JP2019507585A - 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 - Google Patents
無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2019507585A JP2019507585A JP2018531350A JP2018531350A JP2019507585A JP 2019507585 A JP2019507585 A JP 2019507585A JP 2018531350 A JP2018531350 A JP 2018531350A JP 2018531350 A JP2018531350 A JP 2018531350A JP 2019507585 A JP2019507585 A JP 2019507585A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- loci
- locus
- sequencing
- data set
- coverage
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 116
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 title claims description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 242
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims abstract description 224
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims abstract description 153
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims abstract description 153
- 238000012937 correction Methods 0.000 claims abstract description 76
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 47
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 40
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 40
- 239000012530 fluid Substances 0.000 claims abstract description 30
- NOIRDLRUNWIUMX-UHFFFAOYSA-N 2-amino-3,7-dihydropurin-6-one;6-amino-1h-pyrimidin-2-one Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1.O=C1NC(N)=NC2=C1NC=N2 NOIRDLRUNWIUMX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 64
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 45
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 44
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 44
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 44
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 26
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 25
- 230000009466 transformation Effects 0.000 claims description 23
- 230000015654 memory Effects 0.000 claims description 22
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 claims description 19
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 16
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 14
- 238000013507 mapping Methods 0.000 claims description 13
- 230000006870 function Effects 0.000 claims description 12
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 11
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 11
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 10
- 230000004075 alteration Effects 0.000 claims description 9
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 8
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 claims description 7
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 claims description 6
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 6
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 6
- 102000043276 Oncogene Human genes 0.000 claims description 5
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 claims description 5
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 4
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 claims description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 abstract description 31
- 238000001514 detection method Methods 0.000 abstract description 10
- 238000013459 approach Methods 0.000 abstract description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 abstract description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 61
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 59
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 52
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 32
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 24
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 18
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 17
- 230000008569 process Effects 0.000 description 16
- 239000013074 reference sample Substances 0.000 description 15
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 13
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 13
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 13
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 12
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 8
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 8
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 8
- 230000009021 linear effect Effects 0.000 description 8
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 8
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 7
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 7
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 6
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 6
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 6
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 6
- 230000004044 response Effects 0.000 description 6
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 5
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 5
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 5
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 5
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 5
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 5
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 5
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 4
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 4
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 4
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 4
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 3
- 102100023600 Fibroblast growth factor receptor 2 Human genes 0.000 description 3
- 101710182389 Fibroblast growth factor receptor 2 Proteins 0.000 description 3
- 102100024185 G1/S-specific cyclin-D2 Human genes 0.000 description 3
- 102100030708 GTPase KRas Human genes 0.000 description 3
- 101000980741 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-D2 Proteins 0.000 description 3
- 101000584612 Homo sapiens GTPase KRas Proteins 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 3
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 3
- -1 TERT Proteins 0.000 description 3
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 3
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 3
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 3
- 238000013500 data storage Methods 0.000 description 3
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 3
- 238000001493 electron microscopy Methods 0.000 description 3
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 3
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 3
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 3
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 3
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 3
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 3
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 238000004448 titration Methods 0.000 description 3
- 238000012549 training Methods 0.000 description 3
- 238000000844 transformation Methods 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100033793 ALK tyrosine kinase receptor Human genes 0.000 description 2
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 2
- ZEOWTGPWHLSLOG-UHFFFAOYSA-N Cc1ccc(cc1-c1ccc2c(n[nH]c2c1)-c1cnn(c1)C1CC1)C(=O)Nc1cccc(c1)C(F)(F)F Chemical compound Cc1ccc(cc1-c1ccc2c(n[nH]c2c1)-c1cnn(c1)C1CC1)C(=O)Nc1cccc(c1)C(F)(F)F ZEOWTGPWHLSLOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 2
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 2
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 description 2
- 108010025464 Cyclin-Dependent Kinase 4 Proteins 0.000 description 2
- 108010025468 Cyclin-Dependent Kinase 6 Proteins 0.000 description 2
- 102100036252 Cyclin-dependent kinase 4 Human genes 0.000 description 2
- 102100026804 Cyclin-dependent kinase 6 Human genes 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 2
- 102100023593 Fibroblast growth factor receptor 1 Human genes 0.000 description 2
- 101710182386 Fibroblast growth factor receptor 1 Proteins 0.000 description 2
- 102100027842 Fibroblast growth factor receptor 3 Human genes 0.000 description 2
- 101710182396 Fibroblast growth factor receptor 3 Proteins 0.000 description 2
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 description 2
- 102100037858 G1/S-specific cyclin-E1 Human genes 0.000 description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 2
- 102100035108 High affinity nerve growth factor receptor Human genes 0.000 description 2
- 101000779641 Homo sapiens ALK tyrosine kinase receptor Proteins 0.000 description 2
- 101000967216 Homo sapiens Eosinophil cationic protein Proteins 0.000 description 2
- 101000738568 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-E1 Proteins 0.000 description 2
- 101000596894 Homo sapiens High affinity nerve growth factor receptor Proteins 0.000 description 2
- 101001030211 Homo sapiens Myc proto-oncogene protein Proteins 0.000 description 2
- 101000605639 Homo sapiens Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Proteins 0.000 description 2
- 101000686031 Homo sapiens Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS Proteins 0.000 description 2
- 101000712530 Homo sapiens RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Proteins 0.000 description 2
- 101000984753 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase B-raf Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 2
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 2
- 102100030569 Nuclear receptor corepressor 2 Human genes 0.000 description 2
- 101710153660 Nuclear receptor corepressor 2 Proteins 0.000 description 2
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 2
- 102100038332 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Human genes 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100023347 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS Human genes 0.000 description 2
- 102100033479 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Human genes 0.000 description 2
- 102100027103 Serine/threonine-protein kinase B-raf Human genes 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 244000107946 Spondias cytherea Species 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine group Chemical group [C@@H]1([C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)N1C=NC=2C(N)=NC=NC12 OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 238000003491 array Methods 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 2
