JP2018027096A - まれな変異およびコピー数多型を検出するためのシステムおよび方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2012年9月4日出願の米国仮特許出願第61/696,734号、2012年9月21日出願の米国仮特許出願第61/704,400号、2013年3月15日出願の米国仮特許出願第61/793,997号、および、2013年7月13日出願の米国仮特許出願第61/845,987号に対する優先権を主張し、それらの各々は、本明細書で参照によって全ての目的のために全体的に援用される。
ポリヌクレオチドの検出および定量は、分子生物学および診断学などの医学的応用にとって重要である。遺伝子検査は、いくつかの診断方法にとって特に有用である。例えば、稀な遺伝子変化(例えば、配列バリアント)またはエピジェネティックマーカーの変化によって引き起こされる障害(例えば、がんおよび部分異数性または完全異数性)が、検出され得るか、またはより正確には、DNA配列情報を用いて特徴付けられ得る。
本開示は、コピー数多型を検出するための方法を提供し、その方法は、a)被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、その細胞外ポリヌクレオチドの各々は、必要に応じて、ユニークなバーコードに付着される、工程;b)指定の閾値を満たさないリードを除外する工程;c)工程(a)から得られた配列リードを参照配列に対してマッピングする工程;d)参照配列の予め定義された2つ以上の領域におけるマッピングされたリードを定量/カウントする工程;e)(i)予め定義された領域におけるリードの数を互いに対しておよび/または予め定義された領域におけるユニークなバーコードの数を互いに対して正規化する工程;および(ii)工程(i)において得られた正規化された数を、コントロールサンプルから得られた正規化された数と比較する工程によって、予め定義された領域の1つ以上におけるコピー数多型を決定する工程を含む。
を含む。
特定の実施形態において、例えば、以下が提供される。
(項目1)
コピー数多型を検出するための方法であって、該方法は、
a.被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程;
b.指定の閾値を満たさないリードを除外する工程;
c.工程(a)から得られた配列リードを、リードを除外した後に、参照配列に対してマッピングする工程;
d.該参照配列の予め定義された2つ以上の領域におけるマッピングされたリードを定量するかまたは列挙する工程;および
e.
i.該予め定義された領域におけるリードの数を互いに対しておよび/または該予め定義された領域におけるユニークな配列リードの数を互いに対して正規化する工程;
ii.工程(i)において得られた正規化された数を、コントロールサンプルから得られた正規化された数と比較する工程
によって、該予め定義された領域の1つ以上におけるコピー数多型を決定する工程
を含む、方法。
(項目2)
被験体から得られた無細胞のまたは実質的に無細胞のサンプル中の稀な変異を検出するための方法であって、該方法は、
a.被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程;
b.領域において多重配列決定を行うか、または富化が行われない場合、全ゲノム配列決定を行う、工程;
c.指定の閾値を満たさないリードを除外する工程;
d.該配列決定工程に由来する配列リードを参照配列上にマッピングする工程;
e.マッピング可能な各塩基位置において該参照配列のバリアントと整列するマッピングされた配列リードのサブセットを同定する工程;
f.マッピング可能な各塩基位置に対して、(a)該参照配列と比べてバリアントを含むマッピングされた配列リードの数と(b)マッピング可能な各塩基位置に対する配列リードの総数との比を計算する工程;
g.マッピング可能な各塩基位置に対して該比または分散の頻度を正規化し、潜在的な稀なバリアント(複数可)または変異(複数可)を決定する工程;および
h.潜在的な稀なバリアント(複数可)または変異(複数可)を含む領域の各々に対して得られた数を、参照サンプルから同様に得られた数と比較する工程
を含む、方法。
(項目3)
被験体における異常な状態の不均一性を特徴付ける方法であって、該方法は、該被験体における細胞外ポリヌクレオチドの遺伝的プロファイルを生成する工程を含み、該遺伝的プロファイルは、コピー数多型および稀な変異の解析からもたらされる複数のデータを含む、方法。
(項目4)
前記被験体において同定された稀な各バリアントの保有率/濃度が、同時に報告および定量される、項目1、2または3に記載の方法。
(項目5)
前記被験体における稀なバリアントの保有率/濃度に関する信頼スコアが、報告される、項目1、2または3に記載の方法。
(項目6)
前記細胞外ポリヌクレオチドが、DNAを含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目7)
前記細胞外ポリヌクレオチドが、RNAを含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目8)
前記身体サンプルから細胞外ポリヌクレオチドを単離する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目9)
前記単離する工程が、循環核酸の単離および抽出のための方法を含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目10)
単離された前記細胞外ポリヌクレオチドを断片化する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目11)
前記身体サンプルが、血液、血漿、血清、尿、唾液、粘膜排出物、痰、便および涙からなる群より選択される、項目8に記載の方法。
(項目12)
前記身体サンプル中にコピー数多型または稀な変異もしくはバリアントを有する配列のパーセントを決定する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目13)
前記決定する工程が、所定の閾値より多いまたは少ないポリヌクレオチドの量を有する予め定義された領域のパーセンテージを計算する工程を含む、項目12に記載の方法。
(項目14)
前記被験体が、異常な状態を有すると疑われる、項目1、2または3に記載の方法。
(項目15)
前記異常な状態が、変異、稀な変異、インデル、コピー数多型、トランスバージョン、転座、逆位、欠失、異数性、部分異数性、倍数性、染色体不安定性、染色体の構造変化、遺伝子融合、染色体融合、遺伝子切断、遺伝子増幅、遺伝子重複、染色体損傷、DNA損傷、核酸化学修飾の異常な変化、エピジェネティックパターンの異常な変化、核酸メチル化の異常な変化、感染およびがんからなる群より選択される、項目14に記載の方法。
(項目16)
前記被験体が、妊婦である、項目1、2または3に記載の方法。
(項目17)
前記コピー数多型または稀な変異または遺伝的バリアントが、胎児の異常を示す、項目1または2に記載の方法。
(項目18)
前記胎児の異常が、変異、稀な変異、インデル、コピー数多型、トランスバージョン、転座、逆位、欠失、異数性、部分異数性、倍数性、染色体不安定性、染色体の構造変化、遺伝子融合、染色体融合、遺伝子切断、遺伝子増幅、遺伝子重複、染色体損傷、DNA損傷、核酸化学修飾の異常な変化、エピジェネティックパターンの異常な変化、核酸メチル化の異常な変化、感染およびがんからなる群より選択される、項目17に記載の方法。
(項目19)
配列決定前に、前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに1つ以上のバーコードを付着させる工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目20)
配列決定前に細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに付着される各バーコードが、ユニークである、項目19に記載の方法。
(項目21)
配列決定前に細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに付着される各バーコードが、ユニークでない、項目19に記載の方法。
(項目22)
配列決定前に前記被験体のゲノムまたはトランスクリプトームから領域を選択的に富化する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目23)
配列決定前に前記被験体のゲノムまたはトランスクリプトームから領域を非選択的に富化する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目24)
任意の増幅工程または富化工程の前に、前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに1つ以上のバーコードを付着させる工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目25)
前記バーコードが、ポリヌクレオチドである、項目19に記載の方法。
(項目26)
前記バーコードが、ランダムな配列を含む、項目19に記載の方法。
(項目27)
前記バーコードが、選ばれた領域から配列決定された分子の多様性と組み合わせて、ユニークな分子の同定を可能にする、固定されたまたはセミランダムなセットのオリゴヌクレオチドを含む、項目19に記載の方法。
(項目28)
前記バーコードが、少なくとも3、5、10、15、20、25、30、35、40、45または50merの塩基対の長さであるオリゴヌクレオチドを含む、項目19に記載の方法。
(項目29)
前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを増幅する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目30)
前記増幅が、グローバル増幅または全ゲノム増幅を含む、項目29に記載の方法。
(項目31)
ユニークな同一性の配列リードが、該配列リードの始めの(開始)領域および終わりの(終止)領域における配列情報ならびに該配列リードの長さに基づいて検出される、項目1、2または3に記載の方法。
(項目32)
ユニークな同一性の配列分子が、前記配列リードの始めの(開始)領域および終わりの(終止)領域における配列情報、該配列リードの長さならびにバーコードの付着に基づいて検出される、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記増幅が、選択的増幅を含む、項目30に記載の方法。
(項目34)
前記増幅が、非選択的増幅を含む、項目33に記載の方法。
(項目35)
抑制増幅またはサブトラクションによる富化が、行われる、項目1、2または3に記載の方法。
(項目36)
前記リードのサブセットを、リードを定量するかまたは列挙する前に、さらなる解析から除去する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目37)
除去する工程が、閾値未満、例えば、90%、99%、99.9%もしくは99.99%未満の精度スコアもしくは品質スコア、および/または閾値未満、例えば、90%、99%、99.9%もしくは99.99%未満のマッピングスコアを有するリードを除外する工程を含む、項目36に記載の方法。
(項目38)
指定の閾値より低い品質スコアを有するリードを選別する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目39)
前記予め定義された領域が、均一なまたは実質的に均一なサイズである、項目1に記載の方法。
(項目40)
前記予め定義された領域が、少なくとも約10kb、20kb、30kb、40kb、50kb、60kb、70kb、80kb、90kbまたは100kbのサイズである、項目39に記載の方法。
(項目41)
少なくとも50、100、200、500、1000、2000、5000、10,000、20,000または50,000個の領域が、解析される、項目1、2または3に記載の方法。
(項目42)
前記バリアントが、遺伝子融合、遺伝子重複、遺伝子欠失、遺伝子転座、マイクロサテライト領域、遺伝子フラグメントまたはそれらの組み合わせからなる群より選択されるゲノムの領域に存在する、項目1、2または3に記載の方法。
(項目43)
前記バリアントが、遺伝子、癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、プロモーター、制御配列エレメントまたはそれらの組み合わせからなる群より選択されるゲノムの領域に存在する、項目1、2または3に記載の方法。
(項目44)
前記バリアントが、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15または20ヌクレオチド長のヌクレオチドバリアント、一塩基置換、小インデル、トランスバージョン、転座、逆位、欠失、切断または遺伝子切断である、項目2に記載の方法。
(項目45)
個々のリードの前記バーコードまたはユニークな特性を用いて、マッピングされたリードの数量を訂正する/正規化する/調整する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目46)
前記リードを列挙する工程が、前記予め定義された領域の各々におけるユニークなバーコードを列挙し、配列決定された予め定義された領域の少なくとも1つのサブセットにわたってそれらの数を正規化することによって行われる、項目1または2に記載の方法。
(項目47)
同じ前記被験体由来の、次の時間間隔におけるサンプルが、解析され、前のサンプルの結果と比較される、項目1、2または3に記載の方法。
(項目48)
前記方法が、前記バーコードが付着された細胞外ポリヌクレオチドを増幅する工程をさらに含む、項目45に記載の方法。
(項目49)
部分的なコピー数多型の頻度を決定する工程、ヘテロ接合性の喪失を測定する工程、遺伝子発現の解析を行う工程、エピジェネティックな解析を行う工程、および/または過剰メチル化の解析を行う工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目50)
多重配列決定を用いて、被験体から得られた無細胞のまたは実質的に無細胞のサンプルにおいて、コピー数多型を決定するかまたは稀な変異の解析を行う工程を含む、方法。
(項目51)
前記多重配列決定が、10,000を超える配列決定反応を行うことを含む、項目50に記載の方法。
(項目52)
前記多重配列決定が、少なくとも10,000個の異なるリードを同時に配列決定することを含む、項目50に記載の方法。
(項目53)
前記多重配列決定が、少なくとも10,000個の異なるリードに対するデータ解析を前記ゲノムにわたって行うことを含む、項目50に記載の方法。
(項目54)
前記正規化することおよび検出が、隠れマルコフ、動的計画法、サポートベクターマシン、ベイジアンモデリングもしくは確率モデリング、トレリス復号、ビタビ復号、期待値最大化、カルマンフィルタリングまたはニューラルネットワーク法のうちの1つ以上を使用して行われる、項目1または2に記載の方法。
(項目55)
疾患の進行をモニターする工程、残存する疾患をモニターする工程、治療をモニターする工程、状態を診断する工程、状態を予後診断する工程、または前記被験体に対して発見されたバリアントに基づいて治療を選択する工程をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目56)
治療が、最新のサンプル解析に基づいて改変される、項目55に記載の方法。
(項目57)
腫瘍、感染または他の組織異常の遺伝的プロファイルが、推論される、項目1、2または3に記載の方法。
(項目58)
腫瘍の成長、寛解もしくは進展、感染または他の組織異常が、モニターされる、項目1、2または3に記載の方法。
(項目59)
前記被験体の免疫系に関係する配列が、単一の場合においてまたは経時的に解析およびモニターされる、項目1、2または3に記載の方法。
(項目60)
バリアントの同定が、該同定されたバリアントを引き起こすと疑われる組織異常の位置を特定するためのイメージング検査(例えば、CT、PET−CT、MRI、X線、超音波)を通じて追跡される、項目1、2または3に記載の方法。
(項目61)
前記解析が、同じ患者由来の組織または腫瘍のバイオプシーから得られる遺伝子データの使用をさらに含む、項目1、2または3に記載の方法。
(項目62)
腫瘍、感染または他の組織異常の系統発生が、推論される、項目1、2または3に記載の方法。
(項目63)
前記方法が、信頼度の低い領域を、集団に基づいてコールしないことおよび同定することを行う工程をさらに含む、項目1または2に記載の方法。
(項目64)
配列カバー率についての測定データを得る工程が、前記ゲノムのすべての位置において配列カバー率の深さを計測する工程を含む、項目1または2に記載の方法。
(項目65)
前記配列カバー率についての前記測定データのバイアスについて訂正する工程が、ウィンドウ平均カバー率を計算する工程を含む、項目64に記載の方法。
(項目66)
前記配列カバー率についての前記測定データのバイアスについて訂正する工程が、ライブラリー構築および配列決定プロセスにおけるGCバイアスを説明する調整を行う工程を含む、項目64に記載の方法。
(項目67)
前記配列カバー率についての前記測定データのバイアスについて訂正する工程が、バイアスを相殺するために、個々のマッピングに関連するさらなる重み付け因子に基づいて調整を行う工程を含む、項目64に記載の方法。
(項目68)
細胞外ポリヌクレオチドが、病的な細胞起源に由来する、項目1、2または3に記載の方法。
(項目69)
細胞外ポリヌクレオチドが、健常な細胞起源に由来する、項目1、2または3に記載の方法。
(項目70)
以下の工程:ゲノム内の予め定義された領域を選択する工程;該予め定義された領域内の配列リードの数を列挙する工程;該予め定義された領域にわたる配列リードの該数を正規化する工程;および該予め定義された領域内のコピー数多型のパーセントを決定する工程を行うためのコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
(項目71)
前記ゲノムの全体または該ゲノムの少なくとも85%が、解析される、項目70に記載のシステム。
(項目72)
前記コンピュータ可読媒体が、血漿または血清中のがんDNAまたはがんRNAのパーセントに関するデータをエンドユーザーに提供する、項目70に記載のシステム。
(項目73)
同定された前記コピー数多型が、前記サンプル中の不均一性に起因して、分数(すなわち、非整数レベル)である、項目1に記載の方法。
(項目74)
選択された領域の富化が、行われる、項目1に記載の方法。
(項目75)
コピー数多型の情報が、項目1、64、65、66および67に記載された方法に基づいて同時に抽出される、項目1に記載の方法。
(項目76)
