JP4988124B2 - クチナーゼ変異体 - Google Patents
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Description
【０００１】
発明の分野
本発明は、クチナーゼ変異型、特に改良された熱安定性を有するクチナーゼ変異型に関する。本発明は、また、変異型をコードするDNA配列、DNA配列を含んでなるベクター、DNA配列またはベクターを収容する形質転換された宿主細胞、変異型を産生する方法、および変異型の使用に関する。
【０００２】
発明の背景
クチナーゼは、基質クチンを加水分解することができる脂肪分解酵素である。クチナーゼは種々の菌類から知られている（P. E. Kolattukudy、”Lipases”、B. BorgstoemおよびH. L. Brockman、Elsevier 1984、471−540）。フザリウム・ソラニ・ピシ（Fusarium solani pisi）のクチナーゼのアミノ酸配列および結晶構造は説明された（S. Longhi他、Journal of Molecular Biology、268（4）、779−799（1977））。また、フミコラ・インソレンス（Humicola insolens）からのクチナーゼのアミノ酸配列が発表された（米国特許第5,827,719号）。
【０００３】
フザリウム・ソラニ・ピシ（Fusarium solani pisi）のクチナーゼの多数の変異型が発表された：WO 94/14963；WO 94/14964；WO 00/05389；Appl. Environm. Microbiol. 64、2794−2799、1998； Proteins：Structure，Function and Genetics 26、442−458、1996； J. of Computational Chemistry 17、1783−1803、1996；Protein Engineering 6、157−165、1993；Proteins：Structure，Function and Genetics 33、253−264,1998；J. of Bacteriology 66、11−26、1998；Biochemistry 35、398−410、1996；Chemistry and Physics of Lipids 97、181−191、1999； Proteins：Structure，Function and Genetics 31、320−333、1998；Biochimica et Biophysica Acta 1441、185−196、1999；Appl. Environm. Microbiol. 64、316−324、1998；Bio Techniques 27、1102−1108、1999。
【０００４】
菌類のクチナーゼはポリ（エチレンテレフタレート）の環状オリゴマーの酵素的加水分解、例えば、ポリ（エチレンテレフタレート）繊維からの糸または布帛の仕上げにおいて使用することができる（WO 97/27237）。既知の菌類のクチナーゼの熱安定性を改良して、加工温度をより高くすることが望ましい。
【０００５】
発明の要約
本発明者らは、改良された熱安定性を有する菌類のクチナーゼのある種の変異型を発見した。変異型は、QI、L2、A4、G8、S11、N15、A16、T29、V38、N44、S48、H49、L66、A88、N91、S116、S119、G120、A130、Q139、T164、T166、L167、I168、I169、L174、I178、R189に対応する位置における1または2以上のアミノ酸残基置換および/またはN末端のペプチドのエクステンションAAVDSNHTPAVPELVAR(配列番号2)を含んでなる。変異型は必要に応じて他の位置に追加の変更を含んでなることができる。
【０００６】
本発明は、また、変異型をコードするDNA配列、DNA配列を含んでなる発現ベクター、DNA配列または発現ベクターを収容する形質転換された宿主細胞、変異型を産生する方法、変異型を使用する方法および変異型を含んでなる洗浄剤組成物を提供する。
さらに、本発明は、示した位置の1または2以上またはこのような位置を含んでなる領域にアミノ酸変更（置換、欠失または挿入）を導入することによって、クチナーゼ変異型を産生する方法を提供する。変更は、例えば、局在化ランダム突然変異誘発または位置指定突然変異誘発により、行うことができる。
【０００７】
発明の詳細な説明
菌類クチナーゼ
親酵素は、酵素命名法に従いEC 3.1.1.74として分類されるクチナーゼである(http://www.chem.qmw.ac.uk/iubm/enzymeにおいて入手可能である)。それは菌類クチナーゼ、例えば、糸状菌クチナーゼであり、例えば、フミコラ（Humicola）またはフザリウム（Fusarium）、特にフミコラ・インソレンス（H. insolens）またはフザリウム・ソラニ・ピシ（F. solani pisi）の株、より特にフミコラ・インソレンス（H. insolens）株DSN 1800に対して自然である。
【０００８】
配列番号1は、フミコラ・インソレンス（H. insolens）株DSN 1800のクチナーゼのアミノ酸配列（成熟ペプチド）およびフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼについて本明細書において使用するナンバリングシステムを示す。アミノ酸配列およびそれをコードするDNA配列は、以前において、米国特許第5,827,719号に配列番号2および配列番号1として発表された。
【０００９】
フザリウム・ソラニ・ピシ（F. solani pisi）のクチナーゼのアミノ酸配列は、WO 94/14964の第1D図に成熟ペプチドとして示された。フザリウム・ソラニ・ピシ（F. solani pisi）のクチナーゼについて本明細書において使用するナンバリングシステムはWO 94/14964において使用されているものである；それは前記第1D図に示すプロ配列を包含する；こうして、成熟クチナーゼは位置16−215に存在する。
【００１０】
親クチナーゼは、フミコラ・インソレンス（H. insolens）株DSN 1800のクチナーゼに対して少なくとも50％（特に少なくとも70％または少なくとも80％）相同性であるアミノ酸配列を有することができる。親クチナーゼは、特にフミコラ・インソレンス（H. insolens）株DSN 1800のクチナーゼと整合させることができるものであることができる。
【００１１】
アミノ酸の命名法および変更
明細書および特許請求の範囲は1文字コードによりアミノ酸を言及する。配列中の特定のアミノ酸はその1文字コードおよびその位置により同定され、Q1はGln（位置1、すなわち、N末端におけるグルタミン）を示す。
置換を規定するために本明細書において使用する命名法は、基本的にはWO 92/05249に記載されている通りである。こうしてS11Tは位置11におけるS（Ser）のT（Thr）による置換を示す。Q1C/LはC(Cys)またはL(Leu)によるQ(Gln)の置換を示す。
【００１２】
相同性および整合
本発明の目的に対して、相同性（同一性）の程度は下記の文献に記載されている方法に従い適当に決定することができる：Needleman、S. B.およびWunch、C. D.、（1970）、Journal of Molecular Biology、48、443−45。ポリペプチドの配列の比較のために下記の設定を使用する：3.0のGAP発生ペナルティーおよび0.1のGAPエクステンションペナルティー。決定は既知のコンピュータープログラム、例えば、GCGプログラムパッケージで提供されるGAPにより実施することができる（Program Manual for Wisconsin Package、Version 8、August 1994、Genetics Computer Group、575 Science Drive、アメリカ合衆国 53711ウィスコンシン州マディソン）。
【００１３】
2つの記載した配列は、同一パラメーターを使用してNeedleman（前掲）に記載されている方法に従い整合させることができる。これはGAPプログラム（前掲）により実施することができる。
親クチナーゼとクチナーゼ変異型との間の相同性は80％以上、例えば、85％以上または90％以上、特に95％以上であることができる。
【００１４】
特異的置換
変異型はフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼ中の下記に対応する1または2以上の置換を含んでなることができる（フミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼのナンバリング）：Q1C/L、L2K/Q/V、A4V、G8D、S11T、N15D、A16T、T29C/I/M、V38H、N44D、S48E/K、H49Y、L66I、A88H/L/V、N91H、S116K、S119P、G120D、A130V、Q139R、T164S、T166M/I、L167P、I168F、I69A/G/T/V、I178Vおよび/またはR189A/H/V。
【００１５】
より詳しくは、クチナーゼ変異型は下記のこのような置換または置換の組合わせを含むことができる：
S48E＋A88H＋N91H＋R189V
Q1L＋L2K＋G8D＋N15D
N44D＋A130V
Q1C＋L2V＋G120D
A88L＋R189A
S48E＋L66I＋A88L＋I169A＋R189Ｈ
A88V＋S116K＋S119P＋Q139R＋I169V＋R189V
A88V＋R189A
【００１６】
S48K＋A88H＋I169G＋R189H
Q1L＋L2Q＋A4V＋S11T
T164S
L174F
H49Y
Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋R189V
Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋N44D＋A130V
Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋A16T
A130V
Q1C＋L2V
【００１７】
G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋T29M＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋T29I＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋T29C＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋L174F＋I178V＋R189V
G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166M＋I168F＋R189V
G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166I＋L167P＋R189V
G8D＋N15D＋V38H＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋I169T＋R189V
G8D＋N15D＋V38H＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋T29M＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166I＋L167P＋R189V
【００１８】
任意の置換
前述の置換に加えて、クチナーゼ変異型は必要に応じて1または2以上の他のアミノ酸変更、特にフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼ中の下記に対応する1または2以上のアミノ酸残基置換を含むことができる（フミコラ・インソレンス（H. insolens）クチナーゼのナンバリング）：Q1、L2、E6、E10、S11、A14、N15、F24、L46、E47、R51、D63、L138および／またはE179、より特にQ1Ｐ、L2Ｖ、E6Ｑ、E10Ｑ、S11C、A14P、N15T、F24Y、L46I、E47K、R51P、D63N、L138Iおよび／またはE179Qに対応する位置における少なくとも1つのアミノ酸置換。
【００１９】
より詳しくは、クチナーゼ変異型は下記のこのような置換または置換の組合わせを含むことができる：
R51P
E6N/Q＋L138I
A14P＋E47K
E47K
E179N/Q
E6N/Q＋E47K＋R51P
A14P＋E47K＋E179N/Q
E47K＋E179N/Q
E47K＋D63N
E6N/Q＋E10N/Q＋A14P＋E47K＋R51P＋E179N/Q
E6N/Q＋A14P＋E47K＋R51P＋E179N/Q
Q1P＋L2V＋S11C＋N15T＋F24Y＋L46I＋E47K
【００２０】
クチナーゼ変異型の使用
本発明のクチナーゼ変異型は、例えば、ポリ（エチレンテレフタレート）の環状オリゴマー、例えば、環状トリ（エチレンテレフタレート）の酵素的加水分解のために使用することができる。
【００２１】
特に、ポリエステルを含有する布帛または糸をクチナーゼ変異型で処理し、次いで必要に応じてほぼpH7〜ほぼpH11の範囲のpHを有する水溶液で布帛または糸をすすぐことによって、布帛または糸からこのような環状オリゴマーを除去するためにクチナーゼ変異型を使用することができる。ポリエステルの処理は、c3ETのガラス転移温度（約55℃）以上〜ポリエステルのガラス転移温度（約70℃）以下において好都合に実施される。この方法はWO 97/27237と同様に実施することができる。
【００２２】
クチナーゼ変異型を使用してポリエステルを含有する繊維材料、例えば、PET（エチレングリコールおよびテレフタル酸のポリマー）、P3GT（1,3−プロパンジオールおよびテレフタル酸のポリマー）またはポリエステル/綿のブレンドを使用することができる。この処理は繊維材料に利益、例えば、改良された摩耗および快適さ、水透過性の増加、帯電防止挙動の減少、風合いおよび柔軟性の改良、再付着特性の変化および/または色の清澄化を提供することができる。
【００２３】
クチナーゼ変異型で処理し、次いで仕上げ剤、例えば、柔軟剤、しわ防止樹脂、帯電防止剤、汚れ防止剤または防しわ性、恒久的プレスまたは耐性効果の悪化を減少する物質で処理することによって、PETを含有する糸または布帛の機能的仕上げを改良するためにクチナーゼ変異型を使用することができる。クチナーゼ変異型による処理は表面中の官能基の数を増加させ、そしてこれを使用して機能的仕上げを取り付けることができる。仕上げ剤の例は下記の文献に記載されている：”SENSHOKU SIAGEKAKO BENRANN”、Nihonn Seni Sentaa KK。
【００２４】
また、本発明のクチナーゼ変異型は洗浄剤において有効であり、ここでWO 94/03578およびWO 94/14964に記載されているように、クチナーゼ変異型は脂肪のよごれの除去を改良するために添加される。洗濯の洗浄剤へのクチナーゼ変異型の添加は、数回の洗浄／着用サイクルの間に蓄積する布の悪臭を減少することができる。
クチナーゼ変異型は、また、例えば、JP-A 5-344897に記載されているように、ポリエステル、例えば、ポリカプロラクトン(PCL)、ポリ−エチレングリコール−テレフタレート（PET）、ポリ乳酸、ポリブチレンスクシネート、およびポリ（ヒドロキシ酪酸）−コ−（ヒドロキシバレリアン酸）、例えば、フィルムおよび壜の分解およびリサイクルのために使用することができる。
【００２５】
クチナーゼ変異型は、また、リパーゼおよびクチナーゼの他の既知の用途、例えば、パン焼き産業（例えば、WO 94/04035およびEP 585988に記載されているように）、製紙産業（例えば、ピッチの除去、EP 374700参照）、および皮革、羊毛および関係する産業（例えば、動物皮革、ヒツジ皮膚または羊毛の脱気）において、そして脱グリースおよび脱脂を包含する他の用途において使用することができる。クチナーゼ変異型は脂肪および油産業において固定化された形態で、有機合成（例えば、エステル化、エステル交換またはエステル加水分解反応）の触媒として使用することができる。
【００２６】
ポリエステルの染色
