KR20190116315A - 세레블론 리간드 및 이를 포함하는 이작용성 화합물 - Google Patents

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앤드류 피. 크루
미카엘 벨린
한칭 동
키이스 알. 혼버거
이민 치안
로렌스 비. 스나이더
징 왕
커트 짐머만
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아비나스 오퍼레이션스, 인코포레이티드
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Abstract

본 명세서는 세레블론 E3 리가아제 결합 화합물을 포함하는 이작용성 화합물을 비롯한 세레블론 E3 리가아제 결합 화합물에 관한 것이며, 이는 표적화된 유비퀴틴화의 조절제, 특히 본 발명에 따른 이작용성 화합물에 의해 분해 및/또는 달리 억제되는 다양한 폴리펩티드 및 다른 단백질의 억제제로서 유용성을 발견한다. 특히, 본 명세서는, 일 단부 상에 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제에 결합되는 리간드를 함유하고, 다른 단부 상에는 표적 단백질에 결합하는 잔기를 함유하는 화합물을 제공하며, 표적 단백질은 유비퀴틴 리가아제의 근접에 위치하여 그 단백질의 분해(및 억제)에 영향을 준다. 화합물은 거의 모든 유형의 표적화된 폴리펩티드의 분해/억제와 일치하는 광범위한 범위의 약제학적 활성을 나타내도록 합성될 수 있다.

