MXPA04011083A

MXPA04011083A - Sistema automatizado para aislar, amplificar y detectar una secuencia de acido nucleico de meta.

Info

Publication number: MXPA04011083A
Application number: MXPA04011083A
Authority: MX
Inventors: Hansen Timothy
Original assignee: Becton Dickinson Co
Priority date: 2002-05-17
Filing date: 2003-05-19
Publication date: 2005-02-14
Also published as: BRPI0310060B8; CN103399162A; US20120282603A1; BRPI0310060B1; US9696328B2; CN1653338A; CN103399162B; CA2483694A1; ES2594333T3; JP2005525816A; BR0310060A; US20090155808A1; EP1506413A4; WO2003097808A9; RU2004137103A; EP1506413B1; WO2003097808A3; WO2003097808A2; US20110200991A1; KR20050008720A

Abstract

Se presenta un sistema y metodo para preparar y probar acidos nucleicos de meta. El sistema integra una pipeta (522), extractor (516), LECTOR (502) de ensayo, y otros componentes, incluyen do un brazo de robot articulado selectivamente flexible (SCARA) (524). Esta integracion sinergistica de herramientas de diagnostico previamente separadas crea un sistema y metodo mediante el cual un minimo de intervencion humana se requiere. El sistema resultante proporciona un metodo substancialmente mas exacto y preciso para aislar, amplificar y detectar acidos nucleicos de meta para diagnosticar enfermedades.

Description

WO 2003/097808 A2 [HUI ?? lililí lllil HUI II!U II III lliil 1IIH 1111 Klllll illl llll llll Published: (15) Information abont Correction: — wit oití intemational search repo and to be republished see PCT Gazette No. 08/2004 of 19 February 2004, Sec- upon receipt ofthat repon tion ? For two-letter codes and other abbreviations, refer lo the "G id- (48) Date of publicatíon of this corrected versión: ance Notes on Codes and Abbreviations " appearing atthe begin- 19 Februar 2004 ning ofeach regular Issue ofthe PCT Gazette.

SISTEMA AUTOMATIZADO PARA AISLAR, AMPLIFICAR Y DETECTAR UNA SECUENCIA DE ÁCIDO NUCLEICO DE META Campo de la Invención La invención está relacionada con la detección de ácidos nucleicos. Más particularmente, la invención está relacionada con un sistema y método para el aislamiento, amplificación y detección de ácidos nucleicos de meta en un sistema completamente automatizado e integrado que comprende una pipeta, extractor y un lector de ensayo, asi como muchos otros dispositivos, para detectar los ácidos nucleicos de meta. El asunto material relacionado se describe en la solicitud de patente provisional copendiente de E.U.A. No. de Serie 60/380,859, presentada el 17 de mayo de 2002, el contenido completo de la cual se. incorpora por referencia. El asunto materia relacionado se describe en la solicitud de patente provisional copendiente de E.U.A. No. de Serie 60/380,859, presentada el 17 de mayo de 2002, el contenido completo de la cual se incorpora por referencia. Antecedentes de la Invención Ninguna de las referencias descritas o mencionadas en la presente se admite como técnica anterior de la invención reivindicada. Una variedad de metodologías de biologia molecular, tal como formación de secuencia de ácido nucleico, detección directa de secuencias de ácido nucleico particulares mediante hibridización de ácido nucleico, y técnicas de amplificación de secuencia de ácido nucleico, requieren que los ácidos nucleicos (DNA o RNA) se separen de los componentes celulares restantes. Este proceso generalmente incluye los pasos de recoger las células en un tubo de muestra y lisar las células con calor y/o reactivos que ocasiona que las células estallen y liberan ácidos nucleicos {DNA o RNA) hacia la solución en el tubo. El tubo luego se coloca en una centrifuga, y la muestra se hila de manera que los diversos componentes de las células se separen hacia capas de densidad dentro del tubo. La capa de los ácidos nucleicos se puede remover de la muestra mediante una pipeta o cualquier instrumento apropiado. Las muestras luego se pueden lavar y tratar con reactivos apropiados, tales como sondas de fluoresceina, de manera que los ácidos nucleicos se puedan detectar en un aparato tal como el sistema BDProbeTec(R) ET, fabricado por Becton Dickinson and Company y descrito en la Patente de E.U.A. No. 6,043,880 a Andrews y col., el contenido completo de la cual se incorpora en la presente por referencia. Aún cuando las técnicas existentes para separar ácidos nucleicos de muestras de célula pueden ser generalmente apropiados, dichos métodos típicamente consumen tiempo y son complejos. Cuando se realizan manualmente, la complejidad y número de pasos de procesamiento asociados con un ensayo basado en ácido nucleico también introducen oportunidades para error del practicante, exposición a patógenos y contaminación cruzada entre ensayos. Además, aún cuando el proceso de centrifugación es generalmente efectivo para separar los ácidos nucleicos de los otros componentes de célula, ciertas impurezas teniendo densidad igual o similar que los ácidos nucleicos también se pueden recoger en la capa de ácido nucleico, y se deben remover de la muestra de célula con los ácidos nucleicos . Recientemente se ha desarrollado una técnica que es capaz de separar más efectivamente ácidos nucleicos de los componentes de células restantes. Esta técnica involucra el uso de partículas paramagnéticas, y se describe en la Patente de E.U.A. NO. 5,973,138 a Mathew P. Collins, los contenidos completos de la cual se incorporan en la presente por referencia. En esta técnica, partículas paramagnéticas, o por lo demás magnéticas o magnetizables se colocan en una solución acídica junto con muestras de célula. Cuando las muestras de célula se lisan para liberar los ácidos nucleicos, los ácidos nucleicos se ligan reversiblemente a las partículas. Las partículas pueden luego separarse del resto de la solución por técnicas conocidas tales como centrifugación, filtración o fuerza magnética. La partícula a la que están ligados los ácidos nucleicos puede luego separarse de la solución y colocarse en una solución de tampón apropiada, que ocasiona que los ácidos nucleicos queden no ligados de las partículas . Las partículas luego pueden separarse de los ácidos nucleicos mediante cualquiera de las técnicas arriba descritas. Los ejemplos de sistemas y métodos para manipular partículas magnéticas se describen en las Patentes de E.U.A. Nos. 3,988,240, 4,895,650, 4,936,687, 5,681,478, 5,804,067 y 5,567,326, en la Solicitud de Patente Europea No. EP905520A1, y en la solicitud de PCT publicada WO 96/09550, .los contenidos completos de cada uno de dichos documentos siendo incorporados en la presente por referencia. También existen técnicas para mover soluciones entre recipientes, tales como tubos de prueba, pozos de muestra, y asi sucesivamente. En una técnica de pipetado automatizada, a fin de controlar apropiadamente el dispositivo de pipeta para atraer fluido de un recipiente de muestra tal como un tubo de prueba, es necesario conocer el nivel del fluido de muestra en el tubo de manera que la pipeta se pueda hacer descender a la profundidad apropiada. También es necesario detectar si la punta de pipeta se ha conectado apropiadamente al dispositivo de pipeta. Los métodos anteriores para detectar el nivel de un fluido en un recipiente incluyen el uso de detección de conductividad eléctrica. Este método requiere el uso de puntas de pipeta eléctricamente conductoras conectadas