TW201919673A

TW201919673A - 細菌胞外囊泡

Info

Publication number: TW201919673A
Application number: TW107131777A
Authority: TW
Inventors: 布萊恩古德曼; 邦多納包斯; 克里斯ＪＨ大衛特
Original assignee: 美商艾弗洛生物科技股份有限公司
Priority date: 2017-09-08
Filing date: 2018-09-10
Publication date: 2019-06-01
Also published as: CN111148531A; TWI814739B; MA50086A; KR20200053531A; AR113011A1; JP2020533290A; US20200254028A1; US20230210913A1; WO2019051380A1; EP3678693A1; BR112020004264A2; US11524037B2; MX2020002659A; AU2018330322A1; JP7369690B2; CA3075268A1; CO2020004233A2

Abstract

本文提供關於可用作治療劑之EV之方法及組合物。

Description

細菌胞外囊泡

在某些態樣中，本文提供包含適用於治療及/或預防疾病(例如，癌症、自體免疫性疾病、發炎性疾病、代謝疾病)之細菌胞外囊泡(EV)之醫藥組合物，及製造及/或識別此等EV之方法，及使用此等醫藥組合物之方法(例如，用於治療癌症、自體免疫性疾病、發炎性疾病、代謝疾病，單獨或與其他治療劑組合使用)。在一些實施例中，該等醫藥組合物包含EV及完整細菌兩者(例如，活細菌、被殺死之細菌、減毒細菌)。在某些實施例中，本文提供包含細菌但不包含EV之醫藥組合物。在一些實施例中，該等醫藥組合物包含EV但不包含細菌。在一些實施例中，該等醫藥組合物包含來自表1及/或表2中列舉之細菌菌株或物種中之一或多者之EV及/或細菌。

在某些實施例中，該醫藥組合物包含特定比率的細菌對EV顆粒。例如，在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個EV顆粒而言，該醫藥組合物包含至少1個細菌。在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個EV顆粒而言，該醫藥組合物包含約1個細菌。在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個EV顆粒而言，該醫藥組合物包含不超過1個細菌。在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個細菌而言，該醫藥組合物包含至少1個EV顆粒。在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個細菌而言，該醫藥組合物包含約1個EV顆粒。在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個細菌而言，該醫藥組合物包含不超過1個EV顆粒。

在某些態樣中，EV係來自經改造之細菌，該細菌係經修飾以增強某些所需性質。例如，在一些實施例中，該等經改造之細菌係經修飾以增加EV之產生。在一些實施例中，該等經改造之細菌係經修飾以產生具有增強之經口遞送之EV (例如，藉由改善耐酸性、黏膜黏附性及/或浸潤及/或對膽汁酸之耐受性、對抗微生物肽及/或抗體中和之耐受性)，以靶向所需細胞類型(例如，M細胞、杯裝細胞、腸上皮細胞、樹突細胞、巨噬細胞)以全身性改善生物利用度或在適當之棲位(例如，腸系膜淋巴結、派伊爾氏淋巴集結(Peyer’s patches)、固有層、腫瘤引流淋巴結及/或血液)改善生物利用度，以增強其等產生之EV之免疫調節及/或治療效應(例如，單獨或與其他治療劑組合使用)，以由其等產生之EV增強免疫活化及/或以改善細菌及/或EV製造(例如，更大之穩定性、經改善之凍融耐受性、更短之產生時間)。在一些實施例中，本文提供製造此EV及細菌之方法。

在某些實施例中，本文提供治療患有癌症之個體之方法，該等方法包括向該個體投與本文描述之醫藥組合物。在某些實施例中，本文提供治療患有免疫失調症(例如，自體免疫性疾病、發炎性疾病、過敏)之個體，該等方法包括向該個體投與本文描述之醫藥組合物。在某些實施例中，本文提供治療患有代謝疾病之個體之方法，該等方法包括向該個體投與本文描述之醫藥組合物。

在一些實施例中，該方法進一步包括向該個體投與抗生素。在一些實施例中，該方法進一步包括向該個體投與一或多種其他癌症治療(例如，手術移除腫瘤、投與化學治療劑、投與放射治療及/或投與癌症免疫治療，諸如免疫查核點抑制劑、癌症特異性抗體、癌症疫苗、經引發之抗原呈現細胞(primed antigen presenting cell)、癌症特異性T細胞、癌症特異性嵌合抗原受體(CAR) T細胞、免疫活化蛋白及/或佐劑)。在一些實施例中，該方法進一步包括投與其他治療細菌及/或EV。在一些實施例中，該方法進一步包括投與免疫抑制劑及/或抗炎劑。在一些實施例中，該方法進一步包括投與代謝疾病治療劑。

本申請案主張對2017年9月8日申請之具有序列號62/556,015之美國臨時專利申請案及2018年5月9日申請之62/669,151之優先權，該等案件之各者之內容係以全文引用之方式併入本文中。定義

「佐劑」或「輔助治療」廣泛地係指影響病患或個體之免疫或生理反應之藥劑。例如，佐劑可增加抗原經時或針對受關注之區域(諸如腫瘤)之存在，有助於吸收抗原呈現細胞抗原，活化巨噬細胞及淋巴細胞並支持細胞介素之產生。藉由改變免疫反應，佐劑可允許較小劑量之免疫相互作用劑以增加特定劑量之免疫相互作用劑之有效性或安全性。例如，佐劑可防止T細胞耗盡並因此增加特定免疫相互作用劑之有效性或安全性。

「投與」廣泛地係指向個體投與組合物之投與途徑。投與途徑之實例包括經口投與、直腸投與、局部投與、吸入(鼻)或注射。藉由注射之投與包括靜脈內(IV)、肌內(IM)、瘤內(IT)及皮下(SC)投與。本文描述之醫藥組合物可以任何形式藉由任何有效途徑投與，包括(但不限於)瘤內、經口、非經腸、腸內、靜脈內、腹膜內、局部、經皮(例如，使用任何標準貼劑)、皮內、經眼、經鼻(鼻內)、局部、非經口(諸如噴霧)、吸入、皮下、肌內、頰、舌下、(經)直腸、陰道、動脈內及鞘內、經黏膜(例如，舌下、經舌、(經)頰、(經)尿道、陰道(例如，經陰道及陰道周圍)、植入、膀胱內、肺內、十二指腸內、胃內及支氣管內。在較佳實施例中，本文描述之醫藥組合物係經口、直腸、瘤內、局部、膀胱內、藉由注射至引流淋巴結內或附近、靜脈內、藉由吸入或噴霧或皮下進行投與。

如本文使用，術語「抗體」可係指完整抗體及其抗原結合片段兩者。完整抗體係醣蛋白，該等醣蛋白包括由雙硫鍵相互連接之至少兩個重(H)鏈及兩個輕(L)鏈。各重鏈包括重鏈可變區(本文中縮寫為V_H )及重鏈恆定區。各輕鏈包括輕鏈可變區(本文中縮寫為V_L )及輕鏈恆定區。該等V_H 及V_L 區可進一步細分為高變區，被稱為互補決定區(CDR)，其中穿插更保守之區域，被稱為框架區(FR)。各V_H 及V_L 係由三個CDR及四個FR構成，其等自胺基端至羧基端以下列順序排佈：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重鏈及輕鏈之可變區含有與抗原相互作用之結合域。術語「抗體」包括(例如)單株抗體、多株抗體、嵌合抗體、人類化抗體、人類抗體、多特異性抗體(例如，雙特異性抗體)、單鏈抗體及抗原結合抗體片段。

如本文使用，術語抗體之「抗原結合片段」及「抗原結合部分」係指抗體之保留結合至抗原之能力之一或多個片段。包含於術語抗體之「抗原結合片段」內之結合片段之實例包括Fab、Fab'、F(ab')₂ 、Fv、scFv、由雙硫鍵連接之Fv、Fd、雙功能抗體、單鏈抗體、NANOBODIES®、經分離之CDRH3及保留完整抗體之可變區之至少一部分之其他抗體片段。此等抗體片段可使用習知重組及/或酶技術獲得且可針對抗原結合以與完整抗體相同之方式進行篩選。

「癌症」廣泛地係指宿主自身細胞之不受控制、異常生長，此在宿主中導致入侵周圍組織及遠離異常細胞生長之初始位點之潛在組織。主要類別包括瘤，其為上皮組織(例如，皮膚、鱗狀細胞)之癌症；肉瘤，其為結締組織(例如，骨、軟骨、脂肪、肌肉、血管等)之癌症；白血病，其為血液形成組織(例如，骨髓組織)之癌症；淋巴瘤及骨髓瘤，其為免疫細胞之癌症；及中樞神經系統癌症，其等包括來自腦及脊髓組織之癌症。「癌症」、「贅瘤」及「腫瘤」在本文中可互換使用。如本文使用，「癌症」係指所有類型之癌症或贅瘤或惡性腫瘤，其等包括白血病、癌及肉瘤，無論新的或復發性的皆可。癌症之具體實例係：癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病、淋巴瘤及混合型腫瘤。癌症之非限制性實例係腦、黑色素瘤、膀胱、乳房、子宮頸、結腸、頭及頸、腎、肺、非小細胞肺、間皮瘤、卵巢、前列腺、肉瘤、胃、子宮及神經管胚細胞瘤之新的或復發性癌症。

「細胞增強」廣泛地係指細胞之流入或細胞在環境中之擴增，該等細胞在投與組合物之前大體上不存在於該環境中且不存在於該組合物本身中。增強環境之細胞包括免疫細胞、基質細胞、細菌及真菌細胞。特別受關注之環境係其中癌細胞駐留或定位之微環境。在一些實例中，該微環境係腫瘤微環境或腫瘤引流淋巴結。在其他實例中，該微環境係癌前組織位點或組合物之局部投與位點或其中該組合物在遠程投與後將積聚之位點。

「支」係指種系發生樹之OTU或成員，其等係種系發生樹中之統計有效節點之下游。支包含種系發生樹中之一組終端葉子，其係不同之單系進化單元且在某種程度上共用序列相似性。「操作分類單位」、「OTU」 (或複數「OTUs」)係指種系發生樹中之終端葉子且係由核酸序列(例如，整個基因組，或特定遺傳序列，及在物種層面下與此核酸序列共用序列一致性之所有序列)定義。在一些實施例中，該特定遺傳序列可係16S序列或該16S序列之一部分。在其他實施例中，兩個實體之整個基因組係經測序及比較。在另一實施例中，選擇區域(諸如多位點序列標籤(MLST)、特定基因或基因組)可進行遺傳比較。在16S實施例中，在整個16S或該16S之一些可變區上共用≧97%平均核苷酸一致性之OTU被視為相同OTU (參見，例如，Claesson M J、Wang Q、O'Sullivan O、Greene-Diniz R、Cole J R、Ros R P及O'Toole P W. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Res 38: e200。Konstantinidis K T、Ramette A及Tiedje J M. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940.)。在涉及完整基因組、MLST、特定基因或基因組之實施例中，共用≧95%平均核苷酸一致性之OTU被視為相同OTU (參見，例如，Achtman M及Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species. Nat. Rev. Microbiol. 6: 431-440。Konstantinidis K T、Ramette A及Tiedje J M. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940)。OTU通常藉由比較生物體之間之序列進行定義。一般而言，具有小於95%序列一致性之序列不被視為形成相同OTU之一部分。OTU亦可由核苷酸標記或基因(特定言之高度保守基因(例如，「管家」基因))之任何組合，或其組合進行表徵。此表徵採用(例如) WGS資料或全基因組序列。

來自兩種或更多種微生物菌株之EV之「組合」包括兩種EV之物理共存(於相同材料或產品中或於物理連接之產品中)，及來自兩種菌株之EV之時間共投與或共定位。

術語「減少」或「消除(deplete)」意指當相較於預處理狀態時，使得差異在處理後(視情況而定)為至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、1/100、1/1000、1/10,000、1/100,000、1/1,000,000或不可偵測的變化。

如本文使用，術語「生態失調」係指其中微生物與腫瘤之間的協同作用經破壞之狀態，諸如微生物不再支持腫瘤之成核、維持、進展或擴散或轉移。

術語「抗原決定基」意指可特異性結合至抗體或T細胞受體之蛋白質決定子。抗原決定基通常由分子之化學活性表面基團組成，諸如胺基酸或糖側鏈。某些抗原決定基可由抗體可結合之胺基酸之特定序列界定。

如本文使用，「經改造之細菌」係藉由人為干預已在遺傳上自天然狀態改變之任何細菌及任何此等細菌之繼代。經改造之細菌包括(例如)靶向遺傳修飾之產物、隨機誘變篩選之產物及定向演化之產物。

術語「基因」廣泛用以係指與生物功能相關聯之任何核酸。術語「基因」適用於特定基因組序列，及適用於由該基因組序列編碼之cDNA或mRNA。

兩個核酸分子之核酸序列之間的「一致性」可使用已知電腦演算法(諸如「FASTA」程式)，使用(例如)如於Pearson等人，(1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444中之預設參數測定為一致性百分率(其他程式包括GCG套裝程式(Devereux, J.等人，Nucleic Acids Research 12(I):387 (1984))、BLASTP、BLASTN、FASTA Atschul，S. F.等人，J Molec Biol 215:403 (1990)；Guide to Huge Computers, Mrtin J. Bishop編，Academic Press, San Diego, 1994，及Carillo等人，(1988) SIAM J Applied Math 48:1073)。例如，可使用國家生物技術資訊中心資料庫之BLAST功能以測定一致性。其他商業或公開可獲得之程式包括DNAStar 「MegAlign」程式(Madison, Wis.)及威斯康辛大學遺傳學電腦組(UWG) 「Gap」程式(Madison Wis.))。

如本文使用，術語「免疫失調症」係指由免疫系統之活動引起之任何疾病、失調症或疾病症狀，包括自體免疫性疾病、發炎性疾病及過敏。免疫失調症包括(但不限於)自體免疫性疾病(例如，狼瘡、硬皮病、溶血性貧血、血管炎、一型糖尿病、格雷夫病(Grave’s disease)、類風濕性關節炎、多發性硬化、古德帕斯雷症候群(Goodpasture’s syndrome)、惡性貧血及/或肌病)、發炎性疾病(例如，尋常型痤瘡、哮喘、乳糜瀉、慢性前列腺炎、腎小球性腎炎、發炎腸病、盆腔炎、再灌注損傷、類風濕性關節炎、肉狀瘤病、移植排斥、血管炎及/或間質性膀胱炎)，及/或過敏(例如，食物過敏、藥物過敏及/或環境過敏)。

「免疫治療」係使用個體之免疫系統以治療疾病(例如，免疫疾病、發炎性疾病、代謝疾病、癌症)之治療且包括(例如)查核點抑制劑、癌症疫苗、細胞介素、細胞治療、CAR-T細胞及樹突細胞治療。

術語「增加」意指當相較於預處理狀態時，使得差異在處理後(視情況而定)為至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、2倍、4倍、10倍、100倍、10^3倍、10^4倍、10^5倍、10^6倍，及/或10^7倍更大之變化。可增加之性質包括免疫細胞、細菌細胞、基質細胞、骨髓衍生之抑制細胞、成纖維細胞、代謝物及細胞介素。

「先天免疫促效劑」或「免疫佐劑」係特異性靶向先天免疫受體(包括類鐸受體(TLR)、NOD受體、RLR、C型凝集素受體、STING-cGAS通路組分、發炎體複合物)之小分子、蛋白質或其他藥劑。例如，LPS係細菌衍生或合成之TLR-4促效劑及鋁可用作免疫刺激佐劑。免疫佐劑係更廣泛之佐劑或佐劑治療之特定類別。STING促效劑之實例包括(但不限於) 2'3'-cGAMP、3'3'-cGAMP、c-di-AMP、c-di-GMP、2'2'-cGAMP及2'3'-cGAM(PS)2 (Rp/Sp) (2'3'-cGAMP之雙硫代磷酸酯類似物之Rp、Sp異構物)。TLR促效劑之實例包括(但不限於) TLRl、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLRlO及TLRI l。NOD促效劑之實例包括(但不限於) N-乙醯基胞壁醯基-L-丙胺醯基-D-異麩醯胺酸(胞壁醯基二肽(MDP))、γ-D-麩胺醯基-內消旋-二胺基庚二酸(iE-DAP)，及去胞壁醯基肽(DMP)。

「內轉錄間隔區」或「ITS」係位於通常用於識別真核物種(特定言之，真菌)之共同前體轉錄本上之結構核糖體RNA (rRNA)之間之一段非功能性RNA。形成核糖體之核之真菌之rRNA係經轉錄為信號基因且由8S、5.8S及28S區域及分別在8S與5.8S之間及5.8S與28S區域之間的ITS4及5組成。如先前描述，在18S與5.8S之間及5.8S與28S區域之間的此等兩個雙譯基因嵌段(intercistronic segment)係藉由剪接移除且出於條碼之目的在物種之間含有顯著變化(Schoch等人，Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. PNAS 109:6241-6246. 2012)。18S rDNA傳統上用於種系發生重建，然而ITS可發揮此功能，因為其通常係高度保守的，但含有高變區，該等高變區具有足夠之核苷酸多樣性來區分大多數真菌之屬及物種。

術語「經分離」或「經富集」包含微生物、EV或其他實體或物質已經(1)與最初產生(無論在自然中或在實驗環境中)時與之相關聯之至少一些組分分離，及/或(2)由人工產生、製備、純化及/或製造。經分離之微生物可與至少約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或更多最初與之相關聯之其他組分分離。在一些實施例中，經分離之微生物係超過約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或超過約99%純。如本文使用，若物質大體上不含其他組分，則該物質係「純」的。術語「純化(purify或purifying)」及「經純化(purified)」係指微生物或其他材料已與最初產生或形成(例如，無論在自然中或在實驗環境中)時或在初始產生後之任何時間期間與之相關聯之至少一些組分分離。若微生物或微生物種群在產生時或產生後係與(諸如)含有該微生物或微生物種群之材料或環境分離，則該微生物或微生物種群可視為經純化，且經純化之微生物或微生物種群可含有其他材料多達約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或大於約90%，且仍被視為「經分離」。在一些實施例中，經純化之微生物或微生物種群係超過約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或超過約99%純。在本文提供之微生物組合物之實例中，存在於組合物中之一或多種微生物類型可獨立地純化自含有該微生物類型之材料或環境中產生及/或存在之一或多種其他微生物。微生物組合物及其微生物組分係通常純化自殘餘生境產物。

如本文使用之「代謝物」係指在任何細胞或微生物代謝反應中用作受質或作為產物化合物、組合物、分子、離子、輔助因子、觸媒或營養素產生自任何細胞或微生物代謝反應之任何及所有分子化合物、組合物、分子、離子、輔助因子、觸媒或營養素。

「微生物」係指表徵為細菌、真菌、微觀藻類、原生動物及與該生物體相關聯之發育階段或生命週期階段(例如，植物、孢子(包括孢子形成、休眠及萌發)、潛伏、生物膜)之任何天然或經改造之生物體。腸道微生物之實例包括：葛氏放線菌(Actinomyces graevenitzii)、齲齒放線菌(Actinomyces odontolyticus)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(Akkermansia muciniphila)、糞擬桿菌(Bacteroides caccae)、脆弱擬桿菌(Bacteroides fragilis)、腐敗擬桿菌(Bacteroides putredinis)、多形擬桿菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、普通擬桿菌(Bacteroides vultagus)、青春雙歧桿菌(Bifidobacterium adolescentis)、兩歧雙歧桿菌(Bifidobacterium bifidum)、對沃氏嗜膽菌(Bilophila wadsworthia)、布勞特氏菌(Blautia)、丁酸弧菌(Butyrivibrio)、纖細彎曲桿菌(Campylobacter gracilis)、梭菌群III (Clostridia cluster III)、梭菌群IV (Clostridia cluster IV)、梭菌群IX (Clostridia cluster IX) (胺基酸球菌科群(Acidaminococcaceae group))、梭菌群XI (Clostridia cluster XI)、梭菌群XIII (Clostridia cluster XIII) (消化鏈球菌群(Peptostreptococcus group))、梭菌群XIV (Clostridia cluster XIV)、梭菌群XV (Clostridia cluster XV)、產氣柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、糞球菌(Coprococcus)、桑氏棒狀桿菌(Corynebacterium sunsvallense)、豬脫硫單胞菌(Desulfomonas pigra)、產甲酸多爾氏菌(Dorea formicigenerans)、長鏈多爾氏菌(Dorea longicatena)、大腸桿菌(Escherichia coli)、龐大真桿菌(Eubacterium hadrum)、直腸真桿菌(Eubacterium rectale)、普拉梭菌(Faecalibacteria prausnitzii)、孿生球菌(Gemella)、乳球菌(Lactococcus)、蘭氏螺菌(Lanchnospira)、柔膜細菌群XVI (Mollicutes cluster XVI)、柔膜細菌群XVIII (Mollicutes cluster XVIII)、普雷沃菌(Prevotella)、黏滑羅氏菌(Rothia mucilaginosa)、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcus callidus)、活潑瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)、扭鏈瘤胃球菌(Ruminococcus torques)及鏈球菌(Streptococcus)。

「微生物群系」廣泛地係指棲居於個體或病患之身體部位上或中之微生物。微生物群系中之微生物可包括細菌、病毒、真核微生物及/或病毒。微生物群系中之個別微生物可係代謝活性、休眠、潛伏或作為孢子存在，可以浮游形式存在或存在於生物膜中，或可以可持續或短暫之方式存在於該微生物群系中。該微生物群系可係共生或健康狀態微生物群系或疾病狀態微生物群系。該微生物群系對個體或病患而言可係天然的，或該微生物群系之組分可因健康狀態(例如，癌前狀態或癌狀態)或處理條件(例如，抗生素治療、曝露於不同微生物)之變化而經調整、引入或消除。在一些態樣中，該微生物群系出現於黏膜表面。在一些態樣中，該微生物群系係腸道微生物群系。在一些態樣中，該微生物群系係腫瘤微生物群系。

組織或樣本之「微生物群系概況(microbiome profile)」或「微生物群系特徵(microbiome signature)」係指微生物群系之細菌組成之至少部分表徵。在一些實施例中，微生物群系概況指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多個細菌菌株存在於微生物群系中或不存在於微生物群系中。在一些實施例中，微生物群系概況指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多個癌症相關細菌菌株存在於樣本中。在一些實施例中，微生物群系概況指示樣本中偵測之各細菌菌株之相對量或絕對量。在一些實施例中，微生物群系概況係癌症相關微生物群系概況。癌症相關微生物群系概況係以比一般群體更大之頻率出現於患有癌症之個體中之微生物群系概況。在一些實施例中，相較於正常存在於取自未患癌症之個體之在其他方面當量之組織或樣本之微生物群系中之細菌，該癌症相關微生物群系概況包含更大數量或量之癌症相關細菌。

關於細菌之「經修飾」廣泛地係指自野生型形式已經變化之細菌。細菌修飾之實例包括遺傳修飾、基因表現、表型修飾、調配、化學修飾及劑量或濃度。經改善之性質之實例係描述於整個說明書中且包括(例如)減毒、營養缺陷、歸巢或抗原性。表型修飾可包括(以實例說明之)細菌於修飾細菌之表型之培養基中生長以增加或降低毒力。

如本文使用，若基因在至少一些條件下在經改造之細菌中之表現程度高於其在相同條件下在相同物種之野生型細菌中之表現程度，則該基因係「過表現」於細菌中。同樣地，若基因在至少一些條件下在經改造之細菌中之表現程度低於其在相同條件下在相同物種之野生型細菌中之表現程度，則該基因係「低表現」於細菌中。

術語「多核苷酸」及「核酸」可互換使用。其等係指任何長度之核苷酸之聚合形式，脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其類似物。多核苷酸可具有任何三維結構，且可表現任何功能。下列係多核苷酸之非限制性實例：基因或基因片段之編碼或非編碼區域、定義自連鎖分析之基因座(loci)(基因座(locus))、外顯子、內含子、信使RNA (mRNA)、微小RNA (miRNA)、沉默RNA (siRNA)、轉移RNA、核糖體RNA、核糖酶、cDNA、重組多核苷酸、分支多核苷酸、質粒、載體、任何序列之經分離之DNA、任何序列之經分離之RNA、核酸探針及引子。多核苷酸可包含經修飾之核苷酸，諸如甲基化核苷酸及核苷酸類似物。若存在，則對核苷酸結構之修飾可在聚合物之組裝之前或之後賦予。多核苷酸可經進一步修飾，諸如藉由與標記組件結合。在本文提供之所有核酸序列中，U核苷酸可與T核苷酸互換。

如本文使用之「腫瘤生物群系」包含致病、致瘤及/或癌症相關微生物區，其中該微生物區包含病毒、細菌、真菌、原生生物、寄生蟲或其他微生物中之一或多者。

「腫瘤營養性(Oncotrophic)」或「嗜腫瘤(oncophilic)」微生物及細菌係與癌症微環境高度相關聯之微生物或存在於癌症微環境中之微生物。其等可被優先選擇用於該環境中，優先在癌症微環境中生長或適應該環境。

「操作分類單位」及「OTU」係指種系發生樹中之終端葉子且係由核酸序列定義，例如，整個基因組，或特定遺傳序列，及在物種層面下與此核酸序列共用序列一致性之所有序列。在一些實施例中，該特定遺傳序列可係16S序列或該16S序列之一部分。在其他實施例中，兩個實體之整個基因組係經測序及比較。在另一實施例中，選擇區域(諸如多位點序列標籤(MLST)、特定基因或基因組)可進行遺傳比較。就16S而言，在整個16S或該16S之一些可變區上共用≥ 97%平均核苷酸一致性之OTU被視為相同OTU。參見，例如，Claesson MJ、Wang Q、O’Sullivan O、Greene-Diniz R、Cole JR、Ross RP及O’Toole PW. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Res 38: e200。Konstantinidis KT、Ramette A及Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929–1940。就完整基因組、MLST、特定基因、除16S外或基因組而言，共用≥95%平均核苷酸一致性之OTU被視為相同OTU。參見，例如，Achtman M及Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species. Nat. Rev. Microbiol. 6: 431–440。Konstantinidis KT、Ramette A及Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929–1940。OTU通常係藉由比較生物體之間之序列進行定義。一般而言，具有小於95%序列一致性之序列不被視為形成相同OTU之一部分。OTU亦可由核苷酸標記或基因(特定言之高度保守基因(例如，「管家」基因))之任何組合，或其組合進行表徵。本文提供操作分類單位(OTU)及對(例如)屬、物種及種系發生支所作之分類學分配。

如本文使用，術語「胞外囊泡」或「EV」係指衍生自細菌之組合物，其包含細菌脂質及含於奈米顆粒中之細菌蛋白質及/或細菌核酸及/或碳水化合物部分。此等EV可含有1、2、3、4、5、10或超過10種不同之脂質種類。EV可含有1、2、3、4、5、10或超過10種不同之蛋白質種類。EV可含有1、2、3、4、5、10或超過10種不同之核酸種類。EV可含有1、2、3、4、5、10或超過10種不同之碳水化合種類。

如本文使用，若物質大體上不含其他組分，則該物質係「純」的。術語「純化(purify或purifying)」及「經純化」係指EV或其他材料已與最初產生或形成(例如，無論在自然中或在實驗環境中)時或在初始產生後之任何時間期間與之相關聯之至少一些組分分離。若EV在產生時或產生後與(諸如)一或多種其他細菌組分分離，則該EV可被視為經純化，及經純化之微生物或微生物種群可含有其他材料多達約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或超過約90%且仍被視為「經純化」。在一些實施例中，經純化之EV係超過約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或超過約99%純。EV組合物及其微生物組分係(例如)純化自殘餘生境產物。

如本文使用，術語「經純化之EV組合物」或「EV組合物」係指如下之製劑：其包括已與源材料或在用以產生該製劑之任何方法中與EV相關聯之任何材料中發現之至少一種相關物質分離(例如，與至少一種其他細菌組分分離)之EV。其亦係指已經顯著富集或濃縮之組合物。在一些實施例中，該等EV係經濃縮2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、100倍、1000倍、10,000倍或超過10,000倍。

「殘餘生境產物」係指自個體內或個體上之微生物群生境衍生的材料。例如，微生物生存於胃腸道之糞便中、皮膚本身上、唾液中、呼吸道之黏液中或泌尿生殖道之分泌物中(即，與微生物群落相關聯之生物物質)。大體上不含殘餘生境產物意指該微生物組合物不再含有與人類或動物個體上或人類或動物個體中之微生物環境相關聯之生物物質且係100%不含、99%不含、98%不含、97%不含、96%不含或95%不含與該微生物群落相關聯之任何污染生物物質。殘餘生境產物可包括非生物材料(包括未經消化之食物)或其可包括非所需之微生物。大體上不含殘餘生境產物亦可意指該微生物組合物不含有來自人類或動物之可偵測細胞且意指僅微生物細胞係可偵測的。在一項實施例中，大體上不含殘餘生境產物亦可意指該微生物組合物不含有可偵測之病毒(包括微生物病毒(例如，噬菌體))、真菌、支原體污染物。在另一實施例中，相較於微生物細胞，其意指微生物組合物中小於1x10-2%、1x10-3%、1x10-4%、1x10-5%、1x10-6%、1x10-7%、1x10-8%之活細胞係人類或動物。達成此純度的方法有很多，該等方法中無任何一者係限制性的。因此，污染物可藉由通過在固體培養基上對單菌落進行多個畫線步驟，直至來自系列性單菌落之複製(諸如但不限於兩個)畫線已顯示僅單一菌落形態來分離所需成分而減少。或者，污染物之減少可藉由多輪連續稀釋至單一所需細胞(例如，10-8或10-9之稀釋)，諸如通過多個10倍連續稀釋完成。此可藉由顯示多個經分離之菌落具有相似細胞形狀及革蘭氏染色行為進一步證實。用於證實足夠之純度之其他方法包括遺傳分析(例如，PCR、DNA測序)、血清學及抗原分析、酶及代謝分析及使用儀器之方法，諸如使用自污染物區分所需成分之試劑之流式細胞術。

如本文使用，「特異性結合」係指抗體結合至預定抗原之能力或多肽結合至其預定結合搭配物之能力。通常，抗體或多肽以對應於約10^-7 M或更小之K_D 之親和力特異性結合至其預定抗原或結合搭配物，及以比其結合至非特異性及無關抗原/結合搭配物(例如，BSA、酪蛋白)之親和力低至少10倍、低至少100倍或低至少1000倍之親和力(以K_D 表示)結合至預定抗原/結合搭配物。或者，特異性結合更廣泛地適用於雙組分系統，其中一種組分係蛋白質、脂質或碳水化合物或其組合並以特異性方式結合第二種組分，其係蛋白質、脂質、碳水化合物或其組合。

術語「個體」或「病患」係指任何動物。描述為「有此需要」之個體或病患係指需要疾病治療之個體或病患。哺乳動物(即，哺乳類動物)包括人類、實驗室動物(例如，靈長類動物、大鼠、小鼠)、牲畜(例如，牛、綿羊、山羊、豬)及家養寵物(例如，狗、貓、嚙齒動物)。

「菌株」係指具有遺傳特徵之細菌物種之成員，該遺傳特徵使得其可與相同細菌物種之密切相關成員進行區分。遺傳特徵可為缺乏至少一個基因之所有或部分、缺乏至少調節區域(例如，啟動子、終止子、核糖開關、核糖體結合位點)上之所有或部分、缺乏(「固化」)至少一個天然質粒、存在至少一個重組基因、存在至少一個突變基因、存在至少一個外源基因(衍生自其他物種之基因)、存在至少一個突變調節區域(例如，啟動子、終止子、核糖開關、核糖體結合位點)、存在至少一個非天然質粒、存在至少一個抗生素抗性匣或其組合。不同菌株間之遺傳特徵可藉由PCR擴增且視需要接著進行受關注基因組區域或全基因組之DNA測序來識別。在其中一種菌株(與相同物種之另一菌株相比)已獲得或失去抗生素抗性或獲得或失去生物合成能力(諸如營養缺陷型菌株)之情況下，菌株可藉由分別使用抗生素或營養物/代謝物進行選擇或反選擇來區分。

如本文使用，術語「治療」個體之疾病或「治療」患有或疑似患有疾病之個體係指使該個體經受醫藥治療，例如，一或多種藥劑之投與，使得該疾病之至少一種症狀減少或防止惡化。因此，在一項實施例中，「治療」尤其係指延遲進展、加快緩解、誘導緩解、增加緩解、加速恢復、增加替代治療之效力或降低對替代治療之抗性或其組合。細菌

在某些態樣中，本文提供包含細菌及/或製造自細菌之EV之醫藥組合物。

在一些實施例中，獲得EV之細菌係經修飾以增強EV產生，以增強產生之EV之經口遞送(例如，藉由改善耐酸性、黏膜黏附性及/或浸潤及/或對膽汁酸、消化酶之耐受性、對抗微生物肽及/或抗體中和之耐受性)，以靶向所需細胞類型(例如，M細胞、杯裝細胞、腸上皮細胞、樹突細胞、巨噬細胞)，以增強產生之EV之其等免疫調節及/或治療效應(例如，單獨或與其他治療劑組合使用)，及/或以由產生之EV增強免疫活化或抑制(例如，通過多糖、線毛、繖毛、黏附素之經修飾之產生)。在一些實施例中，本文描述之經改造之細菌係經修飾以改善細菌及/或EV製造(例如，更高之耐氧性、穩定性、經改善之凍融耐受性、較短之產生時間)。例如，在一些實施例中，本文描述之經改造之細菌包括具有一或多種遺傳改變之細菌，此改變係包含於細菌染色體或內源性質粒及/或一或多個外源性質粒上之一或多個核苷酸之插入、刪除、易位或取代，或其任何組合，其中該遺傳改變可導致一或多個基因之過表現及/或低表現。經改造之微生物可使用此項技術中已知的任何技術產生，包括(但不限於)定點誘變、轉座子誘變、敲除、敲入、聚合酶鏈反應誘變、化學誘變、紫外線誘變、轉形(化學或藉由電穿孔)、噬菌體轉導、定向演化，或其任何組合。

如本文使用，術語「細菌」廣泛地係指原核生物體(包括革蘭氏陽性及革蘭氏陰性生物體)之域。可用以產生本文描述之EV之細菌之物種及/或菌株之實例係提供於表1及/或表2中及整個說明書之其他地方。在一些實施例中，細菌菌株係具有與表1及/或表2中列舉之菌株具有至少80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%序列一致性之基因組之細菌菌株。在一些實施例中，該等EV係來自腫瘤營養性細菌。在一些實施例中，該等EV係來自免疫刺激細菌。在一些實施例中，該等EV係來自免疫抑制細菌。在一些實施例中，該等EV係來自免疫調節細菌。在某些實施例中，EV係產生自本文提供之細菌菌株之組合。在一些實施例中，該組合係至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45或50個細菌菌株之組合。在一些實施例中，該組合包括來自表1及/或表2中列舉之細菌菌株及/或具有與表1及/或表2中列舉之菌株具有至少80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%序列一致性之基因組之細菌菌株之EV。表1：示例性細菌菌株表2：示例性嗜腫瘤細菌

在某些實施例中，本文描述之EV係獲得自專性厭氧菌。專性厭氧菌之實例包括革蘭氏陰性桿菌(包括擬桿菌、普雷沃菌、卟啉單胞菌、梭桿菌、嗜膽菌及薩特氏菌屬(spp.)之屬(genera))、革蘭氏陽性球菌(主要為消化鏈球菌屬)、革蘭氏陽性孢子形成菌(梭菌屬)、非孢子形成桿菌(放線菌、丙酸桿菌、真桿菌、乳桿菌及雙歧桿菌屬)及革蘭氏陰性球菌(主要為範永氏球菌屬)。在一些實施例中，該等專性厭氧菌係選自以下之屬之細菌：阿加薩桿菌(Agathobaculum)、奇異菌、布勞特氏菌、伯克霍爾德菌、迪爾莫菌、長鏈菌(Longicatena)、副梭菌、蘇黎世桿菌及泰澤菌。

在一些實施例中，本文描述之EV係獲得自選自以下之屬之細菌：大腸桿菌、克雷白氏菌、乳桿菌、志賀氏菌及葡萄球菌。

在一些實施例中，本文描述之細菌及/或EV係選自以下物種之細菌及/或EV：馬賽布勞特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪爾莫菌(Dielma fastidiosa )、Longicatena caecimuris 、當別町範永氏球菌。

在一些實施例中，本文描述之EV及/或細菌係經修飾使得其等包含、連接至及/或結合治療部分。在一些實施例中，該治療部分係癌症特異性部分。在一些實施例中，該癌症特異性部分對癌細胞具有結合特異性(例如對癌症特異性抗原具有結合特異性)。在一些實施例中，該癌症特異性部分包含抗體或其抗原結合片段。在一些實施例中，該癌症特異性部分包含T細胞受體或嵌合抗原受體(CAR)。在一些實施例中，該癌症特異性部分包含表現於癌細胞表面上受體之配體或其受體結合片段。在一些實施例中，該癌症特異性部分係二分(bipartite)融合蛋白，其具有兩個部分：結合至及/或連接至細菌之第一部分及可結合至癌細胞(例如藉由對癌症特異性抗原具有結合特異性)之第二部分。在一些實施例中，該第一部分係全長肽聚醣識別蛋白(諸如PGRP)之片段或全長肽聚醣識別蛋白。在一些實施例中，該第一部分對EV具有結合特異性(例如藉由對細菌抗原具有結合特異性)。在一些實施例中，該第一及/或第二部分包含抗體或其抗原結合片段。在一些實施例中，該第一及/或第二部分包含T細胞受體或嵌合抗原受體(CAR)。在一些實施例中，該第一及/或第二部分包含表現於癌細胞表面上受體之配體或其受體結合片段。在某些實施例中，癌症特異性部分及EV之共投與(組合投與或分開投與)增加EV靶向癌細胞。

在一些實施例中，本文描述之EV係經修飾使得其等包含、連接至及/或結合磁性及/或順磁性部分(例如磁珠)。在一些實施例中，該磁性及/或順磁性部分包含細菌及/或直接連接至細菌。在一些實施例中，該磁性及/或順磁性部分係連接至結合至EV之EV結合部分之一部分及/或為結合至EV之EV結合部分之一部分。在一些實施例中，該EV結合部分係全長肽聚醣識別蛋白(諸如PGRP)之片段或全長肽聚醣識別蛋白。在一些實施例中，該EV結合部分具有對EV之結合特異性(例如藉由對細菌抗原具有結合特異性)。在一些實施例中，該EV結合部分包含抗體或其抗原結合片段。在一些實施例中，該EV結合部分包含T細胞受體或嵌合抗原受體(CAR)。在一些實施例中，該EV結合部分包含表現於癌細胞表面上受體之配體或其受體結合片段。在某些實施例中，磁性及/或順磁性部分及EV之共投與(一起投與或分開投與)可用以增加EV靶向癌症細胞及/或個體存在癌細胞之一部分。EV 之產生

在某些態樣中，本文描述之EV可使用此項技術中已知的任何方法製備。

在一些實施例中，該等EV係經製備而無需EV純化步驟。例如，在一些實施例中，包含本文描述之EV之細菌係使用讓細菌EV保持完整之方法殺死且所得之細菌組分(包括EV)係用於本文描述之方法及組合物中。在一些實施例中，該等細菌係使用抗生素(例如，使用本文描述之抗生素)殺死。在一些實施例中，該等細菌係使用UV輻射殺死。

在一些實施例中，本文描述之EV係純化自一或多種其他細菌組分。用於自細菌純化EV之方法係為此項技術中已知。在一些實施例中，EV係使用S. Bin Park等人，PLoS ONE. 6(3):e17629 (2011)或G. Norheim等人，PLoS ONE. 10(9): e0134353 (2015)中描述之方法製備自細菌培養物，該等文獻之各者係以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中，該等細菌係經培養至高光密度及然後經離心以使細菌集結成粒(例如，在4℃下，以10,000 x g離心30分鐘)。在一些實施例中，然後使培養上清液通過過濾器以排除完整細菌細胞(例如，0.22 µm過濾器)。在一些實施例中，經過濾之上清液係經離心以使細菌EV集結成粒(例如，在4℃下，以100,000至150,000 x g離心1至3小時)。在一些實施例中，該等EV係藉由重懸浮所得EV集結粒(例如，於PBS中)，並將重懸浮之EV施用至蔗糖梯度(例如，30至60%不連續之蔗糖梯度)，接著離心(例如，在4℃下，以200,000 x g離心20小時)加以進一步純化。EV帶可經收集，用(例如，用PBS)清洗，並離心以使EV集結成粒(例如，在4℃下，以150,000 x g離心3小時)。經純化之EV可經儲存(例如，在-80℃下)直至使用。在一些實施例中，該等EV係藉由用DNA酶及/或蛋白酶K處理加以進一步純化。

例如，在一些實施例中，本文揭示之細菌之培養物可在4℃下以11,000 x g離心20至40分鐘以使細菌集結成粒。可使培養上清液通過0.22 µm過濾器以排除完整細菌細胞。然後可使用可包括(但不限於)硫酸銨沈澱、超離心或過濾之方法濃縮經過濾之上清液。例如，就硫酸銨沈澱而言，可將1.5-3 M硫酸銨緩慢添加至經過濾之上清液，同時在4℃下攪拌。可在4℃下將沈澱培養8至48小時及然後在4℃下以11,000 x g離心20至40分鐘。所得集結粒含有細菌EV及其他殘渣。可使用超離心，經過濾之上清液在4℃下以100,000至200,000 x g離心1至16小時。此離心之集結粒含有細菌EV及其他殘渣。在一些實施例中，使用過濾技術，諸如通過使用Amicon超自旋過濾器或藉由切向流過濾，上清液可經過濾以便於保留分子量＞ 50或100 kDa之物質。

或者，EV可在生長期間(或在生長期間之所選時間點下)藉由將生物反應器連接至交變切向流(ATF)系統(例如，來自Repligen之XCell ATF)而連續獲得自細菌培養物。該ATF系統保留完整細胞(＞0.22 μm)於生物反應器中，且容許較小組分(例如，EV、游離蛋白質)通過過濾器以供收集。例如，該系統可經結構設計使得＜0.22 μm濾液然後通過100 kDa之第二過濾器，容許收集諸如0.22 μm與100 kDa之間之EV的物質，並將小於100 kDa之物質泵送回生物反應器中。或者，該系統可經結構設計以容許生物反應器中之培養基在培養物之生長期間得到補充及/或修飾。藉由此方法收集之EV可藉由如上文針對經過濾之上清液描述之超離心或過濾加以進一步純化及/或濃縮。

藉由本文提供之方法獲得之EV可藉由基於尺寸之管柱層析術、藉由親和層析術及藉由梯度超離心，使用可包括(但不限於)使用蔗糖梯度或Optiprep梯度之方法加以進一步純化。簡而言之，使用蔗糖梯度方法，若使用硫酸銨沈澱或超離心以濃縮經過濾之上清液，則將集結粒重懸浮於60%蔗糖，30 mM Tris，pH 8.0中。若使用過濾以濃縮經過濾之上清液，則使用Amicon超管柱將濃縮物緩衝液交換成60%蔗糖，30 mM Tris，pH 8.0。將樣本施用至35至60%連續蔗糖梯度並在4℃下以200,000 x g離心3至24小時。簡而言之，使用Optiprep梯度方法，若使用硫酸銨沈澱或超離心以濃縮經過濾之上清液，則將集結粒重懸浮於含於PBS中之35% Optiprep中。在一些實施例中，若使用過濾以濃縮經過濾之上清液，則濃縮物係使用60% Optiprep稀釋至35% Optiprep之最終濃度。將樣本施用至35至60%不連續蔗糖梯度並在4℃下以200,000 x g離心3至24小時。

在一些實施例中，為證實EV製劑之無菌性及分離，將EV連續稀釋至瓊脂培養基(其用於測試中之細菌之例行培養)上，並使用例行條件進行培養。使非無菌製劑通過0.22 μm過濾器以排除完整細胞。為進一步增加純度，經分離之EV可經DNA酶或蛋白酶K處理。

在一些實施例中，為製備用於活體內注射之EV，經純化之EV係如先前描述進行處理(G. Norheim等人，PLoS ONE. 10(9): e0134353 (2015))。簡而言之，在蔗糖梯度離心後，將含有EV之帶於含有3%蔗糖之溶液或熟習此項技術者已知的適用於活體內注射之其他溶液中重懸浮至50 µg/mL之最終濃度。此溶液亦可含有佐劑，例如，0至0.5% (w/v)濃度之氫氧化鋁。

在某些實施例中，為使樣本與其他測試相容(例如，為在TEM成像或活體外分析之前移除蔗糖)，使用過濾(例如，Amicon超管柱)、透析或超離心(200,000 x g，≥ 3小時，4℃)及重懸浮將樣本緩衝液交換成PBS或30 mM Tris，pH 8.0。

在一些實施例中，EV製劑之無菌性可藉由將一部分EV接種至瓊脂培養基(其用於用以產生EV之細菌之標準培養)上及使用標準條件進行培養加以證實。

在一些實施例中，所選EV係藉由層析術分離及富集並結合EV的表面部分。在其他實施例中，所選EV係藉由螢光細胞分選藉由使用親和試劑、化學染料、重組蛋白之方法或熟習此項技術者已知的其他方法分離及/或富集。醫藥組合物

在某些實施例中，本文提供之方法係包含本文提供之EV及/或細菌之醫藥組合物(例如，EV組合物)。在一些實施例中，該EV組合物包含EV及/或本文描述之EV及醫藥上可接受之載劑之組合。

在一些實施例中，醫藥組合物包含大體上或完全不含細菌之EV。在一些實施例中，醫藥組合物包含EV及完整細菌(例如，活細菌、被殺死之細菌、減毒細菌)。在某些實施例中，醫藥組合物包含大體上或完全不含EV之細菌。在一些實施例中，醫藥組合物包含來自表1及/或表2中列舉之細菌菌株或物種中之一或多者(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多者)之EV及/或細菌。

在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88. 89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個EV顆粒而言，醫藥組合物包含至少1個細菌。

在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88. 89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個EV顆粒而言，醫藥組合物包含約1個細菌。

在某些實施例中，醫藥組合物包含一定比率之細菌顆粒對EV顆粒。細菌顆粒之數量可基於實際顆粒數量或(若細菌係活的)CFU之數量。顆粒數量可藉由組合一組數量之經純化之EV及一組數量之經純化之細菌，藉由修飾培養細菌之生長條件，或藉由修飾細菌本身以產生更多或更少EV來確定。

在一些實施例中，為定量細菌樣本中存在之EV及/或細菌之數量，可使用電子顯微術(例如，超薄冷凍切片之EM)以觀測囊泡及細菌並計數其等相對數量。或者，可使用奈米顆粒跟蹤分析(NTA)、庫爾特計數及動態光散射(DLS)之組合或此等技術之組合。NTA及庫爾特計數器計數顆粒並顯示其等尺寸。DLS給出顆粒之粒度分佈，而非濃度。細菌通常具有1至2 μm之直徑。完整範圍係0.2至20 um。來自庫爾特計數及NTA之組合結果可揭示給定樣本中之細菌數量。庫爾特計數揭示具有0.7至10 um之直徑之顆粒之數量。NTA揭示具有50至1400 nm之直徑之顆粒之數量。就大多數細菌樣本而言，庫爾特計數器單獨可揭示樣本中之細菌數量。EV之直徑係20至250 nm。NTA將容許吾人計數直徑為50至250 nm之顆粒之數量。DLS揭示具有於1 nm至3 um之近似範圍內之不同直徑之顆粒之分佈。

在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28. 29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68. 69、70、71、72、73、74、75、76、77、78. 79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98. 99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個EV顆粒而言，醫藥組合物包含不超過1個細菌。

在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28. 29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68. 69、70、71、72、73、74、75、76、77、78. 79、80、81、82、83、84、85、86、87、88. 89、90、91、92、93、94、95、96、97、98. 99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個細菌而言，醫藥組合物包含至少1個EV顆粒。

在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28. 29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68. 69、70、71、72、73、74、75、76、77、78. 79、80、81、82、83、84、85、86、87、88. 89、90、91、92、93、94、95、96、97、98. 99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個細菌而言，醫藥組合物包含約1個EV顆粒。在一些實施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18. 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28. 29、30、31、32、33、34、35、36、37、38. 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48. 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58. 59、60、61、62、63、64、65、66、67、68. 69、70、71、72、73、74、75、76、77、78. 79、80、81、82、83、84、85、86、87、88. 89、90、91、92、93、94、95、96、97、98. 99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³ 、2x10³ 、3x10³ 、4x10³ 、5x10³ 、6x10³ 、7x10³ 、8x10³ 、9x10³ 、1x10⁴ 、2x10⁴ 、3x10⁴ 、4x10⁴ 、5x10⁴ 、6x10⁴ 、7x10⁴ 、8x10⁴ 、9x10⁴ 、1x10⁵ 、2x10⁵ 、3x10⁵ 、4x10⁵ 、5x10⁵ 、6x10⁵ 、7x10⁵ 、8x10⁵ 、9x10⁵ 、1x10⁶ 、2x10⁶ 、3x10⁶ 、4x10⁶ 、5x10⁶ 、6x10⁶ 、7x10⁶ 、8x10⁶ 、9x10⁶ 、1x10⁷ 、2x10⁷ 、3x10⁷ 、4x10⁷ 、5x10⁷ 、6x10⁷ 、7x10⁷ 、8x10⁷ 、9x10⁷ 、1x10⁸ 、2x10⁸ 、3x10⁸ 、4x10⁸ 、5x10⁸ 、6x10⁸ 、7x10⁸ 、8x10⁸ 、9x10⁸ 、1x10⁹ 、2x10⁹ 、3x10⁹ 、4x10⁹ 、5x10⁹ 、6x10⁹ 、7x10⁹ 、8x10⁹ 、9x10⁹ 、1x10¹⁰ 、2x10¹⁰ 、3x10¹⁰ 、4x10¹⁰ 、5x10¹⁰ 、6x10¹⁰ 、7x10¹⁰ 、8x10¹⁰ 、9x10¹⁰ 、1x10¹¹ 、2x10¹¹ 、3x10¹¹ 、4x10¹¹ 、5x10¹¹ 、6x10¹¹ 、7x10¹¹ 、8x10¹¹ 、9x10¹¹ 及/或1x10¹² 個細菌而言，醫藥組合物包含不超過1個EV顆粒。

在一些實施例中，醫藥組合物中至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之顆粒係EV。

在一些實施例中，醫藥組合物中至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之顆粒係細菌。

在一些實施例中，醫藥組合物中不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之顆粒係EV。

在一些實施例中，醫藥組合物中不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之顆粒係細菌。

在一些實施例中，醫藥組合物中約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之顆粒係EV。

在一些實施例中，醫藥組合物中約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之顆粒係細菌。

在一些實施例中，醫藥組合物中至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之蛋白質係EV蛋白。

在一些實施例中，醫藥組合物中至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之蛋白質係細菌蛋白。

在一些實施例中，醫藥組合物中不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之蛋白質係EV蛋白。

在一些實施例中，醫藥組合物中不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之蛋白質係細菌蛋白。

在一些實施例中，醫藥組合物中約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之蛋白質係EV蛋白。

在一些實施例中，醫藥組合物中約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之蛋白質係細菌蛋白。

在一些實施例中，醫藥組合物中至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之脂質係EV脂質。

在一些實施例中，醫藥組合物中至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之脂質係細菌脂質。

在一些實施例中，醫藥組合物中不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之脂質係EV脂質。

在一些實施例中，醫藥組合物中不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之脂質係細菌脂質。

在一些實施例中，醫藥組合物中約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之脂質係EV脂質。

在一些實施例中，醫藥組合物中約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之脂質係細菌脂質。

在一些實施例中，醫藥組合物中之EV係純化自一或多種其他細菌組分。在一些實施例中，該醫藥組合物進一步包含其他細菌組分。在一些實施例中，該醫藥組合物包含細菌細胞。

在某些態樣中，本文提供用於向個體投與之醫藥組合物。在一些實施例中，該等醫藥組合物係與額外之活性及/或非活性材料組合以產生最終產品，其可呈單劑量單位或以多劑量形式。在一些實施例中，該等醫藥組合物係與佐劑諸如免疫佐劑(例如，STING促效劑、TLR促效劑、NOD促效劑)組合。

在一些實施例中，該組合物包含至少一種碳水化合物。「碳水化合物」係指糖或糖之聚合物。術語「醣類」、「多醣」、「碳水化合物」及「寡醣」可互換使用。大多數碳水化合物係具有許多羥基(通常在分子之各碳原子上有一個羥基)之醛或酮。碳水化合物通常具有分子式C_n H_2n O_n 。碳水化合物可係單醣、二醣、三醣、寡醣或多醣。大多數鹼性碳水化合物係單醣，諸如葡萄糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、核糖、阿拉伯糖、木糖及果糖。二醣係兩個連接之單醣。示例性二醣包括蔗糖、麥芽糖、纖維二糖及乳糖。通常，寡醣包括三至六個單醣單元(例如，棉子糖、水蘇糖)，及多醣包括六個或更多個單醣單元。示例性多醣包括澱粉、糖原及纖維素。碳水化合物可含有經修飾之醣單元，諸如2’-脫氧核糖(其中羥基係經移除)、2’-氟核糖(其中羥基係經氟置換)或N-乙醯基葡萄糖胺(葡萄糖之含氮形式(例如，2’-氟核糖、脫氧核糖及己糖))。碳水化合物可以許多不同形式(例如，構型異構物、環形、非環形、立體異構物、互變異構物、變旋異構物及異構物)存在。

在一些實施例中，該組合物包含至少一種脂質。如本文使用，「脂質」包括脂肪、油、三酸甘油酯、膽固醇、磷脂質、任何形式之脂肪酸(包括游離脂肪酸)。脂肪、油及脂肪酸可為飽和、不飽和(順式或反式)或部分不飽和(順式或反式)。在一些實施例中，該脂質包含至少一種選自以下之脂肪酸：月桂酸(12:0)、肉豆蔻酸(14:0)、棕櫚酸(16:0)、棕櫚油酸(16:1)、十七酸(17:0)、十七碳烯酸(17:1)、硬脂酸(18:0)、油酸(18:1)、亞油酸(18:2)、亞麻酸(18:3)、十八碳四烯酸(18:4)、花生酸(20:0)、二十碳烯酸(20:1)、二十碳二烯酸(20:2)、二十碳四烯酸(20:4)、二十碳五烯酸(20:5) (EPA)、二十二烷酸(22:0)、二十二烯酸(22:1)、二十二碳五烯酸(22:5)、二十二碳六烯酸(22:6) (DHA)及二十四烷酸(24:0)。在一些實施例中，該組合物包含至少一種經修飾之脂質，例如，已藉由烹飪修飾之脂質。

在一些實施例中，該組合物包含至少一種補充礦物或礦物源。礦物之實例包括(但不限於)：氯化物、鈉、鈣、鐵、鉻、銅、碘、鋅、鎂、錳、鉬、磷、鉀及硒。前述礦物中之任何一者之合適之形式包括可溶性礦物鹽、微溶性礦物鹽、不溶性礦物鹽、螯合礦物、礦物複合物、非反應性礦物(諸如羰基礦物)及還原礦物，及其組合。

在一些實施例中，該組合物包含至少一種補充維生素。該至少一種維生素可係脂溶性或水溶性維生素。合適之維生素包括(但不限於)維生素C、維生素A、維生素E、維生素B12、維生素K、核黃素、菸鹼酸、維生素D、維生素B6、葉酸、吡哆醇、硫胺素、泛酸及生物素。前述中之任何一者之合適之形式係維生素之鹽、維生素之衍生物、具有與維生素相同或相似活性之化合物及維生素之代謝物。

在一些實施例中，該組合物包含賦形劑。合適之賦形劑之非限制性實例包括緩衝劑、防腐劑、穩定劑、黏合劑、壓實劑、潤滑劑、分散增強劑、崩解劑、調味劑、甜味劑及著色劑。

在一些實施例中，該賦形劑係緩衝劑。合適之緩衝劑之非限制性實例包括檸檬酸鈉、碳酸鎂、碳酸氫鎂、碳酸鈣及碳酸氫鈣。

在一些實施例中，該賦形劑包含防腐劑。合適之防腐劑之非限制性實例包括抗氧化劑(諸如α-生育酚及抗壞血酸鹽)及抗菌劑(諸如對羥基苯甲酸酯、氯丁醇及苯酚)。

在一些實施例中，該組合物包含作為賦形劑之黏合劑。合適之黏合劑之非限制性實例包括澱粉、預膠化澱粉、明膠、聚乙烯吡咯啶酮、纖維素、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、乙基纖維素、聚丙烯醯胺、聚乙烯噁唑啶酮、聚乙烯醇、C₁₂ -C₁₈ 脂肪酸醇、聚乙二醇、多元醇、醣類、寡醣，及其組合。

