JPWO2015083764A1 - 化合物の濃度に応じて抗原結合能の変化する抗原結合分子及びそのライブラリ - Google Patents
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Abstract
Description
しかしながら、斯かる抗体が、従来の方法である、非ヒト動物を抗原で免疫する方法や、ヒトおよび非ヒト動物由来の抗体ライブラリを利用する方法で取得されたという報告は何らなされていない。
従って、標的組織において特異的に存在または産生される低分子、もしくは非天然化合物の濃度に応じて任意の標的抗原への結合が制御される抗体(低分子スイッチ抗体)を提供し、さらには斯かる抗体を短期間に効率的に取得する方法の提供が強く望まれている。
〔態様1〕
(i)互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子;又は
(ii)当該互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗原結合分子ドメインまたは抗原結合分子は、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子であることを特徴とする、ライブラリ。
〔態様2〕
以下の(a)および(b)の工程:
(a) 低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメインにおいて、以下の(i)乃至(iii)のいずれか一つ以上を満たすアミノ酸部位を特定する工程;
(i) 当該低分子化合物に対する結合に関与していない1または複数のアミノ酸部位;
(ii)親抗原結合ドメインが属する動物種の抗体のレパートリーとしてアミノ酸出現頻度の多様性のある1または複数のアミノ酸部位;
(iii)Canonical structureの形成に重要でない1または複数のアミノ酸部位;および
(b) 前記抗原結合ドメインにおいて、未改変体をコードする核酸及び工程(a)で特定された1または複数のアミノ酸部位に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体それぞれをコードする核酸を含むライブラリを設計する工程、
を含む方法によって製造される、態様〔1〕に記載のライブラリ。
〔態様3〕
以下の(a)乃至(d)の工程:
(a) 低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメインにおいて、以下の(i)乃至(iii)のいずれか一つ以上を満たすアミノ酸部位を特定する工程;
(i) 当該低分子化合物に対する結合に関与していない1または複数のアミノ酸部位;
(ii)親抗原結合ドメインが属する動物種の抗体のレパートリーとしてアミノ酸出現頻度の多様性のある1または複数のアミノ酸部位;
(iii)Canonical structureの形成に重要でない1または複数のアミノ酸部位、
(b) 工程(a)で特定された1または複数のアミノ酸部位に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体を作製する工程、
(c) 前記それぞれの改変体の当該低分子化合物に対する結合活性に実質的に変化をもたらさない1または複数のアミノ酸の改変を特定する工程;および
(d) 未改変体をコードする核酸及び工程(c)で特定された1または複数のアミノ酸に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリを製造する工程、
を含む方法によって製造される、態様〔2〕に記載のライブラリ。
〔態様4〕
以下の1)および2)の工程:
1)低分子化合物に対する結合活性を有する抗原結合分子を複数含むライブラリと低分子化合物とを接触させる工程、および
2)該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮する工程、
を含む方法によって製造される、態様〔1〕に記載のライブラリ。
〔態様5〕
前記抗原結合分子が抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む抗原結合分子であって、以下の1)乃至3)のいずれか1つの工程を含む方法によって製造される、態様〔4〕記載のライブラリ;
1)態様〔4〕記載のライブラリが、重鎖可変領域に位置するアミノ酸が改変された1又は複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリであって、該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮し、ライブラリを設計する工程;
2)態様〔4〕記載のライブラリが、軽鎖可変領域に位置するアミノ酸が改変された1又は複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリであって、該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮し、ライブラリを設計する工程;
3)工程1)及び工程2)のそれぞれの可変領域ライブラリから濃縮された抗原結合分子をコードする核酸を組み合わせることによって、ライブラリを設計する工程。
〔態様6〕
前記抗原結合分子が、抗原結合ドメインとウイルスコートタンパク質の少なくとも一部との融合ポリペプチドであることを特徴とする、態様〔1〕乃至〔5〕のいずれか一項に記載のライブラリ。
〔態様7〕
前記抗原結合分子が、抗体の重鎖及び軽鎖を含む抗原結合分子であり、前記重鎖および/または軽鎖の合成ライブラリを設計する工程をさらに含む、態様〔1〕乃至〔5〕のいずれか一項に記載のライブラリ。
〔態様8〕
前記抗体の重鎖及び/又は軽鎖が、生殖細胞系列由来のフレームワーク配列を含むことを特徴とする、態様〔7〕に記載のライブラリ。
〔態様9〕
前記低分子化合物が、標的組織特異的な化合物又は非天然化合物である、態様〔1〕乃至〔8〕のいずれか一項に記載のライブラリ。
〔態様10〕
前記標的組織が、癌組織又は炎症性組織である、態様〔1〕乃至〔9〕のいずれか一項に記載のライブラリ。
〔態様11〕
前記癌組織特異的化合物が、プリン環構造を有するヌクレオシド、アミノ酸およびその代謝産物、脂質およびその代謝産物、糖代謝の一次代謝産物、ならびにニコチンアミドおよびその代謝産物からなる群から選択される少なくとも一つの化合物である、態様〔10〕に記載のライブラリ。
〔態様12〕
前記低分子化合物が、キヌレニン、アデノシン、アデノシン1リン酸、アデノシン2リン酸、又はアデノシン3リン酸である、態様〔1〕乃至〔11〕のいずれか一項に記載のライブラリ。
〔態様13〕
前記低分子化合物との結合に関与していないアミノ酸部位が、以下から選択されるいずれか一つ以上のアミノ酸以外である、態様〔1〕乃至〔12〕のいずれか一項に記載のライブラリ:
H鎖:97、100c、 101、 94、 95、 100d、 100e、 33、 50、 52、 56、 57、 58、 99、 100、 100a、54、 55(Kabatナンバリング);
L鎖:49、55、95c、 96、95a、 95b(Kabatナンバリング)。
〔態様14〕
以下の(a)乃至(g)の工程:
(a) 低分子化合物の非存在下で態様〔1〕乃至〔13〕のいずれか一項に記載のライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメインを選択する工程;
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメインを低分子化合物の存在下で抗原に接触させる工程;
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを選択する工程;
(e) 前記工程(d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程;、
(f) 前記工程(e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程;および
(g) 前記工程(f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法。
〔態様15〕
以下の(a)乃至(e)の工程:
(a) 態様〔1〕乃至〔13〕のいずれか一項に記載のライブラリを低分子化合物の存在下で抗原に接触させる工程;
(b) 前記工程(a)より低濃度の低分子化合物で抗原結合ドメインを解離させ回収する工程;
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程;
(d) 前記工程(c)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程;および
(e) 前記工程(d)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法。
〔態様16〕
以下の(a)乃至(b)の工程:
(a) 態様〔1〕乃至〔13〕のいずれか一項に記載のライブラリを低分子化合物に接触させる工程;および
(b) 前記工程(a)で回収された抗原結合ドメインを選択する工程;
をさらに含む、態様〔14〕又は〔15〕に記載の低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法。
〔態様17〕
前記低分子化合物がキヌレニン、アデノシン、アデノシン1リン酸、アデノシン2リン酸、又はアデノシン3リン酸である態様〔14〕乃至〔16〕のいずれか1項に記載の抗原結合分子の製造方法。
〔態様18〕
非天然化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子。
〔態様19〕
態様〔18〕記載の抗原結合分子を含む医薬組成物。
上記に記載の1又は複数の態様を任意に組み合わせたものも、当業者の技術常識に基づいて技術的に矛盾しない限り、本発明に含まれることが当業者には当然に理解される。
さらに、本発明の、互いに配列の異なる複数の、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子を含むライブラリを用いれば、上述したとおりの、組織特異的な疾患の治療に有用な様々な抗原結合分子を、短時間で効率良く取得することが可能である。
斯かる本発明のライブラリの一態様においては、低分子化合物に対する結合に関与していない抗原結合分子ドメインのアミノ酸部位を特定し、当該部位のアミノ酸が1〜数種類のアミノ酸となるように、互いに配列が異なる抗原結合ドメインをコードする核酸が含まれるライブラリを設計することを特徴とし、これにより、非ヒト哺乳動物の免疫による方法やヒトまたは非ヒト動物由来抗体ライブラリを利用するよりも、化合物存在下で抗原への結合能が変化する抗原結合分子を効率的に取得可能なライブラリが提供される。
アミノ酸
本明細書において、たとえば、Ala/A、Leu/L、Arg/R、Lys/K、Asn/N、Met/M、Asp/D、Phe/F、Cys/C、Pro/P、Gln/Q、Ser/S、Glu/E、Thr/T、Gly/G、Trp/W、His/H、Tyr/Y、Ile/I、Val/Vと表されるように、アミノ酸は1文字コードまたは3文字コード、またはその両方で表記されている。
抗原結合分子のアミノ酸配列中のアミノ酸の改変のためには、部位特異的変異誘発法(Kunkelら(Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1985) 82, 488-492))やOverlap extension PCR等の公知の方法が適宜採用され得る。また、天然のアミノ酸以外のアミノ酸に置換するアミノ酸の改変方法として、複数の公知の方法もまた採用され得る(Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. (2006) 35, 225-249、Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) 100 (11), 6353-6357)。例えば、終止コドンの1つであるUAGコドン(アンバーコドン)の相補的アンバーサプレッサーtRNAに非天然アミノ酸が結合されたtRNAが含まれる無細胞翻訳系システム(Clover Direct(Protein Express))等も好適に用いられる。
(a) 33位、(b)55位、(c)96位、(d)33位および55位、(e)33位および96位、(f)55位および96位、(g)33位および55位および96位。
本明細書において「抗原」は抗原結合ドメインが結合するエピトープを含む限りその構造は特定の構造に限定されない。別の意味では、抗原は無機物でもあり得るし有機物でもあり得る。抗原としては下記のような分子;17-IA、4-1BB、4Dc、6-ケト-PGF1a、8-イソ-PGF2a、8-オキソ-dG、A1 アデノシン受容体、A33、ACE、ACE-2、アクチビン、アクチビンA、アクチビンAB、アクチビンB、アクチビンC、アクチビンRIA、アクチビンRIA ALK-2、アクチビンRIB ALK-4、アクチビンRIIA、アクチビンRIIB、ADAM、ADAM10、ADAM12、ADAM15、ADAM17/TACE、ADAM8、ADAM9、ADAMTS、ADAMTS4、ADAMTS5、アドレシン、aFGF、ALCAM、ALK、ALK-1、ALK-7、アルファ-1-アンチトリプシン、アルファ−V/ベータ-1アンタゴニスト、ANG、Ang、APAF-1、APE、APJ、APP、APRIL、AR、ARC、ART、アルテミン、抗Id、ASPARTIC、心房性ナトリウム利尿因子、av/b3インテグリン、Axl、b2M、B7-1、B7-2、B7-H、B-リンパ球刺激因子(BlyS)、BACE、BACE-1、Bad、BAFF、BAFF-R、Bag-1、BAK、Bax、BCA-1、BCAM、Bcl、BCMA、BDNF、b-ECGF、bFGF、BID、Bik、BIM、BLC、BL-CAM、BLK、BMP、BMP-2 BMP-2a、BMP-3 オステオゲニン(Osteogenin)、BMP-4 BMP-2b、BMP-5、BMP-6 Vgr-1、BMP-7(OP-1)、BMP-8(BMP-8a、OP-2)、BMPR、BMPR-IA(ALK-3)、BMPR-IB(ALK-6)、BRK-2、RPK-1、BMPR-II(BRK-3)、BMP、b-NGF、BOK、ボンベシン、骨由来神経栄養因子、BPDE、BPDE-DNA、BTC、補体因子3(C3)、C3a、C4、C5、C5a、C10、CA125、CAD-8、カルシトニン、cAMP、癌胎児性抗原(CEA)、癌関連抗原、カテプシンA、カテプシンB、カテプシンC/DPPI、カテプシンD、カテプシンE、カテプシンH、カテプシンL、カテプシンO、カテプシンS、カテプシンV、カテプシンX/Z/P、CBL、CCI、CCK2、CCL、CCL1、CCL11、CCL12、CCL13、CCL14、CCL15、CCL16、CCL17、CCL18、CCL19、CCL2、CCL20、CCL21、CCL22、CCL23、CCL24、CCL25、CCL26、CCL27、CCL28、CCL3、CCL4、CCL5、CCL6、CCL7、CCL8、CCL9/10、CCR、CCR1、CCR10、CCR10、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCR9、CD1、CD2、CD3、CD3E、CD4、CD5、CD6、CD7、CD8、CD10、CD11a、CD11b、CD11c、CD13、CD14、CD15、CD16、CD18、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD25、CD27L、CD28、CD29、CD30、CD30L、CD32、CD33(p67タンパク質)、CD34、CD38、CD40、CD40L、CD44、CD45、CD46、CD49a、CD52、CD54、CD55、CD56、CD61、CD64、CD66e、CD74、CD80(B7-1)、CD89、CD95、CD123、CD137、CD138、CD140a、CD146、CD147、CD148、CD152、CD164、CEACAM5、CFTR、cGMP、CINC、ボツリヌス菌毒素、ウェルシュ菌毒素、CKb8-1、CLC、CMV、CMV UL、CNTF、CNTN-1、COX、C-Ret、CRG-2、CT-1、CTACK、CTGF、CTLA-4、PD1、PDL1、LAG3、TIM3、galectin-9、CX3CL1、CX3CR1、CXCL、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL4、CXCL5、CXCL6、CXCL7、CXCL8、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL13、CXCL14、CXCL15、CXCL16、CXCR、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR5、CXCR6、サイトケラチン腫瘍関連抗原、DAN、DCC、DcR3、DC-SIGN、補体制御因子(Decay accelerating factor)、des(1-3)-IGF-I(脳IGF-1)、Dhh、ジゴキシン、DNAM-1、Dnase、Dpp、DPPIV/CD26、Dtk、ECAD、EDA、EDA-A1、EDA-A2、EDAR、EGF、EGFR(ErbB-1)、EMA、EMMPRIN、ENA、エンドセリン受容体、エンケファリナーゼ、eNOS、Eot、エオタキシン1、EpCAM、エフリンB2/EphB4、EPO、ERCC、E-セレクチン、ET-1、ファクターIIa、ファクターVII、ファクターVIIIc、ファクターIX、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、Fas、FcR1、FEN-1、フェリチン、FGF、FGF-19、FGF-2、FGF3、FGF-8、FGFR、FGFR-3、フィブリン、FL、FLIP、Flt-3、Flt-4、卵胞刺激ホルモン、フラクタルカイン、FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9、FZD10、G250、Gas6、GCP-2、GCSF、GD2、GD3、GDF、GDF-1、GDF-3(Vgr-2)、GDF-5(BMP-14、CDMP-1)、GDF-6(BMP-13、CDMP-2)、GDF-7(BMP-12、CDMP-3)、GDF-8(ミオスタチン)、GDF-9、GDF-15(MIC-1)、GDNF、GDNF、GFAP、GFRa-1、GFR-アルファ1、GFR-アルファ2、GFR-アルファ3、GITR、グルカゴン、Glut4、糖タンパク質IIb/IIIa(GPIIb/IIIa)、GM-CSF、gp130、gp72、GRO、成長ホルモン放出因子、ハプテン(NP-capまたはNIP-cap)、HB-EGF、HCC、HCMV gBエンベロープ糖タンパク質、HCMV gHエンベロープ糖タンパク質、HCMV UL、造血成長因子(HGF)、Hep B gp120、ヘパラナーゼ、Her2、Her2/neu(ErbB-2)、Her3(ErbB-3)、Her4(ErbB-4)、単純ヘルペスウイルス(HSV) gB糖タンパク質、HSV gD糖タンパク質、HGFA、高分子量黒色腫関連抗原(HMW-MAA)、HIV gp120、HIV IIIB gp 120 V3ループ、HLA、HLA-DR、HM1.24、HMFG PEM、HRG、Hrk、ヒト心臓ミオシン、ヒトサイトメガロウイルス(HCMV)、ヒト成長ホルモン(HGH)、HVEM、I-309、IAP、ICAM、ICAM-1、ICAM-3、ICE、ICOS、IFNg、Ig、IgA受容体、IgE、IGF、IGF結合タンパク質、IGF-1R、IGFBP、IGF-I、IGF-II、IL、IL-1、IL-1R、IL-2、IL-2R、IL-4、IL-4R、IL-5、IL-5R、IL-6、IL-6R、IL-8、IL-9、IL-10、IL-12、IL-13、IL-15、IL-18、IL-18R、IL-21、IL-23、IL-27、インターフェロン(INF)-アルファ、INF-ベータ、INF-ガンマ、インヒビン、iNOS、インスリンA鎖、インスリンB鎖、インスリン様増殖因子1、インテグリンアルファ2、インテグリンアルファ3、インテグリンアルファ4、インテグリンアルファ4/ベータ1、インテグリンアルファ4/ベータ7、インテグリンアルファ5(アルファV)、インテグリンアルファ5/ベータ1、インテグリンアルファ5/ベータ3、インテグリンアルファ6、インテグリンベータ1、インテグリンベータ2、インターフェロンガンマ、IP-10、I-TAC、JE、カリクレイン2、カリクレイン5、カリクレイン6、カリクレイン11、カリクレイン12、カリクレイン14、カリクレイン15、カリクレインL1、カリクレインL2、カリクレインL3、カリクレインL4、KC、KDR、ケラチノサイト増殖因子(KGF)、ラミニン5、LAMP、LAP、LAP(TGF-1)、潜在的TGF-1、潜在的TGF-1 bp1、LBP、LDGF、LECT2、レフティ、ルイス−Y抗原、ルイス−Y関連抗原、LFA-1、LFA-3、Lfo、LIF、LIGHT、リポタンパク質、LIX、LKN、Lptn、L-セレクチン、LT-a、LT-b、LTB4、LTBP-1、肺表面、黄体形成ホルモン、リンホトキシンベータ受容体、Mac-1、MAdCAM、MAG、MAP2、MARC、MCAM、MCAM、MCK-2、MCP、M-CSF、MDC、Mer、METALLOPROTEASES、MGDF受容体、MGMT、MHC(HLA-DR)、MIF、MIG、MIP、MIP-1-アルファ、MK、MMAC1、MMP、MMP-1、MMP-10、MMP-11、MMP-12、MMP-13、MMP-14、MMP-15、MMP-2、MMP-24、MMP-3、MMP-7、MMP-8、MMP-9、MPIF、Mpo、MSK、MSP、ムチン(Muc1)、MUC18、ミュラー管抑制物質、Mug、MuSK、NAIP、NAP、NCAD、N-Cアドヘリン、NCA 90、NCAM、NCAM、ネプリライシン、ニューロトロフィン-3、-4、または-6、ニュールツリン、神経成長因子(NGF)、NGFR、NGF−ベータ、nNOS、NO、NOS、Npn、NRG-3、NT、NTN、OB、OGG1、OPG、OPN、OSM、OX40L、OX40R、p150、p95、PADPr、副甲状腺ホルモン、PARC、PARP、PBR、PBSF、PCAD、P-カドヘリン、PCNA、PDGF、PDGF、PDK-1、PECAM、PEM、PF4、PGE、PGF、PGI2、PGJ2、PIN、PLA2、胎盤性アルカリホスファターゼ(PLAP)、PlGF、PLP、PP14、プロインスリン、プロレラキシン、プロテインC、PS、PSA、PSCA、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、PTEN、PTHrp、Ptk、PTN、R51、RANK、RANKL、RANTES、RANTES、レラキシンA鎖、レラキシンB鎖、レニン、呼吸器多核体ウイルス(RSV)F、RSV Fgp、Ret、リウマイド因子、RLIP76、RPA2、RSK、S100、SCF/KL、SDF-1、SERINE、血清アルブミン、sFRP-3、Shh、SIGIRR、SK-1、SLAM、SLPI、SMAC、SMDF、SMOH、SOD、SPARC、Stat、STEAP、STEAP-II、TACE、TACI、TAG-72(腫瘍関連糖タンパク質−72)、TARC、TCA-3、T細胞受容体(例えば、T細胞受容体アルファ/ベータ)、TdT、TECK、TEM1、TEM5、TEM7、TEM8、TERT、睾丸PLAP様アルカリホスファターゼ、TfR、TGF、TGF-アルファ、TGF-ベータ、TGF-ベータ Pan Specific、TGF-ベータRI(ALK-5)、TGF-ベータRII、TGF-ベータRIIb、TGF-ベータRIII、TGF-ベータ1、TGF-ベータ2、TGF-ベータ3、TGF-ベータ4、TGF-ベータ5、トロンビン、胸腺Ck-1、甲状腺刺激ホルモン、Tie、TIMP、TIQ、組織因子、TMEFF2、Tmpo、TMPRSS2、TNF、TNF-アルファ、TNF-アルファベータ、TNF-ベータ2、TNFc、TNF-RI、TNF-RII、TNFRSF10A(TRAIL R1 Apo-2、DR4)、TNFRSF10B(TRAIL R2 DR5、KILLER、TRICK-2A、TRICK-B)、TNFRSF10C(TRAIL R3 DcR1、LIT、TRID)、TNFRSF10D(TRAIL R4 DcR2、TRUNDD)、TNFRSF11A(RANK ODF R、TRANCE R)、TNFRSF11B(OPG OCIF、TR1)、TNFRSF12(TWEAK R FN14)、TNFRSF13B(TACI)、TNFRSF13C(BAFF R)、TNFRSF14(HVEM ATAR、HveA、LIGHT R、TR2)、TNFRSF16(NGFR p75NTR)、TNFRSF17(BCMA)、TNFRSF18(GITR AITR)、TNFRSF19(TROY TAJ、TRADE)、TNFRSF19L(RELT)、TNFRSF1A(TNF RI CD120a、p55-60)、TNFRSF1B(TNF RII CD120b、p75-80)、TNFRSF26(TNFRH3)、TNFRSF3(LTbR TNF RIII、TNFC R)、TNFRSF4(OX40 ACT35、TXGP1 R)、TNFRSF5(CD40 p50)、TNFRSF6(Fas Apo-1、APT1、CD95)、TNFRSF6B(DcR3 M68、TR6)、TNFRSF7(CD27)、TNFRSF8(CD30)、TNFRSF9(4-1BB CD137、ILA)、TNFRSF21(DR6)、TNFRSF22(DcTRAIL R2 TNFRH2)、TNFRST23(DcTRAIL R1 TNFRH1)、TNFRSF25(DR3 Apo-3、LARD、TR-3、TRAMP、WSL-1)、TNFSF10(TRAIL Apo-2リガンド、TL2)、TNFSF11(TRANCE/RANKリガンド ODF、OPGリガンド)、TNFSF12(TWEAK Apo-3リガンド、DR3リガンド)、TNFSF13(APRIL TALL2)、TNFSF13B(BAFF BLYS、TALL1、THANK、TNFSF20)、TNFSF14(LIGHT HVEMリガンド、LTg)、TNFSF15(TL1A/VEGI)、TNFSF18(GITRリガンド AITRリガンド、TL6)、TNFSF1A(TNF-a コネクチン(Conectin)、DIF、TNFSF2)、TNFSF1B(TNF-b LTa、TNFSF1)、TNFSF3(LTb TNFC、p33)、TNFSF4(OX40リガンド gp34、TXGP1)、TNFSF5(CD40リガンド CD154、gp39、HIGM1、IMD3、TRAP)、TNFSF6(Fasリガンド Apo-1リガンド、APT1リガンド)、TNFSF7(CD27リガンド CD70)、TNFSF8(CD30リガンド CD153)、TNFSF9(4-1BBリガンド CD137リガンド)、TP-1、t-PA、Tpo、TRAIL、TRAIL R、TRAIL-R1、TRAIL-R2、TRANCE、トランスフェリン受容体、TRF、Trk、TROP-2、TLR(Toll-like receptor)1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、TSG、TSLP、腫瘍関連抗原CA125、腫瘍関連抗原発現ルイスY関連炭水化物、TWEAK、TXB2、Ung、uPAR、uPAR-1、ウロキナーゼ、VCAM、VCAM-1、VECAD、VE-Cadherin、VE-cadherin-2、VEFGR-1(flt-1)、VEGF、VEGFR、VEGFR-3(flt-4)、VEGI、VIM、ウイルス抗原、VLA、VLA-1、VLA-4、VNRインテグリン、フォン・ヴィレブランド因子、WIF-1、WNT1、WNT2、WNT2B/13、WNT3、WNT3A、WNT4、WNT5A、WNT5B、WNT6、WNT7A、WNT7B、WNT8A、WNT8B、WNT9A、WNT9A、WNT9B、WNT10A、WNT10B、WNT11、WNT16、XCL1、XCL2、XCR1、XCR1、XEDAR、XIAP、XPD、HMGB1、IgA、Aβ、CD81, CD97, CD98, DDR1, DKK1, EREG、Hsp90, IL-17/IL-17R、IL-20/IL-20R、酸化LDL, PCSK9, prekallikrein , RON, TMEM16F、SOD1, Chromogranin A, Chromogranin B、tau, VAP1、高分子キニノーゲン、IL-31、IL-31R、Nav1.1、Nav1.2、Nav1.3、Nav1.4、Nav1.5、Nav1.6、Nav1.7、Nav1.8、Nav1.9、EPCR、C1, C1q, C1r, C1s, C2, C2a, C2b, C3, C3a, C3b, C4, C4a, C4b, C5, C5a, C5b, C6, C7, C8, C9, factor B, factor D, factor H, properdin、sclerostin、fibrinogen, fibrin, prothrombin, thrombin, 組織因子, factor V, factor Va, factor VII, factor VIIa, factor VIII, factor VIIIa, factor IX, factor IXa, factor X, factor Xa, factor XI, factor XIa, factor XII, factor XIIa, factor XIII, factor XIIIa, TFPI, antithrombin III, EPCR, トロンボモデュリン、TAPI, tPA, plasminogen, plasmin, PAI-1, PAI-2、GPC3、Syndecan-1、Syndecan-2、Syndecan-3、Syndecan-4、LPA、S1Pならびにホルモンおよび成長因子のための受容体が例示され得る。抗原としては癌組織または炎症性組織における癌細胞・免疫細胞・ストローマ細胞等に発現する抗原が好ましい。
抗原中に存在する抗原決定基を意味するエピトープは、本明細書において開示される抗原結合分子中の抗原結合ドメインが結合する抗原上の部位を意味する。よって、例えば、エピトープは、その構造によって定義され得る。また、当該エピトープを認識する抗原結合分子中の抗原に対する結合活性によっても当該エピトープが定義され得る。抗原がペプチド又はポリペプチドである場合には、エピトープを構成するアミノ酸残基によってエピトープを特定することも可能である。また、エピトープが糖鎖である場合には、特定の糖鎖構造によってエピトープを特定することも可能である。
以下にIL-6Rに対する抗原結合ドメインを含む被験抗原結合分子によるエピトープへの結合の確認方法が例示されるが、IL-6R以外の抗原に対する抗原結合ドメインを含む被験抗原結合分子によるエピトープへの結合の確認方法も以下の例示に準じて適宜実施され得る。
FACSCantoTM II
FACSAriaTM
FACSArrayTM
FACSVantageTM SE
FACSCaliburTM (いずれもBD Biosciences社の商品名)
EPICS ALTRA HyPerSort
Cytomics FC 500
EPICS XL-MCL ADC EPICS XL ADC
Cell Lab Quanta / Cell Lab Quanta SC(いずれもBeckman Coulter社の商品名)
ΔGeo-Mean=Geo-Mean(ポリペプチド会合体存在下)/Geo-Mean(ポリペプチド会合体非存在下)
本明細書中で用いられる、用語「標的組織」とは、本発明の抗原結合分子が低分子化合物濃度に応じて結合する抗原が存在する細胞を含む組織であって、当該抗原結合分子の当該細胞に発現している膜型分子に対する結合、あるいは、当該組織に存在する可溶型分子に対する結合が当該組織を含む生体にとって正の薬理作用をもたらす組織をいう。この場合において、「正の薬理作用」とは、標的組織を含む病的部位が当該組織を含む生体に対してもたらす症状の軽減、緩和、寛解、または治癒をもたらす作用をいう。そうした薬理作用をもたらす非限定なメカニズムの一態様として、例えば、癌等の悪性腫瘍がもたらす症状の場合には、癌細胞に対する細胞傷害活性および増殖抑制および癌組織における免疫活性化等が例示される。こうした非限定なメカニズムの一態様として、例えば、炎症性疾患の場合には炎症組織における炎症性サイトカインの作用の遮断活性や免疫抑制等が例示される。
