JPH07501223A - 核酸を単離する装置及び方法 - Google Patents

核酸を単離する装置及び方法

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 核酸を単離する装置及び方法 本発明はプラスミド又はゲノムDNAのような核酸を細胞及び他の原料から単離 及び精製する方法、並びに請求項16のプレアンブルに記載の方法を実施するた めの装置に関する。
核酸の調製においては、例えばプロテイナーゼK及びリゾチームのような酵素; SDS 、 Br1j、トライトン−X−100、トウイーン20、及び[lO Cのような洗剤;並びに水酸化ナトリウム、塩酸グアニジン、及びグアニジンイ ソチオシアネートのような化学物質を用いて最初に細胞を消化(digest  1on) L/なければならない。実験者は、核酸を精製する前に細胞の破片を 除去して、その後細胞溶解物から核酸又は核酸分画を単離するという問題に直面 する。さらに、プラスミドDNA又はゲノムDNAを調製する際に、5DS(ド デシル硫酸ナトリウム)のような使用頻度の高い洗剤は除去する必要がある。S OSを使用する場合のほとんどにおいて、SOSカルシウム塩が水溶性に乏しい ことから酢酸カルシウムでの沈殿によりこの除去が行われる。その後、細胞の破 片が沈殿したSDSと共に遠心分離される。該溶解物中の成分が非常に大量かつ 泥状のゲル様ペレットを作りだすために、当該破片の除去は高速遠心分離におい ても困難である。通常、細胞破片の除去は5.000g〜2o、ooogて15 〜60分間遠心分離をすることにより行われる。この方法は、非常に多くの時間 と労力の投入を必要とし、自動化できないという欠点を持つ。
DE−A−3639949は、長鎖核酸でない体液の成分と同様に、体液だけで なく、バクテリア、ウィルス、動物及び植物の組織及び細胞からのその他の物質 、特に細胞成分及び/又はそれらの分解産物からの長鎖核酸の単離及び精製の方 法を開示している。ここては、緩やかな消化並びに細胞破片及び他の不溶性成分 の除去に次いて、長鎖核酸が陰イオン交換体に固定され、一方分離すべき物質は 洗い出される。その後、固定された核酸を高イオン強度のバッファーを用いてマ ド1ルツクスから除去する。
DB−A 3717211から、核酸のような生体ポリマーの分離及び精製の方 法が知られており、それにおいて核酸は特殊な装置中に配置されたマトリックス に吸着される。ここでは、バッファー条件は核酸が優先的に吸着され、蛋白、低 分子量物質又は細胞破片のような邪魔な物質は結合しないように調整される。
“核酸の単離、分画化及びハイブリダイゼーション:概論及び方法解説(ウルリ ッヒ・ホビス(Ulrich Wobis)編、フィルター層・ケミエ、198 0年)に、核酸の単離方法が記載されている。それによると、高分子量のリポ核 酸はン1.51J塩化ナトリウムの塩溶液には不溶性であり沈殿する。しかしな がら、そのような沈殿では有効と考えられないために、この研究論文では高い塩 濃度を用いた沈殿処理を複数回反復することが勧められている。
DNA制限断片及びポリメラーゼ連鎖反応の増幅産物の両方の効果的な分離が、 J、Chromatogr、、 512巻、 433−444頁、 1990年 、に述へられている。クロマトグラフィ一部材として、2.5μmサイズの非多 孔質粒子を有するイオン交換体DEADNPR部材が使用されている。
Biochemistry、 4848頁、 1972年、により、酵母からの 核酸がポリ−し一リジンでコーティングされた珪藻土で分離されている。同様に 、ミトコンドリアDNAがこのようなりロマトグラフィ一部材て分離されている 。
Chromatographia、 19巻、 236−9頁、 1984年、 に、予備スケールでの合成オリゴデオキシリボヌクレオチドの単離における多次 元クロマトグラフィーの使用が述へられている。ここては、最初の処理としてセ フ了デツクスG−15によるサイズ排除(size exclusion)クロ マトグラフィーを行い、次いてHPLCイオン交換体カラム(パーティツルー1 03AX)を用いたサイズ排除クロマトグラフィーを行う。
この後、HPLC(ヌクレオシルCl8)を用いた疎水性クロマトグラフィーを 行う。
J、 Biochem、、 94巻、 163−169頁、 1983年、は核 酸の吸着クロマトグラフィー精製を行うための疎水性コーティングされたガラス 粒子の適合性について報告している。
従来のこの代用技術の欠点は、細胞溶解物からの細胞断片及び不溶性成分を除去 するために遠心分離処理か必要であるという事実にある。もう一つの問題は、高 イオン強度のバッファーで溶出するために高濃度に存在する塩類から核酸を回収 して同時に濃縮しなければならないことである。はとんとの場合、こうして得ら れた核酸のその後の処理操作は低イオン強度のバッファー条件でのみ可能である 。バッファー中に高濃度に溶解している塩類の除去は透析によって行うこともで きるが、この処理は対応する試料中の核酸の著しい分解を招く。透析に続いて、 脱塩した核酸を凍結乾燥によって濃縮しなければならない。濃縮の他の方法はエ タノール、イソプロパツール、ポリ(エチレングリコール)(PEG)で核酸を 沈殿させることによる。核酸はこの系に不溶性であり沈殿する。しかしながら、 沈殿した核酸を遠心分離処理によってペレット化しなければならない。核酸ベレ ットは一旦乾燥させた後、非常に低塩濃度の低容量バッファーに溶解して無塩濃 縮核酸試料を得る。このような遠心分離及び沈殿方法では、核酸の簡単且つ迅速 な回収は不可能であり、自動化も達成困難である。一方、いずれの場合も大量の 試料を処理しなければならない臨床診断術及びヒトゲノム配列決定における分子 生物学の進歩によって、核酸を調製するための簡単且つ自動的な処理の必要性が 増大しつつある。
本発明が基本とする技術的課題は、細胞溶解物中の細胞断片又は不溶性成分を除 去するための遠心分離処理の必要性がなく、さらにその後に核酸を脱塩及び濃縮 処理しなければならないような高塩濃度のバッファー系中に核酸を得ることなく 、核酸を単離及び精製できる方法を提供することにある。実質的には、提供され る方法によりその後の処理に直接かけることができる条件にある核酸が供給され る。上記の技術的課題の他の重要な一面は、該方法を特に有利な様式で該方法を 実施することができる装置を製造することである。
本発明が基本とする技術的課題は請求項1.34及び36に記載の構成を特徴と する方法により驚くほど簡単な様式で解決される。方法に関する後続の請求項は 本発明の方法の好ましい態様に関するものである。
特に有利な様式で本発明の方法を実施することができる装置は、請求項16.3 5及び37に記載の構成を特徴とする。それに関連した従属請求項は、本発明の 装置のさらに好ましい態様に関するものである。
最初に、それから核酸を単離する細胞を通常の様式で消化し、細胞の破片を除去 する。これは濾過又は遠心分離によって行ってもよい。好ましくは、回収は段階 的又はアシンメトリ−に作られたフィルター層で濾過することにより行う。核酸 を含む濾液を直ちに陰イオン交換体で処理してもよい。陰イオン交換体としては 、単離すべき核酸が各々の調製条件下で結合できるような市販の部材を選択して もよい。好ましくは、例えばDEAEセファロース■、Qセファロース■、DE Aεセファデックス■、DEAEトヨパール0、アンバーライト■、ヌクレオゲ ン[F]、キアゲン[F]のような、好ましくはアガロース、デキストラン、セ ルロース、アクリルアミド、ポリ(ビニルアルコール)、ポリスチレン、ガラス 、酸化アルミニウム、二酸化チタン、二酸化ジルコニウム、又はシリカゲルから 成るマトリックスでできている表面改質された担体である。該陰イオン交換体は 、相互作用に適した高容量内部表面を持つ多孔質担体部材であるか、又は混合物 と相互作用して外部表面上でのみ分離する非多孔質担体部材でもよい。特に好ま しくは、該陰イオン交換体はシリカゲルを基材とし、粒子径が1〜250μm1 好ましくは10〜50μm、特に好ましくは15〜25μmであり、ボアの直径 が1〜2.500 nm 、好ましくは10〜500 nm 、特に好ましくは 100〜400nmである部材である。特に、陰イオン交換体部材が高い表面電 荷及び核酸に対する高い結合能力を持つ部材であることが立証されている。好ま しくは、シリカゲル改質は、例えばEP−A 83901065、DE−A−3 935098及びUS−A−5,057,426に開示されているように担体部 材をシラン化することにより行われる。EP−A 83901065では、例え ば、γ−グリシジルオキシブロピルトリメトキソシラン及びN、N−ジメチルア ミノエタノールが担体部材の改質に使用される。
