KR20130113944A - 종양형성, 염증성 질환 및 다른 장애를 치료하기 위한 조성물 및 방법 - Google Patents

종양형성, 염증성 질환 및 다른 장애를 치료하기 위한 조성물 및 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 종양형성에 대한 치료 또는 예방을 위한 조성물 및 방법에 특징이 있다. 더욱 상세하게, 본 발명에서는 브로모도메인을 포함하는 BET 계열 폴리펩티드와 크로마틴의 상호 작용을 방해(예를 들어, 브로모도메인과 히스톤 N-단부 테일에 존재하는 아세틸-리신 변형체와의 상호 작용을 방해)하는 조성물 및 방법을 제공한다.

Description

종양형성, 염증성 질환 및 다른 장애를 치료하기 위한 조성물 및 방법{COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING NEOPLASIA, INFLAMMATORY DISEASE AND OTHER DISORDERS}
본원은, 2010년 5월 14일 출원된 미국 가출원 제 61/334,991호; 2010년 8월 4일 출원된 61/370,745호; 2010년 8월 22일 출원된 61/375,863호; 및 2011년 3월 24일 출원된 61/467,376호에 대한 우선권을 주장한다. 각 출원의 전체 내용을 본원에 참조로 통합한다.
[연방정부지원 연구에 의한 발명의 권리에 대한 선언]
본 연구는 미국국립보건원(National Institutes of Health)으로부터 허가 번호 제 K08CA128972에 준하여 지원되었다. 미국 정부는 본 발명에 대해 일정한 권리를 갖는다.
히스톤 N-말단 테일은 크로마틴 안정성을 유지하며 전사 제어와 관련된 변형의 대상이다. 이러한 변형의 가장 특징적인 것은 아세틸화, 메틸화 및 포스포릴화이다. 각 변형에 있어서, 적절한 표지를 남겨 놓거나 이를 제거하는 효소가 존재한다. 이러한 변형은 이후 전사 기계에 의해 해석되어야 한다. 아세틸-리신 인식은 주로 전사 인자 복합체의 공통 성분인 브로모도메인에 의해 중개된다. 브로모도메인 및 엑스트라-터미널(BET)-계열(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT)은 공통 도메인 구조를 공유하는데, 이는 높은 수준의 서열 보존을 나타내는 두 개의 N-말단 브로모도메인 및 단백질-단백질 상호작용에 연루되는 더욱 분기하는 C-말단 도메인을 포함한다. 히스톤 변형의 비정상적인 규제는 유전자 활성에 영향을 줄 수 있으며 종양형성에 하나의 역할을 한다. 리신 측쇄 아세틸화는 비-히스톤 단백질의 기능에서 중요한 조절 케이스이며, Hsp90, p53, STAT 전사 인자, 코르텍틴, 베타-카테닌 및 알파-투불린을 제한없이 포함한다. 따라서, 리신 측쇄 인식의 조절은 발달 및 질병에 있어서 중요한 표현형 및 치료적 효과를 폭넓게 가져올 것으로 기대될 것이다. 종양형성에 있어서 아세틸-리신 인식의 중요성에도 불구하고, 아세틸-리신 인식의 조절자가 거의 규명되지 않고 있다.
후술하는 바와 같이, 본 발명의 특징은 종양형성, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성 동맥 경화, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 대숙주성이식편병, 및 브로모도메인과 관련된 감염 질환의 치료 또는 예방, 기생충, 말라리아, 및 트리파노소마의 치료, 및 남성 생식력을 감소시키기 위한 조성물 및 방법을 제공하는 데에 있다. 구체적인 실시예에서, 본 발명의 화합물은 종양형성(예를 들어, 암 및 비악성 질환)에 있어서 약물 내성을 극복하기 위해 사용된다. 본 발명에 따른 조성물의 추가적인 용도는 비제한적으로 다음을 포함하는데, 장기 이식, 재생 약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포 분화를 촉진시키거나 저해하는 것에 의함), 및 전분화능의 촉진이다. 더욱 구체적으로, 본 발명에서는 브로모도메인을 포함하는 BET 계열 폴리펩티드와 아세틸-리신 및/또는 크로마틴의 상호작용을 저해하고(예를 들어, 히스톤 N-말단 테일상에 존재하는 아세틸-리신 변형체와 브로모도메인의 상호작용을 저해하고) 종양형성을 억제하는 조성물 및 방법을 제공한다. 다른 실시예에서, 본 발명은 염증성 질환을 예방하거나 치료한다.
일 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 I의 화합물:
Figure pct00001
(I)
여기서,
X는 N 또는 CR5이고;
R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고; 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0~3이고 L은 H, -COO-R3, -CO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
R2는 H, D, 할로겐, 또는 선택적으로 치환된 알킬이고;
R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
(i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
(ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
(iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
(iv) NH2, N=CR4R6;
R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴(이들의 각각은 선택적으로 치환됨)이고;
또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4- 내지 10-원 환을 형성하며;
R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6는 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4- 내지 10-원 환을 형성하며;
m은 0, 1, 2 또는 3이고;
다만
(a) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 페닐 또는 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -CO-N(R3R4)이면, 이 경우, R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며;
(b) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -CO-N(R3R4), 그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3 및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아니고; 그리고
(c) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -COO-R3이면, 이 경우, R3은 메틸 또는 에틸이 아니며;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들 각각은 선택적으로 치환된다.
다른 실시예에 있어서, L은 H, -COO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3 또는 선택적으로 치환된 아릴이다. 다른 실시예에 있어서, R3 각각은 독립적으로 H; O, S, 또는 N에서 선택된 0, 1, 2 또는 3개의 헤테로원자를 포함하는 -C1-C8 알킬; 또는 NH2, N=CR4R6로 이루어진 군에서 선택된다.
다른 실시예에 있어서, R1은 -(CH2)n-L이며, 여기서 n은 1이고 L은 -CO-N(R3R4)이고, R3 및 R4중 어느 하나는 H이고, R3 및 R4중 다른 하나는 (CH2)p-Y이고, 여기서 p는 1~3(예를 들어, p는 2)이고 Y는 질소-함유(방향족 또는 비방향족일 수 있는) 환이다.
다른 실시예에 있어서, R2는 H, D, 할로겐 또는 메틸이다.
다른 실시예에 있어서, RB는 알킬, 히드록시알킬, 할로알킬, 또는 알콕시이고; 이들 각각은 선택적으로 치환된다.
다른 실시예에 있어서, RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt 또는 COOCH2OC(O)CH3이다.
다른 실시예에 있어서, 환 A는 5 또는 6-원 아릴 또는 헤테로아릴이다. 다른 실시예에 있어서, 환 A는 티오푸라닐, 페닐, 나프틸, 비페닐, 테트라하이드로나프틸, 인다닐, 피리딜, 푸라닐, 인돌릴, 피리미디닐, 피리디지닐, 피라지닐, 이미다졸릴, 옥사졸릴, 티에닐, 티아졸릴, 트리아졸릴, 이속사졸릴, 퀴놀리닐, 피롤릴, 피라졸릴 또는 5,6,7,8-테트라하이드로이소퀴놀리닐이다.
다른 실시예에 있어서, 환 A는 페닐 또는 티에닐이다.
다른 실시예에 있어서, m은 1 또는 2이고, 적어도 하나의 RA는 메틸이다.
다른 실시예에 있어서, RA 각각은 독립적으로 H, 선택적으로 치환된 알킬, 또는 RA 중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원소와 함께 아릴을 형성할 수 있다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 II의 화합물:
Figure pct00002
(II)
여기서,
X는 N 또는 CR5이고;
R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
R'1은 H, -COO-R3, -CO-R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
(i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 치환된 헤테로아릴;
(ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
(iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함함; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬; -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐; 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함;
m은 0, 1, 2 또는 3이고;
다만 만약 R'1이 -COO-R3, X는 N, R은 치환된 페닐, 그리고 RB는 메틸이면, 이 경우, R3는 메틸 또는 에틸이 아님;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들 각각은 선택적으로 치환된다. 다른 실시예에 있어서, R은 페닐 또는 피리딜이고, 이들 각각은 선택적으로 치환된다. 다른 실시예에 있어서, R은 p-Cl-페닐, o-Cl-페닐, m-Cl-페닐, p-F-페닐, o-F-페닐, m-F-페닐 또는 피리디닐이다.
다른 실시예에 있어서, R'1은 -COO-R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고; R3는 O, S 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2 또는 3개의 헤테로원자를 포함하는 -C1-C8 알킬이고, 이는 선택적으로 치환될 수 있다. 다른 실시예에 있어서, R'1은 -COO-R3이고, R3은 메틸, 에틸, 프로필, i-프로필, 부틸, sec-부틸, 또는 t-부틸이고; 또는 R'1은 H 또는 선택적으로 치환된 페닐이다.
다른 실시예에 있어서, RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, COOCH2OC(O)CH3이다.
다른 실시예에 있어서, RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, 또는 COOCH2OC(O)CH3이다.
다른 실시예에 있어서, RA 각각은 독립적으로, 선택적으로 치환된 알킬이고, 또는 RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴을 형성할 수 있다.
다른 실시예에 있어서, RA 각각은 메틸이다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 III의 화합물:
Figure pct00003
(III)
여기서,
X는 N 또는 CR5이고;
R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
(i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
(ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
(iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함함; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
(iv) NH2, N=CR4R6;
R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6은 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
m은 0, 1, 2 또는 3이고;
다만
(a) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 페닐 또는 치환된 페닐, RB는 메틸이면, 이 경우, R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며; 그리고
(b) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3 및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아님;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
임의의 실시예에 있어서, R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환된다. 임의의 실시예에 있어서, R은 페닐 또는 피리딜이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환된다.
임의의 실시예에 있어서, R은 p-Cl-페닐, o-Cl-페닐, m-Cl-페닐, p-F-페닐, o-F-페닐, m-F-페닐 또는 피리디닐이다. 임의의 실시예에 있어서, R3는 H, NH2, 또는 N=CR4R6이다.
임의의 실시예에 있어서, R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 헤테로아릴이고; 이들의 각각은 선택적으로 치환된다.
임의의 실시예에 있어서, R6은 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환된다.
임의의 실시예에 있어서, R3 및 R4중 하나는 H이고, R3 및 R4의 다른 하나는 (CH2)p-Y이고, 여기서 p는 1 내지 3(예를 들어, p는 2)이며, Y는 질소 함유(방향족 또는 비방향족일 수 있는) 환이다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 IV의 화합물:
Figure pct00004
(IV)
여기서,
X는 N 또는 CR5이고;
R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
RA 각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 내지 3이고 L은 H, -COO-R3, -CO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
R2는 H, D, 할로겐, 또는 선택적으로 치환된 알킬이고;
R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
(i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
(ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
(iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
(iv) NH2,N=CR4R6;
R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
R6은 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이며, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6은 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
m은 0, 1, 2 또는 3이고;
다만
(a) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -CO-N(R3R4)이면, 이 경우, R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며;
(b) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -CO-N(R3R4), 그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3 및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아니고; 그리고
(c) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -COO-R3이면, 이 경우, R3은 메틸 또는 에틸이 아님;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, R1은 -(CH2)n-L, 여기서, n은 0 내지 3 그리고 L은-COO-R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴; 그리고 R3은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3개의 헤테로원자를 포함하는 -C1-C8 알킬이고 이는 선택적으로 치환될 수 있된다. 다른 실시예에 있어서, n은 1 또는 2이고 L은 알킬 또는 -COO-R3이며, R3은 메틸, 에틸, 프로필, i-프로필, 부틸, sec-부틸, 또는 t-부틸; 또는 n은 1 또는 2 그리고 L은 H 또는 선택적으로 치환된 페닐이다.
다른 실시예에 있어서, R1은 -(CH2)n-L, 여기서, n은 0 그리고 L은-CO-N(R3R4),그리고 R3 및 R4중 하나는 H이고, R3 및 R4중 다른 하나는 (CH2)p-Y이고, 여기서 p는 1 내지 3(예를 들어, p는 2)이며, Y는 질소 함유(방향족 또는 비방향족일 수 있는) 환이다.
다른 실시예에 있어서, R2는 H 또는 메틸이다.
다른 실시예에 있어서, RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, COOCH2OC(O)CH3이다.
다른 실시예에 있어서, 환 A는 페닐, 나프틸, 비페닐, 테트라하이드로나프틸, 인다닐, 피리딜, 푸라닐, 인돌릴, 피리미디닐, 피리디지닐, 피라지닐, 이미다졸릴, 옥사졸릴, 티에닐, 티아졸릴, 트리아졸릴, 이속사졸릴, 퀴놀리닐, 피롤릴, 피라졸릴, 또는 5,6,7,8-테트라하이드로이소퀴놀리닐이다.
다른 실시예에 있어서, RA 각각은 독립적으로, 선택적으로 치환된 알킬이고, RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 아릴을 형성할 수 있다.
본 발명에서는 또한 본원의 화학식 V 내지 XXII의 화합물, 및 본원에 설명된 임의의 화합물을 제공한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 대상에 있어서 종양형성에 대한 치료 또는 예방 방법을 제공하는데, 이 방법은 화학식 I 내지 XXII 중 임의의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물의 유효량을 대상에 투여하는 단계를 포함한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 화학식 I 내지 IV 의 화합물 중에서 어느 하나이다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 종양형성 세포의 성장, 증식 또는 생존 감소 방법을 제공하는데, 이 방법은 화합물 I 내지 XXII 중 임의의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물의 유효량을 세포와 접촉시키는 단계를 포함함으로써 종양형성 세포의 성장, 증식 또는 생존을 감소시킨다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 종양형성 세포의 분화를 유도하는 방법을 제공하는데, 이 방법은 화합물 I 내지 XXII 중 임의의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물을 세포와 접촉시키는 단계를 포함함으로써 종양형성 세포의 분화를 유도한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 종양형성 세포의 세포사를 유도하는 방법을 제공하는데, 이 방법은 화합물 I 내지 XXII 중 임의의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물의 치료학적 유효량을 세포와 접촉시키는 단계를 포함함으로써 종양형성 세포의 세포사를 유도한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 BET 계열의 브로모도메인과 결합시키기 위한 화합물을 선택하는 단계를 더 포함한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 세포 환경에서 크로마틴에 대한 브로모도메인 결합을 저해하기 위한 화합물을 선택하는 단계를 더 포함한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 차주사 형광측정법(DSF), 등온 적정 열량 측정법, 및/또는 발광 근접 균질분석법(ALPHA-screen)을 사용하여 결합 특이성을 위한 화합물을 선택하는 단계를 더 포함한다. 다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 상기 분석법 내에서 브로모도메인의 열적 안정성을 증가시킨다.
다른 실시예에 있어서, BET 계열 멤버는 BRD2, BRD3, BRD4 또는 BRDT이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 세포는 상기 대상 내에 있다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 대상에 있어서 종양형성에 대한 치료 및 예방 방법을 제공하는데, 상기 방법은 화학식 I 내지 XXII 중 어느 하나의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물 유효량을 이를 필요로 하는 대상에 투여하는 단계를 포함함으로써 대상에 있어서 종양형성을 치료 및 예방한다.
임의의 실시예에 있어서, 상기 대상은 포유류이다. 다른 실시예에 있어서, 상기 대상은 인간 환자이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 대상에서 종양형성의 성장 또는 증식을 감소시킨다.
다른 실시예에 있어서, 상기 종양형성은 전사활성화 인자에 의해 유도된다. 다른 실시예에 있어서, 상기 전사활성화 인자는 myc이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 대상은 버킷 임파종, 소세포 폐암, 유방암, 대장암, 신경아세포종, 다형성신경교아종, MLL 기반 백혈병, 만성 림프 백혈병, NUT 정중선 종양, 편평 상피암 또는 NUT 재배열과 관련된 다른 종양으로 이루어진 군에서 선택된 종양을 갖는다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 I 내지 XXII 중 어느 하나의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물의 치료학적 유효량 및 이의 약제학적으로 허용가능한 부형제 또는 담체를 포함하는 조성물을 제공한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 치료학적 유효량의 화학식 I 내지 XXII 중 어느 하나의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물 및 상기 화합물 투여에 대한 서면 지시를 포함하는 포장된 약제를 제공한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 대상에서 종양형성에 대한 예방 및 치료 방법을 제공하는데, 상기 방법은 화학식 I 내지 XXII 중 어느 하나의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물의 치료학적 유효량을 대상에 투여하는 단계를 포함하며, 상기 화합물은 아세틸-리신에 대한 브로모도메인 결합을 방해하거나 크로마틴으로부터 BET 계열 멤버를 대체함으로써, 대상에서 종양형성을 예방 및 치료한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 BET 계열 멤버에 대한 히스톤 H4 Kac 펩타이드 결합을 저해한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 BET 계열 멤버는 BRD2, BRD3, BRD4 또는 BRDT이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 BET-계열 브로모도메인의 Kac 결합 부위에 결합한다.
다른 양태에 있어서, 본 발명에서는 종양형성의 치료를 위한 화합물 식별 방법을 제공하는데, 상기 방법은 브로모도메인을 포함하는 BET 계열 멤버를 테스트 화합물과 접촉시키는 단계; 및 브로모도메인에 대한 특이적 결합을 검출하는 단계를 포함하며, 그로 인해 테스트 화합물이 종양형성의 치료에 유용함을 식별한다.
다른 실시예에 있어서, 결합 특이성이 차주사 형광측정법(DSF)을 이용하여 분석된다.
다른 실시예에 있어서, 결합은 상기 브로모도메인의 열적 안정성을 증가시킨다.
다른 실시예에 있어서, 결합은 등온 적정 열량 측정법을 이용하여 검출된다.
다른 실시예에 있어서, 결합은 발광 근접 균질 분석법(ALPHA-screen)을 이용하여 검출된다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 상기 브로모도메인에 대한 히스톤 H4 Kac 펩타이드 결합을 저해한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 상기 브로모도메인 내에서 진화론적으로 보존된 아스파라긴과 수소 결합을 형성한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 BET 계열 멤버는 BRD4 또는 BRD2이고, 아스파라긴은 BRD4(1) 내의 Asn140 및 BRD2(2) 내의 Asn429이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 세포 환경 내에서 크로마틴과 경쟁적으로 결합한다.
다른 실시예에 있어서, 크로마틴과의 경쟁적 결합은 광퇴색 이후 형광 회복(FRAP)을 사용하여 검출된다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 체외 종양형성 세포 내에서 수행된다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 셀 분화에 있어서 세포 증식의 감소, 세포사의 증가, 또는 세포 분화의 증가를 검출하는 단계를 더 포함한다.
다른 실시예에 있어서, 세포사는 세포사멸(apoptotic) 방식의 세포사이다.
다른 실시예에 있어서, 세포 분화는 사이토케라틴 발현의 증가 검출에 의해 식별된다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 전사 신장 감소를 검출하는 단계를 더 포함한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 대상에 대한 종양형성 치료 또는 예방 방법을 제공하는데, 상기 방법은 화학식 I 내지 XXII 중 어느 하나의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물의 유효량을 상기 대상에 투여하는 단계를 포함하며, 상기 화합물은 BET 계열 브로모도메인 결합이 가능하고 상기 브로모도메인과 크로마틴의 상호작용을 저해하여 암을 예방 또는 치료하는 방법이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 상기 대상의 종양형성 세포 내에서 세포의 죽음 또는 분화를 유도한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 종양형성 치료 또는 예방용 조성물을 제공하는데, 상기 조성물은 화학식 I 내지 XXII의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물로 이루어지는 군에서 선택된 화합물 유효량 및 이의 약제학적으로 허용가능한 부형제를 포함하며, 상기 화합물이 BET 계열 브로모도메인에 대한 히스톤 H4 Kac 펩타이드의 결합을 저해한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 대상에서 염증을 감소시키는 방법을 제공하는데, 상기 방법은 화합물 I 내지 XXII 중 어느 하나의 화합물 또는 본원에 기재된 임의의 화합물 유효량을 대상에 투여하는 단계를 포함한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 대상에서 염증성 질환의 예방 또는 치료 방법을 제공하는데, 상기 방법은 화합물 I 내지 XXII 중 어느 하나의 화합물 또는 본원에 기재된 화합물의 유효량을 이를 필요로 하는 대상에 투여하는 단계를 포함한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 대상은 포유류이다. 다른 실시예에 있어서, 상기 대상은 인간 환자이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 방법은 사이토카인 레벨, 히스타민 방출, 또는 면역반응성 세포의 생물학적 활성을 감소시킨다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 염증의 치료를 위한 화합물의 식별 방법을 제공하는데, 상기 방법은 브로모도메인을 포함하는 BET 계열 멤버를 테스트 화합물과 접촉시키는 단계; 및 브로모도메인에 대한 특이적 결합을 검출하는 단계를 포함함으로써 테스트 화합물이 염증의 치료에 유용함을 식별한다.
본 발명의 다른 특징 및 이점들이 상세한 설명 및 청구범위로부터 명백해질 것이다.
정의
"작용물질"은 소분자 화합물, 항체, 핵산 분자, 또는 폴리펩티드, 또는 이들의 분체 중 어느 하나를 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "방향족 환" 또는 "아릴"은 탄소 및 수소 원자를 포함하는 단일환 또는 다중환-방향족 환 또는 환 라디칼을 의미한다. 아릴 그룹의 적절한 예는 제한 없이 페닐, 톨릴, 안타세닐, 플루오레닐, 인데닐, 애줄레닐, 및 나프틸을 포함하며, 5,6,7,8-테트라하이드로나프틸과 같은 벤조-융합된 카보사이클릭 부분도 포함한다. 아릴 그룹은 비치환되거나 알킬 그룹에 대한 치환체로서 본원에 설명된 것과 같이(제한없이 알킬(바람직하게는 저급 알킬 또는 하나 이상의 할로와 치환된 알킬), 히드록시, 알콕시(바람직하게 저급 알콕시), 알킬티오, 시아노, 할로, 아미노, 보론산(-B(OH)2), 및 니트로를 포함하는) 하나 이상의 치환체와 선택적으로 치환될 수 있다. 다른 실시예에 있어서, 아릴 그룹은 단일환으로서, 이 경우, 환은 6개의 탄소 원자를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "알킬"은 일반적으로 1 내지 10개의 탄소 원자를 포함하는 포화된 직쇄형 또는 가지형 비환 탄화수소를 의미한다. 대표적인 포화 직쇄형 알킬은 메틸, 에틸, n-프로필, n-부틸, n-펜틸, n-헥실, n-헵틸, n-옥틸, n-노닐 및 n-데실을 포함하며; 포화된 가지형 알킬은 이소프로필, sec-부틸, 이소부틸, tert-부틸, 이소펜틸, 2-메틸부틸, 3-메틸부틸, 2-메틸펜틸, 3-메틸펜틸, 4-메틸펜틸, 2-메틸헥실, 3-메틸헥실, 4-메틸헥실, 5-메틸헥실, 2,3-디메틸부틸, 2,3-디메틸펜틸, 2,4-디메틸펜틸, 2,3-디메틸헥실, 2,4-디메틸헥실, 2,5-디메틸헥실, 2,2-디메틸펜틸, 2,2-디메틸헥실, 3,3-디메틸펜틸, 3,3-디메틸헥실, 4,4-디메틸헥실, 2-에틸펜틸, 3-에틸펜틸, 2-에틸헥실, 3-에틸헥실, 4-에틸헥실, 2-메틸-2-에틸펜틸, 2-메틸-3-에틸펜틸, 2-메틸-4-에틸펜틸, 2-메틸-2-에틸헥실, 2-메틸-3-에틸헥실, 2-메틸-4-에틸헥실, 2,2-디에틸펜틸, 3,3-디에틸헥실, 2,2-디에틸헥실, 3,3-디에틸헥실 등을 포함한다. 본 발명의 화합물에 포함되는 알킬 그룹은 비치환되거나 하나 이상의 치환체로 선택적으로 치환될 수 있는데, 치환체의 예로는, 아미노, 알킬아미노, 아릴아미노, 헤테로아릴아미노, 알콕시, 알킬티오, 옥소, 할로, 아실, 니트로, 히드록실, 시아노, 아릴, 헤테로아릴, 알킬아릴, 알킬헤테로아릴, 아릴옥시, 헤테로아릴옥시, 아릴티오, 헤테로아릴티오, 아릴아미노, 헤테로아릴아미노, 카보사이클릴, 카보사이클릴옥시, 카보사이클릴티오, 카보사이클릴아미노, 헤테로사이클릴, 헤테로사이클릴옥시, 헤테로사이클릴아미노, 헤테로사이클릴티오, 등이 있다. 저급 알킬은 일반적으로 본 발명의 화합물로서 바람직하다.
"브로모도메인"은 아세틸화된 리신 잔기를 인식하는 폴리펩티드의 일부를 의미한다. 일 실시예에서, BET 계열 멤버 폴리펩티드의 브로모도메인은 약 110 아미노산을 포함하며, 크로마틴과 상호작용하는 다양한 루프 영역에 연결된 네 개의 알파 헬릭스의 좌선성 번들을 포함하는 보존된 폴드를 공유한다.
"BET 계열 폴리펩티드"는 두 개의 브로모도메인 및 전사 조절 활성 또는 아세틸화 리신 결합 활성을 갖는 엑스트라터미널(ET) 도메인 또는 이의 분체를 포함하는 폴리펩티드를 의미한다. BET 계열 멤버의 예로서는 BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT가 포함된다.
"BRD2 폴리펩티드"는 크로마틴 결합 또는 전사 조절이 가능한 NP_005095에 대하여 적어도 85%의 동질성을 갖는 단백질 또는 이의 분체를 의미한다.
예시적인 BRD2 폴리펩티드의 서열은 다음과 같다:
MLQNVTPHNKLPGEGNAGLLGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPALQLTPANPPPPEVSNPK
KPGRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWAASE
CMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQELVVTIPKNSHKKGAKLAALQGSVT
SAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTTVLNIPHPSVISSPLLKSLHSAGPPLLAVTAAPPAQPLAKKKGVK
RKADTTTPTPTAILAPGSPASPPGSLEPKAARLPPMRRESGRPIKPPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQL
KHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRL
MFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSESSSEESSSESS
SEEEEEEDEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQGPISKPKRKREKKEKKKKRKA
EKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAALGPSGFGPSGGSGTKLPKKATKTAPPALPTG
YDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLRDSNPEEIEIDFETLKPSTLRELE
RYVLSCLRKKPRKPYTIKKPVGKTKEELALEKKRELEKRLQDVSGQLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVA
VSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSDSDSG
"BRD2 핵산 분자"는 BRD2 폴리펩티드 또는 이의 분체를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
"BRD3 폴리펩티드"는 크로마틴 결합 또는 전사 조절이 가능한 NP_031397.1에 대하여 적어도 85%의 동질성을 갖는 단백질 또는 이의 분체를 의미한다.
예시적인 BRD3 폴리펩티드의 서열은 다음과 같다:
1 mstattvapa gipatpgpvn ppppevsnps kpgrktnqlq ymqnvvvktl wkhqfawpfy
61 qpvdaiklnl pdyhkiiknp mdmgtikkrl ennyywsase cmqdfntmft ncyiynkptd
121 divlmaqale kiflqkvaqm pqeevellpp apkgkgrkpa agaqsagtqq vaavssvspa
181 tpfqsvpptv sqtpviaatp vptitanvts vpvppaaapp ppatpivpvv pptppvvkkk
241 gvkrkadttt pttsaitasr sesppplsdp kqakvvarre sggrpikppk kdledgevpq
301 hagkkgklse hlrycdsilr emlskkhaay awpfykpvda ealelhdyhd iikhpmdlst
361 vkrkmdgrey pdaqgfaadv rlmfsncyky nppdhevvam arklqdvfem rfakmpdepv
421 eapalpapaa pmvskgaess rsseesssds gssdseeera trlaelqeql kavheqlaal
481 sqapvnkpkk kkekkekekk kkdkekekek hkvkaeeekk akvappakqa qqkkapakka
541 nstttagrql kkggkqasas ydseeeeegl pmsydekrql sldinrlpge klgrvvhiiq
601 srepslrdsn pdeieidfet lkpttlrele ryvksclqkk qrkpfsasgk kqaakskeel
661 aqekkkelek rlqdvsgqls sskkparkek pgsapsggps rlsssssses gsssssgsss
721 dssdse
"Brd3 핵산 분자"는 BRD3 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
"BRD4 폴리펩티드"는 크로마틴 결합 또는 전사 조절이 가능한 NP_055114에 대하여 적어도 85%의 동질성을 갖는 단백질 또는 이의 분체를 의미한다.
1 msaesgpgtr lrnlpvmgdg letsqmsttq aqaqpqpana astnppppet snpnkpkrqt
61 nqlqyllrvv lktlwkhqfa wpfqqpvdav klnlpdyyki iktpmdmgti kkrlennyyw
121 naqeciqdfn tmftncyiyn kpgddivlma ealeklflqk inelpteete imivqakgrg
181 rgrketgtak pgvstvpntt qastppqtqt pqpnpppvqa tphpfpavtp dlivqtpvmt
241 vvppqplqtp ppvppqpqpp papapqpvqs hppiiaatpq pvktkkgvkr kadtttptti
301 dpiheppslp pepkttklgq rressrpvkp pkkdvpdsqq hpapeksskv seqlkccsgi
361 lkemfakkha ayawpfykpv dvealglhdy cdiikhpmdm stiksklear eyrdaqefga
421 dvrlmfsncy kynppdhevv amarklqdvf emrfakmpde peepvvavss pavppptkvv
481 appsssdsss dsssdsdsst ddseeeraqr laelqeqlka vheqlaalsq pqqnkpkkke
541 kdkkekkkek hkrkeeveen kkskakeppp kktkknnssn snvskkepap mkskppptye
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"Brd4 핵산 분자"는 BRD4 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
"BRDT 폴리펩티드"는 크로마틴 결합 또는 전사 조절이 가능한 NP_001717에 대하여 적어도 85%의 동질성을 갖는 단백질 또는 이의 분체를 의미한다.
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"BRDT 핵산 분자"는 BRDT 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
"개선"은 질환의 발전이나 진행을 감소, 억제, 약화, 축소, 저지 또는 안정화시키는 것을 의미한다.
"개조"는 본원에 기재된 바와 같이 표준 기술에서 공지된 방법에 의해 검출된 유전자 또는 폴리펩티드의 발현 레벨 또는 활성의 변화(증가 또는 감소)를 의미한다. 본원에서 사용된 바와 같이, 개조는 발현 레벨의 10% 변화, 바람직하게는 25% 변화, 더욱 바람직하게는 40% 변화, 그리고 가장 바람직하게는 50% 이상의 변화를 포함한다.
"유사체"는 동일하지는 않지만 유사한 작용기 또는 구조적 특징을 갖는 분자를 의미한다. 예를 들어, 폴리펩티드 유사체는 대응 천연-발생 폴리펩티드의 생물학적 활성의 적어도 일부를 보유하면서 천연 발생 폴리펩티드에 비하여 유사체의 기능을 향상시키는 어떤 생화학적 변경을 포함한다. 이러한 생화학적 변경은 예를 들어, 리간드 결합의 변경없이 유사체의 프로테아제 저항력, 막 투과성, 또는 반감기를 증가시킬 수 있다. 유사체는 비천연 아미노산을 포함할 수 있다.
"화합물"은 소분자 화학 화합물, 항체, 핵산 분자, 또는 폴리펩티드, 또는 이의 분체를 의미한다.
"디아스테레오머"라는 용어는 두 개 이상의 비대칭 중심을 가지면서 서로 거울상 분자가 아닌 스테레오이소머를 말한다. "에난티오머"는 서로 겹쳐지지 않는 거울상 화합물의 두 스테레오이소머를 말한다. 두 에난티오머의 동일 몰 혼합물을 "라세미 혼합물" 또는 "라세미체"라고 부른다.
"할로겐"이라는 용어는 -F, -Cl, -Br 또는 -I를 나타낸다.
"할로알킬"이라는 용어는 상기에서 정의한 바와 같은 할로겐에 의해서 모노-, 디- 또는 폴리치환된 알킬 그룹, 예를 들어, 플루오로메틸 및 트리플루오로메틸을 포함하고자 한다.
"히드록실"이라는 용어는 -OH를 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같은 "헤테로 원자"라는 용어는 탄소 또는 수소가 아닌 다른 원소의 원자를 의미한다. 바람직한 헤테로 원자는 질소, 산소, 황 및 인이다.
