NO309528B1

NO309528B1 - Hepatitt C virus (HCV) polypeptider, immunoanalysereagens, anvendelse av immunoanalysereagenset for påvisning av hepatitt C virus og anvendelse av polypeptidene for fremstilling av et medikament

Info

Publication number: NO309528B1
Application number: NO934542A
Authority: NO
Inventors: David Y Chien; William Rutter
Original assignee: Chiron Corp
Priority date: 1991-06-24
Filing date: 1993-12-10
Publication date: 2001-02-12
Also published as: CA2110058C; US6346375B1; WO1993000365A2; JP2008001716A; JP3926817B2; WO1993000365A3; ES2188583T3; BG98332A; JPH06508837A; EP0591431B1; RO117329B1; JP2003277396A; RU2148587C1; EP0591431A1; KR0185426B1; JP3619827B2; US6150087A; HU227547B1; FI20021626A; NO934542L

Description

Foreliggende oppfinnelse vedrører materialer og metoder for å styre spredning av hepatitt C-virus (HCV) infeksjon. Den vedrører spesielt polypeptider nyttige som immunologiske reagenser for deteksjon, og for fremstilling av et medikament .

HCV ble først identifisert og karakterisert som en årsak til ikke-A, ikke-B hepatitt (NANBH) av Houghton et al. Dette førte til en beskrivelse av et antall generelle og spesifikke polypeptider nyttige som immunologiske reagenser. Se for eksempel Houghton et al., EPO pub. nr. 318.216; Houghton et al., EPO pub. nr. 388,232; Choo et al., Science (1989) 244:359-362; Kuo et al., Science (1989) 244:362-364; Houghton et al., Hepatology (1991) 14:381-388. Disse publikasjonene angir fagområdet med en omfattende bakgrunn angående HCV generelt samt fremstilling og anvendelse av HCV polypeptid immunologiske reagenser. Beskrivelse av disse publikasjonene

*?r RT>esi©31 Inkorporert heri sott rff^rsTse..

Andre har anvendt og utvidet arbeidet til Houghton et al. Se for eksempel Highfiled et al., UK pat.søkn. 2,239,245 (The Wellcome Foundation Ltd.); Wang, EPO pub.nr. 442,394 (United Biomedical Inc.); Leung et al., EPO pub.nr. 445,423 (Abbott Laboratories); HAbits et al., EPO pub.nr. 451,891 (Akzo N.V.); Reyes et al., PCT pub.nr. W091/15516 (Genelabs Inc.); Maki et al., EPO pub.nr. 468,657 (Tonen Corp.); og Kamada et al., EPO pub.nr. 469,348 (Shionogi Seiyaku K.K.).

Sensitive, spesifikke metoder for screening og identifisering av bærere av HCV og HCV-kontaminerte blod eller blodprodukter er et viktig fremskritt innen medisin. Post-transfusjons-hepatitt (PTH) oppstår i omtrent 10$ av transfuserte pasienter og HCV har stått for opp til 90$ av disse til-fellene. Hovedproblemet i denne sykdommen er den hyppige progresjonen til kronisk leverskade (25-55$). Pasient-håndtering samt forhindring av overføring av HCV fra blod og blodprodukter eller ved nære personlig kontakt krever pålitelige diagnostiske og prognostiske redskaper, så som HCV polypeptider, for å detektere antistoffer relatert til HCV. Slike polypeptider er også nyttige som vaksiner og immun-terapeutiske midler for forhindring og/eller behandling av sykdommen.

På grunn av at HCV er et relativt nytt middel er det nødvendig å definere ytterligere immunologiske reagenser som vil muliggjøre ytterligere studier av det kliniske forløpet til sykdommen og epidemiologien til HCV i populasjonen.

Foreliggende oppfinnelse vedrører karakterisering av nye HCV epitoper. Karakterisering av disse epitopene muliggjør fremstilling av polypeptidprodukter som reagerer immunologisk med antistoffer mot HCV og/eller danner anti-HCV antistoffproduksjon in vivo. Disse polypeptidproduktene er nyttige som standarder eller reagenser i diagnostiske tester

for eksempel både polyklonale og monoklonale, rettet mot HCV epitoper innbefattet innenfor disse polypeptidsekvensene er også nyttige reagenser innen for eksempel diagnostiske tester, som terapeutiske midler, for screening av antivirale midler og for isolering av isolering/rensing av HCV polypeptider eller partikler.

I videste forstand er foreliggende oppfinnelse rettet mot polypeptider inneholdende karakteriserte HCV epitoper beskrevet heri, metoder for anvendelse av slike polypeptider (f.eks. diagnostiske, vaksine og terapeutiske) og artikler for fremstilling, sammensetninger eller formuleringer tilpasset til slike anvendelser (for eksempel polypeptider fiksert til en immunanalyse eller annen bærer, orale eller injiserbare farmasøytiske sammensetninger).

Immunoanalysereagens er også innbefattet i oppfinnelsen. Disse anvendes i en immunoanalyse for detetering av et HCV antigen omfattende inkubering av en prøve-antatt å inneholde et HCV antigen med antistoff som beskrevet ovenfor under betingelser som muliggjør dannelsen av et antigen-antistoff-kompleks og detektering av et antigen-antistoff kompleks inneholdende antistoffet. En immunoanalyse for detektering av anti-HCV antistoffer omfattende inkubering av en prøve antatt å inneholde anti-HCV antistoffer med et polypeptid som beskrevet ovenfor under betingelser som muliggjør dannelsen av et antistoff-antigenkompleks og detektering av antistoff-antigenkomplekset inneholdende polypeptider.

Foreliggende oppfinnelse vedrører polypeptid, kjennetegnet ved at det omfatter en forkortet hepatitt C-virus-sekvens (HCV), hvori nevnte forkortede HCV-sekvens omfatter en HCV-epitopinneholdende oktamer valgt fra

og hvori nevnte forkortede HCV-sekvens har en maksimal lengde på omtrent 25 aminosyrer.

Oppfinnelsen omfatter videre polypeptid, kjennetegnet ved at det omfatter en forkortet HCV-sekvens hvori nevnte forkortede HCV-sekvens består av en HCV-epitopinneholdende oktamer valgt fra: samt isolert HCV-epitopinneholdende oktamer, kjennetegnet ved at den er en HCV-epitopinneholdende oktamer valgt fra:

og immunoanalysereagens, kjennetegnet ved at den omfatter syntetiske HCV-polypeptider for detektering av antistoffer mot HCV-epitoper, kjennetegnet ved at nevnte syntetiske HCV-polypeptider er et polypeptid som tidligere nevnt og/eller en oktamer som før nevnt.

Oppfinnelsen omfatter også anvendelse av et immunologisk realf +1 vt HCV-polyoppt. i ri sanniet!. roe ri. pr ^«ri^sso^tl sl? aVs^Dtabel eksipient, for fremstilling av et medikament for å indusere en immunologisk respons mot HCV i et individ, hvor nevnte immunologiske reaktive HCV-polypeptid er et polypeptid som tidligere nevnt.

Ovennevnte aspekter av foreliggende oppfinnelse blir oppnådd ved oppdagelsen av HCV epitoper med formelen

hvis aa angir en aminosyre,

x og y er tall så som y-x > 6,

aax-aay indikerer en del av aminosyresekvensen ifølge figur 1, og

x velges fra gruppen bestående av 23-34,36 66-79 81-94 96-

98, 101-103, 186-189, 191, 206, 223, 232, 256, 286, 297-299, 321, 347, 357, 413, 414, 432, 465-471, 480-484, 501, 502, 521, 540-549, 579, 594-599, 601-

613, 641, 662-665, 685, 705, 706, 729, 782-789, 801, 851-855, 893, 916, 928,

946, 952-954, 1026, 1072, 1109, 1112-1117, 1218, 1240, 1280-1285, 1322, 1338,

1371, 1384, 1410, 1411, 1454, 1492, 1493, 1532-1535, 1560, 1561, 1566-1568, 1571-1577, 1601-1607, 1615-1620, 1655, 1695, 1710-1712, 1728, 1729, 1758-

1762, 1781, 1808, 1821, 1851, 1880, 1908-1913, 1925, 1940-1948, 1951, 1966-

1969, 1999, 2001-2004, 2006-2014, 2024, 2048-2053, 2055-2057, 2071, 2088-

2093, 2108, 2122-2148, 2165, 2187, 2226-2232, 2244-2249, 2267, 2281-2286,

2288, 2289, 2325-2327, 2346, 2347, 2349, 2382, 2401, 2417-2422, 2439-2444, 2446-2456, 2469, 2471-2476, 2495, 2533, 2534, 2573-2578, 2602-2604, 2606-2612, 2632-2638, 2660, 2676-2679, 2688-2693, 2707, 2721, 2757-2762, 2779,

2794, 2795, 2797-2799, 2801, 2802, 2817-2843, 2863-2867, 2878-2884, 2886-

2895.

Ovennevnte hensikter blir også oppnådd ved anvendelse av HCV epitoper med formelen

hvor aa angir en aminosyre,

x og y er tall så som y-x > 6,

aax-aay indikerer en del av aminosyresekvensen ifølge figur 1, og x blir valgt fra gruppen bestående av 35 (hvor y er mindre enn 45 ), 80 (hvor y er mindre enn 90 ), 95 (hvor y er

■_ j J .., -i -« /> > on * V it - v -r rn -i 7-1 ^> >- ~. j=> n y 1 O n > 1 (lp f 1-t> -t ili X i j. <ax C i', il. J i .i- jl. \ j ' . <>>> J li * WI Oa iiiAiiai o Oilii. J- c u j , xuO ^ ii i oi jf er mindre enn 150), 190 (hvor y er mindre enn 210), 500 (hvor y er mindre enn 550), 600 (hvor y er mindre enn 625 ), 1260 (hvor y er mindre enn 1280), 1569 (hvor y er mindre enn 1931 ), 1570 (hvor y er mindre enn 1590), 1694 (hvor y er mindre enn 1735 ), 1949 (hvor y er mindre enn 2124 ), 1950 (hvor y er mindre enn 1985 ), 2000 (hvor y er mindre enn 2050 ), 2005 (hvor y er mindre enn 2025 ), 2054 (hvor y er mindre enn 2223), 2250 (hvor y er mindre enn 2330)/ 2287 (hvor y er mindre enn 2385 ), 2990 (hvor y er mindre enn 2310 ), 2345 (hvor y er mindre enn 2375), 2348 (hvor y er mindre enn 2464 ), 2445 (hvor y er mindre enn 2475 ), 2470 (hvor y er mindre enn 2490), 2605 (hvor y er mindre enn 2620), 2780 (hvor y er mindre enn 2830), 2796 (hvor y er mindre enn 2886), 2800 (hvor y er mindre enn 2850), og 2885 (hvor y er mindre enn 2905).

