JP2009072201A - フラボバクテリウム・オケアノコイテス(foki)制限エンドヌクレアーゼにおける機能ドメイン - Google Patents
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Abstract
【解決手段】41kDaのFokI制限エンドヌクレアーゼのN末端フラグメントは認識ドメインを、41kDaのFokI制限エンドヌクレアーゼのC末端フラグメントは開裂ドメインを構成する。他の酵素の認識ドメインに連結されたFokI制限エンドヌクレアーゼのヌクレアーゼドメインを含むハイブリッド制限酵素として、Ubx−FNは、FokIの開裂もしくはヌクレアーゼドメインに連結されたUbxのホメオドメインを含む。
【選択図】なし
Description
1.発明の技術分野
本発明はFokI制限エンドヌクレアーゼ系に関する。特に、本発明はこの制限エンドヌクレアーゼ系の分離した機能ドメインをコードするDNAセグメントに関する。
II型エンドヌクレアーゼおよび修飾メチラーゼ(modification methylase)は、二本鎖DNA中の特定の配列を認識するバクテリア酵素である。このエンドヌクレアーゼはDNAを開裂するのに対し、該メチラーゼはアデニン残基またはシトシン残基をメチル化して宿主ゲノムを開裂から保護する[II型制限酵素および修飾酵素;「ヌクレアーゼ」(Mordrich and Roberts編);ニューヨーク、コールドスプリングハーバーラボラトリーズ社刊;第109〜154頁;1982年]。これらの制限−修飾(R−M)系は、この系がなければ細胞を破壊するようなファージおよびプラスミドによる感染から、細胞を保護するように機能する。
従って、本発明の一つの目的は、IIS型制限エンドヌクレアーゼの単離されたドメインを提供することである。
本発明は、FokI制限エンドヌクレアーゼの機能ドメインの同定および特徴付けに基づいている。本発明に至る実験において、FokI制限エンドヌクレアーゼは2ドメイン系であり、その一つのドメインは配列特異的認識活性を有するのに対して、他方のドメインはヌクレアーゼ開裂活性を含んでいることが見出された。
実施例I
FokIRM系のクローニング
FokI系を、変更表現型を選択する事によってクローンした。フラボバクテリウム・オケアノコイテス(Flavobacterium okeanokoites) 株DNAを、カゼルタら(Caserta et al., J. Biol. Chem., 262:4770-4777, 1987) によって記載された方法によって単離した。 数個のフラボバクテリウム・オケアノコイテスのゲノムライブラリーを、プラスミドpBR322及びpUC13中に、クローニング酵素PstI、BamHI及びBglIIを使用して構築した。プラスミド・ライブラリーDNA(10μg)を、100ユニットのFokIエンドヌークレアーゼで消化し、FokIM+表現型を発現するプラスミドを選択した。
ポリメラーゼ・チエイン・リアクションを使用したFokIエンドヌクレアーゼの効率的過剰生産者クローンの構築
PCRテクニックを使用してfokIR遺伝子を囲む転写及び翻訳信号を変更し、大腸菌における過剰発現を遂行した(Skoglund et al., Gene, 88:1-5, 1990)。fokIR及びfokIM遺伝子に先行するリボソーム結合部位を変更し、共通する大腸菌信号に適合させる。
FoKIエンドヌクレアーゼの精製
シンプルな3段階精製法を使用して、電気泳動法的に均質なFokIエンドヌクレアーゼを得た。RR1[pACYCfokIM、pRRSfokIR]を、37℃で、20 μg Tc/ml及び50 μg/Ap mlを含む2倍濃縮のTY6l中で、A600=0.8まで生育させ、1mM IPTGで、一晩誘導した。遠心分離によって細胞を収穫し、50 mM NaClを含む250mlの緩衝液A[10 mM Tris燐酸(pH8.0)、7 mM 2ーメルカプトメタノール、1mM EDTA、10% グリセロール]中に再懸濁した。
DNA基質の存在下におけるトリプシン開裂によるFokIRエンドヌクレアーゼの分析
トリプシンはセリン・プロテアーゼであり、リジン及びアルギニン残基のC末端で開裂する。これは、蛋白及び酵素のドメイン構造を研究するのに大変有用な酵素である。FokIのトリプリン消化は、その基質、d-5'-CCTCTGGATGCTCTC-3'(配列認識番号10): 5'-GAGAGCATCCAGAGG-3'(配列認識番号11)の存在下で、オリゴヌクレオチド二量体:FokI分子比 =2.5:1で、実施された。FokI(200μg)をオリゴヌクレオチド二量体と一緒に、10 mM Tris・HCl、50 mM NaCl、10 % グリセロール、10 mM MgCl2、を含む容積180μl中で、室温にて1時間インキュベートした。トリプシン(20 μl、0.2 mg/ml)を、混合物中に添加した。反応混合物からアリコット(28μl)を別々の時間間隔をおいてとり、過剰のトリプシン阻害剤、アンチパインでクエンチングした。該トリプシン断片を、逆相HPLCで精製し、そのN末端配列を、Applied Biosystemの自動蛋白シークエンサーを使用して決定した。
オリゴdTセルロース親和性カラムを使用したFokIエンドヌクレアーゼのDNA結合トリプシン断片の単離
トリプシン断片のDNA結合性を、オリゴdTセルロース・カラムを使用して分析した。FokI(160μg)を2.5モル過剰オリゴヌクレチド二量体[d-5'-CCTCTGGATGCTCTC(A)15-3'(配列認識番号14):5'-GAGAGCATCCAGAGG(A)15-3'( 配列認識番号15)と一緒に、10 mM Tris・HCl(pH8)、50 mM NaCl、10% グリセロール、10mM MgCl2を含む容積90 μl中で、室温にて1時間インキュベートした。トリプシン(10 μl、0.2mg/ml)を該溶液に添加して消化を開始した。トリプシンとFokIの割合は、重量で1:80であった。消化を10分間実施し、反応液中に41 kDa N末端断片及び25 kDa C末端断片を優占的に得た。反応物を大過剰のアンチパイン(10μg)で、クエンチングし、ローデイング緩衝液[10 mM Tris・HCl(pH8.0)、1 mM EDTA、10 mM MgCl2、]で、最終容積が400 μlとなるまで希釈した。
ゲル・モビリテイ・シフト分析
特異的オリゴ(d-5'-CCTCTGGATGCTCTC-3' (配列認識番号第10), 5'-GAGAGCATCCAGAGG-3'(配列認識番号第11))は、40 mM Tris.HCl(pH7.5)、20 mM MgCl2、50mM NaCl、10 mM DTT、10ユニットのT4ポリヌクレオチド・キナーゼ(New England Biolabsより入手)、及び20μCi[γ−32P]ATP(3000Ci/mmol)を含む25 μlの反応混合物中で32P標識された。該混合物は、37℃で、30分インキュベートされた。キナーゼは、反応混合物を70℃15分加熱する事により失活させた。200μlの水を加えた後、溶液をセファデックスG−25(Superfine) カラム(Phamacia)を通過させて未反応[γ−32P]ATPを除いた。標識された単鎖オリゴの最終濃度は27μMであった。
DNA基質の非存在下でのトリプシン開裂によるFokI分析
DNA基質非存在下でのFokIエンドヌクレアーゼのトリプシンの時間経過を図8に示す。はじめに、FokIが、58kDa断片と8kDa断片に切断された。該58kDa断片はDNA基質に結合せず、オリゴdTセルロースカラムに保持されない。更に消化が進むと、58kDa断片は、数個の中間トリプシン消化断片に分解される。 しかしトリプシン消化が完了すると25kDa断片のみとなる(二つの重複バンドとして見える)。 これらの種(58kDa,25kDa、及び8kDa)は、逆相HPLCで精製され、そのアミノ末端配列が決定された(表I)。N末端配列と推定されるFokI配列を比較すると、8kDa断片がN末端で、58kDa断片がC末端である事がわかる。これは、さらにFokIのN末端が認識ドメインに関与しているという結論を支持している。 25kDa断片のN末端をシークエンスすると、二つの異なる成分が存在している事がわかる。非特異的DNA基質の存在下でのFokIエンドヌクレアーゼのトリプシン消化の時間経過では、非特異的DNA基質の非存在下でFokIのトリプシン消化で得られたプロフィルと類似していた。
FokIの25kDaC末端のトリプシン分解断片の開裂特異性
FokIの25kDa C末端トリプシン断片は、pTZ19Rを小さな産物に切断し、非特異的な開裂をしめす。分解産物は、牛小腸ホスファターゼによって脱リン酸化され、ポリヌクレオチド・キナーゼおよび[γ−32P]ATPによって32P標識された。過剰の標識は、セファデックスG25を使用して除去された。次に、標識された産物は、50 mM Tris.Hcl(pH7.6)、10 mM MgCl2を含む緩衝液中で、1ユニットの膵臓DNaseI(Boehringer-Mannheim)によって37℃、1時間で消化された。次に、0.02ユニットの蛇毒ホスホジエステラーゼを、反応混合物に添加し、37℃、1時間で消化した。
FokI制限エンドヌクレアーゼにおける機能的ドメイン
トリプシンを使用したFokIの機能的ドメインの分析(基質の存在下、非存在下における)を図9に要約した。FokIがDNA基質と結合すると、該酵素構造の変換が伴なった。この研究は、配列特異的認識用とエンドヌクレアーゼ活性用の二つの別個の蛋白ドメインが該酵素中に存在していることを裏付けている。この結果により、認識ドメインがFokIエンドヌクレアーゼのN末端にあるのに対して、開裂ドメインが、該分子のC末端に存在しているであろうことが示される。
FokI RM 系の完全なヌクレオチド配列は、多くの研究所によって公表されている(Looney et al., Gene 80: 193-208, 1989 & Kita et al., J. Biol. Chem. 264: 5751-56, 1989)。
例えば、PCRの実験プロトコールは、Skoglund et al., Gene 88:1-5, 1990 Bassing et al., Gene 113:83-88, 1992に、記載されている。細胞生育の方法及び変異酵素の精製は、野生型FokI(Li et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 89:4275-79, 1992)用に使用された物と同じである。さらに、セファデックスG−75ゲルろ過およびヘパリンーセファロースCL−6Bカラムクロマトグラフィーが変異酵素を均質になるまで精製するステップが必要であった。
fokIR遺伝子内ヌクレオチド162におけるSpeI部位の変異
fokIR遺伝子内のSpeI部位89のひとつを変位させるのに使用される二段階PCR技法は、Landt et al., Gene 96:125-28, 1990)に記載されている。このプロトコール用の3つの合成プライマーは、1)SpeI部位内にひとつの不適性塩基を含む変異プライマー(5'- TCATAATAGCAACTAATTCTTTTTGGATCTT-3')(配列認識番号24参照)、2)制限部位ClaI部位(5'-CCATCGATATAGCCTTTTTTATT-3')(配列認識番号25)及びXbaI部位(5'-GCTCTAGAGGATCCGGAGGT-3')(配列認識番号26)でそれぞれフランキングされるプライマーである。第一段階では、XbaIプライマー及び変異プライマーを使用して中間断片が増幅された。次に、第2段階PCRで、ClaIプライマーが該中間物に添加された。0.3 kb PCR最終産物をXbaI/ClaIで消化し、付着末端を精製し、ゲル精製した。発現ベクター(pRRSfokIR)は、XbaI/ClaIで消化された。次に、4.2kbの大断片は、ゲル精製され、PCR断片に連結された。組替DNAは、受容可能な大腸菌RR1[pACYCfokIM]細胞にトランスフェクトされた。テトラサイクリン及びアンピシリン抗生物質による選択の後、数個のクローンを取り上げ、そのプラスミドDNAを、制限分析によって調べた。SpeI部位変異は、プラスミドDNAをサンガーのシークエンシング法(Sanger et al. Proc. Natl. Acd. Sci, USA 74:5463-67, 1977)使用したシークエンシングにより確認された。
4(または7)コドン挿入変異物の構築
4(または7)コドン挿入物を含むPCR産生DNAは、SpeI/XmaIで消化され、ゲル精製された。実施例Xで得られたプラスミドpRRSfokIRをSpeI/XmaIで切断し、3、9kbの大断片をゲル精製し、PCR産生物に連結した。該組替DNAは、受容可能なRRI[pACYCfokIM]細胞にトランスフェクトされ、所望のクローンが、実施例Xで記載されたように同定された。これらのクローン由来のプラスミドは単離されシークエンスされて、fokIR遺伝子の4(または7)コドン挿入物が確認された。
(1)fokIR遺伝子配列内には、ヌクレオチド162及び1152の夫々に2つのSpeI部位がある。1152の部位は、FokIのトリプシン開裂部位近隣に位置し、認識ドメインと開裂ドメインを分離している。この領域の周囲に、4(または7)のコドンを挿入するために、もう一方の162のSpeI部位を2段階PCR法(Landt et al. Gene 96:125-28, 1990) を使用して変異させた。このSpeI部位変異をfokIR遺伝子へ導入しても、過剰生産者クローンの発現レベルに影響をあたえない。
単一FokI部位をもつDNA基質の調製
それぞれ単一FokI認識部位をもつ2つの基質は、pTZ19Rをテンプレートとして使用したPCRによって調製された。オリゴヌクレオチド・プライマー:5'-CGCAGTGTTATCACTCAT-3' 及び 5'-CTTGGTTGAGTACTCACC-3'(夫々、配列認識番号27及び28)を使用して、100ベースペア断片を合成した。プライマー:5'-ACCGAGCTCGAATTCACT-3'及び 5'-GATTTCGGCCTATTGGTT-3'(夫々、配列認識番号29及び30)を使用して256ベース断片を調製した。これらの基質内の個々のストランドは、対応する32P標識されリン酸化されたプライマーを使用して、PCR中に放射線標識された。産生物を、低溶融アガロース・ゲルで精製し、エタノールで沈澱させTE緩衝液に再懸濁した。
変異酵素の配列特異性の分析
図13に、pTZ19R DNAのFokIおよび変異体酵素による開裂産生物のアガロース・ゲル電気泳動プロフィルが示される。それらが非常に類似している事は、認識ドメイン及び開裂ドメインの間のリンカー領域における4(または7)コドン挿入物がそのDNA配列の特異性を変えない事を示唆している。この事は、更に、各々単一のFokI部位を含む32P標識DNA基質(100bp及び256bp)を使用する事により確認された。32Pで標識された個々のストランドを含む基質は、実施例XIIに記載された様に調製された。FokIは、256ベースペアの基質を二つの断片、180bp及び72bpにそれぞれ切断する(図13B)。断片の長さは、各ストランドの32Pで標識された5’末端から計算された。アガロース・ゲルのオートラジオグラフが、図13Cに示される。基質中で32P標識を担持するストランドに依存して、72bp断片または180bp断片が、オートラジオグラフィーにバンドとして現われる。該変異酵素は、同一のアガロース・ゲル・プロフィル及びオートラジオグラフィーを現わす。それ故、認識ドメインと開裂ドメインの間の4(または7)コドン挿入物は、FokIエンドヌクレアーゼのDNA認識機構を変えない。
変異酵素による認識部位からの開裂距離の分析
変異酵素による開裂の距離を決定するために、32Pで標識された基質の開裂産物をPAGEで分析した(図14)。消化物は、これらの基質を合成するためのPCRで使用されたと同じプライマーで行われたpTZ19Rのシークエンシング反応に沿って分析された。100bp断片のFokIによる開裂パターンおよび変異物が、図14Aに示される。野生型酵素と比較すると、変異物の場合は、切断部位が基質の両ストランド上の認識部位からずれている。シークエンシング・ゲルおよび開裂産物の間の観測可能な小さなずれは、シークエンシング反応に使用される非リン酸化プライマーに起因する。
上記に言及したように、FokI制限ー変更システムの完全なヌクレオチド配列は、別の研究所から公表されている(Kita et al., J. Biol Chem. 264:5751-56 (1989); Looney et al., Gene 80: 193-208 (1989))。PCRの実験プロトコールは、いたるところに記載されている(Skoglund et al., Gene 88:1-5 (1990))。細胞生育およびHisbindTm樹脂を使用した蛋白の精製は、ノバジェン(Novagen)pETシステムマニュアルに、概説された通りである。さらに、ハイブリッド蛋白Ubx−FNをほぼ均質になるまで精製するためには、ホスホセルロースおよびDEAEカラム・クロマトグラフィーのステップを付加する事が必要である。SDS/PAGEのプロトコールは、Laemmli (Nature 222:680-685 (1970))によって記載された通りである。
pUC13派生DNA基質は、SmaI切断pUC13プラスミドの平滑末端と既知のUbx部位を含む10倍過剰量の30bp挿入物との連結によって調製された。数個のクローンを取り出し、そのプラスミドDNAを、30bp挿入物の有無について分析した。夫々、1、2、および3の挿入物を担持するpUC13(1),pUC13(2)、pUC13(3)を含クローンが同定された。そのDNA配列は、サンガーのジデオキシシークエンシング法によって確認された(Proc. Natl. Acd. Sci, USA 74: 5463-67 (1977))。
単一の30bp挿入物を保持するpUC13(1)のポリリンカー領域をEcoRI/HindIIIを使用して切り出し、ゲル精製した。この基質の各々のストランドは、32P−dATPまたは32P−dCTPを使用して放射線標識され、クレノー酵素で該断片の付着末端を充填した。該産生物を低溶融アガロース・ゲルで精製し、エタノールで沈澱させ、緩衝液(10mM Tris.HCl/1mM EDTA、pH8.0)中に再懸濁した。
