JP2013535212A - 低分子干渉核酸(siNA)を用いたカテニン(カドヘリン結合型タンパク質)β1(CTNNB1)遺伝子発現のRNA干渉媒介性阻害 - Google Patents

低分子干渉核酸(siNA)を用いたカテニン(カドヘリン結合型タンパク質)β1(CTNNB1)遺伝子発現のRNA干渉媒介性阻害 Download PDF

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Abstract

本発明は、CTNNB1遺伝子の発現および/または活性のモジュレーションに対して
応答する、および/またはβ−カテニン遺伝子発現経路をモジュレートする化合物、組成
物および方法であって、形質、疾患および病状の試験、診断および処置のための化合物、
組成物および方法に関する。詳しくは、本発明は、CTNNB1遺伝子発現に対するRN
A干渉(RNAi)を媒介し得る、または該RNA干渉を媒介する二本鎖核酸分子、例え
ば、低分子干渉核酸(siNA)、低分子干渉RNA(siRNA)、二本鎖RNA(d
sRNA)、マイクロRNA(miRNA)、および低分子ヘアピン型RNA(shRN
A)分子などの低分子量核酸分子に関する。
【選択図】図1

Description

配列表
37 CFR §1.52(e)(5)に従ってEFSによって提出した配列表は、引
用により本明細書に組み込まれる。EFSによって提出した配列表のテキストファイルは
、2011年7月25日に作成した2,173,912バイトのサイズのファイル「Se
quenceListingSIRONC2」を含む。
ベータカテニン(カドヘリン結合型タンパク質およびβ−カテニンとしても知られてい
る)は、サイトゾル内タンパク質のカテニンファミリーの構成員である。β−カテニンは
CTNNB1遺伝子にコードされている。
β−カテニンは、Wnt/Wgシグナル伝達経路における枢要な役割因子であり、いく
つかの発生プロセスのメディエータである。Wntの非存在下では、セリン/トレオニン
プロテインキナーゼであるグリコゲンシンターゼキナーゼ3(GSK−3β)がβ−カテ
ニンタンパク質を構成的にリン酸化する。Wntが存在し、frizzled受容体(F
z)の任意のファミリー構成員に結合すると、dishevelled(Dsh)として
知られている細胞内シグナル伝達タンパク質が膜に漸増され、リン酸化される。GSK−
3βは、Dshの活性化によって阻害される。その結果、サイトゾル内のβ−カテニンレ
ベルが増大し、核にトランスロケーションされてさまざまな機能が発揮される。β−カテ
ニンは転写因子TCFおよびLEFと一緒に作用し、種々のプロセスに関与している特定
の標的遺伝子を活性化させる。
β−カテニンは、増殖因子に刺激されるとリン酸化を受け、細胞接着の低減がもたらさ
れ、それにより、細胞接着、細胞同士の連絡および細胞骨格アンカーリングを媒介する多
タンパク質複合体である接着性結合装置の成分としての機能を果たす(非特許文献1)。
Thompsonらにより、β−カテニンは、肝臓生物学の種々の局面、例えば、肝臓
の発生(胚および出生後の両方)、部分肝切除術後の肝臓再生、肝細胞増殖因子(HGF
)誘導性肝腫大、肝臓帯状分布、および肝臓癌の病因において重要な役割を果たしている
ことが示唆されている(非特許文献2)。
Wang et al.(2008)により、β−カテニンは癌遺伝子としての機能を
果たすことがあり得ることがと示されている。(非特許文献3)。基底細胞癌を有する患
者では、β−カテニンレベルの増大が存在しており、関連腫瘍増殖の増大に至る。β−カ
テニン遺伝子における変異は、結腸直腸癌(CRC)、毛質性上皮腫(PTR)、髄芽腫
(MDB)、胚芽腫および卵巣癌の原因である。
結腸直腸癌の発生におけるβ−カテニンの役割は、腫瘍抑制因子であるAPC(大腸腺
腫性ポリポーシス)遺伝子の発現産物によって調節されることが示されている(非特許文
献4;非特許文献5)。APCタンパク質は、通常、TCF/LEFとともにβ−カテニ
ンに結合し、転写因子複合体を形成する。Morinら(非特許文献6)により、APC
タンパク質は、結腸癌においてβ−カテニンおよびTcf−4によって媒介される転写活
性化を下方調節することが報告されている。その結果により、β−カテニンの調節はAP
Cの腫瘍抑制効果に緊要であること、およびこの調節はAPCまたはβ−カテニンのいず
れかにおける変異によって回避され得ることが示される。
β−カテニン遺伝子における変異は、β−カテニンのN末端の一部分の欠失をもたらす
切断、またはGSK3α/βまたはCKIαによって標的化されるセリンおよびトレオニ
ン残基に影響を及ぼす点変異のいずれかである。このような変異型β−カテニンタンパク
質はリン酸化に不応性であり、したがってプロテアソーム分解が回避される。そのため、
β−カテニンが罹患細胞内に蓄積される。安定化され、核に局在するβ−カテニンは、結
腸癌のほぼすべての症例のホールマークである(非特許文献7)。Morinらによって
、リン酸化部位を改変させるβ−カテニンの変異により、細胞はβ−カテニンのAPC媒
介性下方調節に対して非感受性となること、およびこの機構の破壊は結腸直腸腫瘍発生に
緊要であることが示された。(非特許文献8)。
また、他の研究によっても、種々のがん細胞株においてβ−カテニンの変異の検出が報
告されている(例えば、非特許文献9;非特許文献10;非特許文献11:非特許文献1
2参照)さらに、β−カテニンの量は黒色腫細胞株においても異常に高いことがわかって
いる(例えば、非特許文献13参照)。
同様に、肝細胞癌(HCC)などの他のがんも、Wnt/β−カテニン経路と関連して
いる。HCCは、複雑で不均質な疾患であり、世界中で毎年、660,000を超える新
たな症例が計上される。数多くの報告により、Wntシグナル伝達成分がヒトHCC患者
において活性化されていることが示されている。活性化されたWntシグナル伝達および
核内β−カテニンは、疾患の再発および予後不良と相関している(非特許文献14)。高
い核内β−カテニン染色は、HCC患者の17〜66%において記録されている(非特許
文献15;非特許文献16)。香港大学との共同研究において作成された約300例のH
CC患者腫瘍に関するMerckの内部データセットにより、HCC患者の50%におい
てWntシグナル伝達成分が活性化されていることが示される。外部データでは、β−カ
テニン変異の活性化がHCC患者の13〜40%において存在したが、Axin 1また
は2の変異の不活化はHCC患者の約10%にしか存在しなかったことが示されている(
非特許文献17)。
前臨床試験により、Wnt/β−カテニン経路の活性化がHCCの発生および維持に重
要であるという証拠が得られている。マウスにおけるAPCの肝臓標的化破壊により、β
−カテニンシグナル伝達が活性化され、HCCの形成がもたらされる(非特許文献18)
。GSK−3βリン酸化部位がないβ−カテニン変異型の過剰発現単独では、肝細胞癌発
生に充分でないが(非特許文献19)、腫瘍発生性変異型β−カテニンの過剰発現は、マ
ウスを、既知発癌物質であるDEN(ジエチルニトロソアミン)によって誘導されるHC
Cに対して易罹患性にすることが示されている(非特許文献20)。興味深いことに、マ
ウス(Tre−Metトランスジェニックマウスモデル)においてヒトMet受容体の過
剰発現によって発生させたHCC腫瘍の95%はβ−カテニン活性化変異を有する(非特
許文献21)。この所見はヒト疾患に反映され、Wnt経路が肝細胞癌発生時にMetシ
グナル伝達と協働していることが示唆される。また、高率のβ−カテニン活性化変異はH
CCの他のトランスジェニックマウスモデルでも見られる(FGF19において16%の
β−カテニン変異、c−Mycにおいて55%、H−Rasトランスジェニックマウスに
おいて41%)(非特許文献22 非特許文献23)。
また、前臨床試験により、β−カテニンは、HCCの有効な標的であることも示されて
いる。β−カテニンsiRNAによりヒトHCC細胞株の増殖および生存能が阻害される
(Zengら 2007)。同様に、ヒトHCC細胞株を抗Wnt−1抗体またはTCF
4/β−カテニン拮抗薬で処理すると、アポトーシス、c−Myc、サイクリンD1およ
びスルビビン発現の低減が誘導されるとともにインビボで腫瘍成長が抑制される(非特許
文献24;非特許文献25)。
肝細胞癌(HCC)は、有効な治療法がない一般的な浸潤性の癌である。HCCの症例
ではWnt/β−カテニン経路が活性化されている割合が高く(約50%)、高頻度で、
β−カテニン(すなわち、CTNNB1)またはβ−カテニン破壊複合体(例えば、Ax
in1)における変異のためである。さらに、標的としてのWnt経路は努力目標であり
、現状では小分子阻害薬による薬物処置はなく、β−カテニンは、RNAi系治療アプロ
ーチの魅力的な標的となっていることが示されている(非特許文献26)。
RNA干渉(以下、本明細書において「RNAi」)による遺伝子発現、特にCTNN
B1遺伝子発現の改変は、この必要性を満たすアプローチの1つである。RNAiは、低
分子一本鎖RNA(「ssRNA」)または二本鎖RNA(「dsRNA」)分子によっ
て誘導される。低分子dsRNA分子は、「低分子干渉核酸(「siNA」)」または「
低分子干渉RNA」または「siRNA」または「RNAi阻害薬」と称され、該siN
Aとの配列相同性を共有するメッセンジャーRNA(「mRNA」)の発現のサイレンシ
ングを行う。これは、一般的にRNA誘導性サイレンシング複合体(RISC)と称され
るsiNA含有エンドヌクレアーゼ複合体によって媒介される該mRNAの切断によって
行われ得る。標的RNAの切断は、典型的には、siNA二本鎖のガイド配列に相補的な
領域の中央部に行われる(非特許文献27)。また、RNA干渉は、低分子RNA(例え
ば、マイクロRNAまたはmiRNA)媒介性遺伝子サイレンシングを伴うものであり得
、これは、おそらく、翻訳が阻害されるか、またはクロマチン構造が調節され、それによ
り標的遺伝子配列の転写が抑制されるかのいずれかである細胞機構によるものである(例
えば、非特許文献28;非特許文献29;非特許文献30;および非特許文献31参照)
。RNAiに分野における相当な進歩にもかかわらず、依然として、CTNNB1遺伝子
発現を阻害することができる薬剤、および癌などのCTNNB1発現と関連している疾患
を処置することができる薬剤の必要性が存在している。
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本発明は、CTNNB1発現をモジュレートする新規な低分子干渉核酸(siNA)分
子を用いてCTNNB1遺伝子発現のモジュレーションに応答する疾患を処置する課題に
対する解決策を提供する。
本発明は、CTNNB1遺伝子、特に、がんと関連しているCTNNB1遺伝子の発現
のモジュレーションに有用な、および低分子量核酸分子を用いたRNA干渉(RNAi)
によるかかる病状の処置に有用な化合物、組成物および方法を提供する。
特に、本発明は、低分子量核酸分子、すなわち、低分子干渉核酸(siNA)分子、例
えば限定されないが、低分子干渉RNA(siRNA)、二本鎖RNA(dsRNA)、
マイクロRNA(miRNA)、低分子ヘアピン型RNA(shRNA)および環状RN
A分子、ならびにCTNNB1遺伝子および/またはCTNNB1遺伝子の発現および/
または活性の経路に関与している他の遺伝子の発現をモジュレートするために使用される
方法を特色とする。
一態様において、本発明は、細胞または哺乳動物においてCTNNB1遺伝子の発現を
阻害する二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を提供し、ここで、該二本鎖siNAは
センス鎖とアンチセンス鎖を含むものである。アンチセンス鎖は、CTNNB1遺伝子の
発現と関連しているRNAの少なくとも一部分に相補的な配列を含むものである。センス
鎖は、アンチセンス鎖に相補的な配列を含むものである。種々の実施形態において、少な
くとも一方の鎖は、配列番号:1〜6374からなる配列の群から選択される少なくとも
15個のヌクレオチドの配列を含むものである。一部の特定の実施形態において、アンチ
センス鎖は、表1aに示した標的配列に対して配列相補性を有する少なくとも15、16
、17、18または19個のヌクレオチドを含むものである。他の実施形態および/また
は同じ実施形態において、該アンチセンス鎖は、表1bに示したアンチセンス配列のうち
の1つの少なくとも15、16、17、18または19個のヌクレオチドの配列を含むも
のである。一部の実施形態において、センス鎖は、表1bに示したセンス鎖配列の少なく
とも15、16、17、18または19個のヌクレオチドの配列を含むものである。
本発明のこの態様の一部の特定の実施形態において、アンチセンス鎖が、本発明の標的
配列に対して配列相補性を有する表1cに示した修飾配列を含むものである二本鎖低分子
干渉核酸(siNA)分子を提供する。また、一部の実施形態では、センス鎖が、表1c
に示した修飾配列を含むものである。
一部の特定の実施形態において、本発明は、siNAがセンス鎖とアンチセンス鎖を含
むものであり;各鎖が、独立して15〜30ヌクレオチド長であり;該アンチセンス鎖が

5’−CUGUUGGAUUGAUUCGAAA−3’(配列番号:5);
5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(配列番号:194);
5’−GGAUGAUCCUAGCUAUCGU−3’(配列番号:196);または
5’−CCAGGAUGAUCCUAGCUAU−3’(配列番号:151)
のいずれかに相補配列を有する少なくとも15、16、17、18または19個のヌクレ
オチドを含むものである、CTNNB1の発現をモジュレートする二本鎖低分子干渉核酸
(siNA)分子を提供する。
本発明の一部の実施形態において、siNA分子のアンチセンス鎖は:
5’−UUUCGAAUCAAUCCAACAG−3’(配列番号:4918);
5’−AAGCAACUGAACUAGUCGU−3’(配列番号:5107);
5’−ACGAUAGCUAGGAUCAUCC−3’(配列番号:5109);または
5’−AUAGCUAGGAUCAUCCUGG−3’(配列番号:5064)
の少なくとも15、16、17、18または19個のヌクレオチドの配列を含むものであ
る。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子のセンス鎖は:
5’−CUGUUGGAUUGAUUCGAAA−3’(配列番号:5);
5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(配列番号:194);
5’−GGAUGAUCCUAGCUAUCGU−3’(配列番号:196);または
5’−CCAGGAUGAUCCUAGCUAU−3’(配列番号:151)
の少なくとも15、16、17、18または19個のヌクレオチドの配列を含むものであ
る。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は:
5’−CUGUUGGAUUGAUUCGAAA−3’(配列番号:5)と5’−UUU
CGAAUCAAUCCAACAG−3’(配列番号:4918);または
5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(配列番号:194)と5’−A
AGCAACUGAACUAGUCGU−3’(配列番号:5107);または
5’−GGAUGAUCCUAGCUAUCGU−3’(配列番号:196)と5’−A
CGAUAGCUAGGAUCAUCC−3’(配列番号:5109);または
5’−CCAGGAUGAUCCUAGCUAU−3’(配列番号:151)と5’−A
UAGCUAGGAUCAUCCUGG−3’(配列番号:5064)
のいずれかを含むものである。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は配列番号:6372と6374を含
むものである。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は配列番号:6370と6369を含
むものである。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は配列番号:2021と2068を含
むものである。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は配列番号:6372と6373を含
むものである。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は配列番号:2147と6368を含
むものである。
一部の実施形態において、本発明は、
(a)本発明の二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
(b)化合物番号1〜46のいずれかまたはその任意の組合せを有するカチオン性脂質
化合物(compond);
(c)コレステロール;
(d)DSPC;および
(e)PEG−DMG
を含む組成物を特色とする。
一部の実施形態において、本発明は、
(a)本発明の二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
(b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
ン−1−アミン;
(c)コレステロール;
(d)DSPC;および
(e)PEG−DMG
を含む組成物を特色とする。
一部の実施形態において、本発明は、
(a)配列番号:6372と6374を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
(b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
ン−1−アミン;
(c)コレステロール;
(d)DSPC;および
(e)PEG−DMG
を含む組成物を特色とする。
一部の実施形態において、本発明は、
(a)配列番号:6370と6369を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
(b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
ン−1−アミン;
(c)コレステロール;
(d)DSPC;および
(e)PEG−DMG
を含む組成物を特色とする。
一部の実施形態において、本発明は、
(a)配列番号:2021と2068を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
(b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
ン−1−アミン;
(c)コレステロール;
(d)DSPC;および
(e)PEG−DMG
を含む組成物を特色とする。
一部の実施形態において、本発明は、
(a)配列番号:6372と6373を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
(b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
ン−1−アミン;
(c)コレステロール;
(d)DSPC;および
(e)PEG−DMG
を含む組成物を特色とする。
一部の実施形態において、本発明は、
(a)配列番号:2147と6368を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
(b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
ン−1−アミン;
(c)コレステロール;
(d)DSPC;および
(e)PEG−DMG
を含む組成物を特色とする。
一部の実施形態において、本発明の組成物は、化合物番号1〜46のいずれかを、以下
のモル比:
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 56.6/38/5.4;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 60/38/2;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 67.3/29/3.7;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 49.3/47/3.7;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 50.3/44.3/5.4;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−C−DMA/DSPC 40/48/2/
10;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG/DSPC 40/48/2/10
;および
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG/DSPC 58/30/2/10
で有する任意のカチオン性脂質を含むものである。
一部の実施形態において、本発明の組成物は、(13Z,16Z)−N,N−ジメチル
−3−ノニルドコサ−13,16−ジエン−1−アミン、コレステロール、DSPC、お
よびPEG−DMGを、それぞれ、50:30:10:2のモル比で含むものである。
一部の実施形態において、本発明の組成物は、さらに抗凍結剤を含むものである。一部
の実施形態において、抗凍結剤は、スクロース、トレハロース、ラフィノース、スタキロ
ース、ベルバスコース、マンニトール、グルコース、ラクトース、マルトース、マルトリ
オース−ヘプタオース、デキストラン、ヒドロキシエチル、デンプン、インスリン、ソル
ビトール、グリセロール、アルギニン、ヒスチジン、リシン、プロリン、ジメチルスルホ
キシドまたはその任意の組合せである。一部の実施形態では、抗凍結剤はスクロースであ
る。一部の実施形態では、抗凍結剤はトレハロースである。一部の実施形態では、抗凍結
剤はスクロースとトレハロースの組合せである。
本発明の一部の実施形態において、本発明のsiNAのヌクレオチドはすべて非修飾で
ある。他の実施形態では、siNA分子のいずれか一方または両方の鎖の独立した1つ以
上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、1
5、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28
、29または30個)のヌクレオチド位置が修飾されている。修飾としては、核酸の糖鎖
修飾、塩基修飾、主鎖(ヌクレオチド間結合)修飾、非ヌクレオチド修飾、および/また
はその任意の組合せが挙げられる。一部の特定の場合では、プリンヌクレオチドとピリミ
ジンヌクレオチドに異なるように修飾されている。例えば、プリンヌクレオチドとピリミ
ジンヌクレオチドには、糖鎖の2’位において異なる修飾がなされ得る(すなわち、同じ
鎖または異なる鎖の糖鎖の2’位において、少なくとも1個のプリンは少なくとも1個の
ピリミジンと異なる修飾を有する)。一部の特定の場合では、プリンは、一方または両方
の鎖において非修飾であるが、一方または両方の鎖のピリミジンは修飾されている。一部
の特定の他の場合では、ピリミジンは、一方または両方の鎖において非修飾であるが、一
方または両方の鎖のプリンは修飾されている。一部の場合では、少なくとも1個の修飾ヌ
クレオチドは、2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−デオキシヌクレオ
チド、または2’−O−アルキルヌクレオチドである。一部の場合では、一方または両方
の鎖のピリミジンヌクレオチドの少なくとも5個またはそれ以上が、すべて2’−デオキ
シ−2’−フルオロまたはすべて2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドのいずれかで
ある。一部の場合では、一方または両方の鎖のプリンヌクレオチドの少なくとも5個また
はそれ以上が、すべて2’−デオキシ−2’−フルオロまたはすべて2’−O−メチルプ
リンヌクレオチドのいずれかである。一部の特定の場合では、siNA分子が本明細書に
記載の1つ以上の修飾を含むものである場合、ガイド(アンチセンス)鎖の5’末端の1
、2および3位のヌクレオチドが非修飾である。
一部の特定の実施形態において、本発明のsiNA分子は、一方または両方の鎖に1、
2、3または4個のヌクレオチドの3’突出端を有する。他の実施形態では、siNAに
は突出端がない(すなわち、平滑端を有する)。好ましくは、siNA分子は、センス鎖
とアンチセンス鎖の両方に2個のヌクレオチドの3’突出端を有するものである。突出端
は修飾されていても非修飾であってもよい。突出端の修飾ヌクレオチドの例としては、限
定されないが、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−フルオロヌク
レオチド、ロックド核酸(LNA)ヌクレオチド、または2’−デオキシヌクレオチドが
挙げられる。アンチセンス鎖の突出端ヌクレオチドは、CTNNB1標的配列内のヌクレ
オチドに相補的なヌクレオチドを含むものであり得る。同様に、センス鎖の突出端は、C
TNNB1標的配列内に存在するヌクレオチドを含むものであり得る。一部の特定の場合
では、本発明のsiNA分子は、アンチセンス鎖に2’−O−アルキル(例えば、2’−
O−メチル)ヌクレオチドである2つの3’突出端ヌクレオチドと、センス鎖に2’−デ
オキシヌクレオチドである2つの3’突出端ヌクレオチドを有するものである。他の場合
では、本発明のsiNA分子は、アンチセンス鎖とセンス鎖の両方に2’−O−アルキル
(例えば、2’−O−メチル)ヌクレオチドである2つの3’突出端ヌクレオチドを有す
るものである。一部の特定の実施形態では、2’−O−アルキルヌクレオチドは2’−O
−メチルウリジンヌクレオチドである。また、一部の特定の場合では、突出端は、突出端
のヌクレオチド間に1つ以上のホスホロチオエート結合を含むものである。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は、キャップ(本明細書では「末端キ
ャップ」とも称する)を有する。キャップは、5’末端に存在させても(5’−キャップ
)3’末端に存在させてもよく(3’−キャップ)、両末端に存在させてもよい(siN
Aのセンス鎖の5’末端と3’末端など)。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は、アンチセンス鎖の5’末端がリン
酸化されている。リン酸基は、ホスフェート、ジホスフェート、またはトリホスフェート
であり得る。
本発明のsiNA分子は、二本鎖である場合は、対称であっても非対称であってもよい
。このような二本鎖siNAの各鎖は、独立して、3〜30個のヌクレオチドのヌクレオ
チド長の範囲であり得る。一般的に、本発明のsiNA分子の各鎖は約15〜30(すな
わち、約19、20、21、22、23または24)ヌクレオチド長である。
二本鎖であるか、または二本鎖構造を有するものである本発明のsiNA分子は、独立
して、約3〜約30(例えば、約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13
、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、
27、28、29または30)個の塩基対を含むものである。一般的に、本発明のsiN
Aの二本鎖構造は、15〜30、より一般的には18〜25、なおより一般的には19〜
24、最も一般的には19〜21塩基対長である。
一部の特定の実施形態において、センス鎖とアンチセンス鎖を有し、式(A):
Figure 2013535212
を含む二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を提供し、
式中、上側の鎖は該二本鎖核酸分子のセンス鎖であり、下側の鎖は該二本鎖核酸分子の
アンチセンス鎖であり;該アンチセンス鎖は、配列番号:4918、配列番号:5107
、配列番号:5109、または配列番号:5064の少なくとも15、16、17、18
または19個のヌクレオチドの配列を含むものであり、該センス鎖は、該アンチセンス鎖
に対して相補性を有する配列を含むものであり;
各Nは、独立して非修飾もしくは化学修飾ヌクレオチドまたは非ヌクレオチドであり;
各Bは、存在する、または存在しない末端キャップであり;
(N)は、突出端ヌクレオチド(各々、独立して非修飾または化学修飾)を表し;
[N]は、リボヌクレオチドであるヌクレオチドを表し;
X1およびX2は、独立して、0〜4の整数であり;
X3は、15〜30の整数であり;
X4は、9〜30の整数であり;
X5は、0〜6の整数であるが、X4とX5の和は15〜30であるものとする。
一実施形態において、本発明は、
(a)NX4位の1個以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−
2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレ
オチド、リボヌクレオチド、またはその任意の組合せである;
(b)NX4位の1個以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−2’
−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレオチ
ド、リボヌクレオチド、またはその任意の組合せである;
(c)NX3位の1個以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−
2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレ
オチド、リボヌクレオチド、またはその任意の組合せである;および
(d)NX3位の1個以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−2’
−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレオチ
ド、リボヌクレオチドである、
式(A)の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)を特色とする。
さらに、本発明は、本明細書に記載の二本鎖核酸分子を含み、薬学的に許容され得る担
体または希釈剤を含んでいてもよい組成物を提供する。
該組成物の投与は、核酸が所望の標的細胞内にインビトロまたはインビボで導入される
既知の方法によって行われ得る。
細胞、組織および生物体への本発明の核酸分子の導入に一般的に使用される手法として
は、種々の担体系、試薬およびベクターの使用が挙げられる。本発明における使用に適し
たかかる担体系の非限定的な例としては、コンジュゲート、核酸−脂質粒子、脂質ナノ粒
子(LNP)、リポソーム、リポプレックス、ミセル、ビロソーム、ウイルス様粒子(V
LP)、核酸複合体、およびその混合物が挙げられる。
本発明の組成物は、エアロゾル剤、分散剤、液剤(例えば、注射用液剤)、クリーム剤
、軟膏、錠剤、散剤、懸濁剤などの形態であり得る。このような組成物は、任意の適当な
様式で、例えば、経口、舌下、口腔内、非経口、経鼻または経表面的に投与され得る。一
部の実施形態において、該組成物はエアロゾル化され、吸入によって送達される。
本発明の分子および組成物は、広範な治療適用用途において有用性を有する。したがっ
て、本発明の別の態様は、被検体の処置における本発明の化合物および組成物の使用に関
する。したがって、本発明は、CTNNB1の作用によって、または該作用の低下によっ
て媒介される病状に苦しんでいる被検体(ヒトなど)の処置方法であって、該被検体に有
効量の本発明の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を投与することを含む方法を提供
する。一部の特定の実施形態において、該病状はがんである。
本発明のこれらおよび他の態様は、以下の詳細説明および添付の図面を参照すると明ら
かとなろう。さらに、本明細書に記載の任意の方法または組成物は、本明細書に記載の任
意の他の方法または組成物に関して行われ得ること、および異なる実施形態を組み合わせ
てもよいことが想定される。
さらに、本発明の種々の態様を説明し、より詳しく示すために本明細書全体を通して特
許、特許出願、および他の文献を挙げている。本明細書において挙げたこれらの参考文献
は各々、引用によりその全体(図面を含む)が本明細書に組み込まれる。
RNAiに関与する標的RNA分解の提案される非限定的な機構の図を示す。RNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRP)によって外来一本鎖RNA(例えば、ウイルス、トランスポゾンまたは他の外因性のRNA)から生成された二本鎖RNA(dsRNA)がDICER酵素を活性化し、これによりsiNA二本鎖が生成される。あるいはまた、合成または発現siNAを、直接細胞内に適切な手段によって導入してもよい。活性なsiNA複合体が形成され、これが標的RNAを認識し、RISCエンドヌクレアーゼ複合体による標的RNAの分解をもたらすか、またはRNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRP)によるさらなるRNAの合成をもたらし、これによりDICERが活性化され、さらなるsiNA分子がもたらされ、それにより、RNAi応答が増幅され得る。 代表的なsiNA二本鎖の一般化構造を使用した、本発明の化学修飾siNA構築物の非限定的な例を示す。図示した具体的な修飾は、本発明のいずれかのsiNA分子に関して本明細書に記載した他の修飾および特徴に加えて、単独で、または図の他の修飾と組み合わせて用いることができる。図において、Nは、任意のヌクレオチドを表し、本明細書に記載の非ヌクレオチドであってもよい。B−NX3−(N)X2B−3’を有する上側の鎖は、siNAのセンス(またはパッセンジャー)鎖であり、B(N)X1−NX4−[N]X5−5’を有する下側の鎖は、siNAのアンチセンス(またはガイド)鎖である。センス鎖の内部部分のヌクレオチド(または非ヌクレオチドであってもよい)をNX3と表示し、アンチセンス鎖の内部部分のヌクレオチド(または非ヌクレオチドであってもよい)をNX4と表示している。内部部分のヌクレオチド(または非ヌクレオチドであってもよい)は一般的には、2つの鎖間で塩基対合しているが、一部の実施形態では塩基対合していなくてもよい(例えば、ミスマッチまたはギャップを有する)。突出端領域ヌクレオチド(または非ヌクレオチドであってもよい)を括弧で表示している(N)。アンチセンス鎖の5’末端部分のヌクレオチドは[N]と表示している。末端キャップは、センス鎖の5’および/または3’末端に存在していてもよく、さらに、アンチセンス鎖の3’末端に存在していてもよい。一般的に、各鎖は独立して約15〜約30ヌクレオチド長の範囲であり得るが、突出端ヌクレオチドの存在に応じて種々であり得る。一部の特定の実施形態において、X1およびX2は、独立して、0〜4の整数であり;X3は、15〜30の整数であり;X4は、9〜30の整数であり;X5は、0〜6の整数であるが、X4とX5の和は15〜30であるものとする。siNA構築物のセンス鎖とアンチセンス鎖のヌクレオチドに対する種々の修飾を示す。(N)突出端ヌクレオチド位置は、本明細書に記載のように化学修飾されていてもよく(例えば、2’−O−メチル、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−デオキシ、LNA、ユニバーサル塩基など)、対応する標的核酸配列に由来するものまたはそうでないもののいずれであってもよい。また、図示した構築物は、本明細書に記載のホスホロチオエート結合を含むものであってもよい。例えば、ホスホロチオエート結合は、任意のN、(N)および/または[N]の位置間に存在し得る。かかるホスホロチオエートの組込みは、プリン「R」とピリミジン「Y」の位置間に、または一般にピリミジン結合の安定化のために使用され得る。さらに、図に示していないが、図示した構築物は、センス鎖の5’末端から9番目の位置またはガイド鎖の5’末端に対して11番目の位置(ガイド鎖の5’末端から内側に数えて11個目のヌクレオチド位置)にリボヌクレオチドを含むものであってもよい。同様に、アンチセンス鎖は、5’末端から14番目の位置にリボヌクレオチドを含むものであってもよく、あるいはまた、2’−O−アルキルヌクレオチド(例えば、2’−O−メチルプリン)がこの位置に存在しないように選択または設計してもよい。さらに、図に示していないが、アンチセンス鎖の5’末端位置は、本明細書に記載の末端リン酸基を含むものであってもよい。アンチセンス鎖は、一般的に、本発明の任意の標的核酸配列(本明細書の表1aに示したものなど)に相補的な配列を含むものである。 図2に示した代表的なsiNA二本鎖に適用される修飾の特定の組合せの非限定的な例を示す。代表的な構造の下側に示した表は、(Ν)X1、(Ν)X2、ΝX3、ΝX4、および/または[N]X5ヌクレオチド(および非ヌクレオチドであってもよい)位置の具体的な組合せを示す。例えば、5個以上(例えば、5、6、7、8、9または10個またはそれ以上)のΝX3と5個以上(例えば、5、6、7、8、9または10個またはそれ以上)のΝX4のピリミジン「Y」とプリン「R」のヌクレオチドの組合せを明示しており、これらの各々は、独立して、存在していてもよいホスホロチオエート置換に加えて特定の(N)X1および/または(Ν)X2、図に示した置換を有するものであってもよい。5’末端アンチセンス鎖の[N]ヌクレオチドは、一般的にはリボヌクレオチドであるが、プリン「R」ヌクレオチドであるかピリミジン「Y」ヌクレオチドであるかに応じて修飾型であっても非修飾型であってもよい。 本発明の種々のsiNA構築物の非限定的な例を示す。図2と3に示した代表的な構造の基準は、図4A〜Cに示した任意の構造に適用され得る。 図4Aに示した実施例(構築物1、2および3)は、19個の代表的な塩基対を有する;しかしながら、本発明の種々の実施形態は、本明細書に記載の任意の数の塩基対を含むものであり得る。括弧内の領域は、例えば、約1、2、3または4ヌクレオチド長、好ましくは約2個のヌクレオチドを含むヌクレオチド突出端を表す。構築物1および2は、独立してRNAi活性に使用され得る。構築物2は、ポリヌクレオチドリンカーまたは非ヌクレオチドリンカーを含むものであってもよく、該リンカーは生分解性リンカーとして設計してもよい。一実施形態において、構築物2に示したループ構造は、インビボおよび/またはインビトロで構築物1の形成をもたらす生分解性リンカーを含むものであり得る。別の例では、同じ原理で構築物2を作製するために構築物3が使用され得、この場合、活性なsiNA構築物2をインビボおよび/またはインビトロで生成させるためにリンカーが使用され、活性なsiNA構築物1をインビボおよび/またはインビトロで生成させるために別の生分解性リンカーを使用してもよい。そのため、siNA構築物の安定性および/または活性は、インビボまたはインビトロおよび/またはインビトロで使用するためのsiNA構築物の設計に基づいてモジュレートされ得る。 本発明の種々のsiNA構築物の非限定的な例を示す。図2と3に示した代表的な構造の基準は、図4A〜Cに示した任意の構造に適用され得る。 図4Bに示した例は、一部相補性に起因する突出端、隆起部、ループ、および幹部−ループを含むものであり得る本発明の異なる型の二本鎖核酸分子(マイクロRNAなど)を表す。隆起部、ループ、および幹部−ループを有するかかるモチーフは、一般的に、miRNAの特徴である。隆起部、ループ、および幹部−ループは、一部相補性の任意の度合い(本発明の二本鎖核酸分子の一方または両方の鎖内の約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個またはそれ以上のヌクレオチドのミスマッチまたは隆起部など)に起因するものであり得る。 本発明の種々のsiNA構築物の非限定的な例を示す。図2と3に示した代表的な構造の基準は、図4A〜Cに示した任意の構造に適用され得る。 図4Cに示した例は、2個のヌクレオチドの3’−突出端を有する21個のヌクレオチドの2つの配列のうち19個の塩基対の二本鎖を含む本発明のモデル二本鎖核酸分子を表す。上側の鎖(1)はセンス鎖(パッセンジャー鎖)を表し、真ん中の鎖(2)はアンチセンス(ガイド鎖)を表し、下側の鎖(3)は標的ポリヌクレオチド配列を表す。2個のヌクレオチドの突出端(NN)は、標的ポリヌクレオチドに由来する配列を含むものであり得る。例えば、ガイド鎖の3’−(NN)配列は、標的ポリヌクレオチドの5’−[NN]配列に相補的であり得る。また、パッセンジャー鎖の5’−(NN)配列は、標的ポリヌクレオチド配列の5’−[NN]配列と同じ配列を含むものであり得る。他の実施形態では、突出端(NN)は、標的ポリヌクレオチド配列に由来するものでなく、例えば、ガイド鎖の3’−(NN)配列は標的ポリヌクレオチドの5’−[NN]配列に相補的でなく、パッセンジャー鎖の5’−(NN)配列は標的ポリヌクレオチド配列の5’−[NN]配列と異なる配列を含むものであり得る。さらなる実施形態では、(NN)ヌクレオチド(あれば)は化学修飾されたもの、例えば、2’−O−メチル、2’−デオキシ−2’−フルオロ、および/または本明細書における他の修飾体である。さらに、パッセンジャー鎖は、パッセンジャー鎖のN位にリボヌクレオチドを含むものであってもよい。図示した代表的な19塩基対合21量体二本鎖では、N位はパッセンジャー鎖の3’末端から内側に9個のヌクレオチドであり得る。しかしながら、異なる長さの二本鎖では、N位は、ガイド鎖の5’末端を基準にしてガイド鎖の5’末端から内側に11個のヌクレオチド位置を数え、パッセンジャー鎖の対応する塩基対合ヌクレオチドを選出することにより決定される。Ago2による切断は、矢印で示した10位と11位の間で起こる。さらなる実施形態では、ガイド鎖の5’末端を基準にしてガイド鎖の5’末端から内側に10および11のヌクレオチド位置を数え、パッセンジャー鎖内の対応する塩基対合ヌクレオチドを選出することにより、2個のリボヌクレオチドNNが10位と11位に存在させる。 例えば本発明のsiNA配列の5’および/または3’末端を安定化させるため使用され得る種々の安定化化学構造(1〜10)の非限定的な例、例えば、(1)[3−3’]−逆位デオキシリボース;(2)デオキシリボヌクレオチド;(3)[5’−3’]−3’−デオキシリボヌクレオチド;(4)[5’−3’]−リボヌクレオチド;(5)[5’−3’]−3’−O−メチルリボヌクレオチド;(6)3’−グリセリル;(7)[3’−5’]−3’−デオキシリボヌクレオチド;(8)[3’−3’]−デオキシリボヌクレオチド;(9)[5’−2’]−デオキシリボヌクレオチド;および(10)[5−3’]−ジデオキシリボヌクレオチド(X=Oの場合)を示す。図に示した修飾型および非修飾型の主鎖化学構造に加え、このような化学構造は、本明細書に記載の種々の糖鎖および塩基ヌクレオチドの修飾と組み合わせることができる。 ヌクレアーゼ抵抗性であるがRNAi活性を媒介する能力は保持している本発明の化学修飾siNA構築物を同定するために使用されるストラテジーの非限定的な一例を示す。化学修飾は、siNA構築物に、知識に基づいた設計パラメータに基づいて導入される(例えば、2’−修飾、塩基修飾、主鎖修飾、末端キャップ修飾などが導入される)。修飾型構築物は、適切な系(例えば、ヌクレアーゼ抵抗性についてはヒト血清(表示)、またはPK/送達パラメータについては動物モデル)において試験される。並行して、siNA構築物はRNAi活性について、例えば、細胞培養系において(ルシフェラーゼレポーターアッセイ)および/または内因性mRNAに対して試験される。次いで、特定の特徴を有するがRNAi活性は保持しているリードsiNA構築物が特定され、さらに修飾され、もう一度アッセイされてもよい。この同じアプローチを使用し、薬物動態学的プロフィール、送達およびRNAi活性が改善されたsiNA−コンジュゲート分子が同定され得る。 線状の二本鎖構築物ならびにその非対称誘導体を含む、本発明のリン酸化siNA分子の非限定的な例を示す。 本発明の化学修飾末端リン酸基の非限定的な例を示す。 本発明のコレステロールコンジュゲート型siNA分子を合成するために使用され得るコレステロール連結ホスホルアミダイトの非限定的な例を示す。コレステロール部分がsiNA分子のセンス鎖の5’末端に連結された一例を示す。 核酸鎖に連結された5’および3’逆位無塩基キャップが一実施形態を示す。
