL-6"), receptor solúvel em interleucina-6 ("IL-6 sR"), interleucina-7 ("IL-7"), interleucina-8 ("IL-8"), interleucina- 10 ("IL-10"), interleucina- 11 ("IL-11"), subunidade beta de interleucina- 12 ("IL-12 p40" ou "IL-12 p70"), interleucina-13 ("IL-13"), interleucina-15 ("IL-15"), interleucina-16 ("IL-16"), interleucina-17A-F ("IL-17A-F"), interleucina-18 ("IL-18"), interleucina-21 ("IL-21"), interleucina-22 ("IL-22"), interleucina-23 ("IL-23"), interleucina-33 ("IL- 33"), ligante (com motivo C-C ) de quimiocina 2 ("MCP-1"), fator estimulador de colônia de macrófagos ("M-CSF"), monocina induzida por interferon gama ("MIG"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 2 ("MIP-1 alfa"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 4 ("MIP-1 beta"), proteína-1-delta inflamatória de macrófagos ("MIP-1 delta"), subunidade B do fator de crescimento derivado de plaquetas ("PDGF- BB"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 5, célula T normal expressa e secretada regulada na ativação ("RANTES"), inibidor de TIMP metalopeptidase 1 ("TIMP-1"), inibidor de TIMP metalopeptidase 2 ("TIMP-2"), linfotoxina-alfa de fator de necrose tumoral ("TNF alfa"), linfotoxina-beta de fator de necrose tumoral ("TNF beta"), receptor solúvel de TNF tipo 1 ("sTNFRI"), sTNFRIIAR, fator neurotrófico derivado do cérebro ("BDNF"), fator básico de crescimento de fibroblastos ("bFGF"), proteína morfogenética óssea 4 ("BMP-4"), proteína morfogenética óssea 5 ("BMP-5"), proteína morfogenética óssea 7 ("BMP-7"), fator de crescimento nervoso ("b-NGF"), fator de crescimento epidérmico ("EGF"), receptor do fator de crescimento epidérmico ("EGFR"), fator de crescimento endotelial vascular derivado da glândula endócrina ("EG-VEGF"), fator de crescimento de fibroblastos 4 ("FGF-4"), fator de crescimento de queratinócitos ("FGF- 7"), fator de diferenciação de crescimento 15 ("GDF-15"), fator neurotrófico derivado de células gliais ("GDNF"), fator de crescimento semelhante ao EGF de ligação à heparina do hormônio de crescimento ("HB-EGF"), fator de crescimento de hepatócitos ("HGF"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 1 ("IGFBP-1"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 2 ("IGFBP-2"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 3 (" IGFBP-3"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 4 ("IGFBP-4"), proteína de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina 6 ("IGFBP-6"), fator de crescimento semelhante à insulina 1 ("IGF-1"), insulina, fator estimulador de colônia de macrófagos ("M-CSF R"), receptor do fator de crescimento nervoso ("NGF R"), neurotrofina-3 ("NT-3"), neurotrofina-4 ("NT-4"), fator inibidor de osteoclastogenese ("osteoprotegerina"), receptores do fator de crescimento derivado de plaquetas ("PDGF-AA"), biossíntese de fosfatidilinositol-glicano ("PIGF"), Skp, culina, complexo contendo F-box ("SCF"), receptor do fator de células-tronco ("SCF R"), fator de crescimento transformador alfa ("TGFalfa"), fator de crescimento transformador beta-1 ("TGF beta 1"), fator de crescimento transformador beta-3 ("TGF beta 3"), fator de crescimento endotelial vascular ("VEGF"), receptor do fator de crescimento endotelial vascular 2 ("VEGFR2"), receptor do fator de crescimento endotelial vascular 3 ("VEGFR3"), VEGF-D 6Ckine, receptor da proteína tirosina quinase UFO ("Axl"), betacelulina ("BTC"), quimiocina epitelial associada às mucosas ("CCL28"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 27 ("CTACK"), ligante (com motivo C-X-C) de quimiocina 16 ("CXCL16"), quimiocina com motivo C-X-C 5 ("ENA- 78"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 26 ("Eotaxina-3"), proteína quimiotática de granulócitos 2 ("GCP-2"), GRO, ligante (com motivo C-C) de quimiocina 14 ("HCC-l"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 16 ("HCC-4"), interleucina-9 ("IL-9"), interleucina-17 F ("IL- 17F"), proteína de ligação à interleucina-18 ("IL-18 BPa"), interleucina-
28 A ("IL-28A"), interleucina 29 ("IL-29"), interleucina 31 ("IL-31"), quimiocina com motivo C-X-C 10 ("IP-10"), receptor de quimiocina CXCR3 ("I-TAC"), fator inibidor de leucemia ("LIF"), ligantes (com motivo C) de quimiocina na luz ("linfotactina"), proteína quimioatraente de monócitos 2 ("MCP-2"), proteína quimioatraente de monócitos 3 ("MCP-3"), proteína quimioatraente de monócitos 4 ("MCP-4"), quimiocina derivada de macrófagos ("MDC"), fator inibidor de migração de macrófagos ("MIF"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 20 ("MIP-3 alfa"), quimiocina com motivo C-C 19 ("MIP-3 beta"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 23 ("MPIF-1"), cadeia de proteína alfa estimuladora de macrófagos ("MSPalfa"), proteína 1 de montagem de nucleossoma tipo 4 ("NAP-2"), fosfoproteína secretada 1 ("osteopontina"), citocina pulmonar e regulada por ativação ("PARC"), fator plaquetário 4 ("PF4"), fator derivado de células estromais- 1 alfa ("SDF-1 alfa"), ligante (com motivo C-C) de quimiocina 17 ("TARC"), quimiocina expressa no timo ("TECK"), linfopoietina estromal tímica ("TSLP 4- IBB"), antígeno CD 166 ("ALCAM"), agrupamento de diferenciação 80 ("B7-1"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 17 ("BCMA"), agrupamento de diferenciação 14 ("CD14"), agrupamento de diferenciação 30 ("CD30"), agrupamento de diferenciação 40 ("ligante de CD40"), molécula de adesão celular relacionada ao antígeno carcinoembrionário 1 (glicoproteína biliar) ("CEACAM-1"), receptor de morte 6 ("DR6"), deoxitimidina quinase ("Dtk"), glicoproteína de membrana tipo 1 ("endoglina"), proteína tirosina quinase receptora erbB-3 ("ErbB3"), molécula de adesão endotélio-leucócito 1 ("E-selectina"), antígeno da apoptose 1 ("Fas"), tirosina quinase semelhante a Fms 3 ("Flt-3L"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 1 ("GITR"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 14 ("HVEM"), molécula de adesão intercelular 3 ("ICAM-3"), IL-1 R4, IL-1
RI, IL-10 Rbeta, IL-17R, IL-2Rgama, IL-21R, proteína da membrana do lisossomo 2 ("LIMPII"), lipocalina associada a gelatinase neutrofílica ("lipocalina-2"), CD62L ("L-selectina"), endotélio linfático ("LYVE-1"), sequência relacionada ao polipeptídeo MHC classe I A ("MICA"), sequência relacionada ao polipeptídeo MHC classe I B ("MICB"), NRGl-betal, receptor do fator de crescimento derivado de plaquetas tipo beta ("PDGF Rbeta"), molécula de adesão celular endotelial de plaquetas ("PECAM-1"), RAGE, receptor celular do vírus da hepatite A 1 ("TIM-1"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral IOC ("TRAIL R3"), domínio de ligação à transglutaminase da proteína trapina ("trapina-2"), receptor de uroquinase ("uPAR"), proteína de adesão celular vascular 1 ("VCAM-1"), XEDARActivina A, proteína relacionada a Agouti ("AgRP"), ribonuclease 5 ("angiogenina"), angiopoietina 1, angiostatina, cateprina S, CD40, proteína da família críptica IB ("cripto-1"), DAN, proteína relacionada a Dickkopf 1 ("DKK-1"), E-caderina, molécula de adesão celular epitelial ("EpCAM"), ligante de Fas (FasL ou CD95L), Fcg RIIB/C, FoUistatina, galectina-7, molécula de adesão intercelular 2 ("ICAM-2"), IL-13 Rl, IL- 13R2, IL-17B, IL-2 Ra, IL-2 Rb, IL-23, LAP, molécula de adesão celular neuronal ("NrCAM"), inibidor do ativador de plasminogênio- 1 ("PAI-1"), receptores do fator de crescimento derivado de plaquetas ("PDGF- AB"), resistina, fator derivado de células estromais 1 ("SDF-1 beta"), sgpl30, proteína relacionada a frizzled secretada 2 ("ShhN"), lectinas do tipo imunoglobulina de ligação ao ácido siálico ("Siglec-5"), ST2, fator de crescimento transformador-beta 2 ("TGF beta 2"), Tie-2, trombopoietina ("TPO"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 10D ("TRAIL R4"), receptor de disparo expresso em células mieloides 1 ("TREM-1"), fator de crescimento endotelial vascular C ("VEGF-C"), VEGFRlAdiponectina, adipsina ("AND"), alfa- fetoproteína ("AFP"), angiopoietina-tipo 4 ("ANGPTL4"), beta-2-
microglobulina ("B2M"), molécula de adesão de células basais ("BCAM"), antígeno do carboidrato 125 ("CA125"), antígeno de câncer 15-3 ("CA15-3"), antígeno carcinoembrionário ("CEA"), proteína receptora de cAMP ("CRP"), receptor do fator de crescimento epidérmico humano 2 ("ErbB2"), folistatina, hormônio estimulador de folículos ("FSH"), ligante (com motivo C-X-C) de quimiocina 1 ("GRO alfa"), gonadotropina coriônica humana ("beta HCG"), receptor do fator de crescimento semelhante à insulina 1 ("IGF-1 sR"), IL-1 sRII, IL-3, IL- 18 Rb, IL-21, leptina, matriz metaloproteinase-1 ("MMP-1"), matriz metaloproteinase-2 ("MMP-2"), matriz metaloproteinase-3 ("MMP-3"), matriz metaloproteinase-8 ("MMP-8"), matriz metaloproteinase-9 ("MMP-9"), matriz metaloproteinase-10 ("MMP-10"), matriz metaloproteinase-13 ("MMP-13"), molécula de adesão de células neurais ("NCAM-1"), entactina ("Nidogen-1"), enolase específica de neurônios ("NSE"), oncostatina M ("OSM"), procalcitonina, prolactina, antígeno específico da próstata ("PSA"), lectina do tipo Ig de ligação ao ácido siálico 9 ("Siglec-9"), ADAM 17 endopeptidase ("TACE"), tireoglobulina, inibidor da metaloproteinase 4 ("TIMP-4"), TSH2B4, proteína contendo domínio desintegrina e metaloproteinase 9 ("ADAM- 9"), angiopoietina 2, membro da superfamília do ligante do fator de necrose tumoral 13/membro da superfamília da fosfoproteína nuclear 32 rica em leucina ácida B ("APRIL"), proteína morfogenética óssea 2 ("BMP-2"), proteína morfogenética óssea 9 ("BMP-9"), componente complemento 5a ("C5a"), catepsina L, CD200, CD97, quemerina, membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 6B ("DcR3"), proteína de ligação ao ácido graxo 2 ("FABP2"), proteína de ativação de fibroblastos, alfa ("FAP"), fator de crescimento de fibroblastos 19 ("FGF-19"), galectina-3, receptor do fator de crescimento de hepatócitos ("HGF R"), IFN-gamalfa/beta R2, fator de crescimento semelhante à insulina 2 ("IGF-2"), receptor do fator de crescimento semelhante à insulina 2 ("IGF-2 R"), receptor de interleucina-1 6 ("IL-1R6"), interleucina 24 ("IL-24"), interleucina 33 ("IL-33", calicreína 14, asparaginil endopeptidase ("legumaína"), receptor de lipoproteína de baixa densidade oxidado 1 ("LOX-1"), lectina de ligação à manose ("MBL"), neprilisina ("NEP"), homólogo de Notch 1 associado à translocação (drosofila) ("Notch-1"), nefroblastoma superexpresso ("NOV"), osteoactivina, proteína de morte celular programada 1 ("PD-1"), N-acetilmuramoil-L-alanina amidase ("PGRP-5"), serpina A4, proteína a relacionada a frizzled secretada 3 ("sFRP-3"), trombomodulina, receptor do tipo Toll 2 ("TLR2"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 10A ("TRAIL Rl"), transferrina ("TRF"), WIF-lACE-2, albumina, AMICA, angiopoietina 4, fator de ativação de células B ("BAFF"), antígeno do carboidrato 19-9 ("CA19-9"), CD 163 , clusterina, CRT AM, ligante (com motivo C-X-C) de quimiocina 14 ("CXCL14"), cistatina C, decorina ("DCN"), proteína relacionada a Dickkopf 3 ("Dkk-3"), proteína tipo delta 1 ("DLL1"), fetuína A, fator de crescimento de ligação à heparina 1 ("aFGF"), receptor alfa de folato ("FOLR1"), furina, proteína de classificação associada a GPCR 1 ("GASP-1"), proteína de classificação associada a GPCR 2 ("GASP-2"), receptor do fator estimulador de colônia de granulócitos ("GCSF R"), hepsina serina protease ("HAI-2"), receptor de interleucina-17B ("IL-17B R"), interleucina 27 ("IL-27"), gene de ativação de linfócitos 3 ("LAG-3"), apolipoproteína A-V ("LDL R"), pepsinogênio I, proteína de ligação ao retinol 4 ("RBP4"), SOST, proteoglicado de sulfato de heparano ("Syndecan-1"), membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 13B ("TACI"), inibidor da via do fator tecidual ("TFPI"), TSP-1, superfamília do receptor do fator de necrose tumoral, membro 10b ("TRAIL R2"), TRANCE, troponina I, ativador do plasminogênio de uroquinase ("uPA"), caderina 5, caderina tipo 2 ou VE (endotelial vascular) também conhecida como CD144 ("VE-caderina"), proteína da via de sinalização induzível por WNTl 1 ("WISP-1") e ativador do receptor de fator nuclear κ B ("RANK").
61. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19, a 60, caracterizada pelo fato de que o agente imunoterápico compreende um adjuvante.
62. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 61, caracterizada pelo fato de que o adjuvante é selecionado dentre o grupo que consiste em uma proteína imunomoduladora, adjuvante 65, α-GalCer, fosfato de alumínio, hidróxido de alumínio, fosfato de cálcio, peptídeo β-glucano, CpG DNA, GPI-0100, lipídio A, lipopolissacarídeo, Lipovant, montanida, N- acetil-muramil-L-alanil-D-isoglutamina, Pam3CSK4, quil A e dimicolato de trealose.
63. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 16 a 62, caracterizada pelo fato de que o agente terapêutico contra câncer compreende um inibidor de angiogênese.
64. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 63, caracterizada pelo fato de que o inibidor de angiogênese é selecionado dentre o grupo que consiste em bevacizumabe (Avastin®), ziv-aflibercept (Zaltrap®), sorafenibe (Nexavar®), sunitinibe (Sutent®), pazopanibe (Votrient®), regorafenibe (Stivarga®) e cabozantinibe (Cometriq™).
65.Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 16 a 64, caracterizada pelo fato de que o agente terapêutico contra câncer compreende um antibiótico.
66. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 65, caracterizada pelo fato de que o antibiótico é selecionado dentre o grupo que consiste em aminoglicosídeos,
ansamicinas, carbacefemas, carbapenemas, cefalosporinas, glicopeptídeos, lincosamidas, lipopeptídeos, macrolidas, monobactamas, nitrofuranos, oxazolidononas, penicilinas, antibióticos polipeptídicos, quinolonas, fluoroquinolona, sulfonamidas, tetraciclinas, compostos antimicobacterianos e combinações dos mesmos.
67. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 16 a 66, caracterizada pelo fato de que o agente terapêutico contra câncer compreende bactérias terapêuticas.
68. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 67, caracterizada pelo fato de que a composição compreende, ainda, um prebiótico.
69. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 68, caracterizada pelo fato de que o prebiótico é um fruto-oligossacarídeo, um galacto-oligossacarídeo, um trans-galacto- oligossacarídeo, um xilo-oligossacarídeo, um quito-oligossacarídeo, um oligossacarídeo de soja, um gentio-oligossacarídeo, um isomalto- oligossacarídeo, um mano-oligossacarídeo, um malto-oligossacarídeo, um manano-oligossacarídeo, lactulose, lactossacarose, palatinose, glicosil sacarose, goma guar, goma arábica, tagalose, amilose, amilopectina, pectina, xilana ou uma ciclodextrina.
70. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 15, caracterizada pelo fato de que o agente terapêutico adicional compreende um antibiótico.
71. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 70, caracterizada pelo fato de que o antibiótico é selecionado dentre o grupo que consiste em aminoglicosídeos, ansamicinas, carbacefemas, carbapenemas, cefalosporinas, glicopeptídeos, lincosamidas, lipopeptídeos, macrolidas, monobactamas, nitrofuranos, oxazolidononas, penicilinas, antibióticos polipeptídicos, quinolonas, fluoroquinolona, sulfonamidas, tetraciclinas,
compostos antimicobacterianos e combinações dos mesmos.
72. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 70 ou 71, caracterizada pelo fato de que o agente terapêutico adicional compreende bactérias terapêuticas.
73. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 15, caracterizada pelo fato de que o agente terapêutico adicional compreende um agente imunossupressor, um DMARD, um fármaco de controle de dor, um esteroide, um fármaco anti-inflamatório não esteroide (NSAID) ou um antagonista de citocina, e combinações dos mesmos.
74. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 74, caracterizada pelo fato de que o agente terapêutico adicional é selecionado dentre o grupo que consiste em ciclosporina, retinoides, corticosteroides, derivado de ácido propiônico, derivado de ácido acético, derivados de ácido enólico, derivados de ácido fenâmico, inibidores de Cox-2, lumiracoxibe, ibuprofeno, magnésio salicilato de colina, fenoprofeno, salsalato, difunisal, tolmetina, cetoprofeno, flurbiprofeno, oxaprozina, indometacina, sulindac, etodolac, cetorolac, nabumetona, naproxeno, valdecoxibe, etoricoxibe, MK0966; rofecoxibe, acetominofeno, celecoxibe, diclofenac, tramadol, piroxicam, meloxicam, tenoxicam, droxicam, lornoxicam, isoxicam, ácido mefanâmico, ácido meclofenâmico, ácido flufenâmico, tolfenamic, valdecoxibe, parecoxibe, etodolac, indometacina, aspirina, ibuprofeno, firocoxibe, metotrexato (MTX), fármacos antimaláricos (por exemplo, hidroxicloroquina e cloroquina), sulfassalazina, leflunomida, azatioprina, ciclosporina, sais de ouro, minociclina, ciclofosfamida, D- penicilamina, minociclina, auranofina, tacrolimus, miocrisina, clorambucila, antagonistas de TNF alfa (por exemplo, antagonistas de TNF alfa ou antagonistas do receptor de TNF alfa), por exemplo, ADALIMUMABE (Humira®), ETANERCEPT (Enbrel®), INFLIXIMABE
(Remicade®; TA-650), CERTOLIZUMABE PEGOL (Cimzia®; CDP870), GOLIMUMABE (Simpom®; CNTO 148), ANAKINRA (Kineret®), RITUXIMABE (Rituxan®; MabThera®), ABATACEPT (Orencia®), TOCILIZUMABE (RoActemra /Actemra®), antagonistas de integrina (TYSABRI® (natalizumabe)), antagonistas de IL-1 (ACZ885 (Ilaris)), Anakinra (Kineret®)), antagonistas de CD4, antagonistas de IL-23, antagonistas de IL-20, antagonistas de IL-6, antagonistas de BLyS (por exemplo, Atacicept, Benlysta®/ LymphoStat-B® (belimumabe)), inibidores de p38, antagonistas de CD20 (ocrelizumabe, ofatumumabe (Arzerra®)), antagonistas de interferon gama (fontolizumabe), prednisolona, prednisona, dexametasona, cortisol, cortisona, hidrocortisona, metilprednisolona, betametasona, triancinolona, beclometasoma, fludrocortisona, desoxicorticosterona, aldosterona, doxiciclina, vancomicina, pioglitazona, SBI-087, SCIO- 469, Cura-100, oncoxina + viusida, TwHF, metoxsaleno, vitamina D - ergocalciferol, milnaciprano, paclitaxel, rosig tazona, tacrolimus (Prograf®), RADOOl, rapamune, rapamicina, fostamatinibe, fentanila, XOMA 052, fostamatinibe dissódico, rosigtazona, curcumina (Longvida™), rosuvastatina, maraviroc, ramipnl, milnaciprano, cobiprostona, somatropina, vetor de terapia do gene tgAAC94, MK0359, GW856553, esomeprazol, everolimus, trastuzumabe, inibidores de JAKl e JAK2, inibidores de pan JAK, por exemplo, piridona tetracíclica 6 (P6), 325, PF-956980, denosumabe, antagonistas de IL-6, antagonistas de CD20, antagonistas de CTLA4, antagonistas de IL-8, antagonistas de IL-21, antagonistas de IL-22, antagonistas de integrina (Tysarbri® (natalizumabe)), antagonistas de VGEF, antagonistas de CXCL, antagonistas de MMP, antagonistas de defensina, antagonistas de IL-1 (incluindo antagonistas de IL-1 beta) e antagonistas de IL-23 (por exemplo, engodos receptores, anticorpos antagonistas).
75. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 74, caracterizada pelo fato de que o agente imunossupressor é acorticosteroides, mesalazina, mesalamina, sulfassalazina, derivados de sulfassalazina, fármacos imunossupressores, ciclosporina A, mercaptopurina, azatiopurina, prednisona, metotrexato, anti-histaminas, glicocorticoides, epinefrina, teofilina, cromolina sódica, antileucotrienos, fármacos anticolinérgicos para rinite, antagonistas de TLR, inibidores de inflamassoma, descongestionantes anticolinérgicos, estabilizadores de mastócitos, anticorpos monoclonais anti-IgE, vacinas (por exemplo, vacinas usadas para vacinação em que a quantidade de um alergênio é gradualmente aumentada), inibidores de citocina, tais como anticorpos anti-IL-6, inibidores de TNF, tais como infliximabe, adalimumabe, certolizumabe pegol, golimumabe ou etanercept, e combinações dos mesmos.
76. Método para tratar uma doença em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 15.
77. Método, de acordo com a reivindicação 76, caracterizado pelo fato de que a doença é uma doença autoimune, uma doença inflamatória, uma doença metabólica ou um câncer.
78. Método para tratar câncer em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a
69.
79. Método para aumentar um microbioma em um sujeito que tem câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 69, ao sujeito, de modo que as EVs e/ou bactérias sejam adicionadas a um nicho no sujeito.
80. Método para depletar um tumor de bactérias associadas ao câncer em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 69, ao sujeito, de modo que as EVs e/ou bactérias sejam adicionadas a um nicho no sujeito.
81. Método para alterar um microbioma tumoral em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 69, ao sujeito, de modo que as EVs e/ou bactérias sejam adicionadas a um nicho no sujeito.
82. Método para alterar um microbioma de nódulo linfático mesentérico em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 69, ao sujeito, de modo que as EVs e/ou bactérias sejam adicionadas a um nicho no sujeito.
83. Método para alterar uma apresentação de antígeno por células dendríticas em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, d como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 69, ao sujeito, de modo que as EVs e/ou bactérias sejam adicionadas a um nicho no sujeito.
84. Método para ativar células epiteliais em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 69, ao sujeito, de modo que as EVs e/ou bactérias sejam adicionadas a um nicho no sujeito.
85. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 79 a 84, caracterizado pelo fato de que o nicho está no trato gastrointestinal do sujeito.
86. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 79 a 84, caracterizado pelo fato de que o nicho está no trato urogenital do sujeito.
87. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 79 a 84, caracterizado pelo fato de que o nicho está no trato respiratório do sujeito.
88. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 79 a 87, caracterizado pelo fato de que as EVs e/ou bactérias são provenientes de uma bactéria associada ao câncer.
89. Método, de acordo com a reivindicação 88, caracterizado pelo fato de que a bactéria associada ao câncer é de uma espécie selecionada dentre o grupo que consiste nas espécies bacterianas listadas na Tabela 2.
90. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 88 e 89, caracterizado pelo fato de que as EVs e/ou bactérias são provenientes de uma bactéria obrigatoriamente anaeróbica.
91. Método, de acordo com a reivindicação 90, caracterizado pelo fato de que a bactéria obrigatoriamente anaeróbica é de um gênero selecionado dentre o grupo que consiste em Bacteroides, Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium, Bilophila, Sutterella, Peptostreptococcus, Clostridium, Actinomyces Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Streptococcus, Veillonella, Agathobaculum, Atopobium, Blautia, Burkholderia, Dielma, Longicatena, Paraclostridium, Turicibacter e Tyzzerella.
92. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 79 a 87, caracterizado pelo fato de que as EVs e/ou bactérias são provenientes de uma bactéria de um gênero selecionado dentre o grupo que consiste em Escherichia, Klebsiella, Lactobacillus,
Shigella e Staphylococcus.
93. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 79 a 92, caracterizado pelo fato de que o câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em malignidade hematológica, leucemia não linfocítica aguda, leucemia linfocítica crônica, leucemia granulocítica aguda, leucemia granulocítica crônica, leucemia promielocítica aguda, leucemia de células T do adulto, leucemia aleucêmica, uma leucemia leucocitêmica, leucemia basofílica, leucemia de células blásticas, leucemia bovina, leucemia mielocítica crônica, leucemia cutânea, leucemia embrionária, leucemia eosinofílica, leucemia de Gross, leucemia de células de Rieder, leucemia de Schilling, leucemia de células-tronco, leucemia subleucêmica, leucemia celular indiferenciada, leucemia de células pilosas, leucemia hemoblástica, leucemia hemocitoblástica, leucemia histiocítica, leucemia de células-tronco, leucemia monocítica aguda, leucemia leucopênica, leucemia linfática, leucemia linfoblástica, leucemia linfocítica, leucemia linfogênica, leucemia linfoide, leucemia de células de linfossarcoma, leucemia de mastócitos, leucemia megacariocítica, leucemia micromieloblástica, leucemia monocítica, leucemia mieloblástica, leucemia mielocítica, leucemia granulocítica mieloide, leucemia mileomonocítica, leucemia de Naegeli, leucemia de células plasmáticas, leucemia plasmacítica, leucemia promielocítica, carcinoma acinar, carcinoma acinoso, carcinoma adenocístico, carcinoma cístico adenoide, carcinoma adenomatoso, carcinoma do córtex adrenal, carcinoma alveolar, carcinoma celular alveolar, carcinoma de células basais, carcinoma basocelular, carcinoma basaloide, carcinoma de células basoescamosas, carcinoma bronquioalveolar, carcinoma bronquiolar, carcinoma broncogênico, carcinoma cerebriforme, carcinoma colangiocelular, carcinoma coriônico, carcinoma coloide, carcinoma de comedo, carcinoma do corpo, carcinoma cribriforme, carcinoma en cuirasse, carcinoma cutâneo, carcinoma cilíndrico, carcinoma de células cilíndricas, carcinoma de duto, carcinoma duro, carcinoma embrionário, carcinoma encefaloide, carcinoma epienoide, carcinoma epitelial adenoide, carcinoma exofítico, carcinoma ex ulcere, carcinoma fibroso, carcinoma gelatiniforme, carcinoma gelatinoso, carcinoma de células gigantes, carcinoma de células de anel em sinete, carcinoma simplex, carcinoma de células pequenas, carcinoma solanoide, carcinoma de células esferoidais, carcinoma de células fusiformes, carcinoma esponjoso, carcinoma escamoso, carcinoma de células escamosas, carcinoma de cordas, carcinoma telangiectásico, carcinoma telangiectoide, carcinoma de células de transição, carcinoma tuberoso, carcinoma tuberoso, carcinoma verrucoso, carcinoma viloso, carcinoma gigantocelular, carcinoma glandular, carcinoma de células granulosas, carcinoma de matriz capilar, carcinoma hematoide, carcinoma hepatocelular, carcinoma de células de Hurthle, carcinoma hialino, carcinoma hipernefroide, carcinoma embrionário infantil, carcinoma in situ, carcinoma intraepidérmico, carcinoma intraepitelial, carcinoma de Krompecher, carcinoma de células de Kulchitzky, carcinoma de células grandes, carcinoma lenticular, carcinoma lenticular, carcinoma lipomatoso, carcinoma linfoepitelial, carcinoma medular, carcinoma medular, carcinoma melanótico, carcinoma molle, carcinoma mucinoso, carcinoma muciparo, carcinoma mucocelular, carcinoma mucoepidermoide, carcinoma mucoso, carcinoma do muco, carcinoma mixomatoide, carcinoma nasofaríngeo, carcinoma de células tipo grão de aveia, carcinoma ossificante, carcinoma osteoide, carcinoma papilar, carcinoma periportal, carcinoma pré-invasivo, carcinoma de células espinhosas, carcinoma pultáceo, carcinoma de células renais do rim, carcinoma de células de reserva, carcinoma sarcomatoide, carcinoma schneideriano, carcinoma escirroso,
carcinoma do escroto, condrossarcoma, fibrossarcoma, linfossarcoma, melanossarcoma, mixossarcoma, osteossarcoma, sarcoma endometrial, sarcoma estromal, sarcoma de Ewing, sarcoma fascial, sarcoma fibroblástico, sarcoma de células grandes, sarcoma de Abemethy, sarcoma adiposo, lipossarcoma, sarcoma alveolar de partes moles, sarcoma ameloblástico, sarcoma botrioide, sarcoma cloroma, coriocarcinoma, sarcoma embrionário, sarcoma tumoral de Wilms, sarcoma granulocítico, sarcoma de Hodgkin, sarcoma hemorrágico pigmentado múltiplo idiopático, sarcoma imunoblástico de células B, linfoma, sarcoma imunoblástico de células T, sarcoma de Jensen, sarcoma de Kaposi, sarcoma de células de Kupffer, angiossarcoma, leucossarcoma, sarcoma mesenquimatoso maligno, sarcoma parosteal, sarcoma reticulocítico, sarcoma de Rous, sarcoma serocístico, sarcoma sinovial, sarcoma telangiectásico, doença de Hodgkin, linfoma não Hodgkin, mieloma múltiplo, neuroblastoma, câncer de mama, câncer de ovário, câncer de pulmão, rabdomiossarcoma, trombocitose primária, macroglobulinemia primária, tumores pulmonares de células pequenas, tumores cerebrais primários, câncer de estômago, câncer de cólon, insulanoma pancreático maligno, carcinoide maligno, lesões cutâneas pré- malignas, câncer testicular, linfomas, câncer da tireoide, neuroblastoma, câncer de esôfago, câncer do trato geniturinário, hipercalcemia maligna, câncer do colo do útero, câncer endometrial, câncer cortical adrenal, melanoma de Harding-Passey, melanoma juvenil, melanoma lentigo maligno, melanoma maligno, melanoma acral-lentiginoso, melanoma amelanótico, melanoma juvenil benigno, melanoma de Cloudman, melanoma S91, melanoma nodular, melanoma subungueal, plasmacitoma, câncer colorretal, câncer retal e melanoma de espalhamento superficial.
94. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 76 a 93, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por via oral.
95. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 76 a 93, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por via intravenosa.
96. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 76 a 93, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por via intratumoral.
97. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 76 a 93, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por via subtumoral.
98. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 76 a 93, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por injeção subcutânea, intradérmica ou intraperitoneal.
99. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 76 a 93, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por via intratumoral com uma matriz de liberação controlada.
100. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 78 a 99, caracterizado pelo fato de que a administração da composição farmacêutica trata o câncer.
101. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 78 a 100, caracterizado pelo fato de que a administração da composição farmacêutica induz uma resposta imunológica antitumoral.
102. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 78 a 101, caracterizado pelo fato de que a terapia contra câncer compreende terapia de radiação.
103. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 76 a 102, caracterizado pelo fato de que compreende, ainda, administrar um antibiótico ao sujeito.
104. Método, de acordo com a reivindicação 103, caracterizado pelo fato de que o antibiótico é selecionado dentre o grupo que consiste em aminoglicosídeos, ansamicinas, carbacefemas, carbapenemas, cefalosporinas, glicopeptídeos, lincosamidas, lipopeptídeos, macrolidas, monobactamas, nitrofuranos, oxazolidononas, penicilinas, antibióticos polipeptídicos, quinolonas, fluoroquinolona, sulfonamidas, tetraciclinas, compostos antimicobacterianos e combinações dos mesmos.
105. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 78 a 104, caracterizado pelo fato de que a terapia contra câncer compreende administrar, ao sujeito, bactérias terapêuticas.
106. Método para tratar um distúrbio imunológico em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende administrar, ao sujeito, uma composição farmacêutica, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 15 e 71 a 75.
107. Método, de acordo com a reivindicação 106, caracterizado pelo fato de que o distúrbio imunológico é selecionado dentre o grupo que consiste em alopecia universalizada disseminada aguda, doença de Behcet, doença de Chagas, síndrome da fadiga crônica, disautonomia, encefalomielite, espondilite anquilosante, anemia aplásica, hidradenite supurativa, hepatite autoimune, ooforite autoimune, doença celíaca, doença de Crohn, diabetes mellitus tipo 1, arterite de células gigantes, síndrome de Goodpasture, doença de Grave, síndrome de Guillain-Barre, doença de Hashimoto, púrpura de Henoch-Schonlein, doença de Kawasaki, lúpus eritematoso, colite microscópica, poliarterite microscópica, doença mista do tecido conjuntivo, síndrome de Muckle-Wells, esclerose múltipla, miastenia grave, síndrome do opsoclonus-mioclonus, neurite óptica, tireoidite de Ord, pênfigo, poliarterite nodosa, polimialgia, artrite reumatoide, síndrome de Reiter, síndrome de Sjogren, arterite temporal, granulomatose de Wegener, anemia hemolítica autoimune quente, cistite intersticial, doença de lyme, morfeia, psoríase, sarcoidose, escleroderma, colite ulcerativa, vitiligo, hipersensibilidade ao contato, dermatite de contato (incluindo a causada por hera venenosa), urticária, alergias cutâneas, alergias respiratórias (febre do feno, rinite alérgica, alergia a ácaros residenciais) e enteropatia sensível a glúten (doença celíaca), apendicite, dermatite, dermatomiosite, endocardite, fibrosite, gengivite, glossite, hepatite, hidradenite supurativa, irite, laringite, mastite, miocardite, nefrite, otite, pancreatite, parotite, percardite, peritonite, faringite, pleurite, pneumonite, prostatite, pielonefrite e estomatite, rejeição a transplante (envolvendo órgãos, tais como rim, fígado, coração, pulmão, pâncreas (por exemplo, células de ilhotas), medula óssea, córnea, intestino delgado, aloenxertos cutâneos, homoenxertos cutâneos e xenoenxertos de válvulas cardíacas, doença de soro e doença do enxerto vs. hospedeiro), pancreatite aguda, pancreatite crônica, síndrome do desconforto respiratório agudo, síndrome de Sexary, hiperplasia adrenal congênita, tiroidite não supurativa, hipercalcemia associada ao câncer, pênfigo, dermatite bolhosa herpetiforme, eritema multiforme grave, dermatite esfoliativa, dermatite seborreica, rinite alérgica sazonal ou perene, asma brônquica, dermatite de contato, dermatite atópica, reações de hipersensibilidade a fármacos, conjuntivite alérgica, queratite, herpes zoster oftálmico, irite e oiridociclite, coriorretinite, neurite óptica, sarcoidose sintomática, quimioterapia da tuberculose pulmonar fulminante ou disseminada, púrpura trombocitopênica idiopática em adultos, trombocitopenia secundária em adultos, anemia hemolítica adquirida (autoimune), leucemia e linfomas em adultos, leucemia aguda da infância, enterite regional, vasculite autoimune, esclerose múltipla, doença pulmonar obstrutiva crônica, rejeição a transplante de órgãos sólidos, sepse. Tratamentos preferenciais incluem tratamento de rejeição a transplante, artrite reumatoide, artrite psoriática, esclerose múltipla, diabetes tipo 1, asma, doença inflamatória intestinal, lúpus eritematoso sistêmico, psoríase, doença pulmonar obstrutiva crônica e inflamação acompanhada de afecções infecciosas (por exemplo, sepse).
108. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 106 e 107, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por via oral.
109. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 106 e 107, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por via intravenosa.
110. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 106 e 107, caracterizado pelo fato de que a composição farmacêutica é administrada por injeção subcutânea, intradérmica ou intraperitoneal.
111. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 70 a 110, caracterizado pelo fato de que compreende, ainda, administrar um prebiótico ao sujeito.
112. Método, de acordo com a reivindicação 111, caracterizado pelo fato de que o prebiótico é um fruto-oligossacarídeo, um galacto-oligossacarídeo, um trans-galacto-oligossacarídeo, um xilo-oligossacarídeo, um quito-oligossacarídeo, um oligossacarídeo de soja, um gentio-oligossacarídeo, um isomalto-oligossacarídeo, um mano-oligossacarídeo, um malto-oligossacarídeo, um manano- oligossacarídeo, lactulose, lactossacarose, palatinose, glicosil sacarose, goma guar, goma arábica, tagalose, amilose, amilopectina, pectina, xilana ou uma ciclodextrina.
113. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 70 a 112, caracterizado pelo fato de que o sujeito é um ser humano.
114. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 70 a 112, caracterizado pelo fato de que o sujeito é um mamífero não humano.
115. Método, de acordo com a reivindicação 114, caracterizado pelo fato de que o mamífero é selecionado dentre o grupo que consiste em um cão, um gato, uma vaca, um cavalo, um porco, um jumento, uma cabra, um camelo, um camundongo, um rato, um porquinho da índia, uma ovelha, uma lhama, um macaco, um gorila ou um chimpanzé.
116. Método para gerar uma bactéria geneticamente modificada, caracterizado pelo fato de que compreende introduzir, na bactéria, uma modificação que resulte no aumento da produção de EVs.
117. Método, de acordo com a reivindicação 116, caracterizado pelo fato de que a bactéria é de uma espécie selecionada dentre o grupo que consiste nas espécies bacterianas listadas na Tabela 1, Blautia massiliensis, Paraclostridium benzoelyticum, Dielma fastidiosa, Longicatena caecimuris e Veillonella tobetsuensis.
118. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 116 e 117, caracterizado pelo fato de que a bactéria é uma bactéria obrigatoriamente anaeróbica.
119. Método, de acordo com a reivindicação 118, caracterizado pelo fato de que a bactéria obrigatoriamente anaeróbica é de um gênero selecionado dentre o grupo que consiste em Bacteroides, Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium, Bilophila, Sutterella, Peptostreptococcus, Clostridium, Actinomyces,
Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Streptococcus, Veillonella Agathobaculum, Atopobium, Blautia, Burkholderia, Dielma, Longicatena, Paraclostridium, Turicibacter e Tyzzerella.
120. Método, de acordo com a reivindicação 115, caracterizado pelo fato de que a bactéria é de um gênero selecionado dentre o grupo que consiste em Escherichia, Klebsiella, Lactobacillus, Shigella e Staphylococcus.
121. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 116 a 119, caracterizado pelo fato de que a bactéria é modificada por evolução dirigida.
122. Método, de acordo com a reivindicação 121, caracterizado pelo fato de que a evolução dirigida compreende a exposição da bactéria a uma condição ambiental sob a qual a produção melhorada de EV melhora a sobrevivência bacteriana.
123. Método, de acordo com a reivindicação 122, caracterizado pelo fato de que a condição ambiental requer a estabilidade da EV a um pH menor ou igual a 4.
124. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 116 a 123, caracterizado pelo fato de que compreende uma triagem de bactérias mutagenizadas com o uso de um ensaio que detecta o aumento da produção de EV.
125. Método, de acordo com a reivindicação 124, caracterizado pelo fato de que compreende, ainda, mutagenizar as bactérias.
126. Método, de acordo com a reivindicação 124 ou 125, caracterizado pelo fato de que as bactérias são mutagenizadas mediante a exposição a um mutagênico químico ou radiação UV.
127. Método para gerar uma bactéria geneticamente modificada, caracterizado pelo fato de que compreende introduzir, na bactéria, uma modificação que resulte na produção de EVs com uma propriedade terapêutica melhorada pela bactéria.
128. Método, de acordo com a reivindicação 127, caracterizado pelo fato de que a propriedade terapêutica melhorada compreende administração oral melhorada.
129. Método, de acordo com a reivindicação 127, caracterizado pelo fato de que a propriedade terapêutica melhorada compreende estabilidade a um pH menor ou igual a 4.
130. Método, de acordo com a reivindicação 127, caracterizado pelo fato de que a propriedade terapêutica melhorada compreende estabilidade a uma concentração de ácido biliar entre 0,2% e 2%.
131. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 127 a 130, caracterizado pelo fato de que a propriedade terapêutica melhorada compreende aumento da ativação imunológica.
132. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 127 a 131, caracterizado pelo fato de que a bactéria é de uma espécie selecionada dentre o grupo que consiste nas espécies bacterianas listadas na Tabela 1, Blautia massiliensis, Paraclostridium benzoelyticum, Dielma fastidiosa, Longicatena caecimuris e Veillonella tobetsuensis.
133. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 127 a 131, caracterizado pelo fato de que a bactéria é uma bactéria associada ao câncer.
134. Método, de acordo com a reivindicação 133, caracterizado pelo fato de que a bactéria associada ao câncer é de uma espécie selecionada dentre o grupo que consiste nas espécies bacterianas listadas na Tabela 2.
135. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 127 a 133, caracterizado pelo fato de que a bactéria é uma bactéria obrigatoriamente anaeróbica.
136. Método, de acordo com a reivindicação 134, caracterizado pelo fato de que a bactéria obrigatoriamente anaeróbica é de um gênero selecionado dentre o grupo que consiste em Bacteroides, Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium, Bilophila, Sutterella, Peptostreptococcus, Clostridium, Actinomyces, Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Streptococcus, Veillonella Agathobaculum, Atopobium, Blautia, Burkholderia, Dielma, Longicatena, Paraclostridium, Turicibacter e Tyzzerella.
137. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 127 a 134, caracterizado pelo fato de que a bactéria é de um gênero selecionado dentre o grupo que consiste em Escherichia, Klebsiella, Lactobacillus, Shigella e Staphylococcus.
138. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 127 a 137, caracterizado pelo fato de que a bactéria é modificada por evolução dirigida.
139. Método, de acordo com a reivindicação 138, caracterizado pelo fato de que a evolução dirigida compreende a exposição da bactéria a uma condição ambiental sob a qual a estabilidade de EVs a um pH menor ou igual a 4 melhora a sobrevivência bacteriana.
140. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 127 a 139, caracterizado pelo fato de que compreende uma triagem de bactérias mutagenizadas com o uso de um ensaio que detecta o aumento da ativação de uma resposta imunológica.
141. Método, de acordo com a reivindicação 140, caracterizado pelo fato de que compreende, ainda, mutagenizar as bactérias.
142. Método, de acordo com a reivindicação 140 ou 141, caracterizado pelo fato de que as bactérias são mutagenizadas mediante a exposição a um mutagênico químico ou radiação UV.
143. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 140 a 142, caracterizado pelo fato de que o ensaio é um ensaio in vivo, um ensaio ex vivo ou um ensaio in vitro.
144. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 138 a 143, caracterizado pelo fato de que o ensaio é um ensaio de resposta imunológica in vivo.
145. Método, de acordo com a reivindicação 144, caracterizado pelo fato de que o ensaio de extermínio tumoral in vivo é realizado em camundongos.
146. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 140 a 142, caracterizado pelo fato de que o ensaio é um ensaio de resposta imunológica in vitro.
147. Bactéria modificada, caracterizada pelo fato de ser gerada em conformidade com o método, como definido em qualquer uma das reivindicações 127 a 146.
148. Método para a cultura de uma bactéria para a produção melhorada de EV, caracterizado pelo fato de que compreende cultivar as bactérias sob condições de crescimento indutoras de estresse.
149. Método, de acordo com a reivindicação 148, caracterizado pelo fato de que as condições de crescimento indutoras de estresse compreendem crescimento na presença de concentrações subinibitórias de um antibiótico.
150. Método, de acordo com a reivindicação 149, caracterizado pelo fato de que o antibiótico é selecionado dentre o grupo que consiste em aminoglicosídeos, ansamicinas, carbacefemas, carbapenemas, cefalosporinas, glicopeptídeos, lincosamidas, lipopeptídeos, macrolidas, monobactamas, nitrofuranos, oxazolidononas, penicilinas, antibióticos polipeptídicos, quinolonas, fluoroquinolona, sulfonamidas, tetraciclinas, compostos antimicobacterianos e combinações dos mesmos.
151. Método, de acordo com a reivindicação 148, caracterizado pelo fato de que as condições de crescimento indutoras de estresse compreendem crescimento na presença de concentrações subinibitórias de um peptídeo antimicrobiano do hospedeiro.
152. Método, de acordo com a reivindicação 151, caracterizado pelo fato de que o peptídeo antimicrobiano do hospedeiro é uma lisozima, uma defensina ou uma proteína Reg.
153. Método, de acordo com a reivindicação 148, caracterizado pelo fato de que as condições de crescimento indutoras de estresse compreendem crescimento na presença de concentrações subinibitórias de um peptídeo antimicrobiano produzido por bactérias.
154. Método, de acordo com a reivindicação 153, caracterizado pelo fato de que o peptídeo antimicrobiano produzido por bactérias é uma bacteriocina ou uma microcina.
155. Método, de acordo com a reivindicação 148, caracterizado pelo fato de que as condições de crescimento indutoras de estresse compreendem crescimento sob estresse de temperatura.
156. Método, de acordo com a reivindicação 148, caracterizado pelo fato de que as condições de crescimento indutoras de estresse compreendem crescimento sob condições de limitação de carbono.
157. Método, de acordo com a reivindicação 148, caracterizado pelo fato de que as condições de crescimento indutoras de estresse compreendem crescimento na presença de concentrações subinibitórias de sal.
158. Método, de acordo com a reivindicação 148, caracterizado pelo fato de que as condições de crescimento indutoras de estresse compreendem crescimento na presença de luz UV.
159. Método, de acordo com a reivindicação 148,
caracterizado pelo fato de que as condições de crescimento indutoras de estresse compreendem crescimento na presença de peróxido de hidrogênio.
160. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 148 a 159, caracterizado pelo fato de que a bactéria é de uma espécie selecionada dentre o grupo que consiste nas espécies bacterianas listadas na Tabela 1, Blautia massiliensis, Paraclostridium benzoelyticum, Dielma fastidiosa, Longicatena caecimuris e Veillonella tobetsuensis.
161. Biorreator, caracterizado pelo fato de ser que compreende uma bactéria modificada, como definida na reivindicação
147.
BR112020004264-1A 2017-09-08 2018-09-10 vesículas extracelulares bacterianas BR112020004264A2 (pt)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762556015P 2017-09-08 2017-09-08
US62/556,015 2017-09-08
US201862669151P 2018-05-09 2018-05-09
US62/669,151 2018-05-09
PCT/US2018/050211 WO2019051380A1 (en) 2017-09-08 2018-09-10 BACTERIAL EXTRACELLULAR (EV) VESICLES