a un amplificador sensible que detecta cambios pequeños en la capacitancia eléctrica de la punta de pipeta cuando se pone en contacto con un fluido iónico. La detección de punta de pipeta en este sistema conocido se logra tocando el extremo de la punta de pipeta conductiva a un conductor puesto a tierra. Las desventajas de este acercamiento incluyen el costo más elevado de las puntas de pipeta conductivas, y que el método solamente trabaja efectivamente con fluidos iónicos. En otras palabras, si el fluido es no conductivo, no proporcionará una trayectoria eléctrica apropiada para completar el circuito entre los conductores y la punta de pipeta . ün sistema y método para la medición del nivel de fluido en un tubo de pipeta se describió en la Patente de E.U.A. No. 4,780,833, expedida a Atake, los contenidos de la cual se incorporan en la presente por referencia. El sistema y método de Atake involucra aplicar succión al liquido que se va a medir, mantener liquido en un tubo o tubos de micropipeta, y proporcionar los tubos con una porción de almacenamiento que tiene un diámetro interior mayor y una porción tubular delgada con un diámetro menor. Un calibrador de presión se incluye para medir la cabeza potencial en el tubo o tubos. Conociendo la cabeza hidráulica en el tubo de pipeta y la gravedad especifica del liquido, se puede asegurar la cantidad de fluido contenido en el tubo de pipeta. Los dispositivo utilizados en las metodologías de biología molecular pueden incorporar el dispositivo de pipeta arriba mencionado, con robóticos, para proporcionar movimientos controlados de manera precisa para mover segura y cuidadosamente fluidos biológicos de muestra de un recipiente a otro. Típicamente, estos dispositivos robóticos son capaces de acoplar una o más de las puntas de pipeta antes mencionadas, y emplear una bomba de aire u otro dispositivo de presionización apropiado para atraer el fluido biológico de muestra hacia las puntas de pipeta. En el uso de sondas de DNA para propósitos de diagnóstico clínico, usualmente se lleva a cabo una reacción de amplificación de ácido nucleico a fin de multiplicar el ácido nucleico de meta en muchas copias o amplicones. Ejemplos de reacciones de amplificación de ácido nucleico incluyen amplificación de desplazamiento de hebra (SDA) , amplificación de círculo de rodamiento (RCA) , aplicación de secuencia autosostenida (3SR), amplificación mediada por transcripción (TMA) , ampli icación a base de secuencia de ácido nucleico (NASBA) , reacción de cadena de ligasa (LCR) y reacción de cadena de polimerasa (PCR) . Los métodos de amplificación de ácido nucleico se describen en la literatura. Por ejemplo, la amplificación PCR, se describen por Mullis y col., en Pat . De" E.U.A. Nos. 4,683,195, 4,683,202 y 4,800,159, y en Métodos en Enzimologia, 155:335-350 (1987). Los ejemplos de SDA se pueden encontrar en Walker, PCR Met ods and Applications, 3:25-30 (1993), Walker y col., en Nucleic Acids Res., 20:1691-1996 (1992) y Proc. Nati. Acad. Sci. , 89:392=296 (1991). LCR se describe en las Patentes de E.U.A. Nos. 5,427,k930 y 5,686,272. Y diferentes formatos de TAA se proporcionan en publicaciones tales corno Burg y col., en Patente de E.U.A. No. 5,437, 990; acian y col., en Patentes de E.U.A. Nos. 5,399,491 y 5,554,516; y Gingeras y col., en Solicitud Internacional No. WO 88/01302, y Solicitud Internacional No. PCT/US88/02108 y Publicación Internacional No. WO 88/10315. La detección de los amplicones de ácido nucleico se puede llevar a cabo de varías formas, todas involucrando hibridización (enlace) entre el DNA de meta y sondas especificas . Muchos métodos de detección de sonda de DNA comunes involucran el uso de tintes de fluoresceína. Un método de detección es transferencia de energía de fluorescencia. En este método, una sonda detectora se etiqueta tanto con un tinte de fluoresceína que emite luz cuando se excita por una fuete exterior, como con un enfriador que suprime la emisión de luz del tinte de fluoresceína en su estado nativo. Cuando amplicones de DNA están presentes, la sonda etiquetada de fluoresceína se liga a los amplicones, se extiende, y permite la emisión de fluorescencia que ocurra. El aumento de fluorescencia se toma como una indicación de que la bacteria que ocasiona enfermedad está presente en la muestra del paciente. Otros métodos de detección serán evidentes a aquellos expertos en el ramo. Por ejemplo, una etiqueta fluorescente sencilla se puede emplear en la fracción reportadora con detección de un cambio en polarización de fluorescencia en presencia del complemento de la fracción reportadora (ver la Patente de E.U.A. No. 5,593,867). Las etiquetas no fluorescentes también son útiles. Por ejemplo, la fracción reportera se puede etiquetar con un tinte polifilico y contener un sitio de restricción que se disocia en presencia del complemento de la fracción reportera (ver la Patente de E.U.A. No. 5,550,025). Alternativamente, la sonda reportera puede estar radioetiquetada y los productos que resultan de la síntesis del complemento de la fracción reportadora se pueden resolver mediante electroforesis y visualizarse por autorradiografía. Las etiquetas inmunológicas también se pueden emplear. Una sonda reportera etiquetada con un hapteno se puede detectar después de síntesis del complemento de la fracción reportera removiendo primero la sonda reportera no reaccionada (por ejemplo mediante captura específica de adaptador en una fase sólida) y luego detectar la etiqueta de hapteno en la sonda reportadora reaccionada usando quimiluminiscente normal o colorimétrica ELISAs. Una etiqueta de biotina se puede substituir por el hapteno y detectar utilizando métodos conocidos en el ramo. Los compuestos quimilumuniscentes que incluyen esteres de acridimio se pueden utilizar en un ensayo de protección de hibridización (HPA) y luego detectarse con un luminómetro (ver Patentes de E.U.A. Nos. 4, 950,613 y 4,946,958). Una categoría amplia de dispositivos de detección que se puede utilizar en las diversas modalidades de la invención (más completamente descrita con detalle aba o) , son lectores y exploradores ópticos. Varios tipos de lectores o exploradores ópticos existen que son capaces de excitar muestras de fluido con luz, y luego detectar cualquier luz que se genere por las muestras de fluido en respuesta a la excitación. Por ejemplo, un aparato de exploración de placa X-&, tal como CytoFluor Serie 4000 hecho por PerSpetive Biosystems, es capaz de explorar una pluralidad de muestras de fluido almacenadas en una disposición o placa de micropozos. El aparato incluye una cabeza de exploración para emitir luz hacia una muestra particular, y para detectar luz generada de esa muestra. El aparato incluye primero y segundo cables ópticos cada uno teniendo primero y segundo extremos. Los primeros extremos de los cables ópticos se integran para formar un solo cable "bifurcado" en forma de Y. La cabeza de exploración incluye este extremo del cable óptico bifurcado. El segundo extremo del primer cable óptico del cable bifurcado está configurado para recibir luz de un dispositivo emisor de luz, tal como una lámpara, y el segundo extremo del segundo cable del cable bifurcado está configurado para transmitir luz a un detector, tal como un tubo fotomultiplicador . Durante la