JP7220080B2 - ハンチントン病治療組成物及び方法 - Google Patents

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Description

本発明は、ハンチンチン（ＨＴＴ）遺伝子（例えば、野生型又は突然変異型ＣＡＧ伸長ＨＴＴ遺伝子）を標的とする調節性ポリヌクレオチド、例えば低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子をコードするポリヌクレオチドを設計、調製、製造、使用及び／又は製剤化するための組成物、方法及びプロセスに関する。突然変異型ＨＴＴ遺伝子のターゲティングはＨＴＴ遺伝子発現及び結果として生じるＨＴＴタンパク質産生に干渉し得る。ｓｉＲＮＡ分子をコードする調節性ポリヌクレオチドは組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターに挿入されてもよい。神経変性疾患（例えばハンチントン病（ＨＤ））を有する対象のＨＴＴ遺伝子発現を阻害するためのｓｉＲＮＡ分子の使用方法もまた開示される。
ハンチントン病（ＨＤ）は、進行性の舞踏運動、精神神経及び認知機能障害によって特徴付けられる単一遺伝子性の致死性神経変性疾患である。ハンチントン病は、ハンチンチン（ｈｔｔ）遺伝子のエクソン１にある常染色体優性トリプレット（ＣＡＧ）リピート伸長によって引き起こされることが知られており、この遺伝子はそのＮ末端にポリグルタミン伸長トラクトを担持するハンチントンタンパク質（ＨＴＴ）をコードする。このリピート伸長がＨＴＴの毒性の機能獲得をもたらし、最終的に線条体神経変性につながり、それが広汎性脳萎縮へと進行する。症状は典型的には３５～４４歳で現れ、疾患発症後の平均余命は１０～２５年である。興味深いことに、ＣＡＧ伸長の長さが発症年齢及び疾患進行速度の両方と相関し、伸長が長いほど、より高い疾患重症度及びより短い生存期間に結び付く。ＨＤ集団のごく一部では（約６％）、２～２０歳で無動・筋強直症候群の出現を伴い疾患発症が起こる。これらの症例は遅発型と比べて進行が速い傾向があり、若年性又はウェストファール変異型ＨＤに分類されている。現在、米国及び欧州で約３５，０００～７０，０００人の患者がＨＤに罹患していると推定される。現在、ＨＤの治療には対症的軽減及び支持療法のみが利用可能であり、治療法は未だ同定されていない。最終的に、ＨＤ罹患者は他の疾患（例えば、肺炎、心不全）、息詰まり、窒息又はその他の、転倒による身体的外傷などの合併症に陥る。
ＣＡＧリピート伸長ｈｔｔが神経毒性をもたらす機構については十分に解明されていない。ハンチンチンタンパク質はあらゆる細胞に発現し、但しその濃度は脳で最も高い。ＨＴＴの正常機能は分かっていないが、ＨＤ患者の脳ではＨＴＴが凝集して異常な核封入体になる。現在では、関連するタンパク質中間体（即ち可溶性種及び毒性Ｎ末端断片）に加えて、このミスフォールディング及び凝集過程が神経毒性をもたらすと考えられている。
ＨＤ動物モデルにおける研究によれば、例えば調節発現モデルにおける遺伝子遮断後に、表現型の逆転が実現可能であることが示唆されている。更に、ＨＴＴのサイレンシングを試験した動物モデルにより有望な結果が実証されており、この療法は良好に忍容されたとともに、潜在的な治療利益を示した。これらの知見は、ＨＴＴサイレンシングがＨＤ治療の潜在的な治療標的となり得ることを示している。
本発明は、ＨＤ患者においてこの疾患の治療のためポリグルタミン伸長ＨＴＴの発現を阻害又は防止するＲＮＡ干渉に基づく手法、新規二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）コンストラクト及びｓｉＲＮＡコンストラクト並びにこれらの設計方法を開発する。加えて、これらの新規ｓｉＲＮＡコンストラクトは合成分子であってもよく、又は細胞への送達用の発現ベクターにコードされてもよい（一方又は両方の鎖）。かかるベクターとしては、限定はされないが、いずれかのＡＡＶ血清型のベクターゲノムなど、アデノ随伴ウイルスベクター、又はレンチウイルス等の他のウイルス送達媒体が挙げられる。
本発明は、遺伝子発現及びタンパク質産生のＲＮＡ分子媒介性遺伝子特異的干渉に関する。ハンチントン病などの神経変性疾患の治療方法もまた本発明に含まれる。本明細書で取り上げられる組成物に含まれるｓｉＲＮＡは、突然変異型ＨＴＴ遺伝子のｍＲＮＡ転写物の少なくとも一部と実質的に相補的なアンチセンス鎖（３０ヌクレオチド以下、概して１９～２４ヌクレオチド長である）を有するｄｓＲＮＡを包含する。
本発明は、ＨＴＴ遺伝子発現及び／又はＨＴＴタンパク質産生に干渉するためＨＴＴ ｍＲＮＡを標的とする低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）二重鎖などの短鎖二本鎖ＲＮＡ分子を提供する。本発明のｓｉＲＮＡ二重鎖はＨＴＴ遺伝子に干渉することができ、特にハンチントン病を引き起こす突然変異を有するＨＴＴ遺伝子と相互作用することができる。
一部の実施形態において、かかるｓｉＲＮＡ分子、又はｓｉＲＮＡ分子の単一の鎖は、細胞、具体的には線条体若しくは皮質ニューロン及び／又は中枢神経系における他の周囲細胞に導入されることになる（ＡＡＶ）アデノ随伴ウイルスベクターに挿入される。ＡＡＶベクターは、１、２、３、４個、又は４個超のｓｉＲＮＡ二重鎖をコードする配列を含み得る。
本発明のｓｉＲＮＡ二重鎖は、共にハイブリダイズして二重鎖構造を形成するアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、ここでアンチセンス鎖はＨＴＴ遺伝子の核酸配列に相補的であり、センス鎖はＨＴＴ遺伝子の核酸配列と相同である。一部の態様において、アンチセンス鎖の５’末端は５’リン酸基を有し、センス鎖の３’末端は３’ヒドロキシル基を含む。他の態様において、各鎖の３’末端にはヌクレオチドオーバハングがない、１つある、又は２つある。
本発明によれば、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖の各鎖は約１９～２５ヌクレオチド長、好ましくは約１９ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、２１ヌクレオチド、２２ヌクレオチド、２３ヌクレオチド、２４ヌクレオチド、又は２５ヌクレオチド長である。一部の態様において、ｓｉＲＮＡは非修飾ＲＮＡ分子であってもよい。
他の態様において、ｓｉＲＮＡは、塩基、糖又は骨格修飾などの少なくとも１つの修飾ヌクレオチドを含有し得る。
一実施形態において、ｓｉＲＮＡ又はｄｓＲＮＡは、互いに相補的な少なくとも２つの配列を含む。ｄｓＲＮＡは、第１の配列を有するセンス鎖と、第２の配列を有するアンチセンス鎖とを含む。アンチセンス鎖は、ＨＴＴタンパク質をコードするｍＲＮＡの少なくとも一部と実質的に相補的なヌクレオチド配列を含み、相補性領域は３０ヌクレオチド以下、及び少なくとも１５ヌクレオチド長である。概して、ｄｓＲＮＡは１９～２４、例えば１９～２１ヌクレオチド長である。一部の実施形態においてｄｓＲＮＡは約１５～約２５ヌクレオチド長であり、他の実施形態においてｄｓＲＮＡは約２５～約３０ヌクレオチド長である。
ｄｓＲＮＡは、ＨＴＴタンパク質を発現する細胞との接触時又はＨＴＴタンパク質を発現する細胞内での転写時のいずれかに、本明細書に記載されるとおりの方法によって評価したときなど、ＨＴＴ遺伝子の発現を少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％又は少なくとも４０％又はそれ以上阻害又は抑制する。
本発明によれば、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖、ｓｉＲＮＡ二重鎖の一方の鎖又はｄｓＲＮＡをコードする核酸を含むＡＡＶベクターが作製され、ＡＡＶベクター血清型は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９（ｈｕ１４）、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、及び／又はＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）、及びこれらのバリアントであってもよい。非限定的な例として、ＡＡＶベクター血清型はＡＡＶ１である。別の非限定的な例として、ＡＡＶ血清型はＡＡＶ－ＤＪ８である。別の非限定的な例として、ＡＡＶ血清型はＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）である。別の非限定的な例として、ＡＡＶ血清型はＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）である。
一実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖、ｓｉＲＮＡ二重鎖の一方の鎖又はｄｓＲＮＡをコードする核酸を含むＡＡＶベクターは、中型有棘線条体ニューロン、皮質ニューロン及び／又はアストロサイトに対する向性に基づき作製され、選択され得る。非限定的な例として、ＡＡＶベクターは、限定はされないが、中型有棘線条体ニューロン、皮質ニューロン及び／又はアストロサイトなど、所望の細胞型における発現レベルに基づき選択される。
本発明によれば、ＨＤのＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡは、表３、表４、又は表５に挙げられるｓｉＲＮＡ二重鎖から選択される。好ましくは、ＨＤのＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ二重鎖：Ｄ－３５００～Ｄ－３５７０からなる群から選択される。
本発明はまた、ＨＴＴ遺伝子を標的とする少なくとも１つのｓｉＲＮＡ二重鎖と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物も提供する。一部の態様において、ｓｉＲＮＡ二重鎖をコードする核酸配列はＡＡＶベクターに挿入される。
一部の実施形態において、本発明は、細胞におけるＨＴＴ遺伝子発現を阻害／サイレンシングする方法を提供する。従って、ｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡを使用して細胞におけるＨＴＴ遺伝子発現を実質的に阻害することができる。細胞は、ニューロン（例えば、被殻、尾状核又は線条体の中型有棘ニューロン、及び大脳皮質の皮質ニューロン）、アストロサイト（例えば、線条体のアストロサイト、大脳皮質の皮質アストロサイト）及び／又はオリゴデンドロサイトであってもよい。非限定的な例として、被殻、尾状核及び皮質におけるＨＴＴ遺伝子発現の阻害（又は低減）が、対象におけるハンチントン病の効果を低下させる。別の非限定的な例として、線条体の中型有棘ニューロンにおけるＨＴＴ遺伝子発現の阻害（又は低減）が、対象におけるハンチントン病の効果を低下させる。更に別の非限定的な例として、線条体のアストロサイトにおけるＨＴＴ遺伝子発現の阻害（又は低減）が、対象におけるハンチントン病の効果を低下させる。一部の態様において、ＨＴＴ遺伝子発現の阻害とは、少なくとも約２０％、好ましくは少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％の阻害又は低減を指す。従って、標的遺伝子のタンパク質産物が少なくとも約２０％、好ましくは少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％阻害され得る。
一実施形態において、本発明は、ｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡを使用して細胞におけるＨＴＴ遺伝子発現を少なくとも約４０％阻害／サイレンシングする方法を提供する。細胞は、ニューロン（例えば、被殻又は線条体の中型有棘ニューロン、及び大脳皮質の皮質ニューロン）、アストロサイト（例えば、線条体のアストロサイト、大脳皮質の皮質アストロサイト）及び／又はオリゴデンドロサイトであってもよい。非限定的な例として、被殻及び皮質におけるＨＴＴ遺伝子発現の少なくとも４０％の阻害（又は低減）が、対象におけるハンチントン病の効果を低下させる。別の非限定的な例として、線条体の中型有棘ニューロンにおけるＨＴＴ遺伝子発現の少なくとも４０％の阻害（又は低減）が、対象におけるハンチントン病の効果を低下させる。別の非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴ遺伝子発現の少なくとも４０％の阻害（又は低減）及び皮質におけるＨＴＴ遺伝子発現の少なくとも２０％の阻害（又は低減）が、対象におけるハンチントン病の効果を低下させる。更に別の非限定的な例として、線条体のアストロサイトにおけるＨＴＴ遺伝子発現の少なくとも４０％の阻害（又は低減）が、対象におけるハンチントン病の効果を低下させる。
一部の実施形態において、本発明は、治療を必要としている対象のＨＴＴ遺伝子（例えばＣＡＧ伸長ＨＴＴ遺伝子）及び結果として生じるＨＴＴタンパク質（例えばポリＱタンパク質）に関連するハンチントン病を治療する、又は改善する方法を提供し、この方法は、ＨＴＴ遺伝子（例えばＣＡＧ伸長ＨＴＴ遺伝子）を標的とする少なくとも１つのｓｉＲＮＡ二重鎖の薬学的に有効な量を対象に投与すること、前記ｓｉＲＮＡ二重鎖を標的細胞に送達すること、ＨＴＴ遺伝子（例えばＣＡＧ伸長ＨＴＴ遺伝子）発現及び結果として生じるタンパク質産生を阻害すること、及び対象のＨＤの症状を改善することを含む。
一部の実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とする少なくとも１つのｓｉＲＮＡ二重鎖をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターは、ＨＤの治療及び／又は改善を必要としている対象に投与される。ＡＡＶベクター血清型は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９（ｈｕ１４）、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、及び／又はＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）及びこれらのバリアントからなる群から選択されてもよい。
一部の実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖若しくはｄｓＲＮＡ又はかかるｓｉＲＮＡコード分子を含むＡＡＶベクターは、対象の中枢神経系に直接、例えば頭蓋内注射によって導入されてもよい。
一部の実施形態において、本発明の医薬組成物は単独療法として使用される。他の実施形態において、本発明の医薬組成物は併用療法で使用される。併用療法は、ニューロン変性に対するその神経保護効果に関して試験済みの、小分子化合物、成長因子及びホルモンなどの１つ以上の神経保護剤との併用であってもよい。
一部の実施形態において、本発明は、本明細書に記載されるプラスミド又はＡＡＶベクターの治療有効量をそれを必要としている対象に投与することによりハンチントン病を治療する、又は改善する方法を提供する。
一部の実施形態において、本発明は、２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）間に位置する核酸配列を有する少なくとも１つのアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含む組成物を対象に投与することにより対象の中枢神経系領域におけるＨＴＴ遺伝子の発現を阻害する方法を提供する。２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）間に位置する核酸配列は、発現すると対象のＨＴＴ発現を阻害又は抑制するｓｉＲＮＡ二重鎖を形成し得るアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み得る。発現は、対象の一領域、限定はされないが対象の前脳など、又は前脳の一領域、限定はされないが被殻などで低下し得る。前脳又は前脳の一領域（例えば被殻）におけるＨＴＴの発現は４０～７０％、４０～６０％、５０～７０％、５０～６０％低下してもよく、又はそれは５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、又は６０％低下してもよい。
一部の実施形態において、本発明は、治療を必要としている対象のハンチントン病（ＨＤ）を治療する方法を提供する。この方法は、対象の中枢神経系の一領域におけるＨＴＴ遺伝子の発現を阻害することができ、２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）間に位置する核酸配列を含む少なくとも１つのアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含む組成物を対象に投与することを含む。核酸配列は、発現すると前記対象のＨＴＴ発現を阻害又は抑制するｓｉＲＮＡ二重鎖を形成し得るアンチセンス鎖及びセンス鎖を含むことができる。発現は、対象の一領域、限定はされないが対象の前脳など、又は前脳の一領域、限定はされないが被殻などで低下し得る。前脳又は前脳の一領域（例えば被殻）におけるＨＴＴの発現は４０～７０％、４０～６０％、５０～７０％、５０～６０％低下してもよく、又はそれは５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、又は６０％低下してもよい。
本発明は、治療用薬剤としての調節性ポリヌクレオチド、例えばＲＮＡ又はＤＮＡ分子に関する。ＲＮＡ干渉媒介性遺伝子サイレンシングは、標的遺伝子発現を特異的に阻害することができる。本明細書で使用されるとき、「調節性ポリヌクレオチド」は、標的遺伝子のレベル又は量、例えばｍＲＮＡ又はタンパク質レベルを調節する（増加させるか又は減少させるかのいずれか）働きをする任意の核酸配列である。次に本発明は、ＨＴＴ遺伝子を標的とする低分子二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子（低分子干渉ＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ）、かかるｓｉＲＮＡを含む医薬組成物、並びにその設計方法を提供する。本発明はまた、神経変性疾患、詳細にはハンチントン病（ＨＤ）を治療するためＨＴＴ遺伝子発現及びタンパク質産生を阻害するためのその使用方法も提供する。
本発明は、ＨＴＴ遺伝子発現及び／又はＨＴＴタンパク質産生に干渉するためＨＴＴ ｍＲＮＡを標的とする低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）二重鎖（及びそれをコードする調節性ポリヌクレオチド）を提供する。
一部の実施形態において、かかるｓｉＲＮＡ分子、又はｓｉＲＮＡ分子の単一の鎖をコードする核酸配列は、アデノ随伴ウイルスベクターに挿入され、細胞、具体的にはニューロン及び／又は中枢神経系における他の周囲細胞に導入される。
本発明のコードされるｓｉＲＮＡ二重鎖は、共にハイブリダイズして二重鎖構造を形成するアンチセンス鎖及びセンス鎖を含有し、ここでアンチセンス鎖は標的ＨＴＴ遺伝子の核酸配列に相補的であり、センス鎖は標的ＨＴＴ遺伝子の核酸配列に相同である。一部の態様において、アンチセンス鎖の５’末端は５’リン酸基を有し、センス鎖の３’末端は３’ヒドロキシル基を含む。他の態様において、各鎖の３’末端にはヌクレオチドオーバハングがない、１つある、又は２つある。
本発明によれば、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖の各鎖は約１９～２５、１９～２４又は１９～２１ヌクレオチド長、好ましくは約１９ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、２１ヌクレオチド、２２ヌクレオチド、２３ヌクレオチド、２４ヌクレオチド、又は２５ヌクレオチド長である。一部の態様において、ｓｉＲＮＡは非修飾ＲＮＡ分子であってもよい。
他の態様において、ｓｉＲＮＡは、塩基、糖又は骨格修飾などの少なくとも１つの修飾ヌクレオチドを含有し得る。
一実施形態において、ｓｉＲＮＡ又はｄｓＲＮＡは、互いに相補的な少なくとも２つの配列を含む。ｄｓＲＮＡは、第１の配列を有するセンス鎖と、第２の配列を有するアンチセンス鎖とを含む。アンチセンス鎖は、ＨＴＴをコードするｍＲＮＡの少なくとも一部と実質的に相補的なヌクレオチド配列を含み、相補性領域は３０ヌクレオチド以下、及び少なくとも１５ヌクレオチド長である。概して、ｄｓＲＮＡは１９～２５、１９～２４又は１９～２１ヌクレオチド長である。一部の実施形態においてｄｓＲＮＡは約１５～約２５ヌクレオチド長であり、他の実施形態においてｄｓＲＮＡは約２５～約３０ヌクレオチド長である。
ｄｓＲＮＡは、直接投与されるか、それとも発現ベクターにコードされるかに関わらず、ＨＴＴタンパク質を発現する細胞との接触時に、本明細書に記載されるとおりの方法によって評価したときなど、ＨＴＴタンパク質の発現を少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％又は少なくとも４０％又はそれ以上阻害する。
本明細書で取り上げられる組成物に含まれるｓｉＲＮＡ分子は、ＨＴＴ遺伝子のｍＲＮＡ転写物の少なくとも一部と実質的に相補的な、３０ヌクレオチド以下、概して１９～２５、１９～２４又は１９～２１ヌクレオチド長である領域を有するアンチセンス鎖（アンチセンス鎖）を有するｄｓＲＮＡを含む。
本発明によれば、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖、ｓｉＲＮＡ二重鎖の一方の鎖又はｄｓＲＮＡの核酸を含むＡＡＶベクターが作製され、ここでＡＡＶベクター血清型は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９（ｈｕ１４）、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、及び／又はＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）及びこれらのバリアントであってもよい。
本発明によれば、ＨＤのＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは、表７又は表８に挙げられるｓｉＲＮＡ二重鎖から選択される。一部の実施形態において、ＨＤのＨＴＴを標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡはＤ－３５００～Ｄ－３５７０である。
本発明はまた、ＨＴＴ遺伝子を標的とする少なくとも１つのｓｉＲＮＡ二重鎖と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物も提供する。一部の態様において、ｓｉＲＮＡ二重鎖はＡＡＶベクターによってコードされる。
一部の実施形態において、本発明は、細胞におけるＨＴＴ遺伝子発現を阻害／サイレンシングする方法を提供する。従って、ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して、細胞、詳細にはニューロンにおけるＨＴＴ遺伝子発現を実質的に阻害することができる。一部の態様において、ＨＴＴ遺伝子発現の阻害とは、少なくとも約１５％、例えば少なくとも約１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％の阻害を指す。従って、標的遺伝子のタンパク質産物が、少なくとも約１５％、好ましくは少なくとも約１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％阻害され得る。
一部の実施形態において、本発明は、細胞、詳細には中型有棘ニューロンにおけるＨＴＴ遺伝子発現を阻害／サイレンシングする方法を提供する。一部の態様において、ＨＴＴ遺伝子発現の阻害とは、少なくとも約１５％、例えば少なくとも約１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％の阻害を指す。従って、標的遺伝子のタンパク質産物が、少なくとも約１５％、好ましくは少なくとも約１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％阻害され得る。
一部の実施形態において、本発明は、細胞、詳細には運動ニューロンにおける遺伝子発現を阻害／サイレンシングする方法を提供する。一部の態様において、遺伝子発現の阻害とは、少なくとも約１５％、例えば少なくとも約１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％の阻害を指す。従って、標的遺伝子のタンパク質産物が、少なくとも約１５％、好ましくは少なくとも約１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％阻害され得る。
一部の実施形態において、本発明は、細胞、詳細にはアストロサイトにおけるＨＴＴ遺伝子発現を阻害／サイレンシングする方法を提供する。一部の態様において、ＨＴＴ遺伝子発現の阻害とは、少なくとも約１５％、例えば少なくとも約１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％の阻害を指す。従って、標的遺伝子のタンパク質産物が、少なくとも約１５％、好ましくは少なくとも約１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％阻害され得る。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用してＨＴＴタンパク質の発現を少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下させてもよい。非限定的な例として、ＨＴＴタンパク質の発現は５０～９０％低下し得る。非限定的な例として、ＨＴＴタンパク質の発現は３０～７０％低下し得る。非限定的な例として、タンパク質の発現は２０～７０％低下し得る。非限定的な例として、タンパク質の発現は１５～３０％低下し得る。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用してＨＴＴ ｍＲＮＡの発現を少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下させてもよい。非限定的な例として、ＨＴＴ ｍＲＮＡの発現は５０～９０％低下し得る。非限定的な例として、ＨＴＴ ｍＲＮＡの発現は３０～７０％低下し得る。非限定的な例として、ＨＴＴ ｍＲＮＡの発現は２０～７０％低下し得る。非限定的な例として、ＨＴＴ ｍＲＮＡの発現は１５～３０％低下し得る。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して、限定はされないが中脳など、ＣＮＳの少なくとも１つの領域におけるＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現を低下させてもよい。ＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現はＣＮＳの少なくとも１つの領域において少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５０～９０％低下する。非限定的な例として、線条体におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が４０～５０％低下する。非限定的な例として、線条体におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が２０～５０％低下する。非限定的な例として、線条体におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が１５～５０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が４０～５０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が３０～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が２０～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が１５～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が２０～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が１５～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が４０～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が４０～５０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５０～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５０～６０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５１％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５２％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５３％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５４％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５５％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５６％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５７％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５８％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５９％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６０％低下する。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して、限定はされないが前脳など、ＣＮＳの少なくとも１つの領域におけるＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現を低下させてもよい。ＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現はＣＮＳの少なくとも１つの領域において少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５０～９０％低下する。非限定的な例として、線条体におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が４０～５０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が４０～５０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が３０～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が２０～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が１５～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が１５～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が２０～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が４０～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が４０～５０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５０～７０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５０～６０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５１％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５２％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５３％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５４％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５５％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５６％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５７％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５８％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が５９％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６０％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６１％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６２％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６３％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６４％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６５％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６６％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６７％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６８％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が６９％低下する。非限定的な例として、線条体及び／又は皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現が７０％低下する。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して被殻におけるＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現を低下させてもよい。ＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現はＣＮＳの少なくとも１つの領域において少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、５５～６０％、５５～７０％、５５～８０％、５５～９０％、５５～９５％、５５～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～７０％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～５０％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～７０％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～６０％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５１％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５２％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５３％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５４％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５５％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５６％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５７％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５８％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５９％低下する。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６０％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６１％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６２％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６３％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６４％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６５％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６６％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６７％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６８％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６９％低下する。非限定的な例として、被殻におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は７０％低下する。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して皮質におけるＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現を低下させてもよい。ＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現は少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～５０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は３０～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は２０～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は１５～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は少なくとも３０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～５０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～７０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～６０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５１％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５２％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５３％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５４％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５５％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５６％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５７％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５８％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５９％低下する。非限定的な例として、皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６０％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６１％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６２％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６３％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６４％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６５％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６６％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６７％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６８％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６９％低下する。非限定的な例として、皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は７０％低下する。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現を低下させてもよい。ＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現は少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～５０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は３０～７０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は２０～７０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は１５～７０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は少なくとも３０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～７０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～７０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～６０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５１％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５２％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５３％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５４％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５５％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５６％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５７％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５８％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５９％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６０％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６１％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６２％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６３％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６４％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６５％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６６％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６７％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６８％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６９％低下する。非限定的な例として、運動皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は７０％低下する。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現を低下させてもよい。ＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現は少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～５０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は３０～７０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は２０～７０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は１５～７０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は少なくとも３０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～７０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～５０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～７０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～６０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５１％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５２％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５３％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５４％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５５％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５６％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５７％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５８％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５９％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６０％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６１％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６２％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６３％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６４％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６５％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６６％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６７％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６８％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６９％低下する。非限定的な例として、体性感覚皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は７０％低下する。
一実施形態では、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現を低下させてもよい。ＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡの発現は少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも１５～２０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～５０％、１５～６０％、１５～７０％、１５～８０％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～５０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は３０～７０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は２０～７０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は１５～７０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は少なくとも３０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は４０～７０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～７０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０～６０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５１％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５２％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５３％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５４％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５５％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５６％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５７％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５８％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は５９％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるＨＴＴタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６０％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６１％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６２％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６３％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６４％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６５％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６６％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６７％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６８％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は６９％低下する。非限定的な例として、側頭皮質におけるタンパク質及びｍＲＮＡの発現は７０％低下する。
一部の実施形態において、本発明は、治療を必要としている対象のＨＴＴ遺伝子及び／又はＨＴＴタンパク質に関連するハンチントン病を治療する、又は改善する方法を提供し、この方法は、ＨＴＴ遺伝子を標的とする少なくとも１つのｓｉＲＮＡ二重鎖又はｓｉＲＮＡ二重鎖をコードする核酸の薬学的に有効な量を対象に投与すること、前記ｓｉＲＮＡ二重鎖（又はコード化二重鎖）を標的細胞に送達すること、ＨＴＴ遺伝子発現及びタンパク質産生を阻害すること、及び対象のＨＤの症状を改善することを含む。
一部の実施形態において、ＨＤの治療及び／又は改善を必要としている対象に、ＨＴＴ遺伝子を標的とする少なくとも１つのｓｉＲＮＡ二重鎖の核酸を含むＡＡＶベクターが投与される。ＡＡＶベクター血清型は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９（ｈｕ１４）、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ８（ＡＡＶＤＪ８）、ＡＡＶ－ＤＪ（ＡＡＶＤＪ）、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、及び／又はＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）及びこれらのバリアントからなる群から選択されてもよい。一実施形態において、ＡＡＶベクター血清型はＡＡＶ１である。一実施形態において、ＡＡＶベクター血清型はＡＡＶ２である。別の実施形態において、ＡＡＶベクター血清型はＡＡＶ５である（例えば、ミニアリコバ（Ｍｉｎｉａｒｉｋｏｖａ）ら著、モレキュラー・セラピー（ＭｏｌＴｈｅｒ）、２０１６年、第５巻、ｐ．ｅ２９７及び国際公開第２０１６１０２６６４号パンフレットにより記載されるとおり；これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）。別の実施形態において、ＡＡＶベクターはＡＡＶ－ＤＪである。更に別の実施形態において、ＡＡＶベクター血清型はＡＡＶ－ＤＪ８である。
一実施形態において、本発明において有用であり得る血清型はＡＡＶ－ＤＪ８であってもよい。ＡＡＶ－ＤＪ８のアミノ酸配列は、ヘパリン結合ドメイン（ＨＢＤ）を除去するため２つ以上の突然変異を含んでもよい。非限定的な例として、米国特許第７，５８８，７７２号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に配列番号１として記載されるＡＡＶ－ＤＪ８配列は、２つの突然変異：（１）Ｒ５８７Ｑ［アミノ酸５８７のアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）がグルタミン（Ｑ；Ｇｌｎ）に変更される］、及び（２）Ｒ５９０Ｔ［アミノ酸５９０のアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）がスレオニン（Ｔ；Ｔｈｒ）に変更される］を含み得る。別の非限定的な例としては、３つの突然変異：（１）Ｋ４０６Ｒ［アミノ酸４０６のリジン（Ｋ；Ｌｙｓ）がアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）に変更される］、（２）Ｒ５８７Ｑ［アミノ酸５８７のアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）がグルタミン（Ｑ；Ｇｌｎ）に変更される］及び（３）Ｒ５９０Ｔ［アミノ酸５９０のアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）がスレオニン（Ｔ；Ｔｈｒ）に変更される］を含み得る。
一部の実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子又はかかるｓｉＲＮＡ分子を含むＡＡＶベクターは、対象の中枢神経系に直接、例えば被殻への注入によって導入されてもよい。
一部の実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子又はかかるｓｉＲＮＡ分子を含むＡＡＶベクターは、対象の中枢神経系に直接、例えば対象の視床への注入によって導入されてもよい。理論によって拘束されることを望むものではないが、視床はハンチントン病の対象において比較的保たれている脳領域であり、これはＡＡＶベクターの軸索輸送を通じたより広範な皮質形質導入が可能となり得ることを意味する。
一部の実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子又はかかるｓｉＲＮＡ分子を含むＡＡＶベクターは、対象の中枢神経系に間接的に、例えば静脈内投与によって導入されてもよい。
一部の実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子又はかかるｓｉＲＮＡ分子を含むＡＡＶベクターは、対象の中枢神経系に直接、例えば対象の白質への注入によって導入されてもよい。理論によって拘束されることを望むものではないが、白質への直接注入による分布は、ハンチントン病の対象において損なわれていることもある軸索輸送機構と独立している可能性があり、これは白質注入が一層のＡＡＶベクター輸送を実現し得ることを意味する。
一部の実施形態において、本発明の医薬組成物は単独療法として使用される。他の実施形態において、本発明の医薬組成物は併用療法で使用される。併用療法は、ニューロン変性に対するその神経保護効果に関して試験済みの、小分子化合物、成長因子及びホルモンなどの１つ以上の神経保護剤との併用であってもよい。
一部の実施形態において、本発明は、本明細書に記載されるプラスミド又はＡＡＶベクターの治療有効量をそれを必要としている対象に投与することによりハンチントン病（ＨＤ）を治療する、又は改善する方法を提供する。
本発明の１つ以上の実施形態の詳細が下記の添付の説明に示される。本発明の実施又は試験においては本明細書に記載されるものと同様の又は等価な任意の材料及び方法を使用し得るが、ここで好ましい材料及び方法について説明する。本発明の他の特徴、目的及び利点が、この説明から明らかになるであろう。説明においては、文脈上特に明確に指示されない限り、単数形に複数形も含まれる。特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者が一般的に理解するのと同じ意味を有する。矛盾が生じた場合、本説明が優先するものとする。
Ｉ．発明の組成物
ハンチントン病（ＨＤ）
ハンチントン病（ＨＤ）は、進行性の舞踏運動、精神神経及び認知機能障害によって特徴付けられる単一遺伝子性の致死性神経変性疾患である。ハンチントン病は、ハンチンチン（ＨＴＴ）遺伝子（そのＮ末端にポリグルタミンストレッチを有するＨＴＴタンパク質をコードする）における常染色体優性トリプレット（ＣＡＧ）リピート伸長によって引き起こされることが知られている。このリピート伸長がＨＴＴの毒性の機能獲得をもたらし、最終的に線条体神経変性につながり、それが広汎性脳萎縮へと進行する。ＨＤでは線条体の中型有棘ニューロンが特に脆弱であるものと見られ、最大９５％が消失する一方、介在ニューロンはほぼ保たれている。
ハンチントン病はクオリティ・オブ・ライフに深刻な影響を及ぼす。症状は典型的には３５～４４歳で現れ、疾患発症後の平均余命は１０～２５年である。ＨＤ集団のごく一部では（約６％）、２１歳より前に無動・筋強直症候群の出現を伴い疾患発症が起こる。これらの症例は遅発型と比べて進行が速い傾向があり、若年性又はウェストファール変異型ＨＤに分類されている。現在、米国及び欧州で約３５，０００～７０，０００人の患者がＨＤに罹患していると推定される。現在、ＨＤの治療には対症的軽減及び支持療法のみが利用可能であり、治療法は未だ同定されていない。最終的に、ＨＤ罹患者は、肺炎、心不全又はその他の、転倒による身体的外傷などの合併症に陥る。
理論によって拘束されることを望むものではないが、野生型ＨＴＴタンパク質の機能は、他のタンパク質の複合体を協調させる足場として働き得る。ＨＴＴは極めて巨大なタンパク質であり（６７エクソン、３１４４アミノ酸、約３５０ｋＤａ）、広範な翻訳後修飾を受けるとともに、特にそのＮ末端（偶然にもＨＤにおいてリピートを保因する領域）に、他のタンパク質との相互作用部位を多数有する。ＨＴＴは主に細胞質に局在するが、核にシャトル輸送されて、そこで遺伝子転写を調節し得ることが示されている。また、ＨＴＴは小胞輸送及びＲＮＡトラフィッキングの調節において役割を担うことも示唆されている。
非限定的な例として、ＨＴＴタンパク質配列は配列番号１（ＮＣＢＩ ＮＰ＿００２１０２．４）であり、ＨＴＴ核酸配列は配列番号２（ＮＣＢＩ ＮＭ＿００２１１１．７）である。
ポリグルタミン伸長ＨＴＴタンパク質が正常なＨＴＴ機能を破壊して神経毒性をもたらす機構は、当初ハプロ不全疾患であると考えられたが、この理論は、人におけるＨＴＴ遺伝子の末端欠失がＨＤの発症につながらなかった時点で反証され、ＨＴＴタンパク質の完全な発現は生存にとって重要でないことが示唆された。しかしながら、マウスにおけるＨＴＴの条件的ノックアウトが神経変性につながったことから、ある量のＨＴＴが細胞生存に必要であることが示された。ハンチンチンタンパク質はあらゆる細胞に発現し、但しその濃度は脳で最も高く、そこでは神経核に異常なＨＴＴの凝集体が多量に見られる。ＨＤ患者の脳ではＨＴＴが凝集して異常な核封入体になる。現在では、関連するタンパク質中間体（即ち可溶性種及び毒性Ｎ末端断片）に加えて、このミスフォールディング及び凝集過程が神経毒性をもたらすと考えられている。実際、ＨＤは、９つの更なるヒト遺伝障害（いずれも、ＣＡＧ伸長遺伝子及び結果として生じるポリグルタミン（ポリＱ）タンパク質産物と、続く神経細胞内凝集体の形成によって特徴付けられる）のファミリーに属する。興味深いことに、これらの疾患の全てにおいて伸長の長さが発症年齢及び疾患進行速度の両方と相関し、伸長が長いほど高い疾患重症度に結び付く。
ポリグルタミン伸長ＨＴＴタンパク質及び結果として生じるその凝集体の神経毒性の根底にある分子機構に関する仮説としては、広範囲にわたっているものの、カスパーゼ活性化、転写経路の調節異常、活性酸素種の産生増加、ミトコンドリア機能不全、軸索輸送の破壊及び／又は細胞内のタンパク質分解系の阻害が挙げられる。ポリグルタミン伸長ＨＴＴは毒性の機能獲得を有するのみならず、他の細胞タンパク質及び過程の正常機能に干渉することによりドミナントネガティブ効果もまた及ぼし得る。ＨＴＴはまた、非細胞性自律神経毒性にも関係があり、それによりＨＴＴをホストする細胞がＨＴＴを周囲の他のニューロンに広げるとされている。
ＨＤ動物モデルにおける研究によれば、例えば調節発現モデルにおける遺伝子遮断後に、表現型の逆転が実現可能であることが示唆されている。９４ポリグルタミンリピートＨＴＴタンパク質の発現の遮断が可能なマウスモデルでは、臨床的症候群が好転したのみならず、細胞内凝集体もまた消散した。更に、ＨＴＴのサイレンシングを試験した動物モデルにより有望な結果が実証されており、この療法は良好に忍容されたとともに、潜在的な治療利益を示した。
本発明は、ＨＴＴ遺伝子を標的とする調節性ポリヌクレオチド、例えばｓｉＲＮＡ分子、並びにその設計及び製造方法を提供する。単一の実施可能性理論によって拘束されることを望むものではないが、本発明は、ＨＴＴ突然変異及び／又は野生型ＨＴＴ遺伝子発現を含め、ＨＴＴ発現に干渉するｓｉＲＮＡを含めた調節性ポリヌクレオチドを提供する。特に、本発明は、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターなどのウイルスベクターを利用する。本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターは、線条体の中型有棘ニューロン及び皮質ニューロンなど、目的のニューロンへの活性薬剤の送達を増加させ得る。ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコードｄｓＲＮＡは、細胞内部のＨＴＴ遺伝子発現（例えばｍＲＮＡレベル）を有意に阻害する；従って、タンパク質の凝集及び封入体の形成、フリーラジカルの増加、ミトコンドリア機能不全及びＲＮＡ代謝など、細胞内部のＨＴＴ発現によって引き起こされるストレスを改善することが可能であり得る。
ＨＤの症状には、限定はされないが、舞踏運動、ジストニア、動作緩慢、協調運動障害、易怒及び抑欝、問題解決における困難、人がその通常の日常生活をこなす能力の低下、発話の減少、及び嚥下困難など、ＣＮＳ変性に起因する特徴、並びに、限定はされないが、体重減少、筋消耗、代謝機能不全及び内分泌異常など、ＣＮＳ変性に起因するのでない特徴が含まれ得る。
かかるｓｉＲＮＡ媒介性ＨＴＴ発現阻害はＨＤの治療に用いられ得る。本発明によれば、患者のＨＤを治療及び／又は改善する方法は、細胞内への本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターの有効量を患者に投与することを含む。かかる核酸配列を含むＡＡＶベクターの投与は、ＨＴＴ遺伝子発現の阻害／サイレンシングを生じさせるｓｉＲＮＡ分子をコードすることになる。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、それを必要としている対象におけるＨＴＴの量を低下させ、ひいては本明細書に記載されるとおりの治療利益を提供する。
一実施形態において、対象は、ＨＴＴ遺伝子が４１回以上のＣＡＧリピート（例えば、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０回又は９０回超のＣＡＧリピート）を有する完全浸透ＨＤを有する。
一実施形態において、対象は、ＨＴＴ遺伝子が３６～４０回のＣＡＧリピート（例えば、３６、３７、３８、３９及び４０回のＣＡＧリピート）を有する不完全浸透を有する。
本明細書に記載されるｓｉＲＮＡ及びベクターと共に使用し得るハンチントン病の研究用モデルシステムとしては、限定はされないが、細胞モデル（例えば、初代ニューロン及び人工多能性幹細胞）、無脊椎動物モデル（例えば、ショウジョウバエ属（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）又はカエノラブディティス・エレガンス（Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ））、マウスモデル（例えば、ＹＡＣ１２８マウスモデル；Ｒ６／２マウスモデル；ＢＡＣ、ＹＡＣ及びノックインマウスモデル）、ラットモデル（例えば、ＢＡＣ）及び大型哺乳類モデル（例えば、ブタ、ヒツジ又はサル）が挙げられる。
調節性ポリヌクレオチド
一実施形態では、調節性ポリヌクレオチド、例えばＲＮＡ又はＤＮＡ分子が、神経変性疾患、詳細にはハンチントン病（ＨＤ）の治療に用いられ得る。本明細書で使用されるとき、「調節性ポリヌクレオチド」は、標的遺伝子のレベル又は量、例えばｍＲＮＡ又はタンパク質レベルを調節する（増加させるか又は減少させるかのいずれか）働きをする任意の核酸配列である。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｓｉＲＮＡ分子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。核酸は、２つ以上ある場合には独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９個、又は９個超のｓｉＲＮＡ分子をコードし得る。
ｓｉＲＮＡ分子
本発明は、神経変性障害を治療するためのＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）誘導性の遺伝子発現阻害に関する。本明細書には、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡ（本明細書では、まとめて「ｓｉＲＮＡ分子」と称される）が提供される。かかるｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは、細胞、例えば、中型有棘ニューロン、皮質ニューロン及び／又はアストロサイトにおけるＨＴＴ遺伝子発現を軽減又はサイレンシングして、それによりハンチントン病（ＨＤ）の症状を改善することができる。
ＲＮＡｉ（転写後遺伝子サイレンシング（ＰＴＧＳ）、クエリング、又は共抑制としても知られる）は、ＲＮＡ分子が典型的には特異的ｍＲＮＡ分子の破壊を引き起こすことにより遺伝子発現を配列特異的に阻害する転写後遺伝子サイレンシング過程である。ＲＮＡｉの活性成分は低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）と呼ばれる短鎖／低分子二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）であり、これは典型的には１５～３０ヌクレオチド（例えば、１９～２５、１９～２４又は１９～２１ヌクレオチド）及び２ヌクレオチドの３’オーバハングを含有し、且つ標的遺伝子の核酸配列と一致する。これらの低分子ＲＮＡ種は、天然ではインビボでより大きいｄｓＲＮＡのダイサー媒介性切断によって産生されることができ、及び哺乳類細胞で機能性である。
マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）と称される、天然で発現する低分子ＲＮＡ分子は、ｍＲＮＡの発現を調節することにより遺伝子サイレンシングを誘発する。ｍｉＲＮＡ含有ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）は、シード領域と呼ばれるｍｉＲＮＡの５’領域におけるヌクレオチド２～７と完全な配列相補性を呈し、且つその３’領域と他の塩基対を呈するｍＲＮＡを標的とする。ｍｉＲＮＡ媒介性の遺伝子発現下方制御は、標的ｍＲＮＡの切断、標的ｍＲＮＡの翻訳阻害、又はｍＲＮＡ崩壊によって引き起こされ得る。ｍｉＲＮＡターゲティング配列は、通常、標的ｍＲＮＡの３’－ＵＴＲに位置する。単一のｍｉＲＮＡが様々な遺伝子の１００より多くの転写物を標的とすることができ、及び１つのｍＲＮＡが異なるｍｉＲＮＡの標的となることができる。
特異的ｍＲＮＡを標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡがインビトロで設計及び合成されて、ＲＮＡｉ過程を活性化させるため細胞に導入されてもよい。エルバシール（Ｅｌｂａｓｈｉｒ）らは、２１ヌクレオチドｓｉＲＮＡ二重鎖（低分子干渉ＲＮＡと称される）が哺乳類細胞において免疫応答を誘導することなく強力且つ特異的な遺伝子ノックダウンを生じさせる能力を有したことを実証した（エルバシール・ＳＭ（Ｅｌｂａｓｈｉｒ ＳＭ）ら著、ネイチャー（Ｎａｔｕｒｅ）、２００１年、第４１１巻、ｐ．４９４～４９８）。この最初の報告以来、ｓｉＲＮＡによる転写後遺伝子サイレンシングは哺乳類細胞における強力な遺伝子解析ツールとして急速に浮上しており、新規療法を生み出す可能性を秘めている。
ハンチントン病などのポリグルタミン伸長疾患を引き起こすポリグルタミンリピートタンパク質をコードする核酸配列を標的とするように設計されたＲＮＡｉ分子が、米国特許第９，１６９，４８３号明細書及び同第９，１８１，５４４号明細書並びに国際公開第２０１５１７９５２５号パンフレット（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されている。米国特許第９，１６９，４８３号明細書及び同第９，１８１，５４４号明細書並びに国際公開第２０１５１７９５２５号パンフレットは、各々が、第１のＲＮＡ鎖（例えば、１５連続ヌクレオチド）と第２のＲＮＡ鎖（例えば、第１の鎖の少なくとも１２連続ヌクレオチドと相補的）とを含む単離ＲＮＡ二重鎖を提供し、ここでＲＮＡ二重鎖は約１５～３０塩基対長である。第１のＲＮＡ鎖と第２のＲＮＡ鎖とはＲＮＡループ（約４～５０ヌクレオチド）により作動可能に連結されてヘアピン構造を形成してもよく、これが発現カセットに挿入され得る。ループ部分の非限定的な例としては、米国特許第９，１６９，４８３号明細書の配列番号９～１４（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）が挙げられる。完全配列又配列の一部のいずれかの、ＲＮＡ二重鎖の形成に使用し得るＲＮＡ鎖の非限定的な例としては、米国特許第９，１６９，４８３号明細書の配列番号１～８並びに米国特許第９，１８１，５４４号明細書の配列番号１～１１、３３～５９、２０８～２１０、２１３～２１５及び２１８～２２１（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）が挙げられる。ＲＮＡｉ分子の非限定的な例としては、米国特許第９，１６９，４８３号明細書の配列番号１～８、米国特許第９，１８１，５４４号明細書の配列番号１～１１、３３～５９、２０８～２１０、２１３～２１５及び２１８～２２１並びに国際公開第２０１５１７９５２５号パンフレットの配列番号１、６、７、及び３５～３８（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）が挙げられる。