A.用語および定義
本出願書類で用いる場合、以下の専門用語および定義を適用する。
用語「無塩基の」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意
味を示す。該用語は、一般的に、糖鎖部分の1’位の核酸塩基が欠失しているか、または
核酸塩基の代わりに水素原子(H)もしくは他の非核酸塩基化学基を有する糖鎖部分をい
い、例えば、Adamicら,米国特許第5,998,203号を参照のこと。一実施形
態において、本発明の無塩基部分は、リボース、デオキシリボース、またはジデオキシリ
ボース糖鎖である。
用語「非環式ヌクレオチド」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認めら
れたその意味を示す。該用語は、一般的に、非環式リボース糖鎖を有する任意のヌクレオ
チド、例えば、リボースの炭素/炭素結合または炭素/酸素結合(あれば)が独立して、
または組合せでヌクレオチドに存在しないものをいう。
用語「アルキル」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意
味を示す。該用語は、一般的に、飽和または不飽和の炭化水素、例えば、直鎖、分枝鎖の
アルケニル、アルキニル基および環式基をいうが、芳香族基は除外される。前述のことに
かかわらず、アルキルはまた、非芳香族の複素環式基も指す。好ましくは、アルキル基は
1〜12個の炭素を有するものである。より好ましくは、炭素数が1〜7、より好ましく
は炭素数が1〜4の低級アルキルである。アルキル基は、置換型であっても非置換型であ
ってもよい。置換型である場合、置換基(1つまたは複数)は、好ましくは、ヒドロキシ
ル、ハロゲン、シアノ、C1〜C4アルコキシ、=0、=S、NO、SH、NH、ま
たはNR(式中、RおよびRは、独立して、HもしくはC1〜C4アルキルで
ある)である。
語句「細胞周期のチェックポイントに干渉する薬剤」は、細胞周期のチェックポイント
のシグナルを伝達するプロテインキナーゼを阻害し、それによりがん細胞をDNA損傷剤
に対して感作させる化合物をいう。
語句「受容体チロシンキナーゼ(RTK)に干渉する薬剤」は、RTKを阻害し、した
がって発癌および腫瘍進行に関与している機構を阻害する化合物をいう。
語句「アンドロゲン受容体モジュレータ」は、機構に関係なくアンドロゲンのその受容
体に対する結合を妨げる、または該結合を阻害する化合物をいう。
語句「血管新生阻害薬」は、機構に関係なく新たな血管の形成を阻害する化合物をいう
用語「アリール」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意
味を示す。該用語は、一般的に、共役π電子系を有する少なくとも1つの環を有する芳香
族基をいい、炭素環式アリール、複素環式アリールおよびビアリール基(これらはすべて
、置換されていてもよい)を包含する。アリール基の好ましい置換基(1つまたは複数)
は、ハロゲン、トリハロメチル、ヒドロキシル、SH、OH、シアノ、C1〜C4アルコ
キシ、C1〜C4アルキル、C2〜C4アルケニル、C2〜C4アルキニル、NH、な
らびにNR基(式中、RおよびRは、独立して、HもしくはC1〜C4アルキ
ルである)である。
用語「アルキルアリール」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められ
たその意味を示す。該用語は、一般的に、アリール基(上記のもの)に共有結合により連
接されたアルキル基(上記のもの)をいう。炭素環式アリール基は、芳香族環の環内原子
がすべて炭素原子である基である。該炭素原子は置換されていてもよい。複素環式アリー
ル基は、芳香族環に環内原子として1〜3個のヘテロ原子を有し、残りの環内原子が炭素
原子である基である。好適なヘテロ原子としては酸素、イオウおよび窒素が挙げられ、か
かるヘテロ原子を有する複素環式アリール基の例としては、フラニル、チエニル、ピリジ
ル、ピロリル、N−低級アルキルピロロ、ピリミジル、ピラジニル、イミダゾリルなど(
すべて、置換されていてもよい)が挙げられる。好ましくは、該アルキル基はC1〜C4
アルキル基である。
用語「アミド」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意味
を示す。該用語は、一般的に、−C(O)−NH−Rをいい、式中、Rは、アルキル、ア
リール、アルキルアリールまたは水素のいずれかである。
語句「アンチセンス領域」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められ
たその意味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、標的核酸配列に対し
て相補性を有するsiNA分子のヌクレオチド配列をいう。また、siNA分子のアンチ
センス領域は、該siNA分子のセンス領域に対して相補性を有する核酸配列を含むもの
であってもよい。一実施形態では、siNA分子のアンチセンス領域をアンチセンス鎖ま
たはガイド鎖と称する。
語句「非対称ヘアピン型」は、アンチセンス領域と、ヌクレオチドまたは非ヌクレオチ
ドを含むものであり得るループ部分と、センス領域とを含み、センス領域が、アンチセン
ス領域と塩基対合してループを有する二本鎖を形成するのに充分な相補ヌクレオチドを有
する範囲でアンチセンス領域よりも少ないヌクレオチドを含む線形siNA分子をいう。
例えば、本発明の非対称ヘアピン型siNA分子は、細胞内またはインビトロ系において
RNAiを媒介するのに充分な長さ(例えば、約15〜約30個、または約15、16、
17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29もし
くは30個のヌクレオチド)を有するアンチセンス領域と、
約4〜約12(例えば、約4、5、6、7、8、9、10、11または12)個のヌクレ
オチドを含むループ領域と、アンチセンス領域に相補的な約3〜約25(例えば、約3、
4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、1
9、20、21、22、23、24または25)個のヌクレオチドを有するセンス領域と
を含むものであり得る。また、非対称ヘアピン型siNA分子は、5’末端リン酸基(化
学修飾されていてもよい)を含むものであってもよい。非対称ヘアピン型siNA分子の
ループ部分は、ヌクレオチド、非ヌクレオチド、リンカー分子またはコンジュゲート分子
(本明細書に記載)を含むものであってもよい。
用語「生分解性の」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその
意味を示す。該用語は、一般的に、生物学的系内における分解、例えば、酵素的分解また
は化学的分解をいう。
用語「生分解性リンカー」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められ
たその意味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、ある分子を別の分子
に連結させるために設計され、生物学的系内における分解を受け易いリンカー分子をいう
。該リンカーは、核酸系リンカーであっても非核酸系リンカーであってもよい。例えば、
生分解性リンカーは、リガンドまたは生物学的に活性な分子を本発明のsiNA分子に結
合させるために使用され得る。あるいはまた、生分解性リンカーは、本発明のsiNA分
子のセンス鎖とアンチセンス鎖を連結するために使用され得る。生分解性リンカーは、そ
の安定性が具体的な目的(特定の組織または細胞型への送達など)のためにモジュレート
され得るように設計される。核酸系の生分解性リンカー分子の安定性は、種々の化学物質
、例えば、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、ならびに化学修飾されたヌク
レオチド(2’−O−メチル、2’−フルオロ、2’−アミノ、2’−O−アミノ、2’
−C−アリル、2’−O−アリル、および他の2’修飾または塩基修飾ヌクレオチドなど
)の組合せを使用することによりモジュレートされ得る。生分解性核酸リンカー分子は、
二量体、三量体、四量体またはそれより長鎖の核酸分子(例えば、約2、3、4、5、6
、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または2
0ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチド)であってもよく、リン系結合(例えば、ホスホ
ロアミダートまたはホスホジエステル結合)を有する単一ヌクレオチドを含むものであっ
てもよい。また、生分解性核酸リンカー分子は、核酸主鎖、核酸糖鎖、または核酸塩基の
修飾を含むものであってもよい。
語句「生物学的に活性な分子」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認め
られたその意味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、系内の生物学的
応答を誘起もしくは改良し得る、および/または他の生物学的に活性な分子の薬物動態特
性および/または薬力学的特性をモジュレートし得る化合物または分子をいう。生物学的
に活性な分子の例としては、単独、または他の分子(例えば限定されないが、治療上活性
な分子、例えば、抗体、コレステロール、ホルモン、抗ウイルス薬、ペプチド、タンパク
質、化学療法薬、小分子、ビタミン類、補因子、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌ
クレオチド、酵素性核酸、アンチセンス核酸、オリゴヌクレオチドを形成する三重鎖、ポ
リアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、他のポリエーテル、2−5Aキメラ、
siNA、dsRNA、アロザイム、アプタマー、デコイおよびその類似体など)と併用
されるsiNA分子が挙げられる。
語句「生物学的系」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその
意味を示す。該用語は、一般的に、生物学的供給源、例えば限定されないがヒトまたは動
物に由来する精製形態または未精製形態の物質をいい、該系には、RNAi活性に必要と
される成分が含まれている。したがって、この語句は、例えば、細胞、組織、被検体もし
くは生物体またはその抽出物を包含する。また、該用語は、生物学的供給源に由来する再
構成物質も包含する。
語句「平滑端」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意味
を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、突出端ヌクレオチドを有しない
二本鎖siNA分子の末端をいう。例えば、平滑端を有する二本鎖siNA分子の2つの
鎖は、末端に突出端ヌクレオチドがなく、互いに一直線に並んで塩基対がマッチしている
。本発明のsiNA二本鎖分子は平滑端を、該二本鎖の一方または両方の末端(例えば、
アンチセンス鎖の5’末端、センス鎖の5’末端に位置する末端または該二本鎖の両末端
)に含むものであってもよい。
用語「キャップ」(本明細書において「末端キャップ」とも称する)は、本明細書で用
いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意味を示す。本発明の例示的な核酸分子
に関して、該用語は、本発明の1種類以上の核酸分子の1つ以上の末端に組み込まれ得る
化学修飾ヌクレオチドまたは非ヌクレオチドであり得る部分をいう。このような末端修飾
により、核酸分子がエキソヌクレアーゼ分解から保護され、細胞内における送達および/
または局在化が補助され得る。キャップは、5’末端(5’−キャップ)または3’末端
(3’−キャップ)に存在させてもよく、本発明の任意の核酸分子の両末端に存在させて
もよい。キャップは、本発明の核酸分子のセンス鎖の5’末端、3末端および/または5
’末端と3’末端に存在させてもよい。さらに、キャップは、本発明の核酸分子のアンチ
センス鎖の3’末端に存在させてもよい。非限定的な例において、5’−キャップとして
は、限定されないが、LNA;グリセリル;逆位デオキシ無塩基残基(部分);4’,5
’−メチレンヌクレオチド;1−(β−D−エリトロフラノシル)ヌクレオチド、4’−
チオヌクレオチド;炭素環式ヌクレオチド;1,5−アンヒドロヘキシトールヌクレオチ
ド;L−ヌクレオチド;α−ヌクレオチド;修飾塩基ヌクレオチド;ホスホロジチオエー
ト結合;トレオ−ペントフラノシルヌクレオチド;非環式3’,4’−セコヌクレオチド
;非環式3,4−ジヒドロキシブチルヌクレオチド;非環式3,5−ジヒドロキシペンチ
ルヌクレオチド;3’−3’−逆位ヌクレオチド部分;3’−3’−逆位無塩基部分;3
’−2’−逆位ヌクレオチド部分;3’−2’−逆位無塩基部分;1,4−ブタンジオー
ルホスフェート;3’−ホスホロアミダート;ヘキシルホスフェート;アミノヘキシルホ
スフェート;3’−ホスフェート;3’−ホスホロチオエート;ホスホロジチオエート;
または橋状結合性もしくは非橋状結合性メチルホスホネート部分が挙げられる。3’−キ
ャップの非限定的な例としては、限定されないが、LNA;グリセリル;逆位デオキシ無
塩基残基(部分);4’、5’−メチレンヌクレオチド;1−(β−D−エリトロフラノ
シル)ヌクレオチド;4’−チオヌクレオチド;炭素環式ヌクレオチド;5’−アミノ−
アルキルホスフェート;1,3−ジアミノ−2−プロピルホスフェート;3−アミノプロ
ピルホスフェート;6−アミノヘキシルホスフェート;1,2−アミノドデシルホスフェ
ート;ヒドロキシプロピルホスフェート;1,5−アンヒドロヘキシトールヌクレオチド
;L−ヌクレオチド;α−ヌクレオチド;修飾塩基ヌクレオチド;ホスホロジチオエート
;トレオ−ペントフラノシルヌクレオチド;非環式3’,4’−セコヌクレオチド;3,
4−ジヒドロキシブチルヌクレオチド;3,5−ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、5
’−5’−逆位ヌクレオチド部分;5’−5’−逆位無塩基部分;5’−ホスホロアミダ
ート;5’−ホスホロチオエート;1,4−ブタンジオールホスフェート;5’−アミノ
;橋状結合性および/または非橋状結合性5’−ホスホロアミダート;ホスホロチオエー
トおよび/またはホスホロジチオエート;橋状結合性または非橋状結合性メチルホスホネ
ート;ならびに5’−メルカプト部分(さらなる詳細については、Beaucageおよ
びIyer,1993,Tetrahedron 49,1925を参照のこと;引用に
より本明細書に組み込まれる)が挙げられる。図5は、種々のキャップの非限定的な例を
いくつか示す。
用語「細胞」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意味を
示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、その通常の生物学的意味で用いて
おり、多細胞生物体全体を指すのではない(例えば、具体的には、人間を指すのではない
)。細胞は、生物体、例えば、鳥類、植物および哺乳動物、例えば、ヒト、ウシ、ヒツジ
、類人猿、サル、ブタ、イヌ、およびネコに存在するものであり得る。細胞は、原核生物
系(例えば、細菌細胞)であっても真核生物系(例えば、哺乳動物または植物の細胞)で
あってもよい。細胞は、体細胞起源または生殖細胞系起源、全能性または多能性、分裂性
または非分裂性であり得る。また、細胞は、生殖体もしくは胚、幹細胞または完全に分化
した細胞に由来するものであってもよく、これらを構成するものであってもよい。
語句「化学修飾」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意
味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、一般的な天然siRNAまた
はRNAのヌクレオチドと異なるヌクレオチドの化学構造の任意の修飾をいう。用語「化
学修飾」は、本明細書に記載の、あるいは当該技術分野で知られているような、糖鎖、塩
基またはヌクレオチド間結合における天然のsiRNAまたはRNAの付加、置換または
修飾を包含する。一部の特定の実施形態において、用語「化学修飾」は、特定の生物学的
系内に天然に存在しているRNAの特定の形態(例えば、2’−O−メチル修飾またはイ
ノシン修飾)をいう場合があり得る。
用語「CTNNB1」は、カテニン(カドヘリン結合型タンパク質)β1を指し、これ
は、CTNNB1タンパク質、CTNNB1ペプチド、CTNNB1ポリペプチド、CT
NNB1調節ポリヌクレオチド(例えば、CTNNB1 miRNAおよびsiNA)を
コードしている遺伝子、変異型CTNNB1遺伝子、およびCTNNB1遺伝子のスプラ
イスバリアント、ならびに遺伝子発現および/または活性のCTNNB1経路に関与して
いる他の遺伝子である。したがって、用語「CTNNB1」に関する本明細書に記載の各
実施形態は、用語「CTNNB1」(該用語は本明細書において定義している)に包含さ
れるタンパク質、ペプチド、ポリペプチド、および/またはポリヌクレオチド分子のすべ
てに適用可能である。包括的に、かかる遺伝子標的は、本明細書において一般的に「標的
」配列(例えば、表1aに示した標的配列)に言及している。
用語「相補性」または「相補的な」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に
認められたその意味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、一般的に、
ある核酸配列と別の核酸配列間での、従来のワトソン−クリック型または本明細書に記載
の他の非従来型の結合のいずれかによる水素結合(1つまたは複数)の形成または存在を
いう。本発明の核酸(nucleic)分子に関連して、核酸分子のその相補配列との結
合自由エネルギーは、該核酸の該当する機能(例えば、RNAi活性)が進行することを
可能にするのに充分なものである。核酸分子の結合自由エネルギーの測定は当該技術分野
でよく知られている(例えば、Turnerら,1987,CSH Symp.Quan
t.Biol.LII pp.123−133;Frierら,1986,Proc.N
at.Acad.Sci.USA 83:9373−9377;Turnerら,198
7,J.Am.Chem.Soc.109:3783−3785を参照のこと)。完璧に
相補的とは、核酸配列の連続している残基のすべてが、第2の核酸配列内の同じ数の連続
している残基と水素結合することを意味する。一部相補性は、種々のミスマッチまたは非
塩基対合ヌクレオチド(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個もしくは
それ以上のミスマッチ、非ヌクレオチドリンカーまたは非塩基対合ヌクレオチド)を核酸
分子内に含むものであり得、これにより、核酸分子のセンス鎖もしくはセンス領域とアン
チセンス鎖もしくはアンチセンス領域間、または核酸分子と対応する標的核酸分子のアン
チセンス鎖間もしくはアンチセンス領域間に生成される隆起部、ループまたは突出端がも
たらされ得る。かかる一部相補性は相補性%で表すことができ、非塩基対合ヌクレオチド
の数、すなわち、関与しているヌクレオチドの総数に応じて約50%、60%、70%、
80%、90%などと求められる。かかる一部相補性は、核酸分子(例えば、siNA)
がその機能(例えば、配列特異的RNAiを媒介する能力)維持している範囲で許容され
る。
用語「組成物」または「製剤」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認め
られたその意味を示す。これらの用語は、一般的に、細胞または被検体(例えば、ヒトな
ど)への投与(例えば、全身性または局所投与)に適した形態の、例えば、薬学的に許容
され得る担体または希釈剤との組成物または製剤をいう。好適な形態は、一部において、
用途または進入経路(例えば、経口、経皮、吸入もしくは注射)に依存する。かかる形態
は、該組成物または製剤が標的細胞(すなわち、負電荷を有する核酸が送達に望ましい細
胞)に到達するのを妨げないものであるのがよい。例えば、血流中に注射される組成物は
、可溶性であるのがよい。他の要素は、当該技術分野で知られており、毒性および該組成
物または製剤の奏功を妨げる形態などの考慮事項が挙げられる。本明細書で用いる場合、
医薬製剤は、ヒト使用および獣医学的使用のための製剤を包含する。本発明の核酸分子を
用いた製剤に適した薬剤の非限定的な例としては:脂質ナノ粒子(例えば、Semple
ら,2010,Nat Biotechnol.,Feb;28(2):172−6参照
);P−糖タンパク質阻害薬(Pluronic P85など);生分解性ポリマー(徐
放送達のためのポリ(DL−ラクチド−コグリコリド)ミクロスフィアなど(Emeri
ch,DFら,1999,Cell Transplant,8,47−58));およ
び負荷ナノ粒子(ポリブチルシアノアクリレートで作製されたもの)が挙げられる。本発
明の核酸分子のための送達ストラテジーの他の非限定的な例としては、Boadoら,1
998,J.Pharm.Sci.,87,1308−1315;Tylerら,199
9,FEBS Lett.,421,280−284;Pardridgeら,1995
,PNAS USA.,92,5592−5596;Boado,1995,Adv.D
rug Delivery Rev.,15,73−107;Aldrian−Herr
adaら,1998,Nucleic Acids Res.,26,4910−491
6;およびTylerら,1999,PNAS USA.,96,7053−7058に
記載された物質が挙げられる。「薬学的に許容され得る組成物」または「薬学的に許容さ
れ得る製剤」は、その所望の活性に最も適した身体位置での本発明の核酸分子の有効な分
布を可能にする組成物または製剤をいうものであり得る。
語句「細胞傷害剤/細胞増殖抑制薬」は、主に細胞の機能発揮を直接妨げることにより
、細胞死を引き起こすか、または細胞増殖を抑止する化合物、あるいは細胞の有糸分裂(
mytosis)を阻害するか、または妨げる化合物をいい、アルキル化剤、腫瘍壊死因
子、インターカレータ、低酸素活性化性化合物、微小管阻害薬/微小管安定化剤、有糸分
裂キネシンの阻害薬、ヒストンデアセチラーゼの阻害薬、有糸分裂の進行に関与している
キナーゼの阻害薬、代謝拮抗薬;生物学的応答の改良薬;ホルモン/抗ホルモン療法剤、
造血系増殖因子、モノクローナル抗体ターゲテッド治療用薬剤、トポイソメラーゼ阻害薬
、プロテアソーム阻害薬およびユビキチンリガーゼ阻害薬が挙げられる。
語句「エストロゲン受容体モジュレータ」は、機構に関係なくエストロゲンのその受容
体に対する結合を妨げる、または該結合を阻害する化合物をいう。
用語「遺伝子」または「標的遺伝子」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般
に認められたその意味を示す。該用語は、一般的に、ポリペプチドの生成に必要なコード
配列の一部分の長さまたは全長を含む核酸(例えば、DNAまたはRNA)配列をいう。
また、標的遺伝子は、その核酸配列のUTRまたは非コード領域を含むものであってもよ
い。また、遺伝子または標的遺伝子は、機能性RNA(fRNA)または非コードRNA
(ncRNA)、例えば、小分子(small temporal)RNA(stRNA
)、マイクロRNA(miRNA)、核内低分子RNA(snRNA)、低分子干渉RN
A(siRNA)、小核小体RNA(snRNA)、リボソームRNA(rRNA)、ト
ランスファーRNA(tRNA)およびその前駆体RNAをコードするものであってもよ
い。かかる非コードRNAは、機能性または調節性の細胞プロセスに関与しているfRN
AまたはncRNAの活性のモジュレーションにおけるsiNA媒介性RNA干渉の標的
核酸分子の機能を果たすものであり得る。したがって、疾患をもたらす異常なfRNAま
たはncRNAの活性は、本発明のsiNA分子によってモジュレートされ得る。また、
fRNAおよびncRNAを標的化するsiNA分子は、遺伝子(genetic)イン
プリンティング、転写、翻訳、または核酸プロセッシング(例えば、アミノ基転移、メチ
ル化など)などの細胞プロセスに介在することにより、被検体、生物体または細胞の遺伝
子型または表現型を操作または改変するために使用され得る。標的遺伝子は、細胞に由来
する遺伝子、内因性遺伝子、導入遺伝子、または外因性遺伝子(感染後の細胞内に存在す
る病原体(例えば、ウイルス)の遺伝子など)であり得る。標的遺伝子を含む細胞は、任
意の生物体、例えば、植物、動物、原生動物、ウイルス、細菌または真菌に由来するもの
、またはこれらに含有されているものであり得る。植物の非限定的な例としては、単子葉
植物、双子葉植物、または裸子植物が挙げられる。動物の非限定的な例としては、脊椎動
物または非脊椎動物が挙げられる。真菌の非限定的な例としては、カビまたは酵母が挙げ
られる。概説については、例えば、SnyderおよびGerstein,2003,S
cience,300,258−260を参照のこと。
語句「HMG−CoAレダクターゼ阻害薬」は、3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリ
ル−CoAレダクターゼの阻害薬をいう。HMG−CoAレダクターゼ阻害薬という用語
は、本明細書で用いる場合、あらゆる薬学的に許容され得るラクトンおよび開環型の酸形
態(すなわち、ラクトン環が開環してその遊離酸が形成されている場合)ならびにHMG
−CoAレダクターゼ阻害活性を有する化合物の塩およびエステルの形態を包含し、した
がって、かかる塩、エステル、開環型の酸およびラクトン形態の使用は本発明の範囲に含
まれる。
語句「相同配列」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意
味を示す。該用語は、一般的に、1種類以上のポリヌクレオチド配列、例えば、遺伝子、
遺伝子転写物および/または非コードポリヌクレオチドなどによって共有されたヌクレオ
チド配列をいう。例えば、相同配列は、関連しているが異なるタンパク質(遺伝子ファミ
リーの異なる構成員、異なるタンパク質エピトープ、異なるタンパク質アイソフォームな
ど)をコードする2種類以上の遺伝子または完全に相違する遺伝子によって共有されたヌ
クレオチド配列であり得る。相同配列は、2種類以上の非コードポリヌクレオチド、例え
ば、非コードDNAまたはRNA、調節配列、イントロン、および転写の制御部位または
調節部位などによって共有されたヌクレオチド配列であってもよい。また、相同配列は、
1つより多くのポリヌクレオチド配列によって共有された配列領域を含むものであり得る
。相同性は、完璧に同一(100%)である必要はなく、一部相同配列も、本発明の範囲
であることが想定され、本発明の範囲に含まれる(例えば、少なくとも95%、94%、
93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、
83%、82%、81%、80%など)。相同性パーセントは、2つの配列間でマッチし
ているヌクレオチドの数を比較対象の全長で除算して100を乗算したものである。
語句「改善されたRNAi活性」は、インビトロおよび/またはインビボで測定された
RNAi活性の増大をいい、該RNAi活性は、siNAがRNAiを媒介する能力およ
び本発明のsiNAの安定性の両方の反映である。本発明において、このような活性の成
果は、全RNA siRNAまたは複数のリボヌクレオチドを含有するsiNAと比べて
、インビトロおよび/またはインビボでの増大したものであり得る。一部の場合では、s
iNA分子の活性または安定性が低下している(すなわち、10倍未満である)ものがあ
り得るが、siNA分子の全体的な活性はインビトロおよび/またはインビボで向上して
いる。
用語「阻害する」、「下方調節する」、または「低減させる」は、本明細書で用いる場
合、当該技術分野で一般に認められたその意味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関し
て、該用語(he term)は、一般的に、遺伝子の発現、または1種類以上のタンパ
ク質もしくはタンパク質サブユニットをコードしているRNA分子もしくは同等RNA分
子のレベル、または1種類以上のタンパク質もしくはタンパク質サブユニットの活性を、
本発明の核酸分子(例えば、siNA)の非存在下で観察されるものよりも低下させるこ
とをいう。また、下方調節は、転写後サイレンシング(RNAi媒介性切断など、または
DNAのメチル化パターンもしくはDNAのクロマチン構造の改変により)と関連してい
るものであり得る。siNA分子による阻害、下方調節または低減は、不活性な分子、弱
毒化分子、スクランブル配列を有するsiNA分子、またはミスマッチを有するsiNA
分子に関するものであってもよく、あるいはまた、核酸が存在しない系に関するものであ
ってもよい
語句「細胞の増殖および生存のシグナル伝達の阻害薬経路」は、細胞表面受容体および
該表面受容体の下流のシグナル伝達カスケードを阻害する医薬用薬剤をいう。
用語「インテグリン遮断薬」は、生理学的リガンドがαωβインテグリンに結合する
ことを選択的に拮抗、阻害または反作用する化合物、生理学的リガンドがαωβインテ
グリンに結合することを選択的に拮抗、阻害または反作用する化合物、生理学的リガンド
がαωβインテグリンとαωβインテグリンの両方に結合することを拮抗、阻害また
は反作用する化合物、および毛管内皮細胞で発現される特定のインテグリン(1種類また
は複数種)の活性を拮抗、阻害または反作用する化合物をいう。また、該用語は、αωβ
、αωβ.、αβ.、αβ.、αβ.、αβ、およびαβ
ンテグリンの拮抗薬も指す。また、該用語は、αωβ、αωβ、αωβ.、αωβ
、αβ.、αβ.、αβ.、αβ、およびαβインテグリンの
任意の組合せの拮抗薬も指す。
用語「断続的」または「断続的に」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に
認められたその意味を示す。該用語は、一般的に、規則的間隔または不規則的間隔のいず
れかで定期的に停止および開始させることをいう。
用語「ヌクレオシド間結合」または「ヌクレオシド間リンカー」または「ヌクレオチド
間結合」または「ヌクレオチド間リンカー」は、本明細書において互換的に用いており、
当該技術分野で知られた任意のリンカーまたは2つのヌクレオシド単位間の結合をいい、
例えば限定されないが、ホスフェート、ホスフェート類似体、ホスホネート、グアニジウ
ム、ヒドロキシルアミン、ヒドロキシルヒドラジニル、アミド、カルバメート、アルキル
、および置換アルキル結合が挙げられる。ヌクレオシド間結合は核酸分子の主鎖を構成し
ている。
用語「哺乳動物の」または「哺乳動物」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一
般に認められたその意味を示す。該用語は、一般的に、任意の温血脊椎動物種、例えば、
ヒト、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ハムスター、モルモット、ウサギ、家畜動物などを
いう。
語句「定量吸入器」またはMDIは、缶、該缶に蓋をするねじ込み式キャップおよび該
キャップに配設された製剤を計量する弁を備えたユニットをいう。MDIシステムとして
は、適当なチャネル付(channeling)デバイスが挙げられる。好適なチャネル
付デバイスは、例えば、弁作動器と、柱状路または円錐様路(これを介して、医薬が充填
キャニスターから計量弁によって患者の鼻または口に送達され得る)とを備えたものであ
る(マウスピース型作動器)。
用語「マイクロRNA」または「miRNA」は、本明細書で用いる場合、当該技術分
野で一般に認められたその意味を示す。該用語は、一般的に、標的メッセンジャーRNA
の発現を、mRNAの切断、翻訳の抑制/阻害または異質染色質サイレンシングのいずれ
かによって調節する低分子二本鎖RNAをいう(例えば、Ambros,2004,Na
ture,431,350−355;Bartel,2004,Cell,116,28
1−297;Cullen,2004,Virus Research.,102,3−
9;Heら,2004,Nat.Rev.Genet.,5,522−531;Ying
ら,2004,Gene,342、25−28;およびSethupathyら,200
6、RNA、12:192−197を参照のこと)。
用語「モジュレートする」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められ
たその意味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、遺伝子の発現、また
は1種類以上のRNA分子(コードもしくは非コード)のレベル、または1種類以上のR
NA分子もしくはタンパク質もしくはタンパク質サブユニットの活性を、該発現、レベル
または活性が、モジュレーションをもたらす分子の非存在下で観察されるものよりも大き
くなる、または小さくなるように上方調節または下方調節する場合をいう。例えば、用語
「モジュレートする」は、一部の実施形態では、例えば遺伝子発現の阻害を指すものであ
り得、他の実施形態では、その増強または上方調節を指すものであり得る。
語句「修飾ヌクレオチド」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められ
たその意味を示す。該用語は、一般的に、当該技術分野で一般的に知られた非修飾(また
は天然)ヌクレオチドの塩基、糖鎖および/またはリン酸基の化学構造内に修飾を含むヌ
クレオチドをいう。修飾ヌクレオチドの非限定的な例は、本明細書および米国特許出願第
12/064,014号に記載されている。
語句「選択的COX−2阻害薬であるNSAID」は、本明細書における解釈上、細胞
アッセイまたはミクロソームアッセイによって評価されるCOX−1の場合のIC50
対するCOX−2の場合のIC50の比率によって測定したとき、COX−1よりもCO
X−2の阻害に対して少なくとも100倍の特異性を有するNSAIDをいう。
語句「非塩基対合」は、二本鎖siNA分子のセンス鎖またはセンス領域とアンチセン
ス鎖またはアンチセンス領域との間でヌクレオチドが塩基対合されていないヌクレオチド
のことをいい;例えば限定されないが、ミスマッチ、突出端、一本鎖ループなどが包含さ
れ得る。
用語「非ヌクレオチド」は、核酸鎖内の1つ以上のヌクレオチド単位の代わりに組み込
まれ得る任意の基または化合物(例えば限定されないが、無塩基部分またはアルキル鎖)
をいう。該基または化合物は、一般的に認識されているヌクレオチド塩基(アデノシン、
グアニン、シトシン、ウラシルまたはチミンなど)を含有しておらず、したがって、1’
位に核酸塩基がないという点で「無塩基」である。
用語「ヌクレオチド」は、当該技術分野で一般的に認知されているとおりに用いている
。ヌクレオチドは、一般的に、核酸塩基、糖鎖およびヌクレオシド間結合(例えば、ホス
フェート)を含む。塩基は、天然塩基(標準)であっても修飾塩基であっても塩基類似体
であってもよく、これらは、当該技術分野でよく知られている。かかる塩基は、一般的に
、ヌクレオチドの糖鎖部分の1’位に存在している。さらに、ヌクレオチドは非修飾であ
ってもよく、糖鎖、ヌクレオシド間結合、および/または塩基部分が修飾されていてもよ
い(互換的にヌクレオチド類似体、修飾ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、非標準ヌク
レオチドなどとも称される;例えば、米国特許出願第12/064,014号を参照のこ
と)。
用語「突出端」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意味
を示す。例示的な二本鎖核酸分子に関して、該用語は、一般的に、二本鎖核酸分子の2つ
の鎖が塩基対合されていないヌクレオチド配列の末端部分をいう(例えば、図4を参照の
こと)。突出端は、存在している場合、典型的には、siNA二本鎖の一方または両方の
鎖の3’末端に存在している。
用語「非経口」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意味
を示す。該用語は、一般的に、消化管経由以外の様式で分子、薬物、薬剤または化合物を
投与する方法または手法をいい、皮膚上、皮下、血管内(例えば、静脈内)、筋肉内、ま
たは髄腔内注射または注入手法などが挙げられる。