ハイブリッド酵素Ubx−F N をPCRを使用して産生するクローンの構築
UbxのホメオボックスによってコードされるUbxのホメオ・ドメイン、61アミノ酸蛋白配列は、細菌性DNA結合蛋白中に見られるヘリックス・ターン・ヘリックスのモチーフに関係した構造を備えた配列特異的DNA結合ドメインである。(Hayashi et al., Cell 63:883-94 (1992); Wolberger et al., Cell 67:517-28 (1991)。Ubxホメオ・ドメインは、9bpのコンセンサスDNA部位、5'-TTAAT (G/T)(G/T) cc-3' (Ekker et al., The EMBO Journal 10:1179-86 (1991); Ekker et al., The EMBO Journal 11:4059-4702 (1992))を認識する。本発明者は、PCR法を使用して、Ubxホメオ・ドメインとFokIの開裂ドメイン(FN)を結合させ、また大腸菌中でUbx−FN酵素を発現させた。製作されたUbx−FNハイブリッド蛋白の概略代表例を図16に示す。ハイブリッド遺伝子を構築するために使用したオリゴヌクレオチド・プライマーを図17Aに示す。
Ubx−F N ハイブリッド酵素のDNA配列選択性の分析
Ubx−FNの特性を調べるのに使用される、基質より派生し直線化したpUC13を図19に示す。既知のUbx認識配列5'- TTAATGGTT-3'を含む30bp DNA断片を、pUC13のSmaI部位に挿入する事によって誘導体が構築される。挿入されたUbx部位で切断されると、1.8kb及び0.95kbの断片が産物として生じる。Ubx−FNによる基質の部分消化物のアガロース・ゲル電気泳動プロフィルが図19に示される。これらの反応において、DNAのモル数は、蛋白のモル数に比較して著しく過剰である。反応条件を至適化して、基質分子あたり単一の二本鎖開裂を得るようにした。直線化したpUC13DNAは、4つの断片に切断される。アガロース・ゲル電気泳動プロフィルに4つの異なったバンドが現れた事は、Ubx−FNが配列特異性をもってDNAと結合した事、及び直線化したpUC13中にハイブリッド蛋白に対する2つの結合部位があることを示している。このことは、単一のUbx部位を含む直線化されたpUC13DNA基質が6つの断片に切断されるという事実によって、更に裏付けられる。2つの付加的な断片(夫々、〜1.8kb及び〜0.95kb)は、pUC13の新規に挿入されたUbx部位でハイブリッド蛋白の結合が行われた事及びこの部位付近で開裂が起きた結果であると説明できよう。予測されたように、バンドの強度は、pUC13中における30bp挿入物の数に伴って増加する。pUC13の2つの推定UbX結合部位、及び挿入されたUbx部位が下記表3に示される。これら全ての部位は、5'-TAAT - 3'をその核配列として担持し、それら好ましい部位はUbxホメオ・ドメインに付いて報告された物と一致する。これら部位に対するUbxホメオ・ドメインの親和性は、該核部位を囲むヌクレオチド塩基によって変更される。完全な消化が長期にわたって見られ、或いは蛋白濃度を増やす事によって見られるので、ハイブリッド蛋白はターンオーバー(代謝回転)するようだ(データ記載せず)。高温での開裂はより特異的である。
ハイブリッド酵素による認識部位からの開裂距離の分析
Ubx−FNによる認識部位からの開裂距離を決定するために、単一Ubx部位を含む32P標識されたDNA基質の開裂産物が、PAGE(図20)によって分析された。消化産物は、基質のマキサム・ギルバート(G+A)シークエンシング反応にそって分析された。予想されたように、切断部位は、認識部位からはずれた。5'-TAAT-3'ストランドでは、Ubx−FNは、DNAを認識部位から3ヌクレオチド離れて切断するのに対して、5'-ATTA- 3'ストランドでは、認識部位から8、9、または10ヌクレオチド離れて切断する。単一のUbx部位を含んだDNA基質の開裂に基づくUbx−FNの切断部位の分析は、図20に要約されている。この開裂によって5’からTAATまでの配列が生じ、この開裂はUbx−FNハイブリッド蛋白を作成した場合(図16)と一致する。
上記においては、明瞭な理解を助けるために幾らか詳細に説明してきたが、本発明の真実の範囲を逸脱することなく、形態およびその詳細において種々の変更をなし得ることが、当業者には容易に承認されるであろう。
Claims (23)
- DNA構築物であって:
(i)IIS型エンドヌクレアーゼの開裂活性を含むIIS型エンドヌクレアーゼの触媒ドメインをコードする第一のDNAセグメントと;
(ii)前記IIS型エンドヌクレアーゼの認識ドメイン以外の配列特異的認識ドメインをコードする第二のDNAセグメントと;
(iii)ベクターとを具備し、
前記第一のDNAセグメントおよび前記第二のDNAセグメントは、単一のタンパクが産生されるように、前記ベクターに対して動作可能に連結されているDNA構築物。 - 請求項1に記載のDNA構築物であって、前記IIS型エンドヌクレアーゼがFokI制限エンドヌクレアーゼであるDNA構築物。
- 請求項2に記載のDNA構築物であって、前記認識ドメインが、ジンクフィンガーモチーフ;ホメオドメインモチーフ;リプレッサのDNA結合性ドメイン;POUドメインモチーフ(真核転写レギュレータ);発癌遺伝子のDNA結合性ドメイン;および>6塩基対を認識する他の天然に存在する配列特異的なDNA結合性タンパクからなる群から選択されるDNA構築物。
- 請求項3に記載のDNA構築物であって、前記認識ドメインがUbxのホメオドメインであるDNA構築物。
- 原核細胞であって:
(i)IIS型エンドヌクレアーゼの開裂活性を含むIIS型エンドヌクレアーゼの触媒ドメインをコードする第一のDNAセグメントと;
(ii)前記IIS型エンドヌクレアーゼの認識ドメイン以外の配列特異的認識ドメインをコードする第二のDNAセグメントと;
(iii)ベクターとを含んでおり、
前記第一のDNAセグメントおよび前記第二のDNAセグメントは、単一のタンパクが産生されるように、前記ベクターに対して動作可能に連結されている原核細胞。 - 請求項5に記載の原核細胞であって、前記第一のDNAセグメントがFokIの触媒ドメイン(FN)をコードし、前記第二のDNAセグメントがUbxのホメオドメインをコードする原核細胞。
- IIS型エンドヌクレアーゼの触媒ドメインを含むハイブリッド制限酵素であって、前記IIS型エンドヌクレアーゼ以外の酵素の認識ドメインに対して共有結合的に結合された前記IIS型エンドヌクレアーゼの開裂活性を含んでいるハイブリッド制限酵素。
- 請求項7に記載のハイブリッド制限酵素であって、前記認識ドメイン(前記ハイブリッド制限酵素の一部なす)が、ジンクフィンガーモチーフ;ホメオドメインモチーフ;POUドメインモチーフ;リプレッサのDNA結合性ドメイン;発癌遺伝子のDNA結合性ドメイン;および>6塩基対を認識する他の天然に存在する配列特異的なDNA結合性タンパクからなる群から選択されるハイブリッド制限酵素。
- 請求項7に記載のハイブリッド制限酵素であって、前記認識ドメインがUbxのホメオドメインであるハイブリッド制限酵素。
- 請求項9に記載のハイブリッド制限酵素であって、前記II型エンドヌクレアーゼがFokI制限エンドヌクレアーゼであり、前記ハイブリッド酵素がUbx−FNであるハイブリッド制限酵素。
- DNA構築物であって:
(i)IIS型エンドヌクレアーゼの開裂活性を含んだIIS型エンドヌクレアーゼの触媒ドメインをコードする第一のDNAセグメントと;
(ii)前記IIS型エンドヌクレアーゼの認識ドメイン以外の配列特異的認識ドメインをコードする第二のDNAセグメントと;
(iii)前記第一のDNAセグメントおよび前記第二のDNAセグメントの間に挿入された、1以上のコドンを含む第三のDNAセグメントと;
(iv)ベクターとを含み、
前記第一のDNAセグメント、前記第二のDNAセグメントおよび前記第三のDNAセグメントは、単一のタンパクが産生されるように、前記ベクターに対して動作可能に連結されているDNA構築物。 - 請求項11に記載のDNA構築物であって、前記IIS型エンドヌクレアーゼがFokI制限エンドヌクレアーゼであるDNA構築物。
- 請求項12に記載のDNA構築物であって、前記第三のDNAセグメントが実質的に4コドンからなるDNA構築物。
- 請求項13に記載のDNA構築物であって、前記第三のDNAセグメントの前記4コドンが、前記エンドヌクレアーゼをコードする遺伝子のヌクレオチド1152に挿入されているDNA構築物。
- 請求項12に記載のDNA構築物であって、前記第三のDNAセグメントが実質的に7コドンからなるDNA構築物。
- 請求項15に記載のDNA構築物であって、前記第三のDNAセグメントの前記7コドンが、前記エンドヌクレアーゼをコードする遺伝子のヌクレオチド1152に挿入されているDNA構築物。
- 請求項12に記載のDNA構築物であって、前記認識ドメインが、ジンクフィンガーモチーフ;ホメオドメインモチーフ;POUドメインモチーフ;リプレッサのDNA結合性ドメイン;発癌遺伝子のDNA結合性ドメイン;および>6塩基対を認識する他の天然に存在する配列特異的なDNA結合性タンパクからなる群から選択されるDNA構築物。
- 原核細胞であって:
(i)IIS型エンドヌクレアーゼの開裂活性を含んだIIS型エンドヌクレアーゼの触媒ドメインをコードする第一のDNAセグメントと;
(ii)前記IIS型エンドヌクレアーゼの認識ドメイン以外の配列特異的認識ドメインをコードする第二のDNAセグメントと;
(iii)前記第一のDNAセグメントおよび前記第二のDNAセグメントの間に挿入された、1以上のコドンを含む第三のDNAセグメントと;
(iv)ベクターとを含み、
前記第一のDNAセグメント、前記第二のDNAセグメントおよび前記第三のDNAセグメントは、単一のタンパクが産生されるように、前記ベクターに対して動作可能に連結されている原核細胞。 - 請求項18に記載の原核細胞であって、前記第三のDNAセグメントが実質的に4コドンからなる原核細胞。
- 請求項18に記載の原核細胞であって、前記第三のDNAセグメントが実質的に7コドンからなる原核細胞。
- 請求項18の原核細胞によって産生された、単離されたIIS型ハイブリッドエンドヌクレアーゼ。
- 請求項11に記載のDNA構築物であって、前記第三のDNAセグメントがアミノ酸配列Lys-Ser-Glu-Leuを含んでいるペプチドをコードするDNA構築物。
- 請求項11に記載のDNA構築物であって、前記第三のDNAセグメントがアミノ酸配列Lys-Ser-Glu-Leu-Glu-Glu-Lysを含んでいるペプチドをコードするDNA構築物。
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Families Citing this family (366)
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US5916794A (en) * | 1992-04-03 | 1999-06-29 | Johns Hopkins University | Methods for inactivating target DNA and for detecting conformational change in a nucleic acid |
US20050084885A1 (en) * | 1994-01-18 | 2005-04-21 | The Scripps Research Institute | Zinc finger protein derivatives and methods therefor |
US6140466A (en) | 1994-01-18 | 2000-10-31 | The Scripps Research Institute | Zinc finger protein derivatives and methods therefor |
GB9824544D0 (en) | 1998-11-09 | 1999-01-06 | Medical Res Council | Screening system |
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AU6096296A (en) * | 1995-06-07 | 1996-12-30 | Ohio State University, The | Artificial restriction endonuclease |
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GB9710809D0 (en) | 1997-05-23 | 1997-07-23 | Medical Res Council | Nucleic acid binding proteins |
US6444421B1 (en) | 1997-11-19 | 2002-09-03 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Methods for detecting intermolecular interactions in vivo and in vitro |
US6410248B1 (en) | 1998-01-30 | 2002-06-25 | Massachusetts Institute Of Technology | General strategy for selecting high-affinity zinc finger proteins for diverse DNA target sites |
CA2321938C (en) * | 1998-03-02 | 2009-11-24 | Massachusetts Institute Of Technology | Poly zinc finger proteins with improved linkers |
WO1999047656A2 (en) | 1998-03-17 | 1999-09-23 | Gendaq Limited | Nucleic acid binding proteins |
US6534261B1 (en) | 1999-01-12 | 2003-03-18 | Sangamo Biosciences, Inc. | Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins |
US7070934B2 (en) | 1999-01-12 | 2006-07-04 | Sangamo Biosciences, Inc. | Ligand-controlled regulation of endogenous gene expression |
US6453242B1 (en) * | 1999-01-12 | 2002-09-17 | Sangamo Biosciences, Inc. | Selection of sites for targeting by zinc finger proteins and methods of designing zinc finger proteins to bind to preselected sites |
US7013219B2 (en) | 1999-01-12 | 2006-03-14 | Sangamo Biosciences, Inc. | Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins |
US6599692B1 (en) * | 1999-09-14 | 2003-07-29 | Sangamo Bioscience, Inc. | Functional genomics using zinc finger proteins |
US6503717B2 (en) * | 1999-12-06 | 2003-01-07 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods of using randomized libraries of zinc finger proteins for the identification of gene function |
WO2000046385A1 (en) * | 1999-02-03 | 2000-08-10 | The Children's Medical Center Corporation | Gene repair involving in vivo excision of targeting dna |
EP1147209A2 (en) | 1999-02-03 | 2001-10-24 | The Children's Medical Center Corporation | Gene repair involving the induction of double-stranded dna cleavage at a chromosomal target site |
US6794136B1 (en) | 2000-11-20 | 2004-09-21 | Sangamo Biosciences, Inc. | Iterative optimization in the design of binding proteins |
US7030215B2 (en) * | 1999-03-24 | 2006-04-18 | Sangamo Biosciences, Inc. | Position dependent recognition of GNN nucleotide triplets by zinc fingers |
US20030104526A1 (en) * | 1999-03-24 | 2003-06-05 | Qiang Liu | Position dependent recognition of GNN nucleotide triplets by zinc fingers |