在一些實施例中，該組合物包含作為賦形劑之潤滑劑。合適之潤滑劑之非限制性實例包括硬脂酸鎂、硬脂酸鈣、硬脂酸鋅、氫化植物油、史提諾特(sterotex)、聚氧乙烯單硬脂酸酯、滑石、聚乙二醇、苯甲酸鈉、月桂基硫酸鈉、月桂基硫酸鎂及輕質礦物油。

在一些實施例中，該組合物包含作為賦形劑之分散增強劑。合適之分散劑之非限制性實例包括澱粉、海藻酸、聚乙烯吡咯啶酮、瓜爾膠、高嶺土、膨潤土、經純化之木纖維素、乙醇酸澱粉鈉、無定形矽酸鹽及作為高HLB乳化劑表面活性劑之微晶纖維素。

在一些實施例中，該組合物包含作為賦形劑之崩解劑。在一些實施例中，該崩解劑係非泡騰崩解劑。合適之非泡騰崩解劑之非限制性實例包括澱粉(諸如玉米澱粉、土豆澱粉、其預膠化及經修飾之澱粉)、甜味劑、黏土(諸如膨潤土)、微晶纖維素、藻酸鹽、乙醇酸澱粉鈉、樹膠(諸如瓊脂、瓜爾膠、刺槐豆、刺梧桐膠、果膠及紫雲英樹膠)。在一些實施例中，該崩解劑係泡騰崩解劑。合適之泡騰崩解劑之非限制性實例包括碳酸氫鈉與檸檬酸之組合，及碳酸氫鈉與酒石酸之組合。

在一些實施例中，該組合物係食品(例如，食物或飲料)，諸如健康食物或飲料、嬰兒之食物或飲料、孕婦、運動員、老年人或其他指定群體之食物或飲料、功能性食物、飲料、針對指定健康用途之食物或飲料、膳食補充劑、病患之食物或飲料或動物飼料。該等食物及飲料之具體實例包括各種飲料，諸如果汁、提神飲料、茶飲料、飲料製劑、果凍飲料及功能性飲料；酒精飲料，諸如啤酒；含有碳水化合物之食物，諸如大米食品、麵條、麵包及義大利麵；糊狀產品，諸如魚肉火腿、香腸、糊狀海鮮產品；蒸煮袋產品，諸如咖喱、用濃稠澱粉醬汁調味之食物及中國湯；湯；乳製品，諸如牛奶、乳製品飲料、霜淇淋、乳酪及優酪乳；發酵產品，諸如發酵之大豆醬、優酪乳、發酵飲料及醃漬物；豆製品；各種糖果製品，包括餅乾、曲奇及類似物、糖果、口香糖、軟糖、包括果凍之冷餐甜點、奶油焦糖及冷凍甜點；即食食物，諸如即食湯及即食大豆湯；微波食物；及類似物。此外，該等實例亦包括以粉末、顆粒、錠劑、膠囊、液體、糊劑及凝膠劑之形式製備之健康食物及飲料。

在一些實施例中，該組合物係用於動物(包括人類)之食品。除人類外之動物無特定限制，且該組合物可用於各種牲畜、家禽、寵物、實驗動物，及類似物。動物之具體實例包括豬、牛、馬、綿羊、山羊、雞、野鴨、鴕鳥、家鴨、狗、貓、兔、倉鼠、小鼠、大鼠、猴，及類似物，但該等動物不限於此。治療劑

在某些態樣中，本文提供之方法包括向個體投與本文描述之醫藥組合物，其單獨投與或與額外治療劑組合投與。在一些實施例中，該額外治療劑係免疫抑制劑、類固醇、癌症治療劑。

在一些實施例中，EV係在投與治療劑之前(例如，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時之前或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天之前)向個體投與。在一些實施例中，EV係在投與治療劑之後(例如，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時之後或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天之後)向個體投與。在一些實施例中，EV及治療劑係向個體同時或幾乎同時投與(例如，彼此在一小時內投與)。在一些實施例中，向個體投與抗生素，然後 (例如，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時之後或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天之後)向該個體投與EV。在一些實施例中，向個體投與EV，然後(例如，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時之後或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天之後)向該個體投與抗生素。在一些實施例中，EV及抗生素係向個體同時或幾乎同時投與(例如，彼此在一小時內投與)。

在一些實施例中，該額外治療劑係癌症治療劑。在一些實施例中，該癌症治療劑係化學治療劑。此等化學治療劑之實例包括(但不限於)烷化劑，諸如噻替派及環磷醯胺；磺酸烷基酯，諸如白消安、英丙舒凡及哌泊舒凡；氮丙啶，諸如苯佐替派、卡波醌、美妥替派及烏瑞替派；伸乙亞胺及甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三聚氰胺、三伸乙基磷醯胺、三乙基硫磷醯胺及三羥甲基蜜胺；番荔枝內酯(acetogenin)(尤其布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；喜樹鹼(包括合成類似物拓撲替康)；苔蘚蟲素；卡利斯他汀(callystatin)；CC-1065 (包括其阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)及比折來新(bizelesin)合成類似物)；念珠藻素(特定言之，念珠藻素1及念珠藻素8)；尾海兔素(dolastatin)；倍癌黴素(duocarmycin)(包括合成類似物KW-2189及CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉鹼(pancratistatin)；珊瑚類二萜(sarcodictyin)；海綿抑制素(spongistatin)；氮芥類，諸如氯芥苯丁酸、萘氮芥、膽磷醯胺、雌莫司汀(estramustine)、異環磷醯胺、甲基二氯乙基胺、甲基二氯乙基胺氧化物鹽酸鹽、美法侖、新恩比興(novembichin)、苯芥膽甾醇(phenesterine)、潑尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶芥末；硝基脲，諸如卡莫司汀(carmustine)、氯唑黴素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及倫納司汀(ranimnustine)；抗生素，諸如烯二炔抗生素(例如，卡奇黴素(calicheamicin)、尤其卡奇黴素γlI及卡奇黴素ωl1；達內黴素(dynemicin)，包括達內黴素A；雙膦酸鹽，諸如氯膦酸鹽；埃斯培拉黴素(esperamicin)；及新抑癌蛋白生色團(neocarzinostatin chromophore)及相關之色素蛋白烯二炔抗生素發色團、阿克拉黴素(aclacinomysin)、放射菌素、胺茴黴素(authrarnycin)、重氮絲胺酸(azaserine)、博來黴素(bleomycin)、放射菌素c (cactinomycin)、卡拉賓(carabicin)、卡米諾黴素(caminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色黴素(chromomycini)、放射菌素d、道諾黴素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-側氧基-L-正白胺酸、多柔比星(包括嗎啉基-多柔比星、氰基嗎啉基-多柔比星、2-吡咯啉-多柔比星及脫氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊達比星(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素，諸如絲裂黴素C、黴酚酸、諾加黴素(nogalamycin)、橄欖黴素(olivomycin)、培洛黴素(peplomycin)、波非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素(puromycin)、三鐵阿黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌素(streptonigrin)、鏈脲菌素(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他汀(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代謝物，諸如氨甲喋呤及5-氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物，諸如二甲葉酸(denopterin)、氨甲喋呤、喋羅呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤類似物，諸如氟達拉濱(fludarabine)、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鳥嘌呤；嘧啶類似物，諸如安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、雙去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷；雄激素，諸如卡普睪酮(calusterone)、丙酸甲雄烷酮、環硫雄醇、美雄烷(mepitiostane)、睪內脂；抗腎上腺，諸如氨魯米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如弗林酸；醋葡醛內酯；醛磷醯胺糖苷；胺基乙醯丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；貝斯特羅比爾(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；艾達曲酸鹽(edatraxate)；地磷醯胺；地美可辛(demecolcine)；地吖醌；依氟鳥胺酸；醋酸羥吡哢唑；埃博黴素；乙環氧啶；硝酸鎵；羥基脲；香菇多糖；洛尼達寧(lonidainine)；美登素類，諸如美登素及安那黴素；米托胍腙；米托蒽醌；莫匹達莫；硝胺(nitraerine)；噴司他汀(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌；鬼臼酸；2-乙基醯肼；丙苄肼；PSK多醣複合物)；雷佐生(razoxane)；根黴素(rhizoxin)；西佐呋喃(sizofuran)；螺旋鍺(spirogermanium)；細交鏈孢菌酮酸；三亞胺醌；2,2',2''-三氯三乙胺；單端孢黴烯(尤其T-2毒素、疣孢菌素A、桿孢菌素A及蛇形菌素(anguidine))；烏拉坦(urethan)；長春地辛(vindesine)；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥；二溴甘露醇；二溴衛矛醇；胍血生(pipobroman)；胍基胞嘧啶(gacytosine)；阿拉伯糖苷(「Ara-C」)；環磷醯胺；噻替派；紫杉烷類，例如，紫杉醇及多西他賽(doxetaxel)；氯芥苯丁酸；吉西他濱(gemcitabine)；6-硫鳥嘌呤；巰基嘌呤；氨甲喋呤；鉑配合物，諸如順鉑、奧沙利鉑(oxaliplatin)及卡鉑(carboplatin)；長春花鹼(vinblastine)；鉑；依託泊苷(VP-16)；異環磷醯胺；米托蒽醌(mitoxantrone)；長春新鹼(vincristine)；長春瑞濱(vinorelbine)；諾消靈(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依達曲沙(edatrexate)；正定黴素(daunomycin)；氨喋呤(aminopterin)；希羅達(xeloda)；伊班膦酸鹽(ibandronate)；依立替康(例如，CPT-11)；拓撲異構酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸(DMFO)；類視色素諸如視黃酸；卡培他濱(capecitabine)；及上文中之任何一者之醫藥上可接受之鹽、酸或衍生物。

在一些實施例中，該癌症治療劑係癌症免疫治療劑。免疫治療係指用個體之免疫系統以治療癌症之治療，例如，查核點抑制劑、癌症疫苗、細胞介素、細胞治療、CAR-T細胞及樹突細胞治療。免疫治療之非限制性實例係查核點抑制劑，包括尼沃單抗(BMS，抗PD-1)、派姆單抗(Merck，抗PD-1)、伊匹單抗(BMS，抗CTLA-4)、MEDI4736 (AstraZeneca，抗PD-L1)及MPDL3280A (Roche，抗PD-L1)。其他免疫治療可係腫瘤疫苗，諸如Gardail、Cervarix、BCG、sipulencel-T、Gp100:209-217、AGS-003、DCVax-L、Algenpantucel-L、Tergenpantucel-L、TG4010、ProstAtak、Prostvac-V/R-TRICOM、Rindopepim µl、E75乙酸肽、IMA901、POL-103A、Belagenpumatucel-L、GSK1572932A、MDX-1279、GV1001及Tecemotide。免疫治療可經由注射(例如，靜脈內、瘤內、皮下或淋巴結內)投與，但亦可經口、局部或經由噴霧投與。免疫治療可包含諸如細胞介素之佐劑。

在一些實施例中，該免疫治療劑係免疫查核點抑制劑。免疫查核點抑制廣泛地係指抑制癌細胞可產生之查核點以防止或下調免疫反應。免疫查核點蛋白之實例包括(但不限於) CTLA4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3或VISTA。免疫查核點抑制劑可係結合至免疫查核點蛋白並抑制免疫查核點蛋白之抗體或其抗原結合片段。免疫查核點抑制劑之實例包括(但不限於)尼沃單抗、派姆單抗、匹利珠單抗、AMP-224、AMP-514、STI-A1110、TSR-042、RG-7446、BMS-936559、MEDI-4736、MSB-0020718C、AUR-012及STI-A1010。

在一些實施例中，本文提供之方法包括投與本文描述之醫藥組合物與一或多種額外治療劑之組合。在一些實施例中，本文揭示之方法包括投與兩種額外免疫治療劑(例如，免疫查核點抑制劑)。例如，本文提供之方法包括投與本文描述之醫藥組合物與PD-1抑制劑及CLTA-4抑制劑或PD-L1抑制劑及CTLA-4抑制劑之組合。

在一些實施例中，免疫治療劑係(例如)結合至癌症相關抗原之抗體或其抗原結合片段。癌症相關抗原之實例包括(但不限於)親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎兒蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、週期蛋白D1、週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、Hepsin、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸道羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(亦稱為CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子(Midkine)、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1、XAGE-1b/GAGED2a。在一些實施例中，該抗原係新抗原。

在一些實施例中，免疫治療劑係癌症疫苗及/或癌症疫苗之組分(例如，抗原肽及/或蛋白質)。該癌症疫苗可係蛋白質疫苗、核酸疫苗或其組合。例如，在一些實施例中，該癌症疫苗包含多肽，該多肽包含癌症相關抗原之抗原決定基。在一些實施例中，該癌症疫苗包含核酸(例如，DNA或RNA，諸如mRNA)，其編碼癌症相關抗原之抗原決定基。癌症相關抗原之實例包括(但不限於)親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎兒蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、週期蛋白D1、週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、Hepsin、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸道羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(亦稱為CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1、XAGE-1b/GAGED2a。在一些實施例中，該抗原係新抗原。在一些實施例中，該癌症疫苗係與佐劑一起投與。佐劑之實例包括(但不限於)免疫調節蛋白、佐劑65、α-GalCer、磷酸鋁、氫氧化鋁、磷酸鈣、β-葡聚醣肽、CpG ODN DNA、GPI-0100、脂質A、脂多醣、利波夫(Lipovant)、蒙塔尼(Montanide)、N-乙醯基-胞壁醯基-L-丙胺醯基-D-異麩醯胺酸、Pam3CSK4、quil A、霍亂毒素(CT)及來自腸毒性大腸桿菌(Escherichia coli )之不耐熱毒素(LT)，包括此等之衍生物(CTB、mmCT、CTA1-DD、LTB、LTK63、LTR72、dmLT)及海藻糖二黴菌酸酯。

在一些實施例中，免疫治療劑係用於個體之免疫調節蛋白。在一些實施例中，該免疫調節蛋白係細胞介素或趨化介素。免疫調節蛋白之實例包括(但不限於) B淋巴細胞化學引誘物(「BLC」)、C-C結構組元趨化介素11 (「伊紅趨素-1」)、嗜酸性粒細胞趨化蛋白2 (「伊紅趨素-2」)、粒細胞群落刺激因子(「G-CSF」)、粒細胞巨噬細胞群落刺激因子(「GM-CSF」)、1-309、細胞間黏附分子1 (「ICAM-1」)、干擾素α (「IFN-α」)、干擾素β (「IFN-β」)、干擾素γ (「IFN-γ」)、介白素-1 α (「IL-1 α」)、介白素-1 β (「IL-1 β」)、介白素1受體拮抗劑(「IL-1 ra」)、介白素-2 (「IL-2」)、介白素-4 (「IL-4」)、介白素-5 (「IL-5」)、介白素-6 (「IL-6」)、介白素-6可溶性受體(「IL-6 sR」)、介白素- 7 (「IL-7」)、介白素-8 (「IL-8」)、介白素-10 (「IL-10」)、介白素-11 (「IL-11」)、介白素-12之亞單元β (「IL-12 p40」或「IL-12 p70」)、介白素-13 (「IL-13」)、介白素-15 (「IL-15」)、介白素-16 (「IL-16」)、介白素-17A-F (「IL-17A-F」)、介白素-18 (「IL-18」)、介白素-21 (「IL-21」)、介白素-22 (「IL-22」)、介白素-23 (「IL-23」)、介白素-33 (「IL-33」)、趨化介素(C-C結構組元)配體2 (「MCP-1」)、巨噬細胞群落刺激因子(「M-CSF」)、由γ干擾素誘導之單核因子(「MIG」)、趨化介素(C-C結構組元)配體2 (「MIP-1 α」)、趨化介素(C-C結構組元)配體4 (「MIP-1 β」)、巨噬細胞發炎蛋白-1-δ (「MIP-1 δ」)、血小板源生長因子亞單元B (「PDGF-BB」)、趨化介素(C-C結構組元)配體5、調節活化正常T細胞表現及分泌因子(「RANTES」)、TIMP金屬肽酶抑制因子1 (「TIMP-1」)、TIMP金屬肽酶抑制因子2 (「TIMP-2」)、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-α (「TNF α」)、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-β (「TNF β」)、可溶性TNF受體1型 (「sTNFRI」)、sTNFRIIAR、腦源神經營養因子(「BDNF」)、鹼性成纖維細胞生長因子(「bFGF」)、骨成形性蛋白4 (「BMP-4」)、骨成形性蛋白5 (「BMP-5」)、骨成形性蛋白7 (「BMP-7」)、神經生長因子(「b-NGF」)、表皮生長因子(「EGF」)、表皮生長因子受體(「EGFR」)、內分泌腺源血管內皮細胞生長因子(「EG-VEGF」)、成纖維細胞生長因子4 (「FGF-4」)、角質細胞生長因子(「FGF-7」)、生長分化因子15 (「GDF-15」)、膠質細胞源神經營養因子(「GDNF」)、生長激素、肝素結合之EGF樣生長因子(「HB-EGF」)、肝細胞生長因子(「HGF」)、胰島素樣生長因子結合蛋白1 (「IGFBP-1」)、胰島素樣生長因子結合蛋白2 (「IGFBP-2」)、胰島素樣生長因子結合蛋白3 (「 IGFBP-3」)、胰島素樣生長因子結合蛋白4 (「IGFBP-4」)、胰島素樣生長因子結合蛋白6 (「IGFBP-6」)、胰島素樣生長因子1 (「IGF-1」)、胰島素、巨噬細胞群落刺激因子(「M-CSF R」)、神經生長因子受體(「NGF R」)、神經滋養素-3 (「NT-3」)、神經滋養素-4 (「NT-4」)、破骨細胞生成抑制因子(「骨保護素」)、血小板源生長因子受體(「PDGF-AA」)、磷脂醯肌醇聚醣生物合成(「PIGF」)、Skp、Cullin、含有F盒之複合物(「SCF」)、幹細胞因子受體(「SCF R」)、轉形生長因子α (「TGFα」)、轉形生長因子β-1 (「TGF β 1」)、轉形生長因子β-3 (「TGF β 3」)、血管內皮細胞生長因子(「VEGF」)、血管內皮細胞生長因子受體2 (「VEGFR2」)、血管內皮細胞生長因子受體3 (「VEGFR3」)、VEGF-D 6Ckine、酪胺酸-蛋白激酶受體UFO (「Axl」)、β細胞調節素 (「BTC」)、黏膜相關上皮趨化介素(「CCL28」)、趨化介素(C-C結構組元)配體27 (「CTACK」)、趨化介素(C-X-C結構組元)配體16 (「CXCL16」)、C-X-C結構組元趨化介素5 (「ENA-78」)、趨化介素(C-C結構組元)配體26 (「伊紅趨素-3」)、粒細胞趨化蛋白2 (「GCP-2」)、GRO、趨化介素(C-C結構組元)配體14 (「HCC-l」)、趨化介素(C-C結構組元)配體16 (「HCC-4」)、介白素-9 (「IL-9」)、介白素-17 F (「IL-17F」)、介白素-18-結合蛋白(「IL-18 BPa」)、介白素-28 A (「IL-28A」)、介白素29 (「IL-29」)、介白素31 (「IL-31」)、C-X-C結構組元趨化介素10 (「IP-10」)、趨化介素受體CXCR3 (「I-TAC」)、白血病抑制因子(「LIF」)、Light、趨化介素(C結構組元)配體(「淋巴細胞趨化介素」)、單核細胞化學引誘蛋白2 (「MCP-2」)、單核細胞化學引誘蛋白3 (「MCP-3」)、單核細胞化學引誘蛋白4 (「MCP-4」)、巨噬細胞源趨化介素(「MDC」)、巨噬細胞移動抑制因子(「MIF」)、趨化介素(C-C結構組元)配體20 (「MIP-3 α」)、C-C結構組元趨化介素19 (「MIP-3 β」)、趨化介素(C-C結構組元)配體23 (「MPIF-1」)、巨噬細胞刺激蛋白α鏈(「MSPα」)、核小體組裝蛋白1樣4 (「NAP-2」)、分泌型磷蛋白1 (「骨橋蛋白」)、肺及活化調節之細胞介素(「PARC」)、血小板因子4 (「PF4」)、基質細胞源因子-1 α (「SDF-1 α」)、趨化介素(C-C結構組元)配體17 (「TARC」)、胸腺表現之趨化介素(「TECK」)、胸腺基質淋巴細胞生成素(「TSLP 4-IBB」)、CD 166抗原(「ALCAM」)、分化簇80 (「B7-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員17 (「BCMA」)、分化簇14 (「CD14」)、分化簇30 (「CD30」)、分化簇40 (「CD40配體」)、癌胚抗原相關細胞黏附分子1 (膽汁醣蛋白) (「CEACAM-1」)、死亡受體6 (「DR6」)、脫氧胸苷激酶(「Dtk」)、1型膜醣蛋白(「內皮醣蛋白」)、受體酪胺酸蛋白激酶erbB-3 (「ErbB3」)、內皮-白血球黏附分子1 (「E-選擇素」)、細胞凋亡抗原1 (「Fas」)、Fms樣酪胺酸激酶3 (「Flt-3L」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員1 (「GITR」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員14 (「HVEM」)、細胞間黏附分子3 (「ICAM-3」)、IL-1 R4、IL-1 RI、IL-10 Rβ、IL-17R、IL-2Rγ、IL-21R、溶酶體膜蛋白2 (「LIMPII」)、中性粒細胞明膠酶相關脂質運載蛋白(「脂質運載蛋白-2」)、CD62L (「L-選擇素」)、淋巴管內皮(「LYVE-1」)、MHC I類多肽相關序列A (「MICA」)、MHC I類多肽相關序列B (「MICB」)、NRGl-βl、β型血小板源生長因子受體(「PDGF Rβ」)、血小板內皮細胞黏附分子(「PECAM-1」)、RAGE、A型肝炎病毒細胞受體1 (「TIM-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員IOC (「TRAIL R3」)、Trappin蛋白轉麩醯胺酸酶結合域(「Trappin-2」)、尿激酶受體(「uPAR」)、血管細胞黏附蛋白1 (「VCAM-1」)、XEDAR活化素A、野鼠相關蛋白(「AgRP」)、核糖核酸酶5 (「血管生成素」)、血管生成素1、血管抑素、組織蛋白酶S、CD40、隱匿性家族蛋白IB (「Cripto-1」)、DAN、Dickkopf相關蛋白1 (「DKK-1」)、E-鈣黏著蛋白、上皮細胞黏附分子(「EpCAM」)、Fas配體(FasL或CD95L)、Fcg RIIB/C、卵泡抑素(FoUistatin)、半乳糖凝集素-7、細胞間黏附分子2 (「ICAM-2」)、IL-13 Rl、IL-13R2、IL-17B、IL-2 Ra、IL-2 Rb、IL-23、LAP、神經元細胞黏附分子(「NrCAM」)、纖維蛋白溶酶原活化物抑制因子-1 (「PAI-1」)、血小板源生長因子受體(「PDGF-AB」)、抵抗素、基質細胞源因子1 (「SDF-1 β」)、sgpl30、分泌型捲曲相關蛋白2 (「ShhN」)、唾液酸結合免疫球蛋白型凝集素(「Siglec-5」)、ST2、轉形生長因子-β 2 (「TGF β 2」)、Tie-2、血小板生成素(「TPO」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員10D (「TRAIL R4」)、骨髓細胞上表現之觸發受體1 (「TREM-1」)、血管內皮細胞生長因子C (「VEGF-C」)、VEGFRl脂聯素、降脂蛋白(「AND」)、α-胎兒蛋白(「AFP」)、血管生成素樣4 (「ANGPTL4」)、β-2-微球蛋白(「B2M」)、基底細胞黏附分子(「BCAM」)、糖類抗原125 (「CA125」)、癌症抗原15-3 (「CA15-3」)、癌胚抗原(「CEA」)、cAMP受體蛋白(「CRP」)、人類表皮生長因子受體2 (「ErbB2」)、卵泡抑素、促卵泡激素(「FSH」)、趨化介素(C-X-C結構組元)配體1 (「GRO α」)、人絨毛膜促性腺激素(「β HCG」)、胰島素樣生長因子1受體(「IGF-1 sR」)、IL-1 sRII、IL-3、IL-18 Rb、IL-21、瘦素、基質金屬蛋白酶-1 (「MMP-1」)、基質金屬蛋白酶-2 (「MMP-2」)、基質金屬蛋白酶-3 (「MMP-3」)、基質金屬蛋白酶-8 (「MMP-8」)、基質金屬蛋白酶-9 (「MMP-9」)、基質金屬蛋白酶-10 (「MMP-10」)、基質金屬蛋白酶-13 (「MMP-13」)、神經細胞黏附分子(「NCAM-1」)、巢蛋白(「巢蛋白-1」)、神經元特異性烯醇酶(「NSE」)、抑瘤素M (「OSM」)、降鈣素原、催乳素、前列腺特異性抗原(「PSA」)、唾液酸結合Ig樣凝集素9 (「Siglec-9」)、ADAM 17肽鏈內切酶(「TACE」)、甲狀腺球蛋白、金屬蛋白酶抑制因子4 (「TIMP-4」)、TSH2B4、含解聚素及金屬蛋白酶域之蛋白9 (「ADAM-9」)、血管生成素2、腫瘤壞死因子配體超家族成員13/富含酸性白胺酸之核磷蛋白32家族成員B (「APRIL」)、骨成形性蛋白2 (「BMP-2」)、骨成形性蛋白9 (「BMP-9」)、補體組分5a (「C5a」)、組織蛋白酶L、CD200、CD97、趨化素(Chemerin)、腫瘤壞死因子受體超家族成員6B (「DcR3」)、脂肪酸結合蛋白2 (「FABP2」)、成纖維細胞活化蛋白α (「FAP」)、成纖維細胞生長因子19 (「FGF-19」)、半乳糖凝集素-3、肝細胞生長因子受體(「HGF R」)、IFN-γα/β R2、胰島素樣生長因子2 (「IGF-2」)、胰島素樣生長因子2受體(「IGF-2 R」)、介白素-1受體6 (「IL-1R6」)、介白素24 (「IL-24」)、介白素33 (「IL-33」、激肽釋放素14、天冬醯胺醯基肽鏈內切酶(「Legumain」)、氧化型低密度脂蛋白受體1 (「LOX-1」)、甘露糖結合凝集素(「MBL」)、腦啡肽酶 (「NEP」)、易位相關Notch同系物1 (果蠅) (「Notch-1」)、過度表現之腎母細胞瘤(「NOV」)、骨活素、程式性細胞死亡蛋白1 (「PD-1」)、N-乙醯胞壁酸-L-丙胺酸醯胺酶(「PGRP-5」)、絲胺酸蛋白酶抑制劑A4、分泌型捲曲相關蛋白3 (「sFRP-3」)、血栓調節蛋白、類鐸受體2 (「TLR2」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員10A (「TRAIL Rl」)、轉鐵蛋白(「TRF」)、WIF-lACE-2、白蛋白、AMICA、血管生成素4、B細胞活化因子(「BAFF」)、糖類抗原19-9 (「CA19-9」)、CD 163 、聚集素、CRT AM、趨化介素(C-X-C結構組元)配體14 (「CXCL14」)、胱抑素C、核心蛋白聚醣(「DCN」)、Dickkopf相關蛋白3 (「Dkk-3」)、Delta樣蛋白1 (「DLL1」)、胎球蛋白A、肝素結合生長因子1 (「aFGF」)、葉酸受體α (「FOLR1」)、弗林蛋白酶、GPCR相關分選蛋白1 (「GASP-1」)、GPCR相關分選蛋白2 (「GASP-2」)、粒細胞群落刺激因子受體(「GCSF R」)、絲胺酸蛋白酶hepsin (「HAI-2」)、介白素-17B受體(「IL-17B R」)、介白素27 (「IL-27」)、淋巴細胞活化基因3 (「LAG-3」)、脂蛋白元A-V (「LDL R」)、胃蛋白酶原I、視黃醇結合蛋白4 (「RBP4」)、SOST、硫酸乙醯肝素蛋白多醣(「配聚醣-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員13B (「TACI」)、組織因子通路抑制因子(「TFPI」)、TSP-1、腫瘤壞死因子受體超家族成員10b (「TRAIL R2」)、TRANCE、肌鈣蛋白I、尿激酶纖維蛋白溶酶原活化因子(「uPA」)、鈣黏著蛋白5 (2型或VE-鈣黏著蛋白(血管內皮細胞)，亦稱為CD144 (「VE-鈣黏著蛋白」))、WNTl誘導型傳訊通路蛋白1 (「WISP-1」)，及核因子κ B之受體活化因子(「RANK」)。

在一些實施例中，該癌症治療劑係抗癌症化合物。示例性抗癌症化合物包括(但不限於)阿崙單抗(Campath®)、阿利維A酸(Panretin®)、阿那曲唑(Arimidex®)、貝伐單抗(Avastin®)、貝沙羅汀(Targretin®)、硼替佐米(Velcade®)、博舒替尼(Bosµlif®)、本妥昔單抗(Adcetris®)、卡巴坦尼(Cometriq™)、卡菲佐米(Kyprolis™)、西妥昔單抗(Erbitux®)、克裡唑蒂尼(Xalkori®)、達沙替尼(Sprycel®)、地尼介白素(Ontak®)、鹽酸埃羅替尼(Tarceva®)、依維莫司(Afinitor®)、依西美坦(Aromasin®)、氟維司群(Faslodex®)、吉非替尼(Iressa®)、替坦異貝莫單抗(Zevalin®)、甲磺酸伊馬替尼(Gleevec®)、伊匹單抗(Yervoy™)、二對甲苯磺酸拉帕替尼(Tykerb®)、來曲唑(Femara®)、尼洛替尼(Tasigna®)、奧法木單抗(Arzerra®)、帕尼單抗(Vectibix®)、鹽酸帕唑帕尼(Votrient®)、帕妥珠單抗(Perjeta™)、普拉曲沙(Folotyn®)、瑞戈非尼(Stivarga®)、利妥昔單抗(Rituxan®)、羅米地辛(Istodax®)、甲苯磺酸索拉非尼(Nexavar®)、蘋果酸舒尼替尼(Sutent®)、他莫昔芬、西羅莫司(Torisel®)、托瑞米芬(Fareston®)、托西莫單抗及131I-托西莫單抗(Bexxar®)、曲妥珠單抗(Herceptin®)、維甲酸(Vesanoid®)、凡德他尼(Caprelsa®)、威羅菲尼(Zelboraf®)、伏立諾他(Zolinza®)及阿柏西普(Zaltrap®)。

修飾調節基因表現及其他細胞功能之蛋白質之功能的示例性抗癌症化合物(例如，HDAC抑制劑，類視色素受體配體)係伏立諾他(Zolinza®)、貝沙羅汀(Targretin®)及羅米地辛(Istodax®)、阿利維A酸(Panretin®)及維甲酸(Vesanoid®)。

誘導細胞凋亡之示例性抗癌症化合物(例如，蛋白酶體抑制劑，葉酸拮抗劑)係硼替佐米(Velcade®)、卡菲佐米(Kyprolis™)及普拉曲沙(Folotyn®)。

增加抗腫瘤免疫反應之示例性抗癌症化合物(例如，抗CD20、抗CD52；抗細胞毒性T-淋巴細胞相關抗原-4)係利妥昔單抗(Rituxan®)、阿崙單抗(Campath®)、奧法木單抗(Arzerra®)及伊匹單抗(Yervoy™)。

將毒劑遞送至癌細胞之示例性抗癌症化合物(例如，抗CD20-放射性核素融合物；IL-2-白喉毒素融合物；抗CD30-單甲基澳瑞他汀E (MMAE)-融合物)係托西莫單抗及131I-托西莫單抗(Bexxar®)及替坦異貝莫單抗(Zevalin®)、地尼介白素(Ontak®)及本妥昔單抗(Adcetris®)。

其他示例性抗癌症化合物係小分子抑制劑及其結合物，例如，Janus激酶、ALK、Bcl-2、PARP、PI3K、VEGF受體、Braf、MEK、CDK及HSP90。

示例性基於鉑之抗癌症化合物包括(例如)順鉑、卡鉑、奧沙利鉑、賽特鉑、吡鉑、奈達鉑、三鉑(Triplatin)及脂鉑(Lipoplatin)。適用於治療之其他基於金屬之藥物包括(但不限於)基於釕之化合物、二茂鐵衍生物、基於鈦之化合物及基於鎵之化合物。

在一些實施例中，該癌症治療劑係包含放射性核素之放射性部分。示例性放射性核素包括(但不限於) Cr-51、Cs-131、Ce-134、Se-75、Ru-97、I-125、Eu-149、Os-189m、Sb-119、I-123、Ho-161、Sb-117、Ce-139、In-111、Rh-103m、Ga-67、Tl-201、Pd-103、Au-195、Hg-197、Sr-87m、Pt-191、P-33、Er-169、Ru-103、Yb-169、Au-199、Sn-121、Tm-167、Yb-175、In-113m、Sn-113、Lu-177、Rh-105、Sn-117m、Cu-67、Sc-47、Pt-195m、Ce-141、I-131、Tb-161、As-77、Pt-197、Sm-153、Gd-159、Tm-173、Pr-143、Au-198、Tm-170、Re-186、Ag-111、Pd-109、Ga-73、Dy-165、Pm-149、Sn-123、Sr-89、Ho-166、P-32、Re-188、Pr-142、Ir-194、In-114m/In-114及Y-90。

在一些實施例中，該癌症治療劑係抗生素。例如，若根據本文提供之方法偵測到存在癌症相關細菌及/或癌症相關微生物群系概況，則可投與抗生素以消除來自個體之癌症相關細菌。「抗生素」廣泛地係指可抑制或預防細菌感染之化合物。抗生素可以許多方法分類，包括其等針對特定感染之用途、其等作用機制、其等生物利用度或其等標靶微生物之光譜(例如，革蘭氏陰性相對於革蘭氏陽性細菌、好氧相對於厭氧細菌等)及此等可用以殺死宿主之特定區域(「棲位」)中之特定細菌(Leekha等人，2011. General Principles of Antimicrobial Therapy. Mayo Clin Proc. 86(2): 156-167)。在某些實施例中，抗生素可用以選擇性靶向特定棲位之細菌。在一些實施例中，已知治療特定感染(包括癌症棲位)之抗生素可用以靶向癌症相關微生物，包括該棲位中之癌症相關細菌。在其他實施例中，抗生素係在細菌處理後投與。在一些實施例中，抗生素係在細菌處理後投與以移除移植。

在一些態樣中，抗生素可基於其等殺菌或抑菌性質進行選擇。殺菌抗生素包括破壞細胞壁(例如，β-內醯胺)、細胞膜(例如，達托黴素(daptomycin))或細菌DNA (例如，氟喹諾酮類)之作用機制。抑菌劑抑制細菌複製及包括磺胺類、四環素類及大環內酯類，且藉由抑制蛋白合成發揮作用。此外，儘管一些藥物在某些生物體中可殺菌及在其他生物體中可抑菌，但已知標靶生物體容許熟習此項技術者以適當之性質選擇抗生素。在某些治療條件下，抑菌抗生素抑制殺菌抗生素之活性。因此，在某些實施例中，殺菌及抑菌抗生素不組合。

抗生素包括(但不限於)胺基糖苷類、安莎黴素類(ansamycins)、碳頭孢烯類(carbacephems)、碳青黴烯類(carbapenems)、頭孢菌素類(cephalosporins)、醣肽類、林可醯胺類(lincosamides)、脂肽類、大環內酯類、單環β-內醯胺類(monobactams)、硝基呋喃類(nitrofurans)、噁唑烷酮類、青黴素類、多肽抗生素、喹諾酮類(quinolones)、氟喹諾酮類、磺胺類、四環素類及抗分枝桿菌化合物，及其組合。

胺基糖苷類包括(但不限於)丁胺卡那黴素(Amikacin)、慶大黴素(Gentamicin)、卡那黴素(Kanamycin)、新黴素(Neomycin)、奈替米星(Netilmicin)、妥布黴素(Tobramycin)、巴龍黴素(Paromomycin)及大觀黴素(Spectinomycin)。胺基糖苷類可有效例如對抗革蘭氏陰性細菌，諸如大腸桿菌、克雷白氏菌、銅綠假單胞菌及土拉法蘭西斯氏菌，及可有效抗某些好氧細菌，但抗專性/兼性厭氧菌之效果不佳。據信胺基糖苷類結合至細菌30S或50S核糖體亞單元，藉此抑制細菌蛋白合成。

安莎黴素類包括(但不限於)格爾德黴素(Geldanamycin)、除莠黴素(Herbimycin)、利福黴素(Rifamycin)及鏈菌素(Streptovaricin)。據信格爾德黴素及除莠黴素抑制或改變熱休克蛋白90之功能。

碳頭孢烯類包括(但不限於)勞拉卡頭孢菌素(Loracarbef)。據信碳頭孢烯類抑制細菌細胞壁合成。

碳青黴烯類包括(但不限於)厄他培南(Ertapenem)、多尼培南(Doripenem)、亞胺培南(Imipenem) /西司他汀(Cilastatin)及美羅培南(Meropenem)。碳青黴烯類作為廣譜抗生素對革蘭氏陽性及革蘭氏陰性細菌兩者均係殺菌的。據信碳青黴烯類抑制細菌細胞壁合成。

頭孢菌素類包括(但不限於)頭孢羥氨苄(Cefadroxil)、頭孢唑啉(Cefazolin)、頭孢噻吩(Cefalotin)、頭孢噻吩(Cefalothin)、頭孢氨苄(Cefalexin)、頭孢克洛(Cefaclor)、頭孢孟多(Cefamandole)、頭孢西丁(Cefoxitin)、頭孢丙烯(Cefprozil)、頭孢呋辛(Cefuroxime)、頭孢克肟(Cefixime)、頭孢地尼(Cefdinir)、頭孢妥侖(Cefditoren)、頭孢哌酮(Cefoperazone)、頭孢噻肟(Cefotaxime)、頭孢泊肟(Cefpodoxime)、頭孢他啶(Ceftazidime)、頭孢布烯(Ceftibuten)、頭孢唑肟(Ceftizoxime)、頭孢曲松鈉(Ceftriaxone)、頭孢吡肟(Cefepime)、頭孢洛林酯(Ceftaroline fosamil)及頭孢托羅(Ceftobiprole)。所選頭孢菌素類可有效例如對抗革蘭氏陰性細菌及對抗革蘭氏陽性細菌(包括假單胞菌)，某些頭孢菌素類可有效對抗耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)。據信頭孢菌素類藉由破壞細菌細胞壁之肽聚醣層之合成抑制細菌細胞壁合成。

醣肽類包括(但不限於)替考拉寧(Teicoplanin)、萬古黴素(Vancomycin)及特拉萬星(Telavancin)。醣肽類可有效例如對抗好氧及厭氧革蘭氏陽性細菌(包括MRSA及難辨梭菌)。據信醣肽類藉由破壞細菌細胞壁之肽聚醣層之合成抑制細菌細胞壁合成。

林可醯胺類包括(但不限於)克林黴素(Clindamycin)及林可黴素(Lincomycin)。林可醯胺類可有效例如對抗好氧細菌，及葡萄球菌及鏈球菌。據信林可醯胺類結合至細菌50S核糖體亞單元，藉此抑制細菌蛋白合成。

脂肽類包括(但不限於)達托黴素。脂肽類可有效例如對抗革蘭氏陽性細菌。據信脂肽類結合至細菌膜並引起快速去極化。

大環內酯類包括(但不限於)阿奇黴素(Azithromycin)、克拉黴素(Clarithromycin)、地紅黴素(Dirithromycin)、紅黴素(Erythromycin)、羅紅黴素(Roxithromycin)、醋竹桃黴素(Troleandomycin)、泰利黴素(Telithromycin)及螺旋黴素(Spiramycin)。大環內酯類可有效例如對抗鏈球菌及支原體。據信大環內酯類結合至細菌或50S核糖體亞單元，藉此抑制細菌蛋白合成。

單環β-內醯胺類包括(但不限於)氨曲南(Aztreonam)。單環β-內醯胺類可有效例如對抗革蘭氏陰性細菌。據信單環β-內醯胺類藉由破壞細菌細胞壁之肽聚醣層之合成抑制細菌細胞壁合成。

硝基呋喃類包括(但不限於)呋喃唑酮(Furazolidone)及呋喃妥因(Nitrofurantoin)。

噁唑烷酮類包括(但不限於)利奈唑胺(Linezolid)、安替比林(Posizolid)、雷得唑來(Radezolid)及托瑞唑胺(Torezolid)。據信噁唑烷酮類係蛋白合成抑制劑。

青黴素類包括(但不限於)阿莫西林(Amoxicillin)、安比西林(Ampicillin)、阿洛西林(Azlocillin)、羧芐青黴素(Carbenicillin)、氯唑西林(Cloxacillin)、雙氯西林(Dicloxacillin)、氟氯西林(Flucloxacillin)、美洛西林(Mezlocillin)、甲氧西林(Methicillin)、萘西林(Nafcillin)、苯唑西林(Oxacillin)、青黴素G、青黴素V、哌拉西林(Piperacillin)、替莫西林(Temocillin)及替凱西林(Ticarcillin)。青黴素類可有效例如對抗革蘭氏陽性細菌、兼性厭氧菌(例如，鏈球菌、螺旋體及密螺旋體)。據信青黴素類藉由破壞細菌細胞壁之肽聚醣層之合成抑制細菌細胞壁合成。

青黴素組合包括(但不限於)阿莫西林/克拉維酸(clavulanate)、安比西林/舒巴坦(sulbactam)、哌拉西林/他唑巴坦(tazobactam)及替凱西林/克拉維酸。

多肽抗生素包括(但不限於)枯草桿菌肽、黏菌素及多黏菌素B及E。多肽抗生素可有效例如對抗革蘭氏陰性細菌。據信某些多肽抗生素抑制涉及細菌細胞壁之肽聚醣層之合成之焦磷酸異平酯，而其他多肽抗生素藉由置換細菌反離子而使細菌外膜不穩定。

喹諾酮類及氟喹諾酮類包括(但不限於)環丙沙星(Ciprofloxacin)、依諾沙星(Enoxacin)、加替沙星(Gatifloxacin)、吉米沙星(Gemifloxacin)、左氧氟沙星(Levofloxacin)、洛美沙星(Lomefloxacin)、莫西沙星(Moxifloxacin)、萘啶酸(Nalidixic acid)、諾氟沙星(Norfloxacin)、氧氟沙星(Ofloxacin)、曲伐沙星(Trovafloxacin)、格帕沙星(Grepafloxacin)、司帕沙星(Sparfloxacin)及替馬沙星(Temafloxacin)。喹諾酮類/氟喹諾酮類可有效例如對抗鏈球菌及奈瑟菌。據信喹諾酮類/氟喹諾酮類抑制細菌DNA旋轉酶或拓撲異構酶IV，藉此抑制DNA複製及轉錄。

磺胺類包括(但不限於)磺胺米隆、乙醯磺胺、磺胺嘧啶、銀磺胺嘧啶、達美磺胺、磺胺甲二唑、磺胺甲噁唑、磺胺醯亞胺、柳氮磺胺吡啶、磺胺異噁唑、甲氧苄氨嘧啶-磺胺甲噁唑(複方新諾明)及磺醯胺柯衣定(Sulfonamidochrysoidine)。據信磺胺類藉由二氫蝶酸合成酶之競爭抑制來抑制葉酸合成，藉此抑制核酸合成。

四環素類包括(但不限於)地美環素(Demeclocycline)、強力黴素(Doxycycline)、米諾環素(Minocycline)、土黴素(Oxytetracycline)及四環素。四環素類可有效例如對抗革蘭氏陰性細菌。據信四環素類結合至細菌30S核糖體亞單元，藉此抑制細菌蛋白合成。

抗分枝桿菌化合物包括(但不限於)氯法齊明(Clofazimine)、二胺苯碸(Dapsone)、捲曲黴素(Capreomycin)、環絲胺酸(Cycloserine)、乙胺丁醇(Ethambutol)、乙硫異菸醯胺(Ethionamide)、異菸酸酊(Isoniazid)、吡嗪醯胺(Pyrazinamide)、利福平(Rifampicin)、利福布丁(Rifabutin)、利福噴丁(Rifapentine)及鏈黴素。

合適之抗生素亦包括胂凡納明(arsphenamine)、氯黴素(chloramphenicol)、磷黴素(fosfomycin)、夫西地酸(fusidic acid)、甲硝唑(metronidazole)、莫匹羅星(mupirocin)、平板黴素(platensimycin)、奎奴司汀(quinupristin)/達福司汀(dalfopristin)、替加環素(tigecycline)、替硝唑(tinidazole)、甲氧苄氨嘧啶阿莫西林/克拉維酸、安比西林/舒巴坦、安福黴素瑞斯托菌素(amphomycin ristocetin)、阿奇黴素(azithromycin)、枯草桿菌肽、抗菌肽II (buforin II)、卡波黴素(carbomycin)、天蠶素Pl (cecropin Pl)、克拉黴素、紅黴素、呋喃唑酮、夫西地酸、夫西地酸鈉(Na fusidate)、短桿菌肽(gramicidin)、亞胺培南、吲哚菌素(indolicidin)、交沙黴素(josamycin)、馬加南II (magainan II)、甲硝唑、硝基咪唑類、米卡黴素(mikamycin)、變鏈素B-Ny266 (mutacin B-Ny266)、變鏈素B-JHl 140、變鏈素J-T8、乳鏈菌肽(nisin)、乳鏈菌肽A、新生黴素(novobiocin)、夾竹桃黴素(oleandomycin)、牡蠣菌素(ostreogrycin)、哌拉西林/他唑巴坦、普那黴素(pristinamycin)、雷莫拉寧(ramoplanin)、牛蛙皮膚抗菌肽(ranalexin)、羅伊氏菌素(reuterin)、利福昔明(rifaximin)、薔薇黴素(rosamicin)、羅沙米星(rosaramicin)、大觀黴素、螺旋黴素、葡黴素(staphylomycin)、鏈黴殺陽菌素(streptogramin)、鏈黴殺陽菌素A、協同菌素(synergistin)、牛磺羅定(taurolidine)、替考拉寧、泰利黴素、替凱西林/克拉維酸、三乙醯基夾竹桃黴素(triacetyloleandomycin)、泰樂菌素(tylosin)、短桿菌酪肽(tyrocidin)、短桿菌素(tyrothricin)、萬古黴素(vancomycin)、維莫黴素(vemamycin)及維吉尼亞黴素(virginiamycin)。

在一些實施例中，額外治療劑係免疫抑制劑、DMARD、止痛藥、類固醇、非類固醇抗炎藥(NSAID)或細胞介素拮抗劑，及其組合。代表性藥劑包括(但不限於)環孢菌素、類視色素、皮質類固醇激素、丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸衍生物、Cox-2抑制劑、羅美昔布(lumiracoxib)、布洛芬(ibuprophen)、水楊酸膽鹼鎂(cholin magnesium salicylate)、非諾洛芬(fenoprofen)、雙水楊酸酯(salsalate)、二氟苯水楊酸(difunisal)、托美汀(tolmetin)、酮洛芬(ketoprofen)、氟比洛芬(flurbiprofen)、奧沙普秦(oxaprozin)、吲哚美辛(indomethacin)、舒林酸(sulindac)、依託度酸(etodolac)、酮咯酸(ketorolac)、萘丁美酮(nabumetone)、萘普生(naproxen)、伐地考昔(valdecoxib)、依託考昔(etoricoxib)、MK0966；羅非昔布(rofecoxib)、對乙醯胺基酚(acetominophen)、塞來昔布(Celecoxib)、雙氯芬酸(Diclofenac)、曲馬多(tramadol)、吡羅昔康(piroxicam)、美洛昔康(meloxicam)、替諾昔康(tenoxicam)、屈昔康(droxicam)、氯諾昔康(lornoxicam)、伊索昔康(isoxicam)、甲芬那酸(mefanamic acid)、甲氯芬那酸(meclofenamic acid)、氟芬那酸(flufenamic acid)、托芬那酸(tolfenamic)、伐地考昔(valdecoxib)、帕瑞昔布(parecoxib)、依託度酸(etodolac)、吲哚美辛、阿司匹林、布洛芬、非羅考昔(firocoxib)、氨甲喋呤(MTX)、抗瘧疾藥物(例如，羥基氯喹及氯喹)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、來氟米特(Leflunomide)、硫唑嘌呤(azathioprine)、環孢菌素、金鹽、米諾環素(minocycline)、環磷醯胺、D-青黴胺(D-penicillamine)、米諾環素、金諾芬(auranofin)、他克莫司(tacrolimus)、硫代苯酸金鈉(myocrisin)、氯芥苯丁酸、TNF α拮抗劑(例如，TNF α拮抗劑或TNF α受體拮抗劑)、例如，阿達木單抗(Humira®)、依那西普(Enbrel®)、英夫利昔單抗(Remicade®；TA-650)、聚乙二醇賽妥珠單抗(Cimzia®；CDP870)、戈利木單抗(Simpom®；CNTO 148)、阿那白滯素(Kineret®)、利妥昔單抗(Rituxan®；MabThera®)、阿巴西普 (Orencia®)、托珠單抗(RoActemra /Actemra®)、整合素拮抗劑(TYSABRI® (那他珠單抗))、IL-1拮抗劑(ACZ885 (Ilaris))、阿那白滯素(Kineret®))、CD4拮抗劑、IL-23拮抗劑、IL-20拮抗劑、IL-6拮抗劑、BLyS拮抗劑(例如，阿塞西普(Atacicept)、Benlysta®/ LymphoStat-B® (貝利木單抗))、p38抑制劑、CD20拮抗劑(奧瑞珠單抗、奧法木單抗(Arzerra®))、干擾素γ拮抗劑(芳妥珠單抗)、潑尼松龍、強的松、地塞米松、皮質醇、可的松、氫化可的松、甲基潑尼松龍、倍他米松(betamethasone)、曲安奈德(triamcinolone)、倍氯米松(beclometasome)、氟氫可的松(fludrocortisone)、去氧皮質酮、醛固酮、強力黴素(Doxycycline)、萬古黴素、吡格列酮(pioglitazone)、SBI-087、SCIO-469、Cura-100、Oncoxin + Viusid、TwHF、甲氧沙林(Methoxsalen)、維生素D-麥角鈣化醇(ergocalciferol)、米那普崙(Milnacipran)、紫杉醇、羅西格塔松(rosig tazone)、他克莫司(Prograf®)、RADOOl、拉帕蒙(rapamune)、雷帕黴素(rapamycin)、福斯馬替尼(fostamatinib)、芬太尼(Fentanyl)、XOMA 052、福斯馬替尼二鈉、羅格列酮(rosightazone)、薑黃素(Longvida™)、瑞舒伐他汀(Rosuvastatin)、馬拉韋羅(Maraviroc)、雷米普利(ramipnl)、米那普崙、考前列酮(Cobiprostone)、生長激素(somatropin)、tgAAC94基因治療載體、MK0359、GW856553、埃索美拉唑(esomeprazole)、依維莫司(everolimus)、曲妥珠單抗(trastuzumab)、JAKl及JAK2抑制劑、泛JAK抑制劑，例如，四環吡啶酮6 (P6)、325、PF-956980、狄諾塞麥(denosumab)、IL-6拮抗劑、CD20拮抗劑、CTLA4拮抗劑、IL-8拮抗劑、IL-21拮抗劑、IL-22拮抗劑、整合素拮抗劑(Tysarbri® (那他珠單抗))、VGEF拮抗劑、CXCL拮抗劑、MMP拮抗劑、防禦素拮抗劑、IL-1拮抗劑(包括IL-1 β拮抗劑)及IL-23拮抗劑(例如，受體誘捕物、拮抗性抗體等)。

在一些實施例中，該藥劑係免疫抑制劑。免疫抑制劑之實例包括(但不限於)皮質類固醇激素、美沙拉嗪(mesalazine)、美沙拉明(mesalamine)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、柳氮磺胺吡啶衍生物、免疫抑制藥物、環孢菌素A、巰基嘌呤、硫唑嘌呤(azathiopurine)、強的松、氨甲喋呤、抗組胺藥、糖皮質激素、腎上腺素、茶鹼、色甘酸鈉、抗白三烯、用於鼻炎之抗膽鹼能藥物、TLR拮抗劑、發炎體抑制劑、抗膽鹼能解充血劑、肥大細胞穩定劑、單株抗IgE抗體、疫苗(例如，用於其中使過敏原之量逐漸增加之接種疫苗之疫苗)、細胞介素抑制劑(諸如抗IL-6抗體)、TNF抑制劑(諸如英夫利昔單抗、阿達木單抗、聚乙二醇賽妥珠單抗、戈利木單抗或依那西普及其組合)。投與

在某些態樣中，本文提供向個體遞送本文描述之醫藥組合物之方法。在本文提供之方法之一些實施例中，該醫藥組合物係與額外治療劑之投與結合投與。在一些實施例中，該醫藥組合物包含與額外治療劑共調配之EV及/或細菌。在一些實施例中，該醫藥組合物係與額外治療劑共投與。在一些實施例中，該額外治療劑係投與醫藥組合物之前(例如，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分鐘之前，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小時之前，或約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天之前)向個體投與。在一些實施例中，該額外治療劑係在投與醫藥組合物之後(例如，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分鐘之後，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小時之後，或約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天之後)向個體投與。在一些實施例中，使用相同遞送模式以遞送醫藥組合物及額外治療劑兩者。在一些實施例中，使用不同遞送模式以投與醫藥組合物及額外治療劑。例如，在一些實施例中，該醫藥組合物係經口投與，而額外治療劑係經由注射投與(例如，靜脈內、肌內及/或瘤內注射)。

在某些實施例中，本文描述之醫藥組合物、劑型及套組可結合任何其他習知抗癌症治療(諸如，例如，腫瘤之放射治療及手術切除)一起投與。此等治療可視需要及/或視指示施用且可在本文描述之醫藥組合物、劑型及套組之投與之前、同時或之後發生。

給藥方案可係各種方法及量中之任何一者，且可由熟習此項技術者根據已知臨床因素確定。如醫學領域中所知，用於任何一個病患之劑量可取決於許多因素，包括個體之物種、尺寸、體表面積、年齡、性別、免疫活性及一般健康、待投與之特定微生物、投與之持續時間及途徑、疾病之種類及階段(例如，腫瘤尺寸)及其他化合物(諸如同時投與之藥物)。除上文因素外，此等程度可受微生物之感染性及微生物之性質影響，如可由熟習此項技術者確定。在本發明之方法中，微生物之適當最小劑量程度可係足夠使微生物存活、生長及複製之程度。本文描述之醫藥組合物之劑量可根據劑型、投與途徑、標靶疾病之程度或階段及類似物適當地進行設定或調整。例如，藥劑之一般有效劑量可介於以下範圍：0.01 mg/kg體重/天至1000 mg/kg體重/天、0.1 mg/kg體重/天至1000 mg/kg體重/天、0.5 mg/kg體重/天至500 mg/kg體重/天、1 mg/kg體重/天至100 mg/kg體重/天，或5 mg/kg體重/天至50 mg/kg體重/天。該有效劑量可係0.01、0.05、0.1、0.5、1、2、3、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、500或1000 mg/kg體重/天或更多，但劑量不限於此。

在一些實施例中，向個體投與之劑量係足以預防疾病(例如，自體免疫性疾病、發炎性疾病、代謝疾病、癌症)、延遲其發作或減緩或停止其進展。熟習此項技術者將知曉劑量將取決於各種因素，該等因素包括採用之特定化合物之強度及個體之年齡、物種、病症及體重。劑量之大小亦將由投與之途徑、時序及頻率及可能伴隨特定化合物之投與之任何不良副效應之存在、性質及程度及所需生理效應確定。

合適之劑量及給藥方案可藉由彼等一般技術者已知的習知測距技術確定。一般而言，治療係以較小劑量開始，該等較小劑量係小於化合物之最佳劑量。此後，該劑量係以小增量增加直至達成在此情況下的最佳效應。有效劑量及治療方案可由例行及習知方式確定，以(例如)實驗室動物中之低劑量開始及然後增加該劑量同時監測效應，且同時系統地改變給藥方案。動物研究通常用以確定每公斤重量生物活性劑之最大可耐受劑量(「MTD」)。彼等熟習此項技術者定期針對在其他物種中(包括人類)的效力外推劑量，同時避免毒性。

根據上文，在治療應用中，根據本發明使用之活性劑之劑量取決於活性劑、接受者病患之年齡、重量及臨床病症，及臨床醫生或執業醫師投與治療之經驗及判斷、影響所選劑量之其他因素等而變化。一般而言，劑量應足以導致減緩(及較佳地消退)腫瘤生長，及最佳地引起癌症之完全消退。