核酸の吸着は、一般的に低塩濃度で存在するような条件下で行われる。好ましく は、これらは核酸をカラムから溶出させるものよりも低い塩濃度である。ここで は、イオン交換体部材及び使用するpHに応じて、該塩濃度は0.25〜1.5 Mでよい。
陰イオン交換体部材への核酸の吸着に続いて、低イオン強度のバッファーを用い て最低−回の洗浄処理を行ってもよい。
ここでは、好ましくは、イオン交換体部材を主に円筒形の中空体のカラムに入れ る。その後、カラムを可能な限り高いイオン強度の塩溶液で洗浄するが、核酸は 溶出されない。それにより、低分子量及び電荷の弱い不純物及び蛋白が洗い出さ れる。
収量の不必要な損失を避けるために、吸着処理及び溶出処理の間に各々の吸着部 材の状態調節(cond i t ion i ng)を行うか、又は特に高塩 濃度条件下での核酸の吸着を後に行おうとする領域において、最終の洗浄処理と して可能な限り高いイオン強度を実現すると都合かよいであろう。特に、この目 的において、pHが約5でイオン強度が約1.5Mの過塩素酸ナトリウムに対応 する平衡化及び状態調節用の溶液を使用してもよい。
対応して、高イオン強度の条件下で核酸を結合させる部材を、別の主に円筒形の 中空体に入れる。イオン交換部材から脱着されて高塩濃度分画中にある核酸分画 を、高塩濃度条件下で核酸を吸着する部材の入ったカートリッジ又はカラム中に 入れる。好ましい態様において、陰イオン交換体の入った容器が高塩濃度条件下 で核酸を吸着する部材の入った容器の上に配置されるように、各装置を対応する 吸着部材に合わせる。
特に、高イオン強度で核酸を吸着することかできる部材の状態調節は、そのよう な処理方法により容易に行うことができる。高イオン強度で核酸に結合すること ができる部材を、対応する高濃度の塩溶液で前処理することにより状態調節を前 もって行ってもよい。しかしながら、例えば、核酸を吸着する部材を高イオン強 度の塩溶液で初めに処理し、その結果、水溶液がそれに接触すると直ちに非常に 高い塩濃度か生して高イオン強度下で該部材を核酸を吸着させるように、適当に 前処理した部材を使用することも可能である。陰イオン交換体からの核酸の溶出 により該部材から分離する最初の容量が、十分な強度で次の部材に吸着させるに は低すぎる塩濃度となることが実際にあり得るために、状態調節は有利である。
そこで、比較的薄い溶出液滴が、上記のように状態調節した、高イオン強度の条 件下で核酸に結合することができる部材に接触するに至った場合、高い塩濃度が 即座に得られ核酸がこの部材に吸着されるであろう。
その後、核酸を高イオン強度の溶出バッファーで無機質担体に直ちに結合させる ために、高イオン強度のバッファーを用いて陰イオン交換体部材から該核酸を脱 着させてもよい。ヨウ化ナトリウム及び過塩素酸ナトリウムのようなカオトロピ ック(chaotropic)塩の存在下では、微細ガラス又はシリカゲルの懸 濁液を核酸に加え、核酸がシリカゲルに結合できるように長時間インキュベーシ ョンを行った場合、核酸が微細粉砕ガラス又はシリカゲルに結合することもある (B、)十−ゲルスティン及びり、ギレスピ−(B、 Vogelstein  and D、 G11lespia) :アガロースからのDNA0分取及び分 析用精製:Proc、 Nat、 Acad、 Sci、、 U、S、A、、7 6巻、 615−19頁、 1979年:R,ギン1,1.リス及びB、つ(R ,Yang、 J、 Lis and B、 Wu)ニゲル電気泳動後のアガロ ースからのDNAの溶出: Methods Enzymol、、 65巻、  +76−182頁。
1979年、M、A、マルコ、R,チッパ−フィールド及びH,C,ビルンボイ ム(M、A、 Marko、 R,Chipperfield and I(、 C,Birnboim) :アルカリ抽出及びガラスパウダーへの結合を用いた 高度精製プラスミドDNAの大量単離法:Anal、 Biochem、、12 1巻。
382−387頁、 1982年)。
驚くへきことに、核酸の無機質担体への吸着は試料に低級アルコールを加えるこ とによっても行うことができる。好ましくは、メタノール、エタノール、プロパ ツール、イソプロパツール、及びブタノールが可能である。試料に加えるアルコ ールの量の好ましい範囲は、1−50%(V/V)の水に溶ける限りの範囲であ る。さらに、核酸の吸着はポリ(エチレングリコール)類を用いて行うこともて きる。
使用できるエチレングリコールは1.000〜100.000、とりわけ6.0 00〜8.000の分子量を持つものである。ポリ(エチレングリコール)の添 加は試料の1−30%の範囲でもよい。
驚くべきことに本発明の方法は、核酸かガラス又はシリカゲルの非常に薄い層を 通過する際に、滞留時間がわずかl−3O3(秒)であるにもかかわらず、効率 よく吸着されることを示している。同様に、結合が高濃度の塩化ナトリウム及び 塩化リチウム中で起きること、及びカオトロピック塩は必要でないことが見られ る。さらに、陰イオン交換体が核酸の精製に役立ち、0.25〜1.5Mの塩濃 度で代謝物質、蛋白及びRNAの一部、並びにポリサッカライド類のような不純 物が除去されて、これらは所定の条件下では下流のシリカゲル層に吸着すること ができず、次の段階どしてシリカゲル層への核酸の吸着を可能にする十分に高い 塩濃度で核酸か陰イオン交換体から溶出される際に、該シリカゲル層か脱塩及び 濃縮の目的を果たすような、陰イオン交換体及びシリカゲルの組み合わせはこむ までに述へられていない。
無機質担体への吸着処理においては、表中に示す濃度の7<ソファ−塩を用いる ことができる。
NaC13−5M NaCI045−7 M Gu−HCI 5−7 M Nal 3−5M 塩溶液での処理は、フィルター上への滴下及び吸水によって簡単に行ってもよい 。好ましい態様においては、該シリカゲル層をpH6,5〜8.5、とりわけp H7〜8の過塩素酸溶液で処理する。便宜的には、これをピペッティング及び吸 水によって行う。特にこの目的において好ましいのは、4〜8MのNaClO4 ,5〜20mMのTris−HCI 、 pl 7−8、及び0.5〜2m!i lのEDTAを含む溶液の使用である。
カオトロピック溶液、とりわけ過塩素酸ナトリウム溶液の除去に続いて、再洗浄 を好ましくはエタノール、例えば50−90%エタノールを用いて行う。
フィルターが一旦乾燥すれば、溶出は、例えばAnal、 Biochem、、  101巻、 339−341頁、 1980年、に述へられているような塩の 希釈水溶液を用いて通常の様式で行われる。好ましい溶出液は、0.05〜0. 2 mMのEDTAを含む0.5−2 mM Tris−HCl、 pH7−8 ,てあり、以後TEと呼ぶ。それ以外の適当な溶出液として、例えば、0.1% SDSのような洗剤の希釈溶液かあるが、TEはど好ましくはない。
シリカゲル以外に、他の無機質担体も核酸の吸着に適当であることが見出だされ た。しかしながら、好ましい態様においては、1〜250μm、好ましくは1〜 50μm、特に1〜5μmの粒子径のノリ力ゲルが使用される。脱塩層を、二個 のPEフリットの間に挟まれた粗く充填された層として抽出カラム中に使用して もよい。別の態様には、εP−0323055(+2107/+988.3M、 コンポジション・クロマ1−グラフィック・アーティクル)による膜の形態の無 機質担体の適用が含まれる。
本発明の方法を用いて、非常に多様な由来の核酸を、該核酸がバクテリア、細胞 培養物、血液、組織、尿、ウィルスに由来するものであるかどうか、又はPCR (ポリメラーゼ連鎖反応) 、5SSR(自立配列複製)、リガーゼ連鎖反応、 及び類似の反応のような増幅反応に由来するものであるかとうかにかかわらず、 或いはビオチンラベル、蛍光ラベル、放射性ラベル等のラベル化核酸が関係する かどうかにかかわらず、分離及び調製することができる。該核酸がlOヌクレオ チドから200.000ヌクレオチドの範囲のサイズであれば可能である。本発 明で意味する核酸とは、lO〜100ヌクレオチドのオリゴヌクレオチド、50 〜25.000ヌクレオチドのRNA、2.500〜25.000塩基対のプラ スミドDNA、5.000〜60.000塩基対のコスミドDNA、又は100 〜200.000塩基対のゲノムDNAと理解される。
