JP2022513198A - Ｆｃ含有タンパク質への部位特異的コンジュゲーションのための光架橋性ペプチド - Google Patents

Ｆｃ含有タンパク質への部位特異的コンジュゲーションのための光架橋性ペプチド Download PDF

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Abstract

抗体－薬物コンジュゲートの合成、並びにそのようなコンジュゲートを製造及び使用する方法に有用な光架橋性部分を有するペプチドが本明細書において提供される。【選択図】図１

Description

（関連出願の相互参照）
本出願は、あらゆる目的のために参照により全体が本明細書に組み込まれている、２０１８年１２月１０日に出願された米国特許仮出願第６２／７７７，３７５号の利益を主張するものである。
（配列表）
この通常の特許出願は、２０１９年１１月２２日に作成された、１４，７８４キロバイトのサイズを有するＰ３４２９７－ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔというタイトルのテキストファイルとしてこの出願とともに提出された配列表を参照により組み込んでいる。
本発明は、治療用途のための抗体－薬物コンジュゲートを調製する方法に関する。
抗体－薬物コンジュゲートは、新たに出現した部類の標的化プロドラッグ治療薬であり、がんを含む過剰増殖性疾患及び他の適応症に対するインビボ活性及び臨床活性が実証されている。（Ｌａｍｂｅｒｔ，Ｊ．Ｍ．；Ｂｅｒｋｅｎｂｌｉｔ，Ａ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ－Ｄｒｕｇ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ．Ａｎｎｕａｌ ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ２０１８，６９，１９１－２０７：Ｌｅｈａｒ，Ｓ．Ｍ．；ｅｔ ａｌ．，Ｎｏｖｅｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｅｌｉｍｉｎａｔｅｓ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ Ｓ．ａｕｒｅｕｓ．Ｎａｔｕｒｅ ２０１５，５２７，３２３－３２８：ａｒｔｉｎ，Ｃ．；Ｋｉｚｌｉｋ－Ｍａｓｓｏｎ，Ｃ．；Ｐeｌｅｇｒｉｎ，Ａ．；Ｗａｔｉｅｒ，Ｈ．；Ｖｉａｕｄ－Ｍａｓｓｕａｒｄ，Ｍ．－Ｃ．；Ｊｏｕｂｅｒｔ，Ｎ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ：Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｆｏｒ ｔｈｅｒａｐｙ ａｎｄ ｉｍａｇｉｎｇ ｉｎ ａｎｄ ｂｅｙｏｎｄ ｃａｎｃｅｒ，ＬａｂＥｘ ＭＡｂＩｍｐｒｏｖｅ ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ ｗｏｒｋｓｈｏｐ，Ｊｕｌｙ ２７－２８，２０１７，Ｔｏｕｒｓ，Ｆｒａｎｃｅ．ｍＡｂｓ ２０１８，０（０），１－１２）。ブレンツキシマブ ベドチン（ＡＤＣＥＴＲＩＳ（登録商標），Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）及びａｄｏ－トラスツズマブ エムタンシン（ＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標），Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）の承認により、特定の作用部位への薬学的活性薬物又は毒素分子の標的化送達を提供する抗体薬物コンジュゲート（ａｎｔｉｂｏｄｙ ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅ、ＡＤＣ）の治療可能性が確認され、更なる研究開発がなされている。ＡＤＣは、抗体、（「薬物部分」又は「ペイロード」と称される場合が多い）薬学的活性小分子薬物又は毒素、及びこれらの２つを連接するための任意選択的なリンカーから概ね構成される。したがって、このタンパク質構築物は、特定の細胞型、典型的には、がん細胞上の抗原を標的化するように選択されるか又は操作される、小分子で効力の高い薬物を大分子抗体に結合させる。それ故に、ＡＤＣは、モノクローナル抗体の強力な標的能力を用いて、効力の高い複合体化小分子療法薬をがん細胞に特異的に送達する。（Ｐｏｌａｋｉｓ Ｐ．（２００５）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ５：３８２－３８７）。
所与の標的抗原に対する抗体－薬物コンジュゲートの開発を成功させるためには、抗体の選択、リンカーの安定性、細胞毒性薬の効力、並びに抗体へのリンカー－薬物コンジュゲーションの結合部位及び結合方法の最適化が必要である。（Ｂｅｃｋ，Ａ．；Ｇｏｅｔｓｃｈ，Ｌ．；Ｄｕｍｏｎｔｅｔ，Ｃ．；Ｃｏｒｖａｉａ，Ｎ．，Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ａｎｄ ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ-ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ ｒｅｖｉｅｗｓ．Ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ２０１７，１６（５），３１５－３３７）。より具体的には、選択的な抗体－薬物コンジュゲートは、以下：（ｉ）抗体が標的抗原に対する十分な特異性を保持し、薬物有効性が維持される抗体－薬物コンジュゲート形成方法、（ｉｉ）血液中の薬物放出及び非標的化細胞への付随する損傷を制限するのに十分な抗体－薬物コンジュゲートの安定性、（ｉｉｉ）治療に効果的な細胞内の抗体－薬物コンジュゲート濃度を達成するのに十分な細胞膜の輸送効率（エンドサイトーシス）、（ｉｖ）治療薬物濃度を達成するのに十分な抗体－薬物コンジュゲートからの十分な細胞内薬物放出、並びに（ｖ）ナノモル量又はナノモル未満の量の薬物細胞傷害性のうちの少なくとも１つ又は複数を特徴とする。
抗体上の特定のアミノ酸における薬物部分（「ペイロード」）による抗体の修飾は、効果的なＡＤＣの設計における一つの目標である。ペイロードのコンジュゲーションは、野生型（非変異）抗体に存在するさまざまな内因性アミノ酸（例えば、リシン又はシステイン）に対して、これらの残基を非特異的に標的とする化学的性質（例えば、ＮＨＳ又は他の活性化エステル、マレイイミドなど）を使用して行われる場合が多い。このようなコンジュゲーションにより、生成物の不均一な混合物が生成され、これは、ＡＤＣの純度、安定性、薬物動態、及び全体的なインビボでの性能を評価及びモニタするために必要な分析方法を複雑化させている。対照的に、抗体の特定の残基へのペイロードの部位特異的結合を可能にするコンジュゲーション手法は、分析がより簡単であることに加えて、不均一なＡＤＣと比較して改善された安全性、安定性及び薬物動態を示すことができるより均一な生成物の生成を可能にする（Ｊｕｎｕｔｕｌａ，Ｊ．Ｒ．（２００８）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２６（８）：９２５－９３２）。
抗体への部位特異的コンジュゲーションには、抗体に、他のすべてのアミノ酸の中でも、ペイロード上の化学的官能性と独自に反応することができるアミノ酸残基が存在する必要がある。このようなＡＤＣが、有意なインビボでの有効性を有するためには、結合は、（１）抗原結合を妨害せず、（２）循環血液中で安定し、（３）ＡＤＣが標的細胞又は組織に内在化され、分解されたときにペイロードの放出を可能にする必要がある。抗体の場所特異的誘導体化の方法が報告されているが、ほとんどの場合、均一なＡＤＣを生成するために薬物ペイロードで独自に官能化できる１つ又は複数の残基を導入するための抗体配列の組換え操作が必要ある（Ａｇａｒｗａｌ，Ｐ．；Ｂｅｒｔｏｚｚｉ，Ｃ．Ｒ．，Ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ：ｔｈｅ ｎｅｘｕｓ ｏｆ ｂｉｏｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， ａｎｄ ｄｒｕｇ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ ２０１５，２６（２），１７６－９２）。部位特異的修飾に組換え操作が必要とされないいくつかの報告されたケースでは、内因性グリカンの化学的修飾若しくは酵素的修飾又は抗体の鎖間ジスルフィド結合の破壊が必要である（例えば、Ｌｅｅ，Ｍ．Ｔ．Ｗ．；Ｍａｒｕａｎｉ，Ａ．；Ｒｉｃｈａｒｄｓ，Ｄ．Ａ．；Ｂａｋｅｒ，Ｊ．Ｒ．；Ｃａｄｄｉｃｋ，Ｓ．；Ｃｈｕｄａｓａｍａ，Ｖ．，Ｅｎａｂｌｉｎｇ ｔｈｅ ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｗｉｔｈ ａ ｌｏａｄｉｎｇ ｏｆ ｔｗｏ ｍｏｄｕｌｅｓ ｗｉｔｈｏｕｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．Ｃｈｅｍ Ｓｃｉ ２０１７，８（３），２０５６－２０６０；ｖａｎ Ｇｅｅｌ，Ｒ．；Ｗｉｊｄｅｖｅｎ，Ｍ．Ａ．；Ｈｅｅｓｂｅｅｎ，Ｒ．；Ｖｅｒｋａｄｅ，Ｊ．Ｍ．；Ｗａｓｉｅｌ，Ａ．Ａ．；ｖａｎ Ｂｅｒｋｅｌ，Ｓ．Ｓ．；ｖａｎ Ｄｅｌｆｔ，Ｆ．Ｌ．，Ｃｈｅｍｏｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ｏｆ Ｔｏｘｉｃ Ｐａｙｌｏａｄｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｇｌｏｂａｌｌｙ Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ Ｎ－Ｇｌｙｃａｎ ｏｆ Ｎａｔｉｖｅ ｍＡｂｓ Ｐｒｏｖｉｄｅｓ Ｈｏｍｏｇｅｎｅｏｕｓ ａｎｄ Ｈｉｇｈｌｙ Ｅｆｆｉｃａｃｉｏｕｓ Ａｎｔｉｂｏｄｙ－Ｄｒｕｇ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ ２０１５，２６（１１），２２３３－４２）。これらの方法は、コンジュゲーションプロセスに１つ又は複数の工程を導入することによってコンジュゲーションプロセスを複雑にし、最終的なＡＤＣの生物活性にも悪影響を与える場合がある。
抗体の操作又は修飾を必要としない野生型抗体から抗体－薬物コンジュゲートを調製する直接的な方法が必要とされている。
当該技術分野におけるこれらの問題及び他の問題に対する解決策が本明細書で提供される。
一実施形態において、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むペプチドを含むＢＰＡペプチド組成物である。
別の実施形態において、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、又は配列番号１９、配列番号２０を含むペプチドを含むＰｈＬペプチド組成物である。
別の実施形態において、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、又は配列番号２９を含むペプチドを含むＴｄｆペプチド組成物である。
更に別の実施形態において、本明細書に記載された抗体と、抗体のＦｃ部分において共有結合した、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドと、を含む、抗体－薬物コンジュゲートである。
別の実施形態において、有効量の本明細書に記載された抗体－薬物コンジュゲートをかかる患者に投与することによって、肺がん、膀胱がん、腎細胞がん（ｒｅｎａｌ ｃｅｌｌ ｃａｎｃｅｒ、ＲＣＣ）、黒色腫、又は乳がんを治療する方法である。
別の実施形態において、乳がんを治療する方法であって、方法が、有効量の本明細書に記載された抗体－薬物コンジュゲートをかかる乳がんを有する患者に投与することを含む、方法である。
別の実施形態において、肺がんを治療する方法であって、方法が、有効量の本明細書に記載された抗体－薬物コンジュゲートをかかる肺がんを有する患者に投与することを含む、方法である。
別の実施形態において、膀胱がんを治療する方法であって、方法が、有効量の本明細書に記載された抗体－薬物コンジュゲートをかかる膀胱がんを有する患者に投与することを含む、方法である。
別の実施形態において、腎臓がんを治療する方法であって、方法が、有効量の本明細書に記載された抗体－薬物コンジュゲートをかかる腎臓がんを有する患者に投与することを含む、方法である。
更に別の実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣを含む組成物を患者に投与し、当該ＡＤＣに結合した標識の量及び場所を検出することによって、腫瘍に関して患者を撮像する方法である。
本明細書で提供される別の実施形態において、本明細書に記載された抗体－薬物コンジュゲート組成物と、薬学的に許容される賦形剤と、を含む、医薬組成物である。
一実施形態において、（ｉ）光架橋条件下で本明細書に記載されたＢＰＡペプチドと抗体を反応させることと、（ｉｉ）ＢＰＡペプチドの末端の保護基を任意選択的に除去することと、（ｉｉｉ）リンカーを更に含む本明細書に記載されるような薬物（Ｄ）と抗体コンジュゲートを反応させて、式（Ｉ）を有する抗体－薬物コンジュゲート組成物を形成することであって、リンカーが、本明細書に記載されるような式（ＩＶ）を含む、形成することと、によって本明細書に記載された抗体－薬物コンジュゲート組成物を調製する方法である。
別の実施形態において、光架橋条件下で、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドと本明細書に記載された抗体を反応させることによって、本明細書に記載されるような抗体－薬物コンジュゲート組成物を調製する方法であり、ＢＰＡペプチドが、本明細書に記載されるような式（ＩＶ）を含むリンカーを介して本明細書に記載されるような薬物部分（Ｄ）に共有結合されることによって、ＡＤＣを形成する。
ヒトＦｃドメインに結合したＦｃ－ＩＩＩペプチドの以前に報告された結晶構造（ＰＤＢ：１ＤＮ２）を示す図である。 本明細書に記載されたＢＰＡ７のＴＭａｂへのフォトコンジュゲーションを示すチャートである。 本明細書に記載されたＢＰＡ７のＴＭａｂへのフォトコンジュゲーションを示すチャートである。コンジュゲートされた抗体サンプルをＩｄｅＳで処理して、Ｆｃ／２フラグメント（図２Ａ）及びＦａｂ’２フラグメント（図２Ｂ）を生成した。最適化にわたって、（非照射ＴＭａｂのピークの半値幅に正規化された）ＤＡＲ及びＦａｂ’２のピークの半値幅をモニタした。最上行は、非照射ＴＭａｂに関するＦｃ／２及びＦａｂ’２を示す。行Ａ～行Ｅは、以下のような、様々な条件下での、４８μＭ（７．２ｍｇ／ｍＬ）のＴＭａｂへのＢＰＡ７のフォトコンジュゲーション後のこれらのフラグメントを示す。行Ａは、室温で、４時間、２６７μＭのＢＰＡ７、ＰＢＳによる処理を示し、行Ｂは、氷上で、４時間、２６７μＭのＢＰＡ７、ＰＢＳによる処理を示し、行Ｃは、氷上で、４時間、２６７μＭのＢＰＡ７、ヒスチジン－酢酸塩（ｐＨ５．５）による処理を示し、行Ｄは、氷上で、４時間、２６７μＭのＢＰＡ７、ＰＢＳ、２６７μＭの５－ヒドロキシインドールによる処理を示し、行Ｅは、氷上で、６時間、４８０μＭのＢＰＡ７、ヒスチジン－酢酸塩（ｐＨ５．５）、２６７μＭの５－ヒドロキシインドールによる処理を示す。 ＢｐａペプチドのＴＭａｂへの結合及びコンジュゲーションの表面プラズモン共鳴分析を示すグラフである。図３Ａは、Ｆｃ－ＩＩＩの結合に関する完全ＳＰＲセンサグラムを示す。図３Ｂは、ＢＰＡ７の結合に関する完全ＳＰＲセンサグラムを示す。未加工データは黒で示され、曲線は１部位結合モデルに適合している。図３Ｃは、会合（ｋａ）速度及び解離（ｋｄ）速度、平衡結合解離定数（ＫＤ）、及びＤＡＲを含む、すべてのペプチドＢＰＡ１～ＢＰＡ１０のセンサグラムの曲線の当てはめからの微視的速度定数を示す。 図４Ａは、ヒトＩｇＧ１（ＰＤＢ ＩＤ：６Ｎ９Ｔ）のＦｃ領域にコンジュゲートしたＢＰＡ７の２．６Å分解能における結晶構造を示す。Ｐｏｌｄｅｒ Ｆｏ－Ｆｃ省略図（灰色のメッシュ）は、Ｍｅｔ－２５２及び鎖Ａの非天然Ｂｐａ残基の５Å以内の４．０σｒ．ｍ．ｓで輪郭が描かれている。図４Ｂは、スティックで示されるＦｃ結合Ｆｃ－ＩＩＩペプチド（緑、１ＤＮ２）及びＢＰＡ７（シアン、６Ｎ９Ｔ）の、以前に報告された構造の重ね合わせ図である。ペプチドの結合ポーズは、Ｖａｌ－１０→Ｂｐａ置換（ＲＭＳＤ＜０．３Å）にもかかわらず十分に維持されている。図４Ｃは、Ｂｐａ残基の末端芳香環を収容するために必要なＦｃにおけるＭｅｔ－４２８の動きを強調している（矢印）ＢＰＡ７／Ｆｃ及びＦｃ－ＩＩＩ／Ｆｃ複合体の重ね合わせ図である。 光架橋性ペプチドを使用した部位特異的ＡＤＣの生成を示す図である。図５Ａは、アセチル化によって保護されたチオールを有するＳＡＴＡ－ＢＰＡ７架橋剤（上）及びＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７架橋剤（下）にコンジュゲートされたＴｍａｂを生成するための合成スキームを示す。図５Ｂは、開始ＴＭａｂ抗体、中間体Ｉ、中間体ＩＩ、及び最終的なＴＭａｂ－ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－７ａ－ＭＭＡＥ ＡＤＣの（ＩｄｅＳによって生成された）Ｆｃ／２フラグメントの質量スペクトルを示す。挿入されたグラフは、中間体ＩからＳ－アセチル基（－４２Ｄａ）を効率的に除去して、中間体ＩＩを与えることを示している。図５Ｃは、示されたパーセンテージのモノマーを有するＴｍａｂ／ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－７ａ／ＭＭＡＥコンジュゲートのサイズ排除クロマトグラムである。 ２つの細胞株に対するＴＭａｂ／ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７／ＭＭＡＥフォトコンジュゲート（赤）及び標準的なＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体－薬物コンジュゲートの細胞毒性を示すグラフであり、図６Ａは、Ｓｋ－ＢＲ－３を示し、図６Ｂは、高レベルのＨｅｒ２を発現するＫＰＬ－４を示す。Ｓｋ－ＢＲ－３細胞におけるＩＣ５０値は、フォトコンジュゲート及びＴＤＣについて、それぞれ１．７ｎｇ／ｍＬ、２．０ｎｇ／ｍＬであった。ＫＰＬ－４細胞におけるＩＣ５０値は、フォトコンジュゲート及びＴＤＣについて、それぞれ２．０ｎｇ／ｍＬ、２．３ｎｇ／ｍＬであった。 親和性捕捉ＬＣ－ＭＳによってモニタされたような、示された様々な種からの血漿中のＴＭａｂ／ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７／ＭＭＡＥコンジュゲートの安定性を示すチャートである。 ＴｍａｂへのＦｃＲｎの結合が、増加する量のＦｃ－ＩＩＩの存在によって阻害されていることを示すグラフである。様々なペプチド濃度を、ｐＨ６．０の緩衝液において１μＭのＦｃＲｎと混合し、捕捉されたＴｍａｂとともにセンサーチップに注入した。実験ごとに、系は６分以内に定常状態に達し、反応（共鳴単位（ｒｅｓｏｎａｎｃｅ ｕｎｉｔ、ＲＵ））が測定された。用量反応曲線は、非線形当てはめによって測定されて、７５±７ｎＭのＩＣ５０を算出した（点線は０ＭのＦｃ－ＩＩＩ濃度に対する外挿補間である）。 ヒト（ｈｕ）、ウサギ（ｏｃ）、マウス（ｍｕ）及びラット（ｒｎ）由来のＩｇＧの構造ベースの配列アラインメントを示す表である。厳密に保存された残基は赤で着色される一方、半保存された残基は黄色で着色されている。アミノ酸の付番及び二次構造要素はｈｕＩｇＧ１に由来し、Ｍｅｔ２５２は赤い星でマークされている。配列アラインメントはＣｈｉｍｅｒａ（ｖ．１．１２）によって行われた。 以下の光架橋条件を使用して、ペプチド１ａ～９ａ及び１０として同定された本明細書に記載されたＢｐａペプチド（ＢＰＡ１～ＢＰＡ１０）、ペプチド１ｂ～９ｂとして同定された本明細書に記載されたＰｈｏｔｏ－Ｌｅｕペプチド（ＰｈＬ１～ＰｈＬ９）、ペプチド１ｃ～９ｃにおいて同定された本明細書に記載されたＴｄｆペプチド（Ｔｄｆ１～Ｔｄｆ９）の、トラスツズマブに対する光架橋効率の比較を示す表である。光架橋条件：氷上で４時間のＵＶ処理、ｈｉｓ－酢酸塩緩衝液（ｐＨ＝５．５）において４８：４８０μＭのトラスツズマブ：ペプチドの最終濃度。コンジュゲーション効率はＤＡＲとして報告される。 ＨＰＬＣ精製ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７のＬＣ－ＭＳデータを示すチャートである。図１１Ａは、全イオンクロマトグラム（上）及び２８０ｎｍでのＵＶ信号（下）を示すクロマトグラムを示す。図１１Ｂは、所望の生成物に対応する一価（Ｍ＋１）イオン及び二価（Ｍ＋２）イオンを示す主要ピークに対応する質量スペクトルを示す。 トラスツズマブ（４８μＭ）を含むＢＰＡ７の１２０～９６０μＭ（２．５～２０倍モル過剰）の範囲のＢＰＡ７の様々な濃度でのＵＶ暴露（時間）の関数としてプロットされたＤＡＲを示すグラフである。反応は、２６７μＭの５－ヒドロキシインドールの存在下で、２０ｍＭのヒスチジン－酢酸塩（ｐＨ５．５）において実施された。 図１３Ａは、Ｂｐａ置換ペプチドごとのＳＰＲ対溶媒接触表面積（ｓｏｌｖｅｎｔ ａｃｃｅｓｓｉｂｌｅ ｓｕｒｆａｃｅ ａｒｅａ、ＳＡＳＡ）の比較によって測定された解離定数（Ｋｄ）のプロットである（１ａ～９ａ及び１０はそれぞれＢＰＡ１～ＢＰＡ９及びＢＰＡ１０に対応する）。残基ごとのＳＡＳＡは、ＰＤＢ ＩＤ：１ＤＮ２を使用するＰｙｍｏｌ（１．８．６．２）を使用して算出された。図１３Ｂは、Ｂｐａシリーズの各ペプチド及び二重環状ペプチド１０についてのＫｄ対ＤＡＲのプロットを示す。 ＢＰＡ７にコンジュゲートしたＴｍａｂ及び対照（非コンジュゲート）Ｔｍａｂについて、Ｍｅｔ－２５２（ＤＴＬＭＩＳＲ）及びＭｅｔ－４２８（ＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫ、配列番号３０）を包囲するトリプシンペプチドの抽出イオンクロマトグラムである。Ｍｅｔ－２５２ペプチドのピークの強度は、Ｍｅｔ－４２８ペプチドのピークの強度に比べて大幅に減少している。 図１５Ａは、指示された時点に関する３７℃における遊離メチオニンの非存在下又は存在下で、抗体単独のインキュベーション又は５％ＡＡＰＨ（ｗ／ｖ）を伴うインキュベーション後のトラスツズマブに対するＢＰＡ７のフォトコンジュゲーションを示す。括弧内の値は、ＬＣ／ＭＳ－ＭＳ分析によって決定されるような、酸化状態で存在するＭｅｔ－２５２を含むトリプシンペプチドの％を示す。 フォトコンジュゲートされたトラスツズマブのＳＥＣ分析を示すグラフである。図１６Ａは、トラスツズマブ対照を示し、図１６Ｂは、ペプチドＢＰＡ７にコンジュゲートされたトラスツズマブを示し、図１６Ｃは、ＳＡＴＡ－ＢＰＡ７にコンジュゲートされたトラスツズマブを示し、図１６Ｄは、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７にコンジュゲートされたトラスツズマブを示している。
これより本発明の特定の実施形態を詳細に参照するが、それらの例は、添付の構造及び式に例示されている。本発明は、列挙される実施形態と併せて説明されるが、それらは、本発明をこれらの実施形態に限定することを意図するものではないことを理解されたい。反対に、本発明は、特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲内に含まれ得る、すべての代替例、修正、及び均等物を網羅することを意図するものである。
当業者であれば、本発明の実施に使用することができる、本明細書に記載されるものに類似又は同等である多数の方法及び材料を理解するであろう。本発明は、決して記載される方法及び材料に限定されるものではない。
別途定義しない限り、本明細書で用いる技術的用語及び科学的用語は、本発明が属する分野の当業者により一般的に理解されるのと同じ意味を有し、Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２ｎｄ Ｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ、及びＪａｎｅｗａｙ，Ｃ．，Ｔｒａｖｅｒｓ，Ｐ．，Ｗａｌｐｏｒｔ，Ｍ．，Ｓｈｌｏｍｃｈｉｋ（２００１）Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋと一致している。
本明細書における「抗体」という用語は、最も広義に使用され、それらが所望される生物活性を呈する限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、二量体、多量体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体フラグメントを具体的に網羅する（Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊｏｕｒ．ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １７０：４８５４－４８６１）。抗体は、マウス、ヒト、ヒト化、キメラであってもよいか、又は他の種に由来するものであってもよい。抗体は、特定の抗原を認識し、特定の抗原に結合することができる、免疫系によって生成されるタンパク質である。（Ｊａｎｅｗａｙ，Ｃ．，Ｔｒａｖｅｒｓ，Ｐ．，Ｗａｌｐｏｒｔ，Ｍ．，Ｓｈｌｏｍｃｈｉｋ（２００１）Ｉｍｍｕｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）。標的抗原は、一般に、複数の抗体のＣＤＲによって認識されるエピトープとも呼ばれる多数の結合部位を有する。異なるエピトープに特異的に結合するそれぞれの抗体は、異なる構造を有する。したがって、１つの抗原は、２つ以上の対応する抗体を有し得る。抗体は、完全長免疫グロブリン分子、又は完全長免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、対象となる標的抗原又はその一部に免疫特異的に結合する抗原結合部位を含有する分子を含み、そのような標的としては、自己免疫疾患に関連する自己免疫抗体を産生するがん細胞（複数可）が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に開示される免疫グロブリンは、免疫グロブリン分子の任意の種類（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、及びＩｇＡ）、クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）、又はサブクラスのものであり得る。免疫グロブリンは、任意の種に由来し得る。しかしながら、一態様において、免疫グロブリンは、ヒト、マウス、又はウサギ起源のものである。
「単離された」抗体は、その自然環境の構成成分から分離された抗体である。
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体、すなわち、集団を構成する個々の抗体が同一であり、かつ／又は同一のエピトープを結合している抗体を指すが、例えば、自然に生じる変異を含むか、又はモノクローナル抗体調製物の製造中に生じる可能性のあるバリアント抗体を除いて、そのようなバリアントは、一般的に微量に存在する。異なる決定基（エピトープ）に対して異なる抗体を典型的には含むポリクローナル抗体の調製と比べて、モノクローナル抗体の調製における各モノクローナル抗体は抗原の単一の決定基に対するものである。
「ネイキッド抗体」とは、異種部位（例えば、細胞毒性部位）又は放射性標識にコンジュゲートしていない抗体を指す。ネイキッド抗体は、医薬製剤中に存在していてもよい。
「天然型抗体」とは、様々な構造を持つ天然に存在する免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然型ＩｇＧ抗体は、２つの同一の軽鎖及び２つの同一の重鎖がジスルフィド結合したものから構成される、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体の糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端に向かって、各重鎖は、可変重ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）を有し、これに３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３）が続く。同様に、Ｎ末端からＣ末端に向かって、各軽鎖は、可変軽領域（ＶＬ）を有し、可変軽ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれ、その後に定常軽（ＣＬ）ドメインが続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づき、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２種類の１つに割り当てられてもよい。
「抗体フラグメント」は、インタクトな抗体が結合する抗原を結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外の分子を指す。抗体フラグメントの例としては、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；直鎖抗体；一本鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；抗体フラグメントから形成された多重特異性抗体、並びに他のフラグメント（Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３；Ｐｌｕｃｋｔｈuｎ，ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ），ｐｐ．２６９－３１５（１９９４）；国際公開第９３／１６１８５号；米国特許第５５７１８９４号；同第５５８７４５８号；同第５８６９０４６号が挙げられるが、これらに限定されない。抗体フラグメントは、本明細書に記載されているように、インタクトな抗体のタンパク質分解消化、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌又はファージ）による生産を含むがこれらに限定されない様々な技術によって作製することができる。
用語「可変領域」又は「可変ドメイン」とは、抗体の抗原への結合に関与する抗体重鎖又は軽鎖のドメインを指す。天然型抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン（それぞれＶＨ及びＶＬ）は、概して、類似の構造を有しており、各ドメインは、４つの保存されたフレームワーク領域（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｒｅｇｉｏｎ、ＦＲ）と、３つの超可変領域（ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ ｒｅｇｉｏｎ、ＨＶＲ）とを含む。例えば、Ｋｉｎｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｋｕｂｙ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈ Ｅｄ．Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，ｐａｇｅ ９１（２００７）を参照。
「超可変領域」又は「ＨＶＲ」という用語は、本明細書で使用される場合、配列において超可変性であり、かつ／又は構造上規定されたループ（「超可変ループ」）を形成する、抗体可変ドメインの領域の各々を指す。概して、天然型４本鎖抗体は、６個のＨＶＲを含み、ＶＨにおいては３個（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、ＶＬにおいては３個（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）を含む。ＨＶＲは、超可変ループ及び／又は「相補性決定領域」（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ、ＣＤＲ）からのアミノ酸残基を概ね含み、後者は最も高い配列変動性であり、かつ／又は抗原認識に関与する（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７；Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｍｄ．（１９９１）。ＶＨにおけるＣＤＲ１を除き、ＣＤＲは、概して、超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。
用語「キメラ」抗体とは、重鎖及び／又は軽鎖の一部が特定の源又は種に由来する一方で、重鎖及び／又は軽鎖の残部が異なる源又は種に由来する抗体を意味する。
「エフェクタ機能」とは、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性のことで、抗体のアイソタイプによって異なる。抗体エフェクタ機能の例としては、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞毒性（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ、ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞毒性（ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｃｅｌｌ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ、ＡＤＣＣ）；貪食；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）のダウンレギュレーション；及びＢ細胞活性化が挙げられる。
本明細書における用語「Ｆｃ領域」とは、定常領域の少なくとも一部分を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。この用語は、天然配列Ｆｃ領域と可変Ｆｃ領域とを含む。本明細書で特に明記されない限り、Ｆｃ領域又は定常領域におけるアミノ酸残基の付番は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．，１９９１に記載されるようなＥＵ付番システム（ＥＵインデックスとも呼ばれる）に従う。
「フレームワーク」又は「ＦＲ」とは、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の定常ドメイン残基を指す。定常ドメインのＦＲは、概して、４つのＦＲドメインである、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。したがって、ＨＶＲ配列及びＦＲ配列は、概して、ＶＨ（又はＶＬ）中において以下の配列で現れる。ＦＲ１－Ｈ１（Ｌ１）－ＦＲ２－Ｈ２（Ｌ２）－ＦＲ３－Ｈ３（Ｌ３）－ＦＲ４。
用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」とは、天然型抗体の構造と実質的に同様の構造を有するか、又は本明細書に定義されるようなＦｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指すように、本明細書において同義に使用される。
「ヒト抗体」とは、ヒト若しくはヒト細胞が産生した抗体、又はヒト抗体レパートリなどのヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト由来の抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものを指す。ヒト抗体のこの定義は、詳細には非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を除外する。ヒト抗体は、当該技術分野で知られている様々な技術を用いて作製することができる。ヒト抗体は、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８－７４；Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０－４５９（２００８）に概ね記載されている。
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨフレームワーク配列の選択において最も一般的に起こるアミノ酸残基を表す抗体のフレームワーク領域である。大略的に、ヒト免疫グロブリンＶＬ配列又はＶＨ配列は、可変ドメイン配列のサブグループから選択される。
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲからのアミノ酸残基及びヒトＦＲからのアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。特定の実施形態において、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的にすべてを含むものであり、それにおいて、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）のすべて又は実質的にすべてが非ヒト抗体のものに相当し、ＦＲのすべて又は実質的にすべてがヒト抗体のものに相当する。ヒト化抗体は、場合により、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含んでいてもよい。抗体、例えば、非ヒト抗体の「ヒト化形態」は、ヒト化を受けた抗体を指す（Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：１００２９－１００３３（１９８９）；米国特許第５８２１３３７号；同第７５２７７９１号；同第６９８２３２１号；同第７０８７４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：２５－３４；Ｐａｄｌａｎ，（１９９１）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９－４９８；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３－６０；Ｏｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１－６８；Ｋｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ８３：２５２－２６０）。
「キメラ」抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む（米国特許第４８１６５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１－６８５５）。特定の実施形態において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、親の非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低下させるためにヒト化される。通常、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（又はその一部）が非ヒト抗体に由来する１つ又は複数の可変ドメインを含み、ＦＲ（又はその一部）はヒト抗体配列に由来する。任意選択的に、ヒト化抗体はまた、ヒト定常領域の少なくとも一部を含むこととなる。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体中のいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性又は親和性を回復又は改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）からの対応する残基で置換される。
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域としては、限定されないが、「ベストフィット」方法を用いて選択されるフレームワーク領域（Ｓｉｍｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３））；軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列から誘導されるフレームワーク領域（Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５；Ｐｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１５１：２６２３）；ヒト成熟（体細胞性変異を受けた）フレームワーク領域又はヒト生殖系フレームワーク領域（Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ、（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３）；及びＦＲライブラリのスクリーニングから誘導されるフレームワーク領域（Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８－１０６８４；Ｒｏｓｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１－２２６１８）が挙げられる。
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体のアミノ酸配列バリアントが想到される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を向上させることが所望され得る。抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列中に適正な修飾を導入することによって、又はペプチド合成によって調製され得る。そのような修飾は、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基の欠失、及び／又は挿入、及び／又は置換を含む。最終コンストラクトに到達するために欠失、挿入、及び置換を任意に組み合わせることができるが、ただし、その最終コンストラクトが所望の特性、例えば、抗原結合を保有することを条件とする。置換による変異誘発に関して目的とする部位には、ＨＶＲ及びＦＲが含まれる。
ある種類の置換型バリアントは、親抗体（例えば、ヒト化抗体又はヒト抗体）の１つ又は複数の超可変領域残基を置換することを伴う。概ね、更なる研究のために選択された結果として生じる（複数の）バリアントは、親抗体と比較して特定の生物学的特性（例えば、親和性の増加、免疫原性の低下）において修飾（例えば、改善）を有し、かつ／又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持することとなる。例示的な置換型バリアントは、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるものなどのファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を用い、簡便に生成されてもよい。要するに、１つ又は複数のＨＶＲ残基が変異され、バリアント抗体がファージにディスプレイされ、特定の生物活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
抗体は、抗体及びタンパク質、薬物部分、標識、又はいくつかの他の基を含む融合タンパク質を含む。融合タンパク質は、組み換え技法、コンジュゲーション、又はペプチド合成により作製されて、薬物動態などの特性を最適化し得る。本発明のヒト抗体又はヒト化抗体は、アルブミン結合ペプチド（ａｌｂｕｍｉｎ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｅｐｔｉｄｅ、ＡＢＰ）配列を含む融合タンパク質でもあり得る（Ｄｅｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７：３５０３５－３５０４３；国際公開第０１／４５７４６号）。
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少させるように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加又は欠失は、１つ又は複数のグリコシル化部位が作り出されるか、又は除去されるようにアミノ酸配列を改変させることにより好都合に達成され得る。
抗体がＦｃ領域を含む場合、抗体に付着している糖質を改変させてもよい。哺乳動物細胞により産生された天然型抗体は典型的には、Ｎ結合によりＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に一般に結合される分岐状の二分岐オリゴ糖を含む（Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．（１９９７）ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６－３２）。オリゴ糖としては、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、並びに二分岐オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースが挙げられ得る。いくつかの実施形態において、本発明の抗体中のオリゴ糖の改変は、特定の改良された特性を有する抗体バリアントを作成するために行われてもよい。
一実施形態では、Ｆｃ領域に（直接的に又は間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体バリアントが提供される。そのようなフコシル化バリアントは、ＡＤＣＣ機能を改善し得る（米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；同第２００４／００９３６２１号；Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９－１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４）。
特定の実施形態において、１つ又は複数のアミノ酸修飾が本明細書に提供される抗体のＦｃ領域に導入され、それにより、Ｆｃ領域バリアントが生成され得る。Ｆｃ領域バリアントは、１つ又は複数のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含み得る。
特定の実施形態において、本発明は、すべてではないが、いくつかのエフェクタ機能を有することにより、インビボでの抗体の半減期が重要ではあるが、特定のエフェクタ機能（補体及びＡＤＣＣなど）が不要又は有害である用途に望ましい候補となる抗体バリアントを想到する。エフェクタ機能が低下した抗体としては、Ｆｃ領域の残基のうちの１つ又は複数の置換を有するものが挙げられる（米国特許第６７３７０５６号）。Ｆｃ変異体は、アミノ酸位置のうちの２つ以上における置換を含む（米国特許第７３３２５８１号）。ＦｃＲに対する結合が向上又は減少した抗体バリアントが記載される。（米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号；Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１－６６０４）。抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する１つ又は複数のアミノ酸置換を有するＦｃ領域を含み得る（米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号；Ｉｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８－４１８４；米国特許出願公開第２００５／００１４９３４号）。
「システイン操作抗体」（ＴＨＩＯＭＡＢ（商標））は、抗体の１つ又は複数の残基が（複数の）システイン残基で置換されている抗体である。置換された残基は、抗体の到達可能な部位で起こり得る。これらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基が抗体の到達可能な部位に位置付けられ、反応性チオール基を使用して、抗体を他の部分、例えば、薬物部分又はリンカー－薬物部分にコンジュゲートして、免疫コンジュゲートとも称される抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を生成することができる。ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）の例としては、以下の残基のうちのいずれか１つ又は複数をシステインで置換することができるシステイン操作抗体が挙げられる。軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ付番）、重鎖のＡ１１８（ＥＵ付番）、並びに重鎖Ｆｃ領域の５４００（ＥＵ付番）並びに軽鎖のＳ１２１及びＫ１４９。システイン操作抗体を作製する例示的な方法としては、参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれている、例えば、米国特許第７５２１５４１号に記載されている方法が挙げられるが、これに限定されない。
それ故に、本発明の組成物及び方法は、システイン操作抗体を含む抗体－薬物コンジュゲートに適用され得、野生型抗体又は親抗体の１つ又は複数のアミノ酸がシステインアミノ酸で置き換えられる（ＴＨＩＯＭＡＢ（商標））。抗体のいずれの形態も、そのように操作、すなわち変異させることができる。例えば、親Ｆａｂ抗体フラグメントは、操作されて、システイン操作Ｆａｂを形成し得る。同様に、親モノクローナル抗体は、操作されて、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）を形成し得る。単一の部位の変異により、Ｆａｂ抗体フラグメントに単一の操作システイン残基が生じるが、単一の部位の変異により、ＩｇＧ抗体の二量体性に起因して完全長ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）に２つの操作システイン残基が生じることに留意されたい。置き換えられた（「操作された」）システイン（ｃｙｓｔｅｉｎｅ、Ｃｙｓ）残基を有する変異体は、新しく導入された、操作されたシステインチオール基の反応性について評価される。チオール反応性値は、０～１．０の範囲内の相対的な数値であり、任意のシステイン操作抗体に関して測定され得る。本発明のシステイン操作抗体のチオール反応性値は、０．６～１．０、０．７～１．０、又は０．８～１．０の範囲である。
システインアミノ酸は、抗体の重鎖（ＨＣ）又は軽鎖（ＬＣ）内の反応性部位で操作され得、これは、鎖内又は分子間ジスルフィド結合を形成しない（Ｊｕｎｕｔｕｌａ，ｅｔ ａｌ．，２００８ｂ Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２６（８）：９２５－９３２；Ｄｏｒｎａｎ ｅｔ ａｌ（２００９）Ｂｌｏｏｄ １１４（１３）：２７２１－２７２９；米国特許第 ７５２１５４１号；米国特許第 ７７２３４８５号；国際公開第２００９／０５２２４９号，Ｓｈｅｎ ｅｔ ａｌ （２０１２）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，３０（２）：１８４－１９１；Ｊｕｎｕｔｕｌａ ｅｔ ａｌ（２００８）Ｊｏｕｒ ｏｆ Ｉｍｍｕｎ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ３３２：４１－５２）。操作されたシステインチオールは、チオール－反応性で求電子性のピリジルジスルフィド基を有する本発明のリンカー試薬又はリンカー－薬物中間体と反応して、ＡＤＣ ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）及び薬物（Ｄ）部分を形成し得る。それ故に、薬物部分の場所は、設計され、制御され、既知であり得る。薬物の負荷量は、操作されたシステインチオール基が典型的に、チオール反応性リンカー試薬又はリンカー－薬物中間体と高い収率で反応するため、制御され得る。重鎖又は軽鎖の単一部位にて置換によりシステインアミノ酸を導入するように抗体を操作することで、対称の抗体上に２つの新しいシステインが得られる。２に近い薬物の負荷量が達成され得、コンジュゲーション産生物ＡＤＣのほぼ均一性が達成され得る。
システイン操作抗体は好ましくは、それらの野生型の親抗体対応物の抗原結合能力を保持する。それ故に、システイン操作抗体は、抗原に、好ましくは特異的に結合することができる。かかる抗原には、例えば、腫瘍関連抗原（ｔｕｍｏｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ａｎｔｉｇｅｎ、ＴＡＡ）、細胞表面受容体タンパク質及び他の細胞表面分子、膜貫通タンパク質、シグナル伝達タンパク質、細胞生存制御因子、細胞増殖制御因子、組織の発達又は分化と関連する（例えば、それに機能的に寄与することが既知であるか、又は想定される）分子、リンホカイン、サイトカイン、細胞周期制御に関与する分子、脈管形成に関与する分子、並びに血管新生に関連する（例えば、それに機能的に寄与することが既知であるか、又は想定される）分子が含まれる。腫瘍関連抗原は、クラスター分化因子（すなわち、ＣＤタンパク質）であり得る。システイン操作抗体が結合することができる抗原は、上述の分類のうちの１つのサブセットのメンバーであり得、ここで、当該分類の他のサブセット（複数可）は、（目的とする抗原に関して）異なる特徴を有する他の分子／抗原を含む。
システイン操作抗体は、鎖内ジスルフィド基の還元及び再酸化により、リンカー－薬物中間体とのコンジュゲーションのために調製される。
本開示の方法で使用するための抗体－薬物コンジュゲートを形成し得るシステイン操作抗体には、細胞表面受容体及び腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に対する抗体を含むが、これらに限定されないがんの治療で有用なシステイン操作抗体が含まれる。
