JP2013507987A - 非小細胞肺癌の予後を決定するための診断方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2009年10月26日出願の米国特許仮出願第61/254,968号からの優先権を主張し、その開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、患者の予後を決定するための肺癌患者から得られた組織サンプルのインビトロ診断検査に関し、特に、病期Iまたは病期II非小細胞肺癌と診断された患者など、早期患者の予後を決定するためのインビトロアッセイに関する。
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;c)2つのベースラインコピー数に対する試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;およびd)試験サンプル中の癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者における疾患転帰のベースライン測度と比較したとき、疾患転帰不良のリスクの増加を有するものとして患者を同定するステップを含み、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化の存在は、疾患転帰不良を予測するものである、肺癌の治療対象となる患者における疾患転帰を予測する方法を提供する。一実施形態では、疾患転帰不良は、例えば、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したとき、全生存期間の減少および癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者についての再発までの時間と比較したとき、再発までの期間短縮の少なくとも1つである。
415、432、444、468、470亜鉛フィンガータンパク質28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470;およびhsa−mir−643、hsa−mir−512−1、hsa−mir−512−2、hsa−mir−498、hsa−mir−520e、hsa−mir−515−1、hsa−mir−519e、hsa−mir−520f、hsa−mir−515−2、hsa−mir−519c、hsa−mir−520a、hsa−mir−526b、hsa−mir−519b、hsa−mir−525、hsa−mir−523、hsa−mir−518f、hsa−mir−520b、hsa−mir−518b、hsa−mir−526a−1、hsa−mir−520c、hsa−mir−518c、hsa−mir−524、hsa−mir−517a、hsa−mir−519d、hsa−mir−521−2、hsa−mir−520d、hsa−mir−517b、hsa−mir−520g、hsa−mir−516−3、hsa−mir−526a−2、hsa−mir−518e、hsa−mir−518a−1、hsa−mir−518d、hsa−mir−516−4、hsa−mir−518a−2、hsa−mir−517c、hsa−mir−520h、hsa−mir−521−1、hsa−mir−522、hsa−mir−519a−1、hsa−mir−527、hsa−mir−516−1、hsa−mir−516−2、hsa−mir−519a−2、hsa−mir−371、hsa−mir−372、hsa−mir−373、hsa−mir−516a−1、hsa−mir−516a−2、hsa−mir−516b−1、hsa−mir−516b−2、hsa−mir−517a−1、hsa−mir−517a−2、hsa−mir−520c−1、およびhsa−mir−520c−2を含めたmiRNAをコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー7]。癌転帰マーカーが、Chr6、39.1−39.9Mbである方法において、マーカーは、C6orf64(第6染色体オープンリーディングフレーム64);DNAH8ダイニン、軸索、重鎖8;GLP1Rグルカゴン様ペプチド1受容体;KCNK16カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー16;KCNK17カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー17;KCNK5カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー5;およびKIF6キネシンファミリーメンバー6をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー8]。癌転帰マーカーが、Chr11、64.8−65.7Mbである方法において、マーカーは、BANF1(自動組み込み因子1に対する障壁);CATSPER1カチオンチャネル、精子関連1 CCDC85Bコイルドコイルドメイン含有85B;CDC42EP2CDC42エフェクタータンパク質(Rho GTPase結合)2;CFL1コフィリン1(非筋肉);CST6シスタチンE/M;CTSWカテプシンW;DPF2 D4、亜鉛およびダブルPHDフィンガーファミリー2;DRAP1 DR1関連タンパク質1(負の補因子2α);EFEMP2 EGF含有フィビュリン様細胞外基質タンパク質2;EHBP1L1 EHドメイン結合タンパク質1様1;FAM89B配列類似性89を有するファミリー、メンバーB;FIBP線維芽細胞増殖因子(酸性の)細胞内結合タンパク質;FOSL1 FOS様抗原1;FRMD8 FERMドメイン含有8;GAL3ST3ガラクトース−3−O−スルホトランスフェラーゼ3;HTATIP HIV−1Tat相互作用タンパク質、60kDa、KCNK7カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー7;LTBP3潜在型トランスフォーミング増殖因子β結合タンパク質3;MAP3K11マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ11;MGC11102仮定上のタンパク質MGC11102;MUS81 MUS81エンドヌクレアーゼ相同体(S.セレビシエ);OVOL1 ovo様1(ドロソフィラ);PACS1ホスホフリン酸性クラスターソーティングタンパク質1;PCNXL3 pecanex様3(ドロソフィラ);POLA2ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット);RELA v−rel細網内皮症ウイルス癌遺伝子相同体A、B−細胞3、p65(トリ)中のκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子;RNASEH2CリボヌクレアーゼH2、サブユニットC;SART1 T細胞によって認識された有棘細胞癌抗原;SCYL1 SCY1様1(S.セレビシエ);SF3B2スプライシング因子3b、サブユニット2、145kDa;SIPA1シグナル−誘導増殖関連遺伝子1;SLC25A45溶質輸送体ファミリー25、メンバー45;SSSCA1シェーグレン症候群/強皮症自己抗原1;TIGD3 tigger転移因子由来の3;およびTSGA10IP精巣特異的な、10相互作用タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー9]。癌転帰マーカーが、Chr11、61.4−64.3Mbである方法において、マーカーは、AHNAK(AHNAK核タンパク質);ASRGL1アスパラギナーゼ様1;B3GAT3 β−1,3−グルクロニルトランスフェラーゼ3(グルクロノシルトランスフェラーゼI);BAD細胞死のBCL2−アンタゴニスト;BEST1ベストロフィン1;BSCL2 Bernardinelli−Seip先天性脂肪異栄養症2(seipin);CCDC88Bコイルドコイルドメイン含有88B;CHRM1コリン作動性受容体、ムスカリン性1;COX8Aチトクロムc酸化酵素サブユニット8A(ユビキタスな);DKFZP564J0863 DKFZP564J0863タンパク質;DKFZP566E164 DKFZP566E164タンパク質;DNAJC4 DnaJ(Hsp40)相同体、サブファミリーC、メンバー4;EEF1G真核細胞の翻訳伸長因子1γ;EML3棘皮動物微小管結合タンパク質様3;ESRRAエストロゲン関連受容体α;FADS2、3脂肪酸不飽和化酵素2、3;FKBP2 FK506結合タンパク質2、13kDa;FLRT1フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通型タンパク質1;FTH1フェリチン、重鎖ポリペプチド1;GANABグルコシダーゼ、α;中性AB;GNG3グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ3;GPR137 Gタンパク質共役受容体137;HRASLS2、3、5 HRAS様サプレッサー2、3、5;INCENPインナーセントロメアタンパク質抗原135/155kDa;INTS5インテグレーター複合体サブユニット5;KCNK4カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー4;LGALS12レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、12(ガレクチン12);MACROD1 MACROドメイン含有1;MARK2 MAP/微小管親和性調節キナーゼ2;MGC3196仮定上のタンパク質MGC3196;MTA2転移関連1ファミリー、メンバー2;NAT11 N−アセチルトランスフェラーゼ11;NRXN2ニューレキシン2;NUDT22 nudix(ヌクレオシド二リン酸連結部分X)タイプモチーフ22;NXF1核RNAエクスポート因子1;OTUB1 OTUドメイン、ユビキチンアルデヒド結合1;PLCB3ホスホリパーゼC、β3(ホスファチジルイノシトール特異的);POLR2Gポリメラーゼ(RNA)II(DNA指向性)ポリペプチドG;PPP1R14Bタンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット14B;PRDX5ペルオキシレドキシン5;PYGMホスホリラーゼ、グリコーゲン;筋肉(McArdle症候群、糖原病タイプV);RAB3IL1 RAB3A相互作用タンパク質(rabin3)様1;RARRES3レチノイン酸受容体レスポンダー(タザロテン誘導)3;RASGRP2 RASグアニル放出タンパク質2(カルシウムおよびDAG調節された);RCOR2 RESTコリプレッサー2;ROM1網膜外節膜タンパク質1;RPS6KA4リボソームタンパク質S6キナーゼ、90kDa、ポリペプチド4;RTN3レチキュロン3;SCGB1A1、1D1、1D2、1D4、2A1、2A1セクレトグロビン、ファミリー;SF1スプライシング因子1;SLC22A10、11、12、6、8、9溶質輸送体ファミリー22(有機陰イオン/陽イオン輸送体)SLC3A2溶質輸送体ファミリー3(二塩基性および中性アミノ酸輸送のアクチベーター)、メンバー2;STIP1ストレス誘発性リンタンパク質1(Hsp70/Hsp90構築タンパク質);STX5シンタキシン5;TAF6L TAF6様RNAポリメラーゼII、p300/CBP関連因子(PCAF)関連因子、65kDa;TRPT1 tRNAホスホトランスフェラーゼ1;TTC9Cテトラトリコペプチドリピートドメイン9C;TUT1末端ウリジリルトランスフェラーゼ1、U6 snRNA−特異的RP2UNC−112関連タンパク質2;UST6推定上のUST1様有機陰イオン輸送体;VEGFB血管内皮増殖因子B;WDR74 WDリピートドメイン74;およびZBTB3亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有3をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー10]。癌転帰マーカーが、Chr17、51.5−53.2Mbである方法において、マーカーは、AKAP1(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質1);ANKFN1(アンキリン−リピートおよびフィブロネクチンタイプIIIドメイン含有1);C17orf67第17染色体オープンリーディングフレーム67;COILコイリン;DGKEジアシルグリセロールキナーゼ、ε64kDa;MSI2 musashi相同体2(ドロソフィラ);NOGノギン;SCPEP1セリンカルボキシペプチダーゼ1;およびTRIM25 tripartiteモチーフ含有25をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー11]。癌転帰マーカーが、Chr17、43.5−44.9Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−10a;hsa−mir−196a−1;ABI3(ABI遺伝子ファミリー、メンバー3);ATP5G1(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットC1(サブユニット9));B4GALNT2 β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ2;CALCOCO2カルシウム結合およびコイルドコイルドメイン2;CBX1クロモボックス相同体1(HP1β相同体 ドロソフィラ);GIP胃抑制ポリペプチド;GNGT2グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ形質導入活性ポリペプチド2;HOXB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13ホメオボックスB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13;IGF2BP1インスリン様成長因子2mRNA結合タンパク質1;NFE2L1核因子(赤血球由来2)様1;NGFR神経成長因子受容体(TNFRスーパーファミリー、メンバー16);PHBプロヒビチンPHOSPHO1ホスファターゼ、オーファン1;PRAC核内低分子タンパク質PRAC;SKAP1 srcキナーゼ関連リンタンパク質1;SNF8 SNF8、ESCRT−II複合体サブユニット、相同体(S.セレビシエ);SNX11ソーティングネキシン11;TTLL6チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー6;UBE2Z(ユビキチン結合酵素E2Z);およびZNF652(亜鉛フィンガータンパク質652)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー12]。癌転帰マーカーが、Chr2、147.6−151.1Mbである方法において、マーカーは、ACVR2AアクチビンA受容体、タイプIIA;C2orf25第2染色体オープンリーディングフレーム25;EPC2ポリコーム相同体2のエンハンサー(ドロソフィラ);KIF5Cキネシンファミリーメンバー5C;LOC130576仮定上のタンパク質LOC130576