本発明の方法のステップd)により得られた核酸分画は、低塩負荷の溶液として 得られる。従って続いて、その後の処理に必要なバッファー条件の調整が可能で ある。特に便利な様式を取れば、シリカガラスに結合した核酸はその後の処理用 に設定されたバッファー中にすでに溶出されている。
単離された核酸は非常に多様な用途に用いられる。特に度々用いられるあは、制 限分析、配列決定、放射性物質又はビオチン、FITC、ジゴキシゲニンのよう な非放射性マーカーによるラベル化、並びにPCR,5SSR,及びリガーゼ連 鎖反応を用いた増幅を行うための制限酵素、ポリメラーゼ、及びリガーゼを用い た酵素反応を行う場合においてである。
本発明の方法はプラスミドDNA及びゲノムDNAの単離及び調製において特に 適している。
添付の図面は、核酸用の多様な吸着部材が一装置に組み合わされた、本発明の装 置の好ましい態様を図解している。
図1は、本発明の方法を実施するための装置を示しており、入口開口部7及び出 口開口部8を持つ中空体1から成る。好ましくは、該中空体はポリプロピレン( PP)、ポリエチレン(PE)、ポリ(メチルメタクリレ−)) (PMMA) 、ポリテトラフルオロエチレン(PTFE)、ポリ(エチルテレフタレート)  (PUT) 、又はポリアクリロニトリル(PAN)から成る。中空体lの中に は、固定具5及び6の間に無機質担体部材である第一の粉末部材IOか配置され ている。中空体1の中の、第一の部材IO及び出口開口部8の間に無機質担体部 材である第二の粉末部材IIが置かれている。第−及び第二の部材10及び11 は核酸に対して異なる吸着特性を持つ。吸着特性の差は、それぞれ、高イオン強 度及び低イオン強度のバッファーにおける異なる吸着作用により決定されている 。例えば、低イオン強度の条件下で第一の部材10に核酸が吸着される場合、第 二の部材IIは低イオン強度のバッファー条件下では核酸を容易に通過させるこ とができなくてはならず、一方高イオン強度の条件下では、核酸は第一の部材1 0から脱着されて、第二の部材11に吸着されることになる。
好ましくは、第一の粉末部材10はアガロース、デキストラン類、セルロース、 アクリルアミド、ポリ(ビニルアルコール)、ポリスチレン、ガラス、酸化アル ミニウム、二酸化チタン、二酸化ジルコニウム、又はシリカゲルを基材として表 面改質された担体の陰イオン交換体、特にシリカゲルを基材とする上記の型の陰 イオン交換体から成る。好ましい該塩基性イオン交換体は、10〜40μm1と りわけ15〜25μm、特に15〜251tmの粒子径を持ち、孔の直径が1〜 2.50OnlI+、好ましくは10〜500nm、とりわけ200〜400n mである。
第二の部材11は無機質担体部材であり、とりわけシリカゲル、ガラス、ゼオラ イト、酸化アルミニウム、二酸化チタン、二酸化ジルコニウム、カオリン、珪藻 土、好ましくはシリカガラスから成り、シリカゲル懸濁液の形態を取ってもよい 。第二の部材11は、好ましくは1〜250μm1とりわけ1〜30μmの粒子 径を持ち、1〜5μmが好ましい。
好ましくは、装置5及び6は焼結ガラス(フリット類)、ポリエチレン、PTF E、ポリプロピレン、ガラス、セラミックス、ナイロンのようなプラスチック膜 :又はポリプロピレン、ポリエチレン、ナイロンでできた不織布から成る。好ま しくは、装置5及び6の気孔率(porosity)は10〜500μmである 。
本発明の装置の別の好ましい態様を、図2に図解する。ここでは、第一の部材I O及び第二の部材l!は中空体Iの中に、部材10及び11が直接隣接し、即ち 固定具5及び6によって一緒に固定されている別々の層となるように配置されて いる。好ましくは、該部材は分離具13により分離されており、当該分離具13 は多孔性の枠であり、好ましくは焼結ガラス、又はプラスチック膜或いは好まし くはナイロン製のティッシュでてきている。
図3は本発明の装置の別の好ましい態様を図解するもので、第二の部材+1がチ ャンネルを形成する出口開口部18の中の固定具5及び15の間に固定されてい る。チャンネルを形成する出口開口部18は、中空体1よりも小さな横断面を持 ち、好ましくはチャンネル18aで終わり、チャンネル18aの直径はチャンネ ル18の直径よりも小さい。第一の部材10は中空体1の内部の直径の長い領域 に置かれ、装置6及び16により固定される。ここでは、第−及び第二の部材I O及び11を隣接させると、共通の手段17だけによって分離できるので都合が よいと考えられる(図4参照)。
図5は本発明の装置の別の好ましい態様を示しており、第−及び第二の部材10 及びIIの層の他に、第一の部材10の上に配置された別の層12を中空体の中 に持つ。層12は機械的フィルタ一手段として設計されている。好ましくは、第 三の層12は、フィルターボア径か試料の流れる方向、即ち供給ロアから出口開 口部8又は18の方向に小さくなるアシンメトリ−なフィルターである。それに より、装置を目詰まりさせる恐れもなく試料中の細胞破片を除去することができ る。
本発明の装置の全ての態様において、部材10及び11のいずれも粉末形態でも よく、又は成形体に設計されていてもよい。部材lO及び11が粒子の形態で存 在する場合は、該層かUS−PS 4.810.381及びUS−PS 4.6 99.717による膜であってDE 4127276に提示されているような形 態で存在するように、それらを不活性プラスチックのサポーテイングネット中に 埋封することが勧められるであろう。
該サポーテイングネットはテフロン製でもよい。
図6は本発明の装置の他の好ましい態様を示しており、それにおいては8個の独 立した別々の図2の装置か互いに隣接して、8個でlユニットを形成している。
図1−5に述へた個々の態様のいずれて実現してもよいこの態様の利点は、マル チチャンネルピペットを補助器具とする8試料の同時調製を基本とする。同様に 、この設計は12列形態に製造することもてき、それにより96試料が処理可能 となる。国際標準化微量滴定フォーマットを用いる場合に非常に有利である。
図7は、入口開口部7及び出口開口部8、並びに二個の手段6及び5の間に固定 された陰イオン交換体部材10を有する円筒形中空体1を含む装置を示している 。その上に、内部に種々のフィルター層が配置されている別の円筒形中空体が装 着されている。フィルター! 20.21.22は、焼結されたポリエチレン、 ポリプロピレン、PTFE、ガラス、シリカゲル、酸化アルミニウム又は圧縮珪 藻土、例えばセライト又はシリカゲルからできていてもよい。もっとも、その他 にポリプロピレン、ポリエステル、ガラス繊維、及びシリカの織フリース又は不 織フリースも可能である。好ましくは、個々の層の気孔率は15〜500μmで 、厚さは0.1〜10mmである。該フィルター層のボア径は、流れの方向に見 て、順に小さくなる。典型的な態様では、層20におけるボア径はおよそ100 〜300μmで、層2Iては30〜100μm1第三のフィルター層では5〜3 0μmである。
図8は、図7の装置の別の好ましい態様を図解しており、流れの方向に見て一番 上のフィルター層23として疎水性の層が挿入されている。該疎水性中間層23 は、実際の濾過が開始される以前のフィルター層中への望ましくない粗細胞溶解 物の侵入を防ぐ。好ましくは、疎水性中間層23は、気孔率が10〜500μm で、好ましくは厚さが0.1〜5ITII11の、紡績又は焼結されたポリプロ ピレン、ポリエチレン、ポリエステル又はポリテトラフルオロエチレン(PTF E)繊維から成る。
図9は、図7及び8に述へたものと類似の設計の濾過装置を示しており、異なる 点は、ボア径が小さくなっていく種々のフィルター層が、連続的にボア径が小さ くなっていく単一のフィルター層12に合わせられていることにある。好ましく は、該アシンメトリツクフィルター1112の流れの方向に見て上面に疎水性フ ィルター23か備えられる。好ましくは、該アシンメトリツクフィルタ一層12 は紡績ポリプロピレン又はポリエステル繊維から成る。市販のものには、例えば 、パル・フィルターテクニク社(ドライアイヒ、フランクフルト)の、気孔率の 段階的変化が500から50μmのもの、100から10μmのもの、50から 5μmのもの、及びlOから0.1μmのものがある。好ましくは、該アシンメ トリツクフィルタ一層の厚さは1〜10mmがよい。