ＲＮＡｉを活性化させるため、インビトロ合成したｓｉＲＮＡ分子が細胞に導入されてもよい。外因性ｓｉＲＮＡ二重鎖は、細胞に導入されると、内因性ｄｓＲＮＡと同様にアセンブルして、ｓｉＲＮＡ二重鎖の２本の鎖のうちの一方（即ちアンチセンス鎖）に相補的なＲＮＡ配列と相互作用する多ユニット複合体であるＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）を形成することができる。この過程でｓｉＲＮＡのセンス鎖（又はパッセンジャー鎖）が複合体から失われ、一方でｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖（又はガイド鎖）はその相補ＲＮＡとマッチする。詳細には、ｓｉＲＮＡを含有するＲＩＳＣの標的は、完全な配列相補性を呈するｍＲＮＡである。次に、標的の切断、放出及び分解によってｓｉＲＮＡ媒介性遺伝子サイレンシングが起こる。
標的ｍＲＮＡに相同なセンス鎖と標的ｍＲＮＡに相補的なアンチセンス鎖とを含むｓｉＲＮＡ二重鎖は、標的ＲＮＡの破壊効率の点で、一本鎖（ｓｓ）－ｓｉＲＮＡ（例えばアンチセンス鎖ＲＮＡ又はアンチセンスオリゴヌクレオチド）の使用と比較してはるかに大きい利点をもたらす。多くの場合に、ｓｓ－ｓｉＲＮＡの使用は、対応する二重鎖の有効な遺伝子サイレンシング効力を達成するのに、より高い濃度のｓｓ－ｓｉＲＮＡを必要とする。
前述の分子のいずれも、ＡＡＶベクター又はベクターゲノムによってコードされてもよい。
ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖の設計及び配列
当該技術分野では、ｓｉＲＮＡの設計に関して幾つかの指針が提案されている。これらの指針は、概して、その遺伝子においてサイレンシングしようとする領域を標的とする１９ヌクレオチド二重鎖形成領域、対称２～３ヌクレオチド３’オーバハング、５’－リン酸基及び３’－ヒドロキシル基を作成することを推奨している。ｓｉＲＮＡ配列の好ましさを左右し得る他の規則としては、限定はされないが、（ｉ）アンチセンス鎖の５’末端におけるＡ／Ｕ；（ｉｉ）センス鎖の５’末端におけるＧ／Ｃ；（ｉｉｉ）アンチセンス鎖の５’端側３分の１にある少なくとも５個のＡ／Ｕ残基；及び（ｉｖ）９ヌクレオチド長より長いいかなるＧＣストレッチも存在しないことが挙げられる。標的遺伝子の具体的な配列と合わせて、かかる考慮点に従い、哺乳類標的遺伝子発現の抑制に不可欠な極めて有効なｓｉＲＮＡ分子を容易に設計し得る。
本発明によれば、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ分子（例えば、ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡ）が設計される。かかるｓｉＲＮＡ分子は、具体的には、ＨＴＴ遺伝子発現及びタンパク質産生を抑制することができる。一部の態様において、ｓｉＲＮＡ分子は、細胞のＨＴＴ遺伝子変異体、即ちＨＤ疾患を有する患者に同定される突然変異型ＨＴＴ転写物を選択的に「ノックアウト」するように設計及び使用される。一部の態様において、ｓｉＲＮＡ分子は、細胞のＨＴＴ遺伝子変異体を選択的に「ノックダウン」するように設計及び使用される。他の態様において、ｓｉＲＮＡ分子は、野生型及び突然変異型の両方のＨＴＴ遺伝子を阻害又は抑制することが可能である。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、両方の鎖が共にハイブリダイズして二重鎖構造を形成するセンス鎖と相補的アンチセンス鎖とを含む。アンチセンス鎖は標的特異的ＲＮＡｉを導くのに十分な相補性を有し、即ちｓｉＲＮＡ分子は、ＲＮＡｉ機構又は過程による標的ｍＲＮＡの破壊を惹起するのに十分な配列を有する。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、両方の鎖が共にハイブリダイズして二重鎖構造を形成するセンス鎖と相補的アンチセンス鎖とを含み、ここでＨＴＴ ｍＲＮＡとのハイブリダイゼーションの開始部位は、ＨＴＴ ｍＲＮＡ配列上のヌクレオチド１００～７０００である。非限定的な例として、開始部位は、ＨＴＴ ｍＲＮＡ配列上のヌクレオチド１００～１５０、１５０～２００、２００～２５０、２５０～３００、３００～３５０、３５０～４００、４００～４５０、４５０～５００、５００～５５０、５５０～６００、６００～６５０、６５０～７００、７００～７０、７５０～８００、８００～８５０、８５０～９００、９００～９５０、９５０～１０００、１０００～１０５０、１０５０～１１００、１１００～１１５０、１１５０～１２００、１２００～１２５０、１２５０～１３００、１３００～１３５０、１３５０～１４００、１４００～１４５０、１４５０～１５００、１５００～１５５０、１５５０～１６００、１６００～１６５０、１６５０～１７００、１７００～１７５０、１７５０～１８００、１８００～１８５０、１８５０～１９００、１９００～１９５０、１９５０～２０００、２０００～２０５０、２０５０～２１００、２１００～２１５０、２１５０～２２００、２２００～２２５０、２２５０～２３００、２３００～２３５０、２３５０～２４００、２４００～２４５０、２４５０～２５００、２５００～２５５０、２５５０～２６００、２６００～２６５０、２６５０～２７００、２７００～２７５０、２７５０～２８００、２８００～２８５０、２８５０～２９００、２９００～２９５０、２９５０～３０００、３０００～３０５０、３０５０～３１００、３１００～３１５０、３１５０～３２００、３２００～３２５０、３２５０～３３００、３３００～３３５０、３３５０～３４００、３４００～３４５０、３４５０～３５００、３５００～３５５０、３５５０～３６００、３６００～３６５０、３６５０～３７００、３７００～３７５０、３７５０～３８００、３８００～３８５０、３８５０～３９００、３９００～３９５０、３９５０～４０００、４０００～４０５０、４０５０～４１００、４１００～４１５０、４１５０～４２００、４２００～４２５０、４２５０～４３００、４３００～４３５０、４３５０～４４００、４４００～４４５０、４４５０～４５００、４５００～４５５０、４５５０～４６００、４６００～４６５０、４６５０～４７００、４７００～４７５０、４７５０～４８００、４８００～４８５０、４８５０～４９００、４９００～４９５０、４９５０～５０００、５０００～５０５０、５０５０～５１００、５１００～５１５０、５１５０～５２００、５２００～５２５０、５２５０～５３００、５３００～５３５０、５３５０～５４００、５４００～５４５０、５４５０～５５００、５５００～５５５０、５５５０～５６００、５６００～５６５０、５６５０～５７００、５７００～５７５０、５７５０～５８００、５８００～５８５０、５８５０～５９００、５９００～５９５０、５９５０～６０００、６０００～６０５０、６０５０～６１００、６１００～６１５０、６１５０～６２００、６２００～６２５０、６２５０～６３００、６３００～６３５０、６３５０～６４００、６４００～６４５０、６４５０～６５００、６５００～６５５０、６５５０～６６００、６６００～６６５０、６６５０～６７００、６７００～６７５０、６７５０～６８００、６８００～６８５０、６８５０～６９００、６９００～６９５０、６９５０～７０００、７０００～７０５０、７０５０～７１００、７１００～７１５０、７１５０～７２００、７２００～７２５０、７２５０～７３００、７３００～７３５０、７３５０～７４００、７４００～７４５０、７４５０～７５００、７５００～７５５０、７５５０～７６００、７６００～７６５０、７６５０～７７００、７７００～７７５０、７７５０～７８００、７８００～７８５０、７８５０～７９００、７９００～７９５０、７９５０～８０００、８０００～８０５０、８０５０～８１００、８１００～８１５０、８１５０～８２００、８２００～８２５０、８２５０～８３００、８３００～８３５０、８３５０～８４００、８４００～８４５０、８４５０～８５００、８５００～８５５０、８５５０～８６００、８６００～８６５０、８６５０～８７００、８７００～８７５０、８７５０～８８００、８８００～８８５０、８８５０～８９００、８９００～８９５０、８９５０～９０００、９０００～９０５０、９０５０～９１００、９１００～９１５０、９１５０～９２００、９２００～９２５０、９２５０～９３００、９３００～９３５０、９３５０～９４００、９４００～９４５０、９４５０～９５００、９５００～９５５０、９５５０～９６００、９６００～９６５０、９６５０～９７００、９７００～９７５０、９７５０～９８００、９８００～９８５０、９８５０～９９００、９９００～９９５０、９９５０～１００００、１００００～１００５０、１００５０～１０１００、１０１００～１０１５０、１０１５０～１０２００、１０２００～１０２５０、１０２５０～１０３００、１０３００～１０３５０、１０３５０～１０４００、１０４００～１０４５０、１０４５０～１０５００、１０５００～１０５５０、１０５５０～１０６００、１０６００～１０６５０、１０６５０～１０７００、１０７００～１０７５０、１０７５０～１０８００、１０８００～１０８５０、１０８５０～１０９００、１０９００～１０９５０、１０９５０～１１０００、１１０５０～１１１００、１１１００～１１１５０、１１１５０～１１２００、１１２００～１１２５０、１１２５０～１１３００、１１３００～１１３５０、１１３５０～１１４００、１１４００～１１４５０、１１４５０～１１５００、１１５００～１１５５０、１１５５０～１１６００、１１６００～１１６５０、１１６５０～１１７００、１１７００～１１７５０、１１７５０～１１８００、１１８００～１１８５０、１１８５０～１１９００、１１９００～１１９５０、１１９５０～１２０００、１２０００～１２０５０、１２０５０～１２１００、１２１００～１２１５０、１２１５０～１２２００、１２２００～１２２５０、１２２５０～１２３００、１２３００～１２３５０、１２３５０～１２４００、１２４００～１２４５０、１２４５０～１２５００、１２５００～１２５５０、１２５５０～１２６００、１２６００～１２６５０、１２６５０～１２７００、１２７００～１２７５０、１２７５０～１２８００、１２８００～１２８５０、１２８５０～１２９００、１２９００～１２９５０、１２９５０～１３０００、１３０５０～１３１００、１３１００～１３１５０、１３１５０～１３２００、１３２００～１３２５０、１３２５０～１３３００、１３３００～１３３５０、１３３５０～１３４００、１３４００～１３４５０、及び１３４５０～１３５００であってもよい。更に別の非限定的な例として、開始部位は、ＨＴＴ ｍＲＮＡ配列上のヌクレオチド３１５、３１６、３１７、３１８、３１９、３２０、３２１、３２２、３２３、３２４、３２５、３２６、３２７、３２８、３２９、３３０、３３１、３３２、３３３、３３４、３３５、３３６、３３７、３３８、３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４、３４５、３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、６２１、６２２、６２３、６２４、６２５、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、１３７５、１３７６、１３７７、１３７８、１３７９、１３８０、１３８１、１３８２、１３８３、１３８４、１３８５、１３８６、１３８７、１３８８、１３８９、１３９０、１３９１、１３９２、１３９３、１３９４、１３９５、１３９６、１３９７、１３９８、１３９９、１４００、１４０１、１４０２、１４０３、１４０４、１４０５、１４０６、１４０７、１４０８、１４０９、１４１０、１４１１、１４１２、１４１３、１４１４、１４１５、１４１６、１４１７、１４１８、１４１９、１４２０、１４２１、１４２２、１４２３、１４２４、１４２５、１４２６、１４２７、１４２８、１４２９、１４３０、１４３１、１４３２、１４３３、１４３４、１４３５、１４３６、１４３７、１４３８、１４３９、１４４０、１４４１、１４４２、１４４３、１４４４、１４４５、１４４６、１４４７、１４４８、１４４９、１４５０、１６６０、１６６１、１６６２、１６６３、１６６４、１６６５、１６６６、１６６７、１６６８、１６６９、１６７０、１６７１、１６７２、１６７３、１６７４、１６７５、２０５０、２０５１、２０５２、２０５３、２０５４、２０５５、２０５６、２０５７、２０５８、２０５９、２０６０、２０６１、２０６２、２０６３、２０６４、２０６５、２０６６、２０６７、２０６８、２０６９、２０７０、２０７１、２０７２、２０７３、２０７４、２０７５、２０７６、２０７７、２０７８、２０７９、２０８０、２０８１、２０８２、２０８３、２０８４、２０８５、２０８６、２０８７、２０８８、２０８９、２０９０、２０９１、２０９２、２０９３、２０９４、２０９５、２０９６、２０９７、２０９８、２０９９、２１００、２５８０、２５８１、２５８２、２５８３、２５８４、２５８５、２５８６、２５８７、２５８８、２５８９、２５９０、２５９１、２５９２、２５９３、２５９４、２５９５、２５９６、２５９７、２５９８、２５９９、２６００、２６０１、２６０２、２６０３、２６０４、２６０５、４５２５、４５２６、４５２７、４５２８、４５２９、４５３０、４５３１、４５３２、４５３３、４５３４、４５３５、４５３６、４５３７、４５３８、４５３９、４５４０、４５４１、４５４２、４５４３、４５４４、４５４５、４５４６、４５４７、４５４８、４５４９、４５５０、４５７５、４５７６、４５７７、４５７８、４５７９、４５８０、４５８１、４５８２、４５８３、４５８４、４５８５、４５８６、４５８７、４５８８、４５８９、４５９０、４５９１、４５９２、４５９３、４５９４、４５９５、４５９６、４５９７、４５９８、４５９９、４６００、４８５０、４８５１、４８５２、４８５３、４８５４、４８５５、４８５６、４８５７、４８５８、４８５９、４８６０、４８６１、４８６２、４８６３、４８６４、４８６５、４８６６、４８６７、４８６８、４８６９、４８７０、４８７１、４８７２、４８７３、４８７４、４８７５、４８７６、４８７７、４８７８、４８７９、４８８０、４８８１、４８８２、４８８３、４８８４、４８８５、４８８６、４８８７、４８８８、４８８９、４８９０、４８９１、４８９２、４８９３、４８９４、４８９５、４８９６、４８９７、４８９８、４８９９、４９００、５４６０、５４６１、５４６２、５４６３、５４６４、５４６５、５４６６、５４６７、５４６８、５４６９、５４７０、５４７１、５４７２、５４７３、５４７４、５４７５、５４７６、５４７７、５４７８、５４７９、５４８０、６１７５、６１７６、６１７７、６１７８、６１７９、６１８０、６１８１、６１８２、６１８３、６１８４、６１８５、６１８６、６１８７、６１８８、６１８９、６１９０、６１９１、６１９２、６１９３、６１９４、６１９５、６１９６、６１９７、６１９８、６１９９、６２００、６３１５、６３１６、６３１７、６３１８、６３１９、６３２０、６３２１、６３２２、６３２３、６３２４、６３２５、６３２６、６３２７、６３２８、６３２９、６３３０、６３３１、６３３２、６３３３、６３３４、６３３５、６３３６、６３３７、６３３８、６３３９、６３４０、６３４１、６３

４２、６３４３、６３４４、６３４５、６６００、６６０１、６６０２、６６０３、６６０４、６６０５、６６０６、６６０７、６６０８、６６０９、６６１０、６６１１、６６１２、６６１３、６６１４、６６１５、６７２５、６７２６、６７２７、６７２８、６７２９、６７３０、６７３１、６７３２、６７３３、６７３４、６７３５、６７３６、６７３７、６７３８、６７３９、６７４０、６７４１、６７４２、６７４３、６７４４、６７４５、６７４６、６７４７、６７４８、６７４９、６７５０、６７５１、６７５２、６７５３、６７５４、６７５５、６７５６、６７５７、６７５８、６７５９、６７６０、６７６１、６７６２、６７６３、６７６４、６７６５、６７６６、６７６７、６７６８、６７６９、６７７０、６７７１、６７７２、６７７３、６７７４、６７７５、７６５５、７６５６、７６５７、７６５８、７６５９、７６６０、７６６１、７６６２、７６６３、７６６４、７６６５、７６６６、７６６７、７６６８、７６６９、７６７０、７６７１、７６７２、８５１０、８５１１、８５１２、８５１３、８５１４、８５１５、８５１６、８７１５、８７１６、８７１７、８７１８、８７１９、８７２０、８７２１、８７２２、８７２３、８７２４、８７２５、８７２６、８７２７、８７２８、８７２９、８７３０、８７３１、８７３２、８７３３、８７３４、８７３５、８７３６、８７３７、８７３８、８７３９、８７４０、８７４１、８７４２、８７４３、８７４４、８７４５、９２５０、９２５１、９２５２、９２５３、９２５４、９２５５、９２５６、９２５７、９２５８、９２５９、９２６０、９２６１、９２６２、９２６３、９２６４、９２６５、９２６６、９２６７、９２６８、９２６９、９２７０、９４８０、９４８１、９４８２、９４８３、９４８４、９４８５、９４８６、９４８７、９４８８、９４８９、９４９０、９４９１、９４９２、９４９３、９４９４、９４９５、９４９６、９４９７、９４９８、９４９９、９５００、９５７５、９５７６、９５７７、９５７８、９５７９、９５８０、９５８１、９５８２、９５８３、９５８４、９５８５、９５８６、９５８７、９５８８、９５８９、９５９０、１０５２５、１０５２６、１０５２７、１０５２８、１０５２９、１０５３０、１０５３１、１０５３２、１０５３３、１０５３４、１０５３５、１０５３６、１０５３７、１０５３８、１０５３９、１０５４０、１１５４５、１１５４６、１１５４７、１１５４８、１１５４９、１１５５０、１１５５１、１１５５２、１１５５３、１１５５４、１１５５５、１１５５６、１１５５７、１１５５８、１１５５９、１１５６０、１１８７５、１１８７６、１１８７７、１１８７８、１１８７９、１１８８０、１１８８１、１１８８２、１１８８３、１１８８４、１１８８５、１１８８６、１１８８７、１１８８８、１１８８９、１１８９０、１１８９１、１１８９２、１１８９３、１１８９４、１１８９５、１１８９６、１１８９７、１１８９８、１１８９９、１１９００、１１９１５、１１９１６、１１９１７、１１９１８、１１９１９、１１９２０、１１９２１、１１９２２、１１９２３、１１９２４、１１９２５、１１９２６、１１９２７、１１９２８、１１９２９、１１９３０、１１９３１、１１９３２、１１９３３、１１９３４、１１９３５、１１９３６、１１９３７、１１９３８、１１９３９、１１９４０、１３３７５、１３３７６、１３３７７、１３３７８、１３３７９、１３３８０、１３３８１、１３３８２、１３３８３、１３３８４、１３３８５、１３３８６、１３３８７、１３３８８、１３３８９及び１３３９０であってもよい。
一部の実施形態において、アンチセンス鎖と標的ｍＲＮＡ配列とは１００％の相補性を有する。アンチセンス鎖は標的ｍＲＮＡ配列の任意の一部と相補的であってもよい。
他の実施形態において、アンチセンス鎖と標的ｍＲＮＡ配列とは少なくとも１つのミスマッチを含む。非限定的な例として、アンチセンス鎖と標的ｍＲＮＡ配列とは、少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％又は少なくとも２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～９９％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～９９％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～９９％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～９９％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～９９％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～９９％、８０～９０％、８０～９５％、８０～９９％、９０～９５％、９０～９９％又は９５～９９％の相補性を有する。
本発明によれば、ｓｉＲＮＡ分子は長さが約１０～５０ヌクレオチド又はそれ以上であり、即ち、各鎖が１０～５０ヌクレオチド（又はヌクレオチド類似体）を含む。好ましくは、ｓｉＲＮＡ分子は長さが各鎖約１５～３０、例えば、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、又は３０ヌクレオチドであり、ここで鎖の一方は標的領域と十分に相補的である。一実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は長さが約１９～２５、１９～２４又は１９～２１ヌクレオチドである。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、約１９ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、及び３’末端に２オーバハングヌクレオチドを含む合成ＲＮＡ二重鎖であり得る。一部の態様において、ｓｉＲＮＡ分子は非修飾ＲＮＡ分子であってもよい。他の態様において、ｓｉＲＮＡ分子は、塩基、糖又は骨格修飾などの少なくとも１つの修飾ヌクレオチドを含有し得る。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、限定はされないが、表１のアンチセンス（ガイド）配列又はその断片若しくは変異体などのヌクレオチド配列を含み得る。非限定的な例として、本発明のｓｉＲＮＡ分子に使用されるアンチセンス配列は、表１のヌクレオチド配列の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％又は少なくとも２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～９９％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～９９％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～９９％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～９９％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～９９％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～９９％、８０～９０％、８０～９５％、８０～９９％、９０～９５％、９０～９９％又は９５～９９％である。別の非限定的な例として、本発明のｓｉＲＮＡ分子に使用されるアンチセンス配列は、表１のヌクレオチド配列の少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２１超の連続ヌクレオチドを含む。更に別の非限定的な例として、本発明のｓｉＲＮＡ分子に使用されるアンチセンス配列は、表１の配列のヌクレオチド１～２２、１～２１、１～２０、１～１９、１～１８、１～１７、１～１６、１～１５、１～１４、１～１３、１～１２、１～１１、１～１０、１～９、１～８、２～２２、２～２１、２～２０、２～１９、２～１８、２～１７、２～１６、２～１５、２～１４、２～１３、２～１２、２～１１、２～１０、２～９、２～８、３～２２、３～２１、３～２０、３～１９、３～１８、３～１７、３～１６、３～１５、３～１４、３～１３、３～１２、３～１１、３～１０、３～９、３～８、４～２２、４～２１、４～２０、４～１９、４～１８、４～１７、４～１６、４～１５、４～１４、４～１３、４～１２、４～１１、４～１０、４～９、４～８、５～２２、５～２１、５～２０、５～１９、５～１８、５～１７、５～１６、５～１５、５～１４、５～１３、５～１２、５～１１、５～１０、５～９、５～８、６～２２、６～２１、６～２０、６～１９、６～１８、６～１７、６～１６、６～１５、６～１４、６～１３、６～１２、６～１１、６～１０、７～２２、７～２１、７～２０、７～１９、７～１８、７～１７、７～１６、７～１５、７～１４、７～１３、７～１２、８～２２、８～２１、８～２０、８～１９、８～１８、８～１７、８～１６、８～１５、８～１４、８～１３、８～１２、９～２２、９～２１、９～２０、９～１９、９～１８、９～１７、９～１６、９～１５、９～１４、１０～２２、１０～２１、１０～２０、１０～１９、１０～１８、１０～１７、１０～１６、１０～１５、１０～１４、１１～２２、１１～２１、１１～２０、１１～１９、１１～１８、１１～１７、１１～１６、１１～１５、１１～１４、１２～２２、１２～２１、１２～２０、１２～１９、１２～１８、１２～１７、１２～１６、１３～２２、１３～２１、１３～２０、１３～１９、１３～１８、１３～１７、１３～１６、１４～２２、１４～２１、１４～２０、１４～１９、１４～１８、１４～１７、１５～２２、１５～２１、１５～２０、１５～１９、１５～１８、１６～２２、１６～２１、１６～２０、１７～２２、１７～２１、又は１８～２２を含む。
Figure 0007220080000001
Figure 0007220080000002
Figure 0007220080000003
 一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、限定はされないが、表２のセンス（パッセンジャー）配列又はその断片若しくは変異体などのヌクレオチド配列を含み得る。非限定的な例として、本発明のｓｉＲＮＡ分子に使用されるセンス配列は、表２のヌクレオチド配列の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％又は少なくとも２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～９９％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～９９％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～９９％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～９９％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～９９％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～９９％、８０～９０％、８０～９５％、８０～９９％、９０～９５％、９０～９９％又は９５～９９％である。別の非限定的な例として、本発明のｓｉＲＮＡ分子に使用されるセンス配列は、表２のヌクレオチド配列の少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２１超の連続ヌクレオチドを含む。更に別の非限定的な例として、本発明のｓｉＲＮＡ分子に使用されるセンス配列は、表２の配列のヌクレオチド１～２２、１～２１、１～２０、１～１９、１～１８、１～１７、１～１６、１～１５、１～１４、１～１３、１～１２、１～１１、１～１０、１～９、１～８、２～２２、２～２１、２～２０、２～１９、２～１８、２～１７、２～１６、２～１５、２～１４、２～１３、２～１２、２～１１、２～１０、２～９、２～８、３～２２、３～２１、３～２０、３～１９、３～１８、３～１７、３～１６、３～１５、３～１４、３～１３、３～１２、３～１１、３～１０、３～９、３～８、４～２２、４～２１、４～２０、４～１９、４～１８、４～１７、４～１６、４～１５、４～１４、４～１３、４～１２、４～１１、４～１０、４～９、４～８、５～２２、５～２１、５～２０、５～１９、５～１８、５～１７、５～１６、５～１５、５～１４、５～１３、５～１２、５～１１、５～１０、５～９、５～８、６～２２、６～２１、６～２０、６～１９、６～１８、６～１７、６～１６、６～１５、６～１４、６～１３、６～１２、６～１１、６～１０、７～２２、７～２１、７～２０、７～１９、７～１８、７～１７、７～１６、７～１５、７～１４、７～１３、７～１２、８～２２、８～２１、８～２０、８～１９、８～１８、８～１７、８～１６、８～１５、８～１４、８～１３、８～１２、９～２２、９～２１、９～２０、９～１９、９～１８、９～１７、９～１６、９～１５、９～１４、１０～２２、１０～２１、１０～２０、１０～１９、１０～１８、１０～１７、１０～１６、１０～１５、１０～１４、１１～２２、１１～２１、１１～２０、１１～１９、１１～１８、１１～１７、１１～１６、１１～１５、１１～１４、１２～２２、１２～２１、１２～２０、１２～１９、１２～１８、１２～１７、１２～１６、１３～２２、１３～２１、１３～２０、１３～１９、１３～１８、１３～１７、１３～１６、１４～２２、１４～２１、１４～２０、１４～１９、１４～１８、１４～１７、１５～２２、１５～２１、１５～２０、１５～１９、１５～１８、１６～２２、１６～２１、１６～２０、１７～２２、１７～２１、又は１８～２２を含む。
Figure 0007220080000004
Figure 0007220080000005
Figure 0007220080000006
Figure 0007220080000007
 一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、表１からのアンチセンス配列及び表２からのセンス配列、又はその断片若しくは変異体を含み得る。非限定的な例として、アンチセンス配列及びセンス配列は、少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％又は少なくとも２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～９９％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～９９％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～９９％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～９９％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～９９％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～９９％、８０～９０％、８０～９５％、８０～９９％、９０～９５％、９０～９９％又は９５～９９％の相補性を有する。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、表３～表５に記載されるとおりのセンス及びアンチセンスｓｉＲＮＡ二重鎖を含み得る。非限定的な例として、これらのｓｉＲＮＡ二重鎖は、内因性ＨＴＴ遺伝子発現に対するインビトロ阻害活性に関して試験されてもよい。
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Figure 0007220080000016
 他の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、細胞への送達用のプラスミドベクター、ウイルスベクター（例えばＡＡＶベクター）、ゲノム又は他の核酸発現ベクターにコードすることができる。
ＤＮＡ発現プラスミドを使用して本発明のｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡを細胞で安定に発現させ、標的遺伝子発現の長期阻害を実現することができる。一態様において、ｓｉＲＮＡ二重鎖のセンス鎖とアンチセンス鎖とは、典型的には短いスペーサ配列によって連結され、低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）と呼ばれるステム－ループ構造の発現をもたらす。ヘアピンはダイサーによって認識及び切断され、そのようにして成熟ｓｉＲＮＡ分子が生じる。
一実施形態において、ｓｉＲＮＡ二重鎖のセンス鎖とアンチセンス鎖とは短いスペーサ配列によって連結されてもよく、これは任意選択で追加のフランキング配列に連結されてもよく、プライマリーマイクロＲＮＡ（ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ）と呼ばれる隣接アーム－ステム－ループ構造の発現につながる。ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡはドローシャ及びダイサーによって認識及び切断され、そのようにして成熟ｓｉＲＮＡ分子が生じ得る。
本発明によれば、ＨＴＴ ｍＲＮＡを標的とするｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸を含むＡＡＶベクターが作製され、ＡＡＶベクター血清型は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９（ｈｕ１４）、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、及び／又はＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）及びこれらのバリアントであってもよい。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは標的ｍＲＮＡ（例えばＨＴＴ）を抑制（又は分解）する。従って、本ｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡを使用して、細胞、例えばニューロンにおけるＨＴＴ遺伝子発現を実質的に阻害することができる。一部の態様において、ＨＴＴ遺伝子発現の阻害とは、少なくとも約２０％、好ましくは少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％の阻害を指す。従って、標的遺伝子のタンパク質産物が少なくとも約２０％、好ましくは少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％阻害され得る。
本発明によれば、ｓｉＲＮＡ分子は、培養細胞のＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを低下させるように設計され、その能力に関して試験される。かかるｓｉＲＮＡ分子は、限定はされないが表３、表４又は表５に挙げられるものを含め、二重鎖を形成し得る。非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ二重鎖はｓｉＲＮＡ二重鎖ＩＤ：Ｄ－３５００～Ｄ－３５７０であってもよい。
一実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、ガイド鎖に位置する標的（例えばＨＴＴ）に対するｍｉＲＮＡシードマッチを含む。別の実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、パッセンジャー鎖に位置する標的（例えばＨＴＴ）に対するｍｉＲＮＡシードマッチを含む。更に別の実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは、ガイド鎖又はパッセンジャー鎖に位置する標的（例えばＨＴＴ）に対するシードマッチを含まない。
一実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは、ガイド鎖について有意な完全長オフターゲットをほぼ有しないものであり得る。別の実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは、パッセンジャー鎖について有意な完全長オフターゲット効果をほぼ有しないものであり得る。ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは、パッセンジャー鎖について１％未満、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、１～５％、２～６％、３～７％、４～８％、５～９％、５～１０％、６～１０％、５～１５％、５～２０％、５～２５％ ５～３０％、１０～２０％、１０～３０％、１０～４０％、１０～５０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～４５％、２０～４０％、２０～５０％、２５～５０％、３０～４０％、３０～５０％、３５～５０％、４０～５０％、４５～５０％の完全長オフターゲット効果を有し得る。更に別の実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは、ガイド鎖又はパッセンジャー鎖について有意な完全長オフターゲットをほぼ有しないものであり得る。ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡは、ガイド鎖又はパッセンジャー鎖について１％未満、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、１～５％、２～６％、３～７％、４～８％、５～９％、５～１０％、６～１０％、５～１５％、５～２０％、５～２５％ ５～３０％、１０～２０％、１０～３０％、１０～４０％、１０～５０％、１５～３０％、１５～４０％、１５～４５％、２０～４０％、２０～５０％、２５～５０％、３０～４０％、３０～５０％、３５～５０％、４０～５０％、４５～５０％の完全長オフターゲット効果を有し得る。
一実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はコード化ｄｓＲＮＡはインビトロで高い活性を有し得る。別の実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子はインビトロで低い活性を有し得る。更に別の実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡはインビトロで高いガイド鎖活性及び低いパッセンジャー鎖活性を有し得る。
一実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子はインビトロで高いガイド鎖活性及び低いパッセンジャー鎖活性を有する。ガイド鎖による標的ノックダウン（ＫＤ）は少なくとも４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、９９．５％又は１００％であり得る。ガイド鎖による標的ノックダウンは４０～５０％、４５～５０％、５０～５５％、５０～６０％、６０～６５％、６０～７０％、６０～７５％、６０～８０％、６０～８５％、６０～９０％、６０～９５％、６０～９９％、６０～９９．５％、６０～１００％、６５～７０％、６５～７５％、６５～８０％、６５～８５％、６５～９０％、６５～９５％、６５～９９％、６５～９９．５％、６５～１００％、７０～７５％、７０～８０％、７０～８５％、７０～９０％、７０～９５％、７０～９９％、７０～９９．５％、７０～１００％、７５～８０％、７５～８５％、７５～９０％、７５～９５％、７５～９９％、７５～９９．５％、７５～１００％、８０～８５％、８０～９０％、８０～９５％、８０～９９％、８０～９９．５％、８０～１００％、８５～９０％、８５～９５％、８５～９９％、８５～９９．５％、８５～１００％、９０～９５％、９０～９９％、９０～９９．５％、９０～１００％、９５～９９％、９５～９９．５％、９５～１００％、９９～９９．５％、９９～１００％又は９９．５～１００％であり得る。非限定的な例として、ガイド鎖による標的ノックダウン（ＫＤ）は７０％より高い。非限定的な例として、ガイド鎖による標的ノックダウン（ＫＤ）は６０％より高い。
一実施形態において、ｓｉＲＮＡ二重鎖は、センス又はアンチセンス配列について非Ｈｔｔ配列に対するｍｉＲＮＡシードマッチがないように設計される。
一実施形態において、最も近いオフターゲットに対するガイド鎖のＩＣ５０は、標的に対するガイド鎖のＩＣ５０の１００倍よりも高い。非限定的な例として、最も近いオフターゲットに対するガイド鎖のＩＣ５０が標的に対するガイド鎖のＩＣ５０の１００倍よりも高い場合、そのｓｉＲＮＡ分子は、インビトロでのＨｔｔの阻害に高いガイド鎖選択性を有すると言われる。
一実施形態において、ガイド鎖の５’プロセシングは、インビトロ又はインビボで少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％又は１００％の確率で５’末端に正しい開始（ｎ）を有する。非限定的な例として、ガイド鎖の５’プロセシングは正確であり、インビトロで少なくとも９９％の確率で５’末端に正しい開始（ｎ）を有する。非限定的な例として、ガイド鎖の５’プロセシングは正確であり、インビボで少なくとも９９％の確率で５’末端に正しい開始（ｎ）を有する。非限定的な例として、ガイド鎖の５’プロセシングは正確であり、インビトロで少なくとも９０％の確率で５’末端に正しい開始（ｎ）を有する。非限定的な例として、ガイド鎖の５’プロセシングは正確であり、インビボで少なくとも９０％の確率で５’末端に正しい開始（ｎ）を有する。非限定的な例として、ガイド鎖の５’プロセシングは正確であり、インビトロで少なくとも８５％の確率で５’末端に正しい開始（ｎ）を有する。非限定的な例として、ガイド鎖の５’プロセシングは正確であり、インビボで少なくとも８５％の確率で５’末端に正しい開始（ｎ）を有する。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は、インビトロ又はインビボで１：１０、１：９、１：８、１：７、１：６、１：５、１：４、１：３、１：２、１；１、２：１０、２：９、２：８、２：７、２：６、２：５、２：４、２：３、２：２、２：１、３：１０、３：９、３：８、３：７、３：６、３：５、３：４、３：３、３：２、３：１、４：１０、４：９、４：８、４：７、４：６、４：５、４：４、４：３、４：２、４：１、５：１０、５：９、５：８、５：７、５：６、５：５、５：４、５：３、５：２、５：１、６：１０、６：９、６：８、６：７、６：６、６：５、６：４、６：３、６：２、６：１、７：１０、７：９、７：８、７：７、７：６、７：５、７：４、７：３、７：２、７：１、８：１０、８：９、８：８、８：７、８：６、８：５、８：４、８：３、８：２、８：１、９：１０、９：９、９：８、９：７、９：６、９：５、９：４、９：３、９：２、９：１、１０：１０、１０：９、１０：８、１０：７、１０：６、１０：５、１０：４、１０：３、１０：２、１０：１、１：９９、５：９５、１０：９０、１５：８５、２０：８０、２５：７５、３０：７０、３５：６５、４０：６０、４５：５５、５０：５０、５５：４５、６０：４０、６５：３５、７０：３０、７５：２５、８０：２０、８５：１５、９０：１０、９５：５、又は９９：１である。ガイド対パッセンジャー比とは、プリマイクロＲＮＡの細胞内プロセシング後のガイド鎖対パッセンジャー鎖の比を指す。例えば、８０：２０のガイド対パッセンジャー比であれば、前駆体からプロセシングされるパッセンジャー鎖２つにつき８つのガイド鎖を有し得る。非限定的な例として、ガイド鎖対パッセンジャー鎖比はインビトロで８：２である。非限定的な例として、ガイド鎖対パッセンジャー鎖比はインビボで８：２である。非限定的な例として、ガイド鎖対パッセンジャー鎖比はインビトロで９：１である。非限定的な例として、ガイド鎖対パッセンジャー鎖比はインビボで９：１である。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は１より大きい。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は２より大きい。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は５より大きい。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は１０より大きい。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は２０より大きい。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は５０より大きい。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は少なくとも３：１である。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は少なくとも５：１である。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は少なくとも１０：１である。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は少なくとも２０：１である。
一実施形態において、ガイド鎖対パッセンジャー鎖（Ｇ：Ｐ）（アンチセンス鎖対センス鎖とも称される）の発現比は少なくとも５０：１である。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は、インビトロ又はインビボで１：１０、１：９、１：８、１：７、１：６、１：５、１：４、１：３、１：２、１；１、２：１０、２：９、２：８、２：７、２：６、２：５、２：４、２：３、２：２、２：１、３：１０、３：９、３：８、３：７、３：６、３：５、３：４、３：３、３：２、３：１、４：１０、４：９、４：８、４：７、４：６、４：５、４：４、４：３、４：２、４：１、５：１０、５：９、５：８、５：７、５：６、５：５、５：４、５：３、５：２、５：１、６：１０、６：９、６：８、６：７、６：６、６：５、６：４、６：３、６：２、６：１、７：１０、７：９、７：８、７：７、７：６、７：５、７：４、７：３、７：２、７：１、８：１０、８：９、８：８、８：７、８：６、８：５、８：４、８：３、８：２、８：１、９：１０、９：９、９：８、９：７、９：６、９：５、９：４、９：３、９：２、９：１、１０：１０、１０：９、１０：８、１０：７、１０：６、１０：５、１０：４、１０：３、１０：２、１０：１、１：９９、５：９５、１０：９０、１５：８５、２０：８０、２５：７５、３０：７０、３５：６５、４０：６０、４５：５５、５０：５０、５５：４５、６０：４０、６５：３５、７０：３０、７５：２５、８０：２０、８５：１５、９０：１０、９５：５、又は９９：１である。パッセンジャー対ガイド比とは、ガイド鎖切断後のパッセンジャー鎖対ガイド鎖の比を指す。例えば、８０：２０のパッセンジャー対ガイド比であれば、前駆体からプロセシングされるガイド鎖２つにつき８つのパッセンジャー鎖を有し得る。非限定的な例として、パッセンジャー鎖対ガイド鎖比はインビトロで８０：２０である。非限定的な例として、パッセンジャー鎖対ガイド鎖比はインビボで８０：２０である。非限定的な例として、パッセンジャー鎖対ガイド鎖比はインビトロで８：２である。非限定的な例として、パッセンジャー鎖対ガイド鎖比はインビボで８：２である。非限定的な例として、パッセンジャー鎖対ガイド鎖比はインビトロで９：１である。非限定的な例として、パッセンジャー鎖対ガイド鎖比はインビボで９：１である。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は１より大きい。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は２より大きい。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は５より大きい。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は１０より大きい。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は２０より大きい。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は５０より大きい。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は少なくとも３：１である。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は少なくとも５：１である。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は少なくとも１０：１である。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は少なくとも２０：１である。
一実施形態において、パッセンジャー鎖対ガイド鎖（Ｐ：Ｇ）（センス鎖対アンチセンス鎖とも称される）の発現比は少なくとも５０：１である。
一実施形態において、パッセンジャー鎖－ガイド鎖二重鎖は、プリマイクロ又はプレマイクロＲＮＡが、しかし当該技術分野において公知の及び本明細書に記載される方法、プロセシングを測定したとき２倍より高いガイド鎖対パッセンジャー鎖比を示す場合に有効と見なされる。非限定的な例として、プリマイクロ又はプレマイクロＲＮＡは、プロセシングを測定したとき、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍より高い、又は２～５倍、２～１０倍、２～１５倍、３～５倍、３～１０倍、３～１５倍、４～５倍、４～１０倍、４～１５倍、５～１０倍、５～１５倍、６～１０倍、６～１５倍、７～１０倍、７～１５倍、８～１０倍、８～１５倍、９～１０倍、９～１５倍、１０～１５倍、１１～１５倍、１２～１５倍、１３～１５倍、又は１４～１５倍のガイド鎖対パッセンジャー鎖比を示す。
一実施形態において、ｄｓＲＮＡをコードするベクターゲノムは、コンストラクトの完全長の少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％又は９９％超である配列を含む。非限定的な例として、ベクターゲノムは、コンストラクトの完全長配列の少なくとも８０％である配列を含む。
一実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、ｈｔｔ配列上の少なくとも１つのエクソンを標的とすることにより野生型又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。エクソンは、エクソン１、エクソン２、エクソン３、エクソン４、エクソン５、エクソン６、エクソン７、エクソン８、エクソン９、エクソン１０、エクソン１１、エクソン１２、エクソン１３、エクソン１４、エクソン１５、エクソン１６、エクソン１７、エクソン１８、エクソン１９、エクソン２０、エクソン２１、エクソン２２、エクソン２３、エクソン２４、エクソン２５、エクソン２６、エクソン２７、エクソン２８、エクソン２９、エクソン３０、エクソン３１、エクソン３２、エクソン３３、エクソン３４、エクソン３５、エクソン３６、エクソン３７、エクソン３８、エクソン３９、エクソン４０、エクソン４１、エクソン４２、エクソン４３、エクソン４４、エクソン４５、エクソン４６、エクソン４７、エクソン４８、エクソン４９、エクソン５０、エクソン５１、エクソン５２、エクソン５３、エクソン５４、エクソン５５、エクソン５６、エクソン５７、エクソン５８、エクソン５９、エクソン６０、エクソン６１、エクソン６２、エクソン６３、エクソン６４、エクソン６５、エクソン６６、及び／又はエクソン６７であってもよい。非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、エクソン１を標的とすることにより野生型又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。別の非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、エクソン１以外のエクソンを標的とすることにより野生型又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。別の非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、エクソン５０を標的とすることにより野生型又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。別の非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、エクソン６７を標的とすることにより野生型又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。
一実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、ｈｔｔ配列上の少なくとも１つのエクソンを標的とすることにより野生型及び／又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。エクソンは、エクソン１、エクソン２、エクソン３、エクソン４、エクソン５、エクソン６、エクソン７、エクソン８、エクソン９、エクソン１０、エクソン１１、エクソン１２、エクソン１３、エクソン１４、エクソン１５、エクソン１６、エクソン１７、エクソン１８、エクソン１９、エクソン２０、エクソン２１、エクソン２２、エクソン２３、エクソン２４、エクソン２５、エクソン２６、エクソン２７、エクソン２８、エクソン２９、エクソン３０、エクソン３１、エクソン３２、エクソン３３、エクソン３４、エクソン３５、エクソン３６、エクソン３７、エクソン３８、エクソン３９、エクソン４０、エクソン４１、エクソン４２、エクソン４３、エクソン４４、エクソン４５、エクソン４６、エクソン４７、エクソン４８、エクソン４９、エクソン５０、エクソン５１、エクソン５２、エクソン５３、エクソン５４、エクソン５５、エクソン５６、エクソン５７、エクソン５８、エクソン５９、エクソン６０、エクソン６１、エクソン６２、エクソン６３、エクソン６４、エクソン６５、エクソン６６、及び／又はエクソン６７であってもよい。非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、エクソン１を標的とすることにより野生型及び／又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。別の非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、エクソン１以外のエクソンを標的とすることにより野生型及び／又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。別の非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、エクソン５０を標的とすることにより野生型及び／又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。別の非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ分子を使用して、エクソン６７を標的とすることにより野生型及び／又は突然変異ＨＴＴがサイレンシングされ得る。
ｓｉＲＮＡ修飾
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、前駆体又はＤＮＡとして送達されるのでない場合、限定はされないがインビボでのｓｉＲＮＡの安定性の増加など、ＲＮＡ分子の幾つかの特徴を調節するように化学的に修飾されてもよい。化学的に修飾されたｓｉＲＮＡ分子はヒトの治療適用において使用することができ、ｓｉＲＮＡ分子のＲＮＡｉ活性を損なうことなく改良される。非限定的な例として、センス鎖及びアンチセンス鎖の両方の３’末端及び５’末端の両方で修飾されたｓｉＲＮＡ分子。
一部の態様において、本発明のｓｉＲＮＡ二重鎖は、限定はされないが、糖修飾ヌクレオチド、核酸塩基修飾及び／又は骨格修飾など、１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み得る。一部の態様において、ｓｉＲＮＡ分子は、組み合わせの修飾、例えば組み合わせの核酸塩基及び骨格修飾を含み得る。
一実施形態において、修飾ヌクレオチドは糖修飾ヌクレオチドであってもよい。糖修飾ヌクレオチドとしては、限定はされないが、２’－フルオロ、２’－アミノ及び２’－チオ修飾リボヌクレオチド、例えば２’－フルオロ修飾リボヌクレオチドが挙げられる。修飾ヌクレオチドは糖部分、並びにリボシルでない糖類又はその類似体を有するヌクレオチドが修飾されてもよい。例えば、糖部分は、マンノース、アラビノース、グルコピラノース、ガラクトピラノース、４’－チオリボース、及び他の糖類、複素環、又は炭素環であってもよく、又はそれをベースとしてもよい。
一実施形態において、修飾ヌクレオチドは核酸塩基修飾ヌクレオチドであってもよい。
一実施形態において、修飾ヌクレオチドは骨格修飾ヌクレオチドであってもよい。一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ二重鎖は骨格に他の修飾を更に含み得る。通常の「骨格」は、本明細書で使用されるとき、ＤＮＡ又はＲＮＡ分子における交互に繰り返す糖－リン酸配列を指す。デオキシリボース／リボース糖が３’－ヒドロキシル基及び５’－ヒドロキシル基の両方においてエステル結合でリン酸基につなぎ合わされ、これは「リン酸ジエステル」結合／リンカーとしても知られる（ＰＯ連結）。ＰＯ骨格は「ホスホロチオエート骨格」として修飾されてもよい（ＰＳ連結）。ある場合には、天然のリン酸ジエステル結合がアミド結合によって置き換えられてもよく、但し２つの糖単位間の４つの原子は保たれる。かかるアミド修飾は、オリゴヌクレオチドの固相合成を促進し、ｓｉＲＮＡ相補体と形成された二重鎖の熱力学的安定性を増加させることができる。例えばメスマエカー（Ｍｅｓｍａｅｋｅｒ）ら著、ピュア・アンド・アプライド・ケミストリー（Ｐｕｒｅ ＆ Ａｐｐｌ．Ｃｈｅｍ．）、１９９７年、第３巻、ｐ．４３７～４４０を参照のこと；この内容は全体として参照により本明細書に援用される。
修飾塩基とは、１つ以上の原子又は基の置換又は付加によって修飾された、例えば、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、ウラシル、キサンチン、イノシン、及びキューオシンなどのヌクレオチド塩基を指す。核酸塩基部分に対する修飾の幾つかの例としては、限定はされないが、アルキル化、ハロゲン化、チオール化、アミノ化、アミド化、又はアセチル化塩基が、個別に又は組み合わせで挙げられる。より具体的な例としては、例えば、５－プロピニルウリジン、５－プロピニルシチジン、６－メチルアデニン、６－メチルグアニン、Ｎ，Ｎ，－ジメチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－プロピルグアニン、２－アミノアデニン、１－メチルイノシン、３－メチルウリジン、５－メチルシチジン、５－メチルウリジン及び５位に修飾を有する他のヌクレオチド、５－（２－アミノ）プロピルウリジン、５－ハロシチジン、５－ハロウリジン、４－アセチルシチジン、１－メチルアデノシン、２－メチルアデノシン、３－メチルシチジン、６－メチルウリジン、２－メチルグアノシン、７－メチルグアノシン、２，２－ジメチルグアノシン、５－メチルアミノエチルウリジン、５－メチルオキシウリジン、デアザヌクレオチド、例えば７－デアザアデノシン、６－アゾウリジン、６－アゾシチジン、６－アゾチミジン、５－メチル－２－チオウリジン、他のチオ塩基、例えば２－チオウリジン及び４－チオウリジン及び２－チオシチジン、ジヒドロウリジン、プソイドウリジン、キューオシン、アーケオシン、ナフチル及び置換ナフチル基、任意のＯ－及びＮ－アルキル化プリン及びピリミジン、例えばＮ６－メチルアデノシン、５－メチルカルボニルメチルウリジン、ウリジン５－オキシ酢酸、ピリジン－４－オン、ピリジン－２－オン、フェニル及び修飾フェニル基、例えばアミノフェノール又は２，４，６－トリメトキシベンゼン、Ｇクランプヌクレオチドとして働く修飾シトシン、８－置換アデニン及びグアニン、５－置換ウラシル及びチミン、アザピリミジン、カルボキシヒドロキシアルキルヌクレオチド、カルボキシアルキルアミノアルキルヌクレオチド、及びアルキルカルボニルアルキル化ヌクレオチドが挙げられる。
一実施形態において、修飾ヌクレオチドはセンス鎖上にだけあってもよい。
別の実施形態において、修飾ヌクレオチドはアンチセンス鎖上にだけあってもよい。
一部の実施形態において、修飾ヌクレオチドはセンス鎖及びアンチセンス鎖の両方にあってもよい。
一部の実施形態において、化学的に修飾されたヌクレオチドは、アンチセンス鎖がＨＴＴ ｍＲＮＡ配列などの標的ｍＲＮＡ配列と対を形成する能力に影響を及ぼさない。
分子足場
一実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、分子足場もまた含む調節性ポリヌクレオチドにコードされてもよい。本明細書で使用されるとき「分子足場」は、それに対して後続の分子を設計又は作製する配列又は構造基盤を形成するフレームワーク又は出発分子である。
一実施形態において、分子足場は少なくとも１つの５’フランキング領域を含む。非限定的な例として、５’フランキング領域は、任意の長さであってよい、且つ全体又は一部が野生型マイクロＲＮＡ配列に由来し得るか、又は完全に人工的な配列であり得る５’フランキング配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は少なくとも１つの３’フランキング領域を含む。非限定的な例として、３’フランキング領域は、任意の長さであってよい、且つ全体又は一部が野生型マイクロＲＮＡ配列に由来し得るか、又は完全に人工的な配列であり得る３’フランキング配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は少なくとも１つのループモチーフ領域を含む。非限定的な例として、ループモチーフ領域は、任意の長さであってよい配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、５’フランキング領域、ループモチーフ領域及び／又は３’フランキング領域を含む。
一実施形態において、少なくとも１つのペイロード（例えば、本明細書に記載されるｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ又は他のＲＮＡｉ剤）は、少なくとも１つの分子足場もまた含む調節性ポリヌクレオチドによってコードされてもよい。分子足場は、任意の長さであってよい、且つ全体又は一部が野生型マイクロＲＮＡ配列に由来し得るか、又は完全に人工的な配列であり得る５’フランキング配列を含み得る。３’フランキング配列はサイズ及び由来の点で５’フランキング配列及び／又はある３’フランキング配列を反映し得る。いずれのフランキング配列も存在しないこともある。３’フランキング配列は任意選択で１つ以上のＣＮＮＣモチーフ（式中、「Ｎ」は任意のヌクレオチドを表す）を含有し得る。
ステムループ構造のステムを形成することが、少なくとも１つのペイロード配列をコードする最小限の調節性ポリヌクレオチドである。一部の実施形態においてペイロード配列は、一部が標的配列に相補性であるか、又はハイブリダイズすることになる少なくとも１つの核酸配列を含む。一部の実施形態においてペイロードはｓｉＲＮＡ分子又はｓｉＲＮＡ分子の断片である。
一部の実施形態において、調節性ポリヌクレオチドのステムループ構造の５’アームは、センス配列をコードする核酸配列を含む。調節性ポリヌクレオチドによってコードされ得るセンス配列、又はその断片若しくは変異体の非限定的な例は表２に記載する。
一部の実施形態において、調節性ポリヌクレオチドのステムループの３’アームは、アンチセンス配列をコードする核酸配列を含む。アンチセンス配列は、一部の例では、最も５’側の末端に「Ｇ」ヌクレオチドを含む。調節性ポリヌクレオチドによってコードされ得るアンチセンス配列、又はその断片若しくは変異体の非限定的な例は表３に記載する。
他の実施形態では、センス配列が調節性ポリヌクレオチドのステムループ構造のステムの３’アームにあってもよく、一方アンチセンス配列が５’アームにある。調節性ポリヌクレオチドによってコードされ得るセンス配列及びアンチセンス配列の非限定的な例は表２及び表３に記載する。
一実施形態において、センス配列とアンチセンス配列とは、それらの長さの実質的な部分にわたって完全に相補的であってもよい。他の実施形態においてセンス配列とアンチセンス配列とは、独立にそれらの鎖の長さの少なくとも５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、又は９９％にわたって少なくとも７０、８０、９０、９５又は９９％相補的であってもよい。
センス配列の同一性も、アンチセンス配列の相同性も、標的配列と１００％相補的である必要はない。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドのステムループ構造のセンス配列とアンチセンス配列とをループ配列（ループモチーフ、リンカー又はリンカーモチーフとしても知られる）が分離している。ループ配列は、任意の長さ、４～３０ヌクレオチド、４～２０ヌクレオチド、４～１５ヌクレオチド、５～１５ヌクレオチド、６～１２ヌクレオチド、６ヌクレオチド、７ヌクレオチド、８ヌクレオチド、９ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、１１ヌクレオチド、１２ヌクレオチド、１３ヌクレオチド、１４ヌクレオチド、及び／又は１５ヌクレオチドであってもよい。
一部の実施形態において、ループ配列は、少なくとも１つのＵＧＵＧモチーフをコードする核酸配列を含む。一部の実施形態において、ＵＧＵＧモチーフをコードする核酸配列は、ループ配列の５’末端に位置する。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドには、１つ以上のモジュール（例えば、５’フランキング領域、ループモチーフ領域、３’フランキング領域、センス配列、アンチセンス配列）を互いに分離するスペーサ領域が存在してもよい。かかるスペーサ領域は１つ以上存在してもよい。
一実施形態において、センス配列とフランキング領域配列との間には、８～２０、即ち、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０ヌクレオチドのスペーサ領域が存在してもよい。
一実施形態において、スペーサ領域の長さは１３ヌクレオチドであり、センス配列の５’末端とフランキング配列の３’末端との間に位置する。一実施形態において、スペーサは配列の約１ヘリカルターンを形成するのに十分な長さである。
一実施形態において、アンチセンス配列とフランキング配列との間には、８～２０、即ち、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０ヌクレオチドのスペーサ領域が存在してもよい。
一実施形態において、スペーサ配列は１０～１３、即ち、１０、１１、１２又は１３ヌクレオチドであり、アンチセンス配列の３’末端とフランキング配列の５’末端との間に位置する。一実施形態において、スペーサは配列の約１ヘリカルターンを形成するのに十分な長さである。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドは、５’から３’方向に、５’フランキング配列、５’アーム、ループモチーフ、３’アーム及び３’フランキング配列を含む。非限定的な例として、５’アームがセンス配列を含んでもよく、３’アームがアンチセンス配列を含む。別の非限定的な例では、５’アームがアンチセンス配列を含み、３’アームがセンス配列を含む。
一実施形態において、５’アーム、ペイロード（例えば、センス及び／又はアンチセンス配列）、ループモチーフ及び／又は３’アーム配列は改変されてもよい（例えば、１ヌクレオチド以上の置換、ヌクレオチドの付加及び／又はヌクレオチドの欠失）。改変はコンストラクトの機能に有益な変化を生じさせ得る（例えば、標的配列のノックダウンを増加させ、コンストラクトの分解を低減し、オフターゲット効果を低減し、ペイロードの効率を増加させ、及びペイロードの分解を低減し得る）。
一実施形態において、ガイド鎖の切出し率をパッセンジャー鎖の切出し率よりも高くするため、調節性ポリヌクレオチドの分子足場が配列される。ガイド鎖又はパッセンジャー鎖の切出し率は、独立に、１％、２％、３％、４％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％又は９９％超であり得る。非限定的な例として、ガイド鎖の切出し率は少なくとも８０％である。別の非限定的な例として、ガイド鎖の切出し率は少なくとも９０％である。
一実施形態において、ガイド鎖の切出し率はパッセンジャー鎖の切出し率よりも高い。一態様において、ガイド鎖の切出し率は、パッセンジャー鎖よりも少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％又は９９％超高くてもよい。
一実施形態において、ガイド鎖の切出し効率は、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％又は９９％超である。非限定的な例として、ガイド鎖の切出し効率は８０％よりも高い。
一実施形態において、分子足場からのガイド鎖の切出し効率はパッセンジャー鎖の切出しよりも高い。分子足場からのガイド鎖の切出しは、パッセンジャー鎖の切出しよりも２、３、４、５、６、７、８、９、１０倍又は１０倍超高効率であり得る。
一実施形態において、分子足場は二重機能ターゲティング調節性ポリヌクレオチドを含む。本明細書で使用されるとき、「二重機能ターゲティング」調節性ポリヌクレオチドは、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖の両方が同じ標的をノックダウンするポリヌクレオチド、又はガイド鎖及びパッセンジャー鎖が異なる標的をノックダウンするポリヌクレオチドである。
一実施形態において、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドの分子足場は、５’フランキング領域、ループモチーフ領域及び３’フランキング領域を含み得る。本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドによってコードされ得る５’フランキング領域、ループモチーフ領域（リンカー領域とも称され得る）及び３’フランキング領域の配列の非限定的な例は、表６～表８に示される。
Figure 0007220080000017
Figure 0007220080000018
Figure 0007220080000019
 表６～表８に記載される領域、又はその断片のいずれも（式中、ＵはＴである）、本明細書に記載される分子足場におけるモジュールとして使用し得る。
