FI111645B - Immuunimäärityksen reagenssi ja menetelmä hepatiitti C-viruksen (HCV) vasta-aineiden havaitsemiseksi - Google Patents
Immuunimäärityksen reagenssi ja menetelmä hepatiitti C-viruksen (HCV) vasta-aineiden havaitsemiseksi Download PDFInfo
- Publication number
- FI111645B FI111645B FI20021626A FI20021626A FI111645B FI 111645 B FI111645 B FI 111645B FI 20021626 A FI20021626 A FI 20021626A FI 20021626 A FI20021626 A FI 20021626A FI 111645 B FI111645 B FI 111645B
- Authority
- FI
- Finland
- Prior art keywords
- hcv
- antibodies
- sequences
- polypeptide
- sequence
- Prior art date
Links
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 title claims description 170
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 62
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 title claims description 20
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 title claims description 17
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 128
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 119
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 106
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 62
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 30
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 23
- 238000003556 assay Methods 0.000 abstract description 23
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 abstract description 8
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 abstract description 4
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 55
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 54
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 51
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 46
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 46
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 28
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 28
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 27
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 27
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 27
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 25
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 25
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 25
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 23
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 22
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 22
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 20
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 20
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 15
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 15
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 14
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 13
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 13
- 239000000047 product Substances 0.000 description 13
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 12
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 12
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 12
- 241000710831 Flavivirus Species 0.000 description 11
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 11
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 11
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 11
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 11
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 11
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 11
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 11
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 10
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 10
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 9
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 9
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 9
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 9
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 9
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 9
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 9
- 230000004044 response Effects 0.000 description 9
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 9
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 8
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 8
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 8
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 8
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 7
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 7
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 7
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 7
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 7
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 7
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 7
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 7
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 6
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 6
- 101710144121 Non-structural protein 5 Proteins 0.000 description 6
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 6
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 6
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 6
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 6
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 6
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 6
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N CHCl3 Substances ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 5
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 5
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 5
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 5
- -1 e.g. Proteins 0.000 description 5
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 5
- 230000006870 function Effects 0.000 description 5
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 5
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 5
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 5
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 5
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 5
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 5
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 5
- 241000894007 species Species 0.000 description 5
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 102100034349 Integrase Human genes 0.000 description 4
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 4
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- 102000019197 Superoxide Dismutase Human genes 0.000 description 4
- 108010012715 Superoxide dismutase Proteins 0.000 description 4
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 4
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 230000003302 anti-idiotype Effects 0.000 description 4
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 4
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 4
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 4
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 4
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 4
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 4
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 4
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 4
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 4
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 4
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 3
- 241000710781 Flaviviridae Species 0.000 description 3
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 3
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 3
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 3
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 3
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 3
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 3
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 3
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 3
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 3
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 3
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 3
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 3
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 3
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 3
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 3
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 3
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 3
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 3
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-pyridin-2-ylsulfanylpropanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSC1=CC=CC=N1 QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010032595 Antibody Binding Sites Proteins 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012286 ELISA Assay Methods 0.000 description 2
- 206010019791 Hepatitis post transfusion Diseases 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- 241000282577 Pan troglodytes Species 0.000 description 2
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 2
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 2
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010003723 Single-Domain Antibodies Proteins 0.000 description 2
- PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N Sodium azide Chemical compound [Na+].[N-]=[N+]=[N-] PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 241000710924 Togaviridae Species 0.000 description 2
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 2
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 2
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 2
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 2
- 239000010836 blood and blood product Substances 0.000 description 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 2
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 2
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 2
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 2
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 2
- 241001493065 dsRNA viruses Species 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 2
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 2
- 238000007429 general method Methods 0.000 description 2
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 2
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 2
- 230000016784 immunoglobulin production Effects 0.000 description 2
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 2
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 2
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 2
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 2
- 238000012317 liver biopsy Methods 0.000 description 2
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 2
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 2
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 2
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 2
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 2
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 2
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 2
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 2
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 2
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 2
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 2
- ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N psoralen Chemical compound C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OC=C2 ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 210000005000 reproductive tract Anatomy 0.000 description 2
- 230000000241 respiratory effect Effects 0.000 description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 2
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical compound O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate Chemical compound C1CC(CN2C(C=CC2=O)=O)CCC1C(=O)ON1C(=O)CCC1=O JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000001138 tear Anatomy 0.000 description 2
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 238000005199 ultracentrifugation Methods 0.000 description 2
- 210000001635 urinary tract Anatomy 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FDAUCYDVXIPBDR-UMSFTDKQSA-N (2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) (2r)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-3-tritylsulfanylpropanoate Chemical compound FC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1OC(=O)[C@@H](NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21)CSC(C=1C=CC=CC=1)(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FDAUCYDVXIPBDR-UMSFTDKQSA-N 0.000 description 1
- TZEGAVSWQUEHAQ-QHCPKHFHSA-N (2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) (2s)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-3-methylbutanoate Chemical compound O=C([C@@H](NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21)C(C)C)OC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1F TZEGAVSWQUEHAQ-QHCPKHFHSA-N 0.000 description 1
- WKHPSOMXNCTXPK-QFIPXVFZSA-N (2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) (2s)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-3-phenylpropanoate Chemical compound FC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1OC(=O)[C@@H](NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21)CC1=CC=CC=C1 WKHPSOMXNCTXPK-QFIPXVFZSA-N 0.000 description 1
- NTQJCLLWLHKJLU-IBGZPJMESA-N (2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) (2s)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-4-methylpentanoate Chemical compound O=C([C@@H](NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21)CC(C)C)OC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1F NTQJCLLWLHKJLU-IBGZPJMESA-N 0.000 description 1
- HLNVSYQQDWNJRI-QFIPXVFZSA-N (2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) (2s)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-6-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]hexanoate Chemical compound O=C([C@@H](NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21)CCCCNC(=O)OC(C)(C)C)OC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1F HLNVSYQQDWNJRI-QFIPXVFZSA-N 0.000 description 1
- CJXZXBGKOSXBFR-NSHDSACASA-N (2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) (2s)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)propanoate Chemical compound O=C([C@@H](NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21)C)OC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1F CJXZXBGKOSXBFR-NSHDSACASA-N 0.000 description 1
- FYZSBHSHLNJGPS-RZFZLAGVSA-N (2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) (2s,3s)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-3-methylpentanoate Chemical compound O=C([C@@H](NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21)[C@@H](C)CC)OC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1F FYZSBHSHLNJGPS-RZFZLAGVSA-N 0.000 description 1
- LBSDTBJWUJIFBO-UHFFFAOYSA-N (2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) 2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)acetate Chemical compound FC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1OC(=O)CNC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21 LBSDTBJWUJIFBO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(ethenyl)benzene;1-ethenyl-2-ethylbenzene;styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1.CCC1=CC=CC=C1C=C.C=CC1=CC=CC=C1C=C NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CQBLOHXKGUNWRV-SFHVURJKSA-N 1-o-(9h-fluoren-9-ylmethyl) 2-o-(2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) (2s)-pyrrolidine-1,2-dicarboxylate Chemical compound FC1=C(F)C(F)=C(F)C(F)=C1OC(=O)[C@H]1N(C(=O)OCC2C3=CC=CC=C3C3=CC=CC=C32)CCC1 CQBLOHXKGUNWRV-SFHVURJKSA-N 0.000 description 1
- VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 4',5'-Dihydropsoralen Natural products C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OCC2 VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QCVGEOXPDFCNHA-UHFFFAOYSA-N 5,5-dimethyl-2,4-dioxo-1,3-oxazolidine-3-carboxamide Chemical compound CC1(C)OC(=O)N(C(N)=O)C1=O QCVGEOXPDFCNHA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 6-Maleimidocaproic acid Chemical compound OC(=O)CCCCCN1C(=O)C=CC1=O WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- 240000003291 Armoracia rusticana Species 0.000 description 1
- 235000011330 Armoracia rusticana Nutrition 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N Boron Chemical compound [B] ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 241000714198 Caliciviridae Species 0.000 description 1
- 102100033620 Calponin-1 Human genes 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 description 1
- 241001428800 Cell fusing agent virus Species 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 description 1
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 208000001490 Dengue Diseases 0.000 description 1
- 206010012310 Dengue fever Diseases 0.000 description 1
- 108010054576 Deoxyribonuclease EcoRI Proteins 0.000 description 1
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010000912 Egg Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000002322 Egg Proteins Human genes 0.000 description 1
- 102100036094 Endogenous retrovirus group 3 member 1 Env polyprotein Human genes 0.000 description 1
- 102100038132 Endogenous retrovirus group K member 6 Pro protein Human genes 0.000 description 1
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 108010043938 Ephrin-A4 Proteins 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-M Fluoride anion Chemical compound [F-] KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108700028146 Genetic Enhancer Elements Proteins 0.000 description 1
- 206010019799 Hepatitis viral Diseases 0.000 description 1
- 101000945318 Homo sapiens Calponin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000876380 Homo sapiens Endogenous retrovirus group 3 member 1 Env polyprotein Proteins 0.000 description 1
- 101000652736 Homo sapiens Transgelin Proteins 0.000 description 1
- 239000000232 Lipid Bilayer Substances 0.000 description 1
- 206010067125 Liver injury Diseases 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 1
- 101100171805 Mus musculus Efna3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100171811 Mus musculus Efna5 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100171815 Mus musculus Efnb1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100444584 Mus musculus Efnb2 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- 108020002230 Pancreatic Ribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 102000005891 Pancreatic ribonuclease Human genes 0.000 description 1
- 241000282520 Papio Species 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- 241000710778 Pestivirus Species 0.000 description 1
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 1
- 239000004698 Polyethylene Substances 0.000 description 1
- 108010020346 Polyglutamic Acid Proteins 0.000 description 1
- 108010039918 Polylysine Proteins 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 1
- 108091034057 RNA (poly(A)) Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 241000712907 Retroviridae Species 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000702670 Rotavirus Species 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010022394 Threonine synthase Proteins 0.000 description 1
- 108010034949 Thyroglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102000009843 Thyroglobulin Human genes 0.000 description 1
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 1
- 241000710886 West Nile virus Species 0.000 description 1
- 241000710772 Yellow fever virus Species 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- 239000000061 acid fraction Substances 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000628 antibody-producing cell Anatomy 0.000 description 1
- 102000025171 antigen binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091000831 antigen binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- OHDRQQURAXLVGJ-HLVWOLMTSA-N azane;(2e)-3-ethyl-2-[(e)-(3-ethyl-6-sulfo-1,3-benzothiazol-2-ylidene)hydrazinylidene]-1,3-benzothiazole-6-sulfonic acid Chemical compound [NH4+].[NH4+].S/1C2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC=C2N(CC)C\1=N/N=C1/SC2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC=C2N1CC OHDRQQURAXLVGJ-HLVWOLMTSA-N 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 229940125691 blood product Drugs 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 229910052796 boron Inorganic materials 0.000 description 1
- KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N bromoacetic acid Chemical compound OC(=O)CBr KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000014121 butter Nutrition 0.000 description 1
- 150000004657 carbamic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 1
- 230000007910 cell fusion Effects 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 1
- 210000001638 cerebellum Anatomy 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- VOAXAOULFRTTAM-UHFFFAOYSA-N chloroform phenol Chemical compound C1(=CC=CC=C1)O.C(Cl)(Cl)Cl.C1(=CC=CC=C1)O.C1(=CC=CC=C1)O VOAXAOULFRTTAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001713 cholinergic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 231100000012 chronic liver injury Toxicity 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 1
- 238000004737 colorimetric analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012875 competitive assay Methods 0.000 description 1
- 230000009918 complex formation Effects 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 229920001577 copolymer Polymers 0.000 description 1
- 239000007822 coupling agent Substances 0.000 description 1
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 208000025729 dengue disease Diseases 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 102000004419 dihydrofolate reductase Human genes 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 235000014103 egg white Nutrition 0.000 description 1
- 210000000969 egg white Anatomy 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 238000012869 ethanol precipitation Methods 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- ZJYYHGLJYGJLLN-UHFFFAOYSA-N guanidinium thiocyanate Chemical compound SC#N.NC(N)=N ZJYYHGLJYGJLLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000035931 haemagglutination Effects 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 244000052637 human pathogen Species 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 210000001822 immobilized cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 230000001024 immunotherapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000012606 in vitro cell culture Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 239000012678 infectious agent Substances 0.000 description 1
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 239000003999 initiator Substances 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000006623 intrinsic pathway Effects 0.000 description 1
- JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N iodoacetic acid Chemical compound OC(=O)CI JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 229940124280 l-arginine Drugs 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical class CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 235000019799 monosodium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 230000036438 mutation frequency Effects 0.000 description 1
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000004897 n-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 231100000590 oncogenic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002246 oncogenic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 229920000729 poly(L-lysine) polymer Polymers 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 229920000573 polyethylene Polymers 0.000 description 1
- 229920002643 polyglutamic acid Polymers 0.000 description 1
- 229920000656 polylysine Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 239000004800 polyvinyl chloride Substances 0.000 description 1
- 229920000915 polyvinyl chloride Polymers 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 108020001580 protein domains Proteins 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000003161 ribonuclease inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 230000037432 silent mutation Effects 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- AJPJDKMHJJGVTQ-UHFFFAOYSA-M sodium dihydrogen phosphate Chemical compound [Na+].OP(O)([O-])=O AJPJDKMHJJGVTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 159000000000 sodium salts Chemical class 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 description 1
- BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M sulfonate Chemical compound [O-]S(=O)=O BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 229960000814 tetanus toxoid Drugs 0.000 description 1
- 229960002175 thyroglobulin Drugs 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 1
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 1
- 201000001862 viral hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 229940051021 yellow-fever virus Drugs 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
- A61P31/18—Antivirals for RNA viruses for HIV
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
- C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Virology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Public Health (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Oncology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- AIDS & HIV (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Description
111645 i
Immuunimäärityksen reagenssi ia menetelmä hepatiitti C-viruksen (HCV) vasta-aineiden havaitsemiseksi Tämä keksintö liittyy aineisiin ja menetelmiin hepatiitti C -5 virus (HCV) -infektion leviämisen taltuttamiseksi. Keksintö koskee erityisemmin polypeptidejä sisältäviä immunologisia reagensseja HCV-infektioiden ilmaisemiseen ja menetelmää HCV-vasta-aineiden havaitsemiseksi.
10 Houghton et ai. identifioi ja karakterisoi ensimmäisenä HCV:n ei-A,ei-B -hepatiitin (NANBH) aiheuttajana. Tämä johti joidenkin imunologisina reagensseina käyttökelpoisten yleisten ja spesifisten polypeptidien julkistamiseen. Lähemmin esim., Houghton et ai., EPO-julkaisu 318 216; Houghton et ai., EPO-15 julkaisu 388 232; Choo et ai., Science (1989) 244:359-362;
Kuo et ai., Science (1989) 244:362-364; Houghton et ai., Hepatology (1991) 14:381-388. Nämä julkaisut tuovat alalle perusteellisen perustan HCV:stä yleensä, samoin kuin HCV:n immunologisten polypeptidireagenssien valmistuksesta ja käyttö-20 kohteista. Nämä julkaisut ovat sen vuoksi erityisesti sisällytettyinä lyhyesti tässä yhteydessä viitteinä.
Toiset ovat helposti soveltaneet ja laajentaneet Houghtonin et ai. työtä. Lähemmin, Highfield et ai., GB-patenttihakemus 25 2 239 245 (The Wellcome Foundation Ltd.); Wang, EPO-julkaisu ♦· 442 394 (United Biomedical Inc.); Leung et ai., EPO-julkaisu 445 423 (Abbott Laboratories); Habits et ai., EPO-julkaisu 451 891 (Akzo N.V.); Reyes et ai., PCT-julkaisu W0 91/15516 (Genelabs Inc.); Mäki et ai., EPO-julkaisu 468 657 (Tonen 30 Corp.) ja Kamada et ai., EPO-julkaisu 469 348 (Shionogi Sei-, yaku K.K.).
*
Herkät spesifiset menetelmät HCV-kantajien ja HCV:llä kontaminoidun veren tai verituotteiden seulomiseksi ja identifioi-35 miseksi ovat tärkeä edistysaskel lääketieteessä. Verensiirron jälkeistä hepatiittia (PTH) esiintyy suunnilleen 10 %:illa verensiirtopotilaista ja HCV on aiheuttanut jopa 90 % näistä tapauksista. Tärkein ongelma tässä sairaudessa on usein 2 111645 esiintyvä taudin eteneminen krooniseksi maksavaurioksi (25-55 %) . Potilashuolto sekä HCV:n siirtymisen estäminen veren ja verituotteiden tai läheisen henkilökosketuksen välityksellä edellyttävät luotettavia ja ennustavia työvälineitä, kuten 5 esim. HCV-polypeptidejä, HCV:hen liittyvien vasta-aineiden ilmaisemiseksi. Sellaiset polypeptidit ovat käyttökelpoisia myös rokotteina ja immunoterapeuttisina hoitoaineina sairauden ehkäisemiseksi ja/tai hoitamiseksi.
10 Koska HCV on verrattain uusi agenssi, on jatkuva tarve määritellä immunologisia lisäreagensseja, joiden avulla on mahdollista tutkia taudin kliinistä etenemistä ja HCV:n epidemiologiaa väestössä.
15 Keksintö liittyy uusien HCV-epitooppien karakterisointiin. Näiden epitooppien karakterisointi mahdollistaa polypeptidi-tuotteiden valmistuksen, jotka reagoivat immunologisesti HCV-vasta-aineiden kanssa ja/tai aiheuttavat anti-HCV -vasta-ainetuotannon in vivo. Nämä polypeptidituotteet ovat käyttökö kelpoisia standardeina tai reagensseina diagnostisissa testeissä ja/tai rokotekomponenteissa. Vasta-aineet, käsittäen esimerkiksi sekä polyklonaaliset että monoklonaaliset vasta-aineet, jotka on kohdistettu näihin polypeptidisekvensseihin sisältyviä HCV-epitooppeja vastaan, ovat myös käyttökelpoisia 25 reagensseja esimerkiksi diagnostisissa testeissä, terapeutti-·;· sinä aineina, virusvastaisten aineiden seulonnassa ja HCV-po- lypeptidien tai -partikkeleiden eristämiseen tai eristämi-seen/puhdistamiseen. 1 2 3 4 5 6
Laajimmassa merkityksessään tämä keksintö liittyy poly- 2 peptideihin, jotka sisältävät tässä esille tuotavia vasta ka- 3 » 4 rakterisoituja HCV-epitooppeja, sellaisten polypeptidien val 5 mistusmenetelmiin (esim. yhdistelmämenetelmiin tai synteettisiin menetelmiin), sellaisten polypeptidien käyttöme- 6 netelmiin (esim. diagnostisiin, rokotteisiin liittyviin ja terapeuttisiin) ja valmistustuotteisiin, koostumuksiin tai formulaatioihin, jotka on sovitettu sellaisia käyttöjä varten (esim. polypeptidit, jotka on kiinnitetty immunomääritysalus- 3 111645 taan tai muuhun kantajaan, oraalisiin tai ruiskeena annettaviin farmaseuttisiin koostumuksiin). Tähän keksintöön liittyvät myös vastaavasti vasta-aineet (polyklonaaliset, mono-' klonaaliset tai niiden vastineet kuten sitoutumisfragmentit, 5 yksiketjuiset antigeeniin tarttuvat proteiinit jne.) tässä esille tuotuja HCV-epitooppeja vastaan, sekä sellaisten vasta-aineiden valmistusmenetelmät, sellaisten vasta-aineiden käyttömenetelmät (esim. diagnostiset, rokotteisiin liittyvät ja terapeuttiset) ja valmistustuotteet, koostumukset tai for-10 mulaatiot, jotka on sovitettu sellaisia käyttöjä varten (esim. vasta-aineet, jotka on kiinnitetty immunomääritysalus-taan tai muuhin kantajaan, oraalisiin tai ruiskeina annettaviin farmaseuttisiin koostumuksiin).
15 Polypeptidi, joka sisältää vasta esille tuotuja HCV- epitooppeja, voidaan valmistaa menetelmällä, joka käsittää isäntäsolujen inkuboinnin, jotka on transformoitu ekspres-siovektorilla, joka sisältää HCV-epitoopin sisältävää poly-peptidiä koodittavan sekvenssin, olosuhteissa, jotka mahdol-20 listavat mainitun polypeptidin ilmentymisen.
Tämä keksintö liittyy myös immunomäärityksiin. Näitä ovat im-munomääritys HCV-antigeenin ilmaisemiseksi, joka käsittää näytteen inkuboinnin, jonka epäillään sisältävän HCV-antigee-25 nin, vasta-aineen kanssa kuten edellä on kuvailtu olosuhteis-v . sa, jotka mahdollistavat vasta-aine-antigeeni -kompleksin muodostumisen; ja vasta-aineen sisältävän vasta-aine-antigeeni -kompleksin ilmaisemisen. Immunomääritys HCV-vasta-aineiden ilmaisemiseksi käsittää näytteen inkuboinnin, jonka 30 epäillään sisältävän anti-HCV -vasta-aineita, polypeptidin kanssa kuten edellä on kuvailtu olosuhteissa, jotka mahdol-c *·. listavat vasta-aine-antigeeni -kompleksin muodostumisen; ja polypeptidin sisältävän vasta-aine-antigeeni -kompleksin ilmaisemisen.
Voidaan valmistaa kaavan 3-3.x~3.3y 35 -111645 4 mukaisia epitooppeja, jossa kaavassa aa tarkoittaa aminohappoa? x ja y ovat kokonaislukuja siten, että y-x > 6? aax-aay esittää osaa kuvion 1 mukaisessa aminohapposekvenssissä; ja x valitaan ryhmästä: 5 23-34,36, 66-79, 81-94, 96-98,101-103,186-189,191, 206, 223, 232, 256,286, 297-299, 321, 347, 357, 413,414,432,465-471,480-484, 501, 502,521,540-549, 579,594-599, 601-613, 641, 662-665, 685, 705, 706, 729, 782-789, 801, 851-855, 893, 916, 928, io 946, 952-954,1026,1072,1109,1112-1117,1218, 1240,1280-1285,1322, 1338, 1371, 1384, 1410,1411,1454, 1492, 1493, 1532-1535, 1560, 1561,1566-1568, 1571-1577, 1601-1607, 1615-1620, 1655,1695,1710-1712,1728, 1729,1758-1762, 1781, 1808, 1821, 1851, 1880,1908-1913,1925,1940-1948,1951, 1966-1969, 1999, 2001-2004, 2006-2014, 2024,2048-2053,2055-2057, 2071,2088-15 2093, 2108, 2122-2148, 2165, 2187, 2226-2232,2244-2249,2267,2281-2286, 2288, 2289, 2325-2327,2346, 2347, 2349, 2382, 2401,2417-2422, 2439-2444, 2446-2456, 2469,2471-2476, 2495, 2533, 2534, 2573-2578, 2602-2604, 2606-2612, 2632-2638, 2660, 2676-2679, 2688-2693, 2707, 2721, 2757-2762, 2779, 2Q 2794, 2795, 2797-2799, 2801, 2802,. 2817-2843, 2863-2867, 2878-2884, 2886-2895.
