JP2002521071A - 細胞および組織試料中にrnaを保存するための方法および試薬 - Google Patents
細胞および組織試料中にrnaを保存するための方法および試薬Info
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Abstract
Description
435の一部継続出願である。上記明細書全ての本文全体は、特にことわりがなけ
れば、引用することにより本明細書の一部を成すこととする。
料中のリボ核酸(RNA)を保存し、分解から保護するための新しい方法と試薬を提
供するものである。
るために、第一の、しばしば最も重要なステップである。無傷RNAは、ノーザン
ブロッティング法、ヌクレアーゼ保護分析、RT-PCRによるRNA発現の定量および
定性分析に必要である。
多数の報告が発表されている。これらの技術の殆どが、急速に細胞を破壊するス
テップを利用しており、この場合、組織はカオトロピック剤(例えば、グアニジ
ニウム塩またはリチウム塩)を含む強力なタンパク質変性溶液に分散される。こ
の急速な細胞膜の破壊と内在性リボヌクレアーゼの不活化が、RNAの分解防止に
重要である。
に抑え、それ以外に由来するRNAの分解を防止する必要がある。これは、組織を
破壊すると同時にRNaseを不活化または阻害する単離方法を利用することにより
通常達成される。内在性リボヌクレアーゼ含有量が低い試料の場合、単離プロト
コールは、膜を可溶化する界面活性剤を含む抽出緩衝剤と、胎盤リボヌクレアー
ゼ阻害剤またはバナジルリボヌクレオシド複合体等のリボヌクレアーゼ阻害剤を
通常利用している。無傷の組織または内在性リボヌクレアーゼ含有量が高い細胞
のようなより困難な試料からのRNAの単離は、より積極的な方法を要求する。こ
れらの場合、組織または細胞は、ヌクレアーゼを不可逆的に不活化し、細胞膜を
可溶化するために、強力なタンパク質変性剤(通常はグアニジウムイソシアネー
ト)中に急速にホモジェナイズされる。組織試料を迅速にホモジェナイズできな
い場合には、液体窒素に浸して急速凍結し、-80℃で保存しなくてはならない。
この方法で凍結された試料は、RNA単離前に絶対に解凍してはならない。さもな
いと、凍結時に起こる細胞溶解時に遊離されたリボヌクレアーゼにより、RNAが
急速に分解される。組織は、液体窒素のプールに浸し、乳鉢と乳棒で微細粉末に
粉砕しなくてはならない。粉末化したら、まだ凍結している組織をRNA抽出緩衝
剤中でホモジェナイズする。実験室において、RNA抽出を延期するために試料を
急速凍結することは、実施処理時間を大幅に遅延する点で不利である。複数の試
料を液体窒素と乳鉢および乳棒で処理することは、非常に面倒である。
お必要と見なされている。分析検体を収集する本分野の科学者達は、高速ホモジ
ェナイザーを扱うことはない。彼らは、超低温フリーザーに移せるまで、試料を
保存するのに十分量の液体窒素またはドライアイスを維持することを余儀なくさ
れている。同様に、病理学者はRNAを保存するために検体を通常の手法では急速
凍結していないので、ヒト生検試料から抽出されるRNAは、普通一部または殆ど
が分解されている。
れている。例えば、Esser et al., 1995は、RNase阻害剤を含む5%酢酸、95%エ
タノールにより固定された細胞から全長のRNAを単離したと主張している。しか
し、この論文において、懸濁液中の単離細胞は、-20℃の酢酸/エタノール溶液に
おいて固定され、比較的短時間4℃で維持された。残念ながら、本発明者による
テストによれば、Esser et al.の95%エタノール/5%酢酸溶液は、本発明により
必要とされる実施基準を満たしていない。4℃で20時間保持された懸濁液中の組
織試料と脾臓細胞の両者から回収されたRNAは、一部分解されているように見え
たが、環境温度で保存された組織から単離されたRNAは完全に分解されていた。E
sser et al.により報告された実験により、この方法は、エタノールにより引き
起こされた細胞からの漏出により、RNAの喪失を引き起こすことが示されている
。この方法を用いると、70%のRNAが固定後直ちに消失し、1時間後には80%のRN
Aが消失する。更に、組織試料および脾臓細胞を25℃の95%エタノール/5%酢酸
溶液に一晩保存したテストでは、細胞および組織試料のRNAは共に完全に分解し
た。データは、図1に示してある。
ーゼ保護分析、RT-PCRおよび医学的診断の様な種々の分子生物学的分析および実
験を実施するための基本である。RNA固有の不安定性と試料中にRNaseが存在する
ことにより、無傷RNAの単離は困難である。更に、RNA含有試料の単離と分析は、
典型的には、時間と手間を要する。分子生物学実験室の人為的ミスによるRNase
汚染は破滅的結果に至る可能性がある。従って、RNAの単離および分析方法を更
に鋭敏に、更に特異的に、更に迅速に、更に使いやすく、人為的ミスと取り扱い
の可能性を更に減少させるための改善された技術を開発する必要がある。従って
、自動化されたRNA保存プロトコールを利用することは、多くの事例において研
究施設にとって有利である。例えば、効率的な自動化されたRNA保存法および分
析法のために、本発明を、迅速RNA分析技術または集積核酸診断装置(米国特許No
.5,726,012、米国特許No.5,922,591。これらの文献は、引用することにより本明
細書の一部を成すこととする)と組み合わせることができる。
アルコール、抗凝集剤、緩衝剤を含む細胞保存溶液を報告している。少なくとも
1件の報告において、Dimulescu et al.は、RNA単離前に子宮頸癌細胞と臍帯血液
リンパ球を保存するためのこの固定剤を利用することを明らかに報告している。
を回収するための最良の公知の固定剤であることを示唆している。それにもかか
わらず、発明者等の研究を考慮すると、この様なエタノール/アセトン混合物はR
NA保存液の所望の特性の全ては提供していない。この混合物は環境温度において
RNAを保護せず、固体多細胞試料中のRNAの保存を考慮に入れておらず、可燃性で
もあり、一般的用途の試薬として本質的に魅力に欠ける。
連技術が幾つかある。これらの報告には、組織試料中のRNAを(回収ではなく)検
出するin situハイブリダイゼーションにより得られるシグナルを最大限にする
ための組織固定剤の多数の適性評価が含まれる(例えば、米国特許No.5,196,182
および5,260,048)。その他の報告は、PCRTMによる限定分子分析のために固定組
織から断片化されたRNAを回収する方法を詳細に記述している(Koopman et al.,
Foss et al., Stanta et al., Houze et al.)。この断片化されたRNAを回収す
るために、典型的には、試料はプロテイナーゼKを用いて処理され、組織の構造
成分を分解され、次いでグアニジニウムを基剤とする溶液を用いて抽出される。
固定組織から回収されるRNAは、極めて品質が低く、平均すると約200塩基の大き
さである(Stanta 1991)。これは、内因性RNase活性と固定中の細胞内基質におけ
るとRNAの架橋結合とを含む多くの要因によるものと思われる。RNAは殆ど分解さ
れているので、ノーザンブロッティング分析またはヌクレアーゼ保護分析に利用
できない。RT-PCRには使用できるが、非常に小さな断片の増幅に限られる。
あるが、発明者の知る限り、RNAを保存するために硫酸アンモニウムを使用する
方法は、本技術において公知ではない。2件の報告において、哺乳動物のリボヌ
クレアーゼAの折り畳みと活性を研究するために硫酸アンモニウムの利用が報告
されている(Allewell et al., and Lin et al.)。Allewell et al.は、リボヌク
レアーゼAの折り畳みと活性に及ぼす硫酸アンモニウムの影響を検討した。pH5.5
