JP7407128B2 - ハイスループットマルチオミクスサンプル解析 - Google Patents
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Description
本出願は、2018年5月3日に出願された米国仮特許出願第62/666,483号明細書の利益を主張するものであり、この仮特許出願は、全体が参照により本明細書に援用される。
確率バーコーディングなどのバーコーディングは、例えば、米国特許出願公開第2015/0299784号明細書、国際公開第2015/031691号パンフレット及びFu et al,Proc Natl Acad Sci U.S.A.2011 May 31;108(22):9026-31に記載されている(これらの刊行物のそれぞれの内容は、全体が参照により本明細書に援用される)。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるバーコードは、標的に確率標識(例えば、バーコード、タグ)を付けるのに使用され得るポリヌクレオチド配列であり得る確率バーコードであり得る。確率バーコードの異なるバーコード配列の数と、標識される標的のいずれかの存在の数との比率が1:1、2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1、11:1、12:1、13:1、14:1、15:1、16:1、17:1、18:1、19:1、20:1、30:1、40:1、50:1、60:1、70:1、80:1、90:1、100:1又はこれらの値のいずれか2つの間の数若しくは範囲或いはそのような値の近似値であり得る場合、バーコードは、確率バーコードと呼ばれ得る。標的は、同一又はほぼ同一の配列を有するmRNA分子を含むmRNA種であり得る。確率バーコードの異なるバーコード配列の数と、標識される標的のいずれかの存在の数との比率が少なくとも又は多くとも1:1、2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1、11:1、12:1、13:1、14:1、15:1、16:1、17:1、18:1、19:1、20:1、30:1、40:1、50:1、60:1、70:1、80:1、90:1若しくは100:1である場合、バーコードは、確率バーコードと呼ばれ得る。確率バーコードのバーコード配列は、分子標識と呼ばれ得る。
バーコードは、1つ以上のユニバーサル標識を含み得る。いくつかの実施形態において、1つ以上のユニバーサル標識は、所与の固体担体に結合されるバーコードのセット中の全てのバーコードについて同じであり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上のユニバーサル標識は、複数のビーズに結合される全てのバーコードについて同じであり得る。いくつかの実施形態において、ユニバーサル標識は、シーケンシングプライマーにハイブリダイズすることが可能な核酸配列を含み得る。シーケンシングプライマーは、ユニバーサル標識を含むバーコードをシーケンシングするために使用され得る。シーケンシングプライマー(例えば、ユニバーサルシーケンシングプライマー)は、ハイスループットシーケンシングプラットフォームに関連付けられるシーケンシングプライマーを含み得る。いくつかの実施形態において、ユニバーサル標識は、PCRプライマーにハイブリダイズすることが可能な核酸配列を含み得る。いくつかの実施形態において、ユニバーサル標識は、シーケンシングプライマー及びPCRプライマーにハイブリダイズすることが可能な核酸配列を含み得る。シーケンシングプライマー又はPCRプライマーにハイブリダイズすることが可能なユニバーサル標識の核酸配列は、プライマー結合部位と呼ばれ得る。ユニバーサル標識は、バーコードの転写を開始するのに使用され得る配列を含み得る。ユニバーサル標識は、バーコード又はバーコード内の領域の伸長に使用され得る配列を含み得る。ユニバーサル標識は、1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50ヌクレオチド長又はこれらの値のいずれか2つの間の数若しくは範囲或いはそのような値の近似値のヌクレオチド長であり得る。例えば、ユニバーサル標識は、少なくとも約10ヌクレオチドを含み得る。ユニバーサル標識は、少なくとも又は多くとも1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、100、200又は300ヌクレオチド長であり得る。いくつかの実施形態において、切断性リンカー又は修飾ヌクレオチドは、担体からバーコードを切断して除去することを可能にするユニバーサル標識配列の一部であり得る。
バーコードは、1つ以上の次元標識を含み得る。いくつかの実施形態において、次元標識は、標識化(例えば、確率標識化)が行われた次元に関する情報を提供する核酸配列を含み得る。例えば、次元標識は、標的にバーコードが付けられた時点に関する情報を提供することができる。次元標識は、サンプルのバーコーディング(例えば、確率バーコーディング)の時点に関連付けられ得る。次元標識は、標識化の時点で活性化され得る。異なる次元標識は、異なる時点で活性化され得る。次元標識は、標的、標的のグループ及び/又はサンプルにバーコードを付けた順序に関する情報を提供する。例えば、細胞集団は、細胞周期のG0期にバーコードを付けられ得る。細胞は、細胞周期のG1期にバーコード(例えば、確率バーコード)で再びパルスされ得る。細胞は、細胞周期のS期にバーコードで再びパルスされ得、他の時期も同様である。各パルス時(例えば、細胞周期の各期)のバーコードは、異なる次元標識を含み得る。このように、次元標識は、細胞周期のいずれの期に標的に標識したかに関する情報を提供する。次元標識は、多くの異なる生物時間を精査することができる。例示的な生物時間としては、限定はされないが、細胞周期、転写(例えば、転写開始)及び転写物分解が挙げられ得る。別の例において、サンプル(例えば、細胞、細胞集団)は、薬剤治療及び/又は療法前及び/又は後に標識を付けられ得る。固有の標的のコピー数の変化は、薬剤及び/又は療法に対するサンプルの反応の指標であり得る。
バーコードは、1つ以上の空間標識を含み得る。いくつかの実施形態において、空間標識は、バーコードに関連付けられる標的分子の空間配向に関する情報を提供する核酸配列を含み得る。空間標識は、サンプル中の座標に関連付けられ得る。座標は固定座標であり得る。例えば、座標は、基材を基準にして固定され得る。空間標識は、二次元又は三次元のグリッドを基準にし得る。座標は、ランドマークを基準にして固定され得る。ランドマークは、空間内で同定可能であり得る。ランドマークは、イメージング可能な構造であり得る。ランドマークは、生物学的構造体、例えば解剖学的ランドマークであり得る。ランドマークは、細胞ランドマーク、例えば細胞小器官であり得る。ランドマークは、色コード、バーコード、磁性、蛍光、放射能又はユニークなサイズ若しくは形状などの同定可能な識別子を有する構造体などの非天然ランドマークであり得る。空間標識は、物理的区画(例えば、ウェル、容器又はドロップレット)に関連付けられ得る。いくつかの実施形態において、空間内の1つ以上の位置にコードを付けるために、複数の空間標識が一緒に使用される。
バーコード(例えば、確率バーコード)は、1つ以上の細胞標識を含み得る。いくつかの実施形態において、細胞標識は、いずれの標的核酸がいずれの細胞に由来するかを決定するための情報を提供する核酸配列を含み得る。いくつかの実施形態において、細胞標識は、所与の固体担体(例えば、ビーズ)に結合される全てのバーコードについて同一であるが、異なる固体担体(例えば、ビーズ)について異なる。いくつかの実施形態において、同じ細胞標識を含む同じ固体担体上のバーコードのパーセンテージは、60%、70%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、100%又はこれらの値のいずれか2つの間の数若しくは範囲或いはそのような値の近似値であり得る。いくつかの実施形態において、同じ細胞標識を含む同じ固体担体上のバーコードのパーセンテージは、60%、70%、80%、85%、90%、95%、97%、99%若しくは100%又はそのような値の近似値であり得る。例えば、同じ固体担体上のバーコードの少なくとも60%が同じ細胞標識を含み得る。別の例として、同じ固体担体上のバーコードの少なくとも95%が同じ細胞標識を含み得る。
バーコードは、1つ以上のバーコード配列を含み得る。いくつかの実施形態において、バーコード配列は、バーコードにハイブリダイズされた標的核酸種の特定のタイプを同定するための情報を提供する核酸配列を含み得る。バーコード配列は、バーコード(例えば、標的結合領域)にハイブリダイズされた標的核酸種の特定の存在に対するカウンターを提供する(例えば、概算を提供する)核酸配列を含み得る。
バーコード(例えば、確率バーコード)は、1つ以上の分子標識を含み得る。分子標識は、バーコード配列を含み得る。いくつかの実施形態において、分子標識は、バーコードにハイブリダイズされた標的核酸種の特定のタイプを同定するための情報を提供する核酸配列を含み得る。分子標識は、バーコード(例えば、標的結合領域)にハイブリダイズされた標的核酸種の特定の存在に対するカウンターを提供する核酸配列を含み得る。
バーコードは、捕捉プローブなどの1つ以上の標的結合領域を含み得る。いくつかの実施形態において、標的結合領域は、対象の標的とハイブリダイズすることができる。いくつかの実施形態において、標的結合領域は、標的(例えば、標的核酸、標的分子、例えば分析される細胞核酸)、例えば特定の遺伝子配列に特異的にハイブリダイズする核酸配列を含み得る。いくつかの実施形態において、標的結合領域は、特定の標的核酸の特定の位置に結合(例えば、ハイブリダイズ)し得る核酸配列を含み得る。いくつかの実施形態において、標的結合領域は、制限酵素部位オーバーハング(例えば、EcoRI付着末端オーバーハング)への特異的なハイブリダイゼーションが可能な核酸配列を含み得る。次に、バーコードは、制限部位オーバーハングに相補的な配列を含む任意の核酸分子にライゲートし得る。
確率バーコード(例えば、確率バーコード)は、バーコードを配向(例えば、アラインメント)するのに使用され得る1つ以上の配向性を含み得る。バーコードは、等電点電気泳動用の部分を含み得る。異なるバーコードは、異なる等電点電気泳動点を含み得る。これらのバーコードがサンプルに導入される場合、サンプルは、バーコードを既知の形態に配向するために等電点電気泳動を行い得る。このように、配向性は、サンプルにおいてバーコードの既知のマップを作成するのに使用され得る。例示的な配向性としては、電気泳動移動度(例えば、バーコードのサイズに基づく)、等電点、スピン、伝導率及び/又はセルフアセンブリが挙げられる。例えば、セルフアセンブリの配向性を有するバーコードは、活性化時に特定の配向に自己集合し得る(例えば、核酸ナノ構造)。
バーコード(例えば、確率バーコード)は、1つ以上の親和性を含み得る。例えば、空間標識は、親和性を含み得る。親和性は、別のエンティティ(例えば、細胞受容体)へのバーコードの結合を促進し得る化学的及び/又は生物学的部分を含み得る。例えば、親和性は、抗体、例えばサンプル上の特定の部分(例えば、受容体)に特異的な抗体を含み得る。いくつかの実施形態において、抗体は、バーコードを特定の細胞型又は分子に誘導し得る。特定の細胞型若しくは分子及び/又はその近傍にある標的が標識化され得る(例えば、確率標識化される)。抗体はバーコードを特定の位置に誘導することができるため、親和性は、いくつかの実施形態において、空間標識のヌクレオチド配列に加えて、空間情報を提供することができる。抗体は、治療用抗体、例えばモノクローナル抗体又はポリクローナル抗体であり得る。抗体は、ヒト化されているか又はキメラであり得る。抗体は、ネイキッド抗体又は融合抗体であり得る。
バーコードは、1つ以上のユニバーサルアダプタープライマーを含み得る。例えば、遺伝子特異的確率バーコードなどの遺伝子特異的バーコードは、ユニバーサルアダプタープライマーを含み得る。ユニバーサルアダプタープライマーは、全てのバーコードに対してユニバーサルであるヌクレオチド配列を指し得る。ユニバーサルアダプタープライマーは、遺伝子特異的バーコードを構築するのに使用され得る。ユニバーサルアダプタープライマーは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30ヌクレオチド長又はこれらのヌクレオチド長のいずれか2つの間の数若しくは範囲或いはそのような値の近似値のヌクレオチド長であり得る。ユニバーサルアダプタープライマーは、少なくとも又は多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29若しくは30ヌクレオチド長であり得る。ユニバーサルアダプタープライマーは、5~30ヌクレオチド長であり得る。
バーコードが2つ以上のタイプの標識(例えば、2つ以上の細胞標識又は2つ以上のバーコード配列、例えば1つの分子標識)を含む場合、標識には、リンカー標識配列が組み入れられ得る。リンカー標識配列は、少なくとも約5、10、15、20、25、30、35、40、45、50又はそれを超えるヌクレオチド長であり得る。リンカー標識配列は、多くとも約5、10、15、20、25、30、35、40、45、50又はそれを超えるヌクレオチド長であり得る。ある場合には、リンカー標識配列は、12ヌクレオチド長である。リンカー標識配列は、バーコードの合成を促進するのに使用され得る。リンカー標識は、エラー訂正(例えば、ハミング)コードを含み得る。
本明細書に開示される確率バーコードなどのバーコードは、いくつかの実施形態において、固体担体と結合され得る。固体担体は、例えば、合成粒子であり得る。いくつかの実施形態において、固体担体上の複数のバーコード(例えば、第1の複数のバーコード)の確率バーコードの分子標識などのバーコード配列(例えば、第1のバーコード配列)の一部又は全てが少なくとも1ヌクレオチド異なる。同じ固体担体上のバーコードの細胞標識は、同じであり得る。異なる固体担体上のバーコードの細胞標識は、少なくとも1ヌクレオチド異なり得る。例えば、第1の固体担体上の第1の複数のバーコードの第1の細胞標識は、同じ配列を有し得、第2の固体担体上の第2の複数のバーコードの第2の細胞標識は、同じ配列を有し得る。第1の固体担体上の第1の複数のバーコードの第1の細胞標識及び第2の固体担体上の第2の複数のバーコードの第2の細胞標識は、少なくとも1ヌクレオチド異なり得る。細胞標識は、例えば、約5~20ヌクレオチド長であり得る。バーコード配列は、例えば、約5~20ヌクレオチド長であり得る。合成粒子は、例えば、ビーズであり得る。
本明細書において使用される際、基材は、あるタイプの固体担体を指し得る。基材は、本開示のバーコード又は確率バーコードを含み得る固体担体を指し得る。基材は、例えば、複数のマイクロウェルを含み得る。例えば、基材は、2つ以上のマイクロウェルを含むウェルアレイであり得る。いくつかの実施形態において、マイクロウェルは、規定の体積の小さい反応チャンバを含み得る。いくつかの実施形態において、マイクロウェルは、1つ以上の細胞を閉じ込めることができる。いくつかの実施形態において、マイクロウェルは、1つの細胞のみを閉じ込めることができる。いくつかの実施形態において、マイクロウェルは、1つ以上の固体担体を閉じ込めることができる。いくつかの実施形態において、マイクロウェルは、1つの固体担体のみを閉じ込めることができる。いくつかの実施形態において、マイクロウェルは、単一細胞及び単一固体担体(例えば、ビーズ)を閉じ込める。マイクロウェルは、本開示のバーコード試薬を含み得る。
本開示は、身体サンプル(例えば、組織、器官、腫瘍、細胞)の固有の位置における固有の標的の数を推定するための方法を提供する。本方法は、サンプルと近接させてバーコード(例えば、確率バーコード)を配置する工程、サンプルを溶解させる工程、固有の標的を、バーコードに関連付ける工程、標的を増幅する工程及び/又は標的をディジタルカウントする工程を含み得る。本方法は、バーコードの空間標識から得られた情報を分析する工程及び/又は視覚化する工程をさらに含み得る。いくつかの実施形態において、本方法は、サンプル中の複数の標的を視覚化する工程を含む。サンプルのマップに複数の標的をマッピングする工程は、サンプルの二次元マップ又は三次元マップを作製する工程を含み得る。二次元マップ及び三次元マップは、サンプル中の複数の標的にバーコードを付ける(例えば、確率バーコードを付ける)前又は後に作製され得る。サンプル中の複数の標的を視覚化する工程は、サンプルのマップに複数の標的をマッピングする工程を含み得る。サンプルのマップに複数の標的をマッピングする工程は、サンプルの二次元マップ又は三次元マップを作製する工程を含み得る。二次元マップ及び三次元マップは、サンプル中の複数の標的にバーコードを付ける前又は後に作製され得る。いくつかの実施形態において、二次元マップ及び三次元マップは、サンプルを溶解させる前又は後に作製され得る。二次元マップ又は三次元マップを作製する前又は後にサンプルを溶解させる工程は、サンプルを加熱する工程、サンプルを洗浄剤と接触させる工程、サンプルのpHを変化させる工程又はそれらの任意の組合せを含み得る。
本開示は、サンプル(例えば、細胞)を、本開示の基材と接触させるための方法を提供する。例えば、細胞、器官又は組織薄片を含むサンプルは、バーコード(例えば、確率バーコード)と接触され得る。細胞は、例えば、重力流によって接触され得、その場合、細胞は沈殿して単層を形成し得る。サンプルは、組織薄片であり得る。薄片は、基材上に配置され得る。サンプルは、一次元(例えば、平面表面を形成する)。サンプル(例えば、細胞)は、例えば、基材上に細胞を増殖させる/培養することによって基材全体に広げることができる。
細胞及びバーコードの分配後、細胞は、標的分子を遊離するように溶解され得る。細胞溶解は、様々な手段のいずれかにより、例えば化学的若しくは生化学的手段、浸透圧ショック又は熱溶解、機械溶解若しくは光学溶解により達成され得る。細胞は、洗浄剤(例えば、SDS、ドデシル硫酸Li、Triton X-100、Tween-20若しくはNP-40)、有機溶媒(例えば、メタノール若しくはアセトン)又は消化酵素(例えば、プロテイナーゼK、ペプシン若しくはトリプシン)或いはそれらの任意の組合せを含む細胞溶解緩衝液の添加によって溶解され得る。標的及びバーコードの関連付けを向上させるために、標的分子の拡散速度は、例えば、温度の低下及び/又は溶解物の粘度の増加によって変化され得る。
細胞の溶解及びそれからの核酸分子の放出後、核酸分子は、共局在化された固体担体のバーコードにランダムに関連付けられ得る。関連付けは、標的核酸分子の相補的部分へのバーコードの標的認識領域のハイブリダイゼーションを含み得る(例えば、バーコードのオリゴ(dT)は、標的のポリ(A)テールと相互作用し得る)。ハイブリダイゼーションに使用されるアッセイ条件(例えば、緩衝液pH、イオン強度、温度など)は、特定の安定なハイブリッドの形成を促進するように選択され得る。いくつかの実施形態において、溶解した細胞から放出された核酸分子は、基材上の複数のプローブに関連付けする(例えば、基材上のプローブとハイブリダイズする)ことができる。プローブがオリゴ(dT)を含む場合、mRNA分子は、プローブにハイブリダイズして、逆転写され得る。オリゴヌクレオチドのオリゴ(dT)部分は、cDNA分子の第1鎖合成のためのプライマーとして作用し得る。例えば、図2、ブロック216に示されるバーコーディングの非限定的な例において、mRNA分子は、ビーズ上のバーコードにハイブリダイズし得る。例えば、一本鎖ヌクレオチドフラグメントは、バーコードの標的結合領域にハイブリダイズし得る。
本開示は、(例えば、図2のブロック224で)逆転写を用いて、標的-バーコードコンジュゲートを生成するための方法を提供する。標的-バーコードコンジュゲートは、バーコードと、標的核酸の全て又は一部の相補的配列(すなわち確率バーコード付きcDNA分子などのバーコード付きcDNA分子)とを含み得る。関連付けられたRNA分子の逆転写は、逆転写酵素とともに逆転写プライマーを添加することによって起こり得る。逆転写プライマーは、オリゴ(dT)プライマー、ランダムヘキサヌクレオチドプライマー又は標的特異的オリゴヌクレオチドプライマーであり得る。オリゴ(dT)プライマーは、12~18ヌクレオチド長又は概ねそのようなヌクレオチド長であり得、哺乳動物mRNAの3’末端で内因性ポリ(A)テールに結合する。ランダムヘキサヌクレオチドプライマーは、様々な相補的部位でmRNAに結合し得る。標的特異的オリゴヌクレオチドプライマーは、典型的に、対象のmRNAを選択的にプライミングする。
1回以上の核酸増幅反応(例えば、図2のブロック228で)は、標識標的核酸分子の複数のコピーを生成するために行われ得る。増幅は、複数の標的核酸配列が同時に増幅される、多重方式で行われ得る。増幅反応は、核酸分子にシーケンシングアダプターを付加するのに使用され得る。増幅反応は、存在する場合、サンプル標識の少なくとも一部を増幅する工程を含み得る。増幅反応は、細胞標識及び/又はバーコード配列(例えば、分子標識)の少なくとも一部を増幅する工程を含み得る。増幅反応は、サンプルタグ、細胞標識、空間標識、バーコード配列(例えば、分子標識)、標的核酸又はそれらの組合せの少なくとも一部を増幅する工程を含み得る。増幅反応は、複数の核酸の0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、100%又はこれらの値のいずれか2つの間の範囲若しくは数を増幅する工程を含み得る。本方法は、サンプル標識、細胞標識、空間標識及び/又はバーコード配列(例えば、分子標識)を含む標的-バーコード分子の1つ以上のcDNAコピーを生成するために1回以上のcDNA合成反応を行う工程をさらに含み得る。
本明細書に開示されるものには、ハイスループットサンプル解析のための方法の実施形態が含まれる。本方法は、単一粒子を用いて単一細胞を区切るための任意のサンプル解析プラットフォーム又はシステム、例えばドロップレット(例えば、Chromium(商標)Single Cell 3’Solution(10X Genomics(San Francisco,CA)))、マイクロウェル(例えば、Rhapsody(商標)アッセイ(Becton,Dickinson and Company(Franklin Lakes,NJ)))、マイクロ流体チャンバ及びパターニングされた基材に基づいたプラットフォーム及びシステムとともに使用され得る。本方法は、ゲノム、ゲノムアクセシビリティ(例えば、クロマチンアクセシビリティ)及びメチロームを含むマルチオミクス情報を捕捉することができる。本方法は、トランスクリプトミクス解析、プロテオミクス解析及び/又はサンプル追跡のための方法とともに使用され得る。プロテオミクス解析のためのバーコーディングの使用は、内容全体が参照により本明細書に援用される米国特許出願第15/715028号明細書(米国特許出願公開第2018/0088112号明細書として公開されている)に記載されている。サンプル追跡のためのバーコーディングの使用は、内容全体が参照により本明細書に援用される米国特許出願第15/937,713号明細書(米国特許出願公開第2018/0346970号明細書として公開されている)に記載されている。いくつかの実施形態において、単一細胞のゲノミクス、クロマチンアクセシビリティ、メチロミクス、トランスクリプトミクス及びプロテオミクスなどのマルチオミクス情報がバーコーディングを用いて得られる。
いくつかの実施形態の方法及びキットにおいて、DNAフラグメントがトランスポソームを用いて生成され得る。本明細書において使用される際、「トランスポソーム」は、(i)dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼ及び(ii)捕捉配列を含むアダプターの少なくとも2つのコピーを含む。アダプターは、dsDNAの末端への付加のために構成され得る。したがって、アダプターは、該当する部分がdsDNA中の二本鎖切断を誘導した後、dsDNAの末端に捕捉配列を付加するために構成され得る。二本鎖ヌクレアーゼは、トランスポザーゼ(例えば、Tn5、Tn7、Tn10、Tc3又はMos1などのマリナー(mariner)トランスポザーゼ)、制限エンドヌクレアーゼ(例えば、EcoRI、NotI、HindIII、HhaI、BamH1若しくはSal I)、CRISPR関連タンパク質(例えば、Cas9若しくはCas12a)、二本鎖特異的ヌクレアーゼ(DSN)又はこれらの組合せなどの酵素を含み得る。トランスポザーゼなどの一部の二本鎖ヌクレアーゼがdsDNAフラグメントの末端へのアダプターの付加を促進し得る一方、他の例えば制限エンドヌクレアーゼは、促進しないものと考えられる。したがって、トランスポソームは、任意選択的に、リガーゼ(例えば、T4、T7又はTaq DNAリガーゼ)を含み得る。トランスポソームは、dsDNA、例えばクロマチン、メチル化dsDNA、転写開始複合体などを含む特定の構造に標的化され得ることがさらに考えられる。したがって、アダプターを、dsDNAを含む構造に標的化し、dsDNAを断片化し、dsDNAについての配列情報を得るようにdsDNAにバーコードを付けることにより、トランスポソームは、dsDNAを含む構造に関連付けられたDNA配列についての情報を提供することができる。したがって、トランスポソームは、トランスポソームを、dsDNA、例えば抗体(例えば、ヒストンH3のヒストンリン酸化S28に特異的に結合する抗体HTA28若しくは)若しくはそのフラグメント、アパタマー(核酸又はペプチド)又はDNA結合ドメイン(例えば、亜鉛フィンガー結合ドメイン)を含む構造に標的化する部分をさらに含み得る。本明細書に記載されるサンプル解析のいずれかの方法において、トランスポソームは、dsDNAを含む特定の構造、例えばクロマチン、特定のDNAメチル化状態、特定の細胞小器官中のDNAなどを標的にし得る。サンプル解析の方法は、トランスポソームによって標的にされる構造に関連付けられた特定のDNA配列、例えばクロマチンアクセス可能DNA、構築物DNA、細胞小器官DNAなどを同定し得るものと考えられる。いくつかの実施形態において、サンプル解析のためのキットが記載される。キットは、本明細書に記載されるトランスポソームと、本明細書に記載される複数のバーコードとを含み得る。バーコードは、本明細書に記載される粒子上に固定され得る。
ゲノム及びクロマチンアクセシビリティ情報を捕捉するために、シグナル、例えば、クロマチンアクセシビリティ解析のためのdsDNAフラグメントなどの対象のdsDNAフラグメントの数は、トランスポソーム428のポリ(dA)テールの前にプロモータ(例えば、T7プロモータ)を組み込むことによってさらに増幅され得る。例えば、dsDNA(例えば、gDNA)は、単一細胞系又はプラットフォーム416にロードする前に核452又は細胞内にインビトロ転写を組み込むことによってさらに(例えば、1000倍)増幅され得る。例えば、配列中のT7プロモータ502は、dsDNA(例えば、gDNA)フラグメントの末端に付加され得る。
いくつかの実施形態において、複数の核酸フラグメントを生成する工程は、制限酵素を用いて、dsDNA(例えば、gDNA)を断片化して、平滑末端を有する複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含む。dsDNA(例えば、gDNA)を断片化する工程は、dsDNA(例えば、gDNA)を、制限酵素と接触させて、平滑末端をそれぞれ有する複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含み得る。複数のdsDNAフラグメントの少なくとも1つは、平滑末端を含み得る。複数のdsDNAフラグメントの少なくとも1つは、5’オーバーハング又は3’オーバーハングを含み得る。複数のdsDNAフラグメントのいずれも平滑末端を含まないことがある。dsDNA(例えば、gDNA)を断片化する工程は、二本鎖gDNAを、制限酵素と接触させて、平滑末端を有する複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含み得る。dsDNAフラグメントの少なくとも1つ、一部又は全てが平滑末端を含み得る。
いくつかの実施形態において、複数の核酸フラグメントを生成する工程は、Cas12aのCas9などのCRISPR関連タンパク質を用いて、dsDNA(例えば、gDNA)を断片化して、複数の二本鎖デオキシリボ核酸(dsDNA)フラグメントを生成する工程を含む。dsDNA(例えば、gDNA)を断片化する工程は、二本鎖gDNAをCRISPR関連タンパク質と接触させて、複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含み得る。dsDNAフラグメントの少なくとも1つ、一部又は全ては、平滑末端を含み得る。いくつかの実施形態において、dsDNAの切断は、特定の配列又はモチーフを標的化するガイドRNA(gRNA)を用いて特定の配列又はモチーフに標的化され得、それにより、CRISPR関連タンパク質は、特定の配列又はモチーフにおける二本鎖切断を誘導するものと考えられる。
いくつかの実施形態において、(例えば、制限酵素又はCRISPR関連タンパク質を用いて)複数の核酸フラグメントを生成する工程は、(例えば、図4A~4Bを参照して説明されるブロック410)捕捉配列に相補的な配列を含むアダプターの2つのコピーを複数のdsDNAフラグメントの少なくとも一部(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、100、1000、10000、100000、1000000、10000000又はそれを超える)に付加して、複数のdsDNAフラグメント(例えば、平滑末端を有する複数のdsDNAフラグメント)を生成する工程を含む。アダプターの2つのコピーを付加する工程は、アダプターの2つのコピーを複数のdsDNAフラグメントの少なくとも一部(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、100、1000、10000、100000、1000000、10000000又はそれを超える)にライゲートして、アダプターを含む複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、複数の核酸フラグメントを生成する工程は、制限酵素を用いて、dsDNA(例えば、gDNA)を断片化して、オーバーハングを有する複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含み、それによりアダプターを加える必要がなくなる。dsDNA(例えば、gDNA)を断片化する工程は、dsDNA(例えば、gDNA)を、制限酵素と接触させて、複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含むことができ、ここで、複数のdsDNAフラグメントの少なくとも1つは、捕捉配列を含む。捕捉配列は、5’オーバーハングの配列に相補的であり得る。捕捉配列に相補的な配列は、5’オーバーハングの配列を含み得る。
図4A~4Bを参照すると、クロマチンアクセシビリティ情報406aを捕捉するために、核452が酵素カッター(例えば、トランスポザーゼ、制限酵素及びCas9)とともにインキュベートされ得、dsDNA(例えば、gDNA)フラグメントに、アダプター432a、432bが付加され得る。切断は、クロマチンが露出される(例えば、最も露出される、平均より露出される及び望ましい程度に露出される)位置において起こり得る。例えば、トランスポザーゼ432は、アダプター432a、432bを、dsDNA(例えば、gDNA)中に挿入し得る。
ゲノム情報406bを捕捉するために、核452は、酵素カッターに供し、アダプターを付加する前に、まず試薬に曝されて、ヌクレオソーム構造を消化し得る(408)(例えば、ヌクレオソーム/ヒストンタンパク質を除去するために)。いくつかの実施形態において、dsDNA(例えば、gDNA)に関する情報を決定する工程は、得られたシーケンシングデータ中の複数のssDNAフラグメント442の配列に基づいてdsDNA(例えば、gDNA)のゲノム情報406bを決定する工程を含む。本方法は、二本鎖dsDNA(例えば、gDNA)に関連付けられたヌクレオソームを消化する工程408を含み得る。dsDNA(例えば、gDNA)のゲノム情報を決定する工程は、複数のssDNAフラグメント442の配列をdsDNA(例えば、gDNA)の参照配列とアラインメントすることにより、dsDNA(例えば、gDNA)の少なくとも部分配列を決定する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、細胞の全又は部分ゲノムが決定され得る。いくつかの実施形態において、dsDNAは、細胞のゲノムDNA(gDNA)である。いくつかの実施形態において、dsDNAは、細胞小器官、例えばミトコンドリア又は葉緑体のゲノムDNAである。
