RU2017127628A - Способ и композиция для анализа клеточных компонентов - Google Patents

Способ и композиция для анализа клеточных компонентов Download PDF

Info

Publication number
RU2017127628A
RU2017127628A RU2017127628A RU2017127628A RU2017127628A RU 2017127628 A RU2017127628 A RU 2017127628A RU 2017127628 A RU2017127628 A RU 2017127628A RU 2017127628 A RU2017127628 A RU 2017127628A RU 2017127628 A RU2017127628 A RU 2017127628A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
paragraphs
reporter
cell
reporter groups
Prior art date
Application number
RU2017127628A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2717491C2 (ru
RU2017127628A3 (ru
Inventor
Кевин Л. ГУНДЕРСОН
Фрэнк Дж. СТИМЕРС
Джеффри С. ФИШЕР
Роберто РИГАТТИ
Original Assignee
Иллюмина, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иллюмина, Инк. filed Critical Иллюмина, Инк.
Publication of RU2017127628A publication Critical patent/RU2017127628A/ru
Publication of RU2017127628A3 publication Critical patent/RU2017127628A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2717491C2 publication Critical patent/RU2717491C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/149—Particles, e.g. beads
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/159—Microreactors, e.g. emulsion PCR or sequencing, droplet PCR, microcapsules, i.e. non-liquid containers with a range of different permeability's for different reaction components
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/185—Nucleic acid dedicated to use as a hidden marker/bar code, e.g. inclusion of nucleic acids to mark art objects or animals

Claims (148)

1. Способ анализа по меньшей мере двух или более анализируемых веществ единичной клетки, который включает:
(a) обеспечение наличия множества элементов, сохраняющих связность (СЕ), где каждый СЕ включает единичную клетку;
(b) проведение лизиса единичных клеток, находящихся в СЕ, при котором анализируемые вещества, находящиеся в единичной клетке, высвобождаются в СЕ;
(c) обеспечение наличия первой репортерной группы для первого анализируемого вещества, находящегося в единичной клетке в каждом СЕ;
(d) обеспечение наличия второй репортерной группы для второго анализируемого вещества, находящегося в единичной клетке в каждом СЕ;
(e) модификацию анализируемых веществ, в результате которой по меньшей мере часть первого и второго анализируемых веществ, содержащихся в СЕ, включает первую и вторую репортерные группы, соответственно;
(f) объединение СЕ, включающего анализируемые вещества, включающие репортерные группы;
(g) компартментализацию СЕ, включающего первое и второе анализируемые вещества, включающие первую и вторую репортерные группы, соответственно, с образованием множества компартментов;
(h) обеспечение наличия третьей репортерной группы для первого анализируемого вещества, включающего первую репортерную группу, в каждом СЕ;
(i) обеспечение наличия четвертой репортерной группы для второго анализируемого вещества, включающего вторую репортерную группу, в каждом СЕ;
(j) дополнительную модификацию анализируемых веществ, в результате которой по меньшей мере часть первых анализируемых веществ включает первую и третью репортерные группы, а по меньшей мере часть вторых анализируемых веществ включает вторую и четвертую репортерные группы;
(j) анализ анализируемых веществ, включающих репортерные группы, в каждом компартменте, причем в проводимом анализе производят обнаружение анализируемых веществ единичной клетки.
2. Способ по п. 1, в котором первая и вторая репортерные группы идентифицируют источник анализируемых веществ.
3. Способ по п. 1, в котором комбинация репортерных групп идентифицирует источник анализируемых веществ.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором определение анализируемых веществ производят одновременно.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором первое анализируемое вещество представляет собой геномную ДНК, а второе анализируемое вещество представляет собой кДНК или РНК.
6. Способ по п. 5, в котором модификацию по меньшей мере части геномной ДНК, кДНК или РНК с целью включения первой и второй репортерных групп включает приведение в контакт геномной ДНК, кДНК или РНК со множеством транспосом, причем каждая транспосома включает транспозазу и последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу или вторую репортерную группу, в таких условиях, при которых по меньшей мере часть последовательностей транспозона встраиваются в геномную ДНК, кДНК или РНК.
7. Способ по п. 6, в котором этап (g) дополнительно включает удаление транспозазы из геномной ДНК, кДНК или РНК.
8. Способ по п. 7, в котором транспозазу удаляют после проведения модификации анализируемых веществ при выполнении этапа (е).
9. Способ по п. 8, в котором удаление транспозазы включает способ, выбранный из группы, состоящей из добавления моющего средства, изменения температуры, изменения рН, добавления протеазы, добавления шаперона, изменения концентрации соли и добавления полимеразы, замещающей цепь.
10. Способ по п. 6, в котором этап (е) включает приведение в контакт целевой нуклеиновой кислоты со множеством транспосом, где каждый транспозон включает первую последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, вторая последовательность транспозона не составляет непрерывной последовательности с первой последовательностью транспозона, и транспозаза связана с первой последовательностью транспозона и второй последовательностью транспозона.
11. Способ по любому из пп. 6-10, в котором первая последовательность транспозона включает первый участок связывания праймера, а вторая последовательность транспозона включает второй участок связывания праймера.
12. Способ по п. 13, в котором первый участок связывания праймера дополнительно включает первый штрих-код, и второй участок связывания праймера дополнительно включает второй штрих-код.
13. Способ по любому из пп. 1-12, в котором первая, вторая, третья или четвертая репортерная группа включает штрих-код.
14. Способ по п. 1, в котором одно анализируемое вещество представляет собой белок, и белок необязательно представляет собой белок, меченый репортерной группой на основе нуклеиновой кислоты, и дополнительно необязательно репортерная группа на основе нуклеиновой кислоты включает полученный комбинаторным образом набор штрих-кодов.
15. Способ по п. 14, в котором белок представляет собой белок единичной клетки.
16. Способ по любому из пп. 1-15, в котором этапы (c)-(j) повторяют по меньшей мере еще один раз.
17. Способ по п. 16, в котором дополнительные репортерные группы в каждом из дополнительных этапов отличаются от первой, второй, третьей и четвертой репортерных групп.