で、リボヌクレアーゼAの活性は、広範囲にわたる硫酸アンモニウム濃度におい
て未処理対照濃度の約10%まで抑制される。この活性抑制は著者等の予想通りで
あり、塩により引き起こされたタンパク質変性作用によるものと思われる。残念
ながら、10%のRNase活性でさえも、試料中のRNAを経時的に顕著に分解した。従
って、多くの適用例において、この阻害作用はRNAを保護するためには不十分で
ある。硫酸アンモニウムがpH7.0の時、予想通り低濃度ではRNaseAの活性は抑制
されるが、意外なことに、より高濃度(3M)では未処理対照の110%に上昇する。
著者等は、中性pHと高濃度の塩の組み合わせがタンパク質を交互の高活性構造に
再生すると理論づけている。しかし、Allewell et al.のグループは、多くのRNa
seを含む細胞試料においてではなく、溶液中の純粋なRNaseAの活性を検討してい
た。
無傷RNAを保存および回収できる方法と試薬が必要とされている。
度において、組織断片中のRNAを保存するための新しい方法と試薬に関する。本
明細書に報告されているものと類似の試薬または方法を開示した報告は過去には
全くない。この躍進的方法により、RNAを抽出するために直ちに試料を処理する
必要性も、あるいは液体窒素またはドライアイスが供給される場所においてのみ
組織を単離しなくてはならないという制限も緩和される。
いて試料を処理して、RNAをヌクレオチドから保護することを含むRNA保存液の組
成物とRNAを保存する方法に関する。好ましい一実施例において、RNA保存液は、
試料中の細胞タンパク質と共に試料中のRNAの沈殿を引き起こす。このRNAと細胞
タンパク質の共沈により、物理的にRNAはヌクレアーゼに接触できなくなり、同
時にRNA保存液の作用によりヌクレアーゼの作用は不活化または阻害される。
中のRNAを沈殿させる塩を含む。現在のところより好ましい実施例において、硫
酸塩、例えば、硫酸アンモニウム、重硫酸アンモニウム、硫酸セシウム、硫酸カ
ドミウム、硫酸セシウム鉄(II)、硫酸クロム(III)、硫酸コバルト(II)、硫酸銅(
II)、硫酸リチウム、硫酸マグネシウム、硫酸マンガン、硫酸カリウム、硫酸ナ
トリウムまたは硫酸亜鉛である。
中のRNAを沈殿させるのに十分な濃度で存在する。塩は典型的には、20g/100mlか
ら塩の飽和濃度の濃度で存在する。具体的には、塩濃度は、10、15、20、25、30
、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130
、140または150g/100mlが可能で、これらの濃度のいずれか2つの値の間に定義さ
れる濃度範囲も可能である。
る。従って、これらの塩濃度は使用時の最終塩濃度よりも高くてよい。更に、本
発明に関して飽和濃度を上回る塩量が使用される場合が企図されている。この様
な実施例において、塩はRNA保存液に溶解されない状態で存在できる。これはRNA
保存液のRNA保存能に影響は及ぼさないはずである。事実、飽和濃度以上の塩を
含む保存液は、保存液が液体試料に添加される適用例において用途がある。この
様な場合、液体試料に添加時、添加前に溶解されていない塩が液量増加のため溶
解される可能性がある。従って、最終塩濃度は、飽和塩濃度または飽和塩濃度以
下の保存液が使用された場合に可能な濃度よりも高濃度が可能である。
ンモニウム、塩化アンモニウム、酢酸アンモニウム、硫酸セシウム、硫酸カドミ
ウム、硫酸セシウム鉄(II)、硫酸クロム(III)、硫酸コバルト(II)、硫酸銅(II)
、塩化リチウム、酢酸リチウム、硫酸リチウム、硫酸マグネシウム、硫酸マンガ
ン、塩化カリウム、硫化ナトリウム、塩化ナトリウム、酢酸ナトリウム、硫酸ナ
トリウム、塩化亜鉛、酢酸亜鉛、または硫酸亜鉛である。
0g/100mlまたは30g/100mlから80g/100mlの濃度の塩化アンモニウムである。現行
の好ましい市販例において、塩は70g/100mlの濃度の硫酸アンモニウムである。
の塩または化合物も組織試料および細胞試料中のRNAを保護するために有用であ
る。個々のタンパク質の溶解度は、水性環境のpHと塩濃度に主として左右される
。殆ど全てのタンパク質が純粋な水に不溶である。保存液のイオン強度が高くな
るにつれ、タンパク質は溶けやすくなる。これは、タンパク質の「塩溶」として
知られている。あるイオン強度を超えると、タンパク質の溶解度は低下する。こ
の低下が生じる条件は各タンパク質/塩の組み合わせに固有である。事実、ある
塩濃度で、あるタンパク質は完全に不溶であるが、別のタンパク質は溶解度が最
大となる。この現象は、「塩析」として知られている。ある塩は、他の塩よりも
高濃度でより極めて劇的な塩析作用を有する(例えば、NO3<Cl-<酢酸塩-<SO4 2-)
。この現象はイオンに備わった固有の特徴の結果である(例えば、大きさ、水和
性、大きさ、その他)。本RNA保護液は、高濃度の塩の塩析作用に基づくものと考
えられている。その理論は、組織試料または細胞試料中のタンパク質の塩析によ
り、RNA保護タンパク質/RNA複合体の形成を引き起こすというものである。本適
用にとって「塩析」現象の重要性は幾点もある。
あり、またある処方において特定のイオン強度(塩濃度)とpHの組み合わせが、他
のpHまたは濃度よりも特定の塩を遥かに有効とする可能性があることを強調して
いる。第二に、本適用における試薬による作用の基本機序の確固たる科学的基盤
を提供し、本発明の範囲内の更なるRNA保護化合物を探索する指針となる。別の
塩または推定されるRNA保護化合物が本発明の方法および試薬において機能する
かどうかを決定するには、単に塩または化合物を入手し、具体例に記述されてい
る方法で実験するだけでよい。具体例の支持に従うことにより、本技術に精通す
る者は、候補物質が実際にRNA保護化合物であるかどうか容易に明らかにするこ
とができる。第三に、細胞内タンパク質の沈殿が、in situでRNAを保護する鍵で
あり、これによって、殆どの適用に必要な保護作用には至らないが、なぜアルコ
ールやアセトン(異なる機序によるが、タンパク質を沈殿することが可能な試薬)
組織のRNA保護作用を部分的に発揮するかが説明される。
沈殿させる少なくとも2種類の塩の組み合わせを含む。この方法において、ある
塩の総濃度は20g/100mlを超えない可能性がある。しかし、予想される好ましい
実施例において、少なくとも2種類の塩の組み合わせは、細胞タンパク質と共に
試料中のRNAを沈殿させるのに十分な総塩濃度で存在する。幾つかの実施例にお
いて、総塩濃度は20g/100mlから100g/100mlである。
プロパノール、2-プロパノール、ポリエチレングリコール、または酢酸を更に含
むことができる。これらの更なる可能な成分は、保存細胞中のタンパク質を沈殿
させることが可能で、これによってRNAを保護する。しかし、これらの更なる可
能な成分は、塩ではない。幾つかの実施例において、本明細書に報告されている
発明のRNA保存液の1つを入手するために、一定濃度の塩と組み合わせてこれらの
有機溶媒を利用することが予測される。例えば、20g/100ml以下の塩と組み合わ
せて、これらの有機溶媒の1種類以上の組み合わせにより、本発明の発明の目的
を達成することが予測される。
ウム、塩化アンモニウム、酢酸アンモニウム、硫酸セシウム、硫酸カドミウム、
硫酸セシウム鉄(II)、硫酸クロム(III)、硫酸コバルト(II)、硫酸銅(II)、塩化
リチウム、酢酸リチウム、硫酸リチウム、硫酸マグネシウム、塩化マグネシウム
、硫酸マンガン、塩化マンガン、塩化カリウム、硫酸カリウム、塩化ナトリウム
、酢酸ナトリウム、硫酸ナトリウム、塩化亜鉛、酢酸亜鉛、または硫酸亜鉛等の
塩と、メタノール、トリクロロ酢酸、1-プロパノール、2-プロパノール、ポリエ
チレングリコール、または酢酸を含む。更に、RNA保存液は二価カチオンのキレ