本発明は、ポリエステルの布帛または糸を染色する方法を提供する。この方法において、布帛または糸をまずクチナーゼで、例えば、50〜70℃または65〜70℃、pH7〜10において12〜48時間処理し、次いで染料、例えば、反応性染料、分散染料またはカチオン染料で染色する。反応性染料はOHまたはCOOHと反応するもの、例えば、構造発色団-NHPh-SO2 CH2 CH2OSO3Naを有するものであることができる。染色は40〜80℃において、例えば、20〜60分間反応させることができる。
クチナーゼはpH8.5において熱変性温度Tdを有する熱安定性クチナーゼであることができる。熱変性温度Tdは親クチナーゼよりも少なくとも5°高く、例えば、7〜10°高く、例えば、65℃またはこれより高い値であることができる。測定はこの明細書の実施例に記載されているDSCにより実施することができる。
【００２７】
界面活性剤
布帛または糸の処理において、慣用の湿潤剤および/または分散剤を使用して酵素との接触を改良することができる。湿潤剤は非イオン界面活性剤、例えば、エトキシル化脂肪族アルコールであることができる。非常に有効な湿潤剤はエトキシル化およびプロポキシル化脂肪酸エステル、例えば、Berol 087（製造会社：Akzo Nobel、スウェーデン国）である。
【００２８】
分散剤は非イオン性、アニオン性、カチオン性、両性または双生イオン性の界面活性剤から適当に選択することができる。より詳しくは、分散剤はカルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、アルキルアリールスルホネート、長鎖アルコールサルフェート（第一級または第二級アルキルサルフェート）、スルホン化オレフィン、硫酸化モノグリセリド、硫酸化エーテル、スルホスクシネート、スルホン化メチルエーテル、アルカンスルホネート、ホスフェートエステル、アルキルイソチオネート、アシルサルコシド、フルオロ界面活性剤、脂肪族アルコールおよびアルキルフェノール縮合物、脂肪酸縮合物、エチレンオキシドとアミンとの縮合物、エチレンオキシドとアミドとの縮合物、スクロースエステル、ソルビタンエステル、アルキルアミド、脂肪族アミンオキシド、エトキシル化モノアミン、エトキシル化ジアミン、アルコールエトキシレートおよびそれらの混合物から選択することができる。非常に有効な分散剤はアルコールエトキシレート、例えば、Berol 08（製造会社：Akzo Nobel、スウェーデン国）である。
【００２９】
クチナーゼ変異型を製造する方法
本発明のクチナーゼ変異型は、この分野において知られている方法、例えば、WO 94/14963またはWO 94/14964（Unilever）に記載されている方法により製造することができる。クチナーゼをコードするDNA配列をクローニングする方法、次いでクチナーゼ変異型をコードする配列内の特定の部位において突然変異を発生させる方法を後述する。
【００３０】
クチナーゼをコードする DNA 配列
親クチナーゼをコードするDNA配列は、問題のクチナーゼを産生する任意の細胞または微生物から、この分野においてよく知られている種々の方法を使用して単離することができる。まず、研究すべきクチナーゼを産生する生物からの染色体DNAまたはメッセンジャーRNAを使用して、ゲノムDNAおよび/またはcDNAライブラリーを構築することができる。次いで、クチナーゼのアミノ酸配列が知られている場合、単離されたオリゴヌクレオチドプローブを合成し、問題の生物から調製したゲノムライブラリーからクチナーゼをコードするクローンを同定することができる。選択的に、より低いストリンジェンシイのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件下に、クチナーゼをコードするクローンを同定するために、他の既知のクチナーゼに対して相同的である配列を含有する標識化オリゴヌクレオチドプローブを使用することができる。
【００３１】
クチナーゼをコードするクローンを同定するなお他の方法は、ゲノムDNAのフラグメントを発現ベクター、例えば、プラスミドの中に挿入し、クチナーゼ陰性細菌を生ずるゲノムDNAライブラリーで形質転換し、次いでクチナーゼ基質（すなわち、マルトース）を含有する寒天上に形質転換された細菌を植物し、これによりクチナーゼを発現するクローンの同定を可能とすることを包含する。
【００３２】
選択的に、この酵素をコードするDNA配列は、確立された標準的方法、例えば、S. L. BeaucageおよびM. H. Caruthers、（1981）、Tetrahedron Letters 22、p. 1859−1869に記載されているホスホロアミダイト法、またはMatthes他、（1984）、EMBO J. 3、p. 801−805に記載されている方法により合成的に調製することができる。オリゴヌクレオチドを、例えば、自動DNA合成装置により合成し、精製し、アニールし、結合し、そして適当なベクター中のクローニングする。
【００３３】
最後に、DNA配列は、標準的技術に従い、合成、ゲノムまたはcDNA由来のフラグメント（適当ならば、全DNA配列の種々の部分に対応するフラグメント）を結合させることによって製造された、混合ゲノムおよび合成由来、混合合成およびcDNA由来または混合ゲノムおよびcDNA由来であることができる。また、例えば、米国特許第4,683,202号またはR. K. Saiki他、（1988）、Science 239、1988、pp. 487−491に記載されているように、特異的プライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応（PCR）により、DNA配列を調製することができる。
【００３４】
クチナーゼ変異型の構築
クチナーゼ変異型は、選択された位置における位置指定突然変異誘発により、または局在化ランダム突然変異誘発、すなわち、親酵素の選択された位置または領域の中にランダムアミノ酸残基を導入することによって、例えば、WO 95/22615に記載されているようにして、得ることができる。好ましい方法は、突然変異誘発のためにドープドまたはスパイクドオリゴヌクレオチドを使用することである。
【００３５】
選択された位置は前述の位置の1または2以上であることができ、そして選択された領域はこれらの位置の1または2以上を含んでなるものであることができる。いくつかの特定の例は次の通りである：
A ． スパイクド オリゴ シャフリング：
ライブラリーS1： 44、46、48、51、55
ライブラリーS2： 48、66、88、91、119、169、189
ライブラリーS3： 26、66、70、139、167、168、169、174
ライブラリーS4： 4、5、6、33、34
ライブラリーS5： 6、7、8、9、55、56、57
【００３６】
B ． ドープド ライブラリー
ライブラリー1： 42〜52
ライブラリー2： 59〜77
ライブラリー3： 116〜122
ライブラリー4： 1〜16
ライブラリー5： 69、70、73
ライブラリー6： 140〜145
ライブラリー7： 161、162、164〜174
【００３７】
位置指定突然変異誘発
いったんクチナーゼをコードするDNA配列が単離されると、突然変異のために望ましい部位を同定し、合成オリゴヌクレオチドを使用して突然変異を導入する。これらのオリゴヌクレオチドは所望の突然変異部位をフランクするヌクレオチド配列を含有する。特定の方法において、クチナーゼ遺伝子を担持するベクターの中に、DNA、クチナーゼをコードする配列の一本鎖ギャップをつくる。次いで、所望の突然変異を有する合成ヌクレオチドを一本鎖DNAの相同的部分にアニールする。
【００３８】
次いで残留するギャップをDNAポリメラーゼI（クレノウフラグメント）で充填し、T4リガーゼを使用してこの構築物を結合させる。この方法の特定の例は、Morinaga他、（1984）、Biotechnology 2、p. 646−639に記載されている。カセットの小さい変更を実行することによって、多重突然変異をコードするオリゴヌクレオチドを導入することが米国特許第4,760,025号に記載されている。しかしながら、種々の長さの多数のオリゴヌクレオチドを導入することができるので、なおより大きい種類の突然変異をMorinagaの方法により一度に導入することができる。
【００３９】
クチナーゼをコードする配列の中に突然変異を導入する他の方法は、NelsonおよびLong、（1989）、Analytical Biochemistry 180、p. 147−151に記載されている。この方法は、PCR反応におけるプライマーの1つとして化学的に合成したDNA鎖を使用することによって導入された所望の突然変異を含有するPCRフラグメントを発生させる3工程を包含する。PCR発生させたフラグメントから、制限エンドヌクレアーゼを使用する切断により、突然変異を担持するDNAフラグメントを単離し、発現プライマーの中に再挿入することができる。
【００４０】
クチナーゼ変異型の発現
本発明によれば、前述の方法により、またはこの分野において知られている別の方法により、産生された変異型をコードするDNA配列は、発現ベクターを使用して、酵素の形態で発現させることができる。典型的には、発現ベクターは調節配列をコードするプロモーター、オペレーター、リボソーム結合部位、翻訳開始シグナル、および、必要に応じて、リプレッサー遺伝子または種々のアクチベーター遺伝子を包含する。
【００４１】
発現ベクター
本発明のクチナーゼ変異型をコードするDNA配列を担持する組換え発現ベクターは、好都合に組換えDNA手法に付すことができる任意のベクターであることができ、そしてベクターの選択はそれを導入すべき宿主細胞に依存する。ベクターは、宿主細胞の中に導入するとき、宿主細胞ゲノムの中に組込まれ、それが組込まれ多1または2以上の染色体と一緒に複製されるベクターであることができる。適当な発現ベクターの例はpMT838を包含する。
【００４２】
プロモーター
ベクターにおいて、DNA配列を適当なプロモーター配列に操作的に接続すべきである。プロモーターは、選択した宿主細胞において転写活性を示し、かつ宿主細胞に対して相同的または異種的であるタンパク質をコードする遺伝子に由来することができる任意のDNA配列であることができる。
【００４３】
特に細菌宿主において、本発明のクチナーゼ変異型をコードするDNA配列の転写を指令する適当なプロモーターの例は、大腸菌（E. coli）のlacオペロンのプロモーター、ストレプトマイセス・ケリコロル（Streptomyces coelicolor）アガロース遺伝子dagAのプロモーター、バシラス・リヘニフォルミス（Bacillus licheniformis）α−アミラーゼ遺伝子（amyL）のプロモーター、バシラス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus）マルトゲンアミラーゼ遺伝子（amyM）のプロモーター、バシラス・アミロリクファシエンス（Bacillus amyloliquefaciens）α−アミラーゼ（amyQ）のプロモーター、枯草菌（Bacillus subtilis）xylAおよびxylB遺伝子のプロモーターおよびその他である。
【００４４】
菌類宿主における転写のために、有効なプロモーターの例はアスペルギルス・オリゼ（A. oryze）ＴＡＫＡアミラーゼ、サッカロマイセス・セレビシエ（S. cerevisae）からのTPI（トリオースホスフェートイソメラーゼ）プロモーター（Alber他、（1982）、J. Mol. Appl. Gent. 1、p. 419−434）、リゾムコル・ミエヘイ（Rhizomucor miehei）アスパラギン酸プロテイナーゼ、アスペルギルス・ニガー（A. niger）中性α−アミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（A. niger）酸安定性α−アミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（A. niger）グルコアミラーゼ、リゾムコル・ミエヘイ（Rhizomucor miehei）リパーゼ、アスペルギルス・オリゼ（A. oryze）アルカリ性プロテアーゼ、アスペルギルス・オリゼ（A. oryze）トリオースホスフェートイソメラーゼまたはアスペルギルス・ニヅランス（A. nidulanns）アセトアミダーゼをコードする遺伝子に由来するものである。
【００４５】
発現ベクター
本発明の発現ベクターは、また、適当な転写ターミネーターおよび、真核生物において、本発明のα−アミラーゼ変異型をコードするDNA配列に作用可能に接続されたポリアデニル化配列を含んでなることができる。終結配列およびポリアデニル化配列はプロモーターと同一の源から適当に誘導することができる。
ベクターはそれを問題の宿主細胞中で複製可能とするDNA配列をさらに含んでなることができる。このような配列の適当な例はプラスミドpUC19、pACYC177、pUB110、pE194、pAMB1およびpIJ702の複製起点である。
【００４６】
ベクターは、また、選択可能なマーカー、例えば、その産物が宿主細胞における欠陥を相補する遺伝子、例えば、枯草菌（B. subtilis）またはバシラス・リヘニフォルミス（B. licheniformis）からのdal遺伝子、または抗生物質耐性、例えば、アンピシリン、カナマイシン、クロラムフェニコールまたはテトラサイクリン耐性を与える遺伝子を含んでなることができる。さらに、ベクターはアスペルギルス（Aspergillus）選択マーカー、例えば、amdS、niaDおよびsC、ヒグロマイシン耐性を発生させるマーカーを含んでなることができるか、あるいは選択は、例えば、WO 91/17243に記載されているように、共形質転換により達成することができる。
【００４７】
それぞれ、クチナーゼ変異型をコードする本発明のDNA構築物、プロモーター、ターミネーターおよび他の因子を結合し、それらを複製に必要な情報を含有する適当なベクターの中に挿入するために使用する手法は当業者によく知られている（例えば、Sambrook 他、Molecular Cloning : A Laboratory Manual、第2版、Cold Spring Harbor、1989）。
【００４８】
宿主細胞
本発明の細胞は、上に定義した本発明のDNA構築物または発現ベクターを含んでなり、本発明のクチナーゼ変異型の組換え産生において宿主細胞として好都合に使用される。宿主細胞は、好都合には宿主染色体の中にDNA構築物を（1または2以上のコピーで）組込むことによって、変異型をコードするDNA構築物で形質転換することができる。DNA配列は細胞の中に安定に維持されるようであるので、この組込みは一般に有利であると考えられる。宿主染色体の中へのDNA構築物の組込みは、慣用法により、例えば、相同的または異種的組換えにより実行することができる。選択的に、細胞は宿主細胞の異なる型と関連して前述したように発現ベクターで形質転換することができる。
【００４９】
本発明の細胞は、高等生物、例えば、哺乳動物または昆虫の細胞、特に微生物細胞、例えば、細菌または真菌（酵母を包含する）細胞であることができる。
適当な細菌の例は、グラム陽性菌、例えば、枯草菌（Bacillus subtilis）、バシラス・リヘニフォルミス（Bacillus licheniformis）、バシラス・レンツス（Bacillus lentus）、バシラス・ブレビス（Bacillus brevis）、バシラス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus）、バシラス・アルカロフィルス（Bacillus alkalophillus）、バシラス・アミロリクファシエンス（Bacillus amyloliquefaciens）、
【００５０】
バシラス・コアギュランス（Bacillus coagulans）、バシラス・サーキュランス（Bacillus circulans）、バシラス・ラウツス（Bacillus lautus）、バシラス・メガテリウム（Bacillus megaterium）、バシラス・スリンジェンシス（Bacillus thuringiensis）、またはストレプトマイセス・リビダンス（Streptomyces lividans）またはストレプトマイセス・ムリヌス（Streptomyces murinus）、またはグラム陰性菌、例えば、大腸菌（E. coli）である。細菌の形質転換は、例えば、プロトプラストの形質転換によるか、あるいはそれ自体知られている方法でコンピテント細胞を使用することによって実施することができる。
【００５１】
酵母生物はサッカロマイセス（Saccharomyces）またはシゾサッカロマイセス（Schizosaccharomyces）、例えば、サッカロマイセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisae）の種から選択することが好ましい。