語句「経路標的」は、遺伝子の発現または活性の経路に関与している任意の標的をいう
。例えば、任意の所与の標的は、生物学的経路内に関連経路標的を有し得、関連経路標的
としては、上流遺伝子、下流遺伝子または変更遺伝子が挙げられ得る。このような経路標
的遺伝子により、本明細書における疾患、病状および形質の処置において相加的または相
乗的効果がもたらされ得る。
用語「ホスホロチオエート」は、酸素原子の代わりに1個以上のイオウ原子を含むヌク
レオチド間リン酸結合をいう。したがって、ホスホロチオエートという用語は、ホスホロ
チオエートヌクレオチド間結合およびホスホロジチオエートヌクレオチド間結合のどちら
も指す。
「プレニル−タンパク質トランスフェラーゼ阻害薬」は、プレニル−タンパク質トラン
スフェラーゼ酵素、例えば、ファルネシル−タンパク質トランスフェラーゼ(FPTas
e)、ゲラニルゲラニル−タンパク質トランスフェラーゼI型(GGPTase−I)、
およびゲラニルゲラニル−タンパク質トランスフェラーゼII型(GGPTase−II
,Rab GGPTaseとも称される)の任意の1種類または任意の組合せを阻害する
化合物をいう。
語句「レチノイド受容体モジュレータ」は、機構に関係なくレチノイドのその受容体に
対する結合を妨げる、または該結合を阻害する化合物をいう。
用語「リボヌクレオチド」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められ
たその意味を示す。該用語は、一般的に、β−D−リボフラノース部分の2’位にヒドロ
キシル基を有するヌクレオチドをいう。
用語「RNA」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められた意味を示
す。一般的に、RNAという用語は、少なくとも1つのリボフラノシド部分を含む分子を
いう。該用語には、二本鎖RNA、一本鎖RNA、単離されたRNA、例えば、一部精製
RNA、本質的に純粋なRNA、合成RNA、組換え作製されたRNA、ならびに天然に
存在するRNAと1つ以上のヌクレオチドの付加、欠失、置換および/または改変によっ
て異なる改変RNAが包含され得る。かかる改変としては、siNAの末端(1つまたは
複数)または内部などの例えば該RNAの1つ以上のヌクレオチドへの非ヌクレオチド物
質の付加が挙げられ得る。また、本発明のRNA分子内のヌクレオチドは、天然に存在し
ないヌクレオチドまたは化学合成されたヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドなどの
非標準ヌクレオチドを含むものであってもよい。このような改変RNAは、類似体または
天然に存在するRNAの類似体と称されることがあり得る。
語句「RNA干渉」または用語「RNAi」は、細胞内での遺伝子発現を阻害または下
方調節する生物学的プロセスをいい、これは、当該技術分野で一般的に知られており、低
分子干渉核酸分子によって媒介される。例えば、ZamoreおよびHaley,200
5,Science,309,1519−1524;VaughnおよびMartien
ssen,2005,Science,309,1525−1526;Zamoreら,
2000,Cell,101,25−33;Bass,2001,Nature,411
,428−429;Elbashirら,2001,Nature,411,494−4
98;ならびにKreutzerら,PCT国際出願公開第00/44895号;Zer
nicka−Goetzら,PCT国際出願公開第01/36646号;Fire,PC
T国際出願公開第99/32619号;Plaetinckら,PCT国際出願公開第0
0/01846号;MelloおよびFire,PCT国際出願公開第01/29058
号;Deschamps−Depaillette,PCT国際出願公開第99/074
09号;およびLiら,PCT国際出願公開第00/44914号;Allshire,
2002,Science,297,1818−1819;Volpeら,2002,S
cience,297,1833−1837;Jenuwein,2002,Scien
ce,297,2215−2218;ならびにHallら,2002,Science,
297,2232−2237;HutvagnerおよびZamore,2002,Sc
ience,297,2056−60;McManusら,2002,RNA,8、84
2−850;Reinhartら,2002,Gene & Dev.,16,1616
−1626;ならびにReinhart & Bartel,2002,Science
,297,1831)を参照のこと。さらに、RNAiという用語は、配列特異的RNA
干渉を示すために用いている他の用語、例えば、転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害
、転写阻害、または後成的などと等価であることを意図する。例えば、本発明のsiNA
分子は、転写後レベルまたは転写前レベルのいずれかで、後成的遺伝子サイレンシングを
行うために使用され得る。非限定的な例において、本発明のsiNA分子による遺伝子発
現の後成的モジュレーションは、遺伝子発現を改変するためのクロマチン構造またはメチ
ル化パターンのsiNA媒介性改良の結果、起こるものであり得る(例えば、Verde
lら,2004,Science,303,672−676;Pal−Bhadraら,
2004,Science,303,669−672;Allshire,2002,S
cience,297,1818−1819;Volpeら,2002,Science
,297,1833−1837;Jenuwein,2002,Science,297
,2215−2218;およびHallら,2002,Science,297,223
2−2237を参照のこと)。別の非限定的な例では、本発明のsiNA分子による遺伝
子発現のモジュレーションは、RISCもしくは翻訳阻害によるRNA(コードRNAも
しくは非コードRNAのいずれか)のsiNA媒介性切断の結果、起こるものであり得る
か(当該技術分野で知られている)、またはモジュレーションは、転写阻害の結果、起こ
るものであり得る(例えば、Janowskiら,2005,Nature Chemi
cal Biology,1,216−222を参照のこと)。
語句「RNAi阻害薬」は、細胞または生物体においてRNA干渉性の機能または活性
を下方調節、低減または阻害し得る任意の分子をいう。RNAi阻害薬は、RNAi(例
えば、標的ポリヌクレオチドのRNAi媒介性切断、翻訳阻害、もしくは転写サイレンシ
ング)を、RNAi経路の任意の成分(例えば、RISCなどのタンパク質成分、または
miRNAもしくはsiRNAなどの核酸成分)の機能と相互作用すること、または該機
能を妨げることによって下方調節、低減または阻害し得るものである。RNAi阻害薬は
、siNA分子、アンチセンス分子、アプタマー、またはRISCの機能と相互作用する
、もしくは該機能を妨げる小分子、miRNA、またはsiRNAまたは細胞もしくは生
物体のRNAi経路の任意の他の成分であり得る。RNAi(例えば、標的ポリヌクレオ
チドのRNAi媒介性切断、翻訳阻害、または転写サイレンシング)を阻害することによ
り、本発明のRNAi阻害薬は、標的遺伝子の発現をモジュレートする(例えば、上方調
節または下方調節する)ために使用され得る。
語句「センス領域」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその
意味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、siNA分子のアンチセン
ス領域に対して相補性を有する該siNA分子のヌクレオチド配列をいう。また、siN
A分子のセンス領域は、標的核酸配列と相同性または配列同一性を有する核酸配列を含む
ものであり得る。一実施形態において、siNA分子のセンス領域はセンス鎖またはパッ
センジャー鎖とも称される。
語句「低分子干渉核酸」、「siNA」、「低分子干渉RNA」、「siRNA」、「
低分子干渉核酸分子」、「低分子干渉オリゴヌクレオチド分子」、または「化学修飾され
た低分子干渉核酸分子」は、RNA干渉「RNAi」または遺伝子サイレンシングを配列
特異的様式で媒介することにより、遺伝子発現またはウイルス複製を阻害または下方調節
し得る任意の核酸分子をいう。これらの用語は、個々の核酸分子、複数のかかる核酸分子
、またはかかる核酸分子のプールのいずれも示し得る。siNAは、自己相補性のセンス
鎖とアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であり得、この場合、アンチセンス鎖は、標的
核酸分子またはその一部分のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含むもので
あり、センス鎖は、標的核酸配列またはその一部分に対応するヌクレオチド配列を含むも
のである。siNAは、二本鎖、非対称二本鎖、ヘアピン型または非対称ヘアピン型二次
構造を有し、自己相補性のセンス領域とアンチセンス領域を有するポリヌクレオチドであ
ってもよく、この場合、アンチセンス領域は、別々の標的核酸分子またはその一部分のヌ
クレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含むものであり、センス領域は、標的核酸
配列またはその一部分に対応するヌクレオチド配列を含むものである。siNAは、2つ
以上のループ構造と、自己相補性のセンス領域およびアンチセンス領域を含む幹部とを有
する環状の一本鎖ポリヌクレオチドであってもよく、この場合、アンチセンス領域は、標
的核酸分子またはその一部分のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含むもの
であり、センス領域は、標的核酸配列またはその一部分に対応するヌクレオチド配列を含
むものであり、該環状ポリヌクレオチドがインビボまたはインビトロのいずれかでプロセ
ッシングされると、RNAiを媒介し得る活性なsiNA分子が生成され得る。また、s
iNAは、標的核酸分子またはその一部分のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配
列を有する一本鎖ポリヌクレオチドを含むものであってもよく(例えば、かかるsiNA
分子が、該siNA分子内に標的核酸配列またはその一部分に対応するヌクレオチド配列
の存在を必要としない場合)、この場合、該一本鎖ポリヌクレオチドは、さらに末端リン
酸基、例えば、5’−リン酸基(例えば、Martinezら,2002,Cell,1
10,563−574およびSchwarzら,2002,Molecular Cel
l,10,537−568を参照のこと)、または5’,3’−二リン酸基などを含んで
いてもよい。
用語「被検体」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意味
を示す。該用語は、一般的に、本発明の核酸分子が投与され得る生物体をいう。被検体は
、哺乳動物または哺乳動物細胞(例えば、ヒトまたはヒト細胞)であり得る。また、該用
語は生物体をいい、これは、採取された細胞のドナーもしくはレシピエントまたは細胞そ
れ自体である。
語句「全身投与」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意
味を示す。該用語は、一般的に、血流中の薬物のインビボでの全身性の吸収または蓄積、
続いて全身への分布をいう。
用語「標的」は、CTNNB1に言及している場合、任意のCTNNB1標的タンパク
質、ペプチドまたはポリペプチド(表5に示したGenbank受託番号にコードされて
いるものなど)をいう。また、該用語は、任意の標的タンパク質、ペプチドまたはポリペ
プチド(表5に示したGenbank受託番号を有する配列にコードされているタンパク
質、ペプチド、またはポリペプチドなど)をコードしている核酸配列または標的ポリヌク
レオチド配列も指す。対象の標的としては、標的DNAまたは標的RNAなどの標的ポリ
ヌクレオチド配列が挙げられ得る。また、用語「標的」は、種々のアイソフォーム、変異
型標的遺伝子、標的ポリヌクレオチドのスプライスバリアント、標的多型、および非コー
ド配列(例えば、ncRNA、miRNA、stRNA、sRNA)または本明細書に記
載の他の調節ポリヌクレオチド配列などの他の配列も包含することを意図する。
語句「標的部位」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意
味を示す。該用語は、一般的に、例えばsiNA構築物(そのアンチセンス領域内に標的
配列に相補的な配列を含む)によって媒介される切断のために「標的化される」標的核酸
分子(例えば、RNA)内の配列をいう。
語句「治療有効量」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその
意味を示す。該用語は、一般的に、細胞、組織、系、動物またはヒトに生物学的または医
学的応答が誘起される化合物または組成物の量であって、研究者、獣医、医師または他の
臨床師によって模索される量をいう。例えば、所与の臨床処置を、疾患または障害と関連
している測定可能なパラメータに少なくとも25%の低減が見られたとき有効であるとみ
なす場合、該疾患または障害の処置のための薬物の治療有効量は、該パラメータに少なく
とも25%の低減をもたらすのに必要な量である。
語句「ユニバーサル塩基」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められ
たその意味を示す。ユニバーサル塩基という用語は、一般的に、天然のDNA/RNAの
各塩基と、ほとんどまたは全く区別なく塩基対を形成するヌクレオチド塩基類似体をいう
。ユニバーサル塩基の非限定的な例としては、C−フェニル、C−ナフチルおよび他の芳
香族誘導体、イノシン、アゾールカルボキサミド、ならびにニトロアゾール誘導体(3−
ニトロピロール、4−ニトロインドール、5−ニトロインドール、および6−ニトロイン
ドールなど)が挙げられ、当該技術分野で知られている(例えば、Loakes,200
1,Nucleic Acids Research,29,2437−2447を参照
のこと)。
用語「上方調節する」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたそ
の意味を示す。本発明の例示的な核酸分子に関して、該用語は、遺伝子の発現、または1
種類以上のタンパク質もしくはタンパク質サブユニットをコードしているRNA分子もし
くは同等RNA分子のレベル、または1種類以上のRNA、タンパク質もしくはタンパク
質サブユニットの活性を、本発明の核酸分子(例えば、siNA)の非存在下で観察され
るものよりも上に増大させることをいう。一部の特定の場合では、siNA分子による遺
伝子発現の上方調節または促進は、不活性分子または減弱分子の存在下で観察されるレベ
ルより上になるものである。他の場合では、siNA分子による遺伝子発現の上方調節ま
たは促進は、例えば、スクランブル配列またはミスマッチを有するsiNA分子の存在下
で観察されるレベルより上になるものである。さらに他の場合では、本発明の核酸分子に
よる遺伝子発現の上方調節または促進は、該核酸分子の存在下の方が非存在下よりも大き
くなるものである。一部の場合では、遺伝子発現の上方調節または促進は、RNA媒介性
遺伝子サイレンシングの阻害(上方調節対象の遺伝子の発現を下方調節、阻害またはサイ
レンシングするコードRNA標的または非コードRNA標的のRNAi媒介性の切断また
はサイレンシングなど)と関連するものである。遺伝子発現の下方調節は、例えば、コー
ドRNAまたはそのコードタンパク質によって、例えば、負のフィードバック効果または
アンタゴニスト効果などによって誘導され得る。遺伝子発現の下方調節は、例えば、対象
遺伝子に対して調節的制御を有する非コードRNAによって、例えば、翻訳阻害、クロマ
チン構造、メチル化、RISC媒介性RNA切断または翻訳阻害による該遺伝子の発現の
サイレンシングによって誘導され得る。そのため、対象遺伝子を下方調節、抑制またはサ
イレンシングする標的の阻害または下方調節は、治療的使用のために対象遺伝子の発現を
上方調節するために使用され得る。
用語「ベクター」は、本明細書で用いる場合、当該技術分野で一般に認められたその意
味を示す。ベクターという用語は、一般的に、1種類以上の核酸分子を送達するために使
用される任意の核酸系および/またはウイルス系の発現系または手法をいう。
B.本発明のsiNA分子
本発明は、CTNNB1に標的化されるsiNAを含み、CTNNB1発現と関連して
いる疾患、例えば、悪性疾患および/または癌を処置するために使用され得る組成物およ
び方法を提供する。本発明の特定の態様および実施形態において、本発明の核酸分子は、
表1aおよび表1bに示された配列の少なくとも15個のヌクレオチドの配列を含むもの
である。該siNAはいくつかの形態で提供され得る。例えば、該siNAは、1種類以
上のsiNA化合物として単離されたものであってもよく、DNAプラスミド内の転写カ
セットの形態であってもよい。また、該siNAは化学合成されたものであってもよく、
例えば限定されないが、表1cおよび表6に示したような修飾を含むものであってもよい
。したがって、種々の実施形態において、本発明の核酸の少なくとも一方の鎖または1つ
の領域は、配列番号:1〜6374からなる配列の群から選択される少なくとも15個の
ヌクレオチドの配列を含むものである。該siNAは、単独で投与してもよく、他のsi
NA分子またはCTNNB1関連の疾患もしくは病状を処置するための慣用的な薬剤と共
投与してもよい。
本発明のsiNA分子は、RNA転写物との相互作用によって、あるいはまた、特定の
遺伝子配列との相互作用によって(この場合、かかる相互作用により、転写レベルもしく
は転写後レベルのいずれかで遺伝子サイレンシングのモジュレーション(例えば限定され
ないが、RNAiなど)がもたらされる)、または標的のクロマチン構造またはメチル化
パターンをモジュレートし、標的のヌクレオチド配列を有する標的遺伝子の転写を抑制し
、それによりサイレンシングが媒介される細胞プロセスによって、遺伝子サイレンシング
、具体的にはCTNNB1を媒介するために使用され得る。より具体的には、標的は、C
TNNB1 RNA、DNA、またはmRNAのいずれかである。
一態様において、本発明は、細胞または哺乳動物においてCTNNB1遺伝子の発現を
阻害するための低分子干渉核酸(siNA)分子を提供する。該siNAは一本鎖であっ
ても二本鎖であってもよい。二本鎖の場合、該siNAはセンス鎖とアンチセンス鎖を含
むものである。アンチセンス鎖は、CTNNB1遺伝子の発現で形成されるmRNAの少
なくとも一部分に相補的である。センス鎖は、アンチセンス鎖に相補領域を含むものであ
る。具体的な実施形態において、アンチセンス鎖は、表1bに示したアンチセンス配列の
少なくとも15個のヌクレオチドの配列を含むものである。一般的に、二本鎖siNAは
、表1bのセンス鎖の少なくとも15個のヌクレオチドの配列と、表1bのアンチセンス
鎖の少なくとも15個のヌクレオチドの配列を含むものである。本発明のsiNAのヌク
レオチドの1個以上が修飾されていてもよい。修飾を有するさらなる実施形態において、
本発明の一部のsiNAは、表1cに示した配列の群から選択される少なくとも1個のヌ
クレオチド配列を含むものである。他の実施形態において、該siNAは、表1cに示し
た配列の群から選択される少なくとも2つの配列を含むものであり、該少なくとも2つの
配列のうち1つは、該少なくとも2つの配列のうちの別の配列に相補的であり、該少なく
とも2つの配列のうち1つは、CTNNB1遺伝子の発現で生成されるmRNAの配列に
相補的である。本発明の特定の修飾siNAの例を表1cに示す。
本発明の二本鎖RNA分子は、対称であっても非対称であってもよい相補的な2つの相
違する別々の鎖、すなわち2本の一本鎖RNA分子を含むものであってもよく、2つの相
補的な部分(例えば、センス領域とアンチセンス領域)が、塩基対合しており、かつ1つ
以上の一本鎖「ヘアピン型」領域(すなわち、ループ)によって共有結合されており、例
えば、一本鎖低分子ヘアピン型ポリヌクレオチドまたは環状の一本鎖ポリヌクレオチドに
なっている1つの一本鎖分子を含むものであってもよい。
リンカーは、ポリヌクレオチドリンカーであってもよく、非ヌクレオチドリンカーであ
ってもよい。一部の実施形態において、リンカーは非ヌクレオチドリンカーである。一部
の実施形態において、本発明のヘアピン型または環状のsiNA分子には1つ以上のルー
プモチーフが含まれており、該siNA分子のループ部分の少なくとも1つは生分解性で
ある。例えば、本発明の一本鎖ヘアピン型siNA分子は、該siNA分子のループ部分
のインビボでの分解によって、1、2、3または4個のヌクレオチドを含む3’末端突出
端(3’末端ヌクレオチド突出端など)を有する二本鎖siNA分子が生成され得るよう
に設計される。あるいはまた、本発明の環状siNA分子は、siNA分子のループ部分
のインビボでの分解によって、約2個のヌクレオチドを含む3’末端突出端(3’末端ヌ
クレオチド突出端など)を有する二本鎖siNA分子が生成され得るように設計される。
本発明の対称siNA分子において、センス(パッセンジャー)鎖およびアンチセンス
(ガイド)鎖の各鎖は、独立して、約15〜約30(例えば、約15、16、17、18
、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30)ヌ
クレオチド長である。一般的に、本発明の対称siNA分子の各鎖は、約19〜24(例
えば、約19、20、21、22、23または24)ヌクレオチド長である。
非対称siNA分子において、該分子のアンチセンス領域(または鎖)は、約15〜約
30(例えば、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25
、26、27、28、29または30)ヌクレオチド長であり、そのセンス領域は約3〜
約25(例えば、約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15
、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25)ヌクレオチド長
である。一般的に、本発明の非対称siNA分子の各鎖は約19〜24(例えば、約19
、20、21、22、23または24)ヌクレオチド長である。
また他の実施形態において、本発明のsiNA分子は一本鎖ヘアピン型siNA分子を
含むものであり、該siNA分子は、約25〜約70(例えば、約25、26、27、2
8、29、30、31、32、33、34、35、36、40、45、50、55、60
、65または70)ヌクレオチド長である。
さらに他の実施形態において、本発明のsiNA分子は一本鎖の環状siNA分子を含
むものであり、該siNA分子は、約38〜約70(例えば、約38、40、45、50
、55、60、65または70)ヌクレオチド長である。
さらに他の実施形態において、本発明のsiNA分子は一本鎖の非環状siNA分子を
含むものであり、該siNA分子は、独立して約15〜約30(例えば、約15、16、
17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29また
は30)ヌクレオチド長である。
種々の対称実施形態において、本発明のsiNA二本鎖は、独立して、約15〜約30
(例えば、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、2
6、27、28、29または30)個の塩基対を含むものである。一般的に、本発明のs
iNAの二本鎖構造は、15〜30、より一般的には18〜25、なおより一般的には1
9〜24、最も一般的には19〜21塩基対長である。
また他の実施形態において、本発明の二本鎖siNA分子が非対称である場合、該si
NA分子は、約3〜25(例えば、約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、
13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25
)個の塩基対を含むものである。一般的に、本発明のsiNAの二本鎖構造は、15〜2
5、より一般的には18〜25、なおより一般的には19〜24、最も一般的には19〜
21塩基対長である。
さらに他の実施形態において、本発明のsiNA分子がヘアピン型または環状構造であ
る場合、該siNA分子は、約15〜約30(例えば、約15、16、17、18、19
、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30)個の塩基
対を含むものである。
本発明のsiNA分子のセンス鎖とアンチセンス鎖、またはセンス領域とアンチセンス
領域は相補的であり得る。また、アンチセンス鎖またはアンチセンス領域は、CTNNB
1標的RNAのヌクレオチド配列またはその一部分に相補的であり得る。該siNAのセ
ンス鎖またはセンス領域は、CTNNB1遺伝子またはその一部分のヌクレオチド配列を
含むものであり得る。一部の特定の実施形態において、本発明のsiNA分子のセンス領
域またはセンス鎖は、該siNA分子のアンチセンス領域またはアンチセンス鎖のCTN
NB1標的ポリヌクレオチド配列(例えば限定されないが、表5に示すGENBANK受
託番号に代表される配列など)に相補的である部分に相補的である。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は、該siNA分子のセンス鎖または
センス領域とアンチセンス鎖またはアンチセンス領域間に完璧な相補性を有するものであ
る。他の実施形態または同じ実施形態において、本発明のsiNA分子のアンチセンス鎖
は、対応する標的核酸分子に完璧に相補的である。
また他の実施形態において、本発明のsiNA分子は、該siNA分子のセンス鎖また
はセンス領域とアンチセンス鎖またはアンチセンス領域間、あるいは該siNA分子のア
ンチセンス鎖またはアンチセンス領域と、対応する標的核酸分子間に、一部相補性(すな
わち、100%未満の相補性)を有するものである。したがって、一部の実施形態におい
て、本発明の二本鎖核酸分子は、一方の鎖に、他方の鎖のヌクレオチドに相補的なヌクレ
オチドを約15〜約30(例えば、約15、16、17、18、19、20、21、22
、23、24、25、26、27、28、29または30)個有するものである。他の実
施形態において、該分子は、二本鎖核酸分子のセンス領域に、アンチセンス領域のヌクレ
オチドに相補的なヌクレオチドを約15〜約30(例えば、約15、16、17、18、
19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30)個有
するものである。一部の特定の実施形態において、本発明の二本鎖核酸分子は、アンチセ
ンス鎖に、その対応する標的核酸分子のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチドを約1
5〜約30(例えば、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24
、25、26、27、28、29または30)個を有するものである。
他の実施形態において、該siNA分子に1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換、ミス
マッチおよび/または付加が含有されていてもよい;しかしながら、該siNA分子は、
例えば、RNAiを媒介するその活性を維持しているものとする。非限定的な例において
、該欠失、置換、ミスマッチおよび/または付加は、ループまたは隆起部、あるいはまた
、ウォッブル(wobble)または他の択一的な(非ワトソン−クリック)塩基対をも
たらすものであり得る。したがって、一部の実施形態において、例えば、本発明の二本鎖
核酸分子は、一方の鎖または領域に、他方の鎖または領域とミスマッチであるか、または
塩基対合していないヌクレオチドを1個以上(例えば、1、2、3、4、5、または6個
)有するものである。他の実施形態において、本発明の二本鎖核酸分子は、各鎖または各
領域内に、他方の鎖または領域とミスマッチであるか、または塩基対合していないヌクレ
オチドを1個以上(例えば、1、2、3、4、5、または6個)有するものである。好ま
しい実施形態において、本発明のsiNAに含有されるミスマッチは3つ以下である。該
siNAのアンチセンス鎖に標的配列に対するミスマッチが含有されている場合、ミスマ
ッチ領域は相補性領域の中心に存在していないことが好ましい。
他の実施形態において、該siNA分子に、表1bに示した配列に対する1つ以上のヌ
クレオチドの欠失、置換、ミスマッチおよび/または付加が含有されていてもよいが、該
siNA分子は、例えば、RNAiを媒介するその活性を維持しているものとする。非限
定的な例において、該欠失、置換、ミスマッチおよび/または付加は、ループまたは隆起
部、あるいはまた、ウォッブルまたは他の択一的な(非ワトソン−クリック)塩基対をも
たらすものであり得る。
また、本発明は、第1鎖と第2鎖が互いに相補的であり、少なくとも一方の鎖が表1b
の配列のポリヌクレオチド配列に高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズ可能であ
り、その任意のヌクレオチドは非修飾であるか、または化学修飾されている以外は本明細
書において上記のとおりである二本鎖核酸(siNA)分子を含むものである。
ハイブリダイゼーション手法は当業者によく知られている(例えば、Sambrook
ら,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,
第2版,Cold Spring Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor,N.Y.(1989)参照のこと)。好ましい
ストリンジェントハイブリダイゼーション条件としては、50%ホルムアミド、5×SS
C(150mM NaCl、15mMクエン酸三ナトリウム)、50mMリン酸ナトリウ
ム(pH7.6)、5×デンハルト液、10%硫酸デキストラン、および20マイクログ
ラム/mlの剪断処理した変性サケ精子DNAを含む溶液中、42℃で一晩のインキュベ
ーション;続いて、0.1×SSC中、約65℃でのフィルターの洗浄が挙げられる。
具体的な一実施形態において、第1鎖は、他方の鎖のヌクレオチドに相補的なヌクレオ
チドを約15、16、17、18、19、20または21個有し、少なくとも一方の鎖が
表1bのポリヌクレオチド配列にハイブリダイズ可能である。より好ましい実施形態にお
いて、第1鎖は、他方の鎖のヌクレオチドに相補的なヌクレオチドを約15、16、17
、18、19、20または21個有し、少なくとも一方の鎖が配列番号:1、配列番号:
1049、配列番号:43、配列番号:1091、配列番号:51、配列番号:1099
、配列番号:53、または配列番号:1101に高ストリンジェンシー条件下でハイブリ
ダイズ可能であり、その任意のヌクレオチドは非修飾であるか、または化学修飾されてい
る。
一部の特定の実施形態において、本発明のsiNA分子は、約1〜約4(例えば、約1
、2、3または4)個のヌクレオチドの突出端を含むものである。突出端のヌクレオチド
は同じヌクレオチドであっても異なるヌクレオチドであってもよい。一部の実施形態にお
いて、突出端は二本鎖核酸分子の一方または両方の鎖の3’末端に存在している。例えば
、本発明の二本鎖核酸分子は、二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖/領域の3’末端、セン
ス鎖/領域の3’末端、またはアンチセンス鎖/領域とセンス鎖/領域の両方にヌクレオ
チド突出端または非ヌクレオチド突出端を含むものであり得る。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子の突出端部分を構成するヌクレオチド
は、CTNNB1標的ポリヌクレオチド配列を主体とした配列を含むものであり、ここで
、本発明のsiNA分子のアンチセンス鎖/領域の突出端部分を構成するヌクレオチドは
、CTNNB1標的ポリヌクレオチド配列内のヌクレオチドに相補的であり得る、および
/または本発明のsiNA分子のセンス鎖/領域の突出端部分を構成するヌクレオチドは
、CTNNB1標的ポリヌクレオチド配列内のヌクレオチドを含むものであり得る。した
がって、一部の実施形態において、突出端は、CTNNB1標的ポリヌクレオチド配列の
一部分に相補的な2個のヌクレオチドの突出端を構成している。しかしながら、他の実施
形態では、突出端は、CTNNB1標的ポリヌクレオチド配列の一部分に相補的でない2
個のヌクレオチドの突出端を構成している。一部の特定の実施形態において、突出端は、
CTNNB1標的ポリヌクレオチド配列の一部分に相補的でない3’−UU突出端を構成
している。他の実施形態では、突出端は、アンチセンス鎖の3’末端ではUU突出端を構
成しており、センス鎖の3’末端ではTT突出端を構成している。他の実施形態では、突
出端は、本明細書の実施例、表および図に記載のヌクレオチドを含むものである。
本明細書に記載のsiNA分子が3’末端ヌクレオチド突出端を有する任意の実施形態
において、突出端は、1つ以上の核酸の糖鎖位置、塩基位置または主鎖位置が化学修飾さ
れていてもよい。本発明の二本鎖核酸(siNA)分子の突出端部分の修飾ヌクレオチド
の代表的だが限定されない例としては:2’−O−アルキル(例えば、2’−O−メチル
)、2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−デオキシ−2’−フルオ
ロアラビノ(FANA)、4’−チオ、2’−O−トリフルオロメチル、2’−O−エチ
ル−トリフルオロメトキシ、2’−O−ジフルオロメトキシ−エトキシ、ユニバーサル塩
基、非環式、または5−C−メチルヌクレオチドが挙げられる。より好ましい実施形態に
おいて、突出端ヌクレオチドは各々、独立して、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’
−O−メチルヌクレオチド、2’−デオキシ(dexoy)−2−フルオロヌクレオチド
、または2’−デオキシリボヌクレオチドである。一部の場合では、突出端ヌクレオチド
は、1つ以上のホスホロチオエート結合によって連結されている。
また他の実施形態において、本発明のsiNA分子は、平滑端を有する(すなわち、ヌ
クレオチド突出端なし)二本鎖核酸分子を含むものであり、この場合、両方の末端が平滑
であるか、あるいはまた一方の末端が平滑である。一部の実施形態において、本発明のs
iNA分子は、例えば、アンチセンス鎖の5’末端とセンス鎖の3’末端が全く突出端ヌ
クレオチドを有しない場合1つの平滑端を含むものであり得る。別の例では、該siNA
分子は、例えば、アンチセンス鎖の3’末端とセンス鎖の5’末端が全く突出端ヌクレオ
チドを有しない1つの平滑端を含むものである。他の実施形態では、本発明のsiNA分
子は、例えば、アンチセンス鎖の3’末端とセンス鎖の5’末端ならびにアンチセンス鎖
の5’末端とセンス鎖の3’末端が全く突出端ヌクレオチドを有しない2つの平滑端を含
むものである。
本発明のsiNA分子の任意の実施形態または態様において、センス鎖および/または
アンチセンス鎖は、さらに、キャップ(本明細書に記載のもの、または当該技術分野で知
られたものなど)を、センス鎖および/またはアンチセンス鎖の3’末端、5’末端、ま
たは3’末端と5’末端の両方に有するものであり得る。あるいは、ヘアピン型siNA
分子の場合のように、キャップは、該ポリヌクレオチドの末端ヌクレオチドのいずれか一
方に存在していても両方に存在していてもよい。一部の実施形態において、キャップは、
二本鎖siNA分子のセンス鎖の末端の一方または両方(one of both of
ends of)に存在している。他の実施形態では、キャップは、アンチセンス(ガ
イド)鎖の3’末端に存在している。好ましい実施形態では、キャップは、センス鎖の3
’末端とセンス鎖の5’末端に存在している。
かかる末端キャップの代表的だが非限定的な例としては、逆位無塩基ヌクレオチド、逆
位デオキシ無塩基ヌクレオチド、逆位ヌクレオチド部分、図5に示した基、グリセリル修
飾、アルキルもしくはシクロアルキル基、複素環、または当該技術分野で一般的に知られ
た任意の他のキャップが挙げられる。
本発明のsiNA分子の実施形態はいずれも、5’リン酸末端基を有するものであって
もよい。一部の実施形態では、該siNA分子に末端リン酸基がない。
本発明のsiNA分子または構築物はいずれも、1つ以上の化学修飾を含むものであっ
てもよい。修飾は、インビトロまたはインビボでの特性、例えば、安定性、活性、毒性、
免疫応答(例えば、インターフェロン応答、炎症性もしくは炎症促進性のサイトカイン応
答、あるいはToll様受容体(TlF)応答の刺激の抑制)および/またはバイオアベ
イラビリティなどを改善するために使用され得る。
本出願人は、本明細書において、対応する非修飾型siNA分子と比べてRNAiの活
性および/または安定性が改善された化学修飾siNA分子を説明する。本明細書におい
て開示する種々の化学修飾siNAモチーフにより、非修飾型または修飾が最小限の活性
なsiRNAと実質的に同様のRNAi活性を維持する能力がもたらされる(例えば、E
lbashirら,2001,EMBO J.,20:6877−6888を参照のこと
)と同時に、治療適用用途における使用に適したヌクレアーゼ抵抗性および薬物動態特性
がもたらされる。
種々の実施形態において、本発明のsiNA分子は修飾を含むものであり、この場合、
センスおよび/またはアンチセンス鎖に存在している任意(例えば、1つ以上または全部
)のヌクレオチドが修飾ヌクレオチドである(例えば、1個のヌクレオチドが修飾されて
いる、いくつかのヌクレオチド(すなわち、複数もしくは1個より多く)が修飾されてい
る、または全部のヌクレオチドが修飾ヌクレオチドである。一部の実施形態において、本
発明のsiNA分子は、化学修飾により一部修飾されたものである(例えば、約1、2、
3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18
、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、
32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、4
5、46、47、48、49、50、55または59個のヌクレオチドが修飾されている
)。一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は、修飾ヌクレオチドである少なく
とも約8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32
、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58ま
たは60個のヌクレオチドを含むものである。他の実施形態において、本発明のsiNA
分子は、化学修飾により完全に修飾されたものである(例えば、100%修飾されている
)、すなわち、該siNA分子にはリボヌクレオチドが全く含有されていない。一部の実
施形態において、本発明のsiNA分子のセンス鎖のヌクレオチドの1個以上が修飾され
ている。同じ実施形態または他の実施形態において、本発明のsiNA分子のアンチセン
ス鎖のヌクレオチドの1個以上が修飾されている。
単一のsiNA分子内の化学修飾は同じであっても異なっていてもよい。一部の実施形
態において、少なくとも一方の鎖が少なくとも1つの化学修飾を有する。他の実施形態に
おいて、各鎖は、同じであっても異なっていてもよい少なくとも1つの化学修飾(例えば
、糖鎖、塩基、または主鎖(すなわち、ヌクレオチド間結合)の修飾)を有する。他の実
施形態において、本発明のsiNA分子は、少なくとも2、3、4、5個またはそれ以上
の異なる化学修飾を含むものである。
本発明における使用に適した化学修飾の非限定的な例は、米国特許出願第10/444
,853号;同第10/981,966号;同第12/064,014号およびこれらに
挙げられた参考文献に開示されており、糖鎖、塩基およびリン酸基、非ヌクレオチドの修
飾、および/またはその任意の組合せが挙げられる。
本発明の特定の具体的な実施形態において、少なくとも1個の修飾ヌクレオチドは、2
’−デオキシ−2−フルオロヌクレオチド、2’−デオキシヌクレオチド、2’−O−ア
