TR201808159T4

TR201808159T4 - Pirin polipeptiti ve immün modülasyonu.

Info

Publication number: TR201808159T4
Application number: TR2018/08159T
Authority: TR
Inventors: Kelly Denise
Original assignee: 4D Pharma Res Ltd
Priority date: 2014-12-23
Filing date: 2015-12-22
Publication date: 2018-07-23
Also published as: US10973872B2; LT3193901T; EP3400953A1; AU2015370665B2; US10456444B2; JP2018501228A; US20170326202A1; ME03077B; EA201791426A1; SG11201704814SA; US20210260156A1; JP6884742B2; JP2019059729A; BR112017013274A2; EP3193901A1; ZA201703894B; EA035925B1; PT3193901T; WO2016102951A1; SI3193901T1

Abstract

Bir denekteki bir bozukluğun tedavisinde ve / veya önlenmesinde kullanım için HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansı ya da bahsedilen polinükleotit sekansını içeren bir konakçı hücresi ya da bahsedilen polinükleotit sekansını içeren bir ekspresyon vektörünü ihtiva eden bir konakçı hücresi ile ilgilidir; burada bahsedilen bozukluk bir inflamatuvar bozukluk ve / veya bir otoimmün bozukluktur; bahsedilen polipeptit SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya ya da bunun varyantlarına, homologlarına, fragmanlarına ya da türevlerine en az %75 özdeşliğe sahiptir ve bahsedilen polinükleotit sekansı SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya ya da bunun varyantlarına, homologlarına, fragmanlarına ya da türevlerine en az %75 özdeşliğe sahip olan polinükleotid sekansını kodlar ve / veya bahsedilen polinükleotit sekansı SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e veya bunun varyantlarına, homologlarına, fragmanlarına ya da türevlerine en az %75 özdeşliğe sahiptir.

Description

TARIFNAME PIRIN POLIPEPTITI VE IMMÜN MODÜLASYONU Bulusun Alani Mevcut bulus çesitli terapötik ve besinsel kullanimlar için HP polipeptidini veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi ile ilgilidir.

ARKA PLAN Bacteroides thetaiotaomicron in vitro ve in vivo olarak güçlü anti- inflamatuar etkilere sahiptir (Kelly ve dig. Commensal anaerobik bagirsak bakterileri, PPAR- gama'nin nükleer sitoplazmik geçisini düzenleyerek inflamasyonu azaltir ve moleküler sinyal yollarini modüle eder (Kelly ve arkadaslari, Commensal anaerobic gut bacteria attenuate inflammation by regulating nuclear- cytoplasmic shuttling of PPAR- gamma and KB'nin aktif bileseninin (ReIA) çekirdegindeki anahtar genlere baglanmasini engeller, böylece pro- inflamatüar yollarin aktivasyonunu engeller (Kelly ve arkadaslari, Commensal anaerobik bagirsak bakterileri, PPAR- gama ve ReIA'nin nükleer- sitoplazmik geçisini düzenleyerek inflamasyonu B. thetaiotaomicron'un tam genomu Gordon Group tarafindan siralandi ve 2003 yilinda açiklandi ( Washington University School of Medicine, USA) [Xu ve arkadaslari, Insan- Bacteroides thetaiotaomicron simbiyozunun genomik görünümü. mikroorganizmalari kullanarak Core- 1- pozitif karsinomlari tedavi etmeye yönelik yöntemleri tarif eder.

BULUSUN AÇIKLAMALARI Sasirtici bir sekilde, mevcut bulus sahipleri, genomdan tanimlanan HP'nin (bir hipotetik protein; gen ID 1075517; gen sembolü BT_Ol87; erisim numarasi AAO75294) Bacteroides thetaiotaomicron(VP15482), bir pirin ile iliskili proteinden bulundugunu; hücrelerde enflamasyonu azaltan AAO75294.1 olarak depolandigini buldular.

Mevcut bulus, bir denekteki bir bozuklugun tedavisinde ve / veya önlenmesinde kullanim için HP polipeptidini veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini saglar; burada adi geçen bozukluk bir enflamatuar bozukluk ve / veya bir otoimmün bozukluktur; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID No 6 veya bunlarin varyantlarina, homologlarina, fragmanlarina ya da türevlerine en az %75 Özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahiptir. Baska bir yönüyle mevcut bulus, bir denekte bir hücrenin, bir dokunun veya bir organin iltihaplanmasinin modüle edilmesinde kullanimi için HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini saglar; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ fragmanlarina ya da türevlerine en az %75 özdeslige sahiptir.

Baska bir yönüyle mevcut bulus, bir denekte bagirsak bariyeri bütünlügünün iyilestirilmesinde kullanilmak üzere HP polipeptidi, HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansini saglar; bburada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahiptir. Mevcut bulus, baska bir açidan, daha yararli bir mikrobiyota elde etmek için bir doku veya organ içinde bakteriyel bilesimin modifiye edilmesinde kullanim için HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid. sekansini saglar. Örnegin, bulus, bir denekte bir veya daha fazla laktoz fermente edici bakteri türünün ( E.

COII) seviyesinin bir doku ya da organda azaltilmasinda ve / veya bir denekte bir veya daha fazla laktoz fermente etmeyen bakteri türü seviyesinin bir doku ya da organda azaltilmasinda kullanilabilir; burada adi geçen polipeptid, burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ bir yönüyle, bir denegin kalin bagirsaginin ve / veya ince bagirsaginin uzunlugunun korunmasinda kullanim için HP polipeptidi, HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansini saglar (örnegin, sözü edilen denek IBD'ye sahiptir); burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahiptir. Baska bir yönüyle bu bulus, bir denegin (örnegin, SÖZÜ edilen denek azaltmada kullanim için HP polipeptidi, HP polipeptidim kodlayan polinükleotid sekansini saglar; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ mevcut bulus, bir denegin bir hücresindeki ya da hücrelerindeki bir ya da daha fazla pro- enflamatuar genin ve / veya bir veya daha fazla bariyer bütünlügü geninin ekspresyonunun düzenlenmesinde kullanim. için HP polipeptidi, HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansini saglar; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahiptir.

Baska bir yönüyle mevcut bulus, bir denegin bir hücresinde ya da hücrelerinde yenileyici 3 beta adacik kaynakli gene (Reg3b), resistin benzeri gama resistin benzeri beta geni (Retnlg | Retnlb), sükroz - izomaltaz (alfa - glikosidaz) gem (Si), defensin alfa 24 geni (Defa24), hidroksisteroid 11- beta dehidrojenaz 2 geni (Hsd11b2), hidroksisteroid (17- beta) dehidrojenaz 2 geni (Hsd17b2), resistin benzeri molekül - beta (RELMb) ve nükleer reseptör 1D1 tiroid hormonu reseptörü alfa geninden (NrldliThra) olusan gruptanr seçilen, bir` ya da daha fazla genin ekspresyonunu düzenlemede kullanilmak üzere HP polipeptidi ya da HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini saglar; (örn., söz konusu denek IBD'ye sahiptirl; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahiptir.

Baska bir yönüyle mevcut bulus, bir denegin bir hücresindeki ya da hücrelerindeki pro- enflamatuar yollarin aktivasyonunun azaltilmasindar kullanim için HP polipeptidir ya da HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini saglar; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahiptir.

Mevcut bulus, bir baska açidan, bir denegin bir hücresindeki veya hücrelerindeki (örnegin epitel hücreleri, epidermal hücreler, nöronal hücreler ve/veya pankreatik hücreler) NF- Kß aktivitesini ve ,/ veya ekspresyonunu azaltmada kullanim için HP polipeptidi ya da HP polipeptidini kodlayan bi r polinükleotid sekansini saglar; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ mevcut bulus, bir denekte sindirim kanali sagliginin iyilestirilmesinde kullanilmak üzere En) polipeptidi ya (la HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini saglar; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahiptir.

Mevcut bulus, baska bir yönüyle, HP polipeptidini veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini ve farmasötik olarak kabul edilebilir bir eksipi yan, tasiyici veya seyreltici içeren farmasötik bir bilesimi saglar; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahiptir. Mevcut bulus bir baska yaklasimda, bu bulusa göre bir farmasötik bilesimin üretilmesine yönelik bir proses sagar, Sözü geçen proses, HP polipeptidinin ya da HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansinin bir farmasötik olarak kabul edilebilir eksipiyan, tasiyici ya da seyreltici ile karistirilmasini içerir; istege bagli olarak bahsedilen polipeptid ya da polinükleotid sekansi söz konusu proseste kapsüllenir; burada adi geçen polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahiptir; ve burada adi geçen polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlar ve / veya adi geçen polinükleotid sekansi SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO S'e en az %75 özdeslige sahiptir.

SEKILLER Bulus, ekteki sekillere referansla tarif edilmektedir, burada: Sekil 1A, HP`yi kodlayan polinükleotid sekanslarinin (SEQ NO 3) ve L. laCtIS optimize edilmis HP (Rec 2 HP - SEQ ID NO 5) dizilimini göstermektedir. HP, GenBank ile erisim numarasi: AAO75294.1 altinda saklanmaktadir ve GenBank'ta Pirin ailesi proteini [Bacteroides thetaiotaomicron VPI- 5482] olarak tarif edilmektedir.

Sekil lB, polipeptid sekanslari HP (SEQ ID NO 2), E. coli optimize edilmis HP (Rec 1 HP - SEQ ID NO 4) ve L. IaCtIS optimize edilmis HP'nin (Rec 2 HP - SEQ ID NO 6) bir dizilimini göstermektedir. HP, GenBank ile erisim numarasi: AAO75294.1 altinda saklanmaktadir ve GenBank'ta Pirin ailesi proteini [Bacteroides thetaiotaomicron VPI- 5482] olarak tarif edilmektedir.

Sekil 2, hipotetik proteinle (HP) ile birlikte (DSS/HP) içerecek ya da (DSS) içermeyecek sekilde su içinde Dekstran Sodyum Sülfat (DSS) verilen siçanlarin agirlik, su ve gida alimindaki degisimleri göstermektedir.

Sekil 3, hipotetik proteinle (HP) ile birlikte (DSS/HP) içerecek ya da (DSS) içermeyecek sekilde su içinde Dekstran Sodyum Sülfat (DSS) verilen siçanlarda kolon ve ince bagirsagin uzunlugunu göstermektedir.

Sekil 4, hipotetik proteinle (HP) ile birlikte (DSS/HP) içerecek ya da (DSS) içermeyecek sekilde su içinde Dekstran Sodyuni Sülfat (DSS) verilen siçanlardan alinan dokulardaki laktoz fermente eden (agirlikli olarak E.

COII) ve laktoz fermente etmeyen bakterilerin sayisini göstermektedir. [LoglO = 1.0 oldugunda, hiçbir bakteri tespit edilmediL Sekil 5, hipotetik proteinle (HP) ile birlikte (DSS/HP) içerecek ya da (DSS) içermeyecek sekilde su içinde Dekstran Sodyum Sülfat (DSS) verilen siçanlardan çikan ve inen kolonun morfolojisini göstermektedir.

Sekil 6, hipotetik proteinle (HP) ile birlikte (DSS/HP) içerecek ya da (DSS) içermeyecek sekilde su içinde Dekstran Sodyum Sülfat (DSS) verilen siçanlardan gelen çikan kolon için 0- 3 derece patOiOjIiI görünümün yüzde alanlari olarak ortalama histopatoloji skorlarini ve histopatoloji skorlarini göstermektedir.

Sekil 7, hipotetik proteinle (HP) ile birlikte (DSS/HP) içerecek ya da (DSS) içermeyecek sekilde su içinde Dekstran Sodyum Sülfat (DSS) verilen siçanlardan alinan dokudaki 377 farkli sekilde eksprese edilen genlerin isi haritasini göstermektedir.

Sekil 8, hipotetik proteinle (HP) ile birlikte (DSS/HP) içerecek ya da (DSS) içermeyecek sekilde su içinde Dekstran Sodyuni Sülfat (DSS) verilen siçanlardan alinan çikan kolonlardaki iltihaplanma ile iliskili genlerin (Realtime PCR) ekspresyonunu göstermektedir.

Detayli Açiklama Teori ile sinirlanmak istenmemekle birlikte, mevcut bulusa ait HP polipeptidi, pirin ile iliskili bir proteindir.

HP polipeptidi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6 olarak gösterilen polipeptid sekansina. en az %75, %80, %85, bulusa ait HP polipeptidinin bir örnegi, GenBank ile AAO75294.1 olarak saklanan SEQ ID NO 2'dir; SEQ ID NO 1 içeren Bacteroides thetaiotaomicron, DSMZ'de (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH) DSM, VPI5482] olarak bulunabilir. Polipeptid sekansi SEQ ID NO 2 asagidaki sekansa sahiptir: MKKVIDRASS RGYENHGWLK THHTFSFANY YNPERIHFGAsLRVLNDDSVD PSMGEDTHEHH KNMEVISIPL KGYLRHGDSV QNTKTITPGD IQVMSTGSGI YHSEYNDSKE EQLEFLQIWV FPRIENTKPE YNNFDIRPLL KPNELSLFIS PNGKTPASIK QDAWFSMGDF DTERTIEYCM HQEGNGAYLF VIEGEISVAD EHLAKRDGIG IWDTKSFSIR ATKGTKLLVM EVPM AAO75294.1, olasi bir Pirin ailesi proteini olarak tarif tanimlanmistir. polipeptid sekanslari, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan polipeptidlerin örnekleridir.

AAO76683.1'In polipeptid sekansi asagidaki gibidir: MKKVIHKADT RGHSQYDWLD SYHTFSFDEY FDSDRINFGA LRVLNDDKVA PGEGFQTHPH . KNMEIISIPL KGHLQHGDSKvKNSRIITVGEvIQTMSAGTGI FHSEVNASPV EPVEFLQIWI MPRERNTHPV YKDFSIKELE RPNELAVIVS PDGSTPASLL QDTWFSIGKV EAGKKLGYHL 139 149 159 199 209 219 HQSHGGVYIF LIEGEIVVDG EVLKRRDGMG VYDTKSFELE TLKDSHILLI EVPM 229 `230 sekansi AA076683.1'in polipeptid ayrica burada SEQ ID NO 7 olarak adlandirilir. GenBank'ta varsayilan bir olarak tarif edilmektedir. AAO76683.1 5482'den izole edilmistir.

DSM2079 BT 1576 olarak Pirin ailesi proteini Bacteroides thetaiotaomicron VPI- thetaiotaomicron bakteroidleri, 7'yi içeren Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH) depolanmis halde bulunabilir.

CDE80552.1 'in polipeptid sekansi asagidaki MKKVIHKADT RGHSQYDWLD KNNEIISIPL KGHLQHGDSK 130 140 MPRERNTHPV YKDFSIKELE 190 200 HQSHGGVYIF LIEGEIVVDG CDE80552.1'in polipeptid olarak adlandirilir.

Pirin ailesi proteini Bacteroides thetaiotaomi olarak tarif edilmektedir. 40 50 60 SYHTFSFDEY FDSDRINFGA LRVLNDDKVA PGEGFQTHPH KNSRIITVGE IQTMSAGTGI FHSEVNASPV EPVEFLQIWI RPNELAVIVS PDGSTPÄSLL QDTWFSIGKV EAGKKLGYHL 210 220 230 EVLKRRDGMG VYDTKSFELE TLKDSHILLI EVPM sekansi ayrica burada SEQ ID NO 8 GenBank'ta varsayilan bir cron CAG: 40'tan izole edilmistir. birbirinin yerine kullanilabilir. polipeptidtir. düzenekte HP polipeptidi, SEQ ID NO 2 (Harak gösterilen Baska bir düzenlemede, HP polipeptidi, SEQ ID NO 4 olarak gösterilen polipeptidtir.

Baska bir düzenlemede, HP polipeptidi, SEQ ID NO 6 olarak gösterilen polipeptidtir.

HP polipeptidleri bazi mikroorganizmalardan türetilebilir. Bir yaklasimda, HP polipeptidi, beslenme kanalinda yasayabilen anaerobik, gram, negatif bir bakteriden türetilmistir. Baska bir yönüyle, HP polipeptidi, birBacteroides thetaiotaomicron gibi bir Bacteroides türünden türetilmektedir.

HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansinin örnekleri arasinda SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5 olarak gösterilen polinükleotid sekanslari; SEQ ID NO 2, SEQ kodlayan polinükleotid sekanslari; SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 or SEQ ID NO 6 olarak gösterilen polipeptide ve SEQ ID NO 7 or SEQ ID NO 8'i kodlayan polinükleotid sekanslarina en az %75, polipeptidi kodlayan SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO SEQ ID NO'Iar 1, 3 ve 5 Sekil 1A'da gösterilmektedir.

SEQ ID NO 1 asagidaki sekansa sahiptir: Atgaaaaaaglaatcgacagagcttcatcaagaggctattttaatcatggctggctcaaaacccaccacacaitcag ttttgctaactattacaatccggaaagaatccatltcggagccttgcgagtgctgaatgatgacagtgiagacccgtcg gtgtacaaaatacgaaaacgattactcccggtgatatccaagtgatgagtacgggcagtggtatctatcatagtgagt aatataacaatltcgalatacgtccgctgctgaaaccgaacgagttatctctgttcatttcaccgaacggcaagacacc ggcctccatcaaacaggalgcctggttctctatgggagacttcgatacggaaagaaccatcgaatattgtatgcatca ggaaggiaacggagcttatctgtttgtgatagaaggagagatcagcgtggccgatgaacatctggccaaacgîgac SEQ ID NO 1, AAO75294.1 erisim numarasi altinda GenBank'ta saklanan SEQ ID NO 2'yi kodlar.

SEQ ID NO 1'in polinükleotid sekansi, E. coli. 'de ekspresyon için optimize edilen kodondu. Bu kodon optimizeli sekans, SEQ 1 HP" veya "rekombinant 1 HP" olarak da anilabilir.

SEQ ID NO 3 asagidaki sekansa sahiptir: ggtacoatgaaaaaagtgattgatcgtgcgagcagccgtggctattitaacoatggotggotgaaaacccatcatacc tttagcttcgcgaactattataatccggaacgcattcattttggcgcgctgcgtgtgctgaacgatgatagcgtggatccg agcatgggctttgatacccatccgcacaaaaacatggaagtgattagcattccgctgaaaggctatctgcgtcatggc gatagCgtgcagaacaccaaaaccattaccccgggtgatattcaggtgatgagcaccggcagcggcatttalcata ccggaatataacaactttgatattcgcccgctgctgaaaccgaacgaactgagcctgtttattagcccgaacggcaa gcatcaggaaggcaacggcgcgtacctgtitgtgattgaaggcgaaattagcgtggcggatgaacatctggccaaa cgtgatggcaltggcatttgggataccaaaagcttcagcattcgtgcgaccaaaggcaccaaactgctggtgatgga SEQ ID NO 3 tarafindan kodlanan polipeptid sekansi, SEQ ID NO 4 olarak gösterilmistir. SEQ ID NO 4 asagidaki sekansa sahiptir: GTMKKVIDRASSRGYFNHGWLKTHHTFSFANWNPERIHFGALRVLNDDSVDPSM GFDTHPHKNMEVISIPLKGYLRHGDSVQNTKTITPGDIQVMSTGSGIYHSEYNDSK EEOLEFLQIWVFPRlENTKPEYNNFDIRPLLKPNELSLFISPNGKTPASIKQDAWFSM G DF DTERTI EYCMHQEGNGAYLFVI EGEISVADEH LAKRDGI GlWDTKSFSl RATKG TKLLVM EVPM EL SEQ ID NO l'in polinükleotid sekansi, Laktococcus lactis 'te ekspresyon için optimize edilen kodondu. Bu kodon optimizeH sekans, SEQ ID NO 5 olarak gösterilmektedir. Bu sekans ayrica burada "Rec 2 HP" veya "rekombinant 2 HP" olarak da anilabilir.

SEQ ID NO 5 asagidaki sekansa sahiptir: ggtaccatgaaaaaagttattgatcgtgcttcatcacgtggatattttaatcatggatggcttaaaactcatcatacattta gttttgccaattattataatccagaacgtattcattttggtgctcttcgtgttcttaatgatgattcagttgatccalcaalggga tttgatacacatccacataaaaatatggaagttatttcaattccacttaaaggatatcttcgtcatggtgattcagttcaaa atacaaaaacaattacacctggagatattcaagttatgtctacaggatcaggaatttatcattcagaatataatgattca aaagaagaacaacltgaatttcttcaaatttgggtctttccacgtattgaaaatacaaaaccagaatataataatttcga cattcgtccacttcttaaaccaaatgaactttcactttttatctcaccaaatggaaaaacaccagcttcaattaaacaag atgcttggttttcaatgggagattttgatacagaacgtacaattgaatattgtatgcatcaagaaggtaacggcgcttatc tttttgttatîgaaggtgaaatttcagttgctgatgaacatcttgctaaacgtgatggaattggaalttgggatacaaaatca ttttcaattogtgctacaaaaggtacaaaacttcttgttatggaagttccaatgtaataagagctc SEQ ID NO 5 tarafindan kodlanan polipeptid sekansi, SEQ ID NO 6 olarak gösterilmistir. SEQ ID NO 6 asagidaki sekansa sahiptir: GTMKKVlDRASSRGYFNHGWLKTHHTFSFANYYNPERIHFGALRVLNDDSVDPSM GFDTHPHKNMEVISlPLKGYLRHGDSVONTKTITPGDIQVMSTGSGIYHSEYNDSK EEQLEFLQlWVFPRlENTKPEYNNFDIRPLLKPNELSLFISPNGKTPASIKQDAWFSM G DF DTE RTl EYCMHQEGNGAYLFVI EGEl SVADEH LAKRDGI GIWDTKSFSI RATKG TKLLVM EVP M EL Bir düzenlemede, HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 veya SEQ ID NO 5 (Harak gösterilen polinükleotid sekansina en az %75, %80, %85, %90, polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6 olarak gösterilen bir polipeptidi veya SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6 düzenlemede, HP polipeptidi, tepesi kesilmis bir HP polipeptididir. Örnegin, bu tepesi kesilmis polipeptid, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6 olarak gösterilen 200 amino asidini içerir.10 Bir düzenlemede, HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, tepesi kesilmis bir HP polipeptidini kodlar.

Bir düzenlemede, HP polipeptidi bir füzyon polipeptididir. Örnegin, bu polipeptid glutatyon S- transferaz (GST) ile kaynastirilir.

Konakçi hücre Açiklamanin bir yönünde, burada tarif edildigi gibi bir konakçi hücre, HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi içerir.

Açiklamanin bir baska yönünde, burada tarif edildigi gibi bir konakçi hücre, HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi içeren bir ekspresyon vektörü içerir.

Açiklamanin bir baska yönünde, burada tarif edildigi gibi bir konakçi hücre, konakçi hücrenin HP'yi asiri eksprese etmesine neden olan bir nükleotid sekansi ile dönüstürülmüstür. Örnegin, konakçi hücrenin bir polinükleotid sekansi HP'yi (bir endojenöz polinükleotid sekansi gibi) asiri eksprese etmesini saglayan, bir konakçi hücrenin genomuna bir baslatici sokulur - yani, bu baslatici HP'yi kodlayan polinükleotid sekansini asiri eksprese edebilir.

Burada kullanildigi sekliyle "konakçi hücrenin HP'yi asiri eksprese etmesine neden olan bir nükleotid sekansi" ve "HP'yi kodlayan polinükleotid sekansini asiri eksprese edebilen promoter" ifadesindeki "asiri eksprese etme" terimi, sifirdan bir ekspresyon seviyesine kadar olan ekspresyonda bir artisi ya da dönüstürülmüs konakçi hücre dönüsümden önce esdeger konakçi hücre ile karsilastirildiginda daha düsük bir ekspresyon seviyesinden daha yüksek bir ekspresyon seviyesine (örnegin, yukari regülasyon) gidisi ifade eder.

Açiklamanin bir yönünde, HP'yi asiri eksprese eden dönüstürülmüs bir konakçi hücrede HP'yi kodlayan mRNA'nin seviyesi, bu mRNA'nin seviyesi dönüsümden önceki es deger konakçi hücre ile karsilastirildiginda, dönüstürülmüs bir olacak sekilde arttirilir (yani, yukari regüle edilir).

HP'yi asiri eksprese eden konakçi hücrelerin örnekleri sunlari içerir: (i) HP'yi kodlayan bir ekspresyon vektörüyle dönüstürülmüs konakçi hücreler (adi geçen konakçi hücrenin dönüsümünden önce HP'yi eksprese edemez); ve (ii) endojen bir HP'nin ekspresyonunu yukari regüle etmek 'üzere dönüstürülmüs konakçi hücreler (bahsedilen konakçi hücrenin dönüsümünden önce belirli bir kültür kosullari sekansi için bahsedilen HP'yi eksprese edebildi, ancak dönüsümden sonra bahsedilen konakçi hücre ayni kültür kosullarinda bahsedilen HP'yi daha yüksek seviyede eksprese edebildiL HP polipeptidini kodlayan poiinükleotid sekansi, konakçi hücre için optimize edilmis kodon olabilir. Örnegin, polipeptid sekansi, E. COII 'de ekspresyon için optimize edilmis kodon olabilir (SEQ ID NO 3) ya da polipeptid sekansi Lactococcus (SEQ ID NO 5 gIbIL kodlayan poiinükleotid sekansini ya da burada tarif edilen gibi adi geçen polinükleotid sekansini içeren bir ekspresyon vektörünü içeren herhangi bir hücreyi kapsamaktadir. Konakçi hücre, burada açiklanan gibi spesifik özelliklere sahip bir proteinin rekombinant üretiminde kullanilabilir. Konakçi hücre, HP'yi kodlamak için heterolog bir poiinükleotid sekansi ihtiva edebilir ya da kendi dogal HP polinükIeOIIdInI eksprese eden, bir hücre olabilir. Örnegin, konakçi hücre Bacteroides türlerinden Bacteroides thetaiotaomicronolabilir.10 Burada kullanildigi sekliyle "konakçi hücre" terimi, "konakçi organizma" ve "konakçi im kroorganizma" ile birbirinin yerine kullanilabilir.

Dolayisiyla, burada tarif edildigi gibi HP'yi sifreleyen bir polinükleotid sekansi ile transforme 'veya transfekte edilmis veya burada tarif edilen adi geçen polinükleotid sekansini içeren bir ekspresyon vektörü açiklanmistir.

Burada kullanildigi sekliyle "transfekte edilmis hücre" veya sekilde HP'yi sifreleyen bir polinükleotid sekansini veya burada tarif edilen adi geçen polinükleotid sekansini içeren bir ekspresyon vektörünü içerecek sekilde transfekte edilmis bir konakçi hücre anlamina gelir. Ek olarak veya alternatif olarak, konakçi hücre, konakçi hücrenin HP'yi kodlayan bir polinükleotid sekansini asiri eksprese etmesine neden olan bir nükleotid sekansi ile dönüstürülmüstür. Örnegin, bir baslatici, konakçi hücrenin HP'yi kodlayan bir endojen poli nükleotid sekansini asiri eksprese etmesini saglayan bir konakçi hücrenin genomuna yerlestirilir.

Burada kullanilan "dönüstürülmüs hücre" veya "dönüstürülmüs konakçi hücre" terimi, degistirilmis bir genetik yapiya sahip bir konakçi hücre anlamina gelir. dönüstürebilen herhangi bir hücreyi içerir.

Konakçi hücreler, vektör ile uyumlu olacak sekilde seçilecektir ve örnegin prokaryotik (örnegin bakteriyel), mantar. maya veya bitki hücreleri olabilir.

POIIpeptid HP'yi kodlayan polinükleotid sekanslarini veya adi10 geçen pOIInükIeOtId sekansini içeren bir ekspresyon vektörünü içeren konakçi hücreler, in vitro, in VIVO ve ex VIVO kosullar altinda pOIIpeptId HP'yi eksprese etmek için kullanilabilir.