図10は、本発明で意味するところの核酸の分離を行うための濾過装置を示して おり、ここでは図9のフィルター配置か再び使用され、アシンメトリツクフィル ターに疎水性フィルター層23が備えられている。陰イオン交換体10の代わり に、高濃度の塩溶液において核酸を吸着することかできる無機質担体11を中空 体Iの中に置く。
図11は、図9及び10を組み合わせた配置を示す。ここでは、適当に設計され たカートリッジを挿入するなどにより、アシンメトリツクフィルター12及び疎 水性フィルター層23から成るフィルターヘッドが図2に示した装置に単に備え られただけである。
図1から5、及び図7から11により詳しく述べられている個々の装置は全て、 8列の単一の装置から成る微量滴定ストリップに配置してもよい。これは、図1 2から14に、もう一度例示しである。
図12は、陰イオン交換体、微量滴定ストリップ、又は8及び/又は8×12ウ エルの微量滴定プレートを含む濾過装置を図解している。図12の装置において は、装置5及び6の間に固定された陰イオン交換体層を含む円筒形中空体lの上 の、装着式カートリッジの中にアシンメトリ−の濾過装置が置かれている。
図13は、陰イオン交換体部材の代わりに、高塩濃度において核酸を吸着するこ とができる無機質担体部材を有する濾過装置に関する。好ましくはシリカゲル層 llが、5及び6の二装置の間に配置されている。
図14は、図2の配置、及び試料が流れる方向に見て中空体Iの上に置かれた疎 水フィルター層を伴うアシンメトリツクフィルタ一層の組み合わせを図解してい る。
本発明の装置、特に図3又は4て詳細に検討した装置は、非常に少量の液体を用 いても第二の部材からの核酸の溶出が確実になされることにおいて特に有利であ る。
基本的には、試料の本発明の装置中の流動は重力によってなされるが、核酸の精 製及び分離を促進するために、開口部7を加圧するか、又は開口部8又は18を 減圧してもよい。本発明の装置の他の好ましい態様では、アシンメトリツクフィ ルターとして、該中空体の中を試料が流れる方向にボア径が小さくなる焼結ガラ ス、又はボア径が小さくなるプラスチック膜の積層からできているものを使用す る。
細胞及び他の原料からの核酸を、遠心分離、フェノール/クロロホルム抽出、及 びアルコール沈殿をすることなく得ることができ、該処理の終了に際して核酸は 水又は低塩濃度のバッファー中に濃縮された形態で存在し、従って、直接その後 の酵素反応に使用できる。別の利点は、高価な実験装置の使用を避けられること にある。例えば、溶出は重力によって行うことができ、いわゆるHPLC装置に より行う必要がない。
好ましくは、シリカゲル陰イオン交換体/シリカゲル抽出カラムの調製は、50 μmの底部ポリエチレンフリット(ポリエチレン製の多孔質フィルター層、厚さ 1.5mm)を持つ市販の1.5ml遠心管の中にポリプロピレン管をぴったり と討入し、50 mgのシリカゲル(リクロスフ7−Si 100.16−24  μm ;メルク、ダームスタット、ドイツ)を積層させることにより行うこと ができる。このシリカゲル層を第二の多孔質ポリエチレンフリットでシールし、 第二のフリットにloOmgのシリカゲル陰イオン交換体(キアゲン、ヂアゲン 社、デュッセルドルフ、ドイツ)、粒子径16〜23μm、を積層させ、最後に 第三の多孔質ポリエチレンフリットでシールする。
好ましくは、アガロース陰イオン交換体/シリカゲル抽出カラムの調製は、50 μmのポリエチレンフリット(PE製の多孔質フィルター層、厚さ1.5mm) でポリプロピレン管の底部をシールし、50mgのシリカゲル(リクロスファ− Si 100 。
16−24μm 、メルク、ダームスタット、ドイツ)を積層させることにより 行うことができる。このシリカゲル層を第二の多孔質ポリエチレンフリットでシ ールし、第二のフリットに0.5mlのDEAEセファロースFF(ファルマシ ア社、フロイバーグ、ドイツ)、粒子径45〜165μm、を積層させ、最後に 第三の多孔質ポリエチレンフリットでシールする。
好ましくは、図3の陰イオン交換体膜/シリカゲル膜抽出カラムの調製は、ポリ プロピレン管の中のポリエチレンフリットの上に、厚さがIIIIII+のエム ボア■シリカゲル膜(3) (3M社、セント・ボール、UN、 U、S、A、 ) 、厚さが0.2mmのポリプロピレンフリース、及び16−23μmのキア ゲン陰イオン交換体粒子(ヂアゲン社、デュッセルドルフ、ドイツ)から成る厚 さが1nvnの陰イオン交換体膜を置くことにより行うことができる。
陰イオン交換体/シリカゲル微量滴定ストリップ抽出カラムの調製は、以下のよ うに行うことができる二8又は96の位置を持つ微量滴定ストリップにDEAE シリカゲル膜及びシリカゲル膜を装填する。微量滴定ストリップのポーリングの 中に、シデント9シリカゲル粒子(デグサ社、フランクフルト、ドイツ)ででき ている厚さが0.75mmのシリカゲル膜、厚さが0.2mmのポリプロピレン フリース層、及び16−23μmのキアゲン(チアゲン社、デュッセルドルフ、 l・イツ)でできている厚さが0.8mmの陰イオン交換体膜を固定させる。
以下の実施例により本発明をさらに説明する。
プラスミドDNAの調製 puc +8−形質転換HB 101大腸菌細胞を含むLBアンピシリン培地に よる培養物100 mlを5.000gで10分間遠心分離する。該細胞ベレッ トを10 mlの50m!il Tris−HCl、 10 mM EDTA、  pH8,0,及び100μg/ml RNase Aに再懸濁する。
細胞を溶解するために、10 mlの0.2 M NaOH及び1%SDSを細 胞懸濁液に加え、注意深く攪拌し、5分間室温に置く。これを、10m1の3M 酢酸カリウム及び2M酢酸を用いて中和し、混合して、氷上で15分間インキュ ベートする。該溶解物を15.000 gで30分間遠心分離し、上清を注意深 (除去する。澄んだ細胞溶解物1mlをピペットでDEAE陰イオ陰イオン交換 体/シリカゲル遠心分離抽出カラ軌上、該試料を2.500gで1分間遠心分離 してイオン交換体層を通過させる。該抽出カラムを、08m1のl M NaC 1,15%エタノール、50 mM MOPS、 pH7,0、及び15%エタ ノール、10 mM酢酸ナトリウム、 pH7,0、及び0.8mlのI M  NaC10゜て洗浄してRNA及び蛋白を除去する。DNAを7 M NaCl O4,15%エタノール、10mM酢酸ナトリウム、pH7,0で溶出し、それ によりシリカゲル層に直接結合させる。
該抽出カラムを、0.8mlの70%エタノール、100mM NaC1,10 mM酢酸ナトリウム。
pH7,0、及び0.8mlの90%エタノール/水で洗浄する。場合により、 痕跡量のエタノールをさらに遠心分離して除去する。続いて、50μlのl0m M Tris−HCI。
l mM EDTA、 pH8,0を用いてDNAを遠心分離により溶出し、別 の1.5ml試験管に回収する。溶出されたDNAはその後、例えば制限処理、 ラヘル化、配列決定、又は増幅のような酵素反応に直接使用することかできる。
実施例2 ブラスミ1−DNAの同時調製 8 DEAEンリ力ゲル膜/シリカゲル抽出カラムを減圧チャンバー上に装着す る。
プラスミドDNAを含む各々1m1X8の細胞溶解物を、減圧(20〜750  mb)吸引により該抽出カラムを通過させる。該抽出カラムを0.8mlのl  M NaC1,15%エタノール、50 mM MOPS、 pH7,0、及び 15%エタノール、10+nM酢酸ナトリウム、pH70、及び0.8mlのI  M NaClO4で洗浄してRNA及び蛋白を除去する。DNAを7 M N aClO4,15%エタノール、10mM酢酸ナトリウム、pH7,0で該陰イ オン交換体層から溶出し、それによりシリカゲル層に直接結合させる。該抽出カ ラムを、0.8mlの70%エタノール、+00 mM NaC1,10mM酢 酸ナトリウム、pti7.o及び0.8mlの90%エタノール/水で洗浄する 。高濃度の塩溶液を除去するために、該サンプル管を、0.8m!の70%エタ ノール、100m1J NaC1,10mM酢酸ナトリウム、 pH7,0、及 び0.8mlの90%エタノール/水で洗浄する。該抽出層中に残存するエタノ ール/H20を、減圧吸引して空気を1−2分間通すことにより蒸発させる。続 いて、該8試料を50μmの1m!it Tris−HCl、 0.1 mM  EDTA、 pl s、oで溶出する。