I hvilke som helst av ovennevnte formler kan x-y være mindre enn eller lik 10, 20, 30, 40 eller 50 i noen utførelsesformer ifølge oppfinnelsen. Fig. 1 viser polyproteinet til HCV prototype isolat HCV1.

Fig. 2 viser en kompositt cDNA sekvens for HCV1.

Fig. 3 viser nukleotidkonsensussekvensen til humant isolat 23, variant sekvensene er vist nedenfor sekvenslinjen. Aminosyrene som blir kodet for i konsensussekvensen er også vist. Fig. 4 viser nukleotidkonsensussekvensen til humant isolat 27, variantsekvensene er vist under sekvenslinjen. Aminosyrene som blir kodet for i konsensussekvensen er også vist. Fig. 5 viser oppstilte nukleotidsekvenser til de humane isolatene 23 og 27 og HCV1. Homologe sekvenser er indikert med symbolet (<*>). Ikke-homologe sekvenser er vist med små bokstaver. Fig. 6 viser oppstilte aminosyresekvenser til de humane isolatene 23 og 27 og HCV1. Homologe sekvenser er angitt med symbolet Ikke-homologe sekvenser er angitt med små bokstaver. Fig. 7 viser en sammenligning av sammensatte oppstilte nukleotidsekvenser til isolatene Thorn, EC1, HCT nr. 18 og HCV1. Fig. 8 viser en sammenligning av nukleotidsekvensene til EC10 og en sammensetning av HCV1 sekvensen, i det EC10 sekvensen er på linjen over prikkene og HCV1 sekvensen er på linjen under prikkene. Fig. 9 viser en sammenligning av aminosyresekvensene 117-308 (relativt til HCV1) som blir kodet i "EnvL" regionene til konsensussekvensene av humane isolater HCT nr. 18, JH 23, JH 27, Thorne og HCV1. Fig. 10 viser en sammenligning av aminosyresekvensene 330-360 (relativt til HCV1) som blir kodet til "EnvR" regionene til konsensussekvensene av de humane isolatene HCT hr. 18, JH23, JH27, Thorne, EC1 og HCV1.

Fullstendig siteringer angående publikasjonene blir referert til heri.

1. Definis. ioner

"Hepatitt C virus" eller "HCV" refererer til arts-anerkjente virale arter hvor patogene stammer forårsaker NANBH og attenuerte stammer eller defekte interfererende partikler avledet derfra. Se generelt publikasjonene sitert i delen med tittel "bakgrunn". HCV genomet består av RNA. Det er kjent at RNA inneholder virus med relativt høye rater av spontan mutasjon, dvs. i størrelsesorden på 10~<3> til IO-<4> pr. inkorporert nukleotid (Fields & Knipe (1986)). På grunn av at heterogenisiteten og fluiditeten til genotypen er iboende i RNA virusene er det mange stammer/isolater som kan være virulente eller avirulente innenfor HCV artene. Propagering, identifikasjon, deteksjon og isolering av forskjellige HCV stammer eller isolater er blitt godt dokumentert i litteraturen. Beskrivelsene heri muliggjør fremstilling av diagnostiske midler og vaksiner for forskjellige stammer/isolater, samt sammensetninger og fremgangsmåter som kan

farmakologisk anvendelse, så som midler som inhiberer replikasjonen av HCV.

Informasjon angående flere forskjellige stammer/isolater av HCV er beskrevet heri, spesielt stammen eller isolatet CDC/HCV1 (også betetegnet HCV1). Informasjon fra en stamme eller et isolat, så som en del av genomisk eller aminosyresekvens, er tilstrekkelig for å muliggjøre at fagfolk innenfor dette området anvender standardteknikker for å isolere nye stammer/isolater og å identifisere om slike nye stammer/isolater er HCV. Flere forskjellige stammer/isolater er for eksempel beskrevet nedenfor. Disse stammene som ble oppnådd fra et antall humane sera (og fra forskjellige geografiske områder) ble isolert ved anvendelse av infomasjonen fra den genomiske sekvensen til HCV1.

Infomasjonen angitt heri indikerer at HCV fjernt kan være relatert til flaviviridae. Flavivirusfamilien inneholder et stort antall virus som er små, kappeinnehaldende patogener i mennesker. Morfologien og sammensetningen av flavivirus partikler er kjent og beskrevet i Brinton (1986). Med hensyn på morfologi inneholder flavivirus et sentralt nukleokapsid omgitt av et lipidbilag. Virionene er sfæriske og har en diameter på omtrent 40-50 nm. Kjernene har en diameter på omtrent 25-30 nm. Langs den ytre overflaten av viruskappen er projeksjoner som har en lengde på omtrent 5-10 nm med terminale utheng med en diameter på omtrent 2 nm. Vanlige eksempler på familien omfatter Yellow Fever virus, West Nile virus og Dengue Fever virus. De har positivt-trådede RNA genomer (omtrent 11000 nukleotider) som er noe større enn de til HCV og koder for en polypeptidforløper på omtrent 3500 aminosyrer. Individuelle virale proteiner blir spaltet fra dette forløper polypeptidet.

Den genomiske strukturen og nukleotidsekvensen til HCV genomisk RNA er blitt utledet. Genomet ser ut til å være enkel t-t rådet RNA inneholdende omtrent i 0000 irnkl eotider - Genomet er positivt-trådet og har en kontinuerlig, trans-lasjonen åpen leseramme (ORF) som koder for et polyprotein med omtrent 3000 aminosyrer. I ORF ser de strukturelle proteinene ut til å bli kodet for i omtrent den første .1/4 delen av N-terminus regionen med hoveddelen av polypeptidet ansvarlig for ikke-strukturelle proteiner. Når sammenlignet med alle kjente virale sekvenser blir små, men signifikante ko-lineære homologier observert med ikke-strukturelle proteiner fra flavivirusfamilien og med pestivirusene (som også nå blir betraktet å være en del av flavivirusfamilien.

Basert på de antatte aminosyrene som blir kodet i nukleotidsekvensen til HCV1 og andre bevis, muligens proteindomener fra de kodede HCV polypeptidet, samt de omtrentlige grensene, er følgende:

Disse domenene er omtrentlige. For eksempel er E1-NS2 grensen sannsynligvis i 750-810 regionen og NS3-NS4 grensen er omtrent 1640-1650. Det tyder også på at 191 aa versjonen av C er en forløper som blir ytterligere prosessert (for eksempel til omtrent 170 aa i lengde) og at NS2, NS4 og NS5 proteinene hver blir ytterligere prosessert til to modene proteiner.

Forskjellige stammer, isolater eller subtyper av HCV ventes å inneholde variasjoner ved aminosyren og nukleinsyrene sammenlignet med HCV1. Mange isolater er ventet å vise stor (dvs. mer enn omtrent 40$) homologi i den totale aminosyresekvensen sammenlignet med HCV1. Det kan også være at det er andre mindre homologe HCV isolater. Disse kan bli definert som HCV ifølge forskjellige kriterier så som for eksempel en ORF på omtrent 9000 nukleotider til omtrent 12000 nukleotlder som koder for et polyprotein som har lik størrelse som HCV1, et kodet polyprotein med lignende hydrofob og/eller antigen karakter som HCV1 og tilstedeværelse av kolineære peptid-sekvenser som blir konservert med HCV1. Genomet vil i tillegg være et positivt-trådet RNA.

HCV koder for minst en epitope som er immunologisk identifiserbar med en epitope i HCV1 polyproteinet. Epitopen er unik for HCV når sammenlignet med tidligere kjente Flaviviruser. Det unike med epitopen kan bli bestemt ved dets immunologiske reaktivitet med anti-HCV antistoffer og mangel på immunologisk reaktivitet med antistoffer overfor kjente Flavivirusarter. Fremgangsmåte for å bestemme immunologisk reaktivitet er kjent innenfor fagområdet, for eksempel, ved radioimmunoanalyse, ved ELISA analyse, ved hemagglutinasjon og flere eksempler på egnede teknikker for analyser er angitt heri. Alternativt kan en sammenligning av sekvensen til HCV epitopen overfor tidligere kjente sekvenser fra medlemmer fra Flavivirusfamilien bli anvendt for å vurdere hvor unike disse er.

I tillegg til det ovennevnte kan følgende parametere for nukleinsyrehomologi og aminosyrehomologi anvendes, enten alene eller i kombinasjon, for å identifisere en stamme/et isolat som HCV. På grunn av at HCV stammene og isolatene er utviklingsmessig relatert er det ventet at den totale homologien til genomene på nukleotidnivå kan være omtrent 10$ eller høyere, sannsynligvis omtrent 40$ eller høyere, fnrtrijniiHvi omtrent 60$ eller høve re, og mere sanns vri], i g omtrent 80$ eller høyere, og i tillegg vil det være korresponderende tilgrensende sekvenser på minst omtrent 13 nukleotider. Variable og hypervariable regioner eksisterer innenfor HCV genomet og homologien i disse regionene er ventet å være betydelig mindre enn i det totale genomet. Samsvaret mellom den antatte HCV stamme genomiske sekvensen og for eksempel CDC/HCV1 cDNA sekvensen kan bli bestemt ved hjelp av teknikker som er kjent innnenfor fagområdet. Be-kan for eksempel bli bestemt ved en direkte sammenligning av sekvensinformasjonen til polypeptidet fra antatt HCV og HCV cDNA sekvensene beskrevet heri. De kan for eksempel også bli bestemt ved hybridisering av polynukleotidene under betingelser som danner stabile duplekser mellom homologe regioner (for eksempel de som kan bli anvendt før S^ spaltning) etterfulgt av spaltning med enkelttrådet spesifikk nuklease, etterfulgt av størrelsesbestemmelse av de spalt-edede fragmentene.

På grunn av det utviklingsmessige forholdet til stammene eller isolatene av HCV er antatte HCV stammer eller isolater identifiserbare med deres homologi på polypeptidnivået. Generelt er det ventet at HCV stammene eller isolatene er minst 10$ homologe, mere enn omtrent 40$ homologe, fortrinnsvis mer enn omtrent 70$ homologe og mere sannsynlig er det at de er mere enn omtrent 80$ homologe og noen kan til og med være mer enn omtrent 90$ homologe på polypeptidnivået. Teknikker for å bestemme aminosyresekvens homologien er kjent innenfor fagområdet. Aminosyresekvensen kan for eksempel bli bestemt direkte og sammenlignet med sekvensene angitt heri. Alternativt kan nukleotidsekvensen til det genomiske materialet til antatt HCV bli bestemt (vanligvis via et cDNA mellomprodukt), og aminosyresekvensen kodet deri kan bli bestemt og tilsvarende regioner sammenlignet.