Açiklamanin bir yönünde, konakçi hücre, bir mikroorganizma örnegin bir bakteridir. Tipik olarak, beslenme kanalinda ya da sindirim kanalinin bir bölümü üzerinde yasayan mikroorganizmadir. Uygun bakteriyel konakçi hücrelerin örnekleri, gram pozitif veya gram negatif bakteri türleridir. Örnegin, konakçi hücre, Bacteroides türleri ( Bacteroides thetaiotaomicron gibi), E. coli, Lactococcus türleri ( L. lactis gibi), Lactobacillus türleri, Bifidobacterium türleri, ve Streptococcus türlerinden (Streptococcus thermophilus gibi) olusan gruptan seçilebilir.

Açiklamanin bir yönünde, konakçi hücre, HP'yI kodlayan bir eksojen polinükleotid sekansini içerir.

Açiklamanin bir baska yönünde, konakçi hücre, HP'yI kodlayan bir endojen polinükleotid sekansini içerir. Örnegin, dogal olmayan bir baslaticinin (bir konstitütif baslatici gibi) kontrolü altinda endojen polinükleotid sekansidir. Baska bir örnekte, konakçi hücre, endojen poiinükieOtId sekansinin çoklu kopyalarini içerir. dogal baslaticisinin kontrolü altindayken dogal nükleotid kodlayici sekanslarini dogal ortamlarinda kapsamamaktadir.

Dogal ortaminda bulunmayan dogal bir nükleotid sekansina sahip olan bir konakçi hücrenin bir örnegi, SEQ ID NO 1 içeren Bacteroides thetaiotaomicron VPI- 5482'dir, burada SEQ ID NO 1 dogal olmayan bir baslaticinin (bir konstitütif baslatici gibi) kontrolü altindadir. Baska bir örnekte, SEQ ID NO 1'i içeren Bacteroides thetaiotaomicron VPI- 5482, SEQ ID NO 1'in birden fazla kopyasina sahiptir.10 NükIeOtid sekansinin dogasina ve / veya eksprese edilen proteinin daha fazla islenmesi için arzu edilirlige bagli olarak, mayalar veya baska mantarlar gibi ökaryotik konakçilar veya böcek hücreleri (örnegin, böcek Sf9 hücreleri gibi) kullanilabilir. Genel olarak maya hücreleri, fungal hücrelerden daha fazla tercih edilir, çünkü islenmeleri daha kolaydir. Bununla birlikte, bazi proteinler ya maya hücresinden iyi salgilanmamistir ya da bazi durumlarda düzgün sekilde islenmemistir (Örnegin, mayada hiperglisozilasyon). Bu durumlarda, farkli bir fungal konak organizmasi seçilmelidir.

Uygun konakçi hücrelerin - maya, mantar ve bitki konakçi hücreleri gibi - kullanimi, burada tarif edilen polipeptid üzerinde optimal biyolojik aktivite saglamak için gerekli olabilecegi gibi translasyon sonrasi. modifikasyonlar (mesela miristoillenme, glikosilasyon, kesikleme, lapidasyon ve tirozin, serin veya treonin fosforilasyonu) saglayabilir.

Konakçi hücreler, polipeptidin ekspresyonuna izin veren uygun kosullar altinda kültürlenebilir.

Açiklamanin bir yaklasiminda, polipeptid, enzimatik, kimyasal ve / veya ozmotik parçalama ve fiziksel bozulma dahil olmak üzere teknikte bilinen çesitli tekniklerle konakçi hücrelerden ekstrakte edilebilir. Polipeptid, bilinen bir sekilde kendi basinasaflastirilabilir ve izole edilebilir.

Konakçi hücrelerin dönüsümü Prokaryotik konakçilarin transformasyonu ile ilgili ögretiler, teknikte iyi belgelenmistir, örnegin bkz. Sambrook ve arkadaslari (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition, 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press). Bir prokaryotik konakçi kullaniliyorsa, bu durumda nükleotid sekansinin, dönüsümden önce, örnegin intronlarin çikarilmasi gibi, uygun bir sekilde modifiye edilmesi gerekebilir.10 Ipliksi mantar hücreleri, protoplast olusumunu ve protoplastlarin transformasyonunu takiben bilinen bir sekilde hücre duvarinin rejenerasyonunu içeren bir islem gibi teknikte bilinen çesitli yöntemler kullanilarak dönüstürülebilir. Bir konakçi mikroorganizma olarak Aspergillus 'un kullanimi EP O Bir diger konakçi organizma bir bitki olabilir. Bitkilerin dönüstürülmesi için kullanilan genel tekniklerin bir incelemesi Potrykus (Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol March/April 1994 17- 27) makalelerinde bulunabilir. Bitki dönüsümü ile ilgili daha fazla ögreti EP- A- 0449375'de bulunabilin Mantarlarin, mayalarin ve bitkilerin dönüsümü ile ilgili genel ögretiler, asagidaki bölümlerde sunulmaktadir.

Dönüstürülmüs mantarlar Bir konakçi hücre, bir küf gibi bir mantar olabilir. Bu gim konakçilarin uygun örnekleri arasinda Thermomyces, Acremonium, Aspergillus, Penicillium, Mucor, Neurospora, Trichoderma ve benzeri cinslerine ait herhangi bir üye bulunur.

Açiklamanin bir yönünde, konakçi hücre bir IplIkSI mantar olabilir.

Filamentöz mantarlarin dönüstürülmesi, ipliksi mantarlarin transformasyonu ve mantarlarin kültürlenmesi için standart tekniklerin bu alanda iyi bilindigini belirten US- A- 5741665'de ele alinmaktadir. N. crassa `ya uygulananlar gim tekniklerin kapsamli bir degerlendirmesi örnegin, Davis ve de Ipliksi mantarlarin dönüstürülmesinde de kullanilabilecek diger ögretiler; US- A- 5674707'de degerlendirilmektedir.

Ek olarak, ipliksi mantarlarda› gen ekspresyonu Punt ve dig. ögretilir.

Mevcut tarifname. bu standart tekniklerin kullanilmasiyla hazirlanan mevcut açiklamaya göre transgenik ipliksi mantarlarin üretimini kapsamaktadir.

Bir yaklasimda, konakçi organizma, Aspergillus niger gibi Aspergillus cinsi olabilir.

Bir transgenik Aspergillus örnegin, Turner G. 1994 (Vectors for genetic manipulation. In: Martinelli SD, Kinghorn JR (Editörler) Aspergillus: 50 yil. Progress in industrial ögretileri takip ederek hazirlanabilir.

Dönüstürülmüs maya Açiklamanin bir baska yönünde, transgenik organizma bir maya olabilir. Örnegin, mayada heterolog gen ekspresyonu prensiplerinin bir Bu bakimdan, Saccharomyces cerevisi veya Pichia pastoris türleri gibi (bakiniz, FEMS Microbiol Rev (2000 24 (1): 45- 66), mayalar heterolog gen ekspresyonu için bir vasita olarak kullanilabilir.

Saccharomyces cerevisiae 'deki heterolog gen ekspresyonunun ve10 gen ürünlerinin salgilanmasi prensiplerinin bir incelemesi E Hinchcliffe E Kenny (1993, "Yeast as a vehicle for the expression of heterologous genes", Yeasts, Vol 5, Anthony H Rose ve J Stuart Harrison, editörler, 2. baski, Academic Press Ltd.)'de verilmektedir.

Mayanin dönüsümü için birkaç dönüstürme protokolü gelistirilmistir. örnegin, transgenik bir Saccharomyces ögretilerini takip ederek hazirlanabilir. Hinnen ve arkadaslarinin, (1978, Proceedings of the National Academy of Bacteriology 153, 163- 168) ögretileri takip edilerek hazirlanabilir.

Dönüstürülmüs maya hücreleri, OkSOtrOfik markörler, baskin antibiyotik direnci markörleri gibi çesitli seçici markörler kullanilarak seçilebilir.

Dönüstürülmüs bitkiler / bitki hücreleri Açiklamanin mevcut yaklasimina uygun bir konakçi hücre bir bitki olabilir. Bu baglamda, genetik olarak modifiye edilmis bitkilerin yapiminda temel prensip, eklenen genetik materyalin stabil bir sekilde korunmasini elde etmek için bitki genomuna genetik bilgi eklenmesidir. Genel tekniklerin bir incelemesi Potrykus (Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42 205- 225) veChristou (gro- Food- Industry Hi- Tech March/April 1994 17- 27) makalelerinde bulunabilir.

Bitki dokularinin Agrobacterium ile dogrudan enfeksiyonu, yaygin olarak kullanilan ve Butcher D.N. ve arkadaslari, (1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, editörler.: D.S. Ingrams ve J.P. Helgeson, 203- 208 'de tarif edilen basit bir tekniktir.

Bitkiler dönüstürmek için diger teknikler arasinda balistik10 dönüstürme, silikon kili karbur teknigi (bkz, Frame BR, Drayton PR, Bagnaall SV, Lewnau CJ, Bullock WP, Wilson HM, Dunwell JM, Thompson JA & Wang K (1994) Production of fertile transgenic maize plants by silicon carbide whisker- mediated transformation, The Plant Journal 6: 941- 948) ve viral dönüsüm teknikleri (örnegin bkz, Meyer P, Heidmann I & Niedenhof I (1992) The use of cassava mosaic virus as a vector system for plants, Gene 110: 213- 217) bulunur.

Bitki dönüsümü ile ilgili daha fazla ögreti EP- A- 0449375'de bulunabilin Bitki hücreleri, hücrelerin amino asitler, bitki hormonlarL vitaminler vb. gibi gerekli büyüme faktörleri ile birlikte tedarik edilen uygun bir kültür ortaminda kültürlenmesi gibi iyi bilinen doku kültürü yöntemlerine uygun olarak yetistirilebilir ve muhafaza edilebilir.

Bir baska yönüyle mevcut açiklama, mevcut açiklamaya uygun olarak bir nükleotid sekansini veya yapiyi tasiyan ve bir bitki gibi bir organizmanin genomuna nükleotid sekansini veya yapisini dahil edebilen bir vektör sistemi ile ilgilidir.

Vektör sistemi bir vektör içerebilir, ancak iki vektör içerebilir. Iki vektör olmasi durumunda, vektör sistemi normal olarak bir ikili vektör Sistemi seklinde adlandirilir. Ikili vektör sistemleri daha ayrintili olarak Gynheung An ve digerleri, (1980), Binary Vectors, Plant Molecular Biology Manual A3, 1- l9'de açiklanmaktadir.

Bitki hücrelerinin transformasyonu için yaygin olarak kullanilan bir sistem, Agrobacterium tumefaciens 'den Ti plazmidini ya da Agrobacterium rhizogenes 'den bir Ri plazmidini kullanir, An ve arkadaslari, (1986), Plant PhySIOI.

Culture Methods for Plant Pathologists, editörler: D.S.10 promotörün veya yapinin veya nükleotid sekansinin her giris yönteminden sonra, baska DNA sekanslarinin varligi ve / veya eklenmesi gerekli olabilir. Örnegin transformasyon için bitki hücrelerinin Ti- veya RI- plazmidi kullanilirsa, en azindan Ti- ve Ri- plazmid T- DNA'nin sag siniri ve çogunlukla sag ve sol sinirlari, tanitilan genlerin bitisik alanlari olarak baglanabilir. Bitki hücrelerinin dönüstürülmesi için T- DNA kullanimi EP- A- 120516; Hoekema, in: The Binary Plant Vector System Offset- drukkerij Kanters B.B., Alblasserdam, 1985, Chapter V; Fraley ve arkadaslari, Crit. Rev. Plant Sci., 4: 1- olarak çalisilmistir ve açiklanmaktadir.

Kültür ve üretim Burada tarif edilen nükleotid sekansi ile dönüstürülen konakçi hücreler, sifrelenmis polipeptidin üretimine olanak saglayan ve polipeptidin hücrelerden ve / veya kültür ortamindan geri kazanimini kolaylastiran kosullar altinda kültürlenebilir.

Hücrelerin yetistirilmesi için kullanilan ortam, SÖZ konusu konakçi hücrenin büyütülmesi ve polipeptidin ekspresyonunun elde edilmesi için uygun herhangi bir geleneksel ortam olabilir.

Bir rekombinant hücre tarafindan üretilen protein, hücrenin yüzeyi üzerinde gösterilebilir.

Protein, konakçi hücrelerden salinabilir ve iyi bilinen prosedürler kullanilarak uygun bir sekilde kültür ortamindan geri kazanilabilir.

Salgilama Siklikla, proteinin ekspresyon konakçi hücresinden, proteinin dahar kolay bir sekilde geri kazanilabildigi kültür ortamina salgilanmasi arzu edilir. Bu açiklamaya göre salgilama öncü10 sekansi, arzu edilen ekspresyon konakçisi temelinde seçilebilir. Hibrid sinyali sekanslari da mevcut bulusun baglami ile kullanilabilir.

Heterolog salgilama öncü sekanslarinin tipik örnekleri, fungal amiloglukosidaz (AG) geninden (gla hem A - 18 hem de 24 amino asit versiyonlari, örnegin Aspergillus'tan), a- faktör geni (mayalar örnegin, Saccharomyces, Kluyveromyces ve Hansenula) veya d- amilaz geninden(Bacillus)çikanlardir.

Ornek olarak, E. coli içinde heterolog proteinlerin incelenmektedir.

Ekspresyon vektörleri ekspresyon yapabilen bir yapi anlamina gelir. bir promotöre dogrudan veya dolayli olarak baglanabilen bir nükleotid sekansini içerir. Dolayli bir baglantinin bir örnegi, mevcut bulusun promotörü ve nükleotid sekansi olan ara bag, Shl- intron veya ADH intronu gibi bir intron sekansi benzeri uygun bir aralama grubunun saglanmasidir. Aynisi, dogrudan veya dolayli baglanma içeren mevcut bulusla ilgili terimler, her ikisi. de dogal ortamlarinda. olduklarinda normalde vahsi tipli gen promotörü ile iliskili proteini kodlayan nükleotid sekansin dogal kombinasyonunu kapsamaz.

Yapi, genetik yapinin seçilmesine olanak saglayan bir isaretleyici içerebilir veya bunu eksprese edebilir.

Bazi uygulamalar için, yapi burada tarif edilen bir promotöre islevsel olarak bagli en az bir nükleotid sekansini içerir.

Mevcut açiklamanin nükleotid sekansi, nükleotid sekansinin, uygun bir konak hücre tarafindan nükleotid sekansinin ekspresyonunu saglayabilen düzenleyici sekanslara islevsel olarak bagli oldugu bir vektörde mevcut olabilir.

Bazi düzenlemelerde, bir ekspresyon vektörünün HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, polinükleotid sekansi ile dönüstürülecek veya dönüstürülmüs veya transfekte edilmis olan konakçi hücre için optimize edilmis kodon olabilir. amaçlanan sekilde islev görmelerine izin veren bir iliski içinde olduklari bir yan yana durusu ifade eder. Bir kodlama sekansina "islevsel olarak bagli" bir düzenleyici sekans, kodlama sekansinin ekspresyonunun kontrol sekanslarina uyumlu bir durum altinda elde edilecegi sekilde baglanir. Örnegin, bir promotör, kodlayici sekansin transkripsiyonunu kontrol ederse, bir kodlama sekansina islevsel olarak baglidir. ve diger ekspresyon düzenleyici sinyalleri içerir. polimeraz baglama alani olarak kullanilir. Promotör, nükleotid sekansina heterolog veya homolog olabilir.

Burada tarif edilen nükleotid sekansinin gelistirilmis ekspresyonu, örnegin, promotör, sekresyOn öncü ve sonlandirici bölgeleri gibi heterolog düzenleyici bölgelerin seçilmesiyle de elde edilebiIiL10 Bir düzenlemede, burada tarif edilen nükleotid sekansi, en azindan bir promotöre islevsel olarak baglidir.

Diger promotörler, burada tarif edilen polipeptidin ekspresyonunu yönlendirmek için kullanilabilir.

Nükleotid sekansinin bir bakteriyel, fungal veya maya konakçi içinde transkripsiyonunu yönlendirmek için uygun promotörlerin örnekleri teknikte iyi bilinmektedir.

Promotör ek olarak, uygun bir konakçida ekspresyonu saglamak veya arttirmak için özellikler de içerebilir. Örnegin, özellikler bir Pribnow Kutusu veya bir TATA kutusu gibi korunan bölgeler olabilir.

Uygun bir konakçiya dönüstürüldükten sonra, vektör, konakçi genomundan bagimsiz olarak çogalabilir ve islev görebilir ya da bazi durumlarda, uygun bir konakçi hücrenin genomuna dahil edilebilir. Bazi durumlarda, "dahil edilmis" terimi, genoma stabil sekilde dahil olmayi kapsar.

Mevcut bulusta kullanima yönelik vektörler, mevcut açiklamaya ait bir polipeptidin ekspresyonunu saglamak için burada tarif edildigi gibi uygun bir konakçi hücreye dönüstürülebilir.

Vektör, bir plazmid, bir faj parçacigi veya sadece potansiyel bir genomik insert olabilir.

Vektör seçimi örnegin, bir plazmid, kosmid veya faj vektörü, çogunlukla içine sokuldugu konakçi hücreye bagli olacaktir.

Mevcut bulusta kullanilmak üzere vektörler, antibiyotik direnci örnegin ampisilin, kanamisin, kloramfenikol veya tetrasiklin direnci saglayan bir gen gibi bir veya daha fazla seçilebilir markör geni içerebilir. Alternatif olarak, seçim10 kO- transformasyon ile gerçeklestirilebilir ( WO9l / 17243'de açiklandigi gibi).

Vektörlerin vitro olarak örnegin, RNA üretimi için kullanilabilir veya bir konakçi hücreyi transfekte etmek, dönüstürmek, kalit aktarmak veya enfekte etmek için kullanilabilir.

Vektör ayrica, vektörün söz konusu konakçi hücrede çogalmasini saglayan bir nükleotid sekansi içerebilir. Bu sekanslarin örnekleri plazmidler pUC19, pACYC177, pUBllO, pE194, pAMBl and pIJ702'nin replikasyonunun neslidir.

Bir düzenlemede, bir ekspresyon vektörü, mevcut bulusa göre bir veya daha fazla polinükleotid sekansi içerir.

Polinükleotid sekansi, ekspresyon vektörü ile transforme veya transfekte edilmis bir konakçi hücreye heterolog veya homolog olabilir.

Bozukluklar HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi, bir denekte bir bozuklugun tedavisi ve / veya önlenmesi için kullanilabilir; burada söz konusu bozukluk, bir inflamatuvar bozukluk ve / veya bir otoimmün bozukluktur. Bozukluk ayrica otimn de dahil olmak üzere CNS olabilir.

Bir düzenlemede bu bozukluk, sindirim kanalini, sindirim kanalinin bir bölümünü, karacigeri, karaciger hücrelerini, epitelyal hücreleri, epidermal hücreleri, nöronal hücreleri, pankreas ve / veya pankreas hücrelerini (Langerhans adaciklari gibi), böbrekleri, dalagi, akcigerleri ve kalp ve / veya bunlarin hücrelerini etkiler.

Sindirim kanalina ait bölümlerin (yani, kisimlarin) örnekleri arasinda agiz, yemek borusu, mide ve bagirsak (ince bagirsak10 (örnegin, duodenum, jejunum ve ileum) ve / veya kalin bagirsak (örnegin, kör bagirsak, çikan kolon, enine kolon, inen kolon ve sigmoid kolon) gibi) bulunur.

Epitelyal hücrelerin örnekleri, bagirsak, agiz içi, akciger, burun, vajinal epitelyal hücreleri içerir.

Bir düzenlemede bozukluk, inflamatuvar bagirsak bozuklugu (IBD), kolit, romatoid artrit, sedef hastaligi, multim skleroz, tip I diyabet, çölyak. hastaligi, atopik dermatit, rinit, irritabl bagirsak sendromu (IBS), ülseratif kOIIt, pouchitis, Crohn hastaligi, fonksiyonel dispepsi, atopik hastaliklar, nekrotizan enterokolit, alkolsüz yagli karaciger hastaligi, gastrointestinal enfeksiyon, Lupus, nefrit / glomerülonefrit, astim, KOAH, mikokardit ve bunlarin kombinasyonlarini içeren gruptan seçilir.

Bir yaklasimda bu bozukluk, bagirsagi etkiler.

Bir yaklasimda ise bu bozukluk inflamatuvar bir rahatsizliktir. Örnegin, bozukluk Crohn hastaligi gibi bir inflamatuvar bagirsak bozuklugudur (IBD).

Bir yaklasimda bu bozukluk bir otoimmün bozukluktur. Örnegin, bu otoimmün bozukluk, ülseratif kolit, pouchitis, romatoid artrit, sedef hastaligi, multipl skleroz, tip I diyabet, alerjiler (çölyak hastaligi dahil), atopik dermatit, rinit, Lupus, nefrit / glomerülonefrit, astim, KOAH ve mikokarditten olusan gruptan seçilir.

Bir düzenlemede, denek monogastrik (tek mideli) bir hayvandir.

Monogastrik hayvanlara ait örnekler arasinda kümes hayvanlari, insanlar, siçanlar, domuzlar, köpekler, kediler, atlar ve tavsanlar bulunur.10 Baska bir düzenlemede, denek, bir monogastrik memeli gibi bir memelidir.

Monogastrik memelilere örnekleri omnivorlar (insanlar, siçanlar ve domuzlar gibi), etoburlar (köpekler ve kediler gibi) ve otoburlar (atlar ve tavsanlar gibi) dahildir.

Bir düzenlemede denek, bir insandir.

Bir düzenlemede denek, inflamatuvar bagirsak bozuklugu (IBD), kolit, romatoid artrit, sedef hastaligi, multipl skleroz, tip bagirsak sendromu (IBS), ülseratif kolit, pouchitis, Crohn hastaligi, fonksiyonel dISpepSi, atopik hastaliklar, nekrotizan enterokolit, alkolsüz yagli karaciger hastaligi, gastrointestinal enfeksiyon, Lupus, nefrit / glomerülonefrit, astim, KOAH, mikokardit. ve bunlarin kombinasyonlarini içeren gruptan seçilen bir bozukluga sahiptir. Örnegin, denek IBS hastasidir.

Modülasyon/düzenleme Burada "modülasyon" ve "düzenleme" terimleri birbirlerinin yerine kullanilabilir.

Bir düzenlemede HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi, bir denekteki bir hücrenin, bir dokunun veya bir organin iltihaplanmasini module etmek için kullanilir.

Bir düzenlemede "modülasyon" terimi, bir artisi ve / veya indüksiyonu ve ./ veya arttirimi ve ,/ veya aktivasyonu ifade eder. Alternatif bir düzenlemede, "modülasyon" terimi, bir azalma ve / veya indirgeme ve / veya inhibisyon anlamina gelmektedin Bir düzenlemede “düzenleme" terimi, bir yukari düzenlemeyi (artisi) belirtir. Alternatif bir düzenlemede, "düzenleme" terimi, bir asagi dogru düzenlenmeyi ifade eder.

Bir düzenlemede, burada tarif edildigi gibi HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, bir hücrenin, bir dokunun veya bir organin iltihaplanmasini azaltir. Örnegin, sindirim kanalinin, sindirim kanalinin (örnegin, bagirsak gibi) bir bölümü (yani, kismi), karaciger, karaciger hücreleri, epitelyal hücreleri, epidermal hücreler, nöronal hücreler, pankreas ve / veya pankreatik hücrelerin bir bölümü (Langerhans adaciklari gibi), böbrekler, dalak, akcigerler ve kalp ve / veya bunlarin hücreleri gibi hücrelerin iltihabi azalir.

Bir örnekte, sindirim kanalinin veya bunun bir kisminin (bagirsak gibi) iltihaplanmasi azaltilir.

Baska bir örnekte, dokunun veya organin epitelyal hücreleri ile iltihaplanma azaltilir.

Burada kullanilan sekliyle "iltihap'i terimi, asagidakilerin bir veya daha fazlasini ifade eder: kizariklik, sisme, agri, hassasiyet, ates ve bagisiklik sisteminin asiri reaksiyonun tetikledigi bir iltihaplanma sürecinden dolayi bir hücrenin, bir doku veya organin bozulmus islevi.

Bir düzenlemede, bir denekteki iltihapli hücre sayisi, burada tarif edilen polipeptidin veya polinükleotidin tatbik edilmesinden sonra burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidi ya da bu HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önce denekteki iltihapli hücrelerin sayisina Bir düzenlemede, bir denekteki iltihapli bir doku veya organin miktari, burada tarif edilen polipeptidin veya polinükleotidin tatbik edilmesinden sonra burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidi ya da bu HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önce denekteki iltihapli doku ya da daha düsüktür.

Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, doku ya da organin epitelyal hücreleri ile iltihaplanmayi azaltir. Örnegin, epitelyal hücreler, sindirim kanalinin veya bunun bir kisminin (bagirsak gibi) epitel hücreleridir.

Teori ile sinirlanmak istenmemekle birlikte, burada tarif edilen gibi HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, bir denekteki T` hücrelerinin (örnegin Tregs olarak da adlandirilabilen düzenleyici T hücreleri gibi) üretimini arttirir. Treg sayilarindaki bu artis, inflamasyonu, otoimmüniteyi ve alerjik / atopik kosullari harekete geçiren Thl, Th17 ve Th2 gibi diger efektör T hücrelerinin (ayni zamanda Teffs olarak da anilir) etkileriyle mücadele edebilir.

Crohn hastaligi ve ülseratif kolitte, Teff / Treg hücre dengesi kaybolur.

Bir düzenlemede, bir denekteki T hücrelerinin üretimi, bir denege buradar tanimlanan gibi bir HP polipeptidi ya da bu HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi tatbik edilmeden önce denekteki T hücreleri ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotidin fazla T hücresi veya %100'den daha fazla T hücresi olacak sekilde arttirilir.

Bagirsak bariyeri bütünlügü10 Bir düzenlemede, HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi, bir denekteki bagirsak bariyeri bütünlügünü iyilestirmek için kullanilir.

Burada kullanildigi sekliyle "bagirsak bariyeri bütünlügünün iyilestirilmesi" terimi, burada tarif edilen gibi bir polipeptid ya da polinükleotidin uygulanmasindan önce bir denekteki diger hücrelere bagirsaktan yayilan mikroorganizmalarin sayisi ve / veya türü ile karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasinin ardindan bir denekteki diger hücrelere bagirsaktan yayilan mikroorganizmalarin sayisinda ve / veya türündeki bir azalmayi ifade eder.

Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidinin ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansinin denege uygulanmasindan Önce bir denekteki diger hücrelere bagirsaktan yayilan mikroorganizmalarin sayisi ile karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasinin ardindan bir denekteki diger hücrelere bagirsaktan yayilan daha azdir.

Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidinin ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansinin denege uygulanmasindan önce bir denekteki diger hücrelere bagirsaktan yayilan mikroorganizmalarin türü ile karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasinin ardindan bir denekteki diger hücrelere bagirsaktan yayilan mikroorganizmalardan en az %5, %10, %15 ya da %20 daha az tür Bakteri seviyeleri Bir düzenlemede, HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi, daha faydali bir mikrobiyota saglamak için bir doku veya organ içindeki bakteriyel bilesimi modifiye etmek, için kullanilir. Örnegin, bulus bir denekte bulunan bir dokudaki ya da organdaki bir veya daha fazla seviyesini azaltmak için ve / veya bir denekte bulunan bir dokudaki veya organdaki bir veya daha fazla Iaktoz fermente etmeyen bakteri türünün seviyesini azaltmak için kullanilabilir.

Burada kullanildigi sekliyle "bir veya daha fazla laktoz fermente edici bakteri türünün azaltilmasi" terimi, burada tarif edilen gibi polipeptid veya polinükleotidin uygulanmasindan önce bir denekteki doku ya da organda bulunan laktoz fermente edici bakterilerin sayisi ile karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptidin ya (ti polinükleotidin uygulanmasindan sonra bir denekteki bir dokuda ya da organda bulunan Iaktoz fermente edici bakterilerin sayisindaki bir azalmayi ifade eder.

Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidinin ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansinin denege uygulanmasindan önce denegin bir dokusunda ya da organinda bulunan laktoz fermente edici bakterilerin sayisi ile karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra denegin bir dokusunda ya da organinda bulunan laktoz fermente daha azdir.

Laktoz fermente edici bakterilerin örnekleri arasinda E. COlI, Enterobacter veKIebsieIIa bulunur.

Burada kullanildigi sekliyle "bir veya daha fazla laktoz10 fermente etmeyen bakteri türlerinin azaltilmasi" terimi, burada tarif edilen gibi polipeptid veya polinükleotidin uygulanmasindan önce bir denekteki doku ya da organda bulunan laktoz fermente etmeyen bakterilerin sayisi ile karsilastirildiginda, bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra bir denekteki bir dokuda ya da organda bulunan laktoz fermente etmeyen bakterilerin sayisindaki bir azalmayi ifade eder.

Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidinin ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansinin denege uygulanmasindan önce denegin bir dokusunda ya da organinda bulunan laktoz fermente etmeyen bakterilerin sayisi ile karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra denegin bir dokusunda ya da organinda bulunan laktoz fermente daha azdir.

Laktoz fermente etmeyen bakterilerin örnekleri Salmonella, Proteus Species, Pseudomonas aeruginosa veShigeIla içerir.

Bir düzenlemede, doku veya organ, mezenterik lenf dügümlerL karaciger, pankreas, dalak ve bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilir.

Istah ve / veya kilonun düzenlenmesi Bir düzenlemede, polipeptid HP veya sözü edilen polipeptidi kodlayan bir polinükleotid Sekansi, bir denekteki (örnegin, lBD'ye sahip bir birey) istahi (örnegin gida alimini) düzenlemek için kullanilir.

Burada kullanildigi haliyle, "istahi düzenlemek" veya "istahi düzenleyen" terimi, bir denegin yemek yemeye yönelik istegini degistirme (örnegin artirma veya azaltma) yetenegini ifade Bir düzenlemede, "düzenlemek“ veya "düzenleme" terimi, istahtaki (örnegin, gida alimindaki) artisi ifade eder.

Alternatif bir düzenlemede, "düzenlemek" veya "düzenleme" terimi, istahtaki (örnegin, gida alimindaki) azalmayi ifade Örnegin burada tarif edilen gibi polipeptid veya polinükleotid, denekteki istahi muhafaza eder veya uyarir.

Bir düzenlemede, HP polipeptidi veya sözü edilen polipeptidi kodlayan bir polinükleotid sekansi, bir denegin (Örnegin, Bir düzenlemede, "düzenlemek" veya "düzenleme" terimi, kilodaki bir artisi ifade eder. Alternatif bir düzenlemede, ifade eder. Örnegin, burada tarif edilen gibi polipeptid veya polinükleotid, bir denegin kilosunu korur veya bir denegin kilosunu arttirir.

Teoriye bagli kalmak istenmeksizin, burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi, istahin bastirilmasiyla iliskili genlerin (doymusluk hormonlarini kodlayan genler gibi) ekspresyonunu azaltarak bir denegin istahi üzerinde uyarici bir etki yapar. Agt, Cartpt, CCk, CXCIIZ ve CCC, istahin düzenlenmesiyle iliskili genlerin örnekleridir ve bu genlerin bir veya daha fazlasinin asagi dogru düzenlenmesi istahin bastirilmasi ile iliskilidir.

Kolesistokinin (Cok) ve glukagon (Gcg) tokluk. hormonlarinin örnekleridir.

Bir yaklasimda, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi bir denekteki istahi uyarir, öyle ki burada tarif edilen gibi HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki durumdaki denekle karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra söz konusu denek en az %5, %10 ya da %15 daha fazla gida tüketir. Ek olarak veya alternatif olarak, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidini ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denegin istahini harekete geçirir, öyle ki burada tarif edilen gibi HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki durumdaki denekle karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin ilk tatbikinden 1 ay sonra denegin agirligi en az %2, %5 ya da %10 daha yüksektir.

Bir düzenlemede, burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi bir denegin kanindaki kolesistokinin (Cck) ve / veya glukagon (Gcg) seviyesim Bir yaklasimda, burada tarif edilen gibi HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi, burada tarif edilen gibi HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki durumda denekle karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptid ya da polinükleotidin denege uygulanmasindan sonra bir denegin kanindaki kolesistokinin (Cck) ve / veya glukagon (Gcg) seviyesini en az %5, %10, %15 ya da %20 azaltir.

Bir düzenlemede, burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi, bir denegin bir hücresinde ya da hücrelerinde kolesistokini (Cck) kodlayan10 genin ekspresyonunu ve / veya glukagonu (Gcg) kodlayan genin ekspresyonunu asagi yönde düzenler (azaltir).

Bir yaklasimda, bUrada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi kolesistokinini (Cck) kodlayan genin ekspresyonunu azaltir, öyle ki burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki durumda denekteh ekspresyon seviyesi ile karsilastirildiginda burada açiklanan gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonraki ekspresyon seviyesi (örn., mRNA seviyesi) en az %5, Bir yaklasimda, burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi glukagonu (Gcg) kodlayan genin ekspresyonunu azaltir, öyle ki burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki durumda denekteki ekspresyon seviyesi ile karsilastirildiginda burada açiklanan gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonraki ekspresyon seviyesi (örn., mRNA seviyesi) en az %5, %10, %15 ya da %20 daha azdir.

Bagirsak bölümünün uzunlugunun korunmasi Bir düzenlemede, HP polipeptidi ya da HP polipeptidim kodlayan bir polinükleotid sekansi, bir denegin bagirsak kisminin uzunlugunu (kalin bagirsak ve ,/ veya ince bagirsak Bagirsak kisimlarinin (yaniI bölümlerinin) örnekleri arasinda ince bagirsak (örnegin, duodenum, jejunum ve ileum) ve / veya kalin bagirsak (örnegin, kör bagirsak, çikan kolon, enine kolon, inen kolon ve sigmoid kolon) sayilabilir.

Burada kullanildigi sekliyle "uzunlugu korumak“ terimi, burada10 açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotid tatbik edilmeden önce bagirsagin bir bölümünün uzunlugu ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir* polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra bagirsagin bu bölümünün uzunlugunda hiç degisiklik olmadigi ya da küçük bir degisiklik oldugu anlamina gelir.

Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir polipeptid veya polinükleotid sekansi kalin bagirsagin uzunlugunda bir azalmayi önler. Ek olarak veya alternatif olarak, burada tarif edilen gibi bir polipeptid veya polinükleotid› sekansi, ince bagirsagin uzunlugundaki bir artisi önler.

Bir düzenlemede, burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege tatbik edilmeden önce denekteki kalin bagirsagin uzunlugu ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra bir denegin kalin bagirsaginin uzunlugundaki küçük bir degisiklik uzunluk olarak Bir düzenlemede, burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege tatbik edilmeden önce denekteki ince bagirsagin uzunlugu ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra bir denegin ince bagirsaginin uzunlugundaki küçük bir degisiklik uzunluk olarak Bagirsak bozulmasi Bir düzenlemede, HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi, bir denegin (örn. IBD'ye sahip bir denek gibi) bagirsagindaki bozulmayi (örnegin kalin bagirsak) azaltmak için kullanilir.

Burada kullanildigi sekliyle "bir denegin bagirsaginda bozulma" terimi, mukozal epitelyumun bütünlügü üzerinde bir etkiys ve / veya epitelyumdaki goblet hücrelerinin sayisi üzerindeki bir etkiyi ve / veya lamina propriaya sizan bagisiklik hücrelerinin sayisi üzerindeki bir etkiyi ifade Bir düzenlemede, açiklamaya ait polipeptid ya da polinükleotid sekansir mukozal epitelyumun bütünlügündeki bozulmayi azaltir ya da önler ve / veya epitelyumdaki goblet hücrelerinin sayisindaki bir azalmayi azaltir ya da önler ve / veya bagisiklik hücrelerinin lamina propriaya sizmasini azaltir ya da önler.

Bir düzenlemede, mukozal epitelyumun bütünlügünün bozulmasindaki bir azalma, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önce bu denekteki bagirsak lumeninden bagirsak hücrelerine geçen bakterilerin sayisi ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir* polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra bagirsak lumeninden bagirsak hücrelerine geçen bakteri sayisinda en az Bir düzenlemede, epitelyumda bulunan goblet hücrelerinin sayisindaki bir artis, burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önce bir denegin epitelyumundaki goblet hücrelerinin sayisi ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptidin uygulanmasindan sonra bir denegin epitelyumundaki goblet hücrelerinin sayisindaki en az %2, %5, Bir düzenlemede, bagisiklik hücrelerinin lamina propriaya10 sizmasindaki bir azalma, sabit bir süre (mesela 24 saat gibi) boyunca olacak sekildedir, öyle ki burada açiklanan gibi bir HP polipeptidinin ya da HP'yi kodlayan polinükleotid sekansinin denege uygulanmasindan önce bu denegin lamina propria hücrelerine geçen bagisiklik hücrelerinin (örn., T hücrelerinin) sayisi ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotid uygulandiktan sonra lamina propriaya geçen bagisiklik hücrelerinin sayisinda en az %5, %10, %15, %20 ya da %30'luk bir azalma söz konusudur.

Pro- inflamatvuar genler ve bariyer bütünlügü genleri Bir düzenlemede, HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi, bir denegin bir hücresinde veya hücrelerinde bir veya daha fazla pro- inflamatuvar genlerin ve / veya anti- inflamatuvar genlerin ve / veya bir veya daha fazla bariyer bütünlügü genlerinin ekspresyonunu düzenlemek için kullanilir.

Bir düzenlemede, "düzenlemek" terimi, pro- inflamatuvar genlerin veya anti- inflamatuvar genlerin bir veya daha fazlasinin ekspresyonunda bir yukari dogru düzenleme (artma) anlamina gelir. Alternatif bir düzenlemede, "düzenlemek" terimi, pro- inflamatuvar genlerin veya anti- inflamatuvar genlerin bir veya daha fazlasinin ekspresyonunda bir asagi dogru düzenleme (azalma) anlamina gelir.

Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptid veya HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, bir denegin bir hücresinde veya hücrelerinde bir veya daha fazla pro- enflamatuar genin ekspresyonunu asagi yönde düzenler (azaltir).

Burada kullanildigi haliyle "pro- inflamatuvar gen" terimi, eksprese edildiginde iltihabi tesvik eden bir geni belirtir.

Pro- inflamatuvar genlerin örnekleri arasinda, bunlarla10 sinirli olmamak üzere ILl- ß, IL4, IL5, IL6, IL8, IL12, IL13, CXCLS, CXCLlO, CXCL12, CXCL13, ve TNF- d'yi kodlayan genler Bir düzenlemede pro- inflamatuvar gen, IL6, CXCLlO ve TNF- d'dan olusan gruptan seçilir.

Bir düzenlemede, bir ya da daha fazla inflamatuvar genin ekspresyon seviyesi (örn , mRNA seviyesi) azaltiiir, öyle ki bu seviye burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki seviye ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotidin Burada kullanildigi sekliyle "bariyer bütünlügü genleri" terimi, eksprese edildiginde, bariyerin tamiri ve mikroorganizmalarin bariyeri geçisinin önlenmesi gibi bagirsak bariyerinin islevinde bir role sahip olan bir geni ifade eder.

Bariyer bütünlügü genlerinin örnekleri arasinda Retnlg I Retnlb, SI, Defa24, HSdllbZ, Hsdl7b2 ve Nrldl | Thra'yi kodlayan genler bulunur.

Bir düzenlemede, "düzenlemek" terimi, bir veya daha fazla bariyer bütünlügü geninin ekspresyonunda bir yukari düzenleme anlamina gelir. Alternatif bir düzenlemede, “düzenlemek" terimi, bir veya daha fazla bariyer bütünlügü geninin ekspresyonunda bir asagi düzenleme anlamina gelir.

Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptid veya HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, bir denegin bir hücresindeki veya hücrelerindeki bariyer bütünlügü genlerinin ekspresyonunu yukari düzenler.

Bir düzenlemede, bariyer bütünlügü geni, RetnlglRetnlb, Si, Defa24, Hsd11b2, HSd17b2, and NrldllThra'dan olusan gruptan seçilir.

Bir düzenlemede, bir ya da daha fazla bariyer bütünlügü geninin ekspresyon seviyesi (örn., mRNA seviyesi) yukari regüle edilir, öyle ki bu seviye burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki seviye ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra en az %10, %20, %30, Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir HP polipeptid veya HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, anti- inflamatuvar genlerin ekspresyonunu yukari regüle eder.

Gen ekspresyonunun düzenlenmesi Bir düzenlemede, HP polipeptidi ya da HP polipeptidim kodlayan bir polinükleotid sekansi yeniden olusturulan adacik kaynakli 3 beta geni (Reg3b), resistin benzeri gama resistin benzeri beta geni (Retnlg | Retnlb), sükraz- izomaltaz (alfa- glukozidaz) geni (Si), defensin alfa 24 geni (Defa24), hidroksisteroid 11- beta dehidrogenaz 2 gen (Hsd11b2), hidroksisteroid (17- beta) dehidrojenaz 2 geni (Hsd17b2), resistin- Benzeri Molekül- beta (RELMb) ve nükleer reseptör lDl tiroid hormon reseptörü alfa geninden (Nrldl I Thra) olusan gruptan seçilen bir ya da daha fazla genin bir denegin (IBS'si olan bir denek gibi) bir hücresindeki ya da hücrelerindeki ekspresyonunu düzenlemek için kullanilir.

Burada kullanildigi sekliyle "Reg", "Reg3" ve "Reg3b" terimleri birbirinin yerine kullanilabilir.

Burada kullanilan sekliyle "Hsd", "HSd17b2" veya "HSd17b2" terimleri birbirinin yerine kullanilabilir.

Bir düzenlemede, "düzenlemek" terimi, genlerin ekspresyonunda bir yukari düzenleme anlamina gelir. Alternatif bir düzenlemede, "düzenlemek" terimi, genlerin ekspresyonunda bir asagi düzenleme anlamina gelir.

Mevcut bulus, pro- infalamtuvar genlerin ve / veya bariyer bütünlügü genlerinin ekspresyonunu düzenlemede yararlidir.

Süpheye yer birakmamak için, pro- inflamatuvar genler, IL- ß, ve TNF- a'dir.

Süpheye mahal vermemek için, bariyer bütünlügü genleri, Retnlg/Retnlb, SI, Defa24, Hsd11b2, Hsd17b2, ve NrdllThra'yi Bir düzenlemede, burada tarif edilen gibi bir polipeptid veya pOIInükIeOtId sekansi, yeniden› olusturulan adacik kaynakli 3 beta geni (Reng), resistin benzeri gama resistin benzeri beta geni (Retnlg | Retnlb), resistin- Benzeri Molekül- beta (RELMb), sükraz- izomaltaz (alfa- glukozidaz) geni (Si) ve defensin alfa 24 geninden (Defa24) olusan gruptan seçilen bir ya da daha fazla genin ekspresyonunu azaltir. Örnegin, bahsedilen gruptan seçilen bir ya da daha fazla inflamatuvar genin ekspresyon seviyesi (örn., mRNA seviyesi) azaltilir (yani, asagi düzenlenir), öyle ki bu seviye burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki seviye ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra en az %10, %20, %30, Bir düzenlemede, burada tarif edilen polipeptid veya polinükleotid sekansi, hidroksisteroid 11- beta dehidrogenaz 2 gen (Hsd11b2), hidroksisteroid (17- beta) dehidrojenaz 2 geni (Hsd17b2) ve nükleer reseptör 1D1 tiroid hormon reseptörü alfa geninden (Nrldl l Thra) olusan gruptan seçilen bir ya da daha fazla genin ekspresyonunu arttirir. Örnegin, bahsedilen gruptan seçilen bir ya da daha fazla bariyer bütünlügü geninin ekspresyon seviyesi (örn., mRNA Seviyesi) arttirilir (yani, yukari regüle edilir), öyle ki bu seviye burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi denege uygulanmadan önceki seviye ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra en az %10, %20, %30, Proinflamatuvar yollar Bir düzenlemede, HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi, bir denege ait bir hücredeki veya hücrelerdeki pro- inflamatuvar yollarin aktivasyonunu azaltmak için kullanilir.

Pro- inflamatuvar yollarin aktivasyonundaki azalma, bir denekteki iltihaplanmanin tespit edilmesi ile belirlenebilir.

Bir denekteki iltihaplanma, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotid denege uygulanmadan önce ve uygulandiktan sonra bir denekteki doku, serum ve / veya fekal numunelerdeki pro- inflamatuvar sitokinlerin ve kemokinlerin seviyelerinin tespit edilmesi ile belirlenebilir. Örnegin, asagidakilerin bir veya daha fazlasinin seviyeleri izlenebilmektedir: IIL- 1, IL- 4, IL5, IL6, IL- 8, IL- 12, IL- baglayici proteinler ve Tip 1 interferonlar, CD163, CD14 gibi10 CD markörleri, NF- Kß, STAT gibi inflamatuvar transkripsiyon faktörleri ve MAPkinazIar, c- reaktif protein (CRP), eritrosit sedimentasyon hizi (ESR), tamamlayici proteinler, serum albümin, hedef doku ve organlarin histolojik degerlendirilmesi, hastalik aktivitesi indeksleri.

Bir düzenlemede HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan polinükieotid sekansi, bir denege ait bir hücrede veya hücrelerde (örnegin epitelyal hücreler, epidermal hücreler, nöron hücreleri, karaciger, dalak, böbrek, akciger, kalp ve / veya pankreas hücreleri) NF- Kß'nin aktivitesini ve / veya ekspresyonunu azaltmak için kullanilir. Örnegin, NF- Kß'nin aktivitesi azaltilir, öyle ki NF- Kß'nin aktivitesi, burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP polipeptidini kodlayan polinükieotid sekansi denege uygulanmadan önceki seviye ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükieotidin örnegin, NF- Kß'nin ekspresyon seviyesi (örn., mRNA) azaltilir (yani, asagi düzenlenir), öyle ki bu seviye burada açiklanan gibi bir HP polipeptidi ya da HP polipeptidini kodlayan polinükieotid sekansi denege uygulanmadan önceki seviye ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptid ya da polinükleotidin uygulanmasindan sonra en az %10, %20, %30, Sindirim kanali Sindirim kanalina ait kisimlar örnekleri arasinda agiz, yemek borusu, mide ve bagirsak (ince bagirsak (örnegin, duodenum, jejUnum ve ileum) ve / veya kalin bagirsak (örnegin, kör bagirsak, çikan kolon, enine kolon, inen kolon ve sigmoid kolon gibi) bulunur.

Burada "kalin bagirsak" terimi "kolon" terimi ile birbirinin yerine kullanilabilir.

Bir düzenlemede, HP pol i pepti di veya HP pol i pepti cIi ni kodl ayari bir polinükleotid. sekansi, bir denegin sindirini kanali sagliginin iyilestirilmesi için kullanilir.

Burada kullanilan "sindirim kanali sagliginin iyilestirilmesi" terimi, sindirim kanalindaki veya bunun bir kismindaki iltihaplanma seviyesinin azaltilmasi ve / veya bagirsak mikrobiyotamin iyilestirilmesi anlamina gelir.

Bir düzenlemede, sindirim kanalindaki iltihaplanma seviyesi, burada tarif edi I en gi bi bi r pol i pepti d ya da pol i nükl eoti d denege uygulanmadan önce bir denegin sindirim kanalindaki iltihaplanma seviyesi ile karsilastirildiginda, burada tarif edi I en gi bi bi r pol i pepti d ya da pol i nükl eoti cli n uygulanmasindan sonra en az %lO, %20, %30, %40 veya %50 daha düsüktür.

Bir düzenekte pol i pepti d HP veya pol i pepti di HP' yi kodl ayan bir polinükleotid sekansi, bir denekteki bagirsak mikrobiyotasini gelistirmek için kullanilir.

Bu tarifnamede kullanildigi haliyle, "bagirsak mikrobiyotasi" terimi, konakçi hayvanlarin sindirim sisteminde yasayan mikroorganizmalari ifade eder. Bu mikroorganizmalar çok çesitli metabolik, yapisal, koruyucu ve diger faydalanici islevleri yerine getirirler.

Burada kullanildigi sekliyle "bagirsak mikrobiyotasinin iyilestirilmesi" terimi, bir denegin (örn., konakçi) bagirsaginda bulunmasi arzu edilen mikroorganizmalarin sayisini ve / veya türünü arttirmayi ve / veya söz konusu arzu10 edilen mikroorganizmalarin aktivitesini metabolik, yapisal, koruyucu ve diger faydalanici islevler` bakimindan arttirmayi ifade eder. "Bagirsak mikrobiyotasini iyilestirme" terimi, ayni zamanda, bir denegin (örn., konakçi) bagirsaginda bulunmasi arzu edilmeyen mikroorganizmalarin sayisini ve / veya türünü azaltmayi ve / veya söz konusu arzu edilmeyen mikroorganizmalarin aktivitesini metabolik, yapisal, koruyucu ve diger faydalanici islevler bakimindan azaltmayi ifade eder.

Bir konakçinin bagirsaginda bulunmasi arzu edilen mikroorganizmalar, koruyucu ve yararli bir islevi olan mikroorganizmalardir. Firmicutes ve / veya Bacteroidetes bakterileri, bir konakçinin bagirsaginda bulunmasi arzu edilen mikroorganizmalarin örnekleridir.

Bir konakçinin bagirsaginda bulunmasi arzu edilmeyen mikroorganizmalar, koruyucu ve faydalanici bir islevi olan bagirsaktaki arzu edilen mikroorganizmalarin metabolik, yapisal, koruyucu ve diger faydalanici islevlerim engelleyebilen mikroorganizmalardir. Ek olarak veya alternatif olarak. istenmeyen mikroorganizmalar, örnegin iltihap ve / veya ishale neden olanlardir. E. COII(ETEC, EPEC, EIEC, EHEC ve / veya EAEC), bir konakçinin bagirsagindaki istenmeyen bir mikroorganizmaya dair bir örnektir. Örnegin, Firmicutes ve / veya Bacteroidetes bakterilerinin sayilari (yani, seviyeleri) arttirilir ve E. COII 'nin sayilari azaltilir; bagirsak mikrobiyotasindaki böyle bir gelisme, denege bahsedilen polinükleotid sekansini içeren, bahsedilen polinükleotid sekansini içeren bir ekspresyon vektörünü Içeren HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan polipeptid sekansi uygulandiginda inflamatuvar bagirsak hastaligi (IBD) olan deneklerde meydana gelebilir.

Bir düzenlemede, bir* denegin (örn., konakçinin) bagirsaginda10 bulunmasi arzu edilen mikroorganizmalarin (Firmicutes ve / veya Bacteroidetes bakterileri) sayisi, mikroorganizmalarin sayisi, burada tarif edi I en gi bi bi r pol i pepti d ya da polinükleotid denege uygulanmadan önce denekteki seviye ile karsilastirildiginda, burada tarif edilen gibi bir polipeptid ya da polinükleotid uygulandiktan sonra en az %10, %20, %30, sekilde arttirilir. Ek olarak veya alternatif olarak, bir denegin (örn., konakçinin) bagirsaginda bulunmasi arzu edilen mikroorganizmalarin (Clostridium cluster XIVa bakterileri gi bi) türleri, burada tarif edi I en gi bi bi r pol i pepti cl ya da pOlInükleOtId denege uygulanmadan önce denekteki türler ile karsilastirildiginda, burada tarif edi I en gi bi bi r poI i pepti d ya da polinükleotid uygulandiktan sonra mikroorganizmalarin türleri en az %2, %5, %10 ya da %15 daha fazla olacak sekilde Bir düzenlemede, bulusa ait protein, yararli bir mikrobiyota saglamak için bir denegin bagirsagindaki bakteriyel bilesimi degistirir. Örnegin, bir denegin (örn., konakçinin) bagirsaginda bulunmasi istenmeyen mikroorganizmalarin ( E. col i (ETEC, EPEC, El EC, EHEC ve / veya EAEC) gibi) sayisi, mikroorganizmalarin sayisi, burada açiklanan gibi bir pOlIpeptId ya da pOlInükleOtId denege uygulanmadan önce denekteki seviye ile karsilastirildiginda, burada açiklanan gibi bir polipeptidin ya da polinükleotidin uygulanmasindan sekilde azaltilir. Ek olarak veya alternatif olarak, bir denegin (örn., konakçinin) bagirsaginda bulunmasi istenmeyen mikroorganizmalarin (E. COII gibi) türleri, burada tarif edi I en gi bi bi r pol i pepti d ya da pol i nükl eoti cl denege uygulanmadan önce denekteki türler ile karsilastirildiginda, burada tarif edi I en gi bi bi r pol i pepti d ya da pol i nükl eoti d uygulandiktan sonra istenmeyen mikroorganizmalarin türleri en az %1, %2, %5 ya da %10 daha az olacak sekilde azaltilir.10 Kapsülleme Bir düzenlemede, HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi kapsüllenir.

Baska bir düzenlemede, HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansini içeren bir farmasötik bilesim kapsullenir.

Burada kullanilan sekliyle "kapsüllenmis" terimi, burada tarif edilen gibi bir polipeptid veya polinükleotidin, fiziksel ayristirma ile uyumsuz bir ortamdan korunmasi için bir vasita anlamina gelir, böylece, polipeptidin veya polinükleotidin hedef bölge üzerinde bir etkisi olacak sekilde bozulma olmaksizin veya önemli bir bozulma olmaksizin hedef' bölgeye (örn., bagirsak) iletilebiliru Bir örnek, enterik kapli bir kapsül veya enterik olarak dirençli bir kapsüldür.

Kapsüllemenin amaci, polipeptid veya polinükleotidin kendi Çevresinden izole edilmesi oldugunda bile, koruyucu kaplama veya kabuk, istenen etki sirasinda parçalanmalidir. Koruyucu kaplamanin veya kabugun parçalanmasi tipik olarak basinç, enzim saldirisi, kimyasal reaksiyon ve fiziksel parçalanma gibi kimyasal ve fiziksel uyarilarin uygulanmasi yoluyla Saglanir. örnegin, kapsülleme, polipeptid veya polinükleotidin yutulabilmesini, böylece polipeptid veya polinükleotidin hedef bölgede bir etki üretmek için etkili bir miktarda bu hedef bölgeye (örn., bagirsak) iletilebilmesini saglar.

Farmasötik kompozisyon Bir düzenlemede, bir farmasötik bilesim, HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini ve istege bagli olarak farmasötik olarak kabul edilebilir bir eksipiyan, tasiyici veya seyreltici içerir.

Farmasötik kompozisyon herhangi bir farmasötik kompozisyon10 olabilir. Bir yönüyle, farmasötik kompozisyon oral, enteral veya rektal olarak uygulanacaktir. Örnegin, kompozisyon yenilebilir bir kompozisyon olabilir. "Yenilebilir", insan veya hayvan tüketimi için onaylanmis bir malzeme anlamina Farmasötik kompozisyonlar, insan ve veteriner hekimliginde insan veya hayvan kullanimi için olabilir.

Burada tarif edilen farmasötik kompozisyonlarin çesitli farkli formlari için bu gibi uygun eksipiyanlarin örnekleriA Wade ve PJ Weller tarafindan düzenlenmis Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2. Baski, (1994)'de bulunabilir.

Terapötik kullanim için kabul edilebilir tasiyicilar veya seyrelticiler, farmasötik alanda iyi bilinmektedir ve örnegin; Remington`s Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing C0. (AR Gennaro baski. 1985)'da açiklanmaktadir.

Uygun tasiyicilarin örnekleri arasinda laktoz, nisasta, glikoz. metil selüloz, magnezyum stearat, manitol, sorbitol ve benzerleri bulunur.