「腫瘍関連抗原」は、当該技術分野において既知であり、当該技術分野において周知の方法及び情報を使用して抗体を生成する上で使用するために調製され得る。がんの診断及び療法のための有効な細胞内標的を発見する試みとして、研究者らは、１つ又は複数の正常な非がん性細胞（複数可）と比較して、１つ又は複数の特定の種類（複数可）のがん細胞の表面上で特異的に発現される膜貫通ポリペプチド又はさもなければ腫瘍関連ポリペプチドを特定しようとした。多くの場合、そのような腫瘍関連ポリペプチドは、非がん性細胞の表面上と比較して、がん細胞の表面上でより豊富に発現される。そのような腫瘍関連細胞表面抗原ポリペプチドの同定は、抗体ベースの治療を介した破壊のための、がん細胞を特異的に標的化する能力を生じさせた。
腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）の例としては、当該技術分野で知られている抗原が挙げられるが、これらに限定されず、アメリカ国立生物工学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ、ＮＣＢＩ）の核酸及びタンパク質配列同定条約に従う名称、頭字語、別称、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号及び（複数の）主要な言及が挙げられる。以下の例示的なＴＡＡ（１）～（５３）に対応する核酸及びタンパク質配列は、ＧｅｎＢａｎｋなどの公的データベースにおいて入手可能である。抗体によって標的化される腫瘍関連抗原としては、引用される参考文献において特定されている配列と比較して、少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％の配列同一性を保有するすべてのアミノ酸配列バリアント及びアイソフォーム、又は引用される参考文献中に見出される配列を有するＴＡＡと実質的に同じ生物学的特性若しくは特徴を呈するものが挙げられる。例えば、バリアント配列を有するＴＡＡは、ＴＡＡに特異的に結合する抗体に特異的に概ね結合することができる。
（１）ＢＭＰＲ１Ｂ（骨形成タンパク質受容体ＩＢ型、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿００１２０３）ｔｅｎ Ｄｉｊｋｅ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６４（５１５５）：１０１－１０４（１９９４），Ｏｎｃｏｇｅｎｅ１４（１１）：１３７７－１３８２（１９９７））；国際公開第２００４０６３３６２号（請求項２）；同第２００３０４２６６１号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００３１３４７９０－Ａ１号（３８～３９頁）；国際公開第２００２１０２２３５号（請求項１３；２９６頁）；同第２００３０５５４４３号（９１～９２頁）；同第２００２９９１２２号（実施例２；５２８～５３０頁）；同第２００３０２９４２１号（請求項６）；同第２００３０２４３９２号（請求項２；図１１２）；同第２００２９８３５８号（請求項１；１８３頁）；同第２００２５４９４０号（１００～１０１頁）；同第２００２５９３７７号（３４９～３５０頁）；同第２００２３０２６８号（請求項２７；３７６頁）；同第２００１４８２０４号（実施例；図４）ＮＰ＿００１１９４骨形成タンパク質受容体ＩＢ型／ｐｉｄ＝ＮＰ＿００１１９４．１－相互参照：ＭＩＭ：６０３２４８；ＮＰ＿００１１９４．１；ＡＹ０６５９９４。
（２）Ｅ１６（ＬＡＴ１，ＳＬＣ７Ａ５、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿００３４８６）Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２５５（２），２８３－２８８（１９９９），Ｎａｔｕｒｅ ３９５（６６９９）：２８８－２９１（１９９８），Ｇａｕｇｉｔｓｃｈ Ｈ．Ｗ．ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６７（１６）：１１２６７－１１２７３）；国際公開第２００４０４８９３８号（実施例２）；同第２００４０３２８４２号（実施例ＩＶ）；同第２００３０４２６６１号（請求項１２）；同第２００３０１６４７５号（請求項１）；同第２００２７８５２４号（実施例２）；同第２００２９９０７４号（請求項１９；１２７～１２９頁）；同第２００２８６４４３号（請求項２７；２２２，３９３頁）；同第２００３００３９０６号（請求項１０；２９３頁）；同第２００２６４７９８号（請求項３３；９３～９５頁）；同第２０００１４２２８号（請求項５；１３３～１３６頁）；米国特許出願公開第２００３２２４４５４号（図３）；国際公開第２００３０２５１３８号（請求項１２；１５０頁）；ＮＰ＿００３４７７ 溶質担体ファミリー７（カチオン性アミノ酸トランスポーター、ｙ＋系），メンバー５／ｐｉｄ＝ＮＰ＿００３４７７．３－ホモサピエンス相互参照：ＭＩＭ：６００１８２；ＮＰ＿００３４７７．３；ＮＭ＿０１５９２３；ＮＭ＿００３４８６＿１。
（３）ＳＴＥＡＰ１（前立腺の６回膜貫通上皮抗原、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿０１２４４９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６１（１５），５８５７－５８６０（２００１），Ｈｕｂｅｒｔ，Ｒ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９６（２５）：１４５２３－１４５２８）；国際公開第２００４０６５５７７号（請求項６）；同第２００４０２７０４９号（図１Ｌ）；欧州特許第１３９４２７４号（実施例１１）；国際公開第２００４０１６２２５号（請求項２）；同第２００３０４２６６１号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００３１５７０８９号（実施例５）；同第２００３１８５８３０号（実施例５）；同第２００３０６４３９７号（図２）；国際公開第２００２８９７４７号（実施例５、６１８～６１９頁）；同第２００３０２２９９５号（実施例９、図１３Ａ、実施例５３、１７３頁、実施例２、図２Ａ）；ＮＰ＿０３６５８１、前立腺の６回膜貫通上皮抗原、相互参照：ＭＩＭ：６０４４１５；ＮＰ＿０３６５８１．１；ＮＭ＿０１２４４９＿１。
（４）０７７２Ｐ（ＣＡ１２５、ＭＵＣ１６、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＦ３６１４８６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６（２９）：２７３７１－２７３７５（２００１））；国際公開第２００４０４５５５３号（請求項１４）；同第２００２９２８３６号（請求項６；図１２）；同第２００２８３８６６号（請求項１５；１１６～１２１頁）；米国特許出願公開第２００３１２４１４０号（実施例１６）；米国特許第７９８９５９号。相互参照：ＧＩ：３４５０１４６７；ＡＡＫ７４１２０．３；ＡＦ３６１４８６＿１。
（５）ＭＰＦ（ＭＰＦ、ＭＳＬＮ、ＳＭＲ、巨核球増強因子、メソテリン、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿００５８２３）Ｙａｍａｇｕｃｈｉ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９（２），８０５－８０８（１９９４），Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９６（２０）：１１５３１－１１５３６（１９９９），Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９３（１）：１３６－１４０（１９９６），Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０（３７）：２１９８４－２１９９０（１９９５））；国際公開第２００３１０１２８３号（請求項１４）；（同第２００２１０２２３５号（請求項１３；２８７～２８８頁）；同第２００２１０１０７５号（請求項４；３０８～３０９頁）；同第２００２７１９２８号（３２０～３２１頁）；同第９４１０３１２号（５２～５７頁）；相互参照：ＭＩＭ：６０１０５１；ＮＰ＿００５８１４．２；ＮＭ＿００５８２３＿１。
（６）Ｎａｐｉ３ｂ（ＮＡＰＩ－３Ｂ、ＮＰＴＩＩｂ、ＳＬＣ３４Ａ２、溶質担体ファミリー３４（リン酸ナトリウム）、メンバー２、ＩＩ型ナトリウム依存性リン酸トランスポーター３ｂ、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿００６４２４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７（２２）：１９６６５－１９６７２（２００２），Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ６２（２）：２８１－２８４（１９９９），Ｆｉｅｌｄ，Ｊ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２５８（３）：５７８－５８２）；国際公開第２００４０２２７７８号（請求項２）；欧州特許第１３９４２７４号（実施例１１）；国際公開第２００２１０２２３５号（請求項１３；３２６頁）；欧州特許第８７５５６９号（請求項１；１７～１９頁）；国際公開第２００１５７１８８号（請求項２０；３２９頁）；同第２００４０３２８４２号（実施例ＩＶ）；同第２００１７５１７７号（請求項２４；１３９～１４０頁）；相互参照：ＭＩＭ：６０４２１７；ＮＰ＿００６４１５．１；ＮＭ＿００６４２４＿１。
（７）Ｓｅｍａ ５ｂ（ＦＬＪ１０３７２、ＫＩＡＡ１４４５、Ｍｍ．４２０１５、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＥＭＡＧ、セマフォリン５ｂ Ｈｌｏｇ、セマドメイン、７回トロンボスポンジンリピート（１型及び１型様）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）及び短細胞質ドメイン、（セマフォリン）５Ｂ、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＢ０４０８７８）Ｎａｇａｓｅ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．（２０００）ＤＮＡ Ｒｅｓ．７（２）：１４３－１５０）；国際公開第２００４０００９９７号（請求項１）；同第２００３００３９８４号（請求項１）；同第２００２０６３３９号（請求項１；５０頁）；同第２００１８８１３３号（請求項１；４１～４３頁、４８～５８頁）；同第２００３０５４１５２号（請求項２０）；同第２００３１０１４００号（請求項１１）；受託：Ｑ９Ｐ２８３；ＥＭＢＬ；ＡＢ０４０８７８；ＢＡＡ９５９６９．１．Ｇｅｎｅｗ；ＨＧＮＣ：１０７３７。
（８）ＰＳＣＡ ｈｌｇ （２７０００５０Ｃ１２Ｒｉｋ、Ｃ５３０００８Ｏ１６Ｒｉｋ、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２遺伝子、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＹ３５８６２８）；Ｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６２：２５４６－２５５３；米国特許出願公開第２００３１２９１９２号（請求項２）；同第２００４０４４１８０号（請求項１２）；同第２００４０４４１７９号（請求項１１）；同第２００３０９６９６１号（請求項１１）；同第２００３２３２０５６号（実施例５）；国際公開第２００３１０５７５８号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００３２０６９１８号（実施例５）；欧州特許第１３４７０４６号（請求項１）；国際公開第２００３０２５１４８号（請求項２０）；相互参照：ＧＩ：３７１８２３７８；ＡＡＱ８８９９１．１；ＡＹ３５８６２８＿１。
（９）ＥＴＢＲ（エンドセリン受容体タイプＢ、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＹ２７５４６３）；Ｎａｋａｍｕｔａ Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１７７，３４－３９，１９９１；Ｏｇａｗａ Ｙ．，ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１７８，２４８－２５５，１９９１；Ａｒａｉ Ｈ．ｅｔ ａｌ．Ｊｐｎ．Ｃｉｒｃ．Ｊ．５６，１３０３－１３０７，１９９２；Ａｒａｉ Ｈ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８，３４６３－３４７０，１９９３；Ｓａｋａｍｏｔｏ Ａ．，Ｙａｎａｇｉｓａｗａ Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１７８，６５６－６６３，１９９１；Ｅｌｓｈｏｕｒｂａｇｙ Ｎ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８，３８７３－３８７９，１９９３；Ｈａｅｎｄｌｅｒ Ｂ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２０，ｓ１－Ｓ４，１９９２；Ｔｓｕｔｓｕｍｉ Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅ ２２８，４３－４９，１９９９；Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ Ｒ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９，１６８９９－１６９０３，２００２；Ｂｏｕｒｇｅｏｉｓ Ｃ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．Ｍｅｔａｂ．８２，３１１６－３１２３，１９９７；Ｏｋａｍｏｔｏ Ｙ．，ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２，２１５８９－２１５９６，１９９７；Ｖｅｒｈｅｉｊ Ｊ．Ｂ．，ｅｔ ａｌ．Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．１０８，２２３－２２５，２００２；Ｈｏｆｓｔｒａ Ｒ．Ｍ．Ｗ．，ｅｔ ａｌ．Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５，１８０－１８５，１９９７；Ｐｕｆｆｅｎｂｅｒｇｅｒ Ｅ．Ｇ．，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ ７９，１２５７－１２６６，１９９４；Ａｔｔｉｅ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．４，２４０７－２４０９，１９９５；Ａｕｒｉｃｃｈｉｏ Ａ．，ｅｔ ａｌ．Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．５：３５１－３５４，１９９６；Ａｍｉｅｌ Ｊ．，ｅｔ ａｌ．Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．５，３５５－３５７，１９９６；Ｈｏｆｓｔｒａ Ｒ．Ｍ．Ｗ．，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．１２，４４５－４４７，１９９６；Ｓｖｅｎｓｓｏｎ Ｐ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１０３，１４５－１４８，１９９８；Ｆｕｃｈｓ Ｓ．，ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．７，１１５－１２４，２００１；Ｐｉｎｇａｕｌｔ Ｖ．，ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１１１，１９８－２０６；国際公開第２００４０４５５１６号（請求項１）；同第２００４０４８９３８号（実施例２）；同第２００４０４００００号（請求項１５１）；同第２００３０８７７６８号（請求項１）；同第２００３０１６４７５号（請求項１）；同第２００３０１６４７５号（請求項１）；同第２００２６１０８７号（図１）；同第２００３０１６４９４号（図６）；同第２００３０２５１３８号（請求項１２；１４４頁）；同第２００１９８３５１号（請求項１；１２４～１２５頁）；ＥＰ５２２８６８号（請求項８；図２）；国際公開第２００１７７１７２号（請求項１；２９７～２９９頁）；米国特許出願公開第２００３１０９６７６号；米国特許第６５１８４０４号（図３）；同第５７７３２２３号（請求項１ａ；３１～３４欄）；国際公開第２００４００１００４号。
（１０）ＭＳＧ７８３（ＲＮＦ１２４、仮想タンパク質ＦＬＪ２０３１５、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿０１７７６３）；国際公開第２００３１０４２７５号（請求項１）；同第２００４０４６３４２号（実施例２）；同第２００３０４２６６１号（請求項１２）；同第２００３０８３０７４号（請求項１４；６１頁）；同第２００３０１８６２１号（請求項１）；同第２００３０２４３９２号（請求項２；図９３）；同第２００１６６６８９号（実施例６）；相互参照：ＬｏｃｕｓＩＤ：５４８９４；ＮＰ＿０６０２３３．２；ＮＭ＿０１７７６３＿１。
（１１）ＳＴＥＡＰ２（ＨＧＮＣ＿８６３９、ＩＰＣＡ－１、ＰＣＡＮＡＰ１、ＳＴＡＭＰ１、ＳＴＥＡＰ２、ＳＴＭＰ、前立腺がん関連遺伝子１、前立腺がん関連タンパク質１、前立腺の６回膜貫通上皮抗原２、６回膜貫通前立腺タンパク質、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＦ４５５１３８）Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．８２（１１）：１５７３－１５８２（２００２））；国際公開第２００３０８７３０６号；米国特許出願公開第２００３０６４３９７号（請求項１；図１）；国際公開第２００２７２５９６号（請求項１３；５４～５５頁）；同第２００１７２９６２号（請求項１；図４Ｂ）；同第２００３１０４２７０号（請求項１１）；同第２００３１０４２７０号（請求項１６）；米国特許出願公開第２００４００５５９８号（請求項２２）；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００３０６０６１２号（請求項１２；図１０）；国際公開第２００２２６８２２号（請求項２３；図２）；同第２００２１６４２９号（請求項１２；図１０）；相互参照：ＧＩ：２２６５５４８８；ＡＡＮ０４０８０．１；ＡＦ４５５１３８＿１。
（１２）ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４、４、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿０１７６３６）Ｘｕ，Ｘ．Ｚ．，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９８（１９）：１０６９２－１０６９７（２００１），Ｃｅｌｌ １０９（３）：３９７－４０７（２００２），Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８（３３）：３０８１３－３０８２０（２００３））；米国特許出願公開第２００３１４３５５７号（請求項４）；国際公開第２０００４０６１４号（請求項１４；１００～１０３頁）；国際公開第２００２１０３８２号（請求項１；図９Ａ）；同第２００３０４２６６１号（請求項１２）；同開第２００２３０２６８号（請求項２７；３９１頁）；米国特許出願公開第２００３２１９８０６号（請求項４）；国際公開第２００１６２７９４号（請求項１４；図１Ａ～Ｄ）；相互参照：ＭＩＭ：６０６９３６；ＮＰ＿０６０１０６．２；ＮＭ＿０１７６３６＿１。
（１３）ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形がん腫由来成長因子、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿００３２０３又はＮＭ＿００３２１２）Ｃｉｃｃｏｄｉｃｏｌａ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．ＥＭＢＯ Ｊ．８（７）：１９８７－１９９１（１９８９），Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４９（３）：５５５－５６５（１９９１））；米国特許出願公開第２００３２２４４１１号（請求項１）；国際公開第２００３０８３０４１号（実施例１）；同第２００３０３４９８４号（請求項１２）；同第２００２８８１７０号（請求項２；５２～５３頁）；同第２００３０２４３９２号（請求項２；図５８）；同第２００２１６４１３号（請求項１；９４～９５、１０５頁）；同第２００２２２８０８号（請求項２；図１）；米国特許第５８５４３９９号（実施例２；１７～１８欄）；同第５７９２６１６号（図２）；相互参照：ＭＩＭ：１８７３９５；ＮＰ＿００３２０３．１；ＮＭ＿００３２１２＿１。
（１４）ＣＤ２１（ＣＲ２（補体受容体２）又はＣ３ＤＲ（Ｃ３ｄ／エプスタインバーウイルス受容体）又はＨｓ．７３７９２ Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号Ｍ２６００４）Ｆｕｊｉｓａｋｕ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４（４）：２１１８－２１２５）；Ｗｅｉｓ Ｊ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６７，１０４７－１０６６，１９８８；Ｍｏｏｒｅ Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８４，９１９４－９１９８，１９８７；Ｂａｒｅｌ Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３５，１０２５－１０３１，１９９８；Ｗｅｉｓ Ｊ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８３，５６３９－５６４３，１９８６；Ｓｉｎｈａ Ｓ．Ｋ．，ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０，５３１１－５３２０；国際公開第２００４０４５５２０号（実施例４）；米国特許出願公開第２００４００５５３８号（実施例１）；国際公開第２００３０６２４０１号（請求項９）；同第２００４０４５５２０号（実施例４）；同第９１０２５３６号（図９．１～９．９）；同第２００４０２０５９５号（請求項１）；受託：Ｐ２００２３；Ｑ１３８６６；Ｑ１４２１２；ＥＭＢＬ；Ｍ２６００４；ＡＡＡ３５７８６．１。
（１５）ＣＤ７９ｂ（ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ７９β、ＩＧｂ（免疫グロブリン関連ベータ）、Ｂ２９、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿０００６２６又は１１０３８６７４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．（２００３）１００（７）：４１２６－４１３１，Ｂｌｏｏｄ（２００２）１００（９）：３０６８－３０７６，Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２（６）：１６２１－１６２５）；国際公開第２００４０１６２２５号（請求項２，図１４０）；同第２００３０８７７６８号，米国特許出願公開第２００４１０１８７４号（請求項１，１０２頁）；国際公開第２００３０６２４０１号（請求項９）；同第２００２７８５２４号（実施例２）；米国特許出願公開第２００２１５０５７３号（請求項５，１５頁）；米国特許第５６４４０３３号；国際公開第２００３０４８２０２号（請求項１，３０６及び３０９頁）；同第９９／５５８６５８号，米国特許第６５３４４８２号（請求項１３，図１７Ａ／Ｂ）；国際公開第２０００５５３５１号（請求項１１，１１４５～１１４６頁）；相互参照：ＭＩＭ：１４７２４５；ＮＰ＿０００６１７．１；ＮＭ＿０００６２６＿１。
（１６）ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿０３０７６４，ＡＹ３５８１３０）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１３（１０）：２２６５－２２７０（２００３），Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ５４（２）：８７－９５（２００２），Ｂｌｏｏｄ ９９（８）：２６６２－２６６９（２００２），Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９８（１７）：９７７２－９７７７（２００１），Ｘｕ，Ｍ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２８０（３）：７６８－７７５；国際公開第２００４０１６２２５号（請求項２）；同第２００３０７７８３６号；同第２００１３８４９０号（請求項５；図１８Ｄ－１～１８Ｄ－２）；同第２００３０９７８０３号（請求項１２）；同第２００３０８９６２４号（請求項２５）；相互参照：ＭＩＭ：６０６５０９；ＮＰ＿１１０３９１．２；ＮＭ＿０３０７６４＿１。
（１７）ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号Ｍ１１７３０）Ｃｏｕｓｓｅｎｓ Ｌ．，ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８５）２３０（４７３０）：１１３２－１１３９）；Ｙａｍａｍｏｔｏ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ３１９，２３０－２３４，１９８６；Ｓｅｍｂａ Ｋ．，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８２，６４９７－６５０１，１９８５；Ｓｗｉｅｒｃｚ Ｊ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１６５，８６９－８８０，２００４；Ｋｕｈｎｓ Ｊ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４，３６４２２－３６４２７，１９９９；Ｃｈｏ Ｈ．－Ｓ．，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ４２１，７５６－７６０，２００３；Ｅｈｓａｎｉ Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ １５，４２６－４２９；国際公開第２００４０４８９３８号（実施例２）；同第２００４０２７０４９号（図１Ｉ）；同第２００４００９６２２号；同第２００３０８１２１０号；同第２００３０８９９０４号（請求項９）；同第２００３０１６４７５号（請求項１）；米国特許出願公開第２００３１１８５９２号；国際公開第２００３００８５３７号（請求項１）；同第２００３０５５４３９号（請求項２９；図１Ａ～Ｂ）；同第２００３０２５２２８号（請求項３７；図５Ｃ）；同第２００２２２６３６号（実施例１３；９５～１０７頁）；同第２００２１２３４１号（請求項６８；図７）；同第２００２１３８４７号（７１～７４頁）；同第２００２１４５０３号（１１４～１１７頁）；同第２００１５３４６３号（請求項２；４１～４６頁）；同第２００１４１７８７号（１５頁）；同第２０００４４８９９号（請求項５２；図７）；同第２０００２０５７９号（請求項３；図２）；米国特許第５８６９４４５号（請求項３；３１～３８欄）；国際公開第９６３０５１４号（請求項２；５６～６１頁）；欧州特許第１４３９３９３号（請求項７）；国際公開第２００４０４３３６１号（請求項７）；同第２００４０２２７０９号；同第２００１００２４４号（実施例３；図４）；受託：Ｐ０４６２６；ＥＭＢＬ；Ｍ１１７６７；ＡＡＡ３５８０８．１．ＥＭＢＬ；Ｍ１１７６１；ＡＡＡ３５８０８．１。
（１８）ＮＣＡ（ＣＥＡＣＡＭ６、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号Ｍ１８７２８）；Ｂａｒｎｅｔｔ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ３，５９－６６，１９８８；Ｔａｗａｒａｇｉ Ｙ．，ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１５０，８９－９６，１９８８；Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ Ｒ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９：１６８９９－１６９０３，２００２；国際公開第２００４０６３７０９号；欧州特許第１４３９３９３号（請求項７）；国際公開第２００４０４４１７８号（実施例４）；同第２００４０３１２３８号；同第２００３０４２６６１号（請求項１２）；同第２００２７８５２４号（実施例２）；同第２００２８６４４３号（請求項２７；４２７頁）；同第２００２６０３１７号（請求項２）；受託：Ｐ４０１９９；Ｑ１４９２０；ＥＭＢＬ；Ｍ２９５４１；ＡＡＡ５９９１５．１．ＥＭＢＬ；Ｍ１８７２８。
（１９）ＭＤＰ（ＤＰＥＰ１、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＢＣ０１７０２３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９（２６）：１６８９９－１６９０３（２００２））；国際公開第２００３０１６４７５号（請求項１）；同第２００２６４７９８号（請求項３３；８５～８７頁）；日本国特許第０５００３７９０号（図６～８）；国際公開第９９４６２８４号（図９）；相互参照：ＭＩＭ：１７９７８０；ＡＡＨ１７０２３．１；ＢＣ０１７０２３＿１。
（２０）ＩＬ２０Ｒα（ＩＬ２０Ｒａ、ＺＣＹＴＯＲ７、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＦ１８４９７１）；Ｃｌａｒｋ Ｈ．Ｆ．，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１３，２２６５－２２７０，２００３；Ｍｕｎｇａｌｌ Ａ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ４２５，８０５－８１１，２００３；Ｂｌｕｍｂｅｒｇ Ｈ．，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １０４，９－１９，２００１；Ｄｕｍｏｕｔｉｅｒ Ｌ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６７，３５４５－３５４９，２００１；Ｐａｒｒｉｓｈ－Ｎｏｖａｋ Ｊ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７，４７５１７－４７５２３，２００２；Ｐｌｅｔｎｅｖ Ｓ．，ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ４２：１２６１７－１２６２４；Ｓｈｅｉｋｈ Ｆ．，ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７２，２００６－２０１０；欧州特許第１３９４２７４号（実施例１１）；米国特許出願公開第２００４００５３２０号（実施例５）；国際公開第２００３０２９２６２号（７４～７５頁）；同第２００３００２７１７号（請求項２；６３頁）；同第２００２２２１５３号（４５～４７頁）；米国特許出願公開第２００２０４２３６６号（２０～２１頁）；国際公開第２００１４６２６１号（５７～５９頁）；同第２００１４６２３２号（６３～６５頁）；同第９８３７１９３号（請求項１；５５～５９頁）；受託：Ｑ９ＵＨＦ４；Ｑ６ＵＷＡ９；Ｑ９６ＳＨ８；ＥＭＢＬ；ＡＦ１８４９７１；ＡＡＦ０１３２０．１。
（２１）ブレビカン（ＢＣＡＮ、ＢＥＨＡＢ、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＦ２２９０５３）Ｇａｒｙ Ｓ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅ２５６，１３９－１４７，２０００；Ｃｌａｒｋ Ｈ．Ｆ．，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１３，２２６５－２２７０，２００３；Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ Ｒ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９，１６８９９－１６９０３，２００２；米国特許出願公開第２００３１８６３７２号（請求項１１）；同第２００３１８６３７３号（請求項１１）；同第２００３１１９１３１号（請求項１；図５２）；同第２００３１１９１２２号（請求項１；図５２）；同第２００３１１９１２６号（請求項１）；同第２００３１１９１２１号（請求項１；図５２）；同第２００３１１９１２９号（請求項１）；同第２００３１１９１３０号（請求項１）；同第２００３１１９１２８号（請求項１；図５２）；同第２００３１１９１２５号（請求項１）；国際公開第２００３０１６４７５号（請求項１）；同第２００２０２６３４号（請求項１）。
（２２）ＥｐｈＢ２Ｒ（ＤＲＴ、ＥＲＫ、Ｈｅｋ５、ＥＰＨＴ３、Ｔｙｒｏ５、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＭ＿００４４４２）Ｃｈａｎ，Ｊ．ａｎｄ Ｗａｔｔ，Ｖ．Ｍ．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ６（６），１０５７－１０６１（１９９１）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １０（５）：８９７－９０５（１９９５），Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．２１：３０９－３４５（１９９８），Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．Ｃｙｔｏｌ．１９６：１７７－２４４（２０００））；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；同第２０００５３２１６号（請求項１；４１頁）；同第２００４０６５５７６号（請求項１）；同第２００４０２０５８３号（請求項９）；同第２００３００４５２９号（１２８～１３２頁）；同第２０００５３２１６号（請求項１；４２頁）；相互参照：ＭＩＭ：６００９９７；ＮＰ＿００４４３３．２；ＮＭ＿００４４４２＿１。
（２３）ＡＳＬＧ６５９（Ｂ７ｈ、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＸ０９２３２８）米国特許出願公開第２００４０１０１８９９号（請求項２）；国際公開第２００３１０４３９９号（請求項１１）；同第２００４０００２２１号（図３）；米国特許出願公開第２００３１６５５０４号（請求項１）；米国特許出願公開第２００３１２４１４０号（実施例２）；同第２００３０６５１４３号（図６０）；国際公開第２００２１０２２３５号（請求項１３；２９９頁）；米国特許出願公開第２００３０９１５８０号（実施例２）；国際公開第２００２１０１８７号（請求項６；図１０）；同第２００１９４６４１号（請求項１２；図７ｂ）；同第２００２０２６２４号（請求項１３；図１Ａ～１Ｂ）；米国特許出願公開第２００２０３４７４９号（請求項５４；４５～４６頁）；国際公開第２００２０６３１７号（実施例２；３２０～３２１頁、請求項３４；３２１～３２２頁）；同第２００２７１９２８号（４６８～４６９頁）；同第２００２０２５８７号（実施例１；図１）；同第２００１４０２６９号（実施例３；１９０～１９２頁）；同第２０００３６１０７号（実施例２；２０５～２０７頁）；同第２００４０５３０７９号（請求項１２）；同第２００３００４９８９号（請求項１）；同第２００２７１９２８号（２３３～２３４頁、４５２～４５３頁）；同第０１１６３１８号。
（２４）ＰＳＣＡ（前立腺幹細胞抗原前駆体、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＪ２９７４３６）Ｒｅｉｔｅｒ Ｒ．Ｅ．，ｅｔ ａｌ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９５，１７３５－１７４０，１９９８；Ｇｕ Ｚ．，ｅｔ ａｌ．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １９，１２８８－１２９６，２０００；Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．（２０００）２７５（３）：７８３－７８８；国際公開第２００４０２２７０９号；欧州特許第１３９４２７４号（実施例１１）；米国特許出願公開第２００４０１８５５３号（請求項１７）；国際公開第２００３００８５３７号（請求項１）；同第２００２８１６４６号（請求項１；１６４頁）；同第２００３００３９０６号（請求項１０；２８８頁）；同第２００１４０３０９号（実施例１；図１７）；米国特許出願公開第２００１０５５７５１号（実施例１；図１ｂ）；国際公開第２０００３２７５２号（請求項１８；図１）；同第１９９８／５１８０５号（請求項１７；９７頁）；同第１９９８／５１８２４号（請求項１０；９４頁）；同第１９９８／４０４０３号（請求項２；図１Ｂ）；受託：Ｏ４３６５３；ＥＭＢＬ；ＡＦ０４３４９８；ＡＡＣ３９６０７．１。
（２５）ＧＥＤＡ（Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＹ２６０７６３）；ＡＡＰ１４９５４脂肪腫ＨＭＧＩＣ融合対様タンパク質／ｐｉｄ＝ＡＡＰ１４９５４．１－ホモサピエンス種：ホモサピエンス（ヒト）国際公開第２００３０５４１５２号（請求項２０）；同第２００３０００８４２号（請求項１）；同第２００３０２３０１３号（実施例３、請求項２０）；米国特許出願公開第２００３１９４７０４号（請求項４５）；相互参照：ＧＩ：３０１０２４４９；ＡＡＰ１４９５４．１；ＡＹ２６０７６３＿１。
（２６）ＢＡＦＦ－Ｒ（Ｂ細胞活性化因子受容体、ＢＬｙＳ受容体３、ＢＲ３、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＦ１１６４５６）；ＢＡＦＦ受容体／ｐｉｄ＝ＮＰ＿４４３１７７．１－ホモサピエンス Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９３（５５３７），２１０８－２１１１（２００１）；国際公開第２００４０５８３０９号；同第２００４０１１６１１号；同第２００３０４５４２２号（実施例；３２～３３頁）；同第２００３０１４２９４号（請求項３５；図６Ｂ）；同第２００３０３５８４６号（請求項７０；６１５～６１６頁）；同第２００２９４８５２号（１３６～１３７欄）；同第２００２３８７６６号（請求項３；１３３頁）；同第２００２２４９０９号（実施例３；図３）；相互参照：ＭＩＭ：６０６２６９；ＮＰ＿４４３１７７．１；ＮＭ＿０５２９４５＿１；ＡＦ１３２６００。
（２７）ＣＤ２２（Ｂ細胞受容体ＣＤ２２－Ｂアイソフォーム、ＢＬ－ＣＡＭ、Ｌｙｂ－８、Ｌｙｂ８、ＳＩＧＬＥＣ－２、ＦＬＪ２２８１４、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＫ０２６４６７）；Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７３：１３７－１４６；国際公開第２００３０７２０３６号（請求項１；図１）；相互参照：ＭＩＭ：１０７２６６；ＮＰ＿００１７６２．１；ＮＭ＿００１７７１＿１。
（２８）ＣＤ７９ａ（ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９α、免疫グロブリン関連α；Ｉｇβ（ＣＤ７９Ｂ）と共有結合的に相互作用し、ＩｇＭ分子と表面上で複合体を形成し、Ｂ細胞分化に関与するシグナルを伝達するＢ細胞特異タンパク質、ｐＩ：４．８４、ＭＷ：２５０２８ ＴＭ：２［Ｐ］遺伝子染色体：１９ｑ１３．２、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿００１７７４．１０）国際公開第２００３０８８８０８号、米国特許出願公開第２００３０２２８３１９号；国際公開第２００３０６２４０１号（請求項９）；米国特許出願公開第２００２１５０５７３号（請求項４、１３～１４頁）；国際公開第９９５８６５８号（請求項１３、図１６）；同第９２０７５７４号（図１）；米国特許第５６４４０３３号；Ｈａ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５２６－１５３１；Ｍｕｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２２：１６２１－１６２５；Ｈａｓｈｉｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ４０（４）：２８７－２９５；Ｐｒｅｕｄ’ｈｏｍｍｅ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９０（１）：１４１－１４６；Ｙｕ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（２）６３３－６３７；Ｓａｋａｇｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．（１９８８）ＥＭＢＯ Ｊ．７（１１）：３４５７－３４６４。
（２９）ＣＸＣＲ５（バーキットリンパ腫受容体１；ＣＸＣＬ１３ケモカインによって活性化され、リンパ球遊走及び液性防御において機能し、ＨＩＶ－２感染並びにおそらくはＡＩＤＳ、リンパ腫、骨髄腫、及び白血病の発症において役割を果たす、Ｇタンパク質共役受容体）、３７２アミノ酸、ｐＩ：８．５４ ＭＷ：４１９５９ ＴＭ：７［Ｐ］遺伝子染色体：１１ｑ２３．３、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿００１７０７．１）国際公開第２００４０４００００号；同第２００４／０１５４２６号；米国特許出願公開第２００３１０５２９２号（実施例２）；米国特許第６５５５３３９号（実施例２）；国際公開第２００２／６１０８７号（図１）；同第２００１５７１８８号（請求項２０、２６９頁）；同第２００１７２８３０号（１２～１３頁）；同第２０００／２２１２９号（実施例１、１５２～１５３頁、実施例２、２５４～２５６頁）同第１９９９２８４６８号（請求項１、３８頁）；米国特許第５４４００２１号（実施例２、４９～５２欄）；国際公開第９４２８９３１号（５６～５８頁）；同第１９９２／１７４９７号（請求項７、図５）；Ｄｏｂｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２：２７９５－２７９９；Ｂａｒｅｌｌａ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３０９：７７３－７７９；
（３０）ＨＬＡ－ＤＯＢ（ペプチドに結合し、ＣＤ４＋Ｔリンパ球にそれらを提示する、ＭＨＣクラスＩＩ分子のβサブユニット（Ｉａ抗原））、２７３アミノ酸、ｐＩ：６．５６ ＭＷ：３０８２０ ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：６ｐ２１．３、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿００２１１１．１）Ｔｏｎｎｅｌｌｅ ｅｔ ａｌ．（１９８５）ＥＭＢＯ Ｊ．４（１１）：２８３９－２８４７；Ｊｏｎｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ２９（６）：４１１－４１３；Ｂｅｃｋ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２８：４３３－４４１；Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ９９：１６８９９－１６９０３；Ｓｅｒｖｅｎｉｕｓ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：８７５９－８７６６；Ｂｅｃｋ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２５５：１－１３；Ｎａｒｕｓｅ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｔｉｓｓｕｅ Ａｎｔｉｇｅｎｓ ５９：５１２－５１９；国際公開第９９５８６５８号（請求項１３、図１５）；米国特許第６１５３４０８号（３５～３８欄）；同第５９７６５５１号（１６８～１７０欄）；同第６０１１１４６号（１４５～１４６欄）；Ｋａｓａｈａｒａ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ３０（１）：６６－６８；Ｌａｒｈａｍｍａｒ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０（２６）：１４１１１－１４１１９。
（３１）Ｐ２Ｘ５（プリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５、細胞外ＡＴＰによって開口されたイオンチャネル、シナプス伝達及び神経発生に関与する場合がある、欠乏は特発性排尿筋不安定の病態生理学に寄与する場合がある）；４２２アミノ酸）、ｐＩ：７．６３、ＭＷ：４７２０６ ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：１７ｐ１３．３、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿００２５５２．２）Ｌｅ ｅｔ ａｌ．（１９９７）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．４１８（１－２）：１９５－１９９；国際公開第２００４０４７７４９号；同第２００３０７２０３５号（請求項１０）；Ｔｏｕｃｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０：１６５－１７３；国際公開第２００２２２６６０号（請求項２０）；同第２００３０９３４４４号（請求項１）；同第２００３０８７７６８号（請求項１）；同第２００３０２９２７７号（８２頁）。
（３２）ＣＤ７２（Ｂ細胞分化抗原ＣＤ７２、Ｌｙｂ－２）、ｐＩ：８．６６、ＭＷ：４０２２５ ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：９ｐ１３．３、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿００１７７３．１）国際公開第２００４０４２３４６号（請求項６５）；同第２００３／０２６４９３号（５１～５２頁、５７～５８頁）；同第２０００／７５６５５号（１０５～１０６頁）；Ｖｏｎ Ｈｏｅｇｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４４（１２）：４８７０－４８７７；Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ９９：１６８９９－１６９０３。
（３３）ＬＹ６４（リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）、ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）ファミリーのＩ型膜タンパク質、Ｂ細胞活性化及びアポトーシスを調節する、機能の喪失は全身性紅斑性狼瘡を有する患者における疾患活性の増加に関連する）；６６１アミノ酸、ｐＩ：６．２０、ＭＷ：７４１４７ ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：５ｑ１２、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿００５５７３．１）米国特許出願公開第２００２１９３５６７号；国際公開第９７０７１９８号（請求項１１、３９～４２頁）；Ｍｉｕｒａ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ３８（３）：２９９－３０４；Ｍｉｕｒａ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｂｌｏｏｄ ９２：２８１５－２８２２；国際公開第２００３０８３０４７号；同第９７４４４５２号（請求項８ ５７～６１頁）；同第２０００１２１３０号（２４～２６頁）。
（３４）ＦｃＲＨ１（Ｆｃ受容体様タンパク質１、Ｃ２型Ｉｇ様及びＩＴＡＭドメインを含有する免疫グロブリンＦｃドメインの推定受容体、Ｂリンパ球分化において役割を担う場合がある）；４２９アミノ酸、ｐＩ：５．２８、ＭＷ：４６９２５ ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：１ｑ２１－１ｑ２２、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿４４３１７０．１）国際公開第２００３０７７８３６号；同第２００１３８４９０号（請求項６、図１８Ｅ－１～１８－Ｅ－２）；Ｄａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ９８（１７）：９７７２－９７７７；国際公開第２００３０８９６２４号（請求項８）；欧州特許第１３４７０４６号（請求項１）；国際公開第２００３０８９６２４号（請求項７）。
（３５）ＩＲＴＡ２（免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転座関連２、Ｂ細胞発達及びリンパ腫形成に役割を有する可能性がある推定上の免疫受容体、転座による遺伝子の制御解除がいくつかのＢ細胞悪性腫瘍で生じる）、９７７アミノ酸、ｐＩ：６．８８ ＭＷ：１０６４６８ ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：１ｑ２１、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ヒト：ＡＦ３４３６６２、ＡＦ３４３６６３、ＡＦ３４３６６４、ＡＦ３４３６６５、ＡＦ３６９７９４、ＡＦ３９７４５３、ＡＫ０９０４２３、ＡＫ０９０４７５、ＡＬ８３４１８７、ＡＹ３５８０８５；マウス：ＡＫ０８９７５６、ＡＹ１５８０９０、ＡＹ５０６５５８；ＮＰ＿１１２５７１．１。国際公開第２００３０２４３９２号（請求項２、図９７）；Ｎａｋａｙａｍａ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２７７（１）：１２４－１２７；国際公開第２００３０７７８３６号；同第２００１３８４９０号（請求項３、図１８Ｂ－１～１８Ｂ－２）。
（３６）ＴＥＮＢ２（ＴＭＥＦＦ２、トモレグリン、ＴＰＥＦ、ＨＰＰ１、ＴＲ、推定膜貫通プロテオグリカン、成長因子及びフォリスタチンのＥＧＦ／ヘレグリンファミリーに関連する）；３７４アミノ酸、ＮＣＢＩ受託：ＡＡＤ５５７７６、ＡＡＦ９１３９７、ＡＡＧ４９４５１、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ：ＮＰ＿０５７２７６；ＮＣＢＩ遺伝子：２３６７１；ＯＭＩＭ：６０５７３４；ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ Ｑ９ＵＩＫ５；Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＦ１７９２７４；ＡＹ３５８９０７、ＣＡＦ８５７２３、ＣＱ７８２４３６ 国際公開第２００４０７４３２０号；日本国特許第２００４１１３１５１号；国際公開第２００３０４２６６１号；同第２００３００９８１４号；欧州特許第１２９５９４４号（６９～７０頁）；国際公開第２００２３０２６８号（３２９頁）；同第２００１９０３０４号；米国特許出願公開第２００４２４９１３０号；同第２００４０２２７２７号；国際公開第２００４０６３３５５号；米国特許出願公開第２００４１９７３２５号；同第２００３２３２３５０号；同第２００４００５５６３号；同第２００３１２４５７９号；Ｈｏｒｉｅ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ６７：１４６－１５２；Ｕｃｈｉｄａ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２６６：５９３－６０２；Ｌｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６０：４９０７－１２；Ｇｌｙｎｎｅ－Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ．Ｏｃｔ １５；９４（２）：１７８－８４。
（３７）ＰＭＥＬ１７（ｓｉｌｖｅｒ相同体；ＳＩＬＶ；Ｄ１２Ｓ５３Ｅ；ＰＭＥＬ１７；ＳＩ；ＳＩＬ）；ＭＥ２０；ｇｐ１００）ＢＣ００１４１４；ＢＴ００７２０２；Ｍ３２２９５；Ｍ７７３４８；ＮＭ＿００６９２８；ＭｃＧｌｉｎｃｈｅｙ Ｒ．Ｐ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０６（３３），１３７３１－１３７３６；Ｋｕｍｍｅｒ，Ｍ．Ｐ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８４（４），２２９６－２３０６。
（３８）ＴＭＥＦＦ１（ＥＧＦ様ドメイン及び２つのフォリスタチン様ドメイン１を有する膜貫通タンパク質；トモレグリン－１）；Ｈ７３６５；Ｃ９ｏｒｆ２；Ｃ９ＯＲＦ２；Ｕ１９８７８；Ｘ８３９６１；ＮＭ＿０８０６５５；ＮＭ＿００３６９２；Ｈａｒｍｓ，Ｐ．Ｗ．（２００３）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１７（２１），２６２４－２６２９；Ｇｅｒｙ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ２２ （１８）：２７２３－２７２７。