ルキル(例えば、2’−O−メチル)ヌクレオチド、またはロックド核酸(LNA)ヌク
レオチド(当該技術分野で一般的に認知されている)である。
本発明のまた他の実施形態において、少なくとも1個のヌクレオチドは、リボ様Nor
thernまたはA型ヘリックス立体配置を有するものである(例えば、Saenger
,Principles of Nucleic Acid Structure,Sp
ringer−Verlag編,1984参照)。Northern立体配置を有するヌ
クレオチドの非限定的な例としては、ロックド核酸(LNA)ヌクレオチド(例えば、2
−0、4’−C−メチレン−(D−リボフラノシル)ヌクレオチド);2’−メトキシエ
トキシ(MOE)ヌクレオチド;2’−メチル−チオ−エチルヌクレオチド、2’−デオ
キシ−2’−フルオロヌクレオチド;2’−デオキシ−2’−クロロヌクレオチド;2’
−アジドヌクレオチド;2’−O−トリフルオロメチルヌクレオチド;2’−O−エチル
−トリフルオロメトキシヌクレオチド;2’−O−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレ
オチド;4’−チオヌクレオチドおよび2’−O−メチルヌクレオチドが挙げられる。
種々の実施形態において、二本鎖siNA分子に存在しているピリミジンヌクレオチド
の大部分(例えば、50%より多く)は糖鎖修飾を含むものである。一部の同じおよび/
または他の実施形態において、二本鎖siNA分子に存在しているプリンヌクレオチドの
大部分(例えば、50%より多く)は糖鎖修飾を含むものである。
一部の実施形態において、アンチセンス鎖内のピリミジンヌクレオチドは2’−O−メ
チルまたは2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、アンチセン
ス鎖内に存在しているプリンヌクレオチドは2’−O−メチルヌクレオチドまたは2’−
デオキシヌクレオチドである。他の実施形態において、センス鎖内のピリミジンヌクレオ
チドは2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、センス鎖内に存
在しているプリンヌクレオチドは2’−O−メチルまたは2’−デオキシプリンヌクレオ
チドである。
本発明の一部の特定の実施形態において、センス鎖上の相補領域内のピリミジンヌクレ
オチドはすべて、2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。一部
の特定の実施形態において、アンチセンス鎖の相補領域内のピリミジンヌクレオチドはす
べて、2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。一部の特定の実
施形態において、センス鎖上の相補領域内のプリンヌクレオチドはすべて、2’−デオキ
シプリンヌクレオチドである。一部の特定の実施形態において、アンチセンス鎖上の相補
領域内のプリンはすべて、2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。一部の特定の実
施形態において、センス鎖上の相補領域内のピリミジンヌクレオチドはすべて、2’−デ
オキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである;アンチセンス鎖の相補領域内の
ピリミジンヌクレオチドはすべて、2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオ
チドである;センス鎖上の相補領域内のプリンヌクレオチドはすべて、2’−デオキシプ
リンヌクレオチドであり、アンチセンス鎖上の相補領域内のプリンはすべて、2’−O−
メチルプリンヌクレオチドである。
一部の実施形態において、一方または両方の鎖のピリミジンヌクレオチドの少なくとも
5個またはそれ以上が2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。
一部の実施形態において、一方または両方の鎖のピリミジンヌクレオチドの少なくとも5
個またはそれ以上が2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。一部の実施形態に
おいて、一方または両方の鎖のプリンヌクレオチドの少なくとも5個またはそれ以上が2
’−デオキシ−2’−フルオロプリンヌクレオチドである。一部の実施形態において、一
方または両方の鎖のプリンヌクレオチドの少なくとも5個またはそれ以上が2’−O−メ
チルプリンヌクレオチドである。
一部の特定の実施形態において、プリンとピリミジンは、糖鎖の2’位が異なるように
修飾されている(すなわち、同じ鎖または異なる鎖の糖鎖の2’位において、少なくとも
1個のプリンは少なくとも1個のピリミジンと異なる修飾を有する)。例えば、一部の場
合では、一方または両方の鎖のピリミジンヌクレオチドの少なくとも5個またはそれ以上
が2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、一方または両方の鎖
の少なくとも5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが2’−O−メチルプリンヌクレ
オチドである。他の場合では、一方または両方の鎖のピリミジンヌクレオチドの少なくと
も5個またはそれ以上が2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドであり、一方または両
方の鎖の少なくとも5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−
フルオロプリンヌクレオチドである。
種々の修飾および修飾パターンを有するかかるsiNA分子のセンス鎖およびアンチセ
ンス鎖のさらなる非限定的な例を図2と3に示す。
上記のいずれかの修飾またはその組合せ(引用した参考文献のものを含む)が本発明の
任意のsiNA分子に適用され得る。
本発明の修飾siNA分子では、該siNA分子内の種々の位置に修飾を含めることが
できる。一部の実施形態において、本発明の二本鎖siNA分子は修飾ヌクレオチドを、
該siNA二本鎖内の内部塩基対合位置に含んでいる。他の実施形態では、本発明の二本
鎖siNA分子は修飾ヌクレオチドを、該siNA分子の非塩基対合領域または突出端領
域に含んでいる。また他の実施形態では、本発明の二本鎖siNA分子は修飾ヌクレオチ
ドを、該siNA分子の末端位置に含んでいる。例えば、かかる末端領域としては、該s
iNA分子のセンスおよび/またはアンチセンス鎖(または領域)の3’位および/また
は5’位が挙げられる。さらに、本発明の修飾siNA分子はいずれも、修飾を、該si
NA二本鎖の一方または両方のオリゴヌクレオチド鎖(例えば、センス鎖、アンチセンス
鎖、または両鎖)内に有するものであり得る。さらに、本発明のsiNA分子の化学修飾
に関して、本発明の二本鎖siNA分子の各鎖は1つ以上の化学修飾を有していてもよく
、その結果、各鎖は異なる化学修飾パターンを含むものになる。
一部の特定の実施形態において、本発明の二本鎖siNA分子の各鎖は、異なる化学修
飾パターン、例えば、本明細書に記載のいずれかのStab修飾化学構造(表9参照)ま
たはその任意の組合せ、すなわち、規定の安定化化学構造(Stabilzation
chemistry)(Stab)の異なる組合せのセンス鎖とアンチセンス鎖を含むも
のである。さらに、異なる修飾パターンが生じ得る修飾スキームの非限定的な例を表9に
示す。表9にStabと示した安定化化学構造は、センス/アンチセンス化学構造の任意
の組合せで組み合わせることができる(Stab 7/8、Stab 7/11、Sta
b 8/8、Stab 18/8、Stab 18/11、Stab 12/13、St
ab 7/13、Stab 18/13、Stab 7/19、Stab 8/19、S
tab 18/19、Stab 7/20、Stab 8/20、Stab 18/20
、Stab 7/32、Stab 8/32、もしくはStab 18/32など、また
は任意の他の安定化化学構造の組合せ)。
本発明の任意のsiNAにおいて、該siNA分子のガイド鎖またはガイド領域(アン
チセンス鎖またはアンチセンス領域としても知られている)の5’末端の1個以上(例え
ば、1、2、3、4または5個)のヌクレオチドはリボヌクレオチドである。
一部の特定の実施形態において、本発明は、CTNNB1の発現をモジュレートする二
本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子であって、該siNAがセンス鎖とアンチセンス鎖
を含むものであり;各鎖が、独立して15〜30ヌクレオチド長であり;該アンチセンス
鎖が:
5’−CUGUUGGAUUGAUUCGAAA−3’(配列番号:5);
5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(配列番号:194);
5’−GGAUGAUCCUAGCUAUCGU−3’(配列番号:196);または
5’−CCAGGAUGAUCCUAGCUAU−3’(配列番号:151)
のいずれかに相補配列を有する少なくとも15、16、17、18または19個のヌクレ
オチドを含むものである、二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を提供する。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子のアンチセンス鎖は:
5’−UUUCGAAUCAAUCCAACAG−3’(配列番号:4918);
5’−AAGCAACUGAACUAGUCGU−3’(配列番号:5107);
5’−ACGAUAGCUAGGAUCAUCC−3’(配列番号:5109);または
5’−AUAGCUAGGAUCAUCCUGG−3’(配列番号:5064)
の少なくとも15、16、17、18または19個のヌクレオチドの配列を含むものであ
る。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子のセンス鎖は:
5’−CUGUUGGAUUGAUUCGAAA−3’(配列番号:5);
5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(配列番号:194);
5’−GGAUGAUCCUAGCUAUCGU−3’(配列番号:196);または
5’−CCAGGAUGAUCCUAGCUAU−3’(配列番号:151)
の少なくとも15、16、17、18または19個のヌクレオチドの配列を含むものであ
る。
一部の実施形態において、本発明のsiNA分子は:
5’−CUGUUGGAUUGAUUCGAAA−3’(配列番号:5)と5’−UUU
CGAAUCAAUCCAACAG−3’(配列番号:4918);または
5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(配列番号:194)と5’−A
AGCAACUGAACUAGUCGU−3’(配列番号:5107);または
5’−GGAUGAUCCUAGCUAUCGU−3’(配列番号:196)と5’−A
CGAUAGCUAGGAUCAUCC−3’(配列番号:5109);または
5’−CCAGGAUGAUCCUAGCUAU−3’(配列番号:151)と5’−A
UAGCUAGGAUCAUCCUGG−3’(配列番号:5064)
のいずれかを含むものである。
上記のいずれかの修飾またはその組合せ(引用した参考文献のものを含む)がこれらの
任意の実施形態に適用され得る。
一部の特定の実施形態において、配列番号:5、配列番号:4918、配列番号:19
4、配列番号:5107、配列番号:196、配列番号:5109、配列番号:151、
または配列番号:5064の該少なくとも15、16、17、18または19個のヌクレ
オチドの配列のヌクレオチドは、連続したヌクレオチド鎖を形成している。
一部の実施形態において、該siNA分子に、配列番号:5、配列番号:4918、配
列番号:194、配列番号:5107、配列番号:196、配列番号:5109、配列番
号:151、または配列番号:5064の少なくとも15、16、17、18または19
個のヌクレオチド配列に対する1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換、ミスマッチおよび
/または付加が含有されていてもよい;しかしながら、該siNA分子は、例えば、RN
Aiを媒介するその活性を維持しているものとする。非限定的な例において、該欠失、置
換、ミスマッチおよび/または付加は、ループまたは隆起部、あるいはまた、ウォッブル
または他の択一的な(非ワトソン−クリック)塩基対をもたらすものであり得る。
本発明の一部の特定の実施形態において、センス鎖とアンチセンス鎖を有し、下記式(
A):
Figure 2013535212
を含む二本鎖siNA分子を提供し、
式中、上側の鎖は該二本鎖核酸分子のセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であ
り;該アンチセンス鎖は、配列番号:4918、配列番号:5107、配列番号:510
9、または配列番号:5064の少なくとも15、16、17、18または19個のヌク
レオチドの配列を含むものであり、該センス鎖は、該アンチセンス鎖に対して相補性を有
する配列を含むものであり;
各Nは、独立して非修飾もしくは化学修飾ヌクレオチドまたは非ヌクレオチドであり;
各Bは、存在する、または存在しない末端キャップであり;
(N)は、突出端ヌクレオチド(各々、独立して非修飾または化学修飾)を表し;
[N]は、リボヌクレオチドであるヌクレオチドを表し;
X1およびX2は、独立して、0〜4の整数であり;
X3は、15〜30の整数であり;
X4は、9〜30の整数であり;
X5は、0〜6の整数であるが、X4とX5の和は15〜30であるものとする。
一部の特定の実施形態において、配列番号:4918、配列番号:5107、配列番号
:5109、または配列番号:5064の該少なくとも15、16、17、18または1
9個のヌクレオチドの配列のヌクレオチドは、連続したヌクレオチド鎖を形成している。
一部の実施形態において、式AのsiNA分子は、配列番号:4918、配列番号:5
107、配列番号:5109、または配列番号:5064の少なくとも15、16、17
、18または19個のヌクレオチド配列に対する1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換、
ミスマッチおよび/または付加が含有されていてもよい;しかしながら、該siNA分子
は、例えば、RNAiを媒介するその活性を維持しているものとする。非限定的な例にお
いて、該欠失、置換、ミスマッチおよび/または付加は、ループまたは隆起部、あるいは
また、ウォッブルまたは他の択一的な(非ワトソン−クリック)塩基対をもたらすもので
あり得る。
一実施形態において、本発明は、
(a)NX4位の1個以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−
2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレ
オチド、リボヌクレオチド、またはその任意の組合せである;
(b)NX4位の1個以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−2’
−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレオチ
ド、リボヌクレオチド、またはその任意の組合せである;
(c)NX3位の1個以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−
2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレ
オチド、リボヌクレオチド、またはその任意の組合せである;および
(d)NX3位の1個以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−2’
−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレオチ
ド、リボヌクレオチド、またはその任意の組合せである、
式(A)の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)を特色とする。
一部の特定の実施形態において、本発明は、
(a)NX4位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチド
が2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;
(b)NX4位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが2’−
O−アルキルヌクレオチドである;
(c)NX3位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチドが2
’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;および
(d)NX3位1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが2’−デ
オキシヌクレオチドである、
式(A)の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を特色とする。
一部の特定の実施形態において、本発明は、
(a)NX4位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチドが2
’−O−アルキルヌクレオチドである;
(b)NX4位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドがリボヌ
クレオチドである;
(c)NX3位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチドが2
’−O−アルキルヌクレオチドである;および
(d)NX3位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドがリボヌ
クレオチドである、
式(A)の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を特色とする。
一部の特定の実施形態において、本発明は、
(a)NX4位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチドが2
’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;
(b)NX4位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが2’−
O−アルキルヌクレオチドである;
(c)NX3位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチドが2
’−O−アルキルヌクレオチドである;および
(d)NX3位の1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが2’−
デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである、
式(A)の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を特色とする。
一部の特定の実施形態において、本発明は、さらに1つ以上のホスホロチオエートヌク
レオチド間結合を含む式(A)の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を特色とする。
一部の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、該核酸分子のアンチセンス鎖
またはアンチセンス領域の5’末端に末端リン酸基を含むものである。
種々の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、X5=0、1、2または3;
各X1およびX2=1または2;X3=18、19、20、21、22または23、およ
びX4=17、18、19、20、21、22または23を含むものである。
一部の特定の実施形態において、式Aを有するsiNA分子はX5=3を含むものであ
る。他の実施形態では、式Aを有するsiNA分子はX5=0を含むものである。
一部の特定の実施形態において、式Aを有するsiNA分子はX1=2およびX2=2
を含むものである。
種々の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、X5=0、X1=2、および
X2=2を含むものである。他の実施形態では、式Aを有するsiNA分子は、X5=3
、X1=2、およびX2=2を含むものである。
具体的な一実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、X5=3;各X1および
X2=2;X3=19、およびX4=16を含むものである。
別の具体的な実施形態では、式Aを有するsiNA分子は、X5=0;各X1およびX
2=2;X3=19、およびX4=19を含むものである。
一部の特定の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、センス鎖またはセンス
領域の3’末端と5’末端にキャップ(B)を含むものである。
一部の特定の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、アンチセンス鎖または
アンチセンス領域の3’末端にキャップ(B)を含むものである。
種々の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、センス鎖またはセンス領域の
3’末端と5’末端にキャップ(B)およびアンチセンス鎖またはアンチセンス領域の3
’末端にキャップ(B)を含むものである。
また他の実施形態では、式Aを有するsiNA分子は、該二本鎖核酸分子のセンス(上
側の)鎖の5’末端のみにキャップ(B)を含むものである。
一部の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、さらに、ヌクレオチド間に1
つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むものである。一部の特定の実施形
態において、式Aを有するsiNA分子は、第1末端(N)と、該核酸分子のセンス鎖、
アンチセンス鎖、またはセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の3’末端上の隣接ヌクレオチ
ドとの間に1つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むものである。例えば
、該二本鎖核酸分子は、X1および/またはX2=2を含み、ホスホロチオエートヌクレ
オチド間結合を有する突出端ヌクレオチド位置(例えば、(NsN)(式中、「s」はホ
スホロチオエートを示す)を有するものであり得る。
一部の実施形態において、式Aを有するsiNA分子のヌクレオチドの1個以上はユニ
バーサル塩基を有するものである。
一部の特定の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、アンチセンス鎖の5’
末端から14位のヌクレオチドがプリンである場合、該14位にリボヌクレオチドを有す
るものである。他の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、アンチセンス鎖の
5’末端から14位のヌクレオチドがピリミジンヌクレオチドである場合、該14位にリ
ボヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドまたは2’−O−メチル
ヌクレオチドを有するものである。
一部の実施形態において、式Aを有するsiNA分子は、アンチセンス鎖(下側の鎖)
内に、CTNNB1標的ポリヌクレオチド配列(これも、アンチセンス(下側の)鎖Nお
よび[N]ヌクレオチドに対して相補性を有する)内のヌクレオチドに相補的な(N)ヌ
クレオチドを含むものである。
一部の特定の実施形態において、本発明の1つ以上のsiNA分子は、USSN61/
408,428およびUSSN61/408,303(どちらも引用により本明細書に組
み込まれる)に図示および記載された修飾基準に従って修飾される。
本発明のsiNAに適用可能であると上記において論考した上記の任意の修飾、または
その組合せ(引用した参考文献のものを含む)は、本発明のsiNA分子の任意の実施形
態に適用可能である。
C.siNA分子の作製/合成
本発明のsiNAは、当業者に知られたいくつかの手法を用いて得ることができる。例
えば、該siNAは、化学合成され得るものであってもよく、プラスミドにコードされた
ものであってもよい(例えば、ヘアピン型ループを有する二本鎖に自動的にフォールディ
ングする配列として転写される)。また、該siNAは、長鎖dsRNA(例えば、約2
5ヌクレオチド長より大きいdsRNA)を大腸菌RNase IIまたはダイサーによ
って切断することにより作製したものであってもよい。これらの酵素により、dsRNA
はプロセッシングされて生物学的に活性なsiRNAになる(例えば、Yangら,PN
AS USA 99:9942−9947(2002);Calegariら PNAS
USA 99:14236(2002)Byronら Ambion Tech No
tes;10(1):4−6(2009);Kawaskiら,Nucleic Aci
ds Res.,31:981−987(2003),KnightおよびBass,S
cience,293:2269−2271(2001)ならびにRoberstonら
,J.Biol.Chem 243:82(1969)を参照のこと。
1.化学合成
好ましくは、本発明のsiNAは化学合成されたものである。オリゴヌクレオチド(例
えば、一部の特定の修飾オリゴヌクレオチドまたはリボヌクレオチドがないオリゴヌクレ
オチドの一部分)は、例えば、Caruthersら,1992,Methods in
Enzymology 211,3−19、Thompsonら,PCT国際出願公開
第99/54459号、Wincottら,1995,Nucleic Acids R
es.23,2677−2684、Wincottら,1997,Methods Mo
l.Bio.,74,59、Brennanら,1998,Biotechnol Bi
oeng.,61,33−45、およびBrennan,米国特許第6,001,311
号に記載された、当該技術分野で知られたプロトコルを用いて合成される。オリゴヌクレ
オチドの合成では、一般的な核酸用保護基およびカップリング基(5’末端にジメトキシ
トリチル、および3’末端にホスホルアミダイトなど)が利用される。
修飾のないsiNA分子は、Usmanら,1987,J.Am.Chem.Soc,
109,7845;Scaringeら,1990,Nucleic Acids Re
s.,18,5433に記載の手順を用いて合成される。この合成では、一般的な核酸用
保護基およびカップリング基が利用される(5’末端にジメトキシトリチル、および3’
末端にホスホルアミダイトなど、これらは、本発明の一部の特定のsiNA分子に使用さ
れ得る)。
一部の特定の実施形態において、本発明のsiNA分子は、米国特許第6,995,2
59号、同第6,686,463号、同第6,673,918号、同第6,649,75
1号、同第6,989,442号、および米国特許出願第10/190,359号に記載
の方法に従って合成され、脱保護され、解析される。
非限定的な合成の一例において、小規模合成は、394 Applied Biosy
stems,Inc.製の合成装置にて、0.2μmol規模プロトコルを使用し、2’
−O−メチル化ヌクレオチドでは2.5分間のカップリング工程を、2’−デオキシヌク
レオチドまたは2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドでは45秒間のカップリン
グ工程を用いて行われる。表10に、合成サイクルで使用した試薬の量および接触時間の
概略を示す。
あるいはまた、本発明のsiNA分子は、別々に合成し、合成後に、例えば、ライゲー
ションによって(Mooreら,1992,Science 256,9923;Dra
perら,PCT国際出願公開第93/23569号;Shabarovaら,1991
,Nucleic Acids Research 19,4247;Bellonら,
1997,Nucleosides & Nucleotides,16,951;Be
llonら,1997,Bioconjugate Chem.8,204)、あるいは
合成および/または脱保護後にハイブリダイゼーションによって、一緒に連接してもよい
また、本発明の種々のsiNA分子を、Scaringeら,米国特許第5,889,
136号;同第6,008,400号;および同第6,111,086号の教示を用いて
合成することもできる。
2.ベクター発現
あるいはまた、標的CTNNB1分子をコードする遺伝子と相互作用して下方調節する
本発明のsiNA分子を、DNAまたはRNAベクター内に挿入した転写単位(例えば、
Coutureら,1996,TIG.,12,510を参照のこと)から発現させて送
達してもよい。組換えベクターは、DNAプラスミドまたはウイルスベクターであり得る
。siNA発現ウイルスベクターは、限定されないが、アデノ随伴ウイルス、レトロウイ
ルス、アデノウイルス、またはアルファウイルスをベースにして構築され得る。
一部の実施形態では、pol III系構築物を用いて本発明の核酸分子を発現させる
。該siNA分子配列の転写は、真核生物のRNAポリメラーゼI(pol I)、RN
AポリメラーゼII(pol II)、またはRNAポリメラーゼIII(pol II
I)のプロモーターにより駆動させることができる(例えば、Thompson,米国特
許第5,902,880号および同第6,146,886号を参照のこと)。(また、I
zantおよびWeintraub,1985,Science,229,345;Mc
GarryおよびLindquist,1986,Proc.Natl.Acad.Sc
i.,USA 83,399;Scanlonら,1991,Proc.Natl.Ac
ad.Sci.USA,88,10591−5;Kashani−Sabetら,199
2,Antisense Res.Dev.,2,3−15;Dropulicら,19
92,J.Virol.,66,1432−41;Weerasingheら,1991
,J.Virol.,65,5531−4;Ojwangら,1992,Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA,89,10802−6;Chenら,1992,Nu
cleic Acids Res.,20,4581−9;Sarverら,1990
Science,247,1222−1225;Thompsonら,1995,Nuc
leic Acids Res.,23,2259;Goodら,1997,Gene
Therapy,4,45も参照のこと。pol IIまたはpol IIIプロモータ
ーによる転写物は、あらゆる細胞において高レベルで発現される;所与の細胞型における
所与のpol IIプロモーターのレベルは、近くに存在している遺伝子調節配列(エン
ハンサー、サイレンサーなど)の性質に依存する。また、原核生物のRNAポリメラーゼ
プロモーターも使用されるが、原核生物のRNAポリメラーゼ酵素は、適切な細胞におい
て発現させるものとする(Elroy−SteinおよびMoss,1990,Proc
.Natl.Acad.Sci.USA,87,6743−7;GaoおよびHuang
1993,Nucleic Acids Res.,21,2867−72;Lieb
erら,1993,Methods Enzymol,217,47−66;Zhouら
,1990,Mol.Cell.Biol.,10,4529−37)。数名の研究者ら
により、かかるプロモーターにより発現させた核酸分子は、哺乳動物の細胞において機能
を果たし得ることが示されている(例えば、Kashani−Sabetら,1992,
Antisense Res.Dev.,2,3−15;Ojwangら,1992,P
roc.Natl.Acad.Sci.USA,89,10802−6;Chenら,1
992,Nucleic Acids Res.,20,4581−9;Yuら,199
3,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90,6340−4;L’Hui
llierら,1992,EMBO J.,11,4411−8;Lisziewicz
ら,1993,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A,90,8000−
4;Thompsonら,1995,Nucleic Acids Res.,23,2
259;Sullenger & Cech,1993,Science,262,15
66)。より具体的には、U6核内低分子(snRNA)、トランスファーRNA(tR
NA)およびアデノウイルスVA RNAをコードしている遺伝子に由来するものなどの
転写単位が、細胞内に高濃度の所望のRNA分子(siNAなど)を生成させるのに有用
である(Thompsonら,上掲;CoutureおよびStinchcomb,19
96,上掲;Noonbergら,1994,Nucleic Acid Res.,2
2,2830;Noonbergら,米国特許第5,624,803号;Goodら,1
997,Gene Ther.,4,45;Beigelmanら,PCT国際出願公開
第96/18736号。上記のsiNA転写単位は、哺乳動物の細胞内への導入のための
多種多様なベクター内に、例えば限定されないが、プラスミドDNAベクター、ウイルス
DNAベクター(アデノウイルスもしくはアデノ随伴ウイルスベクターなど)、またはウ
イルスRNAベクター(レトロウイルスもしくはアルファウイルスベクターなど)に組み
込まれ得る(概説については、CoutureおよびStinchcomb,1996(
上掲)を参照のこと)。
本発明のsiNA分子を発現させるために使用されるベクターは、siNA二本鎖の一
方または両方の鎖をコードするものであってもよく、自己ハイブリダイズしてsiNA二
本鎖になる単一の自己相補的鎖をコードするものであってもよい。本発明のsiNA分子
をコードしている核酸配列は、該siNA分子の発現を可能にする様式で作動可能に連結
され得る(例えば、Paulら,2002,Nature Biotechnology
,19,505;MiyagishiおよびTaira,2002,Nature Bi
otechnology,19,497;Leeら,2002,Nature Biot
echnology,19,500;ならびにNovinaら,2002,Nature
Medicine,事前にオンライン公開されたdoi:10.1038/nm725
参照)。
D.担体/送達系
本発明のsiNA分子は標的細胞または標的組織に直接添加するか、またはカチオン性
脂質と複合体形成させてもよく、リポソーム内に封入してもよく、該siNA分子を発現
する組換えプラスミドもしくはウイルスベクターとして、あるいは別の様式で送達しても
よい。核酸分子の送達方法は、Akhtarら,1992,Trends Cell B
io.,2,139;Delivery Strategies for Antise
nse Oligonucleotide Therapeutics,Akhtar編
,1995,Maurerら,1999,Mol.Membr.Biol.,16,12
9−140;HoflandおよびHuang,1999,Handb.Exp.Pha
rmacol.,137,165−192;ならびにLeeら,2000,ACS Sy
mp.Ser.,752,184−192に記載されている。Beigelmanらの米
国特許第6,395,713号およびSullivanらのPCT国際公開第94/02
595号には、さらに、核酸分子の一般的な送達方法が記載されている。このようなプロ
トコルは、事実上いずれの核酸分子の送達にも使用することができる。核酸分子は細胞に
、当業者に知られた多種多様な方法によって、例えば限定されないが、リポソーム内への
封入、イオン導入、または他の媒体(生分解性ポリマー、ヒドロゲル、シクロデキストリ
ン(例えば、Gonzalezら,1999,Bioconjugate Chem.,
10,1068−1074;Wangら,PCT国際出願公開第03/47518号およ
び同第03/46185号を参照のこと)、ポリ(乳酸−コ−グリコール酸)(PLGA
)およびPLCAミクロスフィア(例えば、米国特許6,447,796および米国特許
出願公開公報番号US2002130430を参照のこと)、生分解性ナノカプセル、な
らびに生体接着性ミクロスフィアなど)への組込みによって、またはタンパク質性ベクタ
ー(O’HareおよびNormand,PCT国際出願公開第00/53722号)に
よって投与され得る。
一態様において、本発明は、本明細書に記載のsiNA分子を内包する担体系を提供す
る。一部の実施形態において、担体系は、脂質系の担体系、カチオン性脂質、もしくはリ
ポソーム核酸複合体、リポソーム、ミセル、ビロソーム、脂質ナノ粒子またはその混合物
である。他の実施形態では、担体系は、ポリマー系の担体系(カチオン性ポリマー−核酸
複合体など)である。さらなる実施形態では、担体系は、シクロデキストリン系の担体系
(シクロデキストリンポリマー−核酸複合体など)である。さらなる実施形態では、担体
系は、タンパク質系の担体系(カチオン性ペプチド−核酸複合体など)である。好ましく
は、担体系は脂質ナノ粒子(「LNP」)製剤である。
一部の特定の実施形態において、本発明のsiNA分子は、米国特許出願第11/35
3,630号、同第11/586,102号、同第61/189,295号、同第61/
204,878号、同第61/235,476号、同第61/249,807号、同第6
1/298,022号、同第61/351373号、同第61/347640号、同第6
1/345754号、同第61/322054号、同第12/640342号、および同
第12/617079号、ならびにPCT特許出願番号PCT/USl0/020013
およびPCT/US09/053336に記載されているような脂質ナノ粒子組成物を用
いて製剤化される。一部の特定の好ましい実施形態では、本発明のsiNA分子は、カチ
オン性脂質/コレステロール/PEG−C−DMA/DSPCを40/48/2/10の
比で、またはカチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG/DSPCを40/48
/2/10の比で含む脂質ナノ粒子組成物を用いて製剤化される。より一部の特定の実施
形態では、カチオン性脂質がDLinDMA(表12参照)であり、PEGがPEG−D
MGであり、製剤のN/P比が2.8である。より好ましい実施形態において、カチオン
性脂質はDLinDMAである(表11および12参照)。
種々の実施形態において、表11に示した脂質ナノ粒子配合物は、本明細書に記載の任
意のsiNA分子またはsiNA分子の組合せに適用される。一部の実施形態において、
本発明は、配合物LNP−051;LNP−053;LNP−054;LNP−069;
LNP−073;LNP−077;LNP−080;LNP−082;LNP−083;
LNP−060;LNP−061;LNP−086;LNP−097;LNP−098;
LNP−099;LNP−100;LNP−101;LNP−102;LNP−103;
またはLNP−104(表11参照)のいずれかとして製剤化された本発明のsiNA分
子を含む組成物を特色とする。
一部の特定の他の実施形態において、本発明は、米国特許出願第61/189,295
号、同第61/204,878号、同第61/235,476号、同第61/249,8
07号、および同第61/298,022号に記載のカチオン性脂質配合物のいずれかを
用いて製剤化された本発明のsiNA分子を含む組成物を特色とする。
他の実施形態において、本発明は、本発明のsiNA分子のコンジュゲートおよび/ま
たは複合体を特色とする。かかるコンジュゲートおよび/または複合体は、生物学的系内
(細胞など)への該siNA分子の送達を助長するために使用され得る。本発明によって
提供されるコンジュゲートおよび複合体は、細胞膜を通過して治療用化合物を運搬するこ
