JP2008515776A - 抗ｉｌ−１３抗体、抗ｉｌ−１３抗体の結晶および該抗体を含有する複合体 - Google Patents

Abstract

抗ＩＬ−１３抗体、抗ＩＬ−１３抗体の結晶、ＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体、ＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体の結晶、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体の結晶、ならびに関連する方法およびソフトウェアシステムを開示した。

Description

本出願は、２００４年６月９日に出願された米国特許仮出願第６０／５７８，７３６号、２００４年６月９日に出願された米国特許仮出願第６０／５７８，４７３号、２００４年６月２２日に出願された米国特許仮出願第６０／５８１，３７５号の利益を請求する。参照としてこれら出願それぞれの内容の全体を本明細書に組み込む。

本発明は、抗ＩＬ−１３抗体、抗ＩＬ−１３抗体の結晶、ＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体、ＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体の結晶、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体の結晶、ならびに関連する方法およびソフトウェアシステムに関する。

インターロイキン１３（ＩＬ−１３）は、アトピー、喘息、アレルギー、および炎症反応などの免疫応答状態に関わる多面的サイトカインである。免疫応答におけるＩＬ−１３の役割は、細胞内シグナル伝達経路へのその効果によって助長される。例えば、ＩＬ−１３は、Ｂ細胞増殖を促進し、Ｂ細胞にＩｇＥを産生させ、炎症誘発性サイトカインの産生を下方に制御することができる。ＩＬ−１３は、内皮細胞のＶＣＡＭ−１の発現を増加させ、クラスＩＩＭＨＣ抗原および様々な単球の接着分子の発現を亢進させることもできる。

ＩＬ−１３の機能は、造血細胞他の細胞型の受容体との相互作用を介して伝達される。ヒトＩＬ−１３受容体（ＩＬ−１３Ｒ）は、インターロイキン４受容体α鎖、ＩＬ−４Ｒα、およびＩＬ−１３結合鎖、ＩＬ−１３Ｒα１、を含むヘテロ二量体である。ＩＬ−１３とその受容体との結合は、ＩＬ−４Ｒα鎖との結合相互作用を介してＳＴＡＴ６（シグナルトランスデューサーおよび転写アクチベーター６）およびＪＡＫ１（ヤヌスファミリーのキナーゼ）の活性化を誘発する。ＩＬ−１３Ｒα２は細胞表面上または可溶性の形で血液循環中に見出され、高い親和力でＩＬ−１３に結合するが細胞応答をＩＬ−１３に伝達しない。これは囮受容体として機能するものと考えられる。

一態様では、本発明は結晶性抗体を特徴とする。この結晶性抗体は、抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである。

別の態様では、本発明は、抗体を含む結晶性組成物を特徴とする。この抗体は、抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである。

さらに別の態様では、ＩＬ−１３ポリペプチドおよび抗体を含む結晶性複合体を特徴とする。この抗体は、抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである。

別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドおよびＩＬ−１３ポリペプチドを含む結晶性複合体を特徴とする。

さらに別の態様では、本発明は、抗体の３次元モデルを用いて、ＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法を特徴とする。この抗体は、抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである。

別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３ポリペプチドの３次元モデルを用いて、ＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法を特徴とする。

別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに結合したＩＬ−１３ポリペプチドの３次元モデルを用いて、このＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法を特徴とする。

別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３ポリペプチドを含む結晶性複合体の３次元構造を用いて合理的な薬剤設計を行うことにより作用薬を選択する工程と、この作用薬をＩＬ−１３ポリペプチドと接触させる工程と、この作用薬がＩＬ−１３ポリペプチドに結合する能力を検出する工程とを含む方法を特徴とする。

さらに別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体と接触させて組成物を形成する工程と、この組成物を結晶化させて抗体がＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程とを含む方法を特徴とする。この抗体は抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントであり、この結晶性複合体は少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる。

別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと接触させて組成物を形成する工程と、この組成物を結晶化させて抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドがそれぞれＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程とを含む方法を特徴とする。この抗体は抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントであり、この結晶性複合体は少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる。

別の態様では、本発明は、コンピュータシステムに、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせる命令を含むソフトウェアシステムを特徴とする。この抗体には抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントが含まれる。この命令はまた、コンピュータシステムに、候補薬に関する情報を受け入れさせ、ＩＬ−１３ポリペプチドに対するこの候補薬の結合特性を決定させる。結合特性の決定は、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われる。

別の態様では、本発明は、コンピュータ可読媒体にあるコンピュータプログラムを特徴とする。複数の命令がコンピュータ可読媒体に格納されている。これらの命令が１つまたは複数のプロセッサで実行されると、この１つまたは複数のプロセッサは、抗体（この抗体は抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである）に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れ、候補薬に関する情報を受け入れ、ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定する。結合特性の決定は、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われる。

別の態様では、本発明は、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れる工程と、このＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする工程とを含む方法を特徴とする。この抗体は抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである。情報を受け入れ、結合特性をシミュレーションするこの方法はソフトウェアシステムによって実行される。

別の態様では、本発明は、複数の命令を含むコンピュータ可読媒体にあるコンピュータプログラムを特徴とする。これらの命令が１つまたは複数のプロセッサで実行されると、この１つまたは複数のプロセッサは、抗体（この抗体は抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである）に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れ、このＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする。

別の態様では、本発明は、コンピュータシステムに、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、このＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をシミュレーションさせる命令を含むソフトウェアシステムを特徴とする。この抗体は抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである。

別の態様では、本発明は結晶性抗体を特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。

さらに別の態様では、本発明は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体を含む結晶性組成物を特徴とする。

別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３ポリペプチドおよび抗体を含む結晶性複合体を特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。

さらに別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３ポリペプチド、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド、および抗体を含む結晶性複合体を特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。

さらに別の態様では、本発明は、抗体の３次元モデルを用いてＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法を特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。

別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体と接触させて組成物を形成する工程と、この組成物を結晶化させて、抗体がＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程とを含む方法を特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力があり、この結晶性複合体は少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる。

さらに別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと接触させて組成物を形成する工程と、この組成物を結晶化させて抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドがそれぞれＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程とを含む方法を特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力があり、この結晶性複合体は少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる。

別の態様では、本発明は、コンピュータシステムに、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、候補薬に関する情報を受け入れさせ、ＩＬ−１３ポリペプチドに対するこの候補薬の結合特性を決定させる命令を含むソフトウェアシステムを特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。候補薬の結合特性の決定は、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われる。

別の態様では、本発明は、複数の命令を含むコンピュータ可読媒体にあるコンピュータプログラムを特徴とする。これらの命令が１つまたは複数のプロセッサで実行されると、この１つまたは複数のプロセッサは、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れ、候補薬に関する情報を受け入れ、ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定する。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。候補薬の結合特性の決定は、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われる。

別の態様では、本発明は、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れる工程と、このＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする工程とを含む方法を特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合する、ＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。情報を受け入れ、結合特性をモデリングするこの方法はソフトウェアシステムによって実行される。

別の態様では、本発明は、複数の命令を含むコンピュータ可読媒体にあるコンピュータプログラムを特徴とする。これらの命令が１つまたは複数のプロセッサで実行されると、この１つまたは複数のプロセッサは、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れ、このＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。

別の態様では、本発明は、コンピュータシステムに、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、このＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングさせる命令を含むソフトウェアシステムを特徴とする。この抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある。

別の態様では、本発明は、被検者のＩＬ−１３活性を調節する方法を特徴とする。この方法は、合理的な薬剤設計を用いてＩＬ−１３活性を調節する能力がある作用薬を選択する工程と、治療有効量の作用薬をこの被検者に投与する工程とを含む。

さらに別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３活性に関連した症状を持つ被検者を治療する方法を特徴とする。この方法は、合理的な薬剤設計を用いてＩＬ−１３活性に影響を及ぼす能力がある作用薬を選択する工程と、治療有効量の作用薬をこの被検者に投与する工程とを含む。

別の態様では、本発明は、ＩＬ−１３活性に関連した症状になりやすい被検者を予防的に治療する方法を特徴とする。この方法は、被検者がＩＬ−１３活性に関連した症状になりやすいことを判定する工程と、合理的な薬剤設計を用いてＩＬ−１３活性に影響を及ぼす能力がある作用薬を選択する工程と、治療有効量の作用薬をこの被検者に投与する工程とを含む。

ポリペプチドまたは対応するリガンドの構造上の情報があると、ｉｎ ｖｉｖｏでポリペプチドがいかに機能しているかをより良く理解することができる。例えば、あるタンパク質または対応するリガンドの構造の知識があると、このタンパク質と、他のタンパク質、抗体、エフェクター分子（例えば、ホルモン）、および核酸を含めたそのリガンドとの相互作用を促進する特性を明らかにすることができる。シミュレーションに基づく構造を用いてＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する能力があるリガンドを確認することにより、高価で時間のかかる恐れのあるスクリーニングアッセイの必要性を除くことができる。構造上の情報を用いることにより、ＩＬ−１３と相互作用することが知られているリガンドを修飾して、より強い結合またはより高い特異性などのより望ましい特性を有する代替リガンドを産生することもできる。

抗ＩＬ−１３抗体とＩＬ−１３ポリペプチドとの相互作用ならびにＩＬ−１３ポリペプチドとその受容体との相互作用の研究により、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−１３の活性を調節するリガンド（例えば、薬物）の設計または選択を促進することができる。したがって、こうした研究は治療薬の設計に有用であり得る。活性アッセイによれば、ｍＡｂ１３．２は、抗体を用いてタンパク質の正常機能を妨害する能力があるＩＬ−１３結合薬を認識することを含めて、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏでのＩＬ−１３の機能をブロックすることが分かった（下記の実施例１および２参照）。したがって、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、およびヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶構造（下記の表１０〜１２参照）は、ＩＬ−１３とＩＬ−１３受容体のポリペプチド、ＩＬ−１３Ｒα１と相互作用することができる作用薬を設計または認識するために有用であり得ると思われる。こうした作用薬は、例えば、喘息（例えば、非アレルギー性喘息、またはアレルギー性喘息、これは慢性アレルギー性気道疾患と呼ばれることもある）、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、気道炎、好酸球増加症、線維症および過剰な粘液産生（例えば、嚢胞性線維症、肺線維症、およびアレルギー性鼻炎）、皮膚の炎症性および／または自己免疫性症状（例えば、アトピー性皮膚炎）、消化管の炎症性および／または自己免疫性症状（例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）および／またはクローン病）、肝臓（例えば、肝硬変）、血管または結合組織の炎症性および／または自己免疫性症状（例えば、強皮症）、ならびにホジキンリンパ腫、神経膠芽腫、およびリンパ腫などの腫瘍または癌（例えば、軟部組織または固形腫瘍）などの免疫応答状態におけるＩＬ−１３の活性を調節するのに有用であり得る。

本発明のその他の特徴および利点は、添付した図面と説明、ならびに特許請求の範囲から明らかとなろう。本出願全体にわたって引用されたすべての文献、出願中の特許および公表された特許は、参照により本明細書に明確に組み込まれる。矛盾がある場合は定義を含めて本出願を基準とする。

（図面の簡単な記載）
図１Ａは、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ（ｆｒａｇｍｅｎｔ ａｎｔｉｇｅｎ ｂｉｎｄｉｎｇ、抗原結合フラグメント）フラグメントの軽鎖のアミノ酸配列である（配列番号１）。

図１Ｂは、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの重鎖のアミノ酸配列である（配列番号２）。

図２Ａは、完全長ヒトＩＬ−１３のアミノ酸配列である（スイスプロットアクセッション番号Ｐ３５２２５）（配列番号３）。シグナルペプチド切断部位をスラッシュで示す。α−ヘリックスＡ、Ｂ、Ｃ、およびＤには下線を付した。ヘリックスＡはアミノ酸２５〜４２で定義され、ヘリックスＢはアミノ酸６２〜７１で定義され、ヘリックスＣはアミノ酸７８〜８９で定義され、ヘリックスＤはアミノ酸１１２〜１２７で定義される。

図２Ｂは、シグナルペプチド切断後のヒトＩＬ−１３のアミノ酸配列である（配列番号４）。α−ヘリックスＡ、Ｂ、Ｃ、およびＤには下線を付した。ヘリックスＡはアミノ酸６〜２３で定義され、ヘリックスＢはアミノ酸４３〜５２で定義され、ヘリックスＣはアミノ酸５９〜７０で定義され、ヘリックスＤはアミノ酸９３〜１０８で定義される。

図３は、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（左）と処理された形のヒトＩＬ−１３（右）（図２Ｂ参照）の結晶構造を示すリボン図である。ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの軽鎖は濃い陰影で示され、重鎖は薄い陰影で示されている。ＩＬ−１３構造のヘリックスＡ、Ｂ、Ｃ、およびＤが示されている。

図４は、Ｂｉａｃｏｒｅ分析で求めた、ヒトＩＬ−１３に結合した３つの異なる抗ＩＬ−１３抗体（ｍＡｂ１３．２、ｍＡｂ１３．４、およびｍＡｂ１３．９）の動力学的パラメータを示すグラフである。ｍＡｂ１３．２の動力学定数も示した。

図５は、組換え型および天然型ヒトＩＬ−１３に対するビオチン化ｍＡｂ１３．２の結合を示すグラフである。ＥＬＩＳＡプレートには抗ＦＬＡＧ Ｍ２抗体を塗布した。ＦＬＡＧ−ヒトＩＬ−１３の結合はビオチン化ｍＡｂ１３．２とストレプトアビジン−ペルオキシダーゼを用いて検出した。この結合は、マイトジェン活性化、Ｔｈ２ねじれ形、臍帯血単核細胞から単離された天然型ヒトＩＬ−１３（三角形）、および組換え型ヒトＩＬ−１３（菱形）との競合の可能性がある。ｍＡｂ１３．２に対する組換え型マウスＩＬ−１３（円形）の検出可能な結合はなかった。

図６は、ヒトＩＬ−１３の生物活性に対するｍＡｂ１３．２および公知の阻害剤ｒｈｕＩＬ−１３Ｒα２の効果を示すグラフである。「ｃｐｍ」は、ＩＬ−１３と様々な濃度のｍＡｂ１３．２またはｒｈｕＩＬ−１３Ｒα２（ｘ軸）の存在下で成長したＴＦ１細胞に取り込まれた３Ｈ−チミジンの程度である。

図７Ａは、ＣＤ１１ｂ＋単球上でのＣＤ２３の発現に対する組換え型ヒトＩＬ−１３およびＩＬ−４の効果を示すグラフである。この単球は、健康なドナーから摘出した正常な末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）であった。細胞は、１ｎｇ／ｍＬの組換え型ヒトＩＬ−１３またはＩＬ−４で一晩処理した後、フローサイトメトリーによってＣＤ２３の発現を測定した。

図７Ｂは、ＣＤ１１ｂ＋単球上でのＩＬ−１３誘導ＣＤ２３の発現に対するｍＡｂ１３．２の効果を示すグラフである。

図７Ｃは、ＣＤ１１ｂ＋単球上でのＩＬ−４誘導ＣＤ２３の発現に対するｍＡｂ１３．２の効果を示すグラフである。

図８は、ヒトＢ細胞によるＩＬ−１３依存性ＩｇＥの産生に対するｍＡｂ１３．２の効果を示すグラフである。健康なドナーからのＰＢＭＣをＰＨＡとＩＬ−１３で刺激した。３週間後、ＥＬＩＳＡにより各ウェルのＩｇＥ濃度を測定した。ＰＨＡ＋ＩＬ−１３により、ＩｇＥ産生Ｂ細胞クローンの頻度が増加した。この効果は、ｍＡｂ１３．２によって阻害されたが、ＩＬ−１３に特異的な非中和抗体（ｍＡｂ１３．８）または対照のマウスＩｇＧ（ｍｓＩｇＧ）では阻害されなかった。

図９Ａは、図中に示した濃度のＩＬ−１３を用いて３７℃で３０分間処理したＨＴ−２９ヒト上皮細胞からのリン酸化ＳＴＡＴ６タンパク質を検出するウェスタンブロットである。

図９Ｂは、ＩＬ−１３処理後の細胞のリン酸化ＳＴＡＴ６タンパク質の濃度を測定したフローサイトメトリー実験からのヒストグラムである。ＩＬ−１３処理後のホスホＳＴＡＴ６染色濃度のずれを薄い陰影図で示す。

図９Ｃは、最適以下の濃度のヒトＩＬ−１３と図に示した抗体で処理した後の、細胞のリン酸化ＳＴＡＴ６タンパク質の濃度を測定したフローサイトメトリー実験からのヒストグラムのパネルである。ＩＬ−１３と抗体で処理した細胞は太線の図で示す。陰影を付けたヒストグラムは未処理の細胞を示す。ｍＡｂ１３．２に加えて、ＩＬ−１３に特異的な非中和抗体（ｍＡｂ１３．８）および対照のマウスＩｇＧ１も試験した。

図１０は、回虫抗原を肺の一部に接種した後、ブタ回虫に感作したカニクイザルからのＢＡＬ中に検出された好酸球の割合を実証するグラフである。接種する２４時間前に、動物にはｍＡｂ１３．２ｉ．ｖ．が投与された（菱形）、または未投与（円形）であった。三角形は、Ａｂ投与後３カ月での、ｍＡｂ１３．２を投与したもの、および再度回虫を接種したものを示す。好酸球は、偏光解消側方散乱光分析を用いたフローサイトメトリーによって検出された。

図１１Ａは、ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、非標識ｍＡｂ１３．２（菱形）またはｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（円形）が、ビオチン化ｍＡｂ１３．２と結合性を競合することができたことを示すグラフである。「関係のない抗体」（ＩＬ−１３に結合するがその活性を無力化しない、モノクローナル抗体ｍＡｂ１３．８）（星印）は結合性を競合することができなかった。競合物の濃度は、抗体またはＦａｂのピコモル（ｐＭ）として表されている。

図１１Ｂは、非標識ｍＡｂ１３．２（菱形）またはｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（円形）が、ＥＬＩＳＡアッセイにおけるビオチン化ｍＡｂ１３．２との結合性を競合することができたことを示すグラフである。「関係のない抗体」（モノクローナル抗体ｍＡｂ１３．８）（星印）は結合について競合することができなかった。競合物の濃度は、無処置ＩｇＧ１個当り結合部位２個およびＦａｂフラグメント１個当り結合部位１個と考えて、結合部位のピコモル（ｐＭ）として表されている。

図１２Ａは、ｍＡｂ１３．２（菱形）およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（円形）が、ＩＬ−１３に依存したＴＦ１細胞の分裂を阻害したことを示すグラフである。「競合物の濃度」はｍＡｂ１３．２およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの濃度であり、濃度は無処置ＩｇＧ１個当り結合部位２個およびＦａｂフラグメント１個当り結合部位１個と考えて、競合物結合部位のｐＭとして表されている。

図１２Ｂは、ｍＡｂ１３．２（菱形）およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（円形）が、ヒトＰＢＭＣ上でのＩＬ−１３によるＣＤ２３の発現を阻害したことを示すグラフである。競合物の濃度はｍＡｂ１３．２およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの濃度であり、この濃度は無処置ＩｇＧ１個当り結合部位２個およびＦａｂフラグメント１個当り結合部位１個と考えて、競合物結合部位のｐＭとして表されている。

図１３は、ヒトＩＬ−１３ｃＤＮＡインサート（ｈＩＬ１３ｃｏｌｉ）を含む発現ベクターｐＡＬ−９８１のＤＮＡ配列（配列番号５）である。ＩＬ−１３を符号化したｃＤＮＡ配列に下線を付した。制限部位Ｎｄｅｌ（ヌクレオチド位置２７２２）およびＸｂａｌ（ヌクレオチド位置３０７０）がこのｃＤＮＡ配列に隣接している。