"헤테로아릴"이라는 용어는 방향족 5-8 원소 단일환, 8-12 원소 바이사이클릭환, 또는 11-14 원소 트리사이클릭환 시스템으로서, 단일환의 경우 1-4 환 헤테로 원자를, 바이사이클릭환의 경우 1-6 헤테로 원자를, 트리사이클릭환의 경우 1-9 헤테로 원자를 가지며, 상기 헤테로 원자는 O, N, 또는 S로부터 선택되며, 환의 나머지 원자는 탄소이다. 헤테로아릴 그룹은 아릴 그룹에서 하나 이상의 치환체와 선택적으로 치환될 수 있다. 헤테로아릴 그룹의 예는, 다음으로만 제한하지 않고, 피리딜, 푸라닐, 벤조디옥솔릴, 티에닐, 피롤릴, 옥사졸릴, 옥사디아졸릴, 이미다졸릴, 티아졸릴, 이속사졸릴, 퀴놀리닐, 피라졸릴, 이소티아졸릴, 피리다지닐, 피리미디닐, 피라지닐, 트리아지닐, 트리아졸릴, 티아디아졸릴, 이소퀴놀리닐, 인다졸릴, 벤족사졸릴, 벤조푸릴, 인돌리지닐, 이미다조피리딜, 테트라졸릴, 벤즈이미다졸릴, 벤조티아졸릴, 벤조티아디아졸릴, 벤족사디아졸릴, 및 인돌릴을 포함한다.
본원에서 사용된 "헤테로사이클릭"이라는 용어는 환 구조 내에 탄소가 아닌 적어도 하나의 다른 원자(예를 들어, S, O, N)을 포함하는 유기 화합물을 나타낸다. 이 유기 화합물에서 환 구조는 방향족 또는 비방향족 중 어느 하나일 수 있다. 헤테로사이클릭 부분의 몇 가지 예로서는 다음으로만 제한하지 않고, 피리딘, 피리미딘, 피롤리딘, 퓨란, 테트라하이드로퓨란, 테트라하이드로티오펜, 및 디옥산을 포함한다.
"이성질체" 또는 "스테레오이소머"는 동일한 화학적 구성을 가지고 있지만 공간적으로 원자나 그룹의 배열이 상이한 화합물을 말한다.
"동위원소 유도체"라는 용어는 화합물 내의 하나 이상의 원자가 이 원자의 대응 동위원소로 대체된 화합물의 유도체를 포함한다. 예를 들어, 탄소 원자(C12)를 포함하는 화합물의 동위원소 유도체는 이 화합물의 탄소 원자가 C13 동위원소로 대체된 것일 수 있다.
"종양"이라는 용어는 자율적인 성장 능력, 즉, 빠르게 증식하는 세포 성장으로 특징되는 비정상적인 상태 또는 조건을 갖는 세포를 말한다. 종양 질환 상태는 병적인 것, 즉 질환 상태로 특징짓거나 이를 구성할 수 있는 것, 또는 비병적인 것, 즉 정상으로부터는 벗어났으나 질환 상태와는 관계없는 것으로 분류될 수 있다. 이 용어는 조직병리학적 타입 또는 침입성 단계와 관계없이 모든 종류의 암 성장 또는 종양형성 과정, 전이성 조직 또는 악성 전환 세포, 조직, 또는 기관을 포함한다. "병리학적 과증식" 세포는 악성 종양 성장으로 특징되는 질환 상태에서 나타난다. 비병리학적 과증식 세포의 예로서는 상처 치료와 관련된 세포의 증식을 포함한다.
본 발명의 화합물 치료를 잘 받아들이는 종양의 예는, 다음으로만 제한하지 않고, 백혈병(예를 들어, 급성 백혈병, 급성 림프 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 급성 골수아구성 백혈병, 급성 전골수성 백혈병, 급성 골수단구성 백혈병, 급성 단구성 백혈병, 급성 적백혈병, 혼합 혈통 백혈병, 만성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 만성 림프 백혈병), 다중 골수종, 적혈구 베라,피부, 림프종(호지킨병, 비호지킨병), 발덴스트룀의 거대글로불린혈증, 중쇄 질환, 및 고형 종양 예를 들어, 육종 및 종양(예를 들어, 섬유육종, 점액육종, 지방 육종, 연골 육종, 골원성육종, 척색종, 혈관 육종, 내피 육종, 림프관 육종, 림프관내피 육종, 활막종, 중피종, 유윙종양, 평활근육종, 횡문근육종, 결장암, 대장암, 췌장암, 유방암, 난소암, 전립선암, 편평 세포 암종, 기저 세포 암종, 선암, 땀샘 암종, 피지선암, 유두암종, 유두 선암, 낭종암, 골수암, 기관지원성암종, 신장 세포 암종, 간암, 나일 덕트 암종, 융모막 암종, 정상피종, 태생성 암종, 빌름스 종양, 자궁 경부암, 자궁암, 고환암, 폐암, 소세포 폐암, 비소세포 폐암, 방광암, 상피암종, 신경교종, 신경교아세포종, 다형교아종, 성상 세포종, 수모 세포종, 두개인두종, 뇌질피복 세포증, 송과체종, 혈관모 세포종, 청신경종, 신경내분비종양, 희돌기교종, 신경초종, 수막종, 흑색종, 신경아 세포종, 및 망막아종)을 포함한다.
일 실시예에 있어서, 종양형성은 우성 전사 활성제, 예를 들어, myc에 의해 유도된다. 이러한 암은 다음으로만 제한되지 않고, 버킷 임파종, 소세포 폐암, 유방암, 대장암, 신경아세포종, 다형성신경교아종, MLL 기반 백혈병, 만성 림프 백혈병, NUT 재배열과 관련된 편평 상피 세포 종양, 브로모도메인 함유 단백질 또는 NUT 재배열과 관련된 다른 종양을 포함한다.
종양의 "성장 저해"라는 용어는 이의 성장 및 전이를 감속, 방해, 저지 또는 정지시키는 것을 포함하며, 종양 성장의 완전한 제거를 나타낼 필요는 없다.
"컴퓨터 모델링"은 다음 중 하나 이상을 결정하기 위하여 사용한 컴퓨터 프로그램의 적용을 의미한다: 결합 부분에 대한 리간드의 위치 및 결합 근접성, 결합된 리간드가 차지하는 공간, 결합 부분과 리간드 사이의 상보적인 접촉 면적, 주어진 리간드의 결합 부분에 대한 결합 변형 에너지, 및 수소 결합력, 반데르 발르 상호작용, 친유성 상호 작용 및/또는 리간드 및 결합 부분 간의 정전기적 상호 작용 에너지에 대한 어느 정도의 추정. 컴퓨터 모델링은 모델 시스템과 후보 화합물의 특징들에 대한 비교를 제공해 줄 수도 있다. 예를 들어, 컴퓨터 모델링 실험은 본 발명의 약물 분자 구조 모델을 후보 화합물과 비교하여 후보 화합물과 모델의 적합성을 분석할 수 있다.
"컴퓨터 시스템"은 원자 좌표 데이터를 분석하는 데 사용되는 하드웨어 수단, 소프트웨어 수단 및 데이터 저장 수단을 의미한다. 본 발명의 컴퓨터-베이스 시스템의 최소 하드웨어는 중앙 처리 장치(CPU), 입력 수단, 출력 수단 및 데이터 저장 수단을 포함한다. 바람직하게 모니터가 제공되어 구조 데이터를 가시화한다. 데이터 저장 수단은 RAM 또는 본 발명의 컴퓨터 가독성 매체에 접속하기 위한 수단일 수 있다. 이러한 시스템의 예로서는 실리콘 그래픽스 인코포레이티드 및 선 마이크로시스템즈로부터 구입가능한 유닉스 베이스, Windows NT 또는 IBM OS/2 운영 체제의 마이크로 컴퓨터 워크스테이션을 들 수 있다.
"컴퓨터 가독성 매체"라는 것은 컴퓨터에 의해서 직접 읽고 접근할 수 있는 모든 매체를 의미하며, 예를 들어, 상술한 컴퓨터 시스템에 사용이 적합한 매체이다. 이러한 매체는 다음을 포함하는데, 이로만 제한되지 않는다: 플로피 디스크, 하드 디스크 저장 매체 및 자기 테이프와 같은 자기 저장 매체; 광학 디스크 또는 CD-ROM과 같은 광학 저장 매체; RAM 및 ROM과 같은 전기 저장 매체; 및 자기/광학 저장 매체와 같은 이들의 혼합형.
본 명세서에서, "구성하다", "구성하는", "함유하는" 및 "갖는" 등과 같은 용어는 미국 특허법에서 이들에 주어진 의미를 가질 수 있으며 "포함하다", "포함하는", 등을 의미할 수 있다; "필수 구성 성분으로서 포함하는" 또는 "만을 포함하는" 등은 미국 특허법에 의해 주어진 의미를 가지며 이러한 용어는 개방형으로서, 인용된 것보다 많이 존재하여 인용된 것의 기본적이거나 신규한 특징을 변경하지 않는 한 인용된 것 이상의 존재를 허용하나 종래 기술 실시예는 포함하지 않는다.
"검출"은 검출될 분석물의 존재, 부재, 또는 양을 식별하는 것을 나타낸다.
"검출가능한 라벨"은 관심 분자에 결합되었을 때 스펙트로스코피, 광화학, 생화학, 면역화학, 또는 화학적 수단을 통하여 검출가능하게 되는 조성물을 의미한다. 예를 들어, 유용한 라벨은 방사성 동위원소, 자기 비드, 금속 비드, 콜로이드성 입자, 형광 염료, 전자 밀도 시약, (예를 들어, ELISA에 통상 이용되는) 효소, 비오틴, 디곡시제닌, 또는 합텐을 포함한다.
"질환"은 세포, 조직 또는 기관의 정상적인 기능을 손상시키거나 방해하는 병태 또는 장애를 의미한다. 본원에 기술된 화합물로 치료가능한 질환의 예로서는 종양형성, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성 동맥 경화, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 대숙주성이식편병, 브로모도메인과 관련된 감염 질환 치료 또는 예방, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료, 및 남성 생식력을 감소시키기 위한 치료를 포함한다. 본 발명의 조성물의 용도는 다음을 포함하되 이들로만 한정되지는 않는데, 장기 이식, 재생 약물에 대한(즉, 세포 분화를 촉진시키거나 저해하는 것에 의한) 세포 상태의 조절 및 전분화능의 촉진이다.
"유효량"은 미치료 환자에 대하여 질환의 증상이 개선되는데 필요한 작용물질의 양을 의미한다. 질환의 치료 처리를 위해 본 발명을 실행하려고 사용되는 활성 화합물(들)의 유효량은 투여 방식, 나이, 체중, 및 대상의 전반적인 건강에 따라 달라진다. 궁극적으로, 주치의 또는 수의사가 적절한 양 및 용량 투약 방식을 결정할 것이다. 이러한 양을 "유효"량이라고 한다.
"에난티오머"라는 용어는 서로 겹쳐지지 않는 거울상 화합물의 두 스테레오이소머를 말한다. 두 에난티오머의 동일 몰 혼합물을 "라세미 혼합물" 또는 "라세미체"라고 부른다.
"할로겐"이라는 용어는 -F, -Cl, -Br 또는 -I를 나타낸다.
"할로알킬"이라는 용어는 상기에서 정의한 바와 같은 할로겐에 의해서 모노-, 디- 또는 폴리치환된 알킬 그룹, 예를 들어, 플루오로메틸 및 트리플루오로메틸을 포함하고자 한다.
"히드록실"이라는 용어는 -OH를 의미한다.
"헤테로 원자"라는 용어는 본원에서 탄소 또는 수소가 아닌 다른 원소의 원자를 의미하는데 사용된다. 바람직한 헤테로 원자는 질소, 산소, 황 및 인이다.
"헤테로아릴"이라는 용어는 방향족 5-8 원소 단일환, 8-12 원소 바이사이클릭환, 또는 11-14 원소 트리사이클릭환 시스템으로서, 단일환의 경우 1-4 환 헤테로 원자를, 바이사이클릭환의 경우 1-6 헤테로 원자를, 트리사이클릭환의 경우 1-9 헤테로 원자를 가지며, 상기 헤테로 원자는 O, N, 또는 S로부터 선택되며, 환의 나머지 원자는 탄소이다. 헤테로아릴 그룹은 예컨대 상술한 바와 같은 아릴 그룹에서 하나 이상의 치환체와 선택적으로 치환될 수 있다. 헤테로아릴 그룹의 예는, 다음으로만 제한하지 않고, 피리딜, 푸라닐, 벤조디옥솔릴, 티에닐, 피롤릴, 옥사졸릴, 옥사디아졸릴, 이미다졸릴, 티아졸릴, 이속사졸릴, 퀴놀리닐, 피라졸릴, 이소티아졸릴, 피리다지닐, 피리미디닐, 피라지닐, 트리아지닐, 트리아졸릴, 티아디아졸릴, 이소퀴놀리닐, 인다졸릴, 벤족사졸릴, 벤조푸릴, 인돌리지닐, 이미다조피리딜, 테트라졸릴, 벤즈이미다졸릴, 벤조티아졸릴, 벤조티아디아졸릴, 벤족사디아졸릴, 및 인돌릴을 포함한다.
본원에서 사용된 "헤테로사이클릭"이라는 용어는 환 구조 내에 탄소가 아닌 적어도 하나의 다른 원자(예를 들어, S, O, N)를 포함하는 유기 화합물을 나타낸다. 이 유기 화합물에서 환 구조는 방향족 또는 비방향족 중 어느 하나일 수 있다. 헤테로사이클릭 부분의 몇가지 예로서는 다음으로만 제한하지 않고, 피리딘, 피리미딘, 피롤리딘, 퓨란, 테트라하이드로퓨란, 테트라하이드로티오펜, 및 디옥산을 포함한다.
"이성질체" 또는 "스테레오이소머"는 동일한 화학적 구성을 가지고 있지만 공간적으로 원자나 그룹의 배열이 상이한 화합물을 말한다.
"동위원소 유도체"라는 용어는 화합물 내의 하나 이상의 원자가 이 원자의 대응 동위원소로 대체된 화합물의 유도체를 포함한다. 예를 들어, 탄소 원자(C12)를 포함하는 화합물의 동위원소 유도체는 이 화합물의 탄소 원자가 C13 동위원소로 대체된 것일 수 있다.
본 발명에서는 본원에서 설명된 방법에 의해 특징지어지는 장애를 치료하는 데에 매우 특이적인 약물의 개발에 유용한 다수의 표적을 제공한다. 또한 본 발명의 방법은 대상에 사용할 때 안전한 치료법을 식별하는 쉬운 방법을 제공한다. 또한 본 발명의 방법은 높은 처리량, 고감도, 및 낮은 복잡성으로 본원에서 설명된 질환에 대한 효과에 대하여 사실상 모든 수의 화합물을 분석하는 경로를 제공한다.
"적합화"는 작용물질 분자의 하나 이상의 원자와 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT의 브로모도메인)의 하나 이상의 원자 또는 결합 자리 사이의 상호 작용을 자동, 또는 반자동 수단에 의해 결정하는 것과 이러한 상호 작용이 안정한 한계를 결정하는 것을 의미한다. 적합화를 위한 다양한 컴퓨터-베이스 방법이 본원에서 더욱 설명된다.
"분체"는 폴리펩티드 또는 핵산 분자의 일부를 의미한다. 이 부분은, 바람직하게 표준 핵산 분자 또는 폴리펩티드 총 길이의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90%를 포함한다. 분체는 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, or 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 또는 1000 뉴클레오티드 또는 아미노산을 포함할 수 있다.
"혼성"은 수소 결합을 의미하는데, 이는 상보적인 핵염기 사이의 왓슨-크릭, 훅스틴 또는 역 훅스틴 수소 결합일 수 있다. 예를 들어, 아데닌과 티민은 수소 결합의 형성을 통하여 짝을 이루는 상보적인 핵염기이다.
"고립 폴리뉴클레오티드"는 유전자로부터 자유로운 핵산(예를 들어, DNA)을 의미하는데, 본 발명의 핵산 분자가 유도되는 유기체의 천연 발생 게놈에서 유전자 측면에 있다. 따라서 이 용어는 예를 들어, 벡터; 자체적으로 복제하는 플라스미드 또는 바이러스; 또는 원핵 생물 또는 진핵 생물의 게놈 DNA에 병합되거나; 다른 서열에 독립적인 분리된 분자(예를 들어, cDNA 또는 PCR 또는 제한 엔도뉴클레아제 소화에 의해 생성된 게놈 또는 cDNA 분체)로 존재하는 재조합 DNA를 포함한다. 또한, 이 용어는 추가 폴리펩티드 서열을 인코딩하는 혼성 유전자의 일부인 재조합 DNA 뿐 아니라 DNA 분자로부터 전사되는 RNA 분자를 포함한다.
"고립 폴리펩티드"는 천연에서 이를 수반하는 성분으로부터 분리된 본 발명의 폴리펩티드를 의미한다. 대표적으로, 폴리펩티드는 무게비로 적어도 60% 일 때 단백질 및 천연적으로 이와 관계된 천연 발생 유기 분자로부터 분리된다. 바람직하게 본 발명의 폴리펩티드가 무게비로 적어도 75%, 더욱 바람직하게 적어도 90%, 그리고 가장 바람직하게 적어도 99%에서 제조된다. 본 발명의 고립 폴리펩티드는 예를 들어, 천연 자원으로부터 추출, 폴리펩티드와 같은 재조합 핵산 인코딩의 발현에 의해 얻어지거나; 또는 단백질을 화학적으로 합성하는 것에 의해 얻어질 수 있다. 순도는 컬럼 크로마토그래피, 폴리아크릴아미드 겔 전기 영동, 또는 HPLC 분석과 같은 적절한 방법에 의해 측정될 수 있다.
"표지"는 발현 레벨의 변경 또는 질환 또는 장애와 관련된 활성을 갖는 단백질 또는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같이 "작용물질을 얻는 것" 내에서와 같이 "얻는 것"은 작용물질을 합성, 구매, 또는 달리 입수하는 것을 포함한다.
"종양"이라는 용어는 자율적인 성장 능력, 즉, 빠르게 증식하는 세포 성장으로 특징지어지는 비정상적인 상태 또는 병태를 갖는 세포를 말한다. 종양 질환 상태는 병적인 것, 즉 질병 상태로 특징짓거나 이를 구성하는 것, 또는 비병적인 것, 즉 정상으로부터는 벗어났으나 질병 상태와는 관계없는 것으로 분류될 수 있다. 이 용어는 조직병리학적 타입 또는 침입 단계와 관계없이 모든 종류의 암 성장 또는 종양형성 과정, 전이성 조직 또는 악성 전환 세포, 조직, 또는 기관을 포함한다. "병리학적 과증식" 세포는 악성 종양 성장으로 특징지어지는 질병 상태에서 나타난다. 비병리학적 과증식 세포의 예로서는 상처 치료와 관련된 세포의 증식을 포함한다.
종양의 "성장 저해"라는 용어는 이의 성장 및 전이를 감속, 방해, 저지 또는 정지하는 것을 포함하며, 종양 성장의 완전한 제거를 나타낼 필요는 없다.
"종양형성"이라는 용어의 일반적인 의학적 의미는 정상 성장 통제에 대한 반응의 손실 결과 예를 들어, 종양형성 세포 성장과 같은 "새로운 세포 성장"을 나타낸다. "과형성"은 비정상적으로 높은 성장 속도를 나타내는 세포를 말한다. 그러나 본원에서 사용된 바와 같이, 종양은 일반적으로 비정상적인 세포 성장 속도를 경험하는 세포를 말한다. 종양형성은 양성, 전암 상태 또는 악성일 수 있는 "종양"을 포함한다.
"화합물을 얻는 것" 내에서와 같이 "얻는 것"은 화합물을 합성, 구입, 또는 다른 방법으로 얻는 것을 포함한다.
본원에서 사용된 "광학적 이성질체"라는 용어는 서로 정확하게 거울상으로 겹치지 않는 분자, 카이랄 분자로도 알려진 분자를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같은 "비경구 투여" 및 "비경구적으로 투여된"이라는 문구는 장내 또는 국소 투여를 제외한 투여 방식을 의미하는데 대개 주사에 의한 것이며, 다음으로 제한하지 않고 정맥내, 근육내, 동맥내, 척추강내, 캡슐내, 오르비탈내, 심장내, 피하내, 복강내, 경기관내, 피하, 피내, 관절내, 피막내, 지주막하, 척수내 및 척수내 주사 및 투입을 포함한다.
"폴리사이클릴" 또는 "폴리사이클릭 라디칼"이라는 용어는 둘 이상의 탄소가 두 개의 결합된 환에 공통으로 있는, 예를 들어, 환이 "융합 환"인 둘 이상의 사이클릭 환(예를 들어, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 사이클로알카이닐, 아릴 및/또는 헤테로사이클릴)의 라디칼을 의미한다. 이웃하지 않는 원자들을 통하여 결합된 환들은 "다리 결합(bridged)"환이라고 한다. 폴리사이클의 각 환은 상술한 치환체로 치환될 수 있는데, 예를 들어, 할로겐, 히드록실, 알킬카보닐옥시, 아릴카보닐옥시, 알콕시카보닐옥시, 아릴옥시카보닐옥시, 카복실레이트, 알킬카보닐, 알콕시카보닐, 아미노카보닐, 알킬티오카보닐, 알콕실, 포스페이트, 포스포나토, 포스피나토, 시아노, 아미노(알킬아미노, 디알킬아미노, 아릴아미노, 디아릴아미노, 및 알킬아릴아미노를 포함), 아실아미노(알킬카보닐아미노, 아릴카보닐아미노, 카바모일 및 우레이도를 포함), 아미디노, 이미노, 설피드릴, 알킬티오, 아릴티오, 티오카복실레이트, 설페이트, 설포나토, 설파모일, 설폰아미도, 니트로, 트리플루오로메틸, 시아노, 아지도, 헤테로사이클릴, 알킬, 알킬아릴, 또는 방향족 또는 헤테로 방향족 부분이다.
본원에서 사용된 바와 같은 "폴리모프"라는 용어는 본 발명의 화합물의 고체 결정형 또는 이의 복합체를 말한다. 동일한 화합물의 상이한 폴리모프가 상이한 물리적, 화학적 및/또는 분광학적 특성을 나타낼 수 있다. 상이한 물리적 특성은 다음으로만 한정되지 않고, 안정성(예를 들어, 열 또는 빛), 압축률 및 밀도(제형화 및 생성물 제조에 중요함), 및 해리 속도(생물학적 이용 가능성에 영향을 줄 수 있음)를 포함한다. 안정성에서 상이한 것은 화학적 반응성(예를 들어, 하나의 폴리모프를 포함할 때 다른 폴리모프를 포함할 때보다 더 빨리 탈색되는 복용량과 같은 차등 산화) 또는 기계적 특징(예를 들어, 운동역학적으로 선호되는 폴리모프로부터 열역학적으로 더 안정한 폴리모프로 전환하는 것과 같이 저장에 의해 부서지는 정제) 또는 양쪽(예를 들어, 한 폴리모프의 정제가 높은 습도에서 부서지기 쉬움)의 변화에 의해 얻어질 수 있다. 폴리모프의 상이한 물리적 성질은 이들의 공정에 영향을 미칠 수 있다.
"프로드러그"라는 용어는 체내 대사 활동을 할 수 있는 부분을 갖는 화합물을 포함한다. 일반적으로 프로드러그는 에스테라제 또는 다른 메커니즘에 의해 체내 대사되어 활성 드러그가 된다. 프로드러그 및 이들의 용도의 예가 당 분야에서 잘 알려져 있다(예를 들어, Berge etal.(1977) "Pharmaceutical Salts", J.Pharm.Sci.66:1-19참고). 프로드러그는 화합물의 최종 분리 및 정제 과정에서 인 시튜로 제조되거나, 정제된 화합물을 자유 산 형태 또는 히드록실로서 적합한 에스테르화제와 별도로 반응시켜 제조될 수 있다. 히드록실 그룹은 카복실산과 처리하는 것을 통하여 에스테르로 변환될 수 있다. 프로드러그 부분의 예는 치환 및 비치환, 가지형 또는 비가지형 저급 알킬 에스테르 부분(예를 들어, 프로피온산 에스테르), 저급 알케닐 에스테르, 디-저급 알킬-아미노 저급-알킬 에스테르(예를 들어, 디메틸아미노에틸 에스테르), 아실아미노 저급 알킬 에스테르(예를 들어, 아세틸옥시메틸 에스테르), 아실옥시 저급 알킬 에스테르(예를 들어, 피발로일옥시메틸 에스테르), 아릴 에스테르(페닐 에스테르), 아릴-저급 알킬 에스테르(예를 들어, 벤질 에스테르), 치환(예를 들어, 메틸, 할로, 또는 메톡시 치환체와 치환) 아릴 및 아릴-저급 알킬 에스테르, 아미드, 저급-알킬 아미드, 디-저급 알킬 아미드, 및 히드록시 아미드를 포함한다. 바람직한 프로드러그 부분은 프로피온산 에스테르 및 아실 에스테르이다. 체내에서 다른 메커니즘을 통하여 활성 형태로 전환되는 프로드러그가 또한 포함된다.
이에 더하여, 탄소-탄소 이중 결합을 중심으로 하는 입체 화학의 표시는 일반적인 화학 분야와 또한 반대인데, "Z"는 종종 "시스"(동일한 쪽) 형태로 나타내는 것을 말하고, "E"는 종종 "트랜스"(반대쪽) 형태로 나타내는 것을 말한다. 두 가지 형태, 시스/트랜스 및/또는 Z/E는 본 발명의 화합물에 포함된다.
카이랄 중심의 명명에 관해서는, IUPAC 권고에 의해 정의된 바와 같이 "d" 및 "l" 형태의 용어가 있다. 디아스테레오머, 라세미체, 에피머 및 에난티오머와 같은 용어의 사용에 있어서는, 제조의 입체 화학을 설명하기 위하여 일반적인 문맥으로 사용될 것이다.
"감소"는 적어도 10%, 25%, 50%, 75% 또는 100%의 부적인 변경을 의미한다.
"표준"은 표준 또는 대조 조건을 의미한다.
"표준 서열"은 서열 비교를 위한 근거로 사용되는 정의된 서열이다. 표준 서열은 명시된 서열의 부분 집합 또는 전부일 수 있다; 예를 들어, 총길이 cDNA 또는 유전자 서열의 세그멘트, 또는 완전한 cDNA 또는 유전자 서열. 폴리펩티드에 있어서, 표준 폴리펩티드 서열의 길이는 일반적으로 적어도 약 16 아미노산, 바람직하게는 적어도 약 20 아미노산, 더욱 바람직하게는 적어도 약 25 아미노산, 더욱 바람직하게는 약 35 아미노산, 약 50 아미노산, 또는 약 100 아미노산일 것이다. 핵산에 있어서, 표준 핵산 서열의 길이는 일반적으로 적어도 약 50 뉴클레오티드, 바람직하게는 적어도 약 60 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게 적어도 약 75 뉴클레오티드, 그리고 더욱 바람직하게 약 100 뉴클레오티드 또는 약 300 뉴클레오티드 또는 그 부근이나 사이 범위의 임의의 정수일 것이다.
"특이적으로 결합"하는 것은 본 발명의 폴리펩티드를 인식하고 결합하는 화합물 또는 항체를 의미하지만 시료내의 다른 분자, 예를 들어, 자연적으로 본 발명의 폴리펩티드를 포함하는 생물학적 시료를 실질적으로 인식하고 결합하지는 않는다.
본 발명의 방법에 유용한 핵산 분자는 본 발명의 폴리펩티드를 인코딩하는 임의의 핵산 분자 또는 이의 분체를 포함한다. 이러한 핵산 분자는 내생 핵산 서열과 100% 동일할 필요는 없지만 일반적으로는 실질적으로 동일성을 나타낼 것이다. 내생 서열에 대하여 "실질적 동일성"을 갖는 폴리뉴클레오티드는 일반으로 이중 스트랜드 핵산 분자의 적어도 하나의 스트랜드와 혼성가능하다. 본 발명의 방법에 유용한 핵산 분자는 본 발명의 폴리펩티드를 인코팅하는 임의의 핵산 분자 또는 이의 분체를 포함한다. 이러한 핵산 분자는 내생 핵산 서열과 100% 동일할 필요는 없지만 일반적으로는 실질적으로 동일성을 나타낼 것이다. 내생 서열에 대하여 "실질적 동일성"을 갖는 폴리뉴클레오티드는 일반적으로 이중 스트랜드 핵산 분자의 적어도 하나의 스트랜드와 혼성 가능하다. "혼성"은 다양하고 엄격한 조건하에서 상보적인 폴리뉴클레오티드 서열(예를 들어, 본원에서 기술된 유전자), 또는 이의 부분 사이에 이중 스트랜드 분자를 형성하는 짝을 의미한다. (예를 들어, Wahl, G. M. and S. L. Berger (1987) Methods Enzymol. 152:399; Kimmel, A. R. (1987) Methods Enzymol. 152:507 참조).
예를 들어, 엄격한 염 농도는 일반적으로 약 750 mM NaCl 및 75 mM 트리소듐 시트레이트 미만이며, 바람직하게는 약 500 mM NaCl 및 50 mM 트리소듐 시트레이트 미만이며, 더욱 바람직하게는 약 250 mM NaCl 및 25 mM 트리소듐 시트레이트 미만이다. 포름아미드와 같은 유기 용매의 부재하에서 낮은 엄격성 혼성을 얻을 수 있으며, 높은 엄격성 혼성은 적어도 약 35%의 포름아미드, 더욱 바람직하게는 적어도 약 50%의 포름아미드의 존재하에서 얻을 수 있다. 엄격한 온도 조건은 일반적으로 적어도 약 30℃, 더욱 바람직하게는 적어도 약 37℃, 그리고 가장 바람직하게는 적어도 약 42℃의 온도를 포함한다. 혼성 시간, 소듐 도데실 설페이트(SDS)와 같은 세제의 농도, 및 담체 DNA의 첨가 또는 배제와 같은 추가적인 매개 변수를 변경시키는 것은 당 분야에서 통상의 지식을 가진 사람에게 잘 알려져 있다. 엄격성에 대한 다양한 레벨은 이러한 다양한 조건들을 필요에 따라 조합하는 것에 의해 달성될 수 있다. 바람직한 실시예에서, 혼성은 750 mM NaCl, 75 mM 트리소듐 시트레이트 및 1% SDS 내, 30℃에서 수행될 것이다. 더욱 바람직한 실시예에서, 혼성은 500 mM NaCl, 50 mM 트리소듐 시트레이트, 1% SDS, 35% 포름아미드 및 100 μg/ml 변성된 연어 정자 DNA(ssDNA)내, 37℃에서 수행될 것이다. 가장 바람직한 실시예에서, 혼성은 250 mM NaCl, 25 mM 트리소듐 시트레이트, 1% SDS, 50% 포름아미드 및 200 μg/ml ssDNA내, 42℃에서 수행될 것이다. 이러한 조건의 유용한 변경이 당 분야에서 통상의 지식을 가진 사람에게는 쉽고 명백할 것이다.
대부분의 출원에 있어서, 혼성에 이은 세정단계들이 또한 엄격하게 변경될 것이다. 세정 엄격성 조건은 염농도 및 온도에 의해 정의될 수 있다. 상기와 같이, 세정 엄격성은 염농도를 감소시키거나 온도를 증가시키는 것에 의해서 증가될 수 있다. 예를 들어, 세정 단계를 위한 엄격한 염 농도는 바람직하게 약 30 mM NaCl 및 3 mM 트리소듐 시트레이트 미만이며, 가장 바람직하게는 약 15 mM NaCl 및 1.5 mM 트리소듐 시트레이트 미만이다. 세정 단계를 위한 엄격한 온도 조건은 일반적으로 적어도 약 25℃, 더욱 바람직하게는 적어도 약 42℃, 그리고 더욱 바람직하게는 적어도 약 68℃의 온도를 포함한다. 바람직한 실시예에서, 세정 단계는 30 mM NaCl, 3 mM 트리소듐 시트레이트, 및 0.1% SDS 내, 25℃에서 수행될 것이다. 더욱 바람직한 실시예에서, 세정 단계는 15 mM NaCl, 1.5 mM 트리소듐 시트레이트, 및 0.1% SDS 내, 42℃에서 수행될 것이다. 더욱 바람직한 실시예에서, 세정 단계는 15 mM NaCl, 1.5 mM 트리소듐 시트레이트, 및 0.1% SDS 내, 68℃에서 수행될 것이다. 이러한 조건의 추가적인 변경은 당 분야에서 통상의 지식을 가진 사람에게 쉽고 명백할 것이다. 혼성 기술은 당 분야에서 통상의 지식을 가진 사람에게 잘 알려져 있고 예를 들어, Benton and Davis (Science 196:180, 1977); Grunstein and Hogness (Proc. Natl. Acad. Sci., USA 72:3961, 1975); Ausubel et al. (Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience, New York, 2001); Berger and Kimmel (Guide to Molecular Cloning Techniques, 1987, Academic Press, New York); 및 Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York에 기재되어 있다.
"실질적으로 동일"하다는 것은 표준 아미노산 서열(예를 들어, 본원에 기재된 임의의 아미노산 서열) 또는 핵산 서열(예를 들어, 본원에 기재된 임의의 핵산 서열)에 대하여 적어도 85% 동일성을 나타내는 폴리펩티드 또는 핵산 분자를 의미한다. 바람직하게, 이러한 서열은 아미노산 레벨 또는 핵산에 있어서 비교를 위해 사용된 서열에 대하여 적어도 85%, 90%, 95%, 99% 또는 심지어 100% 동일하다.
서열 동일성은 대표적으로 서열 분석 소프트웨어(예를 들어, Sequence Analysis Software Package of the Genetics Computer Group, 위스콘신 대학교 생명공학 센터, 1710 University Avenue, Madison, Wis. 53705, BLAST, BESTFIT, GAP, 또는 PILEUP/PRETTYBOX programs)를 사용하여 측정된다. 이러한 소프트웨어는 다양한 치환체, 삭제체, 및/또는 다른 변형체에 일치하는 정도를 배정하는 것에 의해 일치 또는 유사 서열과 매치된다. 보존 치환체로서 대표적으로 다음 그룹의 치환체를 포함한다: 글리신, 알라닌; 발린, 이소루이신, 루이신; 아스파라긴산, 글루탐산, 아스파라긴, 글루타민; 세린, 트레오닌; 리신, 아르기닌; 그리고 페닐알라닌, 티로신. 동일성 정도를 결정하기 위한 예시적인 접근법으로서 BLAST 프로그램이 밀접하게 관계된 서열을 나타내는 확률 점수 e.sup.-3 및 e.sup.-100 범위에서 사용될 수 있다.
"감소" 또는 "증가"는 각각 표준에 대하여 적어도 약 10%, 25%, 50%, 75%, 또는 100%의 부적인 또는 정적인 변화를 의미한다.
"평균평방근편차"는 평균으로부터 편차 제곱의 산술적 평균의 제곱근을 의미한다.
"세포 생존 감소"는 표준 세포에 대하여 세포의 생존 능력을 저해하거나 세포의 죽음을 유도하는 것을 의미한다.
"표준"은 표준 또는 대조 조건을 의미한다.
"표준 서열"은 서열 비교를 위한 근거로 사용되는 정의된 서열이다. 표준 서열은 명시된 서열의 부분 집합 또는 전부일 수 있다; 예를 들어, 총길이 cDNA 또는 유전자 서열의 세그멘트, 또는 완전한 cDNA 또는 유전자 서열. 폴리펩티드에 있어서, 표준 폴리펩티드 서열의 길이는 일반적으로 적어도 약 16 아미노산, 바람직하게는 적어도 약 20 아미노산, 더욱 바람직하게는 적어도 약 25 아미노산, 더욱 바람직하게는 약 35 아미노산, 약 50 아미노산, 또는 약 100 아미노산일 것이다. 핵산에 있어서, 표준 핵산 서열의 길이는 일반적으로 적어도 약 50 뉴클레오티드, 바람직하게는 적어도 약 60 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게 적어도 약 75 뉴클레오티드, 그리고 더욱 바람직하게 약 100 뉴클레오티드 또는 약 300 뉴클레오티드 또는 그 근처나 사이 범위의 모든 정수일 것이다.
"대상"은 사람 또는 소, 말, 개, 양 또는 고양이와 같이 사람이 아닌 포유류를 포함하며 이로만 한정되지 않는 포유류를 의미한다.
"특이적으로 결합"하는 것은 본 발명의 폴리펩티드를 인식하고 결합하는 화합물 또는 항체를 의미하지만 시료내의 다른 분자, 예를 들어, 자연적으로 본 발명의 폴리펩티드를 포함하는 생물학적 시료를 실질적으로 인식하고 결합하지는 않는다.
"설피드릴" 또는 "티올"이라는 용어는 -SH를 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같이 "토토머"라는 용어는 토토머리제이션에 의해서 즉시 상호 전환되는 유기 분자의 이성질체를 나타내는데, 반응에서 수소 원자 또는 양성자가 이동하며, 몇 가지 경우에는 단일 결합과 이웃하는 이중 결합이 서로 전환되는 것을 수반한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "치료하다", "치료하는", "치료", 등과 같은 용어는 관련된 장애 및/또는 증세를 감소시키거나 개선하는 것을 이른다. "개선하다"는 질병의 발전이나 진행을 감소, 억제, 약화, 축소, 저지 또는 안정화시키는 것을 의미한다. 장애나 병태를 치료하는 것은, 불가능하지는 않지만, 이와 관련된 장애, 병태 또는 증세를 완전히 제거하는 것을 요구하는 것이 아님이 이해되어야 할 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이, "방지하다", "방지하는", "방지", "예방 치료 처리" 등의 용어는 장애나 병태을 갖고 있지는 않으나, 발달할 위험이 있거나 이에 민감한 대상에 있어서 장애 또는 병태의 발달 확률을 감소시키는 것을 의미한다.
"유효량"은 치료 대상에 대하여 치료 효과를 나타내는 화합물의 양을 말한다. 치료 효과는 객관적(즉, 몇가지 테스트나 표지에 의해 측정가능)이거나 주관적(즉, 대상이 효과를 나타내거나 느낌)이다. 본원에서 기재된 화합물의 유효량은 체중 기준 약 1 mg/Kg 내지 약 5000 mg/Kg 일 수 있다. 유효한 복용량은 투여 경로에 따라 달라질 수 있으며 다른 작용물질과 같이 사용할 가능성에 따라 달라질 수도 있다.
본원에서 제공되는 범위는 범위 내에 있는 모든 값의 약칭으로 이해된다. 예를 들어, 1 내지 50의 범위는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50으로 이루어진 군으로부터의 임의의 수, 수들의 조합, 또는 하위 범위를 포함하는 것으로 이해된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "치료하다", "치료하는", "치료" 등의 용어는 이와 관련된 장애 및/또는 증세를 감소시키거나 개선하는 것을 말한다. 장애나 병태를 치료하는 것은, 불가능하지는 않지만, 이와 관련된 장애, 병태 또는 증세를 완전히 제거하는 것을 요구하는 것은 아님이 이해되어야 할 것이다.
특별히 언급되거나 문맥으로부터 명백하지 않은 경우, 본원에서 사용된 용어 "또는"은 포괄적인 의미로 이해된다. 특별히 언급되거나 문맥으로부터 하지 않은 경우, 본원에서 사용된 용어 "하나", "상기"는 단수 또는 복수임이 이해된다.
특별히 언급되거나 문맥으로부터 하지 않은 경우, 본원에서 사용된 용어 "약"은 당 분야에서 정상적으로 용인되는 범위에 속함이 이해되며, 예를 들어, 평균으로부터 2 표준 편차 이내다. "약"은 기재된 값의 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.1%, 0.05%, 또는 0.01% 이내임이 이해될 수 있을 것이다. 본문으로부터 명확하지 않는 한, 본원에서 제공된 모든 수치값은 "약"이라는 용어에 의해서 변경된다.
본원의 변수에 대한 임의의 정의에 있어서, 화학적 그룹의 목록 인용은 상기 변수를 임의의 단일 그룹 또는 목록 그룹의 조합으로서 정의하는 것을 포함한다. 본원에서 변수나 양태에 대한 실시예의 인용은 임의의 단일 실시예 또는 다른 실시예나 이의 부분과의 조합을 포함한다.
본원에서 제공되는 임의의 조성물 또는 방법은 본원에서 제공되는 하나 이상의 임의의 다른 조성물 및 방법과 조합될 수 있다.
도 1은 두 개의 JQ1 스테레오이소머의 구조를 보여준다. C6에서의 스테레오 중심은 별표(*)로 표시된다.
도 2의 (a), (b) 및 (c)는 (-)-JQ1 에난티오머가 세포에서 BRD4-NUT에 경쟁적으로 결합하지 않는 것을 보여주는 그래프이다. 도 2의 (a)는 GFP-BRD4의 광퇴색(photobleaching) 이후 형광 회복(FRAP)이 매질 대조군과 비교하여 (-)-JQ1(250 nM, 5 시간)의 존재에 의해 영향을 받지 않는 것을 보여준다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타낸다(n = 5). 도 2의 (b)는 병행 비교 연구에서, 발현된 GFP-BRD4가 (+)-JQ1 (250 nM, 5 시간)의 존재 중에 증진된 회복을 나타내는 것을 보여준다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타낸다(n = 5). 도 2의 (c)는 FRAP 연구(a, b)에서 관찰된 GFP-BRD4의 이동 분율의 정량적 비교를 제공한다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타내고(n = 5), 매질 대조군에 리간드 처리된 샘플과 비교하여 양쪽(2-tailed) t-검사로부터 얻어진 p-값으로 표시된다.
도 3의 (a) 내지 (j)는 JQ1이 크로마틴과 경쟁적으로 BRD4에 결합하고 인간 NUT 정중선 종양 세포로 분화하는 것을 보여준다. 도 3의 (a)는 JQ1의 존재 중에 증진된 회복을 나타내는 GFP-BRD4의 광퇴색 이후 형광 회복(FRAP)을 보여준다. 핵은 형광 강도와 비례하는 적외선-컬러이다. 백색 원은 광퇴색의 영역을 나타낸다. 도 3의 (b) 내지 (d)는 JQ1이 형질감염된(도 3의 (b)) GFP-BRD4 및 (도 3의 (c)) GFP-BRD4-NUT로 수행된 FRAP 실험에서 형광 회복을 가속화하지만, 핵 GFP-NUT(도 3의 (d))의 회복에는 영향을 미치지 않는 것을 보여준다. 도 3의 (e)는 FRAP 연구(도 3의 (b) 내지 (d))의 반-최대 형광 회복에 대한 시간의 정량적 비교를 보여준다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타내고(n = 5), 양쪽(2-tailed) t-검사로부터 얻어진 p-값으로 표시된다. 도 3의 (f) JQ1(500 nM, 48 시간)은 NUT(anti-NUT; 40x)에서의 초점 핵 염색의 손실을 촉진한다. 도 3의 (g)는 JQ1(500 nM, 48 시간) 처리된 NMC 세포가 편평상피 분화(H&E; 40x)의 세포학적 징후를 나타내는 것을 보여준다. 도 3의 (h)는 JQ1(500 nM)에 의한 NMC 세포의 분화가 신속하고, 시간-의존적이며 사이토케라틴 발현(AE1/AE3; 40x)의 현저한 증가를 특징으로 하는 것을 보여준다. 도 3의 (i) 및 (j)는 JQ1이 시험관 내에서 (도 3의 (i)) 797 및 (도 3의 (j)) Per403 NMC 세포주의 신속한 증식을 약화시키는 것을 보여준다(Ki67; 40x).
도 4의 (a), (b) 및 (c)는 JQ1이 NUT 정중선 종양에서 편평상피 분화를 선택적으로 유도하는 것을 보여주는 현미경사진이다. 도 4의 (a)는 JQ1(500 nM) 처리된 NMC 797 세포가, 세포 스핀들링, 플래트닝 및 개방된 크로마틴의 전개에 의해 예시되는, 시간-의존적인 편평상피 분화(H&E; 40x 및 100x, 나타낸 바와 같음)의 세포학적 징후를 나타내는 것을 보여준다. 도 4의 (b)는 JQ1(500 nM, 48 시간) 처리된 NMC Per403 세포가 편평상피 분화의 유사한 징후를 나타내는 것을 보여준다. 세포 스핀들링 및 시토졸 케라틴화는 각각 H&E 및 케라틴 염색으로 나타낸다(40x). 도 4의 (c)는 비-NMC 편평상피 종양 세포주 TE10이 JQ1(500 nM)에 반응하여 분화하지 못하는 것을 보여주며, H&E 및 케라틴(AE1/AE3) 염색(40x)에 의해 나타낸다.
도 4d의 (a) 및 (b)는 JQ1이 NMC 세포 증식을 손상시키는 것을 보여준다. 도 4d의 a(는) JQ1이 NMC Per403 세포주의 신속한 증식을 체내에서 약화시키는 것을 보여주는 2 장의 현미경 사진을 포함한다(Ki67; 40x). 이미지는 동일한 배율로 나타낸다. 도 4d의 (b)는 (4d의 (a)) 및 도 3의 (j)에서 실시되는 바와 같이 IHC에 의해 측정된 세포 증식(Ki67 염색 및 명확도; %)에서 JQ1의 효과를 보여주는 그래프이다. 세포들은 5개 고-전압 필드에서 Ki67 양성(검게 염색된 핵) 또는 음성(연청색으로 염색된 핵)으로서 수동 계측하였다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타내고(n = 5), 양쪽(2-tailed) t-검사로부터 얻어진 p-값으로 표시된다.
도 4e의 (a), (b), (c), (d)는 JQ1에 의한 NUT 정중선 종양 세포에서의 편평상피 분화의 유도가 입체특이적이고 시간-의존적인 것을 보여준다. 도 4e의 (a)는 6 장의 현미경 사진을 포함하며, 이들은 챔버 슬라이드에서 (-)-JQ1(100 nM) 처리된 NMC 797 세포가 매질-처리된 대조군과 비교하여 유사한 시토졸 표현형을 나타낸다. (+)-JQ1 (100 nM, 48 시간)는 세포 스핀들링, 플래트닝 및 케라틴의 증가된 발현으로 나타나는 편평상피 분화를 촉진하였다. 도 4e의 (b)는 JQ1 에난티오머 또는 매질로 처리된 NMC 797 세포가 원심분리, 고정, 절단 및 케라틴 발현을 위해 염색되는 것을 보여준다(좌; AE1/AE3, 20x). 케라틴 발현의 이미지-베이스 분석은, 염색 강도로 핵 계측이 가능한 정량화 알고리즘 및 언바이어스드 마스킹을 사용하여 동시에 제조된 슬라이드 상에서 시행되었다(우; 20x). 도 4e의 (c)는 정량적 면역조직화학에 의해 측정할 때, (+)-JQ1(250 nM)는 (-)-JQ1(250 nM) 및 매질 대조군과 비교하여, 처리된 NMC 797 세포에서 케라틴의 신속한 발현을 유도하는 것을 보여준다. 처리 조건 당 양성 핵 백분율로 나타낸다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타내고(n = 3), 양쪽(2-tailed) t-검사로부터 얻어진 p-값으로 표시된다. 도 4e의 (d), (+)-JQ1(250 nM)은 (-)-JQ1(250 nM)와 비교하여, 처리된 NMC 797 세포의 강한 (3+) 케라틴 염색의 시간-의존적인 유도를 나타낸다. 처리 조건 당 양성 핵 백분율로 나타낸다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타내고(n = 3), 양쪽(2-tailed) t-검사로부터 얻어진 p-값으로 표시된다. 그룹화된 이미지는 동일한 배율로 나타낸다.
도 4f의 (a), (b), (c)는 BRD4-NUT 전좌를 갖지 않은 편평상피 종양 세포주가 JQ1 처리에 덜 감응성인 것을 보여준다. 위장관 편평상피 종양 세포주(TT 및 TE10)를 (+)-JQ1(250 nM, 적색 원) 또는 (-)-JQ1 (250 nM, 흑색 원) 존재 중에 72 시간 동안 배양하였다. JQ1에 의한 세포 증식에서 관찰된 최소 효과는 유사분열 세포에서 세포 주기 진행에서의 타당한 역할과 일치한다7. 데이터는 평균값±s.d.를 나타낸다(n = 3). IC50값은 로지스틱 회귀로 계산되었다.