Edellä määritellyt päämäärät saadaan aikaan myös käyttämällä kaavan mukaisia HCV-epitooppeja 25 aax-aay jossa kaavassa aa tarkoittaa aminohappoa; x ja y ovat kokonaislukuja siten, että y-x > 6; aax-aay esittää osaa kuvion 1 30 mukaisessa aminohapposekvenssissä; x valitaan ryhmästä: 35 (kun y on pienempi kuin 45), 95 (kun y on pienempi kuin 110), 99 (kun y on pienempi kuin 120) , 100 (kun y pienempi kuin « * « 150), 190 (kun y pienempi kuin 210), 500 (kun y pienempi kuin 550) , 600 (kun y pienempi kuin 625) , 1260 (kun y pienempi 35 kuin 1280), 1569 (kun y pienempi kuin 1931), 1570 (kun y pienempi kuin 1590) , 1694 (kun y pienempi kuin 1735) , 1949 (kun y pienempi kuin 2124), 1950 (kun y pienempi kuin 1985), 2000 (kun y pienempi kuin 2050), 2005 (kun y pienempi kuin 2025), 5 111645 2054 (kun y pienempi kuin 2223) , 2250 (kun y pienempi kuin 2330) , 2287 (kun y pienempi kuin 2385) , 2290 (kun y pienempi kuin 2310), 2345 (kun y pienempi kuin 2375), 2348 (kun y pienempi kuin 2464), 2445 (kun y pienempi kuin 2475), 2470 (kun 5 y pienempi kuin 2490), 2605 (kun y pienempi kuin 2620), 2780 (kun y pienempi kuin 283 0) , 2796 (kun y pienempi kuin 2886) , 2800 (kun y pienempi kuin 2850) ja 2885 (kun y pienempi kuin 2905).
10 Kummassakin edellä määritellyssä kaavassa x-y voi olla vähemmän tai yhtä suuri kuin 10, 20, 30, 40 tai 50 joissakin keksinnön mukaisissa suoritusmuodoissa.
Kuvio 1 esittää HCV:n prototyyppieristyksen HCVl:n polyprote-15 iinia.
Kuvio 2 esittää cDNA-sekvenssikoostetta HCVl:lle.
Kuvio 3 esittää ihmisen eristys-23:n konsensusnukleotidisek-20 venssiä, muunnelmasekvenssit on esitetty sekvenssilinjan alapuolella. Konsensussekvenssissä kooditettuna olevat aminohapot on myös esitetty.
Kuvio 4 esittää ihmisen eristys-27:n konsensusnukleotidisek-25 venssiä, muunnelmasekvenssit on esitetty sekvenssilinjan ala-- puolella. Konsensussekvenssissä kooditettuna olevat aminoha pot on myös esitetty.
Kuvio 5 esittää ihmisen eristys-23:n ja eristys-27:n ja 50 HCV1:n rinnakkain asetettuja nukleotidisekvenssejä. Homo- .·· logiset sekvenssit on esitetty symbolilla (*) . Ei-homologiset ' *' sekvenssit ovat pienillä kirjaimilla.
Kuvio 6 esittää ihmisen eristys-23:n ja eristys'-27 :n ja 35 HCVl:n rinnakkain asetettuja aminohapposekvenssejä. Homologiset sekvenssit on esitetty symbolilla (*). Ei-homologiset sekvenssit ovat pienillä kirjaimilla.
6 111645
Kuvio 7 esittää vertailun rinnakkain asetetuista nukleotidi-sekvenssiyhdistelmistä eristyksistä Thorn, EC1, HCT#18 ja HCV1.
5 Kuvio 8 esittää vertailun EC10:n nukleotidisekvensseistä ja HCVl-sekvenssin koosteesta; EClO-sekvenssi käsittää pisteiden yläpuolisen linjan ja HCV1-sekvenssi käsittää pisteiden alapuolella olevan linjan.
10 Kuvio 9 esittää vertailun aminohapoposekvensseistä 117-308 (suhteessa HCVl:een), jotka ovat kooditettuina konsensusse-kvenssien "EnvL"-alueissa ihmisen eristyksissä HCT#18, JH23, JH 27, Thorne, EC1 ja HCV1.
15 Kuvio 10 esittää vertailun aminohapposekvensseistä 330-360 (suhteessa HCVl:een), jotka ovat kooditettuina konsensusse-kvenssien "EnvR"-alueissa ihmisen eristyksissä HCT#18, JH23, JH 27, Thorne, EC1 ja HCV1.
20 Täydelliset viittaukset tässä referoituihin julkaisuihin voidaan löytää "Tausta11- tai "Kirjallisuus"-jaksoista.
I. Määritelmiä 25 "Hepatiitti C -virus" tai "HCV" tarkoittaa alalla tunnettua ♦: viruslajeja, joiden patogeeniset kannat aiheuttavat NANBH:n, ja niistä saatuja heikennettyjä kantoja tai vajavaisia ehkäiseviä partikkeleita. Lähemmin yleisesti julkaisuissa, joita on siteerattu "Tausta"-jaksossa. HCV-genomi on RNA:ta.
30 Tiedetään, että RNA:ta sisältävillä viruksilla spontaanimu-taatiofrekvenssit ovat verrattain korkeat, so., ilmoitettuna luokkaa 10'3 - 10"4 inkorporoitua nukleotidiä kohti (Fields & Knipe (1986)). Koska RNA-viruksille on luonteenomaista geno-tyypin heterogeenisuus ja epävakaisuus, HCV-lajin sisällä 35 esiintyy sen vuoksi useita kantoja/isolaatteja, jotka voivat olla virulentteja tai ei-virulentteja. Kirjallisuudessa on hyvin dokumentoituna erilaisten HCV-kantojen tai -eristysten lisääminen, identifiointi, ilmaiseminen ja eristäminen. Sen 7 111645 lisäksi, tämän esityksen avulla on mahdollista valmistaa diagnostisia aineita ja rokotteita eri kantoja/isolaatteja varten, samoin kuin koostumuksia ja menetelmiä, jotka ovat käyttökelpoisia seulontaprosesseissa virusvastaisille aineille 5 farmakologiseen käyttöön, kuten aineille, jotka inhiboivat ‘ HCV:n replikoitumista.
Tässä yhteydessä tuodaan esille tietoja useista erilaisista HCV-kannoista/isolaateista, erityisesti kannasta tai isolaa-10 tista CDC/HCVl (toiselta nimeltä HCV1). Informaatio yhdestä kannasta tai isolaatista, kuten esimerkiksi osa genomisesta sekvenssistä tai aminohapposekvenssistä on riittävä, jotta alaa tuntevat henkilöt pystyvät standarditekniikkaa käyttäen eristämään uusia kantoja/isolaatteja ja identifioimaan sen, 15 ovatko uudet kannat/isolaatit HCV. Useita erilaisia kantoja/isolaatteja kuvaillaan esimerkiksi jäljempänä. Nämä kannat, jotka saatiin joistakin ihmisen seerumeista (ja eri maantieteellisiltä alueilta), eristettiin käyttäen hyväksi informaatiota HCVlm genomisesta sekvenssistä.
20 Tässä yhteydessä annettava informaatio osoittaa, että HCV voi selvästi liittyä flaviviruksiin. Flavivirus-ryhmä sisältää suuren virusjoukon, jotka ovat pieniä vaipallisia ihmispato-geenejä. Flavivirus-partikkeleiden morfologia ja koostumus 25 tunnetaan ja niitä käsittelee Brinton (1986) . Yleisesti ot-'·: , taen morfologian osalta flavivirukset sisältävät keskisen nukleokapsidin, jota ympäröi lipidikaksoiskerros. Virionit ovat pallomaisia ja niiden läpimitta on noin 40-50 nm. Niiden ydinten läpimitta on noin 25-30 nm. Virionin vaipan ulkopin-30 nalla on ulokkeita, jotka ovat noin 5-10 nm pitkiä ja joiden päässä on noin 2 nm läpimittaisia nuppeja. Tyypillisiä esimerkkejä ryhmästä ovat keltakuumevirus, Länsi-Niilin virus ja dengue-kuumevirus. Niillä on juosteeltaan positiiviset RNA-genomit (noin 11 000 nukleotidiä) , jotka ovat vähän suurempia 35 kuin HCV:n genomi ja koodittavat noin 3500 aminohappoa sisältävää polyproteiiniprekursoria. Yksittäiset virusproteiinit lohkaistaan tästä prekursoripolypeptidistä.
8 111645 HCV:n genomisen RNA:n genomirakenne ja nukleotidisekvenssi on johdettu. Genomi näyttää olevan yksijuosteista RNA-.ta, joka sisältää noin 10 000 nukleotidiä. Genomi on juosteeltaan positiivinen ja sisältää yhtenäisen translaationaalisen avoimen 5 lukukehyksen (ORF), joka koodittaa noin 3000 aminohappoa sisältävää polyproteiinia. ORF:ssä rakenneproteiini (-proteiinit) näyttää olevan kooditettuna suunnilleen N-pään alueen ensimmäisessä neljänneksessä, suurimman osan polyproteiinista vastatessa ei-rakenteellisia proteiineja. Verrattaessa kaik-10 kiin tunnettuihin virussekvensseihin, pientä mutta merkittävää kolineaarista homologiaa havaitaan flavivirusryhmän ei-rakenteellisten proteiinien suhteen ja pestivirusten suhteen (joiden katsotaan nyt myös olevan osa Flavivirus-ryhmää).
15 Perustuen pääteltyihin aminohappoihin, jotka ovat kooditet-tuina HOVI:n nukleotidisekvenssissä, ja muuhun todistusaineistoon, kooditetun HCV-polyproteiinin mahdolliset prote-iinidomeenit samoin kuin arvioidut rajakohdat on esitetty seuraavassa: 20
Oletettu domeeni Arvioidut rajakodonit (aminohapponumerot) C (nukleokapsidiproteiini) 1-191 25 Ei (virionin vaippaproteiini) 192-383 E2/NS1 (vaippa?) 384-800 NS2 (tuntematon funktio) 800-1050 NS3 (proteaasi?) 1050-1650 NS4 (tuntematon funktio) 1651-2100 30 NS5 (polymeraasi) 2100-3011 (loppu) * Nämä domeenit ovat kuitenkin epävarmoja. E1-NS2 -raja esimerkiksi on luultavasti 750-810 -alueella ja NS3-NS4 -raja on suunnilleen 1640-1650. On myös ilmeistä, että 191 ah'C-versio 35 on prekursori, joka jatkoprosessoidaan (esim. noin 170 ah pituuteen) ,· ja että NS2-, NS4 ja NS5-proteiinit jatkoprosessoidaan kukin kahdeksi toimintavalmiiksi proteiiniksi.
9 111645 HCV:n eri kantojen, eristysten tai alatyyppien odotetaan sisältävän eroavuuksia aminohappojen ja nukleiinihappojen osalta verrattuna HCVl:een. Monen isolaatin kokonaisaminohappo-sekvenssin odotetaan olevan hyvin homologinen (so., enemmän 5 kuin noin 40 %) HCVl:n suhteen. Voidaan kuitenkin myös havaita, että vähemmän homologisia HCV-isolaatteja löytyy. Nämä määriteltäisiin HCV:ksi erilaisten arviointiperusteiden mukaan, joita ovat esimerkiksi suunnilleen 9000 - suunnilleen 12000 nukleotidiä sisältävä ORF, joka koodittaa HCVl:n poly-10 proteiinin kanssa samankokoista polyproteiinia, HCVl:n poly-proteiinin kanssa hydrofobisuudeltaan ja/tai antigeenisuudel-taan samanlainen kooditettu polyproteiini ja kolineaaristen peptidisekvenssien läsnäolo, jotka ovat säilyneet HCVl:n suhteen. Lisäksi uskotaan, että genomi olisi juosteeltaan posi-15 tiivistä RNA:ta.
HCV koodittaa vähintään yhtä epitooppia, joka on immunologi-sesti identtinen HCVl-polyproteiinin epitoopin kanssa. Epi-tooppi on HCV:lie tunnusomainen verrattaessa aikaisemmin tun-20 nettuihin flaviviruksiin. Epitoopin tunnusomaisuus voidaan määrittää sen immunologisen reaktiivisuuden avulla anti-HCV -vasta-aineiden kanssa ja immunologisen reaktiivisuuden puuttumisella tunnettujen Flavivirus-lajien vasta-aineiden suhteen. Alalla tunnetaan menetelmät immunologisen reaktiivisuu-25 den määrittämiseksi, esimerkiksi radioimmunomäärityksen avul-·: _ la, ELISA-määrityksen avulla, hemagglutinaation avulla, ja tässä esitetään useita esimerkkejä sopivista määritystekniikoista. "Tunnusomaisuuden" arviointiin voidaan vaihtoehtoisesti käyttää HCV-epitoopin sekvenssin vertaamista Flavi-30 virus-ryhmän jäsenten aikaisemmin tunnettuihin sekvensseihin.
Edellä esitetyn lisäksi seuraavat parametrit koskien nuk-leiinihappohomologiaa ja aminohappohomologiaa ovat käyttökelpoisia joko yksin tai yhdistelmänä identifioitaessa HCV-kan-35 ta/isolaatti. Koska HCV-kannat ja -isolaatit ovat kehityksellisesti läheisiä, on odotettavissa, että genomien koko-naishomologia nukleotiditasolla voi olla noin 10 % tai enemmän, luultavasti noin 40 % tai enemmän, luultavasti noin 60 % 10 111645 tai enemmän ja vielä luultavammin noin 80 % tai enemmän, ja että ne käsittävät vähintään noin 13 nukleotidiä sisältäviä toisiaan vastaavia viereisiä sekvenssejä. Tulisi huomata, että HCV-genomin alueella on variaabeleita ja hypervariaabe-5 leita alueita; homologian näillä alueilla otaksutaan sen vuoksi olevan merkittävästi vähäisempää kuin homologian ko-konaisgenomissa. Vastaavuus HCV-kannan oletetun genomisen sekvenssin ja esimerkiksi CDC/HCV1 cDNA:n välillä voidaan määrittää alalla tunnetuilla menetelmillä. Ne voidaan esimer-10 kiksi määrittää vertaamalla suoraan polynukleotidi-informaatiota oletetusta HCV:stä ja tässä kuvailtua HCV cDNA -sekvenssiä (sekvenssejä) toisiinsa. Ne voidaan määrittää myös polynukleotidien hybridisaation avulla olosuhteissa, joissa muodostuu pysyviä duplekseja homologisten alueiden välillä 15 (esimerkiksi olosuhteissa, joita käytettäisiin ennen Si-pil-kontaa), jota hybridisaatiota seuraa pilkkominen yksijuos-teisen spesifisen nukleaasin (nukleaasien) avulla, jota seuraa pilkontafragmenttien koon määrittäminen.
20 Johtuen HCV-kantojen tai -isolaattien evolutionistisestä yhteydestä, oletetut HCV-kannat tai -isolaatit voidaan identifioida homologiasta polypeptiditasolla. HCV-kantojen tai -isolaattien homologian otaksutaan yleisesti olevan vähintään 10 %, enemmän kuin noin 40 %, luultavasti enemmän kuin noin 25 70 % ja vielä luultavammin enemmän kuin noin 80 %, ja joiden- ·;· kin homologia voi olla jopa enemmän kuin 90 % polypeptidi tasolla. Menetelmät aminohapposekvenssihomologian määrittämiseksi tunnetaan alalla. Aminohapposekvenssi voidaan esimerkiksi määrittää suoraan ja sitä voidaan verrata tässä yhtey-30 dessä esitettyihin sekvensseihin. Vaihtoehtoisesti voidaan määrittää oletetun HCV:n genomisen aineen nukleotidisekvenssi ♦· (tavallisesti cDNA-välituotteen kautta), sen koodittama ole tettu aminohapposekvenssi voidaan määrittää ja vastaavia alueita vertailla.
Tässä yhteydessä käytettynä, määrätystä sekvenssistä "saatu" polynukleotidi tarkoittaa polynukleotidisekvenssiä, joka käsittää sekvenssin, joka sisältää suunnilleen vähintään noin 6 35 11 111645 nukleotidiä, edullisesti vähintään noin 8 nukleotidiä, edullisemmin vähintään noin 10-12 nukleotidiä ja vielä edullisemmin vähintään noin 15-20 nukleotidiä, jotka vastaavat aluetta määrätyssä nukleotidissä. "Vastaava" tarkoittaa mää-5 rätylle sekvenssille homologista tai komplementaarista. Alueen sekvenssi, josta polynukleotidi saadaan, on edullisesti homologinen tai komplementaarinen HCV-genomille tunnusomaiselle sekvenssille. Se, onko sekvenssi tunnusomainen HCV-genomille, voidaan määrittää alaa tuntevien tuntemilla tek-10 nilkoilla. Sekvenssiä voidaan esimerkiksi verrata sekvens-seihin tietopankeissa, esim., Genebank, sen määrittämiseksi, onko se läsnä infektoitumattomassa isännässä tai muissa organismeissa. Sekvenssiä voidaan verrata myös muiden virusten tunnettuihin (kuten prioriteettipäivämäärän) sekvensseihin, 15 mukaan lukien ne, joiden tiedetään aiheuttavan hepatiittia, esim., HAV, HBV ja HDV, ja Flaviviridae-ryhmän jäsenet. Saadun sekvenssin vastaavuus tai vastaamattomuus muiden sekvenssien suhteen voidaan määrittää myös hybridisaation avulla sopivan kovissa olosuhteissa. Hybridisaatiomenetelmät nukleii-20 nihapposekvenssien komplementaarisuuden määrittämiseksi ovat alalla tunnettuja ja niitä käsitellään jäljempänä. Lähemmin myös esimerkiksi Maniatis et ai., (1982). Sen lisäksi hybri-disaatiolla muodostuneet dupleksipolynukleotidien vastinpa-rittomuudet voidaan määrittää tunnetuilla menetelmillä, mu-25 kaan lukien esimerkiksi pilkkominen nukleaasilla kuten ·; Slrllä, joka pilkkoo spesifisesti yksijuosteiset alueet po- lynukleotididuplekseissa. Alueisiin, joista tyypilliset DNA-sekvenssit voidaan "saada", lukeutuvat niihin rajoittumatta esimerkiksi spesifisiä epitooppeja koodittavat alueet samoin 30 kuin ei-kopioidut ja/tai ei-luetut alueet.
Saatu polynukleotidi ei välttämättä ole fysikaalisesti saatu esitetystä nukleotidisekvenssistä, vaan se voidaan luoda jollakin tavalla, mukaan lukien esimerkiksi kemiallinen synteesi 35 tai DNA:n replikaatio tai käänteiskopiointi tai kopiointi. Alueyhdistelmiä, jotka vastaavat määrätyn sekvenssin sekvenssiä, voidaan lisäksi modifioida alalla tunnetuilla tavoilla aiottua käyttöä vastaavaksi.
12 111645
Polypeptidi- tai aminohapposekvenssi, joka on "saatu" määrätystä aminohappo- tai nukleiinihapposekvenssistä, tarkoittaa vastaavasti polypeptidiä, jonka aminohapposekvenssi on ident-5 tinen polypeptidisekvenssin kanssa, joka on kooditettuna sekvenssissä tai sen osassa, jolloin osa käsittää vähintään 3-5 aminohappoa ja edullisemmin 11-15 aminohappoa, tai joka on immunologisesti identtinen, polypeptidin kanssa, joka on kooditettuna sekvenssissä. Tämä terminologia käsittää myös po-10 lypeptidin, joka on ilmennetty määrätystä nukleiinihapposekvenssistä .
Yhdistelmäpolypeptidi tai johdettu polypeptidi ei välttämättä ole luettu määrätystä nukleiinihapposekvenssistä; se voidaan 15 saada aikaan jollakin tavalla, joita ovat esimerkiksi kemiallinen synteesi tai yhdistelmäekspressiosysteemin ilmentäminen tai eristäminen HCV:stä, mukaan lukien mutatoitu HCV. Yhdistelmäpolypeptidi tai johdettu polypeptidi voi sisältää yhden tai useamman aminohappoanalogin tai ei-luonnollisena esiintykö vän aminohapon sekvenssissään. Menetelmät aminohappoanalogien liittämiseksi sekvenssiin ovat alalla tunnettuja. Ne voivat sisältää myös yhden tai useamman leiman, jotka ovat alaa tuntevien tiedossa.
25 Tässä yhteydessä käytettynä ilmaus "yhdistelmäpolynukleotidi" *: tarkoittaa alkuperältään genomista, cDNA:sta saatua, puo lisynteettistä tai synteettistä polynukleotidiä, joka alkuperänsä tai manipuloinnin nojalla: (1) ei liity kokonaan tai osaksi polynukleotidiä, jonka kanssa se on liittynyt yhteen 30 luonnossa, (2) on liittynyt polynukleotidiin, joka on eri kuin mihin se on liittynyt luonnossa tai (3) ei esiinny luon-*; nossa.
Tässä yhteydessä käytettynä ilmauksella "polynukleotidi" tar-35 koitetaan minkä tahansa pituista polymeeristä nukleotidimuo- toa, joko ribonukleotidejä tai deoksiribonukleotidejä. Tämä ilmaus tarkoittaa vain molekyylin primäärirakennetta. Tämä ilmaus sisältää siten kaksi- ja yksijuosteisen DNA:n ja 13 111645 RNA:n. Se sisältää myös tunnetut modifikaatiot, esimerkiksi alalla tunnetut leimat, metylaation, "cap"-alueet, yhden tai useamman luonnossa esiintyvän nukleotidin korvaamisen analogilla, nukleotidien väliset modifikaatiot, kuten esimerkiksi 5 modifikaatiot varauksettomien liitosten kanssa (esim., metyy-‘ lifosfonaatit, fosfotriesterit, fosfoamidaatit, karbamaatit jne.) ja varauksellisten liitosten kanssa (esim., fosforitio-aatit, fosforiditioaatit jne.), modifikaatiot, jotka sisältävät sivuryhmäosia, kuten esimerkiksi proteiineja (mukaan lu-10 kien esim., iiukleaasit, toksiinit, vasta-aineet, signaalipep-tidit, poly-L-lysiini jne.), modifikaatiot väliin sijoitettujen aineiden kanssa (esim., akridiini, psoraleeni jne.), modifikaatiot, jotka sisältävät kelaatinmuodostajia (esim., metallit, radioaktiiviset metallit, boori, hapettavat metallit 15 jne.), modifikaatiot, jotka sisältävät alkylaattoreita, modi fikaatiot modifioitujen liitosten kanssa (esim., alfa-anomeeriset nukleiinihapot jne.) samoin kuin polynukleotidin modifioimattomat muodot.