分開投與可包括任何數量之兩次或更多次投與，包括二、三、四、五或六次投與。熟習此項技術者可容易地根據此項技術中已知的用於監測治療方法之方法及本文提供之其他監測方法確定進行投與的次數或進行一或多次額外投與之期望。因此，本文提供之方法包括向個體提供醫藥組合物之一或多次投與之方法，其中投與次數可藉由監測個體確定，且基於監測之結果，判定是否需提供一或多次額外投與。可基於各種監測結果決定是否需提供一或多次額外投與。

投與之間的時間週期可係各種時間週期中之任何一者。投與之間的時間週期可隨各種因素中之任何一者而變化，該等因素包括監測步驟(如關於投與次數描述)、個體激發免疫反應之時間週期及/或個體自正常組織清除EV之時間週期。在一項實例中，該時間週期可隨個體激發免疫反應之時間週期而變化；例如，該時間週期可大於個體激發免疫反應之時間週期，諸如超過約一週、超過約十天、超過約兩週或超過約一個月；在另一實例中，該時間週期可小於個體激發免疫反應之時間週期，諸如小於約一週、小於約十天、小於約兩週或小於約一個月。在另一實例中，該時間週期可隨個體自正常組織清除EV之時間週期而變化；例如，該時間週期可大於個體自正常組織清除EV之時間週期，諸如超過約一天、超過約兩天、超過約三天、超過約五天或超過約一週。

在一些實施例中，額外治療劑與本文描述之醫藥組合物之組合之遞送減少額外治療劑之不良反應及/或改善額外治療劑之效力。

本文描述之額外治療劑之有效劑量係針對特定病患、組合物及投與模式有效達成所需治療劑反應且對病患的毒性最小之治療劑的量。有效劑量程度可使用本文描述之方法識別且將取決於各種藥物動力學因素，該等因素包括投與之特定組合物之活性、投與途徑、投與時間、所採用之特定化合物之排洩速率、治療之持續時間、與採用之特定組合物組合使用之其他藥物、化合物及/或材料、治療中之病患之年齡、性別、體重、病症、一般健康及既往病史，及醫學領域中熟知的類似因素。一般而言，額外治療之有效劑量將係治療劑之量，其係有效產生治療效應之最低劑量。此有效劑量一般取決於上文描述之因素。

額外治療之毒性係個體在治療期間及治療之後經受之不利效應之程度。與額外之治療毒性相關聯之不良事件包括(但不限於)腹痛、酸性消化不良、胃酸反流、過敏反應、毛髮脫落、過敏性休克、貧血症、焦慮、食欲不振、關節痛、乏力、共濟失調、氮血症、平衡缺失、骨痛、出血、血塊、低血壓、高血壓、呼吸困難、支氣管炎、瘀傷、低白血球計數、低血紅細胞計數、低血小板計數、心臟中毒、膀胱炎、出血性膀胱炎、心律失常、心臟瓣膜疾病、心肌症、冠狀動脈疾病、白內障、中樞神經毒性、認知障礙、意識不清、結膜炎、便秘、咳嗽、抽搐、膀胱炎、深靜脈血栓形成、脫水、抑鬱、腹瀉、頭暈、口乾、皮膚乾燥、消化不良、呼氣困難、浮腫、電解質失衡、食道炎、疲勞、生育能力下降、發燒、脹氣、潮紅、胃反流、胃食道反流疾病、生殖器疼痛、粒細胞減少、男性乳房發育症、青光眼、脫髮、手足症候群、頭痛、聽力損失、心臟衰竭、心悸、胃灼熱、血腫、出血性膀胱炎、肝中毒、高澱粉酶血症、高鈣血症、高氯血症、高血糖症、高鉀血症、高脂肪酶血症(hyperlipasemia)、高鎂血症、高鈉血症、高磷血症、色素沉著、高三酸甘油酯血症、高尿酸血症、低蛋白血症、低鈣血症、低氯血症、低血糖、低鉀血症、低鎂血症、低鈉血症、低磷血症、陽痿、感染、注射部位反應、失眠、缺鐵、瘙癢、關節疼痛、腎衰竭、白血球減少症、肝功能不全、記憶喪失、絕經、口腔潰瘍、黏膜炎、肌肉疼痛、肌痛、骨髓抑制、心肌炎、中性粒細胞減少性發熱、惡心、腎中毒、中性粒細胞減少症、流鼻血、麻痺、耳中毒、疼痛、掌蹠紅腫、全血細胞減少症、心包炎、周圍神經病變、咽炎、畏光、光敏性、肺炎、局限性肺炎、蛋白尿、肺栓塞、肺纖維化、肺中毒、皮疹、心跳加速、直腸出血、躁動、鼻炎、癲癇發作、呼吸急促、鼻竇炎、血小板減少症、耳鳴、尿路感染、陰道流血、陰道乾燥、眩暈、保水性、虛弱、體重減輕、體重增加及口乾症。一般而言，若個體通過治療達成之利益勝過個體因治療所經受之不良事件，則毒性係可接受的。免疫失調症

在一些實施例中，本文描述之方法及組合物係關於治療或預防與病理學免疫反應相關之疾病或失調症(諸如自體免疫性疾病、過敏反應及/或發炎性疾病)。在一些實施例中，該疾病或失調症係發炎腸病(例如，克羅恩病或潰瘍性結腸炎)。

本文描述之方法可用以治療有此需要之任何個體。如本文使用，「有此需要之個體」包括患有與病理學免疫反應相關聯之疾病或失調症(例如，發炎腸病)之任何個體，及具有增加獲得此疾病或失調症之可能性之任何個體。

本文描述之組合物可(例如)用作預防或治療(部分或完全減少以下疾病之不利影響)自體免疫性疾病，諸如慢性發炎腸病、全身性紅斑狼瘡、牛皮癬、穆-韋二氏症候群、類風濕性關節炎、多發性硬化或橋本病(Hashimoto's disease)；過敏疾病，諸如食物過敏、花粉熱或哮喘；傳染性疾病，諸如感染難辨梭菌；發炎性疾病，諸如TNF介導之發炎性疾病(例如，胃腸道之發炎性疾病，諸如結腸袋炎，心血管發炎病症，諸如動脈粥樣硬化或發炎肺疾病，諸如慢性阻塞性肺疾病)之醫藥組合物；用作用於抑制器官移植中之排斥或其中可能發生組織排斥之其他情況之醫藥組合物；用作用於改善免疫功能之補充物、食物或飲料；或用作用於抑制免疫細胞之增殖或功能之試劑。

在一些實施例中，本文提供之方法適用於治療炎症。在某些實施例中，身體之任何組織及器官之炎症，包括肌肉骨骼炎症、血管炎症、神經炎症、消化系統炎症、眼部炎症、生殖系統炎症及其他炎症，如下文討論。

肌肉骨骼系統之免疫失調症包括(但不限於)彼等影響骨骼關節(包括手、手腕、肘部、肩部、下巴、脊柱、頸部、臀部、膝蓋、踝部及足部之關節)之病症，及影響將肌肉連接至骨頭之組織(諸如肌腱)之病症。可用本文描述之方法及組合物治療之此等免疫失調症之實例包括(但不限於)關節炎(包括，例如，骨關節炎、類風濕性關節炎、銀屑病關節炎、強直性脊柱炎、急性及慢性感染性關節炎、與痛風及假性痛風相關聯之關節炎及幼年特發性關節炎)、肌腱炎、滑膜炎、肌鞘炎、黏液囊炎、纖維組織炎(纖維肌痛)、上髁炎、肌炎及骨炎(包括，例如，佩吉特氏病(Paget's disease)、恥骨炎及纖維囊性骨炎)。

眼部免疫失調症係指影響眼睛之任何結構(包括眼瞼)之免疫失調症。可用本文描述之方法及組合物治療之眼部免疫失調症之實例包括(但不限於)瞼緣炎、眼瞼皮膚松垂症、結膜炎、淚腺炎、角膜炎、乾燥性角膜結膜炎(乾眼症)、鞏膜炎、倒睫及葡萄膜炎。

可用本文描述之方法及組合物治療之神經系統免疫失調症之實例包括(但不限於)腦炎、格林-巴里症候群(Guillain-Barre syndrome)、腦膜炎、神經性肌強直、嗜睡症、多發性硬化、脊髓炎及神經分裂症。可用本文描述之方法及組合物治療之脈管系統或淋巴系統之炎症之實例包括(但不限於)關節硬化、關節炎、靜脈炎、血管炎及淋巴管炎。可用本文描述之方法及組合物治療之消化系統免疫失調症之實例包括(但不限於)膽管炎、膽囊炎、腸炎、小腸結腸炎、胃炎、腸胃炎、發炎腸病、迴腸炎及直腸炎。發炎腸病包括(例如)一組相關病症之某些本領域公認之形式。已知發炎腸病之幾種主要形式，此等失調症中最常見的為克羅恩病(區域性腸病，例如，非活性及活性形式)及潰瘍性結腸炎(例如，非活性及活性形式)。另外，發炎腸病包含大腸激燥症候群、微觀結腸炎、淋巴細胞性-漿細胞性腸炎、乳糜瀉、膠原性結腸炎、淋巴細胞性結腸炎及嗜酸性小腸結腸炎。IBD之其他不常見形式包括不確定性結腸炎、假膜性結腸炎(壞死性結腸炎)、缺血性發炎腸病、白塞氏病(Behcet’s disease)、肉狀瘤病、硬皮病、IBD相關發育不良、與發育不良相關之腫塊或病變及原發性硬化性膽管炎。

可用本文描述之方法及組合物治療之生殖系統免疫失調症之實例包括(但不限於)子宮頸炎、絨毛膜羊膜炎、子宮內膜炎、附睪炎、臍炎、卵巢炎、睪丸炎、輸卵管炎、輸卵管卵巢膿腫、尿道炎、陰道炎、外陰炎及外陰痛。

本文描述之方法及組合物可用以治療具有發炎成分之自體免疫病症。此病症包括(但不限於)全身性急性播散性禿頭症、白塞氏病、恰加斯病(Chagas' disease)、慢性疲勞症候群、自主神經障礙、腦脊髓炎、強直性脊柱炎、再生障礙性貧血、化膿性汗腺炎、自體免疫性肝炎、自體免疫性卵巢炎、乳糜瀉、克羅恩病、糖尿病1型、巨細胞動脈炎、古德帕斯雷症候群、格雷夫病、格林-巴里症候群、橋本病、亨諾-許蘭二氏紫斑症(Henoch-Schonlein purpura)、川崎病(Kawasaki's disease)、紅斑狼瘡、微觀結腸炎、微觀多動脈炎、混合結締組織病、穆-韋二氏症候群(Muckle-Wells syndrome)、多發性硬化、重症肌無力、眼陣攣肌陣攣症候群、視神經炎、奧爾德甲狀腺炎、天皰瘡、結節性多動脈炎、多肌痛、類風濕性關節炎、萊特爾氏症候群(Reiter's syndrome)、休格倫氏症候群(Sjogren's syndrome)、顳動脈炎、韋格納肉芽腫病(Wegener's granulomatosis)、溫熱自體免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、萊姆病(Lyme disease)、侷限性硬皮病、牛皮癬、肉狀瘤病、硬皮病、潰瘍性結腸炎及白斑病。

本文描述之方法及組合物可用以治療具有發炎成分之T細胞介導之超敏性疾病。此病症包括(但不限於)接觸性超敏反應、接觸性皮炎(包括由於毒葛引起之接觸性皮炎)、蕁麻疹、皮膚過敏、呼吸道過敏(花粉熱、過敏性鼻炎、屋塵螨過敏)及麩質敏感性腸病(乳糜瀉)。

可用本發明之方法及組合物治療之其他免疫失調症包括(例如)闌尾炎、皮炎、皮肌炎、心內膜炎、纖維組織炎、齒齦炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹膜炎、喉炎、乳腺炎、心肌炎、腎炎、耳炎、胰臟炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎、咽炎、胸膜炎、局限性肺炎、前列腺增生症、腎盂腎炎及口炎、移植排斥(涉及諸如腎、肝、心臟、肺、胰臟(例如，胰島細胞)、骨髓、角膜、小腸之器官，同種異體皮膚移植、皮膚同種移植物及心臟瓣膜異種移植、血清病及移植物抗宿主病)、急性胰臟炎、慢性胰臟炎、急性呼吸窘迫症候群、西紮利氏症候群(Sexary's syndrome)、先天性腎上腺增生、非化膿性甲狀腺炎、癌症相關高鈣血症、天皰瘡、皰疹樣大皰性皮炎、重度多形紅斑、剝脫性皮炎、脂溢性皮炎、季節性或常年過敏性鼻炎、支氣管哮喘、接觸性皮炎、異位性皮炎、藥物過敏反應、過敏性結膜炎、角膜炎、眼帶狀皰疹、虹膜炎及虹膜睫狀體炎、脈絡膜視網膜炎、視神經炎、症狀性結節病、暴發性或播散性肺結核化療、成人特發性血小板減少性紫癜、成人繼發性血小板減少症、獲得性(自體免疫性)溶血性貧血症、成人白血病及淋巴瘤、兒童急性白血病、區域性腸炎、自體免疫性血管炎、多發性硬化、慢性阻塞性肺疾病、實體器官移植排斥反應、敗血症。較佳治療包括以下之治療：移植排斥、類風濕性關節炎、銀屑病關節炎、多發性硬化、1型糖尿病、哮喘、發炎腸病、全身性紅斑狼瘡、牛皮癬、慢性阻塞性肺疾病及伴隨感染病症之炎症(例如，敗血症)。代謝失調症

本文描述之方法及組合物可用以治療代謝失調症及代謝症候群。此病症包括(但不限於) II型糖尿病、腦病、泰薩二氏病(Tay-Sachs disease)、克拉伯病(Krabbe disease)、半乳糖血症、苯丙酮酸尿症(PKU)及楓糖漿尿病。因此，在某些實施例中，本文提供治療代謝疾病之方法，其等包括向個體投與本文提供之組合物。在某些實施例中，該代謝疾病係II型糖尿病、腦病、泰薩二氏病、克拉伯病、半乳糖血症、苯丙酮酸尿症(PKU)或楓糖漿尿病。癌症

在一些實施例中，本文描述之方法及組合物係關於癌症之治療。在一些實施例中，任何癌症可使用本文描述之方法治療。可藉由本文描述之方法及組合物治療之癌症之實例包括(但不限於)來自以下之癌細胞：膀胱、血液、骨頭、骨髓、腦、乳房、結腸、食道、胃腸、牙齦、頭、腎、肝、肺、鼻咽、頸、卵巢、前列腺、皮膚、胃、睪丸、舌頭或子宮。另外，該癌症可特定地係下列組織學類型，但其不限於此等類型：贅瘤，惡性；癌；癌，未分化；巨大及梭細胞癌；小細胞癌；乳頭狀癌；鱗狀細胞癌；淋巴上皮癌；基底細胞癌(basal cell carcinoma)；毛髮基質(pilomatrix)癌；移行細胞癌；乳頭狀移行細胞癌；腺癌；胃泌素瘤，惡性；膽管癌；肝細胞癌；肝細胞癌合併膽管癌；小梁腺癌；腺樣囊性癌；腺瘤息肉之腺癌；腺癌，家族性結腸息肉；實體癌；類癌瘤，惡性；細支氣管肺泡(branchiolo-alveolar)腺癌；乳頭狀腺癌；嫌色細胞癌；嗜酸性細胞癌；嗜酸性腺癌；嗜鹼性粒細胞癌；透明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾泡性腺癌；乳頭狀及濾泡性腺癌；非包膜性硬化性癌；腎上腺皮質癌；子宮內膜樣癌；皮膚附器癌；頂漿(apocrine)腺癌；皮脂腺癌；耵聹(ceruminous)腺癌；黏液表皮樣癌；囊腺癌；乳頭狀囊腺癌；乳頭狀漿液性囊腺癌；黏液性囊腺癌；黏液性腺癌；戒環細胞癌；浸潤性管狀癌；髓樣癌；小葉癌；發炎癌；佩吉特氏病，乳房；腺泡細胞癌；腺鱗癌；腺癌與鱗狀轉移瘤(adenocarcinoma w/squamous metaplasia)；胸腺瘤，惡性；卵巢間質瘤，惡性；卵泡膜細胞瘤(thecoma)，惡性；粒層細胞瘤，惡性；及成釉細胞瘤，惡性；賽特利氏(sertoli)細胞癌；睪丸間質細胞(leydig cell)瘤，惡性；脂質細胞瘤，惡性；副神經節瘤，惡性；乳房外副神經節瘤，惡性；嗜鉻細胞瘤；血管球肉瘤(glomangiosarcoma)；惡性黑色素瘤；無色素性黑色素瘤；淺表擴散黑色素瘤；巨大色素痣中之惡性黑色素瘤；上皮樣細胞黑色素瘤；藍痣，惡性；肉瘤；纖維肉瘤；纖維組織細胞瘤，惡性；黏液肉瘤；脂肉瘤(liposarcoma)；平滑肌肉瘤；橫紋肌肉瘤；胚胎性橫紋肌肉瘤；肺泡橫紋肌肉瘤；基質肉瘤；混合瘤，惡性；苗勒氏混合瘤(mullerian mixed tumor)；腎母細胞瘤；肝母細胞瘤；癌肉瘤；間質瘤，惡性；布倫納瘤(brenner tumor)，惡性；葉狀瘤，惡性；滑膜肉瘤；間皮瘤，惡性；無性細胞瘤；胚胎癌；畸胎瘤，惡性；卵巢甲狀腺瘤，惡性；絨毛膜癌；中腎瘤，惡性；血管肉瘤；血管內皮瘤，惡性；卡波西肉瘤(kaposi's sarcoma)；血管外皮細胞瘤，惡性；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；近皮質骨肉瘤；軟骨肉瘤；軟骨胚細胞瘤，惡性；間葉細胞軟骨肉瘤；骨巨細胞瘤；尤因肉瘤(ewing's sarcoma)；齒源性腫瘤，惡性；釉質母細胞齒源性瘤；釉質母細胞瘤，惡性；釉質母細胞纖維肉瘤；松果體瘤，惡性；脊索瘤；神經膠質瘤，惡性；室管膜瘤；星形細胞瘤；原漿性星形細胞瘤；纖維性星形細胞瘤；星形細胞瘤；膠質母細胞瘤；少突神經膠質瘤；少突膠質母細胞瘤；原始神經外胚葉腫瘤；小腦肉瘤；節細胞母細胞瘤；神經母細胞瘤；視網膜母細胞瘤；嗅神經源性腫瘤；腦膜瘤，惡性；神經纖維肉瘤；神經鞘瘤，惡性；顆粒細胞瘤，惡性；惡性淋巴瘤；霍奇金病(Hodgkin’s Disease)；霍奇金淋巴瘤；副肉芽腫；小淋巴細胞性惡性淋巴瘤；瀰漫性大細胞惡性淋巴瘤；濾泡型惡性淋巴瘤；蕈樣真菌病；其他指定非霍奇金淋巴瘤；惡性組織細胞增生症；多發性骨髓瘤；肥大細胞肉瘤；免疫增殖性小腸病；白血病；淋巴樣白血病；漿細胞白血病；紅白血病；淋巴肉瘤細胞白血病；髓樣白血病；嗜鹼性白血病；嗜酸性粒細胞白血病；單核細胞白血病；肥大細胞白血病；巨核細胞性白血病；髓樣肉瘤；及毛細胞白血病。

在一些實施例中，本文提供之方法及組合物係關於白血病之治療。術語「白血病」廣義上意指造血器官/系統之進展性惡性疾病且其特徵通常為白血球及其等前體於血液及骨髓中之畸形增殖及發育。白血病之非限制性實例包括急性非淋巴細胞白血病、慢性淋巴細胞白血病、急性粒細胞白血病、慢性粒細胞白血病、急性前髓細胞白血病、成人T細胞白血病、白血球缺乏性白血病、白血球性白血病、嗜鹼性白血病、胚細胞白血病、牛白血病、慢性髓細胞白血病、皮膚白血病、胚胎性白血病、嗜酸性粒細胞白血病、格羅斯白血病(Gross' leukemia)、李德爾氏細胞白血病(Rieder cell leukemia)、希林氏白血病(Schilling's leukemia)、幹細胞白血病、亞白血病性白血病、未分化細胞白血病、毛細胞白血病、成血細胞性白血病、血母細胞性白血病、組織細胞性白血病、幹細胞白血病、急性單核細胞白血病、白血球減少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母細胞性白血病、淋巴細胞性白血病、淋巴源性白血病、淋巴樣白血病、淋巴肉瘤細胞白血病、肥大細胞白血病、巨核細胞白血病、微小髓母細胞性白血病、單核細胞白血病、髓母細胞性白血病、髓細胞性白血病、髓性粒細胞白血病、骨髓單核細胞性白血病、內格利白血病(Naegeli leukemia)、漿細胞白血病、漿細胞性白血病及前髓細胞白血病。

在一些實施例中，本文提供之方法及組合物係關於癌之治療。術語「癌」係指由趨向於浸潤周圍組織，及/或抵抗生理及非生理性細胞死亡信號並引起轉移之上皮細胞組成之惡性生長。癌之非限制性示例性類型包括腺泡癌、腺泡狀癌、腺囊性癌、腺樣囊性癌、腺瘤性癌、腎上腺皮質癌、肺泡癌、肺泡細胞癌、基底細胞癌(basal cell carcinoma)、基底細胞癌(carcinoma basocellulare)、基底細胞樣癌、基底鱗狀細胞癌、細支氣管肺泡癌、細支氣管癌、支氣管肺癌、腦型癌、膽管細胞癌、絨毛膜癌、膠樣癌、粉刺癌、子宮體癌、篩骨狀癌、鎧甲狀癌、皮膚癌、柱狀癌、柱狀細胞癌、管狀癌、硬癌、胚胎癌、腦樣癌、闌尾癌、腺樣上皮癌、外生癌、潰瘍性癌、纖維癌、明膠樣癌、膠狀癌、巨大細胞癌、戒環細胞癌、單純癌、小細胞癌、馬鈴薯狀癌、球狀細胞癌、梭細胞癌、海綿狀癌、鱗狀癌、鱗狀細胞癌、繩捆癌、血管擴張性癌、毛細管擴張性癌、移行細胞癌、結節性皮癌、結節性癌、疣狀癌、絨毛狀癌、巨細胞癌、腺癌、顆粒細胞癌、毛基質癌、血樣癌、肝細胞癌、許特萊氏細胞腺癌(Hurthle cell carcinoma)、玻質狀癌、腎上腺樣癌、嬰兒胚胎癌、原位癌、表皮內癌、上皮內癌、克龍派切爾癌(Krompecher's carcinoma)、庫爾契茨基氏細胞癌(Kulchitzky-cell carcinoma)、大細胞癌、扁豆狀癌、豆狀核癌、脂肪瘤癌、淋巴上皮癌、延髓癌、髓樣癌、黑色素癌、痣癌、黏液素癌(mucinous carcinoma)、黏液癌(carcinoma muciparum)、黏液細胞癌、黏液表皮樣癌、黏膜癌、黏液癌(mucous carcinoma)、黏液瘤、鼻咽癌、燕麥細胞癌、骨化癌、骨樣癌、乳頭狀癌、門靜脈周癌、侵襲前癌、棘細胞癌、糜爛性癌、腎之腎細胞癌、儲備細胞癌、肉瘤樣癌、施奈德癌(schneiderian carcinoma)、硬癌及陰囊癌。

在一些實施例中，本文提供之方法及組合物係關於肉瘤之治療。術語「肉瘤」通常係指由諸如胚胎結締組織之物質組成之腫瘤且通常由插入於纖維狀、非均質或均質物質中之緊密排列之細胞構成。肉瘤包括(但不限於)軟骨肉瘤、纖維肉瘤、淋巴肉瘤、黑色素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宮內膜肉瘤、基質肉瘤、尤因肉瘤、筋膜肉瘤、成纖維細胞肉瘤、巨細胞肉瘤、阿米希肉瘤(Abemethy's sarcoma)、脂肪肉瘤(adipose sarcoma)、脂肉瘤(liposarcoma)、牙槽軟組織肉瘤、釉質母細胞肉瘤、葡萄狀肉瘤、綠肉瘤、絨毛膜癌、胚胎性肉瘤、威爾姆斯瘤肉瘤(Wilms' tumor sarcoma)、粒細胞肉瘤、霍奇金肉瘤、特發性多發性色素性出血肉瘤、B細胞免疫母細胞肉瘤、淋巴瘤、T細胞免疫母細胞肉瘤、詹森肉瘤(Jensen's sarcoma)、卡波西肉瘤、庫普弗細胞肉瘤(Kupffer cell sarcoma)、血管肉瘤、白血球肉瘤、惡性間葉質肉瘤、骨旁肉瘤、網織細胞肉瘤、勞氏肉瘤(Rous sarcoma)、漿細胞性肉瘤、滑膜肉瘤及毛細血管擴張性肉瘤。

可使用本文描述之方法及組合物治療之額外之示例性腫瘤包括霍奇金病(Hodgkin’s Disease)、非霍奇金淋巴瘤、多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、乳癌、卵巢癌、肺癌、橫紋肌肉瘤、原發性血小板增多症、原發性巨球蛋白血症、小細胞肺腫瘤、原發性腦腫瘤、胃癌、結腸癌、惡性胰臟胰島素瘤、惡性類癌、癌前皮膚病變、睪丸癌、淋巴瘤、甲狀腺癌、神經母細胞瘤、食道癌、泌尿生殖道癌、惡性高鈣血症、宮頸癌、子宮內膜癌、漿細胞瘤、結腸直腸癌、直腸癌及腎上腺皮質癌。

在一些實施例中，所治療之癌症係黑色素瘤。術語「黑色素瘤」被認為係指產生自皮膚及其他器官之黑色素細胞系統之腫瘤。黑色素瘤之非限制性實例係哈-帕二氏黑色素瘤(Harding-Passey melanoma)、幼年黑色素瘤、小痣性惡性黑色素瘤、惡性黑色素瘤、肢端小痣性黑色素瘤、無色素性黑色素瘤、良性幼年黑色素瘤、克勞德曼黑色素瘤(Cloudman's melanoma)、S91黑色素瘤、結節性黑色素瘤甲下黑色素瘤及淺表擴散黑色素瘤。

可使用本文描述之方法及組合物治療之腫瘤之特定類別包括淋巴球增生性疾病、乳癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、子宮內膜癌、骨癌、肝癌、胃癌、結腸癌、胰癌、甲狀腺癌、頭頸癌、中樞神經系統之癌症、外周神經系統之癌症、皮膚癌、腎癌、及所有上文之轉移。腫瘤之特定類型包括肝細胞癌、肝腫瘤、肝母細胞瘤、橫紋肌肉瘤、食道癌、甲狀腺癌、神經節母細胞瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肉瘤、軟骨肉瘤、骨肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、尤因腫瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、侵襲性管狀癌、乳頭狀腺癌、黑色素瘤、肺鱗狀細胞癌、基底細胞癌(basal cell carcinoma)、腺癌(高度分化、中度分化、低分化或未分化)、細支氣管肺泡癌、腎細胞癌、腎上腺樣瘤、腎上腺樣腺癌、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞癌、胚胎癌、韋爾姆斯瘤、睪丸腫瘤、肺癌(包括小細胞、非小細胞及大細胞肺癌)、膀胱癌、神經膠質瘤、星形細胞瘤、神經管胚細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、視網膜母細胞瘤、神經母細胞瘤、結腸癌、直腸癌、造血系統惡性腫瘤，包括所有類型的白血病及淋巴瘤，包括：急性髓性白血病、急性髓細胞性白血病、急性淋巴細胞性白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴細胞白血病、肥大細胞白血病、多發性骨髓瘤、髓樣淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、漿細胞瘤、結腸直腸癌及直腸癌。

在某些實施例中治療之癌症亦包括癌前病變，例如，光化性角化病(日光性角化病)、痣(發育不良痣)、光化性唇炎(農民唇)、即皮角、巴雷特氏食道症、萎縮性胃炎、先天性角化不良、側腦室性吞嚥困難、扁平苔蘚、口腔粘膜下纖維化、光化性(日光性)彈性組織變性及宮頸非典型增生。

在某些實施例中治療之癌症包括(例如)內胚層、外胚層或間葉細胞源之非癌或良性腫瘤，包括(但不限於)膽管癌、結腸息肉、腺瘤、乳頭狀瘤、囊腺瘤、肝細胞腺瘤、葡萄胎、腎小管腺瘤、鱗狀細胞乳頭狀瘤、胃息肉、血管瘤、骨瘤、軟骨瘤、脂肪瘤、纖維瘤、淋巴管瘤、平滑肌瘤、橫紋肌瘤、星形細胞瘤、色素痣、腦膜瘤及神經節瘤。其他疾病及失調症

在一些實施例中，本文描述之方法及組合物係關於非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)及非酒精性脂肪性肝炎(NASH)之治療。

在一些實施例中，本文描述之方法及組合物係關於肝疾病之治療。此疾病包括(但不限於)阿拉吉爾症候群(Alagille Syndrome)、酒精相關肝病、a-1抗胰蛋白酶缺乏症、自體免疫性肝炎、良性肝腫瘤、膽管閉鎖、肝硬化、半乳糖血症、吉爾伯特症候群、血色素沉著病、A型肝炎、B型肝炎、C型肝炎、肝性腦病、妊娠期肝內膽汁淤積症(ICP)、溶酶體酸脂肪酶缺乏症(LAL-D)、肝囊腫、肝癌、新生兒黃疸、非酒精性脂肪肝病、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、原發性硬化性膽管炎(PSC)、雷氏症候群(Reye Syndrome)、I型糖原貯積病及威爾森病(Wilson Disease)。

本文描述之方法及組合物可用以治療神經退化性及神經性疾病。在某些實施例中，神經退化性及/或神經性疾病係帕金森氏症(Parkinson’s disease)、阿茲海默症(Alzheimer’s disease)、普里昂疾病、杭丁頓症(Huntington’s disease)、運動神經元疾病(MND)、脊髓小腦共濟失調、脊髓性肌萎縮症、肌張力障礙、特發性顱內高壓、癲癇、神經系統疾病、中樞神經系統疾病、運動障礙、多發性硬化、腦病、周圍神經病變或術後認知功能障礙。製造增強之細菌之方法

在某些態樣中，本文提供製造用於產生本文描述之EV之經改造之細菌之方法。在一些實施例中，該等經改造之細菌係經修飾以增強某些所需性質。例如，在一些實施例中，該等經改造之細菌係經修飾以增加細菌之EV產生。在一些實施例中，該等經改造之細菌係經修飾以產生具有增強之經口遞送(例如，藉由改善耐酸性及/或對膽汁酸之抗性)之EV，以增強細菌產生之EV之免疫調節及/或治療效應(例如，單獨或與其他治療劑組合使用)，以增強細菌產生之EV之免疫活化及/或以改善細菌及/或EV製造(例如，更高耐氧性、經改善之凍融耐受性、較短之產生時間)。經改造之細菌可使用此項技術中已知的任何技術產生，包括(但不限於)定點誘變、轉座子誘變、敲除、敲入、聚合酶鏈反應誘變、化學誘變、紫外線誘變、轉形(化學或藉由電穿孔)、噬菌體轉導、定向演化、CRISPR/Cas9或其任何組合。

在本文提供之方法之一些實施例中，細菌係藉由定向演化進行修飾。在一些實施例中，該定向演化包含將細菌曝露於環境條件並選擇在環境條件下具有經改善之存活及/或生長之細菌。在一些實施例中，該方法包括使用識別增強之細菌之分析篩選誘變細菌。在一些實施例中，該方法進一步包括誘變細菌(例如，藉由曝露於化學誘變劑及/或UV輻射)，接著進行分析以偵測具有所需表型之細菌(例如，活體內分析、離體分析或活體外分析)。

在一些實施例中，本文提供之細菌係藉由曝露於由壓力誘導之環境(例如，誘導包膜壓力之環境)進行修飾。在一些實施例中，在此生長條件下之生長增加由細菌之EV產生。例如，在一些實施例中，該細菌係在亞抑菌濃度之本文描述之抗生素(例如，0.1至1 µg/mL氯黴素，或0.1至0.3 µg/mL慶大黴素)之存在下生長。在一些實施例中，宿主抗微生物肽(例如，溶菌酶、防禦素及Reg蛋白)係代替抗生素使用或與抗生素組合使用。在一些實施例中，使用由細菌產生之抗微生物肽(例如，細菌素及小菌素)。在一些實施例中，該壓力係溫度壓力(例如，在37至50℃下生長)。在一些實施例中，該壓力係碳限制壓力(例如，在包含有限碳源之培養基中生長，諸如碳源受限低於1% (w/v)之培養基)。在一些實施例中，該壓力係鹽壓力(例如，在含有0.5 M NaCl之培養基中生長)。在一些實施例中，該壓力係UV壓力(例如，在UV燈下生長，在整個培養週期期間或僅在培養週期之一部分之期間內)。在一些實施例中，該壓力係反應性氧壓力(例如，在含有亞抑菌濃度之過氧化氫，諸如250至1,000 µM過氧化氫之培養基中生長)。在一些實施例中，將本文揭示之壓力之組合施用至細菌。實例實例 1 ：自細菌製備及純化 EV 。

胞外囊泡(EV)係使用熟習此項技術者已知的方法製備自細菌培養物(S. Bin Park等人，PLoS ONE. 6(3):e17629 (2011))。

例如，將細菌培養物在4℃下以11,000 x g離心20至40分鐘以使細菌集結成粒。然後使培養上清液通過0.22 µm過濾器以排除完整細菌細胞。使用可包括(但不限於)硫酸銨沈澱、超離心或過濾之方法濃縮經過濾之上清液。簡而言之，就硫酸銨沈澱而言，將1.5至3 M硫酸銨緩慢添加至經過濾之上清液，同時在4℃下攪拌。在4℃下將沈澱培養8至48小時及然後在4℃下以11,000 x g離心20至40分鐘。集結粒含有細菌EV及其他殘渣。簡而言之，使用超離心，將經過濾之上清液在4℃下以100,000至200,000 x g離心1至16小時。此離心之集結粒含有細菌EV及其他殘渣。簡而言之，使用過濾技術，使用Amicon超自旋過濾器或藉由切向流過濾，將上清液過濾以便於保留分子量＞ 50或100 kDa之物質。

或者，EV係在生長期間(或在生長期間之在所選時間點下)連續獲得自細菌培養物，藉由根據製造商之說明書將生物反應器連接至交變切向流(ATF)系統(例如，來自Repligen之XCell ATF)。該ATF系統保留完整細胞(＞0.22 μm)於生物反應器中，及容許較小組分(例如，EV、游離蛋白質)通過過濾器以供收集。例如，該系統可經結構設計使得＜0.22 μm濾液然後通過100 kDa之第二過濾器，容許收集諸如在0.22 μm與100 kDa之間的EV之物質，並將小於100 kDa之物種泵送回生物反應器中。或者，該系統可經結構設計以容許生物反應器中之培養基在培養物之生長期間得到補充及/或修飾。藉由此方法收集之EV可藉由如上文描述用於經過濾之上清液之超離心或過濾進行進一步純化及/或濃縮。

藉由上文描述之方法獲得之EV可藉由梯度超離心，使用可包括(但不限於)使用蔗糖梯度或Optiprep梯度之方法進行進一步純化。簡而言之，使用蔗糖梯度方法，若使用硫酸銨沈澱或超離心以濃縮經過濾之上清液，則將集結粒重懸浮於60%蔗糖，30 mM Tris，pH 8.0中。若使用過濾以濃縮經過濾之上清液，則將濃縮物緩衝液交換成60%蔗糖，30 mM Tris，pH 8.0，使用Amicon超管柱。將樣本施用至35至60%不連續蔗糖梯度並在4℃下以200,000 x g離心3至24小時。簡而言之，使用Optiprep梯度方法，若使用硫酸銨沈澱或超離心以濃縮經過濾之上清液，則將集結粒重懸浮於含於PBS中之35% Optiprep中。若使用過濾以濃縮經過濾之上清液，則濃縮物係使用60% Optiprep稀釋至35% Optiprep之最終濃度。將樣本施用至35至60%不連續蔗糖梯度並在4℃下以200,000 x g離心3至24小時。

為證實EV製劑之無菌性及分離，將EV連續稀釋於瓊脂培養基(其用於測試中之細菌之例行培養)上，並使用例行條件進行培養。使非無菌製劑通過0.22 μm過濾器以排除完整細胞。為進一步增加純度，經分離之EV可用DNA酶或蛋白酶K處理。

或者，為製備用於活體內注射之EV，經純化之EV係如先前描述進行處理(G. Norheim等人，PLoS ONE. 10(9): e0134353 (2015))。簡而言之，在蔗糖梯度離心後，將含有EV之帶於含有3%蔗糖之溶液中或熟習此項技術者已知的適用於活體內注射之其他溶液中重懸浮至50 µg/mL之最終濃度。此溶液亦可含有佐劑，例如，0至0.5% (w/v)濃度之氫氧化鋁。

為使樣本可與進一步測試相容(例如，以在TEM成像或活體外分析之前，移除蔗糖)，使用過濾(例如，Amicon超管柱)、透析或超離心(200,000 x g，≥ 3小時，4℃)及重懸浮將樣本緩衝液交換成PBS或30 mM Tris，pH 8.0。實例 2 ：標記細菌 EV

在各種製劑中及在用哺乳動物細胞進行之分析中，為追蹤EV之活體內生物分佈並活體外定量及定位其等，EV係如先前描述進行標記(N. Kesty等人，EMBO Journal. 23: 4538-4549 (2004))。

例如，用異硫氰酸螢光素(FITC) (Sigma-Aldrich, USA)、Cy7或適用於流式細胞術之任何其他螢光染料在25℃下1:1培養經純化之EV，持續1小時。培養步驟可在4℃下延長過夜。為移除額外之螢光染料，EV係然後(1)藉由在200,000 x g下離心3小時至過夜而集結成粒，清洗並重懸浮於PBS中或另一適當之緩衝液中用於下游應用；或(2)藉由透析或藉由過濾(例如，使用Amicon超管柱)將緩衝液交換成PBS或另一適當之緩衝液用於下游應用。

或者，EV係獲得自在含有0.8 mM 3-疊氮基-D-丙胺酸或HADA之培養基中培養之細菌。若以3-疊氮基-D-丙胺酸生長，則將EV重懸浮PBS中或緩衝液交換成PBS及一部分係用含於1%BSA/PBS中之10 uM二苯并-氮雜-環辛炔(DIBAC)-螢光染料(染料包括Cy5、TAMRA、羅丹明-綠及Cy7)進一步標記。未併入之染料係如上文描述移除，藉由(1)超離心、清洗及重懸浮；或(2)藉由透析或過濾進行緩衝液交換。

經標記之EV亦可產生自表現綠螢光蛋白(GFP或任何其他螢光蛋白)之細菌。就革蘭氏陰性細菌而言，將周質靶向序列添加至螢光蛋白，使得其等適當地定位以在EV形成時被EV內化。

可使用量子點以標記EV用於非侵入性活體內成像研究(K. Kikushima等人，Scientific Reports. 3(1913) (2013))。將量子點結合至經證實存在於EV膜中之抗體。經分離之EV係用量子點結合物培養，及額外之結合物係如上文描述移除，藉由(1)超離心、清洗及重懸浮；或(2)藉由透析或過濾進行緩衝液交換。

活體外及離體樣本中之經螢光標記之EV係藉由共聚焦顯微術、奈米顆粒追蹤分析及/或流式細胞術進行偵測。另外，整個動物及/或經解剖之器官及組織中之經螢光標記之EV係使用諸如IVIS光譜CT (Perkin Elmer)之儀器偵測，如H-I. Choi等人，Experimental & Molecular Medicine. 49: e330 (2017)中所述。

另外，EV可如先前描述進行放射性標記(Z. Varga等人，Cancer Biother Radiopharm. 2016 Jun;31(5):168-73)。

例如，經純化之EV係以^99m Tc-三羰基複合物[^99m Tc(CO)₃ (H₂ O)₃ ]⁺ 使用市售套組(Isolink®；Mallinckrodt Medical B.V.)，根據製造商之使用說明進行放射性標記。實例 3 ：利用透射電子顯微術觀測細菌產生 EV 及經純化之細菌 EV

透射電子顯微術(TEM)係用以觀測細菌產生EV或經純化之細菌EV(S. Bin Park等人，PLoS ONE. 6(3):e17629 (2011)。EV係製備自如實例1中描述之細菌分批培養物。將EV安裝於300-或400-目-尺寸碳塗覆銅網(Electron Microscopy Sciences, USA)上歷時2分鐘並用去離子水清洗。EV係使用2% (w/v)乙酸鈾醯陰性染色20秒至1分鐘。銅網係用無菌水清洗並乾燥。影像係使用透射電子顯微鏡以100至120 kV加速電壓獲取。經染色之EV在直徑20至250 nm之間出現且為電子緻密的。對各網篩選10至50個視野。實例 4 ：圖譜分析 EV 組成及內容物

EV可藉由各種方法中之任何一者進行表徵，該等方法(包括但不限於) NanoSight表徵、SDS-PAGE凝膠電泳、西方墨點轉漬法、ELISA、液相層析術-質譜法及質譜法、動態光散射、脂質水平、總蛋白質、脂質與蛋白質比率、核酸分析及ζ電位。

EV之NanoSight表徵

奈米顆粒跟蹤分析(NTA)係用以表徵經純化之細菌EV之粒度分佈。於NanoSight機器(Malvern Instruments)上運行經純化之EV製劑以評估EV尺寸及濃度。

SDS-PAGE凝膠電泳

為識別經純化之EV之蛋白質組分(實例1)，將樣本於Bolt Bis-Tris Plus 4-12%凝膠(Thermo-Fisher Scientific)上使用標準技術運行。將樣本於1x SDS樣本緩衝液中煮沸10分鐘，冷卻至4℃，及然後在16,000 x g下離心1分鐘。然後，將樣本於SDS-PAGE凝膠上運行並使用幾種標準技術(例如，銀染色、考馬斯藍(Coomassie Blue)、凝膠代碼藍(Gel Code Blue))中之任何一者進行染色以使帶(band)可視化。

西方墨點轉漬法分析

為識別及定量經純化之EV之特定蛋白質組分，EV蛋白係藉由如上文描述之SDS-PAGE分離及經受西方墨點轉漬法分析(Cvjetkovic等人，Sci. Rep. 6, 36338 (2016)並經由ELISA定量。

液相層析術-質譜法(LC-MS/MS)及質譜法(MS)

存在於EV中之蛋白質係藉由質譜法技術識別及定量。另外，代謝內容物係使用液體層析技術與質譜法之組合進行確定。存在確定各種樣本之代謝內容物且為熟習此項技術者已知的各種技術，該等技術涉及溶劑萃取、層析分離及耦合至質量測定之各種電離技術(Roberts等人，2012 Targeted Metabolomics. Curr Protoc Mol Biol. 30: 1-24；Dettmer等人，2007, Mass spectrometry-based metabolomics. Mass Spectrom Rev. 26(1):51-78)。作為一項非限制性實例，LC-MS系統包括與1100系列泵(Agilent)及HTS PAL自動進樣器(Leap Technologies)組合之4000 QTRAP三重四級桿質譜儀(AB SCIEX)。培養基樣本或其他複雜代謝混合物(~10 µL)係使用九體積的含有穩定之同位素標記內標物(纈胺酸-d8，Isotec；及苯丙胺酸-d8，Cambridge Isotope Laboratories)之74.9:24.9:0.2 (v/v/v)乙腈/甲醇/甲酸進行萃取。標準物可取決於受關注之代謝物進行調整或修飾。樣本係經離心(10分鐘，9,000g，4℃)，及上清液(10 µL)係藉由將溶液注射於HILIC管柱(150 × 2.1 mm, 3 µm粒度)上而呈遞至LCMS。管柱係藉由使5%流動相[10 mM甲酸銨，0.1%甲酸於水中]以250 µl/分鐘之速率流動1分鐘，接著線性梯度歷時10分鐘至40%流動相之溶液[具有0.1%甲酸之乙腈]進行溶離。將離子噴霧電壓設定至4.5 kV及源溫度係450℃。

資料係使用市售軟體(諸如來自AB SCIEX之Multiquant 1.2)進行分析以用於質譜峰積分。受關注之峰應手動控制並與標準進行比較來證實該峰之同一性。用適當之標準物進行定量以確定在細菌調節(bacterial conditioning)後及在腫瘤細胞生長後，初始培養基中存在之代謝物之量。

動態光散射(DLS)

DLS量測(包括不同尺寸之顆粒在不同EV製劑中之分佈)係使用儀器諸如DynaPro NanoStar (Wyatt Technology)及Zetasizer Nano ZS (Malvern Instruments)進行。

脂質水平

脂質水平係使用FM4-64 (Life Technologies)，藉由類似於彼等由A.J. McBroom等人，J Bacteriol 188:5385-5392.及A. Frias等人，Microb Ecol. 59:476-486 (2010)描述者之方法進行定量。樣本係用FM4-64培養(3.3 µg/mL於PBS中，在37℃下在黑暗中培養10分鐘)。在515 nm下激發後，在635 nm下之發射係使用Spectramax M5平板閱讀器(Molecular Devices)量測。絕對濃度係藉由將未知樣本與已知濃度之標準物(諸如棕櫚醯油酸磷脂醯甘油(POPG)囊泡)進行比較而測定。

總蛋白質

蛋白質水平係藉由標準分析(諸如布拉德福德(Bradford)及BCA分析)定量。該等布拉德福德分析係使用Quick Start布拉德福德1x染料試劑(Bio-Rad)，根據製造商之方案運行。BCA分析係使用Pierce BCA蛋白質分析套組(Thermo-Fisher Scientific)運行。絕對濃度係藉由與產生自已知濃度之BSA之標準曲線進行比較而測定。

脂質:蛋白質比率

脂質:蛋白質比率係藉由脂質濃度除以蛋白質濃度產生。相較於各製劑中之游離蛋白質，此等提供囊泡之純度之量度。

核酸分析

核酸係萃取自EV並使用Qubit螢光計定量。粒度分佈係使用生物分析儀評估並將材料測序。

ζ電位

不同製劑之ζ電位係使用諸如Zetasizer ZS (Malvern Instruments)之儀器量測。實例 5 ：通過壓力操作細菌以產生各種量之 EV 及 / 或改變 EV 之內容物

壓力及特定言之包膜壓力已顯示增加一些細菌菌株產生EV(I. MacDonald, M. Kuehn. J Bacteriol 195(13): doi: 10/1128/JB.02267-12)。為改變細菌產生EV，細菌係使用各種方法施加壓力。

細菌可經受單一壓力源或壓力源組合。不同壓力源對不同細菌之影響係藉由改變壓力條件及測定IC50值(抑制50%細胞生長所需之條件)來經驗性地確定。EV純化、定量及表徵如實例1至4中之詳細描述發生。EV產生係(1)在細菌及EV之複雜樣本中藉由奈米顆粒跟蹤分析(NTA)或透射電子顯微術(TEM)；或(2)在EV純化後，藉由NTA、脂質定量或蛋白質定量進行定量。EV內容物係純化後接著藉由上文描述之方法進行評估。

抗生素壓力

細菌係在標準生長條件下以添加亞抑菌濃度之抗生素進行培養。此可包括0.1至1 µg/mL氯黴素，或0.1至0.3 µg/mL慶大黴素，或類似濃度之其他抗生素(例如，安比西林、多黏菌素B)。宿主抗菌產物(諸如溶菌酶、防禦素及Reg蛋白)可代替抗生素使用。亦可使用由細菌產生之抗微生物肽(包括細菌素及小菌素)。

溫度壓力

細菌係在標準生長條件下，但在比通常用於其等生長之溫度更高或更低之溫度下進行培養。或者，細菌係在標準條件下生長，及然後分別藉由在低溫或高溫下短期間培養而經受冷休克或熱休克。例如，在37℃下生長之細菌係在4℃至18℃下培養1小時用於冷休克或在42℃至50℃下培養1小時用於熱休克。

飢餓及營養物限制

為誘導營養壓力，細菌係在其中一或多種營養素受限之條件下培養。細菌可在整個生長期間經受營養壓力或自富培養基轉移至貧培養基。受限之培養基組分之一些實例係碳、氮、鐵及硫。一項實例培養基係M9最小培養基(Sigma-Aldrich)，其含有低葡萄糖作為唯一碳源。特別對於普雷沃菌屬，鐵可用性係藉由改變培養基中氯化血紅素之濃度及/或藉由改變培養基中存在之卟啉或其他鐵載劑之類型改變，因為發現在低氯化血紅素條件中生長之細胞產生更多EV (S. Stubbs等人，Letters in Applied Microbiology. 29:31-36 (1999)。培養基組分亦藉由添加螯合劑(諸如EDTA及去鐵胺)進行操作。

飽和度

使細菌生長至飽和及在飽和點後培養各種時間週期。或者，使用條件培養基以在指數生長期間模擬飽和環境。如實例1中描述，條件培養基係藉由離心及過濾自飽和培養物移除完整細胞製備，及條件培養基可經進一步處理以濃縮或移除特定組分。

鹽壓力

細菌係在含有NaCl、膽汁鹽或其他鹽之培養基中培養或短暫曝露於含有NaCl、膽汁鹽或其他鹽之培養基。

UV壓力

UV壓力係藉由在UV燈下培養細菌或藉由將細菌曝露於UV使用諸如Stratalinker (Agilent)之儀器達成。UV可在整個培養週期期間，在短爆發期內或生長後之單一定義週期內施用。

反應性氧壓力

細菌係在亞抑菌濃度之過氧化氫(250至1,000 µM)之存在下培養以誘導反應性氧物質形式之壓力。好氧細菌係在對其等有毒之濃度之氧中培養或曝露於對其等有毒之濃度之氧。

洗滌劑壓力

細菌係在洗滌劑中培養或曝露於洗滌劑，諸如月桂基硫酸鈉(SDS)或脫氧膽酸鹽。

pH壓力

細菌係在不同pH培養基中培養有限時間或曝露於不同pH培養基有限時間。實例 6 ：無 EV 之細菌之製備

製備含有最少量EV之細菌樣本。EV產生係(1)在細菌及胞外組分之複雜樣本中藉由NTA或TEM；或(2)在自細菌樣本純化EV後，藉由NTA、脂質定量或蛋白質定量進行定量。

a.離心及清洗：將細菌培養物在11,000 x g下離心以自上清液(包括游離蛋白質及囊泡)分離完整細胞。集結粒用緩衝液(諸如PBS)清洗並以穩定方式儲存(例如，與甘油混合，快速冷凍並在-80℃下儲存)。

b. ATF：藉由將生物反應器連接至ATF系統分離細菌及EV。將無EV之細菌保留於生物反應器中，且可藉由離心及清洗(如上文描述)進一步分離自殘餘EV。

c.使細菌在發現限制EV之產生之條件下生長。可改變之條件包括彼等針對實例5列舉者。實例 7 ：活體外篩選用於增強活化樹突細胞之 EV

霍亂弧菌EV通過上皮細胞間接活化樹突細胞之能力係霍亂弧菌EV刺激哺乳動物宿主中之免疫反應之一種非限制性機制(D. Chatterjee, K. Chadhuri. J Biol Chem. 288(6):4299-309. (2013))。由於此EV活性很可能與活體內刺激促炎症級聯反應之其他細菌共用，因此本文揭示分析細菌EV活化DC之活體外方法。簡而言之，PBMC係藉由梯度離心使用Lymphoprep (Nycomed, Oslo, Norway)分離自來自CM之肝素化靜脈血或使用基於磁珠之人血樹突細胞分離套組(Miltenyi Biotech, Cambridge, MA)分離自小鼠脾臟或骨髓。使用抗人類CD14 mAb，單核細胞係藉由Moflo純化並在cRPMI中以5e5個細胞/ml之細胞密度於96孔盤(Costar Corp)中在37℃下培養7天。就樹突細胞之成熟而言，培養物以0.2 ng/mL IL-4及1000 U/ml GM-CSF在37℃下刺激一週。或者，成熟係通過單獨用重組GM-CSF培養一週達成。小鼠DC可使用珠富集直接獲取自脾臟或分化自造血幹細胞。簡而言之，骨髓係獲得自小鼠之股骨。回收細胞並裂解紅細胞。幹細胞係在細胞培養基中與20 ng/ml小鼠GMCSF一起培養4天。添加含有20 ng/ml小鼠GM-CSF之額外培養基。在第6天，將培養基及非黏附細胞移除並用含有20 ng/ml GMCSF之新鮮細胞培養基置換。具有20 ng/ml GM-CSF之細胞培養基之最終添加係在第7天添加。在第10天，獲取非黏附細胞並接種於細胞培養盤中過夜並視需要進行刺激。然後，樹突細胞用25至75 μg/mL EV及抗生素處理24小時。經測試之EV組合物可包括來自單一細菌物種或菌株之EV。經測試之EV組合物亦可包括來自細菌屬、屬內物種或物種內菌株之EV之混合物。PBS及來自乳桿菌之EV係作為陰性對照包括於其中且LPS、抗CD40抗體及來自雙歧桿菌屬之EV係用作陽性對照。在培養後，DC係用抗CD11b、CD11c、CD103、CD8a、CD40、CD80、CD83、CD86、MHCI及MHCII染色，及藉由流式細胞術分析。相較於陰性對照在CD40、CD80、CD83及CD86中顯著增加之DC被視為由相關細菌EV組合物活化。此等實驗最少重複三次。

為篩選經EV活化之上皮細胞刺激DC之能力，上述方案係以添加24小時上皮細胞EV共培養物且接著用DC培養進行。在用EV培養後，清洗上皮細胞及然後在缺乏EV之情況下與DC共培養24小時，然後如上文進行處理。上皮細胞系可包括Int407、HEL293、HT29、T84及CACO2。

作為DC活化之額外量測，在用EV或經EV處理之上皮細胞將DC培養24小時後，自孔移除100 µl培養上清液並使用Luminex Magpix.多工套組(EMD Millipore, Darmstadt, Germany)分析分泌的細胞介素、趨化介素及生長因子。簡而言之，用緩衝液預濕該等孔，並添加25 µl 1x經抗體塗覆之磁珠且使用2x 200 µl清洗緩衝液對中使用磁珠的每孔進行清洗。添加50 µl培養緩衝液、50 µl稀釋劑及50 µl樣本並經由在室溫下在黑暗中振盪2小時進行混合。然後，用200 µl清洗緩衝液清洗該等珠兩次。添加100 µl之1X生物素化偵測抗體及在黑暗中振盪培養懸浮液1小時。然後，用清洗緩衝液進行兩次200 µl清洗。將100 µl之1x SAV-RPE試劑添加至各孔並在室溫下在黑暗中培養30分鐘。進行三次200 µl清洗並添加125 µl清洗緩衝液及進行2至3分鐘振盪。然後，將該等孔呈遞至Luminex xMAP系統中用於分析。

標準物容許細胞介素(包括GM-CSF、IFN-g、IFN-a、IFN-B、IL-1a、IL-1B、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-8、IL-10、IL-13、IL-12 (p40/p70)、IL-17A、IL-17F、IL-21、IL-22 IL-23、IL-25、IP-10、KC、MCP-1、MIG、MIP1a、TNFa及VEGF)之仔細定量。評估小鼠及人類起源兩者之樣本中之此等細胞介素。經細菌處理之樣本中之此等細胞介素之增加指示宿主增強產生蛋白質及細胞介素。檢查特定細胞類型釋放細胞介素之能力之此分析之其他變化係藉由通過分選方法獲取此等細胞進行評估並為此項技術中之一般技術者知曉。此外，亦評估細胞介素mRNA以解決因應EV組合物之細胞介素釋放。宿主細胞中之此等變化刺激與癌症微環境中之活體內反應類似之免疫反應。

此DC刺激方案可使用經純化之EV及活細菌菌株之組合重複以最大化免疫刺激潛力。實例 8 ：當用腫瘤細胞培養時，活體外篩選用於增強活化 CD8+ T 細胞殺死之 EV

本文描述用於篩選可活化腫瘤細胞之CD8+ T細胞殺死之EV之活體外方法。簡而言之，DC係分離自人類PBMC或小鼠脾臟並用單株EV、EV之混合物及適當對照培養，如實例12中描述。另外，CD8+ T細胞係使用基於磁珠之小鼠CD8a+ T細胞分離套組及基於磁珠之人類CD8+ T細胞分離套組(兩者均來自Miltenyi Biotech, Cambridge, MA)獲得自人類PBMC或小鼠脾臟。在用EV將DC培養24小時後，或用經EV刺激之上皮細胞(實例12中詳細描述)將DC培養24小時後，用PBS清洗液自細胞移除EV，在96孔盤中將具有抗生素之100 ul新鮮培養基添加至各孔，並將200,000個T細胞添加至各實驗孔。抗CD3抗體係以2 ug/ml之最終濃度添加。然後，容許在37℃下在正常氧條件下將共培養物培養96小時。