一実施形態において、分子足場は、表６に挙げられる少なくとも１つの５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。非限定的な例として、５’フランキング領域は、５Ｆ１、５Ｆ２、５Ｆ３、５Ｆ４、５Ｆ５、５Ｆ６、又は５Ｆ７であってもよい。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ４フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ５フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ６フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ７フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、表７に挙げられる少なくとも１つのループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。非限定的な例として、ループモチーフ領域は、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、Ｌ５、Ｌ６、Ｌ７、又はＬ８であってもよい。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ２ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ３ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ５ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ６ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ７ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ８ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、表８に挙げられる少なくとも１つの３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。非限定的な例として、３’フランキング領域は、３Ｆ１、３Ｆ２、３Ｆ３、３Ｆ４、又は３Ｆ５であってもよい。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの３Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの３Ｆ２フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの３Ｆ３フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの３Ｆ４フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの３Ｆ５フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、表６及び表７に記載されるとおりの少なくとも１つの５’フランキング領域及び少なくとも１つのループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。非限定的な例として、５’フランキング領域及びループモチーフ領域は、５Ｆ１及びＬ１、５Ｆ１及びＬ２、５Ｆ１及びＬ３、５Ｆ１及びＬ４、５Ｆ１及びＬ５、５Ｆ１及びＬ６、５Ｆ１及びＬ７、５Ｆ１及びＬ８、５Ｆ２及びＬ１、５Ｆ２及びＬ２、５Ｆ２及びＬ３、５Ｆ２及びＬ４、５Ｆ２及びＬ５、５Ｆ２及びＬ６、５Ｆ２及びＬ７、５Ｆ２及びＬ８、５Ｆ３及びＬ１、５Ｆ３及びＬ２、５Ｆ３及びＬ３、５Ｆ３及びＬ４、５Ｆ３及びＬ５、５Ｆ３及びＬ６、５Ｆ３及びＬ７、５Ｆ３及びＬ８、５Ｆ４及びＬ１、５Ｆ４及びＬ２、５Ｆ４及びＬ３、５Ｆ４及びＬ４、５Ｆ４及びＬ５、５Ｆ４及びＬ６、５Ｆ４及びＬ７、５Ｆ４及びＬ８、５Ｆ５及びＬ１、５Ｆ５及びＬ２、５Ｆ５及びＬ３、５Ｆ５及びＬ４、５Ｆ５及びＬ５、５Ｆ５及びＬ６、５Ｆ５及びＬ７、５Ｆ５及びＬ８、５Ｆ６及びＬ１、５Ｆ６及びＬ２、５Ｆ６及びＬ３、５Ｆ６及びＬ４、５Ｆ６及びＬ５、５Ｆ６及びＬ６、５Ｆ６及びＬ７、５Ｆ６及びＬ８、５Ｆ７及びＬ１、５Ｆ７及びＬ２、５Ｆ７及びＬ３、５Ｆ７及びＬ４、５Ｆ７及びＬ５、５Ｆ７及びＬ６、５Ｆ７及びＬ７、並びに５Ｆ７及びＬ８であってもよい。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ７フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ８ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ５ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ４フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ７ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ５フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ６フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ６ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ７フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ２ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのＬ２ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、表７及び表８に記載されるとおりの少なくとも１つの３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つのループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。非限定的な例として、３’フランキング領域及びループモチーフ領域は、３Ｆ１及びＬ１、３Ｆ１及びＬ２、３Ｆ１及びＬ３、３Ｆ１及びＬ４、３Ｆ１及びＬ５、３Ｆ１及びＬ６、３Ｆ１及びＬ７、３Ｆ１及びＬ８、３Ｆ２及びＬ１、３Ｆ２及びＬ２、３Ｆ２及びＬ３、３Ｆ２及びＬ４、３Ｆ２及びＬ５、３Ｆ２及びＬ６、３Ｆ２及びＬ７、３Ｆ２及びＬ８、３Ｆ３及びＬ１、３Ｆ３及びＬ２、３Ｆ３及びＬ３、３Ｆ３及びＬ４、３Ｆ３及びＬ５、３Ｆ３及びＬ６、３Ｆ３及びＬ７、３Ｆ３及びＬ８、３Ｆ４及びＬ１、３Ｆ４及びＬ２、３Ｆ４及びＬ３、３Ｆ４及びＬ４、３Ｆ４及びＬ５、３Ｆ４及びＬ６、３Ｆ４及びＬ７、３Ｆ４及びＬ８、３Ｆ５及びＬ１、３Ｆ５及びＬ２、３Ｆ５及びＬ３、３Ｆ５及びＬ４、３Ｆ５及びＬ５、３Ｆ５及びＬ６、３Ｆ５及びＬ７、並びに３Ｆ５及びＬ８であってもよい。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ２フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ８ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ５フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ５ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ４フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ７ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ６ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ５フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ２ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ２フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ３フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ５ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ４フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つのＬ２ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、表６及び表８に記載されるとおりの少なくとも１つの５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。非限定的な例として、フランキング領域は、５Ｆ１及び３Ｆ１、５Ｆ１及び３Ｆ２、５Ｆ１及び３Ｆ３、５Ｆ１及び３Ｆ４、５Ｆ１及び３Ｆ５、５Ｆ２及び３Ｆ１、５Ｆ２及び３Ｆ２、５Ｆ２及び３Ｆ３、５Ｆ２及び３Ｆ４、５Ｆ２及び３Ｆ５、５Ｆ３及び３Ｆ１、５Ｆ３及び３Ｆ２、５Ｆ３及び３Ｆ３、５Ｆ３及び３Ｆ４、５Ｆ３及び３Ｆ５、５Ｆ４及び３Ｆ１、５Ｆ４及び３Ｆ２、５Ｆ４及び３Ｆ３、５Ｆ４及び３Ｆ４、５Ｆ４及び３Ｆ５、５Ｆ５及び３Ｆ１、５Ｆ５及び３Ｆ２、５Ｆ５及び３Ｆ３、５Ｆ５及び３Ｆ４、５Ｆ５及び３Ｆ５、５Ｆ６及び３Ｆ１、５Ｆ６及び３Ｆ２、５Ｆ６及び３Ｆ３、５Ｆ６及び３Ｆ４、５Ｆ６及び３Ｆ５、５Ｆ７及び３Ｆ１、５Ｆ７及び３Ｆ２、５Ｆ７及び３Ｆ３、５Ｆ７及び３Ｆ４、並びに５Ｆ７及び３Ｆ５であってもよい。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ２ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ７ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ５ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ４ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ４ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ５ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ４ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ６ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ３ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ４ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３Ｆ２ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、表６～表８に記載されるとおりの少なくとも１つの５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列及び少なくとも１つの３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。非限定的な例として、フランキング及びループモチーフ領域は、５Ｆ１、Ｌ１及び３Ｆ１；５Ｆ１、Ｌ１及び３Ｆ２；５Ｆ１、Ｌ１及び３Ｆ３；５Ｆ１、Ｌ１及び３Ｆ４；５Ｆ１、Ｌ１及び３Ｆ５；５Ｆ２、Ｌ１及び３Ｆ１；５Ｆ２、Ｌ１及び３Ｆ２；５Ｆ２、Ｌ１及び３Ｆ３；５Ｆ２、Ｌ１及び３Ｆ４；５Ｆ２、Ｌ１及び３Ｆ５；５Ｆ３、Ｌ１及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ１及び３Ｆ２；５Ｆ３、Ｌ１及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ１及び３Ｆ４；５Ｆ３、Ｌ１及び３Ｆ５；５Ｆ４、Ｌ１及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ１及び３Ｆ２；５Ｆ４、Ｌ１及び３Ｆ３；５Ｆ４、Ｌ１及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ１及び３Ｆ５；５Ｆ５、Ｌ１及び３Ｆ１；５Ｆ５、Ｌ１及び３Ｆ２；５Ｆ５、Ｌ１及び３Ｆ３；５Ｆ５、Ｌ１及び３Ｆ４；５Ｆ５、Ｌ１及び３Ｆ５；５Ｆ６、Ｌ１及び３Ｆ１；５Ｆ６、Ｌ１及び３Ｆ２；５Ｆ６、Ｌ１及び３Ｆ３；５Ｆ６、Ｌ１及び３Ｆ４；５Ｆ６、Ｌ１及び３Ｆ５；５Ｆ７、Ｌ１及び３Ｆ１；５Ｆ７、Ｌ１及び３Ｆ２；５Ｆ７、Ｌ１及び３Ｆ３；５Ｆ７、Ｌ１及び３Ｆ４；５Ｆ７、Ｌ１及び３Ｆ５；５Ｆ１、Ｌ２及び３Ｆ１；５Ｆ１、Ｌ２及び３Ｆ２；５Ｆ１、Ｌ２及び３Ｆ３；５Ｆ１、Ｌ２及び３Ｆ４；５Ｆ１、Ｌ２及び３Ｆ５；５Ｆ２、Ｌ２及び３Ｆ１；５Ｆ２、Ｌ２及び３Ｆ２；５Ｆ２、Ｌ２及び３Ｆ３；５Ｆ２、Ｌ２及び３Ｆ４；５Ｆ２、Ｌ２及び３Ｆ５；５Ｆ３、Ｌ２及び３Ｆ１；５Ｆ３、Ｌ２及び３Ｆ２；５Ｆ３、Ｌ２及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ２及び３Ｆ４；５Ｆ３、Ｌ２及び３Ｆ５；５Ｆ４、Ｌ２及び３Ｆ１；５Ｆ４、Ｌ２及び３Ｆ２；５Ｆ４、Ｌ２及び３Ｆ３；５Ｆ４、Ｌ２及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ２及び３Ｆ５；５Ｆ５、Ｌ２及び３Ｆ１；５Ｆ５、Ｌ２及び３Ｆ２；５Ｆ５、Ｌ２及び３Ｆ３；５Ｆ５、Ｌ２及び３Ｆ４；５Ｆ５、Ｌ２及び３Ｆ５；５Ｆ６、Ｌ２及び３Ｆ１；５Ｆ６、Ｌ２及び３Ｆ２；５Ｆ６、Ｌ２及び３Ｆ３；５Ｆ６、Ｌ２及び３Ｆ４；５Ｆ６、Ｌ２及び３Ｆ５；５Ｆ７、Ｌ２及び３Ｆ１；５Ｆ７、Ｌ２及び３Ｆ２；５Ｆ７、Ｌ２及び３Ｆ３；５Ｆ７、Ｌ２及び３Ｆ４；５Ｆ７、Ｌ２及び３Ｆ５；５Ｆ１、Ｌ３及び３Ｆ１；５Ｆ１、Ｌ３及び３Ｆ２；５Ｆ１、Ｌ３及び３Ｆ３；５Ｆ１、Ｌ３及び３Ｆ４；５Ｆ１、Ｌ３及び３Ｆ５；５Ｆ２、Ｌ３及び３Ｆ１；５Ｆ２、Ｌ３及び３Ｆ２；５Ｆ２、Ｌ３及び３Ｆ３；５Ｆ２、Ｌ３及び３Ｆ４；５Ｆ２、Ｌ３及び３Ｆ５；５Ｆ３、Ｌ３及び３Ｆ１；５Ｆ３、Ｌ３及び３Ｆ２；５Ｆ３、Ｌ３及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ３及び３Ｆ４；５Ｆ３、Ｌ３及び３Ｆ５；５Ｆ４、Ｌ３及び３Ｆ１；５Ｆ４、Ｌ３及び３Ｆ２；５Ｆ４、Ｌ３及び３Ｆ３；５Ｆ４、Ｌ３及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ３及び３Ｆ５；５Ｆ５、Ｌ３及び３Ｆ１；５Ｆ５、Ｌ３及び３Ｆ２；５Ｆ５、Ｌ３及び３Ｆ３；５Ｆ５、Ｌ３及び３Ｆ４；５Ｆ５、Ｌ３及び３Ｆ５；５Ｆ６、Ｌ３及び３Ｆ１；５Ｆ６、Ｌ３及び３Ｆ２；５Ｆ６、Ｌ３及び３Ｆ３；５Ｆ６、Ｌ３及び３Ｆ４；５Ｆ６、Ｌ３及び３Ｆ５；５Ｆ７、Ｌ３及び３Ｆ１；５Ｆ７、Ｌ３及び３Ｆ２；５Ｆ７、Ｌ３及び３Ｆ３；５Ｆ７、Ｌ３及び３Ｆ４；５Ｆ７、Ｌ３及び３Ｆ５；５Ｆ１、Ｌ４及び３Ｆ１；５Ｆ１、Ｌ４及び３Ｆ２；５Ｆ１、Ｌ４及び３Ｆ３；５Ｆ１、Ｌ４及び３Ｆ４；５Ｆ１、Ｌ４及び３Ｆ５；５Ｆ２、Ｌ４及び３Ｆ１；５Ｆ２、Ｌ４及び３Ｆ２；５Ｆ２、Ｌ４及び３Ｆ３；５Ｆ２、Ｌ４及び３Ｆ４；５Ｆ２、Ｌ４及び３Ｆ５；５Ｆ３、Ｌ４及び３Ｆ１；５Ｆ３、Ｌ４及び３Ｆ２；５Ｆ３、Ｌ４及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ４及び３Ｆ４；５Ｆ３、Ｌ４及び３Ｆ５；５Ｆ４、Ｌ４及び３Ｆ１；５Ｆ４、Ｌ４及び３Ｆ２；５Ｆ４、Ｌ４及び３Ｆ３；５Ｆ４、Ｌ４及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ４及び３Ｆ５；５Ｆ５、Ｌ４及び３Ｆ１；５Ｆ５、Ｌ４及び３Ｆ２；５Ｆ５、Ｌ４及び３Ｆ３；５Ｆ５、Ｌ４及び３Ｆ４；５Ｆ５、Ｌ４及び３Ｆ５；５Ｆ６、Ｌ４及び３Ｆ１；５Ｆ６、Ｌ４及び３Ｆ２；５Ｆ６、Ｌ４及び３Ｆ３；５Ｆ６、Ｌ４及び３Ｆ４；５Ｆ６、Ｌ４及び３Ｆ５；５Ｆ７、Ｌ４及び３Ｆ１；５Ｆ７、Ｌ４及び３Ｆ２；５Ｆ７、Ｌ４及び３Ｆ３；５Ｆ７、Ｌ４及び３Ｆ４；５Ｆ７、Ｌ４及び３Ｆ５；５Ｆ１、Ｌ５及び３Ｆ１；５Ｆ１、Ｌ５及び３Ｆ２；５Ｆ１、Ｌ５及び３Ｆ３；５Ｆ１、Ｌ５及び３Ｆ４；５Ｆ１、Ｌ５及び３Ｆ５；５Ｆ２、Ｌ５及び３Ｆ１；５Ｆ２、Ｌ５及び３Ｆ２；５Ｆ２、Ｌ５及び３Ｆ３；５Ｆ２、Ｌ５及び３Ｆ４；５Ｆ２、Ｌ５及び３Ｆ５；５Ｆ３、Ｌ５及び３Ｆ１；５Ｆ３、Ｌ５及び３Ｆ２；５Ｆ３、Ｌ５及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ５及び３Ｆ４；５Ｆ３、Ｌ５及び３Ｆ５；５Ｆ４、Ｌ５及び３Ｆ１；５Ｆ４、Ｌ５及び３Ｆ２；５Ｆ４、Ｌ５及び３Ｆ３；５Ｆ４、Ｌ５及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ５及び３Ｆ５；５Ｆ５、Ｌ５及び３Ｆ１；５Ｆ５、Ｌ５及び３Ｆ２；５Ｆ５、Ｌ５及び３Ｆ３；５Ｆ５、Ｌ５及び３Ｆ４；５Ｆ５、Ｌ５及び３Ｆ５；５Ｆ６、Ｌ５及び３Ｆ１；５Ｆ６、Ｌ５及び３Ｆ２；５Ｆ６、Ｌ５及び３Ｆ３；５Ｆ６、Ｌ５及び３Ｆ４；５Ｆ６、Ｌ５及び３Ｆ５；５Ｆ７、Ｌ５及び３Ｆ１；５Ｆ７、Ｌ５及び３Ｆ２；５Ｆ７、Ｌ５及び３Ｆ３；５Ｆ７、Ｌ５及び３Ｆ４；５Ｆ７、Ｌ５及び３Ｆ５；５Ｆ１、Ｌ６及び３Ｆ１；５Ｆ１、Ｌ６及び３Ｆ２；５Ｆ１、Ｌ６及び３Ｆ３；５Ｆ１、Ｌ６及び３Ｆ４；５Ｆ１、Ｌ６及び３Ｆ５；５Ｆ２、Ｌ６及び３Ｆ１；５Ｆ２、Ｌ６及び３Ｆ２；５Ｆ２、Ｌ６及び３Ｆ３；５Ｆ２、Ｌ６及び３Ｆ４；５Ｆ２、Ｌ６及び３Ｆ５；５Ｆ３、Ｌ６及び３Ｆ１；５Ｆ３、Ｌ６及び３Ｆ２；５Ｆ３、Ｌ６及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ６及び３Ｆ４；５Ｆ３、Ｌ６及び３Ｆ５；５Ｆ４、Ｌ６及び３Ｆ１；５Ｆ４、Ｌ６及び３Ｆ２；５Ｆ４、Ｌ６及び３Ｆ３；５Ｆ４、Ｌ６及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ６及び３Ｆ５；５Ｆ５、Ｌ６及び３Ｆ１；５Ｆ５、Ｌ６及び３Ｆ２；５Ｆ５、Ｌ６及び３Ｆ３；５Ｆ５、Ｌ６及び３Ｆ４；５Ｆ５、Ｌ６及び３Ｆ５；５Ｆ６、Ｌ６及び３Ｆ１；５Ｆ６、Ｌ６及び３Ｆ２；５Ｆ６、Ｌ６及び３Ｆ３；５Ｆ６、Ｌ６及び３Ｆ４；５Ｆ６、Ｌ６及び３Ｆ５；５Ｆ７、Ｌ６及び３Ｆ１；５Ｆ７、Ｌ６及び３Ｆ２；５Ｆ７、Ｌ６及び３Ｆ３；５Ｆ７、Ｌ６及び３Ｆ４；５Ｆ７、Ｌ６及び３Ｆ５；５Ｆ１、Ｌ７及び３Ｆ１；５Ｆ１、Ｌ７及び３Ｆ２；５Ｆ１、Ｌ７及び３Ｆ３；５Ｆ１、Ｌ７及び３Ｆ４；５Ｆ１、Ｌ７及び３Ｆ５；５Ｆ２、Ｌ７及び３Ｆ１；５Ｆ２、Ｌ７及び３Ｆ２；５Ｆ２、Ｌ７及び３Ｆ３；５Ｆ２、Ｌ７及び３Ｆ４；５Ｆ２、Ｌ７及び３Ｆ５；５Ｆ３、Ｌ７及び３Ｆ１；５Ｆ３、Ｌ７及び３Ｆ２；５Ｆ３、Ｌ７及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ７及び３Ｆ４；５Ｆ３、Ｌ７及び３Ｆ５；５Ｆ４、Ｌ７及び３Ｆ１；５Ｆ４、Ｌ７及び３Ｆ２；５Ｆ４、Ｌ７及び３Ｆ３；５Ｆ４、Ｌ７及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ７及び３Ｆ５；５Ｆ５、Ｌ７及び３Ｆ１；５Ｆ５、Ｌ７及び３Ｆ２；５Ｆ５、Ｌ７及び３Ｆ３；５Ｆ５、Ｌ７及び３Ｆ４；５Ｆ５、Ｌ７及び３Ｆ５；５Ｆ６、Ｌ７及び３Ｆ１；５Ｆ６、Ｌ７及び３Ｆ２；５Ｆ６、Ｌ７及び３Ｆ３；５Ｆ６、Ｌ７及び３Ｆ４；５Ｆ６、Ｌ７及び３Ｆ５；５Ｆ７、Ｌ７及び３Ｆ１；５Ｆ７、Ｌ７及び３Ｆ２；５Ｆ７、Ｌ７及び３Ｆ３；５Ｆ７、Ｌ７及び３Ｆ４；５Ｆ７、Ｌ７及び３Ｆ５；５Ｆ１、Ｌ８及び３Ｆ１；５Ｆ１、Ｌ８及び３Ｆ２；５Ｆ１、Ｌ８及び３Ｆ３；５Ｆ１、Ｌ８及び３Ｆ４；５Ｆ１、Ｌ８及び３Ｆ５；５Ｆ２、Ｌ８及び３Ｆ１；５Ｆ２、Ｌ８及び３Ｆ２；５Ｆ２、Ｌ８及び３Ｆ３；５Ｆ２、Ｌ８及び３Ｆ４；５Ｆ２、Ｌ８及び３Ｆ５；５Ｆ３、Ｌ８及び３Ｆ１；５Ｆ３、Ｌ８及び３Ｆ２；５Ｆ３、Ｌ８及び３Ｆ３；５Ｆ３、Ｌ８及び３Ｆ４；５Ｆ３、Ｌ８及び３Ｆ５；５Ｆ４、Ｌ８及び３Ｆ１；５Ｆ４、Ｌ８及び３Ｆ２；５Ｆ４、Ｌ８及び３Ｆ３；５Ｆ４、Ｌ８及び３Ｆ４；５Ｆ４、Ｌ８及び３Ｆ５；５Ｆ５、Ｌ８及び３Ｆ１；５Ｆ５、Ｌ８及び３Ｆ２；５Ｆ５、Ｌ８及び３Ｆ３；５Ｆ５、Ｌ８及び３Ｆ４；５Ｆ５、Ｌ８及び３Ｆ５；５Ｆ６、Ｌ８及び３Ｆ１；５Ｆ６、Ｌ８及び３Ｆ２；５Ｆ６、Ｌ８及び３Ｆ３；５Ｆ６、Ｌ８及び３Ｆ４；５Ｆ６、Ｌ８及び３Ｆ５；５Ｆ７、Ｌ８及び３Ｆ１；５Ｆ７、Ｌ８及び３Ｆ２；５Ｆ７、Ｌ８及び３Ｆ３；５Ｆ７、Ｌ８及び３Ｆ４；並びに５Ｆ７、Ｌ８及び３Ｆ５であってもよい。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ２ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ７ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ８ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ５ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ５ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ４ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ４ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ７ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ５ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ４ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ６ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ６ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ７ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ４ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ５ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ２ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ２ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ３ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ３ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ５ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ４ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ２ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ１ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ１ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ１ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ２ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、分子足場は、少なくとも１つの５Ｆ２ ５’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、少なくとも１つのＬ３ループモチーフ領域をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び少なくとも１つの３Ｆ３ ３’フランキング領域をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得る。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドは、表９及び表１０に記載されるとおりの５’及び３’フランキング領域、ループモチーフ領域、センス配列及びアンチセンス配列をコードする核酸配列を含み得る。表９及び表１０には、パッセンジャー鎖及びガイド鎖並びに５’及び３’フランキング領域及びループ領域（リンカー領域とも称される）が記載される。表９及び表１０において、配列名の「ｍｉＲ」成分は必ずしもｍｉＲＮＡ遺伝子の配列の付番に対応するわけではない（例えば、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２が配列名であるが、必ずしもｍｉＲ－１０２がその配列の一部であることを意味するわけではない）。
Figure 0007220080000020
Figure 0007220080000021
Figure 0007220080000022
Figure 0007220080000023
Figure 0007220080000024
Figure 0007220080000025
一実施形態において、分子足場は当該技術分野において公知の１つ以上のリンカーを含み得る。リンカーは、領域間を、又は１つの分子足場を別の分子足場と分離し得る。非限定的な例として、分子足場はポリシストロン性であってもよい。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドは以下の特性のうちの少なくとも１つを用いて設計される：ループ変異体、シードミスマッチ／バルジ／ゆらぎ変異体、ステムミスマッチ、ループ変異体及びヴァッサルステム（ｖａｓｓａｌ ｓｔｅｍ）ミスマッチ変異体、シードミスマッチ及びベーサルステム（ｂａｓａｌ ｓｔｅｍ）ミスマッチ変異体、ステムミスマッチ及びベーサルステム（ｂａｓａｌ ｓｔｅｍ）ミスマッチ変異体、シードゆらぎ及びベーサルステム（ｂａｓａｌ ｓｔｅｍ）ゆらぎ変異体、又はステム配列変異体。
一実施形態において、分子足場は天然のｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ足場であってもよい。非限定的な例として、分子足場は、ヒトｍｉＲ１５５足場に由来する足場であってもよい。
一実施形態において、分子足場は、ＣＭＶプロモータ、その断片又は変異体の下流に位置してもよい。
一実施形態において、分子足場は、ＣＢＡプロモータ、その断片又は変異体の下流に位置してもよい。
一実施形態において、分子足場は、ＣＭＶプロモータの下流に位置する天然ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ足場であってもよい。非限定的な例として、天然ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ足場はヒトｍｉＲ１５５足場に由来する。
一実施形態において、分子足場は、ＣＢＡプロモータの下流に位置する天然ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ足場であってもよい。
一実施形態において、分子足場及び調節性ポリヌクレオチドの選択は、ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ内での調節性ポリヌクレオチドを比較する方法によって決定される（例えば、ミニアリコバ（Ｍｉｎｉａｒｉｋｏｖａ）ら著、「ハンチントン病に対する遺伝子療法を開発するためのハンチンチンを標的とする治療用ｍｉＲＮＡの設計、特徴付け、及びリード選択（Ｄｅｓｉｇｎ，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ，ａｎｄ Ｌｅａｄ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｍｉＲＮＡｓ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｈｕｎｔｉｎｇｔｉｎ ｆｏｒ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ）」、モレキュラー・セラピー－ヌクレイック・アシッド（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ－Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ）、２０１６年、第５巻、ｐ．ｅ２９７及び国際公開第２０１６１０２６６４号パンフレット（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）により記載される方法を参照のこと）。調節性ポリヌクレオチドは、限定はされないが、エクソン１、ＣＡＧリピート、エクソン５０のＳＮＰ ｒｓ３６２３３１及び／又はエクソン６７のＳＮＰ ｒｓ３６２３０７を標的とし得る。調節性ポリヌクレオチドの活性を評価するため、使用し得る使用される分子足場は、ヒトｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ足場（例えば、ｍｉＲ１５５足場）であり、プロモータはＣＭＶであってもよい。活性はインビトロでＨＥＫ２９３Ｔ細胞及びレポータ（例えばルシフェラーゼ）を用いて決定されてもよい。エクソン１のターゲティングについては、ノックダウンが８０％以上である場合に、その調節性ポリヌクレオチドはＨＴＴノックダウンに有効であると決定される。ＣＡＧのターゲティングについては、ノックダウンが少なくとも６０％である場合に、その調節性ポリヌクレオチドはＨＴＴノックダウンに有効であると決定される。ＳＮＰのターゲティングについては、ノックダウンが少なくとも６０％である場合に、その調節性ポリヌクレオチドはＨＴＴノックダウンに有効であると決定される。ＣＡＧリピート又はＳＮＰターゲティングに関する対立遺伝子選択性のため、調節性ポリヌクレオチドは、対立遺伝子選択性を改善するため少なくとも１つの置換を含み得る。非限定的な例として、置換は、Ｇ又はＣをＴ又は対応するＵに置き換えるもの、及びＡ又はＴ／ＵをＣによって置き換えるものであり得る。
調節性ポリヌクレオチドに最適な分子足場を評価するため、調節性ポリヌクレオチドがｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ足場においてＣＡＧプロモータと共に使用される。このコンストラクトには５０ｎｇのレポータ（例えば、ルシフェラーゼレポータ）がコトランスフェクトされる。５０ｎｇコトランスフェクションで８０％より高いノックダウンのコンストラクトが有効と見なされる。一態様では、強力なガイド鎖活性を有するコンストラクトが好ましい。一態様では、強力なパッセンジャー鎖活性を有するコンストラクトが好ましい。分子足場をＨＥＫ２９３Ｔ細胞においてＮＧＳによって処理して、ガイド－パッセンジャー比、及びプロセシング変動性を決定することができる。
インビボでの分子足場及び調節性ポリヌクレオチドの評価には、調節性ポリヌクレオチドを含む分子足場がＡＡＶにパッケージングされて（例えば、血清型はＡＡＶ５であってもよい（例えば、国際公開第２０１５０６０７２２号パンフレットに記載される方法及びコンストラクトを参照のこと、この内容は本明細書において全体として参照により援用される））、インビボモデル（例えば、Ｈｕ１２８／２１ ＨＤマウス）に投与され、モデルの種々の範囲においてガイド－パッセンジャー比、５’及び３’末端プロセシング、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖の逆転、及びノックダウンを決定することができる。
一実施形態において、分子足場及び調節性ポリヌクレオチドの選択は、天然ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ及び合成ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡでの調節性ポリヌクレオチドを比較する方法によって決定される。調節性ポリヌクレオチドは、限定はされないが、エクソン１以外のエクソンを標的とし得る。調節性ポリヌクレオチドの活性の評価には、分子足場がＣＢＡプロモータと共に使用される。一態様では、活性はインビトロでＨＥＫ２９３Ｔ細胞、ＨｅＬａ細胞及びレポータ（例えば、ルシフェラーゼ）を用いて決定されてもよく、及びノックダウン効率的な調節性ポリヌクレオチドは、試験した細胞において少なくとも８０％のＨＴＴノックダウンを示した。加えて、最も効率的と見なされる調節性ポリヌクレオチドは有意なパッセンジャー鎖（ｐ鎖）活性が低い乃至全くないことを示した。別の態様では、内因性ＨＴＴノックダウン有効性はインビトロでＨＥＫ２９３Ｔ細胞、ＨｅＬａ細胞及びレポータを用いてトランスフェクションにより評価される。効率的な調節性ポリヌクレオチドは５０％より高い内因性ＨＴＴノックダウンを示す。更に別の態様では、内因性ＨＴＴノックダウン有効性は、種々の細胞型（例えば、ＨＥＫ２９３、ＨｅＬａ、初代アストロサイト、Ｕ２５１アストロサイト、ＳＨ－ＳＹ５Ｙニューロン細胞及びＨＤ患者からの線維芽細胞）において感染（例えば、ＡＡＶ２）によって評価される。効率的な調節性ポリヌクレオチドは６０％より高い内因性ＨＴＴノックダウンを示す。
インビボでの分子足場及び調節性ポリヌクレオチドの評価には、調節性ポリヌクレオチドを含む分子足場がＡＡＶにパッケージングされてインビボモデル（例えば、ＹＡＣ１２８ ＨＤマウス）に投与され、モデルの種々の範囲（例えば組織領域）においてガイド－パッセンジャー比、５’及び３’末端プロセシング、ガイド鎖対パッセンジャー鎖比（ｒａｉｏ）、及びノックダウンを決定することができる。分子足場をＮＧＳによってインビボ試料から処理して、ガイド－パッセンジャー比、及びプロセシング変動性を決定することができる。
ベクター
一部の実施形態において、本明細書に記載されるｓｉＲＮＡ分子はプラスミド又はウイルスベクターなどのベクターによってコードされ得る。一実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子はウイルスベクターによってコードされる。ウイルスベクターは、限定はされないが、ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ベクター、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクターなどであってもよい。一部の具体的な実施形態において、ウイルスベクターはＡＡＶベクターである。
レトロウイルスベクター
一部の実施形態において、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖はレトロウイルスベクターによってコードされてもよい（例えば、米国特許第５，３９９，３４６号明細書；同第５，１２４，２６３号明細書；同第４，６５０，７６４号明細書及び同第４，９８０，２８９号明細書を参照のこと；これらの各々の内容は全体として参照により本明細書に援用される）。
アデノウイルスベクター
アデノウイルスは、インビボで核酸が種々の細胞型に効率的に送達されるように修飾することのできる真核生物ＤＮＡウイルスであり、神経細胞への遺伝子のターゲティングを含め、遺伝子療法プロトコルにおいて広範に用いられている。核酸療法薬向けに様々な複製欠損アデノウイルス及び最小アデノウイルスベクターが記載されている（例えば、国際公開第１９９４２６９１４号パンフレット、同第１９９５０２６９７号パンフレット、同第１９９４２８１５２号パンフレット、同第１９９４１２６４９号パンフレット、同第１９９５０２６９７号パンフレット及び同第１９９６２２３７８号パンフレットを参照のこと；これらの各々の内容は全体として参照により援用される）。かかるアデノウイルスベクターはまた、細胞への本発明のｓｉＲＮＡ分子の送達にも使用することができる。
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、（他のパルボウイルスと同様に）依存性パルボウイルスであって、約５０００ヌクレオチド長のゲノムを有する一本鎖非エンベロープＤＮＡウイルスであり、且つ複製に関与するタンパク質（Ｒｅｐ）及びカプシドの構造タンパク質（Ｃａｐ）をコードする２つのオープンリーディングフレームを含むものである。これらのオープンリーディングフレームには、ウイルスゲノムの複製起点として働く２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）配列が隣接する。更に、ＡＡＶゲノムはパッケージング配列を含み、ウイルスゲノムをＡＡＶカプシドにパッケージングすることが可能である。ＡＡＶベクターは、感染細胞において増殖性感染を起こすのにコヘルパー（例えばアデノウイルス）を必要とする。かかるヘルパー機能がないとき、ＡＡＶビリオンは本質的に宿主細胞に侵入するものの、細胞のゲノムに組み込まれない。
ＡＡＶベクターは、幾つかのユニークな特徴から、ｓｉＲＮＡ送達に関して研究されている。そうした特徴の非限定的な例としては、（ｉ）分裂細胞及び非分裂細胞の両方への感染能力；（ｉｉ）ヒト細胞を含めた、広域の感染宿主範囲；（ｉｉｉ）野生型ＡＡＶはいかなる疾患とも関連付けられておらず、及び感染細胞で複製することが示されていない；（ｉｖ）ベクターに対する細胞媒介性免疫応答の欠如、及び（ｖ）宿主染色体に組み込まれない性質、それにより長期遺伝子変化の可能性が低減されることが挙げられる。更に、ＡＡＶベクターによる感染は細胞遺伝子発現パターンの変化に最小限の影響しか及ぼさない（スティルウェル（Ｓｔｉｌｗｅｌｌ）及びサムルスキ（Ｓａｍｕｌｓｋｉ）ら著、バイオテクニクス（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ）、２００３年、第３４巻、ｐ．１４８）。
典型的には、ｓｉＲＮＡ送達用のＡＡＶベクターは、ウイルスゲノム内に機能性Ｒｅｐ及びＣａｐタンパク質をコードする配列を欠くため複製欠損である組換えウイルスベクターであってもよい。ある場合には、欠損ＡＡＶベクターはコード配列のほとんど又は全てを欠いていることもあり、本質的に１つ又は２つのＡＡＶ ＩＴＲ配列及びパッケージング配列を含むのみである。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターは、哺乳類細胞に導入されてもよい。
ＡＡＶベクターは、送達効率が増強されるように修飾されてもよい。本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むかかる修飾ＡＡＶベクターは、効率的にパッケージングされることができ、及び標的細胞を高頻度且つ最小限の毒性で首尾よく感染させるために使用することができる。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターは、ヒト血清型ＡＡＶベクターであってもよい。かかるヒトＡＡＶベクターは、任意の既知の血清型、例えば血清型ＡＡＶ１～ＡＡＶ１１のいずれか１つに由来し得る。非限定的な例として、ＡＡＶベクターは、ＡＡＶ１由来カプシドにＡＡＶ１由来ゲノムを含むベクター；ＡＡＶ２由来カプシドにＡＡＶ２由来ゲノムを含むベクター；ＡＡＶ４由来カプシドにＡＡＶ４由来ゲノムを含むベクター；ＡＡＶ６由来カプシドにＡＡＶ６由来ゲノムを含むベクター又はＡＡＶ９由来カプシドにＡＡＶ９由来ゲノムを含むベクターであってもよい。
他の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターは、少なくとも２つの異なるＡＡＶ血清型を起源とする配列及び／又は成分を含むシュードタイプハイブリッド又はキメラＡＡＶベクターであってもよい。シュードタイプＡＡＶベクターは、あるＡＡＶ血清型に由来するＡＡＶゲノムと、少なくとも一部が異なるＡＡＶ血清型に由来するカプシドタンパク質とを含むベクターであってもよい。非限定的な例として、かかるシュードタイプＡＡＶベクターは、ＡＡＶ１由来カプシドにＡＡＶ２由来ゲノムを含むベクター；又はＡＡＶ６由来カプシドにＡＡＶ２由来ゲノムを含むベクター；又はＡＡＶ４由来カプシドにＡＡＶ２由来ゲノム；又はＡＡＶ９由来カプシドにＡＡＶ２由来ゲノムを含むベクターであってもよい。同様に、本発明は、任意のハイブリッド又はキメラＡＡＶベクターを企図する。
他の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターは、中枢神経系へのｓｉＲＮＡ分子の送達に使用されてもよい（例えば、米国特許第６，１８０，６１３号明細書；この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。
一部の態様において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターは、非ウイルス起源のペプチドを含む修飾カプシドを更に含み得る。他の態様において、コード化ｓｉＲＮＡ二重鎖の脳及び脊髄への送達を促進するため、ＡＡＶベクターはＣＮＳ特異的キメラカプシドを含んでもよい。例えば、ＣＮＳ向性を呈するＡＡＶバリアントからのｃａｐヌクレオチド配列のアラインメントを作成することにより可変領域（ＶＲ）配列及び構造を同定してもよい。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むＡＡＶベクターは、ポリシストロン性分子であるｓｉＲＮＡ分子をコードし得る。加えてｓｉＲＮＡ分子はｓｉＲＮＡ分子の領域間に１つ以上のリンカーを含んでもよい。
自己相補的及び一本鎖ベクター
一実施形態において、本発明に使用されるＡＡＶベクターは一本鎖ベクター（ｓｓＡＡＶ）である。
別の実施形態において、ＡＡＶベクターは自己相補的ＡＡＶベクター（ｓｃＡＡＶ）である。ｓｃＡＡＶベクターは、共にアニーリングして二本鎖ＤＮＡを形成する両方のＤＮＡ鎖を含む。第２鎖の合成をスキップすることにより、ｓｃＡＡＶは細胞において迅速に発現することが可能である。
一実施形態において、本発明に使用されるＡＡＶベクターはｓｃＡＡＶである。
ＡＡＶベクターを作製及び／又は修飾する方法は、シュードタイプＡＡＶベクターなど、当該技術分野において開示されている（国際公開第２０００２８００４号パンフレット；同第２００１２３００１号パンフレット；同第２００４１１２７２７号パンフレット；同第２００５００５６１０号パンフレット及び同第２００５０７２３６４号パンフレット、これらの各々の内容は全体として参照により本明細書に援用される）。
ＡＡＶ血清型
本発明のＡＡＶ粒子は任意の天然又は組換えＡＡＶ血清型を含んでもよく、又はそれに由来してもよい。本発明によれば、ＡＡＶ粒子は以下のいずれか、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２Ｇ９、ＡＡＶ３、ＡＡＶ３ａ、ＡＡＶ３ｂ、ＡＡＶ３－３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ４－４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．１．２、ＡＡＶ７、ＡＡＶ７．２、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．１１、ＡＡＶ９．１３、ＡＡＶ９．１６、ＡＡＶ９．２４、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９．６１、ＡＡＶ９．６８、ＡＡＶ９．８４、ＡＡＶ９．９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１６．３、ＡＡＶ２４．１、ＡＡＶ２７．３、ＡＡＶ４２．１２、ＡＡＶ４２－１ｂ、ＡＡＶ４２－２、ＡＡＶ４２－３ａ、ＡＡＶ４２－３ｂ、ＡＡＶ４２－４、ＡＡＶ４２－５ａ、ＡＡＶ４２－５ｂ、ＡＡＶ４２－６ｂ、ＡＡＶ４２－８、ＡＡＶ４２－１０、ＡＡＶ４２－１１、ＡＡＶ４２－１２、ＡＡＶ４２－１３、ＡＡＶ４２－１５、ＡＡＶ４２－ａａ、ＡＡＶ４３－１、ＡＡＶ４３－１２、ＡＡＶ４３－２０、ＡＡＶ４３－２１、ＡＡＶ４３－２３、ＡＡＶ４３－２５、ＡＡＶ４３－５、ＡＡＶ４４．１、ＡＡＶ４４．２、ＡＡＶ４４．５、ＡＡＶ２２３．１、ＡＡＶ２２３．２、ＡＡＶ２２３．４、ＡＡＶ２２３．５、ＡＡＶ２２３．６、ＡＡＶ２２３．７、ＡＡＶ１－７／ｒｈ．４８、ＡＡＶ１－８／ｒｈ．４９、ＡＡＶ２－１５／ｒｈ．６２、ＡＡＶ２－３／ｒｈ．６１、ＡＡＶ２－４／ｒｈ．５０、ＡＡＶ２－５／ｒｈ．５１、ＡＡＶ３．１／ｈｕ．６、ＡＡＶ３．１／ｈｕ．９、ＡＡＶ３－９／ｒｈ．５２、ＡＡＶ３－１１／ｒｈ．５３、ＡＡＶ４－８／ｒ１１．６４、ＡＡＶ４－９／ｒｈ．５４、ＡＡＶ４－１９／ｒｈ．５５、ＡＡＶ５－３／ｒｈ．５７、ＡＡＶ５－２２／ｒｈ．５８、ＡＡＶ７．３／ｈｕ．７、ＡＡＶ１６．８／ｈｕ．１０、ＡＡＶ１６．１２／ｈｕ．１１、ＡＡＶ２９．３／ｂｂ．１、ＡＡＶ２９．５／ｂｂ．２、ＡＡＶ１０６．１／ｈｕ．３７、ＡＡＶ１１４．３／ｈｕ．４０、ＡＡＶ１２７．２／ｈｕ．４１、ＡＡＶ１２７．５／ｈｕ．４２、ＡＡＶ１２８．３／ｈｕ．４４、ＡＡＶ１３０．４／ｈｕ．４８、ＡＡＶ１４５．１／ｈｕ．５３、ＡＡＶ１４５．５／ｈｕ．５４、ＡＡＶ１４５．６／ｈｕ．５５、ＡＡＶ１６１．１０／ｈｕ．６０、ＡＡＶ１６１．６／ｈｕ．６１、ＡＡＶ３３．１２／ｈｕ．１７、ＡＡＶ３３．４／ｈｕ．１５、ＡＡＶ３３．８／ｈｕ．１６、ＡＡＶ５２／ｈｕ．１９、ＡＡＶ５２．１／ｈｕ．２０、ＡＡＶ５８．２／ｈｕ．２５、ＡＡＶＡ３．３、ＡＡＶＡ３．４、ＡＡＶＡ３．５、ＡＡＶＡ３．７、ＡＡＶＣ１、ＡＡＶＣ２、ＡＡＶＣ５、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶＦ３、ＡＡＶＦ５、ＡＡＶＨ２、ＡＡＶｒｈ．７２、ＡＡＶｈｕ．８、ＡＡＶｒｈ．６８、ＡＡＶｒｈ．７０、ＡＡＶｐｉ．１、ＡＡＶｐｉ．３、ＡＡＶｐｉ．２、ＡＡＶｒｈ．６０、ＡＡＶｒｈ．４４、ＡＡＶｒｈ．６５、ＡＡＶｒｈ．５５、ＡＡＶｒｈ．４７、ＡＡＶｒｈ．６９、ＡＡＶｒｈ．４５、ＡＡＶｒｈ．５９、ＡＡＶｈｕ．１２、ＡＡＶＨ６、ＡＡＶＬＫ０３、ＡＡＶＨ－１／ｈｕ．１、ＡＡＶＨ－５／ｈｕ．３、ＡＡＶＬＧ－１０／ｒｈ．４０、ＡＡＶＬＧ－４／ｒｈ．３８、ＡＡＶＬＧ－９／ｈｕ．３９、ＡＡＶＮ７２１－８／ｒｈ．４３、ＡＡＶＣｈ．５、ＡＡＶＣｈ．５Ｒ１、ＡＡＶｃｙ．２、ＡＡＶｃｙ．３、ＡＡＶｃｙ．４、ＡＡＶｃｙ．５、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ１、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ２、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ３、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ４、ＡＡＶｃｙ．６、ＡＡＶｈｕ．１、ＡＡＶｈｕ．２、ＡＡＶｈｕ．３、ＡＡＶｈｕ．４、ＡＡＶｈｕ．５、ＡＡＶｈｕ．６、ＡＡＶｈｕ．７、ＡＡＶｈｕ．９、ＡＡＶｈｕ．１０、ＡＡＶｈｕ．１１、ＡＡＶｈｕ．１３、ＡＡＶｈｕ．１５、ＡＡＶｈｕ．１６、ＡＡＶｈｕ．１７、ＡＡＶｈｕ．１８、ＡＡＶｈｕ．２０、ＡＡＶｈｕ．２１、ＡＡＶｈｕ．２２、ＡＡＶｈｕ．２３．２、ＡＡＶｈｕ．２４、ＡＡＶｈｕ．２５、ＡＡＶｈｕ．２７、ＡＡＶｈｕ．２８、ＡＡＶｈｕ．２９、ＡＡＶｈｕ．２９Ｒ、ＡＡＶｈｕ．３１、ＡＡＶｈｕ．３２、ＡＡＶｈｕ．３４、ＡＡＶｈｕ．３５、ＡＡＶｈｕ．３７、ＡＡＶｈｕ．３９、ＡＡＶｈｕ．４０、ＡＡＶｈｕ．４１、ＡＡＶｈｕ．４２、ＡＡＶｈｕ．４３、ＡＡＶｈｕ．４４、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ１、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ２、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ３、ＡＡＶｈｕ．４５、ＡＡＶｈｕ．４６、ＡＡＶｈｕ．４７、ＡＡＶｈｕ．４８、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ１、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ２、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ３、ＡＡＶｈｕ．４９、ＡＡＶｈｕ．５１、ＡＡＶｈｕ．５２、ＡＡＶｈｕ．５４、ＡＡＶｈｕ．５５、ＡＡＶｈｕ．５６、ＡＡＶｈｕ．５７、ＡＡＶｈｕ．５８、ＡＡＶｈｕ．６０、ＡＡＶｈｕ．６１、ＡＡＶｈｕ．６３、ＡＡＶｈｕ．６４、ＡＡＶｈｕ．６６、ＡＡＶｈｕ．６７、ＡＡＶｈｕ．１４／９、ＡＡＶｈｕ．ｔ １９、ＡＡＶｒｈ．２、ＡＡＶｒｈ．２Ｒ、ＡＡＶｒｈ．８、ＡＡＶｒｈ．８Ｒ、ＡＡＶｒｈ．１０、ＡＡＶｒｈ．１２、ＡＡＶｒｈ．１３、ＡＡＶｒｈ．１３Ｒ、ＡＡＶｒｈ．１４、ＡＡＶｒｈ．１７、ＡＡＶｒｈ．１８、ＡＡＶｒｈ．１９、ＡＡＶｒｈ．２０、ＡＡＶｒｈ．２１、ＡＡＶｒｈ．２２、ＡＡＶｒｈ．２３、ＡＡＶｒｈ．２４、ＡＡＶｒｈ．２５、ＡＡＶｒｈ．３１、ＡＡＶｒｈ．３２、ＡＡＶｒｈ．３３、ＡＡＶｒｈ．３４、ＡＡＶｒｈ．３５、ＡＡＶｒｈ．３６、ＡＡＶｒｈ．３７、ＡＡＶｒｈ．３７Ｒ２、ＡＡＶｒｈ．３８、ＡＡＶｒｈ．３９、ＡＡＶｒｈ．４０、ＡＡＶｒｈ．４６、ＡＡＶｒｈ．４８、ＡＡＶｒｈ．４８．１、ＡＡＶｒｈ．４８．１．２、ＡＡＶｒｈ．４８．２、ＡＡＶｒｈ．４９、ＡＡＶｒｈ．５１、ＡＡＶｒｈ．５２、ＡＡＶｒｈ．５３、ＡＡＶｒｈ．５４、ＡＡＶｒｈ．５６、ＡＡＶｒｈ．５７、ＡＡＶｒｈ．５８、ＡＡＶｒｈ．６１、ＡＡＶｒｈ．６４、ＡＡＶｒｈ．６４Ｒ１、ＡＡＶｒｈ．６４Ｒ２、ＡＡＶｒｈ．６７、ＡＡＶｒｈ．７３、ＡＡＶｒｈ．７４、ＡＡＶｒｈ８Ｒ、ＡＡＶｒｈ８Ｒ Ａ５８６Ｒ突然変異体、ＡＡＶｒｈ８Ｒ Ｒ５３３Ａ突然変異体、ＡＡＡＶ、ＢＡＡＶ、ヤギＡＡＶ、ウシＡＡＶ、ＡＡＶｈＥ１．１、ＡＡＶｈＥｒ１．５、ＡＡＶｈＥＲ１．１４、ＡＡＶｈＥｒ１．８、ＡＡＶｈＥｒ１．１６、ＡＡＶｈＥｒ１．１８、ＡＡＶｈＥｒ１．３５、ＡＡＶｈＥｒ１．７、ＡＡＶｈＥｒ１．３６、ＡＡＶｈＥｒ２．２９、ＡＡＶｈＥｒ２．４、ＡＡＶｈＥｒ２．１６、ＡＡＶｈＥｒ２．３０、ＡＡＶｈＥｒ２．３１、ＡＡＶｈＥｒ２．３６、ＡＡＶｈＥＲ１．２３、ＡＡＶｈＥｒ３．１、ＡＡＶ２．５Ｔ、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ、ＡＡＶ－ＬＫ０１、ＡＡＶ－ＬＫ０２、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ－ＬＫ０４、ＡＡＶ－ＬＫ０５、ＡＡＶ－ＬＫ０６、ＡＡＶ－ＬＫ０７、ＡＡＶ－ＬＫ０８、ＡＡＶ－ＬＫ０９、ＡＡＶ－ＬＫ１０、ＡＡＶ－ＬＫ１１、ＡＡＶ－ＬＫ１２、ＡＡＶ－ＬＫ１３、ＡＡＶ－ＬＫ１４、ＡＡＶ－ＬＫ１５、ＡＡＶ－ＬＫ１６、ＡＡＶ－ＬＫ１７、ＡＡＶ－ＬＫ１８、ＡＡＶ－ＬＫ１９、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ２、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ４、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ６、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ７、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ８、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ１１、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ１２、ＡＡＶ－２－ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ－１０１、ＡＡＶ－８ｈ、ＡＡＶ－８ｂ、ＡＡＶ－ｈ、ＡＡＶ－ｂ、ＡＡＶ ＳＭ １０－２、ＡＡＶシャッフル１００－１、ＡＡＶシャッフル１００－３、ＡＡＶシャッフル１００－７、ＡＡＶシャッフル１０－２、ＡＡＶシャッフル１０－６、ＡＡＶシャッフル１０－８、ＡＡＶシャッフル１００－２、ＡＡＶ ＳＭ １０－１、ＡＡＶ ＳＭ １０－８、ＡＡＶ ＳＭ １００－３、ＡＡＶ ＳＭ １００－１０、ＢＮＰ６１ ＡＡＶ、ＢＮＰ６２ ＡＡＶ、ＢＮＰ６３ ＡＡＶ、ＡＡＶｒｈ．５０、ＡＡＶｒｈ．４３、ＡＡＶｒｈ．６２、ＡＡＶｒｈ．４８、ＡＡＶｈｕ．１９、ＡＡＶｈｕ．１１、ＡＡＶｈｕ．５３、ＡＡＶ４－８／ｒｈ．６４、ＡＡＶＬＧ－９／ｈｕ．３９、ＡＡＶ５４．５／ｈｕ．２３、ＡＡＶ５４．２／ｈｕ．２２、ＡＡＶ５４．７／ｈｕ．２４、ＡＡＶ５４．１／ｈｕ．２１、ＡＡＶ５４．４Ｒ／ｈｕ．２７、ＡＡＶ４６．２／ｈｕ．２８、ＡＡＶ４６．６／ｈｕ．２９、ＡＡＶ１２８．１／ｈｕ．４３、トゥルータイプＡＡＶ（ｔｔＡＡＶ）、ＵＰＥＮＮ ＡＡＶ１０、ジャパニーズＡＡＶ１０血清型、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．１、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．１０、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．２、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．３、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．４、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．５、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．７、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．８、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｂ７．３、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｂ７．４、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ１、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ２、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ３、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ４、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ５、ＡＡＶ ＣＢｒ－ｅ５、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ６、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ７、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ８、ＡＡＶ ＣＨｔ－１、ＡＡＶ ＣＨｔ－２、ＡＡＶ ＣＨｔ－３、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．１、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．１０、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．５、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．６、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．７、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．８、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ１、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ２、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ５、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ６、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ８、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ９、ＡＡＶ ＣＫｄ－１、ＡＡＶ ＣＫｄ－１０、ＡＡＶ ＣＫｄ－２、ＡＡＶ ＣＫｄ－３、ＡＡＶ ＣＫｄ－４、ＡＡＶ ＣＫｄ－６、ＡＡＶ ＣＫｄ－７、ＡＡＶ ＣＫｄ－８、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ１、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ２、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ３、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ４、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ５、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ６、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ７、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ８、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ１、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ２、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ３、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ４、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ５、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ６、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ３、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ４、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ９、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ１、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ２、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ３、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ４、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ５、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ６、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ７、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ８、ＡＡＶ ＣＬｖ－１、ＡＡＶ ＣＬｖ１－１、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－１０、ＡＡＶ ＣＬｖ１－２、ＡＡＶ ＣＬｖ－１２、ＡＡＶ ＣＬｖ１－３、ＡＡＶ ＣＬｖ－１３、ＡＡＶ ＣＬｖ１－４、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－７、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－８、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－９、ＡＡＶ ＣＬｖ－２、ＡＡＶ ＣＬｖ－３、ＡＡＶ ＣＬｖ－４、ＡＡＶ ＣＬｖ－６、ＡＡＶ ＣＬｖ－８、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ２、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ３、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ４、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ５、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ７、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ８、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｅ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ３、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ４、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ５、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ１１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ２、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ５、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ７、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ８、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ９、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ２、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ３、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ４、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ５、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ７、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ８、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ９、ＡＡＶ ＣＳｐ－１、ＡＡＶ ＣＳｐ－１０、ＡＡＶ ＣＳｐ－１１、ＡＡＶ ＣＳｐ－２、ＡＡＶ ＣＳｐ－３、ＡＡＶ ＣＳｐ－４、ＡＡＶ ＣＳｐ－６、ＡＡＶ ＣＳｐ－７、ＡＡＶ ＣＳｐ－８、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．１０、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．２、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．４、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．５、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．６、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．７、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．８、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．９、ＡＡＶ ＣＳｐ－９、ＡＡＶ．ｈｕ．４８Ｒ３、ＡＡＶ．ＶＲ－３５５、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶＦ１／ＨＳＣ１、ＡＡＶＦ１１／ＨＳＣ１１、ＡＡＶＦ１２／ＨＳＣ１２、ＡＡＶＦ１３／ＨＳＣ１３、ＡＡＶＦ１４／ＨＳＣ１４、ＡＡＶＦ１５／ＨＳＣ１５、ＡＡＶＦ１６／ＨＳＣ１

６、ＡＡＶＦ１７／ＨＳＣ１７、ＡＡＶＦ２／ＨＳＣ２、ＡＡＶＦ３／ＨＳＣ３、ＡＡＶＦ４／ＨＳＣ４、ＡＡＶＦ５／ＨＳＣ５、ＡＡＶＦ６／ＨＳＣ６、ＡＡＶＦ７／ＨＳＣ７、ＡＡＶＦ８／ＨＳＣ８、ＡＡＶＦ９／ＨＳＣ９、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、Ｇ２Ｂ－２６、Ｇ２Ｂ－１３、ＴＨ１．１－３２及び／又はＴＨ１．１－３５、及びこれらのバリアントから選択される血清型を利用してもよく、又はそれをベースとしてもよい。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶ１である。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶ２である。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶｒｈ１０である。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶ９（ｈｕ１４）である。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶ－ＤＪである。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶ９．４７である。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶ－ＤＪ８である。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂである。非限定的な例として、組換えＡＡＶウイルスのカプシドはＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａである。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号６及び６４）、ＡＡＶ２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号７及び７０）、ＡＡＶ３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号８及び７１）、ＡＡＶ４（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号６３）、ＡＡＶ５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号１１４）、ＡＡＶ６（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号６５）、ＡＡＶ７（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号１～３）、ＡＡＶ８（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号４及び９５）、ＡＡＶ９（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号５及び１００）、ＡＡＶ１０（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号１１７）、ＡＡＶ１１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号１１８）、ＡＡＶ１２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号１１９）、ＡＡＶｒｈ１０（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書の配列番号８１のアミノ酸１～７３８）、ＡＡＶ１６．３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１０）、ＡＡＶ２９．３／ｂｂ．１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１１）、ＡＡＶ２９．４（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１２）、ＡＡＶ２９．５／ｂｂ．２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１３）、ＡＡＶ１．３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１４）、ＡＡＶ１３．３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１５）、ＡＡＶ２４．１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１６）、ＡＡＶ２７．３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１７）、ＡＡＶ７．２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１８）、ＡＡＶＣ１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号１９）、ＡＡＶＣ３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２０）、ＡＡＶＣ５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２１）、ＡＡＶＦ１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２２）、ＡＡＶＦ３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２３）、ＡＡＶＦ５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２４）、ＡＡＶＨ６（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２５）、ＡＡＶＨ２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２６）、ＡＡＶ４２－８（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２７）、ＡＡＶ４２－１５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２８）、ＡＡＶ４２－５ｂ（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号２９）、ＡＡＶ４２－１ｂ（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３０）、ＡＡＶ４２－１３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３１）、ＡＡＶ４２－３ａ（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３２）、ＡＡＶ４２－４（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３３）、ＡＡＶ４２－５ａ（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３４）、ＡＡＶ４２－１０（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３５）、ＡＡＶ４２－３ｂ（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３６）、ＡＡＶ４２－１１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３７）、ＡＡＶ４２－６ｂ（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３８）、ＡＡＶ４３－１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号３９）、ＡＡＶ４３－５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４０）、ＡＡＶ４３－１２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４１）、ＡＡＶ４３－２０（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４２）、ＡＡＶ４３－２１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４３）、ＡＡＶ４３－２３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４４）、ＡＡＶ４３－２５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４５）、ＡＡＶ４４．１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４６）、ＡＡＶ４４．５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４７）、ＡＡＶ２２３．１（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４８）、ＡＡＶ２２３．２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号４９）、ＡＡＶ２２３．４（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５０）、ＡＡＶ２２３．５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５１）、ＡＡＶ２２３．６（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５２）、ＡＡＶ２２３．７（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５３）、ＡＡＶＡ３．４（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５４）、ＡＡＶＡ３．５（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５５）、ＡＡＶＡ３．７（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５６）、ＡＡＶＡ３．３（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５７）、ＡＡＶ４２．１２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５８）、ＡＡＶ４４．２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号５９）、ＡＡＶ４２－２（米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書配列番号９）、又はこれらのバリアントなど、米国特許出願公開第２００３０１３８７７２号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ２（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号７及び２３）、ｒｈ２０（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１）、ｒｈ３２／３３（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号２）、ｒｈ３９（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号３、２０及び３６）、ｒｈ４６（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４及び２２）、ｒｈ７３（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号５）、ｒｈ７４（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号６）、ＡＡＶ６．１（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号２９）、ｒｈ．８（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４１）、ｒｈ．４８．１（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４４）、ｈｕ．４４（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４５）、ｈｕ．２９（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４２）、ｈｕ．４８（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号３８）、ｒｈ５４（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４９）、ＡＡＶ２（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号７）、ｃｙ．