18. Способ анализа анализируемых веществ, который включает:
(a) обеспечение наличия элементов, сохраняющих связность (СЕ), где каждый СЕ включает по меньшей мере одно анализируемое вещество;
(b) компартментализацию СЕ, включающего по меньшей мере одно анализируемое вещество с образованием множества первых компартментов;
(c) обеспечение наличия первого набора репортерных групп для анализируемого вещества каждого СЕ в первом компартменте, где первый набор репортерных групп идентифицирует СЕ;
(d) такую модификацию анализируемого вещества, при которой по меньшей мере часть анализируемых веществ СЕ включают первую репортерную группу;
(e) объединение СЕ, включающего анализируемое вещество, включающее первую репортерную группу;
(f) компартментализацию СЕ, включающего анализируемое вещество, включающее первую репортерную группу, с образованием множества вторых компартментов;
(g) обеспечение наличия второго набора репортерных групп для анализируемого вещества, включающего первую репортерную группу каждого СЕ;
(h) такую дополнительную модификацию анализируемого вещества, при которой по меньшей мере часть анализируемых веществ включают вторую репортерную группу;
(i) анализ анализируемого вещества, включающего первую и вторую репортерные группы, в каждом из вторых компартментов.
19. Способ по п. 18, в котором анализируемое вещество включает нуклеиновую кислоту.
20. Способ по п. 19, в котором нуклеиновая кислота включает ДНК.
21. Способ по п. 20, в котором ДНК включает геномную ДНК.
22. Способ по п. 19, в котором нуклеиновая кислота включает РНК или кДНК.
23. Способ по п. 18, в котором анализируемое вещество выбрано из группы, состоящей из среза ткани, органеллы, липида, углевода и продукта метаболизма клетки.
24. Способ по п. 19, в котором этап (d) включает приведение в контакт нуклеиновой кислоты с множеством транспосом, каждая из которых включает транспозазу и последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, в условиях, при которых по меньшей мере часть последовательностей транспозона встраиваются в целевую нуклеиновую кислоту.
25. Способ по п. 19, в котором этап (d) включает приведение в контакт целевой нуклеиновой кислоты с множеством транспосом, где каждый транспозон включает первую последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, вторая последовательность транспозона не составляет непрерывной последовательности с первой последовательностью транспозона, и транспозаза связана с первой последовательностью транспозона и второй последовательностью транспозона.
26. Способ по п. 19, в котором этап (f) включает удаление транспозазы из компартментализованных первых проиндексированных матричных нуклеиновых кислот.
27. Способ по п. 26, в котором удаление транспозазы производят после проведения этапа (d).
28. Способ по п. 26, в котором удаление транспозазы производят до проведения этапа (i).
29. Способ по п. 26, в котором удаление транспозазы включает способ, выбранный из группы, состоящей из добавления моющего средства, изменения температуры, изменения рН, добавления протеазы, добавления шаперона, изменения концентрации соли и добавления полимеразы, замещающей цепь.
30. Способ по любому из пп. 24-29, в котором первая последовательность транспозона включает первый участок связывания праймера, а вторая последовательность транспозона включает второй участок связывания праймера.
31. Способ по п. 30, в котором первый участок связывания праймера дополнительно включает первый штрих-код, а второй участок связывания праймера дополнительно включает второй штрих-код.
32. Способ по п. 18, в котором первая репортерная группа включает праймер, и в котором этап (d) включает амплификацию нуклеиновой кислоты с участием по меньшей мере одного праймера.
33. Способ по п. 18, в котором первая репортерная группа включает праймер, и в котором этап (d) включает лигирование нуклеиновой кислоты с участием по меньшей мере одного праймера.
34. Способ по любому из пп. 18-33, в котором первая репортерная группа, доставляемая к анализируемому веществу каждого из первых компартментов, отличается от других.
35. Способ по любому из пп. 18-34, в котором анализируемые вещества представляют собой компоненты единичной клетки, где каждая из первых и/или вторых репортерных групп уникальна для первой клетки, и где первая и/или вторая репортерные группы идентифицируют единичную клетку.
36. Способ по любому из пп. 18-35, в котором на этапе (с), дополнительно вводят в СЕ плазмиду, и при этом при проведении этапов (d)-(h) эту плазмиду подвергают модифицикации для включения в нее первой и/или второй репортерных групп, и плазмида включает первую или вторую репортерные группы, идентифицирующие СЕ.
37. Способ по п. 18, в котором анализируемое вещество представляет собой белок.
38. Способ по п. 37, в котором белок представляет собой белок из единичной клетки.
39. Способ по любому из пп. 18-37, в котором этапы (c)-(h) повторяют по меньшей мере еще один раз.
40. Способ по п. 39, в котором дополнительные наборы репортерных групп в каждом из дополнительных этапов отличаются от первого и второго наборов репортерных групп.
41. Способ по п. 18, в котором анализируемое вещество представляет собой мРНК или кДНК.
42. Способ по п. 41, в котором мРНК или кДНК представляет собой мРНК или кДНК единичной клетки.
43. Способ по любому из пп. 41 и 42, в котором СЕ включает твердую подложку, на которой может быть иммобилизована мРНК или кДНК.
44. Способ по п. 43, в котором твердая подложка включает олигонуклеотидные (dT) зонды, иммобилизованные на твердой подложке.
45. Способ по любому из пп. 41-44, в котором первый набор репортерных групп включает первую последовательность штрих-кода.
46. Способ по любому из пп. 41-45, в котором второй набор репортерных групп включает вторую последовательность штрих-кода.
47. Способ по любому из пп. 41-44, в котором этап (d) включает приведение в контакт нуклеиновой кислоты с множеством транспосом, каждая из которых включает транспозазу и последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, в условиях, при которых по меньшей мере часть последовательностей транспозона встраивается в целевую нуклеиновую кислоту.
48. Способ по любому из пп. 41-44, в котором этап (d) включает приведение в контакт целевой нуклеиновой кислоты с множеством транспосом, где каждый транспозон включает первую последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, вторая последовательность транспозона не составляет непрерывной последовательности с первой последовательностью транспозона, и транспозаза связана с первой последовательностью транспозона и второй последовательностью транспозона.
49. Способ по любому из пп. 47 и 48, в котором этап (f) включает удаление транспозазы из компартментализованных первых проиндексированных матричных нуклеиновых кислот.
50. Способ по п. 49, в котором удаление транспозазы производят после проведения этапа (d).
51. Способ по п. 49, в котором удаление транспозазы производят до проведения этапа (i).
52. Способ по п. 49, в котором удаление транспозазы включает способ, выбранный из группы, состоящей из добавления моющего средства, изменения температуры, изменения рН, добавления протеазы, добавления шаперона, изменения концентрации соли и добавления полимеразы, замещающей цепь.
53. Способ по любому из пп. 41-52, в котором первая и вторая репортерные группы идентифицируют источник анализируемых веществ.
54. Способ по любому из пп. 41-52, в котором комбинация репортерных групп идентифицирует источник анализируемых веществ.
55. Способ по пп. 41-54, в котором этапы (d)-(i) повторяют по меньшей мере еще один раз.