Description

세레블론 리간드 및 이를 포함하는 이작용성 화합물
관련 출원에 대한 상호 참조
본 발명은 2017년 1월 31일자로 출원된 미국 가특허 출원 제62/452,972호에 대한 우선권을 주장하며, 그 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
참조로서 포함되는 관련 출원
미국 특허 출원 공보 제2017/0065719호로서 공개된 2016년 8월 5일자로 출원된 미국 특허 출원 제15/230,354호; 2017년 11월 1일자로 출원된 미국 특허 출원 제15/801,243호; 2016년 7월 11일자로 출원된 미국 특허 출원 제15/206,497호; 2016년 7월 13일자로 출원된 미국 특허 출원 제15/209,648호; 2017년 10월 11일자로 출원된 미국 특허 출원 제15/730,728호; 2017년 12월 1일자로 출원된 미국 특허 출원 제15/829,541호; 2018년 1월 26일자로 출원된 미국 특허 출원 제15/881,318호; 미국 특허 출원 공보 제2015/0291562호로서 공개된 2015년 4월 14일자로 출원된 미국 특허 출원 제14/686,640호; 미국 특허 출원 공보 제2016/0058872호로서 공개된 2015년 7월 6일자로 출원된 미국 특허 출원 제14/792,414호; 미국 특허 출원 공보 제2014/0356322호로서 공개된 2014년 7월 11일자로 출원된 미국 특허 출원 제14/371,956호; 미국 특허 출원 공보 제2016/0272639호로서 공개된 2016년 3월 18일자로 출원된 미국 특허 출원 제15/074,820호는 그 전문이 본원에서 참조로서 포함된다. 또한, 본원에서 인용된 모든 참조 문헌은 그 전문이 본원에 참조로서 포함된다.
기술 분야
본 명세서는 이미드 기반 화합물, 이를 포함하는 이작용성 화합물 및 관련된 사용 방법을 제공한다. 이작용성 화합물은, 특히 다양한 폴리펩티드 및 또 다른 단백질에 대해 표적화된 유비퀴틴의 조절제로서 유용하며, 이는 본 발명에 따른 이작용성 화합물에 의해 분해되고/분해되거나 그렇지 않으면 억제된다.
대부분의 소분자 약물은 밀착되고 윤곽이 분명한 포켓 내에서 효소 또는 수용체를 결합시킨다. 반면, 단백질-단백질 상호작용은 큰 접촉면 및 얕은 홈 또는 이와 관련된 평면형 계면으로 인해 소분자를 사용하여 표적화하기에는 매우 어렵다. E3 유비퀴틴 리가아제(수백 개가 인체에 알려져 있음)는 유비퀴틴화에 대한 기질 특이성을 부여하며, 특정 단백질 기질에 대한 특이성으로 인해 일반적인 프로테아좀 억제제보다 더 각광받는 치료 표적이다. E3 리가아제의 리간드의 개발은, 부분적으로 단백질-단백질 상호작용을 파괴해야 한다는 사실 때문에, 어려운 것으로 입증되었다. 그러나, 최근의 개발은 이들 리간드에 결합하는 특정 리간드를 제공하였다. 예를 들어, 최초의 소분자 E3 리가아제 억제제인 뉴트린(nutlin)의 발견 이후, E3 리가아제를 표적으로 하는 추가적인 화합물이 보고되었지만, 그 분야는 아직 미개발 상태로 남아있다.
치료적 잠재력을 갖는 E3 리가아제는 폰 히렌 린도우(VHL, von Hippel-Lindau) 종양 억제인자이다. VHL은 엘론진(elongin) B 및 C를 포함하는 기질 인식 서브단위/E3 리가아제 복합체 VCB, 및 쿨린(Cullin)-2 및 Rbx1을 포함하는 복합체를 포함한다. VHL의 주요 기질은, 전구 혈관 형성 성장 인자(VEGF) 및 적혈구와 같은 유전자를 상향 조절하여, 저산소 레벨에 반응하여 이토카인 에리스로포이에틴(cytokine erythropoietin)을 유도하는 전사 인자인, 저산소증 유도성 인자 1α (HIF-1α) 이다. 본 연구진은 암, 만성 빈혈, 및 허혈의 중요한 표적인 E3 리가아제의 기질 인식 서브단위, VCB에 대한 폰 히펠 라도우(VHL)의 제1 소분자 리간드를 가 생성하였고, 그 화합물이 VHL의 주요 기질인 전사 인자 HIF-1α의 결합 모드를 모방한다는 것을 확인하는 결정 구조를 얻었다.
세레블론은 인체 내에서 CRBN 유전자에 의해 암호화되는 단백질이다. CRBN 오르소로그는 주로 식물로부터 인체 내로 보존되며, 이는 CRBN 오르소로그의 생리학적 중요성을 강조한다. 세레블론은 손상된 DNA 결합 단백질 1(DDB1), 쿨린(cullin)-4A(CUL4A), 및 쿨린 1의 조절체(ROC1)와 함께 E3 유비퀴틴 리가아제 복합체를 형성한다. 이 복합체는 다수의 다른 단백질을 유비퀴틴화한다. 완전히 규명되지 않은 기구를 통해, 표적 단백질의 세레블론 유비퀴틴화는 섬유아세포 성장 인자 8(FGF8) 및 섬유아세포 성장 인자 10(FGF10)의 레벨을 증가시킨다. FGF8은 결국 사지 및 청각적 소포 형성과 같은 다수의 발달 과정을 조절한다. 최종적인 결과는 이 유비퀴틴 리가아제 복합체가 배아에서의 사지 성장에 중요하다는 것이다. 세레블론의 부재 시, DDB1은 DNA 손상 결합 단백질로서 기능하는 DDB2와 복합체를 형성한다.
다수의 면역학적 징후의 치료에 대해 승인된 탈리도마이드는 또한 다발성 골수종을 포함하는 특정 종양 질환의 치료에 대해서도 승인되었다. 다발성 골수종에 더하여, 탈리도마이드 및 그 유사체 중 몇몇은 또한 다양한 다른 유형의 암 치료를 위한 사용에 대해 연구 중에 있다. 탈리도마이드의 항-종양 활성의 정확한 기구에 대한 규명은 계속 진행되고 있으며, 혈관형성을 억제하는 것으로 알려져 있다. 이미드의 생물학에 대해 논의하는 최근 문헌은 Lu 등, Science 343, 305(2014) 및 Kroenke 등, Science 343, 301(2014)을 포함한다.
중요하게는, 탈리도마이드 및 이의 유사체(예를 들어, 포몰리나미오드 및 레날리노미드)가 세레블론에 결합하는 것으로 알려져 있다. 이들 제제는 세레블론에 결합하여 다발성 골수종의 성장에 필수적인 전사인자인 이카로스(Ikaros, IKZF1) 및 아이올로스(Aiolos, IKZF3)의 유비퀴틴화 및 분해를 유도하는 복합체의 특이성을 변화시킨다. 실제로, 세레블론의 더 높은 발현은 다발성 골수종의 치료에서 이미드 약물의 효능의 증가와 연결된다.
BRD4는 다수의 질병 상황, 특히 암에서 신규 표적으로서의 큰 잠재력으로 인해 학계 및 제약 업계에서 상당한 관심을 모으고 있다. BRD4는 브로모도메인 및 추가말단 도메인(BET) 군에 속하며, 이는 N-말단에서의 2개의 브로모도메인(BD 도메인) 및 C-말단에서의 추가말단 도메인(ET 도메인)을 특징으로 한다(J. Shi 등, Molecular cell, 54 (2014) 728-736 및 A.C. Belkina 등, Nat. Rev. Cancer, 12 (2012) 465-477 참조). 2개의 BD 도메인은 히스톤 단백질의 N-말단 꼬리에서 아세틸화-리신 잔기를 인식하고 상호작용하고; ET 도메인은 아직 완전한 특성분석이 이루어지지는 않았으나, 주로 다양한 전사제어인자의 채용에 있어서 비계 기능을 제공하는 것으로 간주된다. 따라서, BRD4는 관련 전사 조절제를 특정 게놈 유전자좌에 채용함으로써 유전자 발현을 조절하는 데에 핵심적인 역할을 한다. BRD4가 c-MYC, Bcl-xL 및 BCL-6과 같은 중요한 종양 유전자의 상류에 종종 존재하는 수퍼 인핸서(super-enhancer) 영역에 우선적으로 위치하고, 그의 발현 조절에 중요한 역할을한다는 것이 여러 연구에 의해 입증되었다(J. Loven 등, Cell, 153 (2013) 320-334 및 B. Chapuy 등, Cancer Cell, 24 (2013) 777-790). BRD4의 필수 발암 유전자의 발현 조절에 대한 중추적인 역할로 인해, 이는 중선 암종, AML, MM, BL 및 전립선 암을 포함하는 다수의 암종에서 유망한 치료 표적으로 부상하고 있다(J. Loven 등, Cell, 153 (2013) 320-334; J. Zuber 등, Nature, 478 (2011) 524-528; J.E. Delmore 등, Cell, 146 (2011) 904-917; J.A. Mertz 등, PNAS, 108 (2011) 16669-16674; A. Wyce 등, Oncotarget, 4 (2013) 2419-2429; I.A. Asangani 등, Nature, 510 (2014) 278-282; 및 C.A. French 등, Oncogene, 27 (2008) 2237-2242). 특정 종양 유전자에 근접한 게놈 유전자좌에서의 BRD4의 확연히 높은 점유는 정상 조직을 보존하면서 종양 세포를 특정적으로 표적화할 수 있는 잠재적 치료 윈도우를 제공한다. 특히, BRD4는 대부분의 인간 암의 발생 및 유지에 관여하는 c-MYC를 표적화하는 대안적인 방법으로서 기능할 수 있지만, 이는 여전히 논란의 여지를 가지고 있다(J.E. Delmore 등, Cell, 146 (2011) 904-917; J.A. Mertz등, PNAS, 108 (2011) 16669-16674; M.G. Baratta 등, PNAS, 112 (2015) 232-237; 및 M. Gabay 등, Cold Spring Harb Perspect Med. (2014) 4:a014241).
JQ1, iBET 및 OTX15와 같은 소분자 BRD4 억제제의 개발은 BL을 비롯한 다양한 암의 임상전 모델에서 유망한 치료 잠재력을 입증했다(J. Loven 등, Cell, 153 (2013) 320-334; B. Chapuy 등, Cancer Cell, 24 (2013) 777-790; J.E. Delmore 등, Cell, 146 (2011) 904-917; J.A. Mertz 등, PNAS, 108 (2011) 16669-16674; I.A. Asangani 등, Nature, 510 (2014) 278-282; M.G. Baratta 등, PNAS, 112 (2015) 232-237; M. Boi 등, Clin. Cancer Res., (2015) 21(7):1628-38; 및 A. Puissant 등, Cancer discovery, 3 (2013) 308-323). 실제로, BRD4 억제제는 다양한 마우스 종양 모델에서 양호한 내성을 갖는 다양한 항-종양 활성을 나타내었으며, 이는 JQ1과 같은 BRD4 억제제에 대한 높은 민감도가 c-MYC 유도성 BL을 포함하는 다양한 종양 유형에서 c-MYC 또는 N-MYC의 높은 레벨과 관련되어 있다는 것이다. 거의 모든 BL의 경우는 IgH의 상류에 위치하는 슈퍼-인핸서의 제어 하에 이를 배치하는 c-myc 유전자 전위를 함유하며, 이에 따라 비정상적으로 높은 레벨의 c-MYC 발현, 종양 발생 및 유지를 유도한다(K. Klapproth 등, British journal of haematology, 149 (2010) 484-497).
현재, 4개의 BET 브로모도메인 억제제는 주로 중선 암종 및 혈액학적 악성 종양에 초점을 둔 1기 임상 시험 중이다(CPI-0610, NCT01949883; GSK525762, NCT01587703; OTX015, NCT01713582; TEN-010, NCT01987362). BRD4 억제제에 대한 임상전 연구는 주로 100 nM 내지 1 uM 범위의 IC50 값과 함께, BL 세포주에서 c-MYC 및 증식의 억제를 나타내었다(J.A. Mertz 등, PNAS, 108 (2011) 16669-16674 및 M. Ceribelli 등, PNAS, 111 (2014) 11365-11370). 그러나, BRD4 억제제의 급속한 발전에도 불구하고, 그 효과는 주로 세포 증식 억제였고 비교적 높은 농도의 억제제를 필요로 하였기 때문에, BRD4 억제의 효과는 고무적이긴 하였으나 이상적이지는 못했다.
따라서, 당 업계에서는 질환, 특히 이상증식 및 다발성 골수종과 같은 암에 대한 효과적인 치료에 대한 지속적인 필요성이 존재한다. 그러나, 비-특정적 효과 및 전사 인자와 같은 특정 종류의 단백질을 표적화하고 조절하지 못하는 것은 효과적인 항암제의 개발에 대한 장애물로서 남아있다. 이와 같이, 세레블론의 기질 특이성을 활용하거나 강화시키는 소분자 치료제는 동시에 광범위한 단백질 종류가 특정적으로 표적화되고 조절될 수 있도록 "조절 가능"하여 치료제로서 매우 유용할 것이다.
본 발명은 분해를 위해 E3 유비퀴틴 리가아제에 내인성 단백질을 도입시키는 기능을 갖는 이작용성 화합물, 및 이를 사용하는 방법을 기술한다. 특히, 본 발명은 다양한 폴리펩티드 및 다른 단백질의 표적화된 유비퀴틴화의 조절제로서 유용성을 발견하고, 이어서 이작용성 화합물에 의해 분해 및/또는 그렇지 않으면 이작용성 화합물에 의해 억제되는, 이작용성 또는 단백질 분해 표적화 키메라(PROTAC) 화합물을 제공한다. 본원에서 제공되는 화합물의 이점은, 사실상 모든 단백질 뷰류 또는 족으로부터 표적화된 폴리펩티드의 분해/억제에 부합하는 광범위한 약리학적 활성이 가능하다는 것이다. 또한, 본 발명은 암(예를 들어, 다발성 골수증)과 같은 질환 상태의 치료 또는 완화를 위해 본원에 기술된 바와 같은 유효량의 화합물을 사용하는 방법을 제공한다.
이와 같이, 본 발명의 일 양태는 본원에 기재된 신규 이미드계 화합물을 제공한다.
추가적인 양태에서, 본 발명은 표적 단백질/폴리펩티드가 유비퀴틴 리가아제에 근접하여 위치되어 그 단백질의 분해(및 억제)에 영향을 미치도록, E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기(즉, E3의 유비퀴틴 리가아제에 대한 리간드 또는 "ULM" 기), 및 표적 단백질(즉, 단백질/폴리펩티드 표적화 리간드 또는 "PTM" 기)에 결합하는 잔기를 포함하는 이작용성 화합물 또는 PROTAC 화합물을 제공한다. 바람직한 구현예에서, ULM은 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기(즉, "CLM")이다. 예를 들어, 이작용성 화합물의 구조는 다음과 같이 표현될 수 있다:
Figure pct00001
PTM 및 CLM 잔기의 각각의 위치 뿐만 아니라 본원에서 도시된 그의 번호는 단지 예로서 제공되며, 어떠한 형태로든 화합물을 한정지으려 하는 것은 아니다. 당업자에 의해 이해될 수 있는 바와 같이, 본원에 기술된 바와 같은 이작용성 화합물은 각각의 기능적 잔기의 수 및 위치가 목적하는 대로 변경될 수 있도록 합성될 수 있다.
특정 구현예에서, 이작용성 화합물은 화학적 연결기("L")를 더 포함한다. 이 예에서, 이작용성 화합물의 구조는 다음과 같이 표현될 수 있다:
Figure pct00002
여기에서 PTM은 단백질/폴리펩티드 표적화 잔기이고, L은 연결기이고, CLM은 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기이다.
특정 바람직한 구현예에서, E3 유비퀴틴 리가아제는 세레블론이다. 이와 같이, 추가의 특정 구현예에서, 이작용성 화합물의 CLM은 이미드, 아미드, 티오아미드, 티오이미드 유래 잔기와 같은 화학 물질을 포함한다. 추가적인 구현예에서, CLM은 프탈이미도기 또는 이의 유사체 또는 유도체를 포함한다. 추가적인 구현예에서, CLM은 프탈이미도-글루타미드기 또는 이의 유사체 또는 유도체를 포함한다. 또 다른 구현예에서, CLM은 탈리도미드, 레날리도미드, 포말리도미드, 및 이의 유사체 또는 유도체로 이루어진 군의 구성원을 포함한다.
특정 구현예에서, 본원에 기술된 화합물은 다수의 CLM, 다수의 PTM, 다수의 화학적 연결기 또는 이들의 조합을 포함한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ULM(유비퀴틴화 리가아제 조절제)은 폰 히펠 린도우(Von Hippel-Lindau) E3 유비퀴틴 리가아제(VHL) 결합 잔기(VHL), 또는 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기(CLM), 또는 마우스 이중 분 2 동족체(MDM2) E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기(MLM), 또는 IAP E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기(즉, "ILM")일 수 있다. 본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 이작용성 화합물은 VLM,VLM', CLM, CLM', MLM, MLM', ILM, ILM', 또는 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 추가적인 E3 리가아제 결합 잔기를 포함한다. 예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 추가적인 E3 리가아제 결합 잔기가 존재할 수 있다.
추가적인 양태에서, 본 명세서는 본원에 기술된 바와 같은 유효량의 화합물 또는 이의 염 형태, 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 치료 조성물을 제공한다. 치료 조성물은 환자 또는 대상물, 예를 들어 인간과 같은 동물의 단백질 분해를 조절하고, 분해된 단백질을 통해 조절되는 질환 또는 질환 상태를 치료 또는 완화시키기 위해 사용될 수 있다. 특정 구현예에서, 본원에 기술된 치료 조성물은 질환, 예를 들어, 암의 치료 또는 완화를 위한 목적 단백질의 분해를 유도하는 데 사용될 수 있다. 또 다른 양태에서, 본 발명은 세포 내 표적 단백질을 유비퀴틴화/분해하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 방법은, 예를 들어, 바람직하게는 연결기 잔기를 통해 연결된 CLM 및 PTM을 포함하는 본원에 기술된 바와 같은 이작용성 화합물을 투여하는 단계를 포함하고, 본원에서 달리 기술되지 않는 이상, CLM은 PTM에 결합되되, CLM은 유비퀴틴 경로 단백질(예를 들어, 유비퀴틴 리가아제, 바람직하게는 세레블론과 같은 E3 유비퀴틴 리가아제)을 인식하고, PTM은 표적 단백질을 인식하여, 표적 단백질이 유비퀴틴 리가아제의 인근에 위치할 경우 표적 단백질의 분해가 일어나 표적 단백질의 분해/그 효과의 억제 및 단백질 레벨의 조절이 일어나도록 한다. 본 발명에 의해 제공되는 단백질 레벨의 조절은 환자의 세포 내에서의 해당 단백질의 레벨을 낮춤으로써 표적 단백질을 통해 조절되는 질환 상태 또는 질환의 치료를 제공한다.
추가적인 양태에서, 본 명세서는 CLM의 결합 친화도를 평가(즉, 결정 및/또는 측정)하기 위한 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 방법은 시험 제제 또는 관심 화합물, 예를 들어, 이미드 잔기(예컨대, 프탈이미도기, 프탈이미도-글루타르이미드기, 유도체화 탈리도미드, 유도체화 레날리도미 또는 유도체화 포말리도미드)를 갖는 제제 또는 화합물을 제공하는 단계, 및 세레블론의 활성을 구속 및/또는 억제하는 것으로 알려진 제제 또는 화합물과 비교하여 본원의 시험 제제 또는 화합물의 세레블론 결합 친화성 및/또는 억제 활성을 비교하는 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은, 본원에서 기술된 바와 같은 화합물 또는 그로부터의 염 및 약제학적으로 허용 가능한 담체의 유효량(예를 들어, 약제학적으로 허용 가능한 양)을 포함하는 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 것를 포함하여, 대상체 또는 환자(예를 들어 인간과 같은 동물)의 질환, 장애 또는 증상을 치료하거나 완화하기 위한 방법을 제공하되, 조성물은 대상체의 질환 또는 장애 또는 증상을 치료하거나 완화시키는 데 효과적이다.
다른 양태에서, 본 명세서는 본 발명에 따른 화합물을 사용하는 생물학적 시스템에서 관심 단백질의 분해의 효과를 식별하는 방법을 제공한다.
전술한 대체적인 유용 영역은 단지 예시로서 주어지며, 본 발명 및 첨부된 청구 범위를 제한하는 것은 아니다. 본 발명의 조성물, 방법 및 공정과 관련된 추가적인 목적 및 이점은 본원의 청구 범위, 상세한 설명 및 실시예에 비추어 당업자에 의해 이해될 것이다. 예를 들어, 본 발명의 다양한 양태 및 구현예는 다수의 조합으로 이용될 수 있으며, 이들 모두는 본 명세서에서 명백히 고려된다. 이러한 추가적인 이점, 목적 및 구현예는 본 발명의 범위 내에 명백히 포함된다. 본 발명의 배경을 밝히기 위해, 그리고 특별한 경우, 사례를 나타내는 추가적인 세부 사항을 제공하기 위해 본원에서 사용된 간행물 및 다른 자료들은 참조로서 통합된다.
본 명세서에 포함되고 본 명세서의 일부를 형성하는 첨부 도면은 본 발명의 여러 구현예를 도시하고, 설명과 함께 본 발명의 원리를 설명하는 역할을 한다. 도면은 본 발명의 구현예를 도시하기 위한 목적으로만 사용되며, 본 발명을 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 본 발명의 추가적인 목적, 특징 및 이점은 본 발명의 예시적인 구현예를 도시하는 첨부 도면과 관련하여 취해진 다음의 상세한 설명으로부터 명백해질 것이다.
도 1a 및 도 1b. PROTAC 기능에 대한 일반 원칙 (a) 예시적인 PROTAC은 단백질 표적화 잔기(PTM; 어두운 음영 직사각형), 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기(ULM; 밝은 음영 삼각형), 및 선택적으로 PTM을 ULM에 결합 또는 연결시키는 연결기 잔기(L; 검정색 라인)을 포함한다. (b) 본원에 기술된 바와 같은 PROTAC의 기능적 활용을 도시한다. 간략하게, ULM은 특정 E3 유비퀴틴 리가아제를 인식하고 이에 결합하며, PTM은 표적 단백질을 결합시키고 채용하여 이를 E3 유비퀴틴 리가아제에 근접하게 한다. 전형적으로, E3 유비퀴틴 리가아제는 E2 유비퀴틴-접합 단백질과 착화되고, 단독으로 또는 E2 단백질을 통해 이소펩티드 결합을 통한 유비퀴틴(어두운 서클)의 표적 단백질 상의 리신에 대한 부착에 촉매 작용을 미친다. 폴리-유비퀴틴화 단백질(맨 오른쪽)은 이어서 세포의 프로테오좀 기구에 의한 분해를 위해 표적화된다.
다음에 따르는 것은 본 발명을 실시함에 있어서 당업자에게 도움을 주기 위해 제공되는 상세한 설명이다. 당업자는 본 발명의 사상 또는 범위를 벗어나지 않으면서 본원에서 설명된 구현예에 변형과 변경을 가할 수 있다. 본원에서 언급된 모든 간행물, 특허 출원, 특허, 도면 및 다른 참조는 그 전체가 참조로써 통합된다.
본원에서는, 일단 E3 유비퀴틴 리가아제 단백질(예를 들어, 세레블론) 및 표적 단백질이 E3 유비퀴틴 리가아제 단백질 및 표적 단백질을 결합시키는 이작용성 또는 키메라 구조체에 의해 인접하여 위치하게 되면 E3 유비퀴틴 리가아제 단백질이 표적 단백질을 유비퀴틴화한다는 놀랍고도 예기치 못한 발견과 관련된 조성물과 방법이 기술된다. 이와 같이, 본 발명은 단백질 표적 결합 잔기("PTM")에 결합된 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기("ULM")를 포함하는 화합물 및 조성물을 제공하며, 이는 프로테아좀에 의한 표적 단백질의 분해(및/또는 억제)로 이어지는 선택된 표적 단백질의 유비퀴틴화를 야기한다(도 1a 및 도 1b 참조). 본 발명은 또한 조성물 라이브러리 및 이의 사용법을 제공한다.
특정 양태에서, 본 발명은 리간드, 예를 들어, IAP, VHL, MDM2 또는 세레블론과 같은 유비퀴틴 리가아제에 결합할 수 있는 소분자 리간드(예를 들어, 2,000, 1,000, 500 또는 200달톤 이하의 분자량)를 포함하는 화합물을 제공한다. 화합물은 또한, 표적 단백질의 분해(및/또는 억제)를 위해 그 단백질이 유비퀴틴 리가아제에 근접되어 위치되도록, 표적 단백질에 결합할 수 있는 잔기를 포함한다. 소분자는 전술한 것 외에, 펩티드가 아닌, 즉 일반적으로 펩티드로 간주되지 않는, 예를 들어, 4, 3, 또는 2개 미만의 아미노산을 포함하는 분자일 수도 있다. 본 발명에 따르면, PTM, ULM 또는 PROTAC 분자는 소분자일 수 있다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 발명에 속하는 당업자에 의해 널리 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다. 본 명세서에 사용된 용어는 특정 구현예를 설명하기 위한 것이고, 본 발명을 제한하려는 것이 아니다.
값의 범위가 제공되는 경우, 문맥상 명백하게 달리 기술되지 않는 한(예를 들어, 다수의 탄소 원자를 함유하는 경우, 그러한 범위 내에 속하는 각각의 탄소 원자의 수가 제공됨), 그 범위의 상한치와 하한치 사이에 하한치의 단위의 10분의 1까지 각각의 그 사이의 값, 그리고 명시된 범위에서 임의의 다른 명시되거나 그 사이에 있는 값은 본 발명 내에 포함되는 것으로 이해된다. 이러한 더 작은 범위의 상한치 및 하한치는 독립적으로 더 작은 범위 내에 포함될 수 있고, 또한 명시된 범위 내의 임의의 구체적으로 배제된 제한치에 종속되어 본 발명의 범위 내에 포함된다. 명시된 범위가 제한치 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는 경우, 포함된 제한치 중 어느 하나 또는 둘 모두를 배제하는 범위 또한 본 발명에 포함된다.
다음의 용어는 본 발명을 설명하기 위해 사용된다. 용어가 본원에서 구체적으로 정의되지 않는 경우, 해당 용어는 본 발명을 설명함에 있어서 그 용어의 용도와 관련하여 적용되며, 그 용어는 당업자에 의해 당 업계에 공지된 의미로 주어진다.
본원 및 첨부된 청구 범위에서 사용되는, "일" 및 "하나"라는 단수형은 문맥상 달리 명시하지 않는 한, 그 단수형의 문법상 대상의 하나 또는 둘 이상(예를 들어, 적어도 하나)을 언급하는 데 사용된다. 예로서, "일 요소"는 하나의 요소 또는 둘 이상의 요소를 의미한다.
본 명세서 및 청구 범위에서 사용된 "및/또는"이라는 문구는, 결합되는 요소들의 "하나 또는 둘 다", 즉, 일부 경우에서는 결합하여 존재하고 다른 경우에서는 분리되어 존재하는 요소들을 의미하는 것으로 이해되어야 한다. "및/또는"과 함께 열거된 다수의 요소들은 동일한 방식, 즉, 결합되는 요소들의 "하나 또는 그 이상의"로 해석되어야 한다. 구체적으로 식별되는 요소들과 관련되든 관련되지 않든, "및/또는" 문구에 의해 구체적으로 식별되는 요소들 이외의 다른 요소들도 선택적으로 존재할 수 있다. 따라서, 비제한적인 예로서, "포함하는"과 같은 개방형 언어와 함께 사용될 경우, "A 및/또는 B"에 대한 언급은, 일 구현예에서는 A 단독(선택적으로 B 이외의 요소를 포함함); 다른 구현예에서는 B 단독(선택적으로 A 이외의 요소를 포함함); 또 다른 구현예에서는 A와 B 둘 모두(선택적으로 다른 요소를 포함함); 등을 지칭할 수 있다.
본 명세서 및 청구 범위에 있어서 본원에서 사용되는 바와 같이, "또는"은 위에서 정의한 바와 같은 "및/또는"과 동일한 의미를 갖는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 목록 내의 항목들을 분리할 경우, "또는" 또는 "및/또는"은 포괄적인 것, 즉, 적어도 하나를 포함하지만, 둘 이상의 개수 또는 요소의 항목, 그리고 선택적으로, 열거되지 않은 추가적인 항목들을 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 반대로, "단지 하나" 또는 "정확히 하나"와 같이 명확하게 표시되거나, 또는 청구항에서 사용되는 경우에서만, "~(으)로 이루어지는(이루어진)"은, 하나의 숫자 또는 요소들의 항목 중 정확히 하나의 요소만를 포함하는 것을 의미한다. 대체적으로, 본원에서 사용된 용어 "또는"이 배타적인 다른 용어(예를 들어, "~ 중 어느 하나의", "~ 중 하나의", "단지 하나의" 또는 "정확히 하나의")에 선행하는 경우, 배타적 대안(즉, "하나 또는 다른 하나, 그러나 둘 모두는 아닌")을 나타내는 것으로서 해석되어야 한다.
전술한 명세서뿐만 아니라, 청구항에서, "~을(를) 포함하는", "~을(를) 가지는", "~을(를) 수반하는", "~을(를) 갖는", "~을(를) 함유하는", "~을(를) 포괄하는", "~을(를) 보유하는", "~(으)로 이루어지는" 등과 같은 모든 접속 문구는 개방된 것, 즉, 이에 한정되지 않는 것을 의미하는 것으로 이해되어야 한다. "~(으)로 구성된" 및 "~(으)로 본질적으로 구성된"이라는 접속 문구만이, 미국 특허국 매뉴얼의 특허 심사 절차, 섹션 제2111.03항에 명시된 바와 같이, 각각 폐쇄형 또는 반폐쇄형 접속 문구이다.
본 명세서 및 청구 범위에 있어서 본원에서 사용되는 바와 같이, 하나 이상의 요소의 항목에 관하여 "적어도 하나의"라는 문구는, 요소들의 항목 내의 임의의 요소 또는 그 이상의 요소들로부터 선택되는 적어도 하나의 요소를 의미하는 것으로 이해되어야 하지만, 요소들의 항목 내에서 구체적으로 나열된 적어도 하나의 각 요소 및 모든 요소를 반드시 포함할 필요는 없으며, 요소들의 항목 내에서의 요소들의 임의의 조합을 배제하는 것은 아니라는 것이 이해되어야 한다. 이러한 정의는, 구체적으로 식별된 요소들이 관련되든 관련되지 않든, "적어도 하나"라는 문구가 언급된 요소들의 목록 내에서 구체적으로 식별되는 요소 이외의 요소가 또한 선택적으로 존재할 수 있게 한다. 따라서, 비제한적인 예로서, "A 및 B 중 적어도 하나"(또는 이와 동등하게, "A 또는 B 중 적어도 하나", 또는 이와 동등하게 "A 및/또는 B 중 적어도 하나")는, 일 구현예에서, 둘 이상을 포함하는 적어도 하나의 A, 그러나 B는 존재하지 않음 (및 B 이외의 요소를 선택적으로 포함); 다른 구현예에서, 둘 이상을 포함하는 적어도 하나의 B, 그러나 A는 존재하지 않음 (및 A 이외의 요소를 선택적으로 포함); 또 다른 구현예에서, 둘 이상을 포함하는 적어도 하나의 A, 그리고 둘 이상을 포함하는 적어도 하나의 B (및 다른 요소를 선택적으로 포함); 등을 지칭할 수 있다.
또한, 둘 이상의 단계 또는 행위을 포함하는 본원에서 설명된 특정 방법에서, 단계 또는 행위의 순서는, 문맥에서 달리 명시되지 않는 한, 방법의 단계 또는 행위가 언급되는 순서로 반드시 한정되지는 않는다는 점을 이해해야 한다.
치료제가 환자 체내에 어느 정도, 바람직하게는 효과적인 양으로 동시에 존재하는 한, 용어 "병용 투여" 및 "병용 투여하는 단계" 또는 "병용 요법"은 동시 투여(동시에 2개 이상의 치료제의 투여) 및 시간차를 둔 투여(추가 치료제 또는 제제의 투여와 상이한 시간에 한 번에 하나 이상의 치료제의 투여) 모두를 지칭한다. 특정 바람직한 양태에서, 본원에서 기술된 하나 이상의 본 발명의 화합물은 특히 항암제를 포함하여 적어도 하나의 추가적인 생리활성제와 조합되어 병용 투여된다. 특정 바람직한 양태에서, 화합물의 병용 투여는 항암 요법을 포함하는 상승 활성 및/또는 치료로 결부된다.
본원에서 사용되는 용어 "화합물"은 달리 명시되지 않는 한, 본원에 개시된 임의의 특정 화학적 화합물을 지칭하며, 이의 호변이성질체, 위치이성질체, 기하학적 이성질체, 및 적용 가능한 경우, 광학 이성질체(거울상 이성질체) 및 다른 입체이성질체(부분입체이성질체)를 포함하는 입체이성질체 뿐만 아니라, 문맥에서 적용 가능한 경우, 전구약물 및/또는 이의 중수소화된 형태를 포함하는 약제학적으로 허용 가능한 염 및 유도체를 포함한다. 고려되는 중수소화된 소분자는 약물 분자에 함유된 하나 이상의 수소 원자가 중수소로 치환된 것들이다.
문맥에서의 사용에 있어서, 용어 "화합물"은 일반적으로 단일 화합물을 지칭하지만, 개시된 화합물의 다른 화합물, 예를 들어, 입체이성질체, 위치이성질체 및/또는 광학 이성질체(라세미 혼합물 포함)뿐만 아니라, 특정한 거울상 이성질체 또는 거울상 이성질성으로 농축된 혼합물을 또한 포함할 수 있다. 문맥에서, 전술한 용어는 또한 활성 부위로의 화합물의 투여 및 전달을 용이하게 하도록 변형된 화합물의 전구약물 형태를 지칭한다. 본 화합물을 설명함에 있어서, 본 화합물에 연관된 다수의 치환체 및 변수들이 다른 것들 중에서 기술됨을 유의한다. 본원에 기술된 분자는 대체적으로 본 명세서에서 후술되는 바와 같은 안정적인 화합물인 것으로 당업자에 의해 이해된다. 결합부가 도시될 경우, 이중 결합 및 단일 결합 둘 모두는 도시된 화합물의 문맥 및 원자가 상호 작용의 규칙 내에서 표현되거나 이해된다.
용어 "유비퀴틴 리가아제"는 분해를 위해 기질 단백질을 표적화하여, 특정 기재 단백질로의 유비퀴틴의 전달을 촉직시키는 단백질 군을 지칭한다. 예를 들어, 세레블론은 E3 유비퀴틴 리가아제 단백질로서, 그 단독 또는 E2 유비퀴틴 접합 효소와 조합하여 유비퀴틴이 표적 단백질 상의 라이신에 부착되도록 하고, 이어서 프로테아좀에 의한 분해를 위해 특정 단백질 기재를 표적화한다. 따라서, E3 유비퀴틴 리가아제는, 그 단독 또는 E2 유비퀴틴 접합 효소와 복합되어 유비퀴틴을 표적화된 단백질로 전달하는 역할을 한다. 대체적으로, 유비퀴틴 리가제는, 제2 유비퀴틴이 제1 유비퀴틴에 부착되도록; 제3 유비퀴틴이 제2 유비퀴틴에 부착되도록, 이러한 방식으로 계속 부착되도록 하는 폴리유비퀴틴화에 관여한다. 폴리유비퀴틴화는 프로테아좀에 의한 분해를 위해 단백질을 표시한다. 그러나, 단 하나의 유비퀴틴만이 유비퀴틴 리가아제에 의해 기질 분자에 첨가되는, 모노유비퀴틴화에 한정되는 일부 유비퀴틴화의 경우가 존재한다. 모노유비퀴틴화 단백질은 분해를 위한 프로테아좀에 대해 표적화되지 않지만, 그 대신, 예를 들어 유비퀴틴을 결합할 수 있는 도메인을 가진 다른 단백질과의 결합을 통해, 그 세포 위치 또는 기능에 있어서 변경될 수 있다. 더욱 복잡한 문제인 유비퀴틴 상의 상이한 라이신은 E3에 의해 표적화되어 사슬을 만들 수 있다. 가장 일반적인 라이신은 유비퀴틴 사슬 상의 Lys48이다. 이는 프로테아좀에 의해 인식되는, 폴리유비퀴틴을 만드는 데 사용되는 라이신이다.
용어 "환자" 또는 "대상체"는 본 발명에 따른 조성물로, 예방적 처치를 포함한 치료가 제공되는 동물, 바람직하게는 인간 또는 가축을 기술하기 위해 명세서 전반에서 이용된다. 인간 환자와 같은 특정한 동물에 특이적인 감염증, 질환 또는 질병 상태의 치료의 경우, 용어 "환자"는 가축, 예를 들어, 개 또는 고양이 또는 경작용 동물, 예를 들어, 말, 소, 양 등을 포함하는 특정한 동물을 지칭한다. 대체적으로, 본 발명에서, 용어 "환자"는, 용어의 이용의 문맥으로부터 달리 기술하지 않거나 암시되지 않는 한 인간 환자를 지칭한다.
용어 "효과적인"은 의도된 용도의 문맥 내에서 이용될 경우, 의도된 결과를 달성하는 화합물, 조성물 또는 성분의 양을 설명하기 위해 이용된다. 용어 "효과적인"은 본 출원에서 달리 기술되거나 또는 이용되는 모든 다른 유효량 또는 효과적인 농도 용어들을 포함한다.
화합물 및 조성물
일 양태에서, 본 명세서는 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기("CLM")인 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기("ULM")를 포함하는 화합물을 제공한다. 일 구현예에서, CLM은 다음의 구조에 따른 화학적 연결기(L)에 결합된다:
(I) L-CLM
여기에서 L은 화학적 연결기이고 CLM은 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기이다. 본원에 도시된 화합물에서의 잔기의 수 및/또는 상대 위치는 단지 예로서 제공된다. 당업자에 의해 이해될 수 있는 바와 같이, 본원에서 기술된 바와 같은 화합물은 각각의 기능성 잔기의 임의의 목적하는 수 및/또는 상대 위치로 합성될 수 있다.
문맥에서 달리 표시하지 않는 한, 용어 ULM 및 CLM은 포괄적인 의미로 사용된다. 예를 들어, 용어 ULM은 세레블론에 결합하는 것들(예를 들어, CLM)을 포함하는 포괄적인 모든 ULM을 포함한다. 또한, 용어 CLM은 모든 가능한 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 표적 단백질의 분해를 유도함으로써 단백질 활성을 조절하는 데 유용한 이작용성 또는 다기능성 PROTAC 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단백질에 결합하는 잔기(즉, 단백질 표적화 잔기 또는 "PTM")에 결합(예를 들어, 공유 결합, 직접 결합 또는 간접 결합)된 CLM을 포함한다. 특정 구현예에서, CLM 및 PTM은 화학적 연결기(L)를 통해 연결되거나 결합된다. CLM은 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제를 인식하고, PTM은 표적 단백질을 인식하고, 각 잔기의 그의 표적과의 상호 작용은 표적 단백질을 유비퀴틴 리가아제 단백질에 근접하여 위치시킴으로써 표적 단백질의 분해를 용이하게 한다. 예시적인 이작용성 화합물은 다음과 같이 표현될 수 있다:
(II) PTM-CLM
특정 구현예에서, 이작용성 화합물은 화학적 연결기("L")를 더 포함한다. 예를 들어, 이작용성 화합물은 다음과 같이 표현될 수 있다:
(III) PTM-L-CLM
여기에서 PTM은 단백질/폴리펩티드 표적화 잔기이고, L은 연결기이고, CLM은 세레블론 E3 리가아제 결합 잔기이다.
특정 구현예에서, 본원에 기술된 화합물은 다수의 PTM(동일하거나 상이한 단백질 표적을 표적화함), 다수의 CLM, 하나 이상의 ULM(즉, 또 다른 E3 유비퀴틴 리가아제(예를 들어 VHL)에 특정적으로 결합하는 잔기) 또는 이들의 조합을 포함한다. 본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM, CLM, 및 ULM은 직접적으로 또는 하나 이상의 화학적 연결기 또는 이들의 조합을 통해 결합될 수 있다. 추가적인 구현예에서, 화합물이 다수의 ULM을 갖는 경우, ULM은 동일한 E3 유비퀴틴 리가아제에 대한 것일 수 있거나 각각의 ULM은 상이한 E3 유비퀴틴 리가제에 특정적으로 결합할 수 있다. 또 다른 구현예에서, 화합물이 다수의 PTM을 갖는 경우, PTM는 동일한 표적 단백질에 결합할 수 있거나 각각의 PTM은 상이한 표적 단백질에 특정적으로 결합할 수 있다.
다른 구현예에서, 본 명세서는 직접적으로 또는 화학적 연결기(L)를 통해 결합된 복수의 CLM을 포함하는 화합물을 제공한다. 예를 들어, 2개의 CLM를 갖는 화합물은 다음과 같이 표현될 수 있다:
(IV) CLM-CLM 또는
(V) CLM-L-CLM
특정 구현예에서, 화합물이 다수의 CLM을 포함하는 경우, CLM들은 동일하다. 추가적인 구현예에서, 복수의 CLM을 포함하는 화합물은 직접적으로 또는 화학적 연결기(L) 또는 둘 모두를 통해 CLM에 결합된 적어도 하나의 PTM을 추가로 포함한다. 추가적인 특정 구현예에서, 복수의 CLM을 포함하는 화합물은 다수의 PTM을 추가로 포함한다. 또 다른 구현예에서, PTM은 동일하거나 선택적으로 상이하다. 또 다른 구현예에서, PTM이 상이한 경우, 각각의 PTM은 동일한 단백질 표적에 결합하거나 상이한 단백질 표적에 특정적으로 결합할 수 있다.
추가적인 구현예에서, 본 명세서는 직접적으로 또는 화학적 연결기(L) 또는 둘 모두를 통해 결합된 적어도 2개의 상이한 CLM를 포함하는 화합물을 제공한다. 예를 들어, 2개의 상이한 CLM을 갖는 이러한 화합물은 다음과 같이 표현될 수 있다:
(VI) CLM-CLM' 또는
(VII) CLM-L-CLM'
여기에서 CLM'은 CLM과 구조적으로 상이한 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기를 가리킨다. 특정 구현예에서, 화합물은 복수의 CLM 및/또는 복수의 CLM'을 포함할 수 있다. 다른 구현예에서, 적어도 2개의 상이한 CLM, 복수의 CLM, 및/또는 복수의 CLM'을 포함하는 화합물은 CLM 또는 CLM'에 직접적으로 또는 화학적 연결기 또는 둘 모두에 결합된 적어도 하나의 PTM을 추가로 포함한다. 본원에 기술된 임의의 구현예에서, 적어도 2개의 상이한 CLM을 포함하는 화합물은 다수의 PTM을 추가로 포함할 수 있다. 또 다른 구현예에서, PTM은 동일하거나 선택적으로 상이하다. 또 다른 구현예에서, PTM이 상이한 경우, 각각의 PTM은 동일한 단백질 표적에 결합하거나 상이한 단백질 표적에 특정적으로 결합할 수 있다. 또 다른 구현예에서, PTM 자체는 ULM 또는 CLM(또는 ULM' 또는 CLM')이다.
바람직한 구현예에서, CLM은 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제(CRBN)의 리간드인 잔기를 포함한다. 특정 구현예에서, CLM은 "이미드" 종류 분자로부터의 화학적 형태를 포함한다. 추가적인 특정 구현예에서, CLM은 프탈이미도기 또는 이의 유사체 또는 유도체를 포함한다. 추가적인 구현예에서, CLM은 프탈이미도-글루타미드기 또는 이의 유사체 또는 유도체를 포함한다. 또 다른 구현예에서, CLM은 탈리도미드, 레날리도미드, 포말리도미드, 및 이의 유사체 또는 유도체로 이루어진 군의 구성원을 포함한다.
추가적인 구현예에서, 본 명세서는, 약제학적으로 허용 가능한 그의 염 형태(예를 들어, 산성 및 염기성 염 형태)를 포함하여, 그의 거울상 이성질체, 부분 입체 이성질체, 용매 및 다형체를 포함하는 본원에 기술된 바와 같은 화합물을 제공한다.
예시적인 세레블론 결합 및/또는 억제 화합물
일 양태에서, 본 명세서는 세레블론 E3 유비퀴틴 결합 잔기에 결합하고/결합하거나 억제하는 데 유용한 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 다음의 화학적 구조 중 적어도 하나를 포함하는 화학적 구조를 갖는다(즉, 화합물은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 화학적 구조를 갖는다):
Figure pct00003
Figure pct00004
Figure pct00005
Figure pct00006
여기에서,
W는 CH2, CHR, C=O, SO2, NH, 및 N-알킬로부터 독립적으로 선택되고;
Q1, Q2, Q3, Q4, Q5는 각각 독립적으로 R', N 또는 N-산화물로부터 독립적으로 선택된 기로 치환된 탄소 C 또는 N를 나타내고;
R1은 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, C=O로부터 선택되고;
R2는 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, CHF2, CF3, CHO, C(=O)NH2로부터 선택되고;
R3는 부재하거나, H, 알킬(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알콕실)로부터 선택되고;
R4는 H, 알킬, 치환된 알킬로부터 선택되고;
R5 및 R6는 각각 독립적으로 H, 할로겐, C(=O)R'; CN, OH, CF3이고;
X는 C, CH, C=O, 또는 N이고;
X1은 C=O, N, CH 또는 CH2이고;
R'은 H, 할로겐, 아민, 알킬(예를 들어, C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C3 알콕실), NR2R3, C(=O)OR2, 선택적으로 치환된 페닐로부터 선택되고;
n은 0 내지 4이고;
Figure pct00007
는 단일 또는 이중 결합이다.
예시적인 CLM:
본원에서 기술된 임의의 화합물에서, CLM은 다음의 군으로부터 선택되는 화학 구조식을 포함한다:
Figure pct00008
Figure pct00009
Figure pct00010
Figure pct00011
Figure pct00012
Figure pct00013
Figure pct00014
Figure pct00015
여기에서,
W는 CH2, CHR, C=O, SO2, NH, 및 N-알킬로부터 독립적으로 선택되고;
Q1, Q2, Q3, Q4, Q5는 각각 독립적으로 R', N 또는 N-산화물로부터 독립적으로 선택된 기로 치환된 탄소 C 또는 N를 나타내고;
R1은 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, C=O로부터 선택되고;
R2는 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, CHF2, CF3, CHO, C(=O)NH2로부터 선택되고;
R3는 H, 알킬(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알콕실)로부터 선택되고;
R4는 H, 알킬, 치환된 알킬로부터 선택되고;
R5 및 R6는 각각 독립적으로 H, 할로겐, C(=O)R', CN, OH, CF3이고;
X는 C, CH, C=O, 또는 N이고;
X1은 C=O, N, CH 또는 CH2이고;
R'은 H, 할로겐, 아민, 알킬(예를 들어, C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C3 알콕실), NR2R3, C(=O)OR2, 선택적으로 치환된 페닐로부터 선택되고;
n은 0 내지 4이고;
Figure pct00016
는 단일 또는 이중 결합이고;
CLM은 PTM, 화학적 연결기(L), ULM, CLM(또는 CLM') 또는 이들의 조합에 공유 결합된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, CLM 또는 CLM'은, R기(예를 들어, R, R1, R2, R3, R4 또는 R'), W, X, 또는 Q기(예를 들어, Q1, Q2, Q3, Q4, 또는 Q5)를 통해 PTM, 화학적 연결기(L), ULM, CLM, CLM', 또는 이들의 조합에 공유 결합된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, CLM 또는 CLM'은, W, X, R, R1, R2, R3, R4, R5, R', Q1, Q2, Q3, Q4, 및 Q5를 통해 PTM, 화학적 연결기(L), ULM, CLM, CLM', 또는 이들의 조합에 공유 결합된다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, W, X, R1, R2, R3, R4, R', Q1, Q2, Q3, Q4및 Q5는, 연결기 및/또는 하나 이상의 PTM, ULM, ULM', CLM 또는 CLM'기에 부착되는 연결기에 독립적으로 공유 결합될 수 있다.
본원에서 용어 "독립적으로"는 독립적으로 적용되고, 용도에 따라 독립적으로 변하는 변수를 나타내는 데 사용된다.
용어 "알킬"은 그의 문맥 내에서, 선형, 분지-사슬 또는 고리형 완전 포화 탄화수소 라디칼 또는 알킬기, 바람직하게는 C1-C10, 보다 바람직하게는 C1-C6, 대안적으로는 C1-C3 알킬기를 의미하며, 이는 선택적으로 치환될 수 있다. 알킬기의 예는, 다른 것들 중에서, 메틸, 에틸, n-부틸, 2차-부틸, n-헥실, n-헵틸, n-옥틸, n-노닐, n-데실, 이소프로필, 2-메틸-프로필, 시클로프로필, 시클로-프로필-메틸, 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로펜틸에틸, 시클로헥실에틸 및 시클로헥실이다. 특정 구현예에서, 알킬기는 할로겐 기(At, Br, Cl, F, 또는 I)로 말단-캡핑된다. 특정 바람직한 구현예에서, 본 발명에 따른 화합물은 디할로게나제 효소에 공유 결합하는 데 사용될 수 있다. 이들 화합물은 일반적으로 그 말단에 할로겐 치환기(종종 염소 또는 브롬)를 갖는 알킬기 내에서 종결되는 측쇄(종종 폴리에틸렌 글리콜기를 통해 연결됨)를 함유하며, 이는 이러한 잔기를 함유하는 화합물의 단백질에 대한 공유 결합을 야기한다.
용어 "알콕시"는 산소에 단독적으로 결합된 알킬기를 지칭한다.
용어 "알케닐"은 선형, 분지-사슬형 또는 적어도 하나의 C=C 결합을 함유하는 시클릭 C2-C10 (바람직하게는 C2-C6) 탄화수소를 지칭한다.
용어 "알키닐"은 선형, 분지-사슬형 또는 적어도 하나의 C≡C 결합을 함유하는 시클릭 C2-C10 (바람직하게는 C2-C6) 탄화수소를 지칭한다.
용어 "알킬렌"은, 사용될 경우, 선택적으로 치환될 수 있는 -(CH2)n- 기(n은 일반적으로 0 내지 6인 정수임)를 지칭한다. 치환될 경우, 알킬렌기는 바람직하게는 하나 이상의 메틸렌기 상에서 C1-C6 알킬기(시클로프로필기 또는 t-부틸기 포함)로 치환되지만, 본원에서 다르게 기술되지 않는 이상, 하나 이상의 할로, 바람직하게는 1 내지 3 개의 할로기, 또는 1 또는 2개의 히드록실기, O-(C1-C6 알킬) 기 또는 아미노산 측쇄로 또한 치환될 수 있다. 특정 구현예에서, 알킬렌기는 단일 할로겐기, 바람직하게는 염소기로 치환된 알킬 사슬로 (바림직하게는, 폴리에틸렌 글리콜 사슬의 말단 상에서 독점적이지 않게) 치환된 (1 내지 10개, 바람직하게는 1 내지 6개, 종종 1 내지 4개의 에틸렌 글리콜 단위의) 폴리에틸렌 글리콜 사슬로 추가로 치환된 우레탄 또는 알콕시기(또는 다른 기)로 치환될 수 있다. 또 다른 구현예에서, 알킬렌(종종, 메틸렌)기는, 천연 또는 인공 아미노산의 측쇄 기, 예를 들어, 알라닌, β-알라닌, 아르기닌, 아스파라긴, 아스파르트산, 시스테인, 시스틴, 글루탐산, 글루타민, 글리신, 페닐알라닌, 히스티딘, 이소류신, 리신, 류신, 메티오닌, 프롤린, 세린, 트레오닌, 발린, 트립토판, 및 티로신과 같은 아미노산 측쇄 기로 치환될 수 있다.
용어 "치환되지 않은"은 수소 원자로만 치환된 것을 의미한다. C0를 포함하는 탄소 원자의 범위는, 탄소가 부재하고 H로 치환됨을 의미한다. 따라서 C0 내지 C6인 탄소 원자의 범위는 1, 2, 3, 4, 5 및 6의 탄소 원자를 포함하고, C0의 경우, H가 탄소를 대신한다.
"치환된" 또는 "선택적으로 치환된"이라는 용어는, (즉, 치환기가 발생하는 경우, 각 치환체는 다른 치환기에 독립적이고, 본 발명에 따른 분자의 존재 하에) 탄소(또는 질소) 위치에서 하나 이상의 치환체(독립적으로, 5개의 치환기, 바람직하게는 1개 또는 2개의 치환기, 및 그 자체가 문맥상 분자를 포함할 수 있고, 그 자체가 추가로 치환될 수도 있고, 그 자체가 추가로 치환될 수도 있고, 치환체 자체가 추가로 치환될 수도 있고, 치환체 자체가 추가로 치환될 수도 있고, 치환체 자체가 추가로 치환될 수도 있고)2), 할로겐(바람직하게는, 1, 2 또는 3 할로겐, 특히 알킬, 특히 트리플루오로메틸 등의 메틸 기), 알킬기(바람직하게는, C1-C10을 참조하면, 더 바람직하게, C1-C6), 아릴(특히 페닐과 치환된 페닐, 예컨대 벤질 또는 벤조일), 알콕시 기(바람직하게는, C1-C6 페닐 및 치환된 페닐 포함 알킬 또는 아릴), 티오에테르 (C1-C6 알킬 또는 아릴), 아실(바람직하게는, C)1-C6 아실), 에스테르 또는 티오에스테르(바람직하게는, C)1-C6 알킬 또는 아릴)을 포함함)1-C6 알킬 또는 아릴기), 바람직하게, C1-C6 알킬 또는 아릴, 할로겐(바람직하게는, F 또는 Cl), 아민(5- 또는 6-원 환형 알킬렌 아민 포함, C1-C6 알킬 아민 또는 C1-C6 알킬기가 1 또는 2개의 히드록실기로 치환될 수 있는 디알킬 아민) 또는 선택적으로 치환된 N(C)0-C6 알킬)C(O)(O-C1-C6 알킬) (선택적으로 1 또는 2개의 C로 치환되는, 단일 할로겐, 바람직하게는 염소 치환기를 함유하는 알킬기에 의해 추가로 치환될 수 있는 폴리에틸렌 글리콜 사슬로 치환될 수 있음)1-C6 알킬기 (선택적으로 1 또는 2C로 치환된 카르복사미드를 포함함)1-C6 알킬기), 알카놀(바람직하게는, C)1-C6 알킬 또는 아릴), 또는 알카노산(바람직하게는, C1-C6 알킬 또는 아릴). 본 발명에 따른 치환기는, 예를 들어 -SiR1subR2subR3sub기를 포함하며, 여기에서, 각각의 R1sub 및 R2sub는 본원에서 달리 설명되는 바와 같고, R3sub는 H 또는 C1-C6 알킬기, 바람직하게는 R1sub, R2sub, R3sub는 이러한 문맥에서 C1-C3 알킬기(이소프로필기 또는 t-부틸기를 포함함)이다. 전술한 각각의 기는 치환된 잔기에 직접적으로 연결될 수 있거나, 대안적으로, 치환기는, 선택적으로 치환된 -(CH2)m- 또는 대안으로 선택적으로 치환된 -(OCH)2)m-, -(OCH2CH2)m-, 또는 -(CH2CH2O)m-기를 통해, 치환된 잔기(바람직하게는, 아릴 또는 헤테로아릴 잔기의 경우)에 연결될 수 있고, 이는 전술한 치환기 중 임의의 하나 이상으로 치환될 수 있다. 알킬렌기 -(CH2)m- 또는 -(CH2)n-기, 또는 에틸렌 글리콜 사슬과 같은 다른 사슬은, 위에서 나타낸 바와 같이, 사슬 상의 임의의 위치에서 치환될 수 있다. 알킬렌기 상의 바람직한 치환기는 할로겐 또는 C1-C6(바람직하게는 C1-C3)알킬기를 포함하고, 이는 1개 또는 2개의 히드록실기, 1개 또는 2개의 에테르기(O-C1-C6기), 3개 이하의 할로기(바람직하게는 F), 또는 본원에서 달리 기술된 바와 같은 아미노산의 측쇄 및 선택적으로 치환된 아미드(바람직하게는 전술한 바와 같이 치환된 카복사미드) 또는 우레탄기(종종, 1개 또는 2개의 C0-C6 알킬 치환기를 가지고, 더 치환될 수 있음)로 선택적으로 치환될 수 있다. 특정 구현예에서, 알킬렌기(종종 단일 메틸렌기)는 1개 또는 2개의 선택적으로 치환된 C1-C6 알킬기, 바람직하게는 C1-C4 알킬기, 가장 빈번하게는 메틸 또는 O-메틸기 또는 본원에서 달리 기술된 바와 같은 아미노산의 측쇄로 치환된다. 본 발명에서, 분자의 잔기는 5개 까지의 치환기, 바람직하게는 3개 까지의 치환기로 선택적으로 치환될 수 있다. 가장 빈번하게는, 본 발명에서 치환되는 잔기는 1 또는 2개의 치환기로 치환된다.
용어 "치환된"(각 치환기는 임의의 다른 치환체와 독립됨)은 또한, 사용되는 문맥 내에서 C1-C6 알킬, C1-C6 알콕시, 할로겐, 아미도, 카복사미도, 술폰아미드를 포한하는 술폰, 케도, 카복시, C1-C6 에스테르(옥시에스테르 또는 카보닐에스테르), C1-C6 케토, 우레탄 -O-C(O)-NR1subR2sub 또는 -N(R1sub)-C(O)-O-R1sub, 니트로, 시아노 및 아민(특히 1개 또는 2개 히드록실기로 선택적으로 치환될 수 있는 C1-C6알킬렌-NR1subR2sub, 모노- 또는 디-C1-C6알킬 치환된 아민을 포함함)을 의미한다. 이러한 기 각각은, 달리 지시되지 않는 한, 문맥 내에서 1 내지 6개의 탄소 원자를 함유한다. 특정 구현예에서, 바람직한 치환기는 그 치환기의 사용에 대한 문맥에 따라, 예를 들어 -NH-, -NHC(O)-, -O-, =O, -(CH2)m- (여기에서, 문맥의 m 및 n은 1, 2, 3, 4, 5 또는 6임), -S-, -S(O)-, SO2- 또는 -NH-C(O)-NH-, -(CH2)nOH, -(CH2)nSH, -(CH2)nCOOH, C1-C6 알킬, -(CH2)nO-(C1-C6 알킬), -(CH2)nC(O)-(C1-C6 알킬), -(CH2)nOC(O)-(C1-C6 알킬), -(CH2)nC(O)O-(C1-C6 알킬), -(CH2)nNHC(O)-R1sub, -(CH2)nC(O)-NR1subR2sub, -(OCH2)nOH, -(CH2O)nCOOH, C1-C6 알킬, -(OCH2)nO-(C1-C6 알킬), -(CH2O)nC(O)-(C1-C6 알킬), -(OCH2)nNHC(O)-R1sub, -(CH2O)nC(O)-NR1subR2sub, -S(O)2-RS, -S(O)-RS(RS는 C1-C6 알킬 또는 -(CH2)m-NR1subR2sub기임), NO2, CN 또는 할로겐(F, Cl, Br, I, 바람직하게는 F 또는 Cl)을 포함한다. R1sub 및 R2sub는 각각, 문맥 내에서, H 또는 C1-C6 알킬기(1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로겐기, 바람직하게는 불소로 선택적으로 치환될 수 있음)이다. 용어 "치환된"은 또한, 정의된 화합물 및 이용된 치환기의 화학적 문맥 내에서, 본원에서 달리 기술된 바와 같이 선택적으로 치환된 아릴 또는 헤테로아릴기 또는 선택적으로 치환된 헤테로고리기를 의미한다. 알킬렌기는, 비록 다수의 다른 기들이 치환기로서 이용될 수 있지만, 바람직하게는 선택적으로 치환된 C1-C6 알킬기(결과적으로 키랄 중심을 제공하는 메틸, 에틸 또는 히드록시메틸 또는 히드록시에틸이 바람직함), 본원에서 달리 기술된 바와 같은 아미노산 기의 측쇄, 전술한 바와 같은 아미도기, 또는 우레탄기 O-C(O)-NR1subR2sub기(여기에서, R1sub 및 R2sub는 본원에서 달리 기술된 바와 같음)로 본원에서 달리 기술된 바와 같이 치환될 수 있다. 다양하게 선택적으로 치환된 잔기는 3개 이상의 치환기, 바람직하게는 3개 이하의 치환기 및 바람직하게는 1개 또는 2개의 치환기로 치환될 수 있다. 화합물 내 분자의 특정 위치에서 치환이 필요하지만 (주로, 원자가 때문에), 어떠한 치환도 표시되지 않는 예에서, 그 치환기는, 치환의 문맥에서 달리 제시되지 않는 한, H인 것으로 해석되거나 또는 이해되는 것이 주지된다.
용어 "아릴" 또는 "방향족"은, 문맥 내에서, 단일 고리(예를 들어, 벤젠, 페닐, 벤질) 또는 축합 고리(예를 들어, 나프틸, 안트라세닐, 페난트레닐 등)를 갖는 치환되거나(본원에서 달리 기재된 바와 같이) 치환되지 않은 일가 방향족 라디칼을 지칭하고, 고리(들) 상에서 임의의 이용가능한 안정된 위치에서 또는 제시된 화학 구조식 내에서 달리 지시된 바와 같이, 본 발명에 따른 화합물에 결합될 수 있다. 아릴기의 다른 예는, 문맥 내에서, 다른 것들 중에서, 이미다졸, 푸릴, 피롤, 푸라닐, 티엔, 티아졸, 피리딘, 피리미딘, 피라진, 트리아졸, 옥사졸 또는 융합된 고리 시스템(예를 들어, 인돌, 퀴놀린, 인돌리진, 아자인돌리진, 벤조푸라잔 등)과 같은 고리(단일 고리) 내에 하나 이상의 질소, 산소, 또는 황 원자를 갖는 헤테로고리 방향족 고리 시스템, "헤테로아릴"기를 포함할 수 있고, 이는 전술된 바와 같이 선택적으로 치환될 수 있다. 언급될 수 있는 헤테로아릴기 중에는, 다른 것들 중에서, 질소-함유 헤테로아릴기, 예를 들어, 피롤, 피리딘, 피리돈, 피리다진, 피리미딘, 피라진, 피라졸, 이미다졸, 트리아졸, 트리아진, 테트라졸, 인돌, 이소인돌, 인돌리진, 아자인돌리진, 퓨린, 인다졸, 퀴놀린, 디히드로퀴놀린, 테트라히드로퀴놀린, 이소퀴놀린, 디히드로이소퀴놀린, 테트라히드로이소퀴놀린, 퀴놀리진, 프탈라진, 나프티리딘, 퀴녹살린, 퀴나졸린, 신놀린, 프테리딘, 이미다조피리딘, 이미다조트리아진, 피라지노피리다진, 아크리딘, 페난트리딘, 카바졸, 카바졸린, 피리미딘, 페난트롤린, 페나센, 옥사디아졸, 벤즈이미다졸, 피롤로피리딘, 피롤로피리미딘 및 피리도피리미딘; 황-함유 방향족 헤테로고리, 예를 들어, 티오펜 및 벤조티오펜; 산소-함유 방향족 헤테로고리, 예를 들어, 푸란, 피란, 시클로펜타피란, 벤조푸란 및 이소벤조푸란; 및 질소, 황 및 산소 중에서 선택되는 2개 이상의 헤테로 원자를 포함하는 방향족 헤테로고리, 예를 들어, 티아졸, 티아디졸, 이소티아졸, 벤즈옥사졸, 벤조티아졸, 벤조티아디아졸, 페노티아진, 이속사졸, 푸라잔, 페녹사진, 피라졸옥사졸, 이미다조티아졸, 티에노푸란, 푸로피롤, 피리드옥사진, 푸로피리딘, 푸로피리미딘, 티에노피리미딘 및 옥사졸이 포함되고, 이들 모두는 선택적으로 치환될 수 있다.
용어 "치환된 아릴"은 적어도 하나의 방향족 고리 또는 복수(이들 중 적어도 하나는 방향족임)의 응축된 고리로 구성된 방향족 카보시클릭기를 지칭하며, 여기에서 고리(들)은 하나 이상의 치환기로 치환된다. 예를 들어, 아릴기는 다음으로부터 선택되는 치환기를 포함할 수 있다: -(CH2)nOH, -(CH2)n-O-(C1-C6)알킬, -(CH2)n-O-(CH2)n-(C1-C6)알킬, -(CH2)n-C(O)(C0-C6) 알킬, -(CH2)n-C(O)O(C0-C6)알킬, -(CH2)n-OC(O)(C0-C6)알킬, 아민, 모노- 또는 디-(C1-C6 알킬) 아민(아민 상의 알킬기는 1 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로기(바람직하게는, F, Cl)로 선택적으로 치환됨), OH, COOH, C1-C6 알킬, 바람직하게는 CH3, CF3, OMe, OCF3, NO2, 또는 CN 기(이들 각각은 페닐 고리의 오르토-, 메타- 및/또는 파라-, 바람직하게는 파라- 에서 치환될 수 있음), 선택적으로 치환된 페닐기(바람직하게는 페닐기 자체는 ULM기를 포함하는 PTM기에 연결된 연결기로 치환됨), 및/또는 적어도 하나의 F, Cl, OH, COOH, CH3, CF3, OMe, OCF3, NO2, 또는 CN 기(페닐 고리의 오르토-, 메타- 및/또는 파라-위치, 바람직하게는 파라-위치), 선택적으로 치환될 수 있는 나프틸기, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 바람직하게는 메틸 치환된 이속사졸을 포함하는 선택적으로 치환된 이속사졸, 메틸 치환된 옥사졸을 포함하는 선택적으로 치환된 옥사졸, 메틸 치환된 티아졸을 포함하는 선택적으로 치환된 티아졸, 메틸 치환된 이소티아졸을 포함하는 선택적으로 치환된 이소티아졸, 메틸 치환된 피롤을 포함하는 선택적으로 치환된 피롤, 메틸이미다졸을 포함하는 선택적으로 치환된 이미다졸, 선택적으로 치환된 벤즈이미다졸 또는 메톡시벤질이미다졸, 선택적으로 치환된 옥시미다졸 또는 메틸옥시미다졸, 메틸디아졸기를 포함하는 선택적으로 치환된 디아졸기, 메틸 치환된 티아졸기를 포함하는 선택적으로 치환된 티아졸기, 할로-(바람직하게는 F) 또는 메틸 치환된 피리딘기 또는 옥사피리딘기(피리딘기는 산소에 의해 페닐기와 연결됨)를 포함하는 피리딘기, 선택적으로 치환된 푸란, 선택적으로 치환된 벤조푸란, 선택적으로 치환된 디히드로벤조푸란, 선택적으로 치환된 인돌, 인돌리진 또는 아자인돌리진(2, 3, 또는 4-아지인돌리진), 선택적으로 치환된 퀴놀린, 및 이들의 조합.
"카복실"은, R이 수소, 알킬, 치환된 알킬, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴 또는 치환된 헤테로아릴인 -C(O)OR기이지만, 이들 일반 치환체는 본원에서 정의된 이에 상응하는 기의 정의와 동일한 의미를 갖는다.
용어 "헤테로아릴" 또는 "헤트아릴"은, 선택적으로 치환된 퀴놀린(약물중합체에 부착되거나 퀴놀린 고리 내의 임의의 탄소 원자 상에 치환될 수 있음), 선택적으로 치환된 인돌(디히드로인돌을 포함함), 선택적으로 치환된 인돌리진, 선택적으로 치환된 아자인돌리진(2, 3 또는 4-아자인돌리진), 선택적으로 치환된 벤즈이미다졸, 벤조디아졸, 벤즈옥소푸란, 선택적으로 치환된 이미다졸, 선택적으로 치환된 이속사졸, 선택적으로 치환된 옥사졸(바람직하게는 메틸 치환됨), 선택적으로 치환된 디아졸, 선택적으로 치환된 트리아졸, 테트라졸, 선택적으로 치환된 벤조푸랄, 선택적으로 치환된 티오펜, 선택적으로 치환된 티아졸(바람직하게는 메틸 및/또는 티올 치환됨), 선택적으로 치환된 이소티아졸, 선택적으로 치환된 트리아졸(바람직하게는 메틸기로 치환된 1,2,3-트리아졸, 트리이소프로필실릴기, 선택적으로 치환된 -(CH2)m-O-C1-C6 알킬기 또는 선택적으로 치환된 -(CH2)m-C(O)-O-C1-C6 알킬기), 선택적으로 치환된 피리딘(2-, 3- 또는 4-피리딘) 또는 다음의 화학 구조식에 따른 기를 의미하지만, 이에 한정되지는 않는다:
Figure pct00017
여기에서,
Sc는 CHRSS, NRURE, 또는 O이고;
RHET는, H, CN, NO2, 할로(바람직하게는 Cl 또는 F), 선택적으로 치환된 C1-C6 알킬(바람직하게는 1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로기(예를 들어, CF3)로 치환됨), 선택적으로 치환된 O(C1-C6 알킬)(바람직하게는 1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로기로 치환됨) 또는 선택적으로 치환된 아세틸렌기 -C≡C-Ra(Ra는 H 또는 C1-C6 알킬기(바람직하게는 C1-C3 알킬)임)이고;
RSS는, H, CN, NO2, 할로(바람직하게는 Cl 또는 F), 선택적으로 치환된 C1-C6 알킬(바람직하게는 1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로기로 치환됨), 선택적으로 치환된 O-(C1-C6 알킬(바람직하게는 1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로기로 치환됨) 또는 선택적으로 치환된 -C(O)(C1-C6 알킬)(바람직하게는 1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로기로 치환됨)이고;
RURE는, C1-C6 알킬(바람직하게는 H 또는 C1-C3 알킬) 또는 a -C(O)(C1-C6 알킬)(이들 기 각각은 1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로겐, 바람직하게는 불소기로 선택적으로 치환됨), 또는 선택적으로 치환된 헤테로고리, 예를 들어, 각각 선택적으로 치환된, 피페리딘, 모르폴린, 피롤리딘, 테트라히드로푸란, 테트라히드로티오펜, 피페리딘, 피페라진이고;
YC는, N 또는 C-RYC이고, 여기에서 RYC는 H, OH, CN, NO2, 할로(바람직하게는 Cl 또는 F), 선택적으로 치환된 C1-C6 알킬(바람직하게는 1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로기(예를 들어, CF3)로 치환됨), 선택적으로 치환된 O(C1-C6 알킬) (바람직하게는 1개 또는 2개의 히드록실기 또는 3개 까지의 할로기로 치환됨) 또는 선택적으로 치환된 아세틸렌기 -C≡C=Ra (Ra는 H 또는 C1-C6 알킬기(바람직하게는 C1-C3 알킬)임)이다.
용어 "헤테로고리"는 적어도 하나의 헤테로원자, 즉 N, O 또는 S를 함유하고 방향족(헤테로아릴) 또는 비방향족일 수 있는 고리형 기를 지칭한다. 따라서, 헤테로아릴 잔기는 사용되는 문맥에 따라 헤테로고리의 정의 하에 포함된다. 예시적인 헤테로아릴기는 본원에 기술되어 있다.
예시적인 헤테로고리류는 다른 것들 중에서도, 아제티디닐, 벤즈이미다졸릴, 1,4- 벤조디옥사닐, 1,3-벤조디옥솔릴, 벤즈옥사졸릴, 벤조티아졸릴, 벤조티에닐, 디히드로이미다졸릴, 디히드로피라닐, 디히드로푸라닐, 디옥사닐, 디옥솔라닐, 에틸렌 요소, 1,3-디옥솔란, 1,3-디옥산, 1,4-디옥산, 푸릴, 호모피페리디닐, 이미다졸릴, 이미다졸리닐, 이미다졸리디닐, 인돌리닐, 인돌릴, 이소퀴놀리닐, 이소티아졸리디닐, 이소티아졸릴, 이속사졸리디닐, 이속사졸릴, 모르폴리닐, 나프티리디닐, 옥사졸리디닐, 옥사졸릴, 피리돈, 2 피롤리돈, 피리딘, 피페라지닐, N-메틸피페라지닐, 피페리디닐, 프탈이미드, 숙신이미드, 피라지닐, 피라졸리닐, 피리딜, 피리미디닐, 피롤리디닐, 피롤리닐, 피롤릴, 퀴놀리닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 테트라히드로퀴놀린, 티아졸리디닐, 티아졸릴, 티에닐, 테트라히드로티오펜, 옥산, 옥세타닐, 옥사티올라닐, 티안을 포함한다.
헤테로고리기는 알콕시, 치환된 알콕시, 시클로알킬, 치환된 시클로알킬, 시클로알케닐, 치환된 시클로알케닐, 아실, 아실아미노, 아실옥시, 아미노, 아미노아실, 아미노아실옥시, 옥시아미노아실, 아지도, 시아노, 할로겐, 히드록실, 케토, 티오케토, 카복시, 카복시알킬, 티오아릴옥시, 티오헤테로아릴옥시, 티오헤테로시클로옥시, 티올, 티오알콕시, 치환된 티오알콕시, 아릴, 아릴옥시, 헤테로아릴, 헤테로아릴옥시, 헤테로고리, 헤테로시클로옥시, 히드록시아미노, 알콕시아미노, 니트로, -SO-알킬, -SO-치환된 알킬, -SO아릴, -SO-헤테로아릴, -SO2-알킬, -SO2-치환된 알킬, -SO2-아릴, 옥소(=O), 및 -SO2-헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택되는 구성원으로 선택적으로 치환될 수 있다. 이러한 헤테로고리기는 단일 고리 또는 다수의 응축된 고리를 가질 수 있다. 질소 헤테로고리 및 헤테로아릴의 예는, 피롤, 이미다졸, 피라졸, 피리딘, 피라진, 피리미딘, 피리다진, 인돌리진, 이소인돌, 인돌, 인다졸, 퓨린, 퀴놀리진, 이소퀴놀린, 퀴놀린, 프탈라진, 나프틸피리딘, 퀴녹살린, 퀴나졸린, 시놀린, 프테리딘, 카바졸, 카볼린, 페난트리딘, 아크리딘, 페난트롤린, 이소티아졸, 페나진, 이속사졸, 페녹사진, 페노티아진, 이미다졸리딘, 이미다졸린, 피페리딘, 피페라진, 인돌린, 모르폴리노, 피페리디닐, 테르라히드로푸라닐, 등 및 N-알콕시-질소 함유 헤테로고리를 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다. 용어 "헤테로고리"는 또한 임의의 헤테로고리가 벤젠 고리 또는 시클로헥산 고리 또는 다른 헤테로고리(예를 들어, 인돌릴, 퀴놀릴, 이소퀴놀릴, 테트라히드로퀴놀릴 등)에 융합되는 비시클릭기를 포함한다.
용어 "시클로알킬"은 본원에서 정의된 바와 같은 단일 고리형 또는 다중 고리형 알킬기, 예를 들어, 시클로프로필, 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로헥실, 시클로헵틸 등을 포함하는 고리 내에 3 내지 20개의 탄소 원자를 가진 포화 단일 고리형 탄화수소기로부터 유도된 1가(univalent) 기를 의미하지만, 이에 한정되지는 않는다. 용어 "치환된 시클로알킬"은 단일 고리형 또는 다중 고리형 알킬기 및 하나 이상의 치환기, 예를 들어, 아미노, 할로겐, 알킬, 치환된 알킬, 카빌옥시, 카빌메르캅토, 아릴, 니트로, 메르캅토 또는 술포로 치환된 것을 의미하지만 이에 한정되지 않는 반면, 이들 일반 치환기는 본원에서 정의된 이에 상응하는 기의 정의와 동일한 의미를 갖는다.
용어 "탄화수소"는 탄소 및 수소를 함유한 화합물, 완전히 포화되거나, 부분적으로 불포화된 방향족일 수 있는 화합물, 및 아릴기, 알킬기, 알케닐기 및 알키닐기를 포함하는 화합물을 의미한다.
용어 "저급 알킬"은 메틸, 에틸 또는 프로필을 지칭한다.
용어 "저급 알콕시"은 메톡시, 에톡시 또는 프로폭시를 지칭한다.
보다 구체적으로, CLM의 비제한적인 예는 다음에 도시된 화합물 뿐만 아니라, 다음의 화합물의 1개 이상의 특징부를 조합하여 발생하는 "하이브리드" 분자 또는 화합물을 포함한다:
Figure pct00018
Figure pct00019
Figure pct00020
Figure pct00021
여기에서,
W는 CH2, CHR, C=O, SO2, NH, 및 N-알킬의 군으로부터 독립적으로 선택되고;
R1은 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬의 군으로부터 선택되고;
R2는 H 또는 C1-C3 알킬이고;
R3는 H, 알킬, 치환된 알킬, 알콕시, 치환된 알콕시로부터 선택되고;
R4은 메틸 또는 에틸이고;
R5는 H 또는 할로이고;
R6는 H 또는 할로이고;
CLM의 R은 H이고;
R'는 H이거나 PTM, PTM', 화학적 연결기(L), ULM, CLM, CLM'에 대한 부착 지점이고,
Q1 및 Q2는 각각 독립적으로 H 또는 C1-C3 알킬로부터 독립적으로 선택되는 기로 치환된 C 또는 N이고;
Figure pct00022
는 단일 또는 이중 결합이고;
Rn은 작용기 또는 작용 원자를 포함한다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, W, R1, R2, Q1, Q2, Q3, Q4 및 Rn은, 연결기 및/또는 하나 이상의 PTM, ULM, ULM', CLM 또는 CLM'기에 부착되는 연결기에 독립적으로 공유 결합될 수 있다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, R1, R2, Q1, Q2, Q3, Q4 및 Rn은, 연결기 및/또는 하나 이상의 PTM, ULM, ULM', CLM 또는 CLM'기에 부착되는 연결기에 독립적으로 공유 결합될 수 있다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, Q1, Q2, Q3, Q4, 및 Rn은, 연결기 및/또는 하나 이상의 PTM, ULM, ULM', CLM 또는 CLM'기에 부착되는 연결기에 독립적으로 공유 결합될 수 있다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, Rn은 CLM, CLM', 제2 연결기, 또는 이들의 임의의 다중기 또는 조합과 동일한 화학적 구조를 갖는 PTM, CLM, 제2 CLM에 공유 결합되도록 변형된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, CLM은 다음의 군으로부터 선택된다:
Figure pct00023
Figure pct00024
.
여기에서 R'은 할로겐이고 R1은 본원에서 기술되는 임의의 양태 또는 구현예에 기술된 바와 같다.
특정 경우, "CLM"은 세레블론 E3 리가아제에 결합하는 이미드일 수 있다. 이들 이미드 및 연결기 부착 지점은 다음의 구조식일 수 있지만 이에 한정되지는 않는다:
Figure pct00025
Figure pct00026
예시적인 연결기
특정 구현예에서, 본원에 기술된 화합물은 화학적 연결기(L)를 통해 하나 이상의 PTM(예를 들어, PTM 및/또는 PTM'), ULM(예를 들어, ULM, ULM' 및/또는 CLM')에 화학적으로 연결되거나 결합된 하나 이상의 CLM을 포함한다. 특정 구현예에서, 연결기 L은 하나 이상의 공유 결합된 구조 단위(예를 들어, -AL 1?(AL)q- 또는 -(AL)q-)를 포함하는 기이다(여기에서 A1은 PTM에 결합되는 기이고, Aq는 적어도 하나의 ULM, ULM', CLM, CLM', 또는 이들의 조합에 결합되는 기임). 특정 구현예에서, AL 1은 CLM 또는 CLM'을 또 다른 ULM, PTM, 또는 이들의 조합에 직접적으로 연결한다. 다른 구현예에서, AL 1은 CLM 또는 CLM'을 Aq를 통해 또 다른 ULM, PTM, 또는 이들의 조합에 간접적으로 연결한다.
특정 구현예에서, 연결기는 -(AL)q-이고, 여기에서
(AL)q는 ULM 잔기, PTM 잔기, 또는 이들의 조합 중 적어도 하나에 연결되는 기이고;
연결기의 q는 1 이상의 정수이고;
각각의 AL은, 결합, CRL1RL2, O, S, SO, SO2, NRL3, SO2NRL3, SONRL3, CONRL3, NRL3CONRL4, NRL3SO2NRL4, CO, CRL1=CRL2, C≡C, SiRL1RL2, P(O)RL1, P(O)ORL1, NRL3C(=NCN)NRL4, NRL3C(=NCN), NRL3C(=CNO2)NRL4, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 C3-11 시클로알킬, 0 내지 9개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 C5-13 스피로시클로알킬, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 C3-11헤테로시클릴, 0 내지 8개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 C5-13 스피로헤테로시클로알킬, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2 아릴, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군(여기에서, RL1 또는 RL2는, 각각 독립적으로 또 다른 기와 선택적으로 연결되어 0 내지 4개의 RL5기로 선택적으로 치환된 시클로알킬 및/또는 헤테로시클릴 잔기를 형성함)으로부터 독립적으로 선택되고;
RL1, RL2, RL3, RL4 및 RL5은 각각 독립적으로, H, 할로, C1-8알킬, OC1-8알킬, SC1-8알킬, NHC1-8알킬, N(C1-8알킬)2, C3-11시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, C3-11헤테로시클릴, OC1-8시클로알킬, SC1-8시클로알킬, NHC1-8시클로알킬, N(C1-8시클로알킬)2, N(C1-8시클로알킬)(C1-8알킬), OH, NH2, SH, SO2C1-8알킬, P(O)(OC1-8알킬)(C1-8알킬), P(O)(OC1-8알킬)2, CC-C1-8알킬, CCH, CH=CH(C1-8알킬), C(C1-8알킬)=CH(C1-8알킬), C(C1-8알킬)=C(C1-8알킬)2, Si(OH)3, Si(C1-8알킬)3, Si(OH)(C1-8알킬)2, COC1-8알킬, CO2H, 할로겐, CN, CF3, CHF2, CH2F, NO2, SF5, SO2NHC1-8알킬, SO2N(C1-8알킬)2, SONHC1-8알킬, SON(C1-8알킬)2, CONHC1-8알킬, CON(C1-8알킬)2, N(C1-8알킬)CONH(C1-8알킬), N(C1-8알킬)CON(C1-8알킬)2, NHCONH(C1-8알킬), NHCON(C1-8알킬)2, NHCONH2, N(C1-8알킬)SO2NH(C1-8알킬), N(C1-8알킬) SO2N(C1-8알킬)2, NH SO2NH(C1-8알킬), NH SO2N(C1-8알킬)2, NH SO2NH2임.
특정 구현예에서, 연결기의 q는 0 이상의 정수이다. 특정 구현예에서, q는 1 이상의 정수이다.
특정 구현예에서, 예를 들어, q가 2보다 큰 경우, AL q는 ULM 또는 ULM'(예를 들어, CLM 또는 CLM')에 연결되는 기이고, AL 1 및 AL q는 연결기(L)의 구조 단위를 통해 연결된다.
특정 구현예에서, 예를 들어, 연결기의 q가 2인 경우, AL q는 AL 1 및 ULM 또는 ULM' 잔기(예를 들어, CLM 또는CLM')에 연결되는 기이다.
특정 구현예에서, 예를 들어, 연결기의 q가 1인 경우, 연결기 L의 구조는 -AL 1-이고, AL 1은 ULM 또는 ULM' 잔기(예를 들어, CLM 또는CLM')에 연결되는 기이다.
특정 구현예에서, 연결기(L)는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된 일반적인 구조로 나타내어지는 기를 포함한다:
-NR(CH2)n-(저급 알킬)-, -NR(CH2)n-(저급 알콕실)-, -NR(CH2)n-(저급 알콕실)-OCH2-, -NR(CH2)n-(저급 알콕실)-(저급 알킬)-OCH2-, -NR(CH2)n-(시클로알킬)-(저급 알킬)-OCH2-, -NR(CH2)n-(헤테로 시클로알킬)-, -NR(CH2CH2O)n-(저급 알킬)-O-CH2-, -NR(CH2CH2O)n-(헤테로 시클로알킬)-O-CH2-, -NR(CH2CH2O)n-아릴-O-CH2-, -NR(CH2CH2O)n-(헤테로 아릴)-O-CH2-, -NR(CH2CH2O)n-(시클로 알킬)-O-(헤테로 아릴)-O-CH2-, -NR(CH2CH2O)n-(시클로 알킬)-O-아릴-O-CH2-, -NR(CH2CH2O)n-(저급 알킬)-NH-아릴-O-CH2-, -NR(CH2CH2O)n-(저급 알킬)-O-아릴-CH2, -NR(CH2CH2O)n-시클로알킬-O-아릴-, -NR(CH2CH2O)n-시클로알킬-O-(헤테로 아릴)-, -NR(CH2CH2)n-(시클로알킬)-O-(헤테로고리)-CH2, -NR(CH2CH2)n-(헤테로고리)-(헤테로고리)-CH2, -N(R1R2)-(헤테로고리)-CH2; 여기에서
연결기의 n은 0 내지 10일 수 있고;
연결기의 R은 H, 저급 알킬일 수 있고;
연결기의 R1 및 R2는 연결 N을 갖는 고리를 형성할 수 있다.
특정 구현예에서, 연결기(L)는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된 일반적인 구조로 나타내어지는 기를 포함한다:
-N(R)-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-,
-O-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-,
-O-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
-N(R)-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-;
Figure pct00027
Figure pct00028
Figure pct00029
여기에서, 연결기의 m, n, o, p, q, 및 r은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20이고;
위의 수가 0일 경우, N-O 또는 O-O 결합은 없고;
연결기의 R은 H, 메틸 및 에틸이고;
연결기의 X는 H 및 F임;
Figure pct00030
연결기의 m은 2, 3, 4, 5일 수 있고;
Figure pct00031
Figure pct00032
Figure pct00033
Figure pct00034
Figure pct00035
Figure pct00036
Figure pct00037
Figure pct00038
Figure pct00039
여기에서, 연결기의 각각의 n 및 m은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6일 수 있다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00040
Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
Figure pct00044
및
Figure pct00045
여기에서, 각각의 m 및 n은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5 또는 6으로부터 선택된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00046
Figure pct00047
Figure pct00048
Figure pct00049
Figure pct00050
Figure pct00051
Figure pct00052
Figure pct00053
Figure pct00054
Figure pct00055
Figure pct00056
Figure pct00057
Figure pct00058
Figure pct00059
Figure pct00060
Figure pct00061
Figure pct00062
Figure pct00063
Figure pct00064
Figure pct00065
Figure pct00066
Figure pct00067
Figure pct00068
Figure pct00069
Figure pct00070
Figure pct00071
Figure pct00072
Figure pct00073
및
Figure pct00074
여기에서, 각각의 m, n, o, p, q, 및 r은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, L은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00075
Figure pct00076
Figure pct00077
Figure pct00078
Figure pct00079
Figure pct00080
Figure pct00081
Figure pct00082
Figure pct00083
Figure pct00084
Figure pct00085
추가적인 구현예에서, 연결기(L)는 아래에 도시된 구조를 포함하지만 이에 한정되지는 않으며, 점선은 PTM 또는 ULM 잔기에 대한 부착 지점을 나타낸다.
Figure pct00086
여기에서, WL1 및 WL2각각 독립적으로, 0 내지 4개의 헤테로원자를 갖고 RQ로 선택적으로 치환된 4 내지 8-원 고리로서, 각각의 RQ는 독립적으로 H, 할로, OH, CN, CF3, (선형, 분지형, 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬, 카복실, (선형, 분지형, 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시이거나, 2개의 RQ기는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해져 0 내지 4개의 헤테로원자를 함유하는 4 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
YL1은 각각 독립적으로, 결합, (선형, 분지형 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이고, 선택적으로 하나 이상의 C 원자는 O, 또는 (선형, 분지형 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시로 치환되며;
n은 0 내지 10이고;
점선은 PTM 또는 ULM 잔기에 대한 부착 지점을 나타냄.
추가적인 구현예에서, 연결기(L)는 아래에 도시된 구조를 포함하지만 이에 한정되지는 않으며, 점선은 PTM 또는 ULM 잔기에 대한 부착 지점을 나타낸다.
Figure pct00087
여기에서,
WL1 및 WL2는 각각 독립적으로 아릴, 헤테로아릴, 시클릭, 헤테로시클릭, C1-6 알킬, 비시클릭, 비아릴, 비헤테로아릴, 또는 비헤테로시클릭으로서, 각각 RQ로 선택적으로 치환되어 0 내지 4개의 헤테로원자를 함유하는 4- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하되, 각각의 RQ는 독립적으로 H, 할로, OH, CN, CF3, 히드록실, 니트로, C≡CH, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시, (하나 이상의 -F로 선택적으로 치환된) OC1-3알킬, OH, NH2, NRY1RY2, CN, 또는 이들이 부착된 원자와 함께 취해진 2개의 RQ기고;
YL1은 각각 독립적으로 결합부, NRYL1, O, S, NRYL2, CRYL1RYL2, C=O, C=S, SO, SO2, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이고, 선택적으로 하나 이상의 C 원자는 O; 또는 (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시로 치환되고;
QL은 0 내지 4개의 헤테로원자를 가진 3- 내지 6-원 지환족 또는 방향족 고리로서, 0 내지 6개의 RQ와 선택적으로 연결되거나 선택적으로 치환되어 0 내지 2 개의 헤테로원자를 포함하는 3- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하되, 각각의 RQ는 독립적으로 H, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 또는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해진 2개의 RQ기이고;
RYL1, RYL2는 각각 독립적으로 H, OH, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 또는 이들이 부착된 원자와 함께 취해진 R1, R2로서, 0 내지 2개의 헤테로원자를 포함하는 3- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
n은 0 내지 10이고;
점선은 PTM 또는 ULM 잔기에 대한 부착 지점을 나타냄.
추가적인 구현예에서, 연결기는, 1 내지 약 100개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 1 내지 약 50개의 에틸렌 글리콜 단위, 1 내지 약 25개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 1 내지 10개의 에틸렌 글리콜 단위, 1 내지 약 8개의 에틸렌 글리콜 단위, 및 1 내지 6개의 에틸렌 글리콜 단위, 2 내지 4개의 에틸렌 글리콜 단위를 갖는 선택적으로 치환된 (폴리)에킬렌글리콜, 또는, O, N, S, P 또는 Si 원자로 선택적으로 치환된 상호 분산된 선택적으로 치환된 알킬기이다. 소정의 구현예에서, 연결기는 아릴, 페닐, 벤질, 알킬, 알킬렌, 또는 헤테로고리기로 치환된다. 소정의 구현예에서, 연결기는 비대칭 또는 대칭일 수 있다.
본원에 기술된 화합물의 임의의 구현예에서, 연결기는 본원에 기술된 바와 같은 임의의 적절한 잔기일 수 있다. 일 구현예에서, 연결기는, 약 1 내지 약 12개의 에틸렌 글리콜 단위, 1 내지 약 10개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 2 내지 약 6개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 2 내지 5개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 2 내지 4개의 에틸렌 글리콜 단위의 크기 범위의 비치환이거나 치환된 폴리에틸렌 글리콜기이다.
다른 구현예에서, 본 발명은 PTM 기를 포함하는 화합물에 관한 것으로서, 이는 유비퀴틴 리가아제에 의해 유비퀴틴화되고 연결기 L을 통하거나 ULM기(예를 들어, CLM)에 직접적으로 화학적으로 연결되는 표적 단백질 또는 폴리펩티드에 결합하거나, PTM은 또한 대안적으로 전술한 바와 같은 ULM기(예를 들어, CLM)와 동일하거나 상이할 수 있는 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기인 ULM'기이고, 연결기 잔기를 통하거나 직접적으로 ULM기에 직접적으로 연결되고; L은 존재할 수도 있고 부재일 수도 있는 전술한 바와 같은 연결기 잔기로서, PTM, 또는 그의 약제학적으로 허용 가능한 염, 거울상 이성질체, 입체 이성질체, 용매화물 또는 다형체에 ULM을 화학적으로 (공유 결합적으로) 연결시킨다.
소정의 구현예에서, 연결기 L은 다음으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 공유 결합된 구조 단위를 포함하는 기이다:
Figure pct00088
X는 O, N, S, S(O) 및 SO2로 이루어진 군으로부터 선택되고; n은 1 내지 5의 정수이고; RL1은 수소 또는 알킬이고,
Figure pct00089
은 알킬, 할로겐, 할로알킬, 히드록시, 알콕시 또는 시아노로부터 선택되는 1 내지 3개의 치환기로 선택적으로 치환된 모노- 또는 비시클릭 아릴 또는 헤테로아릴이고;
Figure pct00090
은 모노- 또는 비시클릭 시클로알킬 또는 알킬, 할로겐, 할로알킬, 히드록시, 알콕시 또는 시아노로부터 선택되는 1 내지 3개의 치환기로 선택적으로 치환된 헤테로시클로알킬이고; 페닐 고리 단편은 알킬, 할로겐, 할로알킬, 히드록시, 알콕시 및 시아노로 이루어진 군으로부터 선택되는 1, 2 또는 3개의 치환기로 선택적으로 치환될 수 있다. 일 구현예에서, 연결기 L 은 전술한 바와 같이, 최대 10개의 공유 결합된 구조 단위를 포함한다.
ULM 기 및 PTM 기는 연결기의 화학식에 적절하고 안정적인 임의의 기를 통해 연결기에 공유 결합될 수 있지만, 본 발명의 바람직한 양태에서는, 연결기는 바람직하게는 아미드, 에스테르, 티오에스테르, 케토기, 카바메이트(우레탄), 탄소 또는 에테르를 통해 (이들 각각의 기는 분해될 표적 단백질 상의 유비퀴틴 리가아제 및 PTM 기 상의 ULM 기의 최대 결합을 제공하기 위해 ULM 기 및 PTM 기 상의 임의의 위치에 삽입될 수 있음) ULM 기 및 PTM 기에 독립적으로 공유 결합된다. (PTM 기가 ULM 기인 소정의 양태에서, 분해를 위한 표적 단백질은 유비퀴틴 리가아제 자체일 수 있음에 유의한다.) 소정의 바람직한 양태에서, 연결기는 ULM 및/또는 PTM 기 상의 선택적으로 치환된 알킬, 알킬렌, 알켄 또는 알킨, 아릴기 또는 헤테로고리기에 연결될 수 있다.
추가 구현예에서, q는 1 내지 100, 1 내지 90, 1 내지 80, 1 내지 70, 1 내지 60, 1 내지 50, 1 내지 40, 1 내지 30, 1 내지 20, 또는 1 내지 10의 정수이다.
특정 구현예에서, 연결기(L)는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00091
Figure pct00092
추가적인 구현예에서, 연결기는, 1 내지 약 100개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 1 내지 약 50개의 에틸렌 글리콜 단위, 1 내지 약 25개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 1 내지 10개의 에틸렌 글리콜 단위, 1 내지 약 8개의 에틸렌 글리콜 단위, 및 1 내지 6개의 에틸렌 글리콜 단위, 2 내지 4개의 에틸렌 글리콜 단위를 갖는 선택적으로 치환된 (폴리)에킬렌글리콜, 또는, O, N, S, P 또는 Si 원자로 선택적으로 치환된 상호 분산된 선택적으로 치환된 알킬기이다. 소정의 구현예에서, 연결기는 아릴, 페닐, 벤질, 알킬, 알킬렌, 또는 헤테로고리기로 치환된다. 소정의 구현예에서, 연결기는 비대칭 또는 대칭일 수 있다.
본원에 기술된 화합물의 임의의 구현예에서, 연결기는 본원에 기술된 바와 같은 임의의 적절한 잔기일 수 있다. 일 구현예에서, 연결기는, 약 1 내지 약 12개의 에틸렌 글리콜 단위, 1 내지 약 10개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 2 내지 약 6개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 2 내지 5개의 에틸렌 글리콜 단위, 약 2 내지 4개의 에틸렌 글리콜 단위의 크기 범위의 비치환이거나 치환된 폴리에틸렌 글리콜기이다.
CLM(또는 ULM) 기 및 PTM 기는 연결기의 화학식에 적절하고 안정적인 임의의 기를 통해 연결기에 공유 결합될 수 있지만, 본 발명의 바람직한 양태에서는, 연결기는 바람직하게는 아미드, 에스테르, 티오에스테르, 케토기, 카바메이트(우레탄), 탄소 또는 에테르를 통해 (이들 각각의 기는 분해될 표적 단백질 상의 유비퀴틴 리가아제 및 PTM 기 상의 CLM 기의 최대 결합을 제공하기 위해 CLM 기 및 PTM 기 상의 임의의 위치에 삽입될 수 있음) CLM 기 및 PTM 기에 독립적으로 공유 결합된다. (PTM 기가 ULM 기인 소정의 양태에서, 분해를 위한 표적 단백질은 유비퀴틴 리가아제 자체일 수 있음에 유의한다.) 특정 바람직한 양태에서, 연결기는 CLM 및/또는 PTM 기 상의 선택적으로 치환된 알킬, 알킬렌, 알켄 또는 알킨, 아릴기 또는 헤테로고리기에 연결될 수 있다.
특정 구현예에서, "L"은 4 내지 24개의 선형 원자를 갖는 선형 사슬일 수 있고, 선형 사슬의 탄소 원자는 산소, 질소, 아미드, 불화 탄소 등으로 치환될 수 있으며, 이는 다음과 같다:
Figure pct00093
Figure pct00094
특정 구현예에서, "L"은 비선형 사슬일 수 있고, 지방족 또는 방향족 또는 헤테로방향족 고리형 잔기일 수 있으며, "L"의 일부 예는 다음을 포함하지만 이로 제한되지는 않는다:
Figure pct00095
Figure pct00096
여기에서,
위 구조의 "X"는 2 내지 14개 범위의 원자를 갖는 선형 사슬일 수 있고, 언급된 사슬은 산소와 같은 헤테로원자를 함유할 수 있고;
위 구조의 "Y"는 O, N, S(O)n(n=0, 1, 2)일 수 있다.
예시적인 PTM
본 발명의 바람직한 양태에서, PTM 기는 표적 단백질에 결합하는 기이다. PTM 기의 표적은 종류가 다양하며, 서열의 적어도 일부가 세포에서 발견되고 PTM 기에 결합할 수 있도록 세포 내에서 발현되는 단백질로부터 선택된다. 용어 "단백질"은 본 발명에 따른 PTM 기에 결합할 수 있는 충분한 길이의 올리고펩티드 및 폴리펩티드 서열을 포함한다. 본원에 달리 기술된 바와 같이, 진핵 시스템, 또는 바이러스, 박테리아 또는 곰팡이를 포함하는 미생물 시스템에서 임의의 단백질은 본 발명에 따른 화합물에 의해 매개되는 유비퀴틴화의 표적이다. 바람직하게는, 표적 단백질은 진핵 단백질이다. 특정 양태에서, 단백질 결합 잔기는 진단 분석 중의 환자 또는 대상체 내의 탈할로겐화 효소에 공유 결합될 수 있는 할로알칸(바람직하게는 적어도 하나의 할로기, 바람직하게는 알킬기의 원위 말단(즉, 연결기 또는 CLM기로부터 멀리 있는)에서의 할로기로 치환된 C1-C10 알킬기)이다.
본 발명에 따른 PTM 기는, 예를 들어 특정적으로 단백질에 결합하는 (표적 단백질에 결합하는) 임의의 잔기를 포함하며, 소분자 표적 단백질 잔기의 다수의 다른 것들 중에서도 다음의 비제한적인 실시예를 포함한다: Hsp90 억제제, 키나아제 억제제, 안드로겐 수용체 억제제, HDM2 및 MDM2 억제제, 인간 BET 브로모도메인 함유 단백질을 표적으로 하는 화합물, HDAC 억제제, 인간 리신 메틸트랜스퍼라제 억제제, 혈관형성 억제제, 핵 호르몬 수용체 화합물, 면역 억제성 화합물, 및 아릴 탄화수소 수용체(AHR)를 표적으로 하는 화합물. 아래에 기술된 조성물은 이들 9가지 유형의 소분자 표적 단백질 결합 잔기의 일부 구성원을 예시한다. 이러한 소분자 표적 단백질 결합 잔기는 또한 약제학적으로 허용 가능한 염, 거울상 이성질체, 용매 및 이들 조성물의 다형체뿐만 아니라 관심 단백질을 표적화할 수 있는 다른 소분자를 포함한다. 이들 결합 잔기는 유비퀴틴화 및 분해를 위한 유비퀴틴 리가아제에 근접하여 (단백질 표적 잔기가 결합된) 표적 단백질을 제시하기 위해 바람직하게는 링커를 통해 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기에 연결되어 있다.
단백질 표적 잔기 또는 PTM 기에 결합할 수 있고 유비퀴틴 리가아제에 의해 작용하거나 분해되는 임의의 단백질은 본 발명에 따른 표적 단백질이다. 일반적으로, 표적 단백질은, 예를 들어, 촉매 활성, 아로마타아제 활성, 모터 활성, 헬리케이즈 활성, 신진대사 과정(동화 작용 및 대사), 항산화제 활성, 단백질 분해, 생합성, 키나아제 활성을 갖는 단백질, 산화 환원 효소 활성, 트랜스퍼라아제 활성, 가수 분해 효소 활성, 리아제 활성, 이소메라아제 활성, 리가아제 활성, 효소 조절제 활성, 신호 변환 활성, 구조적 분자 활성, 결합 활성(단백질, 지질 탄수화물), 수용체 활성, 세포 운동성, 막 융합, 셀 통신, 생물학적 과정의 조절, 성장, 세포 분화, 자극에 대한 반응, 행동 단백질, 세포 접착 단백질, 세포 사멸과 관련된 단백질, 수송과 관련된 단백질(단백질 전달체 활성, 핵 운송, 이온 수송체 활성, 채널 수송체 활성, 수송체 활성, 투과 효소 활성, 분비 활성, 전자 수송체 활성, 병인, 샤페론 조절체 활성, 핵산 결합 활성, 전사 조절체 활성, 세포 외 조직 및 생물 발생 활성, 번역 조절체 활성을 포함함)에 관련된 단백질을 포함하는, 세포의 통합된 기능에 관련된 구조 단백질, 수용체, 효소, 세포 표면 단백질을 포함할 수 있다. 관심 단백질은, 약물 요법의 표적으로서 인간을 포함하는 진핵생물과 원핵생물로부터의 단백질을 포함할 수 있으며, 다수의 다른 것들 중에서도, 가축을 포함하는 다른 동물, 항생제 및 다른 항균제 및 식물, 심지어 바이러스에 대한 표적에 대한 결정에 대한 미생물로부터의 단백질을 포함할 수 있다.
또 다른 구현예에서, PTM 기는 할로알킬기이되, 상기 알킬기는 약 1 또는 2개의 탄소 내지 약 12개의 탄소 길이, 종종 약 2개의 탄소 내지 10개의 탄소 길이, 종종 약 3개의 탄소 내지 8개의 탄소 길이, 보다 종종 약 4개의 탄소 내지 약 6개의 탄소 길이의 범위이다. 할로알킬기는 일반적으로 (분지형-사슬 알킬기 또한 사용될 수 있지만) 선형 알킬기이고, 적어도 하나의 할로겐 기, 바람직하게는 단일 할로겐 기, 종종 단일 염화기로 말단이 덮여 있다. 본 발명에서 사용되는 기인 할로알킬 PT는 바람직하게는 화학적 구조 -(CH2)v-할로(halo)로 대표되고, 여기에서 v는 2 내지 약 12, 종종 약 3 내지 약 8, 보다 종종 약 4 내지 약 6인 임의의 정수이다. 할로는 임의의 할로겐일 수 있지만, 바람직하게는 Cl 또는 Br이고, 보다 종종 Cl이다.
다른 구현예에서, 본 발명은 화합물의 라이브러리를 제공한다. 라이브러리는 하나 이상의 화합물을 포함하되, 각각의 조성물은 화학식 A-B를 가지고, 여기에서 A는 유비퀴틴 경로 단백질 결합 잔기(바람직하게는, 본원에서 달리 기술되지 않는 경우 E3 유비퀴틴 리가아제 잔기)이고 B는 분자 라이브러리의 단백질 결합 구성원이며, A는 B에 (바람직하게는, 연결기 잔기를 통해) 결합되되, 유비퀴틴 경로 단백질 결합 잔기는 유비퀴틴 경로 단백질, 특히, 세레블론과 같은 E3 유비퀴틴 리가아제를 인식한다. 특정 구현예에서, 라이브러리는 무작위의 표적 단백질 결합 요소(예를 들어, 화학적 화합물 라이브러리)에 결합된 특정 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기를 포함한다. 이와 같이, 표적 단백질은 미리 결정되지 않으며, 방법은 유비퀴틴 리가아제에 의한 분해 시 추정 단백질 결합 요소의 활성 및 이의 약리학적 값을 표적으로서 결정하는 데 사용될 수 있다.
본 발명은 단백질이 조절되지 않는 임의의 질환 상태 및/또는 병태를 포함하는 다수의 질환 상태 및/또는 병태를 치료하기 위해 사용될 수 있으며, 이때 환자는 단백질의 분해를 통해 혜택을 받을 것이다.
추가적인 양태에서, 본 명세서는 본원에 기술된 바와 같은 유효량의 화합물 또는 이의 염 형태, 및 약제학적으로 허용 가능한 담체, 첨가제 또는 부형제 및 선택적으로 부가적인 생리활성제를 포함하는 치료 조성물을 제공한다. 치료 조성물은 환자 또는 대상물, 예를 들어 인간과 같은 동물의 단백질 분해를 조절하고, 분해된 단백질을 통해 조절되는 질환 또는 질환 상태를 치료 또는 완화시키기 위해 사용될 수 있다. 특정 구현예에서, 본원에 기술된 치료 조성물은 질환, 예를 들어, 암(예를 들어, 전립선암) 및 케네디병의 치료 또는 완화를 위해 관심 단백질의 분해를 유도하는 데 사용될 수 있다. 추가의 특정 구현예에서, 질환은 전립선암이다.
대안적인 양태에서, 본 발명은 이를 통해 질환 상태 또는 병태가 조절되는 단백질 또는 폴리펩티드를 분해시킴으로써 이를 필요로 하는 대상체의 질환 상태의 치료 또는 병태의 증상 완화를 위한 방법에 관한 것으로서, 방법은 전술한 환자 또는 대상체에게 유효량, 즉 전술한 바와 같은 적어도 하나의 화합물의 약제학적으로 허용 가능한 유효량을 선택적으로 약제학적으로 허용 가능한 담체, 첨가제 또는 부형제 및 선택적으로 부가적인 생리활성제와 조합하여 투여하는 것을 포함하며, 이 조성물은 대상물의 질환 또는 장애 또는 증상을 치료하거나 완화시키기에 효과적이다. 본 발명에 따른 방법은 본원에 기술된 적어도 하나의 화합물의 유효량의 투여에 의해, 암을 포함하는 다수의 질환 상태 또는 병태를 치료하는 데 사용될 수 있다. 질환 상태 또는 질환은 미생물 제제 또는 바이러스, 박테리아, 진균류, 원생 동물 또는 다른 미생물과 같은 다른 외인성 제제에 의해 야기되는 질환이거나, 질환 상태 및/또는 질환으로 이어지는 단백질의 과발현에 의해 야기되는 질환 상태일 수 있다.
다른 양태에서, 본 명세서는 본 발명에 따른 화합물을 사용하는 생물학적 시스템에서 관심 단백질의 분해의 효과를 식별하는 방법을 제공한다.
용어 "표적 단백질"은 본 발명에 따른 화합물과의 결합 및 유비퀴틴 리가아제에 의한 분해에 대한 표적이 되는, 단백질 또는 폴리펩티드를 아래에서 설명하는 데 사용된다. 이러한 소분자 표적 단백질 결합 잔기는 또한 약제학적으로 허용 가능한 염, 거울상 이성질체, 용매 및 이들 조성물의 다형체뿐만 아니라 관심 단백질을 표적화할 수 있는 다른 소분자를 포함한다. 이들 결합 잔기는 연결기 L을 통해 CLM 또는 ULM기에 연결된다.
단백질 표적 잔기에 결합될 수 있고 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기가 결합되는 리가아제에 의해 분해될 수 있는 표적 단백질은, 임의의 단백질 또는 펩티드를 포함하고, 이의 단편, 이의 유사체, 및/또는 이의 상동체를 포함한다. 표적 단백질은 구조, 조절, 호르몬, 효소, 유전자, 면역, 수축, 저장, 운송 및 신호 전달을 포함하는 임의의 생물학적 기능 또는 활성을 갖는 단백질 및 펩티드를 포함한다. 특정 구현예에서, 표적 단백질은, 촉매 활성, 아로마타아제 활성, 모터 활성, 헬리케이즈 활성, 신진대사 과정(동화 작용 및 대사), 항산화제 활성, 단백질 분해, 생합성, 키나아제 활성을 갖는 단백질, 산화 환원 효소 활성, 트랜스퍼라아제 활성, 가수 분해 효소 활성, 리아제 활성, 이소메라아제 활성, 리가아제 활성, 효소 조절제 활성, 신호 변환 활성, 구조적 분자 활성, 결합 활성(단백질, 지질 탄수화물), 수용체 활성, 세포 운동성, 막 융합, 셀 통신, 생물학적 과정의 조절, 성장, 세포 분화, 자극에 대한 반응, 행동 단백질, 세포 접착 단백질, 세포 사멸과 관련된 단백질, 수송과 관련된 단백질(단백질 전달체 활성, 핵 운송, 이온 수송체 활성, 채널 수송체 활성, 수송체 활성, 투과 효소 활성, 분비 활성, 전자 수송체 활성, 병인, 샤페론 조절체 활성, 핵산 결합 활성, 전사 조절체 활성, 세포 외 조직 및 생물 발생 활성, 번역 조절체 활성을 포함함)에 관련된 단백질을 포함하는, 세포의 통합된 기능에 관련된 구조 단백질, 수용체, 효소, 세포 표면 단백질을 포함할 수 있다. 관심 단백질은, 약물 요법의 표적으로서 다수의 다른 것들 중에서도 인간, 미생물, 바이러스, 곰팡이 및 기생충을 포함하는 미생물, 바이러스, 곰팡이 및 기생충을 포함하는 진핵생물과 원핵생물로부터의 단백질을 포함할 수 있으며, 다수의 다른 것들 중에서도, 가축을 포함하는 다른 동물, 항생제 및 다른 항균제 및 식물, 심지어 바이러스에 대한 표적에 대한 결정에 대한 미생물로부터의 단백질을 포함할 수 있다.
보다 구체적으로, 인간 치료제용 다수의 약물 표적은, 단백질 표적 잔기가 본 발명에 따른 화합물에 결합되어 혼입될 수 있는 단백질 표적을 나타낸다. 이는 다수의 다종성 질환에서 기능을 회복시키는 데 사용될 수 있는 단백질, 예를 들어, B7.1 및 B7, TINFRlm, TNFR2, NADPH 산화 효소, BclIBax 및 세포사멸 경로내의 다른 동반체, C5a 수용체, HMG-CoA 환원 효소, PDE V 포스포디에스테라아제 유형, PDE IV 포스포디에스테라아제 유형 4, PDE I, PDEII, PDEIII, 스쿠알렌 시클라아제 억제제, CXCR1, CXCR2, 산화 질소(NO) 합성 효소, 시클로-옥시제나제 1, 시클로-옥시제나제 2, 5HT 수용체, 도파민 수용체, G 단백질(즉, Gq), 히스타민 수용체, 5-리폭시나제, 트립타아제 세린 프로테아제, 티미딜레이트 합성효소, 퓨린 뉴클레오시드 포스포릴라제, GAPDH 트리파노소말, 글리코겐 포스포릴라제, 탄산 탈수효소, 케모킨 수용체, JAW STAT, RXR 및 유사체, HIV 1 프로테아제, HIV 1 인테그라제, 인플루엔자, 뉴라미미다아제, B형 간염 역전사 효소, 나트륨 채널, 다중 약제 내성(MDR), 단백질 P-당단백질(및 MRP), 티로신 키나아제, CD23, CD124, 티로신 키나아제 p56 lck, CD4, CD5, IL-2 수용체, IL-1 수용체, TNF-알파R, ICAM1, Cat+ 채널, VCAM, VLA-4 인테그린, 셀렉틴, CD40/CD40L, 뉴오키닌 및 수용체, 이노신 모노포스페이트 탈수소 효소, p38 MAP 키나아제, RaslRaflMEWERK 경로, 인터루킨-1 전환 효소, 카스파아제, HCV, NS3 프로테아제, HCV NS3 RNA 헬리케이스, 글리신아미드 리보뉴클레오티드 포르밀 트랜스퍼라제, 리노바이러스 3C 프로테아제, 단순 포진 바이러스-1(HSV-1), 프로테아제, 시토메갈로바이러스(CMV) 프로테아제, 폴리(ADP-리보스) 폴리머라제, 시클린 의존성 키나아제, 혈관 내피 성장 인자, 옥시토신 수용체, 미세소체 이동 단백질 억제제, 담즙산 전달 억제제, 5 알파 환원 효소 억제제, 안지오텐신 11, 글리신 수용체, 노르아드레날린 재흡수 수용체, 엔도텔린 수용체, 신경펩티드 Y 및 수용체, 에스트로겐 수용체, 안드로겐 수용체(AR), 아데노신 수용체, 아데노신 키나아제 및 AMP 디아미나제, 퓨린 수용체(P2Y1, P2Y2, P2Y4, P2Y6, P2X1-7), 파네실트랜스퍼라제, 게라닐게라닐 트랜스퍼라제, TrkA(NGF 수용체), 베타-아밀로이드, 티로신 키나아제 Flk-IIKDR, 비트로넥틴 수용체, 인테그린 수용체, Her-21 neu, 텔로머라제 억제제, 시토솔릭 포스포리파아제A2 및 EGF 수용체 티로신 키나아제를 포함한다. 추가적인 단백질 표적으로, 예를 들어, 엑디손 20-모노옥시제나제, GABA 게이팅된 염화물 채널의 이온 채널, 아세틸콜린에스테라아제, 전압 감응형 나트륨 채널 단백질, 칼슘 방출 채널, 및 염화물 채널을 포함한다. 또 다른 표적 단백질은 아세틸-CoA 카복실라제, 아데닐로숙신네이트 합성효소, 프로토포르피리노겐 산화 효소 및 에놀피루빌시키메이트-포스페이트 합성효소를 포함한다.
할로알칸 탈할로겐 효소는 본 발명에 따른 특정 화합물의 또 다른 표적이다. 클로로알칸 펩티드 결합 잔기를 함유하는 본 발명에 따른 화합물(C1-C12 종종 대략 C2-C10 알킬 할로기)는 2011년 12월 6일자로 출원된 PCT/US2012/063401 및 2012년 6월 14일자로 공개된 WO2012/078559에 기재된 바(그 전문은 본원에 참조로서 포함됨)와 같이 융합 단백질 또는 관련 진단 단백질에 사용되는 할로알칸 탈할로겐 효소를 억제하고/하거나 분해하는 데 사용될 수 있다.
이들 다양한 단백질 표적은 그 단백질에 결합하는 화합물 잔기를 식별하는 스크리닝에 사용할 수 있고, 본 발명에 따른 화합물 내로의 잔기의 혼입에 의해, 단백질의 활성 레벨은 치료 최종 결과를 위해 바뀔 수 있다.
용어 "단백질 표적 잔기" 또는 PTM은, 유비퀴틴 리가아제에 의한 단백질 또는 폴리펩티드의 분해가 일어날 수 있도록 표적 단백질 또는 다른 관심 단백질이나 폴리펩티드에 결합하고 그 단백질 또는 폴리펩티드를 유비퀴틴 리가아제에 근접하게 배치시키거나 존재하게 하는 소분자를 설명하는 데 사용된다. 소분자 표적 단백질 결합 잔기의 비제한적인 예는, 다수의 다른 것들 중에서, Hsp90 억제제, 키나아제 억제제, HDM2 및 MDM2 억제제, 인간 BET 브로모도메인 함유 단백질을 표적으로 하는 화합물, HDAC 억제제, 인간 리신 메틸트랜스퍼라제 억제제, 혈관형성 억제제, 면역 억제성 화합물, 및 아릴 탄화수소 수용체(AHR)를 표적으로 하는 화합물를 포함한다. 아래에 기술된 조성물은 이들 9가지 유형의 소분자 표적 단백질의 일부 구성원을 예시한다.
본 발명에 따른 예시적인 단백질 표적 잔기는, 할로알칸 할로게나제 억제제, Hsp90 억제제, 키나아제 억제제, HDM2 및 MDM2 억제제, 인간 BET 브로모도메인 함유 단백질을 표적으로 하는 화합물, HDAC 억제제, 인간 리신 메틸트랜스퍼라제 억제제, 혈관형성 억제제, 핵 호르몬 수용체 화합물, 면역 억제성 화합물, 및 아릴 탄화수소 수용체(AHR)를 표적으로 하는 화합물를 포함한다.
아래에 기술된 조성물은 이들 유형의 소분자 표적 단백질 결합 잔기의 일부 구성원을 예시한다. 이러한 소분자 표적 단백질 결합 잔기는 또한 약제학적으로 허용 가능한 염, 거울상 이성질체, 용매 및 이들 조성물의 다형체뿐만 아니라 관심 단백질을 표적화할 수 있는 다른 소분자를 포함한다. 본원에서 다음에 인용된 참조 문헌은 그 전문이 본원에 참조로서 포함된다.
I. 열 충격 단백질 90(HSP90) 억제제:
본원에서 사용되는 HSP90 억제제는 다음을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다:
1. Vallee, 등, "Tricyclic Series of Heat Shock Protein 90 (HSP90) Inhibitors Part I: Discovery of Tricyclic Imidazo[4,5-C]Pyridines as Potent Inhibitors of the HSP90 Molecular Chaperone" (2011) J.Med.Chem. 54: 7206에 식별된 HSP90 억제제(YKB(N-[4-(3H-이미다조[4,5-C]피리딘-2-일)-9H-플루오렌-9-일]-숙신아미드)를 포함함):
Figure pct00097
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 말단 아미드기를 통해 부착된 경우 유도됨);