５（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号８及び２４）、ｒｈ．１０（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号９及び２５）、ｒｈ．１３（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１０及び２６）、ＡＡＶ１（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１１及び２７）、ＡＡＶ３（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１２及び２８）、ＡＡＶ６（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１３及び２９）、ＡＡＶ７（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１４及び３０）、ＡＡＶ８（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１５及び３１）、ｈｕ．１３（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１６及び３２）、ｈｕ．２６（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１７及び３３）、ｈｕ．３７（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１８及び３４）、ｈｕ．５３（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号１９及び３５）、ｒｈ．４３（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号２１及び３７）、ｒｈ２（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号３９）、ｒｈ．３７（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４０）、ｒｈ．６４（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４３）、ｒｈ．４８（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４４）、ｃｈ．５（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４６）、ｒｈ．６７（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４７）、ｒｈ．５８（米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書の配列番号４８）、又はこれらのバリアントなど、限定はされないが、Ｃｙ５Ｒ１、Ｃｙ５Ｒ２、Ｃｙ５Ｒ３、Ｃｙ５Ｒ４、ｒｈ．１３Ｒ、ｒｈ．３７Ｒ２、ｒｈ．２Ｒ、ｒｈ．８Ｒ、ｒｈ．４８．１、ｒｈ．４８．２、ｒｈ．４８．１．２、ｈｕ．４４Ｒ１、ｈｕ．４４Ｒ２、ｈｕ．４４Ｒ３、ｈｕ．２９Ｒ、ｃｈ．５Ｒ１、ｒｈ６４Ｒ１、ｒｈ６４Ｒ２、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．１２、ｈｕ．４８Ｒ１、ｈｕ．４８Ｒ２、及びｈｕ．４８Ｒ３を含め、米国特許出願公開第２０１５０１５９１７３号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ９（米国特許第７１９８９５１号明細書の配列番号１～３）、ＡＡＶ２（米国特許第７１９８９５１号明細書の配列番号４）、ＡＡＶ１（米国特許第７１９８９５１号明細書の配列番号５）、ＡＡＶ３（米国特許第７１９８９５１号明細書の配列番号６）、及びＡＡＶ８（米国特許第７１９８９５１号明細書の配列番号７）など、米国特許第７１９８９５１号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ９．９、ＡＡＶ９．１１、ＡＡＶ９．１３、ＡＡＶ９．１６、ＡＡＶ９．２４、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９．６１、ＡＡＶ９．６８、ＡＡＶ９．８４など、Ｎ・プリチャーラ（Ｎ Ｐｕｌｉｃｈｅｒｌａ）ら（モレキュラー・セラピー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ）、第１９巻、第６号、ｐ．１０７０～１０７８、２０１１年、本明細書において全体として参照により援用される）により記載されるとおりのＡＡＶ９配列における突然変異であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ３Ｂ（米国特許第６１５６３０３号明細書の配列番号１及び１０）、ＡＡＶ６（米国特許第６１５６３０３号明細書の配列番号２、７及び１１）、ＡＡＶ２（米国特許第６１５６３０３号明細書の配列番号３及び８）、ＡＡＶ３Ａ（米国特許第６１５６３０３号明細書の配列番号４及び９）、又はこれらの誘導体など、米国特許第６１５６３０３号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ８（米国特許出願公開第２０１４０３５９７９９号明細書の配列番号１）、ＡＡＶＤＪ（米国特許出願公開第２０１４０３５９７９９号明細書の配列番号２及び３）、又はこれらのバリアントなど、米国特許出願公開第２０１４０３５９７９９号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、血清型は、グリム（Ｇｒｉｍｍ）ら（ジャーナル・オブ・バイロロジー（Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ）、第８２巻、第１２号、ｐ．５８８７～５９１１、２００８年、本明細書において全体として参照により援用される）により記載されるとおり、ＡＡＶＤＪ（又はＡＡＶ－ＤＪ）又はそのバリアント、例えばＡＡＶＤＪ８（又は ＡＡＶ－ＤＪ８）などであってもよい。ＡＡＶＤＪ８のアミノ酸配列は、ヘパリン結合ドメイン（ＨＢＤ）を除去するため２つ以上の突然変異を含み得る。非限定的な例として、米国特許第７，５８８，７７２号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に配列番号１として記載されるＡＡＶ－ＤＪ配列は、２つの突然変異：（１）Ｒ５８７Ｑ［アミノ酸５８７のアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）がグルタミン（Ｑ；Ｇｌｎ）に変更される］及び（２）Ｒ５９０Ｔ［アミノ酸５９０のアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）がスレオニン（Ｔ；Ｔｈｒ）に変更される］を含み得る。別の非限定的な例として、３つの突然変異：（１）Ｋ４０６Ｒ［アミノ酸４０６のリジン（Ｋ；Ｌｙｓ）がアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）に変更される］、（２）Ｒ５８７Ｑ［アミノ酸５８７のアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）がグルタミン（Ｑ；Ｇｌｎ）に変更される］及び（３）Ｒ５９０Ｔ［アミノ酸５９０のアルギニン（Ｒ；Ａｒｇ）がスレオニン（Ｔ；Ｔｈｒ）に変更される］を含み得る。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ４（国際公開第１９９８０１１２４４号パンフレットの配列番号１～２０）など、国際公開第１９９８０１１２４４号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりのＡＡＶ４の配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、国際公開第２０１４１４４２２９号パンフレットに記載され及び本明細書において全体として参照により援用されるとおりのＡＡＶ２Ｇ９を生じさせるＡＡＶ２配列における突然変異であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ３－３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２１７）、ＡＡＶ１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２１９及び２０２）、ＡＡＶ１０６．１／ｈｕ．３７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０）、ＡＡＶ１１４．３／ｈｕ．４０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１１）、ＡＡＶ１２７．２／ｈｕ．４１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号６及び８）、ＡＡＶ１２８．３／ｈｕ．４４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号８１）、ＡＡＶ１３０．４／ｈｕ．４８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号７８）、ＡＡＶ１４５．１／ｈｕ．５３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１７６及び１７７）、ＡＡＶ１４５．６／ｈｕ．５６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１６８及び１９２）、ＡＡＶ１６．１２／ｈｕ．１１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５３及び５７）、ＡＡＶ１６．８／ｈｕ．１０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５６及び５６）、ＡＡＶ１６１．１０／ｈｕ．６０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１７０）、ＡＡＶ１６１．６／ｈｕ．６１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１７４）、ＡＡＶ１－７／ｒｈ．４８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号３２）、ＡＡＶ１－８／ｒｈ．４９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０３及び２５）、ＡＡＶ２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２１１及び２２１）、ＡＡＶ２－１５／ｒｈ．６２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号３３及び１１４）、ＡＡＶ２－３／ｒｈ．６１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２１）、ＡＡＶ２－４／ｒｈ．５０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２３及び１０８）、ＡＡＶ２－５／ｒｈ．５１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０４及び２２）、ＡＡＶ３．１／ｈｕ．６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号５及び８４）、ＡＡＶ３．１／ｈｕ．９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５５及び５８）、ＡＡＶ３－１１／ｒｈ．５３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１８６及び１７６）、ＡＡＶ３－３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２００）、ＡＡＶ３３．１２／ｈｕ．１７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号４）、ＡＡＶ３３．４／ｈｕ．１５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号５０）、ＡＡＶ３３．８／ｈｕ．１６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号５１）、ＡＡＶ３－９／ｒｈ．５２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号９６及び１８）、ＡＡＶ４－１９／ｒｈ．５５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１１７）、ＡＡＶ４－４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２０１及び２１８）、ＡＡＶ４－９／ｒｈ．５４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１１６）、ＡＡＶ５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９９及び２１６）、ＡＡＶ５２．１／ｈｕ．２０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号６３）、ＡＡＶ５２／ｈｕ．１９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１３３）、ＡＡＶ５－２２／ｒｈ．５８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２７）、ＡＡＶ５－３／ｒｈ．５７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０５）、ＡＡＶ５－３／ｒｈ．５７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２６）、ＡＡＶ５８．２／ｈｕ．２５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号４９）、ＡＡＶ６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２０３及び２２０）、ＡＡＶ７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２２２及び２１３）、ＡＡＶ７．３／ｈｕ．７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号５５）、ＡＡＶ８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号２２３及び２１４）、ＡＡＶＨ－１／ｈｕ．１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号４６）、ＡＡＶＨ－５／ｈｕ．３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号４４）、ＡＡＶｈｕ．１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４４）、ＡＡＶｈｕ．１０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５６）、ＡＡＶｈｕ．１１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５３）、ＡＡＶｈｕ．１２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号５９）、ＡＡＶｈｕ．１３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１２９）、ＡＡＶｈｕ．１４／ＡＡＶ９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１２３及び３）、ＡＡＶｈｕ．１５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４７）、ＡＡＶｈｕ．１６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４８）、ＡＡＶｈｕ．１７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号８３）、ＡＡＶｈｕ．１８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４９）、ＡＡＶｈｕ．１９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１３３）、ＡＡＶｈｕ．２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４３）、ＡＡＶｈｕ．２０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１３４）、ＡＡＶｈｕ．２１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１３５）、ＡＡＶｈｕ．２２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１３８）、ＡＡＶｈｕ．２３．２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１３７）、ＡＡＶｈｕ．２４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１３６）、ＡＡＶｈｕ．２５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４６）、ＡＡＶｈｕ．２７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４０）、ＡＡＶｈｕ．２９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１３２）、ＡＡＶｈｕ．３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４５）、ＡＡＶｈｕ．３１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１２１）、ＡＡＶｈｕ．３２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１２２）、ＡＡＶｈｕ．３４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１２５）、ＡＡＶｈｕ．３５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１６４）、ＡＡＶｈｕ．３７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号８８）、ＡＡＶｈｕ．３９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０２）、ＡＡＶｈｕ．４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４１）、ＡＡＶｈｕ．４０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号８７）、ＡＡＶｈｕ．４１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号９１）、ＡＡＶｈｕ．４２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号８５）、ＡＡＶｈｕ．４３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１６０）、ＡＡＶｈｕ．４４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４４）、ＡＡＶｈｕ．４５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１２７）、ＡＡＶｈｕ．４６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５９）、ＡＡＶｈｕ．４７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１２８）、ＡＡＶｈｕ．４８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５７）、ＡＡＶｈｕ．４９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１８９）、ＡＡＶｈｕ．５１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９０）、ＡＡＶｈｕ．５２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９１）、ＡＡＶｈｕ．５３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１８６）、ＡＡＶｈｕ．５４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１８８）、ＡＡＶｈｕ．５５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１８７）、ＡＡＶｈｕ．５６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９２）、ＡＡＶｈｕ．５７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９３）、ＡＡＶｈｕ．５８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９４）、ＡＡＶｈｕ．６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号８４）、ＡＡＶｈｕ．６０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１８４）、ＡＡＶｈｕ．６１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１８５）、ＡＡＶｈｕ．６３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９５）、ＡＡＶｈｕ．６４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９６）、ＡＡＶｈｕ．６６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９７）、ＡＡＶｈｕ．６７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１９８）、ＡＡＶｈｕ．７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５０）、ＡＡＶｈｕ．８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号１２）、ＡＡＶｈｕ．９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５５）、ＡＡＶＬＧ－１０／ｒｈ．４０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１４）、ＡＡＶＬＧ－４／ｒｈ．３８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号８６）、ＡＡＶＬＧ－４／ｒｈ．３８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号７）、ＡＡＶＮ７２１－８／ｒｈ．４３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１６３）、ＡＡＶＮ７２１－８／ｒｈ．４３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号４３）、ＡＡＶｐｉ．１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号２８）、ＡＡＶｐｉ．２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号３０）、ＡＡＶｐｉ．３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号２９）、ＡＡＶｒｈ．３８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号８６）、ＡＡＶｒｈ．４０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号９２）、ＡＡＶｒｈ．４３（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１６３）、ＡＡＶｒｈ．４４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号３４）、ＡＡＶｒｈ．４５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号４１）、ＡＡＶｒｈ．４７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号３８）、ＡＡＶｒｈ．４８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１１５）、ＡＡＶｒｈ．４９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０３）、ＡＡＶｒｈ．５０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０８）、ＡＡＶｒｈ．５１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０４）、ＡＡＶｒｈ．５２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号９６）、ＡＡＶｒｈ．５３（国

際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号９７）、ＡＡＶｒｈ．５５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号３７）、ＡＡＶｒｈ．５６（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１５２）、ＡＡＶｒｈ．５７（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０５）、ＡＡＶｒｈ．５８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０６）、ＡＡＶｒｈ．５９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号４２）、ＡＡＶｒｈ．６０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号３１）、ＡＡＶｒｈ．６１（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１０７）、ＡＡＶｒｈ．６２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号１１４）、ＡＡＶｒｈ．６４（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレットの配列番号９９）、ＡＡＶｒｈ．６５（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号３５）、ＡＡＶｒｈ．６８（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号１６）、ＡＡＶｒｈ．６９（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号３９）、ＡＡＶｒｈ．７０（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号２０）、ＡＡＶｒｈ．７２（国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット配列番号９）、又はこれらのバリアントなど、限定はされないが、ＡＡＶｃｙ．２、ＡＡＶｃｙ．３、ＡＡＶｃｙ．４、ＡＡＶｃｙ．５、ＡＡＶｃｙ．６、ＡＡＶｒｈ．１２、ＡＡＶｒｈ．１７、ＡＡＶｒｈ．１８、ＡＡＶｒｈ．１９、ＡＡＶｒｈ．２１、ＡＡＶｒｈ．２２、ＡＡＶｒｈ．２３、ＡＡＶｒｈ．２４、ＡＡＶｒｈ．２５、ＡＡＶｒｈ．２５／４２ １５、ＡＡＶｒｈ．３１、ＡＡＶｒｈ．３２、ＡＡＶｒｈ．３３、ＡＡＶｒｈ．３４、ＡＡＶｒｈ．３５、ＡＡＶｒｈ．３６、ＡＡＶｒｈ．３７、ＡＡＶｒｈ１４を含め、国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。バリアントの非限定的な例としては、国際公開第２００５０３３３２１号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）の配列番号１３、１５、１７、１９、２４、３６、４０、４５、４７、４８、５１～５４、６０～６２、６４～７７、７９、８０、８２、８９、９０、９３～９５、９８、１００、１０１、１０９～１１３、１１８～１２０、１２４、１２６、１３１、１３９、１４２、１５１、１５４、１５８、１６１、１６２、１６５～１８３、２０２、２０４～２１２、２１５、２１９、２２４～２３６が挙げられる。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶｒｈ８Ｒ（国際公開第２０１５１６８６６６号パンフレットの配列番号９）、ＡＡＶｒｈ８Ｒ Ａ５８６Ｒ突然変異体（国際公開第２０１５１６８６６６号パンフレットの配列番号１０）、ＡＡＶｒｈ８Ｒ Ｒ５３３Ａ突然変異体（国際公開第２０１５１６８６６６号パンフレットの配列番号１１）、又はこれらのバリアントなど、国際公開第２０１５１６８６６６号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶｈＥ１．１（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号４４）、ＡＡＶｈＥｒ１．５（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号４５）、ＡＡＶｈＥＲ１．１４（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号４６）、ＡＡＶｈＥｒ１．８（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号４７）、ＡＡＶｈＥｒ１．１６（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号４８）、ＡＡＶｈＥｒ１．１８（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号４９）、ＡＡＶｈＥｒ１．３５（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５０）、ＡＡＶｈＥｒ１．７（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５１）、ＡＡＶｈＥｒ１．３６（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５２）、ＡＡＶｈＥｒ２．２９（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５３）、ＡＡＶｈＥｒ２．４（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５４）、ＡＡＶｈＥｒ２．１６（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５５）、ＡＡＶｈＥｒ２．３０（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５６）、ＡＡＶｈＥｒ２．３１（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５８）、ＡＡＶｈＥｒ２．３６（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５７）、ＡＡＶｈＥＲ１．２３（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５３）、ＡＡＶｈＥｒ３．１（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号５９）、ＡＡＶ２．５Ｔ（米国特許第９２３３１３１号明細書の配列番号４２）、又はこれらのバリアントなど、米国特許第９２３３１３１号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１）、ＡＡＶ－ＬＫ０１（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２）、ＡＡＶ－ＬＫ０２（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号３）、ＡＡＶ－ＬＫ０３（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号４）、ＡＡＶ－ＬＫ０４（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号５）、ＡＡＶ－ＬＫ０５（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号６）、ＡＡＶ－ＬＫ０６（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号７）、ＡＡＶ－ＬＫ０７（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号８）、ＡＡＶ－ＬＫ０８（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号９）、ＡＡＶ－ＬＫ０９（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１０）、ＡＡＶ－ＬＫ１０（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１１）、ＡＡＶ－ＬＫ１１（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１２）、ＡＡＶ－ＬＫ１２（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１３）、ＡＡＶ－ＬＫ１３（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１４）、ＡＡＶ－ＬＫ１４（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１５）、ＡＡＶ－ＬＫ１５（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１６）、ＡＡＶ－ＬＫ１６（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１７）、ＡＡＶ－ＬＫ１７（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１８）、ＡＡＶ－ＬＫ１８（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号１９）、ＡＡＶ－ＬＫ１９（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２０）、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ２（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２１）、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ４（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２２）、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ６（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２３）、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ７（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２４）、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ８（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２５）、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ１１（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２６）、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ１２（米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書の配列番号２７）、又はこれらのバリアントなど、米国特許出願公開第２０１５０３７６６０７号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ－２－ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ－１０１（配列番号１ 米国特許第９１６３２６１号明細書）、又はそのバリアントなど、米国特許第９１６３２６１号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ－８ｈ（米国特許出願公開第２０１５０３７６２４０号明細書の配列番号６）、ＡＡＶ－８ｂ（米国特許出願公開第２０１５０３７６２４０号明細書の配列番号５）、ＡＡＶ－ｈ（米国特許出願公開第２０１５０３７６２４０号明細書の配列番号２）、ＡＡＶ－ｂ（米国特許出願公開第２０１５０３７６２４０号明細書の配列番号１）、又はこれらのバリアントなど、米国特許出願公開第２０１５０３７６２４０号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ ＳＭ １０－２（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号２２）、ＡＡＶシャッフル１００－１（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号２３）、ＡＡＶシャッフル１００－３（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号２４）、ＡＡＶシャッフル１００－７（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号２５）、ＡＡＶシャッフル１０－２（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号３４）、ＡＡＶシャッフル１０－６（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号３５）、ＡＡＶシャッフル１０－８（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号３６）、ＡＡＶシャッフル１００－２（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号３７）、ＡＡＶ ＳＭ １０－１（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号３８）、ＡＡＶ ＳＭ １０－８（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号３９）、ＡＡＶ ＳＭ １００－３（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号４０）、ＡＡＶ ＳＭ １００－１０（米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書の配列番号４１）、又はこれらのバリアントなど、米国特許出願公開第２０１６００１７２９５号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＢＮＰ６１ ＡＡＶ（米国特許出願公開第２０１５０２３８５５０号明細書の配列番号１）、ＢＮＰ６２ ＡＡＶ（米国特許出願公開第２０１５０２３８５５０号明細書の配列番号３）、ＢＮＰ６３ ＡＡＶ（米国特許出願公開第２０１５０２３８５５０号明細書の配列番号４）、又はこれらのバリアントなど、米国特許出願公開第２０１５０２３８５５０号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶｒｈ．５０（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号１０８）、ＡＡＶｒｈ．４３（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号１６３）、ＡＡＶｒｈ．６２（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号１１４）、ＡＡＶｒｈ．４８（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号１１５）、ＡＡＶｈｕ．１９（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号１３３）、ＡＡＶｈｕ．１１（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号１５３）、ＡＡＶｈｕ．５３（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号１８６）、ＡＡＶ４－８／ｒｈ．６４（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号１５）、ＡＡＶＬＧ－９／ｈｕ．３９（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号２４）、ＡＡＶ５４．５／ｈｕ．２３（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号６０）、ＡＡＶ５４．２／ｈｕ．２２（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号６７）、ＡＡＶ５４．７／ｈｕ．２４（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号６６）、ＡＡＶ５４．１／ｈｕ．２１（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号６５）、ＡＡＶ５４．４Ｒ／ｈｕ．２７（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号６４）、ＡＡＶ４６．２／ｈｕ．２８（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号６８）、ＡＡＶ４６．６／ｈｕ．２９（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号６９）、ＡＡＶ１２８．１／ｈｕ．４３（米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書の配列番号８０）、又はこれらのバリアントなど、米国特許出願公開第２０１５０３１５６１２号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、トゥルータイプＡＡＶ（ｔｔＡＡＶ）（国際公開第２０１５１２１５０１号パンフレットの配列番号２）、「ユーペンＡＡＶ１０」（国際公開第２０１５１２１５０１号パンフレットの配列番号８）、「ジャパニーズＡＡＶ１０」（国際公開第２０１５１２１５０１号パンフレットの配列番号９）、又はこれらのバリアントなど、国際公開第２０１５１２１５０１号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
本発明によれば、ＡＡＶカプシド血清型の選択又は使用は様々な種からであってよい。一実施形態において、ＡＡＶは鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）であってもよい。ＡＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＡＶ（米国特許第９，２３８，８００号明細書の配列番号１、２、４、６、８、１０、１２、及び１４）、又はそのバリアントなど、米国特許第９２３８８００号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一実施形態において、ＡＡＶはウシＡＡＶ（ＢＡＡＶ）であってもよい。ＢＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＢＡＡＶ（米国特許第９１９３７６９号明細書の配列番号１及び６）、又はそのバリアントなど、米国特許第９，１９３，７６９号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。ＢＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＢＡＡＶ（米国特許第７４２７３９６号明細書の配列番号５及び６）、又はそのバリアントなど、米国特許第７４２７３９６号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一実施形態において、ＡＡＶはヤギＡＡＶであってもよい。ヤギＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ヤギＡＡＶ（米国特許第７４２７３９６号明細書の配列番号３）、又はそのバリアントなど、米国特許第７４２７３９６号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
他の実施形態において、ＡＡＶは２つ以上の親血清型からハイブリッドＡＡＶとして操作されてもよい。一実施形態において、このＡＡＶは、ＡＡＶ２及びＡＡＶ９からの配列を含むＡＡＶ２Ｇ９であってもよい。ＡＡＶ２Ｇ９ ＡＡＶ血清型は、米国特許出願公開第２０１６００１７００５号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一実施形態において、ＡＡＶは、プリチャーラ（Ｐｕｌｉｃｈｅｒｌａ）ら（モレキュラー・セラピー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ）、第１９巻、第６号、ｐ．１０７０～１０７８、２０１１年（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）により記載されるとおりのアミノ酸３９０～６２７（ＶＰ１付番）に突然変異を有するＡＡＶ９カプシドライブラリによって生成された血清型であってもよい。血清型並びに対応するヌクレオチド及びアミノ酸置換は、限定はされないが、ＡＡＶ９．１（Ｇ１５９４Ｃ；Ｄ５３２Ｈ）、ＡＡＶ６．２（Ｔ１４１８Ａ及びＴ１４３６Ｘ；Ｖ４７３Ｄ及びＩ４７９Ｋ）、ＡＡＶ９．３（Ｔ１２３８Ａ；Ｆ４１３Ｙ）、ＡＡＶ９．４（Ｔ１２５０Ｃ及びＡ１６１７Ｔ；Ｆ４１７Ｓ）、ＡＡＶ９．５（Ａ１２３５Ｇ、Ａ１３１４Ｔ、Ａ１６４２Ｇ、Ｃ１７６０Ｔ；Ｑ４１２Ｒ、Ｔ５４８Ａ、Ａ５８７Ｖ）、ＡＡＶ９．６（Ｔ１２３１Ａ；Ｆ４１１Ｉ）、ＡＡＶ９．９（Ｇ１２０３Ａ、Ｇ１７８５Ｔ；Ｗ５９５Ｃ）、ＡＡＶ９．１０（Ａ１５００Ｇ、Ｔ１６７６Ｃ；Ｍ５５９Ｔ）、ＡＡＶ９．１１（Ａ１４２５Ｔ、Ａ１７０２Ｃ、Ａ１７６９Ｔ；Ｔ５６８Ｐ、Ｑ５９０Ｌ）、ＡＡＶ９．１３（Ａ１３６９Ｃ、Ａ１７２０Ｔ；Ｎ４５７Ｈ、Ｔ５７４Ｓ）、ＡＡＶ９．１４（Ｔ１３４０Ａ、Ｔ１３６２Ｃ、Ｔ１５６０Ｃ、Ｇ１７１３Ａ；Ｌ４４７Ｈ）、ＡＡＶ９．１６（Ａ１７７５Ｔ；Ｑ５９２Ｌ）、ＡＡＶ９．２４（Ｔ１５０７Ｃ、Ｔ１５２１Ｇ；Ｗ５０３Ｒ）、ＡＡＶ９．２６（Ａ１３３７Ｇ、Ａ１７６９Ｃ；Ｙ４４６Ｃ、Ｑ５９０Ｐ）、ＡＡＶ９．３３（Ａ１６６７Ｃ；Ｄ５５６Ａ）、ＡＡＶ９．３４（Ａ１５３４Ｇ、Ｃ１７９４Ｔ；Ｎ５１２Ｄ）、ＡＡＶ９．３５（Ａ１２８９Ｔ、Ｔ１４５０Ａ、Ｃ１４９４Ｔ、Ａ１５１５Ｔ、Ｃ１７９４Ａ、Ｇ１８１６Ａ；Ｑ４３０Ｌ、Ｙ４８４Ｎ、Ｎ９８Ｋ、Ｖ６０６Ｉ）、ＡＡＶ９．４０（Ａ１６９４Ｔ、Ｅ５６５Ｖ）、ＡＡＶ９．４１（Ａ１３４８Ｔ、Ｔ１３６２Ｃ；Ｔ４５０Ｓ）、ＡＡＶ９．４４（Ａ１６８４Ｃ、Ａ１７０１Ｔ、Ａ１７３７Ｇ；Ｎ５６２Ｈ、Ｋ５６７Ｎ）、ＡＡＶ９．４５（Ａ１４９２Ｔ、Ｃ１８０４Ｔ；Ｎ４９８Ｙ、Ｌ６０２Ｆ）、ＡＡＶ９．４６（Ｇ１４４１Ｃ、Ｔ１５２５Ｃ、Ｔ１５４９Ｇ；Ｇ４８１Ｒ、Ｗ５０９Ｒ、Ｌ５１７Ｖ）、９．４７（Ｇ１２４１Ａ、Ｇ１３５８Ａ、Ａ１６６９Ｇ、Ｃ１７４５Ｔ；Ｓ４１４Ｎ、Ｇ４５３Ｄ、Ｋ５５７Ｅ、Ｔ５８２Ｉ）、ＡＡＶ９．４８（Ｃ１４４５Ｔ、Ａ１７３６Ｔ；Ｐ４８２Ｌ、Ｑ５７９Ｌ）、ＡＡＶ９．５０（Ａ１６３８Ｔ、Ｃ１６８３Ｔ、Ｔ１８０５Ａ；Ｑ５４６Ｈ、Ｌ６０２Ｈ）、ＡＡＶ９．５３（Ｇ１３０１Ａ、Ａ１４０５Ｃ、Ｃ１６６４Ｔ、Ｇ１８１１Ｔ；Ｒ１３４Ｑ、Ｓ４６９Ｒ、Ａ５５５Ｖ、Ｇ６０４Ｖ）、ＡＡＶ９．５４（Ｃ１５３１Ａ、Ｔ１６０９Ａ；Ｌ５１１Ｉ、Ｌ５３７Ｍ）、ＡＡＶ９．５５（Ｔ１６０５Ａ；Ｆ５３５Ｌ）、ＡＡＶ９．５８（Ｃ１４７５Ｔ、Ｃ１５７９Ａ；Ｔ４９２Ｉ、Ｈ５２７Ｎ）、ＡＡＶ．５９（Ｔ１３３６Ｃ；Ｙ４４６Ｈ）、ＡＡＶ９．６１（Ａ１４９３Ｔ；Ｎ４９８Ｉ）、ＡＡＶ９．６４（Ｃ１５３１Ａ、Ａ１６１７Ｔ；Ｌ５１１Ｉ）、ＡＡＶ９．６５（Ｃ１３３５Ｔ、Ｔ１５３０Ｃ、Ｃ１５６８Ａ；Ａ５２３Ｄ）、ＡＡＶ９．６８（Ｃ１５１０Ａ；Ｐ５０４Ｔ）、ＡＡＶ９．８０（Ｇ１４４１Ａ、；Ｇ４８１Ｒ）、ＡＡＶ９．８３（Ｃ１４０２Ａ、Ａ１５００Ｔ；Ｐ４６８Ｔ、Ｅ５００Ｄ）、ＡＡＶ９．８７（Ｔ１４６４Ｃ、Ｔ１４６８Ｃ；Ｓ４９０Ｐ）、ＡＡＶ９．９０（Ａ１１９６Ｔ；Ｙ３９９Ｆ）、ＡＡＶ９．９１（Ｔ１３１６Ｇ、Ａ１５８３Ｔ、Ｃ１７８２Ｇ、Ｔ１８０６Ｃ；Ｌ４３９Ｒ、Ｋ５２８Ｉ）、ＡＡＶ９．９３（Ａ１２７３Ｇ、Ａ１４２１Ｇ、Ａ１６３８Ｃ、Ｃ１７１２Ｔ、Ｇ１７３２Ａ、Ａ１７４４Ｔ、Ａ１８３２Ｔ；Ｓ４２５Ｇ、Ｑ４７４Ｒ、Ｑ５４６Ｈ、Ｐ５７１Ｌ、Ｇ５７８Ｒ、Ｔ５８２Ｓ、Ｄ６１１Ｖ）、ＡＡＶ９．９４（Ａ１６７５Ｔ；Ｍ５５９Ｌ）及びＡＡＶ９．９５（Ｔ１６０５Ａ；Ｆ５３５Ｌ）であってもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶＦ１／ＨＳＣ１（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号２及び２０）、ＡＡＶＦ２／ＨＳＣ２（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号３及び２１）、ＡＡＶＦ３／ＨＳＣ３（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号５及び２２）、ＡＡＶＦ４／ＨＳＣ４（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号６及び２３）、ＡＡＶＦ５／ＨＳＣ５（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号１１及び２５）、ＡＡＶＦ６／ＨＳＣ６（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号７及び２４）、ＡＡＶＦ７／ＨＳＣ７（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号８及び２７）、ＡＡＶＦ８／ＨＳＣ８（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号９及び２８）、ＡＡＶＦ９／ＨＳＣ９（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号１０及び２９）、ＡＡＶＦ１１／ＨＳＣ１１（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号４及び２６）、ＡＡＶＦ１２／ＨＳＣ１２（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号１２及び３０）、ＡＡＶＦ１３／ＨＳＣ１３（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号１４及び３１）、ＡＡＶＦ１４／ＨＳＣ１４（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号１５及び３２）、ＡＡＶＦ１５／ＨＳＣ１５（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号１６及び３３）、ＡＡＶＦ１６／ＨＳＣ１６（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号１７及び３４）、ＡＡＶＦ１７／ＨＳＣ１７（国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレットの配列番号１３及び３５）、又はこれらのバリアント若しくは誘導体など、国際公開第２０１６０４９２３０号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１３及び８７）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１４及び８８）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１５及び８９）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１６及び９０）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ５（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７及び９１）、ＡＡＶ ＣＢｒ－ｅ５（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１８及び９２）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１９及び９３）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ７（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２０及び９４）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２１及び９５）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２２及び９６）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２３及び９７）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２４及び９８）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２５及び９９）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ５（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２６及び１００）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２７及び１０１）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ７（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２８及び１０２）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号２９及び１０３）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｅ１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１３及び８７）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３０及び１０４）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３１及び１０５）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３２及び１０６）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３３及び１０７）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ５（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３４及び１０８）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３５及び１０９）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ７（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３６及び１１０）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３７及び１１１）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ９（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３８及び１１２）、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３９及び１１３）、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４０及び１１４）、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４１及び１１５）、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４２及び１１６）、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ５（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４３及び１１７）、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４３及び１１７）、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ７（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４４及び１１８）、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４３及び１１７）、ＡＡＶ ＣＳｐ－１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４５及び１１９）、ＡＡＶ ＣＳｐ－１０（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４６及び１２０）、ＡＡＶ ＣＳｐ－１１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４７及び１２１）、ＡＡＶ ＣＳｐ－２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４８及び１２２）、ＡＡＶ ＣＳｐ－３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号４９及び１２３）、ＡＡＶ ＣＳｐ－４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５０及び１２４）、ＡＡＶ ＣＳｐ－６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５１及び１２５）、ＡＡＶ ＣＳｐ－７（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５２及び１２６）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５３及び１２７）、ＡＡＶ ＣＳｐ－９（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５４及び１２８）、ＡＡＶ ＣＨｔ－２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５５及び１２９）、ＡＡＶ ＣＨｔ－３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５６及び１３０）、ＡＡＶ ＣＫｄ－１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５７及び１３１）、ＡＡＶ ＣＫｄ－１０（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５８及び１３２）、ＡＡＶ ＣＫｄ－２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号５９及び１３３）、ＡＡＶ ＣＫｄ－３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６０及び１３４）、ＡＡＶ ＣＫｄ－４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６１及び１３５）、ＡＡＶ ＣＫｄ－６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６２及び１３６）、ＡＡＶ ＣＫｄ－７（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６３及び１３７）、ＡＡＶ ＣＫｄ－８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６４及び１３８）、ＡＡＶ ＣＬｖ－１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号３５及び１３９）、ＡＡＶ ＣＬｖ－１２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６６及び１４０）、ＡＡＶ ＣＬｖ－１３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６７及び１４１）、ＡＡＶ ＣＬｖ－２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６８及び１４２）、ＡＡＶ ＣＬｖ－３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号６９及び１４３）、ＡＡＶ ＣＬｖ－４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７０及び１４４）、ＡＡＶ ＣＬｖ－６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７１及び１４５）、ＡＡＶ ＣＬｖ－８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７２及び１４６）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７３及び１４７）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７４及び１４８）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７５及び１４９）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７６及び１５０）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ５（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７７及び１５１）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７８及び１５２）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ７（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７９及び１５３）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号８０及び１５４）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号８１及び１５５）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号８２及び１５６）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号８３及び１５７）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号８４及び１５８）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ５（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号８５及び１５９）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ６（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号７７及び１５１）、ＡＡＶ ＣＨｔ－１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号８６及び１６０）、ＡＡＶ ＣＬｖ１－１（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７１）、ＡＡＶ ＣＬｖ１－２（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７２）、ＡＡＶ ＣＬｖ１－３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７３）、ＡＡＶ ＣＬｖ１－４（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７４）、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－７（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７５）、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－８（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７６）、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－９（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７７）、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－１０（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１７８）、ＡＡＶ．ＶＲ－３５５（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１８１）、ＡＡＶ．ｈｕ．４８Ｒ３（米国特許第８７３４８０９号明細書の配列番号１８３）、又はこれらのバリアント若しくは誘導体など、米国特許第８７３４８０９号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ２（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１及び５１）、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ５（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２及び５２）、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ９（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３及び５３）、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．１（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４及び５４）、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．２（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号５及び５５）、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．３（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号６及び５６）、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．４（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号７及び５７）、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．５（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号８及び５８）、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．７（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号９及び５９）、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．８（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１０及び６０）、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．１０（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１１及び６１）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ３（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１２及び６２）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ４（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１３及び６３）、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ９（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１４及び６４）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ４（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１５及び６５）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ５（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１６及び６６）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ６（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１７及び６７）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ１（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１８及び６８）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ３（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号１９及び６９）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ６（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２０及び７０）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ１（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２１及び７１）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ１１（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２２及び７２）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ２（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２３及び７３）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ５（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２４及び７４）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ６（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２５及び７５）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ７（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２６及び７６）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ８（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２７及び７７）、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ９（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２８及び７８）、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ１（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号２９及び７９）、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ６（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３０及び８０）、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ８（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３１及び８１）、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．１（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３２及び８２）、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．１０（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３３及び８３）、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．５（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３４及び８４）、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．６（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３５及び８５）、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．７（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３６及び８６）、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．８（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３７及び８７）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．１０（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３８及び８８）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．２（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号３９及び８９）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．４（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４０及び９０）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．５（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４１及び９１）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．６（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４２及び９２）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．７（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４３及び９３）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．８（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４４及び９４）、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．９（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４５及び９５）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｂ７．３（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４６及び９６）、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｂ７．４（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４７及び９７）、ＡＡＶ３Ｂ（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４８及び９８）、ＡＡＶ４（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号４９及び９９）、ＡＡＶ５（国際公開第２０１６０６５００１号パンフレットの配列番号５０及び１００）、又はこれらのバリアント若しくは誘導体など、国際公開第２０１６０６５００１号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。