図１４は、ヒトＩＬ−１３Ｒα１のアミノ酸配列（スイスプロットアクセッション番号Ｐ７８５５２）（配列番号１２）である。

図１５は、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ／ＩＬ−１３／ＩＬ−１３Ｒα１三量複合体の構造を示すリボン図である。

図１６は、ＩＬ−１３とＩＬ−１３Ｒα１のＩｇ領域１との相互作用を示すリボン図である。

図１７は、ＩＬ−１３とＩＬ−１３Ｒα１のＩｇ領域３との相互作用を示すリボン図である。

マウスのモノクローナル抗ＩＬ−１３抗体の抗原結合フラグメント（Ｆａｂ）、ｍＡｂ１３．２、の構造がＸ線結晶学によって見出されている（下記の表１０参照）。このｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントと複合体を形成しているヒトＩＬ−１３の結晶構造、ならびにこのｍＡｂ１３．２ＦａｂフラグメントおよびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドフラグメントの両方と複合体を形成しているヒトＩＬ−１３の結晶構造もＸ線結晶学によって見出された（それぞれ下記の表１１および１２参照）。

図１Ａおよび１Ｂは、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの軽鎖および重鎖ポリペプチドのアミノ酸配列情報を与える。図２Ａおよび２Ｂは、ヒトＩＬ−１３のアミノ酸配列情報を与える。図３は、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶の構造情報を与える。ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントは、ヒトＩＬ−１３のＩＬ−４Ｒ（ＩＬ−４Ｒα）結合領域に結合している。これには、配列番号４で定義されたアミノ酸Ｓｅｒ７、Ｔｈｒ８、Ａｌａ９、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ４８、Ｇｌｕ４９、Ｉｌｅ５２、Ａｓｎ５３、Ａｒｇ６５、Ｍｅｔ６６、Ｓｅｒ６８、Ｇｌｙ６９、Ｐｈｅ７０、Ｃｙｓ７１、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６が含まれる。

図１４は、ヒトＩＬ−１３受容体ポリペプチド、ヒトＩＬ−１３Ｒα１のアミノ酸配列情報を与える。図１５、１６、および１７は、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶の構造情報を与える。ヒトＩＬ−１３とｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントとの上記の相互作用に加えて、ヒトＩＬ−１３は、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと２つの接触を形成する。１つはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドのＩｇ領域１とであり、第２はヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドのＩｇ領域３とである。Ｉｇ領域１との相互作用には、配列番号４で定義されたヒトＩＬ−１３の残基Ｔｈｒ８８、Ｌｙｓ８９、Ｉｌｅ９０、およびＧｌｕ９１が含まれ、配列番号１２で定義されたヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの残基Ｌｙｓ７６、Ｌｙｓ７７、Ｉｌｅ７８、およびＡｌａ７９が含まれる（図１６参照）。Ｉｇ領域３との相互作用には、配列番号４で定義されたヒトＩＬ−１３の残基Ａｒｇ１１、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ１３、Ｉｌｅ１４、Ｇｌｕ１５、Ｌｙｓ１０４、Ｌｙｓ１０５、Ｌｅｕ１０６、Ｐｈｅ１０７、およびＡｒｇ１０８が含まれ、配列番号１２で定義されたヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの残基Ｉｌｅ２５４、Ｓｅｒ２５５、Ａｒｇ２５６、Ｌｙｓ３１８、Ｃｙｓ３２０、およびＴｙｒ３２１が含まれる（図１７参照）。

一般に、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの結晶を自由に作成することができる。典型的には、この方法は、初めにｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを単離する工程と、次いでｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを含む結晶を形成する工程とを含む。ある実施形態においては、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを含む結晶を以下のように作成することができる。無処置の抗体を適切なタンパク質分解酵素（例えば、パパイン）で切断し、Ｆｃ（結晶可能フラグメント）フラグメントからｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを単離する。単離されたｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを適当な溶液中に置き、この溶液を結晶化させる。この溶液は、例えば、１種または複数のポリマー（例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ））、１種または複数の塩（例えば、硫酸カリウム）、および所望により１種または複数の有機溶媒を含有することができる。結晶は、様々な方法、例えばシッティングドロップまたはハンギングドロップ蒸気拡散法などによって成長させることができる。一般に、結晶化は、約４℃から６０℃（例えば、約４℃、約１５℃、約１８℃、約２０℃、約２５℃、約３０℃、約３２℃、約３５℃、約３７℃など、約４℃から約４５℃）の温度で行うことができる。ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの結晶を記述した構造データは、例えばＸ線回折によって得ることができる。Ｘ線回折データを様々な手段によって集めて、構造座標を得ることができる。適切なＸ線源としては、回転陽極およびシンクロトロン源（例えば、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅ（ＡＬＳ），Ｂｅｒｋｅｌｅｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ；またはＡｄｖａｎｃｅｄ Ｐｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅ（ＡＰＳ），Ａｒｇｏｎｎｅ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）が挙げられる。ある実施形態においては、回折データを得るためのＸ線は、約０．５Åから約１．６Å（例えば、約０．７Å、約０．９Å、約１．０Å、約１．１Å、約１．３Å、約１．４Å、約１．５Å、約１．６Å、）の波長を有することができる。適切なＸ線検出器としては、エリア検出器および／または電荷結合素子（ＣＣＤ）を含み、それらを検出器として使用することができる。

一般に、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの結晶は、約３．５Å以下（例えば、約３．２Å以下、約３．０Å以下、約２．８Å以下、約２．５Å以下、約２．４Å以下、約２．３Å以下、約２．２Å以下、約２．１Å以下、約２．０Å以下、約１．９Å以下、約１．８Å以下、約１．７Å以下、約１．６Å以下、約１．５Å以下、約１．４Å以下）の分解能までＸ線を回折することができる。ある実施形態においては、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの結晶は、約１．６Åから約２．５Å（例えば、約１．８Åから約２．２Å）の分解能までＸ線を回折することができる。

ある実施形態においては、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの結晶は、空間群Ｐ２_１２_１２_１、ならびに単位格子寸法ａ＝５４．４、ｂ＝９８．０、ｃ＝１０８．５、およびα＝β＝γ＝９０°を有する斜方晶であり得る。

一般に、ヒトＩＬ−１３とｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを含む複合体を自由に作成し、かつ結晶化することができる。ある実施形態においては、この方法は以下のように行われる。ヒトＩＬ−１３をＤＮＡプラスミドから発現させる。発現は、誘導性プロモーターなどのプロモーターによって推進することができる。ヒトＩＬ−１３を、（例えば、細胞からのヒトＩＬ−１３の単離を促進するために、）グルタチオン−Ｓ−転移酵素（ＧＳＴ）、ｍｙｃ、ＨＡ、ヘキサヒスチジン、またはＦＬＡＧタグなどの適切なタグとの融合タンパク質として発現させることができる。融合タンパク質は、この融合タンパク質に組み込まれたプロテアーゼ部位、例えばポリペプチドとタグの間の融合部位またはその近傍で切断することができる。ヒトＩＬ−１３を、精製前（例えば、ポリペプチドタグの切断前）にｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントと混ぜることができる。あるいは、ヒトＩＬ−１３を精製後にｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントと混ぜることもできる。ある実施形態においては、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを精製前にヒトＩＬ−１３と混ぜ、精製後に再度混ぜることができる。ある実施形態においては、複合体のスペクトルデータ、複合体のＮＭＲデータの採取を行うために、または複合体の結晶を成長させるために、ヒトＩＬ−１３ポリペプチドとｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを溶液中で混合する。この溶液は、例えば、１種または複数の塩（例えば、カリウム塩）、１種または複数のポリマー（例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ））、および／または１種または複数の有機溶媒を含有することができる。結晶は、様々な方法、例えばシッティングドロップまたはハンギングドロップ蒸気拡散法などによって成長させることができる。一般に、結晶化は、約１６℃から２４℃（例えば、約１７℃から２３℃、または１８℃から２１℃）で行うことができる。

ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶の構造情報はＸ線回折によって得られる。一般に、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶は、約３．５Å以下（例えば、約３．２Å以下、約３．０Å以下、約２．８Å以下、約２．５Å以下、約２．４Å以下、約２．３Å以下、約２．２Å以下、約２．１Å以下、約２．０Å以下、約１．９Å以下、約１．８Å以下、約１．７Å以下、約１．６Å以下、約１．５Å以下、約１．４Å以下）の分解能までＸ線を回折することができる。ある実施形態においては、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶は、約１．６Åから約２．５Å（例えば、約１．８Åから約２．２Å）の分解能までＸ線を回折することができる。

ある実施形態においては、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶は、空間群Ｐ２_１３、ならびに単位格子寸法ａ＝ｂ＝ｃ＝１２５．３、およびα＝β＝γ＝９０°を有する立方晶であり得る。複合体の構造は分解能１．８Åまで解像することができる。

一般に、ヒトＩＬ−１３、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、およびヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドを含む複合体を自由に作成し、かつ結晶化することができる。ある実施形態においては、この方法は以下のように行われる。ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドを、酵母菌株Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓのＤＮＡプラスミドから、発現ポリペプチドがグリコシル化されているように発現させる。ＤＮＡプラスミドからの発現は、誘導性プロモーターなどのプロモーターによって推進することができる。ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドを、（例えば、細胞からのヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの単離を促進するために、）グルタチオン−Ｓ−転移酵素（ＧＳＴ）、ｍｙｃ、ＨＡ、ヘキサヒスチジン、またはＦＬＡＧタグなどの適切なタグとの融合タンパク質として発現させることができる。融合タンパク質は、この融合タンパク質に組み込まれたプロテアーゼ部位、例えばポリペプチドとタグの間の融合部位またはその近傍で切断することができる。ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをヒトＩＬ−１３と混ぜて複合体を形成し、次いでエンドグリコシダーゼＨなどの酵素で処理することによって複合体のポリペプチドを脱グリコシル化することができる。ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを脱グリコシル化複合体に加えて、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体を形成することができる。

ある実施形態においては、複合体のスペクトルデータ、複合体のＮＭＲデータの採取を行うために、または複合体の結晶を成長させるために、ヒトＩＬ−１３Ｒα１、ヒトＩＬ−１３、およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントを溶液中で混合する。この溶液は、例えば、１種または複数の塩（例えば、カリウム塩）、１種または複数のポリマー（例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ））、および／または１種または複数の有機溶媒を含有することができる。結晶は、様々な方法、例えばシッティングドロップまたはハンギングドロップ蒸気拡散法などによって成長させることができる。一般に、結晶化は、約１６℃から２４℃（例えば、約１７℃から２３℃、または１８℃から２１℃）で行うことができる。

ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶の構造情報はＸ線回折によって得られる。一般に、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶は、約３．５Å以下（例えば、約３．２Å以下、約３．０Å以下、約２．８Å以下、約２．５Å以下、約２．４Å以下、約２．３Å以下、約２．２Å以下、約２．１Å以下、約２．０Å以下、約１．９Å以下、約１．８Å以下、約１．７Å以下、約１．６Å以下、約１．５Å以下、約１．４Å以下）の分解能までＸ線を回折することができる。ある実施形態においては、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶は、約１．６Åから約２．５Å（例えば、約１．８Åから約２．２Å）の分解能までＸ線を回折することができる。

ある実施形態においては、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶は、空間群Ｉ４、ならびに単位格子寸法ａ＝ｂ＝１６４．９Å、ｃ＝７４．８Å、およびα＝β＝γ＝９０°を有する立方晶であり得る。複合体の構造は分解能２．２Åまで解像することができる。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶のＸ線回折データを用いて、これらの抗体または複合体中の原子の構造座標を得ることができる。構造座標は、３次元空間における原子の位置を複合体の他の原子との関係で記述するデカルト座標である。一例として、表１０に記載の構造座標は、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの結晶の構造座標である。これらの構造座標は、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの原子の位置の相互関係を記述している。別の例として、表１１に記載の構造座標は、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶の構造座標である。これらの構造座標は、ヒトＩＬ−１３の原子の位置の相互関係、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの原子に対するヒトＩＬ−１３の原子の位置、およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの原子の位置の相互関係を記述している。さらに別の例として、表１２に記載の構造座標は、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の結晶の構造座標である。これらの構造座標は、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの原子の位置の相互関係、ヒトＩＬ−１３の原子に対するヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの原子の位置、ヒトＩＬ−１３の原子の位置の相互関係、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの原子に対するヒトＩＬ−１３の原子の位置、およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの原子の位置の相互関係を記述している。

結晶の構造座標は、反転または整数の加算もしくは減算などの数学的操作によって変更することができる。したがって、構造座標は相対的な座標である。一例として、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの原子の位置を記述した構造座標は、表１０の実際のｘ、ｙ、およびｚ座標によって特定の制約を受けない。別の例として、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントに結合したヒトＩＬ−１３の原子の位置を記述した構造座標は、表１１の実際のｘ、ｙ、およびｚ座標による特定の制約を受けない。さらに別の例として、ｍＡｂ１３．２ＦａｂフラグメントとヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの両方に結合したヒトＩＬ−１３の原子の位置を記述した構造座標は、表１２の実際のｘ、ｙ、およびｚ座標による特定の制約を受けない。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、またはヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはヒトＩＬ−Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の構造座標を用いて、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントのフラグメント、ヒトＩＬ−１３、ヒトＩＬ−１３のフラグメント、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドのフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはヒトＩＬ−Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはこれらの複合体のフラグメントの表示（例えば、２次元表示または３次元表示）を導き出すことができる。こうした表示は、例えば、ポリペプチドの活性部位の可視化、識別、およびキャラクタリゼーションを含めた多くの用途で有用であり得る。ある実施形態においては、３次元表示は、表１０によるｍＡｂ１３．２フラグメントの構造座標±約１．５Å以下（例えば、約１．０Å以下、または約０．５Å以下）のアミノ酸のα炭素原子からの根平均二乗偏位を含むことができる。別の実施形態においては、３次元表示は、表１１によるヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の構造座標±約１．５Å以下（例えば、約１．０Å以下、約０．５Å以下）のアミノ酸のα炭素原子からの根平均二乗偏位を含むことができる。さらに別の実施形態においては、３次元表示は、表１２によるヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の構造座標±約１．５Å以下（例えば、約１．０Å以下、約０．５Å以下）のアミノ酸のα炭素原子からの根平均二乗偏位を含むことができる。根平均二乗偏位（ｒｍｓ偏位、またはｒｍｓｄ）は、平均からの偏位の平方の算術平均の平方根であり、構造座標からの偏位または変異を表現する１つの方法である。アミノ酸を同類置換すると、上記の根平均二乗偏位内の構造座標を有する分子表示が得られる。例えば、同類アミノ酸置換によって相互に異なるポリペプチドの２つの分子モデルは、骨格原子の座標が上記のｒｍｓ偏位内、例えば約１．５Å未満（例えば、約１．０Å未満、約０．５Å未満）であり得る。ポリペプチドの骨格原子は、α炭素（Ｃ_αまたはＣＡ）原子、カルボニル炭素（Ｃ）原子、およびアミド窒素（Ｎ）原子を含む。

様々なソフトウェアプログラムでは、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、またはヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体などの分子または分子複合体を表示するために、１組の構造座標の図による表示が可能である。一般に、こうした表示は、構造座標またはフィーチャ間の距離もしくは角度など構造座標から得られる情報を（相対的におよび／または絶対的に）正確に反映するはずである。表示は、立体的二次元図、または対話型二次元ディスプレイ（例えば、分子もしくは分子複合体の異なる面を表示できるコンピュータディスプレイ）、または対話型立体的二次元ディスプレイなどの二次元の図とすることができる。対話型二次元ディスプレイは、例えば、これを回転させて、ポリペプチド、ポリペプチドのフラグメント、複合体、および／または複合体のフラグメントの異なる面を表示することができるコンピュータディスプレイとすることができる。ある実施形態においては、表示は３次元表示である。一例として、３次元モデルは分子構造の物理的モデル（例えば、玉棒模型）とすることができる。別の例として、３次元表示は分子構造の図形表示（例えば、コンピュータディスプレイ上のドローイングまたは図形）とすることができる。２次元図形表示（例えば、ドローイング）は、例えば、遠近法や陰影を用いること、または視聴者から遠いフィーチャを視聴者に近いフィーチャで遮る方法などにより、２次元表示が３次元情報を反映している場合は、３次元表示に相当し得る。ある実施形態においては、表示を２レベル以上にモデル化することができる。一例として、３次元表示がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントに結合したヒトＩＬ−１３などのポリペプチドを含む場合、このポリペプチドは、一次構造（アミノ酸配列）、二次構造（例えば、α−ヘリックスおよびβ−シート）、三次構造（全体的折りたたみ）、および四次構造（オリゴマー形成状態）などの１つまたは複数の異なるレベルの構造で表示することができる。ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの重鎖および軽鎖ポリペプチドも１つまたは複数の異なるレベルの構造で表示することができる。表示は異なるレベルの詳細を含むことができる。例えば、この表示は、原子の位置を特定することなしに、タンパク質の二次構造フィーチャの相対的位置を含むことができる。より詳細な表示は、例えば、原子の位置を含むことができる。

ある実施形態においては、表示は、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、およびヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の原子の構造座標以外の情報を含むことができる。例えば、表示は、溶媒が近づける表面の形状、モデルの原子のファンデルワールス半径、および溶媒（例えば、水）のファンデルワールス半径に関する情報を提供することができる。表示から得られる他の特徴としては、例えば、静電ポテンシャル、高分子構造内の空隙またはポケットの位置、および水素結合および塩橋の位置が挙げられる。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ヒトＩＬ−１３、またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと相互作用する作用薬は、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ヒトＩＬ−１３、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の表示を用いる工程を含む方法によって確認または設計することができる。代表的な表示のタイプとしては上述の表示が挙げられる。ある実施形態においては、この表示は、ポリペプチド類似体、ポリペプチドフラグメント、複合体、または複合体のフラグメントのものとすることができる。この表示と相互作用することができる候補薬は、この候補薬と表示とのコンピュータによるフィッティング解析を行うことによって、設計または確認することができる。一般に、作用薬は分子である。作用薬の例としては、ポリペプチド、（ＤＮＡまたはＲＮＡを含めた）核酸、または小さな分子（例えば、小さな有機分子）が挙げられる。作用薬はリガンドとすることができ、例えば、アゴニストまたはアンタゴニストとして働くことができる。ポリペプチド（例えば、ヒトＩＬ−１３、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド）と相互作用する作用薬は、これらのポリペプチドと過渡的または安定的に相互作用することができる。この相互作用は、例えば、水素結合、静電力、疎水性相互作用、およびファンデルワールス相互作用を含めた、本明細書に記載のいずれかの力により仲介することができる。

上述のように、Ｘ線結晶学を用いて、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の構造座標を得ることができる。しかし、こうした構造座標は、ＮＭＲ技術を含めた他の技術を用いて得ることができる。さらなる構造情報は、スペクトル技術（例えば、光回転散乱（ＯＲＤ）、円偏光二色性（ＣＤ））、ホモロジーモデリング、および分子力学からのデータまたは動力学アッセイからのデータを含む方法などの計算方法から得ることができる。

