JP2003509068A5 - - Google Patents

Download PDF

Info

Publication number
JP2003509068A5
JP2003509068A5 JP2001523804A JP2001523804A JP2003509068A5 JP 2003509068 A5 JP2003509068 A5 JP 2003509068A5 JP 2001523804 A JP2001523804 A JP 2001523804A JP 2001523804 A JP2001523804 A JP 2001523804A JP 2003509068 A5 JP2003509068 A5 JP 2003509068A5
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
rna
dna
sequence
composite primer
template
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2001523804A
Other languages
English (en)
Other versions
JP3929775B2 (ja
JP2003509068A (ja
Filing date
Publication date
Application filed filed Critical
Priority claimed from PCT/US2000/025104 external-priority patent/WO2001020035A2/en
Publication of JP2003509068A publication Critical patent/JP2003509068A/ja
Publication of JP2003509068A5 publication Critical patent/JP2003509068A5/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP3929775B2 publication Critical patent/JP3929775B2/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Fee Related legal-status Critical Current

Links

Claims (196)

  1. 標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、以下：
    （ａ）該標的配列を含む一本鎖ＤＮＡテンプレートを複合プライマーとハイブリダイズさせる工程であって、該複合プライマーがＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、工程；
    （ｃ）ＤＮＡポリメラーゼを用いて該複合プライマーを伸長させる工程；
    （ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該アニールした複合プライマーのＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該テンプレートにハイブリダイズしかつ鎖置換によりプライマー伸長を反復するようにする工程であって、
    それにより該標的配列の相補的配列の複数のコピーが生成される、工程、
    を包含する、方法。
  2. 請求項１に記載の方法であって、（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを、前記テンプレートへの前記複合プライマーのハイブリダイゼーションに対して５’側にある該テンプレートの領域にハイブリダイズさせる工程、をさらに包含する、方法。
  3. 標的ポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、以下：
    （ａ）該標的配列を含む一本鎖ＤＮＡテンプレートを、複合プライマーとハイブリダイズさせる工程であって、該複合プライマーがＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、工程；
    （ｃ）該複合プライマーをＤＮＡポリメラーゼを用いて伸長させる工程；
    （ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該アニールした複合プライマーのＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該テンプレートにハイブリダイズしかつ鎖置換によりプライマー伸長を反復して置換されたプライマー伸長産物を生成するようにする工程；
    （ｅ）プロプロモーターと該置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域とを含むポリヌクレオチドを、ＲＮＡポリメラーゼにより転写が生じるのを可能にする条件下でハイブリダイズさせ、該置換されたプライマー伸長産物と相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにする工程であって、
    それにより該標的配列の複数のコピーが生成される、工程、
    を包含する、方法。
  4. 請求項３に記載の方法であって、（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを、前記テンプレートへの前記複合プライマーのハイブリダイゼーションに対して５’側にある該テンプレートの領域にハイブリダイズさせる工程、をさらに包含する、方法。
  5. 請求項１、２、３または４に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、方法。
  6. 請求項５に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、方法。
  7. 請求項１、２、３または４に記載の方法であって、複数の複合プライマーが使用される、方法。
  8. 請求項２または４に記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  9. 請求項８に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  10. 請求項２または４に記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、ブロッキング配列である、方法。
  11. 請求項１０に記載の方法であって、前記ブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  12. 請求項１、２、３または４に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
  13. 請求項３または４に記載の方法であって、前記プロプロモーターと前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域とを含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  14. 請求項３または４に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
  15. 請求項１４に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
  16. 請求項２または４に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
  17. 請求項２または４に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
  18. 請求項１、２、３または４に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  19. 請求項１、２、３または４に記載の方法であって、工程（ａ）が工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  20. 請求項２または４に記載の方法であって、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  21. 請求項２または４に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）が工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  22. 請求項１、２、３または４に記載の方法であって、工程すべてが同時に実施される、方法。
  23. 標的ヌクレオチド配列を配列決定する方法であって、以下：
    （ａ）該標的配列を含む一本鎖ＤＮＡテンプレートを複合プライマーとハイブリダイズさせる工程であって、該複合プライマーが、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、工程；
    （ｃ）ＤＮＡポリメラーゼならびにｄＮＴＰとｄＮＴＰアナログとの混合物を用いて、該複合プライマーを伸長させて、プライマー伸長がｄＮＴＰアナログの取り込みの際に終結するようにする、工程；
    （ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該アニールした複合プライマーのＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該テンプレートにハイブリダイズしかつ鎖置換によりプライマー伸長を反復するようにする工程であって、それにより該標的配列の相補的配列の種々の長さの複数のコピーが生成される、工程；
    （ｅ）工程（ａ）〜（ｄ）の産物を分析して配列を決定する工程、
    を包含する、方法。
  24. 請求項２３に記載の方法であって、（ｂ）必要に応じて、終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを、前記テンプレートへの前記複合プライマーのハイブリダイゼーションに対して５’側にある該テンプレートの領域にハイブリダイズさせる工程、をさらに包含する、方法。
  25. 標的ヌクレオチド配列を配列決定する方法であって、以下：
    （ａ）該標的配列を含む一本鎖ＤＮＡテンプレートを複合プライマーとハイブリダイズさせる工程であって、該複合プライマーが、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、工程；
    （ｃ）ＤＮＡポリメラーゼを用いて該複合プライマーを伸長させる工程；
    （ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該アニールした複合プライマーのＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該テンプレートにハイブリダイズしかつ鎖置換によりプライマー伸長を反復して置換されたプライマー伸長産物を生成するようにする工程；
    （ｅ）プロプロモーターと該置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域とを含むポリヌクレオチドを、ｒＮＴＰとｒＮＴＰアナログとの混合物を使用して、ＲＮＡポリメラーゼにより該伸長産物から転写が生じるような条件下で、ハイブリダイズさせ、該置換されたプライマー伸長産物と相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにし、そして転写がｒＮＴＰアナログの取り込みの際に終結するようにする工程であって、それにより該標的配列の種々の長さの複数のコピーが生成される、工程；
    （ｆ）工程（ａ）〜（ｅ）の産物を分析して配列を決定する工程、
    を包含する、方法。
  26. 請求項２５に記載の方法であって、（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを、前記テンプレートへの前記複合プライマーのハイブリダイゼーションに対して５’側にある該テンプレートの領域にハイブリダイズさせる工程、をさらに包含する、方法。
  27. 前記複合プライマーのＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、請求項２３、２４、２５、または２６に記載の方法。
  28. 前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接している、請求項２７に記載の方法。
  29. 標的ポリヌクレオチド中の目的の配列を特徴付ける方法であって、該方法は、
    （ｉ）請求項１、２、３または４に記載の方法により目的の配列を含むテンプレートポリヌクレオチド配列を増幅する工程であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が既知である、工程、および
    （ｉｉ）存在するのであれば、工程（ｉ）からの増幅産物と、参照テンプレートからの増幅産物の量とを比較する工程
    を包含し、ここで、
    （１）該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な領域を含む該参照テンプレートからの増幅産物の量と比較して検出可能に少ない、前記テンプレートからの増幅産物の生成は、該標的ポリヌクレオチドが、該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列を含まずかつ該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列に対する配列改変体であることを示すか；または
    （２）該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な領域を含まない該参照テンプレートからの増幅産物の量と比較して検出可能に多い、該テンプレートからの増幅産物の生成は、該標的ポリヌクレオチドが、該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列を含みかつ該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列に対する配列改変体ではないことを示す、方法。
  30. 請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が野生型配列と相補的な配列を含み、そして前記目的の配列が、該野生型配列の存在または非存在を決定することにおいて特徴付けられる、方法。
  31. 請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が変異配列と相補的な配列を含み、そして前記目的の配列が、該変異配列の存在または非存在を決定することにおいて特徴付けられる、方法。
  32. 請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が対立遺伝子配列と相補的な配列を含み、そして前記目的の配列が、該対立遺伝子配列の存在または非存在を決定することにおいて特徴付けられる、方法。
  33. 一本鎖高次構造多型により標的ポリヌクレオチドにおける変異を検出する方法であって、（ｉ）請求項１、２、３または４に記載の方法により該標的ポリヌクレオチドを増幅する工程；および（ｉｉ）一本鎖高次構造について該増幅産物を分析する工程、を包含し、参照一本鎖ポリヌクレオチドと比較した場合の高次構造における差異が、該標的ポリヌクレオチドにおける変異を示す、方法。
  34. 請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、方法。
  35. 請求項３４に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接している、方法。
  36. マイクロアレイを作製する方法であって、（ｉ）請求項１、２、３または４に記載の方法によりポリヌクレオチド配列を増幅する工程；および（ｉｉ）該増幅産物のマイクロアレイを作製するために固体基材上に該増幅産物を付着させる工程、を包含する、方法。
  37. 複合プライマーおよび（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド、を含む組成物であって、該複合プライマーが３’ＤＮＡ部分および５’ＲＮＡ部分を含み、該終結ポリヌクレオチド配列は、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）を含み、ここで該終結ポリヌクレオチド配列が、ＤＮＡポリメラーゼによるテンプレートのＤＮＡ複製の停止をもたらす、組成物。
  38. 請求項３７に記載の組成物であって、前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接している、組成物。
  39. 請求項３７に記載の組成物であって、前記５’ＲＮＡ部分が５〜２０ヌクレオチドであり、そして前記３’ＤＮＡ部分が５〜１５ヌクレオチドである、組成物。
  40. 請求項３７に記載の組成物であって、前記ＴＳＯは、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯは、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合、より緊密に該領域に結合する、組成物。
  41. 請求項３７に記載の組成物であって、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）をさらに含む、組成物。
  42. （ａ）テンプレート鎖と；（ｂ）複合プライマーであって、該複合プライマーが３’ＤＮＡ部分およびＲＮＡ部分を含む、複合プライマーと；（ｃ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、該終結ポリヌクレオチドがテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）を含む、ポリヌクレオチドとの複合体を含み、ここで該終結ポリヌクレオチド配列が、ＤＮＡポリメラーゼによるテンプレートのＤＮＡ複製の停止をもたらす、組成物。
  43. 請求項４２に記載の組成物であって、前記ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分の５’側にありかつ隣接している、組成物。
  44. 反応混合物であって、（ａ）ポリヌクレオチドテンプレート；（ｂ）３’ＤＮＡ部分とＲＮＡ部分とを含む、複合プライマー；（ｃ）ＤＮＡポリメラーゼ；ならびに（ｄ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、該終結ポリヌクレオチドがテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）を含む、ポリヌクレオチド、を含み、ここで該終結ポリヌクレオチド配列が、ＤＮＡポリメラーゼによるテンプレートのＤＮＡ複製の停止をもたらす、反応混合物。
  45. 前記複合プライマーが、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する５’ＲＮＡ部分を含む、請求項４４に記載の反応混合物。
  46. 請求項４５に記載の反応混合物であって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素をさらに含む、反応混合物。
  47. 請求項４６に記載の反応混合物であって、前記酵素がＲＮアーゼＨである、反応混合物。
  48. 請求項４４に記載の反応混合物であって、プロプロモーターを含むポリヌクレオチドをさらに含む、反応混合物。
  49. 請求項４８に記載の反応混合物であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドがＴＳＯである、反応混合物。
  50. 請求項４８に記載の反応混合物であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、反応混合物。
  51. 標的ポリヌクレオチド配列の増幅のためのキットであって、（ａ）３’ＤＮＡ部分とＲＮＡ部分とを含む、複合プライマー、および（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、該終結ポリヌクレオチド配列が、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）を含む、ポリヌクレオチドを備え、ここで該終結ポリヌクレオチド配列が、ＤＮＡポリメラーゼによるテンプレートのＤＮＡ複製の停止をもたらす、キット。
  52. 請求項５１に記載のキットであって、前記ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、キット。
  53. 請求項５２に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接している、キット。
  54. 請求項５１に記載のキットであって、プロプロモーターを含むポリヌクレオチドをさらに備える、キット。
  55. 請求項５４に記載のキットであって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドがＴＳＯである、キット。
  56. 請求項５４に記載のキットであって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドがＰＴＯである、キット。
  57. 請求項５１に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素をさらに備える、キット。
  58. 請求項５７に記載のキットであって、前記酵素がＲＮアーゼＨである、キット。
  59. 請求項２４または２６に記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  60. 請求項５９に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域における改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  61. 請求項２４また２６に記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドは、ブロッキング配列である、方法。
  62. 請求項６１に記載の方法であって、前記ブロッキング配列は、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  63. 請求項２３、２４、２５または２６に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素は、ＲＮアーゼＨである、方法。
  64. 請求項２５または２６に記載の方法であって、前記プロプロモーター配列および置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドは、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  65. 請求項２５または２６に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
  66. 請求項６５に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
  67. 請求項２４または２６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
  68. 請求項２４または２６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
  69. 請求項２３、２４、２５または２６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  70. 請求項２３、２４、２５または２６に記載の方法であって、工程（ａ）が工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  71. 請求項２４または２６に記載の方法であって、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  72. 請求項２４または２６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）が工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  73. 請求項２３、２４、２５または２６に記載の方法であって、前記産物を分析する工程を除く全ての工程が、同時に実施される、方法。
  74. 請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、方法。
  75. 請求項７４に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が、３’ＤＮＡ部分に隣接している、方法。
  76. 請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、該終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  77. 請求項７６に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  78. 請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、該終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、ブロッキング配列である、方法。
  79. 請求項７８に記載の方法であって、前記ブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  80. 請求項２９に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
  81. 請求項３または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、該プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  82. 請求項３または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、該プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
  83. 請求項８２に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
  84. 請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
  85. 請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
  86. 請求項２９に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  87. 請求項２９に記載の方法であって、工程（ａ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  88. 請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  89. 請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  90. 請求項２９に記載の方法であって、前記増幅産物を比較する工程を除く全ての工程が、同時に実施される、方法。
  91. 請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  92. 請求項９１に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  93. 請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、ブロッキング配列である、方法。
  94. 請求項９３に記載の方法であって、前記ブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  95. 請求項３３に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
  96. 請求項３または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、
    ここで、前記プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  97. 請求項３または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
  98. 請求項９７に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
  99. 請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
  100. 請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
  101. 請求項３３に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  102. 請求項３３に記載の方法であって、工程（ａ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  103. 請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  104. 請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  105. 請求項３３に記載の方法であって、前記増幅産物を分析する工程を除く全ての工程が、同時に実施される、方法。
  106. 請求項３３に記載の方法であって、前記変異が、塩基置換、塩基挿入、塩基欠失、および単一ヌクレオチド多型からなる群より選択される、方法。
  107. 請求項３３に記載の方法であって、前記増幅産物を分析する工程が、ゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、および配列依存性二次構造を認識するヌクレアーゼを使用する増幅産物の切断からなる群より選択される方法を含む、方法。
  108. 請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  109. 請求項１０８に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  110. 請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、ブロッキング配列である、方法。