56. Способ по п. 55, в котором дополнительные наборы репортерных групп в каждом из дополнительных этапов отличаются от первого и второго наборов репортерных групп.
57. Способ по любому из пп. 1-56, в котором единичная клетка связана с заболеванием.
58. Способ по п. 57, в котором единичная клетка связана с раковым заболеванием.
59. Способ по п. 57, в котором единичная клетка связана с генетическим заболеванием.
60. Способ получения информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты, содержащейся в единичной клетке, который включает:
a) введение клеточной суспензии в первый капельный манипулятор;
b) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для такого дозирования множества капель, включающих клеточную суспензию, при котором каждая капля включает единичную клетку;
c) введение буфера лизиса клеток во второй капельный манипулятор;
c) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих буфер лизиса клеток;
d) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель буфера лизиса клеток и множества капель клеточной суспензии, что приводит к получению множества капель лизата клеток;
e) введение раствора реагента, включающего первую репортерную группу и ферменты, в третий капельный манипулятор, где по меньшей мере один фермент обладает способностью вводить первую репортерную группу в целевую нуклеиновую кислоту, и при этом первая репортерная группа идентифицирует единичную клетку;
f) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих раствор реагента;
g) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель лизата клеток с каплями реагента, которое приводит к образованию множества капель, включающих первую репортерную группу, в котором репортерные группы введены в нуклеиновые кислоты, содержащиеся в каплях клеточного лизата;
h) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих промывной раствор;
i) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель, включающих первую репортерную группу, с каплями промывного раствора, что приводит к удалению фермента, остающегося после реакции, из нуклеиновой кислоты и образованию множества капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, причем целевая нуклеиновая кислота включает первую репортерную группу;
(j) по меньшей мере однократное повторение этапов (e)-(i), в котором последующие растворы реагентов включают репортерные группы, отличающиеся от первой репортерной группы, что приводит к образованию множества капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп;
(k) получение информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты, включающей одну или более репортерных групп, и сопоставление информации о последовательности с единичной клеткой.
61. Способ по п. 60, дополнительно включающий:
(l) введение в капельный манипулятор раствора реагента для мечения белка, включающего метки, специфичные для белков;
(m) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих раствор реагента для мечения белка;
(n) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества растворов реагента для мечения белка с множеством капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп, где по меньшей мере часть белков из единичной клетки включает метку, уникальную для единичной клетки, и идентификацию по меньшей мере части белков, включающих метки.
62. Способ по п. 61, в котором способ получения информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты осуществляют одновременно с идентификацией по меньшей мере части белков, включающих метки.
63. Способ по любому из пп. 60-62, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой РНК.
64. Способ по любому из пп. 60-62, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой ДНК.
65. Способ по п. 64, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой геномную ДНК.
66. Способ по любому из пп. 60-62, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой и РНК, и ДНК.
67. Способ по любому из пп. 60-66, в котором первая репортерная группа введена в целевую нуклеиновую кислоту посредством лигирования.
68. Способ по любому из пп. 60-67, дополнительно включающий:
(i) введение раствора реагента, включающего репортерные группы, специфичные для продуктов метаболизма клетки, в капельный манипулятор;
(ii) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель реагента, включающего репортерные группы, специфичные для продуктов метаболизма клетки;
(iii) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель реагента с множеством капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп, где по меньшей мере часть продуктов метаболизма клетки, получаемых из единичной клетки, включает репортерную группу, уникальную для единичной клетки, и идентификацию по меньшей мере части продуктов метаболизма клетки.
69. Способ получения информации о последовательности из клеточной нуклеиновой кислоты, который включает:
(a) нанесение одной или более клеток на твердую подложку, где твердая подложка включает группы, иммобилизующие клетки, и в результате такого нанесения одна или более клеток оказываются иммобилизованными на твердой подложке;
(b) проведение лизиса клеток, иммобилизованных на твердой подложке, с образованием клеточного лизата;
(c) обеспечение наличия репортерной группы для нуклеиновой кислоты, содержащейся в клеточном лизате, и модификацию нуклеиновой кислоты с образованием нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу;
(d) получение информации о последовательности из нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу.
70. Способ по п. 69, в котором нуклеиновая кислота представляет собой геномную ДНК.
71. Способ по п. 69, в котором нуклеиновая кислота представляет собой РНК.
72. Способ по п. 71, дополнительно включающий обратную транскрипцию РНК в кДНК.
73. Способ по любому из пп. 69-72, дополнительно включающий обеспечение наличия дополнительных репортерных групп для нуклеиновой кислоты этапа (с), включающей первую репортерную группу, и модификацию нуклеиновой кислоты этапа (с) с целью дополнительного включения одной или более дополнительных репортерных групп.
74. Способ по п. 73, в котором дополнительные репортерные группы отличаются от первой репортерной группы.
75. Способ по любому из пп. 69-74, в котором первая репортерная группа уникальна для каждой клетки, что позволяет идентифицировать клеточный источник нуклеиновой кислоты, включающей первый индекс.
76. Способ по любому из пп. 69-75, в котором нуклеиновая кислота представляет собой нуклеиновую кислоту из единичной клетки.
77. Способ по любому из пп. 69-76, в котором нуклеиновая кислота представляет собой и РНК, и ДНК.
78. Способ по любому из пп. 69-77, в котором твердая подложка выбрана из группы, состоящей из проточных ячеек, гранул и микролунок.
79. Способ по любому из пп. 69-78, в котором группы, иммобилизующие клетки, представляют собой антитела, где антитела связываются с белками клеточной поверхности.
80. Способ по п. 69, в котором антитела представляют собой моноклональные антитела.
81. Способ по любому из пп. 61 и 62, в котором антитела специфично связываются с белками клеточной поверхности, специфичными для раковых клеток.
82. Способ по любому из пп. 69-81, дополнительно включающий воздействие на клеточный лизат меток, специфичных для белков, где по меньшей мере часть белка клетки включает метку, уникальную для клетки, и идентификацию по меньшей мере части белков, включающих метки.
83. Способ по п. 82, в котором идентификация по меньшей мере части белков, включающих метки, и получение информации о последовательности из клеточной нуклеиновой кислоты производят одновременно.
84. Способ по любому из пп. 69-83, в котором одна или более репортерные группы включают по меньшей мере один штрих-код.
85. Способ по любому из пп. 69-84, в котором одна или более репортерные группы включают участок связывания праймера.
86. Способ по любому из пп. 69-85, в котором модификацию нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу, производят лигированием.