ある実施形態においては、Ｘ線回折データを用いて、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の電子密度マップを構築することができる。この電子密度マップを用いて、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントのフラグメント、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３のフラグメント、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドまたはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドのフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはこれらの複合体のフラグメントの表示（例えば、２次元表示または３次元表示）を導き出すことができる。通常、電子密度マップの作成には、Ｘ線散乱の位相に関する情報を用いることが必要である。位相情報は、例えば、これらの回折データから、あるいは電子密度マップの構築を完成させるための追加の回折実験から得ることができる。Ｘ線回折データから位相を計算する方法としては、それだけに限らないが、多波長異常分散位相法（ＭＡＤ）、多重同形置換法（ＭＩＲ）、異常分散効果を利用した多重原子同形置換法（ＭＩＲＡＳ）、異常分散効果を利用した単一重原子同形置換法（ＳＩＲＡＳ）、逆格子空間溶媒平滑化法、分子置換法、またはこれらの組み合わせが挙げられる。これらの方法では、天然型タンパク質に対して同形の構造修正を行うことによって、例えば、重原子を入れた後または既存の重原子の散乱強度を変化させた後、天然型タンパク質およびそれぞれの修正されたケースの回折振幅を測定することにより位相情報が生成される。追加の重原子の位置または散乱強度の変化が分かると、１組の位相連立方程式を解くことによって各散乱Ｘ線の位相を求めることができる。重原子部位の位置は、ＳＨＥＬＸＳ（Ｓｈｅｌｄｒｉｃｋ，Ｉｎｓｔｉｔｕｔ Ａｎｏｒｇ．Ｃｈｅｍｉｅ，Ｇｏｔｔｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）などのコンピュータプログラムを用いて確認することができ、回折データは、ＭＯＳＦＬＭ、ＳＣＡＬＡ、ＳＯＬＯＭＯＮ、およびＳＨＡＲＰ（“Ｔｈｅ ＣＣＰ４ Ｓｕｉｔｅ：Ｐｒｏｇｒａｍｓ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ，”Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｓｅｃｔ．Ｄ，５４：９０５−９２１，１９９７；ｄｅＬａ Ｆｏｒｔｅｌｌｅ ａｎｄ Ｂｒｉｇｏｇｎｅ，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍ．２７６：４７２−４９４，１９９７）などのコンピュータプログラムを用いて処理することができる。位相が決定すると、複合体の電子密度マップを構築することができる。

この電子密度マップを用いて、ポリペプチドまたは複合体（例えば、抗体に結合したポリペプチドを含む複合体）の３次元モデルを電子密度マップと整合させることにより、ポリペプチド、複合体、またはポリペプチドもしくは複合体のフラグメントの表示を導き出すことができる。この整合プロセスにより、計算された電子密度マップと以前から知られているポリペプチドまたは以前から知られている複合体のモデルとの相違の程度を示す比較モデルが得られる。次いで、この比較モデルを１回または複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回）にわたって改良することにより、この電子密度マップとのより良い適合度が生じる。ＣＮＳ（Ｂｒｕｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ５４：９０５−９２１，１９９８）などのソフトウェアプログラムを用いてモデルを改良することができる。適合度の善し悪しは、例えば、Ｒ_ｗｏｒｋまたはＲ_ｆｒｅｅ値で測定することができる。一般に、より小さいＲ_ｗｏｒｋまたはＲ_ｆｒｅｅ値はより良い適合度を示す。比較モデルの整合のずれを調整して、修正比較モデルおよびより小さいＲ_ｗｏｒｋまたはＲ_ｆｒｅｅ値を得ることができる。この調整は、ヒトＩＬ−１３、ヒトＩＬ−１３Ｒα１、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、公知のポリペプチド、および／または公知の複合体に関する情報に基づくことができる。こうした情報としては、例えば、ヘリカルまたはβシートの推定含有量、疎水性または親水性領域、およびタンパク質折りたたみパターンが挙げられる。これらは、例えば、アミノ酸配列、ホモロジーモデリング、およびスペクトルデータから導き出すことができる。一例として、あるリガンドに結合したポリペプチドの公知の複合体のモデルを用いた実施形態においては、調整は、この公知の複合体のリガンドをｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントと置換する工程を含むことができる。別の例として、ある実施形態においては、調整は、この以前から知られているポリペプチドのアミノ酸をヒトＩＬ−１３の対応する部位のアミノ酸と置換する工程を含むことができる。修正比較モデルに対する調整が電子密度マップに対する最良の適合度を満足する場合、得られるモデルは、Ｘ線データが得られた抗体またはポリペプチドまたは複合体（例えば、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体）を表していることが判明したモデルである。こうしたプロセスの方法は、例えば、Ｃａｒｔｅｒ ａｎｄ Ｓｗｅｅｔ，ｅｄｓ．，“Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ”ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２７７，Ｐａｒｔ Ｂ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９７、およびその中の文献、例えば、Ｊｏｎｅｓ ａｎｄ Ｋｊｅｌｄｇａａｒｄ，“Ｅｌｅｃｔｒｏｎ−Ｄｅｎｓｉｔｙ Ｍａｐ Ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ，”ｐ．１７３、ならびにＫｌｅｙｗｅｇｔ ａｎｄ Ｊｏｎｅｓ，“Ｍｏｄｅｌ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅｆｉｎｅｍｅｎｔ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，”ｐ．２０８に開示されている。

ある実施形態においては、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの表示は、異なる（しかし似ている）抗体Ｆａｂフラグメント（例えば、２Ｅ８ＦＡｂ抗体フラグメント、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａｂａｎｋ識別番号１２Ｅ８）の以前決定した構造モデルを、Ｘ線回折データから得られたｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの電子密度マップと整合することによって導き出すことができる。引き続き、このｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの以前決定した構造モデルをヒトＩＬ１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の電子密度マップと整合することによって、この複合体の表示を導き出すことができる。引き続き、このヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の以前決定した構造モデルをヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の電子密度マップと整合することによって、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の表示を導き出すことができる。

コンピュータなどの機械のメモリに、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の構造座標を、これらの構造座標の３次元図形表示をこの機械に接続されたディスプレイ上に生成することができるプログラムと共に、書き込むことができる。別法としてまたは付加的に、ソフトウェアシステムを設計および／または利用してこれらの構造座標を受け入れ、これを格納することができる。このソフトウェアシステムは構造座標の図形表示を生成することができる。このソフトウェアシステムは、外部データベースにアクセスして、類似の構造特徴を有する化合物（例えば、ポリペプチド）をヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１と確認することもでき、かつ／あるいは、候補薬をヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１と相互作用しやすくしている特徴を有する１種または複数種の候補薬を確認することもできる。このソフトウェアシステムは、外部データベースにアクセスして、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１と相互作用する化合物を、ｍＡｂ１３．２ＦａｂフラグメントまたはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド構造の知識、およびヒトＩＬ−１３とのその相互作用の知識によって確認することもできる。

構造データを含むメモリを有する機械またはこうしたデータを含むソフトウェアシステムは、アゴニストまたはアンタゴニストなどのＩＬ−１３リガンドの合理的な設計または選択を支援することができる。例えば、こうした機械またはソフトウェアシステムは、ヒトＩＬ−１３と結合する作用薬の能力の評価を支援することができ、構造または配列相同性でヒトＩＬ−１３と関連した化合物またはタンパク質のモデリングを支援することができ、あるいはヒトＩＬ−１３の生物活性を妨害する作用薬の能力の評価を支援することができる。ヒトＩＬ−１３の生物活性は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞もしくは組織の上またはこれらの内部にあって、このポリペプチドが引き出す効果なら、どんな効果であってもよい。ヒトＩＬ−１３の代表的な生物活性は、本明細書の例えば実施例１および２に記載されている。

構造データを含むメモリを有する機械またはこうしたデータを含むソフトウェアシステムは、アゴニストまたはアンタゴニストなどのＩＬ−１３Ｒα１リガンドの合理的な設計または選択を支援することができる。例えば、こうした機械またはソフトウェアシステムは、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと結合する作用薬の能力の評価を支援することができ、構造または配列相同性でヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと関連した化合物またはタンパク質のモデリングを支援することができ、あるいはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの生物活性を妨害する作用薬の能力の評価を支援することができる。ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの生物活性は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞もしくは組織の上またはこれらの内部にあって、このポリペプチドが引き出す効果なら、どんな効果であってもよい。ヒトＩＬ−１３Ｒα１の代表的な生物活性は、本明細書の例えば実施例３に記載されている。

この機械は、ｍＡｂ１３．２ＦａｂフラグメントまたはｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントのフラグメント、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３のフラグメント、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドまたはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドのフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはこれらの複合体のフラグメントの表示（例えば、２次元表示または３次元表示）を生成することができる。例えば、ソフトウェアシステムは、この機械にこうした情報を生成させることができる。この機械は、機械可読データをコードしたデータ記憶材料を含む機械可読データ記憶媒体を含むことができる。この機械可読データは、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの原子またはｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントのフラグメントの原子、ヒトＩＬ−１３の原子またはヒトＩＬ−１３のフラグメントの原子、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の原子、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体の原子、またはこれらの複合体の原子の構造座標を含むことができる。データ記憶材料を含む機械可読記憶媒体としては、通常のコンピュータハードディスク、フロッピーディスク、ＤＡＴテープ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、およびコンピュータに使用するように適合させることができるその他の磁気、光磁気、光媒体およびその他の媒体などを挙げることができる。この機械は、この機械可読データを処理するための命令を格納するワーキングメモリ、ならびに、この機械可読データを所望の３次元表示に処理する目的で、このワーキングメモリおよび機械可読データ記憶媒体に結合した中央処理装置（ＣＰＵ）を有することもできる。最後に、ユーザが３次元表示を見ることができるように、このＣＰＵにディスプレイを接続することができる。したがって、このデータを用いるための命令プログラムを書き込んだ機械（例えば、本明細書に記載されたような１つまたは複数のプログラムをロードしたコンピュータ）と共に使用すると、この機械は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリペプチドのフラグメント、複合体、または複合体のフラグメントの図形表示（例えば、２次元図形表示、３次元図形表示）を表示することができる。

ディスプレイ（例えば、コンピュータディスプレイ）は、ｍＡｂ１３．２ＦａｂフラグメントまたはｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントのフラグメント、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３のフラグメント、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドまたはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドのフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはこれらの複合体のフラグメントの表示を見せることができる。これらの表示は、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに結合した作用薬を含めることもできる。あるいは、ユーザが、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの表示上に作用薬の３次元モデルを重ね合わせることもできる。この作用薬は、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１のアゴニスト（例えば、アゴニスト候補）、あるいはヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１のアンタゴニスト（例えば、アンタゴニスト候補）とすることができる。ある実施形態においては、この作用薬は、既知の化合物または化合物のフラグメントとすることができる。ある実施形態においては、この作用薬は、従来未知の化合物、または従来未知の化合物のフラグメントとすることができる。

ユーザは得られた表示を詳細に調べることができる。ｍＡｂ１３．２ＦａｂフラグメントまたはｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントのフラグメント、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３のフラグメント、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドまたはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドのフラグメント、ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３／ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント複合体、またはこれらの複合体のフラグメントの表示を、例えば、こうしたポリペプチドおよびポリペプチド複合体の既存の表示を部分的に変更することによって生成することができる。例えば、複合体または複合体のフラグメントの新しい表示を考える場合、抗体の原子とヒトＩＬ−１３の原子の間には、好ましい距離または距離の範囲があり得る。別の例では、複合体または複合体のフラグメントの新しい表示を考える場合、ヒトＩＬ−１３の原子とヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの原子の間には、好ましい距離または距離の範囲があり得る。好ましい距離より長い距離は、作用薬と活性部位（例えば、ＩＬ−１３ポリペプチド上の（ＩＬ−１３Ｒα１受容体ポリペプチドまたはＩＬ−４受容体ポリペプチドなどに）結合するＩＬ−１３受容体の部位）との間の弱い相互作用に伴うものである可能性がある。好ましい距離より短い距離は、作用薬とポリペプチドとの相互作用を弱くする恐れのある反発力を伴う可能性がある。原子間距離が短すぎると立体障害が起る恐れがある。２つの原子の位置が著しく接近すると、例えば２つの原子の距離がこれらのファンデルワールス半径の和より小さいと、立体障害が起る。立体障害が存在する場合は、ユーザは、この立体障害が解除されるまで、ヒトＩＬ−１３に対する作用薬の位置の調整（例えば、作用薬の剛体並進または回転）を行うことができる。ユーザは、立体障害を解除するために、作用薬のコンフォメーションまたは作用薬の付近のヒトＩＬ−１３のコンフォメーションを調整することができる。立体障害は、作用薬の構造を部分的に変更することによっても解除することができる。例えば、芳香環などの「バルキーな基」をメチル基もしくは水酸基などの小さな基に変えること、または剛性な基を、立体障害を生じないコンフォメーションに適応することができる柔軟な基に変えることなどによって解除することができる。静電力が、作用薬とポリペプチド（受容体ポリペプチド、例えばヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドまたはヒトＩＬ−４Ｒα１ポリペプチドと相互作用するポリペプチドの部分など）の間の相互作用に影響を及ぼす可能性もある。例えば、静電特性は、作用薬とＩＬ−１３ポリペプチドとの相互作用を弱める反発力を伴う可能性がある。作用薬の電荷を変えることにより、例えば正に帯電した基を中性基と置換することにより、静電的反発力を軽減することができる。ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドとヒトＩＬ−１３の相互作用の近くなどにおいて同様なプロセスを行って、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計することができる。

ｍＡｂ１３．２ＦａｂフラグメントとヒトＩＬ−１３の間の結合力に影響を及ぼす力は、ポリペプチド／作用薬モデルで評価することができる。同様に、ヒトＩＬ−１３とヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの間の結合力に影響を及ぼす力も、ポリペプチド／作用薬モデルで評価することができる。これらの力には、例えば、水素結合、静電力、疎水性相互作用、ファンデルワールス相互作用、双極子−双極子相互作用、π−スタッキング力、およびアニオン−π相互作用を挙げることができる。ユーザは、これらの力を、目視で、例えば水素結合に適切な距離と角度で配置された水素結合ドナー／アクセプター対に注目することによって評価することができる。ユーザはこの評価に基づいてモデルを部分的に変更し、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと作用薬との間のより有利な相互作用を見出すことができる。モデルを部分的に変更することには、例えばアミノ酸側鎖または主鎖の二面角のコンフォメーションを部分的に変更することによって、その化学構造を変更することなくポリペプチドの３次元構造を変えることが含まれる。モデルを部分的に変更することには、上記のように、作用薬の位置またはコンフォメーションを部分的に変更することが含まれる。モデルを部分的に変更することには、例えば基を置換、付加、または除去することによって作用薬の化学構造を部分的に変更することも含まれる。例えば、ヒトＩＬ−１３上の水素結合ドナーが作用薬上の水素結合ドナーの近くに位置する場合、ユーザは、作用薬上の水素結合ドナーを水素結合アクセプターと置き換えることができる。

作用薬とヒトＩＬ−１３の相対的位置、またはこれらのコンフォメーションを調整して、ヒトＩＬ−１３ポリペプチドに対する特定の作用薬の最適化された結合の幾何形状を見出すことができる。同様に、作用薬とヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの相対的位置を調整して、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに対する特定の作用薬の最適化された結合の幾何形状を見出すことができる。最適化された結合の幾何形状は、例えば、有利な水素結合距離および角度、最大の静電引力、最小の静電反発力、疎水性部分を水性環境から遠ざけること、および立体障害がないことを特徴とする。最適化された幾何形状について計算したエネルギーは、ヒトＩＬ−１３／抗体複合体またはヒトＩＬ−１３／受容体複合体に可能な一群の幾何形状のうち最も低いものであり得る。最適化された幾何形状は、例えば、分子力学または分子動力学の計算で求めることができる。

様々な作用薬に結合したヒトＩＬ−１３の一連の表示を作成することができる。同様に、様々な作用薬に結合したヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの一連の表示を作成することができる。それぞれの表示についてスコアを計算することができる。スコアは、例えば、ヒトＩＬ−１３と作用薬との間の推定される相互作用の強度を記述するものである。スコアは、結合強度に影響を及ぼす上記の要因の１つを反映することができる。スコアは、２つ以上の要因を反映した集合スコアとすることができる。様々な作用薬をそのスコアに従って分類することができる。

作用薬を設計する工程は、機械（例えば、コンピュータ）によって自動的に行うことができる。例えば、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの表示は、候補薬の表示と共に機械にプログラムを書き込むことができる。機械は、受容体結合部位に対する各々の候補薬について最適化された結合の幾何形状を見出し、スコアを計算して一連の候補薬のうちどれが最も強くヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと相互作用しやすいか判定することができる。

ソフトウェアシステムを設計および／または実装してこれらの工程を容易にすることができる。表示の生成に用いられる、または必要なフィッティング解析を行うソフトウェアシステム（例えば、コンピュータプログラム）としては、それだけに限らないが、以下のものが挙げられる：Ａｃｃｅｌｒｙｓ、Ｉｎｃ．（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）のＭＣＳＳ、Ｌｕｄｉ、ＱＵＡＮＴＡ、Ｉｎｓｉｇｈｔ ＩＩ、Ｃｅｒｉｕｓ２、ＣＨＡＲＭｍ、およびＭｏｄｅｌｅｒ；ＴＲＩＰＯＳ、Ｉｎｃ．（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）のＳＹＢＹＬ、Ｕｎｉｔｙ、ＦｌｅＸＸ、およびＬＥＡＰＦＲＯＧ；ＡＵＴＯＤＯＣＫ（Ｓｃｒｉｐｐｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）、ＧＲＩＤ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｏｘｆｏｒｄ、ＵＫ）；ＤＯＣＫ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ）；ならびにＦｌｏ^＋およびＦｌｏ９９（Ｔｈｉｓｔｌｅｓｏｆｔ、Ｍｏｒｒｉｓ Ｔｏｗｎｓｈｉｐ、ＮＪ）。その他の有用なプログラムとしては、Ｏｐｅｎｅｙｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ｓａｎｔａ Ｆｅ、ＮＭ）のＲＯＣＳ、ＺＡＰ、ＦＲＥＤ、Ｖｉｄａ、およびＳｚｙｂｋｉ；Ｓｃｈｒｏｄｉｎｇｅｒ、ＬＬＣ（Ｐｏｒｔｌａｎｄ、ＯＲ）のＭａｅｓｔｒｏ、Ｍａｃｒｏｍｏｄｅｌ、およびＧｌｉｄｅ；ＭＯＥ（Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ、Ｍｏｎｔｒｅａｌ、Ｑｕｅｂｅｃ）、Ａｌｌｅｇｒｏｗ（Ｂｏｓｔｏｎ Ｄｅ Ｎｏｖｏ、Ｂｏｓｔｏｎ、ＭＡ），ＣＮＳ（Ｂｒｕｎｇｅｒ，ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌ．Ｓｅｃｔ．Ｄ ５４：９０５−９２１，１９９７）ならびにＧＯＬＤ（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４５：４３−５３，１９９５）が挙げられる。ＭＯＬＳＣＲＩＰＴ、ＲＡＳＴＥＲ３Ｄ、またはＰＹＭＯＬ（Ｋｒａｕｌｉｓ，Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．２４：９４６−９５０，１９９１；Ｂａｃｏｎ ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈ．６：２１９−２２０，１９９８；ＤｅＬａｎｏ，Ｔｈｅ ＰＹＭＯＬ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒａｐｈｉｃｓ Ｓｙｓｔｅｍ（２００２）ＤｅＬａｎｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｓａｎ Ｃａｒｌｏｓ，ＣＡ）を用いて、構造座標を使用してヒトＩＬ−１３の３次元構造を可視化することもできる。

例えば、適当なデータベースを選別することによって作用薬を選択することができ、適当なソフトウェアシステムを併用して、結合していないヒトＩＬ−１３または結合していないヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの立体構造および電荷ポテンシャルを解析することによって作用薬を新規に設計することができ、かつ／または既知のサイトカインリガンドの特徴を用いて作用薬を設計することができる。ＩＬ−４ＲαなどのＩＬ−４Ｒポリペプチド、またはＩＬ−Ｒα１ポリペプチドに対するＩＬ−１３の結合をブロックする作用薬の能力を試験することができる。ヒトＩＬ−１３に対して結合するように、またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに対して結合するように作用薬を設計することができる。この方法を用いてヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−Ｒα１ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストを設計または選択することができる。ソフトウェアシステムを設計および／または実装してデータベースの探索、ならびに／または作用薬の選択および設計を容易にすることができる。