ート剤、例えば、EDTAを含むことができる。
えば、緩衝剤は、クエン酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、クエン酸カリウム、ま
たは酢酸カリウムが可能である。現行の好ましい市販されている実施例において
、緩衝剤は酢酸ナトリウムである。典型的には、RNA保存液のpHは、4から8であ
る。現在好ましい市販されている実施例では、pH5.2である。
、試料は、骨髄吸引液、白血球、精子、血液、血清、血漿、細菌、組織培養細胞
または藻類のような細胞の懸濁液が可能である。あるいは、試料は例えば、心臓
、肝臓、脾臓、胸腺、腎臓、精巣、卵巣、腫瘍、組織生検材料、植物の茎、根、
葉等の固体組織が可能である。場合によっては、試料は生物体全体を含む。例え
ば、生物体は魚、昆虫、オタマジャクシ、サンゴ、胚が可能である。プロトコー
ルの中には、解離中にRNA保存液に生物体または試料が保持されていることが有
利である。例えば、試料が組織試料またはその他の生物体内部で病原体である生
物体を含む場合、RNA保存液の中で生物体を解離するのが有利な場合がある。こ
の方法で、病原体のRNAを保存できる。更に、組織試料またはその他の生物体のR
NAも保存される。
ステップが更に含まれる。本RNA保存液の長所の1つは、従来の技術で可能であっ
たよりも高温で組織からRNAを単離できる点である。例えば、-20℃よりも高い温
度でRNAを単離できる。事実、RNAは室温で単離できる。
織は凍結されずに、-20℃から45℃で保存される。RNA保存液の塩含量によっては
、試料は-20℃で凍結しない。好ましい実施例において、試料は0℃以上で保存で
きる。
保存液と、(2)試料からRNAを抽出する試薬とを含んでなり、試料中にRNAを保存
し、試料からRNAを単離するためのキットも意図している。幾つかの実施例にお
いて、RNA抽出試薬は、有機溶媒を含まないRNA抽出試薬である。更に、RNA抽出
試薬は、グアニジニウムを基剤とするRNA抽出試薬が可能である。あるいは、RNA
抽出試薬は、塩化リチウムを基剤とするRNA抽出試薬である。
し、塩を供給し、試料に浸潤させ、RNAをヌクレアーゼから保護するRNA保存組成
物を形成するために試料と塩を液体の中で混合することを含む。一実施例におい
て、試料は、試料を塩と混合する前の段階で液体に含まれている。別の実施例に
おいて、塩は、試料と液体を混合する前の段階で固体である。更なる別の実施例
において、塩は、試料と塩を混合する前の段階で、液体に含まれている。
例において、試料は尿である。他の実施例において、液体は水である。更なる別
の実施例において、液体は緩衝剤である。
し、試料と塩を液体中で混合することを含む。液体は、試料の成分でも、試料と
塩に添加されてもよい。塩は典型的には、細胞タンパク質と共に試料中のRNAを
沈殿させるのに十分な濃度で存在する。塩は典型的には、溶液中の最終濃度が20
g/100ml から塩の飽和濃度の間となる様に添加される。場合によっては、非常に
高濃度の塩、飽和塩または過飽和塩を液体試料に添加するのが効率的である。最
終液体試料中の塩濃度が飽和濃度を上回る可能性がある量の塩を添加するのは、
RNA保存濃度に速やかに到達でき、かつある試料中の特定濃度に到達するのに必
要な塩の量を念入りに検討する必要がなくなる点で有利である。更に、溶解しな
い塩はいずれも、組成物のRNA保存特性に影響を及ぼさない。特に、10、15、20
、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、
120、130、140または150g/100mlの最終濃度が用いられ、これらの濃度のいずれ
か2つの間に定義される濃度範囲も可能である。場合によっては、試料中の液体
の容量が増えるため、塩が更に溶解するとの前提で、塩濃度が飽和濃度以上の塩
を含む液体が利用される。
ある。硫酸アンモニウムは、20g/100ml から塩の飽和濃度の間の最終濃度で溶解
されて存在する。好ましい実施例において、塩は30g/100mlから80g/100mlの間の
最終濃度で溶解されている。他の実施例において、RNA保存組成物は、少なくと
も2種類の塩を含み、この場合総塩濃度は、溶解された状態で20g /100mlから100
g/100mlの間の最終濃度である。別の実施例において、RNA保存組成物は、二価カ
チオンのキレート剤である。更なる別の実施例において、RNA保存組成物は 緩衝剤を含み、この場合前記緩衝剤のpHは4から8である。
たとき、溶解されて所望の最終成分濃度となるように調製される。固体成分は更
に、RNA保存組成物の所望の特性を提供する粉末、錠剤、丸剤、またはその他の
適切な製剤として供給できる。固体成分は、試料に直接添加する、試料/液体混
合物に添加する、あるいは試料または試料/液体混合物の収集前に収集容器に添
加することができる。所望の固体特性を提供するために(例えば、溶解度、保存
安定性、粒子分散性を改善するために)、マンニトール、乳糖、デンプン、セル
ロース等の賦形剤および充填剤を添加することも、粉末、錠剤、丸剤の処方時に
考慮される。本発明の固体成分は、試料収集前、試料収集後、それらを組み合わ
せたあらゆる段階で添加できる。
を試料収集容器に入れ、適切な容量のRNA含有試料を加えることができる。次に
、収集容器を激しく揺り動かし、RNA保存組成の固体成分を全て溶解し、操作者
がRNA試料に接触するのを最小限に留める。例えば、固体RNA保存組成物は前記塩
のいずれでもよい。従って、本発明の特定の実施例において、前記の様に、血液
または尿の様な生体検体中にRNAを安定化させることが企図される。
予め測定されたアリコートを入れることができる。前記検体収集直後、容器を激
しく揺り動かし、RNA含有検体(すなわち試料)をRNA保存組成物と混合する。迅速
な収集とRNA含有試料の混合に、外側に突出した針を含む真空採血管を本発明に
使用することが企図されている(米国特許No.5,090,420、引用することにより全
体を本明細書の一部を成すこととする。)。一実施例において、自動RNA保存が企
図されている。自動RNA保存法は、使用に長時間を要さず、迅速、容易であり、
人為的ミスおよび操作の可能性が低い。
分標本と共に使用することが企図されている(米国特許No.5,921,396、引用する
ことにより全体を本明細書の一部を成すこととする。)。RNA含有試料を収集し(
例えば、検査施設から離れた場所で)、容器に供給されているRNA保存組成物の予
め測定された部分標本と混合し、適切なRNA分析施設に発送するためにRNAを保存
することができる。
できる。錠剤は保存に好都合な組成物で、あらゆるタイプの容器中のあらゆるサ
イズの試料に正確な量を加えることができる。従って、本発明の他の実施例にお
いて、貯水池、下水処理場、または酪農産業から生じる試料の野外収集に使用す
るための錠剤または丸剤の形態のRNA保存成分が企図されている。場合によって
、予め決定された最終塩濃度または過飽和塩を含むRNA保存組成物をまとめてパ
ケットとして供給することができる。RNA保存塩または過飽和塩のパケットは、
分析機器のスペースや資源が限られている可能性があるので、野外検査において
特に有用と思われる。例えば、パケットは、1ml、5ml、10mlの試料用にアリコー
トとして予め決定され、包装された状態で供給される。勿論、種々の塩量を含む
あらゆるサイズのパケットを、無水粉末、含水粉末として、あるいは粉末と液体
を別々に、あるいはそれらを組み合わせて供給できる。従って、試料中のRNAを
保存するために、試料にパケットの中身を加えて、混合するだけでよい。
量が少なくて済み、固体成分は流出しにくく、容量を小さくすることができる(
すなわち、乾燥試薬を用いて試料を保存することにより、試料の最終容量は最小
限に留まる。)。
含み、この場合RNAは-20℃以上の温度で単離される。他の実施例において、試料