WO2000064485A2 (en) | 1999-04-28 | 2000-11-02 | Genencor International, Inc. | Specifically targeted catalytic antagonists and uses thereof |
US7668658B2 (en) | 1999-10-13 | 2010-02-23 | Sequenom, Inc. | Methods for generating databases and databases for identifying polymorphic genetic markers |
US20030207297A1 (en) * | 1999-10-13 | 2003-11-06 | Hubert Koster | Methods for generating databases and databases for identifying polymorphic genetic markers |
KR20020064298A (ko) | 1999-10-13 | 2002-08-07 | 시쿼넘, 인코포레이티드 | 다형성 유전 마커를 동정하기 위한 데이타베이스 및 이의제조 방법 |
ATE355368T1 (de) * | 2000-01-24 | 2006-03-15 | Gendaq Ltd | Nucleinsäure bindende polypeptide gekennzeichnet durch flexible linker verbundene nucleinsäuredomäne |
CA2398590C (en) | 2000-02-08 | 2012-08-28 | Sangamo Biosciences, Inc. | Cells for drug discovery |
AU5391401A (en) * | 2000-04-28 | 2001-11-12 | Sangamo Biosciences Inc | Targeted modification of chromatin structure |
US6958214B2 (en) | 2000-07-10 | 2005-10-25 | Sequenom, Inc. | Polymorphic kinase anchor proteins and nucleic acids encoding the same |
US20030082561A1 (en) * | 2000-07-21 | 2003-05-01 | Takashi Sera | Zinc finger domain recognition code and uses thereof |
EP1303608A2 (en) * | 2000-07-21 | 2003-04-23 | Syngenta Participations AG | Zinc finger domain recognition code and uses thereof |
AU2884102A (en) * | 2000-12-07 | 2002-06-18 | Sangamo Biosciences Inc | Regulation of angiogenesis with zinc finger proteins |
US7067317B2 (en) * | 2000-12-07 | 2006-06-27 | Sangamo Biosciences, Inc. | Regulation of angiogenesis with zinc finger proteins |
ES2409080T3 (es) * | 2001-01-22 | 2013-06-24 | Sangamo Biosciences Inc. | Proteínas de unión con dedos de zinc modificadas |
WO2003027247A2 (en) | 2001-09-24 | 2003-04-03 | Sangamo Biosciences, Inc. | Modulation of stem cells using zinc finger proteins |
US7262054B2 (en) * | 2002-01-22 | 2007-08-28 | Sangamo Biosciences, Inc. | Zinc finger proteins for DNA binding and gene regulation in plants |
WO2003087341A2 (en) | 2002-01-23 | 2003-10-23 | The University Of Utah Research Foundation | Targeted chromosomal mutagenesis using zinc finger nucleases |
WO2003078619A1 (en) | 2002-03-15 | 2003-09-25 | Cellectis | Hybrid and single chain meganucleases and use thereof |
WO2009095742A1 (en) * | 2008-01-31 | 2009-08-06 | Cellectis | New i-crei derived single-chain meganuclease and uses thereof |
US20100151556A1 (en) * | 2002-03-15 | 2010-06-17 | Cellectis | Hybrid and single chain meganucleases and use thereof |
US20030232410A1 (en) * | 2002-03-21 | 2003-12-18 | Monika Liljedahl | Methods and compositions for using zinc finger endonucleases to enhance homologous recombination |
US7101697B2 (en) * | 2002-04-30 | 2006-09-05 | Charité—Universitätsmedizin Berlin | Restriction endonucleases, method of synthesis and use thereof |
CA2484676A1 (en) | 2002-05-03 | 2003-11-13 | Sequenom, Inc. | Kinase anchor protein muteins, peptides thereof, and related methods |
CA2396345C (en) * | 2002-07-31 | 2007-04-10 | Rousseau Metal Inc. | Frontal latch handle assembly |
US7361635B2 (en) * | 2002-08-29 | 2008-04-22 | Sangamo Biosciences, Inc. | Simultaneous modulation of multiple genes |
EP2806025B1 (en) | 2002-09-05 | 2019-04-03 | California Institute of Technology | Use of zinc finger nucleases to stimulate gene targeting |
US7563600B2 (en) | 2002-09-12 | 2009-07-21 | Combimatrix Corporation | Microarray synthesis and assembly of gene-length polynucleotides |
US7820378B2 (en) * | 2002-11-27 | 2010-10-26 | Sequenom, Inc. | Fragmentation-based methods and systems for sequence variation detection and discovery |
JP2006518372A (ja) | 2003-01-28 | 2006-08-10 | セレクティス | 脊椎動物の体組織においてエクスビボかつイントトで相同的組換えを誘発するためのメガヌクレアーゼの使用およびその応用 |
CA2523490A1 (en) * | 2003-04-25 | 2004-11-11 | Sequenom, Inc. | Fragmentation-based methods and systems for de novo sequencing |
US7888121B2 (en) | 2003-08-08 | 2011-02-15 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for targeted cleavage and recombination |
US8409861B2 (en) * | 2003-08-08 | 2013-04-02 | Sangamo Biosciences, Inc. | Targeted deletion of cellular DNA sequences |
US11311574B2 (en) | 2003-08-08 | 2022-04-26 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for targeted cleavage and recombination |
US20120196370A1 (en) | 2010-12-03 | 2012-08-02 | Fyodor Urnov | Methods and compositions for targeted genomic deletion |
WO2005014791A2 (en) | 2003-08-08 | 2005-02-17 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for targeted cleavage and recombination |
US9394565B2 (en) * | 2003-09-05 | 2016-07-19 | Agena Bioscience, Inc. | Allele-specific sequence variation analysis |
EP1678315B1 (en) | 2003-09-19 | 2011-08-03 | Sangamo BioSciences, Inc. | Engineered zinc finger proteins for regulation of gene expression |
WO2005049842A2 (en) | 2003-11-18 | 2005-06-02 | Bayer Bioscience N.V. | Improved targeted dna insertion in plants |
US7972854B2 (en) | 2004-02-05 | 2011-07-05 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for targeted cleavage and recombination |
EP1727911B1 (en) * | 2004-03-26 | 2013-01-23 | Sequenom, Inc. | Base specific cleavage of methylation-specific amplification products in combination with mass analysis |
US7608394B2 (en) | 2004-03-26 | 2009-10-27 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for phenotype identification based on nucleic acid methylation |
US20060073501A1 (en) * | 2004-09-10 | 2006-04-06 | Van Den Boom Dirk J | Methods for long-range sequence analysis of nucleic acids |
CA2579677A1 (en) * | 2004-09-16 | 2006-03-30 | Sangamo Biosciences, Inc. | Compositions and methods for protein production |
CA2584984A1 (en) * | 2004-10-18 | 2006-04-27 | Codon Devices, Inc. | Methods for assembly of high fidelity synthetic polynucleotides |
US20070122817A1 (en) * | 2005-02-28 | 2007-05-31 | George Church | Methods for assembly of high fidelity synthetic polynucleotides |
CN101155921B (zh) | 2005-04-04 | 2013-02-06 | 拜尔作物科学公司 | 用于去除所选择dna序列的方法和手段 |
CN101273141B (zh) | 2005-07-26 | 2013-03-27 | 桑格摩生物科学股份有限公司 | 外源核酸序列的靶向整合和表达 |
EP2484758B1 (en) | 2005-10-18 | 2013-10-02 | Precision Biosciences | Rationally-designed meganucleases with altered sequence specificity and DNA-binding affinity |
WO2007060495A1 (en) * | 2005-10-25 | 2007-05-31 | Cellectis | I-crei homing endonuclease variants having novel cleavage specificity and use thereof |
US7627401B2 (en) | 2006-02-07 | 2009-12-01 | Glenbrook Associates, Inc. | System and method for remotely regulating the power consumption of an electric appliance |
CA2650414A1 (en) * | 2006-05-19 | 2007-11-29 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for inactivation of dihydrofolate reductase |
EP2019839B1 (en) | 2006-05-25 | 2011-12-07 | Sangamo BioSciences, Inc. | Methods and compositions for gene inactivation |
AU2007284748B2 (en) | 2006-08-11 | 2013-05-16 | Corteva Agriscience Llc | Zinc finger nuclease-mediated homologous recombination |
WO2008027558A2 (en) | 2006-08-31 | 2008-03-06 | Codon Devices, Inc. | Iterative nucleic acid assembly using activation of vector-encoded traits |
WO2008037436A1 (en) | 2006-09-28 | 2008-04-03 | Bayer Bioscience N.V. | Methods and means for removal of a selected dna sequence |
US9217026B2 (en) * | 2006-11-13 | 2015-12-22 | Sangamo Biosciences, Inc. | Method of inactivating a glucocorticoid receptor gene in an isolated cell |
MX2009006303A (es) | 2006-12-14 | 2009-10-21 | Dow Agrosciences Llc | Proteinas de dedo de zinc no canonicas optimizadas. |
US8748146B2 (en) * | 2007-04-19 | 2014-06-10 | Celexion, Llc | Engineered nucleases and their uses for nucleic acid assembly |
DE602008003684D1 (de) | 2007-04-26 | 2011-01-05 | Sangamo Biosciences Inc | Gezielte integration in die ppp1r12c-position |
BRPI0812233B1 (pt) | 2007-06-05 | 2022-10-04 | Bayer Cropscience Ag | Processos para troca de uma sequência de dna-alvo no genoma de uma célula de planta ou planta por uma sequência de dna de interesse, e vetor de dna |
JP5770471B2 (ja) * | 2007-07-12 | 2015-08-26 | サンガモ バイオサイエンシーズ, インコーポレイテッド | α−1,6−フコシルトランスフェラーゼ(FUT8)遺伝子発現を不活性化するための方法および組成物 |
