RU2012121820A - Диагностические способы для определения прогноза немелкоклеточного рака легкого - Google Patents

Диагностические способы для определения прогноза немелкоклеточного рака легкого Download PDF

Info

Publication number
RU2012121820A
RU2012121820A RU2012121820/15A RU2012121820A RU2012121820A RU 2012121820 A RU2012121820 A RU 2012121820A RU 2012121820/15 A RU2012121820/15 A RU 2012121820/15A RU 2012121820 A RU2012121820 A RU 2012121820A RU 2012121820 A RU2012121820 A RU 2012121820A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
chr
marker
protein
outcome
mbp
Prior art date
Application number
RU2012121820/15A
Other languages
English (en)
Inventor
Димитрий СЕМИНАРОВ
Синь ЛУ
Кэ Чжан
Рик Р. ЛЕСНИЕВСКИ
Джон С. КУН
Original Assignee
Эбботт Лэборетриз
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Эбботт Лэборетриз filed Critical Эбботт Лэборетриз
Publication of RU2012121820A publication Critical patent/RU2012121820A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57423—Specifically defined cancers of lung
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/54—Determining the risk of relapse
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/56—Staging of a disease; Further complications associated with the disease
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/60—Complex ways of combining multiple protein biomarkers for diagnosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

1. Способ прогнозирования исхода заболевания у пациента, подвергаемого лечению от рака легкого, где способ включает стадии:a) предоставления тестируемого образца от пациента;b) определения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце;c) сравнения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце с исходным числом копий, равным двум, тем самым определяя присутствие или отсутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце; иd) исходя из присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце, идентификации пациента, как имеющего увеличенный риск плохого исхода заболевания по сравнению с исходным показателем исхода заболевания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где присутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли прогнозирует плохой исход заболевания.2. Способ по п.1, где плохой исход заболевания представляет собой по меньшей мере одно из сниженного общего времени выживания по сравнению с общим временем выживания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, и более короткого периода времени до рецидива по сравнению с общим временем выживания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.3. Способ прогнозирования исхода лечения у пациента, подвергаемого лечению от рака легкого, причем способ включает стадии:a) предоставления тестируемого образца от пациента;b) определения присутствия или отсутствия измен

Claims (110)