はRNA単離前に保存され、この場合試料は0℃以上で保存される。
のに十分な濃度の塩から成る物質の組成物。好ましい実施例において、塩は硫酸
塩で、この場合硫酸塩は硫酸アンモニウムである。他の実施例におてい、組成物
は少なくとも2種類の塩の組み合わせを含む。別の実施例において、組成物はpH4
から8の緩衝剤を含む。更に別の実施例において、組成物二価カチオンのキレー
ト剤を含む。
全ての温度において無傷組織試料中の無傷RNAの保存に極めて有効である。試料
に適用時に、硫酸アンモニウムは組織と細胞内に拡散し、保護された複合体の中
に細胞タンパク質を沈殿させる(in vivoで多種多様のタンパク質と密接な関係に
あるRNAも恐らく一緒に)。更に、細胞質小胞に存在するRNaseも沈殿し、細胞RNA
に接近できなくなる。
いる。本発明の作用機序が、Allewell et al.の報告において観察されたものと
同一であったならば、発明の緩衝剤に保存された組織から単離されたRNAは分解
するものと予測される。Allewell et al.は、pH5のリボヌクレアーゼが標準pHよ
りも活性が高いことを報告している。従って、RNAlaterTMが同一の機序により作
用するとすれば、リボヌクレアーゼ活性の上昇が予想される。明らかに、これは
RNA保存組成物のRNA保存能を制限するものである。この様な分解が起こらないと
いう観察結果に基づき、本発明はAllewell et al.によって報告された機序と異
なる機序によって作用している。
mbion社の登録商標である。一般に、「RNAlaterTM」という言葉は、具体例2に開
示されている処方を示すために使用されており、これはpH5.2の25mMクエン酸ナ
トリウム、10mM EDTA、70g硫酸アンモニウム/100ml溶液を含む。この試薬は、高
濃度の硫酸アンモニウムを細胞に急速に浸潤させ、細胞タンパク質の塊状沈殿を
発生させることにより機能する。重要なことは、細胞構造が無傷のままである点
である。この利点は、細胞を保存でき、組織学的になお同定できる点である。
み合わせて使用されている単語「a」または「an」は、1つ以上を意味する。
料中のリボ核酸(RNA)を分解させずに保存し、保護するための新しい方法と試薬
を提供するものである。驚くべきことに、これが超低温保存または試料の破壊を
行わずに達成される。例えば、研究者が分析のためにRNAを抽出する時間ができ
るまで、単離されたヒト生検組織をRNA保存液の中に入れ、長時間冷蔵保存する
ことが可能である。
新鮮動物または植物組織、懸濁液に含まれた生体細胞またはRNAを含むその他の
試料が利用されるようになる。本方法および組成物は、広範囲にわたる細菌、植
物およびヒトを含む動物種由来のRNA保存に応用できる。Molecular Cloning、La
boratory Manual.(Maniatis,et al.)に記載されているように、これらの実験に
おいて回収されたRNA試料は、ホルムアルデヒド/アガロースゲル電気泳動、臭化
エチジウムによる染色、300nm紫外線を用いる照度により分析された。
精通する者にとって、発明者により発見された代表的な技術に従う具体例におい
て開示されている技術は、本発明の実施において十分機能するためのものであり
、従って、本発明を実施するにあたり好ましい方法を構成するものと考えてよい
。しかし、本技術に精通する者にとって、本開示に照らして、開示されている具
体例に多くの変更が可能であり、本発明の精神と範囲を逸脱せずに同様の結果が
得られることは明らかである。
常的に実施している。この基準は、RNAlaterTM、その他の発明のRNA保存液、ま
たはその他の溶液中に保存された組織から回収されたRNAの品質を客観的に評価
するために、後記の具体例において使用された。
ambrook編、Cold Spring Harbor Press)に記載されている基本的プロトコールを
用いて、ホルムアルデヒドアガロースゲル上で電気泳動にかけて分析する。ゲル
中のRNAを視覚化するために、挿入色素臭化エチジウムを試料に加える。臭化エ
チジウムが核酸の中に挿入されると、紫外線により蛍光を発し、核酸が可視化さ
れる。無傷RNAは、異種mRNA(0.5キロベースから約10キロベース)の幅広のスメア
として観察され、これにバックグラウンドスメアに重なり、2つの非常に顕著な
不連続なバンド(28Sと18SのリボソームRNA)が2:1の比率で共に観察される。18S
と28Sの中間サイズの不連続なバンドは殆ど認められないはずである。部分的に
分解されたRNAは、高分子ヘテロRNAの減少、複数の小さなリボソームRNA切断産
物、28Sと18Sの2.1の比率の変動(28Sは分解を受けやすい)により特徴づけられる
。極度に分解されたRNAは、28S対18S比が1:1より小さくなり、約2キロベースか
ら0.1キロベース以下に小さくなった分解されたリボソームRNAのスメアを示す。
18S rRNA比が異常となり、1:1まで低くなることがあるが、rRNAバンドはまで明
瞭であることを意味する。
比が1:1以下となることを意味する。28Sは、殆ど視認できないが。28S rRNAのお
よその位置から下に延びるスメアの中にまだ核酸が存在している。 本明細書に使用されている様に、「完全に分解された」という言葉は、18SrRN
Aの正常な位置より下の低分子量のスメアの中にのみRNAが存在することを意味す
る。
の原液と試薬を入手する。即ち、0.5M EDTA 二ナトリウム、二水和物(18.61g/10
0ml、攪拌しながらNaOHを加えてpH8.0までとする)、1Mクエン酸ナトリウム三ナ
トリウム塩、二水和物(29.4g/100ml、攪拌して溶解)、硫酸アンモニウム、粉末
状のもの、滅菌水である。
硫酸アンモニウム、935mlの滅菌蒸留水を合わせ、低温のホットプレートスタラ
ーで、硫酸アンモニウムが完全に溶解するまで攪拌する。冷却し、1MのH2SO4を
用いて溶液のpHを調整する。ねじ口瓶に移し、室温または冷蔵保存する。
きるだけ速やかに切除し、RNAlaterTMまたはその他のRNA保存液の中に入れなく
てはならない。組織試料の中には、RNAlaterTMまたはその他の発明のRNA保存液
の浸潤を妨げる、葉のろう状コーティングまたは腎臓または精巣の被膜の様な、
保護膜またはその他のバリアを有するものがある。これらの保護バリアは、RNAl
aterTMまたはその他の発明のRNA保存液が試料の中に速やかに浸潤できる様に、
破壊しなくてはならない。更に、大きな試料は、拡散を最大にするために小さな
断片に切断しなくてはならない。一般的指針として、試料の厚さは、少なくとも
長さと幅で0.5cmまでに制限される。懸濁液に含まれた細胞から成る試料は、損
傷を与えず細胞を沈殿させるのに十分な重力で緩徐な遠心分離により少量に濃縮
し、最小量の取り出した上清の中に再懸濁し、5倍量のRNAlaterTMまたはその他
の発明のRNA保存液(v/v)と混合する。濃縮が不可能な場合には、細胞懸濁液を10
倍量のRNAlaterTMまたはその他の発明のRNA保存液に溶解する。あるいは、RNAを
保存するそれと異なる容量の溶液、必須溶液または固体RNA保存組成物を使用で
きる。緩衝剤は細胞を破壊しないので、後に遠心分離による濃縮が可能である。
るには、試料は冷蔵すべきである。永久的に保存するには(数ヶ月から数年)、標
準フリーザ(-20℃)で保存できる。処理された試料からRNAを単離するには、組織
試料を組織抽出緩衝液の中に直接移さなくてはならない。懸濁液中の細胞は遠心
分離により沈殿させ、次いでRNA抽出緩衝液の中に再懸濁し、処理される。
ニウムイソチオシアナート(GITC)を基剤とするRNA抽出液、または水の中に4℃に
て12時間入れた。このグアニジニウム溶液は典型的なRNA抽出緩衝液である(また