2. HSP90 억제제 p54(개질됨)(8-[(2,4-디메틸페닐)술파닐]-3]펜트-4-인-1-일-3H-푸린-6-아민):
Figure pct00098
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 말단 아세틸렌기를 통해 부착된 경우 유도됨);
3. 다음의 구조를 갖는 Brough, 등, "4,5-Diarylisoxazole HSP90 Chaperone Inhibitors: Potential Therapeutic Agents for the Treatment of Cancer", J.MED.CHEM. vol: 51, pag:196 (2008),에 식별된 HSP90 억제제(개질됨)(화합물 2GJ(5-[2,4-디히드록시-5-(1-메틸에틸)페닐]-n-에틸-4-[4-(모르폴린-4-일메틸)페닐]이속사졸-3-카복사미드)를 포함함):
Figure pct00099
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 아미드기를 통해 (아민 상의 아민 또는 알킬기에) 부착된 경우 유도됨);
4. 다음의 구조를 갖는 Wright, 등, Structure-Activity Relationships in Purine-Based Inhibitor Binding to HSP90 Isoforms, Chem Biol. 2004 Jun;11(6):775-85에 식별된 HSP90 억제제(개질됨)(HSP90 억제제 PU3를 포함함):
Figure pct00100
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 부틸기를 통해 부착된 경우 유도됨);
5. HSP90 억제제 젤다나마이신 ((4E,6Z,8S,9S,10E,12S,13R,14S,16R)-13-히드록시-8,14,19-트리메톡시-4,10,12,16-테트라메틸-3,20,22-트리옥소-2-아자비시클로[16.3.1](유도됨) 또는 이의 임의의 유도체(예를 들어, 17-알킬아미노-17-데스메톡시젤다나마이신("17-AAG") 또는 17-(2-디메틸아미노에틸)아미노-17-데스메톡시젤다나마이신("17-DMAG"))(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 아미드기를 통해 부착된 경우 유도됨).
II. 키나아제 및 인산화효소 억제제:
본원에서 사용되는 키나아제 억제제는 다음을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다:
1. 엘로티닙 유도체 티로신 키나아제 억제제:
Figure pct00101
(R은, 예를 들어 에테르기를 통해 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기임);
2. 키나아제 억제제 수니티닙(유도됨):
Figure pct00102
(R이, 예를 들어 피롤 잔기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기일 경우 유도됨);
3. 키나아제 억제제 소라페닙(유도됨):
Figure pct00103
(R이, 예를 들어 아미드 잔기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기가 부착된 경우 유도됨);
4. 키나아제 억제제 데사티닙(유도됨):
Figure pct00104
(R이, 예를 들어 피리미딘에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)일 경우 유도됨);
5. 키나아제 억제제 라파티닙(유도됨):
Figure pct00105
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 술포닐 메틸기의 말단 메틸을 통해 부착된 경우 유도됨);
6. 키나아제 억제제 U09-CX-5279(유도됨):
Figure pct00106
(연결기 L 또는 -(L-CLM) 기가, 예를 들어, 아민(아닐린), 카복실산 또는 아민 알파를 통해 시클로프로필기에 부착되거나, 시클로프로필기를 통해 부착된 경우 유도됨);
7. 다음의 구조를 갖는 Millan, 등, Design and Synthesis of Inhaled P38 Inhibitors for the Treatment of Chronic Obstructive Pulmonary Disease, J.MED.CHEM. vol:54, 7797 (2011)에서 식별된 키나아제 억제제(키나아제 억제제 Y1W 및 Y1X(유도됨)을 포함함):
Figure pct00107
YIX(1-에틸-3-(2-{[3-(1-메틸에틸)[1,2,4]트리아졸로[4,3-a]피리딘-6-일]술파닐}벤질)우레아(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 i프로필기를 통해 부착될 경우 유도됨);
Figure pct00108
YIW
1-(3-삼차-부틸-1-페닐-1H-피라졸-5-일)-3-(2-{[3-(1-메틸에틸)[1,2,4]트리아졸[4,3-a]피리딘-6-일]술파닐}벤질)우레아(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 i프로필기 또는 t부틸기를 통해 부착될 경우 유도됨);
8. 다음의 구조를 갖는 Schenkel, 등, Discovery of Potent and Highly Selective Thienopyridine Janus Kinase 2 Inhibitors J. Med. Chem., 2011, 54 (24), pp 8440-8450에서 식별된 키나아제 억제제(화합물 6TP 및 0TP(유도됨)을 포함함):
Figure pct00109
6TP
4-아미노-2-[4-(삼차-부틸술파모일)페닐]-N-메틸티에노[3,2-c]피리딘-7-카복사미드 티에노피리딘 19(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 아미드 잔기에 결합된 말단 메틸기를 통해 부착된 경우 유도됨);
Figure pct00110
0TP
4-아미노-N-메틸-2-[4-(모르폴린-4-일)페닐]티오노[3,2-c]피리딘-7-카복사미드 티에노피리딘 8(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 아미드 잔기에 결합된 말단 메틸기를 통해 부착된 경우 유도됨);
9. 다음의 구조를 갖는 Van Eis, 등, "2,6-Naphthyridines as potent and selective inhibitors of the novel protein kinase C isozymes", Biorg. Med. Chem. Lett.2011 12월 15;21(24):7367-72에서 식별된 키나아제 억제제(키나아제 억제제 07U을 포함함):
Figure pct00111
07u
2-메틸-N~1~-[3-(피리딘-4-일)-2,6-나프티리딘-1-일]프로판-1,2-디아민(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 이차 아민 또는 말단 아미노기를 통해 부착된 경우 유도됨);
10. 다음의 구조를 갖는 Lountos, 등, "Structural Characterization of Inhibitor Complexes with Checkpoint Kinase 2 (Chk2), a Drug Target for Cancer Therapy", J.STRUCT.BIOL. vol:176, 292 (2011)에서 식별된 키나아제 억제제(키나아제 억제제 YCF를 포함함):
Figure pct00112
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 말단 히드록실기 중 하나를 통해 부착된 경우 유도됨);
11. 다음의 구조를 갖는 Lountos, 등, "Structural Characterization of Inhibitor Complexes with Checkpoint Kinase 2 (Chk2), a Drug Target for Cancer Therapy", J.STRUCT.BIOL. vol:176, 292 (2011)에서 식별된 키나아제 억제제(키나아제 억제제 XK9 및 NXP(유도됨)를 포함함):
Figure pct00113
XK9
N-{4-[(1E)-N-(N-히드록시카바미미도일)에탄히드라조노일]페닐}-7-니트로-1H-인돌-2-카복사미드;
Figure pct00114
NXP
N-{4-[(1E)-N-카바미미도일에탄히드라조노일]페닐}-1H-인돌-3-카복사미드
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 말단 히드록실기(XK9) 또는 히드라존기(NXP)를 통해 부착된 경우 유도됨);
12. 키나아제 억제제 아파티닙(유도됨)(N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-7-[[(3S)-테트라히드로-3-푸라닐]옥시]-6-퀴나졸리닐]-4(디메틸아미노)-2-부텐아미드)(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 지방족 아민기를 통해 부착된 경우 유도됨);
13. 키나아제 억제제 포스타마티닙(유도됨)([6-({5-플루오로-2-[(3,4,5-트리메톡시페닐)아미노]피리미딘-4-일}아미노)-2,2-디메틸-3-옥소-2,3-디히드로-4H-피리도[3,2-b]-1,4-옥사진-4-일]메틸 디나트륨 포스페이트 헥사히드레이트)(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 메톡시기를 통해 부착된 경우 유도됨);
14. 키나아제 억제제 게피티닙(유도됨)(N-(3-클로로-4-플루오로-페닐)-7-메톡시-6-(3-모르폴린-4-일프로폭시)퀴나졸린-4-아민):
Figure pct00115
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 메톡시 또는 에테르기를 통해 부착된 경우 유도됨);
15. 키나아제 억제제 렌바티닙(유도됨)(4-[3-클로로-4-(시클로프로필카바모일아미노)페녹시]-7-메톡시-퀴놀린-6-카복사미드)(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 시클로프로필기를 통해 부착된 경우 유도됨);
16. 키나아제 억제제 반데타닙(유도됨)(N-(4-브로모-2-플루오로페닐)-6-메톡시-7-[(1-메틸피페리딘-4-일)메톡시]퀴나졸린-4-아민)(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 메톡시 또는 히드록실기를 통해 부착된 경우 유도됨);
17. 키나아제 억제제 베무라페닙(유도됨)(프로판-1-술폰산 {3-[5-(4-클로로페닐)-1H-피롤로[2,3-b]피리딘-3-카보닐]-2,4-디플루오로-페닐}-아미드)(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 술포닐 프로필기를 통해 부착된 경우 유도됨);
18. 키나아제 억제제 글리벡(Gleevec)(유도됨):
Figure pct00116
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기로서의 R이, 예를 들어 아미드기 또는 아닐린 아미드기를 통해 부착된 경우 유도됨);
19. 키나아제 억제제 파조파닙(유도됨)(VEGFR3 억제제):
Figure pct00117
(R이, 예를 들어 페닐 잔기에 또는 아닐린 아민기를 통해 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기일 경우 유도됨);
20. 키나아제 억제제 AT-9283(유도됨) 아우로라(Aurora) 키나아제 억제제
Figure pct00118
(R은, 예를 들어, 페닐 잔기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기임);
21. 키나아제 억제제 TAE684(유도됨) ALK 억제제
Figure pct00119
(R은, 예를 들어, 페닐 잔기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기임);
22. 키나아제 억제제 니로타닙(유도됨) Abl 억제제:
Figure pct00120
(R이, 예를 들어 페닐 잔기 또는 아닐린 아민기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기일 경우 유도됨);
23. 키나아제 억제제 NVP-BSK805(유도됨) JAK2 억제제
Figure pct00121
(R이, 예를 들어 페닐 잔기 또는 디아졸기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기일 경우 유도됨);
24. 키나아제 억제제 크리조티닙 유도된 ALK 억제제
Figure pct00122
(R이, 예를 들어 페닐 잔기 또는 디아졸기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기일 경우 유도됨);
25. 키나아제 억제제 JNJ FMS(유도됨) 억제제
Figure pct00123
(R이, 예를 들어 페닐 잔기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기가 부착된 경우 유도됨);
26. 키나아제 억제제 포르티닙(유도됨) Met 억제제
Figure pct00124
(R이, 예를 들어 페닐 잔기 또는 퀴놀린 잔기 상의 히드록실기 또는 에테르기에 부착된 연결기 L 또는 -(L-CLM)기일 경우 유도됨);
27. 알로스테릭 단백질 티로신 인산화효소 억제제 PTP1B(유도됨):
Figure pct00125
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 표시된 R에 부착된 경우 유도됨);
28. 티로신 인산화효소의 SHP-2 도메인의 억제제(유도됨):
Figure pct00126
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 R에 부착된 경우 유도됨);
29. BRAF의 억제제(유도됨)(BRAFV600E)/MEK:
Figure pct00127
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 R에 부착된 경우 유도됨).
30. 티로신 키나아제 ABL의 억제제(유도됨)
Figure pct00128
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 R에 부착된 경우 유도됨).
31. 키나아제 억제제 OSI-027(유도됨) mTORC1/2 억제제
Figure pct00129
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 R에 부착된 경우 유도됨).
32. 키나아제 억제제 OSI-930(유도됨) c-Kit/KDR 억제제
Figure pct00130
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 R에 부착된 경우 유도됨); 및
33. 키나아제 억제제 OSI-906(유도됨) IGF1R/IR 억제제
Figure pct00131
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 R에 부착된 경우 유도됨).
여기에서, 섹션 I 내지 섹션 XVII에 기술된 구현예들 중 임의의 하나에서, "R"은 피페라진 잔기 상에 연결기 L 또는 -(L-CLM)기가 부착되는 지점을 나타낸다.
III. HDM2/MDM2 억제제:
본원에서 사용되는 HDM2/MDM2 억제제는 다음을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다:
1. 아래에 기술된 화합물 누트린(nutlin)-3, 누트린-2 및 누트린-1을 포함하여(또는 추가하여), In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2, Vassilev, 등, SCIENCE vol:303, 844-848 (2004), 및 Targeted intracellular protein degradation induced by a small molecule: En route to chemical proteomics, Schneekloth, 등, Bioorg. Med. Chem. Lett. 18 (2008) 5904-5908에 기술된 HDM2/MDM2 억제제 및 이들의 모든 유도체와 유사체:
Figure pct00132
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어, 메톡시기에서 또는 히드록실기로서 부착된 경우, 유도됨);
Figure pct00133
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어, 메톡시기에서 또는 히드록실기에 부착된 경우, 유도됨);
Figure pct00134
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어, 메톡시기를 통하거나 히드록실기로서 부착된 경우, 유도됨);
2. 트랜스-4-요오도-4'-보라닐-칼콘
Figure pct00135
(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어, 히드록시기를 통해 부착된 경우, 유도됨);
IV. 인간 BET 브로모도메인 함유 단백질을 표적화하는 화합물:
특정 구현예에서, "PTM"은 브로모- 및 엑스트라-말단(BET) 단백질 BRD2, BRD3 및 BRD4에 결합하는 리간드일 수 있다. 인간 BET 브로모도메인 함유 단백질을 표적화하는 화합물은 아래에 기술된 바와 같은 표적과 관련된 화합물을 포함하지만 이에 한정되지는 않으며, "R" 또는 "연결기"는 다음에 예시되는 바와 같은 연결기 L 또는 -(L-CLM)기에 대한 부착 지점을 나타낸다:
1. JQ1, Filippakopoulos 등, Selective inhibition of BET bromodomains. Nature (2010):
Figure pct00136
Figure pct00137
2. I-BET, Nicodeme 등, Supression of Inflammation by a Synthetic Histone Mimic. Nature (2010). Chung 등, Discovery and Characterization of Small Molecule Inhibitors of the BET Family Bromodomains. J. Med Chem. (2011):
Figure pct00138
3. Hewings 등, 3,5-Dimethylisoxazoles Act as Acetyl-lysine Bromodomain Ligands. J. Med. Chem. (2011) 54 6761-6770에 기술된 화합물.
Figure pct00139
4. I-BET151, Dawson 등, Inhibition of BET Recruitment to Chromatin as an Efective Treatment for MLL-fusion Leukemia. Nature (2011):
Figure pct00140
Figure pct00141
5. 카바졸 유형(US2015/0256700)
Figure pct00142
6. 피롤리피리돈 유형(US2015/0148342)
Figure pct00143
7. 테트라히드로퀴놀린 유형(WO2015/074064)
Figure pct00144
8. 트리아졸로피라진 유형(WO2015/067770)
Figure pct00145
9. 피리돈 유형(WO2015/022332)
Figure pct00146
10. 퀴나졸리논 유형(WO2015/015318)
Figure pct00147
11. 디히드로피리도피라지논 유형(WO2015/011084)
Figure pct00148
(여기에서, R 또는 L 또는 연결기는, 각각의 경우, 예를 들어 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 나타냄).
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 청구된 구조체 PTM은 BET/BRD4 리간드(PTM-a)로서 트리시클릭 디아제핀 또는 트리시클릭 아제핀으로 이루어질 수 있으며, 점선은 연결기 연결 궤적을 나타내며 3개의 지점은 연결기가 부착될 수 있는 지점으로 정의된다:
Figure pct00149
,
여기에서,
A 및 B는 독립적으로 알킬, 알콕시, 할로겐, 니트릴로 선택적으로 치환된 방향족 고리, 헤테로방향족 고리, 5-원 카보시클릭, 6-원 카보시클릭, 5-원 헤테로시클릭, 6-원 헤테로시클릭, 티오펜, 피롤, 피라졸, 피리딘, 피리미딘, 피라진, 또는 헤테로방향족 고리이되, A는 중앙 아제핀(Y1 = C) 또는 디아제핀(Y1 = N) 잔기에 융합되고;
Y1, Y2, Y3 및 Y4는, 융합 5-원 방향족 고리를 트리아졸 또는 이속사졸로서 형성하기 위한 탄소, 질소 또는 산소일 수 있고;
Z1은 메틸, 또는 저급 알킬기이다.
BET/BRD4 리간드로서의 PTM-a의 단편은 문헌에 기술되어 있다(WO2016/069578; WO2014/001356; WO2016/050821; WO2015/195863; WO2014/128111).
CLM-L-PTM-a 구조를 포함하는 본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM-a는 다음의 일반적인 구조로 대표될 수 있다(여기에서 점선은 가능한 연결기 연결 지점을 나타냄). PTM-aa 내지 PTM-ai 구조에서, X 및 Y의 치환 패턴은 모노- 또는 비스-치환일 수 있다.
Figure pct00150
Figure pct00151
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, BET/BRD4 리간드로서의 PTM-a의 구조(점선은 BET/BRD4 리간드와 연결기 간의 연결 지점을 나타냄):
Figure pct00152
Figure pct00153
Figure pct00154
Figure pct00155
Figure pct00156
Figure pct00157
특정 구현예에서, 본 명세서는 다음의 예시적인 BET PROTAC(화합물 1 또는 화합물 2) 및 그의 염, 전구약물, 다형체, 유사체, 유도체, 및 중수소화된 형태를 제공하되 이에 한정되지 않는다:
Figure pct00158
V. HDAC 억제제:
HDAC 억제제(유도됨)는 다음을 포함하나 이에 한정되지 않는다:
1. Finnin, M. S. 등, Structures of Histone Deacetylase Homologue Bound to the TSA and SAHA Inhibitors. Nature 40, 188-193 (1999).
Figure pct00159
("R"이, 예를 들어 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨); 및
2. PCT WO0222577("DEACETYLASE INHIBITORS")의 화학식 (I)에서 정의된 바와 같은 화합물(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가 예를 들어 히드록실기를 통해 부착될 경우 유도됨).
VI. 인간 리신 메틸전이효소 억제제:
인간 리신 메틸전이효소 억제제는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다:
1. Chung 등, Structural Basis for G9a-Like protein Lysine Methyltransferase Inhibition by BIX-1294. Nat. Struct. Biol. (2009) 16(3) 312.
Figure pct00160
("R"이, 예를 들어 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨);
2. Liu, F. 등, Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxyquinazoline as a Potent and Selective Inhibitor of Histone Methyltransferase G9a. J. Med. Chem. (2009) 52(24) 7950.
Figure pct00161
("R"이, 예를 들어 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 가능한 부착 지점을 지정할 경우 유도됨);
3. 아자시티딘(유도됨)(4-아미노-1-β-D-리보푸라노실-1,3,5-트리아진-2(1H)-온)(유도됨)(연결기 L 또는 -(L-CLM) 기가, 예를 들어 히드록시 또는 아미노기를 통해 부착되는 경우 유도됨); 및
4. 데시타빈(유도됨)(4-아미노-1-(2-데옥시-b-D-에리트로-펜토푸라노실)-1,3,5-트리아진-2(1H)-온)(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어, 히드록시기 또는 아미노기 중 어느 하나를 통해 부착되는 경우 유도됨).
VII. 혈관형성 억제제:
혈관형성 억제제는 다음을 포함하나 이에 한정되지는 않는다:
1. Sakamoto, 등, Development of Protacs to target cancer-promoting proteins for ubiquitination and degradation, Mol Cell Proteomics 2003 12월;2(12):1350-8에 기술된 바와 같은 구조(들) 및 연결기에 대한 결합을 갖는 GA-1(유도됨) 및 그의 유도체 및 유사체;
2. Rodriguez-Gonzalez, 등, Targeting steroid hormone receptors for ubiquitination and degradation in breast and prostate cancer, Oncogene (2008) 27, 7201-7211에 대체로 기술된 바와 같은, 연결기 L 또는 -(L-CLM)기에 결합될 수 있는 에스트라디올(유도됨);
3. Sakamoto, 등, Development of Protacs to target cancer-promoting proteins for ubiquitination and degradation, Mol Cell Proteomics 2003 12월;2(12):1350-8에 대체로 기술된 바와 같은 구조(들) 및 연결기 L 또는 -(L-CLM)기에 대한 결합을 갖는 에스트라디올, 테스토스테론(유도됨) 및 관련된 유도체(DHT 및 이의 유도체 및 유사체를 포함하지만 이에 한정되지는 않음);
4. Sakamoto, et al., Protacs: chimeric molecules that target proteins to the Skp1-Cullin-F box complex for ubiquitination and degradation Proc Natl Acad Sci USA. 2001 7월 17일;98(15):8554-9 및 미국 특허 제7,208,157호에 대체로 기술된 바와 같은 구조(들) 및 연결기 L 또는 -(L-CLM)기에 대한 결합을 갖는 오발리신, 푸마질린(유도됨) 및 이의 유도체 및 유사체.
VIII. 면역 억제성 화합물:
면역 억제성 화합물은 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다:
1. Schneekloth, 등, Chemical Genetic Control of Protein Levels: Selective in Vivo Targeted Degradation, J. AM. Chem. SOC 2004, 126, 3748-3754에 대체로 기술된 바와 같은 구조(들) 및 연결기 L 또는 -(L-CLM)기에 대한 결합을 갖는 AP21998(유도됨);
2. 글루코코르티코이드(예를 들어, 히드로코르티손, 프레드니손, 프레드니솔론, 및 메틸프레드니솔론)(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가, 예를 들어 임의의 하이드록실에 결합되는 경우 유도됨) 및 베클로메타손 디프로피오네이트(연결기 또는 -(L-CLM)이 예를 들어 프로프리오네이트에 결합되는 경우 유도됨);
3. 메토트렉세이트(연결기 또는 -(L-CLM)기가 예를 들어 말단 히드록실 중 하나에 결합될 수 있을 경우 유도됨);
4. 시클로스포린(연결기 또는 -(L-CLM)기가 예를 들어 임의의 부틸기에 결합될 수 있을 경우 유도됨);
5. 타크롤리무스(FK-506) 및 라파마이신(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가 예를 들어 메톡시기 중 하나에 결합될 수 있을 경우 유도됨); 및
6. 악티노마이신(연결기 L 또는 -(L-CLM)기가 예를 들어 이소프로필기 중 하나에 결합될 수 있을 경우 유도됨).
IX. 아릴 탄화수소 수용체(AHR)를 표적화하는 화합물:
아릴 탄화수소 수용체(AHR)를 표적화하는 화합물은 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다:
1. 아피게닌(Lee, 등, Targeted Degradation of the Aryl Hydrocarbon Receptor by the PROTAC Approach: A Useful Chemical Genetic Tool, ChemBioChem Volume 8, Issue 17, 2058-2062, 2007년 11월 23일에 대체로 기술된 바와 같은 연결기 L 또는 -(L-CLM)에 결합하는 방식으로 유도됨); 및
2. Boitano, 등, Aryl Hydrocarbon Receptor Antagonists Promote the Expansion of Human Hematopoietic Stem Cells, Science 2010년 9월 10일: Vol. 329 no. 5997 pp. 1345-1348에 기술된 바와 같은 SR1 및 LGC006(연결기 L 또는 -(L-CLM)이 결합되도록 유도됨).
X. RAF 수용체(키나아제)를 표적화하는 화합물:
Figure pct00162
PLX4032(예를 들어, "R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨).
XI. FKBP를 표적화하는 화합물:
Figure pct00163
(예를 들어, "R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨).
XII. 안드로겐 수용체(AR)를 표적화하는 화합물
1. 안드로겐 수용체의 RU59063 리간드(유도됨)
Figure pct00164
(예를 들어, "R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨).
2. 안드로겐 수용체의 SARM 리간드(유도됨)
Figure pct00165
(예를 들어, "R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨).
3. 안드로겐 수용체 리간드 DHT(유도됨)
Figure pct00166
(예를 들어, "R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨).
4. MDV3100 리간드(유도됨)
Figure pct00167
5. ARN-509 리간드(유도됨)
Figure pct00168
6. 헥사히드로벤즈이속사졸
Figure pct00169
7. 테트라메틸시클로부탄
Figure pct00170
8. 본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 안드로겐 수용체(AR)에 결합하는 화학적 잔기(ABM)이다. 테스토스테론, 디히드로테스토스테론, 및 메트리보론(메틸트리에놀론 또는 R1881로도 알려져 있음)과 같은 다양한 안드로겐 유도체 및 비카루타미드, 엔잘루타미드와 같은 비-스테로이달 화합물을 포함하는 다양한 안드로겐 수용체 결합 화합물이 문헌에 기재되어 있다(이줄 일부는 전술한 바 있음). 당업자는 이들 안드로젠 수용체 결합 화합물이 PROTAC 화합물에서 ABM 잔기로서 잠재적으로 사용될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 이러한 문헌은, G. F. Allan 등, Nuclear Receptor Signaling, 2003, 1, e009; R. H. Bradbury 등, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 2011 5442-5445; C. Guo 등, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 2012 2572-2578; P. K. Poutiainen 등, J. Med. Chem. 2012, 55, 6316 - 6327; A. Pepe 등, J. Med. Chem. 2013, 56, 8280 - 8297; M. E. Jung 등, J. Med. Chem. 2010, 53, 2779-2796을 포함하지만 이에 한정되지는 않으며, 이는 본원에 참조로서 포함된다.
본원에서 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 아래에 도시된 구조로부터 선택되지만 이에 한정되지는 않는다(점선은 연결기, CLM과 같은 ULM의 부착 지점을 나타냄).
Figure pct00171
Figure pct00172
,
여기에서,
W1은 각각 독립적으로 하나 이상의 H, 할로, 히드록실, 니트로, CN, C≡CH, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕시로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로로 선택적으로 치환된) C1-6 알콕시, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, 또는 CF3로 치환된 아릴, 헤테로아릴, 비시클릭, 또는 비헤테로시클릭이고;
Y1, Y2는 각각 독립적으로 NRY1, O, S이고;
Y3, Y4, Y5는 각각 독립적으로 결합, O, NRY2, CRY1RY2, C=O, C=S, SO, SO2, 헤테로아릴 또는 아릴이고;
Q는 0 내지 6개의 RQ로 선택적으로 치환된 0 내지 4개의 헤테로원자를 가진 3- 내지 6-원 고리, 비헤테로시클릭, 또는 비시클릭으로서, 각각의 RQ는 독립적으로 H, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 할로겐, C1-6 알콕시이거나, 2개의 RQ기는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해져 0 내지 2개의 헤테로원자를 함유하는 3 내지 8원 고리 시스템을 형성하고;
R1, R2, Ra, Rb, RY1, RY2는 각각 독립적으로 H, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 할로겐, C1-6 알콕시, 시클릭, 헤테로시클릭이거나, R1, R2는 이들이 부착되는 원자와 함께 0 내지 2개의 헤테로원자를 포함하는 3 내지 8원 고리 시스템을 형성하고;
W2는 결합, C1-6 알킬, C1-6 헤테로알킬, O, 아릴, 헤테로아릴, 알리시클릭, 헤테로시클릭, 비헤테로시클릭, 비아릴 또는 비헤테로아릴이고(각각 1 내지 10개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 F로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, -ORW2A, C3-6 시클로알킬, C4-6 시클로헤테로알킬, C1-6 알리시클릭(선택적으로 치환됨), 헤테로시클릭(선택적으로 치환됨), 아릴(선택적으로 치환됨), 또는 헤테로아릴(선택적으로 치환됨), 비시클릭 헤테로아릴 또는 아릴, OC1-3알킬(선택적으로 치환됨), OH, NH2, NRY1RY2, CN이고;
RW2A는 H, C1-6 알킬(선형, 분지형) 또는 C1-6 헤테로알킬(선형, 분지형)이다(각각 시클로알킬, 시클로헤테로알킬, 아릴, 헤테로시클릭, 헤테로아릴, 할로 또는 OC1-3알킬로 선택적으로 치환됨).
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 공유 결합되거나, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 부착된 연결기이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W1은
Figure pct00173
또는
Figure pct00174
이되, 각각의 R22는 독립적으로 할로, H, 선택적으로 치환된 알킬, 할로알킬, 시아노 또는 니트로이고; 각각의 R23은 독립적으로 H, 할로, CF3, 선택적으로 치환된 알킬, 알콕시, 할로알킬, 시아노 또는 니트로이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W1은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00175
본원에서 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 아래에 도시된 구조로부터 선택되는 구조를 포함하지만 이에 한정되지는 않는다(
Figure pct00176
은 연결기 또는 ULM의 부착 지점을 나타냄):
Figure pct00177
여기에서:
RQ2는 H, 할로겐, CH3 또는 CF3이고;
RQ3는 H, 할로, 히드록실, 니트로, CN, C≡CH, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로로 선택적으로 치환된) C1-6 알콕실, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, 또는 CF3이고;
Y3, Y4, Y5는 각각 독립적으로 결합, O, NRY2, CRY1RY2, C=O, 헤테로아릴, 또는 아릴이고;
RY1, RY2는 각각 독립적으로 H, 또는 (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실, 시클릭, 또는 헤테로시클릭으로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬이고;
RQ는 각각 독립적으로 H, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, 또는 C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이거나, 2개의 RQ는 이들이 부착되는 원자와 함께 0 내지 2개의 헤테로원자를 함유하는 3 내지 8원 고리 시스템을 형성한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, RQ는 독립적으로 H 또는 CH3이다. 또 다른 구현예에서, RQ3는 CN이다.
본원에서 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 아래에 도시된 구조로부터 선택되는 구조를 포함하지만 이에 한정되지는 않는다(
Figure pct00178
은 연결기 또는 ULM의 부착 지점을 나타냄):
Figure pct00179
Figure pct00180
여기에서:
RQ2는 H, 할로겐, CN, CH3 또는 CF3이고;
RQ3는 H, 할로, 히드록실, 니트로, CN, C≡CH, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로로 선택적으로 치환된) C1-6 알콕실, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, 또는 CF3이고;
Y3, Y4, Y5는 각각 독립적으로 결합, O, NRY2, CRY1RY2, C=O, 헤테로아릴, 또는 아릴;
RY1, RY2는 각각 독립적으로 H, 또는 (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실, 시클릭, 또는 헤테로시클릭으로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬이고;
X는 N 또는 C이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, RQ3는 CN이다.
본원에서 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 아래에 도시된 구조로부터 선택된다(점선은 연결기, CLM과 같은 ULM의 부착 지점을 나타냄):
Figure pct00181
여기에서:
W1은
Figure pct00182
이고;
각각의 R22는 독립적으로 H 또는 -CN이고;
각각의 R23은 독립적으로 H, 할로, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬, C1-C6 알콕시, 또는 -CF3이고;
Y3는 결합 또는 O이고;
Y4는 결합 또는 NH이고;
Y5는 결합, C=O, C1-C6 헤테로아릴, 또는 C1-C6 아릴이고;
R1, R2는 각각 독립적으로 H, (선형 또는 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로, 또는 C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이고;
W2는 결합, C1-6 아릴, C1-6 헤테로아릴, C1-6 알리시클릭, 또는 C1-6 헤테로시클릭, 비레테로시클릭, 비아릴, 또는 비헤테로아릴이고(각각 1 내지 10개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 또는 할로이고;
Figure pct00183
는 입체특이적((R) 또는 (S)) 또는 비-입체특이적일 수 있는 결합부를 나타낸다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 공유 결합되거나, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 부착된 연결기이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W1은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00184
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00185
본원에서 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 아래에 도시된 구조로부터 선택되지만 이에 한정되지는 않는다(점선은 연결기 또는 ULM의 부착 지점을 나타냄):
Figure pct00186
여기에서,
W1은
Figure pct00187
이고;
각각의 R22는 독립적으로 H 또는 -CN이고;
각각의 R23은 독립적으로 H, 할로, 또는 -CF3이고;
Y1, Y2는 각각 독립적으로 O 또는 S이고;
R1, R2는 각각 독립적으로 H 또는 메틸기이고;
W2는 결합, C1-6 아릴, 또는 헤테로아릴이고(각각 1, 2 또는 3개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, C1-6 알킬(선택적으로 하나 이상의 F로 치환됨), OC1-3알킬(선택적으로 하나 이상의 -F로 치환됨)이다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, W2는 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 공유 결합되거나, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 부착된 연결기이다.
추가적인 특정 구현예에서, W1은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00188
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00189
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00190
Figure pct00191
Figure pct00192
Figure pct00193
Figure pct00194
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 다음의 구조를 포함한다:
Figure pct00195
여기에서,
W1은 각각 독립적으로 하나 이상의 H, 할로, 히드록실, 니트로, CN, C≡CH, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로로 선택적으로 치환된) C1-6 알콕실, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, 또는 CF3로 치환된 아릴, 또는 헤테로아릴이고;
Y3, Y4, Y5는 각각 독립적으로 결합, O, NRY2, CRY1RY2, C=O, C=S, SO, SO2, 헤테로아릴 또는 아릴이고;
Q는 0 내지 6개의 RQ로 선택적으로 치환된 0 내지 2개의 헤테로원자를 가진 4-원 지환족 고리이되, 각각의 RQ는 독립적으로 H, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬이거나, 2개의 RQ기는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해져 0 내지 2개의 헤테로원자를 함유하는 3 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
RY1, RY2는 각각 독립적으로 H, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬이고;
W2는 결합, C1-6 알킬, C1-6 헤테로알킬, O, C1-6 알리시클릭, 헤테로시클릭, 아릴, 비헤테로시클릭, 비아릴, 또는 비헤테로아릴, 또는 헤테로아릴이고(각각 1, 2 또는 3개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, (선형, 분지형, 하나 이상의 F로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-6 헤테로알킬, (하나 이상의 -F로 선택적으로 치환된) -ORW2A OC1-3알킬, C3-6 시클로알킬, C4-6 시클로헤테로알킬(선택적으로 치환됨), C1-6 알킬(선택적으로 치환됨), C1-6 알리시클릭(선택적으로 치환됨), 헤테로시클릭(선택적으로 치환됨), 아릴(선택적으로 치환됨), 헤테로아릴(선택적으로 치환됨), 비시클릭 헤테로아릴(선택적으로 치환됨), 비시클릭 아릴, OH, NH2, NRY1RY2, 또는 CN이고;
RW2A는 H, C1-6 알킬(선형, 분지형) 또는 C1-6 헤테로알킬(선형, 분지형)이다(각각 시클로알킬, 시클로헤테로알킬, 아릴, 헤테로시클릭, 헤테로아릴, 할로 또는 OC1-3알킬로 선택적으로 치환됨).
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 본 명세서는 다음의 구조를 포함하는 안드로겐 수용체 결합 화합물을 제공한다:
Figure pct00196
여기에서,
W1은 각각 독립적으로 하나 이상의 H, 할로, 히드록실, 니트로, CN, C≡CH, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로로 선택적으로 치환된) C1-6 알콕실, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, 또는 CF3로 치환된 아릴, 헤테로아릴, 비시클릭, 또는 비헤테로시클릭이고;
Y1, Y2는 각각 독립적으로 NRY1, O, 또는 S이고;
Y3, Y4, Y5는 각각 독립적으로 결합, O, NRY2, CRY1RY2, C=O, C=S, SO, SO2, 헤테로아릴 또는 아릴이고;
Q는 0 내지 6개의 RQ로 선택적으로 치환된 0 내지 4개의 헤테로원자를 가진 3 내지 6-원 지환족 고리이되, 각각의 RQ는 독립적으로 H, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬이거나, 2개의 RQ기는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해져 0 내지 2개의 헤테로원자를 함유하는 3 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
R1, R2, Ra, Rb, RY1, RY2는 각각 독립적으로 H, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬이거나, R1, R2는 이들이 부착된 원자와 함께 0 내지 2개의 헤테로원자를 함유하는 3- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
W2는 결합, C1-6 알킬, C1-6 헤테로알킬, O, C1-6 알리시클릭, 헤테로시클릭, 아릴, 비헤테로시클릭, 비아릴, 또는 비헤테로아릴, 또는 헤테로아릴이고(각각 1, 2 또는 3개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, (선형, 분지형, 하나 이상의 F로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-6 헤테로알킬, (하나 이상의 -F로 선택적으로 치환된) -ORW2A, OC1-3알킬, C3-6 시클로알킬, C4-6 시클로헤테로알킬, C1-6 알킬(선택적으로 치환됨), C1-6 알리시클릭(선택적으로 치환됨), 헤테로시클릭(선택적으로 치환됨), 아릴(선택적으로 치환됨), 또는 헤테로아릴(선택적으로 치환됨), 비시클릭 헤테로아릴 또는 아릴, OH, NH2, NRY1RY2, CN이고;
RW2A는 H, C1-6 알킬(선형, 분지형) 또는 C1-6 헤테로알킬(선형, 분지형)이다(각각 시클로알킬, 시클로헤테로알킬, 아릴, 헤테로시클릭, 헤테로아릴, 할로 또는 OC1-3알킬로 선택적으로 치환됨).
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 안드로겐 수용체 결합 잔기는 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00197
여기에서,
W1은
Figure pct00198
이고;
각각의 R22는 독립적으로 H 또는 -CN이고;
각각의 R23은 독립적으로 H, 할로, 또는 -CF3이고;
Y3는 결합 또는 O이고;
Q는 0 내지 4개의 RQ로 선택적으로 치환된 4-원 고리이되, 각각의 RQ는 독립적으로 H 또는 메틸이고;
Y4는 결합 또는 NH이고;
Y5는 결합, C=O, 또는 C=S이고;
각각의 W2는 독립적으로, 1, 2 또는 3개의 RW2로 선택적으로 치환된 결합, C1-6 아릴 또는 헤테로아릴이되, 각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, 1 또는 2개의 헤테로원자를 갖는 6-원 알리시클릭 고리 또는 1 또는 2 또는 3개의 헤테로원자를 갖는 5-원 방향족 고리이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00199
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 공유 결합되거나, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 부착된 연결기이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W1은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00200
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 안드로겐 결합 잔기는 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00201
여기에서,
W1은 하나 이상의 할로, CN으로 독립적으로 치환된 아릴이고;
Y3는 각각 독립적으로 결합, NRY2, CRY1RY2, C=O이고;
Q는 1 또는 2개의 헤테로원자를 갖는 5-원 방향족 고리이고;
RY1, RY2는 각각 독립적으로 H, C1-6 알킬(선형, 분지형)이고;
W2는 결합, 아릴, 또는 헤테로아릴이고(각각 1, 2 또는 3개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, C1-6 알킬(선택적으로 하나 이상의 F로 치환됨), OC1-3알킬(선택적으로 하나 이상의 -F로 치환됨)이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 공유 결합되거나, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 부착된 연결기이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W1은
Figure pct00202
이고;
여기에서 각각의 R22는 독립적으로 할로 또는 CN이고;
각각의 R23은 독립적으로 H 또는 할로이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W1은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00203
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, Q는
Figure pct00204
이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는
Figure pct00205
이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, (Y3)0-5는
Figure pct00206
이다.
본원에서 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 아래에 도시된 구조로부터 선택되지만 이에 한정되지는 않는다(점선은 연결기, CLM과 같은 ULM의 부착 지점을 나타냄).
Figure pct00207
여기에서,
W1은
Figure pct00208
이고;
각각의 R22는 독립적으로 H 또는 -CN이고;
각각의 R23은 독립적으로 H, 할로, 또는 -CF3이고;
Y1, Y2는 각각 독립적으로 O 또는 S이고;
Y3, Y4, Y5는 각각 독립적으로 결합, O, NRY2, CRY1RY2, C=O, C=S, SO, 또는 SO2이고;
R1, R2는 각각 독립적으로 H 또는 메틸기이고;
W2는 결합, C1-6 아릴, 또는 헤테로아릴이고(각각 1, 2 또는 3개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, C1-6 알킬(선택적으로 하나 이상의 F로 치환됨), C3-6 시클로알킬, C4-6 시클로헤테로알킬, OC1-3알킬(선택적으로 하나 이상의 -F로 치환됨)이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 공유 결합되거나, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 부착된 연결기이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W1은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00209
.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, W2는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00210
본원에서 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, ABM은 아래에 도시된 구조로부터 선택된다(점선은 연결기, CLM과 같은 ULM의 부착 지점을 나타냄):
Figure pct00211
여기에서,
W1은 이고;
각각의 R22는 독립적으로 H 또는 -CN이고;
각각의 R23은 독립적으로 H, 할로, 또는 -CF3이고;
Y3는 결합 또는 O이고;
Y4는 결합 또는 NH이고;
Y5는 결합, C=O, C1-C6 헤테로아릴, 또는 C1-C6 아릴이고;
R1, R2는 각각 독립적으로 H, 또는 (선형 또는 분지형, 하나 이상의 할로, 또는 C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이고;
W2는 결합, C1-6 아릴, C1-6 헤테로아릴, C1-6 알리시클릭, 또는 C1-6 헤테로시클릭이고(각각 1 내지 10개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 또는 할로이고;
Figure pct00213
는 입체특이적((R) 또는 (S)) 또는 비-입체특이적일 수 있는 결합부를 나타낸다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, W2는 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 공유 결합되거나, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 ULM 또는 CLM기에 부착된 연결기이다.
추가적인 특정 구현예에서, W1은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00214
추가적인 특정 구현예에서, W2은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00215
Figure pct00216
특정 구현예에서, ABM의 안드로겐 수용체 결합 잔기는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
트랜스-2-클로로-4-[3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸시클로부톡시]벤조니트릴;
시스-2-클로로-4-[3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸시클로부톡시]벤조니트릴;
트랜스 6-아미노-N-[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리다진-3-카복사미드;
트랜스 삼차-부틸 N-[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]카바메이트;
트랜스 4-아미노-N-[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
트랜스 5-아미노-N-[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피라진-2-카복사미드;
트랜스 2-아미노-N-[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리미딘-5-카복사미드;
4-메톡시-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
트랜스 1-(2-히드록시에틸)-N-[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]-1H-피라졸-4-카복사미드;
트랜스 6-아미노-N-[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
트랜스 4-[(5-히드록시펜틸)아미노]-N-[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드; 및
트랜스 삼차-부틸 2-({5-[(4-{[3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]카바모일}페닐)아미노펜틸}옥시)아세테이트; 및
N-((1r,3r)-3-(4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-메틸벤즈아미드.
특정 구현예에서, 본 명세서는 다음의 예시적인 안드로겐 수용체 PROTAC 분자(PROTAC 3 내지 PROTAC 30) 및 그의 염, 전구약물, 다형체, 유사체, 유도체, 및 중수소화된 형태를 제공하되 이에 한정되지 않는다:
Figure pct00217
Figure pct00218
Figure pct00219
Figure pct00220
Figure pct00221
Figure pct00222
Figure pct00223
Figure pct00224
Figure pct00225
Figure pct00226
XIII. 에스트로겐 수용체(ER) ICI-182780을 표적화하는 화합물
1. 에스트로겐 수용체 리간드
Figure pct00227
("R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨).
본원에 기술된 임의의 구현예 또는 양태에서, PTM은 화학식 PTM-I로 대표될 수 있다:
Figure pct00228
여기에서,
XPTM은 O 또는 C=O이고;
각각의 XPTM1 및 XPTM2는 N 또는 CH로부터 독립적으로 선택되고;
RPTM1은 OH, O(CO)RPTM, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되되, RPTM은 에스테르 내의 알킬 또는 아릴기이고;
적어도 하나의 RPTM2는 H, OH, 할로겐, CN, CF3, SO2-알킬, O-저급 알킬로부터 각각 독립적으로 선택되고;
적어도 하나의 RPTM3는 H, 할로겐으로부터 각각 독립적으로 선택되고;
점선은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', PTM, PTM', 및 이들의 조합의 부착 지점을 나타낸다.
본원에 기술된 임의의 구현예 또는 양태에서, PTM은 화학식 PTM-I로 대표될 수 있다:
Figure pct00229
여기에서,
XPTM은 O 또는 C=O이고;
각각의 XPTM1 및 XPTM2는 N 또는 CH로부터 독립적으로 선택되고;
RPTM1은 OH, O(CO)RPTM, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되되, RPTM은 에스테르 내의 알킬 또는 아릴기이고;
각각의 RPTM2는 H, OH, 할로겐, CN, CF3, SO2-알킬, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되고;
각각의 RPTM3는 H, 할로겐으로부터 독립적으로 선택되고;
PTM-I는 적어도 하나의 RPTM2, 적어도 하나의 RPTM3, 또는 각각의 고리 상의 이들의 조합을 포함하고;
점선은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', PTM, PTM', 및 이들의 조합의 부착 지점을 나타낸다.
본원에 기술된 임의의 구현예 또는 양태에서, PTM-I는 2개의 RPTM2, 2개의 RPTM3, 또는 이들의 조합 중 적어도 하나를 갖는다.
본원에 기술된 임의의 구현예 또는 양태에서, PTM은 화학식 PTM-II로 대표될 수 있다:
Figure pct00230
여기에서,
XPTM은 O 또는 C=O이고;
각각의 XPTM1 및 XPTM2는 N 또는 CH로부터 독립적으로 선택되고;
RPTM1은 OH, O(CO)RPTM, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되되, RPTM은 에스테르 내의 알킬 또는 아릴기이고;
RPTM2 및 RPTM4는 H, OH, 할로겐, CN, CF3, SO2-알킬, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되고;
RPTM3 및 RPTM5는 H, 할로겐으로부터 독립적으로 선택되고;
점선은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', PTM, PTM', 및 이들의 조합의 부착 지점을 나타낸다.
본원에 기술된 양태 또는 구현예에서, O(CO)RPTM은 화학식 PTM-I 또는 PTM-II 내의 이에 상응하는 페놀의 전구 약물로서 기능한다.
본원에 기술된 임의의 구현예 또는 양태에서, 화학식 PTM-I 또는 PTM-II의 O-저급 알킬은 탄소 수 1 내지 3을 갖는 알킬 사슬이다.
본원에 기술된 양태 또는 구현예에서, 본 발명은 화학식 (IPTM)의 화합물 또는 PTM을 제공한다:
Figure pct00231
여기에서,
각각의 XPTM은 독립적으로 CH, N이고;
Figure pct00232
은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', PTM, PTM', 및 이들의 조합의 부착 지점을 나타내고;
각각의 RPTM1은 독립적으로 OH, 할로겐, O(CO)RPTM이고(RPTM은 1 내지 6개의 탄소 또는 아릴기를 갖는 알킬 또는 시클로알킬기이고, 치환은 모노-, 디- 또는 트리-치환일 수 있음);
각각의 RPTM2는 독립적으로 H, 할로겐, CF3, 알콕시이고(치환은 모노- 또는 디-치환일 수 있음);
각각의 RPTM3는 독립적으로 H, 할로겐이다(여기에서, 치환은 모노- 또는 디-치환일 수 있음).
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 화학식 (IIPTM)로 대표된다:
Figure pct00233
여기에서,
XPTM은 CH, N이고;
Figure pct00234
은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', PTM, PTM', 및 이들의 조합의 부착 지점을 나타내고;
각각의 RPTM1 독립적으로 OH, 할로겐(예를 들어, F)이고;
각각의 RPTM2는 독립적으로 H, 할로겐(예를 들어, F), CF3이고(치환은 모노- 또는 디-치환일 수 있음);
각각의 RPTM3는 독립적으로 할로겐(예를 들어, F)이다(치환은 모노- 또는 디-치환일 수 있음).
소정의 구현예에서 적어도 하나의,
화학식 (IIPTM)의 XPTM은 CH이고;
화학식 (IIPTM)의 RPTM1은 OH이고;
화학식 (IIPTM)의 RPTM2는 H이고;
화학식 (IIPTM)의 각각의 RPTM3은 독립적으로 H 또는 F이거나;
이들의 조합이다.
XIV. 갑상선 호르몬 수용체를 표적화하는 화합물(TR)
1. 갑상선 호르몬 수용체 리간드(유도됨)
Figure pct00235
("R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도되고, MOMO는 메톡시메톡시기를 나타냄).
XV. HIV 프로테아제를 표적화하는 화합물
1. HIV 프로테아제 억제제(유도됨)
Figure pct00236
("R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨). J. Med. Chem. 2010, 53, 521-538 참조.
2. HIV 프로테아제 억제제
Figure pct00237
("R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 가능 지점을 지정할 경우 유도됨). J. Med. Chem. 2010, 53, 521-538 참조.
XVI. HIV 인테그라아제를 표적화하는 화합물
1. HIV 인테그라아제 억제제(유도됨)
Figure pct00238
("R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨). J. Med. Chem. 2010, 53, 6466 참조.
2. HIV 인테그라아제 억제제(유도됨)
Figure pct00239
3. HIV 인테그라아제 이센트레스 억제제(유도됨)
Figure pct00240
("R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨). J. Med. Chem. 2010, 53, 6466 참조.
XVII. HCV 프로테아제를 표적화하는 화합물
1. HCV 프로테아제 억제제(유도됨)
Figure pct00241
("R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨).
XVIII. 아실-단백질 티오에스테라아제-1 및 -2(APT1 및 APT2)를 표적화하는 화합물
1. APT1 및 APT2 억제제(유도됨)
Figure pct00242
("R"이 연결기 L 또는 -(L-CLM)기의 부착 지점을 지정할 경우 유도됨). Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 9838 -9842 참조, 여기에서, L은 본원에서 달리 기재된 바와 같은 연결기이고, 전술한 CLM기는 본원에서 달리 기재된 바와 같이 -(L-CLM)이 CLM기를 PTM기에 결합시키도록 본원에서 달리 기재된 바와 같다.
VIV. 타우 단백질을 표적화하는 화합물
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 타우 단백질 결합 잔기를 포함할 수 있다. 예를 들어, PTM은 화학식 I, 화학식 II, 화학식 III, 화학식 IV, 화학식 V, 화학식 VI, 화학식 VII, 화학식 VIII, 화학식 IX, 화학식 X, 또는 화학식 XI로 대표될 수 있다:
Figure pct00243
여기에서,
A, B, C, D, E, 및 F는, 고리 사이의 접촉이 고리 융합을 나타내는, 선택적으로 치환된 5- 또는 6-원 아릴 또는 헤테로아릴 고리, 선택적으로 치환된 4- 내지 7-원 시클로알킬 또는 헤테로시클로알킬로부터 독립적으로 선택되고;
LPTM은, 하나 이상의 고리(예를 들어, 시클로알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴 또는 헤테로아릴) 또는 -O-, -S-, -NR1 PTM- (여기에서, R1 PTM은 H 또는 알킬로부터 선택됨), -N=N-, -S(O)-, -SO2-, -C(O)-, -NHC(O)-, -C(O)NH-, -NHSO2-, -NHC(O)NH-, -NHC(O)O-, -OC(O)NH-의 군으로부터 선택되는 하나 이상의 작용기에 의해 선택적으로 차단된, 결합부, 알킬, 알케닐 또는 알키닐로부터 선택되되, 전술한 작용기는 연결기의 양 말단 중 하나에 선택적으로 위치될 수 있다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 아릴 및 PTM의 A, B, C, D, E 및 F의 헤테로아릴 고리는 알킬, 알케닐, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 플루오로알콕시, 아미노, 알킬아미노, 디알킬아미노, 아실아미노, 트리플루오로메틸, 및 시아노로부터 각각 독립적으로 선택되는 1 내지 3개의 치환기로 선택적으로 치환될 수 있고, 전술한 알킬 및 알케닐기는 추가로 치환된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, A, B, C, F 또는 이들의 조합 중 적어도 하나의 고리는 선택적으로 치환된 5- 또는 6-원 아릴 또는 헤테로아릴 고리로부터 선택된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 화학식 I의 화학적 구조를 가지며:
A, B 및 C 고리는 독립적으로 5- 또는 6-원 융합 아릴 또는 헤테로아릴 고리이고;
LPTM은 결합부 또는 알킬로부터 선택되고,
D는 6-원 아릴, 헤테로아릴 또는 헤테로시클로알킬로부터 선택되며,
여기에서 A, B, C 및 D는 알킬, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 아미노, 알킬아미노, 디알킬아미노 또는 시아노로 선택적으로 치환된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 화학식 I의 화학적 구조를 가지며:
A 및 C는 페닐 또는 6-원 헤테로아릴 고리이고;
B는 5-원 헤테로아릴 고리이고;
LPTM은 결합이고;
D는 6-원 헤테로아릴 또는 6-원 헤테로시클로알킬 고리이고;
여기에서 A, B, C 및 D는 선택적으로 알킬, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 아미노, 디알킬아미노 또는 시아노로 독립적으로 치환되고, A, B, C 및 D 고리 중 임의의 것 중의 하나의 질소 원자는 헤테로원자 또는 다른 헤테로원자가 직접적으로 부착되는 탄소 원자에 직접적으로 연결되지 않는다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 화학식 III 또는 화학식 IV의 화학 구조식을 가지고, A, B 및 C는 5- 또는 6-원 융합 아릴 또는 헤테로아릴 고리이고, LPTM은 결합부 또는 알킬로부터 선택되고, D 및 E는 5- 또는 6-원 융합 아릴 또는 헤테로아릴 고리이되, A, B, C, D 및 E는 알킬, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 아미노, 알킬아미노, 디알킬아미노, 또는 시아노로 선택적으로 치환된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 다음의 화학 구조식으로 대표된다:
Figure pct00244
Figure pct00245
여기에서,
여기에서, R1, R2 및 R3은 H, 메틸, 에틸, 2-플루오로에틸 및 2,2,2-트리플루오로에틸로부터 독립적으로 선택되고;
R4 및 R5는 H, 메틸, 에틸 및 할로겐으로부터 독립적으로 선택되고;
R6은 H, 메틸, 에틸 및 할로겐으로부터 독립적으로 선택되는 1개 또는 2개의 치환기이되,
PTM은 L을 통해 ULM에 결합된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 하나 이상의 ULM(VLM 또는 CLM) 기에 공유 결합되거나, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 ULM(VLM 또는 CLM) 기에 부착된 연결기이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 다음의 화학 구조식으로 대표된다:
Figure pct00246
Figure pct00247
Figure pct00248
Figure pct00249
여기에서,
여기에서, R1, R2 및 R3는 H, 선택적으로 치환된 알킬, 메틸, 에틸, 2-플루오로에틸 및 2,2,2-트리플루오로에틸로부터 독립적으로 선택되고;
R7, R8 , R9 및 R10은 H, 선택적으로 치환된 알킬, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 아미노, 디알킬아미노, 아세틸아미노, 트리플루오로메틸 또는 시아노로부터 독립적으로 선택되는 1개 내지 8개의 치환기이되, PTM은 L을 통해 ULM(VLM 또는 CLM)에 결합된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 다음의 화학 구조식으로 대표된다:
Figure pct00250
Figure pct00251
Figure pct00252
.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM에 대한 연결기의 부착점은 점선으로 표시된 바와 같다.
Figure pct00253
치료 조성물
본원에서 기술된 바와 같은 적어도 하나의 이작용성 화합물의 유효량 및 본원에서 달리 기술된 하나 이상의 화합물의 조합을 포함하는 (약제학적으로 유효한 양의 담체, 첨가제 또는 부형제와 함께 모두 유효량인) 약제학적 조성물은, 본 발명의 추가적인 양태를 나타낸다.
본 발명은, 적용 가능한 경우, 약제학적으로 허용 가능한 염, 특히 본원에서 기술된 바와 같은 화합물의 산 또는 염기 첨가 염을 포함하는 조성물을 포함한다. 본 양태에 따라 유용한 전술한 염기 화합물의 약제학적으로 허용 가능한 산 부가염을 제조하기 위해 사용되는 산은, 비-독성 산 부가염, 즉, 약물학적으로 허용가능한 음이온을 함유하는 염, 예를 들어 다수의 다른 것들 중에서, 염산, 브롬화수소산, 요오드화수소산, 니트레이트, 설페이트, 비설페이트, 포스페이트, 산 포스페이트, 아세테이트, 락테이트, 시트레이트, 산 시트레이트, 타르트레이트, 비타르트레이트, 숙시네이트, 말레에이트, 푸마레이트, 글루코네이트, 사카레이트, 벤조에이트, 메탄설포네이트, 에탄설포네이트, 벤젠설포네이트, p-톨루엔설포네이트 및 파모에이트[즉, 1,1'-메틸렌-비스-(2-히드록시-3 나프토에이트)]염을 형성하는 것들이다.
약제학적으로 허용 가능한 염기 부가염은 또한 본 발명에 따른 화합물 또는 유도체의 약제학적으로 허용 가능한 염 형태를 제조하는 데 사용될 수 있다. 본질적으로 산성인 본 화합물의 약제학적으로 허용 가능한 염기염을 제조하기 위한 시약으로서 사용될 수 있는 화학적 염기는 이러한 화합물과 비-독성 염기염을 형성하는 것들이다. 이러한 비-독성 염기염은, 다른 것들 중에서, 그러한 약물학적으로 허용 가능한 양이온, 예를 들어, 알칼리 금속 양이온(예를 들어, 칼륨 및 나트륨) 및 알칼리 토금속 양이온(예를 들어, 칼슘, 아연 및 마그네슘)으로부터 유래된 것들, 암모늄 또는 수용성 아민 부가염(예를 들어, N-메틸글루카민-(메글루민)), 및 저급 알칸올암모늄 및 약제학적으로 허용 가능한 유기 아민의 다른 염기 염을 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다.
본원에서 기술된 화합물은 경구, 본 발명에 따라, 비경구 또는 국소 경로에 의해 단일 또는 분할된 투여량으로 투여될 수 있다. 활성 화합물의 투여는 연속적(정맥내 점적주입) 내지 하루 수 회의 경구 투여(예를 들어, Q.I.D.)의 범위일 수 있고, 다른 투여 경로 중에서, 경구, 국소, 비경구, 근육내, 정맥내, 피하, 경피(이는 침투 증강 작용제를 포함할 수 있음), 구강, 설하 및 좌약 투여를 포함할 수 있다. 장 코팅 경구 정제는 또한 경구 투여 경로로부터 화합물의 생체이용률을 증강시키기 위해 이용될 수 있다. 가장 효과적인 투여 형태는 선택된 특정 제제의 약물동력학 및 환자의 질환의 중증도에 따라 달라질 것이다. 비강내, 기관내 또는 폐 투여를 위해 스프레이, 미스트 또는 에어로졸로서, 본 발명에 따른 화합물의 투여가 또한 사용될 수 있다. 따라서, 본 발명은 또한 약제학적으로 허용 가능한 담체, 첨가제 또는 부형제와 선택적으로 조합되어, 본원에 기술된 바와 같은 유효량의 화합물을 포함하는 약제학적 조성물에 관한 것이다. 본 발명에 따른 화합물은 즉시 방출, 중간 방출 또는 서방형 또는 조절 방출 형태로 투여될 수 있다. 서방형 또는 조절 방출 형태는 바람직하게는 경구 투여되지만, 좌제 및 경피 또는 다른 국소 형태로도 투여된다. 리포좀 형태의 근육내 주사는 또한 주사 부위에서 화합물의 방출을 조절하거나 유지하기 위해 사용될 수 있다.
본원에서 기술된 바와 같은 조성물은 하나 이상의 약제학적으로 허용 가능한 담체를 사용하여 종래의 방식으로 제제화될 수 있고, 또한 조절-방출 제제로 투여될 수 있다. 이러한 약제학적 조성물에 사용될 수 있는 약제학적으로 허용 가능한 담체는, 이온 교환체, 알루미나, 알루미늄 스테아레이트, 레시틴, 혈청 단백질, 예를 들어, 인간 혈청 알부민, 완충액 물질, 예를 들어, 인산염, 글리신, 소르브산, 칼륨 소르베이트, 포화된 식물성 지방산, 물, 염 또는 전해질의 부분적인 글리세리드 혼합물, 예를 들어, 프롤라민 설페이트, 디소디움 수소 인산염, 칼륨 수소 인산염, 염화나트륨, 아연 염, 콜로이드성 실리카, 마그네슘 트리실리케이트, 폴리비닐 피롤리돈, 셀룰로오스-기반 물질, 폴리에틸렌 글리콜, 소디움 카복시메틸셀룰로오스, 폴리아크릴레이트, 왁스, 폴리에틸렌-폴리옥시프로필렌-블록 중합체, 폴리에틸렌 글리콜 및 양모지를 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다.
본원에 기술된 바와 같은 조성물은 경구, 비경구, 흡입 스프레이, 국소, 직장, 비음, 협측, 질, 또는 이식된 저장소를 통해 투여될 수 있다. 본원에서 사용되는 용어 "비경구"는 피하, 정맥내, 근육내, 관절내, 활막내, 흉골내, 척수강내, 간내, 병소내 및 두개내 주사 또는 주입 기술을 포함한다. 바람직하게는, 조성물은 경구, 복강내 또는 정맥내로 투여된다.
본원에 기술된 바와 같은 조성물의 멸균 주사 가능한 형태는 수성 또는 유성 현탁액일 수 있다. 이들 현탁액은 적절한 분산액 또는 습윤제 및 현탁제를 사용하여 당 기술분야에 공지된 기술에 따라 제제화될 수 있다. 멸균 주사 가능한 조제물은 또한 비독성 비경구 수용 가능 희석제 또는 용매, 예를 들어 1,3-부탄디올 중의 용액으로서 멸균 주사 가능한 용액 또는 현탁액일 수 있다. 사용될 수 있는 허용 가능한 운반체 및 용매 중에는, 물, 링거 용액 및 이소톤 염화나트륨 용액이 있다. 또한, 멸균된 고정유가 통상적으로 용매 또는 현탁매질로서 사용된다. 이를 위해, 합성 모노- 또는 디-글리세리드를 포함하는 임의의 무미건조한 고정유가 사용될 수도 있다. 올레산 및 이의 글리세리드 유도체와 같은 지방산이 주사 가능한 물질의 제조에 유용하고, 올리브유 또는 피마자유와 같은 천연 약제학적으로 허용 가능한 오일, 특히 그들의 폴리옥시에틸화된 형태에서 주사 가능한 물질의 제조에 또한 유용하다. 이들 오일 용액 또는 현탁액은 또한, 장쇄 알코올 희석제 또는 분산제, 예컨대 Ph. Helv 또는 유사한 알코올을 함유할 수 있다.
본원에 기술된 바와 같은 약제학적 조성물은 캡슐, 정제, 수성 현탁액 또는 용액을 포함하지만 이에 한정되지 않는 임의의 경구로 허용 가능한 투여형태로 경구 투여될 수 있다. 경구 용도를 위한 정제의 경우, 일반적으로 사용되는 담체는 락토오스 및 옥수수 전분을 포함한다. 마그네슘 스테아레이트와 같은 윤활제 또한 일반적으로 첨가된다. 캡슐 형태로의 경구 투여를 위한 유용한 희석제는 락토오스 및 건조된 옥수수 전분을 포함한다. 수성 현탁액이 경구 용도로 요구되는 경우, 활성 성분은 유화제 및 현탁제와 조합된다. 필요한 경우, 특정 감미료, 풍미제 또는 착색제가 또한 첨가될 수 있다.
대안적으로, 본원에 기술된 바와 같은 약제학적 조성물은 직장 투여용 좌제의 형태로 투여될 수 있다. 이들은 제제를 적합한 비-자극 부형제와 혼합함으로써 제조될 수 있으며, 이는 실온에서 고체이지만 직장 온 도에서 액체이고, 이에 따라, 약물을 방출시키기 위해 직장에서 용융될 것이다. 이러한 물질은 코코아 버터, 밀납 및 폴리에틸렌 글리콜을 포함한다.
본원에서 기술된 바와 같은 약제학적 조성물은 또한 국소 투여될 수 있다. 적절한 국소 제제은 이들 부위 또는 장기 각각에 대해 용이하게 제조된다. 하부 장관에 대한 국소 적용은 직장 좌약 제제(상기 참조)에서 또는 적합한 관장 제제에서 달성될 수 있다. 국소적으로 허용 가능한 경피 패치 또한 이용될 수 있다.
국소 적용에 대해, 약제학적 조성물은 하나 또는 그 이상의 담체에서 현탁되거나 또는 용해된 활성 성분을 함유하는 적합한 연고로 제제화될 수 있다. 본 발명의 화합물의 국소 투여를 위한 담체는 무기질 오일, 액체 바셀린, 백색 바셀린, 프로필렌 글리콜, 폴리옥시에틸렌, 폴리옥시프로필렌 화합물, 유화 왁스 및 물을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다. 본 발명의 특정 바람직한 양태에서, 화합물은 환자 체내의 스텐트에서 발생하는 폐색의 가능성을 억제하거나 감소시키기 위해, 환자 체내로 외과적으로 이식되는 스텐트 위에 코팅될 수 있다.
대안적으로, 약제학적 조성물은 하나 이상의 약제학적으로 허용 가능한 담체에 현탁되거나 용해된 활성 성분을 함유하는 적절한 로션 또는 크림으로 제제화될 수 있다. 적합한 담체는 무기질 오일, 소르비탄 모노스테아레이트, 폴리소르베이트 60, 세틸 에스테르 왁스, 세테아릴 알코올, 2-옥틸도데칸올, 벤질 알코올 및 물을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다.
안과 이용을 위해, 약제 조성물은 등장성, pH 조정된 무균 식염수에서 미소화된 현탁액으로서, 또는 바람직하게는, 보존제, 예를 들어, 벤질알코늄 염화물을 포함하거나 또는 포함하지 않는 등장성, pH 조정된 무균 식염수에서 용액으로서 제제화될 수 있다. 대안적으로, 안과 이용을 위해, 약제학적 조성물은 바셀린과 같은 연고로 제제화될 수 있다.
본원에서 기술된 바와 같은 약제학적 조성물은 또한 비강 에어로졸 또는 흡입에 의해 투여될 수 있다. 이러한 조성물은 약제학적 제제의 분야에서 공지된 기술에 따라 제조되고, 벤질 알코올 또는 다른 적합한 보존제, 생체이용률을 증가시키는 흡수 증진제, 탄화플루오르 및/또는 다른 전통적인 가용화제 또는 분산제를 이용하여, 식염수에서 용액으로서 제조될 수 있다.
단일 투여 형태를 제조하기 위해 담체 물질과 조합될 수 있는 본원에서 기술된 바와 같은 약제학적 조성물 내의 화합물의 양은, 치료되는 숙주 및 질환, 특정 투여 방식에 따라 달라질 것이다. 바람직하게는, 조성물은 약 0.05 mg 내지 약 750 mg 이상, 보다 바람직하게는 약 1 mg 내지 약 600 mg, 보다 더 바람직하게는 약 10 mg 내지 약 500 mg의 활성 성분을 함유하도록, 단독으로 또는 본 발명에 따른 적어도 하나의 다른 화합물과 조합하여 제형화되어야 한다.
임의의 특정 환자에 대한 특정 투여량 및 치료 요법은 사용된 특정 화합물의 활성, 연령, 체중, 전반적인 건강, 성별, 식이, 투여 시간, 배출 속도, 약물 조합, 치료하는 의사의 재량, 및 치료되는 특정 질병 또는 질환의 중증도를 포함한 다양한 인자에 좌우된다는 것이 또한 이해되어야 한다.
본원에 기술된 방법에 따른 화합물을 사용하는 치료를 필요로 하는 환자 또는 대상체는, 본원에서 달리 명시되지 않는 한, 단독으로 또는 다른 공지된 적혈구 조혈 자극제와 조합하여, 임의로 약제학적으로 허용 가능한 담체 또는 희석제에서 유효량의 본 발명에 따른 화합물(이의 약제학적으로 허용 가능한 염, 용매화물 또는 다형체를 포함함)을 환자(대상체)에게 투여함으로써 치료될 수 있다.
이들 화합물은, 임의의 적절한 경로, 예를 들어, 액체, 크림, 겔, 또는 고체 형태, 또는 에어로졸 형태로 경구, 비경구, 정맥내, 피내, 피하, 경피를 포함한 국소를 통해 투여될 수 있다.
활성 화합물은 치료될 환자에게 심각한 독성 영향을 주지 않으면서 환자에게 목적하는 징후에 대한 치료 유효량을 전달하기에 충분한 양으로 약제학적으로 허용 가능한 담체 또는 희석제에 포함된다. 본원에서 언급된 모든 조건에 대한 활성 화합물의 바람직한 투여량은, 약 10 ng/kg 내지 300 mg/kg, 바람직하게는 하루 0.1 내지 100 mg/kg, 보다 일반적으로는 수용자/환자의 체중에 대해 하루 0.5 내지 약 25 mg/kg이다. 통상적인 국소 투여량은 적절한 담체 내에서 0.01 내지 5% wt/wt의 범위일 것이다.
화합물은 단위 투여 형태당 1 mg 미만, 1 mg 내지 3000 mg, 바람직하게는 5 내지 500 mg의 활성 성분을 포함하지만 이에 한정되지는 않는, 임의의 적합한 단위 투여량 형태로 편리하게 투여된다. 약 25 내지 250mg의 경구 투여가 종종 편리하다.
활성 성분은 바람직하게는 활성 화합물의 최대 혈장 농도를 약 0.00001 내지 30 μM, 바람직하게는 약 0.1 내지 30 μM로 달성하도록 투여된다. 이는, 예를 들어, 선택적으로 식염수 또는 수성 매질 내의 활성 성분의 용액 또는 제제의 정맥 주사, 또는 활성 성분의 한 회분의 분량 투여에 의해 달성될 수 있다. 경구 투여는 또한 활성제의 유효 혈장 농도를 생성하는 데 적합하다.
약물 조성물 내의 활성 화합물의 농도는 약물의 흡수, 분포, 불활성화, 및 배설률 및 당업자에게 공지된 다른 인자에 따라 달라질 것이다. 투여량은 또한 경감될 증상의 중증도에 따라 달라질 것이라는 점에 유의해야 한다. 임의의 특정 대상체에 대해, 특정 투여 요법은 조성물을 투여하거나 조성물의 투여를 감독하는 개인의 개별적인 요구 및 전문적인 판단에 따라 시간에 걸쳐 조정되어야 하고, 본원에 제시된 농도 범위는 단지 예시적인 것이며 청구된 조성물의 범주 또는 실시를 제한하고자 하는 것이 아니라는 것이 추가적으로 이해되어야 한다. 활성 성분은 한 번에 투여되거나, 다양한 시간 간격으로 투여되는 다수의 더욱 작은 용량으로 나누어질 수 있다.
구강 조성물은 일반적으로 불활성 희석제 또는 식용 담체를 포함할 것이다. 이들은 젤라틴 캡슐에 봉입되거나 정제 내로 압축될 수 있다. 경구로의 치료제 투여를 위해, 활성 화합물 또는 이의 전구약물 유도체는 부형제와 혼입될 수 있고, 정제, 트로키제 또는 캡슐의 형태로 사용될 수 있다. 약제학적으로 상용될 수 있는 결합제 및/또는 보조제 물질은 조성물의 일부로서 포함될 수 있다.
정제, 알약, 캡슐, 트로키제 등은 다음 성분, 또는 유사한 성격의 화합물 중 한 가지를 함유할 수 있다: 결합제, 예를 들어, 미정질 셀룰로오스, 검 트래거캔스 또는 젤라틴; 부형제, 예를 들어, 전분 또는 락토오스; 분산제, 예를 들어, 알긴산, 프리모겔, 또는 옥수수 전분; 윤활제, 예를 들어, 마그네슘 스테아레이트 또는 스테로테스; 활택제, 예를 들어, 콜로이드성 이산화실리콘; 감미제, 예를 들어, 수크로오스 또는 사카린; 또는 풍미제, 예를 들어, 박하, 메틸 살리실레이트, 또는 오렌지향. 투여 유닛 형태가 캡슐일 경우, 이것은 전술한 유형의 물질에 더하여, 액체 담체, 예를 들어, 지방유를 함유할 수 있다. 또한, 투여 유닛 형태는 투여 유닛의 물리적 형태를 변형시키는 다양한 다른 물질, 예를 들어, 당, 셸락, 또는 장 작용제의 코팅을 함유할 수 있다.
활성 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용 가능한 염은 엘릭시르, 현탁액, 시럽, 웨이퍼, 껌 등의 성분으로서 투여될 수 있다. 시럽은 활성 화합물에 더하여, 감미제로서의 수크로오스, 특정 보존제, 염료 및 착색제와 향미제를 함유할 수 있다.
활성 화합물 또는 이의 약학제적으로 허용 가능한 염은 또한 목적하는 작용을 손상시키지 않는 다른 활성 물질, 또는 다른 것들 중에서도, EPO 및 다바포이에틴 알파를 포함하는 적혈구 조혈 자극제와 같은, 목적하는 작용에 영향을 주는 물질과 혼합될 수 있다. 본 발명의 소정의 바람직한 양태에서, 본 발명에 따른 하나 이상의 화합물은 본원에서 달리 기술되는 바와 같은 항생제를 포함하는 적혈구 조혈 자극제 또는 치유 제제와 같은 다른 생물활성 제제와 함께 투여된다.
비경구, 피내, 피하, 또는 국소 적용을 위해 사용되는 용액 또는 현탁액은 다음의 성분을 포함할 수 있다: 무균 희석제, 예를 들어, 주사용수, 식염수, 고정유, 폴리에틸렌 글리콜, 글리세린, 프로필렌 글리콜 또는 다른 합성 용매; 항균제, 예를 들어, 벤질 알코올 또는 메틸 파라벤; 항산화제, 예를 들어, 아스코르브산 또는 아황산수소 나트륨; 킬레이트화제, 예를 들어, 에틸렌디아민테트라아세트산; 완충액, 예를 들어, 아세트산염, 구연산염 또는 인산염, 그리고 긴장성의 조정을 위한 작용제, 예를 들어, 염화나트륨 또는 덱스트로스. 비경구 제조물은 유리 또는 플라스틱으로 만들어진 앰풀, 일회용 주입기 또는 다수의 투여 바이알에서 동봉될 수 있다.
정맥 내 투여되는 경우, 바람직한 담체는 생리식염수 또는 인산 완충 식염수(PBS)이다.
일 구현예에서, 활성 화합물은, 신체에서의 화합물의 급속한 제거로부터 보호하는 담체, 예를 들어, 이식물 및 미세캡슐화된 전달 시스템을 포함한 제어된 방출 제제로 제조된다. 생물분해성, 생체적합성인 중합체, 예를 들어, 에틸렌 비닐 아세테이트, 폴리무수물, 폴리글리콜산, 콜라겐, 폴리오르쏘에스테르, 및 폴리유산이 이용될 수 있다. 이러한 제제의 제조 방법은 당업자에게 명백할 것이다.
리포솜 현탁액이 또한 약학제적으로 허용 가능한 담체일 수 있다. 이들은, 예를 들어, 미국 특허 제4,522,811(본원에서 전문이 참조로서 포함됨)에서 설명된 바와 같이, 당업자에게 공지된 방법에 따라 제조될 수 있다. 예를 들어, 리포솜 제제는 적절한 지질(들)(예를 들어, 스테아로일 포스파티딜 에탄올아민, 스테아로일 포 스파티딜 콜린, 아라차도일 포스파티딜 콜린, 및 콜레스테롤)을, 이후 증발되어 건조된 지질의 박막을 용기의 표면 상에 남기는 무기 용매에 용해함으로써 제조될 수 있다. 이어서, 활성 화합물의 수용액은 용기 내로 도입된다. 그 후, 지질 물질을 용기의 측면으로부터 유리시키고 지질 응집체를 분산시키기 위해, 용기는 손에 의해 빙빙 돌려지고, 이에 의해 리포솜 현탁액이 형성된다.
치료 방법
추가적인 양태에서, 본 명세서는 본원에 기술된 바와 같은 유효량의 화합물 또는 이의 염 형태, 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 치료 조성물을 제공한다. 치료 조성물은 환자 또는 대상물, 예를 들어 인간과 같은 동물의 단백질 분해를 조절하고, 분해된 단백질을 통해 조절되는 질환 또는 질환 상태를 치료 또는 완화시키기 위해 사용될 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "치료하다", "치료하는", 및 "치료" 등은 본 화합물이 결합하는 단백질을 통해 조절되는 임의의 질환 상태 또는 질환의 치료를 포함하여, 본 화합물이 투여될 수 있는 환자에 대한 이점을 제공하는 임의의 행위을 지칭한다. 본 발명에 따른 화합물을 사용하여 치료될 수 있는 암을 포함하는 질환 상태 또는 질환이 전술되어 있다.
본 명세서는, 질환(예를 들어, 암)의 치료 또는 완화를 위한 관심 단백질의 분해를 수행하기 위한 본원에 기술된 바와 같은 치료 조성물을 제공한다. 추가의 특정 구현예에서, 질환은 다발성 골수종이다. 이와 같이, 또 다른 양태에서, 본 명세서는 세포 내 표적 단백질을 유비퀴틴화/분해하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 방법은, 예를 들어, 바람직하게는 연결기 잔기를 통해 연결된 예를 들어 CLM 및 PTM을 포함하는 본원에 기술된 바와 같은 이작용성 화합물을 투여하는 단계를 포함하고, 본원에서 달리 기술되지 않는 이상, CLM은 PTM에 결합되되, CLM은 유비퀴틴 경로 단백질(예를 들어, 유비퀴틴 리가아제, 바람직하게는 세레블론과 같은 E3 유비퀴틴 리가아제)을 인식하고, PTM은 표적 단백질을 인식하여, 표적 단백질이 유비퀴틴 리가아제의 인근에 위치할 경우 표적 단백질의 분해가 일어나 표적 단백질의 분해/그 효과의 억제 및 단백질 레벨의 조절이 일어나도록 한다. 본 발명에 의해 제공되는 단백질 레벨의 조절은 세포(예를 들어, 환자의 세포) 내에서의 해당 단백질의 레벨을 낮춤으로써 표적 단백질을 통해 조절되는 질환 상태 또는 질환의 치료를 제공한다. 소정의 구현예에서, 방법은 본원에 기술된 바와 같은 화합물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 선택적으로, 약제학적으로 혀용 가능한 부형제, 담체, 보강제, 또 다른 생리활성 제제 또는 이들의 조합을 포함한다.
추가의 구현예에서, 본 명세서는, 본원에서 기술된 바와 같은 화합물 또는 그로부터의 염 및 약제학적으로 허용 가능한 부형제, 담체, 보강제, 또 다른 생리활성 제제 또는 이들의 조합의 유효량(예를 들어, 약제학적으로 허용 가능한 양)을 포함하는 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 것를 포함하여, 대상체 또는 환자(예를 들어 인간과 같은 동물)의 질환, 장애 또는 증상을 치료하거나 완화하기 위한 방법을 제공하되, 조성물은 대상체의 질환 또는 장애 또는 증상을 치료하거나 완화시키는 데 효과적이다.
다른 양태에서, 본 명세서는 본 발명에 따른 화합물을 사용하는 생물학적 시스템에서 관심 단백질의 분해의 효과를 식별하는 방법을 제공한다.
다른 구현예에서, 본 발명은, 단백질의 분해가 인간 환자의 체내에서 치료 효과를 생성하는, 단백질을 통해 조절되는 질환 상태 또는 질환의 치료를 필요로 하는 환자의 치료 방법에 관한 것으로서, 이 방법은 본 발명에 따른 화합물의 유효량을 선택적으로 다른 생리활성제와 조합하여 이를 필요로 하는 환자에게 투여하는 단계를 포함한다. 질환 상태 또는 질환은 미생물 제제 또는 바이러스, 박테리아, 진균류, 원생 동물 또는 다른 미생물과 같은 다른 외인성 제제에 의해 야기되는 질환이거나, 질환 상태 및/또는 질환으로 이어지는 단백질의 과발현에 의해 야기되는 질환 상태일 수 있다.
용어 "질환 상태 또는 질환"은 단백질 변이(즉, 환자 체내에서 발현되는 단백질의 양이 상승함)가 발생하고, 환자 체내에서의 하나 이상의 단백질 분해가 이를 필요로 하는 환자에게 유익한 치료 또는 증상의 완화를 제공할 수 있는 임의의 질환 상태 또는 질환을 설명하는 데 사용된다. 특정 경우, 질환 상태 또는 질환은 완치될 수 있다.
본 발명에 따른 화합물을 사용하여 치료될 수 있는 질환 상태 또는 질환은, 예를 들어 천식, 다발성 경화증과 같은 자가 면역 질환, 각종암, 섬모병증, 구개열, 당뇨병, 심장병, 고혈압, 염증성 장질환, 정신 지체, 감정 조절 장애, 비만, 굴절 이상, 불모, 엔젤만 증후군, 카나반병, 체강 질병, 샤르코-마리-투스병, 낭포성 섬유증, 듀센 근이영양증, 혈색소 침착증, 혈우병, 클라인펠터 증후군, 신경 섬유종증, 페닐케톤뇨증, 다낭성 신장 질환, (PKD1) 또는 4 (PKD2) 프라더 윌리 증후군, 시클-세포병, 테이-삭스병, 터너 증후군을 포함한다.
본 발명에 따른 화합물로 치료될 수 있는 다른 질환 상태 또는 질환은, 알츠하이머병, 근위축성 측삭 경화증(루게릭병), 신경성 식욕부진, 불안장애, 죽상경화증, 주의결핍 과잉 행동 장애, 자폐증, 양극성 장애, 만성 피로 증후군, 만성 폐쇄성 폐질환, 크론병, 관상동맥 심장질환, 치매, 우울증, 진성 당뇨병 1유형, 진성 당뇨병 2유형, 간질, 길랭-바레 증후군, 과민성 대장 증후군, 낭창, 대사 증후군, 다발성 경화증, 심근경색증, 비만, 강박장애, 공황장애, 파킨슨병, 건선, 류마티스 관절염, 유육종증, 정신분열증, 혈전 혈관염, 투렛 증후군, 혈관염을 포함한다.
본 발명에 따른 화합물로 치료될 수 있는 또 다른 질환 상태 또는 질환은, 다른 것들 중에서도, 셀룰로플라스민 결핍, 연골 무발생증 유형 II, 연골 연쇄증, 첨두증, 고셔병 유형 2, 급성 간헐적 포르피린증, 캐나반병, 선종성 용종 대장균, ALA 탈수효소 결핍증, 아데닐로숙시네이트 리아제 결핍증, 부신 생식기 증후군, 부신백질이영양증, ALA-D 포르피린증, ALA 탈수효소 결핍증, 알캅톱뇨증, 알렉산더병, 알캅톱뇨성 간경변증, 알파 1-항트립신 결핍증, 알파-1 단백질 분해 억제증, 기종, 근위축성 측삭 경화증 알스트롬 증후군, 알렉산더병, 법랑징형성 부전증, ALA 탈수효소 결핍증, 앤더슨-패브리병, 안드로겐 무감각 증후군, 빈혈 혈관형성 각막종, 혈관종증 망막 (폰 히펠 린도우병), 아페르트 증후군, 지주상손(마르판 증후군), 스티클러 증후군, 관절염증 다발성 선천성 (엘러-댄 로스 증후군 # 관절통증 유형) 운동 실조증, 레트 증후군, 일차 폐고혈압, 샌드호프병, 신경 섬유종증 유형 II, 베어-스티븐슨 큐티스 기라타 증후군, 지중해성 고열, 가족병, 벤자민 증후군, 베타-탈라세미아, 양측 음향 신경 섬유종증(신경 섬유종증 유형 II), V 형 라이덴 혈전증, 블로흐-슐츠베르거 증후군(요실금 색소증), 블룸 증후군, X-결합 측모세포성 빈혈, 본네브-율리히 증후군(터너 증후군), 본빌병(결절성 경화증), 프리온병, 비르트-호그-두베 증후군, 취성 뼈질환(골형성 불완전증), 넓은 엄지-할럭스 증후군(루빈스타인-타이비 증후군), 청동색 당뇨병/청동색 간경변증(혈색소증), 구근 근위축증(케네디병), 버거-그루츠 증후군(지개 단백질 리파아제 결핍증), CGD 만성 육아종성 장애, 굴지 이형성증, 바이오티니다아제 결핍증, 심근병증(누난 증후군), 묘성 증후군, CAVD(선천적 혈관 부재), 카일러 심근 증후군(CBAVD), CEP(선천성 적혈구성 포르피린증), 낭포성 섬유증, 선천성 갑상선 기능 저하증, 연골 이영양증 증후군(연골 무형성증), 귀척추 거대골단 이형성증, 레쉬-니한 증후군, 갈락토스 혈증, 엘러스-댄로스 증후군, 타나토포릭 이형성증, 관병 증후군, 코카인 증후군(가족성 샘종 폴립증), 선천성 적혈구성 포르피린증, 선천성 심장질환, 메트헤모글로빈 혈증/선천성 메트헤모글로빈 혈증, 연골 연쇄증, X-결합 측모세포성 빈혈, 결합조직 질환, 줄기 이상 안면 증후군, 쿨리 빈혈(베타-탈라세미아), 구리 저장 질병(윌슨병), 구리 수송 질환(멘케스병), 유전성 공동발작증, 카우덴 증후군, 두개안면 기형증(크루존 증후군), 크로이츠펠트-야콥병(프리온 병), 코카인 증후군, 카우덴 증후군, 커슈만-바텐-스타이너 증후군(근긴장성이영양증), 베어-스티븐슨 큐티스 기라타 증후군, 원발성 고산소증, 척추골단골간단이형성증(스트루드빅 유형), 근이영양증, 듀센느 및 베커 유형(DBMD), 어셔 증후군, 드 그루시 증후군 및 데제린-소타스 증후군을 포함하는 퇴행성 신경질환, 발달 장애, 원위 척추근육 위축 유형 V, 안드로겐 무감각 증후군, 확산성 소포체 경화증(크라베병), 디 조지 증후군, 디히드로테스토스테론 수용체 결핍증, 안드로겐 무감각 증후군, 다운 증후군, 왜소증, 적혈구 생성 프로토포르피리아 적혈구 5-아미노레불리네이트 합성효소 결핍증, 적혈구성 포르피린증, 적혈구 형성 프로토포르피린증, 적혈구 감소증, 프리드리히 운동실조증, 가족성 발작성 다발성 경화증, 만발성 피부 포르피린증, 가족성 압력민감성 신경병증, 일차 폐고혈압(PPH), 췌장의 섬유낭성 질환, 취약 X 증후군, 갈락토스 혈증, 유전자 뇌장애, 거대 세포 간염(신생 혈색소증), 그론발트-스트란드버그 증후군(탄력섬유성위황색종), 군터병(선천성 적혈구성 포르피린증, 혈색소 침착증, 할그렌 증후군, 겸상 적혈구 빈혈, 혈우병, 간장 적혈구 포르피린증(HEP), 히펠-린다우병(폰 하펜-린다우병), 헌팅턴 병, 허친슨-길포드 프로게리아 증후군(프로게리아), 과식증, 저산소증, 저색소성 빈혈, X-연결 중증 복합 면역 결핍을 포함하는 면역계 장애, 인슬리-애슬리 증후군, 케네디 증후군, 잭슨-바이스 증후군, 유베르트 증후군, 레쉬-니한 증후군, 잭슨-바이스 증후군, 고수산뇨증을 포함하는 신장 질환, 클라인펠터 증후군, 니스트 이형성증, 라쿠나르 치매, 랑거-살디노 연골 무발생증, 모세혈관 확장성 실조증, 린치 증후군, 라이실-히드록실라제 결핍증, 마카도-조셉병, 니스트 이형성증을 포함하는 대사 장애, 마판 증후군, 운동 장애, 모왓-윌슨 증후군, 낭포성 섬유증, 무엔케 증후군, 다발성 신경 섬유종증, 낸스-인슬리 증후군, 낸스-스위니 연골 이형성증, 니만-픽병, 노악 증후군(파이퍼 증후군), 오슬러-웨버-렌두병, 포이츠-예거 증후군, 다낭성 신장 질환, 다발성 섬유성 이형성증(맥쿠네-알브라이트 증후군), 포이츠-예거 증후군, 프라더-라바르트-윌리 증후군, 혈색소증, 원발성 고요 산혈증 증후군(레쉬-니한 증후군), 일차 폐고혈압, 원발성 노인성 퇴행성 치매, 프리온병, 프로게리아(허친슨 길포드 프로게리아 증후군), 진행성 무도병, 만성 유전성 헌팅턴병(헌팅턴병), 진행성 근육 위축증, 척추 근육 위축증, 프로피온산 혈증, 프로토포르피린증, 근위근 이영양증, 폐동맥 고혈압, PXE (탄력성 섬유성 위황색종), Rb(망막 아세포종), 레클링하우젠병(신경 섬유종증 유형 I), 재발성 다발성 경화증, 망막 장애, 망막 모세포종, 레트 증후군, RFALS 유형 3, 리커 증후군, 라일리-데이 증후군, 루지-레비 증후군, 발달지연 및 아칸토시스 니그리칸(SADDAN)을 동반한 중증 무실조증, 리-프라우메니 증후군, 육종, 유방암, 백혈병, 부신(SBLA) 증후군, 경화증 결핵(결절성 경화증), SDAT, 선천성 SED(선천성 척추 뼈끝 이형성증), 스트루드빅 SED(척추골 단골간단 이형성증, 스트루드빅 유형), SEDc(선천성 척추 뼈끝 이형성증), 스트루드빅 유형 SEMD(척추골 단골간단 이형성증, 스트루드빅 유형), 슈프린젠 증후군, 피부 색소 장애, 스미스-렘리-오피츠 증후군, 남아프리카 유전성 포르피린증(변종 포르피린증), 영아 경련 상승성 경련 마비, 언어 및 의사 소통 장애, 스핑고지질증, 테이-삭스병, 척수 소뇌성 실조증, 스티클러 증후군, 뇌졸증, 안드로겐 무감각 증후군, 테트라히드로비오프테린 결핍증, 베타-탈라세미아, 갑상선 질환, 유독한 신경병증(압력 마비와 관련있는 유전성 신경병증), 트레쳐 콜린스 증후군, 삼중 X 증후군(트리플 X 증후군), 트리소미 21(다운 증후군), 트리소미 X, VHL 증후군(폰 히펠-린도우병), 시력 손상 및 실명(알스트롬 증후군), 프롤릭병, 바덴버그 증후군, 바버그-조-프레델리우스 증후군, 바이젠바허-즈베이뷜러 증후군, 울프-허쉬혼 증후군, 울프 주기 병, 바이젠바허-즈베이뮐러 증후군, 및 색소성 건피증을 포함한다.
용어 "종양(neoplasia)" 또는 "암"은, 암 또는 악성 종양, 즉, 종종 정상적인 조직보다 급속히 성장하고 새로운 성장을 시작하게 하는 자극이 중단된 후에도 계속되는 세포 증식에 의한 비정상적인 조직의 형성 및 성장을 초래하는 병리학적 과정을 지칭하기 위해 본 명세서 전반에 걸쳐 사용된다. 악성 종양은 정상 조직과의 구조적 조직 및 기능적 협응이 부분적으로 또는 완전히 결여되어 있고, 대부분 주변 조직을 침범하고, 여러 부위로 전이하며, 적절한 치료를 받지 않으면 제거를 시도한 후 재발하고 환자의 사망을 유발할 수도 있다. 본원에서 사용되는 바와 같은 용어, 종양은 모든 암성 질환을 기술하기 위해 사용되고 악성 백혈병, 복수 종양 및 고형 종양과 관련된 병리적 과정을 포함하거나 포괄한다. 본 화합물들에 의해 단독으로 또는 적어도 하나의 추가적인 항암제와 병행하여 치료될 수 있는 예시적인 암은, 편평-세포 암종, 기저세포 암종, 선암종, 간세포 암종, 신장세포 암종, 방광, 장, 유방, 경부, 대장, 식도, 뇌, 신장, 간, 폐, 인후, 난소, 이자, 전립선, 위장의 암; 백혈병; 양성 및 악성 림프종, 특히 버킷 림프종 및 비 호지킨 림프종; 양성 및 악성 흑색종; 골수 증식성 질환; 유잉 육종, 혈관 육종, 카포시 육종, 지방 육종, 근육 육종, 말초 신경 상피종, 활액 육종, 신경아 교종, 성상 세포종, 희소 돌기 교종, 상직근종, 신경 교종, 신경 아세포종, 신경절 교종, 신경아 교종, 수질 모세포종, 송과선 종양, 수막종, 수막 육종, 신경 섬유종, 및 신경초종을 포함하는 육종; 장암, 유방암, 전립선암, 자궁 경부암, 자궁암, 폐암, 난소암, 고환암, 갑상선암, 성상 세포종, 식도암, 췌장암, 위암, 간암, 대장암, 흑색종; 암육종, 호지킨병, 윌름 종양 및 기형 종양을 포함한다. 본 발명에 따른 화합물을 사용하여 치료할 수 있는 추가적인 암은, 예를 들어, T-계통 급성 림프구성 백혈병(T-ALL), T-계통 림프구성 림프종(T-LL), 말초 T-세포 림프종, 성인 T-세포 백혈병, Pre-B ALL, Pre-B 림프종, 대형 B-세포 림프종, 버킷 림프종, B-세포 ALL, 필라델피아 염색체 양성 ALL, 필라델피아 염색체 양성 CML을 포함한다.
용어 "생리활성제"는, 본 발명에 따른 화합물 이외의, 본 화합물이 사용되는 의도된 치료 및/또는 방지/예방을 수행하는 데 도움이 되는 생물학적 활성을 가진 제제로서 본 발명의 화합물과 조합되어 사용되는 제제를 설명하는 데 사용된다. 본원에서 사용하기에 바람직한 생리활성제는 본 화합물이 사용되거나 투여되는 것과 유사한 약리학적 활성을 갖는 약제들, 예를 들어 항암제, 항바이러스제, 특히 항-HIV 제제 및 항-HCV 제제, 항균제, 항진균제 등을 포함한다.
용어 "추가적인 항암제"는 암을 치료하기 위해 본 발명에 따른 화합물과 조합될 수 있는, 항암제를 설명하는 데에 사용된다. 이들 제제는, 예를 들어, 에버롤리무스, 트라벡테딘, 아브락산, TLK 286, AV-299, DN-101, 파조파닙, GSK690693, RTA 744, ON 0910.Na, AZD 6244(ARRY-142886), AMN-107, TKI-258, GSK461364, AZD 1152, 엔자스타우린, 반데타닙, ARQ-197, MK-0457, MLN8054, PHA-739358, R-763, AT-9263, FLT-3 억제제, VEGFR 억제제, EGFR TK 억제제, 오로라 키나아제 억제제, PIK-1 조절제, Bcl-2 억제제, HDAC 억제제, c-MET 억제제, PARP 억제제, Cdk 억제제, EGFR TK 억제제, IGFR-TK 억제제, 항-HGF 항체, PI3 키나아제 억제제, AKT 억제제, mTORC1/2 억제제, JAK/STAT 억제제, 체크포인트-1 또는 2 억제제, 초점 접착 키나아제 억제제, Map 키나아제 키나아제(mek) 억제제, VEGF 트랩 항체, 페메트렉시드, 엘로티닙, 다사타닙, 니로티닙, 데카타닙, 파니투무맙, 암루비신, 오레고보맙, Lep-etu, 노라트렉시드, azd2171, 바타불린, 오파투무맙, 자놀리무맙, 에도테카린, 테트란드린, 루비테칸, 테스밀리펜, 오브리머젠, 티실리무맙, 이필리무맙, 고시폴, Bio 111, 131-I-TM-601, ALT-110, BIO 140, CC 8490, 시렌지티드, 지마테칸, IL13-PE38QQR, INO 1001, IPdR1 KRX-0402, 루칸톤, LY317615, 뉴라디압, 비테스판, Rta 744, Sdx 102, 타람파넬, 아트라센탄, Xr 311, 로미뎁신, ADS-100380, 수니티닙, 5-플루오로우라실, 보리노스타트, 에토포시드, 겜시타빈, 독소루비신, 리포소말 독소루비신, 5'-데옥시-5-플루오로우리딘, 빈크리스틴, 테모졸로마이드, ZK-304709, 셀리시클립; PD0325901, AZD-6244, 카페시타빈, L-글루탐산, N-[4-[2-(2-아미도-4,7-디히드로-4-옥소-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-5-일)에틸]벤조일]-, 디나트륨염, 헵타히드레이트, 캄프토테신, PEG-라벨 이리노테칸, 타목시펜, 토레미텐 시트레이트, 아나스트라졸, 익세메스탄, 레트로졸, DES(디에틸스틸베스트롤), 에스트라디올, 에스트로겐, 결합된 에스트로겐, 베바시주맙, IMC-1C11, CHIR-258); 3-[5-(메틸술포닐피페라딘메틸)-인돌릴-퀴놀론, 바탈라닙, AG-013736, AVE-0005, 고세레린 아세테이트, 류프롤리드 아세테이트, 트립톨레린 파모에이트, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 히드록시프로게스테론 카프로에이트, 메게스트롤 아세테이트, 랄로시펜, 비카루타미드, 플루타미드, 닐루타미드, 메게스트롤 아세테이트, CP-724714; TAK-165, HKI-272, 엘로티닙, 라파타닙, 카네르티닙, ABX-EGF 항체, 에르비툭스, EKB-569, PKI-166, GW-572016, 이오나파르닙, BMS-214662, 티피파르닙; 아미포스틴, NVP-LAQ824, 수베로일 아날리드 히드록사믹산, 발프로익산, 트리코스타틴 A, FK-228, SU11248, 소라페닙, KRN951, 아미노글루테티미드, 아른사크린, 아나글레리드, L-아스파라기나제, 바클리우스 칼멧-게렝(Bacillus Calmette-Guerin, BCG) 백신, 아드리아마이신, 브레오마이신, 부세레린, 부술판, 카보플라틴, 카무스틴, 클로라부실, 시스플라틴, 클라드리빈, 클로드로네이트, 사이플로테론, 사이타라빈, 다카바진, 닥티노마이신, 다우노루비신, 디에틸스틸베스트롤, 에피루비신, 플루다라빈, 플루드로코르티손, 플루옥시메스테론, 플루타미드, 글리벡, 겜시타빈, 히드록시우레아, 이다루비신, 이포스파미드, 이마티닙, 류프로리드, 레바미솔, 로무스틴, 메클로레타민, 멜파란, 6-메르캅토푸린, 메스나, 메토트렉세이트, 미토마이신, 미토탄, 미톡산트론, 닐루타미드, 옥트레오티드, 옥살리플라틴, 파미드로네이트, 펜토스타틴, 플리카마이신, 포르피머, 프로카바진, 랄티트렉시드, 리툭시맙, 스트렙토조신, 테니포시드, 테스토스테론, 탈리도미드, 티오구아닌, 티오테파, 트레티노인, 빈데신, 13-시스-레티노익산, 페닐알라닌 머스타드, 우라실 머스타드, 에스트라머스틴, 알트레타민, 플록스우리딘, 5-데오옥시우리딘, 시토신 아라비노시드, 6-메캅토푸린, 데옥시코포마이신, 칼시트리올, 발루비신, 미스라마이신, 빈블라스틴, 비노렐빈, 토포테칸, 라족신, 마리마스타트, COL-3, 네오바스타트, BMS-275291, 스쿠알라민, 엔도스타틴, SU5416, SU6668, EMD121974, 인터루킨-12, IM862, 안지오스타틴, 비탁신, 드롤옥시펜, 이독시펜, 스피로노락톤, 피나스테리드, 시미티딘, 트라스투주맙, 데니루킨 디프티톡스, 게페티닙, 보르테지밉, 파크리탁셀, 크레모포르-프리 파크리탁셀, 도세탁셀, 에피티론 B, BMS- 247550, BMS-310705, 드롤옥시펜, 4-히드록시타목시펜, 피펜독시펜, ERA-923, 아르족시펜, 풀베스트란트, 아콜비펜, 라소프옥시펜, 이독시펜, TSE-424, HMR- 3339, ZK186619, 토포테칸, PTK787/ZK 222584, VX-745, PD 184352, 라파마이신, 40-O-(2-히드록시에틸)-라파마이신, 템시롤리무스, AP-23573, RAD001, ABT-578, BC-210, LY294002, LY292223, LY292696, LY293684, LY293646, 보르트마닌, ZM336372, L-779,450, PEG-필그라스팀, 다베포에틴, 에스트로포에틴, 과립구 콜로니 자극 인자, 졸렌드로네이트, 프레드니손, 세툭시맙, 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자, 히스트레린, 페그인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2a, 페그인터페론 알파-2b, 인터페론 알파-2b, 아자시티딘, PEG-L-아스파라기나제, 레날리도미드, 겜투주맙, 히드로코르티손, 인터루킨-11, 덱스라조산, 알렘투주맙, 모든 트랜스레틴산, 케토코나졸, 인터루킨-2, 메게스트록, 면역 글로불린, 질소 머스타드, 메틸프레드니솔론, 이브리트주모맙 티욱세탄, 안드로겐, 데시타빈, 헥사메틸멜라닌, 벡사로텐, 토시투모맙, 삼산화비소, 코르티손, 에디트로네이트, 미토탄, 시클로스포린, 립소말 다우노루비신, 에드비나-아스파라기나제, 스트론튬 89, 카소피탄트, 네투피탄트, NK-1 수용체 길항제, 파로노세트론, 아프레피탄트, 디펜히드라민, 히드록시진, 메토클로프라미드, 로라제팜, 알프라졸람, 할로페리돌, 드로페리돌, 드로나비놀, 덱사메타손, 메틸프레드니솔론, 프로클로르페라진, 그라니세트론, 온단세트론, 돌라세트론, 트로피세트론, 페그필글라스팀, 에리트로포이에틴, 에포에틴 알파, 다베포이에틴 및 이들의 혼합물을 포함한다.