ポリヌクレオチドを妨げて、前記サンプル中のポリヌクレオチドの開始の最初のコピー数または多様性を制限する最初の工程とともに使用される、項目1または2に記載の方法。(項目77)
被験体から得られた無細胞のまたは実質的に無細胞のサンプル中の稀な変異を検出するための方法であって、該方法は、
a.被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程;
b.指定の品質閾値を満たさないリードを除外する工程;
c.該配列決定する工程に由来する配列リードを参照配列上にマッピングする工程;
d.マッピング可能な各塩基位置において該参照配列のバリアントと整列するマッピングされた配列リードのサブセットを同定する工程;
e.マッピング可能な各塩基位置に対して、(a)該参照配列と比べてバリアントを含むマッピングされた配列リードの数と(b)マッピング可能な各塩基位置に対する配列リードの総数との比を計算する工程;
f.マッピング可能な各塩基位置に対して該比または分散の頻度を正規化し、潜在的な稀なバリアント(複数可)または他の遺伝子変化(複数可)を決定する工程;および
g.潜在的な稀なバリアント(複数可)または変異(複数可)を含む領域の各々に対して得られた数を、参照サンプルから同様に得られた数と比較する工程
を含む、方法。
(項目78)
a.少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程、およびタグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して;
b.該セット内の該タグ化された親ポリヌクレオチドを増幅することにより、対応するセットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを生成する工程;
c.該セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセット(適切なサブセットを含む)を配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成する工程;および
d.該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程
を含む、方法。
(項目79)
あるセット内の各ポリヌクレオチドが、参照配列にマッピング可能である、項目78に記載の方法。
(項目80)
タグ化された親ポリヌクレオチドの複数のセットを提供する工程を含み、各セットは、前記参照配列中の異なるマッピング可能な位置にマッピング可能である、項目78に記載の方法。
(項目81)
e.前記セットのコンセンサス配列を、タグ化された親分子の各セットについて、別々にまたは組み合わせて解析する工程をさらに含む、項目78に記載の方法。
(項目82)
開始の最初の遺伝物質を、前記タグ化された親ポリヌクレオチドに変換する工程をさらに含む、項目78に記載の方法。
(項目83)
前記開始の最初の遺伝物質が、100ng以下のポリヌクレオチドを含む、項目82に記載の方法。
(項目84)
変換前に、前記開始の最初の遺伝物質を妨害する工程を含む、項目82に記載の方法。
(項目85)
前記開始の最初の遺伝物質を、タグ化された親ポリヌクレオチドに、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも80%または少なくとも90%の変換効率で変換する工程を含む、項目82に記載の方法。
(項目86)
変換する工程が、平滑末端ライゲーション、粘着末端ライゲーション、分子反転プローブ、PCR、ライゲーションベースのPCR、一本鎖ライゲーションおよび一本鎖環状化のいずれかを含む、項目82に記載の方法。
(項目87)
前記開始の最初の遺伝物質が、無細胞核酸である、項目82に記載の方法。
(項目88)
複数の前記セットが、同じ前記ゲノム由来の参照配列内の異なるマッピング可能な位置にマッピングする、項目79に記載の方法。
(項目89)
前記セット内のタグ化された親ポリヌクレオチドの各々が、ユニークにタグ化される、項目78に記載の方法。
(項目90)
親ポリヌクレオチドの各セットが、参照配列内の位置にマッピング可能であり、各セット内の該ポリヌクレオチドが、ユニークにタグ化されない、項目78に記載の方法。
(項目91)
コンセンサス配列の生成が、前記タグからの情報ならびに/または(i)前記配列リードの始めの(開始)領域における配列情報、(ii)該配列リードの終わりの(終止)領域および(iii)該配列リードの長さのうちの少なくとも1つに基づく、項目78に記載の方法。
(項目92)
前記セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドの少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.9%または少なくとも99.99%の各々の少なくとも1つの子孫に対する配列リードを生成するのに十分な、前記セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセットを配列決定する工程を含む、項目78に記載の方法。
(項目93)
前記少なくとも1つの子孫が、複数の子孫、例えば、少なくとも2つ、少なくとも5つまたは少なくとも10個の子孫である、項目92に記載の方法。
(項目94)
配列リードの前記セット内の配列リードの数が、タグ化された親ポリヌクレオチドの前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの数よりも多い、項目78に記載の方法。
(項目95)
配列決定された前記セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドの前記サブセットが、使用される配列決定プラットフォームの1塩基あたりの配列決定エラー率のパーセンテージと同じパーセンテージで、タグ化された親ポリヌクレオチドの前記セット内に表示される任意のヌクレオチド配列が、コンセンサス配列の前記セットの中に表示される少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.9%または少なくとも99.99%の確率を有するのに十分なサイズである、項目78に記載の方法。(項目96)
(i)タグ化された親ポリヌクレオチドに変換される開始の最初の遺伝物質からの配列の選択的増幅;(ii)タグ化された親ポリヌクレオチドの選択的増幅;(iii)増幅された子孫ポリヌクレオチドの選択的配列捕捉;または(iv)開始の最初の遺伝物質の選択的配列捕捉によって、参照配列中の1つ以上の選択されたマッピング可能な位置に位置するポリヌクレオチドについて、前記セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを富化する工程を含む、項目78に記載の方法。
(項目97)
解析する工程が、コンセンサス配列のセットからもたらされた尺度(例えば、数)を、コントロールサンプル由来のコンセンサス配列のセットからもたらされた尺度に対して正規化する工程を含む、項目81に記載の方法。
(項目98)
解析する工程が、変異、稀な変異、インデル、コピー数多型、トランスバージョン、転座、逆位、欠失、異数性、部分異数性、倍数性、染色体不安定性、染色体の構造変化、遺伝子融合、染色体融合、遺伝子切断、遺伝子増幅、遺伝子重複、染色体損傷、DNA損傷、核酸化学修飾の異常な変化、エピジェネティックパターンの異常な変化、核酸メチル化の異常な変化、感染またはがんを検出する工程を含む、項目81に記載の方法。
(項目99)
前記ポリヌクレオチドが、DNA、RNA、それら2つの組み合わせまたはDNA+RNA由来cDNAを含む、項目78に記載の方法。
(項目100)
ポリヌクレオチドのある特定のサブセットが、前記最初のセットのポリヌクレオチドまたは前記増幅されたポリヌクレオチドから、塩基対を単位とするポリヌクレオチド長について選択されるかまたはそれに基づいて富化される、項目82に記載の方法。
(項目101)
解析が、感染および/またはがんなどの個体内の異常または疾患の検出およびモニタリングをさらに含む、項目82に記載の方法。
(項目102)
免疫レパートリーのプロファイリングと組み合わせて行われる、項目101に記載の方法。
(項目103)
前記ポリヌクレオチドが、血液、血漿、血清、尿、唾液、粘膜排出物、痰、便および涙からなる群より選択されるサンプルから抽出される、項目78に記載の方法。
(項目104)
折りたたむ工程が、前記タグ化された親ポリヌクレオチドまたは増幅された子孫ポリヌクレオチドのセンス鎖もしくはアンチセンス鎖に存在するエラー、ニックまたは損傷を検出することおよび/または訂正することを含む、項目78に記載の方法。
(項目105)
ユニークにタグ化されない開始の最初の遺伝物質中の遺伝的変異を、少なくとも5%、少なくとも1%、少なくとも0.5%、少なくとも0.1%または少なくとも0.05%の感度で検出する工程を含む、方法。
(項目106)
前記開始の最初の遺伝物質が、100ng未満の量の核酸で提供され、前記遺伝的変異が、コピー数多型/ヘテロ接合性変異であり、検出する工程が、染色体より小さい解像度;例えば、少なくとも100メガベースの解像度、少なくとも10メガベースの解像度、少なくとも1メガベースの解像度、少なくとも100キロベースの解像度、少なくとも10キロベースの解像度または少なくとも1キロベースの解像度で行われる、項目105に記載の方法。
(項目107)
タグ化された親ポリヌクレオチドの複数のセットを提供する工程を含み、各セットは、参照配列中の異なるマッピング可能な位置にマッピング可能である、項目81に記載の方法。
(項目108)
前記参照配列中の前記マッピング可能な位置が、腫瘍マーカーの遺伝子座であり、解析する工程が、前記セットのコンセンサス配列内に該腫瘍マーカーを検出する工程を含む、項目107に記載の方法。
(項目109)
前記腫瘍マーカーが、前記増幅する工程において導入されるエラー率より低い頻度で、前記セットのコンセンサス配列に存在する、項目108に記載の方法。
(項目110)
前記少なくとも1つのセットが、複数のセットであり、前記参照配列の前記マッピング可能な位置が、該参照配列中の複数のマッピング可能な位置を含み、そのマッピング可能な位置の各々は、腫瘍マーカーの遺伝子座である、項目107に記載の方法。
(項目111)
解析する工程が、親ポリヌクレオチドの少なくとも2つのセットの間にコンセンサス配列のコピー数多型を検出する工程を含む、項目107に記載の方法。
(項目112)
解析する工程が、前記参照配列と比べて配列変異の存在を検出する工程を含む、項目107に記載の方法。
(項目113)
解析する工程が、前記参照配列と比べて配列変異の存在を検出する工程および親ポリヌクレオチドの少なくとも2つのセットの間にコンセンサス配列のコピー数多型を検出する工程を含む、項目107に記載の方法。
(項目114)
折りたたむ工程が、
i.増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化する工程であって、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、工程;および
ii.ファミリー内の配列リードに基づいてコンセンサス配列を決定する工程
を含む、項目78に記載の方法。
(項目115)
以下の工程:
a.少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを受け取る工程、およびタグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して;
b.該セット内の該タグ化された親ポリヌクレオチドを増幅することにより、対応するセットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを生成する工程;
c.該セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセット(適切なサブセットを含む)を配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成する工程;
d.該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程、および必要に応じて
e.コンセンサス配列の該セットを、タグ化された親分子の各セットについて解析する工程
を行うためのコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
(項目116)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも10%が、配列決定される、方法。
(項目117)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも20%が、配列決定される、方法。
(項目118)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも30%が、配列決定される、方法。
(項目119)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも40%が、配列決定される、方法。
(項目120)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも50%が、配列決定される、方法。
(項目121)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも60%が、配列決定される、方法。
(項目122)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも70%が、配列決定される、方法。
(項目123)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも80%が、配列決定される、方法。
(項目124)
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも90%が、配列決定される、方法。
(項目125)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも10%が、配列決定される、方法。
(項目126)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも20%が、配列決定される、方法。
(項目127)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも30%が、配列決定される、方法。
(項目128)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも40%が、配列決定される、方法。
(項目129)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも50%が、配列決定される、方法。
(項目130)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも60%が、配列決定される、方法。
(項目131)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも70%が、配列決定される、方法。
(項目132)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも80%が、配列決定される、方法。
(項目133)
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも90%が、配列決定される、方法。
(項目134)
前記遺伝子変化が、コピー数多型または1つ以上の稀な変異である、項目116〜133に記載の方法。
(項目135)
前記遺伝的変異が、1つ以上の原因バリアントおよび1つ以上の多型を含む、項目116〜133に記載の方法。
(項目136)
前記個体における前記遺伝子変化および/または遺伝的変異の量が、公知の疾患を有する1つ以上の個体における遺伝子変化および/または遺伝的変異の量と比較され得る、項目116〜133に記載の方法。
(項目137)
前記個体における前記遺伝子変化および/または遺伝的変異の量が、疾患を有しない1つ以上の個体における遺伝子変化および/または遺伝的変異の量と比較され得る、項目116〜133に記載の方法。
(項目138)
前記無細胞核酸が、DNAである、項目116〜133に記載の方法。
(項目139)
前記無細胞核酸が、RNAである、項目116〜133に記載の方法。
(項目140)
前記無細胞核酸が、DNAおよびRNAである、項目116〜133に記載の方法。
(項目141)
前記疾患が、がんまたは前がん状態である、項目136に記載の方法。
(項目142)
前記方法が、疾患の診断または処置をさらに含む、項目116〜133に記載の方法。
(項目143)
a.少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程、およびタグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して;
b.該セット内の該タグ化された親ポリヌクレオチドを増幅することにより、対応するセットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを生成する工程;
c.該セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセット(適切なサブセットを含む)を配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成する工程;
d.該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程;および
e.該コンセンサス配列の中から、品質閾値を満たさないものを除外する工程
を含む、方法。
(項目144)
前記品質閾値が、コンセンサス配列に折りたたまれた増幅された子孫ポリヌクレオチド由来の配列リードの数を考慮する、項目143に記載の方法。
(項目145)
前記品質閾値が、コンセンサス配列に折りたたまれた増幅された子孫ポリヌクレオチド由来の配列リードの数を考慮する、項目143に記載の方法。
(項目146)
項目143〜145のいずれかに記載の方法を行うためのコンピュータ可読媒体を備える、システム。
(項目147)
a.少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程
を含む方法であって、各セットは、1つ以上のゲノム内の参照配列中の異なるマッピング可能な位置に位置し、タグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して;
i.第1ポリヌクレオチドを増幅することにより、増幅されたポリヌクレオチドのセットを生成し;
ii.該セットの増幅されたポリヌクレオチドのサブセットを配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成し;
iii.