;LYPD6 LY6/PLAURドメイン含有6;MBD5メチル−CpG結合ドメインタンパク質5;ORC4L複製開始点認識複合体、サブユニット4様(酵母);およびRND3 RhoファミリーGTPase3をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー13]。癌転帰マーカーが、Chr6、123.7−135.6Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−588;AKAP7(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質7);ALDH8A1アルデヒドデヒドロゲナーゼ8ファミリー、メンバーA1;ARG1アルギナーゼ、肝臓;ARHGAP18 Rho GTPase活性化タンパク質18;CTGF結合組織増殖因子;ECHDC1エノイルコエンザイムAヒドラターゼドメイン含有1;ENPP1、3エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼ1、3;EPB41L2赤血球膜タンパク質バンド4.1様2;EYA4 eyes absent相同体4(ドロソフィラ);HDDC2 HDドメイン含有2;HEY2 YRPWモチーフ2に関連するhairy/enhancer−of−split;HINT3ヒスチジントライアドヌクレオチド結合タンパク質3;KIAA1913 KIAA1913;LAMA2ラミニン、α2(メロシン、先天性筋ジストロフィー);MED23メディエーター複合体サブユニット23;MOXD1モノオキシゲナーゼ、DBH様1;MYB v−myb骨髄芽球症ウイルス癌遺伝子相同体(トリ);NCOA7核内受容体コアクチベーター7;NKAIN2 Na+/K+輸送ATPase相互作用2;OR2A4嗅覚受容体、ファミリー2、サブファミリーA、メンバー4;PTPRKプロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、K;RNF146リングフィンガータンパク質146;RNF217リングフィンガータンパク質217;RPS12リボソームタンパク質S12;SAMD3無菌のαモチーフドメイン含有3;SGK血清/糖質コルチコイド調節キナーゼ;SLC2A12溶質輸送体ファミリー2(促進性グルコース輸送体)、メンバー12;STX7シンタキシン7;TAAR1、2、5、6、8、9痕跡アミン関連受容体1、2、5、6、8、9;TBPL1 TBP様1;TCF21転写因子21;TPD52L1腫瘍タンパク質D52様1;TRDNトリアディン;TRMT11 tRNAメチルトランスフェラーゼ11相同体(S.セレビシエ));およびVNN1、2、3(バニン1、2、3)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー14]。癌転帰マーカーが、Chr8、6.9−8.8Mbである方法において、マーカーは、CLDN23クローディン23;DEFA5デフェンシン、α5、パネート細胞特異的;DEFB103Bデフェンシン、β103B;DEFB104Aデフェンシン、β104A;DEFB104Bデフェンシン、β104B;DEFB105Bデフェンシン、β105B;DEFB106Aデフェンシン、β106A;DEFB106Bデフェンシン、β106B;DEFB107Aデフェンシン、β107A;DEFB107Bデフェンシン、β107B;DEFB4デフェンシン、β4;MFHAS1悪性線維性組織球腫によって増幅された配列1;PRAGMIN homolog of rat pragma of Rnd2;SPAG11A精子関連抗原11A;およびSPAG11B精子関連抗原11Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー15]。癌転帰マーカーが、Chr2、159.9−161.4Mbである方法において、マーカーは、BAZ2B亜鉛フィンガードメイン隣接ブロモドメイン、2B;CD302 CD302分子;ITGB6インテグリン、β6;LY75リンパ球抗原75;MARCH7(膜関連リングフィンガー(C3HC4)7);PLA2R1(ホスホリパーゼA2受容体1、180kDa);およびRBMS1(RNA結合モチーフ、一本鎖相互作用タンパク質1)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー16]。癌転帰マーカーが、Chr2、200.9−204.2Mbである方法において、マーカーは、ABI2 abl相互作用物質2;ALS2筋萎縮性側索硬化症2(若年性);ALS2CR2、4、7、8、11、12、13筋萎縮性側索硬化症2(若年性)染色体領域、候補2、4、7、8、11、12、13;AOX1アルデヒドオキシダーゼ1;BMPR2骨形成タンパク質受容体、タイプII(セリン/トレオニンキナーゼ);BZW1塩基性ロイシンジッパーおよびW2ドメイン1;CASP10カスパーゼ10、アポトーシス関連システインペプチダーゼ;CASP8カスパーゼ8、アポトーシス関連システインペプチダーゼ;CFLAR CASP8およびFADD様アポトーシス制御因子;CLK1 CDC様キナーゼ1;CYP20A1チトクロムP450、ファミリー20、サブファミリーA、ポリペプチド1;FAM126B配列類似性126を有するファミリー、メンバーB;FZD7 frizzled相同体7(ドロソフィラ)ICA1L島細胞自己抗原1、69kDa様;KCTD18カリウムチャネル四量体化ドメイン含有18;LOC26010ウイルスDNAポリメラーゼ−トランス活性化タンパク質6;MPP4膜タンパク質、パルミトイル化4(MAGUK p55サブファミリーメンバー4)、NBEAL1ニューロビーチン様1;NDUFB3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス、3、12kDa;NIF3L1 NIF3 NGG1相互作用因子3様1(S.pombe);NOP5/NOP58核小体タンパク質NOP5/NOP58;ORC2L複製開始点認識複合体、サブユニット2様(酵母);PPIL3ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様3;RAPH1 Ras関連(RalGDS/AF−6)およびプレクストリン相同ドメイン1;SGOL2 shugoshin様2(S.pombe);SUMO1 SMT3 suppressor of mif two 3 homolog1(S.セレビシエ);TRAK2輸送タンパク質、キネシン結合2;およびWDR12(WDリピートドメイン12)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー17]。癌転帰マーカーが、Chr6、36.3−36.7Mbである方法において、マーカーは、BRPF3(ブロモドメインおよびPHDフィンガー含有、3);DKFZp779B1540仮定上のタンパク質DKFZp779B1540;ETV7 ets変種遺伝子7(TEL2癌遺伝子);KCTD20カリウムチャネル四量体化ドメイン含有20;PNPLA1パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有1;PXT1ペルオキシソーム、精巣特異的1;SFRS3スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ3;およびSTK38(セリン/トレオニンキナーゼ38)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー18]。癌転帰マーカーが、Chr2、205.9−208.1Mbである方法において、マーカーは、ADAM23(ADAMメタロペプチダーゼドメイン23);CPOカルボキシペプチダーゼO;DYTNジストロテリン;EEF1B2真核細胞翻訳伸長因子1β2;FASTKD2 FASTキナーゼドメイン2;FLJ20309仮定上のタンパク質FLJ20309;GPR1 Gタンパク質共役受容体1;KLF7 Kruppel様因子7(ユビキタスな);MDH1Bリンゴ酸デヒドロゲナーゼ1B、NAD(可溶性);NDUFS1 NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質1、75kDa(NADH−コエンザイムQ還元酵素);NRP2ニューロピリン2;PARD3B par−3分配欠損3相同体B(C.エレガンス(C.elegans));ZDBF2(亜鉛フィンガー、DBFタイプ含有2);およびhCG_1657980 hCG1657980をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー19]。癌転帰マーカーが、Chr1、109.5−111.1Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−197;AHCYL1 S−アデノシルホモシステイン加水分解酵素様1);ALX3アリスタレス様ホメオボックス3;AMIGO1 Ig様ドメイン1を有する接着分子;AMPD2アデノシン一リン酸デアミナーゼ2(アイソフォームL);ATXN7L2アタキシン7様2;CELSR2カドヘリン、EGF LAG7回貫通G−タイプ受容体2(フラミンゴ相同体、ドロソフィラ);CSF1コロニー刺激因子1(マクロファージ);CYB561D1チトクロムb−561ドメイン含有1;EPS8L3 EPS8様3;FAM40A配列類似性40を有するファミリー、メンバーA;GNAI3グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α阻害活性ポリペプチド3;GNAT2グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α形質導入活性ポリペプチド2;GPR61 Gタンパク質共役受容体61;GSTM1、M2、M3、M4、M5グルタチオンS−トランスフェラーゼM1、M2(筋肉)、M3(脳)、M4、M5;HBXIP B型肝炎ウイルスx相互作用タンパク質;KCNA2、3、4、10カリウム電位開口型チャネル、shaker関連サブファミリー、メンバー2、3、4、10;KIAA1324 KIAA1324;MYBPHLミオシン結合タンパク質H様;PROK1プロキネチシン1;PSMA5プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、5;PSRC1プロリン/セリン−リッチコイルドコイル1;RBM15 RNA結合モチーフタンパク質15;SARSセリル−tRNA合成酵素;SLC16A4溶質輸送体ファミリー16、メンバー4(モノカルボン酸輸送体5);SLC6A17溶質輸送体ファミリー6、メンバー17;SORT1ソルチリン1;SYPL2(シナプトフィシン様2);およびUBL4B(ユビキチン様4B)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー20]。