進入共培養物培養72小時後，以50,000個腫瘤細胞/孔接種於新96孔盤中的各孔中。所用之小鼠腫瘤細胞系包括B16.F10、SIY+ B16.F10等等。人類腫瘤細胞系係與供體HLA匹配，且可包括PANC-1、UNKPC960/961、UNKC及HELA細胞系。在96小時共培養完成後，將100 µl之CD8+ T細胞及DC混合物轉移至含有腫瘤細胞之孔。在37℃下在正常氧條件下將盤培養24小時。星形孢菌素(Staurospaurine)係用作陰性對照以解釋細胞死亡。

在此培養後，使用流式細胞術以量測腫瘤細胞死亡及表徵免疫細胞表型。簡而言之，腫瘤細胞係用活性染料染色。使用FACS分析以對腫瘤細胞特異性門控並量測死(被殺死)腫瘤細胞之百分率。資料亦顯示為每孔死腫瘤細胞之絕對數量。細胞毒性CD8+ T細胞表型可藉由下列方法表徵：a)上清液顆粒酶B、IFNy及TNFa於培養上清液中之濃度，如下文描述；b)活化標誌物(諸如DC69、CD25、CD154、PD-1、γ/δ TCR、Foxp3、T-bet、顆粒酶B)之CD8+ T細胞表面表現；c) IFNy、顆粒酶B、TNFa於CD8+ T細胞中之胞內細胞介素染色。除上清液細胞介素濃度(包括INFy、TNFa、IL-12、IL-4、IL-5、IL-17、IL-10、趨化介素等)外，亦可藉由胞內細胞介素染色評估CD4+ T細胞表型。

作為CD8+ T細胞活化之額外量測，在用DC將T細胞培養96小時後，自孔移除100 µl培養上清液並使用Luminex Magpix.多工套組(EMD Millipore, Darmstadt, Germany)分析分泌的細胞介素、趨化介素及生長因子。簡而言之，該等孔係用緩衝液預濕，並添加25 µl之1x經抗體塗覆之磁珠且2x 200 µl清洗緩衝液係在每個孔中使用磁珠進行。添加50 µl培養緩衝液、50 µl稀釋劑及50 µl樣本並經由在室溫下在黑暗中振盪2小時進行混合。然後，用200 µl清洗緩衝液清洗該等珠兩次。添加100 µl之1X生物素化偵測抗體並在黑暗中伴隨振盪培養懸浮液1小時。然後，用清洗緩衝液進行兩次200 µl清洗。將100 µl之1x SAV-RPE試劑添加至各孔並在室溫下在黑暗中培養30分鐘。進行三次200 µl清洗並添加125 µl清洗緩衝液及進行2至3分鐘振盪。然後，將該等孔呈遞至Luminex xMAP系統中用於分析。

標準物容許細胞介素(包括GM-CSF、IFN-g、IFN-a、IFN-B IL-1a、IL-1B、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-8、IL-10、IL-13、IL-12 (p40/p70)、IL-17、IL-23、IP-10、KC、MCP-1、MIG、MIP1a、TNFa及VEGF)之仔細定量。評估小鼠及人類起源兩者之樣本中之此等細胞介素。經細菌處理之樣本中之此等細胞介素之增加指示宿主增強產生蛋白質及細胞介素。檢查特定細胞類型釋放細胞介素之能力之此分析之其他變化係藉由通過分選方法獲取此等細胞進行評估並為此項技術中之一般技術者知曉。此外，亦評估細胞介素mRNA以解決因應EV組合物之細胞介素釋放。宿主細胞中之此等變化刺激與癌症微環境中之活體內反應類似之免疫反應。

此CD8+ T細胞刺激方案可使用經純化之EV及活細菌菌株之組合重複以最大化免疫刺激潛力。實例 9 ：藉由 PBMC 活體外篩選用於增強腫瘤細胞殺死之 EV

本文包括針對刺激PBMC (其進一步活化CD8+ T細胞以殺死腫瘤細胞)之能力篩選EV之方法。PBMC係藉由用於小鼠或人類血液之菲可-派克(ficoll-paque)梯度離心分離自來自CM之肝素化靜脈血或用淋巴細胞分離培養基(Cedarlane Labs, Ontario, Canada)分離自小鼠血液。PBMC係用單株EV、EV之混合物及適當對照培養，如實例12中描述。另外，CD8+ T細胞係獲得自人類PBMC或小鼠脾臟，如實例12中。在用EV將PBMC培養24小時後，用PBS清洗自細胞移除EV，在96孔盤中將具有抗生素之100 ul新鮮培養基添加至各孔，並將200,000個T細胞添加至各實驗孔。抗CD3抗體係以2 μg/ml之最終濃度添加。然後，容許在37℃下在正常氧條件下將共培養物培養96小時。

進入共培養物培養72小時後，以50,000個腫瘤細胞/孔接種於新96孔盤中的各孔中。所用之小鼠腫瘤細胞系包括B16.F10、SIY+ B16.F10等等。人類腫瘤細胞系係與供體HLA匹配，且可包括PANC-1、UNKPC960/961、UNKC及HELA細胞系。在96小時共培養完成後，將100 µl之CD8+ T細胞及PBMC混合物轉移至含有腫瘤細胞之孔。在37℃下在正常氧條件下將盤培養24小時。星形孢菌素係用作陰性對照以解釋細胞死亡。

作為CD8+ T細胞活化之額外量測，在用DC將T細胞培養96小時後，自孔移除100 µl培養上清液並使用Luminex Magpix.多工套組(EMD Millipore, Darmstadt, Germany)分析分泌的細胞介素、趨化介素及生長因子。簡而言之，該等孔係用緩衝液預濕，並添加25 µl之1x經抗體塗覆之磁珠且2x 200 µl清洗緩衝液係在每個孔中使用磁珠進行。添加50 µl培養緩衝液、50 µl稀釋劑及50 µl樣本並經由在室溫下在黑暗中振盪2小時進行混合。然後，用200 µl清洗緩衝液清洗該等珠兩次。添加100 µl之1X生物素化偵測抗體並及黑暗中伴隨振盪培養懸浮液1小時。然後，用清洗緩衝液進行兩次200 µl清洗。將100 µl之1x SAV-RPE試劑添加至各孔並在室溫下在黑暗中培養30分鐘。進行三次200 µl清洗並添加125 µl清洗緩衝液及進行2至3分鐘振盪。然後，將該等孔呈遞至Luminex xMAP系統中用於分析。

此PBMC刺激方案可使用經純化之EV及活細菌菌株之組合重複以最大化免疫刺激潛力。實例 10 ：活體外偵測抗原呈遞細胞中之 EV

固有層中之樹突細胞藉由延伸其等樹突穿過腸上皮以不斷地在腸腔中取樣活細菌、死細菌及微生物產物，此係由細菌在腸腔中產生之EV可直接刺激樹突細胞之一種方法。下列方法表示一種評估抗原呈遞細胞差異攝取EV之方法。視需要，此等方法可用以評估向病患投與之EV之免疫調節行為。

樹突細胞(DC)係根據標準方法或套組方案(例如，Inaba K、Swiggard WJ、Steinman RM、Romani N、Sch µler G，2001. Isolation of dendritic cells. Current Protocols in Immunology，第3章：第3.7單元)及如實例12中討論分離自人類或小鼠骨髓、血液或脾臟。

為評估EV進入及/或存在於DC中，將250,000個DC接種於圓形蓋玻片上的完全RPMI-1640培養基中及然後在1:1與1:10之間的多重感染(MOI)下用來自單一細菌菌株之EV或組合EV進行培養。經純化之EV已用如實例2中描述之螢光染料或螢光蛋白標記。在培養1小時後，細胞係用冰冷PBS清洗兩次，使用胰蛋白酶分離自盤。使細胞保持完整或裂解。然後處理樣本以用於流式細胞術。自裂解之樣本定量總內化EV，及藉由計數螢光細胞量測攝取EV之細胞之百分率。上文描述之方法亦可使用巨噬細胞或上皮細胞系(獲得自ATCC)代替DC以大體上相同方式進行。實例 11 ：當用靶細胞培養時，活體外篩選具有活化 NK 細胞殺死之增強之能力之 EV

為證實當用腫瘤細胞培養時，所選EV組合物引起對腫瘤細胞之有效NK細胞細胞毒性之能力，使用下列活體外分析。簡而言之，自健康人類供體獲得來自肝素化血液之單核細胞。視需要，如先前描述般進行增加NK細胞之數量之擴增步驟(例如，參見Somanschi等人，2011 J Vis Exp.)。將其等調整至於含有5%人類血清之RPMI-1640培養基中之1e6個細胞/ml濃度。然後，用適當之抗體標記PMNC細胞及通過FACS將NK細胞分離為CD3-/CD56+細胞且準備用於後續之細胞毒性分析。或者，NK細胞係使用autoMACs儀器及NK細胞分離套組遵循製造商之使用說明(Miltenyl Biotec)進行分離。

對NK細胞計數，並以5000個細胞每孔接種於96孔模式中，及用單株EV、來自細菌菌株之混合物之EV及適當之對照進行培養，如實例12中描述。作為額外之陰性對照，此分析係用來自核粒梭桿菌之EV運行。已知核粒梭桿菌(F. nucleatum) 對NK細胞活性具有抑制性(參見，例如，Gur等人，2005 Immunity 42:1-12)。用EV培養NK細胞5至24小時後，用PBS清洗將EV自細胞移除，將NK細胞重懸浮於具有抗生素之10種新鮮培養基中，並添加至含有50,000個標靶腫瘤細胞/孔之96孔盤。所用之小鼠腫瘤細胞系包括B16.F10、SIY+ B16.F10等等。人類腫瘤細胞系係與供體HLA匹配，且可包括PANC-1、UNKPC960/961、UNKC及HELA細胞系。在37℃下在正常氧條件下將盤培養24小時。星形孢菌素係用作陰性對照以解釋細胞死亡。

在此培養後，使用流式細胞術以量測腫瘤細胞死亡。簡而言之，腫瘤細胞係用活性染料染色。使用FACS分析以對腫瘤細胞特異性門控並量測死(被殺死)腫瘤細胞之百分率。資料亦顯示為每孔死腫瘤細胞之絕對數量。

此NK細胞刺激方案可使用經純化之EV及活細菌菌株之組合重複以最大化免疫刺激潛力。實例 12 ：使用活體外免疫活化分析以預測 EV 組合物之活體內癌症免疫療法效力

活體外免疫活化分析識別可刺激樹突細胞(其進一步活化CD8+ T細胞殺死)之EV。由A. Sivan等人，Science 350(6264): 1084-1089 (2015)之工作已表明CD8+ T細胞因應雙歧桿菌屬之口服攝入而增強殺死腫瘤細胞係小鼠中有效之癌症免疫療法。因此，上文描述之活體外分析係用作針對潛在免疫治療活性之大量候選EV之預測、快速篩選。優先選擇顯示增強刺激樹突細胞、增強刺激CD8+ T細胞殺死、增強刺激PBMC殺死及/或增強刺激NK細胞殺死之EV以供活體內癌症免疫療法效力研究。實例 13 ：當經口遞送至小鼠時，確定 EV 之生物分佈

用受關注之EV組合物經口接種野生型小鼠(例如，C57BL/6或BALB/c)以確定經純化之EV之活體內生物分佈圖(實例1)。EV係如實例2中標記以有助於下游分析。

小鼠可在規定時間過程內接受單一劑量之EV (25至100 µg)或數個劑量(25至100 µg)。遵循經批准之方案將小鼠飼養在無特定病原體之條件下。或者，可將小鼠飼養並保持在消毒、無菌條件下。血液及糞便樣本可在適當之時間點下採集。

在用EV組合物接種後之各種時間點(即，小時至天)下將小鼠人道處死並在無菌條件下進行完全屍檢。遵循標準方案，獲取淋巴結、腎上腺、肝、結腸、小腸、盲腸、胃、脾臟、腎、膀胱、胰臟、心臟、皮膚、肺、腦及受關注之其他組織及直接使用或快速凍結用於進一步測試。遵循熟習此項技術者已知的標準方案將該等組織樣本解剖並均質化以製備單細胞懸浮液。然後，通過流式細胞術定量於樣本中所存在之EV數量(實例17)。定量亦可在適當處理全小鼠組織後利用螢光顯微術進行(Vankelecom H., Fixation and paraffin-embedding of mouse tissues for GFP visualization, Cold Spring Harb. Protoc., 2009)。或者，動物可使用活體成像根據EV標記技術進行分析。實例 14 ：投與具有增強之活體外免疫活化之 EV 組合物以治療同基因小鼠腫瘤模型

癌症之小鼠模型係藉由皮下注射腫瘤細胞系或病患衍生之腫瘤樣本並容許將其移植至6至8週齡之C57BL/6雌性小鼠內而產生。使用數種腫瘤細胞系重複本文提供之方法，該等腫瘤細胞系包括：B16-F10或B16-F10-SIY細胞(作為黑色素瘤之原位模型)；Panc02細胞(作為胰癌之原位模型)，以1x10⁶ 個細胞之濃度注射於右脅腹內(Maletzki等人，2008. Gut 57:483-491)；LLC1細胞(作為肺癌之原位模型)；CT-26(作為結腸直腸癌之原位模型)及RM-1 (作為前列腺癌之原位模型)。作為一項實例，本文深入提供用於B16-F10模型之方法。

使用具有極高轉移頻率之自發性黑色素瘤之同基因小鼠模型以測試細菌減少腫瘤生長及轉移之擴散之能力。經選擇用於此分析之EV係顯示增強活化免疫細胞亞群並刺激增強殺死活體外腫瘤細胞(實例12至16)之組合物。小鼠黑色素瘤細胞系B16-F10係獲得自ATCC。將細胞作為單層在37℃及5% CO2/空氣之氣氛下活體外培養於RPMI培養基中，該RPMI培養基用10%熱滅活之胎牛血清及1%青黴素/鏈黴素補充。指數生長之腫瘤細胞係藉由胰蛋白酶化獲取，用冷1x PBS清洗三次，並製備5E6個細胞/ml之懸浮液用於投與。此實驗使用雌性C57BL/6小鼠。該等小鼠係6至8週齡且重約16至20 g。就腫瘤發展而言，於各小鼠之脅腹內皮下注射100 μl之B16-F10細胞懸浮液。該等小鼠係在細胞移植之前藉由克他明(ketamine)及甲苯噻嗪麻醉。實驗中使用之動物可經由自第2天至第5天滴注卡那黴素(0.4 mg/ml)、慶大黴素(0.035 mg/ml)、黏菌素(850 U/ml)、甲硝唑(0.215 mg/ml)及萬古黴素(0.045 mg/ml)於飲用水中之混合物，並在腫瘤注射後第7天腹膜內注射克林黴素(10 mg/kg)而開始抗生素治療。

原發性脅腹腫瘤之尺寸係用卡尺每隔2至3天量測及腫瘤體積係使用下式計算：腫瘤體積= 腫瘤寬度2 ×腫瘤長度× 0.5。在原發性腫瘤達成約100 mm3後，基於動物之體重將其等分選成數組。然後，自各組隨機挑選小鼠並分配至治療組。EV組合物係如實例1中描述製備。該等小鼠係藉由強飼25至100 µg待測試之EV、25至100 µg來自乳桿菌(陰性對照)之EV、PBS或25至100 µg來自雙歧桿菌屬(陽性對照)之EV而經口接種。每天、每週、每兩週、每月、每兩個月或在整個治療週期之任何其他給藥時間表經口強飼小鼠相同數量之EV。小鼠係經IV注射於尾靜脈中或直接注射於腫瘤內。可對小鼠注射10 ng至1 ug之EV、細菌及EV或經滅活之細菌及EV。小鼠可每週或每月一次注射。小鼠亦可接受經純化之EV及活細菌之組合以最大化腫瘤殺死潛力。所有小鼠係在無特定病原體之條件下遵循經批准之方案飼養。每隔3至4天監測腫瘤尺寸、小鼠體重及體溫並在B16-F10小鼠黑色素瘤細胞注射後6週內或當原發性腫瘤體積達成1000 mm3時人道處死該等小鼠。每週抽血並在方案終止時在無菌條件下進行完全屍檢。

可在小鼠B16-F10黑色素瘤模型中輕易地觀測到癌細胞，因為其產生黑色素。遵循標準方案，收集來自淋巴結之組織樣本及來自頸部及胸部區域之器官且使用下列分類規則分析微轉移及巨轉移之存在。若在每個淋巴結或器官中發現至少兩個微轉移及一個巨轉移病變，則將器官歸類為轉移陽性。微轉移係藉由用蘇木精-曙紅遵循熟習此項技術者已知的標準方案染色石蠟包埋之淋巴組織切片進行偵測。轉移之總數量係與原發性腫瘤之體積相關且發現腫瘤體積與腫瘤生長時間及淋巴結及內臟器官中巨轉移及微轉移之數量及亦與所有可見轉移之總數顯著相關。如先前描述般識別二十五個不同轉移位點(Bobek V.等人，Syngeneic lymph-node-targeting model of green fluorescent protein-expressing Lewis lung carcinoma, Clin. Exp. Metastasis, 2004;21(8):705-8)。

進一步分析腫瘤組織樣本的腫瘤浸潤性淋巴細胞。CD8+細胞毒性T細胞可藉由FACS分離(參見，實例17)及然後可使用定製p/MHC I類微陣列進行進一步分析以揭示其等抗原特異性(參見，例如，Deviren G.等人，Detection of antigen-specific T cells on p/MHC microarrays, J. Mol. Recognit., 2007 Jan-Feb;20(1):32-8)。CD4+ T細胞可使用定製p/MHC II類微陣列進行分析。

對多發性肺黑色素瘤轉移之小鼠模型亦進行相同實驗。小鼠黑色素瘤細胞系B16-BL6係獲得自ATCC且細胞係如上文描述活體外培養。此實驗使用雌性C57BL/6小鼠。該等小鼠係6至8週齡且重約16至20 g。就腫瘤發展而言，將100 μl之2E6個細胞/ml B16-BL6細胞懸浮液注射於各小鼠的尾靜脈中。IV注射後植入之腫瘤細胞最終進入肺中。

9天後將小鼠人道殺死。將肺稱重並分析肺表面上之肺結節之存在。經提取之肺係用費可特溶液(Fekete’s solution)漂白，該溶液因為B16細胞中之黑色素而不漂白腫瘤結節，雖然一小部分結節係無黑色素的(即，白色)。仔細計數腫瘤結節之數量以確定小鼠中之腫瘤負荷。通常，在對照組小鼠(即，PBS強飼)之肺上發現200至250個肺結節。

針對三個治療組計算百分率腫瘤負荷。將此量測值定義為屬於治療組之小鼠之肺表面上之肺結節之平均數量除以對照組小鼠之肺表面上之肺結節之平均數量。

用H-NMR1測定代謝內容物

使用Sartorius Centrisart I過濾器(截留點10 kDa)對細菌調節後及腫瘤生長後的培養基及用過之培養基樣本之生物三聯體進行脫蛋白。在使用之前，該過濾器係藉由水離心清洗兩次以移除甘油並將少量體積(20 µl)於D₂ O中之20.2 mM三甲基甲矽烷基-2,2,3,3-四氘化丙酸(TSP，鈉鹽)添加至700 ul超濾液，提供化學位移參照(0.00 ppm)及氘鎖信號。將650 ul樣本放置於5 mm NMR管中。單脈衝1H-NMR光譜(500 MHz)係於Bruker DMX-500分光儀或堪比如先前描述之儀器上獲得(由Engelke等人，2006 NMR spectroscopic studies on the late onset form of 3-methylutaconic aciduria type I and other defects in leucine metabolism. NMR Biomed. 19: 271-278)。手動校正相位及基線。將所有光譜縮放至TSP並使代謝物信號與洛倫茲線形半自動擬合。用過之培養基中之代謝物濃度係相對於標準培養基中之已知濃度計算並以mM之單位相應地表示。特定代謝物之濃度係藉由在1.04 ppm下或在適當之標準下，相應峰之面積相對於纈胺酸雙峰之面積進行計算。

用LCMS測定代謝內容物

樣本之代謝內容物係使用液體層析技術與質譜法之組合確定。存在測定各種樣本之代謝內容物且為熟習此項技術者已知的各種技術，該等技術涉及溶劑萃取、層析分離及耦合至質量測定之各種電離技術(Roberts等人，2012 Targeted Metabolomics. Curr Protoc Mol Biol. 30: 1-24；Dettmer等人，2007, Mass spectrometry-based metabolomics. Mass Spectrom Rev. 26(1):51-78)。作為一項非限制性實例，LC-MS系統包括與1100系列泵(Agilent)及HTS PAL自動進樣器(Leap Technologies)組合之4000 QTRAP三重四級桿質譜儀(AB SCIEX)。培養基樣本或其他複雜代謝混合物(~10 µL)係使用九體積的含有穩定之同位素標記內標物(纈胺酸-d8，Isotec；及苯丙胺酸-d8，Cambridge Isotope Laboratories)之74.9:24.9:0.2 (v/v/v)乙腈/甲醇/甲酸進行萃取。標準物可取決於受關注之代謝物進行調整或修飾。樣本係經離心(10分鐘，9,000g，4℃)，及上清液(10 µL)係藉由將溶液注射於HILIC管柱(150 × 2.1 mm, 3 µm粒度)上而呈遞至LCMS。管柱係藉由使5%流動相[10 mM甲酸銨，0.1%甲酸於水中]以250 µl/分鐘之速率流動1分鐘，接著線性梯度歷時10分鐘至40%流動相之溶液[具有0.1%甲酸之乙腈]進行溶離。將離子噴霧電壓設定至4.5 kV及源溫度係450℃。

資料係使用市售軟體(諸如來自AB SCIEX之Multiquant 1.2)進行分析以用於質譜峰積分。受關注之峰應手動控制並與標準進行比較來證實該峰之同一性。用適當之標準物進行定量以確定在細菌調節後及在腫瘤細胞生長後，初始培養基中存在之代謝物之量。

呈遞腫瘤活檢及血液樣本用於經由本文描述之LCMS技術之代謝分析。測試組之間的胺基酸、糖、乳酸鹽及其他代謝物之不同濃度證實微生物組合物破壞腫瘤代謝狀態之能力。

RNA測序以確定作用機制

樹突細胞係純化自腫瘤、伊爾氏斑(Peyers patch)及腸系膜淋巴結，如實例12中描述。進行RNAseq分析並根據熟習此項技術者已知的標準技術進行分析(Z. Hou. Scientific Reports. 5(9570):doi:10.1038/srep09570 (2015))。在該分析中，特別關注先天性發炎通路基因，其等包括TLR、CLR、NLR及STING、細胞介素、趨化介素、抗原處理及呈遞通路、交叉呈遞及T細胞共刺激。實例 15 ：投與具有增強之活體外免疫活化之 EV 與 PD-1 或 PD-L1 抑制之組合以治療同基因小鼠腫瘤模型

為確定EV在同基因腫瘤小鼠模型中之效力，使用結腸直腸癌(CT-26)。簡而言之，將CT-26 (CAT# CRL-2638)腫瘤細胞作為單層在37℃及5% CO2/空氣之氣氛下活體外培養於RPMI-1640或DMEM中，該RPMI-1640或DMEM用10%熱滅活之胎牛血清補充。在腫瘤接種之前，獲取並計數指數生長之細胞。此實驗使用6至8週齡雌性BALB/c小鼠。就腫瘤發展而言，向各小鼠之一個或兩個後脅腹皮下注射含於0.1 ml 1x PBS中之5x10⁵ 個CT-26腫瘤細胞。一些小鼠可接受抗生素預處理。在非連續之幾天內，每週至少三次監測腫瘤尺寸及小鼠體重。

測試EV (單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加抗PD-1或抗PD-L1)在小鼠腫瘤模型中之效力。EV、細菌細胞及/或抗PD-1或抗PD-L1係在不同時間點下及在不同劑量下投與。例如，在腫瘤注射後第10天或在腫瘤體積達成100 mm³ 後，小鼠用EV單獨或與抗PD-1或抗PD-L1組合處理。給藥量係根據表3投與。芽孢桿菌組顯示腫瘤生長抑制堪比抗PD-1組中可見之腫瘤生長抑制(圖1及2)。表3：給藥量。

例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50或100 mg EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射或鼻途徑注射。一些組的小鼠亦可注射有效劑量之查核點抑制劑。例如，小鼠接受於100 µl PBS中之100 µg抗PD-L1 mAB (純系10f.9g2, BioXCell)或另一抗PD-1或抗PD-L1 mAB，及一些小鼠接受媒劑及/或其他適當之對照(例如，對照抗體)。在初始注射後之第3、6及9天，對小鼠注射mAB。為評估查核點抑制及EV免疫治療是否具有額外之抗腫瘤效應，將接受抗PD-1或抗PD-L1 mAB之對照小鼠計入標準對照組。評估原發性(腫瘤尺寸)及繼發性(腫瘤浸潤性淋巴細胞及細胞介素分析)端點，及一些組的小鼠係經後續腫瘤細胞接種再激發以評估治療對記憶反應之影響。實例 16 ：實驗性自體免疫腦脊髓炎 (EAE) 之小鼠模型中之 EV

EAE係經充分研究之多發性硬化動物模型，如由Constantinescu等人檢視(Experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) as a model for multiple sclerosis (MS). Br J Pharmacol. 2011 Oct; 164(4): 1079-1106)。其可使用不同髓磷脂相關肽，藉由經活化之致腦炎T細胞之過繼轉移，或使用易受EAE影響之TCR轉基因小鼠在各種小鼠及大鼠品系中誘導，如於Mangalam等人，(Two discreet subsets of CD8+ T cells modulate PLP_91-110 induced experimental autoimmune encephalomyelitis in HLA-DR3 transgenic mice. J Autoimmun. 2012 Jun; 38(4): 344-353)中討論。

測試EV (單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加其他抗炎治療)在EAE之嚙齒動物模型中之效力。例如，雌性6至8週齡C57Bl/6小鼠係獲得自Taconic (Germantown, NY)。對各組小鼠的背部兩個位置(上方及下方)投與兩次皮下(s.c.)注射0.1 ml髓磷脂少突膠質細胞醣蛋白35-55 (MOG35-55；每次注射100 ug；每隻小鼠200 ug (每隻小鼠總計0.2 ml))，其乳化於完全弗氏佐劑中(CFA；2至5 mg經殺死之結核分枝桿菌H37Ra/ml乳劑)。在上文發生後約1至2小時，對小鼠腹膜內(i.p.)注射含於0.1 ml PBS (2 ug/ml)中之200 ng百日咳毒素(PTx)。PTx之額外IP注射係在第2天投與。或者，使用適當量之代替髓磷脂肽(例如，蛋白脂質蛋白(PLP))以誘導EAE。一些動物充當天然對照(naïve control)。評估EAE嚴重程度並自第4天開始根據此項技術中已知的方法每天分配殘疾分數(Mangalam等人，2012)。

EV治療係在一些時間點(在免疫之時間附近或在EAE免疫之後)下開始。例如，EV可在免疫(第1天)之同時投與，或其等可在出現殘疾之第一跡象(例如，跛尾)後投與，或在嚴重之EAE期間投與。EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50或100 mg EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。

例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射、皮下(s.c.)注射或鼻途徑投與。

一些組的小鼠可在各種時間點及有效劑量下，用額外抗炎劑或EAE治療劑(例如，抗CD154 (TNF家族之成員之阻滯劑)、維生素D或其他治療)及/或適當之對照(例如，媒劑或對照抗體)進行處理。

另外，一些小鼠在治療前用抗生素處理。例如，將萬古黴素(0.5 g/L)、安比西林(1.0 g/L)、慶大黴素(1.0 g/L)及兩性黴素B (0.2 g/L)添加至飲用水，並在治療時或治療前幾天停止抗生素治療。一些免疫小鼠係經治療而不接受抗生素。

在各種時間點下，將小鼠處死並可移除發炎之位置(例如，腦及脊髓)、淋巴結或其他組織以使用此項技術中已知的方法進行離體組織學、細胞介素及/或流式細胞術分析。例如，組織係使用解離酶根據製造商之使用說明進行解離。染色細胞以藉由流式細胞術使用此項技術中已知的技術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/髓樣標誌物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，亦分析血清細胞介素，其等包括(但不限於)TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或在離體獲得之經純化之CD45+中樞神經系統(CNS)-浸潤之免疫細胞進行細胞介素分析。最後，在對各種組織切片進行免疫組織化學以量測T細胞、巨噬細胞、樹突細胞及查核點分子蛋白表現。

為檢查疾病保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可用疾病觸發物(例如，經活化之致腦炎T細胞或EAE誘導肽之回注)再激發。分析小鼠在再激發後對疾病及EAE嚴重程度之易感性。實例 17 ：膠原誘導之關節炎 (CIA) 之小鼠模型中之 EV

膠原誘導之關節炎(CIA)係常用以研究類風濕性關節炎(RA)之動物模型，如由Caplazi等人，(Mouse models of rheumatoid arthritis. Veterinary Pathology. Sept. 1, 2015. 52(5): 819-826)描述(亦參見Brand等人，Collagen-induced arthritis. Nature Protocols. 2007. 2: 1269-1275；Pietrosimone等人，Collagen-induced arthritis: a model for murine autoimmune arthritis. Bio Protoc. 2015 Oct. 20; 5(20): e1626)。

在CIA嚙齒動物模型之其他版本中，一種模型涉及用小雞II型膠原使HLA-DQ8 Tg小鼠免疫，如由Taneja等人，(J. Immunology. 2007. 56: 69-78；亦參見Taneja等人，J. Immunology 2008. 181: 2869-2877；及Taneja等人，Arthritis Rheum., 2007. 56: 69-78)描述。小雞CII之純化已由Taneja等人，(Arthritis Rheum., 2007. 56: 69-78)描述。監測小鼠在免疫後之CIA疾病發作及進展，及評估疾病之嚴重程度並如由Wooley, J. Exp. Med. 1981. 154: 688-700描述進行「評級」。

針對CIA誘導使小鼠免疫並將小鼠分為各種治療組。測試EV (單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加其他抗炎治療)在CIA中之效力。

EV治療係在用膠原免疫之時間附近或在免疫之後開始。例如，在一些組中，EV可在免疫(第1天)之同時投與，或EV可在出現殘疾之第一跡象後投與，或在嚴重症狀發作後投與。EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。

例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可每隻小鼠接受25、50或100 mg之EV。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他組小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組的小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。

例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射、皮下(s.c.)注射、皮內(i.d.)注射或鼻途徑投與。

一些組的小鼠可在各種時間點下及在有效劑量下，用額外抗炎劑或CIA治療劑(例如，抗CD154 (TNF家族之成員之阻滯劑)、維生素D或其他治療)，及/或適當之對照(例如，媒劑或對照抗體)進行處理。

在各種時間點下，獲得血清樣本以使用標準ELISA評估抗小雞及抗小鼠CII IgG抗體之濃度(Batsalova等人，Comparative analysis of collagen type II-specific immune responses during development of collagen-induced arthritis in two B10 mouse strains. Arthritis Res Ther. 2012. 14(6): R237)。同樣地，將一些小鼠處死且可移除發炎之位置(例如，滑膜)、淋巴結或其他組織以使用此項技術中已知的方法進行離體組織學、細胞介素及/或流式細胞術分析。使用此項技術中已知的技術分析滑膜及滑液中之漿細胞浸潤及抗體之存在。另外，使用解離酶根據製造商之使用說明解離組織以檢查細胞浸潤物之概況。染色細胞以藉由流式細胞術使用此項技術中已知的技術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/髓樣標誌物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，亦分析血清細胞介素，其等包括(但不限於) TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或離體獲得之經純化之CD45+滑膜-浸潤之免疫細胞進行細胞介素分析。最後，對各種組織切片進行免疫組織化學以量測T細胞、巨噬細胞、樹突細胞及查核點分子蛋白表現。

為檢查疾病保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可用疾病觸發物(例如，CIA誘導之肽之活化回注)再激發。分析小鼠在再激發後對疾病及CIA嚴重程度之易感性。實例 18 ：結腸炎之小鼠模型中之 EV

葡聚糖硫酸鈉(DSS)誘導之結腸炎係經充分研究之結腸炎動物模型，如由Randhawa等人，(A review on chemical-induced inflammatory bowel disease models in rodents. Korean J Physiol Pharmacol. 2014. 18(4): 279-288；亦參見Chassaing等人，Dextran sulfate sodium (DSS)-induced colitis in mice. Curr Protoc Immunol. 2014 Feb 4; 104: Unit 15.25)檢視。

測試EV (單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加其他抗炎劑)在DSS誘導之結腸炎之小鼠模型中之效力。

如此項技術中已知，各組小鼠係用DSS處理以誘導結腸炎(Randhawa等人，2014；Chassaing等人，2014；亦參見Kim等人，Investigating intestinal inflammation in DSS-induced model of IBD. J Vis Exp. 2012. 60: 3678)。例如，雄性6至8週齡C57Bl/6小鼠係獲得自Charles River Labs, Taconic或其他供應商。結腸炎係藉由將3% DSS (MP Biomedicals, Cat. #0260110)添加至飲用水來誘導。一些小鼠不接受含於飲用水中之DSS且充當天然對照。一些小鼠接受水，歷時五(5)天。一些小鼠可接受DSS，歷時較短之持續時間或長於五(5)天。監測小鼠並使用此項技術中已知的殘疾活動指數基於重量損失進行評分(例如，無重量損失(0分)；1至5%重量損失(1分)；5至10%重量損失(2分))；糞便稠度(例如，正常(0分)；大便稀溏(2分)；腹瀉(4分))；及出血(例如，未出血(0分)、潛血陽性(1分)；潛血陽性及視神經集結粒出血(2分)；肛門周圍之血液，大出血(4分)。

EV治療係在一些時間點(在DSS投與之第1天，或在之後的某一時刻)下開始。例如，EV可在DSS開始(第1天)的同時投與，或其等可在出現疾病之第一跡象(例如，重量損失或腹瀉)後投與，或在嚴重之結腸炎之整個階段期間投與。每天觀察小鼠的重量、發病率、存活、腹瀉及/或血便之存在。

EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50或100 mg之EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組的小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。

例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射或鼻途徑投與。

一些組的小鼠可在各種時間點下及在有效劑量下，用額外之抗炎劑(例如，抗CD154 (TNF家族之成員之阻滯劑)或其他治療)，及/或適當之對照(例如，媒劑或對照抗體)進行處理。

另外，一些小鼠在治療前用抗生素處理。例如，將萬古黴素(0.5 g/L)、安比西林(1.0 g/L)、慶大黴素(1.0 g/L)及兩性黴素B (0.2 g/L)添加至飲用水，並在治療時或治療前幾天停止抗生素治療。一些小鼠接受DSS而未預先接受抗生素。

在各種時間點下，使用小動物內窺鏡(Karl Storz Endoskipe, Germany)在異氟烷麻醉下使小鼠經歷視訊內窺鏡檢查。記錄靜止影像及視訊以評估結腸炎之程度及對治療之反應。使用此項技術中已知的標準對結腸炎進行評分。收集糞便材料用於研究。

在各種時間點下，將小鼠處死並收集結腸、小腸、脾臟及淋巴結(例如，腸系膜淋巴結)。另外，將血液收集至血清分離管內。組織損傷係通過組織學研究評估，該等組織學研究評估(但不限於)隱窩結構、發炎細胞浸潤程度及杯裝細胞耗竭。

可移除胃腸(GI)道、淋巴結及/或其他組織以使用此項技術中已知的方法進行離體組織學、細胞介素及/或流式細胞術分析。例如，獲取組織且可使用解離酶根據製造商之使用說明進行解離。染色細胞以藉由流式細胞術使用此項技術中已知的技術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/髓樣標誌物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，亦分析血清細胞介素，其等包括(但不限於) TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或離體獲得之經純化之CD45+ GI道-浸潤之免疫細胞進行細胞介素分析。最後，對各種組織切片進行免疫組織化學以量測T細胞、巨噬細胞、樹突細胞及查核點分子蛋白表現。

為檢查疾病保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可用疾病觸發物再激發。分析小鼠在再激發後對結腸炎之易感性。實例 19 ：遲髮型超敏反應 (DTH) 之小鼠模型中之 EV

遲髮型超敏反應(DTH)係異位性皮炎(或過敏性接觸性皮炎)之動物模型，如由Petersen等人，(In vivo pharmacological disease models for psoriasis and atopic dermatitis in drug discovery. Basic & Clinical Pharm & Toxicology. 2006. 99(2): 104-115；亦參見Irving C. Allen (編) Mouse models of Innate Immunity: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, 2013.，第1031卷，DOI 10.1007/978-1-62703-481-4_13)檢視。其可使用各種半抗原或抗原(例如，用佐劑乳化之抗原)在各種小鼠及大鼠品系中誘導。DTH之特徵在於敏化作用及抗原特異性T細胞介導之反應，其導致紅斑、浮腫及細胞浸潤–尤其抗原呈現細胞(APC)、嗜酸性粒細胞、經活化之CD4+ T細胞及細胞介素表現之Th2細胞之浸潤。

通常，小鼠係用在佐劑(例如，完全弗氏佐劑)之情況下投與之抗原誘發以誘導藉由腫脹及抗原特異性抗體滴度衡量之繼發(或記憶)免疫反應。

測試EV (單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加其他抗炎治療)在DTH之小鼠模型中之效力。例如，6至8週齡C57Bl/6小鼠係獲得自Taconic (Germantown, NY)或其他供應商。對各組小鼠背部四個位置(上方及下方)四次皮下(s.c.)注射有效劑量(每個位置50 ul總體積)的抗原(例如，卵白蛋白(OVA))。就DTH反應而言，在克他明/甲苯噻嗪麻醉下(分別約50 mg/kg及5 mg/kg)，對動物耳朵進行皮內(i.d.)注射。一些小鼠充當對照動物。第8天，一些組的小鼠以每隻耳朵10 µl (左耳媒劑對照(0.01% DMSO於生理鹽水中)及右耳抗原(21.2 μg (12 nmol))激發。為量測耳炎，使用Mitutoyo千分尺量測人工限制之動物之耳厚度。耳厚度係在皮內激發之前作為各個別動物之基線水平進行量測。接著，耳厚度係在皮內激發後，在約24小時及48小時(即，第9天及第10天)時量測兩次。

EV治療係在一些時間點(在引發之時間附近或在DTH激發之時間附近)下開始。例如，EV可在皮下注射(第0天)的同時投與，或其等可在皮內注射之前或皮內注射後投與。EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50或100 mg之EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼、局部投與、皮內(i.d.)注射或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組的小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。

例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射、i.d.注射、局部投與或鼻途徑投與。

對小鼠沿背部之4個位置i.d注射KLH及CFA (與CFA 1:1比率製備之50 ug KLH/小鼠，每個位置總體積50 ul)。小鼠係經如下給藥9天：1) 經口投與厭氧PBS (媒劑)；2) 經口投與10 mg棲組織普雷沃菌；3) 經口投與100 ug棲組織普雷沃菌衍生之EV；4) i.p.投與PBS；5) i.p.投與地塞米松(陽性對照)；及6) i.p.投與10 µg棲組織普雷沃菌衍生之EV。就EV而言，總蛋白質係使用遵循製造商之使用說明進行之Bio-rad分析(Cat# 5000205)進行量測。在用10 ug KLH (10 ul體積)激發後之24及48小時，在經口及i.p投與組中，接受棲組織普雷沃菌(活細胞)或棲組織普雷沃菌衍生之EV之組均顯示比媒劑組更少之炎症(圖3A及3B)。在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，在抗原激發後48小時，在減少抗原特異性耳腫脹(耳厚度)(圖3C)中觀測到在i.p.注射10 µg、3 µg、1 µg及0.1 µg的棲組織普雷沃菌衍生之EV後之可見劑量依賴性DTH反應。

對小鼠沿背部之4個位置i.d注射KLH及CFA (與CFA 1:1比率製備之50 ug KLH/小鼠，每個位置總體積50 ul)。小鼠係經如下給藥9天：；1) 經口投與厭氧PBS (媒劑)；2) 經口投與10 mg棲組織普雷沃菌；3) 經口投與1X10⁹ CFU棲組織普雷沃菌生物量；4) 經口投與2.09X10⁸ CFU產黑色素普雷沃菌生物量；5) 經口投與100 ug棲組織普雷沃菌衍生之EV；6) 經口投與100 ug產黑色素普雷沃菌衍生之EV；及7) i.p.投與地塞米松(陽性對照)。就EV而言，總蛋白質係使用遵循製造商之使用說明進行之Bio-rad分析(Cat# 5000205)進行量測。在用10 ug KLH (10 ul體積)激發後之24及48小時，接受棲組織普雷沃菌(活細胞)或棲組織普雷沃菌衍生之EV之組均顯示比媒劑組更少之炎症(圖8A及8B)。在用10 ug KLH (10 ul體積)激發後之24及48小時，接受產黑色素普雷沃菌衍生之EV之組顯示比媒劑組及接受產黑色素普雷沃菌(活細胞)之組更少之炎症(圖8A及8B)。

製備測試調配物以用於基於KLH之遲髮型超敏反應模型。DTH模型提供活體內機制以研究細胞介導之免疫反應，並在曝露於小鼠已經致敏之特異性抗原後，引起炎症。已使用DTH模型之幾種變化且其等為此項技術中熟知(Irving C. Allen (編). Mouse models of Innate Immunity: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology.，第1031卷，DOI 10.1007/978-1-62703-481-4_13, Springer Science + Business Media, LLC 2013)。例如，匙孔血藍蛋白(KLH)及完全弗氏佐劑(CFA)之乳化液係在免疫當天(第0天)新鮮製備。為此，將8 mg KLH粉末稱重並完全重懸浮於16 mL生理鹽水中。乳化液係藉由使用注射器及魯爾鎖連接器(luer lock connector)混合KLH/生理鹽水及等體積之CFA溶液(例如，10 mL KLH/生理鹽水+ 10 mL CFA溶液)進行製備。將KLH及CFA用力混合幾分鐘以形成白色乳化液以獲得最大穩定性。進行滴落測試以檢查是否獲得均質乳化液，繼續混合直至在水中可見完整液滴。

在第0天，C57Bl/6J雌性小鼠(約7週齡)係用含於CFA中之KLH抗原藉由皮下免疫(4個位置，每個位置50 μL)引發。

地塞米松(皮質類固醇)係已知抗炎劑，其改善小鼠中之DTH反應，並充當陽性對照用於在此模型中抑制炎症(Taube及Carlsten，Action of dexamethasone in the suppression of delayed-type hypersensitivity in reconstituted SCID mice. Inflamm Res. 2000. 49(10): 548-52)。就陽性對照組而言，在第0天藉由將6.8 mg地塞米松稀釋於400 μL 96%乙醇中製備17 mg/mL地塞米松之儲備溶液。就給藥之每天而言，藉由將儲備溶液100x稀釋於無菌PBS中以在隔膜小瓶中獲得0.17 mg/mL之最終濃度製備用於腹膜內給藥的工作溶液。經地塞米松治療之小鼠i.p.接受100 μL地塞米松(5 mL/kg之0.17 mg/mL溶液)。冷凍蔗糖充當陰性對照(媒劑)。韋榮球菌菌株係以1x10¹⁰ CFU p.o.每天給藥。地塞米松(陽性對照)、媒劑(陰性對照)及動物乳酸雙歧桿菌(10 mg粉末)係每天給藥。

在第8天，用含於生理鹽水(以10 μL之體積)中之10 μg KLH皮內(i.d.)激發小鼠的左耳。炎症反應係使用此項技術中已知的方法進行量測。耳廓厚度係在抗原激發後之24小時進行量測(圖11)。如由耳厚度確定，相較於單獨接受媒劑之小鼠(堪比地塞米松治療)，韋榮球菌菌株係有效抑制炎症。

韋榮球菌菌株之效力可使用不同時序及不同劑量進行進一步研究。例如，使用韋榮球菌細菌組合物之治療可在某一時間點(在引發之時間附近或在DTH激發之時間附近)下開始。例如，韋榮球菌(每隻小鼠每天1x10⁹ CFU)可在皮下注射(第0天)的同時投與，或在皮內注射之前或在皮內注射後投與。韋榮球菌菌株可在不同劑量下及在規定時間間隔下投與，且以各種組合。例如，對一些小鼠以每隻小鼠1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞之範圍靜脈內注射韋榮球菌。一些小鼠接受菌株之混合物。雖然一些小鼠將通過i.v.注射接受韋榮球菌，但另一些小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼、局部投與、皮內(i.d.)注射或其他投與方式接受韋榮球菌。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受韋榮球菌，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受韋榮球菌。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。

一些組的小鼠可在各種時間點下及在有效劑量下，用抗炎劑(例如，抗CD154 (TNF家族之成員之阻滯劑)或其他治療)，及/或適當之對照(例如，媒劑或對照抗體)進行處理。

在各種時間點下，採集血清樣本。將其他組之小鼠處死且可移除淋巴結、脾臟、腸系膜淋巴結(MLN)、小腸、結腸及其他組織以使用此項技術中已知的方法進行組織學研究、離體組織學、細胞介素及/或流式細胞術分析。一些小鼠係在O₂ /CO₂ 麻醉下自眼血管叢抽血並進行ELISA分析。

組織可使用解離酶根據製造商之使用說明進行解離。染色細胞以藉由流式細胞術使用此項技術中已知的技術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/髓樣標誌物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，亦分析血清細胞介素，其等包括(但不限於) TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或離體獲得之經純化之CD45+浸潤之免疫細胞進行細胞介素分析。最後，對各種組織切片進行免疫組織化學以量測T細胞、巨噬細胞、樹突細胞及查核點分子蛋白表現。

如上文描述，小鼠係用KLH引發並激發，且在48小時時之耳腫脹之量測後，處死小鼠。

自經處死之小鼠移除耳朵並放置於冷無EDTA之蛋白酶抑制劑混合物(Roche)中。使用珠破壞將耳朵均質化並藉由Luminex套組(EMD Millipore)遵循製造商之使用說明分析上清液中的IL-1β。經10 μg棲組織普雷沃菌EV (i.p.)處理之小鼠顯示堪比地塞米松組(陽性對照)中可見之IL-1β濃度。(圖3D)。棲組織普雷沃菌衍生之EV可抑制促炎症細胞介素。

另外，頸部淋巴結係通過細胞過濾器解離，清洗，並針對FoxP3 (PE-FJK-16s)及CD25 (FITC-PC61.5)使用此項技術中已知的方法進行染色(圖3E)。相對於天然小鼠(陰性對照)，經10 μg棲組織普雷沃菌EV (i.p.)處理之小鼠顯示頸部淋巴結中Treg之增加，且堪比地塞米松組(陽性對照)。棲組織普雷沃菌衍生之EV可誘導Treg進入受激發之小鼠之引流淋巴結中。

為檢查DTH保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可用激發性抗原(例如，OVA)再激發。分析小鼠對DTH及反應嚴重程度之易感性。實例 20 ： 1 型糖尿病 (T1D) 之小鼠模型中之 EV

1型糖尿病(T1D)係一種自體免疫性疾病，其中免疫系統靶向胰臟之胰島，藉此破壞身體產生胰島素之能力。

存在T1D之動物模型之各種模型，如由Belle等人，(Mouse models for type 1 diabetes. Drug Discov Today Dis Models. 2009；6(2): 41-45；亦參見Aileen JF King. The use of animal models in diabetes research. Br J Pharmacol. 2012 Jun；166(3): 877-894檢視。存在用於化學誘導之T1D、病原體誘導之T1D之模型及其中小鼠自發發展T1D之模型。

測試EV (單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加其他抗炎治療)在T1D之小鼠模型中之效力。

取決於T1D誘導之方法及/或T1D發展是否係自發性的，EV治療係在一些時間點(在誘導之時間附近或在誘導後，或在自發出現T1D發作之前(或發作後))下開始。EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50或100 mg之EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組的小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。

一些組的小鼠可在各種時間點下及在有效劑量下，用額外之治療及/或適當之對照(例如，媒劑或對照抗體)進行處理。

血糖係在實驗開始前兩週一次進行監測。在此後的各種時間點下，量測非空腹血糖。在各種時間點下，將小鼠處死且可移除胰臟、淋巴結或其他組織以使用此項技術中已知的方法進行離體組織學、細胞介素及/或流式細胞術分析。例如，組織係使用解離酶根據製造商之使用說明進行解離。染色細胞以藉由流式細胞術使用此項技術中已知的技術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/髓樣標誌物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，亦分析血清細胞介素，其等包括(但不限於)TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或離體獲得之經純化之組織-浸潤性免疫細胞進行細胞介素分析。最後，對各種組織切片進行免疫組織化學以量測T細胞、巨噬細胞、樹突細胞及查核點分子蛋白表現。抗體產生亦可藉由ELISA進行評估。

為檢查疾病保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可用疾病觸發物再激發，或針對復發之易感性進行評估。分析小鼠在再激發(或自發出現復發)對糖尿病發作及嚴重程度之易感性。實例 21 ： 原發性硬化性膽管炎 (PSC) 之小鼠模型中之 EV

原發性硬化性膽管炎(PSC)係緩慢損害膽管並導致末期肝硬化之慢性肝疾病。其係與發炎腸病(IBD)相關聯。

存在用於PSC之各種動物模型，如由Fickert等人，(Characterization of animal models for primary sclerosing cholangitis (PSC). J Hepatol. 2014 Jun. 60(6): 1290-1303；亦參見Pollheimer及Fickert. Animal models in primary biliary cirrhosis and primary sclerosing cholangitis. Clin Rev Allergy Immunol. 2015 Jun. 48(2-3): 207-17)檢視。PSC模型中疾病之誘導包括化學誘導(例如，3,5-二乙氧基羰基-1,4-二氫可力丁(DDC)誘導之膽管炎)、病原體誘導(例如，小球隱孢子蟲)、實驗性膽管梗阻(例如，膽總管結紮術(CBDL))及抗原驅動之膽管損傷之轉基因小鼠模型(例如，Ova-Bil轉基因小鼠)。例如，膽管結紮術係如由Georgiev等人，(Characterization of time-related changes after experimental bile duct ligation. Br J Surg. 2008. 95(5): 646-56)描述進行，或疾病係藉由DCC曝露如由Fickert等人，(A new xenobiotic-induced mouse model of sclerosing cholangitis and biliary fibrosis. Am J Path.，第171(2): 525-536卷描述誘導。

測試EV (單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加一些其他治療劑)在PSC之小鼠模型中之效力。 DCC誘導之膽管炎

例如，6至8週齡C57Bl/6小鼠係獲得自Taconic或其他供應商。給小鼠餵食0.1% DCC補充飲食，持續各種持續時間。一些組接受DCC補充食物，歷時1週，其他歷時4週，其他歷時8週。一些組的小鼠可在一段時間內接受DCC補充飲食及然後容許恢復，此後接受正常飲食。可研究此等小鼠自疾病恢復之能力及/或其等一經後續曝露於DCC則復發之易感性。EV治療係在一些時間點(在DCC餵養之時間附近或在開始曝露於DCC之後)下開始。例如，EV可在第1天投與，或其等可在此後之某一時刻投與。EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50、100 mg之EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過i.p.注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組的小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取，及投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射或鼻途徑投與。一些組的小鼠可在各種時間點下及在有效劑量下，用額外之藥劑及/或適當之對照(例如，媒劑或抗體)進行處理。

另外，一些小鼠在治療前用抗生素處理。例如，將萬古黴素(0.5 g/L)、安比西林(1.0 g/L)、慶大黴素(1.0 g/L)及兩性黴素B (0.2 g/L)添加至飲用水，並在治療時或治療前幾天停止抗生素治療。一些免疫小鼠係經治療而不接受抗生素。在各種時間點下，分析血清樣本中的ALT、AP、膽紅素及血清膽汁酸(BA)濃度。

在各種時間點下，將小鼠處死，記錄體重及肝重量，且移除發炎之位置(例如，肝、小腸及大腸、脾臟)、淋巴結或其他組織以使用此項技術中已知的方法進行離體組織形態學表徵、細胞介素及/或流式細胞術分析(參見，Fickert等人，Characterization of animal models for primary sclerosing cholangitis (PSC)). J Hepatol. 2014. 60(6): 1290-1303)。例如，染色膽管以表現ICAM-1、VCAM-1、MadCAM-1。一些組織係經染色用於組織學檢查，而其他組織係使用解離酶根據製造商之使用說明進行解離。染色細胞以藉由流式細胞術使用此項技術中已知的技術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/髓樣標誌物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)，及黏附分子表現(ICAM-1、VCAM-1、MadCAM-1)。除免疫表型分型外，亦分析血清細胞介素，其等包括(但不限於) TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或離體獲得之經純化之CD45+膽管-浸潤之免疫細胞進行細胞介素分析。

製備肝組織以用於組織學分析，例如，使用天狼星紅染色，接著對纖維化區域定量。在治療結束時，收集血液用於肝酶(例如，AST或ALT)之血漿分析，及用以測定膽紅素濃度。羥脯胺酸之肝含量可使用預定方案進行量測。炎症及纖維化標誌物之肝基因表現分析可藉由qRT-PCR使用經驗證之引子進行。此等標誌物可包括(但不限於) MCP-1、α-SMA、Coll1a1及TIMP-。血漿、組織及糞便樣本中的代謝物量測可使用預定代謝組學方法進行。最後，對肝切片進行免疫組織化學以量測中性粒細胞、T細胞、巨噬細胞、樹突細胞或其他免疫細胞浸潤物。

為檢查疾病保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可稍後用DCC再激發。分析小鼠在再激發後對膽管炎及膽管炎嚴重程度之易感性。 BDL誘導之膽管炎

或者，測試EV在BDL誘導之膽管炎中之效力。例如，6至8週齡C57Bl/6J小鼠係獲得自Taconic或其他供應商。在適應期後，使該等小鼠經受手術程序以進行膽管結紮術(BDL)。一些對照動物接受假手術。BDL程序在7至21天內導致肝損傷、炎症及纖維化。

EV治療係在一些時間點(在手術之時間附近或在手術後之某一時刻)下開始。EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50或100 mg之EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過i.p.注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼或其他投與方式接受EV。一些小鼠每天(例如，起始自第1天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組的小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。其等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取，及投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射或鼻途徑投與。一些組的小鼠可在各種時間點下及在有效劑量下，用額外之藥劑及/或適當之對照(例如，媒劑或抗體)進行處理。

製備肝組織以用於組織學分析，例如，使用天狼星紅染色，接著對纖維化區域定量。在治療結束時，收集血液用於肝酶(例如，AST或ALT)之血漿分析，及用以測定膽紅素濃度。羥脯胺酸之肝含量可使用預定方案量測。炎症及纖維化標誌物之肝基因表現分析可藉由qRT-PCR使用經驗證之引子進行。此等標誌物可包括(但不限於) MCP-1、α-SMA、Coll1a1及TIMP-。血漿、組織及糞便樣本中的代謝物量測可使用預定代謝組學方法進行。最後，對肝切片進行免疫組織化學以量測中性粒細胞、T細胞、巨噬細胞、樹突細胞或其他免疫細胞浸潤物。

為檢查疾病保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可針對恢復進行分析。實例 22 ：非酒精性脂肪性肝炎 (NASH) 之小鼠模型中之 EV

非酒精性脂肪性肝炎(NASH)係非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)之嚴重形式，其中肝脂肪(脂肪變性)及炎症之逐步發展導致肝損傷及肝細胞細胞死亡(鼓脹)。

存在NASH之各種動物模型，如由Ibrahim等人，(Animal models of nonalcoholic steatohepatitis: Eat, Delete, and Inflame. Dig Dis Sci. 2016 May. 61(5): 1325-1336；亦參見Lau等人，Animal models of non-alcoholic fatty liver disease: current perspectives and recent advances 2017 Jan. 241(1): 36-44)檢視。

測試EV (單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加另一治療劑)在NASH之小鼠模型中之效力。例如，將8至10週齡C57Bl/6J小鼠(獲得自Taconic (Germantown, NY)或其他供應商)放置於缺乏甲硫胺酸膽鹼(MCD)之飲食上，歷時4至8週之週期，在此期間NASH特徵發展，包括脂肪變性、炎症、鼓脹及纖維化。

測試棲組織普雷沃菌細菌細胞及棲組織普雷沃菌衍生之EV (單獨或彼此結合，以不同比例，添加或未添加另一治療劑)在NASH之小鼠模型中之效用力。例如，使8週齡C57Bl/6J小鼠(獲得自Charles River (France)或其他供應商)適應5天之週期，基於體重隨機分為10隻小鼠之組，並放置於缺乏甲硫胺酸膽鹼(MCD)之飲食上，例如來自Research Diets (USA)之A02082002B，歷時4週之週期，在此期間NASH特徵發展，包括脂肪變性、炎症、鼓脹及纖維化。給對照食物小鼠餵養正常食物飲食，例如，來自SDS Diets (UK)之RM1 (E) 801492。隨意提供對照食物、MCD飲食及水。