Uygun seyreltici örnekleri arasinda sunlardan biri ya da daha fazlasi bulunur: su, etanol, gliserol, propilen glikol ve gliserin ve bunlarin kombinasyonlari.

Farmasötik tasiyici, eksipiyan veya seyrelticinin seçimi, planlanan uygulama yolu ve standart farmasötik uygulamaya göre seçilebilir. Farmasötik bilesimler tasiyici, eksipiyan veya seyreltici olarak, ya da bunlara ek olarak, herhangi bir uygun baglayici (lar), kayganlastinci (lar), süspansiyona alma maddesi (maddeleri), kaplama maddesi (maddeleri), çözündürücü madde (ler) içerebilir.

Uygun baglayici örnekleri, nisasta, jelatin, glikoz, susuz tatlandiricilar gibi dogal sekerler, akasya, agaç sakizi veya sodyum aljinat gibi dogal ve sentetik sakizlar, karboksimetil selüloz ve polietilen glikol içerir.

Uygun kayganlastirma maddelerinin örnekleri arasinda sodyum oleat, sodyum stearat, magnezyum stearat, sodyum benzoat, sodyum asetat, sodyum klorür ve benzeri yer alir.

Farmasötik kompozisyon, koruyucular, stabilizatörler, boyalar ve hatta aroma verici maddeler ile saglanabilir. Koruyucularin örnekleri arasinda, sodyum benzoat, sorbik asit ve p- hidroksibenzoik asit esterleri bulunmaktadir. Antioksidanlar ve süspansiyona alma maddeleri de kullanilabilir.

Bir yaklasimda, farmasötik kompozisyonun polipeptidi veya polinükleotid sekansi kapsüllenir.

Bir baska yaklasimda, farmasötik kompozisyonun polipeptidi, Bir baska yaklasimda, farmasötik kompozisyonu polinükleotid sekansi, bir rekombinant polipeptidi kodlar.

Bir baska yönüyle, bir ekspresyon vektörü, farmasötik kompozisyonun adi geçen polinükleotid sekansini içerir.

Farmasötik, kullanini ve / veya uygulama biçimine ve / veya verilis biçimine bagli olarak bir çözelti veya bir kati formunda olabilir.

Burada kullanilan haliyle, "ilaç" terimi, insan ve veteriner hekimliginde hem insan hem de hayvan kullanimi için ilaçlari kapsamaktadir. Ek olarak burada kullanilan sekliyle "ilaç"10 terimi, terapötik ve / veya faydali etki saglayan herhangi bir madde anlamina gelir. Burada kullanilan "ilaç" terimi mutlaka Pazarlama Onayina ihtiyaç duyan maddelerle sinirli degildir, ancak kozmetikler, nutrasötikler, gida (örnegin yemler ve içecekler dahil), probiyotik kültürler, besin takviyeleri ve dogal ilaçlarda kullanilabilen› maddeleri. de içerebilir. Buna ek olarak, burada kullanilan "ilaç" terimi, örnegin çiftlik hayvani yemi ve / veya evcil hayvan yemi gibi hayvan yemine katilmak üzere tasarlanmis bir ürünü kapsar.

Besin takviyeleri Beslenme açisindan kabul edilebilir tasiyicilar, seyrelticiler ve eksipiyanlar, insan veya hayvan tüketimi için uygun olanlari ve gida endüstrisinde standart olarak kullanilanlari içerir. Tipik. beslenme bakimindan kabul edilebilir tasiyicilar, seyrelticiler ve eksipiyanlar bu alanda deneyimli kisilere tanidik gelecektir.

Hayvan yemi / ürünler Açiklamanin bir baska yönü ise HP polipeptidini veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini ya da bahsedilen polinükleotid sekansini içeren bir konakçi hücresini ya da bahsedilen polinükleotid sekansini içeren bir ekspresyon vektörünü ihtiva eden› bir konakçi hücresi içeren hayvan yemleri, gida ürünleri, gida takviyeleri ve gida katki maddeleri ile ilgilidir.

Burada kullanilan haliyle, “hayvan yemi", "gida ürünü", "gida katki maddesi" ve "besin takviyesi" terimlerinin› kati, jöle veya sivi olabilen tüm sarf malzemelerini kapsamasi amaçlanmaktadir. hayvanlar için yiyeceklerin (yani bir yem) yani sira insanlar için yiyecekleri de kapsar. Bir yönüyle, gida ürünü insan tüketimi içindir. Gida ürünlerinin örnekleri arasinda, günlük10 ürünler (Süt, peynir, peynir alti suyu proteini içeren içecekler, sütlü içecekler, Iaktik asit bakterilerinin içecekleri, yogurt, ayran gibi), unlu mamuller, içecekler ve içecek tozlari bulunmaktadir. takviyesi", kullanimi ve / veya uygulama biçimine ve / veya verilis biçimine bagli olarak bir çözelti veya bir kati halinde olabilir.

Burada kullanildigi haliyle, "gida takviyesi" terimi, bir gida ürünü ya da hayvan yemi olan ya da bunlara bir besin takviyesi olarak gida maddesine ilave edilebilen bir formülasyonu kapsamaktadir. Burada kullanildigi sekliyle "gida takviyesi" terimi ayni zamanda, viskozite eklenmesine gerek kalmadan jellesme, tekstüre etme, stabilize etme, sü5panse etme, film olusturma ve yapilandirma, sululugun tutulmasi ve gelismis agiz hissine ihtiyaç duyulan çok çesitli ürünlerde düsük seviyelerde kullanilabilen formülasyonlari ifade eder.

Uygun gida ürünleri, örnegin fonksiyonel gida ürünlerini, gida kompozisyonlari, evcil hayvan yemlerini, çiftlik hayvani yemlerini, saglikli gidalari, hayvan yemlerini ve benzerim içerebilir. Bir açidan, gida ürünü saglikli bir besindir.

Burada kullanildigi sekliyle "fonksiyonel gida ürünü" terimi, sadece besinsel bir etki saglama kapasitesine sahip olmayan, ayni zamanda, tüketiciye baska, bir faydali etki saglayabilen gida anlamina gelir. Buna göre, fonksiyonel gidalar, yalnizca besleyici etkinin disinda, gidaya spesifik bir islev- örnegin tibbi veya fizyolojik yarar - veren gida veya katki maddelerine (burada tarif edilenler gibi) sahip siradan gidalardir.

Belirli gida ürünlerinin örnekleri arasinda süt bazli ürünler,10 yenmeye hazir tatlilar, örnegin süt veya su ile yeniden yapilanmaya mahsus tozlar, çikolatali sütlü içecekler, malt içecekleri, kullanima hazir yemekler, insanlar için hazir yemekler veya içecekler veya evcil hayvanlar veya çiftlik hayvanlarini hedefleyen tam veya kismi bir beslenmeyi temsil Mevcut açiklamaya göre hayvan yemi, gida ürünü, besin takviyesi veya gida katki maddesi, insanlar, evcil hayvanlari veya çiftlik hayvanlarina, örnegin monogastrik hayvanlara yöneliktir. Hayvan yemi, gida ürünü, besin takviyesi veya gida katki maddesi köpekler, kediler, domuzlar, atlar veya kanatlilardan olusan gruptan seçilen hayvanlar için düsünülmüs olabilir. Bir baska düzenlemede, gida ürünü, besin takviye& veya gida katki maddesi, yetiskin türler, özellikle de yetiskin insanlar için düsünülmüstür.

Burada kullanilan sekliyle "süt bazli ürün" terimi, degisen bir yag içerigine sahip herhangi bir sivi veya yari kati süt veya peynir alti esasli ürünü ifade eder. Süt bazli ürün; örnegin, inek sütü, keçi sütü, koyun sütü, yagsiz süt, tam yagli süt, herhangi bir isleme tabi tutulmadan toz sütten ve peynir alti suyundan tekrar bir araya getirilen süt veya yogurt, kesilmis süt, lor, eksimis süt, eksimis tam yagli süt, kremasi alinmis süt ve diger eksi süt ürünleri olabilir. Bir baska önemli grup, peynir alti suyu içecekleri, fermente edilmis sütler, konsantre sütler, yeni dogan ya da bebek Sütleri; aromali sütler, dondurma gibi sütlü içecekleri sekerleme gibi süt içeren yiyecekleri içerir.

Mevcut açiklamaya dair hayvan yemleri, gida ürünleri, besin takviyeleri ya da gida katki maddeleri, burada ayrica besin takviyeleri veya gida katki maddeleri ya da gida takviyeleri olabilir veya bunlara eklenebiIiL Açiklamaya uygun hayvan yemleri, gida ürünleri, besin takviyeleri veya gida katki maddeleri, özellikle erken sütten kesilme döneminde ve büyüyen besi döneminde, hayvan beslenmesinde (örnegin, domuz beslenmesinde) kullanilabilir.

Hayvan yemleri, gida ürünleri, besin takviyeleri veya gida katki maddelerinin, örnegin artan yem dönüstürme etkinligi ile bagisiklik fonksiyonunu arttirmasi, bulasici hastaliklari azaltmasi ve önlemesi, mikrobiyota bilesimini faydali bir sekilde degistirmesi ve hayvanlarin büyümesini ve performansini artirmasi, örnegin artan yem dönüstürme etkinligi ile saglamasi bekleniyor.

Uygulama Mevcut bulusun farmasötik bilesimleri, oral, rektal, vajinal, parenteral, kas içine, intraperitonal, intraarteriyal, intratekal, intrabronsiyal, subkutanöz, intradermal, intravenöz, nazal, bukkal veya dil alti uygulama yollarina uyarlanabilir.

Bir yaklasimda, mevcut bulusun farmasötik .bilesimleri, oral, rektal, vajinal, parenteral, nazal, bukkal veya dil alti uygulama yollari için uyarlanmistir.

Baska bir yaklasimda, mevcut bulusun farmasötik bilesimlerL oral uygulama için uyarlanmistir.

Oral uygulama için özel kullanim sikistirilmis tabletler, haplar, tabletler, jelüller, damlalar ve kapsüllerden olusur.

Diger uygulama sekilleri intravenöz, intraarteriyal, intratekal, subkutanöz, intradermal, intraperitoneal veya kas içiine enjekte edilebilen ve steril veya sterilize edilebilir çözeltilerden hazirlanan çözeltileri veya emülsiyonlari içerir. Mevcut bulusun farmasötik bilesimleri fitiller, pesariler, süspansiyonlar, emülsiyonlar, Iosyonlar, merhemler,10 kremler, jeller, Spreyler, çözeltiler ya da toz pudra biçiminde de olabilir.

Transdermal uygulamaya alternatif bir yol, bir cilt yamasi kullanilarak yapilir. Örnegin aktif bilesen, bir polietilen glikol veya sivi parafin sulu bir emülsiyonundan olusan bir kreme dahil edilebilir. Baska bir örnekte, aktif bilesen, beyaz mumdan veya beyaz yumusak parafin bazindan ve gerekli olabilecek stabilizatörler ve koruyucu maddelerden olusan bir merhem içine de eklenebilir.

Farmasötik› bilesimler birim. dozaj formunda, yani birim doz içeren ayri bölümler seklinde veya birim dozun çoklu veya alt birimi formunda formüle edilebilir.

Bu alanda siradan uzmanliga sahip bir kisi, yasal olmayan uygulama yapilmaksizin, bir denege buradar tarif edilen gibi bir HP polipeptidininin ya da bir polinükleotid sekansinin ya da bir konakçi hücresinin uygun bir dozunu kolaylikla belirleyebilir. Genellikle, bir hekim, bireysel bir hasta için en uygun olan gerçek dozaji belirleyecek ve kullanilan spesifik bakteri susunun aktivitesi, metabolik stabilite ve bu susun aktivesinin uzunlugu, yas, vücut agirligi, genel saglik durumu, cinsiyet, beslenme sekli, uygulama sekli ve zamani, bosaltim hizi, ilaç kombinasyonu, özel durumun siddeti ve süregelen tedaviye maruz kalan birey de dahil oiaCak sekilde belirli faktörlere bagli olacaktir. Genellikle, bir hekim, bireysel bir hasta için en uygun olan gerçek dozaji belirleyecek ve kullanilan spesifik bakteri susunun aktivitesi, metabolik stabilite ve bu susun aktivesinin uzunlugu, yas, vücut agirligi, genel saglik durumu, cinsiyet, beslenme sekli, uygulama sekli ve zamani, bosaltim hizi, ilaç kombinasyonu, ozel durumun siddeti ve süregelen tedaviye maruz kalan birey de dahil olacak sekilde belirli faktörlere bagli olacaktir. Elbette, daha yüksek veya daha düsük dozaj araliklarinin uygun oldugu bireysel örnekler olabilir.10 Kombinasyon Bir yönde, HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi, bir veya daha fazla baska aktif madde ile kombinasyon halinde uygulanir. Bu gibi durumlardaI HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi bir veya daha fazla diger aktif madde ile arka arkaya, es zamanli olarak ya da sirali olarak uygulanabilir. Örnegin, HP polipeptidi veya HP polipeptidini kodlayan polinükleotid sekansi ve konakçi hücredrn en az ikisi denege uygulanir. Örnegin, bir tür konakçi hücresi (örn., HP'yI kodlayan bir polinükleotid sekansi ile dönüstürülmüs bir L. lactis), baska bir tipte konakçi hücre (örn., HP'yI kodlayan bir polinükleotid sekansi ile dönüstürülmüs birLactobacillus spp) ile kombine edilebiliL Baska bir örnekte, bir tür konakçi hücresi (örn., HP'yI kodlayan bir polinükleotid sekansi ile dönüstürülmüs birL. lactis), Bacteroides spp (Bacteroides thetaiotaomicrongibi), Lactococcus spp (L. lactisgibi), Lactobacillus spp, Bifidobacterium spp, ve Streptococcus spp (Streptococcus thermophilu5gibi) baska bir mikroorganizma ile kombine edilebilir.

Polinükleotid sekansi Mevcut açiklamanin kapsami, HP polipeptidlerini kodlayan polinükleotid sekanslarini kapsamaktadir.

Burada kullanildigi sekliyle "nükleotid sekansi" terimi, bir oligonükleotid sekansi veya polinükleotid sekansi ve bunun varyanti, homologlari, fragmanlari ve türevlerini (bunun kisimlari gibi) ifade eder. Nükleotid sekansi, duyu ya da anti- duyu iplikçigini temsil eden ya da etmeyen çift- iplikH ya da tek- iplikli olabilen genomik ya da sentetik ya da rekombinant kökenli olabilir.

Mevcut açiklamaya göre "nükleotid sekansi" terimi, genomik DNA, CDNA, sentetik DNA ve RNA'yi içerir. Bir düzenlemede bu, cDNA sekansi anlamina gelir.

Bir düzenlemede, nükleotid sekansi, kendi basina mevcut açiklamanin kapsami ile ilgili oldugunda ve bunun tarafindan kapsandiginda, dogal ortaminda oldugunda ve ayrica kendi dogal ortaminda olan dogal olarak iliskilendirilmis sekansa (lara) baglandiginda dogal nükleotid sekansini içermez. Referans kolayligi açisindan, bu düzenlemede "dogal olmayan nükleotid sekansi" olarak adlandirilmaktadir. Bu baglamda, "dOgal nükleotid sekansi" terimi, kendi dogal ortaminda. bulunan. ve dogal olarak iliskilir oldugu› bir promotörün› tümüne islevsel bir sekilde baglandiginda, bütün bir nükleotid sekansini ifade eder, bu promotör de kendi dogal ortamindadir. Bununla birlikte, meVCut tarifnamenin kapsami içinde yer alan amino asit sekansi, kendi dogal organizmasinda izole edilmis olabilir ve / veya bir nükleotid sekansinin saflastirilmis post ekspresyonu olabilir. Bununla birlikte, bir düzenlemede, bu tarifnamenin kapsami dahilinde kapsanan amino asit sekansi, kendi dogal organizmasinda bir nükleotid sekansi ile eksprese edilebilir, fakat burada nükleotid sekansi, organizmanin içinde dogal olarak iliskili oldugu promotörün kontrolü altinda degildir.

Tipik olarak, mevcut tarifnamenin kapsami tarafindan kapsanan nükleotid sekansi, rekombinant DNA teknikleri (yam rekombinant DNA) kullanilarak hazirlanir. Bununla birlikte bulusun alternatif bir düzenlemesinde, nükleotid sekansi, teknikte iyi bilinen kimyasal yöntemler kullanilarak tamamen veya kismen sentezlenebilir (bakiniz, Caruthers MH ve arkadaslari, (1980) Nuc Acids Res Symp Ser 215- 23 ve Horn T Mevcut tarifnamede kapsanan polinükleotid, diger polinükleotid sekanslari ile birlikte kullanilabilir. Dolayisiyla mevcut tarifname, kombinasyonun HP'yi kodlayan polinükleotid sekansini ve HP'yi kodlayan baska bir polinükleotid sekansi olabilecek baska bir polinükleotid sekansini içerdigi bir polinükleotid sekansi kombinasyonunu da kapsamaktadir.

Nükleotid sekansinin hazirlanmasi Mevcut tarifnamenin bir peptidini kodlayan bir nükleotid sekansi, adi geçen peptidi üreten herhangi bir hücre veya organizmadan tanimlanabilir ve / veya izole edilebilir ve / veya saflastirilabilir. Nükleotid sekanslarinin belirlenmesi ve ,/ veya izolasyonu ve ,/ veya saflastirilmasi için çesitli yöntemler teknikte iyi bilinmektedir. Ornek yoluyla, bir kez uygun bir sekans tanimlanmissa ve/Veya izole edilmisse ve / veya saflastirilmissa, bir sekansin daha fazlasini hazirlamak için DNA amplifikasyon teknikleri kullanilabilir.

Baska bir örnek olarak, bir genomik DNA ve / veya CDNA kütüphanesi, peptidi üreten organizmadan kromozomal DNA veya mesajci RNA kullanilarak olusturulabilir. Amino asit sekansi biliniyorsa, etiketli oligonükleotid problari sentezlenebilir ve organizmadan hazirlanan genomik kütüphaneden gelen klonlari tanimlamak için kullanilabilir. Alternatif olarak, bilinen bir gene benzer homolog sekanslari içeren etiketli bir OligonükIeOtId prOb, klonlari tanimlamak için kullanilabilir.

Ikinci durumda, düsük sertlikte hibridizasyon ve yikama kosullari kullanilir.

Alternatif olarak, mevcut tarifnamenin peptitlerini içeren klonlar, genomik DNA'nin fragmanlarinin bir plazmid gibi bir ekspresyon vektörüne sokulmasi, sonuçta ortaya çikan genomik DNA kütüphanesi ile bakterilerin dönüstürülmesi ve daha sonra10 transforme edilmis bakterilerin peptide yönelik bir substrat içeren agar plakalari üzerine kaplanmasiyla tanimlanabilir, böylece peptidi eksprese eden klonlarin tanimlanmasina olanak Yine bir baska alternatifte, peptidi kodlayan nükleotid sekansi, örnegin, Beucage SL ve arkadaslari, (1981) edilen fosforoamidit yöntemi veya Matthes ve arkadaslari, gibi belirlenmis standart yöntemler ile hazirlanabilir.

Fosforoamidit yönteminde, oligonükleotidler, örnegin bir otomatik DNA sentezleyicide sentezlenir, uygun vektörlerde saflastirilir, tavlanir, baglanir ve klonlanir.

Nükleotid sekansi, karisik genomik ve sentetik kökenli, karisik sentetik ve cDNA kökenli ya da karisik genomik ve cDNA kökenli olabilir, sentetik, genomik ya da cDNA kökenl parçalarin birlestirilmesi (ligasyonu) ile standart tekniklere uygun olarak (hangisi uygunsa) hazirlanabilir. Her birlestirilmis parça, tüm nükleotid sekansinin çesitli bölümlerine karsilik gelir. DNA sekansi ayrica, spesifik primerler kullanilarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile ABD 4, 683, 202 'de Veya Saiki RK ve arkadaslari, (Science hazirlanabilir.

Amino asit sekanslari Mevcut tarifnamenin kapsami ayrica burada tanimlanan gibi HP polipeptidlerini de kapsar.

Amino asit sekansi uygun bir kaynaktan hazirlanabilir / izole edilebilir veya sentetik olarak yapilabilir veya rekombinant DNA teknikleri kullanilarak hazirlanabilir.

Mevcut tarifnamede kapsanan polipeptid, diger peptitlerle10 birlikte kullanilabilir. Dolayisiyla mevcut tarifname, peptitlerin bir kombinasyonunu da kapsari burada bahsedilen kombinasyon HP polipeptidini ve bir baska HP polipeptidi olabilen bir baska peptidi içerir.

Bahsedilen amino asit sekansi Kendi basina mevcut bulusun kapsami ile iliskili oldugunda ve bunun tarafindan kapsandiginda dogal bir peptit degildir. Bu baglamda, "dogal peptiti` terimi, kendi dogal ortaminda olan ve dogal nükleotid sekansi ile eksprese edildiginde tam bir peptit anlamina Rekombinant polipeptid Bir yaklasimda, mevcut bulusta kullanim için olan polipeptid sekansi, rekombinant bir sekanstir` - yani, rekombinant DNA teknikleri kullanilarak (polipeptidi kodlayan bir ekspresyon vektörü içeren bir konakçi hücre kullanilarak polipeptidin ekspresyonu gibi) hazirlanmis bir sekanstir.

Bu rekombinant DNA teknikleri, teknikte siradan tecrübeye sahip bir kisinin yetenekleri dahilindedir. Bu tür teknikler, literatürde örnegin, J. Sambrook, E. F. Fritsch, and T.

Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1- 3, Cold Spring Harbor Laboratory Press dokümaninda açiklanmaktadir.

Füzyon proteinleri Mevcut bulusa göre kullanima yönelik polipeptid sekansi, örnegin, ekstraksiyona ve saflastirmaya yardimci olmak için bir füzyon proteini olarak üretilebilir. Füzyon proteim partnerlerinin örnekleri arasinda glutatiyon- S- transferaz (GST), 6XHIS, GAL4 (DNA baglanmasi ve / veya transkripsiyonel aktivasyon alanlari) ve (ß- galaktosidaz) bulunur. Ayrica, füzyon proteini sekanslarinin uzaklastirilmasina olanak saglamak için füzyon protein partnen ve söz konusu protein sekansi arasinda. bir proteolitik bölünme alani içermesi de uygun olabilir.10 Tipik olarak, füzyon proteini, protein sekansinin aktivitesini engellemeyecektir.

E. coli'deki gen füzyon ekspresyon sistemleri Curr Opin geçirilmistir.

Açiklamanin bir baska düzenlemesinde, polipeptid sekansi, bir füzyon proteinini kodlamak için bir heterolog sekansa baglanabilir. Örnegin, madde aktivitesini etkileyebilen ajanlara yönelik peptid kütüphanelerinin taranmasi için piyasada bulunan bir antikor tarafindan taninan heterolog bir epitopu eksprese eden kimerik bir maddeyi kodlamak yararli olabilir.

Sekans özdesligi ya da sekans homolojisi kullanilabilir.

Burada "polinükleotid sekansi" ve "nükleotid sekansi" terimleri birbirlerinin yerine kullanilabilir.

Mevcut bulus ayni zamanda, burada açiklanan bir polipeptidin (örn., varyantlari, homologlari ve türevleri) ya da böyle bir polipeptidi kodlayan herhangi bir nükleotid sekansinin (bundan sonra bir "homolog sekans (lar)"0larak ifade edilecektir) amino asit sekansi (sekanslari) ile sekans özdesligi ya da sekans homolojisinin bir derecesine sahip sekanlarin kullanimini da kapsar. Burada, "homolog" terimi, SÖZ konusu amino asit sekanslari ve söz konusu nükleotid sekanslari ile belirli bir homolojiye sahip olan bir varlik anlamina gelir.

Burada "homoloji" terimi "özdeslik" ile eslestirilebilir.

Mevcut durumda, bir homolog sekans, söz konusu sekansa en az10 bir amino asit ya da bir nükleotid sekansini içerecek sekilde alinir. Her ne kadar homoloji benzerlik (yani, benzer kimyasal özelliklere / islevlere sahip olan amino asit rezidüleri) düsünülebilirse de, mevcut bulus baglaminda, homolojinin sekans özdesligi bakimindan ifade edilmesi tercih edilir.

Bazi düzenlemelerde, homolog bir sekans, söz konusu sekans ile karsilastirildiginda bir ya da birkaç ekleme, silme ve / veya ikameye sahip olan bir amino asit sekansi ya da nükleotid sekansi içerecek sekilde alinir.

Bazi düzenlemelerde, mevcut bulus, amino asit sekansi burada gösterilen ya da bir ya da 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 amino asit gibi birkaç amino asidin ya da ana proteinin amino asit sekansinda bulunan örnegin 10 ya da 10'dan daha fazla amino asit gibi daha fazla amino asitlerin ikamesi, silinmesi ya da eklenmesi ile bu (ana) proteinden türetilen ve ana proteinin aktivitesine sahip olan bir proteinin kullanimi ile ilgilidir.

Bazi düzenlemelerde, mevcut bulus, amino asit sekansi burada gösterilen bir proteini kodlayan ya da ana proteinin amino asit sekansinda bulunan bir veya 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 amino asit gibi birkaç amino asidin ya da 10 adet gibi daha fazla amino asidin ya da 10'dan daha fazla amino asidin ikamesi, silinmesi ya da eklenmesi ile proteinden türetilen ve ana proteinin aktivitesine sahip olan bir proteini kodlayan bir nükleik asit sekansinin (ya da geninin) kullanimi ile Mevcut durumda, homolog bir sekans, burada tarif edilen bir polipeptidi kodlayan bir nükleotid sekansina (söz konusu bir nükleotid sekansi içerecek sekilde alinir. Tipik olarak, bahsedilen homolog SÖZ konusu sekans gibi alani (alanlari) ve bunun gibileri kodlamak için ayni ya da esdeger sekanslar i çerecekti r. Her ne kadar homol oji benzerlik (yani, benzer kimyasal özelliklere / islevlere sahip olan amino asit rezidüleri) düsünülebilirse de, mevcut bulus baglaminda, homolojinin sekans özdesligi bakimindan ifade edilmesi tercih Homolog amino asit sekansi ve / veya nükleotid sekansi, fonksiyonel akt i vi teyi muhafaza eden ve / veya pol i pepti di n aktivitesini arttiran bir pOIIpeptId saglayabilir ve // veya bunu kodl ayabi l i r.

Bazi açilardan, burada açiklanan gibi bir amino asit sekansi, özdeslige sahiptir.

Bazi yaklasimlarda, burada tarif edilen bir nükleotid sekansi, özdeslige sahiptir.

Homoloji karsilastirmalari, gözle veya daha genel olarak kolaylikla elde edilebilen sekans karsilastirma programlariyla gerçeklestirilebilir. Bu piyasada bulunan bilgisayar programlari, iki veya daha fazla sekans arasindaki 6'ce homol oji yi hesapl ayabi I i r.

HomOIOjI %'SI, bitisik sekanslar üzerinden hesaplanabilir, yani bir sekans diger sekans ile hizalanir ve bir sekanstaki her amino asit dogrudan diger sekanstaki karsilik gelen amino asit ile bir defada bir rezidu olacak sekilde karsilastirilir.

Buna "bosluksuz" hizalama denir. Tipik olarak, bu gim10 bosluksuz hizalamalar yalnizca nispeten kisa sayidaki rezidüler üzerinden gerçeklestirilir.

Bu çok basit ve tutarli bir yöntem olmasina ragmen, örnegin baska türlü özdes çift sekanslarda, bir ekleme veya silme asagidaki amino asit kalintilarinin hizalamadan çikarilmasina neden olacagini dikkate almakta basarisiz olur; böylece potansiyel olarak global bir hizalama gerçeklestirildiginde, homoloji %'sinde büyük bir azalmaya yol açar. Sonuç olarak, çogu sekans karsilastirma yöntemi, en uygun hizlamalari olusturacak sekilde tasarlanir, bunlar genel homoloji skorunu gereksiz yere cezalandirmaksizin olasi eklemeleri ve silmeleri göz önüne almaktadir. Buna, yerel homolojiyi maksimi ze etmeye çalismak için sekans hizalamasina "bosluklar" ekleyerek ulasilir.