Publications (1)

Publication Number Publication Date
BR112020004264A2 true BR112020004264A2 (pt) 2020-10-06

Family

ID=63832482

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
BR112020004264-1A BR112020004264A2 (pt) 2017-09-08 2018-09-10 vesículas extracelulares bacterianas

Country Status (14)

Country Link
US (2) US11524037B2 (pt)
EP (1) EP3678693A1 (pt)
JP (1) JP7369690B2 (pt)
KR (1) KR20200053531A (pt)
CN (1) CN111148531A (pt)
AR (1) AR113011A1 (pt)
AU (1) AU2018330322A1 (pt)
BR (1) BR112020004264A2 (pt)
CA (1) CA3075268A1 (pt)
CO (1) CO2020004233A2 (pt)
MA (1) MA50086A (pt)
MX (1) MX2020002659A (pt)
TW (1) TWI814739B (pt)
WO (1) WO2019051380A1 (pt)

Families Citing this family (128)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109563470B (zh) * 2016-06-14 2023-04-07 健康生物公司 对退行性脑疾病具有预防或治疗效果的agathobaculum属菌株及其应用
EP3436054B2 (en) 2016-09-13 2022-07-27 Allergan, Inc. Stabilized non-protein clostridial toxin compositions
JP2020528898A (ja) 2017-07-27 2020-10-01 ローカス アイピー カンパニー、エルエルシー 医薬品、サプリメント及び摂取物質のバイオアベイラビリティを増進する組成物
KR20200053531A (ko) 2017-09-08 2020-05-18 에벨로 바이오사이언시즈, 인크. 박테리아 세포외 소포
CN112074283A (zh) * 2018-02-06 2020-12-11 伊夫罗生物科学公司 使用韦荣氏球菌属细菌治疗癌症和免疫病症的组合物和方法
KR102122898B1 (ko) * 2018-02-26 2020-06-15 주식회사 엠디헬스케어 블라우티아 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도
WO2019178490A1 (en) 2018-03-15 2019-09-19 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating cancer and inflammation using klebsiella oxytoca
WO2019178494A1 (en) 2018-03-15 2019-09-19 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating cancer and inflammation using tyzzerella nexilis
WO2019178487A2 (en) 2018-03-15 2019-09-19 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating disease using klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae
BR112020017715A2 (pt) 2018-03-16 2020-12-29 Zoetis Services Llc Vacinas de peptídeo contra interleucina-31
WO2019232122A1 (en) * 2018-05-30 2019-12-05 University Of Florida Research Foundation, Inc. Mechanistic bacterial efector to prevent apoptosis of human beta cells
CN108949699B (zh) * 2018-08-03 2020-09-04 江南大学 一种分泌美洛昔康单克隆抗体的杂交瘤细胞株及其应用
US11541083B2 (en) 2018-09-27 2023-01-03 Research Development Foundation Methods and probiotic compositions for the treatment of bone disorders
CN109207425A (zh) * 2018-09-29 2019-01-15 中国医科大学附属口腔医院 牙龈卟啉单胞菌诱导巨噬细胞外泌体rna表达研究方法
US20220016189A1 (en) * 2018-12-10 2022-01-20 Md Healthcare Inc. Weissella bacteria-derived nanovesicle and use thereof
JP7291424B2 (ja) * 2019-01-09 2023-06-15 エムディー ヘルスケア インコーポレイテッド デイノコッカス属細菌由来ナノ小胞及びその用途
US20220047648A1 (en) * 2019-01-09 2022-02-17 Md Healthcare Inc. Nanovesicles derived from bacteria of genus rhodococcus, and use thereof
CN109762762A (zh) * 2019-01-11 2019-05-17 江苏大学 一种脂肽的高产菌株及其制备方法和用途
KR102285335B1 (ko) * 2019-02-14 2021-08-04 주식회사 엠디헬스케어 로치아 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도
BR112021016605A2 (pt) * 2019-02-22 2022-01-18 Evelo Biosciences Inc Preparações de membrana bacteriana
CN110195028B (zh) * 2019-03-08 2022-03-01 大连理工大学 一种堆肥低温复合发酵菌剂的制备方法及应用
US20220218811A1 (en) * 2019-04-17 2022-07-14 Codiak Biosciences, Inc. Methods of treating tuberculosis
CN111991427A (zh) * 2019-05-07 2020-11-27 瑞微（深圳）生物科技有限公司 肠道细菌在制备用于促进TCR γδ+T细胞增殖的药物中的应用
CN110317744B (zh) * 2019-05-08 2021-11-05 安徽农业大学 一种生产蓝紫色素的马赛菌及其生产蓝紫色素的方法
MX2021015427A (es) * 2019-06-11 2022-01-24 Evelo Biosciences Inc Vesiculas extracelulares microbianas procesadas.
WO2020257382A1 (en) * 2019-06-20 2020-12-24 Locus Ip Company, Llc Co-cultivation of a myxobacterium and acinetobacter for enhanced production of emulsan
CN114502182A (zh) * 2019-07-19 2022-05-13 芬奇治疗控股有限责任公司 用于治疗胃肠道病症的方法及产品
WO2021026130A1 (en) * 2019-08-05 2021-02-11 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods of treating psoriasis and atopic dermatitis using prevotella histicola
CN110577910B (zh) * 2019-09-17 2022-02-01 南京农业大学 一种侧孢短芽孢杆菌、抗菌脂肽及其在农业与食品上的应用
US11883447B2 (en) 2019-09-18 2024-01-30 Research Development Foundation Methods and probiotic compositions for the treatment of metabolic diseases and disorders
CN110628862A (zh) * 2019-09-24 2019-12-31 哈尔滨工业大学 一种废水梯级能源回收的自聚集颗粒污泥构建方法
CN110982729A (zh) * 2019-10-23 2020-04-10 江苏省中国科学院植物研究所 一种降解木材加工副产物杨树皮纤维素的复合菌剂
CN110804621A (zh) * 2019-10-31 2020-02-18 郑州大学 一种内源性高表达miRNA的大肠杆菌胞外囊泡的制备方法
US20230081756A1 (en) * 2019-12-31 2023-03-16 Xbiome Inc. Compositions comprising bacterial species and methods related thereto
WO2021137494A1 (ko) * 2020-01-02 2021-07-08 삼육대학교산학협력단 부티리시모나스 속 균주를 유효성분으로 포함하는 당뇨병 예방 또는 치료용 조성물
TW202140050A (zh) * 2020-01-10 2021-11-01 美商艾弗洛生物科技股份有限公司 使用小韋榮氏球菌進行治療的組成物及方法
TW202140051A (zh) * 2020-01-17 2021-11-01 美商艾弗洛生物科技股份有限公司 具有改善的崩散譜之固體劑型
WO2021158797A1 (en) * 2020-02-04 2021-08-12 University Of Louisville Research Foundation, Inc. Use of probiotic bacterium-derived extracellular micro- and/or nanoparticles for the treatment of disease
CN111052997B (zh) * 2020-02-25 2022-07-01 青岛农业大学 一种提高草莓连作障碍抗性生物刺激素的制备及应用方法
US11253534B2 (en) 2020-03-23 2022-02-22 Sabine Hazan Method of preventing COVID-19 infection
US11744866B2 (en) 2020-03-18 2023-09-05 Sabine Hazan Methods of preventing and treating COVID-19 infection with probiotics
US11278520B2 (en) 2020-03-31 2022-03-22 Sabine Hazan Method of preventing COVID-19 infection
AU2021246535A1 (en) * 2020-04-03 2022-10-27 International N&H Denmark Aps Composition comprising bacterial strains for improving metabolic health
EP4133107A1 (en) * 2020-04-06 2023-02-15 Yeda Research and Development Co. Ltd Methods of diagnosing cancer and predicting responsiveness to therapy
KR102273234B1 (ko) * 2020-05-08 2021-07-06 코스맥스 주식회사 코쿠리아 바리안스 균주 및 그의 피부 상태 개선 용도
KR102273232B1 (ko) * 2020-05-08 2021-07-06 코스맥스 주식회사 마이크로코커스 리래 균주 및 그의 피부 상태 개선 용도
CN111560330B (zh) * 2020-05-12 2022-04-26 天津科技大学 一种具有免疫调节、抗炎和抗宫颈癌作用的干酪乳杆菌及应用
GB202007452D0 (en) 2020-05-19 2020-07-01 Microbiotica Ltd Threrapeutic bacterial composition
WO2021242056A1 (ko) * 2020-05-28 2021-12-02 주식회사 바이오뱅크힐링 비피도박테리움 속 균주, 및 그의 유래의 소포체 및 그의 항염증 및 항균 용도
WO2021252861A1 (en) * 2020-06-11 2021-12-16 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating diseases and disorders using megasphaera sp
JP2023530888A (ja) * 2020-06-11 2023-07-20 エヴェロ バイオサイエンシズ，インコーポレーテッド フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）を用いて疾患及び障害を治療するための組成物及び方法
EP4164666A2 (en) * 2020-06-11 2023-04-19 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating diseases and disorders using harryflintia acetispora
EP4164664A1 (en) * 2020-06-11 2023-04-19 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating diseases and disorders using oscillospiraceae microbial extracellular vesicles
MX2022015535A (es) * 2020-06-16 2023-01-30 Md Healthcare Inc Composicion para la prevencion o el tratamiento de trastornos neurologicos o mentales que comprenden vesiculas extraceluares derivadas de lactobacillus paracasei.
WO2021261891A1 (ko) * 2020-06-22 2021-12-30 (주)로제타엑소좀 박테리아 세포밖 소포체의 암 치료 효능 증진 방법 및 조성
KR102469138B1 (ko) * 2020-07-07 2022-11-22 주식회사 엘제이바이오 파라클로스트리디움 벤조에리티쿰 ｋｓ３ 균주를 포함하는 가축 사체 분해 촉진용 미생물 제제
CN111743922B (zh) * 2020-07-14 2022-03-29 华熙生物科技股份有限公司 一种提高益生菌在鼻腔中的定植和活性的组合物及在鼻腔护理中的应用
CN116249540A (zh) * 2020-07-21 2023-06-09 伊夫罗生物科学公司 小韦荣氏球菌菌株作为神经炎性疾病的口服疗法
WO2022029015A2 (en) * 2020-08-03 2022-02-10 Universiteit Gent Bacterial compositions with anti-inflammatory activity
CN111876359A (zh) * 2020-08-04 2020-11-03 榆林沙漠王生物科技有限公司 一种用于蔬菜残体资源化处理的复配菌剂及其制备方法及应用
