JP6978514B2

JP6978514B2 - 細菌株を含む組成物

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Description

本発明は、哺乳動物の消化管から単離された細菌株を含む組成物、及び疾患の処置におけるそのような組成物の使用の分野のものである。

ヒトの腸は、子宮内で無菌であると考えられるが、出生直後に、多種多様な母体及び環境微生物にさらされる。その後、微生物のコロニー形成及び継承の動的な期間が生じ、これは、送達様式、環境、食事、及び宿主の遺伝子型などの要因の影響を受け、これらの全てが、特に、幼少期に、腸内微生物叢の組成に影響を与える。その後、微生物叢は、安定し、成人と同様になる［１］。ヒトの腸内微生物叢は、２つの主要な細菌門であるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓに本質的に属する５００〜１０００を超える異なる系統型を含有する［２］。人間の腸の細菌コロニー形成から生じる良好な共生関係は、多種多様な代謝機能、構造機能、保護機能、及び他の有益な機能をもたらしている。コロニー形成した腸の代謝活性の強化により、別の方法で消化できない食事成分が、副産物の放出を伴い分解されて、宿主に重要な栄養源を提供することが確実になる。同様に、腸内微生物叢の免疫学的な重要性は十分に認識されており、共生細菌の導入後に機能的に再構成された損なわれた免疫系を有する無菌動物で例示されている［３〜５］。

微生物叢の組成の劇的な変化は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）などの胃腸障害で実証されている。例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａ細菌のレベルは、ＩＢＤ患者では低下するが、Ｅ．ｃｏｌｉの数は増加し、腸内の共生生物及び病原性共生生物の均衡の変化が示唆される［６〜９］。興味深いことに、この微生物共生は、Ｔエフェクター細胞集団の不均衡とも関連する。

特定の細菌株が動物の腸に及ぼし得る潜在的な好ましい効果の認識において、種々の疾患の処置に使用される種々の菌株が提案されている（例えば、［１０〜１３］を参照のこと）。さらに、腸に直接関連していない種々の炎症性疾患及び自己免疫疾患の処置に使用される、主にＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ菌株を含む特定の菌株が提案されている（概観については［１４］及び［１５］を参照のこと）。しかし、異なる疾患及び異なる細菌株の関係、ならびに、腸及び全身レベル及び特定のタイプの疾患への特定の細菌株の正確な効果は、十分には特性決定されていない。例えば、特定のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種は、癌の発生に関係している［１６］。

当該技術分野において、疾患を処置する新しい方法に対する要望がある。腸内細菌を使用した新しい治療法を開発することができるように、特性決定される腸内細菌の潜在的な効果に対する需要もある。

本発明者らは、疾患を処置及び予防するための新しい治療法を開発した。特に、本発明者らは、癌を処置及び予防するための新しい治療法を開発した。特に、本発明者らは、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株が癌の処置及び予防に有効であり得ることを確認した。実施例に記載されているように、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍのこの菌株を含む組成物の経口投与は、癌のマウスモデルの腫瘍サイズを低減させ得る。

本発明の第１の態様によると、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍまたはその派生物（derivative）が提供される。

好ましい実施形態では、本発明は、乳癌、肺癌、または肝臓癌などの癌を処置または予防する方法に使用される、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍまたはその派生物を含む組成物を提供する。アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株を含む組成物を用いる処置が、乳癌のマウスモデルにおける腫瘍成長を低減することができることを、本発明者らは確認した。特定の実施形態では、組成物は、癌の処置において、腫瘍サイズを低減する方法または腫瘍成長を予防する方法に使用されるものである。本発明のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株を使用する組成物は、癌の処置において腫瘍サイズを低減させるか、腫瘍成長を予防するのに特に有効であり得る。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、経口投与用である。本発明の菌株の経口投与は、癌の処置に有効であり得る。さらに、経口投与は、患者及び開業医にとって便利であり、腸への送達及び／または腸での部分的または全体的コロニー形成を可能にする。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、１または２以上の薬学的に許容される賦形剤または担体を含む。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、凍結乾燥されている細菌株を含む。凍結乾燥は、細菌の送達を可能にする安定した組成物を調製するのに有効で便利な技術である。

特定の実施形態では、本発明は、上記のような組成物を含む食品を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、上記のような組成物を含むワクチン組成物を提供する。

さらに、本発明は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株を含む組成物を投与することを含む、癌を処置または予防する方法を提供する。

上記の発明の開発において、本発明者らは、治療に特に有用な細菌株を同定及び特性決定した。本発明のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株は、癌の処置に有効であることが示される。本発明は、このような細胞を含む組成物、またはこのような細胞の生物学的に純粋な培養物も提供する。本発明は、特に、癌の治療に使用される、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株またはその派生物の細胞も提供する。

乳癌のマウスモデル−腫瘍体積。ＭＲｘ０５５４のＡＰＩ５０ＣＨＬプロファイル。

細菌株
本発明の組成物は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株を含む。実施例は、細菌株が、癌の処置または予防に有用であることを実証する。

本発明は、治療に使用される、例えば、癌の処置または予防に使用されるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍを提供する。同様に、本発明は、治療に使用される、例えば、癌の処置または予防に使用されるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株を含む組成物を提供する。
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍは、ほとんどがペアまたは短鎖の球形細胞を形成する。それは、非運動性であり、血液アガーまたは栄養アガー上のコロニーは、円形で滑らかである。Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍは、ランスフィールド分類Ｄ抗血清と反応する。Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍのタイプの菌株は、Ｆ８７／２７６＝ＰＢ２１＝ＡＴＣＣ４９５７３＝ＣＣＵＧ１８６５８＝ＣＩＰ１０３０１３＝ＪＣＭ８７２８＝ＬＭＧ１３１２９＝ＮＢＲＣ１００６７５＝ＮＣＩＭＢ７０２３１３（元はＮＣＤＯ２３１３）＝ＮＣＴＣ１２３５９である［１７］。Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍの１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号は、（本明細書で配列番号１として開示される）ＡＦ０３９９００である。例示的なＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株は、［１７］に記載されている。

アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ細菌が、実施例で試験された。これは、本明細書では、菌株ＭＲＸ５５４とも呼ばれる。ＭＲＸ５５４及びＭＲｘ０５５４への言及は、互換的に使用される。菌株ＭＲＸ５５４は、「Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種」として、２０１７年５月２２日に、４ＤＰｈａｒｍａＲｅｓｅａｒｃｈＬｔｄ．（スコットランドアバディーンＡＢ２５２ＺＳライフサイエンスイノベーションビルディング）により、国際寄託当局（ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌｄｅｐｏｓｉｔａｒｙａｕｔｈｏｒｉｔｙ）ＮＣＩＭＢ，Ｌｔｄ．（スコットランドアバディーンＡＢ２１９ＹＡファーガソンビルディング）に寄託され、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１が割り当てられた。この細菌のゲノム配列は、配列番号２として本明細書に開示される。ゲノム配列は、複数のコンティグから組み立てられた。配列のＮは、コンティグ間のギャップを表す。「Ｎ」は、Ａ、Ｇ、Ｃ、またはＴヌクレオチドを表してもよい。ＭＲＸ５５４菌株の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列は、配列番号３で提供される。配列番号３は、ＭＲＸ５５４に存在する５つの１６Ｓ遺伝子のコンセンサスではなく、アセンブリに存在する全長配列を表す。

実施例で試験された菌株と密接に関連する細菌株も、癌の処置または予防に有効であると予想される。特定の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌の１６ｓｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６ｓｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明に使用される細菌株は、配列番号１または３と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６ｓｒＲＮＡ遺伝子配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号３に対するものである。好ましくは、本発明に使用される細菌株は、配列番号３で表される１６ｓｒＲＮＡ遺伝子配列を有する。

アクセッション番号４２７６１として寄託された細菌のバイオタイプである細菌株も、癌の処置または予防に有効であることが予想される。バイオタイプは、同じまたは非常に類似した生理学的及び生化学的特性を有する密接に関連した菌株である。

アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌のバイオタイプであり且つ本発明における使用に適する菌株は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌に対する他のヌクレオチド配列をシーケンシングすることにより同定されてもよい。例えば、実質的に全ゲノムがシーケンシングされてもよく、本発明に使用されるバイオタイプ菌株は、そのゲノムの少なくとも８０％にわたって（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％、もしくは９９％にわたって、またはその全ゲノムにわたって）、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％の配列同一性を有してもよい。例えば、一部の実施形態では、バイオタイプ菌株は、そのゲノムの少なくとも９８％にわたって少なくとも９８％の配列同一性を有するか、またはそのゲノムの９９％にわたって少なくとも９９％の配列同一性を有する。バイオタイプ菌株の同定に使用される他の好適な配列は、ｈｓｐ６０、または、ＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）_５、もしくはＲＥＰなどの反復配列、または［１８］を含んでもよい。バイオタイプ菌株は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌の対応する配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％の配列同一性を有する配列を有してもよい。一部の実施形態では、バイオタイプ菌株は、ＮＣＩＭＢ４２７６１で寄託された菌株ＭＲＸ５５４の対応する配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％の配列同一性を有する配列を有する。一部の実施形態では、バイオタイプ菌株は、ＮＣＩＭＢ４２７６１で寄託された菌株ＭＲＸ５５４の対応する配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％の配列同一性を有する配列を有し、配列番号３と少なくとも９９％同一（例えば、少なくとも９９．５％または少なくとも９９．９％同一）である１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列を有する。一部の実施形態では、バイオタイプ菌株は、ＮＣＩＭＢ４２７６１で寄託された菌株ＭＲＸ５５４の対応する配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％の配列同一性を有する配列を有し、配列番号３の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列を有する。

あるいは、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌のバイオタイプであり且つ本発明での使用に適する菌株は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１の寄託物及び制限フラグメント分析及び／またはＰＣＲ分析を使用することにより、例えば、蛍光増幅断片長多型（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡ要素（ｒｅｐ）−ＰＣＲフィンガープリンティングまたはタンパク質プロファイリングまたは部分的な１６Ｓもしくは２３ｓｒＤＮＡシーケンシングを使用することにより同定されてもよい。

特定の実施形態では、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌のバイオタイプであり且つ本発明での使用に適する菌株は、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）により分析される時、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素を使用する時、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌と同じパターンを得る菌株である（例示的な方法及びガイダンスについては、例えば、［１９］を参照のこと）。あるいは、バイオタイプ菌株は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌と同じ炭水化物発酵パターンを有する菌株として同定される。一部の実施形態では、炭水化物発酵パターンは、ＡＰＩ５０ＣＨＬパネル（ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ）を使用して決定される。一部の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、好ましくは、（好ましくは、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ製のＡＰＩ５０ＣＨＬパネルを使用する）ＡＰＩ５０ＣＨＬ分析により決定される時、
（ｉ）Ｌ−アラビノース、Ｄ−リボース、Ｄ−キシロース、Ｄ−ガラクトース、Ｄ−グルコース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン、アミグダリン、アルブチン、サリシン、Ｄ−セロビオース、Ｄ−マルトース、スクロース、Ｄ−トレハロース、ゲンチオビオース、Ｄ−タガトース、及びグルコン酸カリウムのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、もしくは全て）の発酵に対して陽性であり、且つ／または
（ｉｉ）Ｄ−マンニトール、メチル−αＤ−グリコピラノシド、Ｄ−ラクトース、デンプン、及びＬ−フコースのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４、または全て）の発酵に対して中間である。