20 "Puhdistettu" polypeptidi tarkoittaa polypeptidiä, joka on tilassa, joka ei olennaisesti sisällä muita polypeptidejä, so., koostumuksessa, joka sisältää vähintään noin 50 paino-% (haluttu polypeptidi/kokonaispolypeptidi koostumuksessa), edullisesti vähintään noin 70 % ja vielä edullisemmin vähin-25 tään noin 90 % haluttua polypeptidiä välittämättä ei-prote- ·: iinisista aineista koostumuksessa. Alalla tunnetaan menetel mät viruspolypeptidien puhdistamiseksi. Puhdistetut vasta-aineet määritellään samalla tavoin. 1 2 3 4 5 6 "Yhdistelmäisäntäsolut", "isäntäsolut", "solut", "solulin- 2 jat", "soluviljelmät" ja muut sellaiset ilmaukset, jotka mer- 3 kitsevät mikro-organismeja tai korkeampia eukaryoottisia so- 4 lulinjoja viljeltyinä yksisolukokonaisuuksina, tarkoittavat 5 soluja, joita voidaan tai joita on käytetty vastaanottajina 6 yhdistelmävektorille tai muulle siirto-DNA:lie, ja käsittävät alkuperäisen transfektoidun solun jälkeläisiä. On ymmärrettävä, että yksittäisen lähtösolun jälkeläiset eivät välttämättä ole täysin identtiset morfologian ja genomisen DNA:n tai ko- 14 111645 konais-DNA:n osalta kuin alkuperäinen lähtösolu johtuen luonnollisesta, satunnaisesta tai tarkoituksellisesta mutaatiosta .
5 "Replikoni" on mikä tahansa geneettinen elementti, esim., plasmidi, kromosomi, virus, kosmidi yms., joka käyttäytyy itsenäisen yksikön tavoin polynukleotidireplikaatiossa solussa; so., kykenee itseohjattuun replikaatioon.
10 "Vektori" on replikoni, johon toinen polynukleotidiosa on kiinnittynyt, jotta saadaan aikaan kiinnittyneen osan repli-kaatio ja/tai ilmentyminen.
"Säätelysekvenssi" tarkoittaa polynukleotidisekvenssejä, jot-15 ka ovat välttämättömiä kooditussekvenssien ilmentymisen toteuttamiselle, joihin ne on liitetty. Sellaisten säätelysek-venssien luonne on erilainen isäntäorganismista riippuen; prokaryooteilla sellaiset säätelysekvenssit käsittävät yleensä promoottorin, ribosomin sitoutumiskohdan ja terminaatto-20 rit; eukaryooteilla sellaiset säätelysekvenssit käsittävät yleensä promoottorit, terminaattorit ja joissakin tapauksissa tehostinsekvenssit. Ilmauksen "säätelysekvenssit" on tarkoitettu sisältävän ainakin kaikki komponentit, joiden läsnäolo on välttämätön ilmentymiselle, ja siihen voi sisältyä myös 25 lisäkomponentteja, joiden läsnäolo on edullista, esimerkiksi ·; ohjaussekvenssejä.
"Toimivasti kytketty" viittaa vierekkäisyyteen, jolloin siten kuvaillut komponentit ovat yhteydessä toisiinsa, mikä mahdol-30 listaa niiden toiminnan tarkoituksenmukaisella tavalla. Koodi tussekvenssiin "toimivasti kytketty" säätelysekvenssi lii-tetään siten, että kooditussekvenssin ilmentyminen saadaan aikaan olosuhteissa, jotka sopivat säätelysekvensseille.
35 "Avoin lukukehys" (ORF) on polynukleotidin alue, joka koodit-taa polypeptidiä; tämä alue voi käsittää osan kooditussek-venssistä tai kokonaisen kooditussekvenssin.
15 ' 111645 "Kooditussekvenssi" on polynukleotidisekvenssi, joka kopioidaan mRNA:ksi ja/tai luetaan polypeptidiksi asetettaessa sopivien säätelysekvenssien ohjaukseen. Translaation aloitus-kodoni 5'-päässä ja translaation lopetuskodoni 3'-päässä mää-5 räävät kooditussekvenssin rajat. Kooditussekvenssi voi sisältää niihin rajoittumatta mRNA-, cDNA- ja yhdistelmäpo-lynukleotidisekvenssit.
"Immunologisesti identifioitava" viittaa epitoopin (epitoop-10 pien) ja polypeptidi(e)n läsnäoloon, jotka ovat läsnä myös kyseisessä polypeptidissä (polypeptideissä), tavallisesti HCV-proteiineissa. Immunologinen identtisyys voidaan määrittää vasta-aineen sitoutumisella ja/tai kilpailulla sitoutumisessa; nämä tekniikat ovat tuttuja alaa yleisesti tunteville. 15 "Epitooppi" tarkoittaa tässä yhteydessä käytettäessä polypep-tidin antigeenistä determinanttia. Epitooppi voisi sisältää 3 tai useampia aminohappoja, jotka määräävät vasta-aineen sitoutumiskohdan. Epitooppi sisältää yleensä 5 aminohappoa ja 20 joskus vähintään 8 aminohappoa. Epitooppikartoitusmenetelmät ovat alalla tunnettuja.
Polypeptidi on "immunologisesti reaktiivinen" vasta-aineen kanssa, jos se sitoutuu vasta-aineeseen johtuen vasta-aineen 25 tunnistamisesta spesifisen, polypeptidin sisältämän epitoopin ·: avulla. Immunologinen reaktiivisuus voidaan määrittää vasta- aineen sitoutumisen avulla, erityisemmin vasta-aineen sitou-misen kinetiikan avulla ja/tai sitoutumiskilpailulla käyttäen kilpailijana (kilpailijoina) tunnettua polypeptidiä (polypep-30 tidejä), joka sisältää epitoopin, jota vastaan vasta-aine on kohdistettu. Alalla tunnetaan menetelmät sen määrittämiseksi, onko polypeptidi immunologisesti reaktiivinen vasta-aineen kanssa.
35 'Ilmauksella "vasta-aine" tarkoitetaan tässä yhteydessä käytettynä polypeptidiä tai polypeptidiryhmää, joka sisältää vähintään yhden vasta-aineen tarttumiskohdan. "Vasta-aineen tarttumiskohta" tai "sitoutumisdomeeni" muodostuu vasta-ai- 16 111645 nemolekyyli(e)n variaabelidomeenien laskostumisesta, jolloin muodostuu kolmiulotteisia sitoutumistiloja, joiden sisäpinnan muoto ja varausjakautuma ovat komplementaariset antigeenin epitoopin tunnusmerkkien kanssa, mikä mahdollistaa immunolo-5 gisen reaktion antigeenin kanssa. Vasta-aineen tarttumiskohta voi olla muodostunut raskas- ja/tai kevytketjudomeenista (VH ja vastaavasti Vl) , jotka muodostavat hypervariaabeleita silmukoita, jotka myötävaikuttavat antigeenin sitoutumiseen. Ilmaus "vasta-aine" käsittää esimerkiksi selkärankaisten vasta-10 aineet, hybridivasta-aineet, kimeeriset vasta-aineet, muutetut vasta-aineet, yhdenarvoiset vasta-aineet, Fab-proteiinit ja yksidomeeniset vasta-aineet.
Tässä yhteydessä käytettynä "yksidomeeninen vasta-aine" (dAb) 15 on vasta-aine, joka käsittää VH-domeenin, joka reagoi immuno-logisesti määrätyn antigeenin kanssa. dAb ei sisällä VL-do-meenia mutta se voi sisältää muita antigeenin sitoutumisdo-meeneja, joita tiedetään vasta-aineilla olevan, esimerkiksi kappa- ja lambdadomeeneja. Alalla tunnetaan menetelmiä dAb:n 20 valmistamiseksi. Lähemmin esimerkiksi Ward et ai., (1989).
Vasta-aineet voivat koostua myös VH- ja VL-domeeneista samoin kuin muista antigeeniä sitovista domeeneista. Esimerkkejä tämäntyyppisistä vasta-aineista ja menetelmistä niiden val-25 mistamiseksi tunnetaan alalla (lähemmin esim., US-patentti 4 ·: . 816 467, joka on tässä sisällytetty viitteenä) ja sisältävät seuraavia. Esimerkiksi "selkärankaisen vasta-aineet" tarkoittavat vasta-aineita, jotka ovat tetrameerejä tai niiden yhdistelmiä, jotka sisältävät raskas- ja kevytketjuja, jotka 30 ovat tavallisesti ryhmittyneet "Y"-konfiguraatioon, ja joiden ketjujen välillä voi olla tai ei ehkä ole kovalenttisia sidoksia. Selkärankaisten vasta-aineissa tietyn vasta-aineen kaikkien ketjujen aminohapposekvenssit ovat homologisia ketjujen kanssa, joita tavataan lymfosyytin yhdessä vasta-35 aineessa, joka lymfosyytti tuottaa mainittua vasta-ainetta in situ tai in vitro (esimerkiksi hybridoomissa). Selkärankaisten vasta-aineet käsittävät tyypillisesti natiiveja vasta-aineita, esimerkiksi puhdistettuja polyklonaalisia vasta- .111645 17 aineita ja monoklonaalisia vasta-aineita. Esimerkkejä näiden vasta-aineiden valmistusmenetelmistä kuvaillaan jäljempänä.
"Hybridivasta-aineet" ovat vasta-aineita, joissa yksi raskas-5 ja kevytketjupari on homologinen ensimmäisen vasta-aineen raskas- ja kevytketjuparin kanssa, kun taas toinen raskas- ja kevytketjupari on homologinen toisen, erilaisen vasta-aineen raskas- ja kevytketjuparin suhteen. Kumpikin näistä kahdesta parista sitoo tyypillisesti erilaisia epitooppeja, erityises-10 ti eri antigeenien pinnoilla. Tästä on seurauksena "kaksiarvoisuus" -ominaisuus, so., kyky sitoa kahta antigeeniä samanaikaisesti. Sellaisia hybridejä voidaan muodostaa myös käyttäen kimeerisiä ketjuja kuten jäljempänä on esitetty.
15 "Kimeeriset vasta-aineet" ovat vasta-aineita, joissa raskas-ja/tai kevytketjut ovat fuusioproteiineja. Ketjujen konstant-tialue on tyypillisesti yhdestä tietystä lajista ja/tai ryhmästä ja variaabelidomeenit ovat eri lajista ja/tai ryhmästä. Mukaan luetaan myös mikä tahansa vasta-aine, jossa jompikumpi 20 tai kumpikin raskas- ja kevytketjuista koostuvat sekvenssiyh-distelmistä, jotka jäljittelevät vasta-ainesekvenssejä eri lajeissa, olivatpa nämä lähteet peräisin eri ryhmistä tai eri lajeista, ja sijaitsipa fuusiokohta variaabeli/konstanttira-jalla tai ei. On mahdollista siten tuottaa vasta-aineita, 25 joissa sekä konstantti- että variaabelialue ei jäljittele ♦; tunnettuja vasta-ainesekvenssejä. Sen jälkeen oli mahdollista konstruoida vasta-aineita, joiden variaabelialueella on korkeammat spesifiset af fiinisuudet tiettyyn antigeeniin, tai joiden konstanttialue voi saada aikaan komplementin fiksaati-30 on, tai tehdä muita parannuksia tietylle konstanttialueelle kuuluvissa ominaisuuksissa.
* * • «
Toinen esimerkki käsittää "muunnetut vasta-aineet", joka tarkoittaa vasta-aineita, joissa luonnollisena esiintyvä amino-35 happosekvenssi selkärankaisen vasta-aineessa on vaihdettu toiseen. Käyttämällä hyväksi yhdistelmä-DNA -menetelmiä voidaan konstruoida vasta-aineita haluttujen ominaisuuksien saavuttamiseksi. Mahdollisia muunnelmia on useita ja ne kä- 18 111645 sittävät yhden tai useamman aminohapon vaihtamisen tai alueen, esimerkiksi konstanttialueen kokonaan uudelleenkonst-ruoinnin. Muutoksia konstanttialueella voidaan yleisesti tehdä, jotta saadaan aikaan haluttuja soluprosessiominaisuuksia, 5 esim., muutoksia komplementin fiksaatiossa, vuorovaikutuksessa membraaneilla ja muita säätelytekijäfunktioita. Muutoksia variaabelialueella voidaan tehdä antigeenin sitovissa ominaisuuksissa. Vasta-aine voidaan myös muokata, kun halutaan auttaa molekyylin tai aineen spesifisessä kuljetuksessa tiettyyn io soluun tai kudospaikkaan. Halutut muutokset voidaan tehdä tunnetuilla molekyylibiologian menetelmillä, esim., yhdistel-mä-DNA -menetelmillä, paikkakohdennetun mutatoinnin avulla jne.
15 Vielä toisena esimerkkinä ovat "yhdenarvoiset vasta-aineet", jotka ovat yhdistelmiä, jotka käsittävät raskasketju/kevyt-ketjudimeerin sitoutuneena toisen raskasketjun Fc (so., kons-tanttiin) -alueeseen. Tämäntyyppinen vasta-aine välttyy antigeeniseltä modulaatiolta. Lähemmin esim., Glennie et ai. , 20 (1982) .
Vasta-ainemääritelmä pitää sisällään myös vasta-aineiden "Fab"-fragmentit. "Fab"-alue tarkoittaa niitä raskas- ja ke-vytketjujen osia, jotka ovat suunnilleen vastaavia tai analo-25 gisia sekvensseihin nähden, jotka käsittävät raskas- ja ke-vytketjujen haarautuneen osan, ja joiden on osoitettu im-munologisesti sitoutuvan spesifiseen antigeeniin, mutta joista puuttuu Fc-säätelyosa. "Fab" sisältää yhden raskasketjun ja yhden kevytketjun yhdistelmiä (tunnetaan yleensä nimellä 30 Fab') samoin kuin tetrameerejä, jotka sisältävät 2H- ja 2L-ketjut (nimellä F{ab)2), jotka kykenevät valikoivasti reagoi- » maan määrätyn antigeenin tai antigeeniperheen kanssa. "Fab"-vasta-aineet voidaan jakaa alaryhmiin analogisesti edellä kuvailtujen ryhmien kanssa, so., "selkärankaisen Fab", "hyb-35 ridi-Fab", "kimeerinen Fab" ja "muunnettu Fab". Alalla tunnetaan menetelmät vasta-aineiden "Fab"-palojen tuottamiseksi, esimerkiksi proteolyysi ja synteesi yhdistelmämenetelmien avulla.
19 111645
Ilmaukseen "vasta-aineet" luetaan myös yksiketjuiset antigeenin sitovat (SCA) proteiinit kuten sellaiset, joita Schlom, J. on kuvaillut julkaisussa Cancer research, 15. kesäkuuta, 5 1992 (samoin kuin siinä siteeratuissa artikkeleissa).
Tässä yhteydessä käytettynä ilmaus "immunogeeninen polypepti-di" on polypeptidi, joka saa aikaan soluun liittyvän tai elimistön nesteisiin liittyvän immuunivasteen, joko yksin tai 10 kytkettynä kantajaan adjuvanssin läsnäollessa tai sen puuttuessa .
Ilmaus "polypeptidi" tarkoittaa aminohappopolymeeriä eikä viittaa tuotteen määrättyyn pituuteen; polypeptidimääritelmän 15 piiriin luetaan siten peptidit, oligopeptidit ja proteiinit. Tämä ilmaus ei myöskään tarkoita polypeptidin ilmenemisen jälkeisiä modifikaatioita eikä sulje niitä pois, esimerkiksi glykosylaatio, asetylaatio, fosforylaatio ja vastaavat modifikaatiot. Määritelmä sisältää esimerkiksi polypeptidit, jot-20 ka sisältävät yhden tai useamman aminohappoanalogin (mukaan lukien esimerkiksi luonnossa esiintymättömät aminohapot jne.), polypeptidit, joiden sidokset on korvattu, samoin kuin muut alalla tunnetut modifikaatiot, sekä luonnollisina esiintyvät että ei-luonnollisina esiintyvät.
25 "Transformaatiolla" tarkoitetaan tässä yhteydessä käytettynä ulkopuolisen polynukleotidin liittämistä isäntäsoluun, riippumatta liittämiseen käytetystä menetelmästä, esimerkiksi suora sisäänotto, transduktio, f-pariutus tai elektroporaa-30 tio. Ulkopuolinen polynukleotidi voidaan säilyttää ei-integ-roituvana vektorina, esimerkiksi plasmidina, tai se voidaan vaihtoehtoisesti integroida isännän genomiin.
"Yksilöllä" tarkoitetaan tässä yhteydessä käytettynä sel-35 kärankaisia, erityisesti nisäkkäisiin kuuluvia jäseniä, ja termi käsittää niihin rajoittumatta eläimet (esim. koirat, kissat, nautakarjan, siat, vuohet, kanit, hiiret, rotat, mar- 20 111645 sut jne.) ja kädelliset, mukaan lukien apinat, simpanssit, paviaanit ja ihmiset.
Tässä yhteydessä käytettynä nukleiinihapon "templaattijuoste" 5 ("sense strand") sisältää sekvenssin, joka on sekvenssihomo-loginen mRNA:n kanssa. "Kooditusjuoste" ("anti-sense strand") sisältää sekvenssin, joka on komplementaarinen "templaatti-juosteen" sekvenssin kanssa.
10 Tässä yhteydessä käytettynä viruksen "juosteeltaan positiivinen genomi" on genomi, joko RNA tai DNA, joka on yksijuostei-nen, ja koodittaa viruspolypeptidiä (-polypeptidejä). Esimerkkeihin juosteeltaan positiivisista RNA-viruksista lukeutuvat ryhmät Togaviridae, Coronaviridae, Retroviridae, Picor-15 naviridae ja Caliciviridae. Mukaan luetaan myös ryhmä Fla-viviridae, joka aikaisemmin luokiteltiin ryhmään Togaviridae. Katso Fields & Knipe (1986).
Ilmauksella "vasta-aineen sisältävä kehon osa" tarkoitetaan 20 tässä yhteydessä yksilön kehon osaa, joka on kiinnostuksen kohteena olevan vasta-aineen lähde. Alalla tunnetaan vasta-ainetta sisältäviä kehon osia ja niitä ovat niihin rajoittumatta esimerkiksi plasma, seerumi, selkäydinneste, imuneste, ihon ulkopuoliset osat, hengitys-, suolisto- ja sukupuoli- ja 25 virtsaelinkanavat, kyyneleet, sylki, maito, valkosolut ja myeloomat.
"Biologisella näytteellä" tarkoitetaan tässä yhteydessä käytettynä yksilöstä eristettyä kudos- tai nestenäytettä, mukaan 30 lukien niihin rajoittumatta esimerkiksi plasma, seerumi, selkäydinneste, imuneste, ihon ulkopuoliset osat, hengitys-, ♦♦ suolisto- ja virtsa- ja sukupuolielinkanavat, kyyneleet, syl ki, maito, verisolut, tuumorit, elimet ja myös näytteet in vitro soluviljelyaineosista (mukaan lukien niihin rajoittu-35 matta solujen osittain käyttämä alusta, joka on tuloksena solujen kasvusta soluviljelyalustassa, oletettavasti virusin-fektoidut solut, yhdistelmäsolut ja solukomponentit).
21 111645 II. Keksinnön kuvailu
Keksinnön mukaisessa käytännössä käytetään, ellei toisin ole ilmoitettu, molekyylibiologian, mikrobiologian, yhdistelmä-5 DNA -tekniikan ja immunologian tavanomaisia menetelmiä, jotka ovat alan tietämyksen mukaisia. Sellaisia menetelmiä tuodaan esille kokonaisuudessaan kirjallisuudessa. Lähemmin, esimerkiksi Maniatis, Fitsch & Sambrook, "Molecular Cloning: A Laboratory Manual" 81982); "DNA Cloning, volyymit I ja II (D.N. 10 Glover edit. 1985); "Oligonucleotide Synthesis" (M.J. Gait edit. 1984); "Nucleic Acid Hybridization" (B.D. Hames & S.J. Higgins edit. 1984); "Transcription and Translation" (B.D. Hames & S.J. Higgins edit. 1984); "Animal Cell Culture" (R.I. Freshney edit. 1986); "Immobilized Cells and Enzymes" (IRL 15 Press, 1986); B. Perbal, "A Practical Guide to Molecular Cloning" (1984); Sarja "Methods in Enzymology" (Academic Press Inc.); "Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells" (J.H. Miller ja M.P. Calos edit. 1987, Cold Spring Harbor Laboratory), Meth. Enzymol. Vol. 154 ja 155 (Wu ja Grossman, ja vastaavas-20 ti Wu, edit.), Mayer ja Walker, edit. (1987), "Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology" (Academic Press, London) ; Scopes, (1987) "Protein Purification: Principles and
Practice", toinen painos (Springer-Verlag, N.Y.); ja "Handbook of Experimental Immunology", volymit I-IV (D.M. Weir ja 25 C.C. Blackwell edit. 1986). Kaikki tässä yhteydessä mainitut _ patentit, patenttihakemukset ja julkaisut, sekä edellä että jäljempänä, ovat tässä sisällytettyinä viitteinä. 1 22 111645 II.A. Typistettyjä HCV-poIypeptidejä Tämän keksinnön mukaiset aineet ja menetelmät tehdään mahdollisiksi identifioimalla jäljempänä uusia HCV-epitooppeja.
5 Tietämys näistä epitoopeista (tai antigeenisistä alueista) mahdollistaa typistettyjä HCV-sekvenssejä sisältävien poly-peptidien konstruoinnin, joita voidaan käyttää immunologisina reagensseina.
10 Vähintään yhden virusepitoopin koodin sisältävät typistetyt HCV-aminohapposekvenssit ovat käyttökelpoisia immunologisina reagensseina. Esimerkiksi, polypeptidejä, jotka sisältävät sellaisia typistettyjä sekvenssejä, voidaan käyttää reagensseina immunomäärityksessä. Nämä peptidit ovat myös ehdolla 15 olevia antigeenialayksikköjä koostumuksissa antiseerumituotantoon tai rokotteisiin. Vaikka näitä typistettyjä sekvenssejä voidaan tuottaa natiivin virusproteiinin erilaisten tunnettujen käsittelyjen avulla, on yleensä edullista valmistaa HCV-sekvenssin sisältäviä synteettisiä peptidejä tai yhdis-20 telmäpolypeptidejä. Näitä typistettyjä HCV-sekvenssejä sisältäviä polypeptidejä voidaan valmistaa kokonaan HCV-sekvens-seistä (yksi tai useampi epitooppi, joko vierekkäinen tai ei-vierekkäinen) tai HCV-sekvensseistä ja heterologisista sekvensseistä fuusioproteiinissa. Käyttökelpoisia heterologisia 25 sekvenssejä ovat sekvenssit, jotka saavat aikaan erittymisen *: yhdistelmäisännästä, tehostavat HCV-epitoopin (-epitooppien) immunologista reaktiivisuutta tai helpottavat polypeptidin kytkemistä imunomäärityskantajaan tai rokotekantajaan. Lähemmin esim., EPO-julkaisu 116 201; US-patentti 4 722 840; EPO-30 julkaisu 259 149; US-patentti 4 629 783, jotka julkaisut ovat tässä sisällytettyinä viitteenä.