、Ambion社の市販されているToTally RNA TMおよびRNAqueousTMキットにも含ま
れている。)。GITCは、殆ど全てのRNA単離プロトコールにおいて単独またはその
他の試薬と組み合わせて試料される強力なカオトロピック剤である。一晩インキ
ュベーション後、RNAを組織試料から抽出し、変性アガロースゲル電気泳動によ
り分析する。無傷RNAは、RNAlaterTMに保存された組織に対応するレーンにおい
てのみ観察された。GITCに保存された試料から抽出されたRNAは極度に分解して
いた。従って、GITCは、無傷組織試料中のRNAを保存しない。水または通常の生
理食塩水の様な生物学的緩衝液に保存された動物組織は、同一の一晩インキュベ
ーション後に測定可能なRNAを生じない。データを図2に示す。
推定されるRNA保存液の中に入れた。試料は、0、10%、20%、30%、40%、50%
または70%硫酸アンモニウムを含んでいた。4℃で24時間インキュベーション後
、RNAを試料から抽出し、変性アガロースゲル電気泳動により分析した。
アである。リボソームRNAの特異的バンドは観察できない。10%硫酸アンモニウ
ムでは、rRNAバンドを僅かに観察できる。20%硫酸アンモニウムでは、18Sバン
ドがより明らかで、予想される28S rRNAの位置から下に延びる分解された28S rR
NAのスメアがより多く存在する。特異的な28S バンドは観察されない。30%硫酸
アンモニウムでは、28Sおよび18S rRNAバンドが視認できるが、分解が大量であ
る(28S:18Sの異常な比率と観察された多くのスメアバンドに基づく)。40%硫酸
アンモニウムを用いた試料は、殆ど無傷に見え、収率は30%よりも10倍高い。こ
れらの実験は、組織RNAの保護にとって30-40%硫酸アンモニウムが最小必要条件
であることを示唆しているが、有効濃度は組織の種類、組織断片の大きさ、保存
温度、保存期間によって異なる。
酸アンモニウムが必要である。例えば、25℃においては組織試料中のRNAの保護
に55g/100mlが必要であり、具体例6に記載されているように、37℃では組織試料
中のRNAを最大限に保護するには、70g/100mlが必要と思われる。更に、試料が37
℃において24時間55g以下の硫酸アンモニウムに保存された場合には、少なくと
も幾つかの研究において、1:1の28S:18S rRNA比による判定に基づき、部分的に
分解されたRNAを生じた。データを図3に示す。
効力の増強。 極温におけるpHと硫酸アンモニウムの影響を評価した。新鮮マウス肝臓を室温
または37℃で24時間、4種類の処方のテストRNA保存液の中で保存した。RNAを組
織試料から抽出し、変性アガロースゲル電気泳動により分析した。pH7.0の55g/1
00mlの硫酸アンモニウムを含む処方は、環境温度で有効であったが、37℃ではRN
Aを完全には保護しなかった。低いpH(5.0)とより高濃度(70g/100ml)の硫酸アン
モニウムの組み合わせは、元の処方よりも有効で、37℃で3日後に無傷のRNAを生
じた。いずれか片方(低pHまたは高濃度の硫酸アンモニウム)だけを変えても、元
の処方よりもRNAの安定性を明らかに増強することはなかった。データを図4に示
す。
の炭酸アンモニウム、塩化アンモニウム、硫酸カリウム、または硫酸マグネシウ
ムと置き換えた。新鮮肝臓試料を25℃および37℃で3日間5種類の緩衝液の中でイ
ンキュベーションした。RNAを抽出し、変性アガロースゲル電気泳動により分析
した。対照の硫酸アンモニウムだけがRNAの分解を阻止した。保護を最大にする
には、アンモニウムイオンと硫酸イオンの両方を高濃度にする必要があると思わ
れる。硫酸アンモニウムは、水溶性が他の塩に比べて遥かに高く、塩含有量を非
常に高くできるため、恐らく試験された塩の中で最も有効である。この仮説は、
2つの秘伝の(かつより高価な)塩である硫酸セシウム(極めて可溶性が高い、362g
/100ml で飽和)と塩化セシウム(70g/100ml)を評価することにより検討された。
これらの塩は(等しい質量で)具体例2に説明されている溶液と上記の処理された
肝臓において、硫酸アンモニウムと置き換えられた。硫酸セシウムと塩化セシウ
ムは、4℃で肝臓RNAを部分的に保護した。まとめると、データは、被験塩の中で
、硫酸アンモニウムが無傷組織において分解からRNAを保護する優れた能力を有
することを示している。しかし、高濃度の他の塩に部分的保護作用が認められた
ことから、有効性に差はあるが、作用機序が共通であることが示唆される。デー
タを図5に示す。
入れ、具体例2の方法で調製し、4℃で保存した。1週間、2週間、および4週間の
インキュベーション後、RNAを組織試料から抽出し、変性アガロースゲル電気泳
動により分析した。RNA試料は全て無傷であった。新鮮マウス脳、腎臓、肝臓、
脾臓試料を10倍量のRNAlaterTMの中に入れ、4℃で保存した。1週間、2週間、4週
間のインキュベーション後、等しい重量の組織断片を取り出し、処理した。各組
織試料をグアニジニウムイソシアナート溶解塩基の中に入れ、ホモジェナイズし
、AmbionのRNAqueousTMキットを用いて単離した(具体例20に記載されている方法
で)。RNAの濃度をO.D.260の吸光度により測定した。RNAを具体例1に記載されて
いる様にホルムアルデヒドアガロースゲル電気泳動により分析した。
と判定された。更に、総合的品質は、異種RNAの視認可能なバックグラウンドの
スメアとリボソームRNAの観察可能な分解生成物が欠失していることにより判定
された。
度(25℃)で保存した。2週間または4週間のインキュベーション後、RNAを組織試
料から抽出し、変性アガロースゲル電気泳動により分析した。2週間後に回収さ
れたRNAは無傷であった。1ヶ月のインキュベーション後に回収されたRNAは、18S
と28リボソームバンドの外見から判定すると、まだ約50%無傷であった。データ
を図7に示す。
3日間のインキュベーション後、RNAを組織試料から抽出し、変性アガロースゲル
電気泳動により分析した。単離されたRNAは無傷であった。1週間から10日間イン
キュベーションされた組織から単離されたRNAは部分的に分解されている(約50%
無傷)。このRNAは、本技術に精通する者にとって共に公知の方法であるヌクレア
ーゼ保護分析またはRT-PCR(逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応)の基質としてまだ
適切である。データを図8に示す。
植物組織から単離されたRNA 発明者は、ツメガエル(Xenopus)の心臓と肝臓、金魚の肝臓、カブトムシを丸
のまま、ショウジョウバエ(Drosophila)を丸のまま、大腸菌、タバコ、アルファ
ルファのRNAの保存に関するRNAlaterTMの有効性を検討した。それぞれをRNAlate
rTM溶液の中に入れ、4℃で保存した。24時間インキュベーション後、RNAを試料
から抽出し、具体例1に記載されている様に、変性アガロースゲル電気泳動によ
り分析した。全てのRNAが無傷に見えた。この事実は、多様な生物の組織に対す
る一般的試薬としてのRNAlaterTMの有効性を証明するものである。
にてインキュベーションした。RNAを抽出し、変性アガロースゲル電気泳動によ
り分解し、陽電荷を帯びたナイロン膜(Brighstar PlusTM、Ambion、Austin、Tex
as)に移し、製造者の推奨に従って(Northern MaxTM Kit、Ambion、Austin、Texa
s)、放射性同位元素標識アンチセンスβアクチンRNAプローブとハイブリッド形
成させた。1.8キロベースのβアクチン転写産物に対応する別個のシグナルが全
ての試料において検出され、それは、全ての試料中のメッセンジャーRNAが完全
に無傷であり、ノーザン解析でハイブリダイゼーションに使用可能であることを
示すものである。