（３９）ＧＤＮＦ－Ｒａ１（ＧＤＮＦファミリー受容体α１；ＧＦＲＡ１；ＧＤＮＦＲ；ＧＤＮＦＲＡ；ＲＥＴＬ１；ＴＲＮＲ１；ＲＥＴ１Ｌ；ＧＤＮＦＲ－α１；ＧＦＲ－ＡＬＰＨＡ－１）；Ｕ９５８４７；ＢＣ０１４９６２；ＮＭ＿１４５７９３ ＮＭ＿００５２６４；Ｋｉｍ，Ｍ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２９（８），２２６４－２２７７；Ｔｒｅａｎｏｒ，Ｊ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ ３８２（６５８６）：８０－８３。
（４０）Ｌｙ６Ｅ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｅ；Ｌｙ６７、ＲＩＧ－Ｅ、ＳＣＡ－２、ＴＳＡ－１）；ＮＰ＿００２３３７．１；ＮＭ＿００２３４６．２；ｄｅ Ｎｏｏｉｊ－ｖａｎ Ｄａｌｅｎ，Ａ．Ｇ．ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １０３（６），７６８－７７４；Ｚａｍｍｉｔ，Ｄ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２２（３）：９４６－９５２。
（４１）ＴＭＥＭ４６（ｓｈｉｓａ相同体２（アフリカツメガエル）；ＳＨＩＳＡ２）；ＮＰ＿００１００７５３９．１；ＮＭ＿００１００７５３８．１；Ｆｕｒｕｓｈｉｍａ，Ｋ．ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．３０６（２），４８０－４９２；Ｃｌａｒｋ，Ｈ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１３（１０）：２２６５－２２７０。
（４２）Ｌｙ６Ｇ６Ｄ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｇ６Ｄ；Ｌｙ６－Ｄ、ＭＥＧＴ１）；ＮＰ＿０６７０７９．２；ＮＭ＿０２１２４６．２；Ｍａｌｌｙａ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ８０（１）：１１３－１２３；Ｒｉｂａｓ，Ｇ．ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６３（１）：２７８－２８７。
（４３）ＬＧＲ５（ロイシンリッチリピート含有Ｇタンパク質共役受容体５；ＧＰＲ４９；ＧＰＲ６７）；ＮＰ＿００３６５８．１；ＮＭ＿００３６６７．２；Ｓａｌａｎｔｉ，Ｇ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ａｍ．Ｊ．Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．１７０（５）：５３７－５４５；Ｙａｍａｍｏｔｏ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ ３７（３）：５２８－５３３。
（４４）ＲＥＴ（ｒｅｔプロトオンコジーン；ＭＥＮ２Ａ；ＨＳＣＲ１；ＭＥＮ２Ｂ；ＭＴＣ１；ＰＴＣ；ＣＤＨＦ１２；Ｈｓ．１６８１１４；ＲＥＴ５１；ＲＥＴ－ＥＬＥ１）；ＮＰ＿０６６１２４．１；ＮＭ＿０２０９７５．４；Ｔｓｕｋａｍｏｔｏ，Ｈ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ．１００（１０）：１８９５－１９０１；Ｎａｒｉｔａ，Ｎ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ２８（３４）：３０５８－３０６８。
（４５）ＬＹ６Ｋ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｋ；ＬＹ６Ｋ；ＨＳＪ００１３４８；ＦＬＪ３５２２６）；ＮＰ＿０５９９９７．３；ＮＭ＿０１７５２７．３；Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｎ．ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６７（２４）：１１６０１－１１６１１；ｄｅ Ｎｏｏｉｊ－ｖａｎ Ｄａｌｅｎ，Ａ．Ｇ．ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １０３（６）：７６８－７７４。
（４６）ＧＰＲ１９（Ｇタンパク質共役受容体１９；Ｍｍ．４７８７）；ＮＰ＿００６１３４．１；ＮＭ＿００６１４３．２；Ｍｏｎｔｐｅｔｉｔ，Ａ．ａｎｄ Ｓｉｎｎｅｔｔ，Ｄ．（１９９９）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１０５（１－２）：１６２－１６４；Ｏ’Ｄｏｗｄ，Ｂ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．（１９９６）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３９４（３）：３２５－３２９。
（４７）ＧＰＲ５４（ＫＩＳＳ１受容体；ＫＩＳＳ１Ｒ；ＧＰＲ５４；ＨＯＴ７Ｔ１７５；ＡＸＯＲ１２）；ＮＰ＿１１５９４０．２；ＮＭ＿０３２５５１．４；Ｎａｖｅｎｏｔ，Ｊ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．７５（６）：１３００－１３０６；Ｈａｔａ，Ｋ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２９（２）：６１７－６２３。
（４８）ＡＳＰＨＤ１（アスパラギン酸βヒドロキシラーゼドメイン含有１；ＬＯＣ２５３９８２）；ＮＰ＿８５９０６９．２；ＮＭ＿１８１７１８．３；Ｇｅｒｈａｒｄ，Ｄ．Ｓ．ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１４（１０Ｂ）：２１２１－２１２７。
（４９）チロシナーゼ（ＴＹＲ；ＯＣＡＩＡ；ＯＣＡ１Ａ；チロシナーゼ；ＳＨＥＰ３）；ＮＰ＿０００３６３．１；ＮＭ＿０００３７２．４；Ｂｉｓｈｏｐ，Ｄ．Ｔ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．４１（８）：９２０－９２５；Ｎａｎ，Ｈ．ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ１２５（４）：９０９－９１７。
（５０）ＴＭＥＭ１１８（膜貫通型リングフィンガータンパク質２；ＲＮＦＴ２；ＦＬＪ１４６２７）；ＮＰ＿００１１０３３７３．１；ＮＭ＿００１１０９９０３．１；Ｃｌａｒｋ，Ｈ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１３（１０）：２２６５－２２７０；Ｓｃｈｅｒｅｒ，Ｓ．Ｅ．ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｎａｔｕｒｅ ４４０（７０８２）：３４６－３５１。
（５１）ＧＰＲ１７２Ａ（Ｇタンパク質共役受容体１７２Ａ；ＧＰＣＲ４１；ＦＬＪ１１８５６；Ｄ１５Ｅｒｔｄ７４７ｅ）；ＮＰ＿０７８８０７．１；ＮＭ＿０２４５３１．３；Ｅｒｉｃｓｓｏｎ，Ｔ．Ａ．ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１００（１１）：６７５９－６７６４；Ｔａｋｅｄａ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．（２００２）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．５２０（１－３）：９７－１０１。
（５２）シアル酸に結合する免疫グロブリン様レクチンファミリーのメンバーであるＣＤ３３は、６７－ｋＤａのグリコシル化膜貫通タンパク質である。ＣＤ３３は、拘束された骨髄単球性前駆細胞及び赤血球前駆細胞に加えて、ほとんどの骨髄性白血病細胞及び単球性白血病細胞上で発現される。これは、最も初期の多能性幹細胞、成熟顆粒球、リンパ球細胞、又は非造血性細胞上では見られない（Ｓａｂｂａｔｈ ｅｔ ａｌ．，（１９８５）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．７５：７５６－５６；Ａｎｄｒｅｗｓ ｅｔ ａｌ．，（１９８６）Ｂｌｏｏｄ ６８：１０３０－５）。ＣＤ３３は、細胞質尾部上に２つのチロシン残基を含有し、その各々に、多くの阻害性受容体において見られる免疫受容体チロシン系阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）に類似する疎水性残基が続いている。
（５３）ＣＬＬ－１（ＣＬＥＣ１２Ａ、ＭＩＣＬ、及びＤＣＡＬ２）は、Ｃ型レクチン／Ｃ型レクチン様ドメイン（ＣＴＬ／ＣＴＬＤ）スーパーファミリーのメンバーをコードする。このファミリーのメンバーは、共通のタンパク質折り畳みを共有し、細胞接着、細胞間シグナル伝達、糖タンパク質ターンオーバー、並びに炎症及び免疫応答における役割などの多様な機能を有する。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、顆粒球及び単球の機能の負の制御因子である。この遺伝子の、いくつかの代替的なスプライス転写物バリアントが記載されてきたが、これらのバリアントのうちのいくつかの完全長の性質は決定されていない。この遺伝子は、染色体１２ｐ１３上のナチュラルキラー遺伝子複合体領域において他のＣＴＬ／ＣＴＬＤスーパーファミリーのメンバーと密接に連結している（Ｄｒｉｃｋａｍｅｒ Ｋ（１９９９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．９（５）：５８５－９０；ｖａｎ Ｒｈｅｎｅｎ Ａ，ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｂｌｏｏｄ １１０（７）：２６５９－６６；Ｃｈｅｎ ＣＨ，ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｂｌｏｏｄ １０７（４）：１４５９－６７；Ｍａｒｓｈａｌｌ ＡＳ，ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３６（８）：２１５９－６９；Ｂａｋｋｅｒ ＡＢ，ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６４（２２）：８４４３－５０；Ｍａｒｓｈａｌｌ ＡＳ，ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（１５）：１４７９２－８０２）。ＣＬＬ－１は、（カルシウム又は糖のいずれにも結合することが予測されない）単一のＣ型レクチン様ドメイン、ｓｔａｌｋ領域、膜貫通ドメイン、及びＩＴＩＭモチーフを含有する短い細胞質尾部を含むＩＩ型膜貫通受容体であることが示されてきた。
「抗体－薬物コンジュゲート」（ＡＤＣ）は、従来の小分子及び抗体がん化学療法と比較して、非特異的な毒性を低減させ、有効性を高めるように設計された標的化抗がん治療薬である。これらは、モノクローナル抗体の標的化能力を用いて、効力の高いコンジュゲート化小分子治療薬をがん細胞に送達する。抗体－薬物コンジュゲートは、リンカーを介して１つ又は複数の薬物部分に共有結合している抗体を構造的に含む。ＡＤＣは切断されて、細胞殺傷剤を放出する。ＡＤＣの抗体部分は、本明細書に記載された（１）～（５３）から選択される１つ又は複数の腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）又は細胞表面受容体に結合する抗体であり得る。
「ＢＰＡ」という用語は、構造：
Figure 2022513198000002
を有するｐ－ベンゾイル－Ｌ－フェニルアラニン部分を指す。
「ＰｈＬ」、「ｐｈｏｔｏ－Ｌｅｕ」、「Ｌ－フォト－ロイシン」、及び「ＰｈｏＬｅｕ」という用語は、本明細書では交換可能に使用され、構造：
Figure 2022513198000003
を有するジアジリニルロイシン部分を指す。
「Ｔｄｆ」という用語は、構造：
Figure 2022513198000004
を有する３－トリフルオロメチル－３－フェニルジアザリン部分を指す。
「ＰｈＭ」及び「フォト－メチオニン」という用語は、本明細書では交換可能に使用され、構造：
Figure 2022513198000005
を有するジアジリニルメチオニン部分を指す。
「光活性化可能アミノ酸残基」という用語は、ペプチド内の非天然型ＵＶ活性化架橋アミノ酸を指す。ＢＰＡ光活性化可能アミノ酸残基を含むペプチドは、本明細書では「ＢＰＡペプチド」と呼ばれる。ＰｈＬ光活性化可能アミノ酸残基を含むペプチドは、本明細書では「ＰｈＬペプチド」と呼ばれる。Ｔｄｆ光活性化可能アミノ酸残基を含むペプチドは、本明細書では「Ｔｄｆペプチド」と呼ばれる。ＰｈＭ光活性化可能アミノ酸残基を含むペプチドは、本明細書では「ＰｈＭペプチド」と呼ばれる。１つ又は複数のＢＰＡペプチドを含む組成物は、本明細書ではＢＰＡペプチド組成物と呼ばれる。１つ又は複数のＰｈＬペプチドを含む組成物は、本明細書ではＰｈＬペプチド組成物と呼ばれる。１つ又は複数のＴｄｆペプチドを含む組成物は、本明細書ではＴｄｆペプチド組成物と呼ばれる。
「光架橋」及び「フォトコンジュゲート」という用語は、タンパク質若しくはペプチドなどの２つの高分子間、又は１つの高分子の２つの異なる部分間の共有結合の光誘起形成を指す。「光架橋条件」は、光架橋を促進又は増強する本明細書に記載されるようなパラメータ（例えば、光波長、抗酸化物質、緩衝液、温度）を指す。
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位とその結合パートナ（例えば、抗原）との間の、非共有的結合性相互作用の合計の強度を指す。特に明記しない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体と抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映する特異的結合親和性を指す。一実施形態において、ＢＰＡペプチドが本明細書に記載されるようにコンジュゲートされる場合、相互作用は、対称的なＦｃドメインの側部ごとに１つのペプチドが存在する２：２の相互作用であり得る。分子Ｘの、パートナＹに対する親和性は、一般に、解離定数（Ｋｄ）によって表すことができる。親和性は、本明細書に記載するものを含め、当該技術分野で既知である一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための特定の例示的かつ代表的実施形態が当該技術分野において既知であり、これらのいずれも、本発明の目的のために使用することができる。Ｋｄ又はＫｄ値は、ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）－２０００又はＢＩＡｃｏｒｅ（商標）－３０００機器（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）などのシステムを使用する表面プラズモン共鳴アッセイを使用することによって測定することができる。
抗体の操作又は修飾を必要としない野生型抗体から抗体－薬物コンジュゲートを調製する直接的な方法が必要とされている。そのような方法は、例えば、わずか１つの化学的工程において均質なＡＤＣの生成を可能にし、本明細書に記載されるようなコンジュゲーションプロセスを大幅に単純化することができるであろう。更に、そのようなアプローチによって鎖間ジスルフィド及びグリカンが損傷することなく、鎖間ジスルフィド及びグリカンの特徴に依存する生物活性を最大化することができる。（例えば、本明細書に記載されるような抗体配列の変異を伴う）化学的にオルトゴナルなコンジュゲーションアプローチと組み合わせると、野生型抗体を修飾する方法は、ペイロードごとに定義された化学量論を有する２つ以上の異なるペイロードを有するＡＤＣの構築を可能にし得る。
ＢＰＡペプチド及び表１に記載されるようなＢＰＡペプチドＢＰＡ１～ＢＰＡ－１０を含む組成物が本明細書において提供される。一実施形態において、ＢＰＡペプチド組成物は、ＢＰＡ３又はＢＰＡ４を含む。一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、ＢＰＡ７（すなわち、配列番号８）を含む。一実施形態では、ＢＰＡペプチド組成物は、ＢＰＡ１０を含む。
ＰｈＬペプチド及び表２に記載されるようなＰｈＬペプチドＰｈＬ１～ＰｈＬ９を含む組成物が本明細書において更に提供される。表３に記載されるようなＴｄｆ１～Ｔｄｆ９からなる群から選択されるＴｄｆペプチド組成物が本明細書においてなお更に提供される。
本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、当該技術分野で知られているものを含む固相ペプチド合成法（ｓｏｌｉｄ－ｐｈａｓｅ ｐｅｐｔｉｄｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、ＳＰＰＳ）を使用して合成することができる。一実施形態において、ＳＰＰＳを使用して合成されたＢＰＡペプチドは、約５％、約３％、約１％、約０．５％、約０．３％、約０．１％、約０．０５％又は約０．０１％未満の不純物を有する。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、本明細書に記載された実施例に従って合成することができる。ペイロードによるその後の修飾を可能にする本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、ＳＰＰＳによって作製され、次いで、本明細書に記載されるような延長部分で切断後に化学的に修飾された。本明細書のＡＤＣ及び方法において有用な延長部分としては、例えば、１つ又は複数のチオール、アジド、テトラジン、シクロアルキンを有する基、又はフォトコンジュゲーション後のクリックケミストリーを可能にする他の基が挙げられる。一実施形態において、延長部分は：
Figure 2022513198000006
である。
Figure 2022513198000007
Ｂ＝ＢＰＡ
Figure 2022513198000008
Ｘ＝ＰｈＬ
Figure 2022513198000009
Ｚ＝Ｔｄｆ
Ｆｃ－ＩＩＩペプチド（配列番号１、表１）は、ＣＨ２ドメインとＣＨ３ドメインとの間のコンセンサス部位にてヒト免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）のＦｃフラグメントにナノモルの親和性で結合する（ＤｅＬａｎｏ，Ｗ．Ｌ．ｅｔ ａｌ（２０００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８７：１２７９－１２８３）。
一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、Ｃ末端アミドに結合した延長部分を更に含む。一実施形態において、延長部分は、以下の構造を有するＳ－アセチルチオアセテート（Ｓ－ａｃｅｔｙｌｔｈｉｏａｃｅｔａｔｅ、ＳＡＴＡ）
Figure 2022513198000010
を含む。
一実施形態において、延長部分は、構造：
Figure 2022513198000011
のアジド部分、シクロオクチン部分、又はテトラジニル部分を含む。
一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、ビオチン化されている。一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、フルオロフォアに結合している。
一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、１つ又は複数の反復ＰＥＧ単位：
Figure 2022513198000012
（式中、ｔ＝２～４０である。）を含む延長部分を更に含む。
一実施形態において、延長部分は、２～４０個、２～３０個、２～２５個、２～２０個、２～１５個、２～１２個、又は２～１０個のＰＥＧ単位を含む。一実施形態において、延長部分は、ＰＥＧ２、ＰＥＧ３、ＰＥＧ４、ＰＥＧ５、ＰＥＧ６、ＰＥＧ７、ＰＥＧ８、ＰＥＧ９、ＰＥＧ１０、ＰＥＧ１１、ＰＥＧ１２、ＰＥＧ１３、ＰＥＧ１４、ＰＥＧ１５、ＰＥＧ１６、ＰＥＧ１７、ＰＥＧ１８、ＰＥＧ１９、又はＰＥＧ２０を含んでいた。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ（２～１２）を含む延長部分を含む。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ１２を含む延長部分を含む。
ＩｇＧのＦｃフラグメントに対する本明細書に記載されたＢＰＡペプチドの親和性（すなわち、Ｋｄ）は、例えば、表面プラズモン共鳴（ｓｕｒｆａｃｅ ｐｌａｓｍｏｎ ｒｅｓｏｎａｎｃｅ、ＳＰＲ）などの当該技術分野で理解されている技術を使用して測定することができる。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、約０．０１μＭ～約１００μＭ、約０．０１μＭ～約７０μＭ、約０．０１μＭ～約５０μＭ、約０．０１μＭ～約２５μＭ、約０．０１μＭ～約１０μＭ、約０．０１μＭ～約５μＭ、約０．０１μＭ～約１μＭ、又は約０．０１μＭ～約０．５μＭのＫｄを有する。別の実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、約０．５μＭ～約７０μＭ、約０．５μＭ～約５０μＭ、又は約０．５μＭ～約１０μＭのＫｄを有する。別の実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、約１０μＭ～約７５μＭ、約１５μＭ～約７５μＭ、約２５μＭ～約７５μＭ、又は約５０μＭ～約７５μＭのＫｄを有する。更に別の実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、約５０μＭ～約１００μＭのＫｄを有する。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、約０．５、約１、５、約１０、約１５、約２５、約３０、約５０、約７０、又は約８０μＭのＫｄを有する。
本明細書に記載されたＢＰＡペプチドの親和性はまた、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドの親和性と比較することができる。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドのＫｄは、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドと比較した場合、減少している。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドのＫｄは、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドと比較して２５分の１～４２００分の１に減少している。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドのＫｄは、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドと比較して約４０００分の１よりも大きく減少している。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドのＫｄは、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドと比較して約４０００分の１よりも大きく減少している。
一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載されるようなＢＰＡ７（配列番号８）を含み、約７０μＭのＫｄを有する。一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載されるようなＢＰＡ７を含み、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドと比較して約４０００分の１よりも大きく減少したＫｄを有する。
一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載されるようなＢＰＡ１０（配列番号１１）を含み、約１１μＭのＫｄを有する。一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載されるようなＢＰＡ１０を含み、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドと比較して約６００分の１よりも大きく減少したＫｄを有する。
一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載されるようなＢＰＡ４（配列番号１１）を含み、約３０μＭのＫｄを有する。一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載されるようなＢＰＡ４を含み、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドと比較して約１７００分の１よりも大きく減少したＫｄを有する。
本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、対応する２５２位においてメチオニン（本明細書に記載されるようなＭｅｔ－２５２）を有する抗体に結合され得る。一実施形態において、抗体は、Ｍｅｔ－２５２を含むヒトＩｇＧ抗体である。一実施形態において、ＢＰＡペプチドを治療用抗体に付着させることができる。例えば、一実施形態において、治療用抗体は、モガムリズマブ、ブリナツモマブ、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、イブリツモマブ、トシツモマブ、イノツズマブ、ブレンツキシマブ、ベドチン、ゲムツズマブ オゾガマイシン、ダラツムマブ、イピリムマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ネシツムマブ、ミノツズマブ、ジヌツキシマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、ａｄｏ－トラスツズマブ エムタンシン、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、オララツマブ、デノスマブ、エロツズマブ、ベバシズマブ、又はラムシルマブからなる群から選択される治療用抗体を含む。
１つの好ましい実施形態において、治療用抗体は、リツキシマブ、オビヌツズマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、ａｄｏ－トラスツズマブ エムタンシン、又はベバシズマブからなる群から選択される治療用抗体を含む。一実施形態において、治療薬は、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標））又はトラスツズマブ エムタンシン（ＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標））である。一実施形態において、治療薬は、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標））である。
一実施形態において、治療用抗体は、ゲムツズマブ オゾガマイシンを含む。一実施形態において、治療用抗体は、イピリムマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、ダラツムマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、セツキシマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、ニボルマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、ペンブロリズマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、アベルマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、デュルバルマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、リツキシマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、オビヌツズマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、トラスツズマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、ペルツズマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、ａｄｏ－トラスツズマブ エムタンシンを含む。一実施形態において、治療用抗体は、ベバシズマブを含む。
別の実施形態において、治療用抗体は、ナタリズマブ、ベドリズマブ、ベリムマブ、イトリズマブ、オクレリズマブ、アレムツズマブ、オマリズマブ、カナキヌマブ、ダクリズマブ、デュピルマブ、レスリズマブ、メポリズマブ、ベンラリズマブ、シルクマブ、シルツキシマブ、サリルマブ、トシリズマブ、ウステキヌマブ、イクセキズマブ、セクキヌマブ、ブロダルマブ、グセルクマブ、チルドラキズマブ、インフリキシマブ、アダリムマブ、セルトリズマブ、ゴリムマブからなる群から選択される治療用抗体を含む。
１つの好ましい実施形態において、治療用抗体は、オクレリズマブ、オマリズマブ、又はトシリズマブを含む。インフリキシマブ。一実施形態において、治療用抗体は、ナタリズマブを含む。一実施形態において、治療用抗体は、アダリムマブを含む。
別の実施形態において、治療用抗体は、エクリズマブ、イダルシズマブ、エミシズマブ、アブシキシマブ、アリロクマブ、エボロクマブ、カパラシズマブからなる群から選択される治療用抗体を含む。一実施形態において、治療用抗体は、エミシズマブを含む。
更に別の実施形態において、治療用抗体は、ラキシバクマブ、オビルトキサキシマブ、イバリズマブ、ベズロトクスマブ、又はパリビズマブからなる群から選択される治療用抗体を含む。
更に別の実施形態において、治療用抗体は、ラニビズマブからなる群から選択される治療用抗体を含む。別の実施形態において、治療用抗体は、ムロモナブ－ＣＤ３、ロモソズマブ、エレヌマブ、ブロスマブからなる群から選択される治療用抗体を含む。
別の実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、Ｍｅｔ－２５２残基を含む非ヒト抗体に結合している。
一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、ＨＥＲ２関連がんの治療又は管理のために、ＨＥＲ２特異抗体に結合している。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１関連がんの治療又は管理のために、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１特異抗体に結合している。
本明細書に記載された抗体（Ａｂ）のＦｃ部分に結合した、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドを含む抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）が本明細書において更に提供される。ＡＤＣは、本明細書に記載された薬物部分（Ｄ）に結合した、本明細書に記載されたリンカー部分（Ｌ）を更に含む。
一実施形態において、抗体－薬物コンジュゲートは、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドと、本明細書に記載された抗体と、本明細書に記載されているようなＬと、Ｄと、を含む組成物である。一実施形態において、ＡＤＣは、式（Ｉ）：
Figure 2022513198000013
（式中、
Ａｂは、本明細書に記載されているような抗体であり、
Ｂは、抗体のＦｃ領域及びリンカー（Ｌ）に共有結合している、本明細書に記載されているようなＢＰＡペプチド（例えば、ＢＰＡ１～ＢＰＡ１０）であり、
Ｅは、本明細書で提供されるような任意選択的な延長部分であり、
Ｌは、本明細書で提供されるような任意選択的なリンカーであり、
Ｄは、放射性標識、抗体、又はチューブリン阻害剤、トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、ＤＮＡ架橋細胞毒性剤、アルキル化剤、タキサン、若しくはアントラサイクリン剤などの抗がん剤を含む薬物部分であり、
ｐは、１又は２である。）を含む。
ｐは、薬物対抗体比、すなわち、「ＤＡＲ」を指すことを理解されたい。一実施形態において、ｐは１（すなわち、ＤＡＲが１）である。一実施形態において、ｐは２（すなわち、ＤＡＲが２）である。ｐ（及びＤＡＲ）は、組成物の比（薬物対抗体）を指すことを理解されたい。したがって、いくつかの実施形態において、算出されたＤＡＲは、およそ２の非整数値（例えば、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．１、又は２．２であり、その中の値を含む）であり得る。同様に、いくつかの実施形態において、算出されたＤＡＲは、およそ１の非整数値（例えば、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．１、又は１．２であり、その中の値を含む）であり得る。
一実施形態において、Ｄは、マイタンシノイド、ドラスタチン、オーリスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン二量体（ＰＢＤ二量体）、アントラサイクリン剤、デュオカルマイシン、合成デュオカルマイシン類似体、１，２，９，９ａ－テトラヒドロシクロプロパ［ｃ］ベンゾ［ｅ］インドール－４－オン（ＣＢＩ）二量体、ビンカアルカロイド、タキサン（例えば、パクリタキセル又はドセタキセル）、トリコテセン、カンプトテシン、シルベストロール、又はエリナフィドである。
一実施形態において、デュオカルマイシンは、ミカロシルプロチロノリド（ＣＣ１０６５）である。一実施形態において、合成デュオカルマイシン類似体は、アドゼレシン、ビゼレシン、又はカルゼルシンである。
一実施形態において、Ｄは、ドラスタチン（国際公開第２０１５／０９００５０号；（それぞれが、参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれている、米国特許第５６３５４８３号；同第５７８０５８８号；同第５７６７２３７号；及び同第６１２４４３１号）で提供される部分など）である。
一実施形態において、Ｄは、ＰＢＤ二量体（それぞれが、参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれている、国際公開第２０１７／０６４６７５号；同第２０１５／０９５１２４号；同第２０１７／０５９２８９号；同第２０１４／１５９９８１号；及び欧州特許第２５２８６２５号で提供されるこれらのＰＢＤ二量体部分など）である。
一実施形態において、Ｄは、構造：
Figure 2022513198000014
（式中、ｎは、０又は１であり、抗体は、波線の位置で本明細書に記載されるようなリンカーを介して結合している）を有するＰＢＤ二量体である。
一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、式（ＩＩ）：
Figure 2022513198000015
（ＩＩ）
（式中、Ｘは、ピリジル脱離基であり、Ｒ１及びＲ２は、独立して、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキル（例えば、メチル、エチル、又はプロピル）である）を含むリンカー－薬物を含む。
一実施形態において、Ｄは、ＣＢＩ二量体（それぞれが、参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれている、国際公開第２０１５／０２３３５５号；同第２０１５／０９５２２７号に提供されるこれらのＣＢＩ二量体部分など）である。
一実施形態において、Ｄは、オーリスタチン（それぞれが、参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれている、米国特許第７４９８２９８号；同第７６５９２４１号；及び国際公開第２００２／０８８１７２号に提供されるこれらの部分など）である。
Ｄがオーリスタチンである一実施形態において、オーリスタチンは、構造；
Figure 2022513198000016
（ＭＭＡＥ）
（式中、波線は、本明細書に記載されているようなＬへの共有結合を示す）を有するＭＭＡＥである。
Ｄがオーリスタチンである一実施形態において、オーリスタチンは、ＭＭＡＦである。
Figure 2022513198000017
（ＭＭＡＦ）
（式中、波線は、本明細書に記載されているようなＬへの共有結合を示す）。
一実施形態において、Ｄは、マイタンシノイド（それぞれが、参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれている、米国特許第５２０８０２０号及び同第５４１６０６４号；並びに米国特許出願公開第２００５／０２７６８１２号で提供されるこれらの部分など）である。
一実施形態において、Ｄは、ＰＮＵ－１５９６８２、ドキソルビシン、ダウノルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン、又はバルルビシンを含むアントラサイクリン剤である。一実施形態において、アントラサイクリン剤は、ＰＮＵ－１５９６８２である。
別の実施形態において、ビンカアルカロイドは、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、又はビノレルビンである。
一実施形態において、Ｄは、式（ＩＩＩ）：
Figure 2022513198000018
（ＩＩＩ）
（式中、Ｘは、Ｂｒ又はＩであり、Ｌは、本明細書で提供されたようなリンカーであり、Ｒは、水素、Ｃ１～６アルキル、又は－Ｃ（＝Ｏ）Ｃ１～６アルキルであり、Ｒａは、水素又はＣ１～６アルキルである）を有するカリケアマイシン化合物である。カリケアマイシン化合物上の多くの位置は、結合位置として有用である。例えば、エステル結合が、従来のカップリング技法を使用したヒドロキシル基との反応によって形成され得る。
一実施形態において、Ｄは、例えば、１１Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、１８Ｆ、３２Ｐ、５１Ｃｒ、５７Ｃｏ、６４Ｃｕ、６７Ｇａ、７５Ｓｅ、８１ｍＫｒ、８２Ｒｂ、９９ｍＴｃ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１１１Ｉｎ及び２０１Ｔｉなどの放射性標識である。
一実施形態において、Ｄは、例えば、フルオレセイン、ヒドロキシルトラタミン（tratamine）、ローダミン、クマリン、アレクサフルオロ、ボディピー、ダンシル、ＧＦＰ、ＹＦＰ、ジゴキシゲニン、ジニトロフェノール、又はビオチンなどのフルオロフォア又は標識であり、これらの類似体及び誘導体を含む。
Ｅは、本明細書に記載されるような延長部分である。一実施形態において、延長部分は、（ＳＡＴＡ）を含む。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、１つ又は複数の反復ＰＥＧ単位：
Figure 2022513198000019
（式中、ｔ＝２～４０である）を含む延長部分を更に含む。
一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ（２～１２）を含む延長部分を含む。一実施形態において、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ１２を含む延長部分を含む。
Ｌは、１つ又は複数の薬物部分（Ｄ）を本明細書に記載されたＢＰＡペプチドに連結して、本明細書に記載されるようなＡＤＣを形成するために使用される二官能性部分又は多官能性部分であり得る。一実施形態において、Ｌは、ジスルフィド部分、ペプチド部分、又はペプチド模倣部分のうちの少なくとも１つを含む自壊性リンカーである。
一実施形態において、Ｌは、式（ＩＶ）：
－Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
（式中、
Ｓｔｒは、ストレッチャ単位又はＢＰＡペプチドに共有結合しているＳであり、
Ｐｅｐは、２～１２個のアミノ酸残基の任意選択的なペプチド単位であり、
Ｙは、Ｄに共有結合している任意選択的なスペーサ単位であり、
ｍ及びｎは、０～１から独立して選択される。）を有する。
一実施形態において、Ｓｔｒは、マレイイミジル部分、ブロモアセトアミジル部分、ヨードアセトアミジル部分を含む。一実施形態において、Ｓｔｒは、参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれている米国特許出願公開第２０１７－０１１２８９１号に記載されているものなどの反応性ジスルフィド基を含む。
一実施形態において、Ｌは、式（ＩＶ）を含み、Ｓｔｒは、式（Ｖ）：
Figure 2022513198000020
（式中、
Ｒ６は、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン－Ｃ（＝Ｏ）、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン－ＮＨ、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ－Ｃ（＝Ｏ）、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ－ＣＨ２、又はＣ１～Ｃ１２アルキレン－ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（チオフェン－３－イル）を含み、
ｒは、１～１２の範囲の整数であり、
Ｒ６は、Ｐｅｐ又はＹに結合されている。）を有する。
一実施形態において、Ｒ６は、（ＣＨ２）５である。
一実施形態において、Ｒ６は、ＰＥＧ（例えば、ＰＥＧ１０又はＰＥＧ１２）を含む。
Ｐｅｐは、天然アミノ酸又はタンパク質を構成しないアミノ酸を含み得る。
いくつかの実施形態において、Ｌは、式（ＩＶ）を含み、式中、Ｓｔｒは、本明細書で定義されたとおりであり、Ｐｅｐは、プロテアーゼによるなど酵素的切断によって切断されることによって、リソソーム酵素などの細胞内のプロテアーゼへの暴露時に免疫複合体からの薬物の放出を促進する自壊性ペプチド部分である（Ｄｏｒｏｎｉｎａ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２１：７７８－７８４）。例示的なペプチド単位としては、ジペプチド、トリペプチド、テトラペプチド、及びペンタペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。例示的なジペプチドとしては、バリン－シトルリン（ｖｃ又はｖａｌ－ｃｉｔ）、バリン－アラニン（ｖａ又はｖａｌ－ａｌａ）、アラニン－フェニルアラニン（ａｆ又はａｌａ－ｐｈｅ）、フェニルアラニン－リシン（ｆｋ又はｐｈｅ－ｌｙｓ）、フェニルアラニン－ホモリシン（ｐｈｅ－ｈｏｍｏｌｙｓ）、及びＮ－メチル－バリン－シトルリン（Ｍｅ－ｖａｌ－ｃｉｔ）が挙げられるが、これらに限定されない。例示的なトリペプチドには、グリシン－バリン－シトルリン（ｇｌｙ－ｖａｌ－ｃｉｔ）及びグリシン－グリシン－グリシン（ｇｌｙ－ｇｌｙ－ｇｌｙ）が挙げられるが、これらに限定されない。ペプチド単位は、天然アミノ酸残基、及び／又は微量アミノ酸、及び／又はシトルリン等の非天然アミノ酸類似体を含んでもよい。ペプチド単位は、特定の酵素、例えば、腫瘍関連プロテアーゼ、カテプシンＢ、Ｃ、及びＤ、又はプラスミンプロテアーゼによる酵素的切断のために設計及び最適化され得る。
いくつかの実施形態では、Ｌは、式（ＩＶ）を含み、式中、Ｓｔｒは、本明細書に定義されるとおりであり、Ｐｅｐは、自壊性ペプチド模倣部分である。例示的なペプチド模倣単位としては、トリアゾール、シクロブタン－１－１－ジカルボアルデヒド、シクロブタン－１－１－ジカルボアルデヒド－シトルリン、アルケン、ハロアルケン、及びイソオキサゾールが挙げられるが、これらに限定されない。
一実施形態において、Ｐｅｐは、部分：
Figure 2022513198000021
（式中、ペプチド模倣部分の左側の波線は、Ｓｔｒへの接続点であり、ペプチド模倣部分の右側の波線は、Ｄへの接続点である。）のうちの１つ又は複数を含む自壊性ペプチド模倣部分である。
１つの好ましい実施形態において、ペプチド模倣部分は、
Figure 2022513198000022
を含む。
一実施形態において、Ｐｅｐは、グリシン、アラニン、フェニルアラニン、リシン、アルギニン、バリン、及びシトルリンからなる群から独立して選択される２～１２個のアミノ酸残基を含む。
一実施形態において、Ｐｅｐは、バリン－シトルリン、アラニン－フェニルアラニン、又はフェニルアラニン－リシンを含む。
一実施形態において、Ｐｅｐは、本明細書に記載されるようなｓｑ－ｃｉｔ又はｎｓｑ－ｃｉｔを含む。
式（ＩＶ）の一実施形態において、Ｓｔｒは、Ｓであり、Ｐｅｐは、本明細書で定義されたとおりであり、Ｙは、パラ－アミノベンジル又はパラ－アミノベンジルオキシカルボニルを含む。
１つの好ましい実施形態において、Ｌは、式（ＩＶ）（式中、Ｒ６は、（ＣＨ２）５であり、Ｐｅｐは、ｖａｌ－ｃｉｔ、ｓｑ－ｃｉｔ、又はｎｓｑ－ｃｉｔであり、Ｙは、ＰＡＢである。）を含む。別の好ましい実施形態において、Ｌは、（式中、Ｒ６は、ＰＥＧ（例えば、ＰＥＧ１２）であり、Ｐｅｐは、ｖａｌ－ｃｉｔ、ｓｑ－ｃｉｔ、又はｎｓｑ－ｃｉｔであり、Ｙは、ＰＡＢである。）を含む。上記の一実施形態において、Ｐｅｐは、ｖａｌ－ｃｉｔである。上記の一実施形態において、Ｐｅｐは、ｓｑ－ｃｉｔ又はｎｓｑ－ｃｉｔである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、自壊性ジスルフィドを含む。
一実施形態において、Ｌは、式（ＶＩ）：
Figure 2022513198000023
（式中、
Ｂ及びＤは、本明細書で定義されたとおりであり、
Ｙは、パラ－アミノベンジル、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）、２－アミノイミダゾール－５－メタノール誘導体、オルト－若しくはパラ－アミノベンジルアセタール、４－アミノ酪酸アミド、ビシクロ［２．２．１］環系及びビシクロ［２．２．２］環系、又は２－アミノフェニルプロピオン酸アミドであり、
Ｒａ及びＲｂは、Ｈ及びＣ１～３アルキルから独立して選択され、Ｒａ及びＲｂのうちの一方のみがＨであってもよく、又はＲａ及びＲｂが、結合している炭素原子と共に、酸素ヘテロ原子を任意選択的に含む四～六員環を形成する。）を有する。
一実施形態において、Ｒａ及びＲｂは、Ｈ、－ＣＨ３及び－ＣＨ２ＣＨ３から独立して選択され、Ｒａ及びＲｂのうちの一方のみがＨであってもよく、又はＲａ及びＲｂが、結合している炭素原子と共に、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、テトラヒドロフラン及びテトラヒドロピランから選択される環を形成する。
一実施形態において、Ｙは、パラ－アミノベンジル又はｐ－アミノベンジルオキシカルボニルである。
１つの好ましい実施形態において、Ｙは、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）を含む。いくつかのそのような実施形態において、Ｙは、アミド結合を介してアミノ酸単位に結合してもよく、カルバミン酸エステル連結、メチルカルバミン酸エステル連結、又は炭酸エステル連結が、ベンジルアルコールと薬物との間になされる（Ｈａｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｔｈｅｒ．Ｐａｔｅｎｔｓ（２００５）１５：１０８７－１１０３）。
一実施形態において、Ｙは、（参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれている米国特許第７，３７５，０７８号；Ｈａｙ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．９：２２３７に記載されたものなどの）２－アミノイミダゾール－５－メタノール誘導体を含む。
一実施形態において、Ｙは、アミド結合の加水分解の際に環化を受ける。そのような実施形態において、Ｙは、（参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれているＲｏｄｒｉｇｕｅｓ ｅｔ ａｌ（１９９５）Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２：２２３によって記載されたものなどの）置換及び非置換４－アミノ酪酸アミド、（参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれているＳｔｏｒｍ ｅｔ ａｌ（１９７２）Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．９４：５８１５によって記載されたものなどの）置換ビシクロ［２．２．１］環系及びビシクロ［２．２．２］環系、又は（参照によりその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれているＡｍｓｂｅｒｒｙ，ｅｔ ａｌ（１９９０）Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５５：５８６７によって記載されたものなどの）２－アミノフェニルプロピオン酸アミドであってもよい。
一実施形態において、本明細書に記載された抗体は、以下の（１）～（５３）で付番されたものからなる群から選択される腫瘍関連抗原又は細胞表面受容体に結合する。
（１）ＢＭＰＲ１Ｂ（骨形成タンパク質受容体ＩＢ型）、
（２）Ｅ１６（ＬＡＴ１、ＳＬＣ７Ａ５）、
（３）ＳＴＥＡＰ１（前立腺の６回膜貫通上皮抗原）、
（４）ＭＵＣ１６（０７７２Ｐ、ＣＡ１２５）、
（５）ＭＰＦ（ＭＰＦ、ＭＳＬＮ、ＳＭＲ、巨核球増強因子、メソテリン）、
（６）Ｎａｐｉ２ｂ（ＮＡＰＩ－３Ｂ、ＮＰＴＩＩｂ、ＳＬＣ３４Ａ２、溶質担体ファミリー３４（リン酸ナトリウム）、メンバー２、ＩＩ型ナトリウム依存性リン酸トランスポーター３ｂ）、
（７）Ｓｅｍａ ５ｂ（ＦＬＪ１０３７２、ＫＩＡＡ１４４５、Ｍｍ．４２０１５、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＥＭＡＧ、セマフォリン５ｂ Ｈｌｏｇ、セマドメイン、７回トロンボスポンジンリピート（１型及び１型様）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）及び短細胞質ドメイン、（セマフォリン）５Ｂ）、
（８）ＰＳＣＡ ｈｌｇ（２７０００５０Ｃ１２Ｒｉｋ、Ｃ５３０００８Ｏ１６Ｒｉｋ、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２遺伝子）、
（９）ＥＴＢＲ（エンドセリンＢ型受容体）、
（１０）ＭＳＧ７８３（ＲＮＦ１２４、仮想タンパク質ＦＬＪ２０３１５）、
（１１）ＳＴＥＡＰ２（ＨＧＮＣ＿８６３９、ＩＰＣＡ－１、ＰＣＡＮＡＰ１、ＳＴＡＭＰ１、ＳＴＥＡＰ２、ＳＴＭＰ、前立腺がん関連遺伝子１、前立腺がん関連タンパク質１、前立腺の６回膜貫通上皮抗原２、６回膜貫通前立腺タンパク質）、
（１２）ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４）、
（１３）ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形がん腫由来成長因子）、
（１４）ＣＤ２１（ＣＲ２（補体受容体２）又はＣ３ＤＲ（Ｃ３ｄ／エプスタインバーウイルス受容体）又はＨｓ ７３７９２）、
（１５）ＣＤ７９ｂ（ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ７９β、ＩＧｂ（免疫グロブリン関連ベータ）、Ｂ２９）、
（１６）ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ）、
（１７）ＨＥＲ２、
（１８）ＮＣＡ、
（１９）ＭＤＰ、
（２０）ＩＬ２０Ｒα、
（２１）ブレビカン、
（２２）ＥｐｈＢ２Ｒ、
（２３）ＡＳＬＧ６５９、
（２４）ＰＳＣＡ、
（２５）ＧＥＤＡ、
（２６）ＢＡＦＦ－Ｒ（Ｂ細胞活性化因子受容体、ＢＬｙＳ受容体３、ＢＲ３）、
（２７）ＣＤ２２（Ｂ細胞受容体ＣＤ２２－Ｂアイソフォーム）、
（２８）ＣＤ７９ａ（ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９α、免疫グロブリン関連α）、
（２９）ＣＸＣＲ５（バーキットリンパ腫受容体１）、
（３０）ＨＬＡ－ＤＯＢ（ＭＨＣクラスＩＩ分子（Ｉａ抗原）のβサブユニット）、
（３１）Ｐ２Ｘ５（プリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５）、
（３２）ＣＤ７２（Ｂ細胞分化抗原ＣＤ７２、Ｌｙｂ－２）、
（３３）ＬＹ６４（リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）、ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）ファミリーのＩ型膜タンパク質）、
（３４）ＦｃＲＨ１（Ｆｃ受容体様タンパク質１）、
（３５）ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２、免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転座関連２）、
（３６）ＴＥＮＢ２（推定膜貫通プロテオグリカン）、
（３７）ＰＭＥＬ１７（ｓｉｌｖｅｒ相同体；ＳＩＬＶ；Ｄ１２Ｓ５３Ｅ；ＰＭＥＬ１７；ＳＩ、ＳＩＬ）、
（３８）ＴＭＥＦＦ１（ＥＧＦ様ドメイン及び２つのフォリスタチン様ドメインを有する膜貫通タンパク質１；トモレグリン－１）、
（３９）ＧＤＮＦ－Ｒａ１（ＧＤＮＦファミリー受容体α１；ＧＦＲＡ１；ＧＤＮＦＲ；ＧＤＮＦＲＡ；ＲＥＴＬ１；ＴＲＮＲ１；ＲＥＴ１Ｌ；ＧＤＮＦＲ－α１；ＧＦＲ－ＡＬＰＨＡ－１）、
（４０）Ｌｙ６Ｅ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｅ；Ｌｙ６７、ＲＩＧ－Ｅ、ＳＣＡ－２、ＴＳＡ－１）、
（４１）ＴＭＥＭ４６（ｓｈｉｓａ相同体２（アフリカツメガエル）；ＳＨＩＳＡ２）、
（４２）Ｌｙ６Ｇ６Ｄ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｇ６Ｄ；Ｌｙ６－Ｄ、ＭＥＧＴ１）、
（４３）ＬＧＲ５（ロイシンリッチリピート含有Ｇタンパク質共役受容体５；ＧＰＲ４９；ＧＰＲ６７）、
（４４）ＲＥＴ（ｒｅｔプロトオンコジーン；ＭＥＮ２Ａ；ＨＳＣＲ１；ＭＥＮ２Ｂ；ＭＴＣ１；ＰＴＣ；ＣＤＨＦ１２；Ｈｓ．１６８１１４；ＲＥＴ５１；ＲＥＴ－ＥＬＥ１）、