- 210000003722 extracellular fluid Anatomy 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 2
- 238000007672 fourth generation sequencing Methods 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 230000009022 nonlinear effect Effects 0.000 description 2
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 2
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 2
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 2
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 2
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 2
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 2
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 2
- 208000011581 secondary neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- IRLPACMLTUPBCL-KQYNXXCUSA-N 5'-adenylyl sulfate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OS(O)(=O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O IRLPACMLTUPBCL-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 102100034580 AT-rich interactive domain-containing protein 1A Human genes 0.000 description 1
- 102000000872 ATM Human genes 0.000 description 1
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 208000003200 Adenoma Diseases 0.000 description 1
- 206010001233 Adenoma benign Diseases 0.000 description 1
- 102100034540 Adenomatous polyposis coli protein Human genes 0.000 description 1
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 1
- 108010004586 Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000036365 BRCA1 Human genes 0.000 description 1
- 108700020463 BRCA1 Proteins 0.000 description 1
- 101150072950 BRCA1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000052609 BRCA2 Human genes 0.000 description 1
- 108700020462 BRCA2 Proteins 0.000 description 1
- 101150008921 Brca2 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- 102100028914 Catenin beta-1 Human genes 0.000 description 1
- 108091007854 Cdh1/Fizzy-related Proteins 0.000 description 1
- 102000038594 Cdh1/Fizzy-related Human genes 0.000 description 1
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 1
- 102000009512 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p15 Human genes 0.000 description 1
- 108010009356 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p15 Proteins 0.000 description 1
- IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N D-Luciferin Chemical compound OC(=O)[C@H]1CSC(C=2SC3=CC=C(O)C=C3N=2)=N1 IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N Dehydro-luciferin Natural products OC(=O)C1=CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100023266 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 2 Human genes 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102100038595 Estrogen receptor Human genes 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 101710105178 F-box/WD repeat-containing protein 7 Proteins 0.000 description 1
- 102100028138 F-box/WD repeat-containing protein 7 Human genes 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N Fivefly Luciferin Natural products OC(=O)C1CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100027541 GTP-binding protein Rheb Human genes 0.000 description 1
- 102100025477 GTP-binding protein Rit1 Human genes 0.000 description 1
- 102100029974 GTPase HRas Human genes 0.000 description 1
- 102100039788 GTPase NRas Human genes 0.000 description 1
- 102100025334 Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100032610 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas Human genes 0.000 description 1
- 102100031561 Hamartin Human genes 0.000 description 1
- HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N Heparin Chemical compound OC1C(NC(=O)C)C(O)OC(COS(O)(=O)=O)C1OC1C(OS(O)(=O)=O)C(O)C(OC2C(C(OS(O)(=O)=O)C(OC3C(C(O)C(O)C(O3)C(O)=O)OS(O)(=O)=O)C(CO)O2)NS(O)(=O)=O)C(C(O)=O)O1 HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100022057 Hepatocyte nuclear factor 1-alpha Human genes 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000924266 Homo sapiens AT-rich interactive domain-containing protein 1A Proteins 0.000 description 1
- 101000924577 Homo sapiens Adenomatous polyposis coli protein Proteins 0.000 description 1
- 101000916173 Homo sapiens Catenin beta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000882584 Homo sapiens Estrogen receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000574654 Homo sapiens GTP-binding protein Rit1 Proteins 0.000 description 1
- 101000584633 Homo sapiens GTPase HRas Proteins 0.000 description 1
- 101000744505 Homo sapiens GTPase NRas Proteins 0.000 description 1
- 101000857888 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001014590 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas Proteins 0.000 description 1
- 101001014594 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short Proteins 0.000 description 1
- 101000795643 Homo sapiens Hamartin Proteins 0.000 description 1
- 101001045751 Homo sapiens Hepatocyte nuclear factor 1-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000599886 Homo sapiens Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101001014610 Homo sapiens Neuroendocrine secretory protein 55 Proteins 0.000 description 1
- 101001109719 Homo sapiens Nucleophosmin Proteins 0.000 description 1
- 101001126417 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000797903 Homo sapiens Protein ALEX Proteins 0.000 description 1
- 101000579425 Homo sapiens Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret Proteins 0.000 description 1
- 101000779418 Homo sapiens RAC-alpha serine/threonine-protein kinase Proteins 0.000 description 1
- 101000742859 Homo sapiens Retinoblastoma-associated protein Proteins 0.000 description 1
- 101000799466 Homo sapiens Thrombopoietin receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000819111 Homo sapiens Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000997832 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase JAK2 Proteins 0.000 description 1
- 101000934996 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase JAK3 Proteins 0.000 description 1
- 101001087416 Homo sapiens Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 Proteins 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 102100037845 Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N Luciferin Natural products CCc1c(C)c(CC2NC(=O)C(=C2C=C)C)[nH]c1Cc3[nH]c4C(=C5/NC(CC(=O)O)C(C)C5CC(=O)O)CC(=O)c4c3C DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010068353 MAP Kinase Kinase 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100025725 Mothers against decapentaplegic homolog 4 Human genes 0.000 description 1
- 101710143112 Mothers against decapentaplegic homolog 4 Proteins 0.000 description 1
- 108010026664 MutL Protein Homolog 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000013609 MutL Protein Homolog 1 Human genes 0.000 description 1
- 206010061309 Neoplasm progression Diseases 0.000 description 1
- 101100165729 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) stk-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 108010029755 Notch1 Receptor Proteins 0.000 description 1
- 102000001759 Notch1 Receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100022678 Nucleophosmin Human genes 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 description 1
- 102000014160 PTEN Phosphohydrolase Human genes 0.000 description 1
- 102100030485 Platelet-derived growth factor receptor alpha Human genes 0.000 description 1
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 102100028286 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret Human genes 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100033810 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase Human genes 0.000 description 1
- 101150020518 RHEB gene Proteins 0.000 description 1
- 101150111584 RHOA gene Proteins 0.000 description 1
- 102100038042 Retinoblastoma-associated protein Human genes 0.000 description 1
- 235000014548 Rubus moluccanus Nutrition 0.000 description 1
- 102000001332 SRC Human genes 0.000 description 1
- 108060006706 SRC Proteins 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 208000037065 Subacute sclerosing leukoencephalitis Diseases 0.000 description 1
- 206010042297 Subacute sclerosing panencephalitis Diseases 0.000 description 1
- 102100034196 Thrombopoietin receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100021386 Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100022387 Transforming protein RhoA Human genes 0.000 description 1
- 208000026487 Triploidy Diseases 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 description 1
- 102100033444 Tyrosine-protein kinase JAK2 Human genes 0.000 description 1
- 102100025387 Tyrosine-protein kinase JAK3 Human genes 0.000 description 1
- 102100033019 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 Human genes 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 1
- 101150036080 at gene Proteins 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 208000035269 cancer or benign tumor Diseases 0.000 description 1
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 108091092356 cellular DNA Proteins 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 239000003398 denaturant Substances 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J diphosphate(4-) Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 230000005669 field effect Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- LIYGYAHYXQDGEP-UHFFFAOYSA-N firefly oxyluciferin Natural products Oc1csc(n1)-c1nc2ccc(O)cc2s1 LIYGYAHYXQDGEP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 238000012268 genome sequencing Methods 0.000 description 1
- 210000003731 gingival crevicular fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 229960002897 heparin Drugs 0.000 description 1
- 229920000669 heparin Polymers 0.000 description 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000007654 immersion Methods 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 238000011005 laboratory method Methods 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 235000019689 luncheon sausage Nutrition 0.000 description 1