宿主細胞は、また、糸状菌、例えば、アスペルギルス（Aspergillus）、特にアスペルギルス・オリゼ（Aspergillus oryze）またはアスペルギルス・ニガー（Aspergillus niger）の種に属する株、またはフザリウム（Fusarium）の株、例えば、フザリウム・オキシスポラム（Fusarium oxysporum）、フザリウム・グラミネアラム（Fusarium graminearum）（ジッベレラ・セエ(Gibberella zeae)、
【００５２】
以前にはスフェリア・ゼエ（Sphaeria zeae）、同義語ジッベレラ・ロゼウム（Gibberella roseum）およびジッベレラ・ロゼウム（Gibberella roseum）f. cerealisと命名された完全な状態）、またはフザリウム・スルフレウム（Fusarium sulphureum）(ジッベレラ・プリカリス（Gibberella puricaris）、同義語フザリウム・トリコテシオイデス（Fusarium trichothecioides）、フザリウム・バクトリジオイデス（Fusarium bactridioides）、フザリウム・サムブシヌム（Fusarium sambucinum）、フザリウム・ロゼウム（Fusarium roseum）、およびフザリウム・ロゼウム（Fusarium roseum）var. graminearumと命名された完全な状態)、フザリウム・セレアリス（Fusarium cerealis）（同義語フザリウム・クロックウェレンセ（Fusarium crokkwellense）、またはフザリウム・ベネナツム（Fusarium venenatum）の株であることができる。
【００５３】
本発明の特定の態様において、宿主細胞はプロテアーゼ欠乏株またはプロテアーゼマイナス株である。
これは、例えば、”alp”欠失と命名するアルカリ性プロテアーゼ遺伝子を有するプロテアーゼ欠乏株JaL 125であることができる。この株はWO 97/35956（Novo Nordisk）に記載されている。
糸状菌細胞は、プロトプラストの形成およびプロトプラストの形質転換および引き続くそれ自体知られている方法による細胞壁の再生を包含するプロセスにより形質転換することができる。宿主微生物としてアスペルギルス（Aspergillus）を使用することはEP 238 023（Novo Nordisk A/S）に記載されており、その内容は引用することによって本明細書の一部とされる。
【００５４】
形質転換体の培養によるクチナーゼ変異型の産生
本発明は、なかでも、本発明のクチナーゼ変異型を産生する方法に関し、この方法は変異型の産生に助けとなる条件下に宿主細胞を培養し、細胞および/または培地から変異型を回収することを含んでなる。
細胞の培養に使用する培地は、問題の宿主細胞を増殖させ、そして本発明のクチナーゼ変異型を発現させるために適当な任意の慣用培地であることができる。適当な培地は商業的供給会社から入手可能であるか、あるいは発表された調製法（例えば、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（American Type Culture Collection）のカタログに記載されているような）に従い調製することができる。
【００５５】
宿主細胞から分泌されたクチナーゼ変異型は、よく知られている手順、例えば、遠心または濾過による培地からの細胞の分離、および硫酸アンモニウムのような塩による培地のタンパク質成分の沈降、および引き続くイオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、またはその他のようなクロマトグラフィー手順の使用により、培地から好都合に回収することができる。
【００５６】
植物における変異型の発現
本発明は、また、本発明の変異型を回収可能な量で発現しかつ産生するように、この酵素をコードするDNA配列で形質転換されたトランスジェニック植物、植物部分または植物細胞に関する。この酵素は植物または植物部分から回収することができる。選択的に、組換え酵素を含有する植物または植物部分をそのまま使用することができる。
【００５７】
トランスジェニック植物は、双子葉植物または単子葉植物、略して双子葉または単子葉であることができる。単子葉植物の例は、イネ科植物、例えば、ナカハグサ（イチゴツナギ、イチゴツナギ属（Poa））、フォレイジ・グラス（forage grass）、例えば、フェスツカ（festuca）、ロリウム（lolium）、テンペレート・グラス（temperate grass）、例えば、アグロスチス（Agrostis）、および穀物、例えば、コムギ、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、イネ、モロコシおよびトウモロコシ（コーン）である。
【００５８】
双子葉植物の例は、タバコ、マメ科植物、例えば、ハウチワマメ、ジャガイモ、テンサイ、エンドウマメ、ソラマメ・インゲン・ササゲの類およびダイズ、およびアブラナ科（Brassicaceae科）、例えば、カリフラワー、セイヨウアブラナおよび密接に関係するモデルの生物アラビドプシス・タリアナ（Arabidopsis thaliana）である。
植物部分の例は、幹、カルス、葉、根、果実、種子、および塊茎である。本発明の関係において、また、特定の植物組織、例えば、葉緑体、アポプラスト、ミトコンドリア、空胞、ペルオキシソームおよび細胞質は植物部分であると考えられる。さらに、組織の由来は植物部分であると考えられる。
また、このような植物、植物部分および植物細胞の子孫は本発明の範囲内に入る。
【００５９】
本発明の変異型を発現するトランスジェニック植物または植物部分は、この分野において知られている方法に従い構築することができる。簡単に述べると、植物または植物部分は、本発明の酵素をコードする1または2以上の発現構築物を植物宿主ゲノムの中に組込み、生ずる修飾された植物または植物部分をトランスジェニック植物または植物細胞に増殖させることによって構築される。
【００６０】
好都合には、発現構築物は、選択した植物または植物部分における遺伝子の発現に必要である適当な調節配列に操作可能に関連して、本発明の酵素をコードする遺伝子を含んでなるDNA構築物である。さらに、発現構築物は、それが組込まれた宿主細胞の同定に有効な選択可能なマーカーと、問題の植物の中への構築物の導入に必要なDNA配列とを含んでなることができる（後者は使用すべきDNA導入法に依存する）。
【００６１】
調節配列、例えば、プロモーターおよびターミネーターの配列および必要に応じてシグナルまたは転移配列の選択は、例えば、酵素を発現させる時、場所または方法に依存する。例えば、本発明の酵素をコードする遺伝子の発現は構成的または誘導可能であるか、あるいは発生、段階または組織特異的であることがあり、そして遺伝子産物を特定の組織または植物部分、例えば、種子または葉に対してターゲッティングすることができる。調節配列は、例えば、下記の文献に記載されている：Tague他、Plant, Phys.、86、1988。
【００６２】
構成的発現のために、35S-CaMVプロモーターを使用することができる（Franck他、1980、Cell 21：285−294）。器官特異的プロモーターの例は次の通りである：貯蔵シンク組織、例えば、種子、ジャガイモ塊茎、および果実からのプロモーター（Edwards & Coruzzi、1990、Annu. Rev. Genet. 24：275−303）、または代謝シンク組織、例えば、分裂組織（Ito他、1994、Plant Mol. Biol. 24：863−878）からのプロモーター、種子特異的プロモーター、例えば、イネからのグルテリン、プロラミン、グロブリンまたはアルブミンのプロモーター（Wu他、Plant and Cell Physiology Vol. 39、No. 8、pp. 885−889（1998））、レグミンB4からのVicia fabaプロモーターおよびVicia fabaからの未知の種子タンパク質遺伝子（Conrad U.他、Journal of Plant Physiology Vol. 152、No. 6、pp. 708−711（1998）、
【００６３】
種子油からのプロモーター（Chen他、Plant and Cell Physiology Vol. 39、No. 9、pp. 935−941（1998））、ブラシカ・ナプス（Brassica napus）からの貯蔵タンパク質napAプロモーター、またはこの分野において知られている、例えば、WO 91/14772に記載されているいずれの他の種子特異的プロモーター。さらに、プロモーターは葉特異的プロモーター、例えば、イネまたはトマトからのrbcsプロモーター（Kyozuka他、Plant Physiology Vol. 102、No. 3、pp. 991−1000（1993）、クロレラウイルスのアデニンメチルトランスフェラーゼ遺伝子のプロモーター（Mitra A.およびHiggins DW、Plant Molecular Biology Vol. 26、No. 1、pp. 85−93（1994）、またはイネaldP遺伝子のプロモーター（Kagaya他、Molecular and General Genetics Vol. 248、No. 6、pp. 668−674（1995）、または創傷誘導可能なプロモーター、例えば、pin2プロモーター（Xu他、Plant Molecular Biology Vol. 22、No. 4、pp. 573−588（1993）。
【００６４】
プロモーターエンハンサー因子を使用して、植物において酵素の高い発現を達成することができる。例えば、プロモーターエンハンサー因子はプロモーターと酵素をコードするヌクレオチド配列との間に存在するイントロンである。例えば、Xu他（前掲）は発現を増強するためにイネのアクチン1遺伝子の第1イントロンを使用することを開示している。
選択可能なマーカーおよび発現構築物の任意の他の部分は、この分野において入手可能なものから選択することができる。
【００６５】
DNA構築物はこの分野において知られている慣用技術に従い植物ゲノムの中に組込まれる。慣用技術は、アグロバクテリウム（Agrobacterium）仲介形質転換、ウイルス仲介形質転換、マイクロインジェクション、粒子衝撃、バイオリスティック（biolistic）形質転換、およびエレクトロポレーションを包含する（Gasser他、 Science、244、1293；Potrykus、Bio/Techn.、8、535、1990；Shimamoto他、Nature、338、274、1989）。
【００６６】
現在、トランスジェニック双子葉植物を発生させるために選択されている方法はアグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）仲介遺伝子転移である（概観については下記の文献を参照のこと：Hooykas & Schilperoort、1992、Plant Mol. Biol. 19：15−38）が、それを単子葉植物の形質転換に使用することもできる。しかしながら、他の形質転換法はこれらの植物について一般に好ましい。
【００６７】
現在、トランスジェニック単子葉植物の発生に選択されている方法は、胚カルスまたは発生する胚の粒子衝撃（形質転換性DNAで被覆した微視的金またはタングステン粒子）である（Christou、1992、Plant J. 2：275−281；Shimamoto、1994、Cur. Opin. Biotechnol. 5：158−162；Vasil他、1992、Bio/Technology 10：667−674）。単子葉植物を形質転換する別法は、下記の文献に記載されているプロトプラストの形質転換に基づく：Omirulleh S他、Plant Molecular Biology Vol. 21、No. 3、pp. 415−428（1993）。
形質転換後、組込まれた発現構築物を有する形質転換体を選択し、この分野においてよく知られている方法に従い、全植物に再生する。
【００６８】
材料および方法
株およびプラスミド
大腸菌（E. coli）DH12S（Gibco BRLから入手可能である）を酵母プラスミドのレスキュウーに使用する。
大腸菌（E. coli）JM110（Toyobo K.K.、日本国から入手可能である）を組換えプラスミドの調製に使用する。
【００６９】
pJSO026は下記の文献に記載されているサッカロマイセス・セレビシエ（S. cerevisae）の発現プラスミドである：WO 97/07205およびJ. S. Okkels、（1996）”A URA3−promoter deletion in a pYES vector increases the expression level of a fungal lipase in Saccharomyces cerevisae. Recombinant DNA Biotechnology III：The Integration of Biological and Engineering Sciences, Vol. 782 of the Annals of the New York Academy of Sciences)。
pJC039は、pJSO026から構築された、TPIの抑制下に実施例に記載されている「参照」クチナーゼ変異型を発現させるための酵母および大腸菌（E. coli）のベクターである。
【００７０】
サッカロマイセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisae）YNG318：MATa Dep4[cir+]ura3-52、leu2-D2、his 4-539は、酵母ライブラリーの構築およびフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼの発現のために使用される。それはJ. Biol. Chem. 272（15）、9720-9727,1997。
【００７１】
培地および物質
【表１】
【００７２】
【表２】
【００７３】
BETEB
テレフタル酸ビス（2−ヒドロキシエチル）ジベンゾエートを、ここにおいてBETEB（ベンゾイル−エチレン−テレフタル酸−エチレン−ベンゾエート）として略す。それはテレフタル酸ビス（2−ヒドロキシエチル）エステルおよび安息香酸から製造された。
【００７４】
【表３】
【００７５】
Dop83 − 2 （配列番号 5 ）のためのヌクレオチド混合物
1（ヌクレオチド25）：G 91％、A 9％
2（ヌクレオチド26）：G 95％、C 4％
3（ヌクレオチド37）：G 92.5％、A 7.5％
4（ヌクレオチド38）：A 96％、C 4％
5（ヌクレオチド39）：G 0.5％、A 3.5％、T 96％
6（ヌクレオチド40）：G 96％、A 2％、2％
7（ヌクレオチド41）：A 4.5％、C 95.5％
8（ヌクレオチド42）：A 2.5％、T 97.5％
9（ヌクレオチド43）：G 92％、A 2.5％、T 3％、C 2.5％
10（ヌクレオチド45）：G 71.5％、A 1％、T 27.5％
【００７６】
11（ヌクレオチド46）：G 3.5％、A 2％、T 43％、C 51.5％
12（ヌクレオチド47）：T 93.5％、C 6.5％
13（ヌクレオチド49）：G 92％、A 2.5％、C 2.5％
14（ヌクレオチド51）：G 71.5％、T 2.7.5％、A 1％
15（ヌクレオチド52）：A 98％、C 2％
16（ヌクレオチド53）：G 2.5％、T 4.5％、C 93％
17（ヌクレオチド54）：G 54.5％、A 9.5％、T 36％
18（ヌクレオチド58）：G 2％、A 3.5％、T 94.5％
19（ヌクレオチド59）：A 4％、T 91％、C 5％
20（ヌクレオチド61）：G 4.5％、T 95.5％
21（ヌクレオチド62）：T 95.5％、C 4.5％
22（ヌクレオチド63）：G 98％、A 2％
【００７７】
リパーゼ活性（ LU ）
アラビアゴムを乳化剤として使用してトリブチリン（グリセリントリブチレート）を乳化することによって、リパーゼの基質を調製する。pH制御滴定実験により、30℃、pH7においてトリブチリンを加水分解する。リパーゼ活性の1単位（1 LU）は、標準的条件下に1 μmolの/分を解放することができる酵素の量である。
【００７８】
一次スクリーニング法
1. 酵母ライブラリーをSC-グルコースプレート上に広げ、30℃において3日間インキュベートする。