一旦作用薬が設計または確認されると、これを得てまたは合成して、ヒトＩＬ−１３の活性またはヒトＩＬ−１３Ｒα１の活性に対するその影響をさらに評価することができる。作用薬は、これをヒトＩＬ−１３と接触させてＩＬ−１３の生物活性をアッセイすることにより、あるいはこれをヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと接触させてＩＬ−１３Ｒα１の生物活性をアッセイすることにより評価することができる。作用薬を評価する方法としてはｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで行われる活性アッセイがある。活性アッセイは、例えば細胞ベースアッセイとすることができる。作用薬の、ヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに対する作用によっては、作用薬は、ヒトＩＬ−１３またはＩＬ−１３ＲαＬ活性のアゴニストとして作用する可能性もあり、アンタゴニストとして作用する可能性もある。アゴニストはヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに同一または類似の活性を与え、アンタゴニストはヒトＩＬ−１３またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの正常な機能を阻害する。作用薬を、抗ＩＬ−１３抗体（例えば、ｍＡｂ１３．２もしくはｍＡｂ１３．２Ｆａｂ）またはヒトＩＬ−１３受容体（例えば、ヒトＩＬ−４ＲαポリペプチドなどのＩＬ−４Ｒポリペプチド、もしくはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドなどのＩＬ−１３Ｒポリペプチド）の存在下でヒトＩＬ−１３と接触させて、この作用薬がヒトＩＬ−１３ポリペプチドに対する抗体または受容体の結合を阻害するかどうか判定することができる。ある実施形態においては、ある作用薬は、ヒトＩＬ−１３に対するある種の受容体の結合を阻害するが、別の種類の受容体の結合は阻害しない。例えば、ある作用薬は、ヒトＩＬ−４Ｒポリペプチド（例えば、ＩＬ−４Ｒα鎖）に対するヒトＩＬ−１３ポリペプチドの結合を阻害する可能性があるが、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドは阻害しない。同様に、別の作用薬はＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに対するヒトＩＬ−１３の結合を阻害する可能性があるが、ヒトＩＬ−４Ｒポリペプチドに対しては阻害しない。別の実施形態においては、この作用薬は、ヒトＩＬ−４Ｒポリペプチド（例えば、ＩＬ−４Ｒα鎖）およびヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに対するＩＬ−１３ポリペプチドの結合を阻害する。このように確認された作用薬と結合したヒトＩＬ−１３を含む結晶を成長させて、その構造をＸ線結晶学で決定することができる。第１の作用薬とヒトＩＬ−１３との相互作用に基づいて、第２の作用薬を設計または確認することができる。種々の分子解析および合理的な薬剤設計手法が、例えば、米国特許第５８３４２２８号、第５９３９５２８号、および第５８５６１１６号、ならびにＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ９８／１６８７９号（ＷＯ ９９／０９１４８として公開）に開示されている。

いくつかの実施形態について説明してきたが、その他の実施形態も考えられる。

一例として、ヒトＩＬ−１３、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント、およびヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドを含む実施形態について説明してきたが、より一般に、任意のＩＬ−１３ポリペプチド、任意のＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド、および／または任意の抗ＩＬ−１３抗体を用いることができる。

一例として、ヒトＩＬ−１３およびヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドを含む実施形態について説明してきたが、より一般に、任意のＩＬ−１３ポリペプチドおよび任意のＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドを用いることができる。例えば、ＩＬ−１３ポリペプチドまたはＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドは、非哺乳類からのものも、哺乳類からのものもあり得る。代表的なヒト以外の哺乳動物としては、非ヒト霊長類（サルまたは類人猿など）、マウス、ラット、ヤギ、雌ウシ、雄ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、イノシシ、ラッコ、ネコ、またはイヌが挙げられる。代表的な非哺乳類としては、ニワトリ、シチメンチョウ、エビ、ワニ、または魚が挙げられる。

さらに、ＩＬ−１３ポリペプチドまたはＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドは、一般に、ＩＬ−１３ポリペプチドまたはＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの任意のアイソフォームまたは処理された形の完全長アミノ酸配列を含めて、完全長の成熟ポリペプチドとすることができる。アイソフォームは、その一次構造が異なるタンパク質のいくつかのマルチフォームのいずれかである。完全長ＩＬ−１３は、タンパク質の前駆体形態と呼ぶことができる。完全長ＩＬ−１３はシグナルペプチド切断部位を有する。ＩＬ−１３ポリペプチドは、シグナルペプチドの切断後などの処理されたポリペプチドとすることができる。

通常、ヒトＩＬ−１３ポリペプチドは、受容体ポリペプチド（例えば、ＩＬ−４Ｒポリペプチド、ＩＬ−１３α１ポリペプチド）と相互作用するための少なくとも１個の活性部位を有する。ＩＬ−１３ポリペプチドは、２個の異なる受容体ポリペプチドと相互作用するための３個の活性部位を含むことができる。抗ＩＬ−１３抗体は、これらの活性部位の少なくとも１個と結合することができる。一般に、活性部位には、受容体ポリペプチド結合の部位、またはリン酸化、グリコシル化、アルキル化、アシル化、またはその他の共有結合性修飾の部位が含まれる。活性部位には、実際の結合部位に隣接または近接して、リガンドとの相互作用に際して活性に影響を及ぼす可能性がある補助的な結合部位が含まれる。ヒトＩＬ−１３ポリペプチドの活性部位は、配列番号４のアミノ酸を含むことができる。例えば、ヒトＩＬ−１３ポリペプチドの活性部位は、配列番号４のアミノ酸配列（図２Ｂ）で定義されるアミノ酸Ｓｅｒ７、Ｔｈｒ８、Ａｌａ９、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ４８、Ｇｌｕ４９、Ｉｌｅ５２、Ａｓｎ５３、Ａｒｇ６５、Ｓｅｒ６８、Ｇｌｙ６９、Ｐｈｅ７０、Ｃｙｓ７１、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１個または複数を含むことができる。ある実施形態においては、作用薬は、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるＩＬ−１３の１個または複数のアミノ酸Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｇｌｙ６９、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の約２．０Å以内（例えば、約１．５Å以下、約１．０Å以下）まで相互作用することができる。ある代替形態においては、ヒトＩＬ−１３ポリペプチドの活性部位は、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ａｒｇ１１、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ１３、Ｉｌｅ１４、Ｇｌｕ１５、Ｌｙｓ１０４、Ｌｙｓ１０５、Ｌｅｕ１０６、Ｐｈｅ１０７、およびＡｒｇ１０８の１個または複数を含むことができる。別の代替形態においては、ヒトＩＬ−１３ポリペプチドの活性部位は、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ｔｈｒ８８、Ｌｙｓ８９、Ｌｌｅ９０、およびＧｌｕ９１の１個または複数を含むことができる。ヒトＩＬ−１３ポリペプチドは、上記の活性部位の１個、２個、または３個すべてを含むことができる。

通常、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドは、ポリペプチドリガンド（例えば、ヒトＩＬ−１３ポリペプチド）と相互作用するための少なくとも１個の活性部位を有する。抗ＩＬ−１３Ｒα１抗体は、これらの活性部位の少なくとも１個と結合することができる。一般に、活性部位には、ポリペプチドリガンド結合の部位、またはリン酸化、グリコシル化、アルキル化、アシル化、またはその他の共有結合性修飾の部位が含まれる。活性部位には、実際の結合部位に隣接または近接して、リガンドとの相互作用に際して活性に影響を及ぼす可能性がある補助的な結合部位が含まれる。ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの活性部位は、配列番号１２のアミノ酸を含むことができる。例えば、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの活性部位は、配列番号１２のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸残基Ｉｌｅ２５４、Ｓｅｒ２５５、Ａｒｇ２５６、Ｌｙｓ３１８、Ｃｙｓ３２０、およびＴｙｒ３２１の１個または複数を含むことができる。ある代替形態においては、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの活性部位は、配列番号１２のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸残基Ｌｙｓ７６、Ｌｙｓ７７、Ｉｌｅ７８、およびＡｌａ７９の１個または複数を含むことができる。ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドは、これらの活性部位の一方または両方を含むことができる。

ヒトＩＬ−１３ポリペプチド、ヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド、ならびにｍＡｂ１３．２Ｆａｂなどの抗ＩＬ−１３抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸の番号付けは、本明細書に記載のものと異なる可能性があり、表１０で定義されたものと同じ３次元構造±１．５Å未満の骨格原子のｒｍｓｄ、または表１１のもの±１．５Å未満の骨格原子のｒｍｓｄ、または表１２のもの±１．５Å未満の骨格原子のｒｍｓｄの構造を生じる何らかの同類アミノ酸置換、付加、または欠失を含む可能性がある。例えば、ヒトＩＬ−１３処理ポリペプチドの番号付けは、図２Ｂに記載のものと異なる可能性があり、ＩＬ−１３の配列は、同類アミノ酸置換を含む可能性があるが、表１１の座標で定義され図３に示したものと同じ構造、あるいは表１２の座標で定義され図１５、１６、および１７に示したものと同じ構造を生じる可能性がある。その他のアイソフォームまたは類似体の対応するアミノ酸および同類置換は、該当するアミノ酸配列の目視検査によって、または市販のホモロジーソフトウェアプログラム（例えば、ＭＯＤＥＬＬＡＲ、ＭＳＩ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を用いて容易に確認される。

類似体は、同類アミノ酸置換を有するポリペプチドである。同類置換は、置換されるアミノ酸と機能的または構造的に等価なアミノ酸置換である。同類置換は、あるアミノ酸を類似の極性または立体配置を有する別のアミノ酸、あるいは置換されるアミノ酸と同じクラス（例えば、疎水性、酸性または塩基性）に属する別のアミノ酸に変えることを含むことができる。同類置換には、ポリペプチド（例えば、ＩＬ−１３ポリペプチド、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド）と相互作用する作用薬の確認および設計に関して、ならびに分子置換解析および／またはホモロジーモデリングのために、抗ＩＬ−１３抗体またはヒトＩＬ−１３ポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体またはヒトＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチド／ヒトＩＬ−１３Ｒポリペプチド／抗ＩＬ−１３抗体複合体の３次元構造には重要でない効果を有する置換が含まれる。

抗ＩＬ−１３抗体がマウスに由来する例を説明してきたが、より一般的には、どんな抗ＩＬ−１３抗体も用いることができる。例えば、抗ＩＬ−１３抗体は、ヒト、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、ヤギ、ウマ、またはニワトリ由来のものでもよい。

別の例として、抗ＩＬ−１３抗体を所定の方法で産生する実施形態を説明してきたが、他の方法も使用することができる。例えば、雌ＢＡＬＢ／ｃマウスを組換え型または天然型ヒトＩＬ−１３で免疫化することにより、初めにポリクローナル抗血清を調製することによって抗ＩＬ−１３抗体を産生することができる。ヒトＩＬ−１３に対する血清の結合性を、ＥＬＩＳＡなどのアッセイによってスクリーニングすることができる。高い血清抗体力価を示したマウスからの脾細胞を、Ｐ３Ｘ６３＿ＡＧ８．６５３ミエローマ細胞株（ＡＴＣＣ、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）などのミエローマ細胞株と融合し、選択培地に播種することができる。限界希釈法による複数回のサブクローニングの後、融合体を単離することができる。そして、この融合体を、ヒトＩＬ−１３に対する結合親和力を有する抗体の産生についてスクリーニングすることができる。抗ＩＬ−１３抗体はポリクローナルでもモノクローナルでもよい。ＩＬ−１３と結合する抗体は、Ｆａｂフラグメントなどの抗体のフラグメントでもよい。

一般に、免疫グロブリンとしても知られている無処置の抗体は、それぞれ約２５ｋＤａの２つの軽（Ｌ）鎖およびそれぞれ約５０ｋＤａの２つの重（Ｈ）鎖からなるグリコシル化タンパク質四量体である。各軽鎖は、Ｎ末端可変（Ｖ）領域（ＶＬ）および定常（Ｃ）領域（ＣＬ）からなる。各重鎖はＮ末端Ｖ領域（ＶＨ）、３つまたは４つのＣ領域（ＣＨ）、およびヒンジ部からなる。ＶＨに最も近いＣＨ領域はＣＨ１と呼ばれる。ＶＨおよびＶＬ領域は、フレームワーク領域と呼ばれる比較的保存された配列の４つの領域からなる。フレームワーク領域は、超可変配列（相補性決定領域、ＣＤＲ）の３つの領域の骨格を形成している。ＣＤＲは、抗原との特定の相互作用を担当する残基の大部分を含んでいる。ＣＤＲは、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と呼ばれる。したがって、重鎖上のＣＤＲ成分はＨ１、Ｈ２、およびＨ３と呼ばれ、一方、軽鎖上のＣＤＲ成分はＬ１、Ｌ２、およびＬ３と呼ばれる（例えば、表４参照）。様々なクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造および３次元配置は当技術分野において周知である。抗体構造の再調査については、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，ｅｄｓ．Ｈａｒｌｏｗ ｅｔ ａｌ．（１９８８）を参照されたい。最小の抗原結合フラグメントはＦｖ（可変フラグメント）であり、ＶＨおよびＶＬ領域からなる。Ｆａｂ（ｆｒａｇｍｅｎｔ ａｎｔｉｇｅｎ ｂｉｎｄｉｎｇ、抗原結合フラグメント）フラグメントは、ＶＨ−ＣＨ１およびＶＬ−ＣＬ領域からなり、定常領域の間がジスルフィド結合によって共有結合されている。

したがって、一態様においては、本出願は、ＩＬ−１３に結合する、および／またはこれを中和する、抗体またはその抗原結合フラグメントを特徴とする。抗体またはそのフラグメントは、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、またはｉｎ ｖｉｔｒｏ産生抗体であってもよい。一実施形態においては、抗ＩＬ−１３抗体またはそのフラグメントはヒト化抗体である。この抗体は、表１０に記載のＣＤＲの骨格コンフォメーション±１．５、１．２、１．１、または１．０オングストローム以下の根平均二乗偏位（ＲＭＳＤ）、表１１±１．５、１．２、１．１、または１．０オングストローム以下のＲＭＳＤ、あるいは表１２±１．５、１．２、１．１、または１．０オングストローム以下のＲＭＳＤを有する１つまたは複数のＣＤＲを含む。例えば、軽鎖可変領域のＣＤＲの１つ、２つ、または３つ（例えば、特にＣＤＲ１、または少なくとも２つのＣＤＲ、例えばＣＤＲ１とＣＤＲ３、ＣＤＲ１とＣＤＲ２、または３つのＣＤＲすべて）は、その構造に対して、１．５、１．２、１．１、または１．０オングストローム以下のＲＭＳＤを有する。一実施形態においては、抗体またはその抗体結合フラグメントは、全体として、表１０に記載のＣＤＲの骨格コンフォメーション±１．５、１．２、１．１、または１．０オングストローム以下の根平均二乗偏位（ＲＭＳＤ）、表１１±１．５、１．２、１．１、または１．０オングストローム以下のＲＭＳＤ、あるいは表１２±１．５、１．２、１．１、または１．０オングストローム以下のＲＭＳＤを有する可変領域を含む。可変領域は、例えばＣＤＲ領域および／またはフレームワーク領域において、本明細書記載の抗体に対して、少なくとも７０％、８０％、８５％、８７％、９０％、９２％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であってもよい。この抗体は、例えば本明細書記載の処理方法において使用することができる。

抗ＩＬ−１３抗体は、例えば、２００４年６月９日出願の米国仮特許出願第６０／５７８４７３号、２００４年６月２２日出願の米国仮特許出願第６０／５８１３７５号、および本明細書と同一日に出願の米国特許出願第＿号［整理番号：ＡＭ１０１４９３］（Ｋａｓａｉａｎ他）において開示されており、これらのそれぞれを参照として本明細書に組み込む。

以下の実施例は例示のためのものであり、限定するためのものではない。
実施例

ｍＡｂ１３．２の産生および機能解析
ＩＬ−１３を認識する抗体を産生するために、雌ＢＡＬＢ／ｃマウスを組換え型ヒトＩＬ−１３（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）で免疫化することによりポリクローナル抗血清を調製した。ヒトＩＬ−１３に対する血清の結合性をＥＬＩＳＡによってスクリーニングした。高い血清抗体力価を示したマウスからの脾細胞を、Ｐ３Ｘ６３＿ＡＧ８．６５３ミエローマ細胞株（ＡＴＣＣ、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）と融合し、選択培地に播種した。限界希釈法による３回のサブクローニングで融合体を単離し、これをヒトＩＬ−１３に対する結合親和力を有する抗体の産生についてスクリーニングした。３種のモノクローナル抗体がＩＬ−１３と結合することができ、その生物活性を中和および／または阻害することができた。モノクローナル抗体ｍＡｂ１３．２（ＩｇＧ１κ）を更なる解析の対象とした。

いくつかのアッセイを行って、マウスのモノクローナル抗体ｍＡｂ１３．２がヒトＩＬ−１３に高い親和性と特異性で結合することを確認した。初めに、Ｂｉａｃｏｒｅ分析により、ヒトＩＬ−１３への結合に対して、ｍＡｂ１３．２が速いｏｎ−ｒａｔｅ、遅いｏｆｆ−ｒａｔｅ、および高い親和性を持つことを確認した（図４）。

ＥＬＩＳＡアッセイにより、ｍＡｂ１３．２は、臍帯血Ｔ細胞に由来する天然型ＩＬ−１３を含めて、試験したすべての形のヒトＩＬ−１３と結合することが分かった。このアッセイを組換え型ヒトＩＬ−１３で行うために、ＥＬＩＳＡプレートに抗ＦＬＡＧ Ｍ２抗体を塗布した。組換え型ＦＬＡＧタグ付きヒトＩＬ−１３の結合は、ビオチン化ｍＡｂ１３．２およびストレプトアビジン−ペルオキシダーゼを用いて検出した。この結合は、マイトジェン活性化、ＴＨ２ねじれ形、臍帯血単核細胞から単離された天然型ヒトＩＬ−１３、および組換え型ヒトＩＬ−１３と競合していると思われる（図５）。組換え型マウスＩＬ−１３は、ｍＡｂ１３．２との結合について競合することができなかった。非標識ｍＡｂ１３．２およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂも、ＦＬＡＧタグ付きＩＬ−１３に対する結合についてビオチン化ｍＡｂ１３．２と競合することができた（図１１Ａ）。ＩＬ−１３特異性非中和性モノクローナル抗体ｍＡｂ１３．８は、ビオチン化ｍＡｂ１３．２の結合性と競合することができなかった。

ＴＦ１バイオアッセイ、ヒト末梢血単球、およびヒト末梢血Ｂ細胞を用いて、ｉｎ ｖｉｔｒｏでｍＡｂ１３．２がＩＬ−１３の生物活性を中和できるかどうかを確認した。最適以下の濃度のＩＬ−１３の存在下、ヒト赤白血病ＴＦ１細胞株の細胞の増殖をＩＬ−１３依存性とすることができた。ＴＦ１細胞株をサイトカイン不足にし、次いで様々な濃度の精製マウスｍＡｂ１３．２または可溶性阻害剤ｒｈｕＩＬ−１３Ｒα２の存在下、最適以下の濃度（３ｎｇ／ｍＬ）の組換え型ヒトＩＬ−１３に露出した。細胞を３日間インキュベートし、液体シンチレーションの計数によって最後の４時間における３Ｈ−チミジンの取り込みを測定した。最適以下のＩＬ−１３濃度（３ｎｇ／ｍＬ）で、ｍＡｂ１３．２はＴＦ１増殖の用量依存性阻害を引き起こした（図６および図１２Ａ）。この効果に対するＩＣ_５０、２５０ｐＭ、はｒｈｕＩＬ−１３Ｒα２のＩＣ_５０に匹敵する。ｍＡｂ１３．２ＦａｂもＣＤ２３発現ヒトＰＢＭＣを阻害した。