EP4201415A4 (en) * 2020-08-14 2024-08-21 Kobiolabs Inc FAECALIBACTERIUM PRAUSNITZII STRAIN AND USES THEREOF
CN112094820B (zh) * 2020-09-17 2021-12-07 扬州大学 霍氏肠杆菌噬菌体yzu.p.a-5及其应用
MX2023003089A (es) * 2020-09-18 2023-05-09 Evelo Biosciences Inc Formas farmaceuticas solidas de bacterias.
TW202227111A (zh) * 2020-09-21 2022-07-16 美商艾弗洛生物科技股份有限公司 具有改善的崩散譜之固體劑型
CN112094328A (zh) * 2020-09-21 2020-12-18 华南农业大学 一种空肠弯曲杆菌外膜囊泡的提取及纯化方法
CN112094778B (zh) * 2020-09-24 2022-06-24 千禾味业食品股份有限公司 一种魏斯氏菌las1、制备方法及其应用
KR20230127985A (ko) * 2020-10-29 2023-09-01 에벨로 바이오사이언시즈, 인크. 스피룰리나 성분을 포함하는 조성물
CN114438235A (zh) * 2020-11-04 2022-05-06 深圳市南山区疾病预防控制中心 一种同时检测嗜低温弓形杆菌及斯氏弓形杆菌的引物探针组件、试剂盒及其应用
EP4260863A4 (en) * 2020-12-08 2024-09-04 Md Healthcare Inc COMPOSITION FOR PREVENTION OR TREATMENT OF NEUROLOGICAL DISEASES OR PSYCHIATRIC DISEASES COMPRISING VESICLES DERIVED FROM THE BACTERIUM SPHINGOMONAS
KR102269962B1 (ko) 2020-12-11 2021-06-28 주식회사 바이오뱅크힐링 유박테리움 리모숨 균주, 및 그의 유래의 소포체 및 그의 항염증 및 항균 용도
FR3118060A1 (fr) * 2020-12-18 2022-06-24 Université de Bourgogne Utilisation anti-biofilm de vesicules membranaires extracellulaires
WO2022139531A1 (ko) * 2020-12-23 2022-06-30 주식회사 리스큐어바이오사이언시스 류코노스톡 시트리움 유래 세포밖 소포체를 유효성분으로 포함하는 지방간 개선, 예방 또는 치료용 조성물
WO2022139532A1 (ko) * 2020-12-23 2022-06-30 주식회사 리스큐어바이오사이언시스 와이셀라 헬레니카 유래 세포밖 소포체를 유효성분으로 포함하는 지방간 개선, 예방 또는 치료용 조성물
WO2022139530A1 (ko) * 2020-12-23 2022-06-30 주식회사 리스큐어바이오사이언시스 락토바실러스 사케아이 유래 세포밖 소포체를 유효성분으로 포함하는 자가면역질환의 개선, 예방 또는 치료용 조성물
US20240066077A1 (en) * 2020-12-28 2024-02-29 Md Healthcare Inc. Composition for prevention or treatment of neutrophilic pulmonary disease comprising extracellular vesicles derived from micrococcus luteus
KR102651196B1 (ko) * 2020-12-28 2024-03-27 주식회사 엠디헬스케어 마이크로코커스 루테우스 유래 세포외 소포를 포함하는 안질환 예방 또는 치료용 조성물
WO2022145902A1 (ko) * 2020-12-28 2022-07-07 주식회사 리스큐어바이오사이언시스 락토바실러스 사케아이 균주 유래 나노소포를 유효성분으로 포함하는 암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
WO2022145900A1 (ko) * 2020-12-28 2022-07-07 주식회사 리스큐어바이오사이언시스 와이셀라 시바리아 균주 유래 나노소포를 유효성분으로 포함하는 암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
JP2024501034A (ja) * 2020-12-28 2024-01-10 エムディー ヘルスケア インコーポレイテッド マイクロコッカス・ルテウス由来細胞外小胞を含む神経発達疾患、神経疾患、または精神疾患の予防または治療用組成物
WO2022145901A1 (ko) * 2020-12-28 2022-07-07 주식회사 리스큐어바이오사이언시스 락토바실러스 퍼멘텀 균주 유래 나노소포를 유효성분으로 포함하는 암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
WO2022154149A1 (ko) * 2021-01-14 2022-07-21 (주)엑솔런스 세포외소포체를 이용한 백신 조성물
JP2024505539A (ja) 2021-02-01 2024-02-06 エムディー ヘルスケア インコーポレイテッド ラクトバチルス・パラカゼイ由来小胞を含むウイルス感染疾患または呼吸器疾患の予防、治療、または改善用組成物
WO2022177412A1 (ko) * 2021-02-22 2022-08-25 주식회사 리스큐어바이오사이언시스 와이셀라 시바리아 균주 유래 나노소포체를 유효성분으로 포함하는 암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
EP4297762A1 (en) * 2021-02-26 2024-01-03 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for reducing cytokine expression
WO2022192755A1 (en) * 2021-03-12 2022-09-15 MarvelBiome, Inc. Methods and uses of microbiome compositions, components, or metabolites for treating eye disorders
US20240180833A1 (en) * 2021-04-02 2024-06-06 Md Healthcare Inc. Nanovesicles derived from bacteria of the genus paracoccus and use thereof
CN113186172A (zh) * 2021-04-06 2021-07-30 天津农学院 共表达Apoptin与MEL基因的重组腺病毒及构建方法和应用
WO2022221183A1 (en) * 2021-04-12 2022-10-20 Evelo Biosciences, Inc. Fournierella extracellular vesicle preparations
CN113025534B (zh) * 2021-04-26 2022-05-27 佛山市南海东方澳龙制药有限公司 一株具有较强抑菌作用的新种芽孢杆菌x901株及其应用
CN115305211A (zh) * 2021-05-07 2022-11-08 葡萄王生技股份有限公司 益生菌胞外泌体及其用途
CN113186134B (zh) * 2021-05-17 2022-11-01 中国科学院水生生物研究所 一种蓝藻气囊提取方法及其应用
CN113122483A (zh) * 2021-05-31 2021-07-16 哈尔滨工业大学 一种玉米秸秆好氧堆肥的快速产热菌剂及其应用
KR102661178B1 (ko) * 2021-06-03 2024-04-29 주식회사 엠디헬스케어 락토바실러스 파라카세이 유래 세포외소포를 포함하는 안질환 예방 또는 치료용 조성물
US20240252560A1 (en) * 2021-06-03 2024-08-01 Md Healthcare Inc. Lactobacillus rhamnosus-derived vesicle and uses thereof
EP4349354A1 (en) * 2021-06-03 2024-04-10 MD Healthcare Inc. Extracellular vesicles derived from lactobacillus bacteria, and use thereof
EP4119151A4 (en) * 2021-06-03 2023-10-25 MD Healthcare Inc. COMPOSITION FOR THE PREVENTION OR TREATMENT OF EYE DISEASES COMPRISING EXTRACELLULAR VESICLES FROM LACTOBACILLUS PARACASEI
WO2022260352A1 (ko) * 2021-06-07 2022-12-15 주식회사 엠디헬스케어 류코노스톡 세균 유래 소포를 포함하는 염증질환 또는 암 예방 또는 치료용 조성물
JP2024527078A (ja) * 2021-07-28 2024-07-19 ザ テキサス エーアンドエム ユニヴァーシティ システム ブルセラ属株を含むワクチン組成物及びそれらの方法
KR102390775B1 (ko) * 2021-09-06 2022-05-04 한국식품연구원 류코노스톡 슈도메센테로이데스 WiKim0138 균주를 유효성분으로 포함하는 암의 예방 또는 치료용 조성물
KR102390755B1 (ko) * 2021-09-06 2022-04-28 한국식품연구원 웨이셀라 파라메센테로이데스 WiKim0137 균주를 유효성분으로 포함하는 암의 예방 또는 치료용 조성물
KR102558084B1 (ko) * 2021-09-14 2023-07-21 코스맥스 주식회사 두피 마이크로바이옴 콤플렉스 및 그의 모발 또는 두피 상태 개선 용도
CN113999789B (zh) * 2021-09-30 2022-11-15 沈阳农业大学 一株产鲜味肽的嗜盐四联球菌及应用
AU2021468875A1 (en) * 2021-10-11 2024-05-30 Vastu Vihar Biotech Private Limited An anti-inflammatory composition and a method of obtaining the same
KR102411242B1 (ko) * 2021-10-18 2022-06-22 큐티스바이오 주식회사 클렙시엘라 아에로제네스의 피부 상태 개선 용도
KR102411241B1 (ko) * 2021-10-18 2022-06-22 큐티스바이오 주식회사 코리네박테리움 상귀니스의 피부 상태 개선 용도
WO2023068855A1 (ko) * 2021-10-20 2023-04-27 주식회사 고바이오랩 항암 활성을 갖는 베일로넬라 파르불라 균주를 이용한 암의 완화, 예방 또는 치료용 조성물
WO2023075458A1 (ko) * 2021-10-27 2023-05-04 주식회사 바이오뱅크힐링 신규 균주, 및 그의 유래의 소포체 및 그의 항염증 및 항균 용도
CN114085792B (zh) * 2021-11-17 2023-03-24 哈尔滨医科大学 一种用于防治结肠癌的副干酪乳杆菌及其应用
EP4437083A2 (en) * 2021-11-22 2024-10-02 International N&H Denmark ApS Compositions for metabolic health
CA3238764A1 (en) 2021-11-23 2023-06-01 Siddharth Patel A bacteria-derived lipid composition and use thereof
WO2023114300A1 (en) * 2021-12-14 2023-06-22 Evelo Biosciences, Inc. Fournierella massiliensis bacteria extracellular vesicle preparations
WO2023114293A1 (en) * 2021-12-14 2023-06-22 Evelo Biosciences, Inc. Extracellular vesicle assays
CN114369673B (zh) * 2022-01-06 2023-07-14 同济大学 结直肠腺瘤生物标志物、试剂盒及生物标志物的筛选方法
AU2023210125A1 (en) * 2022-01-20 2024-08-08 Korea Institute Of Science And Technology Composition for prevention, amelioration or treatment of non-alcoholic fatty liver disease, comprising extracellular vesicles derived from roseburia spp. or bifidobacterium spp.
CN114807032B (zh) * 2022-05-20 2023-09-12 南京大学 地塞米松诱导中性粒细胞产生的细胞外囊泡在制备治疗消炎药物中的应用
KR102509869B1 (ko) * 2022-07-14 2023-03-14 주식회사 엔테로바이옴 아커만시아를 포함하는 탈모 예방 또는 치료용 약학적 조성물
KR102620190B1 (ko) * 2022-08-31 2024-01-04 주식회사 바이오뱅크힐링 아가토박터 렉탈리스 균주, 및 그의 유래의 소포체 및 그의 항염증 및 항균 용도
KR102626400B1 (ko) * 2022-08-31 2024-01-19 주식회사 바이오뱅크힐링 도레아 론기카테나 균주, 및 그의 유래의 소포체 및 그의 항염증 및 항균 용도
KR102620189B1 (ko) * 2022-08-31 2024-01-04 주식회사 바이오뱅크힐링 블라우티아 브룩킹시 균주, 및 그의 유래의 소포체 및 그의 항염증 및 항균 용도
WO2024049207A1 (ko) * 2022-08-31 2024-03-07 주식회사 바이오뱅크힐링 신규 균주, 및 그의 유래의 소포체 및 그의 항염증 및 항균 용도
CN116509900B (zh) * 2022-12-01 2023-11-10 佛山科学技术学院 益生菌或其细胞外囊泡在制备防治胃溃疡产品中的应用
CN116656583B (zh) * 2023-01-13 2024-06-18 南昌大学 靶向肿瘤的幽门螺杆菌突变株及抗胃癌外膜囊泡组合物
KR20240130175A (ko) * 2023-02-21 2024-08-29 주식회사 엠디헬스케어 류코노스톡 속 세균 유래 소포를 포함하는 대사질환, 간질환, 또는 근육질환 예방 또는 치료용 조성물
CN116622548B (zh) * 2023-03-31 2024-02-09 吉林农业大学 一株能够预防和或治疗牙周炎的嵴链球菌及其应用
CN116747245B (zh) * 2023-06-14 2024-06-21 辽宁越秀辉山营养科技有限公司 动物双歧杆菌乳亚种bx-245在抑菌和/或生产功能活性物质中的应用
CN117180317B (zh) * 2023-11-02 2024-01-26 深圳市第二人民医院(深圳市转化医学研究院) 詹氏乳杆菌来源纳米囊泡在制备防治卵巢早衰治疗药物中的应用
CN117402794B (zh) * 2023-12-12 2024-02-27 四川厌氧生物科技有限责任公司 一种加氏乳杆菌及其应用
CN118006515B (zh) * 2024-04-08 2024-06-18 中国农业大学 一株乳酸乳球菌及其在制备治疗牛乳腺炎的药物中的应用