US8563314B2 (en) | 2007-09-27 | 2013-10-22 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for modulating PD1 |
CN101883863B (zh) * | 2007-09-27 | 2018-01-23 | 桑格摩生物科学股份有限公司 | 生物活性核酸酶的快速体内鉴定 |
US8399218B2 (en) | 2007-09-27 | 2013-03-19 | Dow Agrosciences, Llc | Engineered zinc finger proteins targeting 5-enolpyruvyl shikimate-3-phosphate synthase genes |
US11235026B2 (en) | 2007-09-27 | 2022-02-01 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for modulating PD1 |
CA2703045C (en) | 2007-10-25 | 2017-02-14 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for targeted integration |
CA2703079A1 (en) * | 2007-12-07 | 2009-06-18 | Precision Biosciences, Inc. | Rationally-designed meganucleases with recognition sequences found in dnase hypersensitive regions of the human genome |
WO2009114321A2 (en) * | 2008-03-11 | 2009-09-17 | Precision Biosciencs, Inc. | Rationally-designed meganucleases for maize genome engineering |
US20100071083A1 (en) * | 2008-03-12 | 2010-03-18 | Smith James J | Temperature-dependent meganuclease activity |
JP2011518555A (ja) | 2008-04-14 | 2011-06-30 | サンガモ バイオサイエンシーズ, インコーポレイテッド | 標的組込みのための線形ドナーコンストラクト |
WO2009146179A1 (en) | 2008-04-15 | 2009-12-03 | University Of Iowa Research Foundation | Zinc finger nuclease for the cftr gene and methods of use thereof |
AU2009241351A1 (en) * | 2008-04-28 | 2009-11-05 | Precision Biosciences, Inc. | Fusion molecules of rationally-designed DNA-binding proteins and effector domains |
AU2009258117B2 (en) * | 2008-06-10 | 2014-10-09 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for generation of Bax- and Bak-deficient cell lines |
JP2011527906A (ja) | 2008-07-14 | 2011-11-10 | プレシジョン バイオサイエンシズ,インク. | I−CreI由来メガヌクレアーゼの認識配列およびその使用 |
CN102123778B (zh) * | 2008-08-14 | 2014-10-29 | 李伟德 | 利用离心力的动态过滤装置 |
KR101759586B1 (ko) | 2008-08-22 | 2017-07-19 | 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 | 표적화된 단일가닥 분할 및 표적화된 통합을 위한 방법 및 조성물 |
US8153399B2 (en) | 2008-10-29 | 2012-04-10 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for inactivating glutamine synthetase gene expression |
US20110023153A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of genes involved in alzheimer's disease |
US20110023144A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of genes involved in amyotrophyic lateral sclerosis disease |
US20110023143A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of neurodevelopmental genes in animals |
US20110023158A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Bovine genome editing with zinc finger nucleases |
US20110023159A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Ovine genome editing with zinc finger nucleases |
US20110023139A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of genes involved in cardiovascular disease |
US20110023150A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genome editing of genes associated with schizophrenia in animals |
CA2745031C (en) | 2008-12-04 | 2018-08-14 | Sangamo Biosciences, Inc. | Genome editing in rats using zinc-finger nucleases |
US20110016540A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-20 | Sigma-Aldrich Co. | Genome editing of genes associated with trinucleotide repeat expansion disorders in animals |
US20110016546A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-20 | Sigma-Aldrich Co. | Porcine genome editing with zinc finger nucleases |
US20110016541A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-20 | Sigma-Aldrich Co. | Genome editing of sensory-related genes in animals |
US20110023149A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of genes involved in tumor suppression in animals |
US20110023152A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genome editing of cognition related genes in animals |
US20110023157A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Equine genome editing with zinc finger nucleases |
US20110023156A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Feline genome editing with zinc finger nucleases |
US20110016542A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-20 | Sigma-Aldrich Co. | Canine genome editing with zinc finger nucleases |
US20110023147A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of prion disorder-related genes in animals |
US20110023146A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of genes involved in secretase-associated disorders |
US20110016543A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-20 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of genes involved in inflammation |
US20110023145A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of genes involved in autism spectrum disorders |
US20110023140A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Rabbit genome editing with zinc finger nucleases |
US20110023151A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genome editing of abc transporters |
US20110016539A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-20 | Sigma-Aldrich Co. | Genome editing of neurotransmission-related genes in animals |
US20110023148A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genome editing of addiction-related genes in animals |
US20110023141A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Genomic editing of genes involved with parkinson's disease |
US20110030072A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-02-03 | Sigma-Aldrich Co. | Genome editing of immunodeficiency genes in animals |
US20110023154A1 (en) * | 2008-12-04 | 2011-01-27 | Sigma-Aldrich Co. | Silkworm genome editing with zinc finger nucleases |
BRPI0922641B1 (pt) * | 2008-12-17 | 2021-10-26 | Dow Agrosciences Llc | Método de integração de uma ou mais sequências de ácido nucleico exógenas no genoma de uma célula vegetal |
US20110239315A1 (en) | 2009-01-12 | 2011-09-29 | Ulla Bonas | Modular dna-binding domains and methods of use |
EP2206723A1 (en) | 2009-01-12 | 2010-07-14 | Bonas, Ulla | Modular DNA-binding domains |
WO2010117464A1 (en) | 2009-04-09 | 2010-10-14 | Sangamo Biosciences, Inc. | Targeted integration into stem cells |
US8772008B2 (en) | 2009-05-18 | 2014-07-08 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for increasing nuclease activity |
CA2765488C (en) | 2009-06-30 | 2018-01-02 | Sangamo Biosciences, Inc. | Rapid screening of biologically active nucleases and isolation of nuclease-modified cells |
CA2766123A1 (en) | 2009-07-08 | 2011-01-13 | Cellular Dynamics International, Inc. | Modified ips cells having a mutant form of human immunodeficiency virus (hiv) cellular entry gene |
EP2461819A4 (en) | 2009-07-28 | 2013-07-31 | Sangamo Biosciences Inc | METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATING TRI-NUCLEOTIDE REPEAT DISORDERS |
CA2770312A1 (en) * | 2009-08-11 | 2011-02-17 | Sangamo Biosciences, Inc. | Organisms homozygous for targeted modification |
EP2491127B1 (en) | 2009-10-22 | 2017-09-20 | Dow AgroSciences LLC | Engineered zinc finger proteins targeting plant genes involved in fatty acid biosynthesis |
WO2011056872A2 (en) | 2009-11-03 | 2011-05-12 | Gen9, Inc. | Methods and microfluidic devices for the manipulation of droplets in high fidelity polynucleotide assembly |
US8956828B2 (en) | 2009-11-10 | 2015-02-17 | Sangamo Biosciences, Inc. | Targeted disruption of T cell receptor genes using engineered zinc finger protein nucleases |
WO2011066185A1 (en) | 2009-11-25 | 2011-06-03 | Gen9, Inc. | Microfluidic devices and methods for gene synthesis |
AU2010327998B2 (en) | 2009-12-10 | 2015-11-12 | Iowa State University Research Foundation, Inc. | TAL effector-mediated DNA modification |
WO2011085075A2 (en) | 2010-01-07 | 2011-07-14 | Gen9, Inc. | Assembly of high fidelity polynucleotides |
CA2787494C (en) * | 2010-01-22 | 2019-09-17 | Dow Agrosciences Llc | Targeted genomic alteration |
WO2011100058A1 (en) | 2010-02-09 | 2011-08-18 | Sangamo Biosciences, Inc. | Targeted genomic modification with partially single-stranded donor molecules |
CN102869779A (zh) | 2010-03-29 | 2013-01-09 | 宾夕法尼亚大学托管会 | 药理学诱导的转基因消融系统 |