Som anvendt heri refererer et polynukleotid "avledet fra" en l£ øri + t»tt pj1 + oial/ir^ri p t 1 PTH T)G 1 YT U^ 1 P — ^ ^ ^Ti p ott* PV en sekvens på omtrent minst 6 nukleotider, fortrinnsvis minst omtrent 8 nukleotider, mere foretrukket er minst omtrent 10-12 nukleotider og ytterligere mere foretrukket er minst omtrent 15-20 nukleotider tilsvarende en region av den konstruerte nukleotidsekvensen. "Korresponderende" betyr homolog med eller komplementær med den angitte sekvensen. Sekvensen til regionen som polynukleotidet er avledet fra er homolog med eller komplementær med en sekvens som er unik- for et HCV genom. Om en sekvens er unik for HCV genomet kan bli bestemt ved hjelp av teknikker kjent for fagfolk innenfor dette området. For eksempel kan sekvensen bli sammenlignet med sekvensene i databanker, for eksempel Genebank, for å bestemme om den er til stede i den uinfiserte verten eller andre organismer. Sekvensen kan også bli sammenlignet med kjente (fra prioritetsdatoen) sekvenser av andre virale midler, inkludert de som er kjent for å indusere hepatitt, for eksempel, HAV, HBV og HDV og medlemmer av Flaviridae. Samsvaret eller ikke-samsvaret til den utledede sekvensen med andre sekvenser kan også bli bestemt ved hybridisering under hensiktsmessige stringente betingelser. Hybridiserings-teknikker for å bestemme komplementariteten til nukleinsyre-sekvensene er kjent innenfor fagområdet. Se for eksempel Maniatis et al. (1982). I tillegg kan feilparringer av duplekspolynukleotider dannet ved hybridisering bli bestemt ved hjelp av kjente teknikker, inkludert for eksempel spaltning med en nuklease så som S^ som spesifikt spalter enkelt-trådede områder i duplekspolynukleotider. Regionene hvor fra de typiske DNA sekvensen kan være avledet omfatter, men er ikke begrenset til, for eksempel regioner kodende for spesifikke epitoper samt ikke-transkriberte og/eller ikke-translaterte regioner.

Det utledede polynukleotidet er ikke nødvendigvis fysisk avledet fra den viste nukleotidsekvensen, men kan bli dannet på en hvilken som helst måte, inkludert for eksempel ved kjemisk syntese eller DNA replikasjon eller revers tran-?sU]r> i r»9 i o-n oiioT" trp^sk^iD^^or . tiTlpcrrf kotriTbiiPpioTiPT' pv regionene som tilsvarer den til den angitte sekvensen bli modifisert ved hjelp av metoder kjent innenfor fagområdet eller være i samsvar med en antatt anvendelse.

I tillegg refererer et polypeptid eller en aminosyresekvens "avledet fra" til en designert aminosyre eller nukleinsyresekvens til et polypeptid som har en aminosyresekvens som er identisk med et polypeptid som blir kodet i sekvensen,✓eller en del derav hvor delen består av minst 3-5 aminosyrer og mere foretrukket er minst 8-10 aminosyrer og ytterligere mere foretrukket er minst 11-15 aminosyrer eller som er immunologisk identifiserbar med et polypeptid som blir kodet i sekvensen. Denne terminologien innbefatter også et polypeptid som blir uttrykt fra en designert nukleinsyresekvens.

Et rekombinant eller avledet polypeptid blir ikke nødvendig-vis translatert fra en designert nukleinsyresekvens og kan bli dannet på en hvilken som helst måte, inkludert for eksempel ved kjemisk syntese eller ekspresjon av et rekombinant ekspresjonssystem eller isolert fra HCV, inkludert mutert HCV. En rekombinant eller et avledet polypeptid kan innbefatte en eller flere analoger av aminosyrene eller unaturlige aminosyrer i sekvensen. Fremgangsmåte for innskudd av analoger av aminosyrer inn i en sekvens er kjent innenfor fagområdet. Den kan også innbefatte en eller flere markører som er kjent for fagfolk innenfor dette området.

Betegnelsen "rekombinant polynukleotid" som anvendt heri angir et polynukleotid av genomisk, cDNA, semisyntetisk eller syntetisk opprinnelse som i kraft av dets opphav eller manipulasjon: (1) ikke er assosiert med hele eller den del av et polynukleotid som det er assosiert med i naturen, (2) er koblet til et polynukleotid som er forskjellig fra det som det er koblet til i naturen eller (3) oppstår ikke i naturen.

Betegnelsen "polynukleotid" som anvendt heri refererer til en mililsctidcr pot lengde, enten ribonukleotider eller deoksyr ibonukleot ider.. Denne betegnelsen refererer bare til den primære strukturen av molekylet. Denne betegnelsen omfatter dermed dobbelt- og enkelt-trådet DNA og RNA. Den innbefatter også kjente typer av modifikasjoner for eksempel markører som er kjent innenfor fagområdet, metylering, "caps", substitusjon av en eller flere naturlig forekommende nukleotider med analog, inter-nukleotid modifikasjoner så som for eksempel de med uladede bindinger (for eksempel metylfosfonater, fosfotriestere, forforamidater, karbamater osv.) og med ladede bindinger (for eksempel fosforothioater, fosforodithioater osv.), de som inneholder utragende deler så som for eksempel proteiner (inkludert for eksempel nukleaser, toksiner, antistoffer, signalpeptider, poly-L-lysin osv.), de med interkalatorer (for eksempel acridin, psoralen osv. ) de som inneholder gelatorer (for eksempel metaller, radioaktive metaller, bor, oksidative metaller osv.), de som inneholder alkylatorer, de med modifiserte binder (for eksempel alfa anomeriske nukleinsyrer osv.) samt umodifiserte former av poly-nukleotider.

Et "renset" polypeptid refererer til at polypeptidet er i en tilstand som er vesentlig fri for andre polypeptider, dvs. i en sammensetning som inneholder et minimum på omtrent 50 vekt-$ (ønsket polypeptid/totalt polypeptid i sammensetningen), fortrinnsvis et minimum på omtrent 70$ og ytterligere mere foretrukket er et minimum på omtrent 90$ av det ønskede polypeptidet uten hensyn til ikke-proteinholdige materialer i sammensetningen. Teknikker for rensing av virale polypeptider er kjent innenfor fagområdet. Rensede antistoffer blir likeledes definert.

"Rekombinante vertsceller", "vertsceller", "celler", "cellelinjer", "cellekulturer" og andre betegnelser som angir mikroorganismer eller høyere eukaryote cellelinjer dyrkes som

som er blitt, anvendt som mottagere for rekombinante vektorer eller andre transfer DNA og innbefatter avkommet av den opprinnelige cellen som er blitt transfektert. Det er kjent av avkommet til en enkelt parental celle ikke nødvendigvis bør være fullstendig identisk i morfologi eller i genomisk eller totalt DNA komplement som foreldrene på grunn av naturlige, ved uhell eller mutasjoner skjedd med hensikt.

Et "replikon" er et hvilket som helst genetisk element, for eksempel et plasmid, et kromosom, en virus, et kosmid osv. som oppfører seg som en autonom enhet ved polynukeltod-replikasjon innenfor en celle, dvs. som kan replikere under egen kontroll.

En "vektor" er et replikon hvor et annet polynukleotidsegment er koblet for å tilveiebringe replikasjonen og/eller ekspresjonen av det koblede segmentet.

"Kontrollsekvens" refererer til polynukleotidsekvenser som er nødvendige for å oppnå ekspresjon av de kodende sekvensene som de er ligert til. Naturen til slike kontrollsekvenser er forskjellige avhengige av vertsorganismen og i prokaryoter omfatter slike kontrollsekvenser vanligvis promotere, ribosomale bindingsseter og terminatorer. I eukaryoter omfatter slike kontrollsekvenser generelt promotere, terminatorer og i noen tilfeller enhancere. Betegnelsen "kontrollsekvenser" er ment å innbefatte, i et minimum, alle komponenter hvor nærværet er nødvendig for ekspresjon og kan også innbefatte ytterligere komponenter hvor nærværet er fordelaktig, for eksempel, ledersekvenser.

"Operabelt koblet" refererer til en juxtaposisjon hvor komponentene beskrevet på denne måten er i et forhold som muliggjør at de virker etter hensikten. En kontrollsekvens "operabelt koblet" til en kodende sekvens blir ligert på en 553 ik måte at ekspresjonen av den I^odende <q>o^vgri«or» v\i ■? r> oppnådd under betingelser som er kompatible med kontroll-sekvensene.

En "åpen leseramme" (ORF) er en region av en polynukleotidsekvens som koder for et polypeptid og denne regionen kan representere en del av en kodende sekvens eller en totalt kodende sekvens.

En "kodende sekvens" er en polynukleotidsekvens som blir transkribert til mRNA og/eller translatert til et polypeptid når plassert under kontroll av hensiktsmessige regulatoriske sekvenser. Grensene til den kodende sekvensen blir bestemt av et translasjonsstart kodon ved 5'-terminusen og et trans-lasjonsstoppkodon ved 3'-terminusen. En kodende sekvens kan innbefatte, men er ikke begrenset til mRNA, cDNA og rekombinante polynukleotidsekvenser.

"Immunologisk identifiserbar med/som" refererer til til-stedeværelsen av epitoper og polypeptider- som også er til

stede i de designerte polypeptidene, vanligvis HCV proteiner. Immunologisk identitet kan bli bestemt ved antistoffbinding og/eller konkurrering ved bindingen og disse teknikkene er kjent for fagfolk innenfor dette området.

Som anvendt heri refererer "epitope" til en antigen determi-nant av et polypeptid. En epitope bør omfatte 3 eller flere aminosyrer som definerer bindingssetet til et antistoff. Generelt består en epitope av minst 5 aminosyrer og består noen ganger av minst 8 aminosyrer. Metoder for epitopekart-legging er kjent innenfor fagområdet.