と、薬物動態特性を改変すること、および/または本発明の核酸分子の局在化をモジュレ
ートすることにより、治療活性を付与し得るものである。かかるコンジュゲートの非限定
的な例は、米国特許出願公開公報番号US2008/0152661A1およびUS20
04/0162260A1(例えば、CDM−LBA、CDM−Pip−LBA、CDM
−PEG、CDM−NAGなど)ならびに米国特許出願第10/427,160号、同第
10/201,394号、同第61/322422号、および同第61/315223号
;ならびに米国特許第6,528,631号;同第6,335,434号;同第6,23
5,886号;同第6,153,737号;同第5,214,136号;および同第5,
138,045号に記載されている。
種々の実施形態において、ポリエチレングリコール(PEG)が本発明のsiNA化合
物に共有結合され得る。結合されるPEGは任意の分子量であり得る(好ましくは約10
0〜約50,000ダルトン(Da))。
また他の実施形態において、本発明は、ポリ(エチレングリコール)脂質(PEG修飾
型もしくは長時間循環性のリポソームまたはステルス(stealth)リポソーム)と
本発明のsiNA分子とを内包している表面修飾されたリポソームを含む組成物または製
剤を特色とする(例えば、PCT国際出願公開第96/10391号;Ansellら,
PCT国際出願公開第96/10390号;Hollandら,PCT国際出願公開第9
6/10392号に開示されているようなもの)。
また、一部の実施形態では、本発明のsiNA分子は、ポリエチレンイミンおよびその
誘導体、例えば、ポリエチレンイミン−ポリエチレングリコール−N−アセチルガラクト
サミン(PEI−PEG−GAL)またはポリエチレンイミン−ポリエチレングリコール
−トリ−N−アセチルガラクトサミン(PEI−PEG−triGAL)誘導体などを用
いて製剤化または複合体形成され得る。一実施形態において、本発明の核酸分子は、米国
特許出願公開公報番号20030077829に記載のようにして製剤化される。
他の実施形態では、本発明のsiNA分子を、膜破壊剤(米国特許出願公開公報第20
010007666号に記載のものなど)と複合体形成させる。また、さらに他の実施形
態では、膜破壊剤(1種類または複数種)と該siNA分子を、カチオン性脂質またはヘ
ルパー脂質分子(米国特許第6,235,310号に記載の脂質など)と複合体形成させ
る。
一部の特定の実施形態において、本発明のsiNA分子は、米国特許出願公開公報第2
003077829号;同第20050287551号;同第20050164220号
;同第20050191627号;同第20050118594号;同第2005015
3919号;同第20050085486号;および同第20030158133号;な
らびにPCT国際出願公開第00/03683号および同第02/087541号に記載
のような送達系と複合体形成させる。
一部の実施形態において、本発明のリポソーム製剤は、米国特許第6,858,224
号;同第6,534,484号;同第6,287,591号;同第6,835,395号
;同第6,586,410号;同第6,858,225号;同第6,815,432号;
同第6,586,001号;同第6,120,798号;同第6,977,223号;同
第6,998,115号;同第5,981,501号;同第5,976,567号;同第
5,705,385号;ならびに米国特許出願公開公報第2006/0019912号;
同第2006/0019258号;同第2006/0008909号;同第2005/0
255153号;同第2005/0079212号;同第2005/0008689号;
同第2003/0077829号、同第2005/0064595号、同第2005/0
175682号、同第2005/0118253号;同第2004/0071654号;
同第2005/0244504号;同第2005/0265961および2003/00
77829に記載された化合物および組成物と製剤化または複合体形成させた本発明のs
iNA分子(例えば、siNA)を含む。
あるいはまた、本発明のsiRNAを発現する上記に論考したような組換えプラスミド
およびウイルスベクターを、本発明の分子の送達に使用してもよい。siNA分子発現ベ
クターの送達は、全身性(静脈内もしくは筋肉内投与など)によるもの、被検体から取り
出された標的細胞に投与した後、該被検体に再導入することによるもの、または所望の標
的細胞への導入が可能であり得る任意の他の手段によるものであり得る(概説については
、Coutureら,1996,TIG.,12、510を参照のこと)。また、かかる
組換えプラスミドは、直接投与してもよく、適当な送達試薬とともに、例えば、Miru
s Transit LT1親油性試薬;リポフェクチン;リポフェクタミン;セルフェ
クチン;ポリカチオン(例えば、ポリリジン)またはリポソーム脂質系の担体系、カチオ
ン性脂質、もしくはリポソーム核酸複合体、ミセル、ビロソーム、脂質ナノ粒子などとと
もに投与してもよい。
E.キット
また、本発明は、核酸をキットの形態で提供する。キットには容器が含まれ得る。キッ
トには、典型的には、本発明の核酸を、その投与のための使用説明書とともに含む。一部
の特定の場合では、該核酸は、標的化部分が結合されたものであり得る。標的化部分(例
えば、抗体、タンパク質)を結合させる方法は、当業者に知られている。一部の特定の場
合では、該核酸は化学修飾されている。他の実施形態では、キットに、1種類より多くの
本発明のsiNA分子を含む。キットには、本発明のsiNA分子を薬学的に許容され得
る担体または希釈剤とともに含めてもよい。キットに、さらに賦形剤を含めてもよい。
F.治療的使用/医薬組成物
現在のCTNNB1の研究における一連の知見により、CTNNB1活性をアッセイす
るための方法の必要性、および研究、診断および治療での使用のためのCTNNB1発現
を調節することができる化合物の必要性が示されている。後述するように、本発明の核酸
分子は、アッセイにおいて、CTNNB1レベルと関連している疾患状態を診断するため
に使用され得る。また、該核酸分子および医薬組成物は、CTNNB1 RNAレベルと
関連している疾患状態を処置するために使用され得る。
1.CTNNB1と関連している疾患状態
CTNNB1発現のモジュレーションと関連したものであり得る具体的な疾患状態とし
ては、充実性腫瘍などの種々の癌が挙げられる。かかる癌の非限定的な例としては:胆管
癌、膀胱癌、移行上皮癌、尿路上皮癌、骨肉腫、脳の癌、グリオーム、星状細胞腫、乳癌
、化生性癌、子宮頚がん、子宮頸部扁平上皮癌、直腸癌、結腸直腸癌、結腸癌、遺伝性非
ポリポーシス性結腸直腸癌、結腸直腸腺癌、消化管間質腫瘍(GIST)、子宮内膜癌、
子宮内膜間質肉腫、食道癌、食道扁平上皮癌、食道腺癌、眼内黒色腫、ブドウ膜黒色腫、
胆嚢癌、胆嚢腺癌、腎細胞癌、明細胞腎細胞癌、移行上皮癌、尿路上皮癌、ウィルムス腫
瘍、白血病、急性リンパ球性(lymocytic)白血病(ALL)、急性骨髄性白血
病(AML)、慢性リンパ球性(CLL)、慢性骨髄性(CML)、慢性骨髄単球性(C
MML)、肝臓癌、肝臓癌、ヘパトーマ、肝細胞癌、胆管癌、胚芽腫、肺がん、非小細胞
肺がん(NSCLC)、中皮腫、B細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、びまん性大細胞
型B細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、T細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、前駆
Tリンパ芽球性リンパ腫/白血病、末梢T細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、鼻咽腔癌(NP
C)、神経芽腫、口腔咽頭癌、口腔扁平上皮癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、膵管腺癌、偽
乳頭状(pseudopapillary)新生物、腺房細胞癌、前立腺癌、前立腺腺癌
、皮膚癌、黒色腫、悪性黒色腫、皮膚黒色腫、小腸の癌、胃癌、胃癌、消化管間質腫瘍(
GIST)、子宮癌、および子宮肉腫が挙げられる。
本発明のsiNA分子が標的CTNNB1 mRNAを分解(したがって、上記の疾患
を抑止)し得るものであることは理解されよう。疾患の抑止は、被検体において疾患の進
行を直接測定することにより評価することができる。また、該疾患と関連している病状の
変化または逆転を観察することにより推断してもよい。さらに、本発明のsiNA分子を
予防法として使用してもよい。したがって、本発明の核酸分子および医薬組成物の使用は
、CTNNB1遺伝子発現の調節と関連しているこれらおよび他の疾患を改善、処置、予
防および/または治癒するために使用され得る。
2.医薬組成物
本発明のsiNA分子により、多種多様な治療的、予防的、美容的、獣医学的、診断的
、標的確認、ゲノム知得、遺伝子操作、および薬理ゲノミクス適用用途に有用な試薬およ
び方法が提供される。
a.製剤
したがって、本発明はまた、一態様において、記載のsiNA分子の医薬組成物、すな
わち、薬学的に許容され得る担体または希釈剤中の組成物を提供する。このような医薬組
成物は、上記の化合物の塩、エステル、またはかかるエステルの塩、例えば、酸付加塩、
例えば、塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、酢酸およびベンゼンスルホン酸の塩を含むも
のである。他の塩としては、例えば、ナトリウム、カリウム、マンガン、アンモニウムお
よびカルシウムの塩が挙げられる。このような製剤または組成物には、当該技術分野で一
般的に知られた薬学的に許容され得る担体または希釈剤が含まれ得る。
一実施形態において、本発明は、配列番号:5の少なくとも15個のヌクレオチドの配
列を含むsiNA分子を含む医薬組成物を特色とする。別の実施形態では、本発明は、配
列番号:4918の少なくとも15個のヌクレオチドの配列を含むsiNA分子を含む医
薬組成物を特色とする。また別の実施形態では、本発明は、配列番号:194の少なくと
も15個のヌクレオチドの配列を含むsiNA分子を含む医薬組成物を特色とする。さら
に別の実施形態では、本発明は、配列番号:5107の少なくとも15個のヌクレオチド
の配列を含むsiNA分子を含む医薬組成物を特色とする。別の実施形態では、本発明は
、配列番号:196の少なくとも15個のヌクレオチドの配列を含むsiNA分子を含む
医薬組成物を特色とする。別の実施形態では、本発明は、配列番号:5109の少なくと
も15個のヌクレオチドの配列を含むsiNA分子を含む医薬組成物を特色とする。別の
実施形態では、本発明は、配列番号:151の少なくとも15個のヌクレオチドの配列を
含むsiNA分子を含む医薬組成物を特色とする。また別の実施形態では、本発明は、配
列番号:5064の少なくとも15個のヌクレオチドの配列を含むsiNA分子を含む医
薬組成物を特色とする。さらに別の実施形態では、本発明は、式(A)を含むsiNA分
子を含む医薬組成物を特色とする。
本発明のsiNA分子は、好ましくは、被検体に投与する前に、当該技術分野で知られ
た手法に従って医薬組成物として製剤化される。本発明の医薬組成物は、少なくとも滅菌
されており、パイロジェンフリーであることを特徴とする。本発明の医薬組成物の調製方
法は、当該技術分野の技能の範囲内であり、例えば、Remington’s Phar
maceutical Science,第17版,Mack Publishing
Company,Easton,Pa.(1985)に記載されている。
一部の実施形態において、本発明の医薬組成物(例えば、siNAおよび/またはその
LNP製剤)は、さらに、慣用的な医薬用賦形剤および/または添加剤を含む。好適な医
薬用賦形剤としては、保存料、フレーバー剤、安定剤、酸化防止剤、オスモル濃度調整剤
、バッファー、およびpH調整剤が挙げられる。好適な添加剤としては、生理学的に生体
適合性のバッファー(例えば、塩酸トリメチルアミン)、キレート剤(例えば、DTPA
もしくはDTPA−ビスアミドなど)またはカルシウムキレート錯体(例えば、カルシウ
ムDTPA、CaNaDTPA−ビスアミドなど)の添加が挙げられ、あるいは、カルシ
ウムもしくはナトリウム塩(例えば、塩化カルシウム、アスコルビン酸カルシウム、グル
コン酸カルシウムもしくは乳酸カルシウム)を添加してもよい。また、酸化防止剤および
懸濁化剤を使用してもよい。
局所投与のための製剤の種々の型の非限定的な例としては、軟膏、ローション剤、クリ
ーム剤、ゲル剤、フォーム剤、経皮パッチによる送達のための調製物、粉末剤、スプレー
剤、エアロゾル剤、カプセル剤または吸入器もしくは吹送器での使用のためのカートリッ
ジ剤または滴剤(例えば、点眼薬または点鼻薬)、噴霧化される液剤/懸濁剤、坐薬、膣
坐薬、貯留注腸剤およびチュアブル錠もしくはサッカブル錠もしくはペレット剤(例えば
、アフタ性潰瘍の処置用)またはリポソームもしくはマイクロカプセル封入調製物が挙げ
られる。
軟膏、クリーム剤およびゲル剤は、例えば、水性または油性の基剤を用い、適当な増粘
剤および/またはゲル化剤および/または溶媒の添加を伴って製剤化され得る。したがっ
て、かかる基剤の非限定的な例としては、例えば、水および/または油類、例えば、液状
パラフィンあるいは植物油(ラッカセイ油もしくはヒマシ油など)、または溶媒(ポリエ
チレングリコールなど)が挙げられ得る。基剤の性質に応じて、種々の増粘剤およびゲル
化剤が使用され得る。かかる薬剤の非限定的な例としては、軟質パラフィン、ステアリン
酸アルミニウム、セトステアリルアルコール、ポリエチレングリコール、羊毛脂、蜜蝋、
カルボキシポリメチレンおよびセルロース誘導体および/またはグリセリルモノステアレ
ートおよび/または非イオン性乳化剤が挙げられる。
一実施形態において、ローション剤は、水性または油性基剤を用いて製剤化され得、ま
た、一般的に1種類以上の乳化剤、安定化剤、分散化剤、懸濁化剤または増粘剤が含まれ
る。
一実施形態において、外用粉末剤は、任意の適当な粉末基剤、例えば、タルク、ラクト
ースまたはデンプンの補助を伴って形成され得る。滴剤は、水性または非水性の基剤を用
いて製剤化され得、また、1種類以上の分散化剤、可溶化剤、懸濁化剤または保存料が含
まれる。
経口使用が意図される組成物は、医薬組成物の製造のための当該技術分野で知られた任
意の方法に従って調製され得、かかる組成物に、医薬品として洗練された口当たりのよい
調製物を得るために甘味剤、フレーバー剤、着色剤または保存剤などの1種類以上を含有
させてもよい。錠剤は、活性成分を、錠剤の製造に適した無毒性の薬学的に許容され得る
賦形剤と混合された状態で含む。このような賦形剤は、例えば、不活性な希釈剤;炭酸カ
ルシウム、炭酸ナトリウム、ラクトース、リン酸カルシウムまたはリン酸ナトリウムなど
;造粒剤および崩壊剤、例えば、コーンスターチ、またはアルギン酸;結合剤、例えば、
デンプン、ゼラチンまたはアカシア;ならびに滑沢剤、例えば、ステアリン酸マグネシウ
ム、ステアリン酸またはタルクであり得る。錠剤は、コーティングされていなくてもよく
、既知の手法によってコーティングされていてもよい。一部の場合では、かかるコーティ
ングは、胃腸管内での崩壊と吸収を遅延させ、それにより長期間にわたって持続作用をも
たらすための既知の手法によって調製され得る。例えば、グリセリルモノステアレート(
monosterate)またはグリセリルジステアレートなどの時間遅延物質が使用さ
れ得る。
また、経口使用のための製剤は、活性成分を不活性な固形希釈剤(例えば、炭酸カルシ
ウム、リン酸カルシウムまたはカオリン)と混合した硬質ゼラチンカプセル剤として、あ
るいは活性成分を水または油性媒体(例えば、ピーナッツ油、液状パラフィンもしくはオ
リーブ油と混合した軟質ゼラチンカプセル剤)として提示され得る。
水性懸濁剤は、活性物質を、水性懸濁剤の製造に適した賦形剤との混合物の状態で含む
。かかる賦形剤は、懸濁化剤、例えば、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、メチル
セルロース、ヒドロプロピルメチルセルロース、アルギン酸ナトリウム、ポリビニルピロ
リドン、トラガントゴムおよびアカシアゴムである;分散化剤または湿潤剤は、天然に存
在するホスファチド、例えば、レシチン、あるいはアルキレンオキシドと脂肪酸との縮合
生成物(例えば、ポリオキシエチレンステアレート);またはエチレンオキシドと長鎖脂
肪族アルコールとの縮合生成物(例えば、ヘプタデカエチレンオキシセタノール)、また
はエチレンオキシドと脂肪酸およびヘキシトールから得られる部分エステルとの縮合生成
物(ポリオキシエチレンソルビトールモノオレエートなど)、またはエチレンオキシドと
、脂肪酸およびヘキシトール無水物から得られる部分エステルとの縮合生成物(例えば、
ポリエチレンソルビタンモノオレエート)であり得る。また、水性懸濁剤には、1種類以
上の保存料(例えば、p−ヒドロキシ安息香酸エチルまたはn−プロピル)、1種類以上
の着色剤、1種類以上のフレーバー剤、および1種類以上の甘味剤(スクロースまたはサ
ッカリンなど)が含有され得る。
油性懸濁剤は、活性成分を、植物油(例えば、ラッカセイ油、オリーブ油、ゴマ油もし
くはココナッツ油)、または鉱油(液状パラフィンなど)に懸濁させることにより製剤化
され得る。油性懸濁剤には、増粘剤、例えば、蜜蝋、硬質パラフィンまたはセチルアルコ
ールが含有され得る。甘味剤およびフレーバー剤は、口当たりのよい経口調製物を得るた
めに添加され得る。このような組成物は、アスコルビン酸などの酸化防止剤の添加によっ
て保存され得る。
また、本発明の医薬組成物は水中油型の乳剤の形態であってもよい。油相は、植物油ま
たは鉱油またはこれらの混合物であり得る。好適な乳化剤は、天然に存在するゴム(例え
ば、アカシアゴムまたはトラガントゴム)、天然に存在するホスファチド、例えば、ダイ
ズ、レシチン、および脂肪酸およびヘキシトール無水物から得られるエステルまたは部分
エステル、例えば、ソルビタンモノオレエート、ならびに前記部分エステルとエチレンオ
キシドとの縮合生成物(例えば、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート)であり
得る。また、乳剤に甘味剤およびフレーバー剤を含有させてもよい。
シロップ剤およびエリキシル剤は、甘味剤、例えば、グリセロール、プロピレングリコ
ール、ソルビトール、グルコースまたはスクロースを用いて製剤化され得る。また、かか
る製剤には、粘滑剤、保存料およびフレーバー剤および着色剤も含有され得る。医薬組成
物は、滅菌された注射用の水性または油性懸濁剤の形態であってもよい。この懸濁剤は、
既知の技術に従い、上記に示した適当な分散化剤または湿潤剤および懸濁化剤を用いて製
剤化され得る。また、滅菌された注射用調製物は、無毒性の非経口に(parental
ly)許容され得る希釈剤または溶媒中の滅菌された注射用の液剤または懸濁剤(例えば
、1,3−ブタンジオール中の液剤)であり得る。中でも、使用可能な許容され得るビヒ
クルおよび溶媒は、水、リンゲル液および等張性塩化ナトリウム溶液である。また、滅菌
された固定油も、溶媒または懸濁媒体として慣用的に使用されている。この目的には、任
意の無刺激性固定油(例えば、合成のモノ−またはジグリセリド)が使用され得る。また
、オレイン酸などの脂肪酸は、注射用剤の調製に有用性が見い出されている。
また、本発明の核酸分子は、例えば、薬物の経直腸投与のための坐薬の形態で投与され
得る。このような組成物は、薬物を適当な非刺激性賦形剤と混合することにより調製され
得、該賦形剤は、通常の温度では固体であるが直腸温度では液状となり、したがって、直
腸内で融解して薬物を放出するものである。かかる物質としては、ココアバターおよびポ
リエチレングリコールが挙げられる。
本発明の核酸分子は、滅菌された媒体にて非経口投与してもよい。薬物は、使用される
ビヒクルおよび濃度に応じてビヒクル中に懸濁させるか、または溶解させるかのいずれか
であり得る。好都合には、局所麻酔薬、保存料および緩衝剤などの佐剤をビヒクル中に溶
解させるのがよい。
他の実施形態において、肺経由送達における使用のための本明細書において提供するs
iNAならびにLNP組成物および製剤は、さらに、1種類以上の界面活性剤を含む。本
発明の組成物の取込みを向上させるための好適な界面活性剤または界面活性剤成分として
は、とりわけ、合成および天然の、ならびに完全体および切断型の界面活性体プロテイン
A、界面活性体プロテインB、界面活性体プロテインC、界面活性体プロテインDならび
に界面活性体プロテインE、ジ−飽和ホスファチジルコリン(ジパルミトイル以外)、ジ
パルミトイルホスファチジルコリン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルグリセロー
ル、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセ
リン;ホスファチジン酸、ユビキノン、リゾホスファチジルエタノールアミン、リゾホス
ファチジルコリン、パルミトイル−リゾホスファチジルコリン、デヒドロエピアンドロス
テロン、ドリコール、スルファチジン(sulfatidic)酸、グリセロール−3−
ホスフェート、ジヒドロキシアセトンリン酸、グリセロール、グリセロ−3−ホスホコリ
ン、ジヒドロキシアセトン、パルミテート、シチジン二リン酸(CDP)ジアシルグリセ
ロール、CDPコリン、コリン、コリンリン酸;ならびに界面活性剤成分の天然担体ビヒ
クルである天然および人工の層状体、ω−3脂肪酸、ポリエン酸、ポリエノン酸、レシチ
ン、パルミチン酸、エチレンまたはプロピレンオキシド、ポリオキシプロピレン、モノマ
ー型およびポリマー型のポリオキシエチレン、モノマー型およびポリマー型のポリ(ビニ
ルアミン)と、デキストランおよび/またはアルカノイル側鎖との非イオン性ブロックコ
ポリマー、Brij 35、Triton X−100ならびに合成界面活性剤ALEC
、Exosurf、SurvanおよびAtovaquoneが挙げられる。このような
界面活性剤は、製剤中で単独で、もしくは多成分界面活性剤の一部として、本明細書の医
薬組成物中の核酸成分の5’末端および/または3’末端に共有結合された付加物として
のいずれかで使用され得る。
b.併用
本発明によるsiNAおよび医薬製剤は、被検体に単独で投与してもよく、1種類以上
の他の治療用薬剤(例えば、抗がん剤)と併用して使用してもよく、該他の治療用薬剤を
含めてもよい。したがって、本開示の化合物と他の抗がん剤または化学療法剤との併用は
本発明の範囲に含まれる。かかる薬剤の例は、Cancer Principles a
nd Practice of Oncology by V.T.Devita an
d S.Hellman(編集者),第6版(2001年2月15日),Lippinc
ott Williams & Wilkins Publishersを見るとよい。
当業者には、どの薬剤の組合せが有用であり得るかが、関与する具体的な薬物および癌の
特性に基づいて認識され得よう。かかる抗がん剤としては、限定されないが、以下のもの
:エストロゲン受容体モジュレータ、アンドロゲン受容体モジュレータ、レチノイド受容
体モジュレータ、細胞傷害剤/細胞増殖抑制薬、抗増殖剤、プレニル−タンパク質トラン
スフェラーゼ阻害薬、HMG−CoAレダクターゼ阻害薬および他の血管新生阻害薬、細
胞の増殖および生存のシグナル伝達の阻害薬、アポトーシス誘導剤ならびに細胞周期のチ
ェックポイントに干渉する薬剤が挙げられる。また、本発明のsiNAは、HCCの処置
に使用される任意の治療用薬剤(例えば限定されないが、ソラフェニブ)との併用にも有
用である。本発明の化合物は、放射線療法剤と共投与される場合に特に有用である。
さらなる実施形態において、したがって、本発明は、本発明のsiNA分子(例えば限
定されないが、配列番号:5、配列番号:4918、配列番号:194、配列番号:51
07、配列番号:196、配列番号:5109、配列番号:151、もしくは配列番号:
5064の少なくとも15個のヌクレオチドの配列;または式(A)を含むsiNA分子
など)あるいはその薬学的に許容され得る塩、溶媒和物もしくは生理学的に機能性の誘導
体を、1種類以上の抗がん剤または化学療法剤と一緒に含む併用を提供する。
一部の特定の実施形態において、本発明のsiNA分子は、既知の抗がん剤、例えば以
下のもの:エストロゲン受容体モジュレータ、アンドロゲン受容体モジュレータ、レチノ
イド受容体モジュレータ、細胞傷害剤、抗増殖剤、プレニル−タンパク質トランスフェラ
ーゼ阻害薬、HMG−CoAレダクターゼ阻害薬、HIVプロテアーゼ阻害薬、逆転写酵
素阻害薬、および他の血管新生阻害薬との併用にも有用である。
本発明の化合物と併用して使用され得るエストロゲン受容体モジュレータの例としては
、限定されないが、タモキシフェン、ラロキシフェン、イドキシフェン、LY35338
1、LY117081、トレミフェン、フルベストラント、4−[7−(2,2−ジメチ
ル−1−オキソプロポキシ−4−メチル−2−[4−[2−(1−ピペリジニル)エトキ
シ]フェニル]−2H−1−ベンゾピラン−3−イル]−フェニル−2,2−ジメチルプ
ロパノエート、4,4’−ジヒドロキシベンゾフェノン−2,4−ジニトロフェニル−ヒ
ドラゾン、およびSH646が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得るアンドロゲン受容体モジュレータの例としては
、限定されないが、フィナステリドおよび他の5α−レダクターゼ阻害薬、ニルタミド、
フルタミド、ビカルタミド、リアロゾール、および酢酸アビラテロンが挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得るかかるレチノイド受容体モジュレータの例とし
ては、限定されないが、ベキサロテン、トレチノイン、13−シス−レチノイン酸、9−
シス−レチノイン酸、α−ジフルオロメチルオルニチン、ILX23−7553、トラン
ス−N−(4’−ヒドロキシフェニル)レチンアミド、およびN−4−カルボキシフェニ
ルレチンアミドが挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得る細胞傷害剤の例としては、限定されないが、セ
ルテネフ、カケクチン、イホスファミド、タソネルミン、ロニダミン、カルボプラチン、
アルトレタミン、プレドニムスチン、ジブロモダルシトール、ラニムスチン、ホテムスチ
ン、ネダプラチン、オキサリプラチン、テモゾロミド、ヘプタプラチン、エストラムスチ
ン、トシル酸インプロスルファン、トロホスファミド、ニムスチン、塩化ジブロスピジウ
ム、プミテパ、ロバプラチン、サトラプラチン、プロフィロマイシン、シスプラチン、イ
ロフルベン、デキシホスファミド、シス−アミンジクロロ(2−メチル−ピリジン)白金
、ベンジルグアニン、グルホスファミド、GPX100、(トランス,トランス,トラン
ス)−ビス−μ−(ヘキサン−1,6−ジアミン)−μ−[ジアミン−白金(II)]ビ
ス[ジアミン(クロロ)白金(II)]テトラクロリド、ジアリジジニルスペルミン、三
酸化ヒ素、1−(11−ドデシルアミノ−10−ヒドロキシウンデシル)−3,7−ジメ
チルキサンチン、ゾルビシン、イダルビシン、ダウノルビシン、ビサントレン、ミトザン
トロン、ピラルビシン、ピナフィド、バルルビシン、アムルビシン、アンチネオプラスト
ン、3’−デアミノ−3’−モルホリノ−13−デオキソ−10−ヒドロキシカルミノマ
イシン、アンナマイシン、ガラルビシン、エリナフィド、MEN10755、および4−
デメトキシ−3−デアミノ−3−アジリジニル−4−メチルスルホニル−ダウノルビシン
(国際公開第00/50032号参照)が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得る低酸素活性化性化合物の一例はチラパザミンで
ある。
本発明の化合物と併用して使用され得るプロテアソーム阻害薬の例としては、限定され
ないが、ラクタシスチンおよびボルテゾミブが挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得る微小管阻害薬/微小管安定化剤の例としては、
限定されないが、パクリタキセル、硫酸ビンデシン、3’,4’−ジデヒドロ−4’−デ
オキシ−8’−ノルビンカロイコブラスチン、ドセタキセル、リゾキシン、ドラスタチン
、イセチオン酸ミボブリン、アウリスタチン、セマドチン、RPR109881、BMS
184476、ビンフルニン、クリプトフィシン、2,3,4,5,6−ペンタフルオロ
−N−(3−フルオロ−4−メトキシフェニル)ベンゼンスルホンアミド、アンヒドロビ
ンブラスチン、N,N−ジメチル−L−バリル−L−バリル−N−メチル−L−バリル−
L−プロリル−L−プロリン−t−ブチルアミド、TDX258、エポチロン(例えば、
米国特許第6,284,781号および同第6,288,237号参照)ならびにBMS
188797が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得るトポイソメラーゼ阻害薬の一例としては、限定
されないが、トポテカン、ヒカプトアミン(hycaptamine)、イリノテカン、
ルビテカン、6−エトキシプロピオニル−3’,4’−O−エキソ(exo)−ベンジリ
デン−シャールトルーシン、9−メトキシ−N,N−ジメチル−5−ニトロピラゾロ[3
,4,5−kl]アクリジン−2−(6H)プロパンアミン、1−アミノ−9−エチル−
5−フルオロ−2,3−ジヒドロ−9−ヒドロキシ−4−メチル−1H,12H−ベンゾ
[デ]ピラノ[3’,4’:b,7]−インドリジノ[1,2b]キノリン−10,13
(9H,15H)ジオン、ラルトテカン、7−[2−(N−イソプロピルアミノ)エチル
]−(20S)カンプトテシン、BNP1350、BNPI1100、BN80915、
BN80942、リン酸エトポシド、テニポシド、ソブゾキサン、2’−ジメチルアミノ
−2’−デオキシ−エトポシド、GL331、N−[2−(ジメチルアミノ)エチル]−
9−ヒドロキシ−5,6−ジメチル−6H−ピリド[4,3−b]カルバゾール−1−カ
ルボキサミド、アスラクリン、(5a,5aB,8aa,9b)−9−[2−[N−[2
−(ジメチルアミノ)エチル]−N−メチルアミノ]エチル]−5−[4−ヒドロオキシ
−3,5−ジメトキシフェニル]−5,5a,6,8,8a,9−ヘキソヒドロフロ(3
’,4’:6,7)ナフト(2,3−d)−1,3−ジオキソル−6−オン、2,3−(
メチレンジオキシ)−5−メチル−7−ヒドロキシ−8−メトキシベンゾ[c]−フェナ
ントリジニウム、6,9−ビス[(2−アミノエチル)アミノ]ベンゾ[g]イソギノリ
ン(guinoline)−5,10−ジオン、5−(3−アミノプロピルアミノ)−7
,10−ジヒドロキシ−2−(2−ヒドロキシエチルアミノメチル)−6H−ピラゾロ[
4,5,1−デ]アクリジン−6−オン、N−[1−[2(ジエチルアミノ)エチルアミ
ノ]−7−メトキシ−9−オキソ−9H−チオキサンテン−4−イルメチル]ホルムアミ
ド、N−(2−(ジメチルアミノ)エチル)アクリジン−4−カルボキサミド、6−[[
2−(ジメチルアミノ)エチル]アミノ]−3−ヒドロキシ−7H−インデノ[2,1−
c]キノリン−7−オン、およびディメスナが挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得る有糸分裂キネシンの阻害薬、特にヒト有糸分裂
キネシンKSPの例としては、限定されないが、PCT公開公報第01/30768号、
同第01/98278号、同第03/050,064号、同第03/050,122号、
同第03/049,527号、同第03/049,679号、同第03/049,678
号、同第04/039774号、同第03/079973号、同第03/099211号
、同第03/105855号、同第03/106417号、同第04/037171号、
同第04/058148号、同第04/058700号、同第04/126699号、同
第05/018638号、同第05/019206号、同第05/019205号、同第
05/018547号、同第05/017190号、米国特許出願公開第2005/01
76776号に記載の阻害薬が挙げられる。一実施形態において、有糸分裂キネシンの阻
害薬としては、限定されないが、KSPの阻害薬、MKLP1の阻害薬、CENP−Eの
阻害薬、MCAKの阻害薬、Kifl4の阻害薬、Mphosphlの阻害薬およびRa
b6−KIFLの阻害薬が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得る「ヒストンデアセチラーゼ阻害薬」の例として
は、限定されないが、TSA、オキサムフラチン、PXD101、MG98、バルプロ酸
およびスクリプタイドが挙げられる。他のヒストンデアセチラーゼ阻害薬に対するさらな
る参考文献は、下記の論文;Miller,T.A.ら J.Med.Chem.46(
24):5097−5116(2003)を見るとよい。
本発明の化合物と併用して使用され得る有糸分裂の進行に関与しているキナーゼの阻害
薬の例としては、限定されないが、オーロラキナーゼの阻害薬、Polo様キナーゼ(P
LK)の阻害薬(特に、PLK−1の阻害薬)、bub−1の阻害薬およびbub−R1
の阻害薬が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得る抗増殖剤の例としては、限定されないが、アン
チセンスRNAおよびDNAオリゴヌクレオチド(G3139、ODN698、RVAS
KRAS、GEM231、およびINX3001など)、ならびに代謝拮抗薬(エノシタ
ビン、カルモフール、テガフール、ペントスタチン、ドキシフルリジン、トリメトレキサ
ート、フルダラビン、カペシタビン、ガロシタビン、シタラビンオクホスファート、ホス
テアビン(fosteabine)ナトリウム水和物、ラルチトレキセド、パルチトレキ
シド、エミテフール、チアゾフリン、デシタビン、ノラトレキセド、ペメトレキセド、ネ
ルザラビン、2’−デオキシ−2’−メチリデンシチジン、2’−フルオロメチレン−2
’−デオキシシチジン、N−[5−(2,3−ジヒドロ−ベンゾフリル)スルホニル]−
N’−(3,4−ジクロロフェニル)尿素、N6−[4−デオキシ−4−[N2−[2(
E),4(E)−テトラデカジエノイル]グリシルアミノ]−L−グリセロ−B−L−マ
ンノ−ヘプトピラノシル]アデニン、アプリジン、エクテイナシジン、トロキサシタビン
、4−[2−アミノ−4−オキソ−4,6,7,8−テトラヒドロ−3H−ピリミジノ[
5,4−b][1,4]チアジン−6−イル−(S)−エチル]−2,5−チエノイル−
L−グルタミン酸、アミノプテリン、5−フルオロウラシル、アラノシン、11−アセチ
ル−8−(カルバモイルオキシメチル)−4−ホルミル−6−メトキシ−14−オキサ−
1,11−ジアザテトラシクロ(7.4.1.0.0)−テトラデカ−2,4,6−トリ
エン−9−イル酢酸エステル、スワインソニン、ロメトレキソール、デクスラゾキサン、
メチオニナーゼ、2’−シアノ−2’−デオキシ−N4−パリミトイル−1−B−D−ア
ラビノフラノシルシトシンおよび3−アミノピリジン−2−カルボキサルデヒドチオセミ
カルバゾンなど)が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得るモノクローナル抗体ターゲテッド治療用薬剤の
例としては、がん細胞特異的または標的細胞特異的モノクローナル抗体に結合させた細胞
傷害剤または放射性同位体を有する治療用薬剤(例えば、Bexxarなど)が挙げられ
る。
本発明の化合物と併用して使用され得る(that may be used tha
t can be used)HMG−CoAレダクターゼ阻害薬の例としては、限定さ
れないが、ロバスタチン(MEVACOR(登録商標);米国特許第4,231,938
号、同第4,294,926号および同第4,319,039号参照)、シムバスタチン
(ZOCOR(登録商標);米国特許第4,444,784号、同第4,820,850
号および同第4,916,239号参照)、pravaスタチン(PRAVACHOL(
登録商標);米国特許第4,346,227号、同第4,537,859号、同第4,4
10,629号、同第5,030,447号および同第5,180,589号参照)、フ
ルバスタチン(LESCOL(登録商標);米国特許第5,354,772号、同第4,
911,165号、同第4,929,437号、同第5,189,164号、同第5,1
18,853号、同第5,290,946号および同第5,356,896号参照)なら
びにアトルバスタチン(LIPITOR(登録商標);米国特許第5,273,995号
、同第4,681,893号、同第5,489,691号および同第5,342,952
号参照)が挙げられる。本発明の方法に使用され得るこれらおよびさらなるHMG−Co
Aレダクターゼ阻害薬の構造式M.Yalpani,「Cholesterol Low
ering Drugs」,Chemistry & Industry,pp.85−
89(1996年2月5日)の第87頁ならびに米国特許第4,782,084号および
同第4,885,314号に記載されている。
本発明の化合物と併用して使用され得るプレニル−タンパク質トランスフェラーゼ阻害
薬の例としては、限定されないが、以下の刊行物および特許:国際公開第96/3034
3号、同第97/18813号、同第97/21701号、同第97/23478号、同
第97/38665号、同第98/28980号、同第98/29119号、同第95/
32987号、米国特許第5,420,245号、同第5,523,430号、同第5,
532,359号、同第5,510,510号、同第5,589,485号、同第5,6
02,098号、欧州特許公開第0618221号、同第0675112号、同第060
4181号、同第0696593号、国際公開第94/19357号、同第95/085
42号、同第95/11917号、同第95/12612号、同第95/12572号、
同第95/10514号、米国特許第5,661,152号、国際公開第95/1051
5号、同第95/10516号、同第95/24612号、同第95/34535号、同
第95/25086号、同第96/05529号、同第96/06138号、同第96/
06193号、同第96/16443号、同第96/21701号、同第96/2145
6号、同第96/22278号、同第96/24611号、同第96/24612号、同
第96/05168号、同第96/05169号、同第96/00736号、米国特許第
5,571,792号、国際公開第96/17861号、同第96/33159号、同第
96/34850、同第96/34851号、同第96/30017号、同第96/30
018号、同第96/30362号、同第96/30363号、同第96/31111号
、同第96/31477号、同第96/31478号、同第96/31501号、同第9
7/00252号、同第97/03047号、同第97/03050号、同第97/04
785号、同第97/02920号、同第97/17070号、同第97/23478号
、同第97/26246号、同第97/30053号、同第97/44350号、同第9
8/02436号、および米国特許第5,532,359号において知得され得るものが
挙げられる。血管新生に対するプレニル−タンパク質トランスフェラーゼ阻害薬の役割の
一例については、European J.of Cancer,Vol.35,No.9
,pp.1394−1401(1999)を参照のこと。
本発明の化合物と併用して使用され得る血管新生阻害薬の例としては、限定されないが
、チロシンキナーゼ阻害薬、例えば、チロシンキナーゼ受容体Flt−1(VEGFR1
)およびFlk−1/KDR(VEGFR2)の阻害薬、上皮由来、線維芽細胞由来また
は血小板由来増殖因子の阻害薬、MMP(マトリックスメタロプロテアーゼ)阻害薬、イ
ンテグリン遮断薬、インターフェロン−α、インターロイキン−12、多硫酸ペントサン
、シクロオキシゲナーゼ阻害薬、例えば、非ステロイド系抗炎症薬(NSAID)(アス
ピリンおよびイブプロフェンなど)ならびに選択的シクロオキシゲナーゼ−2阻害薬(セ
レコキシブおよびロフェコキシブなど)が挙げられる(PNAS,Vol.89,p.7
384(1992);JNCI,Vol.69,p.475(1982);Arch.O
pthalmol,Vol.108,p.573(1990);Anat.Rec,Vo
l.238,p.68(1994);FEBS Letters,Vol.372,p.
83(1995);Clin,Orthop.Vol.313,p.76(1995);
J Mol.Endocrinol,Vol.16,p.107(1996);Jpn.