一実施形態において、ＡＡＶは、少なくとも１つのＡＡＶカプシドＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープを含む血清型であってもよい。非限定的な例として、血清型は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２又はＡＡＶ８であってもよい。
一実施形態において、ＡＡＶは、表１１に挙げられるもののいずれかから選択される血清型であってもよい。
一実施形態において、ＡＡＶは、表１１にある配列の配列、その断片又は変異体を含んでもよい。
一実施形態において、ＡＡＶは、表１１に記載されるとおりの配列、断片又は変異体によってコードされてもよい。
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 表１１に挙げられる特許、出願及び／又は公報の各々は、本明細書によって全体として参照により援用される。
一実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＡＡＶ９（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号２及び１１又は本明細書におけるそれぞれ配列番号４９４及び４９５）、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号８及び９、本明細書における配列番号１２３６及び１２３７）、Ｇ２Ｂ－１３（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号１２、本明細書における配列番号１２３８）、Ｇ２Ｂ－２６（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号１３、本明細書における配列番号１２３６及び１２３７）、ＴＨ１．１－３２（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号１４、本明細書における配列番号１２３９）、ＴＨ１．１－３５（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号１５、本明細書における配列番号１２４０）又はこれらのバリアントなど、国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの配列であってもよく、又はそれを有してもよい。更に、国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットに記載されるターゲティングペプチド又はアミノ酸インサートのいずれかが、限定はされないが、ＡＡＶ９（ＤＮＡ配列について配列番号４９４及びアミノ酸配列について配列番号４９５）など、任意の親ＡＡＶ血清型に挿入されてもよい。一実施形態において、アミノ酸インサートは親ＡＡＶ（例えばＡＡＶ９）のアミノ酸５８６～５９２に挿入される。別の実施形態において、アミノ酸インサートは親ＡＡＶ配列のアミノ酸５８８～５８９に挿入される。アミノ酸インサートは、限定はされないが、以下のアミノ酸配列、ＴＬＡＶＰＦＫ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号１；本明細書における配列番号１２４１）、ＫＦＰＶＡＬＴ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３；本明細書における配列番号１２４２）、ＬＡＶＰＦＫ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３１；本明細書における配列番号１２４３）、ＡＶＰＦＫ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３２；本明細書における配列番号１２４４）、ＶＰＦＫ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３３；本明細書における配列番号１２４５）、ＴＬＡＶＰＦ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３４；本明細書における配列番号１２４６）、ＴＬＡＶＰ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３５；本明細書における配列番号１２４７）、ＴＬＡＶ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３６；本明細書における配列番号１２４８）、ＳＶＳＫＰＦＬ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号２８；本明細書における配列番号１２４９）、ＦＴＬＴＴＰＫ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号２９；本明細書における配列番号１２５０）、ＭＮＡＴＫＮＶ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３０；本明細書における配列番号１２５１）、ＱＳＳＱＴＰＲ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号５４；本明細書における配列番号１２５２）、ＩＬＧＴＧＴＳ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号５５；本明細書における配列番号１２５３）、ＴＲＴＮＰＥＡ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号５６；本明細書における配列番号１２５４）、ＮＧＧＴＳＳＳ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号５８；本明細書における配列番号１２５５）、又はＹＴＬＳＱＧＷ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号６０；本明細書における配列番号１２５６）のいずれかであってもよい。アミノ酸インサートをコードし得るヌクレオチド配列の非限定的な例としては、以下、ＡＡＧＴＴＴＣＣＴＧＴＧＧＣＧＴＴＧＡＣＴ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号３について；本明細書における配列番号１２５７）、ＡＣＴＴＴＧＧＣＧＧＴＧＣＣＴＴＴＴＡＡＧ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号２４及び４９；本明細書における配列番号１２５８）、ＡＧＴＧＴＧＡＧＴＡＡＧＣＣＴＴＴＴＴＴＧ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号２５；本明細書における配列番号１２５９）、ＴＴＴＡＣＧＴＴＧＡＣＧＡＣＧＣＣＴＡＡＧ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号２６；本明細書における配列番号１２６０）、ＡＴＧＡＡＴＧＣＴＡＣＧＡＡＧＡＡＴＧＴＧ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号２７；本明細書における配列番号１２６１）、ＣＡＧＴＣＧＴＣＧＣＡＧＡＣＧＣＣＴＡＧＧ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号４８；本明細書における配列番号１２６２）、ＡＴＴＣＴＧＧＧＧＡＣＴＧＧＴＡＣＴＴＣＧ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号５０及び５２；本明細書における配列番号１２６３）、ＡＣＧＣＧＧＡＣＴＡＡＴＣＣＴＧＡＧＧＣＴ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号５１；本明細書における配列番号１２６４）、ＡＡＴＧＧＧＧＧＧＡＣＴＡＧＴＡＧＴＴＣＴ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号５３；本明細書における配列番号１２６５）、又はＴＡＴＡＣＴＴＴＧＴＣＧＣＡＧＧＧＴＴＧＧ（国際公開第２０１５０３８９５８号パンフレットの配列番号５９；本明細書における配列番号１２６６）が挙げられる。
一実施形態において、ＡＡＶ血清型は、少なくとも１つのＡＡＶカプシドＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープを含むように操作されてもよい。ホイ（Ｈｕｉ）ら（モレキュラー・セラピー－メソッド・アンド・クリニカル・デベロップメント（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ－Ｍｅｔｈｏｄｓ ＆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）、２０１５年、第２巻、ｐ．１５０２９、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｍ．２０１５．２９；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）は、ＡＡＶ１及びＡＡＶ２についてＡＡＶカプシド特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープを同定した（例えば、この公報の表２を参照のこと）。非限定的な例として、カプシド特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープはＡＡＶ２血清型のものであってもよい。非限定的な例として、カプシド特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープはＡＡＶ１血清型のものであってもよい。
一実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＳＡＤＮＮＮＳＥＹ（配列番号１２６７）、ＬＩＤＱＹＬＹＹＬ（配列番号１２６８）、ＶＰＱＹＧＹＬＴＬ（配列番号１２６９）、ＴＴＳＴＲＴＷＡＬ（配列番号１２７０）、ＹＨＬＮＧＲＤＳＬ（配列番号１２７１）、ＳＱＡＶＧＲＳＳＦ（配列番号１２７２）、ＶＰＡＮＰＳＴＴＦ（配列番号１２７３）、ＦＰＱＳＧＶＬＩＦ（配列番号１２７４）、ＹＦＤＦＮＲＦＨＣＨＦＳＰＲＤ（配列番号１２７５）、ＶＧＮＳＳＧＮＷＨＣＤＳＴＷＭ（配列番号１２７６）、ＱＦＳＱＡＧＡＳＤＩＲＤＱＳＲ（配列番号１２７７）、ＧＡＳＤＩＲＱＳＲＮＷＬＰ（配列番号１２７８）及びＧＮＲＱＡＡＴＡＤＶＮＴＱＧＶ（配列番号１２７９）など、ＡＡＶ２の少なくとも１つのＡＡＶカプシドＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープを含むように操作されてもよい。
一実施形態において、ＡＡＶ血清型は、限定はされないが、ＬＤＲＬＭＮＰＬＩ（配列番号１２８０）、ＴＴＳＴＲＴＷＡＬ（配列番号１２７０）、及びＱＰＡＫＫＲＬＮＦ（配列番号１２８１））など、ＡＡＶ１の少なくとも１つのＡＡＶカプシドＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープを含むように操作されてもよい。
一実施形態において、ＡＡＶ血清型に含めるペプチドは、ホイ（Ｈｕｉ）ら（モレキュラー・セラピー－メソッド・アンド・クリニカル・デベロップメント（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ－Ｍｅｔｈｏｄｓ ＆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）、２０１５年、第２巻、ｐ．１５０２９、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｍ．２０１５．２９；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）により記載される方法を用いて同定されてもよい。非限定的な例として、手順には、ヒト脾細胞を単離すること、インビトロでＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列にわたって個々のペプチドを用いて脾細胞を再刺激すること、インビトロ再刺激に使用した個々のペプチドによるＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔ、バイオインフォマティクス解析によるＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔによって同定された１５ｍｅｒのＨＬＡ拘束性の決定、所与のＨＬＡ対立遺伝子に対する候補反応性９ｍｅｒエピトープの同定、候補９ｍｅｒの合成、同定されたＡＡＶエピトープが結合すると予測されるＨＬＡ対立遺伝子を有する対象からの脾細胞の第２のＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔスクリーニング、ＡＡＶカプシド反応性ＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープを決定すること、及び所与のＡＡＶエピトープに反応する対象の頻度を決定することが含まれる。
一実施形態において、ＡＡＶは、デバーマン（Ｄｅｖｅｒｍａｎ）ら（ネイチャー・バイオテクノロジー（Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、第３４巻、第２号、ｐ．２０４～２０９、２０１６年）（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）により記載されるとおりのＣｒｅ組換えに基づくＡＡＶターゲット進化（ＣＲＥＡＴＥ：Ｃｒｅ－ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ－ｂａｓｅｄ ＡＡＶ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）によって生成された血清型であってもよい。一実施形態において、このように作成されたＡＡＶ血清型は、他のＡＡＶ血清型と比較したとき向上したＣＮＳ形質導入及び／又はニューロン及びアストロサイト向性を有する。非限定的な例として、ＡＡＶ血清型は、ＰＨＰ．Ｂ、ＰＨＰ．Ｂ２、ＰＨＰ．Ｂ３、ＰＨＰ．Ａ、Ｇ２Ａ１２、Ｇ２Ａ１５であってもよい。一実施形態において、これらのＡＡＶ血清型は、アミノ酸５８８～５８９に７アミノ酸インサートを有するＡＡＶ９（配列番号４９４及び４９５）誘導体であってもよい。これらの７アミノ酸インサートの非限定的な例としては、ＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号１２４１）、ＳＶＳＫＰＦＬ（配列番号１２４９）、ＦＴＬＴＴＰＫ（配列番号１２５０）、ＹＴＬＳＱＧＷ（配列番号１２５６）、ＱＡＶＲＴＳＬ（配列番号１２８２）及び／又はＬＡＫＥＲＬＳ（配列番号１２８３）が挙げられる。
一実施形態において、ＡＡＶ血清型は、ジャクソン（Ｊａｃｋｓｏｎ）ら（フロンティア・イン・モレキュラー・ニューロサイエンス（Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ）、第９巻、ｐ．１５４、２０１６年）（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりであってもよい。一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型はＰＨＰ．Ｂ又はＡＡＶ９である。一部の実施形態において、ＡＡＶ血清型はシナプシンプロモータと対を成すことにより、遍在性の高いプロモータを使用する場合（即ち、ＣＢＡ又はＣＭＶ）と比較したときニューロン形質導入を増強する。
一実施形態において、ＡＡＶ血清型に含めるペプチドは、ヒト脾細胞を単離すること、インビトロでＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列にわたって個々のペプチドを用いて脾細胞を再刺激すること、インビトロ再刺激に使用した個々のペプチドによるＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔ、バイオインフォマティクス解析によるＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔによって同定された１５ｍｅｒの所与の対立遺伝子拘束性の決定、所与の対立遺伝子に対する候補反応性９ｍｅｒエピトープの同定、候補９ｍｅｒの合成、同定されたＡＡＶエピトープが結合すると予測される特異的対立遺伝子を有する対象からの脾細胞の第２のＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔスクリーニング、ＡＡＶカプシド反応性ＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープを決定すること、及び所与のＡＡＶエピトープに反応する対象の頻度を決定することにより同定されてもよい。
ｓｉＲＮＡ分子の核酸配列を含むＡＡＶベクターは、限定はされないが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９（ｈｕ１４）、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、及び／又はＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）を含め、様々なＡＡＶ血清型から調製されてもよく、又はそれに由来してもよい。ある場合には、異なるＡＡＶ血清型が共に、又は他のタイプのウイルスと混合されることによりキメラＡＡＶベクターが作製されてもよい。非限定的な例として、ＡＡＶベクターはＡＡＶ９血清型に由来する。
ウイルスゲノム成分：末端逆位配列（ＩＴＲ）
本発明のＡＡＶ粒子は、少なくとも１つのＩＴＲ領域とペイロード領域とを有するウイルスゲノムを含む。一実施形態において、ウイルスゲノムは２つのＩＴＲを有する。これらの２つのＩＴＲは５’末端及び３’末端でペイロード領域に隣接する。ＩＴＲは、複製のための認識部位を含む複製起点として働く。ＩＴＲは、相補的で且つ対称に配置され得る配列領域を含む。本発明のウイルスゲノムに組み込まれるＩＴＲは、天然に存在するポリヌクレオチド配列又は組換え的に誘導されたポリヌクレオチド配列を含み得る。
ＩＴＲは、表６に挙げられる血清型のいずれか、又はその誘導体から選択される、カプシドと同じ血清型に由来してもよい。ＩＴＲはカプシドと異なる血清型であってもよい。一実施形態において、ＡＡＶ粒子は２つ以上のＩＴＲを有する。非限定的な例では、ＡＡＶ粒子は、２つのＩＴＲを含むウイルスゲノムを有する。一実施形態において、ＩＴＲは互いに同じ血清型である。別の実施形態において、ＩＴＲは異なる血清型である。非限定的な例としては、ＩＴＲのうちゼロ個、一方又は両方がカプシドと同じ血清型を有することが挙げられる。一実施形態において、ＡＡＶ粒子のウイルスゲノムの両方のＩＴＲがＡＡＶ２ ＩＴＲである。
独立に、各ＩＴＲは約１００～約１５０ヌクレオチド長であってもよい。ＩＴＲは、約１００～１０５ヌクレオチド長、１０６～１１０ヌクレオチド長、１１１～１１５ヌクレオチド長、１１６～１２０ヌクレオチド長、１２１～１２５ヌクレオチド長、１２６～１３０ヌクレオチド長、１３１～１３５ヌクレオチド長、１３６～１４０ヌクレオチド長、１４１～１４５ヌクレオチド長又は１４６～１５０ヌクレオチド長であってもよい。一実施形態において、ＩＴＲは１４０～１４２ヌクレオチド長である。ＩＴＲ長さの非限定的な例は、１０２、１４０、１４１、１４２、１４５ヌクレオチド長、及びそれと少なくとも９５％の同一性を有するものである。
一実施形態において、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてフリップＩＴＲの５’末端の近傍に位置してもよい。別の実施形態において、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてフリップＩＴＲの３’末端の近傍に位置してもよい。更に別の実施形態において、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてフロップＩＴＲの５’末端の近傍に位置してもよい。更に別の実施形態において、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてフロップＩＴＲの３’末端の近傍に位置してもよい。一実施形態において、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてフリップＩＴＲの５’末端とフロップＩＴＲの３’末端との間に位置してもよい。一実施形態において、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてフリップＩＴＲの３’末端とフリップＩＴＲの５’末端との間に（例えば、フリップＩＴＲの５’末端とフロップＩＴＲの３’末端との間又はフロップＩＴＲの３’末端とフリップＩＴＲの５’末端との間の中間に）位置してもよい。非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてＩＴＲ（例えばフリップ又はフロップＩＴＲ）の５’又は３’末端から下流に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０ヌクレオチド又は３０ヌクレオチド超以内に位置してもよい。非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてＩＴＲ（例えばフリップ又はフロップＩＴＲ）の５’又は３’末端から上流に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０ヌクレオチド又は３０ヌクレオチド超以内に位置してもよい。別の非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてＩＴＲ（例えばフリップ又はフロップＩＴＲ）の５’又は３’末端から下流に１～５、１～１０、１～１５、１～２０、１～２５、１～３０、５～１０、５～１５、５～２０、５～２５、５～３０、１０～１５、１０～２０、１０～２５、１０～３０、１５～２０、１５～２５、１５～３０、２０～２５、２０～３０又は２５～３０ヌクレオチド以内に位置してもよい。別の非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてＩＴＲ（例えばフリップ又はフロップＩＴＲ）の５’又は３’末端から上流に１～５、１～１０、１～１５、１～２０、１～２５、１～３０、５～１０、５～１５、５～２０、５～２５、５～３０、１０～１５、１０～２０、１０～２５、１０～３０、１５～２０、１５～２５、１５～３０、２０～２５、２０～３０又は２５～３０以内に位置してもよい。非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてＩＴＲ（例えばフリップ又はフロップＩＴＲ）の５’又は３’末端から上流にあるヌクレオチドの最初の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％又は２５％超以内に位置してもよい。別の非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてＩＴＲ（例えばフリップ又はフロップＩＴＲ）の５’又は３’末端から下流に最初の１～５％、１～１０％、１～１５％、１～２０％、１～２５％、５～１０％、５～１５％、５～２０％、５～２５％、１０～１５％、１０～２０％、１０～２５％、１５～２０％、１５～２５％、又は２０～２５％で位置してもよい。
ウイルスゲノム成分：プロモータ
当業者は、標的細胞が、限定はされないが、種特異的、誘導性、組織特異的、又は細胞周期特異的であるプロモータを含め、特異的プロモータを必要とし得ることを認識し得る（パー（Ｐａｒｒ）ら著、ネイチャー・メディシン（Ｎａｔ．Ｍｅｄ．）、第３巻、ｐ．１１４５～９、１９９７年；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）。
一実施形態において、プロモータは、調節性ポリヌクレオチドの発現をドライブするのに有効と見なされるプロモータである。
一実施形態において、プロモータは、標的とする細胞に向性を有するプロモータである。
一実施形態において、プロモータは、限定はされないが神経系組織など、標的組織においてペイロード、例えば調節性ポリヌクレオチド、例えばｓｉＲＮＡ又はｄｓＲＮＡの発現をある期間もたらす弱いプロモータである。発現は、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週間、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、２週間、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、３週間、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月、６ヵ月、７ヵ月、８ヵ月、９ヵ月、１０ヵ月、１１ヵ月、１年、１３ヵ月、１４ヵ月、１５ヵ月、１６ヵ月、１７ヵ月、１８ヵ月、１９ヵ月、２０ヵ月、２１ヵ月、２２ヵ月、２３ヵ月、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年又は１０年超の期間であってもよい。発現は、１～５時間、１～１２時間、１～２日、１～５日、１～２週間、１～３週間、１～４週間、１～２ヵ月、１～４ヵ月、１～６ヵ月、２～６ヵ月、３～６ヵ月、３～９ヵ月、４～８ヵ月、６～１２ヵ月、１～２年、１～５年、２～５年、３～６年、３～８年、４～８年又は５～１０年であってもよい。非限定的な例として、プロモータは、神経組織においてペイロードを持続的に発現させる弱いプロモータである。
一実施形態において、プロモータは、１ｋｂ未満のプロモータであってもよい。プロモータは、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００又は８００超の長さを有してもよい。プロモータは、２００～３００、２００～４００、２００～５００、２００～６００、２００～７００、２００～８００、３００～４００、３００～５００、３００～６００、３００～７００、３００～８００、４００～５００、４００～６００、４００～７００、４００～８００、５００～６００、５００～７００、５００～８００、６００～７００、６００～８００又は７００～８００の長さを有してもよい。
一実施形態において、プロモータは、限定はされないがＣＭＶ及びＣＢＡなど、２つ以上の成分の組み合わせであってもよい。各成分は、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３８１、３８２、３８３、３８４、３８５、３８６、３８７、３８８、３８９、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００又は８００超の長さを有してもよい。各成分は、２００～３００、２００～４００、２００～５００、２００～６００、２００～７００、２００～８００、３００～４００、３００～５００、３００～６００、３００～７００、３００～８００、４００～５００、４００～６００、４００～７００、４００～８００、５００～６００、５００～７００、５００～８００、６００～７００、６００～８００又は７００～８００の長さを有してもよい。非限定的な例として、プロモータは、３８２ヌクレオチドＣＭＶエンハンサー配列と２６０ヌクレオチドＣＢＡプロモータ配列との組み合わせである。
一実施形態において、ベクターゲノムは、標的特異性及び発現を増強する少なくとも１つのエレメントを含む（例えば、パウエル（Ｐｏｗｅｌｌ）ら著、「遺伝子療法におけるトランス遺伝子標的特異性及び発現を増強するウイルス発現カセットエレメント（Ｖｉｒａｌ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｃａｓｓｅｔｔｅ Ｅｌｅｍｅｎｔｓ ｔｏ Ｅｎｈａｎｃｅ Ｔｒａｎｓｇｅｎｅ Ｔａｒｇｅｔ Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ）」、２０１５年を参照のこと；この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。トランス遺伝子標的特異性及び発現を増強するエレメントの非限定的な例としては、プロモータ、内因性ｍｉＲＮＡ、転写後調節エレメント（ＰＲＥ）、ポリアデニル化（ポリＡ）シグナル配列及び上流エンハンサー（ＵＳＥ）、ＣＭＶエンハンサー及びイントロンが挙げられる。
一実施形態において、ベクターゲノムは、プロモータなど、標的特異性及び発現を増強する少なくとも１つのエレメントを含む（例えば、パウエル（Ｐｏｗｅｌｌ）ら著、「遺伝子療法におけるトランス遺伝子標的特異性及び発現を増強するウイルス発現カセットエレメント（Ｖｉｒａｌ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｃａｓｓｅｔｔｅ Ｅｌｅｍｅｎｔｓ ｔｏ Ｅｎｈａｎｃｅ Ｔｒａｎｓｇｅｎｅ Ｔａｒｇｅｔ Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ）」、２０１５年を参照のこと；この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。
ほとんどの組織において発現を促進するプロモータとしては、限定はされないが、ヒト伸長因子１α－サブユニット（ＥＦ１α）、前初期サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ニワトリβ－アクチン（ＣＢＡ）及びその誘導体ＣＡＧ、βグルクロニダーゼ（ＧＵＳＢ）、又はユビキチンＣ（ＵＢＣ）が挙げられる。組織特異的発現エレメントは、限定はされないが、発現をニューロン、アストロサイト、又はオリゴデンドロサイトに制限するために使用することのできる神経系プロモータなど、発現を特定の細胞型に制限するために使用することができる。ニューロンに対する組織特異的発現エレメントの非限定的な例としては、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、血小板由来成長因子Ｂ鎖（ＰＤＧＦ－β）、シナプシン（Ｓｙｎ）、メチル－ＣｐＧ結合タンパク質２（ＭｅＣＰ２）、ＣａＭＫＩＩ、ｍＧｌｕＲ２、ＮＦＬ、ＮＦＨ、ｎβ２、ＰＰＥ、Ｅｎｋ及びＥＡＡＴ２プロモータが挙げられる。アストロサイトに対する組織特異的発現エレメントの非限定的な例としては、グリア線維性酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）及びＥＡＡＴ２プロモータが挙げられる。オリゴデンドロサイトに対する組織特異的発現エレメントの非限定的な例としては、ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）プロモータが挙げられる。
一実施形態において、ベクターゲノムはユビキタスプロモータを含む。ユビキタスプロモータの非限定的な例としては、Ｈ１、Ｕ６、ＣＭＶ、ＣＢＡ（誘導体ＣＡＧ、ＣＢｈ等を含む）、ＥＦ－１α、ＰＧＫ、ＵＢＣ、ＧＵＳＢ（ｈＧＢｐ）、及びＵＣＯＥ（ＨＮＲＰＡ２Ｂ１－ＣＢＸ３のプロモータ）が挙げられる。ユー（Ｙｕ）ら（モレキュラー・ペイン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐａｉｎ）、２０１１年、第７巻、ｐ．６３；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）は、レンチウイルスベクターを使用してラットＤＲＧ細胞及び初代ＤＲＧ細胞におけるＣＡＧ、ＥＦＩα、ＰＧＫ及びＵＢＣプロモータ下のｅＧＦＰの発現を評価し、ＵＢＣが他の３つのプロモータよりも弱い発現を示し、全てのプロモータについて僅か１０～１２％のグリア細胞発現しか見られなかったことを見出した。セーデルブロム（Ｓｏｄｅｒｂｌｏｍ）ら（イー・ニューロ（Ｅ．Ｎｅｕｒｏ）、２０１５年；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）、運動皮質における注射後のＣＭＶ及びＵＢＣプロモータを含むＡＡＶ８及びＣＭＶプロモータを含むＡＡＶ２におけるｅＧＦＰの発現。ＵＢＣ又はＥＦＩαプロモータを含むプラスミドの鼻腔内投与は、ＣＭＶプロモータによる発現よりも高い持続的気道発現を示した（例えば、ギル（Ｇｉｌｌ）ら著、ジーン・セラピー（Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ）、２００１年、第８巻、ｐ．１５３９～１５４６（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）を参照のこと）。フセイン（Ｈｕｓａｉｎ）ら（ジーン・セラピー（Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ）、２００９年；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）は、ｈＧＵＳＢプロモータ、ＨＳＶ－１ＬＡＴプロモータ及びＮＳＥプロモータを含むＨβＨコンストラクトを評価し、このＨβＨコンストラクトがマウス脳においてＮＳＥよりも弱い発現を示したことを見出した。パッシーニ（Ｐａｓｓｉｎｉ）及びウォルフ（Ｗｏｌｆｅ）（ジャーナル・オブ・バイロロジー（Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．）、２００１年、ｐ．１２３８２～１２３９２、これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）は、新生仔マウスにおける脳室内注射後のＨβＨベクターの長期効果を評価し、少なくとも１年間にわたり持続的発現があったことを見出した。スー（Ｘｕ）ら（ジーン・セラピー（Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ）、２００１年、第８巻、ｐ．１３２３～１３３２；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）により、ＮＦ－Ｌ及びＮＦ－Ｈプロモータを使用したとき、ＣＭＶ－ｌａｃＺ、ＣＭＶ－ｌｕｃ、ＥＦ、ＧＦＡＰ、ｈＥＮＫ、ｎＡＣｈＲ、ＰＰＥ、ＰＰＥ＋ｗｐｒｅ、ＮＳＥ（０．３ｋｂ）、ＮＳＥ（１．８ｋｂ）及びＮＳＥ（１．８ｋｂ＋ｗｐｒｅ）と比較して全ての脳領域で低発現が見出された。スー（Ｘｕ）らは、プロモータ活性が、降順に、ＮＳＥ（１．８ｋｂ）、ＥＦ、ＮＳＥ（０．３ｋｂ）、ＧＦＡＰ、ＣＭＶ、ｈＥＮＫ、ＰＰＥ、ＮＦＬ及びＮＦＨであることを見出した。ＮＦＬは６５０ヌクレオチドプロモータであり、ＮＦＨは９２０ヌクレオチドプロモータであり、両方とも肝臓には存在しないが、ＮＦＨは固有受容感覚ニューロン、脳及び脊髄に豊富にあり、ＮＦＨは心臓に存在する。Ｓｃｎ８ａは、ＤＲＧ、脊髄及び脳全体にわたって発現する４７０ヌクレオチドプロモータであり、特に海馬ニューロン及び小脳プルキンエ細胞、皮質、視床及び視床下部に高発現が見られる（例えば、ドレウス（Ｄｒｅｗｓ）ら著、２００７年及びレイモンド（Ｒａｙｍｏｎｄ）ら著、２００４年を参照のこと；この各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）。
一実施形態において、ベクターゲノムはＵＢＣプロモータを含む。ＵＢＣプロモータはサイズが３００～３５０ヌクレオチドであり得る。非限定的な例として、ＵＢＣプロモータは３３２ヌクレオチドである。
一実施形態において、ベクターゲノムはＧＵＳＢプロモータを含む。ＧＵＳＢプロモータはサイズが３５０～４００ヌクレオチドであり得る。非限定的な例として、ＧＵＳＢプロモータは３７８ヌクレオチドである。非限定的な例として、コンストラクトは、ＡＡＶ－プロモータ－ＣＭＶ／グロビンイントロン－調節性ポリヌクレオチド－ＲＢＧであってもよく、ここでＡＡＶは自己相補的であってもよく、及びＡＡＶはＤＪ血清型であってもよい。
一実施形態において、ベクターゲノムはＮＦＬプロモータを含む。ＮＦＬプロモータはサイズが６００～７００ヌクレオチドであり得る。非限定的な例として、ＮＦＬプロモータは６５０ヌクレオチドである。非限定的な例として、コンストラクトはＡＡＶ－プロモータ－ＣＭＶ／グロビンイントロン－調節性ポリヌクレオチド－ＲＢＧであってもよく、ここでＡＡＶは自己相補的であってもよく、及びＡＡＶはＤＪ血清型であってもよい。
一実施形態において、ベクターゲノムはＮＦＨプロモータを含む。ＮＦＨプロモータはサイズが９００～９５０ヌクレオチドであり得る。非限定的な例として、ＮＦＨプロモータは９２０ヌクレオチドである。非限定的な例として、コンストラクトはＡＡＶ－プロモータ－ＣＭＶ／グロビンイントロン－調節性ポリヌクレオチド－ＲＢＧであってもよく、ここでＡＡＶは自己相補的であってもよく、及びＡＡＶはＤＪ血清型であってもよい。
一実施形態において、ベクターゲノムはｓｃｎ８ａプロモータを含む。ｓｃｎ８ａプロモータはサイズが４５０～５００ヌクレオチドであり得る。非限定的な例として、ｓｃｎ８ａプロモータは４７０ヌクレオチドである。非限定的な例として、コンストラクトはＡＡＶ－プロモータ－ＣＭＶ／グロビンイントロン－調節性ポリヌクレオチド－ＲＢＧであってもよく、ここでＡＡＶは自己相補的であってもよく、及びＡＡＶはＤＪ血清型であってもよい。
一実施形態において、ベクターゲノムはＰｏｌ ＩＩＩプロモータを含む。
一実施形態において、ベクターゲノムはＰ１プロモータを含む。
一実施形態において、ベクターゲノムはＦＸＮプロモータを含む。
一実施形態において、ベクターゲノムはＰＧＫプロモータを含む。
一実施形態において、ベクターゲノムはＣＢＡプロモータを含む。
一実施形態において、ベクターゲノムはＣＭＶプロモータを含む。
一実施形態において、ベクターゲノムはＨ１プロモータを含む。
一実施形態において、ベクターゲノムはＵ６プロモータを含む。
一実施形態において、ベクターゲノムは肝又は骨格筋プロモータを含む。肝プロモータの非限定的な例としては、ｈＡＡＴ及びＴＢＧが挙げられる。骨格筋プロモータの非限定的な例としては、デスミン、ＭＣＫ及びＣ５－１２が挙げられる。
一実施形態において、ＡＡＶベクターは、エンハンサーエレメント、プロモータ及び／又は５’ＵＴＲイントロンを含む。エンハンサーは、限定はされないが、ＣＭＶエンハンサーであってもよく、プロモータは、限定はされないが、ＣＭＶ、ＣＢＡ、ＵＢＣ、ＧＵＳＢ、ＮＳＥ、シナプシン、ＭｅＣＰ２、及びＧＦＡＰプロモータであってもよく、及び５’ＵＴＲ／イントロンは、限定はされないが、ＳＶ４０、及びＣＢＡ－ＭＶＭであってもよい。非限定的な例として、組み合わせで使用されるエンハンサー、プロモータ及び／又はイントロンは、（１）ＣＭＶエンハンサー、ＣＭＶプロモータ、ＳＶ４０ ５’ＵＴＲイントロン；（２）ＣＭＶエンハンサー、ＣＢＡプロモータ、ＳＶ４０ ５’ＵＴＲイントロン；（３）ＣＭＶエンハンサー、ＣＢＡプロモータ、ＣＢＡ－ＭＶＭ ５’ＵＴＲイントロン；（４）ＵＢＣプロモータ；（５）ＧＵＳＢプロモータ；（６）ＮＳＥプロモータ；（７）シナプシンプロモータ；（８）ＭｅＣＰ２プロモータ；（９）ＧＦＡＰプロモータ、（１０）Ｈ１プロモータ；及び（１１）Ｕ６プロモータであってもよい。
一実施形態において、ＡＡＶベクターは操作されたプロモータを有する。
ウイルスゲノム成分：イントロン
一実施形態において、ベクターゲノムは、イントロンなど、トランス遺伝子標的特異性及び発現を増強する少なくとも１つのエレメントを含む（例えば、パウエル（Ｐｏｗｅｌｌ）ら著、「遺伝子療法におけるトランス遺伝子標的特異性及び発現を増強するウイルス発現カセットエレメント（Ｖｉｒａｌ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｃａｓｓｅｔｔｅ Ｅｌｅｍｅｎｔｓ ｔｏ Ｅｎｈａｎｃｅ Ｔｒａｎｓｇｅｎｅ Ｔａｒｇｅｔ Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ）」、２０１５年を参照のこと；この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。イントロンの非限定的な例としては、ＭＶＭ（６７～９７ｂｐｓ）、Ｆ．ＩＸトランケート型イントロン１（３００ｂｐ）、β－グロビンＳＤ／免疫グロブリン重鎖スプライスアクセプター（２５０ｂｐ）、アデノウイルススプライスドナー／イムノグロビンスプライスアクセプター（５００ｂｐ）、ＳＶ４０後期スプライスドナー／スプライスアクセプター（１９Ｓ／１６Ｓ）（１８０ｂｐ）及びハイブリッドアデノウイルススプライスドナー／ＩｇＧスプライスアクセプター（２３０ｂｐ）が挙げられる。
一実施形態において、イントロンは１００～５００ヌクレオチド長であってもよい。イントロンは、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１７８、１７９、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０又は５００の長さを有してもよい。プロモータは、８０～１００、８０～１２０、８０～１４０、８０～１６０、８０～１８０、８０～２００、８０～２５０、８０～３００、８０～３５０、８０～４００、８０～４５０、８０～５００、２００～３００、２００～４００、２００～５００、３００～４００、３００～５００、又は４００～５００の長さを有してもよい。
一実施形態において、ＡＡＶベクターゲノムは、限定はされないが、ＣＭＶ又はＵ６などのプロモータを含み得る。非限定的な例として、本発明のｓｉＲＮＡ分子の核酸配列を含むＡＡＶのプロモータは、ＣＭＶプロモータである。別の非限定的な例として、本発明のｓｉＲＮＡ分子の核酸配列を含むＡＡＶのプロモータは、Ｕ６プロモータである。
一実施形態において、ＡＡＶベクターはＣＭＶプロモータを含み得る。
一実施形態において、ＡＡＶベクターはＵ６プロモータを含み得る。
一実施形態において、ＡＡＶベクターはＣＭＶ及びＵ６プロモータを含み得る。
一実施形態において、ＡＡＶベクターはＨ１プロモータを含み得る。
一実施形態において、ＡＡＶベクターはＣＢＡプロモータを含み得る。
一実施形態において、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、限定はされないが、ＣＭＶ、Ｕ６、Ｈ１、ＣＢＡ、又はＳＶ４０、βグロビン若しくは当該技術分野において公知の他のものなどのイントロンを伴うＣＢＡプロモータなど、発現ベクターにおいてプロモータの下流に位置してもよい。更に、コード化ｓｉＲＮＡ分子はまた、発現ベクターにおいてポリアデニル化配列の上流に位置してもよい。非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてプロモータから下流及び／又はポリアデニル化配列の上流に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０ヌクレオチド又は３０ヌクレオチド超以内に位置してもよい。別の非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてプロモータから下流及び／又はポリアデニル化配列の上流に１～５、１～１０、１～１５、１～２０、１～２５、１～３０、５～１０、５～１５、５～２０、５～２５、５～３０、１０～１５、１０～２０、１０～２５、１０～３０、１５～２０、１５～２５、１５～３０、２０～２５、２０～３０又は２５～３０ヌクレオチド以内に位置してもよい。非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてプロモータから下流及び／又はポリアデニル化配列の上流にあるヌクレオチドの最初の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％又は２５％超以内に位置してもよい。別の非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてプロモータから下流及び／又はポリアデニル化配列の上流に最初の１～５％、１～１０％、１～１５％、１～２０％、１～２５％、５～１０％、５～１５％、５～２０％、５～２５％、１０～１５％、１０～２０％、１０～２５％、１５～２０％、１５～２５％、又は２０～２５％で位置してもよい。
ウイルスゲノム成分：ポリアデニル化配列
一実施形態において、本発明のＡＡＶ粒子のウイルスゲノムは少なくとも１つのポリアデニル化配列を含む。ＡＡＶ粒子のウイルスゲノムは、ペイロードコード配列の３’末端と３’ＩＴＲの５’末端との間にポリアデニル化配列を含み得る。
一実施形態において、ポリアデニル化配列又は「ポリＡ配列」は、存在しない～約５００ヌクレオチド長の範囲であってもよい。ポリアデニル化配列は、限定はされないが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４、１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１７８、１７９、１８０、１８１、１８２、１８３、１８４、１８５、１８６、１８７、１８８、１８９、１９０、１９１、１９２、１９３、１９４、１９５、１９６、１９７、１９８、１９９、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２０５、２０６、２０７、２０８、２０９、２１０、２１１、２１２、２１３、２１４、２１５、２１６、２１７、２１８、２１９、２２０、２２１、２２２、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、２２９、２３０、２３１、２３２、２３３、２３４、２３５、２３６、２３７、２３８、２３９、２４０、２４１、２４２、２４３、２４４、２４５、２４６、２４７、２４８、２４９、２５０、２５１、２５２、２５３、２５４、２５５、２５６、２５７、２５８、２５９、２６０、２６１、２６２、２６３、２６４、２６５、２６６、２６７、２６８、２６９、２７０、２７１、２７２、２７３、２７４、２７５、２７６、２７７、２７８、２７９、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、２８９、２９０、２９１、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９７、２９８、２９９、３００、３０１、３０２、３０３、３０４、３０５、３０６、３０７、３０８、３０９、３１０、３１１、３１２、３１３、３１４、３１５、３１６、３１７、３１８、３１９、３２０、３２１、３２２、３２３、３２４、３２５、３２６、３２７、３２８、３２９、３３０、３３１、３３２、３３３、３３４、３３５、３３６、３３７、３３８、３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４、３４５、３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、３５２、３５３、３５４、３５５、３５６、３５７、３５８、３５９、３６０、３６１、３６２、３６３、３６４、３６５、３６６、３６７、３６８、３６９、３７０、３７１、３７２、３７３、３７４、３７５、３７６、３７７、３７８、３７９、３８０、３８１、３８２、３８３、３８４、３８５、３８６、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４０９、４１０、４１１、４１２、４１３、４１４、４１５、４１６、４１７、４１８、４１９、４２０、４２１、４２２、４２３、４２４、４２５、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、４４７、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、４５８、４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、及び５００ヌクレオチド長であってもよい。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は５０～１００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は５０～１５０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は５０～１６０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は５０～２００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は６０～１００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は６０～１５０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は６０～１６０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は６０～２００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は７０～１００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は７０～１５０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は７０～１６０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は７０～２００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は８０～１００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は８０～１５０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は８０～１６０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は８０～２００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は９０～１００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は９０～１５０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は９０～１６０ヌクレオチド長である。
一実施形態において、ポリアデニル化配列は９０～２００ヌクレオチド長である。
一実施形態において、コード化ｓｉＲＮＡ分子は発現ベクターにおいてポリアデニル化配列の上流に位置してもよい。更に、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、限定はされないが、ＣＭＶ、Ｕ６、Ｈ１、ＣＢＡ、又はＳＶ４０若しくはβグロビンイントロンを伴うＣＢＡプロモータなど、発現ベクターにおいてプロモータの下流に位置してもよい。非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてプロモータから下流及び／又はポリアデニル化配列の上流に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０ヌクレオチド又は３０ヌクレオチド超以内に位置してもよい。別の非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてプロモータから下流及び／又はポリアデニル化配列の上流に１～５、１～１０、１～１５、１～２０、１～２５、１～３０、５～１０、５～１５、５～２０、５～２５、５～３０、１０～１５、１０～２０、１０～２５、１０～３０、１５～２０、１５～２５、１５～３０、２０～２５、２０～３０又は２５～３０ヌクレオチド以内に位置してもよい。非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてプロモータから下流及び／又はポリアデニル化配列の上流にあるヌクレオチドの最初の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％又は２５％超以内に位置してもよい。別の非限定的な例として、コード化ｓｉＲＮＡ分子は、発現ベクターにおいてプロモータから下流及び／又はポリアデニル化配列の上流に最初の１～５％、１～１０％、１～１５％、１～２０％、１～２５％、５～１０％、５～１５％、５～２０％、５～２５％、１０～１５％、１０～２０％、１０～２５％、１５～２０％、１５～２５％、又は２０～２５％で位置してもよい。
発現ベクター
一実施形態において、発現ベクター（例えばＡＡＶベクター）は、本明細書に記載されるｓｉＲＮＡ配列又は二重鎖のうちの少なくとも１つをコードする調節性ポリヌクレオチドの少なくとも１つを含み得る。
一実施形態において、発現ベクターは、ＩＴＲからＩＴＲまで５’から３’に挙げて、ＩＴＲ、プロモータ、イントロン、調節性ポリヌクレオチド、ポリＡ配列及びＩＴＲを含み得る。
ゲノムサイズ
一実施形態において、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドをコードする核酸配列を含むベクターゲノムは、一本鎖又は二本鎖ベクターゲノムであってもよい。ベクターゲノムのサイズは、小型、中型、大型又は最大サイズであってもよい。加えて、ベクターゲノムはプロモータ及びポリＡテールを含み得る。
一実施形態において、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドをコードする核酸配列を含むベクターゲノムは小型一本鎖ベクターゲノムであってもよい。小型一本鎖ベクターゲノムは、２．７～３．５ｋｂサイズ、例えば約２．７、２．８、２．９、３．０、３．１、３．２、３．３、３．４、及び３．５ｋｂサイズであってもよい。非限定的な例として、小型一本鎖ベクターゲノムは３．２ｋｂサイズであってもよい。加えて、ベクターゲノムはプロモータ及びポリＡテールを含み得る。
一実施形態において、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドをコードする核酸配列を含むベクターゲノムは小型二本鎖ベクターゲノムであってもよい。小型二本鎖ベクターゲノムは、１．３～１．７ｋｂサイズ、例えば約１．３、１．４、１．５、１．６、及び１．７ｋｂサイズであってもよい。非限定的な例として、小型二本鎖ベクターゲノムは１．６ｋｂサイズであってもよい。加えて、ベクターゲノムはプロモータ及びポリＡテールを含み得る。
一実施形態において、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチド、例えばｓｉＲＮＡ又はｄｓＲＮＡをコードする核酸配列を含むベクターゲノムは、中型一本鎖ベクターゲノムであってもよい。中型一本鎖ベクターゲノムは、３．６～４．３ｋｂサイズ、例えば約３．６、３．７、３．８、３．９、４．０、４．１、４．２及び４．３ｋｂサイズであってもよい。非限定的な例として、中型一本鎖ベクターゲノムは４．０ｋｂサイズであってもよい。加えて、ベクターゲノムはプロモータ及びポリＡテールを含み得る。
一実施形態において、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドをコードする核酸配列を含むベクターゲノムは、中型二本鎖ベクターゲノムであってもよい。中型二本鎖ベクターゲノムは、１．８～２．１ｋｂサイズ、例えば約１．８、１．９、２．０、及び２．１ｋｂサイズであってもよい。非限定的な例として、中型二本鎖ベクターゲノムは２．０ｋｂサイズであってもよい。加えて、ベクターゲノムはプロモータ及びポリＡテールを含み得る。
一実施形態において、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドをコードする核酸配列を含むベクターゲノムは、大型一本鎖ベクターゲノムであってもよい。大型一本鎖ベクターゲノムは、４．４～６．０ｋｂサイズ、例えば約４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５．０、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９及び６．０ｋｂサイズであってもよい。非限定的な例として、大型一本鎖ベクターゲノムは４．７ｋｂサイズであってもよい。別の非限定的な例として、大型一本鎖ベクターゲノムは４．８ｋｂサイズであってもよい。更に別の非限定的な例として、大型一本鎖ベクターゲノムは６．０ｋｂサイズであってもよい。加えて、ベクターゲノムはプロモータ及びポリＡテールを含み得る。
一実施形態において、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドをコードする核酸配列を含むベクターゲノムは、大型二本鎖ベクターゲノムであってもよい。大型二本鎖ベクターゲノムは、２．２～３．０ｋｂサイズ、例えば約２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９及び３．０ｋｂサイズであってもよい。非限定的な例として、大型二本鎖ベクターゲノムは２．４ｋｂサイズであってもよい。加えて、ベクターゲノムはプロモータ及びポリＡテールを含み得る。
ウイルス作製
本開示は、ウイルス複製細胞をＡＡＶポリヌクレオチド又はＡＡＶゲノムに接触させることを含む、ウイルス複製細胞におけるウイルスゲノム複製によるパルボウイルス粒子、例えばＡＡＶ粒子の作成方法を提供する。
本開示は、１）コンピテント細菌細胞にバクミドベクター及びウイルスコンストラクトベクター及び／又はＡＡＶペイロードコンストラクトベクターのいずれかをコトランスフェクトするステップ、２）得られたウイルスコンストラクト発現ベクター及びＡＡＶペイロードコンストラクト発現ベクターを単離し、ウイルス複製細胞を個別にトランスフェクトするステップ、３）ウイルスコンストラクト発現ベクター又はＡＡＶペイロードコンストラクト発現ベクターを含む得られたペイロード及びウイルスコンストラクト粒子を単離及び精製するステップ、４）ウイルス複製細胞に、ウイルスコンストラクト発現ベクター又はＡＡＶペイロードコンストラクト発現ベクターを含むＡＡＶペイロード及びウイルスコンストラクト粒子の両方を共感染させるステップ、５）パルボウイルスゲノムを含むウイルス粒子を回収及び精製するステップを含む、形質導入効率が増強された（増加した、向上した）ＡＡＶ粒子の作製方法を提供する。
一実施形態において、本発明は、１）限定はされないがＨＥＫ２９３細胞などの哺乳類細胞にペイロード領域、ｒｅｐ及びｃａｐ遺伝子を発現するコンストラクト並びにヘルパーコンストラクトを同時にコトランスフェクトするステップ、２）ウイルスゲノムを含むＡＡＶ粒子を回収及び精製するステップを含む、ＡＡＶ粒子の作製方法を提供する。
細胞
本開示は、ＡＡＶポリヌクレオチド及び／又はＡＡＶゲノムを含む細胞を提供する。
本明細書に開示されるウイルス作製は、ペイロード分子をコードするポリヌクレオチド配列を含むペイロードコンストラクト、例えば組換えウイルスコンストラクトを送達するため標的細胞に接触するＡＡＶ粒子の作製プロセス及び方法を記載する。
一実施形態において、ＡＡＶ粒子は、昆虫細胞を含むウイルス複製細胞で作製されてもよい。
培養下の昆虫細胞の成長条件、及び培養下の昆虫細胞における異種産物の産生は当該技術分野において周知であり、米国特許第６，２０４，０５９号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）を参照されたい。
本発明においては、パルボウイルスの複製を可能にする、且つ培養下に維持することのできる任意の昆虫細胞を使用することができる。細胞株は、限定はされないがＳｆ９又はＳｆ２１細胞株を含めたスポドプテラ・フルギペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）からの細胞株、ショウジョウバエ属（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）細胞株、又はヒトスジシマカ（Ａｅｄｅｓ ａｌｂｏｐｉｃｔｕｓ）由来細胞株などの蚊細胞株が用いられてもよい。異種タンパク質を発現させるための昆虫細胞の使用については、ベクター、例えば昆虫細胞適合性ベクターなどの核酸をかかる細胞に導入する方法、及び培養下のかかる細胞を維持する方法と同様に、十分に実証されている。例えば、「分子生物学の方法（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ）」、リチャード（Ｒｉｃｈａｒｄ）編、ヒューマナ・プレス（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）、ニュージャージー州、１９９５年；オライリー（Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ）ら著、「バキュロウイルス発現ベクター、実験マニュアル（Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｖｅｃｔｏｒｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ）」、オックスフォード大学出版局（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ．Ｐｒｅｓｓ）、１９９４年；サムルスキ（Ｓａｍｕｌｓｋｉ）ら著、ジャーナル・オブ・バイロロジー（Ｊ．Ｖｉｒ．）、第６３巻、ｐ．３８２２～８、１９８９年；カジガヤ（Ｋａｊｉｇａｙａ）ら著、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ）、第８８巻、ｐ．４６４６～５０、１９９１年；ラフィング（Ｒｕｆｆｉｎｇ）ら著、ジャーナル・オブ・バイロロジー（Ｊ．Ｖｉｒ．）、第６６巻、ｐ．６９２２～３０、１９９２年；キムバウアー（Ｋｉｍｂａｕｅｒ）ら著、バイロロジー（Ｖｉｒ．）、第２１９巻、ｐ．３７～４４、１９９６年；チャオ（Ｚｈａｏ）ら著、バイロロジー（Ｖｉｒ．）、第２７２巻、ｐ．３８２～９３、２０００年；及びサムルスキ（Ｓａｍｕｌｓｋｉ）ら著、米国特許第６，２０４，０５９号明細書を参照されたく、これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される。
ウイルス複製細胞は、原核生物（例えば細菌）細胞、並びに昆虫細胞、酵母細胞及び哺乳類細胞を含めた真核細胞を含め、任意の生物学的有機体から選択されてもよい。ウイルス複製細胞には、Ａ５４９、ＷＥＨ１、３Ｔ３、１０Ｔ１／２、ＢＨＫ、ＭＤＣＫ、ＣＯＳ １、ＣＯＳ ７、ＢＳＣ １、ＢＳＣ ４０、ＢＭＴ １０、ＶＥＲＯ、Ｗ１３８、ＨｅＬａ、ＨＥＫ２９３、Ｓａｏｓ、Ｃ２Ｃ１２、Ｌ細胞、ＨＴ１０８０、ＨｅｐＧ２並びに哺乳類に由来する初代線維芽細胞、ヘパトサイト及び筋芽細胞など、哺乳類細胞が含まれ得る。ウイルス複製細胞には、限定はされないが、ヒト、サル、マウス、ラット、ウサギ、及びハムスターを含めた哺乳類種、又は限定はされないが、線維芽細胞、ヘパトサイト、腫瘍細胞、細胞株形質転換細胞等を含めた細胞型に由来する細胞が含まれる。
ＡＡＶ粒子の小規模作製
本明細書に開示されるウイルス作製は、ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を含むペイロード、例えば組換えウイルスコンストラクトを送達するため標的細胞に接触するＡＡＶ粒子の作製プロセス及び方法を記載する。
一実施形態において、ＡＡＶ粒子は、哺乳類細胞を含むウイルス複製細胞で作製されてもよい。
組換えＡＡＶ粒子の作製に一般的に使用されるウイルス複製細胞としては、限定はされないが、米国特許第６，１５６，３０３号明細書、同第５，３８７，４８４号明細書、同第５，７４１，６８３号明細書、同第５，６９１，１７６号明細書、及び同第５，６８８，６７６号明細書；米国特許出願公開第２００２／００８１７２１号明細書、及び国際公開第００／４７７５７号パンフレット、同第００／２４９１６号パンフレット、及び同第９６／１７９４７号パンフレット（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの、２９３細胞、ＣＯＳ細胞、ＨｅＬａ細胞、ＫＢ細胞、及び他の哺乳類細胞株が挙げられる。
一実施形態において、ＡＡＶ粒子は哺乳類細胞で作製され、ここでは３つ全てのＶＰタンパク質が１：１：１０（ＶＰ１：ＶＰ２：ＶＰ３）に近い化学量論で発現する。この制御された発現レベルを実現する調節機構には、差次的スプライシングによって作製される、一方がＶＰ１用、及び他方がＶＰ２及びＶＰ３用の２つのｍＲＮＡの作製が含まれる。
別の実施形態において、ＡＡＶ粒子はトリプルトランスフェクション方法を用いて哺乳類細胞で作製され、ここではペイロードコンストラクトとパルボウイルスＲｅｐ及びパルボウイルスＣａｐとヘルパーコンストラクトとが３つの異なるコンストラクト内に含まれる。ＡＡＶ粒子作製の３成分のトリプルトランスフェクション方法を利用して、形質導入効率、標的組織（向性）評価、及び安定性を含めたアッセイ用の小規模ロットのウイルスを作製し得る。
バキュロウイルス
本明細書に開示される粒子作製は、ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を含むペイロードコンストラクトを送達するため標的細胞に接触するＡＡＶ粒子の作製プロセス及び方法を記載する。
簡潔に言えば、ウイルスコンストラクトベクター及びＡＡＶペイロードコンストラクトベクターが、各々、公知の、当業者によって実施されている標準的な分子生物学的技術により、トランスポゾンドナー／アクセプターシステムによってバキュロウイルスプラスミドとしても知られるバクミドに取り込まれる。別個のウイルス複製細胞集団のトランスフェクションにより２つのバキュロウイルスが生じ、一方はウイルスコンストラクト発現ベクターを含み、もう一方はＡＡＶペイロードコンストラクト発現ベクターを含む。これらの２つのバキュロウイルスを使用して単一のウイルス複製細胞集団を感染させて、ＡＡＶ粒子を作製し得る。
限定はされないが、スポドプテラ・フルギペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）（Ｓｆ９）細胞を含め、昆虫細胞においてウイルス粒子を作製するためのバキュロウイルス発現ベクターは、高力価のウイルス粒子産物を提供する。ウイルスコンストラクト発現ベクター及びＡＡＶペイロードコンストラクト発現ベクターをコードする組換えバキュロウイルスは、ウイルス複製細胞の増殖性感染を惹起する。初感染から放出された感染性バキュロウイルス粒子は培養物中の更なる細胞に二次感染し、初期感染多重度の関数である所定回数の感染サイクルで細胞培養物集団全体に指数関数的に感染する。ウラベ・Ｍ（Ｕｒａｂｅ，Ｍ．）ら著、ジャーナル・オブ・バイロロジー（Ｊ Ｖｉｒｏｌ．）、２００６年２月、第８０巻、第４号、ｐ．１８７４～８５（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）を参照されたい。
昆虫細胞系におけるバキュロウイルスによるＡＡＶ粒子の作製は、公知のバキュロウイルスの遺伝的及び物理的不安定性に対処し得る。一実施形態において、この作製システムは、タイターレス感染細胞保存及びスケールアップシステムを利用することにより複数継代をかけてバキュロウイルスの不安定性に対処する。ウイルス作製細胞の小規模シード培養物に、ウイルス粒子の構造、非構造成分をコードするウイルス発現コンストラクトがトランスフェクトされる。バキュロウイルス感染ウイルス作製細胞がアリコートに回収され、それが液体窒素で凍結保存され得る；アリコートは、大規模ウイルス作製細胞培養物の感染のための生存能力及び感染力を維持している。ワシルコ・ＤＪ（Ｗａｓｉｌｋｏ ＤＪ）ら著、プロテイン・エクスプレッション・アンド・ピュリフィケーション（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｒ Ｐｕｒｉｆ．）、２００９年６月、第６５巻、第２号、ｐ．１２２～３２、この内容は本明細書において全体として参照により援用される。