1.増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化することによって、該配列リードを折りたたみ、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、
方法。
(項目148)
折りたたむ工程が、
2.各ファミリー内の配列リードの定量的尺度を決定すること
をさらに含む、項目147に記載の方法。
(項目149)
b.ユニークなファミリーの定量的尺度を決定する工程;ならびに
c.(1)ユニークなファミリーの該定量的尺度および(2)各グループ内の配列リードの該定量的尺度に基づいて、前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの尺度を推論する工程
をさらに含む、項目148に記載の方法。
(項目150)
推論する工程が、統計的モデルまたは確率的モデルを使用して行われる、項目149に記載の方法。
(項目151)
少なくとも1つの前記セットが、複数のセットである、項目149に記載の方法。
(項目152)
2つの前記セットの間の増幅バイアスまたは表示バイアスについて訂正する工程をさらに含む、項目151に記載の方法。
(項目153)
コントロールまたはコントロールサンプルのセットを使用することにより、2つの前記セットの間の増幅バイアスまたは表示バイアスについて訂正する工程をさらに含む、項目152に記載の方法。
(項目154)
前記セット間のコピー数多型を決定する工程をさらに含む、項目151に記載の方法。
(項目155)
d.前記ファミリーの間の多型の形態の定量的尺度を決定する工程;および
e.多型の形態の該決定された定量的尺度に基づいて、推論されるタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの数における多型の形態の定量的尺度を推論する工程
をさらに含む、項目149に記載の方法。
(項目156)
多型の形態には、置換、挿入、欠失、逆位、マイクロサテライトの変化、トランスバージョン、転座、融合、メチル化、過剰メチル化、ヒドロキシメチル化、アセチル化、エピジェネティックなバリアント、制御関連バリアントまたはタンパク質結合部位が含まれるがこれらに限定されない、項目155に記載の方法。
(項目157)
前記セットが、共通のサンプルに由来し、前記方法が、
d.参照配列中の複数のマッピング可能な位置の各々に位置する、各セット内のタグ化された親ポリヌクレオチドの推論される数の比較に基づいて、複数の該セットに対してコピー数多型を推論する工程
をさらに含む、項目149に記載の方法。
(項目158)
各セット内のポリヌクレオチドの元の数が、さらに推論される、項目157に記載の方法。
(項目159)
各セット内の前記タグ化された親ポリヌクレオチドの少なくとも1つのサブセットが、ユニークにタグ化されない、項目147に記載の方法。
(項目160)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、項目147〜158のいずれか1項に記載の方法を実行する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
(項目161)
ポリヌクレオチドを含むサンプル中のコピー数多型を決定する方法であって、該方法は、a.少なくとも2つのセットの第1ポリヌクレオチドを提供する工程であって、各セットは、ゲノム内の参照配列中の異なるマッピング可能な位置に位置し、第1ポリヌクレオチドの各セットに対して;
i.該ポリヌクレオチドを増幅することにより、増幅されたポリヌクレオチドのセットを生成し;
ii.該セットの増幅されたポリヌクレオチドのサブセットを配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成し;
iii.増幅されたポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、該セット内の同じ第1ポリヌクレオチドから増幅され;
iv.該セット内のファミリーの定量的尺度を推論する、
工程;および
b.各セット内のファミリーの該定量的尺度を比較することによって、コピー数多型を決定する工程
を含む、方法。
(項目162)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、項目161に記載の方法を実行する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
(項目163)
ポリヌクレオチドのサンプル中の配列コールの頻度を推論する方法であって、該方法は、a.少なくとも1つのセットの第1ポリヌクレオチドを提供する工程であって、各セットは、1つ以上のゲノム内の参照配列中の異なるマッピング可能な位置に位置し、第1ポリヌクレオチドの各セットに対して;
i.該第1ポリヌクレオチドを増幅することにより、増幅されたポリヌクレオチドのセットを生成し;
ii.該セットの増幅されたポリヌクレオチドのサブセットを配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成し;
iii.該配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、同じ第1ポリヌクレオチドから増幅された増幅ポリヌクレオチドの配列リードを含む、
工程;
b.第1ポリヌクレオチドの各セットに対して、該セットの第1ポリヌクレオチドにおける1つ以上の塩基に対するコール頻度を推論する工程であって、推論する工程は、
i.各ファミリーに対して、複数のコールの各々に対して信頼スコアを割り当てる工程であって、該信頼スコアは、該ファミリーのメンバーの間の該コールの頻度を考慮に入れている、工程;および
ii.各ファミリーに割り当てられた1つ以上の該コールの該信頼スコアを考慮に入れて、1つ以上の該コールの頻度を推定する工程
を含む、工程
を含む、方法。
(項目164)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、項目163に記載の方法を実行する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
(項目165)
少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を通信する方法であって、該方法は、
a.少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子を提供する工程;
b.該少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子における配列情報を符号化することにより、信号を生成する工程;
c.該信号の少なくとも一部をチャネルに通すことにより、該少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子に関するヌクレオチド配列情報を含む受信信号を生成する工程であって、該受信信号は、ノイズおよび/または歪みを含む、工程;
d.該受信信号を復号することにより、該少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を含むメッセージを生成する工程であって、復号する工程は、該メッセージ内の個々の各ポリヌクレオチドに関するノイズおよび/または歪みを減少させる、工程;および
e.該少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を含む該メッセージをレシピエントに提供する工程
を含む、方法。
(項目166)
前記ノイズが、誤ったヌクレオチドコールを含む、項目165に記載の方法。
(項目167)
歪みが、他の個々のポリヌクレオチド分子と比べて、前記個々のポリヌクレオチド分子の不均一な増幅を含む、項目165に記載の方法。
(項目168)
歪みが、増幅バイアスまたは配列決定バイアスに起因する、項目167に記載の方法。
(項目169)
前記少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子が、複数の個々のポリヌクレオチド分子であり、復号する工程が、該複数の中の各分子に関するメッセージを生成する、項目165に記載の方法。
(項目170)
符号化する工程が、必要に応じてタグ化された前記少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子を増幅する工程を含み、前記信号は、増幅された分子のコレクションを含む、項目165に記載の方法。
(項目171)
前記チャネルが、ポリヌクレオチド配列分析装置を構成し、前記受信信号が、前記少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子から増幅された複数のポリヌクレオチドの配列リードを含む、項目165に記載の方法。
(項目172)
復号する工程が、前記少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子の各々から増幅された増幅分子の配列リードをグループ化する工程を含む、項目165に記載の方法。
(項目173)
前記復号する工程が、生成された配列信号を選別する確率的方法または統計学的方法からなる、項目169に記載の方法。
(項目174)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、項目165〜173のいずれかに記載の方法を実行する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
(項目175)
前記ポリヌクレオチドが、腫瘍ゲノムDNAまたはRNAに由来する、項目143〜145、147〜159および161のいずれかに記載の方法。
(項目176)
前記ポリヌクレオチドが、無細胞ポリヌクレオチド、エキソソームポリヌクレオチド、細菌ポリヌクレオチドまたはウイルスポリヌクレオチドに由来する、項目143〜175のいずれかに記載の方法。
(項目177)
影響される分子経路の検出および/または関連付けをさらに含む、項目1〜3または143〜175のいずれかに記載の方法。
(項目178)
個体の健康状態または疾患状態の連続モニタリングをさらに含む、項目1〜3または143〜175のいずれかに記載の方法。
(項目179)
個体内の疾患に関連するゲノムの系統発生が、推論される、項目1〜3または143〜175のいずれかに記載の方法。
(項目180)
疾患の診断、モニタリングまたは処置をさらに含む、項目1〜3または143〜175のいずれかに記載の方法。
(項目181)
処置レジメンが、検出された多型の形態またはCNVまたは関連する経路に基づいて選択されるかまたは改変される、項目180。
(項目182)
前記処置が、併用療法を含む、項目180または181。
(項目183)
前記診断が、放射線撮影法、例えば、CT−Scan、PET−CT、MRI、超音波、マイクロバブルを用いる超音波などを使用して、前記疾患の位置を特定する工程をさらに含む、項目179。
(項目184)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ゲノム内の予め定義された領域を選択する工程;
配列リードにアクセスし、該予め定義された領域における配列リードの数を列挙する工程;
該予め定義された領域にわたって配列リードの該数を正規化する工程;および
該予め定義された領域におけるコピー数多型のパーセントを決定する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目185)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程;
b.指定の閾値を満たさないリードを除外する工程;
c.配列決定することに由来する配列リードを参照配列上にマッピングする工程;
d.マッピング可能な各塩基位置において該参照配列のバリアントと整列するマッピングされた配列リードのサブセットを同定する工程;
e.マッピング可能な各塩基位置に対して、(a)該参照配列と比べてバリアントを含むマッピングされた配列リードの数と(b)マッピング可能な各塩基位置に対する配列リードの総数との比を計算する工程;
f.マッピング可能な各塩基位置に対して該比または分散の頻度を正規化し、潜在的な稀なバリアント(複数可)または他の遺伝子変化(複数可)を決定する工程;および
g.潜在的な稀なバリアント(複数可)または変異(複数可)を含む領域の各々に対して得られた数を、参照サンプルから同様に得られた数と比較する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目186)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程;および
b.該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目187)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程;
b.該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程;および
c.該コンセンサス配列の中から、品質閾値を満たさないものを除外する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目188)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能なコードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程;ならびに
i.
1.増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化することであって、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、こと、および必要に応じて、
2.各ファミリー内の配列リードの定量的尺度を決定すること
によって該配列リードを折りたたむ工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目189)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
b.ユニークなファミリーの定量的尺度を決定する工程;
c.(1)ユニークなファミリーの該定量的尺度および(2)各グループ内の配列リードの該定量的尺度に基づいて、前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの尺度を推論する工程
をさらに行う、項目188に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目190)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
d.前記ファミリーの間の多型の形態の定量的尺度を決定する工程;および
e.多型の形態の該決定された定量的尺度に基づいて、推論されるタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの数における多型の形態の定量的尺度を推論する工程
をさらに行う、項目189に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目191)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来し、増幅されたポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、該セット内の同じ第1ポリヌクレオチドから増幅される、工程;
b.該セット内のファミリーの定量的尺度を推論する工程;
c.各セット内のファミリーの該定量的尺度を比較することによって、コピー数多型を決定する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目192)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来し、該配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、同じ第1ポリヌクレオチドから増幅された増幅ポリヌクレオチドの配列リードを含む、工程;
b.第1ポリヌクレオチドの各セットに対して、該セットの第1ポリヌクレオチドにおける1つ以上の塩基に対するコール頻度を推論する工程であって、推論する工程は、
c.各ファミリーに対して、複数のコールの各々に対して信頼スコアを割り当てる工程であって、該信頼スコアは、該ファミリーのメンバーの間の該コールの頻度を考慮に入れている、工程;および
d.各ファミリーに割り当てられた1つ以上の該コールの該信頼スコアを考慮に入れて、1つ以上の該コールの頻度を推定する工程
を含む、工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目193)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子由来の符号化された配列情報を含む受信信号を含むデータファイルにアクセスする工程であって、該受信信号は、ノイズおよび/または歪みを含む、工程;
b.該受信信号を復号することにより、該少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を含むメッセージを生成する工程であって、復号する工程は、該メッセージ内の個々の各ポリヌクレオチドに関するノイズおよび/または歪みを減少させる、工程;および
c.該少なくとも1つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を含む該メッセージをコンピュータファイルに書き込む工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目194)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程;
b.該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程;および
c.該コンセンサス配列の中から、品質閾値を満たさないものを除外する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目195)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程;および
b.
i.増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化する工程であって、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、工程、および
ii.必要に応じて、各ファミリー内の配列リードの定量的尺度を決定する工程
によって該配列リードを折りたたむ工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目196)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
c.ユニークなファミリーの定量的尺度を決定する工程;
d.(1)ユニークなファミリーの該定量的尺度および(2)各グループ内の配列リードの該定量的尺度に基づいて、前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの尺度を推論する工程
をさらに行う、項目195に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目197)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
e.前記ファミリーの間の多型の形態の定量的尺度を決定する工程;および
f.多型の形態の該決定された定量的尺度に基づいて、推論されるタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの数における多型の形態の定量的尺度を推論する工程
をさらに行う、項目196に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目198)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
e.複数の参照配列の各々に位置する、各セット内のタグ化された親ポリヌクレオチドの推論される数の比較に基づいて、複数の該セットに対してコピー数多型を推論する工程
をさらに行う、項目196に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目199)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程;
b.増幅されたポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化する工程であって、各ファミリーは、該セット内の同じ第1ポリヌクレオチドから増幅される、工程;
c.該セット内のファミリーの定量的尺度を推論する工程;および
d.各セット内のファミリーの該定量的尺度を比較することによって、コピー数多型を決定する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目200)
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
a.複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来し、該配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、同じ第1ポリヌクレオチドから増幅された増幅ポリヌクレオチドの配列リードを含む、工程;および
b.第1ポリヌクレオチドの各セットに対して、該セットの第1ポリヌクレオチドにおける1つ以上の塩基に対するコール頻度を推論する工程であって、推論する工程は、
i.各ファミリーに対して、複数のコールの各々に対して信頼スコアを割り当てる工程であって、該信頼スコアは、該ファミリーのメンバーの間の該コールの頻度を考慮に入れている、工程;および
ii.各ファミリーに割り当てられた1つ以上の該コールの該信頼スコアを考慮に入れて、1つ以上の該コールの頻度を推定する工程
を含む、工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
(項目201)
100〜100,000個のヒト半数体ゲノム等価物のcfDNAポリヌクレオチドを含む組成物であって、該ポリヌクレオチドは、2〜1,000,000個のユニークな識別子でタグ化される、組成物。
(項目202)
1000〜50,000個の半数体ヒトゲノム等価物のcfDNAポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドは、2〜1,000個のユニークな識別子でタグ化される、項目201に記載の組成物。
(項目203)
前記ユニークな識別子が、ヌクレオチドバーコードを含む、項目201に記載の組成物。(項目204)
a.100〜100,000個の半数体ヒトゲノム等価物のcfDNAポリヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程;および
b.該ポリヌクレオチドを2〜1,000,000個のユニークな識別子でタグ化する工程
を含む、方法。
(項目205)
a.複数のヒト半数体ゲノム等価物の断片化されたポリヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程;
b.zを決定する工程であって、zは、該ゲノム内の任意の位置から開始する2つ組のポリヌクレオチドの期待数の中心傾向の尺度(例えば、平均値、中央値または最頻値)であり、2つ組のポリヌクレオチドは、同じ開始位置および終止位置を有する、工程;およびc.サンプル中のポリヌクレオチドをn個のユニークな識別子でタグ化する工程であって、nは、2〜100,000*z、2〜10,000*z、2〜1,000*zまたは2〜100*zである、工程
を含む、方法。
(項目206)
a.少なくとも1つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程、およびタグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して;
b.該セット内のタグ化された親ポリヌクレオチドの各々に対して複数の配列リードを生成することにより、配列決定リードのセットを生成する工程;および
c.該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程
を含む、方法。
参照による援用
I.全体的な概要
本開示は、無細胞ポリヌクレオチド中の稀な変異(例えば、単一または複数個のヌクレオチド変異)およびコピー数多型を検出するためのシステムおよび方法を提供する。概して、本システムおよび方法は、サンプル調製または体液からの無細胞ポリヌクレオチド配列の抽出および単離;それに続く、当該分野で公知の手法による無細胞ポリヌクレオチドの配列決定;ならびに参照と比較して、稀な変異およびコピー数多型を検出するバイオインフォマティクスツールの適用を含む。本システムおよび方法は、稀な変異の検出(例えば、単一ヌクレオチド変異のプロファイリング)、コピー数多型のプロファイリングまたは疾患の一般的な遺伝子プロファイリングを助ける際にさらなる参照として使用される、種々の稀な変異または種々の疾患のコピー数多型プロファイルのデータベースまたはコレクションも含み得る。
II.サンプル調製
A.ポリヌクレオチドの単離および抽出
BSA、2.5mM MnCl2、200pmol 85nt ssDNAオリゴマーおよび5U ssDNAリガーゼを65℃で1時間インキュベートした。PCRを使用するその後の増幅は、さらに、タグ化された一本鎖ライブラリーを二本鎖ライブラリーに変換し得、20%を軽く超える全体的な変換効率をもたらし得る。変換率を例えば10%超に上げる他の方法は、例えば、以下のうちのいずれかを単独でまたは組み合わせて含む:アニーリングに最適化された分子逆位プローブ、十分に制御されたポリヌクレオチドサイズ範囲での平滑末端ライゲーション、粘着末端ライゲーション、または融合プライマーの使用ありもしくはなしでの前もっての多重増幅工程。
B.無細胞ポリヌクレオチドの分子バーコード化
Single Molecule Array(Solexa)、ショットガンシーケンシング、マクサム・ギルバート・シーケンシング、プライマーウォーキングおよび当該分野で公知の他の任意の配列決定方法が挙げられ得るが、これらに限定されない。
C.無細胞ポリヌクレオチド配列へのバーコードの割り当て
III.核酸配列決定プラットフォーム
IV.ポリヌクレオチド解析ストラテジー
V.コピー数多型の検出
A.単一サンプルを使用したコピー数多型の検出
B.対のサンプルを使用するコピー数多型の検出
VI.稀な変異の検出
VII.応用法
A.がんの早期検出
B.がんのモニタリングおよび予後診断
C.他の疾患または疾患状態の早期の検出およびモニタリング
D.胎児起源の他の疾患または疾患状態の早期の検出およびモニタリング
VIII.用語
コンピュータシステム
血液サンプルを前立腺がんの被験体から採取する。予め、腫瘍学者は、その被験体がステージIIの前立腺がんを有することを明らかにしており、処置を推奨している。最初の診断後の6ヶ月毎に、無細胞DNAを抽出し、単離し、配列決定し、解析する。
実施例2−前立腺がんの寛解および再発。
実施例3−甲状腺がんおよび処置
実施例4−稀な変異の検出の感度
実施例5−前立腺がん被験体における稀な変異の検出
実施例6−直腸結腸がんの被験体における稀な変異の検出
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- 本明細書に記載の発明。
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Families Citing this family (268)
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RU2620959C2 (ru) | 2010-12-22 | 2017-05-30 | Натера, Инк. | Способы неинвазивного пренатального установления отцовства |
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WO2012142213A2 (en) | 2011-04-15 | 2012-10-18 | The Johns Hopkins University | Safe sequencing system |
US20140235474A1 (en) | 2011-06-24 | 2014-08-21 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non invasive assessment of a genetic variation |
US20130079241A1 (en) | 2011-09-15 | 2013-03-28 | Jianhua Luo | Methods for Diagnosing Prostate Cancer and Predicting Prostate Cancer Relapse |