1. Способ прогнозирования исхода заболевания у пациента, подвергаемого лечению от рака легкого, где способ включает стадии:
a) предоставления тестируемого образца от пациента;
b) определения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце;
c) сравнения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце с исходным числом копий, равным двум, тем самым определяя присутствие или отсутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце; и
d) исходя из присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце, идентификации пациента, как имеющего увеличенный риск плохого исхода заболевания по сравнению с исходным показателем исхода заболевания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где присутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли прогнозирует плохой исход заболевания.
2. Способ по п.1, где плохой исход заболевания представляет собой по меньшей мере одно из сниженного общего времени выживания по сравнению с общим временем выживания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, и более короткого периода времени до рецидива по сравнению с общим временем выживания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.
3. Способ прогнозирования исхода лечения у пациента, подвергаемого лечению от рака легкого, причем способ включает стадии:
a) предоставления тестируемого образца от пациента;
b) определения присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, изменение числа копий которой ассоциировано с плохим исходом заболевания; и
c) исходя из присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, определения того, имеет ли пациент повышенный риск сниженного общего времени выживания или более короткого периода времени до рецидива по сравнению с общим временем выживания у пациентов, не имеющих увеличения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.
4. Способ по любому из пп.1-3, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, амплификация которой приводит к увеличению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где увеличение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
5. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н.; Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н.; Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н.; Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н.; Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н.; Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н.; Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н.; Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н.; Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н.; Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н.; Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н.; Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н.; Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н.; Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н.; Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н.; Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н.; Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н.; Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н.; Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н.; и Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н.
6. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C19orf12; C19orf12; циклин E1; PLEKHF1; POP4; и ZNF536 [Маркер 1].
7. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ATP-аза ATP4A; CHST8, DMKN FAR1,2,3; FXYD1,3,5,7; GAPDHS; GPI; GPR42; GRAMD1A; HAMP; HPN; KCTD15 KIAA0355; KRTDAP; LGI4; LSM14A; LSR; MAG; PDCD2L; SAE2 SUMO1; SBSN; SCN1B; TMEM147,162; USF2; WTIP; и ZNF181,30,302,599,792 [Маркер 2].
8. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ARMC7 (содержащий armadillo-повторы 7); ATP-синтаза ATP5H (H+-транспортирующий митохондриальный F0-комплекс, субъединица d); CASKIN2 (взаимодействующий с CASK белок 2); CD300A (молекула CD300a); CD300C (молекула CD300c); CD300E (молекула CD300e); CD300LB (представитель b подобного молекуле CD300 семейства); CD300LF (представитель f подобного молекуле CD300 семейства); CDR2L (подобный связанному с мозжечковой дегенерацией белку 2); DNAI2 (динеин, аксонемальный, промежуточная цепь 2); (представитель 6 доменного семейства десатуразы жирных кислот FADS6); FDXR (ферредоксинредуктаза); GALK1 (галактокиназа 1); GGA3 (ассоциированный с аппаратом Gольджи, содержащий ear гамма-адаптина, связывающий ARF белок): GPR142 (сопряженный с G-белком рецептор 142); GPRC5C (сопряженный с G-белком рецептор, семейство C, группа 5, представитель C); GRB2 (связанный с рецептором фактора роста белок 2); GRIN2C (рецептор глутамата, ионотропный, N-метил-D-аспартат 2C); H3F3B (H3-гистон, семейство 3B (H3.3B)); HN1 (гематологический и неврологический экспрессируемый 1 ICT1-незрелый транскрипт 1 карциномы толстого кишечника); ITGB4 (интегрин, бета 4); KCTD2 (содержащий домен тетрамеризации калиевого канала 2); KIAA0195; KIF19 (представитель семейства кинезинов 19); LLGL2 (летальный гомолог 2 гигантских личинок (Drosophila)); LOC388419 (подобный галектин-3-связывающему белку); MIF4GD (содержащий домен MIF4G); MRPS7 (митохондриальный рибосомальный белок S7); NAT9 (N-ацетилтрансфераза 9); NT5C (5',3'-нуклеотидаза, цитозольная); NUP85 (нуклеопорин 85 кДа); OTOP2 (отопетрин 2); OTOP3 (отопетрин 3); RAB37 (RAB37, представитель семейства онкогенов RAS); RECQL5 (подобный RecQ-белку 5); RPL38, рибосомальный белок L38; SAP30BP (связывающий SAP30 белок); SLC16A5 (представитель 6 семейства 16 переносчиков растворенных веществ (транспортер монокарбоновых кислот 6)); SLC25A19 (представитель 19 семейства 25 переносчиков растворенных веществ (митохондриальный переносчик пирофосфата тиамина)); SLC9A3R1 (регулятор 1 представителя 3 семейства 9 переносчиков растворенных веществ (обменник натрий/водород)); SUMO2 (SMT3-супрессор гомолога 2 mif two 3 (S.cerevisiae)); TMEM104 (трансмембранный белок 104); TTYH2 (гомолог tweety 2 (Drosophila)); UNK (гомолог unkempt (Drosophila)); и USH1G (синдром Ушера 1G (аутосомно-рецессивный)) [Маркер 3].
9. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: COL19A1 (коллаген, тип XIX, альфа 1), и COL9A1 (коллаген, тип IX, альфа 1) [Маркер 4].
10. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ADIPOR2 (рецептор адипонектина 2); B4GALNT3 (бета-1,4-N-ацетилгалактозаминилтрансфераза 3); CACNA2D4 (кальциевый канал, потенциал-зависимый, субъединица 4 альфа 2/дельта); CCDC77 (содержащий двухспиральный домен 77); ERC1 (представитель 1 семейства ELKS/RAB6-взаимодействующий/CAST); FBXL14 (белок 14 с F-боксом и лейцин-богатыми повторами); HSN2 (наследственная сенсорная невропатия, тип II); IQSEC3 (мотив IQ и домен Sec7 3); JARID1A (jumonji, AT-богатый взаимодействующий домен 1A); LRTM2 (лейцин-богатые повторы и трансмембранные домены 2); NINJ2 (ninjurin 2); RAD52 (гомолог RAD52 (S.cerevisiae)); SLC6A12 (представитель 12 семейства 6 переносчиков растворенных веществ (переносчик нейротрансмиттеров, бетаина/GABA)); SLC6A13 (представитель 13 семейства 6 переносчиков растворенных веществ (переносчик нейротрансмиттеров, GABA)); WNK1 (WNK киназа 1 лизин-дефицитного белка); и WNT5B (представитель 5B семейства участка встраивания MMTV типа wingless) [Маркер 5].
11. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ARL2 (подобный фактору ADP-рибозилирования 2); ATG2A ATG2 (гомолог A связанный с аутофагией 2 (S.cerevisiae)); BATF2 (основной фактор транскрипции лейциновой молнии, ATF-подобный 2; CAPN1 кальпаин 1, (mu/I) большая субъединица); CDC42BPG (связывающая CDC42 протеинкиназа гамма (DMPK-подобная)); CDCA5 (ассоциированный с циклом деления клеток 5); EHD1 (содержащий EH-домен 1); FAU (вирус саркомы мышей Финкеля-Биски-Рейли (FBR-MuSV), повсеместно экспрессируемый); GPHA2 (гликопротеин гормон альфа 2); MAP4K2 (активируемая митогеном протеинкиназа 2); MEN1 (множественная эндокринная неоплазия I); MRPL49 (митохондриальный рибосомальный белок L49); NAALADL1 (подобный N-ацетилированной альфа-связанной кислой дипептидазе 1); POLA2 (полимераза, (ДНК-направленная), альфа-2 (субъединица массой 70 кДа)); PPP2R5B (протеинфосфатаза 2, регуляторная субъединица B', бета-изоформа); SAC3D1 SAC3 (содержащий 1 домен); SLC22A20 (представитель 20 семейства 22 переносчиков растворенных веществ); SNX15 (сортирующий нексин 15); SPDYC (гомолог speedy C (Drosophila)); SYVN1 (сновиальный ингибитор апоптоза 1, синовиолин); TM7SF2 (представитель 2 7-трансмембранного суперсемейства); ZFPL1 (подобный белку цинковых пальцев 1); ZNHIT2 (HIT типа 2 с цинковыми пальцами); (hsa-mir-192); и (hsa-mir-194-2) [Маркер 6].
12. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BIRC8 (бакуловирусный содержащий IAP-повторы 8); BRSK1 (BR серин/треониновая киназа 1); CACNG6,7,8, (кальциевый канал, потенциалзависимая гамма-субъединица 6,7,8); CCDC106 (содержащий двухспиральный домен 106); CDC42EP5 CDC42 (эффекторный белок (связывающей Rho GTP-азу) 5); CNOT3 CCR4-NOT (транскрипционный комплекс, субъединица 3); COX6B2 (полипептид 2 субъединицы VIb оксидазы цитохрома c (яичко)); DPRX (родственный дивергентно-парному гомеобокс); EPN1 (эпсин 1); EPS8L1 (EPS8-подобный 1); FCAR (рецептор для Fc-фрагмента IgA); FIZ1 (FLT3-взаимодействующий цинковый палец 1); GALP (галанин-подобный пептид GP6, гликопротеин VI (тромбоциты)); HSPBP1 (hsp70-взаимодействующий белок); IL11 (интерлейкин 11); ISOC2 (содержащий домен изохоризматазы 2); KIR2DL1, KIR2DL4, KIR2DS4 KIR3DL1, KIR3DL3, KIR3DX1 (иммуноглобулин-подобный рецептор киллерных клеток); LAIR1,2 (ассоциированный с лейкоцитами иммуноглобулин-подобный рецептор 1,2); LENG1,4,8,9 (представитель 1,4,8,9 рецепторного кластера лейкоцитов (LRC)); LILRA2,3,4 (представитель 2,3,4 подсемейства A (с TM-доменом) иммуноглобулин-подобных рецепторов); LILRB1,2,3,4,5 (представитель 1,2,3,4,5 подсемейства B (с TM- и ITIM-доменами) иммуноглобулин-подобных рецепторов лейкоцитов); MYADM (миелоид-ассоциированный маркер дифференцировки); NAT14 (N-ацетилтрансфераза 14); NCR1 (запускающий естественную цитотоксичность рецептор 1); NDUFA3 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1, альфа-субкомплекс, 3, 9 кДа); NLRP2,4,5,7,8,9,11,12,13 (содержащий домен пирина семейства NLR 2,4,5,7,8,9,11,12,13); OSCAR (ассоциированный с остеокластами иммуноглобулин-подобный рецептор); PEG3 (отцовский экспрессируемый 3); PPP1R12C (регуляторная (ингибиторная) субъединица 12C протеинфосфатазы 1); PPP2R1A (регуляторная субъединица A протеинфосфатазы 2 (ранее 2A), альфа-изоформа); PRKCG (протеинкиназа C, гамма); PRPF31 (PRP31, гомолог 31 процессирующего пре-мРНК фактора (S.cerevisiae)); PTPRH (протеинтирозинфосфатаза H рецепторного типа); RDH13 (ретинолдегидрогеназа 13 (полностью транс/9-цис)); RPL28 (рибосомальный белок L28); RPS9 (рибосомальный белок S9); SAPS1 (представитель 1 доменного семейства SAPS); SUV420H2 (гомолог 2 супрессора мозаичности 4-20 (Drosophila)); SYT5 (синаптотагмин V); TFPT (партнер по слиянию TCF3 (E2A) (при детском лейкозе)); TMC4 (подобный трансмембранному каналу 4); TMEM190 (трансмембранный белок 190); TMEM86B (трансмембранный белок 86B); TNNI3 (тропонин I типа 3 (сердечный)); TNNT1 (тропонин T типа 1 (скелетный, медленный)); TSEN34 (гомолог эндонуклеазы 34 сплайсинга тРНК (S.cerevisiae)); TTYH1 (гомолог 1 tweety (Drosophila)); U2AF2 (вспомогательный фактор 2 малой ядерной РНК); UBE2S (убиквитин-конъюгирующий фермент E2S); VN1R2 (сошниково-носовой 1 рецептор 2); VN1R4 (сошниково-носовой 1 рецептор 4); VSTM1 (содержащий V-набор и трансмембранный домен 1); ZNF28,160,320,321,331,347,350,415,432,444,468,470 (белок цинковых пальцев 28,160,320,321,331,347,350,415,432,444,468,470); и микроРНК, включая hsa-mir-643, hsa-mir-512-1, hsa-mir-512-2, hsa-mir-498, hsa-mir-520e, hsa-mir-515-1, hsa-mir-519e, hsa-mir-520f, hsa-mir-515-2, hsa-mir-519c, hsa-mir-520a, hsa-mir-526b, hsa-mir-519b, hsa-mir-525, hsa-mir-523, hsa-mir-518f, hsa-mir-520b, hsa-mir-518b, hsa-mir-526a-1, hsa-mir-520c, hsa-mir-518c, hsa-mir-524, hsa-mir-517a, hsa-mir-519d, hsa-mir-521-2, hsa-mir-520d, hsa-mir-517b, hsa-mir-520g, hsa-mir-516-3, hsa-mir-526a-2, hsa-mir-518e, hsa-mir-518a-1, hsa-mir-518d, hsa-mir-516-4, hsa-mir-518a-2, hsa-mir-517c, hsa-mir-520h, hsa-mir-521-1, hsa-mir-522, hsa-mir-519a-1, hsa-mir-527, hsa-mir-516-1, hsa-mir-516-2, hsa-mir-519a-2, hsa-mir-371, hsa-mir-372, hsa-mir-373, hsa-mir-516a-1, hsa-mir-516a-2, hsa-mir-516b-1, hsa-mir-516b-2, hsa-mir-517a-1, hsa-mir-517a-2, hsa-mir-520c-1 и hsa-mir-520c-2 [Маркер 7].
13. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C6orf64 (хромосома 6, открытая рамка считывания 64); DNAH8 (аксонемальный динеин, тяжелая цепь 8); GLP1R (рецептор глюкагон-подобного пептида 1); KCNK16 (представитель 16 подсемейства K калиевых каналов); KCNK17 (представитель 17 подсемейства K калиевых каналов); KCNK5 (представитель 5 подсемейства K калиевых каналов); и KIF6 (представитель 6 семейства кинезинов) [Маркер 8].
14. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BANF1 (барьер для фактора аутоинтеграции 1); CATSPER1 (катионный канал, ассоциированный со спермой, 1); CCDC85B (содержащий двухспиральный домен 85B); CDC42EP2CDC42 (эффекторный белок (связывающий Rho GTP-азу) 2); CFL1 (кофилин 1 (немышечный)); CST6 (цистатин E/M); CTSW (катепсин W); DPF2 D4 (семейство 2 цинковых и двойных PHD пальцев); DRAP1 (DR1-ассоциированный белок 1 (негативный кофактор 2 альфа)); EFEMP2 (EGF-содержащий фибулин-подобный белок внеклеточного матрикса 2); EHBP1L1 (подобный 1 связывающему EH-домен белку 1); FAM89B (представитель B семейства со сходством последовательностей 89); FIBP (внутриклеточный связывающий фибробластный фактор роста (кислотный) белок); FOSL1 (FOS-подобный антиген 1); FRMD8 (содержащий FERM-домен 8); GAL3ST3 (галактоза-3-O-сульфотрансфераза 3); HTATIP (взаимодействующий с Tat ВИЧ-1 белок, 60 кДа); KCNK7 (представитель 7 подсемейства K калиевых каналов); LTBP3 (латентный связывающий трансформирующий фактор роста-бета белок 3); MAP3K11 (митоген-активируемая протеинкиназа 11); MGC11102 (гипотетический белок MGC11102); MUS81 MUS81 (гомолог эндонуклеазы (S.cerevisiae)); OVOL1 (ovo-подобный 1 (Drosophila)); PACS1 (кислотный кластерный сортирующий белок 1 фосфофурина); PCNXL3 (pecanex-подобный 3 (Drosophila)); POLA2 (полимераза (ДНК-направленная) альфа-2 (субъединица 70 кДа)); RELA (гомолог A вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel, энхансер гена ядерного фактора полипептида легкой цепи каппа в B-клетках 3, p65 (птичий)); RNASEH2C (субъединица C рибонуклеазы H2); SART1 (антиген плоскоклеточной карциномы, распознаваемый T-клетками); SCYL1 (SCY1-подобный 1 (S.cerevisiae)); SF3B2 (фактор сплайсинга 3b, субъединица 2, 145 кДа); SIPA1 (индуцируемый сигналом ассоциированный с пролиферацией ген 1); SLC25A45 (представитель 45 семейства 25 переносчиков растворенных веществ); SSSCA1 (аутоантиген 1 синдрома Шегрена/склеродермии); TIGD3 (происходящий из мобильного элемента tigger 3); и TSGA10IP (специфический к яичку 10, взаимодействующий белок) [Маркер 9].
15. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: AHNAK (нуклеопротеин AHNAK); ASRGL1 (аспарагиназа-подобный 1); B3GAT3 (бета-1,3-глюкуронилтрансфераза 3 (глюкуронозилтрансфераза I)); BAD (BCL2-антагонист клеточной гибели); BEST1 (бестрофин 1); BSCL2 (врожденная липодистрофия Берардинелли-Сейпа 2 (сейпин)); CCDC88B (содержащий двухспиральный домен 88B); CHRM1 (холинэргический рецептор, мускариновый 1); COX8A (субъединица 8A оксидазы цитохрома c (повсеместная)); DKFZP564J0863 (белок DKFZP564J0863); DKFZP566E164 (белок DKFZP566E164); DNAJC4 (представитель 4 подсемейства C гомобелка DnaJ (Hsp40)); EEF1G (эукариотический трансляционный фактор элонгации 1 гамма); EML3 (подобный ассоциированному с микротрубочками иглокожих белку 3); ESRRA (эстроген-родственный рецептор альфа); FADS2,3 (десатураза жирных кислот 2,3); FKBP2 (связывающий FK506 белок 2, 13 кДа); FLRT1 (фибронектиновый лейцин-богатый трансмембранный белок 1); FTH1 (ферритин, тяжелый полипептид 1); GANAB (глюкозидаза-альфа; нейтральный AB); GNG3 (связывающий гуаниновый нуклеотид белок (G-белок), гамма 3); GPR137 (сопряженный с G-белком рецептор 137); HRASLS2,3,5 (HRAS-подобный супрессор 2,3,5); INCENP (антигены внутреннего центромерного белка 135/155 кДа); INTS5 (субъединица комплекса интеграции 5); KCNK4 (представитель 4 подсемейства K калиевых каналов); LGALS12 (лектин, галактозид-связывающий, растворимый, 12 (галектин 12)); MACROD1 (содержащий MACRO-домен 1); MARK2, (MAP/регулирующая аффинность микротрубочек киназа 2); MGC3196 (гипотетический белок MGC3196); MTA2 (представитель 2 ассоциированного с метастазами 1 семейства); NAT11 (N-ацетилтрансфераза 11); NRXN2 (неурексин 2); NUDT22 (мотив типа nudix (нуклеозиддифосфат-связанная группа X) 22); NXF1 (ядерный фактор экспорта РНК 1); OTUB1 (домен OTU, убиквитин-альдегид-связывающий 1); PLCB3 (фосфолипаза C, бета 3 (фосфатидилинозитол-специфическая)); POLR2G (полипептид G полимеразы (РНК) II (ДНК-направленной)); PPP1R14B (протеинфосфатаза 1, регуляторная (ингибиторная) субъединица 14B); PRDX5 (пероксиредоксин 5); PYGM (фосфорилаза гликогена, мышечная (синдром McArdle, болезнь накопления гликогена типа V)); RAB3IL1 (подобный взаимодействующему с RAB3A белку (rabin3) 1); RARRES3 (респондер на рецептор ретиноевой кислоты (тазаротен-индуцируемый) 3); RASGRP2 (RAS высвобождающий гуанил белок 2 (кальций и DAG-регулируемый)); RCOR2 REST (корепрессор 2); ROM1 (ретинальный белок 1 мембраны наружного сегмента); RPS6KA4 (полипептид 4 рибосомальной киназы белка S6, 90 кДа); RTN3 (ретикулон 3); SCGB1A1, 1D1, 1D2, 1D4, 2A1, 2A1 (секретоглобин, семейство фактора сплайсинга 1 SF1); SLC22A10 11, 12, 6, 8, 9 (семейство 22 переносчиков растворенных веществ (органический анионный/катионный транспортер), SLC3A2, представитель 2 семейства 3 переносчиков растворенных веществ (активаторы транспорта двухосновных и нейтральных аминокислот)); STIP1 (стресс-индуцируемый фосфопротеин 1 (Hsp70/Hsp90-организующий белок)); STX5 (синтаксин 5); TAF6L (TAF6-подобная РНК-полимераза II, p300/CBP-ассоциированный фактор (PCAF), 65 кДа); TRPT1 (тРНК-фосфотрансфераза 1); TTC9C (домен тетратрикопептидного повтора 9C); TUT1 (концевая уридилилтрансфераза 1, U6, мяРНК-специфический URP2 UNC-112-родственный белок 2); UST6 (предполагаемый UST1-подобный органический анионный транспортер); VEGFB (сосудисто-эндотелиальный фактор роста B); WDR74 (домен WD-повторов 74); и ZBTB3 (содержащий цинковые пальцы и домен BTB 3) [Маркер 10].
16. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: AKAP1 (якорный белок 1 A-киназы (PRKA)); ANKFN1 (содержащий анкириновые повторы и фибронектиновый домен 1 типа III); C17orf67 (открытая рамка считывания 67 хромосомы 17); COIL (коилин); DGKE (диацилглицеринкиназа эпсилон, 64 кДа); MSI2 (гомолог musashi 2 (Drosophila)); NOG (noggin); SCPEP1 (серинкарбоксипептидаза 1); и TRIM25 (содержащий тройственный мотив 25) [Маркер 11].
17. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: hsa-mir-10a; hsa-mir-196a-1; ABI3 (представитель 3 семейства генов ABI); ATP5G1 (ATP-синтаза, H+-транспортирующий митохондриальный комплекс F0, субъединица C1 (субъединица 9)); B4GALNT2 (бета-1,4-N-ацетилгалактозаминилтрансфераза 2); CALCOCO2 (кальций-связывающий и двухспиральный домен 2); CBX1 (гомолог 1 хромобокса (HP1-бета гомолог Drosophila)); GIP (желудочный ингибиторный полипептид); GNGT2 (связывающий гуаниновый нуклеотид белок (G-белок), полипептид 2 с активностью гамма-трансдукции); HOXB1,2,3,4,5,6,7,8,9,13 (гомеобокс B1,2,3,4,5,6,7,8,9,13); IGF2BP1 (связывающий мРНК инсулиноподобного фактора роста 2 белок 1); NFE2L1 (подобный ядерному фактору (эритроидного происхождения 2) 1); NGFR (рецептор фактора роста нервов (суперсемейство TNFR, представитель 16)); PHB (фосфатаза прохибитина PHOSPHO1, сиротская 1); PRAC (малый ядерный белок PRAC); SKAP1 (ассоциированный с src-киназой фосфобелок 1); SNF8 (гомолог субъединицы комплекса ESCRT-II SNF8 (S.cerevisiae)); SNX11 (сортирующий нексин 11); TTLL6 (представитель 6 семейства подобной тубулин-тирозину лигазы); UBE2Z (убиквитин-конъюгирующий фермент E2Z); и ZNF652 (белок цинковых пальцев 652) [Маркер 12].
18. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ACVR2A (рецептор активина A типа IIA); C2orf25 (открытая рамка считывания 25 хромосомы 2); EPC2 (энхансер гомолога 2 polycomb (Drosophila)); KIF5C (представитель 5C семейства кинезинов); LOC130576 (гипотетический белок LOC130576); LYPD6 (содержащий LY6/PLAUR 6); MBD5 (связывающий метил-CpG доменный белок 5); ORC4L (комплекс распознавания ориджина, подобный субъединице 4 (дрожжи)); и RND3 (GTP-аза 3 семейства Rho) [Маркер 13].
19. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие hsa-mir-588; AKAP7 (якорный белок 7 A-киназы (PRKA)); ALDH8A1 (представитель A1 семейства альдегиддегидрогеназы 8); ARG1 (аргиназа печени); ARHGAP18 (активирующий GTP-азу Rho белок 18); CTGF (фактор роста соединительной ткани); ECHDC1 (содержащий домен гидратазы еноил-кофермента A 1); ENPP1,3 (эктонуклеотидная пирофосфатаза/фосфодиэстераза 1,3); EPB41L2 (подобный 2 группе мембранных белков эритроцитов 4,1); EYA4 (гомолог 4 отсутствия глаз (Drosophila)); HDDC2 (содержащий HD-домен 2); HEY2 (мотив 2, родственный heiry/enhancer-of-split с YRPW); HINT3 (нуклеотид-связывающий белок 3 гистидиновой триады); KIAA1913, KIAA1913; LAMA2 (ламинин, альфа-2 (меросин, врожденная мышечная дистрофия)); MED23 (субъединица медиаторного комплекса 23); MOXD1 (монооксигеназа, DBH-подобная 1); MYB (гомолог вирусного онкогена миелобластоза v-myb (птичий)); NCOA7 (коактиватор ядерного рецептора 7); NKAIN2 (Na+/K+-транспортирующий взаимодействующий с ATP-азой 2); OR2A4 (представитель 4 подсемейства A семейства 2 обонятельных рецепторов); PTPRK (протеинтирозинфосфатаза, рецепторный тип, K); RNF146 (белок кольцевых пальцев 146); RNF217 (белок кольцевых пальцев 217); RPS12 (рибосомальный белок S12); SAMD3 (содержащий домен альфа-мотива стерильности 3); SGK (регулируемая сывороткой/глюкокортикоидами киназа); SLC2A12 (представитель 12 семейства 2 переносчиков растворенных веществ (облегченный транспортер глюкозы)); STX7 (синтаксин 7); TAAR1,2,5,6,8,9 (ассоциированный с остаточным амином рецептор 1,2,5,6,8,9); TBPL1 (TBP-подобный 1); TCF21 (фактор транскрипции 21); TPD52L1 (подобный опухолевому белку D52 1); TRDN (триадин); TRMT11 (гомолог тРНК-метилтрансферазы 11 (S.cerevisiae)); и VNN1,2,3 (ванин 1,2,3) [Маркер 14].
20. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: CLDN23 (клаудин 23); DEFA5 (дефензин альфа 5, специфический для клеток Панета); DEFB103B (дефензин бета 103B); DEFB104A (дефензин бета 104A); DEFB104B (дефензин бета 104B); DEFB105B (дефензин бета 105B); DEFB106A (дефензин бета 106A); DEFB106B (дефензин бета 106B); DEFB107A (дефензин бета 107A); DEFB107B (дефензин бета 107B); DEFB4 (дефензин бета 4); MFHAS1 (амплифицированная последовательность 1 злокачественной фиброзной гистиоцитомы); PRAGMIN (гомолог pragma крысы Rnd2); SPAG11A (ассоциированный со спермой антиген 11A); и SPAG11B (ассоциированный со спермой антигена 11B) [Маркер 15].
21. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BAZ2B (бромодомен, соседний с доменом цинковых пальцев 2B); CD302 (молекула CD302); ITGB6 (интегрин бета 6); LY75 (лимфоцитарный антиген 75); MARCH7 (ассоциированный с мембраной кольцевой палец (C3HC4) 7); PLA2R1 (рецептор 1 фосфолипазы A2, 180 кДа); и RBMS1 (РНК-связывающий мотив, одноцепочечный взаимодействующий белок 1) [Маркер 16].
22. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ABI2 (взаимодействующая с abl молекула 2); ALS2 (боковой амиотрофический склероз 2 (ювенильный)); ALS2CR2, 4, 7, 8, 11, 12, 13 (хромосомная область бокового амиотрофического склероза 2 (ювенильного), кандидат 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13); AOX1 (альдегидоксидаза 1); BMPR2 (рецептор морфогенетического белка кости, тип II (серин/треониновая киназа)); BZW1 (основные домены 1 лейциновой молнии и W2); CASP10 (каспаза 10, апоптоз-связанная цистеинпептидаза); CASP8 (каспаза 8, апоптоз-связанная цистеинпептидаза); CFLAR (CASP8 и FADD-подобный регулятор апоптоза); CLK1 (CDC-подобная киназа 1); CYP20A1 (цитохром P450, семейство 20, подсемейство A, полипептид 1); FAM126B (представитель B семейства со сходством последовательностей 126); FZD7 (гомолог frizzled 7 (Drosophila) ICA1L, подобный аутоантигену островковых клеток 1,69 кДа); KCTD18 (содержащий домен тетрамеризации калиевых каналов 18); LOC26010 (трансактивируемый вирусной ДНК-полимеразой белок 6); MPP4 (мембранный белок, пальмитоилированный 4 (представитель 4 подсемейства MAGUK p55)); NBEAL1 (neurobeachin-подобный 1); NDUFB3 (субкомплекс 3 NADH-дегидрогеназы (убихинон) 1 бета, 12 кДа); NIF3L1 (подобный 1 взаимодействующему с NIF3 NGG1 фактору 3 (S. pombe)); NOP5/NOP58 (ядерный белок NOP5/NOP58); ORC2L (подобный комплексу распознавания ориджина, субъединице 2 (дрожжи)); PPIL3 (подобный пептидилпролилизомеразе (циклофилин) 3); RAPH1 (домены 1 ассоциации с Ras (RalGDS/AF-6) и гомологии плекстрина); SGOL2 (shugoshin-подобный 2 (S. pombe)); SUMO1 (гомолог 1 супрессора SMT3 mif two 3 (S.cerevisiae)); TRAK2 (белок транспорта, связывающий кинезин 2); и WDR12 (домен повтора WD 12) [Маркер 17].
23. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BRPF3 (содержащий бромодомен и пальцы PHD 3); DKFZp779B1540 (гипотетический белок DKFZp779B1540); ETV7 (ген варианта ets 7 (онкоген TEL2)); KCTD20 (содержащий домен тетрамеризации калиевых каналов 20); PNPLA1 (содержащий домен 1 пататин-подобный фосфолипазы); PXT1 (пероксисомальный специфический для яичка 1); SFRS3 (фактор сплайсинга, аргинин/серин-богатый 3); и STK38 (серин/треониновая киназа 38) [Маркер 18].
24. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ADAM23 (домен металлопептидазы ADAM 23); CPO (карбоксипептидаза O); DYTN (дистротелин); EEF1B2 (эукариотический трансляционный фактор элонгации 1 бета 2); FASTKD2 (домены киназы FAST 2); FLJ20309 (гипотетический белок FLJ20309); GPR1 (сопряженный с G-белком рецептор 1); KLF7 (Kruppel-подобный фактор 7 (повсеместный)); MDH1B (малатдегидрогеназа 1B, NAD (растворимый)); NDUFS1 (дегидрогеназа NADH (убихинон) Fe-S белок 1, 75 кДа (кофермент NADH Q-редуктаза)); NRP2 (нейропилин 2); PARD3B (гомолог B дефектный по разделению 3 par-3 (C. elegans)); ZDBF2 (цинковый палец, содержащий DBF-тип 2); и hCG_1657980 (hCG1657980) [Маркер 19].
25. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие hsa-mir-197; AHCYL1 (подобный S-аденозилгомоцистеингидролазе 1); ALX3 (aristaless-подобный гомеобокс 3); AMIGO1 (молекула адгезии с Ig-подобным доменом 1); AMPD2 (аденозинмонофосфатдезаминаза 2 (изоформа L)); ATXN7L2 (подобный 2 атаксину 7); CELSR2 (кадгерин, семикратно трансмембранный рецептор 2 G-типа EGF LAG (гомолог flamingo, Drosophila)); CSF1 (колониестимулирующий фактор 1 (макрофаг)); CYB561D1 (содержащий 1 домен цитохрома b-561); EPS8L3 (EPS8-подобный 3); FAM40A (представитель A семейства со сходством последовательностей 40); GNAI3 (связывающий гуаниновый нуклеотид белок (G белок), полипептид 3 с альфа-ингибирующей активностью); GNAT2 (гуаниновый нуклеотид связывающий белок (G белок), полипептид 2 с альфа-трансдуцирующей активностью); GPR61 (сопряженный с G белком рецептор 61); GSTM1,M2,M3,M4,M5 (глутатион S-трансфераза M1, M2 (мышцы), M3 (головной мозг), M4, M5); HBXIP (взаимодействующий с вирусом x гепатита B белок); KCNA2,3,4,10 (представитель 2,3,4,10 подсемейства shaker-родственных калиевых потенциал-зависимых каналов); KIAA1324 (KIAA1324); MYBPHL (подобный миозин-связывающему белку H); PROK1 (прокинтицин 1); PSMA5 (субъединица протеасомы (просома, макропаин), альфа-типа, 5); PSRC1 (пролин/серин-богатая двойная спираль 1); RBM15 (белок РНК-связывающего белка 15); SARS (серил-тРНК-синтетаза); SLC16A4 (представитель 4 семейства 16 переносчиков растворенных веществ (транспортер 5 монокарбоновых кислот)); SLC6A17 (представитель 17 семейства 6 переносчиков растворенных веществ); SORT1 (сортилин 1); SYPL2 (синаптофизин-подобный 2); и UBL4B (убиквитин-подобный 4B) [Маркер 20].
26. Способ по любому из пп.1-3, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, делеция которой приводит к снижению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где снижение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
27. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н.; Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н.; Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н.; Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н.; Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н.; Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н.; Chr 9, 28,1 м.п.н.; Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н.; Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н.; Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н.; Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н.; Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н.; Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н.; Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н.; Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н.; Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н.; Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н.; Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н.; Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н.; Chr 4, 81,4-83,2 м.п.н.; Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н.; Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н.; и Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н.
28. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ADAMTS6 (металлопептидаза ADAM 6 с мотивом тромбоспондина типа 1); CD180 (молекула CD180); CENPK (белок центромеры K); ERBB2IP (взаимодействующий с erbb2 белок); FLJ13611 (гипотетический белок FLJ13611); HTR1A (рецептор 1A 5-гидрокситриптамина (серотонин)); MAST4 (представитель 4 семейства ассоциированных с микротрубочками серин/треониновых киназ); NLN (нейролизин (семейство металлопептидазы M3)); P18SRP (белок P18SRP); PIK3R1 (фосфоинозитид-3-киназа, регуляторная субъединица 1 (p85-альфа)); PPWD1 (содержащий домен пептидилпролилизомеразы и WD-повтор 1); RGS7BP (регулятор связывающего белка передачи сигнала G-белком 7); RNF180 (белок кольцевого пальца 180); SDCCAG10 (антиген 10 серологически определенного рака толстого кишечника); SFRS12 (фактор сплайсинга, аргинин/серин-богатый 12); SGTB (содержащий малые глутамин-богатые тетратрикопептидные повторы (TPR) бета 0); и TRIM23 (содержащий тройной мотив 23) [Маркер делеции 1].
29. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ARL15 (подобный фактору ADP-рибозилирования 15); HSPB3 (белок 3 теплового шока 27 кДа) и hsa-miR-581 [Маркер делеции 2].
30. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: FLJ20184 (гипотетический белок FLJ20184); GSTCD (глутатион S-трансфераза, содержащая C-концевой домен); INTS12 (субъединица комплекса интеграции 12); KIAA1546 (KIAA1546); MGC16169 (гипотетический белок MGC16169); NPNT (нефронектин); и PPA2 (пирофосфатаза (неорганическая) 2) [Маркер делеции 3].
31. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ITFG1 (содержащий FG-GAP-повтор интегрина альфа 1) и PHKB (киназа фосфорилазы бета) [Маркер делеции 4].
32. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую ISL1 (гомеобокс ISL LIM) [Маркер делеции 5].
33. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ARSK (представитель K семейства арилсульфатазы); CAST (кальпастатин); ELL2 (фактор элонгации, РНК-полимераза II, 2); FAM81B (представитель B семейства со сходством последовательностей 81); GLRX (глутаредоксин (тиолтрансфераза)); GPR150 (сопряженный с G-белком рецептор 150); KIAA0372 (KIAA0372); MCTP1 (трансмембранный 1 со множественными доменами C2); PCSK1 (пробелок конвертаза субтилизин/кексин типа 1); RFESD (содержащий домен Rieske (Fe-S)); RHOBTB3 (Rho-родственный содержащий домен BTB 3); SPATA9 (ассоциированный со сперматогенезом 9); и hsa-miR-583 [Маркер делеции 6].
34. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C9orf19 (открытая рамка считывания 19 хромосомы 9); CCIN (калицин); CLTA (клатрин, легкая цепь (Lca)); GNE (глюкозамин (UDP-N-ацетил)-2-эпимераза/N-ацетилманнозаминкиназа); MELK (материнская эмбриональная киназа лейциновой молнии); PAX5 (парный бокс 5); RECK (индуцирующий реверсию цистеин-богатый белок с мотивами kazal); и RNF38 (белок кольцевых пальцев 38) [Маркер делеции 7].
35. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ARSK (представитель K семейства арилсульфатазы); CAST (кальпастатин); ELL2 (фактор элонгации, РНК-полимераза II, 2); FAM81B (представитель B семейства со сходством последовательностей 81); GLRX (глутаредоксин (тиолтрансфераза)); GPR150 (сопряженный с G-белком рецептор 150); KIAA0372 (KIAA0372); MCTP1 (множественные домены C2, трансмембранный 1); PCSK1 (пробелок конвертаза субтилизин/кексин типа 1); RFESD (содержащий домен Rieske (Fe-S)); RHOBTB3 (Rho-родственный содержащий домен BTB 3); SPATA9 (ассоциированный со сперматогенезом 9) [Маркер делеции 8].
36. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C14orf166 (открытая рамка считывания 166 хромосомы 14); DDHD1 (содержащий DDHD домен 1); ERO1L (ERO1-подобный (S.cerevisiae)); FRMD6 (содержащий домен FERM 6); GNG2 (связывающий гуаниновый нуклеотид белок (G-белок), гамма 2); GNPNAT1 (глюкозамин-фосфат N-ацетилтрансфераза 1); GPR137C (сопряженный с G белком рецептор 137C); NID2 (нидоген 2 (остеонидоген)); PLEKHC1 (представитель 1 содержащего домен гомологии плекстрина семейства C (с доменом FERM)); PSMC6 (субъединица 26S протеасомы (просома, макропаин), ATP-аза 6); PTGDR (рецептор простагландина D2 (DP)); PTGER2 (рецептор 2 простагландина E (подтип EP2), 53 кДа); STYX (взаимодействующий с серин/треонин/тирозином белок); TXNDC16 (содержащий домен тиоредоксина 16) [Маркер делеции 9].
37. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ACTN1 (актинин, альфа 1); AKAP5 (якорный белок 5 киназы A (PRKA)); ARG2 (аргиназа, тип II); ATP6V1D (ATP-аза H+-транспортирующая лизосомальная, 34 кДа, V1, субъединица D); C14orf50 (открытая рамка считывания 50 хромосомы 14); C14orf54 (открытая рамка считывания 54 хромосомы 14); C14orf83 (открытая рамка считывания 83 хромосомы 14); CHURC1 (содержащий домен churchill 1); EIF2S1 (эукариотический трансляционный фактор инициации 2, субъединица 1 альфа, 35 кДа); ESR2 (рецептор эстрогенов 2 (ER-бета)); FLJ39779 (белок FLJ39779); FNTB (фарнезилтрансфераза, бокс CAAX, бета); FUT8 (фукозилтрансфераза 8 (альфа-(1,6)-фукозилтрансфераза)); GPHB5 (гликопротеиновый гормон бета 5); GPHN (гефирин); GPX2 (глутатионпероксидаза 2 (желудочно-кишечная)); HSPA2 (белок 2 теплового шока, 70 кДа); KCNH5 (представитель 5 подсемейства H калиевых потенциал-зависимых каналов (eag-родственного)); MAX MYC (ассоциированный фактор X); MPP5 (мембранный белок, пальмитоилированный 5 (представитель 5 подсемейства MAGUK p55)); MTHFD1 (метилентетрагидрофолатдегидрогеназа (NADP+-зависимая) 1, метенилтетрагидрофолатциклогидролаза, формилтетрагидрофолатсинтетаза); PIGH (биосинтез гликанового якоря фосфатидилинозитола, класс H); PLEK2 (плекстрин 2); PLEKHG3 (представитель 3 содержащий домен гомологии плекстрина, семейство G (с доменом RhoGef)); PLEKHH1 (представитель 1 содержащий домен гомологии плекстрина, семейство H (с доменом MyTH4)); PPP2R5E (эпсилон-изоформа протеинфосфатазы 2, регуляторная субъединица B'); RAB15 (RAB15, представитель семейства онкогенов RAS); RAD51L1 (RAD51-подобный 1 (S.cerevisiae)); RDH11 (ретинолдегидрогеназа 11 (полностью транс/9-цис/11-цис)); RDH12 (ретинолдегидрогеназа 12 (полностью транс/9-цис/11-цис)); RHOJ (представитель J семейства гомологичных генов ras); SGPP1 (фосфатаза 1 сфингозин-1-фосфата); SPTB (спектрин бета, эритроцитарный (включает сфероцитоз, клинический тип I)); SYNE2 (содержащий спектриновые повторы, ядерной оболочки 2); SYT16 (синаптотагмин XVI); VTI1B (везикулярный транспорт через взаимодействие с гомологом 1B t-SNAREs (дрожжи)); WDR22 (домен 22 WD-повторов); WDR89 (домен 89 WD-повторов); ZBTB1 (содержащий цинковый палец и домен BTB 1); ZBTB25 (содержащий цинковый палец и домен BTB 25); ZFP36L1 (подобный белку цинкового пальца 36, C3H-типа 1); ZFYVE26 (цинковый палец, содержащий домен FYVE 26); и hsa-miR-625 [Маркер делеции 10].
38. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 9, 28,1 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую LINGO2 (содержащий лейцин-богатый повтор и Ig-домен 2) [Маркер делеции 11].
39. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую KCTD8 (содержащий домен тетрамеризации калиевых каналов 8) [Маркер делеции 12].
40. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: DIMT1L DIM1 (подобный диметиладенозинтрансферазе 1 (S.cerevisiae)); FLJ37543 (гипотетический белок FLJ37543); IPO11 (импортин 11); ISCA1L (подобный гомологу сборки кластера железо-сера (S.cerevisiae)); и KIF2A (представитель 2A тяжелой цепи кинезина) [Маркер делеции 13].
41. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ADPRH (ADP-рибозиларгинингидролаза); B4GALT4 (UDP-Gal:betaGlcNAc бета 1,4-галактозилтрансфераза, полипептид 4); C3orf1 (открытая рамка считывания 1 хромосомы 3); C3orf15 (открытая рамка считывания 15 хромосомы 3); C3orf30 (открытая рамка считывания 30 хромосомы 3); CD80 (молекула CD80); CDGAP (активирующий Cdc42 GTP-азу белок); COX17 (гомолог сборки оксидазы цитохрома c COX17 (S.cerevisiae)); GSK3B (киназа гликогенсинтазы 3 бета); IGSF11 (представитель 110 суперсемейства иммуноглобулинов); KTELC1 (содержащий KTEL (Lys-Tyr-Glu-Leu) 1); NR1I2 (представитель 2 подсемейства 1 ядерных рецепторов, группа I); PLA1A (представитель A фосфолипазы A1); POPDC2 (содержащий домен popeye 2); TMEM39A (трансмембранный белок 39A); и UPK1B (уроплакин 1B) [Маркер делеции 14].
42. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ATP10D (ATP-аза, класса V, тип 10D); CNGA1 (управляемый циклическими нуклеотидами канал альфа 1); COMMD8 (содержащий домен COMM 8); CORIN (корин, сериновая пептидаза); COX7B2 (субъединица VIIb2 оксидазы цитохрома c); GABRA4 (рецептор гамма-аминомасляной кислоты (GABA) A, альфа 4); GABRB1 (рецептор гамма-аминомасляной кислоты (GABA) A, бета 1); NFXL1 (ядерный фактор транскрипции, подобный связывающему X-бокс 1); NPAL1 (содержащий NIPA-подобный домен 1); TEC (протеинтирозинкиназа tec); и TXK (тирозинкиназа TXK) [Маркер делеции 15].
43. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую FBXO33 (белок F-бокса 33) [Маркер делеции 16].
44. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: GNPDA2 (глюкозамин-6-фосфатдезаминаза 2); GUF1 (GUF1, гомолог GTP-азы (S.cerevisiae)); и YIPF7 (представитель 7 семейства доменов Yip1) [Маркер делеции 17].
45. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие IKZF2 (цинковый палец семейства IKAROS 2 (Helios)); и SPAG16 (ассоциированный со спермой антиген 16) [Маркер делеции 18].
46. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C14orf106 (открытая рамка считывания 106 хромосомы 14); C14orf155 (открытая рамка считывания 155 хромосомы 14); C14orf28 (открытая рамка считывания 28 хромосомы 14); FANCM (анемия Фанкони, группа комплементации M); FKBP3 (связывающий FK506 белок 3, 25 кДа); KIAA0423 (KIAA0423); KLHL28 (kelch-подобный 28 (Drosophila)); MDGA2 (содержащий домен MAM гликозилфосфатидилинозитольный якорь 2); PRPF39 (гомолог фактора процессинга пре-мРНК PRP39 (S.cerevisiae)); и RPL10L (подобный рибосомальному белку L10) [Маркер делеции 19].
47. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую FOXG1 (бокс forkhead G1) [Маркер делеции 20].
48. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие EPHA6 (рецептор EPH A6) [Маркер делеции 21].
49. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ACTR10 (гомолог актин-родственного белка 10 (S.cerevisiae)); ARID4A (AT-богатый взаимодействующий домен 4A (RBP1-подобный)); C14orf100 (открытая рамка считывания 100 хромосомы 14); C14orf101 (открытая рамка считывания 101 хромосомы 14); C14orf105 (открытая рамка считывания 105 хромосомы 14); C14orf108 (открытая рамка считывания 108 хромосомы 14); C14orf135 (открытая рамка считывания 135 хромосомы 14); C14orf149 (открытая рамка считывания 149 хромосомы 14); C14orf37 (открытая рамка считывания 37 хромосомы 14); C14orf39 (открытая рамка считывания 39 хромосомы 14); DAAM1 (ассоциированный с dishevelled активатор морфогенеза 1); DACT1 (гомолог 1 dapper, антагонист бета-катенина (Xenopus laevis)); DHRS7 (представитель 7 дегидрогеназа/редуктаза (семейство SDR)); EXOC5 (компонент 5 комплекса exocyst); GPR135 (сопряженный с G-белком рецептор 135); KIAA0586 (KIAA0586); NAT12 (N-ацетилтрансфераза 12); OTX2 (гомеобокс orthodenticle 2); PELI2 (гомолог pellino 2 (Drosophila)); PPM1A (протеинфосфатаза 1A (ранее 2C), магний-зависимая, альфа-изоформа); PSMA3 (субъединица протеасомы (просома, макропаин), альфа-тип, 3); RTN1 (ретикулон 1); SLC35F4 (представитель F4 семейства 35 переносчиков растворенных веществ); TIMM9 (гомолог транслоказы внутренней митохондриальной мембраны 9 (дрожжи)); и UNQ9438 (TIMM) [Маркер делеции 22].
50. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ABHD12B (содержащая домен абгидролазы 12B); ARF6 (фактор ADP-рибозилирования 6); ATP5S (субъединица s ATP-синтазы, H+-транспортирующего, митохондриального комплекса F0 (фактор B)); C14orf104 (открытая рамка считывания 104 хромосомы 14); C14orf138 (открытая рамка считывания 138 хромосомы 14); CDKL1 (подобный циклин-зависимой киназе 1 (CDC2-родственная киназа)); FRMD6 (содержащая домен FERM 6); KLHDC1 (содержащая домен kelch 1); KLHDC2 (содержащая домен kelch 2); L2HGDH (L-2-гидроксиглутаратдегидрогеназа); LOC196913 (гипотетический белок LOC196913); LOC283551 (гипотетический белок LOC283551); MAP4K5 (митоген-активируемая протеинкиназа 5); MGAT2 (маннозил-(альфа-1,6-)-гликопротеин бета-1,2-N-ацетилглюкозаминилтрансфераза); NIN (нинеин (взаимодействующий с GSK3B белок)); POLE2 (полимераза (ДНК-направленная), эпсилон 2 (субъединица p59)); PPIL5 (подобный пептидилпролилизомеразе (циклофилин) 5); PYGL (фосфорилаза, гликоген, печень (болезнь Hers, болезнь накопления гликогена типа VI)); RPL36AL (подобный рибосомальному белку L36a); и RPS29 (рибосомальный белок S29) [Маркер делеции 23].
51. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 81,4-83,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BMP3 (морфогенетический белок кости 3 (остеогенный)); C4orf22 (открытая рамка считывания 22 хромосомы 4); FGF5 (фибробластный фактор роста 5); PRKG2 (протеинкиназа, cGMP-зависимая, тип II); и RASGEF1B (представитель 1B семейства доменов RasGEF) [Маркер делеции 24].
52. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ACF (фактор комплементации apobec-1); ASAH2B (N-ацилсфингозинамидогидролаза (нелизосомальная церамидаза) 2B); CSTF2T (фактор стимуляции расщепления, 3' пре-РНК, субъединица 2, 64 кДа, вариант tau); DKK1 (гомолог dickkopf 1 (Xenopus laevis)); MBL2 (манноза-связывающий лектин (белок C) 2, растворимый (опсоничекий дефект)); PRKG1 (протеинкиназа, cGMP-зависимая, тип I); SGMS1 (сфингомиелинсинтаза 1); и hsa-miR-605 [Маркер делеции 25].
53. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ANKRD55 (домен анкириновых повторов 55); C5orf29 (открытая рамка считывания 29 хромосомы 5); C5orf35 (открытая рамка считывания 35 хромосомы 5); DKFZp686D0972 (сходный с кДНК гена RIKEN 4732495G21); GPBP1 (GC-богатый связывающий промотор белок 1); IL31RA (рецептор A интерлейкина 31); IL6ST (передатчик сигнала интерлейкина 6 (gp130, рецептор онкостатина M)); MAP3K1 (митоген-активируемая протеинкиназа 1); MIER3 (представитель 3 семейства индукции раннего ответа мезодермы 1); PDE4D (фосфодиэстераза 4D, cAMP-специфическая (гомолог dunce фосфодиэстеразы E3, Drosophila)); PLK2 (polo-подобная киназа 2 (Drosophila)); и RAB3C RAB3C (представитель семейства онкогенов RAS) [Маркер делеции 26].
54. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие CCNB1 (циклин B1) и SLC30A5 (представитель 5 семейства 30 переносчиков растворенных веществ (цинковый транспортер)) [Маркер делеции 27].
55. Способ по п.1, где тестируемый образец содержит образец ткани.
56. Способ по п.55, где образец ткани включает образец крови, опухолевую ткань и предположительно опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец тонкоигольного пунктата, образец легочного смыва, образец плеврального выпота, свежезамороженный образец ткани, погруженный в парафин образец ткани или экстракт или обработанный образец, полученный из любого из указанных выше образцов.
57. Способ по п.55, где образец ткани включает образец ткани легкого или образец периферической крови, содержащий циркулирующие опухолевые клетки.
58. Способ по п.1, где стадию определения (b) проводят путем гибридизации in situ.
59. Способ по п.58, где гибридизацию in situ проводят с помощью зонда на основе нуклеиновой кислоты, который является флуоресцентно меченным.
60. Способ по п.58, где гибридизацию in situ проводят с помощью по меньшей мере двух зондов на основе нуклеиновой кислоты.
61. Способ по п.58, где гибридизацию in situ проводят с помощью зонда на основе пептидно-нуклеиновой кислоты.
62. Способ по п.1, где стадию определения (b) проводят путем полимеразной цепной реакции.
63. Способ по п.1, где стадию определения (b) проводят анализом способом секвенирования нуклеиновых кислот.
64. Способ по п.1, где стадию определения (b) проводят анализом микрочипов для исследования нуклеиновых кислот.
65. Способ по п.1, где рак легкого представляет собой немелкоклеточный рак легкого.
66. Способ по п.1, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из плоскоклеточной карциномы, крупноклеточной карциномы и аденокарциномы.
67. Способ по п.1, где пациента лечат химиотерапией, лучевой терапией, хирургическим вмешательством или любой их комбинацией.
68. Способ выбора лечения для пациента, страдающего раком легкого, где способ включает стадии:
a) предоставления тестируемого образца от пациента, где лечение химиотерапевтическим средством является по меньшей мере одним вариантом лечения для пациента;
b) определения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце;
c) сравнения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце с исходным числом копий, равным двум, тем самым определяя присутствие или отсутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце; и
d) определения режима лечения химиотерапией, исходя из сравнения на стадии c).
69. Способ по п.68, где определение режима лечения на основе сравнения на стадии c) включает выбор химиотерапевтического средства и определение частоты химиотерапевтического лечения, когда присутствует изменение числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.
70. Способ по п.68, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, амплификация которой приводит к увеличению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где увеличение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
71. Способ по п.70, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н.; Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н.; Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н.; Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н.; Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н.; Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н.; Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н.; Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н.; Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н.; Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н.; Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н.; Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н.; Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н.; Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н.; Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н.; Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н.; Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н.; Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н.; Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н.; и Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н.