87. Способ по любому из пп. 69-84, в котором модификацию нуклеиновой кислоты, включающей одну или более дополнительных репортерных групп, производят лигированием.
88. Способ по любому из пп. 69-87, в котором модифицированную нуклеиновую кислоту, включающую первую репортерную группу, подвергают амплификации до получения информации о последовательности.
89. Способ по любому из пп. 69-88, в котором модифицированную нуклеиновую кислоту, включающую две или более репортерные группы, подвергают амплификации до получения информации о последовательности.
90. Способ по любому из пп. 69-88, в котором по меньшей мере часть клеток связана с заболеванием.
91. Способ по п. 90, в котором по меньшей мере часть клеток связана с раковым заболеванием.
92. Способ анализа клеточных компонентов, включающий
(a) нанесение одной или более клеток на твердую подложку, где твердая подложка включает группы, иммобилизующие клетки, и в результате такого нанесения одна или более клеток оказываются иммобилизованными на твердой подложке;
(b) проведение лизиса клеток, иммобилизованных на твердой подложке, с образованием клеточного лизата;
(c) включение одной или более репортерных групп в клеточный лизат, в результате чего одно или более анализируемых веществ, находящихся в клеточном лизате, включают одну или более репортерных групп, и при этом одна или более репортерных групп идентифицирует клетку;
(d) анализ анализируемых веществ, включающих одну или более репортерных групп, причем такой анализ позволяет идентифицировать клетки и обнаруживать компоненты клетки.
93. Способ по п. 92, в котором единичные клетки иммобилизованы на твердой подложке.
94. Способ по любому из пп. 92 и 93, в котором в котором твердая подложка выбрана из группы, состоящей из проточных ячеек, гранул и микролунок.
95. Способ по любому из пп. 92-94, в котором группы, иммобилизующие клетки, представляют собой антитела, где антитела связываются с белками клеточной поверхности.
96. Способ по п. 95, в котором антитела представляют собой моноклональные антитела.
97. Способ по любому из пп. 95 и 96, в котором антитела специфично связываются с белками клеточной поверхности, специфичными для раковых клеток.
98. Способ по п. 90, в котором анализируемые вещества выбраны из группы, состоящей из белка, нуклеиновой кислоты, органелл, липидов, углеводов, продуктов метаболизма клетки.
99. Способ по любому из пп. 1-13, в котором первая, вторая, третья или четвертая репортерные группы включают участок связывания праймера.
100. Способ по любому из пп. 1-17, в котором первое, второе или оба анализируемых вещества представляют собой нуклеиновые кислоты.
101. Способ по п. 100, в котором перед проведением анализа нуклеиновые кислоты, включающие репортерные группы, подвергают амплификации.
102. Способ по любому из пп 100 и 101, в котором анализ нуклеиновой кислоты производят секвенированием.
RU2017127628A 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов RU2717491C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562114505P 2015-02-10 2015-02-10
US62/114,505 2015-02-10
PCT/US2016/017391 WO2016130704A2 (en) 2015-02-10 2016-02-10 Methods and compositions for analyzing cellular components

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020110764A Division RU2761432C2 (ru) 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2017127628A true RU2017127628A (ru) 2019-03-12
RU2017127628A3 RU2017127628A3 (ru) 2019-03-12
RU2717491C2 RU2717491C2 (ru) 2020-03-23

Family

ID=55587329

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017127628A RU2717491C2 (ru) 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов
RU2020110764A RU2761432C2 (ru) 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020110764A RU2761432C2 (ru) 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов

Country Status (14)

Country Link
US (2) US11634707B2 (ru)
EP (2) EP3256604B1 (ru)
JP (1) JP7001475B2 (ru)
KR (3) KR20200020997A (ru)
CN (3) CN117106871A (ru)
AU (2) AU2016219328B2 (ru)
BR (1) BR112017017025B1 (ru)
CA (2) CA2975739C (ru)
DK (1) DK3256604T3 (ru)
ES (1) ES2786652T3 (ru)
PT (1) PT3256604T (ru)
RU (2) RU2717491C2 (ru)
SG (2) SG11201706504RA (ru)
WO (1) WO2016130704A2 (ru)

Families Citing this family (116)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2012242847B2 (en) 2011-04-15 2017-01-19 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
US10323279B2 (en) 2012-08-14 2019-06-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10400280B2 (en) 2012-08-14 2019-09-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US11591637B2 (en) 2012-08-14 2023-02-28 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
ES2886507T3 (es) 2012-10-29 2021-12-20 Univ Johns Hopkins Prueba de Papanicolaou para cánceres de ovario y de endometrio
EP3567116A1 (en) 2012-12-14 2019-11-13 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10533221B2 (en) 2012-12-14 2020-01-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
KR102190198B1 (ko) 2013-02-08 2020-12-14 10엑스 제노믹스, 인크. 폴리뉴클레오티드 바코드 생성
EP3102722B1 (en) 2014-02-04 2020-08-26 Jumpcode Genomics, Inc. Genome fractioning
MX2016016902A (es) 2014-06-26 2017-03-27 10X Genomics Inc Metodos para analizar acidos nucleicos de celulas individuales o poblaciones de celulas.