（４５）ＬＹ６Ｋ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｋ；ＬＹ６Ｋ；ＨＳＪ００１３４８；ＦＬＪ３５２２６）、
（４６）ＧＰＲ１９（Ｇタンパク質共役受容体１９；Ｍｍ．４７８７）、
（４７）ＧＰＲ５４（ＫＩＳＳ１受容体；ＫＩＳＳ１Ｒ；ＧＰＲ５４；ＨＯＴ７Ｔ１７５；ＡＸＯＲ１２）、
（４８）ＡＳＰＨＤ１（アスパラギン酸βヒドロキシラーゼドメイン含有１；ＬＯＣ２５３９８２）、
（４９）チロシナーゼ（ＴＹＲ；ＯＣＡＩＡ；ＯＣＡ１Ａ；チロシナーゼ；ＳＨＥＰ３）、
（５０）ＴＭＥＭ１１８（膜貫通型リングフィンガータンパク質２；ＲＮＦＴ２；ＦＬＪ１４６２７）、
（５１）ＧＰＲ１７２Ａ（Ｇタンパク質共役受容体１７２Ａ；ＧＰＣＲ４１；ＦＬＪ１１８５６；Ｄ１５Ｅｒｔｄ７４７ｅ）、
（５２）ＣＤ３３、並びに
（５３）ＣＬＬ－１。
一実施形態において、抗体は、２５２に対応する位置にメチオニン（ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ、Ｍｅｔ）を含むＩｇＧ抗体（ヒトＩｇＧ又はウサギＩｇＧ）である。抗体がＭｅｔ２５２を含むＩｇＧ抗体である一実施形態において、Ｍｅｔ２５２は酸化状態にない。一実施形態において、抗体は、Ｍｅｔ２５２、Ｓｅｒ２５４、及びＴ２５６の変異を含まないＩｇＧ抗体である。
一実施形態において、ＡＤＣのＡｂは、操作された抗体（例えば、Ｃｙｓに対する残基の変異を欠如する抗体）ではない。
一実施形態において、ＡＤＣのＡｂは、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドとのコンジュゲーション後、天然グリコシル化を保持する。
一実施形態において、ＡＤＣのＡｂは、トラスツズマブである。
一実施形態において、ＡＤＣのＡｂは、トラスツズマブ エムタンシンである。
一実施形態において、ＡＤＣのＡｂは、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体である。特定の実施形態において、置換された残基は、抗体の到達可能な部位に生じる。これらの残基をシステインで置換することによって、反応性チオール基が抗体の到達可能な部位に位置付けられ、反応性チオール基を使用して、抗体を薬物部分にコンジュゲートして、本明細書に記載されるようなＡＤＣを生成することができる。特定の実施形態において、以下の残基のうちの任意の１つ又は複数がシステインで置換されていてもよい。軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ付番）、軽鎖のＫ１４９（Ｋａｂａｔ付番）、重鎖のＡ１１８（ＥＵ付番）、及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ付番）。システイン操作抗体は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号に記載されるように生成され得る。
いくつかの実施形態において、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体は、以下の表４に列挙される重鎖又は軽鎖システイン置換のうちの１つを含む。
Figure 2022513198000024
他の実施形態において、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体は、表５に列挙される重鎖システイン置換のうちの１つを含む。
Figure 2022513198000025
いくつかの他の実施形態において、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体は、表６に列挙される軽鎖システイン置換のうちの１つを含む。
Figure 2022513198000026
いくつかの他の実施形態において、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体は、表７に列挙される重鎖及び軽鎖システイン置換のうちの１つを含む。
Figure 2022513198000027
がんの治療における本明細書に記載されたＡＤＣにおいて有用であり得るシステイン操作抗体としては、細胞表面受容体及び腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に対する抗体が挙げられるが、これらに限定されない。腫瘍関連抗原は、当該技術分野において既知であり、当該技術分野において周知である方法及び情報を使用して抗体を生成する際に使用するために調製され得る。がんの診断及び療法のための有効な細胞内標的を発見する試みとして、研究者らは、１つ又は複数の正常な非がん性細胞（複数可）と比較して、１つ又は複数の特定の種類（複数可）のがん細胞の表面上で特異的に発現される膜貫通ポリペプチド又はさもなければ腫瘍関連ポリペプチドを特定しようとした。多くの場合、そのような腫瘍関連ポリペプチドは、非がん性細胞の表面上と比較して、がん細胞の表面上でより豊富に発現される。そのような腫瘍関連細胞表面抗原ポリペプチドの同定は、抗体ベースの治療を介した破壊のための、がん細胞を特異的に標的化する能力を生じさせた。
特定の実施形態において、本明細書で提供される抗体は、当該技術分野で公知であり、容易に入手可能な追加のタンパク質を構成しない部分を含有するように更に修飾され得る。抗体の誘導体化に好適な部位としては、水溶性ポリマーが挙げられるが、これらに限定されるものではない。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、ポリエチレングリコール（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ ｇｌｙｃｏｌ、ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ－１，３－ジオキソラン、ポリ－１，３，６－トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマー又はランダムコポリマーのいずれか一方）、及びデキストラン又はポリ（ｎ－ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、並びにこれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中での安定性のため、製造上の利点を有し得る。ポリマーは、任意の分子量であってもよく、分岐していても、分岐していなくてもよい。抗体に結合するポリマーの数は、様々であってもよく、２つ以上のポリマーが結合する場合、ポリマーは、同じ分子であってもよく、又は異なる分子であってもよい。一般に、誘導体化のために使用されるポリマーの数及び／又はタイプは、改良される抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が定義された条件下で療法に使用されるかどうかなどの検討事項に基づいて決定することができるが、これらに限定されるものではない。
特定の実施形態において、本明細書に提供された抗体は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、０．１ｎＭ以下、０．０１ｎＭ以下、又は０．００１ｎＭ以下、任意選択的に１０－１３Ｍ以上（例えば、１０－８Ｍ以下、例えば、１０－８～１０－１３Ｍ、例えば、１０－９Ｍ～１０－１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
一実施形態において、Ｋｄは、以下のアッセイにより説明されるように、目的とする抗体のＦａｂバージョン及びその抗原を用いて行われる放射性標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性は、非標識抗原の滴定系の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）標識抗原によりＦａｂを平衡化し、次いで、結合した抗原を抗Ｆａｂ抗体でコーティングしたプレートで捕捉することにより測定する（例えば、Ｃｈｅｎｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５－８８１（１９９９を参照）。アッセイの条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍＬの捕捉用抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）で一晩コーティングし、その後、ＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミンで２～５時間にわたって室温（およそ２３°Ｃ）で遮断する。非吸着性プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）中で、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］－抗原を、（例えば、Ｐｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：４５９３－４５９９（１９９７）における抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ－１２の評価と同じように）目的とするＦａｂの段階希釈物と混合する。その後、目的とするＦａｂを一晩インキュベートするが、インキュベーションをより長い期間（例えば、約６５時間）続けて、平衡に達することを確実にすることができる。その後、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために混合物を捕捉プレートに移す。次に、溶液を除去し、プレートを、ＰＢＳ中０．１％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（登録商標））で８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μＬ／ウェルのシンチラント（ｓｃｉｎｔｉｌｌａｎｔ）（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ－２０（商標）、Ｐａｃｋａｒｄ）を添加し、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマ計数器（Ｐａｃｋａｒｄ）上で１０分間、計数する。最大結合の２０％以下を与える各Ｆａｂの濃度を、競合結合アッセイにおいて使用するために選択する。
別の実施形態によれば、Ｋｄは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を使用した表面プラズモン共鳴アッセイを使用して、２５°Ｃで、約１０応答単位（ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｕｎｉｔ、ＲＵ）で固定化された抗原ＣＭ５チップを用いて測定される。簡潔には、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）を、供給業者の指示に従って、Ｎ－エチル－Ｎ’－（３－ジメチルアミノプロピル）－カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化する。抗原をｐＨ４．８の１０ｍＭの酢酸ナトリウムによって５μｇ／ｍＬ（約０．２μＭ）に希釈した後、５μＬ／分の流量で注入し、およそ１０応答単位（ＲＵ）のカップリングされたタンパク質を得る。抗原の注入に続いて、未反応基をブロックするために１Ｍのエタノールアミンを注入する。動態測定のため、Ｆａｂの２倍段階希釈物（０．７８ｎＭ～５００ｎＭ）を、およそ２５μＬ／分の流量にて２５°Ｃで０．０５％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（商標））界面活性剤（ＰＢＳＴ）を含むＰＢＳ中に注入する。会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を、会合センサグラム及び解離センサグラムを同時に適合することによって、単純１対１Ｌａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン３．２）を使用して算出する。平衡解離定数（Ｋｄ）は、ｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出される。例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５－８８１（１９９９）を参照。上述の表面プラズモン共鳴アッセイによりオン速度が１０６Ｍ－１ｓ－１を超える場合、オン速度を、ストップフローを装備した分光測色計（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）又は撹拌キュベットを有する８０００シリーズＳＬＭ－ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光測色計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）等の分光計で測定される抗原の増加した濃度の存在下でＰＢＳ（ｐＨ７．２）中２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ形態）の２５°Ｃでの蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ、発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加又は減少を測定する蛍光クエンチ技法を使用することによって決定することができる。
抗体フラグメント。特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、抗体フラグメントである。抗体フラグメントとしては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖフラグメント、及び以下に記載する他のフラグメントが挙げられるがこれらに限定されない。特定の抗体フラグメントのレビューとしては、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）を参照。ｓｃＦｖフラグメントのレビューとしては、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ），ｐｐ．２６９－３１５（１９９４）を参照。また、国際公開第９３／１６１８５号、並びに米国特許第５，５７１，８９４号及び同第５，５８７，４５８号も参照されたい。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、インビボでの半減期が長くなったＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２フラグメントの説明については、米国特許第５，８６９，０４６号を参照。
ダイアボディは、二価又は二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体フラグメントである。例えば、欧州特許第４０４，０９７号、国際公開第１９９３／０１１６１号、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）；及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４－６４４８（１９９３）を参照。トリアボディ及びテトラボディについては、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）にもまた記載されている。
単一ドメイン抗体とは、抗体の重鎖可変ドメインの全部若しくは一部、又は軽鎖可変ドメインの全部若しくは一部を含む抗体フラグメントである。特定の実施形態において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ；例えば、米国特許第６，２４８，５１６Ｂ１号を参照）である。
抗体フラグメントは、本明細書に記載されているように、インタクトな抗体のタンパク質分解消化、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌又はファージ）による生産を含むがこれらに限定されない様々な技術によって作製することができる。
キメラ抗体及びヒト化抗体。特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、キメラ抗体である。ある種のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１－６８５５（１９８４））に開示されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）、及びヒト定常領域を含む。更なる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のクラス又はサブクラスから変更された「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合フラグメントを含む。
特定の実施形態において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、親の非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低下させるためにヒト化される。通常、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（又はその一部）が非ヒト抗体に由来する１つ又は複数の可変ドメインを含み、ＦＲ（又はその一部）はヒト抗体配列に由来する。任意選択的に、ヒト化抗体はまた、ヒト定常領域の少なくとも一部を含むこととなる。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体のいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性又は親和性を回復又は改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基に由来する抗体）からの対応する残基で置換される。
ヒト化抗体及びヒト化抗体の作製方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）においてレビューされ、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９－１００３３（１９８９）；米国特許第５，８２１，３３７号，同第７，５２７，７９１号，同第６，９８２，３２１号，及び同第７，０８７，４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５－３４（２００５）（ＳＤＲ（ａ－ＣＤＲ）グラフトに関する記述）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９－４９８（１９９１）（「表面再構成」の記述）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３－６０（２００５）（グラフトに関する記述）；並びにＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１－６８（２００５）及びＫｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２－２６０（２０００）」（ＦＲ構築のための「誘導選択」アプローチの記述）において更に記載されている。
ヒト化に使用可能なフレームワーク領域としては、限定されないが、「ベストフィット」方法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Ｓｉｍｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３）を参照）；軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列から誘導されるフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５（１９９２）；及びＰｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１５１：２６２３（１９９３）を参照）；（体細胞性変異を受けた）ヒト成熟フレームワーク領域又はヒト生殖系フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ、Ｆｒｏｎｔ Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）を参照）；並びにＦＲライブラリのスクリーニングから誘導されるフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８－１０６８４（１９９７）及びＲｏｓｏｋ ｅｔ ａｌ．、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ ２７１：２２６１１－２２６１８（１９９６）を参照）が挙げられる。
ヒト抗体。特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野で知られている様々な技術を用いて作製することができる。ヒト抗体は、大略的に、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８－７４（２００１）及びＬｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０－４５９（２００８）において記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に免疫原を投与することによって調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座に取って代わるヒト免疫グロブリン遺伝子座のすべて又は一部を含むか、又は染色体外に存在するか、又は動物の染色体にランダムに統合されている。このようなトランスジェニックマウスにおいて、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、概ね不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法のレビューについては、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７－１１２５（２００５）を参照。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載する米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載する米国特許第５，７７０，４２９号；Ｋ－Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許第７，０４１，８７０号；及び、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載する米国特許出願公開第２００７／００６１９００号も参照されたい。そのような動物によって生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって更に修飾され得る。
ヒト抗体はまた、ハイブリドーマに基づく方法で作製することができる。ヒトモノクローナル抗体を産生するためのヒト骨髄腫細胞株及びマウス－ヒト異種骨髄腫細胞株が記載されている。（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１－６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）；及びＢｏｅｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６（１９９１）を参照。）ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術によって生成されたヒト抗体もまた、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７－３５６２（２００６）に記載されている。更なる方法としては、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号、及び（ヒト－ヒトハイブリドーマを記載する）Ｎｉ，Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５－２６８（２００６）（ハイブリドーマ細胞株由来のモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載）に記載された方法が挙げられる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）はまた、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７－９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５－９１（２００５）にも記載されている。
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成することもできる。その後、かかる可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと組み合わせられ得る。抗体ライブラリからヒト抗体を選択するための手法が以下に記載されている。
ライブラリ由来の抗体。本発明の抗体は、所望の活性（複数可）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリをスクリーニングすることによって単離され得る。例えば、ファージディスプレイライブラリを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてそのようなライブラリをスクリーニングするための様々な方法が当該技術分野で知られている。そのような方法については、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１－３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）においてレビューされ、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２－５５４；Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４－６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１－５９７（１９９２）；Ｍａｒｋｓ ａｎｄ Ｂｒａｄｂｕｒｙ，ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１６１－１７５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）；Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９－３１０（２００４）；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３－１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７－１２４７２（２００４）；及びＬｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１－２）：１１９－１３２（２００４）において更に記載されている。
ある種のファージディスプレイ法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリはポリメラーゼ連鎖反応（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ、ＰＣＲ）により別々にクローニングされ、ファージライブラリ内で無作為に再結合され、次いでＷｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ１２：４３３－４５５（１９９４）に記載されているような、抗原結合ファージに対してスクリーニングすることが可能である。ファージは、典型的には、抗体フラグメントを一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）フラグメント又はＦａｂフラグメントのいずれかとしてディスプレイする。免疫源からのライブラリは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原に対する高親和性抗体を提供する。あるいは、ナイーブレパートリーは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ ｅｔ ａｌ．ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ １２：７２５－７３４（１９９３）によって記載されるように、（例えば、ヒトから）クローニングされて、いかなる免疫化も伴うことなく、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対する単一抗体源を提供することができる。最後に、ナイーブライブラリはまた、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２２７：３８１－３８８（１９９２）に記載されるように、幹細胞からの再配列されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを使用して高度可変ＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再配列を遂行することによって、合成的に作製することができる。ヒト抗体ファージライブラリについて記載する特許公報としては、例えば：米国特許第５，７５０，３７３号、並びに米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号、及び同第２００９／０００２３６０号が挙げられる。ヒト抗体ライブラリから単離された抗体又は抗体フラグメントは、本明細書ではヒト抗体又はヒト抗体フラグメントとみなされる。
多重特異性抗体。特定の実施形態において、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体である。特定の実施形態において、二重特異性抗体は、同一の標的の２つの異なるエピトープに結合し得る。二重特異性抗体を使用して、標的を発現する細胞に細胞毒性剤を局在化させることもできる。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体フラグメントとして調製され得る。
多重特異性抗体を作製するための技術としては、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖－軽鎖対の組換え共発現（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｃｕｅｌｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ ３０５：５３７（１９８３））、国際公開第９３／０８８２９号、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．１０：３６５５（１９９１）を参照）、及び「ノブ・イン・ホール」操作（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号を参照）が挙げられるが、これらに限定されるものではない。本明細書で使用される場合、「ノブ・イントゥ・ホール」又は「ＫｎＨ」技術という用語は、２つのポリペプチドを、それらが相互作用する界面で一方のポリペプチドに隆起（ノブ）を導入し、他方のポリペプチドに空洞（ホール）を導入することによって、インビトロ又はインビボでの対合を指向する技術を指す。例えば、ＫｎＨは、抗体のＦｃ：Ｆｃ結合界面、ＣＬ：ＣＨ１界面、又はＶＨ／ＶＬ界面に導入されている（例えば、米国特許出願公開第２０１１／０２８７００９号、同第２００７／０１７８５５２号、国際公開第９６／０２７０１１号、同第９８／０５０４３１号、及びＺｈｕ ｅｔ ａｌ．，１９９７，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ ６：７８１－７８８、国際公開第２０１２／１０６５８７号を参照）。いくつかの実施形態において、ＫｎＨは、多重特異性抗体の製造中に、２つの異なる重鎖の対合を共に駆動する。例えば、Ｆｃ領域内にＫｎＨを有する多重特異性抗体は、各Ｆｃ領域に連結された単一可変ドメインを更に含み得るか、又は類似の若しくは異なる軽鎖可変ドメインと対合する異なる重鎖可変ドメインを更に含み得る。ＫｎＨ技術はまた、２つの異なる受容体の細胞外ドメインを一緒に対合するか、又は異なる標的認識配列を含む任意の他のポリペプチド配列（例えば、アフィボディ、ペプチボディ、及び他のＦｃ融合体を含む）を対合するためにも使用することができる。
本明細書で使用される場合、「ノブ変異」という用語は、ポリペプチドが別のポリペプチドと相互作用する界面で隆起（ノブ）をポリペプチドに導入する変異を指す。いくつかの実施形態において、他のポリペプチドは、ホール変異を有する。
本明細書で使用される場合、「ホール変異」という用語は、ポリペプチドが別のポリペプチドと相互作用する界面で空洞（ホール）をポリペプチドに導入する変異を指す。いくつかの実施形態において、他のポリペプチドは、ノブ変異を有する。
「隆起」は、第１のポリペプチドの界面から突出し、したがって、隣接界面（すなわち、第２のポリペプチドの界面）の補償空洞内に位置付け可能となることで、例えば、ヘテロ多量体を安定させ、それによりホモ多量体形成よりもヘテロ多量体形成が好都合になる、少なくとも１つのアミノ酸側鎖を指す。隆起は、元の界面に存在し得るか、又は合成的に（例えば、界面をコードする核酸を改変することによって）導入され得る。いくつかの実施形態において、第１のポリペプチドの界面をコードする核酸は、隆起をコードするように改変される。これを達成するために、第１のポリペプチドの界面の少なくとも１つの「元の」アミノ酸残基をコードする核酸が、元のアミノ酸残基よりも大きい側鎖体積を有する少なくとも１つの「移入」アミノ酸残基をコードする核酸で置き換えられる。２つ以上の元の残基及び対応する移入残基が存在し得ることを理解されたい。様々なアミノ残基の側鎖体積は、例えば、米国特許出願公開第２０１１／０２８７００９号の表１に示されている。「隆起」を導入する変異は、「ノブ変異」と称され得る。
いくつかの実施形態において、隆起の形成のための移入残基は、アルギニン（Ｒ）、フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、及びトリプトファン（Ｗ）から選択される天然アミノ酸残基である。いくつかの実施形態において、移入残基は、トリプトファン又はチロシンである。いくつかの実施形態において、アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グリシン、セリン、トレオニン、又はバリンなどの隆起の形成のための元の残基は、小さい側鎖体積を有する。
「空洞」は、第２のポリペプチドの界面から凹んでおり、したがって、隣接する第１のポリペプチドの界面上の対応する隆起を収容する少なくとも１つのアミノ酸側鎖を指す。空洞は、元の界面に存在し得るか、又は合成的に（例えば、界面をコードする核酸を改変することによって）導入され得る。いくつかの実施形態において、第２のポリペプチドの界面をコードする核酸は、空洞をコードするように改変される。これを達成するために、第２のポリペプチドの界面の少なくとも１つの「元の」アミノ酸残基をコードする核酸が、元のアミノ酸残基よりも小さい側鎖体積を有する少なくとも１つの「移入」アミノ酸残基をコードするＤＮＡで置き換えられる。２つ以上の元の残基及び対応する移入残基が存在し得ることを理解されたい。いくつかの実施形態において、空洞の形成のための移入残基は、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、及びバリン（Ｖ）から選択される天然アミノ酸残基である。いくつかの実施形態において、移入残基は、セリン、アラニン、又はトレオニンである。いくつかの実施形態において、チロシン、アルギニン、フェニルアラニン、又はトリプトファンなどの空洞の形成のための元の残基は、大きい側鎖体積を有する。「空洞」を導入する変異は、「ホール変異」と称され得る。
隆起は、空洞内で「位置付け可能」であり、これは、それぞれ、第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドの界面の隆起及び空洞の空間的位置、並びに隆起及び空洞の大きさが、界面での第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの正常な会合を著しく乱すことなく隆起が空洞内に位置し得るようなものであることを意味する。Ｔｙｒ、Ｐｈｅ、及びＴｒｐなどの隆起は典型的には、界面の軸から垂直には延びず、好ましい立体構造を有さず、隆起と対応する空洞との整列は、場合によっては、Ｘ線結晶解析又は核磁気共鳴（ｎｕｃｌｅａｒ ｍａｇｎｅｔｉｃ ｒｅｓｏｎａｎｃｅ、ＮＭＲ）によって得られるものなどの三次元構造に基づいて隆起／空洞の対をモデル化することに依存し得る。これは、当該技術分野で広く受け入れられている技術を使用して達成され得る。
いくつかの実施形態において、ＩｇＧ１定常領域内のノブ変異は、Ｔ３６６Ｗ（ＥＵ付番）である。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ１定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ付番）から選択される１つ又は複数の変異を含む。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ１定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ付番）を含む。
いくつかの実施形態において、ＩｇＧ４定常領域内のノブ変異は、Ｔ３６６Ｗ（ＥＵ付番）である。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ４定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ付番）から選択される１つ又は複数の変異を含む。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ４定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ付番）を含む。
多重特異性抗体はまた、静電的ステアリング（ｅｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃ ｓｔｅｅｒｉｎｇ）効果を操作して抗体Ｆｃ－ヘテロ二量体分子を作製すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）、２つ以上の抗体又はフラグメントを架橋すること（例えば、米国特許第４６７６９８０号、及びＢｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５）を参照）、ロイシンジッパーを使用して二重特異性抗体を産生すること（例えば、Ｋｏｓｔｅｌｎｙｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４８（５）：１５４７－１５５３（１９９２）を参照）、「ダイアボディ」技術を使用して二重特異性抗体フラグメントを作製すること（例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：６４４４－６４４８（１９９３）を参照）、及び１本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用すること（例えば、Ｇｒｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５２：５３６８（１９９４）を参照）；及び例えば、Ｔｕｔｔ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）に記載されるように三重特異性抗体を調製することによって作製され得る。
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能性抗原結合部位を有する操作抗体もまた、本明細書に含まれる。（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号を参照）。
本明細書の抗体又はフラグメントには、標的並びに別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用（Ｄｕａｌ Ａｃｔｉｎｇ）ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」も含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号を参照のこと）。
抗体バリアント。特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体のアミノ酸配列バリアントが想到される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を向上させることが所望され得る。抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列中に適正な修飾を導入することによって、又はペプチド合成によって調製され得る。そのような修飾は、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基の欠失、及び／又は挿入、及び／又は置換を含む。最終コンストラクトに到達するために欠失、挿入、及び置換を任意に組み合わせることができるが、ただし、その最終コンストラクトが所望の特性、例えば、抗原結合を保有することを条件とする。
置換、挿入、及び欠失バリアント。特定の実施形態において、１つ又は複数のアミノ酸置換を有する抗体バリアントが提供される。置換による変異誘発に関して目的とする部位には、ＨＶＲ及びＦＲが含まれる。保存的置換は、表８において、「好ましい置換」の見出しの下に示される。より実質的な変化は、表８において、「例示的な置換」の見出しの下に提供され、またアミノ酸側鎖クラスを参照して以下に更に記載される通りである。目的とする抗体中にアミノ酸置換を導入し、その産物を、所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、減少した免疫原性、又は改善されたＡＤＣＣ若しくはＣＤＣについてスクリーニングすることができる。
Figure 2022513198000028
アミノ酸は、一般的な側鎖の性質に従って分類することができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。ある種類の置換型バリアントは、親抗体（例えば、ヒト化抗体又はヒト抗体）の１つ又は複数の超可変領域残基を置換することを伴う。概ね、更なる研究のために選択された結果として生じる（複数の）バリアントは、親抗体と比較して特定の生物学的特性（例えば、親和性の増加、免疫原性の低下）において修飾（例えば、改善）を有し、かつ／又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持することとなる。例示的な置換型バリアントは、親和性成熟した抗体であり、例えば、本明細書に記載されるものなどのファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を用い、簡便に生成されてもよい。要するに、１つ又は複数のＨＶＲ残基が変異され、バリアント抗体がファージにディスプレイされ、特定の生物活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
改変（例えば、置換）は、ＨＶＲ中で、例えば、抗体親和性を改善するために行われてもよい。そのような改変は、ＨＶＲの「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセスの間に高頻度で変異が起こるコドンによってコードされる残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９－１９６（２００８）を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ－ＣＤＲ）において行われてもよく、得られたバリアントＶＨ又はＶＬが、結合親和性について試験される。二次ライブラリからの構築及び再選択による親和性成熟化は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１－３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，（２００１））に記載されている。親和性成熟のいくつかの実施形態では、多様な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチドを対象とする変異誘発）のいずれかによって、成熟のために選択される可変遺伝子に多様性が導入される。その後、二次ライブラリが作成される。その後、ライブラリをスクリーニングして、所望の親和性を有する抗体バリアントを特定する。多様性を導入するための別の方法は、いくつかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４～６個の残基）をランダム化する、ＨＶＲ指向性アプローチを伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニン走査変異誘発又はモデリングを使用して、具体的に特定され得る。特に、ＣＤＲ－Ｈ３とＣＤＲ－Ｌ３が標的とされる場合が多い。
特定の実施形態において、置換、挿入、又は欠失は、かかる改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限り、１つ又は複数のＨＶＲ内で生じ得る。例えば、結合親和性を実質的に低下させない保存的改変（例えば、本明細書に提供されるような保存的置換）が、ＨＶＲ中で行われてもよい。かかる改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側であってもよい。上に提供されるバリアントＶＨ及びＶＬ配列の特定の実施形態では、各ＨＶＲは、改変されていないか、又は１つ、２つ、若しくは３つ以下のアミノ酸置換を含有するかのいずれかである。
変異誘発の標的となり得る抗体の残基又は領域を特定するための有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１－１０８５に記載されているように「アラニン走査変異誘発」と呼ばれている。この方法では、抗体と抗原との相互作用が影響を受けるかどうかを決定するために、残基又は標的残基群（例えば、荷電残基、例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ及びｇｌｕ）が同定され、中性又は負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）によって置き換えられる。更なる置換が、初期置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸位置に導入されてもよい。代替的に、又は追加的に、抗原－抗体複合体の結晶構造を使用して、抗体と抗原との間の接触点が特定される。そのような接触残基及び隣接残基は、置換の候補として標的とされるか、又は除去されてもよい。バリアントをスクリーニングして、バリアントが所望の性質を含有するかどうかを決定してもよい。
アミノ酸配列挿入として、１個の残基から１００個以上の残基を含むポリペプチドまでの長さ範囲のアミノ末端及び／又はカルボキシル末端の融合、並びに１個又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入が挙げられる。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入バリアントには、酵素に対する抗体のＮ末端若しくはＣ末端への融合（例えば、ＡＤＥＰＴの場合）、又は抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合が挙げられる。
グリコシル化バリアント。特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少させるように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加又は欠失は、１つ又は複数のグリコシル化部位が作り出されるか、又は除去されるようにアミノ酸配列を改変させることにより好都合に達成され得る。
抗体がＦｃ領域を含む場合、抗体に付着している糖質を改変させてもよい。哺乳動物細胞によって生成された天然型抗体は、典型的には、Ｎ結合によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に一般に結合される分岐状の二分岐オリゴ糖を含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６－３２（１９９７）を参照。オリゴ糖としては、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、並びに二分岐オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースが挙げられ得る。いくつかの実施形態において、本発明の抗体中のオリゴ糖の改変は、特定の改良された特性を有する抗体バリアントを作成するために行われてもよい。
一実施形態では、Ｆｃ領域に（直接的に又は間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体バリアントが提供される。このような抗体中のフコースの量は、例えば、１％～８０％、１％～６５％、５％～６５％、又は２０％～４０％であってもよい。フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ質量分析法によって測定されるＡｓｎ２９７に付着しているすべての糖構造（例えば、複合体構造、ハイブリッド構造、及び高マンノース構造）の合計に対するＡｓｎ２９７における糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域内の約２９７位（Ｆｃ領域残基のＥＵ付番）に位置するアスパラギン残基を指す。しかし、Ａｓｎ２９７もまた位置２９７の上流又は下流のおよそ±３アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変異に起因して、位置２９４と位置３００の間に配置され得る。このようなフコシル化バリアントは、ＡＤＣＣの機能を改善している可能性がある。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）；同第２００４／００９３６２１号（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照。「非フコシル化」又は「フコース欠損」抗体バリアントに関する刊行物の例としては、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；同第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；同第２００２／０１６４３２８号；同第２００４／００９３６２１号；同第２００４／０１３２１４０号；同第２００４／０１１０７０４号；同第２００４／０１１０２８２号；同第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；同第２００３／０８４５７０号；同第２００５／０３５５８６号；同第２００５／０３５７７８号；同第２００５／０５３７４２号；同第２００２／０３１１４０号；Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９－１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）が挙げられる。非フコシル化抗体を生成可能な細胞株の例としては、タンパク質フコシル化を欠失しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ ｅｔ ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３－５４５（１９８６）；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ；及び国際公開第２００４／０５６３１２Ａ１号、Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．、特に、実施例１１において）、並びにα－１，６－フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞などのノックアウト細胞株（例えば、Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４ （２００４）；Ｋａｎｄａ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，９４（４）：６８０－６８８（２００６）；及び国際公開第２００３／０８５１０７号）が挙げられる。