- 210000004880 lymph fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 1
- 238000007726 management method Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 description 1
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000005257 nucleotidylation Effects 0.000 description 1
- 238000012803 optimization experiment Methods 0.000 description 1
- JJVOROULKOMTKG-UHFFFAOYSA-N oxidized Photinus luciferin Chemical compound S1C2=CC(O)=CC=C2N=C1C1=NC(=O)CS1 JJVOROULKOMTKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000007841 sequencing by ligation Methods 0.000 description 1
- 238000010008 shearing Methods 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 239000010454 slate Substances 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 230000037439 somatic mutation Effects 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 210000004243 sweat Anatomy 0.000 description 1
- 210000001179 synovial fluid Anatomy 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 1
- 230000005751 tumor progression Effects 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 239000002569 water oil cream Substances 0.000 description 1
- 238000012070 whole genome sequencing analysis Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/10—Ploidy or copy number detection
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
- G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B99/00—Subject matter not provided for in other groups of this subclass
Abstract
Description
この出願は、2015年12月17日に出願された米国仮出願第62/269,051号(これは、その全体が参考として本明細書に援用される)に対する優先権を主張する。
本明細書において言及されているあらゆる刊行物、特許および特許出願は、あたかも個々の刊行物、特許または特許出願が、参照により組み込まれていると特にかつ個々に示されているのと同じ程度まで、参照により本明細書に組み込まれている。
用語「遺伝的バリアント」は、本明細書において、被験体の核酸試料またはゲノムにおける変更、バリアントまたは多型を一般に指す。かかる変更、バリアントまたは多型は、被験体または他の個体の参照ゲノムであり得る参照ゲノムに関するものであり得る。一塩基多型(SNP)は、多型の一形態である。一部の例では、1個または複数の多型は、1個または複数の一塩基変異(SNV)、挿入、欠失、反復、小規模な挿入、小規模な欠失、小規模な反復、構造的バリアント接合部、可変長タンデム反復および/または隣接配列を含む。コピー数バリアント(CNV)、トランスバージョンおよび他の再編成も、遺伝的変異の形態である。ゲノム変更(alternation)は、塩基変化、挿入、欠失、反復、コピー数変異またはトランスバージョンであり得る。
被験体の無細胞体液のDNA分子から配列決定リードを得るステップは、無細胞体液を得るステップを含むことができる。例示的な無細胞体液は、血清、血漿、血液、唾液、尿、滑液、全血、リンパ液、腹水、間質液もしくは細胞外液、歯肉溝滲出液(gingival crevicular fluid)、骨髄、脳脊髄液、唾液、粘液、痰、精液、汗、尿を含む細胞間の空間における流体、または他のいずれかの体液であるまたはこれに由来し得る。無細胞体液は、血漿、尿または脳脊髄液からなる群より選択され得る。無細胞体液は、血漿であり得る。無細胞体液は、尿であり得る。無細胞体液は、脳脊髄液であり得る。
グアニン−シトシン含量は、グアニンまたはシトシンのいずれかである、DNA分子の窒素含有塩基のパーセンテージである。遺伝子座のGC含量に関連する定量的尺度は、遺伝子座全体のGC含量であり得る。遺伝子座のGC含量に関連する定量的尺度は、遺伝子のエクソン領域のGC含量であり得る。遺伝子座のGC含量に関連する定量的尺度は、遺伝子座にマッピングするリードによって被覆される領域のGC含量であり得る。GC含量に関連する定量的尺度は、遺伝子座に対応する配列捕捉プローブのGC含量であり得る。遺伝子座のGC含量に関連する定量的尺度は、遺伝子座に対応する配列捕捉プローブのGC含量の中心傾向に関連する尺度であり得る。中心傾向に関連する尺度は、平均、中央値またはモード等、中心傾向のいずれかの尺度であり得る。中心傾向に関連する尺度は、中央値であり得る。所与の領域のGC含量は、該領域にわたるグアノシンおよびシトシン塩基の数を塩基の総数で割ることにより測定することができる。
配列決定リードカバレッジに関連する定量的尺度は、遺伝子座に対応するDNA分子に由来するリードの数を示す尺度である(例えば、参照ゲノム由来の特定の位置、塩基、領域、遺伝子または染色体)。リードを遺伝子座に関連付けるために、リードは、参照にマッピングまたは整列することができる。マッピングまたは整列を遂行するためのソフトウェア(例えば、Bowtie、BWA、mrsFAST、BLAST、BLAT)は、配列決定リードを遺伝子座と関連付けることができる。マッピングプロセスにおいて、特定のパラメータを最適化することができる。マッピングプロセスの最適化の非限定例は、反復領域のマスク;マッピング品質(例えば、MAPQ)スコアカットオフの利用;アラインメントを生成するための異なるシード長の使用;およびゲノムの位置間の編集距離の限定を含むことができる。
一般に、本明細書に記載されている方法を使用して、核酸試料におけるバリアントコール(variant calling)(例えば、コピー数バリアントの検出)の特異性および感度を増加させることができる。例えば、本方法は、データ試料におけるノイズまたは歪みの量を減少させ、検出される偽陽性バリアントの数を低下させることができる。ノイズおよび/または歪みが減少するにつれて、特異性および感度が増加する。ノイズは、シグナルへの望まれないランダムな付加であると考えることができる。歪みは、シグナルまたはシグナルの一部の大きさの変更であると考えることができる。
参照試料を使用して遺伝子座のバイアスを決定および除去する方法が、本明細書に開示されている。一部の事例では、参照試料は、がんを有しない被験体由来の無細胞DNA由来の配列決定リードである。一部の事例では、参照試料は、目的の遺伝子座にコピー数変異を実質的に欠くがん細胞を有する被験体由来の無細胞DNA由来の配列決定リードである。一部の事例では、参照試料は、がんを有する被験体由来の無細胞DNA由来の配列決定リードであり、この場合、コピー数変異を起こしたと疑われる領域が、分析から除外されている。一部の事例では、参照試料は、がんを有しない被験体由来の血漿試料である。一部の事例では、参照試料は、がんを有する被験体由来の血漿試料である。
推論されるコピー数の遺伝子レベル概要は、本明細書に開示されている通りに決定される、配列決定リードカバレッジの変換された定量的尺度に基づき決定することができる。コピー数は、高変動遺伝子座を破棄することにより上述の操作において選択されたベースラインと比べて推論することができる。例えば、残っている遺伝子座が、試料において二倍体であると推論される場合、配列決定カバレッジに関連する変換された定量的尺度が、ベースラインとは異なる遺伝子座は、腫瘍細胞においてコピー数変更を起こしたと推論される。一部の実例では、遺伝子レベルz−スコアは、プローブシグナルの観察される遺伝子レベル中央値、ならびに遺伝子および全ゲノム正常二倍体プローブシグナル標準偏差における観察されるプローブレベル標準偏差推定値を使用して計算される推定標準偏差を使用して計算される。
配列決定リードにおけるバリアントのマイナーアレル頻度を使用して、本明細書に記載されているコピー数の遺伝子レベル概要におけるエラーを検出し、エラーを補正する方法が、本明細書に提供される。無細胞体液由来の核酸由来の配列決定リードの10%〜90%の間、20%〜80%の間、30%〜70%の間、40%〜60%の間またはほぼ50%で存在する配列バリアントは、被験体の生殖系列配列に存在するヘテロ接合性バリアントであり得る。一部の実例では、遺伝子座は、上に記載されている通り、増幅を起こしたと決定された。バリアントの量は、推論されるコピー数と比較されて、バリアント頻度が、推論されるコピー数と一致しないかどうかを決定する。一例では、ヘテロ接合性遺伝子座は、ベースラインコピー数の決定に使用された遺伝子座(例えば、高変動遺伝子座の除外後に残っている遺伝子座)において試験することができる。一部の事例では、試料における多数の遺伝子座が増幅されており、このベースラインは誤同定され得る。このような場合、ヘテロ接合性は、1:1比から逸脱することがあり、不正確なベースライン化が検出および補正される。第2の例では、遺伝子座は、配列決定リードカバレッジに関連する変換された定量的尺度に基づき三倍体コピー数で存在すると推論することができる。被験体の生殖系列ゲノムが、遺伝子座の第1のアレルを有する一方の染色体を有し、第2の染色体が、第2のアレルを有した場合、第1または第2のアレルは、がん細胞において重複した可能性がある。
理論に制約されないが、歴史的臨床データの探索および合成スパイクインモデルシステムが関与する標的化実験に基づき、ベイト−cfDNA相互作用の支配機構であると仮定されるラングミュア様飽和モデルが、本明細書に開示されている。したがって、干渉するアッセイ効果(例えば、ライゲーション効率、PCR増幅バイアス、配列決定アーティファクト等)の非存在下で、ベイトプルダウンプロセスは、次の通りに表すことができる。
本開示は、本開示の方法を実施するようにプログラムされたコンピュータ制御システムを提供する。図12は、本開示の方法を実施するようにプログラムされたまたは他の仕方で構成されたコンピュータシステム1201を示す。コンピュータシステム1201は、シングルコアもしくはマルチコアプロセッサ、または並列処理のための複数のプロセッサとなり得る、中央処理装置(CPU、本明細書において同様に「プロセッサ」および「コンピュータプロセッサ」)1205を含む。コンピュータシステム1201は、メモリまたはメモリ位置1210(例えば、ランダムアクセスメモリ、リードオンリーメモリ、フラッシュメモリ)、電子記憶装置1215(例えば、ハードディスク)、1個または複数の他のシステムと通信するための通信インターフェース1220(例えば、ネットワークアダプタ)、ならびにキャッシュ、他のメモリ、データ記憶および/または電子ディスプレイアダプタ等の周辺機器1225も含む。メモリ1210、記憶装置1215、インターフェース1220および周辺機器1225は、マザーボード等、通信バス(実線)を介してCPU 1205と通信している。記憶装置1215は、データを記憶するためのデータ記憶装置(またはデータレポジトリ)であり得る。コンピュータシステム1201は、通信インターフェース1220を活用してコンピュータネットワーク(「ネットワーク」)1230に作動可能にカップリングされ得る。ネットワーク1230は、インターネット、インターネットおよび/もしくはエクストラネット、またはインターネットと通信したイントラネットおよび/もしくはエクストラネットであり得る。ネットワーク1230は、一部の事例では、遠隔通信および/またはデータネットワークである。ネットワーク1230は、ローカルエリアネットワークを含むことができる。ネットワーク1230は、クラウドコンピューティング等、分散型コンピューティングを可能にすることができる1個または複数のコンピュータサーバーを含むことができる。ネットワーク1230は、一部の事例では、コンピュータシステム1201を活用して、コンピュータシステム1201にカップリングされたデバイスが、クライアントまたはサーバーとして運転することを可能にし得るピアツーピア(peer−to−peer)ネットワークを実施することができる。
以前に生成されたコピー数変異スパイクインデータの試験は、生のリード計数およびUMC、ならびに根底にあるコピー数変化に対するプローブ/遺伝子レベルコピー数シグナル応答の両方における有意なプローブ間のシグナル変異を明らかにした。図2を参照されたい。図3は、試料におけるベイトの量に対する正規化カバレッジの非線形応答を実証する、3種の遺伝子(CCND1、CCND2およびERBB2)の推論的コピー数 対 理論的コピー数を例示する。これらの結果は、プルダウンにおけるベイト枯渇を示唆し、これは、特有の分子計数に相当に大きい差を有する同じ遺伝子内の隣接するプローブにおける次のベイトタイトレーション効果によって確認された(これにより、高い初期UMCを有するプローブに対するより速い特有の分子計数飽和を観察する)。
無細胞DNAを、がんを有する被験体から得、バーコード化配列決定ライブラリーを調製し、プローブセットによる配列捕捉によって癌遺伝子のパネルを濃縮し、バーコード化配列決定ライブラリーを配列決定する。配列決定リードを、参照ゲノムにマッピングし、そのバーコード配列およびマッピング位置に基づきファミリーへと折り畳む。プローブセット由来のプローブの中点に対応するゲノム座標毎に、該中点に及ぶリードファミリーの数を計数して、プローブ当たりのUMCを得る。中央値のプローブ当たりのUMCを遺伝子毎に決定する。「飽和平衡補正」を遂行するために、遺伝子をその中央値のプローブ当たりのGC含量によってグループ化する。中央値のプローブ当たりのUMCが、同様の中央値のプローブ当たりのGC含量を有する遺伝子と有意に異なる遺伝子を除去する。
本明細書に記載されている方法は、対照方法に対する本開示の方法において、ERBB2コピー数を測定することにより検証された。本開示の方法は、観察されるコピー数(CN) 対 理論的コピー数の線形応答を産生し、偽陽性CNV結果は、正常(健康)コホートで観察されない。図13を参照されたい。図13は、推論される遺伝子コピー数 対 理論的コピー数推定値を示し、黒塗りのドットは、ほぼ2の観察されるコピー数を表し(二倍体試料)、白抜きのドットは、検出される増幅事象を表し、太い水平破線は、平均遺伝子CNカットオフをマークする。図14も参照されたい。図14は、四角形によって対照データが表された、図13のデータを描写する。全CNVは、2.15コピーに下落する予想されるタイトレーション傾向に従った。さらに、本開示の方法は、変動の低下により、データにおける観察される「ノイズ」を減少させ、対照方法と比較してCNVが容易に識別されることを可能にした。図15の最も右側を参照されたい;三角形が本開示の方法を表す一方、Xは対照方法を表す。
Claims (41)
- (a)被験体の無細胞体液試料のデオキシリボ核酸(DNA)分子の配列決定リードを得るステップと、
(b)前記配列リードから、複数の遺伝子座における遺伝子座毎に配列決定リードカバレッジ(「リードカバレッジ」)に関連する定量的尺度を含む第1のデータセットを生成するステップと、
(c)飽和平衡補正およびプローブ効率補正を遂行することにより、前記第1のデータセットを補正するステップと、
(d)前記第1のデータセットについてベースラインリードカバレッジを決定するステップであって、前記ベースラインリードカバレッジが、飽和平衡およびプローブ効率に関連する、ステップと、
(e)前記ベースラインリードカバレッジと比べた前記複数の遺伝子座における遺伝子座毎のコピー数状態を決定するステップと
を含む、方法。 - 前記第1のデータセットが、複数の遺伝子座における遺伝子座毎に、前記遺伝子座のグアニン−シトシン含量(「GC含量」)に関連する定量的尺度を含む、請求項1に記載の方法。
- (c)に先立ち、前記第1のデータセットから、高変動遺伝子座である遺伝子座を除去するステップを含み、除去するステップが、
(i)グアニン−シトシン含量に関連する前記定量的尺度および前記遺伝子座の配列決定リードカバレッジの前記定量的尺度に関連するモデルを適合させるステップと、
(ii)前記第1のデータセットから、前記遺伝子座の少なくとも10%を除去するステップであって、前記モデルと最も異なる前記遺伝子座の少なくとも10%を除去し、これにより、ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットを提供するステップを含む、ステップと
を含む、請求項2に記載の方法。 - 前記遺伝子座の少なくとも45%を除去するステップを含む、請求項3に記載の方法。
- 飽和平衡補正を遂行するステップが、
(i)ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセット由来の遺伝子座毎に、前記遺伝子座に由来する前記試料由来のDNA分子の鎖が、前記配列決定リード内に表される確率に関連する定量的尺度を決定し、
(ii)ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットにおける前記リードカバレッジを、ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットの前記GC含量、およびベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットにおける各座位に由来するDNAの鎖が、前記配列決定リード内に表される確率に関連する前記定量的尺度の両方に関連付けることにより前記リードカバレッジのための第1の変換を決定し、
(iii)前記第1の変換を、ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセット由来の各遺伝子座の前記リードカバレッジに適用して、ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットの変換されたリードカバレッジの第1のセットを含む、飽和補正されたデータセットを提供する
ことにより、ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットを前記飽和補正されたデータセットへと変換するステップを含む、請求項3に記載の方法。 - 前記第1の変換を決定するステップが、(i)ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットの前記リードカバレッジの中心傾向に関連する尺度を決定するステップと、(ii)前記遺伝子座の前記GC含量、および前記遺伝子座に由来するDNAの鎖が、前記配列決定リード内に表される確率に関連する前記定量的尺度に基づき、ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットの前記リードカバレッジの前記中心傾向に関連する尺度を適合させる関数を決定するステップと、(iii)ベースライン化遺伝子座の前記第1のデータセットの遺伝子座毎に、前記関数によって予測されるリードカバレッジおよび前記リードカバレッジの間の差を決定するステップであって、前記差が、前記変換されたリードカバレッジである、ステップとを含む、請求項5に記載の方法。
- 前記関数が、表面近似である、請求項6に記載の方法。
- 前記表面近似が、二次元二次多項式である、請求項7に記載の方法。
- プローブ効率補正を遂行するステップが、
(i)前記飽和補正されたデータセットから、変換されたリードカバレッジの前記第1のセットに関して高変動遺伝子座である遺伝子座を除去し、これにより、ベースライン化遺伝子座の第2のデータセットを提供し、
(ii)ベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセットの前記プローブ効率に関連する変換されたリードカバレッジの前記第1のセットのための第2の変換を決定し、
(iii)前記第2の変換を用いて、ベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセットの変換されたリードカバレッジの前記第1のセットを変換し、これにより、ベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセットの変換されたリードカバレッジの第2のセットを含む、プローブ効率補正されたデータセットを提供する
ことにより、前記飽和補正されたデータセットを前記プローブ効率補正されたデータセットへと変換するステップを含む、請求項5に記載の方法。 - 前記第1のデータセットから、高変動遺伝子座である遺伝子座を除去するステップが、
(i)前記GC含量および前記飽和補正されたデータセットの変換されたリードカバレッジの前記第1のセットに関連するモデルを適合させるステップと、
(ii)飽和補正されたデータセットから、前記遺伝子座の少なくとも10%を除去するステップであって、前記モデルと最も異なる遺伝子座を除去し、これにより、ベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセットを提供するステップを含む、ステップと
を含む、請求項9に記載の方法。 - 前記遺伝子座の少なくとも45%を除去するステップを含む、請求項10に記載の方法。
- 前記プローブ効率が、1種または複数の参照試料において前記飽和平衡補正を遂行することにより決定され、前記プローブ効率が、前記飽和平衡補正を遂行することにより得られる前記変換されたリードカバレッジである、請求項9に記載の方法。