本明細書中で用いられる、用語「癌組織特異的な化合物(癌組織特異的化合物)」とは、非癌組織と比較して癌組織中に差示的に存在する化合物をいう。本明細書において、「癌」という用語は、一般に、悪性新生物を表すために用いられ、それは、転移性または非転移性であってよい。例えば、消化管や皮膚等の上皮組織から発生した癌腫の非限定な例として、脳腫瘍、皮膚癌、頸頭部癌、食道癌、肺癌、胃癌、十二指腸癌、乳癌、前立腺癌、子宮頸癌、子宮体癌、膵臓癌、肝臓癌、大腸癌、結腸癌、膀胱癌、および卵巣癌等が例示される。また、筋肉等の非上皮性組織(間質)から発生した肉腫の非限定な例として、骨肉腫、軟骨肉腫、横紋筋肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、および血管肉腫等が例示される。さらに、造血器由来の血液がんの非限定な例として、ホジキンリンパ腫(Hodgkin's lymphoma)および非ホジキンリンパ腫(non Hodgkin's lymphoma)を含む悪性リンパ腫、急性(acute myelocytic leukemia)または慢性骨髄性白血病(chronic myelocytic leukemia)、および急性(acute lymphatic leukemia)または慢性リンパ性白血病(chronic lymphatic leukemia)を含む白血病、ならびに多発性骨髄腫(multiple myeloma)が例示される。本明細書で広く用いられる「新生物」という用語は、新たに生じたいかなる病的組織腫瘍をも意味する。本発明においては、新生物は腫瘍の形成を生じ、それは部分的に血管形成を特徴とする。新生物は、例えば、血管腫、神経膠腫、奇形腫等の良性、あるいは、例えば、癌腫、肉腫、膠細胞腫、星状膠細胞腫、神経芽細胞腫、網膜芽腫等の悪性でありうる。
抗体医薬は半減期が長いことから、副作用が生じた場合はその作用が持続してしまうことが欠点であるが、このように抗体の作用を非天然化合物を経口等の非侵しゅう投与によってコントロールできれば、副作用が生じた際にスイッチ分子の投与をやめることによって薬の作用を止めることが可能である。また、あらかじめスイッチ抗体を投与しておくことにより、疾患により症状が生じたときのみスイッチ分子を投与すること、必要な時にのみ経口等の非侵しゅう投与によって薬理作用を発揮することが可能である。
用語「代謝」は、生物の組織内で生ずる化学変化のことをいい、「同化」および「異化」が含まれる。同化とは、分子の生合成または蓄積のことをいい、異化は分子の分解のことをいう。「代謝産物」は、物質代謝に起因する中間体または生成物である。「一次代謝産物」とは、細胞または生物の成長もしくは繁殖の過程に直接関わる代謝産物を指し、「二次代謝産物」とはそれらの成長もしくは繁殖の過程には直接関わらず、細胞または生物に共通の生命現象に直接関与しない物質を生合成する代謝の結果生じる抗生物質や色素等の生産物をいう。代謝産物は、「生体高分子」の代謝産物でもあり得るし、「低分子」の代謝産物でもあり得る。「生体高分子」は、一種類以上の反復単位からなる高分子である。生体高分子は、一般に生物系で見出され、生物を組織する細胞およびそれに付着する細胞間マトリックス、組織間マトリックス等の構造物を形成する分子量がおよそ5000以上の分子、特に多糖類(炭水化物等)およびペプチド(この用語はポリペプチドおよびタンパク質を含むようにして用いられる)およびポリヌクレオチド、同様にそれらの類似体、例えばアミノ酸類似体もしくは非アミノ酸基から構成もしくは含むそれらの化合物が挙げられる。
本発明で使用される癌組織特異的化合物、とくに癌細胞特異的代謝産物の非限定な一態様として、乳酸、コハク酸、クエン酸等の周囲に存在する非癌部組織よりも癌組織において高濃度に存在するグルコース代謝の結果生成される一次代謝産物が好適に挙げられる。ピルビン酸キナーゼ、ヘキソキナーゼ、および乳酸脱水素酵素(LDH)等の解糖系(Embden-Myerhof経路)酵素の上方調節(アップレギュレーション)として特徴付けられる解糖系表現型は、Warburg効果として固形腫瘍の特徴であることが従来から知られている。
上述されたグルコース代謝以外にも、嫌気条件下における生体高分子の生合成に必要な必須アミノ酸および非必須アミノ酸の連続供給が必要な腫瘍細胞ではアミノ酸代謝も変化していることが知られている。グルタミンはその側鎖に二つの窒素を含む窒素運搬体として作用する、生体においてもっとも広範に分布するアミノ酸である。グルタミンの細胞内への取込み速度が上昇している腫瘍細胞はグルタミントラップ(glutamine trap)として機能しているといわれている。こうしたグルタミンの取込みとグルタミン酸および乳酸へ変換される活性の上昇は「グルタミン分解(glutaminolysis)」と呼ばれ、形質転換された(腫瘍)細胞の特徴であると思われている(MazurekおよびEigenbrodt(Anticancer Res. (2003) 23, 1149-1154、ならびにMazurekら(J. Cell. Physiol. (1999) 181, 136-146))。その結果、癌患者は血漿中のグルタミンのレベルの減少の一方でグルタミン酸濃度の増大を示す(Drogeら(Immunobiology (1987) 174, 473-479)。そして、肺癌組織の13C放射標識されたグルコースの代謝研究によって13C標識コハク酸、 13C 標識アラニン、13C 標識グルタミン酸、および13C 標識クエン酸の濃度間で相関が観察された。本発明で使用される癌組織特異的化合物の非限定な一態様として、こうしたグルタミン分解等によって癌組織において高濃度に蓄積する、アラニン、グルタミン酸、アスパラギン酸等が好適に挙げられる。
インドールアミン2, 3-ジオキシゲナーゼ(IDO)はメラノーマ、結腸癌、および腎臓癌等の多くの癌で高発現しているトリプトファン代謝酵素であり(Uyttenhoveら(Nat. Med. (2003) 9, 1269-127)、二つのアイソフォームが存在することが知られている(Lobら(CancerImmunol. Immunother. (2009) 58, 153-157))。IDOはトリプトファンのキヌレニン(化1で表される)への変換を触媒しニコチンアミドヌクレオチド(NAD)の新生経路の最初の酵素である。また、IDOを発現しないグリオーマでは肝臓のトリプトファン2, 3-ジオキシゲナーゼ(TDO)によって、トリプトファンからキヌレニンが生成する(Opitzら(Nature (2011) 478, 7368, 197-203))。またIDOは癌組織に浸潤している樹状細胞にも発現しており、樹状細胞もキヌレニンを産生する(J. Immunol. (2008) 181, 5396-5404)。またIDOは癌組織の 骨髄系由来抑制細胞(MDSC)にも発現しており、MDSCもキヌレニンを産生する(Yuら(J. Immunol. (2013) 190, 3783-3797))。
プロスタグランジンE2(PGE2)([化5])は、シクロオキシゲナーゼ(COX)-1/2によって合成されるプロスタグランジンおよびトロンボキサンを含むプラストノイドと呼ばれるアラキドン酸の代謝物である(WarnerおよびMitchell(FASEB J. (2004) 18, 790-804))。PGE2結腸癌細胞の増殖を促進し、そのアポトーシスを抑制する(Shengら(Cancer Res. (1998) 58, 362-366))。 多くの癌細胞ではシクロオキシゲナーゼの発現が変化していることが知られている。すなわち、COX-1はほぼすべての組織において構成的に発現しているのに対して、COX-2は腫瘍においてある種の炎症性サイトカインおよび癌遺伝子によって誘導されることが主に見出されている(WarnerおよびMitchell(前掲))。COX-2の過剰発現は乳癌の予後の悪さ(Denkertら(Clin. Breast Cancer (2004) 4, 428-433)、および卵巣癌の急速な疾患の進行(Denkerら(Mod. Pathol. (2006) 19, 1261-1269)と関連性があることも報告されている。また癌組織に浸潤している抑制性T細胞もプロスタグランジンE2を産生している(Curr. Med. Chem. (2011) 18, 5217-5223)。アラキドン酸の代謝物のプロスタグランジン、ロイコトリエン等の低分子が癌のオートクライン、および/またはパラクラインな増殖を制御する刺激因子として作用していることが知られている(Nat. Rev. Cancer (2012) 12 (11) 782-792)。本発明で使用される癌組織特異的化合物、とくに癌細胞特異的代謝産物や癌組織に浸潤している免疫細胞特異的代謝物の非限定な一態様として、こうしたプロスタグランジンE2等のアラキドン酸の代謝産物が好適に挙げられる。プロスタグランジンE2以外にも、トロンボキサンA2 (TXA2)が大腸癌等の癌組織で産生が亢進しており(J. Lab. Clin. Med. (1993) 122, 518-523)、本発明のアラキドン酸の代謝産物の非限定な一態様として好適に挙げられる。
癌細胞が細胞死すると細胞内の大量のATPが細胞外に漏出することが知られている。そのため、癌組織におけるATP濃度は正常組織と比較して著しく高い(PLoS One. (2008) 3, e2599)。複数の型の細胞がATP、ADPおよびAMPの型のアデニンヌクレオチドを遊離する。細胞外-5'-ヌクレオチダーゼ(eco-5'-nucleotidase)(CD73)のような細胞表面の細胞外酵素によって代謝される(RestaおよびThompson(Immunol. Rev. (1998) 161, 95-109)ならびにSadejら(Melanoma Res. (2006) 16, 213-222)。アデノシンは低濃度で細胞外環境に構成的に存在するプリンヌクレオシドであるが、固形癌で見出される低酸素組織では細胞外アデノシン濃度の顕著な増加が報告されている(BlayおよびHoskin(Cancer Res. (1997) 57, 2602-2605)。CD73は腫瘍および免疫細胞の表面に発現しており(Kobieら(J. Immunol. (2006) 177, 6780-6786)、乳癌(Canbolatら(Breast Cancer Res. Treat. (1996) 37, 189-193)、胃癌(Durakら(Cancer Lett. (1994) 84, 199-202)、膵臓癌(FlockeおよびMannherz(Biochim. Biophys. Acta (1991) 1076, 273-281)およびグリオブラストーマ(Bardotら(Br. J. Cancer (1994) 70, 212-218))において活性の上昇が見出されている。癌組織におけるアデノシンの蓄積は、細胞質の5'-ヌクレオチダーゼによるAMPの脱リン酸によって細胞内アデノシン生成が増加することに起因している可能性が提唱されている(HeadrickおよびWillis(Biochem. J. (1989) 261, 541-550)。さらに癌組織に浸潤している抑制性T細胞等もATP分解酵素を発現しており、アデノシンを産生している(Proc. Natl. Acad. Sci. (2006) 103 (35), 13132-13137、Curr. Med. Chem. (2011) 18, 5217-5223)。産生されたアデノシンは、A2Aレセプター等のアデノシンレセプターを介して癌組織を免疫抑制的な環境にしていると考えられている(Curr. Med. Chem. (2011),18,5217-23)。本発明で使用される癌組織特異的化合物の非限定な一態様として、こうしたATP等のプリンヌクレオチドの代謝によって癌組織において高濃度に蓄積する、ATP、ADP、AMP、またはアデノシン等が好適に挙げられる。さらにアデノシンは、adenosine deaminaseによってイノシンに分解されるため、イノシンが高濃度に蓄積する。
尿酸は生体内におけるプリンヌクレオシドの代謝経路の産物であり、血液または間質腔等の細胞外に遊離される。また、近年では、癌組織等の病変部位に存在する死細胞から遊離されることが明らかとなっている(Nat. Med. (2007) 13, 851-856)。本発明で使用される癌組織特異的化合物の非限定な一態様として、こうしたATP等のプリンヌクレオチドの代謝によって癌組織において高濃度に蓄積する尿酸も好適に挙げられる。
複数のヒト癌組織において酵素ニコチンアミドN-メチルトランスフェラーゼが高発現していることが知られている。本酵素がニコチンアミドから安定的な代謝物である1-メチルニコチンアミドを産生する際、メチル供与体となるS-アデノシルメチオニン(SAM)のメチル基を消費するために、癌細胞におけるSAM濃度の減少に伴ったDNAのメチル化能を損ねる機構を通じて、ニコチンアミドN-メチルトランスフェラーゼの高発現が腫瘍化(tumorigenesis)に寄与していることが提唱されている(Ulanovskayaら(Nat. Chem. Biol. (2013) 9 (5) 300-306))。本酵素の安定的な代謝産物である1-メチルニコチンアミドは、癌細胞の細胞外に分泌することが知られており(Yamadaら(J. Nutr. Sci. Vitaminol. (2010) 56, 83-86))、本発明で使用される癌組織特異的化合物の非限定な一態様として、こうしたニコチンアミドの代謝によって癌組織において高濃度に蓄積する1-メチルニコチンアミド等も好適に挙げられる。
本明細書中で用いられる、用語「炎症組織特異的な化合物(炎症組織特異的化合物)」とは、非炎症組織と比較して炎症組織中に差示的に存在する化合物をいう。本明細書において、「炎症組織」とは、例えば、以下が例示的に挙げられる。
・関節リウマチや変形性関節症における関節
・気管支喘息やCOPDにおける肺(肺胞)
・炎症性腸疾患やクローン病や潰瘍性大腸炎における消化器官
・肝臓、腎臓、肺における線維化症における線維化組織
・臓器移植における拒絶反応が起こっている組織
・動脈硬化や心不全における血管、心臓(心筋)
・メタボリック症候群における内臓脂肪
・アトピー性皮膚炎その他皮膚炎における皮膚組織
・椎間板ヘルニアや慢性腰痛における脊髄神経
炎症組織特異的代謝産物とは、炎症性組織に浸潤にしている免疫細胞が高く産生する代謝産物、および、炎症組織において傷害を受けている正常細胞特異的が高く産生する代謝産物である。浸潤する免疫細胞としては、エフェクターT細胞、成熟樹状細胞、好中球、顆粒細胞(肥満細胞)、好塩基球等が例示される。また、本発明における代謝産物には、炎症組織に存在する細胞(免疫細胞、正常細胞)が、アポトーシスやネクローシス等によって細胞死した際に、細胞内から細胞外に放出される化合物も含まれる。
関節リウマチや変形性関節症においてPGE2濃度が高いことが知られている(Eur. J. Clin. Pharmacol. (1994) 46, 3-7.、Clin. Exp. Rheumatol. (1999) 17, 151-160、Am. J. Vet. Res. (2004) 65, 1269-1275.)。本発明で使用される炎症組織特異的化合物、とくに炎症細胞特異的代謝産物や炎症組織に浸潤する免疫細胞特異的代謝物の非限定な一態様として、こうしたプロスタグランジンE2等のアラキドン酸の代謝産物が好適に挙げられる。
気管支喘息に起因する炎症が起こっている肺胞においてATP濃度が高いことが知られている(Nat. Med. (2007) 13, 913-919)。また、COPDに起因する炎症が起こっている肺胞においてATP濃度が高いこともまた知られている(Am. J. Respir. Crit. Care Med. (2010) 181, 928-934)。また、関節リウマチ患者の関節液中でアデノシン濃度が高いことが観察されている(Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis (2004) 36 877-882)。さらにGVHDにより拒絶反応が起こっている組織においてATP濃度が高いことが知られている(Nat. Med. (2010) 16, 1434-1438)。また、肺、肝臓、腎臓における線維化組織においてアデノシン濃度が亢進していることも知られている(FASEB J. (2008) 22, 2263-2272、J. Immunol. (2006) 176, 4449-4458、J. Am. Soc. Nephrol. (2011) 22 (5), 890-901、PLoS ONE J. (2010) 5 (2), e9242)。また肺線維症患者の線維化組織においてATP濃度が上昇していることが観察されている(Am. J. Respir. Crit. Care Med. (2010) 182, 774-783)。本発明で使用される炎症性組織特異的化合物の非限定な一態様として、こうしたATP等のプリンヌクレオチドの代謝によって炎症組織において高濃度に蓄積する、ATP、ADP、AMP、またはアデノシン等が好適に挙げられる。さらにアデノシンは、adenosine deaminaseによってイノシンに分解されるため、イノシンが高濃度に蓄積する。
尿酸は生体内におけるプリンヌクレオシドの代謝経路の産物であり、血液または間質腔等の細胞外に遊離される。また、近年では、壊死(necrosis)を進行する細胞から遊離される尿酸が炎症性応答を促進することが明らかとなっている(J. Clin. Invest. (2010) 120 (6), 1939-1949)。本発明で使用される炎症組織特異的化合物の非限定な一態様として、こうしたATP等のプリンヌクレオチドの代謝によって炎症性組織において高濃度に蓄積する尿酸も好適に挙げられる。
本明細書において、「抗原結合ドメイン」は目的とする抗原に結合するかぎりどのような構造のドメインも使用され得る。そのようなドメインの例として、例えば、抗体の重鎖および軽鎖の可変領域、生体内に存在する細胞膜タンパクであるAvimerに含まれる35アミノ酸程度のAドメインと呼ばれるモジュール(国際公開WO2004/044011、WO2005/040229)、細胞膜に発現する糖たんぱく質であるfibronectin中のタンパク質に結合するドメインである10Fn3ドメインを含むAdnectin(国際公開WO2002/032925)、ProteinAの58アミノ酸からなる3つのヘリックスの束(bundle)を構成するIgG結合ドメインをscaffoldとするAffibody(国際公開WO1995/001937)、33アミノ酸残基を含むターンと2つの逆並行ヘリックスおよびループのサブユニットが繰り返し積み重なった構造を有するアンキリン反復(ankyrin repeat:AR)の分子表面に露出する領域であるDARPins(Designed Ankyrin Repeat proteins)(国際公開WO2002/020565)、好中球ゲラチナーゼ結合リポカリン(neutrophil gelatinase-associated lipocalin(NGAL))等のリポカリン分子において高度に保存された8つの逆並行ストランドが中央方向にねじれたバレル構造の片側を支える4つのループ領域であるAnticalin等(国際公開WO2003/029462)、ヤツメウナギ、ヌタウナギなど無顎類の獲得免疫システムとしてイムノグロブリンの構造を有さない可変性リンパ球受容体(variable lymphocyte receptor(VLR))のロイシン残基に富んだリピート(leucine-rich-repeat(LRR))モジュールが繰り返し積み重なった馬てい形の構造の内部の並行型シート構造のくぼんだ領域(国際公開WO2008/016854)が好適に挙げられる。
本発明の抗原結合ドメインの好適な例として、抗体の重鎖および軽鎖の可変領域を含む抗原結合ドメインが挙げられる。こうした抗原結合ドメインの例としては、「scFv(single chain Fv)」、「単鎖抗体(single chain antibody)」、「Fv」、「scFv2(single chain Fv 2)」、「Fab」または「F(ab')2」等が好適に挙げられる。
特異的とは、特異的に結合する分子の一方の分子がその一または複数の結合する相手方の分子以外の分子に対しては実質的に結合しない状態をいう。また、抗原結合ドメインが、ある抗原中に含まれる複数のエピトープのうち特定のエピトープに対して特異的である場合にも用いられる。また、抗原結合ドメインが結合するエピトープが複数の異なる抗原に含まれる場合には、当該抗原結合ドメインを有する抗原結合分子は当該エピトープを含む様々な抗原と結合することができる。ここで、実質的に結合しないとは上記結合活性の項で記載される方法に準じて決定され、前記相手方以外の分子に対する特異的結合分子の結合活性が、前記相手方の分子に対するの結合活性の80%以下、通常50%以下、好ましくは30%以下、特に好ましくは15%以下の結合活性を示すことをいう。
本発明の非限定な一態様では、低分子化合物(例えば、癌組織特異的化合物、炎症組織特異的化合物、またはそれらの代謝物)の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含み、膜型分子をその細胞膜に発現する細胞に対する細胞傷害活性を有する抗原結合分子、および当該抗原結合分子を有効成分として含む医薬組成物が提供される。本発明において細胞傷害活性とは、例えば抗体依存性細胞介在性細胞傷害(antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity:ADCC)活性、補体依存性細胞傷害(complement-dependent cytotoxicity:CDC)活性およびT細胞による細胞傷害活性等が挙げられる。本発明において、CDC活性とは補体系による細胞傷害活性を意味する。一方ADCC活性とは、標的細胞の細胞膜に発現された膜型分子に結合する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子のFc領域に、免疫細胞等が当該免疫細胞に発現したFcγレセプターを介して結合し、当該免疫細胞が標的細胞に傷害を与える活性を意味する。目的の抗原結合分子がADCC活性を有するか否か、又はCDC活性を有するか否かは公知の方法により測定され得る(例えば、Current protocols in Immunology, Chapter7. Immunologic studies in humans、Coliganら編(1993)等)。
(1)エフェクター細胞の調製
CBA/Nマウスなどから摘出された脾臓から、RPMI1640培地(Invitrogen)中で脾臓細胞が分離される。10%ウシ胎児血清(FBS、HyClone)を含む同培地で洗浄された当該脾臓細胞の濃度を5×106/mLに調製することによって、エフェクター細胞が調製され得る。
(2)補体溶液の調製
10% FBS含有培地(Invitrogen)によってBaby Rabbit Complement(CEDARLANE)を10倍に希釈することによって、補体溶液が調製され得る。
(3)標的細胞の調製
本発明の非限定な一態様では、低分子化合物(例えば、癌組織特異的化合物、炎症組織特異的化合物、それらの代謝物、等)の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含み、当該膜型分子に対する中和活性を有する抗原結合分子を有効成分として含む免疫応答を誘導する医薬組成物が提供される。本発明の非限定な別の一態様では、低分子化合物(例えば、癌組織特異的化合物、炎症組織特異的化合物、それらの代謝物、等)の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含み、膜型分子をその細胞膜に発現する細胞に対する細胞傷害活性に加えて、当該膜型分子に対する中和活性を有する抗原結合分子を有効成分として含む免疫応答を誘導する医薬組成物が提供される。一般的に、中和活性とは、ウイルスや毒素など、細胞に対して生物学的活性を有するリガンドの当該生物学的活性を阻害する活性をいう。即ち、中和活性を有する物質とは、当該リガンド又は当該リガンドが結合するレセプターに結合し、当該リガンドとレセプターの結合を阻害する物質をさす。中和活性によりリガンドとの結合を阻止されたレセプターは、当該レセプターを通じた生物学的活性を発揮することができなくなる。抗原結合分子が抗体である場合、このような中和活性を有する抗体は一般に中和抗体と呼ばれる。ある被検物質の中和活性は、リガンドの存在下における生物学的活性をその被検物質の存在又は非存在下の条件の間で比較することにより測定され得る。
本明細書において、抗体とは、天然のものであるかまたは部分的もしくは完全合成により製造された免疫グロブリンをいう。抗体はそれが天然に存在する血漿や血清等の天然資源や抗体を産生するハイブリドーマ細胞の培養上清から単離され得るし、または遺伝子組換え等の手法を用いることによって部分的にもしくは完全に合成され得る。抗体の例としては免疫グロブリンのアイソタイプおよびそれらのアイソタイプのサブクラスが好適に挙げられる。ヒトの免疫グロブリンとして、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2、IgD、IgE、IgMの9種類のクラス(アイソタイプ)が知られている。本発明の抗体には、これらのアイソタイプのうちIgG1、IgG2、IgG3、IgG4が含まれ得る。ヒトIgG1、ヒトIgG2、ヒトIgG3、ヒトIgG4定常領域としては、遺伝子多型による複数のアロタイプ配列がSequences of proteins of immunological interest, NIH Publication No.91-3242 に記載されているが、本発明においてはそのいずれであっても良い。特にヒトIgG1の配列としては、EUナンバリングで表される356-358位のアミノ酸配列がDELであってもEEMであってもよい。また、ヒトIgκ(Kappa)定常領域とヒトIgλ (Lambda)定常領域としては、遺伝子多型による複数のアロタイプ配列がSequences of proteins of immunological interest, NIH Publication No.91-3242に記載されているが、本発明においてはそのいずれであっても良い。
−IL-6Rのような膜蛋白質の構造を維持して免疫刺激が与えられ得る
−免疫抗原を精製する必要が無い
−グアニジン超遠心法(Biochemistry (1979) 18 (24), 5294-5299)
−AGPC法(Anal. Biochem. (1987) 162 (1), 156-159)
(1)ハイブリドーマから得られたcDNAによってコードされるV領域を含む抗体をIL-6R発現細胞に接触させる工程、
(2)IL-6R発現細胞と抗体との結合を検出する工程、および
(3)IL-6R発現細胞に結合する抗体を選択する工程。
(1)哺乳類細胞、:CHO(Chinese hamster ovary cell line)、COS(Monkey kidney cell line)、ミエローマ(Sp2/0、NS0等)、BHK (baby hamster kidney cell line)、Hela、Vero、HEK293(human embryonic kidney cell line with sheared adenovirus (Ad)5 DNA)、PER.C6 cell (human embryonic retinal cell line transformed with the Adenovirus Type 5 (Ad5) E1A and E1B genes)など(Current Protocols in Protein Science (May, 2001, Unit 5.9, Table 5.9.1))
(2)両生類細胞:アフリカツメガエル卵母細胞など
(3)昆虫細胞:sf9、sf21、Tn5など
−酵母:サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces serevisiae)などのサッカロミセス(Saccharomyces )属、メタノール資化酵母(Pichia pastoris)などのPichia属
−糸状菌:アスペスギルス・ニガー(Aspergillus niger)などのアスペルギルス(Aspergillus )属
本発明で使用されている方法によると、抗体のCDRとFRに割り当てられるアミノ酸位置はKabatにしたがって規定される(Sequences of Proteins of Immunological Interest(National Institute of Health, Bethesda, Md., 1987年および1991年)。本明細書において、抗原結合分子が抗体または抗原結合断片である場合、可変領域のアミノ酸はKabatナンバリングにしたがい、定常領域のアミノ酸はKabatのアミノ酸位置に準じたEUナンバリングにしたがって表される。
低分子化合物として、例えば、標的組織特異的な化合物又は非天然化合物が挙げられる。以下に、標的組織特異的な化合物に依存的な抗原結合ドメインの選択方法等が例示されるが、標的組織特異的な化合物以外の低分子化合物に依存的な抗原結合ドメインの選択方法等も、下記の例に準じて適宜実施され得る。標的組織特異的な化合物の濃度に応じて、抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン(または当該ドメインを含む抗原結合分子)を取得するために、上記の結合活性の項で示された手法等が適宜適用され得る。非限定な一態様として、以下にその具体例がいくつか例示される。例えば、標的組織特異的な化合物の非存在下における抗原に対する抗原結合ドメイン(または当該ドメインを含む抗原結合分子)の結合活性よりも当該化合物の存在下における抗原に対する抗原結合ドメイン(または当該ドメインを含む抗原結合分子)の結合活性の方が高く変化することを確認するためには、標的組織特異的な化合物の非存在下および存在下における、または低濃度存在下および高濃度存在下における抗原に対する抗原結合ドメイン(または当該ドメインを含む抗原結合分子)の結合活性が比較される。異なる非限定な一態様では、例えば、標的組織特異的な化合物の低濃度存在下における抗原に対する抗原結合ドメイン(または当該ドメインを含む抗原結合分子)の結合活性よりも当該化合物の高濃度存在下における抗原に対する抗原結合ドメイン(または当該ドメインを含む抗原結合分子)の結合活性の方が高く変化することを確認するためには、標的組織特異的な化合物の低濃度存在下および高濃度存在下における抗原に対する抗原結合ドメイン(または当該ドメインを含む抗原結合分子)の結合活性が比較される。
(a) 標的組織特異的な化合物の非存在下における抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)の抗原結合活性を得る工程、
(b) 標的組織特異的な化合物の存在下における抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)の抗原結合活性を得る工程、
(c) 標的組織特異的な化合物の非存在下における抗原結合活性が、当該化合物の存在下における抗原結合活性より低い抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を選択する工程。
(a) 標的組織特異的な化合物の低濃度存在下における抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)の抗原結合活性を得る工程、
(b) 標的組織特異的な化合物の高濃度存在下における抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)の抗原結合活性を得る工程、
(c) 標的組織特異的な化合物の低濃度存在下における抗原結合活性が、当該化合物の高濃度存在下における抗原結合活性より低い抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を選択する工程。
(a) 標的組織特異的な化合物の存在下における抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)もしくはそれらのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を当該化合物の非存在下に置く工程、
(c) 前記工程(b)で解離した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 標的組織特異的な化合物の高濃度存在下における抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)もしくはそれらのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を当該化合物の低濃度存在下に置く工程、
(c) 前記工程(b)で解離した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 標的組織特異的な化合物の非存在下で抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)のライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を選択する工程、
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を当該化合物の存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 標的組織特異的な化合物の低濃度存在下で抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)のライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を選択する工程、