72. Способ по п.68, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, делеция которой приводит к снижению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где снижение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
73. Способ по п.72, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н.; Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н.; Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н.; Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н.; Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н.; Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н.; Chr 9, 28,1 м.п.н.; Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н.; Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н.; Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н.; Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н.; Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н.; Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н.; Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н.; Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н.; Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н.; Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н.; Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н.; Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н.; Chr 4, 81,4-83,2 м.п.н.; Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н.; Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н.; и Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н.
74. Способ по п.68, где тестируемый образец включает образец ткани.
75. Способ по п.74, где образец ткани включает образец крови, опухолевую ткань и предположительно опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец тонкоигольного пунктата, образец легочного смыва, образец плеврального выпота, свежезамороженный образец ткани, погруженный в парафин образец ткани или экстракт или обработанный образец, полученный из любого из них.
76. Способ по п.74, где образец ткани включает образец ткани легкого или образец периферической крови, содержащий циркулирующие опухолевые клетки.
77. Способ по п.68, где стадию определения (b) проводят способом гибридизации in situ.
78. Способ по п.77, где гибридизацию in situ проводят с помощью зонда на основе нуклеиновой кислоты, который является флуоресцентно меченным.
79. Способ по п.77, где гибридизацию in situ проводят по меньшей мере с двумя зондами на основе нуклеиновой кислоты.
80. Способ по п.77, где гибридизацию in situ проводят с зондом на основе пептидно-нуклеиновой кислоты.
81. Способ по п.68, где стадию определения (b) проводят полимеразной цепной реакцией.
82. Способ по п.68, где стадию определения (b) проводят анализом способом секвенирования нуклеиновых кислот.
83. Способ по п.68, где стадию определения (b) проводят анализом микрочипов для исследования нуклеиновых кислот.
84. Способ по п.68, где рак легкого представляет собой немелкоклеточный рак легкого.
85. Способ по п.68, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из плоскоклеточной карциномы, крупноклеточной карциномы и аденокарциномы.
86. Способ по п.68, где пациента лечат лучевой терапией или хирургическим вмешательством, или любой их комбинацией.
87. Способ классификации пациента как имеющего рак легкого, который является резистентным к лечению, включающий стадии:
a) предоставления тестируемого образца от пациента;
b) определения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли;
c) сравнения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце с исходным числом копий, равным двум, для маркера исхода злокачественной опухоли, определяя присутствие или отсутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли у пациента; и
d) классификацию пациента как имеющего рак легкого, который является устойчивым к лечению, исходя из присутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.
88. Способ по п.87, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, амплификация которой приводит к увеличению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где увеличение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
89. Способ по п.88, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н.; Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н.; Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н.; Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н.; Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н.; Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н.; Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н.; Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н.; Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н.; Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н.; Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н.; Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н.; Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н.; Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н.; Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н.; Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н.; Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н.; Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н.; Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н.; и Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н.
90. Способ по п.87, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, делеция которой приводит к снижению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где снижение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
91. Способ по п.90, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н.; Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н.; Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н.; Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н.; Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н.; Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н.; Chr 9, 28,1 м.п.н.; Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н.; Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н.; Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н.; Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н.; Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н.; Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н.; Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н.; Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н.; Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н.; Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н.; Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н.; Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н.; Chr 4, 81,4-83,2 м.п.н.; Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н.; Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н.; и Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н.
92. Способ по п.87, где тестируемый образец включает образец ткани.
93. Способ по п.92, где образец ткани включает образец крови, опухолевую ткань и предположительно опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец тонкоигольного пунктата, образец легочного смыва, образец плеврального выпота, свежезамороженный образец ткани, погруженный в парафин образец ткани или экстракт или обработанный образец, полученный из любого образца периферической крови.
94. Способ по п.92, где образец ткани включает образец ткани легкого или образец периферической крови, содержащий циркулирующие опухолевые клетки.
95. Способ по п.86, где стадию определения (b) проводят способом гибридизации in situ.
96. Способ по п.94, где гибридизацию in situ проводят с помощью зонда на основе нуклеиновой кислоты, который является флуоресцентно меченным.
97. Способ по п.94, где гибридизацию in situ проводят по меньшей мере с двумя зондами на основе нуклеиновой кислоты.
98. Способ по п.94, где in situ гибридизацию проводят с помощью зонда на основе пептидно-нуклеиновой кислоты.
99. Способ по п.87, где стадию определения (b) проводят полимеразной цепной реакцией.
100. Способ по п.87, где стадию определения (b) проводят анализом способом секвенирования нуклеиновых кислот.
101. Способ по п.87, где стадию определения (b) проводят анализом микрочипов для исследования нуклеиновых кислот.
102. Способ по п.87, где рак легкого представляет собой немелкоклеточный рак легкого.
103. Способ по п.87, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из плоскоклеточной карциномы, крупноклеточной карциномы и аденокарциномы.
104. Способ по п.87, где пациента лечат химиотерапией, лучевой терапией, хирургическим вмешательством или любой их комбинацией.
105. Набор, содержащий:
a) реагенты для определения присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли; и
b) инструкции по проведению теста.
106. Набор по п.105, где реагенты для определения присутствия или отсутствия увеличения числа копий включают меченные поддающейся детекции меткой полинуклеотиды, которые гибридизуются по меньшей мере с частью маркера исхода злокачественной опухоли.
107. Набор по п.105, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, амплификация которой приводит к увеличению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где увеличение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
108. Набор по п.106, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н.; Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н.; Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н.; Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н.; Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н.; Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н.; Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н.; Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н.; Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н.; Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н.; Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н.; Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н.; Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н.; Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н.; Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н.; Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н.; Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н.; Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н.; Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н.; и Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н.
109. Набор по п.105, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, делеция которой приводит к снижению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где снижение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
110. Набор по п.108, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н.; Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н.; Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н.; Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н.; Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н.; Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н.; Chr 9, 28,1 м.п.н.; Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н.; Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н.; Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н.; Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н.; Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н.; Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н.; Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н.; Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н.; Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н.; Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н.; Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н.; Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н.; Chr 4, 81,4 83,2 м.п.н.; Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н.; Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н.; и Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н.
RU2012121820/15A 2009-10-26 2010-10-25 Диагностические способы для определения прогноза немелкоклеточного рака легкого RU2012121820A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US25496809P 2009-10-26 2009-10-26
US61/254,968 2009-10-26
PCT/US2010/053893 WO2011056489A2 (en) 2009-10-26 2010-10-25 Diagnostic methods for determining prognosis of non-small cell lung cancer