용어 "항 HIV 제제" 또는 "추가적인 항-HIV 제제"는, 예를 들어, 다른 것들 중에서도 뉴클레오시드 역전사 효소 억제제(NRTI), 다른 비뉴클레오티드 역전사 효소 억제제(즉, 본 발명의 대표물이 아닌 것들), 프로테아제 억제제, 융합 억제제를 포함하고, 이들의 예시적인 화합물은, 예를 들어, 3TC(라미부딘), AZT(지도부딘), (-)-FTC, ddI(디다노신), ddC(잘시타빈), 아바카비르(ABC), 테노포비르(PMPA), D-D4FC(리베르세트), D4T(스타부딘), 라시비르, L-FddC, L-FD4C, NVP(네비라핀), DLV(델라비르딘), EFV(에파비렌즈), SQVM(사퀴나비르 메실레이트), RTV(리토나비르), IDV(인디나비르), SQV(사퀴나비르), NFV(넬피나비르), APV(암프레나비르), LPV(로피나비르), 융합 억제제, 예컨대 T-20, 퓨세온 및 이들의 혼합물을 포함하고, 현재 임상 시험 또는 개발 중에 있는 항-HIV 화합물을 포함한다.
본 발명에 따른 화합물과 함께 병행 투여에 사용될 수 있는 다른 항-HIV 제제는, 예를 들어, 다른 것들 중에서, 네비라핀(BI-R6-587), 델라비르딘(U-90152S/T), 에파비렌즈(DMP-266), UC-781 (N-[4-클로로-3-(3-메틸-2-부테닐옥시)페닐]-2메틸3-푸란카보티아미드), 에트라비린(TMC125), 트로비르딘(Ly300046.HCl), MKC-442(에미비린, 코액티논), HI-236, HI-240, HI-280, HI-281, 릴피비린(TMC-278), MSC-127, HBY 097, DMP266, 바이칼린(TJN-151) ADAM-II(메틸 3',3'-디클로로-4',4"-디메톡시-5',5"-비스(메톡시카보닐)-6,6-디페닐헥세노에이트), 메틸 3-브로모-5-(1-5-브로모-4-메톡시-3-(메톡시카보닐)페닐)헵트-1-에닐)-2-메톡시벤조에이트(알케닐디아릴메탄 유사체, 아담 유사체), (5-클로로-3-(페닐술피닐)-2'-인돌카복사미드), AAP-BHAP(U-104489 또는 PNU-104489), 카프라비린(AG-1549, S-1153), 아테비르딘(U-87201E), 아우린 트리카복실산(SD-095345), 1-[(6-시아노-2-인돌릴)카보닐]-4-[3-(이소프로필아미노)-2-피리디닐]피페라진, 1-[5-[[N-(메틸)메틸술포닐아미노]-2-인돌릴카보닐-4-[3-(이소프로필아미노)-2-피리디닐]피페라진, 1-[3-(에틸아미노)-2-[피리디닐]-4-[(5-히드록시-2-인돌릴)카보닐]피페라진, 1-[(6-포르밀-2-인돌릴)카보닐]-4-[3-(이소프로필아미노)-2-피리디닐]피페라진, 1-[[5-(메틸술포닐옥시)-2-인돌릴)카보닐]-4-[3-(이소프로필아미노)-2-피리디닐]피페라진, U88204E, 비스(2-니트로페닐)술폰(NSC 633001), 칼라노리드 A(NSC675451), 칼라노리드 B, 6-벤질-5-메틸-2-(시클로헥실옥시)피리미딘-4-온(DABO-546), DPC 961, E-EBU, E-EBU-dm, E-EPSeU, E-EPU, 포스카르넷(포스카비르), HEPT(1-[(2-히드록시에톡시)메틸]-6-(페닐티오)티민), HEPT-M(1-[(2-히드록시에톡시)메틸]-6-(3-메틸페닐)티오)티민), HEPT-S(1-[(2-히드록시에톡시)메틸]-6-(페닐티오)-2-티오티민), 이노필룸 P, L-737,126, 미쉘라민 A(NSC650898), 미쉘라민 B(NSC649324), 미쉘라민 F, 6-(3,5-디메틸벤질)-1-[(2-히드록시에톡시)메틸]-5-이소프로필우라실, 6-(3,5-디메틸벤질)-1-(에톡시메틸)-5-이소프로필우라실, NPPS, E-BPTU(NSC 648400), 올티프라즈(4-메틸-5-(피라지닐)-3H-1,2-디티올-3-티온), N-{2-(2-클로로-6-플루오로페네틸]-N'-(2-티아졸릴)티오우레아(PETT Cl, F 유도체), N-{2-(2,6-디플루오로페네틸]-N'-[2-(5-브로모피리딜)]티오우레아{PETT 유도체), N-{2-(2,6-디플루오로페네틸]-N'-[2-(5-메틸피리딜)]티오우레아{PETT 피리딜 유도체), N-[2-(3-플루오로푸라닐)에틸]-N'-[2-(5-클로로피리딜)]티오우레아, N-[2-(2-플루오로-6-에톡시페네틸)]-N'-[2-(5-브로모피리딜)]티오우레아, N-(2-페네틸)-N'-(2-티아졸릴)티오우레아(LY-73497), L-697,639, L-697,593, L-697,661, 3-[2-(4,7-디플루오로벤즈옥사졸-2-일)에틸}-5-에틸-6-메틸(피페리딘-2(1H)-티온(2-피리디논 유도체), 3-[[(2-메톡시-5,6-디메틸-3-피리딜)메틸]아민]-5-에틸-6-메틸(피페리딘-2(1H)-티온, R82150, R82913, R87232, R88703, R89439(로비리드), R90385, S-2720, 수라민 나트륨, TBZ (티아졸로벤즈이미다졸, NSC 625487), 티아졸로이소인돌-5-온, (+)(R)-9b-(3,5-디메틸페닐-2,3-디히드로티아졸로[2,3-a]이소인돌-5(9bH)-온, 티비라핀(R86183), UC-38 및 UC-84로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있는 다른 (즉, 본 발명에 따른 NNRTI와 다른) NNRTI를 포함한다.
용어 "약제학적으로 허용 가능한 염"은 본 명세서 전반에 걸쳐, 적용 가능한 경우, 화합물의 용해 및 생체이용률을 증진시키는 목적으로, 환자의 위장관의 위장액 내에서의 화합물의 용해도를 증가시키기 위해 존재하는 하나 이상의 화합물의 염 형태를 설명하는 데 사용된다. 약제학적으로 허용 가능한 염은, 적용 가능한 경우, 약제학적으로 허용 가능한 무기 또는 유기 염기 및 산으로부터 유래된 것을 포함한다. 적합한 염은 칼륨 및 나트륨과 같은 알칼리 금속, 칼슘 및 마그네슘과 같은 알칼리 토금속 및 암모늄염으로부터 유래된 것 및 약제학 분야에 공지된 다수의 다른 산 및 염기를 포함한다. 나트륨 및 칼륨 염은 본 발명에 따른 인산염의 중화염으로서 특히 바람직하다.
용어 "약제학적으로 허용 가능한 유도체"는 본 명세서 전반에 걸쳐, 환자에게 투여시 본 화합물 또는 본 화합물의 활성 대사물질을 직접적으로 또는 간접적으로 제공하는 임의의 약제학적으로 허용 가능한 전구약물 형태(예를 들어, 에스테르, 아미드 및 다른 전구약물군)를 설명하는 데 사용된다.
일반 합성 접근법
본원에 기술된 바와 같은 이작용성 분자의 합성 실행 및 최적화는 단계적 또는 모듈식으로 접근될 수 있다. 예를 들어, 표적 분자에 결합하는 화합물의 식별은 적절한 리간드가 즉시 이용 가능하지 않은 경우, 높은 또는 중간 처리량 스크리닝 캠페인을 포함할 수 있다. 초기 리간드가 적절한 시험관 내 및 약리학적 및/또는 ADMET 분석법으로부터의 데이터에 의해 식별된 바와 같은 차선의 양태를 개선하기 위한 반복 설계 및 최적화 주기를 필요로 하는 것은 드문 일이 아니다. 최적화/SAR 캠페인의 일부는 치환 내성이 있는 리간드의 위치를 탐색하는 것이며, 이는 본원에서 전술한 연결기 화학 물질을 부착하는 적절한 위치일 수 있다. 결정 구조 또는 NMR 구조 데이터가 이용 가능한 경우, 이는 이러한 합성 노력을 집중하는데 사용될 수 있다.
매우 유사한 방식으로, E3 리가아제(즉, ULM/CLM)에 대한 리간드를 식별하고 최적화할 수 있다.
당면한 PTM 및 ULM(예를 들어, CLM)을 사용하여, 당업자는 연결기 잔기의 유무에 상관없이 이들의 조합에 대해 공지된 합성 방법을 사용할 수 있다. 연결기 잔기는, 다양한 조성, 길이 및 유연성으로 합성될 수 있고, PTM 및 ULM 기가 연결기의 원위 단부에 순차적으로 부착될 수 있도록 기능화될 수 있다. 따라서, 시험관 내 및 생체 내 약리학 및 ADMET/PK 연구에서 이작용성 분자의 라이브러리를 구현하고 프로파일링할 수 있다. PTM 및 ULM 기와 같이, 최종 이작용성 분자는 원하는 특성을 갖는 분자를 식별하기 위해 반복 설계 및 최적화 주기를 거칠 수 있다.
본 명세서에 기술된 예시적인 화합물은, 반응식 2-30, 2-31, 2-40, 2-41, 2-45, 및 2-46에 따라 제조된 우측 키 단편의 연결로 합성될 수 있다. 본 출원에서 청구된 대표적인 화합물의 상세한 제조는, 또한 반응식 3-10, 3-56, 3-58, 및 3-72에 기술되어 있다.
A. 예시적인 세레블론 리간드 일반 합성 반응식
합성 반응식 2-30, 2-31, 2-40, 2-41, 2-45, 및 2-46은 CRBN 리간드 및 연결된 부분적인 연결기 잔기를 갖는 CRBN 리간드를 제조하는 데 사용되는 경로를 기술한다.
중간 생성물 제조를 위한 일반 합성 반응식 2-30.
Figure pct00254
중간 생성물 제조를 위한 일반 합성 반응식 2-31.
Figure pct00255
중간 생성물 제조를 위한 일반 합성 반응식 2-40.
Figure pct00256
중간 생성물 제조를 위한 일반 합성 반응식 2-41.
Figure pct00257
중간 생성물 제조를 위한 일반 합성 반응식 2-45.
Figure pct00258
중간 생성물 제조를 위한 일반 합성 반응식 2-46.
Figure pct00259
B. 예시적인 PROTAC 일반 합성 반응식
합성 반응식 3-10, 3-56, 3-58, 및 3-72는 본 출원에서 청구된 대표적인 키메라 화합물의 제조에 사용되는 경로를 기술한다.
청구된 화합물 제조를 위한 일반 합성 반응식 3-10.
Figure pct00260
청구된 화합물 제조를 위한 일반 합성 반응식 3-56.
Figure pct00261
청구된 화합물 제조를 위한 일반 합성 반응식 3-58.
Figure pct00262
청구된 화합물 제조를 위한 일반 합성 반응식 3-72.
Figure pct00263
예시적인 PROTAC 1의 합성
Figure pct00264
2-(4-(4-클로로페닐)-2,3,9-트리메틸-6H-티에노[3,2-f][1,2,4]트리아졸[4,3-a][1,4]디아제핀-6-일)-N-(3-(3-((3-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일)옥시)프로폭시)프로필)아세트아미드
합성 반응식:
Figure pct00265
DCM(1 mL) 중 (S)-2-(4-(4-클로로페닐)-2,3,9-트리메틸-6H-티에노[3,2-f][1,2,4]트리아졸로[4,3-a][1,4]디아제핀-6-일)아세트산(20.6 mg, 0.051 mmol) 및 1-(5-(3-(3-아미노프로폭시)프로폭시)퀴놀린-3-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온 염화수소(21.6 mg, 0.053 mmol) 용액에 디이소프로필에틸아민(0.022 mL, 0.128 mmol), HATU (20.1 mg, 0.053 mmol)를 첨하하고, 이를 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 반응물을 NaHCO3 용액으로 세척하고 유기층을 분리시키고 건조시켰다. 생성물을 실리카 상의 컬럼 크로마토그래피(10% MeOH/DCM)로 정제하여 2-(4-(4-클로로페닐)-2,3,9-트리메틸-6H-티에노[3,2-f][1,2,4]트리아졸[4,3-a][1,4]디아제핀-6-일)-N-(3-(3-((3-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일)옥시)프로폭시)프로필)아세트아미드(25 mg, 65%)를 수득하였다.
LCMS (m/e+) = 753.35 [M+H]+ 및 m/e+ = 377.17 [M+2H]2+
예시적인 PROTAC 29의 합성
Figure pct00266
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(6-((1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)옥시)헥실)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식 파트 1- N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00267
1 단계: 6-(4-(삼차-부톡시카보닐)피페라진-1-일)니코틴산의 합성
Figure pct00268
6-클로로니코틴산(1.6 g, 10.0 mmol)을 N,N-디메틸아세트아미드(15 mL)에 용해시키고, 여기에 삼차-부틸 피페라진-1-카복실레이트(1.9 g, 10.0 mmol) 및 에틸디이소프로필아민(2.6 g, 20 mmol)을 첨가한 후, 130
Figure pct00269
에서 밤새 교반하였다. 반응 혼합물을 감압 하에서 농축시키고, 수득된 잔류물에 1 M 수성 NaOH 용액(10 mL)을 첨가한 후, CHCl3(50 mL)로 세척하였다. 수성층의 pH를 1 M 염산의 첨가로 약 6 내지 7로 조정한 후, CHCl3(50 mL x 3)로 추출하였다. 유기층을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 용매를 감압 하에서 농축시켰다. 수득된 잔류물을 실리카 겔 컬럼 크로마토그래피(CH2Cl2/MeOH = 10/1)로 정제하여 6-(4-(삼차-부톡시카보닐)피페라진-1-일)니코틴산(2.0 g, 65% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건으로 0.7분). 순도 83.17%, Rt = 1.312분, 산출된 MS: 307.15; 검출된 MS: 308.2 [M+H]+.
화학식: C15H21N3O4, 분자량: 307.34
2 단계: 삼차-부틸 4-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00270
디클로로메탄(20 mL) 중 6-(4-(삼차-부톡시카보닐)피페라진-1-일)니코틴산(614 mg, 2.0 mmol), 4-((1r,3r)-3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸시클로부톡시)-2-클로로벤조니트릴 염화수소(630 mg, 2.0 mmol), 2-(7-아자-1H-벤조트리아졸-1-일)-1,1,3,3-테트라메틸우로늄 헥사플루오로포스페이트(1.1 g, 3.0 mmol) 및 에틸디이소프로필아민(516 mg, 4.0 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 실온에서 교반하였다. 물(50 mL)을 첨가하고 디클로로메탄(50 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(50 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 농축시켜 잔류물을 수득하였고, 이를 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/1)로 정제하여 삼차-부틸 4-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-카복실레이트(977 mg, 86 % 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 88.26%, Rt = 2.161분, 산출된 MS: 567.26; 검출된 MS: 568.3 [M+H]+.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ1.12 (6H, s), 1.22 (6H, s), 1.43 (9H, s), 3.42-3.44 (4H, m), 3.60-3.63 (4H, m), 4.02-4.07 (1H, m), 4.31 (1H, s), 6.88 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.00 (1H, dd, J = 8.4, 2.4 Hz), 7.21 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.65 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.91 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.99 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 8.64 (1 H, d, J = 2.4 Hz).
화학식: C30H38ClN5O4, 분자량: 568.11
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 38.
3 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드 염화수소의 합성
Figure pct00271
HCl/1,4-디옥산(10 mL) 중 삼차-부틸 4-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸 카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-카복실레이트(405 mg, 0.7 mmol)의 혼합물을 실온에서 4시간 동안 교반하였다. 용매를 진공 중에서 제거하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드 염화수소(353 mg, 100% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1,791분; 산출된 MS: 467.21; 검출된 MS: 468.3 [M+H]+.
화학식: C25H31Cl2N5O2, 분자량: 504.45
합성 반응식 파트 2
Figure pct00272
4 단계: 4,5-디클로로-2-(4-메톡시벤질)피리다진-3(2H)-온의 합성
Figure pct00273
N' , N' -디메틸포름아미드(100 mL) 중 4,5-디클로로피리다진-3(2H)-온(5.0 g, 30.5 mmol), 1-(클로로메틸)-4-메톡시벤젠(7.1 g, 45.7 mmol) 및 탄산 칼륨(12.6 g, 91.5 mmol)의 혼합물을 실온에서 12시간 동안 교반하였다. 혼합물을 물에 붓고 에틸 아세테이트(100 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 진공 중에서 농축시키고, 잔류물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 3/1)로 정제하여 4,5-디클로로-2-(4-메톡시벤질)피리다진-3(2H)-온(6.3 g, 73% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS (Agilent LCMS 1200-6110, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 1.5 mL/분; 이동상: 1.5분 내 95% [물 + 0.05% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.05% TFA] 내지 0% [물 + 0.05% TFA] 및 100% [CH3CN + 0.05 % TFA], 이어서 이 조건으로 0.5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 0.05% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.05% TFA]으로 변경, 이 조건에서 0.1분). Rt = 1.220분; 산출된 MS: 284.0; 검출된 MS: 285.1 [M+H]+.
화학식: C12H10Cl2N2O2, 분자량: 285.13
5 단계: 5-(6-(벤질옥시)헥실옥시)-4-클로로-2-(4-메톡시벤질)피리다진-3(2H)-온의 합성
Figure pct00274
건조된 THF(100 mL) 중 6-(벤질옥시)헥산-1-올(1.04 g, 50 mmol) 용액에 60% NaH(240 mg, 60 mmol)를 0℃에서 첨가한 후, 이를 30분 동안 교반하고, 4,5-디클로로-2-(4-메톡시벤질)피리다진-3(2H)-온(1.42 g, 50 mmol)을 첨가하고, 생성된 혼합물을 밤새 환류시켰다. 실온으로 냉각시킨 후, 혼합물을 수성 NH4Cl로 급냉시키고, 에틸 아세테이트(50 mL X 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 식염수(50 mL)로 세척하고, Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시키고, 잔류물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 10/1)로 정제하여 5-(6-(벤질옥시)헥실옥시)-4-클로로-2-(4-메톡시벤질)피리다진-3(2H)-온(1.59 g, 70% 수율)을 무색 겔로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.40-1.47 (4H, m), 1.59-1.65 (2H, m), 1.69-1.75 (2H, m), 3.46 (2H, t, J = 6.4 Hz), 3.78 (3H, s), 4.50 (2H, s), 4.56 (2H, t, J = 6.4 Hz), 5.21 (2H, s), 6.85 (2H, d, J = 8.4 Hz), 7.26-7.29 (1H, m), 7.33-7.38 (6H, m), 7.69 (1H, s).
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 29.
6 단계: 5-(6-(벤질옥시)헥실옥시)-4-클로로피리다진-3(2H)-온의 합성
Figure pct00275
0℃의 CH3CN(30 mL) 중 5-(6-(벤질옥시)헥실옥시)-4-클로로-2-(4-메톡시벤질)피리다진-3(2H)-온(450 mg, 1 mmol) 용액에 H2O(10 mL) 중 CAN(1.37 g, 2.5 mmol)을 첨가하고, 이 용액을 실온으로 가온한 후 밤새 교반하였다. 이 시점에서, 혼합물을 에틸 아세테이트(30 mL)와 반포화 식염수(20 mL) 사이에서 분리시켰다. 상을 분리시키고, 수성상을 에틸 아세테이트(30 mL)로 추출한 후, CH2Cl2(30 mL)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 건조시키고(Na2SO4), 여과하고, 진공 중에서 농축시켰다. 미정제 생성물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 10/1)로 정제하여 5-(6-(벤질옥시)헥실옥시)-4-클로로피리다진-3(2H)-온(250 mg, 74% 수율)을 황색 겔로서 수득하였다.
LC-MS (Agilent LCMS 1200-6110, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 1.5 mL/분; 이동상: 1.5분 내 95% [물 + 0.05% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.05% TFA] 내지 0% [물 + 0.05% TFA] 및 100% [CH3CN + 0.05 % TFA], 이어서 이 조건으로 0.5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 0.05% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.05% TFA]으로 변경, 이 조건에서 0.1분). Rt = 1.346분; 산출된 MS: 336.1; 검출된 MS: 337.3 [M+H]+.
화학식: C17H21ClN2O3, 분자량: 336.81.
7 단계: 3-(4-(6-(벤질옥시)헥실옥시)-5-클로로-6-옥소피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00276
아세토니트릴(40 mL) 중 5-(6-(벤질옥시)헥실옥시)-4-클로로피리다진-3(2H)-온(250 mg, 0.74 mmol), 3-브로모피페리딘-2,6-디온(143 mg, 0.74 mmol) 및 탄산 칼륨(205 mg, 1.48 mmol)의 혼합물을 실온에서 3일 동안 교반한 후, 여과하였다. 여과물을 농축시키고 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 3/2)로 정제하여 3-(4-(6-(벤질옥시)헥시옥시)-5-클로로-6-옥소피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온(180 mg, 54% 수율)을 연황색 겔로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.40-1.49 (4H, m), 1.61-1.66 (2H, m), 1.72-1.78 (2H, m), 2.20-2.24 (1H, m), 2.65-2.79 (2H, m), 2.86-2.90 (1H, m), 3.47 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.50 (2H, s), 4.55-4.61 (2H, m), 5.65 (1H, dd, J =10.8, 5.6 Hz), 7.26-7.34 (5H, m), 7.76 (1H, s), 8.46 (1H, s).
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 26.
8 단계: 3-(4-(6-히드록시헥실옥시)-6-옥소피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00277
MeOH(20 mL) 중 3-(4-(6-(벤질옥시)헥시옥시)-5-클로로-6-옥소피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온(180 mg, 0.4 mmol) 및 활성탄 상 10% 팔라듐(100 mg)의 혼합물을 1 기압 수소 분위기 하 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 이를 여과하여 고체를 제거하고, 여과물을 농축시켜 3-(4-(6-히드록시헥실옥시)-6-옥소피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온(118 mg, 90% 수율)을 연황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 1.34-1.45 (6H, m), 1.71-1.77 (2H, m), 2.04-2.08 (1H, m), 2.46-2.60 (2H, m), 2.84-2.90 (1H, m), 3.39 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.02 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.72 (1H, brs), 5.69 (1H, dd, J =12.4, 5.2 Hz), 6.77 (1H, d, J =5.2 Hz), 7.82 (1H, d, J =4.8 Hz), 11.03 (1H, s).
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 21.
9 단계: 6-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일옥시)헥사날의 합성
Figure pct00278
CH2Cl2(30 mL) 중 3-(4-(6-히드록시헥실옥시)-6-옥소피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온(64 mg, 0.2 mmol) 용엑에 데스-마틴 시약(127 mg, 0.6 mmol)을 첨가하고, 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 흡입으로 용해되지 않은 고체를 제거한 후, 여과물을 실온에서 농축시켜 미정제 6-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일옥시)헥사날(64 mg, 99% 수율)을 백색 반고체로서 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
LC-MS (Agilent LCMS 1200-6110, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 1.5 mL/min; 이동상: 1.5분 내 95% [물 + 0.05% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.05% TFA] 내지 0% [물 + 0.05% TFA] 및 100% [CH3CN + 0.05 % TFA], 이어서 이 조건으로 0.5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 0.05% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.05% TFA]으로 변경, 이 조건에서 0.1분). Rt = 0.721분; 산출된 MS: 321.1; 검출된 MS: 322.3 [M+H]+.
화학식: C15H19N3O5, 분자량: 321.33.
10 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(6-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일옥시)헥실)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00279
MeOH(5 mL) 중 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드 염화수소(100 mg, 0.2 mmol) 용액에 CH2Cl2(5 mL) 중 6-(1-(1,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일옥시)헥사날(64 mg, 0.2 mmol) 용액을 첨가하고, NaBH3CN(40 mg, 0.6 mmol)을 첨가한 후, 생성된 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 반응 혼합물을 농축시키고, 물(10 mL)로 희석시키고 CH2Cl2(20 mL x 2)로 추출하였다. 유기 추출물을 식염수(20 mL)로 세척하고, Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고, 농축시키고, 프렙-TLC로 정제하고 이어서 프렙-HPLC로 정제하여, N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(6-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일옥시)헥실)피페라진-1-일)니코틴아미드(20 mg, 13% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 94.07%, Rt = 2.741분, 산출된 MS: 772.4; 검출된 MS: 773.3 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 93.35%, Rt = 9.681분.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.21 (6H, s), 1.25 (6H, s), 1.39-1.44 (2H, m), 1.49-1.62 (4H, m), 1.87-1.93 (2H, m), 2.24-2.28 (1H, m), 2.36-2.43 (2H, m), 2.56 (4H, s), 2.70-2.81 (2H, m), 2.87-2.92 (1H, m), 3.66-3.69 (4H, m), 4.00-4.04 (3H, m), 4.14 (1H, d, J = 8.0 Hz), 5.74 (1H, dd, J = 11.2, 5.6 Hz), 6.07 (1H, d, J = 8.4 Hz), 6.40 (1H, d, J = 4.8 Hz), 6.66 (1 H, d, J = 8.8 Hz), 6.80 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 6.96 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.57 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.71 (1H, d, J = 4.8 Hz), 7.93 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 8.16 ( 1H, brs), 8.58 (1H, d, J = 2.4 Hz),
화학식: C40H49ClN8O6, 분자량: 773.32
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 49.
예시적인 PROTAC 30의 합성
Figure pct00280
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((3-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-메틸-4-옥소-3,4-디히드로퀴나졸린-8-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식
Figure pct00281
1 단계: 3-(8-히드록시-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00282
아세토니트릴(30 mL) 중 2-아미노-3-히드록시벤조산(2.0 g, 13.1 mmol) 및 이미다졸(2.0 g, 29.4 mmol)의 교반된 혼합물에 염화아세틸(2.0 mL, 28.7 mmol)을 실온에서 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 2일 동안 교반하였다. 혼합물에 3-아미노-피페리딘-2,6-디온 염화수소(2.2 g, 13.1 mmol), 이미다졸(2.0 g, 29.4 mmol) 및 트리페닐 포스페이트(4.11 mL, 15.7 mmol)를 첨가하고 3일 동안 환류로 가열하였다. 혼합물에 물(60 mL) 및 HCL을 pH = 1까지 첨가하였다. 용매를 진공 중에서 제거하였다. 잔류물에 물(50 mL)을 첨가하였다. 수성층을 에틸 아세테이트(2 x 50 mL)로 추출하였다. 수성층에 탄산수소나트륨(1.8g)을 pH = 7 내지 8이 되도록 첨가하고, 혼합물을 실온에서 교반하여 현탁액을 수득하였다. 현탁액을 여과하고 건조시켜 3-(8-히드록시-2-메틸-4-옥소-4H-퀴나졸린-3-일)-피페리딘-2,6-디온(230 mg, 6% 수율)을 회색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 2.14-2.19 (1H, m), 2.57-2.69 (5H, m), 2.80-2.87 (1H, m), 5.26 (1H, dd, J = 11.6, 5.6 Hz), 7.19 (1H, dd, J = 8.0, 1.6 Hz), 7.30 (1H, t, J = 8.0 Hz), 7.45 (1H, dd, J = 8.0, 1.6 Hz), 9.66 (1H, s), 11.03 (1H, s).
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 13.
2 단계: 3-(8-(5-클로로펜틸옥시)-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00283
DMF(10 mL) 중 3-(8-히드록시-2-메틸-4-옥소-4H-퀴나졸린-3-일)-피페리딘-2,6-디온(91 mg, 0.32 mmol) 및 5-클로로펜틸 4-메틸벤젠술포네이트(88 mg, 0.32 mmol) 용액에 K2CO3(88 mg, 0.64 mmol)를 실온에서 첨가하고, 이를 40℃로 가열하고 2일 동안 교반하였다. 혼합물을 역상 HPLC로 정제하여 3-(8-(5-클로로펜틸옥시)-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온(19 mg, 15% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.65-1.73 (2H, m), 1.87-2.02 (4H, m), 2.13-2.17 (1H, m), 2.66-2.74 (4H, m), 2.89-3.02 (2H, m), 3.60 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.19 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.77 (1H, dd, J = 11.6, 6.4 Hz), 7.21 (1H, d, J = 8.0 Hz), 7.38 (1H, t, J = 8.0 Hz), 7.76 (1H, d, J = 7.2 Hz).
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 21.
3 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(3-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-메틸-4-옥소-3,4-디히드로퀴나졸린-8-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00284
CH3CN(10 mL) 중 3-(8-(5-클로로펜틸옥시)-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온(15 mg, 0.038 mmol), DIEA(25 mg, 0.19 mmol), KI(6 mg, 0.038 mmol) 및 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드(20 mg, 0.038 mmol)의 혼합물을 100℃에서 밤새 교반하였다. 이어서, 이를 기화시키고, 잔류물에 DIEA(25 mg, 0.19 mmol) 및 EtCN (10 mL)를 첨가하고, 용액을 100℃에서 밤새 교반하였다. 이 시점에서 혼합물을 물(10 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(20 mL x 2)로 추출하였다. 유기 추출물을 식염수(10 mL)로 세척하고, 건조시키고(Na2SO4), 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 미정제 생성물을 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(3-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-메틸-4-옥소-3,4-디히드로퀴나졸린-8-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(5.5 mg, 17% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 93.89%, Rt = 1.987분, 산출된 MS: 822.4; 검출된 MS: 823.4 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 93.92%, Rt = 9.851분.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.21 (6H, s), 1.25 (6H, s), 1.59-1.62 (4H, m), 1.90-2.00 (2H, m), 2.14-2.17 (1H, m), 2.70-2.79 (5H, m), 2.86-2.96 (6H, m), 3.15 (1H, dd, J = 14.8, 7.2 Hz), 3.88 (4H, s), 4.05 (1H, s), 4.13-4.20 (3H, m), 4.82 (1H, dd, J = 11.2, 5.6 Hz), 6.14 (1H, d, J = 8.4 Hz), 6.68 (1H, d, J = 9.2 Hz), 6.80 (1 H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 6.96 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.20 (1H, d, J = 8.0 Hz), 7.38 (1H, t, J = 8.0 Hz), 7.57 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.74 (1H, d, J = 8.0 Hz), 7.94 (1H, dd, J = 8.8, 2.0 Hz), 8.30 ( 1H, brs), 8.57 (1H, d, J = 2.0 Hz).
화학식: C44H51ClN8O6, 분자량: 823.38
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 51.
예시적인 PROTAC 33의 합성
Figure pct00285
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1-디옥시도-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식
Figure pct00286
1 단계: 6-((5-히드록시펜틸)옥시)벤조[d]이소티아졸-3(2H)-온 1,1-디옥시드의 합성
Figure pct00287
N,N-디메틸포름아미드(15.0 mL) 중 펜탄-1,5-디올(1.73 g, 16.7 mmol) 용액에 수소화 나트륨(266 mg, 6.66 mmol)을 질소 분위기 하에서 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 1시간 동안 교반하였다. 이어서, 6-니트로벤조[d]이소티아졸-3(2H)-온 1,1-디옥시드(760 mg, 3.33 mmol)를 첨가하고 70oC에서 12시간 동안 교반하였다. 실온으로 냉각시킨 후, 용매를 진공 중에서 제거하였다. 잔류물을 에틸 아세테이트(30 mL x 3) 및 물(30 mL)로 추출하였다. 유기층을 식염수(5 mL)로 세척하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 메탄올(3 mL)로 세척하여 6-((5-히드록시펜틸)옥시)벤조[d]이소티아졸-3(2H)-온 1,1-디옥시드(560 mg, 59%)를 담황색 고체로서 수득하였다.
Agilent LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 78.69%, Rt = 1.159분, 산출된 MS: 285.1; 검출된 MS: 284.2 [M-H]+.
2 단계: 5-((1,1-디옥소-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸 메탄술포네이트의 합성
Figure pct00288
테트라히드로푸란(10.0 mL) 중 6-((5-히드록시펜틸)옥시)벤조[d]이소티아졸-3(2H)-온(120 mg, 0.421 mmol) 용액에 트리에틸아민(85.1 mg, 0.841 mmol) 및 염화 메탄술포닐(38.5 mg, 0.336 mmol)을 질소 분위기 하에서 첨가하였다. 생성된 반응 혼합물을 실온에서 0.5시간 동안 교반하였다. 용매를 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 디클로로메탄(10 mL x 3) 및 물(20 mL)로 추출하였다. 유기상을 건조시키고 진공 중에서 농축시켜 미정제 5-((1,1-디옥소-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸 메탄술포네이트를 황색 오일로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 사용되었다.
Agilent LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (30 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 0.5분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN] 내지 5% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 95% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.5분, 최종적으로 0.1분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.5분). 순도 77.93%, Rt = 0.613분; 산출된 MS: 363.0; 검출된 MS: 362.0 [M-H]+.
3 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((1,1-디옥시도-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00289
아세토니트릴(5 mL) 중 5-((1,1-디옥소-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸 메탄술포네이트(0.421 mmol) 용액에 탄산 칼륨(291 mg, 2.11 mmol) 및 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드 염화수소(212 mg, 0.421 mmol)를 첨가하였다. 생성된 반응 혼합물을 90oC에서 16시간 동안 교반하였다. 용매를 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 에틸 아세테이트(20 mL x 3) 및 물(20 mL)로 추출하였다. 유기상을 건조시키고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((1,1-디옥시도-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(34 mg, 2 단계에서 11%)를 연황색 고체로서 수득하였다.
Agilent LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (30 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 0.5분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN] 내지 5% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 95% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.5분, 최종적으로 0.1분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.5분). 순도 97.67%, Rt = 1.037분, 산출된 MS: 734.3; 검출된 MS: 735.0 [M+H]+.
4 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1-디옥시도-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00290
1,4-디옥산/N,N-디메틸포름아미드(5 mL/0.5 mL) 중 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((1,1-디옥소-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(30 mg, 0.0408 mmol) 용액에 3-브로모피페리딘-2,6-디온(11.8 mg, 0,0612 mmol) 및 삼차-부톡시드 칼륨(9.16 mg, 0.0816 mmol)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 100oC에서 밤새 교반하였다. 실온으로 냉각시킨 후, 빙수(2.0 mL)을 첨가하고, 염산(1 N)으로 pH = 2 내지 3으로 조정한 후, 에틸 아세테이트(20.0 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 식염수(5.0 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-HPLC 및 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 10:1)로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1-디옥시도-3-옥소-2,3-디히드로벤조[d]이소티아졸-6-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(6.8 mg, 20%)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 99.03%, Rt = 3.087분, 산출된 MS: 845.3; 검출된 MS: 846.3 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 96.34%, Rt = 10.536분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 1.19 (6H, s), 1.22 (6H, s), 1.46-1.55 (4H, m), 1.79-1.80 (2H, m), 2.34-2.40 (3H, m), 2.45 (4H, s), 2.54-2.92 (3H, m), 3.59 (4H, s), 4.06 (1H, d, J = 9.2 Hz), 4.20-4.25 (2H, m), 4.30 (1H, s), 5.23-5.28 (0.5H, m), 5.98 (0.5H, t, J = 9.2 Hz), 6.87 (1H, d, J = 9.2 Hz), 6.99-7.02 (1H, m), 7.21 (1H, d, J = 2.0 Hz), 7.35-7.50 (1H, m), 7.63 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.81-7.83 (1H, m), 7.90-8.02 (3H, m), 8.62 (1H, d, J = 2.0 Hz), 11.19 (1H, t, J = 9.6 Hz).
화학식: C42H48ClN7O8S, 분자량: 846.39
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 48.
예시적인 PROTAC 39의 합성
Figure pct00291
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(2-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1-옥소이소인돌린-4-일)옥시)에틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식:
Figure pct00292
1 단계: N-(2,4-디플루오로페닐)-3-메톡시-2-메틸벤즈아미드의 합성
Figure pct00293
디클로로메탄(20 ml) 중 3-메톡시-2-메틸벤조산(5 g, 30 mmol), 옥살릴 염화물(5.6 g, 150 mmol) 및 N,N-디메틸포름아미드(0.1 ml)의 혼합물을 실온에서 2시간 동안 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 휘발성 물질을 감압 하에서 증발시켜 3-메톡시-2-메틸벤조일 염화물(미정제)을 황색 오일로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에서 사용되었다. 디클로로메탄(20 ml) 중 3-메톡시-2-메틸벤조일 염화물(미정제), 2,4-디플루오로아닐린(3.8 g, 30 mmol) 및 트리에틸아민(12 g, 120 mmol)의 혼합물을 실온에서 1시간 동안 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 디클로로메탄(20 mL)으로 희석하고, 식염수(20 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 감압 하에 농축시켜 미정제 잔류물을 수득하고, 이를 실리카 겔 플래쉬 크로마토그래피로 정제하여 N-(2,4-디플루오로페닐)-3-메톡시-2-메틸벤즈아미드(5.8 mg, 69% 수율)를 황색 오일로서 수득하였다.
2 단계: 2-(브로모메틸)-N-(2,4-디플루오로페닐)-3-메톡시벤즈아미드의 합성
Figure pct00294
사염화탄소(30 ml) 중 N-(2,4-디플루오로페닐)-3-메톡시-2-메틸벤즈아미드(5.8 g, 20.9 mmol), N-브로모숙신이미드(3.9 g, 31.4 mmol) 및 AIBN(2,2'-아조비스(2-메틸프로피온니트릴))(342 mg, 2.09 mmol)의 혼합물을 70oC에서 밤새 교반하였다. 휘발성 물질을 감압 하에서 증발시키고 실리카 겔 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(헥산 중 10 내지 20% 에틸 아세테이트로 용리됨)로 정제하여 2-(브로모메틸)-N-(2,4-디플루오로페닐)-3-메톡시벤즈아미드(5.9 g, 80% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC_MS: (ES+): m/z 356.0, 357.9 [M+H]+. tR = 2.907분.
3 단계: 2-(2,4-디플루오로페닐)-4-메톡시이소인돌린-1-온의 합성
Figure pct00295
무수 테트라히드로푸란(20 ml) 중 2-(브로모메틸)-N-(2,4-디플루오로페닐)-3-메톡시벤즈아미드(2.0 g, 5.6 mmol) 용액에 삼차-부타놀레이트 칼륨(테트라히드로푸란 중 1 M, 8.4 ml, 8.4 mmol)을 0℃에서 첨가하고, 생성된 혼합물을 0℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 물(50 mL)과 에틸 아세테이트(50 mL) 사이에서 분리시켰다. 유기층을 수집하고, 식염수(20 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 감압 하에 농축시켜 미정제 잔류물을 수득한 후, 이를 실리카 겔 플래쉬 크로마토그래피(헥산 중 20% 에틸 아세테이트로 용리됨)로 정제하여 2-(2,4-디플루오로페닐)-4-메톡시이소인돌린-1-온(500 mg, 33% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다.
4 단계: 2-(2,4-디플루오로페닐)-4-히드록시이소인돌린-1-온의 합성
Figure pct00296
아세트산 용액(33%, 3 ml) 중 브롬화수소 중 2-(2,4-디플루오로페닐)-4-메톡시이소인돌린-1-온(200 mg, 0.727 mmol)의 혼합물을 100oC에서 2일 동안 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 휘발성 물질을 감압 하에서 증발시키고 실리카 겔 플래쉬 크로마토그래피(헥산 중 30% 내지 50% 에틸 아세테이트로 용리됨)로 정제하여 미정제 잔류물 2-(2,4-디플루오로페닐)-4-히드록시이소인돌린-1-온(180 mg, 95% 수율)을 황색 오일로서 수득하였다.
LC_MS: (ES+): m/z 262.1 [M+H]+. tR = 2.64분.
5 단계: 4-(알릴옥시)-2-(2,4-디플루오로페닐)이소인돌린-1-온의 합성
Figure pct00297
테트라히드로푸란(5 ml) 중 2-(2,4-디플루오로페닐)-4-히드록시이소인돌린-1-온(180 mg, 0.68 mmol), 트리페닐포스핀(539 mg, 2.06 mmol) 및 프롭-2-엔-1-올(119 mg, 2.06 mmol)의 교반된 용액에 테트라히드로푸란(2 ml) 중 디이소프로필 아조디카복실레이트(416 mg, 2.06 mmol)를 첨가하고, 반응 혼합물을 0℃에서 30분 동안 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 휘발성 물질을 감압 하에서 증발시키고 실리카 겔 플래쉬 크로마토그래피(헥산 중 10 내지 20% 에틸 아세테이트로 용리됨)로 정제하여 미정제 잔류물 4-(알릴옥시)-2-(2,4-디플루오로페닐)이소인돌린-1-온(180 mg, 87% 수율)을 무색 오일로서 수득하였다.
LC_MS: (ES+): m/z 302.2 [M+H]+. tR = 2.86분.
6 단계: 2-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1-옥소이소인돌린-4-일)옥시)아세트알데히드의 합성
Figure pct00298
디클로로메탄(20 mL) 중 4-(알릴옥시)-2-(2,4-디플루오로페닐)이소인돌린-1-온(180 mg, 0.59 mmol) 용액에 오존 농축 산소 증기를 반응 혼합물이 진한 청색으로 될 때까지 -78℃에서 버블링하였다. 용액을 -78℃에서 20분 동안 산소로 퍼징하여 과량의 오존을 제거하였다. 이어서, 반응 혼합물에 디메틸 술파이드(1.5 mL, 20.4 mmol)를 -78℃에서 첨가하고, 혼합물을 실온까지 가온하고 밤새 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 감압 하에서 농축시켜 2-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1-옥소이소인돌린-4-일)옥시)아세트알데히드(180 mg, 100%)를 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에서 사용되었다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6): δ 4.68-4.69 (m, 2H), 4.77-4.79 (m, 2H), 6.86-6.93 (m, 4H), 7.33-7.55 (m, 2H), 9.80 (s, 1H).
화학식: C16H11F2NO3; 분자량: 303.26;
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 11;
7 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(2-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1-옥소이소인돌린-4-일)옥시)에틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00299
메탄올(3 mL) 중 2-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1-옥소이소인돌린-4-일)옥시)아세트알데히드(160 mg, 0.53 mmol), N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드(300 mg, 0.6 mmol, 예시적인 PROTAC 29의 합성 중의 중간체) 및 아세트산(2방울)의 교반된 용액에 시아노보로히드라이드 나트륨(150 mg, 2.4 mmol)을 실온에서 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 에틸 아세테이트(40 mL)와 물(20 mL) 사이에서 분리시켰다. 유기층을 수집하고, 식염수(20 ml)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 감압 하에 농축시켜 미정제 잔류물을 수득하였고, 이를 프렙-TLC(디클로로메탄 중 10% 메탄올로 용리됨)로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(2-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1-옥소이소인돌린-4-일)옥시)에틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(50 mg, 3 단계에서 12% 수율)를 연황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CD3OD): δ 1.23 (s, 6H), 1.29 (s, 6H), 2.67-2.82 (m, 4H), 2.92-3.01 (m, 2H), 3.72 (s, 4H), 4.15 (s, 1H), 4.29-4.39 (m, 3H), 4.88 (s, 2H), 6.85-6.87 (m, 2H), 7.10-7.34 (m, 4H), 7.47-7.75 (m, 4H), 7.96-7.98 (m, 1H), 8.61 (s, 1H).
화학식: C41H41ClF2N6O4; 분자량: 755.25;
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 40;
LC_MS: (ES+): m/z 755.6 [M+H]+. tR = 2.534분.
예시적인 PROTAC 41의 합성
Figure pct00300
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식:
Figure pct00301
1 단계: 2-(2,4-디플루오로페닐)-5-히드록시이소인돌린-1,3-디온의 합성
Figure pct00302
아세토니트릴(50 ml) 중 4-히드록시프탈산(2 g, 10.98 mmol) 용액에 1,1'-카보닐디이미다졸(3.9 g, 24.16 mmol)을 실온에서 나누어 첨가하였다. 30분 동안 교반한 후, 2,4-디플루오로아닐린(1.6 g, 12.08 mmol)을 첨가하고, 생성된 혼합물을 70℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 에틸 아세테이트(50 mL) 및 물(50 mL) 사이에서 분리시키고, 유기층을 식염수(50 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 감압 하에 농축시켜 미정제 생성물을 수득하고, 이를 실리카 겔 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(헥산 중 25 내지 35%의 에틸 아세테이트로 용리됨)로 정제하여 2-(2,4-디플루오로페닐)-5-히드록시이소인돌린-1,3-디온(2.1 g, 70% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다.
LC_MS: (ES+): m/z 276.1 [M+H]+. tR = 2.462분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6): δ 7.21-7.31 (m, 3H), 7.51-7.56 (m, 1H), 7.60-7.66 (m, 1H), 7.83 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 11.17 (br, 1H).
화학식: C14H7F2NO3; 분자량: 275.21;
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 7.
2 단계: 2-(2,4-디플루오로페닐)-5-((5-히드록시펜틸)옥시)이소인돌린-1,3-디온의 합성
Figure pct00303
N,N-디메틸포름아미드(5 ml) 중 2-(2,4-디플루오로페닐)-5-히드록시이소인돌린-1,3-디온(300 mg, 1.09 mmol), 5-히드록시펜틸 4-메틸벤젠술포네이트(282 mg, 1.09 mmol) 및 탄산칼륨(301 mg, 2.18 mmol)의 혼합물을 50℃에서 밤새 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 에틸 아세테이트(30 mL) 및 물(30 mL) 사이에서 분리시키고, 유기층을 식염수(30 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 감압 하에 농축시켜 미정제 생성물을 수득하고, 이를 실리카 겔 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(헥산 중 40 내지 50%의 에틸 아세테이트로 용리됨)로 정제하여 2-(2,4-디플루오로페닐)-5-((5-히드록시펜틸)옥시)이소인돌린-1,3-디온(217 mg, 55% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
LC_MS: (ES+): m/z 362.1 [M+H]+. tR = 2.658분.
1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 1.57-1.69 (m, 4H), 1.88-1.91 (m, 2H), 3.70 (t, J = 6.2 Hz, 2H), 4.12 (t, J = 6.4 Hz, 2H), 6.99-7.05 (m, 2H), 7.22-7.24 (m, 1H), 7.31-7.36 (m, 1H), 7.40-7.41 (m, 1H), 7.85 (d, J = 8.4 Hz, 1H).
화학식: C19H17F2NO4; 분자량: 361.34;
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 16.
3 단계: 5-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일)옥시)펜틸 4-메틸벤젠술포네이트의 합성
Figure pct00304
디클로로메탄(20 ml) 중 2-(2,4-디플루오로페닐)-5-((5-히드록시펜틸)옥시)이소인돌린-1,3-디온(217 mg, 0.60 mmol), 트리에틸아민(122 mg, 1.20 mmol) 및 N,N-디메틸피리딘-4-아민(7.3 mg, 0.06 mmol) 용액에 4-톨루엔술포닐 염화물(171 mg, 0.90 mmol)을 0℃에서 첨가하고, 반응 혼합물을 실온까지 가온하고 밤새 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 디클로로메탄(30 mL)으로 희석시키고, 물(50 mL)로 세척하고, 이어서 식염수(50 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고 감압 하에 농축시켜 미정제 잔류물을 수득하고, 이를 실리카 겔 플래쉬 크로마토그래피(헥산 중 30 내지 50% 에틸 아세테이트로 용리됨)로 정제하여 5-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일)옥시)펜틸 4-메틸벤젠술포네이트(208 mg, 67% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC_MS: (ES+): m/z 516.2 [M+H]+. tR = 3.183분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6): δ 1.53-1.58 (m, 2H), 1.74-1.85 (m, 4H), 2.45 (s, 3H), 4.05-4.09 (m, 4H), 7.00-7.04 (m, 2H), 7.20-7.22 (m, 1H), 7.31-7.38 (m, 4H), 7.79-7.86 (m, 3H).
화학식: C26H23F2NO6S; 분자량: 515.53;
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 23.
4 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00305
N,N-디메틸포름아미드(2 ml) 중 5-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일)옥틸)펜틸 4-메틸벤젠술포네이트(110 mg, 0.21 mmol), N-에틸-N-이소프로필프로판-2-아민(55 mg, 0.43 mmol) 및 요오드화칼륨(3 mg, 0.02 mmol)의 교반된 용액에 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드(100 mg, 0.21 mmol, 예시적인 PROTAC 29의 합성 중 중간 생성물)를 첨가하고, 혼합물을 질소 하 50℃에서 밤새 교반하였다. TLC가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 에틸 아세테이트(50 mL) 와 물(30 mL) 사이에서 분리시키고, 유기층을 수집하고 식염수(20 ml x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 감압 하에서 농축시켜 미정제 잔류물을 수득하였고, 이를 실리카 겔 플래쉬 크로마토그래피(디클로로메탄 중 2 내지 5% 메탄올로 용리됨)로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((2-(2,4-디플루오로페닐)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(98.4 mg, 57% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC_MS: (ES+): m/z 811.3 [M+H]+. tR = 2.630분.
1H NMR (400 MHz, CD3OD): δ 1.12 (s, 6H), 1.22 (s, 6H), 1.48-1.61 (m, 4H), 1.80-1.83 (m, 2H), 2.35-2.44 (m, 6H), 3.59 (br, 4H), 4.06 (d, J = 9.2 Hz, 1H), 4.22 (t, J = 6.4 Hz, 2H), 4.31 (s, 1H), 6.88-6.90 (m, 1H), 6.99-7.02 (m, 1H), 7.20-7.21 (m, 1H), 7.28-7.32 (m, 1H), 7.40-7.42 (m, 1H), 7.52-7.55 (m, 2H), 7.63-7.65 (m, 2H), 7.89-7.93 (m, 2H), 7.97-7.99 (m, 1H), 8.64 (br, 1H).
화학식: C44H45ClF2N6O5; 분자량: 811.32;
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 45.
예시적인 PROTAC 42의 합성
Figure pct00306
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((2-(6-시아노-2-옥소-1,2-디히드로피리딘-3-일)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식
Figure pct00307
1 단계: 5-(5-히드록시-1,3-디옥소이소인돌린-2-일)-6-메톡시피콜리노니트릴의 합성
Figure pct00308
빙아세트산(4 mL) 중 5-아미노-6-메톡시피콜리노니트릴(600 mg, 4.02 mmol) 및 5-히드록시이소벤조푸란-1,3-디온(660 mg, 4.02 mmol)의 혼합물을 100oC에서 밤새 교반한 후 실온으로 냉각하였다. 물(40 mL)을 첨가하였다. 포화 중탄산 나트륨으로 혼합물을 pH > 7까지 중화시켰다. 혼합물을 에틸 아세테이트(20 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(10 mL x 3)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 에테르로 세척하여 5-(5-히드록시-1,3-디옥소이소인돌린-2-일)-6-메톡시피콜리노니트릴(650 mg, 55%)을 황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (30 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 0.5분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN] 내지 5% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 95% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.5분, 최종적으로 0.1분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.5분). 순도 69.2%, Rt = 0.852분; 산출된 MS: 295.1; 검출된 MS: 296.0 [M+H]+.
2 단계: 5-(5-(5-클로로펜틸옥시)-1,3-디옥소이소인돌린-2-일)-6-메톡시피콜리노니트릴의 합성
Figure pct00309
디메틸 술폭시드(5 mL) 중 5-(5-히드록시-1,3-디옥소이소인돌린-2-일)-6-메톡시피콜리노니트릴(200 mg, 0.68 mmol), 탄산 칼륨(188 mg, 1.36 mmol) 및 5-클로로펜틸 4-메틸벤젠술포네이트(187 mg, 0.68 mmol)의 혼합물을 40oC에서 2시간 동안 교반하였다. 생성된 혼합물을 실온으로 냉각시켰다. 물(20 mL) 및 에틸 아세테이트(20 mL)를 첨가하였다. 유기층을 분리하고, 식염수(10 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켜 미정제 생성물을 수득하였고, 이를 프렙-TLC(에틸 아세테이트/석유 에테르 = 1:1)로 정제하여 5-(5-(5-클로로펜틸옥시)-1,3-디옥소이소인돌린-2-일)-6-메톡시피콜리노니트릴(100 mg, 37%)을 황색 고체로서 수득하였다.
3 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(2-(6-시아노-2-메톡시피리딘-3-일)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00310
디메틸 술폭시드(3 mL) 중 메틸 5-(5-(5-클로로펜틸옥시)-1,3-디옥소이소인돌린-2-일)-6-메톡시피콜리노니트릴(100 mg, 0.25 mmol), 에틸디이소프로필아민(96.8 mg, 0.75 mmol), 요오드화 칼륨(41.5 mg, 0.25 mmol) 및 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드(117 mg, 0.25 mmol)를 70oC에서 밤새 교반하였다. 생성된 혼합물을 실온으로 냉각시켰다. 물(20 mL) 및 에틸 아세테이트(20 mL)를 첨가하였다. 유기층을 분리하고, 식염수(50 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켜 미정제 생성물을 수득하였고, 이를 프렙-TLC(에틸 아세테이트)로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(2-(6-시아노-2-메톡시피리딘-3-일)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(53 mg, 34%)를 황색 고체로서 수득하였다.
4 단계: 5-(5-(5-(4-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-일)펜틸옥시)1,3-디옥시이소인돌린-2-일)-6-히드록시피콜린아미드아미드의 합성
Figure pct00311
브롬화 수소/빙아세트산(w/w 48%, 0.5 mL) 중 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(2-(6-시아노-2-메톡시피리딘-3-일)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(70 mg, 0.084 mmol)의 혼합물을 45oC에서 5시간 동안 교반하였다. 생성된 혼합물을 실온으로 냉각시켰다. 물(20 mL)을 첨가하였다. 포화 중탄산 나트륨으로 혼합물을 pH > 7까지 중화시키고 에틸 아세테이트(10 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(10 mL x2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켜 5-(5-(5-(4-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-일)펜틸옥시-1,3-디옥소이소인돌린-2-일)-6-히드록시피콜린아미드(50 mg, 71%)를 백색 고체로서 수득하였다.
5 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(2-(6-시아노-2-히드록시피리딘-3-일)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00312
디클로로메탄(4 mL) 중 5-(5-(5-(4-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-일)펜틸옥시-1,3-디옥소이소인돌린-2-일)-6-히드록시피콜린아미드(45 mg, 0.053 mmol) 및 트리에틸아민(21.2 mg, 0.21 mmol) 용액에 트리플루오로아세트 무수물(44.1 mg, 0.21 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 2시간 동안 교반하였다. 혼합물을 얼음물(40 mL)에 부었다. 디클로로메탄(40 mL)을 첨가하였다. 유기층을 분리하고, 식염수(10 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 테트라히드로푸란(5 mL) 및 물(5 mL)에 용해시키고 밤새 교반하였다. 에틸 아세테이트(10 mL)를 첨가하였다. 유기층을 분리하고, 식염수(10 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켜 미정제 생성물을 수득하였고, 이를 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(2-(6-시아노-2-히드록시피리딘-3-일)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(6.8 mg, 16%)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS (Agilent LCMS 1200-6110, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 0.05% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.05% TFA] 내지 0% [물 + 0.05% TFA] 및 100% [CH3CN + 0.05 % TFA], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.05분 내 95% [물 + 0.05% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.05% TFA]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 99.5%, Rt = 1.842분, 산출된 MS: 816.3; 검출된 MS: 질량 반응 없음.
HPLC (Agilent HPLC 1200; 컬럼: L-컬럼2 ODS(150 mm*4.6 mm*5.0 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 0.1% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.1% TFA] 내지 0% [물 + 0.1% TFA] 및 100% [CH3CN + 0.1% TFA], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 0.1% TFA] 및 5% [CH3CN + 0.1% TFA]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 91.3%, Rt = 8.215분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 1.12 (6H, s), 1.22 (6H, s), 1.42-1.60 (4H, m), 1.77-1.82 (2H, m), 2.36-2.44 (2H, m), 3.30-3.35 (4H, m), 3.58-3.66 (4H, m), 4.06(1H, d, J = 9.2 Hz), 4.21 (1H, t, J = 6.2 Hz), 4.30 (1H, s), 6.88 (1H, d, J = 8.8 Hz), 6.99-7.02 (1H, m), 7.21 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.38-7.41 (1H, m), 7.48-7.52 (2H, m), 7.64 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.89-7.98 (4H, m), 8.63 (1H, d, J = 2.0 Hz).
화학식: C44H45ClN8O6; 분자량: 817.33
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 45
예시적인 PROTAC 43의 합성
Figure pct00313
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(1,3-디옥소-2-(6-옥소-1,6-디히드로피리딘-3-일)이소인돌린-5-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드
합성 반응식
Figure pct00314
1 단계: 4-[4-(히드록시메틸)-1-피페리딜]벤조산의 합성
Figure pct00315
테트라히드로푸란(250 mL), 메탄올(250 mL) 및 물(250 mL) 중 에틸 4-[4-(히드록시메틸)-1-피페리딜]벤조에이트(52 g, 197.47 mmol, 1 당량) 용액에 수산화나트륨(31.6 g, 0.79 mmol, 4 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 30℃에서 12시간 동안 교반하였다. 박층 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:1)는 반응이 완료되었음을 나타내었다. 혼합물을 염산(2 M)으로 pH 3 내지 4로 조정하고 여과하였다. 필터 케이크를 진공 중에서 건조시켰다. 잔류물을 에틸 아세테이트(500 mL)로 분말화하여 4-[4-(히드록시메틸)-1-피페리딜]벤조산(35 g, 148.76 mmol, 75% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
1 H NMR: (400MHz, DMSO-d 6) δ: 12.19 (s, 1H), 7.74 (d, J=8.8 Hz, 2H), 6.93 (d, J=8.8 Hz, 2H), 4.48 (br t, J=5.2 Hz, 1H), 3.90 (d, J=12.8 Hz, 2H), 3.27 (br t, J=5.2 Hz, 2H), 2.86 - 2.72 (m, 2H), 1.72 (d, J=12.8 Hz, 2H), 1.66 - 1.51 (m, 1H), 1.17 (dq, J=4.0, 12.0 Hz, 2H)
화학식: C13H17NO3, 분자량: 235.28
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 17.
2 단계: N-[3-(3-클로로-4-시아노-페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부틸]-4-[4-(히드록시메틸)-1-피페리딜]벤즈아미드의 합성
Figure pct00316
디메틸포름아미드(800 mL) 중 4-[4-(히드록시메틸)-1-피페리딜]벤조산(38 g, 161.51 mmol, 1 당량) 및 4-(3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부톡시)-2-클로로-벤조니트릴(50.9 g, 161.51 mmol, 1 당량, 염화수소) 용액에 디이소프로필에틸아민(83.5 g, 646.04 mmol, 112 mL, 4 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 30℃에서 10분 동안 교반한 후, o-(7-아자벤조트리아졸-1-일)-n,n,n',n'-테트라메틸우로늄 헥사플루오로포스페이트(64.48 g, 169.59 mmol, 1.05 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 30℃에서 1시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 혼합물을 얼음물(4 L)에 붓고 여과하였다. 필터 케이크를 농축시키고 메탄올(500 mL x 2)로 분말화하여 N-[3-(3-클로로-4-시아노-페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부틸]-4-[4-(히드록시메틸)-1-피페리딜]벤즈아미드(72 g, 137.89 mmol, 85% 수율, 95% 순도)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 496.1 [M +1] +
1 H NMR: (400MHz, DMSO-d 6) δ: 7.90 (d, J=8.8 Hz, 1H), 7.73 (d, J=8.8 Hz, 2H), 7.48 (d, J=9.2 Hz, 1H), 7.20 (d, J=2.4 Hz, 1H), 7.00 (dd, J=2.4, 8.8 Hz, 1H), 6.95 (d, J=8.8 Hz, 2H), 4.48 (t, J=5.2 Hz, 1H), 4.31 (s, 1H), 4.05 (d, J=9.2 Hz, 1H), 3.86 (d, J=12.8 Hz, 2H), 3.27 (t, J=5.6 Hz, 2H), 2.80 - 2.70 (m, 2H), 1.73 (d, J=11.2 Hz, 2H), 1.63 - 1.52 (m, 1H), 1.27 - 1.15 (m, 8H), 1.12 (s, 6H)
화학식: C28H34ClN3O3, 분자량: 496.04
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 34.
3 단계: N-[3-(3-클로로-4-시아노-페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부틸]-4-(4-포르밀-1-피페리딜]벤즈아미드의 합성
Figure pct00317
디클로로메탄(700 mL) 중 N-[3-(3-클로로-4-시아노-페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부틸]-4-[4-(히드록시메틸)-1-피페리딜]벤즈아미드(65 g, 131.04 mmol, 1 당량) 용액에 데스-마틴 시약(76.70 g, 180.83 mmol, 1.38 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 30℃에서 2시간 동안 교반하였다. 박층 크로마토그래피(디클로로메탄: 메탄올 = 1:1)가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응물을 포화 중탄산 나트륨으로 pH 8 내지 9로 조정하였다. 혼합물을 물(3 L)로 희석시키고 디클로로메탄(1.5 L x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(1.5 L x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(디클로로메탄:메탄올: = 100:0 내지 50:1)로 정제하여 N-[3-(3-클로로-4-시아노-페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부틸]-4-(4-포르밀- 1-피페리딜)벤즈아미드(34.6 g, 67.94 mmol, 51% 수율, 97% 순도)를 백색 고체로서 수득하였다.
1 H NMR: (400MHz, DMSO-d 6) δ: 9.63 (s, 1H), 7.90 (d, J=8.8 Hz, 1H), 7.74 (d, J=8.8 Hz, 2H), 7.49 (d, J=9.2 Hz, 1H), 7.20 (d, J=2.4 Hz, 1H), 7.03 - 6.94 (m, 3H), 4.32 (s, 1H), 4.05 (d, J=9.2 Hz, 1H), 3.76 (td, J=3.6, 12.8 Hz, 2H), 3.01 - 2.92 (m, 2H), 2.62 - 2.55 (m, 1H), 2.62 - 2.55 (m, 1H), 1.92 (dd, J=3.6, 12.8 Hz, 2H), 1.62 - 1.48 (m, 2H), 1.21 (s, 6H), 1.12 (s, 6H)
화학식: C28H32ClN3O3, 분자량: 494.02
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 32.
4 단계: 5-플루오로-2-(6-메톡시피리딘-3-일)이소인돌린-1,3-디온의 합성
Figure pct00318
5-플루오로-1,3-디히드로-2-벤조푸란-1,3-디온(100.0 mg, 602 μmol), 6-메톡시피리딘-3-아민(82.1 mg, 662 μmol), 아세트 나트륨(59.2 mg, 722 μmol), 및 아세트산(499 μL, 8.74 mmol)의 혼합물을 118
Figure pct00319
에서 2시간 동안 교반하면서 가열하였다. 반응물을 LCMS(CF-820-1)로 모니터링하였으며, 이는 목적하는 생성물과 일치하는 질량의 주 피크를 나타냈다. 반응물을 90ºC로 냉각하고 물(2 mL)로 급냉시켰다. 혼합물을 실온으로 냉각시켰다. 생성된 침전물을 여과하고 물로 세척하였다. 물질을 건조시켜 목적하는 생성물 5-플루오로-2-(6-메톡시피리딘-3-일)-2,3-디히드로-1H-이소인돌-1,3-디온(149.1 mg, 547 μmol, 91.4% 수율)을 연자색 고채로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CHLOROFORM-d) δ 8.26 (dd, J = 0.49, 2.64 Hz, 1H), 7.98 (dd, J = 4.50, 8.22 Hz, 1H), 7.65 (d, J = 2.54 Hz, 1H), 7.62 - 7.64 (m, 1H), 7.48 (dt, J = 2.35, 8.51 Hz, 1H), 6.89 (dd, J = 0.78, 8.80 Hz, 1H), 4.00 (s, 3H)
LCMS m/e+ = 273.16 [M+H]+
5 단계: 삼차-부틸 4-(2-(6-메톡시피리딘-3-일)-1,3-디옥소이소인돌린-5-일)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00320
메틸피롤리돈(1.0 mL) 중 삼차-부틸 피페라진-1-카복실레이트(34.0 mg, 183 μmol) 및 5-플루오로-2-(6-메톡시피리딘-3-일)-2,3-디히드로-1H-이소인돌-1,3-디온(50.0 mg, 183 μmol) 용액에 N,N-디이소프로필에틸아민(95.5 μL, 549 μmol)을 채웠다. 반응 혼합물을 120℃에서 2시간 동안 가열하였다. 반응물을 LCMS에 의해 모니터링하였으며, 이는 목적하는 생성물과 일치하는 질량의 주 피크 및 출발물질과 일치하는 질량의 작은 피크를 나타냈다. 반응물을 120
Figure pct00321
에서 추가로 16시간 동안 교반하였다. LCMS는 목적하는 생성물과 일치하는 질량의 주 피크를 나타냈다. 반응 혼합물을 물(2 mL)로 급냉시키고 EtOAc(2 mL)로 추출하였다. 유기층을 식염수(1 mL)로 세척하고, Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 미정제 물질을 DCM/MeOH(100:0 내지 95:5로 구배됨)로 용리된 Teledyne Combiflash ISCO 상의 실리카 겔 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 포함하는 분획을 감압 하에서 농축시켜 목적하는 생성물, 삼차-부틸 4-[2-(6-메톡시피리딘-3-일)-1,3-디옥소-2,3-디히드로-1H-이소인돌-5-일]피페라진-1-카복실레이트(39.6 mg, 90.3 μmol, 49.3% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS m/e+ = 439.33 [M+H]+
1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ 8.25 (d, J = 2.15 Hz, 1H), 7.79 (d, J = 8.61 Hz, 1H), 7.64 (dd, J = 2.74, 8.80 Hz, 1H), 7.35 (d, J = 2.35 Hz, 1H), 7.11 (dd, J = 2.45, 8.51 Hz, 1H), 6.87 (dd, J = 0.59, 8.80 Hz, 1H), 3.98 (s, 3H), 3.60 - 3.66 (m, 4H), 3.42 - 3.48 (m, 4H), 1.50 (s, 9H)
6 단계: 2-(6-옥소-1,6-디히드로피리딘-3-일)-5-(피페라진-1-일)이소인돌린-1,3-디온의 합성
Figure pct00322
1,4-디옥산(1.0 mL, 4.00 mmol) 중 4.0 M 염산 중 삼차-부틸 4-[2-(6-메톡시피리딘-3-일)-1,3-디옥소-2,3-디히드로-1H-이소인돌-5-일]피페라진-1-카복실레이트(39.6 mg, 90.3 μmol) 용액을 100℃에서 16시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압 하에서 농축시켜 2-(6-옥소-1,6-디히드로피리딘-3-일)-5-(피페라진-1-일)-2,3-디히드로-1H-이소인돌-1,3-디온 염화수소(32.5 mg, 90.0 μmol, 100% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다. 이 물질은 추가적인 정제 없이 다음 반응에 사용되었다.
LCMS m/e+ = 425.22 [M+H]+
7 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(1,3-디옥소-2-(6-옥소-1,6-디히드로피리딘-3-일)이소인돌린-5-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드의 합성
Figure pct00323
에틸렌 이염화물(1.0 mL) 중 4-(4-포르밀피페리딘-1-일)-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로로부틸)벤즈아미드(44.4 mg, 90.0 μmol) 및 2-(6-옥소-1,6-디히드로피리딘-3-일)-5-(피페라진-1-일)-2,3-디히드로-1H-이소인돌-1,3-디온 염화수소(32.5 mg, 90.0 μmol)에 트리에틸아민(37.4 μL, 269 μmol) 및 트리아세트옥시보로히드라이드 나트륨(57.0 mg, 269 μmol)을 채웠다. 반응 혼합물을 실온에서 5시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 LCMS에 의해 모니터링하였으며, 이는 목적하는 생성물과 일치하는 질량의 피크 및 출발물질과 일치하는 질량의 피크를 나타냈다. 반응 혼합물을 실온에서 추가로 16시간 동안 교반하였다. LMCS는 목적하는 생성물과 일치하는 질량의 주 피크를 나타냈다. 반응 혼합물을 수성 NaHCO3(1 mL)로 급냉시키고 DCM(1 mL)으로 추출하였다. 유기상을 Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에서 농축시켰다. 미정제 물질을 DCM/MeOH(100:0 내지 90:10로 구배됨)로 용리된 Teledyne Combiflash ISCO 상의 실리카 겔 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 함유하는 분확을 합치고 감압 하에서 농축시켜 감압 하에 농축시켜서 목적하는 생성물 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(1,3-디옥소-2-(6-옥소-1,6-디히드로피리딘-3-일)이소인돌린-5-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드(30 mg, 37.3 μmol, 41.5 % 수율)를 황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6): δ 7.91 (d, J = 8.80 Hz, 1H), 7.72 (t, J = 8.41 Hz, 3H), 7.56 (d, J = 2.54 Hz, 1H), 7.44 - 7.53 (m, 2H), 7.38 (d, J =1.96 Hz, 1H), 7.28 (dd, J = 2.05, 8.71 Hz, 1H), 7.21 (d, J = 2.35 Hz, 1H), 7.00 (dd, J = 2.35, 8.80 Hz, 1H), 6.96 (d, J = 9.00 Hz, 2H), 6.41 (d, J =9.78 Hz, 1H), 4.32 (s, 1H), 4.05 (d, J = 9.00 Hz, 1H), 3.86 (d, J = 12.52 Hz, 2H), 3.45 (br. s., 4H), 2.79 (t, J = 11.74 Hz, 2H), 2.21 (d, J = 6.46 Hz, 2H), 1.81 (d, J = 11.15 Hz, 3H), 1.21 (s, 6H), 1.12 (s, 6H)
LCMS m/e+ = 802.57 [M+H]+
예시적인 PROTAC 46의 합성
Figure pct00324
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(2-(2-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-3-일)메톡시)에톡시)에틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식:
Figure pct00325
1 단계: N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-요오도벤즈아미드의 합성
100 mL 둥근바닥 플라스크에, 2-요오도벤조산(5.0 g, 20.16 mmol, 1.00 당량), N,N-디메틸포름아미드(40 mL), HATU(7.66 g, 20.15 mmol, 1.00 당량), DIEA (7.80 g, 60.35 mmol, 3.00 당량)을 채우고, 10분 동안 교반한 후, 3-아미노피페리딘-2,6-디온(3.30 g, 25.76 mmol, 1.00 당량)을 첨가하였다. 생성된 용액을 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 이어서 반응물에 500 mL의 물/얼음을 첨가하여 급냉시켰다. 고체를 여과하여 수집하였다. 생성된 혼합물을 진공 중에서 농축시켰다. 이를 통해 6.48 g(90%)의 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-요오도벤즈아미드를 회백색 고체로 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 358.85 [MH+], t R = 0.56분, (1.90분 수행).
2 단계: ([2-[2-(프롭-2-인-1-일옥시)에톡시]에톡시]메틸)벤젠의 합성
질소 불활성 분위기로 퍼징되고 유지된 250 ml 3구 둥근바닥 플라스크에 2-[2-(벤질옥시)에톡시]에탄-1-올(10.0 g, 50.96 mmol, 1.00 당량), N,N-디메틸포름아미드(100 mL)를 채웠다. 이를 30분 동안 교반한 후, 이어서 수소화 나트륨(2.4 g, 100.00 mmol, 1.20 당량)을 0oC에서 여러번 나누어 첨가하였다. 여기에 N,N-디메틸포름아미드(30 mL) 중 3-브로모프롭-1-인(7.285 g, 61.24 mmol, 1.20 당량) 용액을 0oC에서 교반하며 적가하였다. 생성된 용액을 실온에서 밤새 교반하였다. 이어서 반응물에 300 mL의 물/얼음을 첨가하여 급냉시켰다. 생성된 용액을 에틸 아세테이트(300 mL)로 추출하고 유기층을 합쳤다. 생성된 혼합물을 식염수(300 mL)로 세척하였다. 혼합물을 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(1/4)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 9.5 g(80%)의 ([2-[2-(프롭-2-인-1-일옥시)에톡시]에톡시]메틸)벤젠을 연황색 오일로서 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 234.95 [MH+], t R = 1.15분, (2.00분 수행).
3 단계: 2-(3-(2-(2-(벤질옥시)에톡시)에톡시)프롭-1-인일)-N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)벤즈아미드의 합성
질소 불활성 분위기로 퍼징되고 유지된 25 mL 둥근 바닥 플라스크에 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-요오도벤즈아미드(1.5 g, 4.1 mmol, 1.00 당량), N,N-디메틸포름아미드(20 mL), (PPh3)2PdCl2(293 mg, 0.41 mmol, 0.1 당량), CuI (79 mg, 0.41 mmol, 0.1 당량), 트리에틸아민(1.69g, 16 mmol, 4.00 당량), (2-[2-(프롭-2-인-1-일옥시)에톡시]에톡시메틸)벤젠(1.17 g, 5.0 mmol, 1.20 당량)을 채웠다. 생성된 용액을 실온에서 밤새 교반하였다. 생성된 용액을 에틸 아세테이트(300 mL)로 추출하고 유기층을 합쳤다. 생성된 혼합물을 식염수(300 mL)로 세척하였다. 혼합물을 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(7/3)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 1.74g의 2-(3-(2-(2-(벤질옥시)에톡시)에톡시)프롭-1-인일)-N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)벤즈아미드를 연황색 오일로서 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 465.10 [MH+], t R = 0.79분, (1.90분 수행).
4 단계: 3-[3-([2-[2-(벤질옥시)에톡시]에톡시]메틸)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-2-일]피페리딘-2,6-디온의 합성
질소 불활성 분위기로 퍼징되고 유지된 25 mL 둥근 바닥 플라스크에 N,N-디메틸포름아미드(10 mL) 중 2-(3-[2-[2-(벤질옥시)에톡시]에톡시]프롭-1-인-1-일)-N-(2,6-디옥소피피레딘-3-일)벤즈아미드(1.0 g, 2.15 mmol, 1.00 당량), Pd(OAc)2 (24.0 mg, 0.11 mmol, 0.05 당량), LiCl(90.0 mg, 2.14 mmol, 1.00 당량), 탄산 칼륨(594.0 mg, 4.30 mmol, 2.00 당량)을 채웠다. 생성된 용액을 오일 조 내 100oC에서 밤새 교반하였다. 고체를 여과하였다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(7/3)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 465.0 mg(47%)의 3-[3-([2-[2-(벤질옥시)에톡시]에톡시]메틸)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-2-일]피페리딘-2,6-디온을 연황색 오일로서 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 465.10 [MH+], t R = 0.74분, (1.90분 수행).
5 단계: 3-(3-[[2-(2-히드록시에톡시)에톡시]메틸]-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-2-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
질소 불활성 대기로 퍼징되고 유지된 100 mL 3구 둥근바닥 플라스크에 3-[3-([2-[2-(벤질옥시)에톡시]에톡시]메틸)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-2-일]피페리딘-2,6-디온(420.0 mg, 0.90 mmol, 1.00 당량), 디클로로메탄(10 mL)을 채웠다. 이를 -78℃에서 교반하며 BBr3(DCM 중 1 M)(3.61 mL, 4.00 당량)를 적가하였다. 생성된 용액을 액체 질소 조 내 -78℃에서 1시간동안 교반하였다. 이어서, -78℃에서 반응물에 20 mL의 중탄산 나트륨 수용액을 첨가하여 급냉시켰다. 생성된 용액을 디클로로메탄(100 mL)으로 추출하고, 유기층을 합치고 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 잔류물을 디클로로메탄/메탄올(10/1)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 212.0 mg(63%)의 3-(3-[[2-(2-히드록시에톡시)에톡시]메틸]-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-2-일)피페리딘-2,6-디온을 연황색 오일로서 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 374.95 [MH+], t R = 0.41분, (1.90분 수행).
6 단계: 2-(2-[[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-3-일]메톡시]에톡시)에틸 4-메틸벤젠-1-술포네이트의 합성
50 mL 둥근바닥 플라스크에 3-(3-[[2-(2-히드록시에톡시)에톡시]메틸]-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-2-일)피페리딘-2,6-디온(212.0 mg, 0.57 mmol, 1.00 당량), 디클로로메탄(10.0 mL), TsCl(215.4 mg, 1.13 mmol, 2.00 당량), 트리에틸아민(171.0 mg, 1.69 mmol, 3.00 당량), 4-디메틸아미노피리딘(6.98 mg, 0.06 mmol, 0.10 당량)을 채웠다. 생성된 용액을 실온에서 3시간 동안 교반하였다. 생성된 용액을 디클로로메탄(100 mL)으로 추출하고 유기층을 합쳤다. 생성된 혼합물을 식염수(100 mL)로 세척하였다. 혼합물을 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(4/1)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 238.0 mg(80%)의 2-(2-[[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-3-일]메톡시]에톡시)에틸 4-메틸벤젠-1-술포네이트를 연황색 오일로서 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 529.10 [MH+], t R = 0.76분, (1.90분 수행).
7 단계: 6-[4-[2-(2-[[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-3-일]메톡시]에톡시)에틸]피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드의 합성
질소 불활성 분위기로 퍼징되고 유지된 20 mL 마이크로웨이브 튜브에 6-(피페라진-1-일)-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)피리딘-3-카복사미드(65.0 mg, 0.14 mmol, 1.00 당량), 아세토니트릴(5.0 mL), 탄산 칼륨(71.3 mg, 0.52 mmol, 4.00 당량), 2-(2-[[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-3-일]메톡시]에톡시)에틸 4-메틸벤젠-1-술포네이트(68.0 mg, 0.13 mmol, 1.00 당량), NaI(19.38 mg, 0.13 mmol, 1.00 당량)를 채웠다. 생성된 용액을 오일 조 내 75℃에서 24시간 동안 교반하였다. 고체를 여과하였다. 생성된 혼합물을 진공 중에서 농축시켰다. 이어서 프렙-HPLC-컬럼: XBridge Shield RP18 OBD 컬럼, 5um,19*150mm; 이동상 A: 물(10 mmol/L NH4HCO3), 이동상 B: 아세토니트릴; 유속: 20 mL/분; 구배: 8분 내 61% B 내지 70% B; 254 nm; Rt: 6.7분 이하로 정제하였다. 이를 통해 50.0 mg(47%)의 6-[4-[2-(2-[[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-3-일]메톡시]에톡시)에틸]피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드를 백색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 8.81 (s, 1H), 8.58-8.57 (d, J=2.4Hz, 1H), 8.23-8.21 (d, J=7.6Hz, 1H), 7.92-7.89 (m, 1H), 7.57-7.48 (m, 2H), 7.38-7.34 (m, 1H), 7.26-7.21 (m, 1H), 6.97-6.96 (d, J=2.0Hz, 1H), 6.81-6.78 (m, 1H), 6.61-6.59 (d, J = 9.2Hz, 1H), 6.25 (s, 1H), 6.11-6.09 (d, J=8.0Hz, 1H), 4.82-4.79 (m, 1H), 4.32-4.29 (m, 2H), 4.26-4.23 (m, 1H), 4.15- 4.13 (m, 1H), 4.04 (s, 1H), 3.76-3.67 (m, 10H), 2.95-2.90 (m, 1H), 2.70-2.62 (m, 7H), 2.23-2.19 (m, 2H), 1.25 (s, 6H), 1.21 (s, 6H);
LC-MS (ES+): m/z 824.75/826.75 [MH+], t R = 2.43분, (4.80분 수행).
화학식: C44H50ClN7O7 [823.35/825.35]
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 50
예시적인 PROTAC 47의 합성
Figure pct00326
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((3-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식
Figure pct00327
1 단계: 메틸 5-(3-브로모퀴놀린-6-일옥시)펜탄-1-올의 합성
Figure pct00328
N,N-디메틸포름아미드(5 mL) 중 3-브로모퀴놀린-6-올(700 mg, 3.1 mmol), 5-브로모펜탄-1-올(518 mg, 3.1 mmol) 및 탄산 칼륨(856 mg, 6.2 mmol)의 혼합물을 80oC에서 6시간 동안 가열하였다. 반응 혼합물을 실온으로 냉각시켰다. 물(10 mL)을 첨가하고 에틸 아세테이트(20 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 물(20 mL x 2) 및 식염수(20 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 농축시켜 잔류물을 수득하였고, 이를 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/1)로 정제하여 5-(3-브로모퀴놀린-6-일옥시)펜탄-1-올(750 mg, 78% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 91.43%, Rt = 1.767분; 산출된 MS: 309.04; 검출된 MS: 310.0 [M+H]+.
2 단계: 1-(6-(5-히드록시펜틸옥시)퀴놀린-3-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온의 합성
Figure pct00329
디메틸 술폭시드(10 mL) 중 5-(3-브로모퀴놀린-6-일옥시)펜탄-1-올(496 mg, 1.6 mmol), 피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(538 mg, 4.8 mmol), 인산 칼륨(1.0 g, 4.8 mmol), 요오드화 제일구리(304 mg, 1.6 mmol), N-(2-시아노페닐)피콜린아미드(357 mg, 1.6 mmol) 용액을 아르곤 분위기 하 120oC에서 5시간 동안 가열하였다. 반응 혼합물을 실온으로 냉각시켰다. 물(10 mL)을 첨가하고 에틸 아세테이트(20 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(10 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 제거하고, 잔류물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(메탄올/디클로로메탄 = 1/20)로 정제하여 1-(6-(5-히드록시펜틸옥시)퀴놀린-3-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(200 mg, 37% 수율)을 회백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.325분; 산출된 MS: 341.14; 검출된 MS: 342.2 [M+H]+.
3 단계: 5-(3-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜타날의 합성
Figure pct00330
디클로로메탄(15 mL) 중 1-(6-(5-히드록시펜틸옥시)퀴놀린-3-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(150 mg, 0.4 mmol) 및 데스-마틴 페리오디난(559 mg, 1.3 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 반응 혼합물을 여과하고 여과 케이크를 디클로로메탄(10 mL x 2)으로 세척하였다. 여과물을 농축시키고, 잔류물을 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 5/1)로 정제하여 5-(3-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜타날(100 mg, 67% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.396분; 산출된 MS: 339.12; 검출된 MS: 340.2 [M+H]+.