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を当該化合物の高濃度存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 抗原を固定したカラムに標的組織特異的な化合物の存在下で抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)のライブラリを接触させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を当該化合物の非存在下でカラムから溶出する工程、
(c) 前記工程(b)で溶出された抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 抗原を固定したカラムに標的組織特異的な化合物の高濃度存在下で抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)のライブラリを接触させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を当該化合物の低濃度存在下でカラムから溶出する工程、
(c) 前記工程(b)で溶出された抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 抗原を固定したカラムに標的組織特異的な化合物の非存在下で抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)のライブラリを通過させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合せずに溶出した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を回収する工程、
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を当該化合物の存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 抗原を固定したカラムに標的組織特異的な化合物の低濃度存在下で抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)のライブラリを通過させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合せずに溶出した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を回収する工程、
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を当該化合物の高濃度存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 標的組織特異的な化合物の存在下で抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)のライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を取得する工程、
(c) 前記工程(b)で取得した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を化合物の非存在下に置く工程、
(d) 前記工程(c)で抗原結合活性が、前記工程(b)で選択した基準より弱い抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
(a) 標的組織特異的な化合物の高濃度存在下で抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)のライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を取得する工程、
(c) 前記工程(b)で取得した抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を化合物の低濃度存在下に置く工程、
(d) 前記工程(c)で抗原結合活性が、前記工程(b)で選択した基準より弱い抗原結合ドメイン(または抗原結合分子)を単離する工程。
ある一態様によれば、本発明の抗原結合ドメイン(または当該ドメインを含む抗原結合分子)は、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する抗原結合分子の結合活性を変化させる少なくとも一つのアミノ酸残基が抗原結合ドメインに含まれている互いに配列の異なる複数の抗原結合分子から主としてなるライブラリから取得され得る。低分子化合物の非限定の一態様として、標的組織特異的な化合物又は非天然化合物が挙げられる。標的組織特異的な化合物の例としては(1)乳酸、コハク酸、クエン酸等の解糖系、またはクレブス回路の一次代謝産物、(2)アラニン、グルタミン酸、またはアスパラギン酸等のアミノ酸、(3)キヌレニン、およびその代謝産物である、アントラニル酸、3-ヒドロキシキヌレニン、およびキヌレン酸等のアミノ酸の代謝産物、(4)プロスタグランジンE2等のアラキドン酸の代謝産物、ならびに(5)アデノシン、アデノシン3リン酸(ATP)、アデノシン2リン酸(ADP)、アデノシン1リン酸(AMP)等のプリン環構造を有するヌクレオシド等が例示される。以下では、そのような標的組織特異的化合物としてのアデノシン、および/またはATPに応じて抗原に対する抗原結合分子の結合活性を変化させる少なくとも一つのアミノ酸残基が抗原結合ドメインに含まれている互いに配列の異なる複数の抗原結合分子から主としてなるライブラリについて例示されるが、アデノシン、および/またはATP以外の低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性を変化させる抗原結合分子のライブラリにも下記の例に準じて適宜適用され得る。
(a) 低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメインにおいて、以下の(i)乃至(iii)のいずれか一つ以上を満たすアミノ酸部位を特定する工程;
(i) 当該低分子化合物に対する結合に関与していない1または複数のアミノ酸部位;
(ii)親抗原結合ドメインが属する動物種の抗体のレパートリーとしてアミノ酸出現頻度の多様性のある1または複数のアミノ酸部位;
(iii)Canonical structureの形成に重要でない1または複数のアミノ酸部位;および
(b) 前記抗原結合ドメインにおいて、未改変体をコードする核酸及び工程(a)で特定された1または複数のアミノ酸部位に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体それぞれをコードする核酸を含むライブラリを設計する工程、
を含む方法によって製造されるライブラリが提供される。
本明細書における「分子間相互作用を形成している状態」については,例えば低分子と抗体の複合体の結晶構造解析から、抗体のH鎖又はL鎖を形成するアミノ酸の側鎖又は主鎖を構成する非水素原子と低分子化合物を構成する非水素原子との原子間距離をもとに判定できる。たとえば,上記原子間距離は3.0Å、3.2Å、3.4Å、3.6Å、3.8Å、4.0Å、4.2Å、4.4Å、4.6Å、4.8Å又は5.0Å以内が好ましいがこれに限定されることはない。更に好ましい上記原子間距離は3.6Å、3.8Å、4.0Å又は4.2Å以内である。
より詳しくは、立体構造上での原子間距離と形成される分子間相互作用の種類ならびに原子の種類の情報をもとに直接的に相互作用している可能性が判定できる。さらに正確にはAlaやGlyへの改変といったアミノ酸残基の変異導入が低分子化合物の活性に与える影響から判断することができるが、これに限定されるわけではない。
本明細書における「間接的に影響している状態」についても,例えば、低分子と抗体の複合体の立体構造から各アミノ酸残基のコンフォメーションや周囲の残基との分子間相互作用の状況を詳細に解析することで、低分子の結合に間接的に影響しているかどうかを推定できるが、より正確にはAlaやGlyへの改変といったアミノ酸残基の変異導入が低分子化合物の活性に与える影響から判断することができる。
本発明の一態様として、低分子の結合に関与していないと同定された残基を他のアミノ酸に置換しても、化合物への結合を適切な程度に維持できるアミノ酸を選択することができる。これにより、選択された残基において選択されたアミノ酸が出現するライブラリを設計することができる。この場合において、低分子化合物の結合に関与していないと同定された残基が互いに異なるアミノ酸に置換された抗原結合分子の集合となるように、複数の抗原結合分子から主としてなるライブラリを設計することが可能である。
別の一態様では、低分子化合物に対する結合に関与していないアミノ酸部位の判定は、低分子化合物との結合に関与しているアミノ酸部位のうちから選択される、いずれか一つ以上のアミノ酸部位以外のアミノ酸部位であるとも考えることができる。
未改変及び改変体の低分子に対する結合活性の測定は、当業者公知の方法(Biacore、ELISA、ECL等)から適宜選択して実施することができる。
別の一態様では、低分子化合物に対する結合に関与していないアミノ酸部位の判定は、低分子化合物との結合に関与しているアミノ酸部位のうちから選択される、いずれか一つ以上のアミノ酸部位以外のアミノ酸部位であるとも考えることができる。
また、抗体以外の抗原結合ドメインにおいても、構造の維持に重要な残基が存在していることは公知であり、これに限定されるわけではないが、作製した変異体の構造解析等により、個々の抗原結合ドメインにおいてcanonical structureの形成に重要でないアミノ酸部位を同定することが可能である。
以下の(a)乃至(d)の工程:
(a) 低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメインにおいて、以下の(i)乃至(iii)のいずれか一つ以上を満たすアミノ酸部位を特定する工程;
(i) 当該低分子化合物に対する結合に関与していない1または複数のアミノ酸部位;
(ii)親抗原結合ドメインが属する動物種の抗体のレパートリーとしてアミノ酸出現頻度の多様性のある1または複数のアミノ酸部位;
(iii)Canonical structureの形成に重要でない1または複数のアミノ酸部位、
(b) 工程(a)で特定された1または複数のアミノ酸部位に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体を作製する工程、
(c) 前記それぞれの改変体の当該低分子化合物に対する結合活性に実質的に変化をもたらさない1または複数のアミノ酸の改変を特定する工程;および
(d) 未改変体をコードする核酸及び工程(c)で特定された1または複数のアミノ酸に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリを製造する工程、
を含む方法によって製造されるライブラリ。
未改変及び改変体の低分子に対する結合活性の測定は、当業者公知の方法(Biacore、ELISA、ECL等)から適宜選択して実施することができる。
別の一態様では、低分子化合物に対する結合に関与していないアミノ酸部位の判定は、低分子化合物との結合に関与しているアミノ酸部位のうちから選択される、いずれか一つ以上のアミノ酸部位以外のアミノ酸部位であるとも考えることができる。
以下の1)および2)の工程:
1)低分子化合物に対する結合活性を有する抗原結合分子を複数含むライブラリと低分子化合物とを接触させる工程、および
2)該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮する工程、
を含む方法によって製造される、ライブラリ。
さらに他の態様として、該ライブラリは、抗原結合分子が抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む抗原結合分子であるライブラリであって、以下の1)乃至3)のいずれか1つの工程を含む方法によって製造されることができる。
1)該ライブラリが、重鎖可変領域に位置するアミノ酸が改変された1又は複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリであって、該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮し、ライブラリを設計する工程;
2)該ライブラリが、軽鎖可変領域に位置するアミノ酸が改変された1又は複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリであって、該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮し、ライブラリを設計する工程;
3)工程1)及び工程2)のそれぞれの可変領域ライブラリから濃縮された抗原結合分子をコードする核酸を組み合わせることによって、ライブラリを設計する工程。
本願発明はまた、上記に説明した本願発明に包含される様々な態様の「ライブラリ」を製造する方法に関する。
本願発明に係る「ライブラリの製造方法」は、以下に例示するようないずれかの特定の方法に限定されるものではなく、上述した本願発明の「ライブラリ」を製造し得る方法であればいずれの方法も包含される。
本願発明に係る「ライブラリの製造方法」としては、例えば、以下に例示するような方法を挙げることができる。
なお、以下に例示する「ライブラリの製造方法」における各特定事項は、上記で本願発明の「ライブラリ」について詳述したとおりの技術的意義を有する。
以下の(a)および(b)の工程を含む、
(i)互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子;又は
(ii)当該互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗原結合分子ドメインまたは抗原結合分子は、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子であることを特徴とする、ライブラリ、
を製造する方法:
(a) 低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメインにおいて、以下の(i)乃至(iii)のいずれか一つ以上を満たすアミノ酸部位を特定する工程;
(i) 当該低分子化合物に対する結合に関与していない1または複数のアミノ酸部位;
(ii)親抗原結合ドメインが属する動物種の抗体のレパートリーとしてアミノ酸出現頻度の多様性のある1または複数のアミノ酸部位;
(iii)Canonical structureの形成に重要でない1または複数のアミノ酸部位;および
(b) 前記抗原結合ドメインにおいて、未改変体をコードする核酸及び工程(a)で特定された1または複数のアミノ酸部位に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体それぞれをコードする核酸を含むライブラリを設計する工程。
以下の(a)乃至(d)の工程を含む、
(i)互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子;又は
(ii)当該互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗原結合分子ドメインまたは抗原結合分子は、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子であることを特徴とする、ライブラリ、
を製造する方法:
(a) 低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメインにおいて、以下の(i)乃至(iii)のいずれか一つ以上を満たすアミノ酸部位を特定する工程;
(i) 当該低分子化合物に対する結合に関与していない1または複数のアミノ酸部位;
(ii)親抗原結合ドメインが属する動物種の抗体のレパートリーとしてアミノ酸出現頻度の多様性のある1または複数のアミノ酸部位;
(iii)Canonical structureの形成に重要でない1または複数のアミノ酸部位、
(b) 工程(a)で特定された1または複数のアミノ酸部位に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体を作製する工程、
(c) 前記それぞれの改変体の当該低分子化合物に対する結合活性に実質的に変化をもたらさない1または複数のアミノ酸の改変を特定する工程;および
(d) 未改変体をコードする核酸及び工程(c)で特定された1または複数のアミノ酸に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリを製造する工程。
以下の1)および2)の工程を含む、
(i)互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子;又は
(ii)当該互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗原結合分子ドメインまたは抗原結合分子は、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子であることを特徴とする、ライブラリ、
を製造する方法:
1)低分子化合物に対する結合活性を有する抗原結合分子を複数含むライブラリと低分子化合物とを接触させる工程、および
2)該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮する工程。
以下の1)乃至3)のいずれか1つの工程を含む、
(i)互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子;又は
(ii)当該互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗原結合分子ドメインまたは抗原結合分子は、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子であることを特徴とする、ライブラリ、
を製造する方法:
1)前記(例3)記載のライブラリが、重鎖可変領域に位置するアミノ酸が改変された1又は複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリであって、該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮し、ライブラリを設計する工程;
2)前記(例3)記載のライブラリが、軽鎖可変領域に位置するアミノ酸が改変された1又は複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリであって、該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮し、ライブラリを設計する工程;
3)工程1)及び工程2)のそれぞれの可変領域ライブラリから濃縮された抗原結合分子をコードする核酸を組み合わせることによって、ライブラリを設計する工程。
前記(例1)乃至(例4)のいずれかに記載のライブラリの製造方法であって、抗原結合分子が、抗原結合ドメインとウイルスコートタンパク質の少なくとも一部との融合ポリペプチドであることを特徴とする、ライブラリの製造方法。
前記(例1)乃至(例4)のいずれかに記載のライブラリの製造方法であって、前記抗原結合分子が、抗体の重鎖及び軽鎖を含む抗原結合分子であり、前記重鎖および/または軽鎖の合成ライブラリを設計する工程をさらに含む、ライブラリの製造方法。
前記抗体の重鎖及び/又は軽鎖が、生殖細胞系列由来のフレームワーク配列を含むことを特徴とする、前記(例6)のライブラリの製造方法。
前記低分子化合物が、標的組織特異的な化合物又は非天然化合物である、前記(例1)乃至(例7)のいずれかに記載のライブラリの製造方法。
前記標的組織が、癌組織又は炎症性組織である、前記(例1)乃至(例8)のいずれかに記載のライブラリの製造方法。
前記癌組織特異的化合物が、プリン環構造を有するヌクレオシド、アミノ酸およびその代謝産物、脂質およびその代謝産物、糖代謝の一次代謝産物、ならびにニコチンアミドおよびその代謝産物からなる群から選択される少なくとも一つの化合物である、前記(例9)に記載のライブラリの製造方法。
前記低分子化合物が、キヌレニン、アデノシン、アデノシン1リン酸、アデノシン2リン酸、又はアデノシン3リン酸である、前記(例1)乃至(例10)のいずれかに記載のライブラリの製造方法。
前記低分子化合物との結合に関与していないアミノ酸部位が、以下から選択されるいずれか一つ以上のアミノ酸以外である、前記(例1)乃至(例11)のいずれかに記載のライブラリの製造方法ライブラリの製造方法:
H鎖:97、100c、 101、 94、 95、 100d、 100e、 33、 50、 52、 56、 57、 58、 99、 100、 100a、54、 55(Kabatナンバリング);
L鎖:49、55、95c、 96、95a、 95b(Kabatナンバリング)。
本発明における低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを取得することができるライブラリの一つの態様としては以下のライブラリが挙げられる。
(i) 互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子;又は
(ii) 当該互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗原結合分子ドメインまたは抗原結合分子は、低分子化合物に対する結合活性を有する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子であることを特徴とする、ライブラリ。
本態様のライブラリとしては、1.2×108以上の多様性を有することが好ましい。
本態様における複数の抗原結合分子から主としてなるライブラリという記載における「から主としてなる」との用語は、ライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数のうち、低分子化合物(例えば、標的組織特異的化合物)に結合活性を有する抗原結合分子の数が反映される。具体的には、そのような結合活性を示す抗原結合分子がライブラリ中に少なくとも104分子存在することが好ましい。別の表現では、ライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数のうち、低分子の存在または非存在によって抗原に対する抗原結合ドメインの結合活性が異なっている抗原結合分子の割合としても好適に表現され得る。具体的には、本発明の抗原結合ドメインは、そのような結合活性を示す抗原結合分子がライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数の10-6%%から80%、又は10-5%から60%、好ましくは10-4%から40%、より好ましくは10-3%から40%、さらに好ましくは10-2%から40%含まれるライブラリから取得され得る。融合ポリペプチド、ポリヌクレオチド分子またはベクターの場合も、上記と同様、分子の数や分子全体における割合で表現され得る。また、ウイルスの場合も、上記と同様、ウイルス個体の数や個体全体における割合で表現され得る。
(i)互いに配列の異なる複数の抗体分子;又は
(ii)当該互いに配列の異なる複数の抗体分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗体分子は、低分子化合物に対する結合活性を有する抗体分子であり、以下の(i)乃至(vi)のいずれか一つ以上を満たす多様性;
(i) 重鎖CDR1の多様性が13以上
(ii) 重鎖CDR2の多様性が129以上
(iii) 重鎖CDR3の多様性が5以上
(iv) 軽鎖CDR1の多様性が193以上
(v) 軽鎖CDR2の多様性が7以上
(vi) 軽鎖CDR3の多様性が17以上
を有することを特徴とする、ライブラリ。
本態様における複数の抗原結合分子から主としてなるライブラリという記載における「から主としてなる」との用語は、ライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数のうち、低分子化合物(例えば、標的組織特異的化合物)に結合活性を有する抗原結合分子の数が反映される。具体的には、そのような結合活性を示す抗原結合分子がライブラリ中に少なくとも104分子存在することが好ましい。別の表現では、ライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数のうち、低分子の存在または非存在によって抗原に対する抗原結合ドメインの結合活性が異なっている抗原結合分子の割合としても好適に表現され得る。具体的には、本発明の抗原結合ドメインは、そのような結合活性を示す抗原結合分子がライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数の10-6%%から80%、又は10-5%から60%、好ましくは10-4%から40%、より好ましくは10-3%から40%、さらに好ましくは10-2%から40%含まれるライブラリから取得され得る。融合ポリペプチド、ポリヌクレオチド分子またはベクターの場合も、上記と同様、分子の数や分子全体における割合で表現され得る。また、ウイルスの場合も、上記と同様、ウイルス個体の数や個体全体における割合で表現され得る。
(i)互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子;又は
(ii)当該互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗原結合分子ドメインまたは抗原結合分子は、低分子化合物に対する結合活性を有する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子であり、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子を取得するためのライブラリ。
本態様における複数の抗原結合分子から主としてなるライブラリという記載における「から主としてなる」との用語は、ライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数のうち、低分子化合物(例えば、標的組織特異的化合物)に結合活性を有する抗原結合分子の数が反映される。具体的には、そのような結合活性を示す抗原結合分子がライブラリ中に少なくとも104分子存在することが好ましい。別の表現では、ライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数のうち、低分子の存在または非存在によって抗原に対する抗原結合ドメインの結合活性が異なっている抗原結合分子の割合としても好適に表現され得る。具体的には、本発明の抗原結合ドメインは、そのような結合活性を示す抗原結合分子がライブラリ中の配列の異なる独立クローンの数の10-6%%から80%、又は10-5%から60%、好ましくは10-4%から40%、より好ましくは10-3%から40%、さらに好ましくは10-2%から40%含まれるライブラリから取得され得る。融合ポリペプチド、ポリヌクレオチド分子またはベクターの場合も、上記と同様、分子の数や分子全体における割合で表現され得る。また、ウイルスの場合も、上記と同様、ウイルス個体の数や個体全体における割合で表現され得る。
本発明においてライブラリを製造する際に用いられる鋳型テンプレート(低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメイン)の取得方法(スクリーニング方法)に関し、これらの抗原結合ドメイン等はどのように調製されてもよく、あらかじめ存在している抗原結合ドメイン又は抗体、あらかじめ存在しているライブラリ(ファージライブラリ等)、動物への免疫から得られたハイブリドーマや免疫動物からのB細胞から作製された抗体又はライブラリ、例えばこれに限定されるものではないが、低分子化合物の一態様としてのアデノシンまたはATPと適切に連結された免疫原性が高いT細胞エピトープペプチドのようなアジュバント作用剤との連結剤(conjugate)によって免疫された動物のB細胞等の免疫細胞から作製された抗体またはライブラリ等を用いることが可能である 。当該T細胞エピトープペプチドの非限定な一例として、Tetanus toxin由来のp30ヘルパーペプチド(配列番号:4で表され、Fragment C(FrC)とも指称される)等が好適に挙げられる。
本発明の抗原結合ドメインの好適な例として、抗体の重鎖および軽鎖の可変領域を含む抗原結合ドメインが挙げられる。こうした抗原結合ドメインの例としては、「scFv(single chain Fv)」、「単鎖抗体(single chain antibody)」、「Fv」、「scFv2(single chain Fv 2)」、「Fab」または「F(ab')2」またはIgG等が好適に挙げられ、これらより成るライブラリを用いることも可能である。
また、前記のスクリーニング方法によって取得される本発明の抗原結合ドメイン又は抗体の調製法の非限定の1態様として、あらかじめ存在している低分子化合物に結合活性を有する抗原結合ドメインを用いることが可能である。例えば、これに限定されるわけではないが、アデノシン及び/ATPを例にした場合、ATPに結合活性を有するキナーゼファミリーに属する分子を抗原結合ドメインとして用いることができ、またアデノシンに結合活性を有するアデノシンデアミナーゼファミリーに属する分子を抗原結合ドメインとして用いることができる。これらのATPないしはアデノシンの結合に関与しない部分をライブラリ化することによって、ATPないしはアデノシン濃度依存的に抗原に結合する抗原結合分子を取得することが可能である。
その他の非抗体様抗原結合ドメイン及び抗体に関しても、上述したライブラリの構築方法を適宜参照することにより、当業者が本発明におけるライブラリを製造することが可能である。
31位のアミノ酸がAsp、Gly、Asn、Ser、Arg、またはThrのいずれか、
32位のアミノ酸がAla、Phe、His、Asn、Ser、またはTyrのいずれか、
33位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Gly、Phe、Ile、His、Lys、Met、Leu、Asn、Gln、Pro、Ser、Arg、Trp、Val、Tyr、またはThrのいずれか、
35位のアミノ酸がHis、Ser、Thr、Tyr、またはAsnのいずれか、
50位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Gly、Phe、Ile、His、Lys、Met、Leu、Asn、Gln、Pro、Arg、Thr、Trp、Val、Tyr、またはSerのいずれか、
55位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Gly、Leu、Thr、Ser、Arg、またはAsnのいずれか、
56位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Gly、Phe、Ile、His、Lys、Met、Leu、Gln、Pro、Ser、Thr、Trp、Val、またはTyrのいずれか、
57位のアミノ酸がAla、Lys、Arg、Thr、またはIleのいずれか、
58位のアミノ酸がAsp、Gly、Phe、His、Ser、Thr、Tyr、またはAsnのいずれか、
59位のアミノ酸がLeu、またはTyrのいずれか、
95位のアミノ酸がAla、Ile、Lys、Met、Leu、Arg、Trp、Val、Tyr、またはPheのいずれか、
96位のアミノ酸がAla、Asp、Asn、またはSerのいずれか、
97位のアミノ酸がAla、Asp、Gly、Ile、His、Lys、Met、Leu、Asn、Ser、Val、Tyr、またはArgのいずれか、
98位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Gly、Phe、Ile、His、Met、Leu、Asn、Gln、Pro、Ser、Arg、Thr、Trp、Val、Tyr、またはLysのいずれか、
99位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Phe、His、Lys、Asn、Gln、Ser、Arg、Trp、Val、Tyr、またはGlyのいずれか、
100位のアミノ酸がAla、Glu、Gly、Phe、Ile、His、Lys、Met、Leu、Asn、Gln、Pro、Ser、Arg、Thr、Trp、Val、Tyr、またはAspのいずれか、
100a位のアミノ酸がAla、Phe、Ile、His、Lys、Met、Arg、Trp、Val、またはTyrのいずれか、もしくは
100b位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Gly、Phe、Ile、His、Lys、Met、Leu、Gln、Pro、Ser、Arg、Thr、Trp、Val、Tyr、またはAsnのいずれか、
のアミノ酸が例示され得る。
26位のアミノ酸がAla、Ser、またはThrのいずれか、