  111. 請求項１１０に記載の方法であって、前記ブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
  112. 請求項３６に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
  113. 請求項３または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  114. 請求項３または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
  115. 請求項１１４に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
  116. 請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
  117. 請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
  118. 請求項３６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  119. 請求項３６に記載の方法であって、工程（ａ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  120. 請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
  121. 請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
  122. 請求項３６に記載の方法であって、前記増幅産物を付着する工程を除く全ての工程が、同時に行われる、方法。
  123. 請求項１〜４、２３〜２６、２９、３３および３６のいずれか１項に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、方法。
  124. 請求項１２３に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、方法。
  125. 請求項３７または４２に記載の組成物であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、組成物。
  126. 請求項１２５に記載の組成物であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、組成物。
  127. 請求項４４に記載の反応混合物であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、反応混合物。
  128. 請求項１２７に記載の反応混合物であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、反応混合物。
  129. 請求項５１に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
  130. 請求項１２９に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
  131. 標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、該方法は、
    （ａ）以下の（ｉ）および（ｉｉ）を含む複合体：
    （ｉ）該標的配列を含むＤＮＡテンプレート；
    （ｉｉ）ＤＮＡポリメラーゼを用いて、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む複合プライマーを伸長することにより生成した、複合プライマー伸長産物であって、ここで、該複合プライマー伸長産物は、該ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズする、複合プライマー伸長産物、
    を提供する工程；
    （ｂ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該複合プライマー伸長産物のＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズするようにする工程；
    （ｃ）ＤＮＡポリメラーゼを用いて、鎖置換によるプライマー伸長を反復する工程；
    （ｄ）工程（ｂ）および（ｃ）を繰り返して、それにより該標的配列の相補的配列の複数のコピーが生成される工程、
    を包含する、方法。
  132. 請求項１３１に記載の方法であって、前記複合体が、前記テンプレートの領域にハイブリダイズした終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドをさらに含み、該テンプレートは、該複合プライマーの該テンプレートへのハイブリダイゼーションに対して５’側にある、方法。
  133. 標的ポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、該方法は、請求項１３２に記載の方法を実施する工程を包含し、さらに
    （ｅ）プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドを、ＲＮＡポリメラーゼにより転写が生じる条件下で、前記置換されたプライマー伸長産物とハイブリダイズさせて、該置換されたプライマー伸長産物と相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにし、それにより該標的配列の複数のコピーが生成される、工程、
    をさらに包含する、方法。
  134. 標的ポリヌクレオチド配列を配列決定する方法であって、該方法は、請求項１３１または１３２に記載の方法を実施する工程を包含し、前記プライマー伸長は、ＤＮＡポリメラーゼおよびｄＮＴＰとｄＮＴＰアナログとの混合物を用いて、終結部位へと該複合プライマーを伸長させて、プライマー伸長がｄＮＴＰアナログの取り込みの際に終結するようにする工程であって、それにより該標的配列の相補的配列の種々の長さの複数のコピーが生成される、工程；
    該方法の産物を分析して、配列を決定する工程、
    を包含する、方法。
  135. 標的ヌクレオチド配列を配列決定する方法であって、該方法は、請求項１３２に記載の方法を実施する工程を包含し、さらに
    （ｅ）プロプロモーターと前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域とを含むポリヌクレオチドを、ｒＮＴＰとｒＮＴＰアナログとの混合物を使用して、ＲＮＡポリメラーゼにより伸長産物から転写が生じるような条件下で、該置換されたプライマー伸長産物とハイブリダイズさせ、該置換されたプライマー伸長産物と相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにし、該転写がｒＮＴＰアナログの取り込みの際に終結するようにする工程であって、それにより該標的配列の種々の長さの複数のコピーが生成される、工程；
    （ｆ）工程（ａ）〜（ｅ）の産物を分析して、配列を決定する工程、
    を包含する、方法。
  136. 請求項１３１〜１３５のいずれかに記載の方法であって、前記複合プライマーが、３’ＤＮＡ部分に隣接した５’ＲＮＡ部分を含む、方法。
  137. 請求項１３１〜１３６のいずれかに記載の方法であって、複数の複合プライマーが使用される、方法。
  138. 請求項１３２〜１３７のいずれかに記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）またはブロッキング配列である、方法。
  139. 請求項１３８に記載の方法であって、前記ＴＳＯまたはブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯまたは該ブロッキング配列が、該改変を含まないＴＳＯまたはブロッキング配列にそれぞれ比較した場合に、該領域により緊密に結合する、方法。
  140. 請求項１３１〜１３９のいずれかに記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
  141. 請求項１３３または１３５〜１４０のいずれかに記載の方法であって、プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
  142. 請求項１３３または１３５〜１４１のいずれかに記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、転写が生じる二本鎖プロモーターを生成する、方法。
  143. 請求項１３１〜１４２のいずれかに記載の方法であって、複合プライマーが、５〜２０ヌクレオチドの５’ＲＮＡ部分および５〜１５ヌクレオチドの３’ＤＮＡ部分を含む、方法。
  144. 請求項１４３に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が１０〜１５ヌクレオチドであり、そして前記３’ＤＮＡ部分が７〜１２ヌクレオチドである、方法。
  145. 標的配列中の目的に配列を特徴付ける方法であって、該方法は、
    （ｉ）請求項１３１〜１３３、１３６〜１４０、１４３または１４４のいずれかに記載の方法により、目的の配列を含むテンプレートポリヌクレオチドを増幅する工程であって、該複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が既知である、工程；ならびに
    （ｉｉ）存在するのであれば、工程（ｉ）からの増幅産物を、参照テンプレートからの増幅産物の量と比較する工程であって、
    （ａ）該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な領域を含む該参照テンプレートからの増幅産物の量と比較して検出可能に少ない、前記テンプレートからの増幅産物の生成は、該標的ポリヌクレオチドが、該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列を含まず、かつ該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列に対する配列改変体であることを示すか；または
    （ｂ）該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な領域を含まない該参照テンプレートからの増幅産物の量と比較して検出可能に多い、該テンプレートからの増幅産物の生成は、該標的ポリヌクレオチドが、該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列を含み、かつ該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列に対する配列改変体ではないことを示す、工程、
    を包含する、方法。
  146. 請求項１４５に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が、野生型配列と相補的な配列を含み、前記目的の配列が野生型の存在もしくは非存在を決定することにおいて特徴付けられるか；または複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が変異配列と相補的な配列を含み、前記目的の配列が該変異配列の存在もしくは非存在を決定することにおいて特徴付けられるか；または前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が、対立遺伝子配列と相補的な配列を含み、前記目的の配列が該対立遺伝子配列の存在もしくは非存在を決定することにおいて特徴付けられる、方法。
  147. 一本鎖高次構造多型により標的ポリヌクレオチドにおける変異を検出する方法であって、該方法は、（ａ）請求項１３１〜１３３、請求項１３６〜１４０、または請求項１４３もしくは１４４のいずれか１項に記載の方法を行う工程；および（ｂ）一本鎖高次構造について、該方法の増幅産物を分析する工程を包含し、参照一本鎖ポリヌクレオチドと比較した場合の高次構造における差異が、該標的ポリヌクレオチドにおける変異を示す、方法。
  148. マイクロアレイを作製する方法であって、該方法は、（ａ）請求項１３１〜１３３、請求項１３６〜１４０、または請求項１４３もしくは１４４のいずれか１項に記載の増幅方法を行う工程；および（ｂ）該増幅産物のマイクロアレイを作製するために固体基材上に該増幅産物を付着させる工程、を包含する、方法。
  149. 請求項３６に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、方法。
  150. 請求項１４９に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分は、３’ＤＮＡ部分に隣接している、方法。
  151. 標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列を増幅する方法であって、該方法は、反応混合物をインキュベートする工程を包含し、該反応混合物は、以下：
    （ａ）ＤＮＡテンプレート鎖；
    （ｂ）該一本鎖ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｃ）ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；ならびに
    （ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、および該ＲＮＡが切断され、複合プライマーが一本鎖ＤＮＡテンプレートに結合して、伸長した場合に、該プライマー伸長産物の該一本鎖ＤＮＡテンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより該標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列の複数のコピーが生成される、
    方法。
  152. 標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、該方法は、反応混合物をインキュベートする工程を包含し、該反応混合物は、以下：
    （ａ）以下の（ｉ）および（ｉｉ）を含む複合体：
    （ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
    （ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｂ）ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；および
    （ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、および該ＲＮＡが切断され、複合プライマーがＤＮＡテンプレートに結合して、伸長した場合に、該プライマー伸長産物の該ＤＮＡテンプレート鎖からの置換を可能にする条件下で行われ、それにより該標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列の複数のコピーが生成される、
    方法。
  153. 請求項１５１または１５２に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分の５’側にある、方法。
  154. 請求項１５３に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が、３’ＤＮＡ部分に隣接している、方法。
  155. 請求項１５１〜１５４のいずれかに記載の方法であって、複数の複合プライマーが使用される、方法。
  156. 請求項１５１〜１５５のいずれかに記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
  157. 請求項１５１〜１５６のいずれかに記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、方法。
  158. 請求項１５１〜１５６のいずれかに記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、方法。
  159. ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、複合プライマーを含み、ここで、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、該複合プライマーのＲＮＡ部分は、該３’ＤＮＡ部分に対して５’側にあり、該５’ＲＮＡ部分は、該３’ＤＮＡ部分に隣接し、そして、該複合プライマーのＲＮＡ部分が、５〜２０ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分が、３〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
  160. 請求項１５９に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、７〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
  161. 請求項１５９に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、７〜１８ヌクレオチドからなる、キット。
  162. 請求項１５９〜１６１のいずれかに記載のキットであって、前記複合プライマーのＤＮＡ部分が、５〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
  163. 請求項１５９〜１６１のいずれかに記載のキットであって、前記複合プライマーのＤＮＡ部分が、７〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
  164. 請求項１５９に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素をさらに含む、キット。
  165. 請求項１６４に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する前記酵素が、ＲＮアーゼＨである、キット。
  166. 請求項１６５に記載のキットであって、ＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、キット。
  167. ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、複合プライマーを含み、ここで、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、そして、該複合プライマーのＲＮＡ部分は、５〜３０ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分は、３〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
  168. ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、複合プライマーを含み、ここで、該複合プライマーが、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、そしてここで、該複合プライマーのＲＮＡ部分が、３〜２５ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分が、３〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
  169. 請求項１６８に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、キット。
  170. 請求項１６８に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
  171. 請求項１６８に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、７〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
  172. 請求項１６８に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、７〜１８ヌクレオチドからなる、キット。
  173. 請求項１７２に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
  174. 請求項１６８に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、１０〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
  175. 請求項１７４に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、キット。
  176. 請求項１６８〜１７５のいずれかに記載のキットであって、前記複合プライマーのＤＮＡ部分が、５〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
  177. 請求項１６８〜１７５のいずれかに記載のキットであって、前記複合プライマーのＤＮＡ部分が、７〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
  178. 請求項１６８に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素をさらに含む、キット。
  179. 請求項１７８に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する前記酵素が、ＲＮアーゼＨである、キット。
  180. 請求項１７８に記載のキットであって、ＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、キット。
  181. ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、複合プライマーと、ＤＮＡポリメラーゼと、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とを含み、ここで、該複合プライマーが、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、ここで、該複合プライマーのＲＮＡ部分が、１０〜２０ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分が、７〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
  182. 請求項１８１に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、キット。
  183. 請求項１８１に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
  184. 請求項１８２に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
  185. 請求項１８１に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する前記酵素が、ＲＮアーゼＨである、キット。
  186. 請求項１５９に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
  187. 請求項１５９に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
    （ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
    （ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
    （ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
    （ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
    キット。
  188. 請求項１６７に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
    （ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
    （ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
    （ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
    （ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
    キット。
  189. 請求項１６８に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
    （ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
    （ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
    （ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
    （ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
    キット。
  190. 請求項１６９に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
    （ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
    （ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
    （ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
    （ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
    キット。
  191. 請求項１８１に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
    （ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
    （ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
    （ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
    （ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
    キット。
  192. 請求項１８２に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
    （ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
    （ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
    （ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
    （ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
    キット。
  193. 請求項１、３、５、６、２３、２５、２７〜２９、３３〜３６、１３１、１３３、１３４、１３６、または１４５〜１５４のいずれか一項に記載の方法であって、ここで、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、３〜２５ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分が、３〜１５ヌクレオチドからなる、方法。
  194. ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む複合プライマーと、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書とを含み、該反応混合物は、以下：
    （ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
    （ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
    （ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
    （ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
    （ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
    を含み、
    ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
    キット。
  195. 請求項１９４に記載のキットであって、ここで、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、キット。
  196. 請求項１９５に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、キット。
JP2001523804A 1999-09-13 2000-09-13 ポリヌクレオチド配列の線形等温増幅のための方法および組成物 Expired - Fee Related JP3929775B2 (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US15360499P 1999-09-13 1999-09-13
US60/153,604 1999-09-13
US17578000P 2000-01-12 2000-01-12
US60/175,780 2000-01-12
PCT/US2000/025104 WO2001020035A2 (en) 1999-09-13 2000-09-13 Methods and compositions for linear isothermal amplification of polynucleotide sequences