Et polypeptid er "immunologisk reaktiv" med et antistoff når det blir bundet til et antistoff på grunn av antistoff gjenkjenning av en spesifikk epitope innbefattet innenfor polypeptidet. Immunologisk reaktivitet kan bli bestemt ved antistoffbinding, spesielt ved hjelp av kinetikken til «ri "f—' o V* ** ^ "* vi vi r*i ry I r\ T 1 /r* t» " r> It «-iviItti y> v< o-»-> o <—> -? V i n ^ i *i «ovi n szs r3 •L-A* w ^ (-'i^Ui "O I '-—-*--*-«— «' w ti X»- w-t-L-i*. «. - i.ilUl "C3 *"*'i,L v ^~ anvendelse av som kompetitorer et kjent polypeptid inneholdende en epitope som antistoffet er rettet mot. Teknikker for å bestemme om et polypeptid er immunologisk reaktiv med et antistoff er kjent innenfor fagområdet.

Som anvendt heri refererer betegnelsen "antistoff" til et polypeptid eller en gruppe av polypeptider som består av minst et antistoff kombineringssete. Et "antistoff kombineringssete" eller "bindingsdomene" blir dannet fra foldingen av variable domener av et antistoffmolekyl for å danne 3-dimensjonale bindingsområder med en indre overflateform og ladningsfordeling komplementær med trekkene til en epitope av et antigen som muliggjør en immunologisk reaksjon med antigenet. Antistoff bindingssetet kan bli dannet fra en tung og/eller en lett kjededomene (henholdsvis Vg og Vl ) som danner hypervariable løkker som bidrar til antigenbindingene. Betegnelsen "antistoff" omfatter for eksempel vertebrat antistoffer, hybride antistoffer, chimeriske antistoffer, endrede antistoffer, univalente antistoffer, Fab proteiner og antistoffer med en enkelt domene.

Som anvendt heri er "enkelt domene antistoff" (dAb) et antistoff som omfatter en VH domene som reagerer immunologisk med et designert antigen. Et dAb inneholder ikke en Vl domene, men kan inneholde andre antigenbindende domener kjent for å eksistere i antistoffer, for eksempel kappa og lambda domenene. Metoder for fremstilling av dAb er kjent innenfor fagområdet. Se for eksempel Ward et al (1989).

Antistoffene kan også omfatte Vg og V"l domenene samt andre kjente antigen bindende domener. Eksempler på disse typene av antistoffer og fremgangsmåter for deres fremstilling er kjent innenfor fagområdet (se for eksempel US-PS 4.816.467 som er inkorporert heri som referanse) og innbefatter følgende. For eksempel refererer "vertebrate antistoffer" til antistoffer t?? t r snu? r ø r eller l^tt* 3 tunge kjeder som vanligvis er aggregert i en "Y" konfigura-sjon og som kan inneholde kovalente bindinger mellom kjedene. I vertebrate antistoffer er aminosyresekvensene til alle kjedene av et bestemt antistoff homologe med kjedene som finnes i et antistoff produsert av lymfocyten som produserer antistoff in situ eller in vitro (for eksempel i hybridomer). Vertebrate antistoffer omfatter vanligvis native antistoffer, for eksempel, rensede polyklonale antistoffer og monoklonale antistoffer. Eksempler på fremgangsmåter for fremstilling av disse antistoffene er beskrevet nedenfor.

"Hybride antistoffer" er antistoffer hvor en del av de tunge og lette kjedene er homologe med de i et første antistoff, mens de andre parene av tunge og lette kjeder er homologe med de i et annet andre antistoff. Vanligivs vil hver av disse to parene binde forskjellige eiptoper spesielt på forskjellige antigener. Dette resulterer i egenskapen med "divalens" dvs. evnen til å binde to antigener samtidig. Slike hybrider kan

også bli dannet ved anvendelse av chimeriske kjeder som angitt nedenfor.

"Chimeriske antistoffer" er antistoffer hvor de tunge og/eller lette kjedene er fusjonsproteiner. Vanligvis er den konstante domenen til kjedene fra en bestemt art og/eller klasse og de variable domenene er fra forskjellige arter og/eller klasser. Også innbefattet er et hvilket som helst antistoff hvor en av eller begge av de tunge eller lette kjedene består av kombinasjoner av sekvenser som etterligner sekvensene i antistoffer fra forskjellige kilder hvor disse kildene er av forskjellige klasser, eller forskjellig species opprinnelse og om fusjonspunktet er ved den variable/konstante grensen. Det er dermed mulig å produsere antistoffer hvor hverken den konstante eller den variable regionen etterligner kjente antistoffsekvenser. Det blir dermed for eksempel mulig å konstruere antistoffer hvor den vq^vi ^ 2.b ° et-bestemt antigen eller hvor den konstanle regionen kan utløse, forsterket komplementfiksering eller danne andre forbedringer i egenskaper innbefattet i en bestemt konstant region.

Et annet eksempel er "endrede antistoffer" som refererer til antistoffer hvor den naturlig forekommende aminosyresekvensen i et vertebrat antistoff er blitt variert. Ved anvendelse av rekombinante DNA teknikker kan antistoffer på ny bli konstruert for å oppnå de ønskede karaktertrekkene. De mulige variasjonene er mange og varierer fra forandring av en eller flere aminosyrer til fullstendig omkonstruering av en region for eksempel den konstante regionen. Forandringer i den konstante regionen generelt for å oppnå ønskede cellulære prosesskaraktertrekk, for eksempel forandringer i komplementfiksering, interaksjon med membraner og andre effektor funksjoner. Forandringer i den variable regionen kan bli utført for å endre antigenbindende karaktertrekk. Antistoffet kan også bli omkonstruert for å behjelpe den spesifikke leveringen av et molekyl eller en forbindelse til en spesifikk celle eller et spesifikt sete. De ønskede end-ringene kan bli utført ved hjelp av kjente teknikker innen molekylær biologi, for eksempel rekombinante teknikker, seterettet mutagense, osv.

Et annet eksempel er "univalente antistoffer" som er aggregater bestående av en tungkjede/lettkjede dimer bundet til Fc (dvs. den konstante) regionen av en annen tung kjede. Denne typen av antistoff unngår antigenisk modulering. Se for eksempel Glennie et al. (1982).

Innbefattet innenfor definisjonen av antistoffer er "Fab" fragmenter av antistoffer. "Fab" regionen refererer til de delene av de tunge og lette kjedene som omtrent er ekvi-valente eller analoge med sekvensene som omfatter den forgrenede delen av de tunge og lette kjedene og som er blitt vist å ha immunologisk binding med et spesifikt antigen, men a - p- Pnlr + /-\ r» r^ yry -Pp + + a v* nfrrryDfTQ+pT» _> jj . -i - j. ~ >_ _• 5_ ij.. _ c^i- v. j..^ - -60- ^-ei ■->••-•'-'— ■ en tung cg lett kjede (vanligvis kjent som Fab') samt tetramerer inneholdende 2H og 2L kjeder (referert til som F(ab)g som selektivt kan reagere med et designert antigen eller en antigenfamilie. "Fab" antistoffer kan bli delt inn i undergrupper som er analoge med de som er beskrevet ovenfor, dvs. "vertebrat Fab", "hybrid Fab", "chimerisk Fab", og "endret Fab". Fremgangsmåter for fremstilling av "Fab" fragmenter av antistoffer er kjent innenfor fagområctet og omfatter for eksempel proteolyse og syntese ved hjelp av rekombinante teknikker.

Også innbefattet i betegnelsen "antistoffer" er enkelt-kjede antigen-bindende (SCA) proteiner som den typen som beskrevet i artikkelen til Schlom J. i juni 15, 1992, utstedt i Cancer Research (samt artikler sitert deri).

Som anvendt heri er betegnelsen "immunogent polypeptid" et polypeptid som utløser en cellulær og/eller humoral immun-respons enten alene eller koblet til en bærer i nærvær eller fravær av en adjuvant.

Betegnelsen "polypeptid" refererer til en polymer av aminosyrer og refererer ikke til en spesifikk lengde på produktet og peptider, oligopeptider og proteiner er derfor innvefattet i definisjonen av polypeptidet. Denne betegnelsen refererer heller ikke til eller ekskluderer post-eks-presjonsmodifikasjoner av polypeptider, for eksempel glycosylering, acetylering, fosforylering og lignende. Innbefattet i definisjonen er for eksempel polypeptider inneholdende en eller flere analoger av en aminosyre (inkludert for eksempel unaturlige aminosyrer osv.), polypeptider med substituerte bindinger samt andre modifikasjoner kjent innenfor fagområdet, både naturlig forekommende og ikke-naturlig forekommende.

et eksogent polynukleotid inn i en vertscelle uansett hvilken fremgangsmåte som er blitt anvendt for innskuddet, for eksempel, direkte opptak, transduksjon, f-paring eller elektroporasjon. Det eksogene polynukleotidet kan bli opprettholdt som en ikke-integrert vektor, for eksempel, et plasmid eller alternativr kan bli integrert inn i verts-genomet.

"Behandling" som anvendt heri refererer til profylakse og/eller terapi. Et "individ" som anvendt heri refererer til virveldyr, spesielt medlemmer av pattedyrartene og omfatter, men er ikke begrenset til dyr (for eksempel hunder, katter, kyr, svin, sauer, geiter, kaniner, mus, rotter, marsvin, osv), og primater, inkludert aper, sjimpanser, bavianer og mennesker.

Som anvendt heri inneholder "sens-tråden" til en nukleinsyre sekvensen som har sekvenshomologi med mRNA. "Anti-sens tråden" inneholder en sekvens som er komplementær med "sens tråden".

Som anvendt heri er et "positivt trådet genom" til en virus hvor genomet enten det er RNA eller DNA er enkelt-trådet og som koder for et viralt polypeptid. Eksempler på positivt trådede RNA-viruser innbefatter Togaviridae, Coronaviridae, Retroviridae, Picornaviridae og Claiciviridae innbefattet er også Flaviviridae som tidligere var klassifisert som Togaviridae. Se Fields & Knipe (1986).

Som anvendt heri refererer "antistoff inneholdende kropps-komponent" til en komponent fra et individs kropp som er en kilde for antistoffene av interesse. Antistoff inneholdende kroppskomponenter er kjent innenfor fagområdet, og innbefatter, men er ikke begrenset til for eksempel, plasma, serum, ryggmargsvæske, lymfoidvæske, ytre deler av respira-spytt, melk, hvite blodceller og myelomer.

Som anvendt heri refererer en "biologisk prøve" til en prøve av vev eller fluid isolert fra et individ, men er ikke begrenset til for eksempel plasma, serum, spinalfluid, lymfevæske, ytre deler av hud, respiratoriske kanaler, tarmkanaler og genital urinkanaler, tårer, spytt, melk, blodceller, tumorer, organer og også prøver av bestanddeler av in vitro cellekultur (inkludert, men ikke begrenset til kondisjonert medium som er et resultat av veksten av celler i cellekulturmediet, antatt viralt infiserte celler, rekombinante celler og cellekomponenter).