- 前記1種または複数の参照試料が、がんを有しない被験体由来の無細胞体液試料である、請求項12に記載の方法。
- 前記1種または複数の参照試料が、がんを有する被験体由来の無細胞体液試料であり、対応する遺伝子座が、コピー数変更を起こしていない、請求項12に記載の方法。
- 前記第2の変換を決定するステップが、(i)前記1種または複数の参照試料由来の前記遺伝子座について決定された前記プローブ効率を、ベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセット由来のリードカバレッジの前記第1のセットに適合させるステップと、(ii)ベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセットの各遺伝子座の前記変換されたリードカバレッジを、(i)の前記適合に基づき予測されるプローブ効率で割るステップとを含む、請求項12に記載の方法。
- (g)ベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセットの前記変換されたリードカバレッジを、ベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセットの前記GC含量、およびベースライン化遺伝子座の前記第2のデータセットにおける前記各座位に由来するDNAの鎖が、前記配列決定リード内に表される確率に関連する前記定量的尺度の両方に関連付けることにより、変換されたリードカバレッジの前記第2のセットのための第3の変換を決定するステップと、
(h)前記第3の変換を、変換されたリードカバレッジの前記第2のセットに適用して、変換された定量的リードカバレッジの第3のセットを含む、第4のデータセットを提供するステップと
をさらに含む、請求項5に記載の方法。 - 前記無細胞体液試料の前記DNAが、遺伝子座の前記セット由来の前記遺伝子座の少なくとも一部分に相補的な1種または複数のオリゴヌクレオチドプローブを使用して、遺伝子座の前記セットについて濃縮される、請求項1に記載の方法。
- 遺伝子座の前記セット由来の各遺伝子座の前記GC含量が、遺伝子座の前記セット由来の前記遺伝子座の少なくとも一部分に相補的な前記1種または複数のオリゴヌクレオチドプローブのグアニン−シトシン含量の中心傾向に関連する尺度である、請求項17に記載の方法。
- 前記遺伝子座の前記リードカバレッジが、前記1種または複数のオリゴヌクレオチドプローブに対応する前記遺伝子座の領域の前記リードカバレッジの中心傾向に関連する尺度である、請求項17に記載の方法。
- 飽和平衡補正を遂行する前記ステップおよびプローブ効率補正を遂行する前記ステップが、ラングミュアモデルを適合させるステップを含み、前記ラングミュアモデルが、プローブ効率(K)および飽和平衡定数(Isat)を含む、請求項17に記載の方法。
- KおよびIsatが、前記1種または複数のオリゴヌクレオチドプローブにおけるオリゴヌクレオチドプローブ毎に経験的に決定される、請求項20に記載の方法。
- 飽和平衡補正を遂行するステップおよびプローブ補正を遂行するステップが、前記遺伝子座の前記リードカバレッジを、前記遺伝子座が同一コピー数状態で存在することを仮定して前記ラングミュアモデルに適合させ、これにより、ベースラインリードカバレッジを提供するステップを含む、請求項21に記載の方法。
- 前記同一コピー数状態が、二倍体である、請求項22に記載の方法。
- 前記ベースラインリードカバレッジが、前記プローブ効率および前記飽和平衡に依存する関数である、請求項22に記載の方法。
- コピー数状態を決定するステップが、前記遺伝子座の前記リードカバレッジを前記ベースラインリードカバレッジと比較するステップを含む、請求項22に記載の方法。
- 前記無細胞体液が、血清、血漿、尿および脳脊髄液からなる群より選択される、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
- 前記リードカバレッジが、前記配列決定リードを参照ゲノムにマッピングすることにより決定される、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
- 前記配列決定リードを得るステップが、アダプターを、前記被験体由来の前記無細胞体液由来の前記DNA分子にライゲーションするステップを含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
- 前記DNA分子が、二重鎖DNA分子であり、各アダプターが、前記DNA分子の相補鎖を異なる形でタグ付けして、タグ付けされた鎖を提供するように、前記アダプターが、前記二重鎖DNA分子にライゲーションされる、請求項28に記載の方法。
- 前記遺伝子座に由来するDNAの鎖が、前記配列決定リード内に表される確率に関連する前記定量的尺度を決定するステップが、配列決定リードを対になったリードおよび対にならないリードへと選別するステップを含み、(i)各対になったリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第1のタグ付けされた鎖および第2の異なる形でタグ付けされた相補鎖から生成される配列リードに対応し、(ii)各対にならないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第2の異なる形でタグ付けされた相補鎖を有しない第1のタグ付けされた鎖を表す、請求項29に記載の方法。
- 1種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする、(i)前記対になったリードおよび(ii)前記対にならないリードの定量的尺度を決定して、各座位にマッピングする対になったリードおよび対にならないリードに関連する前記定量的尺度に基づき、前記1種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする、前記試料における総二本鎖DNA分子に関連する定量的尺度を決定するステップをさらに含む、請求項30に記載の方法。
- 前記アダプターが、バーコード配列を含む、請求項28に記載の方法。
- 前記リードカバレッジを決定するステップが、前記参照ゲノムへの前記配列決定リードの前記マッピングの位置および前記バーコード配列に基づき、前記配列決定リードを折り畳むステップを含む、請求項32に記載の方法。
- 前記遺伝子座が、1種または複数の癌遺伝子を含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
- 前記被験体の生殖系列ゲノムがヘテロ接合性である前記ベースライン化遺伝子座内におけるバリアントの相対量を決定することにより、前記ベースライン化遺伝子座の少なくともサブセットが、前記被験体の前記腫瘍細胞においてコピー数変更を起こしたことを決定するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
- 前記バリアントの前記相対量が、ほぼ等しいわけではない、請求項35に記載の方法。
- 前記バリアントの前記相対量がほぼ等しいわけではない前記ベースライン化遺伝子座が、前記ベースライン化遺伝子座から除去され、これにより、アレル頻度補正されたベースライン化遺伝子座を提供する、請求項36に記載の方法。
- 前記アレル頻度補正されたベースライン化遺伝子座が、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法において前記ベースライン化座位として使用される、請求項37に記載の方法。
- (a)メモリに、被験体の無細胞体液試料のデオキシリボ核酸(DNA)分子の配列決定リードを受け取るステップと、
(b)コンピュータプロセッサを用いてコードを実行して、次のステップ:
(i)前記配列リードから、複数の遺伝子座における遺伝子座毎に配列決定リードカバレッジ(「リードカバレッジ」)に関連する定量的尺度を含む第1のデータセットを生成するステップと、
(ii)飽和平衡補正およびプローブ効率補正を遂行することにより、前記第1のデータセットを補正するステップと、
(iii)前記第1のデータセットについてベースラインリードカバレッジを決定するステップであって、前記ベースラインリードカバレッジが、飽和平衡およびプローブ効率に関連する、ステップと、
(iv)前記ベースラインリードカバレッジと比べた前記複数の遺伝子座における遺伝子座毎のコピー数状態を決定するステップと
を遂行するステップと
を含む、方法。 - (a)ネットワークと、
(b)前記ネットワークに接続された、核酸配列データを記憶するように構成されたコンピュータメモリを含むデータベースと、
(c)前記ネットワークに接続された、コンピュータメモリおよび1個または複数のコンピュータプロセッサを含むバイオインフォマティクスコンピュータと
を含むシステムであって、
前記コンピュータが、前記1個または複数のコンピュータプロセッサによって実行されると、前記データベースに記憶された前記核酸配列データをコピーし、前記コピーされたデータを前記バイオインフォマティクスコンピュータにおけるメモリに書き出し、以下:
(i)前記核酸配列データから、複数の遺伝子座における遺伝子座毎に配列決定リードカバレッジ(「リードカバレッジ」)に関連する定量的尺度を含む第1のデータセットを生成するステップと、
(ii)飽和平衡補正およびプローブ効率補正を遂行することにより、前記第1のデータセットを補正するステップと、
(iii)前記第1のデータセットについてベースラインリードカバレッジを決定するステップであって、前記ベースラインリードカバレッジが、飽和平衡およびプローブ効率に関連する、ステップと、
(iv)前記ベースラインリードカバレッジと比べた前記複数の遺伝子座における遺伝子座毎のコピー数状態を決定するステップと
を含むステップを遂行する、機械実行可能なコードをさらに含む、システム。 - 前記データベースが、核酸シーケンサーに接続されている、請求項40に記載のシステム。
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2021064099A JP2021101732A (ja) | 2015-12-17 | 2021-04-05 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
JP2023108348A JP2023126874A (ja) | 2015-12-17 | 2023-06-30 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201562269051P | 2015-12-17 | 2015-12-17 | |
US62/269,051 | 2015-12-17 | ||
PCT/US2016/067356 WO2017106768A1 (en) | 2015-12-17 | 2016-12-16 | Methods to determine tumor gene copy number by analysis of cell-free dna |
Related Child Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2021064099A Division JP2021101732A (ja) | 2015-12-17 | 2021-04-05 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
JP2023108348A Division JP2023126874A (ja) | 2015-12-17 | 2023-06-30 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2019507585A true JP2019507585A (ja) | 2019-03-22 |
JP2019507585A5 JP2019507585A5 (ja) | 2020-01-30 |
Family
ID=59057742
Family Applications (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018531350A Withdrawn JP2019507585A (ja) | 2015-12-17 | 2016-12-16 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
JP2021064099A Pending JP2021101732A (ja) | 2015-12-17 | 2021-04-05 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
JP2023108348A Pending JP2023126874A (ja) | 2015-12-17 | 2023-06-30 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
Family Applications After (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2021064099A Pending JP2021101732A (ja) | 2015-12-17 | 2021-04-05 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
JP2023108348A Pending JP2023126874A (ja) | 2015-12-17 | 2023-06-30 | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US20170240973A1 (ja) |
EP (1) | EP3390668A4 (ja) |
JP (3) | JP2019507585A (ja) |
CN (2) | CN117174167A (ja) |
CA (1) | CA3008651A1 (ja) |
SG (1) | SG11201805119QA (ja) |
WO (1) | WO2017106768A1 (ja) |
Families Citing this family (27)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US9476095B2 (en) | 2011-04-15 | 2016-10-25 | The Johns Hopkins University | Safe sequencing system |
US9892230B2 (en) | 2012-03-08 | 2018-02-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma |
CN104956225B (zh) | 2012-10-29 | 2018-10-02 | 约翰·霍普金斯大学 | 卵巢和子宫内膜癌的帕帕尼科拉乌测试 |
US10364467B2 (en) | 2015-01-13 | 2019-07-30 | The Chinese University Of Hong Kong | Using size and number aberrations in plasma DNA for detecting cancer |
US11286531B2 (en) | 2015-08-11 | 2022-03-29 | The Johns Hopkins University | Assaying ovarian cyst fluid |
US20190287645A1 (en) * | 2016-07-06 | 2019-09-19 | Guardant Health, Inc. | Methods for fragmentome profiling of cell-free nucleic acids |
US9850523B1 (en) | 2016-09-30 | 2017-12-26 | Guardant Health, Inc. | Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids |
KR20210158870A (ko) | 2016-09-30 | 2021-12-31 | 가던트 헬쓰, 인크. | 무세포 핵산의 다중-해상도 분석 방법 |
US20180225413A1 (en) * | 2016-12-22 | 2018-08-09 | Grail, Inc. | Base Coverage Normalization and Use Thereof in Detecting Copy Number Variation |
EP3665308A1 (en) | 2017-08-07 | 2020-06-17 | The Johns Hopkins University | Methods and materials for assessing and treating cancer |
WO2019055835A1 (en) * | 2017-09-15 | 2019-03-21 | The Regents Of The University Of California | DETECTION OF SOMATIC MONONUCLEOTIDE VARIANTS FROM ACELLULAR NUCLEIC ACID WITH APPLICATION TO MINIMUM RESIDUAL DISEASE SURVEILLANCE |
CA3098321A1 (en) | 2018-06-01 | 2019-12-05 | Grail, Inc. | Convolutional neural network systems and methods for data classification |
AU2019351130A1 (en) | 2018-09-27 | 2021-04-08 | Grail, Llc | Methylation markers and targeted methylation probe panel |
WO2020092807A1 (en) * | 2018-10-31 | 2020-05-07 | Guardant Health, Inc. | Methods, compositions and systems for calibrating epigenetic partitioning assays |
CN110232951B (zh) * | 2018-12-06 | 2023-08-01 | 苏州金唯智生物科技有限公司 | 判断测序数据饱和的方法、计算机可读介质和应用 |
US11581062B2 (en) | 2018-12-10 | 2023-02-14 | Grail, Llc | Systems and methods for classifying patients with respect to multiple cancer classes |
JP2022519045A (ja) | 2019-01-31 | 2022-03-18 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | 無細胞dnaを単離するための組成物および方法 |
WO2020186024A1 (en) * | 2019-03-13 | 2020-09-17 | Grail, Inc. | Systems and methods for enriching for cancer-derived fragments using fragment size |
US11211144B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay |
US11211147B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing |
US11475981B2 (en) | 2020-02-18 | 2022-10-18 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay |
WO2023282916A1 (en) | 2021-07-09 | 2023-01-12 | Guardant Health, Inc. | Methods of detecting genomic rearrangements using cell free nucleic acids |
WO2022046947A1 (en) | 2020-08-25 | 2022-03-03 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for predicting an origin of a variant |
EP4305200A1 (en) | 2021-03-09 | 2024-01-17 | Guardant Health, Inc. | Detecting the presence of a tumor based on off-target polynucleotide sequencing data |
WO2023023402A2 (en) | 2021-08-20 | 2023-02-23 | Guardant Health, Inc. | Methods for simultaneous molecular and sample barcoding |
WO2023150633A2 (en) | 2022-02-02 | 2023-08-10 | Guardant Health, Inc. | Multifunctional primers for paired sequencing reads |
US20240052419A1 (en) * | 2022-08-10 | 2024-02-15 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting genetic variants |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014039556A1 (en) * | 2012-09-04 | 2014-03-13 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
WO2015100427A1 (en) * | 2013-12-28 | 2015-07-02 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting genetic variants |