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2002301049A Division JP2003116586A (ja) 1999-09-13 2002-10-15 ポリヌクレオチド配列の線形等温増幅のための方法および組成物

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2003509068A JP2003509068A (ja) 2003-03-11
JP2003509068A5 true JP2003509068A5 (ja) 2005-08-04
JP3929775B2 JP3929775B2 (ja) 2007-06-13

Family

ID=26850696

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2001523804A Expired - Fee Related JP3929775B2 (ja) 1999-09-13 2000-09-13 ポリヌクレオチド配列の線形等温増幅のための方法および組成物
JP2002301049A Withdrawn JP2003116586A (ja) 1999-09-13 2002-10-15 ポリヌクレオチド配列の線形等温増幅のための方法および組成物

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2002301049A Withdrawn JP2003116586A (ja) 1999-09-13 2002-10-15 ポリヌクレオチド配列の線形等温増幅のための方法および組成物

Country Status (19)

Country Link
US (2) US6251639B1 (ja)
EP (2) EP1431303B1 (ja)
JP (2) JP3929775B2 (ja)
KR (1) KR100527265B1 (ja)
CN (2) CN102586228A (ja)
AT (1) ATE262595T1 (ja)
AU (1) AU783873B2 (ja)
BR (1) BR0014182A (ja)
CA (1) CA2384838C (ja)
DE (1) DE60009323T2 (ja)
DK (2) DK1218542T3 (ja)
ES (2) ES2214319T3 (ja)
HK (1) HK1046021B (ja)
IL (1) IL148091A0 (ja)
MX (1) MXPA02002656A (ja)
NO (1) NO20021223L (ja)
NZ (1) NZ517121A (ja)
PT (1) PT1218542E (ja)
WO (1) WO2001020035A2 (ja)