ヒトＰＢＭＣは、低親和性ＩｇＥ受容体（ＣＤ２３）の細胞表面の発現を用量依存で増加させることによってＩＬ−１３またはＩＬ−４に反応する（図７Ａ参照）。したがって、単球（ＣＤ１１ｂ＋）を用いてｍＡｂ１３．２がＩＬ−１３の生物活性を中和する能力を確認した。図中に示した濃度の精製マウスｍＡｂ１３．２の存在下、ＣＤ１１ｂ＋単球を１ｎｇ／ｍＬの組換え型ヒトＩＬ−１３（図７Ｂ）またはＩＬ−４（図７Ｃ）で１２時間処理した。次いで、細胞を収穫し、これをＣｙＣｈｒｏｍｅ標識抗ＣＤ１１ｂ抗体およびＰＥ標識抗ＣＤ２３抗体で染色した。標識はフローサイトメトリーで検出した。ｍＡｂ１３．２は、ＩＬ−１３誘導ＣＤ２３発現を阻害した（図７Ｂ；図１２Ｂも参照のこと）が、ＩＬ−４誘導ＣＤ２３発現を阻害しなかった（図７Ｃ）。

ｍＡｂ１３．２の効果を、ヒト末梢血Ｂ細胞によるＩＬ−１３誘導ＩｇＥ産生のモデルにおいても試験した。ＩＬ−１３およびＴ細胞マイトジェン、フィトヘマグルチニン（ＰＨＡ）、に反応して、ヒトＢ細胞は、ＩｇＥへのＩｇアイソタイプスイッチ組換えを起こし、培養物のＩｇＥ濃度が上昇する。この効果は、ＩｇＥ産生Ｂ細胞の頻度増加として認められる。ｍＡｂ１３．２がＢ細胞におけるＩＬ−１３依存性ＩｇＥ産生に及ぼす効果を調べるために、フィーダーとしての照射自己ＰＢＭＣの存在下、マイクロタイターウェルにおいて健康なドナーからのＰＢＭＣを培養し、ＰＨＡおよびＩＬ−１３で刺激した。３週間後、ＥＬＩＳＡにより各ウェルのＩｇＥを測定した。ＰＨＡ＋ＩＬ−１３により、ＩｇＥ産生Ｂ細胞クローンの頻度が増加した。この効果は、ｍＡｂ１３．２によって阻害されたが、ｍＡｂ１３．８では阻害されず（ＩＬ−１３に結合するが中和しなかった）、または関係ないマウスＩｇＧでは阻害されなかった。ｍＡｂ１３．２は、ＩＬ−１３が培養Ｂ細胞に及ぼすこの効果を効率的にブロックした（図８）。

最後に、シグナルトランスデューサーおよび転写アクチベーター６（ＳＴＡＴ）６のリン酸化に及ぼす効果を調べることにより、ｍＡｂ１３．２がＩＬ−１３に対する早期細胞応答をブロックする能力を試験した。その細胞表面受容体とＩＬ−１３の相互作用により、ＳＴＡＴ６は二量体化し、リン酸化され、細胞質から核へ移動し、そこで、サイトカイン応答遺伝子の転写を活性化する（Ｍｕｒａｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０：３０８２９−３６，１９９５）。ＩＬ−１３露出後３０分以内にウェスタンブロットまたはフローサイトメトリーを行うことによって、リン酸化ＳＴＡＴ６に対する特定の抗体により、この活性化を検出することができる。ＩＬ−１３依存性ＳＴＡＴ６のリン酸化に及ぼすｍＡｂ１３．２の効果を試験するために、図中に示した濃度のＩＬ−１３を用いて３７℃で３０分間、ＨＴ−２９ヒト上皮細胞株の細胞を処理した。ウェスタンブロット（図９Ａ）またはフローサイトメトリー（図９Ｂおよび９Ｃ）により、リン酸化ＳＴＡＴ６が細胞ライセート中に検出された。図９Ｂに示した実験においては、細胞を飽和濃度のＩＬ−１３を用いて３７℃で３０分間処理し、次いでこれを固化し、透過化処理し、リン酸化ＳＴＡＴ６に対するＡｌｅｘａ−Ｆｌｕｏｒ４８８標識ｍＡｂで染色した。図９Ｃに示した実験においては抗体の存在下または不存在下、細胞を最適以下の濃度のＩＬ−１３で処理し、固化し、上記のように染色した。フローサイトメトリーの結果によれば、ｍＡｂ１３．２はＳＴＡＴ６のリン酸化をブロックするが、ｍＡｂ１３．８および対照マウスＩｇＧ１は効果がないことが分かった。

マウスのモノクローナル抗体ｍＡｂ１３．２はｉｎ ｖｉｖｏでのＩＬ−１３生物活性を中和する。
生まれつきブタ回虫にアレルギー性のカニクイザルの抗原誘発気道炎モデルを用いて、マウスｍＡｂ１３．２がｉｎ ｖｉｖｏ ＩＬ−１３活性を中和する能力を試験した。このモデルにおいては、アレルギー性サルにブタ回虫を接種すると、気道への炎症性細胞、特に好酸球の流入が起る。ｍＡｂ１３．２がこの細胞の流入を防止できるかどうかを試験するために、ブタ回虫抗原を接種する２４時間前に抗体を投与した。病原体接種の日に、左肺から基線洗浄試料を採取した。次いで、抗原を気管内に滴下して右肺に入れた。２４時間後、右肺を洗浄し、８ｍｇ／ｋｇの腹水精製ｍＡｂ１３．２を静脈に投与した動物からの気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）液を、未投与動物からのＢＡＬ液と比較した。病原菌接種後、５匹の未投与動物の内４匹で好酸球の数が増加した。一方、ｍＡｂ１３．２を投与した動物６匹の内１匹で好酸球の数が増加した（図１０）。未投与群については、ＢＡＬ好酸球の割合は有意に増加した（ｐ＜０．０２）が、抗体投与群では増加しなかった。これらの結果により、ｍＡｂ１３．２が、アレルゲンを接種したアレルギー性動物の気道好酸球増加症を効果的に防止することが確認された。

マウスｍＡｂ１３．２の平均血清半減期はサルで１週間未満である。ｍＡｂ１３．２のすべての痕跡が血清から失われたと思われる３カ月の時点で、ｍＡｂ１３．２を投与した動物に再度ブタ回虫を接種し、これらの個体の回虫応答性を確認した。投与された群のサル６匹の内２匹は非応答動物であることが分かった。

マウスのモノクローナル抗体ｍＡｂ１３．２は、正常ならＩＬ−４Ｒαに対して結合するＩＬ−１３の領域に結合する。
ＩＬ−１３の生物活性は、ＩＬ−１３Ｒα１およびＩＬ−４Ｒα１鎖からなる受容体複合体が仲介する。このサイトカインは、初めに細胞の表面上でＩＬ−１３Ｒα１との比較的低い親和性の相互作用を起こす。この複合体は次にＩＬ−４Ｒα１を補充して高い親和性の受容体を形成する（Ｚｕｒａｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．１２：２６６３，１９９３；Ｚｕｒａｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０：２３８６９，１９９５）。ＩＬ−４Ｒα鎖を介したシグナル伝達はＳＴＡＴ６のリン酸化を伴うが、これをＩＬ−１３に対する最も早い細胞応答の１つとしてモニターすることができる（Ｍｕｒａｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０：３０８２９−３６，１９９５）。エピトープマッピング、Ｘ線結晶学、さらにはＢｉａｃｏｒｅ分析など、いくつかのアプローチを用いて、マウスのｍＡｂ１３．２抗体とヒトＩＬ−１３との相互作用を明らかにし、さらにこの抗体のＩＬ−１３中和効果の基本を決定した。

エピトープマッピングおよびＸ線結晶学は、ｍＡｂ１３．２が、ＩＬ−１３ヘリックスＣのＣ末端領域、即ちＩＬ−４Ｒ結合領域（下記参照）に結合することを示した。この分析を確認するために、ｍＡｂ１３．２とＩＬ−１３の相互作用を、Ｂｉａｃｏｒｅチップを用いて分析した。この分析はいくつかのフォーマットで行われた。第１に、ＩＬ−４ＲをＢｉａｃｏｒｅチップに結合させ、ＩＬ−１３Ｒα１に事前結合させたＩＬ−１３の複合体をこのチップの上に流した。ｍＡｂ１３．２の不存在下において、３分子複合体の形成を実証することができた。しかしながら、ＩＬ−１３Ｒα１に事前結合させたＩＬ−１３の混合物にｍＡｂ１３．２を添加すると、チップ上のＩＬ−４Ｒに対する結合が妨げられた。第２に、ｍＡｂ１３．２をチップ上に固定化し、結合したＩＬ−１３を溶液相に添加した。ＩＬ−１３Ｒα１がこの結合ＩＬ−１３と相互作用することが分かったが、ＩＬ−４Ｒと結合ＩＬ−１３との相互作用は認められなかった。第３に、ｍＡｂ１３．２は、チップ上に固定化されたＩＬ−１３Ｒα１−ＦｃまたはＩＬ−１３Ｒα１モノマーに結合したＩＬ−１３に結合することができることが実証された。これらの観察により、ｍＡｂ１３．２は、ＩＬ−１３とＩＬ−１３Ｒα１との相互作用を阻害しないが、ＩＬ−１３Ｒα１とＩＬ−４Ｒαとの相互作用を阻害することが分かる。この阻害は、ＩＬ−１３シグナル伝達複合体の形成を妨げると思われる。これらの観察は、この抗体の中和活性についてのモデルを提供した。

ＩＬ−１３およびＩＬ−１３Ｒα１とのｍＡｂ１３．２の複合体のｉｎ ｖｉｔｒｏでの実証は、ｍＡｂ１３．２は、細胞表面で、受容体が関連したＩＬ−１３に潜在的に結合することができることを示す。細胞に結合したｍＡｂ１３．２を、受容体に結合したＩＬ−１３を飽和させた条件下で検出することができるかどうかを判定するために、４℃でＨＴ−２９ヒト上皮細胞株にＩＬ−１３を装入し、抗体結合性を試験した。フローサイトメトリーによって、細胞に結合したｍＡｂ１３．２を検出することができなかった。この観察、ならびにｍＡｂ１３．２がＩＬ−１３生物活性の有効な中和剤であるという実証により、ＩＬ−１３受容体の正常な機能がｍＡｂ１３．２によって阻害されることが分かった。

抗ＩＬ−１３抗体ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの結晶構造
マウス腹水からのモノクローナル抗体ｍＡｂ１３．２を、プロテインＡアフィニティーカラムを用いて精製した。マウス腹水をプロテインＡ結合緩衝液（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、５００ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ８．０）で２倍に希釈し、０．２ｍｍのフィルターユニットを通して濾過した。濾過した溶液を、４℃で、結合緩衝液で平衡にしたＰｏｒｏｓプロテインＡカラム（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ、ＭＡ）にかけた。カラムを結合緩衝液で洗浄し、１００ｍＭグリシン（ｐＨ３．０）を用いてＩｇＧを溶出した。ｐＨ８．０の１Ｍ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌを用いて溶出したＩｇＧを直ちに中和した。

ＩＬ−１３モノクローナルＩｇＧを活性化パパイン（Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）で分解することによってＦａｂフラグメントを調製した。パパインは、この酵素の原液を消化緩衝液（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、５０ｍＭ ＮａＣｌ、２０ｍＭ ＥＤＴＡおよび２０ｍＭシステイン、ｐＨ７．５）を用いて氷上で希釈することによって活性化し、パパインの最終濃度を１ｍｇ／ｍＬとした。ＩｇＧの切断は、３７℃で７〜８時間、パパイン消化緩衝液中で１００：１の重量比で活性化パパインを用いたインキュベーションによって行った。反応は、４℃で一晩、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）中での透析によって停止させた。透析した溶液を、４℃で、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）で平衡にしたタンデム型Ｐｏｒｏｓ ＨＳ／プロテインＡカラムに装入し、パパインおよびＦｃフラグメントを除去した。次いで、Ｆａｂフラグメントを含有するタンデムカラムの流液を、１ｍＭリン酸ナトリウムと２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ７．５で平衡にしたヒドロキシルアパタイトカラム（Ｂｉｏ−Ｒａｄ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）に装入し、１ｍＭから１２５ｍＭのリン酸ナトリウムグラジエントを用いて２５℃で溶離した。溶離したＦａｂフラグメント溶液を、４℃で一晩、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）中で透析した。透析の後、この溶液を、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）で平衡にしたＰｏｒｏｓ ＨＱカラムに装入した。流液を採取し、硫酸アンモニウムで、ポリプロピルアスパルトアミドカラム（Ｎｅｓｔ Ｇｒｏｕｐ、Ｓｏｕｔｈｂｏｒｏｕｇｈ、ＭＡ）へ装入する前の最終濃度を１．５Ｍに調整した。Ｆａｂフラグメントを、２５℃で１．５〜０Ｍの硫酸アンモニウムグラジエントを用いてカラムから溶離した。このタンパク質を、４℃で５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）中で透析した。

単離したｍＡｂ１３．２抗体およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントについて、これらがＩＬ−１３の生物活性を阻害する能力を試験した。あるアッセイにおいては、精製したｍＡｂ１３．２およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントについて、ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、これらがビオチン化ｍＡｂ１３．２と結合性を競合する能力を試験した。ＥＬＩＳＡプレートに抗ＦＬＡＧ Ｍ２抗体を塗布した。ＦＬＡＧ−ヒトＩＬ−１３の結合は、ビオチン化ｍＡｂ１３．２とストレプトアビジン−ペルオキシダーゼを用いて検出した。この無処置抗体とＦａｂフラグメントは両方とも結合性を競合することができたが、ＩＬ−１３に特異的な非中和抗体ｍＡｂ１３．８は結合性を競合することができなかった（図１１Ａおよび１１Ｂ）。

別のアッセイにおいては、精製したｍＡｂ１３．２およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントについて、これらがＩＬ−１３に依存したＴＦ１細胞の増殖およびＰＢＭＣ上でのＩＬ−１３に依存したＣＤ２３の発現を阻害する能力を試験した。実施例１に記載の組換え型ヒトＩＬ−１３を３ｎｇ／ｍＬ用いて、ＴＦ１細胞をインキュベートした。精製ｍＡｂ１３．２またはｍＡｂ１３．２Ｆａｂの濃度を上げながらこの細胞を処理し、細胞の増殖を上記のようにモニターした。無処置抗体およびＦａｂフラグメントの両方ともＩＬ−１３に依存したＴＦ１細胞の増殖を阻害した（図１２Ａ）。単離されたタンパク質がＣＤ２３の発現に及ぼす影響を試験するために、実施例１に記載の組換え型ヒトＩＬ−１３を１ｎｇ／ｍＬ用いて、ＰＢＭＣをインキュベートした。ｍＡｂ１３．２またはｍＡｂ１３．２Ｆａｂの濃度を上げながらこの単球を処理し、ＣＤ２３の発現を上記のようにフローサイトメトリーでモニターした。精製した無処置抗体および精製したＦａｂフラグメントはそれぞれ、ＩＬ−１３に依存したＣＤ２３の発現を阻害した（図１２Ｂ）。

結晶化のために、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．０）と５０ｍＭ ＮａＣｌの溶液中に１２．６ｍｇ／ｍＬの濃度で精製ｍＡｂ１３．２Ｆａｂを調製した。１マイクロリットルのタンパク質溶液を、１μｌの結晶化溶液（２０％のＰＥＧ３３５０、２００ｍＭのＫ_２ＳＯ_４）（Ｈａｍｐｔｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、Ａｌｉｓｏ Ｖｉｅｊｏ、ＣＡ）と混ぜた。結晶は、ハンギングドロップ蒸気拡散法によって約１８℃で形成した。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの結晶からのデータは、ＡＤＳＣ Ｑｕａｎｔｕｍ−４ ＣＣＤ検出器を用いて、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅ（ＡＬＳ）（Ｂｅｒｋｌｅｙ、ＣＡ）のｂｅａｍｌｉｎｅ ５．０．２に集めた。それぞれのデータセットには、−１８０℃でガラス化した単結晶を用いた。これらのデータは、ＤＥＮＳＯおよびＳｃａｌｅｐａｃｋ（Ｏｔｗｉｎｏｗｓｋｉ ａｎｄ Ｍｉｎｏｒ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２７６：３０７−３２６，１９９７）を用いて処理した。データ収集およびデータ精密化からの統計量を、それぞれ以下の表１および２に示す。

^aR_merge=Σ|I_h-<I_h>|/ΣI_h、但し、<I_h>は対称等価物の平均強度である。括弧内の数字は最終シェルについての統計量を示す。

^aR_work=Σ||F_obs|-|F_calc||/Σ|F_obs|、R_freeはR_workと同じであるが、精密化プロセスからオミットした任意に選んだ５％の反射についての計算である。
^bMoy et al.，J. Mol. Biol. 310:219-230，2001.