27位のアミノ酸がThr、またはSerのいずれか、
27a位のアミノ酸がGly、Asn、Thr、またはSerのいずれか、
27b位のアミノ酸がAsn、またはAspのいずれか、
27c位のアミノ酸がIle、またはValのいずれか、
28位のアミノ酸がAsp、またはGlyのいずれか、
29位のアミノ酸がAla、Asp、Phe、Ser、Arg、Thr、Tyr、またはGlyのいずれか、
31位のアミノ酸がGlu、Asp、Lys、またはAsnのいずれか、
32位のアミノ酸がAla、Asp、Ser、Thr、またはTyrのいずれか、
50位のアミノ酸がAsp、Gly、Lys、Asn、Gln、Ser、Arg、Tyr、またはGluのいずれか、
51位のアミノ酸がAsp、Gly、Lys、Asn、Thr、またはValのいずれか、
52位のアミノ酸がAla、Asp、Asn、Thr、またはSerのいずれか、
53位のアミノ酸がGlu、Asp、His、Asn、Gln、Ser、Tyr、またはLysのいずれか、
54位のアミノ酸がLys、またはArgのいずれか、
55位のアミノ酸がLeu、またはProのいずれか、
89位のアミノ酸がAla、Gly、Phe、Leu、Asn、Gln、Thr、Val、Tyr、またはSerのいずれか、
90位のアミノ酸がAla、Leu、Thr、Val、またはSerのいずれか、
91位のアミノ酸がAla、Asp、Phe、His、Lys、Asn、Ser、Arg、Thr、Trp、Val、またはTyrのいずれか、
92位のアミノ酸がGlu、Asp、Ser、Arg、Thr、Val、Tyr、またはAlaのいずれか、
93位のアミノ酸がAla、Asp、Ile、Asn、Ser、Arg、Thr、Val、Tyr、またはGlyのいずれか、
94位のアミノ酸がAla、Asp、Gly、Ile、Asn、Arg、Thr、またはSerのいずれか、
95位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Gly、Phe、Ile、His、Lys、Met、Leu、Gln、Pro、Ser、Arg、Thr、Trp、Val、Tyr、またはAsnのいずれか、
95a位のアミノ酸がAla、Glu、Asp、Gly、Ile、His、Lys、Leu、Gln、Pro、Ser、Arg、Thr、Tyr、またはAsnのいずれか、
96位のアミノ酸がAla、Asp、Gly、Phe、His、Lys、Leu、Asn、Gln、Pro、Ser、Thr、Trp、Tyr、またはValのいずれか、もしくは
97位のアミノ酸がAla、Gly、Ile、Met、Leu、Ser、またはValのいずれか
のアミノ酸が例示され得る。
24位のアミノ酸がAla、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
26位のアミノ酸がGly、Ala、Asp、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
27位のアミノ酸がGly、Ala、Asp、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
28位のアミノ酸がThr、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
29位のアミノ酸がPhe、Ile、Leu、Trp、またはTyrのいずれか、
30位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
31位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
32位のアミノ酸がTyr 、Phe、またはHisのいずれか、
33位のアミノ酸がAla、Gly、Ile、Lys、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTrpのいずれか、
50位のアミノ酸がGly、Ala、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
51位のアミノ酸がIle、Ala、Gly、Lys、Leu、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
52位のアミノ酸がIle、Ala、Glu、Phe、His、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
52a位のアミノ酸がPro、Ala、Gly、Ser、Thr、またはTrpのいずれか、
53位のアミノ酸がIle、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
54位のアミノ酸がPhe、Ala、Asp、Glu、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
55位のアミノ酸がGly、Ala、Asp、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
56位のアミノ酸がThr、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
58位のアミノ酸がAsn、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Lys、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
73位のアミノ酸がGlu、Ala、Asp、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
95位のアミノ酸がAsp、またはGlyのいずれか、
96位のアミノ酸がAla、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
97位のアミノ酸がPro、Ala、Asn、またはSerのいずれか、
98位のアミノ酸がVal、Leu、またはThr、のいずれか、
99位のアミノ酸がVal、Ala、Asp、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、またはTyrのいずれか、
100位のアミノ酸がAla、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
100a位のアミノ酸がArg、Ala、Asp、Glu、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Ser、ThrまたはValのいずれか、
100b位のアミノ酸がPro、Ala、Lys、Asn、Gln、ArgまたはSerのいずれか、
100c位のアミノ酸がArg、His、Lys、またはGlnのいずれか、
100d位のアミノ酸がGly、またはAsnのいずれか、
100e位のアミノ酸がAla、GlyまたはSerのいずれか、
100f位のアミノ酸がPhe、またはLeuのいずれか、もしくは
102位のアミノ酸がIle、Ala、Asp、Glu、Phe、His、Leu、Met、Asn、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれかのアミノ酸が例示され得る。
27d位のアミノ酸がHis、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
27e位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
28位のアミノ酸がAsp、Ala、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
29位のアミノ酸がGly、Ala、Asp、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
32位のアミノ酸がTyr、Ala、Phe、Gly、His、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Val、またはTrpのいずれか、
46位のアミノ酸がLeu、Ile、Met、Asn、またはValのいずれか、
49位のアミノ酸がTyr 、Phe、His、またはTrpのいずれか、
50位のアミノ酸がGlu、Ala、Phe、Gly、Ile、Lys、Leu、Met、Gln、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
51位のアミノ酸がIle、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、Lys、Leu、Met、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
52位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
53位のアミノ酸がAsn、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
54位のアミノ酸が、Arg、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
55位のアミノ酸がPhe、Leu、Met、Arg、またはTyrのいずれか、
92位のアミノ酸がThr、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Ser、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
93位のアミノ酸がGln、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、Ile、Lys、Leu、Asn、Arg、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、もしくは
94位のアミノ酸がPhe、His、Ile、Lys、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれかのアミノ酸が例示され得る。
31位のアミノ酸がAsn、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
32位のアミノ酸がTyr、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、またはTrpのいずれか、
53位のアミノ酸がAla、Asp、Glu、Phe、Gly、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
54位のアミノ酸がAsp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Gln、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
55位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Gln、Arg、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
56位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Thr、またはValのいずれか、
57位のアミノ酸がThr、Ala、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、SerまたはValのいずれか、
59位のアミノ酸がTyr、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTrpのいずれか、
61位のアミノ酸がSer、Ala、Phe、His、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
62位のアミノ酸がTrp、Ala、Asp、Glu、Phe、またはGlyのいずれか、
65位のアミノ酸がGly、Ala、Asp、Glu、Phe、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Thr、Val、またはTrpのいずれか、
96位のアミノ酸がArg、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Lys、Leu、Asn、Gln、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
97位のアミノ酸がPhe、Ala、Asp、Glu、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
98位のアミノ酸がVal、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、またはThrのいずれか、
100位のアミノ酸がTyrまたはPheのいずれか、
100a位のアミノ酸がThr、SerまたはValのいずれか、
101位のアミノ酸がAsp、Ala、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、もしくは
102位のアミノ酸がPro、Asp、またはAsnのいずれかのアミノ酸が例示され得る。
28位のアミノ酸がTrp、Ala、Phe、His、Lys、Asn、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか
29位のアミノ酸がAsn、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
32位のアミノ酸がTyr、Ala、Asp、Phe、Gly、またはHisのいずれか、
93位のアミノ酸がAla、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Leu、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
94位のアミノ酸がAsn、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
95位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
95a位のアミノ酸がGly、Ala、Asp、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
95b位のアミノ酸がTrp、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、もしくは
95c位のアミノ酸がTyr、Phe、His、Lys、Leu、AsnまたはValのいずれかのアミノ酸が例示され得る。
31位のアミノ酸がAsn、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
32位のアミノ酸がTyr、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、またはTrpのいずれか、
53位のアミノ酸がAla、Asp、Glu、Phe、Gly、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
54位のアミノ酸がAsp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Gln、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
55位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Gln、Arg、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
56位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Thr、またはValのいずれか、
57位のアミノ酸がThr、Ala、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、SerまたはValのいずれか、
59位のアミノ酸がTyr、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTrpのいずれか、
61位のアミノ酸がSer、Ala、Phe、His、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
62位のアミノ酸がTrp、Ala、Asp、Glu、Phe、またはGlyのいずれか、
65位のアミノ酸がGly、Ala、Asp、Glu、Phe、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Thr、Val、またはTrpのいずれか、
96位のアミノ酸がArg、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Lys、Leu、Asn、Gln、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
97位のアミノ酸がPhe、Ala、Asp、Glu、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
98位のアミノ酸がVal、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、またはThrのいずれか、
100位のアミノ酸がTyrまたはPheのいずれか、
100a位のアミノ酸がThr、SerまたはValのいずれか、
101位のアミノ酸がAsp、Ala、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、もしくは
102位のアミノ酸がPro、Asp、またはAsnのいずれかのアミノ酸が例示され得る。
28位のアミノ酸がTrp、Ala、Phe、His、Lys、Asn、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか
29位のアミノ酸がAsn、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
32位のアミノ酸がTyr、Ala、Asp、Phe、Gly、またはHisのいずれか、
93位のアミノ酸がAla、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Leu、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、
94位のアミノ酸がAsn、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
95位のアミノ酸がSer、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
95a位のアミノ酸がGly、Ala、Asp、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Val、Trp、またはTyrのいずれか、
95b位のアミノ酸がTrp、Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、またはTyrのいずれか、もしくは
95c位のアミノ酸がTyr、Phe、His、Lys、Leu、AsnまたはValのいずれかのアミノ酸が例示され得る。
Fc領域は、抗体重鎖の定常領域に由来するアミノ酸配列を含む。Fc領域は、EUナンバリングで表されるおよそ216位のアミノ酸における、パパイン切断部位のヒンジ領域のN末端から、当該ヒンジ、CH2およびCH3ドメインを含める抗体の重鎖定常領域の部分である。Fc領域は、ヒトIgG1から取得され得るが、IgGの特定のサブクラスに限定されるものでもない。当該Fc領域の好適な例として、後述されるようにpH酸性域におけるFcRnに対する結合活性を有するFc領域が挙げられる。また当該Fc領域の好適な例として、後述されるようにFcγレセプターに対する結合活性を有するFc領域が挙げられる。そのようなFc領域の非限定な一態様として、ヒトIgG1(配列番号:5)、IgG2(配列番号:6)、IgG3(配列番号:7)、またはIgG4(配列番号:8)で表されるFc領域が例示される。
Fcγレセプター(FcγRとも記載される)とは、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4モノクローナル抗体のFc領域に結合し得るレセプターをいい、実質的にFcγレセプター遺伝子にコードされるタンパク質のファミリーのいかなるメンバーをも意味する。ヒトでは、このファミリーには、アイソフォームFcγRIa、FcγRIbおよびFcγRIcを含むFcγRI(CD64);アイソフォームFcγRIIa(アロタイプH131およびR131を含む。即ち、FcγRIIa (H)およびFcγRIIa (R))、FcγRIIb(FcγRIIb-1およびFcγRIIb-2を含む)およびFcγRIIcを含むFcγRII(CD32);およびアイソフォームFcγRIIIa(アロタイプV158およびF158を含む。即ち、FcγRIIIa (V)およびFcγRIIIa (F))およびFcγRIIIb(アロタイプFcγRIIIb-NA1およびFcγRIIIb-NA2を含む)を含むFcγRIII(CD16)、並びにいかなる未発見のヒトFcγR類またはFcγRアイソフォームまたはアロタイプも含まれるが、これらに限定されるものではない。FcγRは、ヒト、マウス、ラット、ウサギおよびサルを含むが、これらに限定されるものではない、いかなる生物由来でもよい。マウスFcγR類には、FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)、FcγRIII(CD16)およびFcγRIII-2(FcγRIV、CD16-2)、並びにいかなる未発見のマウスFcγR類またはFcγRアイソフォームまたはアロタイプも含まれるが、これらに限定されない。こうしたFcγレセプターの好適な例としてはヒトFcγRI(CD64)、FcγRIIa(CD32)、FcγRIIb(CD32)、FcγRIIIa(CD16)及び/又はFcγRIIIb(CD16)が挙げられる。ヒトFcγRIのポリヌクレオチド配列及びアミノ酸配列はそれぞれ配列番号:9(NM_000566.3)及び10(NP_000557.1)に、ヒトFcγRIIa(アロタイプH131)のポリヌクレオチド配列及びアミノ酸配列はそれぞれ配列番号:11(BC020823.1)及び12(AAH20823.1)に(アロタイプR131は配列番号:12の166番目のアミノ酸がArgに置換されている配列である)、FcγRIIbのポリヌクレオチド配列及びアミノ酸配列はそれぞれ配列番号:13(BC146678.1)及び14(AAI46679.1)に、FcγRIIIaのポリヌクレオチド配列及びアミノ酸配列はそれぞれ配列番号:15(BC033678.1)及び16(AAH33678.1)に、及びFcγRIIIbのポリヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、それぞれ配列番号:17(BC128562.1)及び18(AAI28563.1)に記載されている(カッコ内はRefSeq等のデータベース登録番号を示す)。Fcγレセプターが、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4モノクローナル抗体のFc領域に結合活性を有するか否かは、上記に記載されるFACSやELISAフォーマットのほか、ALPHAスクリーン(Amplified Luminescent Proximity Homogeneous Assay)や表面プラズモン共鳴(SPR)現象を利用したBIACORE法等によって確認され得る(Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2006) 103 (11), 4005-4010)。
前述されるように、本発明の抗原結合分子に含まれるFc領域として、Fcγレセプターに対する結合活性を有するFc領域が挙げられる。そのようなFc領域の非限定な一態様として、ヒトIgG1(配列番号:5)、IgG2(配列番号:6)、IgG3(配列番号:7)、またはIgG4(配列番号:8)で表されるFc領域が例示される。Fcγレセプターが、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4モノクローナル抗体のFc領域に結合活性を有するか否かは、上記に記載されるFACSやELISAフォーマットのほか、ALPHAスクリーン(Amplified Luminescent Proximity Homogeneous Assay)や表面プラズモン共鳴(SPR)現象を利用したBIACORE法等によって確認され得る(Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2006) 103 (11), 4005-4010)。
本発明が含むFc領域として、ヒトIgG1(配列番号:5)、IgG2(配列番号:6)、IgG3(配列番号:7)、またはIgG4(配列番号:8)で表されるFc領域のほかに、天然型ヒトIgGのFc領域のFcγレセプターに対する結合活性よりもFcγレセプターに対する結合活性が高いFcγR結合改変Fc領域も適宜使用され得る。本明細書において、「天然型ヒトIgGのFc領域」とは、配列番号:5、6、7または8で例示されるヒトIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4のFc領域のEUナンバリング297位に結合した糖鎖がフコース含有糖鎖であるFc領域を意味する。そのようなFcγR結合改変Fc領域は、天然型ヒトIgGのFc領域のアミノ酸を改変することによって作製され得る。FcγR結合改変Fc領域のFcγRに対する結合活性が、天然型ヒトIgGのFc領域のFcγRに対する結合活性より高いか否かは、前記の結合活性の項で記載された方法を用いて適宜実施され得る。
また、本発明において好適に用いられる、Fcγレセプター結合ドメインの例として、特定のFcγレセプターに対する結合活性がそのほかのFcγレセプターに対する結合活性よりも高い性質を有するFcγレセプター結合ドメイン(選択的なFcγレセプターに対する結合活性を有するFcγレセプター結合ドメイン)もまた好適に挙げられる。抗原結合分子として抗体が(Fcγレセプター結合ドメインとしてFc領域が)用いられる場合には、一分子の抗体は一分子のFcγレセプターとしか結合できないため、一分子の抗原結合分子は抑制型Fcγレセプターに結合した状態で他の活性型FcγRに結合することはできないし、活性型Fcγレセプターに結合した状態で他の活性型Fcγレセプターや抑制型Fcγレセプターに結合することはできない。
前記したように、活性型Fcγレセプターとしては、FcγRIa、FcγRIbおよびFcγRIcを含むFcγRI(CD64)、FcγRIIaならびにFcγRIIIa(アロタイプV158およびF158を含む)およびFcγRIIIb(アロタイプFcγRIIIb-NA1およびFcγRIIIb-NA2を含む)を含むFcγRIII(CD16)が好適に挙げられる。また、FcγRIIb(FcγRIIb-1およびFcγRIIb-2を含む)が抑制型Fcγレセプターの好適な例として挙げられる。
本明細書において、特定のFcγレセプターに対する結合活性がそれ以外のFcγレセプターに対する結合活性よりも高い例として、例えば、抑制型Fcγレセプターに対する結合活性が活性型Fcγレセプターに対する結合活性よりも高い場合が挙げられる。この場合、Fc領域のFcγRIIbに対する結合活性が、FcγRIa、FcγRIIa、FcγRIIIa及び/又はFcγRIIIbのいずれかのヒトFcγレセプターに対する結合活性よりも高いことをいう。例えば、上記の解析方法にもとづいて、Fc領域を含む抗原結合分子のFcγRIIbに対する結合活性が、FcγRIa、FcγRIIa、FcγRIIIa及び/又はFcγRIIIbのいずれかのヒトFcγレセプターに対する結合活性の、105%以上、好ましくは110%以上、120%以上、130%以上、140%以上、特に好ましくは150%以上、160%以上、170%以上、180%以上、190%以上、200%%以上、250%以上、300%以上、350%以上、400%以上、450%以上、500%以上、750%以上、10倍以上、20倍以上、30倍以上、40倍以上、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍以上の結合活性を示すことをいう。抑制型Fcγレセプターに対する結合活性が活性型Fcγレセプターに対する結合活性よりも高いFc領域は、抗原結合ドメインが可溶型分子に結合する本発明の抗原結合分子に好適に含まれ得る。
本発明が提供する抗原結合分子に含まれるFc領域として、Fc領域に結合した糖鎖の組成がフコース欠損糖鎖を結合したFc領域の割合が高くなるように、またはバイセクティングN-アセチルグルコサミンが付加したFc領域の割合が高くなるように修飾されたFc領域も含まれ得る。抗体Fc領域に結合するN -グリコシド結合複合型糖鎖還元末端のN -アセチルグルコサミンからフコース残基を除去すると、FcγRIIIaに対する親和性が増強されることが知られている(非特許文献6)。こうしたFc領域を含むIgG1抗体は、後述するADCC活性が増強されていることが知られていることから、当該Fc領域を含む抗原結合分子は、本発明の医薬組成物に含まれる抗原結合分子としても有用である。抗体Fc領域に結合するN -グリコシド結合複合型糖鎖還元末端のN -アセチルグルコサミンからフコース残基が除去された抗体としては、例えば、次のような抗体;
グリコシル化が修飾された抗体(国際公開WO1999/054342等)、
糖鎖に付加するフコースが欠損した抗体(国際公開WO2000/061739、WO2002/031140、WO2006/067913等)、
その少なくとも一つの抗原結合ドメインが抗原分子中の第一のエピトープに結合し、その少なくとも一つの別の抗原結合ドメインが抗原分子中の第二のエピトープに結合する特徴を有する、少なくとも二つの抗原結合ドメインを含む抗原結合分子は、その反応の特異性という観点から多重特異性抗原結合分子と呼ばれる。一分子の抗原結合分子に含まれる二種類の抗原結合ドメインによって当該抗原結合分子が、二つの異なるエピトープに結合する場合、当該抗原結合分子は二重特異性抗原結合分子と呼ばれる。また、一分子の抗原結合分子に含まれる三種類の抗原結合ドメインによって当該抗原結合分子が、三つの異なるエピトープに結合する場合、当該抗原結合分子は三重特異性抗原結合分子と呼ばれる。
前記のような多重特異性または多重パラトピック抗原結合分子とその調製方法の一態様として、二重特異性抗体とその作製方法が下記に例示される。二重特異性抗体とは、異なるエピトープに対して特異的に結合する二種類の可変領域を含む抗体である。IgG型の二重特異性抗体はIgG抗体を産生するハイブリドーマ二種を融合することによって生じるhybrid hybridoma(quadroma)によって分泌させることが可能である(Milsteinら(Nature (1983) 305, 537-540)。
(i) Fc領域を形成する二つのポリペプチドであって、その一方のポリペプチドのアミノ酸配列のうちEUナンバリングで表される409のアミノ酸がAsp、370のアミノ酸がGluであり、他方のポリペプチドのアミノ酸配列のうちEUナンバリングで表される399のアミノ酸がLys、357のアミノ酸がLysであることを特徴とする二つのポリペプチド(本態様では、EUナンバリングで表される370のアミノ酸のGluに代えてAspであってもよく、EUナンバリングで表される370のアミノ酸のGluに代えて392のアミノ酸のAspであってもよい)、
(ii) Fc領域を形成する二つのポリペプチドであって、その一方のポリペプチドのアミノ酸配列のうちEUナンバリングで表される409のアミノ酸がAsp、439のアミノ酸がGluであり、他方のポリペプチドのアミノ酸配列のうちEUナンバリングで表される399のアミノ酸がLys、356のアミノ酸がLysであることを特徴とする二つのポリペプチド(本態様では、EUナンバリングで表される439のアミノ酸のGluに代えて360のアミノ酸のAsp、EUナンバリングで表される392のアミノ酸のAsp又は439のアミノ酸のAspであってもよい)、
(iii) Fc領域を形成する二つのポリペプチドであって、その一方のポリペプチドのアミノ酸配列のうちEUナンバリングで表される370のアミノ酸がGlu、439のアミノ酸がGluであり、他方のポリペプチドのアミノ酸配列のうちEUナンバリングで表される357のアミノ酸がLys、356のアミノ酸がLysであることを特徴とする二つのポリペプチド、または、
Fc領域を形成する二つのポリペプチドであって、その一方のポリペプチドのアミノ酸配列のうちEUナンバリングで表される409のアミノ酸がAsp、370のアミノ酸がGlu、439のアミノ酸がGluであり、他方のポリペプチドのアミノ酸配列のうちEUナンバリングで表される399のアミノ酸がLys、357のアミノ酸がLys、356のアミノ酸がLysであることを特徴とする二つのポリペプチド(本態様では、EUナンバリングで表される370のアミノ酸をGluに置換しなくてもよく、更に、370のアミノ酸をGluに置換しない上で、439のアミノ酸のGluに代えてAsp又は439のアミノ酸のGluに代えて392のアミノ酸のAspであってもよい)、