Family Cites Families (285)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4725536A (en) | 1985-09-19 | 1988-02-16 | Genetics Institute, Inc. | Reagent polynucleotide complex with multiple target binding regions, and kit and methods |
US6150517A (en) | 1986-11-24 | 2000-11-21 | Gen-Probe | Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms |
US4942124A (en) | 1987-08-11 | 1990-07-17 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex sequencing |
US5149625A (en) | 1987-08-11 | 1992-09-22 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex analysis of DNA |
US5124246A (en) | 1987-10-15 | 1992-06-23 | Chiron Corporation | Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same |
US5656731A (en) | 1987-10-15 | 1997-08-12 | Chiron Corporation | Nucleic acid-amplified immunoassay probes |
US5925525A (en) | 1989-06-07 | 1999-07-20 | Affymetrix, Inc. | Method of identifying nucleotide differences |
US6040138A (en) | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
US6551784B2 (en) | 1989-06-07 | 2003-04-22 | Affymetrix Inc | Method of comparing nucleic acid sequences |
US5744101A (en) | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5871928A (en) | 1989-06-07 | 1999-02-16 | Fodor; Stephen P. A. | Methods for nucleic acid analysis |
US6309822B1 (en) | 1989-06-07 | 2001-10-30 | Affymetrix, Inc. | Method for comparing copy number of nucleic acid sequences |
US5424186A (en) | 1989-06-07 | 1995-06-13 | Affymax Technologies N.V. | Very large scale immobilized polymer synthesis |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5200314A (en) | 1990-03-23 | 1993-04-06 | Chiron Corporation | Polynucleotide capture assay employing in vitro amplification |
US6582908B2 (en) | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
WO1992010588A1 (en) | 1990-12-06 | 1992-06-25 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing by hybridization of a target nucleic acid to a matrix of defined oligonucleotides |
US5981179A (en) | 1991-11-14 | 1999-11-09 | Digene Diagnostics, Inc. | Continuous amplification reaction |
US5424413A (en) | 1992-01-22 | 1995-06-13 | Gen-Probe Incorporated | Branched nucleic acid probes |
US5573905A (en) | 1992-03-30 | 1996-11-12 | The Scripps Research Institute | Encoded combinatorial chemical libraries |
US6020124A (en) | 1992-04-27 | 2000-02-01 | Trustees Of Dartmouth College | Detection of soluble gene sequences in biological fluids |
US5981176A (en) | 1992-06-17 | 1999-11-09 | City Of Hope | Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
WO1995000530A1 (en) | 1993-06-25 | 1995-01-05 | Affymax Technologies N.V. | Hybridization and sequencing of nucleic acids |
US5500356A (en) | 1993-08-10 | 1996-03-19 | Life Technologies, Inc. | Method of nucleic acid sequence selection |
US6309823B1 (en) | 1993-10-26 | 2001-10-30 | Affymetrix, Inc. | Arrays of nucleic acid probes for analyzing biotransformation genes and methods of using the same |
US5681697A (en) | 1993-12-08 | 1997-10-28 | Chiron Corporation | Solution phase nucleic acid sandwich assays having reduced background noise and kits therefor |
CH686982A5 (fr) | 1993-12-16 | 1996-08-15 | Maurice Stroun | Méthode pour le diagnostic de cancers. |
US20030017081A1 (en) | 1994-02-10 | 2003-01-23 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
US5714330A (en) | 1994-04-04 | 1998-02-03 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage |
US6013445A (en) | 1996-06-06 | 2000-01-11 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors |
WO1998053300A2 (en) | 1997-05-23 | 1998-11-26 | Lynx Therapeutics, Inc. | System and apparaus for sequential processing of analytes |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US5695934A (en) | 1994-10-13 | 1997-12-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides |
US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US6600996B2 (en) | 1994-10-21 | 2003-07-29 | Affymetrix, Inc. | Computer-aided techniques for analyzing biological sequences |
ATE340866T1 (de) | 1994-10-28 | 2006-10-15 | Gen Probe Inc | Zusammensetzungen und verfahren für die gleichzeitige detektion und quantifizierung von einer mehrheit spezifischer nuklein säure sequenzen |
US5750341A (en) | 1995-04-17 | 1998-05-12 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions |
US5648245A (en) | 1995-05-09 | 1997-07-15 | Carnegie Institution Of Washington | Method for constructing an oligonucleotide concatamer library by rolling circle replication |
US5968740A (en) | 1995-07-24 | 1999-10-19 | Affymetrix, Inc. | Method of Identifying a Base in a Nucleic Acid |
GB9516636D0 (en) | 1995-08-14 | 1995-10-18 | Univ London | In-situ nucleic acid amplification and detection |
US5763175A (en) | 1995-11-17 | 1998-06-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Simultaneous sequencing of tagged polynucleotides |
US5854033A (en) | 1995-11-21 | 1998-12-29 | Yale University | Rolling circle replication reporter systems |
US6156504A (en) | 1996-03-15 | 2000-12-05 | The Penn State Research Foundation | Detection of extracellular tumor-associated nucleic acid in blood plasma or serum using nucleic acid amplification assays |
DK0938320T3 (da) | 1996-03-26 | 2010-10-18 | Michael S Kopreski | Metode til at ud af plasma eller serum tilvejebringe ekstraheret ekstracellulært RNA for at detektere, overvåge eller vurdere cancer |
US6458530B1 (en) | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
US6300077B1 (en) | 1996-08-14 | 2001-10-09 | Exact Sciences Corporation | Methods for the detection of nucleic acids |
GB9620209D0 (en) | 1996-09-27 | 1996-11-13 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
WO1998015644A2 (en) | 1996-09-27 | 1998-04-16 | The Chinese University Of Hong Kong | Parallel polynucleotide sequencing method |
US6124092A (en) | 1996-10-04 | 2000-09-26 | The Perkin-Elmer Corporation | Multiplex polynucleotide capture methods and compositions |
US6117631A (en) | 1996-10-29 | 2000-09-12 | Polyprobe, Inc. | Detection of antigens via oligonucleotide antibody conjugates |
US6046005A (en) | 1997-01-15 | 2000-04-04 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators comprising a cleavable linking group |
WO1999028505A1 (en) | 1997-12-03 | 1999-06-10 | Curagen Corporation | Methods and devices for measuring differential gene expression |
US6054276A (en) | 1998-02-23 | 2000-04-25 | Macevicz; Stephen C. | DNA restriction site mapping |
US6787308B2 (en) | 1998-07-30 | 2004-09-07 | Solexa Ltd. | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
WO2000012687A1 (en) | 1998-08-28 | 2000-03-09 | Invitrogen Corporation | System for the rapid manipulation of nucleic acid sequences |
US6653077B1 (en) | 1998-09-04 | 2003-11-25 | Lynx Therapeutics, Inc. | Method of screening for genetic polymorphism |
US6503718B2 (en) | 1999-01-10 | 2003-01-07 | Exact Sciences Corporation | Methods for detecting mutations using primer extension for detecting disease |
GB9901475D0 (en) | 1999-01-22 | 1999-03-17 | Pyrosequencing Ab | A method of DNA sequencing |
WO2000046402A1 (en) | 1999-02-05 | 2000-08-10 | Amersham Pharmacia Biotech Uk Limited | Genomic analysis method |
US6629040B1 (en) | 1999-03-19 | 2003-09-30 | University Of Washington | Isotope distribution encoded tags for protein identification |
WO2000058516A2 (en) | 1999-03-26 | 2000-10-05 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Universal arrays |
WO2000061808A2 (en) | 1999-04-09 | 2000-10-19 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for detecting nucleic acids indicative of cancer |
CA2644688C (en) | 1999-04-20 | 2012-11-13 | Kankyo Engineering Co., Ltd. | Method for determining a concentration of target nucleic acid molecules, nucleic acid probes for the method, and method for analysing data obtained by the method |
US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
US6242186B1 (en) | 1999-06-01 | 2001-06-05 | Oy Jurilab Ltd. | Method for detecting a risk of cancer and coronary heart disease and kit therefor |
US6818395B1 (en) | 1999-06-28 | 2004-11-16 | California Institute Of Technology | Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences |
US6326148B1 (en) | 1999-07-12 | 2001-12-04 | The Regents Of The University Of California | Detection of copy number changes in colon cancer |
US6440706B1 (en) | 1999-08-02 | 2002-08-27 | Johns Hopkins University | Digital amplification |
US6849403B1 (en) | 1999-09-08 | 2005-02-01 | Exact Sciences Corporation | Apparatus and method for drug screening |
US6586177B1 (en) | 1999-09-08 | 2003-07-01 | Exact Sciences Corporation | Methods for disease detection |
EP1218543A2 (en) | 1999-09-29 | 2002-07-03 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
ATE458831T1 (de) | 1999-12-07 | 2010-03-15 | Exact Sciences Corp | Verfahren zum nachweis von lungenneoplasmen in fäkalen proben |
US6489114B2 (en) | 1999-12-17 | 2002-12-03 | Bio Merieux | Process for labeling a ribonucleic acid, and labeled RNA fragments which are obtained thereby |
AU2001238068A1 (en) | 2000-02-07 | 2001-08-14 | Illumina, Inc. | Nucleic acid detection methods using universal priming |
US20020072058A1 (en) | 2000-03-24 | 2002-06-13 | Voelker Leroy L. | Method for amplifying quinolone-resistance-determining-regions and identifying polymorphic variants thereof |
US20030207300A1 (en) | 2000-04-28 | 2003-11-06 | Matray Tracy J. | Multiplex analytical platform using molecular tags |
EP1158055A1 (fr) | 2000-05-26 | 2001-11-28 | Xu Qi University of Teaxs Laboratoire de Leucémie Chen | Méthode pour le diagnostic de cancers |
AU2002246612B2 (en) | 2000-10-24 | 2007-11-01 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Direct multiplex characterization of genomic DNA |
US20020142345A1 (en) | 2000-12-22 | 2002-10-03 | Nelsen Anita J. | Methods for encoding and decoding complex mixtures in arrayed assays |
US20030049616A1 (en) | 2001-01-08 | 2003-03-13 | Sydney Brenner | Enzymatic synthesis of oligonucleotide tags |
JP5073888B2 (ja) | 2001-03-28 | 2012-11-14 | 花王株式会社 | 静電荷像現像用トナー |
CA2344599C (en) | 2001-05-07 | 2011-07-12 | Bioneer Corporation | Selective polymerase chain reaction of dna of which base sequence is completely unknown |
US7406385B2 (en) | 2001-10-25 | 2008-07-29 | Applera Corporation | System and method for consensus-calling with per-base quality values for sample assemblies |