4 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(3-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00331
메탄올(5 mL) 및 빙아세트산(0.5 mL) 중 5-(3-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜타날(100 mg, 0.29 mmol), N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드 염화수소(149 mg, 0.29 mmol), 시아노보로히드라이드 나트륨(36 mg, 0.58 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 물(10 mL)을 첨가하고 디클로로메탄(20 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(10 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 농축시켜 잔류물을 수득하였고, 이를 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(3-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(23 mg, 10% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 94.84%, Rt = 2.864분; 산출된 MS: 790.34; 검출된 MS: 791.30 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 95.31%, Rt = 9.913분.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.21 (6H, s), 1.25 (6H, s), 1.58-1.66 (4H, m), 1.90-1.94 (2H, m), 2.43-2.47 (2H, m), 2.56-2.58 (4H, m), 3.67-3.70 (4H, m), 4.04 (1H, s), 4.09-4.15 (3H, m), 5.93 (1H, d, J = 8.0 Hz), 6.07 (1H, d, J = 8.0 Hz), 6.66 (1H, d, J = 9.2 Hz), 6.80 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 6.96 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.09 (1H, d, J = 2.8 Hz), 7.41-7.46 (2H, m), 7.57 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.93 (1H, dd, J = 9.2, 2.4 Hz), 8.05-8.07 (2H, m), 8.58 (1H, d, J = 2.4 Hz), 8.73 (1H, d, J = 2.4 Hz).
화학식: C43H47ClN8O5, 분자량: 791.34
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 46.
예시적인 PROTAC 48의 합성
Figure pct00332
rac-N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(4-((2,6-디옥소피페리딘-3-일)(에틸)카바모일)페녹시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식
Figure pct00333
1 단계: 메틸 4-(5-히드록시펜틸옥시)벤조에이트의 합성
Figure pct00334
N,N-디메틸포름아미드(20 mL) 중 메틸 4-히드록시벤조에이트(3.0 g, 20 mmol), 5-브로모펜탄-1-올(3.3 g, 20 mmol), 탄산 칼륨(5.5 g, 40 mmol) 및 요오드화 칼륨(0.3 g, 2 mmol)의 혼합물을 110oC에서 밤새 가열하였다. 반응 혼합물을 실온으로 냉각시켰다. 물(50 mL)을 첨가하였다. 에틸 아세테이트(50 mL x 3)으로 추출하고 합쳐진 유기층을 물(30 mL x 2) 및 식염수(30 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 농축시켜 잔류물을 수득하였고, 이를 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 10/1)로 정제하여 4-(5-히드록시펜틸옥시)벤조에이트(2.2 g, 46% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 98.48%, Rt = 1.637분; 산출된 MS: 238.1; 검출된 MS: 239.2 [M+H]+.
2 단계: 4-(5-히드록시펜틸옥시)벤조산의 합성
Figure pct00335
메탄올(10 mL) 및 물(1 mL) 중 메틸 4-(5-히드록시펜틸옥시)벤조에이트(2.2 g, 9.2 mmol), 수산화 리튬(1.6 g, 36.9 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 용매를 진공 중에서 제거하고 물(5 mL)을 첨가하였다. 이를 에틸 아세테이트로 추출하고 수성상을 1 N 염산 수용액으로 pH = 5 내지 6으로 조정하였다. 여과하고 고체를 수집하고, 이를 진공 중에서 건조시켜 4-(5-히드록시펜틸옥시)벤조산(1.9 g, 90% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.073분; 산출된 MS: 224.1; 검출된 MS: 225.3 [M+H]+.
3 단계: 3-(에틸아미노)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00336
메탄올(30 mL) 및 빙아세트산(0.5 mL) 중 3-아미노피페리딘-2,6-디온 염화수소(3.8 g, 23 mmol), 아세트알데히드(1.0 g, 23 mmol), 시아노보로히드라이드 나트륨(4.3 g, 69 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 물(10 mL)을 첨가하고 디클로로메탄(50 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(30 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 농축시켜 잔류물을 수득하였고, 이를 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(디클로로메탄/메탄올 = 10/1)로 정제하여 3-(에틸아미노)피페리딘-2,6-디온(3.0 g, 33% 수율)을 황색 오일로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 0.737분; 산출된 MS: 156.1; 검출된 MS: 157.2 [M+H]+.
4 단계: N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-N-에틸-4-(5-히드록시펜틸옥시)벤즈아미드의 합성
Figure pct00337
N,N-디메틸포름아미드(5 mL) 중 3-(에틸아미노)피페리딘-2,6-디온(500 mg, 3.2 mmol), 4-(5-히드록시펜틸옥시)벤조산(3.3 g, 20 mmol), 에틸디이소프로필아민(826 mg, 6.4 mmol) 및 2-(7-아자-1H-벤조트리아졸-1-일)-1,1,3,3-테트라메틸우로늄 헥사플루오로포스페이트(1.8 g, 4.8 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 물(10 mL)을 첨가하였다. 에틸 아세테이트(20 mL x 3)으로 추출하고 합쳐진 유기층을 물(20 mL x 2) 및 식염수(20 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 농축시켜 잔류물을 수득하였고, 이를 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(디클로로메탄/메탄올 = 10/1)로 정제하여 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-N-에틸-4-(5-히드록시펜틸옥시)벤즈아미드(108 mg, 9% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.377분; 산출된 MS: 362.2; 검출된 MS: 363.2 [M+H]+.
5 단계: N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-N-에틸-4-(5-옥소펜틸옥시)벤즈아미드의 합성
Figure pct00338
디클로로메탄(10 mL) 중 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-N-에틸-4-(5-히드록시펜틸옥시)벤즈아미드(108 mg, 0.3 mmol) 및 데스-마틴 페리오디난(254 mg, 0.6 mmol)의 혼합물을 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 여과하고 케이크를 디클로로메탄(10 mL x 2)으로 세척하였다. 여과물을 농축시키고, 잔류물을 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 5/1)로 정제하여 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-N-에틸-4-(5-옥소펜틸옥시)벤즈아미드(97 mg, 90% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.465분; 산출된 MS: 360.2; 검출된 MS: 361.2 [M+H]+.
6 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(4-((2,6-디옥소피페리딘-3-일)(에틸)카바모일)페녹시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00339
메탄올(5 mL) 및 빙아세트산(0.5 mL) 중 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-N-에틸-4-(5-옥소펜틸옥시)벤즈아미드(97 mg, 0.27 mmol), N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드 염화수소(136 mg, 0.27 mmol), 시아노보로히드라이드 나트륨(34 mg, 0.54 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 물(10 mL)을 첨가하고 디클로로메탄(20 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(10 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 농축시켜 잔류물을 수득하였고, 이를 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(4-((2,6-디옥소피페리딘-3-일)(에틸)카바모일)페녹시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(55 mg, 25% 수율)를 회백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 98.20%, Rt = 2.918분; 산출된 MS: 811.38; 검출된 MS: 812.30 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 99.92%, Rt = 10.259분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ1.10-1.13 (9H, m), 1.21 (6H, s), 1.44-1.53 (4H, m), 1.74-1.77 (2H, m), 1.99-2.08 (1H, m), 2.31-2.34 (3H, m), 2.42-2.45 (5H, m), 2.67-2.68 (1H, m), 3.29-3.34 (3H, m), 3.58-3.59 (4H, m), 4.00-4.07 (3H, m), 4.30 (1H, s), 6.86 (1H, d, J = 8.8 Hz), 6.98-7.02 (3H, m), 7.22 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.31 (2H, d, J = 8.0 Hz), 7.63 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.91 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.95 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 8.62 (1 H, d, J = 2.0 Hz), 10.78 (1H, s).
화학식: C44H54ClN7O6, 분자량: 812.40
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 54.
예시적인 PROTAC 50의 합성
Figure pct00340
5-(3-(4-(5-(((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-일)프로폭시)-N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)피콜린아미드
합성 반응식
Figure pct00341
1 단계: 메틸 5-(3-히드록시프로폭시)피콜리네이트의 합성
Figure pct00342
N,N-디메틸포름아미드(60 mL) 중 메틸 5-히드록시피콜리네이트(5.0 g, 32.6 mmol) 용액에 3-브로모프로판-1-올(5.45 g, 39.2 mmol), 탄산 칼륨(9.03 g, 65.3 mmol)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 70oC에서 밤새 교반하였다. 용매를 진공 중에서 제거하였다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(디클로로메탄/메탄올 = 20:1)로 정제하여 메틸 5-(3-히드록시프로폭시)피콜리네이트(2.5 g, 36%)를 담황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 1.90 (2H, t, J = 6.0 Hz), 3.57 (2H, q, J = 5.9 Hz), 3.84 (3H, s), 4.20 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.62 (1H, t, J = 5.2 Hz), 7.52 (1H, dd, J = 8.8 Hz, 2.8 Hz), 8.04 (1H, d, J = 8.8 Hz), 8.37 (1H, d, J = 2.8 Hz).
화학식: C10H13NO4, 분자량: 211.21
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 13.
2 단계: 5-(3-히드록시프로폭시)피콜린산의 합성
Figure pct00343
메탄올(50 mL) 중 메틸 5-(3-히드록시프로폭시)피콜리네이트(2.5 g, 11.8 mmol) 용액에 수산화 리튬(1.49 g, 35.5 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 3시간 동안 교반하였다. 용매를 제거하고, 염산 수용액(0.5 M)을 첨가하여 pH = 2 내지 3으로 조정하였다. 물을 진공 중에서 제거하고 잔류물을 디클로로메탄/메탄올(10:1)로 세척하고, 여과하고, 진공 중에서 농축하여 미정제 5-(3-히드록시프로폭시)피콜린산을 담황색 고체로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 사용되었다.
3 단계: N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-5-(3-히드록시프로폭시)피콜린아미드의 합성
Figure pct00344
N,N-디메틸포름아미드(DMF)(30 mL) 중 5-(3-히드록시프로폭시)피콜린산(미정제, 11.8 mmol), 1-(3-디메틸아미노프로필)-3-에틸카보디이미드 염화수소(EDCI)(3.39 g, 17.7 mmol), 1-히드록시벤조트리아졸 수화물(HOBt)(2.40 g, 17.7 mmol) 및 에틸디이소프로필아민(4.58 g, 35.4 mmol)을 30분 동안 교반한 후, 3-아미노피페리딘-2,6-디온(2.14 g, 13.0 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 밤새 교반하고 물(100 mL)를 첨가하였다. 수성층을 에틸 아세테이트(100 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(20 mL x 4)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔(디클로로메탄/메탄올 = 20:1)로 정제하여 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-5-(3-히드록시프로폭시)피콜린아미드(2.1 g, 2단계에서 58%)를 담황색 고체로서 수득하였다.
4 단계: 3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필 메탄술포네이트의 합성
Figure pct00345
디클로로메탄(50.0 mL) 중 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-5-(3-히드록시프로폭시)피콜린아미드(500 mg, 1.63 mmol) 용액에 트리에틸아민(329 mg, 3.25 mmol) 및 염화 메탄술포닐(224 mg, 1.95 mmol)을 질소 하에서 첨가하였다. 생성된 반응 혼합물을 0oC에서 1시간 동안 교반하였다. 이어서, 물(20.0 mL)을 첨가하고 디클로로메탄(20 mL x 3)으로 추출하고, 식염수로 세척하고, 건조시키고 진공 중에서 농축시켜 미정제 3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필 메탄술포네이트를 담황색 오일로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에서 사용되었다.
5 단계: 삼차-부틸 6-클로로니코티네이트의 합성
Figure pct00346
THF(250 mL) 중 6-클로로니코틴산(31.6 g, 200 mmol) 및 4-디메틸아미노피리딘(2.4 g, 20 mmol) 용액을 3시간 동안 환류시켰다. 이어서 디-삼차-부틸 디카보네이트(65.0 g, 300 mmol)를 적가하였다. 첨가 후, 반응 혼합물을 3시간 동안 환류시켰다. 반응이 완료되었을 때, 반응 혼합물을 실온으로 냉각시켰다. 용매를 제거하고, 잔류물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(에틸 아세테이트/석유 에테르 = 0 내지 1/10)로 정제하여 삼차-부틸 6-클로로니코티네이트(40 g, 94% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 100%, Rt = 1.984분; 산출된 MS: 213.06; 검출된 MS: 214.2 [M+H]+.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6 ) δ 1.56 (9H, s), 7.67 (1H, d, J = 8.4 Hz), 8.26 (1H, dd, J = 8.0, 2.4 Hz), 8.86 (1H, d, J = 2.4 Hz).
화학식: C10H12ClNO2, 분자량: 213.66
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 12.
6 단계: 삼차-부틸 6-(피페라진-1-일)니코티네이트의 합성
Figure pct00347
N,N-디메틸아세트아미드(100 mL) 중 삼차-부틸 6-클로로니코티네이트(20.0 g, 94 mmol) 및 피페라진(8.9 g, 103 mmol)의 혼합물을 140℃에서 밤새 교반하였다. 반응 혼합물을 실온으로 냉각시키고 포화 탄산 칼륨 수용액(200 mL)을 조금씩 첨가하였다. 혼합물을 여과하고 여과물을 에틸 아세테이트(600 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 물(600 mL x 4) 및 식염수(600 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 용매를 감압 하에서 농축시키고 잔류물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(이염화물/메탄올 = 10/1)로 정제하여 삼차-부틸 6-(피페라진-1-일)니코티네이트(6.5 g, 26% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 100%, Rt = 2.068분; 산출된 MS: 263.16; 검출된 MS: 264.3 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 97.11%, Rt = 7.311분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6 ) δ 1.51 (9H, s), 2.75 (4H, t, J = 4.8 Hz), 3.30 (1H, brs), 3.54 (4H, t, J = 4.8 Hz), 6.80 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.86 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 8.57 (1H, d, J = 2.4 Hz).
화학식: C14H21N3O2, 분자량: 263.34
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 21.
7 단계: 삼차-부틸 6-(4-(3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필)피페라진-1-일)니코티네이트의 합성
Figure pct00348
디메틸 술폭시드(5.0 mL) 중 3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필 메탄술포네이트(미정제, 1.63 mmol) 용액에 삼차-부틸 6-(피페라진-1-일)니코티네이트(472 mg, 1.79 mmol), 에틸디이소프로필아민(632 mg, 4.89 mmol) 및 요오드화 칼륨(27.1 mg, 0.163 mmol)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 45oC에서 밤새 교반하였다. 이어서 물(20 mL)을 첨가하고 에틸 아세테이트(20 mL x 3)로 추출하고, 식염수(5 mL x 4)로 세척하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 10:1)로 정제하여 삼차-부틸 6-(4-(3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필)피페라진-1-일)니코티네이트(250 mg, 2단계에서 28%)를 담황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.57 (9H, s), 1.70-1.72 (2H, m), 1.99-2.08 (2H, m), 2.54-2.64 (6H, m), 2.79-2.85 (2H, m), 3.69 (4H, t, J = 4.8 Hz), 4.17 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.76-4.82 (1H, m), 6.58 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.31 (1H, dd, J = 8.8 Hz, 3.2 Hz), 7.98 (1H, dd, J = 8.8 Hz, 2.4 Hz), 8.13 (1H, d, J = 8.8 Hz), 8.16 (1H, brs), 8.25 (1H, d, J = 2.8 Hz), 8.51 (1H, d, J = 6.8 Hz), 8.76 (1H, d, J = 2.0 Hz).
화학식: C28H36N6O6, 분자량: 552.62
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 36.
8 단계: 6-(4-(3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필)피페라진-1-일)니코틴산의 합성
Figure pct00349
디클로로메탄(3.0 mL) 중 삼차-부틸 6-(4-(3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필)피페라진-1-일)니코티네이트(250 mg, 0.452 mmol) 용액에 트리플루오로아세트산(1 mL)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 이어서 용매를 진공 중에서 제거하여 6-(4-(3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필)피페라진-1-일)니코틴산(미정제)을 담황색 오일로서 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 사용되었다.
9 단계: 5-(3-(4-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-일)프로폭시)-N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)피콜린아미드의 합성
Figure pct00350
N , N -디메틸포름아미드(DMF)(15 mL) 중 6-(4-(3-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일옥시)프로필)피페라진-1-일)니코틴산(미정제, 0.452 mmol), 1-(3-디메틸아미노프로필)-3-에틸카보디이미드 염화수소(EDCI)(130 mg, 0.678 mmol), 1-히드록시벤조트리아졸 수화물(HOBt)(91.9 mg, 0.678 mmol) 및 에틸디이소프로필아민(175 mg, 1.36 mmol) 용액을 30분 동안 교반한 후, 4-((1r,3r)-3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸시클로부톡시)-2-클로로벤조니트릴(139 mg, 0.497 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 밤새 교반하고 물(20 mL)을 첨가하였다. 수성층을 에틸 아세테이트(20 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(5 mL x 4)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 10:1) 및 프렙-HPLC로 정제하여 5-(3-(4-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페라진-1-일)프로폭시)-N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)피콜린아미드(57.7 mg, 2단계에서 17%)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 94.69%, Rt = 2.803분; 산출된 MS: 756.3; 검출된 MS: 757.3 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 85.08%, Rt = 9.741분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 1.12 (6H, s), 1.22 (6H, s), 1.94-2.01 (3H, m), 2.18-2.22 (1H, m), 2.49-2.50 (6H, m), 2.75-2.83 (1H, m), 2.99 (1H, d, J = 4.8 Hz), 3.61 (4H, s), 4.06 (1H, d, J = 9.2 Hz), 4.19-4.23 (2H, m), 4.31 (1H, s), 4.74-4.80 (1H, m), 6.88 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.01 (1H, dd, J = 8.8 Hz, 2.4 Hz), 7.21 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.58 (1H, dd, J = 8.8 Hz, 2.4 Hz), 7.63 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.90 (1H, d, J = 8.4 Hz), 7.96 (1H, dd, J = 8.8 Hz, 2.4 Hz), 8.02 (1H, d, J = 8.8 Hz), 8.34 (1H, d, J = 2.8 Hz), 8.63 (1H, d, J = 2.4 Hz), 8.89 (1H, d, J = 8.4 Hz), 10.87 (1H, s).
화학식: C39H45ClN8O6, 분자량: 757.28
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 45.
예시적인 PROTAC 53의 합성
Figure pct00351
5-(4-((1-(5-(((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)카바모일)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)메틸)피페라진-1-일)-N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)피콜린아미드
합성 반응식:
Figure pct00352
1 단계: 삼차-부틸 4-(6-(메톡시카보닐)피리딘-3-일)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00353
톨루엔(150 mL) 중 메틸 5-브로모피콜리네이트(14.8 g, 68.5 mmol) 및 삼차-부틸 피페라진-1-카복실레이트(15.3 g, 82.2 mmol) 용액에 탄산 세슘(55.8 g, 171.3 mmol), 트리스(디벤질리덴아세톤)디팔라듐(0)(3.15 g, 3.44 mmol) 및 (+/-)-2,2'-비스(디페닐포스피노)-1,1'-비나프틸(4.62 g, 7.42 mmol)를 첨가한 후, 이를 질소 하에 100℃에서 밤새 교반하였다. 냉각시킨 후, 물(100 mL)로 급냉시키고 에틸 아세테이트(100 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(200 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 5/1)로 정제하여 삼차-부틸 4-(6-(메톡시카보닐)피리딘-3-일)피페라진-1-카복실레이트(12.0 g, 55% 수율)를 갈색 고체로서 수득하였다.
LC-MS: (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (30 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.0분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN] 내지 5% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 95% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분). 순도 82.48%, Rt = 0.991분; 산출된 MS: 321.17; 검출된 MS: 322.2 [M+H]+.
화학식: C16H23N3O4, 분자량: 321.37.
2 단계: 메틸 5-(피페라진-1-일)피콜리네이트의 합성
Figure pct00354
1,4-디옥산 중 기체 HCl(100 mL, 4.0 M)의 용액 중 삼차-부틸 4-(6-(메톡시카보닐)피리딘-3-일)피페라진-1-카복실레이트(12.0 g, 37.4 mmol)의 혼합물을 30℃에서 1시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 진공 중에서 농축시켜 메틸 5-(피페라진-1-일)피콜리네이트(7.6 g, 93% 수율)를 갈색 고체로서 수득하였다.
화학식: C11H15N3O2, 분자량: 221.26.
3 단계: 삼차-부틸 6-(4-포르밀피페리딘-1-일)니코티네이트의 합성
Figure pct00355
DCM(200 mL) 중 삼차-부틸 6-(4-(히드록시메틸)피페리딘-1-일)니코티네이트(5.0 g, 17.1 mmol) 및 데스-마틴 페리오디난(21.8 g, 51.4 mmol)의 혼합물을 실온에서 4시간 동안 교반하였다. 혼합물을 여과하고 여과물을 진공 중에서 농축시켜 삼차-부틸 6-(4-포르밀피페리딘-1-일)니코티네이트(3.5 g, 70% 수율)을 황색 겔로서 수득하였다.
화학식: C16H22N2O3, 분자량: 290.36
4 단계: 메틸 5-(4-((1-(5-(삼차-부톡시카보닐)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)메틸)피페라진-1-일)피콜리네이트의 합성
Figure pct00356
MeOH(50 mL) 중 삼차-부틸 6-(4-포르밀피페리딘-1-일)니코티네이트(3.5 g, 12.1 mmol) 및 메틸 5-(피페라진-1-일)피콜리네이트(2.67 g, 12.1 mmol) 용액에 NaBH3CN(1.52 g, 18.0 mmol) 및 AcOH(2 mL)를 첨가한 후, 실온에서 밤새 교반하였다. 혼합물을 물(50 mL)로 희석하고 DCM(50 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(50 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(DCM/MeOH = 20/1)로 정제하여 메틸 5-(4-((1-(5-(삼차-부톡시카보닐)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)피페라진-1-일)피콜리네이트(1.6 g, 27% 수율)를 갈색 고체로서 수득하였다.
LC-MS: (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.987분; 산출된 MS: 495.28; 검출된 MS: 496.3 [M+H]+.
화학식: C27H37N5O4, 분자량: 495.61.
5 단계: 5-(4-((1-(5-(삼차-부톡시카보닐)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)메틸)피페라진-1-일)피콜린산의 합성
Figure pct00357
THF(60 mL) 중 메틸 5-(4-((1-(5-(삼차-부톡시카보닐)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)메틸)피페라진-1-일)피콜리네이트(1.6 g, 2.35 mmol) 용액에 1 mol/L의 수성 NaOH(30 mL)를 첨가한 후, 이를 30℃에서 2시간 동안 교반하였다. 이를 물(100 mL)로 급냉시키고 DCM(50 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(100 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켜 5-(4-((1-(5-(삼차-부톡시카보닐)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)메틸)피페라진-1-일)피콜린산(1.5 g, 96% 수율)을 갈색 고체로서 수득하였다.
LC-MS: (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.557분; 산출된 MS: 481.27; 검출된 MS: 482.3 [M+H]+.
화학식: C26H35N5O4, 분자량: 481.59.
6 단계: 삼차-부틸 6-(4-((4-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)니코티네이트의 합성
Figure pct00358
DMF(50 mL) 중 5-(4-((1-(5-(삼차-부톡시카보닐)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)메틸)피페라진-1-일)피콜린산(1.5 g, 3.1 mmol), 3-아미노피페리딘-2,6-디온(0.56 g, 3.4 mmol), HATU(1.77 g, 4.65 mmol) 및 DIEA(0.8 g, 6.2 mmol)의 혼합물을 실온에서 1시간 동안 교반하였다. 혼합물을 물(30 mL)에 붓고 DCM(30 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 농축시키고, 잔류물을 프렙-HPLC로 정제하여 삼차-부틸 6-(4-((4-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)니코티네이트(1.0 g, 54% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS: (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.879분; 산출된 MS: 591.32; 검출된 MS: 592.3 [M+H]+.
화학식: C31H41N7O5, 분자량: 591.70.
7 단계: 6-(4-((4-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)니코틴산의 합성
Figure pct00359
DCM(10 mL) 중 삼차-부틸 6-(4-((4-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)니코티네이트(500 mg, 0.85 mmol) 용액에 TFA(5 mL)을 첨가한 후, 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 진공 중에서 농축시켜 6-(4-((4-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)니코틴산(400 mg, 88% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS: (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). Rt = 1.215분; 산출된 MS: 535.25; 검출된 MS: 536.3 [M+H]+.
화학식: C27H33N7O5, 분자량: 535.59.
8 단계: 5-(4-((1-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)메틸)피페라진-1-일)-N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)피콜린아미드의 합성
Figure pct00360
DMF(10 mL) 중 6-(4-((4-(6-(2,6-디옥소피페리딘-3-일카바모일)피리딘-3-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)니코틴산(400 mg, 0.75 mmol), 4-((1r,3r)-3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸시클로부톡시)-2-클로로벤조니트릴(207.7 mg, 0.75 mmol), EDCI(158.4 mg, 0.825 mmol), HOBt(153 mg, 1.125 mmol) 및 DIEA(290.25 mg, 2.25 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 이어서, 반응 혼합물을 물(20 mL)로 급냉시키고 DCM(20 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(30 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-HPLC로 정제하여 5-(4-((1-(5-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸카바모일)피리딘-2-일)피페리딘-4-일)메틸)피페라진-1-일)-N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)피콜린아미드(215 mg, 36% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 90.80%, Rt = 3.023분, 산출된 MS: 795.36; 검출된 MS: 796.3 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 90.34%, Rt = 10.276분.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 0.76-0.81 (1H, m), 1.15-1.21 (16H, m), 1.80-2.23 (5H, m), 2.53-2.59 (4H, m), 2.71-2.78 (2H, m), 2.85-2.91 (2H, m), 3.29 (3H, brs), 3.97 (1H, s), 4.07 (1H, d, J = 8 Hz), 4.38 (2H, d, J = 12.8 Hz), 4.69-4.75 (1H, m), 5.98 (1H, d, J = 8.4 Hz), 6.60 (1H, d, J = 8.8 Hz), 6.73 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 6.89 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.14-7.17 (1H, m), 7.50 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.84 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 7.92 (1H, s), 7.97 (1H, d, J = 8.8 Hz), 8.15 (1H, d, J = 2.4 Hz), 8.38 (1H, d, J = 6.8 Hz), 8.50 (1H, d, J = 2.4 Hz).
화학식: C42H50ClN9O5, 분자량: 796.36.
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 50.
예시적인 PROTAC 61의 합성
Figure pct00361
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-일)부틸)니코틴아미드
합성 반응식 파트 1
Figure pct00362
합성 반응식 파트 2
Figure pct00363
1 단계: 삼차-부틸 6-(4-히드록시부트-1-인일)니코티네이트의 합성
Figure pct00364
삼차-부틸 6-클로로니코티네이트(2.0 g, 9.39 mmol)를 디메톡시에탄(50 ml)에 용해시키고, 이어서 물(30 mL), 탄산 칼륨(5.18 g, 37.6 mmol), 요오드화 구리(I)(0.1 g, 0.5 mmol), 트리페닐포스핀(0.26 g, 1 mmol), 및 탄소 상 10%(w/w) 팔라듐(0.3 g)을 연속하여 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 30분 동안 교반한 후, 2-메틸-3-부틴-2-올(5 ml, 50 mmol)를 첨가하고, 80
Figure pct00365
에서 5시간 동안 가열한 다음, 냉각시키고, 셀라이트를 통해 여과하고, 물(150 mL)로 희석시키고, 에틸 아세테이트(100 mL x 2)로 추출하였다. 유기상을 물로 세척하고, 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 증발시켜 농축시켰다. 생성된 미정제 반응물을 실리카 겔 상 컬럼 및 프레쉬 크로마토그래피로 정제하여 삼차-부틸 6-(4-히드록시부트-1-인일)니코티네이트(1.7 g, 73%)를 무색 오일로서 수득하였다.
2 단계: 삼차-부틸 6-(4-히드록시부틸)니코티네이트의 합성
Figure pct00366
삼차-부탄올(10 mL) 중 삼차-부틸 6-(4-히드록시부트-1-인일)니코티네이트(500mg, 2.0 mmol), Pd/C(50 mg) 용액을 수소(기상) 분위기 하 실온에서 밤새 교반하였다. 혼합물을 셀라이트 패드를 통해 여과하여 팔라듐을 제거하였다. 용매를 진공 중에서 증발시켜 삼차-부틸 6-(4-히드록시부틸)니코티네이트(450 mg, 88% 수율)를 황색 오일로서 수득하였다. 잔류물은 추가 정제 없이 다음 반응에서 사용되었다.
3 단계: 6-(4-히드록시부틸)니코틴산의 합성
Figure pct00367
디클로로메탄(5 mL) 중 6-(4-히드록시부틸)니코티네이트(200 mg, 0.79 mmol) 용액에 TFA(5 mL)를 첨가한 후, 이를 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 이를 진공 중에서 농축시켜 미정제 6-(4-히드록시부틸)니코틴산(130 mg, 84% 수율)을 황색 오일로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
4 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-히드록시부틸)니코틴아미드의 합성
Figure pct00368
DMF(10 mL) 중 6-(4-히드록시부틸)니코틴산(570 mg, 미정제, 2.9 mmol), 4-((1r,3r)-3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸시클로부톡시)-2-클로로벤조니트릴(400 mg, 1.4 mmol), EDCI(472 mg, 2.4 mmol), 및 HOBt(332 mg, 2.4 mmol) 용액에 DIEA(800 mg, 6.2 mmol)를 첨가한 후, 실온에서 2일 동안 교반하였다. 이를 물(20 mL)로 희석하고 에틸 아세테이트(20 mL x 2)로 추출하였다. 유기 추출물을 물(40 mL x 3) 및 식염수(40 mL)로 세척하고, Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-TLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-히드록시부틸)니코틴아미드(262 mg, 20% 수율)를 담황색 고체로서 수득하였다.
LCMS (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 6 mm x 5 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 90%[(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)] 내지 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 90% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)], 이어서 이 조건으로 2.4분, 최종적으로 0.1분 내 90% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)]로 변경, 이 조건으로 0.7분) Rt = 1.832분; 산출된 MS: 455.98; 검출된 MS: 456.2[M+H]+.
화학식: C25H30ClN3O3, 분자량: 455.98
5 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-옥소부틸)니코틴아미드의 합성
Figure pct00369
디클로로메탄(10 mL) 중 N-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-5-(5-히드록시펜틸옥시) 피콜린아미드(240 mg, 0.53 mmol) 및 데스-마틴 페리오디난(269 mg, 0.64 mmol)의 혼합물을 실온에서 1.5시간 교반하였다. 반응 혼합물을 여과하고 여과 케이크를 디클로로메탄(10 mL x 3)으로 세척하였다. 여과물을 농축시키고 프렙-TLC(DCM/MeOH=100/5)로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-옥소부틸)니코틴아미드(100 mg, 42% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다.
LCMS (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 90%[(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)] 내지 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 90% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)], 이어서 이 조건으로 2.4분, 최종적으로 0.1분 내 90% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)]로 변경, 이 조건으로 0.7분) 순도 52.80, Rt = 1.977분; 산출된 MS: 453.96; 검출된 MS: 454.2 [M+H]+.
6 단계: 삼차-부틸 4-(5-클로로-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00370
N,N-디메틸포름아미드(40 mL) 중 4,5-디클로로피리다진-3(2H)-온(10 g, 60.6 mmol) 용액에 삼차-부틸 피페라진-1-카복실레이트(22.5 g, 121.2 mmol) 및 DIEA(25 g, 182 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 80oC에서 밤새 교반하였다. 실온으로 냉각시킨 후, 혼합물을 여과하고, 잔류물을 에틸 아세테이트(100 mL x 3) 및 DCM(100 mL x 3)로 세척하여 화합물 삼차-부틸 4-(5-클로로-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트(8 g, 42% 수율)를 담황색 고체로서 수득하였다.
LCMS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (30 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 0.5분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN] 내지 5% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 95% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.5분, 최종적으로 0.1분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.5분). 순도 87.88%. Rt = 0.903분; 산출된 MS: 314.77; 검출된 MS: 315.2 [M+H]+.
화학식: C13H19ClN4O3, 분자량: 314.77
7 단계: 삼차-부틸 4-(5-클로로-1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00371
DMSO(20 mL) 중 1-브로모-4-(5-브로모펜틸옥시)벤젠(4 g, 12.7 mmol) 용액에 3-브로모피페리딘-2,6-디온(4.8 mg, 25.4 mmol) 및 탄산 칼륨(5.3 g, 38.1 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 40℃에서 2일 동안 교반하였다. 실온으로 냉각시킨 후, 반응물을 여과하고, 잔류물을 에틸 아세테이트(20 mL x 3) 및 DCM(20 mL x 3)으로 세척하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고 진공 중에서 농축시키고, 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(석유에테르/에틸 아세테이트 = 1:4)로 정제하여 삼차-부틸 4-(5-클로로-1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트(3.7 g, 67% 수율)를 담황색 고체로서 수득하였다.
8 단계: 삼차-부틸 4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00372
MeOH(30 mL) 중 삼차-부틸 4-(5-클로로-1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트(300 mg, 0.7 mmol) 및 활성탄 상 10% 팔라듐(90 mg)의 혼합물을 1 기압 수소 분위기 하 37℃에서 밤새 교반하였다. 이를 여과하여 고체를 제거하고, 여과물을 진공 중에서 농축시켜 3-(4-(3-히드록시프로폭시)-6-옥소피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온(190 mg, 93% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (30 mm x 6 mm x 5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 0.5분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN] 내지 5% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 95% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.5분, 최종적으로 0.1분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.5분). 순도 77.70%. Rt = 0.873분; 산출된 MS: 391.42. 검출된 MS: 392.2 [M+H]+.
화학식: C18H25N5O5, 분자량: 391.42
9 단계: 3-(6-옥소-4-(피페라진-1-일)피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00373
DCM(3 mL) 및 트리플루오로아세트산(3 mL) 중 3-(4-(3-히드록시프로폭시)-6-옥소피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온(50 mg, 0.10 mmol) 용액을 실온에서 3시간 동안 교반하였다. 이어서 용매를 직접적으로 제거하여 3-(6-옥소-4-(피페라진-1-일)피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온(124 mg, 미정제, 88% 수율)을 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
10 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-일)부틸)니코틴아미드의 합성
Figure pct00374
MeOH(6 mL) 중 3-(6-옥소-4-(피페라진-1-일)피리다진-1(6H)-일)피페리딘-2,6-디온(100 mg, 0.34 mmol), N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-옥소부틸)니코틴아미드(130 mg, 0.29 mmol) 용액에 아세트산(3 방울)을 첨가한 후, NaBH3CN(23 mg, 0.35 mmol)을 실온에서 6시간 동안 7번에 나누어 첨가하였다. 생성된 혼합물을 실온에서 추가로 1시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 농축시키고, 식염수(15 mL)로 희석시키고 CH2Cl2/MeOH(10/1, 20 mL x 2)로 추출하였다. 유기상을 Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고, 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일)피페라진-1-일)부틸)니코틴아미드(56 mg, 27% 수율)를 담황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 99.06%, Rt = 2.650분; 산출된 MS: 728.3; 검출된 MS: 729.4 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 96.51%, Rt = 9.185분.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.16 (7H, s), 1.21 (7H, s), 1.71-1.75 (2H, m), 2.13-2.16 (1H, m), 2.34-2.37 (2H, m), 2.45-2.47 (4H, m), 2.55-2.71 (2H, m), 2.77-2.84 (3H, m), 3.25-3.28 (4H, m), 3.99 (1H, s), 4.09 (1H, d, J = 8.4 Hz), 5.63-5.68 (1H, m), 5.82 (1H, d, J = 2.8 Hz), 6.11 (1H, d, J = 8.0 Hz), 6.74 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 6.90 (1H, d, J = 2.0 Hz), 7.21 (1H, s), 7.50 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.64 (1H, d, J = 3.2 Hz), 7.91 (1H, brs), 7.96 (1H, dd, J = 8.0, 2.0 Hz), 8.83 (1H, d, J = 1.6 Hz).
화학식: C38H45ClN8O5, 분자량: 729.27
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 45.
예시적인 PROTAC 70의 합성
Figure pct00375
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드
합성 반응식
Figure pct00376
1 단계: 삼차-부틸 4-(4-(메톡시카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00377
디메틸 술폭시드(30 mL) 중 메틸 4-플루오로벤조에이트(3.1 g, 20.0 mmol), 삼차-부틸 피페라진-1-카복실레이트(3.7 g, 20.0 mmol) 및 탄산 칼륨(2.7 g, 40.0 mmol)의 혼합물을 120℃에서 24시간 동안 가열하였다. 혼합물을 물(100 mL)에 붓고 에틸 아세테이트(50 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 진공 중에서 농축시켜 삼차-부틸 4-(4-(메톡시카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트(5.1 g, 80% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
화학식: C17H24NO2, 분자량: 320.38
2 단계: 삼차-부틸 4-(4-(히드라진카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00378
에탄올(30 mL) 중 삼차-부틸 4-(4-(메톡시카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트(3.2 g, 10.0 mmol) 및 히드라진 수화물(1.0 g, 20.0 mmol)의 혼합물을 밤새 환류시켰다. 혼합물을 농축시켜 삼차-부틸 4-(4-(히드라진카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트(2.6 g, 80% 수율)를 백색 고체로서 직접 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 78.9%, Rt = 1.609분. 산출된 MS: 320.1; 검출된 MS: 321.3 [M+H]+.
화학식: C16H24N4O3, 분자량: 320.39
3 단계: 삼차-부틸 4-(4-(2-(메틸카바모일)히드라진카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00379
아세토니트릴(30 mL) 중 삼차-부틸 4-(4-(히드라진카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트(2.0 g, 6.3 mmol) 및 2,5-디옥소피롤리딘-1-일 메틸카바메이트(1.1 g, 6.3 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 혼합물을 물(30 mL)에 붓고 여과하여 삼차-부틸 4-(4-(2-(메틸카바모일)히드라진카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트(1.7 g, 70%)를 백색 고체로서 수득하였다.
화학식: C18H27N5O4, 분자량: 377.44
4 단계: 삼차-부틸 4-(4-(4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00380
물(15 mL) 중 삼차-부틸 4-(4-(2-(메틸카바모일)히드라진카보닐)페닐)피페라진-1-카복실레이트(1.7 g, 4.5 mmol) 및 수산화 나트륨(360 mg, 9.0 mmol)의 혼합물을 3시간 동안 환류시켰다. 혼합물을 실온으로 냉각시키고 혼합물의 pH 값을 염산(1.0 N)으로 5 내지 6으로 조정하였다. 혼합물을 디클로로메탄(30 mL x 3)으로 추출하고 합쳐진 유기상을 진공 중에서 농축시켜 삼차-부틸 4-(4-(4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-카복실레이트(1.2 g, 75% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
화학식: C18H25N5O3, 분자량: 359.42
5 단계: 삼차-부틸 4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00381
아세토니트릴(20 mL) 중 삼차-부틸 4-(4-(4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-카복실레이트(1.2 g, 3.3 mmol), 3-브로모피페리딘-2,6-디온(1.3 g, 6.6 mmol) 및 삼차-부톡시드 칼륨(1.1 g, 9.9 mmol)의 혼합물을 밤새 환류시켰다. 혼합물을 포화 염화암모늄 용액(30 mL)에 붓고 디클로로메탄(30 mL Х 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 진공 중에서 농축시키고 잔류물을 프렙-HPLC로 정제하여 삼차-부틸 4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-카복실레이트(465 mg, 30% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
화학식: C23H30N6O5, 분자량: 470.52
6 단계: 3-(4-메틸-5-옥소-3-(4-(피페라진-1-일)페닐)-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-1-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00382
건조 염화수소/1,4-디옥산(20 mL, 4,0 N) 중 삼차-부틸 4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-카복실레이트(465 mg, 0.99 mmol) 용액을 실온에서 4시간 동안 교반하였다. 혼합물을 진공 중에서 농축시켜 3-(4-메틸-5-옥소-3-(4-(피페라진-1-일)페닐)-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-1-일)피페리딘-2,6-디온(293 mg, 80% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
화학식: C18H22N6O3, 분자량: 370.41
7 단계: 삼차-부틸 4-(4-(히드록시메틸)피페리딘-1-일)벤조에이트의 합성
Figure pct00383
DMSO(100 mL) 중 삼차-부틸 4-플루오로벤조에이트(23 g, 0.12 mmol) 용액에 피페리딘-4-일메탄올(40.5 g, 0.35 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 질소 분위기 하 120oC에서 밤새 가열하였다. 실온으로 냉각시킨 후, 반응 혼합물에 물(50 mL)을 첨가하고 이를 에틸 아세테이트(20 mL x 3)로 추출하였다. 유기층을 식염수(15 mL x 3)로 세척하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고 진공 중에서 농축시키고, CC(PE/EA = 10:1)로 정제하여 화합물 삼차-부틸 4-(4-(히드록시메틸)피페리딘-1-일)벤조에이트(31g, 91.2%)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 90%[(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)] 내지 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 90% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)], 이어서 이 조건으로 2.4분, 최종적으로 0.1분 내 90% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)]로 변경, 이 조건으로 0.7분). 순도 99.57%, Rt = 2.035분; 산출된 MS: 291.2; 검출된 MS: 292.2 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 93.27%, Rt = 9.542분.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 1.29-1.40 (2H, m), 1.49 (1H, d, J = 5.4 Hz), 1.57 (9H, s), 1.70-1.75 (1H, m), 1.82 (2H, d, J = 12.8 Hz), 2.80-2.87 (2H, m), 3.53 (2H, t, J = 5.8 Hz), 3.87-3.90 (2H, m), 6.85 (2H, d, J = 9.2 Hz), 7.84 (2H, d, J = 9.2 Hz).
화학식: C17H25NO3, 분자량: 291.39
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 25.
8 단계: 삼차-부틸 4-(4-포르밀피페리딘-1-일)벤조에이트의 합성
Figure pct00384
디클로로메탄(20 mL) 중 삼차-부틸 4-(4-(히드록시메틸)피페리딘-1-일)벤조에이트(300 mg, 1.03 mmol) 용액에 데스-마틴 페리오디난(1.31 g, 3.09 mmol)을 0oC에서 서서히 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 1시간 동안 교반하였다. 이어서, 이를 여과하고 진공 중에서 농축시켜 화합물 삼차-부틸 4-(4-포르밀피페리딘-1-일)벤조에이트(240 mg, 81%)를 담황색 고체로서 수득하였다.
9 단계: 삼차-부틸 4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤조에이트의 합성
Figure pct00385
메탄올(10 mL 중 3-(4-메틸-5-옥소-3-(4-(피페라진-1-일)페닐)-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-1-일)피페리딘-2,6-디온(200 mg, 0.54 mmol), 삼차-부틸 4-(4-포르밀피페리딘-1-일)벤조에이트(156 mg, 0.54 mmol), 시아노보로히드라이드 나트륨(100 mg, 1.6 mmol) 및 아세트산(0.5 mL)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 혼합물을 물(20 mL)에 붓고 디클로로메탄(20 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(디클로로메탄/메탄올 = 20/1)로 정제하여 삼차-부틸 4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤조에이트(173 mg, 50% 수율)를 갈색 고체로서 수득하였다.
화학식: C35H45N7O5, 분자량: 643.78
10 단계: 4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤조산의 합성
Figure pct00386
1,2-디클로로에탄(10 mL) 중 삼차-부틸 4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤조에이트(150 mg, 0.23 mmol) 및 트리플루오로아세트산(265 mg, 2.3 mmol)의 혼합물을 2시간 동안 교반하였다. 혼합물을 진공 중에서 농축시켜 4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤조산(95 mg, 70% 수율)을 갈색 고체로서 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
화학식: C31H37N7O5, 분자량: 587.67
11 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드의 합성
Figure pct00387
N,N-디메틸포름아미드(5 mL) 중 4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤조산(95 mg, 0.16 mmol), 4-((1r,3r)-3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸시클로부톡시)-2-클로로벤조니트릴(45 mg, 0.16 mmol), 2-(7-아자벤조트리아졸-1-일)-N,N,N',N'-테트라메틸우로늄 헥사플루오로포스페이트(91 mg, 0.24 mmol) 및 에틸디이소프로필아민(62 mg, 0.48 mmol)의 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. 혼합물을 물(10 mL)에 붓고 디클로로메탄(10 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 진공 중에서 농축시키고 잔류물을 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(4-(1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸-5-옥소-4,5-디히드로-1H-1,2,4-트리아졸-3-일)페닐)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드(54 mg, 40% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 99.4%, Rt = 3.160분, 산출된 MS: 847.3; 검출된 MS: 848.4 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 94.0%, Rt = 10.750분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6 ) δ 1.12 (7H, brs), 1.21 (8H, brs), 1.79-1.82 (3H, m), 2.08-2.12 (1H, m), 2.20-2.22 (2H, m), 2.41-2.45 (3H, m), 2.59-2.63 (1H, m), 2.76-2.87 (3H, m), 3.26-3.27 (5H, m), 3.30 (3H, s), 3.84-3.87 (2H, m), 4.04-4.06 (1H, m), 4.32 (1H, s), 5.18 (1H, dd, J = 5.6, 12.8 Hz), 6.94-7.05 (5H, m), 7.20 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.47-7.53 (3H, m), 7.73 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.90 (1H, d, J = 8.8 Hz), 11.0 (1H, s).
화학식: C46H54ClN9O5, 분자량: 848.43
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 54
예시적인 PROTAC 79의 합성
Figure pct00388
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((4-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)이소퀴놀린-7-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식
Figure pct00389
1 단계: 7-브로모이소퀴놀린의 합성
Figure pct00390
톨루엔(250 mL) 중 3-브로모벤즈알데히드(50.0 g, 0.27 mol) 용액에 아미노아세트알데히드 디메틸 아세탈(31.1 g, 0.30 mol)을 첨가하고 실온에서 수 분 동안 교반한 후, 100oC에서 밤새 가열하였다. 반응 용매를 증발시켜 3-브로모벤즈아미노아세탈(70 g, 95%)을 황색 오일로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
농축 황산(70 mL, 1 v) 중 오산화인(140 g, 2 v) 용액을 실온에서 수 분 동안 교반한 후, 0oC에서 교반하고, 3-브로모벤즈아미노아세탈(70 g, 0.26 mol)을 준비한 혼합물에 서서히 첨가하였다. 이어서, 혼합물을 160oC로 30분 동안 가열하였다. 실온으로 냉각시킨 후, 반응 혼합물을 격렬한 교반 중의 빙수(100 mL)에 조심스럽게 부은 후 여과하고, 포화 수산화 나트륨을 사용하여 pH를 9로 증가시킨 후, 디클로로메탄(100 mL x 3)으로 추출하고, 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시키고, 실리카 겔(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 6:1)로 정제하여 7-브로모이소퀴놀린 및 5-브로모이소퀴놀린(15.0 g, 28%)의 혼합물을 황색 고체로서 수득하였다.
2 단계: 4,7-디브로모이소퀴놀린의 합성
Figure pct00391
아세트산(30 mL) 중 7-브로모이소퀴놀린 및 5-브로모이소퀴놀린(15.0 g, 0.072mol) 혼합물의 용액에 N-브로모숙신이미드(19.3 g, 0.11 mol)를 첨가하였다. 혼합물을 질소 분위기 하 100oC에서 밤새 가열하였다. 실온으로 냉각시킨 후, 반응 혼합물에 물(10 mL)을 첨가하고 포화 수산화 나트륨으로 중성화시킨 후, 에틸 아세테이트(10 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고 진공 중에서 농축시키고, 실리카 겔(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 15:1)로 정제하여 4,7-디브로모이소퀴놀린(6.0 g, 29%)을 황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.87-7.90 (1H, m), 8.05 (1H, d, J = 8.8 Hz), 8.15 (1H, m), 8.75 (1H, s), 9.01 (1H, s).
화학식: C9H5Br2N, 분자량: 286.95
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 5.
3 단계: 4-브로모-7-메톡시이소퀴놀린의 합성
Figure pct00392
디메틸 술폭시드/메탄올 (4:3)(10 mL) 중 4,7-디브로모이소퀴놀린(1.0 g, 3.5 mmol) 용액에 메타놀레이트 나트륨(0.3 g, 5.6 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 마이크로웨이브 반응기 내 140oC에서 1시간 동안 가열하였다. 혼합물에 물(5 mL)을 첨가하고 에틸 아세테이트(5 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 식염수(5 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시키고, 실리카 겔(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 10:1)로 정제하여 4-브로모-7-메톡시이소퀴놀린(180 mg, 22%)을 황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 3.95 (3H, s), 7.57-7.60 (1H, m), 7.63 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.99 (1H, d, J = 8.8 Hz), 8.59 (1H, s), 9.21 (1H, s).
화학식: C10H8BrNO, 분자량: 238.08
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 8.
4 단계: 4-브로모이소퀴놀린-7-올의 합성
Figure pct00393
디클로로메탄(2 mL) 중 4-브로모-7-메톡시이소퀴놀린(110 mg, 0.46 mmol) 용액에 디클로로메탄(4.6 mL, 4.6 mmol) 중 BBr3(1.0 M)을 -20oC에서 첨가한 후, 실온에서 12시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 냉수에 붓고 포화 중탄산 나트륨으로 중성화시키고, 디클로로메탄(5 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시키고, 프렙-TLC(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 3:1)로 정제하여 4-브로모이소퀴놀린-7-올(60 mg, 58%)을 밝은 오일로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (30 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.5 mL/분; 이동상: 0.5분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.5분, 최종적으로 0.1분 내 90% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 10% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.5분). 순도 90.50%, Rt = 1.078분, 산출된 MS: 223.7; 검출된 MS: 224.7 [M+H]+.
5 단계: 5-(4-브로모이소퀴놀린-7-일옥시)펜탄-1-올의 합성
Figure pct00394
DMF(10 mL) 중 화합물 4-브로모이소퀴놀린-7-올(0.90 g, 4.02 mmol) 용액에 5-브로모펜탄-1-올(0.66 g, 4.02 mmol) 및 탄산 칼륨(0.74 g, 8.04 mmol)을 첨가한 후, 70oC에서 8시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 냉수에 붓고 디클로로메탄/메탄올(10 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시키고, 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 15:1)로 정제하여 5-(4-브로모이소퀴놀린-7-일옥시)펜탄-1-올(1.0 g, 81%)을 황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 1.49-1.51 (4H, m), 1.82 (2H, t, J = 6.8 Hz), 3.43-3.44 (2H, m), 4.16 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.41 (1H, t, J = 5.2 Hz), 7.58-7.64 (2H, m), 8.00 (1H, d, J = 9.2 Hz), 8.59 (1H, s), 9.19(1H, s).
화학식: C14H16BrNO2, 분자량: 310.19
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 16.
6 단계: 1-(7-(5-히드록시펜틸옥시)이소퀴놀린-4-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온의 합성
Figure pct00395
DMSO(6 mL) 중 5-(4-브로모이소퀴놀린-7-일옥시)펜탄-1-올(100 mg, 0.32 mmol), 피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(48 mg, 0.38 mmol), K3PO4(200 mg, 0.96 mmol), CuI (30 mg, 0.16 mmol), N-(2-시아노페닐)피콜린아미드(22 mg, 0.16 mmol) 용액을 아르곤 분위기 하 120oC에서 2시간 동안 가열하였다. 반응 혼합물을 실온으로 냉각시키고 냉수에 붓고 디클로로메탄/메탄올(10 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시키고, 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 12:1)로 정제하여 1-(7-(5-히드록시펜틸옥시)이소퀴놀린-4-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(21 mg, 19%)을 황색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 1.49-1.51 (4H, m), 1.80-1.83 (2H, m), 3.42-3.44 (2H, m), 4.16 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.41 (1H, t, J = 5.2 Hz), 5.75-5.78 (1H, m), 7.50 (1H, dd, J = 9.2, 2.8 Hz), 7.69-7.77 (3H, m), 8.44 (1H, s), 9.31 (1H, s), 11.61 (1H, s).
화학식: C18H19N3O4, 분자량: 341.36
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 19.
7 단계: 5-(4-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)이소퀴놀린-7-일옥시)펜타날의 합성
Figure pct00396
디클로로메탄(10 mL) 중 1-(7-(5-히드록시펜틸옥시)이소퀴놀린-4-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(30 mg, 0.088 mmol) 용액에 데스-마틴 페리오디난(112 mg, 0.26 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 혼합물을 물(10.0 mL)에 붓고 디클로로메탄(10.0 mL x 2)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(20 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시키고, 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 12:1)로 정제하여 5-(4-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)이소퀴놀린-7-일옥시)펜타날(20 mg, 67%)을 황색 고체로서 수득하였다.
8 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(4-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)이소퀴놀린-7-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00397
건조 메탄올/1,2-디클로로에탄/HOAc(5 mL/3 mL/0.1 mL) 중 5-(4-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)이소퀴놀린-7-일옥시)펜타날(20 mg, 0.058 mmol) 용액에 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드(27 mg, 0.058 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 N2 가스 분위기에서 30분 동안 놔두었다. 이어서, 시아노보로히드라이드 나트륨(7 mg, 0.116 mmol)을 첨가하고 반응 혼합물을 밤새 교반하였다. 용매를 제거하고, 잔류물을 디클로로메탄과 물 사이에서 분리하고, 식염수로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켜 미정제 생성물을 수득하였다. 잔류물을 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(4-(2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)이소퀴놀린-7-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(6.0 mg, 13%)를 황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 93.61%, Rt = 2.885분; 산출된 MS: 790.3; 검출된 MS: 791.3 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 92.34%, Rt = 9.952분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 1.12 (6H, s), 1.21 (6H, s), 1.49-1.57 (4H, m), 1.83-1.86 (2H, m), 2.31-2.40 (5H, m), 2.67-2.68 (1H, m), 3.58-3.60 (4H, m), 4.05(1H, d, J = 9.2 Hz), 4.17-4.20 (2H, m), 4.30 (1H, s), 5.76(1H, d, J = 8.4 Hz), 6.86(1H, d, J = 8.8 Hz), 6.99-7.02 (1H, m), 7.21 (1H, d, J = 2.0 Hz), 7.50-7.52 (1H, m), 7.63 (1H, d, J = 9.6 Hz), 7.70-7.76 (3H, m), 7.90-7.97 (2H, m), 8.44 (1H, s), 8.62 (1H, d, J = 1.6 Hz), 9.31 (1H, s).
화학식: C43H47ClN8O5, 분자량: 791.34
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 47.
예시적인 PROTAC 80의 합성
Figure pct00398
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-((3-(5-시아노-2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일)옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드
합성 반응식
Figure pct00399
1 단계: 5-(3-아미노퀴놀린-6-일옥시)펜탄-1-올의 합성
Figure pct00400
톨루엔(20 mL) 중 5-(3-브로모퀴놀린-6-일옥시)펜탄-1-올(1.1 g, 3.6 mmol), 벤조페논 이민(684 mg, 3.8 mmol) 및 삼차-부톡시드 나트륨(691 mg, 7.2 mmol) 용액에 (+/-)-2,2'-비스(디페닐포스피노)-1,1'-비나프틸(448 mg, 0.7 mmol) 및 트리스(디벤질리덴아세톤)디팔라듐(207 mg, 0.36 mmol)을 질소 분위기 하에서 첨가하고, 혼합물을 2시간 동안 환류하였다. 실온으로 냉각되었을 때, 물(20 mL)을 첨가하였다. 생성된 혼합물을 에틸 아세테이트(10 mL x 3)로 추출하고, 식염수(20 mL x 3)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하였다. 이어서, 4N HCl(5 mL)을 여과물에 첨가하고, 혼합물을 1시간 동안 교반하였다. 층을 분리시키고 유기층을 물(10 mL x 3)로 추출하였다. 이어서, 합쳐진 수성상을 포화 NaHCO3로 pH = 9로 조정하고, 에틸 아세테이트(10mL x 3)로 추출하고, 무수 Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 상 컬럼 크로마토그래피(디클로로메탄/메탄올 = 8/1)로 정제하여 5-(3-아미노퀴놀린-6-일옥시)펜탄-1-올(600 mg, 69% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.4분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 97.35%, Rt = 1.361분. 산출된 MS: 246.14; 검출된 MS: 247.3 [M+H]+.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6 ) δ 1.45-1.49 (4H, m), 1.76 (2H, t, J = 6.8 Hz), 3.42 (2H, dd, J = 11.2, 6.0 Hz), 4.03 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.40 (1H, t, J = 5.2 Hz), 5.60 (2H, s), 6.93 (1H, dd, J = 8.8, 2.4 Hz), 6.97 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.02 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.62 (1H, d, J = 8.8 Hz), 8.23 (1H, d, J = 2.8 Hz).
화학식: C14H18N2O2, 분자량: 246.30.
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 18.
2 단계: 1-(6-(5-히드록시펜틸옥시)퀴놀린-3-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-5-카보니트릴의 합성
Figure pct00401
디메틸 술폭시드(10 mL) 중 5-(3-아미노퀴놀린-6-일옥시)펜탄-1-올(600 mg, 2.44 mmol), N-카바모일-2-시아노아세트아미드(1.2 g, 9,76 mmol) 및 트리메톡시메탄(1.0 g, 9.76 mmol) 용액을 80℃에서 밤새 교반하고, 반응 혼합물을 120℃에서 2시간 동안 계속해서 교반하였다. 실온으로 냉각되었을 때, 물(30 mL)을 혼합물에 첨가하고 이를 통해 백색 고체를 수득하였다. 생성된 혼합물을 여과하고, 고체를 프렙-HPLC로 의해 정제하여 1-(6-(5-히드록시펜틸옥시)퀴놀린-3-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-5-카보니트릴(110 mg, 12% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6 ) δ 1.49-1.51 (4H, m), 1.81 (2H, t, J = 6.4 Hz), 3.43 (2H, d, J = 5.2 Hz), 4.13 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.41 (1H, t, J = 5.2 Hz), 7.44 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.49 (1H, dd, J = 9.2, 2.8 Hz), 7.99 (1H, d, J = 9.2 Hz), 8.36 (1H, d, J = 2.4 Hz), 8.77 (1H, d, J = 2.4 Hz), 8.95 (1H, s), 12.31 (1H, brs).
화학식: C19H18N4O4, 분자량: 366.37.
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 18.
3 단계: 5-(3-(5-시아노-2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜틸 메탄술포네이트의 합성
Figure pct00402
디클로로메탄(4 mL) 중 1-(6-(5-히드록시펜틸옥시)퀴놀린-3-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-5-카보니트릴(110 mg, 0.30 mmol) 및 트리에틸아민(98 mg, 0.90 mmol)의 용액에 메탄술포닐 염화물(51 mg, 0.45 mmol)을 0℃에서 첨가하고, 혼합물을 실온에서 30분 동안 교반하였다. 이어서, 물(5 mL)을 혼합물에 첨가하고, 생성된 혼합물을 디클로로메탄(5 mL x 3)으로 추출하고, 식염수(5 mL x 3)로 세척하고, 무수 Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고 농축시켰다. 미정제 생성물(150 mg)은 추가 정제 없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
4 단계: 1-(6-(5-요오도펜틸옥시)퀴놀린-3-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-5-카보니트릴의 합성
Figure pct00403
아세토니트릴(3 mL) 중 5-(3-(5-시아노-2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜틸 메탄술포네이트(150 mg) 용액에 요오드화 칼륨 (50 mg, 0.3 mmol)을 첨가하고, 혼합물을 90℃에서 4시간 동안 교반하였다. 혼합물이 실온으로 냉각되었을 때, 물(5 mL)을 혼합물에 첨가하고, 생성된 혼합물을 디클로로메탄(5 mL x 3)으로 추출하고, 식염수(5 mL x 3)로 세척하고, 무수 Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고 농축시켰다. 잔류물을 프렙-TLC(디클로로메탄/메탄올 = 10/1)로 정제하여 목적하는 생성물(40 mg, 2단계에서 28% 수율)을 수득하였다.
LCMS (Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm x 4.6 mm x 3.5 μm); 컬럼 온도: 40 ℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 1.6분 내 90%[(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)] 내지 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 90% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)], 이어서 이 조건으로 2.4분, 최종적으로 0.1분 내 90% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=900/100 (v/v)] 및 10% [(총 10mM AcONH4) 물/CH3CN=100/900 (v/v)]로 변경, 이 조건으로 0.7분). 순도 66.97%, Rt = 2.066분. 산출된 MS: 476.03; 검출된 MS: 477.0 [M+H]+.
5 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(3-(5-시아노-2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드의 합성
Figure pct00404
아세토니트릴(2 mL) 중 1-(6-(5-요오도펜틸옥시)퀴놀린-3-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-5-카보니트릴(40 mg, 0.08 mmol), N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(피페라진-1-일)니코틴아미드(39 mg, 0.08 mmol), 및 에틸디이소프로필아민(30 mg, 0.25 mmol) 용액을 90℃에서 밤새 교반하였다. 혼합물이 실온으로 냉각되었을 때, 물(5 mL)을 첨가하고, 혼합물을 에틸 아세테이트(2 mL x 3)로 추출하고, 식염수(5 mL x 3)로 세척하고, 무수 Na2SO4 상에서 건조시키고, 여과하고 농축시켰다. 잔류물을 프렙-HPLC로 정제하여 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-6-(4-(5-(3-(5-시아노-2,4-디옥소-3,4-디히드로피리미딘-1(2H)-일)퀴놀린-6-일옥시)펜틸)피페라진-1-일)니코틴아미드(12 mg, 18% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS(Agilent LCMS 1200-6120, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (50 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 2.0 mL/분; 이동상: 3.0분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 1.0분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 0.7분). 순도 94.03%, Rt = 2.703분; 산출된 MS: 815.33; 검출된 MS: 816.3 [M+H]+.
HPLC(Agilent HPLC 1200, 컬럼: Waters X-Bridge C18 (150 mm*4.6 mm*3.5 μm); 컬럼 온도: 40℃; 유속: 1.0 mL/분; 이동상: 10분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN] 내지 0% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 100% [CH3CN], 이어서 이 조건으로 5분, 최종적으로 0.1분 내 95% [물 + 10 mM NH4HCO3] 및 5% [CH3CN]으로 변경, 이 조건에서 5분). 순도 96.02%, Rt = 9.232분.
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6 ) δ 1.11 (6H, s), 1.21 (6H, s), 1.50-1.57 (4H, m), 1.81-1.86 (2H, m), 2.33-2.37 (2H, m), 2.45-2.50 (4H, m), 3.59 (4H, s), 4.05 (1H, d, J = 9.2 Hz), 4.15 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.30 (1H, s), 6.86 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.00 (1H, dd, J = 8.8, 2.0 Hz), 7.21 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.45 (1H, d, J = 2.4 Hz), 7.50 (1H, dd, J = 5.2, 2.4 Hz), 7.63 (1H, d, J = 9.2 Hz), 7.91 (1H, d, J = 8.8 Hz), 7.95 (1H, dd, J = 8.8, 2.0 Hz), 8.00 (1H, d, J = 9.2 Hz), 8.37 (1H, d, J = 2.0 Hz), 8.62 (1H, d, J = 2.0 Hz), 8.78 (1H, d, J = 2.4 Hz), 8.96 (1H, s), 12.28 (1H, brs).
화학식: C44H46ClN9O5, 분자량: 816.35.
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 46.
예시적인 PROTAC 81의 합성
Figure pct00405
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸렌-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드
합성 반응식:
Figure pct00406
1 단계: 메틸 4-브로모-2-요오도벤조에이트의 합성
1000 mL 3 구 둥근바닥 플라스크에 메틸 2-아미노-4-브로모벤조에이트(5.0 g, 21.73 mmol, 1.00 당량), 물(100 mL) 중 황산(20%)(20 mL) 용액을 채웠다. 이어서 이를 0℃에서 교반하며 물(20 mL) 중 NaNO2(1.8 g, 26.09 mmol, 1.20 당량)를 적가하고, 0℃에서 1시간 동안 교반하였다. 이를 0℃에서 교반하며 물(30 mL) 중 요오도칼륨(7.21 g, 43.43 mmol, 2.00 당량) 용액을 적가하였다. 생성된 용액을 물/얼음조 내 0℃에서 1시간 동안 교반하였다. 이어서 반응물에 200 mL의 물/얼음을 첨가하여 급냉시켰다. 생성된 용액을 에틸 아세테이트(100 mL x 3)로 추출하고, 유기층을 합쳤다. 생성된 혼합물을 식염수(100 mL x 1)로 세척하였다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(1/5)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 5.97g(81%)의 메틸 4-브로모-2-요오도벤조에이트를 연황색 오일로서 수득하였다.
2 단계: 메틸 4-브로모-2-시아노벤조에이트의 합성
250 mL 둥근바닥 플라스크에 메틸 4-브로모-2-요오도벤조에이트(5.8 g, 17.01 mmol, 1.00 당량), NMP(60 mL), CuCN(1.82 g, 20.45 mmol, 1.20 당량)를 채웠다. 생성된 용액을 오일 조 내 60℃에서 2시간 동안 교반하였다. 생성된 용액을 에틸 아세테이트(50 mL x 2)로 추출하고 유기층을 합쳤다. 생성된 혼합물을 FeSO4(수용액)(50 mL x 2)로 세척하였다. 혼합물을 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(1/3)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 3.68 g(90%)의 메틸 4-브로모-2-시아노벤조에이트를 백색 고체로서 수득하였다.
3 단계: 6'-브로모스피로[시클로프로판-1,1'-이소인돌린]-3'-온의 합성
질소 불활성 분위기로 퍼징되고 유지된 100 mL 3 구 둥근바닥 플라스크에 메틸 4-브로모-2-시아노벤조에이트(2.0 g, 8.33 mmol, 1.00 당량), 에테르(40 mL), 2-(프로판-2-일옥시)프로판 프로판-2-올 프로판-2-일티타늄 이수화물(2.75 mL, 1.10 당량)을 채웠다. 이를 0°에서 교반하면서 EtMgBr(3 M)(5.5 mL, 2.00 당량)을 적가하였다. 생성된 용액을 실온에서 3시간 동안 교반하였다. 이어서 반응물에 20 mL의 염화수소(1 M)를 첨가하여 급냉시켰다. 생성된 용액을 에틸 아세테이트(50 mL x 2)로 추출하고, 유기층을 합치고 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(7/3)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 409 mg(21%)의 6'-브로모스피로[시클로프로판-1,1'-이소인돌린]-3'-온을 황색 고체로서 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 238.00, 240.00 [MH+], t R = 0.79분, (1.90분 수행).
4 단계: 디메틸 2-(6'-브로모-3'-옥소스피로[시클로프로판-1,1'-이소인돌린]-2'-일)펜탄디오에이트의 합성
100 mL 둥근바닥 플라스크에 6'-브로모스피로[시클로프로판-1,1'-이소인돌린]-3'-온(895.0 mg, 3.76 mmol, 1.00 당량), N,N-디메틸포름아미드(15.0 mL), Cs2CO3(2.44 g, 7.49 mmol, 2.00 당량), 1,5-디메틸 2-브로모펜탄디오에이트(2.69 g, 11.25 mmol, 3.00 당량)를 채웠다. 생성된 용액을 오일 조 내 100℃에서 밤새 교반하였다. 생성된 용액을 에틸 아세테이트(50 mL x 2)로 추출하고, 유기층을 합쳤다. 생성된 혼합물을 식염수(50 mL x 2)로 세척하였다. 혼합물을 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(3/7)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 740.0 mg(50%)의 디메틸 2-(6'-브로모-3'-옥소스피로[시클로프로판-1,1'-이소인돌린]-2'-일)펜탄디오에이트를 연황색 오일로서 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 395.85, 397.85 [MH+], t R = 1.01분, (1.90분 수행).
5 단계: 디메틸 2-(6-(4-(삼차-부톡시카보닐)피페라진-1-일)-4-메틸렌-1-옥소-3,4-디히드로이소퀴놀린-2(1H)-일)펜탄디오에이트의 합성
질소 불활성 분위기로 퍼징되고 유지된 20 mL 둥근바닥 플라스크에 디메틸 2-(6'-브로모-3'-옥소스피로[시클로프로판-1,1'-이소인돌린]-2'-일)펜탄디오에이트(740.0 mg, 1.87 mmol, 1.00 당량), 톨루엔(10 mL), 삼차-부틸 피페라진-1-카복실레이트(418.0 mg, 2.24 mmol, 1.20 당량), Cs2CO3(1.217 g, 3.74 mmol, 2.00 당량), RuphosPd(140.5 mg, 0.17 mmol, 0.10 당량)을 채웠다. 생성된 용액을 오일 조 내 100℃에서 8시간 동안 교반하였다. 잔류물을 에틸 아세테이트/석유 에테르(1/1)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 303.0 mg(32%)의 디메틸 2-(6-(4-(삼차-부톡시카보닐)피페라진-1-일)-4-메틸렌-1-옥소-3,4-디히드로이소퀴놀린-2(1H)-일)펜탄디오에이트를 연황색 오일로서 수득하였다.
LC-MS (ES+): m/z 502.20 [MH+], t R = 0.96분, (1.90분 수행).
6 단계: 삼차-부틸 4-[2-(1-카바모일-4-메톡시-4-옥소부틸)-4-메틸리덴-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일]피페라진-1-카복실레이트의 합성
100 mL 둥근바닥 플라스크에 1,5-디메틸 2-(6-[4-[(삼차-부톡시)카보닐]피페라진-1-일]-4-메틸리덴-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-2-일)펜탄디오에이트(400 mg, 0.80 mmol, 1 당량), MeOH(50 mL), NH3를 채웠다. 생성된 용액을 실온에서 5시간 동안 교반하였다. 잔류물을 디클로로메탄/메탄올(20:1)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 이를 통해 100 mg(25.77%)의 삼차-부틸 4-[2-(1-카바모일-4-메톡시-4-옥소부틸)-4-메틸리덴-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일]피페라진-1-카복실레이트(및/또는 위의 반응에 나타낸 바와 같은 이의 레지오이성질체)를 황색 고체로서 수득하였다.
7 단계: 삼차-부틸 4-[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸리덴-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일]피페라진-1-카복실레이트의 합성
50 mL 둥근바닥 플라스크에 삼차-부틸 4-[2-(1-카바모일-4-메톡시-4-옥소부틸)-4-메틸리덴-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일]피페라진-1-카복실레이트(188 mg, 0.39 mmol, 1 당량), 아세토니트릴(20 mL), Cs2CO3(629.5 mg, 1.93 mmol, 5 당량)를 채웠다. 생성된 용액을 오일 조 내 80℃에서 3시간 동안 교반하였다. 고체를 여과하였다. 잔류물을 디클로로메탄/메탄올(20:1)의 실리카 겔 컬럼 상에 적용하였다. 수집된 분획을 합치고 진공 중에서 농축시켰다. 이를 통해 100 mg(56.94%)의 삼차-부틸 4-[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸리덴-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일]피페라진-1-카복실레이트를 황색 고체로서 수득하였다.
8 단계: 3-[4-메틸리덴-1-옥소-6-(피페라진-1-일)-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-2-일]피페리딘-2,6-디온(트리플루오로아세테이트 염)의 합성
50 mL 둥근바닥 플라스크에 삼차-부틸 4-[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸리덴-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일]피페라진-1-카복실레이트(120 mg, 0.26 mmol, 1 당량), 디클로로메탄(20 mL), TFA(1.5 mL)를 채웠다. 생성된 용액을 실온에서 2 시간 동안 교반하였다. 생성된 혼합물을 진공 중에서 농축시켰다. 이를 통해 93 mg(77.86%)의 3-[4-메틸리덴-1-옥소-6-(피페라진-1-일)-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-2-일]피페리딘-2,6-디온(TFA 염)을 황색 고체로서 수득하였다.
9 단계: N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸렌-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드의 합성
50 mL 둥근바닥 플라스크에 4-(4-포르밀피페리딘-1-일)-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드(83 mg, 0.17 mmol, 1 당량), 디클로로메탄(20 mL), 3-[4-메틸리덴-1-옥소-6-(피페라진-1-일)-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-2-일]피페리딘-2,6-디온(TFA 염)(91.2 mg, 0.20 mmol, 1.2 당량), NaBH(OAc)3(106.8 mg, 0.50 mmol, 3 당량)을 채웠다. 생성된 용액을 실온에서 밤새 교반하였다. 이어서 반응물을 물의 첨가로 급냉시켰다. 생성된 용액을 디클로로메탄으로 추출하였다. 생성된 혼합물을 식염수로 세척하였다. 혼합물을 무수 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 미정제 생성물을 다음 조건의 프렙-HPLC로 정제하였다: 컬럼, XBridge Prep C18 OBD 컬럼, 19 150 mm 5 um; 이동상, 물(10 mmol/L NH4HCO3) 및 아세토니트릴(58.0% 아세토니트릴, 8분 내 78.0%까지); 검출기, UV 254 nm. 생성물을 수득하고 진공 중에서 농축시키고 동결건조시켰다. 이를 통해 80.3 mg(57.42%)의 N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-4-메틸렌-1-옥소-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-6-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드를 백색 고체로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 10.88(s, 1H), 7.91-7.89 (m, 1H), 7.78-7.72(m, 3H), 7.50-7.47 (d, J = 9.2Hz, 1H), 7.21 (s, 1H), 7.09-6.94(m, 5H), 5.75 (s, 1H), 5.29 (s, 1H), 5.15-4.95(m, 1H), 4.32(s, 1H), 4.21-4.04 (m, 3H), 3.87-3.84 (m, 2H), 3.32-3.30 (m, 7H), 2.84-2.76 (m, 3H), 2.65-2.56 (m, 1H), 2.48-2.37 (m, 1H), 2.22-2.18 (m, 2H), 1.90-1.79 (m, 4H), 1.40-1.16 (m, 9H), 1.16-1.09 (m, 6H);
LC-MS (ES+): m/z 832.35[MH+], t R =1.53분, (3.00분 수행).
화학식: C47H54ClN7O5 [831.39]
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 54
예시적인 PROTAC 82의 합성
Figure pct00407
N-((1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸)-4-(4-((4-(2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소-1,2-디히드로이소퀴놀린-6-일)피페라진-1-일)메틸)피페리딘-1-일)벤즈아미드
합성 반응식
Figure pct00408
1 단계: 삼차-부틸 4-(1-옥소-2H-이소퀴놀린-6-일)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00409
