CN101622349A - 作为治疗性干预靶标的miR-21调节的基因和途径 - Google Patents

作为治疗性干预靶标的miR-21调节的基因和途径 Download PDF

Info

Publication number
CN101622349A
CN101622349A CN200780049435A CN200780049435A CN101622349A CN 101622349 A CN101622349 A CN 101622349A CN 200780049435 A CN200780049435 A CN 200780049435A CN 200780049435 A CN200780049435 A CN 200780049435A CN 101622349 A CN101622349 A CN 101622349A
Authority
CN
China
Prior art keywords
cell
protein
mir
cancer
nucleic acid
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN200780049435A
Other languages
English (en)
Inventor
安德里斯·G·巴德
麦克·拜罗姆
查尔斯·D·约翰逊
大卫·布朗
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Asuragen Inc
Original Assignee
Asuragen Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Asuragen Inc filed Critical Asuragen Inc
Publication of CN101622349A publication Critical patent/CN101622349A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Abstract

本发明涉及用于鉴定被miR－21调节的基因或者基因途径，使用miR－21调节基因或者基因途径，使用该谱评估患者状况和/或用适当miRNA治疗患者的方法和组合物。

Description

作为治疗性干预靶标的miR-21调节的基因和途径
发明背景
I.技术领域
本发明涉及分子生物学和医学领域。更加具体而言，本发明涉及用于治疗受miR-21小RNA、小RNA表达以及受此直接和间接调节的基因和细胞途径影响的疾病或状况的方法。
II.背景技术
在2001年，几个小组使用克隆方法从秀丽隐杆线虫(C.elegans)、果蝇和人中分离和鉴定了一大群“小RNA”(miRNA)(Lagos-Quintana等，2001；Lau等，2001；Lee和Ambrmbros，2001)。已经在植物和包括人在内的动物中鉴定出几百种miRNA，它们似乎不具有内源siRNA。因此，虽然miRNA与siRNA类似，但是miRNA是不同的。
迄今观察到的miRNA长度有大约21-22个核苷酸，并且它们来源于从非蛋白编码基因转录的更长的前体。参见综述Carrington等(2003)。前体形成在自身互补区折回的结构；然后它们被核酸酶切酶(在动物中)或DCL1(在植物中)加工产生短的双链miRNA。miRNA链之一掺入称作RNA诱导沉默复合体(RISC)的蛋白质和miRNA的复合体中。miRNA指引RISC复合体靶向至靶mRNA，然后依赖于miRNA与其mRNA的序列互补程度将其断裂或者发生翻译沉默。当前，据信完全或近乎完全的互补性导致mRNA降解，这如在植物中最普遍观察到的那样。相反，如主要在动物中发现的那样，不完全的碱基配对导致翻译沉默。然而，最近的资料表明了额外复杂性(Bagga等，2005；Lim等，2005)，并且miRNA导致基因沉默的机制仍处于紧张研究中。
最近研究已经表明，众多miRNA的表达水平与各种癌症相关(在Esquela-Kerscher和Slack，2006；Calin和Croce，2006中综述)。也已经表明miRNA参与调节细胞生长和细胞与组织分化，这些是癌症发育相关的细胞过程。
发明人先前证明，hsa-miR-21参与众多细胞活性的调节，这些细胞活性代表着癌症治疗和其他疾病和紊乱治疗的介入点(2005年5月31日提出的美国专利申请序列号11/141,707和2005年11月14日提出的序列号11/273,640)。Hsa-miR-21在许多肿瘤样品中(包括肺肿瘤、结肠肿瘤、乳腺肿瘤、前列腺肿瘤、膀胱肿瘤和甲状腺肿瘤)的表达高于同一患者正常细胞中的表达，并且在慢性淋巴细胞白血病患者白血细胞中的表达高于正常患者白血细胞中的表达。Hsa-miR-21激活编码端粒酶催化结构域的hTert基因。超过90％的人癌症样品具有活化的端粒酶(在Dong等，2005中综述)。发明人还已经观察到，miR-21表达对细胞生长和细胞分裂有影响，减少细胞周期中G1期皮肤细胞(BJ细胞)百分数并增加G2/M期BJ细胞百分数。miR-21抑制剂转染宫颈癌细胞系(HeLa)导致细胞生长显著增加。有趣的是，发明人发现hsa-miR-21降低前列腺癌细胞(22Rv1)的细胞凋亡(程序性细胞死亡)。发明人发现，Hsa-miR-21在狼疮患者细胞样品中的表达水平比正常患者细胞中的表达水平高。系统性红斑狼疮(SLE，狼疮)是慢性炎症性自身免疫病，最终导致免疫复合物介导的末端器官衰竭。相反，miR-21在从多发性硬化(MS)患者分离的脑细胞中的表达低于从正常患者分离的细胞中的表达。其他人随后报道了miR-21在人乳腺肿瘤、结肠肿瘤、肺肿瘤、胰肿瘤、前列腺肿瘤和胃肿瘤(Volinia等，2006)、人脑肿瘤(成胶质细胞瘤)(Ciafre等，2005；Chan等，2005)和恶性人胆管细胞(Meng等，2006)中提高表达。治疗性介入以调节hsa-miR-21所改变基因和基因途径的表达可有效治疗hsa-miR-21相关的癌症、狼疮、MS和其他疾病。
生物信息学分析表明，任何特定miRNA可结合并改变多达几百个不同基因的表达。此外，一个基因可以被几个miRNA调节。因此，每一miRNA可调节基因、基因途径和基因网络间的复杂相互作用。这种牵涉miRNA的调节途径和网络的误调节或改变有可能促成紊乱和疾病，如癌症的发展。虽然生物信息学工具有助于预测miRNA结合靶，但它有局限性。因为miRNA与其靶结合位点的不完全互补性，仅使用生物信息学工具很难精确预测miRNA的mRNA靶。此外，miRNA与靶基因之间的复杂交互调节网路使得很难精确预测哪些基因实际上响应特定miRNA而被误调节。
通过操纵miRNA表达或者通过修复miRNA误调节校正基因表达错误代表着修复遗传病和治疗疾病，如癌症的有前景的方法。如上所述，当前该方法的残缺是任何特定miRNA所影响的调节途径和网络的细节仍然大部分未知。除了PTEN之外，癌细胞中被miR-21调节的基因、基因途径和基因网路仍然大部分未知。当前，这代表着对miR-21可能在其中起作用的癌症治疗的重要限制。需要鉴定hsa-miR-21表达所调节的或者调节hsa-miR-21表达的基因、基因途径和基因网络。
发明内容
通过鉴定miR-21介导改变另外的基因的表达之后miR-21调节的直接靶标基因或者调节的间接或下游靶标基因，本发明提供额外的组合物和方法。此外，发明描述了被miR-21及其家族成员影响的基因、疾病和/或生理途径和网络。在某些方面，本发明组合物向患有、怀疑患有或者有危险发展成代谢性、免疫性、传染性、心血管、消化性、内分泌、眼、泌尿生殖、血液、肌肉骨骼、神经系统、先天性、呼吸、皮肤或癌性疾病或状况的受试者施用。
在特定方面，可以基于一个或一个以上miRNA或mRNA表达和/或异常表达选择用于治疗的受试者或者患者。在进一步的方面中，可以基于一个或一个以上生物或生理途径的异常，包括与途径相关的一个或一个以上基因的异常表达、或者与途径相关的一个或一个以上基因所编码一个或一个以上蛋白质的异常表达选择用于治疗的受试者或者患者。在仍进一步的方面中，可以基于miRNA表达或生物或生理途径异常选择受试者或者患者。可以基于对miRNA或mRNA表达或其缺乏的评定和/或分析，评估受试者对治疗或者治疗方案的敏感性、抗性和/或有效性。可以在向受试者或者患者施用一种治疗之前、之中或之后评估受试者对该治疗的可治疗性。有代表性地，评定或评估可以通过分析miRNA和/或mRNA联合其他评估方法，包括但不限于组织学、免疫组织化学、血液学工作等开展。
在一些实施方案中，传染性疾病或状况包括细菌、病毒、寄生虫或真菌感染。这些基因和途径中多数与多种癌症和其他疾病相关。癌性状况包括，但不限于其中对一个或一个以上基因的调节足以引起治疗反应的星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、食管鳞状细胞癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、脂肪瘤、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、肺癌、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌、尿路上皮癌。有代表性地，癌性状况是与不受控生长或不经历细胞死亡，包括细胞凋亡相关的异常高增生性状况。
本发明通过鉴定hsa-miR-21调节的直接靶标基因或者hsa-miR-21介导改变上游基因表达之后所调节的下游靶标基因，克服了本领域的这些问题。此外，本发明描述了生物学样品中受hsa-miR-21表达影响的基因途径和网络。这些基因和途径中多数与多种癌症和其他疾病相关。改变细胞中miR-21的表达或功能将导致这些关键基因表达的改变并促成了疾病的发展。向疾病细胞或者组织中引入miR-21(用于其中miRNA被下调的疾病)或miR-21抑制剂(用于其中miRNA被上调的疾病)将产生治疗反应。本文提供了对受miR-21直接或间接调节的关键基因和与其相关的疾病的鉴定。在某些方面，细胞可以是上皮细胞、基质细胞或黏膜细胞。细胞可以是，但不限于脑细胞、神经元细胞、血液细胞、食管细胞、肺细胞、心血管细胞、肝细胞、乳腺细胞、骨细胞、甲状腺细胞、腺细胞、肾上腺细胞、胰细胞、胃细胞、肠细胞、肾细胞、膀胱细胞、前列腺细胞、子宫细胞、卵巢细胞、睾丸细胞、脾细胞、皮肤细胞、平滑肌细胞、心肌或横纹肌细胞。在某些方面，细胞、组织或靶标不应是miRNA表达缺陷性的，然而可以仍然治疗性响应miRNA表达或过表达。miR-21可以用作任何这些疾病的治疗靶标。在某些实施方案中，miR-21抑制剂用于降低受试者、器官、组织或细胞中的miR-21活性。
细胞、组织或者受试者可以是癌症细胞、癌性组织、潜伏癌性组织，或者可以是诊断患有或者有危险发展成疾病或状况的受试者或者患者。在某些方面，癌症细胞是神经元细胞、神经胶质细胞、肺细胞、肝细胞、脑细胞、乳腺细胞、膀胱细胞、血液细胞、白血病细胞、结肠细胞、子宫内膜细胞、胃细胞、皮肤细胞、卵巢细胞、脂肪细胞、骨细胞、宫颈细胞、食管细胞、胰细胞、前列腺细胞、肾细胞或甲状腺细胞。在仍进一步的方面中，癌症包括，但不限于星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、食管鳞状细胞癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、脂肪瘤、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、肺癌、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌、尿路上皮癌。
本发明实施方案包括调节细胞、组织或受试者中基因表达或生物或生理途径的方法，包括向细胞、组织或者受试者施用一定量分离的核酸或其模拟物，所述一定量分离的核酸或其模拟物包含足以调节受miR-21 miRNA正向或负向调节的基因表达的miR-21或miR-21抑制剂核酸序列。“miR-21核酸序列”或“miR-21抑制剂”包括miR-21全长前体或其互补物以及相关序列，包括hsa-miR-21(MIMAT0000076，SEQ ID NO：1)、miR-21(MIMAT0002325，SEQ IDNO：2)、bta-miR-21(MIMAT0003528，SEQ ID NO：3)、bta-miR-21*(MIMAT0003745，SEQ ID NO：4)、dre-miR-21(MIMAT0001787，SEQ ID NO：5)、fru-miR-21(MIMAT0002999，SEQ ID NO：6)、gga-miR-21(MIMAT0003774，SEQID NO：7)、ggo-miR-21(MIMAT0002322，SEQ ID NO：8)、mdo-miR-21(MIMAT0004091，SEQ ID NO：9)、mml-miR-21(MIMAT0002320，SEQ IDNO：10)、mmu-miR-21(MIMAT0000530，SEQ ID NO：11)、mne-miR-21(MIMAT0002324，SEQ ID NO：12)、ppa-miR-21(MIMAT0002326，SEQ IDNO：13)、ppy-miR-21(MIMAT0002323，SEQ ID NO：14)、ptr-miR-21(MIMAT0002321，SEQ ID NO：15)、rno-miR-21(MIMAT0000790，SEQ IDNO：16)、ssc-miR-21(MIMAT0002165，SEQ ID NO：17)、tni-miR-21(MIMAT0003000，SEQ ID NO：18)、hsa-mir-21(MI0000077，SEQ ID NO：19)、age-mir-21(MI0002626，SEQ ID NO：20)、bta-mir-21(MI0004742，SEQ ID NO：21)、dre-mir-21-1(MI0001908，SEQ ID NO：22)、dre-mir-21-2(MI0001909，SEQ IDNO：23)、fru-mir-21(MI0003325，SEQ ID NO：24)、gga-mir-21(MI0004994，SEQID NO：25)、ggo-mir-21(MI0002623，SEQ ID NO：26)、mdo-mir-21(MI0005275，SEQ ID NO：27)、mml-mir-21(MI0002621，SEQ ID NO：28)、mmu-mir-21(MI0000569，SEQ ID NO：29)、mne-mir-21(MI0002625，SEQ ID NO：30)、ppa-mir-21(MI0002627，SEQ ID NO：31)、ppy-mir-21(MI0002624，SEQ IDNO：32)、ptr-mir-21(MI0002622，SEQ ID NO：33)、rno-mir-21(MI0000850，SEQID NO：34)、ssc-mir-21(MI0002459，SEQ ID NO：35)、tni-mir-21(MI0003326，SEQID NO：36)或其互补物，以及前体miRNA或其加工序列，或其互补物的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或更多个核苷酸，包括所有范围和它们之间的整数。在某些实施方案中，miR-21核酸序列或miR-21抑制剂包含全长的加工miRNA序列或其互补物，并且被称作“miR-21全长加工核酸序列”或“miR-21全长加工抑制剂序列”。在仍进一步的方面中，miR-21核酸包含与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：36至少75、80、85、90、95、98、99或100％同源性的miR-21的至少一个5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、232、24、25、50核苷酸(包括它们之间的所有范围和整数)片段或互补片段。在某些方面，会使用包括一些但并非全部所列miR-21家族成员的miRNA亚组。应该考虑到一个或一个以上miR-21家族成员或miR-21 miRNA会明确排除在本发明某些实施方案之外。通用术语miR-21包括miR-21家族所有成员。
在特别的实施方案中，包含miR-21或miR-21抑制剂的核酸是hsa-miR-21或hsa-miR-21抑制剂或其变体。在进一步的方面中，miR-21核酸或miR-21抑制剂可以与1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个miRNA或miRNA抑制剂一起施用。miRNA或其互补物可以并行施用、顺序施用或者以安排的进程施用。在某些方面，miR-21或miR-21抑制剂可以与let-7、miR-15a、miR-16、miR-20、miR-26a、miR-31、miR-34a、miR-126、miR-143、miR-145、miR-147、miR-188、miR-200b、miR-200c、miR-215、miR-216、miR-292-3p和/或miR-331中一个或一个以上联合施用。miRNA或其抑制剂的全部或组合可以在单一制剂中施用。施用可以在第二治疗法之前、之中或之后。
miR-21核酸或其互补物还可以包括多个异源核酸序列，即不是典型性天然有效连接至miR-21的那些序列，例如启动子、增强子等。miR-21核酸是重组核酸，并且可以是核糖核酸或脱氧核糖核酸。重组核酸可包含miR-21或miR-21抑制剂表达盒，即当导入包含核酸合成成分的环境中时表达核酸的核酸片段。在进一步的方面中，表达盒包含在病毒、或质粒DNA载体或其他治疗性核酸载体或递送运载体，包括脂质体等等之中。在某些方面，病毒载体可以以1×102、1×103、1×104、1×105、1×106、1×107、1×108、1×109、1×1010、1×1011、1×1012、1×1013、1×1014pfu或病毒颗粒(vp)施用。
在特定方面中，miR-21核酸或miR-21抑制剂是合成的核酸。此外，本发明核酸可以是完全合成或部分合成。在仍进一步的方面中，本发明核酸或编码其的DNA可以以0.001、0.01、0.1、1、10、20、30、40、50、100、200、400、600、800、1000、2000至4000μg或mg施用，包括它们之间的所有数值和范围。在仍然进一步的方面中，本发明核酸，包括合成的核酸，可以以0.001、0.01、0.1、1、10、20、30、40、50、100至200μg或mg每千克(kg)体重施用。其中所述的每一种量可以在一段时间内施用，包括0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10分钟、小时、天、周、月或年，包括它们之间的所有数值和范围。
在某些实施方案中，组合物的施用可以是肠内的或肠胃外的。在某些方面，肠内施用是口服。在更多方面中，肠胃外施用是病变部内、血管内、颅内、胸膜内、瘤内、腹膜内、肌内、淋巴内、腺内、皮下、局部、支气管内、气管内、鼻内、吸入或滴注。本发明组合物可区域施用或局部施用并且没必要直接施用入病变部内。
在某些方面，受调节的一个基因或多个基因包含表1、3、4和/或5中鉴定的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50、100、150、200或更多个基因或基因组合。在仍进一步的方面中，受调节的一个基因或多个基因可排除表1、3、4和5中鉴定的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50、100、150、175或更多个基因或基因组合。调节包括调节细胞、组织或器官中的转录、mRNA水平、mRNA翻译和/或蛋白质水平。在某些方面，基因表达或基因产物水平，例如mRNA，被下调或上调。在特定方面中，被调节的基因包含或选自(并且可能甚至排除)表1、3、4和/或5中鉴定的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28个或全部的基因或其任意组合。在某些实施方案中，被调节的或者选择待调节的基因来自表1。在进一步的实施方案中，被调节的或者选择待调节的基因来自表3。在仍进一步的实施方案中，被调节的或者选择待调节的基因来自表4。在仍然进一步的实施方案中，被调节的或者选择待调节的基因来自表5。本发明实施方案还可以包括，在选择治疗模式，例如施用miR-21核酸、miR-21抑制剂或其模拟物之前，得到或评估靶细胞的基因表达谱或miRNA谱。与通过登录号或者数据库提交号所指定核酸和基因有关的数据库内容从本申请的提交日起通过参考并入本文。在本发明的某些方面，一个或一个以上miRNA或miRNA抑制剂可以调节单一基因。在进一步的方面中，在一个或一个以上遗传途径、细胞途径或生理途径中的一个或一个以上基因可以被一个或一个以上miRNA或其互补物，包括与其他miRNA组合的miR-21核酸和miR-21抑制剂调节。
表1.用前体-miR hsa-miR-21转染人癌症细胞后增加表达(正值)或降低表达(负值)的基因
  基因符号   RefSeq转录物IDPruitt等，2005   /Δlog2
  ---   XM_371853   1.13097
  ACOX2   NM_003500   -1.05468
  ACTR2   NM_001005386///NM_005722   1.08231
  ADK   NM_001123///NM_006721   -0.83679
  ADRB2   NM_000024   0.760838
  ANTXR1   NM_018153///NM_032208///NM_053034   0.758301
  AP1S2   NM_003916   0.764086
  APOH   NM_000042   -0.89404
  APP   NM_000484///NM_201413///NM_201414   0.888839
  AQP3   NM_004925   -1.27069
  AR   NM_000044///NM_001011645   -0.73525
  ARHGDIB   NM_001175   0.854745
  ARL2BP   NM_012106   1.46359
  ARPC4   NM_001024959///NM_001024960///NM_005718   -1.35651
  ASPH   NM_004318///NM_020164///NM_032466///NM_032467///NM_032468   -1.28176
  ATF5   NM_012068   -0.85295
  ATP6V0E   NM_003945   -0.73741
  AXL   NM_001699///NM_021913   1.33396
  B4GALT1   NM_001497   -1.0195
  B4GALT4   NM_003778///NM_212543   -1.29718
  BAT2D1   NM_015172   -0.8874
  BCL2A1   NM_004049   0.783376
  BTG3   NM_006806   -0.98501
  C1orf116   NM_023938   1.33321
  C1orf121   NM_016076   -0.81838
  C2orf31   ---   -1.84096
  C4BPB   NM_000716///NM_001017364///NM_001017365///NM_001017366///NM_001017367   1.28947
  C6orf155   NM_024882   0.703387
  C8orf1   NM_004337   -0.88297
  CALB2   NM_001740///NM_007087///NM_007088   0.761446
  CCND1   NM_053056   -0.90625
  CCPG1   NM_004748///NM_020739   -1.0259
  CDC14B   NM_003671///NM_033331///NM_033332   -1.16156
  CDH1   NM_004360   -0.72075
  CFH ///CFHL1   NM_000186///NM_001014975///NM_002113   -0.92038
  CGI-48   NM_016001   1.45573
  CMKOR1   NM_020311   0.747476
  COL4A1   NM_001845   0.71464
  COMMD10   NM_016144   -1.07805
  CPS1   NM_001875   -1.0634
  CRIPT   NM_014171   -0.82576
  CSPG2   NM_004385   -0.86416
  CTDSP2   NM_005730   0.720369
  CTGF   NM_001901   0.700216
  CUL5   NM_003478   -0.79507
  CXCL2   NM_002089   0.714991
  CYP4F11   NM_021187   -0.74305
  CYP4F3   NM_000896   -0.70027
  DIO2   NM_000793///NM_001007023///NM_013989   1.01403
  DNAJB9   NM_012328   -0.79962
  DYRK2   NM_003583///NM_006482   -0.8505
  EEF1D   NM_001960///NM_032378   0.963927
  EFEMP1   NM_004105///NM_018894   1.28526
  EIF2S1   NM_004094   -0.99772
  EIF5A2   NM_020390   -0.74704
  ENO1   NM_001428   1.08407
  EPAS1   NM_001430   0.711799
  FBXO11   NM_012167///NM_018693///NM_025133   0.955781
  FECH   NM_000140///NM_001012515   -1.03807
  FGF2   NM_002006   -0.75454
  FGFBP1   NM_005130   0.708198
  FGG   NM_000509///NM_021870   -1.30893
  FLJ11184   NM_018352   -0.91945
  FLJ21159   NM_024826   -1.09733
  FLJ22965   NM_022101   -1.3681
  FLRT3   NM_013281///NM_198391   -0.96516
  GABRA5   NM_000810   -1.15595
  GALC   NM_000153   -0.74644
  GLUL   NM_001033044///NM_001033056///NM_002065   -1.09349
  GNA13   NM_006572   -0.74478
  HCCS   NM_005333   -0.81161
  HDAC1   NM_004964   -0.82041
  HKDC1   NM_025130   -0.82905
  HSPA1B   NM_005346   -0.92389
  IER3IP1   NM_016097   0.936968
  IL8   NM_000584   0.74969
  INSL4   NM_002195   -0.72276
  IQGAP2   NM_006633   -1.41865
  ITGB6   NM_000888   1.2496
  KCNJ16   NM_018658///NM_170741///NM_170742   -1.07666
  KCNK3   NM_002246   -0.76252
  KCNS3   NM_002252   0.770361
  KIAA0882   NM_015130   -0.71012
  KLHL2   NM_007246   -1.09802
  KRT7   NM_005556   1.07397
  LAMC2   NM_005562///NM_018891   1.31751
  LMNB1   NM_005573   0.730945
  LRP12   NM_013437   -0.81786
  MAP3K2   NM_006609   0.719898
  MCL1   NM_021960///NM_182763   1.51332
  ME1   NM_002395   -0.7155
  METAP2   NM_006838   -0.73506
  MGC11332   NM_032718   -0.83428
  MTUS1   NM_001001924///NM_001001925///NM_001001927///NM_001001931///NM_020749   -1.49598
  MYBL1   XM_034274   0.713846
  NARF   NM_012336///NM_031968   -1.15792
  NEFL   NM_006158   0.867939
  NF1   NM_000267   -1.07566
  NUCKS   NM_022731   2.03973
  PBX1   NM_002585   -1.04099
  PCAF   NM_003884   -0.94127
  PDCD4   NM_014456///NM_145341   -1.04151
  PDGFRL   NM_006207   -0.80197
  PDPK1   NM_002613///NM_031268   -1.48129
  PDZK1IP1   NM_005764   1.08519
  PELI2   NM_021255   -0.95866
  PGK1   NM_000291   1.67609
  PHTF2   NM_020432   -0.75879
  PICALM   NM_001008660///NM_007166   0.813843
  PLA2G4A   NM_024420   -1.40978
  PMCH   NM_002674   1.14633
  PMM2   NM_000303   -1.5893
  PODXL   NM_001018111///NM_005397   1.21379
  PPIF   NM_005729   -1.05829
  PRO1843   ---   1.24779
  PROSC   NM_007198   -1.22591
  PTENP1   ---   0.962942
  PTGS2   NM_000963   -0.77568
  PTK9   NM_002822///NM_198974   1.02719
  RAB11FIP1   NM_001002233///NM_001002814///NM_025151   -1.38907
  RAB2   NM_002865   1.36449
  RBP4   NM_006744   -0.871
  RDX   NM_002906   -1.07756
  RHEB   NM_005614   1.26749
  RIP   NM_001033002///NM_032308   1.56595
  RNASE4   NM_002937///NM_194430///NM_194431   -0.98349
  RNF14   NM_004290///NM_183398///NM_183399///NM_183400///NM_183401   -0.83596
  RP2   NM_006915   -1.62948
  RPL14   NM_001034996///NM_003973   1.22973
  RPL38   NM_000999   1.16683
  RPS11   NM_001015   1.42233
  RTCD1   NM_003729   -1.07276
  S100A2   NM_005978   0.846567
  SCML1   NM_006746   -0.79531
  SEC24A   XM_094581   -1.13778
  SERPINE1   NM_000602   0.744786
  SGPP1   NM_030791   -0.82986
  SLC35A1   NM_006416   -1.08915
  SLC4A4   NM_003759   -0.8025
  SLC4A7   NM_003615   -1.14829
  SMAD3   NM_005902   0.749013
  SMARCA2   NM_003070///NM_139045   0.750306
  SNA12   NM_003068   0.932529
  SNRPC   NM_003093   -1.06849
  SOAT1   NM_003101   -0.72804
  SOCS2   NM_003877   0.774624
  SON   NM_003103///NM_032195///NM_058183///NM_138925///NM_138926///NM_138927   -0.75043
  SPFH1   NM_006459   -0.90564
  SPFH2   NM_001003790///NM_001003791///NM_007175   -1.23499
  SPTBN1   NM_003128///NM_178313   0.794145
  SRI   NM_003130///NM_198901   -1.02235
  STC1   NM_003155   0.749236
  SUMO2   NM_001005849///NM_006937   0.801452
  SWAP70   NM_015055   -1.60046
  SYNJ2BP   NM_018373   -1.05688
  SYT1   NM_005639   -0.99728
  TAF11   NM_005643   -1.03595
  TAF15   NM_003487///NM_139215   0.727764
  TARDBP   NM_007375   -1.1376
  TFG   NM_001007565///NM_006070   0.868146
  TMEM2   NM_013390   -1.13994
  TMEM45A   NM_018004   -0.74721
  TncRNA   ---   0.845166
  TNFSF9   NM_003811   -0.94214
  TNS1   NM_022648   1.02259
  TOX   NM_014729   0.999269
  TPM1   NM_000366///NM_001018004///NM_001018005///NM_001018006///NM_001018007//   1.4774
  TPR   NM_003292   -0.74923
  TRA1   NM_003299   1.79559
  TTC3   NM_001001894///NM_003316   -0.94136
  TUBB4   NM_006087   -0.72957
  TXN   NM_003329   1.24085
  UBE2I   NM_003345///NM_194259///NM_194260///NM_194261   1.06279
  UBE2V1///Kua-UEV   NM_001032288///NM_003349///NM_021988///NM_022442///NM_199144///NM_1992   -1.81551
  VAV3   NM_006113   -0.91068
  VDAC3   NM_005662   1.09236
  VIL2   NM_003379   1.25256
  WDR1   NM_005112///NM_017491   -0.90508
  WIG1   NM_022470///NM_152240   -0.76639
  WIPI49   NM_017983   -0.76009
  WNT7B   NM_058238   -0.91397
  WSB2   NM_018639   0.799043
本发明的进一步的实施方案涉及调节细胞途径的方法，包括向细胞施用分离的核酸，所述分离的核酸包含足以调节细胞途径，特别是表2所述那些途径或者已知包括表1、3、4和/或5中一个或一个以上基因的途径的表达、功能、状况或状态的数量的miR-21核酸序列或miR-21抑制剂。细胞途径的调节包括，但不限于调节一个或一个以上基因的表达。基因调节可包括抑制内源miRNA的功能或者向细胞、组织或者受试者提供功能性miRNA。调节指基因或其相关基因产物(例如mRNA)或蛋白质的表达水平或活性，例如mRNA水平可以被调节，或者mRNA翻译可以被调节。调节可以增加或者上调基因或基因产物，或者其可以降低或下调基因或基因产物(例如蛋白质水平或活性)。
仍然进一步的实施方案包括施用miRNA或其模拟物和/或治疗患有、怀疑患有或者有危险发展成病理状况的受试者或者患者的方法，包括下列一个或一个以上步骤(a)向患者或受试者施用一定量的分离的核酸，所述一定量的分离的核酸包含足以调节细胞途径表达的量的miR-21核酸序列或miR-21抑制剂；和(b)施用第二治疗法，其中细胞途径的调节使患者或受试者对第二治疗法敏感或者提高第二治疗法的有效性。有效性提高可以包括降低第二治疗法的毒性、剂量或持续时间，或者有累加效应或协同效应。细胞途径可包括，但不限于下表2中所述的一个或一个以上途径，或者已知包括表1、3、4和/或5中一个或一个以上基因的途径。第二治疗法可以在分离的核酸或miRNA或抑制剂施用之前、之中和/或之后施用。
第二治疗法可以包括施用第二miRNA或治疗性核酸，例如siRNA或反义寡核苷酸，或可以包括多种标准治疗法，例如药物、化学治疗、放射治疗、药物治疗、免疫治疗等。本发明实施方案还可以包括确定或评估基因表达或基因表达谱，用于选择适当治疗法。在特定方面中，第二治疗法是化学治疗。化学治疗可包括，但不限于紫杉醇、顺铂、碳铂、阿霉素、草酸铂、larotaxel、红豆杉醇、拉帕替尼、多西他塞、甲氨蝶呤、卡培他滨、长春瑞滨、环磷酰胺、吉西他滨、氨柔比星、阿糖胞苷、依托泊苷、喜树碱、地塞米松、达沙替尼、替吡法尼、贝伐单抗、西罗莫司、西罗莫司脂化物、依维莫司、洛那法尼、西妥昔单抗、埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼、利妥昔单抗、曲妥珠单抗、洛可达唑、索拉非尼、舒尼替尼、硼替佐米、阿仑单抗、吉妥单抗、托西莫单抗或替伊莫单抗。
本发明实施方案包括治疗患有疾病或状况的受试者的方法，包括下列一个或一个以上步骤(a)确定选自表1、3、4和/或5的一个或一个以上基因的表达谱；(b)基于表达谱评估受试者对治疗法的敏感性；(c)基于所评估的敏感性选择治疗法；和(d)使用所选择的治疗法治疗受试者。有代表性地，疾病或状况将具有作为成分的指示物，或者出现表1、3、4和/或5的一个或一个以上基因的误调节。
在某些方面，2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个miRNA可以顺序使用或者组合使用。例如，可以基于观察两个给定miRNA共享在特定疾病或状况中被改变的、表1，2，4和/或5所列一组靶基因或途径，选择miR-21或miR-21抑制剂与另一miRNA或抑制剂的任意组合。该两个miRNA可以导致治疗改善(例如毒性降低、效果更大、延长缓解时间或者受试者状况的其他改善)、效果增强、出现提供额外或改善治疗反应的累加效应或协同效应。不希望被任何特定理论所束缚，两个miRNA的协同作用是更有效地调节同一基因或相关基因(通过共同的途径或生物学最终结果关联)的结果(例如源于同一靶标或相关靶标上不同的结合位点)和/或调节不同基因的结果，但是在疾病或状况中已经涉及所有这些。
在某些方面，miR-21或miR-21抑制剂和let-7可以向患有急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、黑素瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌或尿路上皮癌的患者施用。
进一步的方面包括向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌或甲状腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-15。
在仍进一步的方面中，向患有星细胞瘤、乳腺癌、膀胱癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌或甲状腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-16。
本发明方面包括向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、神经母细胞瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌或头颈部鳞状细胞癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-20的方法。
在仍进一步的方面中，向患有急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、黑素瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌或前列腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-26a。
在仍然进一步的方面中，向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌或尿路上皮癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-34a。
在某些方面，向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌或甲状腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-126。
在进一步的方面中，向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌或甲状腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-143。
在仍进一步的方面中，向患有星细胞瘤、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、食管鳞状细胞癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、脂肪瘤、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌或甲状腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-147。
仍然在另一方面，向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、食管鳞状细胞癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、黑素瘤、多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌或甲状腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-188。
在更多方面，向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、食管鳞状细胞癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、脂肪瘤、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌或尿路上皮癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-215。
在某些方面，向患有星细胞瘤、乳腺癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、前列腺癌或头颈部鳞状细胞癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-216。
在进一步的方面中，向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、脂肪瘤、黑素瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌或尿路上皮癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-292-3p。
在仍进一步的方面中，向患有星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、黑素瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌或甲状腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-331。
在仍然进一步的方面中，向患有乳腺癌、宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、脂肪瘤、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌或甲状腺癌的患者施用miR-21或miR-21抑制剂和miR-200b/c。
应该考虑到当miR-21或miR-21抑制剂与一种或一种以上其他miRNA分子组合施用时，两种不同miRNA或抑制剂可以同时施用或者相继施用。在一些实施方案中，治疗以一种miRNA或抑制剂进行，并且在治疗1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55分钟、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24小时、1、2、3、4、5、6、7天、1、2、3、4、5周、或者1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或者任意此类组合之后紧接着用其他miRNA或抑制剂治疗。
更多实施方案包括鉴定和评估指示细胞或组织中miR-21状态的表达谱，包括来自表1、3、4和/或5的一个或一个以上基因或者其任意组合的表达评估。
术语“miRNA”依照其普通的和显然的含义使用并且指在真核生物中存在的、涉及基于RNA的基因调节的小RNA分子。见，例如Carrington等，2003，其通过参考并入本文。术语可以指从前体加工而来的单链RNA分子或者在某些情况下指其前体本身或者其模拟物。
在一些实施方案中，对知道细胞是否内源性表达特定miRNA或者此种表达是否在特定情况下受影响或者何时其处于特定疾病状态是有用的。因此，在本发明的一些实施方案中，方法包括测定细胞或者包含细胞的样品中指示目的基因表达水平的一个或一个以上miRNA标志基因或mRNA或其他分析物的存在。因此，在一些实施方案中，方法包括产生样品RNA谱的步骤。术语“RNA谱”或“基因表达谱”指关于样品中一个或一个以上基因或遗传标记表达模式的一组数据(例如鉴定来自表1、3、4和/或5的一个或一个以上标记或基因的多个核酸探针)；应该考虑到核酸谱可以使用一组RNA、使用例如本领域普通技术人员众所周知的核酸扩增或杂交技术得到。患者样品中的表达谱与参照表达谱，例如来自正常或者非病理样品的表达谱或者数字化参照之间的差异指示着病理、疾病或癌性状况。在某些方面，表达谱是发展成此种状况之倾向或可能性的指示物(即，疾病或状况的危险因素)。此种危险性或倾向性指示着进行治疗、增加监控、预防措施等等。核酸或探针组可以包含或鉴定相应mRNA的片段，并且可以包括表1、3、4和/或5所列的或者通过本文所述方法鉴定的基因或遗传标记或核酸、mRNA或其代表性探针的全部或者1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、100、200、500或更多个片段，包括可以从它们当中导出的任何整数或范围的部分。
本发明的某些实施方案涉及用于评估、预测或治疗患者中病理状况的组合物和方法，包括测量或确定患者样品中一个或一个以上miRNA或标记的表达谱，其中患者样品的表达谱与正常样品的表达谱或参照表达谱之间的差异指示着病理状态和特定癌症。在本发明的某些方面，miRNA、细胞途径、基因或遗传标记是或代表着表1、2、3、4和/或5中所述一个或一个以上途径或标记，包括它们的任意组合。
本发明的方面包括诊断、评估或治疗病理状况或者预防病理状况出现症状。例如，可以使用方法筛选病理状况；评估病理状况的预后；将病理状况分级；评估病理状况对治疗的反应；或作为第一治疗调节一个基因、多个基因或相关途径的表达或者使受试者对第二治疗法更敏感或更易反应。在特定方面，评估患者的病理状况可以评估患者的预后。预后可包括，但不限于估算存活时间或期望存活时间，评估对治疗法的反应等。在某些方面，一个或一个以上基因或标记的改变表达预示着患者具有病理状况，其中标记是表1、3、4和/或5中的一个或一个以上，包括其任意组合。
表2.在人癌细胞中过表达hsa-miR-21之后显著改变的功能性细胞途径
  基因数量   途径功能
  13   基因表达，癌症，细胞死亡
  11   细胞装配和组织，癌症，免疫性疾病
  11   细胞死亡，细胞形态学，血液系统发育和功能
  11   细胞周期，细胞发育，骨骼和肌肉系统发育和功能
  8   免疫应答，细胞与细胞的信号转导和相互作用，血液系统发育和功能
  1   免疫应答，细胞装配和组织，基因表达
  1   心血管疾病，细胞装配和组织，结缔组织发育和功能
  1   心血管系统发育和功能，细胞形态学，细胞发育
  1   癌症，毛发和皮肤发育和功能，神经系统发育和功能
  1   氨基酸代谢，细胞形态学，细胞装配和组织
  1   细胞死亡，细胞与细胞的信号转导和相互作用，细胞生长和增殖
  1   细胞装配和组织，细胞形态学，分子转运
  1   细胞形态学，细胞与细胞的信号转导和相互作用，细胞装配和组织
  1   分子转运，蛋白质运输，细胞与细胞的信号转导和相互作用
  1   细胞信号转导，分子转运，神经疾病
表3.针对Ref Seq ID参考序列-Pruitt等，2005预测的hsa-miR-21靶基因
  基因符号   RefSeq转录物ID   描述
  A2BP1   NM_145891   共济失调蛋白2-结合蛋白1同种型1
  AADAT   NM_016228   α-氨基己二酸氨基转移酶
  ABCA1   NM_005502   ATP-结合盒，亚家族A成员1
  ABCD2   NM_005164   ATP-结合盒，亚家族D，成员2
  ABCD3   NM_002858   ATP-结合盒，亚家族D，成员3
  ABHD4   NM_022060   含自水解酶结构域4
  ACAT1   NM_000019   乙酰辅酶A乙酰转移酶1前体
  ACBD5   NM_145698   含酰基辅酶A结合结构域5
  ACPT   NM_080789   睾丸酸性磷酸酶同种型b前体
  ACTA1   NM_001100   α1肌动蛋白前体
  ACTR6   NM_022496   ARP6肌动蛋白相关蛋白6同系物
  ACVR2A   NM_001616   激活蛋白A受体，类型IIA前体
  ACYIL2   NM_001010853   假定蛋白LOC135293
  ADAL   NM_001012969   假定蛋白LOC161823
  ADAMTS3   NM_014243   具有血小板反应蛋白的ADAM金属肽酶类型1
  ADARB1   NM_001033049   RNA-特异性腺苷脱氨酶B1同种型4
  ADCY1   NM_021116   脑腺苷酸环化酶1
  ADCY2   NM_020546   腺苷酸环化酶2
  ADNP   NM_015339   活性依赖神经保护因子
  ADPGK   NM_031284   ADP-依赖性葡糖激酶
  AFF2   NM_002025   脆性X智力低下2
  AGBL4   NM_032785   假定蛋白LOC84871
  AGGF1   NM_018046   血管生成因子VG5Q
  AGPAT5   NM_018361   1-酰基甘油-3-磷酸O-酰基转移酶5
  AIM1L   NM_017977   黑素瘤缺乏1样
  AK2   NM_013411   腺苷酸激酶2同种型b
  AKAP6   NM_004274   A-激酶锚定蛋白6
  AKAP7   NM_004842   A-激酶锚定蛋白7同种型α
  AKR1C2   NM_001354   醛-酮还原酶家族1，成员C2
  AKR7A2   NM_003689   醛-酮还原酶家族7，成员A2
  ALDH9A1   NM_000696   醛脱氢酶9A1
  AMPD3   NM_000480   红细胞腺苷一磷酸脱氨酶
  ANGEL1   NM_015305   Angel同系物1
  ANKRD44   NM_153697   假定蛋白DKFZp434D2328
  ANKRD46   NM_198401   锚蛋白重复结构域46
  ANKRD49   NM_017704   胎儿珠蛋白诱导因子
  ANKS1B   NM_020140   Cajalin2同种型c
  ANP32E   NM_030920   酸性(亮氨酸丰富)核磷蛋白32
  AP3S1   NM_001002924   衔接因子相关蛋白复合体3，σ1
  AP4E1   NM_007347   衔接因子相关蛋白复合体4，ε1
  APAF1   NM_001160   细胞凋亡蛋白酶活化因子同种型b
  APH1A   NM_016022   前咽缺陷1同系物A
  APOLD1   NM_030817   含载脂蛋白L结构域1
  APPL   NM_012096   含pH结构域，PTB结构域衔接蛋白
  AQP2   NM_000486   水通道蛋白2
  ARCN1   NM_001655   古蛋白
  ARHGAP19   NM_032900   Rho GTP酶激活蛋白19
  ARHGAP5   NM_001030055   Rho GTP酶激活蛋白5同种型a
  ARHGEF10   NM_014629   Rho鸟苷酸交换因子10
  ARHGEF3   NM_019555   Rho鸟苷酸交换因子3
  ARHGEF7   NM_003899   Rho鸟苷酸交换因子7同种型
  ARID3B   NM_006465   AT丰富相互作用结构域3B(Bright样)
  ARIH2   NM_006321   ariadne同系物2
  ARL11   NM_138450   ADP-核糖基化因子样11
  ARMC8   NM_015396   含犰狳蛋白重复单位8同种型2
  ARMCX1   NM_016608   含犰狳蛋白重复单位，X-连锁1
  ARMCX3   NM_016607   ALEX3蛋白质
  ARMCX5   NM_022838   含犰狳蛋白重复单位，X-连锁5
  ARNT2   NM_014862   芳烃受体核易位蛋白
  ARPP-19   NM_006628   环AMP磷蛋白，19kD
  ASB18   NM_212556   含锚蛋白重复和SOCS盒18
  ASB6   NM_017873   含锚蛋白重复和SOCS盒6同种型
  ASCC3   NM_022091   激活信号辅整合素1复合体亚基
  ASCL1   NM_004316   无刚毛鳞甲复合体同系物样1
  ASF1A   NM_014034   ASF1抗沉默功能1同系物A
  ASPA   NM_000049   天冬氨酸酰基转移酶
  ASPN   NM_017680   Asporin(LRR类1)
  ATF7   NM_006856   转录激活因子7
  ATM   NM_000051   共济失调-毛细血管扩张突变蛋白质同种型1
  ATP10D   NM_020453   ATP酶，类V，类型10D
  ATP11B   NM_014616   ATP酶，类VI，类型11B
  ATP13A4   NM_032279   ATP酶类型13A4
  ATP2B1   NM_001001323   质膜钙ATP酶1同种型1a
  ATP2B4   NM_001001396   质膜钙ATP酶4同种型4a
  ATP6V1A   NM_001690   ATP酶，H+转运，溶酶体70kD，V1
  ATP6V1C1   NM_001007254   ATP酶，H+转运，溶酶体42kDa，V1
  ATP9A   NM_006045   ATP酶，类II，类型9A
  C10orf137   NM_015608   红细胞分化相关因子1
  C10orf42   NM_138357   假定蛋白LOC90550
  C10orf53   NM_182554   假定蛋白LOC282966