一部の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、好ましくは（好ましくは、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ製ＡＰＩ５０ＣＨＬパネルを使用する、好ましくは、実施例３に記載の条件を使用する）ＡＰＩ５０ＣＨＬ分析により決定される時、
（ｉ）Ｌ−アラビノース、Ｄ−リボース、Ｄ−キシロース、Ｄ−ガラクトース、Ｄ−グルコース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン、アミグダリン、アルブチン、エスクリン、サリシン、Ｄ−セロビオース、Ｄ−マルトース、Ｄ−サッカロース（スクロース）、Ｄ−トレハロース、ゲンチオビオース、Ｄ−タガトース、及びグルコン酸カリウムのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、もしくは全て）の発酵に対して陽性であり、
（ｉｉ）Ｄ−マンニトール、メチル−αＤ−グリコピラノシド、Ｄ−ラクトース、Ｄ−ラフィノース、アミドン（デンプン）、及びＤ−ツラノースのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４、５、もしくは全て）の発酵に対して中間であり；且つ／または
（ｉｉｉ）グリセロール、エリトリトール、Ｄ−アラビノース、Ｌ−キシロース、Ｄ−アドニトール、メチル−βＤ−キシロプリラノシド、Ｌ−ソルボース、Ｌ−ラムノース、ズルシトール、イノシトール、Ｄ−ソルビトール、メチル−αＤ−マンノピラノシド、Ｄ−メリビオース、イヌリン、Ｄ−メレジトース、グリコーゲン、キシリトール、Ｄ−リキソース、Ｄ−フコース、Ｌ−フコース、Ｄ−アラビトール、Ｌ−アラビトール、２−ケトグルコン酸カリウム、及び５−ケトグルコン酸カリウムのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または全て）の発酵に対して陰性である。

本発明の組成物及び方法において有用である他のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株、例えば、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌のバイオタイプは、実施例に記載のアッセイを含む任意の適切な方法または方策を使用して同定されてもよい。例えば、本発明に使用される菌株は、嫌気性ＹＣＦＡで培養すること及び／またはＩＩ型コラーゲン誘導性関節炎マウスモデルに細菌を投与し、次に、サイトカインレベルを評価することにより同定されてもよい。特に、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された細菌に対し同様の成長パターン、代謝タイプ、及び／または表面抗原を有する細菌株は、本発明で有用であり得る。有用な菌株は、ＮＣＩＭＢ４２７６１菌株と同等の免疫調節活性を有するであろう。特に、バイオタイプ菌株は、実施例に示された効果と同等の癌疾患モデルへの効果を誘発することになり、これは、実施例に記載された培養及び投与プロトコールを使用することにより同定されてもよい。

本発明はさらに、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株またはその派生物の単離細胞などの細胞を提供する。本発明は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１で寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株またはその派生物の細胞を含む組成物も提供する。本発明は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株の生物学的に純粋な培養物も提供する。本発明は、特に本明細書に記載の疾患の治療に使用される、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株またはその派生物の細胞も提供する。アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託された菌株の派生物は、娘菌株（後代）または元からの（サブクローニングされた）培養菌株であってもよい。

本発明の菌株の派生物は、生物学的活性を除去することなく、例えば、遺伝的レベルで改変されてもよい。特に、本発明の派生菌株は、治療的に活性である。派生物菌株は、元のＮＣＩＭＢ４２７６１菌株と同等の免疫調節活性を有するであろう。特に、派生物菌株は、実施例に示された効果と同等の癌疾患モデルへの効果を誘発することになり、これは、実施例に記載された培養及び投与プロトコールを使用することにより同定されてもよい。ＮＣＩＭＢ４２７６１菌株の派生物は一般に、ＮＣＩＭＢ４２７６１菌株のバイオタイプであろう。

アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株の細胞への言及は、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１の受託された菌株と同じ安全性及び治療有効特性を有する任意の細胞を包含し、そのような細胞は、本発明に包含される。従って、一部の実施形態では、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ菌株の細胞への言及は、ＮＣＩＭＢ４２７６１で寄託されたＭＲＸ５５４菌株のみを指し、ＮＣＩＭＢ４２７６１で寄託されなかった細菌株を指さない。

特定の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、配列番号２と配列同一性を有するゲノムを有する。一部の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、配列番号２の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）にわたって、配列番号２と少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性）を有するゲノムを有する。例えば、本発明に使用される細菌株は、配列番号２の７０％にわたって、配列番号２と少なくとも９０％の配列同一性、または配列番号２の８０％にわたって、配列番号２と少なくとも９０％の配列同一性、または配列番号２の９０％にわたって、配列番号２と少なくとも９０％の配列同一性、または配列番号２の１００％にわたって、配列番号２と少なくとも９０％の配列同一性、または配列番号２の７０％にわたって、配列番号２と少なくとも９５％の配列同一性、または配列番号２の８０％にわたって、配列番号２と少なくとも９５％の配列同一性、または配列番号２の９０％にわたって、配列番号２と少なくとも９５％の配列同一性、または配列番号２の１００％にわたって、配列番号２と少なくとも９５％の配列同一性、または配列番号２の７０％にわたって、配列番号２と少なくとも９８％の配列同一性、または配列番号２の８０％にわたって、配列番号２と少なくとも９８％の配列同一性、または配列番号２の９０％にわたって、配列番号２と少なくとも９８％の配列同一性、または配列番号２の９５％にわたって、少なくとも９８％の同一性、または配列番号２の１００％にわたって、配列番号２と少なくとも９８％の配列同一性、または配列番号２の９０％にわたって、配列番号２と少なくとも９９．５％の配列同一性、または配列番号２の９５％にわたって、少なくとも９９．５％の同一性、または配列番号２の９８％にわたって、少なくとも９９．５％の同一性、または配列番号２の１００％にわたって、配列番号２と少なくとも９９．５％の配列同一性を有するゲノムを有してもよい。

特定の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、例えば、上記のような、配列番号２と配列同一性を有するゲノム、及び例えば、上記のような、好ましくは、配列番号３と少なくとも９９％同一である１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列を有し、より好ましくは、配列番号３の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列を含む、配列番号１または３と配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列を有する。

特定の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、例えば、上記のような、配列番号２と配列同一性を有するゲノムを有し、癌の処置または予防に有効である。

特定の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、例えば、上記のような、配列番号２と配列同一性を有するゲノム、及び例えば、上記のような、配列番号１または３と配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列を有し、癌の処置または予防に有効である。

特定の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、配列番号３で表される１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列と少なくとも９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列（例えば、配列番号２の１６Ｓ遺伝子ｒＲＮＡ配列を含む）及び配列番号２の少なくとも９０％にわたって、配列番号２と少なくとも９５％の配列同一性を有するゲノムを有し、これは、癌の処置または予防に有効である。

特定の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍであり、配列番号３で表される１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列と少なくとも９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列（例えば、配列番号３の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列を含む）、及び配列番号２の少なくとも９８％にわたって（例えば、少なくとも９９％または少なくとも９９．５％にわたって）配列番号２と少なくとも９８％の配列同一性（例えば、少なくとも９９％または少なくとも９９．５％の配列同一性）を有するゲノムを有し、これは、癌の処置または予防に有効である。

好ましい実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、生存しており、腸で部分的または完全にコロニー形成することができる。

癌の処置
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、癌の処置または予防に使用されるものである。実施例は、本発明の組成物の投与が、腫瘍モデルにおける腫瘍成長の低減をもたらし得ることを実証する。

特定の実施形態では、本発明の組成物を用いる処置は、腫瘍サイズの低減または腫瘍成長の低減をもたらす。特定の実施形態では、本発明の組成物は、腫瘍サイズの低減または腫瘍成長の低減に使用されるものである。本発明の組成物は、腫瘍のサイズまたは成長の低減に有効であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、固形腫瘍を有する患者に使用されるものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、癌の処置における血管新生の低減または予防に使用されるものである。本発明の組成物は、血管新生において中心的な役割を有する免疫または炎症性システムに影響を有し得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、転移の予防に使用されるものである。

好ましい実施形態では、本発明の組成物は、乳癌の処置または予防に使用されるものである。実施例は、本発明の組成物が、乳癌の処置に有効であり得ることを実証する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、乳癌の処置における腫瘍サイズの低減、腫瘍成長の低減、または血管新生の低減に使用されるものである。好ましい実施形態では、癌は、乳癌である。好ましい実施形態では、癌は、ＩＶ期の乳癌である。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、肺癌の処置または予防に使用されるものである。本発明の組成物は、肺癌の処置に有効であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、肺癌の処置における腫瘍サイズの低減、腫瘍成長の低減、または血管新生の低減に使用されるものである。好ましい実施形態では、癌は、肺癌である。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、肝臓癌の処置または予防に使用されるものである。本発明の組成物は、肝臓癌の処置に有効であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、肝臓癌の処置における腫瘍サイズの低減、腫瘍成長の低減、または血管新生の低減に使用されるものである。好ましい実施形態では、癌は、肝癌（肝細胞癌）である。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、結腸癌の処置または予防に使用されるものである。本発明の組成物は、結腸癌細胞への影響を有してもよく、結腸癌の処置に有効であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、結腸癌の処置における腫瘍サイズの低減、腫瘍成長の低減、または血管新生の低減に使用されるものである。好ましい実施形態では、癌は、結腸直腸腺癌である。

一部の実施形態では、癌は、腸のものである。一部の実施形態では、癌は、腸ではない身体の一部のものである。一部の実施形態では、癌は、腸の癌ではない。一部の実施形態では、癌は、結腸直腸癌ではない。一部の実施形態では、癌は、小腸の癌ではない。一部の実施形態では、処置または予防は、腸以外の部位で見られる。一部の実施形態では、処置または予防は、腸で見られ、腸以外の部位でも見られる。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、癌の処置または予防に使用されるものである。本発明の組成物は、多数のタイプの癌腫の処置に有効であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、非免疫原性癌の処置または予防に使用されるものである。実施例は、本発明の組成物が、非免疫原性癌の処置に有効であり得ることを実証する。
本発明の組成物の癌への治療効果は、炎症誘発性機序により媒介され得る。多数の炎症誘発性サイトカインの発現は、ＭＲＸ５５４の投与後に増加し得る。炎症は、癌抑制効果を有し得［２０］、ＴＮＦαなどの炎症誘発性サイトカインは、癌療法として調査されている［２１］。ＴＮＦなどの遺伝子の上方制御は、本発明の組成物が、同様の機序を介して癌を処置するのに有用であり得ることを示し得る。ＣＸＣＲ３リガンド（ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０）及びＩＦＮγ誘導性遺伝子（ＩＬ−３２）の上方制御は、本発明の組成物が、ＩＦＮγ型応答を誘発することを示し得る。ＩＦＮγは、殺腫瘍活性を刺激し得る強力なマクロファージ活性化因子であり［２２］、ＣＸＣＬ９及びＣＸＣＬ１０は、例えば、抗癌効果も有する［２３〜２５］。従って、特定の実施形態では、本発明の組成物は、癌の処置における炎症の促進に使用されるものである。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、癌の治療におけるＴｈ１炎症の促進に使用されるものである。Ｔｈ１細胞は、ＩＦＮγを産生し、強力な抗癌効果を有する［２０］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、初期癌、例えば、転移していない癌、またはステージ０もしくはステージ１の癌、の処置に使用されるものである。炎症を促進することは、初期の癌に対してより有効であり得る［２０］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、第２の抗癌剤の効果を増強するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、第２の抗癌剤の効果を増強するための炎症の促進に使用されるものである。特定の実施形態では、癌の処置または予防は、１つまたは２以上のサイトカインの発現のレベルを増加させることを含む。例えば、特定の実施形態では、癌の処置または予防は、ＩＬ−１β、ＩＬ−６、及びＴＮＦ−αのうちの１つまたは２以上、例えば、ＩＬ−１β及びＩＬ−６、ＩＬ−１β及びＴＮＦ−α、ＩＬ−６及びＴＮＦ−α、またはＩＬ−１β、ＩＬ−６、及びＴＮＦ−αのうちの全て３つの発現のレベルを増加させることを含む。ＩＬ−１β、ＩＬ−６、及びＴＮＦ−αのうちのいずれかの発現レベルにおける増加は、癌の処置における有効性を示すことが知られている。