삼차-아밀 알코올(30 mL) 중 6-브로모-2H-이소퀴놀린-1-온(2 g, 8.93 mmol, 1 당량), 삼차-부틸 피페라진-1- 카복실레이트(2.49 g, 13.39 mmol, 1.5 당량), 삼차-부톡시드 나트륨(2 M, 13.4 mL, 3 당량) 및 [2-(2-아미노페닐)페닐]-클로로-팔라듐;디시클로헥실-[2-(2,6-디이소프로폭시페닐)페닐]포스페이트(693 mg, 0.89 mmol, 0.1 당량)의 혼합물을 질소로 3회 동안 탈기하고 퍼징한 후, 혼합물을 질소 분위기 하 100℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 물(100 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(50 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(50 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 20:1 내지 3:1)로 정제하여 삼차-부틸 4-(1-옥소-2H-이소퀴놀린-6-일)피페라진-1-카복실레이트(2.3 g, 6.98 mmol, 78% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 330.1 [M +1] +
1 H NMR: (400MHz, CDCl3) δ: 10.73 (s, 1H), 8.27 (d, J=8.8 Hz, 1H), 7.13 - 7.05 (m, 2H), 6.81 (d, J=2.4 Hz, 1H), 6.42 (d, J=7.2 Hz, 1H), 3.65 - 3.59 (m, 4H), 3.39 - 3.34 (m, 4H), 1.50 (s, 9H)
화학식: C18H23N3O3, 분자량: 329.39
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 23.
2 단계: 디메틸 2-[6-(4-삼차-부톡시카보닐피페라진-1-일)-1-옥소-2-이소퀴놀릴]펜탄디오에이트의 합성
Figure pct00410
디메틸포름아미드(16 mL) 중 삼차-부틸 4-(1-옥소-2H-이소퀴놀린-6-일)피페라진-1-카복실레이트(800 mg, 2.43 mmol, 1 당량) 용액에 탄산 세슘(2.37 g, 7.29 mmol, 3 당량) 및 디메틸 2-브로모펜탄디오에이트(696 mg, 2,91 mmol, 1.2 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 100℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 혼합물을 염산(1 M)으로 pH 4 내지 5로 조정하였다. 반응물을 물(60 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(30 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(30 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜, 미정제 생성물 디메틸 2-[6-(4-삼차-부톡시카보닐피페라진-1-일)-1-옥소-2-이소퀴놀릴]펜탄디오에이트(700 mg, 미정제)를 연황색 오일로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 474.1 [M +1] +
화학식: C25H33N3O7, 분자량: 487.55
3 단계: 2-[6-(4-삼차-부톡시카보닐피페라진-1-일)-1-옥소-2-이소퀴놀릴]펜탄디오산의 합성
Figure pct00411
테트라히드로푸란(5 mL), 메탄올(5 mL) 및 물(5 mL) 중 디메틸 2-[6-(4-삼차-부톡시카보닐피페라진-1-일)-1-옥소-2-이소퀴놀릴]펜탄디오에이트(800 mg, 1.64 mmol, 1 당량) 용액에 수산화리튬 1수화물(413 mg, 9.85 mmol, 6 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 30℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응물을 염산(1 M)으로 pH 4 내지 5로 조정하고 물(25 mL)로 희석시켰다. 반응물을 에틸 아세테이트(15 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜, 미정제 생성물 2-[6-(4-삼차-부톡시카보닐피페라진-1-일)-1-옥소-2-이소퀴놀릴]펜탄디오산(800 mg, 미정제)를 황색 고체로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 460.1 [M +1] +
화학식: C23H29N3O7, 분자량: 459.49
4 단계: 삼차-부틸 4-[2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-1-옥소-6-이소퀴놀릴]피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00412
N-메틸-2-피롤리돈(10 mL) 중 2-[6-(4-삼차-부톡시카보닐피페라진-1-일)-1-옥소-2-이소퀴놀릴]펜탄디오산(800 mg, 1.74 mmol, 1 당량) 용액에 우레아(522 mg, 8.71 mmol, 5 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 160℃에서 2시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 물(50 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(25 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(30 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 하에서 농축시켰다. 잔류물을 세미-프렙 역상 HPLC(컬럼: Phenomenex Synergi Max-RP 250*50mm*10 um; 이동상: [물(0.225%FA)-ACN]; B%: 30ACN%-60ACN%, 30분; 50% 분)로 정제하였다. 삼차-부틸 4-[2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-1-옥소-6-이소퀴놀릴]피페라진-1-카복실레이트(100 mg, 0.22 mmol, 13% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 441.1 [M +1] +
화학식: C23H28N4O5, 분자량: 440.49
5 단계: 3-(1-옥소-6-피페라진-1-일-2-이소퀴롤릴)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00413
디클로로메탄(3 mL) 중 삼차-부틸 4-[2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-1-옥소-6-이소퀴놀릴]피페라진-1-카복실레이트(100 mg, 0.22 mmol, 1 당량) 용액에 디옥산 중 4 M 염산(3 mL, 52.86 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 4시간 동안 교반하였다. LCMS는 출발 물질의 14%가 남아 있다는 것을 나타내었고 반응물을 추가로 1시간 동안 교반하였다. 박층 크로마토그래피(디클로로메탄: 메탄올 = 10:1)가 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켜 디클로로메탄, 디옥산 및 염산을 제거하여 미정제 생성물 3-(1-옥소-6-피페라진-1-일-2-이소퀴롤릴)피페리딘-2,6-디온(85 mg, 미정제, 염화수소)을 연황색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 341.0 [M+1] +.
화학식: C18H20N4O3, 분자량: 340.38
6 단계: N-[3-(3-클로로-4-시아노-페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부틸]-4-[4-[[4-[2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-1-옥소-6-이소퀴놀릴]피페라진-1-일]메틸]-1-피페리딜]벤즈아미드의 합성
Figure pct00414
1,2-디클로로에탄(4 mL) 중 3-(1-옥소-6-피페라진-1-일-2-이소퀴놀릴)피페리딘-2,6-디온(85 mg, 0.22 mmol, 1 당량, 염화수소) 용액에 트리에틸아민(0.9 mmol, 0.12 mL, 4 당량) 및 N-[3-(3-클로로-4-시아노-페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부틸]-4-(4-포르밀-1-피페리딜)벤즈아미드(111 mg, 0.22 mmol, 1 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 트리아세트옥시보로히드라이드 나트륨(95 mg, 0.45 mmol, 2 당량)을 혼합물에 첨가하고 20℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켜 1,2-디클로로에탄을 제거하였다. 잔류물을 디메틸포름아미드(3 mL)에 용해시키고 여과시켰다. 여과물을 새미-프렙 역상 HPLC(컬럼: Phenomenex Synergi C18 150*25*10um; 이동상: [물(0.05%HCl)-ACN]; B%: 23% 내지 53%,10분)로 정제하여 N-[3-(3-클로로-4-시아노-페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸-시클로부틸]-4-[4-[[4-[2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-1-옥소-6-이소퀴놀릴]피페라진-1-일]메틸]-1-피페리딜]벤즈아미드(50.9 mg, 0.05 mmol, 25% 수율, 95.8% 순도, 염화수소)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 818.4 [M+1] +.
1H NMR: (400MHz, DMSO-d 6) δ: 11.07 - 10.90 (m, 1H), 10.57 (s, 1H), 8.10 - 8.01 (m, 1H), 7.91 (d, J=8.8 Hz, 1H), 7.80 (d, J=8.8 Hz, 2H), 7.58 (br d, J=9.2 Hz, 1H), 7.33 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.29 - 7.23 (m, 1H), 7.21 (d, J=2.4 Hz, 1H), 7.16 - 7.05 (m, 3H), 7.01 (dd, J=2.4, 8.8 Hz, 1H), 6.56 - 6.37 (m, 1H), 6.56 - 6.37 (m, 1H), 4.34 (s, 1H), 4.06 (d, J=9.2 Hz, 3H), 3.87 (br d, J=12.8 Hz, 2H), 3.68 - 3.60 (m, 1H), 3.22 - 3.08 (m, 4H), 3.00 - 2.76 (m, 3H), 2.65 - 2.55 (m, 1H), 2.54 - 2.52 (m, 2H), 2.47 - 2.43 (m, 1H), 2.23 - 2.11 (m, 1H), 2.05 - 1.90 (m, 3H), 1.55 - 1.30 (m, 2H), 1.23 (s, 6H), 1.14 (s, 6H)
화학식: C46H52ClN7O5, 분자량: 818.40
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 53.
예시적인 PROTAC 89의 합성
Figure pct00415
3-[3-[4-[4-[[1-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]-4-피페리딜]메틸]피페라진-1-일]페닐]-5-옥소-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온
1 단계: 6-삼차-부톡시테트라린-1-온의 제조
Figure pct00416
0℃의 무수 디클로로메탄(2000 mL) 중 6-히드록시테트라린-1-온(50 g, 308.29 mmol, 1 당량) 용액에 삼차-부틸 2,2,2-트리클로로에탄이미데이트(67.36 g, 308.29 mmol, 55 mL, 1 당량) 및 피리디늄 파라-톨루엔술포네이트(7.75 g, 30.83 mmol, 0.1 당량)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 10℃에서 3시간 동안 교반하였다. 삼차-부틸 2,2,2-트리클로로에탄이미데이트(67.36 g, 308.29 mmol, 55 mL, 1 당량) 및 피리디늄 파라-톨루엔술포네이트(7.75 g, 30.83 mmol, 0.1 당량)의 추가분을 첨가하고, 반응 혼합물을 10℃에서 15시간 동안 교반하였다. 이 과정을 3회 반복하였다. 박층 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 3:1, Rf = 0.8)는 대부분의 반응물이 여전히 남아 있음을 나타내었고, 반응 혼합물을 10℃에서 72시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 15℃에서 탄산 나트륨 수용액(1500 mLl)으로 급냉시키고, 디클로로메탄(300 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(300 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카겔 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 100:1 내지 50:1)로 정제하여 6-삼차-부톡시테트라린-1-온(21 g, 96.20 mmol, 수율 31%)을 황색 오일로서 수득하였다. 1H NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.97 (d, J = 8.8 Hz, 1H), 6.91 (dd, J = 2.4, 8.8 Hz, 1H), 6.82 (d, J = 2.0 Hz, 1H), 2.93-3.90 (t, J = 6.0 Hz, 2H), 2.63-2.60 (m, t, J = 6.0 Hz, 2H), 2.13 (m, 2H), 1.43 (s, 9H)
2 단계: (6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)트리플루오로메탄술포네이트의 제조
Figure pct00417
테트라히드로푸란(500 mL) 중 6-삼차-부톡시테트라린-1-온(40 g, 183.24 mmol, 1 당량) 용액에 리튬 디이소-프로필아미드(2 M, 137 mL, 1.5 당량)을 -70℃에서 첨가하였다. 혼합물을 -70℃에서 1시간 동안 교반한 후, 테트라히드로푸란(200 mL) 중 1,1,1-트리플루오로-N-페닐-N-(트리플루오로메틸술포닐) 메탄술폰아미드(72.01 g, 201.56 mmol, 1.1 당량)를 혼합물에 적가하였다. 반응 혼합물을 20℃에서 2시간 동안 교반하였다. 박층 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 5:1)는 반응이 완료되었음을 나타내었다. 포화 염화 암모늄(300 mL)를 혼합물에 첨가하고, 유기상을 분리하였다. 혼합물에 에틸 아세테이트(500 mL x 3)을 첨가하고, 생성된 혼합물을 식염수(1000 mL x 2)로 세척하였다. 합쳐진 유기상을 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:0 내지 50:1)로 정제하여 (6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일) 트리플루오로메탄술포네이트(52 g, 144.64 mmol, 수율 78%, 순도 97%)를 황색 오일로서 수득하였다. LC-MS (ESI) m/z: 294.9 [M+1-56] +. 1H-NMR (400MHz, CDCl3) δ: 7.30 (d, J = 6.4 Hz, 1H), 6.91 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 6.84 (s, 1H), 5.95 (s, 1H), 2.93 - 2.78 (m, 2H), 2.59 - 2.46 (m, 2H), 1.42 (s, 9H).
3 단계: 4-(6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀의 제조
Figure pct00418
디옥산(800 mL) 및 물(150 mL) 중 (6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일) 트리플루오로메탄술포네이트(52 g, 148.42 mmol, 1 당량), (4-히드록시페닐)보론산(24.57 g, 178.11 mmol, 1.2 당량) 용액에 탄산 칼륨(41.03 g, 296.84 mmol, 2 당량) 및 (1,1'-비스(디페닐포스피노)페로센)팔라듐(II) 디클로라이드(10.86 g, 14.84 mmol, 0.1 당량)을 질소 하에서 첨가하였다. 반응 혼합물을 100℃에서 10시간 동안 교반하였다. 박층 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 5:1)는 반응이 완료되었음을 나타내었다. 잔류물을 물(500 mL)로 희석하고 에틸 아세테이트(500 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(1000 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르:테트라히드로푸란 = 50:1 내지 20:1)로 정제하여 4-(6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀(43 g, 131.46 mmol, 수율 88%, 순도 90%)을 황색 오일로서 수득하였다. LCMS (ESI) m/z: 239.1 [M+1-56] +; 1H-NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.23 (d, J = 7.6 Hz, 2H), 6.91 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 6.87 - 6.79 (m, 3H), 6.73 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 5.95 (s, 1H), 4.83 - 4.75 (m, 1H), 2.87 - 2.73 (m, 2H), 2.44 - 2.31 (m, 2H), 1.37 (s, 9H)
4 단계: 4-(2-브로모-(6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀의 제조
Figure pct00419
아세토니트릴(20 mL) 중 4-(6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀(1 g, 3.06 mmol, 1 당량)용액에 N-브로모숙신이미드(489 mg, 2.75 mmol, 0.9 당량)를 3회에 나누어 첨가하였다. 반응 혼합물을 20℃에서 1.5시간 동안 교반하였다. LC-MS는 반응이 완료되었음을 나타내었다. 잔류물을 물(20 mL)로 희석하고 에틸 아세테이트(20 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(20 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:0 내지 20:1)로 정제하여 4-(2-브로모-6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀(1 g, 2.46 mmol, 수율 80%, 순도 91%)을 황색 오일로서 수득하였다. LC-MS (ESI) m/z: 316.9 [M+1-56] +; 1H-NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.12 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 6.90 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 6.77 (s, 1H), 6.69 - 6.62 (m, 1H), 6.60 - 6.53 (m, 1H), 4.86 (s, 1H), 2.96 (s, 4H), 1.35 (s, 9H).
5 단계: 4-(6-삼차-부톡시-2-페닐-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀의 제조
Figure pct00420
디옥산(10 mL) 및 물(2 mL) 중 4-(2-브로모-6-삼차-부톡시-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀(1 g, 2.46 mmol, 1 당량), 페닐보론산(314 mg, 2.58 mmol, 1.05 당량) 용액에 탄산 칼륨(678 mg, 4.91 mmol, 2 당량) 및 (1,1'-비스(디페닐포스피노)페로센)팔라듐(II) 디클로라이드(179 mg, 0.24 mmol, 0.1 당량)를 질소 하에 첨가하였다. 반응 혼합물을 100℃에서 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 반응이 완료되었음을 나타내었다. 잔류물을 물(20 mL)로 희석하고 에틸 아세테이트(20 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(20 mL x 3)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카겔 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:0 내지 10:1)로 정제하여 4-(6-삼차-부톡시-2-페닐-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀(930 g, 2.35 mmol, 95% 수율, 93% 순도)을 주황색 오일로서 수득하였다. LCMS (ESI) m/z: 314.1 [M+1-56] +; 1H-NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.16 - 7.09 (m, 2H), 7.08 - 6.99 (m, 3H), 6.97 - 6.89 (m, 2H), 6.86 - 6.82 (m, 1H), 6.74 - 6.66 (m, 4H), 4.70 (s, 1H), 2.99 - 2.89 (m, 2H), 2.84 - 2.75 (m, 2H), 1.37 (s, 9H)
6 단계: 4-(6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일)페놀의 제조
Figure pct00421
테트라히드로푸란(20 mL) 및 메탄올(4 mL) 중 4-(6-삼차-부톡시-2-페닐-3,4-디히드로나프탈렌-1-일)페놀(930 mg, 2.35 mmol, 1 당량) 용액에 활성탄 촉매(100 mg, 순도 10%) 상의 팔라듐을 질소 분위기 하에서 첨가하였다. 현탁액을 진공 하에서 탈기하고 수소로 3회 퍼징하였다. 혼합물을 수소 분위기 하(50 psi) 30℃에서 36 시간 동안 교반하였다. LC-MS는 반응이 완료되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 여과하고, 용액을 농축시켰다. 생성된 물질을 추가 정제 없이 다음 단계에 직접 사용하여, 시스-4-(6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일)페놀(870 mg, 2.14 mmol, 91% 수율, 91% 순도)을 백색 고체로서 수득하였다. LC-MS (ESI) m/z: 317.0 [M+1-56] +; 1H-NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.22 - 7.12 (m, 3H), 6.89 - 6.78 (m, 4H), 6.74 (dd, J = 2.0, 8.4 Hz, 1H), 6.45 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 6.27 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 4.51 (s, 1H), 4.25 (d, J = 4.8 Hz, 1H), 3.38 (dd, J = 3.2, 12.8 Hz, 1H), 3.08 - 2.99 (m, 2H), 2.27 - 2.08 (m, 1H), 1.87 - 1.76 (m, 1H), 1.37 (s, 9H)
7 단계: WX-ARV-HD-012-E1, 4-[(1S,2R)-6-삼차-부톡시-2-페닐- 테트라린-1-일]페놀의 제조
Figure pct00422
4-(6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일)페놀(870 mg, 2.13 mmol, 1 당량)을 키랄 분리를 위한 초임계 유체 크로마토그래피(컬럼: AD , 250 mm x 30 mm, 5 um; 이동상: 메탄올 중 0.1% 수산화 암모늄, 20% 내지 20%, 각 작업에 대해 4.2분)에 적용하여, 제1 분획으로서 4-[(1S, 2R)-6-삼차-부톡시-2-페닐- 테트라린-1-일]페놀(420 mg, 1.04 mmol, 97% 수율, 92% 순도)을 수득하고, 제2 분획으로서 4-[(1R, 2S)-6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일]페놀(420 mg, 1.04 mmol, 97% 수율, 92% 순도)을 수득하였다. 분획 1: []D = +336.9 (에틸 아세테이트 중 C = 0.50 g/100 mL), LC-MS (ESI) m/z: 395.1 [M+23]+; 1H NMR (400MHz, DMSO-d 6) δ 9.02 (s, 1H), 7.20 - 7.07 (m, 3H), 6.87 - 6.79 (m, 3H), 6.79 - 6.72 (m, 1H), 6.71 - 6.64 (m, 1H), 6.36 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 6.15 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 4.19 (d, J = 4.8 Hz, 1H), 3.31 - 3.26 (m, 1H), 3.09 - 2.89 (m, 2H), 2.17 - 2.04 (m, 1H), 1.79 - 1.65 (m, 1H), 1.29 (s, 9H).
분획 2: [α]D = -334.1 (에틸 아세테이트 중 C = 0.50 g/100 mL), LC-MS (ESI) m/z: 395.2 [M+23]+; 1H-NMR (400MHz, DMSO-d 6) δ: 9.02 (s, 1H), 7.21 - 7.06 (m, 3H), 6.88 - 6.78 (m, 3H), 6.78 - 6.72 (m, 1H), 6.71 - 6.64 (m, 1H), 6.36 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 6.15 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 4.19 (d, J = 4.8 Hz, 1H), 3.30 - 3.27 (m, 1H), 3.08 - 2.90 (m, 2H), 2.16 - 2.04 (m, 1H), 1.79 - 1.65 (m, 1H), 1.29 (s, 9H).
8 단계: 4-(6-벤질옥시-2-페닐-3,4-디히드로나프탈렌 -1-일)페닐] 1,1,2,2,3,3,4,4,4-노나플루오로부탄-1-술포네이트의 제조
Figure pct00423
테트라히드로푸란(5 mL) 및 아세토니트릴(5 mL) 중 4-[(1R,2S)-6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일]페놀(1 g, 2.68 mmol, 1 당량) 및 1,1,2,2,3,3,4,4,4-노나플루오로부탄-1-술포닐 플루오라이드(811 mg, 2.68 mmol, 1 당량) 용액에 탄산 칼륨(557 mg, 4.03 mmol, 1.5 당량)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 25℃에서 16시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 10:1)는 출발 물질이 완전히 소모되었고 새로운 물질이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:0 내지 50:1)로 정제하였다. 목적하는 화합물 [4-[(1R,2S)-6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]1,1,2,2,3,3,4,4,4-노나플루오로부탄-1-술포네이트(1.6 g, 2.44 mmol, 91% 수율)를 무색 오일로서 수득하였다. 1H NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.21 - 7.11 (m, 3H), 6.94 - 6.86 (m, 3H), 6.84 - 6.73 (m, 4H), 6.46 (d, J=8.8 Hz, 2H), 4.33 (d, J=5.2 Hz, 1H), 3.50 - 3.40 (m, 1H), 3.16 - 2.95 (m, 2H), 2.20 - 2.02 (m, 1H), 1.91 - 1.79 (m, 1H), 1.38 (s, 9H)
9 단계: 1-[4-(6-벤질옥시-2-페닐-3,4-디히드로나프탈렌-1-일) 페닐]-4-(디메톡시메틸)피페리딘의 제조
Figure pct00424
톨루엔(30 mL) 중 [4-[(1R,2S)-6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐] 1,1,2,2,3,3,4,4,4-노나플루오로부탄-1-술포네이트(1.6 g, 2.44 mmol, 1 당량), 4-(디메톡시메틸)피페리딘(584 mg, 3.67 mmol, 1.5 당량), 나트륨 삼차-부톡시드(705 mg, 7.33 mmol, 3 당량), 팔라듐 아세테이트(82 mg, 0.37 mmol, 0.15 당량) 및 디시클로헥실포스피노-2',4',6'- 트리이소프로필비페닐(233 mg, 0.49 mmol, 0.2 당량)의 혼합물을 탈기하고 질소로 3회 퍼징한 후, 혼합물을 질소 분위기 하 90℃에서 16시간 동안 교반하였다. LC-MS는 목적하는 MS의 하나의 주요 피크가 검출되었다는 것을 나타내었다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 10:1)는 출발 물질이 완전히 소모되었고 새로운 물질이 형성되었음을 나타내었다. 혼합물을 냉각시키고, 에틸 아세테이트(50 mL)로 희석시키고, 셀라이트 플러그 상에서 여과하고, 여과 케이크를 에틸 아세테이트(30 mL)로 세척하였다. 여과물을 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 100:1 내지 10:1)로 정제하였다. 목적하는 화합물 1-[4-[(1R,2S)-6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]-4-(디메톡시메틸)피페리딘(1.1 g, 2.14 mmol, 87% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다. LCMS (ESI) m/z: 514.3 [M+1] +; 1H NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.21 - 7.11 (m, 3H), 6.88 - 6.78 (m, 4H), 6.73 (dd, J=2.4, 8.0 Hz, 1H), 6.57 (d, J=8.4 Hz, 2H), 6.27 (d, J=8.8 Hz, 2H), 4.23 (d, J=4.8 Hz, 1H), 4.06 (d, J=7.2 Hz, 1H), 3.63 - 3.52 (m, 2H), 3.41 - 3.30 (m, 7H), 3.13 - 2.96 (m, 2H), 2.54 (d, J=2.0, 12.0 Hz, 2H), 2.28 - 2.10 (m, 1H), 1.85 - 1.63 (m, 4H), 1.49 - 1.31 (m, 11H).
10 단계: 1-[4-[4-(디메톡시메틸)-1-피페리딜]페닐]-2-페닐-테트라린-6-올의 제조
Figure pct00425
테트라히드로푸란(45 mL) 중 1-[4-[(1R,2S)-6-삼차-부톡시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]-4- (디메톡시메틸)피페리딘(1.1 g, 2.14 mmol, 1 당량) 용액에 황산(2 M, 43 mL, 40 당량)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 70℃에서 1시간 동안 교반하였다. 박층 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 3/1)는 출발 물질을 완전히 소모되음을 나타내었으며, 새로운 하나의 주요 스팟이 검출되었다. 반응 혼합물을 포화 중탄산 나트륨 용액의 첨가로 급냉시키고 pH = 7 내지 8로 조정하고, 에틸 아세테이트 (20 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수(20 mL)로 세척하고, 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물은 추가적인 정제 없이 다음 단계에 직접 사용되었다. 목적하는 화합물 1-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]피페리딘-4-카브알데히드(900 mg, 2.14 mmol, 99% 수율, 97% 순도)를 연황색 고체로서 수득하였다. LCMS MS (ESI) m/z: 412.1 [M+1] +
11 단계: 에틸(Z)-3-(4-브로모페닐)부트-2-에노에이트의 제조
Figure pct00426
0℃로 냉각시킨 테트라히드로푸란(100 mL) 중 수소화 나트륨(2.41 g, 60.29 mmol, 60% 순도, 1.2 당량)의 현탁액에 에틸 2-디에톡시포스포릴아세테이트(13.52 g, 60.29 mmol, 12 mL, 1.2 당량)를 서서히 첨가한 후 반응 혼합물을 25℃에서 1시간 동안 교반하였다. 테트라히드로푸란(100 mL) 중 1-(4-브로모페닐)에타논(10 g, 50.24 mmol, 1 당량) 용액을 적가하고 혼합물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. 이 혼합물에 포화 수성 염화 암모늄(50 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 에틸 아세테이트(100 mL x 3)로 추출하였다. 유기층을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 농축시켰다. 잔류물을 프렙-HPLC(아세토니트릴:물 = 50:1 내지 5:1)로 정제하였다. 에틸 (Z)-3-(4-브로모페닐)부트-2-에노에이트(6.6 g, 24.52 mmol, 48.9% 수율)를 황색 오일로서 수득하였고, 에틸 (E)-3-(4-브로모페닐)부트-2-에노에이트(2.6 g, 9.66 mmol, 19.3% 수율)를 황색 오일로서 또한 수득하였다. LC/MS (ESI) m/z: 270.0 [M+1] +; 1H NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.48 (d, J=8.4 Hz, 2H), 7.09 (d, J=8.4 Hz, 2H), 5.93 (s, 1H), 4.02 (q, J=7.2 Hz, 2H), 2.16 (s, 3H), 1.13 (t, J=7.2 Hz, 3H); 1H NMR (400MHz, CDCl3) δ 7.58 (d, J=8.4 Hz, 2H), 7.48 (d, J=8.8 Hz, 2H), 6.05 (s, 1H), 4.02 (q, J=14.4 Hz, 2H), 2.52 (s, 3H), 1.13 (q, J=14.4 Hz, 3H).
12 단계: 삼차-부틸 4-[4-[(Z)-3-에톡시-1-메틸-3-옥소-프롭-1-에닐]페닐]피페라진-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00427
톨루엔(30 mL) 중 에틸 (Z)-3-(4-브로모페닐)부트-2-에노에이트(2.0 g, 7.43 mmol, 1 당량), 삼차-부틸 피페라진-1-카복실레이트(2.08 g, 11.15 mmol, 1.5 당량), 탄산 세슘(4.84 g, 14.86 mmol, 2 당량), 팔라듐 아세테이트(334 mg, 1.49 mmol, 0.2 당량) 및 XPhos(708 mg, 1.49 mmol, 0.2 당량)의 혼합물을 탈기하고 질소로 3회 퍼징하였다. 혼합물을 질소 분위기 하 100
Figure pct00428
에서 12시간 동안 교반하였다. 생성된 혼합물을 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 포화 식염수(30 mL x 2)로 세척하고 에틸 아세테이트(30 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 세미-프렙 역상 HPLC(컬럼: Phenomenex Synergi Max-RP 250 x 50 mm,10 um; 이동상: [물(0.225% 포름산)-아세토니트릴]; B%: 50% 아세토니트릴 - 80% 아세토니트릴, 30분)로 정제하였다. 삼차-부틸 4-[4-[(Z)-3-에톡시-1-메틸-3-옥소-프롭-1-에닐]페닐]피페라진-1-카복실레이트(2.24 g, 5.83 mmol, 78% 수율, 97% 순도)를 백색 고체로서 수득하였다. LC/MS (ESI) m/z: 375.1 [M] +.
13 단계: 삼차-부틸 4-[4-[(E)-1-(브로모에틸)-3-에톡시-3-옥소-프롭-1-에닐]페닐]피페라진-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00429
디클로로에탄(10 mL) 중 삼차-부틸 4-[4-[(Z)-3-에톡시-1-메틸-3-옥소-프롭-1-에닐]페닐] 피페라진-1-카복실레이트(1.0 g, 2.60 mmol, 1 당량) 및 1-브로모피롤리딘-2,5-디온(462.93 mg, 2.60 mmol, 1 당량) 용액에 벤조일 과산화물(189 mg, 0.78 mmol, 0.3 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 탈기하고 질소로 3회 퍼징하였다. 혼합물을 질소 분위기 하 70
Figure pct00430
에서 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 약 24%의 목적하는 화합물을 검출하였다. 반응 혼합물을 포화 수성 식염수(25 mL x 2)로 세척하고 디클로로메탄(40 mL x 2)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 50:1 내지 25:1)로 정제하였다. 삼차-부틸 4-[4-[(E)-1-(브로모에틸)-3-에톡시-3-옥소-프롭-1-에닐]페닐]피페라진-1-카복실레이트(0.3 g, 0.43 mmol, 16% 수율, 65% 순도)를 황색 오일로서 수득하였다. LC/MS (ESI) m/z: 453.0 [M+1]+.
14 단계: 삼차-부틸 4-[4-[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-5-옥소-2H-피롤-3-일]페닐]피페라진-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00431
디메틸 포름아미드(3 mL) 중 3-아미노피페리딘-2,6-디온(84.95 mg, 0.52 mmol, 1.2 당량, HCl 염)의 혼합물에 N,N-디이소프로필에틸아민(556 mg, 4.30 mmol, 0.7 mL, 10 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 1시간 동안 교반하였다. 이어서, 삼차-부틸 4-[4-[(E)-1-(브로모메틸)-3-에톡시-3-옥소-프롭-1-에닐]페닐] 피페라진-1-카복실레이트(0.3 g, 0.43 mmol, 1 당량)를 반응물에 첨가하고 혼합물을 50℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 생성된 혼합물을 추가로 120℃로 가열하고 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 목적하는 화합물을 검출하였다. 반응 혼합물을 냉각시키고, 에틸 아세테이트로 희석시키고, 포화 수성 식염수(25 mL x 2)로 세척하고 에틸 아세테이트(30 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 메틸 삼차-부틸 에테르(15 mL)에 의한 분말화로 정제하였다. 생성물 삼차-부틸 4-[4-[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-5-옥소-2H-피롤-3-일]페닐]피페라진-1-카복실레이트(175 mg, 0.23 mmol, 52% 수율, 58% 순도)를 갈색 고체로서 수득하였다. LC/MS (ESI) m/z: 455.1 [M+1] +.
15 단계: 3-[5-옥소-3-(4-피페라진-1-일페닐)-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온의 제조
Figure pct00432
삼차-부틸 4-[4-[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-5-옥소-2H-피롤-3-일]페닐]피페라진-1-카복실레이트(175 mg, 0.22 mmol, 1 당량) 용액에 1,4-디옥산 중 HCl(4 M, 5 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 1시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 진공 중에서 농축하여 잔류물을 수득하였다. 3-[5-옥소-3-(4-피페라진-1-일페닐)-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(260 mg, 미정제, HCl 염)을 갈색 고체로서 수득하였다. LC/MS (ESI) m/z: 355.1 [M+1] +.
16 단계: 3-[3-[4-[4-[[1-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]-4-피페리딜]메틸]피페라진-1-일]페닐]-5-옥소-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(예시적인 PROTAC 89)의 제조
Figure pct00433
디클로로에탄(3 mL) 중 3-[5-옥소-3-(4-피페라진-1-일페닐)-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(260 mg, 0.66 mmol, 1 당량, HCl 염) 용액에 트리에틸아민(202 mg, 2.00 mmol, 0.3 mL, 3 당량) 및 1-[4-[(1R, 2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]피페리딘-4-카브알데히드(109 mg, 0.26 mmol, 0.4 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 15분 동안 교반한 후, 보로히드라이드 아세테이트 나트륨(282 mg, 1.33 mmol, 2 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 추가로 11.5시간 동안 교반하였다. LC-MS는 약 74%의 목적하는 화합물을 검출하였다. 반응 혼합물을 디클로로메탄으로 희석시키고, 포화 식염수(20 mL x 2)로 세척하고 디클로로메탄(30 mL x 2)으로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에서 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 반응 혼합물을 프렙-HPLC(컬럼: Phenomenex Synergi C18 150 x 25 mm, 10 um; 이동상: [물(0.225% 포름산)-아세토니트릴]; B%: 22% 내지 43%, 10분)로 정제하였다. 생성물 3-[3-[4-[4-[[1-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]-4-피페리딜]메틸]피페라진-1-일]페닐]-5-옥소-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(38.7 mg, 0.04 mmol, 7% 수율, 95% 순도, 포름산염)을 갈색 고체로서 수득하였다.
LC/MS (ESI) m/z: 750.3 [M+1] +;
1H-NMR (400MHz, DMSO-d6) δ 10.95 (s, 1H), 8.19 (s, 1H), 7.50 (d, J=8.8 Hz, 2H), 7.21 - 7.06 (m, 3H), 6.96 (d, J=8.8 Hz, 2H), 6.83 (d, J=6.4 Hz, 2H), 6.64 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.59 (d, J=2.4 Hz, 1H), 6.53 (d, J=8.8 Hz, 2H), 6.47 (dd, J=2.4, 8.4 Hz, 1H), 6.40 (s, 1H), 6.19 (d, J=8.8 Hz, 2H), 4.91 (dd, J=5.2, 13.2 Hz, 1H), 4.45 - 4.33 (m, 1H), 4.29 - 4.19 (m, 1H), 4.12 (d, J=4.8 Hz, 1H), 3.52 (s, 1H), 3.49 - 3.48 (m, 1H), 3.30 (s, 2H), 3.24 (s, 3H), 3.04 - 2.79 (m, 3H), 2.60 (s, 1H), 2.52 (d, J=2.0 Hz, 2H), 2.47 (b s, 4H), 2.32 - 2.23 (m, 1H), 2.18 (d, J=6.8 Hz, 2H), 2.13 - 2.03 (m, 1H), 1.99 - 1.88 (m, 1H), 1.80 - 1.59 (m, 4H), 1.22 - 1.06 (m, 2H).
예시적인 PROTAC 102의 합성
Figure pct00434
3-[4-[4-[[1-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]-4-피페리딜]메틸]피페라진-1-일]-6-옥소-피리다진-1-일]피페리딘-2,6-디온
1 단계: 삼차-부틸 4-(5-클로로-6-옥소-1H-피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00435
디메틸술폭시드(100 mL) 중 4,5-디클로로-1H-피리다진-6-온(5 g, 30.31 mmol, 1 당량) 용액에 디이소프로필에틸아민(11.75 g, 90.92 mmol, 3 당량) 및 삼차-부틸 피페라진-1-카복실레이트 염화수소(6.75 g, 30.31 mmol, 1 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 120℃에서 3시간 동안 교반하였다. 생성된 혼합물을 실온으로 냉각시키고, 여과하고 물(500 mL)로 급냉시킨 후, 에틸 아세테이트(100 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 식염수(100 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(디클로로메탄:메틸 알코올 = 200:1 내지 100:1)로 정제하였다. 삼차-부틸 4-(5-클로로-6-옥소-1H-피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트(8.18 g, 24.95 mmol, 82% 수율, 96% 순도)를 황색 고체로서 수득하였다. LC/MS (ESI) m/z: 315.1 [M+1] +;1H NMR (400MHz, CDCl3) δ 11.95 (s, 1H), 7.66 (s, 1H), 3.64 - 3.57 (m, 4H), 3.44 - 3.36 (m, 4H), 1.49 (s, 9H).
2 단계: 삼차-부틸 4-(6-옥소-1H-피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00436
테트라히드로푸란(1 mL) 및 메탄올(9 mL) 중 삼차-부틸 4-(5-클로로-6-옥소-1H-피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트(1 g, 3.18 mmol, 1 당량) 용액에 팔라듐/활성탄 촉매(200 mg, 10% 순도)를 질소 분위기 하에 첨가하였다. 현탁액을 진공 중에서 탈기하고 수소로 수차례 퍼징하였다. 혼합물을 수소 분위기 하(45 psi) 25℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 반응물을 트리에틸아민으로 염기화 한 후, 여과하고 여과물을 농축시켰다. 잔류물은 추가적인 정제 없이 다음 단계에 사용되었다. 삼차-부틸 4-(6-옥소-1H-피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트 (1 g, 미정제)를 백색 고체로서 수득하였다. LC/MS (ESI) m/z: 281.1 [M+1] +; 1H NMR (400MHz, DMSO) δ 12.22 (br s, 1H), 10.38 - 10.03 (m, 1H), 7.91 (d, J=2.8 Hz, 1H), 3.46 - 3.37 (m, 4H), 3.04 (br d, J=7.2 Hz, 4H), 1.41 (s, 9H).
3 단계: 삼차-부틸 4-[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-6-옥소-피리다진-4-일]피페라진-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00437
디메틸술폭시드(15 mL) 중 삼차-부틸 4-(6-옥소-1H-피리다진-4-일)피페라진-1-카복실레이트(950 mg, 3.39 mmol, 1 당량) 용액에 수소화 나트륨(271 mg, 6.78 mmol, 60% 순도, 2 당량)을 25℃에서 첨가한 후, 3-브로모피페리딘-2,6-디온(650 mg, 3.39 mmol, 1 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. 생성된 혼합물을 여과하고 물(200 mL)로 급냉시킨 후, 에틸 아세테이트(50 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 식염수(50 mL x 3)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 세미-프렙 역상 HPLC(컬럼: Phenomenex luna C18 250 x50 mm, 10 um; 이동상: [물(0.225% 포름산)-ACN]; B%: 16% 내지 46% 30분 내)로 정제하였다. 삼차-부틸 4-[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-6-옥소-피리다진-4-일]피페라진-1-카복실레이트(190 mg, 0.48 mmol, 14% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LC/MS (ESI) m/z: 392.1 [M+1] +;
1H NMR (400MHz, DMSO) δ 8.02 (s, 1H), 7.72 (d, J=2.8 Hz, 1H), 5.74 (dd, J=5.3, 11.6 Hz, 1H), 3.62 - 3.53 (m, 4H), 3.34 (s, 4H), 2.95 - 2.83 (m, 1H), 2.82 - 2.58 (m, 2H), 2.27 - 2.17 (m, 1H), 1.49 (s, 9H).
4 단계: 3-(6-옥소-4-피페라진-1-일-피리다진-1-일)피페리딘-2,6-디온의 제조
Figure pct00438
디클로로메탄(2 mL) 중 삼차-부틸 4-[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-6-옥소-피리다진-4-일]피페라진-1-카복실레이트(190 mg, 0.48 mmol, 1 당량) 용액에 디옥산 중 염산(4 M, 10 mL, 78 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 생성된 혼합물을 감압 하에 농축시켜 디옥산을 제거하였다. 미정제 생성물은 추가 정제 없이 다음 단계에 사용되었다. 화합물 3-(6-옥소-4-피페라진-1-일-피리다진-1-일)피페리딘-2,6-디온(120 mg, 0.36 mmol, 75% 수율, 염화수소)을 연황색 고체로서 수득하였다. LC/MS (ESI) m/z: 292.0 [M+1] +.
5 단계: 3-[4-[4-[[1-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]-4-피페리딜]메틸]피페라진-1-일]-6-옥소-피리다진-1-일]피페리딘-2,6-디온(예시적인 PROTAC 102)의 제조
Figure pct00439
1,2-디클로로에탄(3 mL) 중 3-(6-옥소-4-피페라진-1-일-피리다진-1-일)피페리딘-2,6-디온(57 mg, 0.17 mmol, 1.2 당량, 염화수소염) 및 1-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]피페리딘-4-카브알데히드(60 mg, 0.14 mmol, 1 당량, 예시적인 PROTAC 89 합성의 단계 10 참조) 용액에 트리에틸아민(30 mg, 0.29 mmol, 2 당량)을 첨가하고 혼합물을 25℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 이어서 트리아세트옥시보로히드라이드 나트륨(93 mg, 0.43 mmol, 3 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 0.5시간 동안 추가로 교반하였다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켜 1,2-디클로로에탄을 제거하였다. 잔류물을 프렙-HPLC(컬럼: Luca C18 150 x 25 mm, 5 um; 이동상: [물(0.225% 포름산)-ACN]; B%: 18% 내지 38% 7.8분 내)로 정제하였다. 생성물 3-[4-[4-[[1-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페닐]-4-피페리딜]메틸]피페라진-1-일]-6-옥소-피리다진-1-일]피페리딘-2,6-디온(33 mg, 0.04 mmol, 30% 수율, 99% 순도, 포름산염)을 백색 고체로서 수득하였다.
LC/MS (ESI) m/z: 687.3 [M+1] +;
1H-NMR (400MHz, DMSO-d6) δ 10.96 (s, 1H), 8.22 (s, 1H), 8.04 (d, J=2.4 Hz, 1H), 7.18 - 7.10 (m, 3H), 6.83 (d, J=6.4 Hz, 2H), 6.64 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.59 (d, J=2.4 Hz, 1H), 6.52 (d, J=8.8 Hz, 2H), 6.47 (dd, J=2.4, 8.4 Hz, 1H), 6.19 (d, J=8.8 Hz, 2H), 5.84 (d, J=2.8 Hz, 1H), 5.58 (dd, J=5.2, 12.4 Hz, 1H), 4.12 (d, J=4.4 Hz, 1H), 3.27 (s, 4H), 3.02 - 2.79 (m, 3H), 2.57 (d, J=4.0 Hz, 1H), 2.52 (d, J=2.0 Hz, 4H), 2.46 (s, 1H), 2.42 (d, J=4.8 Hz, 5H), 2.20 - 2.06 (m, 3H), 2.02 - 1.93 (m, 1H), 1.73 (d, J=14.0 Hz, 3H), 1.61 (s, 1H), 1.19 - 1.07 (m, 2H).
예시적인 PROTAC 106의 합성
Figure pct00440
3-(4-(3-(1-(3-(4-((1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-1,2,3,4-테트라히드로나프탈렌-1-일)페녹시)프로필)피페리딘-4-일)페녹시)-2-옥소-2,5-디히드로-1H-피롤-1-일)피페리딘-2,6-디온
합성 반응식 파트 1
Figure pct00441
1 단계: 삼차-부틸 4-(3-히드록시페닐)-3,6-디히드로-2H-피리딘-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00442
디옥산(100 mL) 및 물(10 mL) 중 삼차-부틸 4-(4,4,5,5-테트라메틸-1,3,2-디옥사보로란-2-일)-3,6-디히드로-2H-피리딘-1-카복실레이트(7.00 g, 22.64 mmol, 1.00 당량) 및 3-요오도페놀(4.98 g, 22.64 mmol, 1.00 당량)의 혼합물에 탄산 칼륨(6.26 g, 45.28 mmol, 2.00 당량) 및 시클로펜틸(디페닐)포스판;디클로로팔라듐;철(1.66 g, 2.26 mmol, 0.10 당량)을 질소 분위기 하에 첨가하였다. 혼합물을 질소 분위기 하 90
Figure pct00443
에서 4시간 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 물(500 mL)에 붓고 여과하고, 여과물을 에틸 아세테이트(200 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(300 mL * 3)로 추출하고, 합쳐진 유기상을 포화 식염수(150 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 10:1 내지 8:1)로 정제하였다. 삼차-부틸 4-(3-히드록시페닐)-3,6-디히드로-2H-피리딘-1-카복실레이트(4.00 g, 14.53 mmol, 64% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 298.1 [M+23] +
화학식: C16H21NO3, 분자량: 275.34.
2 단계: 삼차 부틸 4-(3-히드록시페닐)피페리딘-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00444
메탄올(4 mL) 중 삼차-부틸 4-(3-히드록시페닐)-3,6-디히드로-2H-피리딘-1-카복실레이트(4.00 g, 14.53 mmol, 1.00 당량) 용액에 활성탄 상 팔라듐 촉매(1.00 g, 10% 순도)를 질소 분위기 하에 첨가하였다. 현탁액을 진공 중에서 탈기하고 수소로 수차례 퍼징하였다. 혼합물을 수소 분위기 하(40 psi) 30℃에서 4시간 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물은 추가적인 정제 없이 다음 단계에 사용되었다. 미정제 삼차-부틸 4-(3-히드록시페닐)피페리딘-1-카복실레이트(4.00g, 미정제)를 회백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 300 [M+23] +
화학식: C16H23NO3, 분자량: 277.36.
3 단계: 삼차-부틸 4-[3-[(E)-3-메톡시-1-메틸-3-옥소-프롭-1-에녹시]페닐]피페리딘-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00445
이소프로판올(20 mL) 중 삼차-부틸 4-(3-히드록시페닐)피페리딘-1-카복실레이트(2.00 g, 7.21 mmol, 1.00 당량) 및 메틸 부트-2-이노에이트(1.06 g, 10.82 mmol, 1.50 당량) 용액에 1,4-디아자비시클로[2.2.2]옥탄(808 mg, 7.21 mmol, 1.00 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 물 20 mL로 15℃에서 급냉시키고 에틸 아세테이트(20 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 포화 식염수(20 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 20:1 내지 10:1)로 정제하였다. 삼차-부틸 4-[3-[(E)-3-메톡시-1-메틸-3-옥소-프롭-1-에녹시]페닐]피페리딘-1-카복실레이트(1.72 g, 4.58 mmol, 63% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 398.1 [M+23] +
화학식: C21H29NO5, 분자량: 375.46
4 단계: 삼차-부틸 (E)-4-(3-((1-브로모-4-메톡시-4-옥소부트-2-엔-2-일)옥시)페닐)피페리딘-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00446
디클로로에탄(50 mL) 중 삼차-부틸 4-[3-[(E)-3-메톡시-1-메틸-3-옥소-프롭-1-에녹시]페닐]피페리딘-1-카복실레이트(1.2 g, 3.20 mmol, 1.00 당량)의 혼합물에 N-브로모숙신이미드(853 mg, 4.79 mmol, 1.5 당량) 및 과산화 벤조일(232 mg, 0.96 mmol, 0.3 당량) 용액을 첨가하였다. 혼합물을 70℃에서 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 혼합물을 물(200 mL)의 첨가로 급냉시키고, 에틸 아세테이트(20 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(30 mL x 3)로 추출하고, 합쳐진 유기상을 포화 식염수(30 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 100:1 내지 40:1)로 정제하였다. 삼차-부틸 4-[3-[(E)-1-(브로모메틸)-3-메톡시-3-옥소-프롭-1-에녹시]페닐]피페리딘-1-카복실레이트(960 mg, 미정제)를 황색 오일로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 477.9 [M+23] +
화학식: C21H28BrNO5, 분자량: 454.35
5 단계: 삼차-부틸 4-[3-[[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-5-옥소-2H-피롤-3-일]옥시]페닐]피페리딘-1-카복실레이트의 제조
Figure pct00447
디메틸포름아미드(20 mL) 중 3-아미노피페리딘-2,6-디온(1.56 g, 9.46 mmol, 5 당량, 염화수소)의 혼합물에 디이소프로필에틸아민(2.45 g, 18.93 mmol, 10 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 14℃에서 1 시간 동안 교반하였다. 삼차-부틸 4-[3-[(E)-1-(브로모메틸)-3-메톡시-3-옥소-프롭-1-에녹시]페닐]피페리딘-1-카복실레이트(860 mg, 1.89 mmol, 1 당량)을 반응물에 첨가하였다. 혼합물을 50℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 이어서, 혼합물을 100℃까지 12시간 동안 가열하였다. LC-MS는 출발물질 브롬화물이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 혼합물을 물(200 mL)의 첨가로 급냉시키고, 에틸 아세테이트(50 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(50 mL x 3)로 추출하고, 합쳐진 유기상을 포화 식염수(50 mL x 3)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 메틸 삼차-부틸 에테르(30 mL)에 의한 분말화로 정제하였다. 삼차-부틸 4-[3-[[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-5-옥소-2H-피롤-3-일]옥시]페닐]피페리딘-1-카복실레이트(376 mg, 0.80 mmol, 42% 수율)를 갈색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 492.2 [M+23] +
화학식: C25H31N3O6, 분자량: 469.53
6 단계: 3-[5-옥소-3-[3-(4-피페리딜)페녹시]-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온의 제조
Figure pct00448
디클로로메탄(10 mL) 중 4-[3-[[1-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-5-옥소-2H-피롤-3-일]옥시]페닐]피페리딘-1-카복실레이트(420 mg, 0.89 mmol, 1 당량)의 혼합물에 염화수소/디옥(4 M, 4 mL, 20 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 14℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 반응물을 감압 하에 농축시켰다. 잔류물은 추가적인 정제 없이 다음 단계에 사용되었다. 미정제 3-[5-옥소-3-[3-(4-피페리딜)페녹시]-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(400 mg, 미정제, 염화수소)을 갈색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 370 [M+1] +
화학식: C20H23N3O4, 분자량: 369.41
합성 반응식 파트 2
Figure pct00449
7 단계: (시스)-6-벤질옥시-1-[4-(3-브로모프로폭시)페닐]-2-페닐-테트라린의 제조
Figure pct00450
아세톤(20 mL) 중 4-[(1R,2S)-6-벤질옥시-2-페닐-테트라린-1-일]페놀(1.00 g, 2.46 mmol, 1.00 당량) 용액에 탄산 칼륨(1.02 g, 7.38 mmol, 3.00 당량) 및 1,3-디브로모프로판(2.48 g, 12.30 mmol, 1.3 mL, 5.00 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 70℃에서 12 시간 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 물(40 mL)로 15℃로 급냉시키고 에틸 아세테이트(20 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 에틸 아세테이트(20 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-HPLC(컬럼: Phenomenex Synergi Max-RP 250*50mm*10 um; 이동상: [물(0.225%FA)-ACN]; B%: 70% 내지 100%, 30;52% 분)로 정제하였다. (시스)-6-벤질옥시-1-[4-(3-브로모프로폭시)페닐]-2-페닐-테트라린(850 mg, 1.61 mmol, 65% 수율, 99% 순도)을 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 527.2 [M+1]+
화학식: C32H31BrO2, 분자량: 527.49
8 단계: (1S,2R)-6-벤질옥시-1-[4-(3-브로모프로폭시)페닐]-2-페닐-테트라린 및 (1R,2S)-6-벤질옥시-1-[4-(3-브로모프로폭시)페닐]-2-페닐-테트라린의 제조
Figure pct00451
(시스) 6-벤질옥시-1-[4-(3-브로모프로폭시)페닐]-2-페닐-테트라린의 거울상 이성질체(850 mg, 1.61 mmol, 1.00 당량)를 초임계 유체 크로마토그래피를 사용하여 분리하였다. 잔류물을 초임계 유체 크로마토그래피(컬럼: OJ(250 mm*30 mm,10 um);이동상: [0.1%NH3H2O MEOH]; B%: 60% 내지 60%,20.9분; 300분, 유속: 2 mL/분, 파장: 220 nm)로 분리하였다.
(1S,2R)-6-벤질옥시-1-[4-(3-브로모프로폭시)페닐]-2-페닐-테트라린(350 mg, 0.65 mmol, 81% 수율, 97% 순도)을 백색 고체로서 수득하였다.
(1R,2S)-6-벤질옥시-1-[4-(3-브로모프로폭시)페닐]-2-페닐-테트라린(350 mg, 0.66 mmol, 82% 수율, 99% 순도)을 백색 고체로서 수득하였다.
화학식: C32H31BrO2, 분자량: 527.49
9 단계: 3-[3-[3-[1-[3-[4-[(1R,2S)-6-벤질옥시-2-페닐-테트라린-1-일]페녹시]프로필]-4-피페리딜]페녹시]-5-옥소-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온의 제조
Figure pct00452
아세토니트릴(5 mL) 중 (1R,2S)-6-벤질옥시-1-[4-(3-브로모프로폭시)페닐]-2-페닐-테트라린(164 mg, 0.31 mmol, 1.1 당량) 및 3-[5-옥소-3-[3-(4-피페리딜)페녹시]-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(115 mg, 0.28 mmol, 1 당량, 염화수소)의 혼합물에 디이소프로필에틸아민(110 mg, 0.85 mmol, 3 당량) 및 요오드화 칼륨(47 mg, 0.28 mmol, 1 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 100℃에서 1.5시간 동안 교반하였다. LC-MS는 아민 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 혼합물을 물(100 mL)의 첨가로 급냉시키고, 에틸 아세테이트(15 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(20 mL x 4)로 추출하고, 합쳐진 유기상을 포화 식염수(20 mL)로 세척하고, 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-TLC(디클로로메탄:메탄올 = 10:1)로 정제하였다. 3-[3-[3-[1-[3-[4-[(1R,2S)-6-벤질옥시-2-페닐-테트라린-1-일]페녹시]프로필]-4-피페리딜]페녹시]-5-옥소-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(100 mg, 0.12 mmol, 43% 수율)을 갈색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 816.4 [M+1] +
화학식: C52H53N3O6, 분자량: 815.99
10 단계: 3-[3-[3-[1-[3-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페녹시]프로필]-4-피페리딜]페녹시]-5-옥소-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온의 제조
Figure pct00453
디클로로메탄(5 mL) 중 3-[3-[3-[1-[3-[4-[(1R,2S)-6-벤질옥시-2-페닐-테트라린-1-일]페녹시]프로필]-4-피페리딜]페녹시]-5-옥소-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(100 mg, 0.12 mmol, 1 당량) 용액에 보론 트리브로마이드(92 mg, 0.37 mmol, 3 당량)를 -68℃에서 첨가하였다. 혼합물을 -68℃에서 30분 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 잔류물을 물(20 mL)로 희석하고 에틸 아세테이트(20 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 포화 식염수(20 mL x 3)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-HPLC(컬럼: Boston Green ODS 150*30 5u; 이동상: [물(0.225%FA)-ACN]; B%: 34% 내지 55%, 10분)로 정제하였다. 3-[3-[3-[1-[3-[4-[(1R,2S)-6-히드록시-2-페닐-테트라린-1-일]페녹시]프로필]-4-피페리딜]페녹시]-5-옥소-2H-피롤-1-일]피페리딘-2,6-디온(16 mg, 0.02 mmol, 16% 수율, 97% 순도, 포름산염)을 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 726.3 [M+1] +
1 H NMR: (400MHz, DMSO-d6)
δ = 10.92 (s, 1H), 9.48 - 8.87 (m, 1H), 8.21 (s, 1H), 7.41 - 7.34 (m, 1H), 7.23 - 7.06 (m, 6H), 6.82 (d, J=6.8 Hz, 2H), 6.66 - 6.57 (m, 2H), 6.55 - 6.44 (m, 3H), 6.25 (d, J=8.8 Hz, 2H), 4.91 - 4.82 (m, 2H), 4.18 - 3.97 (m, 3H), 3.84 (t, J=6.4 Hz, 2H), 3.30 - 3.27 (m, 2H), 3.02 - 2.82 (m, 5H), 2.55 - 2.52 (m, 3H), 2.39 (t, J=6.9 Hz, 2H), 2.26 (dd, J=4.8, 13.6 Hz, 1H), 2.11 - 1.58 (m, 11H)
화학식: C45H47N3O6, 분자량: 725.87
예시적인 PROTAC 107의 합성
Figure pct00454
3-(8-((2-(4-(2-(4-((2-(4-브로모페닐)-6-히드록시벤조[b]티오펜-3-일)옥시)페녹시)에틸)피페라진-1-일)에틸)아미노)-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온
합성 반응식 파트 1:
Figure pct00455
합성 반응식 파트 2:
Figure pct00456
1 단계: 삼차-부틸 4-[2-(4-벤질옥시페녹시)에틸]피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00457
N,N-디메틸포름아미드(20 mL) 중 삼차-부틸 4-(2-클로로에틸)피페라진-1-카복실레이트(1.00 g, 4.02 mmol, 1.00 당량), 4-벤질옥시페놀(965 mg, 4.82 mmol, 1.20 당량) 용액에 탄산 세슘(1.57 g, 4.82 mmol, 1.20 당량) 및 요오도화 칼륨(66 mg, 0.4 mmol, 0.10 당량)을 질수 분위기 하에서 첨가하였다. 반응물을 80℃에서 10시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 3:1) 및 LCMS는 대부분의 출발 물질이 소모되었음을 나타내었다. 혼합물에 물(100 mL)을 첨가하고, 생성된 혼합물을 에틸 아세테이트(50 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 식염수(80 mL)로 세척하고, 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 50:1 내지 3:1)로 정제하여 삼차-부틸 4-[2-(4-벤질옥시페녹시)에틸]피페라진-1-카복실레이트(1.4 g, 3.39 mmol, 84% 수율)를 무색 오일로서 수득하였다.
화학식: C24H32N2O4, 분자량: 412.5
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 32
1 H NMR: (400MHz, 클로로포름-d) δ: 7.46 - 7.29 (m, 5H), 6.95 - 6.88 (m, 2H), 6.88 - 6.81 (m, 2H), 5.02 (s, 2H), 4.07 (t, J=5.8 Hz, 2H), 3.51 - 3.42 (m, 4H), 2.80 (t, J=5.8 Hz, 2H), 2.56 - 2.48 (m, 4H), 1.47 (s, 9H)
2 단계: 삼차-부틸 4-[2-(4-히드록시페녹시)에틸]피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00458
메탄올(20 mL) 중 삼차-부틸 4-[2-(4-벤질옥시페녹시)에틸]피페라진-1-카복실레이트(1.40 g, 3.39 mmol, 1.00 당량) 용액에 탄소 상의 팔라듐(200 mg, 10% 순도)을 질소 분위기 하에서 첨가하였다. 현탁액을 진공 하에서 탈기하고 수소로 수차례 퍼징하였다. 혼합물을 수소 분위기 하(50 psi) 20℃에서 4시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 1:1)는 대부분의 출발 물질이 소모되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 여과하고, 여과물을 진공 중에서 농축시켰다. 삼차-부틸 4-[2-(4-히드록시페녹시)에틸]피페라진-1-카복실레이트(1 g, 3.07 mmol, 수율 90%, 순도 99%)를 연황색 고체로서 수득하였다.
화학식: C17H26N2O4, 분자량: 322.4
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 26
1 H NMR: (400MHz, 클로로포름-d) δ: 6.74 (s, 4H), 4.04 (t, J=5.6 Hz, 2H), 3.54 - 3.38 (m, 5H), 2.79 (t, J=5.6 Hz, 2H), 2.53 (s, 4H), 1.46 (s, 9H)
3 단계: 삼차-부틸 4-(2-(4-((2-(4-브로모페닐)-6-메톡시-1-옥시도벤조[b]티오펜-3-일)옥시)페녹시)에틸)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00459
N,N-디메틸포름아미드(5 mL) 중 삼차-부틸 4-[2-(4-히드록시페녹시)에틸]피페라진-1-카복실레이트(234 mg, 0.72 mmol, 1.00 당량) 용액에 NaH(29 mg, 0.72 mmol, 미네랄 오일 중 60%, 1.00 당량)을 0℃에서 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 0.5 시간 동안 교반하였다. 3-브로모-2-(4-브로모페닐)-6-메톡시-1-옥소-벤조티오펜-1-이윰(300 mg, 0.72 mmol, 1.00 당량)을 첨가한 후, 혼합물을 20℃에서 1시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 물(10 mL)로 급냉시키고 에틸 아세테이트(10 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(10 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜 삼차-부틸 4-[2-[4-[2-(4-브로모페닐)-6-메톡시-1-옥시도-벤조티오펜-1-이윰-3-일]옥시페녹시]에틸]피페라진-1-카복실레이트(430 mg, 0.66 mmol, 90% 수율)를 황색 고체로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 657.0 [M+1] +
1 H NMR: (400MHz, CDCl3) δ: 7.65 (d, J=8.4 Hz, 2H), 7.52 - 7.46 (m, 3H), 7.05 - 6.89 (m, 4H), 6.81 (d, J=8.4 Hz, 2H), 4.05 (t, J=5.6 Hz, 2H), 3.89 (s, 3H), 3.50 - 3.42 (m, 4H), 2.81 (t, J=5.6 Hz, 2H), 2.52 (s, 4H), 1.47 (s, 9H)
화학식: C32H35BrN2O6S, 분자량: 655.60
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 35.
4 단계: 삼차-부틸 4-(2-(4-((2-(4-브로모페닐)-6-메톡시벤조[b]티오펜-3-일)옥시)페녹시)에틸)피페라진-1-카복실레이트의 합성
Figure pct00460
아세토니트릴(6 mL) 중 삼차-부틸 4-[2-[4-[2-(4-브로모페닐)-6-메톡시-1-옥시도-벤조티오펜-1-이윰-3-일]옥시페녹시]에틸]피페라진-1-카복실레이트(370 mg, 0.56 mmol, 1.00 당량) 용액에 요오드화 나트륨(254 mg, 1.69 mmol, 3.00 당량) 및 트리메틸클로로실란(123 mg, 1.13 mmol, 2.00 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 1시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 포화 황산 나트륨(2 mL)로 급냉시키고, 물(15 mL)로 희석시킨 후, 에틸 아세테이트(10 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(10 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜 미정제 생성물 삼차-부틸 4-[2-[4-[2-(4-브로모페닐)-6-메톡시-벤조티오펜-3-일]옥시페녹시]에틸]피페라진-1-카복실레이트(350 mg, 미정제)를 황색 오일로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 639.0 [M+1] +.
화학식: C32H35BrN2O5S, 분자량: 639.60
5 단계: 2-(4-브로모페닐)-3-(4-(2-(피페라진-1-일)에톡시)페녹시)벤조[b]티오펜-6-올의 합성
Figure pct00461
디클로로메탄(6 mL) 중 삼차-부틸 4-[2-[4-[2-(4-브로모페닐)-6-메톡시-벤조티오펜-3-일]옥시페녹시]에틸]피페라진-1-카복실레이트(350 mg, 0.55 mmol, 1.00 당량) 용액에 보론 트리브로마이드(410 mg, 1.64 mmol, 0.16 mL, 3.00 당량)를 0℃에서 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 1시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 포화 중탄산 나트륨(5 mL)로 0℃로 급냉시키고, 물(10 mL)로 희석한 후 디클로로메탄(10 mL x 3)으로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(5 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜 2-(4-브로모페닐)-3-[4-(2-피페라진-1-일에톡시)페녹시]벤조티오펜-6-올(250 mg, 미정제)를 황색 고체로서 수득하였고, 이는 추가 정제 없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 527.0 [M+1] +.
1H NMR: (400MHz, DMSO-d6) δ: 7.65 - 7.56 (m, 4H), 7.31 (d, J=2.0 Hz, 1H), 7.14 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.86 (s, 4H), 6.83 (dd, J=2.0, 8.4 Hz, 1H), 5.75 (s, 1H), 3.97 (t, J=5.6 Hz, 2H), 2.78 - 2.66 (m, 4H), 2.61 (t, J=5.6 Hz, 2H), 2.40 (s, 4H), 2.45 - 2.34 (m, 1H)
화학식: C26H25BrN2O3S, 분자량: 525.46
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 25.
6 단계: 2-메틸-8-니트로-4H-벤조[d][1,3]옥사진-4-온의 합성
Figure pct00462
무수 아세트산(10 mL) 중 2-아미노-3-니트로-벤조산(2 g, 10.98 mmol, 1.00 당량)의 혼합물을 120℃에서 추가로 16시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트)는 새로운 스폿이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 농축시켜 용매를 제거하였다. 잔류물을 석유 에테르:에틸 아세테이트 = 2:1(30 mL)로 분말화시키고, 여과하였다. 여과 케이크를 목적하는 생성물 2-메틸-8-니트로-3,1-벤조옥사진-4-온(600 mg, 2.91 mmol, 26% 수율)로서 수득하였다.
1H NMR: (400MHz, DMSO-d6) δ: 8.42 - 8.31 (m, 2H), 7.72 (t, J=8.0 Hz, 1H), 3.42 (s, 3H).
화학식: C9H6N2O4, 분자량: 206.15
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 6.
7 단계: 3-(2-메틸-8-니트로-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00463
N,N-디메틸포름아미드(15 mL) 중 2-메틸-8-니트로-3,1-벤조옥사진-4-온(1 g, 4.85 mmol, 1.00 당량) 및 3-아미노피페리딘-2,6-디온(956 mg, 5.82 mmol, 1.20 당량, 염화수소) 용액에 트리페닐포스파이트(2.26 g, 7.27 mmol, 1.9 mL, 1.50 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 100℃에서 14시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 물(40 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(30 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 식염수(30 mL x 3)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜 미정제 생성물 3-(2-메틸-8-니트로-4-옥소-퀴나졸린-3-일)피페리딘-2,6-디온(450 mg, 미정제)을 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 316.9 [M+1] +.
화학식: C14H12N4O5, 분자량: 316.27
8 단계: 3-(8-아미노-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00464
테트라히드로푸란(50 mL) 중 3-(2-메틸-8-니트로-4-옥소-퀴나졸린-3-일)피페리딘-2,6-디온(450 mg, 1.42 mmol, 1.00 당량) 용액에 팔라듐/C 촉매(100 mg, 0.14 mmol, 10% 순도)를 질소 분위기 하에서 첨가하였다. 현탁액을 탈기하고 수소로 3회 퍼징하였다. 혼합물을 수소 분위기 하(15 Psi) 20℃에서 16시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 여과하고 여과물을 농축시켜 미정제 생성물 3-(8-아미노-2-메틸-4-옥소-퀴나졸린-3-일)피페리딘-2,6-디온(380 mg, 1.33 mmol, 94% 수율)을 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 287.1 [M+1] +.
1H NMR: (400MHz, DMSO-d6) δ: 11.01 (s, 1H), 7.20 - 7.10 (m, 2H), 6.97 (dd, J=2.0, 7.2 Hz, 1H), 5.67 (s, 2H), 5.27 - 5.18 (m, 1H), 2.91 - 2.79 (m, 1H), 2.70 - 2.58 (m, 5H), 2.21 - 2.10 (m, 1H)
화학식: C14H14N4O3, 분자량: 286.29
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 14.
9 단계: 2-(4-브로모페닐)-3-(4-(2-(4-(2,2-디메톡시에틸)피페라진-1-일)에톡시)페녹시)벤조[b]티오펜-6-올의 합성
Figure pct00465
N-메틸-2-피롤리딘(3.00 mL) 중 2-(4-브로모페닐)-3-[4-(2-피페라진-1-일에톡시)페녹시]벤조티오펜-6-올(250 mg, 0.33 mmol, 1.00 당량, 브롬화수소산), 디이소프로필에틸아민(213 mg, 1.65 mmol, 0.3 mL, 5.00 당량) 및 2-브로모-1,1-디메톡시-에탄(112 mg, 0.66 mmol, 0.1 mL, 2.00 당량)을 마이크로웨이브 튜브에 취하였다. 밀봉된 튜브를 마이크로웨이브로 150℃에서 1시간 동안 가열하였다. TLC(디클로로메탄:메탄올 = 10:1, Rf = 0.52)는 반응이 완료되고 새로운 스폿이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 물(10 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(5 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(5 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 하에서 농축시켰다. 잔류물을 프렙-TLC(디클로로메탄:메탄올 = 10:1)로 정제하여 2-(4-브로모페닐)-3-[4-[2-[4-(2,2-디메톡시에틸)피페라진-1-일]에톡시]페녹시]벤조티오펜-6-올(120 mg, 0.2 mmol, 59% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 615.0 [M+1] +.
화학식: C30H33BrN2O5S, 분자량: 613.56
10 단계: 2-(4-(2-(4-((2-(4-브로모페닐)-6-히드록시벤조[b]티오펜-3-일)옥시)페녹시)에틸)피페라진-1-일)아세트알데히드의 합성
Figure pct00466
디옥산(2 mL) 중 2-(4-브로모페닐)-3-[4-[2-[4-(2,2-디메톡시에틸)피페라진-1-일]에톡시]페녹시]벤조티오펜-6-올(120 mg, 0.20 mmol, 1.00 당량) 용액에 염산(2 M, 2 mL, 20.45 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 50℃에서 2시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 감압 하에서 농축시켜 디옥산 및 물을 제거하여 미정제 생성물 2-[4-[2-[4-[2-(4-브로모페닐)-6-히드록시-벤조티오펜-3-일]옥시페녹시]에틸]피페라진-1-일]아세트알데히드(100 mg, 미정제)를 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 585.0 [M+18] +.
화학식: C28H27BrN2O4S, 분자량: 567.49
11 단계: 3-(8-((2-(4-(2-(4-((2-(4-브로모페닐)-6-히드록시벤조[b]티오펜-3-일)옥시)페녹시)에틸)피페라진-1-일)에틸)아미노)-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00467
메탄올(2 mL) 중 2-[4-[2-[4-[2-(4-브로모페닐)-6-히드록시-벤조티오펜-3-일]옥시페녹시]에틸]피페라진-1-일]아세트알데히드(1000 mg, 0.18 mmol, 1.00 당량) 용액에 아세트산(0.2 mL) 및 3-(8-아미노-2-메틸-4-옥소-퀴나졸린-3-일)피페리딘-2,6-디온(50 mg, 0.18 mmol, 1.00 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 이어서, 보란;2-메틸피리딘(38 mg, 0.35 mmol, 2.00 당량)을 첨가하고, 혼합물을 20℃에서 2시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 프렙-HPLC(컬럼: Boston Green ODS 150*30 5u; 이동상: [물(0.225%FA)-ACN]; B%: 25% 내지 55%, 10분)로 정제하였다. 이어서, 수집된 분획을 농축시켜 아세토니트릴의 대부분을 제거하고 염산(1 M, 2 mL)을 첨가하였다. 용액을 동결 건조하여 3-[8-[2-[4-[2-[4-[2-(4-브로모페닐)-6-히드록시-벤조티오펜-3-일]옥시페녹시]에틸]피페라진-1-일]에틸아미노]-2-메틸-4-옥소-퀴나졸린-3-일]피페리딘-2,6-디온(10 mg, 0.01 mmol, 7% 수율, 염화수소)을 황색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 839.0 [M+1] +.
1H NMR: (400MHz, DMSO-d6) δ: 11.01 (s, 1H), 10.04 (s, 1H), 7.62 (s, 4H), 7.33 (d, J=2.0 Hz, 1H), 7.31 - 7.23 (m, 1H), 7.21 - 7.11 (m, 2H), 7.01 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 6.92 (q, J=8.8 Hz, 4H), 6.85 (dd, J=2.0, 8.8 Hz, 1H), 5.25 (dd, J=5.2, 13.2 Hz, 1H), 4.29 (s, 2H), 3.68 - 3.45 (m, 14H), 2.87 - 2.79 (m, 1H), 2.69 - 2.61 (m, 5H), 2.19 - 2.10 (m, 1H)
화학식: C42H41BrN6O6S, 분자량: 837.78
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 40.
예시적인 PROTAC 108의 합성
Figure pct00468
3-(8-(2-(4-(2-(4-((2-(4-브로모페닐)-6-히드록시벤조[b]티오펜-3-일)옥시)페녹시)에틸)피페라진-1-일)에톡시)-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온
합성 반응식:
Figure pct00469
1 단계: 알릴 3-(알릴옥시)-2-니트로벤조에이트의 합성
Figure pct00470
N,N-디메틸포름아미드(15 mL) 중 3-히드록시-2-니트로-벤조산(1 g, 5.46 mmol, 1.00 당량) 용액에 탄산 칼륨(3 g, 21.84 mmol, 4.00 당량) 및 3-브로모프롭-1-엔(2.64 g, 21.84 mmol, 4.00 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 15시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 잔류물을 물(100 mL)로 희석하고 에틸 아세테이트(30 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 식염수(30 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜 알릴 3-(알릴옥시)-2-니트로-벤조에이트(1.30 g, 미정제)를 황색 오일로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 286.0 [M+23] +.
화학식: C13H13NO5, 분자량: 263.25
2 단계: 3-(알릴옥시)-2-니트로벤조산의 합성
Figure pct00471
테트라히드로푸란(40 mL) 중 알릴 3-(알릴옥시)-2-니트로-벤조에이트(1.44 g, 5.47 mmol, 1.00 당량) 용액에 수산화 리튬 1수화물(2 M, 11 mL, 4.00 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 염산(2 M, 10 mL)으로 pH = 4 내지 5로 조정하고 물(50 mL)로 희석시킨 후 에틸 아세테이트(30 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(40 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜 3-알릴옥시-2-니트로-벤조산(1.20 g, 미정제)을 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 246.0 [M+23] +.
1H NMR: (400MHz, CDCl3) δ: 7.70 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.52 (t, J=8.0 Hz, 1H), 7.32 (d, J=8.0 Hz, 1H), 6.07 - 5.93 (m, 1H), 5.47 - 5.29 (m, 2H), 4.70 (d, J=5.2 Hz, 2H)
화학식: C10H9NO5, 분자량: 223.18
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 8.
3 단계: 3-(알릴옥시)-2-아미노벤조산의 합성
Figure pct00472
메탄올(20 mL) 및 물(5 mL) 중 3-알릴옥시-2-니트로-벤조산(1.2 g, 5.38 mmol, 1.00 당량) 용액에 철(1.2 g, 21.52 mmol, 4.00 당량), 염화 암모늄(1.44 g, 26.90 mmol, 5.00 당량)을 20℃에서 서서히 첨가하였다. 혼합물을 80℃에서 2시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 여과하고 여과물을 농축시켜 3-알릴옥시-2-아미노-벤조산(850 mg, 미정제)을 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 194.1 [M+1] +.
1H NMR: (400MHz, CDCl3) δ: 7.54 (s, 1H), 6.99 - 6.44 (m, 2H), 6.07 (s, 2H), 5.39 (s, 2H), 4.59 (s, 3H), 4.76 - 4.40 (m, 1H)
화학식: C10H11NO3, 분자량: 193.20
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 11.
4 단계: 2-아세트아미도-3-(알릴옥시)벤조산의 합성
Figure pct00473
아세토니트릴(10 mL) 중 3-알릴옥시-2-아미노-벤조산(800 mg, 4.14 mmol, 1.00 당량) 용액에 이미다졸(282 mg, 4.14 mmol, 1.00 당량) 및 염화 아세틸(650 mg, 8.28 mmol, 2.00 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응물을 물(30 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(15 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(20 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 중에서 농축시켜 2-아세트아미도-3-알릴옥시-벤조산(900 mg, 미정제)을 황색 고체로서 수득하였고, 이는 추가 정제없이 다음 단계에 직접 사용되었다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 236.1 [M+1] +.
화학식: C12H13NO4, 분자량: 235.24
5 단계: 3-(8-(알릴옥시)-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00474
N,N-디메틸포름아미드(15 mL) 중 2-아세트아미도-3-알릴옥시-벤조산(800 mg, 3.40 mmol, 1.00 당량) 및 3-아미노피페리딘-2,6-디온(672 mg, 4.08 mmol, 1.20 당량, 염화수소) 용액에 트리페닐 포스파이트(1.58 g, 5.10 mmol, 1.50 당량) 및 이미다졸(232 mg, 92.60 mmol, 27.23 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 100℃에서 16시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 물(40 mL)로 희석시키고 에틸 아세테이트(20 mL x 2)로 추출하였다. 합쳐진 유기상을 포화 식염수(20 mL x 2)로 세척하고, 무수 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고 진공 하에서 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 컬럼 크로마토그래피(디클로로메탄:메탄올 = 100:1 내지 20:1)로 정제하여 3-(8-알릴옥시-2-메틸-4-옥소-퀴나졸린-3-일)피페리딘-2,6-디온(420 mg, 1.28 mmol, 38% 수율)을 연황색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 328.2 [M+1] +.
1H NMR: (400MHz, DMSO-d6) δ: 11.03 (s, 1H), 7.58 (dd, J=1.6, 7.6 Hz, 1H), 7.43 - 7.32 (m, 2H), 6.17 - 6.01 (m, 1H), 5.45 (dd, J=1.6, 17.2 Hz, 1H), 5.34 - 5.25 (m, 2H), 4.74 (d, J=4.8 Hz, 2H), 2.88 - 2.79 (m, 1H), 2.70 - 2.55 (m, 5H), 2.20 - 2.12 (m, 1H)
화학식: C17H17N3O4, 분자량: 327.33
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 17.
6 단계: 2-((3-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-메틸-4-옥소-3,4-디히드로퀴나졸린-8-일)옥시)아세트알데히드의 합성
Figure pct00475
디클로로메탄(8 mL) 및 메탄올(2 mL) 중 3-(8-알릴옥시-2-메틸-4-옥소-퀴나졸린-3- 일)피페리딘-2,6-디온(200 mg, 0.61 mmol, 1.00 당량) 용액에 오존을 -70℃에서 30분 동안 버블링하였다. 과량의 오존을 질소로 퍼징한 후, 디메틸술파이드(380 mg, 6.11 mmol, 10.00 당량)을 -70℃에서 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 16시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 감압 하에서 농축시켜 메탄올, 디클로로메탄 및 디메틸술파이드를 제거하여 2-[3-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-2-메틸-4-옥소-퀴나졸린-8-일]옥시아세트알데히드(220 mg, 미정제)를 갈색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 362.0 [M+23] +.
화학식: C16H15N3O5, 분자량: 329.31
7 단계: 3-(8-(2-(4-(2-(4-((2-(4-브로모페닐)-6-히드록시벤조[b]티오펜-3-일)옥시)페녹시)에틸)피페라진-1-일)에톡시)-2-메틸-4-옥소퀴나졸린-3(4H)-일)피페리딘-2,6-디온의 합성
Figure pct00476
메탄올(4 mL) 중 2-[3-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-2-메틸-4-옥소-퀴나졸린-8-일]옥시아세트알데히드(120 mg, 0.36 mmol, 1.00 당량) 용액에 2-(4-브로모페닐)-3-[4-(2-피페라진-1-일에톡시)페녹시]벤조티오펜-6-올(110 mg, 0.18 mmol, 0.50 당량, 브롬화수소산, 예시적인 PROTAC 107 합성으로부터의 중간 생성물, 상기 참조) 및 아세트산(44 mg, 0.72 mmol, 2.00 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 나트륨 시아노보로히드라이드(44 mg, 0.73 mmol, 2.00 당량)를 20℃에서 첨가한 후, 혼합물을 20℃에서 2시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응이 완료되었음을 나타내었고 목적하는 MS가 검출되었다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켜 메탄올을 제거하였다. 잔류물을 프렙-HPLC(컬럼: Phenomenex Synergi C18 150*30mm*4 um; 이동상: [물(0.225%FA)-ACN]; B%: 25% 내지 55%, 12분)로 정제하였다. 이어서, 수집된 분획을 농축시켜 아세토니트릴의 대부분을 제거하고 염산(1 M, 2 mL)을 첨가하였다. 용액을 동결 건조하여 3-[8-[2-[4-[2-[4-[2-(4-브로모페닐)-6-히드록시-벤조티오펜-3-일]옥시페녹시]에틸]피페라진-1-일]에톡시]-2-메틸-4-옥소-퀴나졸린-3-일]피페리딘-2,6-디온(18 mg, 0.02 mmol, 5% 수율, 91% 순도, 염화수소)을 백색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 840.2 [M+1] +.
1H NMR: (400MHz, DMSO-d6) δ: 11.06 (s, 1H), 9.99 (s, 1H), 7.66 (d, J=7.2 Hz, 1H), 7.63 (s, 4H), 7.54 - 7.42 (m, 1H), 7.52 - 7.42 (m, 1H), 7.33 (d, J=2.0 Hz, 1H), 7.15 (d, J=8.8 Hz, 1H), 6.97 - 6.91 (m, 4H), 6.84 (dd, J=2.0, 8.8 Hz, 1H), 5.28 (dd, J=5.2, 13.2 Hz, 1H), 4.54 (s, 2H), 4.27 (s, 4H), 3.56 - 3.49 (m, 10H), 2.82 - 2.80 (m, 1H), 2.65 - 2.59 (m, 5H), 2.21 - 2.14 (m, 1H)
화학식: C42H40BrN5O7S, 분자량: 838.77
HNMR 데이터로부터의 총 H 카운트: 40.
예시적인 PROTAC 112의 합성
Figure pct00477
2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-8-(14-((5-(5-메틸-5H-피리도[4,3-b]인돌-7-일)피리딘-2-일)옥시)-3,6,9,12-테트라옥사테트라데실)-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-1,3-디온
합성 반응식:
Figure pct00478
1단계:- 1-삼차-부틸 4-메틸 4-(2-에톡시-2-옥소에틸)-피페리딘-1,4-디카복실레이트의 제조
Figure pct00479
테트라히드로푸란(1000 mL) 중 에틸 2-브로모아세테이트(8.65 g, 51.80 mmol, 5.7 mL, 1 당량) 용액에 리튬 디이소-프로필아미드(2 M, 39 mL, 1.5 당량)를 -78℃에서 첨가하였다. 혼합물을 -78℃에서 1시간 동안 교반하였다. 이어서, O1-삼차-부틸 O4-메틸 피페리딘-1,4-디카복실레이트(20 g, 82.2 mmol, 1.59 당량)를 첨가하고 혼합물을 이 온도에서 1시간 동안 교반하였다. 이후, 혼합물을 15℃에서 추가로 24시간 동안 교반하였다. 박층 크로마토그래피(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 5:1)는 반응물 1의 50%가 남아 있음을 나타내었고, 낮은 극성의 하나의 새로운 주 스폿(Rf = 0.46)를 검출하였음을 나타내었다. 반응 혼합물을 염화 암모늄 수용액 500 mL의 첨가로 급냉시킨 후, 에틸 아세테이트 1500 mL(500 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수 1500 mL(500 mL x 3)로 세척하고, 황산 나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 잔류물을 플래쉬 실리카 겔 크로마토그래피로 정제하였다. O1-삼차-부틸 O4-메틸 4-(2-에톡시-2-옥소-에틸) 피페리딘-1,4-디카복실레이트(3.8 g, 11.5 mmol, 22% 수율)를 갈색 오일로서 수득하였다.
1H NMR: (400MHz, CDCl3) δ 4.07 - 3.95 (m, 2H), 3.73 - 3.50 (m, 5H), 3.06 (br s, 2H), 2.50 (br s, 2H), 1.99 ( d, J = 13.6 Hz, 2H), 1.47 - 1.38 (m, 2H), 1.38 - 1.33 (m, 9H), 1.21 - 1.10 (m, 3H).
화학식: C16H27NO6, 분자량: 329.39
2 단계: 1-(삼차-부톡시카보닐)-4-(카복시메틸) 피페리딘-4-카복실산의 제조
Figure pct00480
테트라히드로푸란(20 mL) 및 물(15 mL) 중 O1-삼차-부틸 O4-메틸 4-(2-에톡시-2-옥소-에틸) 피페리딘-1,4-디카복실레이트(3.8 g, 11.50 mmol, 1 당량) 용액에 수산화나트륨(2.3 g, 57.7 mmol, 5 당량) 및 메탄올(10 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 36시간 동안 교반하였다. 고성능 액상 크로마토그래피-질량 분석법은 반응물 1이 완전히 소모되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 물 20 mL로 희석시키고 감압 하에서 농축시켜 테트라히드로푸란 및 메탄올을 제거하였다. 수층을 석유 에테르(30 mL Х 2)로 세척한 후, 염산 용액으로 pH 약 5로 산성화시키고, 에틸 아세테이트(30 mL Х 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 식염수 60 mL로 세척하고, 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고 감압 하에서 농축시켰다. 1-삼차-부톡시카보닐-4-(카복시메틸) 피페리딘-4-카복실산(2.9 g, 10 mmol, 87% 수율)을 갈색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 286.
1H NMR: (400MHz, CDCl3) δ 3.69 (br s, 2H), 3.36 - 3.23 (m, 2H), 2.72 (s, 2H), 2.19 - 2.12 (m, 2H), 1.56 (br t, J = 9.7 Hz, 1H), 1.48 (s, 10H)
화학식: C13H21NO6, 분자량: 287.31
3 단계: 삼차-부틸 2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,3-디옥소-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-8-카복실레이트의 제조
Figure pct00481
1-삼차-부톡시카보닐-4-(카복시메틸)피페리딘-4-카복실산(1.9 g, 6.61 mmol, 1 당량) 및 무수 아세트산(21.80 g, 213.54 mmol, 20 mL, 32.29 당량)의 혼합물을 탈기하고 질소로 3회 퍼징한 후, 혼합물을 질소 분위기 하 120℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켜 무수 아세트산을 제거하였다. 잔류물을 피리딘(20 mL)으로 희석하고 3-아미노피페리딘-2,6-디온(1.31 g, 7.94 mmol, 1.2 당량, 염화수소)을 첨가하였다. 혼합물을 질소 분위기 하 140
Figure pct00482
에서 12시간 동안 교반하였다. 고성능 액상 크로마토그래피-질량 분석법은 반응물 1이 완전히 소모되었음을 나타내었고, 목적하는 질량의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켰다. 잔류물을 물(10 mL Х 3)으로 세척하여 생성물을 수득하였다. 삼차-부틸 2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-1,3-디옥소-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-8-카복실레이트(1.2 g, 3.2 mmol, 47% 수율)를 회색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 402 [M+23] +
1 H NMR: (400MHz, CDCl3) δ 7.91 (s, 1H), 4.74 ( dd, J = 5.3, 12.3 Hz, 1H), 3.94 s, 2H), 2.97 (t, J = 11.7 Hz, 2H), 2.80 (d, J = 15.4 Hz, 1H), 2.75 - 2.55 (m, 4H), 2.00 - 1.88 (m, 3H), 1.50 (s, 2H), 1.40 (s, 9H)
화학식: C18H25N3O6, 분자량: 379.41
4 단계: 2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-1,3-디온의 제조
Figure pct00483
디옥산(15 mL) 중 삼차-부틸 2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-1,3-디옥소-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-8-카복실레이트(1.2 g, 3.16 mmol, 1 당량) 용액에 염산 용액(디옥산 중 4 M, 20 mL, 25.3 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 3시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켰다. 2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-1,3-디온(1.2 g, 염화수소)을 회색 고체로서 수득하였다.
1H NMR: (400MHz, DMSO-d 6) δ 11.08 (s, 1H), 8.93 (s, 1H), 8.64 (s, 1H), 4.95 (dd, J = 5.4, 12.8 Hz, 1H), 3.29 (s, 2H), 3.07 - 2.93 (m, 2H), 2.92 - 2.87 (m, 2H), 2.86 - 2.78 (m, 1H), 2.58 (s, 1H), 2.47 - 2.36 (m, 1H), 2.09 - 1.87 (m, 3H), 1.80 (d, J = 14.1 Hz, 2H)
화학식: C13H17N3O4, 분자량: 279.29
5 단계: 2-[2-[2-[2-[2-[삼차-부틸(디페닐)실릴]옥시에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에탄올의 제조
Figure pct00484