2. ベルベットクロスを使用することによって新しいSC-グルコースプレートをナイトレートフィルターで複製する。プレートを30℃において1日間インキュベートする。（または20 ℃ O/W）。
3. 50 ppmのアボラン（Avolan）を使用するか、あるいは使用しないで、フィルターを前もって加熱した0.1％BETEBプレート（pH8.5）に移した。
4. BETEBプレートを70℃においてアボランおよび73 ℃ O/Nにおいてw/oアボランとインキュベートする。
5. フィルターを取出し、透明なゾーンを有する酵母クローンが見出される。
6. 候補のクローンをマスタープレートから単離し、24ウェルのプレート中の新しいSC-グルコースプレートおよび1 mlのYPD培地に接種する。
【００７９】
二次スクリーニング法
1. 24ウェルのプレート中のYPD培地を30℃において180 rpmで2日間培養する。
2. プレートを遠心し/または数時間放置する。
3. 5 μlおよび10 μlの上清をBETEBプレートの孔にアボランとともに、そしてアボランを使用しないで2つのBETEBプレートの孔に適用する。
4. 一方のBETEBプレートおよびアボランを含むBETEBプレートを60 ℃にいて、他方のBETEBプレートを68℃において一夜インキュベートする。
5. 透明ゾーンの直径をチェックする。
6. 68℃においてまたはアボランとともに60℃において活性を保持するクローンの上清のLU活性を測定する。
7. LU活性を10 LU/mlに調節し、4）におけるようにBETEBに適用する。
8. 透明ゾーンの直径をチェックする。
【００８０】
酵母ライブラリーを構築する方法
1. 0.5 μlのベクター（Hind III-XbaI消化した）および1 μlのPCRフィラメントを混合する。
2. YNG318コンピテント細胞を氷上で融解する。
3. 100 μlの細胞、DNA混合物および10 μlのキャリヤーDNA（Chrontech）をファルコン（Falcon）1058中で混合する。
4. 0.6 mlのPEG/LiAc溶液を添加し、おだやかに混合する。
5. 30℃、200 rpmにおいて30分間インキュベートする。
6. 42℃において15分間インキュベートする（熱ショック）。
7. エッペンドルフ管に移し、5秒間遠心する。
8. 上清を取出し、3 mlのYPD中に溶解する。
9. 細胞懸濁液を30 rpm、30℃において45分間インキュベートする。
10. この懸濁液SC-グルコースプレートに注いで約300クローン/プレートを得る。
【００８１】
ライブラリーの構築
SOE法および引き続く酵母組換えにより、Dopライブラリーを構築する。
他の方法
○ ライブラリーの構築およびサブクローニングのための大腸菌（E. coli）の形質転換をエレクトロポレーション（BIO-RAD Gene Pulser）により実施する。
○ アルカリ性法（分子クローニング、Cold Spring Harbor）によるか、あるいはQiagenTMプラスミドキットを使用して、DNAプラスミドを調製する。
○ Qiagenゲル抽出キットにより、DNAフラグメントをアガロースゲルから回収する。
○ PTC-200 DNA Engineにより、PCRを実施する。
○ すべてのDNA配列の決定のために、ABI PRISMTM 310遺伝学的アナライザーを使用する。
【００８２】
○ 酢酸リチウム法により、酵母の形質転換を実施する。
○ 下記の文献に記載されているRobzykおよびKassirの方法により、酵母の全DNAを抽出する：Nucleic Acids Research Vol. 20、No. 14（1992）3790。
○ 二次アッセイにおけるすべての陽性クローンは、1 mlのYPD中で30℃において一夜培養して、酵母の全DNAを抽出する。調製されたDNAを大腸菌（E. coli）の中に導入し、大腸菌（E. coli）コロニーを単離し、それらのプラスミドを調製し、配列決定し、さらに評価する。
【００８３】
実施例
実施例 1．ドーピングによるクチナーゼ変異型の構築
2つのプライマー対、620ＡＭ34（配列番号3）およびDop2−R（配列番号4）、およびDop83−2（配列番号5および前述のヌクレオチド混合物）および680ＡＭ35（配列番号6）を下記の条件下に使用して、第1のPCR反応を実施した：
【００８４】
【表４】
【００８５】
【表５】
【００８６】
生ずるフラグメントをゲル精製し、第2のPCR反応のための鋳型として使用した。下記の条件下にプライマーとして620（配列番号7）および680（配列番号8）を使用して、第2のPCRを実施した。
【００８７】
【表６】
【００８８】
【表７】
【００８９】
スパイクドオリゴシャフリングライブラリー
スパイクドライブラリーを次のようにして構築した。
前述したようにプライマーとしてrTthポリメラーゼおよびAM34（配列番号9）およびＡＭ35（配列番号10）を使用して、後の実施例に記載されている参照変異型の遺伝子フラグメントを調製するPCR反応を実施し、フラグメントをゲル精製した。
【００９０】
約10 μgのDNA/250 μlを0.8 μlのDNasel（Gibco BRL 18068−015）および30 μlの10×緩衝液と25℃において7〜10分間インキュベートした。EDTAを10 mMの最終濃度に添加して、反応を停止させた。
補正したサイズ（50〜150 bp）のDNAフラグメントをワットマン（Whatman）ガラスフィルターにより精製した。
次いで、DNアーゼ処理したフラグメントを下記の条件下に再構築した。
【００９１】
【表８】
【００９２】
【表９】
【００９３】
鋳型として上記PCR混合物を使用して、第2のPCRを下記の条件下に実施した。
【表１０】
【００９４】
【表１１】
【００９５】
実施例 2．変異型の熱安定性
多数の試料を調製し、各試料は10 LU/mlのフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼの変異型を含有した。20 μlの各試料をBETEBプレートのウェルに適用し、そしてプレートを68℃において一夜（14時間）インキュベートした。ウェルの透明ゾーンの存在を陽性の結果として採用した。
本発明による下記の変異型を試験し、参照変異型（本発明によらない）を比較のために含めた。
【００９６】
【表１２】
【００９７】
【表１３】
【００９８】
上に示したように、各変異型は参照変異型（E6Q＋A14P＋E47K＋R51P＋E179Q）と同一の置換およびさらに本発明による1または2以上の置換を含有した。上に示したように、4つの変異型はプロ配列の中にA(-7)Vから発するN末端のエクステンションを有して、切断部位を変更させている。
本発明のすべての変異型は顕著な透明ゾーンを示したが、参照は示さなかった。参照変異型は60℃の同様な実験において透明ゾーンを示した。こうして、本発明による置換の各組は変異型の熱安定性を著しく改良した。
また、いくつかの変異型をより高い温度において試験し、そして上記変異型のいくつかは76℃程度に高い温度において陽性の結果を与えた。
【００９９】
実施例 3．洗浄剤の存在下の変異型の安定性
クチナーゼ変異型をアニオン界面活性剤（10または40 ppmのアボラン（Avolan）、Bayerの製品）と60℃においてインキュベートし、14時間後に残留活性を測定した。前の実施例に記載されている変異型の8つは、10 ppmの洗浄剤とインキュベーション後に有意な残留活性を有し、そして40 ppmの洗浄剤とインキュベーション後に多少の活性を有することが見出された。参照変異型は残留活性を示さなかった。
【０１００】
実施例 4．DSC による熱安定性
pH 10におけるDSC（50 mMのグリシン緩衝液）により、クチナーゼ変異型の熱安定性を研究した。一定のプログラムした加熱速度で酵素溶液を加熱した後得られたサーモグラム（Cp対T）における変性ピーク（主要な吸熱ピーク）の上部として、熱変性温度Tdを採用した。
前述の参照変異型は68℃のTdを有することが見出された。実施例に記載されている本発明による3つの変異型は、71〜72℃のTd、すなわち、明瞭な改良を有することが見出された。
【０１０１】
実施例 5．変異型の洗浄性能
下記の条件において2つの異なる洗浄剤を使用する洗浄試験において、実施例2に記載されている参照変異型および本発明の1つの変異型を試験した：
洗浄剤：日本の商用洗浄剤、アニオン界面活性剤に富んでいる
洗浄剤濃度：0.5 g/lまたは0.67 g/l
試験スワッチ/ビーカー：
ラード/脂肪、褐色で汚れた3つの綿スワッチ（8×8 cm）
リップスティック（20LS）で汚れた3つの綿/ポリエステルのスワッチ（4.5×4.5 cm）
2つの商用皮脂スワッチ（5×5 cm）
1つの白色ポリエステルスワッチ（5×5 cm）
【０１０２】
洗浄機：Terg-O-Tometer、100 rpm
クチナーゼ変異型の投与量：0、2000、5000、10000 LU/L
水硬度：3°dH(Ca)
洗浄温度：25 ℃
洗浄液：1リットル/ビーカー
洗浄時間：10分
すすぎ：流れる水道水中で10分
乾燥：ライン乾燥、一夜
【０１０３】
クチナーゼ変異型を添加しないで洗浄したスワッチに比較してリップスティックのスワッチについて規約反射率の増加（ΔR）を測定することによって、洗浄性を測定した。各洗浄剤とともに2000〜10000 LU/Lの投与量において、本発明のクチナーゼ変異型は10〜16のΔRを提供したが、参照変異型は3〜7のΔRを提供することが示された。
【０１０４】
クチナーゼ変異型を添加しないで洗浄したスワッチに比較して白色ポリエステルのスワッチについて規約反射率の増加（ΔR）を測定することによって、ラードのスワッチからの脂肪の褐色の再付着を測定した。各洗浄剤とともに5000〜10000 LU/Lの投与量において、本発明のクチナーゼ変異型は参照変異型により提供されたΔRの2倍のΔRを提供することが示された。
さらに、ΔR 2つの変異型の安定性を2つの洗浄剤の溶液中で測定した。25 ℃において10分後、本発明の変異型を2つの洗浄剤中で92〜95％の残留活性を示したが、参照変異型は71〜72％の残留活性を示した。本発明の変異型は洗浄性能、再付着防止効果および洗浄剤溶液中の安定性において明瞭に改良された洗浄性能を提供することが示された。
【０１０５】
実施例 8．ポリエステル繊維材料の処理
ポリエステル繊維材料を次のようにして本発明のクチナーゼ変異型で処理し、そして参照変異型で処理した（両方の変異型は実施例2に記載されている）：
1. 試験条件
温度：75 ℃
洗浄時間：3時間
pH：9.0（50 mMのグリシルグリシン緩衝液）
繊維材料：ポリエステル（Teijin）、14 cm×14 cm
浴比：5片/1000 ml（＝約13 g/L）
酵素の投与量：0、10、50、100 mg/L（酵素タンパク質に基づく）
T-O-M：100 rpm
すすぎ時間：水道水で10分
【０１０６】
2. 手順
1. 5片のポリエステルを105 ℃において2時間乾燥した。
2. それらをデシケーター中で少なくとも30分間冷却した。
3. 組を秤量した。
4. ポリエステルの組を変異型で75 ℃、100 rpmにおいて3時間洗浄した。
5. 組を水道水で10分間すすいだ。
6. それらを一夜ライン乾燥した。
7. それらを105 ℃において2時間乾燥した。
8. それらをデシケーター中で少なくとも30分間冷却した。
9. 組を秤量した。
10. 重量損失を計算した。
結果を重量損失として示す。
【０１０７】
【表１４】
これらの結果が示すように、本発明の変異型は75 ℃において作用するために十分に熱安定性であるが、参照変異型はほとんど作用を示さない。
【０１０８】
実施例 7．変性した料理用油に対するクローニング作用
台所からの現実の酸化された油の汚れに対するクローニング作用について、本発明のクチナーゼ変異型（実施例2に記載されている）を試験した。
中性のpHを有する商用液状皿洗浄用洗浄剤に、1000 LU/mlのクチナーゼ変異型を添加した。台所から通気フィルター上に粘着した変性料理用油に洗浄剤およびクチナーゼ変異型を直接適用し、15、30または60分間放置し、最後に水道水ですすいだ。
視的検査において、酸化された油は効果的に取出されることが示された。酵素を含まない同一洗浄剤を使用する対照実験は作用をほとんど示さなかった。
【０１０９】
実施例 8．クチナーゼ変異型のピリング防止および脱ピリング作用
ポリエステル繊維材料を本発明のクチナーゼ変異型（実施例2に記載されている）で処理し、そして、対照として、実施例2の参照変異型で処理した。条件は次の通りであった：75 ℃、3時間の洗浄、pH 9.0（グリシルグリシン緩衝液）、14×14 cmのモモの皮膚のポリエステル（日本国、Toray製）、浴比5片（約6 g）/1000 ml、ターゴトメーター（Tergotometer）、100 rpm、および引き続く水道水中の10分のすすぎ。
【０１１０】
10、50および100 mg/lのクチナーゼ変異型で処理された繊維材料は、対照に比較して改良された脱ピリングおよびピリング防止を示した。明らかに毛羽が除去され、毛羽（ミクロフィブリル）はより短くなったので、糸の網状組織は処理によりいっそう可視となることが観測された。
【０１１１】
実施例 9．水吸収に対するクチナーゼ変異型の作用
熱帯平織ポリエステル（Teijin、日本国）を前の実施例におけるのと同一条件下に100 mg/lの同一クチナーゼ変異型で処理し、次いでプロテアーゼ（AlcalaseTM）で処理して、布帛の表面上に残留するクチナーゼタンパク質を除去し、すすぎ、乾燥した。クチナーゼ変異型処理を使用しないで、同一方法において対照実験を実施した。
処理した繊維材料をストリップに切断し、ストリップの末端を着色剤溶液の中に浸漬し、過剰の着色剤を除去し、着色された部分の高さを測定した。クチナーゼ変異型を使用する処理は着色された部分の高さを16 mmから77 mmに増加させ、改良された水吸収を示した。
【配列表】
発明の分野
本発明は、クチナーゼ変異型、特に改良された熱安定性を有するクチナーゼ変異型に関する。本発明は、また、変異型をコードするDNA配列、DNA配列を含んでなるベクター、DNA配列またはベクターを収容する形質転換された宿主細胞、変異型を産生する方法、および変異型の使用に関する。
【０００２】
発明の背景
クチナーゼは、基質クチンを加水分解することができる脂肪分解酵素である。クチナーゼは種々の菌類から知られている（P. E. Kolattukudy、”Lipases”、B. BorgstoemおよびH. L. Brockman、Elsevier 1984、471−540）。フザリウム・ソラニ・ピシ（Fusarium solani pisi）のクチナーゼのアミノ酸配列および結晶構造は説明された（S. Longhi他、Journal of Molecular Biology、268（4）、779−799（1977））。また、フミコラ・インソレンス（Humicola insolens）からのクチナーゼのアミノ酸配列が発表された（米国特許第5,827,719号）。
【０００３】
フザリウム・ソラニ・ピシ（Fusarium solani pisi）のクチナーゼの多数の変異型が発表された：WO 94/14963；WO 94/14964；WO 00/05389；Appl. Environm. Microbiol. 64、2794−2799、1998； Proteins：Structure，Function and Genetics 26、442−458、1996； J. of Computational Chemistry 17、1783−1803、1996；Protein Engineering 6、157−165、1993；Proteins：Structure，Function and Genetics 33、253−264,1998；J. of Bacteriology 66、11−26、1998；Biochemistry 35、398−410、1996；Chemistry and Physics of Lipids 97、181−191、1999； Proteins：Structure，Function and Genetics 31、320−333、1998；Biochimica et Biophysica Acta 1441、185−196、1999；Appl. Environm. Microbiol. 64、316−324、1998；Bio Techniques 27、1102−1108、1999。
【０００４】