US9975122B2 (en) 2014-11-05 2018-05-22 10X Genomics, Inc. Instrument systems for integrated sample processing
CN112782140A (zh) 2014-12-03 2021-05-11 伊索普莱西斯公司 细胞分泌特征的分析和筛选
SG11201705615UA (en) 2015-01-12 2017-08-30 10X Genomics Inc Processes and systems for preparing nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same
EP3262407B1 (en) 2015-02-24 2023-08-30 10X Genomics, Inc. Partition processing methods and systems
WO2016138292A1 (en) * 2015-02-25 2016-09-01 Igenomx International Genomics Corporation Methods and compositions for in silico long read sequencing
WO2017027653A1 (en) 2015-08-11 2017-02-16 The Johns Hopkins University Assaying ovarian cyst fluid
US11371094B2 (en) 2015-11-19 2022-06-28 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides
US11339427B2 (en) 2016-02-12 2022-05-24 Jumpcode Genomics, Inc. Method for target specific RNA transcription of DNA sequences
KR20230047506A (ko) 2016-05-02 2023-04-07 엔코디아, 인코포레이티드 암호화 핵산을 사용한 거대분자 분석
WO2017197338A1 (en) 2016-05-13 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic systems and methods of use
US10894990B2 (en) 2016-05-17 2021-01-19 Shoreline Biome, Llc High throughput method for identification and sequencing of unknown microbial and eukaryotic genomes from complex mixtures
US11708574B2 (en) 2016-06-10 2023-07-25 Myriad Women's Health, Inc. Nucleic acid sequencing adapters and uses thereof
JP7155021B2 (ja) 2016-07-22 2022-10-18 オレゴン ヘルス アンド サイエンス ユニヴァーシティ 単細胞全ゲノムライブラリおよびそれを作成する組み合わせインデックス付加方法
WO2018057779A1 (en) * 2016-09-23 2018-03-29 Jianbiao Zheng Compositions of synthetic transposons and methods of use thereof
EP3518974A4 (en) 2016-09-29 2020-05-27 Myriad Women's Health, Inc. NON-INVASIVE PRENATAL SCREENING USING DYNAMIC ITERATIVE DEEP OPTIMIZATION
DK3538891T3 (da) 2016-11-11 2022-03-28 Isoplexis Corp Sammensætninger og fremgangsmåder til samtidig genomisk, transkriptomisk og proteomisk analyse af enkeltceller
CN110226084A (zh) 2016-11-22 2019-09-10 伊索普莱克西斯公司 用于细胞捕获的系统、装置和方法，以及其制造方法
US10550429B2 (en) 2016-12-22 2020-02-04 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10815525B2 (en) 2016-12-22 2020-10-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10011872B1 (en) 2016-12-22 2018-07-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
SG10201911905QA (en) * 2016-12-29 2020-01-30 Illumina Inc Analysis system for orthogonal access to and tagging of biomolecules in cellular compartments
US10894979B2 (en) 2017-01-27 2021-01-19 Integrated Dna Technologies, Inc. Construction of next generation sequencing (NGS) libraries using competitive strand displacement
EP3573646B1 (en) * 2017-01-27 2022-02-23 Integrated DNA Technologies, Inc. Construction of next generation sequencing (ngs) libraries using competitive strand displacement
EP4029939B1 (en) 2017-01-30 2023-06-28 10X Genomics, Inc. Methods and systems for droplet-based single cell barcoding
WO2018144216A1 (en) * 2017-01-31 2018-08-09 Counsyl, Inc. Methods and compositions for enrichment of target polynucleotides
US10752946B2 (en) 2017-01-31 2020-08-25 Myriad Women's Health, Inc. Methods and compositions for enrichment of target polynucleotides
US10995333B2 (en) 2017-02-06 2021-05-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation
MX2018015529A (es) * 2017-02-21 2019-05-16 Illumina Inc Etiquetado utilizando transposomas inmovilizados con ligadores.
CA3057589A1 (en) 2017-03-24 2018-09-27 Counsyl, Inc. Copy number variant caller
EP3615692A1 (en) 2017-04-23 2020-03-04 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
WO2018200386A1 (en) 2017-04-23 2018-11-01 Illumina, Inc. Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
EP3913053A1 (en) 2017-04-23 2021-11-24 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
ES2929837T3 (es) 2017-04-23 2022-12-02 Illumina Cambridge Ltd Composiciones y métodos para mejorar la identificación de muestras en bibliotecas de ácidos nucleicos indexados
US11028435B2 (en) 2017-05-01 2021-06-08 Illumina, Inc. Optimal index sequences for multiplex massively parallel sequencing
US20180320173A1 (en) * 2017-05-05 2018-11-08 Scipio Bioscience Methods for trapping and barcoding discrete biological units in hydrogel
AU2018266377A1 (en) 2017-05-08 2019-11-14 Illumina, Inc. Universal short adapters for indexing of polynucleotide samples
RU2019142713A (ru) 2017-05-23 2021-06-24 Президент Энд Фэллоуз Оф Харвард Коллидж Мультиплексная амплификация нуклеиновых кислот с введением концевых меток
US10844372B2 (en) 2017-05-26 2020-11-24 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
CN109526228B (zh) 2017-05-26 2022-11-25 10X基因组学有限公司 转座酶可接近性染色质的单细胞分析
EP4293122A3 (en) 2017-06-07 2024-01-24 Oregon Health & Science University Single cell whole genome libraries for methylation sequencing
WO2019027767A1 (en) 2017-07-31 2019-02-07 Illumina Inc. SEQUENCING SYSTEM COMPRISING AGGREGATION OF MULTIPLEXED BIOLOGICAL SAMPLES
US11352668B2 (en) 2017-08-01 2022-06-07 Illumina, Inc. Spatial indexing of genetic material and library preparation using hydrogel beads and flow cells
JP7232476B2 (ja) 2017-08-07 2023-03-08 ザ ジョンズ ホプキンス ユニバーシティ がんを評価及び治療するための方法及び物質
DK4060041T3 (da) * 2017-09-25 2024-04-02 Fred Hutchinson Cancer Center High efficiency targeted in situ genome-wide profiling
US10590244B2 (en) 2017-10-04 2020-03-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
US10837047B2 (en) 2017-10-04 2020-11-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
SG11202003924YA (en) 2017-10-31 2020-05-28 Encodia Inc Kits for analysis using nucleic acid encoding and/or label
EP3625361A1 (en) 2017-11-15 2020-03-25 10X Genomics, Inc. Functionalized gel beads
US10829815B2 (en) 2017-11-17 2020-11-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles
NZ759656A (en) * 2018-01-08 2022-07-01 Illumina Inc Systems and devices for high-throughput sequencing with semiconductor-based detection
WO2019157529A1 (en) 2018-02-12 2019-08-15 10X Genomics, Inc. Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