Families Citing this family (320)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030027126A1 (en) 1997-03-14 2003-02-06 Walt David R. Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
US7622294B2 (en) * 1997-03-14 2009-11-24 Trustees Of Tufts College Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
US6327410B1 (en) 1997-03-14 2001-12-04 The Trustees Of Tufts College Target analyte sensors utilizing Microspheres
US7348181B2 (en) 1997-10-06 2008-03-25 Trustees Of Tufts College Self-encoding sensor with microspheres
US7115884B1 (en) 1997-10-06 2006-10-03 Trustees Of Tufts College Self-encoding fiber optic sensor
JP3662850B2 (ja) 1998-06-24 2005-06-22 イルミナ インコーポレイテッド 微小球を有するアレイセンサーのデコード
US6951722B2 (en) * 1999-03-19 2005-10-04 Takara Bio Inc. Method for amplifying nucleic acid sequence
US6355431B1 (en) 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays
US20060275782A1 (en) 1999-04-20 2006-12-07 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
CA2374390A1 (en) * 1999-05-20 2000-12-14 Illumina, Inc. Combinatorial decoding of random nucleic acid arrays
US6544732B1 (en) 1999-05-20 2003-04-08 Illumina, Inc. Encoding and decoding of array sensors utilizing nanocrystals
US8080380B2 (en) * 1999-05-21 2011-12-20 Illumina, Inc. Use of microfluidic systems in the detection of target analytes using microsphere arrays
US8481268B2 (en) 1999-05-21 2013-07-09 Illumina, Inc. Use of microfluidic systems in the detection of target analytes using microsphere arrays
US7604996B1 (en) 1999-08-18 2009-10-20 Illumina, Inc. Compositions and methods for preparing oligonucleotide solutions
US6692918B2 (en) 1999-09-13 2004-02-17 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for linear isothermal amplification of polynucleotide sequences
US7611869B2 (en) * 2000-02-07 2009-11-03 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US8076063B2 (en) 2000-02-07 2011-12-13 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US7955794B2 (en) * 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7361488B2 (en) * 2000-02-07 2008-04-22 Illumina, Inc. Nucleic acid detection methods using universal priming
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
ATE492652T1 (de) * 2000-02-07 2011-01-15 Illumina Inc Nukleinsäuredetektionsverfahren mit universellem priming
WO2001057268A2 (en) 2000-02-07 2001-08-09 Illumina, Inc. Nucleic acid detection methods using universal priming
US6913884B2 (en) * 2001-08-16 2005-07-05 Illumina, Inc. Compositions and methods for repetitive use of genomic DNA
JP4954415B2 (ja) * 2000-02-10 2012-06-13 イルミナ インコーポレイテッド 試料のビーズをベースとした同時プロセシングのための基材としての個々のアレイのアレイおよびその製造法
US6770441B2 (en) 2000-02-10 2004-08-03 Illumina, Inc. Array compositions and methods of making same
US7285384B2 (en) 2000-02-16 2007-10-23 Illuminia, Inc. Parallel genotyping of multiple patient samples
CN1498274A (zh) 2000-06-26 2004-05-19 Ŧب������˾ 基于转录的核酸扩增方法和组合物
US7846733B2 (en) * 2000-06-26 2010-12-07 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for transcription-based nucleic acid amplification
EP1322656B1 (en) * 2000-09-26 2008-01-16 Idera Pharmaceuticals, Inc. Modulation of immunostimulatory activity of immunostimulatory oligonucleotide analogs by positional chemical changes
WO2002029117A2 (en) 2000-10-06 2002-04-11 Nugen Technologies, Inc. Methods and probes for detection and/or quantification of nucleic acid sequences
US20040018491A1 (en) * 2000-10-26 2004-01-29 Kevin Gunderson Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
EP1366191A2 (en) 2000-12-11 2003-12-03 Alexion Pharmaceuticals, Inc. Nested oligonucleotides containing hairpin for nucleic acid amplification
CA2430329A1 (en) 2000-12-13 2002-06-20 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for generation of multiple copies of nucleic acid sequences and methods of detection thereof
EP1359219A4 (en) * 2001-02-06 2004-09-22 Takara Bio Inc AMPLIFIED NUCLEIC ACIDS AND IMMOBILIZED PRODUCTS THEREOF
JP2005508135A (ja) * 2001-03-09 2005-03-31 ニューゲン テクノロジーズ， インコーポレイテッド Ｒｎａ配列の増幅のための方法および組成物
US6946251B2 (en) 2001-03-09 2005-09-20 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for amplification of RNA sequences using RNA-DNA composite primers
US8137911B2 (en) 2001-05-22 2012-03-20 Cellscript, Inc. Preparation and use of single-stranded transcription substrates for synthesis of transcription products corresponding to target sequences
US7250552B2 (en) 2001-06-07 2007-07-31 Pioneer Hi-Bred International, Inc. QTL controlling sclerotinia stem rot resistance in soybean
AU2002311183B2 (en) * 2001-06-12 2007-03-01 Takara Bio Inc. Method of stabilizing reagent for amplifying or detecting nucleic acid and storage method
US9777312B2 (en) * 2001-06-30 2017-10-03 Enzo Life Sciences, Inc. Dual polarity analysis of nucleic acids
US9261460B2 (en) 2002-03-12 2016-02-16 Enzo Life Sciences, Inc. Real-time nucleic acid detection processes and compositions
US20040161741A1 (en) 2001-06-30 2004-08-19 Elazar Rabani Novel compositions and processes for analyte detection, quantification and amplification
EP1481076A4 (en) 2001-07-12 2005-05-11 Illumina Inc MULTIPLEX NUCLEIC REACTIONS
TWI257426B (en) * 2001-08-20 2006-07-01 Takara Bio Inc Nucleic acid amplification methods
WO2005110493A2 (en) * 2004-04-16 2005-11-24 Bioexpertise Llc Methods for delivering mbd peptide-linked agent into cells under conditions of cellular stress
JP4439262B2 (ja) * 2001-09-19 2010-03-24 アレクシオン ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド 操作されたテンプレートおよび単一プライマー増幅におけるそれらの使用
US7414111B2 (en) * 2001-09-19 2008-08-19 Alexion Pharmaceuticals, Inc. Engineered templates and their use in single primer amplification
DE10151069A1 (de) 2001-10-05 2003-04-30 Epigenomics Ag Verfahren zum Nachweis von DNA-Methylierung mittels markierten S-Adenosylmethioninanaloga
WO2003069333A1 (en) 2002-02-14 2003-08-21 Illumina, Inc. Automated information processing in randomly ordered arrays
US6977162B2 (en) * 2002-03-01 2005-12-20 Ravgen, Inc. Rapid analysis of variations in a genome
ATE408711T1 (de) * 2002-03-01 2008-10-15 Integrated Dna Tech Inc Polynomiale amplifikation von nukleinsäuren
US7629152B2 (en) * 2002-03-01 2009-12-08 Integrated Dna Technologies, Inc. Methods for amplifying polymeric nucleic acids
KR20040102024A (ko) * 2002-03-01 2004-12-03 라브겐, 인코퍼레이티드 유전적 장애의 검출 방법
WO2003078645A2 (en) * 2002-03-11 2003-09-25 Nugen Technologies, Inc. Methods for generating double stranded dna comprising a 3’ single stranded portion and uses of these complexes for recombination
US9353405B2 (en) 2002-03-12 2016-05-31 Enzo Life Sciences, Inc. Optimized real time nucleic acid detection processes
CA2480525A1 (en) * 2002-03-29 2003-10-09 Nugen Technologies, Inc. Single primer isothermal nucleic acid amplification-enhanced analyte detection and quantification
US7442506B2 (en) * 2002-05-08 2008-10-28 Ravgen, Inc. Methods for detection of genetic disorders
US7727720B2 (en) * 2002-05-08 2010-06-01 Ravgen, Inc. Methods for detection of genetic disorders
US20070178478A1 (en) * 2002-05-08 2007-08-02 Dhallan Ravinder S Methods for detection of genetic disorders
WO2004011665A2 (en) * 2002-05-17 2004-02-05 Nugen Technologies, Inc. Methods for fragmentation, labeling and immobilization of nucleic acids
US7476519B2 (en) * 2002-07-19 2009-01-13 Joseph Monforte Strategies for gene expression analysis
US20040259105A1 (en) * 2002-10-03 2004-12-23 Jian-Bing Fan Multiplex nucleic acid analysis using archived or fixed samples
US20050003369A1 (en) * 2002-10-10 2005-01-06 Affymetrix, Inc. Method for depleting specific nucleic acids from a mixture
AU2003300565A1 (en) 2002-10-11 2004-05-04 Davi, Frederic Bernard, Louis Nucleic acid amplification primers for pcr-based clonality studies
WO2004048594A2 (en) * 2002-11-21 2004-06-10 Epicentre Technologies Preparation and use of single-stranded transcription substrates for synthesis of transcription products corresponding to target sequences
US20040115643A1 (en) * 2002-12-12 2004-06-17 Lizardi Paul M. Thermodynamic equilibrium extension of primers
US9487823B2 (en) * 2002-12-20 2016-11-08 Qiagen Gmbh Nucleic acid amplification
US7887752B2 (en) * 2003-01-21 2011-02-15 Illumina, Inc. Chemical reaction monitor
US20040157219A1 (en) * 2003-02-06 2004-08-12 Jianrong Lou Chemical treatment of biological samples for nucleic acid extraction and kits therefor
CA2897376A1 (en) 2003-02-26 2004-09-10 Radoje T. Drmanac Modular system and probes for dna analysis
WO2004092418A2 (en) 2003-04-14 2004-10-28 Nugen Technologies, Inc. Global amplification using a randomly primed composite primer
EP1618187A4 (en) * 2003-04-29 2006-12-20 Ge Healthcare Bio Sciences AMPLIFICATION OF NUCLEIC ACID SEQUENCES WITH MULTIPLE PRIMING
US7341837B2 (en) 2003-09-02 2008-03-11 Lawton Robert L Soluble analyte detection and amplification
DK1664343T3 (da) 2003-09-09 2014-08-11 Integrigen Inc Fremgangsmåder og sammensætninger til generering af kimcelle humane antistofgener
DE602004026077D1 (de) * 2003-09-10 2010-04-29 Althea Technologies Inc Erstellung von expressionsprofilen unter verwendung von mikroarrays
US20060094064A1 (en) * 2003-11-19 2006-05-04 Sandip Ray Methods and compositions for diagnosis, stratification, and monitoring of alzheimer's disease and other neurological disorders in body fluids
AU2004294178C1 (en) * 2003-11-19 2011-10-27 Rules-Based Medicine, Inc. Methods for diagnosis, stratification, and monitoring of Alzheimer's disease
US7344834B2 (en) * 2003-12-08 2008-03-18 Cytyc Corporation Method for DNA amplification using DNA blocking probes
WO2005065321A2 (en) * 2003-12-29 2005-07-21 Nugen Technologies, Inc. Methods for analysis of nucleic acid methylation status and methods for fragmentation, labeling and immobilization of nucleic acids
WO2006033487A1 (en) * 2004-09-21 2006-03-30 Genomictree Inc. Method for linear amplification of rna using high-heel primer
KR100590621B1 (ko) * 2004-09-21 2006-06-19 (주)지노믹트리 하이힐 프라이머를 이용한 ｒｎａ의 선형 증폭방법
US20060240451A1 (en) * 2005-02-09 2006-10-26 Epicentre Technologies Compositions and methods employing 5' phosphate-dependent nucleic acid exonucleases
WO2006087574A2 (en) 2005-02-19 2006-08-24 Geneform Technologies Limited Isothermal nucleic acid amplification
US20060234268A1 (en) * 2005-04-15 2006-10-19 Sungwhan An Linear amplification of rna
KR101762424B1 (ko) 2005-05-09 2017-07-28 테라노스, 인코포레이티드 현장진료 유체 시스템 및 그 용도
EP2477029A1 (en) * 2005-06-02 2012-07-18 Fluidigm Corporation Analysis using microfluidic partitioning devices
US20070020639A1 (en) * 2005-07-20 2007-01-25 Affymetrix, Inc. Isothermal locus specific amplification
EP1929045B9 (en) * 2005-09-06 2012-06-20 Gen-Probe Incorporated Methods, compositions and kits for isothermal amplification of nucleic acids
CA2621267A1 (en) 2005-09-07 2007-03-15 Nugen Technologies, Inc. Improved nucleic acid amplification procedure
US20070065814A1 (en) * 2005-09-21 2007-03-22 Engelhard Eric K Detecting foot-and-mouth disease virus
US7485425B2 (en) * 2005-10-03 2009-02-03 Applied Biosystems Inc. Methods for amplification of nucleic acids using spanning primers
EP2458011B1 (en) 2005-10-03 2013-07-24 Life Technologies Corporation Compositions, methods, and kits for amplifying nucleic acids
US8831887B2 (en) * 2005-10-12 2014-09-09 The Research Foundation For The State University Of New York Absolute PCR quantification
KR100816419B1 (ko) * 2005-10-14 2008-03-27 래플진(주) 핵산의 등온증폭 방법 및 핵산과 신호 프로브의 동시등온증폭을 이용한 핵산의 검출방법
US8609829B2 (en) * 2005-10-17 2013-12-17 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods to detect Legionella pneumophila nucleic acid
US7611893B2 (en) 2005-11-09 2009-11-03 Ontherix, Inc. Metal-binding therapeutic peptides
US20080039393A1 (en) * 2005-11-09 2008-02-14 Desmond Mascarenhas Metal-binding therapeutic peptides
US7662624B2 (en) * 2005-11-09 2010-02-16 Ontherix, Inc. Metal-binding therapeutic peptides
WO2007056511A2 (en) * 2005-11-09 2007-05-18 Ontherix, Inc. Metal-binding therapeutic peptides
US8741230B2 (en) 2006-03-24 2014-06-03 Theranos, Inc. Systems and methods of sample processing and fluid control in a fluidic system