  C10orf93   NM_173572   假定蛋白LOC255352
  C10orf97   NM_024948   10号染色体开放阅读框97
  C11orf17   NM_182901   10号染色体开放阅读框17
  C12orf12   NM_152638   假定蛋白LOC196477
  C12orf35   NM_018169   假定蛋白LOC55196
  C13orf23   NM_025138   假定蛋白LOC80209
  C14orf139   NM_024633   假定蛋白LOC79686
  C14orf155   NM_032135   假定蛋白LOC84075
  C14orf173   NM_001031714   假定蛋白LOC64423同种型1
  C14orf32   NM_144578   MAPK-相互作用和纺锤体稳定性
  C14orf4   NM_024496   14号染色体开放阅读框4
  C14orf92   NM_014828   表皮朗格汉斯细胞蛋白质LCP1
  C16orf5   NM_013399   细胞死亡诱导蛋白质
  C17orf39   NM_024052   假定蛋白LOC79018
  C17orf62   NM_001033046   假定蛋白LOC79415
  C17orf73   NM_017928   假定蛋白LOC55018
  C1orf101   NM_173807   假定蛋白LOC257044
  C1orf107   NM_014388   假定蛋白LOC27042
  C1orf109   NM_017850   假定蛋白LOC54955
  C1orf12I   NM_016076   假定蛋白LOC51029
  C1orf135   NM_024037   假定蛋白LOC79000
  C1orf147   NM_001025592   假定蛋白LOC574431
  C1orf63   NM_207035   假定蛋白LOC57035同种型1
  C1orf96   NM_145257   假定蛋白LOC126731
  C1orf99   NM_001012274   假定蛋白LOC339476
  C1QTNF9   NM_178540   假定蛋白LOC338872
  C20orf133   NM_001033086   假定蛋白LOC140733同种型1
  C20orf18   NM_006462   遍在蛋白缀合酶7相互作用
  C20orf38   NM_018327   假定蛋白LOC55304
  C21orf66   NM_145328   GC丰富序列DNA结合因子候选物
  C22orf23   NM_032561   假定蛋白LOC84645
  C2orf11   NM_144629   假定蛋白LOC130132
  C2orf26   NM_023016   假定蛋白LOC65124
  C3orf58   NM_173552   假定蛋白LOC205428
  C4orf16   NM_018569   假定蛋白LOC55435
  C4orf19   NM_018302   假定蛋白LOC55286
  C6orf105   NM_032744   假定蛋白LOC84830
  C6orf117   NM_138409   假定蛋白LOC112609
  C6orf152   NM_181714   假定蛋白LOC167691
  C6orf182   NM_173830   假定蛋白LOC285753
  C6orf190   NM_001010923   假定蛋白LOC387357
  C6orf49   NM_013397   过表达的乳腺肿瘤蛋白质
  C6orf55   NM_016485   假定蛋白LOC51534
  C6orf69   NM_173562   假定蛋白LOC222658
  C6orf97   NM_025059   假定蛋白LOC80129
  C7orf29   NM_138434   假定蛋白LOC113763
  C8orf17   NM_020237   MOST-1蛋白质
  C8orf33   NM_023080   假定蛋白LOC65265
  C8orf78   NM_182525   假定蛋白LOC157376
  C8ORFK32   NM_015912   假定蛋白LOC51059
  C9orf100   NM_032818   假定蛋白LOC84904
  C9orf10OS   NM_198841   假定蛋白LOC158293
  C9orf123   NM_033428   假定蛋白LOC90871
  C9orf97   NM_139246   假定蛋白LOC158427
  CA1   NM_001738   碳酸酐酶I
  CAB39   NM_016289   钙结合蛋白39
  CACNA1E   NM_000721   钙通道，电压依赖性，α1E
  CACNG1   NM_000727   电压依赖性钙通道γ-1
  CALD1   NM_004342   钙调结合蛋白1同种型2
  CASC2   NM_178816   癌症易感性候选物2同种型1
  CASC4   NM_138423   癌症易感性候选物4同种型a
  CASQ2   NM_001232   心肌集钙蛋白2
  CASR   NM_000388   钙-传感受体
  CAST   NM_173060   钙蛋白酶抑制蛋白同种型b
  CCDC14   NM_022757   含卷曲螺旋结构域14
  CCDC52   NM_144718   含卷曲螺旋结构域52
  CCL1   NM_002981   小可诱导细胞因子A1前体
  CCL22   NM_002990   小可诱导细胞因子A22前体
  CCND2   NM_001759   细胞周期蛋白D2
  CCNG1   NM_004060   细胞周期蛋白G1
  CCR5   NM_000579   趋化因子(C-C模体)受体5
  CCR7   NM_001838   趋化因子(C-C模体)受体7前体
  CD160   NM_007053   CD160抗原
  CD164   NM_006016   CD164抗原，唾液黏蛋白
  CD1A   NM_001763   CD1A抗原前体
  CD209   NM_021155   CD209抗原
  CD47   NM_001025079   CD47分子同种型3前体
  CD59   NM_000611   CD59抗原p18-20
  CD69   NM_001781   CD69抗原(p60，早期T细胞活化
  CD97   NM_001025160   CD97抗原同种型3前体
  CDC25A   NM_001789   细胞分裂周期25A同种型a
  CDCA8   NM_018101   细胞分裂周期相关8
  CDGAP   NM_020754   Cdc42 GTP酶活化蛋白
  CDH19   NM_021153   钙黏着蛋白19，类型2前蛋白原
  CDK5RAP1   NM_016082   CDK5调节亚基相关蛋白1
  CDK5RAP3   NM_025197   CDK5调节亚基相关蛋白3
  CEACAM5   NM_004363   癌胚抗原相关细胞黏着
  CEACAM8   NM_001816   癌胚抗原相关细胞黏着
  CEP152   NM_014985   假定蛋白LOC22995
  CERK   NM_022766   神经酰胺激酶同种型a
  CFL2   NM_021914   丝切蛋白2
  CFTR   NM_000492   囊性纤维化跨膜转导
  CG018   NM_052818   假定蛋白LOC90634
  CGN   NM_020770   带蛋白
  CHCHD4   NM_144636   卷曲螺旋-螺旋-卷曲螺旋-螺旋结构域
  CHD7   NM_017780   克罗莫结构域解旋酶DNA结合蛋白7
  CHL1   NM_006614   与L1CAM同源的细胞黏着分子
 CHR415SYT   NM_001014372   chr415突触结合蛋白
  CHRNB1   NM_000747   烟碱性乙酰胆碱受体β1亚基
  CHUK   NM_001278   保守的螺旋-环-螺旋遍在激酶
  CILP   NM_003613   软骨间层蛋白
  CIR   NM_004882   CBF1相互作用辅阻遏物
  CLASP2   NM_015097   CLIP相关蛋白2
  CLCA3   NM_004921   钙激活的氯化物通道3前体
  CLCN4   NM_001830   氯化物通道4
  CLDN1   NM_021101   紧密连接蛋白1
  CLDN8   NM_199328   紧密连接蛋白8
  CLIC2   NM_001289   氯化物细胞内通道2
  CLLU1   NM_001025233   假定蛋白LOC574028
  CLNS1A   NM_001293   氯化物通道，核苷酸敏感性，1A
  CLSTN2   NM_022131   钙同线蛋白2
  CNOT6   NM_015455   CCR4-NOT转录复合物，亚基6
  CNOT8   NM_004779   CCR4-NOT转录复合物，亚基8
  CNTFR   NM_001842   睫状神经营养因子受体
  CNTN3   NM_020872   接触蛋白3
  CNTNAP2   NM_014141   细胞识别分子Caspr2前体
  COL12A1   NM_004370   胶原，类型XII，α1长同种型
  COL13A1   NM_005203   α1类型XIII胶原同种型1
  COL14A1   NM_021110   胶原，类型XIV，α1
  COL4A1   NM_001845   α1类型IV胶原前蛋白原
  COMMD8   NM_017845   含COMM结构域8
  COPS4   NM_016129   COP9信号体亚基4
  COQ10B   NM_025147   假定蛋白LOC80219
  COTL1   NM_021149   毛状蛋白样1
  COX6A1   NM_004373   细胞色素c氧化酶亚基VIa多肽1
  CPEB3   NM_014912   细胞质多腺苷化元件结合
  CRAMP1L   NM_020825   Crm，痉挛样
  CREB5   NM_001011666   cAMP应答元件结合蛋白5
  CRIM1   NM_016441   半胱氨酸丰富运动神经元1
  CRKL   NM_005207   v-crk肉瘤病毒CT10癌基因同系物
  CRSP2   NM_004229   Sp1转录所需辅因子
  CRTAM   NM_019604   I类MHC-限制T细胞相关的
  CRYZL1   NM_145858   晶体蛋白，zeta样1
  CSN1S1   NM_001025104   酪蛋白αs1同种型2
  CTAGE1   NM_172241   皮肤的T细胞淋巴瘤相关抗原1
  CTCF   NM_006565   CCCTC结合因子
  CTDSPL   NM_001008392   小的CTD磷酸酶3同种型1
  CTSB   NM_001908   组织蛋白酶B前蛋白原
  CTSC   NM_148170   组织蛋白酶C同种型b前体
  CXCL10   NM_001565   小可诱导细胞因子B10前体
  CXCL5   NM_002994   趋化因子(C-X-C模体)配体5前体
  CXorf50   NM_152693   假定蛋白LOC203429
  CXorf53   NM_001018055   含BRCA1/BRCA2复合体亚基36
  CXorf6   NM_005491   假定蛋白LOC10046
  CXXC6   NM_030625   CXXC指6
  CYP1A2   NM_000761   细胞色素P450，家族1，亚家族A，
  CYP27B1   NM_000785   细胞色素P450，家族27，亚家族B，
  CYP4V2   NM_207352   细胞色素P450，家族4，亚家族v，
  DAXX   NM_001350   死亡相关蛋白6
  DAZ1   NM_004081   无精子症缺失
  DAZ2   NM_001005785   无精子症缺失2同种型2
  DAZ3   NM_020364   无精子症缺失3
  DAZ4   NM_001005375   无精子症缺失4同种型1
  DAZL   NM_001351   无精子症缺失样
  DBX2   NM_001004329   发育的脑同源框2
  DCTN4   NM_016221   动力蛋白激活蛋白4(p62)
  DCUN1D3   NM_173475   假定蛋白LOC123879
  DDAH1   NM_012137   二甲基精氨酸二甲氨基水解酶1
  DDEF2   NM_003887   发育和分化增强因子
  DDIT4L   NM_145244   DNA损伤可诱导转录物4样
  DDX1   NM_004939   DEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽1
  DDX17   NM_006386   DEAD盒多肽17同种型p82
  DDX52   NM_007010   ATP-依赖性RNA解旋酶ROK1同种型a
  DDX55   NM_020936   DEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽55
  DEPDC1   NM_017779   含DEP结构域1
  DGKB   NM_004080   二酰基甘油激酶，β同种型1
  DICER1   NM_030621   切酶1
  DIP2B   NM_173602   假定蛋白LOC57609
  DIRAS2   NM_017594   Di-Ras2
  DKFZp779B1540   NM_001010903   假定蛋白LOC389384
  DKK2   NM_014421   dickkopf同系物2前体
  DLGAP2   NM_004745   大成虫盘(discs large)相关蛋白2
  DLX2   NM_004405   末端缺失同源框2
  DMD   NM_004019   肌养蛋白Dp40同种型
  DMRTC1   NM_033053   DMRT样家族C1
  DNAJA2   NM_005880   DnaJ亚家族A成员2
  DNAJB12   NM_001002762   DnaJ(Hsp40)同系物，亚家族B，成员12
  DNAJB9   NM_012328   DnaJ(Hsp40)同系物，亚家族B，成员9
  DNAJC6   NM_014787   DnaJ(Hsp40)同系物，亚家族C，成员6
  DNALI1   NM_003462   轴丝动力蛋白轻链
  DNASE1L1   NM_001009932   脱氧核糖核酸酶I样1前体
  DNM1L   NM_012062   发动蛋白1样蛋白质同种型1
  DNMT3B   NM_006892   DNA胞嘧啶-5甲基转移酶3β同种型
  DNTTIP1   NM_052951   末端脱氧核苷酸转移酶相互作用
  DPP10   NM_001004360   二肽基肽酶10短同种型
  DPY19L2   NM_173812   假定蛋白LOC283417
  DPYSL2   NM_001386   二氢嘧啶酶样2
  DSC2   NM_004949   桥粒胶蛋白2同种型Dsc2b前蛋白原
  DSCR1L1   NM_005822   唐氏综合征关键区域基因1样1
  DUSP16   NM_030640   双特异性磷酸酶16
  DUSP5   NM_004419   双特异性磷酸酶5
  DUT   NM_001025248   dUTP焦磷酸酶同种型1前体
  DUXA   NM_001012729   假定蛋白LOC503835
  DVL3   NM_004423   dishevelled 3
  DZIP1   NM_014934   DAZ相互作用蛋白质1同种型1
  E2F2   NM_004091   E2F转录因子2
  E2F3   NM_001949   E2F转录因子3
  EDNRB   NM_000115   内皮素受体类型B同种型1
  EFCBP1   NM_022351   EF手钙结合蛋白1
  EFNA1   NM_004428   肝配蛋白A1同种型a前体
  EGLN1   NM_022051   egl9同系物1
  EGR3   NM_004430   早期生长反应因子3
  EIF1AX   NM_001412   X-连锁真核翻译起始
  EIF2C2   NM_012154   真核翻译起始因子2C，2
  EIF2C4   NM_017629   真核翻译起始因子2C，4
  EIF2S1   NM_004094   真核翻译起始因子2，
  EIF4EBP2   NM_004096   真核翻译起始因子4E
  ELAVL1   NM_001419   ELAV样1
  ELF2   NM_006874   E74样因子2(ets结构域转录
  ELOVL4   NM_022726   极长链脂肪酸延长
  ELOVL7   NM_024930   ELOVL家族成员7，长链延长
  EMR2   NM_013447   含egf样组件，黏蛋白样，激素
  ENAH   NM_001008493   enabled同系物同种型a
  ENPP4   NM_014936   外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶
  EP400   NM_015409   E1A结合蛋白p400
  EPB41L5   NM_020909   红细胞膜蛋白带4.1样5
  EPHA4   NM_004438   肝配蛋白受体EphA4
  EPM2A   NM_001018041   痫蛋白同种型b
  ERBB4   NM_005235   v-erb-a成红细胞白血病病毒癌基因
  ESM1   NM_007036   内皮细胞特异性分子1前体
  ESR1   NM_000125   雌激素受体1
  ETV1   NM_004956   ets变体基因1
  EXTL3   NM_001440   Reg受体
  FAHD1   NM_001018104   含延胡索酰乙酰乙酸水解酶结构域
  FAIM3   NM_005449   Fas细胞凋亡抑制分子3
  FAM13A1   NM_001015045   具有序列相似性的家族13，成员A1
  FAM20B   NM_014864   具有序列相似性的家族20，成员B
  FAM33A   NM_182620   假定蛋白LOC348235
  FAM36A   NM_198076   具有序列相似性的家族36，成员A
  FAM3C   NM_014888   具有序列相似性的家族3，成员C
  FAM45A   NM_207009   假定蛋白LOC404636
  FAM45B   NM_018472   假定蛋白LOC55855
  FAM46C   NM_017709   假定蛋白LOC54855
  FAM53C   NM_016605   家族53，成员C蛋白质
  FAM60A   NM_021238   具有序列相似性的家族60，成员A
  FAM62B   NM_020728   具有序列相似性的家族62(C2结构域
  FAM77C   NM_024522   假定蛋白LOC79570
  FAM79A   NM_182752   假定蛋白LOC127262
  FAM79B   NM_198485   假定蛋白LOC285386
  FAM8A1   NM_016255   常染色体高保守蛋白质
  FANCM   NM_020937   范科尼贫血，互补群M
  FASLG   NM_000639   fas配体
  FBLN1   NM_006486   纤蛋白1同种型D
  FBN1   NM_000138   肌原纤蛋白1前体
  FBXL17   NM_022824   F-盒和亮氨酸丰富重复蛋白质17
  FBXL2   NM_012157   F-盒和亮氨酸丰富重复蛋白质2
  FBXL22   NM_203373   假定蛋白LOC283807
  FBXO11   NM_025133   只有F-盒蛋白质11同种型1
  FBXO28   NM_015176   F-盒蛋白质28
  FCGR3A   NM_000569   lgG的Fc片段，低亲和力IIIa，受体
  FCGR3B   NM_000570   低亲和力免疫球蛋白γFc区
  FCHO2   NM_138782   FCH结构域only 2
  FCMD   NM_006731   Fukutin
  FCRLM1   NM_032738   Fc受体样和黏蛋白样1
  FDX1   NM_004109   铁氧还蛋白1前体
  FEZ1   NM_022549   zygin1同种型2
  FGF1   NM_000800   成纤维细胞生长因子1(酸性)同种型1
  FGF14   NM_004115   成纤维细胞生长因子14同种型1A
  FGFR1   NM_023107   成纤维细胞生长因子受体1同种型5
  FGFRL1   NM_001004356   成纤维细胞生长因子受体样1
  FIGN   NM_018086   fidgetin
  FKBP5   NM_004117   FK506结合蛋白5
  FLJ10081   NM_017991   假定蛋白LOC55683
  FLJ10154   NM_018011   假定蛋白LOC55082
  FLJ10178   NM_018015   假定蛋白LOC55086
  FLJ10241   NM_018035   假定蛋白LOC55101
  FLJ11021   NM_023012   假定蛋白LOC65117同种型a
  FLJ11783   NM_024891   假定蛋白LOC79951
  FLJ12331   NM_024986   假定蛋白LOC80052
  FLJ12505   NM_024749   假定蛋白LOC79805
  FLJ12788   NM_022492   假定蛋白LOC64427
  FLJ13611   NM_024941   假定蛋白LOC80006
  FLJ14213   NM_024841   假定蛋白LOC79899
  FLJ14397   NM_032779   假定蛋白LOC84865
  FLJ14668   NM_032822   假定蛋白LOC84908
  FLJ14834   NM_032849   假定蛋白LOC84935
  FLJ20232   NM_019008   假定蛋白LOC54471
  FLJ20701   NM_017933   假定蛋白LOC55022
  FLJ21820   NM_021925   假定蛋白LOC60526
  FLJ22028   NM_024854   假定蛋白LOC79912
  FLJ25143   NM_182500   假定蛋白LOC130813
  FLJ25422   NM_145000   假定蛋白LOC202151
  FLJ25530   NM_152722   肝细胞细胞黏着分子
  FLJ31846   NM_144974   假定蛋白LOC160857
  FLJ33641   NM_152687   假定蛋白LOC202309
  FLJ35695   NM_207444   假定蛋白LOC400359
  FLJ35740   NM_147195   FLJ35740蛋白质
  FLJ38984   NM_152374   假定蛋白LOC127703
  FLJ38991   NM_001033760   线粒体COX18同种型5
  FLJ39531   NM_207445   假定蛋白LOC400360
  FLJ41603   NM_001001669   假定蛋白LOC389337
  FLJ43339   NM_207380   假定蛋白LOC388115
  FLJ43752   NM_207497   假定蛋白LOC401253
  FLJ45139   NM_001001692   假定蛋白LOC400867
  FLJ45422   NM_001004349   假定蛋白LOC441140
  FLJ45684   NM_207462   假定蛋白LOC400666
  FLJ46688   NM_001004330   假定蛋白LOC440107
  FLOT2   NM_004475   脂阀特征蛋白2
  FMNL3   NM_175736   成蛋白样3同种型1
  FMO2   NM_001460   含黄素单加氧酶2
  FMR1   NM_002024   脆性X智力低下1
  FNBP1   NM_015033   成蛋白结合蛋白1
  FOXP1   NM_032682   叉头盒P1同种型1
  FSD1L   NM_207647   含纤连蛋白类型III和SPRY结构域
  FSHB   NM_000510   促卵泡激素f促卵泡激素，β多肽
  FTSJ2   NM_013393   FtsJ同系物2
  FUT9   NM_006581   岩藻糖基转移酶9(α(1，3)
  FXN   NM_000144   弗氏共济失调蛋白同种型1前蛋白原
  FXR1   NM_001013438   脆性X智力低下相关蛋白1
  FYB   NM_001465   FYN结合蛋白(FYB-120/130)同种型1
  FYCO1   NM_024513   含FYVE和卷曲螺旋结构域1
  FZD6   NM_003506   frizzled 6
  GAB1   NM_002039   GRB2相关结合蛋白1同种型b
  GABRA4   NM_000809   γ-氨基丁酸A受体，α4
  GABRG1   NM_173536   γ-氨基丁酸A受体，γ1
  GANC   NM_198141   葡糖苷酶，α；中性C
  GARNL1   NM_014990   GTP酶活化Rap/RanGAP结构域样1
  GATAD2B   NM_020699   含GATA锌指结构域2B
  GBA3   NM_020973   胞质的β-葡糖苷酶
  GBAS   NM_001483   nipsnap同系物2
  GBP1   NM_002053   鸟苷酸结合蛋白1，
  GCC2   NM_014635   含GRIP和卷曲螺旋结构域2同种型
  Gcom1   NM_001018097   GRINL1A结合蛋白质同种型8
  GDF8   NM_005259   生长分化因子8
  基因符号   hsa-miR-21靶   基因名称
  GFOD1   NM_018988   葡萄糖-果糖氧化还原酶结构域
  GINS1   NM_021067   DNA复制复合体GINS蛋白质PSF1
  GIPC3   NM_133261   PDZ结构域蛋白质GIPC3
  GLCCI1   NM_138426   糖皮质激素诱导的转录物1
  GLRA2   NM_002063   甘氨酸受体，α2
  GLS   NM_014905   谷氨酰胺酶C
  GNA12   NM_007353   鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白质)
  GNG12   NM_018841   G-蛋白质γ-12亚基
  GNG2   NM_053064   鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白质)，
  GNPDA1   NM_005471   葡糖胺-6-磷酸脱氨酶1
  GNRHR   NM_000406   促性腺激素释放激素受体同种型
  GOLGA4   NM_002078  高尔基体自身抗原，高尔基体蛋白亚家族a，4
  GOPC   NM_001017408   高尔基体相关的PDZ和卷曲螺旋模体
  GP5   NM_004488   糖蛋白V(血小板)
  GPAM   NM_020918   线粒体甘油3-磷酸
  GPC4   NM_001448   磷脂酰肌醇蛋白聚糖4
  GPD1L   NM_015141   甘油-3-磷酸脱氢酶1样
  GPIAP1   NM_203364   膜组分11号染色体表面标记
  GPR116   NM_015234   G-蛋白偶联受体116
  GPR180   NM_180989   G蛋白偶联受体180前体
  GPR6   NM_005284   G蛋白偶联受体6
  GPR64   NM_005756   G蛋白偶联受体64
  GPRASP1   NM_014710   G蛋白偶联受体相关分选
  GPRASP2   NM_001004051   G蛋白偶联受体相关分选
  GRAMD3   NM_023927   含GRAM结构域3
  GREM2   NM_022469   gremlin2前体
  GRIN3A   NM_133445   谷氨酸受体，离子型，
  GRINL1A   NM_001018103   谷氨酸受体，离子型，N-甲基
  GRPEL2   NM_152407   GrpE样2，线粒体
  GSS   NM_000178   谷胱甘肽合成酶
  GSTM3   NM_000849   谷胱甘肽S-转移酶M3
  GTPBP1   NM_004286   GTP结合蛋白1
  GUCA1B   NM_002098   鸟苷酸环化酶激活因子1B(视网膜)
  GYPE   NM_198682   血型糖蛋白E前体
  HAP1   NM_003949   亨廷顿蛋白相关蛋白1同种型1
  HBP1   NM_012257   HMG-盒转录因子1
  HBS1L   NM_006620   HBS1样
  hCAP-D3   NM_015261   KIAA0056蛋白质
  HCAP-G   NM_022346   染色体凝聚蛋白质G
  HCG27   NM_181717   假定蛋白LOC253018
  HDAC9   NM_014707   组蛋白脱乙酰基酶9同种型3
  HDDC3   NM_198527   含HD结构域3
  HECTD1   NM_015382   含HECT结构域1
  HERPUD2   NM_022373   假定蛋白LOC64224
  HERV-FRD   NM_207582   HERV-FRD原病毒祖先Env多蛋白
  HES2   NM_019089   发状分裂相关增强子同系物2
  HGF   NM_000601   肝细胞生长因子同种型1
  HIBCH   NM_014362   3-羟基异丁酰辅酶A水解酶同种型
  HIP2   NM_005339   亨廷顿蛋白相互作用蛋白质2
  HMGB3   NM_005342   高迁移率族蛋白3
  HMGCLL1   NM_019036   3-羟甲基-3-甲基戊二酰辅酶A
  HMGCR   NM_000859   3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶
  HNF4A   NM_000457   肝细胞核因子4α同种型b
  HNMT   NM_006895   组胺N-甲基转移酶同种型1
  HNRPU   NM_004501   核不均一核糖核蛋白U
  HOXA9   NM_152739   同源框A9
  HPGD   NM_000860   羟基前列腺素脱氢酶15-(NAD)
  HS2ST1   NM_012262   硫酸乙酰肝素2-O-磺基转移酶1
  HS3ST4   NM_006040   硫酸乙酰肝素D-葡糖胺
  HTLF   NM_002158   T细胞白血病病毒增强子
  HTRA2   NM_013247   HtrA丝氨酸肽酶2同种型1前蛋白原
  HYAL3   NM_003549   透明质酸葡糖胺酶3
  IDH3A   NM_005530   异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)α
  IGF2BP1   NM_006546   胰岛素样生长因子2mRNA结合
  IGF2BP3   NM_006547   胰岛素样生长因子2mRNA结合
  IGFBP3   NM_000598   胰岛素样生长因子结合蛋白3
  IGHMBP2   NM_002180   免疫球蛋白mu结合蛋白2
  IL17RD   NM_017563   白细胞介素17受体D
  IL1B   NM_000576   白细胞介素1，β蛋白原
  IL1RAP   NM_002182   白细胞介素1受体辅助蛋白同种型
  IL2RA   NM_000417   白细胞介素2受体，α链前体
  IL9   NM_000590   白细胞介素9前体
  ILF3   NM_012218   白细胞介素增强子结合因子3同种型a
  INA   NM_032727   丝连蛋白神经元中间丝
  INMT   NM_006774   吲哚乙胺N-甲基转移酶
  INTS3   NM_023015   假定蛋白LOC65123
  IPO11   NM_016338   Ran结合蛋白11
  IRAK1BP1   NM_001010844   白细胞介素-1受体相关激酶1
  ITGA2   NM_002203   整联蛋白α2前体
  ITGB1BP1   NM_004763   整联蛋白细胞质结构域相关蛋白1
  ITGB3   NM_000212   整联蛋白β链，β3前体
  ITIH5   NM_030569   间α胰蛋白酶抑制剂重链
  ITPR2   NM_002223   肌醇1，4，5-三磷酸受体，类型2
  JAG1   NM_000214   Jagged1前体
  JMY   NM_152405   连接介导和调节蛋白
  KAL1   NM_000216   Kallmann综合征1蛋白质
  KATNAL1   NM_001014380   剑蛋白p60亚基A样1
  KBTBD4   NM_016506   含kelch重复和BTB(POZ)结构域4
  KBTBD7   NM_032138   含kelch重复和BTB(POZ)结构域7
  KCNA3   NM_002232   钾电压门控通道，摇摆相关
  KCNH2   NM_172056   电压门控钾通道，亚家族H，
  KCNJ10   NM_002241  钾内向整流通道，亚家族
  KCNJ13   NM_002242  钾内向整流通道J13
  KCNT2   NM_198503  钾通道，亚家族T，成员2
  KIAA0143   NM_015137  假定蛋白LOC23167
  KIAA0240   NM_015349  假定蛋白LOC23506
  KIAA0247   NM_014734  假定蛋白LOC9766
  KIAA0256   NM_014701  假定蛋白LOC9728
  KIAA0286   NM_015257  假定蛋白LOC23306
  KIAA0319L   NM_024874  多囊肾病1样同种型a
  KIAA0323   NM_015299  假定蛋白LOC23351
  KIAA0553   NM_001002909  假定蛋白LOC23131
  KIAA0895   NM_015314  假定蛋白LOC23366
  KIAA1128   NM_018999  颗粒细胞抗血清阳性14
  KIAA1468   NM_020854  假定蛋白LOC57614
  KIAA1600   NM_020940  假定蛋白LOC57700
  KIAA1622   NM_058237  含HEAT样重复蛋白质同种型1
  KIAA1727   NM_033393  假定蛋白LOC85462
  KIAA1804   NM_032435  混合谱系激酶4
  KIAA1853   NM_194286  KIAA1853蛋白质
  KIAA1862   NM_032534  KIAA1862蛋白质
  KIAA1909   NM_052909  假定蛋白LOC153478
  KIAA1920   NM_052919  假定蛋白LOC114817
  KIAA2026   NM_001017969  假定蛋白LOC158358
  KIF3B   NM_004798  驱动蛋白家族成员3B
  KIF6   NM_145027  驱动蛋白家族成员6
  KL   NM_004795  Klotho同种型a
  KLF12   NM_007249  Kruppel样因子12同种型a
  KLF5   NM_001730  Kruppel样因子5
  KLF8   NM_007250  Kruppel样因子8
  KLF9   NM_001206  Kruppel样因子9
  KLHDC5   NM_020782  含kelch结构域5
  KLHL1   NM_020866  Kelch样1蛋白质
  KLHL14   NM_020805  Kelch样14
  KLHL20   NM_014458  Kelch样20
  KLHL24   NM_017644  DRE1蛋白质
  KLHL4   NM_019117   Kelch样4同种型1
  KLHL6   NM_130446   Kelch样6
  KLHL8   NM_020803   Kelch样8
  KLK2   NM_001002231   激肽释放酶2，前列腺同种型2
  KRIT1   NM_001013406   krev相互作用捕获的1同种型2
  LANCL1   NM_006055   羊毛硫氨酸合成酶C样蛋白质1
  LARP2   NM_018078   La核糖核蛋白结构域家族成员2
  LAT2   NM_014146   T细胞激活连接物家族成员
  LAX1   NM_017773   淋巴细胞跨膜衔接因子1
  LEMD3   NM_014319   含LEM结构域3
  LEPR   NM_001003679   瘦蛋白受体同种型2
  LIF   NM_002309   白血病抑制因子(胆碱能
  LIFR   NM_002310   白血病抑制因子受体前体
  LILRB4   NM_006847   白细胞免疫球蛋白样受体，
  LIMA1   NM_016357   肿瘤中丧失的上皮蛋白质β
  LIN28B   NM_001004317   lin-28同系物B
  LIN7C   NM_018362   lin-7同系物C
  LITAF   NM_004862   LPS-诱导的TNF-α因子
  LIX1   NM_153234   肢体表达1
  LMBR1   NM_022458   肢体区1蛋白质
  LMO3   NM_001001395   LIM结构域only3
  LOC115648   NM_145326   假定蛋白LOC115648
  LOC130074   NM_001009993   假定蛋白LOC130074
  LOC133619   NM_130809   假定蛋白LOC133619
  LOC144501   NM_182507   假定蛋白LOC144501
  LOC153222   NM_153607   假定蛋白LOC153222
  LOC201895   NM_174921   假定蛋白LOC201895
  LOC202459   NM_145303   假定蛋白LOC202459
  LOC221442   NM_001010871   假定蛋白LOC221442
  LOC283514   NM_198849   假定蛋白LOC283514
  LOC339977   NM_001024611   假定蛋白LOC339977
  LOC343066   NM_001013630   假定蛋白LOC343066
  LOC389432   NM_001030060   假定蛋白LOC389432
  LOC389607   NM_001013651   假定蛋白LOC389607
  LOC390980   NM_001023563   类似于锌指蛋白264
  LOC399900   NM_001013667   假定蛋白LOC399900
  LOC401280   NM_001013682   假定蛋白LOC401280
  LOC401431   NM_001008745   假定蛋白LOC401431
  LOC440295   NM_198181   假定蛋白LOC440295
  LOC440742   NM_001013710   假定蛋白LOC440742
  LOC441233   NM_001013724   假定蛋白LOC441233
  LOC442247   NM_001013734   假定蛋白LOC442247
  LOC51136   NM_016125   PTD016蛋白质
  LOC613266   NM_001033516   假定蛋白LOC613266
  LOH11CR2A   NM_014622   BCSC-1同种型1
  LPGAT1   NM_014873   溶血磷脂酰甘油酰基转移酶1
  LPIN1   NM_145693   脂质1
  LPIN2   NM_014646   脂质2
  LRAT   NM_004744   卵磷脂视黄醇酰基转移酶
  LRRC2   NM_024512   含亮氨酸丰富重复2
  LRRC20   NM_018205   含亮氨酸丰富重复20同种型3
  LRRC3B   NM_052953   含亮氨酸丰富重复3B
  LRRC55   NM_001005210   假定蛋白LOC219527
  LRRC57   NM_153260   假定蛋白LOC255252
  LRRTM2   NM_015564   亮氨酸丰富重复跨膜神经元2
  LRSAM1   NM_001005373   亮氨酸丰富重复和不育α模体
  LSM3   NM_014463   Lsm3蛋白质
  LTBP1   NM_000627   潜伏转化生长因子β结合
  LTBP2   NM_000428   潜伏转化生长因子β结合
  LTV1   NM_032860   假定蛋白LOC84946
  LUM   NM_002345   光蛋白聚糖前体
  LUZP1   NM_033631   亮氨酸拉链蛋白质1
  LUZP4   NM_016383   亮氨酸拉链蛋白质4
  LYCAT   NM_001002257  溶血心磷脂酰基转移酶同种型2
  LYSMD4   NM_152449   假定蛋白LOC145748
  LYST   NM_000081   溶酶体转运调解物同种型1
  LZTFL1   NM_020347   亮氨酸拉链转录因子样1
  MAGEH1   NM_014061   黑素瘤抗原，家族H，1蛋白质
  MAK3   NM_025146   Mak3同系物
  MALT1   NM_006785   黏膜相关的淋巴组织淋巴瘤
  MAN1A1   NM_005907   甘露糖苷酶，α，类1A，成员1
  MAN1A2   NM_006699   甘露糖苷酶，α，类1A，成员2
  MAOA   NM_000240   单胺氧化酶A
  MAP1B   NM_005909   微管相关蛋白1B同种型1
  MAP3K8   NM_005204   促分裂原活化蛋白质激酶激酶激酶
  MAP4K3   NM_003618   促分裂原活化蛋白质激酶激酶激酶
  MAPK10   NM_002753  促分裂原活化蛋白质激酶10同种型1
  MAPRE1   NM_012325   微管相关蛋白，RP/EB家族，
  MARCH5   NM_017824   环指蛋白153
  MARCH6   NM_005885   膜相关环指(C3HC4)6
  MARS2   NM_138395   甲硫氨酸-tRNA合成酶2前体
  MATN2   NM_002380   matrilin2同种型a前体
  MBL2   NM_000242   可溶性甘露糖结合凝集素前体
  MBNL1   NM_021038   盲肌样1同种型a
  MCC   NM_002387   结肠直肠癌中突变的
  MED9   NM_018019   RNA聚合酶II转录介导物，
  MEF2C   NM_002397   MADS盒转录增强子因子2，
  MEGF11   NM_032445   MEGF11蛋白质
  MEIS1   NM_002398   Meis1同系物
  MESDC2   NM_015154   中胚层发育候选物2
  METTL3   NM_019852   甲基转移酶样3
  MFAP5   NM_003480   微原纤维相关蛋白5
  MGC21881   NM_203448   假定蛋白LOC389741
  MGC29891   NM_144618   GA重复结合蛋白质，β2
  MGC34774   NM_203308   假定蛋白LOC399670
  MGC35361   NM_147194   假定蛋白LOC222234
  MGC39497   NM_152436   假定蛋白LOC144321
  MGC39518   NM_173822   假定蛋白LOC285172
  MGC4268   NM_031445   假定蛋白LOC83607
  MGC52057   NM_194317   假定蛋白LOC130574
  MGC70863   NM_203302   类似于RPL23AP7蛋白质
  MGC9850   NM_152705   假定蛋白MGC9850
  MGEA5   NM_012215   脑膜瘤表达的抗原5(透明质酸酶)
  MIB1   NM_020774   mindbomb同系物1
  MICAL-L1   NM_033386   与Rab13相互作用的分子
  MID1IP1   NM_021242   MID1相互作用G12样蛋白质
  MINPP1   NM_004897   多样肌醇多聚磷酸组氨酸性
  MIPOL1   NM_138731   镜像多指1
  MKNK1   NM_003684   MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶1
  MKNK2   NM_199054   MAP激酶-相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2
  MKRN1   NM_013446   makorin，环指蛋白，1
  MKX   NM_173576   假定蛋白LOC283078
  MLR1   NM_153686   转录因子MLR1
  MOAP1   NM_022151   细胞凋亡调节物1
  MOBP   NM_182934   髓鞘相关少突胶质细胞碱性蛋白质
  MORC4   NM_024657   锌指，具卷曲螺旋结构域的CW类型2
  MPP5   NM_022474   膜蛋白质，棕榈酰化的5
  MRAS   NM_012219   肌肉RAS癌基因同系物
  M-RIP   NM_015134   肌球蛋白磷酸酶-Rho相互作用蛋白质
  MRPL9   NM_031420   线粒体核糖体蛋白质L9
  MS4A6A   NM_022349   4次跨膜结构域，亚家族A，成员
  MSH2   NM_000251   mutS同系物2
  MSL3L1   NM_078628   雄性特异性致死3样1同种型d
  MSR1   NM_002445   巨噬细胞清除剂受体1同种型类型2
  MTAC2D1   NM_152332   含膜靶向(串联)C2结构域
  MTAP   NM_002451   5′-甲基硫腺苷磷酸化酶
  MTHFSD   NM_022764   假定蛋白LOC64779
  MTMR12   NM_019061   肌管素相关蛋白12
  MTMR8   NM_017677   肌管素相关蛋白8
  MVD   NM_002461   二磷酸甲羟戊酸脱羧酶
  MXD1   NM_002357   MAX二聚化蛋白质1
  MYCL1   NM_001033081   l-myc-1原癌基因同种型1
  MYEF2   NM_016132   髓鞘基因表达因子2
  MYO6   NM_004999   肌球蛋白VI
  MYOM2   NM_003970   肌间蛋白2
  MYT1L   NM_015025   髓鞘转录因子1样
  NARG2   NM_001018089   NMDA受体调节的2同种型b
  NAV1   NM_020443   神经元导向1
  NCALD   NM_032041   神经钙蛋白δ
  NDST1   NM_001543   N-脱乙酰酶/N-磺基转移酶(类肝素
  NEDD4   NM_006154   神经前体细胞发育性表达的
  NEGR1   NM_173808   神经元生长调节物1
  NEK11   NM_024800   NIMA(永离有丝分裂基因a)-相关激酶
  NELL2   NM_006159   nel样2
  NF2   NM_181826   神经纤维瘤蛋白2同种型3
  NFASC   NM_015090   神经束蛋白前体
  N脂肪5   NM_006599   活化T细胞核因子5同种型c
  N脂肪C2IP   NM_032815   活化T细胞核因子，
  NFIB   NM_005596   核因子I/B
  NFX1   NM_147134   核转录因子，X-盒结合1
  NHS   NM_198270   Nance-Horan综合征蛋白质
  NIN   NM_182944   nincin同种型1
  NKIRAS1   NM_020345   κB-ras1
  NMNAT1   NM_022787   烟酰胺核苷酸腺苷酰转移酶1
  NOPE   NM_020962   DDM36
  NOSIAP   NM_014697   一氧化氮合酶1(神经元)衔接子
  NOVA1   NM_006491   神经肿瘤腹抗原1同种型3
  N-PAC   NM_032569   细胞因子样核因子n-pac
  NPAL2   NM_024759   含NIPA样结构域2
  NPTN   NM_012428   神经丝束蛋白同种型b前体
  NRCAM   NM_005010   神经元细胞黏着分子同种型B
  NRG1   NM_004495   神经调节蛋白1同种型HRG-γ
  NRIP1   NM_003489   受体相互作用蛋白质140
  NSUN2   NM_017755   NOL1/NOP2/Sun结构域家族2蛋白质
  NT5DC3   NM_016575   假定蛋白LOC51559同种型2
  NTF3   NM_002527   神经营养蛋白3前体
  NUBPL   NM_025152   核苷酸结合蛋白质样
  NUDT13   NM_015901   nudix-类型模体13
  NUDT21   NM_007006   剪切和多聚腺苷酸化特异性因子5
  NXF5   NM_032946   核RNA输出因子5同种型a
  NXT2   NM_018698   核转运因子2样输出因子2
  OAS2   NM_001032731   2′-5′-寡腺苷酸合成酶2同种型3
  OGT   NM_003605   O连锁的GlcNAc转移酶同种型3
  OLFM3   NM_058170   嗅介蛋白3
  OLFML2A   NM_182487   嗅介蛋白样2A
  OLR1   NM_002543   氧化的低密度脂蛋白质(凝集素样)
  OPN5   NM_001030051   视蛋白5同种型2
  OR13A1   NM_001004297   嗅觉受体，家族13，亚家族A，
  OR4D2   NM_001004707   嗅觉受体，家族4，亚家族D，
  OR7D2   NM_175883   假定蛋白LOC162998
  OSBPL10   NM_017784   氧固醇结合蛋白质样蛋白质10
  OSBPL3   NM_015550   氧固醇结合蛋白质样蛋白质3同种型
  OXTR   NM_000916   催产素受体
  P15RS   NM_018170   假定蛋白FLJ10656
  P2RY13   NM_023914   嘌呤能受体P2Y，G-蛋白偶联的，13
  P4HA1   NM_000917   脯氨酰4-羟化酶，αI亚基同种型1
  PAFAH1B1   NM_000430   血小板活化因子乙酰水解酶，
  PAG1   NM_018440   结合鞘糖脂的磷蛋白相关
  PALM2-AKAP2   NM_007203   PALM2-AKAP2蛋白质同种型1
  PANK3   NM_024594   泛酸激酶3
  PAPSS2   NM_001015880   3′-磷酸腺苷5′-磷酸硫酸合酶2
  PCBP1   NM_006196   聚(rC)结合蛋白1
  PCBP2   NM_005016   聚(rC)-结合蛋白2同种型a
  PCCB   NM_000532   丙酰辅酶A羧化酶，β
  PCDH10   NM_020815   原钙黏着蛋白10同种型2前体
  PCDH17   NM_014459   原钙黏着蛋白17
  PCDH18   NM_019035   原钙黏着蛋白18前体
  PCDH19   NM_020766   原钙黏着蛋白19
  PCGF5   NM_032373   多梳蛋白组环指5
  PCMT1   NM_005389   蛋白质-L-异天冬氨酸(D-天冬氨酸)
  PCSK6   NM_002570   成对碱性氨基酸断裂系统4
  PCTK3   NM_002596   PCTAIRE蛋白质激酶3同种型b
  PDAP1   NM_014891   PDGFA相关蛋白1
  PDCD4   NM_014456   程序性细胞死亡4同种型1
  PDCD6   NM_013232   程序性细胞死亡6
  PDE3A   NM_000921   磷酸二酯酶3A，cGMP-抑制的
  PDE4A   NM_006202   磷酸二酯酶4A，cAMP-特异性
  PDE4B   NM_002600   磷酸二酯酶4B，cAMP-特异性同种型1
  PDE4D   NM_006203   cAMP-特异性磷酸二酯酶4D
  PDE7B   NM_018945   磷酸二酯酶7B
  PDGFD   NM_025208  血小板衍生生长因子D同种型1
  PDIK1L   NM_152835  PDLIM1相互作用激酶1样
  PDLIM2   NM_176871  PDZ和LIM结构域2同种型1
  PDZD2   NM_178140  含PDZ结构域2
  PDZD7   NM_024895  含PDZ结构域7
  PECAM1   NM_000442  血小板/内皮细胞黏着分子
  PECI   NM_006117  过氧化物酶体D3，D2-烯酰辅酶A异构酶同种型1
  PELI1   NM_020651  Pellino蛋白质
  PELI2   NM_021255  Pellino 2
  PENK   NM_006211  脑啡肽原
  PFKFB2   NM_001018053  6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2，
  PFKM   NM_000289  磷酸果糖激酶，肌肉
  PGAM1   NM_002629  磷酸甘油酸变位酶1(脑)
  PGAM4   NM_001029891  磷酸甘油酸变位酶家族3
  PGM1   NM_002633  葡萄糖磷酸变位酶1
  PHF14   NM_014660  PHD指蛋白质14同种型2
  PHF16   NM_014735  PHD指蛋白质16
  PHF20   NM_016436  PHD指蛋白质20
  PHF20L1   NM_024878  PHD指蛋白质20样1同种型3
  PHF6   NM_001015877  PHD指蛋白质6同种型1
  PHLDB1   NM_015157  血小板白细胞C激酶底物同系物样结构域，家族B，
  PHLDB2   NM_145753  血小板白细胞C激酶底物同系物样结构域，家族B，
  PHTF2   NM_020432  假定的同源异型域转录因子2
  PHYHIP   NM_014759  植烷酰辅酶A羟化酶相互作用蛋白质
  PI15   NM_015886  蛋白酶抑制剂15前蛋白原
  PIGM   NM_145167  PIG-M甘露糖基转移酶
  PIGN   NM_012327  磷脂酰肌醇聚糖，类N
  PIK3R1   NM_181504  磷酸肌醇-3-激酶，调节亚基，