디클로로메탄(20 mL) 중 2-[2-[2-[2-(2-히드록시에톡시)에톡시]에톡시]에톡시]에탄올(2 g, 8.40 mmol, 1 당량) 용액에 이미다졸(1.92 g, 12.6 mmol, 1.9 mL, 1.5 당량) 및 삼차-부틸-클로로-디페닐-실란(2.42 g, 8.8 mmol, 2.3 mL, 1.05 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 3시간 동안 교반하였다. 박층 크로마토그래피(에틸 아세테이트)는 반응물 1의 10%가 남아 있음을 나타내었고, 낮은 극성의 하나의 새로운 주 스폿(Rf = 0.32)를 검출하였음을 나타내었다. 고성능 액상 크로마토그래피-질량 분석법은 목적하는 MS를 검출하였음을 나타내었다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켰다. 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1:1 내지 0:1)로 정제하였다. 2-[2-[2-[2-[2-[삼차-부틸(디페닐)실릴]옥시에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에탄올(1.77 g, 3.7 mmol, 44% 수율)을 무색 오일로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 494 [M+18] +
HNMR: (400MHz, CDCl3) δ 7.75 - 7.66 (m, 4H), 7.48 - 7.36 (m, 6H), 3.83 (t, J = 5.4 Hz, 2H), 3.77 - 3.58 (m, 18H), 2.51 (s, 1H), 1.07 (s, 9H)
화학식: C26H40O6Si, 분자량: 476.68
6 단계: 2-[2-[2-[2-[2-[[5-(5-메틸피리도[4,3-b]인돌-7-일)-2-피리딜]옥시]에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에탄올의 제조
Figure pct00485
N,N-디메틸포름아미드(5 mL) 중 2-[2-[2-[2-[2-[삼차-부틸 (디페닐) 실릴]옥시에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에탄올(258 mg, 0.54 mmol, 1.5 당량) 용액에 수소화 나트륨(29 mg, 0.72 mmol, 미네랄 오일 중 60% 순도, 2 당량)을 0℃에서 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 1시간 동안 교반하였다. 이어서, 7-(6-플루오로-3-피리딜)-5-메틸-피리도[4,3-b]인돌(0.1 g, 361 umol, 1 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. 고성능 액상 크로마토그래피-질량 분석법은 반응물 1이 완전히 소모되었음을 나타내었고, 목적하는 MS의 하나의 주 피크가 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 물(15 mL)의 첨가로 0℃로 급냉시킨 후, 에틸 아세테이트 45 mL(15 mL x 3)로 추출하였다. 합쳐진 유기층을 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에서 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(디클로로메탄:메탄올 = 20:1, Rf = 0.21)로 정제하였다. 2-[2-[2-[2-[2-[[5-(5-메틸피리도[4,3-b]인돌-7-일)-2-피리딜]옥시]에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에탄올(0.09 g, 0.14 mmol, 39% 수율, 78% 순도)을 갈색 오일로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 496.0 [M+1] +
HNMR: (400MHz, CDCl3) δ 9.27 (s, 1H), 8.51 (s, 1H), 8.41 (d, J = 2.2 Hz, 1H), 8.15 (d, J = 8.2 Hz, 1H), 7.88 - 7.82 (m, 1H), 7.53 (s, 1H), 7.48 (dd, J = 1.3, 8.1 Hz, 1H), 7.38 - 7.33 (m, 1H), 6.87 (d, J = 8.7 Hz, 1H), 4.51 - 4.47 (m, 2H), 3.89 (s, 3H), 3.85 - 3.82 (m, 2H), 3.70 - 3.63 (m, 12H)
화학식: C27H33N3O6, 분자량: 495.57
7 단계: 2-[2-[2-[2-[2-[[5-(5-메틸피리도[4,3-b]인돌-7-일)-2-피리딜]옥시]에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에틸 4-메틸벤젠술포네이트의 제조
Figure pct00486
디클로로메탄(5 mL) 중 2-[2-[2-[2-[2-[[5-(5-메틸피리도[4,3-b]인돌-7-일)-2-피리딜]옥시]에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에탄올(90 mg, 0.18 mmol, 1 당량) 용액에 트리에틸아민(37 mg, 0.36 mmol, 2 당량)을 첨가한 후, p-톨루엔술포닐 염화물(139 mg, 0.73 mmol, 4 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응물 1이 완전히 소모되었음을 나타내었고 목적하는 질량의 하나의 주요 피크가 검출되었다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켰다. 잔류물을 프렙-박층 크로마토그래피(디클로로메탄:메탄올 = 10:1, Rf = 0.27)로 정제하였다. 2-[2-[2-[2-[2-[[5-(5-메틸피리도[4,3-b]인돌-7-일)-2-피리딜]옥시]에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에틸 4-메틸벤젠술포네이트(0.05 g, 0.07 mmol, 36% 수율, 86% 순도)을 황색 오일로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 650[M+1] +
화학식: C34H39N3O8S, 분자량: 649.75
8 단계: 2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-8-(14-((5-(5-메틸-5H-피리도[4,3-b]인돌-7-일)피리딘-2-일)옥시)-3,6,9,12-테트라옥사테트라데실)-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-1,3-디온의 제조
Figure pct00487
아세토니트릴(5 mL) 중 2-[2-[2-[2-[2-[[5-(5-메틸피리도[4,3-b]인돌-7-일)-2-피리딜]옥시]에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에틸 4-메틸벤젠술포네이트(50 mg, 0.07 mmol, 1 당량), 2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-1,3-디온(32 mg, 0.10 mmol, 1.33 당량, 염화수소), 요오드화 칼륨(19 mg, 0.12 mmol, 1.5 당량), N,N-디이소프로필에틸아민(30 mg, 0.23 mmol, 3 당량)의 혼합물을 탈기하고 질소로 3회 퍼징한 후, 혼합물을 질소 분위기 하 100℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 반응물 1이 완전히 소모되었음을 나타내었고 목적하는 MS의 하나의 주요 피크가 검출되었다. 반응 혼합물을 감압 하에 농축시켰다. 잔류물을 세미-프렙 역상 HPLC(컬럼: Phenomenex Synergi C18 150*25*10um; 이동상: [물(0.05%HCl)-ACN]; B%: 0% 내지 30%, 10분)로 정제하였다. 잔류물의 순도는 90%이었다. 잔류물을 세미-프렙 역상 HPLC(컬럼: Phenomenex Synergi C18 150*30*4um; 이동상: [물(0.225%FA)-ACN]; B%: 0% 내지 26%, 10.5분; 유속(ml/분): 25)로 정제하였다. 2-(2,6-디옥소-3-피페리딜)-8-[2-[2-[2-[2-[2-[[5-(5-메틸피리도[4,3-b]인돌-7-일)-2-피리딜]옥시]에톡시]에톡시]에톡시]에톡시]에틸]-2,8-디아자스피로[4.5]데칸-1,3-디온(12.9 mg, 0.01 mmol, 20% 수율, 99% 순도, 비스 포름산염)을 황색 고체로서 수득하였다.
LCMS: MS (ESI) m/z: 757.3 [M+1]+
HNMR: (400MHz, DMSO-d 6) δ: 11.03 (s, 1H), 9.36 (s, 1H), 8.65 (d, J = 2.4 Hz, 1H), 8.50 (d, J = 6.4 Hz, 1H), 8.33 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 8.23 - 8.19 (m, 3H), 7.99 (s, 1H), 7.63 - 7.62 (m, 2H), 6.98 (d, J = 8.8 Hz, 1H), 4.90 (dd, J = 5.2, 13.2 Hz, 1H), 4.45 (t, J = 4.8 Hz, 2H), 3.96 (s, 3H), 3.79 (t, J = 4.8 Hz, 2H), 3.61 - 3.54 (m, 6H), 3.51 - 3.47 (m, 7H), 2.84 - 2.76 (m, 3H), 2.67 - 2.66 (m, 2H), 2.54 - 2.53 (m, 1H), 2.47 - 2.33 (m, 4H), 2.03 (t, J = 10.4 Hz, 2H), 1.87 - 1.75 (m, 3H), 1.52 - 1.49 (m, 2H).
화학식: C40H48N6O9, 분자량: 756.84.
단백질 레벨 대조군
본 명세서는 또한 세포에서 단백질 수준을 제어하는 방법을 제공한다. 이는, 바람직하게는 특정 치료 효과를 위해, 생체 내에서의 표적 단백질의 분해를 위해 특정 표적 단백질과 상호작용하여 생물학적 시스템에서의 단백질 양의 제어를 초래할 수 있는 것으로 알려져 있는, 본원에 기술된 화합물을 사용하는 것에 기초한다.
다음의 실시예는 본 발명을 설명하는 데 도움이 되지만, 어떠한 방식으로도 본 발명을 제한하는 것으로 이해되어서는 안된다.
본 발명의 예시적인 구현예
본 발명은 다음의 구체적인 구현예를 포함한다. 다음의 구현예는, 특정된 바와 같은 구현예에서 기술되는 모든 특징을 포함할 수 있다. 적용 가능한 경우, 다음의 구현예는 또한 임의의 진행 중인 구현예에 기술된 특징을 포괄적으로 또는 대안적으로 포함할 수 있다.
일 양태는 하기 화학 구조식을 갖는 이작용성 화합물을 개시한다: CLM-L-PTM, 또는 그의 약학제적으로 허용 가능한 염, 거울상 이성질체, 입체 이성질체, 용매화물, 다형체 또는 전구약물, PTM은 단백질 표적화 잔기를 포함하는 소분자이고; L은 결합 또는 CLM 및 PTM에 공유 결합하는 화학적 연결 잔기이고; CLM은 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제에 결합하거나 표적화하는 소분자 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기이며 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 화학적 구조를 가진다:
Figure pct00488
Figure pct00489
Figure pct00490
Figure pct00491
여기에서,
W는 CH2, CHR, C=O, SO2, NH, 및 N-알킬로부터 독립적으로 선택되고;
Q1, Q2, Q3, Q4, Q5는 각각 독립적으로 R', N 또는 N-산화물로부터 독립적으로 선택된 기로 치환된 탄소 C 또는 N를 나타내고;
R1 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, C=O로부터 선택되고;
R2는 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, CHF2, CF3, CHO, C(=O)NH2로부터 선택되고;
R3는 부재하거나, H, 알킬(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알콕실)로부터 선택되고;
R4는 H, 알킬, 치환된 알킬로부터 선택되고;
R5 및 R6는 각각 독립적으로 H, 할로겐, C(=O)R', CN, OH, CF3이고;
X는 C, CH, C=O, 또는 N이고;
X1은 C=O, N, CH 또는 CH2이고;
R'은 H, 할로겐, 아민, 알킬(예를 들어, C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C3 알콕실), NR2R3, C(=O)OR2, 선택적으로 치환된 페닐로부터 선택되고;
n은 0 내지 4이고;
Figure pct00492
은 단일 또는 이중 결합이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, CLM은 W, X, R1, R2, R3, R4, R', Q1, Q2, Q3, Q4, 및 Q5를 통해 PTM, 화학적 연결기(L), 또는 이들의 조합에 연결된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 Brd4, Tau 단백질, 에스트로겐 수용체(ER) 또는 안드로겐 수용체(AR)에 결합하는 모이어티이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 화합물은 링커 기를 통해 결합된 제2 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 모이어티를 더 포함한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 제2 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기는 폰 히펠 린도우(VLM), 세레블론(CLM), 마우스 이중-분 상동체2(MLM) 및 세포사멸 단백질 억제제(ILM)로 이루어진 군으로부터 선택되는 E3 유비퀴틴 리가아제에 결합하거나 이를 표적화한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, CLM은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 화학 구조식으로 대표된다:
Figure pct00493
Figure pct00494
Figure pct00495
여기에서,
W는 CH2, CHR, C=O, SO2, NH, 및 N-알킬의 군으로부터 독립적으로 선택되고;
R1은 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬의 군으로부터 선택되고;
R2는 H 또는 C1-C3 알킬이고;
R3는 H, 알킬, 치환된 알킬, 알콕시, 치환된 알콕시로부터 선택되고;
R4은 메틸 또는 에틸이고;
R5는 H 또는 할로이고;
R6는 H 또는 할로이고;
R은 H 또는 할로겐이고;
R'는 H이거나 PTM, PTM', 화학적 연결기(L), ULM, CLM, CLM'에 대한 부착 지점이고,
Q1 및 Q2는 각각 독립적으로 H 또는 C1-C3 알킬로부터 독립적으로 선택되는 기로 치환된 C 또는 N이고;
Figure pct00496
는 단일 또는 이중 결합이고;
Rn은 작용기 또는 작용원자를 포함한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, CLM은 다음으로부터 선택되는 화학 구조식으로 대표된다:
Figure pct00497
Figure pct00498
여기에서 R'는 할로겐이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, CLM은 다음으로부터 선택되는 화학 구조식으로 대표된다:
Figure pct00499
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)는 다음의 화학식으로 대표되는 화학적 구조 단위를 포함한다:
-(AL)q-
여기에서,
(AL)q는 CLM 또는 PTM 잔기에 연결된 기이고;
q는 1 이상의 정수이고;
각각의 AL은, 결합, CRL1RL2, O, S, SO, SO2, NRL3, SO2NRL3, SONRL3, CONRL3, NRL3CONRL4, NRL3SO2NRL4, CO, CRL1=CRL2, C≡C, SiRL1RL2, P(O)RL1, P(O)ORL1, NRL3C(=NCN)NRL4, NRL3C(=NCN), NRL3C(=CNO2)NRL4, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 C3-11시클로알킬, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 C3-11헤테로시클릴, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 아릴, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고(여기에서, RL1 또는 RL2는 각각 독립적으로 다른 기에 선택적으로 연결되어 시클로알킬 및/또는 헤테로시클릴 잔기를 형성하고, 0 내지 4개의 RL5기로 선택적으로 치환됨);
RL1, RL2, RL3, RL4 및 RL5은 각각 독립적으로, H, 할로, C1-8알킬, OC1-8알킬, SC1-8알킬, NHC1-8알킬, N(C1-8알킬)2, C3-11시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, C3-11헤테로시클릴, OC1-8시클로알킬, SC1-8시클로알킬, NHC1-8시클로알킬, N(C1-8시클로알킬)2, N(C1-8시클로알킬)(C1-8알킬), OH, NH2, SH, SO2C1-8알킬, P(O)(OC1-8알킬)(C1-8알킬), P(O)(OC1-8알킬)2, CC-C1-8알킬, CCH, CH=CH(C1-8알킬), C(C1-8알킬)=CH(C1-8알킬), C(C1-8알킬)=C(C1-8알킬)2, Si(OH)3, Si(C1-8알킬)3, Si(OH)(C1-8알킬)2, COC1-8알킬, CO2H, 할로겐, CN, CF3, CHF2, CH2F, NO2, SF5, SO2NHC1-8알킬, SO2N(C1-8알킬)2, SONHC1-8알킬, SON(C1-8알킬)2, CONHC1-8알킬, CON(C1-8알킬)2, N(C1-8알킬)CONH(C1-8알킬), N(C1-8알킬)CON(C1-8알킬)2, NHCONH(C1-8알킬), NHCON(C1-8알킬)2, NHCONH2, N(C1-8알킬)SO2NH(C1-8알킬), N(C1-8알킬) SO2N(C1-8알킬)2, NH SO2NH(C1-8알킬), NH SO2N(C1-8알킬)2, NH SO2NH2임.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, L은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
-N(R)-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-,
-O-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-,
-O-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
-N(R)-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-;
Figure pct00500
Figure pct00501
Figure pct00502
Figure pct00503
여기에서,
연결기의 m, n, o, p, q, 및 r은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20이고;
위의 수가 0일 경우, N-O 또는 O-O 결합은 없고;
연결기의 R은 H, 메틸 및 에틸이고;
연결기의 X는 H 및 F이며;
Figure pct00504
연결기의 m은 2, 3, 4, 5일 수 있고,
Figure pct00505
Figure pct00506
Figure pct00507
Figure pct00508
Figure pct00509
Figure pct00510
Figure pct00511
Figure pct00512
Figure pct00513
여기에서, 연결기의 n 및 m은 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20일 수 있다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, L은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00514
Figure pct00515
Figure pct00516
Figure pct00517
여기에서 각각의 m 및 n은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20으로부터 선택된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00518
Figure pct00519
Figure pct00520
Figure pct00521
Figure pct00522
Figure pct00523
Figure pct00524
Figure pct00525
Figure pct00526
Figure pct00527
Figure pct00528
Figure pct00529
Figure pct00530
Figure pct00531
Figure pct00532
Figure pct00533
Figure pct00534
Figure pct00535
Figure pct00536
Figure pct00537
Figure pct00538
Figure pct00539
Figure pct00540
Figure pct00541
Figure pct00542
Figure pct00543
Figure pct00544
Figure pct00545
Figure pct00546
Figure pct00547
Figure pct00548
여기에서, 각각의 m, n, o, p, q, 및 r은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00549
Figure pct00550
Figure pct00551
Figure pct00552
Figure pct00553
Figure pct00554
Figure pct00555
Figure pct00556
Figure pct00557
Figure pct00558
Figure pct00559
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)은 다음의 군으로부터 선택된다:
Figure pct00560
Figure pct00561
Figure pct00562
Figure pct00563
,
여기에서,
위 구조의 "X"는 2 내지 14개 범위의 원자를 갖는 선형 사슬일 수 있고, 언급된 사슬은 산소와 같은 헤테로원자를 함유할 수 있고;
위 구조의 "Y"는 O, N, S(O)n(n=0, 1, 2)일 수 있다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)은 다음으로부터 선택되는 구조를 포함한다:
Figure pct00564
여기에서,
WL1 및 WL2각각 독립적으로, 0 내지 4개의 헤테로원자를 갖고 RQ로 선택적으로 치환된 4 내지 8-원 고리로서, 각각의 RQ는 독립적으로 H, 할로, OH, CN, CF3, (선형, 분지형, 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬, 카복실, (선형, 분지형, 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시이거나, 2개의 RQ기는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해져 0 내지 4개의 헤테로원자를 함유하는 4 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
YL1은 각각 독립적으로, 결합, (선형, 분지형 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이고, 선택적으로 하나 이상의 C 원자는 O, 또는 (선형, 분지형 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시로 치환되며;
n은 0 내지 10이고;
점선은 PTM 또는 CLM 잔기에 대한 부착 지점을 나타냄.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)은 다음으로부터 선택되는 구조를 포함한다:
Figure pct00565
Figure pct00566
여기에서,
WL1 및 WL2는 각각 독립적으로 아릴, 헤테로아릴, 시클릭, 헤테로시클릭, C1-6 알킬, 비시클릭, 비아릴, 비헤테로아릴, 또는 비헤테로시클릭으로서, 각각 RQ로 선택적으로 치환되어 0 내지 4개의 헤테로원자를 함유하는 4- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하되, 각각의 RQ는 독립적으로 H, 할로, OH, CN, CF3, 히드록실, 니트로, C≡CH, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시, (하나 이상의 -F로 선택적으로 치환된) OC1-3알킬, OH, NH2, NRY1RY2, CN, 또는 이들이 부착된 원자와 함께 취해진 2개의 RQ기고;
YL1은 각각 독립적으로 결합부, NRYL1, O, S, NRYL2, CRYL1RYL2, C=O, C=S, SO, SO2, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이고, 선택적으로 하나 이상의 C 원자는 O; 또는 (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시로 치환되고;
QL은 0 내지 4개의 헤테로원자를 가진 3- 내지 6-원 지환족 또는 방향족 고리로서, 0 내지 6개의 RQ와 선택적으로 연결되거나 선택적으로 치환되어 0 내지 2 개의 헤테로원자를 포함하는 3- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하되, 각각의 RQ는 독립적으로 H, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 또는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해진 2개의 RQ기이고;
RYL1, RYL2는 각각 독립적으로 H, OH, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 또는 이들이 부착된 원자와 함께 취해진 R1, R2로서, 0 내지 2개의 헤테로원자를 포함하는 3- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
n은 0 내지 10이고;
점선은 PTM 또는 CLM 잔기에 대한 부착 지점을 나타낸다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 연결기(L)은 1 내지 10개의 에틸렌 글리콜 단위를 포함하는 아릴 또는 페닐로 선택적으로 치환된 폴리에틸렌기이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 화합물은 다수의 ULM, 다수의 CLM, 다수의 PTM, 다수의 연결기 또는 이들의 조합을 포함한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 (A), (B), (C), (D), (E), 또는 이들의 조합 중 적어도 하나를 포함하는 화학적 구조를 갖는다:
(A) PTM-I 또는 PTM-II를 포함하는 에스트로겐 수용체 결합 잔기(EBM):
Figure pct00567
여기에서,
XPTM은 O 또는 C=O이고;
각각의 XPTM1 및 XPTM2는 N 또는 CH로부터 독립적으로 선택되고;
RPTM1은 OH, O(CO)RPTM, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되되, RPTM은 에스테르 내의 알킬 또는 아릴기이고;
RPTM2 및 RPTM4는 H, OH, 할로겐, CN, CF3, SO2-알킬, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되고;
RPTM3 및 RPTM5는 H, 할로겐으로부터 독립적으로 선택되고;
각각의 고리 상의 RPTM2 및 적어도 하나의 RPTM3; 및
Figure pct00568
은 연결기, CLM, CLM', 또는 이들의 조합 중 적어도 하나의 부착 지점을 표시함;
(B) 다음의 화학 구조식으로 대표되는 에스트로겐 수용체 단백질 표적화 잔기:
Figure pct00569
Figure pct00570
여기에서,
각각의 XPTM은 독립적으로 CH, N이고;
Figure pct00571
은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', 또는 이들의 조합의 부착 지점을 나타내고;
각각의 RPTM1은 독립적으로 OH, 할로겐, 알콕시, 메톡시, 에톡시, O(CO)RPTM(여기에서 치환은 모노-, 디- 또는 트리-치환일 수 있음)이고, 상기 RPTM은 1 내지 6개의 탄소 또는 아릴기를 갖는 알킬 또는 시클로알킬기이고;
각각의 RPTM2는 독립적으로 H, 할로겐, CN, CF3, 선형 또는 분지형 알킬, 알콕시(예를 들어, 메톡시 또는 에톡시)(여기에서, 치환은 모노- 또는 디-치환일 수 있음)이고;
각각의 RPTM3는 독립적으로 H, 할로겐(여기에서, 치환은 모노- 또는 디-치환일 수 있음)이고;
RPTM4는 H, 알킬, 메틸, 에틸임;
(C) 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 구조를 포함하는 안드로겐 수용체(AR) 결합 잔기(ABM):
Figure pct00572
여기에서,
W1은 각각 독립적으로 하나 이상의 H, 할로, 히드록실, 니트로, CN, C≡CH, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕시로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로로 선택적으로 치환된) C1-6 알콕시, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, 또는 CF3로 치환된 아릴, 헤테로아릴, 비시클릭, 또는 비헤테로시클릭이고;
Y1, Y2는 각각 독립적으로 NRY1, O, S, SO2, 헤테로아릴, 또는 아릴이고;
Y3, Y4, Y5는 각각 독립적으로 결합, O, NRY2, CRY1RY2, C=O, C=S, SO, SO2, 헤테로아릴 또는 아릴이고;
Q는 0 내지 6개의 RQ로 선택적으로 치환된 0 내지 4개의 헤테로원자를 가진 3- 내지 6-원 고리, 비헤테로시클릭, 또는 비시클릭으로서, 각각의 RQ는 독립적으로 H, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 할로겐, C1-6 알콕시이거나, 2개의 RQ기는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해져 0 내지 2개의 헤테로원자를 함유하는 3 내지 8원 고리 시스템을 형성하고;
R1, R2, Ra, Rb, RY1, RY2는 각각 독립적으로 H, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 할로겐, C1-6 알콕시, 시클릭, 헤테로시클릭이거나, R1, R2는 이들이 부착되는 원자와 함께 0 내지 2개의 헤테로원자를 포함하는 3 내지 8원 고리 시스템을 형성하고;
W2는 결합, C1-6 알킬, C1-6 헤테로알킬, O, 아릴, 헤테로아릴, 알리시클릭, 헤테로시클릭, 비헤테로시클릭, 비아릴 또는 비헤테로아릴이고(각각 1 내지 10개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 F로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, -ORW2A, C3-6 시클로알킬, C4-6 시클로헤테로알킬, C1-6 알킬(선택적으로 치환됨), 헤테로시클릭(선택적으로 치환됨), 아릴(선택적으로 치환됨), 또는 헤테로아릴(선택적으로 치환됨), 비시클릭 헤테로아릴 또는 아릴, OC1-3알킬(선택적으로 치환됨; 예를 들어, 하나 이상의 -F로 선택적으로 치환됨), OH, NH2, NRY1RY2, CN이고;
RW2A는 H, C1-6 알킬(선형, 분지형) 또는 C1-6 헤테로알킬(선형, 분지형)이고(각각 시클로알킬, 시클로헤테로알킬, 아릴, 헤테로시클릭, 헤테로아릴, 할로 또는 OC1-3알킬로 선택적으로 치환됨);
점선은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', 또는 이들의 조합의 부착 지점을 나타냄;
(D) 화학식 I 내지 화학식 XI 중 적어도 하나로 대표되는 타우 단백질 표적화 잔기:
Figure pct00573
,
여기에서, A, B, C, D, E, 및 F는, 고리 사이의 접촉이 고리 융합을 나타내는, 선택적으로 치환된 5- 또는 6-원 아릴 또는 헤테로아릴 고리, 선택적으로 치환된 4- 내지 7-원 시클로알킬 또는 헤테로시클로알킬로부터 독립적으로 선택되고;
LPTM은, 하나 이상의 고리(즉, 시클로알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴 또는 헤테로아릴) 또는 -O-, -S-, -NR1 PTM-, -N=N-, -S(O)-, -SO2-, -C(O)-, -NHC(O)-, -C(O)NH-, -NHSO2-, -NHC(O)NH-, -NHC(O)O-, 또는 -OC(O)NH- 기로부터 선택되는 하나 이상의 작용기에 의해 선택적으로 차단된, 결합부, 알킬, 알케닐 또는 알키닐로부터 선택되되, 상기 작용기는 상기 연결기의 양 말단 중 하나에 선택적으로 위치될 수 있고;
R1 PTM는 H 또는 알킬로부터 선택됨;
(E) 화학 구조식 PTM-a에 따른 기를 포함하는 트리시클릭 디아제핀 또는 아제핀 BET/BRD4 결합 리간드:
Figure pct00574
여기에서,
Y1, Y2 및 Y3는 탄소, 질소 또는 산소의 군으로부터 독립적으로 선택되고 그 원자와 함께 방향족 융합 고리를 형성하고;
A 및 B는 독립적으로 알킬, 알콕시, 할로겐, 방향족 및 헤테로방향족 고리로 각각 선택적으로 치환된 5-원 방향족 고리, 6-원 방향족 고리, 헤테로방향족 고리, 카보시클릭, 티오펜, 피롤 고리, 피리딘, 피리미딘, 피라진, 피라졸 고리이되, 고리 A는 중앙 아제핀(Y1 = C) 또는 디아제핀(Y1 = N) 잔기에 융합되고;
Z1은 메틸 또는 안날킬기의 군으로부터 선택되고,
점선은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', 또는 이들의 조합의 부착 지점을 나타냄.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 타우 단백질 표적화 잔기의 적어도 하나는:
A, B, C, F, 또는 이들의 조합 중 적어도 하나는 선택적으로 치환된 5- 또는 6-원 아릴 또는 헤테로아릴 고리로부터 선택되거나;
PTM의 A, B, C, D 및 E의 아릴 및 헤테로아릴 고리는 알킬, 알케닐, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 플루오로알콕시, 아미노, 알킬아미노, 디알킬아미노, 아실아미노, 트리플루오로메틸 및 시아노로부터 각각 독립적으로 선택되는 1개 내지 8개의 치환기로 선택적으로 치환되거나(상기 알킬 및 알케닐기는 추가적으로 선택적으로 치환됨);
이들의 조합이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 화학식 I이고:
A, B 및 C 고리는 독립적으로 5- 또는 6-원 융합 아릴 또는 헤테로아릴 고리이고;
LPTM은 결합부 또는 알킬로부터 선택되며;
D는 6-원 아릴, 헤테로아릴 또는 헤테로시클로알킬로부터 선택되며,
여기에서, A, B, C 및 D는 알킬, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 아미노, 알킬아미노, 디알킬아미노, 트리플루오로아미노 또는 시아노로 선택적으로 치환된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 화학식 I이고:
A 및 C는 페닐 또는 6-원 헤테로아릴 고리이고;
B는 5-원 헤테로아릴 고리이고;
LPTM은 결합이고;
D는 6-원 헤테로아릴 또는 6-원 헤테로시클로알킬 고리이며,
여기에서, A, B, C 및 D는 선택적으로 알킬, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 아미노, 디알킬아미노, 트리플루오로메틸 또는 시아노로 독립적으로 치환되고, A, B, C 및 D 고리 중 임의의 것 중의 하나의 질소 원자는 헤테로원자 또는 다른 헤테로원자가 직접적으로 부착되는 탄소 원자에 직접적으로 연결되지 않는다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 화학식 III 또는 화학식 IV이고:
A, B 및 C는 5- 또는 6-원 융합 아릴 또는 헤테로아릴 고리이고;
LPTM은 결합 또는 알킬로부터 선택되고;
D 및 E는 5- 또는 6-원 융합 아릴 또는 헤테로아릴 고리이며;
여기에서, A, B, C, D 및 E는 알킬, 할로알킬, 할로겐, 히드록실, 알콕시, 아미노, 알킬아미노, 디알킬아미노, 트리플루오로메틸 또는 시아노로 선택적으로 치환된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, PTM은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 구조을 갖는다:
Figure pct00575
Figure pct00576
Figure pct00577
Figure pct00578
,
여기에서 R 또는 연결기는 그의 약제학적으로 허용 가능한 염 형태를 포함하는, PTM에 대해 CLM을 결합시키는 결합 또는 화학적 연결기 잔기임.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 화합물은 PROTAC-1 내지 PROTAC-112로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 화합물은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
4-{3-[4-({1-[5-클로로-1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일]-1,4,7,10-테트라옥사도데칸-12-일}옥시)페닐]-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일}-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
4-{3-[4-(2-{2-[4-(2-{[1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일]옥시}에틸)피페라진-1-일]에톡시}에톡시)페닐]-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일}-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
4-[3-(4-{2-[4-(2-{[5-클로로-1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일]옥시}에틸)피페라진-1-일]에톡시}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
6-{4-[5-({6-[(2,6-디옥소피페리딘-3-일)카바모일]피리딘-3-일}옥시)펜틸]피페라진-1-일}-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
6-[4-(5-{[3-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-메틸-4-옥소-1,2,3,4-테트라히드로퀴나졸린-8-일]옥시}펜틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
6-[4-(6-{[1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일]옥시}헥실)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
6-[4-(5-{[3-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-2-메틸-4-옥소-3,4-디히드로퀴나졸린-8-일]옥시}펜틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
5-(5-{4-[2-(4-{3-[4-시아노-3-(트리플루오로메틸)페닐]-5,5-디메틸-4-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일}페녹시)에틸]피페라진-1-일}-1,3-디옥소-2,3-디히드로-1H-이소인돌-2-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리딘-2-카보니트릴;
4-[3-(4-{2-[4-({1-[5-(2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-1-일)피리딘-3-일]피페리딘-4-일}메틸)피페라진-1-일]에톡시}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
4-[3-(4-{[3-(3-{[3-(2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-1-일)퀴놀린-5-일]옥시}프로폭시)프로필]아미노}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
4-[3-(4-{[3-(3-{[3-(2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-1-일)퀴놀린-5-일]옥시}프로폭시)프로필]아미노}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
4-[4-(2-{2-[(2-{[2-(2,4-디옥소-1,3-디아지난-1-일)에틸]카바모일}페닐)아미노]에톡시}에틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
5-(4-{2-[(1,3-디옥소-2-{6-옥소-2-옥사-5-아지스피로[3.5]노난-9-일}-2,3-디히드로-1H-이소인돌-4-일)아미노]에틸}피페라진-1-일)-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-2-카복사미드;
4-(4,4-디메틸-3-{4-[4-(3-{[2-(1-메틸-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-5-일)-1,3-디옥소-2,3-디히드로-1H-이소인돌-5-일]옥시}프로필)피페라진-1-일]페닐}-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일)-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
5-[4-(2-{[2-(5,5-디메틸-2,4-디옥소이미다졸리딘-1-일)-3-옥소-옥타히드로인돌리진-6-일]아미노}에틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-2-카복사미드;
4-[3-(4-{[3-(3-{[4-(2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-1-일)이소퀴놀린-7-일]옥시}프로폭시)프로필]아미노}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
4-[3-(4-{1-[3-(2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-1-일)-4-메틸퀴놀린-7-일]-1,4,7-트리옥사-10-아자데칸-10-일}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
4-[2-(2-{[3-(2,4-디옥소-1,3-디아지난-1-일)-4-메틸퀴놀린-7-일]옥시}에톡시)에톡시]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
5-{3-[4-(1,3-디옥소-2-{6-옥소-2-옥사-5-아자스피로[3.5]노난-9-일}-2,3-디히드로-1H-이소인돌-5-일)피페라진-1-일]프로필}-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-2-카복사미드;
4-{4-[2-(2-{[1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일]아미노}에톡시)에틸]피페라진-1-일}-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
4-[4-({1-[5-(2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라히드로피리미딘-1-일)피리딘-3-일]피페리딘-4-일}메틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
4-(4-{2-[4-(2-{[1-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-6-옥소-1,6-디히드로피리다진-4-일]옥시}에틸)피페라진-1-일]에톡시}부톡시)-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
2-[(2-{2-[4-(4-{3-[4-시아노-3-(트리플루오로메틸)페닐]-5,5-디메틸-4-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일}페닐)피페라진-1-일]에톡시}에틸)아미노]-N-[2-(2,4-디옥소-1,3-디아지난-1-일)에틸]벤즈아미드;
2-{[2-(2-{[4-(4-{3-[4-시아노-3-(트리플루오로메틸)페닐]-5,5-디메틸-4-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일}페닐)페닐]아미노}에톡시)에틸]아미노}-N-[2-(2,4-디옥소-1,3-디아지난-1-일)에틸]벤즈아미드;
4-{4-[2-({1,3-디옥소-2-[2-옥소-6-(트리플루오로메틸)피페리딘-3-일]-2,3-디히드로-1H-이소인돌-4-일}아미노)에틸]피페라진-1-일}-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
4-{4-[2-({1,3-디옥소-2-[2-옥소-6-(트리플루오로메틸)피페리딘-3-일]-2,3-디히드로-1H-이소인돌-5-일}옥시)에틸]피페라진-1-일}-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
4-{4-[2-({1,3-디옥소-2-[2-옥소-6-(트리플루오로메틸)-1,2-디히드로피리딘-3-일]-2,3-디히드로-1H-이소인돌-4-일}아미노)에틸]피페라진-1-일}-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
4-{4-[2-({1,3-디옥소-2-[2-옥소-6-(트리플루오로메틸)-1,2-디히드로피리딘-3-일]-2,3-디히드로-1H-이소인돌-5-일}옥시)에틸]피페라진-1-일}-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]벤즈아미드;
4-[3-(4-{2-[4-(2-{[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1,3-트리옥소-2,3-디히드로-1λ6,2-벤조티아졸-6-일]아미노}에틸)피페라진-1-일]에톡시}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
4-[3-(4-{2-[4-(2-{[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1,3-트리옥소-2,3-디히드로-1λ6,2-벤조티아졸-6-일]오시}에틸)피페라진-1-일]에톡시}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
6-[4-(5-{[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1,3-트리옥소-2,3-디히드로-1λ6,2-벤조티아졸-6-일]옥시}펜틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
6-[4-(5-{[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1,3-트리옥소-2,3-디히드로-1λ6,2-벤조티아졸-6-일]아미노}펜틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
6-[4-(5-{[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1,3-트리옥소-2,3-디히드로-1λ6,2-벤조티아졸-7-일]아미노}펜틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
6-[4-(5-{[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1,3-트리옥소-2,3-디히드로-1λ6,2-벤조티아졸-7-일]옥시}펜틸)피페라진-1-일]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드;
4-[3-(4-{2-[2-(2-{[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1,3-트리옥소-2,3-디히드로-1λ6,2-벤조티아졸-6-일]옥시}에톡시)에톡시]에톡시}페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파닐리덴이미다졸린-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴;
6-[3-(3-{[2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1,1,3-트리옥소-2,3-디히드로-1λ6,2-벤조티아졸-6-일]옥시}프로폭시)프로폭시]-N-[(1r,3r)-3-(3-클로로-4-시아노페녹시)-2,2,4,4-테트라메틸시클로부틸]피리딘-3-카복사미드, 및 약제학적으로 허용 가능한 그의 염 형태.
또 다른 양태는 본 발명의 이작용성 화합물의 유효량, 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 조성물을 제공한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 조성물은 부가적인 생리활성제, 또는 본 발명의 또 다른 이작용성 화합물 중 적어도 하나를 추가로 포함한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 부가적인 생물활성 제제는 항암제, 항신경퇴행제, 항균제, 항바이러스제, 항 HIV제, 또는 항진균제이다.
다른 양태는 대상체 내에서 질환 또는 장애를 치료하기 위한 본 발명의 적어도 하나의 화합물의 유효량 및 약제학적으로 허용 가능한 담체, 부가제, 및/또는 부형제를 포함하는 조성물, 및 조성물을 필요로 하는 대상체에게 이를 투여하는 단계를 포함하는 방법이되, 화합물은 질환 또는 장애의 적어도 하나의 증상을 치료하거나 완화시키는 데 효과적이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 질환 또는 장애는 표적 단백질의 축적 및/또는 응집과 연관된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 질환 또는 장애는 천식, 다발성 경화증과 같은 자가 면역 질환, 각종암, 섬모병증, 구개열, 당뇨병, 심장병, 고혈압, 염증성 장질환, 정신 지체, 감정 조절 장애, 비만, 굴절 이상, 불모, 엔젤만 증후군, 카나반병, 체강 질병, 샤르코-마리-투스병, 낭포성 섬유증, 듀센 근이영양증, 혈색소 침착증, 혈우병, 클라인펠터 증후군, 신경 섬유종증, 페닐케톤뇨증, 다낭성 신장 질환, (PKD1) 또는 4 (PKD2) 프라더 윌리 증후군, 시클-세포병, 테이-삭스병, 터너 증후군으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 질환 또는 장애는 알츠하이머병, 근위축성 측삭 경화증(루게릭병), 신경성 식욕부진, 불안장애, 죽상경화증, 주의결핍 과잉 행동 장애, 자폐증, 양극성 장애, 만성 피로 증후군, 만성 폐쇄성 폐질환, 크론병, 관상동맥 심장질환, 치매, 우울증, 진성 당뇨병 1유형, 진성 당뇨병 2유형, 간질, 길랭-바레 증후군, 과민성 대장 증후군, 낭창, 대사 증후군, 다발성 경화증, 심근경색증, 비만, 강박장애, 공황장애, 파킨슨병, 건선, 류마티스 관절염, 유육종증, 정신분열증, 혈전 혈관염, 투렛 증후군, 혈관염으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 질환 또는 장애는 셀룰로플라스민 결핍, 연골 무발생증 유형 II, 연골 연쇄증, 첨두증, 고셔병 유형 2, 급성 간헐적 포르피린증, 캐나반병, 선종성 용종 대장균, ALA 탈수효소 결핍증, 아데닐로숙시네이트 리아제 결핍증, 부신 생식기 증후군, 부신백질이영양증, ALA-D 포르피린증, ALA 탈수효소 결핍증, 알캅톱뇨증, 알렉산더병, 알캅톱뇨성 간경변증, 알파 1-항트립신 결핍증, 알파-1 단백질 분해 억제증, 기종, 근위축성 측삭 경화증 알스트롬 증후군, 알렉산더병, 법랑징형성 부전증, ALA 탈수효소 결핍증, 앤더슨-패브리병, 안드로겐 무감각 증후군, 빈혈 혈관형성 각막종, 혈관종증 망막 (폰 히펠 린도우병), 아페르트 증후군, 지주상손(마르판 증후군), 스티클러 증후군, 관절염증 다발성 선천성 (엘러-댄 로스 증후군 # 관절통증 유형) 운동 실조증, 레트 증후군, 일차 폐고혈압, 샌드호프병, 신경 섬유종증 유형 II, 베어-스티븐슨 큐티스 기라타 증후군, 지중해성 고열, 가족병, 벤자민 증후군, 베타-탈라세미아, 양측 음향 신경 섬유종증(신경 섬유종증 유형 II), V 형 라이덴 혈전증, 블로흐-슐츠베르거 증후군(요실금 색소증), 블룸 증후군, X-결합 측모세포성 빈혈, 본네브-율리히 증후군(터너 증후군), 본빌병(결절성 경화증), 프리온병, 비르트-호그-두베 증후군, 취성 뼈질환(골형성 불완전증), 넓은 엄지-할럭스 증후군(루빈스타인-타이비 증후군), 청동색 당뇨병/청동색 간경변증(혈색소증), 구근 근위축증(케네디병), 버거-그루츠 증후군(지개 단백질 리파아제 결핍증), CGD 만성 육아종성 장애, 굴지 이형성증, 바이오티니다아제 결핍증, 심근병증(누난 증후군), 묘성 증후군, CAVD(선천적 혈관 부재), 카일러 심근 증후군(CBAVD), CEP(선천성 적혈구성 포르피린증), 낭포성 섬유증, 선천성 갑상선 기능 저하증, 연골 이영양증 증후군(연골 무형성증), 귀척추 거대골단 이형성증, 레쉬-니한 증후군, 갈락토스 혈증, 엘러스-댄로스 증후군, 타나토포릭 이형성증, 관병 증후군, 코카인 증후군(가족성 샘종 폴립증), 선천성 적혈구성 포르피린증, 선천성 심장질환, 메트헤모글로빈 혈증/선천성 메트헤모글로빈 혈증, 연골 연쇄증, X-결합 측모세포성 빈혈, 결합조직 질환, 줄기 이상 안면 증후군, 쿨리 빈혈(베타-탈라세미아), 구리 저장 질병(윌슨병), 구리 수송 질환(멘케스병), 유전성 공동발작증, 카우덴 증후군, 두개안면 기형증(크루존 증후군), 크로이츠펠트-야콥병(프리온 병), 코카인 증후군, 카우덴 증후군, 커슈만-바텐-스타이너 증후군(근긴장성이영양증), 베어-스티븐슨 큐티스 기라타 증후군, 원발성 고산소증, 척추골단골간단이형성증(스트루드빅 유형), 근이영양증, 듀센느 및 베커 유형(DBMD), 어셔 증후군, 드 그루시 증후군 및 데제린-소타스 증후군을 포함하는 퇴행성 신경질환, 발달 장애, 원위 척추근육 위축 유형 V, 안드로겐 무감각 증후군, 확산성 소포체 경화증(크라베병), 디 조지 증후군, 디히드로테스토스테론 수용체 결핍증, 안드로겐 무감각 증후군, 다운 증후군, 왜소증, 적혈구 생성 프로토포르피리아 적혈구 5-아미노레불리네이트 합성효소 결핍증, 적혈구성 포르피린증, 적혈구 형성 프로토포르피린증, 적혈구 감소증, 프리드리히 운동실조증, 가족성 발작성 다발성 경화증, 만발성 피부 포르피린증, 가족성 압력민감성 신경병증, 일차 폐고혈압(PPH), 췌장의 섬유낭성 질환, 취약 X 증후군, 갈락토스 혈증, 유전자 뇌장애, 거대 세포 간염(신생 혈색소증), 그론발트-스트란드버그 증후군(탄력섬유성위황색종), 군터병(선천성 적혈구성 포르피린증, 혈색소 침착증, 할그렌 증후군, 겸상 적혈구 빈혈, 혈우병, 간장 적혈구 포르피린증(HEP), 히펠-린다우병(폰 하펜-린다우병), 헌팅턴 병, 허친슨-길포드 프로게리아 증후군(프로게리아), 과식증, 저산소증, 저색소성 빈혈, X-연결 중증 복합 면역 결핍을 포함하는 면역계 장애, 인슬리-애슬리 증후군, 케네디 증후군, 잭슨-바이스 증후군, 유베르트 증후군, 레쉬-니한 증후군, 잭슨-바이스 증후군, 고수산뇨증을 포함하는 신장 질환, 클라인펠터 증후군, 니스트 이형성증, 라쿠나르 치매, 랑거-살디노 연골 무발생증, 모세혈관 확장성 실조증, 린치 증후군, 라이실-히드록실라제 결핍증, 마카도-조셉병, 니스트 이형성증을 포함하는 대사 장애, 마판 증후군, 운동 장애, 모왓-윌슨 증후군, 낭포성 섬유증, 무엔케 증후군, 다발성 신경 섬유종증, 낸스-인슬리 증후군, 낸스-스위니 연골 이형성증, 니만-픽병, 노악 증후군(파이퍼 증후군), 오슬러-웨버-렌두병, 포이츠-예거 증후군, 다낭성 신장 질환, 다발성 섬유성 이형성증(맥쿠네-알브라이트 증후군), 포이츠-예거 증후군, 프라더-라바르트-윌리 증후군, 혈색소증, 원발성 고요 산혈증 증후군(레쉬-니한 증후군), 일차 폐고혈압, 원발성 노인성 퇴행성 치매, 프리온병, 프로게리아(허친슨 길포드 프로게리아 증후군), 진행성 무도병, 만성 유전성 헌팅턴병(헌팅턴병), 진행성 근육 위축증, 척추 근육 위축증, 프로피온산 혈증, 프로토포르피린증, 근위근 이영양증, 폐동맥 고혈압, PXE (탄력성 섬유성 위황색종), Rb(망막 아세포종), 레클링하우젠병(신경 섬유종증 유형 I), 재발성 다발성 경화증, 망막 장애, 망막 모세포종, 레트 증후군, RFALS 유형 3, 리커 증후군, 라일리-데이 증후군, 루지-레비 증후군, 발달지연 및 아칸토시스 니그리칸(SADDAN)을 동반한 중증 무실조증, 리-프라우메니 증후군, 육종, 유방암, 백혈병, 부신(SBLA) 증후군, 경화증 결핵(결절성 경화증), SDAT, 선천성 SED(선천성 척추 뼈끝 이형성증), 스트루드빅 SED(척추골 단골간단 이형성증, 스트루드빅 유형), SEDc(선천성 척추 뼈끝 이형성증), 스트루드빅 유형 SEMD(척추골 단골간단 이형성증, 스트루드빅 유형), 슈프린젠 증후군, 피부 색소 장애, 스미스-렘리-오피츠 증후군, 남아프리카 유전성 포르피린증(변종 포르피린증), 영아 경련 상승성 경련 마비, 언어 및 의사 소통 장애, 스핑고지질증, 테이-삭스병, 척수 소뇌성 실조증, 스티클러 증후군, 뇌졸증, 안드로겐 무감각 증후군, 테트라히드로비오프테린 결핍증, 베타-탈라세미아, 갑상선 질환, 유독한 신경병증(압력 마비와 관련있는 유전성 신경병증), 트레쳐 콜린스 증후군, 삼중 X 증후군(트리플 X 증후군), 트리소미 21(다운 증후군), 트리소미 X, VHL 증후군(폰 히펠-린도우병), 시력 손상 및 실명(알스트롬 증후군), 프롤릭병, 바덴버그 증후군, 바버그-조-프레델리우스 증후군, 바이젠바허-즈베이뷜러 증후군, 울프-허쉬혼 증후군, 울프 주기 병, 바이젠바허-즈베이뮐러 증후군, 및 색소성 건피증으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 조성물은 부가적인 생물활성 제제를 더 포함한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 부가적인 생물활성 제제는 항암제, 항신경퇴행제, 항균제, 항바이러스제, 항 HIV제, 항진균제, 또는 이들의 조합 중 적어도 하나이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 항암제는 에버롤리무스, 트라벡테딘, 아브락산, TLK 286, AV-299, DN-101, 파조파닙, GSK690693, RTA 744, ON 0910.Na, AZD 6244(ARRY-142886), AMN-107, TKI-258, GSK461364, AZD 1152, 엔자스타우린, 반데타닙, ARQ-197, MK-0457, MLN8054, PHA-739358, R-763, AT-9263, FLT-3 억제제, VEGFR 억제제, EGFR TK 억제제, 오로라 키나아제 억제제, PIK-1 조절제, Bcl-2 억제제, HDAC 억제제, c-MET 억제제, PARP 억제제, Cdk 억제제, EGFR TK 억제제, IGFR-TK 억제제, 항-HGF 항체, PI3 키나아제 억제제, AKT 억제제, mTORC1/2 억제제, JAK/STAT 억제제, 체크포인트-1 또는 2 억제제, 초점 접착 키나아제 억제제, Map 키나아제 키나아제(mek) 억제제, VEGF 트랩 항체, 페메트렉시드, 엘로티닙, 다사타닙, 니로티닙, 데카타닙, 파니투무맙, 암루비신, 오레고보맙, Lep-etu, 노라트렉시드, azd2171, 바타불린, 오파투무맙, 자놀리무맙, 에도테카린, 테트란드린, 루비테칸, 테스밀리펜, 오브리머젠, 티실리무맙, 이필리무맙, 고시폴, Bio 111, 131-I-TM-601, ALT-110, BIO 140, CC 8490, 시렌지티드, 지마테칸, IL13-PE38QQR, INO 1001, IPdR1 KRX-0402, 루칸톤, LY317615, 뉴라디압, 비테스판, Rta 744, Sdx 102, 타람파넬, 아트라센탄, Xr 311, 로미뎁신, ADS-100380, 수니티닙, 5-플루오로우라실, 보리노스타트, 에토포시드, 겜시타빈, 독소루비신, 리포소말 독소루비신, 5'-데옥시-5-플루오로우리딘, 빈크리스틴, 테모졸로마이드, ZK-304709, 셀리시클립; PD0325901, AZD-6244, 카페시타빈, L-글루탐산, N-[4-[2-(2-아미도-4,7-디히드로-4-옥소-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-5-일)에틸]벤조일]-, 디나트륨염, 헵타히드레이트, 캄프토테신, PEG-라벨 이리노테칸, 타목시펜, 토레미텐 시트레이트, 아나스트라졸, 익세메스탄, 레트로졸, DES(디에틸스틸베스트롤), 에스트라디올, 에스트로겐, 결합된 에스트로겐, 베바시주맙, IMC-1C11, CHIR-258); 3-[5-(메틸술포닐피페라딘메틸)-인돌릴-퀴놀론, 바탈라닙, AG-013736, AVE-0005, [D-Ser(Bu t) 6, Azgly 10](파이로-Glu-His-Trp-Ser-Tyr-D-Ser(Bu t)-Leu-Arg-Pro-Azgly-NH2 아세테이트 [C59H84N18Oi4-(C2H4O2)X(x = 1 내지 2.4)]의 아세테이트 염, 고세레린 아세테이트, 류프롤리드 아세테이트, 트립톨레린 파모에이트, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 히드록시프로게스테론 카프로에이트, 메게스트롤 아세테이트, 랄로시펜, 비카루타미드, 플루타미드, 닐루타미드, 메게스트롤 아세테이트, CP-724714; TAK-165, HKI-272, 엘로티닙, 라파타닙, 카네르티닙, ABX-EGF 항체, 에르비툭스, EKB-569, PKI-166, GW-572016, 이오나파르닙, BMS-214662, 티피파르닙; 아미포스틴, NVP-LAQ824, 수베로일 아날리드 히드록사믹산, 발프로익산, 트리코스타틴 A, FK-228, SU11248, 소라페닙, KRN951, 아미노글루테티미드, 아른사크린, 아나글레리드, L-아스파라기나제, 바클리우스 칼멧-게렝(Bacillus Calmette-Guerin, BCG) 백신, 아드리아마이신, 브레오마이신, 부세레린, 부술판, 카보플라틴, 카무스틴, 클로라부실, 시스플라틴, 클라드리빈, 클로드로네이트, 사이플로테론, 사이타라빈, 다카바진, 닥티노마이신, 다우노루비신, 디에틸스틸베스트롤, 에피루비신, 플루다라빈, 플루드로코르티손, 플루옥시메스테론, 플루타미드, 글리벡, 겜시타빈, 히드록시우레아, 이다루비신, 이포스파미드, 이마티닙, 류프로리드, 레바미솔, 로무스틴, 메클로레타민, 멜파란, 6-메르캅토푸린, 메스나, 메토트렉세이트, 미토마이신, 미토탄, 미톡산트론, 닐루타미드, 옥트레오티드, 옥살리플라틴, 파미드로네이트, 펜토스타틴, 플리카마이신, 포르피머, 프로카바진, 랄티트렉시드, 리툭시맙, 스트렙토조신, 테니포시드, 테스토스테론, 탈리도미드, 티오구아닌, 티오테파, 트레티노인, 빈데신, 13-시스-레티노익산, 페닐알라닌 머스타드, 우라실 머스타드, 에스트라머스틴, 알트레타민, 플록스우리딘, 5-데오옥시우리딘, 시토신 아라비노시드, 6-메캅토푸린, 데옥시코포마이신, 칼시트리올, 발루비신, 미스라마이신, 빈블라스틴, 비노렐빈, 토포테칸, 라족신, 마리마스타트, COL-3, 네오바스타트, BMS-275291, 스쿠알라민, 엔도스타틴, SU5416, SU6668, EMD121974, 인터루킨-12, IM862, 안지오스타틴, 비탁신, 드롤옥시펜, 이독시펜, 스피로노락톤, 피나스테리드, 시미티딘, 트라스투주맙, 데니루킨 디프티톡스, 게페티닙, 보르테지밉, 파크리탁셀, 크레모포르-프리 파크리탁셀, 도세탁셀, 에피티론 B, BMS- 247550, BMS-310705, 드롤옥시펜, 4-히드록시타목시펜, 피펜독시펜, ERA-923, 아르족시펜, 풀베스트란트, 아콜비펜, 라소프옥시펜, 이독시펜, TSE-424, HMR- 3339, ZK186619, 토포테칸, PTK787/ZK 222584, VX-745, PD 184352, 라파마이신, 40-O-(2-히드록시에틸)-라파마이신, 템시롤리무스, AP-23573, RAD001, ABT-578, BC-210, LY294002, LY292223, LY292696, LY293684, LY293646, 보르트마닌, ZM336372, L-779,450, PEG-필그라스팀, 다베포에틴, 에스트로포에틴, 과립구 콜로니 자극 인자, 졸렌드로네이트, 프레드니손, 세툭시맙, 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자, 히스트레린, 페그인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2a, 페그인터페론 알파-2b, 인터페론 알파-2b, 아자시티딘, PEG-L-아스파라기나제, 레날리도미드, 겜투주맙, 히드로코르티손, 인터루킨-11, 덱스라조산, 알렘투주맙, 모든 트랜스레틴산, 케토코나졸, 인터루킨-2, 메게스트록, 면역 글로불린, 질소 머스타드, 메틸프레드니솔론, 이브리트주모맙 티욱세탄, 안드로겐, 데시타빈, 헥사메틸멜라닌, 벡사로텐, 토시투모맙, 삼산화비소, 코르티손, 에디트로네이트, 미토탄, 시클로스포린, 립소말 다우노루비신, 에드비나-아스파라기나제, 스트론튬 89, 카소피탄트, 네투피탄트, NK-1 수용체 길항제, 파로노세트론, 아프레피탄트, 디펜히드라민, 히드록시진, 메토클로프라미드, 로라제팜, 알프라졸람, 할로페리돌, 드로페리돌, 드로나비놀, 덱사메타손, 메틸프레드니솔론, 프로클로르페라진, 그라니세트론, 온단세트론, 돌라세트론, 트로피세트론, 페그필글라스팀, 에리트로포이에틴, 에포에틴 알파, 다베포이에틴 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된다.
다른 양태는 본 발명의 표적 단백질의 분해에 효과적인 화합물의 유효량을 세포에 투여하는 단계를 포함하는 세포 내의 표적 단백질의 분해를 유도하는 방법을 개시한다.
또 다른 양태는 암을 치료하기 위한 방법에 사용하기 위한 본 발명의 화합물의 유효량을 포함하는, 환자의 암의 적어도 하나의 증상의 치료 또는 완화에 효과적인 조성물을 개시하되, 방법은 조성물을 필요로 하는 환자에게 투여하는 단계를 포함한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, 암은, 편평-세포 암종, 기저세포 암종, 선암종, 간세포 암종, 신장세포 암종, 방광, 장, 유방, 경부, 대장, 식도, 뇌, 신장, 간, 폐, 인후, 난소, 이자, 전립선, 위장의 암; 백혈병; 양성 및 악성 림프종, 특히 버킷 림프종 및 비 호지킨 림프종; 양성 및 악성 흑색종; 골수 증식성 질환; 유잉 육종, 혈관 육종, 카포시 육종, 지방 육종, 근육 육종, 말초 신경 상피종, 활액 육종, 신경아 교종, 성상 세포종, 희소 돌기 교종, 상직근종, 신경 교종, 신경 아세포종, 신경절 교종, 신경아 교종, 수질 모세포종, 송과선 종양, 수막종, 수막 육종, 신경 섬유종, 및 신경초종을 포함하는 육종; 장암, 유방암, 전립선암, 자궁 경부암, 자궁암, 폐암, 난소암, 고환암, 갑상선암, 성상 세포종, 식도암, 췌장암, 위암, 간암, 대장암, 흑색종; 암육종, 호지킨병, 윌름 종양 및 기형 종양, T-계통 급성 림프구성 백혈병(T-ALL), T-계통 림프구성 림프종(T-LL), 말초 T-세포 림프종, 성인 T-세포 백혈병, Pre-B ALL, Pre-B 림프종, 대형 B-세포 림프종, 버킷 림프종, B-세포 ALL, 필라델피아 염색체 양성 ALL, 및 필라델피아 염색체 양성 CML이다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, L은 비선형 사슬, 지방족 또는 방향족 또는 헤테로방량족 고리 잔기를 포함한다.
본원에 기술된 임의의 양태 또는 구현예에서, L은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다:
Figure pct00579
Figure pct00580
Figure pct00581
,
여기에서,
"X"는 2 내지 14개 범위의 원자를 갖는 헤테로원자를 함유하도록 선택적으로 치환된 선형 사슬이고;
"Y"는 O, N, S(O)n(n = 0, 1, 2)으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택된다.
실시예
약어:
ACN: 아세토니트릴
ADDP: 1,1'-(아조디카보닐)디피페리딘
BAST: N,N-비스(2-메톡시에틸)아미노황 삼불화물
BPO: 과산화벤조일
Cbz: 카보닐벤질옥시
DAST: 디에틸아미노황 삼불화물
DBE: 1,2-디브로모에탄
DCM: 디클로로메탄.
DEAD: 디에틸 아조디카복실레이트
DIAD: 디이소프로필 아조디카복실레이트
DIBAL: 디이소부틸알루미늄 수화물
DIEA 또는 DIPEA: 디이소프로필에틸아민
DMA: N,N-디메틸아세트아미드
DMF: N,N-디메틸포름아미드
DMP: 데스-마틴 페리오디난
EA: 에틸 아세테이트
EDCI: 1-에틸-3-(3-디메틸아미노프로필)카보디이미드
HBTU: N,N,N'N'-테트라메틸-O-(1H-벤조트리아졸-1-일)우로늄 헥사플루오로포스페이트
HMDS: 비스9트리메틸실릴)아민
HMPA: 헥사메틸포스포아미드
LDA: 리튬 디이소프로필아미드
MCPBA: 메타-클로로페퍼옥시벤조산
MsCl: 메탄술포닐 염화물
M.W: 마이크로웨이브
NBS: N-브로모숙신이미드
NMP: N-메틸피롤리돈
PCC: 피리디늄 클로로크로메이트
Pd-118 또는 Pd(dtpf)Cl2: 1,1'-비스(디-삼차-부틸포스피노)페로센 디클로로팔라듐
Pd(dppf)Cl2: 1,1'-비스(디페닐포스피노)페로센 디클로로팔라듐
Pd(dba)2: 비스(디벤질리덴아세톤)팔라듐
Pd2(dba)3: 트리스(디벤질리덴아세톤)디팔라듐
PPTS: 피리듐 p-톨루엔술포네이트
PTSA: p-톨루엔술폰산
RuPhos-Pd-G3: XPhos-Pd-G3: [(2-디시클로헥실포스피노-2',6'-디이소프로폭시-1,1'-비페닐)-2-(2'-아미노-1,1'-비페닐)] 팔라듐(II) 메탄술포네이트
RuPhos-Pd-G2: 클로로[(2-디시클로헥실포스피노-2',6'-디이소프로폭시-1,1'-비페닐)-2-(2'-아미노-1,1'-비페닐)] 팔라듐(II)
SFC: 초임계 유체 크로마토그래피
t-BuXPhos-Pd-G3: [(2-디-삼차-부틸포스피노-2',4',6'-트리이소프로필-1,1'-비페닐)-2-(2'-아미노-1,1'-비페닐)] 팔라듐(II) 메탄술포네이트
TEA: 트리메틸아민
TFA: 트리플루오로아세트산
TLC: 박층 크로마토그래피
TMP: 2,2,6,6-테트라메틸피페리딘
TEMPO: 2,2,6,6-테트라메틸피페리딘-N-산화물
TosCl 또는 TsCl: p-톨루엔술포닐 염화물
TsOH: p-톨루엔술폰산
XantPhos: 4,5-비스(디페닐포스피노)-9,9-디메틸크산텐
XPhos: 2-디시클로헥실포스피노-2'4'6'-트리이소프로필비페닐
XPhos-Pd-G3: [(2-디시클로헥실포스피노-2',4',6'-트리이소프로필-1,1'-비페닐)-2-(2'-아미노-1,1'-비페닐)] 팔라듐(II) 메탄술포네이트
12354-85-7: 비스(펜타메틸시클로펜타디에닐로듐 디클로라이드)
A. 인간 CRBN 및 DDB1의 클로닝, 발현 및 정제. 절차는, Lopez-Girona 등 (Cereblon is a direct protein target for immunomodulatory and antiproliferative activities of lenalidomide and pomalidomide, A Lopez-Girona, D Mendy, T Ito, K Miller, A K Gandhi, J Kang, S Karasawa, G Carmel, P Jackson, M Abbasian, A Mahmoudi, B Cathers, E Rychak, S Gaidarova, R Chen, P H Schafer, H Handa, T O Daniel, J F Evans and R Chopra, Leukemia 26: 2326-2335, 2012)의 기술로 대표되는 바와 같은, 당업자에게 표준인 절차이다.
CRBN 및 DDB1 유전자에 대한 cDNA는 중합효소로서 P 융합(NEB)을 사용하여 PCR에 의해 증폭될 수 있고, 다음의 프리머(primer) 서열을 따른다:
Figure pct00582
리간드화-독립 클로닝 26을 사용하여, CRBN은 pBV-ZZ-HT-LIC, pBV-GST-LIC, pMA-HT-LIC로 클로닝될 수 있고, DDB1은 pBV-notag-LIC로 클로닝될 수 있다. 포유류 벡터 pMA-HT-LIC로 클로닝하기 위해, CRBN-플래그-역방향 올리고(oligo)는 면역 검출을 위한 C-말단 플래그 태그를 추가한다. DDB1-역방향은 Strep태그 27을 추가한다. 가용성 CRBN의 높은 발현을 이루기 위해 ZZ-태그 28이 필요하다; 이것이 없는 경우, GST-CRBN은 응집된 단백질을 초래하는 반면, His-CRBN은 낮은 레벨에서 발현된다. ZZ-His-CRBN 및 DDB1-Strep태그(ST)의 재조합 바큘로바이러스는 Sf9 곤충 세포에서 인비트로겐(invitrogen)으로부터의 Bac-to-Bac 바큘로바이러스 발현 시스템을 사용하여 증폭된다. ZZ-His-CRBN 및 DDB1-ST는 발현 시스템으로부터의 비-보충 ESF921 배지를 사용하여 27℃에서 10 L 웨이브 백의 하이 파이브(Tni) 곤충에서 공동 발현된다. 감염 후 48시간에 세포를 원심 분리 및 PBS plus5X 프로테아제 억제제 칵테일(Roche, 인디애나폴리스, IN)에 재현탁된 페이스트로 수확하였다.
모든 후속 단백질 정제 단계는 4℃에서 수행된다. 동결된 세포를 해동하고, 20 mM 이미다졸 및 프로테아제 억제제를 함유하는 5개의 용해 완충액(50 mM 트리스 HCl pH 8.0, 0.5 M NaCl, 10% 글리세롤l, 2 mM DTT ) 내에 현탁시키고, 용해하고 원심분리하여 투명한 상층액을 수득하였다. CRBN-DDB1은 Nickel-Sepharose 및 S200 Sephacryl 크로마토그래피를 사용하여 AKTA-xpress 시스템(GE Healthcare) 상에서 정제되었다. 이어서, 복합체를 8 ml MonoQ 컬럼 상, 2차로 S-200 겔 여과 상의 음이온 교환 크로마토그래피러 정제하였다. CRBN-DDB1을 SDS-PAGE로 식별하고, CRBN-DDB1 함유 분획을 담아 -70℃에 저장하였다.
2. 재조합 CRBN에 대한 화합물의 결합을 측정하기 위한 형광 열 용융 분석
절차는, Lopez-Girona 등, (Cereblon is a direct protein target for immunomodulatory and antiproliferative activities of lenalidomide and pomalidomide, A Lopez-Girona, D Mendy, T Ito, K Miller, A K Gandhi, J Kang, S Karasawa, G Carmel, P Jackson, M Abbasian, A Mahmoudi, B Cathers, E Rychak, S Gaidarova, R Chen, P H Schafer, H Handa, T O Daniel, J F Evans and R Chopra, Leukemia 26: 2326-2335, 2012)의 기술로 대표되는 바와 같은, 당업자에게 표준인 절차이다.
시험 화합물의 존재 또는 부재 시의 CRBN-DDB1의 열 안정성은 Pantoliano 등, (Pantoliano MW, Petrella EC, Kwasnoski JD, Lobanov VS, Myslik J, Graf E 등, High-density miniaturized thermal shift assays as a general strategy for drug discovery. J Biomol Screen 2001; 6: 429-440.)에 따른 마이크로 플레이트 형식의 Sypro Orange의 존재 하에서 수행되었다. 20 ml의 분석 완충액(25 mM 트리스 HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 uM Sypro Orange)중 2 mg의 단백질을 온도를 20 에서 70℃로 증가시키며 단계적으로 가하고 ABIPrism 7900HT(Applied Biosystems, Carlsbad, CA, USA) 상에서 1℃ 당 한번씩 형광도를 측정하였다. 화합물을 DMSO(분석에서 1% 최종)에 용해시키고 30 nM 내지 1000 uM의 농도 범위에서 4회 시험하였다; 대조군은 1% DMSO만 함유하였다.
3. LCMS 방법
분석은 45oC에서 포로셸(Poroshell) 120 EC C18 컬럼(50 mm x 3.0 mm 내경 2.7 μm 패킹 직경) 상에서 수행하였다.
사용된 용매는 다음과 같다:
A = 물 중 0.1% v/v 포름산 용액.
B = 아세토니트릴 중 0.1% v/v 포름산 용액.
사용된 구배는 다음과 같다:
Figure pct00583
UV 검출은 210 nm 내지 350 nm의 파장으로부터의 평균 신호이고, 질량 스펙트럼은 양성 모드 전자분무 이온화를 사용하여 질량 분광기상에서 기록되었다.
다음은 화합물이 프렙 HPLC로 정제될 때 사용된 이동상 및 구배를 나타낸다.
4. 프렙 HPLC(포름산 개질제)
HPLC 분석은 X Bridge RP18 OBD 컬럼(150 mm x 19 mm 내경, 5 μm 패킹 지름) 상 실온에서 수행되었다.
사용된 용매는 다음과 같다:
A = 물 중 0.1% v/v 포름산 용액.
B = 아세토니트릴.
5. 프렙 HPLC(중탄산 암모늄 개질제)
HPLC 분석은 X Bridge RP18 OBD 컬럼(150 mm x 19 mm 내경, 5 μm 패킹 지름) 상 실온에서 수행되었다.
사용된 용매는 다음과 같다:
A = 물 중 10 mM 중탄산 암모늄.
B = 아세토니트릴.
각각의 프렙 정체에 대해, 사용된 개질제에 관계없이, 사용된 구배는 분석 LCMS에 기록된 바와 같이 정제되는 특정 화합물의 체류 시간에 의존한다. 유속은 20 mL/분이다.
UV 검출은 254 nm 또는 220 nm 파장으로부터의 시그널이다.
본 발명의 바람직한 구현예들이 도시되고 설명되었지만, 이러한 구현예는 단지 예로서 제공된다는 것이 이해될 것이다. 많은 변형, 변경 및 대체가 본 발명의 사상을 벗어나지 않고 당업자에게 가능할 것이다. 따라서, 첨부된 청구범위는 본 발명의 사상 및 범위 내에 속하는 모든 이러한 변형을 포함하는 것으로 의도된다.
B. 합성
아래에 포함된 실시예의 합성 세부사항은 더 광범위한 예시적 세트의 합성에 대한 일반적인 절차를 대표한다.
1. N-(3-(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일아미노)프로필)-N-메틸시클로부탄 카복사미드
Figure pct00584
1 단계: 삼차-부틸 N-{3-[(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일)아미노]프로필}-N-메틸카바메이트
Figure pct00585
MeOH(10 mL) 중 삼차-부틸 N-(3-아미노프로필)-N-메틸카바메이트(826 mg, 4.40 mmol) 및 5-브로모-2,4-디클로로피리미딘(400 mg, 1.76 mmol)의 혼합물을 실온에서 1시간 동안 교반하였다. 이어서, 반응 혼합물을 진공 중에서 농축시키고, 잔류물을 Teledyne ISCO 크로마토그래피[0
Figure pct00586
35% EtOAc/헵탄]로 정제하여 삼차-부틸 N-{3-[(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일)아미노]프로필}-N-메틸카바메이트(615 mg, 92% 수율)를 수득하였다. LC-MS (ES+): m/z = 381.05/383.05 [MH+], t R = 2.55분.
2 단계: {3-[(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일)아미노]프로필}(메틸)아민
Figure pct00587
DCM(5 mL) 중 삼차-부틸 N-{3-[(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일)아미노]프로필}-N-메틸카바메이트(615 mg, 1.62 mmol) 용액에 트리플루오로아세트산(0.54 mL, 6.5 mmol)을 실온에서 첨가하였다. 혼합물을 1시간 동안 교반한 후, 이를 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 Teledyne ISCO 크로마토그래피[DCM 중 0
Figure pct00588
15% 메탄올]로 정제하여 {3-[(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일)아미노]프로필}(메틸)아민(371 mg, 82% 수율)을 수득하였다. LC-MS (ES+): m/z = 280.99/282.99 [MH+], t R = 1.13분.
3 단계: N-{3-[(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일)아미노]프로필}-N-메틸시클로부탄카복사미드
Figure pct00589
DCM(10 mL) 중 {3-[(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일)아미노]프로필}(메틸)아민(371 mg, 1.33 mmol) 및 시클로부탄카보닐 염화물(188 mg, 1.60 mmol) 용액에 트리에틸 아민(0.41 mL, 2.92 mmol)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 16시간 동안 교반한 후, 진공 중에서 농축시켰다. 잔류물을 Teledyne ISCO 크로마토그래피[DCM 중 0
Figure pct00590
100% EtOAc/헵탄]로 정제하여 N-{3-[(5-브로모-2-클로로피리미딘-4-일)아미노]프로필}-N-메틸시클로부탄 카복사미드(268 mg, 56% 수율)를 수득하였다. LC-MS (ES+): m/z = 363.04/365.04 [MH+], t R = 2.18분.
2. ( S )-2-(4-(4-클로로페닐)-2,3,9-트리메틸-6H-티에노 [3,2-f][1,2,4]트리아졸[4,3-a][1,4]디아제핀-6-일)아세트산
Figure pct00591
표제 화합물을 WO2011/143660에 기술된 절차에 따라 제조하였다.
3. (Z)-4-(4-((2,4-디옥소티아졸리덴-5-일리덴)메틸)-2-메톡시페녹시)-3- (트리플루오로메틸)벤조니트릴
Figure pct00592
표제 화합물을 Patch, R. J. 등, J. Med. Chem. 2011, 54, 788-808에 기술된 절차를 따라 제조하였다.
4. 4-[3-(4-히드록시페닐)-4,4-디메틸-5-옥소-2-술파놀리덴이미다졸리딘-1-일]-2-(트리플루오로메틸)벤조니트릴
Figure pct00593
표제 화합물을 Jung, M. E. 등, J. Med. Chem. 2010, 53, 2779-2796에 기술된 절차를 따라 제조하였다.
5. 2-클로로-4-( 트랜스 -3-아미노-2,2,4,4-테트라메틸시클로부톡시)벤조니트릴 염화수소 염
Figure pct00594
표제 화합물을 Guo, C. 등, J. Med. Chem. 2011, 54, 7693-7704에 기술된 절차를 따라 제조하였다.
C. 단백질 분해 생물학적 분석:
다음의 생물학적 분석은 본원에 개시된 대표적인 화합물을 사용하여 다양한 세포 유형에서 관찰된 단백질 분해 레벨을 평가한다.
각각의 생물학적 분석에서, 세포는 본 발명에 포함된 다양한 양의 화합물로 처리되었다. 하기 단백질의 분해를 평가할 수 있다: TANK-결합 키나아제 1(TBK1), 에스트로겐 수용체 α(ERα), 브로모도메인-함유 단백질 4(BRD4), 안드로겐 수용체(AR), c-Myc, 및 타우 단백질.
1. 표 2의 화합물에 대한 ERE 루시페라아제 분석.
T47D-KBluc 세포(ATCC® #CRL_2865, 에스트로겐 반응성 요소/촉진제/루시퍼라제 리포터 유전자로 안정적으로 형질 감염된 T47D 인간 유방암 세포)를, 10% 소태아혈청(FBS)이 보충된 RPMI 성장 배지에서 96-웰 백색 불투명 플레이트에 씨딩하고, 37℃ 습윤화된 인큐베이터 내에서 밤새 접착시켰다. 다음 날, 세포를 12-점 농도 곡선에서 PROTAC로 처리하였다(최종적인 최고 농도 300 nM이고, 후속 농도는 분석에서 최저 농도인 2 pM의 3-배 이하임). 각각의 PROTAC는 96-웰 플레이트 상의 2개의 시험에서 독립적으로 시험되었다. 24시간 후, 배지를 제거하고 용해 완충액을 웰에 첨가하였다. 용해 후, Bright-GloTM 루시페라아제 분석 기재(Promega, 매디슨, WI)를 첨가하고 루시페라아제 활성을 Cytation 3 플레이트 판독기(BioTekTM, 위누스키, VT)를 사용하여 측정하였다. 각각의 화합물은 중복으로 분석되었으며 활성은 GraphPad Prism 소프트웨어(샌디에고, CA)를 사용하여 IC50로서 계산되었다.
2. 표 5에 대해 웨스턴 블롯 방법을 사용한 MCF-7 세포에서의 에스트로겐 수용체-알파(ERα) 분해 분석.
예시적인 신규 ERα 분해제를 웨스턴 블롯을 사용하여 MCF-7 세포에서의 ERα 분해 활성에 대해 평가하였다. 분석은 10% FBS 또는 인간 또는 마우스 혈청의 높은 비율의 존재 하에서 수행되었다. 웨스턴 블롯 분석의 프로토콜은 아래에 기술된다.
MCF7 세포를 10% FBS와 함께 DMEM/F12에서 성장시키고, 96-웰 투명 조직 배양 플레이트에 100 μl의 웰 당 24,000개의 세포로 시딩하였다. 다음날, PROTAC으로 7-점 농도 곡선에서 최고 농도인 100 nM의 세포를 처리하여, 연속 희석으로 다른 농도(30 nM, 10 nM, 3 nM, 1 nM, 및 0.3 nM)를 만들었다. 모든 농도에서, 0.01% DMSO는 웰에서의 최종 농도이다. 다음날, 플레이트를 흡인하고, 50 μl의 냉각된 PBS로 세척하였다. 세포를 50 μl/웰 4℃ 세포 용해 완충액(카탈로그# 9803; Cell Signaling Technology, 댄버, MA)(20 nM 트리스-HCL(pH 7.5), 150 mM NaCl, 1 mM Na2EDTA, 1 mM EGTA, 1% 트리톤, 2.5 mM 나트륨 파이로포스페이트, 1 mM B-글리세로포스페이트, 1 mM 나트륨 바나데이트, 1 ug/ml 류펩틴)으로 용해하였다. 용해물을 16,000 x g에서 10분 동안 정화하고, 2 μg의 단백질을 SDS-PAGE 분석에 제공한 후, 표준 프로토콜에 따라 면역블로팅하였다. 사용된 항체는 ERα(Cell Signaling Technologies 카탈로그 #8644), 및 튜블린(Sigma 카탈로그 #T9026; 세인트루이스, MO)이었다. 검출 시약은 Clarity Western ECL 기재(Bio-Rad 카탈로그 #170-5060; 허큘스, CA)이다.
대안적으로, MCF7 세포를 10% FBS와 함께 DMEM/F12에서 성장시키고, 24-웰 투명 조직 배양 플레이트에 500 μl의 웰 당 24,000개의 세포로 시딩하였다. 다음날, 0.01% DMSO의 존재 하 5-점 농도 곡선(100 nM, 33 nM, 11 nM, 3.7 nM, 및 1.2 nM)에서 PROTAC으로 세포를 처리하였다. 72시간 후, 웰을 흡인하고, 500 μl의 PBS로 세척하였다. 세포를 100 μl/웰 4℃ 세포 용해 완충액(카탈로그# 9803; Cell Signaling Technology, 댄버, MA)(20 nM 트리스-HCL(pH 7.5), 150 mM NaCl, 1 mM Na2EDTA, 1 mM EGTA, 1% 트리톤, 2.5 mM 나트륨 파이로포스페이트, 1 mM B-글리세로포스페이트, 1 mM 나트륨 바나데이트, 1 ug/ml 류펩틴)으로 용해하였다. 용해물을 16,000 x g에서 10분 동안 정화하고, 2 μg의 단백질을 SDS-PAGE 분석에 제공한 후, 표준 프로토콜에 따라 면역블로팅하였다. 사용된 항체는 ERα(Cell Signaling Technologies 카탈로그 #8644), 및 튜블린(Sigma 카탈로그 #T9026; 세인트루이스, MO)이었다. 검출 시약은 Clarity Western ECL 기재(Bio-Rad 카탈로그 #170-5060; 허큘스, CA)이다.
3. 표 5에 대한 In-Cell 웨스턴 TM 분석을 사용한 에스트로겐 수용체-알파(ERα) 분해 분석.
청구된 화합물에 의한 ERα의 분해는 In-Cell WesternTM 분석을 사용하여 MCF7 세포에서 결정되었다. 간략하게, MCF7 세포를 96-웰 플레이트(100μl 배지 중 웰당 2000개의 세포)에서 플레이팅하고, 습윤된 인큐베이터 내 5% CO2 분위기 하 37o에서 밤새 배양하였다. (2배의 농도에서) 시험 화합물을 함유하는 100 μl의 배지를 적절한 웰에 첨가하여 11개의 순차적으로 감소하는 농도(최종 최고 농도, 1 μM, 이어서 다음의 10개의 농도에 대해 3배 더 적은 양)를 제공하였고; 수송체 조절제(DMSO) 또한 각각의 화합물에 첨가하였다. 각각의 시험에 대해, 모든 화합물을 복제 플레이트 상에서 분석하였다. 이어서, 세포를 전술한 환경에서 3일 또는 5일 동안 배양하였다. 배지를 제거하고, 빙냉된 PBS로 단일 세척하고, 50 μl 파라포름알데히드(PFA: PBS 중 4%)를 첨가하여 분석을 종료하였다. 실온에서 PFA 중 15분 후, 트리톤 X-100(0.5%)로 보충된 Tween(0.1%)(TBST)를 함유하는 트리스-인산-완충 식염수 중에서 세포를 15분 동안 투과화시켰다. 이후 세포를 BSA(BSA 함유 TBST, 3%)에서 1시간 동안 차단하였다. BSA(3%)를 함유하는 TBST 중 ERα(토끼 단일클론, 1:1000, Cell Signaling Technology 카탈로그 #8644) 및 튜불린(마우스 단일클론, 1:5000, Sigma 카탈로그 #T6074)의 검출을 위해 일차 항체가 첨가되었다. 세포를 4oC에서 밤새 배양하였다. 이어서, 세포를 실온에서 TBST로 3회 세척한 후, LI-COR 차단 완충제(카탈로그 #927-50000) 내의 항-토끼 및 항-마우스 형광-표지된 이차 항체(IRDye®; LI-COR; 링컨, NE)로 실온에서 1시간 동안 배양하였다. TBST로 3회 세척한 후, 완충액을 제거하고 플레이트를 Odyssey® 적외선 이미징 시스템(LI-COR®; 링컨, NE) 상 700 nm 및 800 nm에서 판독하였다. 상업용 소프트웨어(ImagEstudioTM; LI-COR, 링컨, NE)를 사용하여, 각각의 웰에서의 ERα 및 튜불린에 대한 염색 강도를 정량화하고 분석하였다. 각각의 데이터 포인트에 대해, ERα 강도를 튜불린 강도로 정규화하고, 각각의 화합물에 대해 모든 정규화된 강도 값을 수송체 대조군에 대하여 정규화하였다. DC50 및 D최대 값은 ACAS 투여량 반응 모듈(McNeil & Co Inc.)을 사용하여 4-파라미터 IC50 곡선 피팅에 따라 결정되었다.
4. BRD4 웨스턴 프로토콜
VCap 세포를 ATCC로부터 구매하고, 10% FBS(ATCC) 및 페니실린/스트렙토마이신(Life Technologies)으로 보충된 Dulbecco's Modified Eagle's Medium(ATCC)에서 배양하였다. DMSO 대조군 및 화합물 처리군(0.003μM, 0.01μM, 0.03 μM 및 0.1μM)를 16시간 동안 12-웰 플레이트에서 수행하였다. 세포를 수확하고, 프로테아제 및 포스파타아제 억제제가 보충된 RIPA 완충액(50mM 트리스 pH8, 150mM NaCl, 1% Tx-100, 0.1% SDS, 0.5% 디옥시콜레이트 나트륨)에 용해시켰다. 용해물을 10분 동안 16,000 g으로 명확히 하고, 단백질 농도를 결정하였다. 동일한 양의 단백질(20 μg)에 대해 SDS-PAGE 분석을 수행하고, 표준 프로토콜에 따라 면역블로팅하였다. 사용된 항체는 BRD4(Cell Signaling #13440) 및 Actin(Sigma #5441)이었다. 검출 시약은 Clarity Western ECL 기재(Bio-Rad #170-5060)이었다.
5. AR ELISA 분석 프로토콜
이 분석에서 화합물을 LNCaP 및/또는 VCaP 세포에서 유사한 프로토콜을 이용하여 평가하였다. VCaP 세포에 사용된 프로토콜은 아래에 기술된다. 안드로겐 수용체 ELISA 분석은 PathScan AR Sandwich ELISA(Cell Signaling Catalog#12850)를 사용하여 다음의 분석 단계에 따라 수행되었다:
VCaP 세포를 Corning 3904 플레이트의 VCaP 분석 배지[적색 페놀이 없는 RPMI(Gibco Cat#11835-030); 5% 숯이 제거된(덱스트란 처리) FBS(Omega Scientific, Cat# FB-04); 1% 펜스트렙(Life Technologies, Gibco Cat#: 10378-016)]에서 부피 100 μL/웰 및 40,000 세포/웰로 시딩하였다. 세포를 최소 3일 동안 배양하였다. 세포에 0.01% DMSO로 희석된 PROTAC을 투여하고 약물 처리를 5시간 동안 지속하였다.
AR ELISA(Cell Signaling)를 다음과 같이 수행하였다. 1x Cell Signaling 세포 용해 완충액을 제조하였다(카탈로그 #9803; 키트와 함께 수득함). 처리된 웰로부터 배지를 흡인하고, 100 μL 1x 세포 용해 완충액/웰을 첨가하였다. 세포를 4℃에서 10분 동안 교반기 상에 두었다. 20 μL의 용해물을 ELISA 플레이트(0.15μg/ml 내지 0.075 μg/ml) 중 100 μl의 희석액에 옮겼다. 용해물-희석액 혼합물을 37℃에서 30분 동안 교반하였다. 마우스 AR 항체, 항-마우스 항체, TMB 및 STOP 용액이 실온에 도달하도록 하였다. 키트 내에 포함된 1x ELISA 완충액을 제조하고 이를 저장조에 넣었다. 플레이트로부터의 배지를 제거하고, ELISA 플레이트를 종이 타월에 세게 두드리고, 플레이트 세척기를 사용하여 200 μl ELISA 세척 완충액으로 4회 세척하였다.
마우스 AR 검출 Ab의 100 μL/웰을 첨가하고; 플레이트를 덮고 37℃에서 1시간 동안 교반하고; 배지를 플레이트로부터 제거하고, 플레이트를 종이 타월에 두드린 후, 플레이트 세척기로 200 μL ELISA 세척 완충액으로 4회 세척하였다.
항-마우스-HRP 접합된 Ab(키트와 함께 수득함)의 100 μL/웰을 첨가하고; 플레이트를 덮고, 플레이트를 덮고 37℃에서 30분 동안 교반하고; TMB 시약을 실온으로 가온하고; 배지를 플레이트로부터 제거하고, 플레이트를 종이 타월에 두드린 후, 200 μL ELISA 세척 완충액으로 4회 세척하고; 플레이트를 종이 타월에 두드렸다. 100 μL의 TMB를 첨가하고 플레이트를 2분 동안 교반하며, 그 동안 색상 발생을 관찰하였다. 연청색이 발현할 때 100 μL STOP 용액을 첨가하였다. 플레이트를 흔들고 450 nM에서 판독하였다.
항-안드로겐 치료제로 치료된 환자의 전립선암의 진행은 일반적으로 종양 내 안드로겐 합성의 증가, AR 발현 및 AR 돌연변이의 증가를 포함하여 증가된 안드로겐 수용체(AR) 신호전달의 여러 기구 중 하나를 포함한다. 선택 표적 및 E3 리가아제에 동시에 결합하는 이작용성 분자를 사용하는 PROTAC(PROteolysis TArgeting Chimera)은 표적화된 병리학적 단백질의 유도된 근접 및 분해를 통해 유비퀴틴화를 야기한다. 경쟁적 과정인 전통적인 표적 억제와 대조적으로, 분해는 점진적인 과정이다. 이와 같이, 이는 내인성 리간드, 표적 발현, 또는 표적에서의 돌연변이의 증가에 대해 덜 민감하다. 따라서, 이 기술은 전립선 암 환자에서 AR 내성 기구을 해결하는 데 이상적인 것으로 보인다. 데이터를 분석하고 GraphPad Prism 소프트웨어를 사용하여 도표화하였다.
6. BRD4 인간 c-Myc ELISA 분석 프로토콜
22RV-1 세포를 96-웰 플레이트에서 10% FBS 배지를 갖는 RPMI의 75 μL/웰의 부피에서 30,000 세포/웰로 시딩하고 37℃에서 밤새 배양하였다. 세포에 0.4% DMSO로 희석된 4x 농도의 화합물을 투여하였고; 8-점 투여 곡선을 위해 화합물을 1:3으로 연속적으로 희석하였다. 25 ul의 화합물을 0.1% DMSO 중 300 nM 내지 0.3 nM 또는 1 uM 내지 1nM에서 출발하는 최종 농도로 세포에 첨가하고 18시간 동안 배양하였다. 배지를 흡인하고, 세포를 PBS로 1회 세척하고 흡인하였다. 세포를 프로테아제 및 포스파타아제 억제제가 보충된 50 ul의 RIPA 완충액(50mM 트리스 pH8, 150mM NaCl, 1% Tx-100, 0.1% SDS, 0.5% 디옥시콜레이트 나트륨)에 용해시켰다. 플레이트를 얼음 상에서 15분 동안 배양한 후, 4℃에서 10분 동안 4000 rpm으로 원심분리하였다. 96-웰 분석 플레이트로부터의 50 ul의 정화된 용해물을 96-웰 c-myc ELISA 플레이트(Novex, Life Technologies Catalog #KH02041)에 첨가하였다. c-myc 표준 용액을 표준 희석 완충액으로 재구성하고; 333 pg/ml 내지 0 pg/ml의 표준 곡선 범위를 준비하였고, 8점 투여량 곡선을 위해 1:2로 희석하였다. 분석의 나머지 부분은 c-myc ELISA 키트로부터의 프로토콜에 따라 수행되었다. 데이터를 분석하고 GraphPad Prism 소프트웨어를 사용하여 도표화하였다. 본 발명에 기재된 화합물을 분석하였고 c-myc 억제 효능을 표 4에 열거하였다.
7. BRD4 면역블로팅
22Rv1 및 VCaP 세포주를 ATCC로부터 구입하였다. BRD2(#5848), BRD4(#13440), PARP(#9532), c-Myc(#5605) 항체를 cell signaling으로부터 구입하였다. BRD3(sc-81202) 항체는 Santa Cruz Biotech부터 구입하였다. 면역조직화학에 사용되는 항체는 c-MYC(abcam #ab32072) 및 BRD4(Bethyl Laboratories #a301- 985a50)이었다. Actin 및 튜불린 항체는 Sigma로부터 구입하였다.
세포를 프로테아제 억제제(EDTA가 없는 PierceTM 프로테아제 억제제 정제, Cat#88266)가 보충된 RIPA 완충액(Thermo Fisher Cat#89900)에 용해시켰다. 용해물을 16,000 x g에서 원심분리하고 상등액을 SDS-PAGE에 사용하였다. 웨스턴 블롯팅은 표준 프로토콜에 따라 수행되었다.
8. BRD4 세포 중식 분석
22RV-1 세포를 96-웰 플레이트에서 RPMI + 10% FBS의 75 μL/웰의 부피에서 5,000 세포/웰로 시딩하고 37℃에서 밤새 배양하였다. 세포에 0.4% DMSO로 희석된 4개 농도의 화합물을 투여하였고; 10-점 투여 곡선을 위해 화합물을 1:3으로 연속적으로 희석하였다. 25 ul의 화합물을 0.1% DMSO 중 300 nM 내지 0.3 nM에서 출발하는 최종 농도로 세포에 첨가하고 72시간 동안 배양하였다. 별도의 플레이트에서, 100 ul의 5,000 세포/웰을 8웰에 플레이팅히고, 100 ul의 CellTiter-Glo(CellTiter-Glo® 발광 세포 생존능력 분석, Promega # G7573)을 첨가하고 30분 동안 배양한 후, 발광계로 판독하여 세포 성장을 위한 초기 신호를 평가하였다. 72시간 후, 100 ul의 CellTiter-Glo®를 첨가하고 30분 동안 배양한 후, 발광계로 판독하였다. 데이터를 분석하고 GraphPad Prism 소프트웨어를 사용하여 도표화하였다.
9. BRD4 세포사멸 분석
22RV-1 세포를 96-웰 플레이트에서 RPMI + 10% FBS의 75 μL/웰의 부피에서 5,000 세포/웰로 시딩하고 37℃에서 밤새 배양하였다. 세포에 0.4% DMSO로 희석된 4x 농도의 화합물을 투여하였고; 8-점 투여 곡선을 위해 화합물을 1:3으로 연속적으로 희석하였다. 25 ul의 화합물을 0.1% DMSO 중 300 nM 내지 0.3 nM에서 출발하는 최종 농도로 세포에 첨가하고 48시간 동안 배양하였다. 48시간 후, 100 ul의 Caspase-Glo® 3/7(Promega Caspase- Glo® 3/7 Assay #G8093)을 첨가하고 30분 동안 배양한 다음, 발광계로 판독하였다. 데이터를 분석하고 GraphPad Prism 소프트웨어를 사용하여 도표화하였다.
10. 시험관 내 타우 단백질 분해 분석
타우 단백질 분해에 대한 PROTAC의 효과를 결정하기 위해, SK-N-SH 세포를 화합물을 첨가하기 이전, 24-웰 조직 배양-처리 플레이트 내에 적어도 18시간 동안 시딩하였다. 타우 PROTAC의 72시간 배양 후, 프로테아제 억제제와 함께 RIPA 완충액에 세포를 용해함으로써 타우 PROTAC의 타우 분해를 평가하였다. 세포 용해물은 표준 SDS-PAGE 겔 상에서 실행되었으며, 모든 형태의 인간 타우에 결합하는 아브캄(Abcam)(캠브리지, 영국)으로부터의 타우-13 항체를 사용하는 웨스턴 블로팅으로 타우 레벨을 검출하였다. 데이터를 표 6에 나타내었다.
소분자 억제제는 종양학 약물 개발의 초석으로서, 일반적으로 효소 활성을 억제하거나(예를 들어, 키나아제 억제제) 단백질-단백질 상호작용을 방해함으로써(예를 들어, BRD4 억제제) 작용한다. 대부분의 소분자 억제제의 가역적 결합을 고려하면, 충분한 기능적 억제를 보장하기 위해 종종 큰 전신 약물 농도가 요구된다. 또한, 생체 내 효능에 요구되는 높은 전신 약물 레벨을 달성하고 유지하는 것은 많은 표적에 대해 어려운 것으로 입증된 바 있다.
브로모도메인 및 외부 말단 도메인(BET) 군의 일원인 BRD4는 N-말단에서의 2개의 브로모도메인(BD 도메인) 및 C-말단에서의 외부 말단 도메인(ET 도메인)을 특징으로 하는 단백질이다. 2개의 BD 도메인은 히스톤 단백질의 N-말단 꼬리에서 아세틸화-리신 잔기를 인식하고 상호작용한다. ET 도메인은 다양한 전사 조절 인자를 채용함에 있어서 비계 기능을 제공하는 것으로 여겨지지만, 아직 완전히 특성화되지 않았다. BRD4는, 종종 c-MYC, Bcl-xl 및 BCL-6와 같은 중요한 종양 유전자의 상류에 상주하는 슈퍼-인핸서 영역에 위치하는 것으로 나타나고, 그들의 발현들을 조절하는 데 핵심적인 역할을 한다. 관련 전사 조절제를 특정 게놈 유전자좌에 채용함으로써 유전자 발현을 조절하는 역할에 기초하여, BRD4는 중간 암종, 급성 골수성 백혈병(AML), 다발성 골수종(MM), 버킷 림프종(BL), 및 전립선 암과 같은 다수의 인간 암을 치료하고/하거나 예방하기 위한 후보 약물 표적이다.
JQ1, iBET 및 OTX15와 같은, BL을 포함하는 다양한 암의 특정 전임상 모델에서 치료적 잠재력을 나타내는 여러 소분자 BET 브로모도메인 억제제가 개발되었다. 거의 모든 BL의 경우는 IgH의 상류에 위치하는 슈퍼-인핸서의 제어 하에 이를 배치하는 c-myc 유전자 전위를 함유하며, 이에 따라 비정상적으로 높은 레벨의 c-MYC 발현, 종양 발생 및 유지를 유도한다. BRD4 억제제에 대한 전임상 연구는 c-MYC를 억제하고 BL 세포주에서 증식을 증식하는 능력을 입증한다; 그러나, 이들 억제제의 IC50 값은 종종 100 nM 내지 1 μM의 범위이다.
물질 및 방법
실험 설계 및 절차의 상세 내용은 다음과 같다:
억제제 JQ1, OTX-15, 및 포말리도마이드를 공개된 방법에 따라 합성하였다.
1. K D 결정
표면 플라스몬 공명(SPR) 실험을 Biacore3000(GE Healthcare) 상에서 수행하였다. Myc 태그를 인식하기 위해 Myc 태그된 세레블론을 항-Myc 항체에 결합된 카복시메틸화 덱스트란 표면(CM5) 아민에 고정시켰다. His-태그된 세레블론 단백질을 NTA/Ni2+ 킬레이트화를 이용하여 니트릴로아세트산(NTA)으로 카복시메틸화 덱스트란 표면에 고정시켰다. 준비된 표면을 실행 완충액(10mM HEPES 완충액 @ pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.005% P20, 2% DMSO)에서 3시간 동안 평형화시켰다.
모든 화합물을 최고 농도 5 mM로 100% DMSO 스톡 플레이트에서 3회 연속 희석으로 제조하였다. 화합물을 스톡 플레이트에서 분석 플레이트로 옮기고 DMSO 없이 실행 완충액으로 희석시켰다. 모든 화합물은 최종 분석 최고 농도 100 μM로 6개의 농도 시리즈로 실행되었다.
데이터 분석은 Scrubber 2(BioLogic 소프트웨어, 캠벨, 호주)로 수행되었다. 블랭크를 빼고 표준 DMSO 곡선에 대해 DMSO에 대한 데이터를 보정하였다. 보고된 모든 KD 값은 1:1 피팅 알고리즘을 사용하여 최소 5개의 농도에 대해 적어도 N = 2의 평균을 나타내었다. 데이터는 다음의 표 1에 도시되며, 여기서 "a"는 KD < 1 μM, "b"는 KD 1 μM 내지 10 μM, "c"는 KD > 10 μM 내지 100 μM을 나타내고, "d"는 KD > 100 μM 또는 응답없음을 나타낸다.
Figure pct00595
Figure pct00596
Figure pct00597
Figure pct00598
Figure pct00599
Figure pct00600
Figure pct00601
2. 세포 및 시약
NAMALWA, 라모스(Ramos), CA-46 및 DAUDI 세포를 ATCC로부터 구입하고 지침대로 유지하였다. BRD4(#E2A7X), c-MYC(#D84C12), PARP(#46D11)에 대한 항체를 Cell Signaling Technology로부터 구입하였다. Actin(#A5441) 항체를 SigmaAldrich로부터 구입하였다. 이차 항체(#7074, #7076)를 Cell Signaling Technology로부터 구입하였다. MG132(#M7449)를 SigmaAldrich로부터 구입하였다. 카피조밉(#S2853)을 Selleck으로부터 구입하였다.
2. 웨스턴 블롯 분석
배양된 세포를 40 mM HEPES(pH 7.4), 140 mM NaCl, 2.5 mM EDTA, 1% NP-40, 0.1% SDS 및 프로테아제 억제제 칵테일을 함유하는 용해 완충액 내에 수집하였다. 10분 동안의 원심분리(14000 rpm) 후, 상등액을 BCA 방법에 의해 단백질 농도 결정을 위해 수집하고, 표준 프로토콜로 면역블로팅하였다. Bio-Rad ChemiDocTM MP 이미징 시스템 상의 Bio-Rad Clarity ECL 웨스턴 블로팅 기판을 사용하여 웨스턴 블롯 결과를 가시화하였다.
3. RT-PCR
Bio-Rad로부터의 AurumTM Total RNA Mini Kit(#732-6820)로 RNA 추출을 수행하였다. 전체 RNA로부터의 제1 스트랜드 cDNA는 제조업체의 지침에 따라 Life Technologies로부터의 고용량 cDNA 역전사 키트(#4368813)로 합성되었다. 정량적 PCR은 Bio-rad SsoAdvancedTM Universal SYBR® Green Supermix(#172-5271)를 사용하여 수행하였다. 다음의 프리머가 사용되었다:
4. 세포 증식 분석
Figure pct00602
증식에 대한 억제제의 효과를 평가하기 위해, 세포(50,000/100 μl)를 96-웰 조직 배양 플레이트에 시딩한 후, 표시된 농도로 화합물을 첨가하였다. 72시간 후, 재구성된 CellTiter-Glo(CTG) 시약(Promega #G7572)을 웰 당 100 μL 첨가하고, BioTek의 Cytation 3 이미징 판독기 상에서 판독하였다. 상대적 세포 성장은 처리된 세포와 DMSO 처리된 세포의 분석 판독치를 비교하여 결정된다.
Figure pct00603
Figure pct00604
Figure pct00605
Figure pct00606
Figure pct00607
Figure pct00608
Figure pct00609
Figure pct00610
Figure pct00611
Figure pct00612
Figure pct00613
Figure pct00614
Figure pct00615
Figure pct00616
Figure pct00617
Figure pct00618
Figure pct00619
Figure pct00620
Figure pct00621
Figure pct00622
Figure pct00623
Figure pct00624
*DC50(nM) 및 IC50(nM):
A < 1
1 <= B < 10
10 <= C < 100
D >= 100
**D최대(분해된 %)
A > 75
50 < B <= 75
C <= 50
Figure pct00625
*DC50(nM) 및 IC50(nM):
A < 1
1 <= B < 10
10 <= C < 100
D >= 100
**D최대(분해된 %)
A > 75
50 < B <= 75
C <= 50
Figure pct00626
Figure pct00627
Figure pct00628
Figure pct00629
Figure pct00630
Figure pct00631
Figure pct00632
+예시적인 PROTACS 93 내지 97, 103, 107, 및 108은 MCF7 세포 내에서의 3일 동안의 배양으로 평가됨; 예시적인 PROTAC 89 내지 91, 98 내지 102, 110 및 111은 MCF7 세포 내에서의 5일 동안의 배양으로 평가됨; 예시적인 PROTAC 92, 104 내지 106, 및 109는 T47D에서의 5일 동안의 배양으로 평가됨.
*DC50(nM) 및 IC50(nM):
A < 1
1 <= B < 10
10 <= C < 100
D >= 100
**D최대(분해된 %)
A > 75
50 < B <= 75
C <= 50
Figure pct00633
**Dmax(분해된 %)
A > 75
50 < B <= 75
C <= 50
5. 산업 적용 분야
BRD4 또는 안드로겐 수용체 채용 잔기 및 E3 리가아제 세레블론 채용 잔기를 함유하는 신규 이작용성 분자가 PROTAC 기술을 통해 기술되었다. 본 발명의 이작용성 분자는 BRD4를 능동적으로 분해하여, 유의미하고 지속성인 하류 MYC 억제 및 강력한 세포 증식 억제 및 세포사멸 유도를 야기한다. PROTAC 매개 단백질 분해는 전통적인 접근법에 의해 "치료되지 않는" 병리학적 단백질을 표적화하는 데 유망한 방법을 제공한다.
본 출원 전반에 걸쳐 인용된 모든 참조, 특허, 출원 중인 특허 출원 및 공개된 특허의 내용물을 본원에 명백하게 참조로서 포함된다.
당업자는 본원에 기술된 본 발명의 특정 구현예와 많은 등가물을 통상적인 실험을 사용하여 인지하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 다음의 청구범위에 포함되는 것으로 의도된다. 본원에서 기술되는 상세한 실시예 및 구현예는 설명의 목적을 위한 예시로서 주어지며, 본 발명을 제한하는 것으로 간주되지 않는 것으로 이해되어야 한다. 이에 대한 다양한 변형 또는 변경은 당업자에게 제안될 것이고, 이는 본 출원의 사상 및 범위 내에 포함되며 첨부된 청구범위의 범위 내에서 고려될 것이다. 예를 들어, 성분의 상대적인 양은 목적하는 효과를 최적화하기 위해 변경될 수 있고, 부가 성분이 첨가될 수 있고/있거나 유사한 성분들은 기술된 성분 중 하나 이상을 대체할 수 있다. 본 발명의 시스템, 방법 및 절차와 관련된 부가적인 유리한 특징 및 기능은 첨부된 청구범위들로부터 명백해질 것이다. 또한, 당업자는 본원에 기술된 본 발명의 특정 구현예와 많은 등가물을 통상적인 실험을 사용하여 인지하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 다음의 청구범위에 포함되는 것으로 의도된다.