Bununla birlikte, bu daha karmasik yöntemler, hizalamada ortaya çikan her bosluga "bosluk cezalari" tahsis eder; böylece, ayni sayida özdes amino asit için - karsilastirilan iki sekans arasinda daha yüksek bir iliskiyi yansitan - mümkün oldugunca az bosluga sahip bir sekans yerlesimi birçok bosluga sahip olandan daha yüksek bir skora ulasacaktir. "Iliskili bosluk Inaliyetleri" tipik olarak, bir boslugun varligi için nispeten yüksek bir maliyet ve bosluktaki her bir sonraki rezidü için daha az ceza ücreti olusturmak için kullanilir.

Bu, en sik kullanilan bosluk skorlama sistemidir. Yüksek bosluk cezalari, tabii ki daha az aralikla optimize edilmis Siralamalar üretecektir. Çogu hizalama programi, degistirilecek bosluk cezalarina izin verir. Genellikle, sekans karsilastirmalari için böyle bir yazilim kullanildiginda varsayilan degerler kullanilir.

Bu nedenle, maksimum homoloji %'sinin hesaplanmasi, öncelikle bosluk cezalari dikkate alinarak optimal bir hizalamanin üretilmesini gerektirir. Böyle bir hizalamayi gerçeklestirmek10 için uygun bir bilgisayar programi Vector NTI'dir (Invitrogen Corp.). Sekans karsilastirmalari gerçeklestirebilen yazilim örnekleri arasinda, bunlarla sinirli olmamak kaydiyla, BLAST paketi (bakiniz, Ausubel et al 1999 Short Protocols in Molecular Biology, 4th Ed - Chapter 18), BLAST' 2 (bakiniz, örnegin Alian bulunur. En azindan BLAST, BLAST' 2 ve FASTA çevrimdisi ve çevrimiçi arama için kullanilabilir (bakiniz, Son homoloji %'SI, özdeslik bakimindan ölçülebilmesine ragmen, hizalama prosesinin kendisi tipik olarak tamamen veya hiç bir çift karsilastirmasina dayanmaz. Bunun yerine, genellikle kimyasal benzerlige veya evrimsel mesafe dayanarak her ikili karsilastirma skorlarini atayan ölçekli bir benzerlik skor matrisi kullanilir. Yaygin olarak kullanilan böyle bir matris örnegi, BLOSUM62 matrisidir - BLAST program paketi için varsayilan matristir. Vektör NTI programlari genellikle ya ortak varsayilan degerleri ya da eger temin edilirse, özel sembol karsilastirma tablosu (daha fazla bilgi için kullanim kilavuzuna bakiniz) kullanir. Bazi uygulamalar için Vector NTI paketi için varsayilan degerlerin kullanimi tercih edilir.

Alternatif olarak, homoloji yüzdesi, CLUSTAL'e benzer bir algoritmaya dayanarak, Vector NTI (Invitrogen Corp.) 'daki çoklu hizalama. özelligi kullanilarak hesaplanabilir (Higgins Yazilim optimal bir hizalama olusturduktan sonra homoloji Yazilim bunu genellikle, sekans karsilastirmasinin bir parçasi olarak yapar ve sayisal bir sonuç üretir.

Bosluk cezalari sekans kimligi belirlerken kullanilmasi gerekir, bu durumda asagidaki parametreler ikili hizalama için kullanilabilir, örnegin: BLAST IÇIN BOSLUK AÇIK BOSLUK EKLENTISI CLUSTAL IÇIN DNA PROTEIN KELIME BOYUTU 2 1 K üçlü BOSLUK CEZASI 15 10 BOSLUK EKLENTISI 6.66 0.1 Bir düzenlemede, CLUSTAL, yukarida tanimlanan gibi ayarlanmis bosluk cezasi ve bosluk eklentisi ile kullanilabilir.

Bir düzenlemede, bir nükleotid sekansina göre özdeslik derecesi, en azindan 20 bitisik nükleotid üzerinden, örnegin en az 30 bitisik nükleotid Üzerinden, örnegin en az 40 bitisik nükleotid üzerinden, örnegin en az 50 bitisik nükleotid üzerinden, örnegin en azindan 60 bitisik nükleotid üzerinden, örnegin en az 100 bitisik nükleotid üzerinden, örnegin en az 200 bitisiknükleotid Üzerinden, örnegin en az 300 bitisik nükleotid üzerinden belirlenir.

Bir düzenekte bir nükleotid sekansina iliskin özdeslik derecesi, tüm sekans üzerinden belirlenebilir.

Sekanslar ayrica sessiz bir degisim olusturan ve islevsel olarak esdeger bir madde ile sonuçlanan amino asit rezidülerinde silinmelere, eklemelere veya ikamelere de sahip olabilir. Planli amino asit sübstitüsyonlari, maddenin IkInCH baglanma aktivitesi muhafaza edildigi sürece, polaritede, yükte, çözünürlükte, hidrofobiklikte, hidrofiliklikte ve / veya kalintilarin amfipatik dogasindaki benzerlige dayanilarak yapilabilir. Örnegin, negatif yüklü amino asitler aspartik asit ve glutamik asit içerir; pozitif yüklü amino asitler, lisin ve arginin içerir; ve benzer hidrofiliklik degerlerine sahip yüksüz polar bas gruplari olan amino asitler lösin, izolösin, valin, glisin, alanin, asparagin, glutamin, serin, treonin, fenilalanin ve tirozin içerin Muhafazakar ikameler, örnegin asagidaki Tabloya göre yapilabilir. Ikinci kolonda bulunan ayni bloktaki ve tercihen üçüncü kolonda bulunan ayni satirdaki amino asitler` birbiri ile ikame edilebilir: ALIFATIK Polar degil G A P Polar - yüksüz C S T M Polar - yüklü D E AROMATIK H F W Y Mevcut bulus, ayni zamanda, bazik için bazik, asidik Için asidik, polar için polar ve benzeri gibi yani benzer özellikte ikamenin meydana gelebildigi homolog ikameyi (ikame ve yer degistirme, burada, mevcut bir amino asit kalintisinin, alternatif bir kalinti ile degistirilmesi anlaminda kullanilir) de kapsar. Homolog olmayan ikame, baska bir deyisle, bir kalinti sinifindan digerine de meydana gelebilir veya alternatif olarak ornitin (bundan sonra Z olarak anilacaktir), diaminobütirik asit ornitin (bundan sonra B olarak anilacaktir), norlösin ornitin (burada bundan sonra 0 olarak anilacaktir), piridilanin, tienilalanin, naftilalanin ve fenilglisingibi dogal olmayan amino asitlerin dahH edilmesini içerebilir.

Yer degisiklikleri ayrica, alfa * ve alfa- diikameli * amino asitler, N- alkil amino asitler *, laktik asit *, triflorotirosin *, p- CI- fenilalanin *, p- Br- fenilalanin *, D- I- fenilalanin gibi dogal amino asitlerin halojenür türevleri, * L- alil- glisin *, ß- alanin *, L- a- amino bütirik asit *, L- y- amino bütirik asit *, L- a- amino izobütirik asit *, L- 2- amino kaproik asit#, 7- amino heptanoik asit *, L- metiyonin sülfonw, L- norlösin *, L- norvalin *, p- nitro- L- fenilalanin *, L- hidroksiprolin#, L- tiyoprolin *, 4- metil- Phe *, pentametil- Phe *, L- Phe (4- amin0)#, pentametil- Phe*, L- Phe (4- aino)#, L- Tyr (metil) * gibi fenilalaninin (Phe) metil türevleri, L- Phe (4- i20propil) *, L- Tic (1, 2, 3, 4- tetrahidroizokinolin- 3- karboksil asit) *, L- diaminopropiyonik asit # ve L- Phe (4- benzil) * içeren dogal olmayan amino asitler tarafindan da yapilabilir. Yukaridaki tartismanin amaci dogrultusunda (homolog ya da homolog olmayan ikame ile ilgili), * gösterimi, türevin hidrofobik dogasini göstermek için kullanilirken, # türevin hidrofilik yapisini göstermek için kullanilmistir, #* ise amfifatik karakteristikleri gösterir.

Varyant amino asit sekanslari uygun aralayici gruplari içerebilir, bunlar glisin ya da ß- alanin rezidüleri gibi amino asit aralayicilarina ek olarak metil, etil ya da prOpH gruplari gibi alkil gruplarini içeren sekansinr herhangi iki amino asit rezidüsü arasina sokulabilirler. Bir baska varyasyon sekli, peptoid formunda bir veya daha fazla amino asit rezidüsunün varligini içerir, teknikte uzman kisilerce iyi anlasilacaktir. Süpheye yer birakmamak için "peptoid form“, varyant amino asit rezidülerini ifade etmek için kullanilir, burada a- karbon ikame edici grup, a- karbon yerine rezidünün azot atomu üzerindedir. Peptitlerin peptoid10 formunda hazirlanmasi için prosesler teknikte bilinmektedir, Mevcut bulusta kullanima yönelik nükleotid sekanslari, içlerinde sentetik ya da modifiye edilmis nükleotidler içerebilir. Oligonükleotidlerde yapilmis bir dizi farkli türde modifikasyon teknikte bilinmektedir. Bunlar metilfosfonat ve fosforotiyoat omurgalar ve/veya molekülün 3' ve / veya 9 uçlarinda akridin ya da polilizin zincirlerinin ilavesini içerir. Mevcut bulusun amaçlari için, burada tarif edilen nükleotid sekanslarinin, teknikte mevcut herhangi bir yöntemle modifiye edilebilecegi anlasilmalidir. Bu tür degisiklikler in vivo aktiviteyi ya da mevcut bulusa ait nükleotid sekanslarinin ömrünü iyilestirmek için yapilabilir.

Mevcut bulus ayrica burada sunulan sekanslara veya bunlarin herhangi bir türevine veya fragmanina tamamlayici olan nükleotid sekanslarinin kullanimini da kapsar. Sekans bunlarin bir fragmani için tamamlayici ise bu durumda söz konusu sekans diger organizmalardaki ve benzerlerindeki benzer kodlama sekanslarini tanimlamak için bir prob olarak kullanilabilir.

Mevcut bulusun sekanslari ile %100 homolog olmayan, ancak bulusun kapsamina giren polinükleotidler, çesitli yollarla elde edilebilir. Burada tarif edilen sekanslarin diger varyantlari, örnegin, farkli popülasyonlardan gelen bireyler gibi Çesitli bireylerden yapilan DNA kütüphanelerinin arastirilmasi ile elde edilebilir. Ek olarak, diger homologlar elde edilebilir ve bu tür homologlar ve bunlarin fragmanlari, genel olarak, buradaki sekans listesinde gösterilen sekanslara seçici olarak hibritlenebilir. Bu tür sekanslar, diger hayvan türlerinden elde edilen cDNa kütüphanelerinin incelenmesi ve bu kütüphanelerin, orta- yüksek sikilik kosullari altinda ekli10 sekans listelerinde yer alan sekanslarin herhangi birinin veya bir kisminin tümünü içeren problarla incelenmesi ile elde edilebilir. Benzer düsünceler, homolog' türler* ve bulusa ait polipeptidin ya da nükleOtId sekanslarinin allelik varyantlarini elde etmek için uygulanir.

Varyantlar ve sus/ tür homologlari, mevcut bulusun sekanslari içinde korunmus amino asit sekanslarini kodlayan varyantlar ve homologlar içinde sekanslari hedeflemek için tasarlanan primerleri kullanacak olan dejenere PCR kullanilarak da elde edilebilir. Korunmus sekanslar, örnegin, çesitli varyantlardan / homologlardan amino asit sekanslarini hizalayarak tahmin edilebilir. Sekans hizalamalari, teknikte bilinen bir bilgisayar yazilimi kullanilarak gerçeklestirilebilir. Örnegin, GCG Wisconsin PileUp programi yaygin olarak kullanilmaktadir.

Dejenere PCR kullanilan primerler, bir veya daha fazla dejenere pozisyon içerecektir ve bilinen sekanslara karsi tekli sekans primerlerine sahip klonlama sekanslari için kullanilanlardan daha az siki kosullarda kullanilacaktir.

Alternatif olarak, bu gibi polinükleotidler, karakterize edilen sekanslarin bölgeye yönelik mutajenezi ile elde edilebilir. Bu, örnegin, polinükleotid sekanslarinin eksprese edilmekte oldugu özel bir konakçi hücresine yönelik kodon tercihlerini optimize etmek için sessiz kodon sekansi degisikliklerinin gerektigi yerlerde faydali olabilir.

Kisitlama enzimi tanima sitelerini tanitmak veya polinükleotidler tarafindan kodlanan polipeptidlerin özelligini veya fonksiyonunu degistirmek için diger sekans degisiklikleri de arzu edilebilir.

Bulusa ait polinükleotidler (nükleotid sekanslari) bir primer, örnegin bir PCR primer, bir alternatif amplifikasyon10 reaksiyonu için bir primer, örnegin radyoaktif veya radyoaktif olmayan etiketler kullanilarak geleneksel bir vasita ile bir ifsa edici etiket ile etiketlenmis bir prob üretmek için kullanilabilir veya polinükleotidler; vektörlere klonlanabilir. Bu gibi primerler, problar ve diger fragmanlar, nükIeOtId uzunlugunda olacaktir ve ayrica burada kullanildigi haliyle bulusun polinükleotidleri terimi tarafindan kapsanaCaktir.

DNA polinükleotidleri gibi polinükleotidler ve bulusa göre problar rekombinant, sentetik olarak ya da teknikte uzman kisilerce uygun görülen herhangi bir yolla üretilebilir.

Bunlar ayrica standart tekniklerle de klonlanabilirler.

Genel olarak primerler, bir seferde istenen nükleik asit sekansinin bir nükleotidinin kademeli olarak üretilmesini içeren sentetik yollarla üretilecektir. Otomatiklestirilmis teknikleri kullanarak bunu gerçeklestirmek için kullanilan teknikler, teknikte hazirdir.

Daha uzun polinükleotidler genellikle rekombinant araçlar kullanilarak, örnegin bir PCR (polimeraz zincir reaksiyonu) klonlama teknikleri kullanilarak üretilecektir. Primerler, uygun kisitlama enzimi tanima bölgelerini içerecek sekilde tasarlanabilir, böylece amplifiye DNA, uygun bir klonlama vektörüne klonlanabilir.

Rekombinant polinükleotid sekansi Bir yaklasimda, mevcut bulusta kullanim için olan polinükleotid sekansi, bir rekombinant polipeptid sekanstir - yani, rekombinant DNA teknikleri kullanilarak (polipeptidi kodlayan bir ekspresyon vektörü içeren bir konakçi hücre kullanilarak polipeptidin ekspresyonu gibi) hazirlanmis bir sekanstir. Rekombinant polinükleotid sekanslarin örnekleri arasinda, optimize edilmis kodon sekanslari ve füzyon polipeptidini kodlayan polinükleotid sekanslar bulunur.

Sentetik Bir yaklasimda, mevcut bulusta kullanima yönelik sekans sentetik bir sekanstir, yani in vitrokimyasal ya da enzimatik sentez ile hazirlanmis bir sekanstir. Metilotrofik mayalarPichia ve Hansenula gibi konakçi organizmalar için optimal kodon kullanimi ile yapilan sekanslari içerir, ancak bunlarla sinirli degildir.

Mevcut bulus, sinirlayici olmayan asagidaki örnekler vasitasiyla daha ayrintili olarak anlatilmistir.

ORNEKLER Mevcut bulusun uygulanmasi, aksi belirtilmedigi takdirde, alaninda uzman ir kisinin yetenekleri. dahilindeki geleneksel kimya, moleküler biyoloji, mikrobiyoloji, rekombinant DNA ve immünoloji tekniklerinden faydalanacaktir. Bu teknikler literatürde açiklanmistir. Bakiniz, örn., JJ. Sambrook, E. F.

Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1- 3, Col d Spring Harbor Laboratory Press; Ausubel, F. M. et al. (1995 and periodic supplements; Current Protocols in Molecular Biology, ch. 9, 13 ve 16, John Wiley & Sons, New York, NY.); . Roe, J.

Crabtree, and A. Kahn, 1996, DNA Isolation and Sequencing: Essential Techniques, John Wiley & Sons;J. M. Polak and James O'D. McGee. 1990, In Situ Hybridization: Principles and Practice; Oxford University Press; M. J. Gait (Editor), 1984, Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach, IrI Press; D.10 M. J. Lilley and J. E. Dahlberg, 1992, Methods of Enzymology: DNA Structure Part A: Synthesis and Physical Analysis of DNA Methods in Enzymology, Academic Press; ve E. M. Shevach and W.

Strober, 1992 and periodic supplements, Current Protocols in Bacteroides thetaiotaomicron HP (BT0187, bir pirin ile iliskili protein), flagellin- , PMA- veya IL- 1 ile kültürdeh epitelyal hücrelerde uyarilan NF- KB aktivitesini büyük ölçüde azaltmak için bir NF- KB lusiferaz raportör analizinde gösterilmistir.

Büyük ölçekli üretim için HP (polinükleotid sekansini gösteren Sekil 1A ve Sekil lB ile polipeptid sekansini gösteren Sekil 1B'de HP olarak anilacaktir) E. coIi veya L. Iactis.içinde eksprese edilmistir.

Sekans, (i) E. COII(Sekil 1B'de Rec 1 HP olarak ifade edilir) ve (II) L. IaCtIS (Sekil 1B'de Rec 2 HP olarak ifade edilir) içinde ekspresyon için optimize edilmis kodondur.

Izole edilmis rekombinant HP In vitro olarak test edilmis ve kapsüllenmistir.

Kapsüllenmis ürünün etkinligi, bir inflamatuvar bagirsak hastaligi (Dekstran Sodyum Sülfat [DSS] ile indüklenmis kolit) olan siçan modelinde degerlendirildi.

Ornek 1 - HP'nin inflamatuvar' bagirsak. hastaligi üzerindeki Siçan çalismasi: Kapsonlu- Lister siçanlari (Rowett susu; 6 aylik; ~ 480g) Rowett Beslenme ve Saglik Enstitüsü Biyolojik Kaynaklar kapsamindaki standart yüksek kalite kosullari altinda yetistirildi, barindi ve yönetildi. Dextran sodyum Wt.) içeren steril damitik suya 7 gün boyunca serbestçe10 erisime sahiptiler [gün 1- 5, 40 g DSS / I ve günler 6- 7, 209 DSS /BEN]. DSS ile tedavi edilen siçanlarin yarisi, HP proteiniyle günlük olarak (1- '7 gün) dozlandi ve geri kalan alti DSS ile tedavi edilen siçana, günlük olarak (1- 7 gün) plasebo verildi. Tedavi edilmeyen kontroller steril damitik suya serbest erisime sahipti, ancak. doz uygulanmadi. Tedavi edilmeyen kontroller steril damitilmis suya erisime sahipti.

Tüm siçanlar yüksek kaliteli kemirgen yemlerine serbest erisime sahipti. Gida alimi, su alimi ve Vücut agirligi günlük olarak ölçüldü.

Siçanlara ötenazi uygulandi (izofluran doz asimi ve eksanguinasyon) ve 8. günde parçalara ayrildi. Kolonun toplam uzunlugu ölçüldü ve çekum / kolon birlesim yerinden 3- 6 cm'lik bir yükselme kolonu OCT'de toplandi veya nötral tamponlu formalinde fikse edildi, çekum / kolon birlesim yerinden 2- 3 cm RNAlater'e yerlestirildi ve çekuni / kolon birlesimi yerinden O- 2 cm'lik. bir parça siviya daldirilarak donduruldu. CRektumdan inen kolonun 3- 6 cm'lik bir parçasi OCT'de toplandi ya da nötral tamponlu formalinde fikse edildi, rektumdan 2- 3 cm RNAlater'a yerlestirildi ve rektumdan O- 2 cm'lik bir parça siviya daldirilarak donduruldu. Ince bagirsak Ölçüldü, ileoçekal birlesini yerinden 5- 7 cm'lik bir ileal doku parçasi OCT içinde toplandi ya da nötral tamponlu formalinde fikse edildi, ileoçekal birlesim yerinden 7- 9 cm mikrobiyoloji için toplandi, ileoçekal birlesim yerinden 9- 10 cm RNAlater içine yerlestirildi ve ileoçekal birlesim yerinden 9- 17 cm'lik bir parça siviya daldirilarak donduruldu.

Mezenterik lenf dügümleri, karaciger ve dalak gibi transvers kolon da mikrobiyoloji için toplandi. Dokulardaki laktoz fermante eden ve laktoz fermente etmeyen bakteriler, MacConkey no 3 agar kullanilarak degerlendirildi.

Sabit kolon örnekleri, 8100 'Technovit reçinesine gömüldü. 4 um'lik kesitler kesilmis ve hematoksilen ve eozin ile boyandi.10 Tüm enine kesit alanlari ImageProPlus yazilimi tarafindan kontrol edilen bir QImaging kamerasina bagli bir Zeiss Axioskop mikroskobu kullanilarak görüntülendi ve sayisallastirildi. Bunlar, 2 bagimsiz birey tarafindan kör bir sekilde incelenmis ve bagirsak hasarinin siddeti Berg ve arkadaslarina (1996) dayanarak derecelendirilmistir ve veriler, O patoloji [patoloji yok] ile derece 3 [majör patoloji] arasindaki görüs alanlarinin yüzdesi olarak ifade edilmistir.

Dekstran Sodyum Sülfat (DSS) ile muamele edilen siçanlarin ve hem DSS hem de HP (DSS / HP) ile muamele edilmis siçanlarin karsilastirilabilir' su alimi vardi ve dolayisiyla DSS alimi tedavi gruplari arasinda da ayniydi. Ayni zamanda, DSS siçanlarin gida aliminin, DSS / HP ile muamele edilmis siçan ve kontrollerden daha. düsük. bir oranda. oldugu gözlenmistir.

DSS ile tedavi edilen siçanlar ayni zamanda kilo verme egilimi gösterirken, ayni zamanda DSS / HP ve kontrol fareleri de agirliklarini korudu (Sekil 2).

Siçan kolon uzunlugu DSS kolitinin bildirilen bir özelligi olan DSS'nin alimi nedeniyle azalmistir. Bununla birlikte, siçanlar da HP ile tedavi edildiginde kolondaki bu degisiklik engellendi (Sekil 3). Aksine, DSS alimi ile ince bagirsak uzunlugu artirildi, ancak DSS / HP verilen siçanlarda degismedi (Sekil 3).

DSS verilen siçanlarin mezenterik lenf dügümleri, karaciger ve dalak alt- klinik olarak laktoz (baskin olarak E. COII) fermente eden ve laktoz fermente etmeyen bakteriler ile enfekte edildi (Sekil 4). Bu, DSS / HP ile belirgin degildi.

Bakterilerin bu sistemik dokulara yayilmasi, DSS'nin neden oldugu hasara bagli olarak bagirsak bariyeri bütünlügü kaybinin sonucu olarak ortaya çikacaktir. HP, bu bagirsak bariyerinin bütünlügündeki kaybi Önlemek için ortaya çikti.10 Çikan ve inen kolonun histolojik analizi yapildi (Sekil 5 ve 6). Bagirsak hasarinin siddeti Bergi ve arkadaslarina (1996) dayanarak derecelendirilmistir ve veriler, 0 patoloji alanlarinin yüzdesi olarak ya da ortalama histopatoloji skoru olarak ifade edilmistir. DSS'nin neden oldugu dokuda bozulma, doku kesitleri boyunca lokalize edilmis çesitli derecelerde hasar (az veya hiç olmayan siddet arasinda) ile orta ve düzensiz idi. Genel olarak, mukozal epitelyumun bütünlügü bozuldu, burada epitelyumda az sayida goblet hücresi ve immün hücrelerin lamina propriaya infiltrasyonu görüldü. Aksine, DSS'nin neden oldugu kolonda genel bozulma, siçanlarin HP ile birlikte tedavisi ile büyük ölçüde azaltilmistir. Bu nedenle DSS kaynakli kolit modelinde koruyucu idi.

Affymetrix analizi Mikro sekans üzerinde temel bilesen analizi (PCA), numunelen 3 boyutlu bir sekilde ayirmak için gerçeklestirilmistir.

Kontrol ve DSS / HP birlikte kümelenmis ve DSS bu kümeden ayri tutulmusturn Bu nedenle bu PCA, DSS transkriptom profillnin kontrol ve DSS / HP profillerinden çok farkli oldugunu göstermistir. Buna karsilik, bu, HP'nin iltihaplanmanin tedavi edilmesinde etkili oldugunu, çünkü bu hayvanlarin saglikli hayvanlara benzedigini göstermistir.

Esit olmayan varyansli (Welch) ANOVA, P (0.05, asimptotik, hepsi tek duruma karsi, Tukey HSD post- hoc, farkli olarak eksprese edilen genlerin bir listesini elde etmek için gerçeklestirilmistir. Bu, diferansiyel ekpresyonu olan 377 gen tablosunu olusturdu (Tablo 1 ve Tablo 3).

Tablo 1. DSS ile Kontrol ve DSS / HP arasinda diferansiyel ekspresyona sahip genler ve hipotetik protein (HP) ile birlikte veya birlikte olmaksizin suda Dekstran Sodyum Sülfat verilen siçanlarda kontrol.

Kat degisimi Gen tanimi Gen Kontrole Kontrole p- sembolü karsi karsi degeri yenilenmesi rezistin benzeri beta et nlb glikosidaz) dehidrojenaz 2 beta) dehidrojenaz 2 aile 3, grup C, üye 2 Gen tanimi GO_biyolojik proses (up to first 10) akut- faz yaniti; inflamatuvar yaniti Adacik türevi 3 betanin yenilenmesi Rezistin benzeri gama l rezistin benzeri beta Sükraz- izomaltaz (alfa- glikosidaz) prosesi; 0032868 0033189 0042594 karbonhidrat metabolik GO:0007568 olgunlasma; besinlere tepki; metabolik proses; sükroz uyaranina tepki; fruktoz uyaranina tepki; insülin uyaranina tepki; vitamin A'ya açliga tepki; glikokortikoid* Defensin, alfa, 24 GO:0006952 savunma tepkisi; GO:0042742 bakteriye karsi savunma Hidroksisteroid 11- beta GO:0001666 hipoksiye tepki; dehidrojenaz 2 GO:0002017 böbrek aldosteron tarafindan kan hacminin karsi tepki; GO:0007565 kadin proses; GO:0008211 glikokortikoid metabolik proses; GO:0032094 besine karsi tepki; GO:0032868 insülin uyaranina tepki; GO:0042493 ilaca karsi tepki; GO:0048545 steroid hormonu uyara* Hidroksisteroid (17- GO:0006694 steroid biyosentetik beta) dehidrojenaz 2 proses; GO:0032526 retinoik aside karsi tepki; GO:00551l4 Nuclear receptor GO:0006355 transkripsiyonun subfamily 1, group D, düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; hormone receptor alpha kikirdak yogunlasmasi; GO:0001503 kemiklesme; GO:0001822 böbrek gelisimi; GO:0002155 tiroid hormon aracili sinyal yolunun regülasyonu; GO:0007420 beyin gelisimi; GO 00076ll ögrenme ya da bellek 377 genin. alt kümesinin bir` isi haritasi olusturuldu (Sekil 7). Bu isi haritasi, DSS hayvanlarinin, birbirlerinden uzak olmasa da, ayri ayri kümelenmis olan Kontrol ve DSS / HP hayvanlarindan net bir sekilde kümelenmesini gösterdi. Kontrol ve DSS / HP'nin genel renk paterni çok benzerken, DSS hayvanlari, diger iki gruba bu gen alt kümesi için çogunlukla ters kat degisiklikleri gösterdi.