  PIK3R4   NM_014602  磷酸肌醇-3-激酶，调节亚基4，
  PIP5K3   NM_001002881  磷脂酰肌醇-3-
  PITPNA   NM_006224  磷脂酰肌醇转运蛋白质，α
  PITX2   NM_000325  成对同源异型结构域转录因子2
  PIWIL4   NM_152431   piwi样4
  PJA2   NM_014819   praja2，含RING-H2模体
  PKD2   NM_000297   多囊蛋白2
  PKHD1   NM_138694   多囊蛋白同种型1
  PKIB   NM_032471   cAMP-依赖性蛋白质激酶抑制剂β
  PKNOX1   NM_004571   PBX/有节1同源框1同种型1
  PKP1   NM_000299   亲斑蛋白1同种型1b
  PLAA   NM_004253   磷脂酶A2活化蛋白同种型2
  PLAG1   NM_002655   多形性腺瘤基因1
  PLCB1   NM_015192   磷酸肌醇-特异性磷脂酶Cβ1
  PLEKHA1   NM_001001974   含血小板白细胞C激酶底物同源物结构域，家族A
  PLEKHC1   NM_006832   含血小板白细胞C激酶底物同源物结构域，家族C
  PLEKHH1   NM_020715   含血小板白细胞C激酶底物同源物结构域，家族H
  PLP1   NM_000533   蛋白脂质蛋白质1同种型1
  PNRC2   NM_017761   脯氨酸丰富核受体辅激活物2
  POLE3   NM_017443   DNA聚合酶ε亚基3
  POLS   NM_006999   DNA聚合酶σ
  PPARA   NM_001001928   过氧化物增殖物激活受体，
  PPAT   NM_002703   磷酸核糖焦磷酸酰胺转移酶
  PPEF1   NM_152225   带有丝氨酸/苏氨酸蛋白质磷酸酶
  PPFIA4   NM_015053   蛋白质酪氨酸磷酸酶，受体型，f
  PPIF   NM_005729   肽基脯氨酰异构酶F前体
  PPM1L   NM_139245   蛋白质磷酸酶1(以前称作2C)样
  PPPICB   NM_002709   蛋白质磷酸酶1，催化亚基，β
  PPP1CC   NM_002710   蛋白质磷酸酶1，催化亚基，γ
  PPP1R16B   NM_015568   蛋白质磷酸酶1调节性抑制剂
  PPP1R3A   NM_002711   蛋白质磷酸酶1糖原结合
  PPP1R3D   NM_006242   蛋白质磷酸酶1，调节亚基3D
  PPP2R5E   NM_006246   调节亚基B56的ε同种型，
  PRDX3   NM_006793   过氧化物氧还蛋白3同种型a前体
  PRH2   NM_005042   脯氨酸丰富蛋白质HaeIII亚家族2
  PRKAA1   NM_006251   蛋白质激酶，AMP活化的，α1催化
  PRKAB2   NM_005399   AMP活化的蛋白质激酶β2
  PRKG1   NM_006258   蛋白质激酶，cGMP-依赖性，类型I
  PRMT2   NM_001535   HMT1 hnRNP甲基转移酶样1
  PRPF39   NM_017922   PRP39前mRNA加工因子39同系物
  PRPF4B   NM_003913   丝氨酸/苏氨酸-蛋白质激酶PRP4K
  PRRG1   NM_000950   脯氨酸丰富Gla(G-羧基谷氨酸)1
  PRRG4   NM_024081   脯氨酸丰富Gla(G-羧基谷氨酸)4
  PRRX1   NM_006902   成对中胚层同源框1同种型pmx-1a
  PRTFDC1   NM_020200   含磷酸核糖转移酶结构域1
  PSD3   NM_015310   ADP-核糖基化因子鸟嘌呤核苷酸
  PSRC1   NM_001005290   p53-调节的DDA3同种型b
  PTCH   NM_000264   修补
  PTGDR   NM_000953   前列腺素D2受体
  PTGER3   NM_198719   前列腺素E受体3，亚类型EP3同种型
  PTGFRN   NM_020440   前列腺素F2受体负调节物
  PTGIS   NM_000961   前列腺素I2(前列环素)合酶
  PTHB1   NM_001033604   甲状旁腺激素应答性B1同种型3
  PTPDC1   NM_152422   含蛋白质酪氨酸磷酸酶结构域1
  PTPN9   NM_002833   蛋白质酪氨酸磷酸酶，非受体型
  PTPRT   NM_007050   蛋白质酪氨酸磷酸酶，受体型，T
  PTPRU   NM_005704   蛋白质酪氨酸磷酸酶，受体型，U
  PURB   NM_033224   嘌呤丰富元件结合蛋白B
  R7BP   NM_001029875   R7结合蛋白质
  RAB11A   NM_004663   Ras相关蛋白Rab-11A
  RAB11FIP2   NM_014904   RAB11家族相互作用蛋白质2(I类)
  RAB22A   NM_020673   RAS相关蛋白RAB-22A
  RAB23   NM_016277   Ras相关蛋白Rab-23
  RAB36   NM_004914   RAB36，成员RAS癌基因家族
  RAB5B   NM_002868   RAB5B，成员RAS癌基因家族
  RAB6A   NM_002869   RAB6A，成员RAS癌基因家族同种型a
  RABIF   NM_002871   RAB-相互作用因子
  RAD21   NM_006265   RAD21同系物
  RAD51AP1   NM_006479   RAD51相关蛋白1
  RAD51L1   NM_002877   RAD51样1同种型1
  RAN   NM_006325   ras相关核蛋白质
  RANBP17   NM_022897   RAN结合蛋白17
  RANBP5   NM_002271   RAN结合蛋白5
  RAP2A   NM_021033   RAP2A，RAS癌基因家族成员
  RAP2B   NM_002886   RAP2B，RAS癌基因家族成员
  RAPH1   NM_213589   Ras相关和血小板白细胞C激酶底物同源物结构域
  RASA1   NM_002890   RAS p21蛋白质激活物1同种型1
  RASGRP1   NM_005739   RAS鸟嘌呤释放蛋白质1
  RASGRP3   NM_170672   RAS鸟嘌呤释放蛋白质3(钙和
  RASSF6   NM_177532   Ras相关(RalGDS/AF-6)结构域家族6
  RAVER2   NM_018211   核糖核蛋白，PTB结合2
  RBM15B   NM_013286   RNA结合模体蛋白质15B
  RBM22   NM_018047   RNA结合模体蛋白质22
  RC3H1   NM_172071   Roquin
  RCC2   NM_018715   RCC1样
  RCCD1   NM_001017919   假定蛋白LOC91433
  RCN1   NM_002901   网钙结合蛋白1前体
  RDH11   NM_016026   雄激素-调节的短链
  RDX   NM_002906   根蛋白
  RECK   NM_021111   RECK蛋白质前体
  REEP1   NM_022912   受体表达增强蛋白质1
  REEP5   NM_005669   受体辅助蛋白5
  REPS1   NM_031922   含RALBP1相关的Eps结构域1
  RERG   NM_032918   RAS样，雌激素调节的，生长抑制剂
  RET   NM_020975   ret原癌基因同种型a
  RFP2   NM_001007278   ret指蛋白质2同种型2
  RFX3   NM_002919   调节因子X3同种型a
  RFX4   NM_032491   调节因子X4同种型a
  RGS10   NM_001005339   G-蛋白信号的调节物10同种型a
  RHD   NM_016124   Rh血型D抗原同种型1
  RHO   NM_000539   视紫红质
  RHOB   NM_004040   ras同系物基因家族，成员B
  RICTOR   NM_152756   mTOR的雷帕霉素不敏感性配对物
  RIOK1   NM_031480   RIO激酶1同种型1
  RMND5A   NM_022780   假定蛋白LOC64795
  RNASE4   NM_002937   核糖核酸酶，RNA酶A家族，4前体
  RNASEL   NM_021133   核糖核酸酶L
  RNF103   NM_005667   环指蛋白103
  RNF111   NM_017610   环指蛋白111
  RNF182   NM_152737   环指蛋白182
  RNF185   NM_152267   环指蛋白185
  RNF32   NM_030936   环指蛋白32
  RNF38   NM_022781   环指蛋白38同种型1
  RNF6   NM_005977   环指蛋白6同种型1
  ROBO2   NM_002942   roundabout，轴突导向受体，同系物2
  ROD1   NM_005156   分化的ROD1调节物1
  RP11-19J33   NM_001012267   假定蛋白LOC401541
  RP13-360B222   NM_032227   假定蛋白LOC84187
  RP2   NM_006915   XRP2蛋白质
  RPA2   NM_002946   复制蛋白质A2，32kDa
  RPIB9   NM_138290   Rap2-结合蛋白9
  RPL15   NM_002948   核糖体蛋白质L15
  RPL36A   NM_021029   核糖体蛋白质L36a
  RPS23   NM_001025   核糖体蛋白质S23
  RPS6KA3   NM_004586   核糖体蛋白质S6激酶，90kDa，多肽
  RPS6KA5   NM_004755   核糖体蛋白质S6激酶，90kDa，多肽
  RRAS2   NM_012250   相关RAS病毒(r-ras)癌基因同系物2
  RRP22   NM_001007279   22号染色体上的RAS相关同种型b
  RSAD2   NM_080657   含根本的S-腺苷甲硫氨酸结构域
  RSBN1   NM_018364   圆形精子碱性蛋白质1
  RTF1   NM_015138   Paf1/RNA聚合酶II复合体成分
  RTN4   NM_007008   浆膜蛋白4同种型C
  RUNDC1   NM_173079   含RUN结构域1
  S100A7L1   NM_176823   S100钙结合蛋白A7样1
  S100B   NM_006272   S100钙结合蛋白质，β
  SACM1L   NM_014016   肌动蛋白抑制蛋白1
  SAMD10   NM_080621   含不育α模体结构域10
  SAMD9   NM_017654   含不育α模体结构域9
  SAP18   NM_005870   Sin3A相关蛋白，18kDa
  SAR1A   NM_020150   SAR1a基因同系物1
  SASH1   NM_015278   含SAM和SH3结构域1
  SASS6   NM_194292   纺锤体组装异常蛋白质6
  SATB1   NM_002971   特异性AT丰富序列结合蛋白1
  SAV1   NM_021818   WW45蛋白质
  SC5DL   NM_001024956   固醇-C5-去饱和酶样
  SCAND2   NM_022050   含SCAN结构域蛋白质2同种型1
  SCAP1   NM_003726   src家族关联磷蛋白1
  SCARB2   NM_005506   清除剂受体B类，成员2
  SCD5   NM_024906   硬酯酰辅酶A去饱和酶4同种型b
  SCML2   NM_006089   中足性梳样2
  SCN8A   NM_014191   钠通道，电压门控的，类型VIII，α
  SCP2   NM_001007250   固醇运载体蛋白质2同种型3前体
  SDPR   NM_004657   血清除尽效应蛋白
  SEC63   NM_007214   SEC63样蛋白质
  SELI   NM_033505   硒蛋白1
  SEMA5A   NM_003966   脑信号蛋白5A
  SEPT10   NM_144710   隔蛋白10同种型1
  SEPT2   NM_001008491   隔蛋白2
  SERP1   NM_014445   应激相关内质网蛋白质
  SERPINB5   NM_002639   丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，进化枝
  SERPIN11   NM_005025   丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，进化枝
  SESN1   NM_014454   Sestrin1
  SESTD1   NM_178123   SEC14和血影蛋白结构域1
  SETD6   NM_024860   假定蛋白LOC79918
  SETD8   NM_020382   含SET结构域蛋白质8
  SETX   NM_015046   肌萎缩性侧索硬化(senataxin)
  SFRP5   NM_003015   分泌的frizzled相关蛋白5
  SFRS3   NM_003017   剪接因子，精氨酸/丝氨酸丰富3
  SFTPB   NM_000542   表面活性剂，肺相关蛋白B
  SGCB   NM_000232   肌聚糖，β(43kDa肌养蛋白相关
  SGIP1   NM_032291   SH3-结构域GRB2样(吞蛋白)相互作用
  SGK3   NM_001033578   血清/糖皮质激素调节的激酶3同种型
  SH2D4B   NM_207372   含SH2结构域4B
  SHE   NM_001010846   含Src同源物2结构域E
  SKI   NM_003036   v-ski肉瘤病毒癌基因同系物
  SLC11A2   NM_000617   溶质运载体家族11(质子偶联的
  SLC13A3   NM_001011554   溶质运载体家族13成员3同种型b
  SLC17A5   NM_012434   溶质运载体家族17(阴离子/糖
  SLC1A1   NM_004170   溶质运载体家族1，成员1
  SLC1A4   NM_003038   溶质运载体家族1，成员4
  SLC22A15   NM_018420   溶质运载体家族22(有机阳离子
  SLC25A16   NM_152707   溶质运载体家族25，成员16
  SLC26A2   NM_000112   溶质运载体家族26成员2
  SLC26A4   NM_000441   潘蛋白
  SLC2A12   NM_145176   溶质运载体家族2(易化葡萄糖
  SLC2A4RG   NM_020062   SLC2A4调节物
  SLC31A1   NM_001859   溶质运载体家族31(铜转运体)，
  SLC35F5   NM_025181   溶质运载体家族35，成员F5
  SLC39A9   NM_018375   溶质运载体家族39(锌转运体)，
  SLC40A1   NM_014585   溶质运载体家族40(铁调节的
  SLC6A20   NM_020208   溶质运载体家族6，成员20同种型1
  SLC7A1   NM_003045   溶质运载体家族7(阳离子氨基酸
  SLC7A6   NM_003983   溶质运载体家族7(阳离子氨基酸
  SLC8A3   NM_033262   溶质运载体家族8成员3同种型A
  SLC9A6   NM_006359   溶质运载体家族9(钠/氢
  SLCO4C1   NM_180991   溶质运载体有机阴离子转运体家族，
  SLITRK1   NM_052910   齿裂和trk样1蛋白质
  SLMAP   NM_007159   肌纤维膜相关蛋白
  SMAD7   NM_005904   MAD，mothers against decapentapleic同系物7
  SMAD9   NM_005905   MAD，mothers against decapentaplegic同系物9
  SMAP1L   NM_022733   基质膜相关蛋白1样
  SMARCD1   NM_003076   SWI/SNF相关基质结合
  SMARCE1   NM_003079   SWI/SNF相关基质结合
  SMC1L1   NM_006306   SMC1染色体结构维持蛋白
  SMC1L2   NM_148674   SMC1染色体结构维持蛋白
  SMG1   NM_015092   PI-3-激酶相关激酶SMG-1
  SNAP29   NM_004782   突触小体相关蛋白29
  SNCAIP   NM_005460   突触核蛋白α相互作用蛋白质
  SNRK   NM_017719   SNF相关激酶
  SNRPD3   NM_004175   小的核核糖核蛋白多肽D3
  SNTB1   NM_021021   碱性β1互养蛋白(syntrophin)
  SNX19   NM_014758   分选微管连接蛋白19
  SOCS5   NM_014011   细胞因子信号抑制蛋白5
  SOCS7   NM_014598   细胞因子信号抑制蛋白7
  SOX11   NM_003108   SRY-盒11
  SOX2   NM_003106   性别决定区Y-盒2
  SOX5   NM_006940   SRY(性别决定区Y)-盒5同种型a
  SOX6   NM_017508   SRY(性别决定区Y)-盒6同种型1
  SOX7   NM_031439   SRY-盒7
  SOX9   NM_000346   转录因子SOX9
  SPAG11   NM_016512   精子相关抗原11同种型A前体
  SPATA18   NM_145263   精子发生相关的18同系物
  SPATA2   NM_006038   精子发生相关的2
  SPATA5L1   NM_024063   精子发生相关的5样1
  SPDYA   NM_182756   Speedy同系物1同种型2
  SPG20   NM_015087   Spartin
  SPIN   NM_006717   spindlin
  SPINT1   NM_001032367   肝细胞生长因子激活物抑制剂1
  SPOCK1   NM_004598   sparc/骨粘连蛋白，cwcv和kazal样结构域
  SPON1   NM_006108   脊椎蛋白1，细胞外基质蛋白质
  SPPL3   NM_139015   SPPL3蛋白质
  SPRY1   NM_005841   sprouty同系物1，FGF信号拮抗剂
  SPRY2   NM_005842   sprouty2
  SPRY4   NM_030964   sprouty同系物4
  SPTLC2   NM_004863   丝氨酸棕榈酰转移酶，长链碱基
  SPTY2D1   NM_194285   假定蛋白LOC144108
  SRPK1   NM_003137   SFRS蛋白质激酶1
  SRRM1   NM_005839   丝氨酸/精氨酸重复基质1
  SSFA2   NM_006751   精子特异性抗原2
  SSPN   NM_005086   sarcospan
  ST3GAL1   NM_003033   唾液酰基转移酶4A
  ST3GAL6   NM_006100   α2，3-唾液酰基转移酶VI
  ST6GAL1   NM_003032   唾液酰基转移酶1同种型a
  ST6GALNAC1   NM_018414   GalNAc α-2，6-唾液酰基转移酶I
  ST8SIA4   NM_005668   ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷
  STAG2   NM_006603   基质抗原2
  STAT3   NM_003150   信号传导子及转录激活子
  STAT5A   NM_003152   信号传导子及转录激活子
  STCH   NM_006948   应激70蛋白质蛋白伴侣，
  STK3   NM_006281   丝氨酸/苏氨酸激酶3(STE20同系物，
  STK33   NM_030906   丝氨酸/苏氨酸激酶33
  STK35   NM_080836   丝氨酸/苏氨酸激酶35
  STK36   NM_015690   丝氨酸/苏氨酸激酶36(融合的同系物，
  STK38L   NM_015000   丝氨酸/苏氨酸激酶38样
  STK40   NM_032017   SINK-同源丝氨酸/苏氨酸激酶
  STS-1   NM_032873   Cbl-相互作用蛋白质Sts-1
  STXBP5   NM_139244   tomosyn
  STYK1   NM_018423   丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶1
  SUFU   NM_016169   融合的抑制蛋白
  SUHW4   NM_001002843   毛翅同系物4抑制蛋白同种型2
  SULF1   NM_015170   硫酸酯酶1
  SUMF1   NM_182760   硫酸酯酶修饰因子1
  SURB7   NM_004264   RNA聚合酶B的SRB7抑制蛋白同系物
  SUZ12   NM_015355   连接到JAZF1
  SYN2   NM_003178   突触蛋白II同种型IIb
  SYNPO2   NM_133477   突触足蛋白2
  SYT13   NM_020826   突触结合蛋白XIII
  SYT14   NM_153262   突触结合蛋白XIV
  TAF5   NM_006951   TBP相关因子5
  TAGAP   NM_054114   T细胞活化Rho GTP酶活化蛋白
  TATDN2   NM_014760   含TatD DNA酶结构域2
  TBC1D17   NM_024682   TBC1结构域家族，成员17
  TBC1D4   NM_014832   TBC1结构域家族，成员4
  TBC1D5   NM_014744   TBC1结构域家族，成员5
  TBL1XR1   NM_024665   核受体共阻遏物/HDAC3复合体
  TBX1   NM_005992   T-盒1同种型B
  TCF20   NM_005650   转录因子20同种型1
  TCTA   NM_022171   T细胞白血病易位改变基因
  TEX12   NM_031275   睾丸表达的序列12
  TFB2M   NM_022366   转录因子B2，线粒体
  TFDP1   NM_007111   转录因子Dp-1
  TFDP3   NM_016521   转录因子Dp家族，成员3
  TGFA   NM_003236   转化生长因子，
  TGFBI   NM_000358   转化生长因子，β-诱导的，68kDa
  TGFBR2   NM_001024847   TGF-β类型II受体同种型A前体
  THAP6   NM_144721   含THAP结构域6
  THBD   NM_000361   凝血调节蛋白前体
  THBS1   NM_003246   血小板反应蛋白1前体
  THBS2   NM_003247   血小板反应蛋白2前体
  THBS3   NM_007112   血小板反应蛋白3前体
  THEM5   NM_182578   硫酯酶超家族成员5
  TIE1   NM_005424   酪氨酸激酶含免疫球蛋白样和
  TIMP3   NM_000362   金属蛋白酶组织抑制剂3
  TLOC1   NM_003262   易位蛋白质1
  TLR4   NM_138554   toll样受体4前体
  TM4SF11   NM_015993   浆脂蛋白
  TMCC1   NM_001017395   跨膜和卷曲螺旋结构域1同种型
  TMEM16C   NM_031418   跨膜蛋白质16C
  TMEM27   NM_020665   跨膜蛋白质27
  TMEM29   NM_014138   假定蛋白LOC29057
  TMEM33   NM_018126   跨膜蛋白质33
  TMEM34   NM_018241   跨膜蛋白质34
  TMEM39A   NM_018266   跨膜蛋白质39A
  TMEM55A   NM_018710   跨膜蛋白质55A
  TMEM63A   NM_014698   跨膜蛋白质63A
  TMEM77   NM_178454   假定蛋白LOC128338
  TMLHE   NM_018196   三甲基赖氨酸羟化酶，ε
  TMSB4Y   NM_004202   胸腺素，β4，Y染色体
  TMTC4   NM_032813   假定蛋白LOC84899
  TNFAIP3   NM_006290   肿瘤坏死因子，α-诱导的蛋白质3
  TNFRSF10B   NM_003842   肿瘤坏死因子受体超家族，
  TNFRSF10D   NM_003840   肿瘤坏死因子受体超家族，
  TNFRSF11B   NM_002546   护骨蛋白前体
  TNFRSF19   NM_148957   肿瘤坏死因子受体超家族，
  TNKS   NM_003747   端锚聚合酶，TRF1-相互作用锚蛋白相关
  TNRC6B   NM_001024843   含三核苷酸重复6B同种型2
  TNS1   NM_022648   张力蛋白
  TNS3   NM_022748   含张力蛋白样SH2结构域1
  top2A   NM_001067   DNA拓扑异构酶II，α同工酶
  拓扑RS   NM_005802   拓扑异构酶I结合，精氨酸/丝氨酸丰富
  TOR1AIP2   NM_145034   扭蛋白A相互作用蛋白质2
  TP53BP2   NM_001031685   肿瘤蛋白质p53结合蛋白质，2同种型1
  TP73L   NM_003722   肿瘤蛋白质p73样
  TPM1   NM_000366   原肌球蛋白1α链同种型5
  TRAK1   NM_014965   OGT(O-Glc-NAc转移酶)-相互作用蛋白质
  TRAK2   NM_015049   转运蛋白质，驱动蛋白结合2
  TRAM1   NM_014294   易位链相关膜
  TRAPPC2   NM_001011658   转运蛋白质复合粒子2
  TRIM2   NM_015271   含三分模体2
  TRIM33   NM_015906   含三分模体33蛋白质同种型
  TRIM35   NM_171982   含三分模体35同种型2
  TRIM67   NM_001004342   假定蛋白LOC440730
  TRIM9   NM_015163   三分模体蛋白质9同种型1
  TRMT5   NM_020810   tRNA-(N1G37)甲基转移酶
  TRPA1   NM_007332   锚蛋白样蛋白质1
  TRPM2   NM_001001188   瞬时受体电位阳离子通道，
  TRPM6   NM_017662   瞬时受体电位阳离子通道，
  TRPM7   NM_017672   瞬时受体电位阳离子通道，
  TSC1   NM_000368   结节性硬化1蛋白质同种型1
  TSHZ1   NM_005786   teashirt家族锌指1
  TSHZ3   NM_020856   锌指蛋白537
  TSNAX   NM_005999   易位蛋白相关因子X
  TSPAN12   NM_012338   4次跨膜超家族成员12
  TSPAN2   NM_005725   tetraspan2
  TSPAN3   NM_005724   4次跨膜超家族成员8同种型1
  TSPYL4   NM_021648   TSPY样4
  TTF2   NM_003594   转录终止因子，RNA聚合酶
  TTLL11   NM_194252   微管蛋白酪氨酸连接酶样家族，成员11
  TTRAP   NM_016614   TRAF和TNF受体相关蛋白
  TXNDC6   NM_178130   硫氧还蛋白样2
  UAP1L1   NM_207309   UDP-N-乙酰葡糖胺焦磷酸化酶1样
  UBE1L2   NM_018227   假定蛋白LOC55236
  UBE2D2   NM_003339   遍在蛋白缀合酶E2D 2同种型1
  UBE2Q1   NM_017582   遍在蛋白缀合酶E2Q
  UBXD3   NM_152376   含UBX结构域3
  UBXD8   NM_014613   含UBX结构域8
  UGT2B15   NM_001076   UDP糖基转移酶2家族，多肽
  UGT2B17   NM_001077   UDP糖基转移酶2家族，多肽
  UHMK1   NM_175866   激酶相互作用stathmin
  USP28   NM_020886   遍在蛋白特异性蛋白酶28
  USP47   NM_017944   遍在蛋白特异性蛋白酶47
  VDAC1   NM_003374   电压依赖性阴离子通道1
  VDP   NM_003715   囊泡停靠蛋白质p115
  VGLL2   NM_153453   残翅样2同种型2
  VGLL3   NM_016206   结肠癌相关蛋白质
  VHL   NM_000551   von Hippel-Lindau肿瘤抑制物同种型1
  VMD2L3   NM_152439   2型卵黄样黄斑营养不良样3
  VPS26A   NM_004896   空泡蛋白质分选26同系物A同种型1
  VPS52   NM_022553   肌动蛋白突变抑制蛋白2样
  VRK3   NM_001025778   痘苗相关激酶3同种型2
  VSNL1   NM_003385   视锥蛋白样1
  WDR21C   NM_152418   假定蛋白LOC138009
  WDR22   NM_003861   断裂点丛集区蛋白质，子宫的
  WDR23   NM_025230   WD重复结构域23同种型1
  WDR26   NM_025160   WD重复结构域26
  WDR32   NM_024345   WD重复结构域32
  WDR33   NM_001006623   WD重复结构域33同种型3
  WDR5B   NM_019069   WD重复结构域5B
  WDR68   NM_005828   WD重复蛋白质
  WHSC1L1   NM_023034   WHSC1L1蛋白质长同种型
  WIRE   NM_133264   WIRE蛋白质
  WNK3   NM_001002838   WNK赖氨酸缺陷型蛋白质激酶3同种型2
  WNT5A   NM_003392   无翅型MMTV整合位点家族，
  WWC2   NM_024949   假定蛋白LOC80014
  WWP1   NM_007013   含WW结构域的E3遍在蛋白蛋白质连接酶
  WWP2   NM_007014   含WW结构域的E3遍在蛋白蛋白质连接酶
  XAGE2   NM_130777   XAGE-2蛋白质
  XK   NM_021083   McLeod综合征关联的，Kell血型
  XKR3   NM_175878   X Kell血型前体相关家族，
  XKR5   NM_207411   XK相关蛋白5a
  XKR8   NM_018053   X Kell血型前体相关家族，
  XPO4   NM_022459   输出蛋白4
  YAP1   NM_006106   Yes相关蛋白1，65kD
  YEATS4   NM_006530   神经胶质瘤扩增的序列-41
  YKT6   NM_006555   YKT6v-SNARE蛋白质
  YOD1   NM_018566   假定蛋白LOC55432
  ZADH2   NM_175907   锌结合醇脱氢酶，结构域
  ZAK   NM_133646   MLK相关激酶同种型2
  ZBTB2   NM_020861   含锌指和BTB结构域2
  ZBTB24   NM_014797   含锌指和BTB结构域24
  ZBTB33   NM_006777   Kaiso
  ZBTB39   NM_014830   含锌指和BTB结构域39
  ZBTB41   NM_194314   含锌指和BTB结构域41
  ZCCHC3   NM_033089   锌指，含CCHC结构域3
  ZDHHC17   NM_015336   亨廷顿蛋白相互作用蛋白质14
  ZDHHC2   NM_016353   Rec
  ZFHX1B   NM_014795   锌指同源框1b
  ZFP1   NM_153688   锌指蛋白1同系物
  ZFP90   NM_133458   锌指蛋白90同系物
  ZFP95   NM_014569   锌指蛋白95同系物
  ZFPM2   NM_012082   锌指蛋白，多型2
  ZFYVE16   NM_014733   内体相关FYVE-结构域蛋白质
  ZNF10   NM_015394   锌指蛋白10
  ZNF161   NM_007146   锌指蛋白161
  ZNF185   NM_007150   锌指蛋白185(LIM结构域)
  ZNF189   NM_003452   锌指蛋白189同种型1
  ZNF211   NM_006385   锌指蛋白211同种型1
  ZNF217   NM_006526   锌指蛋白217
  ZNF300   NM_052860   锌指蛋白300
  ZNF326   NM_182975   锌指蛋白326同种型3
  ZNF329   NM_024620   锌指蛋白329
  ZNF336   NM_022482   锌指蛋白336
  ZNF431   NM_133473   锌指蛋白431
  ZNF471   NM_020813   锌指蛋白471
  ZNF480   NM_144684   锌指蛋白480
  ZNF483   NM_001007169   锌指蛋白483同种型b
  ZNF488   NM_153034   锌指蛋白488
  ZNF568   NM_198539   锌指蛋白568
  ZNF576   NM_024327   锌指蛋白576
  ZNF583   NM_152478   锌指蛋白583
  ZNF587   NM_032828   锌指蛋白587
  ZNF609   NM_015042   锌指蛋白609
  ZNF621   NM_198484   锌指蛋白621
  ZNF650   NM_172070   锌指蛋白650
  ZNF651   NM_145166   锌指蛋白651
  ZNF658   NM_033160   锌指蛋白658
  ZNF658B   NM_001032297   锌指蛋白658B
  ZNF662   NM_207404   锌指蛋白662
  ZNF704   NM_001033723   锌指蛋白704
  ZNF84   NM_003428   锌指蛋白84(HPF2)
  ZPLD1   NM_175056   假定蛋白LOC131368
  ZYG11B   NM_024646   假定蛋白LOC79699
表4.在转染前体-miR hsa-miR-21的人癌细胞中表现出mRNA表达水平改变的hsa-miR-21靶，针对RefSeq ID参考序列-Pruitt等，2005
  基因符号   RefSeq转录物ID   描述
  C1orf121   NM_016076   假定蛋白LOC51029
  COL4A1   NM_001845   α1类型IV胶原前蛋白原
  DNAJB9   NM_012328   DnaJ(Hsp40)同系物，亚家族B，成员9
  EIF2S1   NM_004094   真核翻译起始因子2，
  FBXO11   NM_025133   只有F-盒蛋白质11同种型1
  PDCD4   NM_014456   程序性细胞死亡4同种型1
  PELI2   NM_021255  pellino 2
  PHTF2   NM_020432  假定的同源异型域转录因子2
  PPIF   NM_005729  肽基脯氨酰异构酶F前体
  RDX   NM_002906  根蛋白
  RNASE4   NM_002937  核糖核酸酶，RNA酶A家族，4前体
  RP2   NM_006915  XRP2蛋白质
预测的其mRNA表达水平受hsa-miR-21影响的hsa-miR-21的基因靶，代表着用于通过控制它们的表达水平进行癌症治疗和其他疾病治疗的特别有用的候选物。
本发明某些实施方案包括通过扩增分析、杂交分析或蛋白质分析确定一个或一个以上标记、基因或代表一个或一个以上基因的核酸片段的表达，上述种种方法为本领域普通技术人员众所周知。在某些方面，扩增分析可以是定量扩增分析，例如定量RT-PCR等。在仍进一步的方面中，杂交分析可以包括阵列杂交分析或溶液杂交分析。来自样品的核酸可以从样品中标记和/或将标记核酸与一个或一个以上核酸探针杂交。核酸、mRNA和/或核酸探针可以偶联至支持物。此类支持物是本领域普通技术人员众所周知的并且包括，但不限于玻璃、塑料、金属或乳胶。在本发明的特定方面，支持物可以是平面的或者是珠的形式或者本领域已知的其他几何形状或构型。蛋白质有代表性地通过免疫印迹、层析或质谱分析法或本领域普通技术人员已知的其他方法分析。
本发明还应该考虑到包含本发明组合物或者借以实现本发明方法的组合物的试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒可以用于评估一个或一个以上标记分子和/或表达一个或一个以上miRNA或miRNA抑制剂。在某些实施方案中，试剂盒包含、至少包含或至多包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、100、150、200或更多个与待评估标记相关的探针、重组核酸或合成核酸分子或者待表达或调节的miRNA或miRNA抑制剂，并且可以包括从它们导出的任何范围或组合。试剂盒可以包含可以单独包装的或者置于一个容器，例如管、瓶、小瓶、注射器或其他适宜容器装置内的成分。单独成分还可以浓缩量形式在试剂盒中提供；在一些实施方案中，成分以与它在含其他成分的溶液中的浓度相同的浓度单独提供。成分的浓度可以以1×、2×、5×、10×、20×或更高倍数提供。可以作为本发明的部分包含用于使用本发明探针、合成核酸、重组核酸或非合成核酸开展治疗应用、预后应用或诊断应用的试剂盒。特别考虑的是对应于据报导影响本文所述一个或一个以上标志基因或基因途径的生物学活性或表达的任何miRNA的任何此类分子。在某些方面，阴性和/或阳性对照包括在一些试剂盒实施方案中。对照分子可以用于证实转染效率和/或控制转染诱导的细胞变化。
某些实施方案涉及用于通过样品核酸谱分析评估患者病理状况或者发展成病理状况危险的试剂盒，包含在适宜容器装置中的两种或者两种以上核酸杂交或扩增试剂。试剂盒可以包含用于标记样品中核酸的试剂和/或核酸杂交试剂。杂交试剂有代表性地包含杂交探针。扩增试剂包括，但不限于扩增引物、试剂和酶。
在本发明的一些实施方案中，表达谱通过包括下列的步骤产生：(a)标记样品中的核酸；(b)将核酸与诸多探针杂交或扩增诸多核酸，和(c)确定和/或定量与探针杂交的核酸或者探测和定量扩增产物，其中表达谱产生。见美国临时专利申请60/575,743和美国临时专利申请60/649,584和美国专利申请序列号11/141,707和美国专利申请序列号11/273,640，所有这些专利申请通过参考并入本文。
本发明方法包括基于miRNA和/或标记核酸表达谱诊断和/或评估患者预后。在某些实施方案中，细胞中特定基因或遗传途径或核酸组表达水平较之正常或非病理细胞或组织样品中它们的表达水平提高或降低与疾病状态或病理状况关联。在测量被评估生物学样品中一个或一个以上核酸表达水平并与正常或者非病理细胞或组织样品中的表达水平相比较时，该关联使得可以开展诊断和/或预后方法。特别考虑的是，患者特别是怀疑患有或倾向具有特定疾病或状况例如癌症的那些患者的表达谱可以通过评估本申请所述任何的或多组的miRNA和/或核酸产生。从患者产生的表达谱将是提供关于特定疾病或状况信息的表达谱。在许多实施方案中，使用核酸杂交或扩增(例如阵列杂交或RT-PCR)产生表达谱。在某些方面，表达谱可以与其他诊断和/或预后试验，例如组织学、血清中蛋白质谱和/或细胞遗传评估联合使用。
方法可以进一步地包括一个或一个以上步骤，包括：(a)从患者得到样品，(b)从样品分离核酸，(c)标记从样品分离的核酸，和(d)将标记的核酸与一个或一个以上探针杂交。本发明核酸包括一个或一个以上核酸，所述核酸包含至少一个具有表1、3、4和/或5中一个或一个以上基因或标记所代表核酸序列或互补序列的片段。
Figure A20078004943500611
应该考虑到，本文所述的任何方法或组合物可以使用本文所述的任何其他方法或组合物实现，并且不同的实施方案可以组合。应该特别考虑到是，本文所述的对于miRNA分子、miRNA、基因和代表基因的核酸的任何方法和组合物可以使用合成核酸实现。在一些实施方案中，合成核酸处于适当条件下，以便使其变成加工的或者成熟的核酸，例如生理条件下的miRNA。最初提交的权利要求考虑涵盖多次从属于任何所提交权利要求或所提交权利要求组合的权利要求。
同样，涉及特异基因(包括其代表性片段)、mRNA或名称叫作miRNA的本发明的任何实施方案还考虑涵盖涉及其序列与特定miRNA的成熟序列具有至少80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99％同一性的miRNA的实施方案。
应当进一步理解，除非另外指出，采用缩写符号时，对基因或其标记或miRNA的一般描述指任何其基因家族成员(通过数字区分)或其代表性片段。本领域技术人员应理解，“基因家族”指具有相同编码序列或miRNA编码序列的一组基因。有代表性地，miRNA基因家族的成员通过最初指定名后跟数字鉴别。例如，miR-16-1和miR-16-2是miR-16基因家族成员，“mir-7”指miR-7-1、miR-7-2和miR-7-3。此外，除非另外指出，缩写符号指相关miRNA(通过字母区分)。该缩写符号的例外将另外鉴别。
在本申请的各处讨论本发明的另外实施方案。对于本发明的一个方面所讨论的任何实施方案也适用于本发明的其他方面并且反之亦然。实施例和具体实施方式部分中的实施方案理解为可适用于本发明所有方面的本发明实施方案。
术语“抑制”、“降低”或“预防”或者这些术语的任何变化形式，当用于权利要求书和/或说明书中时包括达到期望结果的任何可测量的降低或完全抑制。
当词“一”或“一”在权利要求书和/或说明书中与术语“包含”联合使用时，可能意思是“一个”，但其还有“一个或多个”、“至少一个”和“一个或一个以上”的意思。
在该申请的通篇中，术语“大约”用于指数值包括对于用来确定数值的设备或方法的误差标准差。
虽然此公开支持术语“或者”指仅备选物和“和/或”，但是在权利要求书中术语“或者”用于指“和/或”，除非明确指出是指仅备选物或者备选物相互排斥。
如在该说明书和权利要求书中所使用，词“包含”(和包含的任何形式，例如“包含”和“包含”)、“具有”(和具有的任何形式，例如“具有”和“具有”)、“包括”(和包括的任何形式，例如“包括”和“包括”)或者“含有”(和含有的任何形式，例如“含有”和“含有”)是包含性的或者开放性的，并且不排除额外的、非描述的元件或方法步骤。
本发明的其他目的、特征和优点在详细描述之后会变得明显。然而，应当理解的是，详细描述和特定实施例仅以例证的方式给出以显示本发明特定实施方案，因为从该详细描述可以看出，处于本发明精神和范围内的多种改变和修饰对本领域技术人员是显而易见的。
具体实施方式
本发明涉及组合物和方法，所述组合物和方法与如通过所鉴定基因的表达所代表的鉴定和表征基因和与这些基因相关的生物学途径相关，并且涉及与此相关的miRNA用于治疗、预后和诊断应用的用途，特别是与评估和/或鉴定miR-21表达或其异常表达直接或间接相关的病理状况相关的那些方法和组合物。
在某些方面，本发明涉及用于对细胞或受试者评估、分析和/或治疗的方法，在所述的细胞或受试者中，因为任何一个或者组合的miR-21家族成员或其抑制剂表达增加或降低，使得某些基因表达降低或增加(相对于正常)。在某些情况下，针对miR-20表达或抑制的表达谱和/或反应可以指示疾病或病理状况，例如癌症。
表征任何一个或组合的所列miRNA或所列标记(包括其代表性核酸)的预后分析可以用于患者评估中，以确定如果有治疗方案的话，什么治疗方案是对的。与上述的诊断分析一样，限定低表达的绝对值会依赖于用于测量miRNA的平台。对于诊断分析所描述的方法同样可用于预后分析。
I.治疗方法
本发明实施方案涉及当导入细胞内后执行内源miRNA活性或者抑制内源miRNA的核酸。在某些方面，核酸是合成的或非合成的miRNA。序列特异性的miRNA抑制剂可以用于连续性或组合抑制细胞内一个或一个以上内源miRNA活性，以及受内源miRNA调节的那些基因和相关途径的活性。
本发明在一些实施方案中涉及在细胞中作为miRNA或者miRNA抑制剂起作用的短核酸分子。术语“短”指15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、50、100、150个核苷酸或更少的单一多核苷酸长度，包括可从它们当中导出的所有整数或范围。核酸分子有代表性地是合成的。术语“合成的”指非细胞内天然产生的核酸分子。在某些方面，化学结构偏离天然存在的核酸分子，例如内源前体miRNA或miRNA分子或其互补物。然而在一些实施方案中，本发明核酸不具有与天然存在核酸序列相同或互补的全部序列，此类分子可以包含全部或部分的天然存在序列或其互补物。然而，应该考虑到施用至细胞的合成的核酸可以随后在细胞内被修饰或改变，以致于其结构或序列与非合成的或天然存在的核酸，例如成熟miRNA序列相同。例如，合成的核酸可以具有与前体miRNA序列不同的序列，但是该序列一旦进入细胞可以被改变成与内源性的、加工了的miRNA或其抑制剂相同的序列。术语“分离的”意思是指，本发明核酸分子最初从不同的(依据序列或结构)和不需要的核酸分子分离而来，以致于所分离核酸的群体就其他多核苷酸分子而言是至少大约90％同源的，并且可以是至少大约95、96、97、98、99或100％同源的。在许多本发明实施方案中，核酸是分离的，因为它已经被体外合成，与细胞内源核酸分离开来。然而，应当理解的是，分离的核酸可以随后混合或集合在一起。在某些方面，本发明的合成miRNA是RNA或RNA类似物。miRNA抑制剂可以是DNA或RNA或其类似物。本发明的miRNA和miRNA抑制剂总称为“合成核酸”。
在一些实施方案中，存在具有17和130个残基之间长度的miRNA或合成的miRNA。本发明涉及长度是、是至少或者是至多15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、140、145、150、160、170、180、190、200或更多个残基的miRNA或合成miRNA分子，包括它们之间的任何整数或范围。
在某些实施方案中，合成miRNA具有(a)“miRNA区域”，其序列或结合区从5’至3’与全部或部分成熟miRNA序列相同或互补，和(b)“互补区域”，其序列从5’至3’与(a)中miRNA序列具有60％和100％之间的互补性。在某些实施方案中，这些合成miRNA也是分离的，如上面所定义。术语“miRNA区域”指合成miRNA上与成熟的天然存在miRNA序列的全部序列或其互补物具有至少75、80、85、90、95或100％同源性的区域，包括它们之间的全部整数。在某些实施方案中，miRNA区域与天然存在miRNA的序列或其互补物具有或具有至少90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9或100％同源性。
术语“互补区域”或“互补物”指与成熟的天然存在miRNA序列具有或具有至少60％互补性的核酸或模拟物的区域。互补区域具有或具有至少60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9或100％互补性或者从其中可导出的任何范围。在单个多核苷酸序列内，可以具有发夹环结构，这是miRNA区域和互补区域之间化学键合的结果。在其他实施方案中，互补区域在与miRNA区域不同的核酸分子上，在该情况下，互补区域在互补链上而miRNA区域在活性链上。
在本发明另外的实施方案中，存在为miRNA抑制剂的合成核酸。miRNA抑制剂长度在大约17至25个核苷酸之间，并且包含与成熟miRNA的5’至3’序列具有至少90％互补性的5’至3’序列。在某些实施方案中，miRNA抑制剂分子长度是17、18、19、20、21、22、23、24或25个核苷酸或者可从它们导出的任何范围。然而，miRNA抑制剂可以具有与成熟miRNA、特别是成熟的天然存在miRNA的5’至3’序列具有或具有至少70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9或100％或可从其导出的任何范围的互补性的序列(从5’至3’)。本领域技术人员可以使用与成熟miRNA序列互补的部分miRNA序列作为miRNA抑制剂序列。然而，该部分核酸序列可以被改变，以致于其与成熟miRNA序列仍然具有适当百分数的互补性。
在本发明的一些实施方案中，合成的miRNA或抑制剂包含一个或一个以上设计元件。这些设计元件包括，但不限于：(i)对于互补区域5’末端核苷酸的磷酸或羟基的取代基；(ii)互补区域开始或最后1-6个残基中一个或一个以上糖修饰；或(iii)互补区域3’端最后1-5个残基内的一个或一个以上核苷酸与miRNA区域相应核苷酸的非互补性。多种设计修饰是本领域众所周知的，见下文。
在某些实施方案中，合成的miRNA在其互补区域5’端具有其磷酸和/或羟基已经被另一化学基取代的核苷酸(被称为“取代设计”)。在一些情况下，磷酸基被取代，而在另外一些情况下，羟基已经被取代。虽然其他取代基为本领域技术人员众所周知并且同样可以使用，但是在特定实施方案中，取代基是生物素、胺基、低碳烷基胺胺基、乙酰基、2’O-Me(2’氧-甲基)、DMTO(带氧的4，4’-二甲氧基三苯甲基)、荧光素、巯基或吖啶。该设计元件还可以在miRNA抑制剂中使用。
另外的实施方案涉及在互补区域开始或最后1-6个残基中具有一个或一个以上糖修饰的合成miRNA(被称为“糖取代设计”)。在某些情况下，在互补区域的开始1、2、3、4、5、6或更多个残基或可从其中导出的任何范围的残基中存在一个或一个以上糖修饰。在另外的情况下，在互补区域的最后1、2、3、4、5、6或更多个残基或可从其中导出的任何范围残基内存在一个或一个以上糖修饰。应当理解的是，术语“开始”和“最后”是对于区域的从5’端至3’端的残基次序而言的。在特定实施方案中，糖修饰是2’O-Me修饰。在进一步的实施方案中，在互补区域的开始或最后2-4个残基内或者互补区域的开始或最后4-6个残基内存在一个或一个以上糖修饰。该设计元件还可以在miRNA抑制剂中使用。因此，如上所述，miRNA抑制剂可以在5’末端核苷酸上具有该设计元件和/或取代基。
本发明另外的实施方案，存在其中互补区域3’端最后1-5个残基中一个或一个以上核苷酸与miRNA区域相应核苷酸不互补的合成miRNA或抑制剂(“非互补性”)(被称为“非互补性设计”)。非互补性可以存在于互补miRNA的最后1、2、3、4和/或5个残基中。在某些实施方案中，在互补区域的至少2个核苷酸内存在非互补性。
应该考虑到本发明的合成miRNA具有一个或一个以上取代、糖修饰或非互补性设计。在某些情况下，合成RNA分子具有它们当中的两种，而在另外一些情况下，这些分子在适当位置具有全部三种设计。
miRNA区域和互补区域可以在同一或者分开的多核苷酸上。在miRNA区域和互补区域包含在同一多核苷酸之上或之内的情况下，miRNA分子将考虑为单一多核苷酸。在不同的区域位于分开的多核苷酸之上的实施方案中，合成miRNA将考虑包含在两个多核苷酸内。
当RNA分子为单一多核苷酸时，在miRNA区域和互补区域之间可存在接头区。在一些实施方案中，单一多核苷酸是能够形成发夹环结构，这是miRNA区域和互补区域结合的结果。接头构成了发夹环。在一些实施方案中，应该考虑到接头区长度为、为至少或为至多2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个残基或者可从其中导出的任何范围。在某些实施方案中，接头长度为3和30个残基(包含在内)之间。
除了具有miRNA区或抑制剂区和互补区域之外，还可以在区域的5’端或3’端具有侧翼序列。在一些实施方案中，在这些区域的一侧或两侧存在或存在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个核苷酸或更多个核苷酸，或者可从其中导出的任何范围。
本发明方法包括降低或消除细胞内一个或一个以上miRNA活性，包括向细胞内引入miRNA抑制剂(其在本文一般描述为miRNA，以致于描述miRNA在适当的地方也会指miRNA抑制剂)；或者提供或增强细胞内一个或一个以上miRNA活性。本发明还涉及通过向细胞特定核酸，例如特异性合成miRNA分子或合成miRNA抑制剂分子诱导某些细胞特性。然而，在本发明方法中，miRNA分子或miRNA抑制剂不必须是合成的。它们可以具有与天然存在miRNA具有同源性的序列或者它们可以不具有任何设计修饰。在某些实施方案中，miRNA分子和/或miRNA抑制剂是合成的，如上所述。
向细胞提供的特定核酸分子理解为对应于细胞内的特定miRNA，因此细胞内的miRNA被称为“对应miRNA”。在指定miRNA分子引入细胞内的情况下，对应miRNA将被理解为被诱导或抑制的miRNA或者被诱导或抑制的miRNA功能。然而，应该考虑到被引入细胞内的miRNA分子不是成熟miRNA，而是能够在适当生理条件下变成成熟miRNA或者充当成熟miRNA。在特定的对应miRNA被miRNA抑制剂抑制的情况下，特定miRNA将被称为“靶向的miRNA”。应该考虑到可以涉及多个对应miRNA。在特定实施方案中，一种以上miRNA分子被引入细胞内。然而，在其他实施方案中，一种以上miRNA抑制剂被引入细胞内。此外，miRNA分子和miRNA抑制剂的组合可以被引入细胞内。发明人应该考虑到，miRNA组合可以在异常表型细胞内细胞途径中一个或一个以上点处起作用，并且此种组合对靶细胞的有效性增加，而与此同时对正常细胞没有不利影响。因此，miRNA组合可以对受试者或者患者具有最低限度的不利影响，而同时提供充足的治疗作用，例如状况改善、细胞的生长抑制、所靶向细胞的死亡、细胞表型或生理学改变、细胞生长放缓、对第二治疗法的敏化、对特定治疗法的敏化等等。
方法包括鉴定需要诱导这些细胞特性的细胞或患者。同样，应当理解的是，向细胞或有机体提供的一定量合成核酸是“有效量”，其指达到期望的目标，诸如诱导特定细胞特性所需要的量(或足够量)。方法的某些实施方案包括向细胞提供或引入有效达到期望的生理学结果数量的对应于细胞内miRNA的核酸分子。
此外，方法可以包括提供合成或非合成miRNA分子。在这些实施方案中应该考虑到，方法可限于或可不限于提供仅仅一个或一个以上合成miRNA分子或者仅仅一个或一个以上非合成miRNA分子。因此，在某些实施方案中，方法可以涉及提供合成miRNA分子和非合成miRNA分子。在该情况下，最有可能向一个细胞或多个细胞提供对应于特定miRNA的合成miRNA分子和对应于不同miRNA的非合成miRNA分子。此外，使用一列miRNA用马库什组语言限定的任何方法可以不用马库什组语言而用分离性的词(即，或者)限定，反之亦然。
有代表性地，细胞内的内源基因、miRNA或mRNA被调节。在特定实施方案中，核酸序列包含至少一个在核酸序列上与一个或一个以上miRNA或基因序列具有至少70、75、80、85、90、95或100％同源性的片段。表达的调节或者内源基因、miRNA或mRNA的表达或加工的调节可以贯穿于mRNA加工的调节中，此类加工包括细胞内的转录、转运和/或翻译。调节还可以通过细胞、组织或器官内miRNA活性的抑制或增强而实现。此类加工可影响所编码产物的表达或者mRNA的稳定性。仍然在其他实施方案中，核酸序列可包含修饰核酸序列。在某些方面，一个或一个以上miRNA序列可包括或包含修饰核碱基或核酸序列。