도 5의 (a) 내지 (k)는 JQ1 처리가 증식을 저해하여 체외 및 체내 분화와 세포 사멸을 촉진하는 것을 보여준다. 도 5의 (a)는 BRD4-NUT 의존성 세포주에서 BRD4 저해의 성장 효과를 보여준다. 세포들을 (+)-JQ1(적색 원) 또는 (-)-JQ1(흑색 원)과 함께 배양하고 72 시간 후 증식을 모니터링하였다. (+)-JQ1은 특이적으로 NMC 세포주에 의한 증식을 약화시켰다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타낸다(n = 3). IC50값은 로지스틱 회귀로 계산하였다. 도 5의 (b)는 시간 경과에 따른 NMC 797 세포에서의 (+)-JQ1의 점진적인 항증식성 효과가 1, 3, 7 및 10일에 나타나는 것을 보여준다. 데이터 포인트는 평균값±s.d.이다(n = 3). 도 5의 (c)는 NMC 797 세포에서 DNA 함량에 대한 유동 세포분석 결과를 보여준다. (+)-JQ1(250 nM, 48 시간)은 (-)-JQ1(250 nM) 및 매질 대조군과 비교하여 G1 저지(arrest)를 유도하였다. 도 5의 (d)는 나타낸 바와 같이, 매질, JQ1 또는 스타우로스포린(STA) 처리된 NMC 797 편평상피 종양 세포의 유동 세포분석 결과를 보여준다. PI, 요오드화 프로피디움, AV, annexin-V. 도 5의 (e)는 뮤린 NMC 797 이종이식의 PET 이미지화 결과를 보여준다. 뒷다리 이종이식에서 FDG 섭취는 매질 대조군과 비교하여 50 mg kg-1JQ1처리만큼 감소된다. 도 5의 (f)는 매질 대조군과 비교하여 매일 50 mg kg-1JQ1처리된 설정된 질병(NMC 797 이종이식)을 갖는 마우스에서 종양 체적이 감소되는 것을 보여준다. 유의적인 치료 반응이 양쪽(2-tailed) t-검사에서 14일에 관찰되었다(p=0.039).데이터는 평균값±s.d.를 나타낸다(n = 7). 도 5의 (g)는 JQ1 처리된 동물로부터 절단된 NMC 797 종양의 조직병리학적 분석이, 매질-처리된 동물과 비교하여, 케라틴 발현(AE1/AE3, 40x)의 유도 및 손상된 증식(Ki67, 40x)을 나타내는 것을 보여준다(눈금막대는 20 μm). 연장된 필드는 추가 도면 11, 12에 제공된다. 도 5의 (h)는 환자-유래의 NMC 11060 이종이식의 생존율이 PET 이미지화에 의해 확인된 것을 보여준다. 도 5의 (i)는 (+)-JQ1(50 mg kg-14일간 매일)에 대한 1차 11060 NMC 이종이식의 치료적 반응이 PET 이미지화에 의해 나타난 것을 보여준다. 도 5의 (j)는 (+)-JQ1 처리된 동물로부터 절단된 1차 NMC 11060 종양의 조직병리학적 분석이, 매질-처리된 동물과 비교하여, 케라틴 발현(AE1/AE3, 20x; 눈금막대는 20 μm)의 유도를 나타내는 것을 보여준다. 케라틴 유도의 정량적 분석은 이미지 마스킹(도 5의 (j), 우측 패널) 및 픽셀 명확도 분석(도 5의 (k))을 사용하여 시행되었다. 유의적인 치료 반응이 양쪽(2-tailed) t-검사에서 관찰되었다(p=0.0001).데이터는 3 개의 독립된 광역 현미경 필드의 평균값±s.d.를 나타낸다. 염색된 절단 종양 및 정량적 마스크의 비교 이미지는 도 9에 제공된다.
도 5l의 (a) 및 (b)는 NMC 797 이종이식을 받은 마우스가 항-종양 효과를 이끌어내는 JQ1 치료를 용인하는 것을 보여주는 그래프이다. 도 5l의 (a)는 NMC 797 이종이식을 받은 마우스의 JQ1(매일 50 mg kg-1)치료가, 치료 14일에 걸쳐 종양 무게를 감소시킨 것을 보여준다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타낸다(n = 7). 도 5l의 (b)는 JQ1이 부정적인 증상 또는 체중 감소를 야기하지 않은 것을 보여준다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타낸다(n = 7).
도 5m의 (a), (b), (c) 및 (d)는 JQ1에 의한 NUT 정중선 종양 세포에서의 편평상피 분화의 유도가 입체특이적이고 시간-의존적인 것을 보여준다. 도 5m의 (a)는 챔버 슬라이드에서 (-)-JQ1(100 nM) 처리된 NMC 797 세포가 매질-처리된 대조군과 비교하여, 유사한 시토졸 표현형을 나타내는 것을 보여주는 현미경 사진이다. (+)-JQ1(100 nM, 48 시간)는 세포 스핀들링, 플래트닝 및 케라틴의 증가된 발현으로 나타나는 편평상피 분화를 촉진한다. 도 5m의 (b)는 현미경 사진이다. JQ1 에난티오머 또는 매질로 처리된 NMC 797 세포는 원심분리, 고정, 절단 및 케라틴 발현을 위해 염색되었다(좌; AE1/AE3, 20x). 케라틴 발현의 이미지-베이스 분석은, 염색 강도로 핵 계측이 가능한 정량화 알고리즘 및 언바이어스드 마스킹을 사용하여 동시에 제조된 슬라이드 상에서 시행되었다(우; 20x). 도 5m의 (c)는 정량적 면역조직화학에 의해 측정할 때, (+)-JQ1(250 nM)는 (-)-JQ1(250 nM) 및 매질 대조군과 비교하여, 처리된 NMC 797 세포에서 케라틴의 신속한 발현을 유도하는 것을 보여주는 그래프이다. 처리 조건 당 양성 핵 백분율로 나타낸다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타내고(n = 3), 양쪽(2-tailed) t-검사로부터 얻어진 p-값으로 표시된다. 도 5m의 (d)는 (+)-JQ1(250 nM)가 (-)-JQ1(250 nM)와 비교하여, 처리된 NMC 797 세포의 강한 (3+) 케라틴 염색의 시간-의존적인 유도를 나타내는 것을 보여주는 그래프이다. 처리 조건 당 양성 핵 백분율로 나타낸다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타내고(n = 3), 양쪽(2-tailed) t-검사로부터 얻어진 p-값으로 표시된다. 그룹화된 이미지는 동일한 배율로 나타낸다.
도 6a 및 도 6b의 (a), (b), (c), (d) 및 (e)는 IHC로 측정할 때 JQ1이 체내 편평상피 분화, 성장 저지 및 세포사멸을 촉진하는 것을 보여주는 현미경 사진을 제공한다. JQ1(우측 패널) 처리된 동물로부터 절단된 NMC 종양의 조직병리학적 분석은, 매질-처리된 동물(좌측 패널)과 비교하여, 편평상피 분화(H&E, 40x), 핵 NUT 초점의 소멸(NUT, 100x), 손상된 증식(Ki67, 40x), 케라틴 발현의 유도(AE1/AE3, 40x) 및 세포사멸 반응(TUNEL, 40x)을 모두 나타낸다.
도 7의 (a) 및 (b)는 JQ1이 인간 편평상피 종양 세포주 중 NMC에서 세포사멸을 선택적으로 유도하는 것을 보여준다. 도 7의 (a)는 FACS 분석의 결과를 제공한다. JQ1(500nM, 24 또는 48 시간) 처리된 NMC Per403 세포는, 비-NMC 편평상피 종양 세포주 TE10 및 TT와 대조적으로, 유동 세포분석에서 세포사멸의 유도를 나타낸다. PI, 요오드화 프로피디움, AV, annexin V. 도 7의 (b)는 도 5의 (b) 및 (a)에서 시행된 것과 같이 유동 세포분석에 의한 annexin-V 양성 세포의 비교 및 정량화를 보여준다. JQ1(500 nM)은 비-NMC 편평상피 종양 세포주와 비교하여 NMC 세포주에서 신속하고 시간-의존적인 세포사멸의 유도를 나타내었다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타내고(n = 3), 양쪽(2-tailed) t-검사로부터 얻어진 p-값으로 표시된다.
도 8의 (a), (b) 및 (c)는 NMC 환자-유래의 조직이 체내 (+)-JQ1의 항증식성 효과에 감응하는 것을 보여주는 그래프이다. 도 8의 (a)는 환자-유래의 NMC 11060 세포의 분석 결과를 보여준다. 세포는 폐기된 임상 재료로부터 분리되어 체내 연구를 위해 단기간 배양으로 성장시켰다. NMC 11060 세포에서의 BRD4 저해의 항증식성 효과는 (+)-JQ1(적색 원) 또는 (-)-JQ1(흑색 원)과 함께 배양 72 시간 후 측정하였다. NMC 11060 세포는 (+)-JQ1 에난티오머에 특이적으로 감응성이다. 데이터는 평균값±s.d.를 나타낸다(n = 3). IC50값은 로지스틱 회귀에 의해 계산하였다. 도 8의 (b)는 환자-유래의 NMC 11060 세포에서의 (+)-JQ1의 점진적인 항증식성 효과가 시간 경과에 따라 1, 3, 7 및 10일에 나타나는 것을 보여준다. 데이터 포인트는 평균값±s.d.이다(n = 3). 도 8의 (c)는 NMC 11060 세포에서 DNA 함량에 대한 유동 세포분석 결과를 보여준다. (+)-JQ1(250 nM, 48 시간)은 (-)-JQ1(250 nM) 및 매질 대조군과 비교하여 G1 저지(arrest)을 유도한다.
도 9의 (a) 및 (b)는 환자-유래의 NMC 11060 1차 이종이식 종양에서 JQ1에 의해 유도된 분산되고 강한 케라틴 발현의 정량화를 제공한다. 도 9의 (a)는 절단되고 케라틴 발현을 위해 염색된, 매질-처리 동물 유래의 절단된 NMC 11060 1차 이종이식의 저배율(0.8x) 이미지를 보여준다(AE1/AE3; 좌). 케라틴의 전체 염색은 절단된 종양 전체에 걸쳐 낮다. 케라틴 발현의 이미지-베이스 분석은, 염색 강도로 개별적인 픽셀 계측이 가능한 정량화 알고리즘 및 언바이어스드 마스킹을 사용하여 시행되었다(우). 도 9의 (b)는 절단되고 케라틴 발현을 위해 염색된, (+)-JQ1-처리 동물(50 mg kg-14일 동안 매일) 유래의 절단된 NMC 11060 1차 이종이식의 저배율(0.8x) 이미지를 보여준다(AE1/AE3; 좌). JQ1-처리된 종양에서 케라틴 유도에 대한 균일한 효과와 일치하는 분산 염색이 관찰된다. 케라틴 발현의 이미지-베이스 분석은, 염색 강도로 개별적인 픽셀 계측이 가능한 정량화 알고리즘 및 언바이어스드 마스킹을 사용하여 시행되었다(우). 픽셀 명확도는 정량적으로 계측되고 청색(0), 황색(1+), 등색(2+) 및 적색(3+)으로 시각적으로 보고된다. 모든 이미지 쌍은 동일한 배율로 나타낸다.
도 10은 JQ1이 설치류에서 우수한 경구 생체이용률 및 적절한 약물동력학적 노출을 나타내는 것을 보여준다. (+)-JQ1의 약물동력학적 연구는 CD1 마우스에서 정맥내(도 10의 (a), (b)) 및 경구(도 10의 (b), (c)) 투여하여 시행되었다. a, 정맥내 투여(5 mg kg-1)후 (+)-JQ1의 평균 혈장 농도-시간 프로파일. 데이터는 평균값 및 s.d.를 나타낸다(n = 3). 도 10의 (b)는 정맥내 (+)-JQ1에 대한 계산된 약물동력학적 파라미터가 우수한 약물 노출[곡선하 면적(AUC) = 2090 hr*ng/mL] 및 대략 1 시간의 반감기(T1 /2)를 나타내는 것을 보여준다. 도 10의 (c)는 경구 투여(10 mg kg-1)후 (+)-JQ1의 평균 혈장 농도-시간 프로파일을 보여준다. 데이터는 평균값 및 s.d.를 나타낸다(n = 3). 도 10의 (d)는 경구 (+)-JQ1에 대하여 계산된 약물동력학적 파라미터가 우수한 경구 생체이용율(F = 49%), 피크 혈장 농도(Cmax = 1180 ng/mL) 및 약물 노출(AUC = 2090 hr*ng/mL)을 나타내는 것을 보여준다. CL, 클리어런스; Vss, 정상-상태에서의 용적; MRTINF,무한대로 외삽한 평균 체류 시간; Tmax,최대 농도까지의 시간.
도 11은 BRD4.1을 저해하는 JQ1 에난티오머의 AlphaScreen 결합 데이터를 보여주는 그래프이다.
도 12는 BRD4.2를 저해하는 JQ1 에난티오머의 AlphaScreen 결합 데이터를 보여주는 그래프이다.
도 13은 다른 BET 계열 멤버(활성) 및 CBP(불활성)에 대한 JQ1S의 프로파일을 보여주는 그래프이다.
도 14는 JQ1 유도체의 집중적 라이브러리의 용량-범위 연구를 보여주는 그래프이다.
도 15a 및 15b는 그래프이다. 도 15a는 JQ1이 Nut 정중선 종양의 뮤린 이종이식 모델에서 종양 무게를 감소시키는 것을 보여준다. 도 15b는 JQ1 처리된 마우스의 체중을 보여준다.
도 16a 내지 16d는 JQ1 및 그 유도체의 BRD4(1) 및 BRD4(2) 결합 활성을 보여주는 그래프이다.
도 17a 내지 17d는 Nut 정중선 종양(NMC) 세포 생존율에 대한 JQ1 및 그 유도체의 효과를 보여주는 그래프이다.
도 18 내지 55는 JQ1 및 그 유도체로 처리된 다양한 종양 세포주의 용량 반응 생존율을 보여준다.
도 56a 내지 56d는 주요 화합물 결합 분석 결과를 보여주는 그래프이다.
본 발명은 종양 형성, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성 동맥경화, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 대숙주성이식편병(GVHD), 브로모도메인(bromodomain)과 관련된 감염 질환의 치료 및 예방, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료, 그리고 남성 생식력의 감소에 유용한 조성물 및 방법을 특징으로 한다. 본 발명 조성물의 다른 용도는 기관 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포 분화를 촉진 또는 저해하는 것에 의함), 및 전분화능을 용이하게 하는 데 있어서의 사용을 포함하지만 이로서 제한되는 것은 아니다.
본 발명은 브로모도메인의 BET-계열에 대한 생화학적 선택성을 갖는 세포-투과성의 강력한 소분자 저해재(JQ1) 및 브로모도메인 계열을 조절할 수 있는 관련 화합물의 발견에 적어도 부분적으로 기초하는데, 이들은 핵 크로마틴에서 아세틸-리신 잔기를 인식하는 브로모도메인을 포함하는 폴리펩티드 계열이다. 리신 아세틸화는 세포 및 질병 생물학과 폭넓은 관련성의 신호 변형으로서 나타난다. 측쇄 아세틸화를 가역적으로 매개하는 효소의 표적화는 다년간 약물 발견 연구의 활발한 영역이 되고 있다. 현재까지, 성공적인 노력은 핵 크로마틴과 관련하여 일어나는 공유 변이의 "작가"(아세틸트랜스퍼라제) 및 "지우개"(히스톤 데아세틸라제)로 제한되었다. 아세틸-리신 인식 모듈, 또는 브로모도메인의 강력한 저해제는 아직 개시되어 있지 않다. 최근의 BRD4 고해상도 공-결정 구조의 특성화는 아세틸-리신 결합 캐비티와 우수한 형태 상보성을 밝혀냈다. BRD4의 탠덤 브로모도메인에 대한 JQ1의 결합은 아세틸-리신 경쟁적이고 인간 세포에서 크로마틴으로부터 BRD4를 대체시킨다. BRD4의 반복적인 전좌는 인간 편평상피 종양의 치유할 수 없는 유전적으로-정의된 서브타입에서 관찰된다. BRD4 융합 종양단백질에 대한 JQ1의 경쟁적 결합은 환자-유래의 세포주 및 BRD4-의존성 종양의 뮤린 모델에서 즉각적인 편평상피 분화 및 특이적인 항증식성 효과를 야기한다. 이들 데이터는 후생적 "리더(readers)"의 단백질-단백질 상호작용 표적화의 가능성을 설정하고 보다 폭넓게 브로모도메인 계열을 통한 화학적 프로브의 개발을 위한 다용도 화학적 스캐폴드를 보고한다.
브로모도메인 -함유 단백질
유전자 조절은 근본적으로 거대분자의 가역적인, 비-공유 조합에 의해 통제된다. RNA 폴리머라제로의 신호 변환은 크로마틴의 번역후 변형을 해석할 수 있는 조합 인자에 의해 공간적으로 조절되는 고차 단백질 복합체를 필요로 한다. 후생적 리더는 각각 하나 이상의 진화적으로 보존된 반응기 모듈을 소유하는 구조적으로 다양한 단백질로, 이들은 히스톤 단백질 또는 DNA의 공유 변형을 인식한다. 히스톤 테일에서 리신 잔기의 ε-N-아세틸화(Kac)는 개방된 크로마틴 구조 및 전사 활성화와 관련된다3. 아세틸-리신의 컨텍스트-특이적 분자 인식은 주로 브로모도메인에 의해 매개된다.
브로모도메인-함유 단백질은 전사 인자 복합체(TAF1, PCAF, Gcn5 및 CBP)의 성분 및 후생적 기억의 결정인자로서 실질적인 생물학적 흥미가 있다4. 총 57 개의 다양한 브로모도메인을 포함하는 41 개의 인간 단백질이 있다. 큰 서열 변화에도 불구하고 모든 브로모도메인은 기질 특이성을 결정하는 다양한 루프 영역(ZA 및 BC 루프)으로 연결된 4 개 알파 헬릭스(αZ, αA, αB, αC)의 좌선성 번들을 포함하는 보존된 폴드를 공유한다. 펩티드 기질과의 공-결정 구조는 아세틸-리신이 중앙의 소수성 캐비티에 의해 인식되고 대부분의 브로모도메인에 존재하는 아스파라긴 잔기와의 수소결합에 의해 고정되는 것을 보여주었다5. 브로모도메인 및 엑스트라-터미널 (BET)-계열(BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT)은 높은 수준의 서열 보존 및 보다 다양한 C- 말단 가입 도메인(recruitment domain)을 나타내는 2 개의 N-말단 브로모도메인을 포함하는 공통의 도메인 구조를 공유한다(도 1E)6.
BRD4
최근의 연구는 암에서 BRD4 표적화를 위해 부득이한 근거를 설정하였다. BRD4는 세포 주기 진행을 용이하게 하고 배양된 암 세포주에서 녹-다운은 G1 저지(arrest)를 촉진한다. BRD4는 전사 신장(transcriptional elongation)의 중요한 매개체로 양성 전사 신장 인자 복합체(P-TEFb)를 가입시키는 기능을 한다7 ,8. P-TEFb의 코어 성분인 사이클린 의존성 키나제-9는 만성 림프성 백혈병에서 인증된 표적이고9, 최근에 c-Myc 의존성 전사에 관련되고 있다10. BRD4에 존재하는 브로모도메인은 P-TEFb을 유사분열 염색체에 가입시켜, 성장 촉진 유전자의 증가된 발현을 야기시킨다11. BRD4는 M/G1 동안 발현되는 유전자의 전사 개시 부위에 결합을 유지하지만 세포 주기에서 나중에 발현되는 개시 부위에 존재하는 것은 발견되지 않고 있다. 증식하는 세포에서 BRD4의 녹다운은 유사분열 진행13 및 생존14을 위해 중요한 유전자의 발현 수준을 감소시키는 것에 의해 G1 저지(arrest) 및 세포사멸12을 유도하는 것으로 나타났다.
가장 중요하게는, BRD4가 공격적인 형태의 인간 편평상피 종양에서 반복되는 t(15;19) 염색체 전좌의 성분으로서 최근 확인되었다15 ,16. 이러한 전좌는, 소위 NUT 정중선 종양(NUT midline carcinoma, NMC)를 유전적으로 정의하는 NUT(nuclearproteinintestis)단백질과 함께 인-프레임 키메라로서 BRD4의 탠덤 N-말단 브로모도메인을 발현한다. 환자-유래의 NMC 세포주에서의 기능적 연구는 이러한 균일하게 치명적인 악성종양의 분화 차단 및 특징적인 증식 이점을 유지하는 데 있어서 BRD4-NUT 종양 단백질의 필수적인 역할을 확인하였다17. 특이적으로, BRD4-NUT 유전자 발현의 RNA 침묵(silencing)은 사이토케라틴 발현에서 증식을 저지하고 편평상피 분화가 현저하게 증가되도록 촉진한다. 이러한 관찰은 인간 브로모도메인 단백질의 직접-작용 저해제의 즉각적인 치료 가능성 및 폭넓은 활용을 강조한다.
본 발명은 인간 브로모도메인 단백질의 저해를 위한 유용한 조성물 및 방법을 특징으로 한다.
본 발명의 화합물
본 발명은 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD4)의 제1 브로모도메인의 아포 결정 구조의 결합 포켓에 결합하는 화합물(예를 들어, JQ1 및 본원에 기술하는 구조식의 화합물)을 제공한다. 이론에 구애되지 않고, 이들 화합물은 증식성 종양 세포의 성장, 증식 또는 생존을 저해하거나 이들 세포의 분화를 유도하는 데 특히 유효할 수 있다. 하나의 접근에서, 종양 형성, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성 동맥경화, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 대숙주성이식편병(GVHD), 브로모도메인과 관련된 감염 질환의 치료, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료, 그리고 남성 생식력의 감소에 유용하거나 기관 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포 분화를 촉진 또는 저해하는 것에 의한), 및 전분화능을 용이하게 하는 데 사용하기 위한 화합물은 브로모도메인 구조의 결합 포켓에 결합하는 것으로 예상되는 화합물을 확인하기 위한 분자 도킹 프로그램을 사용하여 선택된다. 어떤 실시 형태에서, 본 발명의 화합물은 BET 계열 멤버에 결합하고 BET 계열 멤버의 생물학적 활성을 감소(예를 들어, 신장을 감소)시키고/시키거나 BET 계열 멤버의 세포 이하 국소화를 와해(예를 들어, 크로마틴 결합을 감소)할 수 있다.
어떤 실시 형태에서, 본 발명의 화합물은 예컨대 브로모도메인 아포 결합 포켓에서 결합 부위에 결합하는 것에 의해, BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT)의 생물학적 활성을 적어도 10%, 25%, 50%, 75%, 또는 100% 억제, 저해 또는 와해, 또는 감소시키고/시키거나 이들 단백질의 세포 이하 국소화를 와해시킬 수 있다.
어떤 실시 형태에서, 본 발명의 화합물은 약 1000 달톤 미만, 800 미만, 600 미만, 500 미만, 400 미만, 또는 약 300 달톤 미만의 분자량을 갖는 작은 분자이다. 본 발명의 화합물의 예는 JQ1 및 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD4(이하 BRD4(1)으로 지칭; PDB ID 2OSS)의 제1 브로모도메인의 아포 결정 구조의 결합 포켓에 결합하는 다른 화합물을 포함한다. JQ1은 신규의 티에노-트리아졸로-1,4-디아제핀이다. 본 발명은 또한 이러한 화합물의 약제학적으로 허용되는 염을 제공한다.
일 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 I의 화합물:
Figure pct00005
(I)
여기서,
X는 N 또는 CR5이고;
R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고; 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 내지 3이고 L은 H, -COO-R3, -CO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
R2는 H, D(중수소), 할로겐, 또는 선택적으로 치환된 알킬이고;
R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
(i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
(ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
(iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
(iv) NH2, N=CR4R6;
R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6는 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
m은 0, 1, 2 또는 3이고;
다만
(a) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 페닐 또는 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -CO-N(R3R4)이면, 이 경우, R3및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며;
(b) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -CO-N(R3R4),그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3 및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아니고; 그리고
(c) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -COO-R3이면, 이 경우, R3은 메틸 또는 에틸이 아님;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들 각각은 선택적으로 치환된다.
다른 실시예에 있어서, L은 H, -COO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3 또는 선택적으로 치환된 아릴이다. 다른 실시예에 있어서, R3 각각은 독립적으로 H; O, S, 또는 N에서 선택된 0, 1, 2 또는 3개의 헤테로원자를 포함하는 선택적으로 치환된 -C1-C8 알킬; 또는 NH2, N=CR4R6로 이루어진 군에서 선택된다.
다른 실시예에 있어서, R2는 H, D, 할로겐 또는 메틸이다.
다른 실시예에 있어서, RB는 알킬, 히드록시알킬, 할로알킬, 또는 알콕시이고; 이들 각각은 선택적으로 치환된다.
다른 실시예에 있어서, RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, 또는 COOCH2OC(O)CH3이다.
다른 실시예에 있어서, 환 A는 5 또는 6-원 아릴 또는 헤테로아릴이다. 다른 실시예에 있어서, 환 A는 티오푸라닐, 페닐, 나프틸, 비페닐, 테트라하이드로나프틸, 인다닐, 피리딜, 푸라닐, 인돌릴, 피리미디닐, 피리디지닐, 피라지닐, 이미다졸릴, 옥사졸릴, 티에닐, 티아졸릴, 트리아졸릴, 이속사졸릴, 퀴놀리닐, 피롤릴, 피라졸릴, 또는 5,6,7,8-테트라하이드로이소퀴놀리닐이다.
다른 실시예에 있어서, 환 A는 페닐 또는 티에닐이다.
다른 실시예에 있어서, m은 1 또는 2이고, 적어도 하나의 RA는 메틸이다.
다른 실시예에 있어서, RA 각각은 독립적으로 H, 선택적으로 치환된 알킬이고, 또는 RA 중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 아릴을 형성할 수 있다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 II의 화합물:
Figure pct00006
(II)
여기서,
X는 N 또는 CR5이고;
R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
R'1은 H, -COO-R3, -CO-R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
(i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 치환된 헤테로아릴;
(ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
(iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬; -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐; 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함;
m은 0, 1, 2 또는 3이고;
다만 만약 R'1이 -COO-R3, X는 N, R은 치환된 페닐, 그리고 RB는 메틸이면, 이 경우, R3은 메틸 또는 에틸이 아님;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들 각각은 선택적으로 치환된다. 다른 실시예에 있어서, R은 페닐 또는 피리딜이고, 이들 각각은 선택적으로 치환된다. 다른 실시예에 있어서, R은 p-Cl-페닐, o-Cl-페닐, m-Cl-페닐, p-F-페닐, o-F-페닐, m-F-페닐 또는 피리디닐이다.
다른 실시예에 있어서, R'1은 -COO-R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고; R3은 O, S 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2 또는 3개의 헤테로원자를 포함하는 -C1-C8 알킬이고, 이는 선택적으로 치환될 수 있다. 다른 실시예에 있어서, R'1은 -COO-R3이고, R3은 메틸, 에틸, 프로필, i-프로필, 부틸, sec-부틸, 또는 t-부틸이고; 또는 R'1은 H 또는 선택적으로 치환된 페닐이다.
다른 실시예에 있어서, RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, COOCH2OC(O)CH3이다.
다른 실시예에 있어서, RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, 또는 COOCH2OC(O)CH3이다.
다른 실시예에 있어서, RA 각각은 독립적으로, 선택적으로 치환된 알킬이고, 또는 RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴을 형성할 수 있다.
다른 실시예에 있어서, RA 각각은 메틸이다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 III의 화합물:
Figure pct00007
(III)
여기서,
X는 N 또는 CR5이고;
R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
(i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
(ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
(iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
(iv) NH2,N=CR4R6;
R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6은 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
m은 0, 1, 2 또는 3이고;
다만
(a) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 페닐 또는 치환된 페닐, RB는 메틸이면, 이 경우, R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며; 그리고
(b) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3 및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아님;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환된다. 다른 실시예에 있어서, R은 페닐 또는 피리딜이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환된다.
다른 실시예에 있어서, R은 p-Cl-페닐, o-Cl-페닐, m-Cl-페닐, p-F-페닐, o-F-페닐, m-F-페닐 또는 피리디닐이다. 다른 실시예에 있어서, R3은 H, NH2,또는 N=CR4R6이다.
다른 실시예에 있어서, R4각각은 독립적으로 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 헤테로아릴이고; 이들의 각각은 선택적으로 치환된다.
다른 실시예에 있어서, R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환된다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 화학식 IV의 화합물:
Figure pct00008
(IV)
여기서,
X는 N 또는 CR5이고;
R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 내지 3이고 L은 H, -COO-R3, -CO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
R2는 H, D, 할로겐, 또는 선택적으로 치환된 알킬이고;
R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
(i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
(ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
(iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
(iv) NH2, N=CR4R6;
R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이며, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6는 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
m은 0, 1, 2 또는 3이고;
다만
(a) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -CO-N(R3R4)이면, 이 경우, R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며;
(b) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -CO-N(R3R4), 그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아니고; 그리고
(c) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -COO-R3이면, 이 경우, R3은 메틸 또는 에틸이 아님;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, R1은 -(CH2)n-L, 여기서, n은 0 내지 3 그리고 L은-COO-R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴; 그리고 R3은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3개의 헤테로원자를 포함하는 -C1-C8 알킬이고 이는 선택적으로 치환될 수 있다. 다른 실시예에 있어서, n은 1 또는 2이고 L은 알킬 또는 -COO-R3이며, R3은 메틸, 에틸, 프로필, i-프로필, 부틸, sec-부틸, 또는 t-부틸; 또는 n은 1 또는 2 그리고 L은 H 또는 선택적으로 치환된 페닐이다.
다른 실시예에 있어서, R2는 H 또는 메틸이다.
다른 실시예에 있어서, RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, COOCH2OC(O)CH3이다.
다른 실시예에 있어서, 환 A는 페닐, 나프틸, 비페닐, 테트라하이드로나프틸, 인다닐, 피리딜, 푸라닐, 인돌릴, 피리미디닐, 피리디지닐, 피라지닐, 이미다졸릴, 옥사졸릴, 티에닐, 티아졸릴, 트리아졸릴, 이속사졸릴, 퀴놀리닐, 피롤릴, 피라졸릴, 또는 5,6,7,8-테트라하이드로이소퀴놀리닐이다.
다른 실시예에 있어서, RA 각각은 독립적으로, 선택적으로 치환된 알킬이고, RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 아릴을 형성할 수 있다.
본 발명에서는 또한 화학식 V 내지 XXII의 화합물, 및 본원에 설명된 모든 화합물을 제공한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 다음 화학식으로 표시되는 화합물:
Figure pct00009
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 (+)-JQ1인 화합물:
Figure pct00010
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물이다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 다음 화학식으로 표시되는 화합물:
Figure pct00011
,
Figure pct00012
,
Figure pct00013
,
또는
Figure pct00014
;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 다음 화학식으로 표시되는 화합물:
Figure pct00015
또는
Figure pct00016
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 다음 화학식 중 어느 하나로 표시되는 화합물:
Figure pct00017
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 다음 화학식 중 어느 하나로 표시되는 화합물:
Figure pct00018
또는
Figure pct00019
;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 양태에 따르면, 본 발명에서는 다음 구조식 중 어느 하나로 표시되는 화합물:
Figure pct00020
Figure pct00021
Figure pct00022
Figure pct00023
Figure pct00024
Figure pct00025
Figure pct00026
Figure pct00027
Figure pct00028
Figure pct00029
Figure pct00030
Figure pct00031
Figure pct00032
Figure pct00033
Figure pct00034
Figure pct00035
Figure pct00036
Figure pct00037
Figure pct00038
Figure pct00039
Figure pct00040
Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
Figure pct00044
Figure pct00045
Figure pct00046
Figure pct00047
Figure pct00048
Figure pct00049
Figure pct00050
Figure pct00051
또는
Figure pct00052
;
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
다른 실시예에 있어서, 본 발명의 화합물은 다음 구조식 중에서 어느 하나로 표시되는 화합물:
Figure pct00053
,
Figure pct00054
,
Figure pct00055
,
Figure pct00056
,
Figure pct00057
,
Figure pct00058
,
Figure pct00059
,
Figure pct00060
,
Figure pct00061
,
Figure pct00062
,
Figure pct00063
,
Figure pct00064
,
Figure pct00065
,
Figure pct00066
,,
Figure pct00067
,
Figure pct00068
,
Figure pct00069
,
Figure pct00070
,
Figure pct00071
,
Figure pct00072
,
Figure pct00073
또는
Figure pct00074
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물일 수 있다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 다음 구조식으로 표시되는 화합물:
Figure pct00075
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 다음 구조식으로 표시되는 화합물:
Figure pct00076
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 다음 구조식으로 표시되는 화합물:
Figure pct00077
또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물이다.
다른 실시예에 있어서, 본 발명의 화합물은 본원에 나타난 임의의 화합물과 반대의 카이랄리티를 가질 수 있다.
다른 실시예에 있어서, 본 발명에서는 화학식 (V), (VI), 또는 (VII)로 표시되는 화합물:
Figure pct00078
(V),
Figure pct00079
(VI),
Figure pct00080
(VII);
여기서, R, R1,및 R2그리고 RB는 화학식 (I)에서와 동일한 의미를 가지며; Y는 O, N, S, 또는 CR5이고, 여기서 R5는 화학식 (I)에서와 동일한 의미를 가지며; n은 0 또는 1이고; 화학식 (VII)에서 점선으로 표시한 환은 방향족 또는 비방향족 환을 나타냄; 또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 제공한다.
임의의 화학식 I 내지 IV 및 VI(또는 본원의 임의의 화학식)의 다른 실시예에서, R6는 하기 표 A에 나타난 알데히드의 비카보닐 부분(즉, 화학식 R6CHO의 알데히드에서, R6는 알데히드의 비카보닐 부분)을 나타낸다. 다른 실시예에서, R4및 R6는 함께 표 A에 나타난 케톤의 비카보닐 부분(즉, 화학식 R6C(O)R4의 케톤에서, R4및 R6는 케톤의 비카보닐 부분)을 나타낸다.
표 A
Figure pct00081
Figure pct00082
Figure pct00083
Figure pct00084
일 실시예에 있어서, 화합물은 다음 화학식으로 표시되거나:
Figure pct00085
(VIII), 이의 염, 용매화물, 또는 수화물이다.
다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 (라세미체) JQ1 이다: 다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 (+)-JQ1 이다. 다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 다음으로 이루어지는 군에서 선택된 화합물:
Figure pct00086
그리고
Figure pct00087
, 또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물이다.
상기 화합물의 추가적인 예는 다음 화학식을 갖는 임의의 화합물을 포함하며:
Figure pct00088
Figure pct00089
Figure pct00090
Figure pct00091
Figure pct00092
Figure pct00093
; 또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물을 포함한다.
화학식 IX 내지 XXII에서, R 및 R'는 예를 들어, H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 헤테로아릴, 헤테로사이클로알킬, -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐, -C2-C8 알카이닐, -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐일 수 있으며, 이들의 각각은 선택적으로 치환될 수 있다. 화학식 XIV에서, X는 본원에서 설명된 바와 같이 아릴 그룹의 임의의 치환체일 수 있다.
본 발명의 화합물은 다양한 방법에 의해 제조될 수 있는데, 이들 중 몇 가지는 당 분야에서 알려져 있다. 예를 들어, 하기에 제공된 화학적 실시예는 화합물 JQ1(라세미체임) 및 에난티오머 (+)-JQ1 및 (-)-JQ1(반응 도식 S1 및 S2 참조)을 제조하기 위한 합성 반응 도식을 제공한다. 화학식 (I)-(XXII)의 다양한 화합물은 적절한 출발 물질의 치환체로 유사한 방법에 의해 제조될 수 있다.
예를 들어, JQ1으로부터 출발하여, 유사 아민이 아래 반응 도식 1에 나타난 바와 같이 제조될 수 있다.
Figure pct00094
반응 도식 1
반응 도식 1에 나타난 바와 같이, JQ1의 t-부틸 에스테르를 가수분해 하면 카복실산이 되며, 이는 디페닐포스포릴 아지드(DPPA)와 처리되고 커티어스 재배열 조건에 의해 Cbz-보호된 아민을 제공하며, 이는 이후 보호기가 제거되어 아민을 생성한다. 이후 아민 그룹의 정교한 처리, 예를 들어, 환원성 아민화에 의해 2급 아민을 수득하는데, 이는 더 알킬화 되어 3급 아민을 생성한다.
Figure pct00095
반응 도식 2