rf30第3染色体オープンリーディングフレーム30;CD80 CD80分子;CDGAP Cdc42 GTPase−活性化タンパク質;COX17 COX17チトクロムc酸化酵素アセンブリー相同体(S.セレビシエ);GSK3Bグリコーゲン合成酵素キナーゼ3β;IGSF11免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー11;KTELC1 KTEL(Lys−Tyr−Glu−Leu)含有1;NR1I2核内受容体サブファミリー1、グループI、メンバー2;PLA1AホスホリパーゼA1メンバーA;POPDC2ポパイドメイン含有2;TMEM39A膜貫通型タンパク質39A;およびUPK1Bウロプラキン1Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー14]。癌転帰マーカーが、Chr4、46.2−48.0Mbである方法において、マーカーは、ATP10D ATPase、クラスV、タイプ10D;CNGA1環状ヌクレオチド依存性チャネルα1;COMMD8 COMMドメイン含有8;CORINコリン、セリンペプチダーゼ;COX7B2チトクロムc酸化酵素サブユニットVIIb2;GABRA4 γアミノ酪酸(GABA)A受容体、α4;GABRB1 γアミノ酪酸(GABA)A受容体、β1;NFXL1核転写因子、X−ボックス結合様1;NPAL1 NIPA様ドメイン含有1;TEC tecタンパク質チロシンキナーゼ;およびTXK TXKチロシンキナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー15]。癌転帰マーカーが、Chr14、38.9−40.0Mbである方法において、マーカーは、FBXO33(F−ボックスタンパク質33)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー16]。癌転帰マーカーが、Chr4、44.2−44.6Mbである方法において、マーカーは、GNPDA2(グルコサミン−6−リン酸デアミナーゼ2);GUF1(GUF1 GTPase相同体(S.セレビシエ));およびYIPF7(Yip1ドメインファミリー、メンバー7)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー17]。癌転帰マーカーが、Chr2、213.7−214.3Mbである方法において、マーカーは、IKZF2 IKAROSファミリー亜鉛フィンガー2(Helios);およびSPAG16精子関連抗原16をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー18]。癌転帰マーカーが、Chr14、43.9−46.6Mbである方法において、マーカーは、C14orf106第14染色体オープンリーディングフレーム106;C14orf155第14染色体オープンリーディングフレーム155;C14orf28第14染色体オープンリーディングフレーム28;FANCMファンコニー貧血、相補グループM;FKBP3 FK506結合タンパク質3、25kDa;KIAA0423 KIAA0423;KLHL28 kelch様28(ドロソフィラ);MDGA2 MAMドメイン含有グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー2;PRPF39 PRP39mRNA前駆体プロセシング因子39相同体(S.セレビシエ);およびRPL10Lリボソームタンパク質L10様をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー19]。癌転帰マーカーが、Chr14、27.6−28.6Mbである方法において、マーカーは、FOXG1(フォークヘッドボックスG1)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー20]。癌転帰マーカーが、Chr3、98.0−98.3Mbである方法において、マーカーは、EPHA6(EPH受容体A6)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー21]。癌転帰マーカーが、Chr14、55.2−60.0Mbである方法において、マーカーは、ACTR10アクチン関連タンパク質10相同体(S.セレビシエ);ARID4A ATリッチ相互作用ドメイン4A(RBP1様);C14orf100第14染色体オープンリーディングフレーム100;C14orf101第14染色体オープンリーディングフレーム101;C14orf105第14染色体オープンリーディングフレーム105;C14orf108第14染色体オープンリーディングフレーム108;C14orf135第14染色体オープンリーディングフレーム135;C14orf149第14染色体オープンリーディングフレーム149;C14orf37第14染色体オープンリーディングフレーム37;C14orf39第14染色体オープンリーディングフレーム39;DAAM1 dishevelled associated activator of morphogenesis 1;DACT1ダッパー、β−カテニンのアンタゴニスト、相同体1(ゼノパス・ラエビス(Xenopus laevis);DHRS7デヒドロゲナーゼ/還元酵素(SDRファミリー)メンバー7;EXOC5エクソシスト複合体成分5;GPR135 Gタンパク質共役受容体135;KIAA0586 KIAA0586;NAT12 N−アセチルトランスフェラーゼ12;OTX2オルソデンティクルホメオボックス2;PELI2ペリノ相同体2(ドロソフィラ);PPM1Aタンパク質ホスファターゼ1A(以前には2C)、マグネシウム依存性、αアイソフォーム;PSMA3プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、3;RTN1レチキュロン1;SLC35F4溶質輸送体ファミリー35、メンバーF4;TIMM9ミトコンドリア内膜9相同体のトランスロカーゼ(酵母);およびUNQ9438 TIMMをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー22]。癌転帰マーカーが、Chr14、48.7−51.1Mbである方法において、マーカーは、ABHD12Bアブヒドロラーゼドメイン含有12B;ARF6 ADP−リボシル化因子6;ATP5S ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットs(因子B);C14orf104第14染色体オープンリーディングフレーム104;C14orf138第14染色体オープンリーディングフレーム138;CDKL1サイクリン依存性キナーゼ様1(CDC2関連キナーゼ);FRMD6 FERMドメイン含有6;KLHDC1 kelchドメイン含有1;KLHDC2 kelchドメイン含有2;L2HGDH L−2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ;LOC196913仮定上のタンパク質LOC196913;LOC283551仮定上のタンパク質LOC283551;MAP4K5マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ5;MGAT2マンノシル(α−1,6−)−糖タンパク質β−1,2−N−アセチルグルコサミン転移酵素;NINニネイン(GSK3B相互作用タンパク質);POLE2ポリメラーゼ(DNA指向性)、ε2(p59サブユニット);PPIL5ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様5PYGL(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;肝臓(ハース病、糖原病タイプVI));RPL36ALリボソームタンパク質L36a様;およびRPS29リボソームタンパク質S29をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー23]。癌転帰マーカーが、Chr4、81.4−83.2Mbである方法において、マーカーは、BMP3骨形成タンパク質3(骨原性);C4orf22第4染色体オープンリーディングフレーム22;FGF5線維芽細胞増殖因子5;PRKG2プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプII;およびRASGEF1B RasGEFドメインファミリー、メンバー1Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー24]。癌転帰マーカーが、Chr10、51.9−54.2Mbである方法において、マーカーは、ACF apobec−1相補性因子;ASAH2B N−アシルスフィンゴシンアミドヒドロラーゼ(非リソソームセラミダーゼ)2B;CSTF2T開裂刺激因子、3’RNA前駆体、サブユニット2、64kDa、tau変異体;DKK1 dickkopf相同体1(ゼノパス・ラエビス);MBL2マンノース結合レクチン(タンパク質C)2、可溶性(オプソニン欠損);PRKG1プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプI;SGMS1スフィンゴミエリンシンターゼ1;およびhsa−miR−605をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー25]。癌転帰マーカーが、Chr5、55.2−58.6Mbである方法において、マーカーは、ANKRD55アンキリンリピートドメイン55;C5orf29第5染色体オープンリーディングフレーム29;C5orf35第5染色体オープンリーディングフレーム35;DKFZp686D0972 RIKEN cDNA 4732495G21遺伝子に類似;GPBP1 GC−リッチプロモーター結合タンパク質1;IL31RA(インターロイキン31受容体A);IL6STインターロイキン6シグナルトランスデューサー(gp130、オンコスタチンM受容体);MAP3K1マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ1;MIER3中胚葉誘導初期応答1、ファミリーメンバー3;PDE4Dホスホジエステラーゼ4D、cAMP特異的(ホスホジエステラーゼE3dunce相同体、ドロソフィラ);PLK2ポロ様キナーゼ2(ドロソフィラ);およびRAB3C RAB3CメンバーRAS癌遺伝子ファミリーをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー26]。癌転帰マーカーが、Chr5、67.8−68.5Mbである方法において、マーカーは、CCNB1(サイクリンB1)およびSLC30A5(溶質輸送体ファミリー30(亜鉛輸送体)、メンバー5)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー27]。
実験方法:検体。合計178個のNSCLC臨床的注解サンプルを、高密度SNP遺伝子型判定マイクロアレイ(Affymetrixによる100Kアレイセット)を用いてコピー数変更についてプロファイルした。すべてのサンプルを注意深く解剖して腫瘍/正常組織比を最大限にし、病理組織学的なタイプおよび段階を検証した。I期およびII期サンプルを有する患者から得られたサンプルのみを分析した。これらのすべては、いかなるフォローアップまたはネオアジュバント化学療法もなく外科的切除で治療した患者からのものである。各患者について収集した臨床情報には、人種、年齢、生年月日、性別、臨床病期、病理学的段階、位置、外科的処置(SP)日、組織像、分化、診断日、結節陽性、喫煙状況、化学療法状態、放射線状態、再発状態、再発日、再発位置、再発までの期間、最後のフォローアップ日、最後のフォローアップ時の状態、生/死、全生存および死亡原因が含まれた。再発までの期間(TTR)および全生存(OS)を、転帰のパラメータとして選択した。他の臨床パラメータ(結節状態、病期など)を、交絡変数とみなした。肺癌の再発までの期間および全生存期間を、患者カルテから得た。
低い病期のNSCLC患者の臨床成績と相関した46(46)の生物マーカーの妥当性を検証するため、低い病期のNSCLC腫瘍組織の追加のセットを、関連した臨床成績情報と共に、韓国のSamsung Cancer Centerから収集した。
Claims (110)
- 肺癌の治療を受けている患者における疾患転帰を予測する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;
c)2つのベースラインコピー数に対する試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;および
d)試験サンプル中の癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者において疾患転帰のベースライン測度と比較したとき、疾患転帰不良のリスクの増加を有するものとして患者を同定するステップであって前記癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化の存在は、疾患転帰不良を予測するものであるステップ
を含む、方法。 - 疾患転帰不良が、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比べたときの全生存期間の減少および癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したときの再発までの期間短縮の少なくとも1つである、請求項1の方法。
- 肺癌の治療を受けている患者における治療転帰を予測する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップであって、前記癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、前記コピー数の変化が、疾患転帰不良に関連するステップ;および
c)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、患者が、癌転帰マーカーについてのコピー数増加を有さない患者の全生存期間と比較したとき、全生存期間の減少または再発までの期間短縮のリスクがより高いか否かを決定するステップ
を含む、方法。 - 癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が、疾患転帰不良に関連する、請求項1から3のいずれかの方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項4の方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr19、34.7Mb−35.6Mbであり、ならびにC19orf12;C19orf12;サイクリンE1;PLEKHF1;POP4;およびZNF536をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー1]
- 癌転帰マーカーが、Chr19、38.9−40.7Mbであり、ならびにATP4A ATPase;CHST8、DMKN FAR1,2,3;FXYD1,3,5,7;GAPDHS;GPI;GPR42;GRAMD1A;HAMP;HPN;KCTD15 KIAA0355;KRTDAP;LGI4;LSM14A;LSR;MAG;PDCD2L;SAE2 SUMO1;SBSN;SCN1B;TMEM147,162;USF2;WTIP;およびZNF181,30,302,599,792をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー2]