Bu genlerin yedisi kontrollere kiyasla nispeten yüksek kat degisimi göstermistir. Bu yedi genden 4'ü yukari düzenlenmis ve diger 3'u kontrol açisindan asagi dogru düzenlenmistir (Tablo 1). Bu kat degisiklikleri, DSS hayvanlari için DSS / HP hayvanlarina göre genellikle daha yüksekti. En çok etkilenen genler, yeniden olusturulan adacik kaynakli 3 beta geni (Reng), resistin benzeri gama resistin benzeri beta geni (Retnlg l Retnlb), sükraz- izomaltaz (alfa- glukozidaz) geni (Si) ve defensin alfa 24 genidir (Defa24), bunlar yukari düzenlenmistir ve hidroksisteroid 11- beta dehidrogenaz 2 gen (Hsd11b2), hidroksisteroid (17- beta) dehidroienaz 2 geni (Hsd17b2), nükleer reseptör 1D1 | tiroid hormon reseptörü alfa geni (Nrldl l Thra) kontrole göre asagi düzenlenmistir (Tablo Gerçek Zamanli PCR Çikan kolondaki inflamasyonla iliskili genlerin ekspresyonu, DSS ve HP ile tedavi edilen siçanlarda. tek basina DSS ile tedavi edilen siçanlardan genel olarak daha düsüktü (Sekil 8; Tablo 2). Re93 ve RELMbekspresyonu özellikle, HP ile yapilan tedavinin bir sonucu olarak büyük ölçüde azaltilmistir.

Tablo 2. Hipotetik protein (HP) ile birlikte veya birlikte olmaksizin suda Dekstran Sodyum Sülfat verilen farelerin çikan kolonlarindaki inflamasyonla iliskili genlerin (Gerçek Zamanli PCR) istatistiksel analizi.

Kontrole karsi DSS Kontrole karsi DSS VS DSS/HP Hipotetik protein orta derecede DSS ile indüklenen koliti iyilestirdi. Bu koruma, kismen, bagirsak dokusunda pro- inflamatuar markörlerin azaltilmis ekspresyonu ile baglantiliydi.

Tablo 3, DSS ile Kontrol ve DSS / HP arasinda diferansiyel ekspresyona sahip genleri ve hipotetik protein (HP) ile birlikte veya birlikte olmaksizin suda Dekstran Sodyum Sülfat verilen siçanlarda kontrolü detaylandirir.