実施例3 M13一本鎖DNAの調製 1mlのM13ファージ懸濁液に0.5mlの30%PEG 6000.1.5  M NaClを加え、氷上で10分間インキュへ−1−シ、これを15.00 0gで15分間遠心分離する。
ファージペレットを0.5mlの0.5MグアニジノーHCI、 1%トライト ンX−100に再懸濁し、70°Cて10分間溶解させる。実施例3に従って、 減圧チャンバー上の抽出カラム中に該ファージ溶解物を吸引して通過させ、吸着 させる。該抽出カラムを1mlの0.75 M NaC1,15%エタノール、 50 mM MOPS、 pH7,0、及び1mlの0.75 M NaC10 ,、50mlJ Tris−HCl、 pH7,0で洗浄する。DNAを該陰イ オン交換体層から7Mグアニジン、15%エタノール、50mM酢酸ナトリウム 、pH7,0で溶出し、3102層に吸着させる。
実施例4 血液からのゲノムDNAの調製 1mlのクエン酸安定化ヒト全血に、赤血球を溶解させるためにサポニン1ml を加え、混合後直ちに2.500gで5分間遠心分離する。白血球をPBSバッ ファー1mlに再懸濁し、再ペレット化する。洗浄した該白血球を1mlの50 0mMグアニジン−)IC1,50mM Tris−HCl、 10 mM E DTA、 pH8,0に再懸濁し、O,1mlのプロテイナーゼK (10mg /ml)を加えて、50°Cに2時間置き、細胞を溶解させる。該白血球溶解物 を直ちにピペツI・で、アガロース/陰イオン交換体/シリカゲル/抽出カラム に載せ、1mlの0.25 M NaC1,10mlJ酢酸ナトリウム、p)1 7.0及び1mlの0.25 M NaCl0a、 10 mM酢酸ナトリウム 、pH7,0で洗浄する。1mlのクエン酸安定化ヒト全血を、陰イオン交換体 /シリカゲルカラム中を減圧吸引して通過させる。それにより、白血球はマトリ ックス中に取り込まれ、一方案質的により小さな赤血球はマトリックス中を移動 する。該抽出カラムを1mlのPBSバッファーを用いて2回再洗浄する。取り 込まれた白血球を10%トウイーン10を用いて室温で15分間溶解する。細胞 断片及び蛋白を1mlの1Mグアニジン−HCl、 pH7,0を用いて洗い出 し、DNAを7!J NaCl0a、 50 mlJ酢酸ナトリウム、pH7, 0で該カラムから溶出する。
実施例5 微量滴定フォーマットにおけるDNAの調製、脱塩及び濃縮XL I Blue 大腸菌細胞中のプラスミドpBLUESCR[PTの96 XI mlの培養物 を、1.5mlウェルを持つ微量滴定プレート(ベックマン社、ミュンヘン)中 の2XYT培地中で、18時間、37°Cて培養する。細胞を、微量滴定遠心分 離機で2.500gで10分間遠心分離してペレット化する。8チャンネルピペ ット(マトリックス・テクノロジー社、ローウェル、MA、 U、 S、 A、  )を用いて、0.25m1の50 mM Tris−HCl、 10 mM  EDTA、 100 μg/ml RNAglAを微量滴定プレートウェル中に 注入し、細胞を振動シェイカーで5分間再懸濁させる。
0.25m1の0.2 M NaOH,1%SDSを各々に加え、緩く振動させ ながら室温に5分間置き、細胞を溶解させる。続いて、0.25m1の3M酢酸 カリウム、2M酢酸。
pH5,5−6,0中和用バツフアーを各々に加え、各ウェルに蓋をして密封し 混合する。氷上で10分間インキュベートした後、試料を3.000gで30分 間遠心分離して、細胞断片及びSO3沈殿をペレット化する。8チヤンネルピペ ツトを用いて上清を注意深く取り、DEAEシリカゲル膜及びシリカゲル膜を存 する96穴微量滴定プレート中に入れる。96試料全てを移した後、該濾過装置 に減圧を加えることにより試料を微量滴定プレート中に通過さぜる。それにより 、DNAは該陰イオン交換体層に吸着されるが、一方蛋白、RNA及び代謝物質 はこの条件下では吸着されない。
該抽出カラムを、0.8 ml(D、 I M NaC1,15%エタノール、 50 mM MOPS、 pt+ 7.0゜及ヒ15%エタ)−ル、10mM酢 酸ナトIJ ラム、 pH7,0,及D O,8m1(7) LM NaCl0 aて洗浄しテRNA及び蛋白を除去する。DNAを7 M NaClO4,15 %エタノール、10m1J酢酸ナトリウム、pH7,0で溶出し、それによりシ リカゲル層に直接結合させる。
該抽出カラムを、0.8mlの70%エタノール、100mM NaC1,10 mRJ酢酸ナトリウム。
pH7,0、及び0.8mlの90%エタノール/水で洗浄する。続いて、塩を 含まなり4μgすt”tf、=形態(7) DNAヲ、50μl (7) 1m M Tris−HCl、 0.1 mM EDTA、 pH8,0■p いて該シリカゲル層から別の微量滴定プレート中に溶出する。
遠心分離の補助が必要な細胞溶解物の調製は時間と費用のかさむ処理である。
主として、日常的に多くの試料を調製しなければならない場合に制約が生まれる 。
遠心分離には自動化できないという欠点がある。
本発明の他の対象物(及び方法)は、該方法を遠心分離を行わずに自動的に稼働 させるための、核酸か実際に精製されるところよりも上流にある濾過ユニットの 形態を取る装置及び方法である。
ここでは、試料をブロティナーゼ、洗剤及び/又は温度又はアルカリを用いて周 知の方法により溶解する。この粗溶解物を、濾過ヘッド上に直接注ぐが、移すか 、又はピペットで載せる。該濾過ヘッドのフィルター層は、細胞破片、沈殿蛋白 又は洗剤によるフィルターの目詰まりを避けるように設計されている。該細胞溶 解物は、ピストン或いは高圧によりフィルター層を加圧通過されるが、又は減圧 により吸引されて通過する。それにより、不溶性成分は全て残り、澄んだ溶解物 が直接吸着層に滴下する。適当な吸着条件を選択することにより、核酸が該吸着 層に吸着される。フィルターケーキを含む濾過ユニットは吸着ユニットから取り 外して廃棄するか、又はフィルターケーキを分析するために取っておく。該吸着 ユニットは適当な溶媒又はバッファーで再洗浄して望ましくない成分を除去し、 最後に請求める試料が適当な溶出剤を使用して溶出される。
本発明の方法により、例えばプラスミドDNAを、浄化目的の遠心分離を冷蔵遠 心分離機で行うことなく調製することがてきる。XLI Blue大腸菌細胞中 のプラスミドpBLUEscR[PTの培養物96 X I mlを、1.5m lウェルを持つ微量滴定プレート(ベックマン社、ミュンl\ン)中の2XYT 培地中で、18時間、37℃で培養する。細胞を、微量滴定遠心分離機で2.5 00gで10分間遠心分離してペレット化する。
8チヤンネルピペツト(マトリックス・テクノロジー社、ローウェル、MA、  U。
S、 A、 )を用いて、0.25m1の50 mM Tris−HCl、 1 0 mM EDTA、 100μg/ml RNAglAを微量滴定プレートウ ェル中に注入し、振動シェイカーで5分間再懸濁させる。
再懸濁した細胞を濾過ヘットのサンプルリザーバーに移し、それに0.25m1  の0.2 m NaOH/ I%SDSを加える。該試料を振動シェイカー上 で5分間振盪するか、又は栓或いは接着フィルムでシールして混合するか、又は 上下ピペッティングを繰り返して混合する。
室温で5分間インキュベートして溶解させた後、NaOHを中和しSDSを沈殿 させるために、上記の方法のうちのひとつに従って、0.25m1の3M酢酸カ リウム及び2M酢酸を加えて混合する。次に、減圧チャンバー上で遠心分離する 代わりに、この粗細胞溶解物を10−800 mbの減圧条件で吸引して濾過層 を通過させる。厚さか2−10 mmで、200から5μmの範囲のアシンメト リツク又はステップワイズな多孔性を持つフィルター層か、目詰まりすることな く細胞断片及び他の不溶性又は沈殿性成分を保持する。プラスミドDNAを含有 する澄んだ細胞溶解物か該フィルター層を通して吸着層(陰イオン交換体又はシ リカゲル)上に滴下し、DNAが吸着されるが、一方蛋白、RNA及び他の細胞 代謝物は所定の塩条件下では結合しない。濾過は約10−60秒後に完了する。
該フィルターヘットを取り外し、フィルターケーキと共に廃棄する。