应当理解，在本发明方法中，可通过向细胞或有机体施用其一旦进入细胞即充当对应miRNA的核酸分子，向细胞或其他生物物质例如有机体(包括患者)提供对应于特定miRNA的miRNA或miRNA分子。向细胞提供的分子的形式可以不是一旦进入细胞即充当miRNA的形式。因此，在一些实施方案中应该考虑到提供合成miRNA或非合成miRNA，以致于其一旦进入细胞的miRNA加工机构即被加工成成熟的和活化的miRNA。在某些实施方案中，特别考虑的是，提供的miRNA分子不是成熟miRNA分子，而是其一旦进入miRNA加工机构即被加工成成熟miRNA的核酸分子。miRNA背景下的术语“非合成”意思是指miRNA不是“合成的”，如本文所定义。此外，应该考虑到在涉及使用合成miRNA的本发明实施方案中，在本发明的一个方面也考虑使用相应的非合成，反之亦然。应当理解的是，术语“提供”试剂用于包括向患者“施用”试剂。
在某些实施方案中，方法还包括靶向miRNA以在细胞或有机体内调节。术语“靶向miRNA以调节”意思是指将采用本发明核酸以调节所选择的miRNA。在一些实施方案中，调节用对应于所靶向miRNA的合成或非合成miRNA实现，其有效地向细胞或有机体提供所靶向的miRNA(正向调节)。在其他实施方案中，调节用miRNA抑制剂实现，其有效地抑制细胞或有机体中的所靶向的miRNA(负向调节)。
在一些实施方案中，被靶向调节的miRNA是影响疾病、状况或途径的miRNA。在某些实施方案中，miRNA被靶向，因为治疗可以通过负向调节所靶向miRNA而提供。在其他实施方案中，miRNA被靶向，因为治疗可以通过正向调节所靶向miRNA或其靶标而提供。
在本发明的某些方法中，存在向需要与靶向miRNA调节相关的治疗的或需要本文所述生理学或生物学结果(例如对于特定细胞途径或结果，如细胞活力下降)的细胞、组织、器官或有机体(总称为“生物物质”)施用所选择的miRNA调节剂的更多步骤。因此，在本发明的一些方法中，存在鉴定需要通过提供miRNA调节剂治疗的患者的步骤。应该考虑到，在一些实施方案中施用有效量的miRNA调节剂。在特定实施方案中，赋予生物物质治疗益处，其中“治疗益处”指一种或一种以上状况或与疾病或状况相关症状的改善，或者就疾病而言预后、持续时间或状况的改善。应该考虑到治疗益处包括，但不限于疼痛降低、发病率降低和/或症状减少。例如，就癌症而言，应该考虑到治疗益处可以是肿瘤生长的抑制、转移的阻止、转移灶数量的减少、癌细胞增殖的抑制、癌细胞中细胞死亡的诱导、癌细胞附近血管发生的抑制、癌细胞细胞凋亡的诱导、疼痛的减轻、复发危险的降低、癌细胞中化学敏感性或辐射敏感性的诱导、生命的延长和/或癌症直接或间接相关的死亡的延迟。
此外，应该考虑到，miRNA组合物可以作为治疗的一部分与传统治疗法或预防试剂联合向患者提供。此外，应该考虑到在治疗背景下讨论的任何方法，可以预防性地特别应用于经鉴定潜在需要治疗或者处于需要治疗的状况或疾病风险之中的患者。
此外，本发明方法涉及使用一种或一种以上对应于miRNA的核酸和治疗药物。核酸可以增强药物的作用或有效性、降低任何副作用或毒性、改变其生物利用率和/或降低所需要的剂量或频率。在某些实施方案中，治疗药物是癌症治疗剂。因此，在一些实施方案中，存在治疗患者中癌症的方法，包括向患者施用癌症治疗剂和有效量的至少一种改善癌症治疗剂有效性或保护非癌细胞的miRNA分子。癌症治疗法还包括与基于化学和辐射的治疗的多种联合治疗。联合治疗包括但不限于，例如，5-氟尿嘧啶、阿仑单抗、氨柔比星、贝伐单抗、博来霉素、硼替佐米、白消安、喜树碱、卡培他滨、碳铂、西妥昔单抗、苯丁酸氮芥、顺铂(CDDP)、COX-2抑制剂(例如塞来昔布)、环磷酰胺、阿糖胞苷、更生霉素、达沙替尼、柔红霉素、地塞米松、多西他塞、阿霉素(亚德里亚霉素)、EGFR抑制剂(吉非替尼和西妥昔单抗)、埃罗替尼、雌激素受体结合剂、依托泊苷(VP16)、依维莫司、法呢基-蛋白质转移酶抑制剂、吉非替尼、吉西他滨、吉妥单抗、替伊莫单抗、异环磷酰胺、甲磺酸伊马替尼、larotaxel、拉帕替尼、洛那法尼、氮芥、美法仑、甲氨蝶呤、丝裂霉素、诺维本、亚硝基脲、洛可达唑、草酸铂、紫杉醇、plicomycin、丙卡巴肼、雷洛昔芬、利妥昔单抗、西罗莫司、索拉非尼、舒尼替尼、他莫昔芬、红豆杉醇、多西他赛、西罗莫司脂化物、替吡法尼、托西莫单抗、transplatinum、曲妥珠单抗、长春碱、长春新碱、或长春瑞滨或者上述药物的任何类似物或衍生变体。
通常，可给与miRNA抑制剂以降低内源miRNA的活性。例如，增加细胞增殖的miRNA分子的抑制剂可以向细胞提供以降低细胞增殖。本发明应该考虑到针对本文所公开的不同miRNA分子和miRNA抑制剂观察到不同生理效应的这些实施方案。这包括，但不限于下列生理效应：增加和降低细胞增殖、增加或降低细胞凋亡、增加转化、增加或降低细胞活力、激活或抑制激酶(例如Erk)、激活/诱导或抑制hTert、抑制促进生长途径(例如Stat 3信号途径)的兴奋、减少或增加活细胞数、和增加或降低细胞周期中特定期细胞数。本发明方法一般考虑包括提供或引入对应于一种或一种以上不同miRNA分子的一种或一种以上不同核酸分子。应该考虑到下列数量、至少下列数量或至多下列数量的不同核酸或miRNA分子可以被提供或引入：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100或从其中导出的任何范围。这也适用于可以提供或引入细胞内的不同miRNA分子的数量。
II.药物制剂和递送
本发明方法包括递送有效量的miRNA或编码其的表达构建体。“有效量”药物组合物通常定义为足以可检测地和可重复地达到所述期望的结果，例如改善、降低、最小化或限制疾病或其症状程度的数量。可采用其他更严格的定义，包括消除、消灭或治愈疾病。
A.施用
在某些实施方案中，期望杀死细胞、抑制细胞生长、抑制转移、降低肿瘤或组织大小和/或逆转或降低细胞的恶性或疾病表型。施用途径自然地随着待靶向的病变或部位的位置和性质而变化，并且包括例如真皮内、皮下、区域、肠胃外、静脉内、肌内、鼻内、全身和口服施用和制剂。直接注射、瘤内注射或肿瘤脉管系统内注射特别考虑用于分散的、实体的、可接近的肿瘤或其他可接近的靶区域。局部、区域或全身施用也是适当的。对于＞4cm的肿瘤，待施用的体积将会是大约4-10ml(优选10ml)，而对于＜4cm的肿瘤，将使用大约1-3ml的体积(优选3ml)。
作为单次剂量递送的多次注射包含大约0.1至大约0.5ml的体积。本发明组合物可以在多次注射中施用至肿瘤所所靶向部位。在某些方面，注射可以以大约1cm的间隔间隔开。
在手术介入的情况下，本发明可在手术前使用，以使得不宜手术的肿瘤受试者能够行切除术。备选地，本发明可以在手术的同时使用，和/或手术之后使用以治疗残留的或转移的疾病。例如，可向将切除的瘤床注射或者灌注包含miRNA或其组合的制剂。在切除术后可连续施用，例如通过在手术部位植入导管。还构想了定期术后治疗。还考虑连续灌注表达构建体或病毒构建体。
适当时也可以采用连续施用，例如，当肿瘤或其他不希望的患病区域被切除和瘤床或靶向部位被处理以消除残留的微小疾病(microscopic disease)时。考虑通过注射器或导管递送。此类连续灌注可在最初治疗之后持续从大约1-2小时至大约2-6小时、至大约6-12小时、至大约12-24小时、至大约1-2天、至大约1-2周或者更长时间。通常，通过连续灌注的治疗组合物的剂量等同于随着灌注持续阶段调整的单次或多次注射的剂量。
治疗方案同样也可变化，并且常常依赖于肿瘤类型、肿瘤部位、免疫状况、靶位点、疾病进程和患者的健康和年龄。某些肿瘤类型将需要更积极治疗。临床医生将最适合基于治疗制剂的已知有效性和毒性(如果存在的话)做出此类决定。
在某些实施方案中，被治疗的肿瘤或患病区域可能是，至少最初是不可切除的。用本发明组合物治疗可以因为边界收缩或者消除了某些特别的侵袭部分而增加肿瘤的可切除性。在治疗后，行切除术是可能的。在切除术后的额外的治疗可用作消除肿瘤或靶向部位的微小残留疾病。
治疗可以包括多种“单位剂量”。单位剂量定义为包含预定量的治疗组合物。待施用的量和特定途径和制剂处于临床领域技术人员的技能范围内。单位剂量不需要以单次注射施用，但是可以包含在设定的时间阶段内连续灌注。对于本发明的病毒成分，单位剂量可以方便地以μg或mg miRNA或miRNA模拟物的方式描述。备选地，指定量可以是作为每日平均剂量、每周平均剂量或每月平均剂量施用的量。
miRNA可以以大约或至少大约0.5、1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000μg或mg或更多或从其中导出的任何范围的剂量向患者施用。备选地，指定量可以是作为每日平均剂量、每周平均剂量或每月平均剂量施用的量或者其可以以mg/kg方式表示，其中kg指患者重量，mg在上文说明。在其他实施方案中，指定量是上述的任何数但是表示为mg/m2(肿瘤大小或者患者表面积)。
B.注射组合物和制剂
在一些实施方案中，用于递送miRNA或编码其的表达构建体或其组合的方法是经由全身施用。然而，本文所公开的药物组合物也可以肠胃外、皮下、直接、气管内、静脉内、真皮内、肌内或甚至腹膜内施用，如美国专利5,543,158；5,641,515和5,399,363(每一专利全文明确地通过参考并入本文)中所述。
核酸注射可以通过注射器或者用于注射溶液的任何其他方法递送，只要核酸和任何相关成分可以通过注射所需的特定号的针头即可。注射器系统也已经描述用于基因治疗，允许精确地在任何深度多次注射预定量的溶液(美国专利5,846,225)。
作为游离碱或可药用盐的活性化合物溶液在适当混合有表面活性剂，例如羟基丙基纤维素的水中制备。也可以在甘油、液体聚乙二醇、其混合物中和在油类中制备分散液。在储存和使用的常规条件下，这些制剂包含防腐剂以防止微生物生长。适宜注射使用的药物形式包括无菌水溶液或分散液和用于临时制备无菌注射溶液或分散液的无菌粉剂(美国专利5,466,468，其全文明确地通过参考并入本文)。在所有情况下，剂型必须是无菌的并且必须是易注射程度的流体。其必须是于制造和储存条件下稳定的并且必须防止微生物，例如细菌和真菌的污染作用。载体可以是溶剂或分散介质，包含例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等等)、其适宜混合物和/或植物油。例如可以通过使用包衣，例如卵磷脂、通过维持分散液所需要的颗粒大小和通过使用表面活性剂维持适当的流动性。对微生物作用的抑制可以通过多种抗菌剂和抗真菌剂，例如对羟基苯甲酸酯类、三氯叔丁醇，苯酚，山梨酸，硫柳汞等实现。在许多情况下，将优选包括等渗剂，例如糖或氯化钠。注射组合物的延长吸收可以通过在组合物中使用延迟吸收试剂，例如，单硬脂酸铝和明胶实现。
在某些制剂中，采用基于水的制剂，而在另外一些情况下，可以是基于脂质的制剂。在本发明的特定实施方案中，包含肿瘤抑制蛋白或者编码其的核酸的组合物是基于水的制剂。在其他实施方案中，制剂是基于脂质的。
例如对于水溶液的肠胃外施用，必要时溶液应当被适宜缓冲并且首先使用足够的盐或葡萄糖使液体稀释液具有等渗性。这些特定水溶液特别适宜静脉内、肌内、皮下、瘤内、病变部内和腹膜内施用。在这一点上，可以采用的无菌水介质依据本公开将会是本领域技术人员已知的。例如，一次剂量可以溶解于1ml等渗NaCl溶液中，并且，或者加入到1000ml皮下灌注流体中，或者在计划灌注部位注射(见例如，“Remington′s Pharmaceutical Sciences”第15版，第1035-1038和1570-1580页)。取决于被治疗受试者的状况，必定发生剂量的一些改变。负责施用的人员无论如何将针对个体受试者确定适当剂量。此外，对于人类施用，制剂应该满足FDA生物制剂标准办公室所要求的无菌性、致热原性、一般安全性和纯度标准。
如本文所使用，“载体”包括任何和全部的溶剂、分散介质、运载体、包衣、稀释剂、抗细菌剂和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂、缓冲剂、载体溶液、悬液、胶体等。此类介质和试剂用于药物活性物质的用途是本领域众所周知的。其在治疗组合物中的用途可以考虑，除非任何常规介质或试剂与活性成分不相容。补充的活性成分也可加入到组合物中。
短语“可药用”指施用至人时不产生变态反应或类似不良反应的分子实体和组合物。
核酸以与剂量制剂相容的方式并且以治疗有效量施用。待施用的量取决于待治疗的受试者，包括例如疾病或癌症的侵袭性、任何肿瘤或损害的大小、先前治疗或其他疗程治疗。需要施用的活性成分的精确的量依赖于医师的判断。最初施用和后续施用的适宜方案也是可变的，但典型的是先最初施用，然后是其他施用。此类施用可以作为一次剂量、在跨越10、20、30、40、50、60分钟和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或更多个小时和/或1、2、3、4、5、6、7天或更长的时间内连续地全身施用。此外，可通过由制剂和/或施用模式实现的定时释放或持续释放机制施用。
C.组合治疗
在某些实施方案中，本发明组合物和方法涉及miRNA或编码其的表达构建体。这些miRNA组合物可以与第二治疗法组合使用以增强miRNA治疗的效果或者提高所采用的另一治疗法的治疗效果。这些组合物将以有效实现预期效果，例如杀死癌细胞和/或抑制细胞过度增殖的组合量提供。该过程可涉及细胞与miRNA或第二治疗法同时或不同时间接触。这可以如下实现：通过细胞与一种或一种以上组合物或包含一种或一种以上试剂的药物制剂接触，或者通过细胞与两种或两种以上不同组合物或制剂接触，其中一种组合物提供(1)miRNA；和/或(2)第二治疗剂。可以施用包括化学治疗、放射治疗、手术治疗、免疫治疗或基因治疗的第二组合物或方法。
应该考虑到可以在大约12-24小时内、并且优选地在大约6-12小时内向患者提供miRNA治疗和第二治疗法。然而，在一些情况下，希望明显延长治疗时间期限，时间期限为从几天(2、3、4、5、6或7)至几周(1、2、3、4、5、6、7或8)的分别施用间隔。
在某些实施方案中，疗程将持续1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90天或更长。应该考虑到，在第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89和/或90天或其任意组合，给于第一试剂，并且在第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89和/或90天或其任意组合，给于另一试剂。在一天内(24小时的时间内)，可以向患者一次施用或者多次施用试剂。此外，应该考虑到在一个疗程之后有一个不进行治疗的时间段。该时间段可持续1、2、3、4、5、6、7天和/或1、2、3、4、5周和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12月或更长，取决于患者状况，例如其预后、强度、健康等。
可采用多种组合，例如miRNA治疗法是“A”并且第二治疗法是“B”：
A/B/A  B/A/B  B/B/A  A/A/B  A/B/B  B/A/A  A/B/B/B  B/A/B/B
B/B/B/A   B/B/A/B   A/A/B/B   A/B/A/B   A/B/B/A   B/B/A/A
B/A/B/A   B/A/A/B   A/A/A/B   B/A/A/A   A/B/A/A   A/A/B/A
任何本发明化合物或治疗基向患者的施用将遵循施用此类化合物的一般方案，如果存在的话，要考虑载体或任何蛋白质或其他试剂的毒性。因此，在一些实施方案中，存在检测归因于组合治疗的毒性的步骤。预计在需要时将重复治疗周期。也应该考虑到，多种标准治疗法以及手术介入可应用于与所述治疗法相组合。
在特定方面，应该考虑到第二治疗法，例如化学治疗、放射治疗、免疫治疗、手术治疗或其他基因治疗被用来与如本文所述的miRNA治疗相组合。
1.化学治疗
根据本发明可使用广泛多种的化学治疗剂。术语“化学治疗”指使用药物治疗癌症。“化学治疗剂”用于指在治疗癌症中施用的化合物或组合物。这些试剂或药物通过它们在细胞内的活性模式分类，例如它们是否或者在什么阶段影响细胞周期。备选地，试剂可基于其直接交联DNA、嵌入DNA或者通过影响核酸合成引起染色体和有丝分裂异常的能力来表征。大部分化学治疗剂归于下列几类：烷化剂、抗代谢药、抗肿瘤抗生素、有丝分裂抑制剂和亚硝基脲。
a.烷化剂
烷化剂是直接与基因组DNA相互作用以防止癌细胞增殖的药物。该类化学治疗药物代表着影响细胞周期所有阶段的试剂，即它们不是阶段特异性的。可应用烷化剂治疗慢性白血病、非霍奇金淋巴瘤、霍奇金病、多发性骨髓瘤、和乳腺、肺和卵巢的特定癌症。它们包括：白消安、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺(环磷氮芥)、达卡巴嗪、异环磷酰胺、氮芥(氮芥)和美法仑。曲格列酮可以用于与任何一个或一个以上的这些烷化剂相组合治疗癌症。
b.抗代谢药
抗代谢药破坏DNA和RNA合成。与烷化剂不同，它们特异性地影响细胞周期的S期。它们除了用于治疗乳腺、卵巢和胃肠道肿瘤之外，还已经用于治疗慢性白血病。抗代谢药包括5-氟尿嘧啶(5-FU)、阿糖胞苷(Ara-C)、氟达拉滨、吉西他滨和甲氨蝶呤。
5-氟尿嘧啶(5-FU)具有化学名5-氟-2，4(1H，3H)-嘧啶二酮。其作用机制被认为是通过阻断脱氧尿苷酸至胸苷酸的甲基化反应。因此，5-FU干扰脱氧核糖核酸(DNA)的合成并且较小程度地抑制核糖核酸(RNA)的形成。由于DNA和RNA是细胞分裂和增殖所必需的，据认为5-FU的效应是产生胸苷缺乏，导致细胞死亡。因此，5-FU的效应存在于快速分裂的细胞内，快速分裂是转移癌的特征。
c.抗肿瘤抗生素
抗肿瘤抗生素具有抗微生物活性和细胞毒性活性。这些药物也通过化学性抑制酶和有丝分裂或者改变细胞膜而干扰DNA。这些试剂不是阶段特异性的，以致于它们在细胞周期的所有阶段起作用。因此，它们广泛用于多种癌症。抗肿瘤抗生素实例包括博来霉素、更生霉素、柔红霉素、阿霉素(亚德里亚霉素)和伊达比星，其中一些在下文更详细描述。广泛用于肿瘤临床治疗环境的这些化合物以从25-75mg/m2的剂量21天的间隔静脉大丸剂注射阿霉素至35-100mg/m2静脉或口服依托泊苷施用。
d.有丝分裂抑制剂
有丝分裂抑制剂包括可以抑制细胞分裂或有丝分裂所需蛋白质合成的植物生物碱和其他天然试剂。它们在细胞周期的特定阶段起作用。有丝分裂抑制剂包括多西他塞、依托泊苷(VP16)、紫杉醇、红豆杉醇、多西他赛、长春碱、长春新碱和长春瑞滨。
e.亚硝基脲
像烷化剂一样，亚硝基脲抑制DNA修复蛋白。它们除了用于治疗脑肿瘤外，还用于治疗非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、恶性黑素瘤。实例包括卡氮芥和洛莫司汀。
2.放射治疗
放射治疗也称作辐射治疗，是用电离辐射治疗癌症和其他疾病。电离辐射储存能量，通过损伤遗传物质使得这些细胞不能够继续生长，以损伤或破坏所治疗区域的细胞。虽然辐射损伤癌细胞和正常细胞，但是正常细胞能够自我修复并正确地起作用。放射治疗可用于治疗局限性实体肿瘤，例如皮肤、舌、喉、脑、乳腺或宫颈癌症。其还可用于治疗白血病和淋巴瘤(分别是血液形成细胞和淋巴系统癌症)。
根据本发明使用的放射治疗可包括，但不限于，使用γ-射线、X-射线和/或向肿瘤细胞直接递送放射性同位素。也考虑其他形式的DNA损伤因素，例如微波、质子束照射(美国专利5,760,395和4,870,287)和UV-照射。最有可能所有这些因素对DNA、DNA前体、DNA复制和修复以及染色体的组装和维持造成广泛损伤。对于X-射线的剂量范围从长时间段的每日50至200伦琴的剂量(3至4周)，至2000至6000伦琴的单次剂量。放射性同位素的剂量范围变化极大，并且依赖于同位素的半衰期、所释放放射线的强度和类型以及被肿瘤细胞的摄取。放射治疗可包括使用放射标记的抗体以直接向癌症部位递送剂量辐射(放射免疫治疗)。一旦抗体被注射入体内，其积极地搜寻出癌细胞，通过辐射的细胞杀伤(细胞毒性)作用摧毁癌细胞。该方法可使辐射损伤健康细胞的危险降到最低。
对于脑和其他肿瘤的立体定位放射手术(γ刀)不使用刀，而是来自γ放射治疗的数百个不同角的极精确靶向束。仅需要一期放射治疗，大约4至5小时。为了该种治疗，将特制金属框附在头上。然后，开展几次x-射线扫描以找到需要治疗的精确区域。在脑肿瘤的放射治疗期间，患者躺卧，其头位于巨大头盔中，头盔具有数百个孔允许放射治疗束穿过。相关方法允许定位身体其他区域的肿瘤以便治疗。
3.免疫治疗
在癌症治疗的情况下，免疫治疗通常依赖于使用免疫效应细胞和分子以靶向和摧毁癌细胞。曲妥珠单抗(赫赛汀TM)即为此类实例。免疫效应器可以是例如对肿瘤细胞表面的一些标记特异的抗体。抗体可以单独充当治疗的效应器或者其可以招募其他细胞实际行使细胞杀伤。抗体也可以缀合至药物或毒素(化学治疗剂、放射性核素、蓖麻毒蛋白A链、霍乱毒素、百日咳毒素等)并且仅充当靶向剂。备选地，效应器可以是携带有直接或间接与肿瘤细胞靶相互作用的表面分子的淋巴细胞。多种效应器细胞包括细胞毒性T细胞和NK细胞。治疗方式的组合，即直接的细胞毒性活性和抑制或降低ErbB2将会在ErbB2过表达的癌症治疗中提供治疗益处。
在免疫治疗的一个方面，肿瘤或疾病细胞必须带有适宜靶向，即在大多数细胞上不存在的一些标记。存在许多肿瘤标记并且任何这些肿瘤标记在本发明中适宜靶向。共有的肿瘤标记包括癌胚抗原、前列腺特异性抗原、泌尿肿瘤相关的抗原、胎儿抗原、酪氨酸酶(p97)、gp68、TAG-72、HMFG、唾液酸Lewis抗原、MucA、MucB、PLAP、雌激素受体、层粘连蛋白受体、erb B和p155。免疫治疗的一个备选方面是组合抗癌效果与免疫刺激效果。也存在免疫刺激分子，包括：细胞因子例如IL-2、IL-4、IL-12、GM-CSF、γ-IFN、趋化因子例如MIP-1、MCP-1、IL-8和生长因子例如FLT3配体。免疫刺激分子，或者作为蛋白质或者用于基因递送，与肿瘤抑制物例如MDA-7的组合已经显示出增强抗肿瘤效果(Ju等，2000)。此外，抗任何这些化合物的抗体可用于本文所述抗癌试剂的靶向。
当前研究中的或者使用中的免疫治疗剂实例为免疫佐剂，例如牛分枝杆菌(Mycobacterium bovis)、恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、二硝基氯苯和芳香族化合物(美国专利5,801,005和5,739,169；Hui和Hashimoto，1998；Christodoulides等，1998)、细胞因子治疗剂例如干扰素α、干扰素β和干扰素γ、IL-1、GM-CSF和TNF(Bukowski等，1998；Davidson等，1998；Hellstrand等，1998)基因治疗剂例如TNF、IL-1、IL-2、p53(Qin等，1998；Austin-Ward和Villaseca，1998；美国专利5,830,880和5,846,945)以及单克隆抗体，例如抗神经节苷脂GM2抗体、抗HER-2抗体、抗p185抗体；Pietras等，1998；Hanibuchi等，1998；美国专利5,824,311)。赫赛汀(曲妥珠单抗)是阻断HER2-neu受体的嵌合(小鼠-人)单克隆抗体。其拥有抗肿瘤活性并且批准用于恶性肿瘤的治疗(Dillman，1999)。非限定性的几种已知抗癌免疫治疗剂及其靶名单包括(以通用名称(靶标)形式列出)西妥昔单抗(EGFR)、帕尼单抗(EGFR)、曲妥珠单抗(erbB2受体)、贝伐单抗(VEGF)、阿仑单抗(CD52)、吉妥单抗奥唑米星(CD33)、利妥昔单抗(CD20)、托西莫单抗(CD20)、马妥珠单抗(EGFR)、替伊莫单抗(CD20)、托西莫单抗(CD20)、HuPAM4(MUC1)、MORAb-009(间皮素)、G250(碳酸酐酶IX)、mAb 8H9(8H9抗原)、M195(CD33)、Ipilimumab(CTLA4)、HuLuc63(CS1)、阿仑单抗(CD53)、依帕珠单抗(CD22)、BC8(CD45)、HuJ591(前列腺特异性膜抗原)、hA20(CD20)、来沙木单抗(TRAIL受体-2)、帕妥珠单抗(HER-2受体)、Mik-β-1(IL-2R)、RAV12(RAAG12)、SGN-30(CD30)、AME-133v(CD20)、HeFi-1(CD30)、BMS-663513(CD137)、Volociximab(抗α5β1整联蛋白)、GC1008(TGFβ)、HCD122(CD40)、希普利珠单抗(CD2)、MORAb-003(叶酸受体α)、CNTO328(IL-6)、MDX-060(CD30)、Ofatumumab(CD20)和/或SGN-33(CD33)。应该考虑到一个或一个以上这些治疗剂可以与本文所述miRNA治疗剂一起使用。
存在诸多用于癌症被动免疫治疗的不同方法。它们大概分成如下几类：抗体单独注射；偶联至毒素或化学治疗剂的抗体的注射；偶联至放射性同位素的抗体的注射；抗独特型抗体的注射；和骨髓中肿瘤细胞的清除。
4.基因治疗
仍然在另一个实施方案中，组合治疗包括基因治疗，其中治疗性多核苷酸在一个或一个以上治疗miRNA施用之前、之后或同时施用。治疗性多肽或者编码核酸与miRNA组合递送可对靶组织具有组合的治疗效果。本发明包含多种蛋白质，其中一些在下文描述。可以与本发明组合用于多种形式基因治疗靶向的多种基因包括，但不限于细胞增殖诱导物、细胞增殖抑制剂、程序性细胞死亡调节物、细胞因子和其他治疗核酸或者编码治疗蛋白质的核酸。
肿瘤抑制物癌基因的作用是抑制细胞过度增殖。这些基因的失活破坏了其抑制活性，导致增殖不受调节。肿瘤抑制物(例如治疗多肽)p53、FHIT、p16和C-CAM可以采用。
除了p53之外，另一个细胞增殖抑制剂是p16。真核细胞周期的多数转换由细胞周期蛋白-依赖性激酶或CDK激发。细胞周期蛋白-依赖性激酶4(CDK4)是一种CDK，其调节通过G1。该酶的活性可以在晚G1期磷酸化Rb。CDK4的活性通过激活亚基D型细胞周期蛋白和通过抑制亚基p16INK4控制，p16INK4已经被表征为特异性结合并抑制CDK4并且因此可以调节Rb磷酸化的蛋白质(Serrano等，1993；Serrano等，1995)。由于p16INK4蛋白质是CDK4抑制剂(Serrano，1993)，该基因的缺失可以增加CDK4的活性，导致Rb蛋白质的过度磷酸化。还已知p16调节CDK6的功能。
p16INK4属于新近描述的一类CDK-抑制蛋白，该类蛋白还包括p16B、p19、p21WAF1和p27KIP1。p16INK4基因位于9p21，该区是许多肿瘤类型中频繁缺失的染色体区域。p16INK4基因的纯合缺失和突变在人肿瘤细胞系中常见。该证据表明p16INK4基因是肿瘤抑制基因。然而，该解释受到如下观察结果的挑战，即在原代未培养的肿瘤中p16INK4基因改变的频率远远低于培养的细胞系中(Caldas等，1994；Cheng等，1994；Hussussian等，1994；Kamb等，1994；Mori等，1994；Okamoto等，1994；Nobori等，1995；Orlow等，1994；Arap等，1995)。通过转染质粒表达载体对野生型p16INK4功能的恢复降低了一些人癌症细胞系的集落形成(Okamoto，1994；Arap，1995)。
根据本发明可以使用的其他基因包括Rb、APC、DCC、NF-1、NF-2、WT-1、MEN-I、MEN-II、zac1、p73、VHL、MMAC1/PTEN、DBCCR-1、FCC、rsk-3、p27、p27/p16融合基因、p21/p27融合基因、抗血栓基因(例如COX-1、TFPI)、PGS、Dp、E2F、ras、myc、neu、raf、erb、fms、trk、ret、gsp、hst、abl、E1A、p300、血管发生中涉及的基因(例如VEGF、FGF、血小板反应蛋白、BAI-1、GDAIF或它们的受体)和MCC。
5.外科手术
大约60％的癌症患者将经历一些类型的外科手术，其包括预防性手术、诊断性或分期手术、治疗性手术和姑息性手术。治疗性手术是可以与其他治疗法，如本发明治疗法、化学治疗法、放射治疗法、激素治疗法、基因治疗法、免疫治疗法和/或备选治疗法联合的癌症治疗。
治疗性手术包括切除术，其中物理性去除、切除和/或破坏全部或部分癌组织。肿瘤切除术指物理性去除至少部分肿瘤。除了肿瘤切除术之外，外科手术治疗还包括激光外科手术、冷冻外科手术、电外科手术和显微控制手术(Mohs外科手术)。还进一步应该考虑到，本发明可用于与浅表癌、前期癌或附带量的正常组织去除联合。
在切除部分或全部癌细胞、组织或肿瘤时，会在身体内形成空洞。可通过灌注、直接注射或区域局部应用另外的抗癌治疗实现治疗。此类治疗可以重复，例如每1、2、3、4、5、6或7天、或每1、2、3、4和5周或者每1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月。这些治疗同样可以改变剂量。
6.其他试剂
应该考虑到其他试剂可用于与本发明相组合以改善治疗的治疗性效果。这些额外的试剂包括免疫调节剂、上调细胞表面受体和缝隙连接的试剂、细胞抑制剂和分化试剂、细胞黏着抑制剂、提高高增生性细胞对细胞凋亡诱导剂敏感性的试剂或其他生物学试剂。免疫调节剂包括肿瘤坏死因子；干扰素α，β和γ；IL-2和其他细胞因子；F42K和其他细胞因子类似物；或者MIP-1，MIP-1β，MCP-1，RANTES，和其他趋化因子。还应该考虑到，细胞表面受体或其配体，如Fas/Fas配体、DR4或DR5/TRAIL(Apo-2配体)的上调通过确立对高增生性细胞的自分泌或旁分泌效应将使本发明具有诱导细胞凋亡的能力。通过提高缝隙连接数增加细胞间信号传导将增加对临近高增生性细胞群体的抗高增生性作用。在其他实施方案中，细胞抑制剂或分化试剂可用于与本发明相组合以改善治疗的抗高增生效果。考虑的了细胞黏着抑制剂以改善本发明的有效性。细胞黏着抑制剂实例是黏着斑激酶(FAK)抑制剂和洛伐他汀。还应该考虑到，增加高增生性细胞对细胞凋亡敏感性的其他试剂，例如抗体c225，可用于与本发明相组合以改善治疗有效性。
Apo2配体(Apo2L，也称作TRAIL)是肿瘤坏死因子(TNF)细胞因子家族成员。TRAIL在许多类型癌细胞中激活快速的细胞凋亡，然而对正常细胞不具有毒性。TRAIL mRNA广泛存在于多种组织中。大多数正常细胞表现出对TRAIL的细胞毒性作用具有抵抗，表明存在保护细胞不被TRAIL诱导细胞凋亡的机制。描述的TRAIL的第一个受体称作死亡受体4(DR4)，包含胞质“死亡结构域”；DR4传递由TRAIL携带的细胞凋亡信号。已经鉴定出结合TRAIL的额外的受体。一个受体称作DR5，包含胞质死亡结构域并且与DR4非常相似传递细胞凋亡信号。DR4和DR5 mRNA在多种正常组织和肿瘤细胞系中表达。最近，已经鉴定出诱杀受体例如DcR1和DcR2，其阻止TRAIL通过DR4和DR5诱导细胞凋亡。因此，这些诱杀受体代表着直接在细胞表面调节对促细胞凋亡细胞因子敏感性的新机制。这些抑制性受体在正常组织内的优先表达表明，TRAIL可以用作诱导癌细胞细胞凋亡的同时保护正常细胞的抗癌剂(Marsters等，1999)。
在引入细胞毒性化学治疗药物之后开展癌症治疗中存在许多进步。然而，化学治疗的后果之一是药物抗性表型的产生/获得和多药耐药的产生。药物抗性的产生仍然是此类肿瘤治疗的主要障碍，并且因此明显需要替代方法，例如基因治疗。
用于与化学治疗、放射治疗或生物治疗联合的另一种形式的治疗包括过热治疗，其为将患者组织暴露于高温(一直到106°F)下的方法。外部或内部加热装置可用于局部、区域或全身过热治疗应用中。局部过热治疗包括向小的区域例如肿瘤应用热治疗。加热可以用来自体外设备的靶向肿瘤的高频波在外部产生。内部加热可涉及无菌探针，包括细的经加热的导线或者充满热水的中空管、植入的微波天线或射频电极。
对于区域治疗，将患者器官或者肢体加热，这使用产生高能量的装置如磁体实现。备选地，患者的一些血液被取出，并且在灌注入将被内部加热的区域之前加热。在癌症扩散至全身的情况下，也可以进行全身加热。热水毯、热蜡、感应线圈和热室可用于此目的。
激素治疗也可以用于与本发明联合，或者与先前所述的其他癌症治疗相组合。激素可用于治疗某些癌症，例如乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌或宫颈癌，以降低某些激素的水平或者阻断某些激素的效应，例如睾酮或雌激素。该种治疗常常用于与至少一种其他癌症治疗向组合作为一种治疗选择或者降低转移风险。
于2006年2月8日提出的、要求2005年2月8日所提出美国临时申请序列号60/650,807的优先权的美国申请序列号11/349,727在此通过参考全部并入本申请。
III.miRNA分子
关于小RNA分子(“miRNA”)虽然已经有19个核苷酸和一直到23个核苷酸长度的报道，但是其长度通常为21至22个核苷酸。miRNA各自从更长的前体RNA分子(“前体miRNA”)加工而来。前体miRNA从非蛋白质编码基因转录而来。前体miRNA具有两个互补区域，使得其能够形成茎-环样结构或者折回样结构，该结构在动物中由称作切酶的核糖核酸酶III样核酸酶切开。所加工的miRNA有代表性地是部分茎。
所加工miRNA(也被称为“成熟miRNA”)变成大复合体的一部分以下调特定靶基因或其基因产物。动物miRNA实例包括与靶不完全碱基配对的那些，其使翻译停止(Olsen等，1999；Seggerson等，2002)。siRNA分子也是由切酶加工，但是是从长的双链RNA分子加工而来。siRNA非天然存在于动物细胞中，但是它可以通过RNA诱导的沉默复合体(RISC)指导mRNA靶的序列特异性切割(Denli等，2003)。
A.阵列制备
本发明某些实施方案涉及mRNA或核酸阵列、miRNA或核酸阵列和/或miRNA或核酸探针阵列的制备和用途，其是核酸分子(探针)的巨阵列或微阵列，所述核酸分子(探针)与衍生自由miR-20miRNA所调节多种基因和基因途径的多个核酸、mRNA或miRNA分子、前体miRNA分子或核酸具有完全或几乎完全的互补性(在探针的整个长度上)或同源性(在探针的整个长度上)，并且以空间分开的组织结构置于支持物或支持材料上。巨阵列有代表性地是其上已经点有探针的硝酸纤维素或尼龙板。微阵列更紧密地放置核酸探针，以致于在典型的1-4平方厘米的区域内可以固定至多10,000种核酸分子。微阵列可以通过将核酸分子例如基因、寡核苷酸等点在基质上或者通过在基质上原位构建寡核苷酸序列来制造。所点的或者所构建的核酸分子可以以每平方厘米至多大约30种非相同核酸分子的高密度基质模式或者更高密度的基质模式，例如每平方厘米至多大约100或者甚至1000种的基质模式应用。与滤膜阵列的基于硝酸纤维素的材料不同，微阵列有代表性地使用包被玻璃作为固体支持物。因具有标记RNA和/或miRNA-互补核酸样品的有序阵列，每一样品的位置可以被追踪并且可以与原始样品联系起来。
在其中多个不同核酸探针稳定结合在固体支持物表面多种不同的阵列装置是本领域技术人员已知的。对于阵列有用的基质包括尼龙、玻璃、金属、塑料、乳胶和硅。此类阵列可以多种不同方式变化，包括平均探针长度、探针序列或类型、探针和阵列表面结合的性质，例如共价或非共价等。在对于除了探针之外的任何参数的有效性上，本发明的标记和筛选方法和阵列不限于检测miRNA或基因或者代表基因的核酸；因此，方法和组合物可以用于多种不同类型的核酸阵列。
用于制备微阵列的代表性方法和仪器已经描述于例如美国专利5,143,854、5,202,231、5,242,974、5,288,644、5,324,633、5,384,261、5,405,783、5,412,087、5,424,186、5,429,807、5,432,049、5,436,327、5,445,934、5,468,613、5,470,710、5,472,672、5,492,806、5,525,464、5,503,980、5,510,270、5,525,464、5,527,681、5,529,756、5,532,128、5,545,531、5,547,839、5,554,501、5,556,752、5,561,071、5,571,639、5,580,726、5,580,732、5,593,839、5,599,695、5,599,672、5,610；287、5,624,711、5,631,134、5,639,603、5,654,413、5,658,734、5,661,028、5,665,547、5,667,972、5,695,940、5,700,637、5,744,305、5,800,992、5,807,522、5,830,645、5,837,196、5,871,928、5,847,219、5,876,932、5,919,626、6,004,755、6,087,102、6,368,799、6,383,749、6,617,112、6,638,717、6,720,138，以及WO 93/17126、WO 95/11995、WO 95/21265、WO 95/21944、WO 95/35505、WO 96/31622、WO97/10365、WO 97/27317、WO 99/35505、WO 09923256、WO 09936760、WO0138580、WO 0168255、WO 03020898、WO 03040410、WO 03053586、WO03087297、WO 03091426、WO03100012、WO 04020085、WO 04027093、EP 373203、EP 785280、EP 799897和UK 8803000中；其公开全部通过参考并入本文。
应该考虑到阵列可以是高密度阵列，抑制它们包含2、20、25、50、80、100或更多种不同探针。应该考虑到它们可以包含1000、16,000、65,000、250,000或1,000,000或更多种不同探针。探针可以指向一个或一个以上不同生物体或者细胞类型中的mRNA和/或miRNA靶。在一些实施方案中，寡核苷酸探针长度范围从5至50、5至45、10至40、9至34或10至40个核苷酸。在某些实施方案中，寡核苷酸探针长度为5、10、15、20至20、25、30、35、40个核苷酸，包括它们之间的所有整数和范围。
通常已知阵列中每一不同探针序列的位置和序列。然而，大数量的不同探针可以占用相对小的面积，提供了高密度阵列，其具有通常大于每平方厘米60、100、600、1000、5,000、10,000、40,000、100,000或400,000种不同寡核苷酸探针的探针密度。阵列的表面积可以是大约或者小于大约1、1.6、2、3、4、5、6、7、8、9或10cm2。
然而，本领域普通技术人员可以容易地分析使用阵列产生的数据。此类方法描述于上文并且包括在WO 9743450、WO 03023058、WO 03022421、WO03029485、WO 03067217、WO 03066906、WO 03076928、WO 03093810、WO03100448A1中找到的信息，所有这些明确地通过参考并入本文。
B.样品制备
应该考虑到广泛多种样品的RNA和/或miRNA可以使用本发明的阵列、探针索引(index of probe)或阵列技术分析。虽然应该考虑到内源miRNA与本发明组合物和方法，重组一起使用，但是miRNA，包括与内源miRNA或前体miRNA互补或相同的核酸也可以如本文所述处理和分析。样品可以是生物学样品，在此情况下，它们可以来自活组织检查、细针抽取物、表皮脱落物、血液、组织、器官、精液、唾液、眼泪、其他体液、毛囊、皮肤或包含生物细胞，特别是癌细胞或高增生性细胞或由其组成的任何样品。在某些实施方案中，样品可以是，但不限于，活组织检查或从活组织检查或其他体液或组织纯化或富集一定程度的细胞。备选地，样品可以不是生物学样品，而是化学混合物，例如无细胞的反应混合物(其可以包含一种或一种以上的生物酶)。
C.杂交
当制备阵列或一组探针和/或标记样品中的核酸或探针之后，靶核酸群体在杂交条件下与阵列或探针接触，其中此种条件可以按所期望那样调整，以针对待开展的特定分析提供最佳特异性水平。适宜杂交条件是本领域技术人员众所周知的综述于Sambrook等(2001)和WO 95/21944中。在许多实施方案中特别感兴趣的是在杂交过程中使用严格条件。严格条件是本领域技术人员已知的。
特别考虑的是单个阵列或探针组可以与多个样品接触。样品可以用不同的标记物标记以区别样品。例如，单个阵列可以与用Cy3标记的肿瘤组织样品和用Cy5标记的正常组织样品接触。对于样品中对应于阵列上探针的特定miRNA之间的差异可以容易地确定和定量。
小的阵列表面积使得杂交条件一致，例如温度调节和盐含量。此外，由于高密度阵列占用的面积小，杂交可以在非常小的流体体积(例如大约250μl或更少，包括大约或少于大约5、10、25、50、60、70、80、90、100μl的体积或从其中导出的任何范围)中开展。在小的体积中，杂交可以非常快速地进行。
D.差异表达分析
本发明的阵列可以用于检测两个样品之间的差异。特别考虑的应用包括鉴定和/或定量正常样品与非正常样品之间、疾病或状况与未表现出此种疾病或状况的细胞之间、或者两个不同处理样品之间的miRNA或基因表达差异。同样，可以比较据信易患特定疾病或状况的样品与据信不易患或者抵抗该疾病或状况的样品之间的miRNA或基因表达。非正常的样品是表现出疾病或状况表型或遗传型性状的样品或者据信就该疾病或状况而言为非正常的样品。其可以与就该疾病或状况而言为正常的细胞比较。表型性状包括疾病或状况的症状或易感性，其中一项是、或者可以是、或者可以不是遗传的或者由一个或多个高增生性或肿瘤细胞引起。
阵列包含带有连接至支持物上的核酸探针的固体支持物。阵列有代表性地包含多种不同的核酸探针，其以不同的、已知的位置偶联至基质表面。这些阵列，也描述为“微阵列”或通俗语“芯片”，也已经在本领域中广泛描述，例如美国专利5,143,854、5,445,934、5,744,305、5,677,195、6,040,193、5,424,186和Fodor等(1991)，为了所有目的其中每一篇文献的全文通过参考并入本文。使用机械合成方法合成这些阵列的技术描述于，例如美国专利5,384,261，为了所有目的其全文通过参考并入本文。虽然在某些方面使用平面阵列表面，阵列可以在实际上任何形状的表面或者甚至复杂表面上制造。阵列可以是珠、凝胶、多聚体表面、纤维如光纤、玻璃或任何其他适宜基质上的核酸，见美国专利5,770,358、5,789,162、5,708,153、6,040,193和5,800,992，为了所有目的其全文通过参考并入本文。阵列可如此方式包装，以便于诊断和所有内含装置的其他操作，见例如美国专利5,856,174和5,922,591，为了所有目的其全文通过参考并入本文。对于阵列、其制造和其特性有关的额外信息，还可见于2000年4月7日提出的美国专利申请序列号09/545,207，为了所有目的其全文通过参考并入本文。
特别地，阵列可以用于评估样品的病理状况，例如癌症和相关状况。特别考虑的是，本发明可以用于评估疾病各期或亚分类之间的差异，例如良性、癌性和转移组织或肿瘤之间。
待评估的表型性状包括特征，例如寿命、发病率、期望存活率、对特定药物或治疗性治疗的易感性或感受性(药物有效性)和药物毒性危险。其表型性状不同的样品也可以使用所述的组合物和方法评估。
在某些实施方案中，可产生miRNA和/或表达谱，以评估并将这些表达谱与药代动力学或治疗关联。例如，可以产生并评估患者被治疗前的或者治疗过程当中的患者肿瘤和血液样品的这些表达谱，以确定是否存在其表达与患者治疗结果关联的miRNA或基因。差异miRNA或基因的鉴定可用于诊断分析，以评定肿瘤和/或血液样品以确定将向患者提供什么样的药物方案。此外，其可以用于鉴定或者选择适宜特定临床试验的患者。如果经确定表达谱与药物有效性或药物毒性相关，则该表达谱与患者是否是接受药物、接受药物组合或者药物特定剂量的适宜患者相关。
除了上述预后分析之外，来自患有多种疾病的患者的样品可评估以确定不同的疾病是否可以基于miRNA和/或相关基因表达水平鉴定。可以基于谱进行诊断分析，医生可以使用该谱鉴定患有疾病的个体或者鉴定谁处于发展成疾病的危险之中。备选地，可以基于miRNA谱分析设计治疗方案。此类方法和组合物的实例描述于2005年5月23日提出的、题目为“包括miRNA和miRNA抑制剂分子的方法和组合物”的美国临时专利申请中，其全文通过参考并入本文。
E.其他分析法
除了使用阵列和微阵列之外，应该考虑到许多不同的分析法可用于分析miRNA或相关基因、它们的活性和它们的作用。此类分析法包括，但不限于，核酸扩增、聚合酶链反应、定量PCR、RT-PCR、原位杂交、Northern杂交、杂交保护分析法(HPA)(GenProbe)、分支DNA(bDNA)分析法(Chiron)、滚环扩增(RCA)、单分子杂交检测(US Genomics)、侵染检测(ThirdWave Technologies)和/或Bridge Litigation分析法(Genaco)。
IV.核酸
本发明涉及可标记、用于阵列分析或者用于诊断、治疗或预后应用中的核酸、修饰或模拟核酸、miRNA、mRNA、基因和其代表性片段，特别是与病理状况如癌症相关的那些。分子可以是细胞内源产生的或者是化学或重组合成的或产生的。它们可以是分离的和/或纯化的。每一miRNA在本文描述并且包括这些miRNA序列相应的序列标识号SEQ ID NO和登录号。miRNA名称常以无“hsa-”前缀的形式缩写或提到，并且将依赖于上下文语境作如此理解。除非另外指出，在本申请中miRNA指鉴定为miR-X或let-X的人序列，其中X是数字和/或字母。
在某些方面，可以使用通过后缀“5P”或“3P”指定的miRNA探针。如在万维网sanger.ac.uk上描述的那样，“5P”指成熟miRNA衍生自前体的5’端，并且对应的“3P”指其衍生自前体的3’端，如在万维网sanger.ac.uk所述。此外，在一些实施方案中，使用了与已知人miRNA不对应的miRNA探针。应该考虑到这些非人miRNA探针可以用于本发明实施方案中或者存在与非人miRNA同源的人miRNA。在其他实施方案中，可以采用任何哺乳动物细胞、生物学样品或其制备物。
在本发明的一些实施方案中，包含miRNA的方法和组合物可以涉及miRNA、标记物(mRNA)和/或其他核酸。核酸长度可以是、是至少或是至多3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、或1000个核苷酸或从其中导出的任何范围。此长度涵盖了加工miRNA、miRNA探针、前体miRNA、包含miRNA的载体、mRNA、mRNA探针、对照核酸和其他探针和引物的长度。
在许多实施方案中，miRNA长度为19-24个核苷酸，而miRNA探针长度为19-35个核苷酸，这取决于加工miRNA和所加入的任何侧翼区域的长度。在人中，miRNA前体通常在62和110个核苷酸之间。
本发明核酸可以具有与另一核酸相同或互补的区域。应该考虑到互补性或同源性同源性区域可以是至少5个连续残基，可是特别考虑的是该区域是、是至少或是至多6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、或1000个连续核苷酸。应当进一步理解的是，前体miRNA或其他核酸内的互补性长度或者miRNA探针与miRNA或miRNA基因之间的互补性长度是如此长度。而且，互补性可以表示为百分数，意思是在整个探针长度上探针与其靶之间的互补性是90％或者更高。在一些实施方案中，互补性是或者是至少90％、95％或100％。具体而言，如此长度可以适用于包含本文所述任何序列标识号、登录号或本文所公开的任何其他序列所确定核酸序列的核酸。有代表性地，提供miRNA的通用名称(在前缀中带有其鉴定来源，例如，对于人序列为“hsa”)和加工miRNA序列。除非另外指出，不带前缀的miRNA将理解为指人miRNA。此外，miRNA名称中的小写字母可以小写也可以不小写；例如，hsa-mir-130b也可以被称为miR-130B。术语“miRNA探针”指可鉴定特定miRNA或结构相关miRNA的核酸探针。
应当理解，一些核酸衍生自基因组序列或基因。在该方面，对于特定miRNA或基因，术语“基因”为简单起见用于指编码前体核酸或miRNA的基因组序列。然而，本发明实施方案可以包含在其表达中涉及的miRNA基因组序列，例如启动子或其他调节序列。
术语“重组体”可以使用，并且该术语通常指已被体外操作的分子或者此种分子的复制或表达产物。
术语“核酸”是本领域众所周知的。如本文所使用，“核酸”通常指DNA、RNA分子(一个或一个以上的链)或包含核碱基的其衍生物或类似物。核碱基包括，例如在DNA(例如腺嘌呤“A”、鸟嘌呤“G”、胸腺嘧啶“T”或胞嘧啶“C”)或RNA(例如A、G、尿嘧啶“U”或C)中天然存在的嘌呤或嘧啶碱基。术语“核酸”包含术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”，术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”每一个都是术语“核酸”的亚属。
术语“miRNA”通常指单链分子，但是在特别的实施方案中，在本发明中应用的分子还将包含一个与同一单链分子的另一个区域或者另一个核酸部分互补(在整个链长度上具有10和50％之间的互补性)、基本互补(在整个链长度上具有大于50％但小于100％的互补性)或完全互补的区域或额外链。因此，miRNA可包含含有特定序列的一个或一个以上互补链或自身互补链或“互补物”的分子。例如，前体miRNA可具有自身互补区域，其一直到100％的补体性。本发明的miRNA探针或核酸与其靶的互补性可以包括、可以是、可以是至少60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99或100％互补性。
应当理解，本发明的“合成核酸”意思是指核酸不具有天然存在核酸的全部或部分化学结构或序列。因此，应当理解的是，术语“合成miRNA”指在细胞中或者在生理条件下作为天然存在miRNA起作用的“合成核酸”。
虽然本发明实施方案可包括合成miRNA或合成核酸，但是在本发明的一些实施方案中，核酸分子无需是“合成”的。在某些实施方案中，在本发明方法和组合物中采用的非合成核酸或miRNA可以具有天然存在mRNA或miRNA前体或成熟mRNA或miRNA的全部序列和结构。例如，在本发明方法和组合物中使用的非合成miRNA可以不具有一个或一个以上修饰核苷酸或核苷酸类似物。在这些实施方案中，非合成miRNA可以是或可以不是重组产生的。在特定实施方案中，在本发明方法和/或组合物中的核酸特别是合成miRNA，而不是非合成miRNA(即不是“合成”的miRNA)；可以在其他实施方案中，本发明特别包含非合成miRNA，而不包含合成miRNA。就合成miRNA的使用而言讨论的任何实施方案可以适用于非合成miRNA，反之亦然。
应当理解的是，术语“天然存在”指在没有任何人介入的有机体中存在的事物；它可以指天然存在的野生型或突变体分子。在一些实施方案中，合成miRNA分子不具有天然存在miRNA分子的序列。在其他实施方案中，合成miRNA分子可以具有天然存在miRNA分子的序列，但是分子的化学结构，特别是与精确序列特别不相关的部分中的化学结构(非序列化学结构)不同于具有该序列的天然存在miRNA分子的化学结构。在一些情况下，合成miRNA具有序列化学结构和天然存在miRNA中不存在的非序列化学结构。然而，合成分子的序列能鉴别哪一个miRNA将被有效提供或被抑制；内源miRNA被称为“对应miRNA”。可以在本发明情况下使用的相应miRNA序列包括，但不限于，全部或部分的本文所提供序列标识号中那些序列以及任何其他miRNA序列、miRNA前体序列或其任何互补序列。在一些实施方案中，序列是、或衍生自、或包含本文所鉴定靶向特定miRNA(或一组miRNA)的序列的全部或部分，所述特定miRNA(或一组miRNA)可以与序列一起使用。可以选择任意1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260种或它们之间任意数量或范围的序列，而排除所有非选择序列。
如本文所使用，“杂交作用”、“杂交”或“能够杂交”理解为意思是指形成双链或三链分子或者具有部分双链或三链性质的分子。如本文所使用的术语“退火”是“杂交”的同义词。术语“杂交作用”、“杂交”或“能够杂交”包括术语“严格条件”或“高严格性”和术语“低严格性”或“低严格条件”。
如本文所使用的“严格条件”或“高严格性”是允许包含互补序列的一个或一个以上核酸链之间或之内杂交但排除随机序列杂交的那些条件。严格条件允许核酸与靶链之间有少量错配，如果存在的话。此类条件是本领域普通技术人员众所周知的，并且对于需要高选择性的应用是优选的。非限定性的应用包括分离核酸，例如基因或其核酸片段或者检测至少一个特异性mRNA转录物或其核酸片段，等等。
严格条件可以包括低盐和/或高温度条件，例如在大约42℃至大约70℃温度下大约0.02M至大约0.5M NaCl所提供的条件。应当理解，预期严格性的温度和离子强度部分地通过特定核酸的长度、靶序列的长度和核碱基内容、核酸的电荷组成以及杂交混合物中甲酰胺、四甲基氯化铵或其他溶剂的存在或浓度决定。
还应当理解，对于杂交的这些范围、组成和条件仅仅是以非限定性实例的方式描述，并且对于特定杂交反应的预期严格性常常通过比较一个或一个以上阳性或阴性对照经验性确定。取决于所拟想的应用，优选采用变化的杂交条件以实现核酸对靶序列的不同程度的选择性。在非限定性实例中，对在严格条件下不与核酸杂交的相关靶核酸的鉴定可以通过在低温度和/或高离子强度下杂交完成。此类条件称作“低严格性”或“低严格条件”，并且低严格性的非限定性实例包括在大约20℃至大约50℃的温度范围内在大约0.15M至大约0.9M NaCl情况下进行杂交。当然，进一步修改低或高严格条件以适合特定应用处于本领域技术人员的能力范围内。
A.核碱基、核苷、核苷酸和修饰核苷酸
如本文所使用的“核碱基”指杂环碱基，例如诸如在至少一种天然存在核酸(即DNA和RNA)中存在的天然存在核碱基(即A、T、G、C或U)，和此类核碱基的天然或非天然存在衍生物和类似物。核碱基通常可以与至少一个天然存在核碱基以这样一种方式形成一个或一个以上氢键(“退火”或“杂交”)，即其可以代替天然存在的核碱基配对(例如A和T、G和C以及A和U之间的氢键)。
“嘌呤”和/或“嘧啶”核碱基包含天然存在嘌呤和/或嘧啶核碱基以及其衍生物和类似物，包括但不限于，嘌呤或嘧啶被一个或一个以上烷基、羧烷基、氨基、羟基、卤素(即氟、氯、溴或碘)、巯基或烷硫基部分取代的那些。优选的烷基(例如烷基、羧烷基等)部分包含大约1、大约2、大约3、大约4、大约5、至大约6个碳原子。嘌呤或嘧啶的其他非限定性实例包括脱氮嘌呤、2，6-二氨基嘌呤、5-氟尿嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、8-溴鸟嘌呤、8-氯鸟嘌呤、溴胸腺嘧啶、8-氨基鸟嘌呤、8-羟基鸟嘌呤、8-甲基鸟嘌呤、8-硫鸟嘌呤、氮鸟嘌呤、2-氨基嘌呤、5-乙基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-乙基尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-丙基尿嘧啶、硫尿嘧啶、2-甲基腺嘌呤、甲基硫腺嘌呤、N，N-二甲腺嘌呤、氮杂腺嘌呤、8-溴腺嘌呤、8-羟基腺嘌呤、6-羟基氨基嘌呤、6-硫嘌呤、4-(6-氨基己基/胞嘧啶)等。其他实例是本领域技术人员众所周知的。
如本文所使用，“核苷”指包含共价连接至核碱基接头部分的核碱基的单个化学单位。“核碱基接头部分”的非限定性实例是包含5-碳原子的糖(即“5-碳糖”)，包括但不限于脱氧核糖、核糖、阿拉伯糖或5-碳糖的衍生物或类似物。5-碳糖衍生物或类似物的非限定性实例包括2′-氟-2′-脱氧核糖或者其中糖环中的氧原子被碳取代的碳环糖。核碱基与核碱基接头部分的不同类型共价连接是本领域已知的(Kornberg和Baker，1992)。
如本文所使用，“核苷酸”指还包含“骨架部分”的核苷。骨架部分通常共价连接核苷酸至包含核苷酸的另一分子或者共价连接至另一核苷酸以形成核酸。天然存在核苷酸中的“骨架部分”有代表性地包含共价连接至5-碳糖的磷部分。骨架部分的连接有代表性地发生在5-碳糖的3′-位或者5′-位。然而，其他类型的连接是本领域已知的，特别是当核苷酸包含天然存在5-碳糖或磷部分的衍生物或类似物时。
核酸可以包含天然存在核酸中存在的核碱基、核碱基接头部分和/或骨架部分的衍生物或类似物，或完全由其组成。带有核酸类似物的RNA也可以根据本发明方法标记。如本文所使用的“衍生物”指化学修饰或改变形式的天然存在分子，而术语“模拟物”或“类似物”指结构上类似或者不类似于天然存在分子或部分，但具有相似功能的分子。如本文所使用，“部分”通常指较大化学或分子结构的较小化学或分子成分。核碱基、核苷和核苷酸类似物或衍生物是本领域众所周知的，并且已经描述(见例如，Scheit，1980，通过参考并入本文)。
核苷、核苷酸或核酸的另外非限定性实例包括美国专利5,681,947、5,652,099和5,763,167、5,614,617、5,670,663、5,872,232、5,859,221、5,446,137、5,886,165、5,714,606、5,672,697、5,466,786、5,792,847、5,223,618、5,470,967、5,378,825、5,777,092、5,623,070、5,610,289、5,602,240、5,858,988、5,214,136、5,700,922、5,708,154、5,728,525、5,637,683、6,251,666、5,480,980和5,728,525中的那些，每一篇的全文通过参考并入本文。
本发明的标记方法和实际盒特别应该考虑到核苷酸的使用，核苷酸被修饰以连接标记并且可以掺入到miRNA分子中。此类核苷酸包括可以用染料，包括荧光染料或者用分子，例如生物素标记的那些核苷酸。可容易地得到标记的核苷酸；它们可以商业性获得或者它们可以通过本领域技术人员已知的反应合成。