Family Cites Families (48)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE2848965A1 (de) 1978-11-11 1980-05-22 Behringwerke Ag Verfahren zur herstellung von membranproteinen aus neisseria meningitidis und diese enthaltende vaccine
US5322784A (en) 1991-06-05 1994-06-21 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois, Urbana-Champaign, Illinois Method and materials for introducing DNA into Prevotella ruminicola
WO2001064225A1 (en) 2000-03-01 2001-09-07 Societe Des Produits Nestle S.A. Carbohydrate formulation (prebiotic adjuvant) for enhancement of immune response
US6812023B1 (en) 2000-04-27 2004-11-02 Anosys, Inc. Methods of producing membrane vesicles
MXPA03000822A (es) * 2000-07-27 2004-11-01 Childrens Hosp & Res Ct Oak Vacunas para proteccion de espectro amplio contra enfermedades causadas por neisseria meningitidis.
GB0130123D0 (en) * 2001-12-17 2002-02-06 Microbiological Res Agency Outer membrane vesicle vaccine and its preparation
GB0220194D0 (en) 2002-08-30 2002-10-09 Chiron Spa Improved vesicles
AU2004226492A1 (en) 2003-03-31 2004-10-14 Kirin Beer Kabushiki Kaisha Method of inducing differentiation and proliferating regulatory T cell by anti-CD52 antibody and medicinal composition therefor
GB0316560D0 (en) 2003-07-15 2003-08-20 Chiron Srl Vesicle filtration
US20050100559A1 (en) 2003-11-07 2005-05-12 The Procter & Gamble Company Stabilized compositions comprising a probiotic
JP5173194B2 (ja) 2003-12-23 2013-03-27 グラクソスミスクライン バイオロジカルズ ソシエテ アノニム ワクチン
GB0419627D0 (en) 2004-09-03 2004-10-06 Chiron Srl Immunogenic bacterial vesicles with outer membrane proteins
GB0424092D0 (en) 2004-10-29 2004-12-01 Chiron Srl Immunogenic bacterial vesicles with outer membrane proteins
CN110872587A (zh) 2007-05-22 2020-03-10 康乃尔研究基金会有限公司 蛋白质在细菌及其衍生小泡表面展示的组合物和方法及其用途
WO2011027956A2 (ko) 2009-09-04 2011-03-10 주식회사이언메딕스 그람 양성 박테리아에서 유래한 세포밖 소포체 및 이를 이용한 질병 모델
US9201072B2 (en) 2009-09-01 2015-12-01 Aeon Medix Inc. Gut flora-derived extracellular vesicles, and method for searching for a disease model, vaccine, and candidate drug and for diagnosis using the same
GB0917003D0 (en) 2009-09-28 2009-11-11 Novartis Vaccines Inst For Global Health Srl Purification of bacterial vesicles
WO2011043538A2 (ko) 2009-10-08 2011-04-14 주식회사이언메딕스 실내 공기유래 세포밖 소포체를 포함하는 조성물 및 이의 용도
WO2011053653A2 (en) 2009-10-30 2011-05-05 Mayo Foundation For Medical Education And Research Prevotella histicola preparations and the treatment of autoimmune conditions
KR20110082480A (ko) 2010-01-11 2011-07-19 포항공과대학교 산학협력단 포유동물 체내에서 유래된 세포밖 소포체를 포함하는 조성물 및 이의 용도
EA031379B1 (ru) 2010-03-23 2018-12-28 Новартис Аг Соединения (липопептиды на основе цистеина) и композиции в качестве агонистов tlr2, применяемые для лечения инфекционных, воспалительных, респираторных и других заболеваний
CN103079592B (zh) 2010-07-01 2015-10-21 浦项工科大学校产学协力团 使用来自细胞的微泡治疗和诊断癌症的方法
WO2012093755A1 (ko) 2011-01-04 2012-07-12 포항공과대학교 산학협력단 발효식품에서 유래된 세포밖 소포체를 포함하는 조성물 및 이의 용도
WO2012093754A1 (ko) 2011-01-04 2012-07-12 포항공과대학교 산학협력단 포유동물 체내에서 유래된 세포밖 소포체를 포함하는 조성물 및 이의 용도
US9968638B2 (en) 2011-03-09 2018-05-15 Regents Of The University Of Minnesota Compositions and methods for transplantation of colon microbiota
WO2014152484A1 (en) * 2013-03-14 2014-09-25 Regents Of The University Of Minnesota Freeze dried fecal microbiota for use in fecal microbial transplantation
KR101421779B1 (ko) 2011-04-08 2014-07-28 주식회사이언메딕스 아시네토박터 속 세균유래 세포밖 소포체 및 이의 용도
TWI573590B (zh) 2011-09-20 2017-03-11 雷希爾生藥有限公司 治療自體免疫疾病之組成物及方法
BR112014015940B1 (pt) 2011-12-28 2022-08-09 Galectin Therapeutics, Inc Polissacarídeo de grau farmacêutico, composição, e seus usos
US8906668B2 (en) 2012-11-23 2014-12-09 Seres Health, Inc. Synergistic bacterial compositions and methods of production and use thereof
KR20230110367A (ko) 2013-02-04 2023-07-21 세레스 테라퓨틱스, 인코포레이티드 조성물 및 방법
US20160120818A1 (en) 2013-02-07 2016-05-05 Glaxosmithline Biological Sa Pharmaceutical compositions comprising vesicles
EP3016527B1 (en) 2013-06-03 2018-07-25 Proprev AB Treatment of obesity, the metabolic syndrome, type 2 diabetes, cardiovascular diseases, dementia, alzheimer's disease and inflammatory bowel disease by using at least one bacterial strain from prevotella
KR101740893B1 (ko) 2014-05-20 2017-06-13 주식회사 엠디헬스케어 Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ 균에서 유래하는 세포밖 소포를 유효성분으로 함유하는 대사질환의 치료 또는 예방용 조성물
CA2963218C (en) 2014-10-03 2023-10-24 Engeneic Molecular Delivery Pty Ltd Enhanced loading of intact, bacterially derived vesicles with small molecule compounds
MA41020A (fr) 2014-11-25 2017-10-03 Evelo Biosciences Inc Compositions probiotiques et prébiotiques, et leurs procédés d'utilisation pour la modulation du microbiome
WO2016090183A1 (en) 2014-12-03 2016-06-09 Capricor Therapeutics, Inc. Processes for producing stable exosome formulations
KR101726488B1 (ko) 2015-02-23 2017-04-13 이화여자대학교 산학협력단 바실러스 속 세균 유래 세포밖 소포체를 포함하는 임신관련 질환 치료용 조성물
KR20160107632A (ko) 2015-03-04 2016-09-19 포항공과대학교 산학협력단 뉴클레아제가 처리된 세균 유래 세포밖 소포체를 이용한 세균 동정 방법
WO2016144139A2 (ko) 2015-03-11 2016-09-15 주식회사 엠디헬스케어 유산균 유래 세포밖 소포체를 유효성분으로 포함하는 염증질환의 예방 또는 치료용 조성물
CA2979086A1 (en) 2015-03-12 2016-09-15 The University Of British Columbia Bacterial compositions and methods of use thereof
KR102394638B1 (ko) 2015-09-30 2022-05-09 (주)아모레퍼시픽 유산균 유래의 세포외 소낭을 포함하는 탈모 방지 또는 육모 촉진용 조성물
US20170145061A1 (en) 2015-11-20 2017-05-25 Massachusetts Institute Of Technology Engineered bacteroides outer membrane vesicles
WO2017123025A1 (ko) 2016-01-15 2017-07-20 주식회사 엠디헬스케어 세균유래 세포밖 소포에 의한 기도 면역기능이상 조절제
US10722543B2 (en) 2016-01-28 2020-07-28 Oxyrase, Inc. Methods for inhibiting tumor growth using anaerobe microorganisms
DK3313423T3 (da) 2016-03-04 2019-05-20 4D Pharma Plc Sammensætninger omfattende bakterielle blautia-stammer til behandling af visceral hypersensitivitet
TWI840334B (zh) 2017-09-08 2024-05-01 美商艾弗洛生物科技股份有限公司 源自普雷沃菌(prevotella)之胞外囊泡
KR20200053531A (ko) 2017-09-08 2020-05-18 에벨로 바이오사이언시즈, 인크. 박테리아 세포외 소포