が好適に用いられる。
本発明において、「エフェクター細胞」とは、T細胞(CD4+(ヘルパーリンパ球)T細胞および/またはCD8+(細胞傷害性)T細胞)、多核白血球(好中球、好酸球、好塩基球、肥満細胞)、単球、マクロファージ、組織球またはナチュラルキラー細胞(NK細胞)、NK様T細胞、クッパー細胞、ランゲルハンス細胞、またはリンフォカイン活性化キラー細胞(LAK細胞)等の白血球、Bリンパ球、もしくは樹状細胞またはマクロファージ等の抗原提示細胞をふくむ最も広義な意味で使用され得るが、好適なエフェクター細胞の例としては、CD8+(細胞傷害性)T細胞、NK細胞、またはマクロファージが挙げられる。エフェクター細胞の細胞膜に発現する膜型分子であれば、本発明の抗原結合分子に含まれる少なくとも1つの抗原結合ドメインが結合する抗原として使用され得るが、好適な膜型分子としては、TCRを構成するポリペプチド、CD3、CD2、CD28、CD44、CD16、CD32、CD64、またはNKG2DもしくはNK細胞活性化リガンドが非限定な例として例示され得る。
本発明の抗原結合分子が癌細胞に結合し、細胞傷害活性を発揮するために、抗原結合分子に細胞傷害性物質が結合されていてもよい。細胞傷害性物質としては、以下に例示される化学療法剤であってもよく、またCurr Opin Chem Biol (2010) 14, 529-37や国際公開2009/140242に開示されている化合物であってもよく、これらの化合物が適切なリンカー等で抗原結合分子に結合される。本発明の抗原結合分子が医薬組成物として使用される場合、対象(被験者、患者、等)に当該抗原結合分子を投与する前にこれらの細胞傷害性物質を結合させることも可能であるし、投与の前後または同時に投与することも可能である。
ジフテリアトキシンA鎖(Diphtheria toxin A Chain)(Langoneら(Methods in Enzymology (1983) 93, 307-308));
シュードモナスエンドトキシン(Pseudomonas Exotoxin)(Nature Medicine (1996) 2, 350-353);
リシン鎖(Ricin A Chain)(Fultonら(J. Biol. Chem. (1986) 261, 5314-5319)、Sivamら(Cancer Res. (1987) 47, 3169-3173)、Cumberら、(J. Immunol. Methods (1990) 135,15-24、Wawrzynczakら(Cancer Res. (1990) 50, 7519-7562)、およびGheeite ら(J. Immunol.Methods (1991) 142,223-230));
無糖鎖リシンA鎖(Deglicosylated Ricin A Chain)(Thorpeら(Cancer Res. (1987) 47, 5924-5931));
アブリンA鎖(Abrin A Chain)(Wawrzynczakら(Br. J. Cancer (1992) 66, 361-366)、Wawrzynczakら(Cancer Res. (1990) 50, 7519-7562)、Sivamら(Cancer Res. (1987) 47, 3169-3173)、およびThorpeら(Cancer Res. (1987) 47, 5924-5931));
ゲロニン(Gelonin)(Sivamら(Cancer Res. (1987) 47, 3169-3173)、Cumberら(J. Immunol. Methods (1990) 135, 15-24)、Wawrzynczakら(Cancer Res., (1990) 50, 7519-7562)、およびBolognesiら(Clin. exp. Immunol. (1992) 89, 341-346));
ポークウイード抗ウィルス蛋白(PAP-s; Pokeweed anti-viral protein fromseeds)(Bolognesiら(Clin. exp. Immunol. (1992) 89, 341-346));
ブリオジン(Briodin)(Bolognesiら(Clin. exp. Immunol. (1992) 89, 341-346));
サポリン(Saporin)(Bolognesiら(Clin. exp. Immunol. (1992) 89, 341-346));
モモルジン(Momordin)(Cumberら(J. Immunol. Methods (1990) 135, 15-24);Wawrzynczakら(Cancer Res. (1990) 50, 7519-7562)、およびBolognesiら(Clin. exp. Immunol. (1992) 89, 341-346));
モモルコキン(Momorcochin)(Bolognesiら(Clin. exp. Immunol. (1992) 89, 341-346));
ジアンシン32(Dianthin 32)(Bolognesiら(Clin. exp. Immunol. (1992) 89, 341-346));
ジアンシン30(Dianthin 30)(Stirpe F., Barbieri L.(FEBS letter (1986) 195, 1-8));
モデッシン(Modeccin)(Stirpe F., Barbieri L.(FEBS letter (1986) 195, 1-8));
ビスカミン(Viscumin)(Stirpe F., Barbieri L.(FEBS letter (1986) 195, 1-8));
ボルケシン(Volkesin)(Stirpe F., Barbieri L.(FEBS letter (1986) 195, 1-8));
ドデカンドリン(Dodecandrin)(Stirpe F., Barbieri L.(FEBS letter (1986) 195, 1-8));
トリチン(Tritin)(Stirpe F., Barbieri L.(FEBS letter (1986) 195, 1-8));
ルフィン(Luffin)(Stirpe F., Barbieri L.(FEBS letter (1986) 195, 1-8));および
トリコキリン(Trichokirin)(Casellasら(Eur. J. Biochem. (1988) 176, 581-588)、およびBolognesiら(Clin. exp. Immunol., (1992) 89, 341-346))。
本発明において、低分子化合物(例えば、標的組織特異的な化合物)の存在下における抗原に対する結合活性が、当該化合物の非存在下における抗原に対する結合活性よりも高い抗原結合ドメインを含む抗原結合分子は最も広義な意味として使用されており、具体的には、それらが抗原に対する結合活性を示す限り、様々な分子型が含まれる。例えば、抗原結合ドメインがFc領域と結合した分子の例として、抗体が挙げられる。抗体には、単一のモノクローナル抗体(アゴニストおよびアンタゴニスト抗体を含む)、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体等が含まれ得る。また抗体の断片として使用される場合としては、抗原結合ドメインおよび抗原結合断片(例えば、Fab、F(ab')2、scFvおよびFv)が好適に挙げられ得る。既存の安定なα/βバレルタンパク質構造等の立体構造が scaffold(土台)として用いられ、その一部分の構造のみが抗原結合ドメインの構築のためにライブラリ化されたスキャフォールド分子も、本発明の抗原結合分子に含まれ得る 。
Ser
Gly・Ser
Gly・Gly・Ser
Ser・Gly・Gly
Gly・Gly・Gly・Ser(配列番号:19)
Ser・Gly・Gly・Gly(配列番号:20)
Gly・Gly・Gly・Gly・Ser(配列番号:21)
Ser・Gly・Gly・Gly・Gly(配列番号:22)
Gly・Gly・Gly・Gly・Gly・Ser(配列番号:23)
Ser・Gly・Gly・Gly・Gly・Gly(配列番号:24)
Gly・Gly・Gly・Gly・Gly・Gly・Ser(配列番号:25)
Ser・Gly・Gly・Gly・Gly・Gly・Gly(配列番号:26)
(Gly・Gly・Gly・Gly・Ser(配列番号:21))n
(Ser・Gly・Gly・Gly・Gly(配列番号:22))n
[nは1以上の整数である]等が好適に挙げられる。但し、ペプチドリンカーの長さや配列は目的に応じて当業者が適宜選択することができる。
本発明で使用される抗体は、抗体の全長分子に限られず、低分子化抗体またはその修飾物であってもよい。低分子化抗体は、全長抗体(例えば、whole IgG等のwhole antibody)の一部分が欠損している抗体断片を含み、抗原に対する結合活性を有していれば特に限定されない。本発明の低分子化抗体は、全長抗体の一部分であれば特に限定されないが、重鎖可変領域(VH)又は/及び軽鎖可変領域(VL)を含んでいることが好ましい。VHまたはVLのアミノ酸配列は、置換、欠失、付加及び/又は挿入がされていてもよい。さらに抗原に対する結合活性を有する限り、VH又は/及びVLの一部を欠損させてもよい。又、可変領域はキメラ化やヒト化されていてもよい。抗体断片の具体例としては、例えば、Fab、Fab'、F(ab')2、Fvなどを挙げることができる。また、低分子化抗体の具体例としては、例えば、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv(single chain Fv)、Diabody、sc(Fv)2(single chain (Fv)2)などを挙げることができる。これら抗体の多量体(例えば、ダイマー、トリマー、テトラマー、ポリマー)も、本発明の低分子化抗体に含まれる。
−[VL]リンカー[VH]リンカー[VH]リンカー[VL]
−[VH]リンカー[VL]リンカー[VL]リンカー[VH]
−[VH]リンカー[VH]リンカー[VL]リンカー[VL]
−[VL]リンカー[VL]リンカー[VH]リンカー[VH]
−[VL]リンカー[VH]リンカー[VL]リンカー[VH]
−[VH]ペプチドリンカー(15アミノ酸)[VL]ペプチドリンカー(15アミノ酸)[VH]ペプチドリンカー(15アミノ酸)[VL]
免疫グロブリンスーパーファミリーに属するFcγレセプターと異なり、ヒトFcRnは構造的には主要組織不適合性複合体(MHC)クラスIのポリペプチドに構造的に類似しクラスIのMHC分子と22から29%の配列同一性を有する(Ghetieら,Immunol. Today (1997) 18 (12), 592-598)。FcRnは、可溶性βまたは軽鎖(β2マイクログロブリン)と複合体化された膜貫通αまたは重鎖よりなるヘテロダイマーとして発現される。MHCのように、FcRnのα鎖は3つの細胞外ドメイン(α1、α2、α3)よりなり、短い細胞質ドメインはタンパク質を細胞表面に繋留する。α1およびα2ドメインが抗体のFc領域中のFcRn結合ドメインと相互作用する(Raghavanら(Immunity (1994) 1, 303-315)。
FcRnとIgG抗体との結晶学的研究によって、FcRn-IgG複合体は、二分子のFcRnに対して一分子のIgGから構成され、IgGのFc領域の両側に位置するCH2およびCH3ドメインの接触面付近において、二分子の結合が起こると考えられている(Burmeisterら(Nature (1994) 372, 336-343)。一方、PCT/JP2012/058603の実施例3において確認されたように、抗体のFc領域が二分子のFcRnおよび一分子の活性型Fcγレセプターの四者を含む複合体を形成できることが明らかとなった(PCT/JP2012/058603)。このヘテロ複合体の形成は、pH中性域の条件下でFcRnに対する結合活性を有するFc領域を含む抗原結合分子の性質について解析を進めた結果明らかとなった現象である。
(様態1) pH中性域の条件下でのFcRnに対する結合活性を有し、活性型FcγRに対する結合活性が天然型Fc領域の活性型FcγRに対する結合活性より低いFc領域を含む抗原結合分子
234位のアミノ酸をAla、Arg、Asn、Asp、Gln、Glu、Gly、His、Lys、Met、Phe、Pro、Ser、ThrまたはTrpのいずれか、
235位のアミノ酸をAla、Asn、Asp、Gln、Glu、Gly、His、Ile、Lys、Met、Pro、Ser、Thr、ValまたはArgのいずれか、
236位のアミノ酸をArg、Asn、Gln、His、Leu、Lys、Met、Phe、ProまたはTyrのいずれか、
237位のアミノ酸をAla、Asn、Asp、Gln、Glu、His、Ile、Leu、Lys、Met、Pro、Ser、Thr、Val、TyrまたはArgのいずれか、
238位のアミノ酸をAla、Asn、Gln、Glu、Gly、His、Ile、Lys、Thr、TrpまたはArgのいずれか、
239位のアミノ酸をGln、His、Lys、Phe、Pro、Trp、TyrまたはArgのいずれか、
265位のアミノ酸をAla、Arg、Asn、Gln、Gly、His、Ile、Leu、Lys、Met、Phe、Ser、Thr、Trp、TyrまたはValのいずれか、
266位のアミノ酸をAla、Arg、Asn、Asp、Gln、Glu、Gly、His、Lys、Phe、Pro、Ser、Thr、TrpまたはTyrのいずれか、
267位のアミノ酸をArg、His、Lys、Phe、Pro、TrpまたはTyrのいずれか、
269位のアミノ酸をAla、Arg、Asn、Gln、Gly、His、Ile、Leu、Lys、Met、Phe、Pro、Ser、Thr、Trp、TyrまたはValのいずれか、
270位のアミノ酸をAla、Arg、Asn、Gln、Gly、His、Ile、Leu、Lys、Met、Phe、Pro、Ser、Thr、Trp、TyrまたはValのいずれか、
271位のアミノ酸をArg、His、Phe、Ser、Thr、TrpまたはTyrのいずれか、
295位のアミノ酸をArg、Asn、Asp、Gly、His、Phe、Ser、TrpまたはTyrのいずれか、
296位のアミノ酸をArg、Gly、LysまたはProのいずれか、
297位のアミノ酸をAla、
298位のアミノ酸をArg、Gly、Lys、Pro、TrpまたはTyrのいずれか、
300位のアミノ酸をArg、LysまたはProのいずれか、
324位のアミノ酸をLysまたはProのいずれか、
325位のアミノ酸をAla、Arg、Gly、His、Ile、Lys、Phe、Pro、Thr、TrpTyr、もしくはValのいずれか、
327位のアミノ酸をArg、Gln、His、Ile、Leu、Lys、Met、Phe、Pro、Ser、Thr、Trp、TyrまたはValのいずれか、
328位のアミノ酸をArg、Asn、Gly、His、LysまたはProのいずれか、
329位のアミノ酸をAsn、Asp、Gln、Glu、Gly、His、Ile、Leu、Lys、Met、Phe、Ser、Thr、Trp、Tyr、ValまたはArgのいずれか、
330位のアミノ酸をProまたはSerのいずれか、
331位のアミノ酸をArg、GlyまたはLysのいずれか、もしくは
332位のアミノ酸をArg、LysまたはProのいずれか、
のいずれか一つ以上に改変されているFc領域が好適に挙げられる。
本発明は、低分子化合物の存在下における抗原に対する結合活性が、当該化合物の非存在下における抗原に対する結合活性よりも高い抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の非存在下における抗原結合ドメインの抗原結合活性を得る工程、
(b) 低分子化合物の存在下における抗原結合ドメインの抗原結合活性を得る工程、
(c) 低分子化合物の非存在下における抗原結合活性が、当該化合物の存在下における抗原結合活性より低い抗原結合ドメインを選択する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(e) (d)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の低濃度存在下における抗原結合ドメインの抗原結合活性を得る工程、
(b) 低分子化合物の高濃度存在下における抗原結合ドメインの抗原結合活性を得る工程、
(c) 低分子化合物の低濃度存在下における抗原結合活性が、当該化合物の高濃度存在下における抗原結合活性より低い抗原結合ドメインを選択する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(e) (d)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の存在下における抗原結合ドメインもしくはそれらのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメインを当該化合物の非存在下に置く工程、
(c) 前記工程(b)で解離した抗原結合ドメインを単離する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(e) (d)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の高濃度存在下における抗原結合ドメインもしくはそれらのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメインを当該化合物の低濃度存在下に置く工程、
(c) 前記工程(b)で解離した抗原結合ドメインを単離する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(e) (d)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の非存在下で抗原結合ドメインのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメインを選択する工程、
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメインを当該化合物の存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の低濃度存在下で抗原結合ドメインのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメインを選択する工程、
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメインを当該化合物の高濃度存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 抗原を固定したカラムに低分子化合物の存在下で抗原結合ドメインのライブラリを接触させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合した抗原結合ドメインを当該化合物の非存在下でカラムから溶出する工程、
(c) 前記工程(b)で溶出された抗原結合ドメインを単離する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(e) (d)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 抗原を固定したカラムに低分子化合物の高濃度存在下で抗原結合ドメインのライブラリを接触させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合した抗原結合ドメインを当該化合物の低濃度存在下でカラムから溶出する工程、
(c) 前記工程(b)で溶出された抗原結合ドメインを単離する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(e) (d)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 抗原を固定したカラムに低分子化合物の非存在下で抗原結合ドメインのライブラリを通過させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合せずに溶出した抗原結合ドメインを回収する工程、
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメインを当該化合物の存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 抗原を固定したカラムに低分子化合物の低濃度存在下で抗原結合ドメインのライブラリを通過させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合せずに溶出した抗原結合ドメインを回収する工程、
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメインを当該化合物の高濃度存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の存在下で抗原結合ドメインのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメインを取得する工程、
(c) 前記工程(b)で取得した抗原結合ドメインを化合物の非存在下に置く工程、
(d) 前記工程(c)で抗原結合活性が、前記工程(b)で選択した基準より弱い抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の高濃度存在下で抗原結合ドメインのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメインを取得する工程、
(c) 前記工程(b)で取得した抗原結合ドメインを化合物の低濃度存在下に置く工程、
(d) 前記工程(c)で抗原結合活性が、前記工程(b)で選択した基準より弱い抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合ドメインを回収する工程、
を含む抗原結合ドメインの製造方法を提供する。
本発明は、低分子化合物の存在下における抗原に対する結合活性が、当該化合物の非存在下における抗原に対する結合活性よりも高い抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の非存在下における抗原結合ドメインの抗原結合活性を得る工程、
(b) 低分子化合物の存在下における抗原結合ドメインの抗原結合活性を得る工程、
(c) 低分子化合物の非存在下における抗原結合活性が、当該化合物の存在下における抗原結合活性より低い抗原結合ドメインを選択する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(e) (d)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の低濃度存在下における抗原結合ドメインの抗原結合活性を得る工程、
(b) 低分子化合物の高濃度存在下における抗原結合ドメインの抗原結合活性を得る工程、
(c) 低分子化合物の低濃度存在下における抗原結合活性が、当該化合物の高濃度存在下における抗原結合活性より低い抗原結合ドメインを選択する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(e) (d)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の存在下における抗原結合ドメインもしくはそれらのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメインを当該化合物の非存在下に置く工程、
(c) 前記工程(b)で解離した抗原結合ドメインを単離する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(e) (d)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の高濃度存在下における抗原結合ドメインもしくはそれらのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメインを当該化合物の低濃度存在下に置く工程、
(c) 前記工程(b)で解離した抗原結合ドメインを単離する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(e) (d)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の非存在下で抗原結合ドメインのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメインを選択する工程、
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメインを当該化合物の存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(f) (e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(g) (f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の低濃度存在下で抗原結合ドメインのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメインを選択する工程、
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメインを当該化合物の高濃度存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(f) (e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(g) (f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 抗原を固定したカラムに低分子化合物の存在下で抗原結合ドメインのライブラリを接触させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合した抗原結合ドメインを当該化合物の非存在下でカラムから溶出する工程、
(c) 前記工程(b)で溶出された抗原結合ドメインを単離する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(e) (d)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 抗原を固定したカラムに低分子化合物の高濃度存在下で抗原結合ドメインのライブラリを接触させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合した抗原結合ドメインを当該化合物の低濃度存在下でカラムから溶出する工程、
(c) 前記工程(b)で溶出された抗原結合ドメインを単離する工程、
(d) (c)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(e) (d)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(f) (e)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 抗原を固定したカラムに低分子化合物の非存在下で抗原結合ドメインのライブラリを通過させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合せずに溶出した抗原結合ドメインを回収する工程、
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメインを当該化合物の存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(f) (e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(g) (f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 抗原を固定したカラムに低分子化合物の低濃度存在下で抗原結合ドメインのライブラリを通過させる工程、
(b) 前記工程(a)でカラムに結合せずに溶出した抗原結合ドメインを回収する工程、
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメインを当該化合物の高濃度存在下で抗原に結合させる工程、
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(f) (e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(g) (f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の存在下で抗原結合ドメインのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメインを取得する工程、
(c) 前記工程(b)で取得した抗原結合ドメインを化合物の非存在下に置く工程、
(d) 前記工程(c)で抗原結合活性が、前記工程(b)で選択した基準より弱い抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(f) (e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(g) (f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の高濃度存在下で抗原結合ドメインのライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合した抗原結合ドメインを取得する工程、
(c) 前記工程(b)で取得した抗原結合ドメインを化合物の低濃度存在下に置く工程、
(d) 前記工程(c)で抗原結合活性が、前記工程(b)で選択した基準より弱い抗原結合ドメインを単離する工程、
(e) (d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程、
(f) (e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程、および
(g) (f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
(a) 低分子化合物の非存在下で本発明のライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメインを選択する工程;
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメインを低分子化合物の存在下で抗原に接触させる工程;
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを選択する工程;
(e) 前記工程(d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程;
(f) 前記工程(e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程;および
(g) 前記工程(f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
さらに、上記態様にくわえて、以下の(a)〜(b)の工程:
(a) 本発明のライブラリを低分子化合物に接触させる工程;および
(b) 前記工程(a)で回収された抗原結合ドメインを選択する工程;
をさらに含む、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法も提供される。
(a) 本発明のライブラリを低分子化合物の存在下で抗原に接触させる工程;
(b) 前記工程(a)より低濃度の低分子化合物で抗原結合ドメインを解離させ回収する工程
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程;、
(d) 前記工程(c)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程;および
(e) 前記工程(d)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法を提供する。
さらに、上記態様にくわえて、以下の(a)〜(b)の工程:
(a) 本発明のライブラリを低分子化合物に接触させる工程;および
(b) 前記工程(a)で回収された抗原結合ドメインを選択する工程;
をさらに含む、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法も提供される。