プログラムＡＭＯＲＥ（Ｎａｖａｚａ，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ａ５０：１５７−１６３，１９９４）を用いて、分子置換によってｍＡｂ１３．２Ｆａｂの構造を解明した。モノクローナル２Ｅ８Ｆａｂ抗体フラグメント（ＰＤＢコード１２Ｅ８）の構造をプローブとして用いた。精密化の前に、精密化の経過をモニターするために、データの５％を任意に選んでＲ_ｆｒｅｅ試験セットと命名した。次いで、一連のオミットマップを用いて、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂの構造をＱＵＡＮＴＡ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）内に再構築した。ＣＮＳ（Ｂｒｕｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ５４：９０５−９２１，１９９８）を用いた６サイクルの精密化およびＱＵＡＮＴＡを用いた再構築の後、この精密化は、Ｒ_{ｃｒｙｓｔ}２５．９％およびＲ_ｆｒｅｅ３０．７％で、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂと水分子４１個を含んだモデルに収斂した。構造精密化の統計量を表２に示す。結晶の構造座標を表１０に示す。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ／ＩＬ−１３複合体の結晶構造
組換え型ＩＬ−１３（スイスプロットアクセッション番号Ｐ３５２２５）およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂを、結晶化のために精製した。組換え型ＩＬ−１３は以下のようにして精製した。ヒトＩＬ−１３の発現に大腸菌Ｋ１２株ＧＩ９３４を用いた。ＧＩ９３４は、２種の大腸菌プロテアーゼｏｍｐＴおよびｏｍｐＰにおいて特定の欠失を含むＧＩ７２４（ＬａＶａｌｌｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １１：１８７−１９３，１９９３）のｉｌｖＧ誘導体である。具体的には、この株は、染色体のａｍｐＣ座に安定的に組み込まれたバクテリオファージ１リプレッサー（ｃＩ）遺伝子を含む。ｃＩ遺伝子は、合成ネズミチフス菌ｔｒｐプロモーターによって制御される。ｐＡＬ−７８１（Ｃｏｌｌｉｎｓ−Ｒａｃｉｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １３：９８２−９８７，１９９５）の誘導体である、大腸菌発現ベクターｐＡＬ−９８１を、ヒトＩＬ−１３発現ベクターを構築するための基剤として用いた。

大腸菌コドン使用頻度を最適化し、遺伝子の５’末端におけるＡＴ含量を増やしたヒトＩＬ−１３ｃＤＮＡ（アクセッション番号ＮＭ＿００２１８８）からの沈黙変化を持つように設計された合成オリゴヌクレオチド二本鎖から、ヒトＩＬ−１３遺伝子のｃＤＮＡを産生した。ヒトＩＬ−１３のアミノ酸（配列番号３）（図２Ａ）のアミノ酸Ｇｌｙ２１〜Ａｓｎ１３２に対応する合成オリゴヌクレオチドの相補的二本鎖３セットを用いて、ヒトＩＬ−１３の成熟領域を構築した。これは処理されたＩＬ−１３のアミノ酸配列（配列番号４）である。二本鎖１の大腸菌最適化相補的オリゴヌクレオチドは、５’−ＴＡＴＧＧＧＴＣＣＡＧＴＴＣＣＡＣＣＡＴＣＴＡＣＴＧＣＴＣＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＡＴＴＧＡＡＧＡＡＣＴＧＧＴＴＡＡＣＡＴＣＡＣＣＣＡＧＡＡＣＣＡＧＡＡＡＧＣＴＣＣＧＣＴＧＴＧＴＡＡＣＧＧＴＴＣＣＡＴＧＧＴＴＴＧＧＴＣＣＡＴＣＡＡＣＣＴＧ−３’（配列番号６）および相補体
５’−ＣＡＧＣＧＧＴＣＡＧＧＴＴＧＡＴＧＧＡＣＣＡＡＡＣＣＡＴＧＧＡＡＣＣＧＴＴＡＣＡＣＡＧＣＧＧＡＧＣＴＴＴＣＴＧＧＴＴＣＴＧＧＧＴＧＡＴＧＴＴＡＡＣＣＡＧＴＴＣＴＴＣＡＡＴＣＡＧＴＴＣＡＣＧＣＡＧＡＧＣＡＧＴＡＧＡＴＧＧＴＧＧＡＡＣＴＧＧＡＣＣＣＡ−３’（配列番号７）であった。二本鎖２は、
５’−ＡＣＣＧＣＴＧＧＴＡＴＧＴＡＣＴＧＴＧＣＡＧＣＴＣＴＧＧＡＡＴＣＣＣＴＧＡＴＣＡＡＣＧＴＴＴＣＴＧＧＴＴＧＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＧＡＡＡＡＡＡＣＣＣＡＧＣＧＴＡＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＴＴＴＣＴＧＣＣＣＧＣＡＣＡＡＡＧＴＴＴＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＧ−３’（配列番号８）および相補体
５’−ＧＡＧＧＡＧＡＡＣＴＧＡＣＣＡＧＣＧＧＡＡＡＣＴＴＴＧＴＧＣＧＧＧＣＡＧＡＡＡＣＣＡＧＡＣＡＧＣＡＴＡＣＧＣＴＧＧＧＴＴＴＴＴＴＣＧＡＴＡＧＣＡＧＡＧＣＡＡＣＣＡＧＡＡＡＣＧＴＴＧＡＴＣＡＧＧＧＡＴＴＣＣＡＧＡＧＣＴＧＣＡＣＡＧＴＡＣＡＴＡＣ−３’（配列番号９）であった。二本鎖３は、
５’−ＴＴＣＴＣＣＴＣＴＣＴＧＣＡＣＧＴＴＣＧＴＧＡＣＡＣＣＡＡＡＡＴＣＧＡＡＧＴＴＧＣＴＣＡＧＴＴＣＧＴＡＡＡＡＧＡＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＣＡＣＣＴＧＡＡＡＡＡＡＣＴＧＴＴＣＣＧＴＧＡＡＧＧＴＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＡＡＴＡＡＴ−３’（配列番号１０）および相補体
５’−ＣＴＡＧＡＴＴＡＴＴＡＧＴＴＧＡＡＡＣＧＡＣＣＴＴＣＡＣＧＧＡＡＣＡＧＴＴＴＴＴＴＣＡＧＧＴＧＣＡＧＣＡＧＣＡＧＧＴＣＴＴＴＴＡＣＧＡＡＣＴＧＡＧＣＡＡＣＴＴＣＧＡＴＴＴＴＧＧＴＧＴＣＡＣＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡ−３’（配列番号１１）であった。

第１および第２の二本鎖の相補的（ボトム）ストランド、ならびに第２および第３の二本鎖のトップストランドを独立にリン酸化した。これらの相補的ストランドを結合し、それぞれの二本鎖混合物を９０℃に加熱し、次いで徐々に冷却してこれらの二本鎖のアニーリングを可能にした。第１および最後の二本鎖は、それぞれ制限エンドヌクレアーゼＮｄｅｌおよびＸｂａｌをコードしており、Ｎｄｅｌ、Ｘｂａｌで消化されゲル精製された発現ベクターｐＡＬ−９８１へのクローニングを可能にした。すべての制限消化、オリゴヌクレオチドの酵素的リン酸化、ＤＮＡフラグメントの分離およびライゲーションは、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９．“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，”Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋに記載のように行った。連結混合物を、記載（ＬａＶａｌｌｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０５：１１９−１４０，２００３）のようにして、エレクトロコンピテントＧＩ９３４に形質転換した。３セットのオリゴヌクレオチド二本鎖のｐＡＬ−０９８１へのライゲーションにより、プラスミドｐＡＬＨＩＬ１３−９８１を作成した。この発現ベクターへのクローニングの後、すべての合成オリゴヌクレオチドを配列確認した。

得られたプラスミドｐＡＬＨＩＬ１３−９８１をＧＩ９３４に形質転換した。プラスミドｐＡＬＨＩＬ１３−９８１からヒトＩＬ−１３を産生するための培養に最適な成長温度は経験的に決めた。培養培地は、１％カザミノ酸、１．７５％（ｗ／ｖ）グルコース、５０ｍＭ ＫＨ_２ＰＯ_４、１５ｍＭ（ＮＨ_４）_２ＳＯ_４、３０ｍＭ Ｎａ_３クエン酸２Ｈ_２Ｏ、２０ｍＭ ＭｇＳＯ_４、１００μｇ／ｍｌ アンピシリン、ＤＭ微量金属（３００μＭ ＦｅＣｌ_３、２９μＭ ＺｎＣｌ_３、３６μＭ ＣｏＣｌ_２、２５μＭ Ｎａ_２ＭｏＯ_４、２０μＭ ＣａＣｌ_２、２２μＭ ＣｕＣｌ_２、２４μＭ Ｈ_３ＢＯ_３）からなり、ＮＨ_４ＯＨでｐＨ７に調整した。培地１０Ｌに、培養媒体中３０℃で成長させたｐＡＬＨＩＬ１３−９８１を含むＧＩ９３４の新鮮な培養物をＡ_５５００．００００５まで接種した。この培養物を３０℃でＡ_５５０１．２まで成長させ、次いで温度を３７℃に調整し、培養物をＡ_５５０７．５まで成長させた。この培養物に５００μｇ／ｍｌまでトリプトファンを添加することにより、ｐＬプロモーターからのタンパク質合成の誘発を開始させた。３７℃で４．２５時間培養物を成長させた後、遠心分離により細胞を収穫した。発現ベクターの配列を図１３に示す（配列番号５）。

このタンパク質は事実上完全に不溶性であった。マイクロフルイダイザーを用いて細胞を破壊し、不溶性のＩＬ−１３を集め、５０ｍＭ Ｃｈｅｓ（ｐＨ９）、６Ｍ グアニジン−ＨＣｌ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、２０ｍＭ ＤＴＴ中に約２ｍｇ／ｍＬで溶解した。この溶液を、５０ｍＭ Ｃｈｅｓ（ｐＨ９）、３Ｍ グアニジン−ＨＣｌ、１００ｍＭ ＮａＣｌ、１ｍＭ 酸化型グルタチオンに２０倍希釈し、１０倍量の２０ｍＭ Ｍｅｓ（ｐＨ６）に対して２回透析した。遠心分離による清澄化の後、ＩＬ−１３をＳＰ−セファロースに吸着させ、Ｍｅｓ緩衝液のＮａＣｌのグラジエントを用いて溶離した。最終的な精製は、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５上で４０ｍＭ リン酸ナトリウム、４０ｍＭ ＮａＣｌ中でのサイズ排除クロマトグラフィーによって行った。

実施例４に記載した方法でｍＡｂ１３．２Ｆａｂを精製した。

ＦａｂとＩＬ−１３をモル比約１：１で結合させることによってＦａｂ：ＩＬ−１３複合体を調製した。ＩＬ−１３（４０ｍＭ ＭＥＳおよび４０ｍＭ ＮａＣｌ中５０μＭ、ｐＨ６．０）とｍＡｂ１３．２Ｆａｂ（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ．ＨＣｌ中５０μＭ、ｐＨ８．０）を混合して、最終の複合体濃度を５０μＭとした。５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌおよび３００ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ８．０で平衡にしたＳｕｐｅｒｄｅｘ７５サイズ排除カラム（Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）によって、２５℃で、この複合体をさらに精製した。結晶化開始前に、精製した複合体を５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌおよび５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ８．０で透析した。

結晶化のために、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．０）および５０ｍＭ ＮａＣｌの溶液中に１１．３ｍｇ／ｍＬの濃度で精製ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ／ＩＬ−１３複合体を調製した。１マイクロリットルのタンパク質溶液を、１μｌの結晶化溶液（２０％ ＰＥＧ３３５０、５０ｍＭ ＺｎＯＡｃ）（Ｈａｍｐｔｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、Ａｌｉｓｏ Ｖｉｅｊｏ、ＣＡ）と混ぜた。結晶は、ハンギングドロップ法による蒸気拡散によって１８℃で形成した。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ／ＩＬ−１３複合体の結晶からのデータは、ＡＤＳＣ Ｑｕａｎｔｕｍ−４ ＣＣＤ検出器を用いて、ＡＬＳ（Ｂｅｒｋｌｅｙ、ＣＡ）のｂｅａｍｌｉｎｅ５．０．２に集めた。このデータセットには、−１８０℃でガラス化した単結晶を用いた。これらのデータは、ＤＥＮＳＯおよびＳｃａｌｅｐａｃｋ（Ｏｔｗｉｎｏｗｓｋｉ ａｎｄ Ｍｉｎｏｒ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２７６：３０７−３２６，１９９７）を用いて処理した。データ精密化からの統計量を表２に示す。結晶構造座標は表１１に示す。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ／ＩＬ−１３二成分複合体の結晶は、シンクロトロン放射を用いて１．８Åまで回折した。プログラムＡＭＯＲＥを用い、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂの結晶構造（実施例４に記載）をプローブとして用いて、分子置換によって複合体の構造を解明した。精密化の前に、精密化の経過をモニターするために、データの５％を任意に選んでＲ_ｆｒｅｅ試験セットと命名した。次いで、一連のオミットマップを用いて、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂの構造をＱＵＡＮＴＡ内に再構築した。この処理中に、超可変領域の近くに余分な電子密度が観察された。これらの領域はそれぞれの再構築サイクルの後ではっきりした。Ｆａｂフラグメントを再構築した後、ＩＬ−１３のＮＭＲ構造（Ｍｏｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３１０：２１９−２３０，２００１）を回転させて超可変領域に隣接する電子密度にした。ＣＮＳ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を用いた３サイクルの精密化およびＱＵＡＮＴＡ内での再構築の後、この精密化は、Ｒ_{ｃｒｙｓｔ}２０．３％およびＲ_ｆｒｅｅ２３．５％で、１分子のｍＡｂ１３．２Ｆａｂ、１分子のＩＬ−１３、１分子のアセテート、３個の亜鉛イオン、および４６５個の水分子を含んだモデルに収斂した。構造精密化の統計量を表２に示す。

ｍＡｂ１３．２／ＩＬ−１３複合体結晶において、Ｆａｂ軽鎖の残基１−２１１は可視であったが、残基２１２、２１３、および２１４は電子密度内に観察されなかった。重鎖については、残基１−１２７および１３３〜２１０は電子密度にモデリングされ、残基１２８〜１３２については、電子密度は観察されなかった。ＩＬ−１３については、残基７〜２１、２６〜７８、および８１〜１０９は可視であり、残基１〜６、２２〜２５、および８０は乱れていた。いくつかの残基は、不適当な電子密度のＸ線実験のために、より小さな残基としてモデリングされた（表５参照）。

結晶化緩衝液からの３個の亜鉛分子がこの構造に結合しているのが分かった。これらはいずれもＩＬ−１３とＦａｂ分子の相互作用には関与していなかった。亜鉛分子の内２個は、非対称ユニットにおける分子間の接触およびタンパク質の対称関連コピーに関与していた。したがって、これらはこの複合体の結晶化にとって重要であった。亜鉛１は、Ｆａｂ軽鎖Ｇｌｕ２７およびＧｌｕ９７、ならびに軽鎖の対称関連コピーの残基Ｇｌｕ１８９およびＨｉｓ１９３に配位していた（アミノ酸の番号付けは配列番号１（図１Ａ）による）。亜鉛２は、ＩＬ−１３残基Ｈｉｓ８４およびＡｓｐ８７、ならびにＩＬ−１３の対称関連コピーの残基Ａｓｐ９８およびＨｉｓ１０２に配位していた。亜鉛３は、他のリガンドとして水分子と共にＩＬ−１３残基Ｇｌｕ１２およびＧｌｕ１５に配位していた（アミノ酸の番号付けは配列番号４（図２Ｂ）による）。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントと相互作用するＩＬ−１３の残基は、ヘリックスＣのＣ末端に位置していた（残基６８〜７４）。図３は、ＩＬ−１３のＣαヘリックスと抗体のＣＤＲループとの相互作用を示す。ＦａｂとＩＬ−１３残基Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｇｌｙ６９、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の間に水素結合相互作用の存在が観察された。ヘリックスＡのＮ末端の先端は、Ｆａｂフラグメントのファンデルワールス距離内であった。これらの相互作用を表３および４に要約して示す。

^aアミノ酸残基は、Il-13の処理された形（配列番号4）に従って番号が付けられている。「I」はIL-13のアミノ酸を示す。
^bアミノ酸残基は、配列番号1（軽鎖残基についてのもの、「L」）または配列番号２（重鎖残基についてのもの、「H」）に対応し、Chothia番号付け方式に従って番号が付けられている（Al-Lazikani et al.，Jour. Mol. Biol. 273:927-948，1997）。
^cアミノ酸残基は、配列番号１（軽鎖残基についてのもの、「L」)または配列番号２（重鎖残基についてのもの、「H」）の番号付けに従って番号が付けられている。

^aアミノ酸残基は、Il-13の処理された形（配列番号4）に従って番号が付けられている。「I」はIL-13のアミノ酸を示す。
^bアミノ酸残基は、配列番号1（軽鎖残基についてのもの、「L」）または配列番号２（重鎖残基についてのもの、「H」）に対応し、Chothiａ番号付け方式に従って番号が付けられている（Al-Lazikani et al.，Jour. Mol. Biol. 273:927-948，1997）。表6および7を参照のこと。
^cアミノ酸残基は、配列番号1（軽鎖残基についてのもの、「L」）または配列番号2（重鎖残基についてのもの、「H」）の番号付けに従って番号が付けられている。

^a「HC」は重鎖（配列番号2）であり；「LC」は軽鎖（配列番号１）であり；「I」は処理されたIL-13（配列番号4）である。
^ｂアミノ酸残基は、配列番号1（軽鎖残基についてのもの、「LC」）または配列番号2（重鎖残基についてのもの、「HC」）に対応し、Chothia番号付け方式に従って番号が付けられている（Al-Lazikani et al.，Jour. Mol. Biol. 273:927-948，1997）。表6および7を参照のこと。
^cアミノ酸残基は、配列番号1（軽鎖残基についてのもの、「LC」）、配列番号2（重鎖残基についてのもの、「HC」）、または配列番号4（処理されたIL-13ポリペプチドの残基についてのもの、「I」）の番号付けに従って番号が付けられ、識別される。

図３は、ｍＡｂ１３．２ＦａｂとヒトＩＬ−１３の共結晶構造を示すリボンダイアグラムである。ｍＡｂ１３．２Ｆａｂの軽鎖は濃い陰影で示され、重鎖は薄い陰影で示されている。ＩＬ−１３構造は右に示されている。この図は、ＩＬ−１３のＣαヘリックスと抗体のＣＤＲループとの相互作用を示す。ＩＬ−１３と水素結合接触を行うｍＡｂ１３．２重鎖の主残基は、ＳＥＲ５０（ＣＤＲ２）、ＳＥＲ５３（ＣＤＲ２）、ＴＹＲ１０１（ＣＤＲ３）、およびＴＹＲ１０２（ＣＤＲ３）である。ＩＬ−１３とファンデルワールス接触を行うｍＡｂ１３．２重鎖の主残基は、ＩＬＥ３０（ＣＤＲ１）、ＳＥＲ３１（ＣＤＲ１）、ＡＬＡ３３（ＣＤＲ１）、ＴＲＰ４７、ＳＥＲ５０（ＣＤＲ２）、ＳＥＲ５２（ＣＤＲ２）、ＳＥＲ５３（ＣＤＲ２）、ＴＹＲ５８（ＣＤＲ２）、ＬＥＵ９８（ＣＤＲ３）、ＡＳＰ９９（ＣＤＲ３）、ＧＬＹ１００（ＣＤＲ３）、ＴＹＲ１０１（ＣＤＲ３）、ＴＹＲ１０２（ＣＤＲ３）、およびＰＨＥ１０３（ＣＤＲ３）である（表４参照；アミノ酸は配列番号２（図１Ｂ）の番号付けに従って番号を付けた）。

配列番号１（図１Ａ）のアミノ酸番号付けによれば、ＩＬ−１３と水素結合接触を行うｍＡｂ１３．２軽鎖の主残基は、ＡＳＮ３１（ＣＤＲ１）、ＴＹＲ３２（ＣＤＲ１）、ＬＹＳ３４（ＣＤＲ１）、ＡＳＮ９６（ＣＤＲ３）、およびＡＳＰ９８（ＣＤＲ３）である。ＩＬ−１３とファンデルワールス接触を行うｍＡｂ１３．２軽鎖の主残基は、ＡＳＮ３１（ＣＤＲ１）、ＴＹＲ３２（ＣＤＲ１）、ＬＹＳ３４（ＣＤＲ１）、ＡＲＧ５４（ＣＤＲ２）、ＡＳＮ９６（ＣＤＲ３）、ＡＳＰ９８（ＣＤＲ３）、およびＴＲＰ１００（ＣＤＲ３）である（表４参照）。

抗体の重鎖および軽鎖ポリペプチドのアミノ酸残基を記述するために、様々な番号付けスキームが発展した。ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａのスキームでは、挿入が認められた、ポリペプチドの特定のＣＤＲ領域に線形で受け入れられたアミノ酸残基に番号を付ける。Ｋａｂａｔ方式（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，ＮＩＨ Ｐｕｂｌ．Ｎｏ．９１−３２４２，５ｔｈ ｅｄ．，ｖｏｌｓ．１−３，Ｄｅｐｔ．ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，１９９１）では、配列変異によって重鎖および軽鎖ＣＤＲの位置を定義する。一方、Ｃｈｏｔｈｉａ方式（Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：９２７−９４８，１９９７）では、ループ領域によってその位置を構造的に定義する。ＣＤＲ挿入の配置が異なるために、この２つの方式の間で、重鎖および軽鎖のアミノ酸の番号付けが異なる可能性がある。アミノ酸挿入の表示法により、これらの各番号付け方式は線形番号付けから逸脱する。表６および７は、これら３つの異なる番号付けスキーム（Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、および線形番号付け）によるｍＡｂ１３．２Ｆａｂの、それぞれ、軽鎖および重鎖のアミノ酸配列を一列に並べている。