複合RT-PCR増幅において構成的に発現する遺伝子(ハウスキーピング遺伝子シク
ロフィリンとRIG/S15)の2対のPCRTMプライマーを用いるRT-PCRの鋳型として使用
した。予想される生成物(216bpシクロフィリン、324bp RIG/S15)が全例において
得られた。従って、回収されたRNAは、RT-PCR分析に適している。
臨床試料には、充実性腫瘍、単離細胞、血清、尿、血液または糞便が含まれる。
充実性腫瘍の生検材料は、その異常発現が多くの癌において主要な役割を果たす
、P53の様な特異的な指標遺伝子の発現に関してしばしば分析される。正常また
は白血病血液から単離された白血球は、インターロイキン遺伝子の発現に関して
しばしば分析される。尿、血液、血清、血漿、糞便は、病原微生物の存在に関し
て、しばしば分析される。予想される使用法において、RNAlaterTMまたはその他
の発明のRNA保存液を、臨床環境で単離される緩衝液検体の保持緩衝液として利
用できる。これらの試料中のRNAは、分析のために無傷RNAが抽出される実験室環
境に試料を移せる時点まで、この段階で保護される。予想される使用法において
、RNAlaterTMまたはその他の発明のRNA保存液は、後の診断のために、血液製剤
中の通常は不安定なウイルスRNA(例えば、HIV)を安定化するために使用できる。
究が、ドライアイスまたは液体窒素中に凍結された検体の維持が論理的に困難な
ことから、簡単に回避されてしまう。予想される使用法において、RNAlaterTMま
たはその他の発明のRNA保存液を、後に実験室環境に戻るまで、試料を保存する
必要がある科学者によって野外で単離された検体の保持緩衝液として使用できる
。RNAlaterTMまたはその他のRNA保存液の重要な利点は、小さな検体(微生物の様
な)を無傷の状態のままにできる点である。従って、水試料から単離された微生
物集団の様な複雑な検体をまとめて保存し、実験室で分類により区分けし、次い
で遺伝子発現に関して分析することができる。
行う。通常、時間の遅延は、試料から単離されたRNAの品質が低くなることを意
味する。初期マウス胚発生を研究している発生生物学者は、子宮の脱落膜から初
期胚を分離するために細かい解離を実施しなくてはならない。別の例では、神経
解剖学者は、RNA分析のために脳の特定部分を除去するために複雑な解離を行わ
なくてはならない。予想される使用法において、RNAlaterTMまたはその他の発明
のRNA保存液は、非常に有効な解離液である。RNAlaterTMまたはその他の発明のR
NA保存液に試料を浸すことにより、解離時にRNAを保護し、同時に試料の完全性
を保持する(グアニジニウムの様なその他の試薬は広範な細胞溶解を引き起こし
、解離を障害する可能性がある。)。RNAlaterTMまたはその他の発明のRNA保存液
を使用することにより、試料中のRNAが分解することを懸念せずに、長時間を要
する試料の解離を容易にすることができる。
である。予想される使用法において、RNAlaterTMまたはその他の発明のRNA保存
液を、衛生検査官により収集される検体用の保持緩衝液として使用できる。試料
をRNAlaterTMまたは発明のRNA保存液に入れることにより試料中のRNAが保存され
る。次に、試料を核酸技術を用いて病原微生物の存在に関して分析できる。例え
ば、米国農務省の検査官は、屠殺場からヌクレアーゼの試料を収集し、次いでRN
AlaterTMまたはその他の発明のRNA保存液に入れることができる。試料表面に存
在する病原微生物のRNAは、無傷で保存される。後に試料から肉を取り出し、RNA
laterTMまたはその他の発明のRNA保存液から病原体を回収し、分析のためのRNA
を単離することが可能である。RNAlaterTMまたはその他の発明のRNA保存液の1つ
の重要な特徴は、殺菌性があるが、細胞を溶解しない点である。従って、病原微
生物の力価は試料保存中に変化せず、見かけの数も歪曲せず、試料は更なる情報
を得るために顕微鏡により分析することも可能である。
にRNA分析を実施する中央検査室まで送られる。予想される使用法において、RNA
laterTMまたはその他の発明のRNA保存液を出荷用緩衝液として使用し、感染症を
引き起こす微生物のRNAを保存することができる。RNAlaterTMまたはその他の発
明のRNA保存液により、RNA分解を懸念せずに、試料を環境温度または環境温度付
近で送ることが可能となる。RNAlaterTMまたはその他の発明のRNA保存液により
多大な恩恵を蒙り、出荷コストの大幅な削減が可能となり、実現できる機関は、
病原性検査のために多くのヒトおよび動物試料を受け取る疾病管理センター(CDC
)である。
液中の細胞を、細胞表面マーカーの差に基づいて単離できる一方法である。我々
は、FACSに流すために細胞の懸濁液としてRNAlaterTMまたはその他の発明のRNA
保存液の利用を想定している。この方法において、細胞内RNAは保存されるもの
と思われる。一旦細胞が単離されれば、分析のために無傷RNAを単離することが
可能である。
に、土壌から土壌細菌を単離する方法の必要性が増加しつつある。しかし、細菌
のRNAは極めて不安定で、単離プロトコールの間に急速に分解される。RNAlaterT M またはその他の発明のRNA保存液の予想される使用法は、土壌細菌からのRNA単
離における第一段階としての使用である。直ちに細菌内RNAを保護するが、細菌
を無傷に保つRNAlaterTMまたはその他の発明のRNA保存液に土壌を分散すること
ができる。次に、低速遠心分離により土壌を安全に除去してから、細菌をより構
想の遠心分離により回収することができる。RNAlaterTMまたはその他の発明のRN
A保存液は、単離手順中にRNAが分解されるのを防止する。
組織に関して評価されている。この様な方法の幾つかはAmbion社から入手可能な
キットにより実施可能である。勿論、Ambion キットで、RNA保存液に保存されて
いた組織からRNAを単離しなくてはならないわけではなく、RNA保存液に保存され
た組織および細胞からRNAを単離するその他の方法またはキットが本明細書に網
羅されている。例えば、Boom et al.(ガラス基質への核酸の選択的結合と保持-A
iaprepTM ,Quiagen社)、Chomczynski et al.(TrizolTM,MRC)、Macfarlane et al
.(Catrimox 14TM、アイオワ州、Biotechnology社)、Bugos et al.(グアニジン
:塩化リチウム)またはAuffray et al.(LiCl:尿素抽出)またはこの様な方法を実
施するためのキットの様な公知の方法のいずれでもこの観点から利用できる。
織試料または細胞からRNAを単離するためのAmbionキットの利用に関する説明で
ある。Ambion社は、組織試料または細胞内RNAを保存し、続いてこれらの試料か
らRNAを単離する組み合わせキットを販売することを選択できる。
液の中に保存された試料からの細胞RNAの単離方法 Ambion ToTallyTMRNAキットは、細胞RNAを調製するためのグアニジウム/酸性
フェノール法である。
み合わせることの有用性を証明するために、RNAlaterTMの保存液から組織試料を
取り出し、4Mのグアニジニウムイソチオシアナート、0.5%のサルコシン、25mM
のクエン酸ナトリウム、0.1Mの2-メルカプトエタノールから成る10倍量のグアニ
ジニウムイソシアナート溶解液にホモジェナイズした。等量のフェノール:クロ
ロホルム(1:1)により抽出しタンパク質を除去し、続いて遠心分離により水相と
有機相を単離する。水相を回収し、pH4.7のフェノールで2回目の抽出を行う。こ
の2回目の抽出により有機相に残りのタンパク質全てが分配され、低pHにより全
てのDNAが有機相に移る。RNAが水相に残る。水相を遠心分離により回収する。0.