US11287421B2 (en) 2006-03-24 2022-03-29 Labrador Diagnostics Llc Systems and methods of sample processing and fluid control in a fluidic system
WO2007127999A2 (en) * 2006-04-28 2007-11-08 Igor Kutyavin Use of products of pcr amplification carrying elements of secondary structure to improve pcr-based nucleic acid detection
EP2021488B1 (en) 2006-04-28 2018-09-12 Igor Kutyavin Use of base-modified deoxynucleoside triphosphates to improve nucleic acid detection
CA2652052A1 (en) * 2006-05-16 2007-11-29 Nugen Technologies, Inc. Nucleic acid separation and purification method based on reversible charge interactions
US11001881B2 (en) 2006-08-24 2021-05-11 California Institute Of Technology Methods for detecting analytes
US7833716B2 (en) 2006-06-06 2010-11-16 Gen-Probe Incorporated Tagged oligonucleotides and their use in nucleic acid amplification methods
US20100022403A1 (en) * 2006-06-30 2010-01-28 Nurith Kurn Methods for fragmentation and labeling of nucleic acids
US7501254B2 (en) * 2006-07-20 2009-03-10 Ghc Technologies, Inc. Methods and compositions for amplification and capture of nucleic acid sequences
US11525156B2 (en) 2006-07-28 2022-12-13 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US8048626B2 (en) 2006-07-28 2011-11-01 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
BRPI0715427B1 (pt) * 2006-07-31 2016-04-12 Wanli Bi método para amplificação de sequência ou sinal de ácidos nucleicos alvo, oligonucleotideo modificado reversível, mistura e conjunto de reação de amplificação de ácido nucleico
US9045522B2 (en) 2006-07-31 2015-06-02 Wanli Bi Nucleic acid amplification using a reversibly modified oligonucleotide
US11560588B2 (en) 2006-08-24 2023-01-24 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US20100075305A1 (en) * 2006-10-03 2010-03-25 Gifu University Detection of bacterium by utilizing dnaj gene and use thereof
WO2008058018A2 (en) 2006-11-02 2008-05-15 Mayo Foundation For Medical Education And Research Predicting cancer outcome
US7902345B2 (en) 2006-12-05 2011-03-08 Sequenom, Inc. Detection and quantification of biomolecules using mass spectrometry
EP3095873B1 (en) 2006-12-21 2018-04-18 Gen-Probe Incorporated Methods and compositions for nucleic acid amplification
JP5194459B2 (ja) * 2007-01-25 2013-05-08 ソニー株式会社 一本鎖ｄｎａ増幅方法
EP2174130A2 (en) 2007-06-21 2010-04-14 Momenta Pharmaceuticals, Inc. Copolymer assay
ES2647237T3 (es) * 2007-07-03 2017-12-20 Genaphora Ltd. Cebadores quiméricos para reacciones de amplificación de ácidos nucleicos mejoradas
WO2009042291A2 (en) * 2007-08-03 2009-04-02 Igor Kutyavin Accelerated cascade amplification (aca) of nucleic acids comprising strand and sequence specific dna nicking
EP2195452B1 (en) 2007-08-29 2012-03-14 Sequenom, Inc. Methods and compositions for universal size-specific polymerase chain reaction
US8716190B2 (en) 2007-09-14 2014-05-06 Affymetrix, Inc. Amplification and analysis of selected targets on solid supports
US9388457B2 (en) 2007-09-14 2016-07-12 Affymetrix, Inc. Locus specific amplification using array probes
EP2657699B1 (en) 2007-10-02 2017-03-22 Theranos, Inc. Modular point-of-care devices and uses thereof
KR100957057B1 (ko) 2007-12-03 2010-05-13 래플진(주) 핵산과 신호 프로브의 동시 등온증폭을 이용한 핵산의검출방법
US20090162845A1 (en) 2007-12-20 2009-06-25 Elazar Rabbani Affinity tag nucleic acid and protein compositions, and processes for using same
US20090203531A1 (en) * 2008-02-12 2009-08-13 Nurith Kurn Method for Archiving and Clonal Expansion
US20090215050A1 (en) * 2008-02-22 2009-08-27 Robert Delmar Jenison Systems and methods for point-of-care amplification and detection of polynucleotides
US8536135B2 (en) * 2008-03-19 2013-09-17 Ontherix, Inc. Adaptive biochemical signatures
US7846666B2 (en) 2008-03-21 2010-12-07 Nugen Technologies, Inc. Methods of RNA amplification in the presence of DNA
US8911948B2 (en) * 2008-04-30 2014-12-16 Integrated Dna Technologies, Inc. RNase H-based assays utilizing modified RNA monomers
EP2279263B1 (en) 2008-04-30 2013-09-04 Integrated Dna Technologies, Inc. Rnase-h-based assays utilizing modified rna monomers
WO2009137369A1 (en) * 2008-05-03 2009-11-12 Tufts Medical Center, Inc. Neonatal salivary genomics
AU2009253675A1 (en) 2008-05-28 2009-12-03 Genomedx Biosciences, Inc. Systems and methods for expression-based discrimination of distinct clinical disease states in prostate cancer
US10407731B2 (en) 2008-05-30 2019-09-10 Mayo Foundation For Medical Education And Research Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes
LT2304054T (lt) 2008-06-11 2017-10-10 Orion Pharma (Uk) Limited Izoterminė nukleorūgšties amplifkacija
WO2010030716A1 (en) * 2008-09-10 2010-03-18 Igor Kutyavin Detection of nucleic acids by oligonucleotide probes cleaved in presence of endonuclease v
CA2641132A1 (en) * 2008-10-03 2010-04-03 Richard T. Scott, Jr. Improvements in in vitro fertilization
US20100124756A1 (en) * 2008-10-10 2010-05-20 Sandip Ray Collection of biomarkers for diagnosis and monitoring of alzheimer's disease in body fluids
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
DK2963709T3 (en) 2008-10-24 2017-09-11 Epicentre Tech Corp TRANSPOSON-END COMPOSITIONS AND PROCEDURES FOR MODIFICATION OF NUCLEIC ACIDS
US9495515B1 (en) 2009-12-09 2016-11-15 Veracyte, Inc. Algorithms for disease diagnostics
US10236078B2 (en) 2008-11-17 2019-03-19 Veracyte, Inc. Methods for processing or analyzing a sample of thyroid tissue
US20100206316A1 (en) * 2009-01-21 2010-08-19 Scott Jr Richard T Method for determining chromosomal defects in an ivf embryo
US9074258B2 (en) 2009-03-04 2015-07-07 Genomedx Biosciences Inc. Compositions and methods for classifying thyroid nodule disease
CN102428191A (zh) * 2009-03-18 2012-04-25 塞昆纳姆股份有限公司 热稳定性内切核酸酶在产生报道分子中的应用
EP3360978A3 (en) 2009-05-07 2018-09-26 Veracyte, Inc. Methods for diagnosis of thyroid conditions
EP2432899A1 (en) 2009-05-22 2012-03-28 Population Genetics Technologies LTD. Sorting asymmetrically tagged nucleic acids by selective primer extension
US20100317916A1 (en) * 2009-06-12 2010-12-16 Scott Jr Richard T Method for relative quantitation of chromosomal DNA copy number in single or few cells
WO2011003020A1 (en) 2009-07-01 2011-01-06 Gen-Probe Incorporated Methods and compositions for nucleic acid amplification
US20110189679A1 (en) * 2009-09-11 2011-08-04 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for whole transcriptome analysis
WO2011037802A2 (en) 2009-09-28 2011-03-31 Igor Kutyavin Methods and compositions for detection of nucleic acids based on stabilized oligonucleotide probe complexes
US20110129832A1 (en) * 2009-10-27 2011-06-02 Swift Biosciences, Inc. Polynucleotide Primers and Probes
US10446272B2 (en) 2009-12-09 2019-10-15 Veracyte, Inc. Methods and compositions for classification of samples
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
CN102725424B (zh) 2010-01-25 2014-07-09 Rd生物科技公司 靶核酸的自折叠扩增
US20110202284A1 (en) * 2010-02-10 2011-08-18 Mcreynolds Cristopher Novel groups of biomarkers for diagnosing alzheimer's disease
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
CN101935697B (zh) * 2010-04-16 2015-11-25 中生方政生物技术有限公司 用于核酸序列检测的方法和试剂盒
TWI748368B (zh) 2011-01-21 2021-12-01 美商拉布拉多診斷有限責任公司 樣本使用最大化之系統及方法
WO2012135053A2 (en) 2011-03-25 2012-10-04 Integrated Dna Technologies, Inc. Rnase h-based assays utilizing modified rna monomers
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
BR112013028296B1 (pt) 2011-05-04 2020-03-24 Biocept, Inc. Métodos para detecção de variantes de sequências de ácido nucléico
US10704164B2 (en) 2011-08-31 2020-07-07 Life Technologies Corporation Methods, systems, computer readable media, and kits for sample identification
US9619627B2 (en) 2011-09-25 2017-04-11 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results
US9268915B2 (en) 2011-09-25 2016-02-23 Theranos, Inc. Systems and methods for diagnosis or treatment
US8435738B2 (en) 2011-09-25 2013-05-07 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US8840838B2 (en) 2011-09-25 2014-09-23 Theranos, Inc. Centrifuge configurations
US8475739B2 (en) 2011-09-25 2013-07-02 Theranos, Inc. Systems and methods for fluid handling
US8380541B1 (en) 2011-09-25 2013-02-19 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results
US9632102B2 (en) 2011-09-25 2017-04-25 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-purpose analysis
US9664702B2 (en) 2011-09-25 2017-05-30 Theranos, Inc. Fluid handling apparatus and configurations
US20140170735A1 (en) 2011-09-25 2014-06-19 Elizabeth A. Holmes Systems and methods for multi-analysis
US10012664B2 (en) 2011-09-25 2018-07-03 Theranos Ip Company, Llc Systems and methods for fluid and component handling
US9250229B2 (en) 2011-09-25 2016-02-02 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US9810704B2 (en) 2013-02-18 2017-11-07 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
BR112014007073A2 (pt) 2011-09-25 2017-04-11 Theranos Inc sistemas e métodos para multi-análise
WO2013059746A1 (en) 2011-10-19 2013-04-25 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for directional nucleic acid amplification and sequencing
CA2858581A1 (en) 2011-12-13 2013-06-20 Genomedx Biosciences, Inc. Cancer diagnostics using non-coding transcripts
US9422601B2 (en) 2011-12-15 2016-08-23 Samsung Electronics Co., Ltd. Method of determining a ratio of RNA species in a sample
US20130217071A1 (en) 2011-12-30 2013-08-22 Luz Montesclaros Methods and compositions for performing nucleic acid amplification reactions
EP3578697B1 (en) 2012-01-26 2024-03-06 Tecan Genomics, Inc. Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation
JP6399660B2 (ja) 2012-04-10 2018-10-03 ザ・リージエンツ・オブ・ザ・ユニバーシテイー・オブ・カリフオルニア 癌治療用組成物および方法
EP2847353B1 (en) 2012-05-10 2022-01-19 The General Hospital Corporation Methods for determining a nucleotide sequence
US9840732B2 (en) 2012-05-21 2017-12-12 Fluidigm Corporation Single-particle analysis of particle populations
WO2013191775A2 (en) 2012-06-18 2013-12-27 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for negative selection of non-desired nucleic acid sequences
US20150011396A1 (en) 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
US11035005B2 (en) 2012-08-16 2021-06-15 Decipher Biosciences, Inc. Cancer diagnostics using biomarkers
BR112015005429A2 (pt) 2012-09-11 2017-07-04 Theranos Inc sistemas de gestão de informação e métodos usando uma assinatura biológica
EP2912197B1 (en) * 2012-10-24 2019-08-07 Takara Bio USA, Inc. Template switch-based methods for producing a product nucleic acid
AU2013352067A1 (en) 2012-11-28 2015-06-04 Abwiz Bio, Inc. Preparation of gene-specific templates for the use in single primer amplification
US20150275285A1 (en) * 2012-12-03 2015-10-01 Yilin Zhang Compositions and methods of nucleic acid preparation and analyses
US20150299772A1 (en) * 2012-12-03 2015-10-22 Elim Biopharmaceuticals, Inc. Single-stranded polynucleotide amplification methods
SG11201506421PA (en) 2013-02-18 2015-09-29 Theranos Inc Systems and methods for collecting and transmitting assay results
WO2014144092A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Nugen Technologies, Inc. Sequential sequencing
US9227978B2 (en) 2013-03-15 2016-01-05 Araxes Pharma Llc Covalent inhibitors of Kras G12C
US11976329B2 (en) 2013-03-15 2024-05-07 Veracyte, Inc. Methods and systems for detecting usual interstitial pneumonia
AU2014257553A1 (en) 2013-04-25 2015-11-12 Orion Diagnostica Oy Strand-invasion based DNA amplification method
DK3013983T3 (da) 2013-06-25 2023-03-06 Prognosys Biosciences Inc Spatialt kodede biologiske assays ved brug af en mikrofluidisk anordning
SG11201600550WA (en) 2013-07-25 2016-02-26 Dch Molecular Diagnostics Inc Methods and compositions for detecting bacterial contamination
WO2015021460A1 (en) * 2013-08-09 2015-02-12 Luminex Corporation Probes for improved melt discrimination and multiplexing in nucleic acid assays
US9410172B2 (en) * 2013-09-16 2016-08-09 General Electric Company Isothermal amplification using oligocation-conjugated primer sequences
TWI659021B (zh) 2013-10-10 2019-05-11 亞瑞克西斯製藥公司 Ｋｒａｓ ｇ１２ｃ之抑制劑