US10196681B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-02-05 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US10424394B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-09-24 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US9367663B2 (en) | 2011-10-06 | 2016-06-14 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US9984198B2 (en) | 2011-10-06 | 2018-05-29 | Sequenom, Inc. | Reducing sequence read count error in assessment of complex genetic variations |
WO2013052907A2 (en) | 2011-10-06 | 2013-04-11 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
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US9892230B2 (en) | 2012-03-08 | 2018-02-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma |
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CN104428425A (zh) * | 2012-05-04 | 2015-03-18 | 考利达基因组股份有限公司 | 测定复杂肿瘤全基因组绝对拷贝数变异的方法 |
US9920361B2 (en) | 2012-05-21 | 2018-03-20 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for analyzing nucleic acid |
US10504613B2 (en) | 2012-12-20 | 2019-12-10 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
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US10497461B2 (en) | 2012-06-22 | 2019-12-03 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US20150011396A1 (en) | 2012-07-09 | 2015-01-08 | Benjamin G. Schroeder | Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing |
US10876152B2 (en) | 2012-09-04 | 2020-12-29 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US11913065B2 (en) | 2012-09-04 | 2024-02-27 | Guardent Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US20160040229A1 (en) | 2013-08-16 | 2016-02-11 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US10482994B2 (en) | 2012-10-04 | 2019-11-19 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
EP3447495B2 (en) | 2012-10-29 | 2024-03-13 | The Johns Hopkins University | Papanicolaou test for ovarian and endometrial cancers |
US9218450B2 (en) * | 2012-11-29 | 2015-12-22 | Roche Molecular Systems, Inc. | Accurate and fast mapping of reads to genome |
US20130309666A1 (en) | 2013-01-25 | 2013-11-21 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US9822408B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-11-21 | Nugen Technologies, Inc. | Sequential sequencing |
ES2877088T3 (es) | 2013-03-15 | 2021-11-16 | Guardant Health Inc | Procedimiento para detectar cáncer |
HUE061261T2 (hu) | 2013-04-03 | 2023-05-28 | Sequenom Inc | Eljárások és folyamatok genetikai variánsok nem invazív értékelésére |
WO2014190286A2 (en) | 2013-05-24 | 2014-11-27 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
LT3011051T (lt) | 2013-06-21 | 2019-05-10 | Sequenom, Inc. | Genetinių variacijų neinvazinis vertinimo būdas |
US10262755B2 (en) | 2014-04-21 | 2019-04-16 | Natera, Inc. | Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments |
US10577655B2 (en) | 2013-09-27 | 2020-03-03 | Natera, Inc. | Cell free DNA diagnostic testing standards |
KR102514024B1 (ko) | 2013-10-04 | 2023-03-23 | 시쿼넘, 인코포레이티드 | 유전적 변이의 비침습 평가를 위한 방법 및 프로세스 |
WO2015054080A1 (en) | 2013-10-07 | 2015-04-16 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of chromosome alterations |
WO2015061359A1 (en) | 2013-10-21 | 2015-04-30 | Verinata Health, Inc. | Method for improving the sensitivity of detection in determining copy number variations |
KR20240038168A (ko) | 2013-11-07 | 2024-03-22 | 더 보드 어브 트러스티스 어브 더 리랜드 스탠포드 주니어 유니버시티 | 인간 마이크로바이옴 및 그의 성분의 분석을 위한 무세포 핵산 |
WO2015073711A1 (en) | 2013-11-13 | 2015-05-21 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read |
ES2822125T3 (es) | 2013-12-28 | 2021-04-29 | Guardant Health Inc | Métodos y sistemas para detectar variantes genéticas |
DK3090062T3 (da) | 2013-12-30 | 2020-09-21 | Univ Pittsburgh Commonwealth Sys Higher Education | Fusionsgener associeret med fremadskridende prostatakræft |
CN106460070B (zh) | 2014-04-21 | 2021-10-08 | 纳特拉公司 | 检测染色体片段中的突变和倍性 |
WO2015175705A1 (en) | 2014-05-13 | 2015-11-19 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Gene mutations and copy number alterations of egfr, kras and met |
EP3149202A1 (en) * | 2014-05-26 | 2017-04-05 | Ebios Futura S.r.l. | Method of prenatal diagnosis |
AU2015266665C1 (en) * | 2014-05-30 | 2021-12-23 | Verinata Health, Inc. | Detecting fetal sub-chromosomal aneuploidies and copy number variations |
EP3149640B1 (en) * | 2014-05-30 | 2019-09-04 | Sequenom, Inc. | Chromosome representation determinations |
EP3193944B1 (en) | 2014-07-17 | 2021-04-07 | University of Pittsburgh - Of the Commonwealth System of Higher Education | Methods of treating cells containing fusion genes |
GB201412834D0 (en) | 2014-07-18 | 2014-09-03 | Cancer Rec Tech Ltd | A method for detecting a genetic variant |
EP3169813B1 (en) | 2014-07-18 | 2019-06-12 | The Chinese University Of Hong Kong | Methylation pattern analysis of tissues in dna mixture |
WO2016015058A2 (en) | 2014-07-25 | 2016-01-28 | University Of Washington | Methods of determining tissues and/or cell types giving rise to cell-free dna, and methods of identifying a disease or disorder using same |
WO2016019042A1 (en) | 2014-07-30 | 2016-02-04 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
CN107075581B (zh) * | 2014-08-06 | 2022-03-18 | 纽亘技术公司 | 由靶向测序进行数字测量 |
CA2967447A1 (en) | 2014-12-05 | 2016-06-09 | Foundation Medicine, Inc. | Multigene analysis of tumor samples |
WO2016090584A1 (zh) * | 2014-12-10 | 2016-06-16 | 深圳华大基因研究院 | 确定肿瘤核酸浓度的方法和装置 |
AU2015360298B2 (en) * | 2014-12-12 | 2018-06-07 | Verinata Health, Inc. | Using cell-free DNA fragment size to determine copy number variations |
WO2016095093A1 (zh) * | 2014-12-15 | 2016-06-23 | 天津华大基因科技有限公司 | 肿瘤筛查方法、目标区域变异检测方法和装置 |
US9857328B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-01-02 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistors, systems and methods for manufacturing and using the same |
EP3235010A4 (en) | 2014-12-18 | 2018-08-29 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistor |
US10020300B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-07-10 | Agilome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
US10006910B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-06-26 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistors, systems, and methods for manufacturing and using the same |
US9859394B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-01-02 | Agilome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
US9618474B2 (en) | 2014-12-18 | 2017-04-11 | Edico Genome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
JP2018502602A (ja) * | 2014-12-29 | 2018-02-01 | カウンシル,インコーポレーテッド | 相同性の高い領域において遺伝子型を決定する方法 |
CN113930507A (zh) * | 2014-12-31 | 2022-01-14 | 夸登特健康公司 | 疾病的检测和治疗以及用于传送测试结果的系统和方法 |
US10364467B2 (en) | 2015-01-13 | 2019-07-30 | The Chinese University Of Hong Kong | Using size and number aberrations in plasma DNA for detecting cancer |
WO2016127944A1 (en) * | 2015-02-10 | 2016-08-18 | The Chinese University Of Hong Kong | Detecting mutations for cancer screening and fetal analysis |
WO2016179049A1 (en) | 2015-05-01 | 2016-11-10 | Guardant Health, Inc | Diagnostic methods |
EP3294906A1 (en) | 2015-05-11 | 2018-03-21 | Natera, Inc. | Methods and compositions for determining ploidy |
US10395759B2 (en) * | 2015-05-18 | 2019-08-27 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Methods and systems for copy number variant detection |
BR112017024747A2 (pt) | 2015-05-18 | 2018-11-13 | Karius Inc | composições e métodos para enriquecer populações de ácidos nucleicos |
WO2016201142A1 (en) * | 2015-06-09 | 2016-12-15 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, compositions, kits, apparatus and computer-readable media for molecular tagging |
CN107408163B (zh) * | 2015-06-24 | 2021-03-05 | 吉尼努斯公司 | 用于分析基因的方法及装置 |
CN107922973B (zh) * | 2015-07-07 | 2019-06-14 | 远见基因组系统公司 | 用于基于测序的变型检测的方法和系统 |
EP3322816B1 (en) * | 2015-07-13 | 2020-01-01 | Agilent Technologies Belgium NV | System and methodology for the analysis of genomic data obtained from a subject |
US20190071730A9 (en) * | 2015-07-21 | 2019-03-07 | Guardant Health, Inc. | Locked nucleic acids for capturing fusion genes |
JP6931236B2 (ja) | 2015-07-23 | 2021-09-01 | ザ チャイニーズ ユニバーシティ オブ ホンコン | 無細胞dnaの断片化パターンの分析 |
EP3329014A2 (en) * | 2015-07-29 | 2018-06-06 | Progenity, Inc. | Systems and methods for genetic analysis |
ES2745556T3 (es) | 2015-07-29 | 2020-03-02 | Progenity Inc | Acidos nucleicos y métodos para detectar anomalías cromosómicas |
EP3332037B1 (en) * | 2015-08-07 | 2021-02-24 | University of Pittsburgh- Of the Commonwealth System of Higher Education | Methods for predicting prostate cancer relapse |
US11286531B2 (en) | 2015-08-11 | 2022-03-29 | The Johns Hopkins University | Assaying ovarian cyst fluid |
US11302416B2 (en) | 2015-09-02 | 2022-04-12 | Guardant Health | Machine learning for somatic single nucleotide variant detection in cell-free tumor nucleic acid sequencing applications |
EP3347466B1 (en) * | 2015-09-08 | 2024-01-03 | Cold Spring Harbor Laboratory | Genetic copy number determination using high throughput multiplex sequencing of smashed nucleotides |
CN108474040B (zh) | 2015-10-09 | 2023-05-16 | 夸登特健康公司 | 使用无细胞dna的基于群体的治疗推荐 |
KR101848438B1 (ko) | 2015-10-29 | 2018-04-13 | 바이오코아 주식회사 | 디지털 pcr을 이용한 산전진단 방법 |
EP3368686A1 (en) | 2015-10-30 | 2018-09-05 | Exact Sciences Development Company, LLC | Multiplex amplification detection assay and isolation and detection of dna from plasma |
CN108431233B (zh) | 2015-11-11 | 2022-04-01 | 分析生物科学有限公司 | Dna文库的高效率构建 |
EP3377655A4 (en) * | 2015-11-16 | 2018-11-21 | Mayo Foundation for Medical Education and Research | Detecting copy number variations |
PL3387152T3 (pl) | 2015-12-08 | 2022-05-09 | Twinstrand Biosciences, Inc. | Ulepszone adaptory, sposoby i kompozycje do sekwencjonowania dupleksowego |
JP2019507585A (ja) * | 2015-12-17 | 2019-03-22 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
WO2017127741A1 (en) * | 2016-01-22 | 2017-07-27 | Grail, Inc. | Methods and systems for high fidelity sequencing |
SG11201806609TA (en) | 2016-02-02 | 2018-09-27 | Guardant Health Inc | Cancer evolution detection and diagnostic |
US10095831B2 (en) | 2016-02-03 | 2018-10-09 | Verinata Health, Inc. | Using cell-free DNA fragment size to determine copy number variations |
US11479878B2 (en) | 2016-03-16 | 2022-10-25 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods for genome characterization |
EP3433382B1 (en) | 2016-03-25 | 2021-09-01 | Karius, Inc. | Synthetic nucleic acid spike-ins |
US11384382B2 (en) | 2016-04-14 | 2022-07-12 | Guardant Health, Inc. | Methods of attaching adapters to sample nucleic acids |
EP3443066A4 (en) | 2016-04-14 | 2019-12-11 | Guardant Health, Inc. | EARLY DETECTION METHODS FOR CANCER |
ITUA20162640A1 (it) * | 2016-04-15 | 2017-10-15 | Menarini Silicon Biosystems Spa | Metodo e kit per la generazione di librerie di dna per sequenziamento massivo parallelo |
WO2017201081A1 (en) | 2016-05-16 | 2017-11-23 | Agilome, Inc. | Graphene fet devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
CA3024630A1 (en) | 2016-05-16 | 2017-11-23 | Accuragen Holdings Limited | Method of improved sequencing by strand identification |
US11499196B2 (en) | 2016-06-07 | 2022-11-15 | The Regents Of The University Of California | Cell-free DNA methylation patterns for disease and condition analysis |
EP3831958B1 (en) | 2016-06-30 | 2023-09-06 | Grail, LLC | Differential tagging of rna for preparation of a cell-free dna/rna sequencing library |
CN107577917A (zh) * | 2016-07-05 | 2018-01-12 | 魏霖静 | 一种生物信息学高性能信息化管理系统及数据处理方法 |
EP3481966B1 (en) * | 2016-07-06 | 2023-11-08 | Guardant Health, Inc. | Methods for fragmentome profiling of cell-free nucleic acids |
US11299780B2 (en) | 2016-07-15 | 2022-04-12 | The Regents Of The University Of California | Methods of producing nucleic acid libraries |
US11200963B2 (en) | 2016-07-27 | 2021-12-14 | Sequenom, Inc. | Genetic copy number alteration classifications |
BR112019003704A2 (pt) | 2016-08-25 | 2019-05-28 | Resolution Bioscience Inc | métodos para a detecção de alterações na cópia genômica em amostras de dna |
RU2768718C2 (ru) * | 2016-09-22 | 2022-03-24 | Иллумина, Инк. | Обнаружение соматического варьирования числа копий |
CA3027919C (en) | 2016-09-30 | 2023-02-28 | Guardant Health, Inc. | Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids |
US9850523B1 (en) | 2016-09-30 | 2017-12-26 | Guardant Health, Inc. | Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids |
WO2018067517A1 (en) | 2016-10-04 | 2018-04-12 | Natera, Inc. | Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing |
EP3526350A4 (en) | 2016-10-12 | 2020-06-17 | Bellwether Bio, Inc. | DETERMINATION OF THE CELLULAR ORIGIN OF CIRCULATING ACELLULAR DNA WITH MOLECULAR COUNTING |
TWI797095B (zh) | 2016-10-24 | 2023-04-01 | 美商格瑞爾有限責任公司 | 腫瘤檢測之方法及系統 |
WO2018081465A1 (en) * | 2016-10-26 | 2018-05-03 | Pathway Genomics Corporation | Systems and methods for characterizing nucleic acid in a biological sample |
CN106566877A (zh) * | 2016-10-31 | 2017-04-19 | 天津诺禾致源生物信息科技有限公司 | 检测基因突变的方法和装置 |
KR102529113B1 (ko) | 2016-11-30 | 2023-05-08 | 더 차이니즈 유니버시티 오브 홍콩 | 소변 및 기타 샘플에서의 무세포 dna의 분석 |
US10011870B2 (en) | 2016-12-07 | 2018-07-03 | Natera, Inc. | Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules |
CN110383385B (zh) * | 2016-12-08 | 2023-07-25 | 生命科技股份有限公司 | 从肿瘤样品中检测突变负荷的方法 |
US20180166170A1 (en) * | 2016-12-12 | 2018-06-14 | Konstantinos Theofilatos | Generalized computational framework and system for integrative prediction of biomarkers |
CN110325650A (zh) | 2016-12-22 | 2019-10-11 | 夸登特健康公司 | 用于分析核酸分子的方法和系统 |
CN106701956A (zh) * | 2017-01-11 | 2017-05-24 | 上海思路迪生物医学科技有限公司 | ctDNA的数字化深度测序技术 |
WO2018136888A1 (en) | 2017-01-20 | 2018-07-26 | Sequenom, Inc. | Methods for non-invasive assessment of genetic alterations |
CA3207879A1 (en) | 2017-01-24 | 2018-08-02 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for assessment of genetic variations |
AU2018212272B2 (en) * | 2017-01-25 | 2022-04-28 | Grail, Inc. | Diagnostic applications using nucleic acid fragments |
EP3585889A1 (en) | 2017-02-21 | 2020-01-01 | Natera, Inc. | Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids |
CN106755547A (zh) * | 2017-03-15 | 2017-05-31 | 上海亿康医学检验所有限公司 | 一种膀胱癌的无创检测及其复发监测方法 |
WO2018183942A1 (en) | 2017-03-31 | 2018-10-04 | Grail, Inc. | Improved library preparation and use thereof for sequencing-based error correction and/or variant identification |
EP3610034B1 (en) | 2017-04-12 | 2022-06-08 | Karius, Inc. | Sample preparation methods, systems and compositions |
US11342047B2 (en) * | 2017-04-21 | 2022-05-24 | Illumina, Inc. | Using cell-free DNA fragment size to detect tumor-associated variant |
WO2018210877A1 (en) * | 2017-05-15 | 2018-11-22 | Katholieke Universiteit Leuven | Method for analysing cell-free nucleic acids |
WO2018213235A1 (en) * | 2017-05-16 | 2018-11-22 | Life Technologies Corporation | Methods for compression of molecular tagged nucleic acid sequence data |
EP3625341A4 (en) * | 2017-05-16 | 2021-05-19 | Guardant Health, Inc. | IDENTIFICATION OF SOMATIC ORIGIN OR GERMINAL LINE OF CELLLESS DNA |
KR102145417B1 (ko) * | 2017-05-24 | 2020-08-19 | 지니너스 주식회사 | 무세포 핵산으로부터 수득된 서열 분석 데이터에 대한 배경 대립인자의 빈도 분포를 생성하는 방법 및 이를 이용하여 무세포 핵산으로부터 변이를 검출하는 방법 |
EP3635133A4 (en) * | 2017-06-09 | 2021-03-03 | Bellwether Bio, Inc. | DETERMINATION OF THE TYPE OF CANCER IN A SUBJECT BY PROBABILISTIC MODELING OF END POINTS OF CIRCULATING NUCLEIC ACID FRAGMENT |
KR102487135B1 (ko) * | 2017-06-20 | 2023-01-10 | 일루미나, 인코포레이티드 | 기지 또는 미지의 유전자형의 다수의 기여자로부터 dna 혼합물을 분해 및 정량하기 위한 방법 및 시스템 |
EP3431611A1 (en) * | 2017-07-21 | 2019-01-23 | Menarini Silicon Biosystems S.p.A. | Improved method and kit for the generation of dna libraries for massively parallel sequencing |
EP3658684B1 (en) | 2017-07-26 | 2023-08-30 | The Chinese University Of Hong Kong | Enhancement of cancer screening using cell-free viral nucleic acids |
KR102372572B1 (ko) | 2017-08-04 | 2022-03-08 | 빌리언투원, 인크. | 생물학적 표적과 연관된 정량화에서 표적 연관 분자를 이용한 서열분석 출력값 측정 및 분석 |
US11646100B2 (en) | 2017-08-04 | 2023-05-09 | Billiontoone, Inc. | Target-associated molecules for characterization associated with biological targets |
US11519024B2 (en) | 2017-08-04 | 2022-12-06 | Billiontoone, Inc. | Homologous genomic regions for characterization associated with biological targets |
KR20200057024A (ko) | 2017-09-20 | 2020-05-25 | 가던트 헬쓰, 인크. | 체세포 및 생식세포계열 변이체를 구별하기 위한 방법 및 시스템 |
CN107688726B (zh) * | 2017-09-21 | 2021-09-07 | 深圳市易基因科技有限公司 | 基于液相捕获技术判定单基因病相关拷贝数缺失的方法 |
US11099202B2 (en) | 2017-10-20 | 2021-08-24 | Tecan Genomics, Inc. | Reagent delivery system |
CA3079252A1 (en) | 2017-11-03 | 2019-05-09 | Guardant Health, Inc. | Correcting for deamination-induced sequence errors |
WO2019090156A1 (en) | 2017-11-03 | 2019-05-09 | Guardant Health, Inc. | Normalizing tumor mutation burden |
EP3707273B1 (en) | 2017-11-08 | 2024-04-10 | Twinstrand Biosciences, Inc. | Reagents and adapters for nucleic acid sequencing and methods for making such reagents and adapters |
JP7054133B2 (ja) * | 2017-11-09 | 2022-04-13 | 国立研究開発法人国立がん研究センター | 配列解析方法、配列解析装置、参照配列の生成方法、参照配列生成装置、プログラム、および記録媒体 |
CA3080170A1 (en) | 2017-11-28 | 2019-06-06 | Grail, Inc. | Models for targeted sequencing |
WO2019109086A1 (en) * | 2017-12-01 | 2019-06-06 | Illumina, Inc. | Methods and systems for determining somatic mutation clonality |
CN108197428B (zh) * | 2017-12-25 | 2020-06-19 | 西安交通大学 | 一种并行动态规划的下一代测序技术拷贝数变异检测方法 |
CN109979529B (zh) * | 2017-12-28 | 2021-01-08 | 北京安诺优达医学检验实验室有限公司 | Cnv检测装置 |
CN112020565B (zh) | 2018-01-05 | 2024-05-24 | 十亿至一公司 | 用于确保基于测序的测定的有效性的质量控制模板 |
AU2019207900A1 (en) | 2018-01-12 | 2020-07-09 | Claret Bioscience, Llc | Methods and compositions for analyzing nucleic acid |
CN110832510A (zh) * | 2018-01-15 | 2020-02-21 | 因美纳有限公司 | 基于深度学习的变体分类器 |
CN108268752B (zh) * | 2018-01-18 | 2019-02-01 | 东莞博奥木华基因科技有限公司 | 一种染色体异常检测装置 |
KR102036609B1 (ko) * | 2018-02-12 | 2019-10-28 | 바이오코아 주식회사 | 디지털 pcr을 이용한 산전진단 방법 |
AU2019255613A1 (en) * | 2018-04-16 | 2020-11-12 | Memorial Sloan Kettering Cancer Center | Systems and methods for detecting cancer via cfDNA screening |
JP2021521885A (ja) * | 2018-04-20 | 2021-08-30 | バイオファイア・ダイアグノスティクス,リミテッド・ライアビリティ・カンパニー | シーケンシングデータの正規化および定量化のための方法 |
CA3097992A1 (en) * | 2018-04-24 | 2019-10-31 | Grail, Inc. | Systems and methods for using pathogen nucleic acid load to determine whether a subject has a cancer condition |
US11482303B2 (en) | 2018-06-01 | 2022-10-25 | Grail, Llc | Convolutional neural network systems and methods for data classification |
US20190385700A1 (en) | 2018-06-04 | 2019-12-19 | Guardant Health, Inc. | METHODS AND SYSTEMS FOR DETERMINING The CELLULAR ORIGIN OF CELL-FREE NUCLEIC ACIDS |
WO2019236726A1 (en) | 2018-06-06 | 2019-12-12 | The Regents Of The University Of California | Methods of producing nucleic acid libraries and compositions and kits for practicing same |
CN109192246B (zh) * | 2018-06-22 | 2020-10-16 | 深圳市达仁基因科技有限公司 | 检测染色体拷贝数异常的方法、装置和存储介质 |
US11525159B2 (en) | 2018-07-03 | 2022-12-13 | Natera, Inc. | Methods for detection of donor-derived cell-free DNA |
KR102447812B1 (ko) * | 2018-07-11 | 2022-09-27 | 일루미나, 인코포레이티드 | 서열-특정 오류(sse)를 유발시키는 서열 패턴을 식별하기 위한 심층 학습-기반 프레임워크 |
JP2021530219A (ja) | 2018-07-12 | 2021-11-11 | ツインストランド・バイオサイエンシズ・インコーポレイテッドTwinstrand Biosciences, Inc. | ゲノム編集、クローン増殖、および関連用途を特徴付けるための方法および試薬 |
SG11202100344WA (en) | 2018-07-23 | 2021-02-25 | Guardant Health Inc | Methods and systems for adjusting tumor mutational burden by tumor fraction and coverage |
US20210292851A1 (en) * | 2018-07-27 | 2021-09-23 | Roche Sequencing Solutions, Inc. | Method of monitoring effectiveness of immunotherapy of cancer patients |
WO2020041611A1 (en) * | 2018-08-22 | 2020-02-27 | The Regents Of The University Of California | Sensitively detecting copy number variations (cnvs) from circulating cell-free nucleic acid |
EP3844759A1 (en) | 2018-08-30 | 2021-07-07 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting contamination between samples |
AU2019328344A1 (en) | 2018-08-31 | 2021-04-08 | Guardant Health, Inc. | Microsatellite instability detection in cell-free DNA |
EP3844760A1 (en) | 2018-08-31 | 2021-07-07 | Guardant Health, Inc. | Genetic variant detection based on merged and unmerged reads |
WO2020096691A2 (en) | 2018-09-04 | 2020-05-14 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting allelic imbalance in cell-free nucleic acid samples |
US20220059185A1 (en) * | 2018-09-14 | 2022-02-24 | The Jackson Laboratory | Method and apparatus for detecting copy number variations in a genome |
WO2020069350A1 (en) | 2018-09-27 | 2020-04-02 | Grail, Inc. | Methylation markers and targeted methylation probe panel |
CN112740239A (zh) * | 2018-10-08 | 2021-04-30 | 福瑞诺姆控股公司 | 转录因子分析 |
CN109523520B (zh) * | 2018-10-25 | 2020-12-18 | 北京大学第三医院 | 一种基于深度学习的染色体自动计数方法 |
EP3874060A1 (en) | 2018-10-31 | 2021-09-08 | Guardant Health, Inc. | Methods, compositions and systems for calibrating epigenetic partitioning assays |
CN109584961A (zh) * | 2018-12-03 | 2019-04-05 | 元码基因科技(北京)股份有限公司 | 基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定的方法 |
US11581062B2 (en) | 2018-12-10 | 2023-02-14 | Grail, Llc | Systems and methods for classifying patients with respect to multiple cancer classes |
US20200202975A1 (en) * | 2018-12-19 | 2020-06-25 | AiOnco, Inc. | Genetic information processing system with mutation analysis mechanism and method of operation thereof |
CN109712671B (zh) * | 2018-12-20 | 2020-06-26 | 北京优迅医学检验实验室有限公司 | 基于ctDNA的基因检测装置、存储介质及计算机系统 |
SG11202104701XA (en) | 2018-12-20 | 2021-06-29 | Guardant Health Inc | Methods, compositions, and systems for improving recovery of nucleic acid molecules |
CN111383714B (zh) * | 2018-12-29 | 2023-07-28 | 安诺优达基因科技(北京)有限公司 | 模拟目标疾病仿真测序文库的方法及其应用 |
CN113661249A (zh) | 2019-01-31 | 2021-11-16 | 夸登特健康公司 | 用于分离无细胞dna的组合物和方法 |
CN109841265B (zh) * | 2019-02-22 | 2021-09-21 | 清华大学 | 使用片段化模式确定血浆游离核酸分子组织来源的方法和系统及应用 |
WO2020176659A1 (en) | 2019-02-27 | 2020-09-03 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for determining the cellular origin of cell-free dna |
CN113748467A (zh) | 2019-02-27 | 2021-12-03 | 夸登特健康公司 | 基于等位基因频率的功能丧失计算模型 |
CN111755075B (zh) * | 2019-03-28 | 2023-09-29 | 深圳华大生命科学研究院 | 对免疫组库高通量测序样本间序列污染进行过滤的方法 |
EP3947718A4 (en) | 2019-04-02 | 2022-12-21 | Enumera Molecular, Inc. | METHODS, SYSTEMS AND COMPOSITIONS FOR COUNTING NUCLEIC ACID MOLECULES |
CN110299185B (zh) * | 2019-05-08 | 2023-07-04 | 西安电子科技大学 | 一种基于新一代测序数据的插入变异检测方法及系统 |
EP3976822A1 (en) | 2019-05-31 | 2022-04-06 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for improving patient monitoring after surgery |
EP3983558A4 (en) * | 2019-06-12 | 2023-06-28 | Ultima Genomics, Inc. | Methods for accurate base calling using molecular barcodes |
JP2022550131A (ja) | 2019-09-30 | 2022-11-30 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | メチル化分配アッセイにおいて無細胞dnaを解析するための組成物および方法 |
CN110578002A (zh) * | 2019-10-10 | 2019-12-17 | 广州燃石医学检验所有限公司 | 用于检测循环肿瘤dna突变的质控品及其制备方法 |
CN114786473B (zh) * | 2019-10-10 | 2023-12-19 | 嘉士伯有限公司 | 制备突变植物的方法 |
US11447819B2 (en) | 2019-10-25 | 2022-09-20 | Guardant Health, Inc. | Methods for 3′ overhang repair |
WO2021077411A1 (zh) * | 2019-10-25 | 2021-04-29 | 苏州宏元生物科技有限公司 | 染色体不稳定性检测方法、系统及试剂盒 |
CN113383085A (zh) | 2019-11-06 | 2021-09-10 | 斯坦福大学托管董事会 | 用于分析核酸分子的方法和系统 |
WO2021108708A1 (en) | 2019-11-26 | 2021-06-03 | Guardant Health, Inc. | Methods, compositions and systems for improving the binding of methylated polynucleotides |
KR102184277B1 (ko) * | 2020-01-16 | 2020-11-30 | 성균관대학교산학협력단 | 초음파 진단 및 dna 검사 일체형 ai 자가 건강 관리 장치 및 이를 이용한 원격 의료 진단 방법 |
EP4097724A1 (en) | 2020-01-31 | 2022-12-07 | Guardant Health, Inc. | Significance modeling of clonal-level absence of target variants |
US11475981B2 (en) | 2020-02-18 | 2022-10-18 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay |
US11211144B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay |
US11211147B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing |
JP2023517029A (ja) | 2020-03-11 | 2023-04-21 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | 無細胞核酸において検出された遺伝的突然変異を、腫瘍起源または非腫瘍起源として分類するための方法 |
CN111445950B (zh) * | 2020-03-19 | 2022-10-25 | 西安交通大学 | 一种基于滤波策略的高容错基因组复杂结构变异检测方法 |
CN113436679B (zh) * | 2020-03-23 | 2024-05-10 | 北京合生基因科技有限公司 | 确定待测核酸样本变异率的方法和系统 |
WO2021222828A1 (en) | 2020-04-30 | 2021-11-04 | Guardant Health, Inc. | Methods for sequence determination using partitioned nucleic acids |
US20230183811A1 (en) * | 2020-05-14 | 2023-06-15 | Georgia Tech Research Corporation | Methods of detecting the efficacy of anticancer agents |
JP2023526252A (ja) | 2020-05-14 | 2023-06-21 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | 相同組換え修復欠損の検出 |
WO2023282916A1 (en) | 2021-07-09 | 2023-01-12 | Guardant Health, Inc. | Methods of detecting genomic rearrangements using cell free nucleic acids |
WO2022026761A1 (en) | 2020-07-30 | 2022-02-03 | Guardant Health, Inc. | Methods for isolating cell-free dna |
JP2023540221A (ja) | 2020-08-25 | 2023-09-22 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | バリアントの起源を予測するための方法およびシステム |
CA3190719A1 (en) | 2020-08-25 | 2022-03-03 | Daniel Hornburg | Compositions and methods for assaying proteins and nucleic acids |
US20220068433A1 (en) | 2020-08-27 | 2022-03-03 | Guardant Health, Inc. | Computational detection of copy number variation at a locus in the absence of direct measurement of the locus |
US20220154285A1 (en) | 2020-09-30 | 2022-05-19 | Guardant Health, Inc. | Analysis of methylated dna comprising methylation-sensitive or methylation-dependent restrictions |
CA3195797A1 (en) | 2020-10-23 | 2022-04-28 | Andrew Kennedy | Compositions and methods for analyzing dna using partitioning and base conversion |
WO2022115810A1 (en) | 2020-11-30 | 2022-06-02 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for enriching methylated polynucleotides |
EP4267757A1 (en) | 2020-12-23 | 2023-11-01 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for analyzing methylated polynucleotides |
CN112735516A (zh) * | 2020-12-29 | 2021-04-30 | 上海派森诺生物科技股份有限公司 | 一种无参考基因组的群体变异检测分析方法 |
CN112908411B (zh) * | 2021-01-12 | 2024-05-14 | 广州市金域转化医学研究院有限公司 | 一种线粒体变异位点数据库及其建立方法和应用 |
EP4291679A1 (en) | 2021-02-12 | 2023-12-20 | Guardant Health, Inc. | Methods and compositions for detecting nucleic acid variants |
CA3210101A1 (en) | 2021-03-05 | 2022-09-09 | Katie Julia QUINN | Methods and related aspects for analyzing molecular response |