例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖を有する抗体バリアントが更に提供される。そのような抗体バリアントは、フコシル化を低減させ、かつ／又はＡＤＣＣ機能が改善され得る。そのような抗体バリアントの例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Ｊｅａｎ－Ｍａｉｒｅｔ ｅｔ ａｌ．）；米国特許第６，６０２，６８４号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。Ｆｃ領域に付着したオリゴ糖の少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体バリアントもまた提供される。このような抗体バリアントは、ＣＤＣの機能が改善され得る。このような抗体バリアントは、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Ｐａｔｅ ｅｔ ａｌ．）、同第１９９８／５８９６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）、及び同第１９９９／２２７６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載されている。
Ｆｃ領域バリアント。特定の実施形態において、１つ又は複数のアミノ酸修飾が本明細書に提供される抗体のＦｃ領域に導入され、それにより、Ｆｃ領域バリアントが生成され得る。Ｆｃ領域バリアントは、１つ又は複数のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含み得る。
特定の実施形態では、本発明は、すべてではないが、いくつかのエフェクタ機能を有することにより、インビボでの抗体の半減期が重要であるが、ある特定のエフェクタ機能（補体及びＡＤＣＣ等）が不要又は有害である用途に望ましい候補となる抗体変異形を企図する。ＣＤＣ活性及び／又はＡＤＣＣ活性の低下／消失を確認するために、インビトロ及び／又はインビボの細胞毒性アッセイを実施することができる。例えば、Ｆｃ受容体（Ｆｃ ｒｅｃｅｐｔｏｒ、ＦｃＲ）結合アッセイを実行して、抗体がＦｃγＲ結合を欠いている（そのため、ＡＤＣＣ活性を欠いている可能性が高い）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持することを確実にすることができる。ＡＤＣＣを媒介するための主要な細胞であるＮＫ細胞は、Ｆｃ（ＲＩＩＩのみを発現するが、一方で単球は、Ｆｃ(ＲＩ、Ｆｃ(ＲＩＩ、及びＦｃ（ＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現については、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７－４９２（１９９１）の４６４頁の表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えば、Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ．ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：７０５９－７０６３（１９８６）を参照）及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：１４９９－１５０２（１９８５）；同５，８２１，３３７号（Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６６：１３５１－１３６１（１９８７）を参照）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ方法を使用してもよい（例えば、フローサイトメトリ用のＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞毒性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ）、及びＣｙｔｏＴｏｘ ９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を参照）。そのようなアッセイに有用なエフェクタ細胞としては、末梢血単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌ、ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（Ｎａｔｕｒａｌ Ｋｉｌｌｅｒ、ＮＫ）細胞が挙げられる。あるいは、又は加えて、目的とする分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ ９５：６５２－６５６（１９９８）に開示されるような動物モデルにおいて、インビボで評価することができる。また、抗体がＣ１ｑに結合することができず、ＣＤＣ活性を欠いていることを確認するために、Ｃ１ｑ結合アッセイを実施してもよい。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び同第２００５／１００４０２号のＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを行ってもよい（例えば、Ｇａｚｚａｎｏ－Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）；Ｃｒａｇｇ Ｍ．Ｓ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １０１：１０４５－１０５２（２００３）；及びＣｒａｇｇ，Ｍ．Ｓ．ａｎｄ Ｍ．Ｊ．Ｇｌｅｎｎｉｅ，Ｂｌｏｏｄ １０３：２７３８－２７４３（２００４）を参照）。ＦｃＲｎ結合及びインビボでのクリアランス／半減期の判定もまた、当該技術分野で既知の方法を使用して行われ得る（例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ，Ｓ．Ｂ．ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（１２）：１７５９－１７６９（２００６）を参照）。
いくつかの実施形態において、新生児Ｆｃ受容体へのＩｇＧ結合を増加させるために、１つ以上のアミノ酸修飾が、本明細書に提供される抗体のＦｃ部分に導入されてもよい。特定の実施形態において、抗体は、ＥＵ付番：Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、及びＴ２５６Ｅ（「ＹＴＥ変異」）に従って以下の３つの変異を含まない（米国特許第８，６９７，６５０号、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２８１（３３）：２３５１４－２３５２４（２００６）も参照のこと）。
特定の実施形態において、ＹＴＥ変異は、抗体の抗体依存性細胞媒介性細胞毒性（ＡＤＣＣ）活性を調節する手段を提供する。特定の実施形態において、ＹＴＥＯ変異は、ヒト抗原に対するヒト化ＩｇＧ抗体のＡＤＣＣ活性を調節する手段を提供する。例えば、米国特許第８，６９７，６５０号を参照、また、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２８１（３３）：２３５１４－２３５２４（２００６）も参照のこと。
特定の実施形態において、ＹＴＥ変異は、血清半減期、組織分布、及び抗体活性（例えば、ＩｇＧ抗体のＡＤＣＣ活性）の同時調節を可能にする。例えば、米国特許第８，６９７，６５０号を参照、また、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２８１（３３）：２３５１４－２３５２４（２００６）も参照のこと。
エフェクタ機能が低下した抗体としては、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９のうちの１つ以上の置換を有するものが挙げられる（米国特許第６，７３７，０５６号）。このようなＦｃ変異体には、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸２６５位、２６９位、２７０位、２９７位、及び３２７位のうちの２つ以上での置換を有するＦｃ変異体が含まれる（米国特許第７，３３２，５８１号）。
特定の実施形態において、野生型ヒトＦｃ領域の３２９位（ＥＵ付番）におけるプロリン（Ｐ３２９）は、グリシン若しくはアルギニン、又はＦｃのＰ３２９とＦｃｇＲＩＩＩのトリプトファン残基Ｗ８７及びＷ１１０との間に形成されるＦｃ／Ｆｃγ受容体界面内でプロリンサンドイッチを破壊するのに十分に大きいアミノ酸残基で置換される（Ｓｏｎｄｅｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．：Ｎａｔｕｒｅ ４０６：２６７－２７３（２０００年７月２０日））。更なる一実施形態において、Ｆｃバリアント内の少なくとも１つの更なるアミノ酸置換は、Ｓ２２８Ｐ、Ｅ２３３Ｐ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｄ、又はＰ３３１Ｓであり、更に別の実施形態において、該少なくとも１つの更なるアミノ酸置換は、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域のＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ、又はヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域のＳ２２８Ｐ及びＬ２３５Ｅであり、これらはすべてＥＵ付番によるものである（参照によりその全体が組み込まれる米国特許第８９６９５２６号）。
特定の実施形態において、ポリペプチドは、野生型ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域のＦｃバリアントを含み、このポリペプチドは、グリシンで置換されたヒトＩｇＧ Ｆｃ領域のＰ３２９を有し、Ｆｃバリアントは、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域のＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ、又はヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域のＳ２２８Ｐ及びＬ２３５Ｅにおいて少なくとも２つの更なるアミノ酸置換を含み、残基は、ＥＵ付番に従って付番される（参照によりその全体が組み込まれる米国特許第８，９６９，５２６号）。特定の実施形態において、Ｐ３２９Ｇ、Ｌ２３４Ａ、及びＬ２３５Ａ（ＥＵ付番）の置換を含むポリペプチドは、ヒトＦｃγＲＩＩＩＡ及びＦｃγＲＩＩＡに対する親和性の低減を示し、野生型ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域を含むポリペプチドによって誘発されるＡＤＣＣの少なくとも２０％にＡＤＣＣを下方調節し、かつ／又はＡＤＣＰを下方調節する（参照によりその全体が組み込まれる米国特許第８，９６９，５２６号）。
特定の一実施形態において、野生型ヒトＦｃポリペプチドのＦｃバリアントを含むポリペプチドは、三重変異、つまり、Ｐｒｏ３２９位におけるアミノ酸置換、ＥＵ付番によるＬ２３４Ａ変異、及びＬ２３５Ａ変異（Ｐ３２９／ＬＡＬＡ）を含む（参照によりその全体が組み込まれる米国特許第８，９６９，５２６号）。特定の実施形態において、ポリペプチドは、以下のアミノ酸置換、ＥＵ付番に従うＰ３２９Ｇ、Ｌ２３４Ａ、及びＬ２３５Ａを含む。
ＦｃＲに対する結合が向上又は減少した特定の抗体バリアントが記載される。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号，及びＳｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１－６６０４（２００１）を参照。）
特定の実施形態では、抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の２９８位、３３３位、及び／又は３３４位（残基のＥＵ付番）に置換を有するＦｃ領域を含む。
いくつかの実施形態では、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８－４１８４（２０００）に記載されるように、改変された（すなわち、改善されたか又は減少したかのいずれか）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞毒性（ＣＤＣ）をもたらす改変が、Ｆｃ領域において行われる。
半減期が増大し、母体ＩｇＧを胎児に移行する役割を果たす胎生性Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が向上した抗体（Ｇｕｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。これらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を向上させる１つ又は複数の置換基を有するＦｃ領域を含む。そのようなＦｃバリアントとしては、Ｆｃ領域残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４のうちの１つ以上における置換、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換を伴うバリアントが挙げられる（米国特許第７，３７１，８２６号）。
Ｆｃ領域のバリアントの他の例に関して、Ｄｕｎｃａｎ＆Ｗｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８－４０（１９８８）；米国特許第５，６４８，２６０号；米国特許第５，６２４，８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号も参照されたい。
特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、当該技術分野で公知であり、容易に入手可能な追加の非タンパク質性部分を含有するように更に修飾され得る。抗体の誘導体化に好適な部位としては、水溶性ポリマーが挙げられるが、これらに限定されるものではない。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ－１，３－ジオキソラン、ポリ－１，３，６－トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマー又はランダムコポリマーのいずれか）、及びデキストラン又はポリ（ｎ－ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、並びにこれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中での安定性のため、製造上の利点を有し得る。ポリマーは、任意の分子量であってもよく、分岐していても、分岐していなくてもよい。抗体に結合するポリマーの数は、様々であってもよく、２つ以上のポリマーが結合する場合、ポリマーは、同じ分子であってもよく、又は異なる分子であってもよい。一般に、誘導体化のために使用されるポリマーの数及び／又はタイプは、改良される抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が定義された条件下で療法に使用されるかどうかなどの検討事項に基づいて決定することができるが、これらに限定されるものではない。
別の実施形態では、放射線への暴露によって選択的に加熱され得る抗体及び非タンパク質性部分のコンジュゲートが提供される。一実施形態では、非タンパク質性部分はカーボンナノチューブである（Ｋａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０２：１１６００－１１６０５（２００５））。放射線は、任意の波長であってもよく、通常の細胞に害を与えないが、抗体非タンパク質性部分に近位の細胞が死滅する温度まで非タンパク質性部分を加熱する波長を含むが、これらに限定されない。
一実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡペプチド（例えば、ＢＰＡ７又はＢＰＡ１０）及び本明細書に記載された抗体を含む。一実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡペプチド（例えば、ＢＰＡ７又はＢＰＡ１０）、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ（２～１２）を含む延長部分、及び本明細書に記載された抗体を含む。一実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡ７又はＢＰＡ１０、本明細書に記載された抗体、及び式（ＩＶ）を有するＬを介してＢＰＡペプチドに共有結合しているＤを含む。１つの好ましい実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡ７又はＢＰＡ１０、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ（２～１２）を含む延長部分、本明細書に記載された抗体、及び本明細書に記載された式（ＩＶ）を有するＬを介してＢＰＡペプチド延長部分に共有結合している本明細書に記載されたＤを含む。
一実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡペプチド（例えば、ＢＰＡ７又はＢＰＡ１０）及びトラスツズマブを含む。一実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡペプチド（例えば、ＢＰＡ７又はＢＰＡ１０）、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ（２～１２）を含む延長部分、及びトラスツズマブを含む。一実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡ７及びトラスツズマブを含む。一実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡ７、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ（２～１２）を含む延長部分、及びトラスツズマブを含む。一実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡ７又はＢＰＡ１０、トラスツズマブ、式（ＩＶ）を有するＬを介してＢＰＡペプチドに共有結合している及びＤを含む。１つの好ましい実施形態において、ＡＤＣは、ＢＰＡ７又はＢＰＡ１０、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ（２～１２）を含む延長部分、トラスツズマブ、及び本明細書に記載された式（ＩＶ）を有するＬを介してＢＰＡペプチド延長部分に共有結合している本明細書に記載されたＤを含む。
２つ以上の異なる薬物部分を含むＡＤＣもまた本明細書において更に提供される。一実施形態において、本明細書で提供されるＡＤＣは、抗体における別の残基（例えば、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）のシステイン）に共有結合している第２の薬物（Ｄ２）を含む。したがって、本明細書では、ＡＤＣ組成物、及び同じ抗体への異なる薬物部分のコンジュゲーションを含むＡＤＣ組成物を合成する方法もまた提供される。例えば、本明細書に記載されたＡＤＣは、エムタンシンなどの第２の薬物部分にコンジュゲートされたトラスツズマブなどの抗体を含むことができることによって、ＡＤＣ（例えば、ＫＡＤＣＹＬＡ）を形成し、そのＡＤＣは、本明細書に記載されるような第２の薬物（Ｄ）及びＢＰＡペプチドに更にコンジュゲートされる。
組換え方法及び組成物。抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載されるような組換え方法及び組成物を使用して生成され得る。一実施形態において、本明細書に記載される抗体をコードする単離核酸が提供される。このような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び／又は抗体のＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／又は重鎖）をコードしていてもよい。更なる実施形態において、そのような核酸を含む１つ又は複数のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。更なる実施形態において、このような核酸を含む宿主細胞が提供される。そのような一実施形態では、宿主細胞は、（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸と、抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第１のベクター、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第２のベクターを含む（例えば、これら（１）又は（２）によって形質転換されている）。一実施形態では、宿主細胞は、真核細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｈａｍｓｔｅｒ Ｏｖａｒｙ、ＣＨＯ）細胞又はリンパ球細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施形態において、抗体の作製方法が提供され、本方法は、上述されるように、抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を、抗体の発現に好適な条件下で培養することと、任意選択的に、抗体を宿主細胞（又は宿主細胞培養培地）から回収することと、を含む。
抗体の組み換え産生に関しては、例えば、上述されるように、抗体をコードする核酸が単離され、宿主細胞内での更なるクローニング及び／又は発現のために、１つ以上のベクター中に挿入される。そのような核酸は、従来の手順を使用して（例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離され、配列決定され得る。
抗体コード化ベクターのクローニング又は発現のための好適な宿主細胞には、本明細書に記載の原核細胞又は真核細胞が含まれる。例えば、抗体は、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクタ機能を必要としない場合には、細菌中で産生されてもよい。バクテリアにおける抗体フラグメント及びポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、同第５，７８９，１９９号、及び同第５，８４０，５２３号を参照。（大腸菌における抗体フラグメントの発現について記載する、Ｃｈａｒｌｔｏｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）ｐｐ．２４５－２５４もまた参照されたい。）発現後、抗体は、可溶性画分中の細菌細胞ペーストから単離されてもよく、更に精製されてもよい。
原核生物に加えて、糸状菌や酵母などの真核微生物は、抗体をコードするベクターの好適なクローニング又は発現宿主であり、グリコシル化経路が「ヒト化」された菌株や酵母株が含まれ、その結果、部分的又は完全にヒトのグリコシル化パターンを有する抗体が産生される。Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２２：１４０９－１４１４（２００４）、及びＬｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２４：２１０－２１５（２００６）を参照。
グリコシル化抗体を発現させるのに好適な宿主細胞はまた、多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）に由来する。無脊椎動物細胞の例としては、植物細胞及び昆虫細胞が挙げられる。多数のバキュロウイルス株が同定されており、昆虫細胞と組み合わせて使用することができ、特に、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞のトランスフェクションに使用することができる。
植物細胞培養物も、宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、同第６，０４０，４９８号、同第６，４２０，５４８号、同第７，１２５，９７８号、及び同第６，４１７，４２９号（トランスジェニック植物で抗体を産生するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術を記載）を参照。
脊椎動物細胞も、宿主として使用されてもよい。例えば、懸濁物中で成長するように適合した哺乳動物細胞株が有用であり得る。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０（ＣＯＳ－７）によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株、ヒト胚腎臓株（例えば、Ｇｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．、Ｊ Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ ３６、５９（１９７７）に記載されるような２９３細胞（複数可））、ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）、マウスセルトリ細胞（例えば、Ｍａｔｈｅｒ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．２３：２４３－２５１（１９８０）に記載されるようなＴＭ４細胞）、サル腎臓細胞（ＣＶ１）、アフリカミドリサル腎臓細胞（ＶＥＲＯ－７６）、ヒト頸部がん腫細胞（ＨＥＬＡ）、イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ、バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ ３Ａ）、ヒト肺細胞（Ｗ１３８）、ヒト肝臓細胞（Ｈｅｐ Ｇ２）、マウス乳房腫瘍細胞（ＭＭＴ０６０５６２）、例えば、Ｍａｔｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．３８３：４４－６８（１９８２）に記載されるようなＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株としては、ＤＨＦＲ－ＣＨＯ細胞を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（Ｕｒｌａｕｂ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４２１６（１９８０））；及びＹ０、ＮＳ０及びＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株が挙げられる。抗体産生に好適な特定の哺乳類宿主細胞株のレビューについては、例えば、Ｙａｚａｋｉ ａｎｄ Ｗｕ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ），ｐｐ．２５５－２６８（２００３）を参照。
本発明の治療用抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の医薬製剤は、典型的には、非経口投与、すなわち、薬学的に許容される非経口ビヒクルによるボーラス注入、静脈内注入、腫瘍内注入のために、単位用量注入可能形態で調製される。所望の純度を有する抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、凍結乾燥製剤の形態で、又は水溶液の形態で、１種又は複数種の薬学的に許容される賦形剤又は安定剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ （１９８０）１６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．）と任意選択に混合される。そのような賦形剤としては、薬学的に許容される塩、緩衝液、及び当該技術分野で知られている他の安定剤が挙げられる。
本発明の抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、治療される状態に適切な任意の経路によって投与され得る。ＡＤＣは、典型的には、非経口的に、すなわち、輸液、皮下、筋肉内、静脈内、皮内、髄腔内及び硬膜外に投与される。
本発明の別の実施形態では、上記に説明される障害の治療に有用な物質を含有する製造品又は「キット」が提供される。製造品は、容器と、容器上の又は容器に関連付けられたラベル又は添付文書を含む。好適な容器としては、例えば、瓶、バイアル、シリンジ、ブリスターパックなどが挙げられる。容器は、ガラス又はプラスチックなど様々な材料から形成され得る。容器は、病態を治療するのに有効である抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を保持し、滅菌アクセスポートを有してもよい（例えば、容器は、静注溶液バッグ、又は皮下注射針によって穿刺可能な栓を有するバイアルであってもよい）。組成物内の少なくとも１種の活性剤は、ＡＤＣである。ラベル又は添付文書は、本組成物が、がんなどの選択される状態を治療するために使用されることを示している。あるいは、又は加えて、製造品は、医薬的に許容される緩衝液、例えば、注射用静菌水（ｂａｃｔｅｒｉｏｓｔａｔｉｃ ｗａｔｅｒ ｆｏｒ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ、ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化生理食塩水、リンゲル溶液、及びデキストロース溶液を含む第２の（又は第３の）容器を更に備えていてもよい。製造品は、他の緩衝液、希釈剤、フィルタ、針、及びシリンジを含む、商業的観点及びユーザの観点から望ましい他の材料を更に含み得る。
本明細書に記載されたＡＤＣを合成する方法が本明細書において提供される。一実施形態において、本明細書に記載されるような抗体－薬物コンジュゲートを調製する方法であり、方法は、
（ｉ）光架橋条件下で、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドと抗体を反応させることによって、抗体コンジュゲートを形成することと、
（ｉｉ）ＢＰＡペプチドの末端の保護基を任意選択的に除去することと、
（ｉｉｉ）薬物（Ｄ）と抗体コンジュゲートを反応させて、式（Ｉ）を有する抗体－薬物コンジュゲート組成物を形成することと、を含む。
本明細書に記載されるような抗体－薬物コンジュゲート組成物を調製する方法が本明細書において更に提供され、方法は、光架橋条件下で、配列番号２、配列番号３、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドと抗体を反応させることを含み、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載された薬物部分（Ｄ）に共有結合することによって、抗体コンジュゲートを形成する。
上記の方法の一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載されるような延長部分を含む。ＢＰＡペプチドが延長部分を含む上記の方法の一実施形態において、延長部分は、本明細書に記載されるようなＳＡＴＡ－ＰＥＧ（２～１２）を含む。上記の方法の一実施形態において、Ｄは、リンカーを更に含み、リンカーは本明細書に記載されているとおりである。上記の方法の一実施形態において、リンカーは、式（ＩＶ）：
－Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－
（式中、
Ｓｔｒは、ストレッチャ単位又はＢＰＡペプチドに共有結合しているＳであり、
Ｐｅｐは、２～１２個のアミノ酸残基の任意選択的なペプチド単位であり、
Ｙは、Ｄに共有結合している任意選択的なスペーサ単位であり、
ｍ及びｎは、０～１から独立して選択される。）を含む。
上記の方法の１つの好ましい実施形態において、ＢＰＡペプチドは、本明細書に記載されるようなＢＰＡ７である。上記の方法の一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、ＢＰＡ１又はＢＰＡ２である。上記の方法の一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、ＢＰＡ４である。別の好ましい実施形態において、ＢＰＡペプチドは、ＢＰＡ１０である。
一実施形態において、抗体は、本明細書に記載されるようなモノクローナルＩｇＧ抗体である。一実施形態において、抗体は、本明細書に記載されるようなシステイン操作抗体（例えば、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標））である。１つの好ましい実施形態において、抗体は、ＨＥＲ２特異抗体（例えば、トラスツズマブ）である。１つの好ましい実施形態において、抗体は、本明細書に記載されるような治療用抗体である。
上記の方法の一実施形態において、Ｄは、本明細書に記載されるような抗がん部分である。
上記の方法の一実施形態において、光架橋条件は、紫外線（ｕｌｔｒａｖｉｏｌｅｔ、ＵＶ）光の下での照射を含む。上記の方法の一実施形態において、光架橋条件は、マルチウェルプレートにおいて、紫外線（ＵＶ）光の下で抗体及びＢＰＡペプチドを照射することを含む。上記の方法の一実施形態において、抗体及びＢＰＡペプチドは、３６５ｎｍのＵＶ光で照射される。上記の方法の一実施形態において、光架橋条件は、抗酸化物質を更に含む。上記の方法の一実施形態において、抗酸化物質は、５－ヒドロキシインドール（５－ｈｙｄｒｏｘｙｉｎｄｏｌｅ、５－ＨＩ）、メチオニン、チオ硫酸ナトリウム、カタラーゼ、白金、トリプトファン、５－メトキシ－トリプトファン、５－アミノ－トリプトファン、５－フルオロ－トリプトファン、Ｎ－アセチルトリプトファン、トリプタミン、トリプトファンアミド、セロトニン、メラトニン、キヌレニン、インドール誘導体（インドール、インドール－３－酢酸、４－ヒドロキシインドール、５－ヒドロキシインドール、５－ヒドロキシインドール３－酢酸、７－ヒドロキシインドール、７－ヒドロキシインドール２－カルボン酸）、サリチル酸、５－ヒドロキシサリチル酸、アントラニル酸、及び５－ヒドロキシアントラニル酸からなる群から選択される。一実施形態において、抗酸化物質は、５－ヒドロキシインドールである。
一例では、表１のＢＰＡペプチドは、Ｎ末端アセチル及びＣ末端アミドとして調製され得、本明細書に提供される実施例内に記載される条件下で、トラスツズマブＦｃ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）などの抗体フラグメントと光架橋される。
一実施形態において、ＢＰＡペプチドＢＰＡ７は、本明細書に記載された抗体と、本明細書に記載されたように光架橋され得る。一例では、ＢＰＡペプチドＢＰＡ７は、例えば、異なる光架橋条件下で、トラスツズマブ又はリツキシマブなどのＩｇＧ抗体と光架橋され得る。持続時間、温度、ＵＶ光源への近接性、緩衝液の組成及びｐＨ、並びに５－ＨＩなどの酸化防止剤の添加又は濃度は変更可能である。反応は、１５０マイクロリットル（μＬ）の最終容量を含む覆われていない透明な９６ウェルプレートで行われ得る。本明細書に記載されたＢＰＡペプチドと本明細書に記載された抗体との光架橋は、当該技術分野で知られている手法によって測定され得る。例えば、光架橋は、Ｆａｂ’２及びＦｃ／２切断産物を生成するための産物の（例えば、ＩｄｅＳによる）消化後のフラグメントの質量分析定量法によって測定され得る。例えば、トラスツズマブとのＢＰＡ７ペプチドの光架橋は、Ｆａｂ’２及びＦｃ／２切断産物を生成するためのＩｄｅＳによる産物の消化後のフラグメントの質量分析定量法によって測定された。抗体フラグメントに共有結合しているＢＰＡペプチドの有無は、ＢＰＡペプチドの質量に対応する分子量の変化として検出された。
他の実施形態において、ＢＰＡペプチド（例えば、ＢＰＡ７）は、本明細書に記載されるように、システイン操作抗体に光架橋され得る。図７は、システイン操作抗体（ＴＨＩＯＭＡＢ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．）のＦｃ領域への環状ジスルフィドＢＰＡペプチドの光架橋をグラフにより示し、システインチオールは、抗体の軽鎖において付された星によって示されている。光架橋後に残っている遊離システインチオール基は、（１－エチル－１Ｈ－ピロール－２，５－ジオン（ＥＭＣＡ）との反応によって示される）システイン反応性部分と反応され得る。光架橋ペプチド対抗体の比（ｐｈｏｔｏｃｒｏｓｓｌｉｎｋｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ ｔｏ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒａｔｉｏ、ＰＡＲ）は、本明細書に記載されるように、光架橋前後に質量分析によって測定された。
本明細書に記載されたＢＰＡペプチド（例えば、ＢＰＡ７）及びＩｇＧ抗体のＩｇＧ４サブクラス又はＩｇＧ１サブクラスを含むコンジュゲートもまた本明細書で提供される。一実施形態において、ＩｇＧ抗体の様々なサブクラスは、ＢＰＡペプチドＢＰＡ７又はそのバリアントと光架橋することができる。一実施形態において、ＢＰＡペプチドは、Ｆｃ－ＩＩＩのバリン残基がＢＰＡ残基で置き換えられている変異を含む。
本明細書で使用される際、「リンカー薬物試薬」は、本明細書に記載されるようなＬと共に、本明細書に記載されたＤを含む試薬を指す。
一実施形態において、本明細書に記載されたフォトコンジュゲーション法により、均一な抗体コンジュゲートの生成が可能になる。一実施形態において、本明細書に記載されたフォトコンジュゲート法及び抗体は、ＡＤＣ半減期を増加させる。一実施形態において、本明細書に記載されたフォトコンジュゲート法及び抗体は、ＡＤＣ半減期を増加させる。
一実施形態において、本明細書に記載された抗体及び抗体コンジュゲートを製造する方法は、放射能系免疫療法又は撮像に有用である。一実施形態において、本明細書に記載された抗体は、そのＡＤＣを作製する放射性標識（例えば、１１Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、１８Ｆ、３２Ｐ、５１Ｃr、５７Ｃｏ、６４Ｃｕ、６７Ｇａ、７５Ｓｅ、８１ｍＫｒ、８２Ｒｂ、９９ｍＴｃ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１１１Ｉｎ、及び２０１Ｔｉ）にコンジュゲートされている。一実施形態において、そのような抗体コンジュゲートは、画像のコントラストを増強するか、又は放射線誘発性毒性を低減させる。
別の実施形態において、記載された抗体及び方法は、眼の抗体コンジュゲート治療薬として有用である。一実施形態において、本明細書に記載された抗体及び方法は、抗体コンジュゲート治療薬を眼の特定の位置（例えば、網膜）に媒介若しくは誘導し、かつ／又は眼の生物学的に活性な分子（例えば、ＶＥＧＦ）に結合する。
一実施形態において、本明細書に記載された方法を使用して、ＦｃドメインにＭｅｔ－２５２残基を含む抗体を産生する宿主種を提供するハイブリドーマから均一に標識された抗体コンジュゲートのライブラリを生成する。そのような方法の一実施形態において、方法は、マルチウェルプレート（例えば、９６ウェルプレート）を使用する。そのような方法の一実施形態において、抗体量は、約０．３ｍｇ、約０．４ｍｇ、約０．５ｍｇ、約０．６ｍｇ、又は約０．７ｍｇであり、これらの中の値を含む。
別の実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、がんの治療に有用である。がんの例としては、がん腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病、又はリンパ系悪性腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。そのようながんのより具体的な例としては、扁平上皮細胞がん（例えば、上皮性扁平上皮細胞がん）、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺の腺がん、及び肺の扁平上皮がんなどの肺がん、腹膜のがん、肝細胞がん、消化管がんを含む胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）又は胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、膵臓がん、膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、肝細胞がん、乳がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）又は腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、前立腺がん、外陰部がん、甲状腺がん、肝がん、肛門がん、陰茎がん、並びに頭頸部がんが挙げられる。
有効量の本明細書に記載のＡＤＣ及びタキサン（例えば、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））又はパクリタキセル）を患者に投与することにより、がんを有する患者のがんを治療又はがんの進行を遅延させるための方法が本明細書において提供される。いくつかの実施形態において、治療は、本明細書に記載されるようなＡＤＣで治療した後の個体において応答をもたらす。いくつかの実施形態において、応答は、完全奏功（ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ、ＣＲ）である。一実施形態において、応答は、部分奏功（ｐａｒｔｉａｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅ、ＰＲ）である。いくつかの実施形態において、治療は、治療の中止後に個体における持続的応答をもたらす。本明細書に記載された方法は、がんの治療のための腫瘍免疫原性の増大などの免疫原性の増強が所望される状態を治療することを更に含む。いくつかの実施形態において、本方法は、白金系化学療法剤を投与することを更に含む。いくつかの実施形態において、白金系化学療法剤は、カルボプラチンである。
いくつかの実施形態において、がんは、本明細書に記載されるような乳がん、本明細書に記載されるような膀胱がん（例えば、ＵＢＣ、ＭＩＢＣ、及びＮＭＩＢＣ）、結腸直腸がん、直腸がん、本明細書に記載されるような肺がん（例えば、扁平上皮又は非扁平上皮であり得る非小細胞肺がん）、神経膠芽細胞腫、非ホジキンスリンパ腫（ｎｏｎ－Ｈｏｄｇｋｉｎｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ、ＮＨＬ）、腎細胞がん（例えば、ｒｅｎａｌ ｃｅｌｌ ｃａｎｃｅｒ、ＲＣＣ）、前立腺がん、肝臓がん、膵臓がん、軟組織肉腫、カポジ肉腫、悪性類がん腫、頭部及び頸部がん、胃がん、食道がん、前立腺がん、子宮内膜がん、腎臓がん、卵巣がん、中皮腫、及びヘム悪性腫瘍（例えば、ＭＤＳ及び多発性骨髄腫）である。
いくつかの実施形態において、がんは、小細胞肺がん、膠芽細胞腫、神経芽細胞腫、黒色腫、胃がん、結腸直腸がん（ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ：ＣＲＣ）、又は肝細胞がんから選択される。特定の実施形態において、がんは、肺がん（例えば、扁平上皮又は非扁平上皮であり得る非小細胞肺がん、膀胱がん（例えば、ＵＢＣ）、乳がん（例えば、ＴＮＢＣ）、ＲＣＣ、黒色腫、又は乳がんから選択される。別の実施形態において、がんは、ヘム悪性腫瘍（例えば、ＭＤＳ及び多発性骨髄腫）である。
いくつかの実施形態において、肺がんは、扁平上皮又は非扁平上皮であり得る非小細胞肺がんである。いくつかの実施形態において、膀胱がんは、ＵＢＣである。いくつかの実施形態において、乳がんは、ＴＮＢＣである。いくつかの実施形態において、ヘム悪性腫瘍は、ＭＤＳ又は多発性骨髄腫である。
ある事例において、がんは、肺がんであり得る。例えば、肺がんは、局所進行性又は転移性（例えば、ステージＩＩＩＢ、ステージＩＶ、又は再発）ＮＳＣＬＣを含むがこれらに限定されない非小細胞肺がん（ｎｏｎ－ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒ、ＮＳＣＬＣ）であり得る。場合によっては、肺がん（例えば、ＮＳＣＬＣ）は、切除不能／手術不能の肺がん（例えば、ＮＳＣＬＣ）である。本明細書に記載された方法は、本明細書に記載されたＡＤＣを含む治療から利益を得ることができる、本明細書に記載された肺がんを有する患者を治療するために使用することができる。
ある事例において、がんは、膀胱がんであり得る。例えば、膀胱がんは、尿路上皮膀胱がんであり得、これには筋層非浸潤性尿路上皮膀胱がん、筋層浸潤性尿路上皮膀胱がん、又は転移性尿路上皮膀胱がんが含まれるが、これらに限定されない。場合によっては、尿路上皮膀胱がんは、転移性尿路上皮膀胱がんである。本明細書に記載された方法は、本明細書に記載されたＡＤＣを含む治療から利益を得ることができる膀胱がん（例えば、ＵＢＣ）を有する患者を治療するために使用することができる。
ある事例において、がんは、腎臓がんであり得る。場合によっては、腎臓がんは、ステージＩの腎細胞がん（ｒｅｎａｌ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ、ＲＣＣ）、ステージＩＩのＲＣＣ、ステージＩＩＩのＲＣＣ、ステージＩＶのＲＣＣ、又は再発性ＲＣＣを含む腎細胞がん（ＲＣＣ）であり得る。本明細書に記載された方法は、本明細書に記載されたＡＤＣを含む治療から利益を得ることができる腎臓がん（例えば、ＲＣＣ）を有する患者を治療するために使用することができる。
ある事例において、がんは、乳がんであり得る。例えば、乳がんは、ＴＮＢＣ、エストロゲン受容体－陽性乳がん、エストロゲン受容体－陽性／ＨＥＲ２陰性乳がん、ＨＥＲ２－陰性乳がん、ＨＥＲ２－陽性乳がん、エストロゲン受容体－陰性乳がん、プロゲステロン受容体－陽性乳がん、又はプロゲステロン受容体－陰性乳がんであってもよい。本明細書に記載された方法は、本明細書に記載されたＡＤＣを含む治療から利益を得ることができる、本明細書に記載されるような乳がんを有する患者を治療するために使用することができる。
いくつかの実施形態において、患者は、本明細書に記載されたＡＤＣによる併用治療の前に、がん療法で治療されてきた。いくつかの実施形態において、患者は、１つ又は複数のがん療法に耐性であるがんを有する。いくつかの実施形態において、がん療法への耐性は、がんの再発又は難治性がんを含む。再発とは、治療後の発症元の部位又は新たな部位におけるがんの再現を指し得る。いくつかの実施形態において、がん療法への耐性は、抗がん療法での治療中のがんの進行を含む。いくつかの実施形態において、がん療法への耐性は、治療に応答しないがんを含む。がんは、治療開始時に耐性であり得るか、又は治療中に耐性を示すようになり得る。いくつかの実施形態において、がんは、初期段階又は後期段階にある。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、併用療法を提供する他の抗がん療法と組み合わせることができる。本明細書に記載されたＡＤＣ及び第２の抗がん療法は、同じ投与経路で又は異なる投与経路で投与され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植、吸入、髄腔内、脳室内、又は鼻腔内に投与される。いくつかの実施形態において、タキサンは、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植、吸入、髄腔内、脳室内、又は鼻腔内に投与される。本明細書に記載されたＡＤＣの適切な投与量は、治療される疾患のタイプ、本明細書に記載されたＡＤＣのタイプ及び第２の抗がん療法、疾患の重症度及び経過、患者の臨床状態、患者の病歴及び治療への反応、並びに主治医の裁量に基づいて決定され得る。
一般的な提案として、本明細書に提供された患者へ投与される、本明細書に記載されたＡＤＣの治療的に有効な量は、１回の投与によるか又は複数回の投与によるかにかかわらず、約０．０１～約５０ｍｇ／ｋｇ患者体重の範囲であろう。いくつかの実施形態において、使用される本抗体は、例えば、約０．０１～約４５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約３５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約５ｍｇ／ｋｇ、又は約０．０１～約１ｍｇ／ｋｇで毎日投与される。いくつかの実施形態において、本抗体は、１５ｍｇ／ｋｇで投与される。しかしながら、他の投与レジメンが有用であり得る。一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、２１日間サイクルの第１日目に、約１００ｍｇ、約２００ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約９００ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、又は約１５００ｍｇの用量でヒトに投与される。いくつかの実施形態において、ＡＤＣは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、アテゾリズマブ）と組み合わせて、上記の量で本明細書に記載された患者に投与される。アテゾリズマブは、添付文書に従って投与されてもよく、あるいは３週間ごとに（ｑ３ｗ）１２００ｍｇ ＩＶで投与されてもよい。投与は、単回用量として投与されてもよく、又は輸液などの複数回用量（例えば、２回又は３回用量）として投与されてもよい。併用治療において投与されるＡＤＣの用量は、単独治療と比較して減少し得る。この療法の進行は、従来の手法によって容易にモニタされる。一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、アジュバント療法又はネオアジュバント療法の形態で投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供された方法は、追加の療法を更に含み得る。追加の療法は、放射線療法、外科手術（例えば、腫瘍切除及び乳房切除）、化学療法、遺伝子治療、ＤＮＡ療法、ウイルス療法、ＲＮＡ療法、免疫療法、骨髄移植、ナノセラピー、モノクローナル抗体治療、又は前述の組み合わせであり得る。追加の療法は、アジュバント療法又はネオアジュバント療法の形態であり得る。いくつかの実施形態において、追加の療法は、小分子酵素阻害剤又は抗転移性薬の投与である。いくつかの実施形態において、追加の療法は、副作用制限剤（例えば、抗吐き気剤などのような、治療の副作用の発生及び／又は重症度を軽減することを意図した剤）の投与である。いくつかの実施形態において、追加の療法は、放射線療法である。いくつかの実施形態において、追加の療法は、外科手術である。いくつかの実施形態において、追加の療法は、放射線療法と外科手術との組み合わせである。いくつかの実施形態において、追加の療法は、γ線照射である。更なる療法は、本明細書に記載された化学療法剤のうちの１つ又は複数であり得る。
一実施形態において、乳がんを治療する方法であって、方法は、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣを、乳がんを有する患者に投与することを含む。乳がんは、早期乳がん又は非転移性乳がんであり得る。乳がんは、進行性乳がん又は転移性乳がんであり得る。一実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣを投与することによって、ホルモン受容体陽性（ｈｏｒｍｏｎｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｐｏｓｉｔｉｖｅ、ＨＲ＋）乳がん（エストロゲン受容体陽性（ｅｓｔｒｏｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｐｏｓｉｔｉｖｅ、ＥＲ＋）乳がん又はエストロゲン受容体陽性乳がん及び／若しくはプロゲステロン受容体陽性（ｐｒｏｇｅｓｔｅｒｏｎｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｐｏｓｉｔｉｖｅ、ＰＲ＋）乳がんとも呼ばれる）を治療するための方法である。別の実施形態において、乳がんは、早期又は局所進行性ＥＲ＋乳がんとも称される早期又は局所進行性ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がんである。更に別の実施形態において、乳がんは、進行性ＥＲ＋乳がん又は転移性ＥＲ＋乳がんとも称される進行性ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がん又は転移性ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がんである。
乳がんについての標準治療は、疾患の特徴（腫瘍、病期、疾患のペースなど）及び患者の特徴（年齢、生体マーカー発現及び内在性表現型による）によって決定される。治療の選択肢に関する一般的な手引きは、ＮＣＣＮガイドライン（例えば、ＮＣＣＮ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｉｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ，ｖｅｒｓｉｏｎ ２．２０１６，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｎｅｔｗｏｒｋ，２０１６，ｐｐ．１－２０２），及びＥＳＭＯガイドライン（例えば、Ｓｅｎｋｕｓ，Ｅ．ｅｔ ａｌ．Ｐｒｉｍａｒｙ Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ：ＥＳＭＯ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ，ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｎｄ ｆｏｌｌｏｗ－ｕｐ．Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０１５；２６（Ｓｕｐｐｌ．５）：ｖ８－ｖ３０；及びＣａｒｄｏｓｏ Ｆ．ｅｔ ａｌ．Ｌｏｃａｌｌｙ ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ ｏｒ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ：ＥＳＭＯ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ，ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｎｄ ｆｏｌｌｏｗ－ｕｐ．Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０１２；２３（Ｓｕｐｐｌ．７）：ｖｉｉ１１－ｖｉｉ１９．）において説明されている。