- 癌転帰マーカーが、Chr17、69.2−71.3Mbであり、ならびにARMC7(アルマジロリピート含有7);ATP5H ATPシンターゼ(H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットd);CASKIN2(CASK相互作用タンパク質2);CD300A(CD300a分子);CD300C(CD300c分子);CD300E(CD300e分子);CD300LB(CD300分子様ファミリーメンバーb);CD300LF(CD300分子様ファミリーメンバーf);CDR2L(小脳変性症関連タンパク質2様);DNAI2(ダイニン、軸索、中間鎖2);(FADS6脂肪酸不飽和化酵素ドメインファミリー、メンバー6);FDXR(フェレドキシン還元酵素);GALK1(ガラクトキナーゼ1);GGA3(ゴルジ関連、γアダプチンear含有、ARF結合タンパク質):GPR142(Gタンパク質共役受容体142);GPRC5C(Gタンパク質共役受容体、ファミリーC、グループ5、メンバーC);GRB2(増殖因子受容体−結合タンパク質2);GRIN2C(グルタミン酸受容体、イオンチャネル型、N−メチル−D−アスパラギン酸2C);H3F3B(H3ヒストン、ファミリー3B(H3.3B));HN1(血液学的および神経学的な発現された1 ICT1未熟結腸癌転写物1);ITGB4(インテグリン、β4);KCTD2(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有2);KIAA0195;KIF19(キネシンファミリーメンバー19);LLGL2(致死性巨大幼生相同体2(ドロソフィラ(Drosophila));LOC388419(ガレクチン−3−結合タンパク質様);MIF4GD(MIF4Gドメイン含有);MRPS7(ミトコンドリアリボソームタンパク質S7);NAT9(N−アセチルトランスフェラーゼ9);NT5C(5’,3’−ヌクレオチダーゼ、サイトゾル);NUP85(ヌクレオポリン85kDa);OTOP2(オトペトリン2);OTOP3(オトペトリン3);RAB37(RAB37、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー);RECQL5(RecQタンパク質様5);RPL38リボソームタンパク質L38;SAP30BP(SAP30結合タンパク質);SLC16A5(溶質輸送体ファミリー16、メンバー5(モノカルボン酸輸送体6));SLC25A19(溶質輸送体ファミリー25(ミトコンドリアチアミンピロリン酸キャリア)、メンバー19);SLC9A3R1(溶質輸送体ファミリー9(ナトリウム/水素交換輸送体)、メンバー3制御因子1);SUMO2(SMT3 suppressor of mif two 3 homolog 2(S.セレビシエ(S.cerevisiae));TMEM104(膜貫通型タンパク質104);TTYH2(トゥイーティー相同体2(ドロソフィラ));UNK(unkempt相同体(ドロソフィラ));およびUSH1G(アッシャー症候群1G(常染色体劣性)をコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー3]、請求項4の方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr6、70.8−71.1Mbであり、ならびにCOL19A1(コラーゲン、タイプXIX、α1)およびCOL9A1(コラーゲン、タイプIX、α1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー4]。
- 癌転帰マーカーが、Chr12、93.7kb−1.9Mbであり、ならびにADIPOR2(アディポネクチン受容体2);B4GALNT3(β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ3);CACNA2D4(カルシウムチャネル、電位依存性、α2/δサブユニット4);CCDC77(コイルドコイルドメイン含有77);ERC1(ELKS/RAB6−相互作用/CASTファミリーメンバー1);FBXL14(F−ボックスおよびロイシンリッチリピートタンパク質14);HSN2(遺伝性感覚性ニューロパチー、タイプII);IQSEC3(IQモチーフおよびSec7ドメイン3);JARID1A(十文字、ATリッチ相互作用ドメイン1A);LRTM2(ロイシン−リッチリピートおよび膜貫通型ドメイン2);NINJ2(ニンジュリン2);RAD52(RAD52相同体(S.セレビシエ));SLC6A12(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、ベタイン/GABA)、メンバー12);SLC6A13(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、GABA)、メンバー13);WNK1(WNKリシン欠損プロテインキナーゼ1);およびWNT5B(無羽タイプMMTV組込み部位ファミリー、メンバー5B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー5]。
- 癌転帰マーカーが、Chr11、64.3−64.8Mbであり、ならびにARL2(ADP−リボシル化因子様2);ATG2A ATG2(自己貪食関連2相同体A(S.セレビシエ));BATF2(塩基性ロイシンジッパー転写因子、ATF様2;CAPN1カルパイン1、(mu/I)大型サブユニット);CDC42BPG(CDC42結合プロテインキナーゼγ(DMPK様));CDCA5(細胞分裂周期関連5);EHD1(EH−ドメイン含有1);FAU(Finkel−Biskis−Reillyネズミ肉腫ウイルス(FBR−MuSV)遍在性に発現した);GPHA2(糖タンパク質ホルモンα2);MAP4K2(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ2);MEN1(多発性内分泌腺腫症I);MRPL49(ミトコンドリアリボソームタンパク質L49);NAALADL1(N−アセチル化α−連鎖酸性ジペプチダーゼ様1);POLA2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット));PPP2R5B(タンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、βアイソフォーム);SAC3D1 SAC3(ドメイン含有1);SLC22A20(溶質輸送体ファミリー22、メンバー20);SNX15(ソーティングネキシン15);SPDYC(speedy相同体C(ドロソフィラ));SYVN1(滑膜アポトーシスインヒビター1、シノビオリン);TM7SF2(膜貫通型7スーパーファミリーメンバー2);ZFPL1(亜鉛フィンガータンパク質様1);ZNHIT2(亜鉛フィンガー、HITタイプ2);(hsa−mir−192);および(hsa−mir−194−2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー6]。
- 癌転帰マーカーが、Chr19、57.0−62.2Mbであり、ならびにBIRC8(バキュロウイルスIAPリピート含有8);BRSK1(BRセリン/トレオニンキナーゼ1);CACNG6、7、8(カルシウムチャネル、電位依存性、γサブユニット6、7、8);CCDC106(コイルドコイルドメイン含有106);CDC42EP5 CDC42(エフェクタータンパク質(RhoGTPase結合)5);CNOT3 CCR4−NOT(転写複合体、サブユニット3);COX6B2(チトクロムc酸化酵素サブユニットVIbポリペプチド2(精巣));DPRX(分岐対関連ホメオボックス);EPN1(エプシン1);EPS8L1(EPS8様1);FCAR(IgAのFc断片、受容体);FIZ1(FLT3相互作用亜鉛フィンガー1);GALP(ガラニン様ペプチドGP6糖タンパク質VI(血小板));HSPBP1(hsp70相互作用タンパク質);IL11(インターロイキン11);ISOC2(イソコリスマターゼドメイン含有2);KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DS4 KIR3DL1、KIR3DL3、KIR3DX1(キラー細胞免疫グロブリン様受容体);LAIR1、2(白血球関連免疫グロブリン様受容体1、2);LENG1、4、8、9(白血球受容体クラスター(LRC)メンバー1、4、8、9);LILRA2、3、4(白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーA(TMドメインを有する)、メンバー2、3、4);LILRB1、2、3、4、5(白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーB(TMおよびITIMドメインを有する)、メンバー1、2、3、4、5);MYADM(ミエロイド関連分化マーカー);NAT14(N−アセチルトランスフェラーゼ14);NCR1(細胞傷害誘発受容体1);NDUFA3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1αサブコンプレックス、3,9kDa);NLRP2、4、5、7、8、9、11、12、13(NLRファミリー、ピリンドメイン含有2、4、5、7、8、9、11、12、13.);OSCAR(破骨細胞関連免疫グロブリン様受容体);PEG3(父系性に発現した3);PPP1R12C(タンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット12C);PPP2R1A(タンパク質ホスファターゼ2(以前には2A)、調節サブユニットA、αアイソフォーム);PRKCG(プロテインキナーゼC、γ);PRPF31(PRP31 mRNA前駆体プロセシング因子31相同体(S.セレビシエ));PTPRH(プロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、H);RDH13(レチノールデヒドロゲナーゼ13(全トランス/9−シス));RPL28(リボソームタンパク質L28);RPS9(リボソームタンパク質S9);SAPS1(SAPSドメインファミリー、メンバー1);SUV420H2(斑入り4−20相同体2のサプレッサー(ドロソフィラ));SYT5(シナプトタグミンV);TFPT((小児白血病における)TCF3(E2A)融解パートナー);TMC4(膜貫通型チャネル様4);TMEM190(膜貫通型タンパク質190 TMEM86B膜貫通型タンパク質86B);TNNI3(トロポニンIタイプ3(心臓));TNNT1(トロポニンTタイプ1(骨格、緩徐));TSEN34(tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ34相同体(S.セレビシエ));TTYH1(トゥイーティー相同体1(ドロソフィラ));U2AF2(U2核内低分子RNA補助因子2);UBE2S(ユビキチン結合酵素E2S);VN1R2(鋤鼻受容体1受容体2);VN1R4(鋤鼻受容体1受容体4);VSTM1(V−セットおよび膜貫通型ドメイン含有1);ZNF28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470(亜鉛フィンガータンパク質28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470);およびhsa−mir−643、hsa−mir−512−1、hsa−mir−512−2、hsa−mir−498、hsa−mir−520e、hsa−mir−515−1、hsa−mir−519e、hsa−mir−520f、hsa−mir−515−2、hsa−mir−519c、hsa−mir−520a、hsa−mir−526b、hsa−mir−519b、hsa−mir−525、hsa−mir−523、hsa−mir−518f、hsa−mir−520b、hsa−mir−518b、hsa−mir−526a−1、hsa−mir−520c、hsa−mir−518c、hsa−mir−524、hsa−mir−517a、hsa−mir−519d、hsa−mir−521−2、hsa−mir−520d、hsa−mir−517b、hsa−mir−520g、hsa−mir−516−3、hsa−mir−526a−2、hsa−mir−518e、hsa−mir−518a−1、hsa−mir−518d、hsa−mir−516−4、hsa−mir−518a−2、hsa−mir−517c、hsa−mir−520h、hsa−mir−521−1、hsa−mir−522、hsa−mir−519a−1、hsa−mir−527、hsa−mir−516−1、hsa−mir−516−2、hsa−mir−519a−2、hsa−mir−371、hsa−mir−372、hsa−mir−373、hsa−mir−516a−1、hsa−mir−516a−2、hsa−mir−516b−1、hsa−mir−516b−2、hsa−mir−517a−1、hsa−mir−517a−2、hsa−mir−520c−1、hsa−mir−520c−2を含めたmiRNAをコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー7]、請求項4の方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr6、39.1−39.9Mbであり、ならびにC6orf64(第6染色体オープンリーディングフレーム64);DNAH8(ダイニン、軸索、重鎖8);GLP1R(グルカゴン様ペプチド1受容体);KCNK16(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー16);KCNK17(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー17);KCNK5(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー5);KIF6(キネシンファミリーメンバー6)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー8]。