メチローム情報406cを捕捉するために、dsDNA(例えば、gDNA)フラグメントが捕捉プローブ444によって捕捉され、一本鎖442を保持した後、バイサルファイト処理422を用いて、メチルシトシン塩基454mcをチミン塩基に変化させる。続いて、dsDNA(例えば、gDNA)がRT 424又はDNAポリメラーゼによってコピーされ得る。
いくつかの実施形態において、本方法は、複数のバーコード444を用いて、複数の標的(例えば、核452中の標的)にバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的を生成する工程と;バーコード付き標的のシーケンシングデータを得る工程とを含み得る。標的は、mRNA標的、サンプルインデックス付加オリゴヌクレオチド(例えば、全体が参照により本明細書に援用される米国特許出願第15/937,713号明細書(米国特許出願公開第2018/0346970号明細書として公開されている)に記載されている)及びタンパク質発現を決定するためのオリゴヌクレオチド(例えば、全体が参照により本明細書に援用される米国特許出願第15/715028号明細書(米国特許出願公開第2018/0088112号明細書として公開されている)に記載されている)などの核酸標的であり得る。いくつかの実施形態において、ゲノム、クロマチンアクセシビリティ、メチローム、トランスクリプトーム及びプロテオーム情報の2つ以上が単一細胞内で決定され得る。
いくつかの実施形態において、バーコードを付ける工程424は、細胞416を単一細胞プラットフォームにロードする工程を含む。ssDNAフラグメント442又は核酸は、バーコードを付ける工程のために捕捉配列434にハイブリダイズし得る420。バーコード付きssDNAフラグメント446、相補体、逆相補体446rc又はそれらの組合せは、図3を参照して記載されるようにシーケンシング前及び/又はシーケンシングのために増幅され得る426。
いくつかの実施形態において、核酸試薬は、捕捉配列、バーコード、プライマー結合部位及び二本鎖DNA結合剤を含むか、それから本質的になるか又はそれからなる。核酸試薬のバーコードは、識別子配列を含むことができ、これは、バーコードが核酸試薬に関連付けられることを示す。任意選択的に、本明細書に記載される方法及びキットによれば、異なる分子核酸試薬は、異なるバーコード配列を含み得る。核酸は、本明細書に記載されるサンプル解析の方法のいずれかに使用され得る。いくつかの実施形態において、キットは、本明細書に記載される核酸試薬を含むか、それから本質的になるか又はそれからなる。任意選択的に、キットは、本明細書に記載される固体担体(例えば、粒子)をさらに含む。本明細書に記載される複数のバーコードは、固体担体上に固定され得る。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔1〕サンプル解析の方法であって、
細胞からの二本鎖デオキシリボ核酸(dsDNA)を、トランスポソームであって、dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼ及び捕捉配列を含む5’オーバーハングを有するアダプターの2つのコピーを含むトランスポソームと接触させて、前記5’オーバーハングの2つのコピーをそれぞれ含む複数のオーバーハングdsDNAフラグメントを生成する工程と;
複数のバーコードを用いて、前記複数のオーバーハングDNAフラグメントにバーコードを付けて、複数のバーコード付きDNAフラグメントを生成する工程であって、前記複数のバーコードのそれぞれは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、同一の細胞標識配列を含む、工程と;
前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの配列を検出する工程と;
シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの配列に基づいて、前記dsDNA配列を、dsDNAを含む前記構造に関連付ける情報を決定する工程と
を含む方法。
〔2〕前記複数のオーバーハングdsDNAフラグメントをポリメラーゼと接触させて、前記5’オーバーハングの少なくとも一部に相補的な配列をそれぞれ含む複数の相補的dsDNAフラグメントを生成する工程と;
前記複数の相補的dsDNAフラグメントを変性して、複数の一本鎖DNA(ssDNA)フラグメントを生成する工程と
をさらに含み、前記ssDNAフラグメントは、バーコードを付けられ、それによって前記DNAフラグメントにバーコードを付ける、前記〔1〕に記載の方法。
〔3〕サンプル解析の方法であって、
細胞からの二本鎖デオキシリボ核酸(dsDNA)から複数の核酸フラグメントを生成する工程であって、前記複数の核酸フラグメントのそれぞれは、捕捉配列、前記捕捉配列の相補体、前記捕捉配列の逆相補体又はそれらの組合せを含む、工程と;
複数のバーコードを用いて、前記複数の核酸フラグメントにバーコードを付けて、複数のバーコード付きDNAフラグメントを生成する工程であって、前記複数のバーコードのそれぞれは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、同一の細胞標識配列を含む、工程と;
前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの配列を検出する工程と
を含む方法。
〔4〕前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの配列に基づいて、前記dsDNA配列を、前記dsDNAを含む構造に関連付ける情報を決定する工程をさらに含む、前記〔3〕に記載の方法。
〔5〕前記複数の核酸フラグメントを生成する工程は、
前記dsDNAを、トランスポソームであって、dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼ及び前記捕捉配列を含むアダプターの2つのコピーを含むトランスポソームと接触させて、前記捕捉配列に相補的な配列をそれぞれ含む複数の相補的dsDNAフラグメントを生成する工程
を含む、前記〔3〕又は〔4〕に記載の方法。
〔6〕前記複数の核酸フラグメントを生成する工程は、
前記dsDNAを、トランスポソームであって、dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼ及び捕捉配列を含む5’オーバーハングを有するアダプターの2つのコピーを含むトランスポソームと接触させて、前記5’オーバーハングの2つのコピーをそれぞれ含む複数のオーバーハングdsDNAフラグメントを生成する工程と;
前記5’オーバーハングを含む前記複数のオーバーハングdsDNAフラグメントをポリメラーゼと接触させて、前記5’オーバーハングの少なくとも一部に相補的な配列をそれぞれ含む複数の相補的dsDNAフラグメントを生成する工程と
を含む、前記〔3〕又は〔4〕に記載の方法。
〔7〕前記バーコード付きDNAフラグメントは、バーコード付き一本鎖DNAである、前記〔3〕~〔6〕のいずれか一項に記載の方法。
〔8〕前記複数の相補的dsDNAフラグメントのいずれもオーバーハングを含まない、前記〔1〕又は〔6〕に記載の方法。
〔9〕前記アダプターは、トランスポゾンのDNA末端配列を含む、前記〔1〕、〔2〕又は〔5〕~〔7〕のいずれか一項に記載の方法。
〔10〕前記二本鎖ヌクレアーゼは、Tn5トランスポザーゼなどのトランスポザーゼを含む、前記〔1〕又は〔5〕~〔8〕のいずれか一項に記載の方法。
〔11〕前記複数の核酸フラグメントを生成する工程は、前記dsDNAを断片化して、複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含む、前記〔3〕~〔10〕のいずれか一項に記載の方法。
〔12〕前記dsDNAを断片化する工程は、前記dsDNAを制限酵素と接触させて、平滑末端をそれぞれ有する前記複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含む、前記〔11〕に記載の方法。
〔13〕前記複数のdsDNAフラグメントの少なくとも1つは、平滑末端を含む、前記〔11〕に記載の方法。
〔14〕前記複数のdsDNAフラグメントの少なくとも1つは、5’オーバーハング及び/又は3’オーバーハングを含む、前記〔11〕に記載の方法。
〔15〕前記複数のdsDNAフラグメントのいずれも平滑末端を含まない、前記〔11〕に記載の方法。
〔16〕前記dsDNAを断片化する工程は、前記dsDNAをCas9又はCas12aなどのCRISPR関連タンパク質と接触させて、前記複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含む、前記〔11〕に記載の方法。
〔17〕前記複数の核酸フラグメントを生成する工程は、
捕捉配列に相補的な配列を含むアダプターの2つのコピーを前記複数のdsDNAフラグメントに付加して、複数の核酸フラグメントを生成する工程
を含む、前記〔11〕~〔16〕のいずれか一項に記載の方法。
〔18〕前記アダプターの前記2つのコピーを付加する工程は、前記アダプターの前記2つのコピーを前記複数のdsDNAフラグメントにライゲートして、前記アダプターを含む前記複数の核酸フラグメントを生成する工程を含む、前記〔17〕に記載の方法。
〔19〕前記捕捉配列は、ポリ(dT)領域を含む、前記〔1〕~〔18〕のいずれか一項に記載の方法。
〔20〕前記捕捉配列に相補的な前記配列は、ポリ(dA)領域を含む、前記〔2〕又は〔5〕~〔18〕のいずれか一項に記載の方法。
〔21〕前記dsDNAを断片化する工程は、前記dsDNAを制限酵素と接触させて、前記複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含み、前記複数のdsDNAフラグメントの少なくとも1つは、前記捕捉配列を含む、前記〔11〕に記載の方法。
〔22〕前記捕捉配列は、前記5’オーバーハングの配列に相補的である、前記〔14〕に記載の方法。
〔23〕前記捕捉配列に相補的な前記配列は、前記5’オーバーハングの前記配列を含む、前記〔22〕に記載の方法。
〔24〕前記dsDNAは、前記接触中に核内にある、前記〔1〕~〔23〕のいずれか一項に記載の方法。
〔25〕前記核を透過処理して、透過処理された核を生成する工程を含む、前記〔24〕に記載の方法。
〔26〕前記核を透過処理する前に、前記核を含む細胞を固定する工程を含む、前記〔25〕に記載の方法。
〔27〕前記複数の核酸フラグメントを変性して、複数のssDNAフラグメントを生成する工程を含み、前記複数の核酸フラグメントにバーコードを付ける工程は、前記複数のバーコードを用いて、前記複数のssDNAフラグメントにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程を含む、前記〔5〕~〔26〕のいずれか一項に記載の方法。
〔28〕前記アダプターは、プロモータ配列を含む、前記〔5〕~〔27〕のいずれか一項に記載の方法。
〔29〕前記複数の核酸フラグメントを生成する工程は、インビトロ転写を用いて、前記複数のdsDNAフラグメントを転写して、複数のリボ核酸(RNA)分子を生成する工程を含み、前記複数の核酸フラグメントにバーコードを付ける工程は、前記複数のRNA分子にバーコードを付ける工程を含む、前記〔28〕に記載の方法。
〔30〕前記プロモータ配列は、T7プロモータ配列を含む、前記〔28〕又は〔29〕に記載の方法。
〔31〕前記dsDNA配列を前記構造に関連付ける前記情報を決定する工程は、得られた前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの前記配列に基づいて、前記dsDNAのクロマチンアクセシビリティを決定する工程を含む、前記〔1〕、〔2〕又は〔4〕~〔30〕のいずれか一項に記載の方法。
〔32〕前記dsDNAの前記クロマチンアクセシビリティを決定する工程は、
前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの前記配列を前記dsDNAの参照配列とアラインメントする工程と;
前記複数のバーコード付きDNAフラグメントのバーコード付きDNAフラグメントの末端に対応する前記dsDNAの領域を、閾値を超えるアクセシビリティを有するものと同定する工程と
を含む、前記〔31〕に記載の方法。
〔33〕前記dsDNAの前記クロマチンアクセシビリティを決定する工程は、
前記複数のssDNAフラグメントの配列を前記dsDNAの参照配列とアラインメントする工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記複数のssDNAフラグメントの前記ssDNAフラグメントの数に基づいて、前記複数のssDNAフラグメントのssDNAフラグメントの末端に対応する前記dsDNAの領域のアクセシビリティを決定する工程と
を含む、前記〔31〕に記載の方法。
〔34〕前記dsDNAに関する前記情報を決定する工程は、得られた前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの前記配列に基づいて前記dsDNAのゲノム情報を決定する工程を含む、前記〔1〕、〔2〕又は〔4〕~〔30〕のいずれか一項に記載の方法。
〔35〕前記dsDNAに関連付けられたヌクレオソームを消化する工程をさらに含む、前記〔34〕に記載の方法。
〔36〕前記dsDNAの前記ゲノム情報を決定する工程は、前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの前記配列を前記dsDNAの参照配列とアラインメントすることにより、前記dsDNAの少なくとも部分配列を決定する工程を含む、前記〔34〕又は〔35〕に記載の方法。
〔37〕前記dsDNA配列を、dsDNAを含む前記構造に関連付ける前記情報を決定する工程は、得られた前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの前記配列に基づいて前記dsDNAのメチローム情報を決定する工程を含む、前記〔1〕、〔2〕又は〔4〕~〔36〕のいずれか一項に記載の方法。
〔38〕前記細胞の前記dsDNAに関連付けられたヌクレオソームを消化する工程をさらに含む、前記〔37〕に記載の方法。
〔39〕前記複数のオーバーハングDNAフラグメント又は複数の核酸フラグメントの複数の一本鎖DNAのシトシン塩基のバイサルファイト変換を行って、ウラシル塩基を含む複数のバイサルファイト変換されたssDNAを生成する工程をさらに含む、前記〔37〕又は〔38〕に記載の方法。
〔40〕前記複数のオーバーハングDNAフラグメントにバーコードを付ける工程又は前記複数の核酸フラグメントにバーコードを付ける工程は、前記複数のバーコードを用いて、複数のバイサルファイト変換されたssDNAにバーコードを付けて、複数のバーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程を含む、前記〔39〕に記載の方法。
〔41〕前記メチローム情報を決定する工程は、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの位置がチミン塩基を有するかどうか及び前記dsDNAの参照配列における対応する位置がシトシン塩基を有するかどうかを決定して、前記dsDNAにおける前記対応する位置がメチルシトシン塩基を有することを決定する工程
を含む、前記〔37〕~〔40〕のいずれか一項に記載の方法。
〔42〕前記バーコードを付ける工程は、
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のDNAフラグメント又は前記複数の核酸フラグメントに確率バーコードを付けて、複数の確率バーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程
を含む、前記〔1〕~〔41〕のいずれか一項に記載の方法。
〔43〕前記バーコードを付ける工程は、
粒子に関連付けられた前記複数のバーコードを用いて、前記複数のDNAフラグメント又は複数の核酸フラグメントにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程
を含み、前記粒子に関連付けられた前記バーコードは、同一の細胞標識配列及び少なくとも100の異なる分子標識配列を含む、前記〔1〕~〔41〕のいずれか一項に記載の方法。
〔44〕前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードは、前記粒子上に固定される、前記〔43〕に記載の方法。
〔45〕前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードは、前記粒子上に部分的に固定される、前記〔43〕に記載の方法。
〔46〕前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードは、前記粒子に封入される、前記〔43〕に記載の方法。
〔47〕前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードは、前記粒子に部分的に封入される、前記〔43〕に記載の方法。
〔48〕前記粒子は、崩壊性である、前記〔44〕~〔47〕のいずれか一項に記載の方法。
〔49〕前記粒子は、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、前記〔44〕~〔47〕のいずれか一項に記載の方法。
〔50〕前記粒子は、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ又はそれらの任意の組合せを含む、前記〔43〕~〔49〕のいずれか一項に記載の方法。
〔51〕前記粒子は、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、前記〔43〕~〔50〕のいずれか一項に記載の方法。
〔52〕前記粒子の前記バーコードは、少なくとも1000の異なる分子標識配列を有する分子標識を含む、前記〔43〕~〔51〕のいずれか一項に記載の方法。
〔53〕前記粒子の前記バーコードは、少なくとも10000の異なる分子標識配列を有する分子標識を含む、前記〔43〕~〔52〕のいずれか一項に記載の方法。
〔54〕前記バーコードの前記分子標識は、ランダム配列を含む、前記〔42〕~〔53〕のいずれか一項に記載の方法。
〔55〕前記粒子は、少なくとも10000のバーコードを含む、前記〔43〕~〔54〕のいずれか一項に記載の方法。
〔56〕前記複数のssDNAフラグメントにバーコードを付ける工程は、
前記複数のssDNAフラグメントを前記複数のバーコードの前記捕捉配列と接触させる工程と;
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のssDNAを転写して、前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程と
を含む、前記〔42〕~〔55〕のいずれか一項に記載の方法。
〔57〕前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントの前記シーケンシングデータを得る前に、前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントを増幅して、複数の増幅されたバーコード付きDNAフラグメントを生成する工程を含む、前記〔42〕~〔56〕のいずれか一項に記載の方法。
〔58〕前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントを増幅する工程は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって前記バーコード付きssDNAフラグメントを増幅する工程を含む、前記〔57〕に記載の方法。
〔59〕前記複数のバーコードを用いて、前記核の複数の標的にバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的を生成する工程と;
前記バーコード付き標的のシーケンシングデータを得る工程と
を含む、前記〔1〕~〔58〕のいずれか一項に記載の方法。
〔60〕前記細胞からの前記dsDNAは、核DNA、核小体DNA、ゲノムDNA、ミトコンドリアDNA、葉緑体DNA、構築物DNA、ウイルスDNA又は前記列挙された項目の2つ以上の組合せからなる群から選択される、前記〔1〕~〔59〕のいずれか一項に記載の方法。
〔61〕前記5’オーバーハングは、ポリdT配列を含む、前記〔1〕、〔2〕又は〔4〕~〔60〕のいずれか一項に記載の方法。
〔62〕前記複数のバーコード付きDNAフラグメントのssDNAフラグメントを、前記捕捉配列、前記細胞標識配列及び前記分子標識配列を含むオリゴヌクレオチドを含む粒子上に捕捉する工程であって、前記捕捉配列は、前記ssDNAフラグメント上のポリAテールに結合するポリdT配列を含み、前記捕捉されたssDNAフラグメントは、メチル化シチジンを含む、工程と;
前記ssDNAフラグメントにおいてバイサルファイト変換反応を行って、前記メチル化シチジンをチミジンに変換する工程と;
前記ssDNAフラグメントを5’-3’方向に伸長して、前記チミジンを含む前記バーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程であって、前記バーコード付きssDNAは、前記捕捉配列、分子標識配列及び細胞標識配列を含む、工程と;
逆転写酵素若しくはポリメラーゼ又はその組合せを用いて、前記オリゴヌクレオチドを5’-3’方向に伸長して、前記チミジンを含む前記バーコード付きssDNAに相補的な相補的DNA鎖を生成する工程と;
前記バーコード付きssDNA及び相補的DNA鎖を変性して、一本鎖配列を生成する工程と;
前記一本鎖配列を増幅する工程と
をさらに含む、前記〔2〕、〔7〕又は〔9〕~〔61〕のいずれか一項に記載の方法。
〔63〕前記シーケンシングデータ中のssDNAフラグメントの位置が前記バイサルファイト変換反応後にチミン塩基を有するかどうか及び前記dsDNAの参照配列における対応する位置がシトシン塩基を有するかどうかを決定し、それによって前記ssDNAフラグメントの前記位置がメチル化シトシンを含むことを示す工程をさらに含む、前記〔62〕に記載の方法。
〔64〕前記トランスポソームの前記二本鎖ヌクレアーゼは、トランスポザーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、CRISPR関連タンパク質、二本鎖特異的ヌクレアーゼ又はこれらの組合せからなる群から選択される、前記〔1〕若しくは〔2〕又は〔5〕~〔63〕のいずれか一項に記載の方法。
〔65〕前記トランスポソームは、抗体若しくはそのフラグメント、アパトタマー又はdsDNAを含む前記構造に結合するDNA結合ドメインをさらに含む、前記〔1〕若しくは〔2〕又は〔5〕~〔64〕のいずれか一項に記載の方法。
〔66〕前記トランスポソームは、リガーゼをさらに含む、前記〔1〕若しくは〔2〕又は〔5〕~〔65〕のいずれか一項に記載の方法。
〔67〕捕捉配列と;
バーコードと;
プライマー結合部位と;
二本鎖DNA結合剤と
を含む核酸試薬。
〔68〕原形質膜不透過性である、前記〔67〕に記載の核酸試薬。
〔69〕死細胞に特異的に結合するように構成される、前記〔67〕又は〔68〕に記載の核酸試薬。
〔70〕生細胞に結合しない、前記〔67〕又は〔68〕に記載の核酸試薬。
〔71〕前記捕捉配列は、ポリ(A)領域を含む、前記〔67〕~〔70〕のいずれか一項に記載の核酸試薬。
〔72〕前記プライマー結合部位は、ユニバーサルプライマー結合部位を含む、前記〔67〕~〔71〕のいずれか一項に記載の核酸試薬。
〔73〕細胞を核酸試薬と接触させる工程であって、前記核酸試薬は、
捕捉配列;
バーコード;
プライマー結合部位;及び
二本鎖DNA結合剤
を含み、前記細胞は、死細胞であり、前記核酸結合試薬は、前記死細胞内の二本鎖DNAに結合する、工程と;
前記死細胞を洗浄して、過剰な前記核酸結合試薬を除去する工程と;
前記死細胞を溶解させ、それによって前記核酸結合試薬を放出する工程と;
前記核酸結合試薬にバーコードを付ける工程と
をさらに含む、前記〔1〕~〔66〕のいずれか一項に記載の方法。
〔74〕前記細胞は、細胞標識配列を含むオリゴヌクレオチドを含む固体担体に関連付けられ、バーコードを付ける工程は、前記細胞標識配列で前記核酸結合試薬にバーコードを付ける工程を含む、前記〔73〕に記載の方法。
〔75〕前記固体担体は、前記細胞標識配列及び異なる分子標識配列をそれぞれ含む複数の前記オリゴヌクレオチドを含む、前記〔74〕に記載の方法。
〔76〕前記バーコード付き核酸結合試薬をシーケンシングする工程と;
前記核酸試薬の前記バーコードの存在に基づいて死細胞の存在を決定する工程と
をさらに含む、前記〔73〕~〔75〕のいずれか一項に記載の方法。
〔77〕2つ以上の細胞を、異なる細胞標識を含む異なる固体担体にそれぞれ関連付ける工程であって、それにより、前記2つ以上の細胞のそれぞれは、異なる細胞標識と1対1で関連付けられる、工程をさらに含む、前記〔73〕~〔76〕のいずれか一項に記載の方法。
〔78〕核酸試薬のバーコードに関連付けられたユニークな前記細胞標識の数に基づいて、サンプル中の死細胞の数を決定する工程をさらに含む、前記〔77〕に記載の方法。
〔79〕前記細胞標識に関連付けられた固有の配列を有する分子標識配列及びコントロールバーコード配列の数を決定する工程は、前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の固有の配列を有する分子標識配列及び前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、前記〔73〕~〔78〕のいずれか一項に記載の方法。
〔80〕前記核酸結合試薬は、生細胞に入らず、且つしたがって前記生細胞内の二本鎖DNAに結合しない、前記〔67〕~〔71〕のいずれか一項に記載の方法。
〔81〕死細胞を、一意識別子オリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬と接触させる工程であって、それにより、前記タンパク質結合試薬は、前記死細胞のタンパク質に結合する、工程と;
前記一意識別子オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程と
をさらに含む、前記〔73〕~〔80〕のいずれか一項に記載の方法。
〔82〕前記タンパク質結合試薬は、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、インベイシン又はそれらの組合せを含む、前記〔81〕に記載の方法。
〔83〕前記タンパク質結合試薬のタンパク質標的は、10~100の異なるタンパク質標的を含む群から選択されるか、又は前記細胞成分結合試薬の細胞成分標的は、10~100の異なる細胞成分標的を含む群から選択される、前記〔81〕又は〔82〕に記載の方法。
〔84〕前記タンパク質結合試薬のタンパク質標的は、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞受容体、T細胞受容体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、受容体、インテグリン、細胞内タンパク質又はそれらの任意の組合せを含む、前記〔81〕~〔83〕のいずれか一項に記載の方法。
〔85〕前記タンパク質結合試薬は、細胞表面タンパク質に結合する抗体又はそのフラグメントを含む、前記〔81〕~〔84〕のいずれか一項に記載の方法。
〔86〕前記バーコードを付ける工程は、分子標識配列を含むバーコードによるものである、前記〔73〕~〔85〕のいずれか一項に記載の方法。
〔87〕サンプル解析の方法であって、
サンプルの死細胞を核酸結合試薬と接触させる工程であって、前記核酸結合試薬は、
捕捉配列;
バーコード;
プライマー結合部位;及び
二本鎖DNA結合剤
を含み、前記核酸結合試薬は、前記死細胞内の二本鎖DNAに結合する、工程と;
過剰な核酸結合試薬を前記死細胞から除去する工程と;
前記死細胞を溶解させ、それによって前記死細胞から前記核酸結合試薬を放出する工程と;
前記核酸結合試薬にバーコードを付ける工程と
を含む方法。
〔88〕バーコードを付ける工程は、前記死細胞をビーズなどの固体担体上に捕捉する工程を含み、前記固体担体は、細胞標識配列及び分子標識配列を含む、前記〔87〕に記載の方法。
〔89〕各細胞標識配列に関連付けられた固有の分子標識配列の数を決定する工程と;
分子標識配列に関連付けられた固有の細胞標識配列の数に基づいて、前記サンプル中の死細胞の数を決定する工程と
をさらに含む、前記〔87〕又は〔88〕に記載の方法。
〔90〕前記細胞標識に関連付けられた固有の配列を有する分子標識配列及びコントロールバーコード配列の数を決定する工程は、
シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の固有の配列を有する分子標識配列の数を決定する工程
を含む、前記〔87〕~〔89〕のいずれか一項に記載の方法。
〔91〕死細胞を、一意識別子オリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬と接触させる工程であって、それにより、前記タンパク質結合試薬は、前記死細胞のタンパク質に結合する、工程と;
前記一意識別子オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程と
をさらに含む、前記〔79〕~〔90〕のいずれか一項に記載の方法。
〔92〕前記タンパク質結合試薬は、同一の配列を有する2つ以上のサンプルインデックス付加オリゴヌクレオチドに関連付けられる、前記〔87〕~〔91〕のいずれか一項に記載の方法。
〔93〕前記タンパク質結合試薬は、異なるサンプルインデックス付加配列を有する2つ以上のサンプルインデックス付加オリゴヌクレオチドに関連付けられる、前記〔87〕~〔92〕のいずれか一項に記載の方法。
〔94〕前記タンパク質結合試薬は、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、インベイシン又はそれらの組合せを含む、前記〔88〕~〔93〕のいずれか一項に記載の方法。
〔95〕前記タンパク質結合試薬のタンパク質標的は、10~100の異なるタンパク質標的を含む群から選択されるか、又は前記細胞成分結合試薬の細胞成分標的は、10~100の異なる細胞成分標的を含む群から選択される、前記〔88〕~〔94〕のいずれか一項に記載の方法。
〔96〕前記タンパク質結合試薬のタンパク質標的は、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞受容体、T細胞受容体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、受容体、インテグリン、細胞内タンパク質又はそれらの任意の組合せを含む、前記〔88〕~〔95〕のいずれか一項に記載の方法。
〔97〕前記タンパク質結合試薬は、細胞表面タンパク質に結合する抗体又はそのフラグメントを含む、前記〔88〕~〔96〕のいずれか一項に記載の方法。
〔98〕サンプル解析の方法であって、
細胞からの二本鎖デオキシリボ核酸(dsDNA)を、トランスポソームであって、dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼ及び捕捉配列を含む5’オーバーハングを有するアダプターの2つのコピーを含むトランスポソームと接触させて、前記5’オーバーハングの2つのコピーをそれぞれ含む複数のオーバーハングdsDNAフラグメントを生成する工程と;
前記複数のオーバーハングdsDNAフラグメントをポリメラーゼと接触させて、前記5’オーバーハングのそれぞれの少なくとも一部に相補的な配列をそれぞれ含む複数の相補的dsDNAフラグメントを生成する工程と;