EP4305200A1 (en) | 2021-03-09 | 2024-01-17 | Guardant Health, Inc. | Detecting the presence of a tumor based on off-target polynucleotide sequencing data |
WO2022204730A1 (en) | 2021-03-25 | 2022-09-29 | Guardant Health, Inc. | Methods and compositions for quantifying immune cell dna |
CN113130005B (zh) * | 2021-04-12 | 2022-11-22 | 中国科学院东北地理与农业生态研究所 | 一种基于m2群体的候选因果突变位点基因定位的方法 |
US11783912B2 (en) | 2021-05-05 | 2023-10-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and systems for analyzing nucleic acid molecules |
EP4348249A1 (en) | 2021-05-28 | 2024-04-10 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for assaying circulating molecules |
CN113284555B (zh) * | 2021-06-11 | 2023-08-22 | 中山大学 | 一种基因突变网络的构建方法、装置、设备及存储介质 |
WO2022271730A1 (en) | 2021-06-21 | 2022-12-29 | Guardant Health, Inc. | Methods and compositions for copy-number informed tissue-of-origin analysis |
EP4367672A1 (en) * | 2021-07-06 | 2024-05-15 | Switch Therapeutics Inc. | Methods of designing conditional-activatable small interfering rna sensors |
WO2023018791A1 (en) * | 2021-08-10 | 2023-02-16 | Cornell University | Ultra-sensitive liquid biopsy through deep learning empowered whole genome sequencing of plasma |
WO2023056065A1 (en) | 2021-09-30 | 2023-04-06 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for synthesis and use of probes targeting nucleic acid rearrangements |
AU2022359420A1 (en) * | 2021-10-04 | 2024-05-02 | Grail, Llc | Sequencing of viral dna for predicting disease relapse |
WO2023081722A2 (en) | 2021-11-02 | 2023-05-11 | Guardant Health, Inc. | Quality control method |
WO2023097325A2 (en) * | 2021-11-29 | 2023-06-01 | Mammoth Biosciences, Inc. | Systems and methods for identifying genetic phenotypes using programmable nucleases |
CN114703263B (zh) * | 2021-12-20 | 2023-09-22 | 北京科迅生物技术有限公司 | 一种群组染色体拷贝数变异检测方法及装置 |
WO2023122623A1 (en) | 2021-12-21 | 2023-06-29 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for combinatorial chromatin-ip sequencing |
WO2023122740A1 (en) | 2021-12-23 | 2023-06-29 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for detection of metastasis |
WO2023197004A1 (en) | 2022-04-07 | 2023-10-12 | Guardant Health, Inc. | Detecting the presence of a tumor based on methylation status of cell-free nucleic acid molecules |
CN114724628B (zh) * | 2022-04-24 | 2022-11-08 | 华中农业大学 | 一种对多物种进行多核苷酸变异鉴定和注释的方法 |
US20230360725A1 (en) | 2022-05-09 | 2023-11-09 | Guardant Health, Inc. | Detecting degradation based on strand bias |
WO2024006908A1 (en) | 2022-06-30 | 2024-01-04 | Guardant Health, Inc. | Enrichment of aberrantly methylated dna |
WO2024020573A1 (en) | 2022-07-21 | 2024-01-25 | Guardant Health, Inc. | Methods for detection and reduction of sample preparation-induced methylation artifacts |
WO2024059840A1 (en) | 2022-09-16 | 2024-03-21 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for analyzing soluble proteins |
WO2024073508A2 (en) | 2022-09-27 | 2024-04-04 | Guardant Health, Inc. | Methods and compositions for quantifying immune cell dna |
WO2024107599A1 (en) | 2022-11-15 | 2024-05-23 | Guardant Health, Inc. | Method of predicting non-small cell lung cancer (nsclc) patient drug response or time until death or cancer progression from circulating tumor dna (ctdna) utilizing signals from both baseline ctdna level and longitudinal change of ctdna level over time |
WO2024107941A1 (en) | 2022-11-17 | 2024-05-23 | Guardant Health, Inc. | Validation of a bioinformatic model for classifying non-tumor variants in a cell-free dna liquid biopsy assay |
CN115798580B (zh) * | 2023-02-10 | 2023-11-07 | 北京中仪康卫医疗器械有限公司 | 基于基因型填补和低深度测序的一体化基因组分析方法 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011155833A2 (en) * | 2010-06-09 | 2011-12-15 | Keygene N.V. | Combinatorial sequence barcodes for high throughput screening |
US20120100548A1 (en) * | 2010-10-26 | 2012-04-26 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations |
Family Cites Families (271)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US604804A (en) * | 1898-05-31 | Shuttle for looms | ||
US4725536A (en) | 1985-09-19 | 1988-02-16 | Genetics Institute, Inc. | Reagent polynucleotide complex with multiple target binding regions, and kit and methods |
US6150517A (en) | 1986-11-24 | 2000-11-21 | Gen-Probe | Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms |
US4942124A (en) | 1987-08-11 | 1990-07-17 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex sequencing |
US5149625A (en) | 1987-08-11 | 1992-09-22 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex analysis of DNA |
US5656731A (en) | 1987-10-15 | 1997-08-12 | Chiron Corporation | Nucleic acid-amplified immunoassay probes |
US5124246A (en) | 1987-10-15 | 1992-06-23 | Chiron Corporation | Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same |
US5744101A (en) | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5424186A (en) | 1989-06-07 | 1995-06-13 | Affymax Technologies N.V. | Very large scale immobilized polymer synthesis |
US6551784B2 (en) | 1989-06-07 | 2003-04-22 | Affymetrix Inc | Method of comparing nucleic acid sequences |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US6309822B1 (en) | 1989-06-07 | 2001-10-30 | Affymetrix, Inc. | Method for comparing copy number of nucleic acid sequences |
US5871928A (en) | 1989-06-07 | 1999-02-16 | Fodor; Stephen P. A. | Methods for nucleic acid analysis |
US5925525A (en) | 1989-06-07 | 1999-07-20 | Affymetrix, Inc. | Method of identifying nucleotide differences |
US6040138A (en) | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
US5200314A (en) | 1990-03-23 | 1993-04-06 | Chiron Corporation | Polynucleotide capture assay employing in vitro amplification |
US6582908B2 (en) | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
EP0562047A4 (en) | 1990-12-06 | 1995-11-02 | Affymax Tech Nv | Sequencing by hybridization of a target nucleic acid to a matrix of defined oligonucleotides |
US5981179A (en) | 1991-11-14 | 1999-11-09 | Digene Diagnostics, Inc. | Continuous amplification reaction |
US5424413A (en) | 1992-01-22 | 1995-06-13 | Gen-Probe Incorporated | Branched nucleic acid probes |
US5573905A (en) | 1992-03-30 | 1996-11-12 | The Scripps Research Institute | Encoded combinatorial chemical libraries |
US6020124A (en) | 1992-04-27 | 2000-02-01 | Trustees Of Dartmouth College | Detection of soluble gene sequences in biological fluids |
US5981176A (en) | 1992-06-17 | 1999-11-09 | City Of Hope | Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
WO1995000530A1 (en) | 1993-06-25 | 1995-01-05 | Affymax Technologies N.V. | Hybridization and sequencing of nucleic acids |
US5500356A (en) | 1993-08-10 | 1996-03-19 | Life Technologies, Inc. | Method of nucleic acid sequence selection |
US6309823B1 (en) | 1993-10-26 | 2001-10-30 | Affymetrix, Inc. | Arrays of nucleic acid probes for analyzing biotransformation genes and methods of using the same |
US5681697A (en) | 1993-12-08 | 1997-10-28 | Chiron Corporation | Solution phase nucleic acid sandwich assays having reduced background noise and kits therefor |
CH686982A5 (fr) | 1993-12-16 | 1996-08-15 | Maurice Stroun | Méthode pour le diagnostic de cancers. |
US20030017081A1 (en) | 1994-02-10 | 2003-01-23 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
US5714330A (en) | 1994-04-04 | 1998-02-03 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage |
US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US5695934A (en) | 1994-10-13 | 1997-12-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides |
US6406848B1 (en) | 1997-05-23 | 2002-06-18 | Lynx Therapeutics, Inc. | Planar arrays of microparticle-bound polynucleotides |
US6013445A (en) | 1996-06-06 | 2000-01-11 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US6600996B2 (en) | 1994-10-21 | 2003-07-29 | Affymetrix, Inc. | Computer-aided techniques for analyzing biological sequences |
DE69535240T2 (de) | 1994-10-28 | 2007-06-06 | Gen-Probe Inc., San Diego | Zusammensetzungen und Verfahren für die gleichzeitige Detektion und Quantifizierung von einer Mehrheit spezifischer Nuklein Säure Sequenzen |
US5648245A (en) | 1995-05-09 | 1997-07-15 | Carnegie Institution Of Washington | Method for constructing an oligonucleotide concatamer library by rolling circle replication |
US5968740A (en) | 1995-07-24 | 1999-10-19 | Affymetrix, Inc. | Method of Identifying a Base in a Nucleic Acid |
GB9516636D0 (en) | 1995-08-14 | 1995-10-18 | Univ London | In-situ nucleic acid amplification and detection |
US5763175A (en) | 1995-11-17 | 1998-06-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Simultaneous sequencing of tagged polynucleotides |
US5854033A (en) | 1995-11-21 | 1998-12-29 | Yale University | Rolling circle replication reporter systems |
US6156504A (en) | 1996-03-15 | 2000-12-05 | The Penn State Research Foundation | Detection of extracellular tumor-associated nucleic acid in blood plasma or serum using nucleic acid amplification assays |
EP0938320B2 (en) | 1996-03-26 | 2014-06-18 | Michael S. Kopreski | Method enabling use of extracellular rna extracted from plasma or serum to detect, monitor or evaluate cancer |
US6458530B1 (en) | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
US6300077B1 (en) | 1996-08-14 | 2001-10-09 | Exact Sciences Corporation | Methods for the detection of nucleic acids |
US5935793A (en) | 1996-09-27 | 1999-08-10 | The Chinese University Of Hong Kong | Parallel polynucleotide sequencing method using tagged primers |
US6124092A (en) | 1996-10-04 | 2000-09-26 | The Perkin-Elmer Corporation | Multiplex polynucleotide capture methods and compositions |
US6117631A (en) | 1996-10-29 | 2000-09-12 | Polyprobe, Inc. | Detection of antigens via oligonucleotide antibody conjugates |
US6046005A (en) | 1997-01-15 | 2000-04-04 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators comprising a cleavable linking group |
WO1999028505A1 (en) | 1997-12-03 | 1999-06-10 | Curagen Corporation | Methods and devices for measuring differential gene expression |
AU5584999A (en) | 1998-08-28 | 2000-03-21 | Invitrogen Corporation | System for the rapid manipulation of nucleic acid sequences |
US6653077B1 (en) | 1998-09-04 | 2003-11-25 | Lynx Therapeutics, Inc. | Method of screening for genetic polymorphism |
US6503718B2 (en) | 1999-01-10 | 2003-01-07 | Exact Sciences Corporation | Methods for detecting mutations using primer extension for detecting disease |
JP2002535999A (ja) | 1999-02-05 | 2002-10-29 | アマシャム バイオサイエンス ユーケイ リミテッド | ゲノム分析方法 |
US6629040B1 (en) | 1999-03-19 | 2003-09-30 | University Of Washington | Isotope distribution encoded tags for protein identification |
WO2000058516A2 (en) | 1999-03-26 | 2000-10-05 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Universal arrays |
US6964846B1 (en) | 1999-04-09 | 2005-11-15 | Exact Sciences Corporation | Methods for detecting nucleic acids indicative of cancer |
US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
EP1046717B1 (en) | 1999-04-20 | 2010-10-06 | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | Method and probes for determining a concentration of target nucleic acid molecules and method for analyzing data obtained by the method |
US6242186B1 (en) | 1999-06-01 | 2001-06-05 | Oy Jurilab Ltd. | Method for detecting a risk of cancer and coronary heart disease and kit therefor |
US6326148B1 (en) | 1999-07-12 | 2001-12-04 | The Regents Of The University Of California | Detection of copy number changes in colon cancer |
US6440706B1 (en) | 1999-08-02 | 2002-08-27 | Johns Hopkins University | Digital amplification |
US6586177B1 (en) | 1999-09-08 | 2003-07-01 | Exact Sciences Corporation | Methods for disease detection |
US6849403B1 (en) | 1999-09-08 | 2005-02-01 | Exact Sciences Corporation | Apparatus and method for drug screening |
AU4714201A (en) | 1999-12-07 | 2001-06-18 | Exact Sciences Corporation | Supracolonic aerodigestive neoplasm detection |
US6489114B2 (en) | 1999-12-17 | 2002-12-03 | Bio Merieux | Process for labeling a ribonucleic acid, and labeled RNA fragments which are obtained thereby |
WO2001057269A2 (en) | 2000-02-07 | 2001-08-09 | Illumina, Inc. | Nucleic acid detection methods using universal priming |
US20020072058A1 (en) | 2000-03-24 | 2002-06-13 | Voelker Leroy L. | Method for amplifying quinolone-resistance-determining-regions and identifying polymorphic variants thereof |
US20030207300A1 (en) | 2000-04-28 | 2003-11-06 | Matray Tracy J. | Multiplex analytical platform using molecular tags |
EP1158055A1 (fr) | 2000-05-26 | 2001-11-28 | Xu Qi University of Teaxs Laboratoire de Leucémie Chen | Méthode pour le diagnostic de cancers |
AU2002246612B2 (en) | 2000-10-24 | 2007-11-01 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Direct multiplex characterization of genomic DNA |
US20020142345A1 (en) | 2000-12-22 | 2002-10-03 | Nelsen Anita J. | Methods for encoding and decoding complex mixtures in arrayed assays |
US20030049616A1 (en) | 2001-01-08 | 2003-03-13 | Sydney Brenner | Enzymatic synthesis of oligonucleotide tags |
US6849404B2 (en) | 2001-05-07 | 2005-02-01 | Bioneer Corporation | Polymerase chain reaction of DNA of which base sequence is completely unidentified |