本発明によって、副作用を回避しつつ薬効を発揮するために、正常組織や血液中において全身的に作用せず、病変部位である癌や炎症部位において作用する抗原結合分子を含む医薬組成物が提供される。本発明の医薬組成物に含まれる抗原結合分子は、標的組織において特異的に存在もしくは産生される標的組織特異的化合物および/または該組織に集積等する非天然化合物の濃度に応じて標的抗原への結合が制御されることから、例えば、該抗原結合分子が、癌組織や炎症組織における抗原を標的とする場合、癌組織における癌細胞・免疫細胞・ストローマ細胞等に発現する抗原、癌組織に分泌されている抗原、あるいは、炎症性組織における免疫細胞等に発現する抗原、炎症性組織に分泌されている抗原に結合し、正常組織に発現している抗原に結合することが出来ないため、正常組織に対する細胞傷害作用や中和作用等による副作用を回避しつつ、癌に対する強力な細胞傷害作用や増殖抑制作用、免疫亢進作用等、あるいは、炎症性組織における炎症性細胞に対する免疫抑制効果等を発揮する。例えば、癌組織特異的化合物に依存的にT細胞に発現するCD3に結合する抗原結合ドメインと、癌細胞に発現するEGFRに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗原結合分子または二重パラトピックな抗原結合分子は、正常組織に発現するEGFRに結合せず、癌細胞に発現しているEGFRに結合するため、副作用を回避しつつ強力な抗腫瘍効果を発揮する。すなわち、癌細胞近傍にいるT細胞に発現しているCD3には癌組織特異的化合物に依存的に結合するが、癌細胞近傍以外にいるT細胞に発現しているCD3に結合しないため、癌細胞近傍にいるT細胞を活性化し副作用を回避しつつ強力な抗腫瘍効果を発揮する。
(1−1)標的組織特異的化合物存在下で抗原への結合能が変化するスイッチ抗体のコンセプト
副作用を回避しつつ薬効を発揮するために、正常組織や血液中において全身的に作用せず、病変部位である癌や炎症部位において作用するような創薬技術が求められている。投与された後に癌細胞に発現している抗原に結合し、正常組織に発現している抗原に結合することが出来ない抗体分子は、正常組織に対する細胞傷害作用による副作用を回避しつつ、癌に対する強力な細胞傷害作用を発揮することが可能である。例えば、前記EGFR-BiTE(非特許文献9)が改変された抗原結合分子であって、正常組織に発現するEGFRには結合せず、癌細胞に発現しているEGFRに結合することができる分子は、副作用を回避しつつ強力な抗腫瘍効果を発揮することが可能である。また、BiTEはCD3を介してT細胞をリクルートし活性化することによって抗腫瘍効果を発揮する(非特許文献8)ため、EGFR-BiTEに対して、癌細胞近傍にいるT細胞に発現しているCD3には結合するが、癌細胞近傍以外にいるT細胞に発現しているCD3に結合しない性質を付与することができれば、そのような性質を付与された改変EGFR-BiTEは、癌においてT細胞を活性化することが可能であり、副作用を回避しつつ強力な抗腫瘍効果を発揮することが可能となる。
標的組織特異的化合物の存在の有無で可逆的に抗原と結合するスイッチ抗体をより効率良く創製するための方法として、ライブラリ技術を利用した方法がある。標的組織特異的化合物との結合を維持している抗体を鋳型に、化合物との結合に関与しない可変領域をライブラリ化することで、通常の抗体ライブラリよりも、高頻度で化合物と結合可能な抗体が出現するため、所望の性質を有する抗原結合分子が効率よく取得できると考えられる。そこでまずライブラリの鋳型配列となる抗体を取得するため、癌細胞で高濃度に存在することが知られているアデノシンもしくはATPに対する結合抗体の取得が試みられた。
(2−1)アデノシン結合ライブラリ作製のための免疫原のデザイン
ウサギに免疫する免疫原として、図3に示した2'-Adenosine-PEG-Tetanus toxin p30 helper peptide(2'-Adenosine-PEG-peptide)、および、図4に示した5'-Adenosine-PEG- Tetanus toxin p30 helper peptide(5'-Adenosine-PEG-peptide)が用いられた。Tetanus toxin p30 helper peptideはFNNFTVSFWLRVPKVSASHLE(配列番号:4)のアミノ酸配列からなり、ヘルパーT細胞上に発現するT細胞受容体のエピトープとして同定されたペプチドである(Eur. J. Immunol. (1989) 19, 2237-2242)。抗体産生を活性化することが知られており(J. Immunol. (1992) 149, 717-721)、アデノシンと連結させることでアジュバンドとして作用し、アデノシンに対する抗体産生を亢進させることが期待される。産生される抗体のエピトープがアデノシンとともにTetanus toxin p30 helper peptideを含みにくいよう、アデノシンとTetanus toxin p30 helper peptideの連結にはPEGを介するようデザインされた。アデノシンはATPの代謝物であるが、ATPのリン酸基はアデノシンの5'位水酸基に付加されていることから、アデノシンの5'位水酸基をエピトープとしない抗体はアデノシンに加えATPにも結合する可能性が考えられる。つまり、5'-Adenosine-PEG- Tetanus toxin p30 helper peptideを免疫原として用いることでアデノシンとATPの両方に結合できる抗体が得られやすくなり、2'-Adenosine-PEG-Tetanus toxin p30 helper peptideを免疫原として用いることでアデノシンに結合しATPには結合しない抗体が得られやすくなると想定されることから、アデノシンの2'位または5'位に連結するTetanus toxin p30 helper peptide を含む二種類の免疫原が(2−2)に記載のように作製された。
2'-Adenosine-PEG-peptide(adenosine 2'-PEG-peptide conjugateまたは2'-(PEG-peptide)adenosine)および2'-Adenosine-PEG-biotin(adenosine 2'-PEG-biotin conjugateまたは2'-(PEG- biotin)adenosine)は以下のように合成された。なお、合成された2'-Adenosine-PEG-peptideまたは2'-Adenosine-PEG-biotinは以下の条件で分析または分取された。
LCMS(ESI) m/z =1185(M+3H)3+
保持時間:1.24分(分析条件SQDAA05)
LCMS(ESI) m/z = 340 (M+H)+
保持時間:0.27分(分析条件SQDFA05)
LCMS(ESI)m/z = 568 (M+H)+
保持時間:1.10分(分析条件SQDFA05)
LCMS(ESI)m/z = 552(M-H)-
保持時間:0.97分(分析条件SQDFA05)
LCMS(ESI)m/z = 1063(M+H)+
保持時間:0.98分(分析条件SQDFA05)
LCMS(ESI)m/z = 949(M+H)+
保持時間:0.67分(分析条件SQDFA05)
LCMS(ESI)m/z = 1037 (M+H)+
保持時間:0.70分(分析条件SQDFA05)
LCMS(ESI)m/z = 1525(M+3H)3+、1144(M+4H)4+
保持時間:1.13分(分析条件SQDAA50)
LCMS(ESI)m/z = 1444(M+3H)3+、1083(M+4H)4+
保持時間:1.02分(分析条件SQDAA50)
LCMS(ESI)m/z = 1090(M+3H)3+、818(M+4H)4+
保持時間:0.52分(分析条件SQDAA50)
LCMS(ESI)m/z = 923(M+H)+
保持時間:0.50分(分析条件SQDFA05)
LCMS(ESI)m/z = 1149(M+H)+
保持時間:1.04分(分析条件SQDFA05)
LCMS(ESI)m/z = 1035(M+H)+
保持時間:0.71分(分析条件SQDAA05)
ウサギが通常の方法によって2'-Adenosine-PEG-peptideおよび/または5'-Adenosine-PEG-peptideで免疫された。autoMACS Pro Separator とFACSAria(BD)を用いたAdenosine-PEG-biotin結合性とウサギIgGの発現を指標に免疫されたウサギの血液から採取された細胞懸濁液から、Adenosine結合活性を有する細胞の候補が選抜された。次に、選抜された細胞の培養上清中に分泌された抗体がスクリーニングされた。スクリーニングとしてAdenosine-PEG-biotinに対する結合活性を有するか否かがELISA法によって評価された。また、AdenosineをAdenosine-PEG-biotin と一緒に1000倍以上加えるとAdenosine-PEG-biotinに対する結合が抑制されるかどうかもELISA法で評価された。Adenosine-PEG-biotinに対する結合活性を有し、Adenosine-PEG-biotinと一緒にAdenosineを加えた場合にAdenosine-PEG-biotinに対する結合が抑制されることを指標にして選抜された細胞からPCR法を用いてH鎖可変領域およびL鎖可変領域が取得された。取得された可変領域を、ヒトIgG1重鎖定常領域、およびヒト軽鎖定常領域と組み合わせて発現させた。
(3−1)ウサギB細胞クローニングから得られたクローンの2'-Adenosine-PEG-Biotinに対する結合活性の評価
ウサギB細胞クローニング法によって得られたクローンのアデノシンに対する結合活性がSPR法を用いて評価された。Biacore 4000(GE Healthcare)を用いて、上記クローンと2'-Adenosine-PEG-Biotinとの抗原抗体反応が速度論的に解析された。アミンカップリング法で適切な量のprotein A/G(Invitrogen)が固定化されたSensor chip CM5(GE Healthcare)に目的の抗体をキャプチャーさせた。次に、アナライトとして100 nmol/Lの2'-Adenosine-PEG-Biotinを60秒間相互作用させた後、アナライトの解離が60秒間追跡して測定された。ランニングバッファーにはHBS-P+(GE Healthcare)が用いられた。測定は全て25 ℃で実施され、アナライトの希釈にはランニングバッファーが使用された。
2'-Adenosine-PEG-Biotinに対する結合が認められたクローンのアデノシンまたはATPに対する結合がSPR法および競合ELISA法により評価された。
Biacore T200(GE Healthcare)を用いて、B cell cloning法によって得られた抗体SMB0002のアデノシンとの抗原抗体反応の相互作用が解析された。Sensor chip CM5(GE Healthcare)上にアミンカップリング法で適切な量固定化されたprotein A(Invitrogen)に、目的の抗体をキャプチャーさせ、抗原であるアデノシンを相互作用させた。ランニングバッファーには50 mmol/L TrisHCl、150 mmol/L NaCl、0.02% (w/v) Tween20、pH7.6が用いられた。測定は全て25 ℃で実施され、抗原の希釈にはランニングバッファーが使用された。
Biacore T200(GE Healthcare)を用いてATPとの抗原抗体反応の相互作用が解析された。Sensor chip CM5(GE Healthcare)上にアミンカップリング法で適切な量固定化されたprotein A/G(Invitrogen)に、目的の抗体をキャプチャーさせ、抗原であるATPを相互作用させた。ランニングバッファーには10 mmol/L ACES、150 mmol/L NaCl、0.05% (w/v) Tween20、pH7.4が用いられた。測定は全て25 ℃で実施され、抗原の希釈にはランニングバッファーが使用された。
2'-Adenosine-PEG-Biotinに対する結合が認められた抗体を1μg/mLになるようにPBSで希釈して384 wellのMAXISorp(Nunc)の各ウェルに加え、室温で1時間以上放置しプレートに結合させた。プレートの各ウェル中のPBSで希釈した抗体が除かれた後、1% BSAを含む TBSが加えられた当該プレートは1時間以上放置された。その後、1% BSAを含む TBS pH7.4 を除き、PBSで希釈した50nMの2'-Adenosine-PEG-Biotin、PBSで希釈した50 nMの2'-Adenosine-PEG-Biotinと500μMのAdenosineの混合物、PBSで希釈した50 nMの2'-Adenosine-PEG-Biotinと500μMのATPの混合物、またはPBSのみのいずれかが加えられた当該プレートが室温で1時間放置された。その後、当該プレートの各ウェルが0.05% Tween-20を含むPBS 80μLで3回洗浄された。その後、PBSで20000倍に希釈されたStreptavidine-HRP(Thermo fisher scientific)が各ウェルに加えられたプレートは、室温で1時間以上放置された。0.05% Tween-20を含むPBS 80μLで3回洗浄された当該プレートの各ウェルに、発色基質(ABTS peroxidase substrate)が加えられた。1時間当該プレートがインキュベートされた後に、各ウェル中の溶液の発色がMolecular Device社製SpectraMaxにて405nmの吸光度が測定された。
AdenosineとATPの両方に対して結合が認められたクローンSMB0002のアミノ酸配列は表3に示すとおりであった。
癌組織および炎症性組織においては、アデノシン及びATPの濃度が高いことが知られている。後述する参考実施例2において構築した、ATPに結合する抗体を鋳型としたラショナルデザインライブラリより、ATP存在下でのみ抗原に結合能を示す抗体が多数取得されたことより、同様にアデノシンやAMP、ADP、ATPに結合能を示す抗体を鋳型としたライブラリを構築することによって、アデノシンやAMP、ADP、ATP存在下でのみ抗原に結合能を示す抗体が取得可能となると考えられた。
後述する参考実施例1で示された方法で、発現および精製されたSMB0002のAMPへの結合が実施例3−2で示されたBiacoreを用いた測定方法と同様の方法で測定された。SMB0002をAMP 500、250(Duplicate)、125、62.5、31.25、15.625、7.8125 μMの濃度で結合を評価した時に観察されたセンサーグラムを図10Aに示した。図10Aに示すように、SMB0002のAMPに対する結合が認められた。SMB0002のAMPに対するKDは5.9 × 10-5 (mol/L)であった。
また、ADPへの結合が実施例3−2で示されたBiacoreを用いた測定方法と同様の方法で、NaCl濃度のみ600mMに変えて測定された。SMB0002に対してADP 2000、1000(Duplicate)、500、250、250、125、62.5、31.3 μMの濃度で結合を評価した時に観察されたセンサーグラムを図10Bに示した。図10Bに示すように、SMB0002のADPに対する結合が認められた。SMB0002のADPに対するKDは2.4 × 10-4 (mol/L)であった。
実施例3において免疫されたウサギより取得されたアデノシン結合抗体SMB0002とアデノシンの複合体の立体構造がX線結晶構造解析により解明された。
結晶化用SMB0002全長抗体の調製及び精製は当業者公知の方法により行われた。
得られたSMB0002全長抗体を分子量分画サイズ10000MWCOの限外ろ過膜により濃縮後、4mM L-Cystein、5mM EDTA、25mM MES pH 6.5にて1.5mg/mlに希釈したサンプルを調製、これに、全長抗体に対し質量比で百分の1量のPapain(Roche Applied Science)を加え、35℃に2時間静置した。その後、プロテアーゼインヒビターカクテルミニ, EDTAフリー(Roche Applied Science)1錠を溶かした20mlの25mM 酢酸ナトリウム 緩衝液 pH5.0を加えることで反応を停止した。次にこのサンプルを25mM 酢酸ナトリウム 緩衝液 pH5.0で平衡化した1mlサイズの陽イオン交換カラムHiTrap SP HP(GE Healthcare)の下流に1mlサイズのProteinA担体カラムHiTrap MabSelect Sure(GE Healthcare)をタンデムにつないだカラムに添加し、同緩衝液中NaCl濃度を直線的に上げて溶出をおこなうことでSMB0002抗体のFabフラグメントの精製画分を得た。次に、得られた精製画分を5000MWCOの限外ろ過膜 により濃縮、これを25mM HEPES緩衝液pH 7.0、100mM NaClで平衡化したゲルろ過カラムSuperdex 200 16/60 prep grade(GE Healthcare)に添加、同緩衝液によりカラムから溶出し、結晶化用SMB0002のFabフラグメントを得た。なお、すべてのカラム操作は低温下にて実施した。
上記の方法で精製した結晶化用SMB0002_Fabサンプルを5000MWCOの限外ろ過膜 によりA280=22.3まで濃縮した。その後Adenosineを終濃度0.9mMになるように添加し、シッティングドロップ蒸気拡散法により結晶化をおこなった。結晶化にはHydra II Plus One (MATRIX)を用い、20% PEG3350, 0.2M Ammonium citrate dibasicのリザーバー溶液に対し、リザーバー溶液:結晶化サンプル=0.2μl:0.2μlで混合して結晶化ドロップを作成、20℃に静置したところ、板状の結晶を得ることに成功した。
得られたSMB0002 Fabフラグメントとアデノシン複合体の単結晶一つを0.2M ammonium citrate dibasic,0.025M HEPES pH7,25% PEG3350,0.1M NaCl,1mM Adenosine,16% Glycerolの溶液に浸した後、微小なナイロンループ付きのピンで溶液ごとすくいとり、液体窒素中で凍結させ、高エネルギー加速器研究機構の放射光施設フォトンファクトリーのBL-17AにてX線回折データの測定をおこなった。なお、測定中は常に-178℃の窒素気流中に置くことで凍結状態を維持し、ビームライン備え付けのCCDディテクタQuantum 315r (ADSC)により、結晶を0.6°ずつ回転させながらトータル300枚のX線回折画像を収集した。得られた回折画像からの格子定数の決定、回折斑点の指数付け、ならびに回折データの処理には、プログラムXia2(J. Appl. Cryst. (2010) 43, 186-190)、XDS Package(Acta Cryst. (2010) D66, 125-132)およびScala(Acta Cryst. (2006) D62, 72-82)を用い、最終的に分解能1.76Åまでの回折強度データを得ることに成功した。本結晶は、空間群P1に属し、格子定数a=49.960Å、b=105.730Å、c=106.166Å、α=62.58°、β=77.29°、γ=77.49°であった。
SMB0002 Fabフラグメントとアデノシン複合体結晶の構造決定のため、プログラムPhaser(J. Appl. Cryst. (2007) 40, 658-674)を用いて分子置換法を実施した。得られた結晶格子の大きさとSMB0002 Fabフラグメントの分子量から非対称単位中の複合体の数は4個と予想された。Discovery Studio3.5(Accelrys)を用いて、当該抗体のホモロジーモデルを作成し、このモデルを可変領域と定常領域部分に分け、それぞれの構造座標を探索用モデルとして用いて、当該結晶の格子内での向きと位置を回転関数および並進関数から決定した。さらに得られた初期構造モデルに対し、可変領域と定常領域部分を独立に動かす剛体精密化をおこなったところ、25-3.0Åの回折強度データに対する結晶学的信頼度因子R値は46.36%、Free R値は46.10%となった。さらにプログラムREFMAC5(Acta Cryst. (2011) D67, 355-367)を用いた構造精密化と、実験的に決定された構造因子Foとモデルから計算された構造因子Fcならびにモデルから計算された位相をもとに算出された2Fo-Fc、Fo-Fcを係数とする電子密度マップをみながらの当該構造モデルの修正をプログラムCoot(Acta Cryst. (2010) D66, 486-501)を用いて実施、これらの作業を繰り返すことで構造モデルの精密化をおこなった。最終的には、分解能25-1.76Åの168160個の回折強度データを用いて、14681個の非水素原子を含む構造モデルの結晶学的信頼度因子R値は19.82%、Free R値は23.15%となった。
最終的に、SMB0002_Fabフラグメントとアデノシンの複合体の結晶構造は、分解能1.76Åで決定された。本結晶の非対称単位中には、4つのSMB0002_Fabフラグメントが存在し、そのすべてにアデノシンが結合、その結合様式はいずれもほぼ同一であった。本結晶構造より、アデノシンは、当該抗体のFabフラグメントのH鎖とL鎖の間に形成されるポケットに、アデニン環がポケット奥に向かう形で結合することがわかった。
図11Aに示すように、アデノシンのアデニン環部分は、当該抗体のH鎖A33、I50、W58、Y100 、L鎖Y95c、N96の各側鎖ならびに、H鎖G99、T100aの各主鎖により認識される。特にL鎖N96側鎖はアデノシン1位のNならびに6位のNH2と2本の水素結合を形成、さらに、H鎖T100a主鎖のカルボニル酸素ならびにアミドNH基と、アデニン環の6位のNH2ならびに7位のNとの間に、それぞれ水素結合が形成されることで、強固に認識されることがわかった。さらに、アデニン環は、当該抗体のH鎖A33、I50、W58、Y100及びL鎖Y95cの各側鎖によりとり囲まれ、これら残基とファンデルワールス相互作用やCH-π相互作用を形成している。H鎖G99、T100aは、いずれも主鎖部分でアデニン環と相互作用を形成しているが、G99はラマチャンドランプロット上でGlyに特有のφ-Ψ角を有することから、アデノシンと結合する際のH鎖CDR3のループ構造の維持に重要と考えられる。また、T100a側鎖もH鎖CDR3の他の残基と相互作用を形成することで、アデノシンと結合する際のH鎖CDR3ループの構造の維持に重要な役割を果たしていると考えられる。図11Bに示すように、アデノシンのリボース部分はH鎖S56、W58、 L鎖Y95cの各側鎖ならびに、T57の主鎖、H鎖G52により認識されている。これらの残基との相互作用は主にファンデルワールス相互作用によるものであるが、H鎖S56は側鎖とリボースの3'位OHの間には弱いながらも水素結合の形成が見られる。H鎖G52は、そのCα原子も含めて、リボース部分と複数のファンデルワールス相互作用を形成しており、アデノシンの認識に重要な役割を果たしていると考えられる。一方で、H鎖T57は、主鎖のみでリボース部分と相互作用し、側鎖は結合には直接関与していない。
以上の結果から、当該抗体によるアデノシンの認識様式が明らかになるとともに、アデノシンとの結合に大きく関与する抗体可変領域のアミノ酸残基が同定された。アデノシンとの結合に大きく関与しているアミノ酸残基として、H鎖:A33、 I50、 G52、 S56、 T57、 W58、 G99、 Y100、 T100a(Kabatナンバリング)、L鎖:Y95c、 N96(Kabatナンバリング)が挙げられる。またAMPの5'位リン酸基の近傍に位置する可能性のある残基として、H鎖CDR2のD54、S55、S56、T57、W58ならびに、L鎖CDR3のG95a、W95b、Y95cが予測され、これら残基への改変はAMPとの結合増強につながる可能性がある。
さらに、ADP、ATPに対しても結晶構造をもとに同様の考察を行うことにより、ADP、ATPへの結合を増強できる改変も予測できる。
SMB0002はウサギ由来の抗体であるため、ヒト抗体ライブラリを作成するにあたり、配列のヒト化が当業者公知の方法で実施された(欧州特許公開EP239400、国際公開WO1996/002576、WO1993/012227、WO1992/003918、WO1994/002602、WO1994/025585、WO1996/034096、WO1996/033735、WO1992/001047、WO1992/020791、WO1993/006213、WO1993/011236、WO1993/019172、WO1995/001438、WO1995/015388、Cancer Res., (1993) 53, 851-856、BBRC., (2013)436(3):543-50等)。
ヒト化SMB0002(重鎖可変領域配列:配列番号:85、軽鎖可変領域配列:配列番号:86は、参考実施例1−1で示された方法で発現および精製された。ヒト化SMB0002とアデノシンおよびAMPとの結合がBiacore T200(GE Healthcare)を用いた方法で測定され、解析された。Sensor chip CM5(GE Healthcare)上にアミンカップリング法で適切な量固定化されたprotein A(Invitrogen)に、目的の抗体がキャプチャーされ、抗原であるアデノシンあるいはAMP、ADP、ATPとの相互作用が観察された。ランニングバッファーにはアデノシンあるいはAMP の場合には50 mM TrisHCl、150 mM NaCl、0.02% (w/v) Tween20、pH7.6が、ADPあるいはATPの場合には50 mM TrisHCl、150 mM NaCl、0.02% (w/v) Tween20、2 mM MgCl2、pH7.6が用いられた。測定は全て25 ℃で実施され、抗原の希釈にはランニングバッファーが使用された。
実施例(4−2)においてアデノシン結合抗体SMB0002とアデノシンの複合体の結晶構造が解析された。結晶構造解析の結果から、当該抗体が認識するアデノシン(およびAMP)の認識様式、および、アデノシン(およびAMP)への結合に大きく関与していないと想定される抗体可変領域のアミノ酸残基が推定された。アデノシン認識部位近傍に存在する残基が各アミノ酸に置換された改変体を網羅的に評価することで、ライブラリ化可能部位およびライブラリ化可能アミノ酸の判定が可能になると考えられた。つまり、アデノシンあるいはAMP、ADP、ATPに対する結合に大きく関与していない部位、あるいは、結合に関与していてもアデノシンあるいはAMP、ADP、ATPに対する結合を大幅には低下させない(結合をゼロにしない)天然配列以外のアミノ酸が存在する部位およびアミノ酸を判定することで、ライブラリ化可能部位およびライブラリ化可能アミノ酸の判定が可能になると考えられた。実施例(4−3)で作製されたヒト化SMB0002に対して、これらの残基に改変を導入した改変体が複数作製された。
ライブラリの設計にあたり、実施例4−4で得られた情報をもとに、以下の条件のうち少なくとも一つを満たす部位がライブラリ化可能部位として選定された。
条件1)アデノシンあるいはAMP、ADP、ATPに対する結合に大きく関与していない部位、あるいは、結合に関与していてもアデノシンあるいはAMP、ADP、ATPに対する結合を大幅には低下させない(結合をゼロにしない)天然配列以外のアミノ酸が存在する部位、
条件2)抗体のレパートリーとしてある程度アミノ酸出現頻度の多様性のある部位、
条件3)Canonical structureの形成に重要でない部位。
実施例4で網羅的改変によりライブラリ化部位の設計を行い、アデノシンやAMP、ADP、ATPに結合能を示す抗体を鋳型としたライブラリを構築する方法を記載した。ライブラリ作製方法として異なるアプローチ法としてスイッチとなる分子に対するパンニングを利用した方法も有用である。
実施例4−2においてアデノシン結合抗体SMB0002とアデノシンの複合体の結晶構造が解析された。結晶構造解析の結果から、当該抗体が認識するアデノシン(およびAMP)の認識様式、および、アデノシン(およびAMP)への結合に大きく関与していないと想定される抗体可変領域のアミノ酸残基が推定された。
条件1)アデノシンあるいはAMP、ADP、ATPに対する結合に大きく関与していない部位、あるいは、結合に関与していてもアデノシンあるいはAMP、ADP、ATPに対する結合を大幅には低下させない(結合をゼロにしない)天然配列以外のアミノ酸が存在する部位、
条件2)抗体のレパートリーとしてある程度アミノ酸出現頻度の多様性のある部位、
条件3)Canonical structureの形成に重要でない部位。
(6−1)ビーズパンニングによるナイーブヒト抗体ライブラリからの低分子存在下においてhIL-6Rに結合する抗体の取得
後述の参考実施例1で構築されたナイーブヒト抗体ファージディスプレイライブラリから、低分子存在下でヒトIL-6レセプター(hIL-6R)に対する結合活性を示す抗体がスクリーニングされた。すなわち、ビーズにキャプチャーされたhIL-6Rに対して低分子存在下で結合活性を示す抗体を提示しているファージが集められた。低分子非存在の条件でビーズから溶出されたファージ溶出液からファージが回収された。本取得方法では、抗原としてビオチン標識されたhIL-6Rが用いられた。
(6−1)で得られた大腸菌のシングルコロニーから、常法(Methods Mol. Biol. (2002) 178, 133-145)に倣い、ファージ含有培養上清が回収された。参考実施例(1−3)に記載された方法で精製された精製ファージが以下の手順でELISAに供された。StreptaWell 96マイクロタイタープレート(Roche)がビオチン標識hIL-6Rを含む100μLのTBSにて一晩コートされた。当該プレートの各ウェルをTBSTにて洗浄することによってプレートへ結合していないビオチン標識hIL-6Rが除かれた後、当該ウェルが250μLの2%スキムミルク-TBSにて1時間以上ブロッキングされた。2%スキムミルク-TBSを除き、その後、各ウェルに調製された精製ファージが加えられた当該プレートを室温で1時間静置することによって、ファージを提示する抗体を各ウェルに存在するビオチン標識hIL-6RにSC非存在/存在下において結合させた。TBSTもしくはSC/TBSTにて洗浄された各ウェルに、TBSもしくはSC/TBSによって希釈されたHRP結合抗M13抗体(Amersham Pharmacia Biotech)が添加されたプレートを1時間インキュベートさせた。TBSTもしくはSC/TBSTにて洗浄後、TMB single溶液(ZYMED)が添加された各ウェル中の溶液の発色反応が硫酸の添加により停止された後、450 nmの吸光度によって当該発色が測定された。
(6−2)で記載されたファージELISAで示された、SC存在下でビオチン標識hIL-6Rに対する結合活性を有すると判断されたクローン6RNMSC1-2_F02および6RNMSC1-3_G02から特異的なプライマー(配列番号:78及び80)を用いて増幅された遺伝子の塩基配列が解析された(6RNMSC1-2_F02:重鎖の配列は配列番号:32および軽鎖の配列は配列番号:33、6RNMSC1-3_G02:重鎖の配列は配列番号:34および軽鎖の配列は配列番号:35で表される)。6RNMSC1-2_F02、6RNMSC1-3_G02および陰性対照である抗ヒトグリピカン3抗体GC413(重鎖は配列番号:36、軽鎖は配列番号:37)の可変領域をコードする遺伝子はヒトIgG1/Kappaの動物発現用プラスミドへ挿入された。発現した抗体は後述の参考実施例1に記載の方法で精製された。
取得された6RNMSC1-2_F02および6RNMSC1-3_G02とGC413の3種類の抗体が表12に示す9条件下でELISAに供された。また表13に示すBufferにて各低分子が表12に示される濃度で適宜調製された。抗原としてビオチン標識されたhIL-6Rが用いられた。
(7−1)ELISAによるキヌレニン以外のアミノ酸およびアミノ酸代謝物存在下におけるhIL-6Rに対する結合活性の評価
実施例6で取得された低分子存在下でhIL-6Rに結合する抗体6RNMSC1-2_F02はキヌレニン存在下でhIL-6Rに結合する抗体である。一連のトリプトファン代謝物等のアミノ酸代謝物が、本発明で使用される癌組織特異的化合物、とくに癌細胞特異的代謝産物の非限定な一態様として好適か否か検証された。
Biacore T200 (GE Healthcare) を用いて、6RNMSC1-2_F02とヒトIL-6レセプター(hIL-6R)との抗原抗体反応の相互作用が解析された。アミンカップリング法でprotein A(Invitrogen)が適当量固定化されたSensor chip CM5(GE Healthcare)に目的の抗体をキャプチャーさせ、抗原であるhIL-6Rを相互作用させた。ランニングバッファーには20 mmol/L ACES、150 mmol/L NaCl、0.05% (w/v) Tween20、pH7.4が用いられた。抗原であるhIL-6Rとの相互作用は25 ℃で測定され、hIL-6Rの希釈にはランニングバッファー、ランニングバッファーに100 μmol/L キヌレニンを加えたバッファー、また比較対照のためにランニングバッファーに10 mmol/L ATPを加えたバッファーが使用された。