本明細書に記載の細菌株がリポ多糖体（ＬＰＳ）と組み合わせて使用される時、ＩＬ−１βの相乗的増加があり得る。ＬＰＳは、炎症誘発性効果を誘発することが知られている。従って、特定の実施形態では、処置または予防は、ＩＬ−１βを上方制御する薬剤と組み合わせて本明細書に記載の細菌株を使用することを含む。特定の実施形態では、処置または予防は、ＬＰＳと組み合わせて本明細書に記載の細菌株を使用することを含む。従って、本発明の組成物はさらに、ＩＬ−１βを上方制御する薬剤を含んでもよい。従って、本発明の組成物はさらに、ＬＰＳを含んでもよい。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、以前に化学療法を受けている患者の処置に使用されるものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、化学療法の処置に耐容性を示していない患者の処置に使用されるものである。本発明の組成物は特に、そのような患者に適し得る。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、再発を予防するためのものである。本発明の組成物は、長期投与に適し得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、癌の進行の予防に使用されるものである。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、非小細胞肺癌の処置に使用されるものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、小細胞肺癌の処置に使用されるものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、扁平上皮癌の処置に使用されるものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、腺癌の処置に使用されるものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、腺腫瘍、カルチノイド腫瘍、または未分化癌の処置に使用されるものである。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、肝芽腫、胆管癌、胆管細胞嚢胞腺癌、またはウイルス感染に起因する肝臓癌の処置に使用されるものである。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、浸潤性腺管癌、乳管上皮内癌、または浸潤性小葉癌の処置に使用されるものである。

さらなる実施形態では、本発明の組成物は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹神経膠腫、脳腫瘍、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫、眼内メラノーマ、網膜芽腫、胆嚢癌、胃癌、胃腸カルチノイド腫瘍、胃腸管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞腫瘍、神経膠腫、小児の視覚経路及び視床下部、ホジキンリンパ腫、メラノーマ、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎細胞癌、喉頭癌、白血病、リンパ腫、中皮腫、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵癌、副甲状腺癌、咽頭癌、下垂体腺腫、形質細胞新生物、前立腺癌、腎細胞癌、網膜芽腫、肉腫、精巣癌、甲状腺癌、または子宮癌の処置または予防に使用されるものである。

本発明の組成物は、さらなる治療薬と組み合わせて使用される時、特に有効であり得る。本発明の組成物の免疫調節効果は、より直接的な抗癌剤と組み合わせる時、有効であり得る。従って、特定の実施形態では、本発明は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株及び抗癌剤を含む組成物を提供する。特定の実施形態では、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株を含む本発明の組成物は、第２の抗癌剤を用いる処置への感受性を増強するための癌の刺激に使用されるものである。特定の実施形態では、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株を含む本発明の組成物は、第２の抗癌剤を用いる処置への感受性を増強することにより、乳癌などの癌の処置に使用されるものである。第２の抗癌剤は、同時に投与されても、またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種の細菌株を含む組成物の後に、例えば、少なくとも１日後、１週間後、もしくは１ヶ月後に、投与されてもよい。