반응 도식 2에서는 본 발명의 화합물, 예를 들어, 융합된 환의 코어가 (예를 들어, 화학식 I에서 환 A로서 다른 방향족 환을 치환시킴으로써) 변형된 화학식 I의 합성에 대한 더 많은 예를 나타낸다. (예를 들어, 반응 도식 S1에서 아미노디아릴케톤 S2 대신에, 아래와 같이) 적절한 작용성을 갖는 아미노디아릴케톤을 사용하여 다양한 융합 환 코어 및/또는 아릴 그룹 부속물(화학식 I에서 그룹 R에 대응)을 갖는 새로운 화합물을 제공한다. 이러한 아미노디아릴케톤은 상업적으로 구입할 수 있거나 다양한 방법에 의해 제조될 수 있는데, 이들 중 몇 가지는 당 분야에 알려져 있다.
반응 도식 3은 본 발명의 더 많은 화합물을 제조하는 합성 반응 도식의 추가적인 예시를 제공한다.
Figure pct00096
반응 도식 3
반응 도식 3에 나타난 바와 같이, 융합된 바이사이클릭 전구체(본 화합물의 합성을 위해 반응 도식 S1 참조, 아래)는 부분 R(DAM=디메틸아미노메틸렌 보호 그룹)로 작용성을 갖게 되며 이후 히드라지드와의 공들인 반응에 의해 트리사이클릭 융합 코어를 형성한다. 치환체 Rx는 적절한 히드라지드의 선택에 의해 변경될 수 있다.
(본원에 기재된 방법에 의해 제조될 수 있는) 본 발명의 화합물에 대한 추가적인 예는 다음을 포함한다:
아미드:
아미드는 예를 들어, 대응 카복실산 또는 에스테르의 제조 이후 표준 조건을 사용하여 적절한 아민으로 아미드화하여 제조될 수 있다. 다른 실시예에 있어서, 아미드는 단부에 질소-함유 환((예를 들어, 피리딜, 피페리딜, 피페라지닐, 이미다졸릴(N-메틸-이미다졸릴 포함), 몰포리닐 등과 두 개의 탄소 "결합자"를 제공한다. 아미드 구조의 예는 다음을 포함한다:
Figure pct00097
아미드 부분 및 단부-질소-함유 환사이에 두 개의 탄소 결합자를 사용하는 것이 바람직하다.
"역 아미드":
Figure pct00098
2급 아민:
Figure pct00099
보론산:
Figure pct00100
Figure pct00101
다른 실시예에 있어서, 적어도 하나의 카이랄 중심을 갖는 화합물이 라세미체 형태로 존재한다. 다른 실시예에 있어서, 적어도 하나의 카이랄 중심을 갖는 화합물은 에난티오머가 많아지는데, 즉, 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 90%, 95%, 99%, 99% 또는 100%의 에난티오머 과잉(e.e.)이다. 다른 실시예에 있어서, 화합물은 본원에서 설명된 화합물 (+)-JQ1 ((S)- tert-부틸 2-(4-(4-클로로페닐)-2,3,9-트리메틸-6H-티에노[3,2-f][1,2,4]트리아졸로[4,3-a][1,4]디아제핀-6-일)아세테이트)와 동일한 절대 배열을 갖는다.
본원에 기재된 임의의 화학식의 다른 실시예에 있어서, 상기 화합물은 다음 구조식으로 표시되지 않는다:
Figure pct00102
여기서:
R'1은 C1-C4알킬;
R'2은 수소, 할로겐, 또는 할로겐 원자 또는 히드록실 그룹에 의해 선택적으로 치환된 C1-C4알킬;
R'3은 할로겐 원자, 할로겐 원자에 의해 선택적으로 치환된 페닐, C1-C4 알킬, C1-C4 알콕시, 또는 시아노; -NR5-(CH2)m-R6 여기서 R5는 수소 원자 또는 C1-C4 알킬, m은 0 내지 4의 정수, 그리고 R6는 할로겐 원자에 의해 선택적으로 치환된 페닐 또는 피리딜; 또는 -NR7-CO--(CH2)n-R8 여기서 R7은 수소 원자 또는 C1-C4 알킬, n은 0 내지 2의 정수, 그리고 R8은 할로겐 원자에 의해 선택적으로 치환된 페닐 또는 피리딜; 그리고
R'4는 -(CH2)a-CO-NH-R9 여기서 a는 1 내지 4의 정수, 그리고 R9은 C1-C4 알킬; C1-C4 히드록시알킬; C1-C4 알콕시; 또는 C1-C4 알킬에 의해 선택적으로 치환된 페닐 또는 피리딜, C1-C4 알콕시, 아미노 또는 히드록실 그룹 또는 -(CH2)b-COOR10 여기서 b는 1 내지 4의 정수, 그리고 R10는 C1-C4 알킬이다.
"약제학적으로 허용가능한 염"이라는 용어는 본원에서 개시된 화합물로부터 제조된 염(예를 들어, 화학식 I 내지 XXII의 화합물, JQ1) 또는 본원에서 기재된 다른 임의의 화합물로서, 카복실산 작용기와 같은 산성 작용기를 가지며 약제학적으로 허용가능한 무기 또는 유기 염기를 갖는다. 적합한 염기는 다음으로만 한정되지 않고, 나트륨, 칼륨, 및 리튬과 같은 알칼리 금속의 수산화물; 칼슘 및 마그네슘과 같은 알칼리토 금속의 수산화물; 알루미늄 및 아연과 같은 다른 금속의 수산화물; 암모니아, 그리고 비치환 또는 히드록시-치환된 모노-, 디-, 또는 트리알킬아민과 같은 유기 아민; 디사이클로헥실아민; 트리부틸 아민; 피리딘; N-메틸, N-에틸아민; 디에틸아민; 트리에틸아민; 모노-, 비스-, 또는 트리스-(2-히드록시-저급 알킬 아민), 예를 들어, 모노-, 비스-, 또는 트리스-(2-히드록시에틸)-아민, 2-히드록시-tert-부틸아민, 또는 트리스-(히드록시메틸)메틸아민, N,N,-디저급 알킬-N-(히드록시 저급 알킬)-아민, 예를 들어, N,N-디메틸-N-(2-히드록시에틸)-아민, 또는 트리-(2-히드록시에틸)아민; N-메틸-D-글루카민; 아르기닌, 리신과 같은 아미노산 등을 포함한다. "약제학적으로 허용가능한 염"이라는 용어는 또한 본원에 개시된 화합물 또는 본원에 기재된 화합물로부터 제조된 염으로서, 아미노 작용기와 같은 염기성 작용기를 가지며 약제학적으로 허용가능한 무기 또는 유기산을 갖는다. 적합한 산은 다음으로만 한정되지 않고, 황산 수소염, 시트르산, 아세트산, 옥살산, 염산, 브롬화 수소, 요오드화 수소, 질산, 인산, 이소니코틴산, 젖산, 살리실산, 타르타르산, 아스코르브산, 숙신산, 말레산, 베실릭산, 푸마르산, 글루콘산, 글루카론산, 당산, 포름산, 벤조산, 글루탐산, 메탄술폰산, 에탄술폰산, 벤젠술폰산, 그리고 p-톨루엔설폰산을 포함한다.
인 실리코 ( In Silico) 스크리닝 방법 및 시스템
다른 태양에 있어서, 본 발명은 본원에서 확인된 BET 계열 멤버 폴리펩티드(예를 들어, BRD4 도메인) 결합 부위의 구조적 좌표(structural coordinates)를 포함하는 기계 판독 가능한 저장 매체(machine readable storage medium)를 제공한다. 이는 제안된 JQ1의 결합 부위이다. 이들 데이터로 코딩된 저장 매체는 이러한 결합 부위를 포함하는 분자 또는 분자 복합체의 3차원적 그래픽 표시(graphical representation)를 컴퓨터 스크린 또는 유사한 영상 기기 상에서 디스플레이 할 수 있다.
본 발명은 전술한 결합 부위에 결합하는 화합물을 디자인하고, 평가하며 확인하는 방법을 제공한다. 이러한 화합물은 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT)의 생물학적 활성을 저해 및/또는 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT)의 세포 이하 국소화(subcellular localization)를 와해할 것으로 예측된다. 본 발명은 a) 결합부위를 포함하는 분자 또는 분자 복합체의 3차원적 표시; 또는 b) 약 2.0 옹스트롬 이하(더욱 바람직하게는 1.5 이하)의 아미노산 백본 원자로부터의 평균평방근편차를 갖는 결합부위를 포함하는, 상기 분자 또는 분자 복합체의 호몰로그(homologue)의 3차원적 표시를 생성하는 컴퓨터를 제공하며, 상기 컴퓨터는 하기를 포함한다:
(i) 브로모도메인 구조 결합 포켓 또는 다른 BET 계열 멤버 결합 부위 내 아미노산 잔기의 구조 좌표를 포함하는 기계-판독 가능한 데이터로 코딩된 데이터 저장 물질을 포함하는 기계-판독 가능한 데이터 저장 매체;
(ii) 상기 기계-판독 가능한 데이터를 처리하기 위한 지시를 저장하기 위한 워킹 메모리;
(iii) 상기 워킹 메모리 및 상기 기계-판독 가능한 데이터 저장 매체에 연결된, 상기 기계-판독 가능한 데이터를 상기 3차원적 표시로 처리하기 위한 중앙처리장치; 및
(iv) 상기 중앙처리장치에 연결된 상기 3차원적 표시를 나타내기 위한 디스플레이.
따라서, 컴퓨터는 결합 부위를 포함하는 분자 또는 분자 복합체의 3차원적 그래픽 구조를 생산한다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT) 아미노산의 구조 좌표에 의해 정의된 분자 또는 분자 복합체의 3차원적 표시 또는 2.0 옹스트롬 이하(더욱 바람직하게는 1.5 이하)의 상기 아미노산 백본 원자로부터의 평균평방근편차를 갖는 결합부위를 포함하는, 상기 분자 또는 분자 복합체의 호몰로그의 3차원적 표시를 생성하는 컴퓨터를 제공한다.
예시적 실시형태에서, 컴퓨터 또는 컴퓨터 시스템은 본 기술분야에서 통상적인 예컨대 미국 특허 제5,978,740호 및/또는 제6,183,121호(본원에서 참조로 포함된다)에 개시된 것과 같은 구성요소를 포함할 수 있다. 예를 들면, 컴퓨터 시스템은 중앙처리장치("CPU"), 워킹 메모리(예컨대, RAM(random-access memory) 또는 "코어" 메모리일 수 있다), 대용량 저장 메모리(예를 들어, 하나 이상의 디스크 드라이버 또는 CD-ROM 드라이브), 하나 이상의 음극선관(CRT) 또는 액정 디스플레이(LCD) 디스플레이 단말기, 하나 이상의 키보드, 하나 이상의 입력 라인 및 하나 이상의 출력 라인을 포함하고, 이들 모두가 통상적인 시스템 버스(system bus)로 서로 연결된 컴퓨터를 포함할 수 있다.
본 발명의 기계-판독 가능한 데이터는 모뎀이나 데이터 라인에 의해 연결된 모뎀을 사용하여 컴퓨터에 입력될 수 있다. 대안적으로 또는 부가적으로, 입력 하드웨어는 CD-ROM 드라이브, 디스크 드라이브 또는 플래시 메모리를 포함할 수 있다. 키보드가 디스플레이 터미널에 연결되어 입력 장치로서 사용될 수 있다.
출력 라인으로 컴퓨터에 연결된 출력 하드웨어는 통상적인 장치에 의해 유사하게 실행될 수 있다. 예컨대, 출력 하드웨어는 본 발명의 결합 포켓의 그래픽 표시를 디스플레이하기 위하여 QUANTA 또는 PYMOL과 같은 프로그램을 사용하는 CRT 또는 LCD 디스플레이 단말기를 포함할 수 있다. 출력 하드웨어는 프린터 또는 추후 사용하기 위한 시스템 출력을 저장하는 디스크 드라이브를 포함할 수 있다.
CPU는 가동 중에 다양한 입력 및 출력 장치의 사용을 조율하고, 대용량 저장장치로부터의 데이터 접근, 워킹 메모리로부터의 접근 및 워킹 메모리에의 접근을 조율하고, 데이터 처리 단계의 서열을 결정한다. 시판중인 소프트웨어를 포함하여 수많은 프로그램이 본 발명의 기계-판독 가능한 데이터를 처리하는데 사용될 수 있다.
본 발명에 따른 기계-판독 가능한 데이터를 저장하기 위한 자기 저장 매체는 통상적인 것일 수 있다. 자기 데이터 저장 매체는 전술한 컴퓨터 시스템과 같은 시스템에서 실행될 수 있는 기계-판독 가능한 데이터로 코딩될 수 있다. 매체는 통상적인 플로피 디스켓이나 하드 디스크일 수 있으며, 이는 통상적으로 사용될 수 있는 적합한 기판과, 역시 통상적으로 사용될 수 있는 한 면 또는 양면에 자기적으로 분극 또는 배향이 바뀔 수 있는 자기 도메인을 포함하는 적합한 코팅을 갖고 있다. 매체는 또한 디스크 드라이브의 스핀들 또는 기타 데이터 저장 장치를 수용하기 위한 개구(미도시)를 가질 수 있다.
매체의 자기 도메인은 본원에 기술된 컴퓨터 시스템과 같은 시스템에서 실행될 수 있도록, 본원에 기술된 것과 같은 기계 판독 가능한 데이터를 통상적인 방식으로 코딩 하도록 분극화되거나 배향된다.
광학적-판독 가능한 데이터 저장 매체 또한 기계-판독 가능한 데이터 또는 컴퓨터 시스템에서 수행될 수 있는 일련의 지시로 코딩 될 수 있다. 이 매체는 통상적인 읽기전용 씨디(CD-ROM) 또는 광학적으로 판독가능하며 광자기적으로 쓰기 가능한 광자기 디스크와 같은 재기록 가능한 매체일 수 있다.
CD-ROM의 경우, 잘 알려져 있는 바와 같이, 디스크 코팅은 반사성이며, 기계-판독 가능한 데이터를 코딩 하는 다수의 피트(pit)로 날인되어 있다. 피트 배열은 레이저 광이 코팅 표면에서 반사되면서 판독된다. 바람직하게 실질적으로 투명한 방어 코팅이 반사 코팅의 상부에 제공된다.
광자기 디스크의 경우, 잘 알려져 있는 바와 같이, 데이터-기록 코팅은 피트는 없지만, 레이저로 특정 온도 이상으로 가열하였을 때 분극 또는 배향이 자기적으로 변경될 수 있는 다수의 자기 도메인을 포함한다. 도메인의 배향은 코팅에서 반사된 레이저광의 분극을 측정함으로써 판독될 수 있다. 도메인 배열은 전술한 데이터를 코딩 한다.
구조 데이터는 결합 포켓을 포함하는 분자 또는 분자 복합체의 좌표를 3차원적 구조로 번역하는 소프트웨어로 프로그래밍된 컴퓨터와 함께 사용되어 약물 발견과 같은 다양한 목적에 사용될 수 있다.
예를 들어, 데이터에 의해 코딩 된 구조는 화학 물질(chemical entity)과 결합하는 능력이 컴퓨터로 평가될 수 있다. BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT)의 결합 부위와 결합하는 화학 물질은 종양 세포의 증식을 저해하거나 분화를 유도하고, BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT)의 생물학적 활성을 저해 및/또는 세포 이하 국소화를 와해할 것으로 예측된다. 이러한 화합물은 잠재적인 후보 약물이다. 또는 데이터에 의해 코딩 된 구조는 컴퓨터 스크린상에서 3차원적 그래픽 표시로 디스플레이 될 수 있다. 이로써 구조의 시각적 검사와 구조 및 화학 물질간의 결합의 시각적 검사가 가능하다.
따라서 다른 실시형태에 따라 본 발명은 a) 본원에서 기술된 바와 같이 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT)의 구조 좌표로 정의된 결합 부위를 포함하는 분자 또는 분자 복합체; 또는 b) 2.0 옹스트롬 이하(더욱 바람직하게는 1.5 이하)의 아미노산 백본 원자로부터의 평균평방근편차를 갖는 결합 포켓을 포함하는, 상기 분자 또는 분자 복합체의 호몰로그에 결합하는 화학 물질의 잠재성을 평가하는 방법에 관한 것이다.
이 방법은 하기의 단계를 포함한다:
(i) BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT) 폴리펩티드 또는 이들의 분체 또는 분자 복합체의 결합 부위와 화학 물질간의 피팅 작업(fitting operation)을 수행하는 컴퓨터 수단을 채용하는 단계; 및 (ii) 피팅 작업 결과를 분석하여 화학 물질과 결합 포켓간의 결합을 정량화하는 단계.
이 실시형태는 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT) 또는 이들의 분체의 결합 부위와 결합하거나 이에 결합하는 화학 물질의 잠재성을 평가하는 것에 관한 것이다.
본원에서 사용되는 용어 "화학 물질"은 화합물, 두 개 이상의 화합물의 복합체 및 이러한 화합물 또는 복합체의 분체(fragment)를 지칭한다.
어떤 실시형태에서, 본 발명의 방법은 본원에서 기술된 바와 같이 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT)의 모든 아미노산의 구조 좌표로 특정된 분자 또는 분자 복합체, 또는 2.0 옹스트롬 이하(더욱 바람직하게는 1.5 이하)의 아미노산 백본 원자로부터의 평균평방근편차를 갖는 상기 분자 또는 분자 복합체의 호몰로그와 결합하는 화학 물질의 잠재성을 평가한다.
또 다른 실시형태에서, 본원에서 기술된 결합 부위 중 하나의 구조적 좌표는 브로모도메인 결합 부위(예를 들어, 브로모도메인 구조적 결합 포켓)를 포함하는 분자의 길항제를 확인하는 방법에 사용될 수 있다. 이 방법은 하기 단계를 포함한다:
a) BET 계열 멤버의 원자 좌표를 사용하는 단계; 및
b) 이 3차원적 구조를 채용하여 잠재적인 작용제 또는 길항제를 디자인하거나 선택하는 단계. 가능한 수단에 의해 화합물을 수득할 수 있을 것이다. "수득한다"는 예컨대, 작용제 또는 길항제를 합성, 구매 또는 달리 입수하는 것을 의미한다. 요망되는 경우, 본 방법은 추가적으로 작용제 또는 길항제를 BET 계열 멤버 폴리펩티드 또는 그 분체와 접촉시켜 잠재적인 작용제 또는 길항제의 분자와의 상호작용 능력을 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 요망되는 경우, 본 방법은 추가적으로 종양 세포를 브로모도메인 결합 화합물과 접촉시켜 세포독성을 평가하고, 종양세포 증식, 세포사, BET 계열 멤버 생물학적 활성 또는 세포 이하 국소화를 평가하는 단계를 포함할 수 있다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT)의 잠재적 길항제를 확인하는 방법을 제공하며, 이 방법은 하기 단계를 포함한다:
a) BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT)(예를 들어, 브로모도메인 구조적 결합 포켓)의 원자 좌표를 사용하는 단계; 및
b) 3차원적 구조를 채용하여 잠재적인 작용제 또는 길항제를 디자인하거나 선택하는 단계.
본 발명자에 의해 해명되었으며 이전에는 확인된 바 없는 브로모도메인의 결합 부위는, 브로모도메인과 전체로 또는 부분적으로 상호작용하여 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4, BRDT)의 활성을 조절(예를 들어, 저해)할 수 있는 새로운 화학 물질 및 화합물을 디자인하는데 필요한 정보를 제공한다.
본 발명에 따른, 브로모도메인의 생물학적 활성을 감소시키는 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT) 구조적 결합 포켓 서열과 결합하거나 또는 BET 계열 멤버의 세포 이하 국소화를 와해하는 화합물의 디자인은 일반적으로 여러 요인이 고려된다. 일 실시형태에서, 상기 화합물은 브로모도메인 구조적 결합 포켓 서열 내 결합 부위와 같은, 적어도 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT)의 분체와 물리적 및/또는 구조적으로 결합한다. 이 결합에 중요한 비-공유 분자 상호작용은 수소 결합, 반데르발스 상호작용, 소수성 상호작용 및 정전기적 상호작용을 포함한다. 바람직하게 화합물들은 브로모도메인 결합부위(들)과 직접 결합하게 하는 형태를 가질 것으로 추정된다. 비록 화합물의 어떤 부분은 이들 결합에 직접 참여하지 않을 수도 있을 것이나 그 물질 부분은 여전히 분자의 전체 형태에 영향을 미칠 수 있다. 이는 결국 화합물의 역가에 상당한 영향을 미칠 수 있다. 이러한 구조적 요건은 결합부위 전체 또는 일부와 관련하여 화학적 화합물의 전체적인 3차원적 구조 및 배향, 또는 결합부위 또는 그 호몰로그와 직접 상호작용하는 여러 화학적 화합물을 포함하는 작용기 사이의 간격을 포함한다.
브로모도메인 결합 부위에 대한 화합물의 잠재적인 저해 또는 결합 효과는 컴퓨터 모델링 기법을 사용하여 실제 합성 전에 분석 및 시험될 수 있을 것이다. 만약 주어진 화합물의 이론적 구조가 화합물과 표적이 되는 결합부위간 상호작용이나 결합이 불충분할 것을 암시하는 경우, 이 화합물의 시험은 배제된다. 그러나 만약 컴퓨터 모델링 결과 강한 상호작용이 지시되면, 상기 분자는 합성되고 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT) 구조 결합 포켓 서열과의 결합 능력을 시험하거나, 또는 예컨대 종양 세포에서 세포독성을 분석하거나 BET 계열 멤버의 생물학적 활성의 감소를 분석하거나 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT)의 세포 이하 국소화를 분석함으로써 그 생물학적 활성을 시험한다. 후보 화합물은 일련의 단계에 의해 컴퓨터로 평가될 수 있는데, 이들 단계에서 화학 물질 또는 분체가 스크리닝되고 브로모도메인 구조적 결합 포켓과 결합하는 능력으로 선택된다.
본 기술분야의 당업자는 화학적 화합물 또는 분체를 브로모도메인 결합 부위와 결합하는 능력에 대해 스크리닝하고하는 여러 방법 중 하나를 사용할 수 있다. 이들 과정은 예컨대 본원에서 기술된 BET 계열 멤버의 구조 좌표 또는 기계-판독 가능한 저장 매체에서 생성된 유사한 형상을 특정하는 다른 좌표에 기초한 컴퓨터 스크린상의 결합 부위를 시각적으로 검사함으로써 시작될 수 있다. 선택된 분체들 또는 화합물은 이후 다양한 배향으로 위치되거나 또는 위에 정의된 결합 부위 내에 도킹될 수 있다. 도킹은 Quanta 및 DOCK와 같은 소프트웨어의 사용 및 이후 에너지 최소화 및 CHARMM 및 AMBER와 같은 표준분자 기계력장(standard molecular mechanics force fields)에 의한 분자 동력학을 사용하여 수행할 수 있다.
특정 컴퓨터 프로그램(예를 들어, 본 기술분야에 공지 및/또는 시판 및/또는 본원에서 기술됨)이 분체 또는 화학물질의 선택 과정에 보조될 수도 있다.
일단 적합한 화학 물질 또는 분체가 선택되면 이들은 하나의 화합물 또는 복합체로 조립될 수 있다. 조립 전에 표적 결합 부위의 구조 좌표와 관련하여 컴퓨터 스크린상에 디스플레이 된 3차원적 이미지 상에서 분체들 서로간의 관계를 시각적으로 검사할 수 있다.
결합 포켓의 저해제를 단계적인 방식으로 구축하는 대신 전술한 분체 또는 화학 물질을 한번에, 저해 또는 기타 결합 화합물을 전체적으로 또는 빈 결합부위를 이용하여 또는 임의로 알려진 저해제의 일부를 포함하여 "드 누보"로 디자인할 수 있다. 본 기술분야에는 여러 드 누보 리간드 디자인 방법이 알려져 있으며, 이들 중에는 시판되는 것도 있다(예를 들어, Tripos Associates, St. Louis, Mo.에서 시판중인 LeapFrog).
다른 분자 모델링 기술도 본 발명에 따라 채용될 수 있다(예컨대, N. C. Cohen et al., "Molecular Modeling Software and Methods for Medicinal Chemistry, J. Med. Chem., 33, pp. 883-894 (1990); M. A. Navia and M. A. Murcko, "The Use of Structural Information in Drug Design", Current Opinions in Structural Biology, 2, pp. 202-210 (1992); L. M. Balbes et al., "A Perspective of Modern Methods in Computer-Aided Drug Design", in Reviews in Computational Chemistry, Vol. 5, K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd, Eds., VCH, New York, pp. 337-380 (1994); see also, W. C. Guida, "Software For Structure-Based Drug Design", Curr. Opin. Struct. Biology,, 4, pp. 777-781 (1994) 참조).
화합물이 디자인되거나 선택되면, 그 물질이 결합 부위에 결합하는 효율을 시험하고 컴퓨터 평가에 의해 적정화될 수 있다.
특정 컴퓨터 소프트웨어가 본 기술분야에 시판되어 화합물 변형 에너지 및 정전기적 상호작용을 평가할 수 있다. 이러한 용도로 디자인된 프로그램은 예컨대 AMBER; QUANTA/CHARMM (Accelrys, Inc., Madison, WI) 등을 들 수 있다. 이들 프로그램은 예컨대 시판 그래픽 워크 스테이션에 사용하게 실행될 수 있다. 다른 하드웨어 시스템과 소프트웨어 패키지도 본 기술분야의 당업자에게 잘 알려져 있다.
본원에서 기술된 바와 같이(예컨대 실시예들을 참조) 또 다른 기법이 가상 화합물 라이브러리의 인 실리코 스크리닝에 관련된다. 수천의 화합물들이 신속하게 스크리닝되며 가장 좋은 가상 화합물들이 추가적 스크리닝을 위해 선택될 수 있다(예를 들어, 합성 및 체외 또는 체내 시험). 소규모의 분자 데이터베이스를 스크리닝하여 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT)의 브로모도메인 결합부위와 전체로 또는 부분으로 결합할 수 있는 화학물질 또는 화합물을 스크리닝할 수 있다. 이 스크리닝에서, 이러한 물질의 결합부위에의 피팅 품질이 형상 상보성(shape complementarity) 또는 추측되는 상호작용 에너지에 의해 판단될 수 있다.
본 발명의 a) 브로모도메인의 구조적 결합 포켓 서열내 아미노산 잔기의 구조 좌표에 의해 정의된 BET 계열 멤버의 구조적 결합 포켓을 포함하는 분자 또는 분자 복합체의 3차원적 표시; 또는
b) 상기 아미노산 백본 원자들로부터 약 2.0 옹스트롬 이하(더욱 바람직하게는 1.5 이하)의 평균평방근편차를 갖는 결합부위를 포함하는 상기 분자 또는 분자 복합체의 호몰로그의 3차원적 표시를 생성하는 컴퓨터는 하기를 포함한다:
(i) 기계-판독 가능한 데이터로 코딩된 데이터 저장 물질을 포함하는 기계-판독 가능한 데이터 저장 매체, 이때, 상기 데이터는 BET 계열 멤버의 구조적 결합 포켓 서열내 아미노산 잔기의 구조적 좌표를 포함한다;
(ii) 기계-판독 데이터를 처리하기 위한 지시를 저장하기 위한 워킹 메모리;
(iii) 상기 워킹 메모리 및 기계-판독 가능한 데이터 저장 매체에 연결된 상기 기계-판독 데이터를 상기 3차원적 표시로 처리하기 위한 중앙-처리 장치; 및
(iv) 중앙-처리 장치에 연결된 상기 3차원적 표시를 나타내기 위한 디스플레이.
실시예에 기재된 바와 같이, 인 실리코 방법을 사용하여 확인된 화합물은 임의로 예컨대 후술되는 "부가적 스크리닝 방법"또는 본 기술분야의 공지된 기타방법을 사용하여 체외에서 또는 체내에서 시험될 수 있다.
부가적 스크리닝 방법
전술한 바와 같이, 본 발명은 브로모도메인 결합 포켓에 결합하며 종양세포에서 세포분화를 유도하거나 세포증식을 감소시키는 JQ1을 포함하는 특정 화합물 및 다른 치환된 화합물의 예를 제공한다. 그러나 본 발명은 이에 제한되지 않는다. 본 발명은 나아가 BET 계열 멤버와 결합할 수 있고, 종양 세포에 세포독성이며, BET 계열 멤버의 생물학적 활성을 감소시키며, BET 계열 멤버의 세포 이하 국소화를 와해시키는 작용물질(핵산, 펩타이드, 소분자 저해제 및 미메틱스)를 확인하는 간단한 수단을 제공한다. 이러한 화합물은 또한 종양, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 동맥 경화증, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 이식편대숙주질환, 브로모도메인과 관련된 염증질환의 치료 또는 예방, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료 및 남성 생식력의 감소에 유용할 것으로 예측된다. 본 발명 조성물의 추가적 용도는 비제한적으로 장기 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포분화를 촉진 또는 저해함으로써) 및 전분화능(pluripotency)의 촉진에 사용하는 것을 포함한다.
특히, 본 발명의 다른 태양은 적어도 부분적으로 BET 계열 멤버 폴리펩티드의 생물학적 활성을 감소시키는 작용물질이 종양, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성동맥경화증, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 이식편대숙주질환, 브로모도메인과 관련된 염증질환의 치료 또는 예방, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료 및 남성 생식력의 감소를 위한 약제에 유용할 것이라는 발견에 기초한다. 본 발명 조성물의 추가적 용도는 비제한적으로 장기 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포분화를 촉진 또는 저해함으로써) 및 전분화능의 촉진에 사용하는 것을 포함한다. 특정 실시형태에서, 본 발명의 화합물 또는 다른 작용물질의 효과는 세포 증식, 세포 생존 또는 세포 치사를 분석함으로써 분석된다. 다른 접근에서, 본 발명의 작용물질 및 화합물은 전사조절 또는 신장(elongation)에 대한 효과에 대해 분석된다. 본 발명의 종양의 성장, 증식 또는 전이를 감소시키는 작용물질 및 화합물은 종양의 치료 또는 예방에 유용한 것으로 확인된다. 다른 실시형태에서, 본 발명의 화합물들은 면역반응세포, 사이토킨 또는 히스타민 방출 또는 염증질환의 다른 표지에 대한 효과에 대해 분석된다.
BET 계열 멤버에 특이적으로 결합하거나 BET 계열 멤버의 생물학적 활성을 감소시키는 작용물질은 거의 본 발명의 방법에 채용될 수 있다. 본 발명의 방법은 종양의 성장 또는 증식을 감소, 지연 또는 안정화하거나 염증 질환의 치료 또는 예방에 사용할 수 있는 후보 작용물질을 저비용과 고처리 효율로 스크리닝하는데 유용하다. 이후 BET 계열 멤버의 브로모도메인에 특이적으로 결합하는 후보 작용물질을 분리하고, 이들의 종양 세포 증식을 감소시키고 분화를 유도하고 및/또는 종양세포 치사를 증가시키는 능력에 대한 체외 분석 또는 체내 분석에서의 활성에 대해 시험한다. 본 발명의 당업자는 세포에 대한 후보 작용물질의 효과가 전형적으로 후보 작용물질과 접촉하지 않는 상응하는 대조 세포와 비교된다는 것을 인식한다. 따라서 스크리닝 방법은 후보 작용물질에 의해 접촉된 종양세포의 증식을 미처리 대조 세포의 증식과 비교하는 것을 포함한다.
다른 실시형태에서, 후보 작용물질로 처리한 세포에서의 BET 계열 멤버의 발현 또는 활성을 미처리 대조 샘플과 비교하여 접촉된 세포 내에서 BET 계열 멤버의 생물학적 활성을 감소시키는 후보 화합물을 확인한다. 폴리펩티드 발현 또는 활성은 본 기술분야에 잘 알려진 과정에 의해 비교될 수 있으며, 예컨대, 웨스턴 블롯팅, 유세포 분석, 면역세포화학, 자기적 및/또는 브로모도메인-특이적 항체-코팅된 비드에의 결합, in situ 혼성화, 형광 in situ 혼성화(FISH), ELISA, 마이크로어레이 분석, RT-PCR, 노던 블롯팅, 브래드포드(Bradford) 분석 및 로리(Lowry) 분석과 같은 비색 분석 등을 들 수 있다.
하나의 작용예에서, 하나 이상의 후보 작용물질을 다양한 농도로 종양세포 함유 배양 배지에 추가한다. 세포 내에서 발현되는 BET 계열 멤버의 발현을 감소시키는 작용물질은 본 발명에서 유용한 것으로 여겨지며, 이러한 작용물질은 예컨대, 종양 또는 염증성 질환의 예방, 지연, 개선, 안정화 또는 치료용 약제로서 사용될 수 있다. 확인된 본 발명의 작용물질(예를 들어, 브로모도메인에 특이적으로 결합 및/또는 길항하는 작용물질)은 종양, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성동맥경화증, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 이식편대숙주질환, 브로모도메인과 관련된 염증질환의 치료 또는 예방, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료 및 남성 생식력의 감소에 사용한다. 본 발명 조성물의 추가적 용도는 비제한적으로 장기 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포분화를 촉진 또는 저해함으로써) 및 전분화능의 촉진에 사용하는 것을 포함한다. 본 발명에 따른 방법에 따라 확인된 작용물질은 종양, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성동맥 경화증, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 이식편대숙주질환, 브로모도메인과 관련된 염증질환의 치료, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료 및 남성 생식력의 감소 또는 장기 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포분화를 촉진 또는 저해함으로써) 및 in situ 전분화능 촉진에 사용되기 위해 국소적으로 또는 전신적으로 전달된다.
일 실시형태에서, 후보 작용물질의 효과는 대안으로, 웨스턴 블롯팅 또는 BET 계열 멤버에 특이적인 항체를 사용한 면역침전과 같은 동일한 일반적 접근 및 표준 면역학적 기술을 사용하여 BET 계열 멤버 생산 수준에서 측정될 수 있다. 예를 들면, 면역 분석법을 사용하여 종양세포에서 BET 계열 멤버의 발현을 검출하거나 모니터링할 수 있다. 일 실시형태에서, 본 발명은 BET 계열 멤버에 결합하거나 그 생물학적 활성을 차단하거나 세포 이하의 국소화를 와해할 수 있는 다클론 또는 단클론 항체를 확인한다(본원에서 기술된 바와 같이 제조됨). BET 계열 멤버의 세포 이하 국소화를 와해하거나 그 생물학적 활성을 감소시키는 화합물이 특히 유용한 것으로 여겨진다. 이러한 작용물질은 예컨대 종양 또는 염증성 질환의 예방 또는 치료용 약제로 사용될 수 있다.
대안으로 또는 부가적으로, 후보 화합물은 본 발명의 BET 계열 멤버(예를 들어, BRD2, BRD3, BRD4 및 BRDT)에 특이적으로 결합하거나 길항하는 것들을 먼저 분석하고 이어 종양세포에의 효과를 실시예에 기술된 대로 시험하여 확인될 수 있다. 일 실시형태에서, 후보 작용물질의 효능은 BET 계열 멤버와의 상호작용 능력에 의존한다. 이러한 상호작용은 표준 결합 기술 및 기능 분석(예를 들어, 전술한 Ausubel et al.에 기술된 것들)을 사용하여 용이하게 분석 될 수 있다. 예를 들면, 후보 화합물은 본 발명의 폴리펩티드와의 상호작용 및 결합을 체내에서 시험할 수 있고, 그 종양 세포 증식을 조절하는 능력을 표준 분석으로 분석(예를 들어, 본원에서 기술된 분석)할 수 있다. 일 실시형태에서, 종양 세포의 분할은 유세포 분석을 사용한 BrdU 삽입을 분석함으로써 결정된다. 다른 실시형태에서, BET 계열 멤버의 발현은 면역조직화학적으로 모니터링된다.
잠재적 브로모도메인 길항제는 BET 계열 멤버 브로모도메인 결합하며 그 활성을 감소시키는 유기 분자, 펩타이드, 펩타이드 미메틱, 폴리펩티드, 핵산 리간드, 아프타머(aptamers) 및 항체를 포함한다. 특정 일 실시예에서, BET 계열 멤버에 결합하는 후보 화합물은 크로마토그래피-기초 기술을 사용하여 확인될 수 있다. 예를 들면, 본 발명의 재조합 BET 계열 멤버 폴리펩티드는 폴리펩티드를 발현하도록 조작된 세포로부터 표준 기술로 정제되거나 또는 화학적으로 합성될 수 있으며, 정제된 펩타이드는 칼럼상에 고정된다. 후보 작용물질의 용액을 칼럼에 통과시키고, BET 계열 멤버 폴리펩티드 또는 이들의 분체에 특이적으로 결합하는 작용물질은 BET 계열 멤버 폴리펩티드에 결합하고 칼럼상에 고정되는 능력에 기초하여 확인된다. 작용물질을 분리하기 위해, 칼럼을 세척하여 비-특이적 결합 분자를 제거하고 이후 관심 작용물질을 칼럼에서 방출하고 수거한다. 이 방법(또는 다른 적합한 방법)으로 분리된 작용물질은, 원하는 경우, 추가적으로 정제(예를 들어, 고성능 액체 크로마토그래피에 의해)될 수 있다. 또한, 이들 후보 작용물질은 종양 세포 증식 또는 생존능을 감소시키는 능력에 대해 시험될 수 있다. 이러한 접근으로 분리된 작용물질은, 예컨대, 종양, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성동맥경화증, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 이식편대숙주질환, 브로모도메인과 관련된 염증질환의 치료 또는 예방, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료 및 남성 생식력의 감소 또는 장기 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포분화를 촉진 또는 저해함으로써) 및 전분화능을 촉진하기 위한 약제로서 사용될 수 있다. BET 계열 멤버에 1 nM, 5 nM, 10 nM, 100 nM, 1μM 또는 10 μM 이하의 친화상수로 결합하는 것으로 확인된 화합물은 특히 본 발명에서 유용한 것으로 여겨진다.
테스트 화합물 및 추출물
여러 실시형태에서, BET 계열 멤버 길항제(예를 들어, 브로모도메인에 특이적으로 결합하여 그 활성을 감소시키는 작용물질)가 천연 산물 또는 합성(또는 반합성) 추출물의 대규모 라이브러리 또는 화학적 라이브러리 또는 폴리펩티드 또는 핵산 라이브러리로부터 본 기술분야 공지 방법에 따라 확인되었다. 약물 발견 및 개발 분야의 당업자는 시험 추출물 또는 화합물의 정확한 공급원이 본 발명의 스크리닝 절차에서 중대한 요소가 아닌 것을 이해할 것이다. 스크리닝에 사용된 작용물질은 종양 또는 염증성 질환의 치료용 약제로 알려진 것들도 포함될 수 있다. 또는, 거의 모든 미지 화학적 추출물 또는 화합물들을 본원 기술 방법을 사용하여 스크리닝할 수 있다. 이러한 추출물 또는 화합물은 비제한적 예시로서, 식물-, 곰팡이-, 원핵- 또는 동물-기초 추출물, 발효 브로쓰 및 합성 화합물 뿐 아니라 기존 폴리펩티드의 변형물을 포함한다.
세균-, 곰팡이-, 식물- 및 동물- 추출물 형태의 천연 폴리펩티드 라이브러리는 Biotics (Sussex, UK), Xenova (Slough, UK), Harbor Branch Oceangraphics Institute (Ft. Pierce, Fla.),및 PharmaMar,U.S.A.(Cambridge,Mass.)를 포함하여 다수의 회사에서 시판되고 있다. 이러한 폴리펩티드는 본 기술분야의 공지 방법 및 본원에 기술된 방법을 사용하여 단백질 형질 변환 도메인을 포함하도록 변경될 수 있다. 또한 천연 및 합성적으로 제조된 라이브러리들은 필요한 경우 본 발명의 공지 방법, 예컨대 표준 추출 및 분획 방법에 따라 생산된다. 분자 라이브러리 제조를 위한 방법은 본 기술분야, 예컨대, 하기 문헌에서 발견될 수 있다: DeWitt etal ., Proc . Natl . Acad . Sci . U.S.A. 90:6909, 1993; Erb etal ., Proc . Natl . Acad . Sci . USA 91:11422, 1994; Zuckermann etal ., J. Med . Chem . 37:2678, 1994;Choetal ., Science 261:1303, 1993; Carrelletal ., Angew . Chem . Int . Ed . Engl . 33:2059, 1994;Carelletal., Angew.Chem. Int.Ed.Engl. 33:2061, 1994; 및 Gallop etal., J.Med.Chem. 37:1233,1994. 또한, 원하는 경우, 어떤 라이브러리 또는 화합물도 표준 화학적, 물리학적 또는 생화학적 방법을 사용하여 쉽게 변경된다.
수많은 방법이 비제한적으로 폴리펩티드 및 사카라이드-, 지질-, 펩타이드- 및 핵산-기초 화합물을 포함하는 화학적 화합물의 랜덤 또는 관련 합성물(예를 들어, 반 합성 또는 전합성)을 생성하는데 사용될 수 있다. 합성 화합물 라이브러리는 Brandon Associates (Merrimack, N.H.) 및 Aldrich Chemical (Milwaukee, Wis.)에서 시판된다. 또는, 후보 화합물로서 사용되는 화학적 화합물은 용이하게 입수할 수 있는 시작 물질에서 본 기술분야의 당업자에게 잘 알려져 있는 표준 합성 기술 및 방법을 사용하여 합성할 수 있다. 본원에서 기술된 방법에 의해 확인된 화합물을 합성하는데 유용한 합성 화학 변성 및 보호기 방법(보호 및 탈보호)는 본 기술분야에 공지되어 있으며, 예를 들면, R. Larock, Comprehensive Organic Transformations, VCH Publishers (1989); T. W. Greene and P. G. M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd ed., John Wiley and Sons (1991); L. Fieser and M. Fieser, Fieser and Fieser's Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1994); 및 L. Paquette, ed., Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1995), 및 이들의 후속판에 기재된 방법들을 포함한다.
화합물의 라이브러리는 용액 내(예를 들어, Houghten, Biotechniques 13:412-421,1992), 또는 비드상(Lam, Nature354:82-84,1991), 칩상(Fodor, Nature364:555-556,1993), 박테리아(Ladner, 미국 특허 제5,223,409호), 스포어(spores; Ladner 미국 특허 제5,223,409호), 플라스미드(Cull etal., Proc Natl Acad Sci USA 89:1865-1869, 1992) 또는 파지(Scott and Smith, Science 249:386-390, 1990;Devlin, Science 249:404-406, 1990; Cwirlaetal.Proc. Natl . Acad . Sci . 87:6378-6382, 1990; Felici, J.Mol.Biol. 222:301-310,1991; Ladner supra.)상에 존재할 수 있다.
또한, 약물 발견 및 개발 분야의 당업자는 비복제(dereplication; 예를 들어, 탁소노믹 비복제, 생물학적 비복제 및 화학적 비복제 또는 이들의 조합) 또는 그 활성이 이미 알려진 물질의 복제물 또는 반복물의 제거를 위한 방법은 가능한 때는 언제나 채용되어야 한다는 것을 용이하게 이해할 수 있을 것이다.
조추출물이 BET 계열 멤버 브로모도메인 결합 활성을 갖는 것으로 밝혀진 경우에는, 관찰된 효과에 책임 있는 분자 구성성분을 분리하기 위해 양성 선도 추출물의 추가적인 분획화가 필요하다. 따라서, 추출, 분획화 및 정제 과정의 목적은 종양 세포 증식 또는 생존능을 감소시키는 조추출물 내 화학 물질의 주의 깊은 특성화 및 동정을 위한 것이다. 이러한 이종 추출물의 분획화 및 정제 방법은 본 기술분야에 공지되어 있다. 필요한 경우, 치료제로 유용한 것으로 나타난 화합물은 본 기술분야 공지방법에 의해 화학적으로 변경된다.
본 발명은 치료적 유효량의 본원에서의 화학식 화합물을 포함하는 약학적 조성물을 대상(예를 들어, 인간과 같은 포유동물)에 투여하는 것을 포함하는 질환 및/또는 장애 또는 증상을 치료하는 방법을 제공한다. 따라서, 일 실시형태는 종양 질환 또는 그 장애 또는 증상으로 고통 받거나 이에 민감한 대상을 치료하는 방법이다. 이 방법은 질환 또는 장애가 치료될 수 있는 조건하에서 질환 또는 장애 또는 증상을 치료하기에 충분한 본원 화합물의 치료량을 포유동물에 투여하는 단계를 포함한다.
본원의 방법은 이러한 효과를 위해 대상(이러한 치료를 필요로 하는 것으로 확인된 대상 포함)에 유효량의 본원에서 기술된 화합물, 또는 본원에서 기술된 조성물을 투여하는 것을 포함한다. 이러한 처치를 필요로 하는 대상을 확인하는 것은 대상자 또는 헬쓰 케어 전문가의 판단일 수 있으며 주관적이거나(예를 들어, 견해) 또는 객관적(예를 들어, 시험 또는 진단 방법으로 측정가능)일 수 있다.