- 癌転帰マーカーが、Chr11、64.8−65.7Mbであり、ならびにBANF1(自動組み込み因子1に対する障壁);CATSPER1(カチオンチャネル、精子関連1);CCDC85B(コイルドコイルドメイン含有85B);CDC42EP2CDC42(エフェクタータンパク質(Rho GTPase結合)2);CFL1(コフィリン1(非筋肉));CST6(シスタチンE/M);CTSW(カテプシンW);DPF2 D4、(亜鉛およびダブルPHDフィンガーファミリー2);DRAP1(DR1関連タンパク質1(負の補因子2α));EFEMP2(EGF含有フィビュリン様細胞外基質タンパク質2);EHBP1L1(EHドメイン結合タンパク質1様1);FAM89B(配列類似性89を有するファミリー、メンバーB);FIBP(線維芽細胞増殖因子(酸性の)細胞内結合タンパク質);FOSL1(FOS様抗原1);FRMD8(FERMドメイン含有8);GAL3ST3(ガラクトース−3−O−スルホトランスフェラーゼ3);HTATIP(HIV−1Tat相互作用タンパク質、60kDa);KCNK7(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー7);LTBP3(潜在型トランスフォーミング増殖因子β結合タンパク質3);MAP3K11(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ11);MGC11102(仮定上のタンパク質MGC11102);MUS81 MUS81(エンドヌクレアーゼ相同体(S.セレビシエ));OVOL1(ovo様1(ドロソフィラ));PACS1 (ホスホフリン酸性クラスターソーティングタンパク質1);PCNXL3(pecanex様3(ドロソフィラ));POLA2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット));RELA(v−rel細網内皮症ウイルス癌遺伝子相同体A、B−細胞3、p65(トリ)中のκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子);RNASEH2C(リボヌクレアーゼH2、サブユニットC);SART1(T細胞によって認識された有棘細胞癌抗原);SCYL1(SCY1様1(S.セレビシエ));SF3B2(スプライシング因子3b、サブユニット2、145kDa);SIPA1(シグナル−誘導増殖関連遺伝子1);SLC25A45(溶質輸送体ファミリー25、メンバー45);SSSCA1(シェーグレン症候群/強皮症自己抗原1);TIGD3(tigger転移因子由来3);TSGA10IP(精巣特異的な、10相互作用タンパク質)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー9]。
- 癌転帰マーカーが、Chr11、61.4−64.3Mbであり、ならびにAHNAK(AHNAK核タンパク質);ASRGL1(アスパラギナーゼ様1);B3GAT3(β−1,3−グルクロニルトランスフェラーゼ3(グルクロノシルトランスフェラーゼI));BAD(細胞死のBCL2−アンタゴニスト);BEST1(ベストロフィン1);BSCL2(Bernardinelli−Seip先天性脂肪異栄養症2(seipin));CCDC88B(コイルドコイルドメイン含有88B);CHRM1(コリン作動性受容体、ムスカリン性1);COX8A(チトクロムc酸化酵素サブユニット8A(ユビキタスな));DKFZP564J0863(DKFZP564J0863タンパク質);DKFZP566E164(DKFZP566E164タンパク質);DNAJC4(DnaJ(Hsp40)相同体、サブファミリーC、メンバー4);EEF1G(真核細胞の翻訳伸長因子1γ);EML3(棘皮動物微小管結合タンパク質様3);ESRRA(エストロゲン関連受容体α);FADS2、3(脂肪酸不飽和化酵素2、3);FKBP2(FK506結合タンパク質2、13kDa);FLRT1(フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通型タンパク質1);FTH1(フェリチン、重鎖ポリペプチド1);GANAB(グルコシダーゼ、α;中性AB);GNG3(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ3);GPR137(Gタンパク質共役受容体137);HRASLS2、3、5(HRAS様サプレッサー2、3、5);INCENP(インナーセントロメアタンパク質抗原135/155kDa);INTS5(インテグレーター複合体サブユニット5);KCNK4(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー4);LGALS12(レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、12(ガレクチン12));MACROD1(MACROドメイン含有1);MARK2(MAP/微小管親和性調節キナーゼ2);MGC3196(仮定上のタンパク質MGC3196);MTA2(転移関連1ファミリー、メンバー2);NAT11(N−アセチルトランスフェラーゼ11);NRXN2(ニューレキシン2);NUDT22(nudix(ヌクレオシド二リン酸連結部分X)タイプモチーフ22);NXF1(核RNAエクスポート因子1);OTUB1(OTUドメイン、ユビキチンアルデヒド結合1);PLCB3(ホスホリパーゼC、β3(ホスファチジルイノシトール特異的));POLR2G(ポリメラーゼ(RNA)II(DNA指向性)ポリペプチドG);PPP1R14B(タンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット14B);PRDX5(ペルオキシレドキシン5);PYGM(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;筋肉(McArdle症候群、糖原病タイプV));RAB3IL1(RAB3A相互作用タンパク質(rabin3)様1);RARRES3(レチノイン酸受容体レスポンダー(タザロテン誘導)3);RASGRP2(RASグアニル放出タンパク質2(カルシウムおよびDAG調節された));RCOR2 REST(コリプレッサー2);ROM1(網膜外節膜タンパク質1);RPS6KA4(リボソームタンパク質S6キナーゼ、90kDa、ポリペプチド4 RTN3レチキュロン3);SCGB1A1、1D1、1D2、1D4、2A1、2A1(セクレトグロビン、ファミリーSF1スプライシング因子1);SLC22A10、11、12、6、8、9(溶質輸送体ファミリー22(有機陰イオン/陽イオン輸送体)SLC3A2溶質輸送体ファミリー3(二塩基性および中性アミノ酸輸送のアクチベーター)、メンバー2);STIP1(ストレス誘発性リンタンパク質1(Hsp70/Hsp90構築タンパク質));STX5(シンタキシン5);TAF6L(TAF6様RNAポリメラーゼII、p300/CBP関連因子(PCAF)関連因子、65kDa);TRPT1(tRNAホスホトランスフェラーゼ1);TTC9C(テトラトリコペプチドリピートドメイン9C);TUT1(末端ウリジリルトランスフェラーゼ1、U6 snRNA−特異的URP2UNC−112関連タンパク質2);UST6(推定上のUST1様有機陰イオン輸送体VEGFB血管内皮増殖因子B);WDR74(WDリピートドメイン74);およびZBTB3(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有3)をコード化するヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー10]。
- 癌転帰マーカーが、Chr17、51.5−53.2Mbであり、ならびにAKAP1(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質1);ANKFN1(アンキリン−リピートおよびフィブロネクチンタイプIIIドメイン含有1);C17orf67(第17染色体オープンリーディングフレーム67);COIL(コイリン);DGKE(ジアシルグリセロールキナーゼ、ε64kDa MSI2 musashi相同体2(ドロソフィラ));NOG(ノギン);SCPEP1(セリンカルボキシペプチダーゼ1);およびTRIM25(tripartiteモチーフ含有25)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー11]。
- 癌転帰マーカーが、Chr17、43.5−44.9Mbであり、ならびにhsa−mir−10a;hsa−mir−196a−1;ABI3(ABI遺伝子ファミリー、メンバー3);ATP5G1(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットC1(サブユニット9));B4GALNT2(β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ2);CALCOCO2(カルシウム結合およびコイルドコイルドメイン2);CBX1(クロモボックス相同体1(HP1β相同体 ドロソフィラ));GIP(胃抑制ポリペプチド);GNGT2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ形質導入活性ポリペプチド2);HOXB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13(ホメオボックスB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13);IGF2BP1(インスリン様成長因子2mRNA結合タンパク質1);NFE2L1(核因子(赤血球由来2)様1);NGFR(神経成長因子受容体(TNFRスーパーファミリー、メンバー16));PHB(プロヒビチンPHOSPHO1ホスファターゼ、オーファン1);PRAC(核内低分子タンパク質PRAC);SKAP1(srcキナーゼ関連リンタンパク質1);SNF8(SNF8、ESCRT−II複合体サブユニット、相同体(S.セレビシエ));SNX11(ソーティングネキシン11);TTLL6(チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー6);UBE2Z(ユビキチン結合酵素E2Z);およびZNF652(亜鉛フィンガータンパク質652)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー12]。
- 癌転帰マーカーが、Chr2、147.6−151.1Mbであり、ならびにACVR2A(アクチビンA受容体、タイプIIA);C2orf25(第2染色体オープンリーディングフレーム25);EPC2(ポリコーム相同体2のエンハンサー(ドロソフィラ));KIF5C(キネシンファミリーメンバー5C);LOC130576(仮定上のタンパク質LOC130576);LYPD6(LY6/PLAURドメイン含有6);MBD5(メチル−CpG結合ドメインタンパク質5);ORC4L(複製開始点認識複合体、サブユニット4様(酵母));RND3(RhoファミリーGTPase3)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー13]。
- 癌転帰マーカーが、Chr6、123.7−135.6Mbであり、ならびにhsa−mir−588;AKAP7(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質7);ALDH8A1(アルデヒドデヒドロゲナーゼ8ファミリー、メンバーA1);ARG1(アルギナーゼ、肝臓);ARHGAP18(Rho GTPase活性化タンパク質18);CTGF(結合組織増殖因子ECHDC1エノイルコエンザイムAヒドラターゼドメイン含有1);ENPP1、3(エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼ1、3);EPB41L2(赤血球膜タンパク質バンド4.1様2);EYA4(eyes absent相同体4(ドロソフィラ));HDDC2(HDドメイン含有2);HEY2(YRPWモチーフ2に関連するhairy/enhancer−of−split);HINT3(ヒスチジントライアドヌクレオチド結合タンパク質3);KIAA1913 KIAA1913 LAMA2(ラミニン、α2(メロシン、先天性筋ジストロフィー));MED23(メディエーター複合体サブユニット23);MOXD1(モノオキシゲナーゼ、DBH様1 MYB v−myb骨髄芽球症ウイルス癌遺伝子相同体(トリ));NCOA7(核内受容体コアクチベーター7);NKAIN2(Na+/K+輸送ATPase相互作用2);OR2A4(嗅覚受容体、ファミリー2、サブファミリーA、メンバー4);PTPRK(プロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、K.RNF146 リングフィンガータンパク質146);RNF217(リングフィンガータンパク質217);RPS12(リボソームタンパク質S12);SAMD3(無菌のαモチーフドメイン含有3);SGK(血清/糖質コルチコイド調節キナーゼ);SLC2A12(溶質輸送体ファミリー2(促進性グルコース輸送体)、メンバー12 STX7シンタキシン7);TAAR1、2、5、6、8、9(痕跡アミン関連受容体1、2、5、6、8、9);TBPL1(TBP様1);TCF21(転写因子21);TPD52L1(腫瘍タンパク質D52様1);TRDN(トリアディンTRMT11 tRNAメチルトランスフェラーゼ11相同体(S.セレビシエ));およびVNN1、2、3(バニン1、2、3)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー14]。