II. Beskrivelse av oppfinnelsen

Ved utførelse av foreliggende oppfinnelse vil det dersom ikke annet er angitt anvendes konvensjonelle teknikker innen molekylær biologi, mikrobiologi, rekombinant DNA og immuno-logi som hører inn under dette fagområdet. Slike teknikker er fullstendig forklart i litteraturen. "Se for eksempel Mainatis, Fitsch & Sambrook, "Molecular Cloning; A Laboratory Manual" (1982); "DNA Cloning, VOlumes I and II" (D.N. Glover ed. 1985); "01igonucleotide Synthesis" (M.J. Gait ed, 1984); "Nucleic Acid Hybridization" (B.D. Hames & S.J. Higgins eds. 1984); Transcription and Translation" (B.D. Harnes & S.J. Higgins eds. 1984); "Animal Cell Culture" (R.I. Freshney ed. 1986); "Immobilizef Cells And Enzymes" (IRL Press, 1986); B. Perbal, "A Practcal Guide To MolecualrCloning" (1984); the series, "Methods in Enzymology" (Academic Press, Inc.); Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells" (J.H. Miller and M.P. Calos eds. 1987, Cold Spring harbor Laboratory), Meth Enzymol Vol. 154 og Vol. 155 (Wu og Grossmann, og Wu, eds.), Mayer og Valker, eds (1987), "Immunochemical Methods in Cell And Molecular Biology" (Academic Press, London), Scopes, (1987) "Protein Purification: Principles and Practice", Second Edition (Springer-Verlag, N.Y.); og "HAndbook of Experimental Immunology", Volumes I-IV (D.M. V/eir and CC. Blackwell eds 1 QO,A ) i 1 1 p ritntr r>o"t_£s'ri<+>'<?r"<1>r'ric'r'l'!':^ mi>i 1 iVoo-innonp nevnt heri både ovenfor og nedenfor er herved inkorporert som referanse.

II.A. Forkortede HCV polypeptider

Nyttige materialer og fremgangsmåter ifølge foreliggende oppfinnelse blir gjort mulig ved identifikasjon av nye HCV epitoper nedenfor. Kunnskap om disse epitopene (eller antigene regioner) muliggjør konstruksjon av polypeptider inneholdende forkortede HCV sekvenser som kan bli anvendt som immunologiske reagenser.

Forkortede HCV aminosyresekvenser som koder for minst en viral epitope er nyttige immunologiske reagenser. Polypeptider omfattende slike forkortede sekvenser kan for eksempel bli anvendt som reagenser i en immunoanalyse. Disse polypeptidene er også aktuelle subenhet antigener i sammensetninger for antiserum produksjon eller vaksiner. Disse forkortede sekvensene kan bli produsert ved hjelp av forskjellige kjente behandlinger av nativt* viralt protein så er det generelt foretrukket å danne syntetiske eller rekombinante polypeptider omfattende en HCV sekvens. Polypeptider omfattende disse forkortede HCV sekvensene kan bli dannet av bare HCV sekvenser (en eller flere epitoper, enten nærliggende eller ikke-nærliggende), eller HCV sekvenser og heterologe sekvenser i et fusjonsprotein. Nyttige heterologe sekvenser omfatter sekvenser som muliggjør sekresjon fra en rekombinant vert, forsterker den immunologiske reaktiviteten til HCV epitopene eller letter koblingen av polypeptidet til en immunoanalysebærer eller en vaksinebærer. Se for eksempel EPO pub. nr. 116,201; US-PS 4.722.840; EPO pub. nr. 259,149; US-PS 4.629.783 og beskrivelsene er inkorporert heri som referanse.

Størrelsen på polypeptidene som omfatter de forkortede HCV sekvensene kan variere meget og minimumsstørrelsen er en sekvens med en tilstrekklig størrelse for å tilveiebringe en HCV epitope, mens den maksimale størrelsen ikke er kritisk. er enn den som er nødvendig for å tilveiebringe de ønskede HCV epitopene og funksjonene til den heterologe sekvensen. Den forkortede HCV aminosyresekvensen vil variere fra omtrent 5 (eller 8) til omtrent 100 aminosyrer i lengde. Vanligvis vil HCV sekvensen være på maksimalt omtrent 50 (eller 40) aminosyrer i lengde og noen ganger maksimalt omtrent 20, 25 eller 30 aminosyrer. Det er vanligvis ønskelig å velge HCV sekvenser på minst omtrent 8, 10, 12 eller 15 aminosyrer.-

Eksempler på forkortede HCV aminosyresekvenser (oktamerer) som er nyttige som beskrevet heri er angitt nedenfor i eksemplene. Det er å bemerke at disse peptidene ikke nødvendigvis nøyaktig kartlegger en epitope. Ikke-immunogene deler av sekvensen kan bli definert ved anvendelse av konvensjonelle teknikker og deletert fra de ønskede sekvensene. Ytterligere forkortede HCV aminosyresekvenser som omfatter en epitope eller er immunogene kan videre bli identifisert som beskrevet heri.

Polypeptidprodukter inneholdende de forkortede HCV aminosyresekvensene beskrevet nedenfor kan bli fremstilt som diskrete peptider eller inkorporert til et større polypeptid og kan bli anvendt som beskrevet heri. I foretrukne anvendelser anvendes de forkortede sekvensene fra El og/eller E2 domenene i vaksine og terapeutiske produkter. Hvilke som helst av domenene kan generelt anvendes diagnostisk, men C, NS3, NS4 og NS 5 er spesielt foretrukket og kombinasjonene av C epitoper med epitoper fra en eller flere NS3, NS4 eller NS5 domener er spesielt foretrukket.

II.B. Fremstilling av polypeptider

Tilgjengeligheten av DNA sekvenser kodende for HCV aminosyresekvenser muliggjør konstruksjon av ekspresjonsvektorer som koder for antigeniske aktive regioner av polypeptidet (se for eksempel fig. 2). Disse antigeniske aktive regionene kan være avledet fra kappeantigener eller fra kjerneantigener, eller

■ fr»g_ sn^- 1 "Gnsr sois er ik^ie—struk^u^elle in^lu^er^- fo^*^I-t^t^tvI polynukleotidbindende proteiner, polynukleotidpolyerinase og andre virale proteiner nødvendige for replikasjon og/eller oppstilling av viruspartikkelen. Fragmenter kodende for de ønskede polypeptidene er for eksempel avledet fra virale cDNA kloner ved anvendelse av konvensjonell restriksjonsspaltning eller ved syntesemetode og blir ligert inn i vektorer som for eksempel kan inneholde deler av fusjonssekvenser så som P-galactosidase eller superoksid dismutase (SOD), fortrinnsvis SOD. Fremgangsmåter og vektorer som er nyttige for produksjon av polypeptider som inneholder fusjonssekvensene til SOD er beskrevet i EPO publ.nr. 0196056, publisert oktober 1, 1986. Vektorer kodende for fusjonspolypeptidene til SOD og HCV polypeptidene, dvs. NANB 5 _i_i, NANBg^ og C100-3, som blir kodet i en kompositt av HCV cDNA, er beskrevet i henholdsvis seksjonene IV.B.l, IV.B.2 og IV.B.4. En hvilken som helst ønsket del av HCV cDNA inneholdende en åpen leseramme (eller en syntetisk versjon derav) kan bli anvendt for å uttrykke et rekombinant polypeptid så som et modent protein eller fusjonsprotein.

Et polypeptid inneholdende HCV epitoper kan oli tilveiebragt ved hjelp av kjemisk syntese ved anvendelse av standardteknikker basert på aminosyresekvensen i figurene og eksemplene.

DNA kodende for det ønskede polypeptidet, enten i koblet eller ukoblet form, og enten inneholdende en signalsekvens for å muliggjøre sekresjon kan bli ligert inn i ekspresjonsvektorer egnede for en hvilke som helst hensiktsmessig vert. Både eukaryote og prokaryote vertssystemer blir for tiden anvendt for dannelse av rekombinante polypeptider og vertscellelinjer er angitt i EPO publ.nr. 318,216. Polypeptidet blir deretter isolert fra lyserte celler eller fra dyrkningsmediet og renset i nødvendig grad. Rensingen kan bli utført ved hjelp av kjente teknikker, for eksempel, differensial ekstraksjon, saltfraksjonering, kromatografi på

lignende. Se for eksempel iMethods in Enzymology for andre metoder for rensing av proteiner. Slike polypeptider kan bli anvendt som diagnostiske midler eller så kan de som gir opphav til nøytraliserende antistoffer bli formulert til vaksiner. Antistoffer dannet mot disse polypeptidene kan også bli anvendt som diagnostiske midler eller for passiv immunterapi. Antistoffer mot disse polypeptidene er i tillegg nyttige for isolering og identifisering av HCV partiklene.

HCV polypetider kan også bli isolert fra HCV viruser og forkortet (dersom de ikke allerede er det). Viruser kan bli dyrket i HCV infiserte celler i vevskultur eller i en infisert vert.

II.C. Fremstilling av antigeniske polypeptider og konjugasjon med bærer

En antigen region på et polypeptid er generelt relativt liten og er vanligvis på 8-10 aminosyrer eller mindre i lengde. Fragmenter på så få som 5 aminosyrer kan" karakterisere en antigen region. Disse segmentene kan tilsvare regioner av HCV antigener. Ved anvendelse av cDNA fra HCV som grunnlag kan DNA kodende for korte segmenter av HCV polypeptider bli uttrykt rekombinant enten som fusjonsproteinet eller som isolerte polypeptider. I tillegg kan korte aminosyresekvenser hensiktsmessig bli oppnådd ved hjelp av kjemisk syntese. I tilfeller hvor det syntetiserte polypeptidet er riktig konfigurert for å tilveiebringe riktig epitope, men er for lite til å være immunogent, kan polypeptider bli koblet til en egnet bærer.