本明細書に記載されたＡＤＣは、単独で、又は手術、全身化学療法（術前又は術後のいずれか）及び／若しくは放射線療法を概ね含む、乳がんのための標準治療の選択肢と組み合わせてのいずれかで使用することができる。腫瘍及び患者の特徴により、全身化学療法は、アジュバント（術後）療法として、又はネオアジュバント（術前）療法として投与することができる。
一実施形態において、本明細書に提供されるような１つ又は複数の治療用抗体と組み合わせて本明細書に記載されたＡＤＣを投与することによって、本明細書に記載されたがん（例えば、乳がん）を治療する方法である。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、活性化共刺激分子に対するアゴニストと併せて投与される。いくつかの実施形態において、活性化共刺激分子には、ＣＤ４０、ＣＤ２２６、ＣＤ２８、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、又はＣＤ１２７が含まれ得る。いくつかの実施形態において、活性化共刺激分子に対するアゴニストは、ＣＤ４０、ＣＤ２２６、ＣＤ２８、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、又はＣＤ１２７に結合するアゴニスト抗体である。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、阻害性共刺激分子に対するアンタゴニストと併せて投与される。いくつかの実施形態において、阻害性共刺激分子には、（ＣＤ１５２としても既知である）ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＴＩＭ－３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＧ－３、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＩＤＯ、ＴＩＧＩＴ、ＭＩＣＡ／Ｂ、又はアルギナーゼが含まれる。いくつかの実施形態において、阻害性共刺激分子に対するアンタゴニストは、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＴＩＭ－３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＧ－３、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＩＤＯ、ＴＩＧＩＴ、ＭＩＣＡ／Ｂ、又はアルギナーゼに結合するアンタゴニスト抗体である。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載のＡＤＣは、（ＣＤ１５２としても既知である）ＣＴＬＡ－４に対するアンタゴニスト、例えば、遮断抗体と併せて投与され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載のＡＤＣは、（ＭＤＸ－０１０、ＭＤＸ－１０１、又はＹＥＲＶＯＹ（登録商標）としても既知の）イピリムマブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載のＡＤＣは、（チシリムマブ又はＣＰ－６７５，２０６としても既知の）トレメリムマブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＣＤ２７６としても既知である）Ｂ７－Ｈ３に対するアンタゴニスト、例えば、遮断抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＭＧＡ２７１と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＴＧＦβに対するアンタゴニスト、例えば、（ＣＡＴ－１９２としても既知である）メテリムマブ、（ＧＣ１００８としても既知である）フレソリムマブ、又はＬＹ２１５７２９９と併せて投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、キメラ抗原受容体（ｃｈｉｍｅｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ、ＣＡＲ）を発現するＴ細胞（例えば、細胞毒性Ｔ細胞又はＣＴＬ）の養子免疫伝達を含む治療と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、優性－陰性ＴＧＦβ受容体、例えば、優性－陰性ＴＧＦβＩＩ型受容体を含むＴ細胞の養子移植を含む治療と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＨＥＲＣＲＥＥＭプロトコル（例えば、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ ＮＣＴ００８８９９５４を参照）を含む治療と併せて投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＴＮＦＲＳＦ９、４－１ＢＢ、又はＩＬＡとしても既知である）ＣＤ１３７に対するアゴニスト、例えば、活性化抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＢＭＳ－６６３５１３としても既知である）ウレルマブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＣＤ４０に対するアゴニスト、例えば、活性化抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＣＰ－８７０８９３と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＣＤ１３４としても既知である）ＯＸ４０に対するアゴニスト、例えば、活性化抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、抗ＯＸ４０抗体（例えば、ＡｇｏｎＯＸ）と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、例えば、ＣＤ２７に対するアゴニスト、例えば、活性化抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＣＤＸ－１１２７と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、インドールアミン－２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）に対するアンタゴニストと併せて投与される。いくつかの実施形態において、（１－Ｄ－ＭＴとしても既知である）１－メチル－Ｄ－トリプトファンは、ＩＤＯアンタゴニストと共にある。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、抗体－薬物コンジュゲートと併せて投与される。いくつかの実施形態において、抗体－薬物コンジュゲートは、メルタンシン又はモノメチルオーリスタチンＥ（ｍｅｒｔａｎｓｉｎｅ ｏｒ ｍｏｎｏｍｅｔｈｙｌ ａｕｒｉｓｔａｔｉｎ Ｅ、ＭＭＡＥ）を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＤＮＩＢ０６００Ａ又はＲＧ７５９９としても既知である）抗ＮａＰｉ２ｂ抗体－ＭＭＡＥコンジュゲートと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（Ｔ－ＤＭ１、ａｄｏ－トラスツズマブ エムタンシン、又はＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈとしても既知である）トラスツズマブ エムタンシンと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＤＭＵＣ５７５４Ａと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、エンドセリンＢ受容体（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｎ Ｂ ｒｅｃｅｐｔｏｒ、ＥＤＮＢＲ）を標的とする抗体－薬物コンジュゲート、例えば、ＭＭＡＥとコンジュゲートされたＥＤＮＢＲに対する抗体と併せて投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、血管新生阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＶＥＧＦに対する抗体、例えば、ＶＥＧＦ－Ａと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）としても既知である）ベバシズマブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（Ａｎｇ２としても既知である）アンジオポエチン２に対する抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＭＥＤＩ３６１７と併せて投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、抗腫瘍剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（Ｍ－ＣＳＦＲ又はＣＤ１１５としても既知である）ＣＳＦ－１Ｒを標的とする薬剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＩＭＣ－ＣＳ４としても既知である）抗ＣＳＦ－１Ｒと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、インターフェロン、例えば、インターフェロンα又はインターフェロンγと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（遺伝子組換えインターフェロンα－２ａとしても既知である）Ｒｏｆｅｒｏｎ－Ａと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（遺伝子組換えヒト型顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ｒｈｕ ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスチム、又はＬＥＵＫＩＮＥ（登録商標）としても既知である）ＧＭ－ＣＳＦと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（アルデスロイキン又はＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）としても既知である）ＩＬ－２と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＩＬ－１２と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＣＤ２０を標的とする抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、ＣＤ２０を標的とする抗体は、（ＧＡ１０１又はＧＡＺＹＶＡ（登録商標）としても既知である）オビヌツズマブ又はリツキシマブである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＧＩＴＲを標的とする抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、ＧＩＴＲを標的とする抗体は、ＴＲＸ５１８である。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、がんワクチンと併せて投与される。いくつかの実施形態では、がんワクチンは、ペプチドがんワクチンであり、これはいくつかの実施形態では、個別化されたペプチドワクチンである。いくつかの実施形態において、ペプチドがんワクチンは、多価長ペプチド、多ペプチド、ペプチドカクテル、ハイブリッドペプチド、又はペプチドパルス樹状細胞ワクチンである（例えば、Ｙａｍａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ，１０４：１４－２１，２０１３を参照）。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、アジュバントと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＴＬＲアゴニスト、例えば、（ＨＩＬＴＯＮＯＬ（登録商標）としても既知である）Ｐｏｌｙ－ＩＣＬＣ、ＬＰＳ、ＭＰＬ、又はＣｐＧ ＯＤＮを含む治療と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、腫瘍壊死因子（ｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ、ＴＮＦ）αと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＩＬ－１と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＨＭＧＢ１と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＩＬ－１０アンタゴニストと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＩＬ－４アンタゴニストと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＩＬ－１３アンタゴニストと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＨＶＥＭアンタゴニストと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、例えば、ＩＣＯＳ－Ｌの投与によってＩＣＯＳアゴニストと併せて投与される、又はＩＣＯＳに対するアゴニスト抗体と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＣＸ３ＣＬ１を標的とする治療と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＣＸＣＬ９を標的とする治療と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＣＸＣＬ１０を標的とする治療と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＣＣＬ５を標的とする治療と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＬＦＡ－１又はＩＣＡＭ１アゴニストと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、セレクチンアゴニストと併せて投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、標的療法と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、Ｂ－Ｒａｆの阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＺＥＬＢＯＲＡＦ（登録商標）としても既知である）ベムラフェニブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＴＡＦＩＮＬＡＲ（登録商標）としても既知である）ダブラフェニブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）としても既知である）エルロチニブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＭＡＰ２Ｋ１としても既知である）ＭＥＫ１又は（ＭＡＰ２Ｋ２としても既知である）ＭＥＫ２などのＭＥＫの阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＧＤＣ－０９７３又はＸＬ－５１８としても既知である）コビメチニブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＭＥＫＩＮＩＳＴ（登録商標）としても既知である）トラメチニブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、Ｋ－Ｒａｓの阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ｃ－Ｍｅｔの阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＭｅｔＭＡｂとしても既知である）オナルツズマブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、Ａｌｋの阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＣＨ５４２４８０２又はアレクチニブとしても既知である）ＡＦ８０２と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ホスファチジルイノシトール３－キナーゼ（ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ ３－ｋｉｎａｓｅ、ＰＩ３Ｋ）の阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＢＫＭ１２０と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＧＳ－１１０１又はＣＡＬ－１０１としても既知である）イデラリシブと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＫＲＸ－０４０１としても既知である）ペリホシンと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、Ａｋｔの阻害剤（例えば、イパタセルチブとしても既知であるＧＤＣ－００６８）と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＭＫ２２０６と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＧＳＫ６９０６９３と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＧＤＣ－０９４１と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ｍＴＯＲの阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ラパマイシンとしても既知である）シロリムスと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＣＣＩ－７７９又はＴＯＲＩＳＥＬ（登録商標）としても既知である）テムシロリムスと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＲＡＤ００１としても既知である）エベロリムスと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＡＰ－２３５７３、ＭＫ－８６６９、又はデフォロリムスとしても既知である）リダホロリムスと併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＯＳＩ－０２７と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＡＺＤ８０５５と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＩＮＫ１２８と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、二重ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲ阻害剤と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＸＬ７６５と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＧＤＣ－０９８０と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＮＶＰ－ＢＥＺ２３５としても既知である）ＢＥＺ２３５と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＢＧＴ２２６と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＧＳＫ２１２６４５８と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、ＰＦ－０４６９１５０２と併せて投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、（ＰＫＩ－５８７としても既知である）ＰＦ－０５２１２３８４と併せて投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、１つ又は複数の他の治療薬と組み合わせた乳がんの治療のための併用療法における使用のためにある。したがって、本明細書におけるいくつかの実施形態において、１つ又は複数の他の治療薬と組み合わせて本明細書に記載されたＡＤＣを投与することにより、乳がんを有する患者の乳がんを治療する方法である。一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、早期乳がん又は局所進行性乳がんの治療のための併用療法における使用のためにある。一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣは、進行性乳がん又は転移性乳がんの治療のための併用療法における使用のためにある。
一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量のドキソルビシン及びシクロホスファミドを投与することによって（ＡＣ化学療法）、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量のドセタキセル、ドキソルビシン及びシクロホスファミドを投与することによって（ＴＡＣ化学療法）、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量のシクロホスファミド、メトトレキサート及び５－フルオロウラシルを投与することによって（ＣＭＦ化学療法）、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量のエピルビシン及びシクロホスファミドを投与することによって（ＥＣ化学療法）、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量の５－フルオロウラシル、エピルビシン及びシクロホスファミドを投与することによって（ＦＥＣ化学療法）、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量の５－フルオロウラシル、ドキソルビシン及びシクロホスファミドを投与することによって（ＦＡＣ化学療法）、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量のタキサン、特に、ドセタキセル又は（アルブミン結合パクリタキセルＡＢＲＡＸＡＮＥを含む）パクリタキセルを投与することにより、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。
一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣが、本明細書に記載のような転移性乳がんの治療方法で使用される場合、治療方法は、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣをそのような患者に投与し、ドキソルビシン、ペグ化リポソームドキソルビシン、エピルビシン、シクロホスファミド、カルボプラチン、シスプラチン、ドセタキセル、パクリタキセル、アルブミン結合パクリタキセル、カペシタビン、ゲムシタビン、ビノレルビン、エリブリン、イキサベピロン、メトトレキサート、又は５－フルオロウラシル（５－ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ、５－ＦＵ）などの有効量の少なくとも１種の追加の治療薬を投与することを含む。一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量のドセタキセル及びカペシタビンを投与することによって、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与し、有効量のゲムシタビン及びパクリタキセルを投与することによって、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。
別の実施形態において、化学療法及び／又は放射線療法と組み合わせて、有効量の本明細書に記載のＡＤＣを投与することにより、そのような乳がんを有する患者において本明細書に記載された乳がんを治療する方法である。一実施形態において、ＥＲ＋乳がんを治療する方法であって、方法は、有効量のフルベストラント、パルボシクリブ、アナストロゾール、レトロゾール、又はエキセメスタンと組み合わせて、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣをＥＲ＋乳がんを有する患者に投与することを含む、方法である。一実施形態において、Ｈｅｒ２＋乳がんを治療する方法であって、方法は、有効量の（１）ペルツズマブ、（２）トラスツズマブ及びペルツズマブ、又は（３）トラスツズマブ及びカペシタビン、ゲムシタビン、カルボプラチン、シスプラチン、シクロホスファミド、ドセタキセル、パクリタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エリブリン、５－フルオロウラシル、イキサベピロン、リポソームドキソルビシン、メトトレキサート、アルブミン結合パクリタキセル又はビノレルビンを含む１つ又は複数の化学療法剤と組み合わせて、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣをＥＲ＋乳がんを有する患者に投与することを含む、方法である。
いくつかの実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣをホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がん又はエストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳がんを有する患者に投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣを早期又は局所進行性ＥＲ＋乳がんとも呼ばれる早期又は局所進行性ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がんを有する患者に投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣを進行性ＥＲ＋乳がん又は転移性ＥＲ＋乳がんとも呼ばれる進行性ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がん又は転移性ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がんを有する患者に投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣをホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がん又はエストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳がんを有する患者に投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。
特に、本明細書に記載されたＡＤＣは、単独で、又は手術、全身化学療法（術前若しくは術後のいずれか）及び／若しくは放射線療法を概ね含む、ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳がん又はエストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳がんのための標準治療の選択肢と組み合わせてのいずれかで使用することができる。腫瘍及び患者の特徴により、全身化学療法は、アジュバント（術後）療法として、又はネオアジュバント（術前）療法として投与することができる。一実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣを受容体陽性（ＨＲ＋）乳がん又はエストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳がんを有する患者に投与し、有効量のタモキシフェンを投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。一実施形態において、本明細書に記載された有効量のＡＤＣを受容体陽性（ＨＲ＋）乳がん又はエストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳がんを有する患者に投与し、有効量の、アナストロゾール、レトロゾール、エキセメスタンなどのアロマターゼ阻害剤を投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。一実施形態において、、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣを受容体陽性（ＨＲ＋）乳がん又はエストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳がんを有する患者に投与し、有効量の、アナストロゾール、レトロゾール、エキセメスタン及びエベロリムス、パルボシクリブ及びレトロゾール、パブロシクリブ及びレトロゾール、フルベストラント、タモキシフェン、トレミフェン、酢酸メゲストロール、フルオキセメステロン、及び／又はエチニルエストラジオールなどの少なくとも一種の追加の治療薬を投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。
一実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣ並びに有効量のドキソルビシン、ペグ化リポソームドキソルビシン、エピルビシン、シクロホスファミド、カルボプラチン、シスプラチン、ドセタキセル、パクリタキセル、アルブミン結合パクリタキセル、カペシタビン、ゲムシタビン、ビノレルビン、エリブリン、イキサベピロン、メトトレキサート及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）を投与することによって、転移性乳がんを有する患者における転移性乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣ並びに有効量のドセタキセル及びカペシタビンを投与することによって、転移性乳がんを有する患者における転移性乳がんを治療する方法である。一実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣ並びに有効量のゲムシタビン及びパクリタキセルを投与することによって、転移性乳がんを有する患者における転移性乳がんを治療する方法である。
一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣと、転移性乳がんの治療における使用のためのドキソルビシン、ペグ化リポソームドキソルビシン、エピルビシン、シクロホスファミド、カルボプラチン、シスプラチン、ドセタキセル、パクリタキセル、アルブミン結合パクリタキセル、カペシタビン、ゲムシタビン、ビノレルビン、エルブリン、イキサベピロン、メトトレキサート、及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）と、を含む併用療法である。一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣと、転移性乳がんの治療における使用のためのドセタキセル及びカペシタビンと、を含む併用療法である。一実施形態において、本明細書に記載されたＡＤＣと、転移性乳がんの治療における使用のためのゲムシタビン及びパクリタキセルと、を含む併用療法である。
別の実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣ並びに有効量のドセタキセル、カルボプラチン及びトラスツズマブを本明細書に記載された乳がんを有する患者に投与することによって（ＴＣＨ化学療法）、かかる乳がんを治療する方法である。別の実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣ並びに有効量のドセタキセル、カルボプラチン、トラスツズマブ及びペルツズマブを本明細書に記載された乳がんを有する患者に投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。別の実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣ並びに有効量の５－フルオロウラシル、エピルビシン及びシクロホスファミド（ＦＥＣ化学療法）並びにペルツズマブ、トラスツズマブ及びドセタキセル又はパクリタキセルを本明細書に記載された乳がんを有する患者に投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。別の実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣ並びに有効量のパクリタキセル及びトラスツズマブを本明細書に記載された乳がんを有する患者に投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。別の実施形態において、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣ並びに有効量のペルツズマブ及びトラスツズマブ及びパクリタキセル又はドセタキセルを本明細書に記載された乳がんを有する患者に投与することによって、かかる乳がんを治療する方法である。
更に別の実施形態において、本明細書に記載された方法及び併用療法は、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣを投与することと、有効量のタキサン及びＶＥＧＦ阻害剤（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体）を投与することと、を含む。例えば、一実施形態において、本明細書に記載された方法及び併用療法は、有効量の本明細書に記載されたＡＤＣを投与することと、有効量のパクリタキセル及びベバシズマブを投与することと、を含む。
本明細書に記載された方法において有用なＡＤＣは、本明細書に提供される治療用抗体から選択することができる抗体を含むことが理解される。
実施形態
本明細書に記載された様々な実施形態の活性に実質的に影響を及ぼさない変更例も含まれることを理解されたい。以下の実施形態は、本発明を例示することを意図し、本発明を限定するものではない。
実施形態１。配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むペプチドを含むＢＰＡペプチド組成物。
実施形態２。ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ７（配列番号８）である、実施形態１に記載のＢＰＡペプチド組成物。
実施形態３。ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ１０（配列番号１１）である、実施形態１に記載のＢＰＡペプチド組成物。
実施形態４。ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ３（配列番号４）又はＢＰＡ４（配列番号５）である、実施形態１に記載のＢＰＡペプチド組成物。
実施形態５。配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、又は配列番号１９、配列番号２０を含むペプチドを含むＰｈＬペプチド組成物。
実施形態６。配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、又は配列番号２９を含むペプチドを含むＴｄｆペプチド組成物。
実施形態７。
（ｉ）抗体と、
（ｉｉ）抗体のＦｃ部分に共有結合している、実施形態１に記載のＢＰＡペプチドと、を含む、抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態８。式（Ｉ）：
Figure 2022513198000029
（式中、
Ａｂは、抗体であり、
Ｂは、抗体のＦｃ領域及びＬに共有結合している、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドであり、
Ｅは、本明細書で提供されるような任意選択的な延長部分であり、
Ｌは、リンカー部分であり、
Ｄは、放射性標識、抗体、又はチューブリン阻害剤、トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、ＤＮＡ架橋細胞毒性剤、アルキル化剤、タキサン、若しくはアントラサイクリン剤などの抗がん剤を含む薬物部分であり、
ｐは、１又は２である。）を有する実施形態３に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物。
実施形態９。ｐが２である抗体－薬物コンジュゲートの均質な混合物を含む、実施形態７に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物。
実施形態１０。抗体が、モノクローナルＩｇＧ抗体である、実施形態７から９のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物。
実施形態１１。抗体が、システイン操作抗体である、実施形態７から１０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物。
実施形態１２。Ａｂが、トラスツズマブ又はトラスツズマブ エムタンシンである、実施形態７から１０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態１３。Ｄが、マイタンシノイド、ドラスタチン、オーリスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン二量体（ＰＢＤ二量体）、アントラサイクリン剤、デュオカルマイシン、合成デュオカルマイシン類似体、１，２，９，９ａ－テトラヒドロシクロプロパ［ｃ］ベンゾ［ｅ］インドール－４－オン（ＣＢＩ）二量体、ビンカアルカロイド、タキサン（例えば、パクリタキセル又はドセタキセル）、トリコテセン、カンプトテシン、シルベストロール、又はエリナフィドである、実施形態７から１２のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態１４。Ｄが、ミカロシルプロチロノリドを含むデュオカルマイシンである、実施形態７から１３のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態１５。Ｄが、ＰＢＤ二量体である、実施形態７から１３のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態１６。Ｄが、ＣＢＩ二量体である、実施形態７から１３のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態１７。Ｄが、ＭＭＡＥ又はＭＭＡＦを含むオーリスタチンである、実施形態７から１３のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態１８。Ｄが、ＰＮＵ－１５９６８２、ドキソルビシン、ダウノルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン、又はバルルビシンを含むアントラサイクリン剤である、実施形態７から１３のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態１９。Ｄが、放射性標識にコンジュゲートされている、実施形態７から１３のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態２０。放射性標識が、１１Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、１８Ｆ、３２Ｐ、５１Ｃｒ、５７Ｃｏ、６４Ｃｕ、６７Ｇａ、７５Ｓｅ、８１ｍＫｒ、８２Ｒｂ、９９ｍＴｃ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１１１Ｉｎ、又は２０１Ｔｉである、実施形態７から１２のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態２１。Ｌが、式（ＩＶ）：
－Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
（式中、
Ｓｔｒは、ストレッチャ単位又はＢＰＡペプチドに共有結合しているＳであり、
Ｐｅｐは、２～１２個のアミノ酸残基の任意選択的なペプチド単位であり、
Ｙは、Ｄに共有結合している任意選択的なスペーサ単位であり、
ｍ及びｎは、０～１から独立して選択される。）を含む、実施形態７から２０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態２２。Ｓｔｒが、マレイイミジル部分、ブロモアセトアミジル部分又はヨードアセトアミジル部分を含む、実施形態２１に記載の抗体コンジュゲーション。
実施形態２３。Ｓｔｒが、式（Ｖ）：
Figure 2022513198000030
（式中、
Ｒ６は、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン－Ｃ（＝Ｏ）、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン－ＮＨ、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ－Ｃ（＝Ｏ）、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ－ＣＨ２、又はＣ１～Ｃ１２アルキレン－ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（チオフェン－３－イル）を含み、
ｒは、１～１２の範囲の整数であり、
Ｒ６は、Ｐｅｐ又はＹに結合されている。）を有する、実施形態２１又は２２に記載の抗体コンジュゲーション。
実施形態２４。ｐｅｐが、
Figure 2022513198000031
を含むペプチド模倣部分を含む、実施形態２１から２３のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態２５。Ｌが、式（ＩＶ）（式中、Ｒ６が、（ＣＨ２）５であり、Ｐｅｐが、ｖａｌ－ｃｉｔ、ｓｑ－ｃｉｔ、又はｎｓｑ－ｃｉｔであり、Ｙが、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）である。）を含む、実施形態７から２４のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態２６。Ｌが、式（ＶＩ）：
Figure 2022513198000032
（式中、
Ｂは、抗体のＦｃ領域及びＬに共有結合している、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドであり、
Ｙは、パラ－アミノベンジル、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）、２－アミノイミダゾール－５－メタノール誘導体、オルト－若しくはパラ－アミノベンジルアセタール、４－アミノ酪酸アミド、ビシクロ［２．２．１］環系及びビシクロ［２．２．２］環系、又は２－アミノフェニルプロピオン酸アミドであり、
Ｒａ及びＲｂは、Ｈ及びＣ１～３アルキルから独立して選択され、Ｒａ及びＲｂのうちの一方のみがＨであってもよく、又はＲａ及びＲｂが、結合している炭素原子と共に、酸素ヘテロ原子を任意選択的に含む四～六員環を形成する。）を含む、実施形態７から２０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態２７。Ｙが、パラ－アミノベンジル又はｐ－アミノベンジルオキシカルボニルである、実施形態２６に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態２８。
Ｂが、ＢＰＡ７（配列番号８）であり、
Ａｂが、トラスツズマブであり、
Ｄが、ＭＭＡＥ又はＭＭＡＦであり、
Ｌが、式（ＩＶ）：
－Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
（式中、Ｓｔｒは、式（Ｖ）：
Figure 2022513198000033
（式中、Ｒ６は、（ＣＨ２）５であり、
Ｐｅｐは、ｖａｌ－ｃｉｔ、ｓｑ－ｃｉｔ、又はｎｓｑ－ｃｉｔであり、
Ｙは、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）である。）の化合物である。）の化合物を含む、実施形態７から２０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態２９。抗体が、腫瘍関連抗原又は細胞表面受容体に結合する、実施形態７から２８のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態３０。腫瘍関連抗原又は細胞表面受容体が、（１）～（５３）：
（１）ＢＭＰＲ１Ｂ（骨形成タンパク質受容体ＩＢ型）、
（２）Ｅ１６（ＬＡＴ１、ＳＬＣ７Ａ５）、
（３）ＳＴＥＡＰ１（前立腺の６回膜貫通上皮抗原）、
（４）ＭＵＣ１６（０７７２Ｐ、ＣＡ１２５）、
（５）ＭＰＦ（ＭＰＦ、ＭＳＬＮ、ＳＭＲ、巨核球増強因子、メソテリン）、
（６）Ｎａｐｉ２ｂ（ＮＡＰＩ－３Ｂ、ＮＰＴＩＩｂ、ＳＬＣ３４Ａ２、溶質担体ファミリー３４（リン酸ナトリウム）、メンバー２、ＩＩ型ナトリウム依存性リン酸トランスポーター３ｂ）、
（７）Ｓｅｍａ ５ｂ（ＦＬＪ１０３７２、ＫＩＡＡ１４４５、Ｍｍ．４２０１５、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＥＭＡＧ、セマフォリン５ｂ Ｈｌｏｇ、セマドメイン、７回トロンボスポンジンリピート（１型及び１型様）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）及び短細胞質ドメイン、（セマフォリン）５Ｂ）、
（８）ＰＳＣＡ ｈｌｇ（２７０００５０Ｃ１２Ｒｉｋ、Ｃ５３０００８Ｏ１６Ｒｉｋ、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２遺伝子）、
（９）ＥＴＢＲ（エンドセリンＢ型受容体）、
（１０）ＭＳＧ７８３（ＲＮＦ１２４、仮想タンパク質ＦＬＪ２０３１５）、
（１１）ＳＴＥＡＰ２（ＨＧＮＣ＿８６３９、ＩＰＣＡ－１、ＰＣＡＮＡＰ１、ＳＴＡＭＰ１、ＳＴＥＡＰ２、ＳＴＭＰ、前立腺がん関連遺伝子１、前立腺がん関連タンパク質１、前立腺の６回膜貫通上皮抗原２、６回膜貫通前立腺タンパク質）、
（１２）ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４）、
（１３）ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形がん腫由来成長因子）、
（１４）ＣＤ２１（ＣＲ２（補体受容体２）又はＣ３ＤＲ（Ｃ３ｄ／エプスタインバーウイルス受容体）又はＨｓ ７３７９２）、
（１５）ＣＤ７９ｂ（ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ７９β、ＩＧｂ（免疫グロブリン関連ベータ）、Ｂ２９）、
（１６）ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ）、
（１７）ＨＥＲ２、
（１８）ＮＣＡ、
（１９）ＭＤＰ、
（２０）ＩＬ２０Ｒα、
（２１）ブレビカン、
（２２）ＥｐｈＢ２Ｒ、
（２３）ＡＳＬＧ６５９、
（２４）ＰＳＣＡ、
（２５）ＧＥＤＡ、
（２６）ＢＡＦＦ－Ｒ（Ｂ細胞活性化因子受容体、ＢＬｙＳ受容体３、ＢＲ３）、
（２７）ＣＤ２２（Ｂ細胞受容体ＣＤ２２－Ｂアイソフォーム）、
（２８）ＣＤ７９ａ（ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９α、免疫グロブリン関連α）、
（２９）ＣＸＣＲ５（バーキットリンパ腫受容体１）、
（３０）ＨＬＡ－ＤＯＢ（ＭＨＣクラスＩＩ分子（Ｉａ抗原）のβサブユニット）、
（３１）Ｐ２Ｘ５（プリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５）、
（３２）ＣＤ７２（Ｂ細胞分化抗原ＣＤ７２、Ｌｙｂ－２）、
（３３）ＬＹ６４（リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）、ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）ファミリーのＩ型膜タンパク質）、
（３４）ＦｃＲＨ１（Ｆｃ受容体様タンパク質１）、
（３５）ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２、免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転座関連２）、
（３６）ＴＥＮＢ２（推定膜貫通プロテオグリカン）、
（３７）ＰＭＥＬ１７（ｓｉｌｖｅｒ相同体；ＳＩＬＶ；Ｄ１２Ｓ５３Ｅ；ＰＭＥＬ１７；ＳＩ；ＳＩＬ）、
（３８）ＴＭＥＦＦ１（ＥＧＦ様ドメイン及び２つのフォリスタチン様ドメインを有する膜貫通タンパク質１；トモレグリン－１）、
（３９）ＧＤＮＦ－Ｒａ１（ＧＤＮＦファミリー受容体α１；ＧＦＲＡ１；ＧＤＮＦＲ；ＧＤＮＦＲＡ；ＲＥＴＬ１；ＴＲＮＲ１；ＲＥＴ１Ｌ；ＧＤＮＦＲ－α１；ＧＦＲ－ＡＬＰＨＡ－１）、
（４０）Ｌｙ６Ｅ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｅ；Ｌｙ６７、ＲＩＧ－Ｅ、ＳＣＡ－２、ＴＳＡ－１）、
（４１）ＴＭＥＭ４６（ｓｈｉｓａ相同体２（アフリカツメガエル）；ＳＨＩＳＡ２）、
（４２）Ｌｙ６Ｇ６Ｄ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｇ６Ｄ；Ｌｙ６－Ｄ、ＭＥＧＴ１）、
（４３）ＬＧＲ５（ロイシンリッチリピート含有Ｇタンパク質共役受容体５；ＧＰＲ４９；ＧＰＲ６７）、
（４４）ＲＥＴ（ｒｅｔプロトオンコジーン；ＭＥＮ２Ａ；ＨＳＣＲ１；ＭＥＮ２Ｂ；ＭＴＣ１；ＰＴＣ；ＣＤＨＦ１２；Ｈｓ．１６８１１４；ＲＥＴ５１；ＲＥＴ－ＥＬＥ１）、
（４５）ＬＹ６Ｋ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｋ；ＬＹ６Ｋ；ＨＳＪ００１３４８；ＦＬＪ３５２２６）、
（４６）ＧＰＲ１９（Ｇタンパク質共役受容体１９；Ｍｍ．４７８７）、
（４７）ＧＰＲ５４（ＫＩＳＳ１受容体、ＫＩＳＳ１Ｒ；ＧＰＲ５４；ＨＯＴ７Ｔ１７５；ＡＸＯＲ１２）、
（４８）ＡＳＰＨＤ１（アスパラギン酸βヒドロキシラーゼドメイン含有１；ＬＯＣ２５３９８２）、
（４９）チロシナーゼ（ＴＹＲ；ＯＣＡＩＡ；ＯＣＡ１Ａ；チロシナーゼ；ＳＨＥＰ３）、
（５０）ＴＭＥＭ１１８（膜貫通型リングフィンガータンパク質２；ＲＮＦＴ２；ＦＬＪ１４６２７）、
（５１）ＧＰＲ１７２Ａ（Ｇタンパク質共役受容体１７２Ａ；ＧＰＣＲ４１；ＦＬＪ１１８５６；Ｄ１５Ｅｒｔｄ７４７ｅ）、
（５２）ＣＤ３３、並びに
（５３）ＣＬＬ－１からなる群から選択される、実施形態２９に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
実施形態３１。実施形態７から３０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲートと、薬学的に許容される賦形剤と、を含む、医薬組成物。
実施形態３２。肺がん、膀胱がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、黒色腫、又は乳がんを治療する方法であって、方法が、有効量の実施形態７から３０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲートを患者に投与することを含む、方法。
実施形態３３。乳がんを治療する方法であって、方法が、有効量の実施形態７から３０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲートを当該乳がんを有する患者に投与することを含む、方法。
実施形態３４。肺がんを治療する方法であって、方法が、有効量の実施形態７から３０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲートを当該肺がんを有する患者に投与することを含む、方法。
実施形態３５。肺がんが、非小細胞肺がんである、実施形態３４に記載の方法。
実施形態３６。膀胱がんを治療する方法であって、方法が、有効量の実施形態７から３０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲートを当該膀胱がんを有する患者に投与することを含む、方法。
実施形態３７。腎臓がんを治療する方法であって、方法が、有効量の実施形態７から３０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲートを当該腎臓がんを有する患者に投与することを含む、方法。