US9315825B2 (en) | 2010-03-29 | 2016-04-19 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Pharmacologically induced transgene ablation system |
BR112012027532A2 (pt) | 2010-04-26 | 2020-10-13 | Sangamo Biosciences, Inc. | edição de genoma de um locus rosa usando nucleases de dedo de zinco. |
PL2566972T3 (pl) | 2010-05-03 | 2020-06-29 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Kompozycje do wiązania modułów z motywem palca cynkowego |
WO2011146121A1 (en) | 2010-05-17 | 2011-11-24 | Sangamo Biosciences, Inc. | Novel dna-binding proteins and uses thereof |
CN109504700A (zh) | 2010-06-09 | 2019-03-22 | 拜尔作物科学公司 | 植物基因组改造中常用的在核苷酸序列上修饰植物基因组的方法和工具 |
US9593317B2 (en) | 2010-06-09 | 2017-03-14 | Bayer Cropscience Nv | Methods and means to modify a plant genome at a nucleotide sequence commonly used in plant genome engineering |
CA2993567C (en) | 2010-07-21 | 2022-06-28 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for modification of a t-cell receptor gene |
CN103168101A (zh) | 2010-07-23 | 2013-06-19 | 西格马-奥尔德里奇有限责任公司 | 使用靶向核酸内切酶和单链核酸的基因组编辑 |
US9566352B2 (en) | 2010-09-27 | 2017-02-14 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for inhibiting viral entry into cells |
ES2562421T3 (es) | 2010-10-12 | 2016-03-04 | The Children's Hospital Of Philadelphia | Métodos y composiciones para tratar la hemofilia B |
CN103502448B (zh) | 2010-11-12 | 2017-03-29 | Gen9股份有限公司 | 核酸合成的方法和设备 |
WO2012064975A1 (en) | 2010-11-12 | 2012-05-18 | Gen9, Inc. | Protein arrays and methods of using and making the same |
CA2821547A1 (en) | 2010-12-29 | 2012-07-05 | Sigma-Aldrich Co. Llc | Cells having disrupted expression of proteins involved in adme and toxicology processes |
WO2012094132A1 (en) | 2011-01-05 | 2012-07-12 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for gene correction |
MX348785B (es) | 2011-06-06 | 2017-06-28 | Bayer Cropscience Nv | Metodos y medios para modificar un genoma vegetal en un sitio preseleccionado. |
CN103781900A (zh) | 2011-06-30 | 2014-05-07 | 西格马-奥尔德里奇有限责任公司 | 缺乏CMP-N-乙酰神经氨酸羟化酶和/或糖蛋白α-1,3-半乳糖基转移酶的细胞 |
EP2737063B1 (en) | 2011-07-25 | 2016-06-01 | Sangamo BioSciences, Inc. | Methods and compositions for alteration of a cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (cftr) gene |
MX346439B (es) | 2011-08-22 | 2017-03-17 | Bayer Cropscience Nv | Métodos y medios para modificar un genoma vegetal. |
WO2013032850A2 (en) | 2011-08-26 | 2013-03-07 | Gen9, Inc. | Compositions and methods for high fidelity assembly of nucleic acids |
AU2012312260B2 (en) | 2011-09-21 | 2017-08-31 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for regulation of transgene expression |
US20140251317A1 (en) | 2011-10-12 | 2014-09-11 | Bayer Cropscience Ag | Plants with decreased activity of a starch dephosphorylating enzyme |
AU2013201323A1 (en) | 2011-10-12 | 2013-05-02 | Bayer Cropscience Ag | Plants with decreased activity of a starch dephosphorylating enzyme |
CA3099582A1 (en) | 2011-10-27 | 2013-05-02 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for modification of the hprt locus |
JP6144691B2 (ja) | 2011-11-16 | 2017-06-07 | サンガモ セラピューティクス, インコーポレイテッド | 修飾されたdna結合タンパク質およびその使用 |
BR112014016614B1 (pt) | 2012-01-11 | 2022-02-01 | Sigma-Aldrich Co. Llc | Métodos para produzir uma célula deficiente em manosil (alfa-1,3-)-glicoproteína beta-1,2- nacetilglucosa-miniltransferase i (mgat1) e produzir uma proteína recombinante apresentando um ou mais resíduos de manose terminal |
BR112014021104B1 (pt) | 2012-02-29 | 2023-03-28 | Sangamo Biosciences, Inc | Proteína de fusão de ocorrência não natural compreendendo um domínio de ligação de dna de dedo de zinco manipulado que se liga a um gene htt, seu uso, método in vitro de modificação da expressão de um gene htt em uma célula, e método de geração de um sistema modelo para o estudo da doença de huntington |
US9150853B2 (en) | 2012-03-21 | 2015-10-06 | Gen9, Inc. | Methods for screening proteins using DNA encoded chemical libraries as templates for enzyme catalysis |
CN104245940A (zh) | 2012-04-23 | 2014-12-24 | 拜尔作物科学公司 | 植物中的靶向基因组工程 |
EP4001427A1 (en) | 2012-04-24 | 2022-05-25 | Gen9, Inc. | Methods for sorting nucleic acids and multiplexed preparative in vitro cloning |
NZ701060A (en) | 2012-05-02 | 2016-10-28 | Sangamo Biosciences Inc | Targeted modification of malate dehydrogenase |
RU2650819C2 (ru) | 2012-05-07 | 2018-04-17 | Сангамо Терапьютикс, Инк. | Способы и композиции для опосредованной нуклеазой направленной интеграции трансгенов |
WO2013169398A2 (en) | 2012-05-09 | 2013-11-14 | Georgia Tech Research Corporation | Systems and methods for improving nuclease specificity and activity |
RU2014153918A (ru) | 2012-06-12 | 2016-07-27 | Дженентек, Инк. | Способы и композиции для получения условно нокаутных аллелей |
CA2877290A1 (en) | 2012-06-19 | 2013-12-27 | Daniel F. Voytas | Gene targeting in plants using dna viruses |
CN113512577A (zh) | 2012-06-25 | 2021-10-19 | Gen9股份有限公司 | 用于核酸组装和高通量测序的方法 |
JP6329537B2 (ja) | 2012-07-11 | 2018-05-23 | サンガモ セラピューティクス, インコーポレイテッド | 生物学的薬剤の送達のための方法および組成物 |
WO2014011237A1 (en) | 2012-07-11 | 2014-01-16 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for the treatment of lysosomal storage diseases |
US10648001B2 (en) | 2012-07-11 | 2020-05-12 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Method of treating mucopolysaccharidosis type I or II |
KR102218562B1 (ko) | 2012-08-29 | 2021-02-19 | 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 | 유전적 병태를 치료하기 위한 방법 및 조성물 |
US9937205B2 (en) | 2012-09-04 | 2018-04-10 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Inhibition of diacylglycerol kinase to augment adoptive T cell transfer |
UA118090C2 (uk) | 2012-09-07 | 2018-11-26 | ДАУ АГРОСАЙЄНСІЗ ЕлЕлСі | Спосіб інтегрування послідовності нуклеїнової кислоти, що представляє інтерес, у ген fad2 у клітині сої та специфічний для локусу fad2 білок, що зв'язується, здатний індукувати спрямований розрив |
CN105264067B (zh) | 2012-09-07 | 2020-11-10 | 美国陶氏益农公司 | Fad3性能基因座及相应的能够诱导靶向断裂的靶位点特异性结合蛋白 |
AU2013329186B2 (en) | 2012-10-10 | 2019-02-14 | Sangamo Therapeutics, Inc. | T cell modifying compounds and uses thereof |
NZ707560A (en) | 2012-11-01 | 2019-10-25 | Cellectis | Plants for production of therapeutic proteins |
MX2015007574A (es) | 2012-12-13 | 2015-10-22 | Dow Agrosciences Llc | Gen de precision dirigido a un locus particular en el maiz. |
CA2895909C (en) | 2012-12-21 | 2021-07-06 | Cellectis | Potatoes with reduced cold-induced sweetening |
EP3919505B1 (en) | 2013-01-16 | 2023-08-30 | Emory University | Uses of cas9-nucleic acid complexes |
WO2014204578A1 (en) | 2013-06-21 | 2014-12-24 | The General Hospital Corporation | Using rna-guided foki nucleases (rfns) to increase specificity for rna-guided genome editing |
KR102210319B1 (ko) | 2013-03-15 | 2021-02-01 | 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 | 특정 게놈 좌위에 대한 유전적 및 후성적 조절 단백질의 rna-안내 표적화 |
US10113162B2 (en) | 2013-03-15 | 2018-10-30 | Cellectis | Modifying soybean oil composition through targeted knockout of the FAD2-1A/1B genes |
US10760064B2 (en) | 2013-03-15 | 2020-09-01 | The General Hospital Corporation | RNA-guided targeting of genetic and epigenomic regulatory proteins to specific genomic loci |
CA2906970C (en) | 2013-03-21 | 2021-05-18 | Ospedale San Raffaele Srl | Targeted disruption of t cell receptor genes using engineered zinc finger protein nucleases |
WO2014161821A1 (en) | 2013-04-02 | 2014-10-09 | Bayer Cropscience Nv | Targeted genome engineering in eukaryotes |
CN105263312A (zh) | 2013-04-05 | 2016-01-20 | 美国陶氏益农公司 | 用于在植物基因组内整合外源序列的方法和组合物 |
WO2014186435A2 (en) | 2013-05-14 | 2014-11-20 | University Of Georgia Research Foundation, Inc. | Compositions and methods for reducing neointima formation |
CN105683376A (zh) | 2013-05-15 | 2016-06-15 | 桑格摩生物科学股份有限公司 | 用于治疗遗传病状的方法和组合物 |
JP6588438B2 (ja) | 2013-08-28 | 2019-10-09 | サンガモ セラピューティクス, インコーポレイテッド | Dna結合ドメインと切断ドメインとを連結するための組成物 |
KR20240042200A (ko) | 2013-09-11 | 2024-04-01 | 이글 바이오로직스 인코퍼레이티드 | 점도저하제를 함유하는 액체 단백질 제형 |