Et antall teknikker for oppnåelse av slike bindinger er kjent innenfor fagområdet, inkludert dannelsen av disulfidbindinger ved anvendelse av N-succinimidyl-3-(2-pyridylthio)propionat (SPDP) og succinimidyl 4-(N-maleimido-metyl)cycloheksan-l-karboksylat (SMCC) oppnådd fra Pierce Company, Rockford, Illinois, (dersom peptidet mangler en sulfhydrylgruppe kan d^*^*^^ ^ i ti^^^i^bra^t "ed ti^se^^i^g ^ ^ t c*Ts t e ~* ^ ^ppip) ( Disse reagensene danner en disulfidbinding mellom seg selv og peptidcysteinresidier på et protein og en amidbinding gjennom epsiolon-amino på en lysin, eller andre frie aminogrupper i den andre. Forskjellige slike disulfid/amid dannende midler er kjente. Se for eksempel Immun Rev (1982) 62:185. Andre bifunksjonelle koblingsmidler danner en thioeter i stedenfor en disulfidbinding. Mange av disse thio-eter-dannende midlene er kommersielt tilgjengelige og omfatter reaktive estere av 6-maleimidocaproisk syre, 2-bromeddiksyre, 2-iodeddiksyre, 4-(N-maleimido-metyl)cycloheksan-l-karboksylsyre og lignende. Karboksylgruppene kan bli aktivert ved kombinering av disse med succinimid eller l-hydroksyl-2-nitro-4-sulfonsyre, natriumsalt. Ytterligere fremgangsmåter for kobling av antigener anvender rotavirus/"bindings peptid" systemet beskrevet i EPO publ.nr. 259,149 og beskrivelsen er inkorporert heri som referanse. Foregående liste er ikke tilstrekkelig og modifikasjoner av de angitte forbindelsene kan bli anvendt.

En hvilken som helst bærer kan bli anvendt som ikke i seg selv induserer produksjon av antistoffer som er skadelige for verten. Egnede bærere er vanligvis store, sakte metaboliserte makromolekyler så som proteiner, polysaccharider, så som latex funksjonalisert Sepharose, agarose, cellulose, cellulosekuler og lignende, polymere aminosyrer, så som polyglutaminsyre, polylysin og lignende, aminosyre kopoly-merer og inaktive viruspartikler, se for eksempel seksjon II.D. Spesielt nyttige proteinsubstrater er serumalbuminer, keyhole limpet hemocyanin, immunoglobulinmolekyler, thyro-globulin, ovalbumin, tetanus toksoid og andre protiner som er velkjente for fagfolk innenfor dette området.

I tillegg til full-lengde virale proteiner omfatter polypeptider

II.D. Fremstilling av hybride partikkelimmunogener inne-

Immunogenisiteten tii HCV epitopene kan også bli forsterket ved fremstilling av disse i pattedyr eller gjærsystemer koblet med eller oppstilt med partikkel-dannende proteiner så som for eksempel de som er assosiert med hepatitt B overflate antigen. Se for eksempel US-PS 4.722.840. Konstruksjoner hvor HCV epitopen er koblet direkte til partikkel-dannende proteinkodende sekvenser produserer hybrider som er immunogene med hensyn på HCV epitopen. I tillegg omfatter" alle vektorene som er fremstilt epitoper spesifikke for HBV med forskjellig grad av immunogenisitet så som for eksempel pre-S peptidet. Partikler konstruert fra partikkeldannende protein som innbefatter HCV sekvenser er dermed immunogene med hensyn på HCV og HBV.

Hepatitt overflate antigen (HBSAg) er blitt vist å bli dannet og oppstilt til partikler i S. cerevisiae (P. Valenzuela et al. (1982)) som for eksempel pattedyrceller (. Valenzuela et al. (1984)). Dannelsen av slike partikler er blitt vist å forsterke å immunogeni si teten til motiomer subenheten. Konstruksjonene kan også innbefatte den immundominante epitopen til HBSAg omfattende 55 aminosyrer av preoverflate (pre-S) regionen, neurath et al. (1984). Konstruksjoner av pre-S-HBSAg partikkelen som kan uttrykkes i gjær er beskrevet i EP0174.444, publisert mars 19, 1986 og hybrider som innbefatter heterologe virale sekvenser for gjærekspresjon er beskrevet i EPO 175,261, publisert mars 26, 1966. Disse konstruksjonene kan også bli uttrykt i pattedyrceller så som kinesisk hamsterovarie (CHO) celler ved anvendelse av en SV40-dihydrofolat reduktase vektor (Michelle et al. (1984)). I tillegg kan deler av den partikkel-dannende proteinkodende sekvensen bli erstattet med kodoner som koder for en HCV epitope. I denne erstatningen kan regioner som ikke er nødvendige for å formidle aggregasjonen av enhetene for å danne immunogene partikler i gjær eller pattedyr bli deletert og derved eliminere ytterligere HBV antigene seter for konkurranse med HCV epitopen.

II.E. Fremstilling av vaksiner

Vaksiner kan bli fremstilt fra en eller flere immunogene polypeptider avledet fra HCV. Disse polypeptidene kan bli uttrykt i forskjellige vertsceller (for eksempel bakterier, gjær, insekt eller pattedyrcelle), eller kan alternativt bli isolert fra virale preparater eller gjort syntetiske. En eller flerverdige vaksiner mot HCV kan bestå av en eller flere epitoper fra en eller flere strukturelle proteiner og/eller en eller flere epitoper fra en eller flere ikke-strukturelle proteiner. Disse vaksinene kan for eksempel bestå av rekombinante HCV polypeptider og/eller polypeptider isolert fra viruser. Spesielt er det betraktet vaksiner omfattende en eller flere av følgende HCV proteiner eller subenhet antigener avledet der fra: El, E2, C, NS2, NS3, NS4 og NS5. Spesielt foretrukket er vaksiner omfattende El og/eller E2 eller subenheter derav.

I tillegg til det ovennevnte er det også mulig å danne levende vaksiner av attenuerte mikroorganr-smer som uttrykker en eller flere rekombinante HCV polypeptider. Egnende attenuerte mikroorganismer er kjent innenfor fagområdet og omfatter for eksempel viruser (for eksempel vaccinia virus (se Brown et al. (1986)) samt bakterier.

Fremstilling av vaksiner som inneholder immunogene polypeptider som aktive ingredienser er kjent innenfor fagområdet. Vanligvis blir slike vaksiner fremstilt som injiserbare, enten som flytende oppløsninger eller suspensjoner, faste former egnede for oppløsning i, eller suspen-sjon i, væske før injeksjon kan også bli dannet. Frem-stillingen kan også bli emulgert eller proteinet kan bli innkapslet i liposomer. De aktive immunogene ingrediensene blir ofte blandet med eksipienter som er farmasøytisk akseptable og kompatible med det aktive ingredienset. Egnede ingredienser utgjør for eksempel vann, saltvann, dekstrose, glycerol, etanol eller lignende og kombinasjoner derav. "WaVdimari Vpn i f -i 1 ] p fT r» *^TT1 flnol^ol i ff t mm oVi ni rlo <TnTi>n^<T»za> T*><=»*n rvr* £i T* av lij elpef orbindel ser så som f uktmidler eller, emulgerings-midler, pH buffrende midler og/eller adjuvants som forsterker effektiviteten til vaksinen. Eksempler på adjuvants som kan være effektive omfatter, men er ikke begrenset til: alu-miniumhydroksid, N-acetyl-muramyl-L-threonyl-D-isoglutamin (thr-MDP), N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamin (CGP 11637) referert til som nor-MDP), N-acetylmuramyl-L-alanyl-D-isoglutaminyl-L-alanin-2-(l'-2'-dipalmi toyl-sn-glycero-3-hydroksyfosforyloksy)-eetylamin (CGP 19835A, referert til som MTP-PE) og RIBI, som inneholder tre komponenter ekstrahert fra bakterier, monofosforyl lipid A, trehalosedimycolat og celleveggskjellet (MPL+TDM+CWS) i en 2$ squalen/Tween 80 emulsjon. Effektiviteten til en adjuvant kan bli bestemt ved å måle mengden av antistoffer rettet mot en immunogent polypeptid inneholdende en HCV antigensekvens som er et resultat fra administrering av dette polypeptidet i vaksiner som også består av forskjellige adjuvants.

Vaksinene blir vanligvis administrert parenteralt ved for eksempel injeksjon enten subkutant eller intramuskulært. Ytterligere formuleringer som er egnede for administrasjons-måter omfatter suppositorier og i noen tilfeller orale formuleringer. For suppositorier kan tradisjonelle binde-midler og bærere for eksempel omfatte polyalkylenglykoler eller triglycerider og slike suppositorier kan bli dannet fra blandinger inneholdende det aktive ingredienset i området 0, 5% til 10%, fortrinnsvis l%- 2%. Orale formuleringer omfatter slike normalt anvendte eksipienter som for eksempel farmasøytisk kvalitet av mannitol, lactose, stivelse, magnesiumstearat, natriumsaccharin, cellulose, magnesium-karbonat og lignende. Disse sammensetningene har form av oppløsninger, suspensjoner, tabletter, piller, kapsler, formuleringer med vedvarende frigjøring eller pulvere og inneholder 10%- 95% av det aktive ingredienset, fortrinnsvis 25%- 70%.

Proteinene kan bli formulert til vaksiner som nøytal eller saltformer. Farmasøytiske akseptable salter omfatter syreaddisjonssalter (dannet med frie aminogrupper av peptidet) og som blir dannet med uorganiske syrer så som for eksempel saltsyre eller fosforsyre eller slike organiske syrer som eddiksyre, oksalsyre, vinsyre, malinsyre og lignende. Salter dannet med frie karboksylgrupper kan også bli avledet fra uorganiske baser så som for eksempel natrium, kalium, ammonium, kalsium eller jernhydroksider og slike organiske baser som isopropylamin, trimetylamin, 2-etylamino-etanol, histidin, procain og lignende.

II.F. Dosering og administrering av vaksiner

Vaksinene blir administrert på en måte som er kompatibel med doseringsformuleringen og en slik mengde som vil være profylaktisk og/eller terapeutisk effektvi. Mengden som skal bli administrert er generelt i området 5 jjg til 250 jjg av antigen pr. dose avhengig av individet som skal bli behandlet, kapasiteten til individets immunsystem for å syntetisere antistoffer og grad av ønsket beskyttelse. Nøyaktige mengder av aktivt ingrediens nødvendig å bli administrert kan bestemmes av medisineren og kan være forskjellig for hvert individ.

Vaksinen kan bli gitt ifølge et enkelt doseskjema eller fortrinnsvis i et flerdoseskjema. Et flerdoseskjema er slik at et primært forløp av vaksinasjonen kan være med 1-10 separate doser etterfulgt av andre doser gitt ved påfølgende tidsintervaller nødvendige for å opprettholde og/eller forsterke immunresponsen, for eksempel 1-4 doser for en andre dose og om nødvendig en påfølgende dose(er) etter flere måneder. Doseringsregimet vil også i det minste delvis bli bestemt av behovet til individet og være avhengig av vurderingen til medisineren.