• ·
Typistettyjä HCV-sekvenssejä sisältävien peptidien koko voi vaihdella laajasti, minimikoon ollessa HCV-epitoopin aikaan-35 saamiseksi riittävän kokoinen sekvenssi, kun taas maksimikoko ei ole ratkaiseva. Maksimikoko ei mukavuussyistä tavallisesti ole olennaisesti suurempi kuin mikä tarvitaan aikaansaamaan halutut HCV-epitoopit ja heterologisen sekvenssin toiminto 23 111645 (toiminnot), jos mahdollista. Typistetyn HCV-aminohapposekvenssin koko vaihtelee tyypillisesti alueella noin 5 (tai 8) - noin 100 aminohappoa pituutta. Tyypillisemmin kuitenkin HCV-sekvenssi on pituudeltaan enintään 50 (tai 40) aminohap-5 poa, ja joskus enintään noin 20, 25 tai 30 aminohappoa. On tavallisesti edullista valita HCV-sekvenssit sisältämään vähintään noin 8, 10, 12 tai 15 aminohappoa.
Esimerkkejä typistetyistä, käyttökelpoisista tässä kuvailit) luista HCV-aminohapposekvensseistä (oktameereistä) esitetään jäljempänä esimerkeissä. Tulisi ymmärtää, että nämä peptidit eivät välttämättä kartoita täsmällisesti yhtä epitooppia. Sekvenssin ei-immunogeeniset osat voidaan määritellä käyttäen tavanomaisia menetelmiä ja poistaa kuvailluista sekvensseis-15 tä. Sen lisäksi voidaan identifioida muita typistettyjä HCV- aminohapposekvenssejä, jotka sisältävät epitoopin tai ovat immunogeenisiä kuten tässä on kuvailtu.
Polypeptidituotteita, jotka sisältävät jäljempänä esitettäviä 20 typistettyjä HCV-aminohapposekvenssejä, voidaan valmistaa erillisinä peptideinä tai liitettyinä suurempaan polypepti-diin, ja niille voi olla käyttöä kuten tässä on kuvailtu.. Edullisissa käyttösovellutuksissa typistetyillä sekvensseillä El- ja/tai E2-domeeneista on käyttöä rokotteissa ja terapeut-25 tisissa tuotteissa. Vaikka yleisesti ottaen kaikilla domee-neilla on jonkin verran diagnostista käyttöä, C, NS3, NS4 ja NS5 ovat erityisen edullisia, C-epitooppien yhdistelmien epi-tooppien kanssa yhdestä tai useammasta NS3-, NS4- tai NS5-domeenista ollessa erityisen edullisia.
30 II.B. Polypeptidien valmistaminen o * ( HCV-aminohapposekvenssejä koodittavien DNA-sekvenssien saatavuus mahdollistaa ekspressiovektoreiden konstruoinnin, jotka 35 koodittavat polypeptidin antigeenisesti aktiivisia alueita (lähemmin esim. kuvio 2) . Näitä antigeenisesti aktiivisia alueita voidaan saada kuoren tai vaipan antigeeneistä tai ydinantigeeneistä tai antigeeneistä, jotka eivät ole raken- 111645 teellisiä, esimerkiksi polynukleotidin sitoutumisproteiin.it, polynukleotidipolymeraasi(t) ja muut virusproteiinit, joita tarvitaan replikaatioon ja/tai viruspartikkein kokoamiseen. Haluttuja peptidejä koodittavat fragmentit saadaan esimerkik-5 si virus-cDNA -klooneista käyttäen tavanomaista restriktio-pilkontaa tai synteettisillä menetelmillä, ja ligoidaan vek-toreihin, jotka voivat esimerkiksi sisältää osia fuusiosek-vensseistä, kuten esimerkiksi beeta-galaktosidaasi tai supe-roksididismutaasi (SOD), edullisesti SOD. Menetelmiä ja vek-10 toreita, jotka ovat käyttökelpoisia polypeptidien tuotantoon, jotka sisältävät SOD-fuusiosekvenssejä, kuvaillaan EP-jul-kaisussa 0196056, julkaistu 1. lokakuuta, 1986. Jaksoissa IV.B.l, IV.B.2 ja vastaavasti IV.B.4 kuvaillaan vektoreita, jotka koodittavat SOD- ja HCV-polypeptidien fuusiopolypepti-15 dejä, so., NANB5-1-1, NANBsi ja C100-3, joka on kooditettuna HCV-cDNA -yhdistelmässä. Mitä tahansa HCV cDNA:n osaa, joka sisältää avoimen lukukehyksen (tai sen synteettisen version), voidaan käyttää yhdistelmäpolypeptidin kuten valmiin proteiinin tai fuusioproteiinin ilmentämiseksi.
20 HCV-epitooppeja sisältävä polypeptidi voidaan vaihtoehtoisesti saada aikaan kemiallisen synteesin avulla käyttäen va-kiomenetelmiä, jotka perustuvat kuvioiden ja esimerkkien mukaiseen aminohapposekvenssiin.
25 •\ . Haluttua polypeptidiä koodittava DNA, joko fuusiomuodossa tai fuusioitumattomana, ja joko sisältäen tai ei sisältäen erityksen mahdollistavan signaalisekvensin, voidaan liittää eks-pressiovektoreihin, jotka sopivat mille tahansa sopivalle 30 isännälle. Tällä hetkellä käytetään sekä eukaryoottisia että prokaryoottisia isäntäsysteemejä yhdistelmäpolypeptidien muo-dostamiseen ja isäntäsolulinjoja esitetään EPO-julkaisussa 318 216. Polypeptidi eristetään sen jälkeen solulysaatista tai kasvualustasta ja puhdistetaan aiottua käyttöä varten 35 tarvittavassa määrin. Puhdistus voidaan suorittaa alalla tunnetuilla menetelmillä, esimerkiksi differentiaaliuutolla, suolafraktioinnilla, kromatografoimalla ioninvaihtohartseil-la, affiniteettikromatografiällä, sentrifugoimalla ja vastaa- 25 111645 villa menetelmillä. Lähemmin esimerkiksi, Methods in Enzymo-logy, erilaisia menetelmiä proteiinien puhdistamiseksi. Sellaisia peptidejä voidaan käyttää diagnostisina aineina, tai ne, jotka synnyttävät neutraloivia vasta-aineita, voidaan 5 formuloida rokotteiksi. Näitä peptidejä vastaan tehtyjä vasta-aineita voidaan myös käyttää diagnostisina aineina tai passiiviseen immunoterapiaan. Kuten jäljempänä on kuvailtu, vasta-aineet näitä polypeptidejä vastaan ovat lisäksi käyttökelpoisia esimerkiksi eristettäessä ja identifioitaessa HCV-10 partikkeleita.
HCV-polypeptidit voidaan eristää myös HCV-virioneista ja typistää (jos eivät jo ole). Virioneja voidaan kasvattaa HCVrllä infektoiduissa soluissa kudosviljelmässä tai infek-15 toituneessa isännässä.
II.C. Antigeenisten polypeptidien valmistaminen ja konjugointi kantajaan 20 Peptidin antigeeninen alue on yleensä verrattain pieni- - tavallisesti pituudeltaan 8-10 aminohappoa tai vähemmän. Niinkin vähän kuin 5 aminohappoa sisältävät fragmentit voivat karakterisoida antigeenisen alueen. Nämä osat voivat vastata HCV-antigeenin alueita. Sen mukaisesti, käytettäessä HCV:n 25 cDNA:ta pohjana, HCV-polypeptidien lyhyitä osia koodittavat ':· DNA:t voidaan ilmentää yhdistelmämuodossa joko fuusioprote- iineina tai eristettyinä polypeptideinä. Lyhyitä aminohappo-sekvenssejä voidaan lisäksi saada kemiallisen synteesin avulla. Tapauksissa, joissa syntetisoitu peptidi on oikeassa kon-30 figuraatiossa niin, että saadaan aikaan oikea epitooppi mutta on liian pieni ollakseen immunogeeninen, peptidi voidaan ··· kiinnittää sopivaan kantajaan.
Muutamia menetelmiä sellaisen liitoksen aikaansaamiseksi tun-35 netaan alalla, mukaanlukien disulfidisidosten muodostaminen käyttäen N-sukkinimidyyli-3-(2-pyridyylitio)propionaattia (SPDP) ja sukkinimidyyli-4-(N-maleimido-metyyli) sykloheksaa-ni-l-karboksylaattia (SMCC) saatuina Pierce Companyltä, Rock- 26 111645 ford,.Illinois, (jos peptidistä puuttuu sulfydryyliryhmä, tämä voidaan saada aikaan lisäämällä kysteiinitähde). Nämä rea-genssit muodostavat disulfidisidoksen niiden ja toisen proteiinin peptidikysteiinitähteiden välille ja amidisidoksen ly-5 siinissä olevan epsilon-aminon välityksellä, tai muun vapaan aminoryhmän välille toisessa proteiinissa. Useita sellaisia disulfidi/amidin muodostavia aineita tunnetaan. Lähemmin esim. Immun. Rev. (1982) 62:185. Toiset bifunktionaaliset kytkentäaineet muodostavat tioeetterisidoksen ennemmin kuin 10 disulfidisidoksen. Monet näistä tioeetterin muodostavista aineista ovat kaupallisesti saatavissa ja sisältävät 6-malei-midokapronihapon, 2-bromietikkahapon, 2-jodietikkahapon, 4-N-maleimido-metyyli)sykloheksaani-l-karboksyylihapon ja vastaavien happojen reaktiivisia estereitä. Karboksyyliryhmät voi-15 daan aktivoida yhdistämällä ne sukkinimidin tai 1-hydrok-syyli-2-nitro-4-sulfonihapon natriumsuolan kanssa. Muissa menetelmissä antigeenien kytkemiseksi käytetään rotavirus/ "sitoutumispeptidi" -systeemiä, jota kuvaillaan EPO-jul-kaisussa 259 149, joka julkaisu on sisällytetty tässä yh- 20 teydessä viitteenä. Edellä olevan luettelon ei ole tarkoitettu olevan kattava ja mainittujen yhdisteiden modifikaatioita voidaan selkeästi käyttää.
Mitä tahansa kantajaa voidaan käyttää, joka ei itse aiheuta 25 isännälle haitallisten vasta-aineiden tuotantoa. Sopivat kan-·: . tajat ovat tavallisesti suuria, hitaasti metaboloituvia mak romolekyylejä kuten proteiineja; polysakkaridejä, kuten la-teksifunktionalisoitu SepharoseR, agaroosi, selluloosa, sel-luloosahelmet ja vastaavat; polymeerisiä aminohappoja kuten 30 polyglutamiinihappo, polylysiini ja vastaavat; amino-happokopolymeerejä ja inaktiivisia viruspartikkeleita (lähemmin esimerkiksi Jakso II.D.). Erityisen käyttökelpoisia pro-teiinisubstraatteja ovat seerumin albumiinit, maljakotilon hemosyaniini, immunoglobuliinimolekyylit, tyroglobuliini, mu-35 nanvalkuainen, tetanustoksoidi ja muut alaa tuntevien hyvin tuntemat proteiinit.
27 111645 II.D. HCV-epitooppeia sisältävien hybridipartikkeli-immuno geenien valmistaminen HCV-epitooppien immunogeenisuutta voidaan myös tehostaa val-5 mistamalla ne nisäkäs- tai hiivasysteemeissä yhdistettynä tai kokoonpantuna partikkelin muodostavan proteiinin kanssa, kuten esimerkiksi sellaisen, joka liittyy hepatiitti B -pinta-antigeeniin. Lähemmin esim. US-patentti 4 722 840. Rakenteet, joissa HCV-epitooppi on kytketty suoraan partikkelin muodos-10 tavaan proteiiniin, kooditussekvenssit tuottavat hybridejä, jotka ovat immunogeenisiä HCV-epitoopin suhteen. Kaikki valmistetut vektorit sisältävät lisäksi HBV:lle spesifisiä epi-tooppeja, joiden immunogeenisuusaste vaihtelee, kuten esimerkiksi pre-S -peptidi. Partikkelin muodostavasta proteiinista 15 konstruoidut partikkelit, jotka sisältävät HCV-sekvenssejä, ovat siten immunogeenisiä HCV:n ja HBV:n suhteen.
Hepatiittipinta-antigeenin (HBSAg) on osoitettu muodostuvan ja tiivistyvän partikkeleiksi S. cerevisiaessa (P. Valenzuela 20 et ai. (1982)) samoin kuin esimerkiksi nisäkässoluissa (P. Valenzuela et ai. (1984). Sellaisten partikkeleiden muodostumisen on osoitettu tehostavan monomeerialayksikön immunogeenisuutta. Rakenteet voivat sisältää myös immunodominoivan HBSAg:n epitoopin, joka sisältää esipinta (pre-S) -alueen 55 25 aminohappoa. Neurath et ai. (1984). Hiivassa ilmentyviä pre-.. S-HBSAg -partikkelirakenteita kuvaillaan EPO-julkaisussa 174 444, julkaistu 19. maaliskuuta, 1986; hybridejä, jotka sisältävät heterologisia virussekvenssejä hiivaekspressiota varten, kuvaillaan EPO-julkaisussa 175 261, julkaistu 26. maa-30 liskuuta, 1966. Nämä rakenteet voidaan ilmentää myös nisä kässoluissa kuten kiinanhamsterin munasarjan (CHO) -soluissa ... käyttäen SV40-dihydrofolaattireduktaasivektoria (Michelle et ai. (1984)).
35 Osia partikkelin muodostavan proteiinin kooditussekvensseistä voidaan lisäksi korvata HCV-epitooppia koodittavilla kodo-neilla. Tässä korvauksessa alueet, joita ei tarvita välittämään yksikköjen kasautumista immunogeenisten partikkeleiden 111645 28 muodostamiseksi hiivassa tai nisäkkäässä, voidaan poistaa eliminoiden siten antigeenisten HBV-lisäpaikkojen kilpailu HCV-epitoopin kanssa.
5 II.G. Vasta-aineiden valmistaminen HCV-epitooppeja vastaan Tässä kuvailtuja immunogeenisiä polypeptidejä käytetään vasta-aineiden, mukaan lukien polyklonaaliset ja monoklonaaliset vasta-aineet, tuottamiseen. Jos halutaan polyklonaalisia vas-10 ta-aineita, valikoitu nisäkäs (esim., hiiri, kani, vuohi, hevonen yms.) immunisoidaan HCV-epitoopin (epitooppeja) sisältävän immunogeenisen polypeptidin kanssa. Immunisoidun eläimen seerumi kerätään talteen ja käsitellään tunnetuilla menetelmillä. Jos seerumi, joka sisältää polyklonaalisia vasta-15 aineita HCV-epitoopille, sisältää vasta-aineita muille antigeeneille, polyklonaaliset vasta-aineet voidaan puhdistaa im-munoaffiniteettikromatografiän avulla. Alalla tunnetaan tekniikat polyklonaalisten antiseerumien tuottamiseen ja prosessointiin, lähemmin esimerkiksi Mayer ja Walker (1987). Po-20 lyklonaalisia vasta-aineita voidaan vaihtoehtoisesti eristää nisäkkäästä, joka on aikaisemmin infektoitunut HCV:llä.
HCV-epitooppeja vastaan kohdistettuja monoklonaalisia vasta-aineita voidaan myös helposti tuottaa alaa tuntevan henkilön 25 toimesta. Yleinen teknologia monoklonaalisten vasta-aineiden •v valmistamiseksi hybridoomien avulla on hyvin tunnettua. Jat kuvasti lisääntyviä, vasta-aineita tuottavia solulinjoja voidaan saada aikaan solufuusion kautta ja myös muilla menetelmillä, kuten esimerkiksi B-lymfosyyttien suoralla trans-30 formoinnilla onkogeenisella DNA:11a tai transfektoinnilla Ep-stein-Barr -viruksen avulla. Lähemmin, esimerkiksi M. Schrei-er et ai. (1980) ; Hammerling et ai. (1981) ; Kennett et ai. (1980); myös US-patentit 4 341 761; 4 399 121; 4 427 783; 4 444 887; 4 466 917; 4 472 500; 4 491 632 ja 4 493 890. HCV-35 epitooppeja vastaan tuotettujen monoklonaalisten vasta-aineiden paneeleista voidaan seuloa erilaisia ominaisuuksia; so., isotooppi, epitooppiaffiinisuus jne.
29 111645
Vasta-aineet, sekä monoklonaaliset että polyklonaaliset, jotka on kohdistettu HCV-epitooppeja vastaan, ovat erityisen käyttökelpoisia diagnoosissa ja neutraloivat vasta-aineet ‘ ovat käyttökelpoisia passiivisessa immunoterapiassa. Erityi- 5 sesti monoklonaalisia vasta-aineita voidaan käyttää aikaansaamaan anti-idiotyyppisiä vasta-aineita.
Anti-idiotyyppiset vasta-aineet ovat immunoglobuliineja, jotka sisältävät infektiivisen agenssin antigeenin "sisäisen kulo van", jota vastaan suojaa halutaan. Lähemmin esimerkiksi Ni-sonoff, A., et ai., (1981) ja Dreesman et ai., (1985). Alalla tunnetaan menetelmät anti-idiotyyppisten vasta-aineiden tekemiseksi. Lähemmin esimerkiksi Grzych (1985), MacNamara et ai. (1984) ja Vytdehaag et ai. (1985). Nämä anti-idiotyyppiset 15 vasta-aineet voivat olla käyttökelpoisia myös NANBH:n hoitamiseen, rokottamiseen ja/tai diagnoosiin samoin kuin HCV-antigeenien immunogeenisten alueiden selvittämiseen.
II.H. Immunomääritvkset ia diagnostiset määritvspakkaukset 20
Sekä tässä kuvatut polypeptidit että vasta-aineet ovat käyttökelpoisia immunomäärityksissä HCV-vasta-aineiden läsnäolon tai viruksen ja/tai HCV-polynukleotidien (tai epitooppien) läsnäolon ilmaisemiseksi esimerkiksi biologisissa näytteissä. 25 Immunomääritysten suunnittelu on altis suurille vaihteluille .. ja alalla tunnetaan useita kokoonapanoja. Immunomäärityksessä käytetään hyväksi vähintään yhtä HCVrstä saatua virusepitoop-pia. Nämä epitoopit voivat olla peräisin samoista tai eri vi-ruspolypeptideistä ja ne voivat olla erillisissä yhdis-30 telmäpolypeptideissä tai luonnollisissa polypeptideissä tai yhdessä samoissa yhdistelmäpolypeptideissä. Im- r ' munomäärityksessä voidaan käyttää esimerkiksi monoklonaalista vasta-ainetta, joka on kohdistettu virusepitooppia (epitoop-peja) vastaan, monoklonaalisten vasta-aineiden yhdistelmää, 35 joka on kohdistettu yhden virusantigeenin epitooppeja vastaan, monoklonaalisia vasta-aineita, jotka on kohdistettu eri virusantigeenien epitooppeja vastaan, polyklonaalisia vasta-aineita, jotka on kohdistettu samaa virusantigeeniä vastaan 30 111645 tai polyklonaalisia vasta-aineita, jotka on kohdistettu eri virusantigeenejä vastaan. Toimintaohjeet voivat perustua esimerkiksi kilpaileviin tai suoraan reaktioon perustuviin tai kerrostyyppisiin määrityksiin. Toimintaohjeet voivat perustua 5 myös esimerkiksi kiinteiden alustojen (kantajien) käyttöön tai ne voivat käsittää immunosaostuksen. Useimmissa määrityksissä käytetään leimattua vasta-ainetta tai polypeptidiä; leimat voivat olla esimerkiksi entsymaattisia, fluoresoivia, kemiluminesoivia, radioaktiivisia tai värimolekyylejä. Määri-10 tykset, joissa signaalit monistetaan koettimesta, ovat myös tunnettuja; joista esimerkkejä ovat määritykset, joissa käytetään hyväksi biotiinia ja avidiinia, ja entsyymileimatut ja entsyymi välitteiset immunomääritykset kuten ELISA-määritykset (kuvailtu jäljempänä).
15 anti-HCV -vasta-aineen (-vasta-aineiden) immunomääritys käsittää tyypillisesti vasta-aineita sisältäväksi epäillyn tes-tinäytteen kuten biologisen näytteen valitsemisen ja preparoinnin, sen jälkeen sen inkuboinnin antigeenisen (so., epi-20 toopin sisältävän) HCV-polypeptidi(e)n kanssa olosuhteissa, jotka mahdollistavat antigeeni-vasta-ainekompleksien muodostumisen, ja sen jälkeen sellaisten kompleksien muodostumisen ilmaisemisen. Sopivat inkubointiolosuhteet tunnetaan alalla hyvin. Immunomääritys voi olla rajoituksetta heterogeenisessä 25 tai homogeenisessä kokoonpanossa ja tyypiltään standardi tai ·* kompetitiivinen.
Heterogeenisessä kokoonpanossa polypeptidi on tyypillisesti sidottu kiinteään kantajaan näytteen erottamisen helpottami-30 seksi polypeptidistä inkuboinnin jälkeen. Esimerkkejä käytettävissä olevista kiinteistä kantajista ovat nitroselluloosa » (esim., membraanin tai mikrotitrauskaivon muodossa), poly-vinyylikloridi (esim., levyinä tai mikrotitrauskaivoina, po-lystyreenilateksi (esim., helminä tai mikrotitrauslevyinä), 35 polyvinylidiinifluoridi (nimnellä ImmulonR) , diatsotoitu paperi, nailonmembraanit, aktivoidut helmet ja proteiini A -helmet. Esimerkiksi Dynatech ImmulonR 1 tai ImmulonR 2 -mikrot it raus levyjä tai 6,35 mm:set polystyreenihelmiä (Precision 31 111645
Plastic Ball) voidaan käyttää heterogeenisessä kokoonpanossa. Antigeenisen polypeptidin sisältävä kiinteä kantaja pestään tavallisesti sen erottamisen jälkeen testinäytteestä ja ennen sitoutuneiden vasta-aineiden ilmaisemista. Alalla tunnetaan 5 sekä vakiot että kompetitiiviset kokoonpanot.
Homogeenisessä kokoonpanossa testinäytettä inkuboidaan antigeenin kanssa liuoksessa. Se voi olla esimerkiksi olosuhteissa, jotka saostavat muodostuvat antigeeni-vasta-aine -komp-10 leksit. Näille määrityksille tunnetaan alalla sekä vakiot että kompetitiiviset kokoonpanot.