본 발명의 치료적 방법(예방적 치료를 포함)은 일반적으로 본원에서 기술된 화학식 화합물과 같은 본원에서 기술된 화합물의 치료학적 유효량을 포유동물 특히 인간을 포함하는 치료가 필요한 대상(예를 들어, 동물, 인간)에 투여하는 것을 포함한다. 이러한 처치는 질환, 장애 또는 그 증상으로 고통을 받거나, 보유하거나, 민감하거나, 또는 위험이 있는 대상, 특히 인간에 적합하게 투여하는 것이다. "위험이 있는" 대상은 진단 시험이나 대상 또는 헬쓰 케어 제공자의 견해(예를 들어, 유전적 시험, 효소 또는 단백질 표지, 표지(본원에서 정의됨), 가족력 등)에 의한 객관적 또는 주관적 결정에 의해 결정될 수 있다. 본원에서 화합물은 종양 또는 염증이 연루될 수 있는 어떤 기타 장애의 치료에도 사용될 수 있다.
일 실시형태에서, 본 발명은 치료 경과를 모니터링하는 방법을 제공한다. 본 방법은 종양에 수반되는 장애나 증상으로 고통을 받거나 이에 민감한 대상에 질환이나 증상의 치료에 충분한 치료량의 본원 화합물을 투여하고, 그 대상에서 진단 표지(표지)(예를 들어, 본원의 화합물에 의해 조절되는 본원에서 기술된 표적, 단백질 또는 그 지시자 등)의 수준을 결정하거나 진단적 측정(예를 들어, 스크리닝, 분석)하는 단계를 포함한다. 본 방법에서 결정된 표지의 수준은 대상의 질병 상태를 수립하기 위해 건강한 정상 대조 또는 다른 고통 받는 환자에서의 알려진 표지 수준과 비교할 수 있다. 바람직한 실시형태에서, 대상 내 제2표지 수준은 제1표지 보다 늦은 시점에 결정되며, 두 수준을 비교하여 질병의 과정이나 치료의 효과를 모니터링 할 수 있다. 어떤 바람직한 실시형태에서, 대상에서 처리전 표지 수준은 본 발명에 따른 치료가 시작되기 전에 결정된다; 이 처리 전 표지 수준은 치료가 시작된 후 대상 내 표지수준과 비교하여 치료 효과를 결정할 수 있다.
약제학적 치료제
다른 실시형태에서, 본원에서 기술된 방법을 사용하여 의약적 가치를 가지는 것으로 발견된 작용물질(예를 들어, JQ1 또는 본원에 기술된 화학식의 화합물들)은 약물로서 또는 예컨대 합리적 의약 디자인에 의한 기존 화합물의 구조적 변경을 위한 정보로서 유용하다. 이러한 방법은 종양, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성 동맥 경화증, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 이식편대숙주질환, 브로모도메인과 관련된 염증질환, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료 및 남성 생식력의 감소 또는 장기 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포분화를 촉진 또는 저해함으로써) 및 전분화능 촉진에 효과가 있는 작용물질을 스크리닝하는 데 유용하다.
치료적 사용을 위해 본원에서 개시된 방법을 사용하여 확인된 조성물 또는 작용물질은 예컨대 생리적 식염수와 같은 약학적으로 허용 가능한 버퍼에 제형화되어 전신적으로 투여될 수 있다. 바람직한 투여경로는, 환자에서 연속적이고 지속적인 약물 수준을 제공할 수 있는 예컨대 피하, 정맥, 복강 내, 근육 내 또는 피부 내 주사 등을 포함한다. 인간 환자 또는 다른 동물의 치료는 생리학적으로 허용 가능한 담체 내에 본원에서 확인된 치료제의 치료적 유효량을 사용하여 수행한다. 적합한 담체 및 그 제형은 예컨대, E. W. Martin의 Remington's Pharmaceutical Sciences에 기재되어 있다. 투여되는 치료적 작용물질의 양은 투여 방식, 환자의 나이 및 체중과, 종양, 염증성 질환, 비만, 지방간(NASH 또는 기타), 당뇨병, 아테롬성 동맥 경화증, 동맥 스텐트 폐색, 심부전, 카켁시아, 이식편대숙주질환, 브로모도메인과 관련된 염증질환의 임상적 증상, 기생충, 말라리아, 트리파노소마의 치료 및 남성 생식력의 감소 또는 장기 이식, 재생약품에 대한 세포 상태의 조절(즉, 세포분화를 촉진 또는 저해함으로써) 및 전분화능 촉진에 의존한다. 일반적으로, 투여량은 이러한 질병이나 상태에 수반되는 다른 질병의 치료에 사용되는 다른 작용물질을 위해 사용되는 투여량 범위일 것이나, 어떤 경우에는 화합물의 증가된 특이성에 기인하여 더 소량이 필요할 것이다. 화합물은 본 기술분야의 당업자에게 공지된 방법 또는 BET 계열 멤버의 생물학적 활성 또는 발현을 측정하는 분석을 사용하여 측정되는 종양세포에 세포독성을 나타내고, BET 계열 멤버의 생물학적 활성을 감소시키거나 종양 세포의 증식, 생존 또는 전이를 감소시키는 용량으로 투여된다. 다른 실시형태에서, 화합물은 염증을 감소시키거나 염증 질환의 증상을 감소시키는 용량으로 투여된다.
염증 질환
본원에서 개시된 화학식의 화합물을 포함하는 본 발명의 조성물은 염증 감소 및 염증성 질환의 치료에 유용하다. 염증은 통상 감염이나 세포 또는 조직 손상에 대한 반응으로 면역 시스템이 관여하는 일련의 복잡한 분자 시그널의 결과이다. 염증은 통상 몸의 치료 시작이 되나 적절하게 조절되지 않는 경우 염증은 관절염과 같은 만성 질환을 가져올 수 있다.
"염증성 반응" 또는 "면역 반응"은 손상, 감염 또는 자극에 대한 살아있는 조직의 반응을 의미하며, 혈류 증가 및 면역 세포의 유입과 분비 결과 생성되는 발적, 열감, 부종, 통증 및 기능 손상을 특징으로 한다. 염증은 몸의 세균성 미생물의 감염에 대한 반응이며 감염된 부위에 혈류를 증가시키고 백혈구를 유인하는 화학 물질의 방출, 혈장흐름의 증가 및 부스러기 청소를 위한 단핵구의 도착 등을 결과한다. 염증 반응을 자극하는 것은 모두 염증성으로 일컬어진다.
내인성 캐스캐이드 또는 내인성 면역 반응은 면역 시스템에 의해 시작되는 비-특이적 반응이며, 손상 또는 감염 부위에서 화학주성 시그널에 반응한 백혈구, 자연 살해 세포, 비만 세포, 호산구 및 호염기구, 중성구, 마크로파지 및 수지상 세포와 같은 식균세포 등과 같은 세포침윤을 특징으로 한다. 전술한 세포들에서 배출되는 분자, 예컨대 히스타민이나 다양한 사이토킨; 및 순환 단백질의 보체 시스템이 염증에 기여한다. 염증을 특징으로 하는 질환은 인간에 있어 상당히 중요한 이환과 치사 원인이다.
어떤 실시형태에서, 염증성 질환은 류마티스성 질환이다. 본원에서 사용되는 류마티스성 질환은 염증 및 때로는 결합조직구조, 특히 관절, 인대나 건의 퇴행 및/또는 대사적 교란을 특징으로 하는 다양한 염증성 질환을 지칭한다. 류마티스성 질환은 통상 통증, 뻣뻣함 및/또는 운동 제한을 가져온다. 특정 조직 또는 침범 조직은 류마티스성 질환에 의존한다. 예시적 류마티스성 질환은 비제한적 예시로서 류마티스성 관절염, 소아 관절염, 윤활낭염, 척추염, 통풍, 공피증, 스틸병(still's disease) 및 맥관염을 포함한다.
어떤 실시형태에서, 류마티스성 질환은 류마티스성 관절염이며 류마티스성 관절염의 "치료"는 하나 이상의 류마티스성 관절염 증상의 심각성, 빈도 및/또는 발현을 감소시키는 것을 포함한다. 다른 실시형태에서, 류마티스성 질환은 소아 관절염, 윤활낭염, 척추염, 통풍, 공피증, 스틸병 및 맥관염을 포함한다. 본 발명의 방법은 이들 병태의 하나 이상의 증상의 심각성, 빈도 및/또는 발현을 감소시킨다.
다양한 실시형태에서, 관절염 또는 다른 염증성 질환의 증상은 발적, 부종, 염증, 열, 운동 범위의 감소 및 통증을 포함한다. 증상의 발현 또는 심각성 감소의 예는 비제한적으로, 부은 관절 수의 감소, 통증이 있는 관절수의 감소, 진통제에 대한 의존도 감소, 이들 통증의 빈도 또는 환자의 심각성에 대한 자기 평가의 감소, 동작 자유의 증가, 운동성 증가, 열 감소 및 일상적인 일을 수행하는 능력의 증가를 포함한다.
신경염증(neuroinflammation)은 활성화된 소교세포 및 성상교세포 및 광범위한 염증성 매개자의 국소 발현을 특징으로 하며, 외상, 뇌졸중, 감염 또는 신경퇴행 등에 의한 뇌손상에 대한 기본적인 반응이다. 이 국소 조직 반응은 복구 및 복원 과정의 일부로 생각된다. 말초 질환에서의 많은 염증성 병태와 같이, 신경염증도 CNS 질환의 병리에 기여할 수 있다.
어떤 실시형태에서, 염증성 질환은 염증성 피부질환이다. 염증성 피부질환은, 비제한적 예시로서 주사비(rosacea), 아토피성 피부염, 여드름, 지루성 피부염 및 봉와직염을 포함한다.
다른 실시형태에서, 염증성 질환은 허혈성 또는 염증성 심장 질환이다. 염증성 심장 질환 또는 장애는, 비제한적 예시로서 폐색성 질환 또는 장애, 아테롬성 동맥경화증, 심장 밸브질환, 협착증, 재협착, 스텐트내 협착, 심근경색, 관상동맥질환, 급성관상증후군, 울혈성 심장질환, 협심증, 심근 허혈 또는 혈전증일 수 있다. 다른 실시형태에서, 이들 부위는 CNS나 신장과 같은 허혈 손상의 제2차 부위이다.
다른 실시형태에서, 염증성 질환은 허혈성 또는 염증성 장질환이다.
염증성 장질환(IBD)은 소장 및 대장을 침범하는 원인불명의 만성 재발성 염증성 질환을 지칭하며, 크론병(CD) 및 궤양성 대장염(UC)을 포함한다. 크론병은 창자의 어떤 부분에 발병하나 대부분 원위 소장 및/또는 결장에 발병한다. 궤양성 대장염은 오직 결장에만 발병하며, 일반적으로 직장이나 원위 결장에 제한된다. CD 및 UC의 쥐모델 연구는 두 질병 모두 점막 미세 세균총에서 항원에 대한 점막 면역반응의 조절이상에 기인하는 것을 강력히 암시한다(Sartor, R. B.(1995). Gastroenterol Clin North Am 24, 475-507) (Strober W, et al. (2002) Annu. Rev. Immunol. 20:495-549).
궤양성 대장염 또는 부정형 대장염은 하나 이상의 하기 조직학적 특징이 검출되는 염증 상태에 의해 특징되는 대장의 상태를 지칭한다: 상피 세포 소실의 존재 및 반성 궤양(patchy ulceration)을 특징으로 하는 표재성염증, 현저한 뮤신 생성-술잔세포의 결핍과 관상샘(tubular glands) 밀도 감소. 또한 고유판(lamina propia)에서, 임파구와 과립구(후자는 주로 중성구 및 소량의 호산구로 구성된다)로 구성되는 혼합 염증성 세포 침윤과 이에 수반되는 창자루멘으로의 세포 삼출이 관찰된다. 또한, 점막하 수준에서 소수의 염증성 세포와 함께 부종의 현저한 증가가 관찰되는 반면, 본 분야의 당업자는 외부 근육층에서 거의 또는 전혀 염증 증거를 볼 수 없다. 예로서 Boirivant et al. Journal of Experimental Medicine 188: 1929-1939 (1998)를 참조할 수 있다. 임상적 증상은 비제한적으로, 설사, 직장 탈출, 체중 감소, 복통 및 탈수를 포함한다.
크론병은 소화기관 어느 부분에도 침범하는 염증을 지칭하나 대부분 소장의 말단 부분 및/또는 인접하는 상행 결장에서 나타난다. 빈번하게 염증은 염증과 정상 점막 영역이 교대로 존재하는 "건너뛰기 병변(skip lesions)"을 특징으로 한다. 크론병에서 병발된 창자 부분은 홍반, 부종 및 취성(friability)의 증가가 눈에 띄고; 때때로 창자는 다른 복부 기관이나 창자벽에 접착하거나 협착된다. 병발된 창자와 피부를 포함하는 다른 구조간 누공이 빈번히 일어난다. 크론병에서 조직을 현미경 검사하면 상피성 미란, 뮤신-생성 술잔세포의 감소 및 모든 점막층을 포함하는 광범위한 임파성 침윤이 보이며; 이러한 침윤은 때때로 육아종 형성을 지시하는 거대 세포를 함유한다. 염증이 장시간 존재할 때(만성), 이는 종종 흉터(섬유화)를 유발한다. 흉터조직은 통상 건강한 조직만큼 유연하지 못하다. 따라서 소장에 섬유화가 일어나면, 흉터는 관여된 창자 부위의 통로(루멘)의 너비를 좁힌다. 이러한 수축된 영역은 협착으로 지칭된다. 협착은 창자내용물이 좁아진 영역을 통과하는 것을 얼마나 차단하는지에 따라 가볍거나 심각할 수 있다. 크론병의 임상적 징후/증상은 비제한적으로 카켁시아, 체중 감소, 성장 저하, 복통, 배수 누공(draining fistulae), 직장 탈출 및 탈수를 포함한다.
어떤 실시형태에서, 염증성 간 질환 또는 장애이다. 예컨대, 염증성 간질환 또는 장애는 자가면역간염, 간경화 및 담관 간경화로 이루어진 군에서 선택된다.
약학적 조성물의 제제화
종양 또는 염증성 질환의 치료를 위해 화합물은 다른 성분과 배합되어 종양 또는 염증성 질환의 경감, 감소 또는 안정화에 효과적인 치료 농도에 도달하게 하는 적합한 수단에 의해 투여될 수 있다. 화합물은 적합한 담체 물질에 적합한 함량으로 함유되며 통상 조성물 총 중량에 대해 1 내지 95 중량%의 함량으로 존재한다. 조성물은 비경구(예를 들어, 피하, 정맥, 근육내 또는 복강내) 투여경로에 적합한 투여 형태로 제공될 수 있다. 약학적 조성물은 통상적인 약제학적 실무에 따라 제제화될 수 있다(예를 들어, Remington: The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.), ed. A. R. Gennaro, Lippincott Williams & Wilkins, 2000 and Encyclopedia of Pharmaceutical Technology, eds. J. Swarbrick and J. C. Boylan, 1988-1999, Marcel Dekker, New York 참조).
인간에 대한 용량은 초기에는 쥐에 사용된 화합물 양을 외삽하여 결정될 수 있으며, 당업자는 인간에 대한 용량을 동물 모델과 비교하여 변형하는 것이 일상적인 것임을 인식한다. 어떤 실시형태에서는 용량이 약 화합물 1㎍ /체중 Kg 내지 약 화합물 5000 mg /체중 Kg; 또는 5 mg/체중 Kg 내지 약 4000 mg/체중 Kg 또는 약 10 mg/체중 Kg 내지 약 3000 mg/체중 Kg; 또는 50 mg/체중 Kg 내지 약 2000 mg/체중 Kg; 또는 약 100 mg/체중 Kg 내지 약 1000 mg/체중 Kg; 또는 약 150 mg/체중 Kg 내지 약 500 mg/체중 Kg으로 다양할 수 있다. 다른 실시형태에서, 이 용량은 약 1, 5, 10, 25, 50, 75, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2500, 3000, 3500, 4000, 4500, 또는 5000 mg/체중 Kg일 수 있다. 다른 실시형태에서, 용량은 약 5 mg/체중 Kg 내지 약 20 mg/체중 Kg의 범위에 존재할 수 있다. 다른 실시형태에서 용량은 약 8, 10, 12, 14, 16 또는 18 mg/체중 Kg일 수 있다. 물론, 이 용량은 이러한 치료 프로토콜에서 일상적으로 행해지는 것처럼 초기 임상 시도 결과 및 특정 환자의 필요에 따라 상향 또는 하향 조정될 수 있다.
본 발명에 따른 약제학적 조성물은 활성 화합물을 실질적으로 투여 즉시 또는 정해진 시간 또는 투여 후 시간 주기에 방출하도록 제제화될 수 있다. 후자 타입의 조성물은 일반적으로 조절 방출 제제로 알려져 있으며, 이는 (i) 연장된 시간 기간 동안 체내에서 실질적으로 일정한 약물 농도를 생성하는 제제; (ii) 정해진 지체(lag) 시간 후에 연장된 시간 기간 동안 체내에서 실질적으로 일정한 약물 농도를 생성하는 제제; (iii) 활성 물질의 혈장 수준의 요동(톱니 동력학 패턴; sawtooth kinetic pattern)에 수반되는 바람직하지 못한 부작용을 최소화시키는 동시에 비교적 일정하고 효과적인 수준을 체내에 유지함으로써 정해진 시간 주기 동안 작용을 지속시키는 제제; (iv) 예를 들면 조절 방출 조성물을 흉선에 인접 또는 접촉하도록 공간적으로 위치시킴으로써 작용을 국재화하는 제제; (v) 예컨대 한주 또는 두주에 한번 투여하도록 투여가 편리하도록 하는 제제; 및 (vi) 치료적 작용물질을 특정 세포 타입(예를 들어, 종양 세포)에 수송하는 담체 또는 화학적 유도체를 사용함으로써 종양 또는 염증성 질병을 표적화하는 제제를 포함한다. 몇몇 응용에서 조절 방출 제제는 혈장수준을 치료적 수준으로 지속시키기 위해 하루에 자주 투여할 필요성을 배제시킨다.
사용하는 화합물의 대사율 보다 방출율이 더 높게 조절된 방출을 얻을 수 있도록 어떠한 전략도 사용될 수 있다. 일 실시예에서, 방출 조절은 다양한 제제 파라미터 및 다양한 조절 방출 조성물 및 코팅을 포함하는 성분의 적절한 선택에 의해 얻어진다. 따라서 치료제는 적절한 부형제와 함께 약제학적 조성물로 제제화되며, 투여 시 조절된 방식으로 방출된다. 이러한 예는 단일 또는 복수 단위 정제 또는 캡슐 조성물, 오일 용액, 현탁액, 에멀젼, 마이크로캡슐, 마이크로스피어, 분자 복합체, 나노입자, 패취 및 리포좀을 포함한다.
비경구 조성물
약제학적 조성물은 통상의 비독성 약제학적으로 허용가능한 담체 및 애쥬번트를 포함하는 투여 형태, 제제 또는 적합한 수송 디바이스 또는 임플란트의 형태로 주사, 주입 또는 이식(피하, 정맥, 근육내, 복강내 등)에 의해 비경구적으로 투여될 수 있다. 이러한 조성물의 제형 및 제조는 약제학적 제형 분야의 당업자에게 잘 알려져 있다. 제형은 전술한 Remington: The Science and Practice of Pharmacy에 자세히 기술되어있다.
비경구적 사용을 위한 조성물은 적절한 보존제가 첨가될 수 있는(하기 참조), 단일 용량 형태(예를 들어, 단일 용량 앰플) 또는 여러 용량을 함유하는 바이알의 형태로 제공될 수 있다. 조성물은 용액, 현탁액, 에멀젼 및 주입 디바이스 또는 이식용 수송 디바이스의 형태일 수 있으며, 이는 사용 전 물이나 다른 적합한 매체로 재구성될 수 있는 건조 분말의 형태로 될 수 있다. 종양 또는 염증 질환을 감소시키거나 개선하는 활성 작용물질 이외에, 조성물은 비경구적으로 허용 가능한 적합한 담체 및/또는 부형제를 함유할 수 있다. 활성 치료제는 조절 방출을 위해 마이크로스피어, 마이크로캡슐, 나노입자, 리포좀 등에 포함될 수 있다. 나아가 조성물은 현탁제, 가용화제, 안정화제, pH-조절제, 장성 조절제 및/또는 분산제를 포함할 수 있다.
전술한 바와 같이, 본 발명에 따른 약제학적 조성물은 멸균주사에 적합한 형태일 수 있다. 이러한 조성물을 제조하기 위해, 적합한 활성 항종양치료제를 비경구적으로 허용 가능한 액체 매체에 녹이거나 현탁시킨다. 사용 가능한 허용되는 매체 및 용매 중, 물, 적량의 염산, 수산화나트륨 또는 적합한 완충액을 첨가하여 적정 pH로 조정된 물, 1,3-부탄디올, 링거액 및 등장 염화나트륨 용액 및 덱스트로즈 용액을 들 수 있다. 수성 제제는 또한 하나 이상의 보존제(예를 들어, 메틸, 에틸 또는 n-프로필 p-히드록시벤조에이트)를 함유할 수 있다. 화합물 중 하나가 물에 거의 녹지 않거나 약간 녹는 경우, 용해 증강제 또는 가용화제를 가할 수 있으며, 용매는 10 내지 60% w/w의 프로필렌 글리콜 등을 포함할 수 있다.
조절 방출 비경구 조성물
조절 방출 비경구 조성물은 수성 현탁액, 마이크로스피어, 마이크로캡슐, 자기 마이크로스피어, 오일용액, 오일 현탁액 또는 에멀젼의 형태일 수 있다. 또는 활성 약물이 생적합성 담체, 리포좀, 나노입자, 임플란트 또는 주입 디바이스내에 삽입될 수 있다.
마이크로스피어 및/또는 마이크로캡슐의 제조에 사용되는 물질은 예컨대, 폴리갈락틴, 폴리-(이소부틸 시아노아크릴레이트), 폴리(2-히드록시에틸-L-글루타미닌) 및 폴리(락트산)과 같은 생분해/생침식성 폴리머이다. 조절 방출 비경구형 제형을 포뮬레이션할 때 사용될 수 있는 생적합성 담체는 탄수화물(예를 들어, 덱스트란), 단백질(예를 들어, 알부민), 지질단백 또는 항체이다. 임플란트에 사용되는 물질은 비-생분해성(예를 들어, 폴리디메틸 실록산)이거나 생분해성(예를 들어, 폴리(카프로락톤), 폴리(락트산), 폴리(글리콜산) 또는 폴리(오르토에스테르) 또는 이들의 조합)일 수 있다.
경구사용을 위한 고형 복용형태
경구사용을 위한 포뮬레이션은 활성성분을 비-독성 약제학적으로 허용 가능한 부형제와의 혼합물로 함유하는 정제를 포함한다. 이러한 제형은 당업자에게 알려져 있다. 부형제는 예컨대, 불활성 희석제 또는 충진제(예를 들어, 슈크로스, 솔비톨, 슈가, 만니톨, 미세결정성 셀룰로스, 감자전분을 포함하는 전분, 탄산칼슘, 염화나트륨, 락토스, 인산칼슘, 황산칼슘 또는 인산나트륨); 과립화제 및 붕해제(예를 들어, 미세결정성 셀룰로스를 포함하는 셀룰로스 유도체, 감자전분을 포함하는 전분, 소듐크로스카멜로스, 알기네이트 또는 알긴산); 결합제(예를 들어, 슈크로스, 글루코스, 솔비톨, 아카시아, 알긴산, 소듐 알기네이트, 젤라틴, 전분, 전호화 전분, 미세결정성 셀룰로스, 마그네슘 알루미늄 실리케이트, 카복시메틸셀룰로스 소듐, 메틸셀룰로스, 히드록시프로필 메틸셀룰로스, 에틸셀룰로스, 폴리비닐피롤리돈 또는 폴리에틸렌 글리콜); 및 윤활제, 활택제 및 항부착제(예를 들어, 스테아르산 마그네슘, 스테아르산 아연, 스테아르산, 실리카, 수소화 식물유 또는 탈크)일 수 있다. 다른 약제학적으로 허용가능한 부형제는 착색제, 향료, 가소제, 습윤제, 완충제 등일 수 있다.
정제는 나정이거나 또는 임의로 붕해나 소화관에서의 흡수를 지연시켜 장시간 동안 지속된 작용을 제공하기 위해 공지 기술로 코팅될 수 있다. 코팅은 (예를 들어, 조절 방출 제형을 달성하기 위해) 활성 약물을 미리 정해진 패턴으로 방출시키거나 또는 위를 통과할 때까지 활성 약물을 방출하지 않도록(장용 코팅) 적용될 수 있다. 코팅은 당의정, 필름 코팅(예를 들어, 히드록시프로필 메틸셀룰로스, 메틸셀룰로스, 메틸 히드록시에틸셀룰로스, 히드록시프로필셀룰로스, 카복시메틸셀룰로스, 아크릴레이트 코폴리머, 폴리에틸렌 글리콜 및/또는 폴리비닐피롤리돈에 기초함), 또는 장용 코팅(예를 들어, 메타크릴산 코폴리머, 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트, 히드록시프로필 메틸셀룰로스 프탈레이트, 히드록시프로필 메틸셀룰로스 아세테이트 숙시네이트, 폴리비닐 아세테이트 프탈레이트, 쉘락, 및/또는 에틸셀룰로스에 기초함)일 수 있다. 나아가 예컨대 글리세릴 모노스테아레이트 또는 글리세릴 디스테아레이트와 같은 시간 지연 물질을 채용할 수 있다.
고형 정제 조성물은 원하지 않는 화학적 변화(예를 들어, 활성 치료 물질의 방출전 화학적 분해)로부터 조성물을 보호하는 코팅을 포함할 수 있다. 이 코팅은 전술한 Encyclopedia of Pharmaceutical Technology에 기술된 것과 유사한 방식으로 고형 복용형태에 적용될 수 있다.
최소한 두 개의 치료제가 한 정제에 같이 혼합되거나 배분될 수 있다. 일 예에서, 제1 활성 항-종양 치료제 방출전에 제 2 활성 치료제의 상당부분이 방출되도록, 제1 치료제는 정제의 내부에 함유되고, 제 2 치료제는 외부에 함유된다.
경구 사용을 위한 제형은 츄어블 정제 또는 활성 성분이 불활성 고형 희석제(예를 들어, 감자 전분, 락토스, 미세결정성 셀룰로스, 탄산칼슘, 인산칼슘 또는 카올린)와 혼합되어 존재하는 경질 젤라틴 캡슐 또는 활성 성분이 물이나 오일 매체 예컨대 땅콩 오일, 액체 파라핀 또는 올리브 오일 등과 혼합되어 존재하는 연질 젤라틴 캡슐로 존재할 수 있다. 정제 및 캡슐제에서 언급한 성분들을 사용하여 예컨대 믹서, 유동층 장비 또는 스프레이 건조 장비를 사용하여 통상적인 방식으로 분말이나 과립을 제조할 수 있다.
조절 방출 경구 복용형태
경구용 조절 방출 조성물은 예컨대 활성 물질의 용출 및/또는 확산을 조절함으로써 활성 항-종양 또는 항-염증 치료제를 방출하기 위해 구축될 수 있다. 용출 또는 확산 조절 방출은 화합물의 정제, 캡슐, 펠렛 또는 과립 제형을 적절히 코팅함으로써 또는 화합물을 적절한 매트릭스에 삽입함으로써 달성될 수 있다. 조절 방출 코팅은 하나 이상의 전술한 코팅 물질 및/또는 예컨대 쉘락, 밀랍, 글리코왁스, 캐스터 왁스, 카나우바 왁스, 스테아릴알콜, 글리세릴 모노스테아레이트, 글리세릴 디스테아레이트, 글리세롤 팔미토스테아레이트, 에틸셀룰로스, 아크릴 레진, dl-폴리락트산, 셀룰로스 아세테이트 부티레이트, 폴리비닐 클로라이드, 폴리비닐 아세테이트, 비닐 피롤리돈, 폴리에틸렌, 폴리메타크릴레이트, 메틸메타크릴레이트, 2-히드록시메타크릴레이트, 메타크릴레이트 히드로겔, 1,3 부틸렌 글리콜, 에틸렌 글리콜 메타크릴레이트, 및/또는 폴리에틸렌 글리콜을 포함할 수 있다. 조절 방출 매트릭스 제형에서, 매트릭스 물질은 또한 예컨대, 수화 메틸셀룰로스, 카나우바 왁스 및 스테아릴알콜, 카보폴 934, 실리콘, 글리세릴 트리스테아레이트, 메틸 아크릴레이트-메틸 메타크릴레이트, 폴리비닐클로라이드, 폴리에틸렌 및/또는 할로겐화 플루오로카본을 포함할 수 있다.
하나 이상의 치료 화합물을 함유하는 조절 방출 조성물은 또한 부유 정제 또는 캡슐(즉, 경구 투여시 일정 시간 동안 위 내용물 상부에 부유하는 정제 또는 캡슐)의 형태일 수 있다. 화합물의 부유 정제 제형은 화합물 및 부형제 혼합물과 히드록시에틸셀룰로스, 히드록시프로필셀룰로스 또는 히드록시프로필메틸셀룰로스와 같은 히드로콜로이드 20 내지 75w/w%의 혼합물을 과립화하여 제조될 수 있다. 수득된 과립은 이후 정제로 압축될 수 잇다. 위액과 접촉시 정제는 실질적으로 물-불침투성 겔 장벽을 표면에 형성한다. 이 겔 장벽이 1 미만의 밀도를 유지하도록 역할 함으로써 정제가 위액에서 부유상태로 잔류하게 한다.
조합 요법
임의로, 항-종양 또는 항-염증 치료제는 본 기술분야에 공지된 다른 표준 항-종양 또는 항-염증 치료 요법과 조합하여 투여될 수 있다; 이러한 방법은 당업자에게 알려져 있으며 E. W. Martin에 의한 Remington's Pharmaceutical Sciences에 기재되어 있다. 요망되는 경우, 본 발명의 작용물질(예를 들어, JQ1, 본원에 기재된 화학식의 화합물 및 그 유도체)은 비제한적으로 수술, 방사선 요법 또는 화학 요법을 포함하는 통상적인 항-종양 요법과 조합하여 투여된다. 바람직한 실시형태에서, 본 발명의 화합물은 후생적(epigenetic) 또는 전사 조절제(예를 들어, DNA 메틸트랜스퍼라제 저해제, 히스톤 데아세틸라제 저해제(HDAC 저해제), 리신 메틸트랜스퍼라제 저해제), 항 유사분열 약물(예를 들어, 탁산, 빈카 알칼로이드), 호르몬 수용체 조절제(예를 들어, 에스트로젠 수용체 조절제, 안드로겐 수용체 조절제), 세포 시그널링 경로 저해제(예를 들어, 티로신 키나제 저해제), 단백질 안정성 조절제(프로테아좀 저해제), hsp90 저해제, 통상의 화학요법제, 글루코코르티코이드, 올-트랜스 레티노산(all-trans retinoic acid) 또는 기타 분화를 촉진하는 작용물질과 조합하여 투여된다.
키트 또는 약제학적 시스템
본 조성물은 종양 또는 염증성 질환을 경감하는데 사용되는 키트 또는 약제학적 시스템으로 조립될 수 있다. 본 발명의 본 태양에 따른 키트 또는 약제학적 시스템은 박스, 카튼(carton), 튜브 등과 같은 운반 수단을 포함하며, 운반수단은 그 내부에 밀집되게 하나 이상의 바이알, 튜브, 앰플, 병 등과 같은 수용 수단을 갖는다. 본 발명의 키트 또는 약제학적 시스템은 본 발명의 작용물질을 사용하기 위한 지시서를 함께 포함할 수 있다.
달리 지시되지 않는 한, 본 발명의 실행은 당업자의 범위 내에 있는 분자 생물학(재조합 기술을 포함함), 미생물학, 세포 생물학, 생화학 및 면역학의 통상의 기술을 채용한다. 이러한 기술은 예컨대 "Molecular Cloning: A Laboratory Manual", second edition (Sambrook, 1989); "Oligonucleotide Synthesis" (Gait, 1984); "Animal Cell Culture" (Freshney, 1987); "Methods in Enzymology" "Handbook of Experimental Immunology" (Weir, 1996); "Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells" (Miller and Calos, 1987); "Current Protocols in Molecular Biology" (Ausubel, 1987); "PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis, 1994); "Current Protocols in Immunology" (Coligan, 1991)과 같은 문헌에 상세히 설명되어 있다. 이러한 기술들은 본 발명의 폴리뉴클레오타이드와 폴리펩티드 제조에 적용가능하며, 따라서 본 발명을 만들고 실행하는데 고려될 것이다. 특정 실시형태에 특히 유용한 기술이 하기 섹션에서 논의될 것이다.
하기 실시예는 본 기술분야의 당업자에게 분석의 제조와 사용, 스크리닝 및 본 발명의 치료적 방법을 완전하게 개시하고 기술하기 위한 것이며, 본 발명자가 발명으로 간주하는 범위를 제한하기 위한 것이 아니다.
실시예
달리 지시되지 않는 한, 본 발명의 실행은 당업자의 범위 내에 있는 분자 생물학(재조합 기술을 포함하는), 미생물학, 세포 생물학, 생화학 및 면역학의 통상의 기술을 채용한다. 이러한 기술은 예컨대 "Molecular Cloning: A Laboratory Manual", second edition (Sambrook, 1989); "Oligonucleotide Synthesis" (Gait, 1984); "Animal Cell Culture" (Freshney, 1987); "Methods in Enzymology" "Handbook of Experimental Immunology" (Weir, 1996); "Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells" (Miller and Calos, 1987); "Current Protocols in Molecular Biology" (Ausubel, 1987); "PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis, 1994); "Current Protocols in Immunology" (Coligan, 1991)과 같은 문헌에 상세히 설명되어 있다. 이러한 기술들은 폴리뉴클레오타이드와 폴리펩티드 제조에 적용가능하며, 따라서 본 발명을 만들고 실행하는데 고려될 것이다. 특정 실시형태에 특히 유용한 기술이 하기 섹션에서 논의될 것이다.
하기 실시예는 본 기술분야의 당업자에게 분석의 제조와 사용, 스크리닝 및 본 발명의 치료적 방법을 완전하게 개시하고 기술하기 위한 것이며, 본 발명자가 발명으로 간주하는 범위를 제한하기 위한 것이 아니다.
I. 화학적 실시예 -합성 및 제조 방법
본 발명의 화합물은 본원에 기재된 방법 및/또는 본원의 기재를 고려할 때 당 분야에서 통상의 지식을 가진 사람에게 알려진 방법에 따라 합성될 수 있다.
반응 도식 S1 . 브로모도메인 저해제 라세미체 (±)- JQ1 의 합성
Figure pct00103
(2-아미노-4,5-디메틸티오펜-3-일)(4-클로로페닐)메타논(S2)
화합물 JQ1은 상기에 나타난 반응 도식에 따라 제조되었다.
고체로서 황(220 mg, 6.9 mmol, 1.00 당량)을 23℃에서 4-클로로벤조일 아세토니트릴 S1(1.24 g, 6.9 mmol, 1 당량), 2-부타논(0.62 ml, 6.9 mmol, 1.00 당량), 및 모르포린(0.60 ml, 6.9 mmol, 1.00 당량)이 에탄올(20 ml, 0.35 M)에 용해된 용액에 첨가하였다21. 이후 혼합물을 70℃로 가열하였다. 12시간 후, 반응 혼합물을 23℃로 냉각시키고 소금물(100 ml)에 따라 부었다. 수용액층을 에틸 아세테이트(3 × 50 ml)로 추출하였다. 합한 유기층을 소금물(50 ml)로 세정하고 무수 황산나트륨으로 건조시키고 여과 한 후, 감압하에서 농축하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 40 그램 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 황색 고체로서 S2(1.28 g, 70%)를 수득하였다.
(S)-tert-부틸-3-({[(9H-플루오렌-9-일)메톡시]카보닐}아미노)-4-{[3-(4-클로로벤조일)-4,5-디메틸티오펜-2-일]아미노}-4-옥소부타노에이트(S3)
(2-(6-클로로-1H-벤조트리아졸-1-일)-1,1,3,3-테트라메틸아미늄 헥사플루오로포스페이트(HCTU)(827 mg, 2.0 mmol, 2.00 당량), 및 N,N-디이소프로필에틸아민(0.72 ml, 4.0 mmol, 4.00 당량)을 연속하여 9-플루오레닐메톡시카보닐-아스파르트산 β-tert-부틸 에스테스[Fmoc-Asp(Ot-Bu)-OH](864mg,2.1mmol,2.10당량)을 포함하는 N,N-디메틸포름아미드(1.5 ml, 1.0 M) 용액에 첨가하였다. 혼합물을 23℃에서 5분 동안 교반하였다. 이후, 고체로서 S2(266 mg, 1.0 mmol, 1 당량)를 첨가하였다. 반응 혼합물을 23℃에서 교반하였다. 16시간 후에, 에틸 아세테이트(20 ml) 및 소금물(20 ml)을 첨가하였다. 두 층을 분리하고, 수용액층을 에틸 아세테이트(2 × 20 ml)로 추출하였다. 합한 유기물층을 소금물(30 ml)로 세정하고 무수 황산나트륨으로 건조시키고 여과 한 후, 감압하에서 농축하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 40 그램 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 갈색 오일로서 S3(625 mg, 90%)를 수득하였다.
(S)-tert-부틸 3-아미노-4-((3-(4-클로로벤조일)-4,5-디메틸티오펜-2-일)아미노)-4-옥소부타노에이트(S4)
화합물 S3(560 mg, 0.85 mmol, 1 당량)를 23℃에서 20% 피페리딘을 포함하는 DMF 용액(4.0 ml, 0.22 M)에 용해시켰다. 30분 후에, 반응 혼합물에 에틸 아세테이트(20 ml) 및 소금물(20 ml)을 첨가하였다. 두 개의 층을 분리하고, 수용액층을 에틸 아세테이트(2 × 20 ml)로 추출하였다. 합한 유기물층을 소금물(3 × 25 ml)로 세정하고 무수 황산나트륨으로 건조시키고 여과 한 후, 감압하에서 농축하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 24 그램 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 황색 고체로서 유리 아민 S4(370 mg, 90%)를 수득하였다. 에난티오머의 순도는 75%로 낮아졌다(AS-H 컬럼을 사용하여 Berger Supercritical Fluid Chromatography(SFC)로 측정).
(S)-tert-부틸 2-(5-(4-클로로페닐)-6,7-디메틸-2-옥소-2,3-디하이드로-1H-티에노[2,3-e][1,4]디아제핀-3-yl)아세테이트(S5)
아미노 케톤(S4)(280mg, 0.63mmol)을 10% 아세트산 에탄올 용액(21 ml, 0.03 M)에 용해시켰다. 반응 혼합물을 85℃로 가열하였다. 30분 후, 모든 용매는 감압하에서 제거하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 12 그램 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 백색 고체로서 화합물 S5(241 mg, 95%)를 수득하였다. S5의 에난티오머 순도는 67% 였다(AS-H 컬럼을 사용하여 Berger Supercritical Fluid Chromatography(SFC)로 측정).
tert-부틸 2-(5-(4-클로로페닐)-6,7-디메틸-2-티옥소-2,3-디하이드로-1H-티에노[2,3-e][1,4]디아제핀-3-일)아세테이트(S6)
포스포러스 펜타설파이드(222 mg, 1.0 mmol, 2.00 당량), 소듐 비카보네이트(168 mg, 2.0 mmol, 4.00 당량)를 연속하여 S5(210 mg, 0.5 mmol, 1 당량)를 포함하는 디글림(1.25 ml, 0.4M) 용액에 첨가하였다. 반응 혼합물을 90℃로 가열하였다. 16시간 후, 소금물(20 ml) 및 에틸 아세테이트(35 ml)를 첨가하였다. 두 층을 분리하고, 수용액층을 에틸 아세테이트(3 × 30 ml)로 추출하였다. 합한 유기물층을 소금물(2 × 15 ml)로 세정하고 무수 황산나트륨으로 건조시키고 여과 한 후, 감압하에서 농축하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 24 그램 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 갈색 고체로서 S6(141 mg, 65%)를 수득하고 S5(73 mg, 34%)를 회수하였다.
tert-부틸 2-(4-(4-클로로페닐)-2,3,9-트리메틸-6H-티에노[3,2-f][1,2,4]트리아졸로[4,3-a][1,4]디아제핀-6-일)아세테이트 [(±)JQ1]
히드라진(0.015 ml, 0.45 mmol, 1.25 당량)을 0℃에서 S6(158 mg, 0.36 mmol, 1 당량)를 포함하는 THF(2.6 ml, 0.14 M) 용액에 첨가하였다. 반응 혼합물을 23℃로 승온시키고 23℃에서 1시간 동안 교반하였다. 모든 용매를 감압하에서 제거하였다. 얻어지는 히드라진은 정제없이 바로 사용하였다. 이후 히드라진을 트리메틸 오르토아세테이트 및 톨루엔(6 ml, 0.06 M)의 2:3 혼합물에 용해시켰다. 반응 혼합물을 120℃로 가열하였다. 2시간 후, 모든 용매는 감압하에서 제거하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 4 g 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 백색 고체로서 JQ1(140 mg, 두 단계에서 85%)를 수득하였다. 반응 조건은 입체 중심을 더욱 에피 이성체가 되게 하여 라세미체, JQ1을 얻었다(AS-H 컬럼으로 Berger Supercritical Fluid Chromatography(SFC)로 측정).
반응 도식 S2 . 에난티오머가 강화된 (+)-JQ1의 합성.
Figure pct00104
(S)-tert-부틸-3-({[(9H-플루오렌-9-일)메톡시]카보닐}아미노)-4-{[3-(4-클로로벤조일)-4,5-디메틸티오펜-2-일]아미노}-4-옥소부타노에이트(S3)
(벤조트리아졸-1-일옥시)트리피롤리디노포스포늄(PyBOP)(494 mg, 0.95 mmol, 0.95 당량), N,N-디이소프로필에틸아민(0.50 ml, 2.8 mmol, 2.75 당량)을 9-플루오레닐메톡시카보닐-아스팜탄산 β-tert-부틸 에스테르[Fmoc-Asp(Ot-Bu)-OH](411 mg, 1.00 mmol, 1.0 당량)를 포함하는 N,N-디메틸포름아미드(1.0 ml, 1.0 M) 용액에 연속적으로 첨가하였다. 이후 혼합물을 23℃에서 5분 동안 교반하였다. 이후 고체로서 S2(266 mg, 1.0 mmol, 1 당량)를 첨가하였다. 반응 혼합물을 23℃에서 교반하였다. 4시간 후에, 에틸 아세테이트(20 ml) 및 소금물(20 ml)을 첨가하였다. 두 개의 층을 분리하고, 수용액층을 에틸 아세테이트(2 × 20 ml)로 추출하였다. 합한 유기물층을 소금물로 세정하고 무수 황산나트륨으로 건조시키고 여과 한 후, 감압하에서 농축하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 40 그램 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 갈색 오일로서 S3(452 mg, 72%)를 수득하였다.
(S)-tert-부틸 3-아미노-4-((3-(4-클로로벤조일)-4,5-디메틸티오펜-2-일)아미노)-4-옥소부타노에이트(S4)
화합물 S3(310 mg, 0.47 mmol, 1 당량)를 23℃에서 20% 피페리딘을 포함하는 DMF 용액(2.2 ml, 0.22 M)에 용해시켰다. 30분 후에, 에틸 아세테이트(20 ml) 및 소금물(20 ml)을 반응 혼합물에 첨가하였다. 두 개의 층을 분리하고, 수용액층을 에틸 아세테이트(2 × 20 ml)로 추출하였다. 합한 유기물층을 소금물(3 × 25 ml)로 세정하고 무수 황산나트륨으로 건조시키고 여과 한 후, 감압하에서 농축하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 24 그램 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 황색 고체로서 유리 아민 S4(184 mg, 90%)를 수득하였다. 에난티오머 순도는 91% 였다(AS-H 컬럼을 사용하여 Berger Supercritical Fluid Chromatography(SFC)로 체크).
(S)-tert-부틸 2-(5-(4-클로로페닐)-6,7-디메틸-2-옥소-2,3-디하이드로-1H-티에노[2,3-e][1,4]디아제핀-3-일)아세테이트 (S5)
아미노 케톤( S4)(184 mg, 0.42 mmol)을 톨루엔(10 ml, 0.04 M)에 용해시켰다. 실리카겔(300 mg)을 첨가하고 반응 혼합물을 90℃로 가열하였다. 3시간 후, 반응 혼합물을 23℃로 냉각하였다. 실리카겔을 여과하고 에틸 아세테이트로 세정하였다. 합한 여과액을 농축하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 12 그램 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 백색 고체로서 화합물 S5(168 mg, 95%)를 수득하였다. S5의 에난티오머 순도는 90% 였다(AS-H 컬럼을 사용하여 Berger Supercritical Fluid Chromatography(SFC)로 측정).
(S)- tert-부틸 2-(4-(4-클로로페닐)-2,3,9-트리메틸-6H-티에노[3,2-f][1,2,4]트리아졸로[4,3-a][1,4]디아제핀-6-일)아세테이트 [(+)JQ1]
포타슘 tert-부톡사이드(THF 내 1.0 M 용액, 0.3 ml, 0.30 mmol, 1.10 당량)를 -78℃에서 S5(114 mg, 0.27 mmol, 1 당량)를 포함하는 THF(1.8 ml, 0.15 M) 용액에 첨가하였다. 반응 혼합물을 -10℃로 승온시키고 23℃에서 30분 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 -78℃로 냉각하였다. 디에틸 클로로포스페이트(0.047 ml, 0.32 mmol, 1.20 당량)를 반응 혼합물에 첨가하였다22. 얻어지는 혼합물을 45분에 걸쳐서 -10℃로 승온시켰다. 아세틱 히드라지드(30 mg, 0.40 mmol, 1.50 당량)를 반응 혼합물에 첨가하였다. 반응 혼합물을 23℃에서 교반하였다. 1시간 후에, 1-부탄올(2.25 ml)을 반응 혼합물에 첨가하고 이를 90℃로 가열하였다. 1시간 후에, 모든 용매는 감압하에서 제거하였다. 잔류물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피(Combiflash RF system, 4 g 실리카겔, 경사도 0 내지 100% 에틸 아세테이트-헥산)로 정제하여 백색 고체로서 (+)-JQ1(114 mg, 92%)를 90%의 에난티오머 순도로 수득하였다(AS-H 컬럼을 사용하여 Berger Supercritical Fluid Chromatography(SFC)로 측정, 85% 헥산-메탄올, 210 nm, tR(R-에난티오머) = 1.59분, tR(S-에난티오머) = 3.67분). 생성물을 카이랄 프레파라티브 HPLC(Agilent High Pressure Liquid Chromatography using an OD-H column)로 더욱 정제하여 S-에난티오머를 99% ee 보다 많이 수득하였다.