J.Pharmacol,Vol.75,p.105(1997);Cancer Re
s.,Vol.57,p.1625(1997);Cell,Vol.93,p.705
(1998);Intl.J.Mol.Med.,Vol.2,p.715(1998)
;J Biol.Chem.,Vol.274,p.9116(1999))、ステロイ
ド系抗炎症薬(コルチコステロイド、鉱質コルチコイド、デキサメタゾン、プレドニゾン
、プレドニゾロン、メチルプレド、ベタメタゾンなど)、カルボキシアミドトリアゾール
、コンブレタスタチンA−4、スクアラミン、6−O−クロロアセチル−カルボニル)−
フマギロール、サリドマイド、アンギオスタチン、トロポニン−1、アンギオテンシンI
I拮抗薬(Fernandezら,J Lab.Clin.Med.105:141−1
45(1985)参照)、およびVEGFに対する抗体(Nature Biotech
nology,Vol.17,pp.963−968(1999年10月);Kimら,
Nature,362,841−844(1993);国際公開第00/44777号;
および同第00/61186号参照)。
また、血管新生をモジュレートまたは阻害する他の治療用薬剤も本発明の化合物と併用
して使用され得、凝固系およびフィブリン溶解系をモジュレートまたは阻害する薬剤が挙
げられる(Clin.Chem.La.Med.38:679−692(2000)の概
説を参照のこと)。本発明の化合物と併用して使用され得るかかる凝固経路およびフィブ
リン溶解経路をモジュレートまたは阻害する薬剤の例としては、限定されないが、ヘパリ
ン(Thromb.Haemost.80:10−23(1998)参照)、低分子量ヘ
パリンおよびカルボキシペプチダーゼU阻害薬(活性トロンビン活性化性フィブリン溶解
阻害薬[TAFIa]の阻害薬としても知られている)(Thrombosis Res
.101:329−354(2001)参照)が挙げられる。TAFIa阻害薬は、PC
T公開第03/013,526号および米国特許出願第60/349,925号(200
2年1月18日出願)に記載されている。
本発明の化合物と併用して使用され得る細胞周期のチェックポイントに干渉する薬剤の
例としては、限定されないが、ATR、ATM、ChklおよびChk2キナーゼの阻害
薬ならびにCdkおよびcdcキナーゼ阻害薬が挙げられ、特に、7−ヒドロキシスタウ
ロスポリン、フラボピリドール、CYC202(Cyclacel)およびBMS−38
7032が例示される。
本発明の化合物と併用して使用され得る受容体チロシンキナーゼ(RTK)に干渉する
薬剤の例としては、限定されないが、c−Kit、Eph、PDGF、Flt3およびC
TNNB1の阻害薬が挙げられる。さらなる薬剤としては、Bume−Jensenおよ
びHunter,Nature,411:355−365,2001に記載のRTKの阻
害薬が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得る細胞の増殖および生存のシグナル伝達経路の阻
害薬の例としては、限定されないが、EGFRの阻害薬(例えば、ゲフィチニブおよびエ
ルロチニブ)、ERB−2の阻害薬(例えば、トラスツズマブ)、IGFRの阻害薬、サ
イトカイン受容体の阻害薬、CTNNB1の阻害薬、PI3Kの阻害薬(例えば、LY2
94002)、セリン/トレオニンキナーゼ(例えば限定されないが、国際公開第02/
083064号、同第02/083139号、同第02/083140号、米国特許出願
公開第2004−0116432号、国際公開第02/083138号、米国特許出願公
開第2004−0102360号、国際公開第03/086404号、同第03/086
279号、同第03/086394号、同第03/084473号、同第03/0864
03号、同第2004/041162号、同第2004/096131号、同第2004
/096129号、同第2004/096135号、同第2004/096130号、同
第2005/100356号、同第2005/100344などに記載のAktの阻害薬
)、Rafキナーゼの阻害薬(例えば、BAY−43−9006)、MEKの阻害薬(例
えば、CI−1040およびPD−098059)ならびにmTORの阻害薬(例えば、
Wyeth CCI−779)が挙げられる。かかる薬剤としては、小分子阻害薬化合物
および抗体拮抗薬が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得るアポトーシス誘導剤の例としては、限定されな
いが、TNF受容体ファミリー構成員(例えば、TRAIL受容体)の活性化薬が挙げら
れる。
本発明の化合物と併用して使用され得る選択的COX−2阻害薬であるNSAIDの例
としては、限定されないが、米国特許第5,474,995号、同第5,861,419
号、同第6,001,843号、同第6,020,343号、同第5,409,944号
、同第5,436,265号、同第5,536,752号、同第5,550,142号、
同第5,604,260号、U.S.5,698,584号、同第5,710,140号
、国際公開第94/15932号、米国特許第5,344,991号、同第5,134,
142号、同第5,380,738号、同第5,393,790号、同第5,466,8
23号、同第5,633,272号、および同第5,932,598号(これらはすべて
、引用により本明細書に組み込まれる)に開示されたNSAIDが挙げられる。
本発明の化合物との併用に特に有用なCOX−2の阻害薬としては:3−フェニル−4
−(4−(メチルスルホニル)フェニル)−2−(5H)−フラノン;および5−クロロ
−3−(4−メチルスルホニル)−フェニル−2−(2−メチル−5−ピリジニル)ピリ
ジン;またはその薬学的に許容され得る塩が挙げられる。
COX−2の特異的阻害薬と報告されており、したがって本発明に有用である化合物と
しては、限定されないが:パレコキシブ、CELEBREX(登録商標)およびBEXT
RA(登録商標)またはその薬学的に許容され得る塩が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得る血管新生阻害薬の例としては、限定されないが
、エンドスタチン、ユークレイン(ukrain)、ランピルナーゼ、IM862、5−
メトキシ−4−[2−メチル−3−(3−メチル−2−ブテニル)オキシラニル]−1−
オキサスピロ[2,5]オクタ−6−イル(クロロアセチル)カルバメート、アセチルジ
ナナリン、5−アミノ−1−[[3,5−ジクロロ−4−(4−クロロベンゾyl)−フ
ェニル]メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−4−カルボキサミド、CM101
、スクアラミン、コンブレタスタチン、RPI4610、NX31838、硫酸化マンノ
ペンタノースリン酸、7,7−(カルボニル−ビス[イミノ−N−メチル−4,2−ピロ
ロカルボニルイミノ[N−メチル−4,2−ピロール]−カルボニルイミノ]−ビス−(
1,3−ナフタレンジスルホネート)、および3−[(2,4−ジメチルピロル−5−イ
ル)メチレン]−2−インドリノン(SU5416)が挙げられる。
本発明の化合物と併用して使用され得るチロシンキナーゼ阻害薬の例としては、限定さ
れないが、N−(トリフルオロメチルフェニル)−5−メチルイソオキサゾル−4−カル
ボキサミド、3−[(2,4−ジメチルピロル−5−イル)メチリデニル)インドリン−
2−オン、17−(アリルアミノ)−17−デメトキシゲルダナマイシン、4−(3−ク
ロロ−4−フルオロフェニルアミノ)−7−メトキシ−6−[3−(4−モルホリニル)
プロポキシl]キナゾリン、N−(3−エチニルフェニル)−6,7−ビス(2−メトキ
シエトキシ)−4−キナゾリンアミン、BIBX1382、2,3,9,10,11,1
2−ヘキサヒドロ−10−(ヒドロキシメチル)−10−ヒドロキシ−9−メチル−9,
12−エポキシ−1H−ジインドロ[1,2,3−fg:3’,2’,1’−kl]ピロ
ロ[3,4−i][1,6]ベンゾジアゾシン−1−オン、SH268、ゲニステイン、
イマチニブ(STI571)、CEP2563、4−(3−クロロフェニルアミノ)−5
,6−ジメチル−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジンメタンスルホネート、4−(3
−ブロモ−4−ヒドロキシフェニル)アミノ−6,7−ジメトキシキナゾリン、4−(4
’−ヒドロキシフェニル)アミノ−6,7−ジメトキシキナゾリン、SU6668、ST
I571A、N−4−クロロフェニル−4−(4−ピリジルメチル)−1−フタラジンア
ミン、およびEMD121974が挙げられる。
抗がん化合物以外の化合物との併用も、本発明の組成物および方法に包含される。例え
ば、本発明の特許請求の範囲に記載の化合物とPPAR−γ(すなわち、PPAR−ガン
マ)作動薬およびPPAR−δ(すなわち、PPAR−デルタ)作動薬との併用は、特定
の悪性疾患の処置に有用である。PPAR−γおよびPPAR−δは、核ペルオキシソー
ム増殖因子活性化型受容体γおよびδである。内皮細胞でのPPAR−γの発現およびそ
の血管新生における関与が文献に報告されている(J Cardiovasc.Phar
macol.31:909−913(1998);J Biol.Chem.274:9
116−9121(1999);Invest.Ophthalmol Vis.Sci
.41:2309−2317(2000)参照)。ごく最近、PPAR−γ作動薬は、イ
ンビトロでVEGFに対する血管新生応答を阻害することが示された;トログリタゾンお
よびロシグリタゾンマレイン酸はどちらも、マウスにおいて、網膜の新血管形成の発達を
抑止する(Arch.Ophthamol.119:709−717(2001))。本
発明の化合物と併用して使用され得るPPAR−γ作動薬およびPPAR−γ/α作動薬
の例としては、限定されないが、チアゾリジンジオン(DRF2725、CS−011、
トログリタゾン、ロシグリタゾン、およびピオグリタゾンなど)、フェノフィブラート、
ゲムフィブロジル、クロゲムフィブロジル、GW2570、SB219994、AR−H
039242、JTT−501、MCC−555、GW2331、GW409544、N
N2344、KRP297、NP0110、DRF4158、NN622、GI2625
70、PNU182716、DRF552926、2−[(5,7−ジプロピル−3−ト
リフルオロメチル−1,2−ベンゾイソオキサゾル−6−イル)オキシ]−2−メチルプ
ロピオン酸(USSN09/782,856に開示)、ならびに2(R)−7−(3−(
2−クロロ−4−(4−フルオロフェノキシ)フェノキシ)プロポキシ)−2−エチルク
ロマン−2−カルボン酸(USSN60/235,708および60/244,697に
開示)が挙げられる。
本発明の別の実施形態は、癌処置のための遺伝子療法との併用での本開示の化合物の使
用である。癌を処置するための遺伝子的ストラテジーの概説については、Hallら(A
m J Hum Genet 61:785−789(1997))およびKufeら(
Cancer Medicine,第5版,pp 876−889,BC Decker
,Hamilton,2000)を参照のこと。遺伝子療法は、任意の腫瘍抑制遺伝子を
送達するために使用され得る。かかる遺伝子の例としては、限定されないが、p53(こ
れは、組換えウイルス媒介性遺伝子導入によって送達され得る(例えば、米国特許第6,
069,134号参照))、uPA/uPAR拮抗薬(「Adenovirus−Med
iated Delivery of a uPA/uPAR Antagonist
Suppresses Angiogenesis−Dependent Tumor
Growth and Dissemination in Mice」,Gene T
herapy,August 5(8):1105−13(1998))、およびインタ
ーフェロンγ(J Immunol 164:217−222(2000))が挙げられ
る。
また、本発明の化合物を、固有の多剤耐性(MDR)の阻害薬、特に、輸送体タンパク
質の高レベル発現と関連しているMDRの阻害薬と併用して投与してもよい。かかるMD
R阻害薬としては、p−糖タンパク質(P−gp)の阻害薬、例えば、LY335979
、XR9576、OC144−093、R101922、VX853およびPSC833
(バルスポダール)が挙げられる。
本発明の化合物を、単独または放射線療法との本発明の化合物の使用に起因するもので
あり得る悪心または嘔吐、例えば、急性、遅延型、後期および期待的嘔吐を処置するため
に、制吐剤と併せて使用してもよい。嘔吐の予防または処置のため、本発明の化合物を、
他の制吐剤、特に、ニューロキニン−1受容体拮抗薬、5HT3受容体拮抗薬、例えば、
オンダンセトロン、グラニセトロン、トロピセトロンおよびザチセトロン、GABAB受
容体作動薬、例えば、バクロフェン、コルチコステロイド、例えば、デカドロン(デキサ
メタゾン)、ケナログ、アリストコート、ナサリド、プレフェリド(Preferid)
、ベネコルテン(Benecorten)またはその他のもの(米国特許第2,789,
118号、同第2,990,401号、同第3,048,581号、同第3,126,3
75号、同第3,929,768号、同第3,996,359号、同第3,928,32
6号および同第3,749,712号に開示されたものなど)、抗ドパミン薬、例えば、
フェノチアジン(例えば、プロクロルペラジン、フルフェナジン、チオリダジンおよびメ
ソリダジン)、メトクロプラミドまたはドロナビノールと併せて使用してもよい。一実施
形態では、ニューロキニン−1受容体拮抗薬、5HT3受容体拮抗薬およびコルチコステ
ロイドから選択される制吐剤が、本発明の化合物の投与によるものであり得る嘔吐の処置
または予防のための佐剤として投与される。
本発明の化合物と併せて使用するニューロキニン−1受容体拮抗薬は、例えば、米国特
許第5,162,339号、同第5,232,929号、同第5,242,930号、同
第5,373,003号、同第5,387,595号、同第5,459,270号、同第
5,494,926号、同第5,496,833号、同第5,637,699号、同第5
,719,147号;欧州特許公開第0360390号、同第0394989号、同第0
428434号、同第0429366号、同第0430771号、同第0436334号
、同第0443132号、同第0482539号、同第0498069号、同第0499
313号、同第0512901号、同第0512902号、同第0514273号、同第
0514274号、同第0514275号、同第0514276号、同第0515681
号、同第0517589号、同第0520555号、同第0522808号、同第052
8495号、同第0532456号、同第0533280号、同第0536817号、同
第0545478号、同第0558156号、同第0577394号、同第058591
3号、0590152号、同第0599538号、同第0610793号、同第0634
402号、同第0686629号、同第0693489号、同第0694535号、同第
0699655号、同第0699674号、同第0707006号、同第0708101
号、同第0709375号、同第0709376号、同第0714891号、同第072
3959号、同第0733632号および同第0776893号;PCT国際特許公開第
90/05525号、同第90/05729号、同第91/09844号、同第91/1
8899号、同第92/01688号、同第92/06079号、同第92/12151
号、同第92/15585号、同第92/17449号、同第92/20661号、同第
92/20676号、同第92/21677号、同第92/22569号、同第93/0
0330号、同第93/00331号、同第93/01159号、同第93/01165
号、同第93/01169号、同第93/01170号、同第93/06099号、同第
93/09116号、同第93/10073号、同第93/14084号、同第93/1
4113号、同第93/18023号、同第93/19064号、同第93/21155
号、同第93/21181号、同第93/23380号、同第93/24465号、同第
94/00440号、同第94/01402号、同第94/02461号、同第94/0
2595号、同第94/03429号、同第94/03445号、同第94/04494
号、同第94/04496号、同第94/05625号、同第94/07843号、同第
94/08997号、同第94/10165号、同第94/10167号、同第94/1
0168号、同第94/10170号、同第94/11368号、同第94/13639
号、同第94/13663号、同第94/14767号、同第94/15903号、同第
94/19320号、同第94/19323号、同第94/20500号、同第94/2
6735号、同第94/26740号、同第94/29309号、同第95/02595
号、同第95/04040号、同第95/04042号、同第95/06645号、同第
95/07886号、同第95/07908号、同第95/08549号、同第95/1
1880号、同第95/14017号、同第95/15311号、同第95/16679
号、同第95/17382号、同第95/18124号、同第95/18129号、同第
95/19344号、同第95/20575号、同第95/21819号、同第95/2
2525号、同第95/23798号、同第95/26338号、同第95/28418
号、同第95/30674号、同第95/30687号、同第95/33744号、同第
96/05181号、同第96/05193号、同第96/05203号、同第96/0
6094号、同第96/07649号、同第96/10562号、同第96/16939
号、同第96/18643号、同第96/20197号、同第96/21661号、同第
96/29304号、同第96/29317号、同第96/29326号、同第96/2
9328号、同第96/31214号、同第96/32385号、同第96/37489
号、同第97/01553号、同第97/01554号、同第97/03066号、同第
97/08144号、同第97/14671号、同第97/17362号、同第97/1
8206号、同第97/19084号、同第97/19942および97/21702号
;ならびに英国特許出願公開第2266529号、同第2268931号、同第2269
170号、同第2269590号、同第2271774号、同第2292144号、同第
2293168号、同第2293169号、および同第2302689号に充分に記載さ
れている。かかる化合物の調製は、前述の特許および公開公報(引用により本明細書に組
み込まれる)に充分に記載されている。
一実施形態では、本発明の化合物と併せての使用のためのニューロキニン−1受容体拮
抗薬は:2−(R)−(1−(R)−(3,5−ビス(トリフルオロメチル)−フェニル
)エトキシ)−3−(S)−(4−フルオロフェニル)−4−(3−(5−オキソ−1H
,4H−1,2,4−トリアゾロ)メチル)モルホリン、またはその薬学的に許容され得
る塩(これは、米国特許第5,719,147号に記載されている)から選択される。
また、本発明の化合物は、ビスホスホネート(ビスホスホネート、ジホスホネート、ビ
スホスホン酸およびジホスホン酸を包含すると理解されたい)と併用する癌(例えば、骨
の癌)の処置または予防にも有用であり得る。ビスホスホネートの例としては、限定され
ないが:エチドロネート(Didronel)、パミドロネート(Aredia)、アレ
ンドロネート(Fosamax)、リセドロネート(Actonel)、ゾレドロネート
(Zometa)、イバンドロネート(Boniva)、インカドロネートまたはシマド
ロネート、クロドロネート、EB−1053、ミノドロネート、ネリドロネート、ピリド
ロネートおよびチルドロネート(その任意のあらゆる薬学的に許容され得る塩、誘導体、
水和物および混合物を含む)が挙げられる。
また、本発明の化合物を、貧血の処置に有用な薬剤と投与してもよい。かかる貧血処置
剤は、例えば、連続赤血球生成(eythropoiesis)受容体活性化薬(エポエ
チンアルファなど)である。
また、本発明の化合物を、好中球減少症の処置に有用な薬剤と投与してもよい。かかる
好中球減少症処置剤は、例えば、好中球の生成および機能を調節する造血系増殖因子、例
えば、ヒト顆粒球コロニー刺激因子(G−CSF)である。G−CSFの例としては、フ
ィルグラスチムおよびPEG−フィルグラスチムが挙げられる。
また、本発明の化合物を、免疫学的増強薬(レバミゾール、イソプリノシンおよびザダ
キシンなど)と投与してもよい。
また、本発明の化合物は、アロマターゼ阻害薬と併用する乳癌の処置または予防にも有
用であり得る。アロマターゼ阻害薬の例としては、限定されないが:アナストロゾール、
レトロゾールおよびエキセメスタンが挙げられる。
また、本発明の化合物は、他のsiNA療法薬と併用する癌の処置または予防にも有用
であり得る。
また、本発明の化合物を、γ−セクレターゼ阻害薬および/またはNOTCHシグナル
伝達の阻害薬と併用して投与してもよい。かかる阻害薬としては、国際公開第01/90
084号、同第02/30912号、同第01/70677号、同第03/013506
号、同第02/36555号、同第03/093252号、同第03/093264号、
同第03/093251号、同第03/093253号、同第2004/039800号
、同第2004/039370号、同第2005/030731号、同第2005/01
4553号、USSN10/957,251、国際公開第2004/089911号、同
第02/081435号、同第02/081433号、同第03/018543号、同第
2004/031137号、同第2004/031139号、同第2004/03113
8号、同第2004/101538号、同第2004/101539号および同第02/
47671号(例えば、LY−450139)に記載された化合物が挙げられる。
また、本発明の化合物は、PARP阻害薬と併用する癌の処置または予防にも有用であ
り得る。
また、本発明の化合物は、以下の治療用薬剤:アバレリクス(Plenaxis de
pot(登録商標));アルデスロイキン(Prokine(登録商標));アルデスロ
イキン(Proleukin(登録商標));アレムツズマブ(Campath(登録商
標));アリトレチノイン(Panretin(登録商標));アロプリノール(Zyl
oprim(登録商標));アルトレタミン(Hexalen(登録商標));アミホス
チン(Ethyol(登録商標));アナストロゾール(Arimidex(登録商標)
);三酸化ヒ素(Trisenox(登録商標));アスパラギナーゼ(Elspar(
登録商標));アザシチジン(Vidaza(登録商標));塩酸ベンダムスチン(Tr
eanda(登録商標));ベバシズマブ(bevacuzimab)(Avastin
(登録商標));ベキサロテンカプセル剤(Targretin(登録商標));ベキサ
ロテンゲル剤(Targretin(登録商標));ブレオマイシン(Blenoxan
e(登録商標));ボルテゾミブ(Velcade(登録商標));ブレフェルディンA
;静脈内ブスルファン(Busulfex(登録商標));経口ブスルファン(Myle
ran(登録商標));カルステロン(Methosarb(登録商標));カペシタビ
ン(Xeloda(登録商標));カルボプラチン(Paraplatin(登録商標)
);カルムスチン(BCNU(登録商標)、BiCNU(登録商標));カルムスチン(
Gliadel(登録商標));カルムスチンとポリフェプロサン 20 インプラント
(Gliadel Wafer(登録商標));セレコキシブ(Celebrex(登録
商標));セツキシマブ(Erbitux(登録商標));クロラムブシル(Leuke
ran(登録商標));シスプラチン(Platinol(登録商標));クラドリビン
(Leustatin(登録商標)、2−CdA(登録商標));クロファラビン(Cl
olar(登録商標));シクロホスファミド(Cytoxan(登録商標)、Neos
ar(登録商標));シクロホスファミド(Cytoxan Injection(登録
商標));シクロホスファミド(Cytoxan Tablet(登録商標));シタラ
ビン(Cytosar−U(登録商標));リポソームシタラビン(DepoCyt(登
録商標));デカルバジン(DTIC−Dome(登録商標));ダクチノマイシン、ア
クチノマイシンD(Cosmegen(登録商標));ダルテパリンナトリウム注射剤(
Fragmin(登録商標));ダルベポエチンα(Aranesp(登録商標));ダ
サチニブ(Sprycel(登録商標));リポソームダウノルビシン(DanuoXo
me(登録商標));ダウノルビシン、ダウノマイシン(Daunorubicin(登
録商標));ダウノルビシン、ダウノマイシン(Cerubidine(登録商標));
デガレリクス(Firmagon(登録商標));デニロイキンジフチトクス(Onta
k(登録商標));デクスラゾキサン(Zinecard(登録商標));塩酸デクスラ
ゾキサン(Totect(登録商標));ジデムニンB;17−DMAG;ドセタキセル
(Taxotere(登録商標));ドキソルビシン(Adriamycin PFS(
登録商標));ドキソルビシン(Adriamycin(登録商標)、Rubex(登録
商標));ドキソルビシン(Adriamycin PFS Injection(登録
商標));リポソームドキソルビシン(Doxil(登録商標));プロピオン酸ドロモ
スタノロン(Dromostanolone(登録商標));プロピオン酸ドロモスタノ
ロン(Masterone Injection(登録商標));エクリズマブ注射剤(
Soliris(登録商標));エリオットB液(Elliott’s B Solut
ion(登録商標));エルトロンボパグ(Promacta(登録商標));エピルビ
シン(Ellence(登録商標));エポエチンα(epogen(登録商標));エ
ルロチニブ(Tarceva(登録商標));エストラムスチン(Emcyt(登録商標
));エチニルエストラジオール;エトポシドリン酸(Etopophos(登録商標)
);エトポシド、VP−16(Vepesid(登録商標));エベロリムス錠剤(Af
initor(登録商標));エキセメスタン(Aromasin(登録商標));フェ
ルモキシトール(Feraheme Injection(登録商標));Filgra
stim(Neupogen(登録商標));フロクスウリジン(動脈内)(FUDR(
登録商標));フルダラビン(Fludara(登録商標));フルオロウラシル、5−
FU(Adrucil(登録商標));フルベストラント(Faslodex(登録商標
));ゲフィチニブ(Iressa(登録商標));ゲルダナマイシン;ゲムシタビン(
Gemzar(登録商標));ゲムツヅマブオゾガミシン(Mylotarg(登録商標
));酢酸ゴセレリン(Zoladex Implant(登録商標));酢酸ゴセレリ
ン(Zoladex(登録商標));酢酸ヒストレリン(Histrelin impl
ant(登録商標));ヒドロキシ尿素(Hydrea(登録商標));イブリツモマブ
チウキセタン(Zevalin(登録商標));イダルビシン(Idamycin(登録
商標));イホスファミド(IFEX(登録商標));メシル酸イマチニブ(Gleev
ec(登録商標));インターフェロンα2a(Roferon A(登録商標));イ
ンターフェロンα−2b(Intron A(登録商標));イオベングアンI 123
注射剤(AdreView(登録商標));イリノテカン(Camptosar(登録商
標));イキサベピロン(Ixempra(登録商標));ラパチニブ錠剤(Tyker
b(登録商標));レナリドミド(Revlimid(登録商標));レトロゾール(F
emara(登録商標));ロイコボリン(Wellcovorin(登録商標)、Le
ucovorin(登録商標));酢酸ロイプロリド(Eligard(登録商標));
レバミゾール(Ergamisol(登録商標));ロムスチン、CCNU(CeeBU
(登録商標));メクロレタミン、ナイトロジェンマスタード(Mustargen(登
録商標));酢酸メゲストロール(Megace(登録商標));メルファラン、L−P
AM(Alkeran(登録商標));メルカプトプリン、6−MP(Purineth
ol(登録商標));メンサ(Mesnex(登録商標));メンサ(Mesnex t
abs(登録商標));メトトレキサート(Methotrexate(登録商標));
メトキサレン(Uvadex(登録商標));8−メトキシソラレン;ミトマイシンC(
Mutamycin(登録商標));ミトタン(Lysodren(登録商標));ミト
ザントロン(Novantrone(登録商標));ミトラマイシン;ナンドロロンフェ
ンプロピオナート(Durabolin−50(登録商標));ネララビン(Arran
on(登録商標));ニロチニブ(Tasigna(登録商標));ノフェツモマブ(V
erluma(登録商標));オファツムマブ(Arzerra(登録商標));オプレ
ルベキン(Neumega(登録商標));オキサリプラチン(Eloxatin(登録
商標));パクリタキセル(Paxene(登録商標));パクリタキセル(Taxol
(登録商標));パクリタキセルタンパク質結合粒子(Abraxane(登録商標))
;パリフェルミン(Kepivance(登録商標));パミドロネート(Aredia
(登録商標));パニツムマブ(Vectibix(登録商標));パゾパニブ錠剤(V
otrienttm(登録商標));ペガデマーゼ(Adagen(Pegademas
e Bovine)(登録商標));ペガスパルガーゼ(Oncaspar(登録商標)
);ペグフィルグラスチム(Neulasta(登録商標));ペメトレキセド二ナトリ
ウム(Alimta(登録商標));ペントスタチン(Nipent(登録商標));ピ
ポブロマン(Vercyte(登録商標));プレリキサホル(Mozobil(登録商
標));プリカマイシン、ミトラマイシン(Mithracin(登録商標));ポルフ
ィマールナトリウム(Photofrin(登録商標));プララトレキサート注射剤(
Folotyn(登録商標));プロカルバジン(Matulane(登録商標));キ
ナクリン(Atabrine(登録商標));ラパマイシン;ラスブリカーゼ(Elit
ek(登録商標));塩酸ラロキシフェン(Evista(登録商標));リツキシマブ
(Rituxan(登録商標));ロミデプシン(Istodax(登録商標));ロミ
プロスチム(Nplate(登録商標));サルグラモスチム(Leukine(登録商
標));サルグラモスチム(Prokine(登録商標));ソラフェニブ(Nexav
ar(登録商標));ストレプトゾシン(Zanosar(登録商標));マレイン酸ス
ニチニブ(Sutent(登録商標));タルク(Sclerosol(登録商標));
タモキシフェン(Nolvadex(登録商標));テモゾロミド(Temodar(登
録商標));テムシロシムス(Torisel(登録商標));テニポシド、VM−26
(Vumon(登録商標));テストラクトン(Teslac(登録商標));チオグア
ニン、6−TG(Thioguanine(登録商標));チオプリン;チオテパ(Th
ioplex(登録商標));トポテカン(Hycamtin(登録商標));トレミフ
ェン(Fareston(登録商標));トシツモマブ(Bexxar(登録商標));
トシツモマブ/I−131トシツモマブ(Bexxar(登録商標));トランス−レチ
ノイン酸;トラスツヅマブ(Herceptin(登録商標));トレチノイン、ATR
A(Vesanoid(登録商標));トリエチレンメラミン;ウラシルマスタード(U
racil Mustard Capsules(登録商標));バルルビシン(Val
star(登録商標));ビンブラスチン(Velban(登録商標));ビンクリスチ
ン(Oncovin(登録商標));ビノレルビン(Navelbine(登録商標))
;ボリノスタット(Zolinza(登録商標));ウォルトマニン;およびゾレドロネ
ート(Zometa(登録商標))と併用する癌の処置にも有用であり得る。
また、本発明は、配列番号:5、配列番号:4918、配列番号:194、配列番号:
5107、配列番号:196、配列番号:5109、配列番号:151もしくは配列番号
:5064少なくとも15個のヌクレオチドの配列;または式(A)を含む本発明のsi
NA分子および/またはその薬学的に許容され得る塩、溶媒和物もしくは生理学的に機能
性の誘導体を別のCTNNB1阻害薬と一緒に含む併用を提供する。
上記の併用は、医薬製剤の形態での使用のために簡便に提示され得、したがって、上記
の併用を薬学的に許容され得る希釈剤または担体と一緒に含む医薬組成物は、本発明のさ
らなる態様を表す。
かかる併用の個々の化合物は、逐次または同時のいずれかで、別々の医薬製剤または併
合医薬製剤にて投与され得る。一実施形態において、該個々の化合物は併合医薬製剤にて
同時投与される。
したがって、記載の分子は、当該技術分野で知られた他のCTNNB1阻害薬などの、
被検体または生物体において本明細書に記載の疾患、障害、病状および形質を予防または
処置するための1種類以上の既知の化合物、処置薬または手順と併用して使用され得る。
3.治療適用用途
現在のCTNNB1の研究における一連の知見により、治療的使用のためのCTNNB
1発現が調節され得る方法の必要性が示されている。
したがって、本発明の一態様は、CTNNB1遺伝子発現の作用または該作用の喪失に
よって媒介される病状に苦しんでいる被検体(例えば限定されないが、ヒト)の処置方法
であって、前記被検体に有効量の本発明の二本鎖siNA分子を投与することを含む方法
を含む。この態様の一実施形態では、該siNA分子は、配列番号:5、配列番号:49
18、配列番号:194、配列番号:5107、配列番号:196、配列番号:5109
、配列番号:151もしくは配列番号:5064少なくとも15個のヌクレオチドの配列
;または式(A)を含むものである。この態様の別の実施形態では、該病状はがんである
か、または癌によって引き起こされるものである。したがって、一部の特定の実施形態に
おいて、本発明の分子および組成物は、癌を処置するための方法に有用である。本発明の
この態様によって処置可能ながんとしては、胆管癌、膀胱癌、移行上皮癌、尿路上皮癌、
骨肉腫、脳の癌、グリオーム、星状細胞腫、乳癌、化生性癌、子宮頚がん、子宮頸部扁平
上皮癌、直腸癌、結腸直腸癌、結腸癌、遺伝性非ポリポーシス性結腸直腸癌、結腸直腸腺
癌、消化管間質腫瘍(GIST)、子宮内膜癌、子宮内膜間質肉腫、食道癌、食道扁平上
皮癌、食道腺癌、眼内黒色腫、ブドウ膜黒色腫、胆嚢癌、胆嚢腺癌、腎細胞癌、明細胞腎
細胞癌、移行上皮癌、尿路上皮癌、ウィルムス腫瘍、白血病、急性リンパ球性白血病(A
LL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性リンパ球性(CLL)、慢性骨髄性(CML
)、慢性骨髄単球性(CMML)、肝臓癌、肝臓癌、ヘパトーマ、肝細胞癌、胆管癌、胚
芽腫、肺がん、非小細胞肺がん(NSCLC)、中皮腫、B細胞リンパ腫、非ホジキンリ
ンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、T細胞リンパ腫、非
ホジキンリンパ腫、前駆Tリンパ芽球性リンパ腫/白血病、末梢T細胞リンパ腫、多発性
骨髄腫、鼻咽腔癌(NPC)、神経芽腫、口腔咽頭癌、口腔扁平上皮癌、骨肉腫、卵巣癌
、膵臓癌、膵管腺癌、偽乳頭状 新生物、腺房細胞癌、前立腺癌、前立腺腺癌、皮膚癌、
黒色腫、悪性黒色腫、皮膚黒色腫、小腸の癌、胃癌、胃癌、消化管間質腫瘍(GIST)
、子宮癌、子宮肉腫が挙げられる。
一実施形態において、本発明のsiNA分子は:脳の癌、乳癌、子宮頚がん、結腸直腸
癌、腎細胞癌、白血病、肝細胞癌、肺がん、B細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、卵巣癌、膵
臓癌、前立腺癌、黒色腫および胃癌から選択される癌の処置または予防するための方法に
有用である。一部の特定の実施形態において、本発明の化合物は、乳癌、結腸直腸癌、肝
細胞癌、肺がん;および前立腺癌の処置に有用である。特別な一実施形態では、本発明の
化合物は肝細胞癌の処置に有用である。
別の実施形態では、本発明のsiNA分子は、がん細胞および癌の転移の予防またはモ
ジュレーションのための方法に有用である。特に、本発明のsiNA分子は、脳の癌、乳
癌、子宮頚がん、結腸直腸癌、腎細胞癌、白血病、肝細胞癌、肺がん、B細胞リンパ腫、
多発性骨髄腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、黒色腫および胃癌の転移を予防またはモジュ
レートするための方法に有用である。
一部の特定の実施形態において、該siNA分子の投与は局所投与または全身投与によ
るものである。他の実施形態において、本発明は、被検体または生物体を本発明のsiN
A分子と、該当する組織または細胞(肺の細胞および組織など)に対する局所投与によっ
て、例えば、肺経由送達によって接触させることを特色とする。また他の実施形態では、
本発明は、被検体または生物体を本発明のsiNA分子と、該被検体または生物体の該当
する組織または細胞(がん性の組織または細胞)への全身投与によって(該siNAの静
脈内または皮下投与などによって)接触させることを特色とする。
また、本発明のsiNA分子は、エキソビボ適用における試薬としても使用される。例
えば、該siNA試薬は、治療効果のために被検体に移植される組織または細胞内に導入
される。該細胞および/または組織は、後でその外植片を受容する生物体または被検体に
由来するものであってもよく、移植前の別の生物体または被検体に由来するものであって
もよい。該siNA分子は、細胞または組織内の1つ以上の遺伝子の発現を、該細胞また
は組織がインビボで移植されたら所望の表現型が得られるように、または機能が発揮され
るようにモジュレートするために使用され得る。一実施形態では、患者由来の特定のCT
NNB1標的細胞を抽出する。抽出したこの細胞を、該細胞内の特定のヌクレオチド配列
を標的化するCTNNB1 siNAと、該細胞による該siNAの取込みに適した条件
下で接触させる(例えば、カチオン性脂質、リポソームなどの送達試薬を使用するか、ま
たは細胞内へのsiNAの送達を助長するエレクトロポレーションなどの手法を使用する
)。次いで、該細胞を同じ患者または他の患者に再導入して戻す。
治療適用用途では、医薬有効用量の本発明のsiNA分子または医薬組成物が被検体に
投与される。医薬有効用量は、疾患状態を予防する、その発生を抑止する、または疾患状
態を処置する(症状をある程度、好ましくはあらゆる症状を緩和する)ために必要とされ
る用量である。当業者は、被検体の体格および体重、疾患の進行または浸透の程度、被検
体の年齢、健康状態および性別、投与経路ならびに投与が局所であるか全身性であるかな
どの要素を考慮することにより、所与の被検体に投与される本発明のsiNAの治療有効
用量を容易に決定することができよう。一般的に、負電荷ポリマーの効力に応じて0.1
μg/kg〜100mg/kg体重/日の量の活性成分が投与される。最適な投与スケジ
ュールは、患者の体内の薬物蓄積の測定値から計算され得る。本発明のsiNA分子は、
単回用量で投与してもよく、反復用量で投与してもよい。
本発明のsiNA分子は、1ヶ月に1回、週に1回、1日1回(QD)投与してもよく
、1ヶ月、1週間または1日の間に多数回(例えば限定されないが、1日2回(BID)
、1日3回(TID)、2週間に1回など)の用量に分けてもよい。当業者は、投与の反
復率を、測定された滞留時間および体液または組織中の薬物の濃度に基づいて容易に推定
することができよう。
また、投与は連続的であってもよく(すなわち、毎日)、断続的であってもよい。例え
ば、本発明の化合物の断続的投与は、1週間に1〜6日の投与であってもよく、サイクル
での投与を意味するものであってもよく(例えば、連続2〜8週間の毎日の投与、次いで
1週間までの投与なしの休薬期間)、隔日での投与を意味するものであってもよい。
G.投与
該組成物または製剤は、さまざまな様式で投与され得る。本発明の投与方法の非限定的
な例としては、経口、口腔内、舌下、非経口(すなわち、関節内、静脈内、腹腔内、皮下
、もしくは筋肉内)、局所経直腸投与または他の局所投与が挙げられる。一実施形態にお
いて、本発明の組成物は、吹送および吸入によって投与され得る。該投与は、単回用量で
行っても分割用量で行ってもよい。一部の実施形態において、医薬組成物は、ボーラス注
射によって静脈内または腹腔内投与される(例えば、米国特許第5,286,634号を
参照のこと)。脂質核酸粒子は、疾患部位への直接注射によって投与してもよく、疾患部
位から遠位の部位への注射によって投与してもよい(例えば、Culver,HUMAN
GENE THERAPY,MaryAnn Liebert,Inc.,Publi
shers,New York.pp.70−71(1994)を参照のこと)。一実施
形態において、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、本明細書に記載し
た、および当該技術分野で一般的に知られた細胞、被検体または生物体に投与される。
1.インビボ投与
本発明の任意の処置方法において、該siNAは被検体に、本明細書に記載のようにし
て、あるいは当該技術分野で知られているようにして、単独療法剤として単独で、または
本明細書に記載した、もしくは当該技術分野で知られたさらなる治療薬との併用でのいず
れかで、全身投与され得る。全身投与としては、例えば、当該技術分野で一般的に知られ
た肺経由(吸入、噴霧化など)、静脈内、皮下、筋肉内、カテーテル法、鼻咽頭経由、経
皮、または経口/胃腸投与が挙げられ得る。
本発明の任意の処置方法または予防方法において、該siNAは被検体に対し、本明細
書に記載のようにして、あるいは、当該技術分野で知られているようにして、単独療法剤
として単独で、または当該技術分野で知られたさらなる治療薬との併用でのいずれかで、
局所投与または局所組織に投与され得る。局所投与としては、例えば、当該技術分野で一
般的に知られた吸入、噴霧化、カテーテル法、埋入、直接注射、経真皮/経皮適用、貼付
剤、ステント挿入、点耳剤/点眼剤、または該当組織への門脈投与、または任意の他の局
所投与手法、方法もしくは処置が挙げられ得る。
一実施形態において、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、肝臓に、
当該技術分野で一般的に知られているようにして投与される(例えば、Wenら,200
4,World J Gastroenterol.,10,244−9;Muraoら
,2002,Pharm Res.,19,1808−14;Liuら,2003,ge
ne Ther,10,180−7;Hongら,2003,J Pharm Phar
macol.,54,51−8;Herrmannら,2004,Arch Virol
.,149,1611−7;およびMatsunoら,2003,gene Ther.