Biacore T200(GE Healthcare)を用いて、キヌレニン存在下でhIL-6Rに対して結合した6RNMSC1-2_F02が、キヌレニン存在下でキヌレニン濃度依存的に解離するかが評価された。ランニングバッファーとして20 mmol/L ACES、150 mmol/L NaCl、0.05% (w/v) Tween20、pH7.4および20 mmol/L ACES、150 mmol/L NaCl、0.05% (w/v) Tween20、pH7.4、100 μmol/L キヌレニンが用いられ、25 ℃で測定された。アミンカップリングによりhIL-6Rが固定化されたセンサーチップCM5に100 μmol/Lのキヌレニンを含む20 mmol/L ACES、150 mmol/L NaCl、0.05% (w/v) Tween20、pH7.4で希釈された5μg/mLの6RNMSC1-2_F02をアナライトとして180 秒間相互作用させた後、各ランニングバッファー条件下におけるhIL-6Rの解離の様子が観察された。各ランニングバッファー条件下での解離の程度を比較するために、100μmol/L キヌレニン存在下でのhIL-6Rに対する6RNMSC1-2_F02の結合量を100として標準化(normalize)された値が比較された。この標準化された後の6RNMSC1-2_F02とhIL-6Rとの相互作用の様子を示したセンサーグラムを図20に示した。図20の結果から、6RNMSC1-2_F02はキヌレニン存在下でhIL-6Rと結合した後、キヌレニンが存在しなくなると、hIL-6Rを速やかに解離する性質を有することが明らかとなった。すなわち、抗体のhIL-6Rに対する結合に及ぼすキヌレニンによる制御は可逆的であることが確認された。
次に、Biacore T200(GE Healthcare)を用いて、6RNMSC1-2_F02とhIL-6Rとの抗原抗体反応におけるキヌレニン濃度の影響が評価された。ランニングバッファーとして20 mmol/L ACES、150 mmol/L NaCl、0.05% (w/v) Tween20、pH7.4が用いられ、6RNMSC1-2_F02とヒトIL-6Rとの抗原抗体反応が25 ℃で測定された。センサーチップCM5上にアミンカップリングによりhIL-6Rを固定化し、種々の濃度に調製されたキヌレニンを含む20 mmol/L ACES、150 mmol/L NaCl、0.05% (w/v) Tween20、pH7.4で希釈された1μg/mLの6RNMSC1-2_F02 をアナライトとして180 秒間相互作用させ、その結合量の変化が観察された。その結果を図21に示した。この結果から、スイッチとなるキヌレニン濃度が高いほど、6RNMSC1-2_F02はhIL-6Rに対してより多く結合することが明らかとなった。
Biacore T200(GE Healthcare)を用いて、ライブラリから取得されたキヌレニン依存性抗体6RNMSC1-2_F02とキヌレニンおよびその誘導体との結合が評価された。誘導体として以下の7分子が評価された。キヌレニンの異性体D-キヌレニン、誘導体である3−ヒドロキシ-DL-キヌレニン、4-(4-METHYLPHENYL)-4-OXOBUTYRIC ACID、RO0447436-000-001、RO0635389-000-001、RO0438566-001-001、RO0635390-000-001である。それぞれの化合物の化学構造は以下に示す。
Octet(PRIMETECH)を用いて、ライブラリから取得されたキヌレニンスイッチ抗体6RNMSC1-2_F02とhIL-6Rとの抗原抗体反応における各種低分子の影響が評価された。低分子としてキヌレニンおよび誘導体で、実施例(7−5)に示された全8分子が評価された。測定バッファーとして、TBS、pH7.4が用いられ、30 ℃で測定された。ストレプトアビジンセンサーチップ上に、ビオチン化hIL-6Rを固定化し、抗体を相互作用させ、その結合量の変化が観察された。抗体の希釈は、測定バッファー及び測定バッファーに各低分子のいずれかがそれぞれ添加されたバッファーが使用され、各低分子の終濃度が100uM、抗体の終濃度が10μg/mLになるように調製された。
実施例7−3においては、内因性の分子をスイッチとして用いていることが示されたが、本実施例により、人工的な分子(非天然分子)をスイッチとして用いることが可能であることも示された。すなわち、外から経口あるいは静脈内投与等によって投与される人工的な分子(非天然分子)が癌特異的な代謝酵素によって産生する非天然の代謝産物をスイッチとして用いた抗体も作製可能であることが示された。
癌組織においては、キヌレニンの濃度が高いことが知られている。参考実施例2において構築した、ATPに結合する抗体を鋳型としたラショナルデザインライブラリより、ATP存在下でのみ抗原に結合能を示す抗体が多数取得されたことより、同様にキヌレニンに結合能を示す抗体を鋳型としたライブラリを構築することによって、キヌレニン存在下でのみ抗原に結合能を示す抗体が取得可能となると考えられた。
実施例7においてライブラリより取得されたキヌレニンをスイッチとするhIL-6R結合抗体6RNMSC1-2_F02とキヌレニンの複合体の立体構造がX線結晶構造解析により解明された。
結晶化用6RNMSC1-2_F02全長抗体の調製及び精製は当業者公知の方法により行われた。
得られた6RNMSC1-2_F02抗体を分子量分画サイズ10000MWCOの限外ろ過膜 により濃縮後、100mM Tris緩衝液 pH 8.0にて2mg/mlに希釈したサンプルを調製、これに、全長抗体に対し質量比で四百分の1量のEndoproteinase Lys-C Sequencing Grade(Roche Applied Science)を加え、35℃に45分間静置した。その後、プロテアーゼインヒビターカクテルミニ, EDTAフリー(Roche Applied Science)1錠を溶かした20mlの25mM 酢酸ナトリウム 緩衝液 pH5.0を加えることで反応を停止した。次にこのサンプルを25mM 酢酸ナトリウム 緩衝液 pH5.0で平衡化した1mlサイズの陽イオン交換カラムHiTrap SP HP(GE Healthcare)の下流に1mlサイズのProteinA担体カラムHiTrap MabSelect Sure(GE Healthcare)をタンデムにつないだカラムに添加し、同緩衝液中NaCl濃度を直線的に上げて溶出を行うことで6RNMSC1-2_F02抗体のFabフラグメントの精製画分を得た。これを25mM HEPES緩衝液pH 7.5、100mM NaClで平衡化したゲルろ過カラムSuperdex 200 16/60 prep grade(GE Healthcare)に添加、同緩衝液によりカラムから溶出し、結晶化用6RNMSC1-2_F02のFabフラグメントを得た。なお、すべてのカラム操作は低温下にて実施した。
上記の方法で精製した結晶化用6RNMSC1-2_F02のFabフラグメントのサンプルを5000MWCOの限外ろ過膜 により、A280=24.1まで濃縮した。その後、100% DMSOに溶かした50mM キヌレニンを終濃度2 mMになるように添加し、シッティングドロップ蒸気拡散法により結晶化をおこなった。結晶化にはHydra II Plus One (MATRIX)を用い、0.2 M Lithium sulfate monohydrate、30.0 %w/v PEG 3350、0.1 M Tris pH 8.5のリザーバー溶液に対し、リザーバー溶液:結晶化サンプル=0.2μl:0.2μlで混合して結晶化ドロップを作成、20℃に静置したところ、細い柱状の結晶を得ることに成功した。さらに得られた結晶の1つを0.18M Lithium sulfate monohydrate、27.3% PEG3350、0.09M HEPES pH7.5、18.2% Ethylene Glycol、4.5mM キヌレニン、9% DMSOの溶液に室温で30分間浸し、6RNMSC1-2_F02 Fabフラグメントとキヌレニン複合体の結晶を得た。
上記の方法で得られた6RNMSC1-2_F02 Fabフラグメントとキヌレニン複合体の結晶の単結晶一つを微小なナイロンループ付きのピンで溶液ごとすくいとり、液体窒素中で凍結させ、高エネルギー加速器研究機構の放射光施設フォトンファクトリーのBL-5AにてX線回折データの測定をおこなった。なお、測定中は常に-178℃の窒素気流中に置くことで凍結状態を維持し、ビームライン備え付けのCCDディテクタQuantum 315r (ADSC)により、結晶を0.5°ずつ回転させながらトータル360枚のX線回折画像を収集した。得られた回折画像からの格子定数の決定、回折斑点の指数付け、ならびに回折データの処理には、プログラムXia2(J. Appl. Cryst. (2010) 43, 186-190)、XDS Package(Acta Cryst. (2010) D66, 125-132)およびScala(Acta Cryst. (2006) D62, 72-82)を用い、最終的に分解能2.33Åまでの回折強度データを得ることに成功した。本結晶は、空間群P1に属し、格子定数a=55.830Å、b=56.040Å、c=80.340Å、α=87.81°、β=82.88°、γ=65.54°であった。
6RNMSC1-2_F02 Fabフラグメントとキヌレニン複合体の構造決定のため、プログラムPhaser(J. Appl. Cryst. (2007) 40, 658-674)を用いて分子置換法を実施した。得られた結晶格子の大きさと6RNMSC1-2_F02 Fabフラグメントの分子量から非対称単位中の複合体の数は2個と予想された。Discovery Studio3.5(Accelrys)を用いて、当該抗体のホモロジーモデルを作成し、このFabのモデルを可変領域と定常領域部分に分け、それぞれの構造座標を探索用モデルとして用いて、当該結晶の格子内での向きと位置を回転関数および並進関数から決定した。さらに得られた初期構造モデルに対し、可変領域と定常領域を独立に動かす剛体精密化をおこなったところ、25-3.0Åの回折強度データに対する結晶学的信頼度因子R値は40.57%、Free R値は38.91%となった。さらにプログラムREFMAC5(Acta Cryst. (2011) D67, 355-367)を用いた構造精密化と、実験的に決定された構造因子Foとモデルから計算された構造因子Fcならびにモデルから計算された位相をもとに算出された2Fo-Fc、Fo-Fcを係数とする電子密度マップをみながらの当該構造モデルの修正をプログラムCoot(Acta Cryst. (2010) D66, 486-501)を用いて実施、これらの作業を繰り返すことで構造モデルの精密化をおこなった。最終的には、分解能25-2.33Åの34135個の回折強度データを用いて、7019個の非水素原子を含む構造モデルの結晶学的信頼度因子R値は20.4%、Free R値は26.56%となった。
最終的に、実施例7においてライブラリより取得されたキヌレニンをスイッチとするhIL-6R結合抗体6RNMSC1-2-F02の Fabフラグメントとキヌレニンの複合体の結晶構造は分解能2.33Åで決定された。
本結晶の非対称単位中には、当該抗体のFab フラグメントが2分子存在しており、その一方にのみ、キヌレニンの結合が認められた。キヌレニンは、主に当該抗体のH鎖CDR3により認識されるが、その際、通常の抗原との結合に使われる部分から少しずれた位置で当該抗体と結合することがわかった。
図30に示すようにキヌレニン分子は、当該抗体のH鎖P97、R100c、D101、L鎖H49、F55の各側鎖ならびに、H鎖R94、D95、R100c、G100d、A100eの各主鎖により認識されている。また、キヌレニンのアミノ酸骨格中のアミノ基は中性では正電荷をもち、H鎖D95、R94、A100eの各主鎖のカルボニル酸素ならびにD101側鎖のカルボキシ基との間に、複数の水素結合ならびに静電相互作用が認められる。さらに、負電荷をもつキヌレニンのカルボキシ基はH鎖G100d、R100cの各主鎖のアミドNH基と複数の水素結合を形成している。これらの強固な水素結合並びに、静電相互作用のネットワークは、当該抗体によるキヌレニンの認識に重要な役割を果たしていると考えられる。さらにH鎖R100cの側鎖は、キヌレニンのベンゼン環部分とカチオン-π相互作用を形成、加えてキヌレニンのベンゼン環部分は、L鎖H49やF55ならびに、H鎖D101によりとり囲まれており、これら残基とファンデルワールス相互作用を形成することで、キヌレニンとの結合認識に寄与している。また、L鎖H49の側鎖は、キヌレニンの芳香環上のNH2基との間に弱いながらも水素結合が形成していることが確認された。
以上の結果から、当該抗体によるキヌレニンの認識様式が明らかになるとともに、キヌレニンとの結合に大きく関与する抗体可変領域のアミノ酸残基が同定された。キヌレニンとの結合にその側鎖が大きく関与しているアミノ酸残基として、H鎖: P97、 R100c、 D101(Kabatナンバリング)、L鎖:H49、 F55(Kabatナンバリング)が挙げられる。また、主鎖部分でキヌレニンとの結合に大きく関与する残基としてH鎖R94、D95、R100c、G100d、A100eが挙げられる。さらに、P97やP100b、 G100dといった残基は、その構造的な特徴からH鎖CDR3の構造をキヌレニンとの結合に必要なコンフォメーションに維持することで間接的にキヌレニンとの結合に大きく寄与している可能性が考えられる。
(8−2−1)6RNMSC1-2_F02の重鎖改変体におけるキヌレニンに対する結合能評価
上述のように、結晶構造解析より、キヌレニンとの結合に重要な働きをしている可能性がある残基として重鎖のP97、P100b、 R100c、 G100d、 D101等が見出された。そこで、これらのうちいくつかの残基について実際に改変体を作成し、キヌレニンとの結合能を評価した。作製した改変体は以下の通りである。P97A、 P97G、 P100bG、 R100cA、 G100dA、 G100dV、 D101A(表15)。
(8−2−2)6RNMSC1-2_F02のH49Y改変体における、キヌレニンに対する結合能評価
配列解析の結果から、6RNMSC1-2_F02のVHフレームワークはVH1-69生殖細胞系列由来であると推察された。また、6RNMSC1-2_F02のVLフレームワークはVκ2-28生殖細胞系列由来であると推察された。そこで、抗体の安定性の向上を目的として、6RNMSC1-2_F02のフレームワーク配列を生殖細胞系フレームワーク配列に戻すためにVH_Met108Leu, VL_Thr07Ser、VL_Ser11Leu、VL_Leu15Pro、VL_Gln17Glu、VL_Leu36Tyr、VL_Gln37Leu、VL_Arg39Lys、VL_Pro43Ser、VL_Arg45Gln、VL_His49Tyr、VL_Ala67Ser、VL_Asn70Asp(数字はKabatナンバリングを表す)の改変が6RNMSC1-2_F02のフレームワーク配列に導入され、F02h011/F02l003(重鎖可変領域配列:配列番号:95、軽鎖可変領域配列:配列番号:96)と命名された。参考実施例1−1で示された方法で発現および精製されたF02h011/F02l003のTmがDSCによって測定された。DSCによる測定は当業者公知の方法で実施された。これらの改変が加えられた6RNMSC1-2_F02の改変体のTmは82.9℃から85.2℃と向上し、その構造の安定化が認められた。また、F02h011/F02l003とキヌレニンの結合が、実施例(7−5)で示されたBiacoreを用いた方法のうち、抗原希釈液およびブランクであるランニングバッファーの添加時間が30秒間に変更された条件で測定され、キヌレニンへの結合を維持していることが確認された。キヌレニン結合のカイネティクスパラメーターは、ka=3664 (1/s), kd=0.40 (1/s), KD=0.11 (mmol/L) と決定され、評価結果を示すセンサーグラムは図32に示された。抗体ライブラリとして安定性が高いフレームワークを用いることも好ましい場合があることから、F02h011/F02l003が、後述の実施例(8−2−3)および実施例(9−2)のフレームワーク配列として用いられた。フレームワーク配列は表16に示した。
実施例(8−1)、(8−2−1)の結果から、6RNMSC1-2_F02のキヌレニンへの結合に関与していると推察される残基が予測された。さらに、これらの残基に加え、改変によりキヌレニンへの結合増強を見込める可能性のある残基の探索を行った。
実施例(8−1)において6RNMSC1-2_F02とキヌレニンの複合体の結晶構造が解析された。結晶構造解析の結果から、当該抗体が認識するキヌレニンの認識様式、およびキヌレニンへの結合に大きく関与していないと想定される抗体可変領域のアミノ酸残基が同定された。以下に示す残基が各アミノ酸に置換された改変体を網羅的に評価することで、ライブラリ化可能部位およびライブラリ化可能アミノ酸の判定が可能になると考えられた。つまり、キヌレニンに対する結合に大きく関与していない部位、あるいは、結合に関与していてもキヌレニンに対する結合を大幅には低下させない(結合をゼロにしない)天然配列以外のアミノ酸が存在する部位およびアミノ酸を判定することで、ライブラリ化可能部位およびライブラリ化可能アミノ酸の判定が可能になると考えられた。実施例(8−2−4)で作製されたキヌレニンに対する結合を増強する改変が加えられたF02h011/F02l098に対して、これらの残基に改変を導入した改変体が複数作製された。
ライブラリの設計にあたり、実施例(8−2−4)、(8−3)および後述する実施例(9−2)で得られた情報をもとに、以下の条件のうち少なくとも一つを満たす部位がライブラリ化可能部位として選定された。
条件1)キヌレニンに対する結合に大きく関与していない部位、あるいは、結合に関与していてもキヌレニンに対する結合を大幅に低下させない天然配列以外のアミノ酸が存在する部位、
条件2)抗体のレパートリーとしてある程度アミノ酸出現頻度の多様性のある部位、
条件3)Canonical structureの形成に重要でない部位。
実施例8で網羅的改変によりライブラリ化部位の設計を行い、キヌレニンに結合能を示す抗体を鋳型としたライブラリを構築する方法を記載した。ライブラリ作製方法として異なるアプローチ法としてスイッチとなる分子に対するパンニングを利用した方法も有用である。
実施例(8−1)において6RNMSC1-2_F02とキヌレニンの複合体の結晶構造が解析された。結晶構造解析の結果から、当該抗体が認識するキヌレニンの認識様式、およびキヌレニンへの結合に大きく関与していないと想定される抗体可変領域のアミノ酸残基が同定された。
実施例(8−2−2)で作製されたF02h011/F02l003(重鎖可変領域配列:配列番号:95軽鎖可変領域配列:配列番号:96)に対して、結晶構造解析結果をもとに選抜された各部位をAlaもしくはValに置換した改変体の評価を行うことで、ライブラリ化可能部位の選定が可能になると考えられた。
まず、重鎖において、F02h011/F02l003の重鎖配列に含まれる部位のうち、結晶構造解析結果をもとに選抜された各部位に関して、AlaもしくはValに置換した各改変体が作製された。改変された部位(表中、「Kabat」と記載されるKabatナンバリングで表される部位)ならびに当該部位における改変前のアミノ酸(表中、「天然配列」と記載されるアミノ酸)および改変後のアミノ酸(表中「改変アミノ酸」と記載されるアミノ酸)は表25に示した。
条件1)キヌレニンに対する結合に大きく関与していない部位、あるいは、結合に関与していてもキヌレニンに対する結合を大幅には低下させない(結合をゼロにしない)天然配列以外のアミノ酸が存在する部位、
条件2)抗体のレパートリーとしてある程度アミノ酸出現頻度の多様性のある部位、
条件3)Canonical structureの形成に重要でない部位。
次に、軽鎖においてF02h011/F02l003の軽鎖配列に含まれる部位のうち、結晶構造解析結果をもとに選抜された各部位に関して、AlaもしくはValに置換した各改変体が作製された。改変された部位(表中、「Kabat」と記載されるKabatナンバリングで表される部位)ならびに当該部位における改変前のアミノ酸(表中、「天然配列」と記載されるアミノ酸)および改変後のアミノ酸(表中「改変アミノ酸」と記載されるアミノ酸)は表28に示した。
条件1)キヌレニンに対する結合に大きく関与していない部位、あるいは、結合に関与していてもキヌレニンに対する結合を大幅には低下させない(結合をゼロにしない)天然配列以外のアミノ酸が存在する部位、
条件2)抗体のレパートリーとしてある程度アミノ酸出現頻度の多様性のある部位、
条件3)Canonical structureの形成に重要でない部位。
実施例(7−6)で示されたように、6RNMSC1-2_F02においては、キヌレニンの誘導体でもスイッチとして機能する。これら誘導体はいずれもキヌレニンの3位4位5位のいずれかが置換された構造であること、また6RNMSC1-2_F02とキヌレニンの複合体の結晶構造解析結果から、キヌレニンの3位4位もしくは5位へのビオチンの導入は6RNMSC1-2_F02と抗原であるhIL-6Rの結合を邪魔しないと予測されるため、3位4位5位のいずれかから適切なリンカー(PEGリンカーなど)を結合し、その末端にビオチンを付加することが望ましい。
以下に記載される方法により、ビオチン化キヌレニン化合物028及び029を調製することができる。なお、ビオチン化キヌレニン化合物および合成中間体は以下の条件で分析された。
LCMSの分析条件は、下記のとおりである。
LCMS(ESI) m/z = 342、344 (M-Bu+H)+
保持時間:0.97分(分析条件H)
LCMS(ESI) m/z = 569(M+Na)+
保持時間:1.93分(分析条件A)
LCMS(ESI) m/z = 565(M+Na)+
保持時間:1.78分(分析条件A)
LCMS(ESI) m/z = 613 (M+Na)+
保持時間:1.95分(分析条件B)
LCMS(ESI) m/z = 579(M+Na)+
保持時間:2.68分(分析条件B)
LCMS(ESI) m/z = 1001(M+H)+
保持時間:1.40分(分析条件C)
LCMS(ESI) m/z = 745(M+H)+
保持時間:2.14分(分析条件D)
LCMS(ESI) m/z = 749(M+H)+
保持時間:1.20分(分析条件B)
LCMS(ESI) m/z = 569(M+Na)+
保持時間:1.78分(分析条件A)
LCMS(ESI) m/z = 567(M+H)+
保持時間:1.90分(分析条件E)
LCMS(ESI) m/z = 613(M+Na)+
保持時間:1.33分(分析条件E)
LCMS(ESI) m/z = 579(M+Na)+
保持時間:1.28分(分析条件E)
LCMS(ESI) m/z = 1001(M+H)+
保持時間:1.13分(分析条件F)
LCMS(ESI) m/z = 749(M+H)+
保持時間:0.70分(分析条件G)
実施例(9−2−1)および(9−2−2)で設計、構築された重鎖、軽鎖可変領域それぞれのファージディスプレイライブラリから、キヌレニンに特異的に結合する抗体集団を取得するために、実施例(9−3)で合成されたビオチン化キヌレニンに対するパンニングが実施された。このために、まず抗体ファージディスプレイライブラリをビオチン化キヌレニン非存在下で磁気ビーズと接触させ、ビオチン化キヌレニン非存在下でも磁気ビーズに対して結合活性を有する抗体を提示しているファージが除去された。それに続き、ビオチン化キヌレニンの存在する条件下で同様にパンニングを行うことによって、ビオチン化キヌレニンに対して特異的な結合活性を有する抗体のスクリーニングが実施された。
実施例(9−4−1)で得られた大腸菌のシングルコロニーから、常法(Methods Mol. Biol. (2002) 178, 133-145)に倣い、ファージ含有培養上清が回収された。ヘルパーファージとしてハイパーファージを用いることで、抗体多価提示ファージが回収され、ELISAに供された。StreptaWell 96マイクロタイタープレート(Roche)が3種類のビオチン化キヌレニン(化合物028、029および036を等量ずつ混合)を含む80 μLのTBSにて1時間以上コートされた。当該プレートの各ウェルをTBSTにて洗浄することによってStreptAvidinに結合していないビオチン化キヌレニンが除かれた後、当該ウェルが250 μLの2%スキムミルク-TBSにて1時間以上ブロッキングされた。2%スキムミルク-TBSを除き、その後、各ウェルに調製された精製ファージが加えられた当該プレートを室温で1時間静置することによって、ファージを提示する抗体を各ウェルに存在するビオチン化キヌレニンに結合させた。TBSTにて洗浄された各ウェルに、TBSによって希釈されたHRP結合抗M13抗体(Amersham Pharmacia Biotech)が添加されたプレートを1時間インキュベートさせた。TBSTにて洗浄後、TMB single溶液(ZYMED)が添加された各ウェル中の溶液の発色反応が硫酸の添加により停止された後、450 nmの吸光度によって当該発色が測定された。その結果、ビオチン化キヌレニンに対して結合する抗体が複数確認された。ファージELISAの結果を表32に示した。
実施例(9−4−2)で示されるファージELISAの結果、キヌレニンに対して特異的な結合活性があると判断されたクローンから、特異的なプライマー(配列番号:79及び80)を用いて増幅された遺伝子の塩基配列が解析された。解析の結果、キヌレニンに対して結合活性を有すると判断されたクローンの配列はそれぞれ独立であった。
重鎖、軽鎖可変領域ファージディスプレイライブラリそれぞれから取得された抗原(キヌレニン)に対する結合ファージは、キヌレニンへの結合能を有する集団であるため、その両者の組み合わせにより作製されるFab提示ファージライブラリにはスイッチとなるキヌレニン結合を維持しているクローンが多数含まれることが予想され、より効率良くキヌレニンスイッチ抗体を取得できるライブラリが作製できると考えられた。
実施例(9−5)で構築されたライブラリはキヌレニンに対するパンニングを経て作製されているため、そのライブラリ中にはキヌレニンに対する結合能を有するクローンが多く含まれていることが予想された。構築したライブラリから得られたファージクローンのビオチン化キヌレニンに対する結合評価が、ファージELISAによって実施された。
ATP、アデノシンに対して結合する抗体ATNLSA1-4_D12より構築されたライブラリから取得された、ATPまたはアデノシン存在下においてヒトIL-6レセプター(hIL-6R)に対して結合能を示す抗体(後述の参考実施例3)について、非生体由来低分子存在下でのヒトIL-6レセプターに対する結合能について評価を行った。
後述の参考実施例3で取得された、ATPもしくはアデノシン存在下でビオチン標識hIL-6Rに対する結合活性を有すると判断されたクローン6RAD2C1-4_001、6RAD2C1-4_005、6RAD2C1-4_011、6RAD2C1-4_026、6RAD2C1-4_030、6RAD2C1-4_042、6RAD2C1-4_076、6RDL3C1-4_085、6RDL3C5-4_011の重鎖および軽鎖の可変領域配列は、重鎖抗体定常領域(配列番号:46)もしくは軽鎖Lambda定常領域配列(配列番号:100)を有するヒトIgG1/Lambdaの動物発現用プラスミドへそれぞれ挿入された。以下の方法を用いて抗体が発現された。FreeStyle 293 Expression Medium培地(Invitrogen)に1.33 x 106細胞/mLの細胞密度で懸濁されて、6well plateの各ウェルへ3 mLずつ播種されたヒト胎児腎細胞由来FreeStyle 293-F株(Invitrogen)に対して、調製されたプラスミドがリポフェクション法により導入された。CO2インキュベーター(37℃、8%CO2, 90 rpm)で4日間培養された培養上清から、rProtein A SepharoseTM Fast Flow(Amersham Biosciences)を用いて当業者公知の方法で抗体が精製された。分光光度計を用いて、精製された抗体溶液の280 nmでの吸光度が測定された。得られた測定値からPACE法により算出された吸光係数を用いて精製された抗体の濃度が算出された(Protein Science (1995) 4, 2411-2423)。
Biacore T200(GE Healthcare)を用いて、ライブラリから取得されたATP/アデノシン依存性抗体9クローン(6RAD2C1-4_001、6RAD2C1-4_005、6RAD2C1-4_011、6RAD2C1-4_026、6RAD2C1-4_030、6RAD2C1-4_042、6RAD2C1-4_076、6RDL3C1-4_085、6RDL3C5-4_011)とhIL-6Rとの抗原抗体反応における各種低分子の影響が評価された。ランニングバッファーとして、20 mmol/L ACES、150 mmol/L NaCl、0.05% (w/v) Tween20、pH7.4が用いられ、25 ℃で測定された。センサーチップCM5上にアミンカップリングによりhIL-6Rを固定化し、抗体 をアナライトとして120 秒間相互作用させ、その結合量の変化が観察された。抗体の希釈は、ランニングバッファー及びランニングバッファーにATP、ADP、AMP、cAMP、またはアデノシン(ADO)のいずれかがそれぞれ添加されたバッファーが使用され、各低分子の終濃度が1 mM、抗体の終濃度が1 μMになるように調製された。また、1 mM ATP条件下では、数段階の抗体の濃度系列を測定し、抗体濃度に対する平衡値のプロットから、各クローンのhIL-6Rに対する解離定数KD(mol/L)が算出された。パラメーターの算出には Biacore T200 Evaluation Software(GE Healthcare)が用いられた。1 mM ATP存在下での各クローンの解離定数KDを表34に示した。
Octet(PRIMETECH)を用いて、ライブラリから取得されたATP/アデノシン依存性抗体9クローン(6RAD2C1-4_001、6RAD2C1-4_005、6RAD2C1-4_011、6RAD2C1-4_026、6RAD2C1-4_030、6RAD2C1-4_042、6RAD2C1-4_076、6RDL3C1-4_085、6RDL3C5-4_011)とhIL-6Rとの抗原抗体反応における各種低分子の影響が評価された。測定バッファーとして、TBS、pH7.4が用いられ、30 ℃で測定された。ストレプトアビジンセンサーチップ上に、ビオチン化hIL-6Rを固定化し、抗体を相互作用させ、その結合量の変化が観察された。抗体の希釈は、測定バッファー及び測定バッファーにATP、ADP、AMP、cAMP、ADOもしくはATP-gamma-Sのいずれかがそれぞれ添加されたバッファーが使用され、各低分子の終濃度が1 mM、抗体の終濃度が10μg/mLになるように調製された。
(11−1)抗体ライブラリからのキヌレニン存在下でヒトIL-6レセプターに結合活性を示し、キヌレニン非存在下において結合を示さない抗体の取得
実施例9で構築された、キヌレニンに対するパンニングを利用したキヌレニンスイッチ抗体取得用ファージディスプレイライブラリ(キヌレニンライブラリVer.Aと呼称する)から、キヌレニン存在下でヒトIL-6レセプター(hIL-6R)に対する結合活性を示す抗体がスクリーニングされた。すなわち、ビーズにキャプチャーされたhIL-6Rに対してキヌレニン存在下で結合活性を示し、キヌレニン非存在下の条件ではビーズから溶出されるような抗体を提示しているファージが回収された。本取得方法では、抗原としてビオチン標識されたhIL-6Rが用いられた。
実施例9で構築されたキヌレニンライブラリVer.Aから、抗原に対してキヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性を示す抗体のスクリーニングが行われた。スクリーニングのために、まず抗体ファージディスプレイライブラリを、キヌレニン非存在下でビオチン標識抗原−ストレプトアビジンと接触させ、キヌレニン非存在下でも抗原に対して結合活性を有する抗体を提示しているファージが除去された。それに続き、キヌレニンの存在する条件下で同様にパンニングを行うことによって、キヌレニンが存在する条件下でのみ抗原に対して結合活性を有する抗体のスクリーニングが実施された。
実施例9で構築されたキヌレニンライブラリVer.Aから、抗原に対してキヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性を示す抗体のスクリーニングが行われた。スクリーニングのために、まずビオチン化キヌレニン(化合物028、029および036)に対してパンニングを行い、キヌレニンに対して結合活性を有する抗体を提示しているファージが回収された。それに続き、キヌレニン存在下でビオチン標識抗原に対するパンニングを行うことによって、キヌレニンが存在する条件下で抗原に対して結合活性を有する抗体のスクリーニングが実施された。
(11−1)、(11−2)、(11−3)で得られた大腸菌のシングルコロニーから、常法(Methods Mol. Biol. (2002) 178, 133-145)に倣い、ファージの培養が行われた。ヘルパーファージとしてハイパーファージを用いることで、抗体多価提示ファージ含有培養上清が回収された。NucleoFast96 (MACHERY-NAGEL)を用いて、回収されたファージ培養上清が限外濾過された。培養上清各200 μLがNucleoFast96の各ウェルにアプライされ、6,000 g、 45分間遠心分離を行いフロースルーが除去された。H2O 200 μLを加え、6,000 g、30分間遠心分離による洗浄が行われた。その後、TBS 200 μLを加え、室温で5分間静置した後、上清に含まれるファージ液が回収された。