用于本发明的修饰核苷酸不是天然存在核苷酸，而是在其上具有反应部分的制备的核苷酸。感兴趣的特异性反应官能团包括：氨基、巯基、烷基磺酰氧基(sulfoxyl)、氨基巯基、叠氮基、环氧化物、异硫氰酸酯、异氰酸酯、酐、一氯三嗪、二氯三嗪、一卤或二卤取代吡啶、一取代或二取代二嗪、马来酰亚胺、环氧化物、氮丙啶、磺酰卤、卤酸、烷基卤、芳基卤、烷基磺酸盐、N-羟基琥珀酰亚胺酯、亚氨酸酯、肼、叠氮基硝基苯基、叠氮化物、3-(2-吡啶基二硫代)-丙酰胺、乙二醛、醛、碘乙酰、氰甲基酯、p-硝基苯基酯、o-硝基苯基酯、羟基吡啶酯、羰基咪唑和其他此类化学基团。在一些实施方案中，反应官能团可以与核苷酸直接键合或其可以通过连接基团与核苷酸连接。功能性部分和任何接头基本上不损伤核苷酸被添加至miRNA或者被标记的能力。代表性的连接基团包括含碳连接基团，有代表性地从大约2至18、通常从大约2至8个碳原子，其中含碳连接基团可以包括或者可以不包括一个或一个以上杂原子，如S、O、N等，并且可以包括或者可以不包括一个或一个以上不饱和位点。在许多实施方案中特别感兴趣的是烷基连接基团，有代表性的是1至16个、通常1至4个碳原子的低碳烷基胺连接基团，其中连接基团可以包括一个或一个以上不饱和位点。在上述官能化靶产生的方法中使用的官能化核苷酸(或引物)可以使用已知方法制造或者从供货商，例如Sigma、Roche、Ambion、Biosearch Technologies和NEN购买。官能团可以根据本领域技术人员已知的方式制备，包括美国专利4,404,289；4,405,711；4,337,063和5,268,486以及英国专利1,529,202中的代表性信息，每一专利通过参考并入本文。
在本发明的几个实施方案中使用胺修饰的核苷酸。胺修饰的核苷酸是带有用于连接标记的活性胺基的核苷酸。应该考虑到任何核糖核苷酸(G、A、U或C)或脱氧核糖核苷酸(G、A、T或C)可以被修饰以便标记。实例包括，但不限于，下列修饰核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸：5-(3-氨基烯丙基)-UTP；8-[(4-氨基)丁基]-氨基-ATP和8-[(6-氨基)丁基]-氨基-ATP；N6-(4-氨基)丁基-ATP、N6-(6-氨基)丁基-ATP、N4-[2，2-氧-双-(乙基胺)]-CTP；N6-(6-氨基)己基-ATP；8-[(6-氨基)己基]-氨基-ATP；5-炔丙基氨基-CTP、5-炔丙基氨基-UTP；5-(3-氨基烯丙基)-dUTP；8-[(4-氨基)丁基]-氨基-dATP和8-[(6-氨基)丁基]-氨基-dATP；N6-(4-氨基)丁基-dATP、N6-(6-氨基)丁基-dATP、N4-[2，2-氧-双-(乙基胺)]-dCTP；N6-(6-氨基)己基-dATP；8-[(6-氨基)己基]-氨基-dATP；5-炔丙基氨基-dCTP和5-炔丙基氨基-dUTP。此类核苷酸可以根据本领域技术人员已知的方法制备。然而，本领域普通技术人员可以制备具有同样胺修饰的其他核苷酸部分，例如5-(3-氨基烯丙基)-CTP、5-(3-氨基烯丙基)-GTP、5-(3-氨基烯丙基)-ATP、5-(3-氨基烯丙基)-dCTP、5-(3-氨基烯丙基)-dGTP、5-(3-氨基烯丙基)-dTTP或代替5-(3-氨基烯丙基)-UTP的5-(3-氨基烯丙基)-dUTP。
B.核酸制备
核酸可以通过本领域普通技术人员已知的任何技术制备，例如化学合成、酶促生产或生物学生产。特别考虑的是，化学合成本发明的miRNA探针。
在本发明的一些实施方案中，miRNA从生物学样品中回收或分离。miRNA可以是重组体或者其可以细胞天然的或内源的(从细胞基因组产生)。应该考虑到，生物学样品可以以增强小的RNA分子例如miRNA回收的方式处理。美国专利申请序列号10/667,126描述了此类方法并且该文献明确地通过参考并入本文。通常，方法包括以含有胍和去污剂的溶液裂解细胞。
备选地，核酸合成根据标准方法开展。见例如，Itakura和Riggs(1980)以及美国专利4,704,362、5,221,619和5,583,013，每一文献通过参考并入本文。合成核酸(例如合成寡核苷酸)的非限定性实例包括使用例如描述于EP 266,032(通过参考并入本文)中的磷酸三酯、亚磷酸盐或亚磷酰胺化学和固相技术，或者如Froehler等，1986和美国专利5,705,629(每一文献通过参考并入本文)中所述经由脱氧核苷H-膦酸酯中间体通过体外化学合成制造的核酸。寡核苷酸合成的多种不同机制已经描述于例如美国专利4,659,774、4,816,571、5,141,813、5,264,566、4,959,463、5,428,148、5,554,744、5,574,146、5,602,244中，每一专利通过参考并入本文。
酶促生产核酸的非限定性实例包括在扩增反应如PCRTM中通过酶产生的核酸(见例如美国专利4,683,202和4,682,195，每一专利通过参考并入本文)或者描述于美国专利5,645,897(通过参考并入本文)中的寡核苷酸的合成。还可见Sambrook等，2001，其通过参考并入本文。
寡核苷酸合成是本领域技术人员众所周知的。寡核苷酸合成的多种不同机制已经描述于例如美国专利4,659,774、4,816,571、5,141,813、5,264,566、4,959,463、5,428,148、5,554,744、5,574,146、5,602,244中，每一专利通过参考并入本文。
用于在细胞中产生核酸的重组方法是本领域技术人员众所周知的。这些方法包括使用载体(病毒和非病毒载体)、质粒、粘粒和其他载体递送核酸至细胞，细胞可以是靶细胞(例如癌细胞)或者只是宿主细胞(以生产大量的目的RNA分子)。备选地，此类载体可以用于无细胞系统情况下，只要存在用于产生RNA分子的试剂即可。此类方法包括描述于Sambrook，2003，Sambrook，2001和Sambrook，1989中的那些，每一文献通过参考并入本文。
C.核酸分离
核酸可以使用本领域技术人员众所周知的技术分离，但是在特定实施方案中，可以采用用于分离小的核酸分子和/或分离RNA分子的方法。层析是常常使用从蛋白质或从其他核酸中分开或分离核酸的方法。此类方法可以包括胶基质电泳、过滤柱、醇沉淀和/或其他层析。如果打算使用或评估来自细胞的miRNA，方法通常包括在开展分离特定群体RNA的方法之前，用离液剂(例如异硫氰酸胍)和/或去污剂(例如N-月桂酰基肌氨酸盐)裂解细胞。
在用于从其他核酸中分离miRNA的特定方法中，虽然也可以使用琼脂糖制备凝胶基质，但是凝胶基质用聚丙烯酰胺制备。凝胶可以是浓度梯度的或者是浓度均匀的。板或管可用于容纳用于电泳的凝胶基质。对于核酸分离通常采用一维电泳。板用于制备平板凝胶，而管(代表性的是玻璃或橡胶管)可以用于制备管凝胶。短语“管电泳”指使用管而不是平板形成凝胶。开展管电泳的材料可以由本领域技术人员容易地制备或者从例如C.B.S.Scientific Co.，Inc.或Scie-Plas购买。
方法可以包括使用有机溶剂和/或醇以分离核酸，特别是本发明方法和组合物中使用的miRNA。一些实施方案描述于美国专利申请序列号10/667,126中，其通过参考并入本文。通常，该公开提供了从细胞中有效分离小RNA分子的方法，包括：向细胞裂解物中加入醇溶液和将醇/裂解物混合物应用在固体支持物上，然后从固体支持物上洗脱RNA分子。在一些实施方案中，加至细胞裂解物的醇的量达到了大约55％至60％的醇浓度。虽然可以使用不同的醇类，但是乙醇效果良好。固体支持物可以是任何结构，并且它包括珠、滤纸和柱，其可以包括带有负电基团的矿物支持物或多聚体支持物。玻璃纤维滤纸或柱对于此种分离过程效果特别好。
在特别的实施方案中，miRNA分离方法包括：a)用含胍的裂解溶液裂解细胞样品，其中产生胍浓度至少大约1M的裂解物；b)用含苯酚的提取溶液从裂解物中提取miRNA分子；c)向裂解物加入醇溶液，形成裂解物/醇混合物，其中混合物中醇浓度在大约35％至大约70％之间；d)将裂解物/醇混合物应用至固体支持物；e)用离子溶液从固体支持物洗脱miRNA分子；和f)收集miRNA分子。有代表性地，样品被干燥并且重悬于适宜后续操作的液体和体积中。
V.标记和标记技术
在一些实施方案中，本发明涉及标记的miRNA。应该考虑到miRNA可以在标记之前首先被分离和/或纯化。这可以完成更有效标记miRNA的反应，这与样品中的其他RNA的标记相反，其中在标记之前miRNA未分离或纯化。在许多本发明实施方案中，标记是非放射性的。通常，通过加入标记核苷酸(一步法)或者加入核苷酸并标记所加入核苷酸(两步法)可以标记核酸。
A.标记技术
在一些实施方案中，通过向核酸催化性添加已经标记的一种或多种核苷酸，将核酸标记。一种或一种以上标记核苷酸可以添加至miRNA分子。见美国专利6,723,509，其通过参考并入本文。
在其他实施方案中，未标记的一种或多种核苷酸催化性添加至miRNA，并且未标记核苷酸用化学部分修饰，化学部分能够使它在以后被标记。在本发明实施方案中，化学部分是活性胺，从而核苷酸是胺修饰核苷酸。胺修饰核苷酸的实例是本领域技术人员众所周知的，许多可以商业获得，例如从Ambion、Sigma、Jena Bioscience和TriLink获得。
与在cDNA合成过程中标记cDNA不同，标记miRNA的问题是如何标记已经存在的分子。本发明涉及能够使用二-或三-磷酸核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸作为底物的酶用于将底物添加至miRNA的用途。此外，在特别的实施方案中，它包括使用修饰的二-或三-磷酸核糖核苷酸，其被添加至miRNA的3’端。能够添加此类核苷酸的酶包括，但不限于，poly(A)聚合酶、末端转移酶和多核苷酸磷酸化酶。在本发明特别的实施方案中，连接酶不是作为用于添加标记的酶考虑的，并且改为采用非连接酶的酶。末端转移酶催化核苷酸添加至核酸3′末端。多核苷酸磷酸化酶可将核苷酸二磷酸聚合，而无需引物。
B.标记
miRNA或miRNA探针上的标记可以是比色的(包括可见光谱和紫外光谱，包括荧光)、发光的、酶的或发射正电子(包括放射性的)的标记。标记可以直接或间接检测。放射性标记包括125I、32P、33P和35S。酶标记实例包括碱性磷酸酶、萤光素酶、辣根过氧化物酶和β半乳糖苷酶。标记也可以是具有发光特性的蛋白质，例如绿色荧光蛋白和藻红蛋白。
考虑用作缀合物的比色和荧光标记包括，但不限于，Alexa Fluor染料，BODIPY染料，例如BODIPY FL；Cascade Blue；Cascade Yellow；香豆素及其衍生物，例如7-氨基-4-甲基香豆素，氨基香豆素和羟基香豆素；花青染料，例如Cy3和Cy5；曙红和赤藓红；荧光素及其衍生物，例如荧光素异硫氰酸酯；镧系离子大环螯合物，例如Quantum DyeTM；Marina Blue；俄勒冈绿；罗丹明染料，例如罗丹明红，四甲基罗丹明红和罗丹明6G；德克萨斯红；荧光能量转移染料，例如噻唑橙-乙锭异二聚体；和TOTAB。
染料的特定实例包括，但不限于，上面鉴定的那些和下列的那些：Alexa Fluor350、Alexa Fluor 405、Alexa Fluor 430、Alexa Fluor 488、Alexa Fluor 500.AlexaFluor 514、Alexa Fluor 532、Alexa Fluor 546、Alexa Fluor 555、Alexa Fluor 568、Alexa Fluor 594、Alexa Fluor 610、Alexa Fluor 633、Alexa Fluor 647、Alexa Fluor660、Alexa Fluor 680、Alexa Fluor 700、和Alexa Fluor 750；活性胺BODIPY染料、例如BODIPY 493/503、BODIPY 530/550、BODIPY 558/568、BODIPY564/570、BODIPY 576/589、BODIPY 581/591、BODIPY 630/650、BODIPY650/655、BODIPY FL、BODIPY R6G、BODIPY TMR、和BODIPY-TR；Cy3、Cy5、6-FAM、荧光素异硫氰酸酯、HEX、6-JOE、俄勒冈绿488、俄勒冈绿500、俄勒冈绿514、太平洋蓝、REG、罗丹明绿、罗丹明红、Renographin、ROX、SYPRO、TAMRA、2′，4′，5′，7′-(Tetrabromosulfonefluorescein)四溴砜荧光素和TET。
荧光标记的核糖核苷酸的特定实例可以从Molecular Probes获得，并且它们包括Alexa Fluor 488-5-UTP、荧光素-12-UTP、BODIPY FL-14-UTP、BODIPYTMR-14-UTP、四甲基罗丹明红-6-UTP、Alexa Fluor 546-14-UTP、德克萨斯红-5-UTP、和BODIPY TR-14-UTP。其他荧光核糖核苷酸可从AmershamBiosciences获得，例如Cy3-UTP和Cy5-UTP。
荧光标记的脱氧核糖核苷酸实例包括二硝基苯基(DNP)-11-dUTP、CascadeBlue-7-dUTP、Alexa Fluor 488-5-dUTP、荧光素-12-dUTP、俄勒冈绿488-5-dUTP、BODIPY FL-14-dUTP、罗丹明绿-5-dUTP、Alexa Fluor 532-5-dUTP、BODIPYTMR-14-dUTP、四甲基罗丹明红-6-dUTP、Alexa Fluor 546-14-dUTP、Alexa Fluor568-5-dUTP、德克萨斯红-12-dUTP、德克萨斯红-5-dUTP、BODIPY TR-14-dUTP、Alexa Fluor 594-5-dUTP、BODIPY 630/650-14-dUTP、BODIPY 650/665-14-dUTP；Alexa Fluor 488-7-OBEA-dCTP、Alexa Fluor 546-16-OBEA-dCTP、Alexa Fluor594-7-OBEA-dCTP、Alexa Fluor 647-12-OBEA-dCTP。
应该考虑到核酸可以用两种不同标记标记。此外，荧光共振能量转移(FRET)可以在本发明方法中采用(例如Klostermeier等，2002；Emptage，2001；Didenko，2001，每一文献通过参考并入本文)。
备选地，标记可以不是本身可检测性的，而是可间接检测性的或者允许靶向核酸的分离或分选。例如，标记可以是生物素、地高辛、多价阳离子、螯合基和其他配体，包括抗体的配体。
C.可视化技术
容易得到用于可视化或者检测所标记核酸的诸多技术。此类技术包括，但不限于，显微术、阵列、荧光分析法、Light cyclers或其他实时PCR仪器、FACS分析、闪烁计数器、磷像仪、盖革计数器、MRI、CAT、基于抗体的检测方法(Western、免疫荧光、免疫组织化学)、组织化学技术、HPLC(Griffey等，1997)、光谱学、毛细管凝胶电泳(Cummins等，1996)、光谱学、质谱、放射性技术和质量平衡技术。
当采用两个或更多个不同颜色的标记时，可采用荧光共振能量转移(FRET)技术以表征一个或一个以上核酸的结合。此外，本领域普通技术人员完全知道可视化、鉴定和表征所标记核酸的方法，因此此类方法可以用作本发明的部分。还可以使用的工具的实例包括荧光显微术、BioAnalyzer、板阅读器、Storm(Molecular Dynamics)、阵列扫描仪、FACS(荧光激活细胞分选)或具有激发和检测荧光分子能力的任何仪器。
VI.试剂盒
本文所述的任何组合物可以包含在试剂盒中。在非限定性实例中，用于分离miRNA、标记miRNA和/或使用阵列、核酸扩增和/或杂交评估miRNA群体的试剂以及用于从血液样品中制备样品的试剂可以包括在试剂盒内。试剂盒可以进一步包括用于产生或合成miRNA探针的试剂。因此，试剂盒将在适宜容器装置中包含用于通过掺入标记核苷酸或未标记核苷酸(随后标记)标记miRNA的酶。在某些方面，试剂盒可包括扩增试剂。在更多方面，试剂盒可包括不同的支持物，例如玻璃、尼龙、多聚体珠等等，和/或用于偶联任何探针和/或靶核酸的试剂。其还可以包括一种或一种以上的缓冲液，例如反应缓冲液、标记缓冲液、洗涤缓冲液或杂交缓冲液，用于制备miRNA探针的化合物，和用于分离miRNA的成分。本发明的其他试剂盒可包括制造包含miRNA的核酸阵列的成分，并且因此可以包括例如固体支持物。
特别应该考虑到用于开展本文所述本发明方法的试剂盒。在一些实施方案中，为用于制备制备多重标记miRNA的试剂盒和用于制备miRNA探针和/或miRNA阵列的试剂盒。在这些实施方案中，试剂盒在适宜容器装置包含下列1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或更多种：(1)poly(A)聚合酶；(2)未修饰核苷酸(G、A、T、C、和/或U)；(3)修饰核苷酸(标记或未标记)；(4)poly(A)聚合酶缓冲液；和，(5)至少一个微孔滤器；(6)可连接至核苷酸的标记；(7)至少一种miRNA探针；(8)反应缓冲液；(9)miRNA阵列或用于制造此阵列的成分；(10)乙酸；(11)醇；(12)用于制备、分离、富集和纯化miRNA或miRNA探针或阵列的溶液。其他试剂包括通常用于处理RNA的那些试剂，例如甲酰胺、上样染料、核糖核酸酶抑制剂和DNA酶。
在特别的实施方案中，本发明的试剂盒包括包含miRNA探针的阵列，如本申请中所描述。阵列可以具有探针，所述探针对应于特定条件下有机体或特定组织或器官的所有已知miRNA或者对应于此类探针的亚组。本发明阵列上的探针亚组可以是或包括经鉴定与特定诊断、治疗或预后应用关联的那些。例如，阵列可包含一种或一种以上探针，所述探针指示或暗示(1)疾病或状况(急性髓性白血病)，(2)对特定药物或治疗的易感性或抗性；(3)对药物或物质毒性的易感性；(4)疾病或状况进展或严重性的分级(预后)；和(5)对疾病或状况的遗传易感性。
对于包括阵列的任何试剂盒实施方案，可以存在包含或可用于扩增下述序列的核酸分子，所述序列是本文所述任意序列标识号的全部或部分序列的变体、或与之相同或互补。在某些实施方案中，本发明的试剂盒或阵列可包含用于本文所述序列标识号所确定miRNA的一种或一神以上探针。上述的任何核酸可作为试剂盒的部分应用。
试剂盒的成分可以在水介质中包装或者以冻干形式包装。试剂盒的容器装置通常包括至少一个小瓶、试管、烧瓶、瓶、注射器或其他容器装置，成分可以包装在这些容器中并且优选地适当等分包装在这些容器中。在试剂盒中包含一种以上成分的情况下(标记试剂和标记可以包装在一起)，试剂盒还通常包含第二、第三或者其他额外容器，额外的成分可以分开置于这些容器中。然而，可以在小瓶中包含成分的多种组合。本发明试剂盒还代表性地包括包含核酸的装置和商业销售的任何其他密闭的试剂容器。此类容器可包括注塑或吹塑容器，在所述容器中放置期望的小瓶。
当试剂盒的成分以一种和/或更多种液体溶液提供时，液体溶液是水溶液，特别优选无菌水溶液。
然而，试剂和成分可以作为干粉提供。当试剂和/或成分作为干粉提供时，可以通过加入适宜溶剂将粉末重构。应该考虑到，溶剂还可在另一容器装置中提供。在一些实施方案中，标记染料作为干的粉末提供。应该考虑到在本发明试剂盒中提供10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、120、130、140、150、160、170、180、190、200、300、400、500、600、700、800、900、1000μg或者至少或至多这些量的干的染料。然后，染料可以重悬于任何适宜溶剂中，例如DMSO。
此类试剂盒还可以包括帮助分离标记miRNA的成分。其还可以包括保存或维持miRNA或保护免受降解的成分。此类成分可以是无RNA酶的或者免受RNA酶污染。此类试剂盒通常会在适宜装置中包含不同的容器，用于每一个别试剂或溶液。
试剂盒还可以包括说明书，说明试剂盒成分的使用以及试剂盒中未包括的任何其他试剂的使用。说明书可包括可以实现的变动。
本发明的试剂盒还可以包括下列的一种或一种以上：对照RNA；无核酸酶水；无RNA酶容器，例如1.5ml管；无RNA酶洗脱管；PEG或葡聚糖；乙醇；乙酸；乙酸钠；乙酸胺；胍；去污剂；核酸分子量标记物；无RNA酶管尖；和RNA酶或DNA酶抑制剂。
应该考虑到此类试剂是本发明试剂盒的实施方案。然而，此类试剂盒不限于上面确定的特定事项，并且可以包括用于操作或表征miRNA的任何试剂。
VII.实施例
所附的下列实施例旨在证明本发明的优选实施方案。本领域技术人员应当认识到，以下发明人所发明的代表性技术的实施例中公开的技术良好地实施本发明，并且因此可以考虑构成其优选的实施模式。然而，依据本公开，本领域技术人员应当意识到，对已经公开的特定的实施方案中可以做诸多改变，并且仍然得到同样的或相似的结果，并未脱离本发明的精神和范围。
实施例1：HSA-MIR-21转染后的基因表达分析
据信miRNA通过结合至靶mRNA转录物并且(1)启动转录物降解或者(2)改变蛋白质从转录物的翻译调节基因表达。导致蛋白质表达上调或下调的翻译调节可产生下游基因产物和基因活性和表达的改变，翻译调节反过来被这些蛋白质调节。这些众多的调节效应显示为整体mRNA表达谱的变化。开展微阵列基因表达分析以鉴定由hsa-miR-21表达误调节的基因。
合成前体-miR-21(Ambion)或两种阴性对照miRNA(前体-miR-NC1，Ambion目录号AM17110和前体-miR-NC2，Ambion，目录号AM17111)反向感染进入一式四份的A549细胞样品中，每一份为三个时间点。使用siPORT NeoFX(Ambion)根据厂商的推荐以下列参数转染细胞：在六孔板中每孔200,000个细胞，5.0μlNeoFX，2.5ml中的30nM终浓度的miRNA。细胞在转染后4小时、24小时和72小时收获。使用RNAqueous-4PCR(Ambion)根据厂商推荐的方法提取总RNA。
mRNA阵列分析由Asuragen Services(Austin，TX)根据公司标准操作方法开展。使用MessageAmpTM II-96 aRNA扩增试剂盒(Ambion，目录号1819)2μg总RNA用作靶制备和生物素标记。使用Agilent Bioanalyzer 2100毛细管电泳法定量cRNA产量。使用厂商的推荐和下列参数将标记的靶与Affymetrix mRNA阵列(人HG-U133A 2.0阵列)杂交。杂交在Affymetrix Model 640杂交箱于45℃开展16小时。在Affymetrix FS450 Fluidcs站上洗涤阵列并着色，运行洗涤脚本Midi_euk2v3_450。阵列在Affymetrix GeneChip扫描仪3000上扫描。图像信号资料的概括信息、组平均值、带有显著性标志的p值、log比值和阵列上每一基因的基因注释使用Affymetrix统计学算法MAS 5.0(GCOS v1.3)产生。数据报道于包含Affymetrix数据和结果的文件(cabinet)和包含阵列最初图像和处理后单元强度的文件(.cel)中。数据针对两种阴性对照小RNA序列的平均观察效果标准化，然后一起平均后给出结果。其表达水平比平均阴性对照变化至少0.7log2的一列基因组合在一起。微阵列基因表达分析结果示于表1。
实施例2：HSA-miR-21影响的细胞途径
hsa-miR-21对基因表达的误调节(表1)影响许多细胞途径，这些细胞途径代表着控制癌症和其他疾病和紊乱的潜在治疗靶。发明人确定了被hsa-miR-21表达诱导的调节性级联所影响的细胞遗传途径的身份和性质。细胞途径分析使用Ingenuity Pathways Analysis(Version 4.0，Ingenuity
Figure A20078004943501021
Systems，Redwood City，CA)开展。特定途径的改变通过Fisher精确检验(Fisher，1922)确定。在A549细胞中受hsa-miR-21过表达影响最显著的途径示于表2。
这些数据证明，hsa-miR-21直接或间接影响众多癌症、细胞增殖、细胞发育、细胞信号转导和细胞周期相关基因的表达，并且因此主要影响与细胞生长、细胞发育和细胞增殖相关的功能途径。这些细胞过程在多种癌症的发展和进展中全部具有整合作用。对表2所示细胞途径中的基因表达水平的操纵代表着对癌症和其他疾病(其中hsa-miR-21的表达增加或降低在疾病中发挥作用)的潜在有用的治疗法。
实施例3：预测的HSA-MIR-21基因靶标
结合hsa-miR-21并被hsa-miR-21调节的基因靶使用专有算法miRNATargetTM(Asuragen)预测，该算法是Krek等(2005)所建议的方法的实现。预测的靶基因示于表3。表现出在转染前体-miR hsa-miR-21后的人癌细胞中mRNA表达水平改变的预测的基因靶示于表4。
实施例4：HSA-MIR-21改变的癌症相关基因表达
细胞增殖和存活途径通常在肿瘤中改变(Hanahan和Weinberg，2000)。发明人已经显示，hsa-miR-21直接或间接调节在这些途径的调节中至关重要的蛋白质的转录物。这些靶中多数具有先天的致癌活性或肿瘤抑制活性。具有预后和/或治疗价值的用于治疗不同恶性肿瘤的Hsa-miR-21靶示于表5。
Hsa-miR-21调节编码与控制细胞内信号级联、转录、细胞周期进程以及蛋白质折叠和稳定性有关的蛋白质的转录物。例如，hsa-miR-21负向调节肿瘤抑制物神经纤维瘤蛋白(NF1)，当神经纤维瘤蛋白缺失或突变时则引起神经纤维瘤病，这是最常见的遗传性肿瘤易感性综合征之一(Rubin和Gutmann，2005)。NF1功能的缺失也存在于其他恶性肿瘤中，例如星细胞瘤、神经胶质瘤和白血病。NF1作为针对固有的致癌性RAS蛋白质的GTP酶激活蛋白(GAP)起作用，通过催化RAS相关GTP变成GDP而使RAS失活。因此，相应于hsa-miR-21水平的提高NF1表达降低，这可以增强RAS功能，诱导促分裂原活化蛋白质激酶(MAPK)以及磷酸肌醇3-激酶(PI3K)途径，并且因此诱导增殖。传递促分裂原信号的其他hsa-miR-21靶是成纤维细胞生长因子结合蛋白(FGF-BP)、结缔组织生长因子(CTGF)和血小板衍生生长因子受体样蛋白质(PDGFR-L)。PDGFR-L也称作PDGF-受体β样肿瘤抑制物(PRLTS)，是跨膜受体和肿瘤抑制物候选物。在广泛多种的癌症中显示，PDGFR-L因杂合性缺失(LOH)或错义和移码突变而丧失功能(Fujiwara等，1995；Komiya等，1997)。FGF-BP是以无活性形式在细胞外基质硫酸肝素蛋白聚糖上储存的分泌蛋白(Tassi等，2001；Abuharbeid等，2006)。其对FGF-1和FGF-2具有高亲和性，并且充当蛋白伴侣以动员局部储存的FGF。因此，FGF-BP是FGF的正向调节物，增强FGF信号和血管发生(Tassi等，2001)。FGF-BP表达是高度组织特异性的并且在多数正常成人组织中缺乏。然而，FGF-BP在多种类型癌症中过表达，包括乳腺、结肠和前列腺癌症(Abuharbeid等，2006)。高FGF-BP表达与肿瘤发展的早期阶段相关，促成肿瘤血管发生。我们的数据表明，hsa-miR-21上调FGF-BP mRNA水平并且因此可能刺激FGF信号。CTGF(也被称为胰岛素样生长因子结合蛋白8；IGFBP8)最初作为脐静脉内皮细胞产生的促分裂原描述(Bradham等，1991)。与FGF-BP类似，其作为生长因子活性调节剂起作用并且在多种肿瘤中过表达(Hishikawa等，1999；Shimo等，2001；Lin等，2005；Yang等，2005)。CTGF由缺氧诱导并且增强血管发生以及肿瘤异种移植物的生长(Shimo等，2001；Yang等，2005)。然而，CTGF在癌症中的协调作用仍然难以捉摸，并且会依赖于细胞的背景(Hishikawa等，1999；Lin等，2005)。
受hsa-miR-21调节的靶包括内皮PAS结构域蛋白质-1(EPAS-1)和组蛋白脱乙酰基酶1(HDAC-1)，该两者均为基因表达的转录调节物。HDAC-1作为一般的转录抑制剂起作用，并且与成视网膜细胞瘤肿瘤抑制蛋白(Rb)协作降低细胞生长和增殖(Wade，2001)。hsa-miR-21瞬时表达导致HDAC-1 mRNA水平降低，并且因此可能刺激这些细胞的总体细胞生长。相反，EPAS-1 mRNA水平被hsa-miR-21上调。EPAS-1属于bHLH(碱性区域，螺旋-环-螺旋)类转录因子，其包含Per-ARNT-Sim(PAS)蛋白质结构域(Tian等，1997)。其还称作缺氧可诱导因子2α(HIF-2α)并且与良好表征的亲缘分子HIF-1α共享48％序列同源性。与HIF-1α相类似，HIF-2α主要在高度血管化的组织中表达，其通过缺氧诱导并且驱动从缺氧应答启动子元件进行基因表达(Tian等，1997)。例如，HIF-2α诱导血管内皮生长因子(VEGF)转录，血管内皮生长因子是肿瘤血管发生的主要贡献者并且是制药工业的优选药物靶(Xia等，2001；Ferrara等，2004)。HIF-2α表达在多种癌症中是高的并且与这些肿瘤的血管发生和侵袭性相关(Xia等，2002；Bangoura等，2004；Yoshimura等，2004；Holmquist-Mengelbier等，2006)。hsa-miR-21除了控制转录之外，还通过调节滞蛋白-5的表达控制蛋白质稳定性，滞蛋白-5是E3遍在蛋白连接酶复合体中的支架蛋白(Deshaies，1999)。滞蛋白-5辅助靶向蛋白质底物，以便由26S蛋白酶体降解。相应基因CUL5位于往往与乳癌中LOH相关的基因组区域。与之相一致，滞蛋白-5在80％的乳腺癌肿是缺乏的或者表现出表达降低，并且在该类型癌症中作为肿瘤抑制物起作用(Fay等，2003)。
基于这些靶的功能以及它们如何被hsa-miR-21调节，hsa-miR-21表现出具有致癌潜能。具体而言，FGF-BP、CTGF和EPAS-1的hsa-miR-21依赖性调节表明了hsa-miR-21在肿瘤血管发生中的作用。该见解受到我们的观察结果支持，即大多数人癌症组织表现出hsa-miR-21水平提高。然而，hsa-miR-21还勉强调节癌症相关基因，表明该miRNA可能能够在适当时候阻断肿瘤发展。这些靶当中的一个靶是雄激素受体(AR)，其为信号传导分子，在雄激素依赖性前列腺癌症中高并且是恶性表型所必需的(Feldman和Feldman，2001)。由于hsa-miR-21降低AR的表达，递送hsa-miR-21可以为患该类型癌症的患者提供治疗益处。Hsa-miR-21还控制Smad3和细胞周期蛋白D1的表达，该两者均是细胞周期进程的调节物。细胞周期蛋白是细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)的辅因子，并且在细胞周期进程中起作用。细胞周期蛋白D1是从G1期过渡到S期所必需的并且在众多癌症类型中过表达(Donnellan和Chetty，1998)。Hsa-miR-21负向调节细胞周期蛋白D1表达并且因此可以干扰依赖于高水平细胞周期蛋白D1的异常细胞生长。相反，Smad3是细胞周期的负向调节物，并且被hsa-miR-21上调(Liu和Matsuura，2005)。其他感兴趣的hsa-miR-21靶包括在众多癌症类形中过表达的成纤维细胞生长因子2(FGF-2)，和热休克蛋白70-1(Hsp-70-1；也被称为Hsp-70或Hsp-72)(Chandler等，1999)。Hsp-70-1是ATP依赖性蛋白伴侣，其辅助新合成多肽的正确折叠、多蛋白复合体的装配和蛋白质的跨细胞膜转运(Rohde等，2005)。其在多种起源的癌症中大量表达并且是先天致癌性的(Jaattela，1995；Volloch和Sherman，1999)。Hsp-70-1的肿瘤中表达与常规治疗方案的药物抗性和差的效果相关(Ciocca等，1993；Vargas-Roig等，1998)。
总之，hsa-miR-21控制着本身为细胞增殖和肿瘤发展的关键调节物的蛋白质的活性。这些靶常常在人癌症中去调节。基于受miR-21调节的基因和相关途径的这种评论，向多种癌症细胞类型中引入hsa-miR-21或抑制性抗-hsa-miR-21将会产生治疗反应。
参考文献
下列参考文献，以它们向本文所述的那些补充提供可示范程序或其他细节的程度明确地通过参考并入本文。
美国专利4,337,063
美国专利4,404,289
美国专利4,405,711
美国专利4,659,774
美国专利4,682,195
美国专利4,683,202
美国专利4,704,362
美国专利4,816,571
美国专利4,870,287
美国专利4,959,463
美国专利5,141,813
美国专利5,143,854
美国专利5,202,231
美国专利5,214,136
美国专利5,221,619
美国专利5,223,618
美国专利5,242,974
美国专利5,264,566
美国专利5,268,486
美国专利5,288,644
美国专利5,324,633
美国专利5,378,825
美国专利5,384,261
美国专利5,399,363
美国专利5,405,783
美国专利5,412,087
美国专利5,424,186
美国专利5,428,148
美国专利5,429,807
美国专利5,432,049
美国专利5,436,327
美国专利5,445,934
美国专利5,446,137
美国专利5,466,468
美国专利5,466,786
美国专利5,468,613
美国专利5,470,710
美国专利5,470,967
美国专利5,472,672
美国专利5,480,980
美国专利5,492,806
美国专利5,503,980
美国专利5,510,270
美国专利5,525,464
美国专利5,527,681
美国专利5,529,756
美国专利5,532,128
美国专利5,543,158
美国专利5,545,531
美国专利5,547,839
美国专利5,554,501
美国专利5,554,744
美国专利5,556,752
美国专利5,561,071
美国专利5,571,639
美国专利5,574,146
美国专利5,580,726
美国专利5,580,732
美国专利5,583,013
美国专利5,593,839
美国专利5,599,672
美国专利5,599,695
美国专利5,602,240
美国专利5,602,244
美国专利5,610,289
美国专利5,610,287
美国专利5,614,617
美国专利5,623,070
美国专利5,624,711
美国专利5,631,134
美国专利5,637,683
美国专利5,639,603
美国专利5,641,515
美国专利5,645,897
美国专利5,652,099
美国专利5,654,413
美国专利5,658,734
美国专利5,661,028
美国专利5,665,547
美国专利5,667,972
美国专利5,670,663
美国专利5,672,697
美国专利5,677,195
美国专利5,681,947
美国专利5,695,940
美国专利5,700,637
美国专利5,700,922
美国专利5,705,629
美国专利5,708,153
美国专利5,708,154
美国专利5,714,606
美国专利5,728,525
美国专利5,739,169
美国专利5,744,305
美国专利5,760,395
美国专利5,763,167
美国专利5,770,358
美国专利5,777,092
美国专利5,789,162
美国专利5,792,847
美国专利5,800,992
美国专利5,801,005
美国专利5,807,522
美国专利5,824,311
美国专利5,830,645
美国专利5,830,880
美国专利5,837,196
美国专利5,846,225
美国专利5,846,945
美国专利5,847,219
美国专利5,856,174
美国专利5,858,988
美国专利5,859,221
美国专利5,871,928
美国专利5,872,232
美国专利5,876,932
美国专利5,886,165
美国专利5,919,626
美国专利5,922,591
美国专利6,004,755
美国专利6,040,193
美国专利6,087,102
美国专利6,251,666
美国专利6,368,799
美国专利6,383,749
美国专利6,617,112
美国专利6,638,717
美国专利6,720,138
美国专利6,723,509
美国专利序列号09/545,207
美国专利序列号10/667,126
美国专利序列号11/141,707
美国专利序列号11/273,640
美国专利序列号11/349,727
美国专利序列号60/575,743
美国专利序列号60/649,584
美国专利序列号60/650,807
Abuharbeid等，Int J Biochem Cell Biol，38(9)：1463-1468，2006.
Akiba等，Int J Oncol，18(2)：257-264，2001.
Aspland等，Oncogene，20(40)：5708-5717，2001.
Bagga等，Cell，122(4)：553-563，2005.
Bandres等，Mol.Cancer 5：29-，2006.
Bangoura等，World J Gastroenterol，10(4)：525-530，2004.
Bradham等，J Cell Biol，114(6)：1285-1294，1991.
Bui等，Br J Cancer，77(2)：319-324，1998.
Calin和Croce，Nat Rev Cancer，6(11)：857-866，2006.
Carrington和Ambros，Science，301(5631)：336-338，2003.
Chan等，Cancer Res，65(14)：6029-6033，2005.
Chandler等，Int J Cancer，81(3)：451-458，1999.
Cheng等，Nucl.Acid Res.33(4)：1290-1297，2006.
Ciafre等，Biochem Biophy Res Commun，334(4)：1351-1358，2005.
Ciocca等，J Natl Cancer Inst，85(7)：570-574，1993.
Croci等，Cancer Res，64(5)：1730-1736，2004.
Deshaies，Annu Rev Cell Dev Biol，15：435-467，1999.
Dong等，Crit Rev Oncol Hematol，54(2)：85-93，2005.
Dong等，Mol Endoerinol，20(10)：2315-2325，2006.
Donnellan和Chetty，Mol Pathol，51(1)：1-7，1998.
Esquela-Kerscher和Slack，Nat Rev Cancer，6(4)：259-269，2006.
Fay等，Mol Cancer，2：40，2003.
Feldman和Feldman，Nat Rev Cancer，1(1)：34-45，2001.
Ferrara等，NatRev Drug Discov，3(5)：391-400，2004.
Fisher，J Royal Statistical Soc 85(1)：87-94，1922.
Fujiwara等，Oncogene，10(5)：891-895，1995.
Golay等，Blood，87(5)：1900-1911，1996.
Halkidou等，Prostate，59(2)：177-189，2004.
Han等，Oncogene，23(7)：1333-1341，2004.
Hanahan和Weinberg，Cell，100(1)：57-70，2000.
Hishikawa等，J Biol Chem，274(52)：37461-37466，1999.
Holmquist-Mengelbier等，Cancer Cell，10(5)：413-423，2006.
Huguet等，Cancer Res，54(10)：2615-2621，1994.
Jaattela，Int J Cancer，60(5)：689-693，1995.
Kawai等，Int J Cancer，107(3)：353-358，2003.
Koliopanos等，World J Surg，26(4)：420-427，2002.
Komiya等，Jpn J Cancer Res，88(4)：389-393，1997.
Krek等，Nature Genet 37：495-500，2005.
Lagos-Quintana等，Science，294(5543)：853-858，2001.
Lau等，Science.294(5543)：858-862，2001.
Lazaris等，Breast Cancer Res Treat，43(1)：43-51，1997.
Lazaris等，Dis Colon Rectum，38(7)：739-745，1995.
Lee和Ambros，Science，294(5543)：862-864，2001.
Lim等，Nature，433(7027)：769-773，2005.
Lin等，Gastroenterology，128(1)：9-23，2005.
Liu和Matsuura，Cell Cycle，4(1)：63-66，2005.
Meng等，Gastroenterology，130：2113-2129，2006.
Pan等，Neurol Res，24(7)：677-683，2002.
Parekh等，Biochem Pharmacol，63(6)：1149-1158，2002.
Pruitt等，Nucleic Acids Res，33(1)：D501-D504，2005.
Rohde等，Genes Dev，19(5)：570-582，2005.
Rubin和Gutmann，Nat Rev Cancer，5(7)：557-564，2005.
Shimo等，Cancer Lett，174(1)：57-64，2001.
Si等，Oncogene 1-5，2006.
Sparmann和Bar-Sagi，Cancer Cell，6(5)：447-458，2004.
Takashima等，Proteomics，3(12)：2487-2493，2003.
Tan等，Leuk Res，27(2)：125-131，2003.
Tassi等，J Biol Chem，276(43)：40247-40253，2001.
Tassi等，Cancer Res，66(2)：1191-1198，2006
Tian等，Genes Dev，11(1)：72-82，1997.
Tseng等，Mol Pharmacol，70(5)：1534-1541，2006.
Vargas-Roig等，Int J Cancer，79(5)：468-475，1998.
Volinia等，Proc Natl Acad Sci(USA)，103(7)：2257-2261，2006.
Volloch和Sherman，Oncogene，18(24)：3648-3651，1999.
Wade，Hum Mol Genet，10(7)：693-698，2001.
Xia等，Urology，59(5)：774-778，2002.
Xia等，Cancer，91(8)：1429-1436，2001.
Xie等，BMC Cancer，6：77，2006.
Yamagata等，Cancer Res，65(1)：157-165，2005.
Yang等，Cancer Res，65(19)：8887-8895，2005.
Yang等，Cancer Cell，9(6)：445-457，2006.
Yoshimura等，Clin Cancer Res，10(24)：8554-8560，2004.
Zeng等，Cancer Res，62(12)：3538-3543，2002.
Zhu等，Cell，94(6)：703-714，1998.
序列表
<110>安德里亚斯.G.巴德
查尔斯.D.约翰逊
麦克.拜罗姆
大卫.布朗
<120>作为治疗性干预靶标的miR-21调节的基因和途径
<130>ASUR：025WO
<140>未知
<141>2007-12-10
<150>60/917,703
<151>2007-05-14
<150>60/869,295
<151>2006-12-08
<160>36
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>1
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>2
<211>24
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>2
uagcuuauca gacugauguu gacu                                                  24
<210>3
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>3
aacagcaguc gaugggcugu cu                                                      22
<210>4
<211>23
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>4
uagcuuauca gacugguguu ggc                                                     23
<210>5
<211>23
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>5
uagcuuauca gacugguguu ggc                                                     23
<210>6
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>6
uagcuuauca gacugauguu ga                                                      22
<210>7
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>7
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>8
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>8
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>9
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>9
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>10
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>10
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>11
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>11
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>12
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>12
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>123
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>13
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>14
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>14
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>15
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>15
uagcuuauca gacugauguu ga                                                    22
<210>16
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>16
uagcuuauca gacugauguu ga                                             22
<210>17
<211>22
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>17
uagcuuauca gacugauguu ga                                             22
<210>18
<211>23
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>18
uagcuuauca gacugguguu ggc                                            23
<210>19
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>19
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca ccagucgaug    60
ggcugucuga ca                                                        72
<210>20
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>20
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca gcagucgaug    60
ggcugucuga ca                                                        72
<210>21
<211>148
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>21
uuaugugucu uuauuggcgu ggauauaagu cuuucccagu gugucagaua gcuuaucaga   60
cugguguugg cuguuacauu cgcccggcga caacagucug uaggcugucu gacauuuugg  120
gcauuuucuu cuccgauuaa aaauauga                                     148
<210>22
<211>127
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>22
agacagacag uaaaaguguc ccuuucuguc auguagcuua ucagacuggu guuggcuuug   60
aguuuuuggc aacagcaguc uaauaggcug ucugacauuu ugggcuuauu cgacguacgg  120
uuuguuu                                                            127
<210>23
<211>73
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>23
ugucaaauag cuuaucagac ugguguuggc uguuaagauu gcaaggcgac aacagucugu   60
aggcugucug aca                                                      73
<210>24
<211>97
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>24
uguaccaucc ugucggauag cuuaucagac ugauguugac uguuggaucu cauggcaaca   60
acagucggua ggcugucugacauuuuggua ucucuca                             97
<210>25
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>25
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca ccagucgaug   60
ggcugucuga ca                                                       72
<210>26
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>26
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca ccagucgaug   60
ggcugucuga ca                                                       72
<210>27
<211>74
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>27
ugucggauag cuuaucagac ugauguugac uguuggaucu cauggcaaca gcagucgaug  60
agcugucuga cauu                                                    74
<210>28
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>28
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca ccagucgaug  60
ggcugucuga ca                                                      72
<210>29
<211>92
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>29
uguaccaccu ugucggauag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca  60
gcagucgaug ggcugucuga cauuuuggua uc                                92
<210>30
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>30
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca ccagucgaug  60
ggcugucuga ca                                                        72
<210>31
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>31
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca ccagucgaug    60
ggcugucuga ca                                                        72
<210>32
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>32
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca ccagucgaug    60
ggcugucuga ca                                                        72
<210>33
<211>72
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>33
ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca ccagucgaug    60
ggcugucuga ca                                                        72
<210>34
<211>92
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>34
uguaccaccu ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca    60
gcagucgaug ggcugucuga cauuuuggua uc                                  92
<210>35
<211>92
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>35
uguaccaccu ugucggguag cuuaucagac ugauguugac uguugaaucu cauggcaaca    60
gcagucgaug ggcugucuga cauuuuggua uc                                  92
<210>36
<211>122
<212>RNA
<213>人工的
<220>
<223>人工的引物
<400>36
auugucgucu uuacaucugu cacucucggc cugucaaaua gcuuaucaga cugguguugg   60
cuguuaagau ugcaaggcga caacagucug aaggcugucu gacauuucgg gcucuuucau  120
cu                                                                 122