実施形態３８。抗体－薬物コンジュゲートが、別の抗がん剤と併用投与される、実施形態３２から３８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３９。抗がん剤が、１つ又は複数の治療用抗体を含む、実施形態３８に記載の方法。
実施形態４０。抗がん剤が、放射線療法又は化学療法である、実施形態３８に記載の方法。
実施形態４１。腫瘍に関して患者を撮像する方法であって、方法が、実施形態７から３０のいずれか１つに記載のＡＤＣを含む組成物を患者に投与することと、標識の量及び位置を検出することと、を含む、方法。
実施形態４２。標識が、１１Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、１８Ｆ、３２Ｐ、５１Ｃr、５７Ｃｏ、６４Ｃｕ、６７Ｇａ、７５Ｓｅ、８１ｍＫｒ、８２Ｒｂ、９９ｍＴｃ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１１１Ｉｎ、又は２０１Ｔｉを含む、実施形態４１に記載の方法。
実施形態４３。実施形態７から３０のいずれか１つのいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物を調製する方法であって、方法が、
（ｉ）光架橋条件下で、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドと抗体を反応させることによって、抗体コンジュゲートを形成することと、
（ｉｉ）ＢＰＡペプチドの末端の保護基を任意選択的に除去することと、
（ｉｉｉ）リンカーを更に含む薬物（Ｄ）と抗体コンジュゲートを反応させて、式Ｉを有する抗体－薬物コンジュゲート組成物を形成することであって、リンカーが、式（ＩＶ）：
－Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
（式中、
Ｓｔｒは、ストレッチャ単位又はＢＰＡペプチドに共有結合しているＳであり、
Ｐｅｐは、２～１２個のアミノ酸残基の任意選択的なペプチド単位であり、
Ｙは、Ｄに共有結合している任意選択的なスペーサ単位であり、
ｍ及びｎは、０～１から独立して選択される。）
を含む、形成することと、を含む、方法。
実施形態４４。抗体が、モノクローナルＩｇＧ抗体である、実施形態４３に記載の方法。
実施形態４５。抗体が、システイン操作抗体である、実施形態４３又は４４に記載の方法。
実施形態４６。抗体が、腫瘍関連抗原又は細胞表面受容体に結合する、実施形態４３から４５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４７。ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ７（配列番号８）である、実施形態４３から４６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４８。ＢＰＡペプチドが、ＰＥＧを含む延長部分を更に含む、実施形態４３から４７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４９。延長部分が、ＰＥＧ１２－ＳＡＴＡ又はＳＡＴＡである、実施形態４８に記載の方法。
実施形態５０。光架橋条件が、紫外線（ＵＶ）光下での照射を含む、実施形態４３から４９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５１。抗体及びＢＰＡペプチドが、３６５ｎｍのＵＶ光で照射される、実施形態４３から５０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５２。光架橋条件が、マルチウェルプレートにおいて抗体及びＢＰＡペプチドを照射することを含む、実施形態４３から５１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５３。光架橋条件が、抗酸化物質を更に含む、実施形態４３から５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５４。抗酸化物質が、５－ヒドロキシインドール（５－ＨＩ）、メチオニン、チオ硫酸ナトリウム、カタラーゼ、白金、トリプトファン、５－メトキシ－トリプトファン、５－アミノ－トリプトファン、５－フルオロ－トリプトファン、Ｎ－アセチルトリプトファン、トリプタミン、トリプトファンアミド、セロトニン、メラトニン、キヌレニン、インドリル誘導体、サリチル酸、５－ヒドロキシサリチル酸、アントラニル酸、及び５－ヒドロキシアントラニル酸からなる群から選択される、実施形態５３に記載の方法。
実施形態５５。実施形態７から３０のいずれか１つに記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物を調製する方法であって、方法が、光架橋条件下で、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドと抗体を反応させることによって、抗体コンジュゲートを形成することを含み、ＢＰＡペプチドが、式（ＩＶ）：
－Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
（式中、
Ｓｔｒは、ストレッチャ単位又はＢＰＡペプチドに共有結合しているＳであり、
Ｐｅｐは、２～１２個のアミノ酸残基の任意選択的なペプチド単位であり、
Ｙは、Ｄに共有結合している任意選択的なスペーサ単位であり、
ｍ及びｎは、０～１から独立して選択される。）を含む
リンカーを介して薬物部分（Ｄ）に共有結合される、方法。
実施形態５６。抗体が、モノクローナルＩｇＧ抗体である、実施形態５５に記載の方法。
実施形態５７。抗体が、システイン操作抗体である、実施形態５５又は５６に記載の方法。
実施形態５８。抗体が、腫瘍関連抗原又は細胞表面受容体に結合する、実施形態５５から５７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５９。ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ７（配列番号８）である、実施形態５５から５８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６０。ＢＰＡペプチドが、ＰＥＧを含む延長部分を更に含む、実施形態５５から５９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６１。延長部分が、ＰＥＧ１２－ＳＡＴＡ又はＳＡＴＡである、実施形態６０に記載の方法。
実施形態６２。光架橋条件が、紫外線（ＵＶ）光下での照射を含む、実施形態５５から６１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６３。抗体及びＢＰＡペプチドが、３６５ｎｍのＵＶ光で照射される、実施形態５５から６２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６４。光架橋条件が、マルチウェルプレートにおいて抗体及びＢＰＡペプチドを照射することを含む、実施形態５５から６３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６５。光架橋条件が、抗酸化物質を更に含む、実施形態５５から６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６６。抗酸化物質が、５－ヒドロキシインドール（５－ＨＩ）、メチオニン、チオ硫酸ナトリウム、カタラーゼ、白金、トリプトファン、５－メトキシ－トリプトファン、５－アミノ－トリプトファン、５－フルオロ－トリプトファン、Ｎ－アセチルトリプトファン、トリプタミン、トリプトファンアミド、セロトニン、メラトニン、キヌレニン、インドリル誘導体、サリチル酸、５－ヒドロキシサリチル酸、アントラニル酸、及び５－ヒドロキシアントラニル酸からなる群から選択される、実施形態６５に記載の方法。
以下の実施例は、限定するものではなく、説明のために提供されている。本明細書に記載された化合物は、本明細書に提供されるスキーム及び手順を使用して合成された。特に記載がない限り、化学薬品及び試薬は高品位であった。
実施例１：ペプチド合成。ペプチドは、標準的なＦｍｏｃ固相ペプチド合成法によって合成され、逆相ＨＰＬＣで９０％超に精製され、コンジュゲーション反応において使用する前に凍結乾燥された（Ｅｌｉｍ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）。
ＳＡＴＡ－ＢＰＡ７の合成に関して、室温で２時間、およそ１０ｍｇのデスアセチルＢＰＡ７（６００μＬ；ＤＭＳＯ中１０ｍＭ）を、Ｎ－スクシンイミジルＳ－アセチルチオアセテート（ＳＡＴＡ、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）（６００μＬ；ＤＭＳＯ中１０ｍＭ）及びＮ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（ＤＩＥＡ）（３００μＬ；ＤＭＳＯ中２０ｍＭ）と反応させた。得られたＳＡＴＡ－ＢＰＡ７ペプチドを、緩衝液Ａ（水中０．１％ＴＦＡ）中の緩衝液Ｂ（アセトニトリル中０．１％ＴＦＡ）のグラジエントを用いるＣ１８カラムを使用した分取逆相ＨＰＬＣによって精製した。画分をプールし、ＬＣ－ＭＳによって生成物の存在及び純度を評価した。プールした画分を凍結乾燥させて、約１．８ｍｇの最終生成物を得た。１０ｍｇのデスアセチルＢＰＡ７及びＳ－アセチル－ｄＰＥＧ１２－ＮＨＳエステル（Ｑｕａｎｔａ Ｂｉｏｄｅｓｉｇｎ）からのＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７の調製が同様に進められた（図１１）。
実施例２：抗体コンジュゲーション。光架橋性ペプチドのコンジュゲーション反応は、Ｖ字底の透明なポリスチレン製９６ウェルプレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、製品＃２６０５）において、開放状態及び覆いのない状態で行われ、最終反応体積５０μＬを得た。未使用のウェルを１５０μＬの脱イオン水で満たした。最適化反応は、２０ｍＭのヒスチジン酢酸塩緩衝液（ｐＨ＝５．５）にて行われ、１１％（ｖ／ｖ）のＤＭＳＯによって、最終濃度が４８μＭの抗体、４８０μＭの光架橋ペプチド、４８０μＭの５－ヒドロキシインドール（５－ＨＴ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を得た。光架橋は、４°Ｃで冷蔵したゲルアイスパック上のプレートで、４時間、ＵＶＰ架橋剤チャンバー（ＡｎａｌｙｔｉｋＪｅｎａ，ＣＬ－１０００Ｌ）において、３６５ｎｍのＵＶ照射により開始した。ＤＡＲは、Ｆｃ／２のＬＣ－ＭＳ分析又はトラスツズマブのＩｄｅＳ若しくはＤＴＴ処理によってそれぞれ生成された重鎖フラグメントによって評価された。
ＭＭＡＥ結合ＡＤＣを調製するために、上記の最適化光架橋反応条件を使用して、ＳＡＴＡ－ＢＰＡ７及びＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７にトラスツズマブをコンジュゲートさせた。得られたコンジュゲートを、５０ｍＭのヒドロキシルアミンで室温で３０分間処理して、ＬＣ－ＭＳで示されるように、アセチル基の除去及びコンジュゲートされたペプチド上の遊離チオールの遊離をもたらした。脱保護されたトラスツズマブ／ＳＡＴＡ－ＢＰＡ７コンジュゲート又はトラスツズマブ／ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７コンジュゲートは、強陽イオン交換スピンカラム（Ｐｉｅｒｃｅ）で精製された。陽イオン交換カラムは、２０ｍＭのヒスチジン酢酸塩（ｐＨ５．５）で平衡化された。最初に、平衡化緩衝液（ヒスチジン－酢酸塩（ｐＨ５．５））に希釈されたコンジュゲート抗体サンプルをカラムに結合させ、平衡化緩衝液で洗浄し、２０ｍＭのヒスチジン酢酸塩（ｐＨ５．５）、３００ｍＭのＮａＣｌで溶出した。
ｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢ－ＭＭＡＥ（マレミド－ｖａｌ－ｃｉｔ－ＰＡＢ－ＭＭＡＥ）のチオール脱保護トラスツズマブ／ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７へのコンジュゲーションは、室温で一晩、１０％（ｖ／ｖ）ＤＭＦで、５０ｍＭのＴｒｉｓ緩衝液（ｐＨ７．５）において、（抗体に対して）４モル当量のｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢ－ＭＭＡＥで実施された。得られたＭＭＡＥコンジュゲートをＳ ｍａｘｉ陽イオン交換カラムで精製し、ＴＳＫｇｅｌ Ｇ３０００ＳＷｘｌカラム（ＴＯＳＯＨ）を使用するＬＣ－ＭＳ及びＳＥＣで特性評価して、ＤＡＲ、凝集、及び最終ＡＤＣ濃度を判定した。
実施例２：ＳＰＲ結合実験。トラスツズマブへのペプチド結合の動態は、以前に確立された方法を使用して、Ｂｉａｃｏｒｅ３０００機器（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）で表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定された。（Ｇｏｎｇ，Ｙ．；ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ Ｄｏｕｂｌｅ Ｃｙｃｌｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｌｉｇａｎｄ ｆｏｒ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１６）。アミンカップリングキット（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して、トラスツズマブをＣＭ５センサーチップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）の表面に固定した。すべての注入は、リアルタイムの基準チャネルの減算及び緩衝液のブランク注入によって二重参照された。データは、ＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア（バージョン４．１、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して分析された。
Ｆｃ－ＩＩＩペプチドによるヒトＩｇＧ１へのＦｃＲｎ結合の阻害を判定するために、ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）８Ｋ機器による表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）測定を使用した。簡単に説明すると、精製された遺伝子組換えヒトＩｇＧ１は、シリーズＳプロテインＡセンサーチップ上で捕捉された。アッセイ緩衝液（１０ｍＭ ＭＥＳ ｐＨ６．０、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ－２０）中の１μＭのＦｃＲｎによるＦｃ－ＩＩＩペプチドの段階希釈物を、３０μＬ／分の流速で６分間、センサーチップに注入した。これにより、システムはすべての濃度で定常状態となった。ＳＰＲ応答がその後測定され、ペプチドの濃度に対してプロットされた。Ｍａｃ ＯＳ Ｘ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ， Ｌａ Ｊｏｌｌａ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ＵＳＡ，www.graphpad.com）用ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍバージョン７．０ｃを使用して、ＦｃＲｎ単独の応答に対する曲線の頂点を抑制しながら、ＩＣ５０非線形当てはめが行われた。
実施例３：Ｘ線結晶構造解析。結晶化研究用のヒトＦｃは、トラスツズマブのリシンＣ（和光）によるＦａｂドメイン及びＦｃドメインへの限定消化から調製された。Ｆｃドメインは、Ａｋｔａ精製システム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）における陽イオン交換クロマトグラフィによって精製された。精製したＦｃドメインを１０ｋ Ａｍｉｃｏｎ遠心濃縮器（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用して２０ｍｇ／ｍＬに濃縮した。ＩｇＧ１－ＦｃサンプルのＢＰＡ７へのコンジュゲーションは、標準的な反応条件（上記を参照）を使用して行われ、コンジュゲートは、サイズ排除クロマトグラフィ（ｓｉｚｅ－ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ、ＳＥＣ）によって精製された。単量体のＢＰＡ７／Ｆｃコンジュゲートをプールし、１０ｋ Ａｍｉｃｏｎ遠心濃縮器を使用して最終濃度６ｍｇ／ｍＬに濃縮した。最終コンジュゲートの品質をＳＤＳ－ＰＡＧＥ、ＳＥＣ、ＬＣ－ＭＳで評価して、高純度及びＤＡＲ（ＤＡＲ＝１．９、９６．６％モノマー）を確保した。
フォトコンジュゲートの結晶を、１ｍＬのリザーバによるハンギングドロップ蒸気拡散によって、２μＬの１００ｍＭ酢酸ナトリウム（ｐＨ＝５．６、１２％（ｗ／ｖ）ＰＥＧ１０００）を、１μＬの６ｍｇ／ｍＬ ＢＰＡ７／Ｆｃコンジュゲートと混合することにより、１８℃で成長させた。結晶は、１週間後、薄いプレートとして成長し、３０％（ｖ／ｖ）エチレングリコールにおいて凍結安定化され、液体窒素において急速冷凍された。データは、ＡＬＳ ５．０．２において、２．３Åのブラッグ回折限界に収集され、空間群Ｐ２１及びａ＝６６．１１ ｂ＝６０．８５ ｃ＝６８．１７ ９０．００、１０３．１３、９０．００の単位格子におけるＸＤＳで処理された。（ａｂｓｃｈ，Ｗ．，Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ，ｓｃａｌｉｎｇ，ｓｐａｃｅ－ｇｒｏｕｐ ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ ａｎｄ ｐｏｓｔ－ｒｅｆｉｎｅｍｅｎｔ．Ａｃｔａ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ．Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｄ，Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ ２０１０，６６（Ｐｔ ２），１３３－１４４）。分子置換は、ＣＣＰ４スイートからのＰｈａｓｅｒを使用して、検索モデルとしての、ヒトＦｃドメイン（ＰＤＢコード：１ＤＮ２）に結合したＦｃ－ＩＩＩの以前の構造で行われた。（ＭｃＣｏｙ，Ａ．Ｊ．；Ｇｒｏｓｓｅ－Ｋｕｎｓｔｌｅｖｅ，Ｒ．Ｗ．；Ａｄａｍｓ，Ｐ．Ｄ．；Ｗｉｎｎ，Ｍ．Ｄ．；Ｓｔｏｒｏｎｉ，Ｌ．Ｃ．；Ｒｅａｄ，Ｒ．Ｊ．，Ｐｈａｓｅｒ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ ｓｏｆｔｗａｒｅ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｐｐｌｉｅｄ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ ２００７，４０（Ｐｔ ４），６５８－６７４）。精製は、Ｃｏｏｔを使用する多数のマニュアルフィッティングによりＰｈｅｎｉｘを使用して行われた。（ｄａｍｓ，Ｐ．Ｄ．；Ａｆｏｎｉｎｅ，Ｐ．Ｖ．；Ｂｕｎｋｏｃｚｉ，Ｇ．；Ｃｈｅｎ，Ｖ．Ｂ．；Ｄａｖｉｓ，Ｉ．Ｗ．；Ｅｃｈｏｌｓ，Ｎ．；Ｈｅａｄｄ，Ｊ．Ｊ．；Ｈｕｎｇ Ｌ．－Ｗ．；Ｋａｐｒａｌ，Ｇ．Ｊ．；Ｇｒｏｓｓｅ－Ｋｕｎｓｔｌｅｖｅ，Ｒ．Ｗ．；ＭｃＣｏｙ，Ａ．Ｊ．；Ｍｏｒｉａｒｔｙ，Ｎ．Ｗ．；Ｏｅｆｆｎｅｒ Ｒ．；Ｒｅａｄ，Ｒ．Ｊ．；Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ，Ｄ．Ｃ．；Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．；Ｔｅｒｗｉｌｌｉｇｅｒ，Ｔ．Ｃ．；Ｚｗａｒｔ，Ｐ．Ｈ．，ＰＨＥＮＩＸ：ａ ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｐｙｔｈｏｎ－ｂａｓｅｄ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｓｏｌｕｔｉｏｎ．Ａｃｔａ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ．Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｄ，Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ ２０１０，６６（Ｐｔ ２），２１３－２２１：ｓｌｅｙ，Ｐ．；Ｌｏｈｋａｍｐ，Ｂ．；Ｓｃｏｔｔ，Ｗ．Ｇ．；Ｃｏｗｔａｎ Ｋ．，Ｆｅａｔｕｒｅｓ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｃｏｏｔ．Ａｃｔａ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ．Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｄ，Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ ２０１０，６６（Ｐｔ ４），４８６－５０１）。最終精密化モデルの分解能は２．５８Åであり、Ｒｃｒｙｓｔ及びＲｆｒｅｅはそれぞれ、０．２２６及び０．２６１であった（表９）。
Figure 2022513198000034
実施例４：Ｍｅｔ－２５２の酸化及びフォトコンジュゲーションへの影響の測定。保存緩衝液（５ｍＭ Ｌ－ヒスチジン、６０ｍＭトレハロース、０．０１％ポリソルベート、ｐＨ＝６）中のトラスツズマブを、蓋付反応容器内において３７°Ｃで５％（ｗ／ｖ）の２，２’－アゾビス（２－メチルプロピオンアミジン）（ＡＡＰＨ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で処理した。（ｏｌｚｅｒ，Ｅ．；Ｄｉｅｐｏｌｄ，Ｋ．；Ｂｏｍａｎｓ，Ｋ．；Ｆｉｎｋｌｅｒ，Ｃ．；Ｓｃｈｍｉｄｔ，Ｒ．；Ｂｕｌａｕ，Ｐ．；Ｈｕｗｙｌｅｒ，Ｊ．；Ｍａｈｌｅｒ，Ｈ．Ｃ．；Ｋｏｕｌｏｖ，Ａ．Ｖ．，Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ ａｎｄ Ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ Ｒｅｓｉｄｕｅｓ ｉｎ ａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ＩｇＧ１ Ｍｏｌｅｃｕｌｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ ２０１５，１０４（９），２８２４－３１）。ＡＡＰＨを添加すると溶液のｐＨが上昇したため、１Ｍの酢酸ナトリウム（ｐＨ＝５）を最終濃度１００ｍＭになるように添加して、ＡＡＰＨ酸化サンプル及び非酸化対照サンプルの両方のｐＨを約５にした。時点（０、１、４．５、２４、１２３時間）毎にアリコートを抽出し、Ｓ ｍａｘｉ陽イオン交換カラム（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）を使用して、緩衝液を交換して過剰なＡＡＰＨを除去し、リン酸緩衝生理食塩水（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｂｕｆｆｅｒｅｄ ｓａｌｉｎｅ、ＰＢＳ）で溶出する。次に、標準的な反応条件を使用して、サンプルをペプチドＢＰＡ７との光架橋に供した。
０～２４時間のＡＡＰＨでのメチオニンの酸化は、消化されたタンパク質のＬＣ－ＭＳ／ＭＳによって判定された。２０ｍｇ／ｍＬのトラスツズマブのＡＡＰＨ時点のサンプル２０μｇを、５０ｍＭの炭酸水素アンモニウム（ｐＨ８）（Ｂｕｒｄｉｃｋ ａｎｄ Ｊａｃｋｓｏｎ，Ｍｕｓｋｅｇｏｎ，ＭＩ）で希釈し、３７°Ｃで３時間、１：５０の酵素：基質比で修飾トリプシン（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）で消化させた。消化を４μＬの２％トリフルオロ酢酸でクエンチし、その後、ｃ１８ステージチップを用いて洗浄した。ＮａｎｏＡｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣ（Ｗａｔｅｒｓ Ｃｏｒｐ）を使用して、７５μｍ×１００ｍｍカラム（ＢＥＨ、１．７マイクロメートル、Ｗａｔｅｒｓ Ｃｏｒｐ）に１μＬ／分の流速でオートサンプラーによってサンプルを注入した。９８％溶媒Ａ（水＋０．１％ギ酸）から８０％溶媒Ｂ（アセトニトリル＋０．０８％ギ酸）へのグラジエントを４０分かけて適用した。サンプルは、Ｑ－ＥｘａｃｔｉｖＥ ＨＦ Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ）へのナノスプレーイオン化によってオンラインで分析された。データは、データ依存性モードで収集され、ＨＣＤスペクトルを生成するために、フラグメンテーション用に選択された上位１５個の最も量が多いイオンが使用された。タンデム質量分析データは、Ｂｙｏｌｏｇｉｃ（商標）（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｅｔｒｉｃｓ Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｃａｒｌｏｓ，ＣＡ）ソフトウェアを使用して分析され、Ｂｙｏｌｏｇｉｃ（商標）（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｅｔｒｉｃｓ Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｃａｒｌｏｓ，ＣＡ）によって調査された。２５２位の酸化メチオニンのパーセンテージは、酸化トリプシンペプチド及び非酸化トリプシンペプチド、ＤＴＬＭＩＳＲの曲線下面積（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｔｈｅ ｃｕｒｖｅ、ＡＵＣ）を比較することによって決定された。
実施例５：血漿安定性分析。安定性を評価するために、フォトコンジュゲートを血漿又は緩衝液（１ＸＰＢＳ［ｐＨ７．４］、０．５％ＢＳＡ、１５ＰＰＭ Ｐｒｏｃｌｉｎ）にスパイクして、最終濃度を１００μｇ／ｍＬにした。混合後、１００μＬのアリコートをインキュベーター内で３７°Ｃで振とう（約７００ｒｐｍ）させながらさまざまな時点（０時間、４８時間、及び９６時間）でインキュベートした。４８時間及び９６時間後、前述のようにＡＣ ＬＣ－ＭＳが行われるまで、サンプルを－８０°Ｃの冷凍庫に保管した。（Ｘｕ，Ｋ．；Ｌｉｕ，Ｌ．；Ｓａａｄ，Ｏ．Ｍ．；Ｂａｕｄｙｓ，Ｊ．；Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｌ．；Ｌｅｉｐｏｌｄ，Ｄ．；Ｓｈｅｎ，Ｂ．；Ｒａａｂ，Ｈ．；Ｊｕｎｕｔｕｌａ，Ｊ．Ｒ．；Ｋｉｍ，Ａ．；Ｋａｕｒ，Ｓ．，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔａｃｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｆｒｏｍ ｐｌａｓｍａ／ｓｅｒｕｍ ｉｎ ｖｉｖｏ ｂｙ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｃａｐｔｕｒｅ ｃａｐｉｌｌａｒｙ ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ．Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１１，４１２（１），５６－６６）。簡単に説明すると、標的のビオチン化細胞外ドメイン（例えば、ヒトｅｒｂ２）又はＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒ Ｆｌｅｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を使用する特異的捕捉のための抗イデオタイプ抗体のいずれか一方と、洗浄したストレプトアビジンをコートした（ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ－ｃｏａｔｅｄ、ＳＡ）磁気ビーズ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を混合し、穏やかに撹拌しながら室温で２時間インキュベートした。ＨＢＳ－ＥＰ緩衝液（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）で２回洗浄した後、１６倍に希釈した安定性サンプルにビーズを加え、穏やかに撹拌しながら室温で２時間インキュベートした。ＡＤＣ親和性捕捉後、ビーズをＨＢＳ－ＥＰ緩衝液で２回洗浄し、ＰＮＧａｓｅ Ｆ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）で一晩脱グリコシル化した。ＨＢＳ－ＥＰ緩衝液で更に２回洗浄し、水で２回洗浄し、最後に１０％アセトニトリルで洗浄した後、３０％アセトニトリル／０．１％ギ酸で室温で３０分間穏やかに撹拌しながら、ビーズからＡＤＣを溶出した。次に、以下のグラジエント：０～２分において２０％Ｂ（９５１００％アセトニトリル＋０．１％ギ酸）；２．５分において３５％Ｂ；５分において６５％Ｂ；５．５分において９５％Ｂ；６分において５％Ｂで、流量２０μＬ／分で、Ｗａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣシステムを使用して、６５°Ｃに維持されたＰｅｐＳｗｉｆｔ逆相モノリシックカラム（５００μｍ×５ｃｍ）（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を使用するＬＣ－ＭＳ（Ｓｙｎａｐｔ－Ｇ２Ｓ，Ｗａｔｅｒｓ，Ｍｉｌｆｏｒｄ，ＭＡ）によって、溶出したサンプルを分析した。ｍ／ｚ５００～５０００の取得範囲で正のＥＳＩモードで操作されたＷａｔｅｒｓ Ｓｙｎａｐｔ Ｇ２－Ｓ Ｑ－ＴｏＦ質量分析計を用いて、オンライン検出のためにカラムを直接連結させた。安定性分析は、Ｗａｔｅｒｓ ＢｉｏｐｈａｒｍａＬｙｎｘ １．３．３ソフトウェア及びカスタムＶｏｒｔｅｘスクリプト（Ｄｏｔｍａｔｉｃｓ、Ｂｉｓｈｏｐｓ Ｓｔｏｒｔｆｏｒｄ、Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ）を使用して行われた。様々なＤＡＲを有するＡＤＣの相対比は、特定のＡＤＣ種の強度を、前述のように算出された％ＤＡＲ及びＡＤＣ種全体の強度で割ることによって算出された。（Ｘｕ，Ｋ．；Ｌｉｕ，Ｌ．；Ｓａａｄ，Ｏ．Ｍ．；Ｂａｕｄｙｓ，Ｊ．；Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｌ．；Ｌｅｉｐｏｌｄ，Ｄ．；Ｓｈｅｎ，Ｂ．；Ｒａａｂ，Ｈ．；Ｊｕｎｕｔｕｌａ，Ｊ．Ｒ．；Ｋｉｍ，Ａ．；Ｋａｕｒ，Ｓ．，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔａｃｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｆｒｏｍ ｐｌａｓｍａ／ｓｅｒｕｍ ｉｎ ｖｉｖｏ ｂｙ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｃａｐｔｕｒｅ ｃａｐｉｌｌａｒｙ ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ．Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１１，４１２（１），５６－６６）。
実施例６：フォトコンジュゲーション法の開発。ナノモル親和性によりヒトＦｃドメインに結合することがファージディスプレイによって以前に発見された１３残基の環状ペプチドＦｃ－ＩＩＩの変異体（図１）が、ＢＰＡによる単一アミノ酸変異を有して調製された（表１を参照）。（ＤｅＬａｎｏ，Ｗ．Ｌ．；Ｕｌｔｓｃｈ Ｍ．Ｈ．；Ｗｅｌｌｓ，Ｊ．Ａ．，Ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ ｔｏ ｂｉｎｄｉｎｇ ａｔ ａ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０００）。特定の理論に拘束されるものではないが、複合体形成時にＦｃドメイン上の好適な反応性残基の近くにあると考えられるＦｃ－ＩＩＩにおいてＢＰＡ残基を位置付けると、ＵＶ照射時に効率的で部位特異的なペプチド／抗体コンジュゲーションが可能になると考えられる。ベンゾフェノンの反応半径は、１０オングストローム超であると推定されている。（Ｗｉｔｔｅｌｓｂｅｒｇｅｒ，Ａ．；Ｍｉｅｒｋｅ，Ｄ．Ｆ；Ｒｏｓｅｎｂｌａｔｔ，Ｍ．，Ｍａｐｐｉｎｇ ｌｉｇａｎｄ－ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｉｎｔｅｒｆａｃｅｓ：ａｐｐｒｏａｃｈｉｎｇ ｔｈｅ ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ ｌｉｍｉｔ ｏｆ ｂｅｎｚｏｐｈｅｎｏｎｅ－ｂａｓｅｄ ｐｈｏｔｏａｆｆｉｎｉｔｙ ｓｃａｎｎｉｎｇ．Ｃｈｅｍｉｃａｌ ｂｉｏｌｏｇｙ＆ａｍｐ；ｄｒｕｇ ｄｅｓｉｇｎ ２００８，７１（４）３８０－３８３）。Ｔｒｐ－４及びＧｌｙ－７を除くＷＴＦｃ－ＩＩＩ配列における残基はＢｐａに変異した。これらの残基は、更なる構成要素から離れて投影された。更なる構成要素への緊密な結合に重要であることが示されている分子内ジスルフィド架橋を形成する２つのシステインもまた変異していなかった。（Ｋａｎｇ，Ｈ．Ｊ．；Ｃｈｏｅ，Ｗ．；Ｍｉｎ，Ｊ．－Ｋ．；Ｌｅｅ，Ｙ．－ｍ．；Ｋｉｍ，Ｂ．Ｍ．；Ｃｈｕｎｇ，Ｓ．Ｊ．，Ｃｙｃｌｉｃ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｇａｎｄ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ ｂｉｎｄｉｎｇ ｃａｐａｃｉｔｙ ｆｏｒ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｇ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ．Ａ ２０１６，１４６６：１０５－１１２）。すべてのペプチドは、本明細書に記載されているような標準的な固相ペプチド合成によって合成され、コンジュゲーション評価の前に逆相ＨＰＬＣによって精製された。
コンジュゲーションは、最初に、氷上にあるマイクロ遠心チューブ内で、３６５ｎｍハンドヘルドランプの下で１時間、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドＢＰＡ１～ＢＰＡ９のパネルをＰＢＳ中のヒトモノクローナル抗体トラスツズマブ（ＴＭａｂ）と反応させることによって行われた。ＬＣＭＳによってモニタリングすると、ペプチドＢＰＡ７との反応において、所望の生成物に対応するピークが観察され、薬物対抗体比（ｄｒｕｇ－ｔｏ－ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒａｔｉｏ、ＤＡＲ）は約０．０４であった（データは示されていない）。
９６ウェルプレートのＢＰＡペプチドは、室温でプレートとランプとの間のスペースを最小限に抑えながら、３６５ｎｍランプの下でＴＭａｂと直接反応させた。４．５時間の照射後、新しい光架橋条件により、ペプチドＢＰＡ７のＤＡＲが約１．７になった。コンジュゲーションは、ペプチドＢＰＡ３及びＢＰＡ４（それぞれＤＡＲ＝０．２及び１．２）に関しても観察された。これらの結果は、ＵＶ源への暴露の期間及び／又は程度がコンジュゲーション効率に強い影響を有することを示唆した。その後の実験は、特殊なＵＶ光反応チャンバー内の９６ウェルプレートにおいて行われ、コンジュゲーション反応混合物が光に均一に確実に暴露されるようにした。
照射チャンバーを使用して、ＴＭａｂのＦｃドメインへのＢＰＡ７のフォトコンジュゲーションが生じた（ＤＡＲ＝１．８；図２Ａ、行Ａ）。抗体のＦａｂ’２領域のピークは、未反応抗体のピークと比較して約５．４倍広がった（図２Ｂ、行Ａ）。抗体に紫外線を照射すると、トリプトファン及びメチオニン残基のラジカル媒介酸化が引き起こされることが既知である。（Ｓｒｅｅｄｈａｒａ，Ａ．；Ｙｉｎ，Ｊ．；Ｊｏｙｃｅ，Ｍ．；Ｌａｕ，Ｋ．；Ｗｅｃｋｓｌｅｒ，Ａ．Ｔ．；Ｄｅｐｅｒａｌｔａ，Ｇ．；Ｙｉ，Ｌ．；Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｊ．；Ｋａｂａｋｏｆｆ，Ｂ．；Ｋｉｓｈｏｒｅ，Ｒ．Ｓ．Ｋ．，Ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ａｍｂｉｅｎｔ ｌｉｇｈｔ ｏｎ ＩｇＧ１ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｄｕｒｉｎｇ ｄｒｕｇ ｐｒｏｄｕｃｔ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ ａｎｄ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ ２０１６，１００（Ｃ），３８－４６）。このような影響は、製品の不均一性をもたらし、（例えば、抗原への結合の低下により）インビトロ又はインビボでの性能の低下につながる場合がある。
ＢＰＡ７のフォトコンジュゲーションの影響は、反応のさまざまなパラメータを更に最適化することによって最小限に抑えられた。例えば、照射中、９６ウェル反応プレートを約４°Ｃに冷却することにより、１．５のＤＡＲを維持しながら、相対的なＦａｂ’２ピーク幅を１．４に減少させた（図２Ｂ、行Ｂ）。緩衝液をｐＨ７．４のＰＢＳからｐＨ５．５のヒスチジン－酢酸塩酢酸塩に切り替えると、ＤＡＲを１．８に増加させながら、Ｆａｂ’２ピーク幅比を更に１．２に減少させた（図２Ｂ、行Ｃ）。抗体をＵＶ誘発損傷から保護することが知られている薬剤である５－ヒドロキシインドールを反応混合物に含めると、Ｆａｂ’２の不均一性がほぼ完全に減少し、ＤＡＲ＝１．４になった。（図２Ｂ、行Ｄ）。（Ｇｒｅｗａｌ，Ｐ．；Ｍａｌｌａｎｅｙ，Ｍ．；Ｌａｕ，Ｋ．；Ｓｒｅｅｄｈａｒａ，Ａ．，Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｔｏ Ｉｄｅｎｔｉｆｙ Ｉｎｄｏｌｅ Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ Ｔｈａｔ Ｐｒｏｔｅｃｔ ａｇａｉｎｓｔ Ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｏｘｙｇｅｎ Ｓｐｅｃｉｅｓ Ｉｎｄｕｃｅｄ Ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ Ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ ２０１４，１１（４），１２５９－１２７２）。このような条件下でＤＡＲが増加し、反応中のペプチドＢＰＡ７の濃度が上昇し、反応時間が延長した。抗体より１０倍高いペプチド濃度及び６時間のＵＶ照射は、最小限のＦａｂ修飾で１．９のＤＡＲを達成するのに十分であった（ピーク幅比＝１．１ 図２Ｂ、行Ｅ；図１２）。
ＢＰＡの代わりにジアジリン光架橋基を持つ残基を組み込んだＦｃ－ＩＩＩペプチドを調べた。ベンゾフェノン系光親和性リガンドと同様に、ジアジリン含有リガンドは、結合した受容体のアミノ酸側鎖とＵＶ照射時に反応し得る。ただし、ジアジリンは、ジラジカルの代わりにカルベンを形成し、ベンゾフェノン光架橋剤と比較してアミノ酸側鎖全体で異なる反応性傾向を示している。（Ｓｉｇｒｉｓｔ，Ｈ．；Ｍｕｈｌｅｍａｎｎ，Ｍ．；Ｄｏｌｄｅｒ，Ｍ．，Ｐｈｉｌｉｃｉｔｙ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｉｄｅ－ｃｈａｉｎｓ ｆｏｒ ｐｈｏｔｏｇｅｎｅｒａｔｅｄ ｃａｒｂｅｎｅｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈｏｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ…１９９０：Ｄａｓ，Ｊ．，Ａｌｉｐｈａｔｉｃ Ｄｉａｚｉｒｉｎｅｓ ａｓ Ｐｈｏｔｏａｆｆｉｎｉｔｙ Ｐｒｏｂｅｓ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｒｅｃｅｎｔ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｓ．Ｃｈｅｍｉｃａｌ ｒｅｖｉｅｗｓ ２０１１，１１１（８），４４０５－４４１７）。ＰｈＬペプチドＰｈＬ１～ＰｈＬ９及びＴｄｆペプチドＴｄｆ１～Ｔｄｆ９の合成が完了し、ｐｈｏｔｏ－Ｌｅｕ又はＴｄｆのいずれか一方がそれぞれ多様な位置に配置された（表１）。
ジアジリンペプチドは、検出可能なコンジュゲーションを示した。反応は、ＢＰＡ７によって実行された反応ほど完全ではなかった。（図１０）。ただし、ｐｈｏｔｏ－Ｌｅｕを組み込んだペプチドは、Ｔｄｆを有するペプチドよりも効率的にＴＭａｂにコンジュゲートした。０．４を超えるＤＡＲは、どちらの系でも得られなかった。
実施例７：ＢＰＡペプチドの結合及びコンジュゲーションの生物物理学的特性及び構造的特性。ＴＭａｂに対するＢＰＡペプチドＢＰＡ１～ＢＰＡ９及び親ペプチドＦｃ－ＩＩＩの親和性を表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定した（図３）。Ｆｃ－ＩＩＩペプチドは、１７±０．２ｎＭ（図３Ａ）の検査解離定数（Ｋｄ）を有し、これは、このペプチドについて以前に報告された値と一致している。（ＤｅＬａｎｏ，Ｗ．Ｌ．；Ｕｌｔｓｃｈ Ｍ．Ｈ．；Ｗｅｌｌｓ，Ｊ．Ａ．，Ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ ｔｏ ｂｉｎｄｉｎｇ ａｔ ａ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０００：Ｋａｎｇ，Ｈ． Ｊ．；Ｃｈｏｅ，Ｗ．；Ｍｉｎ，Ｊ．－Ｋ．；Ｌｅｅ，Ｙ．－ｍ．；Ｋｉｍ，Ｂ．Ｍ．；Ｃｈｕｎｇ，Ｓ．Ｊ．，Ｃｙｃｌｉｃ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｇａｎｄ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ ｂｉｎｄｉｎｇ ｃａｐａｃｉｔｙ ｆｏｒ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｇ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ．Ａ ２０１６，１４６６：１０５－１１２）。すべての場合において、ペプチドＢＰＡ１～ＢＰＡ９を生成するためのよりかさ高いＢＰＡ残基をＦｃ－ＩＩＩのアミノ酸で置換すると、結合親和性が約２７分の１～４０００分の１に低下した（図３Ｂ及び図３Ｃ）。公開された構造から測定された、Ｆｃ－ＩＩＩペプチドにおける置換アミノ酸の溶媒接触可能表面積は、関連するＢＰＡ変異体に対する結合親和性の喪失のかなり強力な予測因子であった（図１３Ａ）。（ＤｅＬａｎｏ，Ｗ．Ｌ．；Ｕｌｔｓｃｈ Ｍ．Ｈ．；Ｗｅｌｌｓ，Ｊ．Ａ．，Ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ ｔｏ ｂｉｎｄｉｎｇ ａｔ ａ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０００）。
ペプチドＢＰＡ１～ＢＰＡ９の非共有結合親和性とコンジュゲーション効率との間に相関関係はないように思われた（図１３Ｂ）。例えば、ＢＰＡ７は、ＢＰＡ９の約１５０分の１の緊密さでＴＭａｂに結合した（それぞれＫｄ＝７０μＭ対０．４７μＭ）が、ＢＰＡ７は、抗体に効率的にフォトコンジュゲートしたが（ＤＡＲ＝１．９）、ペプチドＢＰＡ９はフォトコンジュゲートしなかった（ＤＡＲ＝０．０；図３Ｃ）。
余分なジスルフィド架橋を含むＦｃ－ＩＩＩのペプチドバリアントは、ヒトＩｇＧへの結合親和性が大幅に改善されたことが以前に報告された（同出版物においてＦｃ－ＩＩＩ自体はＫｄ＝７０ｎＭに対して類似体はＫｄ＝２．５ｎＭ）。（Ｇｏｎｇ，Ｙ．；Ｚｈａｎｇ，Ｌ．；Ｌｉ，Ｊ．；Ｆｅｎｇ，Ｓ．；Ｄｅｎｇ，Ｈ．，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ Ｄｏｕｂｌｅ Ｃｙｃｌｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｌｉｇａｎｄ ｆｏｒ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１６）。ＢＰＡ７の類似の二重環化バージョン（ＢＰＡ１０、表１）を合成し、その親和性を測定した。ＢＰＡ１０は、ＴＭａｂへのコンジュゲーションについて更に評価された。ＢＰＡ１０は、予想通り、ペプチドＢＰＡ７に対して改善された結合親和性を示した（Ｋｄ＝１１．４μＭ対７０μＭ）が、フォトコンジュゲーション効率は、ＢＰＡ７と比較して減少した（ＤＡＲ＝１．２対１．９；図３Ｃ）。これらの結果は、Ｆｃ－ＩＩＩ ＢＰＡバリアントとＴＭａｂとの間のフォトコンジュゲーション反応が、ペプチド／抗体複合体自体の非共有親和性によって駆動されるのではなく、ＢＰＡ部分の正確な位置付けによって駆動されることを示唆し、抗体における残基との非常に特異的な反応を示唆している。
ＴＭａｂ上のＢＰＡ７のコンジュゲーション部位は、タンデム質量分析を使用した共有結合複合体のトリプシンペプチドのマッピングによって特徴づけられた。ベンゾフェノンラジカルが他のアミノ酸よりもメチオニンと優先的に反応することが知られていることを考えると、Ｆｃ－ＩＩＩペプチド結合ポケット内のＭｅｔ－２５２又はＭｅｔ－４２８は、ＢＰＡ７のＢＰＡ残基と反応している可能性がある。このペプチドとの反応を示すＭｅｔ－２５２を含むトリプシンペプチドでピーク強度の９０％超の低下が検出された。比較すると、Ｍｅｔ－４２８を含むペプチドのピーク強度ははるかに小さい影響を受けた（図１４）。（Ｄｏｒｍaｎ，Ｇ．；Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｈ．；Ｐｕｌｓｉｐｈｅｒ，Ａ．；Ｐｒｅｓｔｗｉｃｈ，Ｇ．Ｄ．，Ｔｈｅ Ｌｉｆｅ ｏｆ Ｐｉ Ｓｔａｒ：Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ Ｅｘｃｉｔｉｎｇ ａｎｄ Ｆｏｒｂｉｄｄｅｎ Ｗｏｒｌｄｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｂｅｎｚｏｐｈｅｎｏｎｅ Ｐｈｏｔｏｐｈｏｒｅ．Ｃｈｅｍｉｃａｌ ｒｅｖｉｅｗｓ ２０１６，１１６（２４），１５２８４－１５３９８：Ｗｉｔｔｅｌｓｂｅｒｇｅｒ，Ａ．；Ｔｈｏｍａｓ，Ｂ．Ｅ．；Ｍｉｅｒｋｅ，Ｄ．Ｆ．；Ｒｏｓｅｎｂｌａｔｔ，Ｍ．，Ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ ａｃｔｓ ａｓ ａ “ｍａｇｎｅｔ” ｉｎ ｐｈｏｔｏａｆｆｉｎｉｔｙ ｃｒｏｓｓｌｉｎｋｉｎｇ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ．ＦＥＢＳ ｌｅｔｔｅｒｓ ２００６，５８０（７），１８７２－１８７６）。
２．６ÅでＴＭａｂ由来ヒトＦｃドメインに共有結合的にコンジュゲートされたＢＰＡ７の結晶構造が得られた（図４Ａ）。ＢＰＡ７のＢＰＡ残基を含む電子密度省略マップは、ＢＰＡ側鎖の２つのフェニル環の間の炭素が、（Ｓ）立体化学配置の四面体であり、ＦｃドメインのＭｅｔ－２５２側鎖のイプシロン炭素に共有結合していることを示した。ＢＰＡ７とＦｃドメインとの間の複合体の特定の形状は、その２つの間の非常に特異的な部位及び選択的及び立体選択的反応を促進するように思われる。
Ｆｃドメインに結合した元のＦｃ－ＩＩＩペプチドのＢＰＡ７／Ｆｃドメイン構造へのオーバーレイは、ペプチドの元の結合ポーズがフォトコンジュゲートにおいて大部分保存されていることを示した（両方のペプチドについて０．３Å未満のＲＭＳＤ；図４Ｂ）。（ＤｅＬａｎｏ，Ｗ．Ｌ．；Ｕｌｔｓｃｈ，Ｍ．Ｈ．；ｄｅ Ｖｏｓ，Ａ．Ｍ．；Ｗｅｌｌｓ，Ｊ．Ａ．，Ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ ｔｏ ｂｉｎｄｉｎｇ ａｔ ａ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０００，２８７（５４５６），１２７９－８３）。Ｆｃドメインでは、ペプチドのＶａｌ－１０の代わりに導入されたＢＰＡアミノ酸の末端フェニル環に対応するために、Ｍｅｔ－４２８の側鎖が、５．０Å超移動する必要がある（図４Ｃ）。Ｍｅｔ－４２８のこのコンホメーションは、Ｆｃ－ＩＩＩと同じ一般的な場所に結合するタンパク質（タンパク質Ａなど）と複合している場合でも、ヒトＦｃドメインの報告されている構造のいずれかにおいて観察されていない。これらの結果は、ＢＰＡ７／Ｆｃ複合体で採用されたＭｅｔ－４２８側鎖のコンホメーションが本質的に好ましくない可能性があるが、このコンホメーションを採用するために支払われるエネルギー損失は、ＢＰＡ７とＭｅｔ－２５２との間に形成される共有結合によって相殺されることを示唆した。ＢＰＡフェニル基とＭｅｔ－４２８側鎖との間の好ましいπ－チオエーテル相互作用又は疎水的充填もまた、Ｍｅｔ－４２８のコンホメーションの安定化に役立ち得る。（Ｖａｌｌｅｙ，Ｃ．Ｃ．；Ｃｅｍｂｒａｎ，Ａ．；Ｐｅｒｌｍｕｔｔｅｒ，Ｊ．Ｄ．；Ｌｅｗｉｓ，Ａ．Ｋ．；Ｌａｂｅｌｌｏ，Ｎ．Ｐ．； Ｇａｏ，Ｊ．；Ｓａｃｈｓ，Ｊ．Ｎ．，Ｔｈｅ ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ－ａｒｏｍａｔｉｃ ｍｏｔｉｆ ｐｌａｙｓ ａ ｕｎｉｑｕｅ ｒｏｌｅ ｉｎ ｓｔａｂｉｌｉｚｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１２，２８７（４２），３４９７９－３４９９１）。
実施例８：光架橋に対するＭｅｔ－２５２の酸化又は変異の影響。保存は、ＩｇＧにおいて普遍的ではないが、ヒトＩｇＧのＦｃドメインにおけるメチオニン２５２は、すべてのヒトＩｇＧ抗体のサブクラス（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）及び他の種由来のいくつかの抗体（例えば、ウサギＩｇＧ、マウスＩｇＧ２、ラットＩｇＧ２Ｃなど）において保存される（図９）。Ｍｅｔ－２５２の修飾は、インビボでの抗体の循環半減期に影響を与え得る：すなわち、スルホキシドへの酸化が、減少したＦｃＲｎ結合により、半減期を減少させる一方、Ｍｅｔ－２５２及び他の残基の変異に対し、ＦｃＲｎ結合の増加により増加した半減期をもたらし得る（例えば、３つの変異Ｍｅｔ－２５２→Ｔｙｒ、Ｓｅｒ－２５４→Ｔｈｒ、及びＴｈｒ－２５６→Ｇｌｕを含む、いわゆる「ＹＴＥ」変異体）。（Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ，Ｗ．Ｆ．；Ｋｉｅｎｅｒ Ｐ．Ａ．；Ｗｕ，Ｈ．，Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ｈｕｍａｎ ＩｇＧ１ｓ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｆｏｒ ｅｎｈａｎｃｅｄ ｂｉｎｄｉｎｇ ｔｏ ｔｈｅ ｎｅｏｎａｔａｌ Ｆｃ ｒｅｃｅｐｔｏｒ （ＦｃＲｎ）．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２００６，２８１（３３），２３５１４－２４：Ｇａｏ，Ｘ．；Ｊｉ，Ｊ．Ａ．；Ｖｅｅｒａｖａｌｌｉ，Ｋ．；Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｊ．；Ｚｈａｎｇ，Ｔ．；Ｍｃｇｒｅｅｖｙ，Ｗ．；Ｚｈｅｎｇ，Ｋ．；Ｋｅｌｌｅｙ，Ｒ．Ｆ．；Ｌａｉｒｄ，Ｍ．Ｗ．；Ｌｉｕ，Ｊ．；Ｃｒｏｍｗｅｌｌ，Ｍ．，Ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ Ｆｃ ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｏｎ ＦｃＲｎ ｂｉｎｄｉｎｇ：Ｍｅｔ２５２ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｉｍｐａｉｒｓ ＦｃＲｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｍｏｒｅ ｐｒｏｆｏｕｎｄｌｙ ｔｈａｎ Ｍｅｔ４２８ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｓｃｉｅｎｃｅｓ ２０１５，１０４（２），３６８－３７７）。代表的なヒトモノクローナル抗体及び非ヒトモノクローナル抗体を、ＢＰＡ７への光架橋効率に対するＦｃのＭｅｔ－２５２への変異的変化又は酸化的変化の影響について評価した。
別のヒトＩｇＧ１抗体であるリツキシマブ及びヒトＩｇＧ４抗体へのＢＰＡ７のコンジュゲーションは両方とも効果的であった（両者の場合においてＤＡＲ＝２．０）。ＢＰＡ７のコンジュゲーションでは、ヒトＩｇＧ４「ＹＴＥ」変異体とのコンジュゲートは検出されなかった（ＤＡＲ＝０．０；表２）。ウサギＩｇＧへの架橋が観察されたが（ＤＡＲ＝１．２；表２の抗体「Ｃ」）、マウスＩｇＧ１抗体へのコンジュゲーションは観察されなかった（ＤＡＲ＝０；抗体「Ｄ」）。これらの結果は、Ｍｅｔ－２５２を欠く抗体がコンジュゲートしているため、ペプチドＢＰＡ７のＦｃへの効果的なフォトコンジュゲーションにはＭｅｔ－２５２が必要であるという結論と一致する。ウサギＩｇＧは、対応する位置２５２にメチオニンを有し、それを取り巻く残基は、ヒトＩｇＧ１のものと同一である。ウサギＩｇＧへのコンジュゲーションは、ヒト抗体ほど効率的に進行しなかった。おそらく、ペプチドＢＰＡ７への異なる結合及び／又はフォトコンジュゲーションを説明するヒトｍＡｂとウサギのｍＡｂとの間の微妙なコンホメーションの違い。
表１０．Ｍｅｔ－２５２（ヒトＩｇＧ１付番）を取り巻く領域を示すヒトＩｇＧアイソタイプ、ウサギＩｇＧアイソタイプ、及びマウスのＩｇＧアイソタイプの配列アラインメント及び関連するＤＡＲは、ＢＰＡ７へのフォトコンジュゲーション時に得られた。
Figure 2022513198000035