前記複数の相補的dsDNAフラグメントを変性して、複数の一本鎖DNA(ssDNA)フラグメントを生成する工程と;
複数のバーコードを用いて、前記複数のssDNAフラグメントにバーコードを付けて、複数のバーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程であって、前記複数のバーコードのそれぞれは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードは、同一の細胞標識配列を含む、工程と;
前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントのシーケンシングデータを得る工程と;
同じ細胞標識配列に関連付けられたユニーク分子標識配列の量に基づいて、前記細胞内の前記dsDNAの量を定量する工程と
を含む方法。
〔99〕前記複数のssDNAフラグメントのssDNAフラグメントを、前記捕捉配列、前記細胞標識配列及び前記分子標識配列を含むオリゴヌクレオチドを含む固体担体上に捕捉する工程であって、前記捕捉配列は、前記ssDNAフラグメント上のポリAテールに結合するポリdT配列を含む、工程と;
前記ssDNAフラグメントを5’-3’方向に伸長して、前記バーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程であって、前記バーコード付きssDNAは、前記捕捉配列、分子標識配列及び細胞標識配列を含む、工程と;
逆転写酵素若しくはポリメラーゼ又はそれらの組合せを用いて、前記オリゴヌクレオチドを5’-3’方向に伸長して、前記バーコード付きssDNAに相補的な相補的DNA鎖を生成する工程と;
前記バーコード付きssDNA及び相補的DNA鎖を変性して、一本鎖配列を生成する工程と;
前記一本鎖配列を増幅する工程と
をさらに含む、前記〔98〕に記載の方法。
〔100〕前記複数のssDNAフラグメントのシトシン塩基のバイサルファイト変換を行って、ウラシル塩基を含む複数のバイサルファイト変換されたssDNAフラグメントを生成する工程をさらに含む、前記〔100〕に記載の方法。
〔101〕前記構築物DNAは、プラスミド、クローニングベクター、発現ベクター、ハイブリッドベクター、ミニサークル、コスミド、ウイルスベクター、BAC、YAC及びHACからなる群から選択される、前記〔60〕に記載の方法。
〔102〕サンプル中の構築物DNAの量は、1~約1×10 6 個の構築物DNAの範囲である、前記〔101〕に記載の方法。
〔103〕前記dsDNAは、ウイルスDNAを含み、ウイルスDNAの単一細胞負荷は、約1×10 2 ~1×10 6 の範囲である、前記〔60〕に記載の方法。
〔104〕単一細胞解析を含む、前記〔1〕~〔103〕のいずれか一項に記載の方法。
〔105〕サンプル解析のためのキットであって、
トランスポソームであって、
dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼ;及び
捕捉配列を含む5’オーバーハングを有するアダプターの2つのコピー
を含むトランスポソームと;
複数のバーコードであって、各バーコードは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含むことができ、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、同一の細胞標識配列を含む、複数のバーコードと
を含むキット。
〔106〕前記二本鎖ヌクレアーゼは、トランスポザーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、CRISPR関連タンパク質、二本鎖特異的ヌクレアーゼ(DSN)又はこれらの組合せを含む、前記〔105〕に記載のキット。
〔107〕前記トランスポソームは、リガーゼをさらに含む、前記〔105〕又は〔106〕に記載のキット。
〔108〕前記複数のバーコードは、少なくとも10、50、100、500、1000、5000、10000、50000又は100000の異なる分子標識を含む、前記〔105〕~〔107〕のいずれか一項に記載のキット。
〔109〕前記バーコードは、粒子上に固定される、前記〔105〕~〔108〕のいずれか一項に記載のキット。
〔110〕各粒子上に固定された前記バーコードの全ては、同じ細胞標識配列を含み、異なる粒子は、異なる細胞標識配列を含む、前記〔109〕に記載のキット。
〔111〕前記バーコードは、基材のウェル中に分けられる、前記〔105〕~〔108〕のいずれか一項に記載のキット。
〔112〕各ウェル中に分けられた前記バーコードの全ては、同じ細胞標識配列を含み、異なるウェルは、異なる細胞標識配列を含む、前記〔111〕に記載のキット。
Claims (12)
- サンプル解析の方法であって、
細胞からの二本鎖デオキシリボ核酸(dsDNA)を、トランスポソームであって、dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼと、捕捉配列を含む5’オーバーハングを有するアダプターの2つのコピーとを含むトランスポソームと接触させて、前記5’オーバーハングの2つのコピーをそれぞれ含む複数のオーバーハングdsDNAフラグメントを生成する工程であって、前記二本鎖ヌクレアーゼがトランスポザーゼを含み、前記捕捉配列がポリ(dT)領域を含む、工程と;
前記複数のオーバーハングdsDNAフラグメントをポリメラーゼと接触させて、前記捕捉配列に相補的な配列をそれぞれ含む複数の相補的dsDNAフラグメントを生成する工程であって、前記捕捉配列に相補的な配列がポリ(dA)領域を含む、工程と;
前記複数の相補的dsDNAフラグメントを変性して、複数の一本鎖DNA(ssDNA)フラグメントを生成する工程と;
複数のバーコードを用いて、前記複数のssDNAフラグメントにバーコードを付けて、複数のバーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程であって、前記複数のバーコードのそれぞれは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、同一の細胞標識配列を含む、工程と;
前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントの配列を検出する工程と;
シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントの配列に基づいて、前記dsDNAに関する情報を決定する工程と
を含む方法。 - サンプル解析の方法であって、
細胞からの二本鎖デオキシリボ核酸(dsDNA)から複数の核酸フラグメントを生成する工程であって、前記複数の核酸フラグメントのそれぞれは、捕捉配列、前記捕捉配列の相補体、前記捕捉配列の逆相補体又はそれらの組合せを含み、該工程は、前記dsDNAを、トランスポソームであって、dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼと、前記捕捉配列を含むアダプターの2つのコピーとを含むトランスポソームと接触させて、前記捕捉配列に相補的な配列をそれぞれ含む複数の相補的dsDNAフラグメントを生成することを含み、前記二本鎖ヌクレアーゼがトランスポザーゼを含み、前記捕捉配列がポリ(dT)領域を含み、前記捕捉配列に相補的な配列がポリ(dA)領域を含む、工程と;
複数のバーコードを用いて、前記複数の核酸フラグメントにバーコードを付けて、複数のバーコード付きDNAフラグメントを生成する工程であって、前記複数のバーコードのそれぞれは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、同一の細胞標識配列を含む、工程と;
前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの配列を検出する工程と
を含む方法。 - サンプル解析の方法であって、
細胞からの二本鎖デオキシリボ核酸(dsDNA)から複数の核酸フラグメントを生成する工程であって、
前記dsDNAを、トランスポソームであって、dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼと、捕捉配列を含む5’オーバーハングを有するアダプターの2つのコピーとを含むトランスポソームと接触させて、前記5’オーバーハングの2つのコピーをそれぞれ含む複数のオーバーハングdsDNAフラグメントを生成すること;及び
前記5’オーバーハングを含む前記複数のオーバーハングdsDNAフラグメントをポリメラーゼと接触させて、前記捕捉配列に相補的な配列をそれぞれ含む複数の相補的dsDNAフラグメントを生成すること
を含み、前記捕捉配列がポリ(dT)領域を含み、前記二本鎖ヌクレアーゼがトランスポザーゼを含み、前記捕捉配列に相補的な配列がポリ(dA)領域を含み、
前記複数の核酸フラグメントのそれぞれは、捕捉配列、前記捕捉配列の相補体、前記捕捉配列の逆相補体又はそれらの組合せを含む、
前記複数の核酸フラグメントを生成する工程と;
複数のバーコードを用いて、前記複数の核酸フラグメントにバーコードを付けて、複数のバーコード付きDNAフラグメントを生成する工程であって、前記複数のバーコードのそれぞれは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、同一の細胞標識配列を含む、工程と;
前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの配列を検出する工程と
を含む方法。 - 前記複数のバーコード付きDNAフラグメントの配列に基づいて、前記dsDNAに関する情報を決定する工程をさらに含む、請求項2又は3に記載の方法。
- 前記複数の核酸フラグメントを生成する工程は、前記dsDNAを断片化して、複数のdsDNAフラグメントを生成する工程を含み、かつ
捕捉配列に相補的な配列を含むアダプターの2つのコピーを前記複数のdsDNAフラグメントに付加して、複数の核酸フラグメントを生成する工程を含んでもよく、前記アダプターの前記2つのコピーを付加することは、前記アダプターの前記2つのコピーを前記複数のdsDNAフラグメントにライゲートして、前記アダプターを含む前記複数の核酸フラグメントを生成する工程を含んでもよい、請求項2~4のいずれか一項に記載の方法。 - 前記dsDNAに関する前記情報を決定する工程は、
(a)得られた前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きDNAフラグメント又は前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントの前記配列に基づいて、前記dsDNAのクロマチンアクセシビリティを決定する工程を含み、前記dsDNAの前記クロマチンアクセシビリティを決定する工程は、
(i)前記複数のバーコード付きDNAフラグメント又は前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントの配列を前記dsDNAの参照配列とアラインメントする工程;及び
前記複数のバーコード付きDNAフラグメント又は前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントのバーコード付きDNAフラグメント又はバーコード付きssDNAフラグメントの末端に対応する前記dsDNAの領域を、閾値を超えるアクセシビリティを有するものと同定する工程、又は
(ii)前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントの配列を前記dsDNAの参照配列とアラインメントする工程;及び
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントのバーコード付きssDNAフラグメントの数に基づいて、前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントのバーコード付きssDNAフラグメントの末端に対応する前記dsDNAの領域のアクセシビリティを決定する工程
を含んでもよく、
及び/又は
(b)得られた前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きDNAフラグメント又は前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントの前記配列に基づいて、前記dsDNAのメチローム情報を決定する工程を含み、
(i)下記工程:
(A)前記細胞の前記dsDNAに関連付けられたヌクレオソームを消化する工程; 及び/又は
(B)前記複数のオーバーハングdsDNAフラグメント又は複数の核酸フラグメントの複数の一本鎖DNAのシトシン塩基のバイサルファイト変換を行って、ウラシル塩基を含む複数のバイサルファイト変換されたssDNAを生成する工程
を更に含んでもよく、及び/又は
(ii)前記メチローム情報を決定する工程は、前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きDNAフラグメント又は前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントの位置がチミン塩基を有するかどうか及び前記dsDNAの参照配列における対応する位置がシトシン塩基を有するかどうかを決定して、前記dsDNAにおける前記対応する位置がメチルシトシン塩基を有することを決定する工程
を含んでもよい、
請求項1、4又は5のいずれか一項に記載の方法。 - 前記バーコードを付ける工程は、
(a)前記複数のバーコードを用いて、前記複数のssDNAフラグメント又は前記複数の核酸フラグメントに確率バーコード付けし、複数の確率バーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程、又は
(b)粒子に関連付けられた前記複数のバーコードを用いて、前記複数のssDNAフラグメント又は複数の核酸フラグメントにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程であって、前記粒子に関連付けられた前記バーコードは、同一の細胞標識配列及び少なくとも100の異なる分子標識配列を含む、工程を含み、
(i)前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードは:
(A)前記粒子上に固定;
(B)前記粒子上に部分的に固定;
(C)前記粒子に封入;又は
(D)前記粒子に部分的に封入
されていてもよく、
(ii)前記粒子は:
(A)崩壊性である;又は
(B)崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、
ものであってもよい、
請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。 - 前記バーコードを付ける工程が、請求項7に記載の工程(b)を含み、
(a)前記粒子は、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、及び/又は
(b)前記粒子の前記バーコードは、少なくとも1000の異なる分子標識配列を有する分子標識を含み、前記粒子の前記バーコードは、少なくとも10000の異なる分子標識配列を有する分子標識を含んでもよい、
請求項7に記載の方法。 - 前記細胞からの前記dsDNAは、核DNA、核小体DNA、ゲノムDNA、ミトコンドリアDNA、葉緑体DNA、構築物DNA、ウイルスDNA又は前記列挙された項目の2つ以上の組合せからなる群から選択される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
- サンプル解析の方法であって、
細胞からの二本鎖デオキシリボ核酸(dsDNA)を、トランスポソームであって、dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼと、捕捉配列を含む5’オーバーハングを有するアダプターの2つのコピーとを含むトランスポソームと接触させて、前記5’オーバーハングの2つのコピーをそれぞれ含む複数のオーバーハングdsDNAフラグメントを生成する工程であって、前記捕捉配列がポリ(dT)領域を含み、前記二本鎖ヌクレアーゼがトランスポザーゼを含む、工程と;
前記複数のオーバーハングdsDNAフラグメントをポリメラーゼと接触させて、前記捕捉配列に相補的な配列をそれぞれ含む複数の相補的dsDNAフラグメントを生成する工程であって、前記捕捉配列に相補的な配列がポリ(dA)領域を含む、工程と;
前記複数の相補的dsDNAフラグメントを変性して、複数の一本鎖DNA(ssDNA)フラグメントを生成する工程と;
複数のバーコードを用いて、前記複数のssDNAフラグメントにバーコードを付けて、複数のバーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程であって、前記複数のバーコードのそれぞれは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードは、同一の細胞標識配列を含む、工程と;
前記複数のバーコード付きssDNAフラグメントのシーケンシングデータを得る工程と;
同じ細胞標識配列に関連付けられたユニーク分子標識配列の量に基づいて、前記細胞内の前記dsDNAの量を定量する工程と
を含む方法。 - 前記複数のssDNAフラグメントのssDNAフラグメントを、前記捕捉配列、前記細胞標識配列及び前記分子標識配列を含むオリゴヌクレオチドを含む固体担体上に捕捉する工程であって、前記捕捉配列は、前記ssDNAフラグメント上のポリAテールに結合するポリdT配列を含む、工程と;
前記ssDNAフラグメントを5’-3’方向に伸長して、前記バーコード付きssDNAフラグメントを生成する工程であって、前記バーコード付きssDNAは、前記捕捉配列、分子標識配列及び細胞標識配列を含む、工程と;
逆転写酵素若しくはポリメラーゼ又はそれらの組合せを用いて、前記オリゴヌクレオチドを5’-3’方向に伸長して、前記バーコード付きssDNAに相補的な相補的DNA鎖を生成する工程と;
前記バーコード付きssDNA及び相補的DNA鎖を変性して、一本鎖配列を生成する工程と;
前記一本鎖配列を増幅する工程と
をさらに含み、さらに、前記複数のssDNAフラグメントのシトシン塩基のバイサルファイト変換を行って、ウラシル塩基を含む複数のバイサルファイト変換されたssDNAフラグメントを生成する工程を含んでもよい、請求項10に記載の方法。 - サンプル解析のためのキットであって、
トランスポソームであって、
dsDNAを含む構造における二本鎖DNA切断を誘導するように構成された二本鎖ヌクレアーゼであって、トランスポザーゼを含む二本鎖ヌクレアーゼ;及び
捕捉配列を含む5’オーバーハングを有するアダプターの2つのコピーであって、前記捕捉配列がポリ(dT)領域を含む、アダプターの2つのコピー
を含むトランスポソームと;
複数のバーコードであって、各バーコードは、細胞標識配列、分子標識配列及び前記捕捉配列を含むことができ、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、異なる分子標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つは、同一の細胞標識配列を含む、複数のバーコードと
を含み、
(a)前記トランスポソームは、リガーゼをさらに含んでもよく、
(b)前記複数のバーコードは、少なくとも10、50、100、500、1000、5000、10000、50000又は100000の異なる分子標識を含んでもよく、及び/又は
(c)前記バーコードは:
(i)粒子上に固定されていてもよく、各粒子上に固定された前記バーコードの全ては、同じ細胞標識配列を含んでもよく、異なる粒子は、異なる細胞標識配列を含んでもよく;又は
(ii)基材のウェル中に分けられていてもよく、各ウェル中に分けられた前記バーコードの全ては、同じ細胞標識配列を含んでもよく、異なるウェルは、異なる細胞標識配列を含んでもよい、
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Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8835358B2 (en) | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
SG11201405274WA (en) | 2012-02-27 | 2014-10-30 | Cellular Res Inc | Compositions and kits for molecular counting |
SG10201806890VA (en) | 2013-08-28 | 2018-09-27 | Cellular Res Inc | Massively parallel single cell analysis |
US9727810B2 (en) | 2015-02-27 | 2017-08-08 | Cellular Research, Inc. | Spatially addressable molecular barcoding |
EP3277843A2 (en) | 2015-03-30 | 2018-02-07 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for combinatorial barcoding |
CN107580632B (zh) | 2015-04-23 | 2021-12-28 | 贝克顿迪金森公司 | 用于全转录组扩增的方法和组合物 |
WO2017044574A1 (en) | 2015-09-11 | 2017-03-16 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid library normalization |
US10301677B2 (en) | 2016-05-25 | 2019-05-28 | Cellular Research, Inc. | Normalization of nucleic acid libraries |
US10640763B2 (en) | 2016-05-31 | 2020-05-05 | Cellular Research, Inc. | Molecular indexing of internal sequences |
US10202641B2 (en) | 2016-05-31 | 2019-02-12 | Cellular Research, Inc. | Error correction in amplification of samples |
WO2018058073A2 (en) | 2016-09-26 | 2018-03-29 | Cellular Research, Inc. | Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences |
CN110382708A (zh) | 2017-02-01 | 2019-10-25 | 赛卢拉研究公司 | 使用阻断性寡核苷酸进行选择性扩增 |
CA3059559A1 (en) | 2017-06-05 | 2018-12-13 | Becton, Dickinson And Company | Sample indexing for single cells |
JP7358388B2 (ja) | 2018-05-03 | 2023-10-10 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 反対側の転写物末端における分子バーコーディング |
US11773441B2 (en) | 2018-05-03 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | High throughput multiomics sample analysis |
US11519033B2 (en) | 2018-08-28 | 2022-12-06 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample |
US11639517B2 (en) | 2018-10-01 | 2023-05-02 | Becton, Dickinson And Company | Determining 5′ transcript sequences |
US11932849B2 (en) | 2018-11-08 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Whole transcriptome analysis of single cells using random priming |
FI3887540T3 (fi) * | 2018-11-30 | 2023-09-14 | Illumina Inc | Useiden analyyttien analyysi käyttäen yhtä määritystä |
EP3894552A1 (en) | 2018-12-13 | 2021-10-20 | Becton, Dickinson and Company | Selective extension in single cell whole transcriptome analysis |
US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
EP3914728B1 (en) | 2019-01-23 | 2023-04-05 | Becton, Dickinson and Company | Oligonucleotides associated with antibodies |
EP3976820A1 (en) | 2019-05-30 | 2022-04-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
US11939622B2 (en) | 2019-07-22 | 2024-03-26 | Becton, Dickinson And Company | Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay |
WO2021034974A1 (en) * | 2019-08-19 | 2021-02-25 | Universal Sequencing Technology Corporation | Methods and compositions for tracking nucleic acid fragment origin for nucleic acid sequencing |
WO2021092433A2 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
WO2021091611A1 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing |
CN114729350A (zh) | 2019-11-08 | 2022-07-08 | 贝克顿迪金森公司 | 使用随机引发获得用于免疫组库测序的全长v(d)j信息 |
SG11202106899SA (en) | 2019-12-23 | 2021-09-29 | 10X Genomics Inc | Methods for spatial analysis using rna-templated ligation |
WO2021146207A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for quantitation of proteins and rna |
US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
US11821035B1 (en) | 2020-01-29 | 2023-11-21 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods of making gene expression libraries |
US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
US11835462B2 (en) | 2020-02-11 | 2023-12-05 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for partitioning a biological sample |
CN115087746A (zh) * | 2020-02-12 | 2022-09-20 | 贝克顿迪金森公司 | 细胞内AbSeq |
US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
US11926863B1 (en) | 2020-02-27 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells |
US11768175B1 (en) | 2020-03-04 | 2023-09-26 | 10X Genomics, Inc. | Electrophoretic methods for spatial analysis |
EP4242325A3 (en) | 2020-04-22 | 2023-10-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using targeted rna depletion |
WO2021231779A1 (en) | 2020-05-14 | 2021-11-18 | Becton, Dickinson And Company | Primers for immune repertoire profiling |
WO2021236929A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
WO2021237087A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
EP4158054A1 (en) | 2020-06-02 | 2023-04-05 | 10X Genomics, Inc. | Spatial transcriptomics for antigen-receptors |
WO2021247543A2 (en) | 2020-06-02 | 2021-12-09 | 10X Genomics, Inc. | Nucleic acid library methods |
WO2021252499A1 (en) | 2020-06-08 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
WO2021252591A1 (en) | 2020-06-10 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
CN116034166A (zh) * | 2020-06-25 | 2023-04-28 | 10X基因组学有限公司 | Dna甲基化的空间分析 |
US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
US11932901B2 (en) | 2020-07-13 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq |
US20220033810A1 (en) * | 2020-07-31 | 2022-02-03 | Becton, Dickinson And Company | Single cell assay for transposase-accessible chromatin |
US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
CN116635533A (zh) | 2020-11-20 | 2023-08-22 | 贝克顿迪金森公司 | 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析 |
AU2021409136A1 (en) | 2020-12-21 | 2023-06-29 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