^ａ太字フォントは、ChothiaまたはKabat番号付け方式による線形配列への挿入を示す。太字と下線で表した残基はＸ線データによって決定された挿入を示す。

^ａ太字フォントは、ChothiaまたはKabat番号付け方式による線形配列への挿入を示す。太字と下線で表した残基はＸ線データによって決定された挿入を示す。

インターロイキン−１３、ＩＬ−１３受容体α１、および抑制抗体ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ結合領域の三量複合体の結晶構造
ＩＬ−１３Ｒα１の細胞外領域（残基２７〜３４２；図１４参照）を、Ｃ−末端に６ｘＨｉｓタグを融合して発現させた（Ａｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２９２６５−２９２７０，１９９６）。発現は酵母Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ中で行われた。組換え型タンパク質は、ＮｉＮＴＡ−アガロース（Ｑｉａｇｅｎ）のアフィニティークロマトグラフィーの後、ＨｉＴｒａｐ Ｑ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ＨＰ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ、ＵＫ）の陰イオン交換クロマトフラフィー、およびＳｕｐｅｒｄｅｘ−７５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）のゲル濾過クロマトフラフィーにより均一に精製した。

ヒトＩＬ−１３（アミノ酸残基１〜１１３）（配列番号４）を実施例５に記載の方法で発現させ、精製した。

受容体にＩＬ−１３をわずかに過剰に混ぜることにより、ＩＬ−１３とＩＬ−１３Ｒα１を含む複合体を形成した。サイズ排除クロマトフラフィー分析によって複合体の形成を確認した後、この複合体を、エンドグリコシダーゼＨｆ（ｅｎｄｏＨｆ）（２５，０００ユニット／ｍＬ）を用いて３７℃で９０分間処理した。脱グリコシル化複合体をコンカナバリンＡ（ｃｏｎＡ）−Ｓｅｐｈａｒｏｓｅカラムに通して非切断オリゴ糖を有するタンパク質を除去し、残った複合体をＮｉＮＴＡカラムに通してＥｎｄｏＨｆを除去した。精製されたこの複合体を、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ−２００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、以前はＡｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｐｉｓｃａｔｗａｙ、ＮＪ）のゲル濾過クロマトフラフィーにより均一に精製した。ＩＬ−１３とＩＬ−１３Ｒα１の１：１複合体の形成は、結晶スクリーニングの前に、未変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動およびサイズ排除クロマトフラフィーによって確認された。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂは、実施例４に記載の方法で精製した。

１８℃で、１０ｍｇ／ｍｌタンパク質複合体、１３％ＰＥＧ−ＭＭＥ２０００、および１００ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．０）を含むハンギングドロップの蒸気拡散により、ＩＬ−１３、ＩＬ−１３Ｒα１、およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂ複合体の結晶を成長させた。結晶は数週間で現れたが、数カ月間は最大のサイズには到達しなかった。この結晶は、空間群Ｉ４と、単位格子寸法ａ＝１６４．９Å、ｂ＝１６４．９Å、およびｃ＝７４．８Åの対称を持っていた。データ収集前に、結晶を、１０％エチレングリコールを加えた母液にわずかの間移し、液体窒素中で瞬間冷却した。データ収集中、結晶は１００Ｋに保持した。データは、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅ、Ｂｅｒｋｅｌｅｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａの５．０．１ ｂｅａｍ ｌｉｎｅに集めた。強度は、ＤＥＮＺＯ（Ｏｔｗｉｎｏｗｓｋｉ ａｎｄ Ｍｉｎｏｒ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２７６：３０７−３２６，１９９７）およびＳＣＡＬＡ（「ＣＣＰ４」、Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ Ｄ５０：７６０−７６３，１９９４）を用いて積算し、スケーリングした。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ／ＩＬ−１３複合体の座標（表１１）を用いた分子置換によって構造を解明した。最初の位相は、ＣＣＰ４（「ＣＣＰ４」、Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ Ｄ５０：７６０−７６３，１９９４）に実装されたＳｏｌｏｍｏｎを用いた溶媒平滑化によって改良した。ＣＣＰ４内の剛体精密化を用いて最初のモデルを得た。連続的な電子密度を有する実験マップを得、ＱＵＡＮＴＡ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を用いて最初のモデルを構築し、ＣＮＳ（Ｂｒｕｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｄ５４：９０５−９２１，１９９８）を用いて３０〜２．２Åからのデータに対して精密化した。ＩＬ−１３Ｒα１（残基６〜３１４）、ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ（軽鎖残基１〜２１３および重鎖残基１〜２１３）、およびＩＬ−１３（残基６〜１１２）のポリペプチド鎖、ならびに１２３個の水分子を含む最終精密化モデルは、使用Ｒ値が２４．４％でありフリーＲ値が２７．２％である。データ収集およびデータ精密化の統計量を、表８および９に示す。ラマチャンドランプロットの許可領域外の骨格ねじれ角はなかった。ＰＹＭＯＬ（ＤｅＬａｎｏ，“Ｔｈｅ ＰＹＭＯＬ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒａｐｈｉｃｓ Ｓｙｓｔｅｍ”（２００２）ＤｅＬａｎｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｓａｎ Ｃａｒｌｏｓ，ＣＡ）およびＲｉｂｂｏｎｓ（Ｃａｒｓｏｎ，Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔ．２４：９５８−９６１，１９９１）を用いて構造図を作成した。表１２に構造座標を示す。ＩＬ−１３Ｒα１の以下の残基は、Ｃβ原子を超える電子密度を有しておらず、以下のそれぞれの座標は、この不明瞭性を表すべく打ち切られた：８１Ｅ、９３Ｒ、１０４Ｔ、１０５Ｎ、１１１Ｓ、１１２Ｉ、１２２Ｅ、１２４Ｄ、１５０Ｒ、１５１Ｔ、１５７Ｎ、１６５Ｒ、１６８Ｅ、１６９Ｋ、１７４Ｅ、１９５Ｓ、１９６Ｓ、１９７Ｆ、３０５Ｄ、３０６Ｔ、３３９Ｋ、１１０Ｐ、２００Ｑ、２０３Ｑ、２０４Ｉ、２０９Ｎ、２１２Ｋ、２１３Ｉ、２１４Ｋ、２４０Ｎ、２７９Ｅ、２８４Ｎ、および２９３Ｎ。

^aR_merge=Σ|I_h-<I_h>|/ΣI_h、但し、<I_h>は対称等価物の平均強度である。括弧内の数字は最終分解能シェル（2.8Å〜2.7Å)についての統計量を示す。

^aR_work=Σ||F_obs|-|F_calc||/Σ|F_obs|、R_freeはR_workと同じであるが、精密化プロセスからオミットした任意に選んだ6.4%の反射についての計算である。

ＩＬ−１３とＩＬ−１３Ｒα１の間には２つの実質的な相互作用がある。１つの相互作用は、Ｉｇ領域１と、このサイトカインのヘリックスＣおよびＤに接続するループの一部の間であり、もう１つの相互作用は、この受容体のＩｇ領域３とＩＬ−１３のヘリックスＡおよびＤの間である（図１５参照）。

ＩＬ−１３Ｒα１のＩｇ領域１とＩＬ−１３の間の相互作用により、これら２つの分子に及ぶ拡張βシートが形成される。ＩＬ−１３の残基Ｔｈｒ８８、Ｌｙｓ８９、Ｉｌｅ９０、およびＧｌｕ９１（配列番号４）は、受容体の残基Ｌｙｓ７６、Ｌｙｓ７７、Ｉｌｅ７８、およびＡｌａ７９（配列番号１２）と相互作用するβストランドを形成する（図１６参照）。さらに、ＩＬ−１３のＭｅｔ３３の側鎖は、これらの隣接するストランドの側鎖によって形成される疎水性ポケットに延在している。

Ｉｇ領域３との相互作用の主な特徴は、受容体ＩＬ−１３Ｒα１のＩｇ領域３にある疎水性ポケット内へのＩＬ−１３の疎水性残基（Ｐｈｅ１０７）の挿入である。ＩＬ−１３Ｒα１の疎水性ポケットは、Ｌｅｕ３１９、Ｃｙｓ２５７、Ａｒｇ２５６、およびＣｙｓ３２０の側鎖によって形成される（図１７）。ＩＬ−１３のＰｈｅ１０７との相互作用により、ＩＬ−１３Ｒα１のアミノ酸残基Ｉｌｅ２５４、Ｓｅｒ２５５、Ａｒｇ２５６、Ｌｙｓ３１８、Ｃｙｓ３２０、およびＴｙｒ３２１（配列番号１２）と、ＩＬ−１３のアミノ酸残基Ａｒｇ１１、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ１３、Ｉｌｅ１４、Ｇｌｕ１５、Ｌｙｓ１０４、Ｌｙｓ１０５、Ｌｅｕ１０６、Ｐｈｅ１０７、およびＡｒｇ１０８（配列番号４）の間に、１組の拡張されたファンデルワールス相互作用が得られる（図１７参照）。

ａ：表６および７に示されるChothia番号付けシステムに従って、軽鎖（Ｌ）および重鎖（Ｈ）のアミノ酸残基を、各々、番号付ける。
ｂ：カラムをプロテインデータバンクフォーマット、バージョン２．２に従って標識化する。

ａ：表６および７に示されるChothia番号付けシステムに従って、軽鎖（Ｌ）および重鎖（Ｈ）のアミノ酸残基を、各々、番号付ける(Al-Lazikaniら、Jour. Mol. Biol. 273:927-948，1997)。ＩＬ−１３（Ｉ）のアミノ酸残基を配列番号４（図２Ｂ）に示すように番号付ける。
ｂ：カラムをプロテインデータバンクフォーマット、バージョン２．２に従って標識化する。

ａ：表６および７に示されるChothia番号付けシステムに従って、軽鎖（Ｌ）および重鎖（Ｈ）のアミノ酸残基を、各々、番号付ける(Al-Lazikaniら、Jour. Mol. Biol. 273:927-948，1997)。ＩＬ−１３（Ｉ）のアミノ酸残基を配列番号４（図２Ｂ）に示すように番号付ける。ＩＬ−１３Ｒα１のアミノ酸残基を配列番号１２（図１４）に示すように番号付ける。
ｂ：カラムをプロテインデータバンクフォーマット、バージョン２．２に従って標識化する。

他の実施形態は特許請求の範囲において示す。

ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ（ｆｒａｇｍｅｎｔ ａｎｔｉｇｅｎ ｂｉｎｄｉｎｇ、抗原結合フラグメント）フラグメントの軽鎖のアミノ酸配列である（配列番号１）。 ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントの重鎖のアミノ酸配列である（配列番号２）。 完全長ヒトＩＬ−１３のアミノ酸配列である（スイスプロットアクセッション番号Ｐ３５２２５）（配列番号３）。 シグナルペプチド切断後のヒトＩＬ−１３のアミノ酸配列である（配列番号４）。 ｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（左）と処理された形のヒトＩＬ−１３（右）（図２Ｂ参照）の結晶構造を示すリボン図である。 Ｂｉａｃｏｒｅ分析で求めた、ヒトＩＬ−１３に結合した３つの異なる抗ＩＬ−１３抗体（ｍＡｂ１３．２、ｍＡｂ１３．４、およびｍＡｂ１３．９）の動力学的パラメータを示すグラフである。 組換え型および天然型ヒトＩＬ−１３に対するビオチン化ｍＡｂ１３．２の結合を示すグラフである。 ヒトＩＬ−１３の生物活性に対するｍＡｂ１３．２および公知の阻害剤ｒｈｕＩＬ−１３Ｒα２の効果を示すグラフである。 ＣＤ１１ｂ＋単球上でのＣＤ２３の発現に対する組換え型ヒトＩＬ−１３およびＩＬ−４の効果を示すグラフである。 ＣＤ１１ｂ＋単球上でのＩＬ−１３誘導ＣＤ２３の発現に対するｍＡｂ１３．２の効果を示すグラフである。 ＣＤ１１ｂ＋単球上でのＩＬ−４誘導ＣＤ２３の発現に対するｍＡｂ１３．２の効果を示すグラフである。 ヒトＢ細胞によるＩＬ−１３依存性ＩｇＥの産生に対するｍＡｂ１３．２の効果を示すグラフである。 図中に示した濃度のＩＬ−１３を用いて３７℃で３０分間処理したＨＴ−２９ヒト上皮細胞からのリン酸化ＳＴＡＴ６タンパク質を検出するウェスタンブロットである。 ＩＬ−１３処理後の細胞のリン酸化ＳＴＡＴ６タンパク質濃度を測定したフローサイトメトリー実験からのヒストグラムである。 最適以下の濃度のヒトＩＬ−１３と図に示した抗体で処理した後の、細胞のリン酸化ＳＴＡＴ６タンパク質の濃度を測定したフローサイトメトリー実験からのヒストグラムのパネルである。 回虫抗原を肺の一部に接種した後、ブタ回虫に感作したカニクイザルからのＢＡＬ中に検出された好酸球の割合を実証するグラフである。 ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、非標識ｍＡｂ１３．２（菱形）またはｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（円形）が、ビオチン化ｍＡｂ１３．２と結合性を競合することができたことを示すグラフである。 非標識ｍＡｂ１３．２（菱形）またはｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（円形）が、ＥＬＩＳＡアッセイにおけるビオチン化ｍＡｂ１３．２との結合性を競合することができたことを示すグラフである。 ｍＡｂ１３．２（菱形）およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（円形）が、ＩＬ−１３に依存したＴＦ１細胞の分裂を阻害したことを示すグラフである。 ｍＡｂ１３．２（菱形）およびｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメント（円形）が、ヒトＰＢＭＣ上でのＩＬ−１３によるＣＤ２３の発現を阻害したことを示すグラフである。 ヒトＩＬ−１３ｃＤＮＡインサート（ｈＩＬ１３ｃｏｌｉ）を含む発現ベクターｐＡＬ−９８１のＤＮＡ配列（配列番号５）である。 ヒトＩＬ−１３Ｒα１のアミノ酸配列（スイスプロットアクセッション番号Ｐ７８５５２）（配列番号１２）である。 ｍＡｂ１３．２Ｆａｂ／ＩＬ−１３／ＩＬ−１３Ｒα１三量複合体の構造を示すリボン図である。 ＩＬ−１３とＩＬ−１３Ｒα１のＩｇ領域１との相互作用を示すリボン図である。 ＩＬ−１３とＩＬ−１３Ｒα１のＩｇ領域３との相互作用を示すリボン図である。

Claims (182)