operación, la cabeza óptica está colocada de modo que el extremo integrado de la fibra óptica bifurcada esté en una posición apropiada con respecto a uno de los irticropozos . El dispositivo emisor de luz se activa para transmitir luz a través del primer cable óptico del cable óptico bifurcado de modo que la luz se emita fuera del extremo integrado del cable óptico bifurcado hacia el pozo de muestra. Si la muestra de fluido fluoresce en respuesta a la luz emitida, la luz producida por la fluorescencia es recibida por el extremo integrado de la fibra óptica y se transmite a través de la segunda fibra óptica al detector óptico. La luz detectada se convierte por el detector óptico hacia una señal eléctrica, la magnitud de la cual es indicativa de la intensidad de la luz detectada. La señal eléctrica se procesa por una computadora para determinar si el TMA de meta está presente o ausente en la muestra de fluido basado en la magnitud de la señal eléctrica. Otro tipo existente de aparato se describe en la Patente de E.U.A. No. 5,473,437, a Blumenfeld y col. Este aparato incluye una bandeja que tiene aberturas para recibir botellas de muestras fluidas. La bandeja incluye una pluralidad de fibras ópticas que tienen un extremo que termina en una abertura respectiva en la bandeja. La bandeja está conectada a una rueda, y gira en conjunción con la rotación de la rueda. Los otros extremos de las fibras ópticas se disponen circunferencialme te en sucesión alrededor de la rueda, y un dispositivo emisor de luz está configurado para emitir luz hacia la rueda de manera que a medida que gira la rueda, los extremos de las fibras ópticas reciben en secuencia la luz que se está emitiendo por el dispositivo emisor de luz. Es decir, cuando la rueda gira a una primera posición, una fibra que se extiende desde la rueda a una de las aberturas queda alineada con el eje óptico del dispositivo emisor de luz y de esta manera, la luz emitida entrará a esa fibra y se transmitirá a la abertura. El aparto incluye además un detector de luz que tiene un eje óptico alineado con el eje óptico de la luz emitida. Consecuentemente, si la muestra en la botella alojada en la abertura fluoresce debido a la luz de excitación, la luz emitida de la muestra se transmitirá a través de la fibra óptica y se detectará por el detector. La rueda luego continúa girando a posiciones en donde los extremos de las otras fibras ópticas quedan alineados con el eje óptico del emisor de luz y detector de luz, y la emisión de luz y proceso de detección se repiten para muestrear las muestras de fluido en las botellas alojadas en las aberturas asociadas con esas fibras . Otro tipo de aparato de prueba óptico se describe en la Patente de E.Ü.A. No. 5,518, 923, a Berndt y col. Ese aparato incluye una pluralidad de dispositivos emisores de luz/detectores de luz para probar una pluralidad de muestras fluidas . Las muestras fluidas están contenidas en tarros que se colocan en las aberturas de una bandeja en forma de disco. La pluralidad de los dispositivos emisor/detector de luz están dispuestos en la dirección radial de la bandeja. Por lo tanto, a medida que gira la bandeja, las muestras en cada hilera circular pasarán por su dispositivo emisor/detector de luz respectivo, que transmitirá luz hacia la muestra y detectará cualquier luz que se genere por la muestra en respuesta a la luz emitida. En teoría, este aparato es capaz de probar más de una muestra en cualquier momento dado. Sin embargo, a fin de lograr esta capacidad de múltiple prueba de muestra, el sistema debe emplear una pluralidad de detectores de luz y una pluralidad de emisores de luz. Estos componentes adicionales aumentan grandemente el costo del sistema. Por ejemplo, tubos fotomultiplicadores, que son generalmente muy costosos, se usan frecuentemente como unidades detectoras de luz en dispositivos de este tipo. Por ¦ lo tanto, el costo de la unidad se aumenta generalmente si se usa más de un tubo fotomultiplicador . Sin embargo, es deseable utilizar tan pocos tubos fotomultiplicadores como sea posible para mantener un precio competitivo para el aparato. Sin embargo, los dispositivos que emplean un solo detector ( v. gr . , tubo fotomultiplicador) son incapaces de probar una pluralidad de muestran sin algún tipo de movimiento mecánico para cada prueba. Un aparato detector también se describe en la Patente de E.U.A. No. 4,343,991, a Fujiwara y col. Este aparato emplea un solo detector de luz y una pluralidad de dispositivos emisores de luz para leer una muestra en un portador de muestra, que es un medio substancialmente transparente. En este aparato, la pluralidad de dispositivos emisores de luz transmite luz a través de las fibras ópticas correspondientes. La luz emitida por las fibras ópticas pasa a través del portador y se recibe por fibras ópticas correspondientes en el lado opuesto del portador. Las fibras receptoras terminan en un solo detector de luz y los emisores de luz se operan para emitir luz en momentos diferentes . Por lo tanto, la luz de solamente uno de los emisores pasa a través del portador en cualquier momento dado y se detecta por el detector, que da salida a una señal proporcional a la intensidad de la luz detectada. Por lo tanto, un solo detector se puede utilizar para detectar luz de una pluralidad de dispositivos emisores de luz. Cuando la luz pasa a través de una porción del portador que incluye una muestra, la intensidad de la luz se disminuye debido a que parte de la luz se absorbe por la muestra. La cantidad por la que la intensidad de luz se reduce es proporcional a la concentración del material de muestra en la muestra. Debido a que la señal salida del detector es proporcional a la intensidad de la luz detectada, la concentración de muestra se puede determinar de esta manera basado en la señal de salid . Aún cuando las técnicas de separación de ácido nucleico, las técnicas de pipetado, y las técnicas sensoriales arriba discutidas existen separadamente, lo que está faltando, es un sistema integrado que combine sinergisticamente estas y otras herramientas para crear un sistema avanzado, fácil de operar para el aislamiento, amplificación y detección de ácidos nucleicos de meta para diagnosticar enfermedades manipulando muestras fluidas. Los acercamientos pasados a procesamiento de prueba automatizado se limitaban a porciones automatizadas del proceso dejando las tareas restantes a ser realizadas por un técnico. Por ejemplo, muchos sistemas anteriores emplean un paso de centrifugación manual que requiere que un técnico cargue tubos de muestra hacia y fuera de una centrifuga externa. Otros sistemas requieren que un técnico transfiera productos de extracción de un instrumento de extracción de ácido nucleico a un instrumento de amplificación y/o detección. Se han hecho ciertos esfuerzos para proporcionar automatización limitada a sistemas de manejo de muestra. Por ejemplo, ciertos sistemas utilizan robots cartesianos para mover muestras de una ubicación a otra. Como se conoce en el ramo, los robots cartesianos pueden moverse en dirección X, Y y Z, son capaces de realizar inserciones de linea recta y son fáciles de programar. Los robots cartesianos tienen una estructura robotica muy rígida en una longitud determinada, puesto que los ejes pueden estar soportados en ambos