US7406385B2 (en) | 2001-10-25 | 2008-07-29 | Applera Corporation | System and method for consensus-calling with per-base quality values for sample assemblies |
ATE312946T1 (de) | 2002-03-05 | 2005-12-15 | Epigenomics Ag | Verfahren und vorrichtung zur bestimmung der gewebespezifität von freier dna in körperflüssigkeiten |
US20030186251A1 (en) | 2002-04-01 | 2003-10-02 | Brookhaven Science Associates, Llc | Genome sequence tags |
US7727720B2 (en) | 2002-05-08 | 2010-06-01 | Ravgen, Inc. | Methods for detection of genetic disorders |
EP1578994A2 (en) | 2002-11-11 | 2005-09-28 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying dna copy number changes |
US7822555B2 (en) | 2002-11-11 | 2010-10-26 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying DNA copy number changes |
US10229244B2 (en) | 2002-11-11 | 2019-03-12 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying DNA copy number changes using hidden markov model based estimations |
US7704687B2 (en) | 2002-11-15 | 2010-04-27 | The Johns Hopkins University | Digital karyotyping |
EP1606417A2 (en) | 2003-03-07 | 2005-12-21 | Rubicon Genomics Inc. | In vitro dna immortalization and whole genome amplification using libraries generated from randomly fragmented dna |
US20040259118A1 (en) | 2003-06-23 | 2004-12-23 | Macevicz Stephen C. | Methods and compositions for nucleic acid sequence analysis |
JP5183063B2 (ja) | 2003-07-05 | 2013-04-17 | ザ ジョンズ ホプキンス ユニバーシティ | 遺伝的変異の検出および列挙のための方法ならびに組成物 |
ATE435301T1 (de) | 2003-10-16 | 2009-07-15 | Sequenom Inc | Nicht invasiver nachweis fötaler genetischer merkmale |
DE10348407A1 (de) | 2003-10-17 | 2005-05-19 | Widschwendter, Martin, Prof. | Prognostische und diagnostische Marker für Zell-proliferative Erkrankungen von Brustgeweben |
US20070111233A1 (en) | 2003-10-30 | 2007-05-17 | Bianchi Diana W | Prenatal diagnosis using cell-free fetal DNA in amniotic fluid |
JP2007524410A (ja) | 2004-01-23 | 2007-08-30 | リングヴィテ エーエス | ポリヌクレオチドライゲーション反応の改良 |
US7217522B2 (en) | 2004-02-12 | 2007-05-15 | Campass Genetics Llc | Genetic analysis by sequence-specific sorting |
US20060046258A1 (en) | 2004-02-27 | 2006-03-02 | Lapidus Stanley N | Applications of single molecule sequencing |
US20100216153A1 (en) | 2004-02-27 | 2010-08-26 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for detecting fetal nucleic acids and diagnosing fetal abnormalities |
WO2005111242A2 (en) | 2004-05-10 | 2005-11-24 | Parallele Bioscience, Inc. | Digital profiling of polynucleotide populations |
US7276720B2 (en) | 2004-07-19 | 2007-10-02 | Helicos Biosciences Corporation | Apparatus and methods for analyzing samples |
US20060035258A1 (en) | 2004-08-06 | 2006-02-16 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying DNA copy number changes |
US7937225B2 (en) | 2004-09-03 | 2011-05-03 | New York University | Systems, methods and software arrangements for detection of genome copy number variation |
US20060073506A1 (en) | 2004-09-17 | 2006-04-06 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying biological samples |
US9109256B2 (en) | 2004-10-27 | 2015-08-18 | Esoterix Genetic Laboratories, Llc | Method for monitoring disease progression or recurrence |
US7424371B2 (en) | 2004-12-21 | 2008-09-09 | Helicos Biosciences Corporation | Nucleic acid analysis |
US7393665B2 (en) | 2005-02-10 | 2008-07-01 | Population Genetics Technologies Ltd | Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides |
ITRM20050068A1 (it) | 2005-02-17 | 2006-08-18 | Istituto Naz Per Le Malattie I | Metodo per la rivelazione di acidi nucleici di agenti patogeni batterici o di parassiti nelle urine. |
WO2006099604A2 (en) | 2005-03-16 | 2006-09-21 | Compass Genetics, Llc | Methods and compositions for assay readouts on multiple analytical platforms |
EP1861512A4 (en) | 2005-03-18 | 2009-12-09 | Fluidigm Corp | THERMAL REACTION DEVICE AND USE METHOD THEREFOR |
ES2313143T3 (es) | 2005-04-06 | 2009-03-01 | Maurice Stroun | Metodo para el diagnostico de cancer mediante la deteccion de adn y arn circulantes. |
US20070020640A1 (en) | 2005-07-21 | 2007-01-25 | Mccloskey Megan L | Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis |
US7666593B2 (en) | 2005-08-26 | 2010-02-23 | Helicos Biosciences Corporation | Single molecule sequencing of captured nucleic acids |
DK1929039T4 (en) | 2005-09-29 | 2014-02-17 | Keygene Nv | High throughput-screening af mutageniserede populationer |
US7537897B2 (en) | 2006-01-23 | 2009-05-26 | Population Genetics Technologies, Ltd. | Molecular counting |
US20070172839A1 (en) | 2006-01-24 | 2007-07-26 | Smith Douglas R | Asymmetrical adapters and methods of use thereof |
US8383338B2 (en) | 2006-04-24 | 2013-02-26 | Roche Nimblegen, Inc. | Methods and systems for uniform enrichment of genomic regions |
US7702468B2 (en) | 2006-05-03 | 2010-04-20 | Population Diagnostics, Inc. | Evaluating genetic disorders |
RU2008146868A (ru) | 2006-05-18 | 2010-06-27 | Кэрис МПИ, Инк.445 Норт Фифс Стрит, 3-ий Флор, Феникс, Аризона 85004, США (US) | Система и способ определения персонализированого медицинского вмешательства при болезненном состоянии |
US20080090239A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-04-17 | Daniel Shoemaker | Rare cell analysis using sample splitting and dna tags |
FR2904833A1 (fr) | 2006-08-11 | 2008-02-15 | Bioquanta Sarl | Procede de dosage d'acide nuclieque par fluorescence |
ES2679996T3 (es) | 2006-11-15 | 2018-09-03 | Biospherex Llc | Secuenciación multi-etiqueta y análisis ecogenómico |
WO2008070144A2 (en) | 2006-12-06 | 2008-06-12 | Duke University | Imprinted genes and disease |
ES2609094T3 (es) | 2007-01-25 | 2017-04-18 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Uso de anticuerpos anti-EGFR en el tratamiento de enfermedades mediadas por un EGFR mutante |
CL2008000717A1 (es) | 2007-03-13 | 2008-09-22 | Amgen Inc | Metodo para pronosticar si un paciente sera no respondedor al tratamiento con un agente de union especifica a un polipeptido de egfr que comprende determinar la presencia o ausencia de una mutacion de k-ras en un tumor del paciente. |
WO2008148072A2 (en) | 2007-05-24 | 2008-12-04 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Disease-associated genetic variations and methods for obtaining and using same |
EP2164985A4 (en) | 2007-06-01 | 2014-05-14 | 454 Life Sciences Corp | SYSTEM AND METHOD FOR IDENTIFYING INDIVIDUAL SAMPLES FROM A MULTIPLEX MIXTURE |
WO2008154317A1 (en) * | 2007-06-06 | 2008-12-18 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and processes for calling bases in sequence by incorporation methods |
PT2183693E (pt) | 2007-07-23 | 2014-01-14 | Univ Hong Kong Chinese | Diagnóstico de aneuploidia cromossómica fetal utilizando sequenciação genómica |
US20100112590A1 (en) | 2007-07-23 | 2010-05-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment |
US20090053719A1 (en) | 2007-08-03 | 2009-02-26 | The Chinese University Of Hong Kong | Analysis of nucleic acids by digital pcr |
AU2008295992B2 (en) | 2007-09-07 | 2014-04-17 | Fluidigm Corporation | Copy number variation determination, methods and systems |
US20100173294A1 (en) | 2007-09-11 | 2010-07-08 | Roche Molecular Systems, Inc. | Diagnostic test for susceptibility to b-raf kinase inhibitors |
CN102007407A (zh) | 2007-11-21 | 2011-04-06 | 考斯摩斯德公司 | 基因组鉴定系统 |
US20110171640A1 (en) | 2008-02-12 | 2011-07-14 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Method for isolating cell free apoptotic or fetal nucleic acids |
US20110003701A1 (en) | 2008-02-27 | 2011-01-06 | 454 Life Sciences Corporation | System and method for improved processing of nucleic acids for production of sequencable libraries |
US8216789B2 (en) | 2008-02-27 | 2012-07-10 | University Of Washington | Diagnostic panel of cancer antibodies and methods for use |
US8206926B2 (en) | 2008-03-26 | 2012-06-26 | Sequenom, Inc. | Restriction endonuclease enhanced polymorphic sequence detection |
BRPI0909212A2 (pt) | 2008-03-28 | 2015-08-18 | Pacific Biosciences California | Composições e método para sequeciamento de ácido nucléico |
US20110160290A1 (en) | 2008-05-21 | 2011-06-30 | Muneesh Tewari | Use of extracellular rna to measure disease |
DE102008025656B4 (de) | 2008-05-28 | 2016-07-28 | Genxpro Gmbh | Verfahren zur quantitativen Analyse von Nukleinsäuren, Marker dafür und deren Verwendung |
US20090298709A1 (en) | 2008-05-28 | 2009-12-03 | Affymetrix, Inc. | Assays for determining telomere length and repeated sequence copy number |
EP2310524A4 (en) | 2008-07-10 | 2013-07-24 | Versitech Ltd | METHODS OF CARTOGRAPHY OF NUCLEIC ACIDS AND IDENTIFICATION OF FINE STRUCTURAL VARIATIONS IN NUCLEIC ACIDS |
US20100041048A1 (en) | 2008-07-31 | 2010-02-18 | The Johns Hopkins University | Circulating Mutant DNA to Assess Tumor Dynamics |
US20100062494A1 (en) | 2008-08-08 | 2010-03-11 | President And Fellows Of Harvard College | Enzymatic oligonucleotide pre-adenylation |
WO2010021936A1 (en) | 2008-08-16 | 2010-02-25 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Digital pcr calibration for high throughput sequencing |
EP3216874A1 (en) | 2008-09-05 | 2017-09-13 | TOMA Biosciences, Inc. | Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options |
US8383345B2 (en) | 2008-09-12 | 2013-02-26 | University Of Washington | Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads |
PT2562268T (pt) | 2008-09-20 | 2017-03-29 | Univ Leland Stanford Junior | Diagnóstico não invasivo de aneuploidia fetal por sequenciação |
EP2379748A4 (en) | 2008-12-23 | 2012-08-29 | Illumina Inc | MULTIBASE RELEASE FOR LONG READINGS IN SEQUENCING BY SYNTHESIS PROTOCOLS |
WO2010082815A1 (en) * | 2009-01-13 | 2010-07-22 | Keygene N.V. | Novel genome sequencing strategies |
US20100323348A1 (en) | 2009-01-31 | 2010-12-23 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process |
US9085798B2 (en) | 2009-04-30 | 2015-07-21 | Prognosys Biosciences, Inc. | Nucleic acid constructs and methods of use |
US20120165202A1 (en) | 2009-04-30 | 2012-06-28 | Good Start Genetics, Inc. | Methods and compositions for evaluating genetic markers |
US20130143747A1 (en) | 2011-12-05 | 2013-06-06 | Myriad Genetics, Incorporated | Methods of detecting cancer |
US9524369B2 (en) | 2009-06-15 | 2016-12-20 | Complete Genomics, Inc. | Processing and analysis of complex nucleic acid sequence data |
RU2014144463A (ru) | 2009-06-25 | 2015-06-20 | Фред Хатчинсон Кансэр Рисёч Сентер | Способ измерения адаптивного иммунитета |
US10017812B2 (en) | 2010-05-18 | 2018-07-10 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US20120220478A1 (en) | 2009-07-20 | 2012-08-30 | Bar Harbor Biotechnology, Inc. | Methods for assessing disease risk |
EP2494065B1 (en) | 2009-10-26 | 2015-12-23 | Lifecodexx AG | Means and methods for non-invasive diagnosis of chromosomal aneuploidy |
EP2499262A4 (en) | 2009-11-12 | 2015-01-07 | Esoterix Genetic Lab Llc | ANALYSIS OF THE NUMBER OF COPIES OF GENETIC LOCUS |
US20110237444A1 (en) * | 2009-11-20 | 2011-09-29 | Life Technologies Corporation | Methods of mapping genomic methylation patterns |
US9023769B2 (en) | 2009-11-30 | 2015-05-05 | Complete Genomics, Inc. | cDNA library for nucleic acid sequencing |
US9752187B2 (en) | 2009-12-11 | 2017-09-05 | Nucleix | Categorization of DNA samples |
US8835358B2 (en) † | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
US9315857B2 (en) | 2009-12-15 | 2016-04-19 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags |
DK2516680T3 (en) | 2009-12-22 | 2016-05-02 | Sequenom Inc | Method and kits to identify aneuploidy |
US10662474B2 (en) | 2010-01-19 | 2020-05-26 | Verinata Health, Inc. | Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic DNA by whole genome sequencing |
US10388403B2 (en) | 2010-01-19 | 2019-08-20 | Verinata Health, Inc. | Analyzing copy number variation in the detection of cancer |
DK3382037T3 (da) | 2010-01-19 | 2021-05-25 | Verinata Health Inc | Fremgangsmåder til bestemmelse af fraktionen af føtale nukleinsyrer i maternelle prøver |
US9260745B2 (en) | 2010-01-19 | 2016-02-16 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
WO2011090556A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Methods for determining fraction of fetal nucleic acid in maternal samples |
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EP2547698B1 (en) | 2010-03-14 | 2015-07-29 | The Translational Genomics Research Institute | Methods of determining susceptibility of tumors to tyrosine kinase inhibitors |
CN101967517B (zh) | 2010-03-19 | 2012-11-07 | 黄乐群 | 一种无需借助pcr的基因检测方法 |
US10047397B2 (en) | 2010-04-16 | 2018-08-14 | Chronix Biomedical | Breast cancer associated circulating nucleic acid biomarkers |
WO2011140510A2 (en) | 2010-05-06 | 2011-11-10 | Bioo Scientific Corporation | Oligonucleotide ligation, barcoding and methods and compositions for improving data quality and throughput using massively parallel sequencing |
WO2011142836A2 (en) * | 2010-05-14 | 2011-11-17 | Fluidigm Corporation | Assays for the detection of genotype, mutations, and/or aneuploidy |
US20190010543A1 (en) | 2010-05-18 | 2019-01-10 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
PL2576837T3 (pl) | 2010-06-04 | 2018-04-30 | Chronix Biomedical | Krążeniowe biomarkery typu kwasu nukleinowego związane z rakiem prostaty |