Kat degisimi Gen tanimi Gen Kontr Kontr p- G0_biyolojik proses sembolü ole ole deger (up to first 10) karsi karsi i yenilenmesi inflamatuvar yaniti benzeri gama | nlb rezistin benzeri beta izomaltaz karbonhidrat (alfa- metabolik prosesi; olgunlasma; 60:0007584 besinlere metabolik proses; 60 0009744 sükroz uyaranina tepki; uyaranina tepki; uyaranina tepki; 602003318 vitamin A'ya tepki; GO:0042594 açliga glikokortikoid uyaranina tepki alfa, 24 tepkisi; GO:0042742 savunma tepkisi to bacterium protein kemiklesme; GO:0006461 protein kompleks düzenegi; hücreli organizma besinlere tepki; uyarana karsi tepki; 60 0009725 hormon uyaranina karsi tepki; GO 0030154 hücre farklilasmasi; GO:OO30324 akciger gelisimi; GO:OO30500 mineralizasyonunun düzenlenmesi; 60:0042221 kimyasal uyarana karsi tepki grup IIA fosfolipid metabolik (trombositler, proses; GO 0008285 sinovyal sivi) hücre proliferasyonunun negatif regülasyonu; 60:0016042 Iipit katabolik proses; 60:0035019 somatik kök hücre korumasi; 60:0042127 hücre çogalmasinin* düzenlenmesi; 60:0046473 fosfatidik asit metabolik proses; 60:0050678 epitel hücre çogalmasinin düzenlenmesi; 60:0050680 negatif epitel hücre çogalmasinin düzenlenmesi sistein dügüm tomurcuk süper ailesi, morfojenezinde homolog dallanma; GO:0002689 (Xenopus lökosit negatif regülasyonu; 60:0006915 apoptoz; 60:0007267 hücre- hücre sinyallemesi; 60:0009887 organ morfojenezi; 60:0009954 proksimal / distal patern olusumu; G0:0010717 mezenkimal geçis için epitel düzenlenmesi; 60:0030308 hücre büyümesinin negatif regülasyonw 60:0030326 embriyonik kanat morfojenezi; 60:0030514 BMP sinyal yolunun negatif regülasyonu ribozomal 59639|RGD1 translasyon; L10a'ya benzer translasyonel uzama d 11- beta bagimli DNA dehidrogenaz 1 replikasyonu; 60:0006694 steroid biyosentetik proses; 60:0006704 glikokortikoidbiosen tetik proces; 60:0006713 glikokortikoidkatabo lik proces; 60:0008152 metabolik proses; GO 0030324 akciger gelisimi; 60:0043456 pentoz- fosfat santinin düzenlenmesi Karbamoil- sentetaz 1 1.858 1.245 60:0000050 üre döngüsü; GO 0005980 glikojen katabolik prosesi; 60:0006541 glutamine metabolik azot bilesigi metabolik proses; 60:0014075 amin uyaranina karsi tepki; GO 0019433 trigliserit katabolik proses; 60:0032496 lipopolisakkarite glikagon uyaranina karsi tepki; 60:0034201 oleik aside tepki; karsi tepki bilesik katabolik karboksilik asit katabolik prosesi karbamoiltrans döngüsü; 60 0006526 feraz arginin biyosentetik ornitin metabolik hücresel amino asit biyosentez prosesi; oligomerizasyonu; homeostazisi immünoglobulin benzeri reseptör, alt aile B, üye 4 homofilik hücre adezyonu faktör H tamamlayici aktivasyonm tamamlayici aktivasyonunun düzenlenmesi reseptör protein sinyal yolu tasiyici aile tasima; GO:0015867 ATP tasima; (mitokondriyal 60:0051935 sinaptik tasiyici; iletime katilan adenin glutamat tutulumu; nükleotid 60:0055085 translocator), transmembran üye 4 tasinmasi; 60:0060547 nekrotik hücre ölümünün negatif düzenlenmesi galaktosit 1.069 amino asit alfa- 2,3- glikozilasyonu sialiltransfer düsük afinite OC498276|L sitotoksisite; fragmani, regülasyonu; (CD32) | Fc pozitif regülasyonu; gama reseptörü afiniteli 60:0001812 tip I hipersensitivitenin pozitif regülasyonu; 60:0001820 serotonin immünoglobulin salgilama; bölgesi fagositoz, tanima; reseptör III 60:0006911 benzeri fagositoz, yutulma; 60:0007166 hücre yüzeyi reseptörü baglantili sinyal sinir gelisimi; 60:0030593 nötrofil kemotaksiü translasyonu transkripsiyonlu baslatma mRNA katabolik faktörü 3, alt süreci, anlamsiz birim E aracili bozulma; 60:0006413 translasyonu baslatma benzerligi proses olan aile, üye membran göçü; GO 0006699 proteini 3 safra asidi biyosentez prosesi; peroksizom organizasyonu; 60:0007399 sinir sistemi gelisimi; 60:0008150 biyolojik proses; GO 0042632 kolesterol homeostazi; kolesterol biyosentezsel prosesin düzenlenmesi; 60:0001764 nöron göçü; GO 0006699 safra asim biyosentez prosesi; 60:0007031 peroksizom organizasyonu Fibroblast büyüme faktörü 1.618 1.045 krest hücre göçü; 60:0007507 kalp gelisimi; GO:0008284 positive hücre Çogalmasinin düzenlenmesi; 60:0008543 Fibroblast büyüme faktörü reseptörü sinyal yolm 60:0046326 glikoz dis aliminin pozitif düzenlenmesi; 60:0046330 JNK kaskadinin pozitif düzenlemesi; 60:0070374 ERKl ve ERKZ kaskadinin pozitif düzenlemesi; 60:0070858 safra asidi biyosentez prosesinin negatif düzenlemesi Fosfolamban 1.616 1.194 kasilma kuvvetinin düzenlenmesi; GO 0006816 kalsiyum iyon tasimasi // izlenebilir olmayan yaratici bildirimi; G0:0006874 hücresel kalsiyum iyonu homeostazi; G0:OO45822 kalp kasilmasinin* neg düzenlenmesi; 60:0048738 kardiyak kas dokusu gelisimi; 60:0051924 kalsiyum iyon transportunun düzenlenmesi Sitokin isaretleyici baskilayicisi 1.613 1.157 GO 0001558 hücre büyümesinin düzenlenmesi; 60:0001666 hipoksiye tepki; G0:0001932 protein aminoasit fosforilasyonunun regülasyonu; GO: 0007165 sinyal transdüksiyonu; 60: 0007243 hücre içi protein kinaz kaskadi; GO:0007259 JAK- STAT kaskadi; olgunlasma; GO:OOO9408 isiya karsi tepki; GO 0009617 bakteriye karsi tepki; GO:0009725 hormon uyaranina karsi olacak sekilde PQ döngü tekrari hücre döngüsünün M fazi; GO:0007275 çok hücreli organizma gelisimi; GO:0009611 yaralara tepki; GO 0009725 hormon uyaranina karsi tepki; GO 0016477 hücre göçü; GO 0030154 hücre farklilasmasi; böbreküstü bezi gelisimi; GO:OO42493 ilaca karsi tepki; 60:0051384 glikokortikoid uyaranina tepki; 60:0051781 hücre bölünmesinin pozitif düzenlenmesi Binder kinaz aktivatör benzeri 3 faktör, transkripsiyonun interlökin 3 düzenlenmesi, DNA'ya düzenlenmistir bagimli; GO:0048511 ritmik proses globulin PGCLl LO 1.100 | alfa- 2u- C298116|LO globulin (L C2 tipi) | alfa- 98109|LOC2 2u globulin 98 PGCL2 l 111|LOC259 globulin l 4|LOC36638 globulin PGCL3 globulin baglayici proteini C33A12.3'e lösemi viral sitokinezi; GO: onkojen 0007165 sinyal homolog A (ras transdüksiyonu; GO: ile ilgili) 0007264 küçük GTPaz aracili sinyal iletimi; GO: 0007265 Ras protein sinyal iletimi; GO 0017157 ekzositozun düzenlenmesi; GO:0031532 aktin hücre iskeletinin düzenlenmesi; filopodium düzeneginin pozitif regülasyonw GO:0051665 membran yigin lokalizasyonu prostaglandin prostaglandin D sentaz biyosentez prosesi; asidi biyosentez süreci; GO:0006693 prostaglandin metabolik proses E3 gelisimi; GO:OOO635O transkripsiyon; 60:0006355 transkripsiyonun düzenlenmesi, bagimli; GO: promotöründen polimeraz II transkripsiyon; 60:0008150 biyolojik 0045449 transkripsiyonun proses; GO: düzenlenmesi; 60 0048468 hücre gelisimi; GO:0050679 pozitif epitel hücre çogalmasinin düzenlenmesi bilesen 1, s proteoliz; alt bileseni 60 0006958 tamamlayici aktivasyonu, klasik glial hücre farklilasmasi; 60:0045087 bagisiklik tepkisini baslatma; G02005159l response to cAMP 2, EF el kalsiyum baglanma alani tasiyici acit tasima; ailesi 7 GO:0055085 (katyonik transmembran amino asit tasinmasi; sistemi), üye amino asit ta* teraz tepki; GO 0007612 ögrenme; GO:0019695 kolin metabolik proses; GO:0042493 ilaca karsi tepki; GO:0043279 alkoloide tepki; GO 0050805 sinaptik il etimin negatif regülasyonu; glikokortikoid uyaranina tepki; GO:0051593 folik aside tepki tasiyici aracili füzyon indüksiyonu partneri betaGIcNAc karbonhidrat beta 1,4- metabolik prosesi galaktosiltran sferaz, polipeptit 4 karsi tepki; 60:0006972 hipermotik cevap; 60:0007186 G- proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw GO:OOO9408 isiya karsi tepki; 60:0010243 organik azota karsi tepki; 60:0030334 hücre düzenlenmesi; 60:0042493 ilaca karsi tepki; 60:0043200 amino asit uyaranina karsi steroid hormonu uyaranina karsi C (C. elegans) ekzositoz; GO: nörotransmitter (transmembran) osteoblast farklilasmasi; GO 0007155 hücre adezyonu; 60:0030282 mineralizasyonu sarmal- helis- transmembran sarili- tasinmasi sarmal- helis oldugu sarili- sarmal- helis- sarmal- helis alanina benzer reseptörü 63 transdüksiyonu 60:0007186 G- proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw 60:0050911 koku algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti açisindan zengin asidik protein 1 süper ailesi, reseptörü 9 l 497 hipotetik protein öldürücü hücre reseptör, alt immünoreseptör Ly49si3'e 796IKIra17 01561306 Allogreft inflamatuvar faktör 1 1.431 1.107 GO:0001934 positive protein aminoasit fosforilasyonunun regülasyonw ekspresyonunun negatif düzenlenmesi; hiperplazisinin pozitif regülasyonu; GO:0030335 pozitif hücre göçünün düzenlenmesi; GO:0031668 hücre disi uyaranlara hüCresel yanit; GO:0032870 hücresel hormon uyaranina karsi tepki; GO:0034097 sitokin uyaranina karsi tepki; GO 0042116 makrofaj aktivasyonm GO:0043066 apoptozun negatif düzenlenmesi; GO:0045429 nitrik oksit biyosentez isleminin pozitif regülasyonu proteoliz; hücreli organizma büyümesinin negatif düzenlenmesi 2'yi eksprese Bex 4 GO:0007049 hücre etti döngüsü; GO:0002052 | beyin gen nöroblast etti I beyin pozitif gen 4'ü düzenlenmesi; eksprese etti GO:0007275 çok hücreli organizma gelisimi; GO:0007399 sinir sistem gelisimi; GO:0030154 hücre farklilasmasi; GO:0045665 nöron farklilasmasinin negatif düzenlenmesi; GO:0048011 sinir büyüme faktörü reseptörü sinya baskilayici redoksu homeostazi mitokondriyal Proton tasinmasina FO kompleksi, bagli ATP sentezi; H+ tasima, ATP metabolik proses mitokondriyal F0 kompleksi, 1 benzeri alt C tipi lektin CleclOa 1.413 - 0.034 alani ailesi 1.051 , üye A voltaj kapili, tasima; GO:OOO6814 tip VII, alfa sodyum iyonu tasima; transmembran tasinmasi kalsiyum iyonu konsantrasyonunun yükselmesi metabolik proses; 60:0008152 metabolik karbonhidrat fosforilasyonu homologu göçü; GO:0006355 (fare) transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:0007409 aksonogenez; GO:0007413 aksonal fasikülasyon; GO:0007417 merkezi sinir sistem gelisimi; GO:0007585 solunum gazi degisimi; GO:0008347 glial hücre göçü; GO:0019233 agrinin duyusal algisi; GO:0048011 sinir büyüme faktörü reseptörü sinya yolu; GO 0048666 nöron gelisimi cerevisiae) l pentatrikopept id tekrar davranissal korku yaniti; GO:0007186 G- proteinine bagli reseptör protein sinyal yolm nöropeptit sinyal yolu; GO:0007610 davranis; GO:0019233 agrinin duyusal sistemi, embriyonik kanat embriyonik morfojenezh nükleer GO:0042060 yaranin protein l iyilesmesi; GO:0042246 dokunun yenilenmesi sekans 4'e nöropeptit sinyal benzer hormon yolu reseptörü içeren EGF benzeri modül bagli gen retinol metabolik proses; asiltransferaz GO:0007601 görsel (fosfatidi koli algi; GO:000979O n- retinol- O- embriyonik gelisim; asiltransferaz GO:0042572 retinol ) metabolik proses ; 60 0050896 uyarana karsi tepki 1 aktivitesinin aktivasyonu; GO: kasilmasi; GO:0007155 hücre adezyonu; GO:0007229 integrin aracili sinyal yolw GO:0030593 nötrofil kemotaksisi; vazodilatasyon GO:0043525 nöron apoptozunun pozitif regülasyonw GO:0045123 hücresel ekstravazasyon; GO:0048812 nöron projeksiyon morfojenezi; GO:0060326 hücre kemotaksiü benzeri 3 mikrotübm depolimerizasyonu; sitoplazmik mikrotübm organizasyonu; GO:0031175 nöron projeksiyon gelistirme; GO:0032314 Rac GTPaz aktivitesinin düzenlenmesi; proteini sinyal iletiminin negatif regülasyonu 60:0051493 iskeleti organizasyonu düzenlenmesi benzerligi 12 olan aile, B (epididimal) ribozomal protein L13 1700023M03”e farklilasma büyümesi; GO 0030308 faktörü hücre büyümesinin negatif regülasyonu reseptörü 826 825l proteinine bagli l Olfaktör Olr829 reseptör protein reseptörü 825 sinyal yolu; | Olfaktör GO 0050911 koku reseptörü 829 duyusunun algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti; GO: 0007165 sinyal transdüksiyonu düsük inflamatuvar yaniti; (lektin 60:0007155 hücre benzeri) adezyonu; 60 0007159 reseptör 1 lökosit hücresi- hücre adezyonu; 60 0008219 hücre lipoprotein metabolik proses; 60:0042542 hidrojen perokside tepki proteini alfa karsi tepki; hücreli organizma gelisimi; GO:OOO7283 spermatogenez; 60 0030154 hücre farklilasmasi kapsayan 4- inflamatuvar yaniti; A, üye 2 transdüksiyonu; (IgE'nin Fc 60:0007166 hücre fragmani, yüzeyi reseptörü yüksek afinite baglantili sinyal polipeptid fosfolipaz C için reseptör) aktivitesinin aktivasyonm proteinine bagli reseptör proteini sinyal yolu ile protein kinaz C aktivitesinin aktivasyonw 60:0043306 mast degranülasyonunun pozitif regülasyonu; 60:0050663 sitokin salgilanmasi; edilmis kalsiyum iyonunun sitozol içine saliniminin düzenlenmesi homeobox 2 anjiyogenez; 60:0001757 somit belirleme; transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:OOO7275 çok hücreli organizma gelisimi; 60:0007519 iskelet kasi dokusu gelisimi; G020060021 tat alma duyusunun gelisimi; GO:OO60173 kanat gelisim* benzeri metabolik proses; GO:OOO6631 yag asidi metabolik proses; 60:0006644 fosfolipid metabolik proses; GO 0007160 hücre matrisi adezyonu; GO: 0007165 sinyal transdüksiyonu; 60:0008203 kolesterol metabolik proses; 60:0009395 fosfolipid katabolik proses; GO 0009725 hormon uyaranina karsi tepki; 60:0010519 fosfolipaz aktivitesinin negatif regülasyonu; 60:0019915 Iipid depolamasi 2 ile ilgili proses proteinine bagli reseptör protein sinyal yolu; GO: 0030073 insülin protein Sigma Sfn bagimli protein benzeri | kinaz aktivitesinin stratifin regülasyonw 60:0001836 mitokondriden sitokrom c salinimi; 60:0008285 hücre proliferasyonunun negatif regülasyonu; 60:0008630 DNA hasar cevabi, apoptoz indüksiyonu ile sonuçlanan sinyal iletimi; GO:0030216 keratinosit farklilasmasi; 60:0030307 positive hücre büyümesinin düzenlenmesi; GO 0043154 kaspaz aktivitesinin negatif regülasyonu; 60:0043588 cilt gelisimi; GO:OO43616 keratinosit proliferasyonu; bagimli protein kinaz aktivitesinin regülasyonu baglayici apoptozun protein 1 düzenlenmesi proteoliz yol I nhi bi törü pihtilasmasi; (lipoprotein 60:0007598 kan iliskili pihtilasmasi, dissal pihtilasma yOI önleyici) büyüme faktörü organin indüksiyonu; hücre çogalmasinin düzenlenmesi; 60:0008543 Fibroblast büyüme faktörü reseptörü sinyal yolw 60:0048538 timus gelisimi 1A kaskadinin pozitif regülasyonu konjuge enzim proses; GO 0043687 dönüsüm sonrasi protein modifikasyonu; 60:0051246 protein metabolik prosesinin düzenlenmesi proteinine bagli reseptör protein sinyal VOIW 60:0007218 sinyal beslenme davranisi nöropeptit reseptörü 1075 1.179 proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti proteini sifir benzeri 1 60:0008150 biyolojik tümör nekroz faktörü aracili sinyal yolu; 60:0043000 plazma membrani CFTR proteini tasimaya apoptozun negatif düzenlenmesi fosfotransfera fosfatidilkolin biyosentetik proses; 00:0006663 trombosit aktive edici faktör biyosentetik proses; fosfolipid biyosentetik proses farklilasma 1 pankreatik A hücresi kaderi taahhüdü; 60:0003329 pankreatik PP hücre kaderi taahhüdü; 60:0006355 transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:OOO7263 nitrik oksit aracili sinyal iletimi; 60:0007275 çok hücreli organizma gelisimi; GO:OOO7399 sinir sistem gelisimi; GO:OOO9749 glikoz uyaranina karsi tepki; 60:0009952 anterior/posterior örnek olusumu; 60:0021549 beyincik gelisimi; GO: 0030073 insülin büyüme faktörü etkinliginin aktivasyonm GO:OOOOl89 MAPK'in nükleer translokasyonu; 60:0001525 anjiyogenez; 60:0001658 tomurcuk morfojenezinde dallanma; GO:0001759 bir organin indüksiyonu; 60:0001934 pozitif protein aminoasit fosforilasyonunun regülasyonw 60:0002042 anjiyogenez filizlenmesine dahil hücre göçü; 60:0006355 transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya C21- steroid hormon bagimli; biyosentetik proses; 60:0006915 apoptoz baslatma faktörü homolog (zebra reseptörü 7 proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw 60:0050911 koku algilanmasiyla uyaranlarin tespiti kimyasal Sterol O- asiltransferaz 1.256 1.037 60:0007584 besinlere metabolik steroid kolesterol metabolik kolesterol GO:0034379 çok düsük yogunluklu lipoprotein parçacik derlemesi; kolesterol esterifikasyonu Neurexin 1 1.256 1.071 GO: 0007268 sinaptik iletim; GO: 0007269 nörotransmitter salgisi; GO:OOO7416 sinaps düzenlemesi; 60:0051290 heterotetramerizatio protein MARCKS- benzeri 1 Marcksll 1.251 1.104 60:0008284 pozitif çogalmasinin düzenlenmesi; GO: 0016192 tasiyici aracili tasima Kalsiyum / kalmodulin bagimli 1.251 1.151 GO: 0007268 sinaptik protein kinaz armadillo tekrari beta 2 adezyonu; GO:0007156 homofilik hücre adezyonu ELAV Elavl2 1.242 0.041 (embriyonik .022 ölümcüh anormal görüs, Drosophila)- benzeri 2 (Hu antijeni B) otofaji apoptoz'un modülatörü 2 | indüksiyonu CG4025- PA GO:0008366 akson kilifi; GO:0010001 glial hücre farklilasmasi; GO:0022010 merkezi sinir sisteminde miyelinasyon; miyelinasyon; 60:0042759 uzun Zincirli yagli asit biyosentetik proses; 60:0048469 hücre olgunlasmasi Aspartoasilaz 1.237 1.012 GO 0008152 metabolik merkezi sinir sisteminde miyelinasyon; 60:0048714 oligodendrosit farklilasmasinin pozitif düzenlenmesi Nt5dc3'ün ilk gen akisi 1.232 1.198 PRKC, apoptoz, düzenleyici 1.232 1.140 60:0006915 apoptoz; ilk gen akisi; interlökin- 2 biyosentetik prosesi; GO:0042130 T hücresi proliferasyonunun negatif regülasyonu; 60:0042986 Amiloid öncü protein biyosentetik prosesin pozitif regülasyonu; GO: 0045449 transkripsiyonun düzenlenmesi; reseptörü sinya yolunun negatif düzenlenmesi reseptörü, iletim iyonotropik, fumarilasetoas proses etat hidrolaz Kaufman gelisimi; GO:0007608 sendromu kokunun duyusal algisi; GO:OOO815O biyolojik proses; birlesimi; gelisimi; GO:0021766 hipokampus gelisimi; korteks gelisimi; siliyer takimi; davranis; GO:OO42384 siliyer takimi inhibitörü, polimeraz II gama promotöründen transkripsiyonun negatif regülasyonu; 60:0006469 protein kinaz aktivitesinin negatif regülasyonu; GO: 0007165 sinyal transdüksiyonu; GO 0042308 nükleus içine protein aliminin negatif regülasyonu Kolesistokinin B reseptörü 1.222 1.103 00:0001821 histamin salgisi; GO:OOO2209 davranissal savunma tepkisi; G0:0006915 apoptoz; GO: 0007165 sinyal transdüksiyonu; 60:0007186 G- proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw 60:0007204 sitosolik kalsiyum iyonu konsantrasyonunun yükselmesi; 60:0007586 sindirim; 60:0008284 positive hücre çogalmasinin düzenlenmesi; 60:0032230 sinaptik iletimin pozitif düzenlenmesi, GABAerjik; 60:0032868 insülin uyaranina tepki aile 11 üye B transdüksiyonu; GO: 0007264 küçük GTPaz aracili sinyal reseptörü 1 transdüksiyonu; 60:0007186 G- proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw 60:0007189 G- proteini sinyal yolu ile adenilat siklaz aktivitesinin aktivasyonu voltaj kapili tasima; GO:OOO6813 kanal, Shab potasyum iyon ile ilgili alt tasima; GO:0051259 aile, üye 1 protein oligomerizasyonu; 60:0055085 transmembran tasinmasi dISüIfür redoksu homeostazi izomeraz A ailesi, üye 4 pOIIpeptId 1 kasilmasi tomurcuk morfojenezinde faktörü dokuda (ligand) süper immünoglobulin ailesi, üye 13 üretimi; GO:0002636 germinal merkez olusumunun pozitif düzenlenmesi; bagisiklik tepkisi; GO:0008150 biyolojik proses; GO 0008284 positive hücre çogalmasinin* düzenlenmesi; immünoglobulin aracili immün yaniti; GO:0048298 izotip degisiminin pozitif düzenlemesi; bagisiklik yanitinin düzenlenmesi ribosilasyon protein nakit faktörü GO:0050708 protein etkilesimli salgisinin protein 1 düzenlenmesi 19 içeren MYND protein 70kDa ribozomal L24 GO:0042254 ribozom domeni biyogeneü glutamat proteoliz; karboksipeptid GO:0042246 dokunun az yenilenmesi homolog, alt katlama; GO 0007283 aile A, üye 1 spermatogenez; GO:0009408 isiya karsi tepki; GO 0030317 sperm hareketliligi* GO:0030521 androjen reseptörü sinya yolu; GO:0042769 DNA hasari tepkisi, DNA hasarinin te* ve sarmal proses bobin alanlari 1 aktivitesinin aktivasyonw protein bagli reseptör içsellestirmesi; proteinine bagli reseptör proteinin sinyal yolunun arrestin ile duyarsizlastirilmasi polimeraz II promotöründen transkripsiyon; 60:0006892 vezikm aracili Golgi sonrasi tasima; 60:0006897 endositoz; 60: 0007165 sinyal transdüksiyonu; 60:0007186 G- proteinine bagli reseptör protein sinyal yolm 60:0007188 CAMP nükleotit ikinci mesajciya bagli G- protein sinyallemesi duyusal algi oksidatif strese tepki; GO 0051085 kofaktör gerektirmeyen saperon aracili protein katlanmasi nöropeptit sinyal beyin gelisimi baglayici katlama protein 14 sentaz 2, yumurtalik indüklenebilir folikülünden ovülasyom endotel hücre proliferasyonu; vessel remodeling; katabolik prosesi; süperoksit metabolik nitrik oksit biyosentetik sinyal transdüksiyonu; nükleotit ikinci mesajciya bagli G- protein sinyallemesi; 601 0007243 hücre içi protein kinaz reseptörü 1105 1.050 proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw 60:0050911 koku algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti protein beta 2 1.117 kas gelisimi; GO:OOO9408 isiya karsi tepki ayirma protein metabolitlerin ve 1 enerjinin olusumu; (mitokondriyal 60:0006839 tasiyici) tasima; GO:0015992 proton tasima; 60:0032870 hücresel hormon uyaranina karsi tepki; 60:0044253 çok hücreli organizmal metabolik prosesin pozitif regülasyonu; GO:0048545 steroid hormonu uyaranina karsi tepki; kahverengi yag hücresi farklilasmasi; 60:0055085 transmembran tasinmasi Ankyrin tekrari ve 2 içeren SOCS 1.182 1.117 1.182 1.041 Neurexophilin 1.180 1.046 Keratin 82 1.178 1.063 lösemi grubu hücresel reseptör ailesii üye 2 1.177 1.071 60:0055085 transmembran tasinmasi globulin PGCL4 l ana idrar proteini 4 | globulin PGCL3 globulin PGCLl globulin I globulin PGCLZ globulin C259244|LO 1.176 1.185 GO: 0006810 tasima 1.176 1.055 60:0000904 farklilasmaya dahil hücre morfojenezi; GO:0001764 nöron göçü; GO:0007411 akson rehberligi; GO:0007417 central sinir sistem gelisimi; GO:000742O beyin gelisimi; lokomotori davranis; GO:0010001 glial hücre farklilasmasi; G0 0018108 peptidil- tirosin fosforilasyonw GO 0021511 omurilik örüntüleme; GO 0021800 serebral korteks teget göçü Vesikm proteini 1.175 1.049 GO 0006888 Golgi vezikül aracili ulasim, için ER; GO:0006906 vezikm füzyonu; GO 0006911 fagositoz, yutulma; tasinmasina endozom; G0:0015031 protein nakli; GO:0016044 hücresel zar organizasyonu; GO: 0016192 tasiyici aracili tasima; 60:0017156 kalsiyum iyon bagimli ekzositoz 60:0043308 eozinofil degranülasyonu; 60:0043312 nötrofil degranülasyonu apoptoz'un indüksiyonu; 60:0007596 kan pihtilasmasi; 60:0042246 dokunun yenilenmesh 60:0045445 miyoblast farklilasmasi; 60:0046716 kas hücresi homeostazi; 60:0048771 doku biçimlenmesi; 60:0051603 hücresel protein katabolik süreçte yer alan proteoliz; 60:0051918 fibrinolizin negatif regülasyonw 60:0051919 fibrinolizin pozitif regülasyonu benzerligi 131 Kolinrgic reseptör, (nöronal) 1.169 1.112 potansiyelinin aksiyon düzenlenmesi; tat isteksizligi; GO 0001666 hipoksiye sartli kasilmasi; GO: transdüksiyonu; kalsiyum sinyal sinaptik kolinrgic; görsel sesin duyusal algisi Dynein l 1.169 1.153 biyosentetik tabanli apoptotik gen prosesi; mikrotübül ürünlerinin aktivasyonm nörotransmiter metabolik fosforilasyonun negatif regülasyonu üye 27 mikrotübül tabanli hareket homolog (C. yüzeyi reseptörü elegans) baglantili sinyal protein tasi* anjiyogenez; 60:0001569 kan damarlarinin desenlenmesi; 60:0001570 vaskülojenez; 60:0001656 metanefroz gelisimi; 60:0001658 üreter tomurcuk morfojenezinde hipoksiye tepki; 60:0001708 hücre kaderi belirtimi; krest hücre göçü; 60:0001822 böbrek gelisimi; GO:0001841 nöral tüp olusumu decarboxylase metabolik proses; 60 0006519 hücresel amino asit ve türev metabolik proses; metabolik proses; katabolik proses; karboksilik asit metabolik proses; katekolamin biyosentetik proses reseptörü 1593 proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti proteini 354A polimeraz II promotöründen transkripsiyonun negatif regülasyonu; 60:0001666 hipoksiye böbrek gelisimi; transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:0007275 çok hücreli organizma gelisimi; 60:0007576 nükleolar fragmantasyon; 60:0051593 folik aside karsi tepki polimeraz II promotöründen transkripsiyonun negatif regülasyonu; 60:0001302 replikatif hücre olgunlasmasi; 60:0001501 iskelet sistemi gelisimi; 60:0001736 düzlemsel polaritenin kurulmasi; 60:0001738 polarize bir epitelin morfojenezi; 60:0001942 saç folikülü gelisimi; 60:0002053 mezenkimal hücre proliferasyonunun pozitif regülasyonu; 60:0002064 epithelial hücre gelisimi; GO:OOO6915 apoptoz; GO 0006916 anti- apoptoz Histlhlt 1.155 60:0006334 nükleozom takimi; GO:OOO7275 çok hücreli organizma gelisimi; 60:0007283 spermatogenez; 60:0007339 spermin zona pellucida'ya baglanmasi; farklilasmasi; 60:0030317 sperm hareketliligi homolog 1.073 göçü; GO hücre adezyonunun negatif regülasyonu; GTPaZ aracili sinyal iletimi; GO:0007275 çok hücreli organizma gelisimi; 60:0007399 sinir sistemi gelisimi; 60:0007420 beyin gelisimi; GO:0021589 beyincik yapisal organizasyonu; 60:0021795 serebral korteks hücre göçü; G0:0021799 serebral korteks radya yönelimli hücre serebral korteks radyal glia kilavuzlugundaki göçte yer alan nöronal- glial etkilesimlere katilan hücre- hücre adezyonu 66 dahil zengin tekrar 1.154 1.139 domain protein Nöronal 1.154 1.095 transdüksiyonm transkripsiyonun sinyal pozitif düzenlenmesi; 60:0045944 RNA polimeraz II promotöründen transkripsiyonun pozitif düzenlenmesi; 60:0045944 RNA polimeraz II promotöründen transkripsiyonun pozitif düzenlenmesi asetilnöramim fosfataz 1.154 1.165 karbonhidrat metabolik prosesi; GO 0008152 metabolik asetilnöraminat biyosentetik proses baglayici 1.152 1.111 60:0007093 mitotik hücre döngüsü protein kontrol noktasi; 60:0007096 mitOZ düzenlenmesi .015 kasilmasinin düzenlenmesi; 60:0007218 nöropeptit sinyal lokomotor ritim proteaz, serin proteoliz; tasima; GO:OOO6814 sodyum iyon tasima tepki; GO: 0006810 kalp gelisimi; GO 0009725 hormon uyaranina karsi tepki; GO 0015671 oksijen tasima; GO:OO31444 yavas kasik iskelet kas lifi kasilmasi; 60:0042542 hidrojen perokside tepki; 60:0043353 enükleaser eritrosit farklilasmasi; kahverengi yag hücresi farklilasmasi 1500031L02'ye redüktaz (SDR 1.013 oksidasyon azalmasi ailesi) üyesi gözenek 1.073 tüp olusumu; GO:OO iliskili 15031 protein nakli; protein 60:004690 hücreler arasi tasima; 60:005102 mRNA nakli; GO 005508 transmembran tasinmasi reseptör protein sinyal yolw algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti 3, üye A gerektirmeyen saperon aracili protein katlanmasi öncülüne benzer protein nakit 60:000691 nükleostoplazmik tasima; GO:OOO716 sinyal iletimi peptit biyosentetik proses; reseptörü A / 60 000646 protein guanilat amino asit siklaz A fosforilasyonu; tik peptit yüzeyi reseptörü resept örü A) baglantili sinyal reseptör guaniIH siklaz sinyal yolu; 60 000821 kan basincinin düzenlenmesi; 60 003082 cGMP biyosentetik prosesin pozitif regülasyonw 60:004241 dopamin metabolik proses reseptör protein sinyal yolu ; 60 005091 koku algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti dehidrogenaz 1.084 mitochondrial alfa alt complex I assembly I kompleks, assembly takim faktörü sinyal metabolik proses; dönüstürücü GO 0006642 trigliserit mobilizasyonu; 60 000716 sinyal JAK- STAT kaskadi; pozitif hücre çogalmasinin* düzenlenmesi; sinyalleme yolunun regülasyonw hücre göçünün pozitif düzenlenmesi; aracili sinyal yolu; 60:0030307 pozitif büyümesinin düzenlenmesi Synükleleim alfa (amiloid olmayan bileseni) 1.127 1.096 mikrogliyal hücre aktivasyonw GO:0001921 reseptör geri dönüsümünün pozitif düzenlenmesi; nörotransmiter sekresyonunun pozitif regülasyonu; GO:0001963 sinaptik dopaminerjik; GO:0006631 yag asidi metabolik proses; GO:0006638 nötr lipid metabolik proses; GO 0006644 fosfolipid metabolik proses; GO:0006916 anti- apoptoz; mitokondriyal membran organizasyonu; GO:0008344 yetiskin lokomotor davranisi Interferon düzenleyici faktör 3 1.127 1.166 transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:0007249 kapaB kaskadi; 60:0009617 bakteriye karsi tepki; 60:0031663 lipopolisakkarid aracili sinyal yolu; 60:0032496 lipopolisakkarite tepki; GO:OO43330 eksojen dsRNA'ya yanit; GO 0045351 tip I interferon biyosentetik proses tein reseptörü endositoz disi uyaranlara hücresel yanit 105kDa/110kDa karsi tepki; protein 1 G0:0051085 kofaktör gerektirmeyen saperon aracili protein katlanmasi 2, düz kas, kasilmasi enterik orijinli (43.9 transmembran alana sahip varsayilan proteine reseptör tasima; GO:0006816 potansiyeli kalsiyum iyon katyon kanali, tasima; GO:OOO9266 üye 2 karsi tepki; GO:OOO9408 isiya karsi tepki; 60:005508 transmembran tasinmasi transferaz, metabolik proses reseptörü 1.150 reseptörü sinyal mast hücresi tarafindan histamin salgisi; GO:0002687 lökosit göçünün pozitif düzenlenmesi; 60:000716 sinyal iletimi; GO 000718 G- proteinine bagli reseptör protein si nyai yol U; 60:0014061 norepinefrin salgisinin düzenlenmesi; 60:0014068 fosfinoidid 3- kinaz kaskadin pozitif regülasyonw 60:0043306 mast degranülasyonunun pozitif regülasyonu; inflamatuvar yanitinin pozitif düzenlenmesi; 60:0050850 kalsiyum aracili sinyalin pozitif regülasyonu iyon transportunun düzenlenmesi asagi regüle retrotranspozo integrasyonu n integrazi 1 kaset, alt cg31 aile G 2|RGD15647 (BEYAZ), üye 3 09| benzeri 1 ATP LOC360997 baglayici kaset, alt (BEYAZ), üye 3 benzeri 2 ATP- G'ye benzer (BEYAZ), üye 3 prepropeptid I 1.112 asit salgilanmasi; arjinin GO:0001975 vazopressin anfetamine karsi tepki; GO:0002027 kalp atisinin düzenlenmesi; GO:0002125 annelige ait agresif davranis; GO:0003077 diürez negatif düzenlenmesi; natriürezin pozitif düzenlenmesi; GO:0006950 strese karsi tepki; GO:0007204 sitosolik kalsiyum iyonu konsantrasyonunun yükselmesi; GO:000750 kalp gelisimi; GO:0007565 kadin gebeligi 1 GO 0006518 peptit metabolik prosesi; GO: 0007243 hücre içi protein kinaz responsive transkripsiyonun element düzenlenmesi, DNA'ya baglayici bagimli protein 3 biogenez peroksizom faktörü 12 organizasyonu; transport; 60:0016558 peroksizom matrisine protein aktarimi reseptör A 003 66209 damarlarinin tipi l desenlenmesi; endotelin- 1 G0:000166 hipoksiye benzeri utero embriyonik gelisim; GO:0001934 positive protein aminoasit fosforilasyonunun sinyal regülasyonm transdüksiyonu; 60:0007204 sitosolik kalsiyum iyonu kOhS ant rasyonunun yükselmesi; 60:0007205 G- proteinine bagli reseptör proteini sinyal yolu ile protein kinaz C aktivitesinin aktivasyonw 60:0007507 kalp gelisimi; GO:OOO7585 solunum gazi degisimi; GO:OOO8217 kan basincinin düzenlenmesi 1.152 hücre iskeleti organizasyonu geranylgeranyl hücre çogalmasinin transferase düzenlenmesi; type I, beta 60:0018348 protein subunit amino acid geranylgeranylation; 60 0034097 sitokin uyaranina karsi positive regulation of cell cycle; 60 0051774 negative regulation of nitric- oxide synthase 2 biyosentez süreci; 60 0051789 response to protein stimulus reseptörü 1356 proteinine bagli reseptör protein sinyal yolm 60 005091 koku algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti related GTPase 1.124 family, cinema homeobox 5 1.140 osteoblast farklilasmasi; 60:0001958 endochondral kemiklesme; 60:0006355 transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:OOO7275 çok hücreli organizma gelisimi; 60:0007399 sinir sistemi gelisimi; axonogenesis; 60 0007411 axon guidance; 60:0008283 hücre çogalmasi; 60:0030326 embriyonik kanat morfojenezi; epithelial hücre farklilasmaSi FCH and double d1 1.088 regulation of cell- SH3 domains 1 substrate adhesion magnesium 60:0006824 cobalt transporter 2 iyon tasima; G0:0006825 copper iyon tasima; GO 0006828 manganese iyon tasima; 60:0015674 di- , tri- valent inorganic catiyon tasima; GO:OOl5675 nickel iyon tasima; 60:0015693 magnesium iyon tasima member 3 tasima; GO:0006826 iron iyon tasima; 60:0006915 apoptoz; apoptoz'un indüksiyonu; G0:0007049 hücre döngüsü; GO:0009306 protein secretion; 60:0055114 oksidasyon redüksiyon (cytosolic Sialidase) proses; GO 0010831 positive regulation of myotube differentiation ; 60:0045471 response to ethanol; 60:0045663 positive regulation of miyoblast farklilasmasi associated 6 hücreli organizma gelisimi; GO:OOO7283 spermatogenez; 60:0030154 hücre farklilasmasi büyüme faktörü 1.096 hücre çogalmasinin düzenlenmesi; 60:0008543 Fibroblast büyüme faktörü reseptörü sinyal yolw 60:0016049 cell growth; G0:0030154 hücre farklilasmasi; GO 0060113 inner ear receptor hücre farklilasmasi receptor, 1.124 tasima; GO:OOO6816 nicotinic, kalsiyum iyonu alpha 9 tasima; @0:0007204 sitosolik kalsiyum kOl'iS ant rasyonunun yükselmesi; GO 0007605 sesin duyusal algisi; 60:0042472 inner ear morphogenesis; 60:0050910 detection of mechanical stimulus involved in sesin duyusal algisi Coagulation factor (thrombin) receptor 1.005 1.345 GO 0000186 MAPKK etkinliginin aktivasyonw 60:0002248 connective tissue replacement during inflamatuvar yaniti; 60:0006919 activation of caspase activity; inflamatuvar yaniti; 60:000716 sinyal iletimi; GO 000718 6- proteinine bagli reseptör protein sinyal yolw 60:0007205 G- proteinine bagli reseptör proteini sinyal yolu ile protein kinaz C aktivitesinin aktivasyonm 60:0007260 tyrosine phosphorylation of STAT protein; 60:0007262 STAT protein nuclear translocation; 60:0007529 establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction channel, tasima; GO:OOO6813 subfamily K, potasyum iyonu member 1 tasima; GO:OO35094 response to nicotine Ameloblastin Ambn - 0.025 lg like domain heterophilic cell- 3 hücre adezyonu; 60:0007399 sinir sistemi gelisimi Ankyrin repeat Asb6 - 0.015 and SOCS box- .028 1.072 containing 6 transporting, .039 tasima; GO:OOO7035 subunit BZ acidification; GO 0015986 Proton tasinmasina bagli ATP sentezi; G0:0015992 proton tasima; GO:OO30641 regulation of cellular pH; metabolik proses (trithorax Drosophilak translocated kinase, beta 1.042 polysaccharide metabolik proses; 60:0005977 glikojen metabolik proses reseptör protein sinyal yolm algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti containing 1.063 1.109 düzenlenmesi; 60:0016070 RNA metabolik proses reseptör protein sinyal yolw algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti Sulfatase Sumf2 - - 0.034 modifying 1.077 1.088 factor 2 domain 45 1.078 protein iletimi Seip 1.082 1.006 proses congenital 2 homolog reductase (SDR 1.083 oksidasyon family) member redüksiyon (DNA 1.089 1.102 mitochondrial DNA directed), replicatiom gamma 60:0006287 base- excision repair, gap- filling; 60:0007568 olgunlasma fucosyltransfe 1.091 anjiyogenez; somitogenesis; karbonhidrat metabolik prosesi; GO:0006004 fucose metabolik proses; GO:0006493 protein amino acid O- linked glycosylation; GO:0007219 Notch signaling pathway; GO:0007399 sinir sistemi gelisimi; GO:000750 kalp gelisimi; GO:0008150 biyolojik proses fiber of sperm 1.098 1.005 development recognition iron- sulfur cluster factor- like assembly; GO 0032364 oxygen homeostasis; transkripsiyonun düzenlenmesi family 6 1.105 1.065 neurotransmitter (neurotransmit uptake; GO:0006837 ter serotonin transport; transporter, GO:0007626 serot oni n), lokomotori davranis; member 4 GO 0009636 response to toxin; GO 0015844 monoamine transport; 60:0021794 thalamus development; 60:0051610 serotonin uptake A oxidase 3, 1.106 1.081 metabolik proses; pristanoyl GO:0006631 yag asidi metabolik proses; acid beta- oxidation; GO 0033540 fatty acid beta- oxidation using acyl- COA oxidase; 60:0055114 oksidasyon redüksiyon member 2 1.115 morphogenesis; 60:0007275 çok hücreli organizma gelisimi; G020016477 hücre göçü; 60:0030835 negative regulation of actin filament depolymerization; 60:0032438 melanosome organization; 60:0045217 cell- cell junction maintenance; 60:0051017 actin filament bundle assembly RIKEN cDNA .115 .077 onarimi A730011L01 FF receptor 1 .117 .111 transdüksiyonw proteinine bagli reseptör protein sinyal yolu Kelch- like 36 K1h136 .014 (Drosophila) .119 .021 ositol glycan .128 biyosentez süreci; anchor 60:0016255 biosynthesis, attachment of GPI class S anchor to protein transkripsiyonun düzenlenmesi Alpha- 1- B Albg .005 glycoprotein .132 .048 WD repeat Wdr7 .017 domain 7 .133 .041 linked mannose .135 .056 amino acid N- linked betal,2- N- acetylglucosam inyltransferas glycosylation; amino acid 0- linked protein glycosylation; 60:0008150 biyolojik Fibroblast Fgfll - - 0.016 büyüme faktörü 1.135 1.162 Glu- AIa- Asp) 1.139 polypeptide 24 nuclear 1.143 isleme ribonucleoprot BTB domain 1.145 1.024 GTPaz aracili sinyal containing 2 iletimi replication initiation; GO: 0007264 küçük GTPaz aracili sinyal mitochondriyon tasima along microtubule related kinase 1.150 amino asit fosforilasyonu; GO 0032516 positive düzenlenmesiosphopro tein phosphatase activity; GO:0070373 negative regulation of ERKl and ERK2 like cytokine .150 .144 yüzeyi reseptörü factor 1 baglantili sinyal JAK- STAT kaskadi; 60:0030183 B hücre farklilasmasi overexpressed .154 .014 transkripsiyonun 1 düzenlenmesi protein kinase kinase kinase MAPKK etkinliginin aktivasyonm 60:0000209 protein polyubiquitination; 60:0006468 protein amino asit fosforilasyonu; GO 0006970 ozmotik strese cevap; 60:0007179 transforming growth factor beta receptor signaling pathway; GO 0007249 I- kappaB kinase/NF- kappaB JNK cascade; activation of JNKK activation of JUN kinase activity endoplasmic hücresel kalsiyum reticulum iyonu homeostazi; similar to hücre çogalmasinin 1700030K09Rik düzenlenmesi protein Progestin and Paqr3 - - 0.016 adipoQ 1.161 1.063 receptor family member suppressor 1.162 1.123 candidate region gene 2 baglayici 1.162 1.015 ekleme protein 2 mRNA export from nucleus; 602000681 transport; RNA ekleme; farklilasmasi; regulation of macr0phage differentiation; 60:0046784 intronless viral mRNA export from host nucleus; 60:005102 mRNA transport glutamate- , .165 thienylcyclohe xylpiperidine- baglayici protein sequence .171 similarity 113, member A repeat (in .175 transkripsiyonun FLII) düzenlenmesi interacting protein 1 repair homolog oksidasyon 3 (E. coli) redüksiyon Amyloid beta Apbb3 .016 0.018 (A4) precursor .181 protein- family B, dependent 1.185 1.104 bagimli protein kinase kinaz aktivitesinin inhibitor ZB regülasyonu; CDK4) transition of mitotik hücre döngüsü; GO 0007050 cell cycle arrest; 60:0008285 hücre proliferasyonunun negatif regülasyonu; 60:0014070 organik siklik maddeye megakaryocyte differentiation; 60:0030511 positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway; 60:0030858 positive regulation of epithelial hücre farklilasmasi; 60:0031575 Gl/S transition checkpoint; 60:0031668 hücre disi uyaranlara hücresel yanit associated 1.189 1.089 hücre adezyonu; protein GO 0016477 hücre göçü; GO 0043161 proteazomm ubikuitin bagimli protein katabolik süreci; GO:0048259 //regulation of reseptör aracili endositoz beta 1 ATP biyosentez polypeptide süreci; GO 000681 iyon tasima; GO 0006813 potasyum iyonu tasima; GO:000681 sodium iyon tasima; GO:0030001 metal iyon tasima proteini 114 1.193 hücreli organizma gelisimi; GO:0007283 spermatogenez; GO:0030154 hücre farklilasmasi polyphosphate 1.198 1.022 metabolik proses; phosphatase- GO 0007420 beyin like 1 gelisimi; GO:0008156 negative regulation of DNA replication; proliferasyonunun negatif regülasyonu; 60:0009791 post- embriyonik gelisim; 60:0010629 gen ekspresyonunun negatif düzenlenmesi; 00:0010642 negative regulation of trombosit kaynakli büyüme faktörü reseptör sinyal yolu; GO:0010977 negative regulation of nöron projeksiyon gelistirme; 60:0032868 insülin uyaranina tepki; GO 0032957 inositol trisphosphate metabolik proses TAO kinase 2 1.200 1.058 60:0000186 MAPKK etkinliginin aktivasyonm 60:0006468 protein amino asit fosforilasyonu; 60:0006950 strese karsi tepki; 60:0008360 hücre seklinin düzenlenmesi; 60:0030036 aktin hücre iskeleti organizasyonu; 60:0046330 JNK kaskadinin pozitif düzenlemesi; 60:0048041 fokal yapisma düzenegi; 60 0000186 MAPKK etkinliginin aktivasyonu 1.200 1.085 aracili Golgi sonrasi transport; endositoz 60:0006898 reseptör aracili endositoz; 60 0016044 hücresel zar organizasyonu; 60:0031623 reseptör içsellestirme* 60:0033572 transferrin tasinmasi bagimli, beta kalsiyum iyonu 3 alt ünitesi tasima; GO:0050852 T hücre reseptörü sinyal yolu benzer açik 1.201 1.049 çerçevesi 172 lösemi 1.202 1.007 transkripsiyonun homeobox 2 düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:OOO9954 proksimal / distal patern olusumu; 60:0030326 embriyonik kanat morfojenezi; 60:0045944 RNA polimeraz II promotöründen transkripsiyonun pozitif düzenlenmesi (S. 3 1.204 amino asit cerevisiae) I fosforilasyonu; gIZIi GO:OOO689O kötülesen dönüsümlü vezikül aracili büyüme faktörü tasima, ER'den beta baglayici GOIgI'ye; GOZ protein 3 0016192 tasiyici aracili tasima reseptör protein sinyal yolw 60:005091 koku algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti transmembran 1.209 1.048 spermatogenez; BAX inhibitörü GO:OO30324 akciger negatif gelisimi; apoptozun düzenlenmesi tasiyici 1.210 gelisimi; GO:OOO68l organik anyon iyon tasima; ailesi, üye asidi ve safra tuzu 2b1 nakli; GO:0071718 sodyumdan bagimsiz ikosanoid tas* bagli reseptör 1.210 transdüksiyonu; proteinine bagli reseptör protein sinyal yolu Transmembran Tpral - - 0.033 protein, 1.211 1.019 adiposit sendromu 1.211 1.046 karsi tepki kritik bölge çözücü 60 0006468 protein tasiyici amino asit ailesi 16, üye fosforilasyonu (monokarboksil proteazomal ik asit ubikuitin bagimli tasiyici 4) protein katabolik sürecinin pozitif regülasyonw 60:0032922 gen ifadesinin sirkadiyen regülasyonw 60:0042752 günlük ritmin düzenlemesi; 60:0006090 piruvat metabolik proses; 60:0015711 organik aniyon tasima; 60:005508 transmembran tasinmasi baglanti 1.219 1.003 transkripsiyonun bagimli ; GO:OO30520 östrojen reseptörü sinyal yolw 60:0040007 büyüme; 60:0042445 hormon metabolik proses; 60:0050684 mRNA prosesinin düzenlenmesi mikrotübül 1.219 1.025 amino asit afinite fosforilasyonu; düzenleyici 60:0006979 Oksidatif strese tepki; 60: 0007243 hücre içi protein kinaz kaskadi; GO:0007275 çok hücreli organizma gelisimi; 60:0030154 hücre farklilasmasi; 60:0045197 epitelyal hücre apikal / bazal polaritesinin kurulmasi veya sürdürülmesi protein)- .219 benzeri 1 (E. yerel CEIZ I CE12|RT1- .220 .156 isleme ve MHC sinif RT1 sinifi I, CE14 I ile peptit antijen sinifi I, bagisiklik tepkisi; isleme ve su* birlestirici 3 .220 fosfatidilserin metabolik süreç; 60:0006665 sfingolipid metabolik süreç; GO 0006917: apoptoz'un indüksiyonu; 60:0015825 L- serin tasima; GO:0051347 transferaz aktivitesinin pozitif regülasyonu duyarlilik 1.225 1.024 transkripsiyonlu adayi 3 mRNA katabolik süreci, anlamsiz aracili bozulma; 60:0006397 mRNA isleme; G0200064l7 dönüsümün düzenlenmesi; GO:OOO681 tasima; 60:0006950 strese karsi tepki; 60:0008298 hücre içi mRNA lokalizasyonu; 60:0008380 RNA ekleme; GO 005102 mRNA tasima protein küçük GTPaz aracili sinyal iletimi düzenlemesi transferaz 6 1.233 1.024 biyosentez süreci desatüraz 1 1.233 1.192 yag asidi biyosentez prosesi; strese karsi tepki; 60:0007568 olgunlasma; 60:0007584 besinlere G010009267 cellular tepki; GO:0009744 sükroz uyaranina tepki; GO:0010033 organik maddeye cevap; GO 0014070 organik siklik maddeye cevap; arasidonik asit metabolik proses 2 beta reaktif oksijen türlerine cevap; anjiyogenez; GO:0001556 oosit olgunlasmasi; GO:000166 hipoksiye tepki; GO:0006468 protein amino asit fosforilasyonu; GO:0006800 oksijen ve reaktif oksijen türleri metabolik proses; GO 0006950 strese karsi tepki; GO 0006970 ozmotik strese cevap; GO:0007015 actin filament organization A (5. 1.234 1.089 nükleotit- eksizyon cerevisiae) onarimi; GO:0006974 DNA hasari uyarisina 60:0043161 proteazomal ubikuitin bagimli protein katabolik GDP ayrisma inhibitörü 1 GTPaz aracili sinyal 60:0015031 GTPase protein 60:0043087 aktivitesinin düzenlenmesi tasiyici ailesi 15, üye 60:0006857 oligopeptid 60:0015031 protein histidin tasima 3 içeren DALR antikodon baglama alani 60:0006420 tRNA aminoasilasyonu arginil- hücreli organizma gelisimi; GO:0007605 sesin duyusal treonin peptidil- fosforilasyonunun pozitif regülasyonu; 60:0016055 Wnt reseptör sinyal yolu; GO:0030163 protein katabolik süreci; GO:0030178 Wnt reseptör sinyal yolunun negatif regülasyonw GO:0031398 protein ubikuitinasyonunun pozitif düzenlememesi; GO:0033138 peptidil- fosforilasyonun pozitif regülasyonu; kaskadinin pozitif düzenlemesi; GO:0060070 Beta- katenin ile Wnt reseptör sinyal yolu ATG7 otofajisi homolog (S. cerevisiae) 1.247 1.107 GO:0001889 karaciger gelisimi; GO:0006497 protein amino asit lipidasyonu; GO:0006520 hücresel amino asit metabolik süreç; GO 0006914 otofaji; GO:0006996 organel organizasyonu; GO:0007628 yetiskin yürüyüs davranisi; GO:000815 metabolik proses; GO:0009791 post- embriyonik gelisim; GO:0015031 protein tasima; 60 0016044 hücresel zar organizasyonu transkripsiyon .247 embriyonik gelisim; faktörü Il 60:0051481 Sitosolik kalsiyum iyonu konsantrasyonunun azaltilmasi itoI glikan .253 biyosentez süreci; biyosentezi. preassembly of 6PI sinif V anchor in ER membrane farenks kusuru .255 .029 metanephros 1 homolog A (C. elegans) gelisimi; GO:OOO6509 membran protein ektodomain proteolizi; 60:0006915 apoptoz; 60 0007220 Çentik reseptör isleme; 60:0008624 Ekstraselüler sinyallerle apoptoz indüksiyonu; 60 0016485 protein isleme; GO:OO31293 membran proteim hücre içi alan proteolizi; 60 0042987 amiloid öncü protein katabolik süreci; 60:0043085 Katalitik aktivitenin pozitif regülasyonu reseptör P2X, 1.260 1.135 iyon tasima ligand geçisli regülasyonu; iyon kanali 4 GO 0006809 nitrik oksit biyosentetik prosesi; GO 000681 tasima; GO:OOO681 iyon tasima; 60:0006816 kalsiyum iyonu tasima; 60:000716 sinyal kan basincinin düzenlenmesi; 60:0010524 Sitosol içine pozitif kalsiyum iyon transportunun düzenlenmesi; 60:0010614 kardiyak kas hipertrofisinin negatif regülasyonu; 60:0019228 nöronda aksiyon potansiyelinin düzenlenmesi membran 1.262 protein nakli; protein 2 GO 0006897 endositoz 60:0015031 protein transport 1 1.264 1.205 yumurtalik folikülü gelisimi; GO:OOOl666 hipoksiye tepki; 00:0001701 in utero embriyonik gelisim; 60:0001836 mitokondriden sitokrom c salinimi; 60:0006915 apoptoz; 60:0006916 anti- apoptoz; GO:0006950 strese karsi tepki; G0:0006979 oksidatif strese tepki; 60:0007281 germ hücre gelisimi; 60:0007283 spermatogenez reseptör protein sinyal yolw 60:005091 koku algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti cerevisiae) iliskili 1.271 1.012 rekombinasyon protein 1 yoluyla telomer bakimi; GO:OOOO722 rekombinasyon yoluyla telomer bakimi; GO:OOO7004 telomeraz ile telomer bakim* treonin kinaz 1.272 1.061 amino asit 39, STE20 / fosforilasyonu; SPSl homologu GO 0043268 potasyum (maya) iyon tasima pozitif regülasyonu protein 1.272 1.102 transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:OOO8283 hücre çogalmasi; 60:0016573 histon asetilasyonu; 60:0018076 N- terminal peptidil- lisin asetilasyonu; 60:0030718 germ- line kök hücre bakimi; GO:OO33261 S düzenlenmesi; GO: 0045449 transkripsiyonun düzenlenmesi; transkripsiyonun p02itif düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:0045941 transkripsiyonun pozitif düzenlenmesi; 60:0045944 RNA polimeraz II promotöründen transkripsiyonun pozitif düzenlenmesi treonin kinaz .272 .073 amino asit 40 fosforilasyonu N1 .274 .095 amino asit fosforilasyonu; 60:0006972 hipermotik cevap; 60:000716 sinyal DNA, ATP'ye .276 .089 kopyalama; bagimli 60:0006281 DNA DNA rekombinasyonu; 60:0033151 V (D) J rekombinasyonu protei ns 2 DNA hasari uyarisina DNA hasar cevabi, sinyal iletimi Glukagon 1.280 1.140 karbonhidrat metabolik prosesinin düzenlemesi; proteinine bagli reseptör protein sinyal nükleotit mesajciya bagli G- protein sinyallemesi; aracili sinyal yolu; metabolik prosesinin düzenlenmesi; metabolik protein istahin negatif düzenlenmesi; salgisinin regülasyonu efektör 1 1.280 1.105 fagositoz seklinin düzenlenmesi tasiyici 1.282 1.010 transmembran tasinmasi (mitokondriyal tasiyici, tasiyici), üye Ubikuitin Ubapl - - 0.006 protein 1 prosest analizi; CoA biyosentez süreci; 60 0006101 sitrat metabolik lipid metabolik yag asidi biyosentez süreci; 602000815 metabolik proses; karbonhidrat metabolik prosesi aile K, üye 6 potasyum iyonu l CWC15 tasima; GO:0000398 spliceosome nükleer mRNA ekleme, iliskili spliceosome vasitasi benzerligi olan aile 35, defosforilasyonu proteini 171 .296 Çinko parmak, Zdhhc23 - 0.002 23 içeren DHHC .301 1.025 (PRKA) çapa .301 kas hipertrofisinin proteini 1 negatif regülasyonu; kinaz A sinyal kaskadinin regülasyonw insülin uyaranina Protein amino asit defosforilasyonunun negatif regülasyonu; protein ithalatinin çekirdege negatif regülasyonw kimyasal uyarana karsi tepki indüksiyonu; GO:OO43123 I- kappaB kinazin pozitif regülasyonu Fosfatidik Ppap2c - 0.048 asit fosfataz .306 1.145 ihracat .307 nükleustan RNA nükleustan mRNA ihracati; GO:OOO681 tasima; GO:OOl6973 nükleustan poli (A) + mRNA ihracati; GO 005102 mRNA edilmis serin .308 1.082 / treonin proteini 160 .317 protein kinaz .318 1.126 amino asit 1 fosforilasyonu Prickle Prickle3 - 0.042 (Drosophila) tasiyici .333 iyon tasima ailesi 9 regülasyonw (sodyum / 60:0006812 katyon hidrojen tasima; GO 000681 degistirici), sodium iyon tasima; üye 3 GO:OOO6885 pH'in düzenlenmesi; 60:0006898 reseptör aracili endositoz; 60:0007623 günlük ritim; GO:0051384 glikokortikoid uyaranina tepki; 60:005508 transmembran tasinmasi diacylglycerol .339 .064 fosfolipid Trinucleotide Tnrc6b 0.040 containing 6B 2, subfamily GO 0009804 coumarin dI polypeptide metabolik proses; d. polypeptide catabolic process; GO 0009892 negative regulation of metabolik proses; 60:0010033 organik maddeye cevap; 60:0016098 monoterpenoid metabolik proses; GO:0017144 drug metabolik proses; arasidonik asit metabolik proses; isoquinoline alkaloid metabolik protein 1.347 1.059 family, member GO:0007623 günlük e40 ritim; GO:0009416 response to light stimulus; GO 0009649 entrainment of circadian clock; GO 0045892 negative transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli; GO:0048168 regulation of neuronal synaptic plasticity ositol 4- 1.348 1.089 phosphoinositide kinase, phosphorylation; catalytic, GO 0048015 alpha phosphoinositide- mediated signaling Similar to MGC93975 0.001 protein synthase biyosentetik proses (phosphatidate cytidylyltrans endopeptidase- .354 proteoliz translocation .360 .130 amino acid gene L anti- proliferative methylation; GO 0006979 oksidatif Spermatogenez; GO:0007286 spermatid development; GO 0008285 negative hücre çogalmasinin düzenlenmesi ; regulation of apoptoz; GO 0043434 response to peptide hormone stimulus; GO 0045603 positive regulation of endothelial hücre farklilasmasi; 60:0045663 regulation of positive miyoblast farklilasmasi; regulation of angiogenesis calcium- independent cell- hücre adezyonu ne kinase 38 .375 1.058 modification process; 60 000646 protein amino asit fosforilasyonu; 60: 0007243 hücre içi protein kinaz kaskadi; GO:OOO815O biyolojik proses kadherin like .375 1.064 adezyonu hormone .377 1.103 endositoz; interactor 10 hyperosmotic salinity response family 44, .381 1.043 transport .382 1.103 blastocyst formation; targeting to mitochondrion; 60:0007006 mitokondriyal membran organizasyonu; 60:000705 cell cycle mitochondrial G020008285 fusion; proliferasyonunun negatif regülasyonu; regulation of Ras negative protein sinyal 60:0048593 morphogenesis; 60:0048662 regulation of smooth camera- eye negative muscle hücre çogalmasi; 60:0051646 mitochondrion family 9 .388 1.041 reseptör sinyal (sodium/hydrog yolu; 00:0030643 en exchanger), cellular phosphate member 3 ion homeostasis regulator 1 family B transmembran (MDR/TAP), tasinmasi Spermatogenesi Spata2 - - 0.039 s associated 2 1.390 1.165 synthase 2 1.398 1.072 metabolik proses; sfingolipid metabolik süreç; Sphingomyelin biyosentez süreci iletimi; GO 0019725 cellular homeostasis; mitochondriyon tasima along microtubule erythroblastic 1.417 1.065 gelisimi; GO: leukemia viral 0007165 sinyal oncogene transdüksiyonu homolog 2, GO:0007166 hücre neuro/glioblas yüzeyi reseptörü oncogene yolu; GO:0007169 homolog transmembrane (avian) receptor protein tyrosine kinase signaling pathway; 60:0007399 sinir sistemi gelisimi; GO:OOO7417 central sinir sistem gelisimi; GO:OOO7422 peripheral sinir sistemi gelisimi; GO 0007507 kalp gelisimi; GO:OOO7519 iskelet kasi dokusu gelisimi; GO:OOO7528 neuromuscular junction development FG- GAP repeat .420 .003 containing 3 .424 .091 prostaglandin biyosentez prosesi; 60:0001543 ovarian follicle rupture; 60:0002690 positive regulation of leukocyte chemotaxis; 60:0003100 regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin; GO:OOO7204 sitosolik kalsiyum iyonu konsantrasyonunun yükselmesi; proteinine bagli reseptör proteini sinyal yolu ile protein kinaz C aktivitesinin aktivasyonu basincinin düzenlenmesi; GO:0008284 positive hücre çogalmasinin düzenlenmesi; GO:0010460 positive kalp atisinin düzenlenmesi; GO:0014824 artery smooth muscle transkripsiyonun pozitif düzenlenmesi bi5phosphate fructose metabolik proses; GO 0006096 glycolysis; biyosentez süreci; GO 0006941 striated muscle contraction; GO:0008152 metabolik proses; GO 0008360 hücre seklinin düzenlenmesi; GO:OOO9408 isiya karsi tepki; 60:0030388 fructose 1,6- bisphosphate metabolik proses; lipopolisakkarite cyclase 6 1.442 1.031 biyosentez süreci; inhibition of adenylate cyclase activity by G- protein signaling pathway ; GO:0009755 hormon aracili sinyal yolw 60:0034199 protein kinaz A aktivitesinin aktivasyonu seramid 1.443 1.257 sfingolipid glukosiltransf metabolik süreç; eraz GO 0008610 Iipid biyosentez süreci reseptör alt 1.447 1.092 sodyum iyonu aile 3, grup homeostazi; C, üye 2 GO:OOO7588 bosaltim; 60:0031959 mineralocorticoid reseptör sinyal hücre çogalmasinin düzenlenmesi polifosfat- 5- 1.455 1.112 projeksiyon fosfataz J gelistirmesinin olumsuz regülasyonu; 60:0031115 mikrotübm polimerizasyonunun negatif regülasyonu; 60:0033137 peptidil- fosforilasyonun negatif regülasyonu benzeri 1.456 1.106 fosfat santi; nükleer faktör GO:0055114 n- pac oksidasyon redüksiyon oksaloasetik 1.458 1.135 oksoglutarat transaminaz 2, mitokondriyal aminotransfera metabolik proses; oksaloasetat metabolik süreç; 60 0006520 hücresel amino asit metabolik aspartate metabolik aspartat biyosentez katabolik metabolik süreci; sürech glutamat biyosentez GO:0015908 yagli glutamat katabolik süreci MAX interaktör 1.466 1.047 polimeraz II promotöründen transkripsiyonun negatif regülasyonu; transkripsiyonun düzenlenmesi, DNA'ya bagimli Vacuolar protein 52 siralama (S. cerevisiae) 1.478 1.160 protein Adenosil homosisteinaz 1.487 1.135 GO 0001666 hipoksiye antijenik uyaranlara kronik inflamatuvar yaniti; GO:000673O tek karbonlu metabolik süreç; GO 0007584 besinlere tepki; GO:0008152 metabolik proses; 60:0019510 S- adenosil homosisteinaz katabolik proses; 60:0042745 sirkadiyen uyku / uyaniklik döngüsü 1.502 1.200 proteoliz 1.516 1.229 vaskülojenez; 60:0001701 in utero embriyonik gelisim; 60:0001822 böbrek gelisimi; GO:OOO6807 azot bilesigi metabolik proses; 60:0030097 hemopoiesis; 60:0035166 post- embriyonik hemopoez; 60:0048008 trombosit kaynakli büyüme faktörü reseptör sinyal yolu antijen 6 1.541 1.316 embriyonik gelisim; kompleksi, 60:0030325 lokus E böbreküstü bezi gelisimi; GO:OO35265 organ büyümesi; norepinefrin metabolik süreç; 60:0048242 epinefrin salgisi; GO:OO55010 ventriküler kardiyak kas dokusu morfojenezi ailesi, üye A1 karaciger gelisimi; G0:0002072 kamera tipi göz gelisimi ile ilgili optik fincan morfogenezi; 60:0006979 oksidatif strese tepki; 60:0007494 Midgut gelisimi; GO:001407O organik siklik maddeye cevap; 00:0032355 östradiol uyaranina cevap; 60:0032526 retinoik aside karsi tepki; 60:0042493 ilaca karsi tepki; 60:0042572 retinol metabolik proses reseptör protein sinyal yolu reseptör protein sinyal yolm algilanmasiyla ilgili kimyasal uyaranlarin tespiti Inhibitörü, 1.611 1.093 dallanma yapisinin Kunitz tipi 1 morfojenezh embriyonik plasenta gelisimi; GO:OO30198 hücre disi matris organizasyonu; embriyonik plasenta morfojenezinde yer GO:0060674 plasenta kan damari gelisimi promotörünün D 1.647 1.918 transkripsiyonun albümü düzenlenmesi, DNA'ya (albümin D- bagimli; GO:0042127 box) baglayici hücre çogalmasinin protein düzenlenmesi; GO 0048511 ritmik (sodyum sodyum iyonu tasima; bagimli GO:0015878 biotin vitamin tasima; GO:0015887 tasiyici), üye pantothenate 6 transmembran tasinmasi; transmembran tasinmasi polifosfat .658 .225 fosfoinositid hIStIdIn aracili sinyal fosfataz 1 Tsukushin Tsku .012 0.014 ailesi 26, üye sülfat tasima; 3 GO:0055085 transmembran tasinmasi (sistatiyonin .725 .172 amino asit metabolik glutatyon metabolik süreci; GO 0008285 proliferasyonunun negatif regülasyonu; GO:0008652 hücresel amino asit biyosentez prosesi; GO 0018272 peptidil- N6- piridoksa fosfat- L- Iizin ile protein- piridoksal- - fosfat baglanmasi; 60:0019344 sistein biyosentez süreci; 60:0019346 Transsülfürasyon // izlenebilir yazar beyani; GO:0030308 hücre büyümesinin negatif regülasyonu; 60:0050667 homosistein metabolik süreç; 60:0051289 protein homotetramerizasyonu Periferik miyelin proteini 22 1.955 1.443 60:0007049 hücre döngüsü; 60:0007050 hücre döngüsü tutuklamasi; 60:0008285 hücre proliferasyonunun negatif regülasyonu; 60:0030154 hücre farklilasmasi; 60:0032288 miyelin düzenegi; GO:OO42552 miyelinasyon Hidroksisteroi d 11- beta dehidrojenaz 2 2.002 1.001 60:0001666 hipoksiye tepki; GO:0002017 böbrek aldosteron tarafindan kan hacminin düzenlenmesi; 60:0006950 strese karsi tepki; GO:OOO7565 kadin gebeligi; GO:0008152 metabolik proses; 60:0008211 glikokortikoidmetabo lik proses; 60:0032094 besine karsi tepki; 60:0032868 insülin uyaranina tepki; 60:0042493 ilaca karsi tepki; 60:0048545 steroid hormonu uyaranina karsi tepki d (17- beta) .530 .603 biyosentetik proses; dehidrojenaz 2 G0:0032526 retinoik aside karsi tepki; 60:0055114 reseptör ait .844 .072 transkripsiyonun ailesi 1, grup düzenlenmesi, DNA'ya D, üye 1 bagimli; GO:OOO7623 tiroid hormon günlük ritim; reseptör alfa Go:0001502 kikirdak yogunlasmasi* 60:0001503 kemiklesme; 60:0001822 böbrek gelisimi; GO:0001889 karaciger gelisimi; G0:0002155 tiroid hormon aracili sinyal yolunun regülasyonw ögrenme ya d* 60:0006950 strese karsi tepki; gelisimi; GO:OOO7611 Referanslar Kelly D, Campbell JI, King TP, Grant G, Jansson EA, Coutts AG, Pettersson S, Conway S. Commensal anaerobic gut bacteria attenuate inflammation by regulating nuclear- cytoplasmic shuttling of PPAR- gamma and ReIA.