- 癌転帰マーカーが、Chr8、6.9−8.8Mbであり、ならびにCLDN23(クローディン23);DEFA5(デフェンシン、α5、パネート細胞特異的);DEFB103B(デフェンシン、β103B);DEFB104A(デフェンシン、β104A);DEFB104B(デフェンシン、β104B);DEFB105B(デフェンシン、β105B);DEFB106A(デフェンシン、β106A);DEFB106B(デフェンシン、β106B);DEFB107A(デフェンシン、β107A);DEFB107B(デフェンシン、β107B);DEFB4(デフェンシン、β4);MFHAS1(悪性線維性組織球腫によって増幅された配列1);PRAGMIN(homolog of rat pragma of Rnd2);SPAG11A(精子関連抗原11A);およびSPAG11B(精子関連抗原11B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー15]。
- 癌転帰マーカーが、Chr2、159.9−161.4Mbであり、ならびにBAZ2B(亜鉛フィンガードメイン隣接ブロモドメイン、2B);CD302(CD302分子);ITGB6(インテグリン、β6);LY75(リンパ球抗原75);MARCH7(膜関連リングフィンガー(C3HC4)7);PLA2R1(ホスホリパーゼA2受容体1、180kDa);およびRBMS1(RNA結合モチーフ、一本鎖相互作用タンパク質1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー16]。
- 癌転帰マーカーが、Chr2、200.9−204.2Mbであり、ならびにABI2(abl相互作用物質2);ALS2(筋萎縮性側索硬化症2(若年性));ALS2CR2、4、7、8、11、12、13(筋萎縮性側索硬化症2(若年性)染色体領域、候補2、4、7、8、11、12、13);AOX1(アルデヒドオキシダーゼ1);BMPR2(骨形成タンパク質受容体、タイプII(セリン/トレオニンキナーゼ));BZW1(塩基性ロイシンジッパーおよびW2ドメイン1);CASP10(カスパーゼ10、アポトーシス関連システインペプチダーゼ);CASP8(カスパーゼ8、アポトーシス関連システインペプチダーゼ);CFLAR(CASP8およびFADD様アポトーシス制御因子);CLK1(CDC様キナーゼ1);CYP20A1(チトクロムP450、ファミリー20、サブファミリーA、ポリペプチド1);FAM126B(配列類似性126を有するファミリー、メンバーB);FZD7(frizzled相同体7(ドロソフィラ)ICA1L島細胞自己抗原1,69kDa様);KCTD18(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有18);LOC26010(ウイルスDNAポリメラーゼ−トランス活性化タンパク質6);MPP4(膜タンパク質、パルミトイル化4(MAGUK p55サブファミリーメンバー4);NBEAL1(ニューロビーチン様1);NDUFB3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス、3、12kDa);NIF3L1(NIF3 NGG1相互作用因子3様1(S.pombe));NOP5/NOP58(核小体タンパク質NOP5/NOP58);ORC2L(複製開始点認識複合体、サブユニット2様(酵母));PPIL3(ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様3);RAPH1(Ras関連(RalGDS/AF−6)およびプレクストリン相同ドメイン1);SGOL2(shugoshin様2(S.pombe));SUMO1(SMT3 suppressor of mif two 3 homolog1(S.セレビシエ));TRAK2(輸送タンパク質、キネシン結合2);およびWDR12(WDリピートドメイン12)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー17]。
- 癌転帰マーカーが、Chr6、36.3−36.7Mbであり、ならびにBRPF3(ブロモドメインおよびPHDフィンガー含有、3);DKFZp779B1540(仮定上のタンパク質DKFZp779B1540);ETV7(ets変種遺伝子7(TEL2癌遺伝子));KCTD20(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有20PNPLA1パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有1);PXT1(ペルオキシソーム、精巣特異的1SFRS3スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ3);およびSTK38(セリン/トレオニンキナーゼ38)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー18]。
- 癌転帰マーカーが、Chr2、205.9−208.1Mbであり、ならびにADAM23(ADAMメタロペプチダーゼドメイン23);CPO(カルボキシペプチダーゼO);DYTN(ジストロテリン);EEF1B2(真核細胞翻訳伸長因子1β2);FASTKD2(FASTキナーゼドメイン2);FLJ20309(仮定上のタンパク質FLJ20309);GPR1(Gタンパク質共役受容体1);KLF7(Kruppel様因子7(ユビキタス));MDH1B(リンゴ酸デヒドロゲナーゼ1B、NAD(可溶性));NDUFS1(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質1、75kDa(NADH−コエンザイムQ還元酵素);NRP2ニューロピリン2);PARD3B(par−3分配欠損3相同体B(C.エレガンス(C.elegans));ZDBF2(亜鉛フィンガー、DBFタイプ含有2);およびhCG_1657980(hCG1657980)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー19]。
- 癌転帰マーカーが、Chr1、109.5−111.1Mbであり、ならびにhsa−mir−197;AHCYL1(S−アデノシルホモシステイン加水分解酵素様1);ALX3(アリスタレス様ホメオボックス3);AMIGO1(Ig様ドメイン1を有する接着分子);AMPD2(アデノシン一リン酸デアミナーゼ2(アイソフォームL));ATXN7L2(アタキシン7様2);CELSR2(カドヘリン、EGF LAG7回貫通G−タイプ受容体2(フラミンゴ相同体、ドロソフィラ));CSF1(コロニー刺激因子1(マクロファージ));CYB561D1(チトクロムb−561ドメイン含有1);EPS8L3(EPS8様3);FAM40A(配列類似性40を有するファミリー、メンバーA);GNAI3(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α阻害活性ポリペプチド3);GNAT2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α形質導入活性ポリペプチド2);GPR61(Gタンパク質共役受容体61);GSTM1、M2、M3、M4、M5(グルタチオンS−トランスフェラーゼM1、M2(筋肉)、M3(脳)、M4、M5);HBXIP(B型肝炎ウイルスx相互作用タンパク質);KCNA2、3、4、10(カリウム電位開口型チャネル、shaker関連サブファミリー、メンバー2、3、4、10);KIAA1324(KIAA1324);MYBPHL(ミオシン結合タンパク質H様);PROK1(プロキネチシン1);PSMA5(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、5);PSRC1(プロリン/セリン−リッチコイルドコイル1);RBM15(RNA結合モチーフタンパク質15);SARS(セリル−tRNA合成酵素);SLC16A4(溶質輸送体ファミリー16、メンバー4(モノカルボン酸輸送体5));SLC6A17(溶質輸送体ファミリー6、メンバー17);SORT1(ソルチリン1);SYPL2(シナプトフィシン様2);UBL4B(ユビキチン様4B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー20]。
- 癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、前記コピー数損失が疾患転帰不良に関連する、請求項1から3のいずれかの方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項26の方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr5、62.9−67.8Mbであり、ならびにADAMTS6(トロンボスポンジンタイプ1モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、6);CD180(CD180分子);CENPK(セントロメアタンパク質K);ERBB2IP(erbb2相互作用タンパク質);FLJ13611(仮定上のタンパク質FLJ13611);HTR1A(5−ヒドロキシトリプタミン(セロトニン)受容体1A);MAST4(微小管関連セリン/トレオニンキナーゼファミリーメンバー4);NLN(神経溶解素(メタロペプチダーゼM3ファミリー));P18SRP(P18SRPタンパク質);PIK3R1(ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α));PPWD1(ペプチジルプロリルイソメラーゼドメインおよびWDリピート含有1);RGS7BP(G−タンパク質シグナル伝達7結合タンパク質の制御因子);RNF180(リングフィンガータンパク質180);SDCCAG10(血清学的に定義された結腸癌抗原10);SFRS12(スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ12);SGTB(低分子量グルタミンリッチテトラトリコペプチドリピート(TPR)含有、β0);およびTRIM23(tripartiteモチーフ含有23)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー1]。
- 癌転帰マーカーが、Chr5、53.3−53.8Mbであり、ならびにARL15(ADP−リボシル化因子様15);HSPB3(熱ショック27kDaタンパク質3)およびhsa−miR−581をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー2]。
- 癌転帰マーカーが、Chr4、105.8−107.2Mbであり、ならびにFLJ20184(仮定上のタンパク質FLJ20184);GSTCD(グルタチオンS−トランスフェラーゼ、C末端ドメイン含有);INTS12(インテグレーター複合体サブユニット12);KIAA1546(KIAA1546);MGC16169(仮定上のタンパク質MGC16169);NPNT(ネフロネクチン);およびPPA2(ピロホスファターゼ(無機)2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー3]。
- 癌転帰マーカーが、Chr16、45.8−46.3Mbであり、ならびにITFG1(インテグリンαFG−GAPリピート含有1)およびPHKB(ホスホリラーゼキナーゼ、β)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー4]。
- 癌転帰マーカーが、Chr5、50.7−52.0Mbであり、ならびにISL1(ISLLIMホメオボックス)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー5]。
- 癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbであり、ならびにARSK(アリールスルファターゼファミリー、メンバーK);CAST(カルパスタチン);ELL2(伸長因子、RNAポリメラーゼII、2);FAM81B(配列類似性81を有するファミリー、メンバーB);GLRX (グルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ));GPR150(Gタンパク質共役受容体150);KIAA0372(KIAA0372);MCTP1(マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1);PCSK1(プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1);RFESD(Rieske(Fe−S)ドメイン含有);RHOBTB3(Rho関連BTBドメイン含有3);SPATA9(精子形成関連9);およびhsa−miR−583をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー6]。
- 癌転帰マーカーが、Chr9、36.1−37.0Mbであり、ならびにC9orf19(第9染色体オープンリーディングフレーム19);CCIN(カリシン);CLTA(クラスリン、軽鎖(Lca));GNE(グルコサミン(UDP−N−アセチル)−2−エピメラーゼ/N−アセチルマンノサミンキナーゼ);MELK(母系胚性ロイシンジッパーキナーゼ);PAX5(ペアードボックス5);RECK(カザールモチーフを有する復帰突然変異誘導システインリッチタンパク質);RNF38(リングフィンガータンパク質38)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー7]。