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2012121820A true RU2012121820A (ru) 2013-12-10

Family

ID=43127704

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2012121820/15A RU2012121820A (ru) 2009-10-26 2010-10-25 Диагностические способы для определения прогноза немелкоклеточного рака легкого

Country Status (15)

Country Link
US (2) US9291625B2 (ru)
EP (1) EP2494360B1 (ru)
JP (3) JP2013507987A (ru)
KR (1) KR101918004B1 (ru)
CN (4) CN106399506A (ru)
AU (1) AU2010315600A1 (ru)
BR (1) BR112012009879A2 (ru)
CA (1) CA2777169C (ru)
ES (1) ES2644277T3 (ru)
IL (1) IL219405A0 (ru)
MX (1) MX2012004908A (ru)
RU (1) RU2012121820A (ru)
TW (1) TW201122480A (ru)
WO (1) WO2011056489A2 (ru)
ZA (1) ZA201203010B (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2817940C1 (ru) * 2023-10-06 2024-04-23 федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации Способ прогнозирования риска летального исхода в первые 4 года от начала противоопухолевого лечения у больных плоскоклеточным раком легкого

Families Citing this family (74)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2010204741B2 (en) 2009-01-14 2016-01-07 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Ratio based biomarkers and methods of use thereof
KR101360409B1 (ko) 2011-07-11 2014-02-11 연세대학교 산학협력단 위암 암 줄기세포 특성에 기초한 위암의 치료용 타겟
CN102559888A (zh) * 2011-12-27 2012-07-11 芮屈生物技术（上海）有限公司 癌变前期CPE的mRNA水平原位杂交检测试剂盒及检测方法和应用
US20150329857A1 (en) * 2011-12-28 2015-11-19 Universite Pierre Et Marie Curie (Paris 6) Rna interference to activate stem cells
CN103848889B (zh) * 2012-11-30 2015-12-02 北京市结核病胸部肿瘤研究所 Igf2bp1自身抗体识别的抗原多肽
CN103877594B (zh) * 2012-12-24 2017-02-08 中国科学院生物物理研究所 Ef4蛋白编码基因沉默在癌症治疗方面的应用
KR101434759B1 (ko) * 2012-12-28 2014-08-29 주식회사 디앤피바이오텍 폐암 환자의 항암제 치료 반응성 및 생존 예후 예측용 마커
EP2972374A2 (en) * 2013-03-15 2016-01-20 The United States of America, as represented by The Secretary, Department of Health and Human Services Ratio based biomarkers and methods of use thereof
EP3060914A4 (en) * 2013-10-23 2017-05-17 Oregon Health & Science University Methods of determining breast cancer prognosis
KR101479548B1 (ko) * 2014-03-11 2015-01-07 전남대학교산학협력단 조기 폐암에 대한 바이오마커 및 이를 이용한 조기 폐암 진단
EP3122898A1 (en) * 2014-03-26 2017-02-01 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale New biomarker for outcome in aml patients
CN103911451A (zh) * 2014-04-11 2014-07-09 蒋晓东 筛选抗血管生成靶向药物治疗肺癌目标人群的方法
WO2016014478A1 (en) 2014-07-21 2016-01-28 Board Of Supervisors Of Louisiana State University And Agricultural And Mechanical College USE OF AN miRNA TO REDUCE PROLIFERATION OF A CANCER CELL
WO2016023008A1 (en) * 2014-08-07 2016-02-11 The General Hospital Corporation Platelet-targeted microfluidic isolation of cells
US20170313770A1 (en) * 2014-10-01 2017-11-02 Order-Made Medical Research Inc. Reagents for detecting or diagnosing cancer cells having high invasive capacity
WO2016121715A1 (ja) * 2015-01-26 2016-08-04 国立大学法人名古屋大学 肺がん患者の予後を評価するための情報を提供する方法、肺がん患者の予後予測方法、内部標準、抗体、肺がん患者の予後予測装置、予後予測装置のプログラム及び記録媒体
CN104784705A (zh) * 2015-05-13 2015-07-22 北京泱深生物信息技术有限公司 一种癌转移抑制剂及其应用
CN107849556A (zh) * 2015-07-01 2018-03-27 学校法人庆应义塾 癌组织的异质性标记物及其使用
EP3348278A4 (en) * 2015-09-09 2019-04-24 Theoria Science Inc. Exosome secretion inhibitors
CN105251019A (zh) * 2015-09-10 2016-01-20 上海交通大学医学院附属仁济医院 靶向极性分子Par3抑制前列腺癌侵润及转移
JP6860148B2 (ja) * 2015-09-24 2021-04-14 株式会社ヤクルト本社 治療法の有利性を予見する予見方法
CN105671195B (zh) * 2016-04-14 2019-03-05 常州市第二人民医院 miR-520c核苷酸的用途、药物组合物和试剂盒
CN107435062B (zh) * 2016-05-25 2020-10-20 上海伯豪医学检验所有限公司 甄别肺部微小结节良恶性的外周血基因标志物及其用途
CN107540736B (zh) * 2016-06-23 2022-09-20 首都医科大学 与宫颈癌顺药性相关的生物大分子nherf1及其应用
CN106282347A (zh) * 2016-08-17 2017-01-04 中南大学 HoxC11作为生物标志物在制备肺腺癌的预诊断试剂中的应用
CN106405086A (zh) * 2016-09-21 2017-02-15 四川大学华西医院 一种肺癌筛查试剂盒
CN107058503A (zh) * 2017-02-15 2017-08-18 复旦大学附属华山医院北院 雌激素相关受体α作为皮肤鳞状细胞癌的诊断标记物的用途及其相关应用
KR102035285B1 (ko) * 2017-05-30 2019-10-22 단국대학교 산학협력단 Ｄｎａ 샷건 시퀀싱 또는 ｒｎａ 전사체 어셈블리를 위한 콘티그 프로파일의 업데이트 방법 및 콘티그 형성 방법
KR101957028B1 (ko) * 2017-07-04 2019-03-11 경북대학교 산학협력단 Bub3, aurkb, pttg1 및 rad21의 다형성을 이용한 비소세포폐암의 예후 진단 방법
US10636512B2 (en) 2017-07-14 2020-04-28 Cofactor Genomics, Inc. Immuno-oncology applications using next generation sequencing
EP3665301B1 (en) * 2017-08-09 2023-10-04 PamGene B.V. Method for predicting the response of non-small-cell lung carcinoma patients to a medicament
KR102032929B1 (ko) 2017-08-16 2019-10-16 부산대학교 산학협력단 마이크로 RNA-30a 및 RNA-30b를 유효성분으로 함유하는 방사선 치료 민감제 조성물
WO2019037134A1 (zh) * 2017-08-25 2019-02-28 深圳市博奥康生物科技有限公司 一种 huata 真核表达载体的构建及其高表达细胞株的制备
JP7072825B2 (ja) * 2017-09-13 2022-05-23 三菱電機ソフトウエア株式会社 コピー数計測装置、コピー数計測プログラムおよびコピー数計測方法
CN109837340B (zh) * 2017-11-24 2023-01-10 顾万君 用于肺癌无创诊断的外周血基因标记物
WO2019113899A1 (zh) * 2017-12-14 2019-06-20 深圳先进技术研究院 Gpr1靶点及其拮抗剂与抗肿瘤相关的应用
CN108103183B (zh) * 2017-12-29 2018-11-02 北京泱深生物信息技术有限公司 Kctd20基因作为早期诊断帕金森症的新型标志物
EP3546946A1 (en) * 2018-03-29 2019-10-02 Rüdiger Lange Method of diagnosing heart muscle damage
CN108531612B (zh) * 2018-04-09 2021-06-01 东北农业大学 一种利用TCF21基因mRNA表达量鉴定低脂肉鸡的方法
CN108647487A (zh) * 2018-04-13 2018-10-12 华东师范大学 G蛋白偶联受体-配体相互作用关系的预测方法及预测系统
CN109001456B (zh) * 2018-06-11 2021-07-06 南通大学 Ush1g基因在制备抗胃癌药物及其诊断试剂盒中的应用
JP7473132B2 (ja) * 2018-09-28 2024-04-23 株式会社ダイセル 前立腺癌の診断のためのデータ取得方法
CN109453392A (zh) * 2018-10-18 2019-03-12 杭州功楚生物科技有限公司 纹蛋白互作蛋白抑制剂及其在制备抗肿瘤药物中的用途
CN109355389B (zh) * 2018-11-28 2022-02-18 陕西中医药大学 B4galnt2基因作为肝癌检测的生物标志物及应用
CN109609636B (zh) * 2018-12-29 2021-11-30 上海交通大学医学院附属瑞金医院 一种肺腺癌差异性表达circRNA的检测试剂盒及其应用
CN109824773A (zh) * 2019-02-07 2019-05-31 段振学 人的表皮生长因子受体激酶底物8类蛋白3突变及应用
CN112043819B (zh) * 2019-06-05 2022-01-14 中国人民解放军第二军医大学 Lapf及其相关物质在抗感染中的应用
CA3153646A1 (en) * 2019-07-19 2021-01-28 Quest Diagnostics Investments Llc Methods for detecting hereditary cancers
CN110331164B (zh) * 2019-08-05 2021-04-06 北京大学人民医院(北京大学第二临床医学院) Lilra3基因敲入小鼠的打靶载体和lilra3基因敲入小鼠的构建方法
CN110632312B (zh) * 2019-10-25 2021-08-20 四川大学华西医院 A1cf自身抗体检测试剂在制备肺癌筛查试剂盒中的用途
CN112782403B (zh) * 2019-11-06 2022-03-22 中国科学院大连化学物理研究所 一种组合物及应用和诊断试剂盒
CN110923333B (zh) * 2019-12-11 2020-09-29 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 山羊zbp1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用
KR102288795B1 (ko) * 2019-12-24 2021-08-11 울산과학기술원 Ppm1a를 유효성분으로 함유하는 대사성 질환 치료 또는 예방용 조성물
KR102534098B1 (ko) * 2020-03-02 2023-05-26 연세대학교 산학협력단 항암제 내성 진단 또는 치료용 조성물
CN111254200B (zh) * 2020-03-28 2020-10-30 中国医学科学院北京协和医院 Gal3st3基因的新用途
KR20210133340A (ko) 2020-04-28 2021-11-08 한국과학기술원 초기 대장암 예방 또는 치료용 조성물
GB2595718A (en) * 2020-06-04 2021-12-08 Cancer Research Tech Ltd Methods for predicting treatment response in cancers
CN111676292B (zh) * 2020-08-11 2020-10-30 圣湘生物科技股份有限公司 一种用于检测肝癌的组合物，试剂盒及其用途
WO2022053065A1 (zh) * 2020-09-14 2022-03-17 信达生物制药(苏州)有限公司 用于预测或评估肺癌患者的生物标志物、检测方法及应用
CN112906743B (zh) * 2021-01-19 2021-11-19 中国人民解放军国防科技大学 一种快速多传感器集势概率假设密度滤波方法
CN112941180A (zh) * 2021-02-25 2021-06-11 浙江大学医学院附属妇产科医院 一组肺癌dna甲基化分子标志物及其在制备用于肺癌早期诊断试剂盒中的应用
CN113499440B (zh) * 2021-08-23 2023-04-28 大连医科大学 下调rbms1表达的试剂在制备治疗肺癌的药物中的应用
CN113917156A (zh) * 2021-09-30 2022-01-11 复旦大学附属中山医院 Hint2在制备治疗或诊断心力衰竭药物中的用途
CN113870951A (zh) * 2021-10-28 2021-12-31 四川大学 一种用于预测头颈部鳞状细胞癌免疫亚型的预测系统
KR20230120846A (ko) * 2022-02-10 2023-08-17 가톨릭대학교 산학협력단 폐암의 뇌전이를 진단 또는 예측하기 위한 바이오마커 패널 및 이의 용도
CN114507735B (zh) * 2022-02-24 2023-07-14 北京医院 人外周血免疫细胞蛋白在检测、诊断肿瘤中的应用
US20230340760A1 (en) 2022-04-26 2023-10-26 Caterpillar Inc. Lock packing prevention for a bit
US20230340761A1 (en) 2022-04-26 2023-10-26 Caterpillar Inc. Tapered bushing for bit removal
US20230340754A1 (en) 2022-04-26 2023-10-26 Caterpillar Inc. Washout protection for a bit
US20230340762A1 (en) 2022-04-26 2023-10-26 Caterpillar Inc. Front access for bit retention
US20230340753A1 (en) 2022-04-26 2023-10-26 Caterpillar Inc. Protected spring clip for retaining bits
CN114592007B (zh) * 2022-04-29 2023-10-27 昆明理工大学 Far1基因的新用途
WO2024096536A1 (ko) * 2022-10-31 2024-05-10 주식회사 지씨지놈 폐암 진단용 dna 메틸화 마커 및 이의 용도
CN116908444B (zh) * 2023-09-13 2023-12-19 中国医学科学院北京协和医院 血浆max自身抗体在晚期非小细胞肺癌pd-1单抗联合化疗治疗预后预测中的应用