ペプチドＢＰＡ７へのコンジュゲーションに対するＴＭａｂ中のＭｅｔ－２５２の酸化の影響を評価した。Ｍｅｔ－２５２及びＭｅｔ－４２８はどちらも、特定のストレス条件（例えば、高温、化学酸化剤、ＵＶ光への暴露）下で酸化を受けやすく、これらの残基のチオエーテル側鎖をスルホキシドに変換する。（Ｃｈｕｍｓａｅ，Ｃ．；Ｇａｚａ－Ｂｕｌｓｅｃｏ，Ｇ．；Ｓｕｎ，Ｊ．；Ｌｉｕ，Ｈ．，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅｒｍａｌ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｃｈｅｍｉｃａｌｌｙ ｓｔｒｅｓｓｅｄ ｓａｍｐｌｅｓ ｏｆ ａ ｆｕｌｌｙ ｈｕｍａｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ．Ｊ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ Ｂ Ａｎａｌｙｔ Ｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｍｅｄ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ ２００７，８５０（１－２），２８５－９４：Ｊｉ，Ｊ．Ａ．；Ｚｈａｎｇ，Ｂ．；Ｃｈｅｎｇ，Ｗ．；Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｊ．，Ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ，ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ，ａｎｄ ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｉｎ ａ ｍｏｄｅｌ ｐｒｏｔｅｉｎ，ＰＴＨ：ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ ｓｔａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ．Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ ２００９，９８（１２），４４８５－５００：Ｌａｍ，Ｘ．Ｍ．；Ｙａｎｇ，Ｊ．Ｙ．；Ｃｌｅｌａｎｄ，Ｊ．Ｌ．，Ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔｓ ｆｏｒ ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｉｎ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ＨＥＲ２．Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ １９９７，８６（１１），１２５０－５）。Ｆｃにおいてメチオニン酸化を誘発するために、サンプルを、酸化剤２，２－アゾビス（２－アミジノプロパン）二塩酸塩（ＡＡＰＨ）で３７°Ｃで最大１２３時間処理した。（Ｊｉ，Ｊ．Ａ．；Ｚｈａｎｇ，Ｂ．；Ｃｈｅｎｇ，Ｗ．；Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｊ．，Ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ，ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ，ａｎｄ ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｉｎ ａ ｍｏｄｅｌ ｐｒｏｔｅｉｎ，ＰＴＨ：ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ ｓｔａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ．Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ ２００９，９８（１２），４４８５－５００）。この残基を覆うトリプシンペプチドの質量分析によるＭｅｔ－２５２の酸化を、ＡＡＰＨ反応とそれに続くＢＰＡ７への光架橋反応から精製した抗体サンプルにおいて経時的にモニタした。
ＴＭａｂでのＭｅｔ－２５２酸化の程度とＢＰＡ７への架橋の程度との間に負の相関が観察された（図１５Ａ）。特定の理論に拘束されるものではないが、ＡＡＰＨは、ＭｅｔとＴｒｐの両方の非特異的酸化剤であるため、ＡＡＰＨ処理されたトラスツズマブへのＢＰＡ７のコンジュゲーションの欠如は、Ｍｅｔ－２５２の酸化のみによるものではない可能性がある。遊離メチオニンを過剰に添加すると、抗体中のＭｅｔ－２５２及び他のメチオニンのＡＡＰＨ誘導酸化を選択的に防止できることが以前に示された。（Ｊｉ，Ｊ．Ａ．；Ｚｈａｎｇ，Ｂ．；Ｃｈｅｎｇ，Ｗ．；Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｊ．，Ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ，ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ，ａｎｄ ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｉｎ ａ ｍｏｄｅｌ ｐｒｏｔｅｉｎ，ＰＴＨ：ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ ｓｔａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ．Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ ２００９，９８（１２），４４８５－５００：Ｘｕ，Ｋ．；Ｌｉｕ，Ｌ．；Ｓａａｄ，Ｏ．Ｍ．；Ｂａｕｄｙｓ，Ｊ．；Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｌ．；Ｌｅｉｐｏｌｄ，Ｄ．；Ｓｈｅｎ，Ｂ．；Ｒａａｂ，Ｈ．；Ｊｕｎｕｔｕｌａ，Ｊ．Ｒ．；Ｋｉｍ，Ａ．；Ｋａｕｒ，Ｓ．，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔａｃｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｆｒｏｍ ｐｌａｓｍａ／ｓｅｒｕｍ ｉｎ ｖｉｖｏ ｂｙ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｃａｐｔｕｒｅ ｃａｐｉｌｌａｒｙ ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ．Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１１，４１２（１），５６－６６）。過剰の遊離メチオニンの存在下で２４時間、５％ＡＡＰＨで処理されたＴＭａｂは、より少ない酸化及びより大きいコンジュゲーションを示した（図１５Ｂ）。ＦｃドメインでのＭｅｔ－２５２の酸化は、ＢＰＡ７のフォトコンジュゲーションを除去すると思われる。
ＢＰＡ７は、この残基を担持する抗体のＦｃドメインにおけるＭｅｔ－２５２の側鎖の末端イプシロン炭素へのコンジュゲーションに対して非常に選択的である。Ｍｅｔ－２５２の比較的小さい修飾（酸化）及び大きい修飾（例えば、Ｔｙｒへの変異）の両方が、ＢＰＡ７へのフォトコンジュゲーションを妨げている。これらのデータは、ベンゾフェノン系光親和性プローブが、標的上のメチオニン残基と優先的に反応するという発見と一致している。（Ｗｉｔｔｅｌｓｂｅｒｇｅｒ，Ａ．；Ｔｈｏｍａｓ，Ｂ．Ｅ．；Ｍｉｅｒｋｅ，Ｄ．Ｆ．；Ｒｏｓｅｎｂｌａｔｔ，Ｍ．，Ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ ａｃｔｓ ａｓ ａ “ｍａｇｎｅｔ” ｉｎ ｐｈｏｔｏａｆｆｉｎｉｔｙ ｃｒｏｓｓｌｉｎｋｉｎｇ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ．ＦＥＢＳ ｌｅｔｔｅｒｓ ２００６，５８０（７），１８７２－１８７６）。
実施例９：部位特異的ＡＤＣの構築へのフォトコンジュゲーションの適用。抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の生成に対するフォトコンジュゲーションの反応の適用性を調査するために、保護されたチオールを担持するＢＰＡ７のバリアントを合成した。そのようなバリアントにより、フォトコンジュゲーション及び脱保護後、チオール反応性ペイロードの結合が可能となった。Ｎ－スクシンイミジルＳ－アセチルチオアセテート（ＳＡＴＡ）及び（Ｎ末端に結合した）保護チオールを担持する基としてのＰＥＧ含有ＳＡＴＡバリアント（ＳＡＴＡ－ＰＥＧ）を合成して、ＳＡＴＡ－ＢＰＡ７及びＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７をそれぞれ生成した（図５Ａ）。これらのペプチドは両方とも、ＴＭａｂにフォトコンジュゲートされ、コンジュゲートは精製され、ＳＡＴＡアセチル基は、ヒドロキシルアミンで除去され、コンジュゲートはペイロードへのコンジュゲーションに利用できる遊離チオールとして保存された。
ＳＡＴＡ－ＢＰＡ７及びＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７抗体コンジュゲートの両方が形成され、ＬＣＭＳによって示されるように効率的に脱保護された（図５Ｂ）。サイズ排除クロマトグラフィによって示されるように、ＳＡＴＡ－ＢＰＡ７／ＴＭａｂコンジュゲートは４°Ｃで長期保存時に凝集した（図１６）。これらの結果は、ＡＤＣに対するＰＥＧ基の溶解度向上効果を明らかにした以前の報告と一致している。（Ｋｉｎｇ，Ｈ．Ｄ．；Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ，Ｇ Ｍ．；Ｍａｓｔａｌｅｒｚ，Ｈ．；Ｗｉｌｌｎｅｒ，Ｄ．；Ｈｏｆｓｔｅａｄ，Ｓ．Ｊ．；Ｆｉｒｅｓｔｏｎｅ，Ｒ．Ａ．；Ｌａｓｃｈ，Ｓ．Ｊ．；Ｔｒａｉｌ，Ｐ．Ａ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｏｆ ｄｏｘｏｒｕｂｉｃｉｎ ｐｒｅｐａｒｅｄ ｗｉｔｈ ｂｒａｎｃｈｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｎｋｅｒｓ：ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ ｂｙ ｍｅｔｈｏｘｙｔｒｉｅｔｈｙｌｅｎｅｇｌｙｃｏｌ ｃｈａｉｎｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎａｌ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２００２，４５（１９），４３３６－４３４３：Ｍｉｌｌｅｒ，Ｍ．Ｌ．；Ｒｏｌｌｅｒ，Ｅ．Ｅ．；Ｚｈａｏ，Ｒ．Ｙ．；Ｌｅｅｃｅ，Ｂ．Ａ．；Ａｂ，Ｏ．；Ｂａｌｏｇｌｕ，Ｅ．；Ｇｏｌｄｍａｃｈｅｒ，Ｖ．Ｓ．；Ｃｈａｒｉ，Ｒ．Ｖ．Ｊ．，Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｔａｘｏｉｄｓ ｗｉｔｈ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ ａｎｄ ｓｏｌｕｂｉｌｉｔｙ ｆｏｒ ｕｓｅ ｉｎ ｔｕｍｏｒ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｄｅｌｉｖｅｒｙ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎａｌ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２００４，４７（２０），４８０２－４８０５：Ｍｏｏｎ，Ｓ．－Ｊ．；Ｇｏｖｉｎｄａｎ，Ｓ．Ｖ．；Ｃａｒｄｉｌｌｏ，Ｔ．Ｍ．；Ｄ’Ｓｏｕｚａ，Ｃ．Ａ．；Ｈａｎｓｅｎ，Ｈ．Ｊ．；Ｇｏｌｄｅｎｂｅｒｇ，Ｄ．Ｍ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｏｆ ７－ｅｔｈｙｌ－１０－ｈｙｄｒｏｘｙｃａｍｐｔｏｔｈｅｃｉｎ（ＳＮ－３８） ｆｏｒ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｃａｎｃｅｒ ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎａｌ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２００８，５１（２１），６９１６－６９２６）。いずれかのコンジュゲートを－８０°Ｃで凍結すると凝集が防止されたが、ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７コンジュゲートを使用して更なる研究が進められた。ＴＭａｂ／ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７の遊離チオールは、ε－マレイイミド－カプロイル－バリン－シトルリン－パラ－アミノベンジル－モノメチルオーリスタチンＥ（ｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢ－ＭＭＡＥ）と反応し、コンジュゲートを精製した。得られたＡＤＣは、抗体に付着したＭＭＡＥ部分の最終的な数に対応する１．９の最終ＤＡＲを有し、ＳＥＣによって９４．７％単量体であった（図５Ｄ）。
ＴＭａｂ／ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７／ＭＭＡＥコンジュゲート及び同じペイロード（ＤＡＲ＝１．９）を担持するＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体薬物コンジュゲート（ＴＤＣ）の細胞毒性を、Ｈｅｒ２発現細胞株ＫＰＬ－４及びＳＫ－ＢＲ３で測定した（図６）。フォトコンジュゲートのＩＣ５０値で測定された効力は、ＴＤＣの効力と同等であり（例えば、Ｓｋ－ＢＲ－３細胞において１．７ｎｇ／ｍＬ対２．０ｎｇ／ｍＬ）、細胞毒性ＭＭＡＥペイロードの結合、内在化、及び放出は、フォトコンジュゲーションフォーマットと従来のＴＤＣフォーマットとの比較によって影響を受けなかった可能性が高いことを示している。
ＴＭａｂ／ＳＡＴＡ－ＰＥＧ－ＢＰＡ７／ＭＭＡＥコンジュゲートの安定性を、ラット、カニクイザル、及びヒトの血漿において測定した（図７）。９６時間のインキュベーションで、フォトコンジュゲートからのペイロードの最小限の分解又は脱コンジュゲーションが観察された。フォトコンジュゲートの安定性は、ＬＣＫ１４９Ｃコンジュゲーション部位を使用するＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体／ＭＭＡＥコンジュゲートの安定性に匹敵し、インビボで非常に安定したチオスクシンイミド結合ＴＤＣを生じさせることを以前に示した。（Ｏｈｒｉ，Ｒ．；Ｂｈａｋｔａ，Ｓ．；Ｆｏｕｒｉｅ－Ｏ’Ｄｏｎｏｈｕｅ，Ａ．；ｄｅｌａ Ｃｒｕｚ－Ｃｈｕｈ，Ｊ．；Ｔｓａｉ，Ｓ．Ｐ．；Ｃｏｏｋ，Ｒ．；Ｗｅｉ，Ｂ．；Ｎｇ，Ｃ．；Ｗｏｎｇ，Ａ．Ｗ．；Ｂｏｓ，Ａ．Ｂ．；Ｆａｒａｈｉ，Ｆ．；Ｂｈａｋｔａ，Ｊ．；Ｐｉｌｌｏｗ，Ｔ．Ｈ．；Ｒａａｂ，Ｈ．；Ｖａｎｄｌｅｎ，Ｒ．；Ｐｏｌａｋｉｓ，Ｐ．；Ｌｉｕ，Ｙ．；Ｅｒｉｃｋｓｏｎ，Ｈ．；Ｊｕｎｕｔｕｌａ，Ｊ．Ｒ．；Ｋｏｚａｋ，Ｋ．Ｒ．，Ｈｉｇｈ－Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｃｙｓｔｅｉｎｅ Ｓｃａｎｎｉｎｇ Ｔｏ Ｉｄｅｎｔｉｆｙ Ｓｔａｂｌｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ Ｓｉｔｅｓ ｆｏｒ Ｍａｌｅｉｍｉｄｅ－ａｎｄ Ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ－Ｂａｓｅｄ Ｌｉｎｋｅｒｓ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１８，２９（２），４７３－４８５）。
ＦｃＲｎへの結合は、インビボでの抗体の高い循環半減期を維持するのに有用であり、この機能は、抗体の治療用途又は撮像用途では通常所望されるが、いつも所望されるわけではない。（Ｒｏｏｐｅｎｉａｎ，Ｄ．Ｃ．；Ａｋｉｌｅｓｈ，Ｓ．，ＦｃＲｎ：ｔｈｅ ｎｅｏｎａｔａｌ Ｆｃ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｃｏｍｅｓ ｏｆ ａｇｅ．Ｎａｔｕｒｅ ｒｅｖｉｅｗｓ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２００７，７（９），７１５－７２５）。競合結合ＳＰＲアッセイを使用して、Ｆｃ－ＩＩＩの濃度を増加させると、ＴＭａｂへのＦｃＲｎ結合の減少が観察された（ＩＣ５０ 約７５ｎＭ；図８）。ＢＰＡ７は、Ｆｃ－ＩＩＩと同じ部位を占めており、ＦｃＲｎの結合がフォトコンジュゲートにおいて破壊されると考えられる。
本明細書の抗体及び方法は、プロテインＡ又はプロテインＧからのドメインを使用するフォトコンジュゲーション法と比較して有意な利点を有する。例えば、本明細書に記載されたＢＰＡペプチドは、わずか１３残基長であり、したがって、固相ペプチドの合成によって容易に作製し、かつ修飾することができる。任意のペイロード又は標識を結合させるためのコンジュゲーションハンドルのＦｃ－ＩＩＩへの組み込みは、原則として、本発明者らのアプローチによって可能である。対照的に、抗体に効率的にフォトコンジュゲートさせることができる、プロテインＡ又はプロテインＧのドメインに由来するＢＰＡ含有ペプチドでさえ、長さは約６０残基であり、合成で生成又は修飾することは困難である。（Ｈｕｉ，Ｊ．Ｚ．；Ａｌ Ｚａｋｉ，Ａ．；Ｃｈｅｎｇ，Ｚ．；Ｐｏｐｉｋ，Ｖ．；Ｚｈａｎｇ，Ｈ．；Ｌｕｎｉｎｇ Ｐｒａｋ，Ｅ．Ｔ．；Ｔｓｏｕｒｋａｓ，Ａ．，Ｆａｃｉｌｅ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ，ｃｏｖａｌｅｎｔ ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｏｆ ｆｕｌｌ－ｌｅｎｇｔｈ ＩｇＧ ｏｎｔｏ ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ．Ｓｍａｌｌ（Ｗｅｉｎｈｅｉｍ ａｎ ｄｅｒ Ｂｅｒｇｓｔｒａｓｓｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）２０１４，１０（１６），３３５４－３３６３：Ｈｕｉ，Ｊ．Ｚ．；Ｔｓｏｕｒｋａｓ，Ａ．，Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｈｏｔｏａｃｔｉｖｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｚ ｆｏｒ Ｆａｓｔ ａｎｄ Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ Ｓｉｔｅ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎａｔｉｖｅ ＩｇＧ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１４，２５（９），１７０９－１７１９）。本明細書に記載されたＦｃ－ＩＩＩ由来のフォトコンジュゲーションペプチドのより短い長さはまた、両方とも細菌由来であるプロテインＡ又はプロテインＧ由来のドメインに基づく試薬と比較して、インビボで免疫原性を低下させる可能性が高い。免疫毒素の生成にＢＰＡ残基を含むＦｃ－ＩＩＩペプチドを使用することを明らかにした最近の報告では、分解能は低くなるが、Ｆｃ－ＩＩＩ配列のバリンをＢｐａに置き換えると、Ｆｃドメインにおいて、Ｍｅｔ－２５２への効果的な架橋が得られるという本発明者らの発見を要約している。（Ｐａｒｋ，Ｊ．；Ｌｅｅ，Ｙ．；Ｋｏ，Ｂ．Ｊ．；Ｙｏｏ，Ｔ．Ｈ．，Ｐｅｐｔｉｄｅ－Ｄｉｒｅｃｔｅｄ Ｐｈｏｔｏ－Ｃｒｏｓｓ－Ｌｉｎｋｉｎｇ ｆｏｒ Ｓｉｔｅ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ｏｆ ＩｇＧ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１８）。ただし、プロテインＡ及びプロテインＧに基づく光親和性試薬を使用した研究と同様に、その研究では、非天然のＢｐａ残基を組み込んだ組換え発現Ｆｃ－ＩＩＩ融合タンパク質を用いた。したがって、当該技術分野で知られている他の光親和性リガンドは、本明細書のＢＰＡペプチドと比較して不利である。なぜなら、ＢＰＡペプチドは、化学合成によってより入手しやすく、（既知の光親和性リガンドにはない特徴であるが）サイズが小さいからである。
本明細書に記載されたフォトコンジュゲーション法は、様々な生物学的用途のための均一な抗体コンジュゲートの容易な生成を可能にする。このような研究の前置きとして、フォトコンジュゲーション法から生成された細胞毒性ＡＤＣの細胞における機能的活性を実証し、血漿中でフォトコンジュゲートが少なくとも５日間完全に安定していることを示した。これは、インビボでの安定性の前兆となる発見である。
本明細書に記載された抗体及び方法の用途としては、放射線ベースの免疫療法又は撮像が挙げられ、両者において、長い循環半減期により、放射線誘発毒性が増加し、後者の場合、画像コントラストが低下する。（Ｊａｇｇｉ，Ｊ．Ｓ．；Ｃａｒｒａｓｑｕｉｌｌｏ，Ｊ Ａ．；Ｓｅｓｈａｎ，Ｓ．Ｖ．；Ｚａｎｚｏｎｉｃｏ，Ｐ．；Ｈｅｎｋｅ，Ｅ．； Ｎａｇｅｌ，Ａ．；Ｓｃｈｗａｒｔｚ，Ｊ．；Ｂｅａｔｔｉｅ，Ｂ．；Ｋａｐｐｅｌ，Ｂ．Ｊ．；Ｃｈａｔｔｏｐａｄｈｙａｙ，Ｄ．；Ｘｉａｏ，Ｊ．；Ｓｇｏｕｒｏｓ，Ｇ．；Ｌａｒｓｏｎ，Ｓ．Ｍ．；Ｓｃｈｅｉｎｂｅｒｇ，Ｄ．Ａ．，Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｔｕｍｏｒ ｉｍａｇｉｎｇ ａｎｄ ｔｈｅｒａｐｙ ｖｉａ ｉ．ｖ．ＩｇＧ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｔｉｍｅ－ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｅｏｎａｔａｌ Ｆｃ ｒｅｃｅｐｔｏｒ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ ２００７，１１７（９），２４２２－２４３０）。抗体治療の眼科適用に関して、ＦｃＲｎ結合は、眼からのクリアランスを促進するため、弊害をもたらす場合があり、本明細書のフォトコンジュゲーション法を使用できる別の潜在的な分野を提供する。（Ｋｉｍ，Ｈ．；Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｓ．Ｂ．；Ｃｓａｋｙ，Ｋ．Ｇ．，ＦｃＲｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ＩｇＧ ｉｎ ｔｈｅ ｅｙｅ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｖｉｓｉｏｎ ２００９，１５，２８０３－２８１２）。最後に、本明細書に記載されたフォトコンジュゲーション法は、野生型抗体への部位特異的コンジュゲーションから利益を得るであろう様々なインビトロ用途において有用であり得る。例えば、本明細書における開発されたフォトコンジュゲーション反応は、抗体量が比較的少ない（約０．４ｍｇ）９６ウェルプレートを使用し、宿主種がＭｅｔ－２５２で抗体を生成する場合（例えば、ウサギ）、ハイブリドーマから均一に標識された抗体コンジュゲートのライブラリを生成することを可能にする。この機能は、結合、内在化、又は効力の研究のための抗体クローンのよりロバストな比較を可能にするために有用であると考えられ、さもなければ、プロセスは、コンジュゲーションの個々の抗体変異体の発現及び生成を伴う。（Ｏｈｒｉ，Ｒ．；Ｂｈａｋｔａ，Ｓ．；Ｆｏｕｒｉｅ－Ｏ’Ｄｏｎｏｈｕｅ，Ａ．；ｄｅｌａ Ｃｒｕｚ－Ｃｈｕｈ，Ｊ．；Ｔｓａｉ，Ｓ．Ｐ．；Ｃｏｏｋ，Ｒ．；Ｗｅｉ，Ｂ．；Ｎｇ，Ｃ．；Ｗｏｎｇ，Ａ．Ｗ．；Ｂｏｓ，Ａ．Ｂ．；Ｆａｒａｈｉ，Ｆ．；Ｂｈａｋｔａ，Ｊ．；Ｐｉｌｌｏｗ，Ｔ．Ｈ．；Ｒａａｂ，Ｈ．；Ｖａｎｄｌｅｎ，Ｒ．；Ｐｏｌａｋｉｓ，Ｐ．；Ｌｉｕ，Ｙ．；Ｅｒｉｃｋｓｏｎ，Ｈ．；Ｊｕｎｕｔｕｌａ，Ｊ．Ｒ．；Ｋｏｚａｋ，Ｋ．Ｒ．，Ｈｉｇｈ－Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｃｙｓｔｅｉｎｅ Ｓｃａｎｎｉｎｇ Ｔｏ Ｉｄｅｎｔｉｆｙ Ｓｔａｂｌｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ Ｓｉｔｅｓ ｆｏｒ Ｍａｌｅｉｍｉｄｅ－ａｎｄ Ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ－Ｂａｓｅｄ Ｌｉｎｋｅｒｓ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１８，２９（２），４７３－４８５：Ｃａｔｃｏｔｔ，Ｋ．Ｃ．；ＭｃＳｈｅａ，Ｍ．Ａ．；Ｂｉａｌｕｃｈａ，Ｃ．Ｕ．；Ｍｉｌｌｅｒ，Ｋ．Ｌ．；Ｈｉｃｋｓ，Ｓ．Ｗ．；Ｓａｘｅｎａ，Ｐ．；Ｇｅｓｎｅｒ，Ｔ．Ｇ．；Ｗｏｌｄｅｇｉｏｒｇｉｓ，Ｍ．；Ｌｅｗｉｓ，Ｍ．Ｅ．；Ｂａｉ，Ｃ．；Ｆｌｅｍｉｎｇ，Ｍ．Ｓ．；Ｅｔｔｅｎｂｅｒｇ，Ｓ．Ａ．；Ｅｒｉｃｋｓｏｎ，Ｈ．Ｋ．；Ｙｏｄｅｒ，Ｎ．Ｃ．，Ｍｉｃｒｏｓｃａｌｅ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ ａｓ ｍａｙｔａｎｓｉｎｏｉｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ．ｍＡｂｓ ２０１６，８（３），５１３－５２３：Ｐｕｔｈｅｎｖｅｅｔｉｌ，Ｓ．；Ｍｕｓｔｏ，Ｓ．；Ｌｏｇａｎｚｏ，Ｆ．；Ｔｕｍｅｙ，Ｌ．Ｎ．；Ｏ＆ａｐｏｓ；Ｄｏｎｎｅｌｌ，Ｃ．Ｊ．；Ｇｒａｚｉａｎｉ，Ｅ．Ｉ．，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｓｏｌｉｄ－ｐｈａｓｅ ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏｗａｒｄｓ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｄｕａｌ ｌａｂｅｌｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ ａｎｄ Ｆａｂ ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１６，ａｃｓ．ｂｉｏｃｏｎｊｃｈｅｍ．６ｂ０００５４：Ｎａｔｈ，Ｎ．；Ｇｏｄａｔ，Ｂ．；Ｂｅｎｉｎｋ，Ｈ．；Ｕｒｈ， Ｍ．，Ｏｎ－ｂｅａｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｓｍａｌｌ ｍｏｌｅｃｕｌｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｈｉｇｈ－ｃａｐａｃｉｔｙ ｍａｇｎｅｔｉｃ ｂｅａｄｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｍｅｔｈｏｄｓ ２０１５）。
前述の本発明は、理解を明確にする目的で、図示及び例示の方法によりある程度詳細に説明されてきたが、これらの説明及び例示は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。したがって、すべての好適な修正、及び等価物が、この後の特許請求の範囲により定義されるような本発明の範囲内にあると見なされ得る。本明細書に引用されたすべての特許文献及び科学文献の開示は、参照によりその全体が明示的に組み込まれている。

Claims (66)

  1. 配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むペプチドを含むＢＰＡペプチド組成物。
  2. 前記ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ７（配列番号８）である、請求項１に記載のＢＰＡペプチド組成物。
  3. 前記ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ１０（配列番号１１）である、請求項１に記載のＢＰＡペプチド組成物。
  4. 前記ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ３（配列番号４）又はＢＰＡ４（配列番号５）である、請求項１に記載のＢＰＡペプチド組成物。
  5. 配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、又は配列番号１９、配列番号２０を含むペプチドを含むＰｈＬペプチド組成物。
  6. 配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、又は配列番号２９を含むペプチドを含むＴｄｆペプチド組成物。
  7. （ｉ）抗体と、
    （ｉｉ）前記抗体のＦｃ部分において共有結合している、請求項１に記載のＢＰＡペプチドと、を含む、抗体－薬物コンジュゲート。
  8. 式（Ｉ）：
    Figure 2022513198000036
    （式中、
    Ａｂは、抗体であり、
    Ｂは、前記抗体のＦｃ領域及びＬに共有結合している、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドであり、
    Ｅは、本明細書で提供されるような任意選択的な延長部分であり、
    Ｌは、リンカー部分であり、
    Ｄは、放射性標識、抗体、又はチューブリン阻害剤、トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、ＤＮＡ架橋細胞毒性剤、アルキル化剤、タキサン、若しくはアントラサイクリン剤などの抗がん剤を含む薬物部分であり、
    ｐは、１又は２である。）
    を有する、請求項３に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物。
  9. ｐが２である抗体－薬物コンジュゲートの均質な混合物を含む、請求項７に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物。
  10. 前記抗体が、モノクローナルＩｇＧ抗体である、請求項７から９のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物。
  11. 前記抗体が、システイン操作抗体である、請求項７から１０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物。
  12. Ａｂが、トラスツズマブ又はトラスツズマブ エムタンシンである、請求項７から１０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  13. Ｄが、マイタンシノイド、ドラスタチン、オーリスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン二量体（ＰＢＤ二量体）、アントラサイクリン剤、デュオカルマイシン、合成デュオカルマイシン類似体、１，２，９，９ａ－テトラヒドロシクロプロパ［ｃ］ベンゾ［ｅ］インドール－４－オン（ＣＢＩ）二量体、ビンカアルカロイド、タキサン（例えば、パクリタキセル又はドセタキセル）、トリコテセン、カンプトテシン、シルベストロール、又はエリナフィドである、請求項７から１２のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  14. Ｄが、ミカロシルプロチロノリドを含むデュオカルマイシンである、請求項７から１３のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  15. Ｄが、ＰＢＤ二量体である、請求項７から１３のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  16. Ｄが、ＣＢＩ二量体である、請求項７から１３のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  17. Ｄが、ＭＭＡＥ又はＭＭＡＦを含むオーリスタチンである、請求項７から１３のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  18. Ｄが、ＰＮＵ－１５９６８２、ドキソルビシン、ダウノルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン、又はバルルビシンを含むアントラサイクリン剤である、請求項７から１３のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  19. Ｄが、放射性標識にコンジュゲートされている、請求項７から１３のいずれか一項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  20. 前記放射性標識が、１１Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、１８Ｆ、３２Ｐ、５１Ｃｒ、５７Ｃｏ、６４Ｃｕ、６７Ｇａ、７５Ｓｅ、８１ｍＫｒ、８２Ｒｂ、９９ｍＴｃ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１１１Ｉｎ、又は２０１Ｔｉである、請求項７から１２のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  21. Ｌが、式（ＩＶ）：
    －Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
    （式中、
    Ｓｔｒは、ストレッチャ単位又は前記ＢＰＡペプチドに共有結合しているＳであり、
    Ｐｅｐは、２～１２個のアミノ酸残基の任意選択的なペプチド単位であり、
    Ｙは、Ｄに共有結合している任意選択的なスペーサ単位であり、
    ｍ及びｎは、０～１から独立して選択される。）
    を含む、請求項７から２０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  22. Ｓｔｒが、マレイイミジル部分、ブロモアセトアミジル部分又はヨードアセトアミジル部分を含む、請求項２１に記載の抗体コンジュゲーション。
  23. Ｓｔｒが、式（Ｖ）：
    Figure 2022513198000037
    （式中、
    Ｒ６は、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン－Ｃ（＝Ｏ）、Ｃ１～Ｃ１２アルキレン－ＮＨ、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ－Ｃ（＝Ｏ）、（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｒ－ＣＨ２、又はＣ１～Ｃ１２アルキレン－ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（チオフェン－３－イル）を含み、
    ｒは、１～１２の範囲の整数であり、
    Ｒ６は、Ｐｅｐ又はＹに結合されている。）
    を有する、請求項２１又は２２に記載の抗体コンジュゲーション。
  24. ｐｅｐが、
    Figure 2022513198000038
    を含むペプチド模倣部分を含む、請求項２１から２３のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  25. Ｌが、式（ＩＶ）（式中、Ｒ６が、（ＣＨ２）５であり、Ｐｅｐが、ｖａｌ－ｃｉｔ、ｓｑ－ｃｉｔ、又はｎｓｑ－ｃｉｔであり、Ｙが、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）である。）を含む、請求項７から２４のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  26. Ｌが、式（ＶＩ）：
    Figure 2022513198000039
    （式中、
    Ｂは、前記抗体のＦｃ領域及びＬに共有結合している、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドであり、
    Ｙは、パラ－アミノベンジル、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）、２－アミノイミダゾール－５－メタノール誘導体、オルト－若しくはパラ－アミノベンジルアセタール、４－アミノ酪酸アミド、ビシクロ［２．２．１］環系及びビシクロ［２．２．２］環系、又は２－アミノフェニルプロピオン酸アミドであり、
    Ｒａ及びＲｂは、Ｈ及びＣ１～３アルキルから独立して選択され、Ｒａ及びＲｂのうちの一方のみがＨであってもよく、又はＲａ及びＲｂが、結合している炭素原子と共に、酸素ヘテロ原子を任意選択的に含む四～六員環を形成する。）
    を含む、請求項７から２０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  27. Ｙが、パラ－アミノベンジル又はｐ－アミノベンジルオキシカルボニルである、請求項２６に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  28. Ｂが、ＢＰＡ７（配列番号８）であり、
    Ａｂが、トラスツズマブであり、
    Ｄが、ＭＭＡＥ又はＭＭＡＦであり、
    Ｌが、式（ＩＶ）：
    －Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
    （式中、Ｓｔｒは、式（Ｖ）：
    Figure 2022513198000040
    （式中、Ｒ６は、（ＣＨ２）５であり、
    Ｐｅｐは、ｖａｌ－ｃｉｔ、ｓｑ－ｃｉｔ、又はｎｓｑ－ｃｉｔであり、
    Ｙは、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）である。）の化合物である。）
    の化合物を含む、請求項７から２０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  29. 前記抗体が、腫瘍関連抗原又は細胞表面受容体に結合する、請求項７から２８のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  30. 前記腫瘍関連抗原又は前記細胞表面受容体が、（１）～（５３）：
    （１）ＢＭＰＲ１Ｂ（骨形成タンパク質受容体ＩＢ型）、
    （２）Ｅ１６（ＬＡＴ１、ＳＬＣ７Ａ５）、
    （３）ＳＴＥＡＰ１（前立腺の６回膜貫通上皮抗原）、
    （４）ＭＵＣ１６（０７７２Ｐ、ＣＡ１２５）、
    （５）ＭＰＦ（ＭＰＦ、ＭＳＬＮ、ＳＭＲ、巨核球増強因子、メソテリン）、
    （６）Ｎａｐｉ２ｂ（ＮＡＰＩ－３Ｂ、ＮＰＴＩＩｂ、ＳＬＣ３４Ａ２、溶質担体ファミリー３４（リン酸ナトリウム）、メンバー２、ＩＩ型ナトリウム依存性リン酸トランスポーター３ｂ）、
    （７）Ｓｅｍａ ５ｂ（ＦＬＪ１０３７２、ＫＩＡＡ１４４５、Ｍｍ．４２０１５、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＥＭＡＧ、セマフォリン５ｂ Ｈｌｏｇ、セマドメイン、７回トロンボスポンジンリピート（１型及び１型様）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）及び短細胞質ドメイン、（セマフォリン）５Ｂ）、
    （８）ＰＳＣＡ ｈｌｇ（２７０００５０Ｃ１２Ｒｉｋ、Ｃ５３０００８Ｏ１６Ｒｉｋ、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２遺伝子）、
    （９）ＥＴＢＲ（エンドセリンＢ型受容体）、
    （１０）ＭＳＧ７８３（ＲＮＦ１２４、仮想タンパク質ＦＬＪ２０３１５）、
    （１１）ＳＴＥＡＰ２（ＨＧＮＣ＿８６３９、ＩＰＣＡ－１、ＰＣＡＮＡＰ１、ＳＴＡＭＰ１、ＳＴＥＡＰ２、ＳＴＭＰ、前立腺がん関連遺伝子１、前立腺がん関連タンパク質１、前立腺の６回膜貫通上皮抗原２、６回膜貫通前立腺タンパク質）、
    （１２）ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４）、
    （１３）ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形がん腫由来成長因子）、
    （１４）ＣＤ２１（ＣＲ２（補体受容体２）又はＣ３ＤＲ（Ｃ３ｄ／エプスタインバーウイルス受容体）又はＨｓ ７３７９２）、
    （１５）ＣＤ７９ｂ（ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ７９β、ＩＧｂ（免疫グロブリン関連ベータ）、Ｂ２９）、
    （１６）ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ）、
    （１７）ＨＥＲ２、
    （１８）ＮＣＡ、
    （１９）ＭＤＰ、
    （２０）ＩＬ２０Ｒα、
    （２１）ブレビカン、
    （２２）ＥｐｈＢ２Ｒ、
    （２３）ＡＳＬＧ６５９、
    （２４）ＰＳＣＡ、
    （２５）ＧＥＤＡ、
    （２６）ＢＡＦＦ－Ｒ（Ｂ細胞活性化因子受容体、ＢＬｙＳ受容体３、ＢＲ３）、
    （２７）ＣＤ２２（Ｂ細胞受容体ＣＤ２２－Ｂアイソフォーム）、
    （２８）ＣＤ７９ａ（ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９α、免疫グロブリン関連α）、
    （２９）ＣＸＣＲ５（バーキットリンパ腫受容体１）、
    （３０）ＨＬＡ－ＤＯＢ（ＭＨＣクラスＩＩ分子（Ｉａ抗原）のβサブユニット）、
    （３１）Ｐ２Ｘ５（プリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５）、
    （３２）ＣＤ７２（Ｂ細胞分化抗原ＣＤ７２、Ｌｙｂ－２）、
    （３３）ＬＹ６４（リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）、ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）ファミリーのＩ型膜タンパク質）、
    （３４）ＦｃＲＨ１（Ｆｃ受容体様タンパク質１）、
    （３５）ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２（免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転座関連２）、
    （３６）ＴＥＮＢ２（推定膜貫通プロテオグリカン）、
    （３７）ＰＭＥＬ１７（ｓｉｌｖｅｒ相同体；ＳＩＬＶ；Ｄ１２Ｓ５３Ｅ；ＰＭＥＬ１７；ＳＩ；ＳＩＬ）、
    （３８）ＴＭＥＦＦ１（ＥＧＦ様ドメイン及び２つのフォリスタチン様ドメインを有する膜貫通タンパク質１；トモレグリン－１）、
    （３９）ＧＤＮＦ－Ｒａ１（ＧＤＮＦファミリー受容体α１；ＧＦＲＡ１；ＧＤＮＦＲ；ＧＤＮＦＲＡ；ＲＥＴＬ１；ＴＲＮＲ１；ＲＥＴ１Ｌ；ＧＤＮＦＲ－α１；ＧＦＲ－ＡＬＰＨＡ－１）、
    （４０）Ｌｙ６Ｅ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｅ；Ｌｙ６７、ＲＩＧ－Ｅ、ＳＣＡ－２、ＴＳＡ－１）、
    （４１）ＴＭＥＭ４６（ｓｈｉｓａ相同体２（アフリカツメガエル）；ＳＨＩＳＡ２）、
    （４２）Ｌｙ６Ｇ６Ｄ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｇ６Ｄ；Ｌｙ６－Ｄ、ＭＥＧＴ１）、
    （４３）ＬＧＲ５（ロイシンリッチリピート含有Ｇタンパク質共役受容体５；ＧＰＲ４９；ＧＰＲ６７）、
    （４４）ＲＥＴ（ｒｅｔプロトオンコジーン；ＭＥＮ２Ａ；ＨＳＣＲ１；ＭＥＮ２Ｂ；ＭＴＣ１；ＰＴＣ；ＣＤＨＦ１２；Ｈｓ．１６８１１４；ＲＥＴ５１；ＲＥＴ－ＥＬＥ１）、
    （４５）ＬＹ６Ｋ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｋ；ＬＹ６Ｋ；ＨＳＪ００１３４８；ＦＬＪ３５２２６）、
    （４６）ＧＰＲ１９（Ｇタンパク質共役受容体１９；Ｍｍ．４７８７）、
    （４７）ＧＰＲ５４（ＫＩＳＳ１受容体、ＫＩＳＳ１Ｒ；ＧＰＲ５４；ＨＯＴ７Ｔ１７５；ＡＸＯＲ１２）、
    （４８）ＡＳＰＨＤ１（アスパラギン酸βヒドロキシラーゼドメイン含有１；ＬＯＣ２５３９８２）、
    （４９）チロシナーゼ（ＴＹＲ；ＯＣＡＩＡ；ＯＣＡ１Ａ；チロシナーゼ；ＳＨＥＰ３）、
    （５０）ＴＭＥＭ１１８（膜貫通型リングフィンガータンパク質２；ＲＮＦＴ２；ＦＬＪ１４６２７）、
    （５１）ＧＰＲ１７２Ａ（Ｇタンパク質共役受容体１７２Ａ；ＧＰＣＲ４１；ＦＬＪ１１８５６；Ｄ１５Ｅｒｔｄ７４７ｅ）、
    （５２）ＣＤ３３、並びに
    （５３）ＣＬＬ－１からなる群から選択される、請求項２９に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  31. 請求項７から３０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物と、薬学的に許容される賦形剤と、を含む、医薬組成物。
  32. 肺がん、膀胱がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、黒色腫、又は乳がんを治療する方法であって、前記方法が、有効量の請求項７から３０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲートを患者に投与することを含む、方法。
  33. 乳がんを治療する方法であって、前記方法が、有効量の請求項７から３０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲートを前記乳がんを有する患者に投与することを含む、方法。
  34. 肺がんを治療する方法であって、前記方法が、有効量の請求項７から３０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲートを前記肺がんを有する患者に投与することを含む、方法。
  35. 前記肺がんが、非小細胞肺がんである、請求項３４に記載の方法。
  36. 膀胱がんを治療する方法であって、前記方法が、有効量の請求項７から３０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲートを前記膀胱がんを有する患者に投与することを含む、方法。
  37. 腎臓がんを治療する方法であって、前記方法が、有効量の請求項７から３０のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲートを前記腎臓がんを有する患者に投与することを含む、方法。
  38. 前記抗体－薬物コンジュゲートが、別の抗がん剤と併用投与される、請求項３２から３８のいずれか一項に記載の方法。
  39. 前記抗がん剤が、１つまたは複数の治療用抗体を含む、請求項３８に記載の方法。
  40. 前記抗がん剤が、放射線療法又は化学療法である、請求項３８に記載の方法。
  41. 腫瘍に関して患者を撮像する方法であって、前記方法が、請求項７から３０のいずれか一項に記載のＡＤＣを含む組成物を前記患者に投与することと、標識の量及び場所を検出することと、を含む、方法。
  42. 前記標識が、１１Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、１８Ｆ、３２Ｐ、５１Ｃｒ、５７Ｃｏ、６４Ｃｕ、６７Ｇａ、７５Ｓｅ、８１ｍＫｒ、８２Ｒｂ、９９ｍＴｃ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１１１Ｉｎ、又は２０１Ｔｉを含む、請求項４１に記載の方法。
  43. 請求項７から３０のいずれか一項のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物を調製する方法であって、前記方法が、
    （ｉ）光架橋条件下で、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドと抗体を反応させることによって、抗体コンジュゲートを形成することと、
    （ｉｉ）前記ＢＰＡペプチドの末端の保護基を任意選択的に除去することと、
    （ｉｉｉ）リンカーを更に含む薬物（Ｄ）と前記抗体コンジュゲートを反応させて、式（Ｉ）を有する抗体－薬物コンジュゲート組成物を形成することであって、前記リンカーが、式（ＩＶ）：
    －Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
    （式中、
    Ｓｔｒは、ストレッチャ単位又は前記ＢＰＡペプチドに共有結合しているＳであり、
    Ｐｅｐは、２～１２個のアミノ酸残基の任意選択的なペプチド単位であり、
    Ｙは、Ｄに共有結合している任意選択的なスペーサ単位であり、
    ｍ及びｎが、０～１から独立して選択される。）
    を含む、形成することと、を含む、方法。
  44. 前記抗体が、モノクローナルＩｇＧ抗体である、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記抗体が、システイン操作抗体である、請求項４３又は４４に記載の方法。
  46. 前記抗体が、腫瘍関連抗原又は細胞表面受容体に結合する、請求項４３から４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 前記ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ７（配列番号８）である、請求項４３から４６のいずれか一項に記載の方法。
  48. 前記ＢＰＡペプチドが、ＰＥＧを含む延長部分を更に含む、請求項４３から４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記延長部分が、ＰＥＧ１２－ＳＡＴＡ又はＳＡＴＡである、請求項４８に記載の方法。
  50. 光架橋条件が、紫外線（ＵＶ）光下での照射を含む、請求項４３から４９のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記抗体及び前記ＢＰＡペプチドが、３６５ｎｍのＵＶ光で照射される、請求項４３から５０のいずれか一項に記載の方法。
  52. 前記光架橋条件が、マルチウェルプレートにおいて前記抗体及び前記ＢＰＡペプチドを照射することを含む、請求項４３から５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. 光架橋条件が、抗酸化物質を更に含む、請求項４３から５２のいずれか一項に記載の方法。
  54. 前記抗酸化物質が、５－ヒドロキシインドール（５－ＨＩ）、メチオニン、チオ硫酸ナトリウム、カタラーゼ、白金、トリプトファン、５－メトキシ－トリプトファン、５－アミノ－トリプトファン、５－フルオロ－トリプトファン、Ｎ－アセチルトリプトファン、トリプタミン、トリプトファンアミド、セロトニン、メラトニン、キヌレニン、インドリル誘導体、サリチル酸、５－ヒドロキシサリチル酸、アントラニル酸、及び５－ヒドロキシアントラニル酸からなる群から選択される、請求項５３に記載の方法。
  55. 請求項７から３０のいずれか一項のいずれか一項に記載の抗体－薬物コンジュゲート組成物を調製する方法であって、前記方法が、光架橋条件下で、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、又は配列番号１１を含むＢＰＡペプチドと抗体を反応させることによって、抗体コンジュゲートを形成することを含み、前記ＢＰＡペプチドが、式（ＩＶ）：
    －Ｓｔｒ－（Ｐｅｐ）ｍ－（Ｙ）ｎ－ （ＩＶ）
    （式中、
    Ｓｔｒは、ストレッチャ単位又は前記ＢＰＡペプチドに共有結合しているＳであり、
    Ｐｅｐは、２～１２個のアミノ酸残基の任意選択的なペプチド単位であり、
    Ｙは、Ｄに共有結合している任意選択的なスペーサ単位であり、
    ｍ及びｎは、０～１から独立して選択される。）
    を含むリンカーを介して薬物部分（Ｄ）に共有結合される、方法。
  56. 前記抗体が、モノクローナルＩｇＧ抗体である、請求項５５に記載の方法。
  57. 前記抗体が、システイン操作抗体である、請求項５５又は５６に記載の方法。
  58. 前記抗体が、腫瘍関連抗原又は細胞表面受容体に結合する、請求項５５から５７のいずれか一項に記載の方法。
  59. 前記ＢＰＡペプチドが、ＢＰＡ７（配列番号８）である、請求項５５から５８のいずれか一項に記載の方法。
  60. 前記ＢＰＡペプチドが、ＰＥＧを含む延長部分を更に含む、請求項５５から５９のいずれか一項に記載の方法。
  61. 前記延長部分が、ＰＥＧ１２－ＳＡＴＡ又はＳＡＴＡである、請求項６０に記載の方法。
  62. 光架橋条件が、紫外線（ＵＶ）光下での照射を含む、請求項５５から６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記抗体及び前記ＢＰＡペプチドが、３６５ｎｍのＵＶ光で照射される、請求項５５から６２のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記光架橋条件が、マルチウェルプレートにおいて前記抗体及び前記ＢＰＡペプチドを照射することを含む、請求項５５から６３のいずれか一項に記載の方法。
  65. 光架橋条件が、抗酸化物質を更に含む、請求項５５から６４のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記抗酸化物質が、５－ヒドロキシインドール（５－ＨＩ）、メチオニン、チオ硫酸ナトリウム、カタラーゼ、白金、トリプトファン、５－メトキシ－トリプトファン、５－アミノ－トリプトファン、５－フルオロ－トリプトファン、Ｎ－アセチルトリプトファン、トリプタミン、トリプトファンアミド、セロトニン、メラトニン、キヌレニン、インドリル誘導体、サリチル酸、５－ヒドロキシサリチル酸、アントラニル酸、及び５－ヒドロキシアントラニル酸からなる群から選択される、請求項６５に記載の方法。
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