Standardikokoonpanossa vasta-aine-antigeeni -kompleksin muodostavien HCV-vasta-aineiden määrää seurataan suoraan. Tämä 15 voidaan toteuttaa määrittämällä, sitoutuvatko leimatut anti-ksenogeeniset (esim., anti-ihminen) vasta-aineet, jotka tunnistavat epitoopin anti-HCV -vasta-aineissa, johtuen komplek-sinmuodostuksesta. Kompetitiivisessä kokoonpanossa näytteen sisältämien HCV-vasta-aineiden määrä päätellään seuraamalla 20 tunnetun leimatun vasta-ainemäärän (tai muun kilpailevan li-gandin) kompetitiivistä vaikutusta sitoutumiseen kompleksissa.
Muodostuneet kompleksit, jotka sisältävät anti-HCV -vasta-25 aineen (tai kun kyseessä ovat kompetitiiviset määritykset, ... _ kilpailevan vasta-aineen määrä) , ilmaistaan jollakin muuta mista tunnetuista menetelmistä kokoonpanosta riippuen. Lei-maamattomat HCV-vasta-aineet kompleksissa esimerkiksi voidaan ilmaista käyttäen antiksenogeenisen Ig:n konjugaattia leiman 30 kanssa (esim., entsyymileiman kanssa).
* "·. Immunomäärityksissä, joissa HCV-polypeptidit muodostavat ana- lyytin, testinäytettä, tyypillisesti biologista näytettä, inkuboidaan anti-HCV -vasta-aineiden kanssa olosuhteissa, jotka 35 mahdollistavat antigeeni-vasta-aine -kompleksien muo dostumisen. Useita erilaisia kokoonpanoja voidaan käyttää. Esimerkiksi kerrosmääritystä ("sandwich") voidaan käyttää, jossa kiinteään kantajaan sitoutunutta vasta-ainetta inkuboi- 32 111645 daan testinäytteen kanssa; pestään; inkuboidaan toisen, leimatun, analyytin vasta-aineen kanssa ja kantaja pestään jälleen. Analyytti ilmaistaan määrittämällä onko toinen vasta-aine sitoutunut kantajaan. Kompetitiivisessä kokoonpanossa, 5 joka voi olla joko heterogeeninen tai homogeeninen, testi-näytettä inkuboidaan tavallisesti vasta-aineen kanssa ja leimattua kilpailevaa antigeeniä inkuboidaan myös joko perättäi-sesti tai samanaikaisesti. Alalla tunnetaan hyvin nämä ja muut kokoonpanot.
10
Tehokkaat järjestelmät HCV-infektion ilmaisemiseksi voivat käsittää epitooppipaneelien käyttämisen kuten edellä on kuvailtu. Epitoopit paneelissa voidaan konstruoida yhdeksi tai useammaksi polypeptidiksi. Vaihtelevien epitooppien määrityk-15 set voivat olla perättäisiä tai samanaikaisia.
Entsyymikytkeistä immunosorbenttimääritystä (ELISA) voidaan käyttää joko antigeeni tai vasta-aine-pitoisuuksien määrittämiseen. Tämä menetelmä perustuu entsyymin konjugaatioon jo-20 ko antigeeniin tai vasta-aineeseen ja siinä käytetään sidottua entsyymiaktiivisuutta kvantitatiivisena leimana. Vasta-aineen määrittämiseksi tunnettu antigeeni kiinnitetään kiinteään faasiin (esim., mikrolevy tai muovikuppi), inkuboidaan testiseerumilaimennusten kanssa, pestään, inkuboidaan 25 entsyymillä leimatun anti-immunoglobuliinin kanssa ja pestään .. uudelleen. Alalla tunnetaan leimaamiseen sopivia entsyymejä ja niitä ovat esimerkiksi piparjuuriperoksidaasi. Kiinteään faasiin sitoutunut entsyymiaktiivisuus mitataan lisäämällä spesifistä substraattia ja määrittämällä tuotteen muodostumi-30 nen tai substraatin kulutus kolorimetrisesti. Sitoutunut entsyymiaktiivisuus on suoraan verrannollinen sitoutuneen vasta- *· aineen määrään.
Antigeenin määrittämiseksi tunnettu spesifinen vasta-aine 35 kiinnitetään kiinteään faasiin, antigeenin sisältävä testiaine lisätään, kiinteä faasi pestään inkuboinnin jälkeen ja toinen entsyymileimattu vasta-aine lisätään. Pesun jälkeen lisätään substraatti ja entsyymiaktiivisuus arvioidaan kolo- 33 111645 rimetrisesti ja suhteutetaan antigeenipitoisuuteen. Reagens-sipakkaukset immunodiagnoosia varten, jotka sisältävät sopivia leimattuja reagensseja, konstruoidaan pakkaamalla sopivat aineet, mukaan lukien keksinnön mukaiset HCV-epitooppeja si-5 sältävät polypeptidit tai HCV-epitooppeja vastaan suunnatut vasta-aineet, sopiviin astioihin yhdessä muiden reagenssien ja aineiden kanssa, joita tarvitaan määrityksen suorittamiseen, samoin kuin sopiva määrä määritysohjeitä.
10 III. Yleiset menetelmät
Yleiset menetelmät tämän keksinnön mukaiseen käytäntöön voidaan löytää esimerkiksi tässä siteeratuista viitejulkaisuis-ta, erityisesti EPO- julkaisuista 318 216 ja 388 232, sekä 15 kirjallisuusluettelon viitejulkaisuista, jotka on tässä sisällytetty viitteinä.
IV. Esimerkit 20 Jäljempänä on kuvailtu tämän keksinnön mukaiset esimerkit, jotka esitetään valaiseviin tarkoituksiin eivätkä ne rajoita tämän keksinnön piiriä. Tämän selityksen valossa lukuista suoritusmuodot patenttivaatimuksien puitteissa selviävät alaa tavallisetsi tunteville henkilöille.
25 .. IV.A. HCV-genomin epitooppikartoitus
Seuraava esimerkki on tulosta epitooppikartoituskokeesta, joka on suoritettu HCVl-polyproteiinisekvenssillä, joka on esi-30 tetty kuviossa 1. Kuten kuvioissa 3-11 on esitetty, HCV-isolaattien joukossa esiintyy heterogeenisuuksia, mikä osoit- • · · *. taa, että nämä aminohapposubstituutiot voidaan tehdä oktamee- reissä kuvattuna jäljempänä. Substituutioiden lisäksi aminohapoilla vastaavasta paikasta muissa HCV-isolaateissa, subs-35 tituutiot tiettyjen aminohappojen synteettisillä analogeilla tai konservatiiviset, varaukseen perustuvat yms. substituutiot (erityisesti, kun substituutio ei tuhoa vasta-aineen sitoutumista) kuuluvat keksinnön piiriin.
34 111645 IV.A.1. Peittävien peptidien synteesi
Polyetyleenikärjet, järjestettyinä kasettiin 8x12 järjestyk-5 sessä (Coselco Mimetopes, Victoria, Australia) preparoidaan sijoittamalla kärjet hauteeseen (20 % tilavuus/tilavuus pi-peridiini dimetyyliformamidissa (DMF)) 30 min. ajaksi huo neenlämpötilassa. Kärjet poistettiin, pestiin DMF:ssä 5 minuutin ajan, pestiin sen jälkeen metanolissa neljä kertaa (2 10 min/pesu). Kärkien annettiin ilmakuivua vähintään 10 minuutin ajan ja pestiin sen jälkeen viimeisen kerran DMF:ssä (5 min.). 1-hydroksibentsotriatsolia (HOBt, 367 mg) liuotettiin DMF:ään (80 μΐ) käytettäväksi Fmoc-suojattujen aminohappojen kytkentään: 15 Fmoc-L-Ala-OPfp, Fmoc-L-Cys(Trt)-OPfp, Fmoc-L-Asp(O-tBu)-OPfp, Fmoc-L-Glu(O-tBu)-OPfp, Fmoc-L-Phe-OPfp, Fmoc-Gly-OPfp, Fmoc-L-His(Boc)-OPfp, Fmoc-L-Ile-OPfp, Fmoc-L-Lys(Boc)-OPfp, Fmoc-L-Leu-OPfp, Fmoc-L-Met-OPfp, Fmoc-L-Asn-OPfp, Fmoc-L-Pro-OPfp, Fmoc-L-Gln-OPfp, FMoc-L-Arg(Mtr)-OPfp, Fmoc-L-20 Ser(t-Bu)-ODhbt, Fmoc-L-Thr(t-Bu)-ODhbt, Fmoc-L-Val-OPfp ja Fmoc-L-Tyr-OPfp.
Suojatut aminohapot sijoitettiin mikrotitrauslevyn kaivoihin HOBt:n kanssa ja kärkikasetti asetettiin levyn päälle, upot-25 taen kärjet kaivoihin. Kokoonpano suljettiin sitten muovipus-·· siin ja sen annettin reagoida 25°C:ssa 18 tunnin ajan ensim mäisten aminohappojen liittämiseksi kärkiin. Kasetti poistettiin sitten ja kärjet pestiin DMF:llä (2 min.), MeOH:lla (4 x 2 min.) ja jälleen DMF:llä (2 min.) sitoutuneiden aminohap-30 pojen puhdistamiseksi ja suojauksen poistamiseksi. Menettely toistettiin kunkin lisäksi kytketyn aminohapon osalta kunnes kaikki oktameerit oli valmistettu.
Vapaat N-päät asetyloitiin sen jälkeen vapaalla amidilla kom-35 pensoimiseksi, koska useimmat epitoopeista eivät sijaitse N-päässä eikä se siten sisältäisi siihen liittyvää positiivista varausta. Asetylointi suoritettiin täyttämällä mikrotitrauslevyn kaivot liuoksella DMF/asetanhydridi/trietyyliamiini 35 111645 (5:2:1 tilavuus/tilavuus/tilavuus) ja antamalla kärkien reagoida kaivoissa 90 minuuttia 20°C:ssa. Kärjet pestiin sen jälkeen DMF:llä (2 min.) ja MeOH:lla (4x, 2 min.) ja ilma- kuivattiin vähintään 10 minuuttia.
5
Sivuketjujen suojaryhmät poistettiin käsittelemällä kärkiä trifluorietikkahappo/fenoli/ditioetaanilla (95:2,5:2,5, tilavuus/tilavuus/tilavuus) polypropyleenipusseissa 4 tunnin ajan huoneenlämpötilassa. Kärjet pestiin sitten dikloorime-10 taanissa (2x2 min.), 5 %:isessa di-isopropyylietyyliamii-ni/dikloorimetaanissa (2x5 min.), dikloorimetaanissa ja ilmakuivat tiin vähintään 10 minuutin ajan. Kärjet pestiin sitten vedessä (2 min.), MeOH.-ssa (18 tuntia), kuivattiin alipaineessa ja säilytettiin tiiviisti suljetuissa muovipus-15 seissa silikageelin päällä.
IV.A.2 Peptidimääritykset
Edellä kuvaillulla tavalla valmistetut oktameerin omaavat 20 kärjet käsiteltiin ensin sonikoimalla 30 minuuttia hajotus-puskurissa (1 % natriumdodekyylisulfaattia, 0,1 % 2-merkap-toetanolia, 0,1 M NaH2P04:ää) 60°C:ssa. Kärjet kastettiin sen jälkeen useita kertoja veteen (60°C) , jota seurasi keittäminen MeOH:ssa (2 min.), ja annettiin ilmakuivua. Kärkiä esi-25 päällystettiin sitten 1 tunnin ajan 25°C:ssa mikrotitraus-kaivoissa sekoituksessa, jotka sisältävät 200 μΐ sulkupusku-ria (1 % munanvalkuaista, 1 % BSA:ta, 0,1 % Tweeniä ja 0,05 % NaN3: a PBS:ssä). Kärjet upotettiin sitten mikrotitraus-kaivoihin, jotka sisältävät 175 μΐ antiseerumeita, jotka on 30 saatu ihmispotilaista, joista oli diagnosoitu HCV, ja annettiin inkuboitua 4°C:ssa yli yön. Kärjet määritettiin vas-taseerumeita vastaan kolmesta yksittäisestä henkilöstä. Näyte #PAA 3663-s ("A) reagoi voimakkaasti HCV:n western-blottei-hin, HCV:n kompetitiiviseen ELISA:aan, HCV-ELISA:aan klooniin 35 C100-3 (1:1000 laimennuksessa) ja RIBA-vasteisiin >4+ C100:aan, 5-l-l:een ja C33c:hen (C22 ei tehty). (Antigee-ni/klooninimet ovat EPO-julkaisun 318 216 ja 388 232 mukaiset kuten ne, joita on kuvailtu kirjallisuudessa koskien HCV- 36 111645 immuno.määrityksiä, jotka on saatavissa Ortho Diagnostics Systems Inc.'lta). Raakaa plasmaa laimennettiin 1:500 esto-puskuriin. Näyte #PAA 33028 ("B") reagoi voimakkaasti HCV:n western-blotteihin, HCV:n kompetitiiviseen ELISA:aan, HCV-5 ELISA:aan klooniin C100-3 /1:500 laimennuksessa) ja RIBA- vasteisiin >4+ C100:aan, C33C:hen ja C22:een. Polyklonaaliset vastaserumit puhdistettiin osittain ajamalla proteiini A -kolonnin läpi ja käytettiin laimennuksessa 1:200 estopusku-rissa. Näyte #PAA s32931 ("C") reagoi kohtalaisesti HCV:n 10 western-blotteihin (3+), HCV:n kompetitiiviseen ELISA:aan, HCV-ELISA:aan klooniin C100-3 (1:64 laimennuksessa) ja RIBA- vasteisiin 3+ ja 4+, C100:aan ja vastaavasti 5-l-l:een (C33c ja C22 ei tehty). Polyklonaaliset vastaseerumit puhdistettiin osittain ajamalla proteiini A -kolonnin läpi ja käytettiin 25 laimennuksessa 1:500 estopuskurissa.
Kärjet pestiin PBS/TweenR 20:ssä (4 x 10 min.) huoneen lämpötilassa, inkuboitiin sen jälkeen mikrotitrauskaivoissa, jotka sisälsivät piparjuuriperoksidaasilla leimattuja vuohen anti-20 ihminen Ig -vastaseerumeita (175 μΐ, 1:2000 laimennus esto-puskurissa ilman NaN3:a) 1 tunnin ajan 25°C:ssa sekoittaen. Anti-ihminen vastaseerumi on spesifinen ihmisen Ig:n kevyt-ja raskasketjuille ja reagoi sekä IgG- että IgM-ryhmien kanssa. Kärjet pestiin jälleen PBS/TweenR 20:ssä (4 x 10 min.) 25 huoneen lämpötilassa. Substraattiliuos valmistettiin liuotta-·: . maila NaH2P04: ää (1 M, 200 ml) ja sitruunahappoa (1 M, 160 ml) 2 1:aan tislattua vettä säätäen pH arvoon 4,0. Atsino-di- 3-etyylibentstiatsodiinisulfonaattia (ABTS, 50 mg) ja vetyperoksidia (0,3 μΐ/ml) lisättiin 100 ml:aan puskuria vä-30 littömästi ennen käyttöä substraattiliuoksen täydentämiseksi. Substraattiliuosta (150 μΐ) lisättiin kuhunkin mikrotitraus-levyn kaivoon ja kärjet kastettiin kaivoihin ja inkuboitiin 25°C:ssa pimeässä. Värin kehittymisen jälkeen reaktiot pysäytettiin poistamalla kärjet ja liuosten absorbanssit luet-35 tiin 405 nrrussä.
Jäljempänä luetellut oktameerit olivat immunoreaktiivisia anti -HCV-antiseerumien kanssa. Peptidit, jotka reagoivat kaik- 37 111645 kien kolmen antiseerumin kanssa, luetellaan epitooppeina, kun taas peptidit, jotka reagoivat vain yhden tai kahden antiseerumin kanssa, luetellaan heikkoina epitooppeina (osoitettu :11a). Erityisen voimakkaat epitoopit on merkitty kirjai-5 millä mieluummin kuin numeroilla (esim., EpAA). 1 ( v 38 111645 AA# Sekvenssi AA# Sekvenssi