好ましい実施形態では、抗癌剤は、免疫チェックポイント阻害剤、標的化抗体免疫療法、ＣＡＲ−Ｔ細胞療法、腫瘍溶解性ウイルス、または細胞増殖抑制剤である。好ましい実施形態では、組成物は、Ｙｅｒｖｏｙ（イピリムマブ、ＢＭＳ）；Ｋｅｙｔｒｕｄａ（ペンブロリズマブ、Ｍｅｒｃｋ）；Ｏｐｄｉｖｏ（ニボルマブ、ＢＭＳ）；ＭＥＤＩ４７３６（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；トレメリムマブ（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＣＴ−０１１（ピディリズマブ、ＣｕｒｅＴｅｃｈ）；ＢＭＳ−９８６０１５（リリルマブ、ＢＭＳ）；ＭＥＤＩ０６８０（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＳＢ−００１０７１８Ｃ（Ｍｅｒｃｋ）；ＰＦ−０５０８２５６６（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＭＥＤＩ６４６９（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＢＭＳ−９８６０１６（ＢＭＳ）；ＢＭＳ−６６３５１３（ウレルマブ、ＢＭＳ）；ＩＭＰ３２１（ＰｒｉｍａＢｉｏｍｅｄ）；ＬＡＧ５２５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＡＲＧＸ−１１０（ａｒＧＥＮ−Ｘ）；ＰＦ−０５０８２４６６（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＣＤＸ−１１２７（バリルマブ（Ｖａｒｌｉｌｕｍａｂ）；ＣｅｌｌＤｅｘＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＴＲＸ−５１８（ＧＩＴＲＩｎｃ．）；ＭＫ−４１６６（Ｍｅｒｃｋ）；ＪＴＸ−２０１１（ＪｏｕｎｃｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＡＲＧＸ−１１５（ａｒＧＥＮ−Ｘ）；ＮＬＧ−９１８９（インドキシモド、ＮｅｗＬｉｎｋＧｅｎｅｔｉｃｓ）；ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ）；ＩＰＨ２２０１（ＩｎｎａｔｅＩｍｍｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／ＡＺ）；ＮＬＧ−９１９（ＮｅｗＬｉｎｋＧｅｎｅｔｉｃｓ）；ａｎｔｉ−ＶＩＳＴＡ（ＪｎＪ）；Ｅｐａｃａｄｏｓｔａｔ（ＩＮＣＢ２４３６０、Ｉｎｃｙｔｅ）；Ｆ００１２８７（Ｆｌｅｘｕｓ／ＢＭＳ）；ＣＰ８７０８９３（ペンシルベニア大学（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＰｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ））；ＭＧＡ２７１（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｘ）；エマクツヅマブ（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；ガルニセルチブ（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ウロプルマブ（Ｕｌｏｃｕｐｌｕｍａｂ）（ＢＭＳ）；ＢＫＴ１４０／ＢＬ８０４０（ＢｉｏｋｉｎｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；バビツキシマブ（ＰｅｒｅｇｒｉｎｅＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＣＣ９０００２（Ｃｅｌｇｅｎｅ）；８５２Ａ（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＶＴＸ−２３３７（ＶｅｎｔｉＲｘＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＩＭＯ−２０５５（Ｈｙｂｒｉｄｏｎ、ＩｄｅｒａＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＬＹ２１５７２９９（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＥＷ−７１９７（ＥｗｈａＷｏｍｅｎ’ｓＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、韓国）；ベムラフェニブ（Ｐｌｅｘｘｉｋｏｎ）；ダブラフェニブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＧＳＫ）；ＢＭＳ−７７７６０７（ＢＭＳ）；ＢＬＺ９４５（メモリアル・スローン・ケッタリング癌センター（ＭｅｍｏｒｉａｌＳｌｏａｎ−ＫｅｔｔｅｒｉｎｇＣａｎｃｅｒＣｅｎｔｒｅ））；Ｕｎｉｔｕｘｉｎ（ジヌツキシマブ、ＵｎｉｔｅｄＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）；Ｂｌｉｎｃｙｔｏ（ブリナツモマブ、Ａｍｇｅｎ）；Ｃｙｒａｍｚａ（ラムシルマブ、ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；Ｇａｚｙｖａ（オビヌツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｂｉｏｇｅｎ）；Ｋａｄｃｙｌａ（アド−トラスツズマブエムタンシン、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；Ｐｅｒｊｅｔａ（ペルツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；Ａｄｃｅｔｒｉｓ（ブレンツキシマブベドチン、Ｔａｋｅｄａ／Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ）；Ａｒｚｅｒｒａ（オファツムマブ、ＧＳＫ）；Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（パニツムマブ、Ａｍｇｅｎ）；Ａｖａｓｔｉｎ（ベバシズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；Ｅｒｂｉｔｕｘ（セツキシマブ、ＢＭＳ／Ｍｅｒｃｋ）；Ｂｅｘｘａｒ（トシツモマブ−Ｉ１３１、ＧＳＫ）；Ｚｅｖａｌｉｎ（イブリツモマブチウキセタン、Ｂｉｏｇｅｎ）；Ｃａｍｐａｔｈ（アレムツズマブ、Ｂａｙｅｒ）；Ｍｙｌｏｔａｒｇ（ゲムツズマブオゾガマイシン、Ｐｆｉｚｅｒ）；Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（トラスツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；Ｒｉｔｕｘａｎ（リツキシマブ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ）；ボロシキシマブ（Ａｂｂｖｉｅ）；エナバツズマブ（Ａｂｂｖｉｅ）；ＡＢＴ−４１４（Ａｂｂｖｉｅ）；エロツズマブ（Ａｂｂｖｉｅ／ＢＭＳ）；ＡＬＸ−０１４１（Ａｂｌｙｎｘ）；オザラリズマブ（Ｏｚａｒａｌｉｚｕｍａｂ）（Ａｂｌｙｎｘ）；Ａｃｔｉｍａｂ−Ｃ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）；Ａｃｔｉｍａｂ−Ｐ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）；ミラツズマブ−ｄｏｘ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）；Ｅｍａｂ−ＳＮ−３８（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）；ナプツモマブエスタフェナトックス（Ｎａｐｔｕｍｏｎｍａｂｅｓｔａｆｅｎａｔｏｘ）（ＡｃｔｉｖｅＢｉｏｔｅｃｈ）；ＡＦＭ１３（Ａｆｆｉｍｅｄ）、ＡＦＭ１１（Ａｆｆｉｍｅｄ）、ＡＧＳ−１６Ｃ３Ｆ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−１６Ｍ８Ｆ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−２２ＭＥ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−１５ＭＥ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＧＳ−６７Ｅ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＬＸＮ６０００（サマリズマブ、Ａｌｅｘｉｏｎ）；ＡＬＴ−８３６（ＡｌｔｏｒＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）；ＡＬＴ−８０１（ＡｌｔｏｒＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）；ＡＬＴ−８０３（ＡｌｔｏｒＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）；ＡＭＧ７８０（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ２２８（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ８２０（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ１７２（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ５９５（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ１１０（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ２３２（アデカツムマブ（Ａｄｅｃａｔｕｍｕｍａｂ）、Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ２１１（Ａｍｇｅｎ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＢＡＹ２０−１０１１２（Ａｍｇｅｎ／Ｂａｙｅｒ）；リロツムマブ（Ａｍｇｅｎ）；デノスマブ（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＰ−５１４（Ａｍｇｅｎ）；ＭＥＤＩ５７５（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ３６１７（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ６３８３（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ５５１（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；モキセツモマブパスードトクス（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ５６５（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ０６３９（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ０６８０（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ５６２（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＡＶ−３８０（ＡＶＥＯ）；ＡＶ２０３（ＡＶＥＯ）；ＡＶ２９９（ＡＶＥＯ）；ＢＡＹ７９−４６２０（Ｂａｙｅｒ）；アネツマブラブタンシン（Ａｎｅｔｕｍａｂｒａｖｔａｎｓｉｎｅ）（Ｂａｙｅｒ）；バンチクツマブ（Ｂａｙｅｒ）；ＢＡＹ９４−９３４３（Ｂａｙｅｒ）；シブロツズマブ（Ｓｉｂｒｏｔｕｚｕｍａｂ）（ＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒＩｎｇｌｅｈｅｉｍ）；ＢＩ−８３６８４５（ＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒＩｎｇｌｅｈｅｉｍ）；Ｂ−７０１（ＢｉｏＣｌｉｎ）；ＢＩＩＢ０１５（Ｂｉｏｇｅｎ）；オビヌツズマブ（Ｂｉｏｇｅｎ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；ＢＩ−５０５（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）；ＢＩ−１２０６（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）；ＴＢ−４０３（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）；ＢＴ−０６２（Ｂｉｏｔｅｓｔ）ＢＩＬ−０１０ｔ（Ｂｉｏｓｃｅｐｔｒｅ）；ＭＤＸ−１２０３（ＢＭＳ）；ＭＤＸ−１２０４（ＢＭＳ）；ネチツムマブ（ＢＭＳ）；ＣＡＮ−４（ＣａｎｔａｒｇｉａＡＢ）；ＣＤＸ−０１１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）；ＣＤＸ１４０１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）；ＣＤＸ３０１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）；Ｕ３−１５６５（ＤａｉｉｃｈｉＳａｎｋｙｏ）；パトリツマブ（Ｐａｔｒｉｔｕｍａｂ）（ＤａｉｉｃｈｉＳａｎｋｙｏ）；チガツズマブ（Ｔｉｇａｔｕｚｕｍａｂ）（ＤａｉｉｃｈｉＳａｎｋｙｏ）；ニモツズマブ（ＤａｉｉｃｈｉＳａｎｋｙｏ）；ＤＳ−８８９５（ＤａｉｉｃｈｉＳａｎｋｙｏ）；ＤＳ−８８７３（ＤａｉｉｃｈｉＳａｎｋｙｏ）；ＤＳ−５５７３（ＤａｉｉｃｈｉＳａｎｋｙｏ）；ＭＯＲａｂ−００４（Ｅｉｓａｉ）；ＭＯＲａｂ−００９（Ｅｉｓａｉ）；ＭＯＲａｂ−００３（Ｅｉｓａｉ）；ＭＯＲａｂ−０６６（Ｅｉｓａｉ）；ＬＹ３０１２２０７（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＬＹ２８７５３５８（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＬＹ２８１２１７６（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＬＹ３０１２２１７（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＬＹ２４９５６５５（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＬＹ３０１２２１２（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＬＹ３０１２２１１（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＬＹ３００９８０６（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；シクスツムマブ（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；フランボツマブ（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ＩＭＣ−ＴＲ１（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ラムシルマブ（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；タバルマブ（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；ザノリムマブ（ＥｍｅｒｇｅｎｔＢｉｏｓｏｌｕｔｉｏｎ）；ＦＧ−３０１９（ＦｉｂｒｏＧｅｎ）；ＦＰＡ００８（ＦｉｖｅＰｒｉｍｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＦＰ−１０３９（ＦｉｖｅＰｒｉｍｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＦＰＡ１４４（ＦｉｖｅＰｒｉｍｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；カツマクソマブ（ＦｒｅｓｅｎｉｕｓＢｉｏｔｅｃｈ）；ＩＭＡＢ３６２（Ｇａｎｙｍｅｄ）；ＩＭＡＢ０２７（Ｇａｎｙｍｅｄ）；ＨｕＭａｘ−ＣＤ７４（Ｇｅｎｍａｂ）；ＨｕＭａｘ−ＴＦＡＤＣ（Ｇｅｎｍａｂ）；ＧＳ−５７４５（Ｇｉｌｅａｄ）；ＧＳ−６６２４（Ｇｉｌｅａｄ）；ＯＭＰ−２１Ｍ１８（デムシズマブ、ＧＳＫ）；マパツムマブ（ＧＳＫ）；ＩＭＧＮ２８９（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）；ＩＭＧＮ９０１（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）；ＩＭＧＮ８５３（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）；ＩＭＧＮ５２９（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）；ＩＭＭＵ−１３０（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ミラツズマブ−ｄｏｘ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＭＭＵ−１１５（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＭＭＵ−１３２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＭＭＵ−１０６（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＭＭＵ−１０２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；エプラツズマブ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；クリバツズマブ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＰＨ４１（ＩｎｎａｔｅＩｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ダラツムマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ／Ｇｅｎｍａｂ）；ＣＮＴＯ−９５（インテツムマブ、Ｊａｎｓｓｅｎ）；ＣＮＴＯ−３２８（シルツキシマブ、Ｊａｎｓｓｅｎ）；ＫＢ００４（ＫａｌｏＢｉｏｓ）；モガムリズマブ（ＫｙｏｗａＨａｋｋｏＫｉｒｒｉｎ）；ＫＷ−２８７１（エクロメキシマブ、ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅ）；ソネプシズマブ（Ｓｏｎｅｐｃｉｚｕｍａｂ）（Ｌｐａｔｈ）；マルジェツキシマブ（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）；エノブリツズマブ（Ｅｎｏｂｌｉｔｕｚｕｍａｂ）（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）；ＭＧＤ００６（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）；ＭＧＦ００７（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）；ＭＫ−０６４６（ダロツズマブ、Ｍｅｒｃｋ）；ＭＫ−３４７５（Ｍｅｒｃｋ）；Ｓｙｍ００４（Ｓｙｍｐｈｏｇｅｎ／ＭｅｒｃｋＳｅｒｏｎｏ）；ＤＩ１７Ｅ６（ＭｅｒｃｋＳｅｒｏｎｏ）；ＭＯＲ２０８（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）；ＭＯＲ２０２（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）；Ｘｍａｂ５５７４（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）；ＢＰＣ−１Ｃ（エンシツキシマブ、ＰｒｅｃｉｓｉｏｎＢｉｏｌｏｇｉｃｓ）；ＴＡＳ２６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＬＦＡ１０２（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＢＨＱ８８０（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）；ＱＧＥ０３１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＨＣＤ１２２（ルカツムマブ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＬＪＭ７１６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＡＴ３５５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＯＭＰ−２１Ｍ１８（デムシズマブ、ＯｎｃｏＭｅｄ）；ＯＭＰ５２Ｍ５１（Ｏｎｃｏｍｅｄ／ＧＳＫ）；ＯＭＰ−５９Ｒ５（Ｏｎｃｏｍｅｄ／ＧＳＫ）；バンチクツマブ（Ｏｎｃｏｍｅｄ／Ｂａｙｅｒ）；ＣＭＣ−５４４（イノツズマブオゾガマイシン、Ｐｆｉｚｅｒ）；ＰＦ−０３４４６９６２（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＰＦ−０４８５６８８４（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＰＳＭＡ−ＡＤＣ（Ｐｒｏｇｅｎｉｃｓ）；ＲＥＧＮ１４００（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）；ＲＥＧＮ９１０（ネスバクマブ、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ／Ｓａｎｏｆｉ）；ＲＥ
ＧＮ４２１（エノチクマブ、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ／Ｓａｎｏｆｉ）；ＲＧ７２２１、ＲＧ７３５６、ＲＧ７１５５、ＲＧ７４４４、ＲＧ７１１６、ＲＧ７４５８、ＲＧ７５９８、ＲＧ７５９９、ＲＧ７６００、ＲＧ７６３６、ＲＧ７４５０、ＲＧ７５９３、ＲＧ７５９６、ＤＣＤＳ３４１０Ａ、ＲＧ７４１４（パルサツズマブ（Ｐａｒｓａｔｕｚｕｍａｂ））、ＲＧ７１６０（イムガツズマブ）、ＲＧ７１５９（オビヌツズマブ（ｏｂｉｎｔｕｚｕｍａｂ））、ＲＧ７６８６、ＲＧ３６３８（オナルツズマブ）、ＲＧ７５９７（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；ＳＡＲ３０７７４６（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ５６６６５８（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ６５０９８４（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ１５３１９２（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ３４１９（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ２５６２１２（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＧＮ−ＬＩＶ１Ａ（リンツズマブ（Ｌｉｎｔｕｚｕｍａｂ）、ＳｅａｔｔｌｅＧｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＧＮ−ＣＤ３３Ａ（ＳｅａｔｔｌｅＧｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＧＮ−７５（ボルセツズマブマホドチン、ＳｅａｔｔｌｅＧｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＧＮ−１９Ａ（ＳｅａｔｔｌｅＧｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＧＮ−ＣＤ７０Ａ（ＳｅａｔｔｌｅＧｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＥＡ−ＣＤ４０（ＳｅａｔｔｌｅＧｅｎｅｔｉｃｓ）；イブリツモマブチウキセタン（Ｓｐｅｃｔｒｕｍ）；ＭＬＮ０２６４（Ｔａｋｅｄａ）；ガニツマブ（Ｔａｋｅｄａ／Ａｍｇｅｎ）；ＣＥＰ−３７２５０（Ｔｅｖａ）；ＴＢ−４０３（Ｔｈｒｏｍｂｏｇｅｎｉｃ）；ＶＢ４−８４５（Ｖｉｖｅｎｔｉａ）；Ｘｍａｂ２５１２（Ｘｅｎｃｏｒ）；Ｘｍａｂ５５７４（Ｘｅｎｃｏｒ）；ニモツズマブ（ＹＭＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）；カルルマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ）；ＮＹ−ＥＳＯＴＣＲ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）；ＭＡＧＥ−Ａ−１０ＴＣＲ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）；ＣＴＬ０１９（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＪＣＡＲ０１５（ＪｕｎｏＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＫＴＥ−Ｃ１９ＣＡＲ（ＫｉｔｅＰｈａｒｍａ）；ＵＣＡＲＴ１９（Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ）；ＢＰＸ−４０１（ＢｅｌｌｉｃｕｍＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＢＰＸ−６０１（ＢｅｌｌｉｃｕｍＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＡＴＴＣＫ２０（ＵｎｕｍＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＣＡＲ−ＮＫＧ２Ｄ（Ｃｅｌｙａｄ）；Ｏｎｙｘ−０１５（ＯｎｙｘＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；Ｈ１０１（ＳｈａｎｇｈａｉＳｕｎｗａｙｂｉｏ）；ＤＮＸ−２４０１（ＤＮＡｔｒｉｘ）；ＶＣＮ−０１（ＶＣＮＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）；Ｃｏｌｏ−Ａｄ１（ＰｓｉＯｘｕｓＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＰｒｏｓｔＡｔａｋ（Ａｄｖａｎｔａｇｅｎｅ）；Ｏｎｃｏｓ−１０２（ＯｎｃｏｓＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＣＧ００７０（ＣｏｌｄＧｅｎｅｓｙｓ）；Ｐｅｘａ−ｖａｃ（ＪＸ−５９４、ＪｅｎｎｅｒｅｘＢｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＧＬ−ＯＮＣ１（Ｇｅｎｅｌｕｘ）；Ｔ−ＶＥＣ（Ａｍｇｅｎ）；Ｇ２０７（Ｍｅｄｉｇｅｎｅ）；ＨＦ１０（ＴａｋａｒａＢｉｏ）；ＳＥＰＲＥＨＶＩＲ（ＨＳＶ１７１６、ＶｉｒｔｔｕＢｉｏｌｏｇｉｃｓ）；ＯｒｉｅｎＸ０１０（ＯｒｉｅｎＧｅｎｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）；Ｒｅｏｌｙｓｉｎ（ＯｎｃｏｌｙｔｉｃｓＢｉｏｔｅｃｈ）；ＳＶＶ−００１（Ｎｅｏｔｒｏｐｉｘ）；Ｃａｃａｔａｋ（ＣＶＡ２１、Ｖｉｒａｌｙｔｉｃｓ）；Ａｌｉｍｔａ（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）、シスプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、フォリン酸、メトトレキサート、シクロホスファミド、５−フルオロウラシル、Ｚｙｋａｄｉａ（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｔａｆｉｎｌａｒ（ＧＳＫ）、Ｘａｌｋｏｒｉ（Ｐｆｉｚｅｒ）、Ｉｒｅｓｓａ（ＡＺ）、Ｇｉｌｏｔｒｉｆ（ＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒＩｎｇｅｌｈｅｉｍ）、Ｔａｒｃｅｖａ（ＡｓｔｅｌｌａｓＰｈａｒｍａ）、Ｈａｌａｖｅｎ（ＥｉｓａｉＰｈａｒｍａ）、ベリパリブ（Ａｂｂｖｉｅ）、ＡＺＤ９２９１（ＡＺ）、アレクチニブ（Ｃｈｕｇａｉ）、ＬＤＫ３７８（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ジェネテスピブ（Ｇｅｎｅｔｅｓｐｉｂ）（ＳｙｎｔａＰｈａｒｍａ）、Ｔｅｒｇｅｎｐｕｍａｔｕｃｅｌ−Ｌ（ＮｅｗＬｉｎｋＧｅｎｅｔｉｃｓ）、ＧＶ１００１（Ｋａｅｌ−ＧｅｍＶａｘ）、Ｔｉｖａｎｔｉｎｉｂ（ＡｒＱｕｌｅ）；Ｃｙｔｏｘａｎ（ＢＭＳ）；Ｏｎｃｏｖｉｎ（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（Ｐｆｉｚｅｒ）；Ｇｅｍｚａｒ（ＥｌｉＬｉｌｌｙ）；Ｘｅｌｏｄａ（Ｒｏｃｈｅ）；Ｉｘｅｍｐｒａ（ＢＭＳ）；Ａｂｒａｘａｎｅ（Ｃｅｌｇｅｎｅ）；Ｔｒｅｌｓｔａｒ（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍ）；Ｔａｘｏｔｅｒｅ（Ｓａｎｏｆｉ）；Ｎｅｘａｖａｒ（Ｂａｙｅｒ）；ＩＭＭＵ−１３２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；Ｅ７４４９（Ｅｉｓａｉ）；Ｔｈｅｒｍｏｄｏｘ（Ｃｅｌｓｉｏｎ）；Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（Ｅｘｅｌｌｘｉｓ）；Ｌｏｎｓｕｒｆ（ＴａｉｈｏＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；Ｃａｍｐｔｏｓａｒ（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＵＦＴ（ＴａｉｈｏＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；及びＴＳ−１（ＴａｉｈｏＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）からなる群より選択される抗癌剤を含む。