Family Cites Families (23)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) * 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US5756696A (en) * 1986-01-16 1998-05-26 Regents Of The University Of California Compositions for chromosome-specific staining
US5322770A (en) * 1989-12-22 1994-06-21 Hoffman-Laroche Inc. Reverse transcription with thermostable DNA polymerases - high temperature reverse transcription
AU622426B2 (en) 1987-12-11 1992-04-09 Abbott Laboratories Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization
ES2089038T3 (es) 1990-01-26 1996-10-01 Abbott Lab Procedimiento mejorado para amplificar acidos nucleicos blanco aplicable para la reaccion en cadena de polimerasa y ligasa.
US5491224A (en) 1990-09-20 1996-02-13 Bittner; Michael L. Direct label transaminated DNA probe compositions for chromosome identification and methods for their manufacture
US6174681B1 (en) * 1999-03-05 2001-01-16 Mayo Foundation For Medical Education And Research Method and probe set for detecting cancer
AU2001281136A1 (en) 2000-08-04 2002-02-18 Board Of Regents, The University Of Texas System Detection and diagnosis of smoking related cancers
ES2372007T3 (es) 2001-02-20 2012-01-12 Vysis, Inc. Métodos y sondas para la detección del cáncer.
CN1252283C (zh) * 2001-04-30 2006-04-19 关新元 卵巢癌的检测方法和试剂盒
US20060024692A1 (en) * 2002-09-30 2006-02-02 Oncotherapy Science, Inc. Method for diagnosing non-small cell lung cancers
GB2404247B (en) 2003-07-22 2005-07-20 Hitachi Int Electric Inc Object tracing method and object tracking apparatus
AU2005249492B2 (en) 2004-05-27 2011-09-22 The Regents Of The University Of Colorado Methods for prediction of clinical outcome to epidermal growth factor receptor inhibitors by cancer patients
WO2006033460A1 (en) * 2004-09-24 2006-03-30 Oncotherapy Science, Inc. Method for diagnosing non-small cell lung cancers by trna-dihydrouridine synthase activity of urlc8
BRPI0610440A2 (pt) * 2005-04-14 2010-06-22 Merck Patent Gmbh terapia com anticorpo anti-egfr baseada em um maior número de cópias do gene egfr em tecidos de tumores
WO2006128195A2 (en) 2005-05-27 2006-11-30 Dana-Farber Cancer Institute Methods of diagnosing and treating cancer by detection of chromosomal abnormalities
KR100759288B1 (ko) * 2005-11-14 2007-09-17 가톨릭대학교 산학협력단 비교유전자보합법을 이용한 폐암 및 폐암의 하부유형 진단방법
WO2008050356A1 (en) 2006-10-27 2008-05-02 Decode Genetics Cancer susceptibility variants on chr8q24.21
CN101226118B (zh) * 2007-01-19 2010-06-16 中国医学科学院肿瘤研究所 一种兼容免疫荧光分析的细胞化学染色方法及其用途
US20080280768A1 (en) 2007-01-30 2008-11-13 Oncotech, Inc. Reagents and Methods for Predicting Drug Resistance
CN103866008B (zh) * 2007-08-03 2016-06-29 俄亥俄州立大学研究基金会 编码ncrna的超保守区域
US8951725B2 (en) * 2008-04-14 2015-02-10 Abbott Laboratories Diagnostic methods for determining prognosis of non-small cell lung cancer

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2817940C1 (ru) * 2023-10-06 2024-04-23 федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации Способ прогнозирования риска летального исхода в первые 4 года от начала противоопухолевого лечения у больных плоскоклеточным раком легкого

Also Published As

Publication number Publication date
KR101918004B1 (ko) 2018-11-13
JP6141396B2 (ja) 2017-06-07
MX2012004908A (es) 2012-06-14
BR112012009879A2 (pt) 2016-11-22
ES2644277T3 (es) 2017-11-28
CN107090490A (zh) 2017-08-25
CN102656458B (zh) 2016-10-19
KR20120093982A (ko) 2012-08-23
JP2017158573A (ja) 2017-09-14
US10047403B2 (en) 2018-08-14
CN104232762B (zh) 2016-11-23
CA2777169A1 (en) 2011-05-12
CN106399506A (zh) 2017-02-15
CN102656458A (zh) 2012-09-05
US20160237504A1 (en) 2016-08-18
US9291625B2 (en) 2016-03-22
WO2011056489A2 (en) 2011-05-12
IL219405A0 (en) 2012-06-28
AU2010315600A1 (en) 2012-05-10
ZA201203010B (en) 2014-03-26
CN104232762A (zh) 2014-12-24
JP2016119900A (ja) 2016-07-07
EP2494360B1 (en) 2017-08-16
TW201122480A (en) 2011-07-01
JP2013507987A (ja) 2013-03-07
WO2011056489A3 (en) 2011-08-25
US20110105341A1 (en) 2011-05-05
CA2777169C (en) 2018-11-20
EP2494360A2 (en) 2012-09-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2012121820A (ru) Диагностические способы для определения прогноза немелкоклеточного рака легкого
EP2553118B1 (en) Method for breast cancer recurrence prediction under endocrine treatment
US10640829B2 (en) Biomarkers for Inflammatory Bowel Disease
US20080182246A1 (en) Methods of predicting distant metastasis of lymph node-negative primary breast cancer using biological pathway gene expression analysis
US20170096714A1 (en) Detection of chromosomal abnormalities associated with prognosis of non small cell lung cancer
EP2527459A1 (en) Blood-based gene detection of non-small cell lung cancer
US20090269775A1 (en) Prognostic markers for classifying colorectal carcinoma on the basis of expression profiles of biological samples
US20180046754A1 (en) Normalization methods for measuring gene copy number and expression
Li et al. Comprehensive analysis of candidate diagnostic and prognostic biomarkers associated with lung adenocarcinoma
US20110281750A1 (en) Identifying High Risk Clinically Isolated Syndrome Patients
US20230111281A1 (en) Identification of the cellular function of an active nfkb pathway

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20131028