結合したDNAは1mlのl M NaC1,15%エタノール、50 mM  Tris−t(C1,pt(7,0で1回、さらに1.5 M NaClO4, 10mM 酢酸ナトリウム、pH6,5で2回洗浄し、該陰イオン交換体から7  M NaClO4,15%エタノール、50 mM Tris−HCl、 p H7,0で溶出し、分離層を通過した後、高塩濃度下で直ちにナイロンネット又 はPPフリースからシリカゲル層に結合される。ここにおける1−2M NaC lO4では、蛋白及びRNAは該シルカゲル層には結合しないで洗い出される。
残留する痕跡量の蛋白を除去するために、該シリカゲル層を1mlの7Mグアニ ジン−HCl、10mM酢酸ナトリウム、pi(7,oて洗浄する。7 M N aCl0.の高塩溶液は、1mlの70%EtOH。
100 mM NaC1,10mlJ酢酸ナトリウム、pH7,0及び1mlの 90%エタノール/水又は1mlの90%アセトン/水で洗浄すると都合がよい 。乾燥させた後に、プラスミドDNAが、50μmのImM Tris−HCl 、 0.1 mlJ EDTA、 pH8,5により、無塩、且つ濃縮された形 態で溶出される。
この方式により、遠心分離、フェノール/クロロホルム抽出及びアルコール沈殿 を行うことなく、濃縮された形態のプラスミドDNAを非常にわずかな時間で単 離することができ、収率は50−80%の範囲である。上記のような微量滴定プ レート型を用いると、I−2mlの大腸菌培養物によるプラスミド少量調製品( mi n i prep)96個が一人の操作で60分以内に調製することがで き、1〜10μgのDNAが得られる。これまでの周知の方法では、6〜12時 間が必要である。
実施例6 図7の装置を用いたプラスミド少量調製LB培地中のpuc +8プラスミドD NAを存するXL Blue大腸菌培養物1.5mlを10.000 gで5分 間遠心分離して、細胞をペレット化化する。該細胞ペレットを0.25m1の5 0 mM Tris−HCl、 10 m!if EDTA、 pH8,0,1 00μg/ml RNase Aに再懸濁する。細胞を溶解するために、0.2 5m1の0.2 M NaOH及び1%SO3を該細胞懸濁液に加え、注意深く 攪拌し、5分間室温に静置する。次いで、0.25m1の3M酢酸カリウム及び 2M酢酸を用いて中和し、混合して、氷上で15分間インキュベートする。該溶 解物を図7の濾過装置に移す。該装置全体を減圧チャンバー上に装着し、細胞溶 解物を20−800 mbで吸引して装置中を通過させる。或いは、該試料をピ ストン又は高圧を用いて濾過層中を加圧通過させてもよい。濾過後、濾過装置を 取り外し、フィルターケーキを細胞断片、変性蛋白及び沈殿SDSと共に破棄す る。
該抽出カラムを、0.8mlのl M NaC1,15%エタノール、 50  mM MOPS、 pH7,0で2回洗浄してRNA及び蛋白を除去する。DN Aを1mlの1.25 M NaC1,15%エタノール、 50 mM Tr is−HCl、 pH8,5で溶出する。脱塩及び濃縮するために、溶出された DNAをアルコールで沈殿さ氷核アルコール沈殿物を遠心分離によりペレツト化 させる。
実施例7 図8の装置を用いたプラスミドDNAの調製LB培地中のpuc 18プラスミ ド開八を有するXL Blue大腸菌培養物1.5mlを10.000 gで5 分間遠心分離して、細胞をペレット化する。該細胞ペレツトを0.25m1の5 0 mM Tris−HCl、 10 mM EDTA、 pH8,0,100 μg/ml RNase Aに再懸濁し、濾過装置に移す。細胞を溶解するため に、0.25m1の0.2 M NaOH及び1%SDSを図8の濾過装置中の 該細胞懸濁液に加え、該装置を栓又は接着フィルム(こよりシールし、注意深く 攪拌して、5分間室温に静置する。次いで、0.25m1の3M酢酸力IJ’+ ム及び2M酢酸を用いて中和し、混合して、氷上で15分間インキュベートする 。該装置全体を減圧チャンバー上に装着し、細胞溶解物を2020−8O0で吸 引して装置中を通過させる。或いは、該試料をピストン又は高圧を用いて濾過層 中を加圧通過させてもよい。濾過後、濾過装置を取り外し、ブイlレターケーキ を細胞断片、変性蛋白及び沈殿SDSと共に破棄する。該抽出カラムを、0゜8 mlのl M NaC1,15%エタノール、50 mM MOPS、 pH7 ,oて2回洗浄してRNA及び蛋白を除去する。DNAを1.mlの1.25  M NaC1,15%エタノール、50 mM Tris−HCI。
pH8,5て溶出する。脱塩及び濃縮するために、溶出されたDNAをアルコー ル沈殿させ、該アルコール沈殿物を遠心分離によりペレット化させる。
実施例8 図1Oの装置を用いたシリカゲル層におけるプラスミドDNAの調製LB培地中 のpuc !8プラスミドDNAを有するXL BIUe大腸菌培養物1.5m lを10.000 gて5分間遠心分離して、細胞をペレツト化する。該細胞ベ レ・ノドを0、25mlの50 mM Tris−HCl. 10 mM ED TA. pH 8.0. 100μg/ml RNase Aに再懸濁し、濾過 装置に移す。細胞を溶解するために、0.25mlの0. 2 M NaOH及 び1%SDSを濾過装置中の該細胞懸濁液に加え、該装置を栓又は接着フィルム によりシールし、注意深く攪拌して、5分間室温に静置する。次いで、0.5m lの5.5Mグアニジン−HCl. 0.25 M 酢酸カリウム、pH5.5 を用いて中和し、混合して、氷上で15分間インキュベートする。図1Oの装置 全体を減圧チャンバー上に装着し、細胞溶解物を20−800 mbで吸引して 装置中を通過させる。或いは、該試料をピストン又は高圧を用いて濾過層中を加 圧通過させてもよい。濾過後、濾過装置を取り外し、フィルターケーキを細胞断 片、変性蛋白及び沈殿SOSと共に破棄する。該抽出カラムを、1mlの7 M  NaCIOa. 10 nJJ酢酸ナトリウム、pH7.0で2回洗浄し、さ らに0.8mlの90%エタノール/水で洗浄し、痕跡量のエタノールを吸引除 去する。最後に、DNAを507zlの10 mM Tris−HCI, 1  mM EDTA. pH 8.0で溶出し、別の1.5ml試験管に回収する。
溶出されたDNAは、例えば制限処理、ラベル化、配列決定、又は増幅のような 酵素反応に直接使用することができる。
実施例9 微量滴定ストリップによる8×プラスミドDNAの調製LB培地中のpuc + 8ブラスミI” DNAを有するXL Blue大腸菌培養物8刈.5mlを1 0.000 gで5分間遠心分離して、細胞をペレット化する。該細胞ベレツト を0.25mlの50 mM Tris−HCl. 10 mM EDTA,  pH 8.0. 100μg/ml RNase Aに再懸濁し、図14の装置 に移す。細胞を溶解するために、0.25mlの0. 2 M NaOH及び1 % SDSを濾過装置中の該細胞懸濁液に加え、該装置を栓又は接着フィルムに よりシールし、注意深く攪拌して、5分間室温に静置する。次いて、0.25m lの3M酢酸カリウム及び2M酢酸を加えて中和し、混合して、氷上で15分間 インキュベートする。該装置全体を減圧チャンバー上に装着し、細胞溶解物を2 0−800mbで吸引して装置中を通過させる。或いは、該試料を高圧により濾 過層中を加圧通過させてもよい。濾過後、濾過装置を取り外し、フィルターケー キを細胞断片、変性蛋白及び沈殿SDSと共に破棄する。該抽出カラムを、0. 8mlのIM NaCI。
15%エタノール、 50 mM MOPS. pH 7.0、及び0.8ml のIM NaClOa. 15%エタノール、IOn+Mit酸ナトリウム、p H7.0で洗浄してRNA及び蛋白を除去する。DNAを7 M NaC104 . 15%エタノール、10mM酢酸ナトリウム、pH7.0を用いて陰イオン 交換体層10から溶出し、それにより直接シリカゲル層11に結合させる。該抽 出カラムを、0.8mlの70%エタノール、 100 mM NaCl, t o mM酢酸ナトリウム、 pH7、0及び0.8mlの90%エタノール/水 で洗浄する。抽出カラム中に残存するエタノール/H20は減圧吸引して空気を 1−2分間通すことにより蒸発させる。続いて、該8試料を50μmの1mM  Tris−HCl. 0. 1 mlif EDTA. pH 8.0で溶出す る。