一部の実施形態では、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍの細菌株は、本発明の組成物中で唯一の治療活性剤である。

投与様式
好ましくは、本発明の組成物は、本発明の細菌株を用いる腸への送達及び／または腸での部分的もしくは全体的コロニー形成を可能にするために、胃腸管に投与されるべきである。一般に、本発明の組成物は、経口投与されるが、直腸に、鼻腔内に、または口腔もしくは舌下経路を介して投与されてもよい。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、泡、スプレー、またはゲルとして投与されてもよい。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、例えば、カカオ油（ココアバター）、合成硬質脂肪（例えば、ｓｕｐｐｏｃｉｒｅ、ｗｉｔｅｐｓｏｌ）、グリセロゼラチン、ポリエチレングリコール、または石鹸グリセリン組成物の形態の、直腸坐剤などの坐剤として投与されてもよい。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、管、例えば、経鼻胃管、経口胃管、経胃管、経皮空腸瘻管（Ｊ管）、経皮内視鏡的胃瘻造設術（ＰＥＧ）、またはポート、例えば、胃へのアクセスを提供する胸壁ポート、空腸、及び他の好適なアクセスポート、を介して胃腸管に投与される。

本発明の組成物は、１回投与されても、処置レジメンの一部として連続して投与されてもよい。特定の実施形態では、本発明の組成物は、１日１回投与され得る。

本発明の特定の実施形態では、本発明による処置は、患者の腸内微生物叢の評価を伴う。本発明の菌株の送達及び／または本発明の菌株の部分的もしくは全体的コロニー形成が達成されず、その結果、有効性が観察されない場合、処置が繰り返されてもよく、あるいは、送達及び／または部分的もしくは全体的コロニー形成が良好であり、有効性が観察される場合、処置が停止されてもよい。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、子宮内及び／または出生後の子供に癌が発症する可能性を低減するために、妊娠動物、例えば、ヒトなどの哺乳動物、に投与されてもよい。

本発明の組成物は、癌と診断されている患者または癌のリスクがあると確認されている患者に投与されてもよい。組成物はまた、健康な患者において癌の発症を予防するための予防的手段として投与されてもよい。

本発明の組成物は、異常な腸内微生物叢を有すると確認されている患者に投与されてもよい。例えば、患者は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍによるコロニー形成が低減しているか、存在していないことがあり得る。

本発明の組成物は、栄養補助食品などの食品として投与されてもよい。

一般に、本発明の組成物は、ヒトの処置用であるが、家禽、ブタ、ネコ、イヌ、ウマ、またはウサギなどの単胃哺乳動物を含む動物の処置に使用されてもよい。本発明の組成物は、動物の成長及び能力の増強に有用であり得る。動物に投与される場合、経口強制飼養が使用されてもよい。

組成物
一般に、本発明の組成物は、細菌を含む。本発明の好ましい実施形態では、組成物は、凍結乾燥形態で製剤化される。例えば、本発明の組成物は、本発明の細菌株を含む顆粒またはゼラチンカプセル、例えば、硬質ゼラチンカプセルを含んでもよい。

好ましくは、本発明の組成物は、凍結乾燥細菌を含む。細菌の凍結乾燥は、十分に確立された手順であり、関連するガイダンスは、例えば、参考文献［２６〜２８］で入手できる。

あるいは、本発明の組成物は、生きた活性細菌培養物を含んでもよい。

一部の実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、不活化しておらず、例えば、熱不活化していない。一部の実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、死滅しておらず、例えば、熱死滅していない。一部の実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、弱毒化しておらず、例えば、熱弱毒化していない。例えば、一部の実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、死滅、不活化、及び／または弱毒化していない。例えば、一部の実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、生きている。例えば、一部の実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、生存している。例えば、一部の実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、腸で部分的または完全にコロニー形成することができる。例えば、一部の実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、生存しており、腸で部分的または完全にコロニー形成することができる。

一部の実施形態では、組成物は、生きた細菌株及び死滅している細菌株の混合物を含む。

好ましい実施形態では、本発明の組成物は、腸への細菌株の送達を可能にするためにカプセル化される。カプセル化は、ｐＨの変化により引き起こされ得る、例えば、化学的または物理的刺激、例えば、圧力、酵素活性、または物理的崩壊で破裂することによる分解から、標的位置に送達されるまで、組成物を保護する。任意の適切なカプセル化法が使用されてもよい。例示的なカプセル化技術は、多孔質マトリックス内への混入、固体担体表面への付着または吸着、凝集または架橋剤による自己凝集、及び微孔性膜またはマイクロカプセルの内側への機械的封入を含む。本発明の組成物を調製するのに有用であり得るカプセル化に関するガイダンスは、例えば、参考文献［２９］及び［３０］で入手できる。

組成物は、経口投与されてもよく、錠剤、カプセル剤、または散剤の形態であってよい。Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍは、嫌気性菌であるので、カプセル化された製品が好ましい。ｉｎｖｉｖｏでの送達及び／または部分的もしくは全体的コロニー形成及び生存を改善する他の成分（例えば、ビタミンＣなど）は、脱酸素剤及びプレバイオティクス基質として含まれてもよい。あるいは、本発明のプロバイオティック組成物は、乳もしくは乳清系発酵乳製品などの食品もしくは栄養品として、または医薬品として、経口投与されてもよい。

組成物は、プロバイオティクスとして製剤化されてもよい。

本発明の組成物は、治療有効量の本発明の細菌株を含む。治療有効量の細菌株は、患者に有益な効果を発揮するのに十分である。治療有効量の細菌株は、患者の腸への送達及び／または患者の腸での部分的もしくは完全なコロニー形成をもたらすのに十分であり得る。

例えば、成人の場合の細菌の好適な１日用量は、約１ｘ１０^３〜約１ｘ１０^１１のコロニー形成単位（ＣＦＵ）、例えば、約１ｘ１０^７〜約１ｘ１０^１０ＣＦＵ、別の例では、約１ｘ１０^６〜約１ｘ１０^１０ＣＦＵ、であってよい。

特定の実施形態では、組成物は、組成物の重量に対して、約１ｘ１０^６〜約１ｘ１０^１１ＣＦＵ／ｇ、例えば、約１ｘ１０^８〜約１ｘ１０^１０ＣＦＵ／ｇ、の量の細菌株を含有する。用量は、例えば、１ｇ、３ｇ、５ｇ、及び１０ｇであってよい。

通常は、本発明の組成物などのプロバイオティクスは、任意に、少なくとも１つの好適なプレバイオティクス化合物と組み合わされる。プレバイオティクス化合物は通常、消化管で分解または吸収されない、オリゴ糖もしくは多糖などの非消化性炭水化物または糖アルコールである。既知のプレバイオティクスは、イヌリン及びトランスガラクトオリゴ糖などの市販品を含む。

特定の実施形態では、本発明のプロバイオティクス組成物は、組成物の総重量に対して約１〜約３０重量％（例えば、５〜２０重量％）の量のプレバイオティクス化合物を含む。炭水化物は、フルクトオリゴ糖（またはＦＯＳ）、短鎖フルクトオリゴ糖、イヌリン、イソマルトオリゴ糖、ペクチン、キシロオリゴ糖（またはＸＯＳ）、キトサンオリゴ糖（またはＣＯＳ）、β−グルカン、アラビアゴム変性及び耐性デンプン、ポリデキストロース、Ｄ−タガトース、アカシア繊維、イナゴマメ、オートムギ、及び柑橘類繊維からなる郡より選択されてもよい。一態様では、プレバイオティクスは、短鎖フルクトオリゴ糖（簡単にするために、本明細書中以下においてＦＯＳｓ−ｃｃと示される）であり；該ＦＯＳｓ−ｃｃは消化性炭水化物ではなく、一般にテンサイ糖の転化により得られ且つ３つのグルコース分子が結合されているサッカロース分子を含む。

本発明の組成物は、薬学的に許容される賦形剤または担体を含んでもよい。そのような好適な賦形剤の例は、参考文献［３１］に見出され得る。治療的使用のための許容される担体または希釈剤は、医薬分野で周知であり、例えば、参考文献［３２］に記載されている。好適な担体の例としては、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが挙げられる。好適な希釈剤の例としては、エタノール、グリセロール、及び水が挙げられる。薬学的担体、賦形剤、または希釈剤の選択は、意図された投与経路及び標準的な薬務に関して選択することができる。医薬組成物は、担体、賦形剤、もしくは希釈剤として、またはそれに加えて、任意の好適な結合剤（複数可）、滑沢剤（複数可）、懸濁剤（複数可）、コーティング剤（複数可）、可溶化剤（複数可）を含んでもよい。好適な結合剤の例としては、デンプン、ゼラチン、グルコースなどの天然糖、無水ラクトース、自由流動性ラクトース、β−ラクトース、トウモロコシ甘味料、天然及び合成ゴム、例えば、アカシア、トラガカント、またはアルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ならびにポリエチレングリコールが挙げられる。好適な滑沢剤の例としては、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが挙げられる。防腐剤、安定剤、染料、さらには、着香剤が、医薬組成物に提供されてもよい。防腐剤の例としては、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルが挙げられる。酸化防止剤及び懸濁剤も、使用されてもよい。