ES2253461T3 (es) | 2002-03-05 | 2006-06-01 | Epigenomics Ag | Procedimiento y dispositivo para la determinacion de la especificidad del tejido y del adn que flota libre en tejidos corporales. |
US20030186251A1 (en) | 2002-04-01 | 2003-10-02 | Brookhaven Science Associates, Llc | Genome sequence tags |
US7727720B2 (en) | 2002-05-08 | 2010-06-01 | Ravgen, Inc. | Methods for detection of genetic disorders |
US7822555B2 (en) | 2002-11-11 | 2010-10-26 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying DNA copy number changes |
CA2505472A1 (en) | 2002-11-11 | 2004-05-27 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying dna copy number changes |
US10229244B2 (en) | 2002-11-11 | 2019-03-12 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying DNA copy number changes using hidden markov model based estimations |
US7704687B2 (en) | 2002-11-15 | 2010-04-27 | The Johns Hopkins University | Digital karyotyping |
US20040209299A1 (en) | 2003-03-07 | 2004-10-21 | Rubicon Genomics, Inc. | In vitro DNA immortalization and whole genome amplification using libraries generated from randomly fragmented DNA |
WO2006102264A1 (en) | 2005-03-18 | 2006-09-28 | Fluidigm Corporation | Thermal reaction device and method for using the same |
US20040259118A1 (en) | 2003-06-23 | 2004-12-23 | Macevicz Stephen C. | Methods and compositions for nucleic acid sequence analysis |
EP1641809B2 (en) | 2003-07-05 | 2018-10-03 | The Johns Hopkins University | Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations |
DE60328193D1 (de) | 2003-10-16 | 2009-08-13 | Sequenom Inc | Nicht invasiver Nachweis fötaler genetischer Merkmale |
DE10348407A1 (de) | 2003-10-17 | 2005-05-19 | Widschwendter, Martin, Prof. | Prognostische und diagnostische Marker für Zell-proliferative Erkrankungen von Brustgeweben |
US20070111233A1 (en) | 2003-10-30 | 2007-05-17 | Bianchi Diana W | Prenatal diagnosis using cell-free fetal DNA in amniotic fluid |
EP2202322A1 (en) | 2003-10-31 | 2010-06-30 | AB Advanced Genetic Analysis Corporation | Methods for producing a paired tag from a nucleic acid sequence and methods of use thereof |
JP2007524410A (ja) | 2004-01-23 | 2007-08-30 | リングヴィテ エーエス | ポリヌクレオチドライゲーション反応の改良 |
US7217522B2 (en) | 2004-02-12 | 2007-05-15 | Campass Genetics Llc | Genetic analysis by sequence-specific sorting |
US20100216153A1 (en) | 2004-02-27 | 2010-08-26 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for detecting fetal nucleic acids and diagnosing fetal abnormalities |
US20060046258A1 (en) | 2004-02-27 | 2006-03-02 | Lapidus Stanley N | Applications of single molecule sequencing |
US20050250147A1 (en) | 2004-05-10 | 2005-11-10 | Macevicz Stephen C | Digital profiling of polynucleotide populations |
US7276720B2 (en) | 2004-07-19 | 2007-10-02 | Helicos Biosciences Corporation | Apparatus and methods for analyzing samples |
US20060035258A1 (en) | 2004-08-06 | 2006-02-16 | Affymetrix, Inc. | Methods for identifying DNA copy number changes |
US7937225B2 (en) | 2004-09-03 | 2011-05-03 | New York University | Systems, methods and software arrangements for detection of genome copy number variation |
EP1647600A3 (en) | 2004-09-17 | 2006-06-28 | Affymetrix, Inc. (A US Entity) | Methods for identifying biological samples by addition of nucleic acid bar-code tags |
US9109256B2 (en) | 2004-10-27 | 2015-08-18 | Esoterix Genetic Laboratories, Llc | Method for monitoring disease progression or recurrence |
US7424371B2 (en) | 2004-12-21 | 2008-09-09 | Helicos Biosciences Corporation | Nucleic acid analysis |
US7393665B2 (en) | 2005-02-10 | 2008-07-01 | Population Genetics Technologies Ltd | Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides |
ITRM20050068A1 (it) | 2005-02-17 | 2006-08-18 | Istituto Naz Per Le Malattie I | Metodo per la rivelazione di acidi nucleici di agenti patogeni batterici o di parassiti nelle urine. |
WO2006099604A2 (en) | 2005-03-16 | 2006-09-21 | Compass Genetics, Llc | Methods and compositions for assay readouts on multiple analytical platforms |
EP1712639B1 (en) | 2005-04-06 | 2008-08-27 | Maurice Stroun | Method for the diagnosis of cancer by detecting circulating DNA and RNA |
WO2007145612A1 (en) | 2005-06-06 | 2007-12-21 | 454 Life Sciences Corporation | Paired end sequencing |
US20070020640A1 (en) | 2005-07-21 | 2007-01-25 | Mccloskey Megan L | Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis |
US7666593B2 (en) | 2005-08-26 | 2010-02-23 | Helicos Biosciences Corporation | Single molecule sequencing of captured nucleic acids |
EP1929039B2 (en) | 2005-09-29 | 2013-11-20 | Keygene N.V. | High throughput screening of mutagenized populations |
US7329860B2 (en) | 2005-11-23 | 2008-02-12 | Illumina, Inc. | Confocal imaging methods and apparatus |
US7537897B2 (en) | 2006-01-23 | 2009-05-26 | Population Genetics Technologies, Ltd. | Molecular counting |
US20070172839A1 (en) | 2006-01-24 | 2007-07-26 | Smith Douglas R | Asymmetrical adapters and methods of use thereof |
US8383338B2 (en) | 2006-04-24 | 2013-02-26 | Roche Nimblegen, Inc. | Methods and systems for uniform enrichment of genomic regions |
US7702468B2 (en) | 2006-05-03 | 2010-04-20 | Population Diagnostics, Inc. | Evaluating genetic disorders |
WO2007137187A2 (en) | 2006-05-18 | 2007-11-29 | Molecular Profiling Institute, Inc. | System and method for determining individualized medical intervention for a disease state |
WO2008111990A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-09-18 | Cellpoint Diagnostics, Inc. | Rare cell analysis using sample splitting and dna tags |
FR2904833A1 (fr) | 2006-08-11 | 2008-02-15 | Bioquanta Sarl | Procede de dosage d'acide nuclieque par fluorescence |
US7754429B2 (en) | 2006-10-06 | 2010-07-13 | Illumina Cambridge Limited | Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides |
EP2518162B1 (en) | 2006-11-15 | 2018-03-07 | Biospherex LLC | Multitag sequencing and ecogenomics analysis |
US20110014607A1 (en) | 2006-12-06 | 2011-01-20 | Jirtle Randy L | Imprinted genes and disease |
US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
MX2009007987A (es) | 2007-01-25 | 2010-03-01 | Dana Farber Cancer Inst Inc | Uso de anticuerpos anti-egfr en el tratamiento de enfermedad mediada por egfr mutante. |
WO2008092150A1 (en) | 2007-01-26 | 2008-07-31 | Illumina, Inc. | Nucleic acid sequencing system and method |
AR065687A1 (es) | 2007-03-13 | 2009-06-24 | Amgen Inc | Metodo para determinar la presencia o no de una mutacion k-ras y terapia con anticuerpos anti-egfr |
WO2008148072A2 (en) | 2007-05-24 | 2008-12-04 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Disease-associated genetic variations and methods for obtaining and using same |
CA2689356A1 (en) | 2007-06-01 | 2008-12-11 | 454 Life Sciences Corporation | System and meth0d for identification of individual samples from a multiplex mixture |
CA2689626C (en) | 2007-06-06 | 2016-10-25 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and processes for calling bases in sequence by incorporation methods |
US20090029377A1 (en) | 2007-07-23 | 2009-01-29 | The Chinese University Of Hong Kong | Diagnosing fetal chromosomal aneuploidy using massively parallel genomic sequencing |
US20100112590A1 (en) | 2007-07-23 | 2010-05-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment |
US20090053719A1 (en) | 2007-08-03 | 2009-02-26 | The Chinese University Of Hong Kong | Analysis of nucleic acids by digital pcr |
JP5707132B2 (ja) | 2007-09-07 | 2015-04-22 | フルイダイム コーポレイション | コピー数変動の決定、方法およびシステム |
EP3144672B1 (en) | 2007-11-21 | 2018-08-22 | Cosmosid Inc. | Genome identification system |
US20110171640A1 (en) | 2008-02-12 | 2011-07-14 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Method for isolating cell free apoptotic or fetal nucleic acids |
US8216789B2 (en) | 2008-02-27 | 2012-07-10 | University Of Washington | Diagnostic panel of cancer antibodies and methods for use |
AU2009228312B2 (en) | 2008-03-26 | 2015-05-21 | Sequenom, Inc. | Restriction endonuclease enhanced polymorphic sequence detection |
JP2011515102A (ja) | 2008-03-28 | 2011-05-19 | パシフィック バイオサイエンシーズ オブ カリフォルニア, インコーポレイテッド | 核酸シーケンシング用組成物及び方法 |
US20110160290A1 (en) | 2008-05-21 | 2011-06-30 | Muneesh Tewari | Use of extracellular rna to measure disease |
DE102008025656B4 (de) | 2008-05-28 | 2016-07-28 | Genxpro Gmbh | Verfahren zur quantitativen Analyse von Nukleinsäuren, Marker dafür und deren Verwendung |
US20090298709A1 (en) | 2008-05-28 | 2009-12-03 | Affymetrix, Inc. | Assays for determining telomere length and repeated sequence copy number |
US20100041048A1 (en) | 2008-07-31 | 2010-02-18 | The Johns Hopkins University | Circulating Mutant DNA to Assess Tumor Dynamics |
US20100062494A1 (en) | 2008-08-08 | 2010-03-11 | President And Fellows Of Harvard College | Enzymatic oligonucleotide pre-adenylation |
WO2010021936A1 (en) | 2008-08-16 | 2010-02-25 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Digital pcr calibration for high throughput sequencing |
US8583380B2 (en) | 2008-09-05 | 2013-11-12 | Aueon, Inc. | Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options |
US8383345B2 (en) | 2008-09-12 | 2013-02-26 | University Of Washington | Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads |
CA3069081C (en) | 2008-09-20 | 2023-05-23 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing |
US20100301398A1 (en) | 2009-05-29 | 2010-12-02 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
US8546128B2 (en) | 2008-10-22 | 2013-10-01 | Life Technologies Corporation | Fluidics system for sequential delivery of reagents |
US8236532B2 (en) | 2008-12-23 | 2012-08-07 | Illumina, Inc. | Multibase delivery for long reads in sequencing by synthesis protocols |
US20100323348A1 (en) | 2009-01-31 | 2010-12-23 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process |
US20120165202A1 (en) | 2009-04-30 | 2012-06-28 | Good Start Genetics, Inc. | Methods and compositions for evaluating genetic markers |
US9085798B2 (en) | 2009-04-30 | 2015-07-21 | Prognosys Biosciences, Inc. | Nucleic acid constructs and methods of use |
US8574835B2 (en) | 2009-05-29 | 2013-11-05 | Life Technologies Corporation | Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using |