US10941397B2 (en) 2013-10-17 2021-03-09 Takara Bio Usa, Inc. Methods for adding adapters to nucleic acids and compositions for practicing the same
EP3068883B1 (en) 2013-11-13 2020-04-29 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
EP3628747B1 (en) 2013-12-05 2022-10-05 Centrillion Technology Holdings Corporation Fabrication of patterned arrays
US10767222B2 (en) 2013-12-11 2020-09-08 Accuragen Holdings Limited Compositions and methods for detecting rare sequence variants
US11286519B2 (en) 2013-12-11 2022-03-29 Accuragen Holdings Limited Methods and compositions for enrichment of amplification products
US11859246B2 (en) 2013-12-11 2024-01-02 Accuragen Holdings Limited Methods and compositions for enrichment of amplification products
US9719136B2 (en) 2013-12-17 2017-08-01 Takara Bio Usa, Inc. Methods for adding adapters to nucleic acids and compositions for practicing the same
US10450597B2 (en) 2014-01-27 2019-10-22 The General Hospital Corporation Methods of preparing nucleic acids for sequencing
WO2015121236A1 (en) * 2014-02-11 2015-08-20 F. Hoffmann-La Roche Ag Targeted sequencing and uid filtering
WO2015131107A1 (en) 2014-02-28 2015-09-03 Nugen Technologies, Inc. Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors
GB201410022D0 (en) 2014-06-05 2014-07-16 Orion Diagnostica Oy Method
US10017759B2 (en) 2014-06-26 2018-07-10 Illumina, Inc. Library preparation of tagged nucleic acid
SG11201700891SA (en) 2014-08-06 2017-03-30 Nugen Technologies Inc Digital measurements from targeted sequencing
JO3556B1 (ar) 2014-09-18 2020-07-05 Araxes Pharma Llc علاجات مدمجة لمعالجة السرطان
WO2016049568A1 (en) 2014-09-25 2016-03-31 Araxes Pharma Llc Methods and compositions for inhibition of ras
JP2017528498A (ja) 2014-09-25 2017-09-28 アラクセス ファーマ エルエルシー Ｋｒａｓ ｇ１２ｃ変異体タンパク質のインヒビター
CN114606309A (zh) 2014-11-05 2022-06-10 威拉赛特公司 使用机器学习和高维转录数据的诊断系统和方法
CN114438174A (zh) 2014-11-11 2022-05-06 伊鲁米那股份有限公司 使用crispr-cas系统的多核苷酸扩增
US10760182B2 (en) * 2014-12-16 2020-09-01 Apdn (B.V.I.) Inc. Method and device for marking fibrous materials
US9708647B2 (en) 2015-03-23 2017-07-18 Insilixa, Inc. Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays
CN107532207B (zh) 2015-04-10 2021-05-07 空间转录公司 生物样本的空间区别、多重核酸分析
US10246424B2 (en) 2015-04-10 2019-04-02 Araxes Pharma Llc Substituted quinazoline compounds and methods of use thereof
ES2856880T3 (es) 2015-04-15 2021-09-28 Araxes Pharma Llc Inhibidores tricíclicos condensados de KRAS y métodos de uso de los mismos
EP3295345B1 (en) 2015-05-14 2023-01-25 Life Technologies Corporation Barcode sequences, and related systems and methods
EP3103885B1 (en) 2015-06-09 2019-01-30 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
US10144724B2 (en) 2015-07-22 2018-12-04 Araxes Pharma Llc Substituted quinazoline compounds and methods of use thereof
US9499861B1 (en) 2015-09-10 2016-11-22 Insilixa, Inc. Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification
US20180360959A1 (en) 2015-09-25 2018-12-20 Universität Duisburg-Essen Agents inhibiting kallikrein-8 for use in the prevention or treatment of alzheimer's disease
US10858343B2 (en) 2015-09-28 2020-12-08 Araxes Pharma Llc Inhibitors of KRAS G12C mutant proteins
EP3356359B1 (en) 2015-09-28 2021-10-20 Araxes Pharma LLC Inhibitors of kras g12c mutant proteins
US10875842B2 (en) 2015-09-28 2020-12-29 Araxes Pharma Llc Inhibitors of KRAS G12C mutant proteins
US10647703B2 (en) 2015-09-28 2020-05-12 Araxes Pharma Llc Inhibitors of KRAS G12C mutant proteins
US10730867B2 (en) 2015-09-28 2020-08-04 Araxes Pharma Llc Inhibitors of KRAS G12C mutant proteins
EP3356349A1 (en) 2015-09-28 2018-08-08 Araxes Pharma LLC Inhibitors of kras g12c mutant proteins
US10689356B2 (en) 2015-09-28 2020-06-23 Araxes Pharma Llc Inhibitors of KRAS G12C mutant proteins
SG11201802864RA (en) 2015-10-09 2018-05-30 Accuragen Holdings Ltd Methods and compositions for enrichment of amplification products
EP3364977A4 (en) 2015-10-19 2019-09-04 Araxes Pharma LLC PROCESS FOR SCREENING INHIBITORS OF RAS
US10414757B2 (en) 2015-11-16 2019-09-17 Araxes Pharma Llc 2-substituted quinazoline compounds comprising a substituted heterocyclic group and methods of use thereof
US20180363039A1 (en) 2015-12-03 2018-12-20 Accuragen Holdings Limited Methods and compositions for forming ligation products
US9988357B2 (en) 2015-12-09 2018-06-05 Araxes Pharma Llc Methods for preparation of quinazoline derivatives
WO2017155858A1 (en) 2016-03-07 2017-09-14 Insilixa, Inc. Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension
US10822312B2 (en) 2016-03-30 2020-11-03 Araxes Pharma Llc Substituted quinazoline compounds and methods of use
US10619205B2 (en) 2016-05-06 2020-04-14 Life Technologies Corporation Combinatorial barcode sequences, and related systems and methods
EP4269611A3 (en) 2016-05-11 2024-01-17 Illumina, Inc. Polynucleotide enrichment and amplification using argonaute systems
CN109511265B (zh) 2016-05-16 2023-07-14 安可济控股有限公司 通过链鉴定改进测序的方法
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
US10144962B2 (en) 2016-06-30 2018-12-04 Grail, Inc. Differential tagging of RNA for preparation of a cell-free DNA/RNA sequencing library
US10646488B2 (en) 2016-07-13 2020-05-12 Araxes Pharma Llc Conjugates of cereblon binding compounds and G12C mutant KRAS, HRAS or NRAS protein modulating compounds and methods of use thereof
WO2018035170A1 (en) 2016-08-15 2018-02-22 Accuragen Holdings Limited Compositions and methods for detecting rare sequence variants
EP3504348B1 (en) 2016-08-24 2022-12-14 Decipher Biosciences, Inc. Use of genomic signatures to predict responsiveness of patients with prostate cancer to post-operative radiation therapy
CA3037190A1 (en) 2016-09-15 2018-03-22 ArcherDX, Inc. Methods of nucleic acid sample preparation for analysis of cell-free dna
CN109937254B (zh) 2016-09-15 2023-05-30 阿谢尔德克斯有限责任公司 核酸样品制备方法
EP3519402A1 (en) 2016-09-29 2019-08-07 Araxes Pharma LLC Inhibitors of kras g12c mutant proteins
EP3736324A1 (en) 2016-09-30 2020-11-11 The Governing Council Of The University Of Toronto System for identifying and targeting individual cells within a heterogeneous population for selective extraction of cellular content
US10377743B2 (en) 2016-10-07 2019-08-13 Araxes Pharma Llc Inhibitors of RAS and methods of use thereof
CN106498040B (zh) * 2016-10-12 2018-10-23 浙江大学 一种分子标记微珠及基于该分子标记微珠的高通量单细胞测序方法
US10190155B2 (en) 2016-10-14 2019-01-29 Nugen Technologies, Inc. Molecular tag attachment and transfer
JP7191828B2 (ja) 2016-12-15 2022-12-19 ザ・リージエンツ・オブ・ザ・ユニバーシテイー・オブ・カリフオルニア がん治療のための組成物および方法
GB201621477D0 (en) * 2016-12-16 2017-02-01 Multiplicom Nv Modified multiplex and multistep amplification reactions and reagents therefor
EP4095263A1 (en) 2017-01-06 2022-11-30 Editas Medicine, Inc. Methods of assessing nuclease cleavage
US11208697B2 (en) 2017-01-20 2021-12-28 Decipher Biosciences, Inc. Molecular subtyping, prognosis, and treatment of bladder cancer
EP3573971A1 (en) 2017-01-26 2019-12-04 Araxes Pharma LLC 1-(3-(6-(3-hydroxynaphthalen-1-yl)benzofuran-2-yl)azetidin-1yl)prop-2-en-1-one derivatives and similar compounds as kras g12c modulators for treating cancer
EP3573964A1 (en) 2017-01-26 2019-12-04 Araxes Pharma LLC Benzothiophene and benzothiazole compounds and methods of use thereof
EP3573967A1 (en) 2017-01-26 2019-12-04 Araxes Pharma LLC Fused hetero-hetero bicyclic compounds and methods of use thereof
WO2018140512A1 (en) 2017-01-26 2018-08-02 Araxes Pharma Llc Fused bicyclic benzoheteroaromatic compounds and methods of use thereof
EP3573970A1 (en) 2017-01-26 2019-12-04 Araxes Pharma LLC 1-(6-(3-hydroxynaphthalen-1-yl)quinazolin-2-yl)azetidin-1-yl)prop-2-en-1-one derivatives and similar compounds as kras g12c inhibitors for the treatment of cancer
EP3593140A4 (en) 2017-03-09 2021-01-06 Decipher Biosciences, Inc. SUBTYPING PROSTATE CANCER TO PREDICT RESPONSE TO HORMONE THERAPY
AU2018266733A1 (en) 2017-05-12 2020-01-16 Veracyte, Inc. Genetic signatures to predict prostate cancer metastasis and identify tumor aggressiveness
JP7056012B2 (ja) * 2017-05-19 2022-04-19 トヨタ自動車株式会社 ランダムプライマーセット、及びこれを用いたｄｎａライブラリーの作製方法
US10914729B2 (en) 2017-05-22 2021-02-09 The Trustees Of Princeton University Methods for detecting protein binding sequences and tagging nucleic acids
CA3063440A1 (en) 2017-05-25 2018-11-29 Araxes Pharma Llc Covalent inhibitors of kras
WO2018218069A1 (en) 2017-05-25 2018-11-29 Araxes Pharma Llc Quinazoline derivatives as modulators of mutant kras, hras or nras
JP2020521741A (ja) 2017-05-25 2020-07-27 アラクセス ファーマ エルエルシー がんの処置のための化合物およびその使用の方法
US11217329B1 (en) 2017-06-23 2022-01-04 Veracyte, Inc. Methods and systems for determining biological sample integrity
US11667952B2 (en) 2017-08-24 2023-06-06 Takara Bio Usa, Inc. Methods of producing nucleic acids using oligonucleotides modified by a stimulus
US11099202B2 (en) 2017-10-20 2021-08-24 Tecan Genomics, Inc. Reagent delivery system
US10689629B1 (en) 2017-12-06 2020-06-23 Cepheid Inhibition of nucleic acid polymerases by endonuclease V-cleavable circular oligonucleotide ligands
US10724017B1 (en) 2017-12-06 2020-07-28 Cepheid Inhibition of DNA polymerases by uracil-DNA glycosylase-cleavable oligonucleotide ligands
US10724083B1 (en) 2017-12-06 2020-07-28 Cepheid Inhibition of nucleic acid polymerases by endonuclease V-cleavable oligonucleotide ligands
CA3089756A1 (en) * 2018-01-29 2019-08-01 St. Jude Children's Research Hospital, Inc. Method for nucleic acid amplification
US11203782B2 (en) 2018-03-29 2021-12-21 Accuragen Holdings Limited Compositions and methods comprising asymmetric barcoding
US20210292750A1 (en) * 2018-07-24 2021-09-23 Ripple Biosolutions Llc Methods and composition for targeted genomic analysis
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
WO2020123319A2 (en) 2018-12-10 2020-06-18 10X Genomics, Inc. Methods of using master / copy arrays for spatial detection
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
EP3937780A4 (en) 2019-03-14 2022-12-07 InSilixa, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR TIMED FLUORESCENCE-BASED DETECTION
WO2020243579A1 (en) 2019-05-30 2020-12-03 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
WO2021092433A2 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
EP4219754B1 (en) 2019-12-23 2024-05-15 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rna-templated ligation
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
ES2965354T3 (es) 2020-04-22 2024-04-12 10X Genomics Inc Métodos para análisis espacial que usan eliminación de ARN elegido como diana
WO2021236929A1 (en) 2020-05-22 2021-11-25 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
WO2021237087A1 (en) 2020-05-22 2021-11-25 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
EP4162074B1 (en) 2020-06-08 2024-04-24 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
WO2021252591A1 (en) 2020-06-10 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
AU2021294334A1 (en) 2020-06-25 2023-02-02 10X Genomics, Inc. Spatial analysis of DNA methylation
US11981960B1 (en) 2020-07-06 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Spatial analysis utilizing degradable hydrogels
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
US11981958B1 (en) 2020-08-20 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using DNA capture
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
AU2021409136A1 (en) 2020-12-21 2023-06-29 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes
WO2022192191A1 (en) 2021-03-09 2022-09-15 Illumina, Inc. Analyzing expression of protein-coding variants in cells
CA3209074A1 (en) 2021-03-09 2022-09-15 Andrew Kennedy Genomic library preparation and targeted epigenetic assays using cas-grna ribonucleoproteins
WO2023018730A1 (en) 2021-08-11 2023-02-16 Illumina, Inc. Detection of analytes using targeted epigenetic assays, proximity-induced tagmentation, strand invasion, restriction, or ligation
WO2023034489A1 (en) 2021-09-01 2023-03-09 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array
CN113981041B (zh) * 2021-11-25 2024-04-30 首都医科大学附属北京安贞医院 靶向富集测序试剂及靶向富集方法
WO2023189403A1 (ja) * 2022-03-31 2023-10-05 国立大学法人埼玉大学 Ｒｎａ／ｄｎａキメラプライマーを用いたｐｃｒ及びその増幅断片連結方法