Xu J, Bjursell MK, Himrod J, Deng S, Carmichael LK, Chiang HC, Hooper LV, Gordon JI. Insan Bacteroides thetaiotaomicron simbiyozunun bir genomik görünümü.

Wendler WM, Kremmer E, Forster R, Winnacker EL. Pirin, yeni korunmus bir nükleer proteini tanimlanmasi. J. Biol Berg, D.J., Davidson, N., Kuhn, R., Muller, W., Menon, S., Holland, G., Thompson- Snipes, L., Leach, M.W., Rennick, D. Enterocolitis and colon cancer in interleukin- 10- deficient mice are associated with aberrant cytokine production and CD4+ Thl- like responses 1020.

Claims

ISTEMLER L Bir denekteki bir bozuklugun tedavisinde ve / veya önlenmesinde kullanimi için HP polipeptidini veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansi olup, Özelligi; burada bahsedilen bozuklugun bir inflamatuvar bozukluk ve / veya bir otoimmün bozukluk olmasi; bahsedilen polipeptidin, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olmasi; ve bahsedilen polinükleotid sekansinin, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ sekansini kodlamasi ve / veya bahsedilen polinükleotid sekansinin SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahip olmasidir. Istem l'e göre kullanim için istem l'e uygun polipeptid veya polinükleotid sekansi olup, özelligi; burada bahsedilen bozuklugun, sindirini kanalini, sindirini kanalinin bir bölümünü, karacigeri, karaciger hücrelerini, epitelyal hücrelerini, epidermal hücreleri, nöronal hücreleri böbrekleri, dalagi, akcigerleri, kalbi, pankreasi ve / veya pankreatik hücreleri etkilemesi veya bahsedilen bozuklugun, inflamatuvar bagirsak bozuklugu (IBD), kolit, romatoid artrit, sedef hastaligi, multipl skleroz, tip I diyabet, çölyak hastaligi, atopik dermatit, rinit, irritabl bagirsak sendromu (IBS), ülseratif kolit, pouchitis, Crohn hastaligi, fonksiyonel dispepsi, atopik hastaliklar, nekrotizan enterokolit, alkolsüz yagli karaciger hastaligi, gastrointestinal enfeksiyon, Lupus, nefrit / glomerülonefrit, astim, KOAH, mikokardit ve bunlarin kombinasyonlarini içeren gruptan seçilmesidir. l Istem l'e göre kullanim için istem l'e uygun polipeptid veya polinükleotid sekansi olup, özelligi; burada bahsedilen bozuklugun bir inflamatuvar bagirsak bozuklugu (IBD) olmasidir. . Önceki istemlerden herhangi birine göre kullanim için önceki istemlerden herhangi birine uygun polipeptid veya polinükleotid sekansi olup, özelligi; burada bahsedilen polipeptid veya polinükleotid sekansinin, bir denekteki bir hücrenin, bir dokunun veya bir organin iltihaplanmasinin azaltilmasinda kullanim için olmasidir. Istem 4'e göre kullanim için istem 4'e uygun polipeptid veya polinükleotid sekansi olup, özelligi; burada bahsedilen hücrenin, dokunun ya da organin sindirini kanali, sindirim kanalinin bir bölümü, karaciger, karaciger hücreleri, epitelyal hücreleri, epidermal hücreleri, nöronal hücreler, böbrekler, dalak, akcigerler, kalp, pankreas ve / veya Istem 4 ila 5'ten herhangi birine göre kullanim için istem 4 ila 5'ten herhangi birine göre bir polipeptid veya polinükleotid sekansi olup, özelligi; burada bahsedilen polipeptid veya polinükleotid sekansinin, doku veya organin epitelyal hücrelerinin iltihaplanmasini azaltmak için kullanilmasidir. Istemler 1 ila 3'ten herhangi birine göre kullanim için Istem 1 ila 3'ten herhangi birine göre bir polipeptid veya polinükleotid olup, özelligi; burada söz konusu polipeptidin veya polinükleotid sekansinin asagidakiler için kullanilmasidir: a) bir denekteki bagirsak bariyeri bütünlügünün gelistirilmesi, b) yararli bir mikrobiyotayi temin etmek için bir doku veya organdaki bakteri bilesiminin degistirilmesi, tercihen burada söz konusu polipeptidin veya polinükleotid sekansinin, bir denegin bir dokusundaki ya da bir organindaki bir ya da daha fazla türdeki Iaktoz fermente eden bakterilerin seviyesini azaltmak ve/ veya bir denegin bir dokusundaki ya da bir organindaki bir ya da daha fazla türdeki Iaktoz fermente etmeyen bakterilerin azaltmak için kullanilmasi, istege bagli olarak bahsedilen dokunun ya da organin nezenterik lenf dügümleri, karaciger, pankreas, dalak, böbrekler, kalp, akciger ve bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilmesi, c) örnegin, kalin bagirsagin uzunlugunda bir önlemek ve / veya ince bagirsagin uzunlugunda bir artisi önlemek gibi bir denegin kalin bagirsaginin ve / veya ince bagirsaginin uzunlugunun korunmasi, d) mukozal epitelyumün bütünlügünün bozulmasini azaltmak ya da önlemek ve / veya epitelyumdaki goblet hücrelerinin sayisindaki bir azalmayi azaltmak ya da önlemek ve / veya bagisiklik hücrelerinin lamina propriaya sizmasini azaltmak ya da önlemek gibi bir denegin bagirsagindaki bozulmanin azaltilmasi, e) bir denege ait bir hücredeki veya hücrelerdeki bir veya daha fazla pro- inflamatuvar genlerin ve / veya bir veya daha fazla bariyer bütünlügü genlerinin ekspresyonunun düzenlenmesh f) bir denege ait bir hücresinde ya da hücrelerinde yeniden olusturulan adacik kaynakli 3 beta geni (Reg3b), resistin benzeri gama resistin benzeri beta geni (Retnlg | Retnlb), sükraz- izomaltaz (alfa- glukozidaz) geni (Si), defensin alfa 24 geni (Defa24), hidroksisteroid 11- beta dehidrogenaz. 2 gen (Hsd11b2), hidroksisteroid (17- beta) dehidrojenaz 2 geni (Hsd17b2), resistin- Benzeri Molekül- beta (RELMb) ve nükleer reseptör 1D1 tiroid hormon reseptörü alfa geninden (Nrldl | Thra) olusan gruptan seçilen genlerin ekspresyonunun düzenlenmesi, örnegin, yeniden olusturulan adacik kaynakli 3 beta geni (Reng), resistin benzeri gama resistin benzeri beta geni (Retnlg I Retnlb), resistin- Benzeri Molekül- beta (RELMb), sükraz- izomaltaz (alfa- glukozidaz) geni (Si) ve defensin alfa 24 geninden (Defa24) olusan gruptan seçilen bir ya da daha fazla genin ekspresyonunun azaltilmasi veya hidroksisteroid 11- beta dehidrogenaz 2 gen (Hsd11b2), hidroksisteroid (17- beta) dehidrojenaz 2 geni (Hsd17b2) ve nükleer reseptör 1D1 tiroid hormon reseptörü alfa geninden (Nrldl | Thra) olusan gruptan seçilen bir ya da daha fazla genin ekspresyonunun arttirilmasi, g) bir denege ait bir hücrede veya hücrelerde pro- inflamatuvar yollarin aktivasyonunun azaltilmasi, h) bir denege ait bir hücredeki veya hücrelerdeki NF- Kß'nin aktivitesinin ve / veya ekspresyonunun azaltilmasi i) bir denekte sindirim kanali sagliginin iyilestirilmesi. 8. HP polipeptidini veya HP polipeptidini kodlayan bir polinükleotid sekansini ve farmasötik olarak kabul edilebilir bir eksipiyani, tasiyiciyi veya seyrelticiyi içeren farmasötik bir bilesim olup, özelligi; burada bahsedilen polipeptidin, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ geçen polinükleotid sekansinin, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlamasi ve / veya bahsedilen polinükleotid sekansinin SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahip olmasidir. Istem 1 ila 7'den herhangi birine göre kullanim için istem 1 ila 7'den herhangi birine uygun polipeptid veya polinükleotid sekansi ya da istem 8'e göre farmasötik kompozisyon olup, özelligi; burada bahsedilen polipeptidin veya polinükleotid sekansinin kapsüllenmesidir. 10. Istemler 1 ila 7 ve 9'dan herhangi birine göre kullanim için istemler 1 ila 7 ve 9'dan herhangi birine uygun polipeptid ya da polinükleotid sekansi veya istem 8 ya da 9'a göre farmasötik bilesim olup, özelligi; bahsedilen polipeptidin bir rekombinant polipeptid olmasidir. 11. istemler 1 ila '7 ve 9'dan herhangi birine göre kullanim için istemler 1 ila 7 ve 9'dan herhangi birine uygun polipeptid ya da polinükleotid sekansi veya istem 8 ya da 9'a göre farmasötik bilesim olup, özelligi; burada bir ekspresyon vektörünün, sözü edilen polinükleotid sekansi içermesidir. 12. Istemler 8 ila ll'den herhangi birine göre bir farmasötik bilesimin üretilmesine yönelik bir proses olup, özelligi; sözü geçen prosesin, bahsedilen polipeptidin ya da polinükleotid sekansin farmasötik olarak kabul edilebilir bir eksipiyan, tasiyici ya da seyreltici ile karistirilmasini; istege bagli olarak bahsedilen polipeptid ya da polinükleotidr sekansinin söz konusu proseste kapsüllenmesini içermesi; burada adi geçen polipeptidin, SEQ özdeslige sahip olmasi ve bahsedilen polinükleotid sekansinin, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4 ya da SEQ ID NO 6'ya en az %75 özdeslige sahip olan bir polipeptidi kodlamasi ve / veya bahsedilen polinükleotid sekansinin SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 ya da SEQ ID NO 5'e en az %75 özdeslige sahip olmasidir.