CN110713995B (zh) | 2013-10-17 | 2023-08-01 | 桑格摩生物科学股份有限公司 | 用于核酸酶介导的基因组工程改造的递送方法和组合物 |
MX360318B (es) | 2013-11-04 | 2018-10-29 | Dow Agrosciences Llc | Óptimos loci de maíz. |
BR102014027438B1 (pt) | 2013-11-04 | 2022-09-27 | Dow Agrosciences Llc | Molécula de ácido nucleico recombinante e método de produção de uma célula vegetal transgênica |
US9909131B2 (en) | 2013-11-04 | 2018-03-06 | Dow Agrosciences Llc | Optimal soybean loci |
NZ719477A (en) | 2013-11-11 | 2022-05-27 | Sangamo Therapeutics Inc | Methods and compositions for treating huntington’s disease |
SI3068881T1 (sl) | 2013-11-13 | 2019-05-31 | Children's Medical Center Corporation | Z nukleazo posredovano uravnavanje izražanja genov |
EP2878667A1 (en) | 2013-11-29 | 2015-06-03 | Institut Pasteur | TAL effector means useful for partial or full deletion of DNA tandem repeats |
ES2813367T3 (es) | 2013-12-09 | 2021-03-23 | Sangamo Therapeutics Inc | Métodos y composiciones para ingeniería genómica |
PL3102673T3 (pl) | 2014-02-03 | 2020-11-02 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Sposoby i kompozycje do leczenia talasemii beta |
MX2016010100A (es) | 2014-02-05 | 2016-10-07 | Fraunhofer Ges Forschung | Secuenciacion libre de error de acido desoxirribonucleico (adn). |
SG11201607038TA (en) | 2014-03-04 | 2016-09-29 | Sigma Aldrich Co Llc | Viral resistant cells and uses thereof |
AU2015231353B2 (en) | 2014-03-18 | 2020-11-05 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for regulation of zinc finger protein expression |
WO2015164378A1 (en) | 2014-04-22 | 2015-10-29 | Q-State Biosciences, Inc. | Analysis of compounds for pain and sensory disorders |
US9522936B2 (en) | 2014-04-24 | 2016-12-20 | Sangamo Biosciences, Inc. | Engineered transcription activator like effector (TALE) proteins |
US11918695B2 (en) | 2014-05-09 | 2024-03-05 | Yale University | Topical formulation of hyperbranched polymer-coated particles |
WO2015172153A1 (en) | 2014-05-09 | 2015-11-12 | Yale University | Topical formulation of hyperbranched polyglycerol-coated particles thereof |
EP3142707A4 (en) | 2014-05-13 | 2018-02-21 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for prevention or treatment of a disease |
US10066241B2 (en) | 2014-05-30 | 2018-09-04 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Compositions and methods of delivering treatments for latent viral infections |
WO2015188056A1 (en) | 2014-06-05 | 2015-12-10 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for nuclease design |
WO2015193858A1 (en) | 2014-06-20 | 2015-12-23 | Cellectis | Potatoes with reduced granule-bound starch synthase |
PT3169778T (pt) | 2014-07-14 | 2024-01-29 | Univ Washington State | Knock-out de nanos que conduz à ablação de células da linha germinativa |
CN107075483A (zh) | 2014-07-15 | 2017-08-18 | 朱诺治疗学股份有限公司 | 用于过继细胞治疗的工程改造的细胞 |
US11071289B2 (en) | 2014-08-14 | 2021-07-27 | Biocytogen Boston Corp | DNA knock-in system |
WO2016044416A1 (en) | 2014-09-16 | 2016-03-24 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering and correction in hematopoietic stem cells |
KR102497368B1 (ko) | 2014-10-01 | 2023-02-10 | 이글 바이올로직스 인코포레이티드 | 점도-저하제를 함유하는 폴리삭카라이드 및 핵산 제형 |
KR102630014B1 (ko) | 2014-10-01 | 2024-01-25 | 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 | 뉴클레아제-유도 상동성-지정 복구의 효율 증가 방법 |
US10889834B2 (en) | 2014-12-15 | 2021-01-12 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for enhancing targeted transgene integration |
WO2016118726A2 (en) | 2015-01-21 | 2016-07-28 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for identification of highly specific nucleases |
US10048275B2 (en) | 2015-03-13 | 2018-08-14 | Q-State Biosciences, Inc. | Cardiotoxicity screening methods |
ES2959608T3 (es) | 2015-04-03 | 2024-02-27 | Dana Farber Cancer Inst Inc | Composición y métodos de edición del genoma de células B |
US10738290B2 (en) | 2015-04-21 | 2020-08-11 | Novartis Ag | RNA-guided gene editing system and uses thereof |
DK3289080T3 (da) | 2015-04-30 | 2021-11-08 | Univ Columbia | Genterapi til autosomalt dominante sygdomme |
US10288863B2 (en) | 2015-05-21 | 2019-05-14 | Q-State Biosciences, Inc. | Optogenetics microscope |
EP3303586A1 (en) | 2015-05-29 | 2018-04-11 | Juno Therapeutics, Inc. | Composition and methods for regulating inhibitory interactions in genetically engineered cells |
US10117911B2 (en) | 2015-05-29 | 2018-11-06 | Agenovir Corporation | Compositions and methods to treat herpes simplex virus infections |
US20160346360A1 (en) | 2015-05-29 | 2016-12-01 | Agenovir Corporation | Compositions and methods for cell targeted hpv treatment |
US9957501B2 (en) | 2015-06-18 | 2018-05-01 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Nuclease-mediated regulation of gene expression |
EP3322297A4 (en) | 2015-07-13 | 2019-04-17 | Sangamo Therapeutics, Inc. | RELEASE METHOD AND COMPOSITIONS FOR NUCLEASE-DERIVED GENOMINE ENGINEERING |
MA42895A (fr) | 2015-07-15 | 2018-05-23 | Juno Therapeutics Inc | Cellules modifiées pour thérapie cellulaire adoptive |
EP3331355B1 (en) | 2015-08-06 | 2024-04-03 | The Curators of the University of Missouri | Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (prrsv)-resistant porcine and cells having modified cd163 genes |
US9926546B2 (en) | 2015-08-28 | 2018-03-27 | The General Hospital Corporation | Engineered CRISPR-Cas9 nucleases |
US9512446B1 (en) | 2015-08-28 | 2016-12-06 | The General Hospital Corporation | Engineered CRISPR-Cas9 nucleases |
US10837024B2 (en) | 2015-09-17 | 2020-11-17 | Cellectis | Modifying messenger RNA stability in plant transformations |
BR112018012235A2 (pt) | 2015-12-18 | 2018-12-04 | Sangamo Therapeutics Inc | rompimento alvejado do receptor de células de mhc |
AU2016369490C1 (en) | 2015-12-18 | 2021-12-23 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Targeted disruption of the T cell receptor |
AU2017207818B2 (en) | 2016-01-15 | 2024-03-28 | Regents Of The University Of Minnesota | Methods and compositions for the treatment of neurologic disease |
EP3410843A1 (en) | 2016-02-02 | 2018-12-12 | Cellectis | Modifying soybean oil composition through targeted knockout of the fad3a/b/c genes |
EP3769775A3 (en) | 2016-02-02 | 2021-03-17 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Compositions for linking dna-binding domains and cleavage domains |
US11136597B2 (en) | 2016-02-16 | 2021-10-05 | Yale University | Compositions for enhancing targeted gene editing and methods of use thereof |
CA3014795A1 (en) | 2016-02-16 | 2017-08-24 | Yale University | Compositions and methods for treatment of cystic fibrosis |
EP3423158B1 (en) | 2016-02-24 | 2023-11-15 | The Rockefeller University | Embryonic cell-based therapeutic candidate screening systems, models for huntington's disease and uses thereof |
CN116059245A (zh) | 2016-03-23 | 2023-05-05 | 加利福尼亚大学董事会 | 治疗线粒体障碍的方法 |
US20190117799A1 (en) | 2016-04-01 | 2019-04-25 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Stimuli-responsive nanoparticles for biomedical applications |
US11514331B2 (en) | 2016-04-27 | 2022-11-29 | Massachusetts Institute Of Technology | Sequence-controlled polymer random access memory storage |
WO2017189870A1 (en) | 2016-04-27 | 2017-11-02 | Massachusetts Institute Of Technology | Stable nanoscale nucleic acid assemblies and methods thereof |
US11021713B2 (en) | 2016-05-25 | 2021-06-01 | Cargill, Incorporated | Engineered nucleases to generate deletion mutants in plants |
WO2017202715A1 (en) | 2016-05-26 | 2017-11-30 | Nunhems B.V. | Seedless fruit producing plants |
CA3025523A1 (en) | 2016-05-27 | 2017-11-30 | Aadigen, Llc | Peptides and nanoparticles for intracellular delivery of genome-editing molecules |
MA45491A (fr) | 2016-06-27 | 2019-05-01 | Juno Therapeutics Inc | Épitopes à restriction cmh-e, molécules de liaison et procédés et utilisations associés |
EP3475446A1 (en) | 2016-06-27 | 2019-05-01 | Juno Therapeutics, Inc. | Method of identifying peptide epitopes, molecules that bind such epitopes and related uses |