遺伝的に安定したバキュロウイルスを使用して、無脊椎動物細胞においてＡＡＶ粒子を作製するための成分のうちの１つ以上の供給源を作製してもよい。一実施形態において、欠損バキュロウイルス発現ベクターが昆虫細胞のエピソームに保持されてもよい。かかる実施形態においてバクミドベクターは、限定はされないが、プロモータ、エンハンサー、及び／又は細胞周期調節性複製エレメントを含め、複製制御エレメントで操作される。
一実施形態において、バキュロウイルスは、キチナーゼ／カテプシン遺伝子座への組換えのため（非）選択可能マーカで操作されてもよい。組織培養におけるバキュロウイルスの増殖にｃｈｉａ／ｖ－ｃａｔｈ遺伝子座は非必須であり、Ｖ－ｃａｔｈ（ＥＣ ３．４．２２．５０）は、Ａｒｇ－Ａｒｇジペプチド含有基質上で最も活性が高いシステインエンドプロテアーゼである。Ａｒｇ－Ａｒｇジペプチドはデンソウイルス及びパルボウイルスカプシド構造タンパク質に存在するが、ディペンドウイルスＶＰ１にはまれにしか見られない。
一実施形態において、バキュロウイルス感染に許容的な安定ウイルス複製細胞は、限定はされないが、ＡＡＶゲノム全体、Ｒｅｐ及びＣａｐ遺伝子、Ｒｅｐ遺伝子、Ｃａｐ遺伝子、別個の転写カセットとしての各Ｒｅｐタンパク質、別個の転写カセットとしての各ＶＰタンパク質、ＡＡＰ（アセンブリ活性化タンパク質）、又は天然若しくは非天然プロモータを有するバキュロウイルスヘルパー遺伝子のうちの少なくとも１つを含め、ＡＡＶ複製及びウイルス粒子産生に必要なエレメントのいずれかの少なくとも１つの安定に組み込まれたコピーで操作される。
大規模作製
一部の実施形態において、ＡＡＶ粒子作製は、作製規模を増加させるように改良されてもよい。本開示に係る大規模ウイルス作製方法には、米国特許第５，７５６，２８３号明細書、同第６，２５８，５９５号明細書、同第６，２６１，５５１号明細書、同第６，２７０，９９６号明細書、同第６，２８１，０１０号明細書、同第６，３６５，３９４号明細書、同第６，４７５，７６９号明細書、同第６，４８２，６３４号明細書、同第６，４８５，９６６号明細書、同第６，９４３，０１９号明細書、同第６，９５３，６９０号明細書、同第７，０２２，５１９号明細書、同第７，２３８，５２６号明細書、同第７，２９１，４９８号明細書及び同第７，４９１，５０８号明細書又は国際公開第１９９６０３９５３０号パンフレット、同第１９９８０１００８８号パンフレット、同第１９９９０１４３５４号パンフレット、同第１９９９０１５６８５号パンフレット、同第１９９９０４７６９１号パンフレット、同第２００００５５３４２号パンフレット、同第２００００７５３５３号パンフレット及び同第２００１０２３５９７号パンフレット（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に教示されるもののいずれかが含まれてもよい。ウイルス粒子作製規模を増加させる方法は、典型的には、ウイルス複製細胞の数を増加させることを含む。一部の実施形態において、ウイルス複製細胞は接着細胞を含む。接着ウイルス複製細胞によるウイルス粒子作製規模の増加には、より大きい細胞培養表面が必要である。ある場合には、大規模作製方法は、細胞培養表面を増加させるためのローラボトルの使用を含む。表面積が増加した他の細胞培養基材が当該技術分野において公知である。表面積が増加した更なる接着細胞培養製品の例としては、限定はされないが、セルスタック（登録商標）（ＣＥＬＬＳＴＡＣＫ（登録商標））、セルキューブ（登録商標）（ＣＥＬＬＣＵＢＥ（登録商標））（コーニング社（Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｒｐ．）、ニューヨーク州コーニング（Ｃｏｒｎｉｎｇ））及びヌンク（商標）（ＮＵＮＣ（商標））セル・ファクトリー（商標）（ＣＥＬＬ ＦＡＣＴＯＲＹ（商標））（サーモ・サイエンティフィック（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、マサチューセッツ州ウォルサム（Ｗａｌｔｈａｍ））が挙げられる。ある場合には、大規模接着細胞表面は約１，０００ｃｍ２～約１００，０００ｃｍ２を含み得る。ある場合には、大規模接着細胞培養物は、約１０７～約１０９細胞、約１０８～約１０１０細胞、約１０９～約１０１２細胞又は少なくとも１０１２細胞を含み得る。ある場合には、大規模接着培養物は、約１０９～約１０１２、約１０１０～約１０１３、約１０１１～約１０１４、約１０１２～約１０１５又は少なくとも１０１５ウイルス粒子を作製し得る。
一部の実施形態において、本開示の大規模ウイルス作製方法は浮遊細胞培養の使用を含み得る。浮遊細胞培養は細胞数の大幅な増加を可能にする。典型的には、約１０～５０ｃｍ２の表面積で成長させることのできる接着細胞数を懸濁液中では約１ｃｍ３の体積で成長させることができる。
大規模培養フォーマットでの複製細胞のトランスフェクションは、当該技術分野において公知の任意の方法により行われてもよい。大規模接着細胞培養には、トランスフェクション方法として、限定はされないが、無機化合物（例えばリン酸カルシウム）、有機化合物［例えばポリエチレンイミン（ＰＥＩ）］の使用又は非化学的方法（例えば電気穿孔）の使用を挙げることができる。懸濁液中で成長させる細胞では、トランスフェクション方法として、限定はされないが、リン酸カルシウムの使用及びＰＥＩの使用を挙げることができる。ある場合には、大規模浮遊培養物のトランスフェクションは、Ｆｅｎｇ．Ｌ．ら２００８年、バイオテクノロジー・アンド・アプライド・バイオケミストリー（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．）、第５０巻、ｐ．１２１～３２（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される「トランスフェクション手順（Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ）」と題される節に従い行われてもよい。かかる実施形態によれば、トランスフェクトしようとするプラスミドの導入用にＰＥＩ－ＤＮＡ複合体が形成され得る。ある場合には、ＰＥＩ－ＤＮＡ複合体をトランスフェクトされる細胞に、トランスフェクション前に「ショック」が与えられてもよい。これは、細胞培養物温度を約１時間にわたって４℃に下げることを含む。ある場合には、約１０分～約５時間の時間にわたって細胞培養物にショックが与えられてもよい。ある場合には、約０℃～約２０℃の温度で細胞培養物にショックが与えられてもよい。
ある場合には、トランスフェクションは、１つ以上のＡＡＶペイロードコンストラクトからの核酸の発現を低下させるため１つ以上のＲＮＡエフェクター分子発現ベクターを含み得る。かかる方法は、ペイロードコンストラクトの発現に浪費される細胞リソースを減少させることによりウイルス粒子の産生を増強し得る。ある場合には、かかる方法は、米国特許出願公開第２０１４／００９９６６６号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に教示されるものに従い行われてもよい。
バイオリアクター
一部の実施形態において、大規模ウイルス作製には細胞培養バイオリアクターが用いられ得る。ある場合には、バイオリアクターは撹拌槽型リアクターを含む。かかるリアクターは、概して、典型的には円筒形状の、撹拌機（例えばインペラ）を備えたベッセルを含む。一部の実施形態において、かかるバイオリアクターベッセルは、ベッセル温度を制御し、及び／又は周囲温度の変化による影響を最小限に抑えるため、ウォータジャケット内に置かれ得る。バイオリアクターベッセル容積は、サイズが約５００ｍｌ～約２Ｌ、約１Ｌ～約５Ｌ、約２．５Ｌ～約２０Ｌ、約１０Ｌ～約５０Ｌ、約２５Ｌ～約１００Ｌ、約７５Ｌ～約５００Ｌ、約２５０Ｌ～約２，０００Ｌ、約１，０００Ｌ～約１０，０００Ｌ、約５，０００Ｌ～約５０，０００Ｌ又は少なくとも５０，０００Ｌの範囲であり得る。ベッセルの底は丸底又は平底であり得る。ある場合には、動物細胞培養物が丸底ベッセルのバイオリアクターに維持され得る。
ある場合には、バイオリアクターベッセルはサーモサーキュレータを用いて温められてもよい。サーモサーキュレータは熱水をウォータジャケットの周りに圧送する。ある場合には、熱水は、バイオリアクターベッセル内に存在する管（例えばコイル管）を通じて圧送されてもよい。ある場合には、限定はされないが、培養培地の真上にある空気層を含め、バイオリアクターの周りに温風が循環してもよい。加えて、細胞生存が最適となるようにｐＨ及びＣＯ２レベルが維持され得る。
ある場合には、バイオリアクターは中空糸リアクターを含み得る。中空糸バイオリアクターは、足場依存性及び足場非依存性の両方の細胞の培養を支持し得る。更なるバイオリアクターとしては、限定はされないが、充填床又は固定床バイオリアクターを挙げることができる。かかるバイオリアクターは、接着細胞の付着用ガラスビーズを有するベッセルを含み得る。更なる充填床リアクターはセラミックビーズを含み得る。
ある場合には、ウイルス粒子は使い捨てバイオリアクターを用いて作製される。一部の実施形態において、かかるバイオリアクターとしては、ウェーブ（商標）（ＷＡＶＥ（商標））使い捨てバイオリアクターを挙げることができる。
一部の実施形態において、動物細胞バイオリアクター培養物におけるＡＡＶ粒子作製は、米国特許第５，０６４７６４号明細書、同第６，１９４，１９１号明細書、同第６，５６６，１１８号明細書、同第８，１３７，９４８号明細書又は米国特許出願公開第２０１１／０２２９９７１号明細書（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に教示される方法により行われてもよい。
細胞溶解
本発明の細胞は、限定はされないがウイルス作製細胞を含め、当該技術分野において公知の任意の方法により細胞溶解に供されてもよい。細胞溶解は、本発明の任意の細胞内に存在する１つ以上の薬剤（例えばウイルス粒子）を入手するために行われ得る。一部の実施形態において、細胞溶解は、米国特許第７，３２６，５５５号明細書、同第７，５７９，１８１号明細書、同第７，０４８，９２０号明細書、同第６，４１０，３００号明細書、同第６，４３６，３９４号明細書、同第７，７３２，１２９号明細書、同第７，５１０，８７５号明細書、同第７，４４５，９３０号明細書、同第６，７２６，９０７号明細書、同第６，１９４，１９１号明細書、同第７，１２５，７０６号明細書、同第６，９９５，００６号明細書、同第６，６７６，９３５号明細書、同第７，９６８，３３３号明細書、同第５，７５６，２８３号明細書、同第６，２５８，５９５号明細書、同第６，２６１，５５１号明細書、同第６，２７０，９９６号明細書、同第６，２８１，０１０号明細書、同第６，３６５，３９４号明細書、同第６，４７５，７６９号明細書、同第６，４８２，６３４号明細書、同第６，４８５，９６６号明細書、同第６，９４３，０１９号明細書、同第６，９５３，６９０号明細書、同第７，０２２，５１９号明細書、同第７，２３８，５２６号明細書、同第７，２９１，４９８号明細書及び同第７，４９１，５０８号明細書又は国際公開第１９９６０３９５３０号パンフレット、同第１９９８０１００８８号パンフレット、同第１９９９０１４３５４号パンフレット、同第１９９９０１５６８５号パンフレット、同第１９９９０４７６９１号パンフレット、同第２００００５５３４２号パンフレット、同第２００００７５３５３号パンフレット及び同第２００１０２３５９７号パンフレット（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に挙げられる方法のいずれかにより行われてもよい。細胞溶解方法は化学的又は機械的であってもよい。化学的細胞溶解は、典型的には、１つ以上の細胞を１つ以上の溶解剤と接触させることを含む。機械的溶解は、典型的には、１つ以上の細胞を１つ以上の溶解条件及び／又は１つ以上の溶解力に供することを含む。
一部の実施形態では、化学的溶解を用いて細胞が溶解されてもよい。本明細書で使用されるとき、用語「溶解剤」は、細胞の破壊を助け得る任意の薬剤を指す。ある場合には、溶解剤は溶液中に導入され、溶解溶液又は溶解緩衝液と呼ばれる。本明細書で使用されるとき、用語「溶解溶液」は、１つ以上の溶解剤を含む溶液（典型的には水性）を指す。溶解剤に加えて、溶解溶液は、１つ以上の緩衝剤、可溶化剤、界面活性剤、保存剤、凍結保護物質、酵素、酵素阻害薬及び／又はキレータを含み得る。溶解緩衝液は、１つ以上の緩衝剤を含む溶解溶液である。溶解溶液の更なる成分としては、１つ以上の可溶化剤を挙げることができる。本明細書で使用されるとき、用語「可溶化剤」は、溶液の１つ以上の成分の溶解度及び／又は溶液が適用される１つ以上の実体の溶解度を増強する化合物を指す。ある場合には、可溶化剤はタンパク質溶解度を増強する。ある場合には、可溶化剤は、タンパク質のコンホメーション及び／又は活性を維持しながらもタンパク質溶解度を増強するその能力に基づき選択される。
例示的溶解剤としては、米国特許第８，６８５，７３４号明細書、同第７，９０１，９２１号明細書、同第７，７３２，１２９号明細書、同第７，２２３，５８５号明細書、同第７，１２５，７０６号明細書、同第８，２３６，４９５号明細書、同第８，１１０，３５１号明細書、同第７，４１９，９５６号明細書、同第７，３００，７９７号明細書、同第６，６９９，７０６号明細書及び同第６，１４３，５６７号明細書（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるもののいずれかを挙げることができる。ある場合には、溶解剤は、溶解塩、両性薬剤、カチオン性薬剤、イオン性界面活性剤及び非イオン性界面活性剤から選択され得る。溶解塩としては、限定はされないが、塩化ナトリウム（ＮａＣｌ）及び塩化カリウム（ＫＣｌ）を挙げることができる。更なる溶解塩としては、米国特許第８，６１４，１０１号明細書、同第７，３２６，５５５号明細書、同第７，５７９，１８１号明細書、同第７，０４８，９２０号明細書、同第６，４１０，３００号明細書、同第６，４３６，３９４号明細書、同第７，７３２，１２９号明細書、同第７，５１０，８７５号明細書、同第７，４４５，９３０号明細書、同第６，７２６，９０７号明細書、同第６，１９４，１９１号明細書、同第７，１２５，７０６号明細書、同第６，９９５，００６号明細書、同第６，６７６，９３５号明細書及び同第７，９６８，３３３号明細書（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるもののいずれかを挙げることができる。塩の濃度は、細胞膜を破裂させる有効濃度が得られるように増加又は減少させてもよい。両性薬剤とは、本明細書において参照されるとき、酸又は塩基として反応する能力を有する化合物である。両性薬剤としては、限定はされないが、リゾホスファチジルコリン、３－（（３－コラミドプロピル）ジメチルアンモニウム）－１－プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳ）、ツヴィッタージェント（登録商標）（ＺＷＩＴＴＥＲＧＥＮＴ（登録商標））などを挙げることができる。カチオン性薬剤としては、限定はされないが、臭化セチルトリメチルアンモニウム（Ｃ（１６）ＴＡＢ）及び塩化ベンザルコニウムを挙げることができる。界面活性剤を含む溶解剤には、イオン性界面活性剤又は非イオン性界面活性剤が含まれ得る。界面活性剤は、限定はされないが、細胞膜、細胞壁、脂質、炭水化物、リポタンパク質及び糖タンパク質を含めた細胞構造を分解する又は溶解させる働きをし得る。例示的イオン性界面活性剤としては、米国特許第７，６２５，５７０号明細書及び同第６，５９３，１２３号明細書又は米国特許出願公開第２０１４／００８７３６１号明細書（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に教示されるもののいずれかが挙げられる。幾つかのイオン性界面活性剤としては、限定はされないが、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、コール酸塩及びデオキシコール酸塩を挙げることができる。ある場合には、イオン性界面活性剤は溶解溶液中に可溶化剤として含まれてもよい。非イオン性界面活性剤としては、限定はされないが、オクチルグルコシド、ジギトニン、ルブロール、Ｃ１２Ｅ８、ツイーン（登録商標）－２０（ＴＷＥＥＮ（登録商標）－２０）、ツイーン（登録商標）－８０（ＴＷＥＥＮ（登録商標）－８０）、トリトンＸ－１００（Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００）及びノニデットＰ－４０（Ｎｏｎｉｏｄｅｔ Ｐ－４０）を挙げることができる。非イオン性界面活性剤は、典型的には弱溶解剤であるが、細胞性及び／又はウイルス性タンパク質を可溶化するための可溶化剤として含まれてもよい。更なる溶解剤としては、酵素及び尿素を挙げることができる。ある場合には、細胞溶解及びタンパク質溶解度のうちの１つ以上を増強するため、１つ以上の溶解剤が溶解溶液中に組み合わされてもよい。ある場合には、細胞膜破壊によって引き起こされ得るタンパク質分解を防ぐため、酵素阻害薬が溶解溶液中に含まれてもよい。
一部の実施形態において、機械的細胞溶解が行われる。機械的細胞溶解方法としては、１つ以上の溶解条件及び／又は１つ以上の溶解力の使用を挙げることができる。本明細書で使用されるとき、用語「溶解条件」とは、細胞破壊を促進する状態又は状況を指す。溶解条件には、特定の温度、圧力、浸透圧純度、塩分などが含まれ得る。ある場合には、溶解条件には温度の増加又は低下が含まれる。一部の実施形態によれば、溶解条件には、細胞破壊を促進する温度の変化が含まれる。かかる実施形態により行われる細胞溶解には、凍結融解溶解が含まれ得る。本明細書で使用されるとき、用語「凍結融解溶解」とは、細胞溶液が１回以上の凍結融解サイクルに供される細胞溶解を指す。凍結融解溶解方法によれば、溶液中の細胞が凍結されて、氷の結晶の形成及び拡大によって引き起こされる細胞膜の機械的破壊が誘導される。凍結融解溶解方法により用いられる細胞溶液としては、１つ以上の溶解剤、可溶化剤、緩衝剤、凍結保護物質、界面活性剤、保存剤、酵素、酵素阻害薬及び／又はキレータを更に挙げることができる。凍結に供した細胞溶液を解凍すると、かかる成分が所望の細胞産物の回収を増強し得る。ある場合には、凍結融解溶解を受ける細胞溶液中に１つ以上の凍結保護物質が含まれる。本明細書で使用されるとき、用語「凍結保護物質」は、１つ以上の物質を凍結に起因する損傷から保護するために使用される薬剤を指す。凍結保護物質としては、米国特許出願公開第２０１３／０３２３３０２号明細書又は米国特許第６，５０３，８８８号明細書、同第６，１８０，６１３号明細書、同第７，８８８，０９６号明細書、同第７，０９１，０３０号明細書（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に教示されるもののいずれかを挙げることができる。ある場合には、凍結保護物質としては、限定はされないが、ジメチルスルホキシド、１，２－プロパンジオール、２，３－ブタンジオール、ホルムアミド、グリセロール、エチレングリコール、１，３－プロパンジオール及びｎ－ジメチルホルムアミド、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシエチルデンプン、アガロース、デキストラン類、イノシトール、グルコース、ヒドロキシエチルデンプン、ラクトース、ソルビトール、メチルグルコース、スクロース及び尿素を挙げることができる。一部の実施形態において、凍結融解溶解は、米国特許第７，７０４，７２１号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される方法のいずれかにより行われてもよい。
本明細書で使用されるとき、用語「溶解力」は、細胞を破壊するために用いられる物理的活性を指す。溶解力としては、限定はされないが、機械的力、音波的力、重力、光学的力、電気的力などを挙げることができる。機械的力によって行われる細胞溶解は、本明細書では「機械的溶解」と称される。機械的溶解により用いられ得る機械的力としては、高剪断流体力を挙げることができる。かかる機械的溶解方法によれば、マイクロフルイダイザーが使用されてもよい。マイクロフルイダイザーは、典型的には、細胞溶液が適用され得る入力リザーバを含む。次に細胞溶液がポンプ（例えば高圧ポンプ）によって高速及び／又は高圧で相互作用チャンバに圧送されることにより剪断流体力が生じ得る。次に得られたライセートが１つ以上の出力リザーバに収集され得る。ポンプ速度及び／又は圧力を調整することにより、細胞溶解を調節し、及び産物（例えばウイルス粒子）の回収を増強し得る。他の機械的溶解方法としては、スクレイピングすることによる細胞の物理的破壊を挙げることができる。
細胞溶解方法は、溶解させる細胞の細胞培養フォーマットに基づき選択されてもよい。例えば、接着細胞培養物では、幾つかの化学的及び機械的溶解方法が用いられてもよい。かかる機械的溶解方法としては、凍結融解溶解又はスクレイピングを挙げることができる。別の例では、トリトンＸ－１００（Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ－１００）などの界面活性剤を含む溶解溶液とのインキュベーションによって接着細胞培養物の化学的溶解が行われてもよい。ある場合には、遊離ＤＮＡによって生じるライセートの粘度を低下させるため、接着細胞培養物から生成された細胞ライセートがもう一つのヌクレアーゼで処理されてもよい。
一実施形態において、効率的で規模を調整可能なＡＡＶ粒子作製に、溶解のないＡＡＶ粒子の回収方法が用いられてもよい。非限定的な例では、ＡＡＶ粒子は、米国特許出願公開第２００９０２７５１０７号明細書（この内容は全体として参照により本明細書に援用される）に記載されるとおり、ヘパリン結合部位を欠くＡＡＶ粒子を培養し、それによりＡＡＶ粒子を細胞培養物の上清中に移らせて、培養物から上清を収集し；及び上清からＡＡＶ粒子を単離することにより作製されてもよい。
清澄化
ウイルス粒子を含む細胞ライセートは清澄化に供され得る。清澄化とは、細胞ライセートからのウイルス粒子の精製において行われる最初のステップを指す。清澄化は、より大きい不溶性のデブリを除去することにより更なる精製にかけるためのライセートを調製する働きをする。清澄化ステップとしては、限定はされないが、遠心及びろ過を挙げることができる。清澄化において、遠心は、より大きいデブリのみを除去するため低速で行われてもよい。同様に、ろ過は、より大きいデブリのみが除去されるように、より大きい孔径のフィルタを使用して行われてもよい。ある場合には、清澄化の間にタンジェンシャルフローろ過が用いられてもよい。ウイルス清澄化の目的には、細胞ライセートのハイスループット処理及び最終的なウイルス回収率の最適化が含まれる。清澄化ステップを含める利点には、更に大容積のライセートを処理するため規模を調整可能であることが含まれる。一部の実施形態において、清澄化は、米国特許第８，５２４，４４６号明細書、同第５，７５６，２８３号明細書、同第６，２５８，５９５号明細書、同第６，２６１，５５１号明細書、同第６，２７０，９９６号明細書、同第６，２８１，０１０号明細書、同第６，３６５，３９４号明細書、同第６，４７５，７６９号明細書、同第６，４８２，６３４号明細書、同第６，４８５，９６６号明細書、同第６，９４３，０１９号明細書、同第６，９５３，６９０号明細書、同第７，０２２，５１９号明細書、同第７，２３８，５２６号明細書、同第７，２９１，４９８号明細書、同第７，４９１，５０８号明細書、米国特許出願公開第２０１３／００４５１８６号明細書、同第２０１１／０２６３０２７号明細書、同第２０１１／０１５１４３４号明細書、同第２００３／０１３８７７２号明細書、及び国際公開第２００２０１２４５５号パンフレット、同第１９９６０３９５３０号パンフレット、同第１９９８０１００８８号パンフレット、同第１９９９０１４３５４号パンフレット、同第１９９９０１５６８５号パンフレット、同第１９９９０４７６９１号パンフレット、同第２００００５５３４２号パンフレット、同第２００００７５３５３号パンフレット及び同第２００１０２３５９７号パンフレット（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に提示される方法のいずれかにより行われてもよい。
ろ過による細胞ライセート清澄化方法は当該技術分野において十分に理解されており、限定はされないが、受動ろ過及びフローろ過を含め、種々の利用可能な方法により行われてもよい。使用されるフィルタは種々の材料及び孔径を含み得る。例えば、細胞ライセートフィルタは、約１μＭ～約５μＭ、約０．５μＭ～約２μＭ、約０．１μＭ～約１μＭ、約０．０５μＭ～約０．０５μＭ及び約０．００１μＭ～約０．１μＭの孔径を含み得る。細胞ライセートフィルタの例示的孔径としては、限定はされないが、２．０、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、０．１、０．９５、０．９、０．８５、０．８、０．７５、０．７、０．６５、０．６、０．５５、０．５、０．４５、０．４、０．３５、０．３、０．２５、０．２、０．１５、０．１、０．０５、０．２２、０．２１、０．２０、０．１９、０．１８、０．１７、０．１６、０．１５、０．１４、０．１３、０．１２、０．１１、０．１、０．０９、０．０８、０．０７、０．０６、０．０５、０．０４、０．０３、０．０２、０．０１、０．０２、０．０１９、０．０１８、０．０１７、０．０１６、０．０１５、０．０１４、０．０１３、０．０１２、０．０１１、０．０１、０．００９、０．００８、０．００７、０．００６、０．００５、０．００４、０．００３、０．００２、０．００１及び０．００１μＭを挙げることができる。一実施形態において、清澄化は、大きいデブリを除去するための２．０μＭ孔径のフィルタによるろ過と、続くインタクトな細胞を除去するための０．４５μＭ孔径のフィルタへの通過を含み得る。
フィルタ材料は種々の材料を含み得る。かかる材料としては、限定はされないが、ポリマー材料及び金属材料（例えば焼結金属及び有孔アルミニウム）を挙げることができる。例示的材料としては、限定はされないが、ナイロン、セルロース材料（例えば酢酸セルロース）、ポリフッ化ビニリデン（ＰＶＤＦ）、ポリエーテルスルホン、ポリアミド、ポリスルホン、ポリプロピレン、及びポリエチレンテレフタレートを挙げることができる。ある場合には、細胞ライセートの清澄化に有用なフィルタとしては、限定はされないが、ウルチプリーツ・プロフィール（商標）（ＵＬＴＩＰＬＥＡＴ ＰＲＯＦＩＬＥ（商標））フィルタ（ポール・コーポレーション（Ｐａｌｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ニューヨーク州ポートワシントン）、スポー（商標）（ＳＵＰＯＲ（商標））メンブレンフィルタ（ポール・コーポレーション（Ｐａｌｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ニューヨーク州ポートワシントン）を挙げることができる。
ある場合には、ろ過速度及び／又は有効性を増加させるためフローろ過が行われてもよい。ある場合には、フローろ過は真空ろ過を含み得る。かかる方法によれば、フィルタのうちろ過される細胞ライセートと反対側に真空が作り出される。ある場合には、細胞ライセートを遠心力によってフィルタに通過させてもよい。ある場合には、ポンプを使用して細胞ライセートが清澄化フィルタに押し通される。１つ以上のフィルタを通る細胞ライセートのフロー速度は、チャネルサイズ及び／又は流圧の一方を調整することにより調節し得る。
一部の実施形態によれば、細胞ライセートは遠心によって清澄化されてもよい。遠心を用いると、ライセート中の不溶性粒子をペレット化し得る。清澄化の間、遠心強度［標準重力の倍数を表す重力単位（ｇ）で表される］は続く精製ステップよりも低くてよい。ある場合には、遠心は細胞ライセートに対して約２００ｇ～約８００ｇ、約５００ｇ～約１５００ｇ、約１０００ｇ～約５０００ｇ、約１２００ｇ～約１００００ｇ又は約８０００ｇ～約１５０００ｇで行われてもよい。一部の実施形態において、細胞ライセートの遠心は８０００ｇで１５分間行われる。ある場合には、細胞ライセート中の粒子状物質を沈降速度によって分配するため密度勾配遠心法が行われてもよい。本開示の方法により用いられる勾配としては、限定はされないが、塩化セシウム勾配及びイオジキサノール段階勾配を挙げることができる。
精製：クロマトグラフィー
ある場合には、ＡＡＶ粒子は、清澄化細胞ライセートから１つ以上のクロマトグラフィー方法によって精製されてもよい。クロマトグラフィーとは、混合物から１つ以上の要素を取り分けるための当該技術分野において公知のあらゆる方法を指す。かかる方法としては、限定はされないが、イオン交換クロマトグラフィー（例えば陽イオン交換クロマトグラフィー及び陰イオン交換クロマトグラフィー）、イムノアフィニティークロマトグラフィー及びサイズ排除クロマトグラフィーを挙げることができる。一部の実施形態において、ウイルスクロマトグラフィー方法としては、米国特許第５，７５６，２８３号明細書、同第６，２５８，５９５号明細書、同第６，２６１，５５１号明細書、同第６，２７０，９９６号明細書、同第６，２８１，０１０号明細書、同第６，３６５，３９４号明細書、同第６，４７５，７６９号明細書、同第６，４８２，６３４号明細書、同第６，４８５，９６６号明細書、同第６，９４３，０１９号明細書、同第６，９５３，６９０号明細書、同第７，０２２，５１９号明細書、同第７，２３８，５２６号明細書、同第７，２９１，４９８号明細書及び同第７，４９１，５０８号明細書又は国際公開第１９９６０３９５３０号パンフレット、同第１９９８０１００８８号パンフレット、同第１９９９０１４３５４号パンフレット、同第１９９９０１５６８５号パンフレット、同第１９９９０４７６９１号パンフレット、同第２００００５５３４２号パンフレット、同第２００００７５３５３号パンフレット及び同第２００１０２３５９７号パンフレット（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に教示されるもののいずれかを挙げることができる。
一部の実施形態では、イオン交換クロマトグラフィーを用いてウイルス粒子が単離されてもよい。イオン交換クロマトグラフィーを用いると、カプシドタンパク質と、固定相、典型的にはウイルス調製物（例えば清澄化ライセート）を通過させるカラムに存在する荷電部位との間の電荷間相互作用に基づきウイルス粒子が結合する。ウイルス調製物を加えた後、次に溶出溶液を加えることにより電荷間相互作用が破壊されて、結合したウイルス粒子が溶出し得る。溶出溶液は、結合したウイルス粒子の回収が促進されるように塩濃度及び／又はｐＨを調整することにより最適化されてもよい。単離されるウイルスカプシドの電荷に応じて、陽イオン又は陰イオン交換クロマトグラフィー方法が選択され得る。イオン交換クロマトグラフィー方法としては、限定はされないが、米国特許第７，４１９，８１７号明細書、同第６，１４３，５４８号明細書、同第７，０９４，６０４号明細書、同第６，５９３，１２３号明細書、同第７，０１５，０２６号明細書及び同第８，１３７，９４８号明細書（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に教示されるもののいずれかを挙げることができる。
一部の実施形態において、イムノアフィニティークロマトグラフィーが用いられてもよい。イムノアフィニティークロマトグラフィーは、１つ以上の免疫化合物（例えば抗体又は抗体関連構造）を利用してウイルス粒子を保持するクロマトグラフィーの一形態である。免疫化合物は、限定はされないが、１つ以上のウイルスコートタンパク質を含め、ウイルス粒子表面上の１つ以上の構造に特異的に結合し得る。ある場合には、免疫化合物は特定のウイルス変種に特異的であってもよい。ある場合には、免疫化合物は複数のウイルス変種に結合してもよい。一部の実施形態において、免疫化合物は組換え一本鎖抗体を含んでもよい。かかる組換え一本鎖抗体としては、スミス・Ｒ・Ｈ（Ｓｍｉｔｈ，Ｒ．Ｈ．）ら著、２００９年、モレキュラー・セラピー（Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．）、第１７巻、第１１号、ｐ．１８８８～９６（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるものを挙げることができる。かかる免疫化合物は、限定はされないが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ６及びＡＡＶ８を含め、幾つかのＡＡＶカプシド変種への結合能を有する。
一部の実施形態において、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）が用いられてもよい。ＳＥＣは、ゲルを使用したサイズによる粒子の分離を含み得る。ウイルス粒子精製では、ＳＥＣろ過は時に「ポリッシング」と称されることもある。ある場合には、ＳＥＣは、ほぼ均一な最終産物を生じさせるために行われ得る。かかる最終産物は、ある場合には、前臨床試験及び／又は臨床試験で使用され得る（コーチン・Ｒ・Ｍ（Ｋｏｔｉｎ，Ｒ．Ｍ．）、２０１１年、ヒューマン・モレキュラー・ジェネティクス（Ｈｕｍａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、第２０巻、第１号、ｐ．Ｒ２～Ｒ６、この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。ある場合には、ＳＥＣは、米国特許第６，１４３，５４８号明細書、同第７，０１５，０２６号明細書、同第８，４７６，４１８号明細書、同第６，４１０，３００号明細書、同第８，４７６，４１８号明細書、同第７，４１９，８１７号明細書、同第７，０９４，６０４号明細書、同第６，５９３，１２３号明細書、及び同第８，１３７，９４８号明細書（これらの各々の内容は本明細書において全体として参照により援用される）に教示される方法のいずれかにより行われてもよい。
一実施形態において、少なくとも１つのＡＡＶ粒子を含む組成物は、米国特許第６１４６８７４号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される方法を用いて単離又は精製されてもよい。
一実施形態において、少なくとも１つのＡＡＶ粒子を含む組成物は、米国特許第６６６０５１４号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される方法を用いて単離又は精製されてもよい。
一実施形態において、少なくとも１つのＡＡＶ粒子を含む組成物は、米国特許第８２８３１５１号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される方法を用いて単離又は精製されてもよい。
一実施形態において、少なくとも１つのＡＡＶ粒子を含む組成物は、米国特許第８５２４４４６号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される方法を用いて単離又は精製されてもよい。
ＩＩ．製剤及び送達
医薬組成物及び製剤
医薬組成物（ｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクター）に加えて、本明細書にはヒトへの投与に好適な医薬組成物が提供され、当業者は、かかる組成物が概して任意の他の動物、例えば非ヒト動物、例えば非ヒト哺乳類への投与に好適であることを理解するであろう。組成物を種々の動物への投与に好適にするための、ヒトへの投与に好適な医薬組成物の修飾については十分に理解されており、獣医薬理学の当業者は、あったとしても通常どおりに過ぎない実験をもって、かかる修飾を設計及び／又は実施することができる。医薬組成物の投与が企図される対象としては、限定はされないが、ヒト及び／又は他の霊長類；ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ネコ、イヌ、マウス、及び／又はラットなど、商業的に関連性のある哺乳類を含めた哺乳類；及び／又は、家禽、ニワトリ、アヒル、ガチョウ、及び／又はシチメンチョウなど、商業的に関連性のある鳥類を含めた鳥類が挙げられる。
一部の実施形態において、組成物は、ヒト、ヒト患者又は対象に投与される。本開示の目的上、語句「活性成分」とは、概して、合成ｓｉＲＮＡ二重鎖、ｓｉＲＮＡ二重鎖をコードするベクター、例えばＡＡＶベクターを指すか、又は本明細書に記載されるとおりベクターによって送達されるｓｉＲＮＡ分子を指すかのいずれかである。
本明細書に記載される医薬組成物の製剤は、薬理学の技術分野において公知の又は今後開発される任意の方法によって調製されてもよい。一般に、かかる調製方法は、活性成分を賦形剤及び／又は１つ以上の他の補助成分と合わせるステップ、及び次に、必要であれば及び／又は望ましい場合には、生成物を所望の単回又は複数回用量単位に分割、付形及び／又は包装するステップを含む。
本発明に係る医薬組成物中の活性成分、薬学的に許容可能な賦形剤、及び／又は任意の追加成分の相対量は、治療対象のアイデンティティ、サイズ、及び／又は状態に応じて、更には組成物が投与される経路に応じて異なることになる。
本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、１つ以上の賦形剤を使用して製剤化することにより、（１）安定性を増加させる；（２）細胞トランスフェクション又は形質導入を増加させる；（３）持続又は遅延放出を可能にする；又は（４）体内分布を変化させる（例えば、ウイルスベクターを脳及びニューロンなどの特異的組織又は細胞型に標的化する）ことができる。
本発明の製剤は、限定なしに、生理食塩水、リピドイド、リポソーム、脂質ナノ粒子、ポリマー、リポプレックス、コア－シェルナノ粒子、ペプチド、タンパク質、ウイルスベクターをトランスフェクトした細胞（例えば、対象への移植用）、ナノ粒子模倣体及びこれらの組み合わせを含むことができる。更に、本発明のウイルスベクターは、自己集合性核酸ナノ粒子を使用して製剤化されてもよい。
本明細書に記載される医薬組成物の製剤は、薬理学の技術分野において公知の又は今後開発される任意の方法によって調製されてもよい。一般に、かかる調製方法は、活性成分を賦形剤及び／又は１つ以上の他の補助成分と合わせるステップを含む。
本開示に係る医薬組成物は、バルクで、単回単位用量として、及び／又は複数の単回単位用量として調製、包装、及び／又は販売されてもよい。本明細書で使用されるとき、「単位用量」は、所定量の活性成分を含む医薬組成物の個別的な量を指す。活性成分の量は、概して対象に投与されるであろう活性成分の投薬量に等しく、及び／又はかかる投薬量の好都合な一部、例えばかかる投薬量の２分の１又は３分の１である。
本開示に係る医薬組成物中の活性成分、薬学的に許容可能な賦形剤、及び／又は任意の追加成分の相対量は、治療下の対象のアイデンティティ、サイズ、及び／又は状態に応じて、更には組成物が投与される経路に応じて異なり得る。例えば、組成物は、０．１％～９９％（ｗ／ｗ）の活性成分を含み得る。例として、組成物は、０．１％～１００％、例えば０．５～５０％、１～３０％、５～８０％、少なくとも８０％（ｗ／ｗ）の活性成分を含み得る。
一部の実施形態において、薬学的に許容可能な賦形剤は、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の純度であってもよい。一部の実施形態において、賦形剤はヒトへの使用及び動物への使用が承認されている。一部の実施形態において、賦形剤は米国食品医薬品局によって承認されていてもよい。一部の実施形態において、賦形剤は医薬品グレードであってもよい。一部の実施形態において、賦形剤は、米国薬局方（ＵＳＰ）、欧州薬局方（ＥＰ）、英国薬局方、及び／又は国際薬局方の規格に適合し得る。
賦形剤には、本明細書で使用されるとき、限定はされないが、所望の特定の剤形に適するとおりのあらゆる溶媒、分散媒、希釈剤、又は他の液体媒体、分散液又は懸濁液助剤、表面活性剤、等張剤、増粘剤又は乳化剤、保存剤などが含まれる。医薬組成物を製剤化するための種々の賦形剤及び組成物の調製技法は当該技術分野において公知である（「レミントン：薬学の科学と実践（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ）」、第２１版、Ａ・Ｒ・ジェンナロ（Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ）著、リッピンコット・ウィリアムズ・アンド・ウィルキンス（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ）、メリーランド州ボルチモア（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ）、２００６年を参照のこと；全体として参照により本明細書に援用される）。従来の賦形剤媒体の使用は本開示の範囲内に企図され得るが、但し、任意の望ましくない生物学的効果を生じたり、又はその他、医薬組成物の任意の他の１つ又は複数の成分と有害な形で相互作用したりするなどにより、任意の従来の賦形剤媒体が物質又はその誘導体と不適合である場合は除く。
例示的希釈剤としては、限定はされないが、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウム、リン酸カルシウム、リン酸二カルシウム、硫酸カルシウム、リン酸水素カルシウム、リン酸ナトリウム ラクトース、スクロース、セルロース、微結晶性セルロース、カオリン、マンニトール、ソルビトール、イノシトール、塩化ナトリウム、乾燥デンプン、コーンスターチ、粉末糖等、及び／又はこれらの組み合わせが挙げられる。
一部の実施形態において、製剤は少なくとも１つの非活性成分を含み得る。本明細書で使用されるとき、用語「非活性成分」は、製剤に含まれる１つ以上の非活性薬剤を指す。一部の実施形態において、本発明の製剤に使用し得る非活性成分は、全てが米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認されているか、いずれも承認されていないか、又は一部が承認されているものであり得る。
本発明のｓｉＲＮＡ分子の核酸配列を含むベクターの製剤は、カチオン又はアニオンを含み得る。一実施形態において、製剤は、限定はされないが、Ｚｎ２＋、Ｃａ２＋、Ｃｕ２＋、Ｍｇ＋及びこれらの組み合わせなど、金属カチオンを含む。
本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容可能な塩」は、開示される化合物の誘導体を指し、ここで親化合物は、既存の酸又は塩基部分からその塩形態への変換（例えば、遊離塩基基を好適な有機酸と反応させることによる）によって修飾される。薬学的に許容可能な塩の例としては、限定はされないが、アミン類などの塩基性残基の鉱酸塩又は有機酸塩；カルボン酸などの酸性残基のアルカリ塩又は有機塩などが挙げられる。代表的な酸付加塩としては、酢酸塩、酢酸、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、カンファー酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプトン酸塩、ヘキサン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシエタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。代表的なアルカリ又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなど、並びに非毒性アンモニウム、第四級アンモニウム、及びアミン陽イオン、例えば、限定はされないが、アンモニウム、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアミン、ジメチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、エチルアミンなどが挙げられる。本開示の薬学的に許容可能な塩には、例えば非毒性無機酸又は有機酸から形成される親化合物の従来の非毒性塩が含まれる。本開示の薬学的に許容可能な塩は、従来の化学的方法により塩基又は酸部分を含有する親化合物から合成することができる。概して、かかる塩は、遊離酸又は塩基形態のこれらの化合物と、水中又は有機溶媒中、又はこれら２つの混合物中（概して、エーテル、酢酸エチル、エタノール、イソプロパノール、又はアセトニトリルなどの非水性媒体が好ましい）にある化学量論量の適切な塩基又は酸とを反応させることにより調製し得る。好適な塩の一覧については、「レミントンの薬学科学（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）」、第１７版、マック・パブリッシング・カンパニー（Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ）、ペンシルベニア州イーストン（Ｅａｓｔｏｎ）、１９８５年、ｐ．１４１８、「薬学的塩：特性、選択、及び使用（Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄ Ｕｓｅ）」、Ｐ・Ｈ・シュタール（Ｐ．Ｈ．Ｓｔａｈｌ）及びＣ・Ｇ・ウェルムス（Ｃ．Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ）編、ワイリー－ブイシーエイチ（Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ）、２００８年、及びベルジュ（Ｂｅｒｇｅ）ら著、ジャーナル・オブ・ファーマシューティカル・サイエンス（Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ）、第６６巻、ｐ．１～１９、１９７７年が参照される；この各々の内容は全体として参照により本明細書に援用される。
用語「薬学的に許容可能な溶媒和物」は、本明細書で使用されるとき、好適な溶媒の分子が結晶格子に取り込まれている本発明の化合物を意味する。好適な溶媒は、投与される投薬量で生理学的に忍容可能である。例えば、溶媒和物は、有機溶媒、水、又はこれらの混合物を含む溶液から結晶化、再結晶化、又は沈殿によって調製されてもよい。好適な溶媒の例は、エタノール、水（例えば、一水和物、二水和物、及び三水和物）、Ｎ－メチルピロリジノン（ＮＭＰ）、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、Ｎ，Ｎ’－ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）、Ｎ，Ｎ’－ジメチルアセトアミド（ＤＭＡＣ）、１，３－ジメチル－２－イミダゾリジノン（ＤＭＥＵ）、１，３－ジメチル－３，４，５，６－テトラヒドロ－２－（１Ｈ）－ピリミジノン（ＤＭＰＵ）、アセトニトリル（ＡＣＮ）、プロピレングリコール、酢酸エチル、ベンジルアルコール、２－ピロリドン、安息香酸ベンジルなどである。水が溶媒であるとき、その溶媒和物は「水和物」と称される。
本発明によれば、本発明のｓｉＲＮＡ分子の核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＣＮＳ送達用に製剤化されてもよい。脳血液関門（ＢＢＢ）を通過する薬剤が使用されてもよい。例えば、ｓｉＲＮＡ分子をＢＢＢ内皮に標的化することのできる何らかの細胞透過性ペプチドを使用して、ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖を製剤化してもよい。
非活性成分
一部の実施形態において、製剤は、非活性成分である少なくとも１つの賦形剤を含み得る。本明細書で使用されるとき、用語「非活性成分」は、製剤中に含まれる１つ以上の非活性薬剤を指す。一部の実施形態において、本開示の製剤に使用し得る非活性成分は、全てが米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認されているか、いずれも承認されていないか、又は一部が承認されているものであり得る。
本明細書に記載されるＡＡＶ粒子及びウイルスベクターを担持する組成物の製剤は、カチオン又はアニオンを含み得る。一実施形態において、製剤は、限定はされないが、Ｚｎ２＋、Ｃａ２＋、Ｃｕ２＋、Ｍｇ＋及びこれらの組み合わせなど、金属カチオンを含む。非限定的な例として、製剤は、金属カチオンと錯体化した本明細書に記載されるポリマー及び組成物を含み得る（例えば、米国特許第６，２６５，３８９号明細書及び同第６，５５５，５２５号明細書を参照のこと、これらの各々は全体として参照により本明細書に援用される）。
送達
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、欧州特許出願第１８５７５５２号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるＡＡＶビリオンの送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、欧州特許出願第２６７８４３３号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるＡＡＶベクターを用いたタンパク質の送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、米国特許第５，８５８，３５１号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるＡＡＶベクターを用いたＤＮＡ分子の送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、米国特許第６，２１１，１６３号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される血流へのＤＮＡの送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、米国特許第６，３２５，９９８号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるＡＡＶビリオンの送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、米国特許第７，５８８，７５７号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される中枢神経系へのペイロードの送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、米国特許第８２８３１５１号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるペイロードの送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、国際公開第２００１０８９５８３号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるグルタミン酸デカルボキシラーゼ（ＧＡＤ）送達ベクターを用いたペイロードの送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるウイルスベクターを含む組成物は、国際公開第２０１２０５７３６３号パンフレット（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載される神経細胞へのペイロードの送達方法を用いて投与又は送達されてもよい。
細胞への送達
本開示は、上述のＡＡＶポリヌクレオチド又はＡＡＶゲノムのいずれかを細胞又は組織に送達する方法であって、前記ＡＡＶポリヌクレオチド又はＡＡＶゲノムと細胞又は組織を接触させること又は前記ＡＡＶポリヌクレオチド又はＡＡＶゲノムを含む粒子と細胞又は組織を接触させること、又は医薬組成物を含めた記載される組成物のいずれかと細胞又は組織を接触させることを含む方法を提供する。ＡＡＶポリヌクレオチド又はＡＡＶゲノムを細胞又は組織に送達する方法は、インビトロ、エキソビボ、又はインビボで達成することができる。
細胞への導入－合成ｄｓＲＮＡ
ｓｉＲＮＡ分子（例えば、ｓｉＲＮＡ二重鎖及びｄｓＲＮＡ）の化学的及び生物学的安定性を確保するためには、ｓｉＲＮＡ分子を標的細胞の内部に送達することが重要である。一部の実施形態において、細胞としては、限定はされないが、哺乳類起源の細胞、ヒト起源の細胞、胚性幹細胞、人工多能性幹細胞、神経幹細胞、及び神経前駆細胞を挙げることができる。
核酸は、ｓｉＲＮＡを含め、正常な生理条件下で糖－リン酸骨格に正味負電荷を有する。細胞に侵入するためには、ｓｉＲＮＡ分子は、その頭部基が同様に負電荷である細胞膜の脂質二重層に接触しなければならない。
ｓｉＲＮＡ二重鎖は、パッケージ粒子など、それが細胞膜を通り抜けることを可能にする担体と複合体化することにより、ｓｉＲＮＡの細胞取込みを促進し得る。パッケージ粒子としては、限定はされないが、リポソーム、ナノ粒子、カチオン性脂質、ポリエチレンイミン誘導体、デンドリマー、カーボンナノチューブ及び炭素系ナノ粒子とデンドリマーとの組み合わせを挙げることができる。脂質はカチオン性脂質及び／又は中性脂質であってもよい。ｓｉＲＮＡ分子とカチオン性担体との間の十分に確立された親油性複合体に加えて、ｓｉＲＮＡ分子は、コレステロールなど、疎水性部分にコンジュゲートすることができる（例えば、米国特許出願公開第２０１１０１１０９３７号明細書；この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。この送達方法は、ｓｉＲＮＡ分子のインビトロ細胞取込み及びインビボ薬理特性を改善する可能性がある。本発明のｓｉＲＮＡ分子はまた、ＭＰＧ、トランスポータン又はペネトラチンなど、ある種のカチオン性細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）に共有結合的又は非共有結合的にコンジュゲートされてもよい（例えば、米国特許出願公開第２０１１００８６４２５号明細書；この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。
細胞への導入－ＡＡＶベクター
本発明のｓｉＲＮＡ分子（例えばｓｉＲＮＡ二重鎖）は、限定はされないがウイルスベクター（例えばＡＡＶベクター）など、種々の手法のいずれを用いて細胞に導入されてもよい。これらのウイルスベクターは、トランスフェクションに容易には適さない細胞へのｓｉＲＮＡ分子の侵入を促進するように操作及び最適化される。また、幾つかの合成ウイルスベクターはｓｈＲＮＡを細胞ゲノムに組み込む能力を有し、それにより安定したｓｉＲＮＡ発現及び標的遺伝子の長期ノックダウンがもたらされる。このように、ウイルスベクターは、野生型ウイルスに見られる有害な複製及び／又は組込み特徴を欠きながらも、特異的送達媒体として操作される。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、親油性担体と、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターとを含む組成物に細胞を接触させることにより細胞に導入される。他の実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、細胞において転写されるとｓｉＲＮＡ分子を産生する能力を有する核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを細胞にトランスフェクトするか、又は感染させることにより細胞に導入される。一部の実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、細胞において転写されるとｓｉＲＮＡ分子を産生する能力を有する核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターに細胞を注入することにより細胞に導入される。
一部の実施形態において、トランスフェクション前に、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは細胞にトランスフェクトされてもよい。
他の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、電気穿孔によって細胞に送達されてもよい（例えば米国特許出願公開第２００５００１４２６４号明細書；この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。
本明細書に記載されるｓｉＲＮＡ分子の核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを導入する他の方法としては、米国特許出願公開第２０１２０２６４８０７号明細書（この内容は本明細書において全体として参照により援用される）に記載されるとおりの光化学的インターナリゼーションを挙げることができる。
一部の実施形態において、本明細書に記載される製剤は、本明細書に記載されるｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含む少なくとも１つのベクター、例えばＡＡＶベクターを含有し得る。一実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、１つの標的部位にあるＨＴＴ遺伝子を標的としてもよい。別の実施形態において、製剤は複数のベクター、例えばＡＡＶベクターを含み、各ベクターが、異なる標的部位にあるＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含む。２、３、４、５又は５より多い部位でＨＴＴが標的とされ得る。
一実施形態において、限定はされないが、ヒト、イヌ、マウス、ラット又はサルなど、任意の関連性のある種からのベクター、例えばＡＡＶベクターが細胞に導入されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、治療しようとする疾患に関連性のある細胞に導入されてもよい。非限定的な例として、疾患はＨＤであり、且つ標的細胞はニューロン及びアストロサイトである。別の非限定的な例として、疾患はＨＤであり、且つ標的細胞は中型有棘ニューロン、皮質ニューロン及びアストロサイトである。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、標的配列の内因性発現レベルが高い細胞に導入されてもよい。
別の実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、標的配列の内因性発現レベルが低い細胞に導入されてもよい。
一実施形態において、細胞は、高いＡＡＶ形質導入効率を有するものであってもよい。
対象への送達
本開示は更に、上述のＡＡＶポリヌクレオチド又はＡＡＶゲノムのいずれかを哺乳類対象を含めた対象に送達する方法であって、前記ＡＡＶポリヌクレオチド又はＡＡＶゲノムを対象に投与すること、又は前記ＡＡＶポリヌクレオチド又はＡＡＶゲノムを含む粒子を対象に投与すること、又は医薬組成物を含めた記載される組成物のいずれかを対象に投与することを含む方法を提供する。
本明細書に記載されるウイルスベクターの医薬組成物は、バイオアベイラビリティ、治療ウィンドウ及び／又は分布容積のうちの１つ以上によって特徴付けることができる。
ＩＩＩ．投与及び用量設定
投与
本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、治療上有効な結果をもたらす任意の経路によって投与されてもよい。それらとしては、限定はされないが、臓器の実質の範囲内、例えば、限定はされないが、脳（例えば実質内）、線条体（線条体内）、経腸（腸の中）、胃腸、硬膜上、経口（口を介して）、経皮、硬膜外、大脳内（大脳の中）、脳室内（脳室の中）、皮膚上（皮膚への塗布）、皮内（皮膚それ自体の中）、皮下（皮膚の下）、鼻腔投与（鼻を通じて）、静脈内（静脈の中）、静脈内ボーラス、静脈内点滴、動脈内（動脈の中）、筋肉内（筋肉の中）、心臓内（心臓の中）、骨内注入（骨髄の中）、髄腔内（脊柱管の中）、軟膜下（軟膜と下層組織との間）、神経節内（神経節の中）、腹腔内（腹膜への注入又は注射）、膀胱内注入、硝子体内（眼を通じて）、海綿体内注射（病的腔の中）、腔内（陰茎の基部の中）、腟内投与、子宮内、羊膜外投与、経皮（全身分布のためのインタクトな皮膚を通じた拡散）、経粘膜（粘膜を通じた拡散）、経腟、インサフレーション（鼻から吸い込む）、舌下、唇下、浣腸、点眼薬（結膜上）、点耳薬で、耳介（耳内又は耳を介して）、頬側（頬の方に向けて）、結膜、皮膚、歯（１本又は複数の歯に対して）、電気浸透、子宮頚管内、副鼻腔内、気管内、体外、血液透析、浸潤、間質内、腹腔内、羊膜内、関節内、胆管内、気管支内、嚢内、軟骨内（軟骨の範囲内）、仙骨内（馬尾（ｃａｕｄａ ｅｑｕｉｎｅ）の範囲内）、大槽内（大槽小脳延髄槽の範囲内）、角膜内（角膜の範囲内）、歯冠内、冠内（冠動脈の範囲内）、海綿体内（ｉｎｔｒａｃｏｒｐｏｒｕｓ ｃａｖｅｒｎｏｓｕｍ）（陰茎海綿体（ｃｏｒｐｏｒｕｓ ｃａｖｅｒｎｏｓａ）の可膨張性腔の範囲内）、椎間板内（椎間板の範囲内）、管内（腺管の範囲内）、十二指腸内（十二指腸の範囲内）、硬膜内（硬膜の範囲内又は真下）、表皮内（表皮に対して）、食道内（食道に対して）、胃内（胃の範囲内）、歯肉内（歯肉の範囲内）、回腸内（小腸の遠位部分の範囲内）、病巣内（局所病変の範囲内、又はそこに直接導入される）、管腔内（管の管腔の範囲内）、リンパ内（リンパの範囲内）、髄内（骨の髄腔の範囲内）、髄膜内（髄膜の範囲内）、眼内（眼の範囲内）、卵巣内（卵巣の範囲内）、心膜内（心膜の範囲内）、胸膜内（胸膜の範囲内）、前立腺内（前立腺の範囲内）、肺内（肺、又はその気管支の範囲内）、洞内（鼻洞又は眼窩周囲洞の範囲内）、脊髄内（脊柱の範囲内）、滑液嚢内（関節の滑膜腔の範囲内）、腱内（腱の範囲内）、精巣内（精巣の範囲内）、髄腔内（脳脊髄軸の任意のレベルにおける脳脊髄液の範囲内）、胸腔内（胸郭の範囲内）、細管内（臓器の細管の範囲内）、腫瘍内（腫瘍の範囲内）、鼓室内（中耳（ａｕｒｕｓ ｍｅｄｉａ）の範囲内）、血管内（１つ又は複数の血管の範囲内）、脳室内（脳室の範囲内）、イオントフォレシス（電流を用いるもので、可溶性塩のイオンが体の組織に移動する）、潅注（開放創又は体腔を浸す又はフラッシュする）、喉頭（喉頭に対して直接）、経鼻胃（鼻を通じて胃の中に）、密封包帯療法（局所経路投与、これは次に包帯で覆われ、包帯がその範囲を閉塞する）、眼（外眼部に対して）、中咽頭（口及び咽頭に対して直接）、非経口、経皮、関節周囲、硬膜外、神経周囲、歯周、直腸、呼吸器（局所又は全身作用のため経口的又は鼻腔的に吸入することにより気道の範囲内に）、球後（橋の後ろ又は眼球の後ろ）、軟部組織、くも膜下、結膜下、粘膜下、局所、経胎盤（胎盤を通じて又は越えて）、経気管（気管の壁を通じて）、経鼓室（鼓室を越えて又は通じて）、尿管（尿管に対して）、尿道（尿道に対して）、腟、仙骨ブロック、診断的、神経ブロック、胆管灌流、心灌流、フォトフェレーシス又は脊髄が挙げられる。
具体的な実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターの組成物は、ベクター又はｓｉＲＮＡ分子を中枢神経系に侵入させて、中型有棘及び／又は皮質ニューロン及び／又はアストロサイトまで入り込ませることを促進する方法で投与されてもよい。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、筋肉内注射によって投与されてもよい。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、実質内注射によって投与されてもよい。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、実質内注射及び髄腔内注射によって投与されてもよい。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、線条体内注射によって投与されてもよい。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、線条体内注射及び本明細書に記載される別の投与経路によって投与されてもよい。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ二重鎖を発現するＡＡＶベクターは、末梢注射（例えば静脈内）及び／又は鼻腔内送達によって対象に投与されてもよい。当該技術分野では、ｓｉＲＮＡ二重鎖のＡＡＶベクターの末梢投与が中枢神経系まで、例えばニューロンまで輸送され得ることが開示された（例えば、米国特許出願公開第２０１００２４０７３９号明細書；及び同第２０１００１３０５９４号明細書；この各々の内容は全体として参照により本明細書に援用される）。
他の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含む少なくとも１つのベクター、例えばＡＡＶベクターを含む組成物は、頭蓋内送達によって対象に投与されてもよい（例えば、米国特許第８，１１９，６１１号明細書を参照のこと；この内容は全体として参照により本明細書に援用される）。
本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは任意の好適な形態で、液体溶液又は懸濁液、液体溶液又は液体溶液中の懸濁液に好適な固体形態のいずれとして投与されてもよい。ｓｉＲＮＡ二重鎖は、任意の適切な且つ薬学的に許容可能な賦形剤と共に製剤化されてもよい。
本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、「治療上有効な」量、即ち、疾患に関連する少なくとも１つの症状を軽減及び／又は予防するのに十分な、又は対象の状態の改善をもたらすのに十分な量で投与されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ハンチントン病（ＨＤ）の対象に関する機能及び／又は生存を改善するのに治療上有効な量でＣＮＳに投与されてもよい。非限定的な例として、ベクターは線条体への直接注入によって投与されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡが中型有棘ニューロン、皮質ニューロン及び／又はアストロサイトを標的化するのに治療上有効な量で対象に（例えば、髄腔内投与によって対象のＣＮＳに）投与されてもよい。非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡは、ＨＴＴタンパク質又はｍＲＮＡの発現を低減し得る。別の非限定的な例として、ｓｉＲＮＡ二重鎖又はｄｓＲＮＡはＨＴＴを抑制し、及びＨＴＴ媒介毒性を低減することができる。ＨＴＴタンパク質及び／又はｍＲＮＡ並びにＨＴＴ媒介毒性の低減は、ほぼ炎症の亢進なしに達成され得る。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、対象の機能低下（例えば、統一ハンチントン病評価尺度（ＵＨＤＲＳ：ｕｎｉｆｉｅｄ Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ ｒａｔｉｎｇ ｓｃａｌｅ）などの公知の判定方法を用いて決定される）を遅延させるのに治療上有効な量で対象に（例えば対象のＣＮＳに）投与されてもよい。非限定的な例として、ベクターは実質内注射によって投与されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、中型有棘ニューロン、皮質ニューロン及び／又はアストロサイトを形質導入するのに治療上有効な量で大槽に投与されてもよい。非限定的な例として、ベクターは髄腔内投与されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、中型有棘ニューロン、皮質ニューロン及び／又はアストロサイトを形質導入するのに治療上有効な量で髄腔内注入を用いて投与されてもよい。非限定的な例として、ベクターは髄腔内投与されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、中型有棘ニューロン、皮質ニューロン及び／又はアストロサイトを形質導入するのに治療上有効な量で大槽に投与されてもよい。非限定的な例として、ベクターは実質内注射によって投与されてもよい。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドを含むベクター、例えばＡＡＶベクターが製剤化されてもよい。非限定的な例として、中枢神経系又は中枢神経系の領域若しくは構成要素における最適な薬物分布が確保されるように、製剤のバリシティ及び／又はオスモル濃度が最適化されてもよい。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドを含むベクター、例えばＡＡＶベクターは単一経路投与によって対象に送達されてもよい。
一実施形態において、調節性ポリヌクレオチドを含むベクター、例えばＡＡＶベクターは多部位投与経路によって対象に送達されてもよい。対象には、調節性ポリヌクレオチドを含むベクター、例えばＡＡＶベクターが２、３、４、５又は５より多い部位に投与されてもよい。
一実施形態において、対象には、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドを含むベクター、例えばＡＡＶベクターがボーラス注射を用いて投与されてもよい。
一実施形態において、対象には、本明細書に記載される調節性ポリヌクレオチドを含むベクター、例えばＡＡＶベクターが、数分間、数時間又は数日間の時間をかけた徐放送達を用いて投与されてもよい。注入速度は、対象、分布、製剤又は別の送達パラメータに応じて変更されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるベクター、例えばＡＡＶベクターは被殻及び尾状核注入によって投与される。非限定的な例として、二重注入は広範な線条体分布並びに前頭及び側頭皮質分布をもたらす。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、一側性被殻注入によって投与されるＡＡＶ－ＤＪ８である。非限定的な例として、投与されたＡＡＶ－ＤＪ８の分布は、一側性被殻注入によって送達されたＡＡＶ１の分布と同様である。
一実施形態において、本明細書に記載されるベクター、例えばＡＡＶベクターは、Ｃ１における髄腔内（ＩＴ）注入によって投与される。注入は、１、２、３、４、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５時間又は１５時間超であってもよい。
一実施形態において、本明細書に記載されるベクター、例えばＡＡＶベクターを投与する対象の選択及び／又は用量、投与経路及び／又は投与ボリュームの有効性が、ウィルヒョウ・ロバン腔としても知られる血管周囲腔（ＰＶＳ：ｐｅｒｉｖａｓｃｕｌａｒ ｓｐａｃｅｓ）のイメージングを用いて判定されてもよい。ＰＶＳは、細動脈及び細静脈が脳実質を穿通することに伴いそれらの周囲に存在し、脳脊髄液（ＣＳＦ）／間質液で満たされている。ＰＶＳは中脳、基底核、及び半卵円中心によく見られる。理論によって拘束されることを望むものではないが、ＰＶＳは代謝産物の正常なクリアランスにおいて役割を果たし得るとともに、認知の悪化及びパーキンソン病を含めた幾つかの病態と関連付けられている。ＰＶＳは通常は正常なサイズであるが、幾つもの病態で拡大し得る。ポッター（Ｐｏｔｔｅｒ）ら（セレブロバスキュラー・ディジーズ（Ｃｅｒｅｂｒｏｖａｓｃ Ｄｉｓ．）、２０１５年１月、第３９巻、第４号、ｐ．２２４～２３１；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）は評価方法を開発し、そこでポッター（Ｐｏｔｔｅｒ）らはあらゆるＰＶＳを調べ、基底核、半卵円中心及び中脳ＰＶＳを評価した。この著者らは、マック（Ｍａｃ）及びルリッチ（Ｌｕｌｌｉｃｈ）ら（ジャーナル・オブ・ニューロロジー・ニューロサージェリー・アンド・サイキアトリー（Ｊ Ｎｅｕｒｏｌ Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ）、２００４年１１月、第７５巻、第１１号、ｐ．１５１９～２３；これらの内容は本明細書において全体として参照により援用される）によって使用されるＰＶＳの頻度及び範囲を使用しており、ポッター（Ｐｏｔｔｅｒ）らは基底核及び半卵円中心ＰＶＳに５段階評点を与え：０（無し）、１（１～１０）、２（１１～２０）、３（２１～４０）及び４（＞４０）及び中脳ＰＶＳに２段階評点を与えた：０（目視不能）又は１（目視可能）。ポッター（Ｐｏｔｔｅｒ）らによる評価方式のユーザガイドは、ｗｗｗ．ｓｂｉｒｃ．ｅｄ．ａｃ．ｕｋ／ｄｏｃｕｍｅｎｔｓ／ｅｐｖｓ－ｒａｔｉｎｇ－ｓｃａｌｅ－ｕｓｅｒ－ｇｕｉｄｅ．ｐｄｆを参照することができる。
用量設定
本発明の医薬組成物は、ＨＴＴ関連障害（例えば、ハンチントン病（ＨＤ））を軽減、予防及び／又は治療するのに有効な任意の量を用いて対象に投与されてもよい。必要となる正確な量は、対象の種、年齢、及び全身状態、疾患の重症度、詳細な組成物、その投与様式、その活性様式などに応じて対象毎に異なることになる。
本発明の組成物は典型的には、投与の簡便性及び投薬量の均一性のため、単位剤形で製剤化される。しかしながら、本発明の組成物の１日の総使用量は主治医が妥当な医学的判断の範囲内で決定し得ることは理解されるであろう。任意の特定の患者に対する具体的な治療有効性は、治療下の障害及び障害の重症度；用いられる具体的な化合物の活性；用いられる具体的な組成物；患者の年齢、体重、全般的な健康、性別及び食事；投与時間、投与経路、及び用いられるｓｉＲＮＡ二重鎖の排泄速度；治療継続期間；用いられる具体的な化合物と併用して又は同時に使用される薬物；及び医学分野で周知の同様の要因を含めた種々の要因に依存することになる。
一実施形態において、対象の年齢及び性別を用いて本発明の組成物の用量が決定されてもよい。非限定的な例として、年齢が高い対象ほど、年齢が低い対象と比較してより高用量の（例えば、５～１０％、１０～２０％、１５～３０％、２０～５０％、２５～５０％又は少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は９０％超高い）組成物の投与を受け得る。別の非限定的な例として、年齢が低い対象ほど、年齢が高い対象と比較してより高用量の（例えば、５～１０％、１０～２０％、１５～３０％、２０～５０％、２５～５０％又は少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は９０％超高い）組成物の投与を受け得る。更に別の非限定的な例として、女性の対象は男性対象と比較してより高用量の（例えば、５～１０％、１０～２０％、１５～３０％、２０～５０％、２５～５０％又は少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は９０％超高い）組成物の投与を受け得る。更に別の非限定的な例として、男性の対象は女性対象と比較してより高用量の（例えば、５～１０％、１０～２０％、１５～３０％、２０～５０％、２５～５０％又は少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は９０％超高い）組成物の投与を受け得る。
一部の具体的な実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ二重鎖を送達するためのＡＡＶベクターの用量は、疾患の状態、対象及び治療戦略に応じて適合され得る。