本発明の組成物は、食品として製剤化されてもよい。例えば、食品は、本発明の治療効果に加えて、栄養補助食品などにおける栄養的な利益を提供し得る。同様に、食品は、本発明の組成物の味を向上させるように、または、組成物が、医薬組成物よりも一般的な食品に類似していることで消費するのにより魅力的になるように、製剤化され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、乳系製品として製剤化される。「乳系製品」という用語は、様々な脂肪含有量を有する任意の液体または半固体乳または乳清系製品を意味する。乳系製品は、例えば、牛乳、山羊乳、羊乳、脱脂乳、全乳、いかなる処理もしない粉乳及び乳清から還元した乳、または加工製品、例えば、ヨーグルト、凝乳、カード、サワーミルク、サワー全乳、バターミルク、及び他のサワーミルク製品とすることができる。別の重要な群は、乳飲料、例えば、乳清飲料、発酵乳、練乳、乳児用ミルク、フレーバーミルク、アイスクリーム、菓子などの乳含有食品を含む。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、単一の細菌株または種を含有し、他の任意の細菌株または種を含有しない。そのような組成物は、僅少量または生物学的に無関係な量の他の細菌株または種のみを含んでもよい。そのような組成物は、他の生物種を実質的に含まない培養物であり得る。従って、一部の実施形態では、本発明は、治療に使用される、他の任意の種由来の細菌を含有しないか、または、僅少量もしくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ種由来の１つまたは２以上の菌株を含む組成物を提供する。

一部の実施形態では、本発明の組成物は、複数の細菌株または種を含む。例えば、一部の実施形態では、本発明の組成物は、同じ種内の複数の菌株（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、または４５を超える菌株）を含み、任意に、他の任意の種由来の細菌を含有しない。一部の実施形態では、本発明の組成物は、同じ種内の５０未満の菌株（例えば、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、９、８、７、６、５、４、または３未満の菌株）を含み、任意に、他の任意の種由来の細菌を含有しない。一部の実施形態では、本発明の組成物は、同じ種内の１〜４０、１〜３０、１〜２０、１〜１９、１〜１８、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜５、６〜３０、６〜１５、１６〜２５、または３１〜５０の菌株を含み、任意に、他の任意の種由来の細菌を含有しない。一部の実施形態では、本発明の組成物は、同じ属内の複数の種（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、１７、２０、２３、２５、３０、３５、または４０を超える種）を含み、任意に、他の任意の属由来の細菌を含有しない。一部の実施形態では、本発明の組成物は、同じ属内の５０未満の種（例えば、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、８、７、６、５、４、または３未満の種）を含み、任意に、他の任意の属由来の細菌を含有しない。一部の実施形態では、本発明の組成物は、同じ属内の１〜５０、１〜４０、１〜３０、１〜２０、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜５、６〜３０、６〜１５、１６〜２５、または３１〜５０の種を含み、任意に、他の任意の属由来の細菌を含有しない。本発明は、上述の任意の組み合わせを含む。

一部の実施形態では、組成物は、微生物コンソーシアム（consortium）を含む。例えば、一部の実施形態では、組成物は、微生物コンソーシアムの一部として、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍの細菌株を含む。例えば、一部の実施形態では、細菌株は、腸内でｉｎｖｉｖｏで共生することができる他の属由来の１つまたは２以上（例えば、少なくとも２、３、４、５、１０、１５、または２０）の他の細菌株と組み合わせて存在する。例えば、一部の実施形態では、組成物は、異なる属由来の細菌株と組み合わせて、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍの細菌株を含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアムは、単一の生物、例えば、ヒト、の糞便試料から得られた２つまたは３以上の細菌株を含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアムは、自然界では一緒に見られない。例えば、一部の実施形態では、微生物コンソーシアムは、少なくとも２つの異なる生物の糞便試料から得られた細菌株を含む。一部の実施形態では、２つの異なる生物は、例えば、２人の異なるヒト、例えば、２人の異なるヒト乳児、の同じ種に由来する。一部の実施形態では、２つの異なる生物は、ヒト乳児及びヒト成人である。一部の実施形態では、２つの異なる生物は、ヒト及び非ヒト哺乳動物である。

一部の実施形態では、本発明の組成物はさらに、菌株ＭＲＸ５５４と同じ安全性及び治療有効特性を有するが、ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＭＲＸ５５４ではないか、またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍではない細菌株を含む。

本発明の組成物が複数の細菌株、種、または属を含む一部の実施形態では、個々の細菌株、種、または属は、個別、同時、または連続投与用であってよい。例えば、組成物が、複数の細菌株、種、もしくは属の全てを含んでも、細菌株、種、もしくは属が、別々に保存され、個別、同時、もしくは連続投与されてもよい。一部の実施形態では、複数の細菌株、種、または属は、別々に保存されるが、使用前に一緒に混合される。

一部の実施形態では、本発明に使用される細菌株は、ヒト乳児の糞便から得られる。本発明の組成物が複数の細菌株を含む一部の実施形態では、細菌株の全ては、ヒト乳児の糞便から得られるか、または、他の細菌株は、存在する場合、僅少量でのみ存在する。細菌は、ヒト乳児の糞便から得られ且つ本発明の組成物に使用される前に培養されていてもよい。

上術のように、一部の実施形態では、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍの細菌株は、唯一の、本発明の組成物中の治療活性剤である。一部の実施形態では、組成物中の細菌株は、唯一の、本発明の組成物中の治療活性剤である。

本発明に従って使用される組成物は、販売承認を必要としても、しなくてもよい。

特定の実施形態では、本発明は、該細菌株が凍結乾燥されている上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、本発明は、該細菌株が噴霧乾燥されている上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、本発明は、細菌株が凍結乾燥または噴霧乾燥されており且つ生きている上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、本発明は、細菌株が凍結乾燥または噴霧乾燥されており且つ生存している上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、本発明は、細菌株が凍結乾燥または噴霧乾燥されており且つ部分的または完全に腸でコロニー形成することができる上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、本発明は、細菌株が凍結乾燥または噴霧乾燥されており、且つ生存しており、且つ腸で部分的または完全にコロニー形成することができる上記医薬組成物を提供する。

一部の場合では、凍結乾燥または噴霧乾燥された細菌株は、投与前に再構成される。一部の場合では、再構成は、本明細書に記載の希釈剤の使用によるものである。

本発明の組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体を含むことができる。

特定の実施形態では、本発明は、本発明に使用される細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、乳癌である。好ましい実施形態では、癌は、乳癌である。好ましい実施形態では、癌は、ＩＶ期の乳癌である。

特定の実施形態では、本発明は、本発明に使用される細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、肺癌である。好ましい実施形態では、癌は、肺癌である。

特定の実施形態では、本発明は、本発明に使用される細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、肝臓癌である。好ましい実施形態では、癌は、肝癌（肝細胞癌）である。

特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、結腸癌である。好ましい実施形態では、癌は、結腸直腸腺癌である。

特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、癌腫である。

特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、非免疫原性癌である。

特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、扁平上皮癌、腺癌、腺腫瘍、カルチノイド腫瘍、未分化型癌腫からなる群より選択される。

特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、肝芽腫、胆管癌、胆管嚢胞腺癌、またはウイルス感染に起因する肝臓癌からなる群より選択される。

特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、浸潤性腺管癌、乳管上皮内癌、または浸潤性小葉癌からなる群より選択される。

特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む医薬組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与された時に、障害を処置するのに十分な量であり、障害は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹神経膠腫、脳腫瘍、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫、眼内メラノーマ、網膜芽腫、胆嚢癌、胃癌、胃腸カルチノイド腫瘍、胃腸管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞腫瘍、神経膠腫、小児の視覚経路及び視床下部、ホジキンリンパ腫、メラノーマ、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎細胞癌、喉頭癌、白血病、リンパ腫、中皮腫、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵癌、副甲状腺癌、咽頭癌、下垂体腺腫、形質細胞新生物、前立腺癌、腎細胞癌、網膜芽腫、肉腫、精巣癌、甲状腺癌、または子宮癌からなる群より選択される。

特定の実施形態では、本発明は、細菌株の量が組成物の重量１グラム当たり約１ｘ１０^３〜約１ｘ１０^１１コロニー形成単位である上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、組成物が１ｇ、３ｇ、５ｇ、または１０ｇの用量で投与される上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、組成物が経口、系直腸、皮下、系鼻、口内、及び舌下からなる群より選択される方法により投与される上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、及びソルビトールからなる群より選択される担体を含む上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、エタノール、グリセロール、及び水からなる群より選択される希釈剤を含む上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、デンプン、ゼラチン、グルコース、無水ラクトース、自由流動性ラクトース、β−ラクトース、トウモロコシ甘味料、アカシア、トラガカント、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、及び塩化ナトリウムからなる群より選択される賦形剤を含む上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、さらに保存剤、抗酸化剤、及び安定剤のうちの少なくとも１つを含む上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルからなる群より選択される保存剤を含む上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、組成物が約４℃または約２５℃で密閉容器内に保存され且つ容器が５０％の相対湿度を有する雰囲気中に置かれる時に、コロニー形成単位で測定された細菌株の少なくとも８０％が少なくとも約１か月、３か月、６か月、１年、１．５年、２年、２．５年、または３年の期間の後に残存する上記医薬組成物を、本発明は提供する。

一部の実施形態では、本発明の組成物は、本明細書に記載の組成物を含む密封容器で提供される。一部の実施形態では、密閉容器は、サッシェまたはボトルである。一部の実施形態では、本発明の組成物は、本明細書に記載の組成物を含むシリンジで提供される。

本発明の組成物は、一部の実施形態では、医薬製剤として提供されてもよい。例えば、組成物は、錠剤またはカプセル剤として提供されてもよい。一部の実施形態では、カプセル剤は、ゼラチンカプセル剤（「ゲルキャップ」）である。

一部の実施形態では、本発明の組成物は、経口投与される。経口投与は、化合物が胃腸管に入るように嚥下すること、及び／または、化合物が口から血流に直接入る口内、経舌、または舌下投与を含み得る。

経口投与に適する医薬製剤は、固体プラグ、固体微粒子、半固体及び液体（多相または分散システムを含む）、例えば、錠剤；マルチまたはナノ微粒子を含有するソフトまたはハードカプセル剤、液剤（例えば、水溶液）、エマルションまたは散剤；トローチ（液体充填を含む）；チュー；ゲル；急速分散剤形；フィルム；坐剤（ｏｖｕｌｅｓ）；スプレー；及び口内／粘膜付着性パッチを含む。

一部の実施形態では、医薬製剤は、腸溶性製剤、すなわち、経口投与による腸への本発明の組成物の送達に適する胃耐性製剤（例えば、胃ｐＨ耐性）である。腸溶性製剤は、細菌または組成物の別の構成成分が酸に敏感であり、例えば、胃の条件下で分解する傾向がある時に、特に有用であり得る。

一部の実施形態では、腸溶性製剤は、腸溶性コーティングを含む。一部の実施形態では、製剤は、腸溶性コーティング剤形である。例えば、製剤は、腸溶性コーティング錠剤または腸溶性コーティングカプセルなどであってよい。腸溶性コーティングは、従来の腸溶性コーティング、例えば、経口送達用の錠剤、カプセルなどに対する従来のコーティングであってよい。製剤は、薄膜コーティング、例えば、腸溶性ポリマー、例えば、酸不溶性ポリマー、の薄膜層を含んでもよい。