EP4301870A1 (en) | 2021-03-18 | 2024-01-10 | 10X Genomics, Inc. | Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample |
WO2023034489A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-03-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
WO2023044307A1 (en) * | 2021-09-14 | 2023-03-23 | Becton, Dickinson And Company | Full length single cell rna sequencing |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012506704A (ja) | 2008-10-24 | 2012-03-22 | エピセンター テクノロジーズ コーポレイション | 核酸を修飾するためのトランスポゾン末端組成物及び方法 |
JP2016533187A (ja) | 2013-08-28 | 2016-10-27 | セルラー リサーチ, インコーポレイテッド | 大規模並列単一細胞分析 |
WO2018018008A1 (en) | 2016-07-22 | 2018-01-25 | Oregon Health & Science University | Single cell whole genome libraries and combinatorial indexing methods of making thereof |
JP2018501776A (ja) | 2014-10-17 | 2018-01-25 | イルミナ ケンブリッジ リミテッド | 連続性を維持した転位 |
WO2018031631A1 (en) | 2016-08-10 | 2018-02-15 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of de novo assembly of barcoded genomic dna fragments |
WO2018058073A2 (en) | 2016-09-26 | 2018-03-29 | Cellular Research, Inc. | Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences |
Family Cites Families (553)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4510244A (en) | 1980-04-17 | 1985-04-09 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Jr. University | Cell labeling with antigen-coupled microspheres |
US4725536A (en) | 1985-09-19 | 1988-02-16 | Genetics Institute, Inc. | Reagent polynucleotide complex with multiple target binding regions, and kit and methods |
US6150517A (en) | 1986-11-24 | 2000-11-21 | Gen-Probe | Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms |
WO1989001050A1 (en) | 1987-07-31 | 1989-02-09 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Selective amplification of target polynucleotide sequences |
US5149625A (en) | 1987-08-11 | 1992-09-22 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex analysis of DNA |
US5656731A (en) | 1987-10-15 | 1997-08-12 | Chiron Corporation | Nucleic acid-amplified immunoassay probes |
US5124246A (en) | 1987-10-15 | 1992-06-23 | Chiron Corporation | Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same |
WO1990001065A1 (en) | 1988-07-26 | 1990-02-08 | Genelabs Incorporated | Rna and dna amplification techniques |
US5744101A (en) | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5424186A (en) | 1989-06-07 | 1995-06-13 | Affymax Technologies N.V. | Very large scale immobilized polymer synthesis |
US5925525A (en) | 1989-06-07 | 1999-07-20 | Affymetrix, Inc. | Method of identifying nucleotide differences |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US6551784B2 (en) | 1989-06-07 | 2003-04-22 | Affymetrix Inc | Method of comparing nucleic acid sequences |
US6309822B1 (en) | 1989-06-07 | 2001-10-30 | Affymetrix, Inc. | Method for comparing copy number of nucleic acid sequences |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US5871928A (en) | 1989-06-07 | 1999-02-16 | Fodor; Stephen P. A. | Methods for nucleic acid analysis |
US6040138A (en) | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
US5200314A (en) | 1990-03-23 | 1993-04-06 | Chiron Corporation | Polynucleotide capture assay employing in vitro amplification |
JP3164814B2 (ja) | 1990-08-27 | 2001-05-14 | 科学技術振興事業団 | 均一化cDNAライブラリーの作製法 |
DE69132843T2 (de) | 1990-12-06 | 2002-09-12 | Affymetrix Inc N D Ges D Staat | Identifizierung von Nukleinsäuren in Proben |
JPH04337446A (ja) | 1991-05-15 | 1992-11-25 | Hitachi Ltd | 微粒子計測方法、定量方法および微粒子計測装置 |
US5981179A (en) | 1991-11-14 | 1999-11-09 | Digene Diagnostics, Inc. | Continuous amplification reaction |
US5424413A (en) | 1992-01-22 | 1995-06-13 | Gen-Probe Incorporated | Branched nucleic acid probes |
US5573905A (en) | 1992-03-30 | 1996-11-12 | The Scripps Research Institute | Encoded combinatorial chemical libraries |
US5981176A (en) | 1992-06-17 | 1999-11-09 | City Of Hope | Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
WO1995000530A1 (en) | 1993-06-25 | 1995-01-05 | Affymax Technologies N.V. | Hybridization and sequencing of nucleic acids |
US6087186A (en) | 1993-07-16 | 2000-07-11 | Irori | Methods and apparatus for synthesizing labeled combinatorial chemistry libraries |
US5500356A (en) | 1993-08-10 | 1996-03-19 | Life Technologies, Inc. | Method of nucleic acid sequence selection |
US6309823B1 (en) | 1993-10-26 | 2001-10-30 | Affymetrix, Inc. | Arrays of nucleic acid probes for analyzing biotransformation genes and methods of using the same |
US5681697A (en) | 1993-12-08 | 1997-10-28 | Chiron Corporation | Solution phase nucleic acid sandwich assays having reduced background noise and kits therefor |
US5714330A (en) | 1994-04-04 | 1998-02-03 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage |
US6495518B1 (en) | 1994-06-13 | 2002-12-17 | Vanderbilt University | Method for importing biologically active molecules into cells |
GB2293238A (en) | 1994-09-13 | 1996-03-20 | Inceltec Ltd | Primers for replication and/or amplification reactions |
US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US5695934A (en) | 1994-10-13 | 1997-12-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides |
US6013445A (en) | 1996-06-06 | 2000-01-11 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US6600996B2 (en) | 1994-10-21 | 2003-07-29 | Affymetrix, Inc. | Computer-aided techniques for analyzing biological sequences |
ATE340866T1 (de) | 1994-10-28 | 2006-10-15 | Gen Probe Inc | Zusammensetzungen und verfahren für die gleichzeitige detektion und quantifizierung von einer mehrheit spezifischer nuklein säure sequenzen |
CN1181720A (zh) | 1995-04-25 | 1998-05-13 | 伊萝莉公司 | 可远程编程的存储器材料及其应用 |
US5648245A (en) | 1995-05-09 | 1997-07-15 | Carnegie Institution Of Washington | Method for constructing an oligonucleotide concatamer library by rolling circle replication |
US5968740A (en) | 1995-07-24 | 1999-10-19 | Affymetrix, Inc. | Method of Identifying a Base in a Nucleic Acid |
US5763175A (en) | 1995-11-17 | 1998-06-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Simultaneous sequencing of tagged polynucleotides |
US5854033A (en) | 1995-11-21 | 1998-12-29 | Yale University | Rolling circle replication reporter systems |
US6613544B1 (en) | 1995-12-22 | 2003-09-02 | Amgen Inc. | Osteoprotegerin |
US5962271A (en) | 1996-01-03 | 1999-10-05 | Cloutech Laboratories, Inc. | Methods and compositions for generating full-length cDNA having arbitrary nucleotide sequence at the 3'-end |
US5830712A (en) | 1996-02-06 | 1998-11-03 | Allelix Biopharmaceuticals Inc. | Selective template deletion method |
US6458530B1 (en) | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
WO1997045559A1 (en) | 1996-05-29 | 1997-12-04 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions |
JPH1021373A (ja) | 1996-07-05 | 1998-01-23 | Fuji Photo Film Co Ltd | 画像解析装置 |
US20020172953A1 (en) | 1996-07-29 | 2002-11-21 | Mirkin Chad A. | Movement of biomolecule-coated nanoparticles in an electric field |
US7169556B2 (en) | 1996-07-29 | 2007-01-30 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
US6984491B2 (en) | 1996-07-29 | 2006-01-10 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
US6100029A (en) | 1996-08-14 | 2000-08-08 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of chromosomal aberrations |
US5935793A (en) | 1996-09-27 | 1999-08-10 | The Chinese University Of Hong Kong | Parallel polynucleotide sequencing method using tagged primers |
US6124092A (en) | 1996-10-04 | 2000-09-26 | The Perkin-Elmer Corporation | Multiplex polynucleotide capture methods and compositions |
US6117631A (en) | 1996-10-29 | 2000-09-12 | Polyprobe, Inc. | Detection of antigens via oligonucleotide antibody conjugates |
US6046005A (en) | 1997-01-15 | 2000-04-04 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators comprising a cleavable linking group |
EP0985142A4 (en) | 1997-05-23 | 2006-09-13 | Lynx Therapeutics Inc | SYSTEM AND APPARATUS FOR THE SEQUENTIAL TREATMENT OF ANALYTES |
US6974669B2 (en) | 2000-03-28 | 2005-12-13 | Nanosphere, Inc. | Bio-barcodes based on oligonucleotide-modified nanoparticles |
US6399334B1 (en) | 1997-09-24 | 2002-06-04 | Invitrogen Corporation | Normalized nucleic acid libraries and methods of production thereof |
AU1603199A (en) | 1997-12-03 | 1999-06-16 | Curagen Corporation | Methods and devices for measuring differential gene expression |
US6265163B1 (en) | 1998-01-09 | 2001-07-24 | Lynx Therapeutics, Inc. | Solid phase selection of differentially expressed genes |
US6787308B2 (en) | 1998-07-30 | 2004-09-07 | Solexa Ltd. | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
WO2000014282A1 (en) | 1998-09-04 | 2000-03-16 | Lynx Therapeutics, Inc. | Method of screening for genetic polymorphism |
US6480791B1 (en) | 1998-10-28 | 2002-11-12 | Michael P. Strathmann | Parallel methods for genomic analysis |
US6197554B1 (en) | 1998-11-20 | 2001-03-06 | Shi-Lung Lin | Method for generating full-length cDNA library from single cells |
US6436675B1 (en) | 1999-09-28 | 2002-08-20 | Maxygen, Inc. | Use of codon-varied oligonucleotide synthesis for synthetic shuffling |
US20020019005A1 (en) | 1999-02-18 | 2002-02-14 | Arcaris, Inc. | Process for identification of genes encoding proteins having cell proliferation-promoting activity |
US6629040B1 (en) | 1999-03-19 | 2003-09-30 | University Of Washington | Isotope distribution encoded tags for protein identification |
EP1165839A2 (en) | 1999-03-26 | 2002-01-02 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Universal arrays |
US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
US6699661B1 (en) | 1999-04-20 | 2004-03-02 | Kankyo Engineering Co., Ltd. | Method for determining a concentration of target nucleic acid molecules, nucleic acid probes for the method, and method for analyzing data obtained by the method |
US6372813B1 (en) | 1999-06-25 | 2002-04-16 | Motorola | Methods and compositions for attachment of biomolecules to solid supports, hydrogels, and hydrogel arrays |
US6326148B1 (en) | 1999-07-12 | 2001-12-04 | The Regents Of The University Of California | Detection of copy number changes in colon cancer |
US6440706B1 (en) | 1999-08-02 | 2002-08-27 | Johns Hopkins University | Digital amplification |
JP2001078768A (ja) | 1999-09-16 | 2001-03-27 | Otsuka Pharmaceut Co Ltd | 遺伝子発現の測定法 |
SE9903988D0 (sv) | 1999-11-03 | 1999-11-03 | Amersham Pharm Biotech Ab | Method of analysis |
US6489114B2 (en) | 1999-12-17 | 2002-12-03 | Bio Merieux | Process for labeling a ribonucleic acid, and labeled RNA fragments which are obtained thereby |
US6500620B2 (en) | 1999-12-29 | 2002-12-31 | Mergen Ltd. | Methods for amplifying and detecting multiple polynucleotides on a solid phase support |
WO2001053539A1 (en) | 2000-01-24 | 2001-07-26 | Phylos, Inc. | Sensitive, multiplexed diagnostic assays for protein analysis |
US7022479B2 (en) | 2000-01-24 | 2006-04-04 | Compound Therapeutics, Inc. | Sensitive, multiplexed diagnostic assays for protein analysis |
US6235483B1 (en) | 2000-01-31 | 2001-05-22 | Agilent Technologies, Inc. | Methods and kits for indirect labeling of nucleic acids |
US20050214825A1 (en) | 2000-02-07 | 2005-09-29 | John Stuelpnagel | Multiplex sample analysis on universal arrays |
US20020006617A1 (en) | 2000-02-07 | 2002-01-17 | Jian-Bing Fan | Nucleic acid detection methods using universal priming |
GB2364054B (en) | 2000-03-24 | 2002-05-29 | Smithkline Beecham Corp | Method of amplifying quinolone-resistance-determining-regions and identifying polymorphic variants thereof |
AU4263401A (en) | 2000-03-29 | 2001-10-08 | Lgc Teddington Ltd | Hybridisation beacon and method of rapid sequence detection and discrimination |
DK2206791T3 (en) | 2000-04-10 | 2016-10-24 | Taxon Biosciences Inc | Methods of study and genetic analysis of populations |
US20030207300A1 (en) | 2000-04-28 | 2003-11-06 | Matray Tracy J. | Multiplex analytical platform using molecular tags |
US7630063B2 (en) | 2000-08-02 | 2009-12-08 | Honeywell International Inc. | Miniaturized cytometer for detecting multiple species in a sample |
US6511809B2 (en) | 2000-06-13 | 2003-01-28 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Method for the detection of an analyte by means of a nucleic acid reporter |
EP1368460B1 (en) | 2000-07-07 | 2007-10-31 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Real-time sequence determination |
JP2004525607A (ja) | 2000-08-11 | 2004-08-26 | ナノスフェアー インコーポレイテッド | オリゴヌクレオチドを付着させたナノ粒子とその使用方法 |
ATE344834T1 (de) | 2000-08-25 | 2006-11-15 | Riken | Methode zur herstellung von genormten und/oder subtrahierten cdna |
US6934408B2 (en) | 2000-08-25 | 2005-08-23 | Amnis Corporation | Method and apparatus for reading reporter labeled beads |
EP1366192B8 (en) | 2000-10-24 | 2008-10-29 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Direct multiplex characterization of genomic dna |
AU2002230593A1 (en) | 2000-12-08 | 2002-06-18 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
US20020142345A1 (en) | 2000-12-22 | 2002-10-03 | Nelsen Anita J. | Methods for encoding and decoding complex mixtures in arrayed assays |
US20030049616A1 (en) | 2001-01-08 | 2003-03-13 | Sydney Brenner | Enzymatic synthesis of oligonucleotide tags |
WO2002070684A2 (en) | 2001-01-11 | 2002-09-12 | Lion Bioscience Ag | Gene library for screening methods |
WO2002059355A2 (en) | 2001-01-25 | 2002-08-01 | Tm Bioscience Corporation | Polynucleotides for use as tags and tag complements, manufacture and use thereof |
MXPA02012739A (es) | 2001-03-09 | 2004-04-20 | Nugen Technologies Inc | Metodos y composiciones para amplificacion de secuencias de arn. |
JP2005233974A (ja) | 2001-03-21 | 2005-09-02 | Olympus Corp | 生化学的検査方法 |
US7027932B2 (en) | 2001-03-21 | 2006-04-11 | Olympus Optical Co., Ltd. | Biochemical examination method |
JP4146239B2 (ja) | 2001-03-28 | 2008-09-10 | ナノスフェアー インコーポレイテッド | オリゴヌクレオチド修飾粒子をベースとするバイオバーコード |
WO2002083922A2 (en) | 2001-04-11 | 2002-10-24 | The Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services | Modified random primers for probe labeling |
US20030170675A1 (en) | 2001-04-11 | 2003-09-11 | The Gov't Of The U.S Of America As Represented By The Secretary Of The Dept. Of Health & Human Serv. | Methods of manipulating nucleic acids |
AUPR480901A0 (en) | 2001-05-04 | 2001-05-31 | Genomics Research Partners Pty Ltd | Diagnostic method for assessing a condition of a performance animal |