EP2400035A1 (en) | 2010-06-28 | 2011-12-28 | Technische Universität München | Methods and compositions for diagnosing gastrointestinal stromal tumors |
WO2012006291A2 (en) * | 2010-07-06 | 2012-01-12 | Life Technologies Corporation | Systems and methods to detect copy number variation |
SG10201505723UA (en) | 2010-07-23 | 2015-09-29 | Harvard College | Methods for detecting signatures of disease or conditions in bodily fluids |
CN103140288B (zh) | 2010-07-29 | 2015-03-11 | Toto株式会社 | 光催化剂涂装体和光催化剂涂覆液 |
EP2601609B1 (en) | 2010-08-02 | 2017-05-17 | Population Bio, Inc. | Compositions and methods for discovery of causative mutations in genetic disorders |
US11031095B2 (en) * | 2010-08-06 | 2021-06-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Assay systems for determination of fetal copy number variation |
US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
EP2426217A1 (en) | 2010-09-03 | 2012-03-07 | Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Analytical methods for cell free nucleic acids and applications |
AU2011299088B2 (en) | 2010-09-09 | 2015-12-24 | Traxxsson, Llc | Combination methods of diagnosing cancer in a patient |
ES2690753T3 (es) | 2010-09-21 | 2018-11-22 | Agilent Technologies, Inc. | Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular |
EP3572528A1 (en) * | 2010-09-24 | 2019-11-27 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers |
WO2012042374A2 (en) | 2010-10-01 | 2012-04-05 | Anssi Jussi Nikolai Taipale | Method of determining number or concentration of molecules |
WO2012048341A1 (en) | 2010-10-08 | 2012-04-12 | President And Fellows Of Harvard College | High-throughput single cell barcoding |
US8725422B2 (en) | 2010-10-13 | 2014-05-13 | Complete Genomics, Inc. | Methods for estimating genome-wide copy number variations |
EP3461914A1 (en) | 2010-10-22 | 2019-04-03 | Cold Spring Harbor Laboratory | Varietal counting of nucleic acids for obtaining genomic copy number information |
WO2012066451A1 (en) | 2010-11-15 | 2012-05-24 | Pfizer Inc. | Prognostic and predictive gene signature for colon cancer |
KR102185244B1 (ko) | 2010-11-30 | 2020-12-02 | 더 차이니즈 유니버시티 오브 홍콩 | 암과 연관된 유전적 또는 분자적 이상들의 검출 |
RU2620959C2 (ru) | 2010-12-22 | 2017-05-30 | Натера, Инк. | Способы неинвазивного пренатального установления отцовства |
US20120184449A1 (en) * | 2010-12-23 | 2012-07-19 | Sequenom, Inc. | Fetal genetic variation detection |
US9163281B2 (en) | 2010-12-23 | 2015-10-20 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction |
KR20210131432A (ko) | 2010-12-30 | 2021-11-02 | 파운데이션 메디신 인코포레이티드 | 종양 샘플의 다유전자 분석의 최적화 |
WO2012097053A1 (en) | 2011-01-11 | 2012-07-19 | Via Genomes, Inc. | Methods, systems, databases, kits and arrays for screening for and predicting the risk of and identifying the presence of tumors and cancers |
WO2012103031A2 (en) | 2011-01-25 | 2012-08-02 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
US20120238464A1 (en) | 2011-03-18 | 2012-09-20 | Baylor Research Institute | Biomarkers for Predicting the Recurrence of Colorectal Cancer Metastasis |
WO2012129363A2 (en) | 2011-03-24 | 2012-09-27 | President And Fellows Of Harvard College | Single cell nucleic acid detection and analysis |
EP2691544B1 (en) | 2011-03-30 | 2017-09-13 | Verinata Health, Inc | Method for verifying bioassay samples |
EP2670866A4 (en) * | 2011-04-05 | 2015-09-02 | Translational Genomics Res Inst | BIOMARKERS AND METHODS OF USE |
WO2012142213A2 (en) | 2011-04-15 | 2012-10-18 | The Johns Hopkins University | Safe sequencing system |
WO2014014498A1 (en) | 2012-07-20 | 2014-01-23 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation in a fetal genome |
US9411937B2 (en) | 2011-04-15 | 2016-08-09 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
CA2834291A1 (en) | 2011-04-25 | 2012-11-01 | Biorad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
US8697408B2 (en) | 2011-05-06 | 2014-04-15 | New England Biolabs, Inc. | Ligation enhancement |
CN103890245B (zh) | 2011-05-20 | 2020-11-17 | 富鲁达公司 | 核酸编码反应 |
US9752176B2 (en) | 2011-06-15 | 2017-09-05 | Ginkgo Bioworks, Inc. | Methods for preparative in vitro cloning |
KR101454886B1 (ko) | 2011-08-01 | 2014-11-03 | 주식회사 셀레믹스 | 핵산분자의 제조방법 |
US10704164B2 (en) | 2011-08-31 | 2020-07-07 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, computer readable media, and kits for sample identification |
WO2013033721A1 (en) | 2011-09-02 | 2013-03-07 | Atreca, Inc. | Dna barcodes for multiplexed sequencing |
US8712697B2 (en) | 2011-09-07 | 2014-04-29 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Determination of copy number variations using binomial probability calculations |
US20130079241A1 (en) | 2011-09-15 | 2013-03-28 | Jianhua Luo | Methods for Diagnosing Prostate Cancer and Predicting Prostate Cancer Relapse |
WO2013052907A2 (en) | 2011-10-06 | 2013-04-11 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US9367663B2 (en) | 2011-10-06 | 2016-06-14 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US10424394B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-09-24 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US10196681B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-02-05 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US20130102485A1 (en) | 2011-10-19 | 2013-04-25 | Inhan Lee | Method of Determining a Diseased State in a Subject |
EP2768985B1 (en) | 2011-10-21 | 2019-03-20 | Chronix Biomedical | Colorectal cancer associated circulating nucleic acid biomarkers |
NO3051026T3 (ja) | 2011-10-21 | 2018-07-28 | ||
US20130122499A1 (en) | 2011-11-14 | 2013-05-16 | Viomics, Inc. | System and method of detecting local copy number variation in dna samples |
WO2013086352A1 (en) | 2011-12-07 | 2013-06-13 | Chronix Biomedical | Prostate cancer associated circulating nucleic acid biomarkers |
KR101768652B1 (ko) | 2011-12-08 | 2017-08-16 | 파이브3 제노믹스, 엘엘씨 | Mdm2-포함 이중 소염색체들 및 그의 방법들 |
US20130184165A1 (en) | 2012-01-13 | 2013-07-18 | Data2Bio | Genotyping by next-generation sequencing |
ES2665071T3 (es) | 2012-02-17 | 2018-04-24 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Composiciones y métodos para identificar mutaciones de manera precisa |
ES2663234T3 (es) | 2012-02-27 | 2018-04-11 | Cellular Research, Inc | Composiciones y kits para recuento molecular |
US11177020B2 (en) | 2012-02-27 | 2021-11-16 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Methods and uses for molecular tags |
WO2013128281A1 (en) | 2012-02-28 | 2013-09-06 | Population Genetics Technologies Ltd | Method for attaching a counter sequence to a nucleic acid sample |
US9890429B2 (en) | 2012-02-29 | 2018-02-13 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions, kits, and methods for the identification, assessment, prevention, and therapy of cancer |
US9892230B2 (en) | 2012-03-08 | 2018-02-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma |
EP2825675B1 (en) | 2012-03-13 | 2017-12-27 | Patel, Abhijit Ajit | Measurement of nucleic acid variants using highly-multiplexed error-suppressed deep sequencing |
WO2013142213A1 (en) | 2012-03-20 | 2013-09-26 | Wake Forest University Health Sciences | Methods, systems, and computer readable media for tracking and verifying receipt of contents of a delivery within an organization |
EP4234713A3 (en) | 2012-03-20 | 2024-02-14 | University Of Washington Through Its Center For Commercialization | Methods of lowering the error rate of massively parallel dna sequencing using duplex consensus sequencing |
EP4239081A3 (en) | 2012-03-26 | 2023-11-08 | The Johns Hopkins University | Rapid aneuploidy detection |
US8209130B1 (en) | 2012-04-04 | 2012-06-26 | Good Start Genetics, Inc. | Sequence assembly |
WO2013159035A2 (en) | 2012-04-19 | 2013-10-24 | Medical College Of Wisconsin, Inc. | Highly sensitive surveillance using detection of cell free dna |
CA2873585C (en) * | 2012-05-14 | 2021-11-09 | Cb Biotechnologies, Inc. | Method for increasing accuracy in quantitative detection of polynucleotides |
WO2013181170A1 (en) | 2012-05-31 | 2013-12-05 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method for accurate sequencing of dna |
EP2859123A4 (en) | 2012-06-11 | 2015-12-16 | Sequenta Inc | METHOD OF SEQUENCE DETERMINATION USING SEQUENCE TAGS |
US11261494B2 (en) | 2012-06-21 | 2022-03-01 | The Chinese University Of Hong Kong | Method of measuring a fractional concentration of tumor DNA |
WO2014004726A1 (en) | 2012-06-26 | 2014-01-03 | Caifu Chen | Methods, compositions and kits for the diagnosis, prognosis and monitoring of cancer |
US20160040229A1 (en) | 2013-08-16 | 2016-02-11 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US10876152B2 (en) | 2012-09-04 | 2020-12-29 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
ES2906714T3 (es) | 2012-09-04 | 2022-04-20 | Guardant Health Inc | Métodos para detectar mutaciones raras y variación en el número de copias |
US20140066317A1 (en) | 2012-09-04 | 2014-03-06 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
SG11201504334WA (en) | 2012-12-10 | 2015-07-30 | Resolution Bioscience Inc | Methods for targeted genomic analysis |
AU2014204058A1 (en) | 2013-01-05 | 2015-07-23 | Foundation Medicine, Inc. | System and method for outcome tracking and analysis |
CA2898326C (en) | 2013-01-18 | 2022-05-17 | Foundation Medicine, Inc. | Methods of treating cholangiocarcinoma |
WO2014152990A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-09-25 | University Of Rochester | System and method for detecting population variation from nucleic acid sequencing data |
EP2971139A4 (en) | 2013-03-15 | 2016-12-07 | Abbott Molecular Inc | SYSTEMS AND METHOD FOR PROVIDING THE CHANGE OF A GENOMIC COPY NUMBER |
ES2877088T3 (es) * | 2013-03-15 | 2021-11-16 | Guardant Health Inc | Procedimiento para detectar cáncer |
EP2971097B1 (en) | 2013-03-15 | 2018-08-01 | Verinata Health, Inc | Generating cell-free dna libraries directly from blood |
EP3795696B1 (en) | 2013-03-15 | 2023-04-26 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Identification and use of circulating nucleic acid tumor markers |
GB2525568B (en) * | 2013-03-15 | 2020-10-14 | Abvitro Llc | Single cell barcoding for antibody discovery |
SG11201507739TA (en) | 2013-03-19 | 2015-10-29 | Toppan Printing Co Ltd | Method for predicting sensitivity to egfr inhibitor |
EP3470530B1 (en) | 2013-05-23 | 2020-11-25 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Transposition into native chromatin for analysis ofchromatin |
JP2015096049A (ja) | 2013-11-15 | 2015-05-21 | 凸版印刷株式会社 | Vegf阻害剤長期奏功性予測方法 |
ES2822125T3 (es) | 2013-12-28 | 2021-04-29 | Guardant Health Inc | Métodos y sistemas para detectar variantes genéticas |
EP4306659A3 (en) | 2014-04-14 | 2024-03-27 | Yissum Research and Development Company of the Hebrew University of Jerusalem Ltd. | A method and kit for determining the tissue or cell origin of dna |
WO2015175705A1 (en) | 2014-05-13 | 2015-11-19 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Gene mutations and copy number alterations of egfr, kras and met |
WO2016015058A2 (en) | 2014-07-25 | 2016-01-28 | University Of Washington | Methods of determining tissues and/or cell types giving rise to cell-free dna, and methods of identifying a disease or disorder using same |
DK3178941T3 (da) | 2014-07-25 | 2022-01-17 | Bgi Genomics Co Ltd | Fremgangsmåde til bestemmelse af fraktionen af cellefrie føtale nukleinsyrer i en prøve af perifert blod fra en gravid kvinde og anvendelse deraf |
US20160053301A1 (en) | 2014-08-22 | 2016-02-25 | Clearfork Bioscience, Inc. | Methods for quantitative genetic analysis of cell free dna |
EP3192047A4 (en) | 2014-09-10 | 2018-03-28 | Pathway Genomics Corporation | Health and wellness management methods and systems useful for the practice thereof |
EP3191628B1 (en) | 2014-09-12 | 2022-05-25 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Identification and use of circulating nucleic acids |
WO2016127944A1 (en) | 2015-02-10 | 2016-08-18 | The Chinese University Of Hong Kong | Detecting mutations for cancer screening and fetal analysis |
US10844428B2 (en) | 2015-04-28 | 2020-11-24 | Illumina, Inc. | Error suppression in sequenced DNA fragments using redundant reads with unique molecular indices (UMIS) |
PL3387152T3 (pl) | 2015-12-08 | 2022-05-09 | Twinstrand Biosciences, Inc. | Ulepszone adaptory, sposoby i kompozycje do sekwencjonowania dupleksowego |
EP3443066A4 (en) | 2016-04-14 | 2019-12-11 | Guardant Health, Inc. | EARLY DETECTION METHODS FOR CANCER |
-
2013
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Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011155833A2 (en) * | 2010-06-09 | 2011-12-15 | Keygene N.V. | Combinatorial sequence barcodes for high throughput screening |
US20120100548A1 (en) * | 2010-10-26 | 2012-04-26 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
PNAS, vol. 108, no. 23, JPN6019026265, 17 May 2011 (2011-05-17), pages 9530 - 9535, ISSN: 0004072348 * |
PNAS, vol. 109, no. 36, JPN6019026264, 1 August 2012 (2012-08-01), pages 14508 - 14513, ISSN: 0004072347 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2020000237A (ja) * | 2012-09-04 | 2020-01-09 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | まれな変異およびコピー数多型を検出するためのシステムおよび方法 |
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