EP3484870B1 (en) | 2016-07-13 | 2022-11-16 | Vertex Pharmaceuticals Incorporated | Methods, compositions and kits for increasing genome editing efficiency |
JP2019520844A (ja) | 2016-07-21 | 2019-07-25 | マックスサイト インコーポレーティッド | ゲノムdnaを改変するための方法および組成物 |
KR20190038613A (ko) | 2016-08-11 | 2019-04-08 | 더 잭슨 래보라토리 | 유전자 변형된 면역결핍 비-인간 동물에서의 개선된 인간 적혈구 생존에 관한 방법 및 조성물 |
CN110325635B (zh) | 2016-08-24 | 2023-12-26 | 桑格摩生物治疗股份有限公司 | 使用工程化的核酸酶调控基因表达 |
KR102455249B1 (ko) | 2016-08-24 | 2022-10-17 | 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 | 가공된 표적 특이적 뉴클레아제 |
JP7179354B2 (ja) | 2016-08-29 | 2022-11-29 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | 皮膚処置のためのイオン種に基づく局所処方物 |
US20190225974A1 (en) | 2016-09-23 | 2019-07-25 | BASF Agricultural Solutions Seed US LLC | Targeted genome optimization in plants |
CN110050061A (zh) | 2016-10-05 | 2019-07-23 | 富士胶片细胞动力公司 | 从具有MeCP2破坏的诱导多能干细胞生成成熟谱系 |
EP4190335A1 (en) | 2016-10-13 | 2023-06-07 | Juno Therapeutics, Inc. | Immunotherapy methods and compositions involving tryptophan metabolic pathway modulators |
MX2019004487A (es) | 2016-10-20 | 2020-02-07 | Sangamo Therapeutics Inc | Metodos y composiciones para el tratamiento de la enfermedad de fabry. |
WO2018081138A1 (en) | 2016-10-24 | 2018-05-03 | Yale University | Biodegradable contraceptive implants |
US11020492B2 (en) | 2016-10-31 | 2021-06-01 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Gene correction of SCID-related genes in hematopoietic stem and progenitor cells |
CN109906030B (zh) | 2016-11-04 | 2022-03-18 | 安健基因公司 | 用于产生仅重链抗体的经基因修饰的非人动物和方法 |
UY37482A (es) | 2016-11-16 | 2018-05-31 | Cellectis | Métodos para alterar el contenido de aminoácidos en plantas mediante mutaciones de desplazamiento de marco |
US11332713B2 (en) | 2016-11-16 | 2022-05-17 | KSQ Therapeutics, Inc. | Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy |
US11793833B2 (en) | 2016-12-02 | 2023-10-24 | Juno Therapeutics, Inc. | Engineered B cells and related compositions and methods |
ES2968892T3 (es) | 2016-12-08 | 2024-05-14 | Univ Case Western Reserve | Métodos y composiciones para aumentar la producción de mielina funcional |
WO2018112470A1 (en) | 2016-12-16 | 2018-06-21 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Co-delivery of nucleic acids for simultaneous suppression and expression of target genes |
US20190390241A1 (en) | 2017-01-24 | 2019-12-26 | Sigma-Aldrich Co. Llc | Viral resistant cells and culture systems |
EP3599842A4 (en) | 2017-03-21 | 2020-12-30 | The Jackson Laboratory | GENETICALLY MODIFIED MOUSE EXPRESSING HUMAN APOE4 AND TREM.P.R47H AND ASSOCIATED PROCEDURES FOR USE |
WO2018187493A1 (en) | 2017-04-04 | 2018-10-11 | Yale University | Compositions and methods for in utero delivery |
BR112019021993A2 (pt) | 2017-04-20 | 2020-05-12 | Oregon Health & Science University | Correção de gene humano |
AU2018260469A1 (en) | 2017-04-25 | 2019-11-14 | Cellectis | Alfalfa with reduced lignin composition |
RU2019140867A (ru) | 2017-05-12 | 2021-06-15 | Зе Джексон Лаборатори | Nsg мыши, не имеющие mhc класса i и класса ii |
KR20200027512A (ko) | 2017-06-20 | 2020-03-12 | 엥스띠뛰 퀴리 | Suv39h1에 결함이 있는 면역 세포 |
WO2019089982A1 (en) | 2017-11-01 | 2019-05-09 | Juno Therapeutics, Inc. | Method of assessing activity of recombinant antigen receptors |
WO2019094928A1 (en) | 2017-11-10 | 2019-05-16 | Massachusetts Institute Of Technology | Microbial production of pure single stranded nucleic acids |
US10953036B2 (en) | 2017-11-20 | 2021-03-23 | University Of Georgia Research Foundation, Inc. | Compositions and methods of modulating HIF-2A to improve muscle generation and repair |
EP3501268B1 (en) | 2017-12-22 | 2021-09-15 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Regeneration of plants in the presence of histone deacetylase inhibitors |
EP3508581A1 (en) | 2018-01-03 | 2019-07-10 | Kws Saat Se | Regeneration of genetically modified plants |
CA3086620A1 (en) | 2018-01-12 | 2019-07-18 | Basf Se | Gene underlying the number of spikelets per spike qtl in wheat on chromosome 7a |
CN111757876B (zh) | 2018-01-17 | 2024-03-22 | 沃泰克斯药物股份有限公司 | Dna-pk抑制剂 |
EP3740479A1 (en) | 2018-01-17 | 2020-11-25 | Vertex Pharmaceuticals Incorporated | Dna-pk inhibitors |
EA202091707A1 (ru) | 2018-01-17 | 2020-12-02 | Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед | Хиноксалиноновые соединения, композиции, способы и наборы для повышения эффективности редактирования генома |
AU2019218118A1 (en) | 2018-02-08 | 2020-08-13 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Engineered target specific nucleases |
BR112020018658A2 (pt) | 2018-03-15 | 2020-12-29 | KSQ Therapeutics, Inc. | Composições de regulação gênica e métodos para imu-noterapia aprimorada |
CA3093915A1 (en) | 2018-03-15 | 2019-09-19 | KSQ Therapeutics, Inc. | Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy |
US20210017509A1 (en) | 2018-03-23 | 2021-01-21 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Gene Editing for Autosomal Dominant Diseases |
EP3545756A1 (en) | 2018-03-28 | 2019-10-02 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Regeneration of plants in the presence of inhibitors of the histone methyltransferase ezh2 |
RU2020135966A (ru) | 2018-04-05 | 2022-05-06 | Джуно Терапьютикс, Инк. | Способы получения клеток, экспрессирующих рекомбинантный рецептор, и родственные композиции |
MA52207A (fr) | 2018-04-05 | 2021-02-17 | Editas Medicine Inc | Lymphocytes t exprimant un récepteur recombinant, polynucléotides et procédés associés |
EP3567111A1 (en) | 2018-05-09 | 2019-11-13 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Gene for resistance to a pathogen of the genus heterodera |
US11291176B2 (en) | 2018-06-15 | 2022-04-05 | Nunhems B.V. | Seedless watermelon plants comprising modifications in an ABC transporter gene |
BR112020025349A2 (pt) | 2018-06-15 | 2021-03-09 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Métodos para melhorar a engenharia e regeneração do genoma em planta |
EP3807299A1 (en) | 2018-06-15 | 2021-04-21 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Methods for enhancing genome engineering efficiency |
CA3103500A1 (en) | 2018-06-15 | 2019-12-19 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Methods for improving genome engineering and regeneration in plant ii |
US20210195879A1 (en) | 2018-06-21 | 2021-07-01 | The Jackson Laboratory | Genetically modified mouse models of alzheimer's disease |
EP3830278A4 (en) | 2018-08-01 | 2022-05-25 | University of Georgia Research Foundation, Inc. | COMPOSITIONS AND METHODS FOR ENHANCING EMBRYO DEVELOPMENT |
KR20210049124A (ko) | 2018-08-23 | 2021-05-04 | 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 | 조작된 표적 특이적 염기 편집기 |
US20210338815A1 (en) | 2018-08-31 | 2021-11-04 | Yale University | Compositions and methods for enhancing triplex and nuclease-based gene editing |
WO2020051283A1 (en) | 2018-09-05 | 2020-03-12 | The Regents Of The University Of California | Generation of heritably gene-edited plants without tissue culture |
EP3623379A1 (en) | 2018-09-11 | 2020-03-18 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Beet necrotic yellow vein virus (bnyvv)-resistance modifying gene |
CN113015741A (zh) | 2018-09-18 | 2021-06-22 | 桑格摩生物治疗股份有限公司 | 程序性细胞死亡1(pd1)特异性核酸酶 |
JP2022506974A (ja) | 2018-11-08 | 2022-01-17 | トリトン アルジー イノベーションズ インコーポレイテッド | 藻類由来のヘムを食用の製品に組み込むための組成物及び方法 |
KR20200071198A (ko) | 2018-12-10 | 2020-06-19 | 네오이뮨텍, 인코퍼레이티드 | Nrf2 발현 조절 기반 T 세포 항암면역치료법 |
US20220064657A1 (en) | 2019-01-04 | 2022-03-03 | Cargill, Incorporated | Engineered nucleases to generate mutations in plants |
EP3914708A1 (en) | 2019-01-24 | 2021-12-01 | Massachusetts Institute Of Technology | Nucleic acid nanostructure platform for antigen presentation and vaccine formulations formed therefrom |
CN113490747A (zh) | 2019-01-29 | 2021-10-08 | 华威大学 | 用于提高基因组工程化效率的方法 |
EP3708651A1 (en) | 2019-03-12 | 2020-09-16 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Improving plant regeneration |
MA55531A (fr) | 2019-04-02 | 2022-02-09 | Sangamo Therapeutics Inc | Procédés pour le traitement de béta-thalassémie |