1H NMR (600 MHz, CDCl3,25℃) δ 7.39 (d, J=8.4Hz, 2H), 7.31(d,J=8.4Hz, 2H), 4.54(t,J=6.6MHz, 1H), 3.54-3.52(m, 2H), 2.66(s, 3H), 2.39(s, 3H), 1.67(s, 3H), 1.48(s, 9H).
13C NMR (150 MHz, CDCl3,25℃) δ 171.0, 163.8, 155.7, 150.0, 136.9, 131.1, 130.9, 130.6, 130.3, 128.9, 81.2, 54.1, 38.1, 28.4, 14.6, 13.5, 12.1.
HRMS(ESI) C21H24ClN2O3S[M+H]+: 계산값 457.1460, 실험값 457.1451 m/z.
TLC (EtOAc), Rf: 0.32(UV)
[α]22 D=+75(c 0.5, CHCl3)
출발 물질로서 Fmoc-D-Asp(Ot-Bu)-OH를 사용하여 유사한 방법으로 (-)-JQ1을 합성하였으며 키랄 프레파라티브 HPLC(Agilent High Pressure Liquid Chromatography using an OD-H column)로 더욱 정제하여 R-에난티오머를 99% ee 보다 많이 수득하였다. [α]22 D=- 72 (c 0.5, CHCl3)
추가적인 화합물의 합성
본 발명의 추가적인 화합물이 반응 도식 S3에 나타난 바와 같이 제조되었다.
반응 도식 S3 . 히드라진 유도체의 합성.
Figure pct00105
반응 도식 S3에 나타난 바와 같이, (+)-JQ1 (1)의 t-부틸에스테르는 쪼개져서 자유산(2)를 생성하는데 이는 히드라진과 결합하여 히드라지드(3)을 생성한다. 4-히드록시벤즈알데히드와의 반응으로 히드라존(4)이 수득된다.
히드라지드(3) 및 히드라존(4) 양쪽 모두 적어도 하나의 생물학적 분석에서 활성을 나타낸다.
히드라지드(3)와 다양한 카보닐-함유 화합물(표 A 참조, 위)의 반응에 의해 화합물 라이브러리를 제조하였다.
추가적인 화합물이 예를 들어, 분석 개발을 위한 탐침으로의 사용을 위해 제조되었다. 예시적인 합성이 아래 반응 도식 S4에 나타나 있다.
반응 도식 S4 . 탐침으로 유용한 유도체의 합성.
Figure pct00106
Figure pct00107
Figure pct00108
Figure pct00109
추가적인 화합물이 아래 표 B에 나타난 바와 같이 제조되었다:
Figure pct00110
Figure pct00111
Figure pct00112
Figure pct00113
Figure pct00114
Figure pct00115
Figure pct00116
각 화합물의 분광학적 데이터는 주어진 구조식과 일치하였다.
II . 생물학적 활성
실시예 1: JQ1
도 1은 JQ1 에난티오머를 나타낸다.
실시예 2: JQ1 은 세포내 핵 크로마틴으로부터의 BRD4 를 대체한다.
JQ1이 세포 환경에서 크로마틴과 경쟁적으로 브로모도메인과 결합하는지 여부를 살펴보기 위하여 BRD4에 대하여 광퇴색 이후 형광 회복(FRAP) 실험을 수행하였다. 선행 연구가 브로모도메인-함유 형광 키메라의 측면 재분배를 분석하고 핵 크로마틴의 분화 영역을 선택적으로 광퇴색하는데 있어서 FRAP의 유용성을 입증하였다2 7. GFP-BRD4 로 형질 감염된 인간 골육종 세포(U2OS)가 시간 의존적인 형광 강도의 회복을 나타낸다(도 2의 (a) 및 (b)). JQ1(500nM)의 존재하에서, 관찰된 회복은 즉각적이고 대체된 핵 BRD4와 일치한다(도 3의 (a) 및 (b)). 세포 FRAP 연구는 BRD4의 이동상 부분에 대한 효과가 생화학적으로 활성인 (+)-JQ1 스테레오이소머로 제한된다는 것을 확인하였다(도 2의 (a) 내지 (c)).
균질하고 세포-기초한 분석에서 BRD4에 대한 강력하고 선택적인 결합에 대하여 입증함으로써, 질병-관련, BRD4-의존 세포 표현형에 대한 JQ1 효과가 평가되었다. NMC 내에서 t(15;19) 전좌로 발생된 병원성 BRD4-NUT 융합 단백질은 열광적으로 결합하여 아세틸화된 크로마틴의 초점을 분별하고 증식 편의 및 분화 블록을 부여한다. FRAP를 사용하여, JQ1이 직접 BRD4-NUT 온코프로테인을 공격하는 능력이 평가되었다. 매질 대조군과 비교할 때, JQ1(500 nM)은 GFP-BRD4-NUT로 형질 감염된 세포의 광 퇴색 영역에서 형광 강도의 시간-대-회복을 크게 가속하였다(도 3C, 3E). 중요하게, GFP-NUT의 재분배에서 아무런 효과도 관찰되지 않았다(도 3의 (d), (e)). 요약하면, 이들 데이터는 배양 세포 내에서 BRD4에 대한 JQ1의 경쟁적 결합과 일치한다.
실시예 5: JQ1 은 편평상피 분화 및 BRD4 -의존성 종양의 성장 저지를 유도한다
재발되는, 종양형성의 전좌로부터 발현되는 유전자 생성물의 직접적인 저해가 암에 있어서 입증된 치료적 접근이다28 ,29. BRD4-의존적 NUT 정중선 종양에 대한 BET-계열 브로모도메인의 화학적 저해의 표현형 결과가 탐구되었다. BRD4-NUT 크로마틴 위치가 융합 프로테인 내에서 BRD4의 보존된 텐덤 브로모도메인에 기계적으로 결합된다17. NMC의 특징적인 특징은 NUT-유도 면역조직화학(IHC)에 의한 BRD4-NUT 온코프로테인의 분별된 핵 스페클의 출현이다30. 환자-유래 797 NMC 세포주를 48시간 동안 JQ1(500 nM)으로 처리하면 핵 초점을 소멸시키면서, IHC 에 의한 분산 핵 NUT 염색을 생성한다(도 3의 (f)).
눈에 띄는 분화 표현형이 NMC 세포주 내에서 BRD4-NUT의 녹다운과 함께 관찰된다17. JQ1은 NMC 797 및 Per403 세포에서 동일한 당량의, 용량- 및 시간-의존적, 세포 스프레딩 및 플래트닝으로 특징되는 분화 표현형, 개방 크로마틴 및 스핀들 형태를 생성한다(도 3의 (g) 및 도 4의 (a), (b), (c)). 분화는 신속(< 24시간)하고 사이토케라틴의 크게 증가된 발현, 편평상피 분화의 홀마크로 특징지어진다(도 3의 (h)). 마이크로몰 이하의 JQ1에 대한 노출로 배양 7일 후, 단부 분화가 관찰되었다. 중요하게, 비-BRD4-의존적 편평상피 종양 세포주(TE10 및 TT)는 JQ1의 분화 효과를 나타내는 데 실패하고 있다(도 4의 (a), (b), (c)). BRD4-의존적 NMC 세포 내에서, 분화는 예상대로 성장 저지를 수반하며, 감소된 Ki67 염색에 의해 증명된다(도 3의 (i), (j) 및 4l의 (a), 4l의 (b)). 예상된 작용 메커니즘을 더욱 뒷받침하도록, 분화 및 성장 저지 표현형은 (+)-JQ1에 의해서만 신속한 반면, (-)-JQ1은 관찰되는 효과가 없다(도 4e의 (a) 내지 4e의 (d)).
특히, JQ1 처리는 RNA 간섭에 의해 BRD4-NUT 침묵으로 관찰되는 형태적 변경 및 증가된 케라틴 발현을 표현형 모사한다(도 4f의 (a), (b)). 이러한 형태적 및 IHC 연구를 입증하기 위하여 RT-PCR에 의한 세 개의 원형 편평상피 조직 유전자의 발현 분석이 NMC 797 세포 내의 (+)- JQ1에 의한 케라틴-14의 표지(30-배) 유도를 식별하였다(도 3의 (i)). 케라틴-10의 평균적인 유도 및 상피 트랜스글루타미나제(TGM1)에 대한 부재 효과는 흉부 편평상피에 대한 점진적인 분화와 일치하고, NMC 797 세포가 유도되는 종격흉막 일차 종양과 일치한다28. 정량 IHC 분석에 의해 측정되는 것처럼 IHC에 의한 강한 (3+) 케라틴 염색으로 분화 유도가 72시간 동안 진행된다(도 4m). 예상 작용 메커니즘을 지지하도록, 분화 표현형은 (+)- JQ1에 의해서만 신속한 반면에 (-)-JQ1은 효과가 관측되지 않는다. 중요하게, 비-BRD4-의존적 편평상피 종양 세포주(TE10)는 JQ1 처리로부터 분화 효과를 나타내는 데 실패하고 있다(도 4N-c). BRD4-의존적 NMC 세포에서, 분화는 성장 저지를 수반할 것이 예측되고 감소된 Ki67 염색에 의해 입증되었다(도 4a-4g).
JQ1 에난티오머의 항증식 활성이 BRD4-의존적(797 및 Per403) 및 BRD4-의존적(TE10 및 TT) 인간 편평상피 종양 세포주 내에서 다음에 평가되었다. 도 5a 및 도 4f의 (a) 내지 (c)에 나타난 바와 같이, (+)-JQ1은 독특하게 BRD4-의존적 세포주 내에서만 세포 성장의 용량-의존적 저해를 나타내었다(797 IC50=140nM;Per403IC50=60nM).IHC에 의해 관찰된 강력한 항증식 효과 및 비가역적 분화는 세포사 유도를 제안하였다. 따라서, 이른 그리고 늦은 세포사멸이 유동 세포 분석에 의해 annexin-V 및 프로피듐 요오다이드 염색으로 평가되었다. 예측한 것과 같이, JQ1은 BRD4-의존적 인간 종양 세포 내에서 즉각적이고 증가되는 세포사멸을 유도하였으나, 사용된 농도에서 BRD-NUT 융합을 갖지 않는 세포주에서 세포사멸은 유의적인 수준으로 검출되지 않았다(도 5의 (b) 및 도 7).
실시예 6: NMC 의 쥐 모델 내에서 JQ1 의 체내 효능 및 약력학적 효과
JQ1이 체내 단일 작용물질로서 BRD4-의존적 종양의 성장을 약화시킬 수 있는지 확인하기 위하여, NMC 797 세포주를 사용하여 마우스 내 NMC의 마우스 이종이식 모델을 개발하였다. 단기간 처리 연구가 JQ1의 항 종양 활성이 나타날 수 있는지 탐구하기 위한 일차 항목으로서 PET 이미지화로 수행되었으며 이후 비외과적인 이미지화로 수행되었다. 확실하고 비교할만하며 측정가능한 질병 무게를 가지며 부합하는 마우스 집단을 JQ1 (50 mg kg-1)또는 매질로 처리하기 위하여 추출하고, 매일 복강내로 주사하였다. 무작위 추출전 그리고 치료 나흘 후, 마우스는 PET 이미지화에 의해 평가되었다. FDG 섭취에 대한 뚜렷한 반응이 JQ1 처리로 관찰된 반면에, 매질-처리된 동물들은 명백하게 진행성 질환을 나타내었다(도 5의 (e)).
이와 동시에, 부합하는 NMC 797 종양-함유 마우스 집단에 있어서 종양 체적을 캘리퍼스로 측정하여 JQ1의 효과를 연구하고, 정량적 IHC에 의하여 약력학적 효과를 연구하였다. NMC 797 이종이식의 공격적인 성장으로 치료 14일 째에 연구가 신속하게 종료되었으며, 이러한 점에 의해 모든 매질-처리된 동물들은 종양 크기 규격 한계에 접근하였다. JQ1을 투여받은 동물은 통계학적으로-유의적인 종양 성장 감소를 나타내었다(도 5의 (c), p = 0.039; 양쪽 t-검사). 비교 기계적 그리고 약력학적 데이터를 얻기 위하여, 병리 조직학적 분석을 위한 모든 동물들은 희생되고 종양은 외식되었다. 특히, JQ1은 이 용량과 스케쥴에서 독성이나 명백한 체중 감소의 부작용 징후 없이 잘 용인되었다(도 5의 (d), 5l).
JQ1 처리로 관찰된 항-종양 효과가 표적 회합과 관련있다는 것을 확인하기 위하여, 절단된 종양 조직이 BRD4-NUT 온코프로테인에 대하여 검사되었다. 도 5의 (e) 및 도 6a에 나타난 바와 같이, JQ1 처리는 NUT 핵 스페클의 소멸을 가져오며, 핵 크로마틴에 대한 경쟁적인 결합과 일치한다. 세포 확산 및 증가된 케라틴 발현으로 약력학적인 편평상피 분화를 확인하였다. 처리된 동물에서 Ki67에 대한 감소된 핵 염색 및 증가된 사멸(TUNEL) 염색으로 항증식, 세포사멸 효과의 진행을 확인하였다. 이와 함께, 이러한 데이터는 체내에서 BRD4 저해 및 JQ1에 대한 치료 반응 사이의 기계적 결합을 제공한다.
종양 케라틴 발현의 약력학적(PD) 바이오 표지를 편견없이 보고하려는 노력으로서, 정량적 IHC 이미지 획득 및 분석을 위한 프로토콜이 수립되었다. 처리 및 미처리 동물 시료 한 쌍이 준비되고 표준화된 프로토콜 및 상업적으로 구매 가능한 소프트웨어(ImageScope; Aperio Technologies)로 분석되었다. JQ1은 NMC 797 이종이식 내에서 강한 (3+) 케라틴 발현을 절단된 종양 견본내에서 균일하게 유도하였다(도 6B의 (a) 내지 (e)).
이러한 연구와 동시에, 종격막으로부터 발생된 넓은 전이성 BRD4-NUT 양성 NMC를 가진 29세 환자가 확인되었다. 더욱 임상적으로 관련있는 질병 모델을 개발하기 위한 목표로, 환자의 임시 흉부 관으로부터의 늑막 액 배출로 얻어진 버리는 임상 물질을 사용하여 단기간 배양이 설정되었다. 도 8에 나타난 바와 같이, 체외 연구는 세포 생존 능력(IC50 = 4 nM), 성장 및 세포 주기 진행에 대한 (+)- JQ1 의 입체선택적인 강력한 효과를 확인하였다. 환자-유래 종양 물질이 주입된 네 동물에서 측정가능한 질병이 발달되었는데 이는 강하게 PET 양성이다(도 5의 (h)). 동물들은 무작위로 매질 또는 (+)-JQ1 처리 집단으로 할당되었다. 처리 배정 전 그리고 치료 나흘 후, 마우스는 PET 영상에 의해 평가되었다. (+)- JQ1처리로 FDG 섭취에 대한 눈에 띄는 반응이 관찰된 반면에, 매질-처리된 동물들은 명백한 진행성 질환을 나타내었다(도 5의 (i)). 다시, 종양 물질이 정량적 IHC 분석을 위하여 준비되었으며, 이는 (+)-JQ1 처리로 케라틴 발현이 유도되는 것을 나타내었다(도 5의 (j), (k), 도 9). 이와 함께, 이러한 데이터는 체내에서 BRD4 저해 및 JQ1에 대한 치료 반응간의 기계적 결합을 제공한다.
암 게놈의 복합적인 변형 상황의 발생에 걸쳐, 반복되는 염색체 재배열은 암에 있어서 명백한 유전적 표적의 주목할만한 부분 집합을 포함한다. CML 내에서 BCR-ABL을 표적으로 하는 키나제 저해제의 성공적인 개발에 의해 명백해진 것과 같이, 잘 특징된 탐침 화합물31 ,32, 고해상도 결정학적 데이터33, 병진적인 조사 연구34, 그리고 유익한 쥐 모델은35, 이용 가능한 경우, 리간드 발견 및 표적 확인을 위한 최적의 플랫폼을 제공한다. 본원에 보고된 바와 같이, 신규한 BRD4-유도된 소분자 저해제는 NUT-BRD4 융합과 관련된 유전적으로 정의된 인간 편평상피 종양의 치료에 유용한 것으로 보인다.
NUT-정중선 종양 외에, BET-계열 브로모도메인은 다수의 다른 종양성 및 비-종양성 질환의 원인이다. BRD4는 P-TEFb 착물을 유사 분열 염색체로 목표를 삼아 c-Myc11 9 및 웰 형성 암 표적 Aurora B13와 같은 성장 촉진 유전자의 발현을 가져온다. 또한, BRD4는 유방암에서 증폭되며36 유방암 환자 가운데서 생존에 대한 예측 표지이다37. 암 생물학에서 이러한 작용과 별도로, BET 계열 멤버는 바이러스 복제38 ,39 및 염증성 반응의 조정14에 있어서 필수적인 유전자로 인식되었다. 따라서, (+)-JQ1 및 (-)-JQ1의 짝을 이룬 화학적 탐침으로서의 유용성은 전사, 발달 및 질병 생물학에서 폭넓게 유익한 연구를 촉구할 것이다. JQ1은 또한 세포 수용체에 대해서 거의 벗어나지 않는 효과를 나타내고 49%의 구강 생물학적 이용가능성을 포함하여 우수한 약력학적 특성을 나타내는 것으로 밝혀졌으며(도 10), 치료학적 적용을 위하여 약물과 유사한 유도체를 개발하는 것이 타당하다고 여겨진다.
후생적 표적에 대한 소분자 저해제의 발견 및 최적화는 최근 생의학 연구에서 주요 초점이다. 최근의 성공적인 접근은 크로마틴-변형 효소에 대한 리간드의 식별로 제한되어 있다40. 아마 대부분의 연구는 리신 측쇄 탈아세틸화의 조절자에 대한 것이고, 이를 위해 다수의 약제학적 저해제가 임상적으로 개발되었다. 본 발명에서는 후생적 리더의 강력하고 선택적인 저해제를 개발하기 위한 조성물 및 방법을 제공하는데, 첫 번째로, 완전히 특징지어진 브로모도메인의 BET-계열 저해제를 포함한다. 이 발견을 고려할 때, 본원에서 개요를 설명한 접근은 BET-계열 내에서 선택성을 갖는 추가적인 저해제의 식별을 위한 추가적인 후보 확인을 위해 사용될 수 있다.
실시예 7: JQ1 에난티오머는 BRD4 .1 및 BRD4 .2에 결합하고 저해한다
도 11 및 12는 JQ1 에난티오머가 BRD4.1 및 BRD4.2에 결합하고 저해함을 나타낸다. 도 13은 BET 계열 멤버(활성) 및 CBP(비활성)의 JQ1S 결합 및 저해에 대한 비교를 나타낸다. 도 14는 JQ1 유도체의 집중적 라이브러리(화합물 구조식은 상기 표 B를 참조)의 용량-범위 연구 결과를 나타낸다.
실시예 8: JQ1 은 BRD3 - NUT 암 치료에 대하여 효과적이다
마우스 피하에 BRD3-NUT 세포가 이식되었다. 종양 측정 데이터를 주 단위로 수집하였다. 종양이 감지할 수 있을 정도가 되었을 때, 마우스를 2 치료 그룹으로 나누었다(n=10): 50mg/kg 용량으로 JQ1을 7일/주 복강내(IP)로 투여하고 매질을 복강내로 7일/주로 IP 투여하였다. 주입후 24일 째, 각 그룹으로부터 다섯 마리의 마우스를 안락사시키고 종양 시료를 수집하여 실험실 분석을 위하여 보내었다. 연구 종양 시료 중 나머지 마우스는 희생되었다. 모든 시료에 대하여, 종양의 반은 10% 포르말린으로 고정시키고 나머지 반은 드라이 아이스로 빠르게 동결시켰다. 32일 째 치료를 종료하였다. 모든 마우스가 소멸 직전에 이르거나 종양이 임의의 치수로 2 cm가 될 때까지 종양 체적 및 중량을 주 단위로 수집하였다. 도 15a는 JQ1이 쥐과 이종이식 모델에서 BRD3-NUT에 대하여 체내에서 효율을 나타냄을 보여주는 그래프이다. JQ1으로 처리한 결과 치료에 의해 종양 회귀 결과가 나타났다. 치료를 중단하자 종양 성장은 재개되었다. 종양 체적 차이는 모든 포인트에서 유의적이다(24일 째 p=7.65274E-09). JQ1이 50 mg/kg으로 투여되었다. 도 15b는 JQ1으로 처리된 마우스가 치료의 중단후 가벼운 체중 감소와 빠른 회복을 나타냄을 보여준다.
실시예 9: JQ1 및 이의 유사체는 다양한 암에 대하여 효과적이다
도 16a 내지 16d는 5 JQ1(화합물 구조는 상기 표 A를 참조)에서 JQ1 및 이의 유도체가 Brd4.1 및 Brd4.2 결합을 저해하는 것을 나타낸다. 17a 내지 17d는 2 μM 화합물에서 JQ1 및 이의 유도체로 처리한 후 NUT 정중선 종양(NMC) 세포 생존 능력을 나타낸다(화합물 구조는 상기 표 A를 참조). 도 18-55는 다양한 암 세포주에 대하여 용량 반응성 생존 능력을 나타낸다. 이러한 데이터는 JQ1 및 이의 유도체가 넓은 암 범위에 대해서 항암 효과를 보인다는 것을 나타낸다.
본원에 보고된 결과는 다음 방법 및 물질을 사용하여 얻었다.
실시예 10: 결합 분석 결과
결합 분석 결과가 아래 표 C에 나타나 있다.
표 C: 바이오-분석 IC 50 및 세포-분석 IC 50
Figure pct00117
Figure pct00118
BRD4 사이트 1과 주요 화합물의 결합 활성은 12-포인트 용량 반응 곡선으로 알파-분석에 의해 측정되었다(도 56a). 양성 대조군으로서 화합물 (S)-JQ1(JQS)이 사용되었다. 음성 대조군으로서 (R)-JQ1(JQR)이 사용되었다. 화합물 JQ6, JQ8, JQ13, JQ33 및 JQ35가 우수한 결합 활성을 나타내었다. BRD4 사이트 2와 모든 주요 화합물의 결합 활성 결과는 또한 12-포인트 용량 반응 곡선으로 알파-분석에 의해 측정되었다(도 56b). 화합물 JQ6, JQ8, JQ13, JQ33 및 JQ35가 우수한 결합 활성을 나타내었다.
주요 화합물의 활성을 797 세포주(환자로부터 유래됨)로 세포-분석에서 검사하여 BRD4-NUT 의존적 세포주에 대한 BRD4 저해의 성장 효과를 측정하였다. 세포는 화합물과 함께 배양되고 72시간 후 증식이 모니터링 되었다. 커브 핏이 로지스틱 회귀에 의해 계산되었다(도 56c). 모든 주요 화합물이 환자로부터 직접 유래된 10326 세포주로 세포-분석에서 검사되어 BRD4-NUT 의존적 세포주에 대한 BRD4 저해의 성장 효과가 측정되었다(도 56d). 세포는 화합물과 함께 배양되고 72시간 후 증식이 모니터링 되었다. 커브 핏이 로지스틱 회귀에 의해 계산되었다.
시약
내생 BRD4-NUT-발현 정중선 종양 세포주, 7971 및 PER-4032는 앞서 기재하였다. 비-NMC 인간 편평상피 종양 세포주 TE10 및 TT는 Drs. Anil Rustgi (펜실바이아 대학교) 및 Adam Bass (다나-파버 암 기관)로부터 입수 하였다. U2OS 세포는 ATCC로부터 입수 하였다. GFP-BRD4, GFP-NUT 및 GFP-BRD4-NUT용 마말리안 과발현 구성체는 앞서 설명하였다3. 조직 배양을 위한 배지, 트립신, 및 항체는 Mediatech으로부터 구매하였다. 면역조직화학 및 유동 세포 분석을 위한 항체 및 염색약은 Dako (Cytokeratin AE1/AE3 antibody Cat# N1590), Millipore (TUNEL Cat# S7100), Vector (Ki67 Cat# VP-RM04), Cell Signaling Technologies (NUT Cat# 3625), BD Pharmingen (Annexin V-FITC Cat# 556547) 및 Invitrogen (propidium iodide Cat# P3566)로부터 입수 하였다.
아세틸- 히스톤 결합 분석
제작자 프로토콜(PerkinElmer, USA)에서 조금 변형하여 전술한 바와 같이 분석을 수행하였다8. 모든 시약은 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 0.1% BSA, pH 7.4로 희석되고 0.05% CHAPS로 보충되고 플레이트에 넣기 전에 실온과 평형이 되도록 하였다. 리간드의 24-포인트 1:2 연속 희석물이 150-0 μM 범위에 걸쳐서 제조되었으며 적은 부피의 384-웰 플레이트(ProxiPlateTM-384 Plus, PerkinElmer, USA)로 4 μl가 이전 되었으며, 이후 HIS-꼬리표의 프로테인(BRD4/1, 250 nM, BRD4/2 및 CREBBP, 2000 nM) 4 μl가 이전되었다. 동일한 몰농도의 비오틴화된 펩타이드 4 μl를 프로테인[BRD4(1) & BRD4(2)용 펩타이드: H4K5acK8acK12acK16ac, H-SGRGK(Ac)GGK(Ac)GLGK(Ac)GGAK(Ac)RHRK(Biotin)-OH; CREBBP용 펩타이드: H3K36ac, Biotin-KSAPATGGVK(Ac)KPHRYRPGT-OH(캠브리지 생화학 연구소, UK)]에 첨가하기 전에, 플레이트는 봉인되고 실온에서 30분 동안 배양되었다. 스트렙타비딘-코팅된 도너 비드(25 μg/ml) 4 μl 및 니켈 착물 억셉터 비드(25 μg/ml) 4 μl를 낮은 광 조건하에서 첨가하기 전에, 플레이트를 밀봉하고 30분 동안 더 배양하였다. 플레이트는 호일로 봉인하여 광으로부터 보호하고, 실온에서 60분 동안 배양하고 AlphaScreen 680 여기/570 발광 필터 세트를 사용하여 PHERAstar FS 플레이트 리더(BMG Labtech, Germany)로 판독하였다. 대응 DMSO 매질에 대하여 정규화한 후에 Prism 5(GraphPad Software, USA) 내에서 IC50 값을 계산하였으며, 이는 20 μl 반응 체적에서 화합물의 최종 농도로 주어진다.
서열 배열
전체 길이 인간 브로모도메인에 대한 아미노산 서열을 NCBI(BRD2 Acession No. NP_005095, BRD3 Acession No. NP_031397.1, BRD4 Acession No. NP_055114.1, BRD-T Acession No. NP_001717.2)로부터 입수 하였다. 각 브로모도메인의 다중 서열 배열이 ClustalW를 사용하여 수행되었다19.
광퇴색 이후 형광 회복( FRAP )
FRAP 연구가 상술한 바와 같이 U2OS 세포에 대하여 수행되었다3 ,20. 간략하게 말하면, U2OS 세포는 BRD4, NUT 및 BRD4-NUT와 함께 마말리안 과발현 구성체 인코딩 GFP 키메라로 형질 감염(lipofectamine; Invitrogen)되었다. 각 영역 내에서 하나의 세포 내 5μm2의 핵영역이 고강도 레이저로 퇴색 되었으며 낮은 레이저 강도 및 150 μm 핀홀로 회복이 측정되었다. 동일한 영역의 이미지는 37℃로 가열된 챔버 및 FRAP 모듈이 장착된 Nikon C1 Plus 공초점 현미경을 사용하여 90초 동안 입수하였다. 퇴색 영역의 평균 강도는 MetaMorph v7을 사용하여 시간에 따라 측정되었으며 퇴색전 독립적인 관심 영역으로 정규화되었다. Microsoft Excel Mac 12.2.4로 이후 데이터를 분석하여 반-최대 형광 회복 시간을 평가하였다.
분화 및 증식 면역조직화학
배양된 암 세포주(797, Per403, TT 및 TE10)를 챔버당 1.0 x 104세포(4-챔버 슬라이드) 또는 챔버당 5.0 x 103세포(8-챔버 슬라이드)로 챔버 슬라이드 내에서 성장시켰다. 세포를 JQ1-라세미체, (+)-JQ1, (-)-JQ1, 또는 매질(DMSO)로 처리하고 다양한 시간 간격으로 배양하였다. 이후 배지는 제거하고 챔버는 냉각된 PBS로 세정하였다. 이후 세포를 4℃에서 4% 포름알데히드로 20분 동안 고정시키고 PBS로 세정한 후, 염색을 위하여 후술하는 바와 같이 브리검 부인 병원에 있는 다나-파버/하바드 암 센터(DF/HCC) 전문 조직 병리학 서비스 코어로 이전하였다. 세포 펠렛의 면역조직화학 연구가 T-75 플라스크 내에서 첫 번째로 성장한 암 세포주(797 및 Per403)로 수행되고, JQ1 또는 매질(DMSO) 중 어느 하나로 48시간 동안 처리되었다. 이후 세포는 트립신화 되고 2,000 rpm 으로 10분 동안 원심분리에 의해 세포 펠렛으로 형성되고, HistoGel(Richard-Allen Scientific) ½ 부피 및 10% 소 혈청 알부민으로 안정화되었다. 세포 펠렛을 PBS로 세정하고 4℃에서 4% 포름알데히드로 20분 동안 고정시켰다. 그리고 나서 세포를 PBS로 세정하고, 염색을 위하여 후술하는 브리검 부인 병원에 있는 DF/HCC 코어 실험실로 이전하였다. Ki67 염색(세포 계측)의 정량적인 분석이 실험당 다섯개의 고배율(40x) 가시범위를 사용하는 광 현미경 관찰에 의해 수행되었다. 모든 고정된 물질은 설정된 최적 프로토콜을 사용하여 브리검 부인 병원에 있는 DF/HCC 코어 실험실에서 임베드되고, 절단되고 염색되었다. 이미지는 Olympus BX40 현미경(Olympus Imaging America, Center Valley, PA) 및 Micropublisher 3.3 RTV 컬러 카메라(QImaging, Surrey, BC)를 사용하여 얻었다.
세포 증식 분석
세포를 백색, 384-웰 마이크로타이터 플레이트(Nunc)에 웰 당 500 세포, 배지 총 부피 50 μL로 파종하였다. 797, TT 및 TE10 세포를 1% 페니실린/스트렙토마이신 및 10% FBS를 포함하는 DMEM 내에서 성장시켰다. Per403 세포를 1% 페니실린/스트렙토마이신 및 20% FBS를 포함하는 DMEM 내에서 성장시켰다. 로봇식 핀 전달기(V&P Scientific 100 nL pin tool 이 설치된 PerkinElmer JANUS)에 의해 화합물을 마이크로타이터 분석 플레이트에 전달하였다. 이후 37℃에서 48시간 동안 배양하고, 상업적인 증식 분석(Cell TiterGlo; Promega)을 사용하여 총 ATP 함량을 얻기 위하여 세포는 용해시키고 웰은 분석하였다. 용량에 대한 반복적인 측정이 수행되고 IC50추정치가 로지스틱 회귀(GraphPad Prism)에 의해 계산되었다.
유동 세포 분석
배양된 인간 암 세포(797, Per403, TT 및 TE10)를 웰당 5.0 x 104 세포의 초기 농도에서 6-웰 조직 배양 플레이트(BD Falcon)에서 성장시켰다. 세포를 JQ1(500 nM), 스타우로스포린(50 nM) 또는 매질(DMSO 0.05%)로 24시간 또는 48시간 동안 처리하였다. 트립신화된 세포를 Annexin V-FITC(BD Pharmingen, 1:500) 및 요오드화 프로피디움(Invitrogen, 1:1000)을 함유하는 Annexin-V/요오드화 프로피디움 완충액(10 mM HEPES pH 7.4, 140 mM NaCl, 2.5 mM CaCl2)과 얼음에서 1:1로 혼합하였다. 시료를 즉시 BD FACS Canto II로 분석하였다. 세포사멸 부분에 대한 가시화 및 분석이 FlowJo 유동 세포 분석 소프트웨어(Tree Star, Inc.)를 사용하여 이루어졌다.
이종이식 효험 연구
797 NMC 세포(107)를 포함하는 30% Matrigel(BD Biosciences)을 6주된 암컷 NCr 누드마우스(Charles River Laboratories)의 옆구리에 주입하는 것에 의해 NMC 이종이식이 수행되었다. 주입하고 12일 후, 측정 가능한 종양을 갖는 마우스를 50 mg/kg IP에서 JQ1 또는 매질(5% 덱스트로즈 내의 5% DMSO)로 처리될 집단으로 분류하였다. JQ1 처리 그룹(n = 8) 및 매질 그룹(n = 7) 내 종양의 평균 크기는 치료 시작 시점에는 유사(각각 63.8+/-17.1 및 73.6+/-14.4 mm3) 하였다. 동물들은 매일 임상 증세가 추적되었다. 종양 측정은 캘리퍼스 측정으로 평가되었으며 체적은 식 Vol = 0.5xLxW2를 사용하여 계산되었다. 치료 2주 후, 모든 마우스는 인간적으로 안락사시키고 종양은 병리조직학적 검사를 위하여 10% 포르말린으로 고정시켰다. 종양 체적의 통계학적 유의성이 양 쪽의 학생 t-검사로 계산되었다. 모든 동물 연구는 DFCI의 IACUC에 의해 승인되었다.
장비
양성자 및 탄소-13 핵 자기 공명(1HNMR및 13C NMR) 스펙트럼은 하바드 의대 East Quad NMR 기관에 있는 Varian inverse probe 600 INOVA 스펙트로미터로 계측되었다. 화학적 이동은 δ 스케일로 백만분의 일 단위로 계측되며 1H NMR에 대해서는 NMR 용매 내에 있는 잔류 프로튬(CHCl3:δ 7.24)으로부터, 13CNMR에 대해서는 용매의 탄소 공명(CDCl3:δ 77.2)으로부터가 각각 기준이 된다. 데이터는 다음과 같이 보고된다: 화학적 이동 [다중도(s = 단일항, d = 이중항, t = 삼중항, q = 사중항, m = 다중항, br = 넓은), 헤르쯔로서 커플링 상수(들), 적분]. 고분해능 질량 스펙트럼(HRMS)은 매사추세츠 공과대학교 화학부 장비 기관에 있는 eletronspray ion source(ESI)를 사용한 Bruker APEX 4.7 Tesler FTMS 스펙트로미터로 기록되었다. 중간체 및 최종 생성물은 CombiFlash RF system (Teledyne Isco)으로 정제하였다. 유기 용액은 Buchi R-205 회전식 증발기로 농축하였다. 에난티오머 순도는 Berger Supercritical Fluid Chromatography(SFC) 및 AS-H 컬럼으로 체크되었다. 에난티오머 프레파라티브 정제는 Agilent 고압 액체 크로마토그래피 및 OD-H 컬럼(하바드 및 MIT의 Broad Institute)로 수행되었다.
References
1 Ptashne, M. Binding reactions: epigenetic switches, signal transduction and cancer. Curr Biol 19, R234-241, (2009).
2 Schreiber, S. L. & Bernstein, B. E. Signaling network model of chromatin. Cell 111, 771-778, (2002).
3 Marushige, K. Activation of chromatin by acetylation of histone side chains. Proc Natl Acad Sci U S A 73, 3937-3941, (1976).
4 Dey, A., Nishiyama, A., Karpova, T., McNally, J. & Ozato, K. Brd4 marks select genes on mitotic chromatin and directs postmitotic transcription. Mol Biol Cell 20, 4899-4909, (2009).
5 Owen, D. J. et al. The structural basis for the recognition of acetylated histone H4 by the bromodomain of histone acetyltransferase gcn5p. Embo J 19, 6141-6149, (2000).
6 Zeng, L. & Zhou, M. M. Bromodomain: an acetyl-lysine binding domain. FEBS Lett 513, 124-128, (2002).
7 Yang, X. J. Multisite protein modification and intramolecular signaling. Oncogene 24, 1653-1662, (2005).
8 Yang, Z. et al. Recruitment of P-TEFb for stimulation of transcriptional elongation by the bromodomain protein Brd4. Mol Cell 19, 535-545, (2005).
9 Phelps, M. A. et al. Clinical response and pharmacokinetics from a phase 1 study of an active dosing schedule of flavopiridol in relapsed chronic lymphocytic leukemia. Blood 113, 2637-2645, (2009).
10 Rahl, P. B. et al. c-Myc Regulates Transcriptional Pause Release. Cell 141, 4323-4445, (2010).
11 Yang, Z., He, N. & Zhou, Q. Brd4 recruits P-TEFb to chromosomes at late mitosis to promote G1 gene expression and cell cycle progression. Mol Cell Biol 28, 967-976, (2008).
12 Mochizuki, K. et al. The bromodomain protein Brd4 stimulates G1 gene transcription and promotes progression to S phase. J Biol Chem 283, 9040-9048, (2008).
13 You, J. et al. Regulation of aurora B expression by the bromodomain protein Brd4. Mol Cell Biol 29, 5094-5103, (2009).
14 Huang, B., Yang, X. D., Zhou, M. M., Ozato, K. & Chen, L. F. Brd4 coactivates transcriptional activation of NF-kappaB via specific binding to acetylated RelA. Mol Cell Biol 29, 1375-1387, (2009).
15 French, C. A., Miyoshi, I., Aster, J. C. & et al. BRD4 bromodomain gene rearrangement in aggressive carcinoma with translocation t (15;19). Am J Pathol 159(6), 1987-1992, (2001).
16 French, C. A. et al. BRD4-NUT fusion oncogene: a novel mechanism in aggressive carcinoma. Cancer Res 63, 304-307, (2003).
17 French, C. A. et al. BRD-NUT oncoproteins: a family of closely related nuclear proteins that block epithelial differentiation and maintain the growth of carcinoma cells. Oncogene 27, 2237-2242, (2008).
18 Miyoshi, S., Ooike, S., Iwata, K., Hikawa, H. & Sugaraha, K. ANTITUMOR AGENT. (2009).
19 Adachi, K. et al. (2006).
20 Sueoka, H., Komatsu, H., Kobayashi, H. & Ehara, S. Thienotriazolodiazepine compounds and medicinal uses thereof. (1998).
21 VonVoigtlander, P. F. & Straw, R. N. Alprazolam: Review of Pharmacological, Pharmacokinetic and Clinical Data. Drug Development Research 6, 1-12, (1985).
22 Niesen, F. H., Berglund, H. & Vedadi, M. The use of differential scanning fluorimetry to detect ligand interactions that promote protein stability. Nat Protoc 2, 2212-2221, (2007).
23 Fedorov, O. et al. A systematic interaction map of validated kinase inhibitors with Ser/Thr kinases. Proc Natl Acad Sci U S A 104, 20523-20528, (2007).
24 Bullock, A. N. et al. Structural basis of inhibitor specificity of the human protooncogene proviral insertion site in moloney murine leukemia virus (PIM-1) kinase. J Med Chem 48, 7604-7614, (2005).
25 Quinn, A. M. et al. A homogeneous method for investigation of methylation-dependent protein-protein interactions in epigenetics. Nucleic Acids Res 38, e11, (2010).
26 Vollmuth, F., Blankenfeldt, W. & Geyer, M. Structures of the dual bromodomains of the P-TEFb-activating protein Brd4 at atomic resolution. J Biol Chem 284, 36547-36556, (2009).
27 French, C. A. Molecular pathology of NUT midline carcinomas. J Clin Pathol, (2008).
28 Huang, M. E. et al. Use of all-trans retinoic acid in the treatment of acute promyelocytic leukemia. Blood 72, 567-572, (1988).
29 Druker, B. J. et al. Efficacy and safety of a specific inhibitor of the BCR-ABL tyrosine kinase in chronic myeloid leukemia. N Engl J Med 344, 1031-1037, (2001).
30 Haack, H. et al. Diagnosis of NUT Midline Carcinoma Using a NUT-specific Monoclonal Antibody. Am J Surg Pathol, (2009).
31 Buchdunger, E. et al. Selective inhibition of the platelet-derived growth factor signal transduction pathway by a protein-tyrosine kinase inhibitor of the 2-phenylaminopyrimidine class. Proc Natl Acad Sci U S A 92, 2558-2562, (1995).
32 Buchdunger, E. et al. Inhibition of the Abl protein-tyrosine kinase in vitro and in vivo by a 2-phenylaminopyrimidine derivative. Cancer Res 56, 100-104, (1996).
33 Schindler, T. et al. Structural mechanism for STI-571 inhibition of abelson tyrosine kinase. Science 289, 1938-1942, (2000).
34 Druker, B. J. et al. Effects of a selective inhibitor of the Abl tyrosine kinase on the growth of Bcr-Abl positive cells. Nat Med 2, 561-566, (1996).
35 le Coutre, P. et al. In vivo eradication of human BCR/ABL-positive leukemia cells with an ABL kinase inhibitor. J Natl Cancer Inst 91, 163-168, (1999).
36 Kadota, M. et al. Identification of novel gene amplifications in breast cancer and coexistence of gene amplification with an activating mutation of PIK3CA. Cancer Res 69, 7357-7365, (2009).
37 Crawford, N. P. et al. Bromodomain 4 activation predicts breast cancer survival. Proc Natl Acad Sci U S A 105, 6380-6385, (2008).
38 You, J. et al. Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus latency-associated nuclear antigen interacts with bromodomain protein Brd4 on host mitotic chromosomes. J Virol 80, 8909-8919, (2006).
39 Abbate, E. A., Voitenleitner, C. & Botchan, M. R. Structure of the papillomavirus DNA-tethering complex E2:Brd4 and a peptide that ablates HPV chromosomal association. Mol Cell 24, 877-889, (2006).
40 Cole, P. A. Chemical probes for histone-modifying enzymes. Nat Chem Biol 4, 590-597, (2008).
다른 실시예
이전의 기재로부터 본원에 기재된 발명에 대하여 다양한 용도 및 조건을 채택하기 위하여 변형 및 변경을 수행할 수 있다는 것이 명백할 것이다. 이러한 실시예 또한 다음의 청구 범위 내에 속한다.
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Claims (94)