使用冷凍活棲組織普雷沃菌之治療係針對一些小鼠在MCD飲食之第1天開始並連續繼續28天。一些MCD飲食小鼠通過每天經口強飼100 ml含有1.47x10⁹ 個細菌細胞之懸浮液而經投與細菌細胞。對照食物及一些MCD飲食小鼠仍未經處理，而一些MCD飲食小鼠係經每天投與媒劑溶液，通過每天經口強飼，歷時28天。一些MCD飲食小鼠係經投與參照化合物及FXR促效劑、膽甾酸(OCA；陽性對照)，以30 mg/kg之劑量，通過每天經口強飼，歷時28天。在治療結束時(第28天)，將小鼠處死並移除肝、小腸、內腔內容物、血液及排洩物用於使用此項技術中已知的方法進行離體組織學、生物化學、分子或細胞介素及/或流式細胞術分析。例如，將0.5 cm³ 肝樣本儲存於福爾馬林中，歷時24小時，及然後在4℃下儲存於乙醇中，接著進行蘇木精/伊紅(H&E)及天狼星紅染色，及測定NASH活動分數(NAS)。組織學分析及評分係在Histalim (Montpelier, France)下以盲蔽方式進行。含有一個用H&E或天狼星紅染色之肝葉切片之載玻片係使用NanoZoomer數位化及使用NDP檢視器可視化，均來自Hamamatsu (Japan)。各切片係經個別地評估及評分。使用自Kleiner等人，(Design and validation of a histological scoring system for nonalcoholic fatty liver disease. Hepatology. 2005 Jun. 41(6): 1313-1321)調適之NAS評分系統以確定脂肪變性之程度(0至3分)、小葉炎症(0至3分)、肝細胞鼓脹(0至3分)及纖維化(0至4分)。個別小鼠NAS分數係藉由針對脂肪變性、炎症、鼓脹及纖維化之分數(0至13分)求和進行計算。另外，血漿AST及ALT之濃度係使用來自Horiba (USA)之Pentra 400儀器，根據製造商之使用說明進行測定。肝總膽固醇、三酸甘油酯、脂肪酸、丙胺酸胺基轉移酶及天冬胺酸胺基轉移酶之濃度亦係使用此項技術中已知的方法進行測定。

在接受MCD (NASH誘導之)飲食之小鼠中，相較於媒劑及非治療組(陰性對照)，經口投與之棲組織普雷沃菌係有效減少NAS分數(圖4)。棲組織普雷沃菌減少脂肪變性(圖5A)、炎症(圖5B及圖5C)及鼓脹(圖5D)，及肝總膽固醇(圖6)。在經治療之小鼠中，棲組織普雷沃菌亦減少纖維化分數(圖7A及圖7B)。

圖9A顯示在飼餵MCD飲食之小鼠中，棲組織普雷沃菌對肝游離脂肪酸之影響。圖9B顯示在飼餵MCD飲食之小鼠中，棲組織普雷沃菌對肝總膽固醇之影響。圖9C顯示在飼餵MCD飲食之小鼠中，棲組織普雷沃菌對肝甘油三酯之影響。圖9D顯示在飼餵MCD飲食之小鼠中，棲組織普雷沃菌及產黑色素普雷沃菌對丙胺酸胺基轉移酶之影響。圖9E顯示在飼餵MCD飲食之小鼠中，棲組織普雷沃菌及產黑色素普雷沃菌對天冬胺酸胺基轉移酶之影響。

在接受MCD (NASH誘導之)飲食之小鼠中，相較於媒劑及非治療組(陰性對照)，經口投與之棲組織普雷沃菌及產黑色素普雷沃菌係有效減少NAS分數(圖10A及10B)。

在其他研究中，炎症、纖維化、脂肪變性、ER壓力或氧化壓力標誌物之肝基因表現分析可藉由qRT-PCR使用經驗證之引子進行。此等標誌物可包括(但不限於) IL-1β、TNF-a、MCP-1、a-SMA、Coll1a1、CHOP及NRF2。

EV治療係在一些時間點(在飲食開始時，或在飲食開始後之某一時刻(例如，一週後))下開始。例如，EV可在開始MCD飲食的同一天投與。EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50或100 mg之EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途徑投與、經口強飼或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組的小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。

例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射或鼻途徑投與。一些組的小鼠可在各種時間點及有效劑量下，用額外之NASH治療劑(例如，FXR促效劑、PPAR促效劑、CCR2/5拮抗劑或其他治療)及/或適當之對照進行處理。

在各種時間點下及/或在治療結束時，將小鼠處死並可移除肝、腸、血液、排洩物或其他組織用於使用此項技術中已知的方法進行離體組織學、生物化學、分子或細胞介素及/或流式細胞術分析。例如，稱重並製備肝組織用於組織學分析，其可包含用H&E、天狼星紅染色，及測定NASH活動分數(NAS)。在各種時間點下，收集血液用於肝酶(例如，AST或ALT)之血漿分析，使用標準分析。另外，膽固醇、三酸甘油酯或脂肪酸之肝含量可使用預定方案進行量測。炎症、纖維化、脂肪變性、ER壓力或氧化壓力標誌物之肝基因表現分析可藉由qRT-PCR使用經驗證之引子進行。此等標誌物可包括(但不限於) IL-6、MCP-1、α-SMA、Coll1a1、CHOP及NRF2。血漿、組織及糞便樣本中的代謝物量測可使用預定之基於生物化學及質譜之代謝組學方法進行。分析血清細胞介素，其等包括(但不限於) TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或離體獲得之經純化之CD45+膽管-浸潤之免疫細胞進行細胞介素分析。最後，對肝或腸切片進行免疫組織化學以量測中性粒細胞、T細胞、巨噬細胞、樹突細胞或其他免疫細胞浸潤物。

為檢查疾病保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可針對恢復進行分析。實例 23 ：牛皮癬之小鼠模型中之 EV

牛皮癬係T細胞介導之慢性炎症皮膚疾病。所謂之「斑塊型」牛皮癬係牛皮癬之最常見形式且特徵係幹鱗、紅色斑塊、及皮膚因免疫細胞浸潤至真皮及表皮內而增厚。數種動物模型有助於瞭解此疾病，如由Gudjonsson等人，(Mouse models of psoriasis. J Invest Derm. 2007. 127: 1292-1308；亦參見van der Fits等人，Imiquimod-induced psoriasis -like skin inflammation in mice is mediated via the IL-23/IL-17 axis. J. Immunol. 2009 May 1. 182(9): 5836-45)檢視。

牛皮癬可於各種小鼠模型中誘導，包括彼等使用轉基因、敲除或異種移植模型，並局部施用咪喹莫特(IMQ)(一種TLR7/8配體) 模型。

測試EV(單獨或與完整細菌細胞組合，添加或未添加其他抗炎治療)在牛皮癬之小鼠模型中之效力。例如，6至8週齡C57Bl/6或Balb/c小鼠係獲得自Taconic (Germantown, NY)或其他供應商。將小鼠之背部及右耳剃光。各組小鼠接受每天62.5 mg局部劑量的市售IMQ乳膏(5%) (Aldara；3M Pharmaceuticals)。將該劑量施用至經剃毛之區域，歷時連續5或6天。每隔一定時間，對小鼠的紅斑、結垢及增厚按自0至4之標度進行評分，如由der Fits等人，(2009)描述。使用Mitutoyo千分尺監測小鼠的耳厚度。

EV治療係在一些時間點(在第一次施用IMQ之時間附近，或之後的某一時刻)下開始。例如，EV可在皮下注射(第0天)的同時投與，或其等可在施用之前或在施用後投與。EV係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與。例如，一些小鼠係以15、20或15 ug/小鼠靜脈內注射EV。其他小鼠可接受25、50或100 mg之EV/小鼠。雖然一些小鼠通過i.v.注射接受EV，但其他小鼠可通過腹膜內(i.p.)注射、鼻途徑投與、經口強飼、局部投與、皮內(i.d.)注射、皮下(s.c.)注射或其他投與方式接受EV。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受EV，而其他小鼠可在交替時間間隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受EV。額外組的小鼠可接受一定比率之細菌細胞與EV。該等細菌細胞可係活的、死的或弱的。該等細菌細胞可新鮮(或冷凍)獲取並投與，或其等可在投與前經輻射或熱滅活。

例如，一些組的小鼠可以與EV投與分開或組合之投與接受1x10⁴ 至5x10⁹ 個細菌細胞。如與EV一起投與，則細菌細胞投與可藉由投與途徑、劑量及給藥方案改變。此可包括經口強飼、i.v.注射、i.p.注射、i.d.注射、s.c.注射、局部投與或鼻途徑投與。

在各種時間點下，採集來自背部及耳朵皮膚之樣本用於使用此項技術中已知的方法進行冰凍切片染色分析。將其他組之小鼠處死且可移除淋巴結、脾臟、腸系膜淋巴結(MLN)、小腸、結腸及其他組織用以使用此項技術中已知的方法進行組織學研究、離體組織學、細胞介素及/或流式細胞術分析。一些組織可使用解離酶根據製造商之使用說明進行解離。冰凍切片樣本、組織樣本或離體獲得之細胞係經染色用於藉由流式細胞術使用此項技術中已知的技術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/髓樣標誌物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，亦分析血清細胞介素，其等包括(但不限於) TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或離體獲得之經純化之CD45+皮膚-浸潤之免疫細胞進行細胞介素分析。最後，對各種組織切片進行免疫組織化學以量測T細胞、巨噬細胞、樹突細胞及查核點分子蛋白表現。

為檢查牛皮癬保護之影響及壽命，一些小鼠不被處死而是可經研究以評估恢復，或其等可用IMQ再激發。分析經再激發之小鼠對牛皮癬及反應之嚴重程度之易感性。實例 24 ：製造條件

使用經富集之培養基以使細菌生長並製備細菌用於活體外及活體內用途。例如，培養基可含有糖、酵母提取物、基於植物之蛋白腖、緩衝液、鹽、微量元素、表面活性劑、消泡劑及維生素。複雜組分(諸如酵母提取物及蛋白腖)之組成可未經定義或經部分定義(包括胺基酸、糖等之近似濃度)。微生物代謝可取決於資源(諸如碳及氮)之可用性。可測試各種糖或其他碳源。或者，可製備培養基並使所選細菌生長，如由Saarela等人，J. Applied Microbiology. 2005. 99: 1330-1339顯示，該案以引用之方式併入本文中。發酵時間、冷凍保護劑及細胞濃縮物之中和對冷凍乾燥存活、儲存穩定性及無基於牛奶之成分所產生之所選細菌之酸及膽汁曝露之影響。

大規模地，對培養基進行滅菌。滅菌可藉由超高溫(UHT)處理。UHT處理係在極高溫度下進行較短之時間週期。UHT範圍可係自135至180℃。例如，可在135℃下將培養基滅菌10至30秒。

接種物可在燒瓶或較小生物反應器中進行製備並監測生長。例如，接種物尺寸可係在總生物反應器體積之約0.5與3%之間。取決於施用及材料之需求，生物反應器體積可係至少2 L、10 L、80 L、100 L、250 L、1000 L、2500 L、5000 L、10,000 L。

在接種之前，生物反應器係使用培養基在所需之pH、溫度及氧濃度下進行製備。培養基之初始pH可不同於製程設定點。pH壓力在低細胞濃度下可係不利的；初始pH可在pH 7.5與製程設定點之間。例如， pH可設定於4.5與8.0之間。在發酵期間，pH可通過使用氫氧化鈉、氫氧化鉀或氫氧化銨進行控制。溫度可控制在25℃至45℃之間，例如，在37℃下。厭氧條件係藉由在自約8 mg/L至0 mg/L之培養液中減小氧濃度產生。例如，可使用氮或氣體混合物(N2、CO2及H2)以建立厭氧條件。或者，不使用氣體且厭氧條件係藉由細胞自培養基消耗殘餘之氧建立。取決於菌株及接種物尺寸，生物反應器發酵時間可變化。例如，發酵時間可自約5小時至48小時變化。

自冷凍狀態恢復微生物可需具體考量。產生培養基可在解凍後對細胞產生壓力；可能需要特定解凍培養基以自始至終地自經解凍之材料開始菌種培養。出於增加菌種體積或維持微生物生長狀態之目的，種材料至新鮮培養基之轉移或傳代之動力學可受微生物之當前狀態(例如，指數生長、靜止生長、無壓力、受壓力)影響。

產生發酵器之接種可影響生長動力學及細胞活性。生物反應器系統之初始狀態必須經最佳化以促進成功且始終如一之產生。種培養物相對於總培養基之分率(例如，百分率)對生長動力學有顯著影響。範圍可係發酵器工作體積之1至5%。培養基之初始pH可不同於製程設定點。pH壓力在低細胞濃度下可係不利的；初始pH可在pH 7.5與製程設定點之間。在接種期間，攪動及氣體流入系統內可不同於製程設定點。在低細胞濃度下，物理及化學壓力因兩個條件而可係不利的。

處理條件及對照設定可影響微生物生長及細胞活性之動力學。處理條件之變化可改變膜組成、代謝物之產生、生長速率、細胞壓力等。用於生長之最佳化溫度範圍可隨菌株改變。該範圍可係20至40℃。用於細胞生長及下游活性表現之最佳pH可隨菌株改變。該範圍可係pH 5至8。溶解於培養基中之氣體可被細胞用於代謝。可能需要在整個過程期間調節O₂ 、CO₂ 及N₂ 濃度。營養素之可用性可改變細胞生長。當可獲得過量之營養素時，微生物可具有替代動力學。

微生物在發酵結束時及在獲取期間之狀態可影響細胞存活及活性。微生物可在獲取前不久進行預處理以更好地製備其等用於涉及分離及下游處理之物理及化學壓力。當自發酵器移除時，溫度之變化(通常減小至20至5℃)可減少細胞代謝、減緩生長(及/或死亡)及生理變化。離心濃度之有效性可受培養pH影響。pH上升1至2點可改善濃度之有效性但對細胞亦可係不利的。微生物可藉由增加鹽及/或糖在培養基中之濃度而在獲取前不久即受壓力。以此方式受壓力之細胞可在下游期間更好地在冷凍及凍乾中存活。

分離方法及技術可影響自培養基分離微生物之效率。固體可使用離心技術移除。離心濃度之有效性可受培養pH或由利用絮凝劑影響。pH上升1至2點可改善濃度之有效性但對細胞亦可係不利的。微生物可藉由增加鹽及/或糖在培養基中之濃度而在獲取前不久即受壓力。以此方式受壓力之細胞可在下游期間更好地在冷凍及凍乾中存活。另外，微生物亦可經由過濾進行分離。若細胞需過量之g分鐘以成功離心，則就純化而言，過濾優於離心技術。可在分離之前之後添加賦形劑。可添加賦形劑用於冷凍保護或用於在凍乾期間進行保護。賦形劑可包括(但不限於)蔗糖、海藻糖或乳糖，且此等可或者與緩衝液及抗氧化劑混合。在凍乾之前，將與賦形劑混合之細胞集結粒之液滴浸沒於液氮中。

獲取可藉由連續離心進行。產品可用各種賦形劑重懸浮至所需之最終濃度。可添加賦形劑用於冷凍保護或用於在凍乾期間進行保護。賦形劑可包括(但不限於)蔗糖、海藻糖或乳糖，且此等可或者與緩衝液及抗氧化劑混合。在凍乾之前，將與賦形劑混合之細胞集結粒之液滴浸沒於液氮中。

材料(包括活細菌)之凍乾以初級乾燥開始。在初級乾燥階段期間，將冰移除。此處，產生真空並將適當量之熱量施用至材料用於使冰升華。在第二次乾燥階段期間，將結合水分子之產物移除。此處，使溫度上升至高於初級乾燥階段中之溫度以打破已在水分子與產物材料之間形成的任何物理-化學相互作用。在此階段期間，可使壓力進一步降低以增強解吸附。在冷凍乾燥過程完成後，可用惰性氣體(諸如氮)填充腔室。產物可在乾燥條件下密封於冷凍乾燥器內，防止曝露於大氣水及污染物。實例 25 ：小鼠 黑色素瘤模型

雌性6至8週齡C57Bl/6小鼠係獲得自Taconic (Germantown, NY)。將100,000個B16-F10 (ATCC CRL-6475)腫瘤細胞重懸浮於含有50% Matrigel之無菌PBS中，並以100 ul最終體積接種於各小鼠之一個後脅腹(第一脅腹)內。使用韋榮球菌菌株之治療係在腫瘤細胞接種後之某一時刻在不同劑量下及在規定時間間隔下開始。例如，一些小鼠接受每個劑量1-5x10^9 CFU (100 μl最終體積)。可能之投與途徑包括經口強飼(p.o.)、靜脈內注射、瘤內注射(IT)或腫瘤周圍或腫瘤下或皮下注射。為評估韋榮球菌治療之全身性抗腫瘤效應，在用韋榮球菌於第一脅腹中之IT、腫瘤周圍或腫瘤下治療之前，可對額外小鼠之對側(未治療，第二)脅腹接種腫瘤細胞。

一些小鼠可在第1天(腫瘤細胞注射後之第二天)接受韋榮球菌(p.o.)。其他小鼠可接受七(7)次連續劑量之細菌菌株(在第14至21天，每天一個劑量)。其他小鼠接受每日給藥，或者，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在規定時間點下(例如，在第13天)或當腫瘤達成一定尺寸(例如，100 mm³ )時，將小鼠隨機分為各種治療組及因此然後開始治療。例如，當腫瘤體積達成平均100 mm³ (腫瘤細胞接種約10至12天)時，將動物分佈於組中並用媒劑或細菌菌株進行處理(p.o.或IT)。一些額外組的小鼠可用額外之癌症治療劑或適當之對照抗體進行處理。可投與之癌症治療劑之一項實例係免疫查核點之抑制劑，例如，抗PD-1、抗PD-L1或阻斷免疫查核點結合至其配體之其他治療。可將查核點抑制劑(抗PD-1及抗PD-L1)調配於PBS中並以有效劑量腹膜內(i.p.)投與。例如，起始自第1天，每隔四天對小鼠給予100 ug抗PD-1 (i.p.)，並繼續研究之持續時間。

另外，一些小鼠在治療前用抗生素處理。例如，將萬古黴素(0.5 g/L)、安比西林(1.0 g/L)、慶大黴素(1.0 g/L)及兩性黴素B (0.2 g/L)添加至飲用水，並在治療時或治療前幾天停止抗生素治療。一些小鼠在未接受抗生素治療之前經接種腫瘤細胞。

在各種時間點下，將小鼠處死且可移除腫瘤、淋巴結或其他組織以使用此項技術中已知的方法進行離體流式細胞術分析。例如，腫瘤係使用Miltenyi腫瘤解離酶混合物根據製造商之使用說明進行解離。記錄腫瘤重量並將腫瘤切碎，及然後放置於含有酶混合物之15 ml管中並放置在冰上。然後在37℃下將樣本放置於輕柔振盪器上振盪45分鐘並用多達15 ml完全RPMI中止。各細胞懸浮液係通過70 μm過濾器濾入50 ml falcon管內並在1000 rpm下離心10分鐘。將細胞重懸浮於FACS緩衝液中並清洗以移除殘餘之殘渣。視需要，使樣本通過第二70 μm過濾器再次濾入新管內。染色細胞以藉由流式細胞術使用此項技術中已知的技術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/髓樣標誌物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1)。除免疫表型分型外，亦分析血清細胞介素，其等包括(但不限於) TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織之免疫細胞，及/或在離體獲得之經純化之CD45+腫瘤-浸潤之免疫細胞進行細胞介素分析。最後，對腫瘤切片進行免疫組織化學以量測T細胞、巨噬細胞、樹突細胞及查核點分子蛋白表現。

一些小鼠不被處死而是可用再挑戰腫瘤細胞注射於對側脅腹(或其他區域)內再激發以確定免疫系統記憶反應對腫瘤生長之影響。

在接受MCD (NASH誘導之)飲食之小鼠中，相較於媒劑及非治療組(陰性對照)，經口投與之韋榮球菌係有效減少NAS分數(圖16)。韋榮球菌在經治療之小鼠中減少纖維化分數(圖17)。韋榮球菌減少肝總膽固醇(圖18)及肝三酸甘油酯(圖19)。實例 26 ： 結腸直腸癌模型

雌性6至8週齡Balb/c小鼠係獲得自Taconic (Germantown, NY)。將100,000個CT-26結腸直腸腫瘤細胞(ATCC CRL-2638)重懸浮於無菌PBS中並在50% Matrigel之存在下接種。將CT-26腫瘤細胞皮下注射至各小鼠之後脅腹內。當腫瘤體積達成平均100 mm³ (腫瘤細胞接種後約10至12天)時，將動物分佈於下列組中：1)媒劑；2)韋榮球菌菌株；3)抗PD-1抗體。起始自第1天，每隔四天，以200 µg/小鼠(100 µl最終體積)腹膜內(i.p.)投與抗體，投與總計3次(Q4Dx3)，及起始自第1天，每隔三天，靜脈內(i.v.)注射韋榮球菌EV (5 µg)，投與總計4次(Q3Dx4)。兩個韋榮球菌組均顯示比抗PD-1組中可見之腫瘤生長抑制更大之腫瘤生長抑制(圖12及13)。

另一項實例，當腫瘤體積達成平均100 mm³ (腫瘤細胞接種後約10至12天)時，將動物分佈於下列組中：1)媒劑；2)假性鼻疽伯克霍爾德菌；及3)抗PD-1抗體。起始自第1天，每隔四天，以200 µg/小鼠(100 µl最終體積)腹膜內(i.p.)投與抗體，及起始自第1天直至研究結束，靜脈內(i.v.)每天注射假性鼻疽伯克霍爾德菌EV (5 µg)。假性鼻疽伯克霍爾德菌組顯示比抗PD-1組中可見之腫瘤生長抑制更大之腫瘤生長抑制(圖20及21)。

另一項實例，當腫瘤體積達成平均100 mm³ (腫瘤細胞接種後約10至12天)時，將動物分佈於下列組中：1)媒劑；2)分離自Bexsero®疫苗之腦膜炎奈瑟菌EV；及3)抗PD-1抗體。起始自第1天，每隔四天，以200 µg/小鼠(100 µl最終體積)腹膜內(i.p.)投與抗體，及起始自第1天直至研究結束，腹膜內(i.p.)每天投與腦膜炎奈瑟菌細菌(約1.1x10² )。腦膜炎奈瑟菌組顯示比抗PD-1組中可見之腫瘤生長抑制更大之腫瘤生長抑制(圖22及23)。表4：在第11天比較治療組相對於對照組中之腫瘤體積之顯著性檢驗。在GraphPad中計算T檢驗(兩尾，未配對，經韋爾奇校正)。實例 27 ： EV 之效力基於源微生物、劑量及投與途徑而改變

雌性6至8週齡Balb/c小鼠係獲得自Taconic (Germantown, NY)。將100,000個CT-26結腸直腸腫瘤細胞(ATCC CRL-2638)重懸浮於無菌PBS中並在50% Matrigel之存在下接種。CT-26腫瘤細胞係經皮下注射至各小鼠之後脅腹內。當腫瘤體積達成平均100 mm³ (腫瘤細胞接種後約10至12天)時，將動物分佈於如表5中突出顯示之下列組中。表 5 ：治療組

如表中所示，起始自第1天，每隔四天，以200 µg/小鼠(100 µl最終體積)腹膜內(i.p.)投與抗體，投與總計3次(Q4Dx3)及起始自第1天，每隔三天，靜脈內(i.v.)注射EV，投與總計4次(Q3Dx4)。藉由口腔(p.o.)投與之治療組係每天投與(QD)。韋榮球菌EV之效力係基於源微生物、劑量及投與途徑而改變(圖14及15)。併入本文中之參考文獻

本文提及之所有公開案、專利申請案係以全文引用之方式併入本文中，該引用之程度就如同各個別之公開案或專利申請案明確地及個別地以引用之方式併入本文中。在有矛盾之情況下，以本申請案(包括本文之任何定義)為準。等效物

彼等熟習此項技術者將知曉本文描述之本發明之特定實施例之許多等效物或可使用不超出例行實驗確定本文描述之本發明之特定實施例之許多等效物。此等等效物意欲包含於下列申請專利範圍中。

圖1顯示在小鼠結腸直腸癌模型中，靜脈內投與馬賽布勞特氏菌(Blautia massiliensis )之效力與腹膜內(i.p.)投與抗PD-1之效力之比較。

圖2顯示在小鼠結腸直腸癌模型中，藉由靜脈內投與馬賽布勞特氏菌之腫瘤生長(以體積計)之抑制與腹膜內(i.p.)投與抗PD-1之腫瘤生長(以體積計)之抑制之比較。

圖3A顯示在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，經口或腹膜內投與之棲組織普雷沃菌(Prevotella histicola )及棲組織普雷沃菌(P. histicola )衍生之EV在抗原激發後24小時減少抗原特異性耳腫脹(耳厚度)之效力。效力在經口及腹膜內投與組中均可見。

圖3B顯示在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，經口或腹膜內投與之棲組織普雷沃菌及棲組織普雷沃菌衍生之EV在抗原激發後48小時減少抗原特異性耳腫脹(耳厚度)之效力。

圖3C顯示在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，經腹膜內投與之棲組織普雷沃菌衍生之EV在指定劑量(10 µg、3 µg、1 µg及0.1 µg)下在抗原激發後48小時減少抗原特異性耳腫脹(耳厚度)之效力。

圖3D顯示在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，腹膜內投與之棲組織普雷沃菌衍生之EV在抗原激發後48小時減少IL-1β之表現之能力。

圖3E顯示在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，腹膜內投與之棲組織普雷沃菌衍生之EV在抗原激發後48小時增加Treg於頸部淋巴結中之積聚之能力。

圖4顯示棲組織普雷沃菌在接受誘導NASH症狀之缺乏甲硫胺酸膽鹼(MCD)之飲食之小鼠中有效降低NASH活動分數(NAS)。

圖5A顯示棲組織普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中減少脂肪變性。

圖5B及圖5C顯示棲組織普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中減少炎症。

圖5D顯示棲組織普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中減少鼓脹。

圖6顯示棲組織普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中減少肝總膽固醇。

圖7A及圖7B顯示棲組織普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中減少纖維化分數。

圖8A顯示在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，投與棲組織普雷沃菌、產黑色素普雷沃菌(P. melanogenica )、棲組織普雷沃菌衍生之EV、產黑色素普雷沃菌衍生之EV在抗原激發後24小時減少抗原特異性耳腫脹(耳厚度)之效力。產黑色素普雷沃菌衍生之EV比產黑色素普雷沃菌更有效。

圖8B顯示在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，投與棲組織普雷沃菌、產黑色素普雷沃菌、棲組織普雷沃菌衍生之EV、產黑色素普雷沃菌衍生之EV在抗原激發後48小時減少抗原特異性耳腫脹(耳厚度)之效力。產黑色素普雷沃菌衍生之EV比產黑色素普雷沃菌更有效。

圖9A顯示棲組織普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中對肝游離脂肪酸之影響。

圖9B顯示棲組織普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中對肝總膽固醇之影響。

圖9C顯示棲組織普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中對肝三酸甘油酯之影響。

圖9D顯示棲組織普雷沃菌及產黑色素普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中對丙胺酸胺基轉移酶之影響。

圖9E顯示棲組織普雷沃菌及產黑色素普雷沃菌在飼餵MCD飲食之小鼠中對天冬胺酸胺基轉移酶之影響。

圖10A顯示棲組織普雷沃菌在接受誘導NASH症狀之缺乏甲硫胺酸膽鹼(MCD)之飲食之小鼠中有效降低NASH活動分數(NAS)。

圖10B顯示棲組織普雷沃菌、產黑色素普雷沃菌、棲組織普雷沃菌與OCD之組合在接受誘導NASH症狀之缺乏甲硫胺酸膽鹼(MCD)之飲食之小鼠中降低NASH活動分數(NAS)。

圖11顯示在基於KLH之遲發型超敏反應小鼠模型中，經口投與之當別町範永氏球菌(Veillonella tobetsuensis )及小範永氏球菌(Veillonella parvula )菌株在24小時減少抗原特異性耳腫脹(耳厚度)之效力與媒劑(陰性對照)、抗炎地塞米松(陽性對照)及動物乳酸雙歧桿菌(Bifidobacterium animalis lactis)之比較。

圖12顯示在小鼠結腸直腸癌模型中，來自兩個當別町範永氏球菌及小範永氏球菌菌株之EV之效力與經腹膜內注射(i.p.)之抗PD-1或媒劑之比較。

圖13顯示在小鼠結腸直腸癌模型中的第11天，來自當別町範永氏球菌及小範永氏球菌菌株之EV之效力與經腹膜內注射(i.p.)之抗PD-1或媒劑之比較。

圖14顯示在小鼠結腸直腸癌模型中，來自當別町範永氏球菌及小範永氏球菌菌株之EV之劑量及投與途徑依賴性效力與經腹膜內注射(i.p.)之抗PD-1或媒劑之比較。

圖15顯示在小鼠結腸直腸癌模型中的第11天，，來自當別町範永氏球菌及小範永氏球菌菌株之EV之劑量及投與途徑依賴性效力與經腹膜內注射(i.p.)之抗PD-1或媒劑之比較。

圖16顯示小範永氏球菌在接受誘導NASH症狀之缺乏甲硫胺酸膽鹼(MCD)之飲食之小鼠中有效降低NASH活動分數(NAS)。

圖17顯示小範永氏球菌在飼餵MCD飲食之小鼠中減少纖維化。

圖18顯示小範永氏球菌在飼餵MCD飲食之小鼠中減少肝總膽固醇。

圖19顯示小範永氏球菌在飼餵MCD飲食之小鼠中減少肝三酸甘油酯。

圖20顯示在小鼠結腸直腸癌模型中，假性鼻疽伯克霍爾德菌(Burkholderia pseudomallei ) EV之效力與經靜脈內(i.v.)投與之抗PD-1或媒劑之比較。

圖21顯示在小鼠結腸直腸癌模型中的第11天，假性鼻疽伯克霍爾德菌EV之效力與經靜脈內(i.v.)投與之抗PD-1或媒劑之比較。**在第11天，相較於媒劑對照組，在經假性鼻疽伯克霍爾德菌EV處理之組中之腫瘤體積之差異係非常明顯的，P值為0.0011，如藉由以GraphPad計算之T檢驗(兩尾，未配對，經韋爾奇校正)測定。

圖22顯示在小鼠結腸直腸癌模型中，腦膜炎奈瑟菌(Neisseria Meningitidis ) EV之效力與經腹膜內(i.p.)投與之抗PD-1或媒劑之效力之比較。