,10,1559−66を参照のこと)。
一実施形態において、本発明は、単球およびリンパ球などの造血系細胞への本発明のs
iNA分子の送達方法の使用を特色とする。このような方法は、Hartmannら,1
998,J.Phamacol.Exp.Ther.,285(2),920−928;
Kronenwettら,1998,Blood,91(3),852−862;Fil
ionおよびPhillips,1997,Biochim.Biophys.Acta
.,1329(2),345−356;MaおよびWei,1996,Leuk.Res
.,20(11/12),925−930;ならびにBongartzら,1994,N
ucleic Acids Research,22(22),4681−8に詳細に記
載されている。
一実施形態において、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、真皮また
は小胞に、直接または経表面的(例えば、局所的)に、当該技術分野で一般的に知られて
いるようにして投与される(例えば、Brand,2001,Curr.Opin.Mo
l.Ther.,3,244−8;Regnierら,1998,J.Drug Tar
get,5,275−89;Kanikkannan,2002,BioDrugs,1
6,339−47;Wraightら,2001,Pharmacol.Ther.,9
0,89−104;ならびにPreatおよびDujardin,2001,STP P
harmaSciences,11,57−68を参照のこと)。一実施形態において、
本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、直接または経表面的に、アルコー
ル(例えば、エタノールまたはイソプロパノール)、水を含み、さらなる薬剤(ミリスチ
ン酸イソプロピルおよびカルボマー980など(such))を含んでいてもよい水性ア
ルコールゲル製剤を用いて投与される。他の実施形態では、該siNAは、鼻腔に経表面
投与するために製剤化される。経表面用調製物は、罹患領域に1日1回以上の適用によっ
て投与され得る;皮膚領域全体の閉鎖包帯が好都合に使用され得る。連続または長期送達
は、接着性レザーバ系によって行われ得る。
一実施形態において、本発明のsiNA分子はイオン導入的に、例えば、特定の器官ま
たは区画(例えば、目、眼底、心臓、肝臓、腎臓、膀胱、前立腺、腫瘍、CNSなど)に
投与される。イオン導入的送達の非限定的な例は、例えば、国際公開第03/04368
9号および同第03/030989号(これは、引用によりその全体が本明細書に組み込
まれる)に記載されている。
一実施形態において、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、肺に、本
明細書に記載のようにして、および当該技術分野で一般的に知られているようにして投与
される。別の実施形態では、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、肺の
組織および細胞に、米国特許出願公開第2006/0062758号;同第2006/0
014289号;および同第2004/0077540号に記載のようにして投与される
2.エアロゾル剤および送達デバイス
a.エアロゾル製剤
本発明の組成物は、単独、または他の適当な成分との併用でのいずれかで、エアロゾル
製剤に作製され(すなわち、「霧状にされ」得)、吸入によって(例えば、鼻腔内または
気管内)投与され得る(Brighamら,Am.J.Sci.,298:278(19
89)参照)。エアロゾル製剤は、許容され得る加圧された噴射剤中(例えば、ジクロロ
ジフルオロメタン、プロパン、窒素など)に収容され得る。
一実施形態において、本発明のsiNA分子およびその製剤は肺経由送達によって、例
えば、吸入デバイスまたはネブライザによって投与されるエアロゾル製剤または噴霧乾燥
製剤の吸入によって投与され、該当する肺系組織内への該核酸分子の速やかな局所取込み
をもたらす。微粉化核酸組成物の呼吸用乾燥粒子を含む固形微粒状組成物は、乾燥または
凍結乾燥させた核酸組成物を磨砕し、次いで、この微粉化組成物を、例えば400メッシ
ュスクリーンに通して大型凝集塊を分解または解離させることにより調製され得る。本発
明のsiNA組成物を含む固形微粒状組成物に、エアロゾルの形成を助長する機能を果た
す分散化剤ならびに他の治療用化合物を含めてもよい。好適な分散化剤はラクトースであ
り、これは、該核酸化合物と任意の適当な比率(例えば、重量基準で1対1の比)でブレ
ンドされ得る。
本発明のsiNA分子または組成物を含むスプレー剤組成物は、例えば、加圧パック(
定量吸入器など)から適当な液化噴射剤の使用を伴って送達される水性の液剤もしくは懸
濁剤として、またはエアロゾル剤として製剤化され得る。一実施形態において、吸入に適
した本発明のエアロゾル剤組成物は懸濁剤または液剤のいずれかであり得、一般的には、
配列番号:5、配列番号:4918、配列番号:194、配列番号:5107、配列番号
:196、配列番号:5109、配列番号:151、もしくは配列番号:5064の少な
くとも15個のヌクレオチドの配列;または式(A)を含むsiNA分子と、適当な噴射
剤(例えば、フルオロカーボンまたは水素含有クロロフルオロカーボンまたはその混合物
、特に、ヒドロフルオロアルカン、特に、1,1,1,2−テトラフルオロエタン、1,
1,1,2,3,3,3−ヘプタフルオロ−n−プロパン、またはその混合物)を含むも
のである。エアロゾル剤組成物には、界面活性剤などの、当該技術分野でよく知られたさ
らなる製剤用賦形剤を含めてもよい。非限定的な例としては、オレイン酸、レシチンまた
はオリゴ乳酸またはその誘導体(W094/21229およびW098/34596に記
載のものなど)ならびに共溶媒(例えば、エタノール)が挙げられる。一実施形態におい
て、本発明の医薬エアロゾル製剤は、本発明の化合物と、噴射剤としてフルオロカーボン
または水素含有クロロフルオロカーボンまたはその混合物(界面活性剤および/または共
溶媒と組み合わせてもよい)とを含むものである。
本発明のエアロゾル製剤は、適当な緩衝剤の添加によって緩衝されたものであってもよ
い。
エアロゾル製剤には、製剤が滅菌状態に調製されていない場合、保存料などの添加剤を
含めてもよい。非限定的な例としては、安息香酸メチルヒドロキシ、酸化防止剤、フレー
バー、揮発油、緩衝剤および乳化剤および他の製剤用界面活性剤が挙げられる。一実施形
態では、分解を低減させるため、およびより安全な生体適合性の本発明の非液状微粒状懸
濁剤組成物(例えば、siNAおよび/またはそのLNP製剤)を提供するため、フルオ
ロカーボンまたはパーフルオロカーボン担体が使用される。別の実施形態では、ネブライ
ザを構成するデバイスにより、含フッ素化学物質(これは静菌性であり、それにより適合
性のデバイス内での微生物の増殖の可能性を減少させる)を含む本発明の組成物(例えば
、siNAおよび/またはそのLNP製剤)を送達する。
吸入器または吹送器における使用のための本発明の組成物を含むカプセル剤およびカー
トリッジ剤は、例えばゼラチン製であり、本発明の化合物と適当な粉末基剤(ラクトース
またはデンプンなど)の吸入用粉末ミックスを含むように製剤化され得る。一実施形態に
おいて、各カプセル剤またはカートリッジ剤は、配列番号:5、配列番号:4918、配
列番号:194、配列番号:5107、配列番号:196、配列番号:5109、配列番
号:151、もしくは配列番号:5064の少なくとも15個のヌクレオチドの配列;ま
たは式(A)を含むsiNA分子と、1種類以上の賦形剤とを含む。別の実施形態では、
本発明の化合物は、ラクトースなどの賦形剤なしで提示され得る。
本発明のエアロゾル剤組成物は、呼吸器系内に、呼吸用サイズの粒子(例えば、吸入す
ると鼻、口および喉頭を通過するのに充分小さいサイズの粒子)を含む製剤として、肺の
気管支および肺胞を介して投与され得る。一般に、呼吸用粒子は、サイズが約0.5〜1
0ミクロンの範囲である。一実施形態において、該微粒状範囲は1〜5ミクロンであり得
る。別の実施形態では、微粒状範囲は2〜3ミクロンであり得る。エアロゾル剤中に含ま
れた呼吸用でないサイズの粒子は、喉に堆積されて嚥下される傾向にあり、したがって、
エアロゾル剤中の呼吸用でない粒子の量は最小限になる。経鼻投与では、鼻腔内での保持
を確実にするため、10〜500umの範囲の粒径が好ましい。
一部の実施形態において、本発明のsiNA組成物は、鼻に、例えば鼻炎の処置のため
に加圧エアロゾル製剤、水性製剤によって経表面投与され、加圧ポンプまたは噴霧化によ
って鼻に投与される。好適な製剤は、この目的のための希釈剤または担体として水を含む
ものである。一部の特定の実施形態では、肺または鼻への本発明の組成物の投与のための
水性製剤は、例えば、緩衝剤、張度改良剤などの慣用的な賦形剤を用いて提供され得る。
b.デバイス
本発明のsiNA分子は、上記に論考したような粒子および/またはエアロゾル剤とし
て製剤化および送達され得、当業者に知られた種々のエアロゾル化デバイスから施薬され
得る。
本発明のsiNA分子または製剤を含む液状または非液状粒子のエアロゾル剤は、任意
の適当な手段によって、例えば、ネブライザ(例えば、米国特許4,501,729を参
照のこと)(超音波式または空気ジェット式ネブライザなど)を構成するデバイスを用い
て作製され得る。
本発明のsiNA分子または製剤と界面活性剤とを含む固形粒子エアロゾル剤は、任意
の固形微粒状エアロゾル発生器を用いて作製され得る。本発明のsiNA分子に使用され
る固形粒子エアロゾル発生器の型の一例は吹送器である。実例としてのエアロゾル発生器
の第2の型は、定量吸入器(「MDI」)を構成しているものである。本明細書において
教示する該siNA分子または製剤を内包するMDIは、当該技術水準の方法によって調
製され得る(例えば、Byron(上記)および国際公開第96/32099号参照)。
また、該siNA分子を、流動体ディスペンサー(国際公開第05/044354号に
説明および図解されているものなど)からの送達のための流動体製剤として製剤化しても
よい。
本発明の一部の特定の実施形態では、意識があり自発呼吸する被検体および調節呼吸下
のあらゆる年齢の被検体に対する適用において、ネブライザデバイスが使用される。ネブ
ライザデバイスは、肺への経表面および全身性のターゲテッド薬物送達のために使用され
得る。一実施形態において、ネブライザを構成するデバイスは、本発明のsiNA分子ま
たは製剤を肺または肺系組織に局所送達するために使用される。別の実施形態では、ネブ
ライザを構成するデバイスは、本発明のsiNA分子または製剤を全身送達するために使
用される。
H.本発明のsiNA分子の他の適用/使用
本発明のsiNA分子はまた、診断適用、研究適用および/または医薬(medica
nt)の製造のためにも使用され得る。
一態様において、本発明は、被検体の疾患、形質または病状の診断方法であって、被検
体に本発明の組成物を、該被検体の該疾患、形質または病状の診断に適した条件下で投与
することを含む方法を特色とする。
一実施形態において、本発明のsiNA分子は、被検体または生物体の形質、疾患また
は病状と関連しているハプロタイプ多型によって生じるCTNNB1タンパク質の発現を
下方調節または阻害するために使用される。CTNNB1遺伝子またはCTNNB1タン
パク質もしくはRNAレベルの解析は、かかる多型を有する被検体、または本明細書に記
載の形質、病状もしくは疾患が発生するリスクのある被検体を特定するために使用され得
る。このような被検体は、処置に対して、例えば、本発明のsiNA分子および標的遺伝
子発現に関連する疾患の処置に有用な任意の他の組成物での処置に対して寛容である。そ
のため、CTNNB1のタンパク質またはRNAレベルの解析を用いて、被検体の処置に
おける処置の型および治療過程が決定され得る。CTNNB1のタンパク質またはRNA
レベルのモニタリングは、処置の転帰を予測するため、ならびに形質、障害、病状または
疾患と関連している特定のCTNNB1タンパク質のレベルおよび/または活性をモジュ
レートする化合物および組成物の有効性を判定するために使用され得る。
別の実施形態では、本発明は、医薬の製造における使用のための本発明による二本鎖核
酸の使用を含む。一実施形態において、医薬は、CTNNB1の作用または該作用の喪失
によって媒介される病状の処置における使用のためのものである。一実施形態では、医薬
は、癌の処置のための使用のためのものである。一実施形態では、医薬は、脳の癌、乳癌
、子宮頚がん、結腸直腸癌、腎細胞癌、白血病、肝細胞癌、肺がん、B細胞リンパ腫、多
発性骨髄腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、黒色腫および胃癌の処置のための使用のための
ものである。特別な一実施形態では、本発明の化合物は肝細胞癌の処置に有用である。
一部の特定の実施形態において、少なくとも一方の鎖が配列番号:5、配列番号:49
18、配列番号:194、配列番号:5107、配列番号:196、配列番号:5109
、配列番号:151もしくは配列番号:5064少なくとも15個のヌクレオチドの配列
;または式(A)を含むものであるsiNAは、癌、例えば限定されないが、脳の癌、乳
癌、子宮頚がん、結腸直腸癌、腎細胞癌、白血病、肝細胞癌、肺がん、B細胞リンパ腫、
多発性骨髄腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、黒色腫および胃癌などの処置方法における使
用のためのものである。
I.実施例
次に、本発明を、以下の非限定的な例とともに説明する。当業者には、本質的に同じ結
果が得られるように変更または修正可能なさまざまなノンクリティカルパラメータが容易
に認識されよう。
CTNNB1に対するsiNA活性体の設計、合成および同定
CTNNB1 siNAの合成
一連のsiNA分子を設計し、合成し、CTNNB1遺伝子発現に対する有効性につい
て評価した。特定のCTNNB1配列を設計し、米国特許出願第60/182,604号
に示された方法によって選択した。他の配列を設計し、プロプライエタリアルゴリズムを
用いて選択した。ヒトsiNAの特定のCTNNB1配列の設計のための主な基準は、(
i)2つの種(ヒトとアカゲザル)間の相同性、および(ii)プロプライエタリアルゴ
リズムで測定したときの高い有効性スコアとした。CTNNB1 RNAレベルに対する
siNAの効果。選択したsiNAの標的配列を表1aに示す(標的配列)。表1aの標
的配列に対応するsiNA配列のセンス鎖およびアンチセンス鎖を表1bに示す。合成し
た種々の化学修飾siNAを表1cに示す。
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標的配列の各オリゴヌクレオチドについて、siNAの2つの個々の相補鎖を、固相合
成を用いて別々に合成し、次いで、逆相固相抽出(SPE)によって別々に精製した。相
補鎖をアニーリングさせて二本鎖(double strand/duplex)を形成
し、所望の濃度で選択したバッファーにて送達した。
簡単には、一本鎖オリゴヌクレオチドを自動固相合成装置で、当該技術分野で一般的に
知られた手順にてホスホルアミダイト化学反応を用いて合成した(例えば、米国特許出願
第12/064,014号を参照のこと)。合成用カラムには、第1ヌクレオシド残基(
天然または化学修飾体)を用いて誘導体化した固相支持体を充填した。合成は、酸不安定
性5’−O−ジメトキシトリチル基の脱トリチル化によって5’−ヒドロキシルを放出さ
せることにより開始した。好適に保護したホスホルアミダイトと適当な活性化剤(アセト
ニトリル中)を、合成用カラムに同時に送達すると、5’−ヒドロキシルへのアミダイト
のカップリングがもたらされた。次いで、カラムを溶媒(アセトニトリルなど)で洗浄し
た。酸化性溶液(ヨウ素溶液など)をカラム中にポンプ輸送し、亜リン酸トリエステル結
合P(III)をそのホスホトリエステルP(V)類似体に酸化させた。未反応の5’−
ヒドロキシル基を、2,6−ルチジンおよびN−メチルイミダゾールの存在下、無水酢酸
などの試薬を用いてキャップした。次のホスホルアミダイトの組込みのため、脱トリチル
化工程により伸長サイクルを再開させた。このプロセスを、所望の配列が合成されるまで
繰り返した。合成は、最後の5’末端保護基(トリチルまたは5’−O−ジメトキシトリ
チル)を用いて終結させた。
合成が終了したら、固相支持体と結合オリゴヌクレオチドをアルゴン圧下または真空下
で乾燥させた。水性塩基を添加し、スクシニル結合の切断が行われるまで混合物を加熱し
、リン酸シアノエチル保護基を除去し、環外アミン保護の脱保護を行った。
以下のプロセスを、リボヌクレオチドを含まない単独鎖において行った。固相支持体を
水性塩基で処理した後、混合物を濾過し、固相支持体を、脱保護された粗製合成物質から
分離した。次いで、固相支持体を水ですすぎ洗浄し、これを濾液と合わせた。塩基性溶液
が得られることにより、5’−O−ジメトキシトリチル基が保持され、5’末端の位置に
残存することが可能になる(トリチル−オン)。
リボヌクレオチドを含む単独鎖には、以下のプロセスを行った。固相支持体を水性塩基
で処理した後、混合物を濾過し、固相支持体を脱保護された粗製合成物質から分離した。
次いで、固相支持体をジメチルスルホキシド(DMSO)ですすぎ洗浄し、これを濾液と
合わせた。この混合物に、トリエチルアミン三フッ化水素酸塩などのフッ化物試薬を添加
し、溶液を加熱した。反応液を適当なバッファーでクエンチし、最後の5’末端位置に5
’−O−ジメトキシトリチル基を有する粗製単独鎖の溶液を得た。
各粗製単独鎖のトリチル−オン溶液を、クロマトグラフィー精製(SPE RPC精製
など)を用いて精製した。トリチル基の疎水性の性質により、所望の完全長オリゴ体が、
非トリチル化切断型の不完全配列よりも強力に保持されることが可能になる。不完全配列
は、少量割合のアセトニトリルなどの適当な溶媒を用いて樹脂から選択的に洗い流した。
次いで、保持されたオリゴヌクレオチドを、トリフルオロ酢酸を用いてカラム上で脱トリ
チル化し、酸不安定性トリチル基を除去した。残留している酸をカラムから洗い流し、塩
交換を行い、物質の最終脱塩を開始させた。完全長オリゴ体を、水性有機溶媒を用いて精
製形態で回収した。次いで、最終生成物を、純度(HPLC)、実体(Maldi−TO
F MS)および収率(UV A260)について解析した。オリゴ体を凍結乾燥または
真空濃縮によって乾燥させた
アニーリング:生成物の解析に基づき、乾燥させたオリゴ体を適切なバッファーに溶解
させた後、等モル量(理論消衰係数を用いて計算)のセンスおよびアンチセンスオリゴヌ
クレオチド鎖を混合した。次いで、この溶液を、二本鎖の純度(クロマトグラフィー法に
より)および所望の終濃度について解析した。解析でいずれかの鎖が過剰であることが示
された場合は、過剰でないさらなる鎖を、二本鎖形成が完全になるまで滴定した。解析に
よって目的の生成物純度が得られたことが示された場合、該物質を送達し、使用可能状態
とした。
以下は、このプロトコルを用いて合成した、またはこのプロトコルを用いて、もしくは
当該技術分野で知られた方法を用いて合成され得る種々の修飾siNAを示す表である。
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表中:
A、C、GおよびU=リボースA、C、GまたはU
a、g、cおよびu=2’−デオキシ−2’−フルオロA、G、CまたはU
A、U、CおよびG=2’−O−メチル(2’−OMe)A、U、C、またはG
A、U、C、およびG=デオキシA、U、C、またはG
B=逆位無塩基
T=チミジン
I=イノシン
s=ホスホロチオエート結合。
市販の調製物のさらなる合成工程
アニーリング工程後に解析によって標的生成物の純度が得られたことが示されたら、該
物質を、濃縮および脱塩のためにタンジェンシャルフロー濾過(TFF)システムに移す
(これをアニーリング工程の前に行うのとは反対)。
限外濾過:アニーリング生成物の溶液を、適切な分子量カットオフ膜を含むTFFシス
テムを用いて濃縮する。濃縮後、この生成物の溶液をダイアフィルトレーションによって
Milli−Q水を用いて、濾液の電導度が水のものになるまで脱塩する。
凍結乾燥:濃縮された溶液をボトルに移し、フラッシュ凍結させ、凍結乾燥機に取り付
ける。次いで、生成物をフリーズドライして粉末にする。ボトルを凍結乾燥機から取り出
すと、使用可能状態になっている。
初期スクリーニングプロトコル(96ウェルプレートトランスフェクション)
細胞培養物の調製:
ヒトヘパトーマ細胞株HepG2、アカゲザル腎臓上皮細胞株、LLC−MK2派生株
およびHuh7細胞株を、改変イーグル培地中で培養した。培養培地にはすべて、10%
ウシ胎仔血清、100μg/mLのストレプトマイシン、100U/mLのペニシリンお
よび1%重炭酸ナトリウムを補給した。
トランスフェクションおよびスクリーニング
細胞を、処理済組織培養96ウェルプレートのすべてのウェル内に、3500(Hep
G2およびLLC−MK2派生株およびHuh7)細胞/ウェルの最終計数で、100μ
Lの適切な培養培地中にプレーティングした。細胞は、プレーティング後、5%CO
存在下で37℃にて一晩培養した。
翌日、siNAとRNAiMax(Invitrogen)を含む複合体を、以下のよ
うにして作製した。OPTI−MEM中で33倍に希釈したRNAiMaxの溶液を調製
した。並行して、OPTI−MEM中120nMの終濃度までの試験用のsiNAの溶液
を調製した。室温で5分間のRNAiMax/OPTI−MEM溶液のインキュベーショ
ン後、各siNAについて、等容量のsiNA溶液とRNAiMax溶液を一緒に添加し
た。
混合すると、siNAの濃度が60nMであるsiNA/RNAiMax溶液が生成さ
れた。この溶液を室温で20分間インキュベートした。インキュベーション後、20μL
の溶液を、該当する各ウェルに添加した。各ウェル内のsiNAの終濃度を10nMとし
、各ウェル内のRNAiMaxの最終容量を0.3ulとした。
低濃度スクリーニングのため、siNAを200、150、100または75pM/ウ
ェルでトランスフェクトした。12点用量応答曲線試験のため、一連のsiNAを、30
nMから初めて6倍連続希釈または40nMから初めて4倍連続希釈する。トランスフェ
クションはすべて、生物学的に多数の連で設定した。
RNAiMax−siNA複合体とのインキュベーション時間は24時間とし、トラン
スフェクションとスクリーニングおよび用量応答曲線試験のための収集とで培地は変えな
かった。持続アッセイでは、RNAiMax−siNA複合体とのインキュベーション時
間は24、72および120時間とした。トランスフェクションと24時間および72時
間の時間点での収集とで培地は変えなかった。120時間の時間点のトランスフェクショ
ンの72時間後に培地を新鮮培地と交換した。
Cells−to−Ctおよび逆転写反応
所望の時間点で培養培地を吸引し、培養プレートのウェルから廃棄した。トランスフェ
クト細胞を、ウェル1つあたり50uLのDPBS溶液で1回洗浄した。50マイクロリ
ットル/ウェルのTaqMan(登録商標)Gene Expression Cell
s−to−CT(商標)Kit(Applied Biosystems,カタログ番号
4399002)の溶解溶液(DNase Iを補給)をプレートに直接添加し、細胞を
溶解させた。5マイクロリットル/ウェルの同キットの停止溶液をプレートに添加すると
、5分間後にDNase Iが失活した。この溶解プレートを室温で少なくとも2分間イ
ンキュベートした。このプレートは、4℃で2時間、もしくは−80℃で2ヶ月保存する
ことができる。
逆転写プレートの各ウェルには、10uLの2×逆転写酵素バッファー、1uLの20
×逆転写酵素および2uLのヌクレアーゼ無含有水が必要であった。2×逆転写バッファ
ー、20×逆転写酵素ミックス、およびヌクレアーゼ無含有水を混合することにより、逆
転写マスターミックスを調製した。13uLの逆転写マスターミックスを、逆転写プレー
トの各ウェル(セミスカート付き)内に分注した。各細胞プレートに対して別途の逆転写
プレートを準備した。各細胞プレートに対して別途の逆転写プレートを準備した。上記の
細胞溶解手順による溶解物1つあたり7uLを、逆転写プレートの各ウェルに添加した。
プレートを密封し、遠心機でスピンさせ(1000rpmで30秒間)、内容物を逆転写
プレートの底に沈降させた。プレートをサーモサイクラー内に、37℃で60分間、95
℃で5分間、およびプレートをサーモサイクラーから取り出すまで4℃で置いた。取り出
したら、すぐに使用しない場合は、プレートを−20℃で凍結させた。
持続アッセイでは、同様のプロトコルに従ったが、細胞をトランスフェクションの1、
3または5日後に溶解させた。Cells−to−Ct(商標)Kit(Applied
Biosystems)を用いてcDNAを作製した。
定量的RT−PCR(Taqman)
一連のプローブおよびプライマーを使用し、CTNNB1およびGAPDHの遺伝子の
種々のmRNA転写物を検出した。ここに記載の実験のためのTaqmanプローブおよ
びプライマーはすべて、Applied Biosystems,Inc.により事前に
確認済の組として供給されたものである(表2参照)。
Figure 2013535212
アッセイは、ABI 7900機器において製造業者の使用説明書に従って行った。T
aqMan Gene Expression Master Mix(Cells−t
o−CT(商標)Kit,Applied Biosystems,カタログ番号439
9002に備えられたもの)を使用した。PCR反応は、50℃で2分間、95℃で10
分間の後、95℃で15秒間および60℃で1分間を40サイクル行った。
各実験において、増幅曲線の対数増殖期にベースラインを設定し、ベースラインと増幅
曲線の交点に基づいて、機器によりCt(サイクル数)値が割り当てられた。
計算
対象遺伝子の発現レベルおよび遺伝子発現の阻害%(%KD)を、比較Ct法を用いて
計算した。
ΔCt=Ct標的−CtGAPDH
ΔΔCt(log2(変化倍数))=ΔCt(標的siNA)−ΔCt(NTC)
相対発現レベル=2−ΔΔCt
%KD=100×(1−2−ΔΔCt
最も関連性のある対照であるため、特に記載のない限り、非標的化用対照siNAを、
遺伝子発現の阻害(ノックダウン)パーセントを計算する比較対象の値として選択した。
さらに、標準化データ(これは、細胞の一般的な健全状態およびRNA抽出の質を反映
する)のみを調べた。これは、処理細胞内の2種類の異なるmRNA(第1のものは標的
mRNAであり、第2のものは標準化体mRNAである)のレベルを調べることにより行
った。これにより、単に対象遺伝子のノックダウンであるよりむしろ、細胞に毒性の可能
性があり得るsiNAの排除が可能であった。これは、各ウェル内のGAPDHのCtを
、プレート全体のGAPDHのCtと比較することにより行った。
IC50の計算はすべて、R.2.9.2ソフトウェアを用いて行った。データは、単
純なリガンド結合に対するシグモイド用量応答(傾き可変)式を用いて解析した。阻害(
ノックダウン)パーセントの計算ではすべて、計算は、特に記載のない限り、非標的化対
照(Ctrl siNA)で処理した試料における対象遺伝子の標準化発現レベルに相対
して行った。
タンパク質レベルは、Bio−Rad VersaDoc Imagerを該機器のプ
ロトコルに従って用いて定量した。ピクセル計数は、各レーンにおいて同一面積サイズを
用いて行った。次いで、各試料を適切な対照処理試料と比較し、対照と比較した残留タン
パク質パーセントに変換した。
CTNNB1タンパク質レベルに対するリードsiNAの効果をユニバーサル対照の効
果と、スチューデントの両側T−検定を用いて比較し、P値を得た。P<0.05を有意
とみなした。
結果:
CTNNB1 siNAは、先に記載のとおりにして設計し、合成した。種々のsiN
AをHepG2、MK2DおよびHuh7細胞においてスクリーニングした。ヒト細胞に
おいて種々の修飾CTNNB1 siNAで処理したときのCTNNB1遺伝子発現デー
タのlog2(変化倍数)を表3aに示す。各スクリーニングは24時間目に行った。定
量的RT−PCRを使用し、CTNNB1 mRNAレベルを評価し、データを、GAP
DH(ユビキタス発現「ハウスキーピング」遺伝子)の発現レベルに対して標準化した。
次いで、各処理を非CTNNB1標的化対照に対して標準化した。
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
一次スクリーニングで大きなlog2(変化倍数)を有した表3aのsiNAのサブセ
ットを、Huh7細胞において再スクリーニングした。結果を表3bに示す。
Figure 2013535212
Figure 2013535212
CTNNB1 siNAは、先に記載のとおりにして設計し、合成した。種々のsiN
AをMK2D細胞においてスクリーニングした。ヒト細胞において種々の修飾CTNNB
1 siNAで処理したときのCTNNB1遺伝子発現データのlog2(変化倍数)を
表3cに示す。各スクリーニングは24時間目に行った。定量的RT−PCRを使用し、
CTNNB1 mRNAレベルを評価し、データを、GAPDH(ユビキタス発現「ハウ
スキーピング」遺伝子)の発現レベルに対して標準化した。次いで、各処理を非CTNN
B1標的化対照に対して標準化した。
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
表3aおよび3bの選択した高ランキングsiNAを、有効性と効力について、Huh
7細胞においてさらに解析した(用量応答曲線を使用)。これらのsiNAの結果を表4
に示す。効力50は、50%の標的mRNAのノックダウンがもたらされるsiNAトラ
ンスフェクション濃度の計算値である。24時間の曝露時間後にIC50を求めた。
Figure 2013535212
Figure 2013535212
表3aおよび3bのさらなるsiNAを、有効性と効力について、MK2D細胞におい
て用量応答曲線を用いてさらに解析した。これらのsiNAの結果を表5に示す。効力5
0は、50%の標的mRNAのノックダウンがもたらされるsiNAトランスフェクショ
ン濃度の計算値である。24時間の曝露時間後にIC50を求めた。
Figure 2013535212
siNAのインビトロ血清安定性の測定
siNAを、HOで50μM〜100μMストック溶液として再構成させ、ヒト血清
(37℃まで予備加温)に終濃度20μg/mLまで添加する。次いで、混合物を37℃
で0、1および2時間インキュベートする。各時間点の終了時、等容量のPhenome
nex Lysis−Loading Bufferと混合することにより反応を停止さ
せる。オリゴヌクレオチドを、96ウェル形式でPhenomenex Solid P
hase Extractionによって精製し、Labconco Triad Ly
o−00417で乾固するまで凍結乾燥させる。この凍結乾燥試料を150μLの1mM
EDTA(RNase無含有HOを用いて調製)中で再構成させる。次いで、試料溶
液を、ThermoFisher Orbitrapでの液体クロマトグラフィー/質量
分析(LC/MS)解析のために1mM EDTAで5倍に希釈する。siNAの血清中
代謝産物を、測定された分子量に基づいて調べた。
サイトカイン誘導の試験
脂質ナノ粒子(DLinDMA/コレステロール/S−PEG−C−DMA/DSPC
(40/48/2/10の比))中に負荷した本発明の種々のsiNAの免疫賦活効果を
評価するため、C57B1/6マウスに、単回3mpk用量のLNP製剤化siNAを尾
静脈注射によって投与する。血清または血漿試料を投与の3時間後と24時後に収集する
。これらの試料中のサイトカインおよびケモカインレベルを、SearchLight
IR Cytokine Array(Aushon Biosciences製)を製
造業者の使用説明書に従って用いて測定する。測定したサイトカインおよびケモカインは
、IL−1α、IL−1β、IL−6、KC、IL−10、IFNγ、TNF、GMCS
F、MIP−1β、MCP−1/JE、およびRANTESである。
マウスにおける有効性試験
マウスに、尾静脈注射によってLNP封入siNAまたはビヒクル対照を、2つの異な
る3週間投与スキーム:1回の1mg/kg用量を連続3日間または単回6mg/kg用
量/週を用いてIV投与する。一部の実験では、マウスに、100mg/kg BIDの
用量のソラフェニブを毎日3週間、共投与する。全身腫瘍組織総量をマイクロ−CTスキ
ャンイメージングによって測定する。最後のsiNA投与(23日目)の5日後に動物を
致死させ、各動物から正常肝臓組織と腫瘍組織をRNA精製のために収集する。全RNA
を、RNeasy 96キット(Qiagen,カタログ番号74182)を用いて精製
する。全RNAからcDNAを、High Capacity cDNA Revers
e Transcription Kit(カタログ番号:4368813)を用いて作
製する。定量的PCR反応を、TaqMan Universal PCR Maste
r Mix(カタログ番号:4304437)を用いて行う。ヒトCTNNB1のTaq
Man Gene Expression Assay(Hs00355045_m1)
およびヒトGAPDHのTaqMan Gene Expression Assayを
使用し、腫瘍組織内の両方の転写物のmRNAレベルをモニタリングする。マウスCTN
NB1のTaqMan Gene Expression Assay(Mm00483
033_m1)およびマウスGAPDHのTaqMan Gene Expressio
n Assayを使用し、肝臓組織内の両方の転写物のmRNAレベルをモニタリングす
る。CTNNB1の発現レベルをGAPDHに対して標準化し、技術的変動を最小限にす
る。
非ヒト霊長類における薬力学試験
アカゲザルに、単回2.5mpk用量のsiNA負荷脂質ナノ粒子を静脈内注入によっ
て投与する。標的mRNAのノックダウンをモニタリングするため、投与前と投与後の種
々の時間点で、16TゲージMenghini針を用いて各動物について約20mgの組
織の肝臓の生検を行う。また、投与前と投与後の異なる時間点で全血および血清/血漿を
収集し、処置と関連する潜在毒性をモニタリングする。手順はすべて、USDA Ani
mal Welfare Act(9 CFR,パート1、2および3)に概要が示され
た規定ならびにThe Guide for Care and Use of Lab
oratory Animals(ILAR publication,1996,Na
tional Academy Press)に明記された条件を順守したものである。
この肝臓生検組織由来の全RNAを、RNeasy 96キット(Qiagen,カタロ
グ番号74182)を用いて精製した。全RNAからcDNAを、High Capac
ity cDNA Reverse Transcription Kit(カタログ番
号:4368813)を用いて作製した。定量的PCR反応を、TaqMan Univ
ersal PCR Master Mix(カタログ番号:4304437)を用いて
行った。ヒトCTNNB1のTaqMan Gene Expression Assa
y(Hs00355045_m1)およびアカゲザルGAPDHのTaqMan Gen
e Expression Assay(Rh02621745_g1)を使用し、肝臓
生検組織内の両方の転写物のmRNAレベルをモニタリングする。CTNNB1の発現レ
ベルをGAPDHに対して標準化し、技術的変動を最小限にする。
siNAを含むLNP製剤(DLinDMA/コレステロール/S−PEG−C−DM
A/DSPC(40/48/2/10の比))を試験する。CTNNB1遺伝子発現のL
og2(変化倍数)を投与後3、7、14および28日目に求める。サルの投与前CTN
NB1発現レベルは最初の投与の7日前に測定する。
マウスにおける薬力学試験
マウスに、尾静脈注射によってLNP封入siNAまたはビヒクル対照を、単回0.3
3mg/kgを用いてIV投与した。各処置を施与した5匹の動物をsiNA投与の2、
7、14および21日後に致死させ、各動物から肝臓組織をRNA精製のために収集した
。全RNAを、RNeasy 96キット(Qiagen,カタログ番号74182)を
用いて精製した。全RNAからcDNAを、High Capacity cDNA R
everse Transcription Kit(カタログ番号:4368813)
を用いて作製した。定量的PCR反応を、TaqMan Universal PCR
Master Mix(カタログ番号:4304437)を用いて行った。マウスCTN
NB1のTaqMan Gene Expression Assay(Mm00483
033_m1)およびマウスGAPDHのTaqMan Gene Expressio
n Assayを使用し、両方の転写物のmRNAレベルをモニタリングした。CTNN
B1の発現レベルをGAPDHに対して標準化し、技術的変動を最小限にした。データを
表6に示す。
Figure 2013535212
非ヒト霊長類における薬力学試験
アカゲザルに、単回3.34mg/m体表面積の用量のsiNA負荷脂質ナノ粒子を
静脈内注入によって投与した。標的mRNAのノックダウンをモニタリングするため、投
与前と投与後の種々の時間点で、16TゲージMenghini針を用いて各動物につい
て約20mgの組織の肝臓の生検を行った。また、投与前と投与後の異なる時間点で全血
および血清/血漿を収集し、処置と関連する潜在毒性をモニタリングする。手順はすべて
、USDA Animal Welfare Act(9 CFR,パート1、2および
3)に概要が示された規定ならびにThe Guide for Care and U
se of Laboratory Animals(ILAR publicatio
n,1996,National Academy Press)に明記された条件を順
守した。この肝臓生検組織由来の全RNAを、RNeasy 96キット(Qiagen
,カタログ番号74182)を用いて精製した。全RNAからcDNAを、High C
apacity cDNA Reverse Transcription Kit(カ
タログ番号:4368813)を用いて作製した。定量的PCR反応を、TaqMan
Universal PCR Master Mix(カタログ番号:4304437)
を用いて行った。ヒトCTNNB1のTaqMan Gene Expression
Assay(Hs00355045_m1)およびアカゲザルGAPDHのTaqMan
Gene Expression Assay(Rh02621745_g1)を使用
し、肝臓生検組織内の両方の転写物のmRNAレベルをモニタリングした。CTNNB1
の発現レベルをGAPDHに対して標準化し、技術的変動を最小限にした。データを表7
に示す。siNAを含むLNP製剤(DLinDMA/コレステロール/S−PEG−C
−DMA/DSPC(40/48/2/10の比))を試験した。CTNNB1遺伝子発
現のLog2(変化倍数)を投与後2日目と7日目に求めた。サルの投与前CTNNB1
発現レベルは最初の投与の6日前に測定する。
Figure 2013535212
低分子干渉核酸脂質ナノ粒子(LNP)製剤
A.LNP製剤に関するLNPプロセスの一般記載:
脂質ナノ粒子を衝突噴流プロセスによって調製した。この粒子は、アルコールに溶解さ
せた脂質を、クエン酸バッファーに溶解させたsiNAと混合することにより形成させた
。脂質溶液は、カチオン性脂質、ヘルパー脂質(コレステロール)、PEG(例えば、P
EG−C−DMA、PEG−DMG)脂質、およびDSPCを、アルコール(例えば、エ
タノール)中に5〜15mg/mL(目標9〜12mg/mL)の濃度で含むものとした
。脂質の比率は、カチオン性脂質を25〜98(目標35〜65)のモルパーセント範囲
を有するものとし、ヘルパー脂質は、0〜75(目標30〜50)のモルパーセント範囲
を有するものとし、PEG脂質は1〜15(目標1〜6)のモルパーセント範囲を有し、
DSPCは0〜15(目標0〜12)のモルパーセント範囲を有するものとした。siN
A溶液は、1種類以上のsiNA配列を、クエン酸ナトリウム緩衝塩溶液(3.5〜5の
範囲のpHを有する)中に0.3〜0.6mg/mLの(目標0.3〜0.9mg/mL
)の濃度範囲で含むものとした。この2つの溶液を15〜40℃(目標30〜40℃)の
範囲の温度まで加熱し、次いで、衝突噴流混合機内で混合すると、即座にLNPが形成さ
れた。T字部内径(teeID)は0.25〜1.0mmの範囲であり、総流速は10〜
600mL/分とした。流速とチューブ内径の組合せは、LNPの粒径を30〜200n
mに制御する効果を有した。次いで、LNP懸濁液を緩衝溶液と高pHで、1:1〜1:
3(vol:vol)(だが1:2(vol:vol)を目標にした)の範囲の混合比で
混合した。この緩衝溶液を15〜40℃(目標30〜40℃)の範囲の温度にした。この
LNP懸濁液を、さらに緩衝溶液と高pHで、1:1〜1:3(vol:vol)(だが
1:2(vol:vol)を目標にした)の範囲の混合比で混合した。緩衝溶液は、15
〜40℃(目標30〜40℃)の範囲の温度にした。混合LNPを30分〜2時間保持し
た後、アニオン交換濾過工程を行った。インキュベーション時の温度は15〜40℃(目
標30〜40℃)の範囲にした。インキュベーション後、LNP懸濁液を0.8umフィ
ルターに通して濾過した(アニオン交換分離工程を含む)。このプロセスでは、1mm
ID〜5mm IDの範囲のチューブ内径および10〜2000mL/分の流速を使用し
た。LNPを濃縮し、限外濾過プロセスによってダイアフィルトレーションし、このとき
、アルコールが除去され、クエン酸バッファーが最終バッファー溶液(リン酸緩衝生理食
塩水など)と交換された。限外濾過プロセスには、タンジェンシャルフロー濾過形式(T
FF)を使用した。このプロセスでは、30〜500KDの名目分子量カットオフ範囲の
膜を使用した。膜形式は、中空繊維またはフラットシートカセットとした。適正な分子量
カットオフを用いたTFFプロセスにより、LNPが保持液中に保持され、濾液または透
過液中にアルコール;クエン酸バッファー;および最終バッファー廃物が含有された。T
FFプロセスは、初期濃度からsiNA濃度1〜3mg/mLまでの多工程プロセスであ
る。濃縮後、LNP懸濁液を最終バッファーに対して10〜20容量でダイアフィルトレ
ーションし、アルコールを除去してバッファー交換を行った。次いで、この物質をさらに
1〜3倍に濃縮した。LNPプロセスの最終工程は、濃縮LNP溶液の滅菌濾過および生
成物のバイアル封入とした。
解析手順:
1)siNA濃度
siNA二本鎖の濃度を、強アニオン交換高速液体クロマトグラフィー(SAX−HP
LC)により、Waters 2695 Allianceシステム(Water Co
rporation,Milford MA)を2996 PDA検出器とともに用いて
測定した。LNP(あるいは、RNAi送達媒体(RDV)とも称する)を、0.5%T
riton X−100で処理して全siNAを遊離させ、SAX分離により、Dion
ex BioLC DNAPac PA 200(4×250mm)カラム(254nm
でUV検出)を用いて解析した。移動相は、A:25mM NaClO,10mM T
ris,20%EtOH,pH7.0と、B:250mM NaClO,10mM T
ris,20%EtOH,pH7.0で構成し、0から15分までの線形勾配および流速
を1ml/分とした。siNA量は、siNA標準曲線との比較により求めた。
2)封入速度
蛍光試薬SYBR GoldをRNA定量に使用し、RDVの封入速度をモニタリング
した。Triton X−100を伴う、または伴わないRDVを使用し、遊離siNA
および全siNAの量を調べた。アッセイは、SpectraMax M5eマイクロプ
レート分光測光器(Molecular Devices(Sunnyvale,CA)
製)を用いて行われる。試料を485nmで励起し、蛍光放射を530nmで測定した。
siNA量は、siNA標準曲線との比較により求められる。
封入速度=(1−遊離siNA/全siNA)×100%
3)粒径および多分散性
1μgのsiNAを内包しているRDVを、1×PBSで最終容量3mlまで希釈した
。試料の粒径および多分散性を、動的光散乱法によりZetaPALS機器(Brook
haven Instruments Corporation,Holtsville
,NY)を用いて測定した。散乱強度は、He−Neレーザーで25℃にて90°の散乱
角で測定した。
4)ゼータ電位の解析
1μgのsiNAを内包しているRDVを、1mM Trisバッファー(pH7.4
)で最終容量2mlまで希釈した。試料の電気泳動移動度をZetaPALS機器(Br
ookhaven Instruments Corporation,Holtsvi
lle,NY)(電極および光源としてHe−Neレーザーを有する)を用いて調べた。
ゼータ電位の計算では、スモルコフスキー限界を想定した。
5)脂質の解析
個々の脂質濃度を、逆相高速液体クロマトグラフィー(RP−HPLC)により、Wa
ters 2695 Allianceシステム(Water Corporation
,Milford MA)をコロナ荷電エアロゾル検出器(CAD)(ESA Bios
ciences,Inc,Chelmsford,MA)とともに用いて測定した。RD
V内の個々の脂質を、Agilent Zorbax SB−CI8(50×4.6mm
,1.8μm粒径)カラムをCADとともに用いて60℃で解析した。移動相は、A:0
.1%TFA(HO中)とB:0.1%TFA(IPA中)で構成した。勾配は、60
%移動相Aおよび40%移動相Bで時間0から40%移動相Aおよび60%移動相Bに1
.00分まで;40%移動相Aおよび60%移動相Bで1.00から5.00分まで;4
0%移動相Aおよび60%移動相Bで5.00分から25%移動相Aおよび75%移動相
Bに10.00分まで;25%移動相Aおよび75%移動相Bで10.00分から5%移
動相Aおよび95%移動相Bに15.00分まで;および5%移動相Aおよび95%移動
相Bで15.00から60%移動相Aおよび40%移動相Bに20.00分まで変化させ
、流速は1ml/分とした。個々の脂質濃度は標準曲線との比較により求め、RDV内の
すべての脂質成分が二次曲線にフィットした。各脂質のモル分率を、その分子量に基づい
て計算した。
B.表11の種々の製剤の一般的なLNP調製物
表11のsiNAナノ粒子懸濁液を、siNAおよび/または担体分子を20mMクエ
ン酸ナトリウムバッファー(pH5.0)に約0.40mg/mLの濃度で溶解させるこ
とにより調製した。脂質溶液は、カチオン性脂質(例えば、(13Z,16Z)−N,N
−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエン−1−アミン,表12の構造参照)
、DSPC、コレステロールおよびPEG−DMG(表11に示した比率)の混合物を無
水エタノールに、約8mg/mLの濃度で溶解させることにより調製した。リン酸部に対
する窒素の比率は6:1と概算された。
ほぼ等容量のsiNA/担体溶液と脂質溶液を、2つのFPLCポンプを同じ流速で用
いて混合T字コネクタに送達した。背圧弁ワイス(wais)を使用し、所望の粒径に調
整した。得られた乳状混合物を滅菌ガラスビン内に収集した。次いで、この混合物を等容
量のクエン酸バッファーで、続いて等容量のPBS(pH7.4)で希釈し、イオン交換
膜に通して濾過し、混合物中の遊離siNA/担体(あれば)を除去した。PBS(7.