  1. 화학식 I의 화합물:
    Figure pct00119

    (I)
    여기서,
    X는 N 또는 CR5이고;
    R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
    RA 각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
    R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고; 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 내지 3이고 L은 H, -COO-R3, -CO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
    R2는 H, D, 할로겐, 또는 선택적으로 치환된 알킬이고;
    R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
    (i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
    (ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
    (iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
    (iv) NH2, N=CR4R6;
    R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
    R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6는 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
    m은 0, 1, 2 또는 3이고;
    다만
    (a) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 페닐 또는 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -CO-N(R3R4)이면, 이 경우, R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며;
    (b) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -CO-N(R3R4),그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3 및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아니고; 그리고
    (c) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 1 그리고 L은 -COO-R3이면, 이 경우, R3은 메틸 또는 에틸이 아님;
    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  2. 제1항에 있어서,
    R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들 각각은 선택적으로 치환되는 화합물.
  3. 제1항에 있어서,
    L은 H, -COO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3또는 선택적으로 치환된 아릴인 화합물.
  4. 제3항에 있어서,
    R3 각각은 독립적으로 H; O, S, 또는 N에서 선택된 0, 1, 2 또는 3개의 헤테로원자를 포함하는 -C1-C8 알킬; 또는 NH2, N=CR4R6로 이루어진 군에서 선택되는 화합물.
  5. 제1항에 있어서,
    R2는 H, D, 할로겐 또는 메틸인 화합물.
  6. 제1항에 있어서,
    RB는 알킬, 히드록시알킬, 할로알킬, 또는 알콕시이고; 이들 각각은 선택적으로 치환되는 화합물.
  7. 제1항에 있어서,
    RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, 또는 COOCH2OC(O)CH3인 화합물.
  8. 제1항에 있어서,
    환 A는 5 또는 6-원 아릴 또는 헤테로아릴인 화합물.
  9. 제1항에 있어서,
    환 A는 티오푸라닐, 페닐, 나프틸, 비페닐, 테트라하이드로나프틸, 인다닐, 피리딜, 푸라닐, 인돌릴, 피리미디닐, 피리디지닐, 피라지닐, 이미다졸릴, 옥사졸릴, 티에닐, 티아졸릴, 트리아졸릴, 이속사졸릴, 퀴놀리닐, 피롤릴, 피라졸릴, 또는 5,6,7,8-테트라하이드로이소퀴놀리닐인 화합물.
  10. 제1항에 있어서,
    환 A는 페닐 또는 티에닐인 화합물.
  11. 제1항에 있어서,
    m은 1 또는 2이고, 적어도 하나의 RA는 메틸인 화합물.
  12. 제1항에 있어서,
    RA 각각은 독립적으로 H, 선택적으로 치환된 알킬이고, 또는 RA 중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 아릴을 형성할 수 있는 화합물.
  13. 화학식 II의 화합물:
    Figure pct00120

    (II)
    여기서,
    X는 N 또는 CR5이고;
    R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
    R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    R'1은 H, -COO-R3,-CO-R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
    R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
    (i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 치환된 헤테로아릴;
    (ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
    (iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함;
    m은 0, 1, 2 또는 3이고;
    다만 만약 R'1이 -COO-R3, X는 N, R은 치환된 페닐, 그리고 RB는 메틸이면, 이 경우, R3은 메틸 또는 에틸이 아님;
    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  14. 제13항에 있어서,
    R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들 각각은 선택적으로 치환되는 화합물.
  15. 제14항에 있어서,
    R은 페닐 또는 피리딜이고, 이들 각각은 선택적으로 치환되는 화합물.
  16. 제15항에 있어서,
    R은 p-Cl-페닐, o-Cl-페닐, m-Cl-페닐, p-F-페닐, o-F-페닐, m-F-페닐 또는 피리디닐인 화합물.
  17. 제13항에 있어서,
    R'1은 COO-R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고; R3은 O, S 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2 또는 3개의 헤테로원자를 포함하고 선택적으로 치환될 수 있는 -C1-C8알킬인 화합물.
  18. 제17항에 있어서,
    R'1은 -COO-R3이고, R3은 메틸, 에틸, 프로필, i-프로필, 부틸, sec-부틸, 또는 t-부틸이며; 또는 R'1은 H 또는 선택적으로 치환된 페닐인 화합물.
  19. 제13항에 있어서,
    RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, COOCH2OC(O)CH3인 화합물.
  20. 제13항에 있어서,
    RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, 또는 COOCH2OC(O)CH3인 화합물.
  21. 제13항에 있어서,
    RA 각각은 독립적으로, 선택적으로 치환된 알킬이고, 또는 RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴을 형성할 수 있는 화합물.
  22. 제21항에 있어서,
    RA 각각은 메틸인 화합물.
  23. 화학식 III의 화합물:
    Figure pct00121

    (III)
    여기서,
    X는 N 또는 CR5이고;
    R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
    RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
    R은 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
    (i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
    (ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
    (iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
    (iv) NH2,N=CR4R6;
    R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
    R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6는 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
    m은 0, 1, 2 또는 3이고;
    다만
    (a) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 페닐 또는 치환된 페닐, RB는 메틸이면, 이 경우, R3및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며; 그리고
    (b) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R은 치환된 페닐, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3 및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아님;
    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  24. 제23항에 있어서,
    R은 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되는 화합물.
  25. 제24항에 있어서,
    R은 페닐 또는 피리딜이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되는 화합물.
  26. 제24항에 있어서,
    R은 p-Cl-페닐, o-Cl-페닐, m-Cl-페닐, p-F-페닐, o-F-페닐, m-F-페닐 또는 피리디닐인 화합물.
  27. 제23항에 있어서,
    R3은 H, NH2, 또는 N=CR4R6인 화합물.
  28. 제23항에 있어서,
    R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 헤테로아릴이고; 이들의 각각은 선택적으로 치환되는 화합물.
  29. 제23항에 있어서,
    R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되는 화합물.
  30. 화학식 IV의 화합물:
    Figure pct00122

    (IV)
    여기서,
    X는 N 또는 CR5이고;
    R5는 H, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    RB는 H, 알킬, 히드록실알킬, 아미노알킬, 알콕시알킬, 할로알킬, 히드록시, 알콕시, 또는 -COO-R3이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    환 A는 아릴 또는 헤테로아릴이고;
    RA각각은 독립적으로 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되거나; RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 융합 아릴 또는 헤테로아릴 그룹을 형성할 수 있고;
    R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 내지 3이고 L은 H, -COO-R3, -CO-R3, -CO-N(R3R4), -S(O)2-R3, -S(O)2-N(R3R4), N(R3R4), N(R4)C(O)R3, 선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고;
    R2는 H, D, 할로겐, 또는 선택적으로 치환된 알킬이고;
    R3 각각은 독립적으로 다음으로 이루어진 군에서 선택되고:
    (i) H, 아릴, 치환된 아릴, 헤테로아릴, 또는 치환된 헤테로아릴;
    (ii) 헤테로사이클로알킬 또는 치환된 헤테로사이클로알킬;
    (iii) -C1-C8 알킬, -C2-C8 알케닐 또는 -C2-C8 알카이닐, 각각은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3 개의 헤테로원자를 포함하고; -C3-C12 사이클로알킬, 치환된 -C3-C12 사이클로알킬, -C3-C12 사이클로알케닐, 또는 치환된 -C3-C12 사이클로알케닐, 이들의 각각은 선택적으로 치환 가능함; 및
    (iv) NH2, N=CR4R6;
    R4 각각은 독립적으로 H, 알킬, 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이고, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고;
    또는 R3 및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
    R6는 알킬, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 헤테로사이클로알킬, 아릴, 또는 헤테로아릴이며, 이들의 각각은 선택적으로 치환되고; 또는 R4 및 R6는 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 4 내지 10-원 환을 형성하며;
    m은 0, 1, 2 또는 3이고;
    다만
    (d) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -CO-N(R3R4)이면, 이 경우, R3및 R4는 이들이 부착된 질소 원자와 함께 모르폴리노 환을 형성하지 못하며;
    (e) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -CO-N(R3R4), 그리고 R3 및 R4중 하나는 H이면, 이 경우, R3및 R4중 다른 하나는 메틸, 히드록시에틸, 알콕시, 페닐, 치환된 페닐, 피리딜 또는 치환된 피리딜이 아니고; 그리고
    (f) 만약 환 A는 티에닐, X는 N, R2는 H, RB는 메틸, 그리고 R1은 -(CH2)n-L, 여기서 n은 0 그리고 L은 -COO-R3이면, 이 경우, R3은 메틸 또는 에틸이 아님;
    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  31. 제30항에 있어서,
    R1은 -(CH2)n-L, 여기서, n은 0 내지 3 그리고 L은-COO-R3,선택적으로 치환된 아릴, 또는 선택적으로 치환된 헤테로아릴이고; R3은 O, S, 또는 N으로부터 선택된 0, 1, 2, 또는 3개의 헤테로원자를 포함하며 선택적으로 치환될 수 있는 -C1-C8 알킬인 화합물.
  32. 제31항에 있어서,
    n은 1 또는 2이고 L은 알킬 또는 -COO-R3이며, R3은 메틸, 에틸, 프로필, i-프로필, 부틸, sec-부틸, 또는 t-부틸; 또는 n은 1 또는 2 그리고 L은 H 또는 선택적으로 치환된 페닐인 화합물.
  33. 제30항에 있어서,
    R2는 H 또는 메틸인 화합물.
  34. 제30항에 있어서,
    RB는 메틸, 에틸, 히드록시 메틸, 메톡시메틸, 트리플루오로메틸, COOH, COOMe, COOEt, COOCH2OC(O)CH3인 화합물.
  35. 제30항에 있어서,
    환 A는 페닐, 나프틸, 비페닐, 테트라하이드로나프틸, 인다닐, 피리딜, 푸라닐, 인돌릴, 피리미디닐, 피리디지닐, 피라지닐, 이미다졸릴, 옥사졸릴, 티에닐, 티아졸릴, 트리아졸릴, 이속사졸릴, 퀴놀리닐, 피롤릴, 피라졸릴, 또는 5,6,7,8-테트라하이드로이소퀴놀리닐인 화합물.
  36. 제30항에 있어서,
    RA 각각은 독립적으로, 선택적으로 치환된 알킬이거나, RA중 임의의 두 개는 이들 각각이 부착된 원자와 함께 아릴을 형성할 수 있는 화합물.
  37. 대상에 있어서 종양형성에 대한 치료 또는 예방 방법으로서, 대상에 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물 또는 이의 유도체의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  38. 제37항에 있어서,
    상기 화합물이 화학식 I 내지 IV 중에서 임의의 화합물인 방법.
  39. 종양형성 세포의 성장, 증식 또는 생존 감소 방법으로서, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물 유효량을 세포와 접촉시키는 단계를 포함하여 종양형성 세포의 성장, 증식 또는 생존을 감소시키는 방법.
  40. 종양형성 세포의 분화를 유도하는 방법으로서, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물을 세포와 접촉시키는 단계를 포함하여 종양형성 세포의 분화를 유도하는 방법.
  41. 종양형성 세포의 세포사를 유도하는 방법으로서, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물의 치료학적 유효량을 세포와 접촉시키는 단계를 포함하여 종양형성 세포의 세포사를 유도하는 방법.
  42. 제37항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    BET 계열 브로모도메인과의 결합을 위하여 화합물을 선택하는 단계를 더 포함하는 방법.
  43. 제37항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    세포 환경에서 크로마틴에 대한 브로모도메인 결합을 저해하기 위하여 화합물을 선택하는 단계를 더 포함하는 방법.
  44. 제37항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    차주사 형광측정법(DSF), 등온 적정 열량 측정법, 및/또는 발광 근접 균질분석법(ALPHA-screen)을 사용하여 결합 특이성을 위한 화합물을 선택하는 단계를 더 포함하는 방법.
  45. 제44항에 있어서,
    상기 화합물이 상기 분석법 내에서 브로모도메인의 열적 안정성을 증가시키는 방법.
  46. 제42항에 있어서,
    BET 계열 멤버가 BRD2, BRD3, BRD4 또는 BRDT인 방법.
  47. 제39항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    세포가 대상 내에 있는 방법.
  48. 대상에 있어서 종양형성에 대한 치료 또는 예방 방법으로서, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물의 유효량을 이를 필요로 하는 대상에 투여하는 단계를 포함하여 대상에 있어서 종양형성을 치료 또는 예방하는 방법.
  49. 제48항에 있어서,
    상기 대상이 포유류인 방법.
  50. 제48항에 있어서,
    상기 대상이 인간 환자인 방법.
  51. 제48항에 있어서,
    상기 대상에서 종양형성에 대한 성장 또는 증식을 감소시키는 방법.
  52. 제48항에 있어서,
    상기 종양형성이 전사활성화 인자에 의해 유도되는 방법.
  53. 제52항에 있어서,
    상기 전사활성화 인자가 myc인 방법.
  54. 제48항에 있어서,
    상기 대상이 버킷 임파종, 소세포 폐암, 유방암, 대장암, 신경아세포종, 다형성신경교아종, MLL 기반 백혈병, 만성 림프 백혈병, NUT 정중선 종양, 편평 상피암 또는 NUT 재배열과 관련된 다른 종양으로 이루어진 군에서 선택된 종양을 갖는 방법.
  55. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물 및 이의 약제학적으로 허용가능한 부형제 또는 담체를 치료학적 유효량으로 포함하는 조성물.
  56. 치료학적 유효량의 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물 및 상기 화합물 투여에 대한 서면 지시를 포함하는 포장된 약제.
  57. 대상에서 종양형성에 대한 예방 또는 치료 방법으로서, 상기 방법은 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물 치료학적 유효량을 대상에 투여하는 단계를 포함하며, 상기 화합물은 아세틸-리신에 대한 브로모도메인 결합을 방해하거나 크로마틴으로부터 BET 계열 멤버를 대체하여 대상에서 종양형성을 예방 및 치료하는 방법.
  58. 제57항에 있어서,
    상기 화합물은 BET 계열 멤버에 대한 히스톤 H4 Kac 펩타이드 결합을 저해하는 방법.
  59. 제57항에 있어서,
    BET 계열 멤버는 BRD2, BRD3, BRD4 또는 BRDT인 방법.
  60. 제37항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 화합물이 BET-계열 브로모도메인의 Kac 결합 부위에 결합하는 방법.
  61. 종양형성의 치료를 위한 화합물 식별 방법으로서, 브로모도메인을 포함하는 BET 계열 멤버를 테스트 화합물과 접촉시키는 단계; 및 브로모도메인에 대한 특이적 결합을 검출하는 단계를 포함하여 테스트 화합물을 종양형성의 치료에 유용한 것으로 식별하는 방법.
  62. 제61항에 있어서,
    결합 특이성이 차주사 형광측정법(DSF)을 이용하여 분석되는 방법.
  63. 제61항에 있어서,
    결합이 상기 브로모도메인의 열적 안정성을 증가시키는 방법.
  64. 제61항에 있어서,
    결합이 등온 적정 열량 측정법을 이용하여 측정되는 방법.
  65. 제61항에 있어서,
    결합이 발광 근접 균질 분석법(ALPHA-screen)을 이용하여 측정되는 방법.
  66. 제61항에 있어서,
    상기 화합물이 상기 브로모도메인에 대한 히스톤 H4 Kac 펩타이드 결합을 저해하는 방법.
  67. 제61항에 있어서,
    상기 화합물이 상기 브로모도메인 내에서 진화론적으로 보존된 아스파라긴과 수소 결합을 형성하는 방법.
  68. 제67항에 있어서,
    상기 BET 계열 멤버가 BRD4 또는 BRD2이고, 아스파라긴이 BRD4(1) 내의 Asn140 및 BRD2(2) 내의 Asn429인 방법.
  69. 제61항에 있어서,
    상기 화합물이 세포 환경 내에서 크로마틴과 경쟁적으로 결합하는 방법.
  70. 제69항에 있어서,
    크로마틴과의 경쟁적 결합이 광퇴색 이후 형광 회복(FRAP)을 사용하여 검출되는 방법.
  71. 제69항에 있어서,
    상기 방법이 체외 종양형성 세포내에서 수행되는 방법.
  72. 제71항에 있어서,
    셀 분화에 있어서 세포 증식의 감소, 세포사의 증가, 또는 세포 분화의 증가를 검출하는 단계를 더 포함하는 방법.
  73. 제72항에 있어서,
    세포사가 세포사멸(apoptotic) 방식의 세포사인 방법.
  74. 제71항에 있어서,
    세포 분화가 사이토케라틴 발현의 증가 검출에 의해 식별되는 방법.
  75. 제71항에 있어서,
    전사 신장 감소를 검출하는 단계를 더 포함하는 방법.
  76. 대상에 대한 종양형성의 치료 또는 예방 방법으로서, 상기 방법은 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물의 유효량을 상기 대상에 투여하는 단계를 포함하며, 상기 화합물은 BET 계열 브로모도메인 결합이 가능하고 상기 브로모도메인과 크로마틴의 상호작용을 저해하여 상기 암을 예방 또는 치료하는 방법.
  77. 제76항에 있어서,
    상기 방법은 상기 대상의 종양형성 세포 내에서 세포의 죽음 또는 분화를 유도하는 방법.
  78. 종양형성 치료 또는 예방용 조성물로서, 상기 조성물은 제1항 내지 제36항에 인용된 화합물로 이루어지는 군에서 선택된 화합물 및 이의 약제학적으로 허용가능한 부형제의 유효량을 포함하며, 상기 화합물이 히스톤 H4 Kac 펩타이드가 BET 계열 브로모도메인에 결합하는 것을 저해하는 조성물.
  79. 대상에서 염증을 감소시키는 방법으로서, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물의 유효량을 대상에 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  80. 대상에서 염증성 질환의 예방 또는 치료 방법으로서, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 화합물 유효량을 이를 필요로 하는 대상에 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  81. 제80항에 있어서,
    상기 대상이 포유류인 방법.
  82. 제80항에 있어서,
    상기 대상이 인간 환자인 방법.
  83. 제80항에 있어서,
    상기 방법이 사이토카인 레벨, 히스타민 방출, 또는 면역반응성 세포의 생물학적 활성을 감소시키는 방법.
  84. 염증의 치료를 위한 화합물의 식별 방법으로서, 브로모도메인을 포함하는 BET 계열 멤버를 테스트 화합물과 접촉시키는 단계; 및 브로모도메인에 대한 특이적 결합을 검출하는 단계를 포함하여 테스트 화합물이 염증의 치료에 유용함을 식별하는 방법.
  85. 다음 화학식으로 표시되는 화합물:
    Figure pct00123

    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  86. 제85항에 있어서,
    상기 화합물이 (+)-JQ1인 화합물:
    Figure pct00124

    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  87. 다음 화학식으로 표시되는 화합물:
    Figure pct00125
    ,
    Figure pct00126
    ,
    Figure pct00127
    ,
    또는
    Figure pct00128
    ;
    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  88. 다음 화학식으로 표시되는 화합물:
    Figure pct00129

    또는
    Figure pct00130

    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  89. 다음 화학식 중 어느 하나로 표시되는 화합물:
    Figure pct00131

    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  90. 다음 화학식 중 어느 하나로 표시되는 화합물:
    Figure pct00132
    또는
    Figure pct00133
    ;
    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  91. 다음 구조식 중 어느 하나로 표시되는 화합물:
    Figure pct00134

    Figure pct00135

    Figure pct00136

    Figure pct00137

    Figure pct00138

    Figure pct00139

    Figure pct00140

    Figure pct00141

    Figure pct00142

    Figure pct00143

    Figure pct00144

    Figure pct00145

    Figure pct00146


    Figure pct00147

    Figure pct00148

    Figure pct00149

    Figure pct00150

    Figure pct00151

    Figure pct00152

    Figure pct00153

    Figure pct00154

    Figure pct00155

    Figure pct00156

    Figure pct00157

    Figure pct00158

    Figure pct00159


    Figure pct00160

    Figure pct00161

    Figure pct00162

    Figure pct00163
    또는
    Figure pct00164
    ;
    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  92. 다음 구조식으로 표시되는 화합물:
    Figure pct00165

    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  93. 다음 구조식으로 표시되는 화합물:
    Figure pct00166

    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
  94. 다음 구조식으로 표시되는 화합물:
    Figure pct00167

    또는 이의 염, 용매화물 또는 수화물.
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20200123701A (ko) * 2019-04-22 2020-10-30 건국대학교 글로컬산학협력단 암을 진단하기 위한 마커인 sox9 및 brd4, 및 이들을 이용한 암 예측 방법