一実施形態において、本発明に係る組成物の細胞への送達は、［ＶＧ／時間＝ｍＬ／時間×ＶＧ／ｍＬ］（式中、ＶＧはウイルスゲノムであり、ＶＧ／ｍＬは組成物濃度であり、及びｍＬ／時間は持続送達速度である）によって定義される送達速度を含む。
一実施形態において、本発明に係る組成物の細胞への送達は、対象当たり約１×１０６ＶＧ～約１×１０１６ＶＧの総濃度を含み得る。一部の実施形態において、送達は、約１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、１．１×１０１１、１．２×１０１１、１．３×１０１１、１．４×１０１１、１．５×１０１１、１．６×１０１１、１．７×１０１１、１．８×１０１１、１．９×１０１１、２×１０１１、２．１×１０１１、２．２×１０１１、２．３×１０１１、２．４×１０１１、２．５×１０１１、２．６×１０１１、２．７×１０１１、２．８×１０１１、２．９×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、７．１×１０１１、７．２×１０１１、７．３×１０１１、７．４×１０１１、７．５×１０１１、７．６×１０１１、７．７×１０１１、７．８×１０１１、７．９×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、１．１×１０１２、１．２×１０１２、１．３×１０１２、１．４×１０１２、１．５×１０１２、１．６×１０１２、１．７×１０１２、１．８×１０１２、１．９×１０１２、２×１０１２、２．１×１０１２、２．２×１０１２、２．３×１０１２、２．４×１０１２、２．５×１０１２、２．６×１０１２、２．７×１０１２、２．８×１０１２、２．９×１０１２、３×１０１２、３．１×１０１２、３．２×１０１２、３．３×１０１２、３．４×１０１２、３．５×１０１２、３．６×１０１２、３．７×１０１２、３．８×１０１２、３．９×１０１２、４×１０１２、４．１×１０１２、４．２×１０１２、４．３×１０１２、４．４×１０１２、４．５×１０１２、４．６×１０１２、４．７×１０１２、４．８×１０１２、４．９×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、６．１×１０１２、６．２×１０１２、６．３×１０１２、６．４×１０１２、６．５×１０１２、６．６×１０１２、６．７×１０１２、６．８×１０１２、６．９×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、８．１×１０１２、８．２×１０１２、８．３×１０１２、８．４×１０１２、８．５×１０１２、８．６×１０１２、８．７×１０１２、８．８×１０１２、８．９×１０１２、９×１０１２、１×１０１３、１．１×１０１３、１．２×１０１３、１．３×１０１３、１．４×１０１３、１．５×１０１３、１．６×１０１３、１．７×１０１３、１．８×１０１３、１．９×１０１３、２×１０１３、３×１０１３、４×１０１３、５×１０１３、６×１０１３、６．７×１０１３、７×１０１３、８×１０１３、９×１０１３、１×１０１４、２×１０１４、３×１０１４、４×１０１４、５×１０１４、６×１０１４、７×１０１４、８×１０１４、９×１０１４、１×１０１５、２×１０１５、３×１０１５、４×１０１５、５×１０１５、６×１０１５、７×１０１５、８×１０１５、９×１０１５、又は１×１０１６ＶＧ／対象の組成物濃度を含み得る。
一実施形態において、本発明に係る組成物の細胞への送達は、対象当たり約１×１０６ＶＧ／ｋｇ～約１×１０１６ＶＧ／ｋｇの総濃度を含み得る。一部の実施形態において、送達は、約１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、１．１×１０１１、１．２×１０１１、１．３×１０１１、１．４×１０１１、１．５×１０１１、１．６×１０１１、１．７×１０１１、１．８×１０１１、１．９×１０１１、２×１０１１、２．１×１０１１、２．２×１０１１、２．３×１０１１、２．４×１０１１、２．５×１０１１、２．６×１０１１、２．７×１０１１、２．８×１０１１、２．９×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、７．１×１０１１、７．２×１０１１、７．３×１０１１、７．４×１０１１、７．５×１０１１、７．６×１０１１、７．７×１０１１、７．８×１０１１、７．９×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、１．１×１０１２、１．２×１０１２、１．３×１０１２、１．４×１０１２、１．５×１０１２、１．６×１０１２、１．７×１０１２、１．８×１０１２、１．９×１０１２、２×１０１２、２．１×１０１２、２．２×１０１２、２．３×１０１２、２．４×１０１２、２．５×１０１２、２．６×１０１２、２．７×１０１２、２．８×１０１２、２．９×１０１２、３×１０１２、３．１×１０１２、３．２×１０１２、３．３×１０１２、３．４×１０１２、３．５×１０１２、３．６×１０１２、３．７×１０１２、３．８×１０１２、３．９×１０１２、４×１０１２、４．１×１０１２、４．２×１０１２、４．３×１０１２、４．４×１０１２、４．５×１０１２、４．６×１０１２、４．７×１０１２、４．８×１０１２、４．９×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、６．１×１０１２、６．２×１０１２、６．３×１０１２、６．４×１０１２、６．５×１０１２、６．６×１０１２、６．７×１０１２、６．８×１０１２、６．９×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、８．１×１０１２、８．２×１０１２、８．３×１０１２、８．４×１０１２、８．５×１０１２、８．６×１０１２、８．７×１０１２、８．８×１０１２、８．９×１０１２、９×１０１２、１×１０１３、１．１×１０１３、１．２×１０１３、１．３×１０１３、１．４×１０１３、１．５×１０１３、１．６×１０１３、１．７×１０１３、１．８×１０１３、１．９×１０１３、２×１０１３、３×１０１３、４×１０１３、５×１０１３、６×１０１３、６．７×１０１３、７×１０１３、８×１０１３、９×１０１３、１×１０１４、２×１０１４、３×１０１４、４×１０１４、５×１０１４、６×１０１４、７×１０１４、８×１０１４、９×１０１４、１×１０１５、２×１０１５、３×１０１５、４×１０１５、５×１０１５、６×１０１５、７×１０１５、８×１０１５、９×１０１５、又は１×１０１６ＶＧ／ｋｇの組成物濃度を含み得る。
一実施形態において、１用量当たり約１０５～１０６ウイルスゲノム（単位）が投与されてもよい。
一実施形態において、本発明に係る組成物の細胞への送達は、約１×１０６ＶＧ／ｍＬ～約１×１０１６ＶＧ／ｍＬの総濃度を含み得る。一部の実施形態において、送達は、約１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、１．１×１０１１、１．２×１０１１、１．３×１０１１、１．４×１０１１、１．５×１０１１、１．６×１０１１、１．７×１０１１、１．８×１０１１、１．９×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、１．１×１０１２、１．２×１０１２、１．３×１０１２、１．４×１０１２、１．５×１０１２、１．６×１０１２、１．７×１０１２、１．８×１０１２、１．９×１０１２、２×１０１２、２．１×１０１２、２．２×１０１２、２．３×１０１２、２．４×１０１２、２．５×１０１２、２．６×１０１２、２．７×１０１２、２．８×１０１２、２．９×１０１２、３×１０１２、３．１×１０１２、３．２×１０１２、３．３×１０１２、３．４×１０１２、３．５×１０１２、３．６×１０１２、３．７×１０１２、３．８×１０１２、３．９×１０１２、４×１０１２、４．１×１０１２、４．２×１０１２、４．３×１０１２、４．４×１０１２、４．５×１０１２、４．６×１０１２、４．７×１０１２、４．８×１０１２、４．９×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、６．１×１０１２、６．２×１０１２、６．３×１０１２、６．４×１０１２、６．５×１０１２、６．６×１０１２、６．７×１０１２、６．８×１０１２、６．９×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、９×１０１２、１×１０１３、１．１×１０１３、１．２×１０１３、１．３×１０１３、１．４×１０１３、１．５×１０１３、１．６×１０１３、１．７×１０１３、１．８×１０１３、１．９×１０１３、２×１０１３、３×１０１３、４×１０１３、５×１０１３、６×１０１３、６．７×１０１３、７×１０１３、８×１０１３、９×１０１３、１×１０１４、２×１０１４、３×１０１４、４×１０１４、５×１０１４、６×１０１４、７×１０１４、８×１０１４、９×１０１４、１×１０１５、２×１０１５、３×１０１５、４×１０１５、５×１０１５、６×１０１５、７×１０１５、８×１０１５、９×１０１５、又は１×１０１６ＶＧ／ｍＬの組成物濃度を含み得る。
特定の実施形態において、所望のｓｉＲＮＡ二重鎖投薬量は、複数回の投与（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４回、又はそれ以上の投与）を用いて送達されてもよい。複数回の投与が利用される場合、本明細書に記載されるような分割用量投与レジメンが用いられてもよい。本明細書で使用されるとき、「分割用量」は、単一単位用量又は総１日用量を２つ以上の用量に分割するもの、例えば単一単位用量の２回以上の投与である。本明細書で使用されるとき、「単一単位用量」は、１用量／１回／単一の経路／単一の接触点、即ち単一の投与イベントで投与される任意の調節性ポリヌクレオチド治療薬の用量である。本明細書で使用されるとき、「総１日用量」は、２４時間に与えられる又は処方される量である。これは単一単位用量として投与されてもよい。一実施形態において、本発明の調節性ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターは分割用量で対象に投与される。それらの用量は、緩衝液のみに、又は本明細書に記載される製剤に製剤化されてもよい。
一実施形態において、本明細書に記載される組成物の用量、濃度及び／又は容積は、投与後の皮質及び皮質下分布への尾状核又は被殻の寄与に応じて調整されてもよい。投与は、脳室内、被殻内、視床内，実質内、軟膜下、及び／又は髄腔内投与であってもよい。
一実施形態において、本明細書に記載される組成物の用量、濃度及び／又は容積は、脳室内、被殻内、視床内、実質内、軟膜下、及び／又は髄腔内送達による投与後の皮質及び軸索分布に応じて調整されてもよい。
ＩＶ．本発明の組成物の方法及び使用
ハンチントン病の治療方法
本発明には、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを細胞に導入する方法であって、標的ＨＴＴ ｍＲＮＡの分解が起こるのに十分な量でベクターのいずれかを前記細胞に導入し、それにより細胞において標的特異的ＲＮＡｉを活性化させることを含む方法が提供される。一部の態様において、細胞は、幹細胞、中型有棘又は皮質ニューロンなどのニューロン、筋細胞及びアストロサイトなどのグリア細胞であってもよい。
本発明には、治療を必要としている対象のＨＴＴタンパク質に関連するハンチントン病（ＨＤ）を治療する方法が開示される。この方法は、任意選択で、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを少なくとも含む組成物の治療有効量を対象に投与することを含む。非限定的な例として、このｓｉＲＮＡ分子は対象においてＨＴＴ遺伝子発現をサイレンシングし、ＨＴＴタンパク質産生を阻害し、及びＨＤの１つ以上の症状を軽減することができ、それによりＨＤが治療的に処置される。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを含む組成物は、対象の中枢神経系に投与される。他の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを含む組成物は、対象の組織（例えば対象の脳）に投与される。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを含む組成物は、実質内注射によって対象の中枢神経系に投与される。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを含む組成物は、実質内注射及び髄腔内注射によって対象の中枢神経系に投与される。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを含む組成物は、実質内注射及び脳室内注射によって対象の中枢神経系に投与される。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、限定はされないが、中型有棘又は皮質ニューロンを含めたニューロン；オリゴデンドロサイト、アストロサイト及びミクログリアを含めたグリア細胞；及び／又はＴ細胞などのニューロンの周囲にある他の細胞を含めた特定のタイプの標的細胞に送達されてもよい。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、線条体におけるニューロン及び／又は皮質のニューロンに送達されてもよい。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＤに対する療法として使用されてもよい。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して、線条体及び／又は皮質のニューロン及び／又はアストロサイトにおけるＨＴＴタンパク質を抑制してもよい。非限定的な例として、ＨＴＴタンパク質の抑制は、線条体の中型有棘ニューロン及び／又は皮質のニューロンにおける抑制である。
一部の実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して、線条体及び／又は皮質のニューロン及び／又はアストロサイトにおけるＨＴＴタンパク質を抑制し、及び関連するニューロン毒性を低下させてもよい。線条体及び／又は皮質のニューロン及び／又はアストロサイトにおけるＨＴＴタンパク質の抑制は、独立に、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９５％超、５～１５％、５～２０％、５～２５％、５～３０％、５～３５％、５～４０％、５～４５％、５～５０％、５～５５％、５～６０％、５～６５％、５～７０％、５～７５％、５～８０％、５～８５％、５～９０％、５～９５％、１０～２０％、１０～２５％、１０～３０％、１０～３５％、１０～４０％、１０～４５％、１０～５０％、１０～５５％、１０～６０％、１０～６５％、１０～７０％、１０～７５％、１０～８０％、１０～８５％、１０～９０％、１０～９５％、１５～２５％、１５～３０％、１５～３５％、１５～４０％、１５～４５％、１５～５０％、１５～５５％、１５～６０％、１５～６５％、１５～７０％、１５～７５％、１５～８０％、１５～８５％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～３５％、２０～４０％、２０～４５％、２０～５０％、２０～５５％、２０～６０％、２０～６５％、２０～７０％、２０～７５％、２０～８０％、２０～８５％、２０～９０％、２０～９５％、２５～３５％、２５～４０％、２５～４５％、２５～５０％、２５～５５％、２５～６０％、２５～６５％、２５～７０％、２５～７５％、２５～８０％、２５～８５％、２５～９０％、２５～９５％、３０～４０％、３０～４５％、３０～５０％、３０～５５％、３０～６０％、３０～６５％、３０～７０％、３０～７５％、３０～８０％、３０～８５％、３０～９０％、３０～９５％、３５～４５％、３５～５０％、３５～５５％、３５～６０％、３５～６５％、３５～７０％、３５～７５％、３５～８０％、３５～８５％、３５～９０％、３５～９５％、４０～５０％、４０～５５％、４０～６０％、４０～６５％、４０～７０％、４０～７５％、４０～８０％、４０～８５％、４０～９０％、４０～９５％、４５～５５％、４５～６０％、４５～６５％、４５～７０％、４５～７５％、４５～８０％、４５～８５％、４５～９０％、４５～９５％、５０～６０％、５０～６５％、５０～７０％、５０～７５％、５０～８０％、５０～８５％、５０～９０％、５０～９５％、５５～６５％、５５～７０％、５５～７５％、５５～８０％、５５～８５％、５５～９０％、５５～９５％、６０～７０％、６０～７５％、６０～８０％、６０～８５％、６０～９０％、６０～９５％、６５～７５％、６５～８０％、６５～８５％、６５～９０％、６５～９５％、７０～８０％、７０～８５％、７０～９０％、７０～９５％、７５～８５％、７５～９０％、７５～９５％、８０～９０％、８０～９５％、又は９０～９５％の抑制であってもよい。関連するニューロン毒性の低下は、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９５％超、５～１５％、５～２０％、５～２５％、５～３０％、５～３５％、５～４０％、５～４５％、５～５０％、５～５５％、５～６０％、５～６５％、５～７０％、５～７５％、５～８０％、５～８５％、５～９０％、５～９５％、１０～２０％、１０～２５％、１０～３０％、１０～３５％、１０～４０％、１０～４５％、１０～５０％、１０～５５％、１０～６０％、１０～６５％、１０～７０％、１０～７５％、１０～８０％、１０～８５％、１０～９０％、１０～９５％、１５～２５％、１５～３０％、１５～３５％、１５～４０％、１５～４５％、１５～５０％、１５～５５％、１５～６０％、１５～６５％、１５～７０％、１５～７５％、１５～８０％、１５～８５％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～３５％、２０～４０％、２０～４５％、２０～５０％、２０～５５％、２０～６０％、２０～６５％、２０～７０％、２０～７５％、２０～８０％、２０～８５％、２０～９０％、２０～９５％、２５～３５％、２５～４０％、２５～４５％、２５～５０％、２５～５５％、２５～６０％、２５～６５％、２５～７０％、２５～７５％、２５～８０％、２５～８５％、２５～９０％、２５～９５％、３０～４０％、３０～４５％、３０～５０％、３０～５５％、３０～６０％、３０～６５％、３０～７０％、３０～７５％、３０～８０％、３０～８５％、３０～９０％、３０～９５％、３５～４５％、３５～５０％、３５～５５％、３５～６０％、３５～６５％、３５～７０％、３５～７５％、３５～８０％、３５～８５％、３５～９０％、３５～９５％、４０～５０％、４０～５５％、４０～６０％、４０～６５％、４０～７０％、４０～７５％、４０～８０％、４０～８５％、４０～９０％、４０～９５％、４５～５５％、４５～６０％、４５～６５％、４５～７０％、４５～７５％、４５～８０％、４５～８５％、４５～９０％、４５～９５％、５０～６０％、５０～６５％、５０～７０％、５０～７５％、５０～８０％、５０～８５％、５０～９０％、５０～９５％、５５～６５％、５５～７０％、５５～７５％、５５～８０％、５５～８５％、５５～９０％、５５～９５％、６０～７０％、６０～７５％、６０～８０％、６０～８５％、６０～９０％、６０～９５％、６５～７５％、６５～８０％、６５～８５％、６５～９０％、６５～９５％、７０～８０％、７０～８５％、７０～９０％、７０～９５％、７５～８５％、７５～９０％、７５～９５％、８０～９０％、８０～９５％、又は９０～９５％であってもよい。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して、ＨＤの対象の認知及び／又は運動機能低下を軽減してもよく、ここで低下の大きさは、限定はされないが、統一ハンチントン病評価尺度（ＵＨＤＲＳ）及びサブスコア、並びに認知機能試験など、標準的な判定方式によって決定される。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含むベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して、限定はされないが全機能的能力（ＴＦＣ：ｔｏｔａｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｃａｐａｃｉｔｙ）尺度など、標準的な判定方式によって測定されるとおりの機能的能力及び日常生活活動の低下を軽減してもよい。
一部の実施形態において、本組成物は、ＨＤの治療用の単独治療薬又は併用治療薬として投与される。
ＨＴＴ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ二重鎖をコードするベクター、例えばＡＡＶベクターは、１つ以上の他の治療用薬剤と併用して使用されてもよい。「～と併用して」とは、その薬剤が同じ時点で投与されなければならない、及び／又は一緒に送達されるように製剤化されなければならないことを含意するよう意図するものではなく、しかしながらこれらの送達方法は本開示の範囲内にある。組成物は、１つ以上の他の所望の治療薬又は医療手技と同時に、その前に、又はその後に投与することができる。一般に、各薬剤は、当該の薬剤について決定された用量及び／又はタイムスケジュールで投与されることになる。
本発明のｓｉＲＮＡ分子の核酸配列をコードするベクター、例えばＡＡＶベクターと併用して使用し得る治療剤は、抗酸化剤、抗炎症剤、抗アポトーシス剤、カルシウム調節剤、抗グルタミン酸剤、構造タンパク質阻害薬、筋機能に関与する化合物、及び金属イオン調節に関与する化合物である小分子化合物であり得る。
本明細書に記載されるベクターと併用して使用し得るＨＤ治療用に試験される化合物としては、限定はされないが、ドーパミン枯渇剤（例えば、舞踏運動に対するテトラベナジン）、ベンゾジアゼピン系（例えば、ミオクローヌス、舞踏運動、ジストニア、硬直、及び／又は痙縮に対するクロナゼパム）、抗痙攣薬（例えば、ミオクローヌスに対するバルプロ酸ナトリウム及びレベチラセタム）、ドーパミンのアミノ酸前駆物質（例えば、特に若年性ＨＤ又は若年成人発症型パーキンソン病表現型に関連する硬直に対するレボドパ）、骨格筋弛緩薬（例えば、硬直及び／又は痙縮に対するバクロフェン、チザニジン）、筋筋麻痺を引き起こす神経筋接合部におけるアセチルコリン（ａｃｅｔｙｃｈｏｌｉｎｅ）放出に対する阻害薬（例えば、ブラキシズム及び／又はジストニアに対するボツリヌス毒素）、非定型神経遮断薬（例えば、精神病及び／又は易怒に対するオランザピン及びクエチアピン、精神病、舞踏運動及び／又は易怒に対するリスペリドン、スルピリド及びハロペリドール、治療抵抗性精神病に対するクロザピン、顕著な陰性症状を有する精神病に対するアリピプラゾール）、ＡＴＰ／細胞エナジェティクス（例えばクレアチン）を増加させる薬剤、選択的セロトニン再取り込み阻害薬（ＳＳＲＩ）（例えば、抑欝、不安、妄想強迫行動及び／又は易怒に対するシタロプラム、フルオキセチン、パロキセチン、セルトラリン、ミルタザピン、ベンラファキシン）、催眠剤（例えば、睡眠・覚醒サイクルの変化に対するゾピクロン（ｘｏｐｉｃｌｏｎｅ）及び／又はゾルピデム）、抗痙攣薬（例えば、躁病又は軽躁病に対するバルプロ酸ナトリウム及びカルバマゼピン）及び気分安定剤（例えば、躁病又は軽躁病に対するリチウム）が挙げられる。
ＨＤの治療のため、本発明のｓｉＲＮＡ分子の核酸配列をコードするベクター、例えばＡＡＶベクターとの併用療法で神経栄養因子が使用されてもよい。概して、神経栄養因子は、ニューロンの生存、成長、分化、増殖及び／又は成熟を促進し、又はニューロンの活性増加を刺激する物質として定義される。一部の実施形態において、本方法は、治療を必要としている対象への１つ以上の栄養因子の送達を更に含む。栄養因子としては、限定はされないが、ＩＧＦ－Ｉ、ＧＤＮＦ、ＢＤＮＦ、ＣＴＮＦ、ＶＥＧＦ、コリベリン、キサリプロデン、甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン及びＡＤＮＦ、及びこれらのバリアントを挙げることができる。
一態様において、ＨＴＴ遺伝子を標的とする少なくとも１つのｓｉＲＮＡ二重鎖の核酸配列をコードするベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＡＡＶ－ＩＧＦ－Ｉ（例えば、ヴィンセント（Ｖｉｎｃｅｎｔ）ら著、ニューロモレキュラー・メディシン（Ｎｅｕｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍｅｄｉｃｉｎｅ）、２００４年、第６巻、ｐ．７９～８５を参照のこと；この内容は全体として参照により本明細書に援用される）及びＡＡＶ－ＧＤＮＦ（例えば、ワン（Ｗａｎｇ）ら著、ジャーナル・オブ・ニューロサイエンス（Ｊ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．）、２００２年、第２２巻、ｐ．６９２０～６９２８を参照のこと；この内容は全体として参照により本明細書に援用される）などの神経栄養因子を発現するＡＡＶベクターと共投与されてもよい。
一部の実施形態において、ＨＤ治療用の本発明の組成物は、必要としている対象に静脈内、筋肉内、皮下、腹腔内、実質内、軟膜下、髄腔内及び／又は脳室内投与され、ｓｉＲＮＡ分子又はｓｉＲＮＡ分子を含むベクターが血液脳関門及び血液脊髄関門の一方又は両方を通過し、又は脳及び／又は脊髄に直接到達することが可能となる。一部の態様において、この方法は、本発明のｓｉＲＮＡ分子の核酸配列をコードするベクター、例えばＡＡＶベクターを含む組成物の治療有効量を（例えば、輸液ポンプ及び／又は送達足場を使用して）対象の中枢神経系（ＣＮＳ）に直接投与（例えば、実質内投与、軟膜下投与、脳室内投与及び／又は髄腔内投与）することを含む。ベクターは対象においてＨＴＴ遺伝子発現をサイレンシング又は抑制し、及び／又はＨＤの１つ以上の症状を軽減するために使用されてもよく、それによりＨＤが治療的に処置される。
一部の実施形態において、本発明のＨＤ治療用組成物は、実質内投与によって必要としている対象に投与される。
特定の態様において、ＨＤの症状としては、限定はされないが、無関心又は自発性の欠如、不機嫌、易怒、激越又は不安、自己管理不足、判断力低下、強情、脱抑制、抑欝、自殺念慮、多幸症、攻撃性、妄想、強迫、性欲亢進、幻覚、発話能力低下、不明瞭発語、嚥下困難、体重減少、実行機能（例えば、整理する、計画する、調べる又は代替案を取る、及び新規運動技能の獲得の遅れ）を損なう認知機能障害、不安定歩行及び不随意運動（舞踏運動）など、行動上の困難及び症状が挙げられる。他の態様において、本発明の組成物は脳及び脊髄の一方又は両方に適用される。一実施形態において、本明細書に記載されるＨＤの症状のいずれかを治療することにより、対象の生存が延びる。
一実施形態において、本発明のｓｉＲＮＡをコードするベクター、例えばＡＡＶベクターを対象に投与すると、対象のＨＴＴ（例えば、突然変異及び／又は野生型ＨＴＴ）が減少し得る。一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを対象に投与すると、対象の野生型ＨＴＴが減少し得る。一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを対象に投与すると、対象の突然変異ＨＴＴが減少し得る。更に別の実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを対象に投与すると、対象の突然変異ＨＴＴ及び野生型ＨＴＴの両方が減少し得る。突然変異及び／又は野生型ＨＴＴは、限定はされないが、対象のＣＮＳ、ＣＮＳの一領域、又はＣＮＳの特定の細胞など、対象において約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％及び１００％、又は少なくとも２０～３０％、２０～４０％、２０～５０％、２０～６０％、２０～７０％、２０～８０％、２０～９０％、２０～９５％、２０～１００％、３０～４０％、３０～５０％、３０～６０％、３０～７０％、３０～８０％、３０～９０％、３０～９５％、３０～１００％、４０～５０％、４０～６０％、４０～７０％、４０～８０％、４０～９０％、４０～９５％、４０～１００％、５０～６０％、５０～７０％、５０～８０％、５０～９０％、５０～９５％、５０～１００％、６０～７０％、６０～８０％、６０～９０％、６０～９５％、６０～１００％、７０～８０％、７０～９０％、７０～９５％、７０～１００％、８０～９０％、８０～９５％、８０～１００％、９０～９５％、９０～１００％又は９５～１００％減少し得る。非限定的な例として、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＴＴの発現を中型有棘ニューロンにおいて少なくとも５０％減少させ得る。非限定的な例として、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＴＴの発現を中型有棘ニューロンにおいて少なくとも４０％減少させ得る。非限定的な例として、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＴＴの発現を被殻の中型有棘ニューロンにおいて少なくとも４０％減少させ得る。非限定的な例として、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＴＴの発現を被殻の中型有棘ニューロンにおいて少なくとも３０％減少させ得る。非限定的な例として、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＴＴの発現を被殻において少なくとも３０％減少させ得る。更に別の非限定的な例として、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＴＴの発現を被殻及び皮質において少なくとも４０％減少させ得る。更に別の非限定的な例として、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＴＴの発現を被殻及び皮質において少なくとも３０％減少させ得る。更に別の非限定的な例として、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＴＴの発現を被殻において少なくとも３０％及び皮質において少なくとも１５％減少させ得る。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを対象に投与すると対象のＨＴＴの発現が低下することになり、及びＨＴＴの発現が低下すると対象におけるＨＤの効果が低下することになる。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、バイオマーカ評価を受けた対象に投与されてもよい。不顕性期及び進行初期のＨＤに関する潜在的な血中バイオマーカとしては、限定はされないが、８－ＯＨｄＧ酸化的ストレスマーカ、代謝マーカ（例えば、クレアチンキナーゼ、分枝鎖アミノ酸）、コレステロール代謝産物（例えば、２４－ＯＨコレステロール）、免疫及び炎症タンパク質（例えば、クラスタリン、補体成分、インターロイキン６及び８）、遺伝子発現変化（例えば、トランスクリプトームマーカ）、内分泌マーカ（例えば、コルチゾール、グレリン及びレプチン）、ＢＤＮＦ、アデノシン２Ａ受容体が挙げられる。不顕性期及び進行初期のＨＤに関する脳イメージング用の潜在的なバイオマーカとしては、限定はされないが、線条体容積、皮質下白質容積、皮質厚、全脳及び脳室容積、機能イメージング（例えば、機能ＭＲＩ）、ＰＥＴ（例えば、フルオロデオキシグルコースによる）、及び磁気共鳴スペクトロスコピー（例えば、乳酸塩）が挙げられる。不顕性期及び進行初期のＨＤに関する定量的臨床ツール用の潜在的なバイオマーカとしては、限定はされないが、定量的運動評価、運動生理機能評価（例えば、経頭蓋磁気刺激）、及び定量的眼球運動測定が挙げられる。定量的臨床バイオマーカ評価の非限定的な例としては、舌力の変動、メトロノームに合わせた手拍子、握力、眼球運動評価及び認知機能テストが挙げられる。多施設観察研究の非限定的な例としては、ＰＲＥＤＩＣＴ－ＨＤ及びＴＲＡＣＫ－ＨＤが挙げられる。対象はＨＤの症状を有してもよく、ＨＤと診断されてもよく、又はＨＤに関して無症候であってもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ニューロイメージングを用いたバイオマーカ評価を受けた対象に投与されてもよい。対象はＨＤの症状を有してもよく、ＨＤと診断されてもよく、又はＨＤに関して無症候であってもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＤに関して無症候の対象に投与されてもよい。対象は無症候であり得るが、ＨＤのリスクがあるかどうかを判断するための予測的遺伝子検査又はバイオマーカ評価を受けたことがあってもよく、及び／又は対象は、ＨＤと診断された家系員（例えば、母親、父親、兄弟、姉妹、伯叔母、伯叔父、祖父母）を有してもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＤの初期段階にある対象に投与されてもよい。初期段階では、対象は、協調の僅かな変化、一部の不随意運動（舞踏運動）、易怒及び抑欝などの気分の変化、問題解決における困難、人がその通常の日常生活をこなす能力の低下を有する。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＤの中期段階にある対象に投与されてもよい。中期段階では、対象は運動障害の増加、発話減少、嚥下困難を有し、通常の活動をこなすのが難しくなり得る。この段階では、対象は随意運動の制御を維持するため作業療法士及び理学療法士の助けを借り得るとともに、対象は言語聴覚士を有し得る。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターは、ＨＤの後期段階にある対象に投与されてもよい。後期段階では、対象はもはや歩行できず、発話不能であるため、ＨＤの対象はケアをほぼ完全に又は完全に他者に頼る。対象は概してなおも言語を理解することができ、家族及び友人を認識するが、窒息が大きな懸念である。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して、ＨＤの発症が２０歳未満、早ければ２歳である若年性型のＨＤを有する対象が治療されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して、ＨＴＴ遺伝子が４１回以上のＣＡＧリピート（例えば、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０回又は９０回超のＣＡＧリピート）を有する完全浸透ＨＤを有するＨＤ対象が治療されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して、ＨＴＴ遺伝子が３６～４０回のＣＡＧリピート（例えば、３６、３７、３８、３９及び４０回のＣＡＧリピート）を有する不完全浸透を有するＨＤ対象が治療されてもよい。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して対象のＨＴＴタンパク質を減少させてもよい。この減少は、独立に、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９５％超、５～１５％、５～２０％、５～２５％、５～３０％、５～３５％、５～４０％、５～４５％、５～５０％、５～５５％、５～６０％、５～６５％、５～７０％、５～７５％、５～８０％、５～８５％、５～９０％、５～９５％、１０～２０％、１０～２５％、１０～３０％、１０～３５％、１０～４０％、１０～４５％、１０～５０％、１０～５５％、１０～６０％、１０～６５％、１０～７０％、１０～７５％、１０～８０％、１０～８５％、１０～９０％、１０～９５％、１５～２５％、１５～３０％、１５～３５％、１５～４０％、１５～４５％、１５～５０％、１５～５５％、１５～６０％、１５～６５％、１５～７０％、１５～７５％、１５～８０％、１５～８５％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～３５％、２０～４０％、２０～４５％、２０～５０％、２０～５５％、２０～６０％、２０～６５％、２０～７０％、２０～７５％、２０～８０％、２０～８５％、２０～９０％、２０～９５％、２５～３５％、２５～４０％、２５～４５％、２５～５０％、２５～５５％、２５～６０％、２５～６５％、２５～７０％、２５～７５％、２５～８０％、２５～８５％、２５～９０％、２５～９５％、３０～４０％、３０～４５％、３０～５０％、３０～５５％、３０～６０％、３０～６５％、３０～７０％、３０～７５％、３０～８０％、３０～８５％、３０～９０％、３０～９５％、３５～４５％、３５～５０％、３５～５５％、３５～６０％、３５～６５％、３５～７０％、３５～７５％、３５～８０％、３５～８５％、３５～９０％、３５～９５％、４０～５０％、４０～５５％、４０～６０％、４０～６５％、４０～７０％、４０～７５％、４０～８０％、４０～８５％、４０～９０％、４０～９５％、４５～５５％、４５～６０％、４５～６５％、４５～７０％、４５～７５％、４５～８０％、４５～８５％、４５～９０％、４５～９５％、５０～６０％、５０～６５％、５０～７０％、５０～７５％、５０～８０％、５０～８５％、５０～９０％、５０～９５％、５５～６５％、５５～７０％、５５～７５％、５５～８０％、５５～８５％、５５～９０％、５５～９５％、６０～７０％、６０～７５％、６０～８０％、６０～８５％、６０～９０％、６０～９５％、６５～７５％、６５～８０％、６５～８５％、６５～９０％、６５～９５％、７０～８０％、７０～８５％、７０～９０％、７０～９５％、７５～８５％、７５～９０％、７５～９５％、８０～９０％、８０～９５％、又は９０～９５％であり得る。非限定的な例として、対象はＨＴＴタンパク質の５０％の減少を有し得る。非限定的な例として、対象はＨＴＴタンパク質の７０％の減少及び野生型ＨＴＴタンパク質の１０％の減少を有し得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおけるＨＴＴの減少は約４０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質におけるＨＴＴの減少は約４０％であり得る。非限定的な例として、被殻におけるＨＴＴの減少は約３０％であり、及び皮質においては約１５％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質におけるＨＴＴの減少は約４０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおけるＨＴＴの減少は４０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質におけるＨＴＴの減少は４０％～７０％であり得る。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して対象の野生型ＨＴＴタンパク質を減少させてもよい。この減少は、独立に、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９５％超、５～１５％、５～２０％、５～２５％、５～３０％、５～３５％、５～４０％、５～４５％、５～５０％、５～５５％、５～６０％、５～６５％、５～７０％、５～７５％、５～８０％、５～８５％、５～９０％、５～９５％、１０～２０％、１０～２５％、１０～３０％、１０～３５％、１０～４０％、１０～４５％、１０～５０％、１０～５５％、１０～６０％、１０～６５％、１０～７０％、１０～７５％、１０～８０％、１０～８５％、１０～９０％、１０～９５％、１５～２５％、１５～３０％、１５～３５％、１５～４０％、１５～４５％、１５～５０％、１５～５５％、１５～６０％、１５～６５％、１５～７０％、１５～７５％、１５～８０％、１５～８５％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～３５％、２０～４０％、２０～４５％、２０～５０％、２０～５５％、２０～６０％、２０～６５％、２０～７０％、２０～７５％、２０～８０％、２０～８５％、２０～９０％、２０～９５％、２５～３５％、２５～４０％、２５～４５％、２５～５０％、２５～５５％、２５～６０％、２５～６５％、２５～７０％、２５～７５％、２５～８０％、２５～８５％、２５～９０％、２５～９５％、３０～４０％、３０～４５％、３０～５０％、３０～５５％、３０～６０％、３０～６５％、３０～７０％、３０～７５％、３０～８０％、３０～８５％、３０～９０％、３０～９５％、３５～４５％、３５～５０％、３５～５５％、３５～６０％、３５～６５％、３５～７０％、３５～７５％、３５～８０％、３５～８５％、３５～９０％、３５～９５％、４０～５０％、４０～５５％、４０～６０％、４０～６５％、４０～７０％、４０～７５％、４０～８０％、４０～８５％、４０～９０％、４０～９５％、４５～５５％、４５～６０％、４５～６５％、４５～７０％、４５～７５％、４５～８０％、４５～８５％、４５～９０％、４５～９５％、５０～６０％、５０～６５％、５０～７０％、５０～７５％、５０～８０％、５０～８５％、５０～９０％、５０～９５％、５５～６５％、５５～７０％、５５～７５％、５５～８０％、５５～８５％、５５～９０％、５５～９５％、６０～７０％、６０～７５％、６０～８０％、６０～８５％、６０～９０％、６０～９５％、６５～７５％、６５～８０％、６５～８５％、６５～９０％、６５～９５％、７０～８０％、７０～８５％、７０～９０％、７０～９５％、７５～８５％、７５～９０％、７５～９５％、８０～９０％、８０～９５％、又は９０～９５％であり得る。非限定的な例として、対象は野生型ＨＴＴタンパク質の５０％の減少を有し得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は約４０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は約３０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は約２０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は約１５％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における野生型ＨＴＴの減少は約４０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における野生型ＨＴＴの減少は約３０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における野生型ＨＴＴの減少は約２０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における野生型ＨＴＴの減少は約１５％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は４０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は３０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は２０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は１５％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における野生型ＨＴＴの減少は４０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は３０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は２０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける野生型ＨＴＴの減少は１５％～７０％であり得る。
一実施形態において、ベクター、例えばＡＡＶベクターを使用して対象の突然変異ＨＴＴタンパク質を減少させてもよい。この減少は、独立に、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９５％超、５～１５％、５～２０％、５～２５％、５～３０％、５～３５％、５～４０％、５～４５％、５～５０％、５～５５％、５～６０％、５～６５％、５～７０％、５～７５％、５～８０％、５～８５％、５～９０％、５～９５％、１０～２０％、１０～２５％、１０～３０％、１０～３５％、１０～４０％、１０～４５％、１０～５０％、１０～５５％、１０～６０％、１０～６５％、１０～７０％、１０～７５％、１０～８０％、１０～８５％、１０～９０％、１０～９５％、１５～２５％、１５～３０％、１５～３５％、１５～４０％、１５～４５％、１５～５０％、１５～５５％、１５～６０％、１５～６５％、１５～７０％、１５～７５％、１５～８０％、１５～８５％、１５～９０％、１５～９５％、２０～３０％、２０～３５％、２０～４０％、２０～４５％、２０～５０％、２０～５５％、２０～６０％、２０～６５％、２０～７０％、２０～７５％、２０～８０％、２０～８５％、２０～９０％、２０～９５％、２５～３５％、２５～４０％、２５～４５％、２５～５０％、２５～５５％、２５～６０％、２５～６５％、２５～７０％、２５～７５％、２５～８０％、２５～８５％、２５～９０％、２５～９５％、３０～４０％、３０～４５％、３０～５０％、３０～５５％、３０～６０％、３０～６５％、３０～７０％、３０～７５％、３０～８０％、３０～８５％、３０～９０％、３０～９５％、３５～４５％、３５～５０％、３５～５５％、３５～６０％、３５～６５％、３５～７０％、３５～７５％、３５～８０％、３５～８５％、３５～９０％、３５～９５％、４０～５０％、４０～５５％、４０～６０％、４０～６５％、４０～７０％、４０～７５％、４０～８０％、４０～８５％、４０～９０％、４０～９５％、４５～５５％、４５～６０％、４５～６５％、４５～７０％、４５～７５％、４５～８０％、４５～８５％、４５～９０％、４５～９５％、５０～６０％、５０～６５％、５０～７０％、５０～７５％、５０～８０％、５０～８５％、５０～９０％、５０～９５％、５５～６５％、５５～７０％、５５～７５％、５５～８０％、５５～８５％、５５～９０％、５５～９５％、６０～７０％、６０～７５％、６０～８０％、６０～８５％、６０～９０％、６０～９５％、６５～７５％、６５～８０％、６５～８５％、６５～９０％、６５～９５％、７０～８０％、７０～８５％、７０～９０％、７０～９５％、７５～８５％、７５～９０％、７５～９５％、８０～９０％、８０～９５％、又は９０～９５％であり得る。非限定的な例として、対象は突然変異ＨＴＴタンパク質の５０％の減少を有し得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は約４０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は約３０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は約２０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は約１５％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における突然変異ＨＴＴの減少は約４０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における突然変異ＨＴＴの減少は約３０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における突然変異ＨＴＴの減少は約２０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における突然変異ＨＴＴの減少は約１５％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は４０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は３０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は２０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は１５％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻及び皮質における突然変異ＨＴＴの減少は４０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は３０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は２０％～７０％であり得る。非限定的な例として、被殻の中型有棘ニューロンにおける突然変異ＨＴＴの減少は１５％～７０％であり得る。
本発明のＡＡＶベクターは、治療を必要としている対象のハンチントン病を治療する方法として使用されてもよい。治療を必要としている対象を定義するための当該技術分野において公知の任意の方法を使用して前記対象を同定してもよい。対象はハンチントン病の臨床診断を有してもよく、又は症状が出る前であってもよい。限定はされないが、認知機能評価及び／又は神経学的若しくは神経精神医学的検査、運動テスト、官能テスト、精神医学的評価、脳イメージング、家族歴及び／又は遺伝子検査を含め、ＨＤを診断する任意の公知の方法を利用することができる。
一実施形態において、ＨＤ対象の選択は、ハンチントン病の予後指標、又はその派生指標を使用して決定される（ロング・ＪＤ（Ｌｏｎｇ ＪＤ）ら著、ムーブメント・ディスオーダーズ（Ｍｏｖｅｍｅｎｔ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）、２０１７年、第３２巻、第２号、ｐ．２５６～２６３、この内容は本明細書において全体として参照により援用される）。この予後指標は４つの成分、（１）統一ハンチントン病評価尺度（ＵＨＤＲＳ）からの総合運動スコア（ＴＭＳ：ｔｏｔａｌ ｍｏｔｏｒ ｓｃｏｒｅ）、（２）符号・数字モダリティ検査（ＳＤＭＴ：Ｓｙｍｂｏｌ Ｄｉｇｉｔ Ｍｏｄａｌｉｔｙ Ｔｅｓｔ）、（３）ベースライン年齢、及び（４）シトシン－アデニン－グアニン（ＣＡＧ）伸長を使用して運動診断の確率を予測する。
一実施形態において、ハンチントン病の予後指標は、以下の式：ＰＩＨＤ＝５１×ＴＭＳ＋（－３４）×ＳＤＭＴ＋７×年齢×（ＣＡＧ－３４）［式中、ＰＩＨＤの値が大きいほど症状の診断又は発症リスクが高いことを意味する］によって計算される。
別の実施形態において、ハンチントン病の予後指標は、５０％の１０年生存率のコンテクストで解釈されるべき標準偏差単位を求める以下の正規化した式によって計算される：ＰＩＮＨＤ＝（ＰＩＨＤ－８８３）／１０４４［式中、ＰＩＮＨＤ＜０は５０％より高い１０年生存率を意味し、及びＰＩＮＨＤ＞０は５０％未満の１０年生存率を示唆する］。
一実施形態において、この予後指標を使用して、ＨＤの症状を数年以内に発症するであろうが、しかし臨床的には未だ診断可能な症状を有しない対象が同定されてもよい。更に、これらの無症候患者は、無症候期の間に本発明のＡＡＶベクター及び組成物を使用した治療に選択され、それを受けてもよい。
Ｖ．定義
特に明記しない限り、以下の用語及び語句は以下に説明する意味を有する。これらの定義は、本質的に限定するよう意図するものでなく、本発明の特定の態様のより明確な理解を提供するために供される。
本明細書で使用されるとき、用語「核酸」、「ポリヌクレオチド」及び「オリゴヌクレオチド」は、ポリデオキシリボヌクレオチド（２－デオキシ－Ｄ－リボースを含有する）、又はポリリボヌクレオチド（Ｄ－リボースを含有する）のいずれか、又はプリン若しくはピリミジン塩基、又は修飾プリン若しくはピリミジン塩基のＮグリコシドである任意の他のタイプのポリヌクレオチドで構成される任意の核酸ポリマーを指す。用語「核酸」、「ポリヌクレオチド」及び「オリゴヌクレオチド」の間で長さに意図される違いはなく、これらの用語は同義的に用いられ得る。これらの用語は分子の一次構造のみを指す。従って、これらの用語には、二本鎖及び一本鎖ＤＮＡ、並びに二本鎖及び一本鎖ＲＮＡが含まれる。
本明細書で使用されるとき、用語「ＲＮＡ」又は「ＲＮＡ分子」又は「リボ核酸分子」は、リボヌクレオチドのポリマーを指す；用語「ＤＮＡ」又は「ＤＮＡ分子」又は「デオキシリボ核酸分子」は、デオキシリボヌクレオチドのポリマーを指す。ＤＮＡ及びＲＮＡは、例えばそれぞれＤＮＡ複製及びＤＮＡの転写により、天然で合成されることもでき；又は化学的に合成されることもできる。ＤＮＡ及びＲＮＡは、一本鎖（即ち、それぞれｓｓＲＮＡ又はｓｓＤＮＡ）又は多重鎖（例えば、二本鎖、即ち、それぞれｄｓＲＮＡ及びｄｓＤＮＡ）であり得る。用語「ｍＲＮＡ」又は「メッセンジャーＲＮＡ」は、本明細書で使用されるとき、１つ以上のポリペプチド鎖のアミノ酸配列をコードする一本鎖ＲＮＡを指す。
本明細書で使用されるとき、用語「ＲＮＡ干渉」又は「ＲＮＡｉ」は、対応するタンパク質コード遺伝子の発現の阻害又は干渉又は「サイレンシング」をもたらすＲＮＡ分子によって媒介される配列特異的調節機構を指す。ＲＮＡｉは、植物、動物及び真菌を含めた多くの種類の生物で観察されている。ＲＮＡｉは細胞において天然で外来性ＲＮＡ（例えばウイルスＲＮＡ）を除去するために起こる。天然ＲＮＡｉは、遊離ｄｓＲＮＡから切断された、分解機構を他の類似のＲＮＡ配列に仕向ける断片によって進行する。ＲＮＡｉはＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）によって制御され、細胞質において短鎖／低分子ｄｓＲＮＡ分子によって開始され、そこでｄｓＲＮＡ分子は触媒ＲＩＳＣ成分アルゴノートと相互作用する。ｄｓＲＮＡ分子は細胞に外因的に導入されることができる。外因性ｄｓＲＮＡはリボヌクレアーゼタンパク質ダイサーを活性化させることによってＲＮＡｉを開始し、ダイサーはｄｓＲＮＡに結合してそれを切断することにより、数個の対を成さないオーバハング塩基を各末端に有する２１～２５塩基対の二本鎖断片を生じさせる。これらの短鎖二本鎖断片は低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）と呼ばれる。
本明細書で使用されるとき、用語「短鎖干渉性ＲＮＡ」、「低分子干渉ＲＮＡ」又は「ｓｉＲＮＡ」は、ＲＮＡｉを誘導又は媒介する能力を有する約５～６０ヌクレオチド（又はヌクレオチド類似体）を含むＲＮＡ分子（又はＲＮＡ類似体）を指す。好ましくは、ｓｉＲＮＡ分子は、約１５～３０ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体、例えば約１６～２５ヌクレオチド（又はヌクレオチド類似体）、約１８～２３ヌクレオチド（又はヌクレオチド類似体）、約１９～２２ヌクレオチド（又はヌクレオチド類似体）（例えば、１９、２０、２１又は２２ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体）、約１９～２５ヌクレオチド（又はヌクレオチド類似体）及び約１９～２４ヌクレオチド（又はヌクレオチド類似体）を含む。用語「短鎖」ｓｉＲＮＡは、５～２３ヌクレオチド、好ましくは２１ヌクレオチド（又はヌクレオチド類似体）、例えば、１９、２０、２１又は２２ヌクレオチドを含むｓｉＲＮＡを指す。用語「長鎖」ｓｉＲＮＡは、２４～６０ヌクレオチド、好ましくは約２４～２５ヌクレオチド、例えば、２３、２４、２５又は２６ヌクレオチドを含むｓｉＲＮＡを指す。短鎖ｓｉＲＮＡは、一部の例では、１９ヌクレオチド未満、例えば、１６、１７又は１８ヌクレオチド、又は僅か５ヌクレオチドを含んでもよく、但し、これらの短いｓｉＲＮＡはＲＮＡｉを媒介する能力を保持しているものとする。同様に、長鎖ｓｉＲＮＡは、一部の例では、２６ヌクレオチド超、例えば、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、５５、又は更には６０ヌクレオチドを含んでもよく、但し、これらの長いｓｉＲＮＡは、短鎖ｓｉＲＮＡへの更なるプロセシング、例えば酵素的プロセシングがない限りＲＮＡｉ又は翻訳抑制を媒介する能力を保持しているものとする。ｓｉＲＮＡは、一本鎖ＲＮＡ分子（ｓｓ－ｓｉＲＮＡ）又はハイブリダイズしてｓｉＲＮＡ二重鎖と呼ばれる二重鎖構造を形成するセンス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡ分子（ｄｓ－ｓｉＲＮＡ）であってもよい。
本明細書で使用されるとき、ｓｉＲＮＡ分子の「アンチセンス鎖」又は「第１鎖」又は「ガイド鎖」という用語は、サイレンシングの標的となる遺伝子のｍＲＮＡの約１０～５０ヌクレオチド、例えば、約１５～３０、１６～２５、１８～２３又は１９～２２ヌクレオチドの一部分と実質的に相補的な鎖を指す。アンチセンス鎖又は第１鎖は、標的特異的サイレンシングを誘導するのに所望の標的ｍＲＮＡ配列と十分に相補的な、例えば、ＲＮＡｉ機構又は過程によって所望の標的ｍＲＮＡの破壊を引き起こすのに十分に相補的な配列を有する。
本明細書で使用されるとき、ｓｉＲＮＡ分子の「センス鎖」又は「第２鎖」又は「パッセンジャー鎖」という用語は、アンチセンス鎖又は第１鎖と相補的な鎖を指す。ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖とセンス鎖とはハイブリダイズして二重鎖構造を形成する。本明細書で使用されるとき、「ｓｉＲＮＡ二重鎖」は、サイレンシングの標的となる遺伝子のｍＲＮＡの約１０～５０ヌクレオチドの一部分と十分な相補性を有するｓｉＲＮＡ鎖と、他方のｓｉＲＮＡ鎖と二重鎖を形成するのに十分な相補性を有するｓｉＲＮＡ鎖とを含む。
本明細書で使用されるとき、用語「相補」は、ポリヌクレオチドが互いに塩基対を形成する能力を指す。塩基対は、典型的には逆平行ポリヌクレオチド鎖におけるヌクレオチド単位間の水素結合によって形成される。相補ポリヌクレオチド鎖は、ワトソン・クリック方式（例えば、ＡとＴ、ＡとＵ、ＣとＧ）、又は二重鎖の形成を可能にする任意の他の方式で塩基対を形成することができる。当業者は認識しているとおり、ＤＮＡと対照的にＲＮＡを使用するとき、チミンでなくウラシルがアデノシンと相補的と見なされる塩基である。しかしながら、本発明の文脈でＵと表記されるとき、特に指定されない限り、Ｔに置き換え可能であることが含意される。完全な相補性又は１００％の相補性とは、一方のポリヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が第２のポリヌクレオチド鎖のヌクレオチド単位と水素結合を形成することができる状況を指す。完全でない相補性とは、２本の鎖の全てではないものの一部のヌクレオチド単位が互いに水素結合を形成することができる状況を指す。例えば、２本の２０ｍｅｒについて、各鎖の２個の塩基対のみが互いに水素結合を形成することができる場合、このポリヌクレオチド鎖は１０％の相補性を呈する。同じ例で、各鎖の１８個の塩基対が互いに水素結合を形成することができる場合、このポリヌクレオチド鎖は９０％の相補性を呈する。
本明細書で使用されるとき、用語「実質的に相補的」とは、ｓｉＲＮＡが、所望の標的ｍＲＮＡに結合して標的ｍＲＮＡのＲＮＡサイレンシングを引き起こすのに十分な配列を（例えばアンチセンス鎖に）有することを意味する。
本明細書で使用されるとき、「ターゲティング」は、標的核酸にハイブリダイズして所望の効果を誘導するであろう核酸配列の設計及び選択過程を意味する。
用語「遺伝子発現」は、核酸配列が首尾よく転写及びほとんどの場合に翻訳を受けてタンパク質又はペプチドを産生する過程を指す。明確にするため、「遺伝子発現」の測定に言及するとき、それは、測定が核酸転写産物、例えばＲＮＡ若しくはｍＲＮＡの測定又はアミノ酸翻訳産物、例えばポリペプチド若しくはペプチドの測定であり得ることを意味するものと理解されなければならない。ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ポリペプチド及びペプチドの量又はレベルの測定方法は当該技術分野において周知である。
本明細書で使用されるとき、用語「突然変異」は、後続の世代に伝達され得る変異型（「突然変異型」とも称される）をもたらす遺伝子の構造の任意の変化を指す。遺伝子の突然変異は、ＤＮＡにおける一塩基の変化、又は遺伝子若しくは染色体のより大きい一部分の欠失、挿入、若しくは再配列によって引き起こされ得る。
本明細書で使用されるとき、用語「ベクター」は、本発明のｓｉＲＮＡ分子などの異種分子を輸送し、形質導入し、又はその他担体として働く任意の分子又は部分を意味する。「ウイルスベクター」は、目的の分子をコードする又は含む１つ以上のポリヌクレオチド領域、例えば、トランス遺伝子、ポリペプチド若しくはマルチポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）などの調節性核酸を含むベクターである。ウイルスベクターは細胞への遺伝物質の送達に広く使用されている。ウイルスベクターは、多くの場合に特定の適用向けに修飾される。ウイルスベクターの種類としては、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター及びアデノ随伴ウイルスベクターが挙げられる。
用語「アデノ随伴ウイルス」又は「ＡＡＶ」又は「ＡＡＶベクター」は、本明細書で使用されるとき、アデノ随伴ベクターの成分を含む、又はそれに由来する任意のベクターを指し、哺乳類細胞、好ましくはヒト細胞を感染させるのに好適である。用語のＡＡＶベクターは、典型的には、ｓｉＲＮＡ二重鎖をコードする核酸分子を含むＡＡＶ型ウイルス粒子又はビリオンを意味する。ＡＡＶベクターは、血清型の組み合わせ（即ち「シュードタイプ」ＡＡＶ）を含めた様々な血清型又は様々なゲノム（例えば一本鎖又は自己相補的）に由来し得る。加えて、ＡＡＶベクターは複製欠損型及び／又はターゲット型であってもよい。
本明細書で使用されるとき、語句「遺伝子の発現を阻害する」は、遺伝子の発現産物量の減少を生じさせることを意味する。発現産物は、遺伝子から転写されたＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）又は遺伝子から転写されたｍＲＮＡから翻訳されたポリペプチドであり得る。典型的には、ｍＲＮＡのレベルが減少することにより、そこから翻訳されるポリペプチドのレベルが減少することになる。発現レベルは標準的なｍＲＮＡ又はタンパク質測定技法を用いて決定し得る。
本明細書で使用されるとき、用語「インビトロ」は、生物（例えば、動物、植物、又は微生物）の中でなく、むしろ人工環境、例えば試験管又は反応槽、細胞培養物、ペトリ皿等で起こるイベントを指す。
本明細書で使用されるとき、用語「インビボ」は、生物（例えば、動物、植物、又は微生物又はその細胞若しくは組織）の中で起こるイベントを指す。
本明細書で使用されるとき、用語「修飾された」は、本発明の分子の変化した状態又は構造を指す。分子は、化学的、構造的、及び機能的に修飾することを含め、多くの方法で修飾し得る。
本明細書で使用されるとき、用語「合成」は、人間の手で作製、調製、及び／又は製造されることを意味する。本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチド又は他の分子の合成は化学的又は酵素的であってもよい。
本明細書で使用されるとき、用語「トランスフェクション」は、外因性核酸を細胞に導入する方法を指す。トランスフェクション方法としては、限定はされないが、化学的方法、物理的処理及びカチオン性脂質又は混合が挙げられる。細胞にトランスフェクトし得る薬剤の一覧は広範であり、限定はされないが、ｓｉＲＮＡ、センス及び／又はアンチセンス配列、１つ以上の遺伝子をコードし、且つ発現プラスミドに編成されるＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片などが含まれる。
本明細書で使用されるとき、「オフターゲット」は、任意の１つ以上の標的、遺伝子、又は細胞転写物に対する任意の意図しない効果を指す。
本明細書で使用されるとき、語句「薬学的に許容可能」は、本明細書では、妥当な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激作用、アレルギー反応、又は他の問題若しくは合併症のない、妥当なリスク対効果比に相応の、ヒト及び動物の組織との接触における使用に好適な化合物、材料、組成物、及び／又は剤形を指して用いられる。
本明細書で使用されるとき、薬剤の「有効量」という用語は、有益な又は所望の結果、例えば臨床結果を生じさせるのに十分な量であり、そのため「有効量」は、それが適用されるコンテクストに依存する。例えば、ＨＤを治療する薬剤を投与するコンテクストでは、薬剤の有効量は、例えば、その薬剤の投与なしに達成される応答と比較して、本明細書に定義されるとおりのＨＤの治療を実現するのに十分な量である。
本明細書で使用されるとき、用語「治療有効量」は、送達される薬剤（例えば、核酸、薬物、治療用薬剤、診断用薬剤、予防用薬剤等）についての、感染、疾患、障害、及び／又は病態に罹患している又はそれに罹り易い対象に投与したとき感染、疾患、障害、及び／又は病態を治療し、その症状を改善し、それを診断し、予防し、及び／又はその発症を遅延させるのに十分な量を意味する。
本明細書で使用されるとき、用語「対象」又は「患者」は、例えば実験的、診断的、予防的、及び／又は治療的目的で本発明に係る組成物を投与し得る任意の生物を指す。典型的な対象としては、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、チンパンジー並びに他の類人猿及びサル種などの非ヒト霊長類、及びヒトなど、哺乳類）及び／又は植物が挙げられる。
本明細書で使用されるとき、用語「予防する」又は「予防」は、数週間、数ヵ月間、又は数年間を含めたある期間にわたり病態又は疾患の発生、展開又は進行を遅延させる又は未然に防ぐことを指す。
用語「治療」又は「治療する」は、本明細書で使用されるとき、疾患の治癒又は改善に用いられる１つ以上の特定の手順の適用を指す。特定の実施形態において、特定の手順は１つ以上の医薬品の投与である。本発明との関連において、特定の手順は１つ以上のｓｉＲＮＡ分子の投与である。
本明細書で使用されるとき、用語「改善」又は「改善する」は、病態又は疾患の少なくとも１つの指標の重症度を低下させることを指す。例えば、神経変性障害のコンテクストでは、改善には、ニューロン喪失の低減が含まれる。
本明細書で使用されるとき、用語「投与する」は、対象に医薬品又は組成物を提供することを指す。
本明細書で使用されるとき、用語「神経変性」は、神経細胞死をもたらす病的状態を指す。多数の神経障害が共通の病的状態として神経変性を共有する。例えば、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、及び筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）は、いずれも慢性神経変性を引き起こし、慢性神経変性は数年の期間にわたる緩慢な進行性の神経細胞死によって特徴付けられる一方、急性神経変性は、脳卒中などの虚血、又は外傷性脳傷害などの外傷の結果としての、又は例えば脊髄損傷若しくは多発性硬化症によって引き起こされる脱髄又は外傷による軸索切断の結果としての、神経細胞死の突発的な発生によって特徴付けられる。一部の神経障害では、例えば初期ＨＤにおける中型有棘ニューロン変性など、主に１つのタイプの神経細胞が変性する。
ＶＩ．均等物及び範囲
当業者は、本明細書に記載される本発明に係る具体的な実施形態の多くの均等物を認識し、又はルーチンに過ぎない実験を用いて確かめることが可能であろう。本発明の範囲が上記の説明に限定されることは意図されず、それはむしろ添付の特許請求の範囲に示されるとおりである。
特許請求の範囲では、「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」などの冠詞は、反する旨が示されない限り、又は文脈上特に明らかでない限り、１つ又は２つ以上を意味し得る。ある群の１つ以上のメンバーの間に「又は」を含むクレーム又は説明は、反する旨が示されない限り、又は文脈上特に明らかでない限り、その群メンバーの１つ、２つ以上、又は全てが所与の製品又は方法に存在する、それに用いられる、又は他の形でそれに関連する場合に満たされるものと見なされる。本発明は、群の正確に１つのメンバーが所与の製品又は方法に存在する、それに用いられる、又は他の形でそれに関連する実施形態を含む。本発明は、２つ以上の、又は全部の群メンバーが所与の製品又は方法に存在する、それに用いられる、又は他の形でそれに関連する実施形態を含む。
また、用語「～を含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は非限定的（ｏｐｅｎ）であることが意図され、追加の要素又は工程の包含を許容するが必須ではないことも注記される。用語「～を含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」が本明細書で使用されるとき、従って用語「～からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」もまた包含され、開示される。
範囲が提供されるとき、端点は含まれる。更に、特に指示されない限り、又は文脈及び当業者の理解から特に明らかでない限り、範囲として表される値は、文脈上特に明確に指示されない限り、その範囲の下限の単位の１０分の１に至るまでの、本発明の種々の実施形態において明示される範囲内にある任意の具体的な値又は部分的範囲を想定し得ることが理解されるべきである。
加えて、先行技術に含まれる本発明の任意の特定の実施形態は、クレームの任意の１つ以上から明示的に除外され得ることが理解されるべきである。かかる実施形態は当業者に公知であると見なされるため、除外が本明細書に明示的に示されないとしても、それらは除外され得る。本発明の組成物の任意の詳細な実施形態（例えば、任意の抗生物質、治療薬又は活性成分；任意の作製方法；任意の使用方法等）が、先行技術の存在に関係するか否かに関わらず、何らかの理由で任意の１つ以上のクレームから除外されることがある。
使用した文言は、限定でなく、むしろ説明の文言であること、及びその広義の態様における本発明の真の範囲及び趣旨から逸脱することなく、添付の特許請求の範囲内で変更が行われ得ることが理解されるべきである。
本発明をかなり詳しく、幾つかの説明される実施形態に関するある具体性をもって説明したが、それが任意のかかる具体例若しくは実施形態又は任意の具体的な実施形態に限定されるべきであることを意図するものではなく、しかし先行技術を考慮してかかる特許請求の範囲の最も広義の可能な解釈を提供し、従って本発明の意図される範囲を有効に包含するように添付の特許請求の範囲を参照して解釈されるべきである。
（実施例）
ＶＩＩ．実施例
実施例１．ＨＥＫ２９３Ｔ及びＨｅＬａ細胞におけるコンストラクトの活性
Ａ．トランスフェクション
ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターをＨＥＫ２９３Ｔ及びＨｅＬａ細胞にトランスフェクトした。ｍＣｈｅｒｒｙ処理細胞及び未処理細胞もまた評価した。４８時間後、相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現を決定した。相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現は、ｑＲＴ－ＰＣＲにより決定して、ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをハウスキーピング遺伝子ｍＲＮＡレベルに対して正規化することにより得て；次にこの正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをｍＣｈｅｒｒｙ処理及び／又は未処理細胞における正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルと比べて表した。結果は表１２～表１４に示す。
Figure 0007220080000049
Figure 0007220080000050
Figure 0007220080000051
Figure 0007220080000052
 Ｂ．感染
ＨＥＫ２９３Ｔ及びＨｅＬａ細胞の感染用に、ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターをＡＡＶ２にパッケージングし（ＡＡＶ２－ｍｉＲＮＡ発現ベクターと称される）、又はｍＣｈｅｒｒｙベクターをＡＡＶ２にパッケージングした。未処理細胞もまた評価した。ＡＡＶ２粒子を使用してＨＥＫ２９３Ｔ細胞を１Ｅ４又は１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩで、及びＨｅＬａ細胞を１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩで感染させた。
ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクター感染後２４時間におけるＨｅＬａ細胞のＨＴＴの相対発現を決定した。相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現は、ｑＲＴ－ＰＣＲにより決定して、ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをハウスキーピング遺伝子ｍＲＮＡレベルに対して正規化することにより得て；次にこの正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをｍＣｈｅｒｒｙ処理及び／又は未処理細胞における正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルと比べて表した。結果は表１５～表１８に示す。ＨｅＬａ細胞の感染は１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩ（表１５～表１７）又は１Ｅ４ｖｇ／細胞のＭＯＩ（表１８）であった。
ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクター感染後２４時間におけるＨＥＫ２９３Ｔ細胞のＨＴＴの相対発現を決定した。相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現は、ｑＲＴ－ＰＣＲにより決定して、ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをハウスキーピング遺伝子ｍＲＮＡレベルに対して正規化することにより得て；次にこの正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをｍＣｈｅｒｒｙ処理及び／又は未処理細胞における正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルと比べて表した。結果は表１５、表１７及び表１８に示す。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染は１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩ（表１５及び表１７）又は１Ｅ４ｖｇ／細胞のＭＯＩ（表１８）であった。