菌類のクチナーゼはポリ（エチレンテレフタレート）の環状オリゴマーの酵素的加水分解、例えば、ポリ（エチレンテレフタレート）繊維からの糸または布帛の仕上げにおいて使用することができる（WO 97/27237）。既知の菌類のクチナーゼの熱安定性を改良して、加工温度をより高くすることが望ましい。
【０００５】
発明の要約
本発明者らは、改良された熱安定性を有する菌類のクチナーゼのある種の変異型を発見した。変異型は、QI、L2、A4、G8、S11、N15、A16、T29、V38、N44、S48、H49、L66、A88、N91、S116、S119、G120、A130、Q139、T164、T166、L167、I168、I169、L174、I178、R189に対応する位置における1または2以上のアミノ酸残基置換および/またはN末端のペプチドのエクステンションAAVDSNHTPAVPELVAR(配列番号2)を含んでなる。変異型は必要に応じて他の位置に追加の変更を含んでなることができる。
【０００６】
本発明は、また、変異型をコードするDNA配列、DNA配列を含んでなる発現ベクター、DNA配列または発現ベクターを収容する形質転換された宿主細胞、変異型を産生する方法、変異型を使用する方法および変異型を含んでなる洗浄剤組成物を提供する。
さらに、本発明は、示した位置の1または2以上またはこのような位置を含んでなる領域にアミノ酸変更（置換、欠失または挿入）を導入することによって、クチナーゼ変異型を産生する方法を提供する。変更は、例えば、局在化ランダム突然変異誘発または位置指定突然変異誘発により、行うことができる。
【０００７】
発明の詳細な説明
菌類クチナーゼ
親酵素は、酵素命名法に従いEC 3.1.1.74として分類されるクチナーゼである(http://www.chem.qmw.ac.uk/iubm/enzymeにおいて入手可能である)。それは菌類クチナーゼ、例えば、糸状菌クチナーゼであり、例えば、フミコラ（Humicola）またはフザリウム（Fusarium）、特にフミコラ・インソレンス（H. insolens）またはフザリウム・ソラニ・ピシ（F. solani pisi）の株、より特にフミコラ・インソレンス（H. insolens）株DSN 1800に対して自然である。
【０００８】
配列番号1は、フミコラ・インソレンス（H. insolens）株DSN 1800のクチナーゼのアミノ酸配列（成熟ペプチド）およびフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼについて本明細書において使用するナンバリングシステムを示す。アミノ酸配列およびそれをコードするDNA配列は、以前において、米国特許第5,827,719号に配列番号2および配列番号1として発表された。
【０００９】
フザリウム・ソラニ・ピシ（F. solani pisi）のクチナーゼのアミノ酸配列は、WO 94/14964の第1D図に成熟ペプチドとして示された。フザリウム・ソラニ・ピシ（F. solani pisi）のクチナーゼについて本明細書において使用するナンバリングシステムはWO 94/14964において使用されているものである；それは前記第1D図に示すプロ配列を包含する；こうして、成熟クチナーゼは位置16−215に存在する。
【００１０】
親クチナーゼは、フミコラ・インソレンス（H. insolens）株DSN 1800のクチナーゼに対して少なくとも50％（特に少なくとも70％または少なくとも80％）相同性であるアミノ酸配列を有することができる。親クチナーゼは、特にフミコラ・インソレンス（H. insolens）株DSN 1800のクチナーゼと整合させることができるものであることができる。
【００１１】
アミノ酸の命名法および変更
明細書および特許請求の範囲は1文字コードによりアミノ酸を言及する。配列中の特定のアミノ酸はその1文字コードおよびその位置により同定され、Q1はGln（位置1、すなわち、N末端におけるグルタミン）を示す。
置換を規定するために本明細書において使用する命名法は、基本的にはWO 92/05249に記載されている通りである。こうしてS11Tは位置11におけるS（Ser）のT（Thr）による置換を示す。Q1C/LはC(Cys)またはL(Leu)によるQ(Gln)の置換を示す。
【００１２】
相同性および整合
本発明の目的に対して、相同性（同一性）の程度は下記の文献に記載されている方法に従い適当に決定することができる：Needleman、S. B.およびWunch、C. D.、（1970）、Journal of Molecular Biology、48、443−45。ポリペプチドの配列の比較のために下記の設定を使用する：3.0のGAP発生ペナルティーおよび0.1のGAPエクステンションペナルティー。決定は既知のコンピュータープログラム、例えば、GCGプログラムパッケージで提供されるGAPにより実施することができる（Program Manual for Wisconsin Package、Version 8、August 1994、Genetics Computer Group、575 Science Drive、アメリカ合衆国 53711ウィスコンシン州マディソン）。
【００１３】
2つの記載した配列は、同一パラメーターを使用してNeedleman（前掲）に記載されている方法に従い整合させることができる。これはGAPプログラム（前掲）により実施することができる。
親クチナーゼとクチナーゼ変異型との間の相同性は80％以上、例えば、85％以上または90％以上、特に95％以上であることができる。
【００１４】
特異的置換
変異型はフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼ中の下記に対応する1または2以上の置換を含んでなることができる（フミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼのナンバリング）：Q1C/L、L2K/Q/V、A4V、G8D、S11T、N15D、A16T、T29C/I/M、V38H、N44D、S48E/K、H49Y、L66I、A88H/L/V、N91H、S116K、S119P、G120D、A130V、Q139R、T164S、T166M/I、L167P、I168F、I69A/G/T/V、I178Vおよび/またはR189A/H/V。
【００１５】
より詳しくは、クチナーゼ変異型は下記のこのような置換または置換の組合わせを含むことができる：
S48E＋A88H＋N91H＋R189V
Q1L＋L2K＋G8D＋N15D
N44D＋A130V
Q1C＋L2V＋G120D
A88L＋R189A
S48E＋L66I＋A88L＋I169A＋R189Ｈ
A88V＋S116K＋S119P＋Q139R＋I169V＋R189V
A88V＋R189A
【００１６】
S48K＋A88H＋I169G＋R189H
Q1L＋L2Q＋A4V＋S11T
T164S
L174F
H49Y
Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋R189V
Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋N44D＋A130V
Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋A16T
A130V
Q1C＋L2V
【００１７】
G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋T29M＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋T29I＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋T29C＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋L174F＋I178V＋R189V
G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166M＋I168F＋R189V
G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166I＋L167P＋R189V
G8D＋N15D＋V38H＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋I169T＋R189V
G8D＋N15D＋V38H＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
G8D＋N15D＋T29M＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166I＋L167P＋R189V
【００１８】
任意の置換
前述の置換に加えて、クチナーゼ変異型は必要に応じて1または2以上の他のアミノ酸変更、特にフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼ中の下記に対応する1または2以上のアミノ酸残基置換を含むことができる（フミコラ・インソレンス（H. insolens）クチナーゼのナンバリング）：Q1、L2、E6、E10、S11、A14、N15、F24、L46、E47、R51、D63、L138および／またはE179、より特にQ1Ｐ、L2Ｖ、E6Ｑ、E10Ｑ、S11C、A14P、N15T、F24Y、L46I、E47K、R51P、D63N、L138Iおよび／またはE179Qに対応する位置における少なくとも1つのアミノ酸置換。
【００１９】
より詳しくは、クチナーゼ変異型は下記のこのような置換または置換の組合わせを含むことができる：
R51P
E6N/Q＋L138I
A14P＋E47K
E47K
E179N/Q
E6N/Q＋E47K＋R51P
A14P＋E47K＋E179N/Q
E47K＋E179N/Q
E47K＋D63N
E6N/Q＋E10N/Q＋A14P＋E47K＋R51P＋E179N/Q
E6N/Q＋A14P＋E47K＋R51P＋E179N/Q
Q1P＋L2V＋S11C＋N15T＋F24Y＋L46I＋E47K
【００２０】
クチナーゼ変異型の使用
本発明のクチナーゼ変異型は、例えば、ポリ（エチレンテレフタレート）の環状オリゴマー、例えば、環状トリ（エチレンテレフタレート）の酵素的加水分解のために使用することができる。
【００２１】
特に、ポリエステルを含有する布帛または糸をクチナーゼ変異型で処理し、次いで必要に応じてほぼpH7〜ほぼpH11の範囲のpHを有する水溶液で布帛または糸をすすぐことによって、布帛または糸からこのような環状オリゴマーを除去するためにクチナーゼ変異型を使用することができる。ポリエステルの処理は、c3ETのガラス転移温度（約55℃）以上〜ポリエステルのガラス転移温度（約70℃）以下において好都合に実施される。この方法はWO 97/27237と同様に実施することができる。
【００２２】
クチナーゼ変異型を使用してポリエステルを含有する繊維材料、例えば、PET（エチレングリコールおよびテレフタル酸のポリマー）、P3GT（1,3−プロパンジオールおよびテレフタル酸のポリマー）またはポリエステル/綿のブレンドを使用することができる。この処理は繊維材料に利益、例えば、改良された摩耗および快適さ、水透過性の増加、帯電防止挙動の減少、風合いおよび柔軟性の改良、再付着特性の変化および/または色の清澄化を提供することができる。
【００２３】
クチナーゼ変異型で処理し、次いで仕上げ剤、例えば、柔軟剤、しわ防止樹脂、帯電防止剤、汚れ防止剤または防しわ性、恒久的プレスまたは耐性効果の悪化を減少する物質で処理することによって、PETを含有する糸または布帛の機能的仕上げを改良するためにクチナーゼ変異型を使用することができる。クチナーゼ変異型による処理は表面中の官能基の数を増加させ、そしてこれを使用して機能的仕上げを取り付けることができる。仕上げ剤の例は下記の文献に記載されている：”SENSHOKU SIAGEKAKO BENRANN”、Nihonn Seni Sentaa KK。
【００２４】
また、本発明のクチナーゼ変異型は洗浄剤において有効であり、ここでWO 94/03578およびWO 94/14964に記載されているように、クチナーゼ変異型は脂肪のよごれの除去を改良するために添加される。洗濯の洗浄剤へのクチナーゼ変異型の添加は、数回の洗浄／着用サイクルの間に蓄積する布の悪臭を減少することができる。
クチナーゼ変異型は、また、例えば、JP-A 5-344897に記載されているように、ポリエステル、例えば、ポリカプロラクトン(PCL)、ポリ−エチレングリコール−テレフタレート（PET）、ポリ乳酸、ポリブチレンスクシネート、およびポリ（ヒドロキシ酪酸）−コ−（ヒドロキシバレリアン酸）、例えば、フィルムおよび壜の分解およびリサイクルのために使用することができる。
【００２５】
クチナーゼ変異型は、また、リパーゼおよびクチナーゼの他の既知の用途、例えば、パン焼き産業（例えば、WO 94/04035およびEP 585988に記載されているように）、製紙産業（例えば、ピッチの除去、EP 374700参照）、および皮革、羊毛および関係する産業（例えば、動物皮革、ヒツジ皮膚または羊毛の脱気）において、そして脱グリースおよび脱脂を包含する他の用途において使用することができる。クチナーゼ変異型は脂肪および油産業において固定化された形態で、有機合成（例えば、エステル化、エステル交換またはエステル加水分解反応）の触媒として使用することができる。
【００２６】
ポリエステルの染色
本発明は、ポリエステルの布帛または糸を染色する方法を提供する。この方法において、布帛または糸をまずクチナーゼで、例えば、50〜70℃または65〜70℃、pH7〜10において12〜48時間処理し、次いで染料、例えば、反応性染料、分散染料またはカチオン染料で染色する。反応性染料はOHまたはCOOHと反応するもの、例えば、構造発色団-NHPh-SO2 CH2 CH2OSO3Naを有するものであることができる。染色は40〜80℃において、例えば、20〜60分間反応させることができる。
クチナーゼはpH8.5において熱変性温度Tdを有する熱安定性クチナーゼであることができる。熱変性温度Tdは親クチナーゼよりも少なくとも5°高く、例えば、7〜10°高く、例えば、65℃またはこれより高い値であることができる。測定はこの明細書の実施例に記載されているDSCにより実施することができる。
【００２７】
界面活性剤
布帛または糸の処理において、慣用の湿潤剤および/または分散剤を使用して酵素との接触を改良することができる。湿潤剤は非イオン界面活性剤、例えば、エトキシル化脂肪族アルコールであることができる。非常に有効な湿潤剤はエトキシル化およびプロポキシル化脂肪酸エステル、例えば、Berol 087（製造会社：Akzo Nobel、スウェーデン国）である。
【００２８】
分散剤は非イオン性、アニオン性、カチオン性、両性または双生イオン性の界面活性剤から適当に選択することができる。より詳しくは、分散剤はカルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、アルキルアリールスルホネート、長鎖アルコールサルフェート（第一級または第二級アルキルサルフェート）、スルホン化オレフィン、硫酸化モノグリセリド、硫酸化エーテル、スルホスクシネート、スルホン化メチルエーテル、アルカンスルホネート、ホスフェートエステル、アルキルイソチオネート、アシルサルコシド、フルオロ界面活性剤、脂肪族アルコールおよびアルキルフェノール縮合物、脂肪酸縮合物、エチレンオキシドとアミンとの縮合物、エチレンオキシドとアミドとの縮合物、スクロースエステル、ソルビタンエステル、アルキルアミド、脂肪族アミンオキシド、エトキシル化モノアミン、エトキシル化ジアミン、アルコールエトキシレートおよびそれらの混合物から選択することができる。非常に有効な分散剤はアルコールエトキシレート、例えば、Berol 08（製造会社：Akzo Nobel、スウェーデン国）である。
【００２９】
クチナーゼ変異型を製造する方法
本発明のクチナーゼ変異型は、この分野において知られている方法、例えば、WO 94/14963またはWO 94/14964（Unilever）に記載されている方法により製造することができる。クチナーゼをコードするDNA配列をクローニングする方法、次いでクチナーゼ変異型をコードする配列内の特定の部位において突然変異を発生させる方法を後述する。
【００３０】
クチナーゼをコードする DNA 配列