Families Citing this family (172)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2519517B1 (en) 2009-12-29 2015-03-25 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Type ii raf kinase inhibitors
CN103180318B (zh) 2010-05-14 2017-05-10 达那-法伯癌症研究所 雄性避孕组合物以及使用方法
MX354217B (es) 2010-05-14 2018-02-19 Dana Farber Cancer Inst Inc Composiciones y metodos para el tratamiento de leucemia.
BR122014024883A2 (pt) 2010-05-14 2019-08-20 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compostos no tratamento de neoplasia
WO2012075456A1 (en) 2010-12-02 2012-06-07 Constellation Pharmaceuticals Bromodomain inhibitors and uses thereof
AR084070A1 (es) 2010-12-02 2013-04-17 Constellation Pharmaceuticals Inc Inhibidores del bromodominio y usos de los mismos
WO2012151512A2 (en) 2011-05-04 2012-11-08 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Bromodomain inhibitors and uses thereof
EP2721031B1 (en) 2011-06-17 2016-01-20 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Bromodomain inhibitors and uses thereof
WO2013027168A1 (en) 2011-08-22 2013-02-28 Pfizer Inc. Novel heterocyclic compounds as bromodomain inhibitors
WO2013033268A2 (en) * 2011-08-29 2013-03-07 Coferon, Inc. Bivalent bromodomain ligands, and methods of using same
EP2822935B1 (en) 2011-11-17 2019-05-15 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Inhibitors of c-jun-n-terminal kinase (jnk)
WO2013097052A1 (en) * 2011-12-30 2013-07-04 Abbott Laboratories Bromodomain inhibitors
KR102204989B1 (ko) 2012-01-12 2021-01-20 예일 유니버시티 E3 유비퀴틴 리가아제에 의한 표적 단백질 및 다른 폴리펩티드의 증진된 분해를 위한 화합물 및 방법
IN2014DN07812A (ko) * 2012-02-27 2015-05-15 British Columbia Cancer Agency
TWI602820B (zh) 2012-06-06 2017-10-21 星宿藥物公司 溴域抑制劑及其用途
WO2013184878A1 (en) 2012-06-06 2013-12-12 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Benzo [b] isoxazoloazepine bromodomain inhibitors and uses thereof
US20150167062A1 (en) 2012-06-14 2015-06-18 Whitehead Institute For Biomedical Research Genome-wide Method of Assessing Interactions Between Chemical Entities And Their Target Molecules
WO2013192274A2 (en) 2012-06-19 2013-12-27 The Broad Institute, Inc. Diagnostic and treatment methods in subjects having or at risk of developing resistance to cancer therapy
MX2014015986A (es) * 2012-06-25 2016-02-11 Oncoethix Gmbh Metodo para tratar linfoma utilizando compuestos de tienotriazolodiazepina.
WO2014015175A1 (en) * 2012-07-18 2014-01-23 Massachusetts Institute Of Technology Compositions and methods for modulating brd4 bioactivity
MX2015001880A (es) 2012-08-16 2015-05-11 Bayer Pharma AG 2,3-benzodiacepinas.
ES2625959T3 (es) 2012-09-28 2017-07-21 Bayer Pharma Aktiengesellschaft 5-Aril-triazolo-azepinas inhibidoras de la proteína BET
EP2909194A1 (en) 2012-10-18 2015-08-26 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Inhibitors of cyclin-dependent kinase 7 (cdk7)
US10000483B2 (en) 2012-10-19 2018-06-19 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Bone marrow on X chromosome kinase (BMX) inhibitors and uses thereof
WO2014063061A1 (en) 2012-10-19 2014-04-24 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Hydrophobically tagged small molecules as inducers of protein degradation
US9073878B2 (en) 2012-11-21 2015-07-07 Zenith Epigenetics Corp. Cyclic amines as bromodomain inhibitors
WO2014080291A2 (en) 2012-11-21 2014-05-30 Rvx Therapeutics Inc. Biaryl derivatives as bromodomain inhibitors
CA2896053A1 (en) 2012-12-21 2014-06-26 Ocata Therapeutics, Inc. Methods for production of platelets from pluripotent stem cells and compositions thereof
AU2013365926B9 (en) 2012-12-21 2019-01-17 Zenith Epigenetics Ltd. Novel heterocyclic compounds as bromodomain inhibitors
EP2958909A1 (de) 2013-02-19 2015-12-30 Bayer Pharma Aktiengesellschaft Bicyclo- und spirocyclisch substituierte 2,3-benzodiazepine
EP2958923A1 (de) 2013-02-22 2015-12-30 Bayer Pharma Aktiengesellschaft 4-substituierte pyrrolo- und pyrazolo-diazepine
US20160009725A1 (en) * 2013-02-22 2016-01-14 Bayer Pharma Aktiengesellschaft Pyrrolo- and pyrazolo-triazolodiazepines as bet-protein inhibitors for treating hyperproliferative diseases
WO2014134583A2 (en) * 2013-02-28 2014-09-04 Washington University Methods of treatment of human cytomegalovirus infection and diseases with bromodomain inhibitors
AU2014249192B2 (en) 2013-03-11 2017-12-21 The Regents Of The University Of Michigan BET bromodomain inhibitors and therapeutic methods using the same
WO2014159392A1 (en) 2013-03-14 2014-10-02 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Bromodomain binding reagents and uses thereof
BR112015022942B1 (pt) 2013-03-15 2022-02-22 Incyte Holdings Corporation Compostos heterocíciclos tricíclicos, método para inibir proteína bet in vitro e composição farmacêutica compreendendo os referidos compostos
WO2014173241A1 (en) 2013-04-26 2014-10-30 Beigene, Ltd. Substituted5-(3,5-dimethylisoxazol-4-yl)indoline-2-ones
US20160095867A1 (en) * 2013-05-28 2016-04-07 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Bet inhibition therapy for heart disease
CA2915622C (en) 2013-06-21 2020-08-18 Zenith Epigenetics Corp. Novel substituted bicyclic compounds as bromodomain inhibitors
AU2014284616B2 (en) 2013-06-21 2019-02-28 Zenith Epigenetics Ltd. Novel bicyclic bromodomain inhibitors
RU2016102647A (ru) * 2013-06-28 2017-08-01 Эббви Инк. Ингибиторы бромодомена
AR096758A1 (es) * 2013-06-28 2016-02-03 Abbvie Inc Inhibidores cristalinos de bromodominios
GB201311888D0 (en) 2013-07-03 2013-08-14 Glaxosmithkline Ip Dev Ltd Novel compounds
GB201311891D0 (en) 2013-07-03 2013-08-14 Glaxosmithkline Ip Dev Ltd Novel compound
JP2016523964A (ja) 2013-07-08 2016-08-12 インサイト・ホールディングス・コーポレイションＩｎｃｙｔｅ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ Ｂｅｔタンパク質阻害剤としての三環式複素環
WO2015013635A2 (en) 2013-07-25 2015-01-29 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Inhibitors of transcription factors and uses thereof
CA2919948C (en) 2013-07-31 2020-07-21 Zenith Epigenetics Corp. Novel quinazolinones as bromodomain inhibitors
WO2015018522A1 (en) * 2013-08-06 2015-02-12 Oncoethix Sa Bet-bromodomain inhibitor shows synergism with several anti-cancer agents in pre-clinical models of diffuse large b-cell lymphoma (dlbcl)
WO2015018523A1 (en) * 2013-08-06 2015-02-12 Oncoethix Sa A novel bet-brd inhibitor for treatment of solid tumors
WO2015018521A1 (en) * 2013-08-06 2015-02-12 Oncoethix Sa Method of treating diffuse large b-cell lymphoma (dlbcl) using a bet-bromodomain inhibitor
US9676790B2 (en) 2013-08-30 2017-06-13 Concert Pharmaceuticals, Inc. Substituted thienotriazolodiazapines
EP3057956B1 (en) 2013-10-18 2021-05-05 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Polycyclic inhibitors of cyclin-dependent kinase 7 (cdk7)
US20160264551A1 (en) 2013-10-18 2016-09-15 Syros Pharmaceuticals, Inc. Heteroaromatic compounds useful for the treatment of prolferative diseases
RU2016122654A (ru) 2013-11-08 2017-12-14 Дана-Фарбер Кэнсер Инститьют, Инк. Комбинированная терапия злокачественной опухоли с использованием ингибиторов бромодоменового и экстратерминального (вет) белка
WO2015081203A1 (en) 2013-11-26 2015-06-04 Incyte Corporation Bicyclic heterocycles as bet protein inhibitors
WO2015081189A1 (en) 2013-11-26 2015-06-04 Incyte Corporation Bicyclic heterocycles as bet protein inhibitors
WO2015078931A1 (en) * 2013-11-27 2015-06-04 Oncoethix Sa Method of treating neuroblastomas using thienotriazolodiazepine compounds
CN105813643A (zh) * 2013-11-27 2016-07-27 翁科埃斯克斯有限公司 利用含有噻吩并三唑二氮杂*化合物的药物制剂治疗非小细胞肺癌的方法
EP3074018A1 (en) * 2013-11-27 2016-10-05 Oncoethix GmbH Method of treating leukemia using pharmaceutical formulation containing thienotriazolodiazepine compounds
WO2015095492A1 (en) 2013-12-19 2015-06-25 Incyte Corporation Tricyclic heterocycles as bet protein inhibitors
WO2015112809A2 (en) * 2014-01-24 2015-07-30 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Nsd3 inhibitors for treatment of cancers
WO2015117087A1 (en) 2014-01-31 2015-08-06 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Uses of diazepane derivatives
JP2017504650A (ja) 2014-01-31 2017-02-09 ダナ−ファーバー キャンサー インスティテュート， インコーポレイテッド ジアゼパン誘導体およびその使用
EP3099677A4 (en) 2014-01-31 2017-07-26 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Diaminopyrimidine benzenesulfone derivatives and uses thereof
EP3105232B1 (en) 2014-02-10 2019-08-28 Concert Pharmaceuticals Inc. Substituted triazolobenzodiazepines
CN106456653A (zh) 2014-02-28 2017-02-22 腾沙治疗公司 高胰岛素血症相关病症的治疗
CN107074861A (zh) 2014-02-28 2017-08-18 密执安大学评议会 作为bet溴结构域抑制剂的9h嘧啶并[4，5‑b]吲哚和相关类似物
WO2015144636A1 (en) 2014-03-24 2015-10-01 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the treatment of t-cell acute lymphoblastic leukemias
ES2751642T3 (es) 2014-04-09 2020-04-01 Kainos Medicine Inc Compuestos inhibidores de bromodominios y composición farmacéutica que los comprende para prevenir o tratar un cáncer
US20160058872A1 (en) * 2014-04-14 2016-03-03 Arvinas, Inc. Imide-based modulators of proteolysis and associated methods of use
MX2016013563A (es) * 2014-04-14 2017-05-09 Arvinas Inc Moduladores de la proteolisis basados en imida y metodos de uso asociados.
WO2015164614A1 (en) 2014-04-23 2015-10-29 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Janus kinase inhibitors and uses thereof
NZ763740A (en) 2014-04-23 2023-06-30 Incyte Holdings Corp 1h-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7(6h)-ones and pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(6h)-ones as inhibitors of bet proteins
WO2015164604A1 (en) 2014-04-23 2015-10-29 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Hydrophobically tagged janus kinase inhibitors and uses thereof
CA2947593A1 (en) * 2014-05-02 2015-11-05 Oncoethix Gmbh Method of treating resistant non-hodgkin lymphoma, medulloblastoma, and/or alk+non-small cell lung cancer using thienotriazolodiazepine compounds
RU2016146099A (ru) * 2014-05-02 2018-06-05 Онкоэтикс Гмбх Способ лечения острого миелоидного лейкоза и/или острого лимфобластного лейкоза с помощью тиенотриазолодиазепиновых соединений
WO2015169951A1 (en) 2014-05-08 2015-11-12 Oncoethix Gmbh Method of treating triple-negative breast cancer using thienotriazolodiazepine compounds
BR112016029012A2 (pt) * 2014-06-13 2017-08-22 Oncoethix Gmbh método de tratamento de câncer de pulmão de células não pequenas e/ou câncer de pulmão de células pequenas usando compostos de tienotriazolodiazepina
US9969747B2 (en) 2014-06-20 2018-05-15 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Crystalline forms of 2-((4S)-6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-4H-benzo[C]isoxazolo[4,5-e]azepin-4-yl)acetamide
BR112017002369A2 (pt) 2014-08-08 2017-12-05 Dana Farber Cancer Inst Inc derivados de diazepana e usos dos mesmos
CA2955077A1 (en) 2014-08-08 2016-02-11 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Dihydropteridinone derivatives and uses thereof
US20170281642A1 (en) * 2014-08-28 2017-10-05 Oncoethix Gmbh Methods of treating acute myeloid leukemia or acute lymphoid leukemia using pharmaceutical compositions containing thienotriazolodiazepine compounds
JP6599979B2 (ja) 2014-09-15 2019-10-30 インサイト・コーポレイション Ｂｅｔタンパク質阻害剤として用いるための三環式複素環化合物
EA033325B1 (ru) 2014-10-27 2019-09-30 Тэнша Терапеутикс, Инк. Ингибиторы бромодомена
CA2964629A1 (en) 2014-11-06 2016-05-12 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Ezh2 inhibitors and uses thereof
SG10201903910RA (en) * 2014-11-07 2019-05-30 Univ Osaka Differentiation-induced cell population from which undifferentiated cells have been removed, use of same, and method for producing same
EP3227281A4 (en) 2014-12-01 2018-05-30 Zenith Epigenetics Ltd. Substituted pyridinones as bromodomain inhibitors
CA2966303A1 (en) 2014-12-01 2016-06-09 Zenith Epigenetics Ltd. Substituted pyridines as bromodomain inhibitors
WO2016090219A1 (en) * 2014-12-05 2016-06-09 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Bromodomain inhibitor as adjuvant in cancer immunotherapy
CA2966449A1 (en) 2014-12-11 2016-06-16 Zenith Epigenetics Ltd. Substituted heterocycles as bromodomain inhibitors
JP2017538721A (ja) 2014-12-17 2017-12-28 ゼニス・エピジェネティクス・リミテッドＺｅｎｉｔｈ Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｌｔｄ． ブロモドメインの阻害剤
US9694084B2 (en) 2014-12-23 2017-07-04 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods to induce targeted protein degradation through bifunctional molecules
CN107257800B (zh) 2014-12-23 2020-06-30 达纳-法伯癌症研究所股份有限公司 通过双功能分子诱导靶蛋白降解的方法
WO2016105528A2 (en) 2014-12-23 2016-06-30 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Inhibitors of cyclin-dependent kinase 7 (cdk7)
CN104610255B (zh) * 2015-01-28 2017-01-18 常州工程职业技术学院 含有异噁唑骨架的[1,2‑a]咪唑并吡啶类衍生物的合成方法
US10307407B2 (en) 2015-02-27 2019-06-04 The Regents Of The University Of Michigan 9H-pyrimido [4,5-B] indoles as BET bromodomain inhibitors
AU2016232705C1 (en) 2015-03-18 2021-06-17 Arvinas, Inc. Compounds and methods for the enhanced degradation of targeted proteins
GB201504694D0 (en) 2015-03-19 2015-05-06 Glaxosmithkline Ip Dev Ltd Covalent conjugates
US10550121B2 (en) 2015-03-27 2020-02-04 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Inhibitors of cyclin-dependent kinases
WO2016176335A1 (en) 2015-04-27 2016-11-03 Concert Pharmaceuticals, Inc. Deuterated otx-015
US20180346988A1 (en) * 2015-05-04 2018-12-06 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Znf532 for diagnosis and treatment of cancer
WO2016196065A1 (en) 2015-05-29 2016-12-08 Genentech, Inc. Methods and compositions for assessing responsiveness of cancers to bet inhibitors
AU2016270442C1 (en) * 2015-06-04 2022-06-02 Arvinas Operations, Inc. Imide-based modulators of proteolysis and associated methods of use
WO2016201370A1 (en) 2015-06-12 2016-12-15 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Combination therapy of transcription inhibitors and kinase inhibitors
WO2016203335A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 Pfizer Inc. Novel pyrido[2,3-b]pyrazinones as bet-family bromodomain inhibitors
US20180193350A1 (en) * 2015-06-26 2018-07-12 Tensha Therapeutics, Inc. Treatment of nut midline carcinoma
WO2017007612A1 (en) 2015-07-07 2017-01-12 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods to induce targeted protein degradation through bifunctional molecules
WO2017011371A1 (en) * 2015-07-10 2017-01-19 Arvinas, Inc Mdm2-based modulators of proteolysis and associated methods of use
US11666580B2 (en) 2015-08-10 2023-06-06 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Mechanism of resistance to bet bromodomain inhibitors
WO2017030814A1 (en) 2015-08-19 2017-02-23 Arvinas, Inc. Compounds and methods for the targeted degradation of bromodomain-containing proteins
WO2017037567A1 (en) * 2015-09-03 2017-03-09 Pfizer Inc. Regulators of frataxin
EP4019515A1 (en) 2015-09-09 2022-06-29 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Inhibitors of cyclin-dependent kinases
WO2017044792A1 (en) 2015-09-11 2017-03-16 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Acetamide thienotriazoldiazepines and uses thereof
BR112018004618A2 (pt) 2015-09-11 2018-09-25 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. ciano tienotriazoldiazepinas e usos das mesmas
CA2999523A1 (en) * 2015-10-02 2017-04-06 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Combination therapy of bromodomain inhibitors and checkpoint blockade
WO2017075377A1 (en) 2015-10-29 2017-05-04 Incyte Corporation Amorphous solid form of a bet protein inhibitor
SG10201913450PA (en) 2015-11-25 2020-03-30 Dana Farber Cancer Inst Inc Bivalent bromodomain inhibitors and uses thereof
US11548899B2 (en) 2016-02-15 2023-01-10 The Regents Of The University Of Michigan Fused 1,4-oxazepines and related analogs as BET bromodomain inhibitors
WO2017172914A1 (en) 2016-03-30 2017-10-05 Wisconsin Alumni Research Foundation Methods and compositions for modulating frataxin expression
CA3020281A1 (en) 2016-04-06 2017-10-12 The Regents Of The University Of Michigan Monofunctional intermediates for ligand-dependent target protein degradation
US11192898B2 (en) 2016-04-06 2021-12-07 The Regents Of The University Of Michigan MDM2 protein degraders
AU2017250076B2 (en) 2016-04-12 2021-07-22 The Regents Of The University Of Michigan Bet protein degraders
PL3442972T3 (pl) 2016-04-15 2020-07-27 Abbvie Inc. Inhibitory bromodomeny
US10633371B2 (en) 2016-04-22 2020-04-28 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. EZH2 inhibitors and uses thereof
EP3455218A4 (en) 2016-05-10 2019-12-18 C4 Therapeutics, Inc. C3 CARBON-BASED GLUTARIMIDE DEGRONIMERS FOR TARGET PROTEIN REDUCTION
WO2017197055A1 (en) 2016-05-10 2017-11-16 C4 Therapeutics, Inc. Heterocyclic degronimers for target protein degradation
WO2017197036A1 (en) 2016-05-10 2017-11-16 C4 Therapeutics, Inc. Spirocyclic degronimers for target protein degradation
DE102017005089A1 (de) 2016-05-30 2017-11-30 Bayer Pharma Aktiengesellschaft Substitulerte 3,4-Dihydrochinoxalin-2(1H)-one
DE102017005091A1 (de) 2016-05-30 2017-11-30 Bayer Pharma Aktiengesellschaft Substituierte 3,4-Dihydropyrido[2,3-b]pyrazin-2(1H)-one
FI3472157T3 (fi) 2016-06-20 2023-06-01 Incyte Corp Bet-inhibiittorin kiteisiä kiinteitä muotoja
WO2018002290A1 (en) 2016-07-01 2018-01-04 Centre National De La Recherche Scientifique (Cnrs) Amplifying beta cell differentiation with small molecules bet (bromodomain and extraterminal family of bromodomain-containing proteins) inhibitors
JP6961684B2 (ja) 2016-09-13 2021-11-05 ザ リージェンツ オブ ザ ユニヴァシティ オブ ミシガン Ｂｅｔタンパク質分解物質としての縮合１，４−オキサゼピン
ES2857743T3 (es) 2016-09-13 2021-09-29 Univ Michigan Regents 1,4-diazepinas fusionadas como degradadores de proteína BET
WO2018064589A1 (en) 2016-09-29 2018-04-05 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Targeted protein degradation using a mutant e3 ubiquitin ligase
JP2020502148A (ja) * 2016-12-16 2020-01-23 エフ・ホフマン−ラ・ロシュ・アクチェンゲゼルシャフト ジアゼピン誘導体の製造のための方法
WO2018144789A1 (en) 2017-02-03 2018-08-09 The Regents Of The University Of Michigan Fused 1,4-diazepines as bet bromodomain inhibitors
US11759533B2 (en) 2017-03-29 2023-09-19 Wisconsin Alumni Research Foundation Methods and compositions for modulating gene expression
CN110769822A (zh) 2017-06-20 2020-02-07 C4医药公司 用于蛋白降解的n/o-连接的降解决定子和降解决定子体
WO2019014514A1 (en) 2017-07-14 2019-01-17 University Of Massachusetts HETEROCYCLIC COMPOUNDS AND USES THEREOF
CN110869391A (zh) 2017-07-26 2020-03-06 豪夫迈·罗氏有限公司 用BET抑制剂,Bcl-2抑制剂和抗CD20抗体的组合疗法
JP2020528418A (ja) 2017-07-26 2020-09-24 エフ・ホフマン−ラ・ロシュ・アクチェンゲゼルシャフト ＢＥＴ阻害剤及びＢｃｌ−２阻害剤を用いた併用療法
CN111315735B (zh) 2017-09-04 2024-03-08 C4医药公司 二氢苯并咪唑酮
CN111278815B (zh) 2017-09-04 2024-03-08 C4医药公司 戊二酰亚胺
WO2019043208A1 (en) 2017-09-04 2019-03-07 F. Hoffmann-La Roche Ag DIHYDROQUINOLINONES
WO2019055444A1 (en) 2017-09-13 2019-03-21 The Regents Of The University Of Michigan DEGRADATION AGENTS OF BROMODOMAIN BET PROTEIN WITH CLEAR BINDERS
CN109503618A (zh) 2017-09-14 2019-03-22 成都海创药业有限公司 一种brd4抑制剂
EP3710002A4 (en) 2017-11-16 2021-07-07 C4 Therapeutics, Inc. DEGRADER AND DEGRONE FOR TARGETED PROTEIN DEGRADATION
CN108129484B (zh) * 2017-12-19 2021-04-27 郭守东 杂芳环衍生物
CN108084193A (zh) * 2017-12-19 2018-05-29 郭守东 一种brd4蛋白抑制剂
JP2021512153A (ja) 2018-01-26 2021-05-13 イエール ユニバーシティ タンパク質分解のイミド系モジュレーターおよび使用方法
KR20210018199A (ko) 2018-03-26 2021-02-17 씨4 테라퓨틱스, 인코포레이티드 이카로스의 분해를 위한 세레블론 결합제
WO2019204354A1 (en) 2018-04-16 2019-10-24 C4 Therapeutics, Inc. Spirocyclic compounds
WO2019201882A1 (en) 2018-04-18 2019-10-24 F. Hoffmann-La Roche Ag Combination therapy with a bet inhibitor and a proteasome inhibitor
EA202092635A1 (ru) 2018-06-13 2021-03-23 Дибли Аг Получение конденсированных производных триазепина и их применение в качестве ингибиторов bet
CN108743591A (zh) * 2018-07-17 2018-11-06 苏州大学 用于治疗癌症的药物组合物及其应用
CA3106733A1 (en) 2018-07-25 2020-01-30 Chia Tai Tianqing Pharmaceutical Group Co., Ltd. Sulfoximine compound as bromodomain protein inhibitor and pharmaceutical composition and medical use thereof
CN113164495A (zh) * 2018-10-09 2021-07-23 加利福尼亚大学董事会 E3连接酶的共价靶向
AU2019365238A1 (en) 2018-10-24 2021-05-13 F. Hoffmann-La Roche Ag Conjugated chemical inducers of degradation and methods of use
CN113453679A (zh) 2018-12-20 2021-09-28 C4医药公司 靶向蛋白降解
WO2020169698A1 (en) 2019-02-21 2020-08-27 F. Hoffmann-La Roche Ag Sensitization of cancer cells to tnf by bet inhibition
WO2020234445A1 (en) 2019-05-23 2020-11-26 F. Hoffmann-La Roche Ag Combination therapy with a bet inhibitor and a bcl-2 inhibitor
WO2021048852A1 (en) 2019-09-11 2021-03-18 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of treating breast cancer
EP4051283A4 (en) * 2019-11-01 2024-03-27 Univ California P53 MODULATORS AND USES THEREOF
KR20220119094A (ko) 2019-12-19 2022-08-26 아비나스 오퍼레이션스, 인코포레이티드 안드로겐 수용체의 표적화된 분해를 위한 화합물 및 방법
WO2021175432A1 (en) 2020-03-04 2021-09-10 Boehringer Ingelheim International Gmbh Method for administration of an anti cancer agent
US11833155B2 (en) 2020-06-03 2023-12-05 Incyte Corporation Combination therapy for treatment of myeloproliferative neoplasms
CN111529533B (zh) * 2020-06-05 2021-06-11 南华大学附属第一医院 溴结构域蛋白4抑制剂jq1或其衍生物在制备治疗脓毒症肠屏障损伤药物中的应用
PE20230617A1 (es) 2020-06-23 2023-04-14 Genentech Inc Compuestos macrociclicos y metodos de uso de los mismos
US20230310452A1 (en) * 2020-08-26 2023-10-05 Mdi Biological Laboratory Bromodomain and extra terminal domain (bet) inhibitor compositions and methods thereof for use as anti-aging agents
WO2022236173A1 (en) * 2021-05-07 2022-11-10 Mayo Foundation For Medical Education And Research Treating liver disease
WO2023041744A1 (en) 2021-09-17 2023-03-23 Institut Curie Bet inhibitors for treating pab1 deficient cancer
WO2023205251A1 (en) 2022-04-19 2023-10-26 Nuevolution A/S Compounds active towards bromodomains

Family Cites Families (132)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3709898A (en) * 1971-02-09 1973-01-09 Upjohn Co Process for the production of triazolobenzodiazepines and intermediates
US3681343A (en) 1971-05-11 1972-08-01 Upjohn Co 6-phenyl-s-triazolo{8 4,3-a{9 {8 1,4{9 {0 benzodiazepines
US3812259A (en) * 1971-08-09 1974-05-21 Upjohn Co Animal feed and process
CH622019A5 (en) 1975-10-23 1981-03-13 Upjohn Co Process for the preparation of aminotriazolobenzodiazepines
FR2329668A1 (fr) * 1975-10-27 1977-05-27 Upjohn Co Procede de preparation d'aminotriazolobenzodiazepines
EP0087850A1 (en) 1982-01-04 1983-09-07 The Upjohn Company Benzodiazepines for anti-hypertensive use
DE3435973A1 (de) 1984-10-01 1986-04-10 Boehringer Ingelheim KG, 6507 Ingelheim Diazepine enthaltende pharmazeutische zusammensetzungen mit paf-antagonistischer wirkung
DE3724164A1 (de) * 1986-07-25 1988-01-28 Boehringer Ingelheim Kg Neue 1,4-benzodiazepine, ihre herstellung und verwendung
WO1988009333A1 (en) 1987-05-28 1988-12-01 Yoshitomi Pharmaceutical Industries, Ltd. Thieno(triazolo)diazepine compound and medicinal application of the same
JPH0676326B2 (ja) 1988-05-24 1994-09-28 吉富製薬株式会社 循環器系疾患治療薬
US5223409A (en) 1988-09-02 1993-06-29 Protein Engineering Corp. Directed evolution of novel binding proteins
EP0368175A1 (de) 1988-11-06 1990-05-16 Boehringer Ingelheim Kg 3S,7S-3-(Morpholinocarbonyl)-5-(2-chlorphenyl)-7,10-dimethyl-3,4-dihydro-2H,7H-cyclopenta[4,5]thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin.
EP0387613A1 (de) 1989-03-03 1990-09-19 Boehringer Ingelheim Kg Neue Thienodiazepine
YU133090A (sh) 1989-07-12 1993-10-20 Boehringer Ingelheim Kg. Novi heteroazepini s paf-antaganostičnim učinkom in postopek za njihovo pripravo
JPH0396299A (ja) 1989-09-08 1991-04-22 Asahi Tec Corp ブラウン管等の電磁遮へい装置
DE4010528A1 (de) 1990-04-02 1991-10-17 Boehringer Ingelheim Kg Praeparativ chromatographisches trennverfahren zur herstellung enantiomerenreiner hetrazepine
JP3239364B2 (ja) 1991-10-11 2001-12-17 ウェルファイド株式会社 骨粗鬆症治療薬およびジアゼピン化合物
EP0661284A1 (en) * 1992-09-18 1995-07-05 Yoshitomi Pharmaceutical Industries, Ltd. Thienodiazepine compound and medicinal use thereof
EP0692483A1 (en) 1993-03-30 1996-01-17 Yoshitomi Pharmaceutical Industries, Ltd. Cell adhesion inhibitor and thienotriazolodiazepine compound
WO1995032963A1 (fr) 1994-06-01 1995-12-07 Yoshitomi Pharmaceutical Industries, Ltd. Compose de thienylazole et compose de thienotriazolodiazepine
CN1168140A (zh) 1995-01-06 1997-12-17 弗·哈夫曼-拉罗切有限公司 羟甲基咪唑并二氮杂䓬及其酯
US5978740A (en) 1995-08-09 1999-11-02 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Molecules comprising a calcineurin-like binding pocket and encoded data storage medium capable of graphically displaying them
KR19990044460A (ko) 1995-09-09 1999-06-25 프리돌린 클라우스너, 롤란드 비. 보레르 아포리포단백질 에이-아이의 양을 증대시키는 티에노트리아졸로디아제핀의 용도
EP0934940A1 (en) * 1996-06-12 1999-08-11 Japan Tobacco Inc. Cytokine production inhibitors, triazepine compounds, and intermediates thereof
WO1998011111A1 (fr) 1996-09-13 1998-03-19 Yoshitomi Pharmaceutical Industries, Ltd. Composes de thienotriazolodiazepine et leurs utilisations a des fins medicinales
US6444664B1 (en) 1997-04-18 2002-09-03 Nederlandse Organisatie Voor Toegepast - Natuurweten Schappelijk Onderzoek (Tno) Method for controlling the plasma level of lipoproteins to treat alzheimeris disease
US6183121B1 (en) 1997-08-14 2001-02-06 Vertex Pharmaceuticals Inc. Hepatitis C virus helicase crystals and coordinates that define helicase binding pockets
JPH11228576A (ja) 1997-12-10 1999-08-24 Japan Tobacco Inc アポトーシス抑制剤
FR2779652B1 (fr) 1998-06-15 2001-06-08 Sod Conseils Rech Applic Utilisation de diazepines pour la preparation de medicaments destines a traiter les etats pathologiques ou les maladies dans lesquels un des recepteurs de la somatostatine est implique
KR20000016732A (en) 1998-12-12 2000-03-25 Japan Tobacco Inc Cytokine production inhibitors, triazepine compounds, and intermediates thereof
IL146480A0 (en) 1999-05-14 2002-07-25 Imclone Systems Inc Treatment of refractory human tumors with epidermal growth factor receptor antagonists
US7589167B2 (en) * 2000-02-22 2009-09-15 J. David Gladstone Institutes ZA loops of bromodomains
KR100838686B1 (ko) 2000-06-16 2008-06-16 미쯔비시 웰 파마 가부시키가이샤 방출 ｐＨ 범위 및/또는 속도 제어 조성물
AU2001270297A1 (en) 2000-06-30 2002-01-14 Neurogen Corporation 2-phenylimidazo(1,2-a)pyridine derivatives: a new class of gaba brain receptor ligands
US20060142257A1 (en) 2001-01-19 2006-06-29 Eberhard Nieschlag Male contraceptive formulation comprising norethisterone
US6979682B2 (en) 2001-02-23 2005-12-27 Board Of Supervisors Of Louisiana State University And Agricultural And Mechanical College Platelet-activating factor antagonist inhibition of angiogenesis and tumor growth induced by basic fibroblast
US20030216758A1 (en) 2001-12-28 2003-11-20 Angiotech Pharmaceuticals, Inc. Coated surgical patches
GB0206215D0 (en) 2002-03-15 2002-05-01 Novartis Ag Organic compounds
US6861422B2 (en) 2003-02-26 2005-03-01 Boehringer Ingelheim Pharma Gmbh & Co. Kg Dihydropteridinones, processes for preparing them and their use as pharmaceutical compositions
JP2006519236A (ja) 2003-02-27 2006-08-24 アボット・ラボラトリーズ 複素環式キナーゼ阻害剤
GB0305929D0 (en) 2003-03-14 2003-04-23 Novartis Ag Organic compounds
WO2005000335A2 (en) 2003-06-02 2005-01-06 Ohio University Use of genes differentially expressed during aging of liver for treatment and diagnosis
WO2005002526A2 (en) 2003-07-01 2005-01-13 President And Fellows Of Harvard College Method and compositions for treatment of viral infections
JP2007505858A (ja) 2003-09-18 2007-03-15 ノバルティス アクチエンゲゼルシャフト 増殖性障害の処置に有用な２，４−ジ（フェニルアミノ）ピリミジン
EP1528056A1 (en) 2003-10-29 2005-05-04 Academisch Ziekenhuis bij de Universiteit van Amsterdam Deoxynojirimycin analogues and their uses as glucosylceramidase inhibitors
US7759485B2 (en) 2004-08-14 2010-07-20 Boehringer Ingelheim International Gmbh Process for the manufacture of dihydropteridinones
US20060074088A1 (en) 2004-08-14 2006-04-06 Boehringer Ingelheim International Gmbh Dihydropteridinones for the treatment of cancer diseases
US20060035903A1 (en) 2004-08-14 2006-02-16 Boehringer Ingelheim International Gmbh Storage stable perfusion solution for dihydropteridinones
US20060058311A1 (en) 2004-08-14 2006-03-16 Boehringer Ingelheim International Gmbh Combinations for the treatment of diseases involving cell proliferation
CN1759834B (zh) 2004-09-17 2010-06-23 中国医学科学院医药生物技术研究所 黄连素或其与辛伐他汀联合在制备用于预防或治疗与血脂有关疾病或症状的产品中用途
US8624027B2 (en) 2005-05-12 2014-01-07 Abbvie Inc. Combination therapy for treating cancer and diagnostic assays for use therein
JP5159305B2 (ja) 2005-05-30 2013-03-06 田辺三菱製薬株式会社 チエノトリアゾロジアゼピン化合物及びその医薬としての用途
EP1915155A1 (en) 2005-08-03 2008-04-30 Boehringer Ingelheim International GmbH Dihydropteridinones in the treatment of respiratory diseases
US8604042B2 (en) 2005-11-01 2013-12-10 Targegen, Inc. Bi-aryl meta-pyrimidine inhibitors of kinases
US8133900B2 (en) 2005-11-01 2012-03-13 Targegen, Inc. Use of bi-aryl meta-pyrimidine inhibitors of kinases
PT1951684T (pt) 2005-11-01 2016-10-13 Targegen Inc Inibidores de cinases de tipo biaril-meta-pirimidina
TW200803842A (en) 2005-11-04 2008-01-16 Wyeth Corp Antineoplastic combinations of temsirolimus and sunitinib malate
MX2008008320A (es) 2005-12-23 2008-09-03 Smithkline Beecham Corp Inhibidores de azaindol de aurora cinasas.
BRPI0706560A2 (pt) 2006-01-17 2011-03-29 Hoffmann La Roche derivados de aril-isoxazol-4-il-imidazo [1,2-a] piridina úteis para o tratamento de doença de alzheimer por intermédio de receptores gaba
WO2007095188A2 (en) 2006-02-14 2007-08-23 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Dihydrodiazepines useful as inhibitors of protein kinases
US20070218135A1 (en) 2006-03-14 2007-09-20 Glenmark Pharmaceuticals Limited Sustained release matrix pharmaceutical composition
EP2015777B1 (en) 2006-05-03 2010-08-18 Novartis AG Use of organic compounds
ZA200902382B (en) 2006-10-19 2010-08-25 Signal Pharm Llc Heteroaryl compounds, compositions thereof, and their use as protein kinase inhibitors
US8338464B2 (en) 2006-11-30 2012-12-25 Albert Einstein College Of Medicine Of Yeshiva University Small molecule inhibitors of BCL6
TWI549692B (zh) 2006-12-26 2016-09-21 藍瑟斯醫學影像公司 使心臟神經分布顯像之配位體
JP2008156311A (ja) 2006-12-26 2008-07-10 Institute Of Physical & Chemical Research Ｂｒｄ２ブロモドメイン結合剤
WO2008137081A1 (en) 2007-05-02 2008-11-13 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Substituted ( 5, 6 ) -dihydronaphraalenyl compounds as reversible male contraceptives
KR20080107050A (ko) 2007-06-05 2008-12-10 울산대학교 산학협력단 항-ｃｄ１３７ 단일클론 항체를 포함하는 만성이식편대숙주 질환의 예방 또는 치료용 약학적 조성물
WO2009080638A2 (en) 2007-12-20 2009-07-02 Cellzome Limited Sulfamides as zap-70 inhibitors
WO2009084693A1 (ja) 2007-12-28 2009-07-09 Mitsubishi Tanabe Pharma Corporation 抗癌剤
US20110098288A1 (en) 2008-03-11 2011-04-28 Jeremy Major Sulfonamides as zap-70 inhibitors
WO2010015340A1 (en) 2008-08-06 2010-02-11 Bayer Schering Pharma Aktiengesellschaft Daa-pyridine as peripheral benzodiazepine receptor ligand for diagnostic imaging and pharmaceutical treatment
CA2741934C (en) 2008-10-30 2016-09-13 Circomed Llc Thienotriazolodiazepine derivatives active on apo a
WO2010080712A2 (en) 2009-01-06 2010-07-15 Dana Farber Cancer Institute Pyrimido-diazepinone kinase scaffold compounds and methods of treating disorders
KR101779137B1 (ko) 2009-01-23 2017-09-18 다케다 야쿠힌 고교 가부시키가이샤 폴리(ａｄｐ-리보스)폴리머라제(ｐａｒｐ) 억제제
GB0919431D0 (en) 2009-11-05 2009-12-23 Glaxosmithkline Llc Novel compounds
GB0919426D0 (en) 2009-11-05 2009-12-23 Glaxosmithkline Llc Novel compounds
GB0919423D0 (en) 2009-11-05 2009-12-23 Glaxosmithkline Llc Novel compounds
GB0919432D0 (en) 2009-11-05 2009-12-23 Glaxosmithkline Llc Use
ME02356B (me) 2009-11-05 2016-06-20 Glaxosmithkline Llc Inhibitor bromodomena benzodiazepina
GB0919434D0 (en) 2009-11-05 2009-12-23 Glaxosmithkline Llc Novel compounds
JP5524343B2 (ja) 2009-11-05 2014-06-18 グラクソスミスクライン エルエルシー ベンゾジアゼピンブロモドメイン阻害剤
JP5841548B2 (ja) 2010-02-17 2016-01-13 ベーリンガー インゲルハイム インターナショナル ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング ジヒドロプテリジノン、その製造方法及び使用
MX354217B (es) 2010-05-14 2018-02-19 Dana Farber Cancer Inst Inc Composiciones y metodos para el tratamiento de leucemia.
JP5715241B2 (ja) 2010-05-14 2015-05-07 ダナ−ファーバー キャンサー インスティテュート， インコーポレイテッド 新生物、炎症性疾患、およびその他の障害を治療するための組成物および方法
US20130252331A1 (en) 2010-05-14 2013-09-26 James Elliott Bradner Compositions and methods for modulating metabolism
BR122014024883A2 (pt) 2010-05-14 2019-08-20 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compostos no tratamento de neoplasia
CN103180318B (zh) 2010-05-14 2017-05-10 达那-法伯癌症研究所 雄性避孕组合物以及使用方法
US9085582B2 (en) 2010-06-22 2015-07-21 Glaxosmithkline Llc Benzotriazolodiazepine compounds inhibitors of bromodomains
RU2012154576A (ru) 2010-06-25 2014-07-27 Шир Хьюман Дженетик Терапис, Инк. Способы и композиции для доставки к цнс гепаран-n-сульфатазы
US20120014979A1 (en) 2010-07-16 2012-01-19 Alexander Dent Use of bcl6 inhibitors for treating autoimmune diseases
TWI549955B (zh) 2010-08-04 2016-09-21 達納 法柏癌症學院有限公司 治療腫瘤形成、發炎疾病及其他病症之組成物及方法
US9089531B2 (en) 2010-09-28 2015-07-28 The Regents Of The University Of California GABA agonists in the treatment of disorders associated with metabolic syndrome and GABA combinations in treatment or prophylaxis of type I diabetes
WO2012075456A1 (en) 2010-12-02 2012-06-07 Constellation Pharmaceuticals Bromodomain inhibitors and uses thereof
AR084070A1 (es) 2010-12-02 2013-04-17 Constellation Pharmaceuticals Inc Inhibidores del bromodominio y usos de los mismos
US20130004481A1 (en) 2011-01-12 2013-01-03 Boehringer Ingelheim International Gmbh Anticancer therapy
US20140066410A1 (en) 2011-02-23 2014-03-06 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Inhibitors of bromodomains as modulators of gene expression
EP2681216B1 (en) 2011-02-28 2017-09-27 Epizyme, Inc. Substituted 6,5-fused bicyclic heteroaryl compounds
US20120244209A1 (en) 2011-03-02 2012-09-27 Roth Jack A Tusc2 therapies
AU2012290261A1 (en) 2011-07-29 2014-02-20 The Children's Hospital Of Philadelphia Compositions and methods for the treatment of HIV
WO2013033268A2 (en) 2011-08-29 2013-03-07 Coferon, Inc. Bivalent bromodomain ligands, and methods of using same
WO2013033269A1 (en) 2011-08-29 2013-03-07 Coferon, Inc. Bioorthogonal monomers capable of dimerizing and targeting bromodomains and methods of using same
WO2013033420A1 (en) 2011-08-30 2013-03-07 Whitehead Institute For Biomedical Research Methods of downregulating translocated oncogene expression using bromodomain inhibitors
WO2013097052A1 (en) 2011-12-30 2013-07-04 Abbott Laboratories Bromodomain inhibitors
CN109529026A (zh) 2012-02-17 2019-03-29 安迅生物制药公司 用于治疗流感和副流感患者的方法、化合物和组合物
WO2013148197A1 (en) 2012-03-28 2013-10-03 The J. David Gladstone Institutes Compositions and methods for reactivating latent immunodeficiency virus
WO2013192274A2 (en) 2012-06-19 2013-12-27 The Broad Institute, Inc. Diagnostic and treatment methods in subjects having or at risk of developing resistance to cancer therapy
US20140107107A1 (en) 2012-09-28 2014-04-17 Oncoethix Sa Pharmaceutical formulation containing thienotriazolodiazepine compounds
WO2014071247A1 (en) 2012-11-02 2014-05-08 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Pyrrol-1 -yl benzoic acid derivates useful as myc inhibitors
EP2958923A1 (de) 2013-02-22 2015-12-30 Bayer Pharma Aktiengesellschaft 4-substituierte pyrrolo- und pyrazolo-diazepine
US20160009725A1 (en) 2013-02-22 2016-01-14 Bayer Pharma Aktiengesellschaft Pyrrolo- and pyrazolo-triazolodiazepines as bet-protein inhibitors for treating hyperproliferative diseases
WO2014134583A2 (en) 2013-02-28 2014-09-04 Washington University Methods of treatment of human cytomegalovirus infection and diseases with bromodomain inhibitors
WO2014159392A1 (en) 2013-03-14 2014-10-02 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Bromodomain binding reagents and uses thereof
KR20150132198A (ko) 2013-03-15 2015-11-25 제넨테크, 인크. 브로모도메인-함유 단백질 brd7 및 brd9의 억제에 의한 th2-매개 질환의 치료
US20160095867A1 (en) 2013-05-28 2016-04-07 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Bet inhibition therapy for heart disease
DE102013106353B4 (de) 2013-06-18 2018-06-28 Tdk Corporation Verfahren zum Aufbringen einer strukturierten Beschichtung auf ein Bauelement
WO2015013635A2 (en) 2013-07-25 2015-01-29 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Inhibitors of transcription factors and uses thereof
WO2015018521A1 (en) 2013-08-06 2015-02-12 Oncoethix Sa Method of treating diffuse large b-cell lymphoma (dlbcl) using a bet-bromodomain inhibitor
WO2015018522A1 (en) 2013-08-06 2015-02-12 Oncoethix Sa Bet-bromodomain inhibitor shows synergism with several anti-cancer agents in pre-clinical models of diffuse large b-cell lymphoma (dlbcl)
EP3033423A4 (en) 2013-08-16 2017-04-26 Rana Therapeutics Inc. Epigenetic regulators of frataxin
CA2922503C (en) 2013-09-19 2021-10-26 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods of bh3 profiling
EP3054966A4 (en) 2013-10-11 2017-04-19 Genentech, Inc. Use of cbp/ep300 bromodomain inhibitors for cancer immunotherapy
RU2016122654A (ru) 2013-11-08 2017-12-14 Дана-Фарбер Кэнсер Инститьют, Инк. Комбинированная терапия злокачественной опухоли с использованием ингибиторов бромодоменового и экстратерминального (вет) белка
WO2015081284A1 (en) 2013-11-26 2015-06-04 Coferon, Inc. Bivalent bromodomain ligands, and methods of using same
EP3099677A4 (en) 2014-01-31 2017-07-26 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Diaminopyrimidine benzenesulfone derivatives and uses thereof
WO2015117087A1 (en) 2014-01-31 2015-08-06 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Uses of diazepane derivatives
JP2017504650A (ja) 2014-01-31 2017-02-09 ダナ−ファーバー キャンサー インスティテュート， インコーポレイテッド ジアゼパン誘導体およびその使用
CN106456653A (zh) 2014-02-28 2017-02-22 腾沙治疗公司 高胰岛素血症相关病症的治疗
EA033325B1 (ru) 2014-10-27 2019-09-30 Тэнша Терапеутикс, Инк. Ингибиторы бромодомена
WO2016090219A1 (en) 2014-12-05 2016-06-09 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Bromodomain inhibitor as adjuvant in cancer immunotherapy
US20180193350A1 (en) 2015-06-26 2018-07-12 Tensha Therapeutics, Inc. Treatment of nut midline carcinoma
CA2999523A1 (en) 2015-10-02 2017-04-06 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Combination therapy of bromodomain inhibitors and checkpoint blockade

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20200123701A (ko) * 2019-04-22 2020-10-30 건국대학교 글로컬산학협력단 암을 진단하기 위한 마커인 sox9 및 brd4, 및 이들을 이용한 암 예측 방법

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