CA2344599C (en) | 2001-05-07 | 2011-07-12 | Bioneer Corporation | Selective polymerase chain reaction of dna of which base sequence is completely unknown |
US6905827B2 (en) | 2001-06-08 | 2005-06-14 | Expression Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases |
WO2002101358A2 (en) | 2001-06-11 | 2002-12-19 | Illumina, Inc. | Multiplexed detection methods |
JP4244534B2 (ja) | 2001-06-12 | 2009-03-25 | 横河電機株式会社 | バイオチップ |
US7473767B2 (en) | 2001-07-03 | 2009-01-06 | The Institute For Systems Biology | Methods for detection and quantification of analytes in complex mixtures |
US6830931B2 (en) | 2001-07-12 | 2004-12-14 | Automated Cell, Inc. | Method and apparatus for monitoring of proteins and cells |
AU2002363062B2 (en) | 2001-10-09 | 2007-03-22 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
US20030077611A1 (en) | 2001-10-24 | 2003-04-24 | Sention | Methods and systems for dynamic gene expression profiling |
CN100360722C (zh) | 2001-11-21 | 2008-01-09 | 艾普勒拉公司 | 数字化分析 |
US20030175749A1 (en) | 2001-12-08 | 2003-09-18 | Jong-Yoon Chun | Annealing control primer and its uses |
AU2003202026A1 (en) | 2002-01-16 | 2003-09-02 | Dynal Biotech Asa | Method for isolating nucleic acids and protein from a single sample |
AU2003206095A1 (en) | 2002-01-29 | 2003-09-02 | Global Genomics Ab | Methods and means for amplifying nucleic acid |
WO2003069421A2 (en) | 2002-02-14 | 2003-08-21 | Immunivest Corporation | Methods and algorithms for cell enumeration in a low-cost cytometer |
US20030186251A1 (en) | 2002-04-01 | 2003-10-02 | Brookhaven Science Associates, Llc | Genome sequence tags |
US20050175993A1 (en) | 2002-04-12 | 2005-08-11 | Chia-Lin Wei | Method for making full-length coding sequence cDNA libraries |
US6808906B2 (en) | 2002-05-08 | 2004-10-26 | Rigel Pharmaceuticals, Inc. | Directionally cloned random cDNA expression vector libraries, compositions and methods of use |
US20070178478A1 (en) | 2002-05-08 | 2007-08-02 | Dhallan Ravinder S | Methods for detection of genetic disorders |
GB0212391D0 (en) | 2002-05-29 | 2002-07-10 | Axis Shield Asa | Assay |
US20050019776A1 (en) | 2002-06-28 | 2005-01-27 | Callow Matthew James | Universal selective genome amplification and universal genotyping system |
AU2003256285A1 (en) | 2002-06-28 | 2004-01-19 | Igen International, Inc. | Improved assay systems and components |
US7192700B2 (en) | 2002-12-20 | 2007-03-20 | Orchid Cellmark Inc. | Methods and compositions for conducting primer extension and polymorphism detection reactions |
EP1546723A4 (en) | 2002-08-16 | 2007-03-07 | Decision Biomarkers Inc | READING FLUORESCENCE CARIES |
ATE447040T1 (de) | 2002-09-03 | 2009-11-15 | Quanta Biosciences Inc | Verbesserte zusammensetzungen und verfahren für die cdna-synthese |
US7361821B2 (en) | 2002-09-20 | 2008-04-22 | Intel Corporation | Controlled alignment of nanobarcodes encoding specific information for scanning probe microscopy (SPM) reading |
JP4201203B2 (ja) | 2002-09-30 | 2008-12-24 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー | チミジル酸シンターゼ遺伝子の遺伝子型判別のためのオリゴヌクレオチド |
WO2004040001A2 (en) | 2002-10-02 | 2004-05-13 | California Institute Of Technology | Microfluidic nucleic acid analysis |
AU2003291481A1 (en) | 2002-11-11 | 2004-06-03 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying dna copy number changes |
US7822555B2 (en) | 2002-11-11 | 2010-10-26 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying DNA copy number changes |
US7704687B2 (en) | 2002-11-15 | 2010-04-27 | The Johns Hopkins University | Digital karyotyping |
EP1587940A4 (en) | 2002-12-20 | 2006-06-07 | Caliper Life Sciences Inc | SINGLE MOLECULAR AMPLIFICATION AND DNA PROOF |
DE602004015408D1 (de) | 2003-01-23 | 2008-09-11 | Us Genomics Inc | Verfahren zur analyse von polymer-populationen |
US7575865B2 (en) | 2003-01-29 | 2009-08-18 | 454 Life Sciences Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
US8206913B1 (en) | 2003-03-07 | 2012-06-26 | Rubicon Genomics, Inc. | Amplification and analysis of whole genome and whole transcriptome libraries generated by a DNA polymerization process |
DK2374900T3 (en) | 2003-03-07 | 2016-10-17 | Rubicon Genomics Inc | Polynucleotides for amplification and analysis of the total genomic and total transcription libraries generated by a DNA polymerization |
WO2006102264A1 (en) | 2005-03-18 | 2006-09-28 | Fluidigm Corporation | Thermal reaction device and method for using the same |
US7269518B2 (en) | 2003-04-30 | 2007-09-11 | Agilent Technologies, Inc. | Chemical array reading |
US20040259118A1 (en) | 2003-06-23 | 2004-12-23 | Macevicz Stephen C. | Methods and compositions for nucleic acid sequence analysis |
WO2005010145A2 (en) | 2003-07-05 | 2005-02-03 | The Johns Hopkins University | Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations |
EP1651776A2 (de) | 2003-07-24 | 2006-05-03 | Qiagen GmbH | Verfahren zur reversen transkription und/oder amplifikation von nukleinsäuren |
JP2007502116A (ja) | 2003-08-13 | 2007-02-08 | アフィメトリックス インコーポレイテッド | 核酸サンプルを調製するための方法およびキット |
GB0319332D0 (en) | 2003-08-16 | 2003-09-17 | Astrazeneca Ab | Amplification |
US20050048498A1 (en) | 2003-08-29 | 2005-03-03 | Applera Corporation | Compositions, methods, and kits for assembling probes |
US7341837B2 (en) | 2003-09-02 | 2008-03-11 | Lawton Robert L | Soluble analyte detection and amplification |
US7354706B2 (en) | 2003-09-09 | 2008-04-08 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Use of photopolymerization for amplification and detection of a molecular recognition event |
CA2536565A1 (en) | 2003-09-10 | 2005-05-12 | Althea Technologies, Inc. | Expression profiling using microarrays |
JP2007512811A (ja) | 2003-11-10 | 2007-05-24 | インベスチゲン, インコーポレイテッド | 検出のための核酸を調製する方法 |
CA2552858A1 (en) | 2004-01-23 | 2005-08-04 | Lingvitae As | Improving polynucleotide ligation reactions |
WO2005080604A2 (en) | 2004-02-12 | 2005-09-01 | Compass Genetics, Llc | Genetic analysis by sequence-specific sorting |
US20100216153A1 (en) | 2004-02-27 | 2010-08-26 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for detecting fetal nucleic acids and diagnosing fetal abnormalities |
US7432055B2 (en) | 2004-03-05 | 2008-10-07 | Uchicago Argonne Llc | Dual phase multiplex polymerase chain reaction |
EP1745155B1 (en) | 2004-05-07 | 2014-10-15 | Cepheid | Multiplexed detection of biological agents |
US20050250147A1 (en) | 2004-05-10 | 2005-11-10 | Macevicz Stephen C | Digital profiling of polynucleotide populations |
US20060002824A1 (en) | 2004-06-07 | 2006-01-05 | Irm, Llc | Dispensing systems, software, and related methods |
US20060035258A1 (en) | 2004-08-06 | 2006-02-16 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying DNA copy number changes |
US20060041385A1 (en) | 2004-08-18 | 2006-02-23 | Bauer Kenneth D | Method of quantitating proteins and genes in cells using a combination of immunohistochemistry and in situ hybridization |
US7713697B2 (en) | 2004-08-27 | 2010-05-11 | Gen-Probe Incorporated | Methods and kits for amplifying DNA |
JP4980219B2 (ja) | 2004-09-10 | 2012-07-18 | ヒューマン ジェネティック シグネチャーズ ピーティーワイ リミテッド | インターカレート型擬似ヌクレオチド(ipn)を含有するインターカレーティング核酸(ina)を含む増幅ブロッカー |
US20060073506A1 (en) | 2004-09-17 | 2006-04-06 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying biological samples |
US7435084B2 (en) | 2004-12-14 | 2008-10-14 | Align Technology, Inc. | System and methods for casting physical tooth model |
EP1842226B2 (en) | 2004-11-03 | 2014-07-02 | Iris International, Inc. | Homogeneous analyte detection |
US8883487B2 (en) | 2004-12-23 | 2014-11-11 | Abbott Point Of Care Inc. | Molecular diagnostics system and methods |
DE602005020691D1 (de) | 2004-12-23 | 2010-05-27 | Ge Healthcare Bio Sciences | Rna-amplifikation auf ligationsbasis |
US7407757B2 (en) | 2005-02-10 | 2008-08-05 | Population Genetics Technologies | Genetic analysis by sequence-specific sorting |
EP1845160A4 (en) | 2005-02-10 | 2009-07-01 | Riken | NUCLEOTIDE-amplification |
US7393665B2 (en) | 2005-02-10 | 2008-07-01 | Population Genetics Technologies Ltd | Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides |
EP1856293A2 (en) | 2005-03-16 | 2007-11-21 | Compass Genetics, Llc | Methods and compositions for assay readouts on multiple analytical platforms |
WO2006110314A2 (en) | 2005-03-25 | 2006-10-19 | Ambion, Inc. | Methods and compositions for depleting abundant rna transcripts |
US7695886B2 (en) | 2005-05-19 | 2010-04-13 | Fuji Xerox Co., Ltd. | Process for producing resin particle liquid dispersion for electrostatic image developing toner, electrostatic image developing toner and production process thereof |
US20060263789A1 (en) | 2005-05-19 | 2006-11-23 | Robert Kincaid | Unique identifiers for indicating properties associated with entities to which they are attached, and methods for using |
US8407013B2 (en) | 2005-06-07 | 2013-03-26 | Peter K. Rogan | AB initio generation of single copy genomic probes |
US20070065844A1 (en) | 2005-06-08 | 2007-03-22 | Massachusetts Institute Of Technology | Solution-based methods for RNA expression profiling |
US7796815B2 (en) | 2005-06-10 | 2010-09-14 | The Cleveland Clinic Foundation | Image analysis of biological objects |
US20070020640A1 (en) | 2005-07-21 | 2007-01-25 | Mccloskey Megan L | Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis |
US8486621B2 (en) | 2005-08-11 | 2013-07-16 | Cornell Research Foundation, Inc. | Nucleic acid-based matrixes |
US20070117121A1 (en) | 2005-09-16 | 2007-05-24 | Hutchison Stephen K | cDNA library preparation |
WO2007044974A2 (en) | 2005-10-12 | 2007-04-19 | The Research Foundation Of State University Of New York | Absolute pcr quantification |
WO2007053692A1 (en) | 2005-11-01 | 2007-05-10 | Symyx Technologies, Inc. | Liquid dispensing for high-throughput experimentation |
US7375211B2 (en) | 2005-11-18 | 2008-05-20 | Kou Zhong C | Method for detection and quantification of T-cell receptor Vβ repertoire |
US20080070303A1 (en) | 2005-11-21 | 2008-03-20 | West Michael D | Methods to accelerate the isolation of novel cell strains from pluripotent stem cells and cells obtained thereby |
US7636465B2 (en) | 2005-12-09 | 2009-12-22 | Cytyc Corporation | Cross-frame object reconstruction for image-based cytology applications |
US7537897B2 (en) | 2006-01-23 | 2009-05-26 | Population Genetics Technologies, Ltd. | Molecular counting |
WO2007087310A2 (en) | 2006-01-23 | 2007-08-02 | Population Genetics Technologies Ltd. | Nucleic acid analysis using sequence tokens |
US8460878B2 (en) | 2006-02-21 | 2013-06-11 | The Trustees Of Tufts College | Methods and arrays for detecting cells and cellular components in small defined volumes |
US20080038727A1 (en) | 2006-03-10 | 2008-02-14 | Applera Corporation | MicroRNA and Messenger RNA Detection on Arrays |
EP2002246A1 (en) | 2006-04-04 | 2008-12-17 | Sidec Technologies AB | Extended electron tomography |
US20080194414A1 (en) | 2006-04-24 | 2008-08-14 | Albert Thomas J | Enrichment and sequence analysis of genomic regions |
WO2007136874A2 (en) | 2006-05-18 | 2007-11-29 | President And Fellows Of Harvard College | Genomic library construction |
US7833716B2 (en) * | 2006-06-06 | 2010-11-16 | Gen-Probe Incorporated | Tagged oligonucleotides and their use in nucleic acid amplification methods |
EP4108780A1 (en) | 2006-06-14 | 2022-12-28 | Verinata Health, Inc. | Rare cell analysis using sample splitting and dna tags |
EP2077912B1 (en) | 2006-08-07 | 2019-03-27 | The President and Fellows of Harvard College | Fluorocarbon emulsion stabilizing surfactants |
CA2660286A1 (en) | 2006-08-09 | 2008-02-21 | Homestead Clinical Corporation | Organ-specific proteins and methods of their use |
US20100159590A1 (en) | 2006-10-05 | 2010-06-24 | Nanopoint, Inc. | Systems and methods for active microfluidic cell handling |
WO2008057163A2 (en) | 2006-10-09 | 2008-05-15 | Carnegie Mellon University | Preparation of functional gel particles with a dual crosslink network |
SK50302009A3 (sk) | 2006-10-18 | 2010-03-08 | Osaki Electric Co., Ltd. | Elektronický watthodinový elektromer |
US20100184152A1 (en) | 2006-10-23 | 2010-07-22 | Vladislav Sandler | Target-oriented whole genome amplification of nucleic acids |
DK2518162T3 (en) | 2006-11-15 | 2018-06-18 | Biospherex Llc | Multi-tag sequencing and ecogenomic analysis |
US8050476B2 (en) | 2006-11-22 | 2011-11-01 | General Electric Company | Heart rate demodulation of periodic movement in ultrasound data for object identification |
EP2677309B9 (en) | 2006-12-14 | 2014-11-19 | Life Technologies Corporation | Methods for sequencing a nucleic acid using large scale FET arrays, configured to measure a limited pH range |
EP2096429A4 (en) | 2007-01-16 | 2009-12-16 | Olympus Corp | FLUORESCENT SIGNAL ANALYSIS APPARATUS AND FLUORESCENT SIGNAL ANALYSIS METHOD |
WO2008109207A2 (en) | 2007-01-30 | 2008-09-12 | The Regents Of The University Of California | Methods and devices for biomolecular arrays |
US20080269068A1 (en) | 2007-02-06 | 2008-10-30 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex decoding of sequence tags in barcodes |
WO2008096318A2 (en) | 2007-02-09 | 2008-08-14 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Identification system |
US8003312B2 (en) | 2007-02-16 | 2011-08-23 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Multiplex cellular assays using detectable cell barcodes |
SI2472264T1 (sl) | 2007-02-27 | 2016-06-30 | SentoClone International AB Karolinska Institute Science Park | Multipleksna detekcija tumorskih celic z uporabo plošč vezavnih sredstev na zunajcelične markerje |
US9029085B2 (en) | 2007-03-07 | 2015-05-12 | President And Fellows Of Harvard College | Assays and other reactions involving droplets |
KR100882711B1 (ko) | 2007-03-12 | 2009-02-06 | 성균관대학교산학협력단 | 사이크로박터 스피시스 hj147 균주 유래의 우라실-dna글리코실라제 및 이의 용도 |
JP2008256428A (ja) | 2007-04-03 | 2008-10-23 | Intec Systems Institute Inc | マイクロアレイ画像のブロック位置検出方法 |
US20080268508A1 (en) | 2007-04-30 | 2008-10-30 | Sowlay Mohankumar R | Methods and kits for negative selection of desired nucleic acid sequences |
US20080274458A1 (en) | 2007-05-01 | 2008-11-06 | Latham Gary J | Nucleic acid quantitation methods |
US20090061513A1 (en) | 2007-05-15 | 2009-03-05 | Picovitro Ab | Cell sorting and cell cultivation methods |
CN101720359A (zh) | 2007-06-01 | 2010-06-02 | 454生命科学公司 | 从多重混合物中识别个别样本的系统和方法 |
EP2395113A1 (en) | 2007-06-29 | 2011-12-14 | Population Genetics Technologies Ltd. | Methods and compositions for isolating nucleic acid sequence variants |