I tillegg kan vaksinene inneholdende immunogene HCV antigener bli adm .tnt str<?rt. sammen røed andre tmmunrecrvilatori ske rot dl *?r - for eksempel, immunglobuliner.

II.G. Fremstilling av antistoffer rettet mot HCV epitoper

De immunogene polypeptidene beskrevet heri blir anvendt for å produsere antistoffer, inkludert polyklonale og monoklonale. Dersom polyklonale antistoffer er ønskelige blir et valgt pattedyr (for eksempel mus, kanin, geit, hest osv.) immuni-sert med et immunogent polypeptid som bærer en HCV epitope-(er). Serum fra det immuniserte dyret blir samlet og behandlet ifølge kjente prosedyrer. Dersom serum inneholdende polyklonale antistoffer mot en HCV epitope inneholder antistoffer mot andre antigener kan de polyklonale antistoffene bli renset ved immunoaffinitetskromatografi. Teknikker for fremstilling og prosessering av polyklonale antisera er kjent innenfor fagområdet, se for eksempel Mayer og Valker (1987). Alternativt kan polyklonakle antistoffer bli isolert fra et pattedyr som tidligere er blitt infisert med HCV.

Monoklonale antistoffer rettet mot HCV epitoper kan også lett bli produsert av fagfolk innenfor dette området. Den generelle metoden for dannelse av monoklonale antistoffer fra hybridomer er velkjent. Udødelige antistoffproduserende cellelinjer kan bli dannet ved cellefusjonering og også ved hjelp av andre teknikker så som direkte transformasjon av B lymfocyter med inkogent DNA eller transfeksjon med Epstein-Barr virus. Se for eksempel M. Schreier et al. (1980), Hammerling et al. (1981), Rennett et al. (1980), se også US-PS 4.341.761, 4.399.121, 4.427.783, 4.444.887, 4.466.917, 4.472.500, 4.491.632 og 4.493.890. Paneler av monoklonale antistoffer produsert mot HCV epitoper kan bli screenet for forskjellige egenskaper, dvs. for isotype, epitopeaffinitet osv.

Antistoffer, både monoklonale og polyklonale, som er rettet mot HCV epitoper er spesielt nyttige for diagnostikk og de som er nc?ytr<? 1 i. se r ende er nyttige "inneT? r>?ssi.v 1 SBYnunt^raol . Monoklonale antistoffer kan spesielt bli anvendt for å danne anti-idiotype antistoffer.

Anti-idiotype antistoffer er immunoglobluliner som inneholder et "indre bilde" av antigenet til det infeksiøse middelet som beskyttelse er ønsket overfor. Se for eksempel Nisonoff, A., et al. (1981) og Dreesman et al. (1985). Teknikker for dannelse av anti-idiotype antistoffer er kjent innenfor fagområdet. Se for eksempel Grzyh (1985), macnamara et al.

(1984), og Vytdehaag et al. (1985). Disse anti-idiotype antistoffene kan også være nyttige for behandling, vaksi-nering og/eller diagnostikk av NANBH samt for en bestemmelse av immunogene regioner av HCV antigenene.

II.H. Immunoanalvse og diagnostiske kit

Både polypeptidene og antistoffene er nyttige i immunoanalyser for å detektere tilstedeværelse av HCV antistoffer eller tilstedeværelse av virus og/eller HCV polypeptider (eller epitoper) i for eksempel biologiske prøver. Konstruksjon av immunoanalysene er utsatt for stor variasjon og mange formater er kjent innenfor fagområdet. Immunoanalysen anvender minst en viral epitope avledet fra HCV. I en utførelsesform anvender immunoanalysen en kombinasjon av virale epitoper avledet fra HCV. Disse epitopene kan være avledet fra samme eller fra andre virale polypeptider og kan være i separate rekombinante eller naturlige polypeptider eller sammen i samme rekombinante polypeptider. En immunoanalyse kan for eksempel anvende et monoklonalt antistoff rettet mot virale epitoper, en kombinasjon av monoklonale antistoffer rettet mot epitoper fra et viralt antigen, monoklonale antistoffer rettet mot epitoper fra forskjellige virale antigener, polyklonale antistoffer rettet mot det samme virale antigenet eller polyklonale antistoffer rettet mot forksjellige virale antigener. Protokollene kan for eksempel være basert på konkurranse eller direkte reaksjon eller sandwich type analyser. Protokollene kan også for eksempel faste bsrere eller kan være ved imnvunnresi pi ter iv. ø-De fleste analysene innbefatter anvendelse av merket antistoff eller polypeptid og markørene kan for eksempel være enzymatiske, fluorescens, kjemiluminiscens, radioaktive eller farvemolekyler. Analyser som amplifiserer signalene fra proben er også kjent og eksempler på analyser som anvender biothin og avidin og enzym-merkede og formidlede immunoanalyser, så som ELISA analyser (beskrevet nedenfor).

Vanligvis vil en immunoanalyse for et anti-HCV antistoff innbefatte selektering og preparering av testprøven antatt å inneholde antistoffer, så som en biologisk prøve, og deretter inkubering av denne med et antigenisk (dvs. epitope-inneholdende) HCV polypeptid under betingelser som muliggjør dannelsen av antigen-antistoff komplekser og deretter detektering av dannelsen av slike komplekser. Egnede inkuberingsbetingelser er velkjente innenfor fagområdet. Immunoanalysen kan uten begrensninger være i et heterogent eller i et homogent format og av en standard eller konkurrende type.

I et heterogent format er polypeptidet vanligvis bundet til en fast bærer for å lette separeringen av prøven fra polypeptidet etter inkubasjonen. Eksempler på faste bærere som kan bli anvendt er nitrocellulose (for eksempel i membran eller mikrotiterbrønn form), polyvinylklorid (for eksempel i arket eller mikrotiterbrønner), polystyren latex (for eksempel i kuler eller mikrotiterskåler, polyvinylidinfluorid (kjent som Immulon), diazotisert papir, nylonmembraner, aktiverte kuler og protein A kuler. Dynatech Immulon I eller Immulon 2 mikrotiterskåler eller 0,63 cm polystyren kuler (Precision Plastic Ball) kan bli anvendt i det heterogene formatet. Den faste bæreren inneholdende det antigeniske polypeptidet blir vanligvis vasket etter separering av denne fra testprøven og før deteksjon av bundede antistoffer. Både standard og konkurrerende formater er kjent innenfor fagområdet.

I et homogent format blir testprøven inkubert med antigen i oppløsning. Dette kan for eksempel være under betingelser som vil presipitere eventuelle antigen-antistoff komplekser som blir dannet. Både standard og konkurrerende formater for disse analysene er kjent innenfor fagområdet.

I et standard format blir mengden av HCV antistoffer som danner antistoff-antigenkomplekser direkte registrert.'Dette kan bli oppnådd ved å bestemme om de merkede anti-xenogene (for eksempel anti-humane) antistoffene som gjenkjenner en epitope på anti-HCV antistoffene vil bli bundet på grunn av kompleksdannelsen. I et konkurrerende format blir mengden av HCV antistoffer i prøven avledet ved å registrere den konkurrerende virkningen på bindingen av en kjent mengde merket antistoff (eller annen konkurrerende ligand) i komplekset.

Komplekser som blir dannet omfatter anti-HCV antistoff (eller når det gjelder konkurrerende analyser, iftengden av konkurrerende antistoff (blir detektert ved hvilke som helst av et antall kjente teknikker avhengig av formatet. For eksempel kan umerkede HCV antistoffer i komplekset bli detektert ved anvendelse av et konjugat av antixenogenisk lg kompleksbundet med en markør (for eksempel en enzymmarkør).

I immunoanalyser hvor HCV polypeptidene er analyten blir testprøven, vanligvis en biologisk prøve, inkubert med anti-HCV antistoffer under betingelser som muliggjør dannelse av antigen-antistoff komplekser. Forskjellige formater kan bli anvendt. For eksempel kan en "sandwich analyse" bli anvendt hvor antistoffet bundet til en fast bærer blir inkubert med testprøven, vasket, inkubert med et andre, merket antistoff til analyten og bæreren blir vasket på ny. Analyten blir detektert ved å bestemme om det andre antistoffet er bundet til bæreren. I et konkurrerende format som kan være enten heterogent eller homogent blir en testprøve vanligvis 1 f.iriih^rt Tred antistoff otr et merket, konkurrende* antl-cen. blir også inkubert, enten sekvensielt eller samtidig. Disse og andre formater er velkjente innenfor fagområdet.

Effektive deteksjonssystemer for HCV infeksjon kan innbefatte anvendelse av paneler av epitoper som beskrevet ovenfor. Epitopene i panelet kan bli konstruert til et eller flere polypeptider. Analyser for de forskjellige epitopene kan være sekvensielle eller samtidige. .

Den enzym-bundede immunosorbent analysen (ELISA) kan bli anvendt for å måle enten antigen eller antistoff konsentra-sjonene. Denne metoden avhenger av konjugasjon av et enzym til enten et antigen eller et antistoff og anvendelse av den bundede enzymaktiviteten som en kvantitativ markør. For å måle antistoffet blir det kjente antigenet fiksert til en fase fase (for eksempel en mikroskål eller plastkopp), inkubert med testserum fortynninger, vasket, inkubert med anti-immunoglobulin merket med et enzym og vasket på ny. Enzymer egnede for merking er kjent innenfor fagområdet og omfatter for eksempel pepperrotperoksldase. Enzymaktiviteten bundet til den faste fasen blir målt ved tilsetning av det spesifikke substratet og bestemming av produktdannelsen eller substratanvendelsen koiorimetrisk. Enzymaktiviteten som er bundet er en direkte funksjon av mengden av bundet antistoff.

For å måle antigen blir et kjent spesifikt antistoff fiksert til den faste fasen, testmaterialet inneholdende antigen blir tilsatt, etter en inkubasjon blir den faste fasen vasket og et andre enzym-merket antistoff blir tilsatt. Etter vasking blir substratet tilsatt og enzymaktiviteten blir vurdert kolorimetrisk og relatert til antigenkonsentrasjonen. Kits egnede for immunodiagnostikk og som inneholder de hensiktsmessige merkede reagensene blir konstruert ved pakking av de hensiktsmessige materialene, inkludert polypeptidene ifølge oppfinnelsen inneholdende HCV epitoper eller antistoffer rettet mot HCV epitoper i egnede beholdere, sammen Åkk v> Ci w »w -»--^ * Uu i. Wil vi \ > a. iwliJ w w O1 j ill ul "w A i— — i_ _ -— ^ »wV i' ~ -i. j,:^ ■_■ t-utføre analysen, samt et egnet sett med analyseinstruksjoner.