EP4083225A1 (en) 2018-02-13 2022-11-02 Illumina, Inc. Dna sequencing using hydrogel beads
US11639928B2 (en) 2018-02-22 2023-05-02 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations
US20190367909A1 (en) 2018-04-02 2019-12-05 Illumina, Inc. Compositions and methods for making controls for sequence-based genetic testing
EP3775271A1 (en) 2018-04-06 2021-02-17 10X Genomics, Inc. Systems and methods for quality control in single cell processing
KR20200026250A (ko) * 2018-04-20 2020-03-10 일루미나, 인코포레이티드 단일 세포를 캡슐화하는 방법, 캡슐화된 세포 및 이의 용도
JP6877804B2 (ja) * 2018-05-07 2021-05-26 ｂｉｔＢｉｏｍｅ株式会社 シングルセル解析を行う方法およびそのための装置
DK3810774T3 (da) * 2018-06-04 2023-12-11 Illumina Inc Enkeltcelletransskriptom-biblioteker med højt throughput og fremgangsmåder til fremstilling og anvendelse
US11703427B2 (en) 2018-06-25 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for cell and bead processing
US20200032335A1 (en) 2018-07-27 2020-01-30 10X Genomics, Inc. Systems and methods for metabolome analysis
SG11202102703VA (en) 2018-10-26 2021-04-29 Illumina Inc Modulating polymer beads for dna processing
WO2020096015A1 (ja) * 2018-11-07 2020-05-14 国立大学法人 東京大学 １種以上の被検物質と共存した細胞のゲノム関連情報を検出する方法
CN109540855B (zh) * 2018-11-07 2021-03-23 沈阳化工大学 一种荧光金壳磁性椭球的制备方法
FI3887540T3 (fi) * 2018-11-30 2023-09-14 Illumina Inc Useiden analyyttien analyysi käyttäen yhtä määritystä
SG11202012762WA (en) 2018-12-05 2021-01-28 Illumina Cambridge Ltd Methods and compositions for cluster generation by bridge amplification
US11459607B1 (en) 2018-12-10 2022-10-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes
CN112739830A (zh) 2018-12-18 2021-04-30 伊卢米纳剑桥有限公司 使用单一表面引物进行配对末端测序的方法和组合物
WO2020132103A1 (en) 2018-12-19 2020-06-25 Illumina, Inc. Methods for improving polynucleotide cluster clonality priority
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
TW202045709A (zh) 2019-01-29 2020-12-16 美商伊路米納有限公司 流體槽
TW202043486A (zh) 2019-01-29 2020-12-01 美商伊路米納有限公司 定序套組
TW202100247A (zh) 2019-01-29 2021-01-01 美商伊路米納有限公司 流通槽
WO2020163174A1 (en) 2019-02-04 2020-08-13 Illumina, Inc. Microfluidic droplet generators
US11851683B1 (en) 2019-02-12 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods and systems for selective analysis of cellular samples
AU2020232618A1 (en) 2019-03-01 2021-04-08 Illumina, Inc. High-throughput single-nuclei and single-cell libraries and methods of making and of using
AU2020266530A1 (en) 2019-04-29 2021-04-08 Illumina, Inc. Identification and analysis of microbial samples by rapid incubation and nucleic acid enrichment
JP2022530966A (ja) 2019-04-30 2022-07-05 エンコディア， インコーポレイテッド 分析物を調製するための方法および関連キット
US11137385B2 (en) 2019-05-31 2021-10-05 Illumina, Inc. Obtaining information from a biological sample in a flow cell
CN111088331B (zh) * 2019-12-16 2023-04-14 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 一种基于压电声波传感器的单分子测序方法
BR112021019640A2 (pt) 2019-12-19 2022-06-21 Illumina Inc Bibliotecas de células únicas de alto rendimento e métodos de preparo e uso
KR20230035237A (ko) 2020-05-12 2023-03-13 일루미나, 인코포레이티드 재조합 말단 데옥시뉴클레오티딜 트랜스퍼라제를 사용하여 변형된 염기를 갖는 핵산의 생성
WO2021252617A1 (en) 2020-06-09 2021-12-16 Illumina, Inc. Methods for increasing yield of sequencing libraries
AU2021299216A1 (en) 2020-06-30 2022-12-08 Illumina, Inc. Catalytically controlled sequencing by synthesis to produce scarless DNA
MX2023000345A (es) 2020-07-08 2023-02-13 Illumina Inc Globulos como portadores de transposomas.
WO2022036273A1 (en) * 2020-08-14 2022-02-17 Factorial Diagnostics, Inc. In situ library preparation for sequencing
JP2023537850A (ja) 2020-08-18 2023-09-06 イルミナ インコーポレイテッド 核酸の配列特異的標的化転位並びに選択及び選別
IL301694A (en) * 2020-10-15 2023-05-01 Univ Leland Stanford Junior Discovery and analysis of structural changes in genomes
KR102576409B1 (ko) * 2021-01-18 2023-09-08 충남대학교병원 알지네이트 비드 매개의 세포절편 제작방법
WO2022182682A1 (en) 2021-02-23 2022-09-01 10X Genomics, Inc. Probe-based analysis of nucleic acids and proteins
KR102526386B1 (ko) * 2021-03-19 2023-05-02 충남대학교병원 알지네이트와 pva 복합비드를 매개로 하는 세포절편 제작방법
EP4359555A1 (en) 2021-06-23 2024-05-01 Illumina, Inc. Compositions, methods, kits, cartridges, and systems for sequencing reagents
WO2023086847A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 Encodia, Inc. Methods for barcoding macromolecules in individual cells
CN117813397A (zh) 2021-12-21 2024-04-02 因美纳有限公司 蜡-微球基质组合物及其制备和使用方法
US20230203562A1 (en) 2021-12-28 2023-06-29 Encodia, Inc. High-throughput serotyping and antibody profiling assays
AU2022424380A1 (en) 2021-12-29 2024-01-18 Illumina, Inc. Methods of nucleic acid sequencing using surface-bound primers
CA3223722A1 (en) 2022-04-07 2023-10-12 Illumina, Inc. Altered cytidine deaminases and methods of use
WO2023209606A1 (en) 2022-04-29 2023-11-02 Illumina Cambridge Limited Methods and systems for encapsulating lyophilised microspheres
EP4272764A1 (en) 2022-05-03 2023-11-08 Scipio Bioscience Method of complexing biological units with particles
GB202208728D0 (en) * 2022-06-14 2022-07-27 Cambridge Entpr Ltd Methods for spatial genomic, epigenomic and multi-omic profiling using transposases and light-activated spatial barcoding
US20240003886A1 (en) * 2022-06-15 2024-01-04 Quantum-Si Incorporated Directed protein evolution
WO2024069581A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina Singapore Pte. Ltd. Helicase-cytidine deaminase complexes and methods of use
WO2024073047A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Cytidine deaminases and methods of use in mapping modified cytosine nucleotides
WO2024073043A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Methods of using cpg binding proteins in mapping modified cytosine nucleotides

Family Cites Families (92)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
WO1991006678A1 (en) 1989-10-26 1991-05-16 Sri International Dna sequencing