US8673627B2 (en) | 2009-05-29 | 2014-03-18 | Life Technologies Corporation | Apparatus and methods for performing electrochemical reactions |
US20130143747A1 (en) | 2011-12-05 | 2013-06-06 | Myriad Genetics, Incorporated | Methods of detecting cancer |
US9524369B2 (en) | 2009-06-15 | 2016-12-20 | Complete Genomics, Inc. | Processing and analysis of complex nucleic acid sequence data |
KR20120044941A (ko) | 2009-06-25 | 2012-05-08 | 프레드 헛친슨 켄서 리서치 센터 | 적응 면역의 측정방법 |
WO2011011426A2 (en) | 2009-07-20 | 2011-01-27 | Bar Harbor Biotechnology, Inc. | Methods for assessing disease risk |
EP2494065B1 (en) | 2009-10-26 | 2015-12-23 | Lifecodexx AG | Means and methods for non-invasive diagnosis of chromosomal aneuploidy |
EP2499262A4 (en) | 2009-11-12 | 2015-01-07 | Esoterix Genetic Lab Llc | ANALYSIS OF THE NUMBER OF COPIES OF GENETIC LOCUS |
US9023769B2 (en) | 2009-11-30 | 2015-05-05 | Complete Genomics, Inc. | cDNA library for nucleic acid sequencing |
US9752187B2 (en) | 2009-12-11 | 2017-09-05 | Nucleix | Categorization of DNA samples |
US8835358B2 (en) | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
US9315857B2 (en) | 2009-12-15 | 2016-04-19 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags |
EP3660165B1 (en) | 2009-12-22 | 2023-01-04 | Sequenom, Inc. | Processes and kits for identifying aneuploidy |
US20110177512A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-21 | Predictive Biosciences, Inc. | Method for assuring amplification of an abnormal nucleic acid in a sample |
CA2786564A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic dna by whole genome sequencing |
US20120100548A1 (en) * | 2010-10-26 | 2012-04-26 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations |
US9260745B2 (en) | 2010-01-19 | 2016-02-16 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
ES2534758T3 (es) | 2010-01-19 | 2015-04-28 | Verinata Health, Inc. | Métodos de secuenciación en diagnósticos prenatales |
US10388403B2 (en) | 2010-01-19 | 2019-08-20 | Verinata Health, Inc. | Analyzing copy number variation in the detection of cancer |
WO2011090556A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Methods for determining fraction of fetal nucleic acid in maternal samples |
EP2536854B1 (en) | 2010-02-18 | 2017-07-19 | The Johns Hopkins University | Personalized tumor biomarkers |
WO2011115937A1 (en) | 2010-03-14 | 2011-09-22 | The Translational Genomics Research Institute | Methods of determining susceptibility of tumors to tyrosine kinase inhibitors |
CN101967517B (zh) | 2010-03-19 | 2012-11-07 | 黄乐群 | 一种无需借助pcr的基因检测方法 |
ES2703769T3 (es) | 2010-04-16 | 2019-03-12 | Chronix Biomedical | Biomarcadores de ácidos nucleicos en circulación asociados al cáncer de mama |
US9255291B2 (en) | 2010-05-06 | 2016-02-09 | Bioo Scientific Corporation | Oligonucleotide ligation methods for improving data quality and throughput using massively parallel sequencing |
EP2576837B1 (en) | 2010-06-04 | 2017-09-06 | Chronix Biomedical | Prostate cancer associated circulating nucleic acid biomarkers |
DK3425062T3 (da) | 2010-06-09 | 2023-09-04 | Keygene Nv | Stregkoder med kombinatorisk sekvens til høj gennemløbsscreening |
EP2400035A1 (en) | 2010-06-28 | 2011-12-28 | Technische Universität München | Methods and compositions for diagnosing gastrointestinal stromal tumors |
EP2591433A4 (en) | 2010-07-06 | 2017-05-17 | Life Technologies Corporation | Systems and methods to detect copy number variation |
MX361944B (es) | 2010-07-23 | 2018-12-19 | President And Fellows Of Harvard College Star | Metodos para detectar firmas de enfermedad o condiciones en fluidos corporales. |
JP5835219B2 (ja) | 2010-07-29 | 2015-12-24 | Toto株式会社 | 光触媒塗装体および光触媒コーティング液 |
US8862410B2 (en) | 2010-08-02 | 2014-10-14 | Population Diagnostics, Inc. | Compositions and methods for discovery of causative mutations in genetic disorders |
US11031095B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-06-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Assay systems for determination of fetal copy number variation |
US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
EP2426217A1 (en) | 2010-09-03 | 2012-03-07 | Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Analytical methods for cell free nucleic acids and applications |
US20120231479A1 (en) | 2010-09-09 | 2012-09-13 | Robert Puskas | Combination methods of diagnosing cancer in a patient |
DK2623613T3 (en) | 2010-09-21 | 2016-10-03 | Population Genetics Tech Ltd | Increasing the reliability of the allele-indications by molecular counting |
WO2012042374A2 (en) | 2010-10-01 | 2012-04-05 | Anssi Jussi Nikolai Taipale | Method of determining number or concentration of molecules |
EP3561159B1 (en) | 2010-10-08 | 2023-09-20 | President and Fellows of Harvard College | High-throughput single cell barcoding |
US8725422B2 (en) | 2010-10-13 | 2014-05-13 | Complete Genomics, Inc. | Methods for estimating genome-wide copy number variations |
TR201810530T4 (tr) | 2010-10-22 | 2018-08-27 | Cold Spring Harbor Laboratory | Genomik kopya sayısı bilgisi elde etmek için nükleik asitlerin varyete sayımı. |
WO2012066451A1 (en) | 2010-11-15 | 2012-05-24 | Pfizer Inc. | Prognostic and predictive gene signature for colon cancer |
CN105243295B (zh) | 2010-11-30 | 2018-08-17 | 香港中文大学 | 与癌症相关的遗传或分子畸变的检测 |
AU2011348267A1 (en) | 2010-12-23 | 2013-08-01 | Sequenom, Inc. | Fetal genetic variation detection |
US9163281B2 (en) | 2010-12-23 | 2015-10-20 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction |
KR20230141927A (ko) | 2010-12-30 | 2023-10-10 | 파운데이션 메디신 인코포레이티드 | 종양 샘플의 다유전자 분석의 최적화 |
WO2012097053A1 (en) | 2011-01-11 | 2012-07-19 | Via Genomes, Inc. | Methods, systems, databases, kits and arrays for screening for and predicting the risk of and identifying the presence of tumors and cancers |
US20120190021A1 (en) | 2011-01-25 | 2012-07-26 | Aria Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
WO2012106559A1 (en) | 2011-02-02 | 2012-08-09 | Translational Genomics Research Institute | Biomarkers and methods of use thereof |
CA2824387C (en) | 2011-02-09 | 2019-09-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
WO2012109500A2 (en) * | 2011-02-09 | 2012-08-16 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Analysis of nucleic acids |
US20120238464A1 (en) | 2011-03-18 | 2012-09-20 | Baylor Research Institute | Biomarkers for Predicting the Recurrence of Colorectal Cancer Metastasis |
US9260753B2 (en) | 2011-03-24 | 2016-02-16 | President And Fellows Of Harvard College | Single cell nucleic acid detection and analysis |
US20150065358A1 (en) | 2011-03-30 | 2015-03-05 | Verinata Health, Inc. | Method for verifying bioassay samples |
US9476095B2 (en) | 2011-04-15 | 2016-10-25 | The Johns Hopkins University | Safe sequencing system |
US9411937B2 (en) | 2011-04-15 | 2016-08-09 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
WO2012149042A2 (en) | 2011-04-25 | 2012-11-01 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
US8697408B2 (en) | 2011-05-06 | 2014-04-15 | New England Biolabs, Inc. | Ligation enhancement |
US9074204B2 (en) | 2011-05-20 | 2015-07-07 | Fluidigm Corporation | Nucleic acid encoding reactions |
US9752176B2 (en) | 2011-06-15 | 2017-09-05 | Ginkgo Bioworks, Inc. | Methods for preparative in vitro cloning |
US9340826B2 (en) | 2011-08-01 | 2016-05-17 | Celemics, Inc. | Method of preparing nucleic acid molecules |
US10704164B2 (en) | 2011-08-31 | 2020-07-07 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, computer readable media, and kits for sample identification |
US9834766B2 (en) | 2011-09-02 | 2017-12-05 | Atreca, Inc. | DNA barcodes for multiplexed sequencing |
US8712697B2 (en) | 2011-09-07 | 2014-04-29 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Determination of copy number variations using binomial probability calculations |
US20130079241A1 (en) | 2011-09-15 | 2013-03-28 | Jianhua Luo | Methods for Diagnosing Prostate Cancer and Predicting Prostate Cancer Relapse |
CA2850785C (en) | 2011-10-06 | 2022-12-13 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US9367663B2 (en) | 2011-10-06 | 2016-06-14 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US10424394B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-09-24 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US20130102485A1 (en) | 2011-10-19 | 2013-04-25 | Inhan Lee | Method of Determining a Diseased State in a Subject |
NO3051026T3 (ja) | 2011-10-21 | 2018-07-28 | ||
US20140303008A1 (en) | 2011-10-21 | 2014-10-09 | Chronix Biomedical | Colorectal cancer associated circulating nucleic acid biomarkers |
US20130122499A1 (en) | 2011-11-14 | 2013-05-16 | Viomics, Inc. | System and method of detecting local copy number variation in dna samples |
US10214775B2 (en) | 2011-12-07 | 2019-02-26 | Chronix Biomedical | Prostate cancer associated circulating nucleic acid biomarkers |
AU2012347522B2 (en) | 2011-12-08 | 2015-07-30 | Five3 Genomics, Llc | MDM2-containing double minute chromosomes and methods therefore |
WO2013106737A1 (en) | 2012-01-13 | 2013-07-18 | Data2Bio | Genotyping by next-generation sequencing |
PL3363901T3 (pl) | 2012-02-17 | 2021-07-05 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Kompozycje i sposoby dokładnej identyfikacji mutacji |
US11177020B2 (en) | 2012-02-27 | 2021-11-16 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Methods and uses for molecular tags |
SG11201405274WA (en) | 2012-02-27 | 2014-10-30 | Cellular Res Inc | Compositions and kits for molecular counting |
ES2741099T3 (es) | 2012-02-28 | 2020-02-10 | Agilent Technologies Inc | Método de fijación de una secuencia de recuento para una muestra de ácido nucleico |
US9890429B2 (en) | 2012-02-29 | 2018-02-13 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions, kits, and methods for the identification, assessment, prevention, and therapy of cancer |
US9892230B2 (en) | 2012-03-08 | 2018-02-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma |
US9862995B2 (en) | 2012-03-13 | 2018-01-09 | Abhijit Ajit Patel | Measurement of nucleic acid variants using highly-multiplexed error-suppressed deep sequencing |