extremos. Debido a su estructura rígida, los robots cartesianos pueden manipular cargas relativamente elevadas . Esto les permite ser usados para aplicaciones de recoger y colocar, cargar herramienta de máquina, y apilar partes en tolvas. Los robots cartesianos también se pueden utilizar para operaciones de ensamblado y sistemas surtidores de líquido. Los ejemplos de dichos usos ocurren en aplicaciones de laboratorio (investigación genética) , o cualquier tarea que es de volumen elevado y repetitivo. Una desventaja de ciertos robots cartesianos, sin embargo, es que requieren una área grande de espacio en la cual operar o, en otras palabras, tienen una relación grande de huella a espacio de trabajo. Otra desventaja es que los robots cartesianos tienen elementos mecánicos expuestos que son difíciles de sellar de ambientas húmedos, corrosivos o polvosos, y son difíciles de descontaminar. Además, brazos de robot articulados selectivamente plegables (SCARA) se han utilizado en el área de genoma para recoger colonias y transferirlas de una placa de medio a una placa de muestra. Aún cuando los sistemas arriba discutidos pueden ser útiles en ciertas capacidades, existe la necesidad de tener un sistema completamente automatizado para procesamiento de un componente de interés, en donde dicho procesamiento incluye aislar, amplificar y detectar, y el componente de interés incluye una secuencia de ácido nucleico específica o no específica y/o proteína. Ventajas significativas se pueden realizar automatizando los diversos pasos de proceso de un ensayo, incluyen reducir grandemente el riesgo de usuario-error, exposición patógena, contaminación y derramamiento, mientras que aumenta la eficiencia. Automatiza pasos de un ensayo también reducirá la cantidad de entrenamiento requerido para practicantes y eliminará virtualmente fuentes de daño atribuibles a aplicaciones de volumen elevado Compendio de la Invención Por lo tanto, un objeto general de la invención es proporcionar un sistema de procesamiento novedosos que evitará o reducirá al mínimo problemas del tipo anteriormente descrito . A fin de lograr este y otros objetos de la presente invención, se proporciona un sistema automatizado para procesar un componente de interés contenido en una muestra, que comprende una cremallera de muestra, adaptada para recibir cuando menos un recipiente que contiene la muestra, un dispositivo de extracción, adaptado para extraer el componente de interés de la muestra, un dispositivo de detección, adaptado para detectar la presencia del componente de interés extraído por el dispositivo de extracción, y un robot, adaptado para transferir automáticamente la muestra al dispositivo de extracción, y para transferir automáticamente el componente extraído de interés del dispositivo de extracción al dispositivo de detección. De conformidad con una modalidad de la presente invención, el paso de centrifugación arriba discutido se elimina y en su lugar se logra con el uso de un subsistema extractor de partículas magnético. La utilización de captura de ácido nucleico no específico proporciona ventajas de costo inferior de reactivo y fortaleza mejorada con relación a sistemas de captura específicos más complejos. El bajo costo de las partículas de captura no específicas (óxido de hierro) permite que aumenta la flexibilidad de matriz de captura y capacidad de enlace de escama sin impactar el costo significativamente. Adicionalmente, el sistema utiliza brazo robotico de grado industrial (SCARA.) que proporciona colocación precisa, repetible y confiable de la pipeta en oposición a plataformas robóticas de manejo de liquido de laboratorio que utilizan componentes robóticos menos confiables . Breve Descripción de los Dibujos Las particularidades y ventajosas novedosas de la presente invención se entenderán mejor con referencia a la descripción detallada de las modalidades especificas que sigue, cuando se lea en conjunción con los dibujos que se acompañan, en los cuales: La Figura 1 ilustra un método conocido para preparar múltiples muestras de espécimen para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta; La Figura 2 ilustra una vista en perspectiva de un sistema de preparación de múltiples muestras automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 3 ilustra una vista interna del sistema de múltiples muestras totalmente integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en la Figura 2 de conformidad con una modalidad de la invención, La Figura 4 ilustra un diagrama de bloque de sistema de los componentes principales de un sistema de múltiples muestras totalmente integrado y automatizado como se muestra en la Figura 2 y más completamente descrito con referencia a la Figura 3 y figuras relacionadas; La Figura 5 ilustra una vista en perspectiva de un brazo robótico SCARA utilizado en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta de conformidad con una modalidad de la invención, Las Figura 6 y 7 ilustran diferentes vistas en perspectiva de un conjunto de pipetas de seis canales usado en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado mostrado en la Figura 2 para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 8 ilustra un ejemplo de una punta de pipeta utilizada con el conjunto de pipetas mostrado en las Figuras 6 y 7 en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado mostrado en la Figura 2 para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 9 ilustra una vista en perspectiva de una cremallera de tubo con un sistema de identificación para usarse en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en las figuras 2 y 3 de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 10 ilustra una perspectiva de una poción de la estación de identificación de cremallera de tubo como se muestra en la Figura 9 para usarse en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 11 ilustra una vista en perspectiva detallada que muestra una porción del conjunto de estación de identificación de cremallera de tubo como se muestra en la Figura 9 para uso en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado como se muestra en las Figuras 2 y 3 para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 12 ilustra una vista en perspectiva de una estación de sujetador de punta de pipeta para uso en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en las figuras 2 y 3 de conformidad con una modalidad de la invención, La Figura 13 ilustra una vista en perspectiva de un sujetador de punta de pipeta con estación de intercambio de punta para uso en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en las Figuras 2 y 3 de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 14 ilustra una vista en perspectiva de placas de calentador de imprimación para uso en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en las Figuras 2 y 3 de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 15 ilustra una vista en perspectiva detallada de un sistema extractor para uso en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en las Figuras 2 y 3 de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 16 ilustra una vista en perspectiva de una etapa lectora de ensayo para uso en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en las Figuras 2 y 3 de conformidad con una modalidad de la invención, La Figura 17 ilustra