Also Published As

Publication number Publication date
WO2019051380A1 (en) 2019-03-14
JP7369690B2 (ja) 2023-10-26
MA50086A (fr) 2020-07-15
CA3075268A1 (en) 2019-03-14
TW201919673A (zh) 2019-06-01
US20200254028A1 (en) 2020-08-13
US20230210913A1 (en) 2023-07-06
EP3678693A1 (en) 2020-07-15
MX2020002659A (es) 2020-09-09
TWI814739B (zh) 2023-09-11
CN111148531A (zh) 2020-05-12
CO2020004233A2 (es) 2020-04-24
JP2020533290A (ja) 2020-11-19
KR20200053531A (ko) 2020-05-18
US11524037B2 (en) 2022-12-13
US12109243B2 (en) 2024-10-08
AU2018330322A1 (en) 2020-03-19
AR113011A1 (es) 2020-01-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US12109243B2 (en) Bacterial extracellular vesicles
US20220118030A1 (en) Bacterial membrane preparations
US20220296654A1 (en) Processed microbial extracellular vesicles
US20230405058A1 (en) Extracellular vesicles from prevotella
US20220211773A1 (en) Compositions and methods for treating immune disorders using immune modulating lactococcus bacteria strains
BR112020015639A2 (pt) Composições e métodos para o tratamento de câncer e distúrbios imunológicos usando bactérias veillonella
WO2019023555A1 (en) POLYMER COMPOSITIONS
US20230190831A1 (en) Solid dosage forms with improved disintegration profiles
US20230372409A1 (en) Solid dosage forms of bacteria
US20240058271A1 (en) Extracellular vesicle preparations

Legal Events

Date Code Title Description
B350 Update of information on the portal [chapter 15.35 patent gazette]
B08F Application dismissed because of non-payment of annual fees [chapter 8.6 patent gazette]

Free format text: REFERENTE A 6A ANUIDADE.

B08K Patent lapsed as no evidence of payment of the annual fee has been furnished to inpi [chapter 8.11 patent gazette]

Free format text: EM VIRTUDE DO ARQUIVAMENTO PUBLICADO NA RPI 2791 DE 02-07-2024 E CONSIDERANDO AUSENCIA DE MANIFESTACAO DENTRO DOS PRAZOS LEGAIS, INFORMO QUE CABE SER MANTIDO O ARQUIVAMENTO DO PEDIDO DE PATENTE, CONFORME O DISPOSTO NO ARTIGO 12, DA RESOLUCAO 113/2013.