3Mの酢酸ナトリウムと2.5倍量のエタノールを用いる沈殿により水相からRNAが回
収される。結果を図9に示す。
液の中に保存された試料からの細胞RNAの単離方法 AmbionのRNAqueousTMキットは、有機溶媒を必要としないRNAを単離するための
グアニジニウム溶解法である。その代わりに、ガラスファイバーフィルターへの
RNAの選択的吸着を利用している。
み合わせることの有用性を証明するために、RNAlaterTMの保存液から組織試料を
取り出し、RNAqueousTMに供給されているグアニジニウムイソシアナートに直接
移し、ホモジェナイズした。ホモジェネートをガラスファイバーフィルターにの
せ、数種類の緩衝液で洗浄した。これによってタンパク質とDNAが除去される。
次に、純粋RNAを水でフィルターから溶出した。RNAlaterTMまたはその他の発明
のRNA保存液とRNAqueousTMの組み合わせは、腐食性または発癌性有機試薬(フェ
ノール、クロロホルム、エタノール、酢酸、その他)が方法全体を通して使用さ
れないという利点がある。新鮮試料またはRNAlaterTMに保存された試料を、4Mの
グアニジニウム塩酸、1%のサルコシン、25mMのクエン酸ナトリウム、0.1Mの2-
メルカプトエタノール、2%のトリトンX-100から成る10倍量の溶液にホモジェネ
ートする。ホモジェネートを2倍に希釈し、ガラスファイバーフィルターの上を
通過させる。これらの条件において、核酸はフィルターに結合し、タンパク質は
洗い流される。高濃度塩とエタノールにおいて数回連続洗浄することにより、DN
Aが選別的に洗い流され、フィルターに結合されたRNAだけが残る。続いて、この
RNAを熱水で溶出して回収する。結果を図9に示す。
でき、試料/液体混合物に添加でき、液体に入れておいた試料に添加でき、ある
試料または試料/液体混合物の収集前に収集容器に入れておくことができる。
ト剤濃度の溶液が得られるように、適正な組成にドライミキサーでブレンドする
ことができる。粉末乾燥成分の予め測定された部分標本を試料収集容器に入れる
ことができ、適正容量の試料が添加される。次に、収集容器を激しく振って、RN
Alater成分を溶液中に溶解する。これによって操作者が試料に接触するのを最小
限にとどめることができ、血液または尿の様な生物学的検体中の核酸を安定化す
るための好ましい方法である。あるいは、乾燥成分を錠剤形態に圧縮し、大量に
保存することができる。錠剤は保存に便利な形態で、あらゆるタイプの容器のあ
らゆるサイズの試料に適正な量を加えることができる。これは、貯水池、下水処
理場、または酪農産業から生じる試料の野外収集に使用するために好ましい方法
である。乾燥RNA保存試薬を使用する主な利点は、保存および輸送時の重量が少
なくて済み、固体成分は流出しにくく、乾燥試薬を用いて液体試料を保存するこ
とにより、試料の最終容量は最小限に留まることから容量を小さくできる点であ
る。
示に照らして、過度の実験を実施せずに作製および実行できる。本発明の組成物
および方法は、好ましい実施例の観点から説明されてきたが、本技術に精通する
者にとって、本発明の概念、精神および範囲を逸脱しなければ、本明細書に記載
されている組成物および方法、方法のステップまたはステップの順序に変更を加
えることが可能であることは明白である。より具体的には、化学的にも物理的に
も関係のある特定の試薬を、本明細書に記載されている試薬と置き換え、同一ま
たは類似の結果が達成されることは明らかである。本技術に精通する者にとって
明らかなこの様な同様の代替物および変更の全ては、添付請求項により定義され
る本発明の精神、範囲および概念の範囲内であると考えられる。
、引用することにより本明細書の一部をなすものとするものである。 米国特許第5,922,591号 米国特許第5,921,396号 米国特許第5,726,012号 米国特許第5,090,420号
るために含めた。本発明は、本明細書に提示されている具体例の詳細な説明と組
み合わせて、1つ以上のこれらの図を参照することにより、理解を深めることが
できる。 図1--アルコールとアセトンは、細胞試料の保存には適していない。 4℃のパネルA(レーン1〜5:エタノール、酢酸エタノール、アセトン、酢酸アセ
トン、RNAlaterTM)。パネルBは、37℃における同じレーンを示す。マウス肝臓か
ら単離されたRNAは4℃(レーン1〜5)または37℃(レーン6〜10)で一晩保存した。
レーン1および6、エタノール中で保存。レーン2および7、pH4.0の酸性化エタノ
ール中で保存。レーン3および8、アセトン中で保存。レーン4および9、pH4.0の
酸性化アセトン中で保存。レーン5および10、RNAlaterTM中で保存。 図2--新鮮組織試料中のRNAは不安定である。 新鮮マウス肝臓(レーン1および2)、精巣(レーン3および4)および脾臓(レー
ン5および6)試料を、RNAlaterTM(レーン2、4、6)(25mMクエン酸ナトリウム、10
mM EDTA、70gm硫酸アンモニウム/100ml溶液、pH5.0)または4Mグアニジニウムイ
ソシアナート(GITC)を基剤とするRNA抽出液(レーン1、3、5)の中に4℃で12時間
入れた。RNAを抽出し、ゲル電気泳動により分析した。無傷RNAは、RNAlaterTMに
対応するレーン(レーン2、4、6)においてのみ観察された。 図3--組織中のRNAを保護する硫酸アンモニウムの有効濃度範囲の決定。 新鮮に単離されたマウス肝臓の断片を、種々の濃度の硫酸アンモニウムを含む
RNAlaterTMの中に入れた。試料は、0、10%、20%、30%、40%、50%または70
%硫酸アンモニウム(それぞれレーン1〜7)を含んでいた。4℃で24時間インキュ
ベーション後、RNAを試料から抽出し、変性アガロースゲル電気泳動により分析
した。 図4--pHと硫酸アンモニウム濃度を至適化することによる極温におけるRNAlaterT M の効力の増強。 極温におけるpHと硫酸アンモニウムの影響を評価した。新鮮マウス肝臓を室温
または37℃で24時間、4種類の処方のRNAlaterTMの中で保存した。レーン1はpH7.