una vista en perspectiva de placa de microtitulo de múltiples posiciones con pozos para uso en el ensayo listo de la Figura 16 en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en las Figuras 2 y 3 de conformidad con una modalidad de la invención; La Figura 18 ilustra una vista en perspectiva de una placa de mitrotitulo de múltiples posiciones como se muestra en la Figura 17; La Figura 19 ilustra una vista en perspectiva de una porción de un conjunto de pozo de microtitulo como se muestra en la Figura 17, La Figura 20 ilustra una vista en perspectiva de una herramienta de agarre de sellador de placa para utilizarse al aplicar una placa de sello a la placa de microtitulo mostrada en la Figura 17 en el sistema de múltiples muestras integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en las Figuras 2 y 3 de conformidad con una modalidad de la invención; y La Figura 21 es una gráfica que flujo que ilustra un ejemplo de pasos de un método para operar el sistema de múltiples muestras totalmente integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta como se muestra en la Figura 2. Descripción Detallada de la Modalidad Preferida Las diversas particularidades de la modalidad preferida se describirán ahora con referencia a las figuras, en las que partes semejantes se identifican con los mismos caracteres de referencia. La Figura 1 ilustra un método conocido para preparar manualmente múltiples muestras de espécimen para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta que emplea el Sistema BDProbeTec*® ET que proporciona detección sensible y especifica de Chlamydia trachomatis (CT) y Neissei'ie gonorrhoeae (GC) para muestras clínicas. La tecnología se basa en Amplificación de Desplazamiento de Hebra homogénea (SDA) y detección de ADN de meta. Actualmente, las muestras se procesan, lisan y pipetean manualmente de tubos de muestra a pozos de imprimación y amplificación. El sistema 200, ilustrado en la Figura 2 (y discutido con detalle abajo) se ha desarrollado para reducir al mínimo el pipetado y reducir el tiempo de manos sobre asociado con los ensayos de CT/GC en el BDProbeTec*® medíante automatización de pipetado de tubos de muestra a extractor, aislando el componente de interés y luego transfiriendo el componente de interés en pozos de imprimación y de imprimación a pozos de amplificación. Como se discute con más detalle abajo, el sistema 200 logra automatización confiable a través del uso de un brazo 524 robótico de grado industrial (ver las Figuras 3 y 5) que en esta modalidad es un brazo de robot articulado selectivamente flexible (SCARA) y tiene un tiempo medio entre falla de 20,000 hora so 10 años de uso de un solo desplazamiento. El conjunto 522 de pipetas está comprendido de puntas 528 de pipetas, asi como otros componentes, que tienen una escala de 20-1100 ul + 10% con >1 año de Intervalo de Mantenimiento Preventivo (PMI) o 1,000,000 ciclos. A diferencia de otra instrumentación clínica, el sistema 200 utiliza tubería no perecedera para movimiento de fluido. Procedimiento para Ajusfar el sistema 200 Primero, se conecta la energía en el sistema 200. Segundo, las puntas de pipeta se cargan en el sistema 200. Tercero, los micropozos de imprimación y amplificación se cargan al sistema 200. Luego, en el paso cuatro, muestras se cargan hacia una cubierta de instrumentos. Los parámetros de muestra y tipo de ensayo se seleccionan a través de una pantalla de toque en el paso cinco, y en el paso 6, el sistema 200 se capacita para funcionar el programa de procesamiento . El sistema 200 reduce al mínimo el pipetado con manos mientras que logra los mismos resultados de espécimen CT/GC por pasado como el sistema manual de BDProbeTec™ E . Como se describirá ahora, el sistema 200 mostrado en la Figura 2 se puede utilizar para el aislamiento, amplificación y detección de componentes de interés de conformidad con una modalidad de la invención. Estos componentes de interés pueden incluir la captura específica o no específica de ácidos nucleicos y/o proteínas. La Figura 3 ilustra un diagrama de bloque de un sistema de múltiples muestras completamente integrado y automatizado para el aislamiento, amplificación y detección de secuencias de ácido nucleico de meta de conformidad con una modalidad de la invención. El sistema 200 de preparación de múltiples muestras automatizado (sistema) mostrado en la Figura 3, está comprendido de una etapa 502 de lector de ensayo, sellos 504 de placa pantalla 506 de toque de LCD, expedidor 508 de tablero, cremallera de tubo con sistema de identificación (cremallera de tubo de ID) 510, sujetador 512 de punta de pipeta, cremallera 514 de tubo de muestra de entrada, extractor 516, tolva 518 de reactivo de cremallera de punta de 5 posiciones, portillo 520 de desperdicio, brazo 524 robotico y placas 526 de calentador de imprimación (con herramienta de vacío. Existe más de un tipo de dispositivo de extracción que se puede usar de conformidad con las modalidades de la invención, más completamente descrita abajo, como lo puede apreciar un experto en el ramo. Uno de dichos dispositivos de extracción es el extractor 516, que se describe con detalle en la Solicitud de Patente de E.U.A. No. De Serie 09/573, 640 "Sistema y Método para Manipular Partículas Magnéticas en Muestras Fluidas para Recoger ADN o RNA de una Muestra", T. Hansen y col. Adicionalmente, el conjunto 552 de pipetas se describe más completamente en la Solicitud de Patente de E.ü.A. No. de Serie 10/073,207 "Un Sistema y Método para Verificar la Integridad de la Condición y Operación de un Dispositivo de Pipeta para Manipular Muestras Fluidas", T. Hansen y col. Existe más de un tipo de dispositivo de detección que se puede utilizar de conformidad con las modalidades de la invención, más completamente descrita abajo, como un experto en el ramo lo puede apreciar. Uno de estos dispositivos de detección es el lector 502 de ensayo más completamente descrito en la Patente de E.U.A. No. 6,043, 880 "Lector Óptico Automatizado para Ensayos de Ácido Nucleico", J. Andrews y col., estos y otros tipos de dispositivos de detección se describieron brevemente en los antecedentes de la invención. Los contenidos de cada una de las solicitudes de patente de E.U.A. Y Patentes de E.U.A. , arriba mencionadas, se incorporan expresamente en la presente por referencia. La Figura 4 ilustra un diagrama de bloque conceptual en el sistema 200, que muestra los componentes principales del sistema 200, y como se procesan las muestras Las líneas de guiones ilustran cuando el brazo 524 robótico se usa para mover material de muestra (con puntas 528 de pipeta) y otros dispositivos. La Figura 4 incluye un microcontrolador (que también puede ser un PC "local" o "remoto") 564, o cualquier otro controlador apropiado. A través de la siguiente discusión, y especialmente en conjunción con la descripción que se acompaña del método ilustrado en la Figura 21, la operación del sistema 200 se controla por un programa que se puede almacenar y operar local y/o remotamente. Una descripción detallada de dichos dispositivos y método de operación se excluye, ya que un experto en los ramos relevantes y relacionados puede entender su operación. Dicho controlador puede incluir una presentación 560, impresor 562, microcontrolador 564, con ratón 568 y/o tablero 