23 KEPGGGQA 87 GNEGCGWA
24 EPGGGQAV Ep2
25 PGGGQAVG 88 NEGCGWAG
5 26 GGGQAVGG 89 EGCGWAGW
27 GGQAVGGV 90 GCGWAGWL
28 GQAVGGVY 91 CGWAGWLL
29 QAVGGVYL - 92 GWAGWLLS
30 AVGGVYLL 93 WAGWLLSP
31 VGGVYLLP 94 AGWLLSPR
32 GGVYLLPR 95 GWLLSPRG
10 33 GVYLLPRR .96 WLLSPRGS
34 VYLLPRRG 97 LLSPRGSR
35 YLLPRRGP 98 LSPRGSRP
36 LLPRRGPR 99 SPRGSRPS
66 FKARRPEG Epl 100 PRGSRPSW ^>3
67 KARRPEGR 101 RGSRPSWG
15 68 ARRPEGRT 102 GSRPSWGP
69 RRPEGRTW 103 SRPSWGPT
70 RPEGRTWA
71 PEGRTWAQ 186 TVPASAYQ Ep4
72 EGRTWAQP 187 VPASAYQV
73 GRTWAQPG Efc>A 188 PASAYQVR
74 RTWAQPGY 189 ASAYQVRN
20 75 TWAQPGYP 190 SAYQVRNS
76 WAQPGYFW 191 AYQVKNST
77 AQPGYPWP
78 QPGYPWPL 206 DCPNSSIV ~
79 PGYFWPLG
80 GYPWPLYG 223 TPGCVPCV -
81 YPWPLYGN
25 82 PWPLYGNE 232 EGNASRCW Ep5
83 WPLYGNEG
*· 84 PLYGNEGC 256 TQLRRHID, —
85 LYGNEGCG
86 YGNEGCGW 286 LVGQLFTF ~ 297 RHWTTQGC Έρ6
30 298 HWTTQGCN
299 WTTQGCNC
321 MMMNWSH - 347 DMIAGAHW Ep7 35 357 LAGIAYFS Ep8 39 111645
413 IINTNGSW EpB 594 YSRCGSGP FA
414 INTNGSWH 595 SRCGSGFW
596 RCGSGPWL
5 432 SLNTGWLA - 597 CGSGPWLT
598 GSGPWLTT
465 FDQGWGPI EpC 599 SGFWLTPR
466 DQGWGHS (600 GPWLTPRC
467 QGWGHSY 601 PWLTPRCL
468 GWGHSYA 602' WLTPRCLV
469 WGP1SYAN 603 LTPRCLVD EpF
10 470 GPISYANG 604 TPRCLVDY
471 P1SYANGS 605 PRCLVDYP
606 RCLVDYPY
480 PDQRFYCW^jD 607 CLVDYPYR
481 DQRPYCWH 608 LVDYPYRL
482 QRPYCWHY 609 VDYPYRLW
483 RPYCWHYP 610 DYPYRLWH
15 484 PYCWHYPP 611 YPYRLWHY FB
612 PYRLWHYP
500 KSVCGPVY^)9 613 YRLWHYPC
501 SVCGFVYC
502 VGGPVYCE 641 EAACNWTR
Epl2 521 RSGAPTYS Q)10 20 662 LSPTJJJT Epl3 540 NNIRPPLG ΈρΈ 663 SPTJJJn
541 NTRPPLGN 664 PULLHIQ
542 TRPPLGNW 665 LLLUIQW
543 RPPLGNWF
544 PPLGNWFG 685 LSTGLEHL -
545 PLGNWFGC
25 546 LGNWFGCT 705 VGSSIASW -
547 GNWFGCTW 706 GSSIASWA
548 NWFGCTWM
549 WFGCTWMN 729 ARVCSCIW Epl4
579 LHCPTDCF ~ 782 WVPGAVYT
ΈρΟ
30 783 VPGAVYTF
784 PGAVYTFY
785 GAVYTFYG
786 AVYTFYGM
787 VYTFYGMW
788 YTFYGMWP
789 TFYGMWPL
35 801 LALPQRAY - 40 111645 851 RVEAQLHV EpH 1384" VIKGGRHL Ep20
852 VEAQLHVW
853 EAQLHVWI 1410 LG1NAVAY ^21
5 854 AQLHVWIP 1411 GINAVAYY
855 QLHVWIPP
1454 CNTCVIQT - 893 LAVFGPLW - 1492 GRGKPG1Y Ep22
916 QGLLRFCA ~ 1493 RGKPGIYR
1Q 928 MIGGHYVQ Epl5 1532 PAETTVRL^>23
1533 ABITVRLR
946 TGTYVYNH ^>1 1534 EITVRLRA
1535 TTVRLRAY
952 NHLTPLRDEpJ
953 HLTPURDW 1560 GVFIGUH ^24
954 LTPLRDWA 1561 VFIGLIHI
15 1026 LAPTTAYA - 1581 ENLPYLVA
Ep25
1072 TONGVCW^pK 1567 NLPYLVAY
1568 LPYLVAYQ
1109 LVGWPAPQE*>16 1569 PYLVAYQA
1570 YLVAYQAT
20 1171 CPAGHAVG Epl7 1571 LVAYQATV
1113 PAGHAVGI 1572 VAYQATVC
1114 AGHAVGIF 1573 AYQATVCA
1115 GHAVGIFR 1574 YQATVCAR
1116 HAVCTERA 1575 QATVCARQ
1117 AVGIFRAA 1576 ATVCARQA
1577 TVCARQAP
1218 WPQSEQV EpL
1601 PPSWDQMW
1240 VPAAYAAQ - Έ&6
1602 PSWDQMWK
1260 ATLGFGAY ~ 1603 SWDQMWKC
1604 WDQMWKCL
1280 GVRTITGS Epl8 ' 1605 DQMWKCU .
1281 VRITTGSP / 1606 QMWKCUR
1282 RTITGSH 1607 MWKCIIRL
1283 nTGSPIT
1284 TTGSPTTY 1615 KPTLHGPI Ep27
1285 TGSPTTYG 1616 FIIUGFIP
1617 TLHGPIPL
1322 DATSILGI ~ 1618 LHGPIPLL
1619 HGHPLLY
1338 TAGARLW - 1620 GPUPLLYR
1371 GEEPFYGK Epl9 1655 WTSTWVL - 41 111645
1694 IIPDREVL^>M 1966’ SECTEPCS EpS
1695 IPDREVLY 1967 ECUPCSG
1968 CTIPCSGS
5 1710 ECSQHLPY Q>N 1969 UPCSGSW
1711 CSQHLFYI
1712 SQHLPYIE 1999 LMPQLPGI^T
2000 MPQLPGEP
1728 EKQKALGLQjO 2001 PQ1PGIPE
1729 KQKALGLL 2002 QLPGIPEV
2003 LPGIPEVS
10 1758 EIEWAKLM EpP 2004 PdPEVSC
1759 IEWAKLMW 2005 G1PEVSCQ
1760 EtyAKLMWN 2006 IPEVSCQR
1761 WAKLMWNE 2007 PEVSCQRG
1762 AKLMWNH 2008 EVSCQRGY
2009 VSCQRGYK
1781 LPGNPAIA - 2010 SCQRGYKG
15 2011 GQRGYKGV
1808 LFNILGGW Ep28 2012 QRGYKGVW
2013 RGYKGVWR
1821 AAPGAATA ~ 2014 GYKGVWRG
1851 HAGYGAG Ep29 2024 IMHTRCHC
Ep31 20 1880 VNLLPAIL -
2048 VGPRICRN ^)U
1908 PGEGAVQW BpG 2049 GPRICRNY
1909 GEGAVQWM 2050 PRICRNYW
1910 EGAVQWMN 2051 RICRNYWS
1911 GAVQWMNR 2052 ICRNYWSG
1912 AVQWMNRL 2053 CRNYWSGT
1913 VQWMNRLI 2054 RNYWSGTE
2055 NYWSGTEP
.. 1925 RGNHVSPI EpR 2056 YWSGTEPI
2057 WSGTEPIN
1940 AAARVTAI ^>30 1941 AARVTAIL 2071 TPIPAPNY Ep32
1942 ARVTAILS
30 1943 RVTAILSS 2088 EEYVIRQV EpV
1944 VTAUSSL 2089 EYVIRQVG
1945 TAILSSLV 2090 YVIRQVGD
1946 AILSSLVT 2091 VIRQVGDF
1947 ILSSLVTQ 2092 IRQVGDFH
1948 LSSLVTQL 2093 RQVGDFHY
1949 SSLVTQLL
1950 SLVTQLLR 2108 DNLKCPCQ -
1951 LVTQLLRR
42 111645
2122 EEELDGVR EpW 2280 REAQALPV EpZ
2123 IELDGVRL 2281 EAQALPVW
2124 ELDGVRLH 2282 AQAUPVWA
5 2125 LDGVRLHE 2283 QALFVWAR
2126 DGVRLHRF 2284 ALPVWARP
2127 GVRIHRFA 2285 LPVWARPD
2128 VRLHRFAP 2286 PVWAKPDY
2129 RLHRFAPP 2287 VWARPDYN
2130 LBRFAPPC 2288 WARPDYNP
2131 HRFAPPCK 2289 ARPDYNPP
2132 RFAPPCKP 2290 RPDYNPPL
2133 FAPPCKPL
2134 APPCKPLL 2325 PPPRKKRT Ep35
2135 ‘ PPCKPLLR 2326 PPRKKRTV
2136 PGKPLLRE 2327 PRKKRTW
2137 CKPLLRHE
2138 KPLLREEV 2345 AELASRSEQ>36
2139 PLLREEVS 2346 ELASRSEG
2140 LLREEVSF Q)X 2347 LASRSEGS
2141 LREEVSFR 2348 ASRSEGSS
2142 REEVSFRV 2349 SRSEGSSS
2143 EEVSERVG
2144 EVSFRVGL 2382 AESYSSMP 1^)37
2145 VSFRVGLH
2146 SFRVGLHE 2401 SDGSWSTV
2147 FRVGLHEY ^>38
2148 RVGLHEYP
2417 WCCSMSY
2165 EPEPDVAV — ΈρΑΑ
2418 VCCSMSYW
2187 GRRLARGS ~ 2419 CCSMSYWI
2420 CSMSYWIG
25 2226 UEANLLW EpY 2421 SMSYWIGA
2227 IEANLLWR 2422 MSYWIGAL
2228 EANLLWRQ
2229 ANLLWRQE
2230 NLLWRQEM
2231 LLWRQEMG .
2232 LWRQEMGG
30 2244 VESENKW Έρ33
2245 ESENKWI
2246 SENKWIL
2247 ENKWILD
2248 NKWILDS
2249 KWILDSF
35 2250 WILDSED
2267 EISVPAH Ep34 43 111645
2439 QKLHNAL EpBB 2602 IPLAVMGS
2440 KLPINALS EpDD
2441 LMNALSN 2603 PLAVMGSS
2442 PENALSNS 2604 LAVMGSSY
2443 INALSNSL 2605 AVMGSSYG
2444 NALSNSLL 2606 VMGSSYGE
2445 ALSNSLLR 2607 MGSSYGEQ
2446 LSNSLLRH 2608 GSSYGEQR
2447 SNSLLRHH 2609 SSYGEQRV
2448 NSULRHHN 2610 SYGEQRVE
2449 SLLRHHNL 2611 YGEQRVEE
10 2450 LLRHHNLV 2612 GEQRVEEL
2451 LRHHNLVY
2452 ‘ RHHNLVYS 2632 KTPMGFSY
2453 HHNLVYST Ep41
2454 HNLVYSII 2633 TPMGFSYD
2455 NLVYSTTS 2634 PMGFSYDT
2456 LVYSHSR 2635 MGFSYDTR
15 2636 GFSYDTRC
2469 QKKVTFDR Ep39 2637 FSYDTRCE
2470 KKVTFDRL 2638 SYDTRCED
2471 KVTFDRLQ
2472 VTFDRLQV 2660 YQCCDLDP -
2473 TFDRLQVL
2474 FDELQVLD 2676 LTERLYVG
20 2475 DRLQVLDS EpEE
2476 RLQVLDSH 2677 TERLYVGG
2678 EKLYVGGP
2495 ASKVKANL — 2679 RLYVGGPL
2533 RKAVTH3N EjpCC 2688 NSRGENCG
2534 KAVTHINS ^>EF
25 2689 SRGENCGY
2573 GRKPÄRU Ep40 2690 RGENCGYR
2574 RKPARUV 2691 GENCGYRR
2575 KPARUVF 2692 ENCGYRRC
2576 PARUVFP 2693 NCGYRRCR
25T7 ARLIVFPD , 2578 RLTVFPDL 2707 TSCGNTLIΈΜ2 30 2721 AACRAAGL -
2757 AFTEAMTR
Ep43
2758 FTEAMTRY
2759 TEAMTRYS
35 2760 EAMTRYSA
2761 AMTRYSAP
2762 MTRYSAPP
44 111645 2779 DLELUSC Ερ44 2878 DLPPIIQR Ep47
2780 LELIISCS 2879 UPHIQRL
2880 PPHQRLH
5 2794 HDGAGKRV 2881 PIIQRLHG
Ep45 2882 IIQRLHGL
2795 DGAGKRVY 2883 IQRLHGLS
2796 GAGKRVYY 2884 QRLHGLSA
‘ 2797 AGKRVYYL 2885 RLHGLSAF
2798 GKRVYYLT 2886 LHGLSAFS
2799 KRVYYLTR 2887 HGLSAFSL
10 2800 RVYYLTRD 2888 GLSAFSLH
2801 VYYLTRDP 2889 LSAFSLHS
2802 YYLTKDPT 2890 SAFSLHSY
2891 AFSLHSYS
2817 WETARHTP 2892 FSLHSYSP
EpGG 2893 SLHSYSPG
2818 ETARHIPV 2894 LHSYSPGE
is 2819 TARHTPVN 2895 HSY;SPGEI
2820 ARHTPVNS
2821 RH1PVNSW
2822 HTPVNSWL
2823 TPVNSWLG
2824 PVNSWLGN
2825 VNSWLGNI
20 2826 NSWLGNH
2827 SWLGNHM
2828 WLGNHME
2829 LGN1IMEA
2830 GNIIMEAP
2831 NUMEAPT
2832 IIMEAPTL
25 2833 IMEAPTLW
2834 MEAPTLWA
2835 EAPTLWAR
2836 APTLWARM
2837 PTLWARMI
2838 TLWARMIL , 2839 LWARMELM.
30 2840 WARMUMT
2841 ARMUMTH
2842 RMILMTHF
: 2843 MILMTHFE
2863 LDCETYGA Ep46
2864 DCEIYGAC
35 2865 CETYGACY
2866 EIYGACYS
2867 IYGACYSI
45 111645 2912 LGVFPURA Ep48
2913 GVPPLRAW
5 2914 VPPLRAWR
2938 AAICGKYLEp49
2939 AICGKYLE
2940 ICGKYLEN
2966 DLSGWETA
10 ^>HH
2984 VSHARPRW ΕρΠ 15 IV.B. Erottava määritys 20 Seuraava määritys suoritettiin aikaisten antigeenien erottamiseksi myöhäisistä antigeeneistä. Vasta-aineet aikaisille antigeeneille voidaan ilmaista ja käyttää HCV-infektion diagnoosiin nopeammin.
25 Verinäytesarja saatiin potilaasta, jolla oli kohonnut ALT, mutta joka oli negatiivinen anti-C100-3 -vasta-aineen suh- * > teen. Viisi verinäytettä, jotka saatiin ennen täydellistä se-rokonversiota (C100-3 -positiiviset) koottiin yhteen ja käytettiin määrityksessä laimennuksessa 1:2000. Määritys suori-30 tettiin kuten jaksossa IV.A. edellä on kuvailtu. Kuitenkin toista kaksoiskärkisarjaa inkuboitiin piparjuuriperoksidaasi-leimattujen vuohen anti-ihminen IgG-spesifisten antiseerumien kanssa, kun taas toista ryhmää inkuboitiin pipar-juuriperoksidaasi-leimattujen vuohen anti-ihminen IgM-spesi-35 fisten antiseerumien kanssa. IgM-vasta-aineiden kanssa immu-noreaktiiviset epitoopit ovat aikaisia epitooppeja.
Tulokset osoittivat, että useimmat aikaiset epitoopit tava- 46 111645 taan alueella, joka ulottuu aminohaposta noin 480 aminohappoon noin 650. Erityisen voimakkaita IgM-epitooppeja olivat oktameerit, jotka alkoivat aminohapoilla 506, 510, 523, 553, 562, 580 ja alue 590-620. Määritykset, joissa käytetään an- 5 tigeenejä, jotka sisältävät epitooppeja tältä alueelta, mahdollistavat HCV-infektion diagnoosin varhaisessa vaiheessa verrattuna määrityksiin, joissa käytetään muita antigeenejä.
Keksinnön mukaisesti on lisäksi testattu plasmanäytesarjoja, 10 jotka on otettu viideltä potilaalta, joilla on avatun sydämen jälkitransfuusio -NANB-hepatiitti, ja tutkimuksia on jatkettu 3-12 vuotta. Alkuverinäytepäivät olivat alle yhden viikon sisällä toisaistaan. Kustakin näytteestä testattiin IgG ja IgM EIA:n avulla yhtä ydinantigeeniä (C22), kahta vaippa-15 antigeeniä (El ja E2) ja kolmea ei-rakenteellisen alueen antigeeniä (C33c, C100 ja NS5) vastaan. Todettiin, että IgM- vaste C22:een ja C33c:hen edelsi IgG-vastetta noille antigeeneille. NS5 aiheutti myös IgM-vasteen mutta tämä vaste ei edeltänyt IgG-vastetta tuole antigeenille. Voidaan siten val-20 mistaa määrityksiä, joiden avulla kyetään määrittämään infektion hyvin varhaiset vaiheet käyttäen hyväksi epitooppeja, jotka on saatu C22- ja C33c-alueilta ja määrittämällä IgM-sitoutuminen. C33c-alueen vasta-aineet pysyivät pisimmän ajan viitaten siihen, että C33c:hen suunnatut diagnostiset määri-25 tykset olisivat luotettavimpia.
• · < IV.C. Sekvenssivaihtelut HCV-isolaateissa eri yksilöistä HCV-isolaatit, jotka sisältävät sekvenssejä, jotka poikkeavat 30 CDC/HCV1:stä, identifioitiin ihmisyksilöissä, joista jotkut olivat serologisesti positiivisia anti-ClöO-3 -vasta-aineille • · (EC10 oli vasta-ainenegatiivinen) . Näiden uusien isolaattien identifiointi suoritettiin kloonaamalla ja sekvensoimalla HCV-genomin osaset, jotka oli monistettu PCR-tekniikalla 35 käyttäen CDC/HCV1-sekvenssejä. Menetelmässä käytetään aluk-keita ja koettimia, jotka perustuvat tässä kuvailtuihin HCV cDNA -sekvensseihin. Menetelmän ensimmäinen vaihe käsittää cDNA-synteesin joko HCV-genomiin tai sen replikoituvaan väli- 47 111645 tuotteeseen käyttäen käänteistranskriptaasia. HCV cDNA:n synteesin jälkeen ja ennen monistamista näytteen sisältämä RNA hajotetaan alalla tunnetuilla menetelmillä. Määrätty osa HCV cDNA:sta monistetaan sitten käyttäen sopivia alukkeita. Mo-5 nistetut sekvenssit kloonataan ja monistettuja sekvenssejä sisältävät kloonit ilmaistaan koettimen avulla, joka on komplementaarinen alukkeiden välissä sijaitsevan sekvenssin suhteen, mutta joka ei peitä alukkeita.
10 IV.C.l. HCV-isolaatit, jotka on eristetty ihmisistä USAtssa
Verinäytteet, joita käytettiin HCV-virionilähteenä, saatiin the American Red Cross'lta, Charlotte, North Carolina, ja the Community Blood Center of Kansas'lta, Kansas City, Missouri. 15 Näytteistä seulottiin vasta-aineet HCV cl00-3 -antigeenille käyttäen ELISA-määritystä ja niillä suoritettiin täydentävä western-blot -analyysi käyttäen polyklonaalista vuohen anti-ihminen HRP:tä anti-HCV -vasta-aineiden määrittämiseksi. Kaksi näytteistä the American Red Cross'Itä ja vastaavasti the 20 Community Blood Center of Kansas1lta määritettiin HCV-positiivisiksi näillä määrityksillä.
Näiden näytteiden seerumissa läsnäolevat viruspartikkelit eristettiin ultrasentrifugoimalla Bradleyn et ai. (1985) ku-25 vailemissa olosuhteissa. RNA uutettiin partikkeleista pilkko-.. maila proteinaasi K:11a ja SDS:llä loppupitoisuuksien ollessa 10 pg/ml proteinaasi K:ta ja 0,1 % SDS:ää, pilkkominen kesti 1 tunnin 37°C:ssa. Virus-RNA jatkopuhdistettiin uuttamalla kloroformi-fenolilla.
30 RNA-valmisteen HCV RNA käänteiskopioitiin cDNA:ksi. Sen jäl-’· keen kun kumpikin cDNA-juosteista oli syntetisoitu, tuloksena saatu cDNA monistettiin PCR-menetelmän avulla. HCV cDNA:t kolmessa kloonissa, jotka saatiin kustakin HCV-isolaatista, 35 sekvenssianalysoitiin. Analyysi oli pääasiallisesti Chen ja Seeburgin (1985) kuvaileman menetelmän mukainen.
HCV:stä näytteissä 23 ja 27 saatujen kloonien konsensusse- 48 111645 kvenssit esitetään kuviossa 3 ja vastaavasti 4. Variaabelit sekvenssit esitetään myös näissä kuvioissa kuten myös konsensus sekvenssi en koodittamat aminohapot.
5 Kuviot 5 ja 6 esittävät vertailuja rinnakkain asetetuista positiivisen juosteen nukeotidisekvensseistä (kuvio 5) ja oletetuista aminohapposekvensseistä (kuvio 6) näytteistä 23, 27 ja HCV1. HCVl:n aminohapposekvenssi kuviossa 6 edustaa amino-happonumeroita 129-467 HCV-polyproteiinissa, joita koodittaa 10 suuri ORF HCV:n genomisessa RNA:ssa. Kuvien 5 ja 6 tarkastelu osoittaa, että kolmen eristetyn kloonin sekvensseissä esiintyy vaihteluja. Sekvenssivaihtelut nukleotiditasolla ja ami-nohappotasolla esitetään tiivistettynä taulukossa välittömästi jäljempänä. Taulukossa Sillä ja NSlillä merkityt polypep-15 tidit edustavat aminohapponumeroita 130 - -380 ja vastaavasti 380 - -470, koska nuo domeenit olivat ennalta tunnettuja. Numerointi alkaa oletetusta initiaattorimetioninista. Terminologia S ja NS1 perustuvat sekvenssien sijoitteluun, jotka koodittavat polypeptidejä, käyttäen flavivirusmallia. Kuten 20 edellä kuitenkin on esitetty, viineaikaiset todisteet viit-taavat siihen, että HCV:n ja flavivirusten välillä ei ole ko-konaiskorrelaatiota mitä tulee virusten polypepti-didomeeneihin, erityisesti oletettuihin E/NSl-domeeneihin. HCV:n polypeptidit ja niiden kooditusdomeenit voivat todella-25 kin poiketa olennaisesti flavivirusmallista.
Taulukko:
Sekvenssihomologia
Nukleotidi koodit. Aminohappo koodit.
30 kokon. S NS1 kokon. S NS1 %%%%%% HCV1/HCV23 93 95 91 92 95 87 35 HCV1/HCV27 89 93 84 89 95 82 HCV23/HCV27 89 93 85 90 93 84
Vaikka vasta eristetyissä HCV-sekvensseissä esiintyy vaih- 49 111645 teluita, kloonatut sekvenssit näytteistä 23 ja 27 (nimeltä HCV23 ja HCV27) sisältävät kukin 1019 nukleotidiä, mikä osoittaa deleetio- ja additiomutanttien puuttumisen tällä alueella valittuissa klooneissa. Sekvenssit kuvioissa 5 ja 6 5 osoittavat myös, että eristetyt sekvenssit eivät ole uudel-leenjärjestäytyneet tällä alueella.
Konsensussekvenssien vertailu HCVl:n osalta ja muiden HCV-isolaattien osalta esitetään tiivistettynä taulukossa edellä. 10 Sekvenssivaihtelut simpanssi HCV-isolaatin ja ihmisestä eristetyn HCV:n välillä ovat suunnilleen samat, jotka havaitaan ihmisalkuperäisissä HCV-sekvensseissä.
On kiinnostavaa, että sekvenssivaihtelut kahdessa oletetussa 15 domeenissa eivät ole yhtenäisiä. Sekvenssi oletetussa S-alueessa näyttää olevan verrattain vakio ja umpimähkäisesti hajautuneena alueelle. Päinvastaisesti, oletettu NSl-alue vaihtelee suuremmassa määrin kuin kokonaissekvenssi ja vaihtelevuus näyttää olevan hypervariaabelissa, 28 aminohappoa 20 sisältävässä taskussa, joka sijaitsee noin 70 aminohapon päässä oletetun polyproteiinin oletetun N-pään alapuolella.
Vaikka voidaan väittää, että havaitut vaihtelut tuotettiin monistusprosessin aikana, on epätodennäköistä, että kaikki 25 vaihtelut ovat seurausta tästä. On arvioitu, että Taq-polyme-v . raasi saa aikaan virheitä sekvenssiin tasolla suunnilleen yk si emäs/10 kiloemästä DNA-templaatissa jaksoa kohti (Saiki et ai. (1988)). Tähän arviointiin perustuen, enintään 7 virhettä voi olla tuotettu 1019 ep DNA-fragmentin PCR-monistuksen ai-30 kana. HCV-23:n ja HCV-27:n kolme alakloonia tuottivat kuitenkin 29 ja vastaavasti 14 muunnelmaa. Seuraavassa esitetään, että nämä variaatiot ovat luonnollisina esiintyviä. Noin 60 % emäsmuutoksista on hiljaisia mutaatioita, joissa aminohappo ei muutu. Taq-polymeraasin PCR-monistuksen aikana tuottamien 35 vaihteluiden odottaisi tapahtuvan sattumanvaraisesti; tulokset osoittavat kuitenkin, että muunnelmasekvenssit ovat ryhmittyneet vähintään yhdellä spesifisellä alueella.
111645 50 IV.C.2. HCV-isolaatit ihmisistä Italiassa ja USA:ssa HCV RNA:n osia eri isolaateista monistettiin HCV/cPCR-mene-telmällä. Nämä osat kattoivat alueen -0,6 ke - -1,6 ke olete-5 tun HCV-polyproteiinin metioniinia koodittavan aloituskodonin alapuolella. Eristykset ovat biologisista näytteistä, jotka on saatu HCV-infektoituneista yksilöistä. Erityisemmin, eristys HCT#18 on ihmisen plasmasta henkilöstä USA:ssa, EC1 ja EC10 ovat italialaisen potilaan maksabiopsiasta ja Th on ame-10 rikkalaisen potilaan perifeeriveren mononukleosyyttifrak-tiosta. Vastaavat HCV RNA -osat on eristety simpanssista.
RNA uutettiin ihmisen plasmanäytteistä käyttäen fenoli:-CHCI3: isoamyylialkoholiuuttoa. Joko 0,1 ml tai 0,01 ml plas-25 maa laimennettiin lopputilavuuteen 1,0 ml TENB/proteinaasi K/SDS -liuoksella (0,05 M Tris-HCl, pH 8,0, 0,001 M EDTA, 0,1 M NaCl, 1 mg/ml proteinaasi K ja 0,5 % SDS), joka sisälsi 10-40 pg/ml polyadenyylihappoa, ja inkuboitiin 37°C:ssa 60 minuuttia. Tämän proteinaasi K:11a pilkonnan jälkeen tuloksena 20 saadut plasmat deproteinoitiin uuttamalla TE-puskurilla (50 mM Tris.HCl, pH 8,0, 0,1 mM EDTA) kyllästetyllä fenolilla pH:ssa 6,5. Fenolifaasi erotettiin sentrifugoimalla ja uutettiin uudelleen TENB:llä, joka sisälsi 0,1 % SDS:ää. Kustakin uutosta tuloksena saadut vesifaasit koottiin yhteen ja uutet-25 tiin kahdesti vastaavalla tilavuudella fenoli-.kloroformi: iso-amyylialkoholia [1:1(99:1)], ja sen jälkeen kahdesti vastaavalla tilavuudella 99:1 seosta kloroformi/isoamyylialkoholia. Faasien tultua erotetuiksi sentrifugoimalla vesifaasin loppu-pitoisuudeksi säädettiin 0,2 M Na-aetaattia ja nukleiinihapot 30 saostettiin lisäämällä kaksi tilavuuta etanolia. Saostetut nukleiinihapot ottetiin talteen ultraentrifugoimalla SW 41 -roottorissa 38K, 60 minuutin ajan 4°C:ssa tai mikrofugissa 10 minuutin ajan 10K:ssa, 4°C-.ssa.
35 Maksabiopsiasta uutettu RNA saatiin Dr. F. Boninolta, Ospeda-le Maggiore di S. Giovanni Battista, torino, Italia. Mononuk-leosyyttifraktio saatiin laskeutamalla yksilön verinäyte-erä Ficoll-PaquenR läpi (Pharmacia Corp.) käyttäen valmistajan ohjeita. Kokonais-RNA uutettiin fraktiosta käyttäen Choon et.
ai. (1989) kuvailemaa guanidiinitiosyanaattimenetelmää.