WO2013142213A1 (en) | 2012-03-20 | 2013-09-26 | Wake Forest University Health Sciences | Methods, systems, and computer readable media for tracking and verifying receipt of contents of a delivery within an organization |
WO2013142389A1 (en) | 2012-03-20 | 2013-09-26 | University Of Washington Through Its Center For Commercialization | Methods of lowering the error rate of massively parallel dna sequencing using duplex consensus sequencing |
CA2868836C (en) | 2012-03-26 | 2019-08-06 | The Johns Hopkins University | Rapid aneuploidy detection |
US8209130B1 (en) | 2012-04-04 | 2012-06-26 | Good Start Genetics, Inc. | Sequence assembly |
CN107435070A (zh) * | 2012-04-12 | 2017-12-05 | 维里纳塔健康公司 | 拷贝数变异的检测和分类 |
CA3209140A1 (en) | 2012-04-19 | 2013-10-24 | The Medical College Of Wisconsin, Inc. | Highly sensitive surveillance using detection of cell free dna |
WO2013166517A1 (en) * | 2012-05-04 | 2013-11-07 | Complete Genomics, Inc. | Methods for determining absolute genome-wide copy number variations of complex tumors |
WO2013173394A2 (en) | 2012-05-14 | 2013-11-21 | Cb Biotechnologies, Inc. | Method for increasing accuracy in quantitative detection of polynucleotides |
WO2013181170A1 (en) | 2012-05-31 | 2013-12-05 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method for accurate sequencing of dna |
CA2875542A1 (en) | 2012-06-11 | 2013-12-19 | Sequenta, Inc. | Method of sequence determination using sequence tags |
US11261494B2 (en) | 2012-06-21 | 2022-03-01 | The Chinese University Of Hong Kong | Method of measuring a fractional concentration of tumor DNA |
WO2014004726A1 (en) | 2012-06-26 | 2014-01-03 | Caifu Chen | Methods, compositions and kits for the diagnosis, prognosis and monitoring of cancer |
AU2013204615A1 (en) | 2012-07-20 | 2014-02-06 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation in a fetal genome |
US20140066317A1 (en) * | 2012-09-04 | 2014-03-06 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US20160040229A1 (en) | 2013-08-16 | 2016-02-11 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
CA2892646A1 (en) | 2012-12-10 | 2014-06-19 | Resolution Bioscience, Inc. | Methods for targeted genomic analysis |
US20140336943A1 (en) | 2013-01-05 | 2014-11-13 | Foundation Medicine, Inc. | System and method for managing genomic testing results |
EP2945652B1 (en) | 2013-01-18 | 2021-07-07 | Foundation Medicine, Inc. | Methods of treating cholangiocarcinoma |
US20160034638A1 (en) | 2013-03-14 | 2016-02-04 | University Of Rochester | System and Method for Detecting Population Variation from Nucleic Acid Sequencing Data |
CN105518151B (zh) | 2013-03-15 | 2021-05-25 | 莱兰斯坦福初级大学评议会 | 循环核酸肿瘤标志物的鉴别和用途 |
US9816088B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-11-14 | Abvitro Llc | Single cell bar-coding for antibody discovery |
WO2014145078A1 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-18 | Verinata Health, Inc. | Generating cell-free dna libraries directly from blood |
EP3882362B1 (en) | 2013-03-15 | 2024-05-08 | Guardant Health, Inc. | Methods for sequencing of cell free polynucleotides |
CA2905410A1 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-25 | Abbott Molecular Inc. | Systems and methods for detection of genomic copy number changes |
EP2977464A4 (en) | 2013-03-19 | 2016-10-19 | Toppan Printing Co Ltd | PROCEDURE FOR PREDICTING SENSITIVITY TO EGFR HEMMER |
PL2981921T3 (pl) * | 2013-04-03 | 2023-05-08 | Sequenom, Inc. | Metody i procesy nieinwazyjnej oceny zmienności genetycznych |
WO2014189957A2 (en) | 2013-05-23 | 2014-11-27 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Transposition into native chromatin for personal epigenomics |
JP2015096049A (ja) | 2013-11-15 | 2015-05-21 | 凸版印刷株式会社 | Vegf阻害剤長期奏功性予測方法 |
PT4026917T (pt) | 2014-04-14 | 2024-02-12 | Yissum Research And Development Company Of The Hebrew Univ Of Jerusalem Ltd | Método e kit para determinar a morte de células ou de tecido ou a origem de tecidos ou de células de dna por análise de metilação do dna |
WO2015175705A1 (en) | 2014-05-13 | 2015-11-19 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Gene mutations and copy number alterations of egfr, kras and met |
CA2950596C (en) * | 2014-05-30 | 2023-10-31 | Verinata Health, Inc. | Detecting fetal sub-chromosomal aneuploidies and copy number variations |
RS62803B1 (sr) | 2014-07-25 | 2022-02-28 | Bgi Genomics Co Limited | Postupak za određivanje frakcije slobodnih fetalnih nukleinskih kiselina u uzorku periferne krvi trudnice i njihova upotreba |
EP4358097A1 (en) | 2014-07-25 | 2024-04-24 | University of Washington | Methods of determining tissues and/or cell types giving rise to cell-free dna, and methods of identifying a disease or disorder using same |
US20160053301A1 (en) | 2014-08-22 | 2016-02-25 | Clearfork Bioscience, Inc. | Methods for quantitative genetic analysis of cell free dna |
CN106716425A (zh) | 2014-09-10 | 2017-05-24 | 百思威基因公司 | 健康和保健管理方法及用于其实践的系统 |
US11085084B2 (en) | 2014-09-12 | 2021-08-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Identification and use of circulating nucleic acids |
EP3502273B1 (en) | 2014-12-12 | 2020-07-08 | Verinata Health, Inc. | Cell-free dna fragment |
EP3240911B1 (en) | 2014-12-31 | 2020-08-26 | Guardant Health, Inc. | Detection and treatment of disease exhibiting disease cell heterogeneity and systems and methods for communicating test results |
US10364467B2 (en) | 2015-01-13 | 2019-07-30 | The Chinese University Of Hong Kong | Using size and number aberrations in plasma DNA for detecting cancer |
PT3256605T (pt) | 2015-02-10 | 2022-03-17 | Univ Hong Kong Chinese | Deteção de mutações para rastreio de cancro e análise fetal |
US10844428B2 (en) | 2015-04-28 | 2020-11-24 | Illumina, Inc. | Error suppression in sequenced DNA fragments using redundant reads with unique molecular indices (UMIS) |
PT3387152T (pt) | 2015-12-08 | 2022-04-19 | Twinstrand Biosciences Inc | Adaptadores, métodos e composições melhorados para sequenciamento duplex |
EP3443066A4 (en) | 2016-04-14 | 2019-12-11 | Guardant Health, Inc. | EARLY DETECTION METHODS FOR CANCER |
-
2016
- 2016-12-16 SG SG11201805119QA patent/SG11201805119QA/en unknown
- 2016-12-16 JP JP2018531350A patent/JP2019507585A/ja not_active Withdrawn
- 2016-12-16 CA CA3008651A patent/CA3008651A1/en active Pending
- 2016-12-16 CN CN202311131468.XA patent/CN117174167A/zh active Pending
- 2016-12-16 CN CN201680081723.6A patent/CN108603228B/zh active Active
- 2016-12-16 WO PCT/US2016/067356 patent/WO2017106768A1/en active Application Filing
- 2016-12-16 EP EP16876854.7A patent/EP3390668A4/en active Pending
-
2017
- 2017-02-27 US US15/442,993 patent/US20170240973A1/en not_active Abandoned
-
2020
- 2020-01-08 US US16/737,819 patent/US11242569B2/en active Active
-
2021
- 2021-04-05 JP JP2021064099A patent/JP2021101732A/ja active Pending
- 2021-12-16 US US17/552,728 patent/US20220356527A1/en active Pending
-
2023
- 2023-06-30 JP JP2023108348A patent/JP2023126874A/ja active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014039556A1 (en) * | 2012-09-04 | 2014-03-13 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
WO2015100427A1 (en) * | 2013-12-28 | 2015-07-02 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting genetic variants |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
PLOS ONE, 2014, VOL.9, NO.3, E91295, PP.1-10, SUPPLEMENTARY MATERIAL, JPN6020037234, ISSN: 0004802168 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA3008651A1 (en) | 2017-06-22 |
US20170240973A1 (en) | 2017-08-24 |
CN117174167A (zh) | 2023-12-05 |
JP2023126874A (ja) | 2023-09-12 |
CN108603228B (zh) | 2023-09-01 |
US20200140960A1 (en) | 2020-05-07 |
CN108603228A (zh) | 2018-09-28 |
US11242569B2 (en) | 2022-02-08 |
SG11201805119QA (en) | 2018-07-30 |
EP3390668A1 (en) | 2018-10-24 |
EP3390668A4 (en) | 2020-04-01 |
JP2021101732A (ja) | 2021-07-15 |
US20220356527A1 (en) | 2022-11-10 |
WO2017106768A1 (en) | 2017-06-22 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11242569B2 (en) | Methods to determine tumor gene copy number by analysis of cell-free DNA | |
US20180230530A1 (en) | Methods and systems for detecting genetic variants | |
KR102028375B1 (ko) | 희귀 돌연변이 및 카피수 변이를 검출하기 위한 시스템 및 방법 | |
JP7242644B2 (ja) | 体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム | |
CN114574581A (zh) | 检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法 | |
CN110914450A (zh) | 无细胞dna的体细胞来源或种系来源的鉴定 | |
US20240076720A1 (en) | Methods for analyzing nucleic acids | |
JP2024056984A (ja) | エピジェネティック区画アッセイを較正するための方法、組成物およびシステム | |
JP2024057050A (ja) | 対立遺伝子頻度に基づく機能喪失のコンピューターモデリング | |
JP2024056939A (ja) | 生体試料のフィンガープリンティングのための方法 | |
EP4219763A2 (en) | Method for quantifying gene fusion dna | |
JP2023060046A (ja) | 脱アミノ化に誘導される配列エラーの補正 | |
US20220068433A1 (en) | Computational detection of copy number variation at a locus in the absence of direct measurement of the locus | |
US20200075124A1 (en) | Methods and systems for detecting allelic imbalance in cell-free nucleic acid samples | |
Uziela | Making microarray and RNA-seq gene expression data comparable |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20191216 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20191216 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20200918 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20201005 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20201224 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210405 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20210916 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20211215 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20220215 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220316 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20220620 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20220920 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20221118 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20230228 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230630 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20230707 |
|
A761 | Written withdrawal of application |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A761 Effective date: 20230712 |