実施例10 図13の装置を用いた8%1mlのM13 DNAの調製8刈mlのM13ファ ージ懸濁液に、0.5mlの30%PEG 6000. 1.5 M NaC1 を加え、これを氷上で10分間インキュベートする。該試料を図13の装置に移 し、ファージ溶解物を減圧チャンバー上の図13の装置に直接吸引して通過させ て濾過する。該ファージペレットを7Mグアニジン−HCI, pH 7.0中 を吸引により通過させて溶解し、同時にDNAをシリカゲル層11に吸着させる 。該抽出カラムを、0、8mlの70%エタノール、 100 ml1!NaC 1. 10 mM酢酸ナトリウム、pi(7.0及び0.8mlの70%エタノ ール川00 mM NaC1. 100 mM酢酸ナトリウム、pH7.0及び 0.8mlの90%エタノール/水で洗浄し、吸引により空気を1−2分間通す 。最後に、DNAを50μmのto mM Tris−HCl. l mM E DTA. pH 8.0で溶出し、別の1.5ml試験管に回収する。
溶出されたDNAはその後、例えば制限処理、ラベル化、配列決定、又は増幅の ような酵素反応に直接使用することができる。
尤棟興旦 図14の装置を用いた8×12プラスミドDNAの調製LB培地中のpuc 1 8プラスミドDNAを有するXL Blue大腸菌培養物96X1.5mlを2 .500gで5分間遠心分離して、細胞をペレット化する。該細胞ペレ・ノドを 0、25mlの50 mlit Tris−HCl. IQ mM EDTA.  pi( 8.0. looμg/ml RNase Aに■恆■ し、該装置に移して、栓又は接着フィルムによりシールし、注意深く攪拌して、 5分間室温に静置する。次いで、0.25mlの3M酢酸カリウム及び2M酢酸 を用いて中和し、混合して、氷上で15分間インキュベートする。該装置全体を 減圧チャンバー上に装着し、細胞溶解物を20−800 mbで吸引して装置中 を通過させる。
或いは、該試料を高圧により濾過層中を加圧通過させてもよい。濾過後、濾過装 置を取り外し、フィルターケーキを細胞断片、変性蛋白及び沈殿SDSと共に破 棄する。該抽出カラムを、0.8mlのIM NaC1. 15%エタノール、  50mM MOPS, pH7.0、及び0.8mlのLM NaClO2.  15%エタノール、 10−酢酸ナトリウム、pH7.0で洗浄してRNA及 び蛋白を除去する。DNAを7 M NaClOa, 15%エタノール、10 mM酢酸ナトリウム、p)17.0を用いて陰イオン交換体層10から溶出し、 それにより直接シリカゲル層11に結合させる。該抽出カラムを、0.8mlの 70%エタノール。
100 mlil NaC1. 10 mM酢酸ナトリウム、p)17.0及び 0.8mlの90%エタノール/水で洗浄する。
抽出層中に残存するエタノール/H20は減圧吸引して空気を1−2分間通すこ とにより蒸発させる。続いて、該96試料を各々50μlの1mM Tris− HCl. 0. 1 mlilEDTA. pH 8.0で溶出し、別の1.5 ml試験管に回収する。溶出されたDNAは例えば制限処理、ラベル化、配列決 定、又は増幅のような酵素反応に直接使用することができる。
実施例12 状態調節を行わないプラスミドDNAの調製puc 18−形質転換HB 10 1大腸菌細胞を含むLBチアンシリン培地による培養物3mlを5.000gで 10分間遠心分離する。該細胞ペレットを0.25mlの50mM Tris− HCl. 10 mM EDTA. pH 8.0.及び100μg/ml R Nase Aに再懸濁する。細胞を溶解するために、0.25mlの0. 2  M NaOH及び1%SDSを細胞懸濁液に加え、注意深く攪拌し、5分間室温 に置く。これを、0.25mlの3M酢酸カリウム及び2M酢酸を用いて中和し 、混合して、氷上で15分間インキュベートする。該溶解物を10.000 g で15分間遠心分離し、上清を注意深く除去する。澄んだ該細胞溶解物をピペッ トてDEAE陰イオン交換体/抽出カラム上に載せ、該試料を吸引してイオン交 換体層を通過させる。該抽出カラムを、0.8mlのl M NaC1. 15 %エタノール、50 mM MOPS. pH 7.0及び15%エタノール、 10mM酢酸ナトリウム。
pH7,0で洗浄してRNA及び蛋白を除去する。DNAを7 M NaC1, Oa、 15%エタノール。
10mM酢酸ナトリウム、pH7,0を用いて、ガラス繊維膜を存する抽出カラ ム上に吸引して載せる。7 M NaCl0.中の溶出DNA溶液を吸引してガ ラス繊維膜を通過させ、それにより直接シリカゲル層に吸着させる。該抽出カラ ムを、0.8mlの70%エタノール、100m1J NaC1,10mM酢酸 ナトリウム、pH7,0、及び0.8mlの90%エタノール/水で洗浄する。
場合により、吸引して空気を通すことにより痕跡量のエタノールを除去する。最 後に、IOμlの10mM Tris−HCl、 1 mM EDTA、 pH s、。
を用いてDNAを溶出し、別の1.5ml試験管に回収する。
実施例13 状態調節を行うプラスミドDNAの調製puc 18−形質転換HB 101大 腸菌細胞を含むLBアンピシリン培地による培養物3mlを5.000gで10 分間遠心分離する。該細胞ペレットを0.25m1の50m Tris−HCI 、 10 mM EDTA、 pH8,0,及び100μg/ml RNase  Aに再懸濁する。細胞を溶解するために、0.25m1の1.2 M NaO H及び1%SDSを細胞懸濁液に加え、注意深く攪拌し、5分間室温に置く。こ れを、0.25m1の3M酢酸カリウム及び2M酢酸を用いて中和し、混合して 、氷上で15分間インキュベートする。該溶解物を10.000gで15分間遠 心分離し、上演を注意深く除去する。澄んだ該細胞溶解物をピペットでDEAE 陰イオン交換体/抽出カラム上に載せ、該試料を吸引してイオン交換体層を通過 させる。該抽出カラムを、0.8mlのI M NaC1,15%エタノール、  50 mM MOPS、 pl 7.0で洗浄してRNA及び蛋白を除去し、 0.8mlの1M NaClO4,15%エタノール、l0mM酢酸ナトリウム 、pH5,0を用いて状態調節を行う。DNAを0.7mlの7 MNaClo a、 15%エタノール、lOm!il酢酸ナトリウム。
pH7,0を用いて、ガラス繊維膜を存する抽出カラム上に吸引して載せる。こ のガラス繊維膜は、より良好なりNA吸着をもたらし最初の滴下中の損失を避け るために、0.2mlの7 M NaClO4,15%エタノール、10mM酢 酸ナトリウム、pH7,0を用いて予め状態調節されている。次いで、7 M  NaClO4中の溶出DNA溶液を減圧装置上で吸引してガラス繊維膜を通過さ せ、それにより直接シリカゲル層に吸着させる。該抽出カラムを、0.8mlの 70%エタノール、 100mM NaC1,10mM酢酸ナトリウム、pH7 ,0、及び0.8mlの90%エタノール/水で洗浄する。場合により、吸引し て空気を通すことにより痕跡量のエタノールを除去する。最後に、100μ■の lomM Tris−HCl、 I mM EDTA、 pt(8,0を用いて DNAを溶出し、別の1.5ml試験管に回収する。
前状態調節は、7 M NaCICL、 15%エタノール、10mM酢酸ナト リウム、po7.。
に浸い゛こ後乾燥させた膜を使用することによって行うこともできる。この前状 態調節により、吸着損失が30%から5%以下に減少し、DNAの総数率が50 −60%がら80−90%に増加する。
FIG、3 FIo7 FIG R FIo、9 FIo 10 1 1%j、/ l +−ノ、%J INTERNATIONAIJRREC)IERc)IENIIERIcHT1 □。、ゎ PCT/EP 92102775、 =、−++ PCT/EP 9 2102775

Claims (38)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.核酸、特にプラスミド又はゲノムDNAを細胞又は他の材料から単離及び精 製する方法であって、 a)核酸を含む細胞を消化して細胞破片を除去するか、又は核酸を含む他の試料 を陰イオン交換体で、即ち、低イオン強度のバッファー溶液中で処理し、b)そ の後、該核酸を高イオン強度のバッファーを用いて該陰イオン交換体から脱着し 、続いてそれにより C)該核酸を高イオン強度の当該バッファー中において、又は低級アルコール類 及び/又はポリ(エチレングリコール)の存在下で、無機質担体部材で処理して 、該無機質担体部材の表面に核酸を吸着させ、さらにd)水又は低イオン強度の バッファー溶液を用いて、該核酸の脱着を行う方法。
  2. 2.処理b)及びc)が連続して行われることを特徴とする、請求項1記載の方 法。