1. 抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む結晶性抗体。
2. 結晶性抗体が空間群Ｐ２_１２_１２_１を有する、請求項１に記載の結晶性抗体。
3. 結晶性抗体が単位格子寸法ａ＝５４．４、ｂ＝９８．０、ｃ＝１０８．５、およびα＝β＝γ＝９０°を有する、請求項１または２のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
4. 抗体が哺乳動物に由来する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
5. 抗体がマウス、ラット、ウサギ、またはヤギに由来する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
6. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドをさらに含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
7. ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項６に記載の結晶性抗体。
8. 抗体が配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
9. 抗体が配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
10. 抗体がモノクローナル抗体である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
11. 抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
12. 抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
13. 抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合するＩＬ−１３の領域に結合する能力がある、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
14. 結晶性抗体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
15. 結晶性抗体が、表１０の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
16. 抗体の軽鎖が配列番号１のアミノ酸配列を含み、
    抗体の重鎖が配列番号２のアミノ酸配列を含み、
    結晶性抗体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折する、
    請求項１〜１５のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
17. 抗体を含む結晶性組成物であって、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む結晶性組成物。
18. 少なくとも１個の水分子をさらに含む、請求項１７に記載の結晶性組成物。
19. 亜鉛の塩をさらに含む、請求項１７または１８のいずれか一項に記載の結晶性組成物。
20. 抗ＩＬ−１３抗体またはＦａｂフラグメントに結合したＩＬ−１３ポリペプチドをさらに含む、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の結晶性組成物。
21. ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項２０に記載の結晶性組成物。
22. ＩＬ−１３ポリペプチドと、
    抗体と
    を含む結晶性複合体であって、
    抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む結晶性複合体。
23. 結晶性複合体が空間群Ｐ２_１３を有する、請求項２２に記載の結晶性複合体。
24. 結晶性複合体が単位格子寸法ａ＝ｂ＝ｃ＝１２５．３Å、およびα＝β＝γ＝９０°を有する、請求項２２または２３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
25. 抗体が哺乳動物に由来する、請求項２２〜２４のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
26. 抗体がマウスに由来する、請求項２２〜２５のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
27. ＩＬ−１３ポリペプチドが哺乳動物に由来する、請求項２２〜２６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
28. ＩＬ−１３ポリペプチドがヒトに由来する、請求項２２〜２７のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
29. 抗体が配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項２２〜２８のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
30. 抗体が配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項２２〜２９のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
31. 抗体がモノクローナル抗体である、請求項２２〜３０のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
32. 抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項２２〜３１のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
33. 抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項２２〜３２のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
34. 抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合するＩＬ−１３ポリペプチドの領域に結合している、請求項２２〜３３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
35. ＩＬ−１３ポリペプチドがＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合する領域を含む、請求項２２〜３４のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
36. ＩＬ−１３ポリペプチドが配列番号４のアミノ酸配列を含む、請求項２２〜３５のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
37. 抗体が、配列番号４のアミノ酸配列で定義される残基Ｓｅｒ７、Ｔｈｒ８、Ａｌａ９、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ４８、Ｇｌｕ４９、Ｉｌｅ５２、Ａｓｎ５３、Ａｒｇ６５、Ｓｅｒ６８、Ｇｌｙ６９、Ｐｈｅ７０、Ｃｙｓ７１、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用する、請求項２２〜３６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
38. ＩＬ−１３ポリペプチドが、配列番号１のアミノ酸配列で定義される残基Ａｓｎ３１、Ｔｙｒ３２、Ｌｙｓ３４、Ａｒｇ５４、Ａｓｎ９６、Ａｓｐ９８、およびＴｒｐ１００の１つまたは複数、ならびに配列番号２のアミノ酸配列で定義される残基Ｉｌｅ３０、Ｓｅｒ３１、Ａｌａ３３、Ｔｒｐ４７、Ｓｅｒ５０、Ｓｅｒ５２、Ｓｅｒ５３、Ｔｙｒ５８、Ｌｅｕ９８、Ａｓｐ９９、Ｇｌｙ１００、Ｔｙｒ１０１、Ｔｙｒ１０２、およびＰｈｅ１０３の１つまたは複数と相互作用する、請求項２２〜３７のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
39. 結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる、請求項２２〜３８のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
40. 結晶性複合体が、表１１の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項２２〜３９のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
41. ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項２２〜４０のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
42. ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと、
    ＩＬ−１３ポリペプチドと
    を含む結晶性複合体。
43. 結晶性複合体が空間群Ｉ４を有する、請求項４２に記載の結晶性複合体。
44. 結晶性複合体が単位格子寸法ａ＝ｂ＝１６４．９Å、ｃ＝７４．８Å、およびα＝β＝γ＝９０°を有する、請求項４２または４３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
45. さらに抗体を含み、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む、請求項４２、４３、または４４のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
46. 抗体が哺乳動物に由来する、請求項４５に記載の結晶性複合体。
47. 抗体がマウスに由来する、請求項４５または４６いずれか一項に記載の結晶性複合体。
48. ＩＬ−１３ポリペプチドが哺乳動物に由来する、請求項４２〜４７のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
49. ＩＬ−１３ポリペプチドがヒトに由来する、請求項４２〜４８のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
50. 抗体がモノクローナル抗体である、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
51. 抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
52. 抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
53. 抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合するＩＬ−１３ポリペプチドの領域に結合している、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
54. ＩＬ−１３ポリペプチドがＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合する領域を含む、請求項４２〜５３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
55. ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドが哺乳動物に由来する、請求項４２〜５４のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
56. ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドがヒトに由来する、請求項４２〜５５のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
57. ＩＬ−１３ポリペプチドが配列番号４のアミノ酸配列を含む、請求項４２〜５６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
58. ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドが配列番号１２のアミノ酸配列を含む、請求項４２〜５７のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
59. 抗体が、配列番号４のアミノ酸配列で定義される残基Ｓｅｒ７、Ｔｈｒ８、Ａｌａ９、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ４８、Ｇｌｕ４９、Ｉｌｅ５２、Ａｓｎ５３、Ａｒｇ６５、Ｓｅｒ６８、Ｇｌｙ６９、Ｐｈｅ７０、Ｃｙｓ７１、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用する、請求項４４または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
60. ＩＬ−１３ポリペプチドが、配列番号１のアミノ酸配列で定義される残基Ａｓｎ３１、Ｔｙｒ３２、Ｌｙｓ３４、Ａｒｇ５４、Ａｓｎ９６、Ａｓｐ９８、およびＴｒｐ１００の１つまたは複数、ならびに配列番号２のアミノ酸配列で定義される残基Ｉｌｅ３０、Ｓｅｒ３１、Ａｌａ３３、Ｔｒｐ４７、Ｓｅｒ５０、Ｓｅｒ５２、Ｓｅｒ５３、Ｔｙｒ５８、Ｌｅｕ９８、Ａｓｐ９９、Ｇｌｙ１００、Ｔｙｒ１０１、Ｔｙｒ１０２、およびＰｈｅ１０３の１つまたは複数と相互作用する、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
61. ＩＬ−１３ポリペプチドが、配列番号１２のアミノ酸配列で定義される残基Ｉｌｅ２５４、Ｓｅｒ２５５、Ａｒｇ２５６、Ｌｙｓ３１８、Ｃｙｓ３２０、Ｔｙｒ３２１、Ｌｙｓ７６、Ｌｙｓ７７、Ｉｌｅ７８、およびＡｌａ７９の１つまたは複数と相互作用する、請求項４２〜６０のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
62. ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドが、配列番号４のアミノ酸配列で定義される残基Ａｒｇ１１、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ１３、Ｉｌｅ１４、Ｇｌｕ１５、Ｔｈｒ８８、Ｌｙｓ８９、Ｉｌｅ９０、Ｇｌｕ９１、Ｌｙｓ１０４、Ｌｙｓ１０５、Ｌｅｕ１０６、Ｐｈｅ１０７、およびＡｒｇ１０８の１つまたは複数と相互作用する、請求項４２〜５９のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
63. 結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる、請求項４２〜６２のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
64. 結晶性複合体が、表１２の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項４２〜６３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
65. 抗体の３次元モデルを用いて、ＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法であって、
    抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む方法。
66. ３次元モデルが抗体のＣＤＲを含む、請求項６５に記載の方法。
67. 抗体が抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである、請求項６５または６６のいずれか一項に記載の方法。
68. 抗体が、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖ポリペプチドと、配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖ポリペプチドとを含む、請求項６５〜６７のいずれか一項に記載の方法。
69. 抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項６５〜６８のいずれか一項に記載の方法。
70. 抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項６５〜６９のいずれか一項に記載の方法。
71. ３次元モデルが抗体の原子の構造座標を含む、請求項６５〜７０のいずれか一項に記載の方法。
72. 構造座標が実験的に決定された座標である、請求項７１に記載の方法。
73. ３次元モデルが、配列番号１のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ａｓｎ３１、Ｔｙｒ３２、Ｌｙｓ３４、Ａｒｇ５４、Ａｓｎ９６、Ａｓｐ９８、およびＴｒｐ１００、ならびに配列番号２のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ｉｌｅ３０、Ｓｅｒ３１、Ａｌａ３３、Ｔｒｐ４７、Ｓｅｒ５０、Ｓｅｒ５２、Ｓｅｒ５３、Ｔｙｒ５８、Ｌｅｕ９８、Ａｓｐ９９、Ｇｌｙ１００、Ｔｙｒ１０１、Ｔｙｒ１０２、およびＰｈｅ１０３の原子からなる群から選択される原子の構造座標を含む、請求項６５〜７２のいずれか一項に記載の方法。
74. 作用薬が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドと結合するＩＬ−１３ポリペプチドの領域に結合する、請求項６５〜７３のいずれか一項に記載の方法。
75. ＩＬ−４ＲポリペプチドがＩＬ−４Ｒαポリペプチドである、請求項７４に記載の方法。
76. ３次元モデルが、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドを含む、請求項６５〜７５のいずれか一項に記載の方法。
77. ３次元モデルが、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項７６に記載の方法。
78. ＩＬ−１３ポリペプチドの３次元モデルを用いて、ＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法。
79. ３次元モデルがＩＬ−１３ポリペプチドに結合した抗体をさらに含み、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む、請求項７８に記載の方法。
80. ３次元モデルが抗体の原子の構造座標を含む、請求項７９に記載の方法。
81. ３次元モデルが、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合するＩＬ−１３ポリペプチドの領域を含む、請求項７８〜８０のいずれか一項に記載の方法。
82. 作用薬が、ＩＬ−４Ｒポリペプチドに対するＩＬ−１３ポリペプチドの結合を阻害する、請求項７８〜８１のいずれか一項に記載の方法。
83. ３次元モデルが、ＩＬ−１３ポリペプチドの原子の構造座標を含む、請求項７５〜７９のいずれか一項に記載の方法。
84. 構造座標が実験的に決定された座標である、請求項８３に記載の方法。
85. 構造座標が、表１１、α炭素原子について最大１．５Åの根平均二乗偏位による、請求項８３または８４のいずれか一項に記載の方法。
86. ３次元モデルが、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるＩＬ−１３ポリペプチドのアミノ酸Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｓｅｒ６８、Ｇｌｙ６９、Ｐｈｅ７０、Ｃｙｓ７１、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の原子からなる群から選択される原子の構造座標を含む、請求項７８〜８５のいずれか一項に記載の方法。
87. ３次元モデルが、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項７８〜８６のいずれか一項に記載の方法。
88. ３次元モデルが、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの原子の構造座標を含む、請求項８７に記載の方法。
89. ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに結合したＩＬ−１３ポリペプチドの３次元モデルを用いて、ＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法。
90. ３次元モデルがＩＬ−１３ポリペプチドに結合した抗体をさらに含み、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む、請求項８９に記載の方法。
91. 作用薬が、ＩＬ−４Ｒポリペプチドに対するＩＬ−１３ポリペプチドの結合を阻害する、請求項８９または９０のいずれか一項に記載の方法。
92. ３次元モデルが、ＩＬ−１３ポリペプチドおよびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの原子の構造座標を含む、請求項８９〜９１のいずれか一項に記載の方法。
93. 構造座標が実験的に決定された座標である、請求項９２に記載の方法。
94. 構造座標が、表１２、α炭素原子について最大１．５Åの根平均二乗偏位による、請求項９２または９３のいずれか一項に記載の方法。
95. ＩＬ−１３ポリペプチドを含む結晶性複合体の３次元構造を用いて合理的な薬剤設計を行うことにより作用薬を選択する工程と、
    作用薬をＩＬ−１３ポリペプチドと接触させる工程と、
    作用薬がＩＬ−１３ポリペプチドに結合する能力を検出する工程とを含む方法。
96. ３次元構造の結晶性複合体がＩＬ−１３ポリペプチドに結合した抗体をさらに含み、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む、請求項９５に記載の方法。
97. 抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントが、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある、請求項９６に記載の方法。
98. 作用薬を、コンピュータモデリングにより選択する、請求項９５〜９７のいずれか一項に記載の方法。
99. ３次元構造が、表１１の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項９５〜９８のいずれか一項に記載の方法。
100. ３次元構造の結晶性複合体が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項９５〜９９のいずれか一項に記載の方法。
101. ３次元構造が、表１２の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項９５〜１００のいずれか一項に記載の方法。
102. 作用薬を得る工程をさらに含む、請求項９５〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
103. ＩＬ−１３ポリペプチドおよび作用薬を含む追加の結晶性複合体を得る工程と、
     追加の結晶性複合体の３次元構造を決定する工程と、
     追加の結晶性複合体の３次元構造を用いて合理的な薬剤設計を行うことにより第２の作用薬を選択する工程と、
     第２の作用薬をＩＬ−１３ポリペプチドと接触させる工程と、
     第２の作用薬がＩＬ−１３ポリペプチドに結合する能力を検出する工程とをさらに含む、請求項９５〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
104. 第２の作用薬を、コンピュータモデリングにより選択する、請求項１０３に記載の方法。
105. 第２の作用薬がＩＬ−１３活性を阻害する能力を検出する工程をさらに含む、請求項１０３または１０４のいずれか一項に記載の方法。
106. ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体と接触させて組成物を形成する工程と、
     組成物を結晶化させて、抗体がＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程と
     を含む方法であって、
     抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含み、結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる方法。
107. 方法が蒸気拡散を用いる工程を含む、請求項１０６に記載の方法。
108. 抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項１０６または１０７のいずれか一項に記載の方法。
109. 抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項１０６〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
110. ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと接触させて組成物を形成する工程と、
     組成物を結晶化させて、抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドがそれぞれＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程と
     を含む方法であって、
     抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含み、結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる方法。
111. 方法が蒸気拡散を用いる工程を含む、請求項１１０に記載の方法。
112. 抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項１１０〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
113. 抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項１１０〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
114. コンピュータシステムに、
     抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
     候補薬に関する情報を受け入れさせ、
     ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定させる命令を含むソフトウェアシステムであって、
     決定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われるソフトウェアシステム。
115. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が結晶構造である、請求項１１４に記載のソフトウェアシステム。
116. 結晶構造が、表１１の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項１１５に記載のソフトウェアシステム。
117. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１０６〜１０８のいずれか一項に記載のソフトウェアシステム。
118. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドおよびＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの構造が結晶構造である、請求項１１７に記載のソフトウェアシステム。
119. 結晶構造が、表１２の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項１１８に記載のソフトウェアシステム。
120. コンピュータシステムに、
     データベースからの候補薬に関する情報を適用させ、
     データベースにおいて、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合できる候補薬を同定させる命令をさらに含むソフトウェアシステムであって、
     該同定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われる、請求項１１４〜１１９のいずれか一項に記載のソフトウェアシステム。
121. コンピュータシステムに、ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性をモデリングさせる命令をさらに含む、請求項１１４〜１２０のいずれか一項に記載のソフトウェアシステム。
122. 複数の命令が格納されているコンピュータ可読媒体に存在し、１つまたは複数のプロセッサで実行される場合、該１つまたは複数のプロセッサに、
     抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
     候補薬に関する情報を受け入れさせ、
     ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定させるコンピュータプログラムであって、
     該決定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われるコンピュータプログラム。
123. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１２２に記載のコンピュータプログラム。
124. 抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れる工程と、
     ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする工程とを含む方法であって、
     ソフトウェアシステムによって実行される方法。
125. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１２４に記載の方法。
126. 候補薬のデータベースからの情報を適用して、ＩＬ−１３ポリペプチドと結合できる候補薬を同定する工程をさらに含む方法であって、
     該同定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われる、請求項１２４または１２５のいずれか一項に記載の方法。
127. 複数の命令が格納されているコンピュータ可読媒体に存在するコンピュータプログラムであって、１つまたは複数のプロセッサで実行される場合、１つまたは複数のプロセッサに、
     抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
     ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングさせる、コンピュータプログラム。
128. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１２７に記載のコンピュータプログラム。
129. １つまたは複数のプロセッサに、
     データベースからの候補薬に関する情報を適用させ、
     データベースにおいて、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合できる候補薬を同定させる命令をさらに含むコンピュータプログラムであって、
     該同定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報に基づいて行われる、請求項１２７または１２８のいずれか一項に記載のコンピュータプログラム。
130. １つまたは複数のプロセッサに、ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングさせる命令をさらに含む、請求項１２７〜１２９のいずれか一項に記載のコンピュータプログラム。
131. コンピュータシステムに、
     抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
     ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする命令を含むソフトウェアシステム。
132. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１３１に記載のソフトウェアシステム。
133. ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある結晶性抗体。
134. ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体を含む結晶性組成物。
135. ＩＬ−１３ポリペプチドと、
     抗体と
     を含む結晶性複合体であって、
     該抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある結晶性複合体。
136. ＩＬ−１３ポリペプチドと、
     ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと、
     抗体と
     を含む結晶性複合体であって、
     該抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある結晶性複合体。
137. 抗体の３次元モデルを使ってＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法であって、
     該抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある方法。
138. ３次元モデルが抗体の原子の構造座標を含む、請求項１３７に記載の方法。
139. ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体と接触させて組成物を形成する工程と、
     該組成物を結晶化させて、抗体がＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程と
     を含む方法であって、
     該抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力があり、結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる方法。
140. ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと接触させて組成物を形成する工程と、
     組成物を結晶化させて、抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドがそれぞれＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程と
     を含む方法であって、
     該抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力があり、該結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる方法。
141. コンピュータシステムに、
     ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
     候補薬に関する情報を受け入れさせ、
     ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定させる命令を含むソフトウェアシステムであって、
     該決定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われるソフトウェアシステム。
142. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４１に記載のソフトウェアシステム。
143. 複数の命令が格納されているコンピュータ可読媒体に存在し、１つまたは複数のプロセッサで実行される場合、１つまたは複数のプロセッサに、
     ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
     候補薬に関する情報を受け入れさせ、
     ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定させるコンピュータプログラムであって、
     該決定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われるコンピュータプログラム。
144. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４３に記載のコンピュータプログラム。
145. ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れる工程と、
     ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする工程とを含む方法であって、
     ソフトウェアシステムによって実行される方法。
146. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４５に記載の方法。
147. 複数の命令が格納されているコンピュータ可読媒体に存在するコンピュータプログラムであって、１つまたは複数のプロセッサで実行される場合、１つまたは複数のプロセッサに、
     ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
     ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングするコンピュータプログラム。
148. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４７に記載のコンピュータプログラム。
149. コンピュータシステムに、
     ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
     ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする命令を含むソフトウェアシステム。
150. 抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４９に記載のソフトウェアシステム。
151. 被検者のＩＬ−１３活性を調節する方法であって、
     合理的な薬剤設計を用いてＩＬ−１３活性を調節する能力がある作用薬を選択する工程と、
     治療有効量の作用薬を被検者に投与する工程と
     を含む方法。
152. 合理的な薬剤設計が、ＩＬ−１３ポリペプチドを含む結晶性複合体の３次元構造を用いる工程を含む、請求項１５１に記載の方法。
153. 結晶性複合体が抗体をさらに含む方法であって、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである、請求項１５２に記載の方法。
154. 結晶性複合体が抗体をさらに含む方法であって、抗体が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある、請求項１５２または１５３のいずれか一項に記載の方法。
155. 結晶性複合体がＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１５２〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
156. ＩＬ−１３活性に関連した症状を持つ被検者を治療する方法であって、
     合理的な薬剤設計を用いてＩＬ−１３活性に影響を及ぼす能力がある作用薬を選択する工程と、
     治療有効量の作用薬を、これを必要とする被検者に投与する工程と
     を含む方法。
157. 症状が喘息である、請求項１５６に記載の方法。
158. 症状が、アレルギー性喘息または非アレルギー性喘息である、請求項１５６または１５７のいずれか一項に記載の方法。
159. 症状が、癌、気道炎、好酸球増加症、線維症、過剰な粘液産生、皮膚、消化管、血管または結合組織の炎症性症状、および皮膚、消化管、血管または結合組織の自己免疫性症状からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１５６に記載の方法。
160. 症状が、慢性閉塞性肺疾患、膵臓繊維症、肺線維症、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、炎症性腸疾患、クローン病、肝硬変、強皮症、およびホジキンリンパ腫からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１５６に記載の方法。
161. ＩＬ−１３活性に関連した症状になりやすい被検者を予防的に治療する方法であって、
     被検者がＩＬ−１３活性に関連した症状になりやすいことを判定する工程と、
     合理的な薬剤設計を用いてＩＬ−１３活性に影響を及ぼす能力がある作用薬を選択する工程と、
     治療有効量の作用薬を被検者に投与する工程と
     を含む方法。
162. 症状が喘息である、請求項１６１に記載の方法。
163. 症状が、アレルギー性喘息または非アレルギー性喘息である、請求項１６１または１６２のいずれか一項に記載の方法。
164. 症状が、癌、気道炎、好酸球増加症、線維症、過剰な粘液産生、皮膚、消化管、血管または結合組織の炎症性症状、および皮膚、消化管、血管または結合組織の自己免疫性症状からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１６１に記載の方法。
165. 症状が、慢性閉塞性肺疾患、膵臓繊維症、肺線維症、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、炎症性腸疾患、クローン病、肝硬変、強皮症、およびホジキンリンパ腫からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１６１に記載の方法。
166. 作用薬が、約２．０Å内まで、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｇｌｙ６９、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用することによって、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合する、請求項１６１〜１６５のいずれか一項に記載の方法。
167. ＩＬ−１３活性に伴う症状の予防または治療のための薬物の製造における、請求項６４〜９７または１２９または１３０のいずれか一項に従って設計されまたは選択された作用薬の使用。
168. 作用薬が、ＩＬ−１３活性を阻害する能力を持つ、請求項１６７に記載の使用。
169. 作用薬が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−１３活性を阻害する能力を持つ、請求項１６７または１６８のいずれか一項に記載の使用。
170. 症状が喘息である、請求項１６７、１６８または１６９のいずれか一項に記載の使用。
171. 症状が、アレルギー性喘息または非アレルギー性喘息である、請求項１６７〜１７０のいずれか一項に記載の使用。
172. 症状が、癌、気道炎、好酸球増加症、線維症、過剰な粘液産生、皮膚、消化管、血管または結合組織の炎症性症状、および皮膚、消化管、血管または結合組織の自己免疫性症状からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１６７〜１７０のいずれか一項に記載の使用。
173. 症状が、慢性閉塞性肺疾患、膵臓繊維症、肺線維症、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、炎症性腸疾患、クローン病、肝硬変、強皮症、およびホジキンリンパ腫からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１６７〜１７０のいずれか一項に記載の使用。
174. 作用薬が、約２．０Å内まで、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｇｌｙ６９、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用することによって、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合する、請求項１６７〜１７３のいずれか一項に記載の使用。
175. ＩＬ−１３活性に伴う症状の予防または治療に使用するために、請求項６５〜１０５または１２９または１３０のいずれか一項に従って設計されまたは選択された作用薬。
176. 作用薬が、ＩＬ−１３活性を阻害する能力を持つ、請求項１７５に記載の作用薬。
177. 作用薬が、ｉｎ ｖｉｖｏでＩＬ−１３活性を阻害する能力を持つ、請求項１７５または１７６のいずれか一項に記載の作用薬。
178. 症状が喘息である、請求項１７５、１７６または１７７のいずれか一項に記載の作用薬。
179. 症状が、アレルギー性喘息または非アレルギー性喘息である、請求項１７５〜１７８のいずれか一項に記載の作用薬。
180. 症状が、癌、気道炎、好酸球増加症、線維症、過剰な粘液産生、皮膚、消化管、血管または結合組織の炎症性症状、および皮膚、消化管、血管または結合組織の自己免疫性症状からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１７５〜１７７のいずれか一項に記載の作用薬。
181. 症状が、慢性閉塞性肺疾患、膵臓繊維症、肺線維症、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、炎症性腸疾患、クローン病、肝硬変、強皮症、およびホジキンリンパ腫からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１７５〜１７７のいずれか一項に記載の作用薬。
182. 作用薬が、約２．０Å内まで、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｇｌｙ６９、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用することによって、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合する、請求項１７５〜１８１のいずれか一項に記載の作用薬。

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