Family Cites Families (58)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS57501692A (ja) 1980-09-24 1982-09-16
US4582788A (en) 1982-01-22 1986-04-15 Cetus Corporation HLA typing method and cDNA probes used therein
DE3381518D1 (de) 1982-01-22 1990-06-07 Cetus Corp Verfahren zur charakterisierung von hla und die darin benutzten cdns-testmittel.
US4786600A (en) 1984-05-25 1988-11-22 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Autocatalytic replication of recombinant RNA
US4683194A (en) 1984-05-29 1987-07-28 Cetus Corporation Method for detection of polymorphic restriction sites and nucleic acid sequences
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
CA1284931C (en) 1986-03-13 1991-06-18 Henry A. Erlich Process for detecting specific nucleotide variations and genetic polymorphisms present in nucleic acids
CA1338457C (en) 1986-08-22 1996-07-16 Henry A. Erlich Purified thermostable enzyme
DE3634356A1 (de) 1986-10-08 1988-04-21 Epis Sa Arzneimittel enthaltend alpha-halogenierte dicarbonsaeuren
IL86724A (en) 1987-06-19 1995-01-24 Siska Diagnostics Inc Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences
CA1340843C (en) 1987-07-31 1999-12-07 J. Lawrence Burg Selective amplification of target polynucleotide sequences
US6004745A (en) 1987-09-21 1999-12-21 Gen-Probe Incorporated Hybridization protection assay
AU622426B2 (en) 1987-12-11 1992-04-09 Abbott Laboratories Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization
JP2650159B2 (ja) 1988-02-24 1997-09-03 アクゾ・ノベル・エヌ・ベー 核酸増幅方法
US5130238A (en) 1988-06-24 1992-07-14 Cangene Corporation Enhanced nucleic acid amplification process
US5508178A (en) 1989-01-19 1996-04-16 Rose; Samuel Nucleic acid amplification using single primer
US5766849A (en) 1989-07-11 1998-06-16 Gen-Probe Incorporated Methods of amplifying nucleic acids using promoter-containing primer sequence
CA2020958C (en) 1989-07-11 2005-01-11 Daniel L. Kacian Nucleic acid sequence amplification methods
ATE141956T1 (de) 1989-07-11 1996-09-15 Gen Probe Inc Verfahren zur vervielfältigung von nukleinsäuresequenzen
US5545522A (en) * 1989-09-22 1996-08-13 Van Gelder; Russell N. Process for amplifying a target polynucleotide sequence using a single primer-promoter complex
US6013431A (en) 1990-02-16 2000-01-11 Molecular Tool, Inc. Method for determining specific nucleotide variations by primer extension in the presence of mixture of labeled nucleotides and terminators
US5427911A (en) 1990-05-01 1995-06-27 Yale University Coupled amplification and sequencing of DNA
HU218095B (hu) 1990-05-01 2000-05-28 Amgen Inc. Eljárás átvitt szennyeződések csökkentésére, amplifikációs eljárásokban
US5194370A (en) 1990-05-16 1993-03-16 Life Technologies, Inc. Promoter ligation activated transcription amplification of nucleic acid sequences
US5595891A (en) 1990-07-19 1997-01-21 Behringwerke Ag Method for producing a polynucleotide for use in single primer amplification
US5527872A (en) 1990-09-14 1996-06-18 At&T Global Information Solutions Company Electronic device with a spin-on glass dielectric layer
US5846710A (en) 1990-11-02 1998-12-08 St. Louis University Method for the detection of genetic diseases and gene sequence variations by single nucleotide primer extension
US6004744A (en) 1991-03-05 1999-12-21 Molecular Tool, Inc. Method for determining nucleotide identity through extension of immobilized primer
US5888819A (en) 1991-03-05 1999-03-30 Molecular Tool, Inc. Method for determining nucleotide identity through primer extension
US5169766A (en) 1991-06-14 1992-12-08 Life Technologies, Inc. Amplification of nucleic acid molecules
US5270184A (en) * 1991-11-19 1993-12-14 Becton, Dickinson And Company Nucleic acid target generation
WO1993022461A1 (en) 1992-05-06 1993-11-11 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid sequence amplification method, composition and kit
US5710028A (en) 1992-07-02 1998-01-20 Eyal; Nurit Method of quick screening and identification of specific DNA sequences by single nucleotide primer extension and kits therefor
ATE152180T1 (de) 1992-07-31 1997-05-15 Behringwerke Ag Verfahren zur einführung von definierten sequenzen am 3' ende von polynukleotiden
ZA936016B (en) 1992-08-24 1994-03-10 Akzo Nv Method for nucleic acid amplification
JPH0723799A (ja) * 1993-07-13 1995-01-27 Hitachi Ltd ポリヌクレオチドの検出方法
US6027923A (en) 1993-07-23 2000-02-22 Bio-Rad Laboratories, Inc. Linked linear amplification of nucleic acids
FR2708288B1 (fr) * 1993-07-26 1995-09-01 Bio Merieux Procédé d'amplification d'acides nucléiques par transcription utilisant le déplacement, réactifs et nécessaire pour la mise en Óoeuvre de ce procédé.
US5648211A (en) 1994-04-18 1997-07-15 Becton, Dickinson And Company Strand displacement amplification using thermophilic enzymes
FR2724934B1 (fr) 1994-09-26 1997-01-24 Bio Merieux Oligonucleotide chimere et son utilisation dans l'obtention de transcrits d'un acide nucleique
US5665545A (en) * 1994-11-28 1997-09-09 Akzo Nobel N.V. Terminal repeat amplification method
US5882867A (en) 1995-06-07 1999-03-16 Dade Behring Marburg Gmbh Detection of nucleic acids by formation of template-dependent product
US5989813A (en) * 1995-07-13 1999-11-23 Molecular Innovations, Inc. Detection of amplified nucleic acid sequences using bifunctional haptenization and dyed microparticles
FR2737223B1 (fr) * 1995-07-24 1997-09-12 Bio Merieux Procede d'amplification de sequences d'acide nucleique par deplacement, a l'aide d'amorces chimeres
US5747255A (en) * 1995-09-29 1998-05-05 Lynx Therapeutics, Inc. Polynucleotide detection by isothermal amplification using cleavable oligonucleotides
US5871697A (en) 1995-10-24 1999-02-16 Curagen Corporation Method and apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
ATE203056T1 (de) 1995-12-15 2001-07-15 Amersham Life Science Inc Thermostabile dna polymerase aus thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus und davon abgeleitete mutierte enzyme mit entfernter exonukleaseaktivität
US5962271A (en) 1996-01-03 1999-10-05 Cloutech Laboratories, Inc. Methods and compositions for generating full-length cDNA having arbitrary nucleotide sequence at the 3'-end
CA2255774C (en) 1996-05-29 2008-03-18 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions
US6482590B1 (en) 1996-12-20 2002-11-19 Aventis Behring Gmbh Method for polynucleotide amplification
DE19653439A1 (de) 1996-12-20 1998-07-02 Svante Dr Paeaebo Verfahren zur direkten, exponentiellen Amplifikation und Sequenzierung von DNA Molekülen und dessen Anwendung
US6124120A (en) 1997-10-08 2000-09-26 Yale University Multiple displacement amplification
WO1999029901A1 (en) * 1997-12-11 1999-06-17 The General Hospital Corporation Broad range pcr amplification techniques
JP4317953B2 (ja) * 1998-01-22 2009-08-19 独立行政法人理化学研究所 Ｄｎａの塩基配列決定方法
EP1055001A1 (en) * 1998-02-05 2000-11-29 Bavarian Nordic Research Institute A/S Quantification by inhibition of amplification
US6365346B1 (en) 1998-02-18 2002-04-02 Dade Behring Inc. Quantitative determination of nucleic acid amplification products
ES2369818T3 (es) 1998-11-09 2011-12-07 Eiken Kagaku Kabushiki Kaisha Procedimiento de síntesis de ácido nucleico.
WO2000070095A2 (en) * 1999-05-17 2000-11-23 Dade Behring Inc. Homogeneous isothermal amplification and detection of nucleic acids using a template switch oligonucleotide