51 111645 HCV cDNA:n synteesi näytteistä suoritettiin käyttäen kään-5 teistranskriptaasia. Etanolisaostuksen jälkeen saostetu RNA tai nukleiinihappofraktio kuivattiin ja suspendoitiin uudelleen DEPC:llä käsiteltyyn tislattuun veteen. Nukleiinihappojen sekundäärirakenteet hajotettiin kuumentamalla 65°C:ssa 10 minuutin ajan ja näytteet jäähdytettiin välittömästi jäi-io den päällä. 'cDNA syntetisoitiin käyttäen 1-3 pg kokonais-RNA:ta maksasta tai nukleiinihapoista (tai RNAista) uutettuna 10-100 piistä plasmaa. Synteesissä käytettiin hyväksi kään-teistranskriptaasia ja se suoritettiin 25 piin reaktiossa käyttäen valmistajan BRL määräämää toimintaohjetta. Kaikki 15 reaktioseokset cDNA-synteesiä varten sisälsivät 23 yksikköä RNaasin inhibiittoria, RNasiiniaR (Fisher/Promega). cDNA-synteesin jälkeen reaktioseokset laimennettiin vedellä, keitettiin 10 minuutin ajan ja jäähdytettiin nopeasti jäiden päällä.
20
Kullekin näyteryhmälle suoritettiin kaksi PCR-monistusjaksoa. Alukkeet reaktioihin valittiin alueiden "EnvL" ja "EnvR" monistamiseksi. "EnvL"-alue käsittää nukleotidit 669-1243 ja oletetut aminohapot 117-308; "EnvR"-alue käsittää nukleotidit 25 1215-1629 ja koodittaa oletettuja aminohappoja 300-408 (ole- «: tetut aminohapot numeroidaan lähtien oletetusta metioniini- aloituskodonista).
PCR-reaktiot suoritettiin olennaisesti valmistajan (Cetus-30 Perkin-Elmer) ohjeiden mukaisesti, lukuunottamatta 1 pg:n RNaasi A -lisäystä. Reaktiot suoritettiin lopputilavuudessa 100 pl. PCRin suoritus käsitti 30 jaksoa, käyttäen ohjelmaa 94°C (1 min.), 37°C (2 min.) ja 72°C (3 min.), käyttäen 7 minuutin pidennystä 72°C:ssa viimeisen jakson osalta. Näytteet 35 uutettiin sen jälkeen fenoli:CHC13:11a, saostettiin etanolilla kaksi kertaa, suspendoitiin uudelleen 10 mM Tris-HCl:iin pH 8,0 ja väkevöitiin käyttäen Centricon-30 (Amicon) suodatusta. Tämä menettely poistaa tehokkaasti oligonukle- otidit, joiden pituus on vähemmän kuin 30 nukleotidiä; näin ollen alukkeet PCR-monistuksen ensimmäiseltä kierrokselta poistetaan.
52 111645 5 Centricon-30:llä väkevöidyt näytteet vietiin sen jälkeen toiselle PCR-monistuskierrokselle. PCR-monistus käsitti 35 jaksoa, joissa käytettiin ohjelmaa 94°C (1 min.), 60°C (1 min.) ja 72°C (2 min.), käyttäen 7 minuutin pidennystä 72°C:ssa viimeisessä jaksossa. Näytteet uutettiin sen jälkeen fe-10 noli:kloroformilla, saostettiin kaksi kertaa ja pilkottiin EcoRI:llä. PCR-reaktiotuotteet analysoitiin erottamalla tuotteet elektroforeesin avulla 6 %:isillä polyakryyliamidigee-leillä. DNA, jonka koko vastasi suunnilleen arvioitua odotettua PCR-tuotetta, elektroeluoitiin geeleistä ja subkloonat-15 tiin joko pGEM-4 -plasmidivektoriin tai Agtllriin. Odotetut tuotekoot EnvLrlle ja EnvR:lle ensimmäisen monistuskieron jälkeen olivat 615 ep ja vastaavasti 683 ep; toisen monistus-kierroksen jälkeen odotetut tuotekoot EnvL:lle ja EnvR:lle olivat 414 ep ja vastaavasti 575 ep. Monistettuja tuotteita 20 sisältäviä plasmideja käytettiin isäntäsolujen transformoin-tiin; pGEM-4 -plasmidia käytettiin transformoitaessa DH5-alfa, ja Ägtll:a käytettiin transformoitaessa C600 delta-HFL. Transformoitujen solujen kloonit, jotka joko hybridisoituivat sopiviin HCV-koettimiin, tai joissa oli sopivankokoiset in-25 sertit, valikoitiin. Insertit kloonattiin sen jälkeen M13:iin ... ja sekvensoitiin. Koettimet kaikille HCV/cPCR-tuotteille kä sittivät 1 2 3 4 5 6P-leimattuja osia HCV cDNA:sta, joka oli valmistettu PCR-monistuksella.
Sekvenssi-informaatio muunnelmille EnvL-alueella saatiin 3 2 kloonista HCT#18.-sta, 2 kloonista TH.-sta, 3 kloonista ECl.-stä 3 '.. ja HCVl-klooneista. Vertailu kunkin näistä klooneista saadun 4 isolaatin yhdistelmänukleotidisekvensseistä esitetään kuvios 5 sa 7. Kuviossa kukin sekvenssi esitetään 51-31-suunnassa 6
EnvL-alueen templaattijuosteelle (sense) ja sekvenssit on asetettu rinnakkain. Pystyviivat ja isot kirjaimet osoittavat sekvenssihomologian, viivan ja isojen kirjainten puuttuminen osoittavat homologian puuttumisen. Riveissä esitetyt sekvens- 53 111645 sit ovat seuraavat: rivi 1, Thorn; rivi 2, EC1; rivi 3, HCT#18; rivi 4, HCV1.
Sekvenssi-informaatio muunnelmille EnvR-alueella saatiin kah-5 desta EC10:n kloonista ja HCV1-klooneista. Kaksi EC10-kloonia erosivat vain yhden nukleotidin osalta. EC10:n nukleotidisek-venssien (klooni 2) ja HCVl:n yhdistelmäsekvenssien vertailu esitetään kuviossa 8; kukin sekvensi on esitetty 5'-3'-suunnassa EnvR-alueen templaattijuosteelle (sense) ja sekvenssit 10 on asetettu rinnakkain. Kaksoispisteet sekvenssien välissä osoittavat sekvenssihomologian.
Vertailu aminohapposekvensseistä, jotka ovat kooditettuina EnvL-alueella (aminohapot #117-308) ja EnvR-alueella . (amino-15 hapot #300-438) kullakin isolaatilla esitetään kuviossa 9 ja vastaavasti kuviossa 10. Kuvioissa on esillä sekvenssit iso-laateille JH23 ja JH27, joita edellä on kuvailtu. Esitettynä ovat myös sekvenssit japanilaisesta eristyksestä; nämä sekvenssit toimitti Dr. T. Miyamura, Japani. Kuvioissa alueen 20 aminohapposekvenssi esitetään kokonaisuudessaan HCVl:lle ja ei-homologiset aminohapot eri isolaateilla on osoitettu.
Kuten kuviosta 9 nähdään, EnvL-alueella vallitsee kaikkiaan noin 93 %:n homologia HCVl:n ja muiden isolaattien välillä. 25 HCT18, Th ja EC1 ovat noin 97 %:isesti homologisia HCVl:n .. suhteen; JH23 ja JH27 ovat noin 96 %:isesti ja vastaavasti noin 95 %:isesti homologiset HCVlrn suhteen. Kuvio 10 osoittaa, että homologiat EnvR-alueella ovat merkittävästi pienemmät kuin EnvL-alueella; sen lisäksi yksi alaalue näyttää ole-30 van hypervariaabeli (so., aminohaposta 383-405). Nämä tulokset esitetään tiivistettynä taulukossa välittömästi jäljempä-nä.
54 111645
Taulukko: EnvR-alueen homologia
Eristys Homologiaprosentti HCVlm suhteen AA330-AA438 AA383-AA405 5 JH23 (U.S.) 83 57 JH27 (U.S.) 80 39 japanil. 73 48 EC10 (Italia) 84 48 10 VI. Teollinen käytettävyys Tässä identifioituja epitooppeja voidaan käyttää polypep-tidituotteiden valmistukseen kuten edellä on kuvailtu käyttösovellutuksiin, joita ovat HCV-infektion seulonta verestä, 15 HCV:n klininen diagnoosi, vasta-ainetuotanto ja lääkkeiden valmistaminen. Muita käyttösovellutuksia on kuvailtu edellä ja vielä muut sovellutukset tulevat helposti selviksi alaa tunteville henkilöille. 1 · 111645 55
Kirjallisuusluettelo
Barr et aL, Biotechniaues (1986) 4:428.
Bradley et ai. Gastroenterology (1985) 88:773.
5 Botstein, Gene (1979) £:17.
M.A. Brinton, (1986) julkaisussa "The Viruses: The Togaviridae and Flaviviridae" eidlfjF^nkel-Comal ja Wagner, voi. edit. Schlesinger ja Schlesinger, Plenum Presses. 327-374.
Breach (1981) julkaisussa: "Molecular Biology of the Yeast-Saccharanyces", 10 .
Voi. 1, s. 445, Cold Sprang Harbor Press.
Broach et al., Meth Enzvmol (1983) 101:307.
Catty (1988), 'Antibodies, Volume 1: A Practical Approach1 (ERL Press).
Chanev et al.. Cell Mol Genet Γ1986) 12:237. i5 Chakrabarti et aL, Mol Cell Biol (1985) 5:3403.
Chang et al., Mature (1977) 198:1056.
Chen ja Seebmg, DNA (1985) 4:165.
Chiigwin et aL. Biochemistry (1979Y 18:5294.
Chomczynski ja SacchL Anal Biochem (1987¾ 162:156.
20 Cboo et al., Science (1989) 244:359.
ClewelletaL. ProcNatl AcadSci USA (1969) 62:1159.
CleweH, J Bacteriol (1972) 11&667.
Cohen. Proc Natl Acad Set USA Π972> 69:2110.
Cousens et al.T Gene (1987) 61:265.
~5 De Boer era/., Proc Natl Acad Sci PSA (1983) 222:128.
Dreesman etoi. J Infect Pis (19851151:761.
S.M. Feinstone ja J.H. Hoofnagle, New Engl J Med (1984) 311:185.
Feigner et aL, Proc Natl Acad Sci USA (1987) £4:7413.
30 Fields & Knipe (1986), "Fundamental Virology1 (Raven Press, N.Y.).
Hers et eL, Nature (1978) 273:113.
R.J. Gerety etaL julkaisussa "Viral Hepatitis and Liver Disease” (B.N. Vyas, J.L. Dienstag, ja J.H. Hoofnagle, eds)
Glennie et al., Nature (1982) 295:712.
35 Gluzman. Cell /19811 23:175.
Goeddel et al., Nuc.Acids Res (1980) £:4057.
i 5fi 111645
Graham ja Van der 2sb, Virology (1978) 52:546. 1
Gnmstein jaHogsess, Proc Natl Acad Sci.USA (1975) 72:3961.
Grych etaL, Nature (1985) 316:74. ·
Gablet ja. Hoffman Gene (1983) 25.-263.
Hahn, (1988) 162:167.
Hammeriing et aL, (1981), “Monoclonal Antibodies and T-CeII Hybridomas".
Han, gjjfighgaisig (1987) 26:1617.
1 o Haliman, Proc Natl Acad Sd USA (1983) £Q:31.
Hess etaL, J Adv Enzvroe Ree (1968) 2:149.
Hinnen et aL, Proc Natl Acad Sei USA (1978) 25:1929.
Hitzeman et aL, J Biol Chem (1980) 255:2073.
Holland et aL, Biochemistry (1978) 12:4900.
15 Holland. J Bioi Chem (1981) 256:1385.
Holland j*. Holland. 1 Biol Chem (1980) 255:2596.
Hocpes et aL, N«c Acids Res (1981) 2:5493.
Houghton et aL, Nuc Acids Res (1981) £:247 T.V. Hunyh et aL, (1985) in "DNA Closing Techniques; A Practical Approach" 20 (D. Glover, Ed., XRL Press, Oxford, U.K.) ss. 49-78.
Immun Rgv (1982) 62:185.
Bo et aL, Agri9.Biol. Ctem (1984) 4&341.
Iwarson. British Medical 1 (1987) 295:946.
2s Kennett et aL (1980) “Monoclonal Antibodies”.
Kniskern etaL, Gene (1986) 46:135.
Kyte ja Doolittle, J Mol Bio (1982) 152:105-132.
Laemmli, Nature (1970) 227:630.
Lee etaL, Science (1988)229:12881 30 lacker ja Summers. Virol f1989117:31.
Msckett et ai., J Virol (1984) 42:857.
T. Maniatis et al. (1982) "Molecular Cloning; A Laboratory Manual’ (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y.).
Sambrook et aL (1989), “Molecular Cloning; A Laboratory Manual", Second 35
Edition (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y.).
Manning ja Mocarski, Virol (1988)162:477.
111645 57
Mayer 3a Walter, eds. (1987), "Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology* (Academic Press, London).
Maxam er al., Meth Snzvrnol (1980) (£:499.
MacNamaia er aL, Science (1984) 226:1325.
Messing ef , Ncc Acids Res (1981) 2:309.
Messing, Meth Enzvmol (1983) Jfil :20-37.
Michelle et al., Int. Symposium on Viral Hepatitis, 10 Monalh (1986) julkaisussa "The Viruses': The Togaviradae and Flaviviridae" ^^m^Conrat ja Wagner, vol. edit. Schlesinger ja Schlesinger, Plenum Press),ss. 375-440.
Moss (1987) julkaisussa "Gene Transfer Vectors For Martmalian Cells" (Miller ^.,C0oi? Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.), p. 10.
15 Nagahuma et al., Anal Biochem (1984) 141:74.
Neuratb et al, Science (1984) 224:392.
Nisonoff et al, Clin Immunol ImmunOpathol (1981) 21:397-406.
L.R. Overby, Carr Heoatol (1985) 5:49.
2Q LR. Overby, Cwx.Hg?afrl (1986) 5:65.
L.R. Overby, CviT fl?P3tt>l(1987) 7:35.
Pachl et al, J Virol (1987) 61:315.
Peleg, Nature (1969) 221:193.
Pfeffericom and Shapiro (1974), julkaisussa "Conprehensive Virology”, Vol. 2 25 (Fraenkel-Conrat & Wagner., edit. Plenum, N.Y.) ss. 171-230.
A.M. Prince, Ann Rev Microbiol (1983) 22:217.
• t
Rice etal. Science (19851229:726.
Rice ef al (1986)^julkaisussa "The. Viruses: Ttfe Tfcgpviridae and Elavdviddae" (Secies eds. Fraenkel-Conrat. ja Wagner, vol. eds. Schlesinger and Schlesinger, Plenum 30 Press), p.279-328.
Rodbrig (1986) jultednussa "The Viruses: The Tbc^viridae and Flaviviridae'' (Series edit.
* Fraenkel-Conrat ja Wagner, vol.®3it. Schlesinger Schlesinger, Pierun
Press) 35 Sadler er al, Gene (1980) 2:279.
Saiki et al,., Nature (1986) 324:163.
Saiki et al, Science (1988) 239:487.
111645 58
Sanger et aL, Proc Natl Acad Sci USA (1977) 74:5463.
Setlow, ed. (1988), "Genetic Engineering” Vol. 10, ss. 195-219 (Plenum 5 Publishing Co., N.Y.
Schlesmger et aL, J Virol (1986) £2:1153.
M. Schreierer aL, (1980) "Hybridoma Techniques”
Scopes (1984), "Protein Purification, Principles and Practice", 2. painos (Springer-Veriag, N.Y.).
10 Shimatakeef aL, Nature (1981) 292:128.
Sineh er g/.. Nuc Acids Res (1983) 11:4049.
Sippd. Eur XBiochem (19731 37:31.
Smith et aL. MolJCeU Biol (1983) 3:2156-2165.
Steimer etaL. J Virol (1986158:9.
15 Stollar (1980), in "The Togavinises* (R.W. Schlesinger, edit.), ss. 584-622.
Stuve eraJL. J Virol (1987) 61:326.
Sumivoshi et aL. Virol fl987V 161:497.
Taylor et aL, BiocMm Biophvs Acta (1976) 442:324.
20 Towbin er aL. Proc Natl Acad Sci USA (1979176:4350.
Tsu ja Herzenberg (1980), in "Selected Methods ln Cellular Immunology" (W.H. Freeman and. Co.) ss. 373-391.
Vytdehaag et aL. J Immunol (1985) 134:1225.
P. Valenzuela et aL, Nature (1982) 298:344.
25 P. Valenzuela et aL, (1984), in "Hepatitis B" (I. Millman etaL, ed, Plenum
Press) ss. 225-236.’ '
Warner, DNA (1984) 2:401.
Ward etaL. Nature (1989) 341:544.
Wu ia Grossman. Meth Enzvmol Π9871- 154 "Recombinant DNA", osa E.
on __
Wu, Meth Enzvmol (1987), 155. "Recombinant DNA", osa F.
ZoUer, Nuc Acids Res (1982) 10:6487.