US5386023A (en) 1990-07-27 1995-01-31 Isis Pharmaceuticals Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US5644048A (en) 1992-01-10 1997-07-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Process for preparing phosphorothioate oligonucleotides
US5637684A (en) 1994-02-23 1997-06-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Phosphoramidate and phosphorothioamidate oligomeric compounds
US5677170A (en) 1994-03-02 1997-10-14 The Johns Hopkins University In vitro transposition of artificial transposons
US5846719A (en) 1994-10-13 1998-12-08 Lynx Therapeutics, Inc. Oligonucleotide tags for sorting and identification
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
EP3034626A1 (en) 1997-04-01 2016-06-22 Illumina Cambridge Limited Method of nucleic acid sequencing
US6969488B2 (en) 1998-05-22 2005-11-29 Solexa, Inc. System and apparatus for sequential processing of analytes
CA2256128A1 (en) 1998-12-29 2000-06-29 Stephen William Davies Coded dna processing
US6565727B1 (en) 1999-01-25 2003-05-20 Nanolytics, Inc. Actuators for microfluidics without moving parts
US6294063B1 (en) 1999-02-12 2001-09-25 Board Of Regents, The University Of Texas System Method and apparatus for programmable fluidic processing
US6274320B1 (en) 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7955794B2 (en) 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
DE60131194T2 (de) 2000-07-07 2008-08-07 Visigen Biotechnologies, Inc., Bellaire Sequenzbestimmung in echtzeit
WO2002007503A1 (en) 2000-07-25 2002-01-31 The Regents Of The University Of California Electrowetting-driven micropumping
US6773566B2 (en) 2000-08-31 2004-08-10 Nanolytics, Inc. Electrostatic actuators for microfluidics and methods for using same
WO2002044425A2 (en) 2000-12-01 2002-06-06 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
BR0213520A (pt) * 2001-10-26 2006-05-23 Immunivest Corp método para diagnosticar a gravidade de uma doença em um indivìduo de teste, e, kit de teste para triagem de uma amostra de paciente quanto à presença de células cancerosas circulantes
EP1450956A2 (en) 2001-11-26 2004-09-01 Keck Graduate Institute Method, apparatus and article for microfluidic control via electrowetting, for chemical, biochemical and biological assays and the like
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
FR2841063B1 (fr) 2002-06-18 2004-09-17 Commissariat Energie Atomique Dispositif de deplacement de petits volumes de liquide le long d'un micro-catenaire par des forces electrostatiques
EP1530578B1 (en) 2002-08-23 2013-03-13 Illumina Cambridge Limited Modified nucleotides for polynucleotide sequencing
US6911132B2 (en) 2002-09-24 2005-06-28 Duke University Apparatus for manipulating droplets by electrowetting-based techniques
US7547380B2 (en) 2003-01-13 2009-06-16 North Carolina State University Droplet transportation devices and methods having a fluid surface
EP1599730A2 (en) * 2003-03-03 2005-11-30 Kouyama, Yoshihisa Methods and apparatus for use in detection and quantitation of various cell types and use of optical bio-disc for performing same
US7574305B2 (en) 2003-07-15 2009-08-11 Bioarray Solutions Ltd. Concurrent optimization in selection of primer and capture probe sets for nucleic acid analysis
GB0321306D0 (en) 2003-09-11 2003-10-15 Solexa Ltd Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues
DK1695094T3 (da) 2003-10-24 2013-09-16 Adhesives Res Inc Disintegrerende film til diagnostiske indretninger
US7328979B2 (en) 2003-11-17 2008-02-12 Koninklijke Philips Electronics N.V. System for manipulation of a body of fluid
EP3175914A1 (en) 2004-01-07 2017-06-07 Illumina Cambridge Limited Improvements in or relating to molecular arrays
FR2866493B1 (fr) 2004-02-16 2010-08-20 Commissariat Energie Atomique Dispositif de controle du deplacement d'une goutte entre deux ou plusieurs substrats solides
FR2872715B1 (fr) 2004-07-08 2006-11-17 Commissariat Energie Atomique Microreacteur goutte
FR2872809B1 (fr) 2004-07-09 2006-09-15 Commissariat Energie Atomique Methode d'adressage d'electrodes
JP2006058031A (ja) 2004-08-17 2006-03-02 Hitachi High-Technologies Corp 化学分析装置
GB2423819B (en) 2004-09-17 2008-02-06 Pacific Biosciences California Apparatus and method for analysis of molecules
WO2006064199A1 (en) 2004-12-13 2006-06-22 Solexa Limited Improved method of nucleotide detection
US7458661B2 (en) 2005-01-25 2008-12-02 The Regents Of The University Of California Method and apparatus for promoting the complete transfer of liquid drops from a nozzle
EP1859330B1 (en) 2005-01-28 2012-07-04 Duke University Apparatuses and methods for manipulating droplets on a printed circuit board
JP4990886B2 (ja) 2005-05-10 2012-08-01 ソレックサ リミテッド 改良ポリメラーゼ
US20090081688A1 (en) 2005-06-20 2009-03-26 Advanced Cell Diagnostics Methods of detecting nucleic acids in individual cells and of identifying rare cells from large heterogeneous cell populations
US7464936B2 (en) 2005-07-19 2008-12-16 New Vision Gaming & Development, Inc. Method of playing a video poker game
GB0514936D0 (en) 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Preparation of templates for nucleic acid sequencing
US20070023292A1 (en) 2005-07-26 2007-02-01 The Regents Of The University Of California Small object moving on printed circuit board
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
CN101460953B (zh) 2006-03-31 2012-05-30 索雷克萨公司 用于合成分析的序列的系统和装置
JP5054096B2 (ja) 2006-04-18 2012-10-24 アドヴァンスト リキッド ロジック インコーポレイテッド 液滴に基づく生化学
CN101490562B (zh) 2006-07-10 2012-12-19 株式会社日立高新技术 液体输送设备
US7414163B1 (en) 2006-07-28 2008-08-19 Uop Llc Iridium and germanium-containing catalysts and alkylaromatic transalkylation processes using such catalysts
US8343746B2 (en) 2006-10-23 2013-01-01 Pacific Biosciences Of California, Inc. Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing
US9266076B2 (en) 2006-11-02 2016-02-23 The Regents Of The University Of California Method and apparatus for real-time feedback control of electrical manipulation of droplets on chip