566, memoria 558, interfaz 1/0 570 y barra 556 de dato/control . Como se discute arriba, el sistema 200 automatizado hace uso de un brazo 524 robótico para realizar todos los pasos requeridos para aislar y amplificar ácido nucleico de una muestra de fluido. Los componente incluyen una cremallera 510 de tubo de muestra de entrada con mecanismo de adhesión de muestra (Figura 9-11), un subsistema extractor utilizado para aislar y concentrar ácido nucleico de la muestra de entrada (Figura 15), estaciones de imprimado y amplificación calentado (Figura 14) utilizado para la amplificación de ácido nucleico aislado y lectores que supervisan la amplificación de analitos de meta específicos (Figura 16} . Todos los pasos del proceso están completamente automatizados mediante el uso de un brazo robótico de grado industrial (Figura 5) con un aparato de pipetas fijado (Figuras 6-8, 12 y 13) capaz de transferir fluidos utilizando puntas 528 de pipeta desecñables para impedir la contaminación cruzada de muestras liquidas. El conjunto 522 de pipeta hace uso de transductores de presión para detectar la presencia de puntas 528 de pipeta filtrada en la boquillas de las pipetas y para percibir niveles de líquido en tubos de prueba de muestra (Figuras 9-11) . Un programa de computadora que permite la entrada específica para ser admitida a través del monitor 506 de pantalla de toque LCD integrado controla todos los pasos de procesamiento. El sistema 200 está totalmente autocontenido en un envolvente con ventanas acrílicas deslizantes que protegen al operario del brazo 524 robótico móvil e impide que cualesquiera aerosoles puedan estar presentes en las muestras de líquido que escapen. Los recipientes reemplazables, accesibles desde abajo del instrumento se utilizan para recoger las puntas 528 de pipeta contaminadas y desperdicio líquido. La operación del sistema 200 que emplea el brazo robótico SCAEA 524 se discutirá ahora. Como se puede apreciar por un experto en el ramo, un robot SCARA tiene movimientos muy semejantes a un cuerpo humano. Estos dispositivos incorporan tanto un hombro como junta de codo asi como un eje de muñeca y un movimiento vertical. Los robots SCARA se inventaron en Japón a principios de los años 60 y se han utilizado extensamente en muchas industrias diferentes desde entonces. Los robots SCARA son ideales para una variedad de aplicaciones de propósito general que requieren movimientos rápidos, repetibles y articulados, de punto a punto. Los ejemplos de sus usos incluyen granulación y desgranulación, carga y descarga, y ensamblado. Debido a sus movimientos de "codo" únicos, los robots SCARA también son ideales para aplicaciones que requieren aceleración constante a través de movimientos circulares, tales como surtir y formar empaque en su lugar. Las juntas de robot SCARA son todas capaces de rotación y se pueden sellar completamente y proteger, lo que es necesario en caso de que el robot se despliegue en ambientes polvosos o corrosivos. Los robots SCARA son generalmente más rápidos que los robots cartesianos y pueden realizar múltiples movimientos en sus juntas. El brazo 524 robótico, ilustrado en la Figura 7, es un ejemplo de un brazo robótico tipo SCARA. Se debe observar además que el sistema 200 no está limitado al uso de un SCARA, sino más bien se puede usar cualquier otro tipo apropiado de dispositivo robotico, tal como un robot articulado, que permitirá al sistema 200 realizar sus funciones pretendidas. Lo siguiente es una descripción del método descrito en la Figura 21, en donde se hace referencia a un uso especifico de una de las modalidades de la invención, que es el procesamiento de un ácido nucleico de meta. Sin embargo, como se ha descrito arriba, y como un experto en el ramo puede apreciar, la invención no está limitada a esta modalidad específica, ni al procesamiento de un ácido nucleico de meta, pero la invención tiene diversas modalidades diferentes, y en su lugar se puede utilizar para el procesamiento de ácidos nucleicos de meta o no meta y/o proteínas de meta o no meta. Haciendo referencia a la Figura 21, el método para operar el sistema 200, empieza con el paso 102, en el que el usuario primero carga las puntas 528 de pipeta desechables, tubos extractores, reactivos líquidos, micropozos de imprimación y amplificación y sellos de placa. A continuación, una cremallera 510 de tubo de muestra vacío se coloca en el registro de cremallera de tubo en estación. El operario busca el código de barra 510 de cremallera de tubo a través de la banda de código de barras manual y luego explora cada tubo de muestra que se va a probar y coloca el tubo hacia la cremallera 510 de tubo. A medida que cada tubo se coloca hacia la cremallera 510 de tubo, un teclado 554 de membrana montado hacia la cremallera 510 de tubo se activa, comunicando la ubicación del tubo a la computadora. El operario continúa explorando cada tubo y lo coloca en el enrejado 510 de tubo hasta que todos los tubos a procesar se cargan. Al final de este proceso la computadora ha registrado la identidad de cremallera 510 de tubo y la información de paciente y ubicación de cada tubo cargado en el enrejado 510 de tubo. El enrejado 510 de tubo se coloca luego hacia la estación 546 de procesamiento de tubo. Un lector de código de barra estacionario colocado debajo del enrejado 510 de tubo lee la identificación de enrejado 510 de tubo y relaciona la identificación de enrejado 510 de tubo con la base de datos de información de paciente registrada para ese enrejado 510 de tubo particular. Esta información es seguida a la etapa final del proceso cuando los resultados de paciente se imprimen. A continuación el usuario cierra las ventanas acrílicas e inicia el movimiento a través de la pantalla 506 de toque LCD. En el paso 104, el brazo 524 robótico recoge puntas 528 de pipeta y transfiere fluido desde cada tubo de muestra hacia un tubo 548 de extracción correspondiente. Los tubos de extracción de llenan previamente con partículas magnéticas y reactivos de lisado y se cubren con una película de hoja metálica delgada que el brazo 524 robótico perfora cuando surte la muestra fluida hacia el tubo. El brazo 524 robótico mezcla la muestra para resuspender los componentes de tubo de extracción. Todos los pasos de mezclado se pueden conducir, pero no necesariamente, bajo la influencia de un campo de neutralización para facilitar la dispersión de partícula. El brazo 524 robótico dispone de las puntas 528 de pipeta y adquiere nuevas puntas 528 de pipeta después de cada transferencia de muestra. Este proceso continúa hasta que todas las muestras se han transferido hacia sus tubos extractores correspondientes. Alternativamente, la muestra se puede cargar directamente hacia el dispositivo extractor. En esta modalidad, la muestra está en un recipiente que se puede llenar previamente con los reactivos necesarios y/o material para extracción. Durante el siguiente paso, el paso 106, los calentadores 572 dentro del subsistema 516 extractor calientan la muestra a una temperatura apropiada que ocasiona la liberación de ácido nucleico de los microorganismos contenidos en la muestra biológica. Los calentadores 572 luego se incapacitan, permitiendo que las muestras Usadas se enfríen. Alternativamente, en lugar de utilizar calor, o en combinación con el