親クチナーゼをコードするDNA配列は、問題のクチナーゼを産生する任意の細胞または微生物から、この分野においてよく知られている種々の方法を使用して単離することができる。まず、研究すべきクチナーゼを産生する生物からの染色体DNAまたはメッセンジャーRNAを使用して、ゲノムDNAおよび/またはcDNAライブラリーを構築することができる。次いで、クチナーゼのアミノ酸配列が知られている場合、単離されたオリゴヌクレオチドプローブを合成し、問題の生物から調製したゲノムライブラリーからクチナーゼをコードするクローンを同定することができる。選択的に、より低いストリンジェンシイのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件下に、クチナーゼをコードするクローンを同定するために、他の既知のクチナーゼに対して相同的である配列を含有する標識化オリゴヌクレオチドプローブを使用することができる。
【００３１】
クチナーゼをコードするクローンを同定するなお他の方法は、ゲノムDNAのフラグメントを発現ベクター、例えば、プラスミドの中に挿入し、クチナーゼ陰性細菌を生ずるゲノムDNAライブラリーで形質転換し、次いでクチナーゼ基質（すなわち、マルトース）を含有する寒天上に形質転換された細菌を植物し、これによりクチナーゼを発現するクローンの同定を可能とすることを包含する。
【００３２】
選択的に、この酵素をコードするDNA配列は、確立された標準的方法、例えば、S. L. BeaucageおよびM. H. Caruthers、（1981）、Tetrahedron Letters 22、p. 1859−1869に記載されているホスホロアミダイト法、またはMatthes他、（1984）、EMBO J. 3、p. 801−805に記載されている方法により合成的に調製することができる。オリゴヌクレオチドを、例えば、自動DNA合成装置により合成し、精製し、アニールし、結合し、そして適当なベクター中のクローニングする。
【００３３】
最後に、DNA配列は、標準的技術に従い、合成、ゲノムまたはcDNA由来のフラグメント（適当ならば、全DNA配列の種々の部分に対応するフラグメント）を結合させることによって製造された、混合ゲノムおよび合成由来、混合合成およびcDNA由来または混合ゲノムおよびcDNA由来であることができる。また、例えば、米国特許第4,683,202号またはR. K. Saiki他、（1988）、Science 239、1988、pp. 487−491に記載されているように、特異的プライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応（PCR）により、DNA配列を調製することができる。
【００３４】
クチナーゼ変異型の構築
クチナーゼ変異型は、選択された位置における位置指定突然変異誘発により、または局在化ランダム突然変異誘発、すなわち、親酵素の選択された位置または領域の中にランダムアミノ酸残基を導入することによって、例えば、WO 95/22615に記載されているようにして、得ることができる。好ましい方法は、突然変異誘発のためにドープドまたはスパイクドオリゴヌクレオチドを使用することである。
【００３５】
選択された位置は前述の位置の1または2以上であることができ、そして選択された領域はこれらの位置の1または2以上を含んでなるものであることができる。いくつかの特定の例は次の通りである：
A ． スパイクド オリゴ シャフリング：
ライブラリーS1： 44、46、48、51、55
ライブラリーS2： 48、66、88、91、119、169、189
ライブラリーS3： 26、66、70、139、167、168、169、174
ライブラリーS4： 4、5、6、33、34
ライブラリーS5： 6、7、8、9、55、56、57
【００３６】
B ． ドープド ライブラリー
ライブラリー1： 42〜52
ライブラリー2： 59〜77
ライブラリー3： 116〜122
ライブラリー4： 1〜16
ライブラリー5： 69、70、73
ライブラリー6： 140〜145
ライブラリー7： 161、162、164〜174
【００３７】
位置指定突然変異誘発
いったんクチナーゼをコードするDNA配列が単離されると、突然変異のために望ましい部位を同定し、合成オリゴヌクレオチドを使用して突然変異を導入する。これらのオリゴヌクレオチドは所望の突然変異部位をフランクするヌクレオチド配列を含有する。特定の方法において、クチナーゼ遺伝子を担持するベクターの中に、DNA、クチナーゼをコードする配列の一本鎖ギャップをつくる。次いで、所望の突然変異を有する合成ヌクレオチドを一本鎖DNAの相同的部分にアニールする。
【００３８】
次いで残留するギャップをDNAポリメラーゼI（クレノウフラグメント）で充填し、T4リガーゼを使用してこの構築物を結合させる。この方法の特定の例は、Morinaga他、（1984）、Biotechnology 2、p. 646−639に記載されている。カセットの小さい変更を実行することによって、多重突然変異をコードするオリゴヌクレオチドを導入することが米国特許第4,760,025号に記載されている。しかしながら、種々の長さの多数のオリゴヌクレオチドを導入することができるので、なおより大きい種類の突然変異をMorinagaの方法により一度に導入することができる。
【００３９】
クチナーゼをコードする配列の中に突然変異を導入する他の方法は、NelsonおよびLong、（1989）、Analytical Biochemistry 180、p. 147−151に記載されている。この方法は、PCR反応におけるプライマーの1つとして化学的に合成したDNA鎖を使用することによって導入された所望の突然変異を含有するPCRフラグメントを発生させる3工程を包含する。PCR発生させたフラグメントから、制限エンドヌクレアーゼを使用する切断により、突然変異を担持するDNAフラグメントを単離し、発現プライマーの中に再挿入することができる。
【００４０】
クチナーゼ変異型の発現
本発明によれば、前述の方法により、またはこの分野において知られている別の方法により、産生された変異型をコードするDNA配列は、発現ベクターを使用して、酵素の形態で発現させることができる。典型的には、発現ベクターは調節配列をコードするプロモーター、オペレーター、リボソーム結合部位、翻訳開始シグナル、および、必要に応じて、リプレッサー遺伝子または種々のアクチベーター遺伝子を包含する。
【００４１】
発現ベクター
本発明のクチナーゼ変異型をコードするDNA配列を担持する組換え発現ベクターは、好都合に組換えDNA手法に付すことができる任意のベクターであることができ、そしてベクターの選択はそれを導入すべき宿主細胞に依存する。ベクターは、宿主細胞の中に導入するとき、宿主細胞ゲノムの中に組込まれ、それが組込まれ多1または2以上の染色体と一緒に複製されるベクターであることができる。適当な発現ベクターの例はpMT838を包含する。
【００４２】
プロモーター
ベクターにおいて、DNA配列を適当なプロモーター配列に操作的に接続すべきである。プロモーターは、選択した宿主細胞において転写活性を示し、かつ宿主細胞に対して相同的または異種的であるタンパク質をコードする遺伝子に由来することができる任意のDNA配列であることができる。
【００４３】
特に細菌宿主において、本発明のクチナーゼ変異型をコードするDNA配列の転写を指令する適当なプロモーターの例は、大腸菌（E. coli）のlacオペロンのプロモーター、ストレプトマイセス・ケリコロル（Streptomyces coelicolor）アガロース遺伝子dagAのプロモーター、バシラス・リヘニフォルミス（Bacillus licheniformis）α−アミラーゼ遺伝子（amyL）のプロモーター、バシラス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus）マルトゲンアミラーゼ遺伝子（amyM）のプロモーター、バシラス・アミロリクファシエンス（Bacillus amyloliquefaciens）α−アミラーゼ（amyQ）のプロモーター、枯草菌（Bacillus subtilis）xylAおよびxylB遺伝子のプロモーターおよびその他である。
【００４４】
菌類宿主における転写のために、有効なプロモーターの例はアスペルギルス・オリゼ（A. oryze）ＴＡＫＡアミラーゼ、サッカロマイセス・セレビシエ（S. cerevisae）からのTPI（トリオースホスフェートイソメラーゼ）プロモーター（Alber他、（1982）、J. Mol. Appl. Gent. 1、p. 419−434）、リゾムコル・ミエヘイ（Rhizomucor miehei）アスパラギン酸プロテイナーゼ、アスペルギルス・ニガー（A. niger）中性α−アミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（A. niger）酸安定性α−アミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（A. niger）グルコアミラーゼ、リゾムコル・ミエヘイ（Rhizomucor miehei）リパーゼ、アスペルギルス・オリゼ（A. oryze）アルカリ性プロテアーゼ、アスペルギルス・オリゼ（A. oryze）トリオースホスフェートイソメラーゼまたはアスペルギルス・ニヅランス（A. nidulanns）アセトアミダーゼをコードする遺伝子に由来するものである。
【００４５】
発現ベクター
本発明の発現ベクターは、また、適当な転写ターミネーターおよび、真核生物において、本発明のα−アミラーゼ変異型をコードするDNA配列に作用可能に接続されたポリアデニル化配列を含んでなることができる。終結配列およびポリアデニル化配列はプロモーターと同一の源から適当に誘導することができる。
ベクターはそれを問題の宿主細胞中で複製可能とするDNA配列をさらに含んでなることができる。このような配列の適当な例はプラスミドpUC19、pACYC177、pUB110、pE194、pAMB1およびpIJ702の複製起点である。
【００４６】
ベクターは、また、選択可能なマーカー、例えば、その産物が宿主細胞における欠陥を相補する遺伝子、例えば、枯草菌（B. subtilis）またはバシラス・リヘニフォルミス（B. licheniformis）からのdal遺伝子、または抗生物質耐性、例えば、アンピシリン、カナマイシン、クロラムフェニコールまたはテトラサイクリン耐性を与える遺伝子を含んでなることができる。さらに、ベクターはアスペルギルス（Aspergillus）選択マーカー、例えば、amdS、niaDおよびsC、ヒグロマイシン耐性を発生させるマーカーを含んでなることができるか、あるいは選択は、例えば、WO 91/17243に記載されているように、共形質転換により達成することができる。
【００４７】
それぞれ、クチナーゼ変異型をコードする本発明のDNA構築物、プロモーター、ターミネーターおよび他の因子を結合し、それらを複製に必要な情報を含有する適当なベクターの中に挿入するために使用する手法は当業者によく知られている（例えば、Sambrook 他、Molecular Cloning : A Laboratory Manual、第2版、Cold Spring Harbor、1989）。
【００４８】
宿主細胞
本発明の細胞は、上に定義した本発明のDNA構築物または発現ベクターを含んでなり、本発明のクチナーゼ変異型の組換え産生において宿主細胞として好都合に使用される。宿主細胞は、好都合には宿主染色体の中にDNA構築物を（1または2以上のコピーで）組込むことによって、変異型をコードするDNA構築物で形質転換することができる。DNA配列は細胞の中に安定に維持されるようであるので、この組込みは一般に有利であると考えられる。宿主染色体の中へのDNA構築物の組込みは、慣用法により、例えば、相同的または異種的組換えにより実行することができる。選択的に、細胞は宿主細胞の異なる型と関連して前述したように発現ベクターで形質転換することができる。
【００４９】
本発明の細胞は、高等生物、例えば、哺乳動物または昆虫の細胞、特に微生物細胞、例えば、細菌または真菌（酵母を包含する）細胞であることができる。
適当な細菌の例は、グラム陽性菌、例えば、枯草菌（Bacillus subtilis）、バシラス・リヘニフォルミス（Bacillus licheniformis）、バシラス・レンツス（Bacillus lentus）、バシラス・ブレビス（Bacillus brevis）、バシラス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus）、バシラス・アルカロフィルス（Bacillus alkalophillus）、バシラス・アミロリクファシエンス（Bacillus amyloliquefaciens）、
【００５０】
バシラス・コアギュランス（Bacillus coagulans）、バシラス・サーキュランス（Bacillus circulans）、バシラス・ラウツス（Bacillus lautus）、バシラス・メガテリウム（Bacillus megaterium）、バシラス・スリンジェンシス（Bacillus thuringiensis）、またはストレプトマイセス・リビダンス（Streptomyces lividans）またはストレプトマイセス・ムリヌス（Streptomyces murinus）、またはグラム陰性菌、例えば、大腸菌（E. coli）である。細菌の形質転換は、例えば、プロトプラストの形質転換によるか、あるいはそれ自体知られている方法でコンピテント細胞を使用することによって実施することができる。
【００５１】
酵母生物はサッカロマイセス（Saccharomyces）またはシゾサッカロマイセス（Schizosaccharomyces）、例えば、サッカロマイセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisae）の種から選択することが好ましい。
宿主細胞は、また、糸状菌、例えば、アスペルギルス（Aspergillus）、特にアスペルギルス・オリゼ（Aspergillus oryze）またはアスペルギルス・ニガー（Aspergillus niger）の種に属する株、またはフザリウム（Fusarium）の株、例えば、フザリウム・オキシスポラム（Fusarium oxysporum）、フザリウム・グラミネアラム（Fusarium graminearum）（ジッベレラ・セエ(Gibberella zeae)、
【００５２】
以前にはスフェリア・ゼエ（Sphaeria zeae）、同義語ジッベレラ・ロゼウム（Gibberella roseum）およびジッベレラ・ロゼウム（Gibberella roseum）f. cerealisと命名された完全な状態）、またはフザリウム・スルフレウム（Fusarium sulphureum）(ジッベレラ・プリカリス（Gibberella puricaris）、同義語フザリウム・トリコテシオイデス（Fusarium trichothecioides）、フザリウム・バクトリジオイデス（Fusarium bactridioides）、フザリウム・サムブシヌム（Fusarium sambucinum）、フザリウム・ロゼウム（Fusarium roseum）、およびフザリウム・ロゼウム（Fusarium roseum）var. graminearumと命名された完全な状態)、フザリウム・セレアリス（Fusarium cerealis）（同義語フザリウム・クロックウェレンセ（Fusarium crokkwellense）、またはフザリウム・ベネナツム（Fusarium venenatum）の株であることができる。
【００５３】
本発明の特定の態様において、宿主細胞はプロテアーゼ欠乏株またはプロテアーゼマイナス株である。
これは、例えば、”alp”欠失と命名するアルカリ性プロテアーゼ遺伝子を有するプロテアーゼ欠乏株JaL 125であることができる。この株はWO 97/35956（Novo Nordisk）に記載されている。
糸状菌細胞は、プロトプラストの形成およびプロトプラストの形質転換および引き続くそれ自体知られている方法による細胞壁の再生を包含するプロセスにより形質転換することができる。宿主微生物としてアスペルギルス（Aspergillus）を使用することはEP 238 023（Novo Nordisk A/S）に記載されており、その内容は引用することによって本明細書の一部とされる。
【００５４】
形質転換体の培養によるクチナーゼ変異型の産生
本発明は、なかでも、本発明のクチナーゼ変異型を産生する方法に関し、この方法は変異型の産生に助けとなる条件下に宿主細胞を培養し、細胞および/または培地から変異型を回収することを含んでなる。