圖23顯示在小鼠結腸直腸癌模型中的第11天，腦膜炎奈瑟菌EV之效力與經腹膜內(i.p.)投與之抗PD-1或媒劑之效力之比較。

Claims

一種醫藥組合物，其包含經分離之細菌胞外囊泡(EV)。
一種醫藥組合物，其包含細菌胞外囊泡(EV)及細菌。
如請求項2之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中至少、約或不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之總EV及細菌顆粒係EV。
如請求項2之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中至少、約或不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之總EV及細菌顆粒係細菌。
如請求項2之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中至少、約或不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之總EV及細菌蛋白係EV蛋白。
在一些實施例中，該醫藥組合物中至少、約或不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之總EV及細菌蛋白係細菌蛋白。
如請求項2之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中至少、約或不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之總EV及細菌脂質係EV脂質。
如請求項2之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中至少、約或不超過1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之總EV及細菌脂質係細菌脂質。
一種醫藥組合物，其包含分離自EV之細菌。
如請求項2至9中任一項之醫藥組合物，其中該組合物包含活細菌、被殺死之細菌或減毒細菌。
如請求項1至10中任一項之醫藥組合物，其中EV及/或細菌係來自以下：缺陷乏養菌(Abiotrophia defectiva )、副毗鄰乏養菌(Abiotrophia para_adiacens )、乏養菌屬口腔純系P4PA_155 P1 (Abiotrophia sp. oral clone P4PA_155 P1 )、延長厭氧醋菌(Acetanaerobacterium elongatum )、解纖維醋弧菌(Acetivibrio cellulolyticus )、產乙醇醋弧菌(Acetivibrio ethanolgignens )、醋化醋酸桿菌(Acetobacter aceti )、可可豆醋酸桿菌(Acetobacter fabarum )、羅旺醋酸桿菌(Acetobacter lovaniensis )、蘋果醋酸桿菌(Acetobacter malorum )、東方醋酸桿菌(Acetobacter orientalis )、巴氏醋酸桿菌(Acetobacter pasteurianus )、果實醋桿菌(Acetobacter pomorum )、蒲桃醋酸桿菌(Acetobacter syzygii )、熱帶醋酸桿菌(Acetobacter tropicalis )、醋酸桿菌科細菌AT_5844 (Acetobacteraceae bacterium AT_5844 )、萊氏無膽黴漿菌(Acholeplasma laidlawii )、反硝化無色桿菌(Achromobacter denitrificans )、皮氏無色桿菌(Achromobacter piechaudii )、木糖氧化無色桿菌(Achromobacter xylosoxidans )、發酵胺基酸球菌(Acidaminococcus fermentans )、腸胺基酸球菌(Acidaminococcus intestini )、胺基酸球菌屬D21 (Acidaminococcus sp. D21 )、食醣酸葉菌(Acidilobus saccharovorans )、食鐵嗜酸硫桿菌(Acidithiobacillus ferrivorans )、食酸菌屬98_63833 (Acidovorax sp. 98_63833 )、鮑曼氏不動桿菌(Acinetobacter baumannii )、乙酸鈣不動桿菌(Acinetobacter calcoaceticus )、不動桿菌複合群C1 (Acinetobacter genomosp. C1 )、溶血性不動桿菌(Acinetobacter haemolyticus )、約氏不動桿菌(Acinetobacter johnsonii )、瓊氏不動桿菌(Acinetobacter junii )、魯氏不動桿菌(Acinetobacter lwoffii )、小不動桿菌(Acinetobacter parvus )、抗輻射不動桿菌(Acinetobacter radioresistens )、申氏不動桿菌(Acinetobacter schindleri )、不動桿菌屬56A1 (Acinetobacter sp. 56A1 )、不動桿菌屬CIP 101934 (Acinetobacter sp. CIP 101934 )、不動桿菌屬CIP 102143 (Acinetobacter sp. CIP 102143 )、不動桿菌屬CIP 53.82 (Acinetobacter sp. CIP 53.82 )、不動桿菌屬M16_22 (Acinetobacter sp. M16_22 )、不動桿菌屬RUH2624 (Acinetobacter sp. RUH2624 )、不動桿菌屬SH024 (Acinetobacter sp. SH024 )、伴放線放線桿菌(Actinobacillus actinomycetemcomitans )、小放線桿菌(Actinobacillus minor )、胸膜肺炎放線桿菌(Actinobacillus pleuropneumoniae )、產琥珀酸放線桿菌(Actinobacillus succinogenes )、脲放線桿菌(Actinobacillus ureae )、馬西裡氏放線棒菌(Actinobaculum massiliae )、夏氏放線棒菌(Actinobaculum schaalii )、放線棒菌屬BM#101342 (Actinobaculum sp. BM#101342 )、放線棒菌屬P2P_19 P1 (Actinobaculum sp. P2P_19 P1 )、加地夫放線菌(Actinomyces cardiffensis )、歐洲放線菌(Actinomyces europaeus )、芬氏放線菌(Actinomyces funkei )、放線菌複合群C1 (Actinomyces genomosp. C1 )、放線菌複合群C2 (Actinomyces genomosp. C2 )、放線菌複合群P1口腔純系MB6_C03 (Actinomyces genomosp. P1 oral clone MB6_C03 )、喬氏放線菌(Actinomyces georgiae )、以色列放線菌(Actinomyces israelii )、馬賽放線菌(Actinomyces massiliensis )、邁耶放線菌(Actinomyces meyeri )、納士放線菌(Actinomyces naeslundii )、鼻放線菌(Actinomyces nasicola )、紐氏放線菌(Actinomyces neuii )、齲齒放線菌(Actinomyces odontolyticus )、山地放線菌(Actinomyces oricola )、人口腔放線菌(Actinomyces orihominis )、口腔放線菌(Actinomyces oris )、放線菌屬7400942 (Actinomyces sp. 7400942 )、放線菌屬c109 (Actinomyces sp. c109 )、放線菌屬CCUG 37290 (Actinomyces sp. CCUG 37290 )、放線菌屬ChDC B197 (Actinomyces sp. ChDC B197 )、放線菌屬GEJ15 (Actinomyces sp. GEJ15 )、放線菌屬HKU31 (Actinomyces sp. HKU31 )、放線菌屬ICM34 (Actinomyces sp. ICM34 )、放線菌屬ICM41 (Actinomyces sp. ICM41 )、放線菌屬ICM47 (Actinomyces sp. ICM47 )、放線菌屬ICM54 (Actinomyces sp. ICM54 )、放線菌屬M2231_94_1 (Actinomyces sp. M2231_94_1 )、放線菌屬口腔純系GU009 (Actinomyces sp. oral clone GU009 )、放線菌屬口腔純系GU067 (Actinomyces sp. oral clone GU067 )、放線菌屬口腔純系IO076 (Actinomyces sp. oral clone IO076 )、放線菌屬口腔純系IO077 (Actinomyces sp. oral clone IO077 )、放線菌屬口腔純系IP073 (Actinomyces sp. oral clone IP073 )、放線菌屬口腔純系IP081 (Actinomyces sp. oral clone IP081 )、放線菌屬口腔純系JA063 (Actinomyces sp. oral clone JA063 )、放線菌屬口腔分類群170 (Actinomyces sp. oral taxon 170 )、放線菌屬口腔分類群171 (Actinomyces sp. oral taxon 171 )、放線菌屬口腔分類群178 (Actinomyces sp. oral taxon 178 )、放線菌屬口腔分類群180 (Actinomyces sp. oral taxon 180 )、放線菌屬口腔分類群848 (Actinomyces sp. oral taxon 848 )、放線菌屬口腔分類群C55(Actinomyces sp. oral taxon C55) 、放線菌屬TeJ5(Actinomyces sp. TeJ5 )、泌尿生殖放線菌(Actinomyces urogenitalis )、黏性放線菌(Actinomyces viscosus )、產雌馬酚阿德勒氏菌(Adlercreutzia equolifaciens )、棲血氣球菌(Aerococcus sanguinicola )、脲氣球菌(Aerococcus urinae )、馬脲氣球菌(Aerococcus urinaeequi )、綠色氣球菌(Aerococcus viridans )、海洋氣微菌(Aeromicrobium marinum )、氣微菌屬JC14(Aeromicrobium sp. JC14 )、異常嗜醣氣單胞菌(Aeromonas allosaccharophila )、腸棕氣單胞菌(Aeromonas enteropelogenes )、嗜水氣單胞菌(Aeromonas hydrophila )、簡氏氣單胞菌(Aeromonas jandaei )、殺鮭氣單胞菌(Aeromonas salmonicida )、易損氣單胞菌(Aeromonas trota )、維羅氏氣單胞菌(Aeromonas veronii )、空腸普雷沃菌(Prevotella jejuni )、桔紅色普雷沃菌(Prevotella aurantiaca )、巴羅尼亞普雷沃菌(Prevotella baroniae )、科羅納普雷沃菌(Prevotella colorans )、人體普雷沃菌(Prevotella corporis )、齒狀普雷沃菌(Prevotella dentasini )、埃諾普雷沃菌(Prevotella enoeca )、福氏普雷沃菌(Prevotella falsenii )、深黑色普雷沃菌(Prevotella fusca )、解肝素普雷沃菌(Prevotella heparinolytica )、洛氏普雷沃菌(Prevotella loescheii )、食多糖普雷沃菌(Prevotella m u ltisaccharivorax )、南錫普雷沃菌(Prevotella nanceiensis )、米普雷沃菌(Prevotella oryzae )、帕拉迪普雷沃菌(Prevotella paludivivens )、胸膜炎普雷沃菌(Prevotella pleuritidis )、棲瘤胃普雷沃菌(Prevotella ruminicola )、解糖普雷沃菌(Prevotella saccharolytica )、靶心普雷沃菌(Prevotella scopos )、沙氏普雷沃菌(Prevotella shahii )、動膠普雷沃菌(Prevotella zoogleoformans )、阿菲波菌複合群4 (Afipia genomosp. 4 )、伴放線凝聚桿菌(Aggregatibacter actinomycetemcomitans )、嗜沫凝聚桿菌(Aggregatibacter aphrophilus )、惰性凝聚桿菌(Aggregatibacter segnis )、放射形土壤桿菌(Agrobacterium radiobacter )、根癌土壤桿菌(Agrobacterium tumefaciens )、耶納膿球菌(Agrococcus jenensis )、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(Akkermansia muciniphila )、糞產鹼桿菌(Alcaligenes faecalis )、產鹼桿菌屬CO14(Alcaligenes sp. CO14 )、產鹼桿菌屬S3(Alcaligenes sp. S3 )、酸熱脂環酸芽孢桿菌(Alicyclobacillus acidocaldarius )、酸土脂環酸芽孢桿菌(Alicyclobacillus acidoterrestris )、汙染脂環酸芽孢桿菌(Alicyclobacillus contaminans )、產環庚酸性脂環酸芽孢桿菌(Alicyclobacillus cycloheptanicus )、草脂環酸芽孢桿菌(Alicyclobacillus herbarius )、果實脂環酸芽孢桿菌(Alicyclobacillus pomorum )、脂環酸芽孢桿菌屬CCUG 53762(Alicyclobacillus sp. CCUG 53762 )、芬戈爾德氏另枝菌(Alistipes finegoldii )、不明顯另枝菌(Alistipes indistinctus )、奧登多克氏另枝菌(Alistipes onderdonkii )、腐敗另枝菌(Alistipes putredinis )、沙氏另枝菌(Alistipes shahii )、另枝菌屬HGB5 (Alistipes sp. HGB5 )、另枝菌屬JC50 (Alistipes sp. JC50 )、另枝菌屬RMA 9912 (Alistipes sp. RMA 9912 )、金屬還原嗜鹼菌(Alkaliphilus metalliredigenes )、奧倫蘭氏嗜鹼菌(Alkaliphilus oremlandii )、廣棲別樣斯卡多維氏菌(Alloscardovia omnicolens )、別樣斯卡多維氏菌屬OB7196 (Alloscardovia sp. OB7196 )、產氫厭氧菌(Anaerobaculum hydrogeniformans )、產琥珀酸厭氧螺菌(Anaerobiospirillum succiniciproducens )、托馬斯厭氧螺菌(Anaerobiospirillum thomasii )、氫化厭氧球菌(Anaerococcus hydrogenalis )、解乳厭氧球菌(Anaerococcus lactolyticus )、八疊厭氧球菌(Anaerococcus octavius )、普氏厭氧球菌(Anaerococcus prevotii )、厭氧球菌屬8404299(Anaerococcus sp. 8404299 )、厭氧球菌屬8405254 (Anaerococcus sp. 8405254 )、厭氧球菌屬9401487 (Anaerococcus sp. 9401487 )、厭氧球菌屬9403502 (Anaerococcus sp. 9403502 )、厭氧球菌屬gpac104 (Anaerococcus sp. gpac104 )、厭氧球菌屬gpac126 (Anaerococcus sp. gpac126 )、厭氧球菌屬gpac155 (Anaerococcus sp. gpac155 )、厭氧球菌屬gpac199 (Anaerococcus sp. gpac199 )、厭氧球菌屬gpac215 (Anaerococcus sp. gpac215 )、四聯厭氧球菌(Anaerococcus tetradius )、陰道厭氧球菌(Anaerococcus vaginalis)、人糞厭氧棒形菌(Anaerofustis stercorihominis )、孿生厭氧球形菌(Anaeroglobus geminatus )、運動厭氧孢桿菌(Anaerosporobacter mobilis )、糞厭氧棒狀菌(Anaerostipes caccae )、厭氧棒狀菌屬3_2_56FAA (Anaerostipes sp. 3_2_56FAA )、黑羅特克斯歐里何米尼斯菌(Anaerotruncus colihominis )、邊緣邊蟲(Anaplasma marginale )、嗜吞噬細胞邊蟲(Anaplasma phagocytophilum )、解硫胺素硫胺素芽孢桿菌(Aneurinibacillus aneurinilyticus )、米氏解硫胺素芽孢桿菌(Aneurinibacillus danicus )、米氏解硫胺素芽孢桿菌(Aneurinibacillus mig u lanus )、嗜熱嗜氣解硫胺素芽孢桿菌(Aneurinibacillus terranovensis )、嗜熱氣解硫胺素芽孢桿菌(Aneurinibacillus thermoaerophilus )、污染厭氧芽孢桿菌(Anoxybacillus contaminans )、黃色嗜熱厭氧芽孢桿菌(Anoxybacillus flavithermus )、溶血隱秘桿菌(Arcanobacterium haemolyticum )、化膿隱秘桿菌(Arcanobacterium pyogenes )、布氏弓形桿菌(Arcobacter butzleri )、嗜低溫弓形桿菌(Arcobacter cryaerophilus )、運動節桿菌(Arthrobacter agilis )、阿氏節桿菌(Arthrobacter arilaitensis )、貝熱爾氏節桿菌(Arthrobacter bergerei )、球形節桿菌(Arthrobacter globiformis )、煙草節桿菌(Arthrobacter nicotianae )、微小奇異菌(Atopobium minutum )、極小奇異菌(Atopobium parvulum )、齦裂奇異菌(Atopobium rimae )、奇異菌屬BS2 (Atopobium sp. BS2 )、奇異菌屬F0209 (Atopobium sp. F0209 )、奇異菌屬ICM42b10 (Atopobium sp. ICM42b10 )、奇異菌屬ICM57 (Atopobium sp. ICM57 )、陰道奇異菌(Atopobium vaginae )、殺珊瑚橙色單胞菌(Aurantimonas coralicida )、阿爾塔米拉洞橙色單胞菌(Aureimonas altamirensis )、Auritibacter ignavus 、達爾豪斯艾弗裡菌(Averyella dalhousiensis )、風化芽孢桿菌(Bacillus aeolius )、嗜氣芽孢桿菌(Bacillus aerophilus )、艾氏芽孢桿菌(Bacillus aestuarii )、嗜鹼芽孢桿菌(Bacillus alcalophilus )、解澱粉芽孢桿菌(Bacillus amyloliquefaciens )、炭疽芽孢桿菌(Bacillus anthracis )、萎縮芽孢桿菌(Bacillus atrophaeus )、栗褐芽孢桿菌(Bacillus badius )、蠟樣芽孢桿菌(Bacillus cereus )、環狀芽孢桿菌(Bacillus circulans )、克勞氏芽孢桿菌(Bacillus clausii )、凝結芽孢桿菌(Bacillus coagulans )、堅韌芽孢桿菌(Bacillus firmus )、彎曲芽孢桿菌(Bacillus flexus )、福氏芽孢桿菌(Bacillus fordii )、明膠芽孢桿菌(Bacillus gelatini )、鹽沼芽孢桿菌(Bacillus halmapalus )、耐鹽芽孢桿菌(Bacillus halodurans )、黑布施泰因芽孢桿菌(Bacillus herbersteinensis )、霍爾氏芽孢桿菌(Bacillus horti )、病研所芽孢桿菌(Bacillus idriensis )、遲緩芽孢桿菌(Bacillus lentus )、地衣芽孢桿菌(Bacillus licheniformis )、巨大芽孢桿菌(Bacillus megaterium )、尼氏芽孢桿菌(Bacillus nealsonii )、農研所芽孢桿菌(Bacillus niabensis )、菸酸芽孢桿菌(Bacillus niacini )、抱川芽孢桿菌(Bacillus pocheonensis )、短小芽孢桿菌(Bacillus pumilus )、沙福芽孢桿菌(Bacillus safensis )、單純芽孢桿菌(Bacillus simplex )、索諾氏芽孢桿菌(Bacillus sonorensis )、芽孢桿菌屬10403023 MM10403188 (Bacillus sp. 10403023 MM10403188 )、芽孢桿菌屬2_A_57_CT2 (Bacillus sp. 2_A_57_CT2 )、芽孢桿菌屬2008724126 (Bacillus sp. 2008724126 )、芽孢桿菌屬2008724139 (Bacillus sp. 2008724139 )、芽孢桿菌屬7_16AIA (Bacillus sp. 7_16AIA )、芽孢桿菌屬9_3AIA (Bacillus sp. 9_3AIA )、芽孢桿菌屬AP8 (Bacillus sp. AP8 )、芽孢桿菌屬B27(2008) (Bacillus sp. B27(2008) )、芽孢桿菌屬BT1B_CT2 (Bacillus sp. BT1B_CT2 )、芽孢桿菌屬GB1.1 (Bacillus sp. GB1.1 )、芽孢桿菌屬GB9 (Bacillus sp. GB9 )、芽孢桿菌屬HU19.1 (Bacillus sp. HU19.1 )、芽孢桿菌屬HU29 (Bacillus sp. HU29 )、芽孢桿菌屬HU33.1 (Bacillus sp. HU33.1 )、芽孢桿菌屬JC6 (Bacillus sp. JC6 )、芽孢桿菌屬口腔分類群F26 (Bacillus sp. oral taxon F26 )、芽孢桿菌屬口腔分類群F28 (Bacillus sp. oral taxon F28 )、芽孢桿菌屬口腔分類群F79 (Bacillus sp. oral taxon F79 )、芽孢桿菌屬SRC_DSF1 (Bacillus sp. SRC_DSF1 )、芽孢桿菌屬SRC_DSF10 (Bacillus sp. SRC_DSF10 )、芽孢桿菌屬SRC_DSF2 (Bacillus sp. SRC_DSF2 )、芽孢桿菌屬SRC_DSF6 (Bacillus sp. SRC_DSF6 )、芽孢桿菌屬tc09 (Bacillus sp. tc09 )、芽孢桿菌屬zh168 (Bacillus sp. zh168 )、球形芽孢桿菌(Bacillus sphaericus )、產孢芽孢桿菌(Bacillus sporothermodurans )、枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis )、嗜熱澱粉芽孢桿菌(Bacillus thermoamylovorans )、蘇雲金芽孢桿菌(Bacillus thuringiensis )、魏氏芽孢桿菌(Bacillus weihenstephanensis )、擬桿菌目細菌ph8 (Bacteroidales bacterium ph8 )、擬桿菌複合群P1 (Bacteroidales genomosp. P1 )、擬桿菌複合群P2口腔純系MB1_G13 (Bacteroidales genomosp. P2 oral clone MB1_G13 )、擬桿菌複合群P3口腔純系MB1_G34 (Bacteroidales genomosp. P3 oral clone MB1_G34 )、擬桿菌複合群P4口腔純系MB2_G17 (Bacteroidales genomosp. P4 oral clone MB2_G17 )、擬桿菌複合群P5口腔純系MB2_P04 (Bacteroidales genomosp. P5 oral clone MB2_P04 )、擬桿菌複合群P6口腔純系MB3_C19 (Bacteroidales genomosp. P6 oral clone MB3_C19 )、擬桿菌複合群P7口腔純系MB3_P19 (Bacteroidales genomosp. P7 oral clone MB3_P19 )、擬桿菌複合群P8口腔純系MB4_G15 (Bacteroidales genomosp. P8 oral clone MB4_G15 )、生酸擬桿菌(Bacteroides acidifaciens )、巴氏桿菌擬桿菌(Bacteroides barnesiae )、糞擬桿菌(Bacteroides caccae )、解纖維素擬桿菌(Bacteroides cellulosilyticus )、克拉氏擬桿菌(Bacteroides clarus )、凝固擬桿菌(Bacteroides coagulans )、糞居擬桿菌(Bacteroides coprocola )、嗜糞擬桿菌(Bacteroides coprophilus )、多裡氏擬桿菌(Bacteroides dorei )、埃氏擬桿菌(Bacteroides eggerthii )、糞便擬桿菌(Bacteroides faecis )、芬戈爾德氏擬桿菌(Bacteroides finegoldii )、曲黴擬桿菌(Bacteroides fluxus )、脆弱擬桿菌(Bacteroides fragilis )、半乳糖醛酸擬桿菌(Bacteroides galacturonicus )、潰瘍擬桿菌(Bacteroides helcogenes )、解肝素擬桿菌(Bacteroides heparinolyticus )、腸擬桿菌(Bacteroides intestinalis )、馬賽擬桿菌(Bacteroides massiliensis )、諾德擬桿菌(Bacteroides nordii )、Bacteroides oleiciplenus 、卵形擬桿菌(Bacteroides ovatus )、果膠擬桿菌(Bacteroides pectinophilus )、普通擬桿菌(Bacteroides plebeius )、化膿性擬桿菌(Bacteroides pyogenes )、Bacteroides salanitronis 、Bacteroides salyersiae 、擬桿菌屬1_1_14 (Bacteroides sp. 1_1_14 )、擬桿菌屬1_1_30 (Bacteroides sp. 1_1_30 )、擬桿菌屬1_1_6 (Bacteroides sp. 1_1_6 )、擬桿菌屬2_1_22 (Bacteroides sp. 2_1_22 )、擬桿菌屬2_1_56FAA (Bacteroides sp. 2_1_56FAA )、擬桿菌屬2_2_4 (Bacteroides sp. 2_2_4 )、擬桿菌屬20_3 (Bacteroides sp. 20_3 )、擬桿菌屬3_1_19 (Bacteroides sp. 3_1_19 )、擬桿菌屬3_1_23 (Bacteroides sp. 3_1_23 )、擬桿菌屬3_1_33FAA (Bacteroides sp. 3_1_33FAA )、擬桿菌屬3_1_40A (Bacteroides sp. 3_1_40A )、擬桿菌屬3_2_5 (Bacteroides sp. 3_2_5 )、擬桿菌屬315_5 (Bacteroides sp. 315_5 )、擬桿菌屬31SF15 (Bacteroides sp. 31SF15 )、擬桿菌屬31SF18 (Bacteroides sp. 31SF18 )、擬桿菌屬35AE31 (Bacteroides sp. 35AE31 )、擬桿菌屬35AE37 (Bacteroides sp. 35AE37 )、擬桿菌屬35BE34 (Bacteroides sp. 35BE34 )、擬桿菌屬35BE35 (Bacteroides sp. 35BE35 )、擬桿菌屬4_1_36 (Bacteroides sp. 4_1_36 )、擬桿菌屬4_3_47FAA (Bacteroides sp. 4_3_47FAA )、擬桿菌屬9_1_42FAA (Bacteroides sp. 9_1_42FAA )、擬桿菌屬AR20 (Bacteroides sp. AR20 )、擬桿菌屬AR29 (Bacteroides sp. AR29 )、擬桿菌屬B2 (Bacteroides sp. B2 )、擬桿菌屬D1 (Bacteroides sp. D1 )、擬桿菌屬D2 (Bacteroides sp. D2 )、擬桿菌屬D20 (Bacteroides sp. D20 )、擬桿菌屬D22 (Bacteroides sp. D22 )、擬桿菌屬F_4 (Bacteroides sp. F_4 )、擬桿菌屬NB_8 (Bacteroides sp. NB_8 )、擬桿菌屬WH2 (Bacteroides sp. WH2 )、擬桿菌屬XB12B (Bacteroides sp. XB12B )、擬桿菌屬XB44A (Bacteroides sp. XB44A )、糞便擬桿菌(Bacteroides stercoris )、多形擬桿菌(Bacteroides thetaiotaomicron )、單形擬桿菌(Bacteroides uniformis )、解尿素擬桿菌(Bacteroides ureolyticus )、普通擬桿菌(Bacteroides vulgatus )、木聚糖酶擬桿菌(Bacteroides xylanisolvens )、擬桿菌門細菌口腔分類群D27 (Bacteroidetes bacterium oral taxon D27 )、擬桿菌門細菌口腔分類群F31 (Bacteroidetes bacterium oral taxon F31 )、擬桿菌門細菌口腔分類群F44 (Bacteroidetes bacterium oral taxon F44 )、腸道巴氏桿菌(Barnesiella intestinihominis )、腸居巴氏桿菌(Barnesiella viscericola )、桿菌狀巴爾通氏體(Bartonella bacilliformis )、格氏巴爾通氏體(Bartonella grahamii )、漢氏巴爾通氏體(Bartonella henselae )、五日熱巴爾通氏體(Bartonella quintana )、泰咪爾巴爾通氏體(Bartonella tamiae )、華氏巴爾通氏體(Bartonella washoensis )、布德樓弧菌屬MPA(Bdellovibrio sp. MPA )、雙歧桿菌基因屬C1(Bifidobacteriaceae genomosp. C1 )、青春雙歧桿菌(Bifidobacterium adolescentis )、角雙歧桿菌(Bifidobacterium ang u latum )、動物雙歧桿菌(Bifidobacterium animalis )、兩歧雙歧桿菌(Bifidobacterium bifidum )、短雙歧桿菌(Bifidobacterium breve )、鏈狀雙歧桿菌(Bifidobacterium caten u latum )、牙雙歧桿菌(Bifidobacterium dentium )、沒食子雙歧桿菌(Bifidobacterium gallicum )、嬰兒雙歧桿菌(Bifidobacterium infantis )、卡氏雙歧桿菌(Bifidobacterium kashiwanohense )、長雙歧桿菌(Bifidobacterium longum )、假鏈狀雙歧桿菌(Bifidobacterium pseudocaten u latum )、偽長雙歧桿菌(Bifidobacterium pseudolongum )、斯氏雙歧桿菌(Bifidobacterium scardovii )、雙歧桿菌屬HM2(Bifidobacterium sp. HM2 )、雙歧桿菌屬HMLN12(Bifidobacterium sp. HMLN12 )、雙歧桿菌屬M45(Bifidobacterium sp. M45 )、雙歧桿菌屬MSX5B(Bifidobacterium sp. MSX5B )、雙歧桿菌屬TM_7(Bifidobacterium sp. TM_7 )、嗜熱雙歧桿菌(Bifidobacterium thermophilum )、尿雙歧桿菌(Bifidobacterium urinalis )、對沃氏嗜膽菌(Bilophila wadsworthia )、比斯加德分類群(Bisgaard Taxon )、比斯加德分類群、比斯加德分類群、比斯加德分類群、泳池芽單胞菌(Blastomonas natatoria )、球形布勞特氏菌(Blautia coccoides )、格魯氏布勞特氏菌(Blautia glucerasea )、格魯氏布勞特氏菌(Blautia glucerasei )、漢森布勞特氏菌(Blautia hansenii )、產氫營養型布勞特氏菌(Blautia hydrogenotrophica )、盧氏布勞特氏菌(Blautia luti )、生產性布勞特氏菌(Blautia producta )、申克布勞特氏菌(Blautia schinkii )、布勞特氏菌屬M25(Blautia sp. M25 )、糞便布勞特氏菌(Blautia stercoris )、韋氏布勞特氏菌(Blautia wexlerae )、支氣管炎鮑特氏菌(Bordetella bronchiseptica )、霍爾氏鮑特氏菌(Bordetella holmesii )、副百日咳鮑特氏菌(Bordetella parapertussis )、百日咳鮑特氏菌(Bordetella pertussis )、阿氏螺旋體(Borrelia afzelii )、伯氏螺旋體(Borrelia burgdorferi )、麝鼠勺螺旋體(Borrelia crocidurae )、達頓螺旋體(Borrelia duttonii )、伽氏螺旋體(Borrelia garinii )、赫氏螺旋體(Borrelia hermsii )、西班牙螺旋體(Borrelia hispanica )、伊朗包柔氏螺旋體(Borrelia persica )、回歸熱包柔氏螺旋體(Borrelia recurrentis )、螺旋體屬NE49(Borrelia sp. NE49 )、斯皮爾曼螺旋體(Borrelia spielmanii )、墨西哥包柔氏螺旋體(Borrelia turicatae )、法雷斯螺旋體(Borrelia valaisiana )、食物短桿菌(Brachybacterium alimentarium )、凝聚短桿菌(Brachybacterium conglomeratum )、乳酪發酵短桿菌(Brachybacterium tyrofermentans )、阿爾博氏短螺菌(Brachyspira aalborgi )、毛腸短螺菌(Brachyspira pilosicoli )、短螺菌屬HIS3(Brachyspira sp. HIS3 )、短螺菌屬HIS4(Brachyspira sp. HIS4 )、短螺菌屬HIS5(Brachyspira sp. HIS5 )、土壤短桿菌(Brevibacillus agri )、短短桿菌(Brevibacillus brevis )、中孢短桿菌(Brevibacillus centrosporus )、橋石短桿菌(Brevibacillus choshinensis )、汙染短桿菌(Brevibacillus invocatus )、側孢短桿菌(Brevibacillus laterosporus )、類短短桿菌(Brevibacillus parabrevis )、羅伊氏短桿菌(Brevibacillus reuszeri )、短桿菌屬phR(Brevibacillus sp. phR )、嗜熱短桿菌(Brevibacillus thermoruber )、橙黃短桿菌(Brevibacterium aurantiacum )、乳酪短桿菌(Brevibacterium casei )、表皮短桿菌(Brevibacterium epidermidis )、冷藏短桿菌(Brevibacterium frigoritolerans )、亞麻短桿菌(Brevibacterium linens )、麥克布瑞德氏短桿菌(Brevibacterium mcbrellneri )、少食短桿菌(Brevibacterium paucivorans )、血短桿菌(Brevibacterium sanguinis )、短桿菌屬H15 (Brevibacterium sp. H15 )、短桿菌屬JC43 (Brevibacterium sp. JC43 )、近弧狀短波單胞菌(Brevundimonas subvibrioides )、流產布氏桿菌(Brucella abortus )、犬布氏桿菌(Brucella canis )、鯨種布氏桿菌(Brucella ceti )、地中海熱布氏桿菌(Brucella melitensis )、田鼠布氏桿菌(Brucella microti )、綿羊布氏桿菌(Brucella ovis )、布氏桿菌屬83_13 (Brucella sp. 83_13 )、布氏桿菌屬BO1 (Brucella sp. BO1 )、豬布氏桿菌(Brucella suis )、需甲酸鹽布瑞特氏菌(Bryantella formatexigens )、蚜蟲初級內共生菌(Buchnera aphidicola )、緩慢布雷德菌(B u lleidia extructa )、鬚芒草伯克霍爾德菌(Burkholderia ambifaria )、新洋蔥伯克霍爾德菌(Burkholderia cenocepacia )、洋蔥伯克霍爾德菌(Burkholderia cepacia )、鼻疽伯克霍爾德菌(Burkholderia mallei )、多食伯克霍爾德菌(Burkholderia m u ltivorans )、俄克拉何馬伯克霍爾德菌(Burkholderia oklahomensis )、假性鼻疽伯克霍爾德菌(Burkholderia pseudomallei )、產根黴素伯克霍爾德菌(Burkholderia rhizoxinica )、伯克霍爾德菌屬383(Burkholderia sp. 383 )、食異生素伯克霍爾德菌(Burkholderia xenovorans )、伯克霍爾德菌細菌1_1_47(Burkholderiales bacterium 1_1_47 )、普利卡柯倫丁酸球菌(Butyricicoccus p u llicaecorum )、維羅薩丁酸單胞菌(Butyricimonas virosa )、穗狀丁酸弧菌(Butyrivibrio crossotus )、溶纖維丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisolvens )、錳氧化暖單胞菌(Caldimonas manganoxidans )、生孢卡米尼希拉菌(Caminicella sporogenes )、結腸彎曲桿菌(Campylobacter coli )、簡要彎曲桿菌(Campylobacter concisus )、曲形彎曲桿菌(Campylobacter curvus )、胎兒彎曲桿菌(Campylobacter fetus )、纖細彎曲桿菌(Campylobacter gracilis )、人彎曲桿菌(Campylobacter hominis )、空腸彎曲桿菌(Campylobacter jejuni )、紅嘴鷗彎曲桿菌(Campylobacter lari )、直腸彎曲桿菌(Campylobacter rectus )、昭和彎曲桿菌(Campylobacter showae )、彎曲桿菌屬FOBRC14(Campylobacter sp. FOBRC14 )、彎曲桿菌屬FOBRC15(Campylobacter sp. FOBRC15 )、彎曲桿菌屬口腔純系BB120(Campylobacter sp. oral clone BB120 )、生痰彎曲桿菌(Campylobacter sputorum )、烏普薩拉彎曲桿菌(Campylobacter upsaliensis )、分節絲狀菌屬SFB_小鼠_Yit (Candidatus Arthromitus sp. SFB_mouse_Yit )、葉蟬內共生菌(Candidatus S u lcia muelleri )、犬咬嗜二氧化碳噬纖細菌(Capnocytophaga canimorsus )、嗜二氧化碳噬纖細菌複合群C1(Capnocytophaga genomosp. C1 )、牙齦嗜二氧化碳噬纖細菌(Capnocytophaga gingivalis )、顆粒嗜二氧化碳噬纖細菌(Capnocytophaga Granulosa )、黃褐嗜二氧化碳噬纖細菌(Capnocytophaga ochracea )、嗜二氧化碳噬纖細菌屬GEJ8 (Capnocytophaga sp. GEJ8 )、嗜二氧化碳噬纖細菌屬口腔純系AH015 (Capnocytophaga sp. oral clone AH015 )、嗜二氧化碳噬纖細菌屬口腔純系ASCH05 (Capnocytophaga sp. oral clone ASCH05 )、嗜二氧化碳噬纖細菌屬口腔純系ID062 (Capnocytophaga sp. oral clone ID062 )、嗜二氧化碳噬纖細菌屬口腔菌株A47ROY (Capnocytophaga sp. oral strain A47ROY )、嗜二氧化碳噬纖細菌屬口腔菌株S3(Capnocytophaga sp. oral strain S3 )、嗜二氧化碳噬纖細菌屬口腔分類群338 (Capnocytophaga sp. oral taxon 338 )、嗜二氧化碳噬纖細菌屬S1b (Capnocytophaga sp. S1b )、生痰嗜二氧化碳噬纖細菌(Capnocytophaga sputigena )、人心桿菌(Cardiobacterium hominis )、瓣膜心桿菌(Cardiobacterium valvarum )、廣布肉桿菌(Carnobacterium divergens )、產乳酸菌素肉桿菌(Carnobacterium maltaromaticum )、香港海鷗菌(Catabacter hongkongensis )、光岡鏈型桿菌(Catenibacterium mitsuokai )、卡托氏菌複合群P1口腔純系MB5_P12 (Catonella genomosp. P1 oral clone MB5_P12 )、痰卡托氏菌(Catonella morbi )、卡托氏菌屬口腔純系FL037 (Catonella sp. oral clone FL037 )、戴氏西地西菌(Cedecea davisae )、芬氏纖維菌(Cellulosimicrobium funkei )、索拉鯨桿菌(Cetobacterium somerae )、鼠衣原體(Chlamydia muridarum )、鸚鵡熱衣原體(Chlamydia psittaci )、沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis )、衣原體目細菌NS11 (Chlamydiales bacterium NS11 )、衣原體目細菌NS13 (Chlamydiales bacterium NS13 )、衣原體目細菌NS16 (Chlamydiales bacterium NS16 )、獸類衣原體(Chlamydophila pecorum )、肺炎衣原體(Chlamydophila pneumoniae )、鸚鵡熱嗜性衣原體(Chlamydophila psittaci )、緑彎菌複合群P1(Chloroflexi genomosp. P1 )、小克裡斯滕森氏菌(Christensenella minuta )、紫色色桿菌(Chromobacterium violaceum )、人類金黃色桿菌(Chryseobacterium anthropi )、黏金黃色桿菌(Chryseobacterium gleum )、人金黃色桿菌(Chryseobacterium hominis )、無丙二酸檸檬酸桿菌(Citrobacter amalonaticus )、布氏檸檬酸桿菌(Citrobacter braakii )、法氏檸檬酸桿菌(Citrobacter farmeri )、弗氏檸檬酸桿菌(Citrobacter freundii )、吉利檸檬酸桿菌(Citrobacter gillenii )、柯氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri )、莫林檸檬酸桿菌(Citrobacter murliniae )、鼠檸檬酸桿菌(Citrobacter rodentium )、塞氏檸檬酸桿菌(Citrobacter sedlakii )、檸檬酸桿菌屬30_2 (Citrobacter sp. 30_2 )、檸檬酸桿菌屬KMSI_3 (Citrobacter sp. KMSI_3 )、沃克曼檸檬酸桿菌(Citrobacter werkmanii )、楊氏檸檬酸桿菌(Citrobacter youngae )、埃夫裡桿菌(Cloacibacillus evryensis )、梭菌科細菌END_2 (Clostridiaceae bacterium END_2 )、梭菌科細菌JC13 (Clostridiaceae bacterium JC13 )、梭菌屬細菌1_7_47FAA (Clostridiales bacterium 1_7_47FAA )、梭菌屬細菌9400853 (Clostridiales bacterium 9400853 )、梭菌屬細菌9403326 (Clostridiales bacterium 9403326 )、梭菌屬細菌口腔純系P4PA_66 P1 (Clostridiales bacterium oral clone P4PA_66 P1 )、梭菌屬細菌口腔分類群093 (Clostridiales bacterium oral taxon 093 )、梭菌屬細菌口腔分類群F32 (Clostridiales bacterium oral taxon F32 )、梭菌屬細菌ph2 (Clostridiales bacterium ph2 )、梭菌屬細菌SY8519 (Clostridiales bacterium SY8519 )、梭菌屬複合群BVAB3 (Clostridiales genomosp. BVAB3 )、梭菌屬SM4_1 (Clostridiales sp. SM4_1 )、梭菌屬SS3_4 (Clostridiales sp. SS3_4 )、梭菌屬SSC_2 (Clostridiales sp. SSC_2 )、丙酮丁醇梭酸(Clostridium acetobutylicum )、耐氧梭酸(Clostridium aerotolerans )、阿爾登氏梭菌(Clostridium aldenense )、奧德里奇氏梭菌(Clostridium aldrichii )、藻狀梭菌(Clostridium algidicarnis )、解藻木聚糖梭菌(Clostridium algidi xylan olyticum )、胺基戊酸梭菌(Clostridium aminovalericum )、苦杏仁梭菌(Clostridium amygdalinum )、阿根廷梭菌(Clostridium argentinense )、天門冬形梭菌(Clostridium asparagiforme )、巴氏梭菌(Clostridium baratii )、巴特氏梭菌(Clostridium bartlettii )、拜氏梭菌(Clostridium beijerinckii )、雙酵素梭菌(Clostridium bifermentans )、鮑氏梭菌(Clostridium bolteae )、肉毒梭菌(Clostridium bot u linum )、丁酸梭菌(Clostridium butyricum )、屍毒梭菌(Clostridium cadaveris )、食氧化碳梭菌(Clostridium carboxidivorans )、肉梭菌(Clostridium carnis )、隱藏梭菌(Clostridium celatum )、速生梭菌(Clostridium celerecrescens )、纖維素梭菌(Clostridium cellulosi )、肖沃氏梭菌(Clostridium chauvoei )、香茅梭菌(Clostridium citroniae )、澄清梭菌(Clostridium clariflavum )、梭狀梭菌(Clostridium clostridiiformes )、梭形梭菌(Clostridium clostridioforme )、球形梭菌(Clostridium coccoides )、匙形梭菌(Clostridium cochlearium )、耳蝸形梭菌(Clostridium cocleatum )、犬腸梭菌(Clostridium colicanis )、鷓鴣梭菌(Clostridium colinum )、難辨梭菌(Clostridium difficile )、雙孢梭菌(Clostridium disporicum )、酯化梭菌(Clostridium estertheticum )、福氏梭菌(Clostridium fallax )、Clostridium favososporum 、費新尼亞梭菌(Clostridium felsineum )、梭狀梭菌(Clostridium frigidicarnis )、產氣梭菌(Clostridium gasigenes )、戈氏梭菌(Clostridium ghonii )、乙二醇梭菌(Clostridium glycolicum )、人糞梭菌(Clostridium glycyrrhizinilyticum )、溶血梭菌(Clostridium haemolyticum )、哈氏梭菌(Clostridium hathewayi )、平野氏梭菌(Clostridium hiranonis )、溶組織梭菌(Clostridium histolyticum )、海氏梭菌(Clostridium hylemonae )、吲哚梭菌(Clostridium indolis )、無害梭菌(Clostridium innocuum )、不規則梭菌(Clostridium irreg u lare )、板藍根梭菌(Clostridium isatidis )、克氏梭菌(Clostridium kluyveri )、發酵乳糖梭菌(Clostridium lactatifermentans )、拉瓦勒塞梭菌(Clostridium lavalense )、柔嫩梭菌(Clostridium leptum )、泥渣梭菌(Clostridium limosum )、大梭菌(Clostridium magnum )、惡名梭菌(Clostridium malenominatum )、馬約貝梭菌(Clostridium mayombei )、甲基戊糖梭菌(Clostridium methylpentosum )、系結梭菌(Clostridium nexile )、諾維氏梭菌(Clostridium novyi )、酪酸梭菌(Clostridium orbiscindens )、乳清酸梭菌(Clostridium oroticum )、副腐敗梭菌(Clostridium paraputrificum )、產氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens )、植物發酵梭菌(Clostridium phytofermentans )、毛髮狀梭菌(Clostridium pili forme )、腐敗梭菌(Clostridium putrefaciens )、奎尼梭菌(Clostridium quinii )、多枝梭菌(Clostridium ramosum )、直腸梭菌(Clostridium rectum )、噬糖梭菌(Clostridium saccharogumia )、化糖梭菌(Clostridium saccharolyticum )、撒丁島梭菌(Clostridium sardiniense )、煎盤梭菌(Clostridium sartagoforme )、裂解梭菌(Clostridium scindens )、敗血梭菌(Clostridium septicum )、索氏梭菌(Clostridium sordellii )、梭菌屬7_2_43FAA (Clostridium sp. 7_2_43FAA )、梭菌屬D5 (Clostridium sp. D5 )、梭菌屬HGF2 (Clostridium sp. HGF2 )、梭菌屬HPB_46 (Clostridium sp. HPB_46 )、梭菌屬JC122 (Clostridium sp. JC122 )、梭菌屬L2_50 (Clostridium sp. L2_50 )、梭菌屬L MG 16094 (Clostridium sp. L MG 16094 )、梭菌屬M62_1 (Clostridium sp. M62_1 )、梭菌屬MLG055 (Clostridium sp. MLG055 )、梭菌屬MT4 E (Clostridium sp. MT4 E )、梭菌屬NMBHI_1 (Clostridium sp. NMBHI_1 )、梭菌屬NML 04A032 (Clostridium sp. NML 04A032 )、梭菌屬SS2_1 (Clostridium sp. SS2_1 )、梭菌屬SY8519 (Clostridium sp. SY8519 )、梭菌屬TM_40 (Clostridium sp. TM_40 )、梭菌屬YIT 12069 (Clostridium sp. YIT 12069 )、梭菌屬YIT 12070 (Clostridium sp. YIT 12070 )、楔樣梭菌(Clostridium sphenoides )、螺狀梭菌(Clostridium spiroforme )、生孢梭菌(Clostridium sporogenes )、球孢梭菌(Clostridium sporosphaeroides )、糞堆梭菌(Clostridium stercorarium )、斯蒂克蘭德氏梭菌(Clostridium sticklandii )、斯特拉文斯梭菌(Clostridium straminisolvens )、近端梭菌(Clostridium subterminale )、產硫梭菌(Clostridium s u lfidigenes )、共生梭菌(Clostridium symbiosum )、第三梭菌(Clostridium tertium )、破傷風梭菌(Clostridium tetani )、嗜熱纖維梭菌(Clostridium thermocellum )、酪丁酸梭菌(Clostridium tyrobutyricum )、綠色梭菌(Clostridium viride )、解木聚糖梭菌(Clostridium xylanolyticum )、產氣柯林斯菌(Collinsella aerofaciens )、腸柯林斯菌(Collinsella intestinalis )、糞便柯林斯菌(Collinsella stercoris )、田中氏柯林斯菌(Collinsella tanakaei )、叢毛單胞菌科細菌NML000135 (Comamonadaceae bacterium NML000135 )、叢毛單胞菌科細菌NML790751 (Comamonadaceae bacterium NML790751 )、叢毛單胞菌科細菌NML910035 (Comamonadaceae bacterium NML910035 )、叢毛單胞菌科細菌NML910036 (Comamonadaceae bacterium NML910036 )、叢毛單胞菌科細菌口腔分類群F47 (Comamonadaceae bacterium oral taxon F47 )、叢毛單胞菌屬NSP5 (Comamonas sp. NSP5 )、奎尼氏康曲奉菌(Conchiformibius kuhniae )、鏈型糞芽孢菌(Coprobacillus cateniformis )、糞芽孢菌屬29_1 (Coprobacillus sp. 29_1 )、糞芽孢菌屬D7 (Coprobacillus sp. D7 )、靈巧糞球菌(Coprococcus catus )、陪伴糞球菌(Coprococcus comes )、一致糞球菌(Coprococcus eutactus )、糞球菌屬ART55_1 (Coprococcus sp. ART55_1 )、紅蝽菌科細菌BV3Ac1 (Coriobacteriaceae bacterium BV3Ac1 )、紅蝽菌科細菌JC110 (Coriobacteriaceae bacterium JC110 )、紅蝽菌科細菌phI (Coriobacteriaceae bacterium phI )、擁擠棒狀桿菌(Corynebacterium accolens )、產氨棒狀桿菌(Corynebacterium ammoniagenes )、無枝菌酸棒狀桿菌(Corynebacterium amycolatum )、闌尾棒狀桿菌(Corynebacterium appendicis )、銀色棒狀桿菌(Corynebacterium argentoratense )、Corynebacterium atypicum 、金色黏液棒狀桿菌(Corynebacterium aurimucosum )、牛棒狀桿菌(Corynebacterium bovis )、犬棒狀桿菌(Corynebacterium canis )、乳酪棒狀桿菌(Corynebacterium casei )、混雜棒狀桿菌(Corynebacterium confusum )、科伊爾棒狀桿菌(Corynebacterium coyleae )、白喉棒狀桿菌(Corynebacterium diphtheriae )、硬棒狀桿菌(Corynebacterium durum )、高效棒狀桿菌(Corynebacterium efficiens )、福氏棒狀桿菌(Corynebacterium falsenii )、微黃棒狀桿菌(Corynebacterium flavescens )、生殖器棒狀桿菌(Corynebacterium genitalium )、灰棒狀桿菌(Corynebacterium glaucum )、解葡萄糖苷棒狀桿菌(Corynebacterium glucuronolyticum )、麩胺酸棒狀桿菌(Corynebacterium glutamicum )、漢森棒狀桿菌(Corynebacterium hansenii )、模擬棒狀桿菌(Corynebacterium i mitans )、傑氏棒狀桿菌(Corynebacterium jeikeium )、克羅彭施泰特氏棒狀桿菌(Corynebacterium kroppenstedtii )、黃色嗜脂棒狀桿菌(Corynebacterium lipophiloflavum )、麥氏棒狀桿菌(Corynebacterium macginleyi )、乳腺炎棒狀桿菌(Corynebacterium mastitidis )、馬氏棒狀桿菌(Corynebacterium matruchotii )、微細棒狀桿菌(Corynebacterium minutissimum )、產黏棒狀桿菌(Corynebacterium mucifaciens )、丙酸棒狀桿菌(Corynebacterium propinquum )、假白喉棒狀桿菌(Corynebacterium pseudodiphtheriticum )、假生殖道棒狀桿菌(Corynebacterium pseudogenitalium )、假結核棒狀桿菌(Corynebacterium pseudotuberculosis )、產丙酮酸棒狀桿菌(Corynebacterium pyruviciproducens )、腎棒狀桿菌(Corynebacterium renale )、抗棒狀桿菌(Corynebacterium resistens )、裡氏棒狀桿菌(Corynebacterium riegelii )、模擬棒狀桿菌(Corynebacterium sim u lans )、單側棒狀桿菌(Corynebacterium sing u lare )、棒狀桿菌屬1 ex綿羊(Corynebacterium sp. 1 ex sheep )、棒狀桿菌屬L_2012475(Corynebacterium sp. L_2012475 )、棒狀桿菌屬NML 93_0481(Corynebacterium sp. NML 93_0481 )、棒狀桿菌屬NML 97_0186(Corynebacterium sp. NML 97_0186 )、棒狀桿菌屬NML 99_0018(Corynebacterium sp. NML 99_0018 )、紋帶棒狀桿菌(Corynebacterium striatum )、桑氏棒狀桿菌(Corynebacterium sundsvallense )、結核硬脂酸棒狀桿菌(Corynebacterium tuberculostearicum )、托氏桿菌棒狀桿菌(Corynebacterium tuscaniae )、潰瘍棒狀桿菌(Corynebacterium u lcerans )、解脲棒狀桿菌(Corynebacterium urealyticum )、快速食尿棒狀桿菌(Corynebacterium ureicelerivorans )、可變棒狀桿菌(Corynebacterium variabile )、乾燥棒狀桿菌(Corynebacterium xerosis )、貝納特氏立克次體(Coxiella burnetii )、丙二酸鹽克羅諾桿菌(Cronobacter malonaticus )、阪崎克羅諾桿菌(Cronobacter sakazakii )、圖列茨克羅諾桿菌(Cronobacter turicensis )、銼隱小桿菌(Cryptobacterium curtum )、耐金屬貪銅菌(Cupriavidus metallidurans )、解木聚糖噬細胞菌(Cytophaga xylan olytica )、脫鐵桿菌屬口腔純系JV001 (Deferribacteres sp. oral clone JV001 )、脫鐵桿菌屬口腔純系JV006 (Deferribacteres sp. oral clone JV006 )、脫鐵桿菌屬口腔純系JV023 (Deferribacteres sp. oral clone JV023 )、耐輻射異常球菌(Deinococcus radiodurans )、異常球菌屬R_43890(Deinococcus sp. R_43890 )、食酸代爾夫特菌(Delftia acidovorans )、人皮膚桿菌(Dermabacter hominis )、皮生球菌屬Ellin185(Dermacoccus sp. Ellin185 )、活躍鏈孢子菌(Desmospora activa )、鏈孢子菌屬8437 (Desmospora sp. 8437 )、弗氏脫硫桿菌(Des u lfitobacterium frappieri )、哈氏脫硫桿菌(Des u lfitobacterium hafniense )、脫硫球莖菌屬口腔純系CH031(Des u lfo u lbus sp. oral clone CH031 )、致黑脫硫腸狀菌(Des u lfotomaculum nigrificans )、脫硫脫硫弧菌(Des u lfovibrio des u lfuricans )、費爾韋德脫硫弧菌(Des u lfovibrio fairfieldensis )、Des u lfovibrio piger 、脫硫弧菌屬3_1_syn3 (Des u lfovibrio sp. 3_1_syn3 )、尋常型脫硫弧菌(Des u lfovibrio vulgaris )、渾濁戴阿利斯特菌(Dialister invisus )、微好氣戴阿利斯特菌(Dialister micraerophilus )、微好氣戴阿利斯特菌(Dialister microaerophilus )、侵肺戴阿利斯特菌(Dialister pneumosintes )、產丙酸戴阿利斯特菌(Dialister propionicifaciens )、戴阿利斯特菌屬口腔分類群502 (Dialister sp. oral taxon 502 )、嗜琥珀酸戴阿利斯特菌(Dialister succinatiphilus )、鹼湖迪茨氏菌(Dietzia natronolimnaea )、迪茨氏菌屬BBDP51 (Dietzia sp. BBDP51 )、迪茨氏菌屬CA149 (Dietzia sp. CA149 )、帝汶迪茨氏菌(Dietzia timorensis )、產甲酸多爾氏菌(Dorea formicigenerans )、長鏈多爾氏菌(Dorea longicatena )、嘉德營發酵單胞菌(Dysgonomonas gadei )、莫斯氏營發酵單胞菌菌(Dysgonomonas mossii )、遲鈍愛德華菌(Edwardsiella tarda )、遲緩埃格特菌(Eggerthella lenta )、中華埃格特菌(Eggerthella sinensis )、埃格特菌屬1_3_56FAA (Eggerthella sp. 1_3_56FAA )、埃格特菌屬HGA1 (Eggerthella sp. HGA1 )、埃格特菌屬YY7918 (Eggerthella sp. YY7918 )、查菲艾利希體(Ehrlichia chaffeensis )、嚙蝕艾肯氏菌(Eikenella corrodens )、氣囊棲水菌(Enhydrobacter aerosaccus )、產氣腸桿菌(Enterobacter aerogenes )、阿氏腸桿菌(Enterobacter asburiae )、生癌腸桿菌(Enterobacter cancerogenus )、陰溝腸桿菌(Enterobacter cloacae )、考氏腸桿菌(Enterobacter cowanii )、霍氏腸桿菌(Enterobacter hormaechei )、腸桿菌屬247BMC (Enterobacter sp. 247BMC )、腸桿菌屬638 (Enterobacter sp. 638 )、腸桿菌屬JC163 (Enterobacter sp. JC163 )、腸桿菌屬SCSS (Enterobacter sp. SCSS )、腸桿菌屬TSE38 (Enterobacter sp. TSE38 )、腸桿菌科細菌9_2_54FAA (Enterobacteriaceae bacterium 9_2_54FAA )、腸桿菌科細菌CF01Ent_1 (Enterobacteriaceae bacterium CF01Ent_1 )、腸桿菌科細菌Smarlab 3302238 (Enterobacteriaceae bacterium Smarlab 3302238 )、鳥腸球菌(Enterococcus avium )、糞腸球菌(Enterococcus caccae )、酪黃腸球菌(Enterococcus casseliflavus )、耐久腸球菌(Enterococcus durans )、糞腸球菌(Enterococcus faecalis )、屎腸球菌(Enterococcus faecium )、鶉雞腸球菌(Enterococcus gallinarum )、灰黃腸球菌(Enterococcus gilvus )、夏威夷腸球菌(Enterococcus hawaiiensis )、希氏腸球菌(Enterococcus hirae )、義大利腸球菌(Enterococcus italicus )、蒙氏腸球菌(Enterococcus mundtii )、棉子糖腸球菌(Enterococcus raffinosus )、腸球菌屬BV2CASA2 (Enterococcus sp. BV2CASA2 )、腸球菌屬CCRI_16620 (Enterococcus sp. CCRI_16620 )、腸球菌屬F95 (Enterococcus sp. F95 )、腸球菌屬RfL6 (Enterococcus sp. RfL6 )、泰國腸球菌(Enterococcus thailandicus )、陰道孤獨球菌(Eremococcus coleocola )、意外丹毒絲菌(Erysipelothrix inopinata )、豬紅斑丹毒絲菌(Erysipelothrix rhusiopathiae )、扁桃體丹毒絲菌(Erysipelothrix tonsillarum )、丹毒絲菌科細菌3_1_53 (Erysipelotrichaceae bacterium 3_1_53 )、丹毒絲菌科細菌5_2_54FAA (Erysipelotrichaceae bacterium 5_2_54FAA )、艾伯氏大腸桿菌(Escherichia albertii )、大腸桿菌(Escherichia coli )、弗格森氏大腸桿菌(Escherichia fergusonii )、赫爾曼氏大腸桿菌(Escherichia hermannii )、大腸桿菌屬1_1_43 (Escherichia sp. 1_1_43 )、大腸桿菌屬4_1_40B (Escherichia sp. 4_1_40B )、大腸桿菌屬B4 (Escherichia sp. B4 )、傷口埃希菌(Escherichia vulneris )、哈爾濱產乙醇桿菌(Ethanoligenens harbinense )、真桿菌科細菌P4P_50 P4(Eubacteriaceae bacterium P4P_50 P4 )、巴克氏真桿菌(Eubacterium barkeri )、兩形真桿菌(Eubacterium biforme )、短真桿菌(Eubacterium brachy )、布氏真桿菌(Eubacterium budayi )、卡氏真桿菌(Eubacterium callanderi )、溶纖維素真桿菌(Eubacterium cellulosolvens )、扭曲真桿菌(Eubacterium contortum )、產糞甾醇真桿菌(Eubacterium coprostanoligenes )、圓柱狀真桿菌(Eubacterium cylindroides )、鏈狀真桿菌(Eubacterium desmolans )、細長真桿菌(Eubacterium dolichum )、挑剔真桿菌(Eubacterium eligens )、斷鏈真桿菌(Eubacterium fissicatena )、龐大真桿菌(Eubacterium hadrum )、霍氏真桿菌(Eubacterium hallii )、嬌弱真桿菌(Eubacterium infirmum )、淤泥真桿菌(Eubacterium limosum )、串珠狀真桿菌(Eubacterium moniliforme )、多形真桿菌(Eubacterium m u ltiforme )、產亞硝酸真桿菌(Eubacterium nitritogenes )、糾纏真桿菌(Eubacterium nodatum )、細枝真桿菌(Eubacterium ram u lus )、直腸真桿菌(Eubacterium rectale )、反芻真桿菌(Eubacterium ruminantium )、口臭真桿菌(Eubacterium saburreum )、隱枝真桿菌(Eubacterium saphenum )、惰性真桿菌(Eubacterium siraeum )、真桿菌屬3_1_31 (Eubacterium sp. 3_1_31 )、真桿菌屬AS15b (Eubacterium sp. AS15b )、真桿菌屬OBRC9 (Eubacterium sp. OBRC9 )、真桿菌屬口腔純系GI038 (Eubacterium sp. oral clone GI038 )、真桿菌屬口腔純系IR009 (Eubacterium sp. oral clone IR009 )、真桿菌屬口腔純系JH012 (Eubacterium sp. oral clone JH012 )、真桿菌屬口腔純系JI012 (Eubacterium sp. oral clone JI012 )、真桿菌屬口腔純系JN088 (Eubacterium sp. oral clone JN088 )、真桿菌屬口腔純系JS001 (Eubacterium sp. oral clone JS001 )、真桿菌屬口腔純系OH3A (Eubacterium sp. oral clone OH3A )、真桿菌屬WAL 14571 (Eubacterium sp. WAL 14571 )、纖細真桿菌(Eubacterium tenue )、多曲真桿菌(Eubacterium tortuosum )、凸腹真桿菌(Eubacterium ventriosum )、嗜木聚糖真桿菌(Eubacterium xylanophilum )、尤氏真桿菌(Eubacterium yurii )、美洲愛文氏菌(Ewingella americana )、乙醯微小桿菌(Exiguobacterium acetylicum )、人費克藍姆菌(Facklamia hominis )、普氏糞桿菌(Faecalibacterium prausnitzii )、齦溝產線菌(Filifactor alocis )、絨毛產線菌(Filifactor villosus )、大芬戈爾德菌(Finegoldia magna )、黃桿菌科複合群C1 (Flavobacteriaceae genomosp. C1 )、黃桿菌屬NF2_1 (Flavobacterium sp. NF2_1 )、普氏梭桿菌(Flavonifractor plautii )、拉氏彎螺菌(Flexispira rappini )、紅海灣揉桿菌(Flexistipes sinusarabici )、新兇手法蘭西斯菌(Francisella novicida )、蜃樓法蘭西斯氏菌(Francisella philomiragia )、土拉法蘭西斯氏菌(Francisella t u larensis )、黃腐病菌屬NML 060897(F u lvimonas sp. NML 060897 )、犬貓科梭桿菌(Fusobacterium canifelinum )、梭桿菌複合群C1 (Fusobacterium genomosp. C1 )、梭桿菌複合群C2 (Fusobacterium genomosp. C2 )、微生子梭桿菌(Fusobacterium gonidiaformans )、死亡梭桿菌(Fusobacterium mortiferum )、舟形梭桿菌(Fusobacterium naviforme )、壞疽梭桿菌(Fusobacterium necrogenes )、壞死梭桿菌(Fusobacterium necrophorum )、核粒梭桿菌(Fusobacterium nucleatum )、牙周梭桿菌(Fusobacterium periodonticum )、拉氏梭桿菌(Fusobacterium russii )、梭桿菌屬1_1_41FAA (Fusobacterium sp. 1_1_41FAA )、梭桿菌屬11_3_2 (Fusobacterium sp. 11_3_2 )、梭桿菌屬12_1B (Fusobacterium sp. 12_1B )、梭桿菌屬2_1_31 (Fusobacterium sp. 2_1_31 )、梭桿菌屬3_1_27 (Fusobacterium sp. 3_1_27 )、梭桿菌屬3_1_33 (Fusobacterium sp. 3_1_33 )、梭桿菌屬3_1_36A2 (Fusobacterium sp. 3_1_36A2 )、梭桿菌屬3_1_5R (Fusobacterium sp. 3_1_5R )、梭桿菌屬AC18 (Fusobacterium sp. AC18 )、梭桿菌屬ACB2 (Fusobacterium sp. ACB2 )、梭桿菌屬AS2 (Fusobacterium sp. AS2 )、梭桿菌屬CM1 (Fusobacterium sp. CM1 )、梭桿菌屬CM21 (Fusobacterium sp. CM21 )、梭桿菌屬CM22 (Fusobacterium sp. CM22 )、梭桿菌屬D12 (Fusobacterium sp. D12 )、梭桿菌屬口腔純系ASCF06 (Fusobacterium sp. oral clone ASCF06 )、梭桿菌屬口腔純系ASCF11 (Fusobacterium sp. oral clone ASCF11 )、潰瘍梭桿菌(Fusobacterium u lcerans )、變形梭桿菌(Fusobacterium varium )、陰道加德納菌(Gardnerella vaginalis )、溶血孿生球菌(Gemella haemolysans )、麻疹孿生球菌(Gemella morbillorum )、麻疹孿生球菌(Gemella morbillorum )、血孿生球菌(Gemella sanguinis )、孿生球菌屬口腔純系ASCE02 (Gemella sp. oral clone ASCE02 )、孿生球菌屬口腔純系ASCF04 (Gemella sp. oral clone ASCF04 )、孿生球菌屬口腔純系ASCF12 (Gemella sp. oral clone ASCF12 )、孿生球菌屬WAL 1945J (Gemella sp. WAL 1945J )、甲酸芽殖菌(Gemmiger formicilis )、嗜熱地桿菌(Geobacillus