calor, el ácido nucleico se puede liberar de los microorganismos contenidos en la muestra biológica por medios químicos . los medios de extracción química se describen en "Pretratamiento Químico de Plasma para Ensayos de Amplificación de Ácido Nucleico", No. De Serie de E.U.A. 10/359,180 y "Método de Pretratamiento para Extracción de Ácido Nucleico de las Muestras Biológicas y Juegos para lo Mismo", No. De Serie de E.U.A. 10/359,179. Desusé del enfriamiento, el brazo 524 robótico, en el paso 108, recoge nuevas puntas 528 de pipeta, aspira el reactivo de enlace, surte y mezcla el reactivo de enlace hacia el primer grupo de tubos de extracción utilizando una punta 528 de pipeta diferente para cada muestra. Este proceso enlaza no específicamente el ácido nucleico hacia las partículas magnéticas. ? continuación, en el paso 110, los imanes 550 dentro del subsistema 516 de extractor se mueven automáticamente hacia posición para recoger las partículas magnéticas a los lados de los tubos. El brazo 524 robótico, utilizando las mismas puntas 528 de pipeta, aspira el líquido de desperdicio de cada tubo extractor dejando las partículas magnéticas con ácido nucleico total fijado, sujetado al lado del tubo (paso 111) . los imanes 550 luego se mueven a su posición original debajo de los tubos, liberando de eta manera las partículas de los lados de los tubos . En el paso 112 el brazo 524 robótico recoge nuevas puntas 528 de pipeta, aspira el reactivo de lavado, surte, y luego mezcla el reactivo de lavado con las partículas magnéticas y material de ácido nucleico ligado. En el paso 114 los imanes 550 se mueven luego hacia posición para sujetar las partículas a los lados del tubo y el brazo 524 robótico, usando las mismas puntas 528 de pipeta remueve el reactivo de lavado de desperdicio liquido (paso 115} , dejando las partículas ligadas de ácido nucleico, lavadas, sujetadas al lado de los tubos. Los imanes 550 luego se mueven a la posición debajo de los tubos. En el paso 116 el tampón de elución se aspira hacia las puntas 528 de pipeta. El tampón de elución se surte luego hacia, y se mezcla con las partículas magnéticas, liberando de esta manera el ácido nucleico total de las partículas magnéticas (paso 117} . ün volumen del tampón de elución que es inferior con relación al volumen de muestra de entrada se puede utilizar para concentrar efectivamente los ácidos nucleicos. En el paso 118 los imanes 550 se mueven hacia arriba a la posición de sujeción y el brazo 524 robótico pipetea la muestra eluida que contiene ácido nucleico concentrado hacia los pozos de imprimación (paso 199). Detalles adicionales de los procesos, de enlace de ácido nucleico no específico se exponen en la Solicitud de Patente de E.U.A. No. de serie 09/858,889, arriba mencionada. Después de un período de incubación a temperatura ambiente de 20 minutos, las placas 526 de calentador de imprimación se capacitan, elevando la temperatura de los pozos de imprimación a una temperatura de pico de calor apropiado, que interrumpe los oligonucléotidos hibridizados no específicamente (paso 120} . En el paso 121, el brazo 524 robótico luego aspira el volumen apropiado de muestra de los pozos de imprimación y lo surte hacia los pozos de amplificación/lector. Después de que todas las muestras se han transferido a la placa 526 de calentador de imprimación a la placa 530 de amplificación, el brazo 524 robótico recoge la herramienta 544 sujetadora de sello de placa, recoge el sello 504 de placa y coloca el sello 504 de placa en la placa 530 de amplificación. La placa 530 de amplificación sellada se transfiere hacia la cámara 502 de lector de ensayo, que mantiene una serie de temperaturas requeridas para amplificación de los ácidos nucleicos de meta (paso 122) . En el paso 124, la cámara 502 de lector de ensayo mueve la placa 530 de amplificación sellada sobre las cabezas 552 de lectura para detectar productos de amplificación de ácido nucleico. La cámara 502 de lector de ensayo determina el resultado de prueba, y proporciona los datos a través de una impresión. Las ubicaciones de los resultados de prueba coinciden con la ubicación de los tubos de muestra originales. Dos juegos de placas de imprimación y dos juegos de placas de amplificación/lector se proporcionan para soportar uno o dos pruebas por muestra. Detalles adicionales del lector de ensayo se exponen en la Patente de E.U.A. No. 6,043,880, arriba mencionada. Métodos alternativos de procesamiento de muestra incluyen automatizar la extracción de ácido nucleico con el uso de membranas de sílice. En este caso, los fluidos de mezcla lisados se mezclan con reactivos de enlace y se pipetean hacia un recipiente abierto con una membrana de sílice suspendida en el centro. Se emplea un vacío para atraer la muestra a través de la membrana atrapando el ácido nucleico en la membrana y permitiendo que el fluido de desperdicio restante se descarte. Los reactivos luego se utilizan para liberar el ácido nucleico de la membrana. Los intereses con automatización de este acercamiento requieren el ensamblado y desensamblado de una cámara de vacío. Utilizando la automatización para lograr esta tarea compleja puede ser problemática especialmente puesto que todas las partes deben ser herméticas al aire. Adicionalmente, las secciones no utilizadas del dispositivo se deben bloquear (usualmente de manera manual con cinta) para permitir que se logre un vacío uniforme sobre la porción activa del dispositivo . La captura eficiente de ácidos nucleicos totales (incluyendo copias bajas de metas específicas de interés) es particularmente de reto en otras muestras elevadas en proteína, más viscosas, tales como plasma. A través de la optimización del proceso de extracción, se han desarrollado protocolos que utilizan el sistema 200, que permiten la captura eficiente de ácidos nucleicos en muestras viscosas tales como plasma y cepillos vaginales expresados. Los avances clave incluidos reduciendo al mínimo el revestimiento previo de proteína de partículas introduciendo las partículas después del tratamiento de plasma. Esto reduce la competencia de sitios de enlace potenciales entre proteína y ácidos nucleicos y reduce el agregado de partículas debido a interacciones de proteína-proteína. La reducción al mínimo de agregado de partícula, a su vez, facilita el mezclado de partículas más eficiente. La implementación de un campo de neutralización durante el mezclado de aspiración también mejora la eficiencia de mezclado reduciendo al mínimo el agregado de partículas debido a magnetismo de partícula residual. La combinación de estos avances permite la extracción eficiente de ácido nucleico de muestras proteináceas , viscosas sin ayuda de sales coatrópicas . La presente invención se ha descrito con referencia a ciertas modalidades de ejemplo de la misma. Sin embargo, será fácilmente evidente a aquellos expertos en el ramo que es posible modalizar la invención en formas específicas distintas a aquellas de las modalidades de ejemplo arriba descritas. Esto se puede hacer sin abandonar el espíritu de la invención. Las modalidades de ejemplo son meramente ilustrativas y no se deben considerar restrictivas en forma alguna. El alcance de la invención se define por las reivindicaciones anexas y sus equivalentes, más bien que por la descripción anterior.