US-pa baitti nro 4,341,761 LB-patentti nro. 4,466,917 tE-patantti mq 4,399,121 IB-pataitti nro 4,472,500 t^iata±ti nro 4,427,783 tB-^atentti nro 4,491,632 IS-patmlU mao 4,444,887 ps-patentti. ^ 4,493,890 US-pataiLti nro 4,816,467
Claims (2)
1. Immuunimäärityksen reagenssi, tunnettu siitä, että se 5 käsittää polypeptidiä, jossa a) polypeptidin immunoreaktiivinen osuus on HCV-polypeptidin segmentti, joka käsittää aminohapot 413-420 (AA413 - AA420), aminohapot 540-547 (AA540 -AA547) tai aminohapot 2244-2251 (AA2244 - AA2251) ku- 10 vion 1 mukaisesti ja jossa mainitun segmentin pituus on enintään noin 25 aminohappoa, tai b) polypeptidi on oktameeri, jolla on asemissa 2280-2287 (AA2280 - AA2287), 1218-1225 (AA1218 - AA1225) tai 1940-1947 (AA1940 - AA1947) esitetty aminohappose- 15 kvenssi kuvion 1 mukaisesti, tai c) polypeptidin immunoreaktiivinen osuus on HCV-polypeptidin enintään 20 aminohapon segmentti, jonka aminoterminaalinen aminohappo on kuvion 1 aminohappo 1218 tai aminohappo 1940, tai 20 d) polypeptidin immunoreaktiivinen osuus on HCV- polypeptidin segmentti, joka käsittää aminohapot 465-472 (AA465 - AA472) kuvion 1 mukaisesti ja jossa mainitun segmentin pituus on enintään noin 20 aminohappoa . 25
2, Menetelmä hepatiitti-C viruksen (HCV) proteiinien kanssa • « immunoreaktiivisten vasta-aineiden läsnäolon toteamiseksi näytteestä, tunnettu siitä, että menetelmä käsittää seuraa-vat vaiheet: 30 a) patenttivaatimuksen 1 mukainen immobilisoitu im- muunimääritysreagenssi saatetaan kosketukseen mainitun näytteen kanssa, ja b) havaitaan mainittuun reagenssiin sitoutuneet vasta-aineet käyttäen havaittavissa olevaa leimaa. 35 -111645
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US72248991A | 1991-06-24 | 1991-06-24 | |
US72248991 | 1991-06-24 | ||
PCT/US1992/005388 WO1993000365A2 (en) | 1991-06-24 | 1992-06-24 | Hepatitis c virus (hcv) polypeptides |
US9205388 | 1992-06-24 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
FI20021626A FI20021626A (fi) | 2002-09-11 |
FI111645B true FI111645B (fi) | 2003-08-29 |
Family
ID=24902063
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
FI935808A FI110099B (fi) | 1991-06-24 | 1993-12-22 | Menetelmä hepatiitti C-viruksen (HCV) polypeptidien valmistamiseksi |
FI20021626A FI111645B (fi) | 1991-06-24 | 2002-09-11 | Immuunimäärityksen reagenssi ja menetelmä hepatiitti C-viruksen (HCV) vasta-aineiden havaitsemiseksi |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
FI935808A FI110099B (fi) | 1991-06-24 | 1993-12-22 | Menetelmä hepatiitti C-viruksen (HCV) polypeptidien valmistamiseksi |
Country Status (16)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US6346375B1 (fi) |
EP (1) | EP0591431B1 (fi) |
JP (9) | JP3516681B2 (fi) |
KR (1) | KR0185426B1 (fi) |
AT (1) | ATE229543T1 (fi) |
BG (1) | BG61843B1 (fi) |
CA (1) | CA2110058C (fi) |
DE (1) | DE69232871T2 (fi) |
ES (1) | ES2188583T3 (fi) |
FI (2) | FI110099B (fi) |
HU (1) | HU227547B1 (fi) |
NO (1) | NO309528B1 (fi) |
RO (1) | RO117329B1 (fi) |
RU (1) | RU2148587C1 (fi) |
UA (1) | UA40572C2 (fi) |
WO (1) | WO1993000365A2 (fi) |
Families Citing this family (85)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6171782B1 (en) | 1987-11-18 | 2001-01-09 | Chiron Corporation | Antibody compositions to HCV and uses thereof |
US5712088A (en) * | 1987-11-18 | 1998-01-27 | Chiron Corporation | Methods for detecting Hepatitis C virus using polynucleotides specific for same |
US6861212B1 (en) | 1987-11-18 | 2005-03-01 | Chiron Corporation | NANBV diagnostics and vaccines |
US5714596A (en) * | 1987-11-18 | 1998-02-03 | Chiron Corporation | NANBV diagnostics: polynucleotides useful for screening for hepatitis C virus |
US5698390A (en) | 1987-11-18 | 1997-12-16 | Chiron Corporation | Hepatitis C immunoassays |
US6027729A (en) * | 1989-04-20 | 2000-02-22 | Chiron Corporation | NANBV Diagnostics and vaccines |
US5582968A (en) * | 1990-02-16 | 1996-12-10 | United Biomedical, Inc. | Branched hybrid and cluster peptides effective in diagnosing and detecting non-A, non-B hepatitis |
US5639594A (en) * | 1990-02-16 | 1997-06-17 | United Biomedical, Inc. | Linear and branched peptides effective in diagnosing and detecting non-A, non-B hepatitis |
GB9204274D0 (en) * | 1992-02-28 | 1992-04-08 | Wellcome Found | Novel peptides |
US6667387B1 (en) | 1996-09-30 | 2003-12-23 | N.V. Innogenetics S.A. | HCV core peptides |
US6709828B1 (en) | 1992-03-06 | 2004-03-23 | N.V. Innogenetics S.A. | Process for the determination of peptides corresponding to immunologically important epitopes and their use in a process for determination of antibodies or biotinylated peptides corresponding to immunologically important epitopes, a process for preparing them and compositions containing them |
DE4240980A1 (de) * | 1992-08-07 | 1994-02-10 | Boehringer Mannheim Gmbh | HCV Peptidantigene und Verfahren zur Bestimmung von HCV |
US7255997B1 (en) | 1993-04-27 | 2007-08-14 | N.V. Innogenetics S.A. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
EP0984068B1 (en) | 1993-04-27 | 2012-03-28 | Innogenetics N.V. | Sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
PL175360B1 (pl) * | 1993-05-10 | 1998-12-31 | Chiron Corp | Cząsteczka kwasu nukleinowego i kompozycja do wykrywania infekcji wirusa zapalenia wątroby typu C |
ATE249838T1 (de) | 1993-05-12 | 2003-10-15 | Chiron Corp | Konserviertes motiv der hepatitis c virus e2/ns1 region |
US5514539A (en) * | 1993-06-29 | 1996-05-07 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 gene of 51 isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
US5639856A (en) | 1993-09-13 | 1997-06-17 | The Regents Of The University Of California | Semaphorin gene family |
AU8003894A (en) * | 1993-10-29 | 1995-05-22 | Srl Inc. | Antigen peptide compound and immunoassay method |
ATE290592T1 (de) * | 1993-11-04 | 2005-03-15 | Innogenetics Nv | Von menschlichen t-zellen immunodominante epitopen des virus der c-hepatitis |
US5709995A (en) * | 1994-03-17 | 1998-01-20 | The Scripps Research Institute | Hepatitis C virus-derived peptides capable of inducing cytotoxic T lymphocyte responses |
WO1996013590A2 (en) * | 1994-10-21 | 1996-05-09 | Innogenetics N.V. | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents |
GB2294690B (en) * | 1994-11-01 | 1998-10-28 | United Biomedical Inc | Peptides effective for diagnosis and detection of hepatitis C infection |
US6034064A (en) * | 1995-04-07 | 2000-03-07 | Hoechst Pharmaceuticals & Chemicals K.K. | Peptides and therapeutic agent for autoimmune diseases containing the same |
JPH08333390A (ja) * | 1995-04-07 | 1996-12-17 | Hoechst Japan Ltd | ペプチド及びそれからなる自己免疫疾患治療剤 |
EP0829488A4 (en) * | 1995-04-28 | 1999-04-07 | Srl Inc | ANTIGENIC PEPTIDE COMPOUND AND IMMUNOLOGICAL ASSAY METHOD |
GB9513261D0 (en) * | 1995-06-29 | 1995-09-06 | Smithkline Beecham Biolog | Vaccines |
US6127116A (en) * | 1995-08-29 | 2000-10-03 | Washington University | Functional DNA clone for hepatitis C virus (HCV) and uses thereof |
US6514731B1 (en) | 1996-05-24 | 2003-02-04 | Chiron Corporation | Methods for the preparation of hepatitis C virus multiple copy epitope fusion antigens |
ATE311463T1 (de) * | 1996-05-24 | 2005-12-15 | Chiron Corp | Fusionsprotein mit multiplen epitopen |
US7049428B1 (en) | 1998-03-04 | 2006-05-23 | Washington University | HCV variants |
US7338759B1 (en) | 1997-03-04 | 2008-03-04 | Washington University | HCV variants |
ES2316171T3 (es) | 1997-09-22 | 2009-04-01 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Tampones para estabilizar antigenos hcv. |
ES2310701T3 (es) * | 1998-04-17 | 2009-01-16 | Innogenetics N.V. | Metodos para mejorar la conformacion de proteinas por medio de agentes reductores. |
US7052830B1 (en) * | 1998-06-09 | 2006-05-30 | Branch Andrea D | Hepatitis C virus peptides and uses thereof |
US7052696B2 (en) * | 1998-07-10 | 2006-05-30 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Antigenic epitopes and mosaic polypeptides of hepatitis C virus proteins |
US6191256B1 (en) * | 1998-11-20 | 2001-02-20 | Bayer Corporation | Recombinant factor VIII binding peptides |
CA2377525A1 (en) * | 1999-07-19 | 2001-03-29 | Epimmune, Inc. | Inducing cellular immune responses to hepatitis c virus using peptide and nucleic acid compositions |
US20070031446A1 (en) | 2003-07-11 | 2007-02-08 | Intercell Ag | Hcv vaccines |
US6630298B2 (en) | 2000-06-15 | 2003-10-07 | Chiron Corporation | HCV antigen/antibody combination assay |
KR100801123B1 (ko) | 2000-08-17 | 2008-02-05 | 트리펩 아베 | 리바비린 함유 백신 및 이것의 사용 방법 |
US6858590B2 (en) * | 2000-08-17 | 2005-02-22 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
US7022830B2 (en) * | 2000-08-17 | 2006-04-04 | Tripep Ab | Hepatitis C virus codon optimized non-structural NS3/4A fusion gene |
US6680059B2 (en) * | 2000-08-29 | 2004-01-20 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
EP1195381A1 (de) * | 2000-09-28 | 2002-04-10 | Immusystems GmbH | CD4+ T-Lymphozyten spezifische Hepatitis C Virus-Epitope |
MXPA03009632A (es) | 2001-04-24 | 2004-06-30 | Innogenetics Nv | Proteinas de la envoltura de vhc glucosiladas en la estructura central. |
US20030152942A1 (en) * | 2001-05-09 | 2003-08-14 | Lance Fors | Nucleic acid detection in pooled samples |
US7196183B2 (en) | 2001-08-31 | 2007-03-27 | Innogenetics N.V. | Hepatitis C virus genotype, and its use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agent |
US20030100467A1 (en) * | 2001-09-12 | 2003-05-29 | Wolfgang Aehle | Binding phenol oxidizing enzyme-peptide complexes |
AR045702A1 (es) | 2001-10-03 | 2005-11-09 | Chiron Corp | Composiciones de adyuvantes. |
US7332269B2 (en) * | 2001-11-11 | 2008-02-19 | Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. | HCV core protein sequences |
WO2003073097A2 (en) * | 2002-02-28 | 2003-09-04 | Intercell Ag | Methods for isolating ligands e.g. t cell epitopes |
AU2003218111B8 (en) * | 2002-03-11 | 2008-11-20 | Lab 21 Limited | Methods and compositions for identifying and characterizing hepatitis C |
AU2003301865A1 (en) * | 2002-05-16 | 2004-06-07 | The General Hospital Corporation | Epitopes of hepatitis c virus |
FR2839722A1 (fr) | 2002-05-17 | 2003-11-21 | Bio Merieux | Nouvelles compositions peptidiques et leur utilisation notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c |
CA2484941A1 (en) | 2002-07-24 | 2004-02-05 | Intercell Ag | Antigens encoded by alternative reading frame from pathogenic viruses |
ES2312806T3 (es) | 2002-09-09 | 2009-03-01 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Ensayo de vhc. |
US7378234B2 (en) | 2002-09-13 | 2008-05-27 | Intercell Ag | Method for isolating hepatitis C virus peptides |
EP2287311A1 (en) * | 2003-03-04 | 2011-02-23 | Intercell AG | Streptococcus pyogenes antigens |
AU2004224746B2 (en) | 2003-03-24 | 2009-04-23 | Valneva Austria Gmbh | Improved vaccines |
WO2004084937A1 (en) * | 2003-03-24 | 2004-10-07 | Intercell Ag | Use of alum and a th1 immune response inducing adjuvant for enhancing immune responses |
EP2311991A1 (en) | 2003-04-15 | 2011-04-20 | Intercell AG | S. pneumoniae antigens |
US7731967B2 (en) | 2003-04-30 | 2010-06-08 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Compositions for inducing immune responses |
WO2005010035A2 (en) * | 2003-07-22 | 2005-02-03 | Branch Andrea D | Alternate reading frame polypeptides derived from hepatitis c and methods of their use |
ES2596753T3 (es) | 2003-08-29 | 2017-01-11 | Fujirebio Europe N.V. | Nuevo clado del virus de la hepatitis C y secuencias prototipo del mismo |
FR2859909B1 (fr) | 2003-09-22 | 2007-09-07 | Biomerieux Sa | Procede de preparation de microparticules bioresorbables, microparticules obtenues et utilisation |
CA2558963A1 (en) * | 2004-04-16 | 2005-12-15 | Genentech, Inc. | Omi pdz modulators |
EP1802778B1 (en) * | 2004-08-27 | 2011-10-05 | Novartis Vaccines and Diagnostics, Inc. | Hcv multiple epitope fusion antigens with modified proteolytic cleavage sites and uses thereof |
JP4897792B2 (ja) | 2005-04-20 | 2012-03-14 | ビロメッド カンパニー, リミテッド | 融合タンパク質の分離のための組成物および方法 |
US7968697B2 (en) * | 2005-05-25 | 2011-06-28 | Chrontech Pharma Ab | Hepatitis C virus non-structural NS3/4A fusion gene |
CA2661492A1 (en) | 2006-08-25 | 2008-02-28 | Novartis Ag | Hcv fusion polypeptides |
JP4975600B2 (ja) * | 2007-03-16 | 2012-07-11 | シスメックス株式会社 | Hcv抗体測定用試薬キット及びhcv抗体測定方法 |
US8071561B2 (en) | 2007-08-16 | 2011-12-06 | Chrontech Pharma Ab | Immunogen platform |
US20090214593A1 (en) * | 2007-08-16 | 2009-08-27 | Tripep Ab | Immunogen platform |
US8815253B2 (en) | 2007-12-07 | 2014-08-26 | Novartis Ag | Compositions for inducing immune responses |
US20100104555A1 (en) * | 2008-10-24 | 2010-04-29 | The Scripps Research Institute | HCV neutralizing epitopes |
US9636410B2 (en) | 2011-07-06 | 2017-05-02 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Cationic oil-in-water emulsions |
US9655845B2 (en) | 2011-07-06 | 2017-05-23 | Glaxosmithkline Biologicals, S.A. | Oil-in-water emulsions that contain nucleic acids |
FR2984328B1 (fr) | 2011-12-20 | 2016-12-30 | Bio-Rad Innovations | Procede de detection d'une infection par le virus de l'hepatite c |
WO2013150450A1 (en) * | 2012-04-02 | 2013-10-10 | Universidade Do Porto | Hcv homolog fragments, cell-lines and applications thereof |
EP3564384A1 (en) | 2013-03-14 | 2019-11-06 | Abbott Laboratories | Hcv core lipid binding domain monoclonal antibodies |
CN105228649B (zh) | 2013-03-14 | 2019-01-18 | 雅培制药有限公司 | Hcv抗原-抗体组合测定和方法以及用在其中的组合物 |
EP2970947A4 (en) | 2013-03-14 | 2016-10-12 | Abbott Lab | RECOMBINANT HCV NS3 ANTIGENS AND THEIR MUTANTS FOR ENHANCED ANTIBODY DETECTION |
ES2832335T3 (es) | 2015-03-27 | 2021-06-10 | Ortho Clinical Diagnostics Inc | Polipéptidos NS4A/NS3 modificado del VHC y usos de los mismos |
CN111153963B (zh) * | 2020-01-19 | 2021-08-10 | 华南理工大学 | 抗炎五肽及其提取分离方法和在改善记忆中的应用 |
Family Cites Families (50)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4861588A (en) * | 1985-02-05 | 1989-08-29 | New York Blood Center, Inc. | Pre-S gene coded peptide hepatitis B immunogens, vaccines, diagnostics, and synthetic lipid vesicle carriers |
DE3886363T3 (de) * | 1987-11-18 | 2004-09-09 | Chiron Corp. (N.D.Ges.D. Staates Delaware), Emeryville | NANBV-Diagnostika |
US5350671A (en) * | 1987-11-18 | 1994-09-27 | Chiron Corporation | HCV immunoassays employing C domain antigens |
GB2212511B (en) | 1987-11-18 | 1992-01-22 | Chiron Corp | Hepatitis c virus |
AU650038B2 (en) | 1988-03-11 | 1994-06-09 | Abbott Laboratories | CKS method of protein synthesis |
US5312737A (en) | 1988-03-11 | 1994-05-17 | Abbott Laboratories | CKS method of HCV protein synthesis |
WO1990011089A1 (en) * | 1989-03-17 | 1990-10-04 | Chiron Corporation | Nanbv diagnostics and vaccines |
EP0416725A3 (en) | 1989-07-14 | 1991-03-20 | Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha | Blood-borne non-a, non-b hepatitis specific protein, dna encoding it, and process for its production |
JP2818761B2 (ja) | 1989-09-14 | 1998-10-30 | 財団法人化学及血清療法研究所 | 非a非b型肝炎ウイルス抗原をコードする核酸断片およびその利用法 |
US5372928A (en) | 1989-09-15 | 1994-12-13 | Chiron Corporation | Hepatitis C virus isolates |
CA2065287C (en) * | 1989-09-15 | 1999-12-21 | Tatsuo Miyamura | New hcv isolates |
LU87861A1 (fr) * | 1989-12-18 | 1991-10-08 | Wellcome Found | Agent viral |
JPH03190898A (ja) | 1989-12-21 | 1991-08-20 | Shima Kenkyusho:Kk | 合成ポリペプチド及びそれを用いたhcv抗体測定試薬 |
CA2032907C (en) * | 1989-12-22 | 2002-05-14 | Richard R. Lesniewski | Hepatitis c assay |
EP0435229A1 (en) | 1989-12-27 | 1991-07-03 | Sanwa Kagaku Kenkyusho Co., Ltd. | DNA of non-A, non-B hepatitis virus gene, its clone and use thereof |
KR940000755B1 (ko) * | 1990-02-16 | 1994-01-29 | 유나이티드 바이오메디칼 인코오포레이티드 | Hcv에 대한 항체 검출, hcv 감염의 진단 및 백신으로서의 그 예방에 특히 적합한 합성 펩티드 |
US5106726A (en) * | 1990-02-16 | 1992-04-21 | United Biomedical, Inc. | Synthetic peptides specific for the detection of antibodies to HCV |
EP0527788B1 (en) | 1990-04-04 | 2004-06-30 | Chiron Corporation | Hepatitis c virus protease |
ES2152922T3 (es) * | 1990-04-06 | 2001-02-16 | Genelabs Tech Inc | Epitopos del virus de la hepatitis c. |
JPH044880A (ja) | 1990-04-20 | 1992-01-09 | Terumasa Arima | 非a非b型肝炎抗原をコードするdna及びポリペプチド |
JP3268502B2 (ja) | 1990-06-12 | 2002-03-25 | 徹雄 中村 | 非a非b型肝炎ウイルス関連ポリヌクレオチド、ポリペプ タイド |
JPH0446196A (ja) | 1990-06-13 | 1992-02-17 | Kuraray Co Ltd | 抗原蛋白質およびそれをコードしているdna断片 |
AU652941B2 (en) | 1990-06-25 | 1994-09-15 | Research Foundation For Microbial Diseases Of Osaka University, The | Non-A, Non-B hepatitis virus particles |
EP0933426A1 (en) | 1990-06-25 | 1999-08-04 | The Research Foundation for Microbial Diseases of Osaka University | Non-a, non-b hepatitis virus genomic cdna fragments and antigen polypeptides |
EP0468657A3 (en) | 1990-07-09 | 1992-02-05 | Tonen Corporation | Non-a non b hepatitis-specific antigen and its use in hepatitus diagnosis |
JPH04126086A (ja) | 1990-07-12 | 1992-04-27 | Yamanouchi Pharmaceut Co Ltd | 非a非b型肝炎ウイルス抗原ポリペプチド、該抗原ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、及びそれらを用いた非a非b型肝炎の診断法 |
CA2047792C (en) | 1990-07-26 | 2002-07-02 | Chang Y. Wang | Synthetic peptides specific for the detection of antibodies to hcv, diagnosis of hcv infection and prevention thereof as vaccines |
CZ282573B6 (cs) | 1990-08-10 | 1997-08-13 | Chiron Corporation | Způsob detekce HCV sekvence, souprava a reakční činidlo pro detekci HCV |
CA2049679C (en) | 1990-08-24 | 2005-06-21 | Sushil G. Devare | Hepatitis c assay utilizing recombinant antigens |
CA2090335A1 (en) | 1990-08-25 | 1992-02-26 | Suzanne Zebedee | Non-a, non-b hepatitis virus antigen, diagnostic methods and vaccines |
JP3055793B2 (ja) | 1990-09-07 | 2000-06-26 | 財団法人化学及血清療法研究所 | 非a非b型肝炎ウイルス融合ペプチドおよびその製法 |
JPH04144686A (ja) | 1990-10-04 | 1992-05-19 | Kunitada Shimotoono | 構造蛋白質遺伝子、組換えベクター、それにより形質転換された大腸菌、ポリペプチドおよびポリペプチドの製造方法 |
JPH04159298A (ja) | 1990-10-19 | 1992-06-02 | Olympus Optical Co Ltd | Hcvペプチド |
DE59109221D1 (de) | 1990-11-03 | 2001-11-15 | Dade Behring Marburg Gmbh | HCV-spezifische Peptide, Mittel dazu und ihre Verwendung |
EP0485209A1 (en) | 1990-11-08 | 1992-05-13 | Immuno Japan Inc. | Non A, non B hepatitis virus related antigen, antibody detection systems, polynucleotides and polypeptides |
JPH04179482A (ja) | 1990-11-11 | 1992-06-26 | Kunitada Shimotoono | C型肝炎ウイルス由来の遺伝子 |
JPH04187090A (ja) | 1990-11-22 | 1992-07-03 | Toshio Shikata | 非a非b型肝炎抗原をコードするdna及びポリペプチド |
WO1992009634A1 (en) | 1990-11-29 | 1992-06-11 | Toray Industries, Incorporated | Non-a non-b hepatitis virus antigen protein |
DE69029092T2 (de) * | 1990-12-14 | 1997-04-17 | Innogenetics N.V., Gent | Synthetische Antigene zum Nachweis von Antikörpern gegen Hepatitis C-Virus |
KR930703361A (ko) | 1991-01-31 | 1993-11-29 | 찰스 엠. 브룩 | 추정의 c형 간염 바이러스(hcv) 외막 영역에 대한 모노클로날 항체 및 이의 사용 방법 |
JP3244284B2 (ja) | 1991-02-14 | 2002-01-07 | 武田薬品工業株式会社 | C型肝炎ウイルス関連抗体および抗原の測定法 |
US5574132A (en) | 1991-04-05 | 1996-11-12 | Biochem Immunosystems Inc. | Peptides and mixtures thereof for detecting antibodies to hepatitis C virus (HCV) |
JPH0568562A (ja) | 1991-05-30 | 1993-03-23 | Sanwa Kagaku Kenkyusho Co Ltd | ヒトC型肝炎ウイルスのcDNA、そのクローン及びこれらの利用法 |
JP3055964B2 (ja) | 1991-05-31 | 2000-06-26 | 株式会社トクヤマ | Hcv 抗原活性ポリペプチド、ポリペプチドの製造方法、形質転換された大腸菌、および抗hcv 抗体の検出方法 |
FR2677372B1 (fr) | 1991-06-06 | 1994-11-10 | Pasteur Institut | Sequences nucleotidiques et peptidiques d'un isolat de virus de l'hepatite c, applications diagnostiques et therapeutiques. |
BR9206131A (pt) | 1991-06-10 | 1995-05-02 | Lucky Ltd | Hepatite C: diagnóstico e vacinas |
CA2070952A1 (en) | 1991-06-11 | 1992-12-12 | Makoto Seki | Gene of hepatitis c virus or fragment thereof, polypeptide encoded by the same |
AU648912B2 (en) | 1991-06-13 | 1994-05-05 | Dade International Inc. | Immunoassay for non-A non-B hepatitis |
JP3103180B2 (ja) | 1992-01-30 | 2000-10-23 | 昭和電工株式会社 | 軟質性合成樹脂製シート |
JP3190898B2 (ja) | 1998-11-09 | 2001-07-23 | 米沢日本電気株式会社 | ノート型パーソナルコンピュータ |
-
1992
- 1992-06-24 RU RU93058563A patent/RU2148587C1/ru active
- 1992-06-24 JP JP50167193A patent/JP3516681B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1992-06-24 CA CA002110058A patent/CA2110058C/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-06-24 ES ES92914835T patent/ES2188583T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-06-24 HU HU9303703A patent/HU227547B1/hu unknown
- 1992-06-24 KR KR1019930704022A patent/KR0185426B1/ko not_active IP Right Cessation
- 1992-06-24 WO PCT/US1992/005388 patent/WO1993000365A2/en active IP Right Grant
- 1992-06-24 DE DE69232871T patent/DE69232871T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1992-06-24 UA UA93004481A patent/UA40572C2/uk unknown
- 1992-06-24 EP EP92914835A patent/EP0591431B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-06-24 RO RO93-01778A patent/RO117329B1/ro unknown
- 1992-06-24 AT AT92914835T patent/ATE229543T1/de active
-
1993
- 1993-12-10 NO NO934542A patent/NO309528B1/no not_active IP Right Cessation
- 1993-12-22 FI FI935808A patent/FI110099B/fi not_active IP Right Cessation
- 1993-12-23 BG BG98332A patent/BG61843B1/bg unknown
-
1995
- 1995-03-14 US US08/403,590 patent/US6346375B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1995-05-18 US US08/444,818 patent/US6150087A/en not_active Expired - Lifetime
-
1999
- 1999-11-25 JP JP33516799A patent/JP3514680B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2002
- 2002-09-11 FI FI20021626A patent/FI111645B/fi not_active IP Right Cessation
-
2003
- 2003-02-28 JP JP2003054819A patent/JP3514751B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 2003-11-14 JP JP2003385979A patent/JP3619827B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2004
- 2004-09-27 JP JP2004280446A patent/JP3926817B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2006
- 2006-11-21 JP JP2006314881A patent/JP4456596B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 2006-11-21 JP JP2006314880A patent/JP4456595B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2007
- 2007-08-21 JP JP2007215324A patent/JP2008001716A/ja not_active Withdrawn
-
2008
- 2008-10-20 JP JP2008270386A patent/JP2009084285A/ja not_active Withdrawn
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
FI111645B (fi) | Immuunimäärityksen reagenssi ja menetelmä hepatiitti C-viruksen (HCV) vasta-aineiden havaitsemiseksi | |
ES2020152T3 (es) | Diagnosticos y vacunas para nanbv. | |
JP2006104207A (ja) | Nanbvの診断用薬 | |
IE20020123A1 (en) | New HCV Isolates | |
AU671594C (en) | Hepatitis C virus (HCV) polypeptides | |
FI105046B (fi) | Menetelmä terapeuttisesti aktiivisen polypeptidin valmistamiseksi, rekombinanttivektori ja isäntäsolu | |
EP0672066A1 (en) | Peptides from the c33 region of hcv, antibodies thereto and methods for the detection of hcv | |
Wong | Humoral Responses and Clinical Outcome in Chronic Hepatitis C Virus Infection | |
HRP940493A2 (en) | Nanbv diagnostics and vaccines |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PC | Transfer of assignment of patent |
Owner name: NOVARTIS VACCINES AND DIAGNOSTICS, INC. Free format text: NOVARTIS VACCINES AND DIAGNOSTICS, INC. |
|
MA | Patent expired |