kaustophilus )、地桿菌屬E263 (Geobacillus sp. E263 )、地桿菌屬WCH70 (Geobacillus sp. WCH70 )、嗜熱脂肪地桿菌(Geobacillus stearothermophilus )、熱鏈型地桿菌(Geobacillus thermocaten u latus )、熱反硝化地桿菌(Geobacillus thermodenitrificans )、熱葡萄糖苷地桿菌(Geobacillus thermoglucosidasius )、食熱油地桿菌(Geobacillus thermoleovorans )、貝米吉格地桿菌(Geobacter bemidjiensis )、無類囊體藍藻(Gloeobacter violaceus )、固氮葡糖醋桿菌(Gluconacetobacter azotocaptans )、內生固氮葡糖醋桿菌(Gluconacetobacter diazotrophicus )、恩氏葡糖醋桿菌(Gluconacetobacter entanii )、歐洲葡糖醋桿菌(Gluconacetobacter europaeus )、漢森葡糖醋桿菌(Gluconacetobacter hansenii )、約翰尼葡糖醋桿菌(Gluconacetobacter johannae )、溫馴葡糖醋桿菌(Gluconacetobacter oboediens )、木糖葡糖醋桿菌(Gluconacetobacter xylinus )、支氣管戈登氏菌(Gordonia bronchialis )、食聚異戊二烯戈登氏菌(Gordonia polyisoprenivorans )、戈登氏菌屬KTR9 (Gordonia sp. KTR9 )、痰液戈登氏菌(Gordonia sputi )、土地戈登氏菌(Gordonia terrae )、潘蜜拉戈登氏氏桿菌(Gordonibacter pamelaeae )、潘蜜拉戈登氏桿菌(Gordonibacter pamelaeae )、耐熱纖細桿菌(Gracilibacter thermotolerans )、福塞蒂黃桿菌(Gramella forsetii )、毗鄰顆粒鏈菌(Granulicatella adiacens )、苛養顆粒鏈菌(Granulicatella elegans )、副毗鄰顆粒鏈菌(Granulicatella paradiacens )、顆粒鏈菌屬M658_99_3 (Granulicatella sp. M658_99_3 )、顆粒鏈菌屬口腔純系ASC02 (Granulicatella sp. oral clone ASC02 )、顆粒鏈菌屬口腔純系ASCA05 (Granulicatella sp. oral clone ASCA05 )、顆粒鏈菌屬口腔純系ASCB09 (Granulicatella sp. oral clone ASCB09 )、顆粒鏈菌屬口腔純系ASCG05 (Granulicatella sp. oral clone ASCG05 )、霍利斯格裡蒙菌(Grimontia hollisae )、血球桿菌屬BC14248 (Haematobacter sp. BC14248 )、埃及嗜血桿菌(Haemophilus aegyptius )、杜克雷氏嗜血桿菌(Haemophilus ducreyi )、嗜血桿菌複合群P2口腔純系MB3_C24 (Haemophilus genomosp. P2 oral clone MB3_C24 )、嗜血桿菌複合群P3口腔純系MB3_C38 (Haemophilus genomosp. P3 oral clone MB3_C38 )、溶血性嗜血桿菌(Haemophilus haemolyticus )、流感嗜血桿菌(Haemophilus influenzae )、副溶血嗜血桿菌(Haemophilus parahaemolyticus )、副流感嗜血桿菌(Haemophilus parainfluenzae )、副溶血性嗜沫嗜血桿菌(Haemophilus paraphrophaemolyticus )、副豬嗜血桿菌(Haemophilus parasuis )、睡眠嗜血桿菌(Haemophilus somnus )、嗜血桿菌屬70334 (Haemophilus sp. 70334 )、嗜血桿菌屬HK445 (Haemophilus sp. HK445 )、嗜血桿菌屬口腔純系ASCA07 (Haemophilus sp. oral clone ASCA07 )、嗜血桿菌屬口腔純系ASCG06 (Haemophilus sp. oral clone ASCG06 )、嗜血桿菌屬口腔純系BJ021 (Haemophilus sp. oral clone BJ021 )、嗜血桿菌屬口腔純系BJ095 (Haemophilus sp. oral clone BJ095 )、嗜血桿菌屬口腔純系JM053 (Haemophilus sp. oral clone JM053 )、嗜血桿菌屬口腔分類群851 (Haemophilus sp. oral taxon 851 )、唾液嗜血桿菌(Haemophilus sputorum )、蜂房哈佛尼亞菌(Hafnia alvei )、細長鹽單胞菌(Halomonas elongata )、約翰遜鹽單胞菌(Halomonas johnsoniae )、解脂鹽紅菌(Halorubrum lipolyticum )、膽型螺桿菌(Helicobacter bilis )、加拿大螺桿菌(Helicobacter canadensis )、同性戀螺桿菌(Helicobacter cinaedi )、幼禽螺桿菌(Helicobacter p u llorum )、幽門螺桿菌(Helicobacter pylori )、無幽門螺桿菌(Helicobacter sp. None )、溫哈門螺桿菌(Helicobacter winghamensis )、嗜中溫日光桿菌(Heliobacterium modesticaldum )、固氮內生草螺菌(Herbaspirillum seropedicae )、草螺菌屬JC206 (Herbaspirillum sp. JC206 )、睡眠嗜組織菌(Histophilus somni )、纖維狀霍爾德菌(Holdemania filiformis )、食醣厭氧產氫桿菌(Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans )、丁酸高溫熱菌(Hyperthermus butylicus )、食磺酸生絲微菌(Hyphomicrobium s u lfonivorans )、海王生絲單胞菌(Hyphomonas neptunium )、印度型依格納季氏菌(Ignatzschineria indica )、依格納季氏菌屬NML 95_0260 (Ignatzschineria sp. NML 95_0260 )、冰島燃球菌(Ignicoccus islandicus )、淤泥固氮螺菌(Inquilinus limosus )、淤泥兩面神菌(Janibacter limosus )、甜瓜兩面神菌(Janibacter melonis )、細長桿菌屬SY12(Janthinobacterium sp. SY12 )、Johnsonella ignava 、Jonquetella anthropi 、豬腿克斯特氏菌(Kerstersia gyiorum )、脫氮金氏桿菌(Kingella denitrificans )、金氏桿菌複合群P1口腔純系MB2_C20 (Kingella genomosp. P1 oral cone MB2_C20 )、金蝶金氏桿菌(Kingella kingae )、口金氏桿菌(Kingella oralis )、金氏桿菌屬口腔純系ID059 (Kingella sp. oral clone ID059 )、催產克雷白氏菌(Klebsiella oxytoca )、肺炎克雷白氏菌(Klebsiella pneumoniae )、克雷白氏菌屬AS10 (Klebsiella sp. AS10 )、克雷白氏菌屬Co9935 (Klebsiella sp. Co9935 )、克雷白氏菌屬富集培養純系SRC_DSD25 (Klebsiella sp. enrichment culture clone SRC_DSD25 )、克雷白氏菌屬OBRC7 (Klebsiella sp. OBRC7 )、克雷白氏菌屬SP_BA (Klebsiella sp. SP_BA )、克雷白氏菌屬SRC_DSD1 (Klebsiella sp. SRC_DSD1 )、克雷白氏菌屬SRC_DSD11 (Klebsiella sp. SRC_DSD11 )、克雷白氏菌屬SRC_DSD12 (Klebsiella sp. SRC_DSD12 )、克雷白氏菌屬SRC_DSD15 (Klebsiella sp. SRC_DSD15 )、克雷白氏菌屬SRC_DSD2 (Klebsiella sp. SRC_DSD2 )、克雷白氏菌屬SRC_DSD6 (Klebsiella sp. SRC_DSD6 )、變棲克雷白氏菌(Klebsiella variicola )、抗壞血酸克呂沃爾菌(Kluyvera ascorbata )、棲冷克呂沃爾菌(Kluyvera cryocrescens )、海考克氏菌(Kocuria marina )、沼澤考克氏菌(Kocuria palustris )、嗜根考克氏菌(Kocuria rhizophila )、玫瑰色考克氏菌(Kocuria rosea )、變異考克氏菌(Kocuria varians )、牛毛桿菌(Lachnobacterium bovis )、多產毛螺菌(Lachnospira multipara )、裂果膠毛螺菌(Lachnospira pectinoschiza )、毛螺菌科細菌1_1_57FAA (Lachnospiraceae bacterium 1_1_57FAA )、毛螺菌科細菌1_4_56FAA (Lachnospiraceae bacterium 1_4_56FAA )、毛螺菌科細菌2_1_46FAA (Lachnospiraceae bacterium 2_1_46FAA )、毛螺菌科細菌2_1_58FAA (Lachnospiraceae bacterium 2_1_58FAA )、毛螺菌科細菌3_1_57FAA_CT1 (Lachnospiraceae bacterium 3_1_57FAA_CT1 )、毛螺菌科細菌4_1_37FAA (Lachnospiraceae bacterium 4_1_37FAA )、毛螺菌科細菌5_1_57FAA (Lachnospiraceae bacterium 5_1_57FAA )、毛螺菌科細菌5_1_63FAA (Lachnospiraceae bacterium 5_1_63FAA )、毛螺菌科細菌6_1_63FAA (Lachnospiraceae bacterium 6_1_63FAA )、毛螺菌科細菌8_1_57FAA (Lachnospiraceae bacterium 8_1_57FAA )、毛螺菌科細菌9_1_43BFAA (Lachnospiraceae bacterium 9_1_43BFAA )、毛螺菌科細菌A4 (Lachnospiraceae bacterium A4 )、毛螺菌科細菌DJF VP30 (Lachnospiraceae bacterium DJF VP30 )、毛螺菌科細菌ICM62 (Lachnospiraceae bacterium ICM62 )、毛螺菌科細菌MSX33 (Lachnospiraceae bacterium MSX33 )、毛螺菌科細菌口腔分類群107 (Lachnospiraceae bacterium oral taxon 107 )、毛螺菌科細菌口腔分類群F15 (Lachnospiraceae bacterium oral taxon F15 )、毛螺菌科複合群C1 (Lachnospiraceae genomosp. C1 )、酸魚乳桿菌(Lactobacillus acidipiscis )、嗜酸乳桿菌(Lactobacillus acidophilus )、食品乳桿菌(Lactobacillus alimentarius )、解澱粉乳桿菌(Lactobacillus amylolyticus )、噬澱粉乳桿菌(Lactobacillus amylovorus )、胃竇乳桿菌(Lactobacillus antri )、短乳桿菌(Lactobacillus brevis )、布赫內氏乳桿菌(Lactobacillus buchneri )、乾酪乳桿菌(Lactobacillus casei )、鏈狀乳桿菌(Lactobacillus catenaformis )、人陰道乳桿菌(Lactobacillus coleohominis )、棒狀乳桿菌(Lactobacillus coryniformis )、捲曲乳桿菌(Lactobacillus crispatus )、彎曲乳桿菌(Lactobacillus curvatus )、戴耳布呂克氏乳桿菌(Lactobacillus delbrueckii )、糊精乳桿菌(Lactobacillus dextrinicus )、香腸乳桿菌(Lactobacillus farciminis )、發酵乳桿菌(Lactobacillus fermentum )、加氏乳桿菌(Lactobacillus gasseri )、胃乳桿菌(Lactobacillus gastricus)、乳桿菌複合群C1 (Lactobacillus genomosp. C1 )、乳桿菌複合群C2 (Lactobacillus genomosp. C2 )、瑞士乳桿菌(Lactobacillus helveticus )、希氏乳桿菌(Lactobacillus hilgardii )、人乳桿菌(Lactobacillus hominis )、惰性乳桿菌(Lactobacillus iners )、詹氏乳桿菌(Lactobacillus jensenii )、約氏乳桿菌(Lactobacillus johnsonii )、卡裡乳桿菌(Lactobacillus kalixensis )、馬乳酒樣乳桿菌(Lactobacillus kefiranofaciens )、高加索乳桿菌(Lactobacillus kefiri )、泡菜乳桿菌(Lactobacillus kimchii )、萊希曼氏乳桿菌(Lactobacillus leichmannii )、黏膜乳桿菌(Lactobacillus mucosae )、鼠乳桿菌(Lactobacillus murinus )、諾登西絲乳桿菌(Lactobacillus nodensis )、酒類乳桿菌(Lactobacillus oeni )、口乳桿菌(Lactobacillus oris )、類短乳桿菌(Lactobacillus parabrevis )、類布氏乳桿菌(Lactobacillus parabuchneri )、副乾酪乳桿菌(Lactobacillus paracasei )、類高加索乳桿菌(Lactobacillus parakefiri )、戊糖乳桿菌(Lactobacillus pentosus )、惡味乳桿菌(Lactobacillus perolens )、植物乳桿菌(Lactobacillus plantarum )、腦橋乳桿菌(Lactobacillus pontis )、羅伊乳桿菌(Lactobacillus reuteri )、鼠李糖乳桿菌(Lactobacillus rhamnosus )、羅氏乳桿菌(Lactobacillus rogosae )、瘤胃乳桿菌(Lactobacillus ruminis )、清酒乳桿菌(Lactobacillus sakei )、唾液乳桿菌(Lactobacillus salivarius )、Lactobacillus saniviri 、老年乳桿菌(Lactobacillus senioris )、乳桿菌屬66c (Lactobacillus sp. 66c )、乳桿菌屬BT6 (Lactobacillus sp. BT6 )、乳桿菌屬KLDS 1.0701 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0701 )、乳桿菌屬KLDS 1.0702 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0702 )、乳桿菌屬KLDS 1.0703 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0703 )、乳桿菌屬KLDS 1.0704 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0704 )、乳桿菌屬KLDS 1.0705 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0705 )、乳桿菌屬KLDS 1.0707 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0707 )、乳桿菌屬KLDS 1.0709 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0709 )、乳桿菌屬KLDS 1.0711 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0711 )、乳桿菌屬KLDS 1.0712 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0712 )、乳桿菌屬KLDS 1.0713 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0713 )、乳桿菌屬KLDS 1.0716 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0716 )、乳桿菌屬KLDS 1.0718 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0718 )、乳桿菌屬KLDS 1.0719 (Lactobacillus sp. KLDS 1.0719 )、乳桿菌屬口腔純系HT002 (Lactobacillus sp. oral clone HT002 )、乳桿菌屬口腔純系HT070 (Lactobacillus sp. oral clone HT070 )、乳桿菌屬口腔分類群052 (Lactobacillus sp. oral taxon 052 )、香腸乳桿菌(Lactobacillus tucceti )、烏蘭乳桿菌(Lactobacillus u ltunensis )、陰道乳桿菌(Lactobacillus vaginalis )、酒乳桿菌(Lactobacillus vini )、犢乳桿菌(Lactobacillus vit u linus )、玉米乳桿菌(Lactobacillus zeae )、格氏乳球菌(Lactococcus garvieae )、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis )、棉子糖乳球菌(Lactococcus raffinolactis )、長卵形內酯桿菌(Lactonifactor longoviformis )、香港海鷗型菌(Laribacter hongkongensis )、奇異勞特羅普氏菌(Lautropia mirabilis )、勞特羅普氏菌屬口腔純系AP009 (Lautropia sp. oral clone AP009 )、哈開裡軍團菌(Legionella hackeliae )、長灘軍團菌(Legionella longbeachae )、嗜肺軍團菌(Legionella pneumophila )、軍團菌屬D3923 (Legionella sp. D3923 )、軍團菌屬D4088 (Legionella sp. D4088 )、軍團菌屬H63 (Legionella sp. H63 )、軍團菌屬NML 93L054 (Legionella sp. NML 93L054 )、斯蒂氏軍團菌(Legionella steelei )、格氏勒米諾菌(Leminorella grimontii )、理氏勒米諾菌(Leminorella richardii )、博氏鉤端螺旋體(Leptospira borgpetersenii )、布魯氏鉤端螺旋體(Leptospira broomii )、問號鉤端螺旋體(Leptospira interrogans )、黎氏鉤端螺旋體(Leptospira licerasiae )、頰纖髮菌(Leptotrichia buccalis )、纖髮菌複合群C1 (Leptotrichia genomosp. C1 )、古氏纖髮菌(Leptotrichia goodfellowii )、霍夫氏纖髮菌(Leptotrichia hofstadii )、沙氏纖髮菌(Leptotrichia shahii )、纖髮菌屬中性粒細胞減少症病患(Leptotrichia sp. neutropenicPatient )、纖髮菌屬口腔純系GT018(Leptotrichia sp. oral clone GT018 )、纖髮菌屬口腔純系GT020(Leptotrichia sp. oral clone GT020 )、纖髮菌屬口腔純系HE012(Leptotrichia sp. oral clone HE012 )、纖髮菌屬口腔純系IK040(Leptotrichia sp. oral clone IK040 )、纖髮菌屬口腔純系P2PB_51 P1(Leptotrichia sp. oral clone P2PB_51 P1 )、纖髮菌屬口腔分類群223(Leptotrichia sp. oral taxon 223 )、肉明串珠菌(Leuconostoc carnosum )、嗜檸檬酸明串珠菌(Leuconostoc citreum )、伴氣明串珠菌(Leuconostoc gasicomitatum )、仁荷明串珠菌(Leuconostoc inhae )、泡菜明串珠菌(Leuconostoc kimchii )、乳酸明串珠菌(Leuconostoc lactis )、腸膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides )、假腸膜明串珠菌(Leuconostoc pseudomesenteroides )、格雷氏李斯特氏菌(Listeria grayi )、無毒李斯特氏菌(Listeria innocua )、伊氏李斯特氏菌(Listeria ivanovii )、單核球增多性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes )、威氏李斯特氏菌(Listeria welshimeri )、血黃球菌(Luteococcus sanguinis )、嗜熱污泥孢菌(Lutispora thermophila )、梭形離胺酸桿菌(Lysinibacillus fusiformis )、球形離胺酸桿菌(Lysinibacillus sphaericus )、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus )、溶血曼海姆菌(Mannheimia haemolytica )、需鉀酸鹽馬文布萊恩特氏菌(Marvinbryantia formatexigens )、馬賽菌屬CCUG 43427A (Massilia sp. CCUG 43427A )、漏斗巨單胞菌(Megamonas funiformis )、超巨巨單胞菌(Megamonas hypermegale )、埃氏巨球型菌(Megasphaera elsdenii )、巨球型菌複合群C1 (Megasphaera genomosp. C1 )、巨球型菌複合群型號_1 (Megasphaera genomosp. type_1 )、微核巨球形菌(Megasphaera micronuciformis )、巨球型菌屬BLPYG_07 (Megasphaera sp. BLPYG_07 )、巨球型菌屬UPII 199_6 (Megasphaera sp. UPII 199_6 )、勤奮金屬球菌(Metallosphaera sed u la )、甲酸甲烷桿菌(Methanobacterium formicicum )、抗酸甲烷短桿菌(Methanobrevibacter acididurans )、嗜樹木甲烷短桿菌(Methanobrevibacter arboriphilus )、彎曲甲烷短桿菌(Methanobrevibacter curvatus )、表皮甲烷短桿菌(Methanobrevibacter cuticularis )、絲狀甲烷短桿菌(Methanobrevibacter filiformis )、哥特甲烷短桿菌(Methanobrevibacter gottschalkii )、米氏甲烷短桿菌(Methanobrevibacter millerae )、奧利亞甲烷短桿菌(Methanobrevibacter olleyae )、口腔甲烷短桿菌(Methanobrevibacter oralis )、反芻動物甲烷短桿菌(Methanobrevibacter ruminantium )、史密斯甲烷短桿菌(Methanobrevibacter smithii )、索氏甲烷短桿菌(Methanobrevibacter thaueri )、韋氏甲烷短桿菌(Methanobrevibacter woesei )、沃爾氏甲烷短桿菌(Methanobrevibacter wolinii )、斯氏甲烷球形菌(Methanosphaera stadtmanae )、扭脫甲基桿菌(Methylobacterium extorquens )、足甲基桿菌(Methylobacterium podarium )、耐輻射甲基桿菌(Methylobacterium radiotolerans )、甲基桿菌屬1sub (Methylobacterium sp. 1sub )、甲基桿菌屬MM4 (Methylobacterium sp. MM4 )、森林甲基細胞菌(Methylocella silvestris )、嗜甲基菌屬ECd5 (Methylophilus sp. ECd5 )、巧克力微桿菌(Microbacterium chocolatum )、黃色微桿菌(Microbacterium flavescens )、古本微桿菌(Microbacterium gubbeenense )、乳酸微桿菌(Microbacterium lacticum )、食油微桿菌(Microbacterium oleivorans )、氧化微桿菌(Microbacterium oxydans )、副氧化微桿菌(Microbacterium paraoxydans )、葉球形微桿菌(Microbacterium phyllosphaerae )、雪萊微桿菌(Microbacterium schleiferi )、微桿菌屬768 (Microbacterium sp. 768 )、微桿菌屬口腔菌株C24KA (Microbacterium sp. oral strain C24KA )、磚紅色微桿菌(Microbacterium testaceum )、南極微球菌(Micrococcus antarcticus )、藤黃微球菌(Micrococcus luteus )、里拉微球菌(Micrococcus lylae )、微球菌屬185 (Micrococcus sp. 185 )、銅綠微囊藻(Microcystis aeruginosa )、賈氏光岡菌(Mitsuokella jalaludinii )、多酸光岡菌(Mitsuokella multacida )、光岡菌屬口腔分類群521 (Mitsuokella sp. oral taxon 521 )、光岡菌屬口腔分類群G68 (Mitsuokella sp. oral taxon G68 )、柯氏動彎桿菌(Mobiluncus curtisii )、羞怯動彎桿菌(Mobiluncus mulieris )、威斯康辛米勒氏菌(Moellerella wisconsensis )、分生艱難桿菌(Mogibacterium diversum )、難養艱難桿菌(Mogibacterium neglectum )、短小艱難桿菌(Mogibacterium pumilum )、膽怯艱難桿菌(Mogibacterium timidum )、柔膜細菌pACH93 (Mollicutes bacterium pACH93 )、熱醋穆爾氏菌(Moorella thermoacetica )、卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis )、林肯莫拉菌(Moraxella lincolnii )、奧斯陸莫拉菌(Moraxella osloensis )、莫拉菌屬16285 (Moraxella sp. 16285 )、莫拉菌屬GM2 (Moraxella sp. GM2 )、摩根摩根氏菌(Morganella morganii )、摩根氏菌屬JB_T16 (Morganella sp. JB_T16 )、腦桑椹狀球菌(Morococcus cerebrosus )、莫亞拉產吲哚菌(Moryella indoligenes )、膿腫分枝桿菌(Mycobacterium abscessus )、非洲分枝桿菌(Mycobacterium africanum )、Mycobacterium alsiensis 、鳥分枝桿菌(Mycobacterium avium )、龜分枝桿菌(Mycobacterium chelonae )、哥倫比亞分枝桿菌(Mycobacterium colombiense )、象皮病分枝桿菌(Mycobacterium elephantis )、戈登氏分枝桿菌(Mycobacterium gordonae )、胞內分枝桿菌(Mycobacterium intracellulare )、堪薩斯分枝桿菌(Mycobacterium kansasii )、拉克絲分枝桿菌(Mycobacterium lacus )、麻風分枝桿菌(Mycobacterium leprae )、瀰漫型麻風分枝桿菌(Mycobacterium lepromatosis )、麥氏分枝桿菌(Mycobacterium mageritense )、曼氏分枝桿菌(Mycobacterium mantenii )、海分枝桿菌(Mycobacterium marinum )、田鼠分枝桿菌(Mycobacterium microti )、新金分枝桿菌(Mycobacterium neoaurum )、副瘰癧分枝桿菌(Mycobacterium parascrofulaceum )、副土分枝桿菌(Mycobacterium paraterrae )、草分枝桿菌(Mycobacterium phlei )、耻垢分枝桿菌(Mycobacterium seoulense )、包皮垢分枝桿菌(Mycobacterium smegmatis )、分枝桿菌屬1761 (Mycobacterium sp. 1761 )、分枝桿菌屬1776 (Mycobacterium sp. 1776 )、分枝桿菌屬1781 (Mycobacterium sp. 1781 )、分枝桿菌屬1791 (Mycobacterium sp. 1791 )、分枝桿菌屬1797 (Mycobacterium sp. 1797 )、分枝桿菌屬AQ1GA4 (Mycobacterium sp. AQ1GA4 )、分枝桿菌屬B10_07.09.0206 (Mycobacterium sp. B10_07.09.0206 )、分枝桿菌屬GN_10546 (Mycobacterium sp. GN_10546 )、分枝桿菌屬GN_10827 (Mycobacterium sp. GN_10827 )、分枝桿菌屬GN_11124 (Mycobacterium sp. GN_11124 )、分枝桿菌屬GN_9188 (Mycobacterium sp. GN_9188 )、分枝桿菌屬GR_2007_210 (Mycobacterium sp. GR_2007_210 )、分枝桿菌屬HE5 (Mycobacterium sp. HE5 )、分枝桿菌屬NLA001000736 (Mycobacterium sp. NLA001000736 )、分枝桿菌屬W (Mycobacterium sp. W )、結核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis )、潰瘍分枝桿菌(Mycobacterium ulcerans )、脆弱分枝桿菌(Mycobacterium vulneris )、無乳支原體(Mycoplasma agalactiae )、兩形支原體(Mycoplasma amphoriforme )、關節炎支原體(Mycoplasma arthritidis )、牛眼支原體(Mycoplasma bovoculi )、咽支原體(Mycoplasma faucium )、發酵支原體(Mycoplasma fermentans )、絮狀支原體(Mycoplasma flocculare )、生殖器支原體(Mycoplasma genitalium )、人型支原體(Mycoplasma hominis )、口腔支原體(Mycoplasma orale )、綿羊肺炎支原體(Mycoplasma ovipneumoniae )、穿透支原體(Mycoplasma penetrans )、肺炎支原體(Mycoplasma pneumoniae )、腐敗支原體(Mycoplasma putrefaciens )、唾液支原體(Mycoplasma salivarium )、支原體科複合群P1口腔純系MB1_G23 (Mycoplasmataceae genomosp. P1 oral clone MB1_G23 )、香味類香菌(Myroides odoratimimus )、類香菌屬MY15 (Myroides sp. MY15 )、桿狀奈瑟菌(Neisseria bacilliformis )、灰色奈瑟菌(Neisseria cinerea )、長形奈瑟菌(Neisseria elongata )、淺黃奈瑟菌(Neisseria flavescens )、奈瑟菌複合群P2口腔純系MB5_P15 (Neisseria genomosp. P2 oral clone MB5_P15 )、淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae )、乳糖奈瑟菌(Neisseria lactamica )、獼猴奈瑟菌(Neisseria macacae )、腦膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis )、黏膜奈瑟菌(Neisseria mucosa )、咽奈瑟菌(Neisseria pharyngis )、多醣奈瑟菌(Neisseria polysaccharea )、乾燥奈瑟菌(Neisseria sicca )、奈瑟菌屬KEM232 (Neisseria sp. KEM232 )、奈瑟菌屬口腔純系AP132 (Neisseria sp. oral clone AP132 )、奈瑟菌屬口腔純系JC012 (Neisseria sp. oral clone JC012 )、奈瑟菌屬口腔菌株B33KA (Neisseria sp. oral strain B33KA )、奈瑟菌屬口腔分類群014 (Neisseria sp. oral taxon 014 )、奈瑟菌屬SMC_A9199 (Neisseria sp. SMC_A9199 )、奈瑟菌屬TM10_1 (Neisseria sp. TM10_1 )、淡黃色奈瑟菌(Neisseria subflava )、裡氏新立克次氏體(Neorickettsia risticii )、腺熱新立克次氏體(Neorickettsia sennetsu )、巴西諾卡菌(Nocardia brasiliensis )、蓋爾森基興諾卡菌(Nocardia cyriacigeorgica )、皮疽諾卡菌(Nocardia farcinica )、膿性諾卡菌(Nocardia puris )、諾卡菌屬01_Je_025 (Nocardia sp. 01_Je_025 )、達松維爾類諾卡菌(Nocardiopsis dassonvillei )、食芳烴新鞘氨醇菌(Novosphingobium aromaticivorans )、卡尼海洋桿菌(Oceanobacillus caeni )、海洋桿菌屬Ndiop (Oceanobacillus sp. Ndiop )、人類蒼白桿菌(Ochrobactrum anthropi )、中間蒼白桿菌(Ochrobactrum intermedium )、假中間蒼白桿菌(Ochrobactrum pseudintermedium )、紋臭桿菌(Odoribacter laneus )、內臟臭桿菌(Odoribacter splanchnicus )、奧卡德拉胃球菌(Okadaella gastrococcus )、解脲寡源桿菌(Oligella ureolytica )、尿道寡源桿菌(Oligella urethralis )、奧爾森菌複合群C1 (Olsenella genomosp. C1 )、普惠生奧爾森菌(Olsenella profusa )、奧爾森菌屬F0004 (Olsenella sp. F0004 )、奧爾森菌屬口腔分類群809 (Olsenella sp. oral taxon 809 )、烏氏奧爾森菌(Olsenella u li )、土豐祐菌(Opitutus terrae )、鼻竇口腔桿菌(Oribacterium sinus )、口腔桿菌屬ACB1 (Oribacterium sp. ACB1 )、口腔桿菌屬ACB7 (Oribacterium sp. ACB7 )、口腔桿菌屬CM12 (Oribacterium sp. CM12 )、口腔桿菌屬ICM51 (Oribacterium sp. ICM51 )、口腔桿菌屬OBRC12 (Oribacterium sp. OBRC12 )、口腔桿菌屬口腔分類群078 (Oribacterium sp. oral taxon 078 )、口腔桿菌屬口腔分類群102 (Oribacterium sp. oral taxon 102 )、口腔桿菌屬口腔分類群108 (Oribacterium sp. oral taxon 108 )、恙蟲病東方體(Orientia tsutsugamushi )、巴伐利亞鳥胺酸桿菌(Ornithinibacillus bavariensis )、鳥胺酸桿菌屬7_10AIA (Ornithinibacillus sp. 7_10AIA )、顫桿菌屬G2 (Oscillibacter sp. G2 )、產戊酸顫桿菌(Oscillibacter valericigenes )、克魯斯顫螺菌(Oscillospira guilliermondii )、產甲酸草酸桿菌(Oxalobacter formigenes )、巴塞隆納類芽孢桿菌(Paenibacillus barcinonensis )、巴倫葛茲類芽孢桿菌(Paenibacillus barengoltzii )、千葉類芽孢桿菌(Paenibacillus chibensis )、庫氏類芽孢桿菌(Paenibacillus cookii )、堅韌類芽孢桿菌(Paenibacillus durus )、解葡聚醣類芽孢桿菌(Paenibacillus glucanolyticus )、乳酸類芽孢桿菌(Paenibacillus lactis )、燦爛類芽孢桿菌(Paenibacillus lautus )、飼料類芽孢桿菌(Paenibacillus pab u li )、多黏類芽孢桿菌(Paenibacillus polymyxa )、金龜子類芽孢桿菌(Paenibacillus popilliae )、類芽孢桿菌屬CIP 101062 (Paenibacillus sp. CIP 101062 )、類芽孢桿菌屬HGF5 (Paenibacillus sp. HGF5 )、類芽孢桿菌屬HGF7 (Paenibacillus sp. HGF7 )、類芽孢桿菌屬JC66 (Paenibacillus sp. JC66 )、類芽孢桿菌屬口腔分類群F45 (Paenibacillus sp. oral taxon F45 )、類芽孢桿菌屬R_27413 (Paenibacillus sp. R_27413 )、類芽孢桿菌屬R_27422 (Paenibacillus sp. R_27422 )、蒂蒙氏類芽孢桿菌(Paenibacillus timonensis )、成團泛菌(Pantoea agglomerans )、菠蘿泛菌(Pantoea ananatis )、布氏泛菌(Pantoea brenneri )、檸檬泛菌(Pantoea citrea )、不平常泛菌(Pantoea conspicua )、敗血泛菌(Pantoea septica )、食肉桂酸乳頭桿菌(Papillibacter cinnamivorans )、狄氏副擬桿菌(Parabacteroides distasonis )、古氏副擬桿菌(Parabacteroides goldsteinii )、戈登氏副擬桿菌(Parabacteroides gordonii )、約氏副擬桿菌(Parabacteroides johnsonii )、屎副擬桿菌(Parabacteroides merdae )、副擬桿菌屬D13 (Parabacteroides sp. D13 )、副擬桿菌屬NS31_3 (Parabacteroides sp. NS31_3 )、副衣原體屬UWE25 (Parachlamydia sp. UWE25 )、反硝化副球菌(Paracoccus denitrificans )、馬氏副球菌(Paracoccus marcusii )、克拉副普雷沃菌(Paraprevotella clara )、嗜木聚糖副普雷沃菌(Paraprevotella xylaniphila )、居齒副斯卡爾維氏菌(Parascardovia denticolens )、人排洩物副薩特氏菌(Parasutterella excrementihominis )、次要副薩特氏菌(Parasutterella secunda )、微小微單胞菌(Parvimonas micra )、微單胞菌屬口腔分類群110 (Parvimonas sp. oral taxon 110 )、貝氏巴氏桿菌(Pasteurella bettyae )、咬傷巴氏桿菌(Pasteurella dagmatis )、多殺性巴氏桿菌(Pasteurella m u ltocida )、乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici )、戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus )、黑色消化球菌(Peptococcus niger )、消化球菌屬口腔純系JM048 (Peptococcus sp. oral clone JM048 )、消化球菌屬口腔分類群167 (Peptococcus sp. oral taxon 167 )、不解糖嗜腖菌(Peptoniphilus asaccharolyticus )、杜爾丹尼氏嗜腖菌(Peptoniphilus duerdenii )、海氏嗜腖菌(Peptoniphilus harei )、吲哚嗜腖菌(Peptoniphilus indolicus )、艾弗嗜腖菌(Peptoniphilus ivorii )、淚腺嗜腖菌(Peptoniphilus lacrimalis )、嗜腖菌屬gpac007 (Peptoniphilus sp. gpac007 )、嗜腖菌屬gpac018A (Peptoniphilus sp. gpac018A )、嗜腖菌屬gpac077 (Peptoniphilus sp. gpac077 )、嗜腖菌屬gpac148 (Peptoniphilus sp. gpac148 )、嗜腖菌屬JC140 (Peptoniphilus sp. JC140 )、嗜腖菌屬口腔分類群386 (Peptoniphilus sp. oral taxon 386 )、嗜腖菌屬口腔分類群836 (Peptoniphilus sp. oral taxon 836 )、消化鏈球菌科細菌ph1 (Peptostreptococcaceae bacterium ph1 )、厭氧消化鏈球菌(Peptostreptococcus anaerobius )、微小消化鏈球菌(Peptostreptococcus micros )、消化鏈球菌屬9succ1 (Peptostreptococcus sp. 9succ1 )、消化鏈球菌屬口腔純系AP24 (Peptostreptococcus sp. oral clone AP24 )、消化鏈球菌屬口腔純系FJ023 (Peptostreptococcus sp. oral clone FJ023 )、消化鏈球菌屬P4P_31 P3 (Peptostreptococcus sp. P4P_31 P3 )、口炎消化鏈球菌(Peptostreptococcus stomatis )、屎考拉桿菌(Phascolarctobacterium faecium )、考拉桿菌屬YIT 12068(Phascolarctobacterium sp. YIT 12068 )、琥珀酸考拉桿菌(Phascolarctobacterium succinatutens )、Phenylobacterium zucineum 、非共生光桿菌(Photorhabdus asymbiotica )、Pigmentiphaga daeguensis 、韓國游動微菌(Planomicrobium koreense )、類志賀毗鄰單胞菌(Plesiomonas shigelloides )、卟啉單胞菌科細菌NML 060648 (Porphyromonadaceae bacterium NML 060648 )、不解糖卟啉單胞菌(Porphyromonas asaccharolytica )、牙髓卟啉單胞菌(Porphyromonas endodontalis )、牙齦卟啉單胞菌(Porphyromonas gingivalis )、利氏卟啉單胞菌(Porphyromonas levii )、獼猴卟啉單胞菌(Porphyromonas macacae )、索拉卟啉單胞菌(Porphyromonas somerae )、卟啉單胞菌屬口腔純系BB134 (Porphyromonas sp. oral clone BB134 )、卟啉單胞菌屬口腔純系F016 (Porphyromonas sp. oral clone F016 )、卟啉單胞菌屬口腔純系P2PB_52 P1 (Porphyromonas sp. oral clone P2PB_52 P1 )、卟啉單胞菌屬口腔純系P4GB_100 P2 (Porphyromonas sp. oral clone P4GB_100 P2 )、卟啉單胞菌屬UQD 301 (Porphyromonas sp. UQD 301 )、上野卟啉單胞菌(Porphyromonas uenonis )、阿爾伯斯普雷沃菌(Prevotella albensis )、安氏普雷沃菌(Prevotella amnii )、伯氏普雷沃菌(Prevotella bergensis )、二路普雷沃菌(Prevotella bivia )、短普雷沃菌(Prevotella brevis )、頰普雷沃菌(Prevotella buccae )、口頰普雷沃菌(Prevotella buccalis )、糞便普雷沃菌(Prevotella copri )、人體普雷沃菌(Prevotella corporis )、牙普雷沃菌(Prevotella dentalis )、棲牙普雷沃菌(Prevotella denticola )、解糖腖普雷沃菌(Prevotella disiens )、普雷沃菌複合群C1 (Prevotella genomosp. C1 )、普雷沃菌複合群C2(Prevotella genomosp. C2 )、普雷沃菌複合群P7口腔純系MB2_P31 (Prevotella genomosp. P7 oral clone MB2_P31 )、普雷沃菌複合群P8口腔純系MB3_P13 (Prevotella genomosp. P8 oral clone MB3_P13 )、普雷沃菌複合群P9口腔純系MB7_G16 (Prevotella genomosp. P9 oral clone MB7_G16 )、解肝素普雷沃菌(Prevotella heparinolytica )、棲組織普雷沃菌(Prevotella histicola )、中間普雷沃菌(Prevotella intermedia )、洛氏普雷沃菌(Prevotella loescheii )、斑狀普雷沃菌(Prevotella maculosa )、馬氏普雷沃菌(Prevotella marshii )、產黑色素普雷沃菌(Prevotella melaninogenica )、彩虹普雷沃菌(Prevotella micans )、多形普雷沃菌(Prevotella m u ltiformis )、食多糖普雷沃菌(Prevotella m u ltisaccharivorax )、南錫普雷沃菌(Prevotella nanceiensis )、變黑普雷沃菌(Prevotella nigrescens )、口腔普雷沃菌(Prevotella oralis )、口普雷沃菌(Prevotella oris )、齦炎普雷沃菌(Prevotella o u lorum )、蒼白普雷沃菌(Prevotella pallens )、棲瘤胃普雷沃菌(Prevotella ruminicola )、唾液普雷沃菌(Prevotella salivae )、普雷沃菌屬BI_42 (Prevotella sp. BI_42 )、普雷沃菌屬CM38 (Prevotella sp. CM38 )、普雷沃菌屬ICM1 (Prevotella sp. ICM1 )、普雷沃菌屬ICM55 (Prevotella sp. ICM55 )、普雷沃菌屬JCM 6330 (Prevotella sp. JCM 6330 )、普雷沃菌屬口腔純系AA020 (Prevotella sp. oral clone AA020 )、普雷沃菌屬口腔純系ASCG10 (Prevotella sp. oral clone ASCG10 )、普雷沃菌屬口腔純系ASCG12 (Prevotella sp. oral clone ASCG12 )、普雷沃菌屬口腔純系AU069 (Prevotella sp. oral clone AU069 )、普雷沃菌屬口腔純系CY006 (Prevotella sp. oral clone CY006 )、普雷沃菌屬口腔純系DA058 (Prevotella sp. oral clone DA058 )、普雷沃菌屬口腔純系FL019 (Prevotella sp. oral clone FL019 )、普雷沃菌屬口腔純系FU048 (Prevotella sp. oral clone FU048 )、普雷沃菌屬口腔純系FW035 (Prevotella sp. oral clone FW035 )、普雷沃菌屬口腔純系GI030 (Prevotella sp. oral clone GI030 )、普雷沃菌屬口腔純系GI032 (Prevotella sp. oral clone GI032 )、普雷沃菌屬口腔純系GI059 (Prevotella sp. oral clone GI059 )、普雷沃菌屬口腔純系GU027 (Prevotella sp. oral clone GU027 )、普雷沃菌屬口腔純系HF050 (Prevotella sp. oral clone HF050 )、普雷沃菌屬口腔純系ID019 (Prevotella sp. oral clone ID019 )、普雷沃菌屬口腔純系IDR_CEC_0055 (Prevotella sp. oral clone IDR_CEC_0055 )、普雷沃菌屬口腔純系IK053 (Prevotella sp. oral clone IK053 )、普雷沃菌屬口腔純系IK062 (Prevotella sp. oral clone IK062 )、普雷沃菌屬口腔純系P4PB_83 P2 (Prevotella sp. oral clone P4PB_83 P2 )、普雷沃菌屬口腔分類群292 (Prevotella sp. oral taxon 292 )、普雷沃菌屬口腔分類群299 (Prevotella sp. oral taxon 299 )、普雷沃菌屬口腔分類群300 (Prevotella sp. oral taxon 300 )、普雷沃菌屬口腔分類群302 (Prevotella sp. oral taxon 302 )、普雷沃菌屬口腔分類群310 (Prevotella sp. oral taxon 310 )、普雷沃菌屬口腔分類群317 (Prevotella sp. oral taxon 317 )、普雷沃菌屬口腔分類群472 (Prevotella sp. oral taxon 472 )、普雷沃菌屬口腔分類群781 (Prevotella sp. oral taxon 781 )、普雷沃菌屬口腔分類群782 (Prevotella sp. oral taxon 782 )、普雷沃菌屬口腔分類群F68 (Prevotella sp. oral taxon F68 )、普雷沃菌屬口腔分類群G60 (Prevotella sp. oral taxon G60 )、普雷沃菌屬口腔分類群G70 (Prevotella sp. oral taxon G70 )、普雷沃菌屬口腔分類群G71 (Prevotella sp. oral taxon G71 )、普雷沃菌屬SEQ053 (Prevotella sp. SEQ053 )、普雷沃菌屬SEQ065 (Prevotella sp. SEQ065 )、普雷沃菌屬SEQ072 (Prevotella sp. SEQ072 )、普雷沃菌屬SEQ116(Prevotella sp. SEQ116 )、普雷沃菌屬SG12 (Prevotella sp. SG12 )、普雷沃菌屬sp24 (Prevotella sp. sp24 )、普雷沃菌屬sp34 (Prevotella sp. sp34 )、糞普雷沃菌(Prevotella stercorea )、譚氏普雷沃菌(Prevotella tannerae )、蒂蒙斯普雷沃菌(Prevotella timonensis )、真口普雷沃菌(Prevotella veroralis )、空腸普雷沃菌(Prevotella jejuni )、桔紅色普雷沃菌(Prevotella aurantiaca )、巴羅尼亞普雷沃菌(Prevotella baroniae )、科羅納普雷沃菌(Prevotella colorans )、人體普雷沃菌(Prevotella corporis )、齒狀普雷沃菌(Prevotella dentasini )、埃諾普雷沃菌(Prevotella enoeca )、福氏普雷沃菌(Prevotella falsenii )、深黑色普雷沃菌(Prevotella fusca )、解肝素普雷沃菌(Prevotella heparinolytica )、洛氏普雷沃菌(Prevotella loescheii )、食多糖普雷沃菌(Prevotella m u ltisaccharivorax )、南錫普雷沃菌(Prevotella nanceiensis )、米普雷沃菌(Prevotella oryzae )、帕拉迪普雷沃菌(Prevotella paludivivens )、胸膜炎普雷沃菌(Prevotella pleuritidis )、棲瘤胃普雷沃菌(Prevotella ruminicola )、解糖普雷沃菌(Prevotella saccharolytica )、靶心普雷沃菌(Prevotella scopos )、沙氏普雷沃菌(Prevotella shahii )、動膠普雷沃菌(Prevotella zoogleoformans )、普雷沃菌科細菌P4P_62 P1 (Prevotellaceae bacterium P4P_62 P1 )、海洋原綠球藻(Prochlorococcus marinus )、丙酸桿菌科細菌NML 02_0265 (Propionibacteriaceae bacterium NML 02_0265 )、產丙酸丙酸桿菌(Propionibacterium acidipropionici )、痤瘡丙酸桿菌(Propionibacterium acnes )、貪婪丙酸桿菌(Propionibacterium avidum )、費氏丙酸桿菌(Propionibacterium freudenreichii )、顆粒丙酸桿菌(Propionibacterium granulosum )、詹森丙酸桿菌(Propionibacterium jensenii )、丙酸丙酸桿菌(Propionibacterium propionicum )、丙酸桿菌屬434_HC2 (Propionibacterium sp. 434_HC2 )、丙酸桿菌屬H456 (Propionibacterium sp. H456 )、丙酸桿菌屬LG (Propionibacterium sp. LG )、丙酸桿菌屬口腔分類群192 (Propionibacterium sp. oral taxon 192 )、丙酸桿菌屬S555a (Propionibacterium sp. S555a )、特恩氏丙酸桿菌(Propionibacterium thoenii )、奇異變形桿菌(Proteus mirabilis )、羽狀變形桿菌(Proteus penneri )、變形桿菌屬HS7514 (Proteus sp. HS7514 )、普通變形桿菌(Proteus vulgaris )、產鹼普羅威登斯菌(Providencia alcalifaciens )、雷氏普羅威登斯菌(Providencia rettgeri )、拉氏普羅威登斯菌(Providencia rustigianii )、斯氏普羅威登斯菌(Providencia stuartii )、帝蒙氏假棍狀菌(Pseudoclavibacter sp. Timone )、假毛蘚菌(Pseudoflavonifractor capillosus )、銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa )、螢光假單胞菌(Pseudomonas fluorescens )、蓋氏假單胞菌(Pseudomonas gessardii )、門多薩假單胞菌(Pseudomonas mendocina )、蒙氏假單胞菌(Pseudomonas monteilii )、草假單胞菌(Pseudomonas poae )、類產鹼假單胞菌(Pseudomonas pseudoalcaligenes )、惡臭假單胞菌(Pseudomonas putida )、假單胞菌屬2_1_26 (Pseudomonas sp. 2_1_26 )、假單胞菌屬G1229 (Pseudomonas sp. G1229 )、假單胞菌屬NP522b (Pseudomonas sp. NP522b )、施氏假單胞菌(Pseudomonas stutzeri )、托拉假單胞菌(Pseudomonas tolaasii )、綠黃假單胞菌(Pseudomonas viridiflava )、非解乳糖假枝桿菌(Pseudoramibacter alactolyticus )、北極嗜冷桿菌(Psychrobacter arcticus )、養料嗜冷桿菌(Psychrobacter cibarius )、鹽晶嗜冷桿菌(Psychrobacter cryohalolentis )、糞嗜冷桿菌(Psychrobacter faecalis )、海雪嗜冷桿菌(Psychrobacter nivimaris )、肺炎嗜冷桿菌(Psychrobacter p u lmonis )、嗜冷桿菌屬13983 (Psychrobacter sp. 13983 )、Pyramidobacter piscolens 、皮氏羅爾斯通氏菌(Ralstonia pickettii )、羅爾斯通氏菌屬5_7_47FAA(Ralstonia sp. 5_7_47FAA )、解鳥胺酸拉烏爾菌(Rao u ltella ornithinolytica )、植生拉烏爾菌(Rao u ltella planticola )、土生拉烏爾菌(Rao u ltella terrigena )、紅桿菌屬口腔分類群C30 (Rhodobacter sp. oral taxon C30 )、球形紅桿菌(Rhodobacter sphaeroides )、類棒狀紅球菌屬(Rhodococcus corynebacterioides )、馬紅球菌(Rhodococcus equi )、紅串紅球菌(Rhodococcus erythropolis )、聚集紅球菌(Rhodococcus fascians )、沼澤紅假單胞菌(Rhodopseudomonas palustris )、小蛛立克次氏體(Rickettsia akari )、康氏立克次氏體(Rickettsia conorii )、普氏立克次氏體(Rickettsia prowazekii )、立克氏立克次氏體(Rickettsia rickettsii )、斯洛伐克立克次氏體(Rickettsia slovaca )、地方性斑疹傷寒立克次氏體(Rickettsia typhi )、Robinsoniella peoriensis 、盲腸羅斯拜瑞氏菌(Roseburia cecicola )、糞羅斯拜瑞氏菌(Roseburia faecalis )、糞便羅斯拜瑞氏菌(Roseburia faecis )、人羅斯拜瑞氏菌(Roseburia hominis )、腸道羅斯拜瑞氏菌(Roseburia intestinalis )、食菊糖羅斯拜瑞氏菌(Roseburia in u linivorans )、羅斯拜瑞氏菌屬11SE37 (Roseburia sp. 11SE37 )、羅斯拜瑞氏菌屬11SE38 (Roseburia sp. 11SE38 )、光合玫瑰菌(Roseiflexus castenholzii )、頸玫瑰單胞菌(Roseomonas cervicalis )、黏膜玫瑰單胞菌(Roseomonas mucosa )、玫瑰單胞菌屬NML94_0193 (Roseomonas sp. NML94_0193 )、玫瑰單胞菌屬NML97_0121 (Roseomonas sp. NML97_0121 )、玫瑰單胞菌屬NML98_0009 (Roseomonas sp. NML98_0009 )、玫瑰單胞菌屬NML98_0157 (Roseomonas sp. NML98_0157 )、天空羅氏菌(Rothia aeria )、齲齒羅氏菌(Rothia dentocariosa )、黏滑羅氏菌(Rothia mucilaginosa )、鼠鼻羅氏菌(Rothia nasimurium )、羅氏菌屬口腔分類群188 (Rothia sp. oral taxon 188 )、嗜澱粉反芻桿菌(Ruminobacter amylophilus )、瘤胃球菌科細菌D16(Ruminococcaceae bacterium D16 )、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus )、布氏瘤胃球菌(Ruminococcus bromii )、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcus callidus )、Ruminococcus champanellensis 、生黃瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens )、活潑瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus )、漢森瘤胃球菌(Ruminococcus hansenii )、乳酸瘤胃球菌(Ruminococcus lactaris )、卵瘤胃球菌(Ruminococcus obeum )、瘤胃球菌屬18P13 (Ruminococcus sp. 18P13 )、瘤胃球菌屬5_1_39BFAA (Ruminococcus sp. 5_1_39BFAA )、瘤胃球菌屬9SE51 (Ruminococcus sp. 9SE51 )、瘤胃球菌屬ID8 (Ruminococcus sp. ID8 )、瘤胃球菌屬K_1 (Ruminococcus sp. K_1 )、扭鏈瘤胃球菌(Ruminococcus torques )、綠色糖單胞菌(Saccharomonospora viridis )、邦戈爾沙門氏菌(Salmonella bongori )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica )、鼠傷寒沙門氏菌(Salmonella typhimurium )、鼠傷寒沙門氏菌(Salmonella typhimurium )、胃八疊球菌(Sarcina ventriculi )、罕見斯卡多維氏菌(Scardovia inopinata )、韋格斯卡多維氏菌(Scardovia wiggsiae )、圓形慢反應脂肪酸菌(Segniliparus rotundus )、褶皺慢反應脂肪酸菌(Segniliparus rugosus )、蛛形月形單胞菌(Selenomonas artemidis )、魚月形單胞菌(Selenomonas dianae )、福氏月形單胞菌(Selenomonas flueggei )、月形單胞菌複合群C1(Selenomonas genomosp. C1 )、月形單胞菌複合群C2(Selenomonas genomosp. C2 )、月形單胞菌複合群P5 (Selenomonas genomosp. P5 )、月形單胞菌複合群P6口腔純系MB3_C41 (Selenomonas genomosp. P6 oral clone MB3_C41 )、月形單胞菌複合群P7口腔純系MB5_C08 (Selenomonas genomosp. P7 oral clone MB5_C08 )、月形單胞菌複合群P8口腔純系MB5_P06 (Selenomonas genomosp. P8 oral clone MB5_P06 )、損傷新月形單胞菌(Selenomonas infelix )、有害月形單胞菌(Selenomonas noxia )、反芻動物月形單胞菌(Selenomonas ruminantium )、月形單胞菌屬FOBRC9 (Selenomonas sp. FOBRC9 )、月形單胞菌屬口腔純系FT050 (Selenomonas sp. oral clone FT050 )、月形單胞菌屬口腔純系GI064 (Selenomonas sp. oral clone GI064 )、月形單胞菌屬口腔純系GT010 (Selenomonas sp. oral clone GT010 )、月形單胞菌屬口腔純系HU051 (Selenomonas sp. oral clone HU051 )、月形單胞菌屬口腔純系IK004 (Selenomonas sp. oral clone IK004 )、月形單胞菌屬口腔純系IQ048 (Selenomonas sp. oral clone IQ048 )、月形單胞菌屬口腔純系JI021 (Selenomonas sp. oral clone JI021 )、月形單胞菌屬口腔純系JS031 (Selenomonas sp. oral clone JS031 )、月形單胞菌屬口腔純系OH4A (Selenomonas sp. oral clone OH4A )、月形單胞菌屬口腔純系P2PA_80 P4 (Selenomonas sp. oral clone P2PA_80 P4 )、月形單胞菌屬口腔分類群137 (Selenomonas sp. oral taxon 137 )、月形單胞菌屬口腔分類群149 (Selenomonas sp. oral taxon 149 )、生痰月形單胞菌(Selenomonas sputigena )、居泉沙雷菌(Serratia fonticola )、液化沙雷菌(Serratia liquefaciens )、黏質沙雷菌(Serratia marcescens )、臭味沙雷菌(Serratia odorifera )、變形班沙雷菌(Serratia proteamaculans )、腐敗希瓦菌(Shewanella putrefaciens )、波伊德氏志賀氏菌(Shigella boydii )、痢疾志賀氏菌(Shigella dysenteriae )、福氏志賀氏菌(Shigella flexneri )、宋內志賀氏菌(Shigella sonnei )、衛星肖特沃思氏菌(Shuttleworthia satelles )、肖特沃思氏菌屬MSX8B (Shuttleworthia sp. MSX8B )、肖特沃思氏菌屬口腔分類群G69 (Shuttleworthia sp. oral taxon G69 )、米氏西蒙斯菌(Simonsiella muelleri )、產雌馬酚斯奈克氏菌(Slackia equolifaciens )、弱生斯奈克氏菌(Slackia exigua )、犬糞斯奈克氏菌(Slackia faecicanis )、還原天芥菜鹼斯奈克氏菌(Slackia heliotrinireducens )、異黃酮化合物斯奈克氏菌(Slackia isoflavoniconvertens )、梨形斯奈克氏菌(Slackia piriformis )、斯奈克氏菌屬NATTS (Slackia sp. NATTS )、莫氏細小桿菌(Solobacterium moorei )、糞鞘胺醇桿菌(Sphingobacterium faecium )、水氏鞘胺醇桿菌(Sphingobacterium mizutaii )、多食鞘胺醇桿菌(Sphingobacterium m u ltivorum )、食神鞘胺醇桿菌(Sphingobacterium spiritivorum )、刺狀鞘胺醇單胞菌(Sphingomonas echinoides )、鞘胺醇單胞菌屬口腔純系FI012 (Sphingomonas sp. oral clone FI012 )、鞘胺醇單胞菌屬口腔純系FZ016 (Sphingomonas sp. oral clone FZ016 )、鞘胺醇單胞菌屬口腔分類群A09 (Sphingomonas sp. oral taxon A09 )、鞘胺醇單胞菌屬口腔分類群F71 (Sphingomonas sp. oral taxon F71 )、阿拉斯加鞘胺醇盒菌(Sphingopyxis alaskensis )、異常螺原體屬(Spiroplasma insolitum )、白蟻生孢菌(Sporobacter termitidis)、菊糖芽孢乳桿菌(Sporolactobacillus in u linus )、中山芽孢桿菌(Sporolactobacillus nakayamae )、新約克芽胞八疊球菌(Sporosarcina newyorkensis )、芽胞八疊球菌屬2681 (Sporosarcina sp. 2681 )、葡萄球菌科細菌NML 92_0017 (Staphylococcaceae bacterium NML 92_0017 )、金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus )、耳葡萄球菌(Staphylococcus auricularis )、頭狀葡萄球菌(Staphylococcus capitis )、山羊葡萄球菌(Staphylococcus caprae )、肉葡萄球菌(Staphylococcus carnosus )、科氏葡萄球菌(Staphylococcus cohnii )、香料葡萄球菌(Staphylococcus condimenti )、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis )、馬胃葡萄球菌(Staphylococcus equorum )、弗氏葡萄球菌(Staphylococcus fleurettii )、溶血性葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus )、人葡萄球菌(Staphylococcus hominis )、路鄧葡萄球菌(Staphylococcus lugdunensis )、巴氏葡萄球菌(Staphylococcus pasteuri )、假中間葡萄球菌(Staphylococcus pseudintermedius )、解糖葡萄球菌(Staphylococcus saccharolyticus )、腐生性葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus )、松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri )、葡萄球菌屬純系bottae7 (Staphylococcus sp. clone bottae7 )、葡萄球菌屬H292 (Staphylococcus sp. H292 )、葡萄球菌屬H780 (Staphylococcus sp. H780 )、琥珀酸葡萄球菌(Staphylococcus succinus )、小牛葡萄球菌(Staphylococcus vit u linus )、瓦氏葡萄球菌(Staphylococcus warneri )、木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus )、嗜麥芽寡養單胞菌(Stenotrophomonas maltophilia )、寡養單胞菌屬FG_6(Stenotrophomonas sp. FG_6 )、念珠狀鏈桿菌(Streptobacillus moniliformis )、無乳鏈球菌(Streptococcus agalactiae )、非解乳鏈球菌(Streptococcus alactolyticus )、咽峽炎鏈球菌(Streptococcus anginosus )、澳大利亞鏈球菌(Streptococcus australis )、牛鏈球菌(Streptococcus bovis )、犬鏈球菌(Streptococcus canis )、星座鏈球菌(Streptococcus constellatus )、脊鏈球菌(Streptococcus cristatus )、道恩鏈球菌(Streptococcus downei )、停乳鏈球菌(Streptococcus dysgalactiae )、馬鏈球菌(Streptococcus equi )、馬腸鏈球菌(Streptococcus equinus )、解沒食子酸鏈球菌(Streptococcus gallolyticus )、鏈球菌複合群C1 (Streptococcus genomosp. C1 )、鏈球菌複合群C2 (Streptococcus genomosp. C2 )、鏈球菌複合群C3 (Streptococcus genomosp. C3 )、鏈球菌複合群C4 (Streptococcus genomosp. C4 )、鏈球菌屬C5 (Streptococcus genomosp. C5 )、鏈球菌複合群C6 (Streptococcus genomosp. C6 )、鏈球菌複合群C7 (Streptococcus genomosp. C7 )、鏈球菌複合群C8 (Streptococcus genomosp. C8 )、戈登氏鏈球菌(Streptococcus gordonii )、小兒鏈球菌(Streptococcus infantarius )、嬰兒鏈球菌(Streptococcus infantis )、中間鏈球菌(Streptococcus intermedius )、巴黎鏈球菌(Streptococcus lutetiensis )、馬賽鏈球菌(Streptococcus massiliensis )、米勒鏈球菌(Streptococcus milleri )、緩症鏈球菌(Streptococcus mitis )、突變鏈球菌(Streptococcus mutans )、寡發酵鏈球菌(Streptococcus oligofermentans )、口腔鏈球菌(Streptococcus oralis )、副血鏈球菌(Streptococcus parasanguinis )、巴氏鏈球菌(Streptococcus pasteurianus )、泛口腔鏈球菌(Streptococcus peroris )、肺炎鏈球菌(Streptococcus pneumoniae )、豬鏈球菌(Streptococcus porcinus )、假性肺炎鏈球菌(Streptococcus pseudopneumoniae )、假豬鏈球菌(Streptococcus pseudoporcinus )、釀膿鏈球菌(Streptococcus pyogenes )、鼠鏈球菌(Streptococcus ratti )、唾液鏈球菌(Streptococcus salivarius)、血鏈球菌(Streptococcus sanguinis )、中華鏈球菌(Streptococcus sinensis )、鏈球菌屬16362 (Streptococcus sp. 16362 )、鏈球菌屬2_1_36FAA (Streptococcus sp. 2_1_36FAA )、鏈球菌屬2285_97 (Streptococcus sp. 2285_97 )、鏈球菌屬69130 (Streptococcus sp. 69130 )、鏈球菌屬AC15 (Streptococcus sp. AC15 )、鏈球菌屬ACS2 (Streptococcus sp. ACS2 )、鏈球菌屬AS20 (Streptococcus sp. AS20 )、鏈球菌屬BS35a (Streptococcus sp. BS35a )、鏈球菌屬C150 (Streptococcus sp. C150 )、鏈球菌屬CM6 (Streptococcus sp. CM6 )、鏈球菌屬CM7 (Streptococcus sp. CM7 )、鏈球菌屬ICM10 (Streptococcus sp. ICM10 )、鏈球菌屬ICM12 (Streptococcus sp. ICM12 )、鏈球菌屬ICM2 (Streptococcus sp. ICM2 )、鏈球菌屬ICM4 (Streptococcus sp. ICM4 )、鏈球菌屬ICM45 (Streptococcus sp. ICM45 )、鏈球菌屬M143 (Streptococcus sp. M143 )、鏈球菌屬M334 (Streptococcus sp. M334 )、鏈球菌屬OBRC6 (Streptococcus sp. OBRC6 )、鏈球菌屬口腔純系ASB02 (Streptococcus sp. oral clone ASB02 )、鏈球菌屬口腔純系ASCA03 (Streptococcus sp. oral clone ASCA03 )、鏈球菌屬口腔純系ASCA04 (Streptococcus sp. oral clone ASCA04 )、鏈球菌屬口腔純系ASCA09 (Streptococcus sp. oral clone ASCA09 )、鏈球菌屬口腔純系ASCB04 (Streptococcus sp. oral clone ASCB04 )、鏈球菌屬口腔純系ASCB06 (Streptococcus sp. oral clone ASCB06 )、鏈球菌屬口腔純系ASCC04 (Streptococcus sp. oral clone ASCC04 )、鏈球菌屬口腔純系ASCC05 (Streptococcus sp. oral clone ASCC05 )、鏈球菌屬口腔純系ASCC12 (Streptococcus sp. oral clone ASCC12 )、鏈球菌屬口腔純系ASCD01 (Streptococcus sp. oral clone ASCD01 )、鏈球菌屬口腔純系ASCD09 (Streptococcus sp. oral clone ASCD09 )、鏈球菌屬口腔純系ASCD10 (Streptococcus sp. oral clone ASCD10 )、鏈球菌屬口腔純系ASCE03 (Streptococcus sp. oral clone ASCE03 )、鏈球菌屬口腔純系ASCE04 (Streptococcus sp. oral clone ASCE04 )、鏈球菌屬口腔純系ASCE05 (Streptococcus sp. oral clone ASCE05 )、鏈球菌屬口腔純系ASCE06 (Streptococcus sp. oral clone ASCE06 )、鏈球菌屬口腔純系ASCE09 (Streptococcus sp. oral clone ASCE09 )、鏈球菌屬口腔純系ASCE10 (Streptococcus sp. oral clone ASCE10 )、鏈球菌屬口腔純系ASCE12 (Streptococcus sp. oral clone ASCE12 )、鏈球菌屬口腔純系ASCF05 (Streptococcus sp. oral clone ASCF05 )、鏈球菌屬口腔純系ASCF07 (Streptococcus sp. oral clone ASCF07 )、鏈球菌屬口腔純系ASCF09 (Streptococcus sp. oral clone ASCF09 )、鏈球菌屬口腔純系ASCG04 (Streptococcus sp. oral clone ASCG04 )、鏈球菌屬口腔純系BW009 (Streptococcus sp. oral clone BW009 )、鏈球菌屬口腔純系CH016 (Streptococcus sp. oral clone CH016 )、鏈球菌屬口腔純系GK051 (Streptococcus sp. oral clone GK051 )、鏈球菌屬口腔純系GM006 (Streptococcus sp. oral clone GM006 )、鏈球菌屬口腔純系P2PA_41 P2 (Streptococcus sp. oral clone P2PA_41 P2 )、鏈球菌屬口腔純系P4PA_30 P4 (Streptococcus sp. oral clone P4PA_30 P4 )、鏈球菌屬口腔分類群071 (Streptococcus sp. oral taxon 071 )、鏈球菌屬口腔分類群G59 (Streptococcus sp. oral taxon G59 )、鏈球菌屬口腔分類群G62 (Streptococcus sp. oral taxon G62 )、鏈球菌屬口腔分類群G63 (Streptococcus sp. oral taxon G63 )、鏈球菌屬SHV515 (Streptococcus sp. SHV515 )、豬鏈球菌(Streptococcus suis )、嗜熱鏈球菌(Streptococcus thermophilus )、乳房鏈球菌(Streptococcus uberis )、尿鏈球菌(Streptococcus urinalis )、前庭鏈球菌(Streptococcus vestib u laris )、綠色鏈球菌(Streptococcus viridans )、白色鏈黴菌(Streptomyces albus )、灰鏈黴菌(Streptomyces griseus )、鏈黴菌屬1 AIP_2009 (Streptomyces sp. 1 AIP_2009 )、鏈黴菌屬SD 511 (Streptomyces sp. SD 511 )、鏈黴菌屬SD 524 (Streptomyces sp. SD 524 )、鏈黴菌屬SD 528 (Streptomyces sp. SD 528 )、鏈黴菌屬SD 534 (Streptomyces sp. SD 534 )、嗜熱鏈黴菌(Streptomyces thermoviolaceus )、變異罕見小球菌(SubdoliGranulum variabile )、希佩氏琥珀酸單胞菌(Succinatimonas hippei )、莫比利尼薩特菌(Sutterella morbirenis )、帕維魯布拉薩特菌(Sutterella parvirubra )、血根薩特菌(Sutterella sanguinus )、薩特菌屬YIT 12072 (Sutterella sp. YIT 12072 )、犬糞薩特菌(Sutterella stercoricanis )、華德薩特菌(Sutterella wadsworthensis )、互養菌複合群C1 (Synergistes genomosp. C1 )、互養菌屬RMA 14551 (Synergistes sp. RMA 14551 )、互養菌門細菌ADV897 (Synergistetes bacterium ADV897 )、互養菌門細菌LBVCM1157 (Synergistetes bacterium LBVCM1157 )、互養菌門細菌口腔分類群362 (Synergistetes bacterium oral taxon 362 )、互養菌門細菌口腔分類群D48 (Synergistetes bacterium oral taxon D48 )、蔗糖互營鏈球菌(Syntrophococcus sucromutans )、互營單胞菌科複合群P1 (Syntrophomonadaceae genomosp. P1 )、福賽斯坦納菌(Tannerella forsythia )、坦納菌屬6_1_58FAA_CT1 (Tannerella sp. 6_1_58FAA_CT1 )、麥克達德埃特洛克菌(Tatlockia micdadei )、痰塔特姆氏菌(Tatumella ptyseos )、四球菌屬口腔分類群F04 (Tessaracoccus sp. oral taxon F04 )、嗜鹽四聯球菌(Tetragenococcus halophilus )、韓國四聯球菌(Tetragenococcus koreensis )、假乙醇熱厭氧桿菌(Thermoanaerobacter pseudethanolicus )、嗜熱放線菌(Thermobifida fusca )、花葵中慢升根瘤菌(Thermofilum pendens )、水棲熱菌(Thermus aquaticus )、極尖泰氏菌(Tissierella praeacuta )、關島特布林西菌(Trab u lsiella guamensis )、牙密螺旋體(Treponema denticola )、密螺旋體複合群P1 (Treponema genomosp. P1 )、密螺旋體複合群P4口腔純系MB2_G19 (Treponema genomosp. P4 oral clone MB2_G19 )、密螺旋體複合群P5口腔純系MB3_P23 (Treponema genomosp. P5 oral clone MB3_P23 )、密螺旋體複合群P6口腔純系MB4_G11 (Treponema genomosp. P6 oral clone MB4_G11 )、解卵磷脂密螺旋體(Treponema lecithinolyticum )、梅毒螺旋體(Treponema pallidum )、微小密螺旋體(Treponema parvum )、潰蝕齒密螺旋體(Treponema phagedenis )、惡臭密螺旋體(Treponema putidum )、曲折密螺旋體(Treponema refringens )、索氏密螺旋體(Treponema socranskii )、密螺旋體屬6:H:D15A_4 (Treponema sp. 6:H:D15A_4 )、密螺旋體屬純系DDKL_4 (Treponema sp. clone DDKL_4 )、密螺旋體屬口腔純系JU025 (Treponema sp. oral clone JU025 )、密螺旋體屬口腔純系JU031 (Treponema sp. oral clone JU031 )、密螺旋體屬口腔純系P2PB_53 P3 (Treponema sp. oral clone P2PB_53 P3 )、密螺旋體屬口腔分類群228 (Treponema sp. oral taxon 228 )、密螺旋體屬口腔分類群230 (Treponema sp. oral taxon 230 )、密螺旋體屬口腔分類群231 (Treponema sp. oral taxon 231 )、密螺旋體屬口腔分類群232 (Treponema sp. oral taxon 232 )、密螺旋體屬口腔分類群235 (Treponema sp. oral taxon 235 )、密螺旋體屬口腔分類群239 (Treponema sp. oral taxon 239 )、密螺旋體屬口腔分類群247 (Treponema sp. oral taxon 247 )、密螺旋體屬口腔分類群250 (Treponema sp. oral taxon 250 )、密螺旋體屬口腔分類群251 (Treponema sp. oral taxon 251 )、密螺旋體屬口腔分類群254 (Treponema sp. oral taxon 254 )、密螺旋體屬口腔分類群265 (Treponema sp. oral taxon 265 )、密螺旋體屬口腔分類群270 (Treponema sp. oral taxon 270 )、密螺旋體屬口腔分類群271 (Treponema sp. oral taxon 271 )、密螺旋體屬口腔分類群508 (Treponema sp. oral taxon 508 )、密螺旋體屬口腔分類群518 (Treponema sp. oral taxon 518 )、密螺旋體屬口腔分類群G85 (Treponema sp. oral taxon G85 )、密螺旋體屬綿羊腐蹄病(Treponema sp. ovine footrot )、奮森氏密螺旋體(Treponema vincentii )、惠普普利菌(Tropheryma whipplei )、化膿隱秘菌(Trueperella pyogenes )、微變塚村氏菌(Tsukamurella paurometabola )、耐酪胺酸塚村氏菌(Tsukamurella tyrosinosolvens )、Turicibacter sanguinis 、微小脲原體(Ureaplasma parvum )、解脲脲原體(Ureaplasma urealyticum )、複雜脲芽孢桿菌(Ureibacillus composti )、蘇雲脲芽孢桿菌(Ureibacillus suwonensis )、特倫斯脲芽孢桿菌(Ureibacillus terrenus )、嗜熱性脲芽孢桿菌(Ureibacillus thermophilus )、嗜熱球形脲芽孢桿菌(Ureibacillus thermosphaericus )、河流漫遊球菌(Vagococcus fluvialis )、非典型範永氏球菌(Veillonella atypica )、殊異範永氏球菌(Veillonella dispar )、範永氏球菌複合群P1口腔純系MB5_P17 (Veillonella genomosp. P1 oral clone MB5_P17 )、蒙皮立範永氏球菌(Veillonella montpellierensis )、小範永氏球菌(Veillonella parvula )、範永氏球菌屬3_1_44 (Veillonella sp. 3_1_44 )、範永氏球菌屬6_1_27 (Veillonella sp. 6_1_27 )、範永氏球菌屬ACP1 (Veillonella sp. ACP1 )、範永氏球菌屬AS16 (Veillonella sp. AS16 )、範永氏球菌屬BS32b (Veillonella sp. BS32b )、範永氏球菌屬ICM51a (Veillonella sp. ICM51a )、範永氏球菌屬MSA12 (Veillonella sp. MSA12 )、範永氏球菌屬NVG 100cf (Veillonella sp. NVG 100cf )、範永氏球菌屬OK11 (Veillonella sp. OK11 )、範永氏球菌屬口腔純系ASCA08 (Veillonella sp. oral clone ASCA08 )、範永氏球菌屬口腔純系ASCB03 (Veillonella sp. oral clone ASCB03 )、範永氏球菌屬口腔純系ASCG01 (Veillonella sp. oral clone ASCG01 )、範永氏球菌屬口腔純系ASCG02 (Veillonella sp. oral clone ASCG02 )、範永氏球菌屬口腔純系OH1A (Veillonella sp. oral clone OH1A )、範永氏球菌屬口腔分類群158 (Veillonella sp. oral taxon 158 )、範永氏球菌科細菌口腔分類群131 (Veillonellaceae bacterium oral taxon 131 )、範永氏球菌科細菌口腔分類群155 (Veillonellaceae bacterium oral taxon 155 )、霍亂弧菌(Vibrio cholerae )、河流弧菌(Vibrio fluvialis )、弗氏弧菌(Vibrio furnissii )、擬態弧菌(Vibrio mimicus )、副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus )、弧菌屬RC341 (Vibrio sp. RC341 )、創傷弧菌(Vibrio vulnificus )、食物谷菌科細菌NML 080035 (Victivallaceae bacterium NML 080035 )、瓦達食谷菌(Victivallis vadensis )、普羅米維桿菌(Virgibacillus proomii )、貝尼氏魏斯氏菌(Weissella beninensis )、食竇魏斯氏菌(Weissella cibaria )、混淆魏斯氏菌(Weissella confusa )、赫倫魏斯氏菌(Weissella hellenica )、坎氏魏斯氏菌(Weissella kandleri )、韓國魏斯氏菌(Weissella koreensis )、類腸膜魏斯氏菌(Weissella paramesenteroides )、魏斯氏菌屬KLDS 7.0701 (Weissella sp. KLDS 7.0701 )、產琥珀酸沃林氏菌(Wolinella succinogenes )、黃單胞菌科細菌NML 03_0222 (Xanthomonadaceae bacterium NML 03_0222 )、野油菜黃單胞菌(Xanthomonas campestris )、黃單胞菌屬kmd_489 (Xanthomonas sp. kmd_489 )、Xenophilus aerolatus 、阿氏耶爾森氏菌(Yersinia aldovae )、阿裡克謝耶爾森氏菌(Yersinia aleksiciae )、貝氏耶爾森氏菌(Yersinia bercovieri )、小腸結腸炎耶爾森菌(Yersinia enterocolitica )、弗氏耶爾森氏菌(Yersinia frederiksenii )、中間耶爾森氏菌(Yersinia intermedia )、克裏斯滕耶爾森氏菌(Yersinia kristensenii )、莫氏耶爾森氏菌(Yersinia mollaretii)、鼠疫耶爾森氏菌(Yersinia pestis )、假結核耶爾森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis )、羅氏耶爾森氏菌(Yersinia rohdei )、雷金斯堡約克氏菌(Yokenella regensburgei )、二歧齊默爾曼氏菌(Zimmermannella bifida )、運動發酵單胞菌(Zymomonas mobilis )、馬賽布勞特氏菌(Blautia massiliensis )、解苯副梭菌(Paraclostridium benzoelyticum )、苛求迪爾莫菌(Dielma fastidiosa )、Longicatena caecimuris 及當別町範永氏球菌(Veillonella tobetsuensis )。
如請求項11之醫藥組合物，其中該等EV及該等細菌係來自相同種或品系(strain)。
如請求項11之醫藥組合物，其中該等EV及該等細菌係來自不同種或品系。
如請求項1至13中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥組合物係經調配以經口遞送。
如請求項1至14中任一項之醫藥組合物，其中該組合物進一步包含額外治療劑。
如請求項15之醫藥組合物，其中該額外治療劑係癌症治療劑。
如請求項16之醫藥組合物，其中該癌症治療劑包含化學治療劑。
如請求項17之醫藥組合物，其中該化學治療劑係選自由以下組成之群：噻替派(thiotepa)、環磷醯胺、白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)、哌泊舒凡(piposulfan)、苯佐替派(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedopa)、烏瑞替派(uredopa)、六甲蜜胺(altretamine)、三聚氰胺(triethylenemelamine)、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫磷醯胺、三羥甲基蜜胺、布拉他辛(bullatacin)、布拉他辛酮(bullatacinone)、喜樹鹼、拓撲替康(topotecan)、苔蘚蟲素(bryostatin)、卡利斯他汀(callystatin)、CC-1065、念珠藻素1、念珠藻素8、尾海兔素(dolastatin)、倍癌黴素(duocarmycin)、艾榴塞洛素(eleutherobin)、水鬼蕉鹼(pancratistatin)、珊瑚類二萜(sarcodictyin)、海綿抑制素(spongistatin)、氯芥苯丁酸(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、膽磷醯胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、異環磷醯胺、甲基二氯乙基胺、甲基二氯乙基胺氧化物鹽酸鹽、美法侖、新恩比興(novembichin)、苯芥膽甾醇(phenesterine)、潑尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶芥末、卡莫司汀(carmustine)、氯唑黴素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、倫納司汀(ranimnustine)、卡奇黴素(calicheamicin)、達內黴素(dynemicin)、氯膦酸鹽、埃斯培拉黴素(esperamicin)；新抑癌蛋白生色團(neocarzinostatin chromophore)、阿克拉黴素(aclacinomysin)、放射菌素、胺茴黴素(authrarnycin)、重氮絲胺酸(azaserine)、博來黴素(bleomycin)、放射菌素c (cactinomycin)、卡拉賓(carabicin)、卡米諾黴素(caminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色黴素(chromomycini)、放射菌素d、道諾黴素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-側氧基-L-正白胺酸、多柔比星、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊達比星(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素、絲裂黴素C、黴酚酸、諾加黴素(nogalamycin)、橄欖黴素(olivomycin)、培洛黴素(peplomycin)、波非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素(puromycin)、三鐵阿黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌素(streptonigrin)、鏈脲菌素(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他汀(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)、氨甲喋呤、5-氟尿嘧啶(5-FU)、二甲葉酸(denopterin)、氨甲喋呤、喋羅呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)、氟達拉濱(fludarabine)、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鳥嘌呤、安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、雙去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷、卡普睪酮(calusterone)、丙酸甲雄烷酮、環硫雄醇、美雄烷(mepitiostane)、睪內脂、氨魯米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)、弗林酸、醋葡醛內酯、醛磷醯胺糖苷、胺基乙醯丙酸、恩尿嘧啶、安吖啶、貝斯特羅比爾(bestrabucil)、比生群(bisantrene)、艾達曲酸鹽(edatraxate)、地磷醯胺、地美可辛(demecolcine)、地吖醌、依氟鳥胺酸、醋酸羥吡哢唑、埃博黴素、乙環氧啶、硝酸鎵、羥基脲、香菇多糖、洛尼達寧(lonidainine)、美登素、安那黴素、米托胍腙、米托蒽醌、莫匹達莫、硝胺(nitraerine)、噴司他汀(pentostatin)、蛋氨氮芥(phenamet)、吡柔比星(pirarubicin)、洛索蒽醌、鬼臼酸、2-乙基醯肼、丙苄肼、PSK多醣複合物、雷佐生(razoxane)、根黴素(rhizoxin)、西佐呋喃(sizofuran)、螺旋鍺(spirogermanium)、細交鏈孢菌酮酸、三亞胺醌；2,2',2''-三氯三乙胺、單端孢黴烯、T-2毒素、疣孢菌素A、桿孢菌素A、蛇形菌素(anguidine)、烏拉坦(urethan)、長春地辛(vindesine)、達卡巴嗪(dacarbazine)、甘露醇氮芥、二溴甘露醇、二溴衛矛醇、胍血生(pipobroman)、胍基胞嘧啶(gacytosine)、阿拉伯糖苷、環磷醯胺、噻替派、紫杉醇、多西他賽(doxetaxel)、氯芥苯丁酸、吉西他濱(gemcitabine)、6-硫鳥嘌呤、巰基嘌呤、氨甲喋呤、順鉑、奧沙利鉑(oxaliplatin)、卡鉑(carboplatin)、長春花鹼(vinblastine)、鉑、依託泊苷、異環磷醯胺、米托蒽醌(mitoxantrone)、長春新鹼(vincristine)、長春瑞濱(vinorelbine)、諾消靈(novantrone)、替尼泊苷(teniposide)、依達曲沙(edatrexate)、正定黴素(daunomycin)、氨喋呤(aminopterin)、希羅達(xeloda)、伊班膦酸鹽(ibandronate)、依立替康、RFS 2000、二氟甲基鳥胺酸、視黃酸及卡培他濱(capecitabine)。
如請求項16至18中任一項之醫藥組合物，其中該癌症治療劑包含癌症免疫治療劑。
如請求項19之醫藥組合物，其中該癌症免疫治療劑包含免疫查核點抑制劑。
如請求項20之醫藥組合物，其中該免疫查核點抑制劑係特異性結合至免疫查核點蛋白之抗體或其抗原結合片段。
如請求項21之醫藥組合物，其中該免疫查核點蛋白係選自由以下組成之群：CTLA4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3或VISTA。
如請求項20之醫藥組合物，其中該免疫查核點抑制劑係選自由以下組成之群：尼沃單抗(nivolumab)、派姆單抗(pembrolizumab)、匹利珠單抗(pidilizumab)、AMP-224、AMP-514、STI-A1110、TSR-042、RG-7446、BMS-936559、MEDI-4736、MSB-0020718C、AUR-012及STI-A1010。
如請求項19至23中任一項之醫藥組合物，其中該癌症免疫治療劑包含癌症特異性抗體或其抗原結合片段。
如請求項24之醫藥組合物，其中該癌症特異性抗體或其抗原結合片段特異性結合至癌症相關抗原。
如請求項25之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素(adipophilin)、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白(actinin) -4、α-胎兒蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-連環蛋白(catenin)、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、週期蛋白D1、週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3 (glypican-3)、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、Hepsin、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸道羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4 (Kallikrein 4)、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1 (亦稱為CCDC 110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子(Midkine)、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1 (secernin 1)、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素(survivin)、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸(Triosephosphate)異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
如請求項26之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係新抗原(neo-antigen)。
如請求項19至27中任一項之醫藥組合物，其中該癌症免疫治療劑包含癌症疫苗。
如請求項28之醫藥組合物，其中該癌症疫苗包含多肽，該多肽包含癌症相關抗原之抗原決定基。
如請求項29之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎兒蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、週期蛋白D1、週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、Hepsin、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸道羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(亦稱為CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
如請求項29之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係新抗原。
如請求項29至31中任一項之醫藥組合物，其中該多肽係融合蛋白。
如請求項28之醫藥組合物，其中該癌症疫苗包含編碼癌症相關抗原之抗原決定基之核酸。
如請求項33之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎兒蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、週期蛋白D1、週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、Hepsin、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸道羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(亦稱為CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
如請求項33之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係新抗原。
如請求項33至35中任一項之醫藥組合物，其中該核酸係DNA。
如請求項33至35中任一項之醫藥組合物，其中該核酸係RNA。
如請求項37之醫藥組合物，其中該RNA係mRNA。
如請求項36至38中任一項之醫藥組合物，其中該核酸係於載體中。
如請求項39之醫藥組合物，其中該載體係細菌載體。
如請求項40之醫藥組合物，其中該細菌載體係選自由以下組成之群：牛分枝桿菌(Mycobacterium bovis) (BCG)、鼠傷寒沙門氏菌亞種(Salmonella Typhimurium ssp.)、傷寒沙門氏菌亞種(Salmonella Typhi ssp.)、梭菌屬芽孢(Clostridium sp. spores)、大腸桿菌尼氏1917 (Escherichia coli Nissle 1917)、大腸桿菌K-12/LLO (Escherichia coli K-12/LLO)、單核球增多性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)及福氏志賀氏菌(Shigella flexneri)。
如請求項39之醫藥組合物，其中該載體係病毒載體。
如請求項42之醫藥組合物，其中該病毒載體係選自由以下組成之群：牛痘、腺病毒、RNA病毒及複製缺陷型鳥痘(avipox)、複製缺陷型禽痘(fowlpox)、複製缺陷型金絲雀痘(canarypox)、複製缺陷型MVA及複製缺陷型腺病毒。
如請求項19至43中任一項之醫藥組合物，其中該免疫治療劑包含以癌症特異性抗原誘發(primed)之抗原呈現細胞(APC)。
如請求項44之醫藥組合物，其中該APC係樹突細胞、巨噬細胞或B細胞。
如請求項44或請求項45之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎兒蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、週期蛋白D1、週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、Hepsin、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸道羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(亦稱為CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
如請求項44或請求項45之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係新抗原。
如請求項19至47中任一項之醫藥組合物，其中該免疫治療劑包含癌症特異性嵌合抗原受體(CAR)。
如請求項48之醫藥組合物，其中該CAR係於T細胞之表面上投與。
如請求項48或49之醫藥組合物，其中該CAR特異性結合至癌症相關抗原。
如請求項50之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎兒蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、週期蛋白D1、週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、Hepsin、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸道羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(亦稱為CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
如請求項49之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係新抗原。
如請求項19至52中任一項之醫藥組合物，其中該免疫治療劑包含癌症特異性T細胞。
如請求項53之醫藥組合物，其中該T細胞係CD4⁺ T細胞。
如請求項54之醫藥組合物，其中該CD4⁺ T細胞係T_H 1 T細胞、T_H 2 T細胞或T_H 17 T細胞。
如請求項53至55中任一項之醫藥組合物，其中該T細胞表現對癌症相關抗原具特異性之T細胞受體。
如請求項56之醫藥組合物，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎兒蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、週期蛋白D1、週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、Hepsin、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸道羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(亦稱為CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
如請求項19至57中任一項之醫藥組合物，其中該免疫治療劑包含免疫活化蛋白。
如請求項58之醫藥組合物，其中該免疫活化蛋白係細胞介素或趨化介素(chemokine)。
如請求項59之醫藥組合物，其中該免疫活化蛋白係選自由以下組成之群：B淋巴細胞化學引誘物(「BLC」)、C-C結構組元(motif)趨化介素11 (「伊紅趨素(Eotaxin)-1」)、嗜酸性粒細胞趨化蛋白2 (「伊紅趨素-2」)、粒細胞群落刺激因子(「G-CSF」)、粒細胞巨噬細胞群落刺激因子(「GM-CSF」)、1-309、細胞間黏附分子1 (「ICAM-1」)、干擾素α (「IFN-α」)、干擾素β (「IFN-β」)、干擾素γ (「IFN-γ」)、介白素-1 α (「IL-1 α」)、介白素-1 β (「IL-1 β」)、介白素(Interleukin) 1受體拮抗劑(「IL-1 ra」)、介白素-2 (「IL-2」)、介白素-4 (「IL-4」)、介白素-5 (「IL-5」)、介白素-6 (「IL-6」)、介白素-6可溶性受體(「IL-6 sR」)、介白素-7 (「IL-7」)、介白素-8 (「IL-8」)、介白素-10 (「IL-10」)、介白素-11 (「IL-11」)、介白素-12之亞單元β(「IL-12 p40」或「IL-12 p70」)、介白素-13 (「IL-13」)、介白素-15 (「IL-15」)、介白素-16 (「IL-16」)、介白素-17A-F (「IL-17A-F」)、介白素-18 (「IL-18」)、介白素-21 (「IL-21」)、介白素-22 (「IL-22」)、介白素-23 (「IL-23」)、介白素-33 (「IL-33」)、趨化介素(C-C結構組元)配體2 (「MCP-1」)、巨噬細胞群落刺激因子(「M-CSF」)、由γ干擾素誘導之單核因子(「MIG」)、趨化介素(C-C結構組元)配體2 (「MIP-1 α」)、趨化介素(C-C結構組元)配體4 (「MIP-1 β」)、巨噬細胞發炎蛋白-1-δ (「MIP-1 δ」)、血小板源生長因子亞單元B (「PDGF-BB」)、趨化介素(C-C結構組元)配體5、調節活化正常T細胞表現及分泌因子(「RANTES」)、TIMP金屬肽酶抑制因子1 (「TIMP-1」)、TIMP金屬肽酶抑制因子2 (「TIMP-2」)、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-α (「TNF α」)、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-β (「TNF β」)、可溶性TNF受體1型 (「sTNFRI」)、sTNFRIIAR、腦源神經營養因子(「BDNF」)、鹼性成纖維細胞生長因子(「bFGF」)、骨成形性蛋白4 (「BMP-4」)、骨成形性蛋白5 (「BMP-5」)、骨成形性蛋白7 (「BMP-7」)、神經生長因子(「b-NGF」)、表皮生長因子(「EGF」)、表皮生長因子受體(「EGFR」)、內分泌腺源血管內皮細胞生長因子(「EG-VEGF」)、成纖維細胞生長因子4 (「FGF-4」)、角質細胞生長因子(「FGF-7」)、生長分化因子15 (「GDF-15」)、膠質細胞源神經營養因子(「GDNF」)、生長激素、肝素結合之EGF樣生長因子(「HB-EGF」)、肝細胞生長因子(「HGF」)、胰島素樣生長因子結合蛋白1 (「IGFBP-1」)、胰島素樣生長因子結合蛋白2 (「IGFBP-2」)、胰島素樣生長因子結合蛋白3 (「IGFBP-3」)、胰島素樣生長因子結合蛋白4 (「IGFBP-4」)、胰島素樣生長因子結合蛋白6 (「IGFBP-6」)、胰島素樣生長因子1 (「IGF-1」)、胰島素、巨噬細胞群落刺激因子(「M-CSF R」)、神經生長因子受體(「NGF R」)、神經滋養素-3 (「NT-3」)、神經滋養素-4 (「NT-4」)、破骨細胞生成抑制因子(「骨保護素(Osteoprotegerin)」)、血小板源生長因子受體(「PDGF-AA」)、磷脂醯肌醇聚醣生物合成(「PIGF」)，含Skp、Cullin、F盒之複合物(「SCF」)、幹細胞因子受體(「SCF R」)、轉形生長因子α (「TGFα」)、轉形生長因子β-1 (「TGF β 1」)、轉形生長因子β-3 (「TGF β 3」)、血管內皮細胞生長因子(「VEGF」)、血管內皮細胞生長因子受體2 (「VEGFR2」)、血管內皮細胞生長因子受體3 (「VEGFR3」)、VEGF-D 6Ckine、酪胺酸-蛋白激酶受體UFO (「Axl」)、β細胞調節素(Betacellulin)「BTC」)、黏膜相關上皮趨化介素(「CCL28」)、趨化介素(C-C結構組元)配體27 (「CTACK」)、趨化介素(C-X-C結構組元)配體16 (「CXCL16」)、C-X-C結構組元趨化介素5 (「ENA-78」)、趨化介素(C-C結構組元)配體26 (「伊紅趨素-3」)、粒細胞趨化蛋白2 (「GCP-2」)、GRO、趨化介素(C-C結構組元)配體14 (「HCC-l」)、趨化介素(C-C結構組元)配體16 (「HCC-4」)、介白素-9 (「IL-9」)、介白素-17 F (「IL-17F」)、介白素-18-結合蛋白(「IL-18 BPa」)、介白素-28 A (「IL-28A」)、介白素29 (「IL-29」)、介白素31 (「IL-31」)、C-X-C結構組元趨化介素10 (「IP-10」)、趨化介素受體CXCR3 (「I-TAC」)、白血病抑制因子(「LIF」)、Light、趨化介素(C結構組元)配體(「淋巴細胞趨化介素(Lymphotactin))、單核細胞化學引誘蛋白2 (「MCP-2」)、單核細胞化學引誘蛋白3 (「MCP-3」)、單核細胞化學引誘蛋白4 (「MCP-4」)、巨噬細胞源趨化介素(「MDC」)、巨噬細胞移動抑制因子(「MIF」)、趨化介素(C-C結構組元)配體20 (「MIP-3 α」)、C-C結構組元趨化介素19 (「MIP-3β」)、趨化介素(C-C結構組元)配體23 (「MPIF-1」)、巨噬細胞刺激蛋白α鏈(「MSPα」)、核小體組裝蛋白1樣4 (「NAP-2」)、分泌型磷蛋白1 (「骨橋蛋白(Osteopontin)」)、肺及活化調節之細胞介素(「PARC」)、血小板因子4 (「PF4」)、基質細胞源因子-1α (「SDF-1α」)、趨化介素(C-C結構組元)配體17 (「TARC」)、胸腺表現之趨化介素(「TECK」)、胸腺基質淋巴細胞生成素(「TSLP 4-IBB」)、CD 166抗原(「ALCAM」)、分化簇80 (「B7-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員17 (「BCMA」)、分化簇14 (「CD14」)、分化簇30 (「CD30」)、分化簇40 (「CD40配體」)、癌胚抗原相關細胞黏附分子1 (膽汁(biliary)醣蛋白) (「CEACAM-1」)、死亡受體6 (「DR6」)、脫氧胸苷激酶(「Dtk」)、1型膜醣蛋白(「內皮醣蛋白(Endoglin)」)、受體酪胺酸蛋白激酶erbB-3 (「ErbB3」)、內皮-白血球黏附分子1 (「E-選擇素」)、細胞凋亡抗原1 (「Fas」)、Fms樣酪胺酸激酶3 (「Flt-3L」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員1 (「GITR」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員14 (「HVEM」)、細胞間黏附分子3 (「ICAM-3」)、IL-1 R4、IL-1 RI、IL-10 Rβ、IL-17R、IL-2Rγ、IL-21R、溶酶體膜蛋白2 (「LIMPII」)、中性粒細胞明膠酶相關脂質運載蛋白(lipocalin) (「脂質運載蛋白-2」)、CD62L (「L-選擇素」)、淋巴管內皮(「LYVE-1」)、MHC I類多肽相關序列A (「MICA」)、MHC I類多肽相關序列B (「MICB」)、NRGl-βl、β型血小板源生長因子受體(「PDGF Rβ」)、血小板內皮細胞黏附分子(「PECAM-1」)、RAGE、A型肝炎病毒細胞受體1 (「TIM-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員IOC (「TRAIL R3」)、Trappin蛋白轉麩醯胺酸酶結合域(「Trappin-2」)、尿激酶受體(「uPAR」)、血管細胞黏附蛋白1 (「VCAM-1」)、XEDAR活化素A、野鼠(Agouti)相關蛋白(「AgRP」)、核糖核酸酶5 (「血管生成素(Angiogenin)」)、血管生成素(Angiopoietin)1、血管抑素(Angiostatin)、組織蛋白酶S、CD40、隱匿性家族蛋白IB (「Cripto-1」)、DAN、Dickkopf相關蛋白1 (「DKK-1」)、E-鈣黏著蛋白(Cadherin)、上皮細胞黏附分子(「EpCAM」)、Fas配體(FasL或CD95L)、Fcg RIIB/C、卵泡抑素(FoUistatin)、半乳糖凝集素(Galectin)-7、細胞間黏附分子2 (「ICAM-2」)、IL-13 Rl、IL-13R2、IL-17B、IL-2 Ra、IL-2 Rb、IL-23、LAP、神經元細胞黏附分子(「NrCAM」)、纖維蛋白溶酶原活化物抑制因子-1 (「PAI-1」)、血小板源生長因子受體(「PDGF-AB」)、抵抗素(Resistin)、基質細胞源因子1 (「SDF-1β」)、sgpl30、分泌型捲曲(frizzled)相關蛋白2 (「ShhN」)、唾液酸結合免疫球蛋白型凝集素(「Siglec-5」)、ST2、轉形生長因子-β 2 (「TGF β2」)、Tie-2、血小板生成素(「TPO」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員10D (「TRAIL R4」)、骨髓細胞上表現之觸發受體1 (「TREM-1」)、血管內皮細胞生長因子C (「VEGF-C」)、VEGFRl脂聯素(Adiponectin)、降脂蛋白(Adipsin) (「AND」)、α-胎兒蛋白(「AFP」)、血管生成素樣4 (「ANGPTL4」)、β-2-微球蛋白(「B2M」)、基底細胞黏附分子(「BCAM」)、糖類抗原125 (「CA125」)、癌症抗原15-3 (「CA15-3」)、癌胚抗原(「CEA」)、cAMP受體蛋白(「CRP」)、人類表皮生長因子受體2 (「ErbB2」)、卵泡抑素、促卵泡激素(「FSH」)、趨化介素(C-X-C結構組元)配體1 (「GRO α」)、人絨毛膜促性腺激素(「β HCG」)、胰島素樣生長因子1受體(「IGF-1 sR」)、IL-1 sRII、IL-3、IL-18 Rb、IL-21、瘦素、基質金屬蛋白酶-1 (「MMP-1」)、基質金屬蛋白酶-2 (「MMP-2」)、基質金屬蛋白酶-3 (「MMP-3」)、基質金屬蛋白酶-8 (「MMP-8」)、基質金屬蛋白酶-9 (「MMP-9」)、基質金屬蛋白酶-10 (「MMP-10」)、基質金屬蛋白酶-13 (「MMP-13」)、神經細胞黏附分子(「NCAM-1」)、巢蛋白(Entactin) (「巢蛋白(Nidogen)-1」)、神經元特異性烯醇酶(「NSE」)、抑瘤素(Oncostatin) M (「OSM」)、降鈣素原(Procalcitonin)、催乳素、前列腺特異性抗原(「PSA」)、唾液酸結合Ig樣凝集素9 (「Siglec-9」)、ADAM 17肽鏈內切酶(「TACE」)、甲狀腺球蛋白、金屬蛋白酶抑制因子4 (「TIMP-4」)、TSH2B4、含解聚素(Disintegrin)及金屬蛋白酶域之蛋白9 (「ADAM-9」)、血管生成素2、腫瘤壞死因子配體超家族成員13/富含酸性白胺酸之核磷蛋白32家族成員B (「APRIL」)、骨成形性蛋白2 (「BMP-2」)、骨成形性蛋白9 (「BMP-9」)、補體組分5a (「C5a」)、組織蛋白酶L、CD200、CD97、趨化素(Chemerin)、腫瘤壞死因子受體超家族成員6B (「DcR3」)、脂肪酸結合蛋白2 (「FABP2」)、成纖維細胞活化蛋白α (「FAP」)、成纖維細胞生長因子19 (「FGF-19」)、半乳糖凝集素-3、肝細胞生長因子受體(「HGF R」)、IFN-γα/β R2、胰島素樣生長因子2 (「IGF-2」)、胰島素樣生長因子2受體(「IGF-2 R」)、介白素-1受體6 (「IL-1R6」)、介白素24 (「IL-24」)、介白素33 (「IL-33」、激肽釋放素14、天冬醯胺醯基肽鏈內切酶(「Legumain」)、氧化型低密度脂蛋白受體1 (「LOX-1」)、甘露糖結合凝集素(「MBL」)、腦啡肽酶(Neprilysin)(「NEP」)、易位相關Notch同系物1 (果蠅) (「Notch-1」)、過度表現之腎母細胞瘤(「NOV」)、骨活素、程式性細胞死亡蛋白1 (「PD-1」)、N-乙醯胞壁醯基-L-丙胺酸醯胺酶(「PGRP-5」)、絲胺酸蛋白酶抑制劑(Serpin) A4、分泌型捲曲相關蛋白3 (「sFRP-3」)、血栓調節蛋白、類鐸受體2 (「TLR2」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員10A (「TRAIL Rl」)、轉鐵蛋白(「TRF」)、WIF-lACE-2、白蛋白、AMICA、血管生成素4、B細胞活化因子(「BAFF」)、糖類抗原19-9 (「CA19-9」)、CD 163、聚集素(Clusterin)、CRT AM、趨化介素(C-X-C結構組元)配體14 (「CXCL14」)、胱抑素(Cystatin) C、核心蛋白聚醣(Decorin)(「DCN」)、Dickkopf相關蛋白3 (「Dkk-3」)、Delta樣蛋白1 (「DLL1」)、胎球蛋白(Fetuin) A、肝素結合生長因子1 (「aFGF」)、葉酸受體α (「FOLR1」)、弗林蛋白酶(Furin)、GPCR相關分選蛋白1 (「GASP-1」)、GPCR相關分選蛋白2 (「GASP-2」)、粒細胞群落刺激因子受體(「GCSF R」)、絲胺酸蛋白酶hepsin (「HAI-2」)、介白素-17B受體(「IL-17B R」)、介白素27 (「IL-27」)、淋巴細胞活化基因3 (「LAG-3」)、脂蛋白元(Apolipoprotein) A-V (「LDL R」)、胃蛋白酶原I、視黃醇結合蛋白4 (「RBP4」)、SOST、硫酸乙醯肝素蛋白多醣(「配聚醣(Syndecan)-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員13B (「TACI」)、組織因子通路抑制因子(「TFPI」)、TSP-1、腫瘤壞死因子受體超家族成員10b (「TRAIL R2」)、TRANCE、肌鈣蛋白(Troponin) I、尿激酶纖維蛋白溶酶原活化因子(「uPA」)、鈣黏著蛋白(Cadherin) 5、 2型或VE-鈣黏著蛋白(血管內皮鈣黏著蛋白，亦稱為CD144 (「VE-鈣黏著蛋白」))、WNTl誘導型傳訊通路蛋白1 (「WISP-1」)及核因子κB之受體活化因子(「RANK」)。
如請求項19至60中任一項之醫藥組合物，其中該免疫治療劑包含佐劑。
如請求項61之醫藥組合物，其中該佐劑係選自由以下組成之群：免疫調節蛋白、佐劑65、α-GalCer、磷酸鋁、氫氧化鋁、磷酸鈣、β-葡聚醣肽、CpG DNA、GPI-0100、脂質A、脂多醣、利波夫(Lipovant)、蒙塔尼(Montanide)、N-乙醯基-胞壁醯基-L-丙胺醯基-D-異麩醯胺酸、Pam3CSK4、quil A及海藻糖二黴菌酸酯(dimycolate)。
如請求項16至62中任一項之醫藥組合物，其中該癌症治療劑包含血管生成抑制劑。
如請求項63之醫藥組合物，其中該血管生成抑制劑係選自由以下組成之群：貝伐單抗(Bevacizumab)(Avastin®)、Ziv-阿柏西普(Aflibercept) (Zaltrap®)、索拉非尼(Sorafenib)(Nexavar®)、舒尼替尼(Sunitinib) (Sutent®)、帕唑帕尼(Pazopanib)(Votrient®)、瑞戈非尼(Regorafenib) (Stivarga®)及卡巴坦尼(Cabozantinib)(Cometriq™)。
如請求項16至64中任一項之醫藥組合物，其中該癌症治療劑包含抗生素。
如請求項65之醫藥組合物，其中該抗生素係選自由以下組成之群：胺基糖苷類、安莎黴素類(ansamycins)、碳頭孢烯類(carbacephems)、碳青黴烯類(carbapenems)、頭孢菌素類、醣肽類、林可醯胺類(lincos-amides)、脂肽類、大環內酯類、單環β-內醯胺類(monobactams)、硝基呋喃類、噁唑烷酮類、青黴素類、多肽抗生素、喹諾酮類、氟喹諾酮類、磺胺類、四環素類、抗分枝桿菌化合物及其組合。
如請求項16至66中任一項之醫藥組合物，其中該癌症治療劑包含治療性細菌(therapeutic bacteria)。
如請求項67之醫藥組合物，其中該組合物進一步包含益生質(prebiotic)。
如請求項68之醫藥組合物，其中該益生質係果寡糖、半乳寡糖、反式半乳寡糖、木寡糖、殼寡糖、大豆寡糖、龍膽寡糖、異麥芽寡糖、甘露寡糖、麥芽寡糖、甘露寡糖、乳酮糖、乳果寡糖、帕拉金糖(palatinose)、糖基蔗糖、瓜爾膠、阿拉伯樹膠、塔格糖(tagalose)、直鏈澱粉、支鏈澱粉、果膠、木聚糖或環糊精。
如請求項15之醫藥組合物，其中該額外治療劑包含抗生素。
如請求項70之醫藥組合物，其中該抗生素係選自由以下組成之群：胺基糖苷類、安莎黴素類、碳頭孢烯類、碳青黴烯類、頭孢菌素類、醣肽類、林可醯胺類、脂肽類、大環內酯類、單環β-內醯胺類、硝基呋喃類、噁唑烷酮類、青黴素類、多肽抗生素、喹諾酮類、氟喹諾酮類、磺胺類、四環素類、抗分枝桿菌化合物及其組合。
如請求項70或71中任一項之醫藥組合物，其中該額外治療劑包含治療性細菌。
如請求項15之醫藥組合物，其中該額外治療劑包含免疫抑制劑、DMARD、止痛藥(pain-control drug)、類固醇、非類固醇抗炎藥(NSAID)或細胞介素拮抗劑，及其組合。
如請求項74之醫藥組合物，其中該額外治療劑係選自由以下組成之群：環孢菌素、類視色素、皮質類固醇、丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸(fenamic acid)衍生物、Cox-2抑制劑、羅美昔布(lumiracoxib)、布洛芬(ibuprophen)、水楊酸膽鹼鎂、非諾洛芬(fenoprofen)、雙水楊酸酯(salsalate)、二氟苯水楊酸(difunisal)、托美汀(tolmetin)、酮洛芬(ketoprofen)、氟比洛芬(flurbiprofen)、奧沙普秦(oxaprozin)、吲哚美辛(indomethacin)、舒林酸(sulindac)、依託度酸(etodolac)、酮咯酸(ketorolac)、萘丁美酮(nabumetone)、萘普生(naproxen)、伐地考昔(valdecoxib)、依託考昔(etoricoxib)、MK0966；羅非昔布(rofecoxib)、對乙醯胺基酚(acetominophen)、塞來昔布(Celecoxib)、雙氯芬酸(Diclofenac)、曲馬多(tramadol)、吡羅昔康(piroxicam)、美洛昔康(meloxicam)、替諾昔康(tenoxicam)、屈昔康(droxicam)、氯諾昔康(lornoxicam)、伊索昔康(isoxicam)、甲芬那酸(mefanamic acid)、甲氯芬那酸(meclofenamic acid)、氟芬那酸(flufenamic acid)、托芬那酸(tolfenamic)、伐地考昔(valdecoxib)、帕瑞昔布(parecoxib)、依託度酸(etodolac)、吲哚美辛(indomethacin)、阿司匹林(aspirin)、布洛芬(ibuprophen)、非羅考昔(firocoxib)、氨甲喋呤(methotrexate (MTX))、抗瘧疾藥物(例如，羥基氯喹(hydroxychloroquine)及氯喹(chloroquine))、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、來氟米特(Leflunomide)、硫唑嘌呤(azathioprine)、環孢菌素(cyclosporin)、金鹽(gold salt)、米諾環素(minocycline)、環磷醯胺(cyclophosphamide)、D-青黴胺(D-penicillamine)、米諾環素(minocycline)、金諾芬(auranofin)、他克莫司(tacrolimus)、硫代苯酸金鈉(myocrisin)、氯芥苯丁酸(chlorambucil)、TNF α拮抗劑(例如，TNF α拮抗劑或TNF α受體拮抗劑)，例如，阿達木單抗(Humira®)、依那西普(Enbrel®)、英夫利昔單抗(Remicade®；TA-650)、聚乙二醇賽妥珠單抗(Cimzia®；CDP870)、戈利木單抗(Simpom®；CNTO 148)、阿那白滯素(Kineret®)、利妥昔單抗(Rituxan®；MabThera®)、阿巴西普(Orencia®)、托珠單抗(RoActemra /Actemra®)、整合素拮抗劑(TYSABRI® (那他珠單抗))、IL-1拮抗劑(ACZ885 (Ilaris))、阿那白滯素(Kineret®))、CD4拮抗劑、IL-23拮抗劑、IL-20拮抗劑、IL-6拮抗劑、BLyS拮抗劑(例如，阿塞西普、Benlysta®/ LymphoStat-B® (貝利木單抗))、p38抑制劑、CD20拮抗劑(奧瑞珠單抗(Ocrelizumab)、奧法木單抗(Arzerra®))、干擾素γ拮抗劑(芳妥珠單抗(Fontolizumab))、潑尼松龍(prednisolone)、強的松(Prednisone)、地塞米松(dexamethasone)、皮質醇(Cortisol)、可的松(cortisone)、氫化可的松(hydrocortisone)、甲基潑尼松龍(methylprednisolone)、倍他米松(betamethasone)、曲安奈德(triamcinolone)、倍氯米松(beclometasome)、氟氫可的松(fludrocortisone)、去氧皮質酮(deoxycorticosterone)、醛固酮(aldosterone)、強力黴素(Doxycycline)、萬古黴素(vancomycin)、吡格列酮(pioglitazone)、SBI-087、SCIO-469、Cura-100、Oncoxin + Viusid、TwHF、甲氧沙林(Methoxsalen)、維生素D-麥角鈣化醇(Vitamin D - ergocalciferol)、米那普崙(Milnacipran)、紫杉醇(Paclitaxel)、羅西格塔松(rosig tazone)、他克莫司(Tacrolimus) (Prograf®)、RADOOl、拉帕蒙(rapamune)、雷帕黴素(rapamycin)、福斯馬替尼(fostamatinib)、芬太尼(Fentanyl)、XOMA 052、福斯馬替尼二鈉(Fostamatinib disodium)、羅格列酮(rosightazone)、薑黃素(Curcumin) (Longvida™)、瑞舒伐他汀(Rosuvastatin)、馬拉韋羅(Maraviroc)、雷米普利(ramipnl)、米那普崙(Milnacipran)、考前列酮(Cobiprostone)、生長激素(somatropin)、tgAAC94基因治療媒劑、MK0359、GW856553、埃索美拉唑(esomeprazole)、依維莫司(everolimus)、曲妥珠單抗(trastuzumab)、JAKl及JAK2抑制劑、泛JAK抑制劑，例如，四環吡啶酮6 (P6)、325、PF-956980、狄諾塞麥(denosumab)、IL-6拮抗劑、CD20拮抗劑、CTLA4拮抗劑、IL-8拮抗劑、IL-21拮抗劑、IL-22拮抗劑、整合素拮抗劑(Tysarbri® (那他珠單抗))、VGEF拮抗劑、CXCL拮抗劑、MMP拮抗劑、防禦素拮抗劑、IL-1拮抗劑(包括IL-1 β拮抗劑)，及IL-23拮抗劑(例如，受體誘捕物、拮抗性抗體)。
如請求項74之醫藥組合物，其中該免疫抑制劑係皮質類固醇、美沙拉嗪(mesalazine)、美沙拉明(mesalamine)、柳氮磺胺吡啶(sulfasala-zine)、柳氮磺胺吡啶衍生物、免疫抑制藥物、環孢菌素A、巰基嘌呤、硫唑嘌呤(azathiopurine)、強的松(prednisone)、氨甲喋呤(methotrexate)、抗組胺、糖皮質激素、腎上腺素、茶鹼、色甘酸(cromolyn)鈉、抗白三烯、用於鼻炎之抗膽鹼能藥物、TLR拮抗劑、發炎體抑制劑、抗膽鹼能解充血劑(decongestants)、肥大細胞穩定劑、單株抗IgE抗體、疫苗(例如用於接種使過敏原之量逐漸增加之疫苗)、細胞介素抑制劑，諸如抗IL-6抗體、TNF抑制劑，諸如英夫利昔單抗(infliximab)、阿達木單抗(adalimumab)、聚乙二醇賽妥珠單抗(certolizumab pegol)、戈利木單抗(golimumab)或依那西普(etanercept)，及其組合。
一種治療個體之疾病之方法，其包括向該個體投與如請求項1至15中任一項之醫藥組合物。
如請求項76之方法，其中該疾病係自體免疫性疾病、發炎性疾病、代謝疾病或癌症。
一種治療個體之癌症之方法，其包括向該個體投與如請求項1至69中任一項之醫藥組合物。
一種增加患有癌症之個體之微生物群系(microbiome)之方法，該方法包括向該個體投與如請求項1至69中任一項之醫藥組合物以將EV及/或細菌添加至該個體中之棲位(niche)。
一種消除(depleting)個體中癌症相關細菌之腫瘤之方法，該方法包括向該個體投與如請求項1至69中任一項之醫藥組合物以將EV及/或細菌添加至該個體中之棲位。
一種改變個體中腫瘤微生物群系之方法，該方法包括向該個體投與如請求項1至69中任一項之醫藥組合物以將EV及/或細菌添加至該個體中之棲位。
一種改變個體中腸系膜淋巴結微生物群系之方法，該方法包括向該個體投與如請求項1至69中任一項之醫藥組合物以將EV及/或細菌添加至該個體中之棲位。
一種改變個體中樹突細胞之抗原呈遞之方法，該方法包括向該個體投與如請求項1至69中任一項之醫藥組合物以將EV及/或細菌添加至該個體中之棲位。
一種活化個體中上皮細胞之方法，該方法包括向該個體投與如請求項1至69中任一項之醫藥組合物以將EV及/或添加至個體中之棲位。
如請求項79至84中任一項之方法，其中該棲位係於該個體之胃腸道中。
如請求項79至84中任一項之方法，其中該棲位係於該個體之泌尿生殖道中。
如請求項79至84中任一項之方法，其中該棲位係於該個體之呼吸道中。
如請求項79至87中任一項之方法，其中該等EV及/或細菌係來自癌症相關細菌。
如請求項88之方法，其中該癌症相關細菌係選自由表2中列舉之細菌菌種組成之群之菌種。
如請求項88至89中任一項之方法，其中該等EV及/或細菌係來自專性厭氧細菌。
如請求項90之方法，其中該專性厭氧細菌係選自由以下組成之群之屬之細菌：擬桿菌屬、普雷沃菌屬、卟啉單胞菌屬、梭桿菌屬、嗜膽菌屬、薩特氏菌屬、消化鏈球菌屬、梭菌屬、放線菌屬、丙酸桿菌屬、真桿菌屬、乳桿菌屬、鏈球菌屬、範永氏球菌屬、阿加薩桿菌屬、奇異菌屬、布勞特氏菌屬、伯克霍爾德菌屬、迪爾莫菌屬、長鏈菌屬(Longicatena)、副梭菌屬、蘇黎世桿菌屬及泰澤菌屬(Tyzzerella)。
如請求項79至87中任一項之方法，其中該等EV及/或細菌係來自選自由以下組成之群之屬之細菌：大腸桿菌屬、克雷白氏菌屬、乳桿菌屬、志賀氏菌屬及葡萄球菌屬。
如請求項79至92中任一項之方法，其中該癌症選自由以下組成之群：惡性血液病、急性非淋巴細胞白血病、慢性淋巴細胞白血病、急性粒細胞白血病、慢性粒細胞白血病、急性前髓細胞白血病、成人T細胞白血病、白血球缺乏性白血病、白血球性白血病、嗜鹼性白血病、胚細胞白血病、牛白血病、慢性髓細胞白血病、皮膚白血病、胚胎性白血病、嗜酸性粒細胞白血病、格羅斯白血病(Gross' leukemia)、李德爾氏細胞白血病(Rieder cell leukemia)、希林氏白血病(Schilling's leukemia)、幹細胞白血病、亞白血病性白血病、未分化細胞白血病、毛細胞白血病、成血細胞性白血病、血母細胞性白血病、組織細胞性白血病、幹細胞白血病、急性單核細胞白血病、白血球減少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母細胞性白血病、淋巴細胞性白血病、淋巴源性白血病、淋巴樣白血病、淋巴肉瘤細胞白血病、肥大細胞白血病、巨核細胞白血病、微小髓母細胞性白血病、單核細胞白血病、髓母細胞性白血病、髓細胞性白血病、髓性粒細胞白血病、骨髓單核細胞性白血病、內格利白血病(Naegeli leukemia)、漿細胞白血病、漿細胞性白血病、前髓細胞白血病、腺泡癌、腺泡狀癌、腺囊性癌、腺樣囊性癌、腺瘤性癌、腎上腺皮質癌、肺泡癌、肺泡細胞癌、基底細胞癌(basal cell carcinoma)、基底細胞癌(carcinoma basocellulare)、基底細胞樣癌、基底鱗狀細胞癌、細支氣管肺泡癌、細支氣管癌、支氣管肺癌、腦型癌、膽管細胞癌、絨毛膜癌、膠樣癌、粉刺癌、子宮體癌、篩骨狀癌、鎧甲狀癌、皮膚癌、柱狀癌、柱狀細胞癌、管狀癌、硬癌、胚胎癌、腦樣癌、闌尾癌、腺樣上皮癌、外生癌、潰瘍性癌、纖維癌、明膠樣癌、膠狀癌、巨大細胞癌、戒環細胞癌、單純癌、小細胞癌、馬鈴薯狀癌、球狀細胞癌、梭細胞癌、海綿狀癌、鱗狀癌、鱗狀細胞癌、繩捆癌、血管擴張性癌、毛細管擴張性癌、移行細胞癌、結節性皮癌、結節性癌、疣狀癌、絨毛狀癌、巨細胞癌、腺癌、顆粒細胞癌、毛基質癌、血樣癌、肝細胞癌、許特萊氏細胞腺癌(Hurthle cell carcinoma)、玻質狀癌、腎上腺樣癌、嬰兒胚胎癌、原位癌、表皮內癌、上皮內癌、克龍派切爾癌(Krompecher's carcinoma)、庫爾契茨基氏細胞癌(Kulchitzky-cell carcinoma)、大細胞癌、扁豆狀癌、豆狀核癌、脂肪瘤癌、淋巴上皮癌、延髓癌、髓樣癌、黑色素癌、痣癌、黏液素癌(mucinous carcinoma)、黏液癌(carcinoma muciparum)、黏液細胞癌、黏液表皮樣癌、黏膜癌、黏液癌(mucous carcinoma)、黏液瘤、鼻咽癌、燕麥細胞癌、骨化癌、骨樣癌、乳頭狀癌、門靜脈周癌、侵襲前癌、棘細胞癌、糜爛性癌、腎之腎細胞癌、儲備細胞癌、肉瘤樣癌、施奈德癌(schneiderian carcinoma)、硬癌、陰囊癌、軟骨肉瘤、纖維肉瘤、淋巴肉瘤、黑色素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宮內膜肉瘤、基質肉瘤、尤因肉瘤、筋膜肉瘤、成纖維細胞肉瘤、巨細胞肉瘤、阿米希肉瘤(Abemethy's sarcoma)、脂肪肉瘤(adipose sarcoma)、脂肉瘤(liposarcoma)、牙槽軟組織肉瘤、釉質母細胞肉瘤、葡萄狀肉瘤、綠肉瘤、絨毛膜癌、胚胎性肉瘤、威爾姆斯瘤肉瘤(Wilms' tumor sarcoma)、粒細胞肉瘤、霍奇金肉瘤、特發性多發性色素性出血肉瘤、B細胞免疫母細胞肉瘤、淋巴瘤、T細胞免疫母細胞肉瘤、詹森肉瘤(Jensen's sarcoma)、卡波西肉瘤、庫普弗細胞肉瘤(Kupffer cell sarcoma)、血管肉瘤、白血球肉瘤、惡性間葉質肉瘤、骨旁肉瘤、網織細胞肉瘤、勞氏肉瘤(Rous sarcoma)、漿細胞性肉瘤、滑膜肉瘤、毛細血管擴張性肉瘤、霍奇金病(Hodgkin’s Disease)、非霍奇金淋巴瘤、多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、乳癌、卵巢癌、肺癌、橫紋肌肉瘤、原發性血小板增多症、原發性巨球蛋白血症、小細胞肺腫瘤、原發性腦腫瘤、胃癌、結腸癌、惡性胰臟胰島素瘤、惡性類癌、癌前皮膚病變、睪丸癌、淋巴瘤、甲狀腺癌、神經母細胞瘤、食道癌、泌尿生殖道癌、惡性高鈣血症、宮頸癌、子宮內膜癌、腎上腺皮質癌、哈-帕二氏黑色素瘤(Harding-Passey melanoma)、幼年黑色素瘤、小痣性惡性黑色素瘤、惡性黑色素瘤、肢端小痣性黑色素瘤、無色素性黑色素瘤、良性幼年黑色素瘤、克勞德曼黑色素瘤(Cloudman's melanoma)、S91黑色素瘤、結節性黑色素瘤甲下黑色素瘤、漿細胞瘤、結腸直腸癌、直腸癌及淺表擴散黑色素瘤。
如請求項76至93中任一項之方法，其中該醫藥組合物係經口投與。
如請求項76至93中任一項之方法，其中該醫藥組合物係靜脈內投與。
如請求項76至93中任一項之方法，其中該醫藥組合物係瘤內投與。
如請求項76至93中任一項之方法，其中該醫藥組合物係腫瘤下投與。
如請求項76至93中任一項之方法，其中該醫藥組合物係藉由皮下、皮內或腹膜內注射投與。
如請求項76至93中任一項之方法，其中該醫藥組合物係與控釋基質一起瘤內投與。
如請求項78至99中任一項之方法，其中該醫藥組合物之投與治療該癌症。
如請求項78至100中任一項之方法，其中該醫藥組合物之投與誘發抗腫瘤免疫反應。
如請求項78至101中任一項之方法，其中該癌症治療包含放射治療。
如請求項76至102中任一項之方法，其中該方法進一步包括向該個體投與抗生素。
如請求項103之方法，其中該抗生素係選自由以下組成之群：胺基糖苷類、安莎黴素類、碳頭孢烯類、碳青黴烯類、頭孢菌素類、醣肽類、林可醯胺類、脂肽類、大環內酯類、單環β-內醯胺類、硝基呋喃類、噁唑烷酮類、青黴素類、多肽抗生素、喹諾酮類、氟喹諾酮類、磺胺類、四環素類、抗分枝桿菌化合物及其組合。
如請求項78至104中任一項之方法，其中該癌症治療包含向該個體投與治療性細菌。
一種治療個體之免疫失調症之方法，其包括向該個體投與如請求項1至15及71至75中任一項之醫藥組合物。
如請求項106中任一項之方法，其中該免疫失調症係選自由以下組成之群：全身性急性播散性禿頭症、白塞氏病、恰加斯病(Chagas' disease)、慢性疲勞症候群、自主神經障礙、腦脊髓炎、強直性脊柱炎、再生障礙性貧血、化膿性汗腺炎、自體免疫性肝炎、自體免疫性卵巢炎、乳糜瀉、克羅恩病、糖尿病1型、巨細胞動脈炎、古德帕斯雷症候群、格雷夫病、格林-巴里症候群、橋本病、亨諾-許蘭二氏紫斑症、川崎病(Kawasaki's disease)、紅斑狼瘡、微觀結腸炎、微觀多動脈炎、混合結締組織病、穆-韋二氏症候群(Muckle-Wells syndrome)、多發性硬化、重症肌無力、眼陣攣肌陣攣症候群、視神經炎、奧爾德甲狀腺炎、天皰瘡、結節性多動脈炎、多肌痛、類風濕性關節炎、萊特爾氏症候群(Reiter's syndrome)、休格倫氏症候群(Sjogren's syndrome)、顳動脈炎、韋格納肉芽腫病(Wegener's granulomatosis)、溫熱自體免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、萊姆病(Lyme disease)、侷限性硬皮病、牛皮癬、肉狀瘤病、硬皮病、潰瘍性結腸炎、白斑病、接觸性超敏反應、接觸性皮炎(包括由毒葛引起之接觸性皮炎)、蕁麻疹、皮膚過敏、呼吸道過敏(花粉熱、過敏性鼻炎、屋塵螨過敏)及麩質敏感性腸病(乳糜瀉)、闌尾炎、皮炎、皮肌炎、心內膜炎、纖維組織炎、齒齦炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹膜炎、喉炎、乳腺炎、心肌炎、腎炎、耳炎、胰臟炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎、咽炎、胸膜炎、局限性肺炎、前列腺增生症、腎盂腎炎及口炎、移植排斥(涉及諸如腎、肝、心臟、肺、胰臟(例如，胰島細胞)、骨髓、角膜、小腸之器官，同種異體皮膚移植、皮膚同種移植物及心臟瓣膜異種移植、血清病及移植物抗宿主病)、急性胰臟炎、慢性胰臟炎、急性呼吸窘迫症候群、西紮利氏症候群(Sexary's syndrome)、先天性腎上腺增生、非化膿性甲狀腺炎、癌症相關聯高鈣血症、天皰瘡、皰疹樣大皰性皮炎、重度多形紅斑、剝脫性皮炎、脂溢性皮炎、季節性或常年過敏性鼻炎、支氣管哮喘、接觸性皮炎、異位性皮炎、藥物過敏反應、過敏性結膜炎、角膜炎、眼帶狀皰疹、虹膜炎及虹膜睫狀體炎、脈絡膜視網膜炎、視神經炎、症狀性結節病、暴發性或播散性肺結核化療、成人特發性血小板減少性紫癜、成人繼發性血小板減少症、獲得性(自體免疫性)溶血性貧血、成人白血病及淋巴瘤、兒童急性白血病、區域性腸炎、自體免疫性血管炎、多發性硬化、慢性阻塞性肺疾病、實體器官移植排斥反應、敗血症。較佳治療包括以下之治療：移植排斥、類風濕性關節炎、銀屑病關節炎、多發性硬化、1型糖尿病、哮喘、發炎腸病、全身性紅斑狼瘡、牛皮癬、慢性阻塞性肺疾病及伴隨感染病症之炎症(例如，敗血症)。
如請求項106至107中任一項之方法，其中該醫藥組合物係經口投與。
如請求項106至107中任一項之方法，其中該醫藥組合物係靜脈內投與。
如請求項106至107中任一項之方法，其中該醫藥組合物係藉由皮下、皮內或腹膜內注射投與。
如請求項70至110中任一項之方法，其中該方法進一步包括向該個體投與益生質。
如請求項111之方法，其中該益生質係果寡糖、半乳寡糖、反式半乳寡糖、木寡糖、殼寡糖、大豆寡糖、龍膽寡糖、異麥芽寡糖、甘露寡糖、麥芽寡糖、甘露寡糖、乳酮糖、乳果寡糖、帕拉金糖、糖基蔗糖、瓜爾膠、阿拉伯樹膠、塔格糖、直鏈澱粉、支鏈澱粉、果膠、木聚糖或環糊精。
如請求項70至112中任一項之方法，其中該個體係人類。
如請求項70至112中任一項之方法，其中該個體係非人類哺乳動物。
如請求項114之方法，其中該哺乳動物係選自由以下組成之群：狗、貓、牛、馬、豬、驢、山羊、駱駝、小鼠、大鼠、天竺鼠、綿羊、駱馬(llama)、猴、大猩猩(gorilla)或黑猩猩。
一種產生經改造之細菌之方法，其包括於細菌內引入導致EV之產生增加之修飾。
如請求項116之方法，其中該細菌係選自由以下組成之群之菌種之細菌：表1中列舉之細菌菌種、馬賽布勞特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪爾莫菌、Longicatena caecimuris 及當別町範永氏球菌。
如請求項116至117中任一項之方法，其中該細菌係專性厭氧細菌。
如請求項118之方法，其中該專性厭氧細菌係選自由以下組成之群之屬之細菌：擬桿菌屬、普雷沃菌屬、卟啉單胞菌屬、梭桿菌屬、嗜膽菌屬、薩特氏菌屬、消化鏈球菌屬、梭菌屬、放線菌屬、丙酸桿菌屬、真桿菌屬、乳桿菌屬、鏈球菌屬、範永氏球菌屬、阿加薩桿菌屬(Agathobaculum)、奇異菌屬、布勞特氏菌屬、伯克霍爾德菌屬、迪爾莫菌屬、長鏈菌屬、副梭菌屬、蘇黎世桿菌屬及泰澤菌屬。
如請求項115之方法，其中該細菌係選自由以下組成之群之屬之細菌：大腸桿菌屬、克雷白氏菌屬、乳桿菌屬、志賀氏菌屬及葡萄球菌屬。
如請求項116至119中任一項之方法，其中該細菌係藉由定向演化(directed evolution)修飾。
如請求項121之方法，其中該定向演化包含將該細菌曝露於經改善之EV產生而改善細菌存活之環境條件下。
如請求項122之方法，其中該環境條件要求EV在小於或等於4之pH之穩定性。
如請求項116至123中任一項之方法，其中該方法包括使用偵測EV產生增加之分析篩選誘變細菌。
如請求項124之方法，其中該方法進一步包括誘變該細菌。
如請求項124或125之方法，其中該等細菌係藉由曝露於化學誘變劑或UV輻射而誘變。
一種產生經改造之細菌之方法，其包括於細菌內引入修飾，導致細菌產生具有改善治療性質之EV。
如請求項127之方法，其中該改善之治療性質包含改善之經口遞送。
如請求項127之方法，其中該改善之治療性質包含在小於或等於4之pH之穩定性。
如請求項127之方法，其中該改善之治療性質包含在0.2%至2%之間膽汁酸濃度之穩定性。
如請求項127至130中任一項之方法，其中該改善之治療性質包含增加之免疫活化。
如請求項127至131中任一項之方法，其中該細菌係選自由以下組成之群之菌種之細菌：表1中列舉之細菌菌種、馬賽布勞特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪爾莫菌、Longicatena caecimuris 及當別町範永氏球菌。
如請求項127至131中任一項之方法，其中該細菌係癌症相關細菌。
如請求項133之方法，其中該癌症相關細菌係選自由表2中列舉之細菌菌種組成之群之菌種之細菌。
如請求項127至133中任一項之方法，其中該細菌係專性厭氧細菌。
如請求項134之方法，其中該專性厭氧細菌係選自由以下組成之群之屬之細菌：擬桿菌屬、普雷沃菌屬、卟啉單胞菌屬、梭桿菌屬、嗜膽菌屬、薩特氏菌屬、消化鏈球菌屬、梭菌屬、放線菌屬、丙酸桿菌屬、真桿菌屬、乳桿菌屬、鏈球菌屬、範永氏球菌屬、阿加薩桿菌屬、奇異菌屬、布勞特氏菌屬、伯克霍爾德菌屬、迪爾莫菌屬、長鏈菌屬、副梭菌屬、蘇黎世桿菌屬及泰澤菌屬。
如請求項127至134中任一項之方法，其中該細菌係選自由以下組成之群之屬之細菌：大腸桿菌屬、克雷白氏菌屬、乳桿菌屬、志賀氏菌屬及葡萄球菌屬。
如請求項127至137中任一項之方法，其中該細菌係藉由定向演化修飾。
如請求項138之方法，其中該定向演化包含將該細菌曝露於EV在小於或等於4之pH之穩定性改善細菌存活之環境條件。
如請求項127至139中任一項之方法，其中該方法包括使用偵測免疫反應活化增加之分析篩選誘變細菌。
如請求項140之方法，其中該方法進一步包括誘變該細菌。
如請求項140或141之方法，其中該等細菌係藉由曝露於化學誘變劑或UV輻射而誘變。
如請求項140至142中任一項之方法，其中該分析係活體內分析、離體分析或活體外分析。
如請求項138至143中任一項之方法，其中該分析係活體內免疫反應分析。
如請求項144之方法，其中該活體內腫瘤殺死分析係於小鼠中進行。
如請求項140至142中任一項之方法，其中該分析係活體外免疫反應分析。
一種經修飾之細菌，其如請求項127至146中任一項之方法產生。
一種為改善EV產生而培養細菌之方法，該方法包括使該等細菌在壓力誘導之生長條件下生長。
如請求項148之方法，其中該等壓力誘導之生長條件包含在亞抑菌濃度之抗生素存在下生長。
如請求項149之方法，其中該抗生素係選自由以下組成之群：胺基糖苷類、安莎黴素類、碳頭孢烯類、碳青黴烯類、頭孢菌素類、醣肽類、林可醯胺類、脂肽類、大環內酯類、單環β-內醯胺類、硝基呋喃類、噁唑烷酮類、青黴素類、多肽抗生素、喹諾酮類、氟喹諾酮類、磺胺類、四環素類、抗分枝桿菌化合物及其組合。
如請求項148之方法，其中該等壓力誘導之生長條件包含在亞抑菌濃度之宿主抗微生物肽存在下生長。
如請求項151之方法，其中該宿主抗微生物肽係溶菌酶、防禦素(defensin)或Reg蛋白。
如請求項148之方法，其中該等壓力誘導之生長條件包含在亞抑菌濃度之細菌產生之抗微生物肽存在下生長。
如請求項153之方法，其中該細菌產生之抗微生物肽係細菌素(bacteriocin)或小菌素(microcin)。
如請求項148之方法，其中該等壓力誘導之生長條件包含在溫度壓力下生長。
如請求項148之方法，其中該等壓力誘導之生長條件包含在碳限制條件下生長。
如請求項148之方法，其中該等壓力誘導之生長條件包含在亞抑菌濃度之鹽存在下生長。
如請求項148之方法，其中該等壓力誘導之生長條件包含在UV光存在下生長。
如請求項148之方法，其中該等壓力誘導之生長條件包含在過氧化氫存在下生長。
如請求項148至159中任一項之方法，其中該細菌係選自由以下組成之群之菌種之細菌：表1中列舉之細菌菌種、馬賽布勞特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪爾莫菌、Longicatena caecimuris 及當別町範永氏球菌。
一種生物反應器，其包含如請求項147之經修飾之細菌。