一部の実施形態では、腸溶性製剤は、本質的に腸溶性であり、例えば、腸溶性コーティングを必要としない胃耐性である。従って、一部の実施形態では、製剤は、腸溶性コーティングを含まない腸溶性製剤である。一部の実施形態では、製剤は、熱ゲル化材料から作製されたカプセルである。一部の実施形態では、熱ゲル化材料は、メチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、またはヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）などのセルロース材料である。一部の実施形態では、カプセルは、フィルム形成ポリマーを含有しないシェルを含む。一部の実施形態では、カプセルは、シェルを含み、シェルは、ヒドロキシプロピルメチルセルロース含み、任意のフィルム形成ポリマーを含まない（例えば、［３３］を参照のこと）。一部の実施形態では、製剤は、本質的に腸溶性カプセル（例えば、Ｃａｐｓｕｇｅｌ製Ｖｃａｐｓ（登録商標））である。

一部の実施形態では、製剤は、ソフトカプセル剤である。ソフトカプセル剤は、カプセルシェル内に存在する軟化剤、例えば、グリセロール、ソルビトール、マルチトール、及びポリエチレングリコール、の追加に起因して、一定の弾性及び柔軟性を有し得る。ソフトカプセル剤は、例えば、ゼラチンまたはデンプンに基づいて製造することができる。ゼラチン系ソフトカプセル剤は、種々の供給者から市販されている。例えば、経口または経直腸などの投与方法に応じて、ソフトカプセル剤は、種々の形状を有することができ、それらは、例えば、円形、楕円形、長円形、または魚雷型とすることができる。ソフトカプセル剤は、例えば、Ｓｃｈｅｒｅｒプロセス、Ａｃｃｏｇｅｌプロセス、または液滴もしくは吹き込みプロセスなどの従来のプロセスにより製造することができる。

培養方法
本発明に使用される細菌株は、例えば、参考文献［３４〜３６］に詳述されている標準的な微生物学技術を使用して培養することができる。

培養に使用される固体または液体培地は、ＹＣＦＡ寒天またはＹＣＦＡ培地であってよい。ＹＣＦＡ培地は、（近似値、１００ｍｌ当たり）：Ｃａｓｉｔｏｎｅ（１．０ｇ）、酵母抽出物（０．２５ｇ）、ＮａＨＣＯ_３（０．４ｇ）、システイン（０．１ｇ）、Ｋ_２ＨＰＯ_４（０．０４５ｇ）、ＫＨ_２ＰＯ_４（０．０４５ｇ）、ＮａＣｌ（０．０９ｇ）、（ＮＨ_４）_２ＳＯ_４（０．０９ｇ）、ＭｇＳＯ_４・７Ｈ_２Ｏ（０．００９ｇ）、ＣａＣｌ_２（０．００９ｇ）、レサズリン（０．１ｍｇ）、ヘミン（１ｍｇ）、ビオチン（１μｇ）、コバラミン（１μｇ）、ｐ−アミノ安息香酸（３μｇ）、葉酸（５μｇ）、及びピリドキサミン（１５μｇ）を含んでもよい。

ワクチン組成物に使用される細菌株
本発明の細菌株が癌の処置または予防に有用であることを、本発明者らは確認した。これは、本発明の細菌株が宿主の免疫系に及ぼす効果の結果である可能性が高い。従って、本発明の組成物はまた、ワクチン組成物として投与される時に、癌の予防に有用であり得る。そのような特定の実施形態では、本発明の細菌株は、生存している。そのような特定の実施形態では、本発明の細菌株は、腸で部分的または完全にコロニー形成することができる。そのような特定の実施形態では、本発明の細菌株は、生存しており、腸で部分的または完全にコロニー形成することができる。そのような他の特定の実施形態では、本発明の細菌株は、死滅、不活化、または弱毒化され得る。そのような特定の実施形態では、組成物は、ワクチンアジュバントを含み得る。特定の実施形態では、組成物は、皮下注射などの注射による投与用である。

全般
本発明の実施は、別途指示のない限り、当技術分野の範囲内で、化学、生化学、分子生物学、免疫学、及び薬理学の従来の方法を用いることになる。そのような技術は、文献で完全に説明される。例えば、参考文献［３７］及び［３８〜４４］などを参照のこと。

「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「構成される（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、例えば、Ｘを「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」組成物は、排他的にＸから構成されても、追加の何か、例えば、Ｘ＋Ｙ、を含んでもよい。

数値ｘに関する「約」という用語は、任意であり、例えば、ｘ±１０％を意味する。

「実質的に」という単語は、「完全に」を除外せず、例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくてもよい。必要な場合、「実質的に」という単語は、本発明の定義から省略されてもよい。

２つのヌクレオチド配列間の配列同一性百分率への言及は、アラインされた時、ヌクレオチドの百分率が２つの配列の比較において同じであることを意味する。このアラインメント及びパーセント相同性または配列同一性は、当該技術分野で既知のソフトウェアプログラム、例えば、参考文献［４５］のセクション７．７．１８に記載されているものを使用して決定することができる。好ましいアラインメントは、ギャップオープンペナルティー１２及びギャップ伸長ペナルティー２、ＢＬＯＳＵＭ行列６２を用いるアフィンギャップ検索を使用するＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより決定される。スミス−ウォーターマン相同性検索アルゴリズムは、参考文献［４６］に開示される。

特に記載のない限り、多数のステップを含むプロセスまたは方法は、方法の最初または最後に追加のステップを含んでも、追加の介在ステップを含んでもよい。さらに、適切であれば、ステップは、組み合わせても、省略しても、代替順序で実施してもよい。

本発明の種々の実施形態が、本明細書に記載されている。なお、各実施形態において特定された特徴が、さらなる実施形態を提供する他の特定された特徴と組み合わされ得ることが理解されるであろう。特に、好適、代表的、または好ましいと本明細書で強調された実施形態は、互いに組み合わせてもよい（それらが相互に排他的である場合を除く）。

発明を実施するための様式
実施例１−癌のマウスモデルにおける細菌接種物の有効性
概要
この研究は、腫瘍モデルにおける本発明による細菌株を含む組成物の有効性を試験した。

材料
試験物質−細菌株＃ＭＲＸ５５４。

参照物質−抗ＣＴＬＡ−４抗体（クローン：９Ｈ１０、カタログ：ＢＥ０１３１、アイソタイプ：シリアンハムスターＩｇＧ１、Ｂｉｏｘｃｅｌｌ）。

試験及び参照物質のビヒクル−細菌培地（酵母抽出物、カシトン、脂肪酸培地（ＹＣＦＡ））。マウスへの注射の日毎に、抗体をＰＢＳで希釈した（参照：ＢＥ１４−５１６Ｆ、Ｌｏｎｚａ、フランス）。

処置用量−細菌：２００μＬのＹＣＦＡ中２ｘ１０^８個。ａ−ＣＴＬＡ−４を、１０ｍｇ／ｋｇ／注射で注射した。抗ＣＴＬＡ−４を、マウスの最新の体重により１０ｍＬ／ｋｇ／投与の投与量で投与した（すなわち、体重２０ｇのマウス１匹に対して、試験物質２００μＬを投与することになる）。

投与経路−カニューレを介する経口強制飼養（経口、ＰＯ）により、細菌接種物を投与した。カニューレを毎日浄化した。抗ＣＴＬＡ−４をマウスの腹腔に注射した（腹腔内、ＩＰ）。

細菌株の培養条件−細菌株の培養条件は、以下の通りであった：
●１０ｍＬのＹＣＦＡを（調製した１０ｍＬのＥ＆Ｏラボボトルから）ハンゲートチューブにピペットで入れる
●チューブを密閉し、シリンジ投入及び排出システムを使用してＣＯ_２でフラッシュした。
●ハンゲートチューブを加圧滅菌処理する
●冷却した時に、ハンゲートチューブに、１ｍＬのグリセロールストックを接種する
●チューブを３７℃のインキュベーターに約１６時間置く。
●次の日、この継代培養１ｍＬを取り、１０ｍＬのＹＣＦＡを接種する（再度予熱されフラッシュされたハンゲートチューブ、全て２回）
●変化しない３７℃のインキュベーターに５〜６時間置く

癌細胞株及び培養条件−使用された細胞株を、下表に詳述する。

過形成乳腺腺房結節の移植後に、ＢＡＬＢ／ｃＣＲＧＬマウスで発生した移植可能なマウス乳癌から、ＥＭＴ−６細胞株を確立した［４７］。

細胞培養条件−全ての細胞株を、加湿雰囲気（５％のＣＯ_２、９５％の空気）中３７℃で単層として成長させた。培地及び補充を、下表に示す。

実験的使用のために、カルシウムまたはマグネシウムを含まないハンクス培地（参照：ＢＥ１０−５４３Ｆ、Ｌｏｎｚａ）中のトリプシン−バーゼン（参照：ＢＥ１７−１６１Ｅ、Ｌｏｎｚａ）で５分間処理することにより、接着性腫瘍細胞を培養フラスコから分離し、完全培地の添加により中和した。細胞を血球計数器で計数した。その生存率は、０．２５％のトリパンブルー排除アッセイで評価されることになる。

動物の使用−
体重及び年齢が一致する健康な雌Ｂａｌｂ／Ｃ（ＢＡＬＢ／ｃＢｙＪ）マウスを、ＥＭＴ６モデル実験のためにＣＨＡＲＬＥＳＲＩＶＥＲ（Ｌ’Ａｒｂｒｅｓｌｅｓ）から入手した。

動物を、ＦＥＬＡＳＡガイドラインに従ってＳＰＦ健康状態に維持し、実験動物の管理及び使用に関するフランス及び欧州の規制ならびにＮＲＣガイドに従う動物舎及び実験手順に従った［４８、４９］。動物は、管理された環境条件下の飼育室に保持された：温度：２２±２℃、湿度５５±１０％、光周期（１２時間明／１２時間暗）、ＨＥＰＡフィルター空気、再循環なしの１時間当たり１５回の換気。記載されているような床敷、食餌、及び水、環境及び社会エンリッチメント（群飼）を備える滅菌した十分な空間を有する動物のエンクロージャを提供した：換気ラック内の９００ｃｍ^２ケージ（参照：ｇｒｅｅｎ、Ｔｅｃｎｉｐｌａｓｔ）、Ｅｐｉｃｅａｂｅｄｄｉｎｇ（ＳＡＦＥ）、１０ｋＧｙＩｒｒａｄｉａｔｅｄｄｉｅｔ（Ａ０４−１０、ＳＡＦＥ）、免疫正常齧歯動物用完全食餌−Ｒ／Ｍ−ＨＥｘｔｒｕｄａｔｅ、水ボトルからの水。

実験計画及び処置
抗腫瘍活性、ＥＭＴ６モデル
処置スケジュール−最初の投与の開始をＤ０と考えた。Ｄ０では、Ｖｉｖｏｍａｎａｇｅｒ（登録商標）ソフトウェア（Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｅｓ、仏国クテルノン）を使用して、移植していないマウスを個々の体重に応じて９／８の群にランダム化した。Ｄ０では、マウスは、ビヒクル（培地）または細菌株を投与された。Ｄ１４では、全てのマウスに、下記のようなＥＭＴ−６腫瘍細胞を移植した。Ｄ２４では、陽性対照群のマウスは、抗ＣＴＬＡ−４抗体処置を投与された。

処置スケジュールを、下表にまとめる：

動物の監視を、下記のように実施した。

動物におけるＥＭＴ６腫瘍の誘導−Ｄ１４では、マウスの右脇腹に、２００μＬのＲＰＭＩ１６４０中のＥＭＴ−６細胞１×１０^６個を皮下注射することにより腫瘍を誘導した。