- 癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbであり、ならびにARSK(アリールスルファターゼファミリー、メンバーK);CAST(カルパスタチン);ELL2(伸長因子、RNAポリメラーゼII、2);FAM81B(配列類似性81を有するファミリー、メンバーB);GLRX(グルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ));GPR150(Gタンパク質共役受容体150);KIAA0372(KIAA0372);MCTP1(マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1);PCSK1(プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1);RFESD(Rieske(Fe−S)ドメイン含有);RHOBTB3(Rho関連BTBドメイン含有3);SPATA9(精子形成関連9)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー8]。
- 癌転帰マーカーが、Chr14、51.1−52.8Mbであり、ならびにC14orf166(第14染色体オープンリーディングフレーム166);DDHD1(DDHDドメイン含有1);ERO1L(ERO1様(S.セレビシエ));FRMD6(FERMドメイン含有6);GNG2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ2);GNPNAT1(グルコサミン−リン酸N−アセチルトランスフェラーゼ1);GPR137C(Gタンパク質共役受容体137C);NID2(ニドジェン2(オステオニドジェン));PLEKHC1(プレクストリン相同ドメイン含有、ファミリーC(FERMドメインを有する)メンバー1);PSMC6(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)26Sサブユニット、ATPase、6);PTGDR(プロスタグランジンD2受容体(DP));PTGER2(プロスタグランジンE受容体2(サブタイプEP2)、53kDa);STYX(セリン/トレオニン/チロシン相互作用タンパク質);TXNDC16(チオレドキシンドメイン含有16)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー9]。
- 癌転帰マーカーが、Chr14、61.5−68.6Mbであり、ならびにACTN1(アクチニン、α1);AKAP5(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質5);ARG2(アルギナーゼ、タイプII);ATP6V1D(ATPase、H+輸送、リソソーム34kDa、V1サブユニットD);C14orf50(第14染色体オープンリーディングフレーム50);C14orf54(第14染色体オープンリーディングフレーム54);C14orf83(第14染色体オープンリーディングフレーム83);CHURC1(チャーチルドメイン含有1);EIF2S1(真核細胞翻訳開始因子2、サブユニット1α、35kDa);ESR2(エストロゲン受容体2(ERβ));FLJ39779(FLJ39779タンパク質);FNTB(ファルネシルトランスフェラーゼ、CAAXボックス、β);FUT8(フコシル基転移酵素8(α(1,6)フコシル基転移酵素));GPHB5(糖タンパク質ホルモンβ5);GPHN(ジェフィリン);GPX2(グルタチオンペルオキシダーゼ2(胃腸));HSPA2(熱ショック70kDaタンパク質2);KCNH5(カリウム電位開口型チャネル、サブファミリーH(eag関連)、メンバー5);MAX MYC(関連因子X);MPP5(膜タンパク質、パルミトイル化5(MAGUK p55サブファミリーメンバー5));MTHFD1(メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ(NADP+依存性)1、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸合成酵素);PIGH(ホスファチジルイノシトールグリカンアンカー生合成、クラスH);PLEK2(プレクストリン2);PLEKHG3(プレクストリン相同ドメイン含有、(RhoGefドメインを有する)ファミリーGメンバー3);PLEKHH1(プレクストリン相同ドメイン含有、(MyTH4ドメインを有する)ファミリーHメンバー1);PPP2R5E(タンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、εアイソフォーム);RAB15(RAB15、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー);RAD51L1(RAD51様1(S.セレビシエ));RDH11(レチノールデヒドロゲナーゼ11(全トランス/9−シス/11−シス));RDH12(レチノールデヒドロゲナーゼ12(全トランス/9−シス/11−シス));RHOJ(ras相同体遺伝子ファミリー、メンバーJ);SGPP1(スフィンゴシン−1−リン酸ホスファターゼ1);SPTB(スペクトリン、β、(球状赤血球症、臨床タイプIを含む)赤血球);SYNE2(スペクトリンリピート含有、核包膜2);SYT16(シナプトタグミンXVI);VTI1B(t−SNAREs相同体1B(酵母)との相互作用によるベシクル輸送);WDR22(WDリピートドメイン22);WDR89(WDリピートドメイン89);ZBTB1(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有1);ZBTB25(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有25);ZFP36L1(亜鉛フィンガータンパク質36、C3Hタイプ様1);ZFYVE26(亜鉛フィンガー、FYVEドメイン含有26);およびhsa−miR−625をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー10]
- 癌転帰マーカーが、Chr9、28.1Mbであり、ならびにLINGO2(ロイシンリッチリピートおよびIgドメイン含有2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー11]
- 癌転帰マーカーが、Chr4、43.7−44.2Mbであり、ならびにKCTD8(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有8)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー12]
- 癌転帰マーカーが、Chr5、60.8−62.9Mbであり、ならびにDIMT1L DIM1(ジメチルアデノシントランスフェラーゼ1様(S.セレビシエ));FLJ37543(仮定上のタンパク質FLJ37543);IPO11(インポーチン11);ISCA1L(鉄−硫黄クラスターアセンブリー1相同体(S.セレビシエ)様);KIF2A(キネシン重鎖メンバー2A)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー13]
- 癌転帰マーカーが、Chr3、120.0−121.1Mbであり、ならびにADPRH(ADP−リボシルアルギニン加水分解酵素);B4GALT4(UDP−Gal:βGlcNAc β 1,4−ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド4);C3orf1(第3染色体オープンリーディングフレーム1);C3orf15(第3染色体オープンリーディングフレーム15);C3orf30(第3染色体オープンリーディングフレーム30);CD80(CD80分子);CDGAP(Cdc42 GTPase−活性化タンパク質);COX17(COX17チトクロムc酸化酵素アセンブリー相同体(S.セレビシエ));GSK3B(グリコーゲン合成酵素キナーゼ3β);IGSF11(免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー110);KTELC1(KTEL(Lys−Tyr−Glu−Leu)含有1);NR1I2(核内受容体サブファミリー1、グループI、メンバー2);PLA1A(ホスホリパーゼA1メンバーA);POPDC2(ポパイドメイン含有2);TMEM39A(膜貫通型タンパク質39A);およびUPK1B(ウロプラキン1B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー14]
- 癌転帰マーカーが、Chr4、46.2−48.0Mbであり、ならびにATP10D(ATPase、クラスV、タイプ10D);CNGA1(環状ヌクレオチド依存性チャネルα1);COMMD8(COMMドメイン含有8);CORIN(コリン、セリンペプチダーゼ);COX7B2(チトクロムc酸化酵素サブユニットVIIb2);GABRA4(γアミノ酪酸(GABA)A受容体、α4);GABRB1(γアミノ酪酸(GABA)A受容体、β1);NFXL1(核転写因子、X−ボックス結合様1);NPAL1(NIPA様ドメイン含有1);TEC(tecタンパク質チロシンキナーゼ);およびTXK(TXKチロシンキナーゼ)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー15]
- 癌転帰マーカーが、Chr14、38.9−40.0Mbであり、ならびにFBXO33(F−ボックスタンパク質33)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー16]
- 癌転帰マーカーが、Chr4、44.2−44.6Mbであり、ならびにGNPDA2(グルコサミン−6−リン酸デアミナーゼ2);GUF1(GUF1 GTPase相同体(S.セレビシエ));およびYIPF7(Yip1ドメインファミリー、メンバー7)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー17]
- 癌転帰マーカーが、Chr2、213.7−214.3Mbであり、ならびにIKZF2(IKAROSファミリー亜鉛フィンガー2(Helios));SPAG16(精子関連抗原16)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー18]
- 癌転帰マーカーが、Chr14、43.9−46.6Mbであり、ならびにC14orf106(第14染色体オープンリーディングフレーム106);C14orf155(第14染色体オープンリーディングフレーム155);C14orf28(第14染色体オープンリーディングフレーム28);FANCM(ファンコニー貧血、相補グループM);FKBP3(FK506結合タンパク質3、25kDa);KIAA0423(KIAA0423);KLHL28(kelch様28(ドロソフィラ));MDGA2(MAMドメイン含有グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー2);PRPF39(PRP39mRNA前駆体プロセシング因子39相同体(S.セレビシエ));RPL10L(リボソームタンパク質L10様)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー19]
- 癌転帰マーカーが、Chr14、27.6−28.6Mbであり、ならびにFOXG1(フォークヘッドボックスG1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー20]
- 癌転帰マーカーが、Chr3、98.0−98.3Mbであり、ならびにEPHA6(EPH受容体A6)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー21]
- 癌転帰マーカーが、Chr14、55.2−60.0Mbであり、ならびにACTR10(アクチン関連タンパク質10相同体(S.セレビシエ));ARID4A(ATリッチ相互作用ドメイン4A(RBP1様));C14orf100(第14染色体オープンリーディングフレーム100);C14orf101(第14染色体オープンリーディングフレーム101);C14orf105(第14染色体オープンリーディングフレーム105);C14orf108(第14染色体オープンリーディングフレーム108);C14orf135(第14染色体オープンリーディングフレーム135);C14orf149(第14染色体オープンリーディングフレーム149);C14orf37(第14染色体オープンリーディングフレーム37);C14orf39(第14染色体オープンリーディングフレーム39);DAAM1(dishevelled associated activator of morphogenesis 1);DACT1(ダッパー、β−カテニンのアンタゴニスト、相同体1(ゼノパス・ラエビス(Xenopus laevis));DHRS7(デヒドロゲナーゼ/還元酵素(SDRファミリー)メンバー7);EXOC5(エクソシスト複合体成分5);GPR135(Gタンパク質共役受容体135);KIAA0586(KIAA0586);NAT12(N−アセチルトランスフェラーゼ12);OTX2(オルソデンティクルホメオボックス2);PELI2(ペリノ相同体2 (ドロソフィラ));PPM1A(タンパク質ホスファターゼ1A(以前には2C)、マグネシウム依存性、αアイソフォーム);PSMA3(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、3);RTN1(レチキュロン1);SLC35F4(溶質輸送体ファミリー35、メンバーF4);TIMM9(ミトコンドリア内膜9相同体のトランスロカーゼ(酵母));UNQ9438(TIMM)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー22]