4))に対する限外濾過を使用し、エタノールを除去してバッファーを交換した。所望の
容量まで濃縮し、0.2μmフィルターに通して滅菌濾過することにより最終LNPを得
た。得られたLNPを、粒径、ゼータ電位、アルコール含量、総脂質含量、封入核酸およ
び総核酸濃度に関して特性評価した。
LNP製造プロセス
非限定的な例において、LNPを、バルクで以下のようにして調製した。このプロセス
は、(1)脂質溶液の調製;(2)siNA/担体溶液の調製;(3)混合/粒子の形成
;(4)インキュベーション;(5)希釈;(6)限外濾過および濃縮からなるものとし
た。
1.脂質溶液の調製
2L容のガラス試薬ビンとメスシリンダーを脱パイロジェン処理した。脂質を室温まで
昇温させた。このガラス試薬ビン内に、8.0gの(13Z,16Z)−N,N−ジメチ
ル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエン−1−アミンをピペットで移し、1.2gの
DSPC、3.5gのコレステロール、0.9gのPEG−DMGを添加した。この混合
物に1Lのエタノールを添加する。試薬ビンを、加熱した水浴(50℃を超えない温度)
中に入れた。脂質懸濁液を撹拌バーで撹拌した。この懸濁液中に、丸底フラスコの口の1
つから密封アダプターを付けて熱電対プローブを入れた。懸濁液を透明になるまで30〜
40℃で加熱した。この溶液を室温まで放冷した。
2.siNA/担体溶液の調製
滅菌容器(Corning保存ビン)内に、水補正因子(およそ1.2)の0.4倍の
g数のsiNA粉末を量り入れた。このsiNAを、脱パイロジェン処理した2L容ガラ
ス試薬ビンに移した。この秤量容器をクエン酸バッファー(20mM,pH5.0)で3
回すすぎ洗浄し、すすぎ液をこの2L容ガラスビンに入れ、1Lになるまでクエン酸バッ
ファーで分量供給(QS)した。siNA溶液の濃度を、UV分光計により以下の手順を
用いて測定した。該溶液から20μLを取り出し、希釈し、50倍の1000μLにし、
クエン酸バッファーでのブランク測定後にUV読み値をA260nmで記録した。これを
繰り返した。注:2つの試料の読み値が整合している場合は、平均をとり、siNAの消
散係数に基づいて濃度が計算され得る。最終濃度が0.40±0.01mg/mLの範囲
外である場合、さらにsiNA/担体粉末を添加すること、またはさらにクエン酸バッフ
ァーを添加することにより濃度が調整され得る。このプロセスは、適用可能な場合は第2
のsiNAで反復してもよい。
siNA/担体溶液を2種類以上のsiNA二本鎖および/または担体のカクテルでは
なく単独siNA二本鎖で構成した場合、siNA/担体を20mMクエン酸バッファー
(pH5.0)に溶解させ、0.4mg/mLの最終濃度を得た。
次いで、脂質溶液とエタノール溶液をPall Acropak 20 0.8/0.
2μm滅菌フィルターPN 12203に通して滅菌濾過し、Master Flex
Peristaltic Pump Model 7520−40を用いて脱パイロジェ
ン処理したガラス槽内に入れ、封入プロセスのための滅菌出発物質を得た。濾過プロセス
は、20cmの膜面積で80mL規模にて実施した。流速は280mL/分とした。こ
のプロセスは、チューブ直径と濾過面積を増大させることにより拡大することができる。
3.粒子形成−混合工程
ツーバレルシリンジ駆動型ポンプ(Harvard 33 Twin Syringe
)を使用し、滅菌脂質/エタノール溶液と、滅菌siNA/担体またはsiNA/担体カ
クテル/クエン酸バッファー(20mMクエン酸バッファー,pH5.0)溶液を、0.
5mm ID T−混合機(混合ステージI)内で、等しいまたはほぼ等しい流速で混合
した。得られた排出LNP懸濁液には、40〜50vol%のエタノールが含まれていた
。45vol%エタノール排出懸濁液を得るため、滅菌脂質/エタノールと、滅菌siN
A/担体またはsiNA/担体カクテル/クエン酸バッファー溶液を、それぞれ、54m
L/分および66mL/分の流速で、排出混合物の総流速が120mL/分となるように
混合した。
4.希釈
混合ステージIの排出流は直接、4mm ID T−混合機(混合ステージII)内に
供給され、ここで、高pHの緩衝溶液(20mMクエン酸ナトリウム,300mM塩化ナ
トリウム,pH6.0)により1:1(vol:vol%)の比率で希釈された。この緩
衝溶液は30〜40℃の範囲の温度であり、4mm T−混合機に蠕動ポンプ(Cole
Parmer MasterFlex L/S 600 RPM)によって120mL
/分の流速で送達した。
混合ステージIIの排出流は直接、6mm ID T−混合機(混合ステージIII)
内に供給され、ここで、高pH緩衝溶液(PBS,pH7.4)により1:1(vol:
vol%)の比率で希釈された。この緩衝溶液は15〜25℃の範囲の温度であり、6m
m T−混合機に蠕動ポンプ(Cole Parmer MasterFlex L/S
600 RPM)によって240mL/分の流速で送達された。
5.インキュベーションおよび遊離siNAの除去
混合ステージIIIの排出流は、30分間のインキュベーションのための混合後に保持
した。インキュベーションは35〜40℃の温度で行い、プロセス内懸濁液を光から保護
した。インキュベーション後、遊離の(封入されていない)siNAを、Mustang
Qクロマトグラフィーフィルター(カプセル)でのアニオン交換によって除去した。使
用前、クロマトグラフィーフィルターを、逐次、1N NaOH、1M NaCl、およ
び最終の12.5vol%エタノール溶液(PBS中)のフラッシュ液で前処理した。最
終フラッシュ液のpHは、pH<8が確実であることが確認された。次いで、インキュベ
ーションしたLNP流を、Mustang Qフィルターによって蠕動ポンプ(Cole
Parmer MasterFlex L/S 600 RPM)によっておよそ10
0mL/分の流速で濾過した。濾過流を、以下の限外濾過および濃縮のために滅菌ガラス
容器内に受容した。
6.限外濾過、濃縮および滅菌濾過
限外濾過プロセスは時限的プロセスであり、流速は注意深くモニタリングしなければな
らない。これは2工程プロセスであり;最初は、希釈物質を採取し、およそ0.3〜0.
6mg/mLの濃度のsiNAにおよそ8倍濃縮する濃縮工程である。
第1の工程では、限外濾過膜100kDa PES(Spectrum Labs)が
取り付けられたリングスタンドを蠕動ポンプ(Spectrum KrosFloII
System)に装着した。9.2Lの滅菌蒸留水をレザーバに添加し;3Lをドレイン
排出して廃棄し、残りを透過液中にドレイン排出して廃棄した。5.3Lの0.25N水
酸化ナトリウムをレザーバに添加し、1.5Lをドレイン排出して廃棄し、3.1Lを透
過液中にドレイン排出して廃棄した、残りの水酸化ナトリウムを、消毒のために系内に保
持し(少なくとも10分間)、次いでポンプをドレイン排出した。9.2Lの70(v/
v)%イソプロピルアルコールをレザーバに添加し、1.5Lをドレイン排出して廃棄し
、残りを透過液中にドレイン排出して廃棄した。6Lのコンディショニングバッファー(
リン酸緩衝生理食塩水中12.5%エタノール)を添加し、1.5Lをドレイン排出して
廃棄し、残りを、廃液が中性pH(7〜8)になるまで透過液中にドレイン排出した。膜
の流出値を記録し、次いでポンプをドレイン排出した。
希釈LNP溶液をレザーバ内に1.1Lの印まで入れた。ポンプを2.3L/分で作動
させた。5分間の再循環後、透過液ポンプを62.5mL/分で作動させ、液レベルをレ
ザーバ内で、およそ950mLに一定にした。希釈LNP溶液を9.8Lから1.1Lま
で140分間で濃縮し、希釈LNP溶液がすべてレザーバに移されたらポンプを一時停止
した。
第2工程は、エタノール/水性バッファーをリン酸緩衝生理食塩水に交換するダイアフ
ィルトレーション工程とした。この工程中、およそ10〜20ダイアフィルトレーション
容量のリン酸緩衝生理食塩水を使用した。ダイアフィルトレーション後、2回目の濃縮を
行い、LNP懸濁液をおよそ1〜1.5mg/mLのsiRNAに3倍濃縮した。濃縮さ
れた懸濁液を滅菌プラスチックPETGビン内に収集した。次いで、最終懸濁液を、逐次
、Pall 0.45um PESフィルターおよびPall 0.2um PESフィ
ルターによって最終滅菌のために濾過した後、バイアルに充填した。
得られたLNPを、粒径、ゼータ電位、アルコール含量、総脂質含量、封入核酸および
総核酸濃度に関して特性評価した。
C.新規なカチオン性脂質の合成
新規なカチオン性脂質の合成は、脂質酸(i)を出発物質とする線形プロセスである。
N,O−ジメチルヒドロキシルアミンにカップリングさせると、ワインレブアミドiiが
得られる。グリニャール付加によりケトンiiiが生成される。チタン媒介性還元的アミ
ノ化によりivの型の最終生成物が得られる。
一般スキーム1
Figure 2013535212
単一炭素ホモログ化カチオン性脂質vの合成は、脂質ケトン(iii)を出発物質とす
る線形プロセスである。該ケトンのニトリル(iv)への変換は、TOSMICおよびカ
リウムtert−ブトキシドでの処理によって行われる。該ニトリルを第1級アミンに還
元した後、還元的アミノ化を行うと最終のカチオン性脂質vが得られる。
一般スキーム2
Figure 2013535212
二炭素ホモログ化カチオン性脂質viiiの合成は、脂質ケトン(iii)を出発物質
とする線形プロセスである。該ケトンのα,β−不飽和アミドviへの変換は、ピーター
ソン条件下で行われる。該α,β−不飽和の共役還元は、LS−セレクトリドを用いて行
われ、アミドviiが得られる。該アミドを水素化アルミニウムリチウムで還元すると、
最終のカチオン性脂質viiiが得られる。
一般スキーム3
Figure 2013535212
シクロプロピル含有脂質は一般スキーム4に従って調製される。不飽和ワインレブアミ
ドiiをシモンズ・スミスシクロプロパン化条件に供すると、シクロプロピル含有ワイン
レブアミドixが得られる。これを、一般スキーム1〜3に概略を示したようにして最終
生成物にする。
一般スキーム4
Figure 2013535212
アリル型アミンカチオン性脂質xvの合成は、アルデヒドxを出発物質とする線形プロ
セスである。酢酸t−ブチルを付加すると、β−ヒドロキシエステルxiが生成される。
該ヒドロキシル官能部をフルオロ基に変換させた後、酸処理を行うと、β−フルオロ酸x
iiが生成される。該酸をワインレブアミドに変換させた後、グリニャール付加を行うと
、β−フルオロケトンxivが得られる。還元的アミノ化により、同時脱離がもたらされ
、所望のアリル型アミンxvが生成される。
一般スキーム5
Figure 2013535212
20,23−ノナコサジエン−10−アミン,N,N−ジメチル−,(20Z,23Z
)(化合物1)
Figure 2013535212
11,14−エイコサジエン酸,(11Z,14Z)−(50g,162mmol)、
N,O−ジメチルヒドロキシルアミン塩酸塩(31.6g,324mmol)、HOAt
(44.1g,324mmol)、EtN(45.2mL,324mmol)、および
EDC(62.1g,324mmol)をDCM(810mL)中で混合し、周囲温度で
一晩撹拌した。次いで、反応液を5×700mLの水で洗浄し、次いで1×600mLの
1M NaOH洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、セライトに通して濾過し、エバポレ
ートし、53.06g(93%)の11,14−エイコサジエンアミド,N−メトキシ−
N−メチル−,(11Z,14Z)を透明な金色の油状物として得た。H NMR(4
00MHz,CDCl)δ 5.35(m,4H),3.68(s,3H),3.18
(s,3H),2.77(m,2H),2.41(t,J=7Hz,2H),2.05(
m,4H),1.63(m,2H),1.40−1.26(m,18H),0.89(t
,J=7Hz,3H).
Figure 2013535212
11,14−エイコサジエンアミド,N−メトキシ−N−メチル−,(11Z,14Z
)−1(4g,11.38mmol)を、250mL容フラスコ内の乾燥THF(50.
0ml)に溶解させた。次いで、1Mのノニルマグネシウムブロミド(22.76ml,
22.76mmol)を窒素下、周囲温度で添加した。10分後、過剰の飽和水性NH
Clで反応液をゆっくりクエンチした。反応液を分液漏斗内でヘキサンと水にて洗浄し、
振り、下側の水層を廃棄し、上側の層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、エバポレー
トし、粗製ケトンを金色の油状物として得た。上記の粗製ケトンに、ジメチルアミン(T
HF中2M)(14.22ml,28.4mmol)を添加した後、Ti(O−i−Pr
(6.67ml,22.76mmol)を添加し、一晩撹拌状態にした。翌日、Et
OH(50ml)を添加した後、NaBH(0.646g,17.07mmol)を添
加した。5分間の撹拌後、全反応液を、330gシリカカラムに合わせた40gシリカカ
ラムに注入した。10分間は100%DCMで、次の30分間は0から15%のMeOH
/DCMで溶出させると、20,23−ノナコサジエン−10−アミン,N,N−ジメチ
ル−,(20Z,23Z)(1)(2.45g,5.47mmol,48.1%収率)が
かすかに金色の油状物として収集された。H NMR(400MHz,CDCl)δ
5.35(m,4H),2.78(m,2H),2.23(m,1H),2.21(s
,6H),2.05(m,4H),1.45−1.16(m,38H),0.89(m,
6H)。HRMS C31H61Nの計算値448.4877,実測値448.4872
化合物2〜30は新規なカチオン性脂質であり、上記の一般スキーム1に従って調製し
た。
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
(12Z,15Z)−N,N−ジメチル−2−ノニルヘニコサ−12,15−ジエン−
1−アミン(化合物31)
Figure 2013535212
ケトンiii(4.0g,9.55mmol)、TOSMIC(2.4g,12.4m
mol)を含むジメトキシエタン(45mL)の溶液を0℃まで冷却し、カリウムter
t−ブトキシド(19.1mmol,19.1mLの1MのtBuOH溶液)で処理した
。90分後、反応液をヘキサンと水間に分配した。有機部分を水で洗浄し、硫酸ナトリウ
ム上で乾燥させ、濾過し、真空にてエバポレートした。この物質をフラッシュクロマトグ
ラフィーによって精製し(0から5%のEtOAc/ヘキサン)、所望の生成物を得た(
約20%の出発物質(s.m.)を含有)。この混合物を次の工程に、そのままの状態で
持ち越した。LC/MS(M+H)=430.6。
Figure 2013535212
水素化アルミニウムリチウム(23.9mmol,23.9mLの1MのTHF溶液)
をニトリルiv(3.42g,8mmol)に直接、周囲温度で添加し、反応液を20分
間撹拌した。反応液を100mLのTHFで希釈し、0℃まで冷却し、硫酸ナトリウム十
水和物溶液を用いて注意深くクエンチした。固形物を濾別し、THFで洗浄した。濾液を
真空にてエバポレートし、直接、次の反応に粗製状態で持ち越した。LC/MS(M+H
)=434.6。
Figure 2013535212
第1級アミン(3.45g,6.2mmol)のジクロロエタン(100mL)溶液を
ホルムアルデヒド(1.6mL,21.7mmol)で処理した後、トリアセトキシ水素
化ホウ素ナトリウム(6.6g,31mmol)で処理した。5分後、反応液をジクロロ
メタンと1N NaOH間に分配した。有機部分を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し
、真空にてエバポレートした。粗製混合物を逆相分取用クロマトグラフィー(C8カラム
)によって精製し、(12Z,15Z)−N,N−ジメチル−2−ノニルヘニコサ−12
,15−ジエン−1−アミンを得た。HRMS 計算値462.5033,実測値462
.5026。H NMR(400MHz,CDCl)δ 5.35(m,4H),2
.78(2H,t,J=5.6Hz),2.18(s,6H),2.05(m,6H),
1.3(m,39H),0.89(m,6H)。
(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエン−1
−アミン(化合物32)
Figure 2013535212
シリルアミドのピーターソン試薬(3.1g,16.7mmol)をTHF(35mL
)に溶解させ、−63℃まで冷却した。この溶液にnBuLi(16.7mmol,6.
7mLの2.5M溶液)を添加した。反応液を周囲温度まで30分間昇温させた。ケトン
(5.0g,11.9mmol)を第2のフラスコ内のTHF(25mL)に溶解させた
。ピーターソン試薬を−60℃のケトン溶液に移した。反応液を−40℃まで1時間昇温
させ、次いで、0℃まで30分間昇温させた。重炭酸ナトリウムを用いて反応液をクエン
チし、さらに水で希釈し、水/ヘキサン間に分配した。有機部分をブラインで洗浄し、硫
酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、真空にてエバポレートした。フラッシュクロマトグ
ラフィーによって精製し(0から40%までのMTBE/ヘキサン)、α,β−不飽和ア
ミドviを得た。H NMR(400MHz,CDCl)δ 5.75(s,1H)
,5.36(m,4H),3.01(s,3H),2.99(s,3H),2.78(t
,2H),2.28(t,2H),2.05(m,6H),1.35(m,34H),0
.89(m,6H)。
Figure 2013535212
α,β−不飽和アミドvi(1g,2.1mmol)とLS−セレクトライド(4.1
mmol,4.1mLの1M溶液)を密封チューブ内で合わせ、60℃まで24時間加熱
した。反応液を周囲温度まで冷却し、塩化アンモニウム溶液とヘプタン間に分配した。有
機部分を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、真空にてエバポレートし、アミドvii
を得た。この中間体を直接、次の反応に粗製状態で持ち越した。
Figure 2013535212
アミドvii(2.85g,5.8mmol)の溶液に、水素化アルミニウムリチウム
(8.7mmol,8.7mLの1M溶液)を添加した。反応液を周囲温度で10分間撹
拌し、次いで、硫酸ナトリウム十水和物溶液をゆっくり添加することによってクエンチし
た。固形物を濾過し、THFで洗浄し、濾液を真空にてエバポレートした。粗製混合物を
逆相分取用クロマトグラフィー(C8カラム)によって精製し、(13Z,16Z)−N
,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエン−1−アミン(化合物32)を
油状物として得た。HRMS(M+H)計算値476.5190,実測値476.518
9。H NMR(400MHz,CDCl)δ 5.37(m,4H),2.78(
t,2H),2.42(m,8H),2.05(q,4H),1.28(m,41H),
0.89(m,6H)。
N,N−ジメチル−1−(2−オクチルシクロプロピル)ヘプタデカン−8−アミン(
化合物33)
Figure 2013535212
0℃まで冷却したオレイン酸(1g,3.5mmol)のDCM(500mL)溶液に
、CDI(0.63g,3.9mmol)を添加した。反応液を周囲温度まで30分間昇
温させた後、0℃まで冷却し、まずトリエチルアミン(0.39g,3.9mmol)で
、次いでジメチルヒドロキシルアミン塩酸塩(0.38g,3.9mmol)で処理した
。1時間後、反応液を水とヘプタン間に分配した。有機部分を硫酸マグネシウム上で乾燥
させ、濾過し、真空にてエバポレートし、粗製ワインレブアミドiiを得、これを直接、
次の反応に持ち越した。
Figure 2013535212
ジエチル亜鉛(70.3mmol,70.3mLの1M溶液)のジクロロメタン(13
0mL)溶液を−1℃まで冷却し、TFA(8.0g,70.3mmol)の滴下で処理
した。30分後、ジヨードメタン(18.8g,70.3mmol)を添加し、これを氷
浴内で30分間熟成させた。この溶液に、ワインレブアミドii(7.6g,23.4m
mol)を添加した。反応液を周囲温度まで昇温させ、1時間撹拌した。塩化アンモニウ
ム溶液(100mL)を用いて反応液をクエンチし、有機層を分配して取り出し、10%
チオ硫酸ナトリウムで洗浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、真空にてエバポ
レートした。精製はフラッシュクロマトグラフィーとし(0から30%までのMTBE/
ヘプタン)、所望の生成物ixを得た。H NMR(400MHz,CDCl)δ
3.72(s,3H),3.22(s,3H),2.48(t,2H),1.65(m,
2H),1.39(m,22H),1.18(m,2H),0.91(t,3H),0.
68(m,2H),0.59(m,1H),−0.32(m,1H)。
Figure 2013535212
ワインレブアミドixの化合物33への変換は、上記の化合物1について記載のものと
同様の様式で行った(ノニルグリニャール付加の後、還元的アミノ化)。LC/MS(M
+H)=436.6。H NMR(400MHz,CDCl)δ 2.25(s,6
H),1.30(m,45H),0.91(m,6H),0.68(m,2H),0.5
9(m,1H),−0.31(m,1H)。
化合物34〜43は新規なカチオン性脂質であり、上記の一般スキーム1〜4に従って
調製した。
Figure 2013535212
Figure 2013535212
(11E,20Z,23Z)−N,N−ジメチルノナコサ−11,20,23−トリエ
ン−10−アミン(化合物44)
Figure 2013535212
−78℃まで冷却したLDA(95mmol,47.5mLの2M溶液)のTHF(1
27mL)溶液に、酢酸t−ブチルを添加した。反応液を15分間撹拌した後、アルデヒ
ドxを添加した。直ちに塩化アンモニウム溶液を用いて反応液をクエンチし、周囲温度ま
で昇温させ、水/ペンタン間に分配した。有機部分を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過
し、真空にてエバポレートした。LC/MS(M+H−tBu)=325.4。
Figure 2013535212
ヒドロキシケトンxi(7g,18.4mmol)をジクロロメタン(150mL)に
溶解させ、0℃まで冷却し、デオキソフルオル(7.3g,33.1mmol)で処理し
た。反応液を撹拌しながら16時間、周囲温度まで昇温させた後、重炭酸ナトリウム溶液
を用いてクエンチした。反応液を分配し、有機部分を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過
し、真空にてエバポレートした。フラッシュカラムクロマトグラフィー(chromot
agraphy)(0から5%までの酢酸エチル/ヘキサン)により、フルオロエステル
を得た。
フルオロエステル中間体(6g,15.6mmol)(ジクロロメタン中)を塩化水素
(157mmol,39.2mLの4Mのジオキサン溶液)で処理し、反応液を周囲温度
で16時間撹拌した。反応液を真空にてエバポレートし、所望のβ−フルオロ酸xiiを
得た。LC/MS(M+H)=327.3。
Figure 2013535212
フルオロカルボン酸xii(5.1g,15.7mmol)、EDC(6.0g,31
.4mmol)、N,O−ジメチルヒドロキシルアミン塩酸塩(3.1g,31.4mm
ol)、トリメチルアミン(4.0g,39.2mmol)、およびHOAt(4.3g
,31.4mmol)をDCM(78mL)中で合わせ、周囲温度で16時間撹拌した。
反応液を水/DCM間に分配し、有機部分を水(3×)とNaOH溶液(1×)で洗浄し
、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、真空にてエバポレートした。粗製物質を逆相分
取用クロマトグラフィーによって精製し、所望のワインレブアミドxiiiを得た。LC
/MS(M+H)=370.4。
Figure 2013535212
ワインレブアミドxiii(4.3g,11.7mmol)のTHF(50mL)溶液
を、ノニルマグネシウムブロミド(23.4mmol,23.4mLの1M溶液)で周囲
温度にて処理した。1時間後に塩化アンモニウム溶液を用いて反応液をクエンチし、水と
ペンタン間に分配した。有機部分を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、真空にてエバ
ポレートした。この物質を次の工程に粗製状態で持ち越した。
Figure 2013535212
ケトンxiv(5.1g,11.7mmol)をジメチルアミン(29.3mmol,
14.7mLの2MのTHF溶液)とチタン(IV)イソプロポキシド(6.7g,23
.5mmol)で処理し、反応液を周囲温度で16時間撹拌した。反応混合物にエタノー
ル(50mL)を添加した後、水素化ホウ素ナトリウム(0.67g,17.6mmol
)を添加した。反応液を直接シリカカラムに負荷し、フラッシュクロマトグラフィーによ
って精製した(0から15%までのMeOH/DCM)。この物質は、分取用逆相クロマ
トグラフィーによる2回目の精製が必要であり、(11E,20Z,23Z)−N,N−
ジメチルノナコサ−11,20,23−トリエン−10−アミンを得た。HRMS 計算
値446.4720,実測値446.4724。H NMR(400MHz,CDCl
)δ 5.48(m,1H),5.37(m,4H),5.23(m,1H),2.7
8(t,2H),2.58(m,1H),2.22(s,6H),2.04(m,6H)
,1.56(m,1H),1.30(m,31H),0.89(m,6H)。
化合物45は、Nature Biotechnology,2010,28,172
−176、国際公開第2010/042877号、同第2010/048536号、同第
2010/088537号、および同第2009/127060号に記載のDLinKC
2DMAである。
Figure 2013535212
化合物46は、国際公開第2010/054401号、および同第2010/1447
40号に記載のMC3である。
Figure 2013535212
D.脂質ナノ粒子組成物
以下の本発明の脂質ナノ粒子組成物(LNP):
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 56.6/38/5.4;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 60/38/2;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 67.3/29/3.7;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 49.3/47/3.7;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG 50.3/44.3/5.4;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−C−DMA/DSPC 40/48/2/1
0;
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG/DSPC 40/48/2/10;
および
カチオン性脂質/コレステロール/PEG−DMG/DSPC 58/30/2/10
は、オリゴヌクレオチド、特に本発明のsiNA分子の送達に有用である。
当業者には、本発明が、課題を遂行するため、ならびに記載の目的および利点ならびに
本発明に固有の目的および利点を得るために充分適合したものであることが容易に認識さ
れよう。現時点で代表的な好ましい実施形態である本明細書に記載の方法および組成物は
、例示的であり、本発明の範囲に対する限定を意図しない。当業者には、本発明の精神に
包含され、特許請求の範囲によって規定される本発明の変形例および他の使用が思いつく
であろう。
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212
Figure 2013535212

Claims (39)

  1. CTNNB1の発現を阻害する単離された二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子であ
    って、
    (a)該siNAがセンス鎖とアンチセンス鎖を含むものであり;
    (b)各鎖が、独立して15〜30ヌクレオチド長であり;
    (c)少なくとも一方の鎖が、配列番号:194の少なくとも15個のヌクレオチドの
    配列を含むものである、
    単離された二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  2. CTNNB1の発現を阻害する二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子であって、
    (a)該siNAがセンス鎖とアンチセンス鎖を含むものであり;
    (b)各鎖が、独立して15〜30ヌクレオチド長であり;
    (c)該アンチセンス鎖が、5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(
    配列番号:194)に相補的な配列を有する少なくとも15個のヌクレオチドを含むもの
    である、
    二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  3. CTNNB1の発現を阻害する二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子であって、
    (a)該siNAがセンス鎖とアンチセンス鎖を含むものであり;
    (b)各鎖が、独立して15〜30ヌクレオチド長であり;
    (c)該アンチセンス鎖が、5’−AAGCAACUGAACUAGUCGU−3’(
    配列番号:5107)の少なくとも15個のヌクレオチドの配列を含むものであり;該ヌ
    クレオチドのうち1つ以上が化学修飾されていてもよい、
    二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  4. センス鎖が、5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(配列番号:19
    4)の少なくとも15個のヌクレオチドの配列を含むものであり;該ヌクレオチドのうち
    1つ以上が化学修飾されていてもよい、
    請求項3に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  5. CTNNB1の発現を阻害する二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子であって、該s
    iNAが:
    5’−ACGACUAGUUCAGUUGCUU−3’(配列番号:194)と5’−
    AAGCAACUGAACUAGUCGU−3’(配列番号:5107)を含むものであ
    る、
    二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  6. 少なくとも1個のヌクレオチドが化学修飾ヌクレオチドである、請求項1、2、3、4
    または5に記載の、二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  7. 少なくとも1個の非ヌクレオチドをさらに含む、請求項1、2、3、4または5に記載
    の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  8. 少なくとも1個のヌクレオチドがユニバーサル塩基を含むものである、請求項1、2、
    3、4または5に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  9. 少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、請求項1、2、3
    、4または5に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  10. 少なくとも一方の鎖の3’末端、5’末端または3’と5’の両末端にキャップを含む
    、請求項1、2、3、4または5に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  11. 一方または両方の鎖に1個以上の3’−突出端ヌクレオチドを含む、請求項1、2、3
    、4または5に記載の、二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  12. アンチセンス鎖の5’末端がリン酸化されている、請求項1、2、3、4または5に記
    載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  13. 少なくとも一方の鎖の3’−突出端ヌクレオチドが2’−O−メチルヌクレオチドであ
    る、請求項11に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  14. 2’−O−メチルヌクレオチドがホスホロチオエートヌクレオチド間結合により連結さ
    れている、請求項13に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  15. 化学修飾ヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである、請求項
    6に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  16. 化学修飾ヌクレオチドが2’−デオキシヌクレオチドである、請求項6に記載の二本鎖
    低分子干渉核酸(siNA)分子。
  17. 化学修飾ヌクレオチドが2’−O−アルキルヌクレオチドである、請求項6に記載の二
    本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  18. 一方または両方の鎖の5個以上のピリミジンヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−フ
    ルオロピリミジンヌクレオチドである、請求項1、2、3、4または5に記載の二本鎖低
    分子干渉核酸(siNA)分子。
  19. 一方または両方の鎖の5個以上のピリミジンヌクレオチドが2’−O−メチルピリミジ
    ンヌクレオチドである、請求項1、2、3、4または5に記載の二本鎖低分子干渉核酸(
    siNA)分子。
  20. 一方または両方の鎖の5個以上のプリンヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−フルオ
    ロプリンヌクレオチドである、請求項1、2、3、4または5に記載の二本鎖低分子干渉
    核酸(siNA)分子。
  21. 一方または両方の鎖の5個以上のプリンヌクレオチドが2’−O−メチルプリンヌクレ
    オチドである、請求項1、2、3、4または5に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA
    )分子。
  22. 一方または両方の鎖の5個以上のプリンヌクレオチドが2’−O−メチルプリンヌクレ
    オチドである、請求項18に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  23. 一方または両方の鎖の5個以上のプリンヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−フルオ
    ロヌクレオチドである、請求項19に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  24. 配列番号:6372と6374を含む二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  25. 配列番号:6370と6369を含む二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  26. 配列番号:2021と2068を含む二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  27. 配列番号:6372と6373を含む二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  28. 配列番号:2147と6368を含む二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  29. 1つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、請求項24、25、26、
    27または28に記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子。
  30. 請求項1、2、3、5、24、25、26、27または28に記載の二本鎖低分子干渉
    核酸(siNA)が薬学的に許容され得る担体または希釈剤中に含まれてなる組成物。
  31. (a)配列番号:6372と6374を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
    (b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
    ン−1−アミン;
    (c)コレステロール;
    (d)DSPC;および
    (e)PEG−DMG
    を含む組成物。
  32. (a)配列番号:6370と6369を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
    (b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
    ン−1−アミン;
    (c)コレステロール;
    (d)DSPC;および
    (e)PEG−DMG
    を含む組成物。
  33. (a)配列番号:2021と2068を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
    (b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
    ン−1−アミン;
    (c)コレステロール;
    (d)DSPC;および
    (e)PEG−DMG
    を含む組成物。
  34. (a)配列番号:6372と6373を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
    (b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
    ン−1−アミン;
    (c)コレステロール;
    (d)DSPC;および
    (e)PEG−DMG
    を含む組成物。
  35. (a)配列番号:2147と6368を有する二本鎖低分子干渉核酸(siNA);
    (b)(13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエ
    ン−1−アミン;
    (c)コレステロール;
    (d)DSPC;および
    (e)PEG−DMG
    を含む組成物。
  36. (13Z,16Z)−N,N−ジメチル−3−ノニルドコサ−13,16−ジエン−1
    −アミン、コレステロール、DSPC、およびPEG−DMGが、それぞれ50:30:
    10:2のモル比を有する、請求項31、32、33、34または35に記載の組成物。
  37. スクロース、トレハロース、またはその任意の組合せをさらに含む、請求項31、32
    、33、34または35に記載の組成物。
  38. CTNNB1の作用または該作用の喪失によって媒介される病状に苦しんでいるヒト被
    検体を処置する方法であって、前記被検体に、有効量の請求項24、25、26、27ま
    たは28のいずれかに記載の二本鎖低分子干渉核酸(siNA)分子を投与することを含
    む方法。
  39. 該病状が癌である、請求項39に記載の方法。
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