Claims (44)

1.调节细胞中基因表达的方法，包括向细胞施用一定量分离的核酸，所述一定量分离的核酸包含足以调节表1、3、4或5中所鉴定一个或一个以上基因表达的量的miR-21抑制剂。
2.权利要求1的方法，其中细胞位于患有、怀疑患有或者有危险发展成代谢性、免疫性、传染性、心血管、消化性、内分泌、眼、泌尿生殖、血液、肌肉骨骼、神经系统、先天性、呼吸、皮肤或癌性疾病或状况的受试者内。
3.权利要求2的方法，其中传染性疾病或状况是寄生虫、细菌、病毒或真菌感染。
4.权利要求2的方法，其中癌性状况是其中调节一个或一个以上基因足以引起治疗反应的星细胞瘤、急性髓性白血病、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、食管鳞状细胞癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、白血病、脂肪瘤、黑素瘤、套细胞淋巴瘤、粘液纤维肉瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、肺癌、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌、尿路上皮癌。
5.权利要求1的方法，其中基因表达被上调。
6.权利要求1的方法，其中细胞是上皮细胞、基质细胞或黏膜细胞。
7.权利要求1的方法，其中细胞是脑细胞、神经元细胞、血液细胞、食管细胞、肺细胞、心血管细胞、肝细胞、乳腺细胞、骨细胞、甲状腺细胞、腺细胞、肾上腺细胞、胰细胞、胃细胞、肠细胞、肾细胞、膀胱细胞、前列腺细胞、子宫细胞、卵巢细胞、睾丸细胞、脾细胞、皮肤细胞、平滑肌细胞、心肌细胞、横纹肌细胞。
8.权利要求1的方法，其中细胞是癌症细胞。
9.权利要求8的方法，其中癌症细胞是神经元细胞、神经胶质细胞、肺细胞、肝细胞、脑细胞、乳腺细胞、膀胱细胞、血液细胞、白血病细胞、结肠细胞、子宫内膜细胞、胃细胞、皮肤细胞、卵巢细胞、脂肪细胞、骨细胞、宫颈细胞、食管细胞、胰细胞、前列腺细胞、肾细胞或甲状腺细胞。
10.权利要求1的方法，其中分离的miR-21抑制剂是重组核酸。
11.权利要求10的方法，其中重组核酸是RNA。
12.权利要求10的方法，其中重组核酸是DNA。
13.权利要求12的方法，其中重组核酸包含miR-21抑制剂表达盒。
14.权利要求13的方法，其中表达盒包含在病毒载体或质粒DNA载体中。
15.权利要求14的方法，其中病毒载体以每一剂量1×105至1×1014个病毒颗粒的剂量施用或者质粒DNA载体以每一患者100mg至每一患者4000mg的剂量施用。
16.权利要求1的方法，其中miR-20核酸是合成的核酸。
17.权利要求16的方法，其中核酸是以0.01mg/kg体重至10mg/kg体重的剂量施用。
18.权利要求1的方法，其中miR-21是hsa-miR-21。
19.权利要求1的方法，其中核酸是肠内或肠胃外施用。
20.权利要求19的方法，其中肠内施用是口服。
21.权利要求19的方法，其中肠胃外施用是血管内施用、颅内施用、胸膜内施用、瘤内施用、腹膜内施用、肌内施用、淋巴内施用、腺内施用、皮下施用、局部施用、支气管内施用、气管内施用、鼻内施用、吸入施用或滴注施用。
22.权利要求1的方法，其中核酸是包含在药物制剂中。
23.权利要求22的方法，其中药物制剂是脂质组合物。
24.调节细胞途径或者生理途径的方法，包括向细胞施用一定量的分离的核酸，所述分离的核酸包含足以调节细胞途径或者生理途径量的miR-21抑制剂，细胞途径或者生理途径包含表1、3、4或5中所鉴定的一个或一个以上基因或者与表1、3、4或5中所鉴定的一个或一个以上基因相关的基因产物。
25.权利要求24的方法，还包括施用2、3、4、5、6或更多个miRNA。
26.权利要求25的方法，其中miRNA包含在单一组合物中。
27.权利要求23的方法，其中至少两个细胞途径或者生理途径被调节。
28.权利要求25的方法，其中至少一个基因被多个miRNA调节。
29.权利要求24的方法，其中基因表达或基因产物被下调。
30.权利要求24的方法，其中基因表达或基因产物被上调。
31.权利要求24的方法，其中细胞是癌症细胞。
32.权利要求31的方法，其中细胞活性被降低，细胞增殖被降低，细胞转移被降低或者细胞对治疗的敏感性增加。
33.权利要求31的方法，其中癌症细胞是神经元细胞、神经胶质细胞、肺细胞、肝细胞、脑细胞、乳腺细胞、膀胱细胞、血液细胞、白血病细胞、结肠细胞、子宫内膜细胞、胃细胞、皮肤细胞、卵巢细胞、脂肪细胞、骨细胞、宫颈细胞、食管细胞、胰细胞、前列腺细胞、肾细胞或甲状腺细胞。
34.权利要求24的方法，其中miR-21抑制剂是重组核酸。
35.权利要求34的方法，其中重组核酸是DNA。
36.权利要求35的方法，其中重组核酸是病毒载体或质粒DNA载体。
37.治疗诊断患有或者怀疑患有或者怀疑发展成与miRNA所调节基因相关病理状况或疾病的患者的方法，包括步骤：
(a)向患者施用一定量分离的核酸，所述一定量分离的核酸包含足以调节细胞途径或者生理途径的量的miR-21抑制剂；和
(b)施用第二治疗法，其中细胞途径或者生理途径的调节使患者对第二治疗法敏感。
38.权利要求37的方法，其中一个或一个以上细胞途径或者生理途径包含表1、3、4或5中鉴定的一个或一个以上基因。
39.选择待向患有、怀疑患有或者倾向发展成病理状况或者疾病的受试者施用的miRNA的方法，包括：
(a)确定选自表1、3、4或5的一个或一个以上基因的表达谱；
(b)基于表达谱评估受试者对miRNA治疗的敏感性；和
(c)基于所评估的敏感性选择一个或一个以上miRNA。
40.权利要求39的方法，还包括用1、2、4、5、6、7、8、9、10或更多个miRNA治疗受试者。
41.权利要求40的方法，其中每一miRNA单独施用或者一种或一种以上组合施用。
42.权利要求41的方法，其中miRNA在单一组合物中。
43.评估细胞、组织或者受试者的方法，包括在至少一个样品中评估miR-21的表达与评估来自表1、3、4或5的一个或一个以上基因的表达相联合。
44.评估样品中miR-21状态的方法，包括步骤：
(a)评估样品中来自表1、3、4或5的一个或一个以上基因的表达；和
(b)基于样品中miR-21表达水平确定miR-21状态。
CN200780049435A 2006-12-08 2007-12-10 作为治疗性干预靶标的miR-21调节的基因和途径 Pending CN101622349A (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US86929506P 2006-12-08 2006-12-08
US60/869,295 2006-12-08
US60/917,703 2007-05-14