0、70g/100ml硫酸アンモニウムであり、レーン2はpH5.0、55g/100ml硫酸アンモ
ニウムであり、レーン3は本来のRNAlaterTM処方(pH7.0で55g/100ml硫酸アンモニ
ウムを含む)であり、レーン4はpH5.0、70g/100ml硫酸アンモニウムである。 図5--RNAlaterTMの有効性に対する硫酸アンモニウムの特異性。 パネルAおよびBは新鮮肝臓試料を25℃(パネルA)および37℃(パネルB)で3日間5
種類の緩衝液の中でインキュベーションしたものである。レーン1はRNAlaterTM
、炭酸アンモニウムを含む。レーン2は塩化アンモニウムを含む。レーン3は硫酸
カリウムを含む。レーン4は硫酸マグネシウムを含む。レーン5は硫酸アンモニウ
ムを含む。パネルCは新鮮肝臓を以下を含むRNAlaterTMの中で4℃で一晩インキュ
ベーションしたものである。レーン1は塩化セシウムであり、レーン2は硫酸セシ
ウムであり、レーン3は硫酸アンモニウムである。 図6--RNAlaterTMの中で4℃で保存された哺乳動物から単離されたRNA。 新鮮マウス脳、心臓、腎臓、肝臓、脾臓(レーン1〜5)をRNAlaterTM溶液の中に
入れ、4℃で保存した。1週間(パネルA)、2週間(パネルB)、4週間(パネルC)のイ
ンキュベーション後、RNAを組織試料から抽出し、変性アガロースゲル電気泳動
により分析した。 図7--RNAlaterTMの中で環境温度(25℃)で保存された哺乳動物から単離されたRNA
。 新鮮マウス脳、心臓、腎臓、肝臓、脾臓(レーン1〜5)をRNAlaterTM溶液の中に
入れ、25℃(環境温度)で保存した。2週間(パネルA)または4週間(パネルB)のイン
キュベーション後、RNAを組織試料から抽出し、変性アガロースゲル電気泳動に
より分析した。 図8--RNAlaterTMの中で極温(37℃)で保存された哺乳動物から単離されたRNA。 新鮮マウス肝臓、腎臓、脾臓(レーン1〜3)をRNAlaterTM溶液の中に入れ、37℃
で保存した。3日間のインキュベーション後、RNAを組織試料から抽出し、変性ア
ガロースゲル電気泳動により分析した。 図9--RNAlaterTM中で保存された組織からRNAを作製するためにAmbionを使用する
。 レーン1〜3は、肝臓、心臓、腎臓、ToTally RNATM、レーン4-6は、RNAqueousT M である。新鮮マウス肝臓(レーン1および4)、心臓(レーン2および5)、腎臓(レー
ン3および6)試料をRNAlaterTMの中に入れ、4℃で一晩保存した。RNAをAmbion To
Tally RNATMキット(レーン1〜3)またはAmbion RNAqueousTMキット(レーン4〜6)
を用いてサイズが同一の試料から単離した。レーン1は、分子量マーカーである
。
Claims (63)
- 【請求項1】 (i)RNAを含む試料を入手するステップと、 (ii)試料に浸潤し、RNAをヌクレアーゼから保護するRNA保存液で試料
を処理するステップと を含むRNAの保存方法。 - 【請求項2】 RNA保存液が、試料中の細胞タンパク質と共に試料中のR
NAを沈殿させ、RNAをヌクレアーゼに接触できなくする請求項1に記載の方
法。 - 【請求項3】 RNA保存液が、塩を含む請求項1に記載の方法。
- 【請求項4】 塩が、硫酸塩である請求項3に記載の方法。
- 【請求項5】 塩が、硫酸アンモニウムである請求項4に記載の方法。
- 【請求項6】 塩が、20g/100mlからその塩の飽和濃度までの濃度
で存在する請求項3に記載の方法。 - 【請求項7】 塩が、30g/100mlから80g/100mlの濃度の
硫酸アンモニウムである請求項3に記載の方法。 - 【請求項8】 RNA保存液が、少なくとも2種類の塩の組み合わせを含む
請求項1に記載の方法。 - 【請求項9】 塩の総濃度が、20g/100mlから100g/100m
lである請求項8に記載の方法。 - 【請求項10】 RNA保存液が、二価カチオンのキレート剤を含む請求項
1に記載の方法。 - 【請求項11】 RNA保存液が、緩衝液を含む請求項1に記載の方法。
- 【請求項12】 RNA保存液のpHが、4から8である請求項1に記載の
方法。 - 【請求項13】 試料が、細胞懸濁液である請求項1に記載の方法。
- 【請求項14】 試料が、固体組織試料である請求項1に記載の方法。
- 【請求項15】 試料が、血液試料である請求項1に記載の方法。
- 【請求項16】 試料が、水試料である請求項1に記載の方法。
- 【請求項17】 試料が、生物体全体を含む請求項1に記載の方法。
- 【請求項18】 生物が、組織試料またはその他の生物内に存在する病原体
である請求項17に記載の方法。 - 【請求項19】 保存されたRNAの単離ステップを更に含む請求項1に記
載の方法。 - 【請求項20】 RNAが−20℃以上の温度で単離される請求項19に記
載の方法。 - 【請求項21】 RNAの単離前に試料が保存されている請求項19に記載
の方法。 - 【請求項22】 組織が−20℃から45℃で凍結されずに保存されている
請求項21に記載の方法。 - 【請求項23】 試料が0℃以上で保存されている請求項22記載の方法。
- 【請求項24】 (i)試料に浸潤し、RNAをヌクレアーゼから保護する
RNA保存液と、 (ii)試料からRNAを抽出する試薬と を含んでなる、試料中のRNAを保存し、試料からRNAを単離するためのキッ
ト。 - 【請求項25】 RNAを抽出する試薬が、グアニジニウムを基剤とするR
NA抽出試薬である請求項24に記載のキット。 - 【請求項26】 RNAを抽出する試薬が、塩化リチウムを基剤とするRN
A抽出試薬である請求項24に記載のキット。 - 【請求項27】 硫酸塩を含んでなるRNA保存液。
- 【請求項28】 硫酸塩が、硫酸アンモニウムである請求項27に記載のR
NA保存液。 - 【請求項29】 硫酸塩が、20g/100mlからその塩の飽和濃度まで
の濃度で存在する請求項27に記載のRNA保存液。 - 【請求項30】 硫酸塩が20g/100mlから100g/100mlの
濃度の硫酸アンモニウムである請求項27に記載のRNA保存液。 - 【請求項31】 少なくとも2種類の塩の組み合わせを含む請求項27に記
載のRNA保存液。 - 【請求項32】 塩の総濃度が20g/100mlから100g/100m
lである請求項32に記載のRNA保存液。 - 【請求項33】 有機溶媒を含む請求項27に記載のRNA保存液。
- 【請求項34】 二価カチオンのキレート剤を含む請求項27に記載のRN
A保存液。 - 【請求項35】 緩衝液を含む請求項27に記載のRNA保存液。
- 【請求項36】 pHが4から8である請求項27に記載のRNA保存液。
- 【請求項37】 (i)RNAを含む試料を入手するステップと、 (ii)塩を供給するステップと、 (iii)試料と液体中の塩を混合して、試料に浸潤しRNAをヌクレアーゼか
ら保護するRNA保存組成物を形成するステップと を含むRNAの保存方法。 - 【請求項38】 試料と塩の混合前に、試料が液体に含まれている請求項3
7に記載の方法。 - 【請求項39】 試料が血液細胞であり、液体が血清である請求項37に記
載の方法。 - 【請求項40】 液体が、水である請求項37に記載の方法。
- 【請求項41】 液体が、緩衝液である請求項37に記載の方法。
- 【請求項42】 試料と液体とを混合する前に、塩が固体である請求項37
に記載の方法。 - 【請求項43】 試料と塩とを混合する前に、塩が液体に含まれている請求
項37に記載の方法。 - 【請求項44】 塩が、硫酸塩である請求項37に記載の方法。
- 【請求項45】 塩が、硫酸アンモニウムである請求項44に記載の方法。
- 【請求項46】 塩が、20g/100mlからその塩の飽和濃度までの濃
度で存在する請求項37に記載の方法。 - 【請求項47】 塩が30g/100mlから80g/100mlの濃度の
硫酸アンモニウムである請求項46に記載の方法。 - 【請求項48】 RNA保存組成物が、少なくとも2種類の塩の組み合わせ
を含む請求項37に記載の方法。 - 【請求項49】 塩の総濃度が20g/100mlから100g/100m
lである請求項48に記載の方法。 - 【請求項50】 RNA保存組成物が、二価カチオンのキレート剤を含む請
求項37記載の方法。 - 【請求項51】 RNA保存液が、緩衝液を含む請求項37に記載の方法。
- 【請求項52】 前記緩衝液のpHが、4から8である請求項51に記載の
方法。 - 【請求項53】 保存されたRNAの単離ステップを更に含む請求項37に
記載の方法。 - 【請求項54】 RNAが−20℃以上の温度で単離される請求項53に記
載の方法。 - 【請求項55】 RNAの単離前に試料が保存されている請求項53に記載
の方法。 - 【請求項56】 試料が0℃以上で保存されている請求項55に記載の方法
。 - 【請求項57】 RNAを含む試料と、液体と、RNAをヌクレアーゼから
保護するのに十分な濃度の塩とを含んでなる物質の組成物。 - 【請求項58】 塩が、硫酸塩である請求項57に記載の組成物。
- 【請求項59】 硫酸塩が、硫酸アンモニウムである請求項58に記載の組
成物。 - 【請求項60】 少なくとも2種類の塩の組み合わせを含む請求項57に記
載の組成物。 - 【請求項61】 緩衝液を含む請求項57記載の組成物。
- 【請求項62】 pHが4から8である請求項61に記載の組成物。
- 【請求項63】 二価カチオンのキレート剤を含む請求項57に記載の組成
物。
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