- 癌転帰マーカーが、Chr14、48.7−51.1Mbであり、ならびにABHD12B(アブヒドロラーゼドメイン含有12B);ARF6(ADP−リボシル化因子6);ATP5S(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットs(因子B));C14orf104(第14染色体オープンリーディングフレーム104);C14orf138(第14染色体オープンリーディングフレーム138);CDKL1(サイクリン依存性キナーゼ様1(CDC2関連キナーゼ));FRMD6(FERMドメイン含有6);KLHDC1(kelchドメイン含有1);KLHDC2(kelchドメイン含有2);L2HGDH(L−2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ);LOC196913(仮定上のタンパク質LOC196913);LOC283551(仮定上のタンパク質LOC283551);MAP4K5(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ5);MGAT2(マンノシル(α−1,6−)−糖タンパク質β−1,2−N−アセチルグルコサミン転移酵素);NIN(ニネイン(GSK3B相互作用タンパク質));POLE2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、ε2(p59サブユニット));PPIL5(ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様5);PYGL(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;肝臓(ハース病、糖原病タイプVI));RPL36AL(リボソームタンパク質L36a様);RPS29(リボソームタンパク質S29)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー23]
- 癌転帰マーカーが、Chr4、81.4−83.2Mbであり、ならびにBMP3(骨形成タンパク質3(骨原性));C4orf22(第4染色体オープンリーディングフレーム22);FGF5(線維芽細胞増殖因子5);PRKG2(プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプII);RASGEF1B(RasGEFドメインファミリー、メンバー1B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー24]
- 癌転帰マーカーが、Chr10、51.9−54.2Mbであり、ならびにACF(apobec−1相補性因子);ASAH2B(N−アシルスフィンゴシンアミドヒドラーゼ(非リソソームセラミダーゼ)2B);CSTF2T(開裂刺激因子、3’RNA前駆体、サブユニット2、64kDa、tau変異体);DKK1(dickkopf相同体1(ゼノパス・ラエビス));MBL2(マンノース結合レクチン(タンパク質C)2、可溶性(オプソニン欠損));PRKG1(プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプI);SGMS1(スフィンゴミエリンシンターゼ1);hsa−miR−605をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー25]
- 癌転帰マーカーが、Chr5、55.2−58.6Mbであり、ならびにANKRD55(アンキリンリピートドメイン55);C5orf29(第5染色体オープンリーディングフレーム29);C5orf35(第5染色体オープンリーディングフレーム35);DKFZp686D0972(RIKEN cDNA 4732495G21遺伝子に類似);GPBP1(GC−リッチプロモーター結合タンパク質10;IL31RA(インターロイキン31受容体A);IL6ST(インターロイキン6シグナルトランスデューサー(gp130、オンコスタチンM受容体));MAP3K1(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ1);MIER3(中胚葉誘導初期応答1、ファミリーメンバー3);PDE4D(ホスホジエステラーゼ4D、cAMP特異的(ホスホジエステラーゼE3dunce相同体、ドロソフィラ));PLK2(ポロ様キナーゼ2(ドロソフィラ));RAB3C RAB3C(メンバーRAS癌遺伝子ファミリー)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー26]
- 癌転帰マーカーが、Chr5、67.8−68.5Mbであり、ならびにCCNB1(サイクリンB1)およびSLC30A5(溶質輸送体ファミリー30(亜鉛輸送体)、メンバー5)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー27]
- 試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項1から4および26のいずれかの方法。
- 組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたはそのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項55の方法。
- 組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項55の方法。
- 決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
- 決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
- 決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
- 決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
- 肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項1から4および26のいずれかの方法。
- 癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項1から4および26のいずれかの方法。
- 患者が、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせによる治療を受けている、請求項1から4および26のいずれかの方法。
- 肺癌に罹患した患者のための治療を選択する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップであって、化学療法薬剤を有する治療が患者のために少なくとも1種の治療オプションであるステップ;
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;
c)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を2つのベースラインコピー数と比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;および
d)ステップc)における比較に基づいた化学療法治療レジメンを決定するステップ
を含む、方法。 - ステップc)における比較に基づいた治療レジメンを決定することが、コピー数の変化が癌転帰マーカーのために存在するとき、化学療法薬剤を選択するステップおよび化学療法治療の頻度を決定するステップを含む、請求項68の方法。
- 癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項68の方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項70の方法。
- 癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項68の方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項72の方法。
- 試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項68の方法。
- 組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたはそのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項74の方法。
- 組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項74の方法。
- 決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項68の方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
- 決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項68の方法。
- 決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項68のいずれかの方法。
- 決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項68の方法。
- 肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項68の方法。
- 癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項68の方法。
- 患者が、放射線、または手術またはその組み合わせによる治療も受けている、請求項68の方法。
- 治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)癌転帰マーカーについてのコピー数を決定するステップ;
c)患者において癌転帰マーカーのコピー数の変化の有無を決定するために、癌転帰マーカーについての2つのベースラインコピー数に対して試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数を比較するステップ;および
d)癌転帰マーカーのコピー数の変化の存在に基づいて治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類するステップ
を含む、方法。 - 癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項87の方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項88の方法。
- 癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項87の方法。
- 癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項90の方法。
- 試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項87の方法。
- 組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋した組織サンプルまたは末梢血サンプルのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項92の方法。
- 組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項92の方法。
- 決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項86の方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
- インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
- 決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項87の方法。
- 決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項87の方法。
- 決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項87の方法。
- 肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項87の方法。
- 癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項87の方法。
- 患者が、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせによる治療を受けている、請求項87の方法。
- a)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬;および
b)試験を行うための説明書
を含む、キット。 - 癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬が、癌転帰マーカーの少なくとも一部にハイブリダイズする検出可能な程度に標識されたポリヌクレオチドを含む、請求項104のキット。
- 癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項105のキット。
- 癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項106のキット。
- 癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項105のキット。
- 癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4 83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項108のキット。
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