実施例(11−4)で示されるファージELISAの結果、キヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性があると判断されたクローンから特異的なプライマー(配列番号:79及び80)を用いて増幅された遺伝子の塩基配列が解析された。解析の結果、実施例(11−1)、(11−2)および(11−3)のすべての条件から、キヌレニン存在下でビオチン標識hIL-6Rに対する結合活性を有すると判断されたクローンが複数取得された。取得されたクローンのうち、選抜された6クローンについて、以下の表37に取得されたパンニング条件(表中、由来と表記)およびアミノ酸配列を示した。
実施例(11−5)に記載された6クローンの重鎖および軽鎖の可変領域配列は、重鎖抗体定常領域(配列番号:113)もしくは軽鎖kappa定常領域配列(配列番号:47)を有する動物発現用プラスミドへとそれぞれ挿入された。後述の参考実施例1に記載の方法で抗体の発現および精製が実施された。
選抜された6種類の抗体と6RNMSC1-2_F02抗体が表38示した条件でELISAに供された。
(12−1)抗体ライブラリからのキヌレニン存在下でhIgA-Fcに結合活性を示し、キヌレニン非存在下において結合を示さない抗体の取得
実施例9で構築されたキヌレニンライブラリVer.Aから、キヌレニン存在下でヒトIgA-Fc(hIgA-Fc)に対する結合活性を示す抗体がスクリーニングされた。すなわち、ビーズにキャプチャーされたhIgA-Fcに対してキヌレニン存在下で結合活性を示し、キヌレニン非存在下の条件ではビーズから溶出されるような抗体を提示しているファージが回収された。本取得方法では、抗原として参考実施例5に記載される方法で調製されたビオチン標識hIgA-Fc(配列番号:146)が用いられた。
実施例9で構築されたキヌレニンライブラリVer.Aから、抗原に対してキヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性を示す抗体のスクリーニングが行われた。スクリーニングのために、まず抗体ファージディスプレイライブラリを、キヌレニン非存在下でビオチン標識抗原−ストレプトアビジンと接触させ、キヌレニン非存在下でも抗原に対して結合活性を有する抗体を提示しているファージが除去された。それに続き、キヌレニンの存在する条件下で同様にパンニングを行うことによって、キヌレニンが存在する条件下でのみ抗原に対して結合活性を有する抗体のスクリーニングが実施された。
実施例9で構築されたキヌレニンライブラリVer.Aから、抗原に対してキヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性を示す抗体のスクリーニングが行われた。スクリーニングのために、まずビオチン化キヌレニン(化合物028、029および036)に対してパンニングを行い、キヌレニンに対して結合活性を有する抗体を提示しているファージが回収された。それに続き、キヌレニン存在下でビオチン標識抗原に対するパンニングを行うことによって、キヌレニンが存在する条件下で抗原に対して結合活性を有する抗体のスクリーニングが実施された。
(12−1)、(12−2)、(12−3)で得られた大腸菌のシングルコロニーから、常法(Methods Mol. Biol. (2002) 178, 133-145)に倣い、ファージの培養が行われた。ヘルパーファージとしてハイパーファージを用いることで、抗体多価提示ファージ含有培養上清が回収された。実施例(11−4)に記載された方法で精製された精製ファージが以下の手順でELISAに供された。StreptaWell 96マイクロタイタープレート(Roche)がビオチン標識hIgA-Fcを含む100 μLのTBSにて1時間以上コートされた。当該プレートの各ウェルをTBSTにて洗浄することによってプレートへ結合していないビオチン標識hIgA-Fcが除かれた後、当該ウェルが250 μLの2%スキムミルク-TBSにて1時間以上ブロッキングされた。2%スキムミルク-TBSを除き、その後、各ウェルに調製された精製ファージが加えられた当該プレートを室温で1時間静置することによって、ファージを提示する抗体を各ウェルに存在するビオチン標識hIgA-Fcにキヌレニン非存在/存在下において結合させた。TBSTもしくはキヌレニン/TBSTにて洗浄された各ウェルに、TBSもしくはキヌレニン/TBSによって希釈されたHRP結合抗M13抗体(Amersham Pharmacia Biotech)が添加されたプレートを1時間インキュベートさせた。TBSTもしくはキヌレニン/TBSTにて洗浄後、TMB single溶液(ZYMED)が添加された各ウェル中の溶液の発色反応が硫酸の添加により停止された後、450 nmの吸光度によって当該発色が測定された。その結果、ヒトIgA-Fcに対して、キヌレニン存在下で結合する抗体が複数確認された。ファージELISAの結果を表39に示した。
実施例(12−4)で示されるファージELISAの結果、キヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性があると判断されたクローンから特異的なプライマー(配列番号:79及び80)を用いて増幅された遺伝子の塩基配列が解析された。解析の結果、実施例(12−1)、(12−2)および(12−3)のすべての条件からキヌレニン存在下でビオチン標識hIgA-Fcに対する結合活性を有すると判断されたクローンが複数取得された。取得されたクローンのうち、選抜された6クローンについて、以下の表40に取得されたパンニング条件(表中、由来と表記)およびアミノ酸配列を示した。
実施例(12−5)に記載された6クローンの重鎖および軽鎖の可変領域配列は、重鎖抗体定常領域(配列番号:113)もしくは軽鎖kappa定常領域配列(配列番号:47)を有する動物発現用プラスミドへとそれぞれ挿入された。後述の参考実施例1に記載の方法で抗体の発現および精製が実施された。
取得された6種類の抗体が表41に示された条件でELISAに供された。
(13−1)抗体ライブラリからのキヌレニン存在下でhIL-6に結合活性を示し、キヌレニン非存在下において結合を示さない抗体の取得
実施例9で構築されたキヌレニンライブラリVer.Aから、キヌレニン存在下でヒトIL-6(hIL-6)に対する結合活性を示す抗体がスクリーニングされた。すなわち、ビーズにキャプチャーされたhIL-6に対してキヌレニン存在下で結合活性を示し、キヌレニン非存在下の条件ではビーズから溶出されるような抗体を提示しているファージが回収された。本取得方法では、抗原としてビオチン標識されたhIL-6が用いられた。
実施例9で構築されたキヌレニンライブラリVer.Aから、抗原に対してキヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性を示す抗体のスクリーニングが行われた。スクリーニングのために、まず抗体ファージディスプレイライブラリを、キヌレニン非存在下でビオチン標識抗原−ストレプトアビジンと接触させ、キヌレニン非存在下でも抗原に対して結合活性を有する抗体を提示しているファージが除去された。それに続き、キヌレニンの存在する条件下で同様にパンニングを行うことによって、キヌレニンが存在する条件下で抗原に対して結合活性を有する抗体のスクリーニングが実施された。
実施例9で構築されたキヌレニンライブラリVer.Aから、抗原に対してキヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性を示す抗体のスクリーニングが行われた。スクリーニングのために、まずビオチン化キヌレニン(化合物028、029および036)に対してパンニングを行い、キヌレニンに対して結合活性を有する抗体を提示しているファージが回収された。それに続き、キヌレニン存在下でビオチン標識抗原に対するパンニングを行うことによって、キヌレニンが存在する条件下で抗原に対して結合活性を有する抗体のスクリーニングが実施された。
(13−1)、(13−2)、(13−3)で得られた大腸菌のシングルコロニーから、常法(Methods Mol. Biol. (2002) 178, 133-145)に倣い、ファージの培養が行われた。ヘルパーファージとしてハイパーファージを用いることで、抗体多価提示ファージ含有培養上清が回収された。参考実施例(11−4)に記載された方法で精製された精製ファージが以下の手順でELISAに供された。384 well Microplates Streptavidin-coated(Greiner Bio-One)がビオチン標識hIL-6を含む10 μLのTBSにて1時間以上コートされた。当該プレートの各ウェルをTBSTにて洗浄することによってプレートへ結合していないビオチン標識hIL-6が除かれた後、当該ウェルが80 μLの2%スキムミルク-TBSにて1時間以上ブロッキングされた。2%スキムミルク-TBSを除き、その後、各ウェルに調製された精製ファージが加えられた当該プレートを室温で1時間静置することによって、ファージを提示する抗体を各ウェルに存在するビオチン標識hIL-6にキヌレニン非存在/存在下において結合させた。TBSTもしくはキヌレニン/TBSTにて洗浄された各ウェルに、TBSもしくはキヌレニン/TBSによって希釈されたHRP結合抗M13抗体(Amersham Pharmacia Biotech)が添加されたプレートを1時間インキュベートさせた。TBSTもしくはキヌレニン/TBSTにて洗浄後、TMB single溶液(ZYMED)が添加された各ウェル中の溶液の発色反応が硫酸の添加により停止された後、450 nmの吸光度によって当該発色が測定された。その結果、hIL-6に対して、キヌレニン存在下で結合する抗体が複数確認された。ファージELISAの結果を表42に示した。
実施例(13−4)で示されるファージELISAの結果、キヌレニンが存在する条件下で抗原に対する結合活性があると判断されたクローンから特異的なプライマー(配列番号:79及び80)を用いて増幅された遺伝子の塩基配列が解析された。解析の結果、実施例(13−1)、(13−2)または(13−3)のすべての条件からキヌレニン存在下でビオチン標識hIL-6に対する結合活性を有すると判断されたクローンが複数取得された。取得されたクローンのうち、選抜された6クローンについて、以下の表43に取得されたパンニング条件(表中、由来と表記)およびアミノ酸配列を示した。
実施例(13−5)に記載された6クローンの重鎖および軽鎖の可変領域配列は、重鎖抗体定常領域(配列番号:113)もしくは軽鎖kappa定常領域配列(配列番号:47)を有する動物発現用プラスミドへとそれぞれ挿入された。後述の参考実施例1に記載の方法で抗体の発現および精製が実施された。
取得された6種類の抗体が表44に示された条件でELISAに供された。
(1−1)ナイーブヒト抗体ファージディスプレイライブラリの作製
ヒトPBMCから作成したポリA RNAや、市販されているヒトポリA RNAなどを鋳型として当業者に公知な方法に従い、互いに異なるヒト抗体配列のFabドメインを提示する複数のファージからなるヒト抗体ファージディスプレイライブラリが構築された。
参考実施例(1−1)で構築されたナイーブヒト抗体ファージディスプレイライブラリから、抗原に対する結合活性を示す抗体のスクリーニングが行われた。すなわち、ビーズにキャプチャーされた抗原に対して結合活性を示す抗体を提示しているファージが集められた。抗原としてATP-PEG-Biotin、2'-Adenosine-PEG-Biotin、および5'-Adenosine-PEG-Biotinが用いられた。ATP-PEG-BiotinはJena Bioscience社、カタログナンバーNU-926-BIOを購入し使用した。2'-Adenosine-PEG-Biotin、および5'-Adenosine-PEG-Biotinは実施例(2−2−11)において構築されたものを使用した。
上述の実施例で示されたPanning法により得られた大腸菌のシングルコロニーから、常法(Method Mol. Biol. (2002) 178, 133-145)に倣い、ファージ含有培養上清が回収された。NucleoFast 96 (MACHERY-NAGEL)を用いて回収された培養上清が限外濾過された。培養上清各100μLがNucleoFast 96の各ウェルにアプライされ、4,500g, 45分間遠心分離を行いフロースルーが除去された。H2O 100μLを加え、再度4,500g, 30分間遠心分離による洗浄が行われた。その後、TBS 100μLを加え、室温で5分間静置した後、上清に含まれるファージ液が回収された。
ファージELISAの結果、5'-Adenosine-PEG-biotinおよびATP-biotinの両者に結合能があると判断されたクローン、ATNLSA1-4_D12(重鎖可変領域配列:配列番号:48、軽鎖配列:配列番号:49)は、5'-Adenosine-PEG-biotin, ATP-PEG-biotinの構造上、ビオチンタグもしくはPEG領域を認識している可能性が残っている。そこで、ビオチンタグやPEG認識抗体ではないことを示すため、ATNLSA1-4_D12および、Negative controlとして用意されたhIL-6R結合クローンPF1(重鎖配列:配列番号:50、軽鎖配列:配列番号:51)を用いてアデノシンもしくはATPで抗原との結合が阻害されるかどうかがファージELISAにて確認された。ATNLSA1-4_D12およびPF1はそれぞれTBSで希釈され、以下の手順でELISAに供された。
ATNLSA1-4_D12の可変領域をコードする遺伝子はヒトIgG1/Lambdaの動物発現用プラスミドへ挿入された。以下の方法を用いて抗体が発現された。FreeStyle 293 Expression Medium培地(Invitrogen)に1.33 x 106細胞/mLの細胞密度で懸濁されて、6well plateの各ウェルへ3 mLずつ播種されたヒト胎児腎細胞由来FreeStyle 293-F株(Invitrogen)に対して、調製されたプラスミドがリポフェクション法により導入された。CO2インキュベーター(37℃、8%CO2, 90 rpm)で4日間培養された培養上清から、rProtein A SepharoseTM Fast Flow(Amersham Biosciences)を用いて当業者公知の方法で抗体が精製された。分光光度計を用いて、精製された抗体溶液の280 nmでの吸光度が測定された。得られた測定値からPACE法により算出された吸光係数を用いて精製された抗体の濃度が算出された(Protein Science (1995) 4, 2411-2423)。
Biacore T200 (GE Healthcare) を用いて、ATPおよびAdenosine結合活性のあるクローンATNLSA1-4_D12の可変領域がIgGの定常領域に連結されたD12の抗原抗体反応の相互作用が解析された。アミンカップリング法で適切な量のprotein A(Life technologies)が固定化されたSensor chip CM5またはCM4(GE Healthcare)に目的の抗体をキャプチャーさせ、抗原であるATP (Wako)、Adenosine (Wako)、ADP (adenosine diphosphate) (Wako) を相互作用させた。ランニングバッファーには50 mM Tris-HCl (Takara, T903), 500 mM NaCl, 0.01% (w/v) Tween20が用いられた。抗原は流速30μL/minで、30秒間相互作用させ、30秒間解離させた。抗原との相互作用は15℃で測定され、抗原の希釈にはランニングバッファーと同じバッファーが使用された。
R = Rmax× conc /(KD + conc)
癌組織および炎症性組織においては、アデノシンのみならずATPの濃度も高いことが知られている。そのため、アデノシンまたはATPのいずれかのみをスイッチとして利用する抗体だけでなく、アデノシンおよびATPの両者(本実施例においてATP/アデノシンと記載される)をスイッチとして利用できる抗体(すなわちアデノシンあるいはATPどちらかが高濃度に存在していれば抗原に結合できる抗体)も有用である。参考実施例1−4に示されたATNLSA1-4_D12はATP/アデノシンに結合する抗体であり、当該抗体は図43に示したようにATP/アデノシンが抗体と標的抗原の間に挟まり、標的抗原と接する抗体可変領域を含むと考えられた。そこで、このように標的抗原と接し得て、ATP/アデノシンへの結合を保持し得る抗体可変領域部分をライブラリ化することで、任意の抗原に対してATP/アデノシンの有無によって任意の抗原に対する結合活性が変化するATP/アデノシンスイッチ抗体を取得できる合成抗体ライブラリが作製できると考えられた。
条件1)ATPに対する結合に大きく関与していない部位、あるいは、結合に関与していてもATPに対する結合を低下させない天然配列以外のアミノ酸が存在する部位、
条件2)ヒト抗体のレパートリーとしてある程度アミノ酸出現頻度の多様性のある部位、
条件3)Canonical structureの形成に重要でない部位。
(3−1)アデノシンおよびATPの混合物を利用したライブラリからの低分子存在下において抗原に結合する抗体の取得
構築されたラショナルデザイン抗体ファージディスプレイライブラリから、アデノシンおよび/またはATP存在条件下で抗原に対する結合活性を示す抗体が取得された。取得のために、アデノシン、およびATP存在下でビーズにキャプチャーされた抗原に対して結合能を示す抗体を提示しているファージが回収され、その後アデノシン、およびATPの非存在条件下でビーズから溶出された溶出液中にファージが回収された。
ラショナルデザイン抗体ファージディスプレイライブラリから、抗原に対してアデノシンおよび/またはATPが存在する条件下で抗原に対する結合活性を示す抗体のスクリーニングが行われた。スクリーニングのために、まず抗体ファージディスプレイライブラリを、アデノシンおよびATP非存在下でビオチン標識抗原−ストレプトアビジンと接触させ、アデノシンおよびATP非存在下でも抗原に対して結合活性を有する抗体を提示しているファージが除去された。それに続き、アデノシンおよびATPの存在する条件下で同様にパンニングを行うことによって、アデノシンおよびATPが存在する条件下で抗原に対して結合活性を有する抗体のスクリーニングが実施された。
上記の方法によって得られた大腸菌のシングルコロニーから、常法(Methods Mol. Biol. (2002) 178, 133-145)に倣い、ファージ含有培養上清が回収された。NucleoFast 96(MACHEREY-NAGEL)を用いて、回収された培養上清が限外ろ過された。培養上清各100μLが各ウェルにアプライされたNucleoFast 96を遠心分離(4,500g、45分間)することによってフロースルーが除去された。100μlのH2Oが各ウェルに加えられた当該NucleoFast 96が、再度遠心分離(4,500g、30分間)によって洗浄された。最後にTBS 100μLが加えられ、室温で5分間静置された当該NucleoFast 96の各ウェルの上清に含まれるファージ液が回収された。
参考実施例(3−3)で示されるファージELISAの結果、アデノシンまたはATPが存在する条件下で抗原に対する結合活性があると判断されたクローンから特異的なプライマー(配列番号:79及び80)を用いて増幅された遺伝子の塩基配列が解析された。解析の結果、ATPもしくはアデノシン存在下でビオチン標識hIL-6Rに対する結合活性を有すると判断されたクローン6RAD2C1-4_001、6RAD2C1-4_005、6RAD2C1-4_011、6RAD2C1-4_026、6RAD2C1-4_030、6RAD2C1-4_042、6RAD2C1-4_076、6RDL3C1-4_085、6RDL3C5-4_011が取得された(表53)。
(4−1)アデノシンおよびATPの混合物を利用したライブラリからの低分子存在下において抗原への結合が阻害される抗体の取得
上述の参考実施例3において、スイッチとなる低分子の存在下で標的抗原に結合する抗体が取得された。本参考実施例においては、低分子非存在下において標的抗原に結合する抗体の取得が試みられた。
上記の方法によって得られた大腸菌のシングルコロニーから、常法(Methods Mol. Biol. (2002) 178, 133-145)に倣い、ファージ含有培養上清が回収された。回収された培養上清はNucleoFast 96(MACHEREY-NAGEL)を用いて限外ろ過された。培養上清各100 μLが各ウェルにアプライされたNucleoFast 96を遠心分離(4,500 g, 45分間)することによってフロースルーが除去された。100 μLのH2Oが各ウェルに加えられた当該NucleoFast 96が、再度遠心分離(4,500 g, 30分間遠心)によって洗浄された。最後にTBS 100 μLが加えられ、室温で5分間静置された当該NucleoFast 96の各ウェルの上清に含まれるファージ液が回収された。
(4−2)で示されたファージELISAの結果、アデノシンまたはATPの非存在条件下で抗原に対する結合活性があると判断されたクローンから特異的なプライマー(配列番号:79及び80)を用いて増幅された遺伝子の塩基配列が解析された。解析の結果について以下の表54にアミノ酸配列を示した。
ヒトIgAとして天然に存在するヒトIgA配列のうちFc部分を用いた(ヒトIgA-Fc)。ヒトIgA-FcのC末端にbiotinを付加するためビオチンリガーゼによってビオチンが付加される特異的な配列(AviTag配列、配列番号:147)をコードする遺伝子断片をリンカーを介して連結させた。ヒトIgA-FcとAviTag配列が連結されたタンパク質(配列番号:146)をコードする遺伝子断片を動物細胞発現用ベクターに組み込み、構築されたプラスミドベクターを293Fectin (Invitrogen)を用いてFreeStyle293細胞 (Invitrogen)に導入した。このときEBNA1(配列番号:148)を発現する遺伝子およびビオチンリガーゼ(BirA、配列番号:149)を発現する遺伝子を同時に導入し、さらにヒトIgA-Fcをビオチン標識する目的でビオチンを添加した。前述の手順に従って遺伝子が導入された細胞を37 ℃、8 % CO2で6日間培養し、目的のタンパク質を培養上清中に分泌させた。
目的のビオチン化ヒトIgA-Fcを含む細胞培養液を0.22 μmボトルトップフィルターでろ過し、培養上清を得た。20 mM Tris-HCl, pH7.4で平衡化されたHiTrap Q HP (GEヘルスケア)に、同溶液で希釈された培養上清をアプライし、NaClの濃度勾配により目的のビオチン化ヒトIgA-Fcを溶出させた。次に、50 mM Tris-HCl, pH8.0で平衡化されたSoftLink Avidin カラム(Promega)に、同溶液で希釈された前記HiTrap Q HP溶出液をアプライし、5 mM ビオチン, 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH8.0で目的のビオチン化ヒトIgA-Fcを溶出させた。その後、Superdex200(GEヘルスケア)を用いたゲルろ過クロマトグラフィーによって、目的外の不純物である会合体を除去し、バッファーが20 mM Histidine-HCl, 150 mM NaCl, pH6.0に置換された精製ビオチン化ヒトIgA-Fcを得た。
さらに、本発明の、互いに配列の異なる複数の、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子を含むライブラリを用いれば、組織特異的な疾患の治療に有用な様々な抗原結合分子を、短時間で効率良く取得することが可能である。
Claims (19)
- (i)互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子;又は
(ii)当該互いに配列の異なる複数の抗原結合ドメイン若しくは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子をコードする核酸、
から主としてなるライブラリであって、前記抗原結合分子ドメインまたは抗原結合分子は、低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子であることを特徴とする、ライブラリ。 - 以下の(a)および(b)の工程:
(a) 低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメインにおいて、以下の(i)乃至(iii)のいずれか一つ以上を満たすアミノ酸部位を特定する工程;
(i) 当該低分子化合物に対する結合に関与していない1または複数のアミノ酸部位;
(ii)親抗原結合ドメインが属する動物種の抗体のレパートリーとしてアミノ酸出現頻度の多様性のある1または複数のアミノ酸部位;
(iii)Canonical structureの形成に重要でない1または複数のアミノ酸部位;および
(b) 前記抗原結合ドメインにおいて、未改変体をコードする核酸及び工程(a)で特定された1または複数のアミノ酸部位に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体それぞれをコードする核酸を含むライブラリを設計する工程、
を含む方法によって製造される、請求項1に記載のライブラリ。 - 以下の(a)乃至(d)の工程:
(a) 低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメイン又は低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合ドメインにおいて、以下の(i)乃至(iii)のいずれか一つ以上を満たすアミノ酸部位を特定する工程;
(i) 当該低分子化合物に対する結合に関与していない1または複数のアミノ酸部位;
(ii)親抗原結合ドメインが属する動物種の抗体のレパートリーとしてアミノ酸出現頻度の多様性のある1または複数のアミノ酸部位;
(iii)Canonical structureの形成に重要でない1または複数のアミノ酸部位、
(b) 工程(a)で特定された1または複数のアミノ酸部位に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体を作製する工程、
(c) 前記それぞれの改変体の当該低分子化合物に対する結合活性に実質的に変化をもたらさない1または複数のアミノ酸の改変を特定する工程;および
(d) 未改変体をコードする核酸及び工程(c)で特定された1または複数のアミノ酸に改変を有する、互いに配列が異なる、前記抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリを製造する工程、
を含む方法によって製造される、請求項2に記載のライブラリ。 - 以下の1)および2)の工程:
1)低分子化合物に対する結合活性を有する抗原結合分子を複数含むライブラリと低分子化合物とを接触させる工程、および
2)該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮する工程、
を含む方法によって製造される、請求項1に記載のライブラリ。 - 前記抗原結合分子が抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む抗原結合分子であって、以下の1)乃至3)のいずれか1つの工程を含む方法によって製造される、請求項4記載のライブラリ;
1)請求項4記載のライブラリが、重鎖可変領域に位置するアミノ酸が改変された1又は複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリであって、該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮し、ライブラリを設計する工程;
2)請求項4記載のライブラリが、軽鎖可変領域に位置するアミノ酸が改変された1又は複数の改変体をコードする核酸を含むライブラリであって、該ライブラリから低分子化合物に対して結合活性を有する抗原結合分子の複数の改変体をコードする核酸を濃縮し、ライブラリを設計する工程;
3)工程1)及び工程2)のそれぞれの可変領域ライブラリから濃縮された抗原結合分子をコードする核酸を組み合わせることによって、ライブラリを設計する工程。 - 前記抗原結合分子が、抗原結合ドメインとウイルスコートタンパク質の少なくとも一部との融合ポリペプチドであることを特徴とする、請求項1乃至5のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記抗原結合分子が、抗体の重鎖及び軽鎖を含む抗原結合分子であり、前記重鎖および/または軽鎖の合成ライブラリを設計する工程をさらに含む、請求項1乃至5のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記抗体の重鎖及び/又は軽鎖が、生殖細胞系列由来のフレームワーク配列を含むことを特徴とする、請求項7に記載のライブラリ。
- 前記低分子化合物が、標的組織特異的な化合物又は非天然化合物である、請求項1乃至8のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記標的組織が、癌組織又は炎症性組織である、請求項1乃至9のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記癌組織特異的化合物が、プリン環構造を有するヌクレオシド、アミノ酸およびその代謝産物、脂質およびその代謝産物、糖代謝の一次代謝産物、ならびにニコチンアミドおよびその代謝産物からなる群から選択される少なくとも一つの化合物である、請求項10に記載のライブラリ。
- 前記低分子化合物が、キヌレニン、アデノシン、アデノシン1リン酸、アデノシン2リン酸、又はアデノシン3リン酸である、請求項1乃至11のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記低分子化合物との結合に関与していないアミノ酸部位が、以下から選択されるいずれか一つ以上のアミノ酸以外である、請求項1乃至12のいずれか一項に記載のライブラリ:
H鎖:97、100c、 101、 94、 95、 100d、 100e、 33、 50、 52、 56、 57、 58、 99、 100、 100a、54、 55(Kabatナンバリング);
L鎖:49、55、95c、 96、95a、 95b(Kabatナンバリング)。 - 以下の(a)乃至(g)の工程:
(a) 低分子化合物の非存在下で請求項1乃至13のいずれか一項に記載のライブラリを抗原に接触させる工程、
(b) 前記工程(a)で抗原に結合しない抗原結合ドメインを選択する工程;
(c) 前記工程(b)で選択された抗原結合ドメインを低分子化合物の存在下で抗原に接触させる工程;
(d) 前記工程(c)で抗原に結合した抗原結合ドメインを選択する工程;
(e) 前記工程(d)で選択された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程;、
(f) 前記工程(e)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程;および
(g) 前記工程(f)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法。 - 以下の(a)乃至(e)の工程:
(a) 請求項1乃至13のいずれか一項に記載のライブラリを低分子化合物の存在下で抗原に接触させる工程;
(b) 前記工程(a)より低濃度の低分子化合物で抗原結合ドメインを解離させ回収する工程;
(c) 前記工程(b)で回収された抗原結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを、Fc領域を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに連結させる工程;
(d) 前記工程(c)で得られたポリヌクレオチドが作動可能に連結されたベクターが導入された細胞を培養する工程;および
(e) 前記工程(d)で培養された細胞の培養液から抗原結合分子を回収する工程、
を含む低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法。 - 以下の(a)乃至(b)の工程:
(a) 請求項1乃至13のいずれか一項に記載のライブラリを低分子化合物に接触させる工程;および
(b) 前記工程(a)で回収された抗原結合ドメインを選択する工程;
をさらに含む、請求項14又は15に記載の低分子化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子の製造方法。 - 前記低分子化合物がキヌレニン、アデノシン、アデノシン1リン酸、アデノシン2リン酸、又はアデノシン3リン酸である請求項14乃至16のいずれか1項に記載の抗原結合分子の製造方法。
- 非天然化合物の濃度に応じて抗原に対する結合活性が変化する抗原結合ドメインを含む抗原結合分子。
- 請求項18記載の抗原結合分子を含む医薬組成物。
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