Figure 0007220080000053
Figure 0007220080000054
Figure 0007220080000055
Figure 0007220080000056
 ＨＥＫ２９３Ｔ細胞では、１Ｅ４ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６が０．３～０．４の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７が０．４１～０．５の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７が０．５１～０．６の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．９０７、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．４２５が０．６１～０．７の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．３７２、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１８が０．７１～０．８の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２５７、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．３７２が０．８１～０．９の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．３７２、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．２１８が０．９１の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供した。
ＨＥＫ２９３Ｔ細胞では、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１０、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．３、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９が０．３～０．４の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．５７９、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．８９４が０．４１～０．５の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．８９４、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．８９４が０．５１～０．６の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．８９４、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．５が０．６１～０．７の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．２１９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１９．ｎ、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１９．ｎ、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．８９４が０．７１～０．８の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２１９．ｎが０．８１～０．９の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１９．ｎ、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．２１９．ｎが０．９１～０．９５の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供した。
ＨｅＬａ細胞では、１Ｅ４ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６が０．３～０．４の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２が０．４１～０．５の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．０１６、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．０１６が０．５１～０．６の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．９０７が０．６１～０．７の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．３７２、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．９０７が０．７１～０．８の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．３７２、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１４が０．８１～０．９の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．２１４、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１４が０．９１～１の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供した。
ＨｅＬａ細胞では、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．３、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１０、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．５７９が０．３～０．４の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．９、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５が０．４１～０．５の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．０１６、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．８９４が０．５１～０．６の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．５７９、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．５７９が０．６１～０．７の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１９．ｎ、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．９０７、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１９．ｎが０．７１～０．８の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２１９．ｎ、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．２１９．ｎ、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．２１９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２５７、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１９．ｎが０．８１～０．９の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供し；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．２１４及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１４が０．９１～１の相対ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルを提供した。
実施例２．ヒト正常初代アストロサイト、Ｕ２５１ＭＧ細胞、神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞、及びヒトＨＤ線維芽細胞におけるコンストラクトの活性
ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターをＡＡＶ２にパッケージングし、ヒト正常初代アストロサイトＮＨＡ（ロンザ（Ｌｏｎｚａ））（ＡＧＭ（商標）アストロサイト成長培地、ロンザ（Ｌｏｎｚａ）カタログ番号ＣＣ－３１８６において培養した）、ヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧ（シグマ（Ｓｉｇｍａ）カタログ番号０９０６３００１－１ＶＬ）（２ｍＭ グルアマックス（商標）（ＧＬＵＡＭＡＸ（商標））添加剤、１×ＭＥＭ非必須アミノ酸溶液、１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ及び１０％ＦＢＳ、２ｎｇ／ｍｌヒトＦＧＦ－２及び５ｕｇ／ｍｌヒトインスリンを含有するＤＭＥＭ／Ｆ－１２において培養した。試薬は全てライフテクノロジーズ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）による）、神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞（シグマ（Ｓｉｇｍａ）カタログ番号９４０３０３０４）（２ｍＭ グルアマックス（商標）（ＧＬＵＡＭＡＸ（商標））添加剤、１×ＭＥＭ非必須アミノ酸溶液、１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ及び１０％ＦＢＳ、２ｎｇ／ｍｌヒトＦＧＦ－２及び５ｕｇ／ｍｌヒトインスリンを含有するＤＭＥＭ／Ｆ－１２において培養した。試薬は全てライフテクノロジーズ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）による）及び／又はヒトＨＤ初代線維芽細胞（コリエル研究所（Ｃｏｒｉｅｌｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）カタログ番号ＧＭ２１７５６）（２ｍＭ グルアマックス（商標）（ＧＬＵＡＭＡＸ（商標））添加剤、１×ＭＥＭ非必須アミノ酸溶液、１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ及び１０％ＦＢＳ、２ｎｇ／ｍｌヒトＦＧＦ－２及び５ｕｇ／ｍｌヒトインスリンを含有するＤＭＥＭ／Ｆ－１２において培養した。試薬は全てライフテクノロジーズ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）による）に感染させた。ｍＣｈｅｒｒｙの対照もまた評価した。ＮＨＡ、線維芽細胞及びＵ２５１ＭＧについては、細胞を９６ウェルプレートにプレーティングし（２００ｕｌ細胞培養培地中１～２Ｅ４細胞／ウェル）、ＡＡＶ２にパッケージングしたＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクター又は対照ｍＣｈｅｒｒｙベクターにトリプリケートで感染させた。０．１ｕｇ／ｍｌポリ－Ｄ－リジン及び１５ｕｇ／ｍｌラミニンで二重コーティングした９６ウェルプレートにＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞をプレーティングし（２００ｕｌ細胞培養培地中１Ｅ４細胞／ウェル）、分化培地中で４日間にわたって神経細胞分化を誘導し、次にＡＡＶ２－ｍｉＲＮＡ発現ベクターにトリプリケートで感染させた。ＡＡＶ２－ｍｉＲＮＡ発現ベクターは１Ｅ５又は１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩで感染させた。感染後２４～４８時間で細胞を回収し、直ちに細胞溶解及びｑＲＴ－ＰＣＲを行った。
Ａ．１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間におけるＨＴＴ抑制
正常ヒト初代アストロサイト、ヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧ、ＳＨ－ＳＹ５Ｙ分化ニューロン、及びヒトＨＤ初代線維芽細胞について、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間におけるＨＴＴ ｍＲＮＡの相対発現をｑＲＴ－ＰＣＲにより決定した。相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現は、ｑＲＴ－ＰＣＲにより決定して、ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをハウスキーピング遺伝子ｍＲＮＡレベルに対して正規化することにより得て；次にこの正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをｍＣｈｅｒｒｙ処理細胞における正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルと比べて表した。結果を表１９に示す。
Figure 0007220080000057
Figure 0007220080000058
 正常ヒト初代アストロサイトでは、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．０１６及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６がＨＴＴ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせた。
ヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧでは、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７がＨＴＴ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．０１６及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７が４１～５０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８が５１～６０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６が６１～７０％のサイレンシングを生じさせる。
ＳＨ－ＳＹ５Ｙ分化ニューロンでは、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７がＨｔｔ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．０１６及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７が約４１～５０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８が約５１～６０％のサイレンシングを生じさせる。
ヒトＨＤ線維芽細胞では、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．８９４、ＶＯＹＨＴ－ｍｉＲ－１２７．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７がＨｔｔ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせる。
Ｂ．１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間におけるＨＴＴ抑制
ヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧ及び神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞について、１Ｅ６のＭＯＩでの感染後２４時間におけるＨＴＴ ｍＲＮＡの相対発現をｑＲＴ－ＰＣＲにより決定した。相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現は、ｑＲＴ－ＰＣＲにより決定して、ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをハウスキーピング遺伝子ｍＲＮＡレベルに対して正規化することにより得て；次にこの正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルをｍＣｈｅｒｒｙ処理細胞における正規化ＨＴＴ ｍＲＮＡレベルと比べて表した。結果を表２０に示す。
Figure 0007220080000059
Figure 0007220080000060
 ヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧでは、１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．３７２がＨＴＴ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５が約４１～５０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７が約５１～６０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７が約６１～７０％のサイレンシングを生じさせる。
神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞では、１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後２４時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１９．ｎ、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１９．ｎ、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．２１９．ｎ、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．２１９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．２１８がＨＴＴ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５が約４１～５０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７が約５１～６０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７が約６１～７５％のサイレンシングを生じさせる。
Ｃ．１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後３６時間におけるＨＴＴ抑制
感染後３６時間で、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでのヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧ、及び神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞についてＨＴＴ ｍＲＮＡの相対発現をｑＲＴ－ＰＣＲにより決定した。相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現は、ＨＴＴ ｍＲＮＡをハウスキーピングｍＲＮＡに対して正規化し、更にｍＣｈｅｒｒｙ処理細胞に対して正規化することにより決定した；結果を表２１に示す。
Figure 0007220080000061
 ヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧでは、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後３６時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．２がＨｔｔ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．９が約５１～６０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．７が約６１～７０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．３、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１０が約７１～８０％のサイレンシングを生じさせる。
神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙでは、１Ｅ５ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後３６時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．５及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．９がＨｔｔ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９が約４１～５０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．３及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１０が約５１～６５％のサイレンシングを生じさせる。
Ｄ．１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後３６時間におけるＨＴＴ抑制
感染後３６時間で、１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩでの神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞におけるＨＴＴ ｍＲＮＡの相対発現をｑＲＴ－ＰＣＲにより決定した。相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現は、ＨＴＴ ｍＲＮＡをハウスキーピングｍＲＮＡに対して正規化し、更にｍＣｈｅｒｒｙ処理細胞に対して正規化することにより決定した；結果を表２２に示す。
Figure 0007220080000062
 神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞では、１Ｅ６／細胞のＭＯＩでの感染後３６時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９がＨｔｔ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１が約４１～５０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．３、及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１０が約５１～６５％のサイレンシングを生じさせる。
Ｅ．感染後４０時間におけるＨＴＴ抑制－１Ｅ６のＭＯＩ
感染後４０時間で、１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩでのヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧ、及び神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞におけるＨＴＴ ｍＲＮＡの相対発現をｑＲＴ－ＰＣＲにより決定した。相対ＨＴＴ ｍＲＮＡ発現は、ＨＴＴ ｍＲＮＡをハウスキーピングｍＲＮＡに対して正規化し、更にｍＣｈｅｒｒｙ処理細胞に対して正規化することにより決定した；結果を表２３に示す。
Figure 0007220080000063
Figure 0007220080000064
 ヒトアストロサイト細胞株Ｕ２５１ＭＧでは、１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後４０時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７がＨＴＴ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８が約４１～５０％のサイレンシングを生じさせた。
神経分化ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞では、１Ｅ６ｖｇ／細胞のＭＯＩでの感染後４０時間でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．８９４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２．２１４、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．９０７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１４．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１１６．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２１８、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．３７２、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．４２５、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．９０７及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７がＨＴＴ ｍＲＮＡの約３０～４０％のサイレンシングを生じさせ；ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．５７９が約４１～５０％のサイレンシングを生じさせ；及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６が約５１～６０％のサイレンシングを生じさせた。
実施例３．哺乳類細胞で作製されたＡＡＶ－ｍｉＲＮＡベクターによる治療後のＨＴＴ抑制、ガイド対パッセンジャー比及び５’末端プロセシング精度に関するインビボＹＡＣ１２８マウス試験
プラスミドトランスフェクション及びＡＡＶにパッケージングされたＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターの感染によるＨＴＴのインビトロ抑制に基づき、選択されたＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターをＡＡＶ１にパッケージングし、ＹＡＣ１２８マウスにおいてインビボで評価することにより、ＨＴＴ ｍＲＮＡ抑制を定量化し、ガイド対パッセンジャー比及び５’末端プロセシング精度をディープシーケンシングによって評価した。ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡトランス遺伝子ゲノムをＣＢＡプロモータでＡＡＶ１にパッケージングし（ＡＡＶ１．ＣＢＡ．ｉＨｔｔ）、次にＨＥＫ２９３又はＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるトリプルトランスフェクションによってベクターを作製し、精製して、０．００１％Ｆ－６８含有リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中に製剤化した。７～１２週齢のＹＡＣ１２８マウスにベクターを半球当たり５ｕＬ中約１Ｅ１０～３Ｅ１０ｖｇの用量で１０分かけて両側性線条体内注入によって投与した。対照群は媒体（０．００１％Ｆ－６８含有ＰＢＳ）で処置した。各群に４匹の雌及び４匹の雄が含まれた。被験物質投与後約２８日で線条体組織パンチを収集し、後の分析のためスナップ凍結した。
線条体組織試料をホモジナイズし、全ＲＮＡを精製した。ＨＴＴの相対発現をｑＲＴ－ＰＣＲにより決定した。正規化用のハウスキーピング遺伝子には、マウスＸＰＮＰＥＰ１（Ｘ－プロリルアミノペプチダーゼ１）及びマウスＨＰＲＴ（ヒポキサンチン－グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ）が含まれた。ＨＴＴ ｍＲＮＡをハウスキーピング遺伝子発現に対して正規化し、次に媒体群に対して更に正規化した。結果は表２４及び表２５に示す。
Figure 0007220080000065
Figure 0007220080000066
 ＹＡＣ１２８マウス線条体では、線条体当たり１Ｅ１０～３Ｅ１０ｖｇの線条体内注入後約２８日でＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．０１６、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．２５７、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１２７．５７９、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．３、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．５７９．１０、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０４．０１６及びＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０９．０１６がＨＴＴ ｍＲＮＡの約２０～４０％のサイレンシングを生じさせた。
線条体組織試料はまた、ディープシーケンシングによってガイド：パッセンジャー比、全内因性ｍｉＲＮＡプールに対するガイド鎖及びパッセンジャー鎖の存在量、及びガイド鎖の５’末端におけるプロセシング精度を評価することにより、ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡプロセシングについても判定した。結果を表２６に示す。
Figure 0007220080000067
 実施例４．ＨＴＴ配列
ＨＴＴ由来オリゴヌクレオチドを合成し、表３に記載されるとおりの二重鎖に形成する。次にこれらのｓｉＲＮＡ二重鎖を内因性ＨＴＴ遺伝子発現に対するインビトロ阻害活性に関して試験する。
実施例５．ＨＴＴを標的にするガイド鎖とパッセンジャー鎖とを含むＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターのインビトロ判定
ヒトＨＴＴ遺伝子に対するアンチセンス鎖の予測される選択性に基づき、表３に挙げられるＨＴＴ ｓｉＲＮＡの二重鎖のガイド鎖及びパッセンジャー鎖の一部をＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターとなるように操作し、中枢神経系の細胞、神経細胞株又は非神経細胞株にトランスフェクトする。ｓｉＲＮＡノックダウン試験に利用されるオーバハングがｓｉＲＮＡのカノニカルなｄＴｄＴであったとしても、コンストラクトにおけるオーバハングは任意のジヌクレオチドオーバハングを含んでもよい。
使用される細胞は、初代細胞、細胞株、又は人工多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）に由来する細胞であってもよい。
次にＨＴＴノックダウンを測定し、ディープシーケンシングを実施して、発現ベクターで投与される各コンストラクトからプロセシングされる正確なパッセンジャー鎖及びガイド鎖を定量化する。
ガイド鎖対パッセンジャー鎖比を計算する。
ガイド鎖の５’末端をシーケンシングして切断精度を決定し、及び正確な切断によって生じるパーセント予想ガイド鎖を決定する。
ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターをＡＡＶ２にパッケージングし、次にそれを使用して中枢神経系の細胞、神経細胞株又は非神経細胞株を感染させて、ＨＴＴのインビトロノックダウンを分析した。ｍＣｈｅｒｒｙコンストラクト又は媒体群を陰性対照として使用する。
ディープシーケンシングを再度実施する。
実施例６．ＨＴＴを標的にするガイド配列とパッセンジャー配列とを含むＰｒｉ－ｍｉＲＮＡカセット
本発明により、ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡカセット及びＨＴＴ ｓｉＲＮＡを含むコンストラクトを設計した。これらは表２７に示す。表中にはパッセンジャー鎖及びガイド鎖並びに５’及び３’フランキング領域及びループ領域（リンカー領域とも称される）を記載する。表２７において、配列名の「ｍｉＲ」成分は必ずしもｍｉＲＮＡ遺伝子の配列の付番に対応するわけではない（例えば、ＶＯＹＨＴｍｉＲ－１０２が配列名であるが、必ずしもｍｉＲ－１０２がその配列の一部であることを意味するわけではない）。
Figure 0007220080000068
Figure 0007220080000069
Figure 0007220080000070
Figure 0007220080000071
 実施例７．ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクター
ＨＴＴを標的にするガイド鎖とパッセンジャー鎖とを含むｐｒｉ－ｍｉＲＮＡカセットを含むコンストラクトをＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクター（ｓｓ又はｓｃのいずれか）となるように操作した。ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターコンストラクトは、ＩＴＲからＩＴＲまで、５’から３’に挙げて、突然変異又は野生型ＩＴＲ、プロモータ（ＣＭＶ（ＳＶ４０イントロンを含む）、Ｕ６、Ｈ１、ＣＢＡ（ＣＭＶｉｅエンハンサー、ＣＢプロモータ及びＳＶ４０イントロンを含む）、ＨＴＴを標的にするガイド配列とパッセンジャー配列とを含むｐｒｉ－ｍｉＲＮＡカセット（表３から）、ウサギグロビンポリＡ及び野生型ＩＴＲを含む。インビトロ及びインビボ試験を実施してＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターの薬理活性を判定する。
実施例８．ＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターのインビボ試験
Ａ．有効性のインビボ試験
ＹＡＣ１２８マウスにおけるＨＴＴ抑制、ガイド対パッセンジャー比、及び５’末端プロセシング精度に基づき、選択されたＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターをＡＡＶ１（ｓｓ又はｓｃのいずれかとしての）にＣＢＡプロモータと共にパッケージングし（ＡＡＶ１．ＣＢＡ．ｉＨｔｔ）、０．００１％Ｆ－６８含有リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中に製剤化し、ＹＡＣ１２８マウスに投与して、有効性を評価する。ＡＡＶ１ベクターは７～１２週齢のＹＡＣ１２８マウスに半球当たり５ｕＬ中約１Ｅ１０～３Ｅ１０ｖｇの用量で１０分かけて両側性線条体内注入によって投与する。対照群は媒体（０．００１％Ｆ－６８含有ＰＢＳ）で処置する。被験物質投与後、ロータロッド及びポーソルト（Ｐｏｒｓｏｌｔ）水泳試験を含む行動試験を所定の時間間隔で実施して、有効性を評価する。投与後所定の日数で動物を安楽死させ、線条体組織パンチを収集し、スナップ凍結する。組織試料をホモジナイズし、全ＲＮＡを精製する。ＨＴＴの相対発現をｑＲＴ－ＰＣＲによって決定する。正規化用のハウスキーピング遺伝子にはマウスＸＰＮＰＥＰ１が含まれた。ＨＴＴはハウスキーピング遺伝子発現に対して正規化し、次に媒体群に対して更に正規化する。試料はまた、ＨＴＴタンパク質の定量化にも使用する。
Ｂ．ＨＴＴ抑制、ガイド対パッセンジャー比及び５’末端プロセシング精度のＮＨＰにおけるインビボ試験
ＹＡＣ１２８マウスにおけるＨＴＴ抑制、ガイド対パッセンジャー比、及び５’末端プロセシング精度に基づき、選択されたＡＡＶ－ｍｉＲＮＡ発現ベクターをＣＢＡプロモータと共にＡＡＶ１にパッケージングし（ＡＡＶ１．ＣＢＡ．ｉＨｔｔ）、０．００１％Ｆ－６８含有リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中に製剤化して、非ヒト霊長類に実質内脳注入によって投与する。対照群は媒体（０．００１％Ｆ－６８含有ＰＢＳ）で処置する。投与後所定の時間で様々な組織試料においてＨＴＴ ｍＲＮＡの相対発現、ガイド対パッセンジャー比、及び５’末端プロセシング精度を決定する。
本発明をかなり詳しく、幾つかの説明される実施形態に関するある具体性をもって説明したが、それが任意のかかる具体例若しくは実施形態又は任意の具体的な実施形態に限定されるべきであることを意図するものではなく、しかし先行技術を考慮してかかる特許請求の範囲の最も広義の可能な解釈を提供し、従って本発明の意図される範囲を有効に包含するように添付の特許請求の範囲を参照して解釈されるべきである。
本明細書において言及される刊行物、特許出願、特許、及び他の参考文献は全て、全体として参照により援用される。矛盾が生じる場合、定義を含め、本明細書が優先するものとする。加えて、節の見出し、材料、方法、及び例は例示に過ぎず、限定を意図するものではない。
（付記）
好ましい実施形態として、上記実施形態から把握できる技術的思想について、以下に記載する。
［項目１］
２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）間に位置する核酸配列を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターであって、前記核酸が、発現すると細胞におけるＨＴＴ発現を阻害又は抑制し、前記核酸配列がセンス鎖配列とアンチセンス鎖配列とを含み、前記センス鎖配列が、表３、表４、又は表５に挙げられる配列のヌクレオチド配列と３ヌクレオチド以下しか異ならない少なくとも１５連続ヌクレオチドを含み、及び前記アンチセンス鎖配列が、表３、表４、又は表５に挙げられる配列のヌクレオチド配列と３ヌクレオチド以下しか異ならない少なくとも１５連続ヌクレオチドを含み、及び前記センス鎖配列とアンチセンス鎖配列とが少なくとも４ヌクレオチド長の相補性領域を共有する、ＡＡＶベクター。
［項目２］
前記核酸配列が、ｓｉＲＮＡ二重鎖のセンス鎖配列及びアンチセンス鎖配列を含む、項目１に記載のＡＡＶベクター。
［項目３］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖が、ｓｉＲＮＡ二重鎖ＩＤ番号Ｄ－３５６６～二重鎖ＩＤ Ｄ－３５７０、及び二重鎖ＩＤ Ｄ－３５００～ＩＤ番号二重鎖ＩＤ Ｄ－３５６５からなる群から選択される、項目２に記載のＡＡＶベクター。
［項目４］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５４６である、項目３に記載のＡＡＶベクター。
［項目５］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５１８である、項目３に記載のＡＡＶベクター。
［項目６］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５４８である、項目３に記載のＡＡＶベクター。
［項目７］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５６６である、項目３に記載のＡＡＶベクター。
［項目８］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５７０である、項目３に記載のＡＡＶベクター。
［項目９］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５４５である、項目３に記載のＡＡＶベクター。
［項目１０］
前記相補性領域が少なくとも１７ヌクレオチド長である、項目１に記載のＡＡＶベクター。
［項目１１］
前記相補性領域が１９～２１ヌクレオチド長である、項目１０に記載のＡＡＶベクター。
［項目１２］
前記相補性領域が１９ヌクレオチド長である、項目１１に記載のＡＡＶベクター。
［項目１３］
前記センス鎖配列及び前記アンチセンス鎖配列が、独立に、３０ヌクレオチド以下である、項目１に記載のＡＡＶベクター。
［項目１４］
前記センス鎖配列及び前記アンチセンス鎖配列の少なくとも一方が少なくとも１ヌクレオチドの３’オーバハングを含む、項目１に記載のＡＡＶベクター。
［項目１５］
前記センス鎖配列及び前記アンチセンス鎖配列の少なくとも一方が少なくとも２ヌクレオチドの３’オーバハングを含む、項目１４に記載のＡＡＶベクター。
［項目１６］
前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９（ｈｕ１４）、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、及びＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）、及びこれらのバリアントからなる群から選択されるカプシド血清型を含む、項目１に記載のＡＡＶベクター。
［項目１７］
前記アンチセンス鎖がＨＴＴ発現を阻害又は抑制する、項目１に記載のＡＡＶベクター。
［項目１８］
前記アンチセンス鎖及び前記センス鎖が二重機能ターゲティング調節性ポリヌクレオチドである、項目１７に記載のＡＡＶベクター。
［項目１９］
前記センス鎖がＨＴＴ発現を阻害又は抑制する、項目１８に記載のＡＡＶベクター。
［項目２０］
２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）間に位置する核酸配列を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターであって、前記核酸配列が、
（ａ）ステム－ループ構造を形成するステム及びループであって、前記ステム－ループ構造の配列が、５’から３’に、
ｉ．前記ステム－ループ構造の５’ステムの塩基又はその近傍におけるＵＧモチーフ；
ｉｉ．センス鎖と任意選択の５’スペーサ領域とを含む５’ステムアームであって、存在する場合には前記５’スペーサ領域が前記ＵＧモチーフと前記センス鎖との間に位置する、５’ステムアーム；
ｉｉｉ．その５’末端にＵＧＵＧモチーフを含むループ領域；
ｉｖ．アンチセンス鎖と任意選択で３’スペーサ領域とを含む３’ステムアームであって前記アンチセンス鎖の５’末端にウリジンが存在し、及び存在する場合には前記３’スペーサ領域が１ヘリカルターンを形成するのに十分な長さを有する、３’ステムアームを含む、ステム及びループ；
（ｂ）前記ステム－ループ構造の５’側に位置する第１のフランキング領域；及び
（ｃ）前記ステム－ループ構造の３’側に位置する第２のフランキング領域であって、ＣＮＮＣモチーフを含む第２の領域を含み、
前記アンチセンス鎖及び前記センス鎖が、発現すると細胞におけるＨＴＴ発現を阻害又は抑制するｓｉＲＮＡ二重鎖を形成し、前記センス鎖配列が、表３、表４、又は表５に挙げられる配列のヌクレオチド配列と３ヌクレオチド以下しか異ならない少なくとも１５連続ヌクレオチドを含み、及び前記アンチセンス鎖配列が、表３、表４、又は表５に挙げられる配列のヌクレオチド配列と３ヌクレオチド以下しか異ならない少なくとも１５連続ヌクレオチドを含み、及び前記センス鎖配列とアンチセンス鎖配列とが少なくとも４ヌクレオチド長の相補性領域を共有する、ＡＡＶベクター。
［項目２１］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖が、ｓｉＲＮＡ二重鎖ＩＤ番号Ｄ－３５６６～二重鎖ＩＤ Ｄ－３５７０、及び二重鎖ＩＤ Ｄ－３５００～ＩＤ番号二重鎖ＩＤ Ｄ－３５６５からなる群から選択される、項目２０に記載のＡＡＶベクター。
［項目２２］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５４６である、項目２１に記載のＡＡＶベクター。
［項目２３］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５１８である、項目２１に記載のＡＡＶベクター。
［項目２４］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５４８である、項目２１に記載のＡＡＶベクター。
［項目２５］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５６６である、項目２１に記載のＡＡＶベクター。
［項目２６］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５７０である、項目２１に記載のＡＡＶベクター。
［項目２７］
前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がＤ－３５４５である、項目２１に記載のＡＡＶベクター。
［項目２８］
前記相補性領域が少なくとも１７ヌクレオチド長である、項目２０に記載のＡＡＶベクター。
［項目２９］
前記相補性領域が１９～２１ヌクレオチド長である、項目２８に記載のＡＡＶベクター。
［項目３０］
前記相補性領域が１９ヌクレオチド長である、項目２９に記載のＡＡＶベクター。
［項目３１］
前記センス鎖配列及び前記アンチセンス鎖配列が、独立に、３０ヌクレオチド以下である、項目２０に記載のＡＡＶベクター。
［項目３２］
前記センス鎖配列及び前記アンチセンス鎖配列の少なくとも一方が少なくとも１ヌクレオチドの３’オーバハングを含む、項目２０に記載のＡＡＶベクター。
［項目３３］
前記センス鎖配列及び前記アンチセンス鎖配列の少なくとも一方が少なくとも２ヌクレオチドの３’オーバハングを含む、項目３２に記載のＡＡＶベクター。
［項目３４］
前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９（ｈｕ１４）、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、及びＡＡＶ－ＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）及びこれらのバリアントからなる群から選択されるカプシド血清型を含む、項目２０に記載のＡＡＶベクター。
［項目３５］
前記アンチセンス鎖がＨＴＴ発現を阻害又は抑制する、項目２０に記載のＡＡＶベクター。
［項目３６］
前記アンチセンス鎖及び前記センス鎖が二重機能ターゲティング調節性ポリヌクレオチドである、項目３５に記載のＡＡＶベクター。
［項目３７］
前記センス鎖がＨＴＴ発現を阻害又は抑制する、項目３６に記載のＡＡＶベクター。
［項目３８］
前記核酸配列が配列番号２７０～３６８からなる群から選択される、項目２０に記載のＡＡＶベクター。
［項目３９］
前記核酸配列が配列番号３４０である、項目３８に記載のＡＡＶベクター。
［項目４０］
前記核酸配列が配列番号２９８である、項目３８に記載のＡＡＶベクター。
［項目４１］
前記核酸配列が配列番号３４６である、項目３８に記載のＡＡＶベクター。
［項目４２］
前記核酸配列が配列番号３４９である、項目３８に記載のＡＡＶベクター。
［項目４３］
前記核酸配列が配列番号３６８である、項目３８に記載のＡＡＶベクター。
［項目４４］
前記核酸配列が配列番号３３６である、項目３８に記載のＡＡＶベクター。
［項目４５］
前記核酸配列が配列番号３３７である、項目３８に記載のＡＡＶベクター。
［項目４６］
細胞におけるＨＴＴ遺伝子の発現を阻害する方法であって、項目１～４５のいずれか一項に記載のＡＡＶベクターを含む組成物を前記細胞に投与することを含む方法。
［項目４７］
前記細胞が哺乳類細胞である、項目４６に記載の方法。
［項目４８］
前記哺乳類細胞が中型有棘ニューロンである、項目４７に記載の方法。
［項目４９］
前記哺乳類細胞が皮質ニューロンである、項目４７に記載の方法。
［項目５０］
前記哺乳類細胞がアストロサイトである、項目４７に記載の方法。
［項目５１］
前記組成物が１より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目５２］
前記組成物が２より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目５３］
前記組成物が５より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目５４］
前記組成物が１０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目５５］
前記組成物が２０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目５６］
前記組成物が５０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目５７］
前記組成物が少なくとも３：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目５８］
前記組成物が少なくとも５：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目５９］
前記組成物が少なくとも１０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目６０］
前記組成物が少なくとも２０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目６１］
前記組成物が少なくとも５０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目４６に記載の方法。
［項目６２］
治療を必要としている対象のハンチントン病（ＨＤ）を治療する方法であって、項目１～４５のいずれか一項に記載のＡＡＶベクターを含む組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法。
［項目６３］
ＨＴＴ発現が阻害又は抑制される、項目６２に記載の方法。
［項目６４］
ＨＴＴ発現が約３０％～約７０％阻害又は抑制される、項目６３に記載の方法。
［項目６５］
ＨＴＴ発現が約５０％～約９０％阻害又は抑制される、項目６３に記載の方法。
［項目６６］
前記組成物が１より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目６７］
前記組成物が２より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目６８］
前記組成物が５より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目６９］
前記組成物が１０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目７０］
前記組成物が２０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目７１］
前記組成物が５０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目７２］
前記組成物が少なくとも３：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目７３］
前記組成物が少なくとも５：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目７４］
前記組成物が少なくとも１０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目７５］
前記組成物が少なくとも２０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目７６］
前記組成物が少なくとも５０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目６２に記載の方法。
［項目７７］
細胞におけるＨＴＴ遺伝子の発現を阻害する方法であって、前記ＨＴＴ遺伝子は前記細胞の内部で機能獲得効果を引き起こすものであり、項目１～４５のいずれか一項に記載のＡＡＶベクターを含む組成物を前記細胞に投与することを含む方法。
［項目７８］
前記細胞が哺乳類細胞である、項目７７に記載の方法。
［項目７９］
前記哺乳類細胞が中型有棘ニューロンである、項目７８に記載の方法。
［項目８０］
前記哺乳類細胞が皮質ニューロンである、項目７７に記載の方法。
［項目８１］
前記哺乳類細胞がアストロサイトである、項目７７に記載の方法。
［項目８２］
前記組成物が１より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目８３］
前記組成物が２より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目８４］
前記組成物が５より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目８５］
前記組成物が１０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目８６］
前記組成物が２０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目８７］
前記組成物が５０より大きいアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目８８］
前記組成物が少なくとも３：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目８９］
前記組成物が少なくとも５：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目９０］
前記組成物が少なくとも１０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目９１］
前記組成物が少なくとも２０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目９２］
前記組成物が少なくとも５０：１のアンチセンス鎖対センス鎖比を含む、項目７７に記載の方法。
［項目９３］
対象の中枢神経系領域におけるＨＴＴ遺伝子の発現を阻害する方法であって、２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）間に位置する核酸配列を含む少なくとも１つのアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含む組成物を前記対象に投与することを含み、前記核酸配列がアンチセンス鎖とセンス鎖とを含み、前記アンチセンス鎖及び前記センス鎖が、発現すると前記対象のＨＴＴ発現を阻害又は抑制するｓｉＲＮＡ二重鎖を形成する、方法。
［項目９４］
前記領域が前脳である、項目９３に記載の方法。
［項目９５］
前記発現が前脳の被殻において低下する、項目９４に記載の方法。
［項目９６］
被殻におけるＨＴＴ発現が４０～７０％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目９７］
被殻におけるＨＴＴ発現が４０～６０％低下する、項目９６に記載の方法。
［項目９８］
被殻におけるＨＴＴ発現が５０～７０％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目９９］
被殻におけるＨＴＴ発現が５０～６０％低下する、項目９８に記載の方法。
［項目１００］
被殻におけるＨＴＴ発現が５０％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０１］
被殻におけるＨＴＴ発現が５１％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０２］
被殻におけるＨＴＴ発現が５２％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０３］
被殻におけるＨＴＴ発現が５３％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０４］
被殻におけるＨＴＴ発現が５４％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０５］
被殻におけるＨＴＴ発現が５５％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０６］
被殻におけるＨＴＴ発現が５６％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０７］
被殻におけるＨＴＴ発現が５７％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０８］
被殻におけるＨＴＴ発現が５８％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１０９］
被殻におけるＨＴＴ発現が５９％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１１０］
被殻におけるＨＴＴ発現が６０％低下する、項目９５に記載の方法。
［項目１１１］
治療を必要としている対象のハンチントン病（ＨＤ）を治療する方法であって、前記方法が、対象の中枢神経系領域におけるＨＴＴ遺伝子の発現を阻害し、２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）間に位置する核酸配列を含む少なくとも１つのアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含む組成物を前記対象に投与することを含み、前記核酸配列がアンチセンス鎖とセンス鎖とを含み、前記アンチセンス鎖及び前記センス鎖が、発現すると前記対象のＨＴＴ発現を阻害又は抑制するｓｉＲＮＡ二重鎖を形成する、方法。
［項目１１２］
前記領域が前脳である、項目１１１に記載の方法。
［項目１１３］
前記発現が前脳の被殻において低下する、項目１１２に記載の方法。
［項目１１４］
被殻におけるＨＴＴ発現が４０～７０％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１１５］
被殻におけるＨＴＴ発現が４０～６０％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１１６］
被殻におけるＨＴＴ発現が５０～７０％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１１７］
被殻におけるＨＴＴ発現が５０～６０％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１１８］
被殻におけるＨＴＴ発現が５０％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１１９］
被殻におけるＨＴＴ発現が５１％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２０］
被殻におけるＨＴＴ発現が５２％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２１］
被殻におけるＨＴＴ発現が５３％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２２］
被殻におけるＨＴＴ発現が５４％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２３］
被殻におけるＨＴＴ発現が５５％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２４］
被殻におけるＨＴＴ発現が５６％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２５］
被殻におけるＨＴＴ発現が５７％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２６］
被殻におけるＨＴＴ発現が５８％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２７］
被殻におけるＨＴＴ発現が５９％低下する、項目１１３に記載の方法。
［項目１２８］
被殻におけるＨＴＴ発現が６０％低下する、項目１１３に記載の方法。

Claims (40)

  1. ｓｉＲＮＡ二重鎖を含む、ハンチンチン（ＨＴＴ）遺伝子の発現を減少させるための調節性ポリヌクレオチドであって、
    前記ｓｉＲＮＡ二重鎖がセンス鎖配列及びアンチセンス鎖配列を含んでおり、
    前記センス鎖配列が、配列番号１６８又は１７１のヌクレオチド配列を含み、
    前記アンチセンス鎖配列が、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、
    前記調節性ポリヌクレオチドが、
    （ｉ）配列番号２５２のヌクレオチド配列を含む第１フランキング領域、配列番号２６１のヌクレオチド配列を含むループ配列、及び配列番号２６５のヌクレオチド配列を含む第２フランキング領域；又は、
    （ｉｉ）配列番号２５６のヌクレオチド配列を含む第１フランキング領域、配列番号２６４のヌクレオチド配列を含むループ配列、及び配列番号２６９のヌクレオチド配列を含む第２フランキング領域、
    を含む、調節性ポリヌクレオチド。
  2. 配列番号１６８のセンス鎖配列と配列番号７のアンチセンス鎖配列とを含む、請求項１に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  3. 配列番号１７１のセンス鎖配列と配列番号７のアンチセンス鎖配列とを含む、請求項１に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  4. 前記センス鎖配列及び前記アンチセンス鎖配列が、それぞれ、少なくとも２１、２２、又は２３ヌクレオチド長である、請求項１～３のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  5. 前記センス鎖配列及び／又はアンチセンス鎖配列が、少なくとも１又は２ヌクレオチドの３’オーバハングを含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  6. 前記アンチセンス鎖配列が、標的ｍＲＮＡ配列に対して少なくとも１つのミスマッチを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  7. 前記センス鎖配列および前記アンチセンス鎖配列が、少なくとも１７ヌクレオチドの相補性領域を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  8. 前記第１フランキング領域が、配列番号２５２のヌクレオチド配列を含み；前記ループ配列が、配列番号２６１のヌクレオチド配列を含み；かつ前記第２フランキング領域が、配列番号２６５のヌクレオチド配列を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  9. 前記第１フランキング領域が、配列番号２５６のヌクレオチド配列を含み；前記ループ配列が、配列番号２６４のヌクレオチド配列を含み；かつ前記第２フランキング領域が、配列番号２６９のヌクレオチド配列を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  10. 前記調節性ポリヌクレオチドが、配列番号１６８のセンス鎖配列と配列番号７のアンチセンス鎖配列とを含み、
    （ｉ）前記第１フランキング領域が、配列番号２５２のヌクレオチド配列を含み；
    （ｉｉ）前記ループ配列が、配列番号２６１のヌクレオチド配列を含み；かつ
    （ｉｉｉ）前記第２フランキング領域が、配列番号２６５のヌクレオチド配列を含む、請求項１，２，及び４～８のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  11. 前記調節性ポリヌクレオチドが、配列番号１７１のセンス鎖配列と配列番号７のアンチセンス鎖配列とを含み、
    （ｉ）前記第１フランキング領域が、配列番号２５６のヌクレオチド配列を含み；
    （ｉｉ）前記ループ配列が、配列番号２６４のヌクレオチド配列を含み；かつ
    （ｉｉｉ）前記第２フランキング領域が、配列番号２６９のヌクレオチド配列を含む、請求項１，３～７，及び９のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  12. 配列番号３４９又は３６８のヌクレオチド配列を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  13. 配列番号３４９の配列を含む、ＨＴＴ遺伝子の発現を減少させるための調節性ポリヌクレオチド。
  14. 配列番号３６８の配列を含む、ＨＴＴ遺伝子の発現を減少させるための調節性ポリヌクレオチド。
  15. 配列番号３４９又は３６８の配列からなる、ＨＴＴ遺伝子の発現を減少させるための調節性ポリヌクレオチド。
  16. ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡである、請求項１～１５のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド。
  17. ２つの末端逆位配列（ＩＴＲ）間に位置する核酸配列を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスゲノムであって、前記核酸配列が、請求項１～１６のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチドをコードする、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスゲノム。
  18. （ｉ）前記調節性ポリヌクレオチドをコードする前記核酸配列に作動可能に連結されたプロモータ；
    （ｉｉ）エンハンサー；
    （ｉｉｉ）イントロン領域；及び／又は
    （ｉｖ）ポリＡシグナル領域、
    をさらに含む、請求項１７に記載のＡＡＶウイルスゲノム。
  19. （ｉ）前記プロモータがＣＢＡプロモータ、ＣＭＶプロモータ、ＰＧＫプロモータ、Ｈ１プロモータ、ＵＢＣプロモータ、ＧＵＳＢプロモータ、ＮＳＥプロモータ、シナプシンプロモータ、ＭｅＣＰ２プロモータ、又はＧＦＡＰプロモータ、を含み；
    （ｉｉ）前記エンハンサーがＣＭＶエンハンサーを含み；及び／又は
    （ｉｉｉ）前記イントロンがＳＶ４０イントロンを含む、請求項１８に記載のＡＡＶウイルスゲノム。
  20. 請求項１７～１９のいずれか一項に記載のＡＡＶウイルスゲノムと、ＡＡＶカプシドとを含む、組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子。
  21. 前記ＡＡＶカプシドがＡＡＶ１カプシドもしくはそのバリアント、ＡＡＶ５カプシドもしくはそのバリアント、またはＡＡＶ９もしくはそのバリアントである、請求項２０に記載のｒＡＡＶ粒子。
  22. 請求項１～１６のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド、又は請求項１７～１９のいずれか一項に記載のＡＡＶウイルスゲノムを含む、ベクター。
  23. 請求項１～１６のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド、請求項１７～１９のいずれか一項に記載のＡＡＶウイルスゲノム、又は請求項２０もしくは２１に記載のｒＡＡＶ粒子を含む、細胞。
  24. 哺乳類細胞、中型有棘ニューロン、皮質ニューロン、又はアストロサイトである、請求項２３に記載の細胞。
  25. 請求項１～１６のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド、請求項１７～１９のいずれか一項に記載のＡＡＶウイルスゲノム、又は請求項２０もしくは２１に記載のｒＡＡＶ粒子と、薬学的に許容可能な賦形剤とを含む、医薬組成物。
  26. 対象の神経変性疾患の治療に使用するための組成物であって、請求項１～１６のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド、請求項１７～１９のいずれか一項に記載のＡＡＶウイルスゲノム、請求項２０もしくは２１に記載のｒＡＡＶ粒子、又は請求項２５に記載の医薬組成物を含む、組成物。
  27. 細胞におけるＨＴＴ遺伝子の発現の阻害に使用するための組成物であって、請求項１～１６のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド、請求項１７～１９のいずれか一項に記載のＡＡＶウイルスゲノム、請求項２０もしくは２１に記載のｒＡＡＶ粒子、又は請求項２５に記載の医薬組成物を含む、組成物。
  28. （ｉ）前記細胞が、哺乳類細胞、中型有棘ニューロン、皮質ニューロン、又はアストロサイトである；及び／又は
    （ｉｉ）前記細胞が、対象内にある、請求項２７に記載の組成物。
  29. 前記対象が、ハンチントン病（ＨＤ）を有する、請求項２８に記載の組成物。
  30. ＨＴＴ ｍＲＮＡの発現が、少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％又は８０％阻害される、請求項２７～２９のいずれか一項に記載の組成物。
  31. 対象のハンチントン病（ＨＤ）の治療に使用するための組成物であって、請求項１～１６のいずれか一項に記載の調節性ポリヌクレオチド、請求項１７～１９のいずれか一項に記載のＡＡＶウイルスゲノム、請求項２０もしくは２１に記載のｒＡＡＶ粒子、又は請求項２５に記載の医薬組成物を含む、組成物。
  32. ＨＴＴ遺伝子、ｍＲＮＡ、及び／又はタンパク質の発現が、中枢神経系（ＣＮＳ）の細胞又はＣＮＳの領域において阻害される、請求項２６又は３１に記載の組成物。
  33. （ｉ）前記ＣＮＳの細胞が、ニューロン、中型有棘ニューロン、アストロサイト、又はこれらの組合せを含む；
    （ｉｉ）前記ＣＮＳの領域が、前脳領域、中脳領域、被殻領域、線条体領域、皮質領域、運動皮質領域、体性感覚皮質領域、側頭皮質領域、又はこれらの組合せである；又は
    （ｉｉｉ）前記ＣＮＳの領域が、被殻領域である、請求項３２に記載の組成物。
  34. 前記ＨＴＴ遺伝子が、野生型のＨＴＴ遺伝子、ｍＲＮＡ、及び／又はタンパク質；少なくとも１つの突然変異を含むＨＴＴ遺伝子、ｍＲＮＡ、及び／又はタンパク質；ＣＡＧリピートを含むＨＴＴ遺伝子；又は、これらの組合せを含む、請求項２７又は３２に記載の組成物。
  35. ＣＡＧリピートを含む前記ＨＴＴ遺伝子が、３６～４０回のＣＡＧリピートを含むＣＡＧ伸長ＨＴＴである、請求項３４に記載の組成物。
  36. 前記ＨＤが、
    （ｉ）若年性型ＨＤ；
    （ｉｉ）初期段階ＨＤ；
    （ｉｉｉ）後期段階ＨＤ；
    （ｉｖ）前記ＨＴＴ遺伝子が４１回以上のＣＡＧリピートを含む完全浸透ＨＤ；
    （ｖ）前記ＨＴＴ遺伝子が３６～４０回のＣＡＧリピートを含む不完全浸透ＨＤ；又は
    （ｖｉ）無症候ＨＤである、請求項２９又は３１に記載の組成物。
  37. 前記使用が、前記対象におけるＨＤの症状の改善を含み、
    前記症状が、無関心又は自発性の欠如、不機嫌、易怒、激越又は不安、自己管理不足、判断力低下、強情、脱抑制、抑欝、自殺念慮、多幸症、攻撃性、妄想、強迫、性欲亢進、幻覚、ジストニア、発話能力低下、不明瞭発語、嚥下困難、体重減少、動作緩慢、協調運動障害、認知機能障害、不安定歩行及び不随意運動、又はＣＮＳ変性に起因する特徴を含む、請求項３１～３６のいずれか一項に記載の組成物。
  38. 前記組成物が、
    （ｉ）被殻、視床、又はこれらの両方に；
    （ｉｉ）被殻内投与、視床内投与、又はこれらの両方を介して；
    （ｉｉｉ）実質内注射を介して、及び／又は
    （ｉｖ）静脈内投与を介して、
    投与される、請求項２６及び３１～３７のいずれか一項に記載の組成物。
  39. 前記組成物が、ＨＤの治療又は予防に好適な追加の治療剤と併用して前記対象に投与されるものであり、
    前記追加の治療剤が、神経保護剤、ドーパミン枯渇剤、テトラベナジン、ベンゾジアゼピン、クロナゼパム、抗痙攣薬、バルプロ酸ナトリウム、レベチラセタム、レボドパ、骨格筋弛緩薬、バクロフェン、チザニジン、神経筋接合部におけるアセチルコリン放出に対する阻害薬、ボツリヌス毒素、非定型神経遮断薬、オランザピン、クエチアピン、リスペリドン、スルピリド、ハロペリドール、クロザピン、アリピプラゾール、クレアチン、選択的セロトニン再取り込み阻害薬（ＳＳＲＩ）、シタロプラム、フルオキセチン、パロキセチン、セルトラリン、ミルタザピン、ベンラファキシン、ゾピクロン（ｘｏｐｉｃｌｏｎｅ）、ゾルピデム、気分安定剤、リチウム、ＩＧＦ－Ｉ、ＧＤＮＦ、ＢＤＮＦ、ＣＴＮＦ、ＶＥＧＦ、コリベリン、キサリプロデン、甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン、ＡＤＮＦ、又はこれらの組合せを含む、請求項２６，２９，及び３１～３６のいずれか一項に記載の組成物。
  40. 請求項２０又は２１に記載のｒＡＡＶ粒子の作製方法であって、
    （ｉ）前記ＡＡＶウイルスゲノムと、前記カプシドタンパク質をコードする核酸とを含む細胞を提供すること；及び
    （ｉｉ）前記細胞由来のｒＡＡＶ粒子を精製すること、
    を含み、これにより、前記ｒＡＡＶ粒子を作製する、方法。
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