Claims

38
REIVINDICACIONES 1. - Un sistema automatizado para procesar un componente de interés contenido cuando menos en una muestra, que comprende : un dispositivo de extracción, adaptado para extraer el componente de interés de la muestra; un dispositivo de detección, adaptado para detectar la presencia del componente de interés extraído por el dispositivo de extracción; y un robot, adaptado para transferir automáticamente el componente extraído de interés del dispositivo de extracción al dispositivo de detección, en donde, el robot incluye un brazo de robot articulado, selectivamente flexible (SCARA) . 2. - Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 1, en donde: el componente de interés incluye un ácido nucleico; el dispositivo de extracción está adaptado para extraer el ácido nucleico de la muestra; el dispositivo de detección está adaptado para detectar la presencia del ácido nucleico extraído; y el robot está adaptado para transferir automáticamente el ácido nucleico extraído al dispositivo de detección.
3. - Un sistema automatizado de conformidad con la 39 reivindicación 1, en donde: el componente de interés extraído incluye un ácido nucleico; y el dispositivo de detección incluye un dispositivo para amplificar el ácido nucleico.
4.- Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 3, en donde: el dispositivo de amplificación incluye un calentador.
5.- Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 1, en donde: el dispositivo de extracción está adaptado para realizar captura no especifica del componente de interés para extraer el componente de interés de la muestra.
6.- Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 5, en donde el componente de interés es un ácido nucleico.
7. - Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 5r en donde el componente de interés es una proteina.
8. - Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 1, en donde: el robot está adaptado además para transferir fluido a y remover fluido del extractor para ayudar al extractor en la extracción del componente de interés . 40
9.- Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 1, en donde el dispositivo de extracción y el dispositivo de detección están integrados como una sola unidad .
10.- Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 1, que comprende además: un enrejado de muestra, adaptado para recibir cuando menos un recipiente que contiene la muestra; y el robot estando adaptado para transferir automáticamente la muestra del recipiente al dispositivo de extracción.
11. - Un sistema automatizado para extraer ácido nucleico de una muestra, que comprende: un brazo de robot articulado selectivamente flexible (SCARA) ; y un extractor adaptado para extraer el ácido nucleico de la muestra.
12. - Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 11, en donde el SCARA está adaptado para mover la mezcla de un recipiente a un extractor.
13. - Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 11, en donde: el SCARA está adaptado además para mover el ácido nucleico extraído del extractor a un detector que está adaptado para detectar la presencia del ácido nucleico. 41
14. - Un sistema automatizado para extraer un ácido nucleico de meta de una muestra, que comprende: un extractor, adaptado para realizar captura no especifica del ácido nucleico de meta, para extraer el ácido nucleico de la muestra sin separar el ácido nucleico de meta del .ácido nucleico de no meta que pueda existir en la muestra; un amplificador, adaptado para amplificar el ácido nucleico extraído; y un robot, adaptado para transportar automáticamente el ácido nucleico extraído al amplificador.
15. - Un sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 14, en donde: el robot está adaptado además para transferir la muestra de un recipiente al extractor.
16. - ün sistema automatizado de conformidad con la reivindicación 14, en donde: el robot está adaptado además para transferir fluido del extractor para ayudar al extractor a extraer el ácido nucleico de metal.
17. - Un método para procesamiento de un componente de interés contenido en una muestra, que comprende: operar un dispositivo de extracción para extraer el componente de interés de la muestra; operar un detector para detectar la presencia del 42 componente de interés extraído por el dispositivo de extracción; y transferir automáticamente el componente de interés extraído del dispositivo de extracción al dispositivo de detección, en donde transferir automáticamente incluye operar un brazo de robot articulado, selectivamente flexible (SCARA) para realizar la transferencia.
18. - Un método de conformidad con la reivindicación 17, en donde: el componente de interés incluye un ácido nucleico; el paso de operación de dispositivo de extracción extrae el ácido nucleico de la muestra; el paso de operar el dispositivo de detección detecta la presencia del ácido nucleico extraído; y el paso de transferir automáticamente transfiere la muestra al dispositivo de extracción, y transfiere automáticamente el ácido nucleico extraído al dispositivo de detección.
19. - Un método de conformidad con la reivindicación 17, en donde: el componente de interés extraído incluye un ácido nucleico; y el paso de operar el dispositivo de detección incluye amplificar el ácido nucleico.
20. - Un método de conformidad con la 43 reivindicación 19, en donde: la amplificación incluye calentar el ácido nucleico.
21. - Un método de conformidad con la reivindicación 17, en donde: el paso de operar el dispositivo de extracción realiza captura no específica del componente de interés para extraer el componente de interés- de la muestra.
22. - El método de conformidad con la reivindicación 21, en donde el componente de interés es un ácido nucleico.
23. - El método de conformidad con la reivindicación 21, en donde el componente de interés es una proteín . 2 . - El método de conformidad con la reivindicación 17, que comprende además: transferir automáticamente fluido al extractor para ayudar al extractor a extraer el componente de interés . 25. - El método de conformidad con la reivindicación 17, en donde el dispositivo de extracción y el dispositivo de detección están integrados como una sola unidad. 26. - El método de conformidad con la reivindicación 17, que comprende además: recibir cuando menos un recipiente que contiene la 44 muestra en un enrejado de muestra; y transferir automáticamente la muestra del recipiente al dispositivo de extracción utilizando el SCAPA. 27.- Un método para extraer automáticamente ácido nucleico de una muestra que comprende: operar un brazo de robot articulado selectivamente flexible (SCARA) ; y extraer el ácido nucleico de la muestra con un extractor. 28.- El método de conformidad con la reivindicación 27, en donde el paso de operar el SCARA comprende : mover la muestra de un recipiente al extractor. 29. - Un método de conformidad con la reivindicación 27, que comprende además: operar el SCARA para mover el ácido nucleico extraído del extractor a un detector que está adaptado para detectar la presencia del ácido nucleico. 30. - Un método para extraer automáticamente ácido nucleico de una muestra, que comprende: operar un extractor para realizar captura no especifica en el ácido nucleico de meta para extraer el ácido nucleico de la muestra sin separar el ácido nucleico de meta del ácido nucleico de no meta que pueda existir en la muestra, 45 operar un amplificador para amplificar el ácido nucleico extraído; y transferir automáticamente el ácido nucleico extraído del extractor al amplificador. 31. - Un método de conformidad con la reivindicación 30, que comprende además: transferir automáticamente la muestra de un recipiente al extractor. 32. - Un método de conformidad con la reivindicación 30, que comprende además: transferir automáticamente fluido al extractor para ayudar al extractor a extraer el ácido nucleico de meta. 33. - Un proceso automatizado para aislar y amplificar una secuencia de ácido nucleico de meta que pueda estar presente en una muestra, el proceso comprendiendo: separar automáticamente la secuencia de meta de la muestra de fluido en una estación de separación realizando enlace no específico en la secuencia de meta sin necesidad de separar la secuencia de meta de cualquier secuencia de no meta que pueda existir en la muestra; y transportar automáticamente la secuencia de meta separada de la estación de separación a una estación de incubación de amplificación.