  3. 3.不溶性成分を機械的に除去するために遠心分離又は濾過処理を処理a)より 前に行う、請求項1及び/又は2に記載の方法。
  4. 4.処理a)及びb)の間に一回以上の洗浄処理を低イオン強度のバッファー溶 液を用いて、又は洗浄回数毎にイオン強度を上げたバッファーを用いて行う、請 求項1〜3の少なくとも一項に記載の方法。
  5. 5.処理c)及びd)の間に一回以上の洗浄処理を高イオン強度のバッファー溶 液を用いて行う、請求項1〜4の少なくとも一項に記載の方法。
  6. 6.処理c)及びd)の間に最低一回の洗浄処理をアルコール水溶液を用いて行 う、請求項1〜5の少なくとも一項に記載の方法。
  7. 7.請求項1の処理c)及びd)の間に、1.5モル過塩素酸ナトリウム溶液に 対応する幾分高いイオン強度及び相対的に低い5程度のpH値を用いて洗浄処理 を行う、請求項1〜6の少なくとも一項に記載の方法。
  8. 8.好ましくは高表面電荷を持つ陰イオン交換体を使用する、請求項1〜7の少 なくとも一項に記載の方法。
  9. 9.該核酸がPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)、SSSR(自立配列複製)、及 びリガーゼ連鎖反応に由来する、請求項1〜8の少なくとも一項に記載の方法。
  10. 10.該核酸が10ヌクレオチド〜200,000ヌクレオチドを含む、請求項 1〜9の少なくとも一項に記載の方法。
  11. 11.該核酸がバクテリア、細胞培養物、血液、組織、尿、ウィルス、又は他の 生物原料に由来する、請求項1〜10の少なくとも一項に記載の方法。
  12. 12.ラベルされた核酸、より詳しく言えば、ビオチンラベル化核酸;フルオレ セインイソチオシアネートラベル化のような蛍光ラベル化核酸;又は放射性ラベ ル化核酸を使用する、請求項1〜11の少なくとも一項に記載の方法。
  13. 13.該無機質担体として、シリカゲル、ガラス、ゼオライト類、酸化アルミニ ウム、二酸化チタン、二酸化ジルコニウム、カオリン、及び/又は珪藻土を使用 する、請求項1〜12の少なくとも一項に記載の方法。
  14. 14.1〜250μm、好ましくは10〜30μmの粒子径を持つ多孔質又は非 多孔質のマトリックスを使用する、請求項1〜13の少なくとも一項に記載の方 法。
  15. 15.1〜250μm、好ましくは1〜5μmの粒子径を持つシリカゲル態濁液 を使用する、請求項1〜14の少なくとも一項に記載の方法。
  16. 16.該陰イオン交換体の粒子径が1〜250μm、好ましくは10〜100μ mであり、孔の直径が1〜2,500mm、好ましくは100〜400mmであ る、請求項1〜15の少なくとも一項に記載の方法。
  17. 17.入口開口部(7)及び出口開口部(8)を有する中空体(1)を設え、該 中空体(1)中において固定具(5,6)の間にシリカゲルを基材とする第一の 粉末部材(10)が配置されている核酸を単離及び精製する装置であって、第二 の部材(11)が第一の部材(10)及び出口開口部(8)の間に置かれ、第一 及び第二の部材(10,11)が核酸に対して異なる吸着特性を有することを特 徴とする装置。
  18. 18.該固定具(5,6)が焼結ガラス或いはセラミックス(フリット類)の多 孔性枠又は、ポリエチレン、ポロプロピレン、ポリテトラフルオロエチレン、或 いはナイロンのようなプラスチック類の膜であることを特徴とする、請求項17 記載の装置。
  19. 19.該部材(10,11)が互いに直接隣接しており、即ち、別々の層であっ て固定具(5,6)により一つに合わされていることを特徴とする、請求項17 及び/又は18に記載の装置。
  20. 20.該部材(10,11)が分離具(13)によって分離されていること特徴 とする、請求項17〜19の少なくとも一項に記載の装置。
  21. 21.該分離具(13)が焼結ガラス(フリット類)の多孔性枠又は、好ましく はナイロン製の、プラスチック膜であることを特徴とする、請求項20記載の装 置。
  22. 22.該第二の部材(11)が、チャンネルを形成し中空体(1)よりも小さな 横断面を持つ導出管(18)中の固定具(5,15)の間に固定されていること を特徴とする、請求項17〜21の少なくとも一項に記載の装置。
  23. 23.該第二の部材(11)が共通の手段(17)だけによって第一の部材(1 0)から分離されていることを特徴とする、請求項22記載の装置。
  24. 24.該第一の部材(10)がシリカゲルを基材とする陰イオン交換体から成り 、他方第二の部材(11)がシリカガラスから成ることを特徴とする、請求項1 7〜23の少なくとも一項に記載の装置。
  25. 25.該部材類(10,11)が粉末形態及び/又は成形体であることを特徴と する、請求項17〜24の少なくとも一項に記載の装置。
  26. 26.該部材類(10,11)の粒子が不活性プラスチックのサポートネット中 に埋封されている、請求項17〜24の少なくとも一項に記載の装置。
  27. 27.該サポートネットがテフロンから成ることを特徴とする、請求項26記載 の装置。
  28. 28.該中空体(1)の中の、入口開口部(7)及び第一の部材(10)の間に 機械的フィルター装置として機能する別の層(12)が配置されていることを特 徴とする、請求項24〜27の少なくとも一項に記載の装置。
  29. 29.該第三の層(12)が、流れの方向にフィルターポア径が小さくなるアシ ンメトリックフィルターであることを特徴とする、請求項28記載の装置。
  30. 30.該アシンメトリックフィルターがポア径が小さくなる焼結ガラス又はポア 径が小さくなるプラスチック膜の積層から成る、請求項28及び/又は29のう ちの一つに記載の装置。
  31. 31.核酸を含む試料から、フェノール、フェノール/クロロホルム又はクロロ ホルム抽出を行わずに蛋白を除去するための、請求項1〜15の少なくとも一項 に記載の方法における、請求項17〜30の少なくとも一項に記載の装置の使用 。
  32. 32.請求項1〜16の少なくとも一項に記載の方法を実施するための洗浄バッ ファー及び吸着バッファーの使用であって、該溶液が1〜7Mの過塩素酸ナトリ ウム、1〜7Mのグアニジン−HC1、1〜5Mの塩化ナトリウム、1〜6Mの ヨウ化ナトリウム、1M塩化ナトリウム/20%エタノール、又はメタノール、 エタノール、プロパノール、イソプロパノール、ブタノールのような低級アルコ ール類及び/又はポリ(エチレングリコール)を含むことを特徴とする使用。
  33. 33.請求項1〜16の少なくとも一項に記載の方法において吸着された核酸を 溶出するためのバッファー系の使用であって、該バッファーが水及びpH値が5 〜9のトリス(Tris)を含む使用。
  34. 34.請求項1〜16の少なくとも一項に記載の方法において回収された核酸の 、制限処理、配列決定、増幅、又はラベル化のような酵素反応のうちの一つにお ける使用。
  35. 35.細胞又は他の原料からの核酸を単離及び精製する方法であって、a)細胞 破片及び他の位子を流れの方向にポア径が小さくなるフィルター層によって除去 し、 b)該溶出液をその後、低イオン強度のバッファー溶液中で陰イオン交換体によ り処理する方法。
  36. 36.請求項35記載の方法を実施するための装置であって、少なくとも一個の フィルター層(12,20,21,又は22)が実質的に円筒形の中空体(1) の内部に、二個の手段(5,6)の間に固定された陰イオン交換特性を持つ層( 10)よりも入口開口部(7)の方向から見て上流に配置されている装置。
  37. 37.細胞又は他の原料からの核酸を単離及び精製する方法であって、a)細胞 破片及び他の粒子を試料が流れる方向に見てフィルターポア径が小さくなるフィ ルター層によって除去し、 b)その後、該溶出液を高イオン強度のバッファー溶液中で無機質担体により処 理する方法。
  38. 38.請求項37記載の方法を実施するための装置であって、少なくとも一個の フィルター層(12,20,21,又は22)が実質的に円筒形の中空体(1) の内部に、二個の手段(5,6)の間に固定された、高イオン強度の各溶液にお いて核酸を結合することができる層(11)よりも入口開口部(7)の方向から 見て上流に配置されている装置。
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