WO2008101194A2 (en) 2007-02-15 2008-08-21 Advanced Liquid Logic, Inc. Capacitance detection in a droplet actuator
US9029085B2 (en) 2007-03-07 2015-05-12 President And Fellows Of Harvard College Assays and other reactions involving droplets
US20100130369A1 (en) 2007-04-23 2010-05-27 Advanced Liquid Logic, Inc. Bead-Based Multiplexed Analytical Methods and Instrumentation
CN101679932A (zh) 2007-06-27 2010-03-24 数字化生物系统 用于热交换化学过程的基于数字微流体的装置
US8093064B2 (en) 2008-05-15 2012-01-10 The Regents Of The University Of California Method for using magnetic particles in droplet microfluidics
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
WO2010062913A2 (en) 2008-11-26 2010-06-03 Illumina, Inc. Methods and systems for analysis of sequencing data
US20100323348A1 (en) 2009-01-31 2010-12-23 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process
KR101423936B1 (ko) 2009-03-11 2014-07-29 (주)바이오니아 실시간 핵산 분석 통합 장치 및 이를 이용한 타겟 핵산의 검출방법
WO2011002957A2 (en) 2009-07-01 2011-01-06 Advanced Liquid Logic, Inc. Droplet actuator devices and methods
WO2011038403A1 (en) * 2009-09-28 2011-03-31 Yuling Luo Methods of detecting nucleic acid sequences with high specificity
EP2539450B1 (en) 2010-02-25 2016-02-17 Advanced Liquid Logic, Inc. Method of making nucleic acid libraries
WO2012048341A1 (en) * 2010-10-08 2012-04-12 President And Fellows Of Harvard College High-throughput single cell barcoding
US8829171B2 (en) * 2011-02-10 2014-09-09 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
EP2635679B1 (en) 2010-11-05 2017-04-19 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
JP6069224B2 (ja) * 2011-01-31 2017-02-01 アプライズ バイオ， インコーポレイテッド 細胞において複数のエピトープを同定する方法
JP6017458B2 (ja) * 2011-02-02 2016-11-02 ユニヴァーシティ・オブ・ワシントン・スルー・イッツ・センター・フォー・コマーシャリゼーション 大量並列連続性マッピング
US9365897B2 (en) 2011-02-08 2016-06-14 Illumina, Inc. Selective enrichment of nucleic acids
US9150852B2 (en) * 2011-02-18 2015-10-06 Raindance Technologies, Inc. Compositions and methods for molecular labeling
US9074204B2 (en) * 2011-05-20 2015-07-07 Fluidigm Corporation Nucleic acid encoding reactions
GB201108678D0 (en) 2011-05-24 2011-07-06 Olink Ab Multiplexed proximity ligation assay
EP2718465B1 (en) 2011-06-09 2022-04-13 Illumina, Inc. Method of making an analyte array
EP2771103B1 (en) 2011-10-28 2017-08-16 Illumina, Inc. Microarray fabrication system and method
WO2013078470A2 (en) * 2011-11-22 2013-05-30 MOTIF, Active Multiplex isolation of protein-associated nucleic acids
CN102703426A (zh) * 2012-05-21 2012-10-03 吴江汇杰生物科技有限公司 构建核酸库的方法、试剂及试剂盒
US9977861B2 (en) 2012-07-18 2018-05-22 Illumina Cambridge Limited Methods and systems for determining haplotypes and phasing of haplotypes
US10161007B2 (en) * 2012-08-13 2018-12-25 The Regents Of The University Of California Methods and systems for detecting biological components
KR102190198B1 (ko) * 2013-02-08 2020-12-14 10엑스 제노믹스, 인크. 폴리뉴클레오티드 바코드 생성
EP3919617A1 (en) 2013-03-13 2021-12-08 Illumina, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sequencing
CN104032377A (zh) * 2014-06-30 2014-09-10 北京诺禾致源生物信息科技有限公司 单细胞转录组测序文库的构建方法及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
KR20170135834A (ko) 2017-12-08
ES2786652T3 (es) 2020-10-13
CN116083546A (zh) 2023-05-09
CA2975739A1 (en) 2016-08-18
WO2016130704A3 (en) 2016-10-06
SG10202104816QA (en) 2021-06-29
AU2022202345A1 (en) 2022-04-28
JP7001475B2 (ja) 2022-01-19
CN107406890A (zh) 2017-11-28
WO2016130704A2 (en) 2016-08-18
EP3256604A2 (en) 2017-12-20
EP3725893A1 (en) 2020-10-21
JP2018509140A (ja) 2018-04-05
AU2016219328B2 (en) 2022-04-21
RU2717491C2 (ru) 2020-03-23
KR20200020997A (ko) 2020-02-26
RU2020110764A3 (ru) 2021-04-21
BR112017017025B1 (pt) 2024-01-02
BR112017017025A2 (pt) 2018-04-10
US20230374493A1 (en) 2023-11-23
PT3256604T (pt) 2020-05-18
RU2761432C2 (ru) 2021-12-08
US11634707B2 (en) 2023-04-25
RU2020110764A (ru) 2020-05-29
US20180273933A1 (en) 2018-09-27
AU2016219328A1 (en) 2017-08-17
DK3256604T3 (da) 2020-05-25
CA2975739C (en) 2022-12-06
RU2017127628A3 (ru) 2019-03-12
CN107406890B (zh) 2023-07-18
CN117106871A (zh) 2023-11-24
EP3256604B1 (en) 2020-03-25
CA3174951A1 (en) 2016-08-18
SG11201706504RA (en) 2017-09-28
KR20210135626A (ko) 2021-11-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2017127628A (ru) Способ и композиция для анализа клеточных компонентов
US11161087B2 (en) Methods and compositions for tagging and analyzing samples
US11702693B2 (en) Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11835462B2 (en) Methods and compositions for partitioning a biological sample
Lovatt et al. Transcriptome in vivo analysis (TIVA) of spatially defined single cells in live tissue
US20220073987A1 (en) Crispr system based droplet diagnostic systems and methods
CN116829733A (zh) 用于将分析物结合至捕获探针的组合物和方法
US9850482B2 (en) Heterologous DNA barcoding method
ES2891085T3 (es) Obtención de imágenes sin microscopio
KR20170020704A (ko) 개별 세포 또는 세포 개체군으로부터 핵산을 분석하는 방법
KR20230003659A (ko) 폴리뉴클레오티드 바코드 생성
CA2337045A1 (en) Cis acting nucleic acid elements and methods of use
US11624062B2 (en) Methods and systems for performing single cell analysis of molecules and molecular complexes
JP6687618B2 (ja) 組換えタンパク質調製物中の残留宿主細胞タンパク質の検出
RU2017137402A (ru) Платформа для обнаружения и анализа терапевтических агентов
Lau et al. Systems-wide approaches in induced pluripotent stem cell models
Mirzazadeh et al. Genome-wide profiling of DNA double-strand breaks by the BLESS and BLISS methods
US20240043919A1 (en) Method for traceable medium-throughput single-cell copy number sequencing
EP3363899B1 (en) Molecular clone extracting and verifying method
Strom Fundamentals of RNA analysis on biobanked specimens
JP7049103B2 (ja) 単一細胞の網羅的３’末端遺伝子発現解析法
Matsumura et al. SuperSAGE
WO2022147239A9 (en) High-spatial-resolution epigenomic profiling
RU2021133017A (ru) Способ и композиция для анализа клеточных компонентов
US20230193356A1 (en) Single cell combinatorial indexing from amplified nucleic acids