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN101622349A true CN101622349A (zh) 2010-01-06

Family

ID=39500038

Family Applications (5)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN200780049435A Pending CN101622349A (zh) 2006-12-08 2007-12-10 作为治疗性干预靶标的miR-21调节的基因和途径
CN200780050263A Pending CN101622350A (zh) 2006-12-08 2007-12-10 作为干预治疗靶标的miR-126调控基因和通路
CN200780050607A Pending CN101627121A (zh) 2006-12-08 2007-12-10 作为治疗干预的靶标的miRNA调控基因和路径
CN200780048941A Pending CN101622348A (zh) 2006-12-08 2007-12-10 作为治疗性干预靶标的miR-20调节的基因和途径
CN200780051044A Pending CN101631861A (zh) 2006-12-08 2007-12-31 作为治疗干预的靶标的miR-16调节基因和途径

Family Applications After (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN200780050263A Pending CN101622350A (zh) 2006-12-08 2007-12-10 作为干预治疗靶标的miR-126调控基因和通路
CN200780050607A Pending CN101627121A (zh) 2006-12-08 2007-12-10 作为治疗干预的靶标的miRNA调控基因和路径
CN200780048941A Pending CN101622348A (zh) 2006-12-08 2007-12-10 作为治疗性干预靶标的miR-20调节的基因和途径
CN200780051044A Pending CN101631861A (zh) 2006-12-08 2007-12-31 作为治疗干预的靶标的miR-16调节基因和途径

Country Status (3)

Country Link
US (1) US20090092974A1 (zh)
CN (5) CN101622349A (zh)
WO (1) WO2008073915A2 (zh)

Cited By (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101921759A (zh) * 2010-09-08 2010-12-22 南京医科大学 一种与宫颈癌及其癌前病变相关的血清/血浆miRNA标志物及其应用
WO2015091902A3 (en) * 2013-12-19 2015-08-13 Comprehensive Biomarker Center Gmbh Determination of platelet-mirnas in alzheimer's disease
CN105878264A (zh) * 2016-06-13 2016-08-24 山东大学 miR-21及其抑制剂在制备促进牙周组织再生药物中的应用
US9822416B2 (en) 2010-02-05 2017-11-21 Hummingbird Diagnostics Gmbh miRNA in the diagnosis of ovarian cancer
CN109652540A (zh) * 2018-12-21 2019-04-19 思泰得精准(北京)医学检验实验室有限公司 一种甲状腺癌早期检测分子标志物及其应用
CN110420328A (zh) * 2019-07-19 2019-11-08 蚌埠医学院第一附属医院 Syt14抑制剂在制备肺癌治疗药物中的用途
CN111789965A (zh) * 2020-08-14 2020-10-20 福建医科大学附属协和医院 一种miR-522-3p吸附因子在制备治疗癌症的药物中的应用
CN113750219A (zh) * 2021-09-09 2021-12-07 中国人民解放军海军军医大学 Tmem184c在制备预防或治疗乙型脑炎病毒感染药物中的应用
CN114032236A (zh) * 2021-09-24 2022-02-11 南通市肿瘤医院 一种TMEM2的shRNA及其应用
CN115820632A (zh) * 2022-08-15 2023-03-21 南通市肿瘤医院 抑制ascc3表达的小干扰rna及其在抑制膀胱癌转移中的应用