EP2036989B1 (en) | 2007-09-12 | 2012-07-25 | Institut Pasteur | Polynucleotide suitable for single cell based reporter assay to monitor gene expression patterns with high spatio-temporal resolution |
US8114681B2 (en) | 2007-10-05 | 2012-02-14 | Affymetrix, Inc. | Highly multiplexed particle-based assays |
US8592182B2 (en) * | 2007-10-23 | 2013-11-26 | Stratos Genomics Inc. | High throughput nucleic acid sequencing by spacing |
EP2294408A4 (en) | 2008-02-21 | 2011-05-25 | Gentel Biosciences Inc | SUBSTRATES FOR MULTIPLEX TEST PROCEDURES AND USES THEREFOR |
US8687189B2 (en) | 2008-03-03 | 2014-04-01 | Ajjer, Llc | Analysis of arrays by laser induced breakdown spectroscopy |
US8206925B2 (en) | 2008-04-14 | 2012-06-26 | Medical Diagnostic Laboratories, Llc | Splice variants of human IL-23 receptor (IL-23R) mRNA and use of a delta 9 isoform in predicting inflammatory bowel diseases |
DE102008025656B4 (de) | 2008-05-28 | 2016-07-28 | Genxpro Gmbh | Verfahren zur quantitativen Analyse von Nukleinsäuren, Marker dafür und deren Verwendung |
US20090298709A1 (en) | 2008-05-28 | 2009-12-03 | Affymetrix, Inc. | Assays for determining telomere length and repeated sequence copy number |
WO2009148560A2 (en) | 2008-05-30 | 2009-12-10 | Board Of Regents, The Universtiy Of Texas System | Methods and compositions for nucleic acid sequencing |
WO2010021936A1 (en) | 2008-08-16 | 2010-02-25 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Digital pcr calibration for high throughput sequencing |
US8476013B2 (en) | 2008-09-16 | 2013-07-02 | Sequenom, Inc. | Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses |
US9080211B2 (en) | 2008-10-24 | 2015-07-14 | Epicentre Technologies Corporation | Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids |
WO2010053980A2 (en) | 2008-11-04 | 2010-05-14 | The Johns Hopkins University | Dna integrity assay (dia) for cancer diagnostics, using confocal fluorescence spectroscopy |
WO2010059820A1 (en) | 2008-11-21 | 2010-05-27 | Saint Louis University | Biosensor for detecting multiple epitopes on a target |
US20100159533A1 (en) | 2008-11-24 | 2010-06-24 | Helicos Biosciences Corporation | Simplified sample preparation for rna analysis |
US8492096B2 (en) | 2008-12-24 | 2013-07-23 | Boris Pasche | TGFBR1 expression modifies risk for colorectal cancer |
AU2010206843B2 (en) | 2009-01-20 | 2015-01-29 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Single cell gene expression for diagnosis, prognosis and identification of drug targets |
US20100323348A1 (en) | 2009-01-31 | 2010-12-23 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process |
JPWO2010101164A1 (ja) | 2009-03-05 | 2012-09-10 | 第一三共株式会社 | ピリジン誘導体 |
EP2230312A1 (en) | 2009-03-19 | 2010-09-22 | Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH | Probe compound for detecting and isolating enzymes and means and methods using the same |
US20120010091A1 (en) | 2009-03-30 | 2012-01-12 | Illumina, Inc. | Gene expression analysis in single cells |
AU2010232439C1 (en) | 2009-04-02 | 2017-07-13 | Fluidigm Corporation | Multi-primer amplification method for barcoding of target nucleic acids |
US9085798B2 (en) | 2009-04-30 | 2015-07-21 | Prognosys Biosciences, Inc. | Nucleic acid constructs and methods of use |
FR2945545B1 (fr) | 2009-05-14 | 2011-08-05 | Univ Aix Marseille Ii | Methode de detection d'adn procaryote extrait d'un echantillon de selles |
JPWO2010131645A1 (ja) | 2009-05-14 | 2012-11-01 | 和光純薬工業株式会社 | Rnaに対応する二本鎖dnaの合成方法及び増幅方法 |
US8673627B2 (en) | 2009-05-29 | 2014-03-18 | Life Technologies Corporation | Apparatus and methods for performing electrochemical reactions |
GB0909923D0 (en) | 2009-06-09 | 2009-07-22 | Oxford Gene Tech Ip Ltd | Picowell capture devices for analysing single cells or other particles |
US20120058902A1 (en) | 2009-06-25 | 2012-03-08 | Livingston Robert J | Method of measuring adaptive immunity |
EP2449104B1 (en) | 2009-06-29 | 2014-06-04 | Luminex Corporation | Chimeric primers with hairpin conformations and methods of using same |
US8330957B2 (en) | 2009-06-29 | 2012-12-11 | Hager Enviromental and Atmospheric Technologies, LLC | Device and method for quantification of gases in plumes by remote sensing |
WO2011021102A2 (en) | 2009-08-20 | 2011-02-24 | Population Genetics Technologies Ltd | Compositions and methods for intramolecular nucleic acid rearrangement |
BR112012004382A2 (pt) | 2009-09-01 | 2016-03-22 | Koninkl Philips Electronics Nv | dispositivo para a seleção específica de moléculas-alvo, método para selecionar especificamente moléculas-alvo e uso de um dispositivo |
WO2011028818A2 (en) | 2009-09-01 | 2011-03-10 | Trustees Of Boston University | High throughput multichannel reader and uses thereof |
US9625454B2 (en) | 2009-09-04 | 2017-04-18 | The Research Foundation For The State University Of New York | Rapid and continuous analyte processing in droplet microfluidic devices |
US9488656B2 (en) | 2009-09-30 | 2016-11-08 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | BCR-ABL truncation mutations |
US9315857B2 (en) | 2009-12-15 | 2016-04-19 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags |
US8835358B2 (en) | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
EP2366031B1 (en) | 2010-01-19 | 2015-01-21 | Verinata Health, Inc | Sequencing methods in prenatal diagnoses |
US10662474B2 (en) | 2010-01-19 | 2020-05-26 | Verinata Health, Inc. | Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic DNA by whole genome sequencing |
CN102725424B (zh) | 2010-01-25 | 2014-07-09 | Rd生物科技公司 | 靶核酸的自折叠扩增 |
EP2534267B1 (en) | 2010-02-12 | 2018-04-11 | Raindance Technologies, Inc. | Digital analyte analysis |
JP5901046B2 (ja) | 2010-02-19 | 2016-04-06 | 国立大学法人 千葉大学 | OATP1B3mRNAの新規な選択的スプライシングバリアント |
WO2011106738A2 (en) | 2010-02-25 | 2011-09-01 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Use of tcr clonotypes as biomarkers for disease |
US8951940B2 (en) | 2010-04-01 | 2015-02-10 | Illumina, Inc. | Solid-phase clonal amplification and related methods |
PT2556171E (pt) | 2010-04-05 | 2015-12-21 | Prognosys Biosciences Inc | Ensaios biológicos codificados espacialmente |
EP2569453B1 (en) | 2010-05-14 | 2015-12-16 | Fluidigm Corporation | Nucleic acid isolation methods |
US8828688B2 (en) | 2010-05-27 | 2014-09-09 | Affymetrix, Inc. | Multiplex amplification methods |
CN102933721B (zh) | 2010-06-09 | 2015-12-02 | 凯津公司 | 用于高通量筛选的组合序列条形码 |
US20120004132A1 (en) | 2010-07-02 | 2012-01-05 | Affymetrix, Inc. | Detection of Nucleic Acids and Proteins |
CN102971638B (zh) | 2010-07-07 | 2015-08-19 | 株式会社爱德万测试 | 对半导体器件进行试验的试验装置及试验方法 |
EP2407242A1 (en) | 2010-07-13 | 2012-01-18 | Dublin City University | Direct clone analysis and selection technology |
US20120040843A1 (en) | 2010-08-12 | 2012-02-16 | Dublin City University | Centrifugal capture system |
ES2595433T3 (es) | 2010-09-21 | 2016-12-30 | Population Genetics Technologies Ltd. | Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular |
EP2436766A1 (en) | 2010-09-29 | 2012-04-04 | Deutsches Krebsforschungszentrum | Means and methods for improved protein interaction screening |
WO2012042374A2 (en) | 2010-10-01 | 2012-04-05 | Anssi Jussi Nikolai Taipale | Method of determining number or concentration of molecules |
US20120088691A1 (en) | 2010-10-08 | 2012-04-12 | Gao Chen | Highly multiplexed real-time pcr using encoded microbeads |
CA2814049C (en) | 2010-10-08 | 2021-07-13 | President And Fellows Of Harvard College | High-throughput single cell barcoding |
US20130225623A1 (en) | 2010-10-27 | 2013-08-29 | Mount Sinai School Of Medicine | Methods of Treating Psychiatric or Neurological Disorders with MGLUR Antagonists |
EP2646795B1 (en) | 2010-11-29 | 2019-02-20 | Dako Denmark A/S | Methods for analyzing images of specimens processed by a programmable quantitative assay |
US9394511B2 (en) | 2010-12-05 | 2016-07-19 | Wenbin Jiang | Rapid single cell based parallel biological cell sorter |
CA2858608C (en) | 2010-12-09 | 2020-03-10 | Akonni Biosystems | Sample analysis system |
EP2652155B1 (en) | 2010-12-16 | 2016-11-16 | Gigagen, Inc. | Methods for massively parallel analysis of nucleic acids in single cells |
EP2656263B1 (en) | 2010-12-22 | 2019-11-06 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal paternity testing |
WO2012092515A2 (en) | 2010-12-30 | 2012-07-05 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, and computer readable media for nucleic acid sequencing |
ES2632768T3 (es) | 2011-01-17 | 2017-09-15 | Life Technologies Corporation | Flujo de trabajo para la detección de ligandos empleando ácidos nucleicos |
WO2012103154A1 (en) | 2011-01-24 | 2012-08-02 | Nugen Technologies, Inc. | Stem-loop composite rna-dna adaptor-primers: compositions and methods for library generation, amplification and other downstream manipulations |
US20120190020A1 (en) | 2011-01-25 | 2012-07-26 | Aria Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
WO2016100976A2 (en) | 2014-12-19 | 2016-06-23 | Apprise Bio, Inc. | Methods for identifying multiple epitopes in selected sub-populations of cells |
WO2012106546A2 (en) * | 2011-02-02 | 2012-08-09 | University Of Washington Through Its Center For Commercialization | Massively parallel continguity mapping |
US9365897B2 (en) | 2011-02-08 | 2016-06-14 | Illumina, Inc. | Selective enrichment of nucleic acids |
EP2675819B1 (en) | 2011-02-18 | 2020-04-08 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Compositions and methods for molecular labeling |
JP6068365B2 (ja) | 2011-02-23 | 2017-01-25 | ボード・オブ・リージエンツ,ザ・ユニバーシテイ・オブ・テキサス・システム | Dna合成のためのテンプレートスイッチの使用 |
WO2012129363A2 (en) | 2011-03-24 | 2012-09-27 | President And Fellows Of Harvard College | Single cell nucleic acid detection and analysis |
KR20120110431A (ko) | 2011-03-29 | 2012-10-10 | 에스케이하이닉스 주식회사 | 반도체 메모리 장치 |
GB201106254D0 (en) | 2011-04-13 | 2011-05-25 | Frisen Jonas | Method and product |
ES2625288T3 (es) | 2011-04-15 | 2017-07-19 | The Johns Hopkins University | Sistema de secuenciación segura |
EP2702175B1 (en) | 2011-04-25 | 2018-08-08 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
SI2702146T1 (sl) | 2011-04-28 | 2019-06-28 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Identifikacija polinukleotidov, povezanih z vzorcem |
GB201108259D0 (en) | 2011-05-17 | 2011-06-29 | Cambridge Entpr Ltd | Gel beads in microfluidic droplets |
WO2012162267A2 (en) | 2011-05-20 | 2012-11-29 | Fluidigm Corporation | Nucleic acid encoding reactions |
US9005935B2 (en) | 2011-05-23 | 2015-04-14 | Agilent Technologies, Inc. | Methods and compositions for DNA fragmentation and tagging by transposases |
SG193553A1 (en) | 2011-05-24 | 2013-10-30 | Biontech Ag | Individualized vaccines for cancer |
WO2012162621A1 (en) | 2011-05-26 | 2012-11-29 | Brandeis University | Methods for suppression pcr |
US8841071B2 (en) | 2011-06-02 | 2014-09-23 | Raindance Technologies, Inc. | Sample multiplexing |
US9752176B2 (en) | 2011-06-15 | 2017-09-05 | Ginkgo Bioworks, Inc. | Methods for preparative in vitro cloning |
WO2012177639A2 (en) | 2011-06-22 | 2012-12-27 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Bioprocessing and bioproduction using avian cell lines |
WO2013003498A2 (en) | 2011-06-27 | 2013-01-03 | Life Technologies Corporation | Acoustic cytometry methods and protocols |
US9340826B2 (en) | 2011-08-01 | 2016-05-17 | Celemics, Inc. | Method of preparing nucleic acid molecules |
WO2013022961A1 (en) | 2011-08-08 | 2013-02-14 | 3The Broad Institute | Compositions and methods for co-amplifying subsequences of a nucleic acid fragment sequence |
JP5816486B2 (ja) | 2011-08-18 | 2015-11-18 | オリンパス株式会社 | 蛍光観察装置および蛍光観察システム並びに蛍光観察装置の蛍光画像処理方法 |
KR102087062B1 (ko) | 2011-09-16 | 2020-03-11 | 렉소겐 게엠베하 | 핵산 전사 방법 |
US9297047B2 (en) | 2011-10-24 | 2016-03-29 | Jennifer Furchak | Molecular beacon based assay for the detection of biomarkers for breast cancer metastasis |
US9777338B2 (en) | 2011-11-11 | 2017-10-03 | Meso Scale Technologies, Llc. | Co-binder assisted assay methods |
US10689643B2 (en) | 2011-11-22 | 2020-06-23 | Active Motif, Inc. | Targeted transposition for use in epigenetic studies |
US9938524B2 (en) | 2011-11-22 | 2018-04-10 | Active Motif, Inc. | Multiplex isolation of protein-associated nucleic acids |
KR101337094B1 (ko) | 2011-11-30 | 2013-12-05 | 삼성에스디에스 주식회사 | 염기 서열 정렬 장치 및 그 방법 |
US20150329855A1 (en) | 2011-12-22 | 2015-11-19 | Ibis Biosciences, Inc. | Amplification primers and methods |
WO2013117595A2 (en) | 2012-02-07 | 2013-08-15 | Illumina Cambridge Limited | Targeted enrichment and amplification of nucleic acids on a support |
WO2013120089A1 (en) | 2012-02-10 | 2013-08-15 | Raindance Technologies, Inc. | Molecular diagnostic screening assay |
US10202628B2 (en) | 2012-02-17 | 2019-02-12 | President And Fellows Of Harvard College | Assembly of nucleic acid sequences in emulsions |
EP2817418B1 (en) | 2012-02-24 | 2017-10-11 | Raindance Technologies, Inc. | Labeling and sample preparation for sequencing |
ES2776673T3 (es) | 2012-02-27 | 2020-07-31 | Univ North Carolina Chapel Hill | Métodos y usos para etiquetas moleculares |
SG11201405274WA (en) | 2012-02-27 | 2014-10-30 | Cellular Res Inc | Compositions and kits for molecular counting |
WO2013137737A1 (en) | 2012-03-16 | 2013-09-19 | Flexgen B.V. | Methods of creating and screening of dna encoded combinatorial libraries of chemical antibodies |
US9803239B2 (en) | 2012-03-29 | 2017-10-31 | Complete Genomics, Inc. | Flow cells for high density array chips |
EP2647426A1 (en) | 2012-04-03 | 2013-10-09 | Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Replication of distributed nucleic acid molecules with preservation of their relative distribution through hybridization-based binding |
ES2582554T3 (es) | 2012-05-08 | 2016-09-13 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Composiciones y método para medir y calibrar el sesgo de la amplificación en reacciones de PCR multiplexadas |
CA2873585C (en) | 2012-05-14 | 2021-11-09 | Cb Biotechnologies, Inc. | Method for increasing accuracy in quantitative detection of polynucleotides |
SG11201407901PA (en) | 2012-05-21 | 2015-01-29 | Fluidigm Corp | Single-particle analysis of particle populations |
CN104508492B (zh) | 2012-05-25 | 2018-07-27 | 北卡罗来纳-查佩尔山大学 | 微流体装置、用于试剂的固体支持体和相关方法 |
JP6558830B2 (ja) | 2012-06-15 | 2019-08-14 | ボード・オブ・リージエンツ,ザ・ユニバーシテイ・オブ・テキサス・システム | 複数転写産物のハイスループットシークエンシング |
EP2861761A1 (en) | 2012-06-15 | 2015-04-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Uniquely tagged rearranged adaptive immune receptor genes in a complex gene set |