Claims (34)

  1. 하기 화학 구조식으로부터 선택되는 화학적 구조를 갖는 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 화합물.
    Figure pct00634

    Figure pct00635

    Figure pct00636

    Figure pct00637

    여기에서,
    W는 CH2, CHR, C=O, SO2, NH, 및 N-알킬로부터 독립적으로 선택되고;
    Q1, Q2, Q3, Q4, Q5는 각각 독립적으로 R', N 또는 N-산화물로부터 독립적으로 선택된 기로 치환된 탄소 C 또는 N를 나타내고;
    R1 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, C=O로부터 선택되고;
    R2는 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, CHF2, CF3, CHO, C(=O)NH2로부터 선택되고;
    R3는 부재하거나, H, 알킬(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알콕실)로부터 선택되고;
    R4는 H, 알킬, 치환된 알킬로부터 선택되고;
    R5 및 R6는 각각 독립적으로 H, 할로겐, C(=O)R'; CN, OH, CF3이고;
    X는 C, CH, C=O, 또는 N이고;
    X1은 C=O, N, CH 또는 CH2이고;
    R'은 H, 할로겐, 아민, 알킬(예를 들어, C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C3 알콕실), NR2R3, C(=O)OR2, 선택적으로 치환된 페닐로부터 선택되고;
    n은 0 내지 4이고;
    Figure pct00638
    는 단일 또는 이중 결합임.
  2. 하기 화학 구조식을 갖는 이작용성 화합물:
    CLM - L - PTM,
    또는 이의 약제학적으로 허용 가능한 염, 거울상 이성질체, 입체 이성질체, 용매화물, 다형체 또는 전구약물.
    여기에서,
    상기 PTM은 단백질 표적화 잔기를 포함하는 소분자이고;
    상기 연결기(L)는 결합 또는 상기 CLM 및 상기 PTM을 공유 결합시키는 화학적 연결 잔기이고;
    상기 CLM은 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제에 결합하거나 표적화하는 소분자 세레블론 E3 유비퀴틴 리가아제로서 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 화학적 구조를 갖고:
    Figure pct00639

    Figure pct00640

    Figure pct00641

    Figure pct00642
    ,
    여기에서,
    W는 CH2, CHR, C=O, SO2, NH, 및 N-알킬로부터 독립적으로 선택되고;
    Q1, Q2, Q3, Q4, Q5는 각각 독립적으로 R', N 또는 N-산화물로부터 독립적으로 선택된 기로 치환된 탄소 C 또는 N를 나타내고;
    R1 부재하거나, H, OH, CN, C1-C3 알킬, C=O로부터 선택되고;
    R2는 부재하거나, H, OH, CN, C1-3 알킬, CHF2, CF3, CHO, C(=O)NH2로부터 선택되고;
    R3는 부재하거나, H, 알킬(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C6 또는 C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C6 또는 C1-C3 알콕실)로부터 선택되고;
    R4는 H, 알킬, 치환된 알킬로부터 선택되고;
    R5 및 R6는 각각 독립적으로 H, 할로겐, C(=O)R'; CN, OH, CF3이고;
    X는 C, CH, C=O, 또는 N이고;
    X1은 C=O, N, CH 또는 CH2이고;
    R'은 H, 할로겐, 아민, 알킬(예를 들어, C1-C3 알킬), 치환된 알킬(예를 들어, 치환된 C1-C3 알킬), 알콕시(예를 들어, C1-C3 알콕실), 치환된 알콕실(예를 들어, 치환된 C1-C3 알콕실), NR2R3, C(=O)OR2, 선택적으로 치환된 페닐로부터 선택되고;
    n은 0 내지 4이고;
    Figure pct00643
    는 단일 또는 이중 결합임.
  3. 제2항에 있어서, 상기 CLM은 W, X, R1, R2, R3, R4, R', Q1, Q2, Q3, Q4, 및 Q5를 통해 상기 PTM, 상기 화학적 연결기(L), 또는 그의 조합에 연결되는, 이작용성 화합물.
  4. 제2항 또는 제3항에 있어서, 상기 PTM은 Brd4, 타우 단백질, 에스트로겐 수용체(ER), 또는 안드로겐 수용체(AR)에 결합하는 잔기인, 이작용성 화합물.
  5. 제2항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 화합물은 연결기를 통해 결합된 제2 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기를 더 포함하는, 이작용성 화합물.
  6. 제5항에 있어서, 상기 제2 E3 유비퀴틴 리가아제 결합 잔기는 폰 히펠 린도우(VLM), 세레블론(CLM), 마우스 이중-분 상동체2(MLM) 및 세포사멸 단백질 억제제(ILM)로 이루어진 군으로부터 선택되는 E3 유비퀴틴 리가아제에 결합하거나 이를 표적화하는, 이작용성 화합물.
  7. 제2항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CLM은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 화학적 구조로 대표되는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00644

    Figure pct00645

    Figure pct00646
    ,
    여기에서, Rn은 작용기 또는 작용 원자를 포함함.
  8. 제2항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CLM은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 화학적 구조로 대표되는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00647

    Figure pct00648
    .
  9. 제2항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 연결기(L)는 하기 화학식으로 대표되는 화학적 구조 단위를 포함하는, 화합물.
    -(AL)q-
    여기에서,
    (AL)q는 적어도 하나의 상기 CLM, 상기 PTM 또는 그의 조합에 연결된 기이고;
    q는 1 이상의 정수이고;
    각각의 AL은, 결합, CRL1RL2, O, S, SO, SO2, NRL3, SO2NRL3, SONRL3, CONRL3, NRL3CONRL4, NRL3SO2NRL4, CO, CRL1=CRL2, C≡C, SiRL1RL2, P(O)RL1, P(O)ORL1, NRL3C(=NCN)NRL4, NRL3C(=NCN), NRL3C(=CNO2)NRL4, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 C3-11시클로알킬, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 C3-11헤테로시클릴, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 아릴, 0 내지 6개의 RL1 및/또는 RL2기로 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고(여기에서, RL1 또는 RL2는 각각 독립적으로 다른 기에 선택적으로 연결되어 시클로알킬 및/또는 헤테로시클릴 잔기를 형성하고, 0 내지 4개의 RL5기로 선택적으로 치환됨);
    RL1, RL2, RL3, RL4 및 RL5은 각각 독립적으로, H, 할로, C1-8알킬, OC1-8알킬, SC1-8알킬, NHC1-8알킬, N(C1-8알킬)2, C3-11시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, C3-11헤테로시클릴, OC1-8시클로알킬, SC1-8시클로알킬, NHC1-8시클로알킬, N(C1-8시클로알킬)2, N(C1-8시클로알킬)(C1-8알킬), OH, NH2, SH, SO2C1-8알킬, P(O)(OC1-8알킬)(C1-8알킬), P(O)(OC1-8알킬)2, CC-C1-8알킬, CCH, CH=CH(C1-8알킬), C(C1-8알킬)=CH(C1-8알킬), C(C1-8알킬)=C(C1-8알킬)2, Si(OH)3, Si(C1-8알킬)3, Si(OH)(C1-8알킬)2, COC1-8알킬, CO2H, 할로겐, CN, CF3, CHF2, CH2F, NO2, SF5, SO2NHC1-8알킬, SO2N(C1-8알킬)2, SONHC1-8알킬, SON(C1-8알킬)2, CONHC1-8알킬, CON(C1-8알킬)2, N(C1-8알킬)CONH(C1-8알킬), N(C1-8알킬)CON(C1-8알킬)2, NHCONH(C1-8알킬), NHCON(C1-8알킬)2, NHCONH2, N(C1-8알킬)SO2NH(C1-8알킬), N(C1-8알킬) SO2N(C1-8알킬)2, NH SO2NH(C1-8알킬), NH SO2N(C1-8알킬)2, NH SO2NH2임.
  10. 제2항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, L은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 이작용성 화합물.
    -N(R)-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-,
    -O-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-,
    -O-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
    -N(R)-(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
    -(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-O-;
    -(CH2)m-O(CH2)n-O(CH2)o-O(CH2)p-O(CH2)q-O(CH2)r-OCH2-;
    Figure pct00649

    Figure pct00650

    Figure pct00651

    Figure pct00652

    여기에서,
    상기 연결기의 m, n, o, p, q, 및 r은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20이고;
    위의 수가 0일 경우, N-O 또는 O-O 결합은 없고;
    상기 연결기의 R은 H, 메틸 및 에틸이고;
    상기 연결기의 X는 H 및 F이며;
    Figure pct00653

    상기 연결기의 m은 2, 3, 4, 5일 수 있고,
    Figure pct00654

    Figure pct00655

    Figure pct00656

    Figure pct00657

    Figure pct00658

    Figure pct00659

    Figure pct00660

    Figure pct00661

    여기에서, 상기 연결기의 n 및 m은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20일 수 있음.
  11. 제2항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, L은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00662

    Figure pct00663

    Figure pct00664

    Figure pct00665

    여기에서 각각의 m 및 n은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20으로부터 선택됨.
  12. 제2항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 연결기(L)은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00666

    Figure pct00667

    Figure pct00668

    Figure pct00669

    Figure pct00670

    Figure pct00671

    Figure pct00672

    Figure pct00673

    Figure pct00674

    Figure pct00675

    Figure pct00676

    Figure pct00677

    Figure pct00678

    Figure pct00679

    Figure pct00680

    Figure pct00681

    Figure pct00682

    Figure pct00683

    Figure pct00684

    Figure pct00685

    Figure pct00686

    Figure pct00687

    Figure pct00688

    Figure pct00689

    Figure pct00690

    Figure pct00691
    ,
    여기에서, 각각의 m, n, o, p, q, 및 r은 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20임.
  13. 제2항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 연결기(L)은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00692

    Figure pct00693

    Figure pct00694

    Figure pct00695

    Figure pct00696

    Figure pct00697

    Figure pct00698

    Figure pct00699

    Figure pct00700

    Figure pct00701

    Figure pct00702
  14. 제2항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 연결기(L)는 하기 화학식으로 이루어지는 군으로부터 선택되는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00703

    Figure pct00704

    Figure pct00705

    Figure pct00706
    ,
    여기에서,
    위 구조의 'X'는 2 내지 14개 범위의 원자를 갖는 선형 사슬일 수 있고, 언급된 사슬은 산소와 같은 헤테로원자를 함유할 수 있고;
    위 구조의 "Y"는 O, N, S(O)n(n=0, 1, 2)일 수 있음.
  15. 제2항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 연결기(L)은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00707

    여기에서,
    WL1 및 WL2각각 독립적으로, 0 내지 4개의 헤테로원자를 갖고 RQ로 선택적으로 치환된 4 내지 8-원 고리로서, 각각의 RQ는 독립적으로 H, 할로, OH, CN, CF3, (선형, 분지형, 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬, 카복실, (선형, 분지형, 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시이거나, 2개의 RQ기는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해져 0 내지 4개의 헤테로원자를 함유하는 4 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
    YL1은 각각 독립적으로, 결합, (선형, 분지형 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이고, 선택적으로 하나 이상의 C 원자는 O, 또는 (선형, 분지형 또는 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시로 치환되며;
    n은 0 내지 10이고;
    점선은 PTM 또는 CLM 잔기에 대한 부착 지점을 나타냄.
  16. 제2항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 연결기는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00708

    여기에서,
    WL1 및 WL2는 각각 독립적으로 아릴, 헤테로아릴, 시클릭, 헤테로시클릭, C1-6 알킬, 비시클릭, 비아릴, 비헤테로아릴, 또는 비헤테로시클릭으로서, 각각 RQ로 선택적으로 치환되어 0 내지 4개의 헤테로원자를 함유하는 4- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하되, 각각의 RQ는 독립적으로 H, 할로, OH, CN, CF3, 히드록실, 니트로, C≡CH, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시, (하나 이상의 -F로 선택적으로 치환된) OC1-3알킬, OH, NH2, NRY1RY2, CN, 또는 이들이 부착된 원자와 함께 취해진 2개의 RQ기고;
    YL1은 각각 독립적으로 결합부, NRYL1, O, S, NRYL2, CRYL1RYL2, C=O, C=S, SO, SO2, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알킬이고, 선택적으로 하나 이상의 C 원자는 O; 또는 (선형, 분지형, 선택적으로 치환된) C1-C6 알콕시로 치환되고;
    QL은 0 내지 4개의 헤테로원자를 가진 3- 내지 6-원 지환족 또는 방향족 고리로서, 0 내지 6개의 RQ와 선택적으로 연결되거나 선택적으로 치환되어 0 내지 2 개의 헤테로원자를 포함하는 3- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하되, 각각의 RQ는 독립적으로 H, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 또는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해진 2개의 RQ기이고;
    RYL1, RYL2는 각각 독립적으로 H, OH, (선형, 분지형, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 또는 이들이 부착된 원자와 함께 취해진 R1, R2로서, 0 내지 2개의 헤테로원자를 포함하는 3- 내지 8-원 고리 시스템을 형성하고;
    n은 0 내지 10이고;
    점선은 상기 PTM 또는 CLM 잔기에 대한 부착 지점을 나타냄.
  17. 제2항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 연결기(L)는 1개 내지 10개의 에틸렌 글리콜 단위를 포함하는 아릴 또는 페닐로 선택적으로 치환된 폴리에틸렌옥시기인, 이작용성 화합물.
  18. 제2항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PTM은 (A), (B), (C), (D), (E), 또는 이들의 조합 중 적어도 하나를 포함하는, 이작용성 화합물.
    (A) PTM-I 또는 PTM-II를 포함하는 에스트로겐 수용체 결합 잔기(EBM):
    Figure pct00709
    ,
    여기에서,
    XPTM은 O 또는 C=O이고;
    각각의 XPTM1 및 XPTM2는 N 또는 CH로부터 독립적으로 선택되고;
    RPTM1은 OH, O(CO)RPTM, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되되, RPTM은 에스테르 내의 알킬 또는 아릴기이고;
    RPTM2 및 RPTM4는 H, OH, 할로겐, CN, CF3, SO2-알킬, O-저급 알킬로부터 독립적으로 선택되고;
    RPTM3 및 RPTM5는 H, 할로겐으로부터 독립적으로 선택되고;
    PTM-I는 각각의 고리 상에 적어도 하나의 RPTM2 및 적어도 하나의 RPTM3를 갖고,
    Figure pct00710
    는 상기 연결기, 상기 CLM, CLM', 또는 이들의 조합 중 적어도 하나의 부착 지점을 나타냄;
    (B) 다음의 화학 구조식으로 대표되는 에스트로겐 수용체 단백질 표적화 잔기:
    Figure pct00711

    여기에서,
    각각의 XPTM은 독립적으로 CH, N이고;
    Figure pct00712
    은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', 또는 이들의 조합의 부착 지점을 나타내고;
    각각의 RPTM1은 독립적으로 OH, 할로겐, 알콕시, 메톡시, 에톡시, O(CO)RPTM(여기에서 치환은 모노-, 디- 또는 트리-치환일 수 있음)이고, 상기 RPTM은 1 내지 6개의 탄소 또는 아릴기를 갖는 알킬 또는 시클로알킬기이고;
    각각의 RPTM2는 독립적으로 H, 할로겐, CN, CF3, 선형 또는 분지형 알킬, 알콕시(예를 들어, 메톡시 또는 에톡시)(여기에서, 치환은 모노- 또는 디-치환일 수 있음)이고;
    각각의 RPTM3는 독립적으로 H, 할로겐(여기에서, 치환은 모노- 또는 디-치환일 수 있음)이고;
    RPTM4는 H, 알킬, 메틸, 에틸임;
    (C) 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 구조를 포함하는 안드로겐 수용체(AR) 결합 잔기(ABM):
    Figure pct00713

    여기에서,
    W1은 각각 독립적으로 하나 이상의 H, 할로, 히드록실, 니트로, CN, C≡CH, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕시로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로로 선택적으로 치환된) C1-6 알콕시, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, 또는 CF3로 치환된 아릴, 헤테로아릴, 비시클릭, 또는 비헤테로시클릭이고;
    Y1, Y2는 각각 독립적으로 NRY1, O, S, SO2, 헤테로아릴, 또는 아릴이고;
    Y3, Y4, Y5는 각각 독립적으로 결합, O, NRY2, CRY1RY2, C=O, C=S, SO, SO2, 헤테로아릴 또는 아릴이고;
    Q는 0 내지 6개의 RQ로 선택적으로 치환된 0 내지 4개의 헤테로원자를 가진 3- 내지 6-원 고리, 비헤테로시클릭, 또는 비시클릭으로서, 각각의 RQ는 독립적으로 H, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 할로겐, C1-6 알콕시이거나, 2개의 RQ기는 이들이 부착되는 원자와 함께 취해져 0 내지 2개의 헤테로원자를 함유하는 3 내지 8원 고리 시스템을 형성하고;
    R1, R2, Ra, Rb, RY1, RY2는 각각 독립적으로 H, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 할로, C1-6 알콕실로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, 할로겐, C1-6 알콕시, 시클릭, 헤테로시클릭이거나, R1, R2는 이들이 부착되는 원자와 함께 0 내지 2개의 헤테로원자를 포함하는 3 내지 8원 고리 시스템을 형성하고;
    W2는 결합, C1-6 알킬, C1-6 헤테로알킬, O, 아릴, 헤테로아릴, 알리시클릭, 헤테로시클릭, 비헤테로시클릭, 비아릴 또는 비헤테로아릴이고(각각 1 내지 10개의 RW2로 선택적으로 치환됨);
    각각의 RW2는 독립적으로 H, 할로, (선형, 분지형, 선택적으로 치환된; 예를 들어, 하나 이상의 F로 선택적으로 치환된) C1-6 알킬, -ORW2A, C3-6 시클로알킬, C4-6 시클로헤테로알킬, C1-6 알킬(선택적으로 치환됨), 헤테로시클릭(선택적으로 치환됨), 아릴(선택적으로 치환됨), 또는 헤테로아릴(선택적으로 치환됨), 비시클릭 헤테로아릴 또는 아릴, OC1-3알킬(선택적으로 치환됨; 예를 들어, 하나 이상의 -F로 선택적으로 치환됨), OH, NH2, NRY1RY2, CN이고;
    RW2A는 H, C1-6 알킬(선형, 분지형) 또는 C1-6 헤테로알킬(선형, 분지형)이고(각각 시클로알킬, 시클로헤테로알킬, 아릴, 헤테로시클릭, 헤테로아릴, 할로 또는 OC1-3알킬로 선택적으로 치환됨);
    점선은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', 또는 이들의 조합의 부착 지점을 나타냄;
    (D) 화학식 I 내지 화학식 XI 중 적어도 하나로 대표되는 타우 단백질 표적화 잔기:
    Figure pct00714
    ,
    Figure pct00715
    ,
    여기에서,
    여기에서, A, B, C, D, E, 및 F는, 고리 사이의 접촉이 고리 융합을 나타내는, 선택적으로 치환된 5- 또는 6-원 아릴 또는 헤테로아릴 고리, 선택적으로 치환된 4- 내지 7-원 시클로알킬 또는 헤테로시클로알킬로부터 독립적으로 선택되고;
    LPTM은, 하나 이상의 고리(즉, 시클로알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴 또는 헤테로아릴) 또는 -O-, -S-, -NR1 PTM-, -N=N-, -S(O)-, -SO2-, -C(O)-, -NHC(O)-, -C(O)NH-, -NHSO2-, -NHC(O)NH-, -NHC(O)O-, 또는 -OC(O)NH- 기로부터 선택되는 하나 이상의 작용기에 의해 선택적으로 차단된, 결합부, 알킬, 알케닐 또는 알키닐로부터 선택되되, 상기 작용기는 상기 연결기의 양 말단 중 하나에 선택적으로 위치될 수 있고;
    R1 PTM는 H 또는 알킬로부터 선택됨;
    (E) 화학 구조식 PTM-a에 따른 기를 포함하는 트리시클릭 디아제핀 또는 아제핀 BET/BRD4 결합 리간드:
    Figure pct00716

    여기에서,
    Y1, Y2 및 Y3는 탄소, 질소 또는 산소의 군으로부터 독립적으로 선택되고 그 원자와 함께 방향족 융합 고리를 형성하고;
    A 및 B는 독립적으로 알킬, 알콕시, 할로겐, 방향족 및 헤테로방향족 고리로 각각 선택적으로 치환된 5-원 방향족 고리, 6-원 방향족 고리, 헤테로방향족 고리, 카보시클릭, 티오펜, 피롤 고리, 피리딘, 피리미딘, 피라진, 피라졸 고리이되, 고리 A는 중앙 아제핀(Y1 = C) 또는 디아제핀(Y1 = N) 잔기에 융합되고;
    Z1은 메틸 또는 안날킬기의 군으로부터 선택되고,
    점선은 적어도 하나의 연결기, CLM, CLM', 또는 이들의 조합의 부착 지점을 나타냄.
  19. 제2항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PTM은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 화학적 구조를 갖는, 이작용성 화합물.
    Figure pct00717

    Figure pct00718

    Figure pct00719
    ,
    여기에서 R 또는 연결기는 그의 약제학적으로 허용 가능한 염 형태를 포함하는, PTM에 대해 CLM을 결합시키는 결합 또는 화학적 연결기 잔기임.
  20. 제2항에 있어서, 상기 화합물은 PROTAC-1 내지 PROTAC-112로 이루어진 군으로부터 선택되는, 이작용성 화합물.
  21. 제2항 내지 제20항 중 어느 한 항의 이작용성 화합물의 유효량 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는, 조성물.
  22. 제21항에 있어서, 부가적인 생리활성제 또는 제2항 내지 제20항 중 어느 한 항의 또 다른 이작용성 화합물 중 적어도 하나를 추가로 포함하는, 조성물.
  23. 제22항에 있어서, 상기 부가적인 생물활성 제제는 항암제, 항신경퇴행제, 항균제, 항바이러스제, 항 HIV제, 또는 항진균제인, 조성물.
  24. 제2항 내지 제20항 중 어느 한 항의 적어도 하나의 화합물의 유효량 및 약제학적으로 허용 가능한 담체, 부가제, 및/또는 부형제를 포함하는 조성물로서, 상기 화합물은 질환 또는 장애의 적어도 하나의 증상을 치료하거나 완화시키는 데 효과적인, 조성물.
  25. 제24항에 있어서, 상기 질환 또는 장애는 타우 단백질의 축적 및/또는 응집과 연관된, 조성물.
  26. 제24항 또는 제25항에 있어서, 상기 질환 또는 장애는 천식, 다발성 경화증과 같은 자가 면역 질환, 각종암, 섬모병증, 구개열, 당뇨병, 심장병, 고혈압, 염증성 장질환, 정신 지체, 감정 조절 장애, 비만, 굴절 이상, 불모, 엔젤만 증후군, 카나반병, 체강 질병, 샤르코-마리-투스병, 낭포성 섬유증, 듀센 근이영양증, 혈색소 침착증, 혈우병, 클라인펠터 증후군, 신경 섬유종증, 페닐케톤뇨증, 다낭성 신장 질환, (PKD1) 또는 4 (PKD2) 프라더 윌리 증후군, 시클-세포병, 테이-삭스병, 터너 증후군으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 조성물.
  27. 제24항 또는 제25항에 있어서, 질환 또는 장애는 알츠하이머병, 근위축성 측삭 경화증(루게릭병), 신경성 식욕부진, 불안장애, 죽상경화증, 주의결핍 과잉 행동 장애, 자폐증, 양극성 장애, 만성 피로 증후군, 만성 폐쇄성 폐질환, 크론병, 관상동맥 심장질환, 치매, 우울증, 진성 당뇨병 1유형, 진성 당뇨병 2유형, 간질, 길랭-바레 증후군, 과민성 대장 증후군, 낭창, 대사 증후군, 다발성 경화증, 심근경색증, 비만, 강박장애, 공황장애, 파킨슨병, 건선, 류마티스 관절염, 유육종증, 정신분열증, 혈전 혈관염, 투렛 증후군, 혈관염으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 조성물.
  28. 제24항 또는 제25항에 있어서, 상기 질병 또는 질환은, 본 발명에 따른 화합물로 치료될 수 있는 또 다른 질환 상태 또는 질환은, 다른 것들 중에서도, 셀룰로플라스민 결핍, 연골 무발생증 유형 II, 연골 연쇄증, 첨두증, 고셔병 유형 2, 급성 간헐적 포르피린증, 캐나반병, 선종성 용종 대장균, ALA 탈수효소 결핍증, 아데닐로숙시네이트 리아제 결핍증, 부신 생식기 증후군, 부신백질이영양증, ALA-D 포르피린증, ALA 탈수효소 결핍증, 알캅톱뇨증, 알렉산더병, 알캅톱뇨성 간경변증, 알파 1-항트립신 결핍증, 알파-1 단백질 분해 억제증, 기종, 근위축성 측삭 경화증 알스트롬 증후군, 알렉산더병, 법랑징형성 부전증, ALA 탈수효소 결핍증, 앤더슨-패브리병, 안드로겐 무감각 증후군, 빈혈 혈관형성 각막종, 혈관종증 망막 (폰 히펠 린도우병), 아페르트 증후군, 지주상손(마르판 증후군), 스티클러 증후군, 관절염증 다발성 선천성 (엘러-댄 로스 증후군 # 관절통증 유형) 운동 실조증, 레트 증후군, 일차 폐고혈압, 샌드호프병, 신경 섬유종증 유형 II, 베어-스티븐슨 큐티스 기라타 증후군, 지중해성 고열, 가족병, 벤자민 증후군, 베타-탈라세미아, 양측 음향 신경 섬유종증(신경 섬유종증 유형 II), V 형 라이덴 혈전증, 블로흐-슐츠베르거 증후군(요실금 색소증), 블룸 증후군, X-결합 측모세포성 빈혈, 본네브-율리히 증후군(터너 증후군), 본빌병(결절성 경화증), 프리온병, 비르트-호그-두베 증후군, 취성 뼈질환(골형성 불완전증), 넓은 엄지-할럭스 증후군(루빈스타인-타이비 증후군), 청동색 당뇨병/청동색 간경변증(혈색소증), 구근 근위축증(케네디병), 버거-그루츠 증후군(지개 단백질 리파아제 결핍증), CGD 만성 육아종성 장애, 굴지 이형성증, 바이오티니다아제 결핍증, 심근병증(누난 증후군), 묘성 증후군, CAVD(선천적 혈관 부재), 카일러 심근 증후군(CBAVD), CEP(선천성 적혈구성 포르피린증), 낭포성 섬유증, 선천성 갑상선 기능 저하증, 연골 이영양증 증후군(연골 무형성증), 귀척추 거대골단 이형성증, 레쉬-니한 증후군, 갈락토스 혈증, 엘러스-댄로스 증후군, 타나토포릭 이형성증, 관병 증후군, 코카인 증후군(가족성 샘종 폴립증), 선천성 적혈구성 포르피린증, 선천성 심장질환, 메트헤모글로빈 혈증/선천성 메트헤모글로빈 혈증, 연골 연쇄증, X-결합 측모세포성 빈혈, 결합조직 질환, 줄기 이상 안면 증후군, 쿨리 빈혈(베타-탈라세미아), 구리 저장 질병(윌슨병), 구리 수송 질환(멘케스병), 유전성 공동발작증, 카우덴 증후군, 두개안면 기형증(크루존 증후군), 크로이츠펠트-야콥병(프리온 병), 코카인 증후군, 카우덴 증후군, 커슈만-바텐-스타이너 증후군(근긴장성이영양증), 베어-스티븐슨 큐티스 기라타 증후군, 원발성 고산소증, 척추골단골간단이형성증(스트루드빅 유형), 근이영양증, 듀센느 및 베커 유형(DBMD), 어셔 증후군, 드 그루시 증후군 및 데제린-소타스 증후군을 포함하는 퇴행성 신경질환, 발달 장애, 원위 척추근육 위축 유형 V, 안드로겐 무감각 증후군, 확산성 소포체 경화증(크라베병), 디 조지 증후군, 디히드로테스토스테론 수용체 결핍증, 안드로겐 무감각 증후군, 다운 증후군, 왜소증, 적혈구 생성 프로토포르피리아 적혈구 5-아미노레불리네이트 합성효소 결핍증, 적혈구성 포르피린증, 적혈구 형성 프로토포르피린증, 적혈구 감소증, 프리드리히 운동실조증, 가족성 발작성 다발성 경화증, 만발성 피부 포르피린증, 가족성 압력민감성 신경병증, 일차 폐고혈압(PPH), 췌장의 섬유낭성 질환, 취약 X 증후군, 갈락토스 혈증, 유전자 뇌장애, 거대 세포 간염(신생 혈색소증), 그론발트-스트란드버그 증후군(탄력섬유성위황색종), 군터병(선천성 적혈구성 포르피린증, 혈색소 침착증, 할그렌 증후군, 겸상 적혈구 빈혈, 혈우병, 간장 적혈구 포르피린증(HEP), 히펠-린다우병(폰 하펜-린다우병), 헌팅턴 병, 허친슨-길포드 프로게리아 증후군(프로게리아), 과식증, 저산소증, 저색소성 빈혈, X-연결 중증 복합 면역 결핍을 포함하는 면역계 장애, 인슬리-애슬리 증후군, 케네디 증후군, 잭슨-바이스 증후군, 유베르트 증후군, 레쉬-니한 증후군, 잭슨-바이스 증후군, 고수산뇨증을 포함하는 신장 질환, 클라인펠터 증후군, 니스트 이형성증, 라쿠나르 치매, 랑거-살디노 연골 무발생증, 모세혈관 확장성 실조증, 린치 증후군, 라이실-히드록실라제 결핍증, 마카도-조셉병, 니스트 이형성증을 포함하는 대사 장애, 마판 증후군, 운동 장애, 모왓-윌슨 증후군, 낭포성 섬유증, 무엔케 증후군, 다발성 신경 섬유종증, 낸스-인슬리 증후군, 낸스-스위니 연골 이형성증, 니만-픽병, 노악 증후군(파이퍼 증후군), 오슬러-웨버-렌두병, 포이츠-예거 증후군, 다낭성 신장 질환, 다발성 섬유성 이형성증(맥쿠네-알브라이트 증후군), 포이츠-예거 증후군, 프라더-라바르트-윌리 증후군, 혈색소증, 원발성 고요 산혈증 증후군(레쉬-니한 증후군), 일차 폐고혈압, 원발성 노인성 퇴행성 치매, 프리온병, 프로게리아(허친슨 길포드 프로게리아 증후군), 진행성 무도병, 만성 유전성 헌팅턴병(헌팅턴병), 진행성 근육 위축증, 척추 근육 위축증, 프로피온산 혈증, 프로토포르피린증, 근위근 이영양증, 폐동맥 고혈압, PXE (탄력성 섬유성 위황색종), Rb(망막 아세포종), 레클링하우젠병(신경 섬유종증 유형 I), 재발성 다발성 경화증, 망막 장애, 망막 모세포종, 레트 증후군, RFALS 유형 3, 리커 증후군, 라일리-데이 증후군, 루지-레비 증후군, 발달지연 및 아칸토시스 니그리칸(SADDAN)을 동반한 중증 무실조증, 리-프라우메니 증후군, 육종, 유방암, 백혈병, 부신(SBLA) 증후군, 경화증 결핵(결절성 경화증), SDAT, 선천성 SED(선천성 척추 뼈끝 이형성증), 스트루드빅 SED(척추골 단골간단 이형성증, 스트루드빅 유형), SEDc(선천성 척추 뼈끝 이형성증), 스트루드빅 유형 SEMD(척추골 단골간단 이형성증, 스트루드빅 유형), 슈프린젠 증후군, 피부 색소 장애, 스미스-렘리-오피츠 증후군, 남아프리카 유전성 포르피린증(변종 포르피린증), 영아 경련 상승성 경련 마비, 언어 및 의사 소통 장애, 스핑고지질증, 테이-삭스병, 척수 소뇌성 실조증, 스티클러 증후군, 뇌졸증, 안드로겐 무감각 증후군, 테트라히드로비오프테린 결핍증, 베타-탈라세미아, 갑상선 질환, 유독한 신경병증(압력 마비와 관련있는 유전성 신경병증), 트레쳐 콜린스 증후군, 삼중 X 증후군(트리플 X 증후군), 트리소미 21(다운 증후군), 트리소미 X, VHL 증후군(폰 히펠-린도우병), 시력 손상 및 실명(알스트롬 증후군), 프롤릭병, 바덴버그 증후군, 바버그-조-프레델리우스 증후군, 바이젠바허-즈베이뷜러 증후군, 울프-허쉬혼 증후군, 울프 주기 병, 바이젠바허-즈베이뮐러 증후군, 및 색소성 건피증으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 조성물.
  29. 제24항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 부가적인 생물활성 제제를 더 포함하는, 조성물.
  30. 제29항에 있어서, 상기 부가적인 생물활성 제제는 항암제, 항신경퇴행제, 항균제, 항바이러스제, 항 HIV제, 항진균제, 또는 이들의 조합인, 조성물.
  31. 제30항에 있어서, 상기 항암제는 에버롤리무스, 트라벡테딘, 아브락산, TLK 286, AV-299, DN-101, 파조파닙, GSK690693, RTA 744, ON 0910.Na, AZD 6244(ARRY-142886), AMN-107, TKI-258, GSK461364, AZD 1152, 엔자스타우린, 반데타닙, ARQ-197, MK-0457, MLN8054, PHA-739358, R-763, AT-9263, FLT-3 억제제, VEGFR 억제제, EGFR TK 억제제, 오로라 키나아제 억제제, PIK-1 조절제, Bcl-2 억제제, HDAC 억제제, c-MET 억제제, PARP 억제제, Cdk 억제제, EGFR TK 억제제, IGFR-TK 억제제, 항-HGF 항체, PI3 키나아제 억제제, AKT 억제제, mTORC1/2 억제제, JAK/STAT 억제제, 체크포인트-1 또는 2 억제제, 초점 접착 키나아제 억제제, Map 키나아제 키나아제(mek) 억제제, VEGF 트랩 항체, 페메트렉시드, 엘로티닙, 다사타닙, 니로티닙, 데카타닙, 파니투무맙, 암루비신, 오레고보맙, Lep-etu, 노라트렉시드, azd2171, 바타불린, 오파투무맙, 자놀리무맙, 에도테카린, 테트란드린, 루비테칸, 테스밀리펜, 오브리머젠, 티실리무맙, 이필리무맙, 고시폴, Bio 111, 131-I-TM-601, ALT-110, BIO 140, CC 8490, 시렌지티드, 지마테칸, IL13-PE38QQR, INO 1001, IPdR1 KRX-0402, 루칸톤, LY317615, 뉴라디압, 비테스판, Rta 744, Sdx 102, 타람파넬, 아트라센탄, Xr 311, 로미뎁신, ADS-100380, 수니티닙, 5-플루오로우라실, 보리노스타트, 에토포시드, 겜시타빈, 독소루비신, 리포소말 독소루비신, 5'-데옥시-5-플루오로우리딘, 빈크리스틴, 테모졸로마이드, ZK-304709, 셀리시클립; PD0325901, AZD-6244, 카페시타빈, L-글루탐산, N-[4-[2-(2-아미도-4,7-디히드로-4-옥소-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-5-일)에틸]벤조일]-, 디나트륨염, 헵타히드레이트, 캄프토테신, PEG-라벨 이리노테칸, 타목시펜, 토레미텐 시트레이트, 아나스트라졸, 익세메스탄, 레트로졸, DES(디에틸스틸베스트롤), 에스트라디올, 에스트로겐, 결합된 에스트로겐, 베바시주맙, IMC-1C11, CHIR-258); 3-[5-(메틸술포닐피페라딘메틸)-인돌릴-퀴놀론, 바탈라닙, AG-013736, AVE-0005, [D-Ser(Bu t) 6, Azgly 10](파이로-Glu-His-Trp-Ser-Tyr-D-Ser(Bu t)-Leu-Arg-Pro-Azgly-NH2 아세테이트 [C59H84N18Oi4-(C2H4O2)X(x = 1 내지 2.4)]의 아세테이트 염, 고세레린 아세테이트, 류프롤리드 아세테이트, 트립톨레린 파모에이트, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 히드록시프로게스테론 카프로에이트, 메게스트롤 아세테이트, 랄로시펜, 비카루타미드, 플루타미드, 닐루타미드, 메게스트롤 아세테이트, CP-724714; TAK-165, HKI-272, 엘로티닙, 라파타닙, 카네르티닙, ABX-EGF 항체, 에르비툭스, EKB-569, PKI-166, GW-572016, 이오나파르닙, BMS-214662, 티피파르닙; 아미포스틴, NVP-LAQ824, 수베로일 아날리드 히드록사믹산, 발프로익산, 트리코스타틴 A, FK-228, SU11248, 소라페닙, KRN951, 아미노글루테티미드, 아른사크린, 아나글레리드, L-아스파라기나제, 바클리우스 칼멧-게렝(Bacillus Calmette-Guerin, BCG) 백신, 아드리아마이신, 브레오마이신, 부세레린, 부술판, 카보플라틴, 카무스틴, 클로라부실, 시스플라틴, 클라드리빈, 클로드로네이트, 사이플로테론, 사이타라빈, 다카바진, 닥티노마이신, 다우노루비신, 디에틸스틸베스트롤, 에피루비신, 플루다라빈, 플루드로코르티손, 플루옥시메스테론, 플루타미드, 글리벡, 겜시타빈, 히드록시우레아, 이다루비신, 이포스파미드, 이마티닙, 류프로리드, 레바미솔, 로무스틴, 메클로레타민, 멜파란, 6-메르캅토푸린, 메스나, 메토트렉세이트, 미토마이신, 미토탄, 미톡산트론, 닐루타미드, 옥트레오티드, 옥살리플라틴, 파미드로네이트, 펜토스타틴, 플리카마이신, 포르피머, 프로카바진, 랄티트렉시드, 리툭시맙, 스트렙토조신, 테니포시드, 테스토스테론, 탈리도미드, 티오구아닌, 티오테파, 트레티노인, 빈데신, 13-시스-레티노익산, 페닐알라닌 머스타드, 우라실 머스타드, 에스트라머스틴, 알트레타민, 플록스우리딘, 5-데오옥시우리딘, 시토신 아라비노시드, 6-메캅토푸린, 데옥시코포마이신, 칼시트리올, 발루비신, 미스라마이신, 빈블라스틴, 비노렐빈, 토포테칸, 라족신, 마리마스타트, COL-3, 네오바스타트, BMS-275291, 스쿠알라민, 엔도스타틴, SU5416, SU6668, EMD121974, 인터루킨-12, IM862, 안지오스타틴, 비탁신, 드롤옥시펜, 이독시펜, 스피로노락톤, 피나스테리드, 시미티딘, 트라스투주맙, 데니루킨 디프티톡스, 게페티닙, 보르테지밉, 파크리탁셀, 크레모포르-프리 파크리탁셀, 도세탁셀, 에피티론 B, BMS- 247550, BMS-310705, 드롤옥시펜, 4-히드록시타목시펜, 피펜독시펜, ERA-923, 아르족시펜, 풀베스트란트, 아콜비펜, 라소프옥시펜, 이독시펜, TSE-424, HMR- 3339, ZK186619, 토포테칸, PTK787/ZK 222584, VX-745, PD 184352, 라파마이신, 40-O-(2-히드록시에틸)-라파마이신, 템시롤리무스, AP-23573, RAD001, ABT-578, BC-210, LY294002, LY292223, LY292696, LY293684, LY293646, 보르트마닌, ZM336372, L-779,450, PEG-필그라스팀, 다베포에틴, 에스트로포에틴, 과립구 콜로니 자극 인자, 졸렌드로네이트, 프레드니손, 세툭시맙, 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자, 히스트레린, 페그인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2a, 페그인터페론 알파-2b, 인터페론 알파-2b, 아자시티딘, PEG-L-아스파라기나제, 레날리도미드, 겜투주맙, 히드로코르티손, 인터루킨-11, 덱스라조산, 알렘투주맙, 모든 트랜스레틴산, 케토코나졸, 인터루킨-2, 메게스트록, 면역 글로불린, 질소 머스타드, 메틸프레드니솔론, 이브리트주모맙 티욱세탄, 안드로겐, 데시타빈, 헥사메틸멜라닌, 벡사로텐, 토시투모맙, 삼산화비소, 코르티손, 에디트로네이트, 미토탄, 시클로스포린, 립소말 다우노루비신, 에드비나-아스파라기나제, 스트론튬 89, 카소피탄트, 네투피탄트, NK-1 수용체 길항제, 파로노세트론, 아프레피탄트, 디펜히드라민, 히드록시진, 메토클로프라미드, 로라제팜, 알프라졸람, 할로페리돌, 드로페리돌, 드로나비놀, 덱사메타손, 메틸프레드니솔론, 프로클로르페라진, 그라니세트론, 온단세트론, 돌라세트론, 트로피세트론, 페그필글라스팀, 에리트로포이에틴, 에포에틴 알파, 다베포이에틴 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택되는, 조성물.
  32. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항의 화합물의 유효량을 상기 세포에 투여하는 단계를 포함하는 세포 내에 표적 단백질의 분해를 유도하기 위한 방법으로서, 상기 화합물은 상기 표적 단백질의 분해를 유도하는, 방법.
  33. 암을 치료하기 위한 방법에 사용하기 위해 제2항 내지 제20항 중 어느 한 항의 화합물의 유효량을 포함하는 조성물로서, 상기 방법은 이를 필요로 하는 환자에게 상기 조성물을 투여하는 단계를 포함하되, 상기 환자의 암의 적어도 하나의 증상의 치료 또는 완화에 효과적인 조성물.
  34. 제33항에 있어서, 상기 암은, 편평-세포 암종, 기저세포 암종, 선암종, 간세포 암종, 신장세포 암종, 방광, 장, 유방, 경부, 대장, 식도, 뇌, 신장, 간, 폐, 인후, 난소, 이자, 전립선, 위장의 암; 백혈병; 양성 및 악성 림프종, 특히 버킷 림프종 및 비 호지킨 림프종; 양성 및 악성 흑색종; 골수 증식성 질환; 유잉 육종, 혈관 육종, 카포시 육종, 지방 육종, 근육 육종, 말초 신경 상피종, 활액 육종, 신경아 교종, 성상 세포종, 희소 돌기 교종, 상직근종, 신경 교종, 신경 아세포종, 신경절 교종, 신경아 교종, 수질 모세포종, 송과선 종양, 수막종, 수막 육종, 신경 섬유종, 및 신경초종을 포함하는 육종; 장암, 유방암, 전립선암, 자궁 경부암, 자궁암, 폐암, 난소암, 고환암, 갑상선암, 성상 세포종, 식도암, 췌장암, 위암, 간암, 대장암, 흑색종; 암육종, 호지킨병, 윌름 종양 및 기형 종양, T-계통 급성 림프구성 백혈병(T-ALL), T-계통 림프구성 림프종(T-LL), 말초 T-세포 림프종, 성인 T-세포 백혈병, Pre-B ALL, Pre-B 림프종, 대형 B-세포 림프종, 버킷 림프종, B-세포 ALL, 필라델피아 염색체 양성 ALL, 및 필라델피아 염색체 양성 CML인, 조성물.
KR1020197023964A 2017-01-31 2018-01-31 세레블론 리간드 및 이를 포함하는 이작용성 화합물 KR20190116315A (ko)

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