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2003509068A5 (ja)
AU2003223730B2 (en) Amplification of DNA to produce single-stranded product of defined sequence and length
US8673567B2 (en) Method and kit for nucleic acid sequence detection
JP2004535162A5 (ja)
CA2416963A1 (en) Methods and compositions for amplification of rna sequences
JPH0819394A (ja) 複数標的の同時増幅
US20040126760A1 (en) Novel compositions and methods for carrying out multple pcr reactions on a single sample
CA2528577A1 (en) Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
JP2010519896A5 (ja)
CA2283651A1 (en) Extraction and utilisation of vntr alleles
CA2395391A1 (en) Pyrophosphorolysis activated polymerization (pap): application to allele-specific amplification and nucleic acid sequence determination
JP2009284896A (ja) 核酸増幅方法
JP2005518217A (ja) ヘッドループｄｎａの増幅
EP3455353B1 (en) Method for generating a stranded rna library
JP2020512845A (ja) 核酸ライブラリーを調製するための方法、組成物、およびキット
WO2016170319A1 (en) Nucleic acid sample enrichment
KR102265417B1 (ko) 단일염기다형성 다중 분석용 프라이머
WO2001088174A1 (en) Novel compositions and methods for carrying out multiple pcr reactions on a single sample
JPH06133800A (ja) 増幅方法
JPH1066589A (ja) ホウ素化ヌクレオチドを用いた鎖置換増幅
CA3147490A1 (en) Methods for generating a population of polynucleotide molecules
WO2019018404A1 (en) FAST BANK CONSTRUCTION FOR HIGH FLOW SEQUENCING
EP3448868B1 (en) Mirna transcriptome methods and compositions
EP3768859B1 (en) Methods for amplification of nucleic acids with endonuclease-mediated shifting equilibrium (em-seq)
KR100844010B1 (ko) 다중 유전자 동시 증폭방법