EP3953485A4 (en) | 2019-04-10 | 2023-05-17 | University of Utah Research Foundation | MODULATION OF HTRA1 FOR THE TREATMENT OF ARMD |
CN114025788A (zh) | 2019-05-01 | 2022-02-08 | 朱诺治疗学股份有限公司 | 从经修饰的tgfbr2基因座表达重组受体的细胞、相关多核苷酸和方法 |
WO2020223571A1 (en) | 2019-05-01 | 2020-11-05 | Juno Therapeutics, Inc. | Cells expressing a chimeric receptor from a modified cd247 locus, related polynucleotides and methods |
US11905532B2 (en) | 2019-06-25 | 2024-02-20 | Massachusetts Institute Of Technology | Compositions and methods for molecular memory storage and retrieval |
EP3757219A1 (en) | 2019-06-28 | 2020-12-30 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Enhanced plant regeneration and transformation by using grf1 booster gene |
MX2022000922A (es) | 2019-07-23 | 2022-05-03 | Mnemo Therapeutics | Celulas inmunes defectuosas para suv39h1. |
US20230227583A1 (en) | 2019-08-30 | 2023-07-20 | Yale University | Compositions and methods for delivery of nucleic acids to cells |
CA3157872A1 (en) | 2019-11-12 | 2021-05-20 | Otto Torjek | Gene for resistance to a pathogen of the genus heterodera |
US20230212613A1 (en) | 2020-05-06 | 2023-07-06 | Cellectis S.A. | Methods for targeted insertion of exogenous sequences in cellular genomes |
AU2021269103A1 (en) | 2020-05-06 | 2022-12-15 | Cellectis S.A. | Methods to genetically modify cells for delivery of therapeutic proteins |
CN115835873A (zh) | 2020-05-13 | 2023-03-21 | 朱诺治疗学股份有限公司 | 用于产生表达重组受体的供体分批细胞的方法 |
KR20230042283A (ko) | 2020-06-26 | 2023-03-28 | 주노 테라퓨틱스 게엠베하 | 재조합 수용체를 조건부로 발현하는 조작된 t 세포, 관련된 폴리뉴클레오티드 및 방법 |
AU2021316727A1 (en) | 2020-07-30 | 2023-03-02 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Immune cells defective for SOCS1 |
EP4204545A2 (en) | 2020-08-25 | 2023-07-05 | Kite Pharma, Inc. | T cells with improved functionality |
CN116802203A (zh) | 2020-11-04 | 2023-09-22 | 朱诺治疗学股份有限公司 | 从经修饰的恒定cd3免疫球蛋白超家族链基因座表达嵌合受体的细胞、相关多核苷酸和方法 |
WO2022101641A1 (en) | 2020-11-16 | 2022-05-19 | Pig Improvement Company Uk Limited | Influenza a-resistant animals having edited anp32 genes |
EP4019639A1 (en) | 2020-12-22 | 2022-06-29 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Promoting regeneration and transformation in beta vulgaris |
EP4019638A1 (en) | 2020-12-22 | 2022-06-29 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Promoting regeneration and transformation in beta vulgaris |
JP2024511420A (ja) | 2021-03-22 | 2024-03-13 | ジュノー セラピューティクス インコーポレイテッド | ウイルスベクター粒子の効力を評価する方法 |
EP4337769A1 (en) | 2021-05-10 | 2024-03-20 | SQZ Biotechnologies Company | Methods for delivering genome editing molecules to the nucleus or cytosol of a cell and uses thereof |
WO2022251644A1 (en) | 2021-05-28 | 2022-12-01 | Lyell Immunopharma, Inc. | Nr4a3-deficient immune cells and uses thereof |
KR20240027676A (ko) | 2021-06-02 | 2024-03-04 | 라이엘 이뮤노파마, 인크. | Nr4a3-결핍 면역 세포 및 이의 용도 |
WO2022271548A2 (en) | 2021-06-23 | 2022-12-29 | Massachusetts Institute Of Technology | Compositions, methods and systems for the delivery of gene editing material to cells |
WO2023064924A1 (en) | 2021-10-14 | 2023-04-20 | Codiak Biosciences, Inc. | Modified producer cells for extracellular vesicle production |
CA3237482A1 (en) | 2021-11-03 | 2023-05-11 | The J. David Gladstone Institutes, A Testamentary Trust Established Under The Will Of J. David Gladstone | Precise genome editing using retrons |
CA3237696A1 (en) | 2021-11-08 | 2023-05-11 | Progentos Therapeutics, Inc. | Platelet-derived growth factor receptor (pdgfr) alpha inhibitors and uses thereof |
WO2023081900A1 (en) | 2021-11-08 | 2023-05-11 | Juno Therapeutics, Inc. | Engineered t cells expressing a recombinant t cell receptor (tcr) and related systems and methods |
TW202328201A (zh) | 2021-11-09 | 2023-07-16 | 美商安進公司 | 產生抗體肽軛合物的方法 |
WO2023105244A1 (en) | 2021-12-10 | 2023-06-15 | Pig Improvement Company Uk Limited | Editing tmprss2/4 for disease resistance in livestock |
WO2023126458A1 (en) | 2021-12-28 | 2023-07-06 | Mnemo Therapeutics | Immune cells with inactivated suv39h1 and modified tcr |
WO2023141602A2 (en) | 2022-01-21 | 2023-07-27 | Renagade Therapeutics Management Inc. | Engineered retrons and methods of use |
WO2023168397A1 (en) | 2022-03-04 | 2023-09-07 | Sigma-Aldrich Co. Llc | Metabolic selection via the asparagine biosynthesis pathway |
WO2023225665A1 (en) | 2022-05-19 | 2023-11-23 | Lyell Immunopharma, Inc. | Polynucleotides targeting nr4a3 and uses thereof |
EP4279085A1 (en) | 2022-05-20 | 2023-11-22 | Mnemo Therapeutics | Compositions and methods for treating a refractory or relapsed cancer or a chronic infectious disease |
WO2024013514A2 (en) | 2022-07-15 | 2024-01-18 | Pig Improvement Company Uk Limited | Gene edited livestock animals having coronavirus resistance |
WO2024044723A1 (en) | 2022-08-25 | 2024-02-29 | Renagade Therapeutics Management Inc. | Engineered retrons and methods of use |
WO2024062138A1 (en) | 2022-09-23 | 2024-03-28 | Mnemo Therapeutics | Immune cells comprising a modified suv39h1 gene |
WO2024064952A1 (en) | 2022-09-23 | 2024-03-28 | Lyell Immunopharma, Inc. | Methods for culturing nr4a-deficient cells overexpressing c-jun |
WO2024064958A1 (en) | 2022-09-23 | 2024-03-28 | Lyell Immunopharma, Inc. | Methods for culturing nr4a-deficient cells |
WO2024073686A1 (en) | 2022-09-30 | 2024-04-04 | Sigma-Aldrich Co. Llc | Metabolic selection via the serine biosynthesis pathway |
WO2024073692A1 (en) | 2022-09-30 | 2024-04-04 | Sigma-Aldrich Co. Llc | Metabolic selection via the glycine-formate biosynthesis pathway |
WO2024077174A1 (en) | 2022-10-05 | 2024-04-11 | Lyell Immunopharma, Inc. | Methods for culturing nr4a-deficient cells |
WO2024100604A1 (en) | 2022-11-09 | 2024-05-16 | Juno Therapeutics Gmbh | Methods for manufacturing engineered immune cells |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012135316A (ja) * | 1993-09-27 | 2012-07-19 | Johns Hopkins Univ | フラボバクテリウム・オケアノコイテス(foki)制限エンドヌクレアーゼにおける機能ドメイン |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0589958A4 (en) * | 1991-06-11 | 1995-04-26 | Gen Hospital Corp | UNIVERSAL NUCLEASES ACTING ON A SPECIFIED SITE. |
CA2154581C (en) * | 1993-02-12 | 2008-12-16 | Srinivasan Chandrasegaran | Functional domains in flavobacterium okeanokoites (foki) restriction endonuclease |
-
1993
- 1993-09-27 US US08/126,564 patent/US5436150A/en not_active Expired - Lifetime
-
1994
- 1994-08-23 JP JP7510290A patent/JPH09505728A/ja not_active Withdrawn
- 1994-08-23 CA CA002170986A patent/CA2170986A1/en not_active Abandoned
- 1994-08-23 EP EP94925854A patent/EP0721502A4/en not_active Withdrawn
- 1994-08-23 WO PCT/US1994/009143 patent/WO1995009233A1/en not_active Application Discontinuation
- 1994-08-23 AU AU75636/94A patent/AU687435B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2006
- 2006-05-23 JP JP2006143294A patent/JP4081119B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2007
- 2007-09-05 JP JP2007230093A patent/JP2008005851A/ja not_active Withdrawn
-
2008
- 2008-11-13 JP JP2008291366A patent/JP2009072201A/ja not_active Withdrawn
-
2012
- 2012-02-23 JP JP2012037730A patent/JP2012135316A/ja not_active Withdrawn
- 2012-12-21 JP JP2012279894A patent/JP2013081471A/ja active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012135316A (ja) * | 1993-09-27 | 2012-07-19 | Johns Hopkins Univ | フラボバクテリウム・オケアノコイテス(foki)制限エンドヌクレアーゼにおける機能ドメイン |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012135316A (ja) * | 1993-09-27 | 2012-07-19 | Johns Hopkins Univ | フラボバクテリウム・オケアノコイテス(foki)制限エンドヌクレアーゼにおける機能ドメイン |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US5436150A (en) | 1995-07-25 |
JP2006254921A (ja) | 2006-09-28 |
JP2012135316A (ja) | 2012-07-19 |
JP4081119B2 (ja) | 2008-04-23 |
EP0721502A4 (en) | 1997-02-12 |
JP2013081471A (ja) | 2013-05-09 |
JP2008005851A (ja) | 2008-01-17 |
EP0721502A1 (en) | 1996-07-17 |
JPH09505728A (ja) | 1997-06-10 |
CA2170986A1 (en) | 1995-04-06 |
AU7563694A (en) | 1995-04-18 |
WO1995009233A1 (en) | 1995-04-06 |
AU687435B2 (en) | 1998-02-26 |
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