安楽死−各マウスが下記のように人道的エンドポイントに達した時、または投与開始後最大６週間後に、各マウスを安楽死させた。

動物監視
臨床監視−腫瘍の長さ及び幅を、カリパスで週２回測定し、腫瘍の体積を、この式で推定した［５０］：

人道的エンドポイント［５１］：痛み、苦痛、または困難の徴候：痛みの姿勢、痛みの顔面、行動；腫瘍は、正常体重の１０％を超えるが、２０００ｍｍ^３を超えない；歩行または栄養を妨げる腫瘍；潰瘍化した腫瘍または組織びらん；３日間連続して２０％の体重減少；体調不良、衰弱、悪液質、脱水；外部刺激に対する自発的応答が長期間ない；急性呼吸困難、貧血、著しい出血；神経学的徴候：旋回、痙攣、麻痺；体温の持続的低下；腹部膨満。

麻酔−全ての手順：手術または腫瘍接種、静脈注射、採血に、イソフルランガス麻酔を使用した。定位外科的処置に、ケタミン及びキシラジン麻酔を使用した。

鎮痛−カルプロフェンまたはマルチモーダルカルプロフェン／ブプレノルフィン鎮痛プロトコールを、外科的処置の程度に適合させた。全ての痛みを伴う手順に対して、非薬理学的ケアを提供した。さらに、主治獣医の勧めで、研究を妨害しない薬理学的ケア（局所処置）を提供した。

安楽死−過剰投薬量のガス麻酔（イソフルラン）とそれに続く頸部脱臼または瀉血により、動物の安楽死を実施した。

結果
抗腫瘍活性、ＥＭＴ６モデル
結果を図１に示す。本発明の細菌株を用いる処置は、陰性対照の両方と比較して、腫瘍体積の明らかな低減をもたらした。陽性対照はまた、予想されるように、腫瘍体積の低減をもたらした。

これらのデータは、菌株ＭＲＸ５５４が癌の処置または予防、特に、乳癌における腫瘍体積の低減に有用であり得ることを示す。

実施例２−安定性試験
本明細書に記載の細菌株を含有する本明細書に記載の組成物を、２５℃または４℃で密閉容器に保存し、容器を３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％、または９５％の相対湿度の雰囲気に置く。１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、６ヵ月、１年、１．５年、２年、２．５年、または３年後に、標準プロトコールで決定されたコロニー形成単位で測定される時、細菌株の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％が残存するものとする。

実施例３−炭水化物代謝の分析−ＭＲｘ０５５４のＡＰＩ５０ＣＨＬ分析
分析プロファイルインデックス（ＡＰＩ）試験システムは、細菌種の酵素活性をアッセイする小型化された生化学試験を含有するストリップから構成される。新規菌株の特性評価に、これらの試験を日常的に使用する。ＭＲｘ０５５４の炭水化物代謝を調査するために、ＡＰＩ５０ＣＨＬ試験を実施した。製造者の指示により、嫌気性ワークステーション内、３７℃で１６〜１８時間、１０ｍｌのＹＣＦＡブロス中で、細菌を培養した。マクファーランド標準番号２とほぼ同等の密度を達成するために、この培養物を１０ｍｌのＡＰＩＣＨＬ培地中で希釈し、この混合物１１０μｌを、一連のＡＰＩ５０ＣＨの試験ストリップ上の各カップ（ｃｕｐｕｌｅ）を接種した。試験ストリップを嫌気性ワークステーション内の３７℃で加湿したインキュベーションボックス内で４８時間インキュベートし、その後、各カップの色を記録し、陰性値、中間の陽性値、陽性値、またはあいまい値を割り当てた。

ＡＰＩ５０ＣＨＬ分析を使用して、試験されたＭＲｘ０５５４は、Ｌ−アラビノース、Ｄ−リボース、Ｄ−キシロース、Ｄ−ガラクトース、Ｄ−グルコース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン、アミグダリン、アルブチン、エスクリン、サリシン、Ｄ−セロビオース、Ｄ−マルトース、Ｄ−サッカロース（スクロース）、Ｄ−トレハロース、ゲンチオビオース、Ｄ−タガトース、及びグルコン酸カリウムの発酵に対して陽性であった（図２）。Ｄ−マンニトール、メチルα−Ｄ−グルコピラノシド、Ｄ−ラクトース、Ｄ−ラフィノース、アミドン（デンプン）、及びＤ−ツラノースに対して、中間の反応が観察された。

配列
配列番号１（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ１６ＳｒＲＮＡ遺伝子−ＡＦ０３９９００）
1 taatacatgc aagtcgaacg ctttttcttt caccggagct tgctccaccg aaagaaaaag
61 agtggcgaac gggtgagtaa cacgtgggta acctgcccat cagaagggga taacacttgg
121 aaacaggtgc taataccgta taacactatt ttccgcatgg aagaaagttg aaaggcgctt
181 ttgcgtcact gatggatgga cccgcggtgc attagctagt tggtgaggta acggctcacc
241 aaggccacga tgcatagccg acctgagagg gtgatcggcc acactgggac tgagacacgg
301 cccagactcc tacgggaggc agcagtaggg aatcttcggc aatggacgaa agtctgaccg
361 agcaacgccg cgtgagtgaa gaaggttttc ggatcgtaaa actctgttgt tagagaagaa
421 caaggatgag agtagaacgt tcatcccttg acggtatcta accagaaagc cacggctaac
481 tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggatt tattgggcgt
541 aaagcgagcg caggcggttt cttaagtctg atgtgaaagc ccccggctca accggggagg
601 gtcattggaa actgggagac ttgagtgcag aagaggagag tggaattcca tgtgtagcgg
661 tgaaatgcgt agatatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggctctctg gtctgtaact
721 gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt agtccacgcc
781 gtaaacgatg agtgctaagt gttggagggt ttccgccctt cagtgctgca gcaaacgcat
841 taagcactcc gcctggggag tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat tgacgggggc
901 ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc
961 ttgacatcct ttgaccactc tagagataga gcttcccctt cgggggcaaa gtgacaggtg
1021 gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca
1081 acccttattg ttagttgcca tcatttagtt gggcactcta gcgagactgc cggtgacaaa
1141 ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgacctgg gctacacacg
1201 tgctacaatg ggaagtacaa cgagttgcga agtcgcgagg ctaagctaat ctcttaaagc
1261 ttctctcagt tcggattgta ggctgcaact cgcctacatg aagccggaat cgctagtaat
1321 cgcggatcag cacgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac
1381 cacgagagtt tgtaacaccc gaagtcggtg aggtaacctt tttggagcca gccgcctaag
1441 gtgggataga tgattggggt gaagtcgtaa caaggtagcc gtatcggaag gtgcggctgg
1501 atcacc
配列番号２−電子配列表を参照のこと。菌株ＭＲＸ５５４ゲノム配列。配列中のＮは、コンティグ間のギャップを表す。
配列番号３（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍの菌株ＭＲＸ５５４の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子）
1 taatacatgc aagtcgaacg ctttttcttt caccggagct tgctccaccg aaagaaaaag
61 agtggcgaac gggtgagtaa cacgtgggta acctgcccat cagaagggga taacacttgg
121 aaacaggtgc taataccgta taacactatt ttccgcatgg aagaaagttg aaaggcgctt
181 ttgcgtcact gatggatgga cccgcggtgc attagctagt tggtgaggta acggctcacc
241 aaggccacga tgcatagccg acctgagagg gtgatcggcc acactgggac tgagacacgg
301 cccagactcc tacgggaggc agcagtaggg aatcttcggc aatggacgaa agtctgaccg
361 agcaacgccg cgtgagtgaa gaaggttttc ggatcgtaaa actctgttgt tagagaagaa
421 caaggatgag agtagaacgt tcatcccttg acggtatcta accagaaagc cacggctaac
481 tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggatt tattgggcgt
541 aaagcgagcg caggcggttt cttaagtctg atgtgaaagc ccccggctca accggggagg
601 gtcattggaa actgggagac ttgagtgcag aagaggagag tggaattcca tgtgtagcgg
661 tgaaatgcgt agatatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggctctctg gtctgtaact
721 gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt agtccacgcc
781 gtaaacgatg agtgctaagt gttggagggt ttccgccctt cagtgctgca gcaaacgcat
841 taagcactcc gcctggggag tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat tgacgggggc
901 ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc
961 ttgacatcct ttgaccactc tagagataga gcttcccctt cgggggcaaa gtgacaggtg
1021 gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca
1081 acccttattg ttagttgcca tcatttagtt gggcactcta gcgagactgc cggtgacaaa
1141 ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgacctgg gctacacacg
1201 tgctacaatg ggaagtacaa cgagttgcga agtcgcgagg ctaagctaat ctcttaaagc
1261 ttctctcagt tcggattgta ggctgcaact cgcctacatg aagccggaat cgctagtaat
1321 cgcggatcag cacgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac
1381 cacgagagtt tgtaacaccc gaagtcggtg aggtaacctt tttggagcca gccgcctaag
1441 gtgggataga tgattggggt gaagtcgtaa caaggtagcc gtatcggaag gtgcggctgg
1501 atcacc

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［４８］Ｐｒｉｎｃｉｐｅｄ’eｔｈｉｑｕｅｄｅｌ’ｅｘｐeｒｉｍｅｎｔａｔｉｏｎａｎｉｍａｌｅ，Ｄｉｒｅｃｔｉｖｅｎ°２０１０／６３ＣＥＥ２２ｎｄＳｅｐｔｅｍｂｅｒ２０１０，Ｄeｃｒeｔｎ°２０１３−１１８１ｓｔＦｅｂｒｕａｒｙ２０１３．
［４９］ＧｕｉｄｅｆｏｒｔｈｅＣａｒｅａｎｄＵｓｅｏｆＬａｂｏｒａｔｏｒｙＡｎｉｍａｌｓ：ＥｉｇｈｔｈＥｄｉｔｉｏｎ．ＴｈｅＮａｔｉｏｎａｌＡｃａｄｅｍｉｅｓＰｒｅｓｓ；２０１１
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［５１］Ｗｏｒｋｍａｎｅｔａｌ．（２０１０）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ．１０２：１５５５-７７．

Claims

癌を処置または予防する方法に使用するための、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたエンテロコッカスガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）を含む組成物。
組成物が、肺癌、乳癌、肝臓癌、または結腸癌を処置または予防する方法に使用するためのものである、請求項１に記載の組成物。
組成物が、腫瘍サイズを低減させるか、腫瘍成長を低減させるか、転移を予防するか、または血管新生を予防する方法に使用するためのものである、請求項１又は２に記載の組成物。
組成物が、経口投与用である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の組成物。
組成物が、１つまたは２以上の薬学的に許容される賦形剤または担体を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組成物。
細菌株が、凍結乾燥されている、請求項１〜５のいずれか１項に記載の組成物。
組成物が、エンテロコッカスガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）の単一菌株を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の組成物。
微生物コンソーシアムの一部としてエンテロコッカスガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）細菌株を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の組成物。
アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたエンテロコッカスガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）を含む、癌の処置剤または予防剤。
アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたエンテロコッカスガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）の細胞。
細胞が、癌を処置または予防する方法に使用するためのものである、請求項１０に記載の細胞。
癌を処置または予防する方法に使用するための、他の任意の種由来の細菌を含有しないか、または、僅少量もしくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む、アクセッション番号ＮＣＩＭＢ４２７６１として寄託されたエンテロコッカスガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）種の細菌株を含む組成物。