US9957549B2 (en) | 2012-06-18 | 2018-05-01 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for negative selection of non-desired nucleic acid sequences |
US20150011396A1 (en) | 2012-07-09 | 2015-01-08 | Benjamin G. Schroeder | Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing |
ES2637538T3 (es) | 2012-07-17 | 2017-10-13 | Counsyl, Inc. | Sistema y métodos para la detección de una variación genética |
US9695416B2 (en) | 2012-07-18 | 2017-07-04 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Method of normalizing biological samples |
JP2015523087A (ja) | 2012-07-24 | 2015-08-13 | シーケンタ インコーポレイテッド | 配列タグを用いる単一細胞分析 |
WO2014018093A1 (en) | 2012-07-26 | 2014-01-30 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for the amplification of nucleic acids |
WO2014026032A2 (en) | 2012-08-08 | 2014-02-13 | Apprise Bio, Inc. | Increasing dynamic range for identifying multiple epitopes in cells |
US20150005200A1 (en) | 2012-08-14 | 2015-01-01 | 10X Technologies, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US20150005199A1 (en) | 2012-08-14 | 2015-01-01 | 10X Technologies, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US9701998B2 (en) | 2012-12-14 | 2017-07-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
MX364957B (es) | 2012-08-14 | 2019-05-15 | 10X Genomics Inc | Composiciones y metodos para microcapsulas. |
US20140378345A1 (en) | 2012-08-14 | 2014-12-25 | 10X Technologies, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US10221442B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US9951386B2 (en) | 2014-06-26 | 2018-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10400280B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US20150376609A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-31 | 10X Genomics, Inc. | Methods of Analyzing Nucleic Acids from Individual Cells or Cell Populations |
US20140378322A1 (en) | 2012-08-14 | 2014-12-25 | 10X Technologies, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US20140378349A1 (en) | 2012-08-14 | 2014-12-25 | 10X Technologies, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US10273541B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-04-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
CN108267581A (zh) | 2012-08-24 | 2018-07-10 | 耶鲁大学 | 用于高通量多重检测的系统、装置和方法 |
CA2886974C (en) | 2012-10-17 | 2021-06-29 | Spatial Transcriptomics Ab | Methods and product for optimising localised or spatial detection of gene expression in a tissue sample |
GB201218909D0 (en) | 2012-10-22 | 2012-12-05 | Univ Singapore | Assay for the parallel detection of biological material based on PCR |
CA2889862C (en) | 2012-11-05 | 2021-02-16 | Rubicon Genomics, Inc. | Barcoding nucleic acids |
CA2894694C (en) | 2012-12-14 | 2023-04-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US9683230B2 (en) | 2013-01-09 | 2017-06-20 | Illumina Cambridge Limited | Sample preparation on a solid support |
WO2014108850A2 (en) | 2013-01-09 | 2014-07-17 | Yeda Research And Development Co. Ltd. | High throughput transcriptome analysis |
US9562269B2 (en) | 2013-01-22 | 2017-02-07 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Haplotying of HLA loci with ultra-deep shotgun sequencing |
WO2014116979A1 (en) | 2013-01-24 | 2014-07-31 | Sabic Innovative Plastics Ip B.V. | Microwell plate made from a polyester-polycarbonate |
US10017761B2 (en) | 2013-01-28 | 2018-07-10 | Yale University | Methods for preparing cDNA from low quantities of cells |
ES2931314T3 (es) | 2013-02-01 | 2022-12-28 | Becton Dickinson Co | Métodos y sistemas para evaluar el comportamiento de una muestra en un citómetro de flujo |
CN105102696B (zh) | 2013-02-08 | 2017-08-15 | 生物辐射实验室股份有限公司 | 用于目标分子检测的基于亲和力的划分试验 |
CA2900481A1 (en) | 2013-02-08 | 2014-08-14 | 10X Genomics, Inc. | Polynucleotide barcode generation |
WO2014126937A1 (en) | 2013-02-14 | 2014-08-21 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Suspension arrays and multiplexed assays based thereon |
US9621600B2 (en) | 2013-02-26 | 2017-04-11 | PortAura Group | Method and system for providing recommendations using location information |
US20140274811A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-09-18 | Lyle J. Arnold | Methods for Amplifying a Complete Genome or Transcriptome |
US9255265B2 (en) | 2013-03-15 | 2016-02-09 | Illumina, Inc. | Methods for producing stranded cDNA libraries |
US9328382B2 (en) | 2013-03-15 | 2016-05-03 | Complete Genomics, Inc. | Multiple tagging of individual long DNA fragments |
US9938523B2 (en) | 2013-03-15 | 2018-04-10 | Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University | Nucleic acid-tagged compositions and methods for multiplexed protein-protein interaction profiling |
GB2525568B (en) | 2013-03-15 | 2020-10-14 | Abvitro Llc | Single cell barcoding for antibody discovery |
CN114107458A (zh) | 2013-03-15 | 2022-03-01 | 血统生物科学公司 | 测序免疫组库的方法 |
US20140303005A1 (en) | 2013-04-05 | 2014-10-09 | Raindance Technologies, Inc. | Rare cell analysis after negative selection |
JP6633514B2 (ja) | 2013-04-25 | 2020-01-22 | ファイアフライ バイオワークス, インコーポレイテッド | 標的核酸の多重化分析 |
US10822605B2 (en) | 2013-05-03 | 2020-11-03 | Gensinta, Inc. | Method and apparatus for producing sequence verified DNA |
AU2014268710B2 (en) | 2013-05-23 | 2018-10-18 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Transposition into native chromatin for personal epigenomics |
EP2805769A1 (en) | 2013-05-24 | 2014-11-26 | European Molecular Biology Laboratory | Methods for nano-scale single cell analysis |
WO2014201273A1 (en) | 2013-06-12 | 2014-12-18 | The Broad Institute, Inc. | High-throughput rna-seq |
CA2915033C (en) | 2013-06-12 | 2023-08-29 | The General Hospital Corporation | Methods, kits, and systems for multiplexed detection of target molecules and uses thereof |
US20150011398A1 (en) | 2013-06-17 | 2015-01-08 | Kim Lewis | Methods for quantitative determination of protein-nucleic acid interactions in complex mixtures |
WO2014210223A1 (en) | 2013-06-25 | 2014-12-31 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays using a microfluidic device |
KR102436171B1 (ko) | 2013-06-27 | 2022-08-24 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법 |
US9708657B2 (en) | 2013-07-01 | 2017-07-18 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method for generating clonotype profiles using sequence tags |
US20160153973A1 (en) | 2013-07-09 | 2016-06-02 | Lucas David Smith | Device and method of rapid linker mediated label-based immunoassays |
US10395758B2 (en) | 2013-08-30 | 2019-08-27 | 10X Genomics, Inc. | Sequencing methods |
CN105683397A (zh) | 2013-09-04 | 2016-06-15 | 富鲁达公司 | 用于检测单细胞中的核酸和蛋白的邻近测定 |
ES2875998T3 (es) | 2013-09-30 | 2021-11-11 | Vesicode Ab | Procedimientos de perfilado de complejos moleculares mediante el uso de códigos de barras dependientes de la proximidad |
GB201317301D0 (en) | 2013-09-30 | 2013-11-13 | Linnarsson Sten | Method for capturing and encoding nucleic acid from a plurality of single cells |
US9582877B2 (en) | 2013-10-07 | 2017-02-28 | Cellular Research, Inc. | Methods and systems for digitally counting features on arrays |
DK3572527T3 (da) | 2013-10-17 | 2021-08-23 | Illumina Inc | Fremgangsmåder og præparater til fremstilling af nukleinsyrebiblioteker |
US9709479B2 (en) | 2013-10-25 | 2017-07-18 | Massachusetts Institute Of Technology | Method and apparatus for tracking cell identity |
WO2015061844A1 (en) | 2013-10-30 | 2015-05-07 | The University Of Sydney | Assay to stratify cancer patients |
US10288608B2 (en) | 2013-11-08 | 2019-05-14 | Prognosys Biosciences, Inc. | Polynucleotide conjugates and methods for analyte detection |
ES2912183T3 (es) | 2013-12-30 | 2022-05-24 | Atreca Inc | Análisis de ácidos nucleicos asociados a células individuales utilizando códigos de barras de ácidos nucleicos |
CA2938080A1 (en) | 2014-01-27 | 2015-07-30 | The General Hospital Corporation | Methods of preparing nucleic acids for sequencing |
EP3102678A2 (en) | 2014-02-03 | 2016-12-14 | Integrated DNA Technologies Inc. | Methods to capture and/or remove highly abundant rnas from a heterogeneous rna sample |
CA2941612A1 (en) | 2014-03-05 | 2015-09-11 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Methods using randomer-containing synthetic molecules |
ES2777529T3 (es) | 2014-04-17 | 2020-08-05 | Adaptive Biotechnologies Corp | Cuantificación de genomas de células inmunitarias adaptativas en una mezcla compleja de células |
US20150298091A1 (en) | 2014-04-21 | 2015-10-22 | President And Fellows Of Harvard College | Systems and methods for barcoding nucleic acids |
CA3060708A1 (en) | 2014-04-29 | 2015-11-05 | Illumina, Inc | Multiplexed single cell gene expression analysis using template switch and tagmentation |
US10975371B2 (en) | 2014-04-29 | 2021-04-13 | Illumina, Inc. | Nucleic acid sequence analysis from single cells |
EP3146080B1 (en) | 2014-05-19 | 2021-01-06 | William Marsh Rice University | Allele-specific amplification using a composition of overlapping non-allele-specific primer and allele-specific blocker oligonucleotides |
CN114214314A (zh) | 2014-06-24 | 2022-03-22 | 生物辐射实验室股份有限公司 | 数字式pcr条码化 |
US20150376700A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-31 | 10X Genomics, Inc. | Analysis of nucleic acid sequences |
EP3626834B1 (en) | 2014-07-15 | 2022-09-21 | Qiagen Sciences, LLC | Semi-random barcodes for nucleic acid analysis |
WO2016040446A1 (en) | 2014-09-10 | 2016-03-17 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for selectively suppressing non-target sequences |
AU2015318011B2 (en) | 2014-09-15 | 2020-07-23 | Abvitro Llc | High-throughput nucleotide library sequencing |
US9529672B2 (en) | 2014-09-25 | 2016-12-27 | Everspin Technologies Inc. | ECC word configuration for system-level ECC compatibility |
PT3207134T (pt) * | 2014-10-17 | 2019-09-17 | Illumina Cambridge Ltd | Transposição que preserva a contiguidade |
EP4239067A3 (en) | 2014-11-05 | 2023-10-25 | Illumina, Inc. | Transposase compositions for reduction of insertion bias |
CN107407691B (zh) | 2015-01-22 | 2021-07-27 | 贝克顿迪金森公司 | 用于单细胞中核酸靶标的分子条码化的装置和系统 |
EP3763825B1 (en) | 2015-01-23 | 2023-10-04 | Qiagen Sciences, LLC | High multiplex pcr with molecular barcoding |
US10854315B2 (en) | 2015-02-09 | 2020-12-01 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for determining structural variation and phasing using variant call data |
ES2824700T3 (es) | 2015-02-19 | 2021-05-13 | Becton Dickinson Co | Análisis unicelular de alto rendimiento que combina información proteómica y genómica |
US9727810B2 (en) | 2015-02-27 | 2017-08-08 | Cellular Research, Inc. | Spatially addressable molecular barcoding |
EP3262189B1 (en) | 2015-02-27 | 2021-12-08 | Becton, Dickinson and Company | Methods for barcoding nucleic acids for sequencing |
US11873483B2 (en) | 2015-03-11 | 2024-01-16 | The Broad Institute, Inc. | Proteomic analysis with nucleic acid identifiers |
US20160266094A1 (en) | 2015-03-13 | 2016-09-15 | University Of Iowa Research Foundation | Cellular barcode |
US20180073073A1 (en) | 2015-03-18 | 2018-03-15 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for labeling targets and haplotype phasing |
EP3277843A2 (en) | 2015-03-30 | 2018-02-07 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for combinatorial barcoding |
US10301660B2 (en) | 2015-03-30 | 2019-05-28 | Takara Bio Usa, Inc. | Methods and compositions for repair of DNA ends by multiple enzymatic activities |
US20180057873A1 (en) | 2015-04-17 | 2018-03-01 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Methods for performing spatial profiling of biological materials |
CN107580632B (zh) | 2015-04-23 | 2021-12-28 | 贝克顿迪金森公司 | 用于全转录组扩增的方法和组合物 |
US9618871B2 (en) | 2015-04-28 | 2017-04-11 | Kyocera Document Solutions Inc. | Image forming apparatus |
US10988802B2 (en) | 2015-05-22 | 2021-04-27 | Sigma-Aldrich Co. Llc | Methods for next generation genome walking and related compositions and kits |
WO2016190795A1 (en) | 2015-05-28 | 2016-12-01 | Kaarel Krjutskov | Blocking oligonucleotides |
WO2016196229A1 (en) | 2015-06-01 | 2016-12-08 | Cellular Research, Inc. | Methods for rna quantification |
JP2018527947A (ja) | 2015-07-17 | 2018-09-27 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | 核酸配列増幅方法 |
PT3334841T (pt) | 2015-08-12 | 2020-01-30 | Cemm Forschungszentrum Fuer Molekulare Medizin Gmbh | Métodos para estudar ácidos nucleicos |
JP6886962B2 (ja) | 2015-08-24 | 2021-06-16 | キアゲン ゲーエムベーハー | Rnaシークエンシングライブラリーを生成する方法 |
CN115928221A (zh) | 2015-08-28 | 2023-04-07 | Illumina公司 | 单细胞核酸序列分析 |
WO2017044574A1 (en) | 2015-09-11 | 2017-03-16 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid library normalization |
US11156611B2 (en) | 2015-09-24 | 2021-10-26 | Abvitro Llc | Single cell characterization using affinity-oligonucleotide conjugates and vessel barcoded polynucleotides |
WO2017075265A1 (en) | 2015-10-28 | 2017-05-04 | The Broad Institute, Inc. | Multiplex analysis of single cell constituents |
KR20180097536A (ko) | 2015-11-04 | 2018-08-31 | 아트레카, 인크. | 단일 세포와 연관된 핵산의 분석을 위한 핵산 바코드의 조합 세트 |
JP2019500856A (ja) | 2015-11-18 | 2019-01-17 | タカラ バイオ ユーエスエー, インコーポレイテッド | マルチウェルデバイスから試料をプールするための装置及び方法 |
US20190040381A1 (en) | 2015-12-04 | 2019-02-07 | St. Jude Children's Research Hospital, Inc. | Cloning and expression system for t-cell receptors |
EP3263715B1 (en) | 2016-06-28 | 2020-01-08 | Hifibio | Method for transcriptome analysis of single cells |
US11965891B2 (en) | 2015-12-30 | 2024-04-23 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Digital protein quantification |
US20170205404A1 (en) | 2016-01-19 | 2017-07-20 | General Electric Company | Multifunctional beads and methods of use for capturing rare cells |
US20170260584A1 (en) | 2016-02-11 | 2017-09-14 | 10X Genomics, Inc. | Cell population analysis using single nucleotide polymorphisms from single cell transcriptomes |
US11680253B2 (en) | 2016-03-10 | 2023-06-20 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Transposase-mediated imaging of the accessible genome |
WO2017164936A1 (en) | 2016-03-21 | 2017-09-28 | The Broad Institute, Inc. | Methods for determining spatial and temporal gene expression dynamics in single cells |
CN109312331B (zh) | 2016-04-01 | 2022-08-02 | 贝勒医学院 | 全转录组扩增的方法 |
US10822643B2 (en) | 2016-05-02 | 2020-11-03 | Cellular Research, Inc. | Accurate molecular barcoding |
US20190161743A1 (en) | 2016-05-09 | 2019-05-30 | President And Fellows Of Harvard College | Self-Targeting Guide RNAs in CRISPR System |