細胞の培養に使用する培地は、問題の宿主細胞を増殖させ、そして本発明のクチナーゼ変異型を発現させるために適当な任意の慣用培地であることができる。適当な培地は商業的供給会社から入手可能であるか、あるいは発表された調製法（例えば、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（American Type Culture Collection）のカタログに記載されているような）に従い調製することができる。
【００５５】
宿主細胞から分泌されたクチナーゼ変異型は、よく知られている手順、例えば、遠心または濾過による培地からの細胞の分離、および硫酸アンモニウムのような塩による培地のタンパク質成分の沈降、および引き続くイオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、またはその他のようなクロマトグラフィー手順の使用により、培地から好都合に回収することができる。
【００５６】
植物における変異型の発現
本発明は、また、本発明の変異型を回収可能な量で発現しかつ産生するように、この酵素をコードするDNA配列で形質転換されたトランスジェニック植物、植物部分または植物細胞に関する。この酵素は植物または植物部分から回収することができる。選択的に、組換え酵素を含有する植物または植物部分をそのまま使用することができる。
【００５７】
トランスジェニック植物は、双子葉植物または単子葉植物、略して双子葉または単子葉であることができる。単子葉植物の例は、イネ科植物、例えば、ナカハグサ（イチゴツナギ、イチゴツナギ属（Poa））、フォレイジ・グラス（forage grass）、例えば、フェスツカ（festuca）、ロリウム（lolium）、テンペレート・グラス（temperate grass）、例えば、アグロスチス（Agrostis）、および穀物、例えば、コムギ、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、イネ、モロコシおよびトウモロコシ（コーン）である。
【００５８】
双子葉植物の例は、タバコ、マメ科植物、例えば、ハウチワマメ、ジャガイモ、テンサイ、エンドウマメ、ソラマメ・インゲン・ササゲの類およびダイズ、およびアブラナ科（Brassicaceae科）、例えば、カリフラワー、セイヨウアブラナおよび密接に関係するモデルの生物アラビドプシス・タリアナ（Arabidopsis thaliana）である。
植物部分の例は、幹、カルス、葉、根、果実、種子、および塊茎である。本発明の関係において、また、特定の植物組織、例えば、葉緑体、アポプラスト、ミトコンドリア、空胞、ペルオキシソームおよび細胞質は植物部分であると考えられる。さらに、組織の由来は植物部分であると考えられる。
また、このような植物、植物部分および植物細胞の子孫は本発明の範囲内に入る。
【００５９】
本発明の変異型を発現するトランスジェニック植物または植物部分は、この分野において知られている方法に従い構築することができる。簡単に述べると、植物または植物部分は、本発明の酵素をコードする1または2以上の発現構築物を植物宿主ゲノムの中に組込み、生ずる修飾された植物または植物部分をトランスジェニック植物または植物細胞に増殖させることによって構築される。
【００６０】
好都合には、発現構築物は、選択した植物または植物部分における遺伝子の発現に必要である適当な調節配列に操作可能に関連して、本発明の酵素をコードする遺伝子を含んでなるDNA構築物である。さらに、発現構築物は、それが組込まれた宿主細胞の同定に有効な選択可能なマーカーと、問題の植物の中への構築物の導入に必要なDNA配列とを含んでなることができる（後者は使用すべきDNA導入法に依存する）。
【００６１】
調節配列、例えば、プロモーターおよびターミネーターの配列および必要に応じてシグナルまたは転移配列の選択は、例えば、酵素を発現させる時、場所または方法に依存する。例えば、本発明の酵素をコードする遺伝子の発現は構成的または誘導可能であるか、あるいは発生、段階または組織特異的であることがあり、そして遺伝子産物を特定の組織または植物部分、例えば、種子または葉に対してターゲッティングすることができる。調節配列は、例えば、下記の文献に記載されている：Tague他、Plant, Phys.、86、1988。
【００６２】
構成的発現のために、35S-CaMVプロモーターを使用することができる（Franck他、1980、Cell 21：285−294）。器官特異的プロモーターの例は次の通りである：貯蔵シンク組織、例えば、種子、ジャガイモ塊茎、および果実からのプロモーター（Edwards & Coruzzi、1990、Annu. Rev. Genet. 24：275−303）、または代謝シンク組織、例えば、分裂組織（Ito他、1994、Plant Mol. Biol. 24：863−878）からのプロモーター、種子特異的プロモーター、例えば、イネからのグルテリン、プロラミン、グロブリンまたはアルブミンのプロモーター（Wu他、Plant and Cell Physiology Vol. 39、No. 8、pp. 885−889（1998））、レグミンB4からのVicia fabaプロモーターおよびVicia fabaからの未知の種子タンパク質遺伝子（Conrad U.他、Journal of Plant Physiology Vol. 152、No. 6、pp. 708−711（1998）、
【００６３】
種子油からのプロモーター（Chen他、Plant and Cell Physiology Vol. 39、No. 9、pp. 935−941（1998））、ブラシカ・ナプス（Brassica napus）からの貯蔵タンパク質napAプロモーター、またはこの分野において知られている、例えば、WO 91/14772に記載されているいずれの他の種子特異的プロモーター。さらに、プロモーターは葉特異的プロモーター、例えば、イネまたはトマトからのrbcsプロモーター（Kyozuka他、Plant Physiology Vol. 102、No. 3、pp. 991−1000（1993）、クロレラウイルスのアデニンメチルトランスフェラーゼ遺伝子のプロモーター（Mitra A.およびHiggins DW、Plant Molecular Biology Vol. 26、No. 1、pp. 85−93（1994）、またはイネaldP遺伝子のプロモーター（Kagaya他、Molecular and General Genetics Vol. 248、No. 6、pp. 668−674（1995）、または創傷誘導可能なプロモーター、例えば、pin2プロモーター（Xu他、Plant Molecular Biology Vol. 22、No. 4、pp. 573−588（1993）。
【００６４】
プロモーターエンハンサー因子を使用して、植物において酵素の高い発現を達成することができる。例えば、プロモーターエンハンサー因子はプロモーターと酵素をコードするヌクレオチド配列との間に存在するイントロンである。例えば、Xu他（前掲）は発現を増強するためにイネのアクチン1遺伝子の第1イントロンを使用することを開示している。
選択可能なマーカーおよび発現構築物の任意の他の部分は、この分野において入手可能なものから選択することができる。
【００６５】
DNA構築物はこの分野において知られている慣用技術に従い植物ゲノムの中に組込まれる。慣用技術は、アグロバクテリウム（Agrobacterium）仲介形質転換、ウイルス仲介形質転換、マイクロインジェクション、粒子衝撃、バイオリスティック（biolistic）形質転換、およびエレクトロポレーションを包含する（Gasser他、 Science、244、1293；Potrykus、Bio/Techn.、8、535、1990；Shimamoto他、Nature、338、274、1989）。
【００６６】
現在、トランスジェニック双子葉植物を発生させるために選択されている方法はアグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）仲介遺伝子転移である（概観については下記の文献を参照のこと：Hooykas & Schilperoort、1992、Plant Mol. Biol. 19：15−38）が、それを単子葉植物の形質転換に使用することもできる。しかしながら、他の形質転換法はこれらの植物について一般に好ましい。
【００６７】
現在、トランスジェニック単子葉植物の発生に選択されている方法は、胚カルスまたは発生する胚の粒子衝撃（形質転換性DNAで被覆した微視的金またはタングステン粒子）である（Christou、1992、Plant J. 2：275−281；Shimamoto、1994、Cur. Opin. Biotechnol. 5：158−162；Vasil他、1992、Bio/Technology 10：667−674）。単子葉植物を形質転換する別法は、下記の文献に記載されているプロトプラストの形質転換に基づく：Omirulleh S他、Plant Molecular Biology Vol. 21、No. 3、pp. 415−428（1993）。
形質転換後、組込まれた発現構築物を有する形質転換体を選択し、この分野においてよく知られている方法に従い、全植物に再生する。
【００６８】
材料および方法
株およびプラスミド
大腸菌（E. coli）DH12S（Gibco BRLから入手可能である）を酵母プラスミドのレスキュウーに使用する。
大腸菌（E. coli）JM110（Toyobo K.K.、日本国から入手可能である）を組換えプラスミドの調製に使用する。
【００６９】
pJSO026は下記の文献に記載されているサッカロマイセス・セレビシエ（S. cerevisae）の発現プラスミドである：WO 97/07205およびJ. S. Okkels、（1996）”A URA3−promoter deletion in a pYES vector increases the expression level of a fungal lipase in Saccharomyces cerevisae. Recombinant DNA Biotechnology III：The Integration of Biological and Engineering Sciences, Vol. 782 of the Annals of the New York Academy of Sciences)。
pJC039は、pJSO026から構築された、TPIの抑制下に実施例に記載されている「参照」クチナーゼ変異型を発現させるための酵母および大腸菌（E. coli）のベクターである。
【００７０】
サッカロマイセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisae）YNG318：MATa Dep4[cir+]ura3-52、leu2-D2、his 4-539は、酵母ライブラリーの構築およびフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼの発現のために使用される。それはJ. Biol. Chem. 272（15）、9720-9727,1997。
【００７１】
培地および物質
【表１】
【表２】
BETEB
テレフタル酸ビス（2−ヒドロキシエチル）ジベンゾエートを、ここにおいてBETEB（ベンゾイル−エチレン−テレフタル酸−エチレン−ベンゾエート）として略す。それはテレフタル酸ビス（2−ヒドロキシエチル）エステルおよび安息香酸から製造された。
【００７４】
【表３】
Dop83 − 2 （配列番号 5 ）のためのヌクレオチド混合物
1（ヌクレオチド25）：G 91％、A 9％
2（ヌクレオチド26）：G 95％、C 4％
3（ヌクレオチド37）：G 92.5％、A 7.5％
4（ヌクレオチド38）：A 96％、C 4％
5（ヌクレオチド39）：G 0.5％、A 3.5％、T 96％
6（ヌクレオチド40）：G 96％、A 2％、2％
7（ヌクレオチド41）：A 4.5％、C 95.5％
8（ヌクレオチド42）：A 2.5％、T 97.5％
9（ヌクレオチド43）：G 92％、A 2.5％、T 3％、C 2.5％
10（ヌクレオチド45）：G 71.5％、A 1％、T 27.5％
【００７６】
11（ヌクレオチド46）：G 3.5％、A 2％、T 43％、C 51.5％
12（ヌクレオチド47）：T 93.5％、C 6.5％
13（ヌクレオチド49）：G 92％、A 2.5％、C 2.5％
14（ヌクレオチド51）：G 71.5％、T 2.7.5％、A 1％
15（ヌクレオチド52）：A 98％、C 2％
16（ヌクレオチド53）：G 2.5％、T 4.5％、C 93％
17（ヌクレオチド54）：G 54.5％、A 9.5％、T 36％
18（ヌクレオチド58）：G 2％、A 3.5％、T 94.5％
19（ヌクレオチド59）：A 4％、T 91％、C 5％
20（ヌクレオチド61）：G 4.5％、T 95.5％
21（ヌクレオチド62）：T 95.5％、C 4.5％
22（ヌクレオチド63）：G 98％、A 2％
【００７７】
リパーゼ活性（ LU ）
アラビアゴムを乳化剤として使用してトリブチリン（グリセリントリブチレート）を乳化することによって、リパーゼの基質を調製する。pH制御滴定実験により、30℃、pH7においてトリブチリンを加水分解する。リパーゼ活性の1単位（1 LU）は、標準的条件下に1 μmolの/分を解放することができる酵素の量である。
【００７８】
一次スクリーニング法
1. 酵母ライブラリーをSC-グルコースプレート上に広げ、30℃において3日間インキュベートする。
2. ベルベットクロスを使用することによって新しいSC-グルコースプレートをナイトレートフィルターで複製する。プレートを30℃において1日間インキュベートする。（または20 ℃ O/W）。
3. 50 ppmのアボラン（Avolan）を使用するか、あるいは使用しないで、フィルターを前もって加熱した0.1％BETEBプレート（pH8.5）に移した。
4. BETEBプレートを70℃においてアボランおよび73 ℃ O/Nにおいてw/oアボランとインキュベートする。
5. フィルターを取出し、透明なゾーンを有する酵母クローンが見出される。
6. 候補のクローンをマスタープレートから単離し、24ウェルのプレート中の新しいSC-グルコースプレートおよび1 mlのYPD培地に接種する。
【００７９】
二次スクリーニング法
1. 24ウェルのプレート中のYPD培地を30℃において180 rpmで2日間培養する。
2. プレートを遠心し/または数時間放置する。
3. 5 μlおよび10 μlの上清をBETEBプレートの孔にアボランとともに、そしてアボランを使用しないで2つのBETEBプレートの孔に適用する。
4. 一方のBETEBプレートおよびアボランを含むBETEBプレートを60 ℃にいて、他方のBETEBプレートを68℃において一夜インキュベートする。
5. 透明ゾーンの直径をチェックする。
6. 68℃においてまたはアボランとともに60℃において活性を保持するクローンの上清のLU活性を測定する。
7. LU活性を10 LU/mlに調節し、4）におけるようにBETEBに適用する。
8. 透明ゾーンの直径をチェックする。
【００８０】
酵母ライブラリーを構築する方法
1. 0.5 μlのベクター（Hind III-XbaI消化した）および1 μlのPCRフィラメントを混合する。
2. YNG318コンピテント細胞を氷上で融解する。
3. 100 μlの細胞、DNA混合物および10 μlのキャリヤーDNA（Chrontech）をファルコン（Falcon）1058中で混合する。
4. 0.6 mlのPEG/LiAc溶液を添加し、おだやかに混合する。
5. 30℃、200 rpmにおいて30分間インキュベートする。
6. 42℃において15分間インキュベートする（熱ショック）。
7. エッペンドルフ管に移し、5秒間遠心する。
8. 上清を取出し、3 mlのYPD中に溶解する。
9. 細胞懸濁液を30 rpm、30℃において45分間インキュベートする。
10. この懸濁液SC-グルコースプレートに注いで約300クローン/プレートを得る。
【００８１】
ライブラリーの構築
SOE法および引き続く酵母組換えにより、Dopライブラリーを構築する。
他の方法
○ ライブラリーの構築およびサブクローニングのための大腸菌（E. coli）の形質転換をエレクトロポレーション（BIO-RAD Gene Pulser）により実施する。