Families Citing this family (184)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2290068A3 (en) * 2004-05-28 2012-01-04 Asuragen, Inc. Methods and compositions involving microRNA
ES2503765T3 (es) * 2004-11-12 2014-10-07 Asuragen, Inc. Procedimientos y composiciones que implican miARN y moléculas inhibidoras de miARN
CN105902559A (zh) * 2005-08-01 2016-08-31 俄亥俄州立大学研究基金会 用于乳腺癌的诊断、预后和治疗的基于MicroRNA的方法和组合物
CN101296702B (zh) * 2005-09-12 2012-11-28 俄亥俄州立大学研究基金会 用于诊断或治疗bcl2相关癌症的组合物和方法
EP1940456A4 (en) * 2005-10-05 2009-10-21 Univ Ohio State Res Found WWOX GENE, VECTORS COMPRISING THE SAME, AND USES THEREOF IN THE TREATMENT OF CANCER
AU2007205234B2 (en) 2006-01-05 2012-07-12 The Ohio State University Research Foundation MicroRNA-based methods and compositions for the diagnosis, prognosis and treatment of lung cancer
ES2545118T3 (es) 2006-01-05 2015-09-08 The Ohio State University Research Foundation Métodos basados en microARN y composiciones para el diagnóstico y tratamiento de cánceres sólidos
US7670840B2 (en) 2006-01-05 2010-03-02 The Ohio State University Research Foundation Micro-RNA expression abnormalities of pancreatic, endocrine and acinar tumors
WO2007109236A2 (en) 2006-03-20 2007-09-27 The Ohio State University Research Foundation Microrna fingerprints during human megakaryocytopoiesis
ES2434075T3 (es) 2006-07-13 2013-12-13 The Ohio State University Research Foundation MIR-203 para el diagnóstico de adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia
ES2374446T3 (es) 2006-09-19 2012-02-16 The Ohio State University Research Foundation Expresión de tcl1 en la leucemia linfocítica crónica (llc) regulada por mir-29 y mir-181.
EP2145001A2 (en) * 2006-09-19 2010-01-20 Asuragen, Inc. Mir-15, mir-26, mir -31,mir -145, mir-147, mir-188, mir-215, mir-216 mir-331, mmu-mir-292-3p regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
EP2087135B8 (en) 2006-11-01 2013-07-24 The Ohio State University Research Foundation Microrna expression signature for predicting survival and metastases in hepatocellular carcinoma
US20080131878A1 (en) * 2006-12-05 2008-06-05 Asuragen, Inc. Compositions and Methods for the Detection of Small RNA
EP2104737B1 (en) * 2006-12-08 2013-04-10 Asuragen, INC. Functions and targets of let-7 micro rnas
CA2671294A1 (en) * 2006-12-08 2008-06-19 Asuragen, Inc. Mir-21 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
AU2007333106A1 (en) * 2006-12-08 2008-06-19 Asuragen, Inc. miR-20 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
US20090175827A1 (en) * 2006-12-29 2009-07-09 Byrom Mike W miR-16 REGULATED GENES AND PATHWAYS AS TARGETS FOR THERAPEUTIC INTERVENTION
CN101627134B (zh) * 2007-01-31 2013-11-06 俄亥俄州立大学研究基金会 用于急性髓细胞白血病（aml）的诊断、预后和治疗的基于微rna的方法和组合物
US20100204309A1 (en) * 2007-04-19 2010-08-12 Vib Vzw Oligonucleotide compositions for the treatment of alzheimer's disease
CN101827941B (zh) * 2007-04-30 2014-07-16 俄亥俄州立大学研究基金会 用于区分胰腺癌与正常胰腺功能和/或慢性胰腺炎的方法
US20090232893A1 (en) * 2007-05-22 2009-09-17 Bader Andreas G miR-143 REGULATED GENES AND PATHWAYS AS TARGETS FOR THERAPEUTIC INTERVENTION
WO2008147974A1 (en) 2007-05-23 2008-12-04 University Of South Florida Micro-rnas modulating immunity and inflammation
AU2008261951A1 (en) * 2007-06-08 2008-12-18 Asuragen, Inc. miR-34 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
JP5690588B2 (ja) 2007-06-08 2015-03-25 アメリカ合衆国 肝細胞癌のサブタイプを決定し、肝癌幹細胞を検出するための方法
US8053186B2 (en) * 2007-06-15 2011-11-08 The Ohio State University Research Foundation Oncogenic ALL-1 fusion proteins for targeting Drosha-mediated microRNA processing
AU2008282318B2 (en) 2007-07-31 2014-02-27 The Ohio State University Research Foundation Methods for reverting methylation by targeting methyltransferases
EP2650383A1 (en) 2007-08-03 2013-10-16 The Ohio State University Research Foundation Ultraconserved regions encoding ncRNAs
EP3028708A1 (en) * 2007-08-22 2016-06-08 The Ohio State University Research Foundation Methods and compositions for inducing deregulation of epha7 and erk phosphorylation in human acute leukemias
US8361714B2 (en) 2007-09-14 2013-01-29 Asuragen, Inc. Micrornas differentially expressed in cervical cancer and uses thereof
WO2009049129A1 (en) * 2007-10-11 2009-04-16 The Ohio State University Research Foundation Methods and compositions for the diagnosis and treatment of esphageal adenocarcinomas
WO2009052386A1 (en) * 2007-10-18 2009-04-23 Asuragen, Inc. Micrornas differentially expressed in lung diseases and uses thereof
CN103898069A (zh) 2007-10-26 2014-07-02 俄亥俄州立大学研究基金会 鉴定脆性组氨酸三联体(Fhit)相互作用的方法及其用途
EP2225396A4 (en) * 2007-11-30 2011-03-02 Univ Ohio State Res Found PROFILING AND SCREENING OF MICRO-RNA EXPRESSION IN PERIPHERAL BLOOD IN LUNG CANCER
WO2009070805A2 (en) * 2007-12-01 2009-06-04 Asuragen, Inc. Mir-124 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
WO2009086156A2 (en) * 2007-12-21 2009-07-09 Asuragen, Inc. Mir-10 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
EP2260110B1 (en) * 2008-02-08 2014-11-12 Asuragen, INC. miRNAs DIFFERENTIALLY EXPRESSED IN LYMPH NODES FROM CANCER PATIENTS
CN102007408A (zh) * 2008-02-28 2011-04-06 俄亥俄州立大学研究基金会 与急性髓性白血病(aml)中的细胞遗传学和预后相关的微rna特征及其用途
WO2009108860A2 (en) * 2008-02-28 2009-09-03 The Ohio University Rasearch Foundation Microrna-based methods and compositions for the diagnosis, pronosis and treatment of prostate related disorders
EP2254668A4 (en) * 2008-02-28 2012-08-15 Univ Ohio State Res Found MICRORNA SIGNATURES ASSOCIATED WITH HUMAN CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA (CLL) AND THEIR USE
EP2271757A2 (en) * 2008-03-26 2011-01-12 Asuragen, INC. Compositions and methods related to mir-16 and therapy of prostate cancer
WO2009126726A1 (en) * 2008-04-08 2009-10-15 Asuragen, Inc Methods and compositions for diagnosing and modulating human papillomavirus (hpv)
WO2009133915A1 (ja) * 2008-04-30 2009-11-05 日本電気株式会社 癌マーカー、それを用いた癌の評価方法および評価試薬
US8258111B2 (en) * 2008-05-08 2012-09-04 The Johns Hopkins University Compositions and methods related to miRNA modulation of neovascularization or angiogenesis
US9125923B2 (en) 2008-06-11 2015-09-08 The Ohio State University Use of MiR-26 family as a predictive marker for hepatocellular carcinoma and responsiveness to therapy
WO2010051639A1 (en) * 2008-11-10 2010-05-14 University Health Network Use of mir-126 for enhancing hematopoietic stem cell engraftment, for isolating hematopoietic stem cells, and for treating and monitoring the treatment of acute myeloid leukemia
US8748101B2 (en) 2008-11-10 2014-06-10 Battelle Memorial Institute Methods, compositions, and devices utilizing MicroRNA to determine physiological conditions
WO2010056737A2 (en) * 2008-11-11 2010-05-20 Mirna Therapeutics, Inc. Methods and compositions involving mirnas in cancer stem cells
US8916533B2 (en) 2009-11-23 2014-12-23 The Ohio State University Materials and methods useful for affecting tumor cell growth, migration and invasion
JP2011149859A (ja) * 2010-01-22 2011-08-04 Igaku Seibutsugaku Kenkyusho:Kk 食道癌マーカー
US9624491B2 (en) * 2010-02-26 2017-04-18 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Methods and compositions for the detection and treatment of cancer involving miRNAs and miRNA inhibitors and targets
CN101899503B (zh) * 2010-04-21 2013-01-09 广州朗日生物技术有限公司 SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测miR-126的方法
CN102140462B (zh) * 2010-04-29 2013-06-12 苏州吉玛基因股份有限公司 人miR-1260反义核酸及其应用
GB201014049D0 (en) * 2010-08-23 2010-10-06 Sistemic Uk Cell characterisation
CN102373204B (zh) * 2010-08-27 2013-02-20 复旦大学附属金山医院 一种转录水平基因表达调控的方法及应用
WO2012065049A1 (en) 2010-11-12 2012-05-18 The Ohio State University Research Foundation Materials and methods related to microrna-21, mismatch repair, and colorectal cancer
CA2817982C (en) 2010-11-15 2020-06-30 The Regents Of The University Of Michigan Controlled release mucoadhesive systems
ES2629890T3 (es) 2010-11-17 2017-08-16 Interpace Diagnostics, Llc miARN como biomarcadores para distinguir entre neoplasias de tiroides benignas y malignas
GB2486424A (en) * 2010-12-13 2012-06-20 Univ Sussex Markers for plasma cell disorders
US8664192B2 (en) 2011-03-07 2014-03-04 The Ohio State University Mutator activity induced by microRNA-155 (miR-155) links inflammation and cancer
CN102772803A (zh) * 2011-05-12 2012-11-14 北京大学 Unc5cl及其编码蛋白的应用
CN102286435B (zh) * 2011-06-23 2012-12-12 中国人民解放军第三军医大学 调控性ciapin1基因重组腺病毒及其制备方法和应用
US8759313B2 (en) * 2011-08-03 2014-06-24 The Charlotte-Mecklenburg Hospital Authority Treatment of fibrosis using microRNA 19b
WO2013009655A2 (en) 2011-07-08 2013-01-17 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Uses of labeled hsp90 inhibitors
CN102296114A (zh) * 2011-08-12 2011-12-28 中国人民解放军第三军医大学第一附属医院 miRNA-20a及其抑制剂在制备胶质瘤干细胞侵袭调控剂中的应用
WO2013040251A2 (en) 2011-09-13 2013-03-21 Asurgen, Inc. Methods and compositions involving mir-135b for distinguishing pancreatic cancer from benign pancreatic disease
WO2013056217A1 (en) 2011-10-14 2013-04-18 The Ohio State University Methods and materials related to ovarian cancer
US9745578B2 (en) 2011-11-30 2017-08-29 Cedars-Sinai Medical Center Targeting microRNA miR-409-3P to treat prostate cancer
WO2013082499A1 (en) * 2011-11-30 2013-06-06 Cedars-Sinai Medical Center Targeting micrornas mir-409-5p, mir-379 and mir-154* to treat prostate cancer bone metastasis and drug resistant lung cancer
CA2859430A1 (en) 2011-12-13 2013-06-20 Ohio State Innovation Foundation Methods and compositions related to mir-21 and mir-29a, exosome inhibition, and cancer metastasis
CN102443641A (zh) * 2011-12-19 2012-05-09 苏州福英基因科技有限公司 各种癌症病理演变前期microrna-16水平原位杂交检测试剂盒及检测方法和应用
CN102559876A (zh) * 2011-12-19 2012-07-11 苏州福英基因科技有限公司 癌症病理演变前期microrna-16-1水平原位杂交检测试剂盒及检测方法和应用
WO2013110053A1 (en) 2012-01-20 2013-07-25 The Ohio State University Breast cancer biomarker signatures for invasiveness and prognosis
CN102776194A (zh) * 2012-07-20 2012-11-14 苏州大学 微小rna用于调控pten基因表达
US20150307542A1 (en) 2012-10-03 2015-10-29 Moderna Therapeutics, Inc. Modified nucleic acid molecules and uses thereof
SI2922554T1 (sl) 2012-11-26 2022-06-30 Modernatx, Inc. Terminalno modificirana RNA
EP2749569A1 (en) 2012-12-28 2014-07-02 Annibale Alessandro Puca Variant of BPIFB4 protein
CA2897941A1 (en) 2013-01-17 2014-07-24 Moderna Therapeutics, Inc. Signal-sensor polynucleotides for the alteration of cellular phenotypes
EP2954055B1 (en) * 2013-02-05 2018-04-11 University of Georgia Research Foundation, Inc. Cell lines for virus production and methods of use
CN103397035A (zh) * 2013-08-14 2013-11-20 重庆大学 miRNA-20a作为哺乳动物宿主细胞凋亡调控靶标的应用
CN103642928B (zh) * 2013-12-13 2015-06-10 山东大学 急性髓系白血病相关miRNA标志物组及其特异引物与应用
CN104013975A (zh) * 2014-06-16 2014-09-03 山东大学 Fbxo31基因及其相关产物在制备胃癌治疗药物中的应用
EP3041948B1 (en) 2014-11-10 2019-01-09 Modernatx, Inc. Alternative nucleic acid molecules containing reduced uracil content and uses thereof
CN104585160B (zh) * 2014-12-31 2016-07-06 上海师范大学 新型透明骨骼标本制作以及树脂保存方法
CN104611336B (zh) * 2015-02-09 2017-06-23 上海长海医院 融合基因ttty15‑usp9y及其作为前列腺癌标志物的应用
JP6799861B2 (ja) * 2015-09-16 2020-12-16 国立大学法人東北大学 核酸分子
CN105203761B (zh) * 2015-09-22 2019-10-01 宁波中元生物科技有限公司 宫颈癌预后检测方法
WO2017066639A1 (en) * 2015-10-15 2017-04-20 City Of Hope Compounds and compositions including phosphorothioated oligodeoxynucleotide, and methods of use thereof
EP3405579A1 (en) 2016-01-22 2018-11-28 Modernatx, Inc. Messenger ribonucleic acids for the production of intracellular binding polypeptides and methods of use thereof
US11655469B2 (en) 2016-03-07 2023-05-23 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services MicroRNAs and methods of their use
WO2017180587A2 (en) 2016-04-11 2017-10-19 Obsidian Therapeutics, Inc. Regulated biocircuit systems
CN106119341A (zh) * 2016-04-14 2016-11-16 冯同保 miR‑20a抑制剂的用途、药物组合物和试剂盒
CN105838804A (zh) * 2016-05-16 2016-08-10 苏州大学 MiR-17-5p恶性血液病辅助诊断试剂及应用
CA3024470A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding interleukin-12 (il12) and uses thereof
US20200069599A1 (en) 2016-06-14 2020-03-05 Modernatx, Inc. Stabilized formulations of lipid nanoparticles
CN106086178B (zh) * 2016-06-16 2020-03-31 朱伟 一种与胃癌辅助诊断相关的血清miRNA标志物及其应用
EP3478313B1 (en) 2016-06-29 2022-05-04 CRISPR Therapeutics AG Materials and methods for treatment of amyotrophic lateral sclerosis (als) and other related disorders
US11427838B2 (en) 2016-06-29 2022-08-30 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Materials and methods for treatment of myotonic dystrophy type 1 (DM1) and other related disorders
WO2018002783A1 (en) 2016-06-29 2018-01-04 Crispr Therapeutics Ag Materials and methods for treatment of friedreich ataxia and other related disorders
CN110214149A (zh) 2016-07-06 2019-09-06 克里斯珀医疗股份公司 用于治疗疼痛相关病症的材料和方法
US11459587B2 (en) 2016-07-06 2022-10-04 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Materials and methods for treatment of pain related disorders
RU2765874C2 (ru) 2016-10-26 2022-02-04 МОДЕРНАТиЭкс, ИНК. Матричные рибонуклеиновые кислоты для усиления иммунных ответов и способы их применения
EP3538067A1 (en) 2016-11-08 2019-09-18 Modernatx, Inc. Stabilized formulations of lipid nanoparticles
CN108070645A (zh) * 2016-11-11 2018-05-25 中国科学院上海生命科学研究院 Stx-t在预防和/或治疗贫血或其相关疾病的应用
CA3044056A1 (en) * 2016-11-30 2018-06-07 Exosome Diagnostics, Inc. Methods and compositions to detect mutations in plasma using exosomal rna and cell free dna from non-small cell lung cancer patients
CN108132349A (zh) * 2016-11-30 2018-06-08 北京大学 一种用于癫痫预后评估的生物标志物
CN106636408A (zh) * 2016-12-27 2017-05-10 北京泱深生物信息技术有限公司 一种布加综合征诊断工具
KR20190110612A (ko) 2017-02-01 2019-09-30 모더나티엑스, 인크. 활성화 종양유전자 돌연변이 펩티드를 인코드하는 면역조절 치료 mrna 조성물
CN110662838A (zh) 2017-02-22 2020-01-07 克里斯珀医疗股份公司 用于基因编辑的组合物和方法
EP3585807A1 (en) 2017-02-22 2020-01-01 CRISPR Therapeutics AG Materials and methods for treatment of early onset parkinson's disease (park1) and other synuclein, alpha (snca) gene related conditions or disorders
US11407997B2 (en) 2017-02-22 2022-08-09 Crispr Therapeutics Ag Materials and methods for treatment of primary hyperoxaluria type 1 (PH1) and other alanine-glyoxylate aminotransferase (AGXT) gene related conditions or disorders
EP3585898A1 (en) 2017-02-22 2020-01-01 CRISPR Therapeutics AG Materials and methods for treatment of spinocerebellar ataxia type 1 (sca1) and other spinocerebellar ataxia type 1 protein (atxn1) gene related conditions or disorders
US20200216857A1 (en) 2017-02-22 2020-07-09 Crispr Therapeutics Ag Materials and methods for treatment of spinocerebellar ataxia type 2 (sca2) and other spinocerebellar ataxia type 2 protein (atxn2) gene related conditions or disorders
CN108721646B (zh) * 2017-04-17 2021-10-01 中山大学 一种抑制病毒感染的方法及抗病毒药物
CN107144695B (zh) * 2017-04-19 2019-02-26 南昌大学 Arl13b蛋白在癌症诊断中的应用
US20200131498A1 (en) 2017-06-14 2020-04-30 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding methylmalonyl-coa mutase
CN107385081B (zh) * 2017-08-31 2020-06-02 青岛泱深生物医药有限公司 一种与肾癌相关的基因及其应用
MX2020002348A (es) 2017-08-31 2020-10-08 Modernatx Inc Métodos de elaboración de nanopartículas lipídicas.
CN107723366B (zh) * 2017-09-11 2019-10-01 朱伟 一种与贲门癌辅助诊断相关的血清miRNA标志物及其应用
MA50877A (fr) 2017-11-21 2020-09-30 Bayer Healthcare Llc Matériaux et méthodes pour le traitement de la rétinite pigmentaire autosomique dominante
WO2019116234A1 (en) 2017-12-12 2019-06-20 Nestec S.A. Methods for determining microbiome ribosomal rna composition changes
CA3084633A1 (en) 2017-12-21 2019-06-27 Crispr Therapeutics Ag Materials and methods for treatment of usher syndrome type 2a and/or non-syndromic autosomal recessive retinitis pigmentosa (arrp)
JP7402163B2 (ja) 2017-12-21 2023-12-20 クリスパー セラピューティクス アーゲー ２ａ型アッシャー症候群の処置のための材料および方法
WO2019129144A1 (zh) * 2017-12-27 2019-07-04 立森印迹诊断技术有限公司 一种用于检测食道肿瘤和/或胃肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用
JP2021512090A (ja) 2018-01-30 2021-05-13 モデルナティーエックス， インコーポレイテッド 免疫細胞に薬剤を送達するための組成物及び方法
EP3773745A1 (en) 2018-04-11 2021-02-17 ModernaTX, Inc. Messenger rna comprising functional rna elements
CN109207429A (zh) * 2018-05-04 2019-01-15 窦科峰 永生化的α-1,3-半乳糖转移酶基因敲除猪肝细胞系及其制备方法和应用
CN108704135A (zh) * 2018-05-24 2018-10-26 江苏大学附属医院 Chaf1a抑制剂在制备胃癌治疗药物中的用途
US20220403001A1 (en) 2018-06-12 2022-12-22 Obsidian Therapeutics, Inc. Pde5 derived regulatory constructs and methods of use in immunotherapy
CN108872588B (zh) * 2018-06-14 2021-05-28 华南农业大学 一种与种公猪繁殖性能密切相关的精子蛋白标记spaca4及其应用
CN110835648B (zh) * 2018-08-15 2023-12-15 复旦大学附属肿瘤医院 NSrp70基因在制备用于肿瘤转移相关药物制剂中的应用
CN109022587B (zh) * 2018-09-13 2022-02-22 南京求臻基因科技有限公司 一种急性髓系白血病的miRNA标志物及其应用
EP3852728A1 (en) 2018-09-20 2021-07-28 Modernatx, Inc. Preparation of lipid nanoparticles and methods of administration thereof
EP3870600A1 (en) 2018-10-24 2021-09-01 Obsidian Therapeutics, Inc. Er tunable protein regulation
CN109674809B (zh) * 2018-12-27 2022-08-09 吉林大学 一种包括miR-124-3P的组合物及其在诱导神经元形成的药物中的应用
CN111467493A (zh) * 2019-01-23 2020-07-31 首都师范大学 人rev3l蛋白切割抑制剂及其应用
SG11202108100PA (en) 2019-01-31 2021-08-30 Modernatx Inc Methods of preparing lipid nanoparticles
CN109652556B (zh) * 2019-02-28 2020-08-21 中南大学 circARHGAP12及其在制备鼻咽癌诊断制剂中的应用和诊断制剂
CN109762904A (zh) * 2019-03-05 2019-05-17 中国医学科学院北京协和医院 与胰腺神经内分泌肿瘤相关的分子标记物及其应用
CA3132840A1 (en) 2019-03-08 2020-09-17 Obsidian Therapeutics, Inc. Human carbonic anhydrase 2 compositions and methods for tunable regulation
CN110055328A (zh) * 2019-03-28 2019-07-26 昆明医科大学第一附属医院 一种基于代谢基因谱的肺腺癌诊断标志物
CN110029161A (zh) * 2019-05-16 2019-07-19 中国人民解放军第四军医大学 Charge综合征致病基因chd7突变检测试剂盒
CN110184338B (zh) * 2019-05-31 2023-04-07 南方医科大学第三附属医院（广东省骨科研究院） 脑脊液外泌体miRNA在MMD诊断和治疗中的应用
WO2020263985A1 (en) 2019-06-24 2020-12-30 Modernatx, Inc. Messenger rna comprising functional rna elements and uses thereof
EP3987027A1 (en) 2019-06-24 2022-04-27 ModernaTX, Inc. Endonuclease-resistant messenger rna and uses thereof
CN110305960A (zh) * 2019-07-03 2019-10-08 江苏医药职业学院 检测锌指蛋白622表达水平的试剂的应用和试剂盒
CN110358827A (zh) * 2019-07-09 2019-10-22 中国人民解放军第四军医大学 Vmp1基因在病理诊断胶质母细胞瘤中的应用及其试剂盒的制备
CN112342295A (zh) * 2019-08-06 2021-02-09 中山大学孙逸仙纪念医院 一种检测人结直肠癌的肿瘤标志物及其应用
WO2021046451A1 (en) 2019-09-06 2021-03-11 Obsidian Therapeutics, Inc. Compositions and methods for dhfr tunable protein regulation
CN110456085A (zh) * 2019-09-20 2019-11-15 四川大学华西医院 Syt12自身抗体检测试剂在制备肺癌筛查试剂盒中的用途
CN114502723A (zh) * 2019-09-26 2022-05-13 原启生物科技(上海)有限责任公司 一种经修饰的免疫细胞及其用途
CN110791566B (zh) * 2019-10-29 2023-06-27 徐州市中心医院 人shcbp1基因的用途及相关产品
KR102261606B1 (ko) * 2019-11-07 2021-06-07 (주)지노믹트리 대장암 검출 방법
CN110938630B (zh) * 2019-12-20 2023-07-28 中国人民解放军第四军医大学 人b3gnt5基因的用途及相关产品
CN110970087B (zh) * 2019-12-31 2021-08-03 华中科技大学 一种鉴定调控细胞自噬的功能激酶的方法
CN111141904B (zh) * 2020-01-07 2021-08-24 浙江大学 一种鉴定、分选、清除衰老细胞的方法和应用
CN116133652A (zh) 2020-01-31 2023-05-16 摩登纳特斯有限公司 制备脂质纳米粒子的方法
CN111440771A (zh) * 2020-03-17 2020-07-24 中山大学附属第三医院 一种含有clcn2纯合突变的白质脑病患者特异诱导多能干细胞系
CN111471683B (zh) * 2020-04-15 2021-09-07 湖南省科域生物医药科技有限公司 miR-93-5p作为诊断和治疗胃癌标志物的应用
CN111562395A (zh) * 2020-06-11 2020-08-21 青岛大学 一种胰腺癌肿瘤的标志物及其应用和试剂盒
US20230295257A1 (en) 2020-07-24 2023-09-21 Strand Therapeutics Inc. Lipid nanoparticle comprising modified nucleotides
CN112760375A (zh) * 2020-08-04 2021-05-07 佛山科学技术学院 一种特征miRNA表达谱组合及子宫内膜癌早期预测方法
BR112023002071A2 (pt) 2020-08-06 2023-05-02 Modernatx Inc Métodos para preparar nanopartículas lipídicas
CN112578116A (zh) * 2020-11-05 2021-03-30 南京师范大学 Clu和prkd3及其下调或抑制剂在三阴性乳腺癌检测分型和治疗及疗效评估中的应用
CN112680476A (zh) * 2020-12-23 2021-04-20 南京景瑞康分子医药科技有限公司 Klhl22-depdc5蛋白相互作用筛选系统
CN112725338B (zh) * 2020-12-31 2021-09-21 中国水产科学研究院南海水产研究所 一种靶向斑节对虾trim9基因的小干扰rna及其用途
AU2022205679A1 (en) 2021-01-08 2023-07-06 Strand Therapeutics Inc. Expression constructs and uses thereof
CN112908470B (zh) * 2021-02-08 2023-10-03 深圳市人民医院 一种基于rna结合蛋白基因的肝细胞癌预后评分系统及其应用
CN112915196B (zh) * 2021-03-15 2024-01-09 中国人民解放军北部战区总医院 Creg1蛋白用于预防或治疗索拉非尼诱导的心肌损伤的医药用途
CN113045651B (zh) * 2021-03-24 2022-05-17 吉林大学 靶向Palladin蛋白Pal-11-15区段的抗体及在制备神经再生药物中的应用
CN115212308B (zh) * 2021-04-15 2023-10-20 中国医学科学院基础医学研究所 Gasdermin e通路的靶向剂在治疗胰腺癌中的应用
CN113249472B (zh) * 2021-04-27 2023-02-21 首都医科大学附属北京妇产医院 一种zbtb5基因在宫颈癌紫杉醇耐药性检测和治疗中的应用
CN113249474A (zh) * 2021-04-29 2021-08-13 中山大学附属第一医院 Pcdh20在预测肝癌化疗敏感性中的应用
CA3171589A1 (en) 2021-05-03 2022-11-03 Moritz THRAN Improved nucleic acid sequence for cell type specific expression
CN113797219B (zh) * 2021-09-13 2023-03-31 温州医科大学附属第一医院 Xpr1抑制剂在制备抑制甲状腺癌细胞迁移和/或增殖的产品的应用
CN113789396B (zh) * 2021-09-15 2024-01-23 复旦大学附属中山医院 一种用于检测食管癌患者特定肠道菌群占比的基因组合物及其应用
CN114317775B (zh) * 2022-01-12 2023-06-30 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种NCOA4的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用
CN114350805A (zh) * 2022-01-14 2022-04-15 中国人民解放军陆军军医大学第一附属医院 Ablim1作为胶质瘤分子标志物的应用
WO2023212618A1 (en) 2022-04-26 2023-11-02 Strand Therapeutics Inc. Lipid nanoparticles comprising venezuelan equine encephalitis (vee) replicon and uses thereof
CN114752675B (zh) * 2022-05-06 2022-09-30 济南市中心医院 一种用于胃癌筛查、预后及免疫治疗评估的分子标记物及其应用
WO2024026487A1 (en) 2022-07-29 2024-02-01 Modernatx, Inc. Lipid nanoparticle compositions comprising phospholipid derivatives and related uses
WO2024026482A1 (en) 2022-07-29 2024-02-01 Modernatx, Inc. Lipid nanoparticle compositions comprising surface lipid derivatives and related uses
WO2024026475A1 (en) 2022-07-29 2024-02-01 Modernatx, Inc. Compositions for delivery to hematopoietic stem and progenitor cells (hspcs) and related uses
CN116287254A (zh) * 2023-02-22 2023-06-23 中国人民解放军海军军医大学 Scrn1在制备肝细胞癌分型诊断或索拉非尼疗效预测试剂盒中的应用

Family Cites Families (98)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5011769A (en) * 1985-12-05 1991-04-30 Meiogenics U.S. Limited Partnership Methods for detecting nucleic acid sequences
US4999290A (en) * 1988-03-31 1991-03-12 The Board Of Regents, The University Of Texas System Detection of genomic abnormalities with unique aberrant gene transcripts
EP0375081B1 (en) * 1988-12-23 1992-11-11 Eerste Nederlandse Cement Industrie (Enci) N.V. Cement, method of preparing such cement and method of making products using such cement
US6040138A (en) * 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US5188934A (en) * 1989-11-14 1993-02-23 Applied Biosystems, Inc. 4,7-dichlorofluorescein dyes as molecular probes
US5486603A (en) * 1990-01-08 1996-01-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide having enhanced binding affinity
US5859221A (en) * 1990-01-11 1999-01-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
WO1992007095A1 (en) * 1990-10-15 1992-04-30 Stratagene Arbitrarily primed polymerase chain reaction method for fingerprinting genomes
AU662906B2 (en) * 1991-06-26 1995-09-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Methods for detection of carcinoma metastases by nucleic acid amplification
US5538848A (en) * 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
ATE270712T1 (de) * 1995-03-17 2004-07-15 Wayne John Cancer Inst Nachweis von melanomenmetastasen unter verwendung eines mehrfachmarker-tests
US6998268B2 (en) * 1995-07-03 2006-02-14 Dainippon Sumitomo Pharma Co. Ltd. Gene preparations
US5871697A (en) * 1995-10-24 1999-02-16 Curagen Corporation Method and apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
US6020481A (en) * 1996-04-01 2000-02-01 The Perkin-Elmer Corporation Asymmetric benzoxanthene dyes
US5863727A (en) * 1996-05-03 1999-01-26 The Perkin-Elmer Corporation Energy transfer dyes with enhanced fluorescence
US6184037B1 (en) * 1996-05-17 2001-02-06 Genemedicine, Inc. Chitosan related compositions and methods for delivery of nucleic acids and oligonucleotides into a cell
US5739169A (en) * 1996-05-31 1998-04-14 Procept, Incorporated Aromatic compounds for inhibiting immune response
ES2243393T3 (es) * 1996-06-04 2005-12-01 University Of Utah Research Foundation Monitorizacion de la hibridacion durante la pcr.
US5898031A (en) * 1996-06-06 1999-04-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligoribonucleotides for cleaving RNA
DE69841038D1 (zh) * 1997-03-07 2009-09-17 Siemens Healthcare Diagnostics
NO972006D0 (no) * 1997-04-30 1997-04-30 Forskningsparken I Aas As Ny metode for diagnose av sykdommer
JP4656675B2 (ja) * 1997-05-14 2011-03-23 ユニバーシティー オブ ブリティッシュ コロンビア 脂質小胞への荷電した治療剤の高率封入
WO1999022018A2 (en) * 1997-10-27 1999-05-06 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions pertaining to pna molecular beacons
US5936087A (en) * 1997-11-25 1999-08-10 The Perkin-Elmer Corporation Dibenzorhodamine dyes
US6232066B1 (en) * 1997-12-19 2001-05-15 Neogen, Inc. High throughput assay system
US6238869B1 (en) * 1997-12-19 2001-05-29 High Throughput Genomics, Inc. High throughput assay system
US6506559B1 (en) * 1997-12-23 2003-01-14 Carnegie Institute Of Washington Genetic inhibition by double-stranded RNA
AUPP249298A0 (en) * 1998-03-20 1998-04-23 Ag-Gene Australia Limited Synthetic genes and genetic constructs comprising same I
US6037129A (en) * 1998-05-28 2000-03-14 Medical University Of South Carolina Multi-marker RT-PCR panel for detecting metastatic breast cancer
US6730477B1 (en) * 1998-08-04 2004-05-04 Diadexus, Inc. Method of diagnosing, monitoring and staging breast cancer
GB9904991D0 (en) * 1999-03-05 1999-04-28 Univ Nottingham Genetic screening
US6383752B1 (en) * 1999-03-31 2002-05-07 Hybridon, Inc. Pseudo-cyclic oligonucleobases
EP1206234A4 (en) * 1999-06-03 2005-06-01 Jessie L S Au METHODS AND COMPOSITIONS FOR MODULATING PROLIFERATION AND CELL DEATH
US7005261B1 (en) * 1999-07-29 2006-02-28 British Biocell International Limited Method for detecting nucleic acid target sequences involving in vitro transcription from an RNA polymerase promoter
US6511832B1 (en) * 1999-10-06 2003-01-28 Texas A&M University System In vitro synthesis of capped and polyadenylated mRNAs using baculovirus RNA polymerase
US6528254B1 (en) * 1999-10-29 2003-03-04 Stratagene Methods for detection of a target nucleic acid sequence
US6191278B1 (en) * 1999-11-03 2001-02-20 Pe Corporation Water-soluble rhodamine dyes and conjugates thereof
GB9927444D0 (en) * 1999-11-19 2000-01-19 Cancer Res Campaign Tech Inhibiting gene expression
DE10100586C1 (de) * 2001-01-09 2002-04-11 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines Ziegens
US7205105B2 (en) * 1999-12-08 2007-04-17 Epoch Biosciences, Inc. Real-time linear detection probes: sensitive 5′-minor groove binder-containing probes for PCR analysis
US20020065406A1 (en) * 2000-03-24 2002-05-30 Meyers Rachel A. 18221, a novel dual specificity phosphatase and uses thereof
AU2001250932A1 (en) * 2000-03-23 2001-10-03 Diadexus, Inc. Compositions and methods of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating prostate cancer
WO2001073030A2 (en) * 2000-03-28 2001-10-04 Diadexus, Inc. Compositions and methods of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating colon cancer
AU2001251223A1 (en) * 2000-03-30 2001-10-15 Diadexus, Inc. Compositions and methods for diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating stomach cancer
US6573048B1 (en) * 2000-04-18 2003-06-03 Naxcor Degradable nucleic acid probes and nucleic acid detection methods
WO2001086307A2 (en) * 2000-05-10 2001-11-15 Sirbasku David A Compositions and methods for the diagnosis, treatment and prevention of steroid hormone responsive cancers
EP1294947A2 (en) * 2000-06-30 2003-03-26 Epigenomics AG Method and nucleic acids for pharmacogenomic methylation analysis
AU2001292842A1 (en) * 2000-09-19 2002-04-02 Diadexus, Inc. Compositions and methods relating to prostate specific genes and proteins
US7001724B1 (en) * 2000-11-28 2006-02-21 Applera Corporation Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids using surfactants and proteases
GB0029360D0 (en) * 2000-12-01 2001-01-17 Univ Nottingham Humanised antibodies and uses thereof
US20030099976A1 (en) * 2001-01-17 2003-05-29 Tai-Jay Chang Androgen receptor complex-associated protein
US7015047B2 (en) * 2001-01-26 2006-03-21 Aviva Biosciences Corporation Microdevices having a preferential axis of magnetization and uses thereof
US20040110191A1 (en) * 2001-01-31 2004-06-10 Winkler Matthew M. Comparative analysis of nucleic acids using population tagging
US20040058373A1 (en) * 2001-01-31 2004-03-25 Winkler Matthew M. Competitive amplification of fractionated targets from multiple nucleic acid samples
WO2002073504A1 (en) * 2001-03-14 2002-09-19 Gene Logic, Inc. A system and method for retrieving and using gene expression data from multiple sources
WO2002087507A2 (en) * 2001-04-27 2002-11-07 Sunnybrook & Women's College Health Sciences Centre Breast cancer-associated genes and uses thereof
US7171311B2 (en) * 2001-06-18 2007-01-30 Rosetta Inpharmatics Llc Methods of assigning treatment to breast cancer patients
US20040086504A1 (en) * 2001-06-21 2004-05-06 Deepak Sampath Cyr61 as a target for treatment and diagnosis of breast cancer
DK1436404T3 (da) * 2001-09-19 2010-03-08 Alexion Pharma Inc Manipulerede templates og deres anvendelse i single-primer amplifikation
AU2002305767B2 (en) * 2001-09-20 2008-04-10 Cornell Research Foundation, Inc. Methods and compositions for treating and preventing skin disorders using binding agents specific for PSMA
US20040063654A1 (en) * 2001-11-02 2004-04-01 Davis Mark E. Methods and compositions for therapeutic use of RNA interference
WO2003043487A2 (en) * 2001-11-19 2003-05-30 Protometrix, Inc. Method of using a non-antibody protein to detect and measure an analyte
EP1465997A4 (en) * 2001-12-27 2006-05-24 Agy Therapeutics Inc USE OF BIOMOLECULAR OBJECTIVES IN THE TREATMENT AND VISUALIZATION OF TUMORS
WO2003085125A1 (en) * 2002-04-03 2003-10-16 Agy Therapeutics, Inc. Use of biomolecular targets in the treatment and visualization of brain tumors
US20070025997A1 (en) * 2002-04-03 2007-02-01 Usha Nagavarapu Use of biomolecular targets in the treatment and visualization of brain tumors
DK1504126T3 (da) * 2002-05-03 2014-06-10 Univ Duke Fremgangsmåde til regulering af genekspression
AU2003285852B2 (en) * 2002-05-20 2006-12-14 Northrop Grumman Corporation Point source biological agent detection system
US20040029121A1 (en) * 2002-08-08 2004-02-12 Susan Cottrell Methods and nucleic acids for the analysis of CpG dinucleotide methylation status associated with the calcitonin gene
US20040029128A1 (en) * 2002-08-08 2004-02-12 Epigenomics, Inc. Methods and nucleic acids for the analysis of CpG dinucleotide methylation status associated with the calcitonin gene
AU2003270654A1 (en) * 2002-09-12 2004-04-30 Baylor College Of Medecine System and method for image segmentation
US7655785B1 (en) * 2002-11-14 2010-02-02 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory oligonucleotides and uses thereof
US7851150B2 (en) * 2002-12-18 2010-12-14 Third Wave Technologies, Inc. Detection of small nucleic acids
CN1761756B (zh) * 2003-01-16 2013-03-13 北卡罗来纳州大学 禽类物种中内源性原生殖细胞的耗减
US20050112604A1 (en) * 2003-03-14 2005-05-26 Akihide Fujimoto Loss of heterozygosity of the DNA markers in the 12q22-23 region
US7718364B2 (en) * 2003-03-25 2010-05-18 John Wayne Cancer Institute DNA markers for management of cancer
US20050059024A1 (en) * 2003-07-25 2005-03-17 Ambion, Inc. Methods and compositions for isolating small RNA molecules
US20050037362A1 (en) * 2003-08-11 2005-02-17 Eppendorf Array Technologies, S.A. Detection and quantification of siRNA on microarrays
CN1894407A (zh) * 2003-11-10 2007-01-10 诺松制药股份公司 特异性结合生物活性生长素释放肽的核酸
WO2005078139A2 (en) * 2004-02-09 2005-08-25 Thomas Jefferson University DIAGNOSIS AND TREATMENT OF CANCERS WITH MicroRNA LOCATED IN OR NEAR CANCER-ASSOCIATED CHROMOSOMAL FEATURES
US8038996B2 (en) * 2004-03-27 2011-10-18 University Of Arizona Composition and method for cancer treatment
US7365058B2 (en) * 2004-04-13 2008-04-29 The Rockefeller University MicroRNA and methods for inhibiting same
CA2566519C (en) * 2004-05-14 2020-04-21 Rosetta Genomics Ltd. Micrornas and uses thereof
EP2290068A3 (en) * 2004-05-28 2012-01-04 Asuragen, Inc. Methods and compositions involving microRNA
US7642348B2 (en) * 2004-10-04 2010-01-05 Rosetta Genomics Ltd Prostate cancer-related nucleic acids
US20060078894A1 (en) * 2004-10-12 2006-04-13 Winkler Matthew M Methods and compositions for analyzing nucleic acids
FR2877350B1 (fr) * 2004-11-03 2010-08-27 Centre Nat Rech Scient IDENTIFICATION ET UTILISATION DE miRNAs IMPLIQUES DANS LA DIFFERENCIATION DE CELLULES ISSUES D'UNE LEUCEMIE MYELOIDE
ES2503765T3 (es) * 2004-11-12 2014-10-07 Asuragen, Inc. Procedimientos y composiciones que implican miARN y moléculas inhibidoras de miARN
EP1959012A3 (en) * 2004-12-29 2009-12-30 Exiqon A/S Novel oligonucleotide compositions and probe sequences useful for detection and analysis of microRNAs and their target mRNAs
EP1863516A2 (en) * 2005-02-08 2007-12-12 Board of Regents, The University of Texas System Compositions and methods involving mda-7 for the treatment of cancer
US7495073B2 (en) * 2005-03-24 2009-02-24 Asia Hepato Gene Company Short isoform of Annexin A10 at chromosome 4q, termed Annexin 10s (ANXA10s) and methods of use
GB0601102D0 (en) * 2006-01-19 2006-03-01 Nuclea Biomarkers Llc Kinase Peptides And Antibodies
US20070054287A1 (en) * 2005-05-31 2007-03-08 Applera Corporation Method for identifying medically important cell populations using micro rna as tissue specific biomarkers
US20070065844A1 (en) * 2005-06-08 2007-03-22 Massachusetts Institute Of Technology Solution-based methods for RNA expression profiling
EP1896602A4 (en) * 2005-06-09 2009-08-12 Epoch Biosciences Inc IMPROVED METHODS OF AMPLIFICATION BASED ON PRIMERS
IL177006A0 (en) * 2005-08-02 2006-12-10 Veridex Llc Predicting bone relapse of breast cancer
US20070041934A1 (en) * 2005-08-12 2007-02-22 Regents Of The University Of Michigan Dendrimer based compositions and methods of using the same
US8106024B2 (en) * 2006-06-16 2012-01-31 Taisho Pharmaceutical Co., Ltd. Method of treating cancer with an RPN2 gene expression inhibitor
US20080076674A1 (en) * 2006-07-06 2008-03-27 Thomas Litman Novel oligonucleotide compositions and probe sequences useful for detection and analysis of non coding RNAs associated with cancer

Cited By (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9822416B2 (en) 2010-02-05 2017-11-21 Hummingbird Diagnostics Gmbh miRNA in the diagnosis of ovarian cancer
CN101921759A (zh) * 2010-09-08 2010-12-22 南京医科大学 一种与宫颈癌及其癌前病变相关的血清/血浆miRNA标志物及其应用
CN101921759B (zh) * 2010-09-08 2013-05-29 南京医科大学 一种与宫颈癌及其癌前病变相关的血清/血浆miRNA标志物及其应用
WO2015091902A3 (en) * 2013-12-19 2015-08-13 Comprehensive Biomarker Center Gmbh Determination of platelet-mirnas in alzheimer's disease
CN105878264A (zh) * 2016-06-13 2016-08-24 山东大学 miR-21及其抑制剂在制备促进牙周组织再生药物中的应用
CN109652540A (zh) * 2018-12-21 2019-04-19 思泰得精准(北京)医学检验实验室有限公司 一种甲状腺癌早期检测分子标志物及其应用
CN110420328A (zh) * 2019-07-19 2019-11-08 蚌埠医学院第一附属医院 Syt14抑制剂在制备肺癌治疗药物中的用途
CN110420328B (zh) * 2019-07-19 2021-10-29 蚌埠医学院第一附属医院 Syt14抑制剂在制备肺癌治疗药物中的用途
CN111789965A (zh) * 2020-08-14 2020-10-20 福建医科大学附属协和医院 一种miR-522-3p吸附因子在制备治疗癌症的药物中的应用
CN111789965B (zh) * 2020-08-14 2023-05-23 福建医科大学附属协和医院 一种miR-522-3p吸附因子在制备治疗癌症的药物中的应用
CN113750219A (zh) * 2021-09-09 2021-12-07 中国人民解放军海军军医大学 Tmem184c在制备预防或治疗乙型脑炎病毒感染药物中的应用
CN113750219B (zh) * 2021-09-09 2023-01-17 中国人民解放军海军军医大学 Tmem184c在制备预防或治疗乙型脑炎病毒感染药物中的应用
CN114032236A (zh) * 2021-09-24 2022-02-11 南通市肿瘤医院 一种TMEM2的shRNA及其应用
CN115820632A (zh) * 2022-08-15 2023-03-21 南通市肿瘤医院 抑制ascc3表达的小干扰rna及其在抑制膀胱癌转移中的应用
CN115820632B (zh) * 2022-08-15 2023-07-18 南通市肿瘤医院 抑制ascc3表达的小干扰rna及其在抑制膀胱癌转移中的应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN101631861A (zh) 2010-01-20
US20090092974A1 (en) 2009-04-09
CN101622350A (zh) 2010-01-06
WO2008073915A2 (en) 2008-06-19
WO2008073915A3 (en) 2008-10-23
CN101622348A (zh) 2010-01-06
CN101627121A (zh) 2010-01-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101622349A (zh) 作为治疗性干预靶标的miR-21调节的基因和途径
US20090192102A1 (en) miR-21 REGULATED GENES AND PATHWAYS AS TARGETS FOR THERAPEUTIC INTERVENTION
EP2104737B1 (en) Functions and targets of let-7 micro rnas
US20090163434A1 (en) miR-20 Regulated Genes and Pathways as Targets for Therapeutic Intervention
US20230295631A1 (en) Micrornas and methods of their use
US20090163435A1 (en) miR-200 REGULATED GENES AND PATHWAYS AS TARGETS FOR THERAPEUTIC INTERVENTION
Bhayani et al. Functional relevance of miRNA* sequences in human disease
US8071562B2 (en) MiR-124 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
US20090232893A1 (en) miR-143 REGULATED GENES AND PATHWAYS AS TARGETS FOR THERAPEUTIC INTERVENTION
US8841437B2 (en) Precursor miRNA loop-modulated target regulation
CN101801419A (zh) 作为治疗干预的靶标的miR-34调控的基因和路径
US20090131356A1 (en) miR-15, miR-26, miR-31, miR-145, miR-147, miR-188, miR-215, miR-216, miR-331, mmu-miR-292-3P REGULATED GENES AND PATHWAYS AS TARGETS FOR THERAPEUTIC INTERVENTION
EP2104736B1 (en) Mir-126 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
WO2008084319A2 (ja) 新規核酸
AU2007299873A1 (en) miR-143 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
CN105008537A (zh) 抑制核糖体蛋白的胞内表达的小干扰rna
KR101862247B1 (ko) serpinb5에 대한 약물반응성을 가지는 마이크로 RNA를 함유하는 암치료용 의약조성물 및 이의 적용
Sarnowski et al. L11. 3
Mo MicroRNA-21 Targets PDCD4 Expression in Retinoblastoma
Muniyappa Investigation of the molecular mechanisms underlying the invasive phenotype in a panel of lung cancer cell lines

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C02 Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001)
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Open date: 20100106