US10301677B2 (en) | 2016-05-25 | 2019-05-28 | Cellular Research, Inc. | Normalization of nucleic acid libraries |
CN109074430B (zh) | 2016-05-26 | 2022-03-29 | 贝克顿迪金森公司 | 分子标记计数调整方法 |
US10240196B2 (en) | 2016-05-27 | 2019-03-26 | Agilent Technologies, Inc. | Transposase-random priming DNA sample preparation |
TWI600309B (zh) | 2016-05-28 | 2017-09-21 | Hon Hai Prec Ind Co Ltd | 角度調整機構 |
US10202641B2 (en) | 2016-05-31 | 2019-02-12 | Cellular Research, Inc. | Error correction in amplification of samples |
US10640763B2 (en) | 2016-05-31 | 2020-05-05 | Cellular Research, Inc. | Molecular indexing of internal sequences |
US20180016632A1 (en) | 2016-07-12 | 2018-01-18 | Kapa Biosystems, Inc. | System and method for transposase-mediated amplicon sequencing |
US10809266B2 (en) | 2016-07-22 | 2020-10-20 | Verily Life Sciences Llc | Quantitative massively parallel proteomics |
WO2018020489A1 (en) | 2016-07-24 | 2018-02-01 | Yeda Research And Development Co. Ltd. | Methods and kits for analyzing dna binding moieties attached to dna |
US20180037942A1 (en) | 2016-08-03 | 2018-02-08 | Cellular Research, Inc. | Enzyme-independent molecular indexing |
CN109804079A (zh) | 2016-09-29 | 2019-05-24 | 富士胶片株式会社 | 供多重pcr的引物的设计方法 |
CN109790537A (zh) | 2016-09-29 | 2019-05-21 | 富士胶片株式会社 | 供多重pcr的引物的设计方法 |
CN110114520B (zh) | 2016-10-01 | 2023-08-08 | 伯克利之光生命科技公司 | Dna条形码组合物和在微流体装置中原位识别的方法 |
EP4026905B1 (en) | 2016-10-19 | 2024-04-17 | 10X Genomics, Inc. | Methods for barcoding nucleic acid molecules from individual cells or cell populations |
CN108473975A (zh) | 2016-11-17 | 2018-08-31 | 领星生物科技(上海)有限公司 | 检测肿瘤发展的系统和方法 |
WO2018111872A1 (en) | 2016-12-12 | 2018-06-21 | Grail, Inc. | Methods for tagging and amplifying rna template molecules for preparing sequencing libraries |
US10011872B1 (en) | 2016-12-22 | 2018-07-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US20190177800A1 (en) | 2017-12-08 | 2019-06-13 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for labeling cells |
CN110325650A (zh) | 2016-12-22 | 2019-10-11 | 夸登特健康公司 | 用于分析核酸分子的方法和系统 |
GB201622222D0 (en) | 2016-12-23 | 2017-02-08 | Cs Genetics Ltd | Reagents and methods for molecular barcoding of nucleic acids of single cells |
US20210087610A9 (en) | 2017-01-12 | 2021-03-25 | Massachusetts Institute Of Technology | Methods for analyzing t cell receptors and b cell receptors |
US20180208975A1 (en) | 2017-01-20 | 2018-07-26 | Merck Sharp & Dohme Corp. | Assay for simultaneous genomic and proteomic analysis |
EP4029939B1 (en) | 2017-01-30 | 2023-06-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for droplet-based single cell barcoding |
CN110382708A (zh) | 2017-02-01 | 2019-10-25 | 赛卢拉研究公司 | 使用阻断性寡核苷酸进行选择性扩增 |
EP4324931A2 (en) | 2017-02-02 | 2024-02-21 | New York Genome Center, Inc. | Methods and compositions for identifying or quantifying targets in a biological sample |
WO2018170515A1 (en) * | 2017-03-17 | 2018-09-20 | The Broad Institute, Inc. | Methods for identifying and modulating co-occurant cellular phenotypes |
EP3601606A2 (en) | 2017-03-24 | 2020-02-05 | Cellular Research, Inc. | Synthetic multiplets for multiplets determination |
KR20190133711A (ko) | 2017-03-24 | 2019-12-03 | 싱가포르국립대학교 | 분자의 다중 검출 방법 |
US10914729B2 (en) | 2017-05-22 | 2021-02-09 | The Trustees Of Princeton University | Methods for detecting protein binding sequences and tagging nucleic acids |
US11530436B2 (en) * | 2017-05-23 | 2022-12-20 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex end-tagging amplification of nucleic acids |
US20200370105A1 (en) | 2017-05-23 | 2020-11-26 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Methods for performing spatial profiling of biological molecules |
US10400235B2 (en) | 2017-05-26 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
MA49352A (fr) | 2017-05-26 | 2020-04-08 | Abvitro Llc | Séquençage de bibliothèque de polynucléotides à haut rendement et analyse de transcriptome |
CN116064732A (zh) | 2017-05-26 | 2023-05-05 | 10X基因组学有限公司 | 转座酶可接近性染色质的单细胞分析 |
WO2018218226A1 (en) | 2017-05-26 | 2018-11-29 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
JP2020521486A (ja) | 2017-05-29 | 2020-07-27 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | シングルセルトランスクリプトームの増幅法 |
CA3059559A1 (en) * | 2017-06-05 | 2018-12-13 | Becton, Dickinson And Company | Sample indexing for single cells |
US20200217850A1 (en) | 2017-09-15 | 2020-07-09 | Apton Biosystems, Inc. | Heterogeneous single cell profiling using molecular barcoding |
CN111247589A (zh) | 2017-09-25 | 2020-06-05 | 贝克顿迪金森公司 | 免疫受体条形码错误校正 |
ES2924185T3 (es) | 2017-09-25 | 2022-10-05 | Fred Hutchinson Cancer Center | Perfiles in situ de alta eficiencia dirigidos a todo el genoma |
WO2019076768A1 (en) | 2017-10-16 | 2019-04-25 | Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus As | METHOD AND KIT FOR PREPARING DNA BANK |
WO2019084046A1 (en) | 2017-10-23 | 2019-05-02 | The Broad Institute, Inc. | ENRICHING SINGLE CELL CELLULAR CONSTITUENT OF BARCODE SEQUENCING LIBRARY |
WO2019084043A1 (en) | 2017-10-26 | 2019-05-02 | 10X Genomics, Inc. | METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS |
EP4180534A1 (en) | 2017-11-02 | 2023-05-17 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Transposase-based genomic analysis |
US20210395821A1 (en) * | 2017-11-13 | 2021-12-23 | The Broad Institute, Inc. | Methods for determining spatial and temporal gene expression dynamics during adult neurogenesis in single cells |
US20200354767A1 (en) | 2017-11-16 | 2020-11-12 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Methods to measure functional heterogeneity among single cells |
EP3720605A1 (en) | 2017-12-07 | 2020-10-14 | Massachusetts Institute Of Technology | Single cell analyses |
WO2019113506A1 (en) | 2017-12-07 | 2019-06-13 | The Broad Institute, Inc. | Methods and compositions for multiplexing single cell and single nuclei sequencing |
WO2019113499A1 (en) | 2017-12-07 | 2019-06-13 | The Broad Institute, Inc. | High-throughput methods for identifying gene interactions and networks |
SG11201907566TA (en) | 2017-12-08 | 2019-09-27 | 10X Genomics Inc | Methods and compositions for labeling cells |
WO2019118355A1 (en) | 2017-12-12 | 2019-06-20 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for single cell processing |
EP3728636A1 (en) * | 2017-12-19 | 2020-10-28 | Becton, Dickinson and Company | Particles associated with oligonucleotides |
CN111712579A (zh) | 2017-12-22 | 2020-09-25 | 10X基因组学有限公司 | 用于处理来自一个或多个细胞的核酸分子的系统和方法 |
AU2018399524B2 (en) | 2018-01-05 | 2022-05-26 | Billiontoone, Inc. | Quality control templates for ensuring validity of sequencing-based assays |
EP3749740B1 (en) * | 2018-02-05 | 2023-08-30 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Systems and methods for multiplexed measurements in single and ensemble cells |
WO2019157529A1 (en) | 2018-02-12 | 2019-08-15 | 10X Genomics, Inc. | Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations |
WO2019178164A1 (en) | 2018-03-12 | 2019-09-19 | Silicon Valley Scientific, Inc. | Method and apparatus for processing tissue and other samples encoding cellular spatial position information |
WO2019204560A1 (en) * | 2018-04-18 | 2019-10-24 | The Regents Of The University Of California | Method to connect chromatin accessibility and transcriptome |
WO2019210049A1 (en) * | 2018-04-27 | 2019-10-31 | X Gen Us Co. | Methods and compositions for preparing polynucleotides |
JP7358388B2 (ja) | 2018-05-03 | 2023-10-10 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 反対側の転写物末端における分子バーコーディング |
US11773441B2 (en) | 2018-05-03 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | High throughput multiomics sample analysis |
CN110499251A (zh) | 2018-05-17 | 2019-11-26 | 中国科学院大连化学物理研究所 | 高通量多参数的单细胞源性细胞外囊泡分析芯片及应用 |
US11932899B2 (en) | 2018-06-07 | 2024-03-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules |
WO2020009665A1 (en) | 2018-07-06 | 2020-01-09 | Agency For Science, Technology And Research | Method for single-cell transcriptome and accessible regions sequencing |
JP7413351B2 (ja) | 2018-08-03 | 2024-01-15 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 単一細胞における核バーコード化および捕捉 |
EP3833976A4 (en) | 2018-08-08 | 2022-04-27 | Vanderbilt University | SYSTEMS AND METHODS FOR SIMULTANEOUS DETECTION OF ANTIGENS AND ANTIGEN-SPECIFIC ANTIBODIES |
EP3837378B1 (en) | 2018-08-17 | 2023-04-05 | Becton, Dickinson and Company | Aptamer barcoding |
WO2020041148A1 (en) | 2018-08-20 | 2020-02-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for detection of protein-dna interactions using proximity ligation |
WO2020047010A2 (en) | 2018-08-28 | 2020-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Increasing spatial array resolution |
WO2020046833A1 (en) | 2018-08-28 | 2020-03-05 | Cellular Research, Inc. | Sample multiplexing using carbohydrate-binding and membrane-permeable reagents |
US11639517B2 (en) | 2018-10-01 | 2023-05-02 | Becton, Dickinson And Company | Determining 5′ transcript sequences |
US11932849B2 (en) | 2018-11-08 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Whole transcriptome analysis of single cells using random priming |
EP3894552A1 (en) | 2018-12-13 | 2021-10-20 | Becton, Dickinson and Company | Selective extension in single cell whole transcriptome analysis |
CA3123847A1 (en) | 2018-12-17 | 2020-06-25 | Natera, Inc. | Methods for analysis of circulating cells |
AU2019402067A1 (en) | 2018-12-17 | 2021-05-06 | Illumina, Inc. | Methods and means for preparing a library for sequencing |
EP3914728B1 (en) | 2019-01-23 | 2023-04-05 | Becton, Dickinson and Company | Oligonucleotides associated with antibodies |
EP3924505A1 (en) | 2019-02-12 | 2021-12-22 | 10X Genomics, Inc. | Methods for processing nucleic acid molecules |
US11467153B2 (en) | 2019-02-12 | 2022-10-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods for processing nucleic acid molecules |
CN113454234A (zh) | 2019-02-14 | 2021-09-28 | 贝克顿迪金森公司 | 杂合体靶向和全转录物组扩增 |
US11965208B2 (en) | 2019-04-19 | 2024-04-23 | Becton, Dickinson And Company | Methods of associating phenotypical data and single cell sequencing data |
WO2020247685A2 (en) | 2019-06-04 | 2020-12-10 | Universal Sequencing Technology Corporation | Methods of barcoding nucleic acid for detection and sequencing |
WO2021011433A1 (en) | 2019-07-12 | 2021-01-21 | New York Genome Center, Inc | Methods and compositions for scalable pooled rna screens with single cell chromatin accessibility profiling |
WO2021113353A1 (en) | 2019-12-02 | 2021-06-10 | Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. | Methods for dual dna/protein tagging of open chromatin |
WO2021146219A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Becton, Dickinson And Company | Cell capture using du-containing oligonucleotides |
WO2021146207A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for quantitation of proteins and rna |
US20210222244A1 (en) | 2020-01-17 | 2021-07-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for single cell secretomics |
EP4097228A1 (en) | 2020-01-29 | 2022-12-07 | Becton, Dickinson and Company | Barcoded wells for spatial mapping of single cells through sequencing |
CN115427584A (zh) | 2020-01-31 | 2022-12-02 | 贝克顿迪金森公司 | 嗜中温dna聚合酶延伸阻断物 |
CN115087746A (zh) | 2020-02-12 | 2022-09-20 | 贝克顿迪金森公司 | 细胞内AbSeq |
WO2021163611A1 (en) | 2020-02-13 | 2021-08-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for characterizing cells using gene expression and chromatin accessibility |
WO2021173719A1 (en) | 2020-02-25 | 2021-09-02 | Becton, Dickinson And Company | Bi-specific probes to enable the use of single-cell samples as single color compensation control |
US20210332354A1 (en) | 2020-04-15 | 2021-10-28 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for identifying differential accessibility of gene regulatory elements at single cell resolution |
WO2021231779A1 (en) | 2020-05-14 | 2021-11-18 | Becton, Dickinson And Company | Primers for immune repertoire profiling |
WO2021247593A1 (en) | 2020-06-02 | 2021-12-09 | Becton, Dickinson And Company | Oligonucleotides and beads for 5 prime gene expression assay |
US20230227813A1 (en) | 2020-06-23 | 2023-07-20 | Ludwig Institute For Cancer Research Ltd | Parallel analysis of individual cells for rna expression and dna from targeted tagmentation by sequencing |
CN116157534A (zh) | 2020-07-13 | 2023-05-23 | 贝克顿迪金森公司 | 用于单细胞分析的cDNA加标对照 |
US11932901B2 (en) | 2020-07-13 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq |
US20230227809A1 (en) | 2020-07-29 | 2023-07-20 | The Jackson Laboratory | Multiplex Chromatin Interaction Analysis with Single-Cell Chia-Drop |
US20220033810A1 (en) | 2020-07-31 | 2022-02-03 | Becton, Dickinson And Company | Single cell assay for transposase-accessible chromatin |
CN116529389A (zh) | 2020-08-20 | 2023-08-01 | 贝克顿迪金森公司 | 用于从血培养物中分离细菌的血细胞裂解剂 |
US20230332213A1 (en) | 2020-09-11 | 2023-10-19 | Fred Hutchinson Cancer Center | Improved high efficiency targeted in situ genome-wide profiling |
WO2022094474A1 (en) | 2020-11-02 | 2022-05-05 | Duke University | Compositions for and methods of co-analyzing chromatin structure and function along with transcription output |
WO2022108946A1 (en) | 2020-11-17 | 2022-05-27 | Becton, Dickinson And Company | Combined analysis of cell-free nucleic acids and single cells for oncology diagnostics |
CN116635533A (zh) | 2020-11-20 | 2023-08-22 | 贝克顿迪金森公司 | 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析 |
WO2022109339A1 (en) | 2020-11-20 | 2022-05-27 | Becton, Dickinson And Company | Use of dextramer in single cell analysis |
-
2019
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2023
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Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012506704A (ja) | 2008-10-24 | 2012-03-22 | エピセンター テクノロジーズ コーポレイション | 核酸を修飾するためのトランスポゾン末端組成物及び方法 |
JP2016533187A (ja) | 2013-08-28 | 2016-10-27 | セルラー リサーチ, インコーポレイテッド | 大規模並列単一細胞分析 |
JP2018501776A (ja) | 2014-10-17 | 2018-01-25 | イルミナ ケンブリッジ リミテッド | 連続性を維持した転位 |
WO2018018008A1 (en) | 2016-07-22 | 2018-01-25 | Oregon Health & Science University | Single cell whole genome libraries and combinatorial indexing methods of making thereof |
WO2018031631A1 (en) | 2016-08-10 | 2018-02-15 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of de novo assembly of barcoded genomic dna fragments |
WO2018058073A2 (en) | 2016-09-26 | 2018-03-29 | Cellular Research, Inc. | Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
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