○ アルカリ性法（分子クローニング、Cold Spring Harbor）によるか、あるいはQiagenTMプラスミドキットを使用して、DNAプラスミドを調製する。
○ Qiagenゲル抽出キットにより、DNAフラグメントをアガロースゲルから回収する。
○ PTC-200 DNA Engineにより、PCRを実施する。
○ すべてのDNA配列の決定のために、ABI PRISMTM 310遺伝学的アナライザーを使用する。
【００８２】
○ 酢酸リチウム法により、酵母の形質転換を実施する。
○ 下記の文献に記載されているRobzykおよびKassirの方法により、酵母の全DNAを抽出する：Nucleic Acids Research Vol. 20、No. 14（1992）3790。
○ 二次アッセイにおけるすべての陽性クローンは、1 mlのYPD中で30℃において一夜培養して、酵母の全DNAを抽出する。調製されたDNAを大腸菌（E. coli）の中に導入し、大腸菌（E. coli）コロニーを単離し、それらのプラスミドを調製し、配列決定し、さらに評価する。
【００８３】
実施例
実施例 1．ドーピングによるクチナーゼ変異型の構築
2つのプライマー対、620ＡＭ34（配列番号3）およびDop2−R（配列番号4）、およびDop83−2（配列番号5および前述のヌクレオチド混合物）および680ＡＭ35（配列番号6）を下記の条件下に使用して、第1のPCR反応を実施した：
【００８４】
【表４】
【表５】
生ずるフラグメントをゲル精製し、第2のPCR反応のための鋳型として使用した。下記の条件下にプライマーとして620（配列番号7）および680（配列番号8）を使用して、第2のPCRを実施した。
【００８７】
【表６】
【表７】
スパイクドオリゴシャフリングライブラリー
スパイクドライブラリーを次のようにして構築した。
前述したようにプライマーとしてrTthポリメラーゼおよびAM34（配列番号9）およびＡＭ35（配列番号10）を使用して、後の実施例に記載されている参照変異型の遺伝子フラグメントを調製するPCR反応を実施し、フラグメントをゲル精製した。
【００９０】
約10 μgのDNA/250 μlを0.8 μlのDNasel（Gibco BRL 18068−015）および30 μlの10×緩衝液と25℃において7〜10分間インキュベートした。EDTAを10 mMの最終濃度に添加して、反応を停止させた。
補正したサイズ（50〜150 bp）のDNAフラグメントをワットマン（Whatman）ガラスフィルターにより精製した。
次いで、DNアーゼ処理したフラグメントを下記の条件下に再構築した。
【００９１】
【表８】
【表９】
鋳型として上記PCR混合物を使用して、第2のPCRを下記の条件下に実施した。
【表１０】
【表１１】
実施例 2．変異型の熱安定性
多数の試料を調製し、各試料は10 LU/mlのフミコラ・インソレンス（H. insolens）のクチナーゼの変異型を含有した。20 μlの各試料をBETEBプレートのウェルに適用し、そしてプレートを68℃において一夜（14時間）インキュベートした。ウェルの透明ゾーンの存在を陽性の結果として採用した。
本発明による下記の変異型を試験し、参照変異型（本発明によらない）を比較のために含めた。
【００９６】
【表１２】
【表１３】
上に示したように、各変異型は参照変異型（E6Q＋A14P＋E47K＋R51P＋E179Q）と同一の置換およびさらに本発明による1または2以上の置換を含有した。上に示したように、4つの変異型はプロ配列の中にA(-7)Vから発するN末端のエクステンションを有して、切断部位を変更させている。
本発明のすべての変異型は顕著な透明ゾーンを示したが、参照は示さなかった。参照変異型は60℃の同様な実験において透明ゾーンを示した。こうして、本発明による置換の各組は変異型の熱安定性を著しく改良した。
また、いくつかの変異型をより高い温度において試験し、そして上記変異型のいくつかは76℃程度に高い温度において陽性の結果を与えた。
【００９９】
実施例 3．洗浄剤の存在下の変異型の安定性
クチナーゼ変異型をアニオン界面活性剤（10または40 ppmのアボラン（Avolan）、Bayerの製品）と60℃においてインキュベートし、14時間後に残留活性を測定した。前の実施例に記載されている変異型の8つは、10 ppmの洗浄剤とインキュベーション後に有意な残留活性を有し、そして40 ppmの洗浄剤とインキュベーション後に多少の活性を有することが見出された。参照変異型は残留活性を示さなかった。
【０１００】
実施例 4．DSC による熱安定性
pH 10におけるDSC（50 mMのグリシン緩衝液）により、クチナーゼ変異型の熱安定性を研究した。一定のプログラムした加熱速度で酵素溶液を加熱した後得られたサーモグラム（Cp対T）における変性ピーク（主要な吸熱ピーク）の上部として、熱変性温度Tdを採用した。
前述の参照変異型は68℃のTdを有することが見出された。実施例に記載されている本発明による3つの変異型は、71〜72℃のTd、すなわち、明瞭な改良を有することが見出された。
【０１０１】
実施例 5．変異型の洗浄性能
下記の条件において2つの異なる洗浄剤を使用する洗浄試験において、実施例2に記載されている参照変異型および本発明の1つの変異型を試験した：
洗浄剤：日本の商用洗浄剤、アニオン界面活性剤に富んでいる
洗浄剤濃度：0.5 g/lまたは0.67 g/l
試験スワッチ/ビーカー：
ラード/脂肪、褐色で汚れた3つの綿スワッチ（8×8 cm）
リップスティック（20LS）で汚れた3つの綿/ポリエステルのスワッチ（4.5×4.5 cm）
2つの商用皮脂スワッチ（5×5 cm）
1つの白色ポリエステルスワッチ（5×5 cm）
【０１０２】
洗浄機：Terg-O-Tometer、100 rpm
クチナーゼ変異型の投与量：0、2000、5000、10000 LU/L
水硬度：3°dH(Ca)
洗浄温度：25 ℃
洗浄液：1リットル/ビーカー
洗浄時間：10分
すすぎ：流れる水道水中で10分
乾燥：ライン乾燥、一夜
【０１０３】
クチナーゼ変異型を添加しないで洗浄したスワッチに比較してリップスティックのスワッチについて規約反射率の増加（ΔR）を測定することによって、洗浄性を測定した。各洗浄剤とともに2000〜10000 LU/Lの投与量において、本発明のクチナーゼ変異型は10〜16のΔRを提供したが、参照変異型は3〜7のΔRを提供することが示された。
【０１０４】
クチナーゼ変異型を添加しないで洗浄したスワッチに比較して白色ポリエステルのスワッチについて規約反射率の増加（ΔR）を測定することによって、ラードのスワッチからの脂肪の褐色の再付着を測定した。各洗浄剤とともに5000〜10000 LU/Lの投与量において、本発明のクチナーゼ変異型は参照変異型により提供されたΔRの2倍のΔRを提供することが示された。
さらに、ΔR 2つの変異型の安定性を2つの洗浄剤の溶液中で測定した。25 ℃において10分後、本発明の変異型を2つの洗浄剤中で92〜95％の残留活性を示したが、参照変異型は71〜72％の残留活性を示した。本発明の変異型は洗浄性能、再付着防止効果および洗浄剤溶液中の安定性において明瞭に改良された洗浄性能を提供することが示された。
【０１０５】
実施例 8．ポリエステル繊維材料の処理
ポリエステル繊維材料を次のようにして本発明のクチナーゼ変異型で処理し、そして参照変異型で処理した（両方の変異型は実施例2に記載されている）：
1. 試験条件
温度：75 ℃
洗浄時間：3時間
pH：9.0（50 mMのグリシルグリシン緩衝液）
繊維材料：ポリエステル（Teijin）、14 cm×14 cm
浴比：5片/1000 ml（＝約13 g/L）
酵素の投与量：0、10、50、100 mg/L（酵素タンパク質に基づく）
T-O-M：100 rpm
すすぎ時間：水道水で10分
【０１０６】
2. 手順
1. 5片のポリエステルを105 ℃において2時間乾燥した。
2. それらをデシケーター中で少なくとも30分間冷却した。
3. 組を秤量した。
4. ポリエステルの組を変異型で75 ℃、100 rpmにおいて3時間洗浄した。
5. 組を水道水で10分間すすいだ。
6. それらを一夜ライン乾燥した。
7. それらを105 ℃において2時間乾燥した。
8. それらをデシケーター中で少なくとも30分間冷却した。
9. 組を秤量した。
10. 重量損失を計算した。
結果を重量損失として示す。
【０１０７】
【表１４】
【０１０８】
実施例 7．変性した料理用油に対するクローニング作用
台所からの現実の酸化された油の汚れに対するクローニング作用について、本発明のクチナーゼ変異型（実施例2に記載されている）を試験した。
中性のpHを有する商用液状皿洗浄用洗浄剤に、1000 LU/mlのクチナーゼ変異型を添加した。台所から通気フィルター上に粘着した変性料理用油に洗浄剤およびクチナーゼ変異型を直接適用し、15、30または60分間放置し、最後に水道水ですすいだ。
視的検査において、酸化された油は効果的に取出されることが示された。酵素を含まない同一洗浄剤を使用する対照実験は作用をほとんど示さなかった。
【０１０９】
実施例 8．クチナーゼ変異型のピリング防止および脱ピリング作用
ポリエステル繊維材料を本発明のクチナーゼ変異型（実施例2に記載されている）で処理し、そして、対照として、実施例2の参照変異型で処理した。条件は次の通りであった：75 ℃、3時間の洗浄、pH 9.0（グリシルグリシン緩衝液）、14×14 cmのモモの皮膚のポリエステル（日本国、Toray製）、浴比5片（約6 g）/1000 ml、ターゴトメーター（Tergotometer）、100 rpm、および引き続く水道水中の10分のすすぎ。
【０１１０】
10、50および100 mg/lのクチナーゼ変異型で処理された繊維材料は、対照に比較して改良された脱ピリングおよびピリング防止を示した。明らかに毛羽が除去され、毛羽（ミクロフィブリル）はより短くなったので、糸の網状組織は処理によりいっそう可視となることが観測された。
【０１１１】
実施例 9．水吸収に対するクチナーゼ変異型の作用
熱帯平織ポリエステル（Teijin、日本国）を前の実施例におけるのと同一条件下に100 mg/lの同一クチナーゼ変異型で処理し、次いでプロテアーゼ（AlcalaseTM）で処理して、布帛の表面上に残留するクチナーゼタンパク質を除去し、すすぎ、乾燥した。クチナーゼ変異型処理を使用しないで、同一方法において対照実験を実施した。
処理した繊維材料をストリップに切断し、ストリップの末端を着色剤溶液の中に浸漬し、過剰の着色剤を除去し、着色された部分の高さを測定した。クチナーゼ変異型を使用する処理は着色された部分の高さを16 mmから77 mmに増加させ、改良された水吸収を示した。
【配列表】
Claims (20)
- フミコラ・インソレンス（Humicola insolens）株DSN 1800のクチナーゼの変異体において、変異：E6Q＋A14P＋E47K＋R51P＋E179Qと共に下記のアミノ酸残基の置換のいずれか：
ａ） S48E＋A88H＋N91H＋R189V
ｂ） Q1L＋L2K＋G8D＋N15D
ｃ） N44D＋A130V
ｄ） Q1C＋L2V＋G120D
ｅ） A88L＋R189A
ｆ） S48E＋L66I＋A88L＋I169A＋R189H
ｇ） A88V＋S116K＋S119P＋Q139R＋I169V＋R189V
ｈ） A88V＋R189A
ｉ） S48K＋A88H＋I169G＋R189H
ｊ） Q1L＋L2Q＋A4V＋S11T
ｋ） T164S
ｌ） L174F
ｍ） H49Y
ｎ） Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋R189V
ｏ） Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋N44D＋A130V
ｐ） Q1L＋L2K＋G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
ｑ） G8D＋N15D＋A16T
ｒ） A130V
ｓ） Q1C＋L2V
ｔ） G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
ｕ） G8D＋N15D＋T29M＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
ｖ） G8D＋N15D＋T29I＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
ｗ） G8D＋N15D＋T29C＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
ｘ） G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋L174F＋I178V＋R189V
ｗ） G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166M＋I168F＋R189V
ｚ） G8D＋N15D＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166I＋L167P＋R189V
aa） G8D＋N15D＋V38H＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋I169T＋R189V
bb） G8D＋N15D＋V38H＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋R189V
cc） G8D＋N15D＋T29M＋S48E＋A88H＋N91H＋A130V＋T166I＋L167P＋R189V
を含むクチナーゼの変異体。 - 前記変異体ｂ）、ｎ）、ｏ）又はｐ）が更に、Ｎ−末端にAAVDSNHTPAVPELVAR（SEQ ID NO: 2）の延長部を有する、請求項１に記載のクチナーゼの変異体。
- テレフタル酸エステルに対して加水分解活性を有する、請求項１又は２に記載の変異体。
- 前記テレフタル酸エステルが、環状トリ（エチレンテレフタレート）および／またはテレフタル酸ビス（2−ヒドロキシエチル）エステルジベンゾエート（BETEB）である、請求項３に記載の変異体。
- 親クチナーゼよりも５℃高い変性温度を有する、請求項１〜４のいずれかに記載の変異体。
- 前記変性温度がpH8.5で測定される、請求項５に記載の変異体。
- 請求項１〜６のいずれか１項に記載の変異体をコードするDNA。
- 請求項７に記載のDNAを含んでなるベクター。
- 請求項７に記載のDNAまたは請求項８に記載のベクターを収容する形質転換された宿主細胞。
- 請求項１〜６のいずれかに記載の変異体を産生する方法において、
ａ）請求項９に記載の宿主細胞を培養して当該変異体を発現させ、必要に応じて当該変異体を分泌させ、そして
ｂ）当該変異体を回収する、
ことを含んでなる方法。 - 請求項１〜６のいずれか１項に記載のクチナーゼの変異体により環状オリゴマーを処理することを含んでなる、エチレンテレフタレートの環状オリゴマーを酵素的に加水分解する方法。
- 前記環状オリゴマーが環状トリ（エチレンテレフタレート）である、請求項11に記載の方法。
- 前記処理を55℃以上の温度において実施する、請求項11または12に記載の方法。
- 前記環状オリゴマーがポリエステルを含有する布帛または糸の中にまたはそれらの上に存在する、請求項11〜13のいずれかに記載の方法。
- 引き続いて布帛または糸をすすぐ、請求項11〜14のいずれかに記載の方法。
- pH７〜pH11の範囲のpHを有する水溶液ですすぐ、請求項15に記載の方法。
- PETを含有する糸または布帛の機能的仕上げを改良する方法において、
ａ）請求項１〜６のいずれか１項に記載のクチナーゼの変異体により布帛または糸を処理し、そして
ｂ）引き続いて柔軟剤、しわ防止樹脂、帯電防止剤、よごれ防止剤から成る群から選択される仕上げ剤で布帛または糸を処理する、
ことを含んでなる方法。 - ポリエステルの布帛または糸を染色する方法において、
ａ）請求項１〜６のいずれか１項に記載のクチナーゼの変異体により布帛または糸を処理し、そして
ｂ）上記の処理された布帛を反応性染料または分散染料で処理する、
ことを含んでなる方法。 - 前記クチナーゼの変異体が、pH８において65℃以上の熱変性温度を有する、請求項18に記載の方法。
- 界面活性剤と請求項１〜６のいずれかに記載の変異体とを含んでなる洗浄剤組成物。
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