III. Generelle metoder

De generelle teknikkene anvendt ved utførelse av foreliggende oppfinnelse finnes for eksempel i referansene sitert heri, spesielt EPO pub.nr. 318,216 og 388,232, samt referansene i bibliografien som er inkorporert heri som referanse.

IV. Eksempler

Beskrevet nedenfor er eksempler som er gitt for å illustrere og ikke begrense foreliggende oppfinnelse. I lys av foreliggende beskrivelse vil mange utførelsesformer innenfor rammen av kravene fremkomme for fagfolk innenfor dette området.

IV.A. Epitopkartlegging av HCV genomet

Følgende eksempel er resultatet av et epitop kartleggings-eksperiment utført på HCV1 polyproteinsekvensen vist i fig. 1. Som vist i fig. 3-11 er det heterogenitet blant HCV isolater som indikerer at disse aminosyresubstitusjonene kan bli dannet i oktamerer beskrevet nedenfor. I tillegg til substitusjonene med aminosyrer fra den tilsvarende beliggen-heten i andre HCV isolater fører substitusjoner med syntetiske analoger av de bestemte aminosyrene eller konservative substitusjoner basert på ladning osv. (spesielt når sub-stitusjonen ikke ødelegger antistoffbindingen) er innenfor rammen av oppfinnelsen.

IV.A.1. Syntese av overlappende peptider

Polyetylenpinner arrangert på en blokk i en 8x12 oppstilling (Coselco Mimetopes, Victoria, Australia) ble dannet ved å plassere pinnene i et bad ( 20% v/v piperidin i dimetyl-formamid (DMF) i 30 minutter ved romtemperatur. Pinnene ble deretter fjernet, vasket i DMF i 5 min. og deretter vasket i metanol 4 ganger (2 min./vask). Pinnene ble lufttørket i Tri i n ci +■ 1 Q m i ri r» nr HAr>pttfiT> v ?. P k U t til. f? 1 T111 1. DMF ( F) W1 Tl . ^ 1 — hydroksybenzotriazol (HOBt, 367 mg) ble løst opp i DMF (80 ml) for anvendelse i koblende Fmoc-beskyttede aminosyrer: Fmoc-L-Ala-OPfp, Fmoc-L-Cys(Trt)-0Pfp, Fmoc-L-Asp(0-tBu)-OPfp, Fmoc-L-Glu(0-tBu)-OPfp, Fmoc-L-Phe-OPfp, Fmoc-Gly-OPfp, Fmoc-L-His(Boc )-0Pfp, Fmoc-L-Ile-OPfp, Fmoc-L-Lys(Boe)-OPfp, Fmoc-L-Leu-OPfp, Fmoc-L-Met-OPfp, Fmoc-L-Asn-OPfp, Fmoc-L-Pro-OPfp, Fmoc-L-Gln-OPfp, Fmoc-L-Arg(Mtr)-0Pfp, Fmoc-L-Ser(t-Bu)-ODhbt, Fmoc-L-Thr(t-Bu)-0Dhbt, Fmoc-L-Val-OPfp. og Fmoc-L-Tyr-OPfp.

De beskyttede aminosyrene ble plassert i mikrotiterbrønner med HOBt og blokken med pinner ble plassert over platen, ved nedsenking av pinnene i brønnene. Dette ble deretter forseglet i en plastpose og reagert ved 25°C i 18 timer for å koble de første aminosyrene til pinnene. Blokken ble deretter fjernet og pinnene vasket med DMF (2 min.), MeOH (4x2 min.), og på ny med DMF (2 min.) for å vaske og avspalte de bundede aminosyrene. Prosedyren ble gjentatt for hver ytterligere koblede aminosyre helt til alle oktamerene var blitt dannet.

Den frie N-terminien ble deretter acetylert for å kompensere for det frie amidet i det de fleste epitopene ikke finnes på N-terminusen og dermed ikke ville ha den tilhørende positive ladningen. Acetylering ble oppnådd ved fylling av brønnene av en mikrotiterskål med DMF/eddiksyreanhydrid/trietylamin (5:2:1 v/v/v) og å muliggjøre at pinnene reagerer i brønnene i 90 min. ved 20°C. Pinnene ble deretter vasket med DMF (2 min.) og meOH (4x2 min), og lufttørket i minst 10 min. Sidekjede beskyttende grupper ble fjernet ved å behandle pinnene med trifluoreddiksyre/fenol/dithioetan (95:2.5:2,5, v/v/v/ i polypropylen poser i 4 timer ved romtemperatur. Pinnene ble deretter vasket i diklormetan (2x2 min), 5$ di-isopropyletylamin/diklormetan (2x5 min.), diklormetan (5 min.) og lufttørket i minst 10 min. Pinnene ble deretter vasket i vann (2 min.), MeOH (18 timer), tsrket i vakuum og lagret i forseglede plastposer over silikagel.

IV.A.2. Analyse av peptidene

Octamer-bærende pinner preparert som ovenfor ble først behandlet ved sonikering i 30 min. i en ødeleggende buffer { 1% natriumdodecylsulfat, 0,1$ 2-merkaptoetanol, 0,1 M NaHgPC^) ved 60°C. Pinnene ble deretter nedsenket flere ganger i vann (60°C) etterfulgt av kokende MeOH (2 min.) og lufttørket. Pinnene ble deretter forbelagt i 1 time ved 25°C i mikrotiterbrønner inneholdende 200 ul blokkeringbuffer (1$ ovalbumin, 1% BSA, 0,156 Tween og 0,05$ NaN3 i PBS) med omrøring. Pinnene ble deretter nedsenket i mikrotiter brønner inneholdende 175 pl antisera oppnådd fra humane pasienter diagnostisert å ha HCV og latt bli inkubert ved 4°C over natt. Pinnene ble analysert mot antisera fra 3 individuelle pasienter. Prøve nr. 3663-s ("A") reagerte sterkt overfor HCV Western blot, HCV konkurrerende ELISA, HCV ELISA overfor klon C100-3 (ved 1:1000 fortynning) og RIBA respons på >4+ til C100, 5-1-1, og C33c (C22 ikke utført). (Antigen/klon navnene er ifølge EPO pub.nr. 318,216 og 388,232, samt de som er beskrevet i litteraturen med hensyn på HCV immunoanalyse tilgjengelig fra Ortho Diagnostics Systems, Inc.) plasma alene ble fortynnet 1:500 i blokkeringsbuffer. Prøve nr. PÅA 33028 ("B") med sterk reaksjon overfor HCV Western blot, HCV konkurrerende ELISA, HCV ELISA overfor klon C100-3 (ved 1:500 fortynning) og RIBA responsen på >4+ til C100, 5-1-1, C33C og C22. Polyklonalt antisera ble delvis renset ved føring gjennom en protein A kolonne og ble anvendt ved en fortynning på 1:200 i blokkeringsbuffer.Prøve nr. PAA s32931 ("C") utviste moderat reaksjon overfor HCV Western blot (3+), HCV konkurrerende ELISA, HCV ELISA overfor klon C100-3 (ved 1:64 fortynning) og RIBA respons på 3+ og 4+ til C100 og 5-1-1 (C33c og C22 ble ikke utført). Polyklonalt antisera ble delvis renset ved føring gjennom en protein A kolonne og ble anvendt ved en fortynning på 1:500 i blokkeringsbuffer.

I liuitiit- i- i -i. o v ^^i*.w v> o. » jjij/ i v. c di i- «j \ *i .i. «j iii^Ii . j V oU i Olli - temperatur og deretter inkubert i mikrotiterbrønner inneholdende pepperrot peroksidase-merket geite anti-humant lg antisera (175 pl, 1:2000 fortynning i blokkeringsbuffer uten NaN3) i 1 time ved 25°C med agitering. Antihumant antisera er spesifikt for humane lg lette og tunge kjeder og reagerer med både IgG og IgM klassene. Pinnene ble på ny vasket i BPS/Tween 20 (4 x 10 min) ved romtemperatur. Substratopp-løsningen ble dannet ved fortynning av NaH2P04 (IM, 260 ml) og sitronsyre (1 M, 160 ml) til 2 1 med destillert vann, justering av pH til 4,0. Azino-di-3-etylbenzthiazodinsulfonat (ÅBTS, 50 mg) og hydrogenperoksid (0,3 pl/ml) ble tilsatt til 100 ml buffer rett før anvendelsen for å fullføre sub-stratoppløsnignen. Substratoppløsningen (150 pl) ble tilsatt til hver brønn av en mikrotiterskål og pinnene ble nedsenket i brønnene og inkubert ved 25 °C i mørket. Etter farve-utviklingen ble reaksjonen stoppet ved fjerning av pinnene og absorbansen av oppløsningen avlest ved 405 nm.

Oktamerene oppført nedenfor var immunreaktive med anti-HCV antisera. Peptider som reagerte med alle tre antiseraene er oppført som epitoper, mens peptider som bare reagerer med en eller to antisera er oppført som svake epitoper (indikert med "~"). Spesielt sterke epitoper er merket med bokstaver i stedenfor tall (for eksempel EpAA).

IV.B. Differensial analyse

Følgende analyse ble utført for å sjelne tidlige antigener fra senere antigener. Antistoffene til tidlige antigenene kan bli detektert og anvendt for å diagnostisere HCV infeksjon hurtigere.

Blodtappinger i serie ble oppnådd fra en human pasient, presentert med forhøyet ALT, men negativ for anti-C100-3 antistoff. De fem blodtappingene oppnådd før fullført sero omdanning (C100-3 positive) ble slått sammen og anvendt i analysen ved en fortynning på 1:2000. Analysen ble utført som beskrevet i seksjon IV.A. ovenfor. Et dobbelt sett av tinner ble inkubert med pepperrotperoksidase-merket geite anti-humant IgG spesifikt antisera mens andre sett ble inkubert med pepperrot peroksidase-merket geite anti-humant IgM spesifikt antisera. Epitoper immunreaktive med IgM antistoffer er tidlige epitoper.

Resultatene indikerer at de fleste tidlige epitopene finnes i regionen som går ut fra omtrent aminosyre 480 til omtrent aminosyre 650. Spesielt sterke IgM epitoper er oktamerer som begynner med aminosyrenummerene 506, 510, 523, 553, 562, 580 og regionen fra 590 til 620. Analyser som anvender antigener som bærer epitoper fra denne regionen vil muliggjøre diagnostikk av HCV infeksjon ved et tidlig punkt enn analyser som anvender andre antigener.

Det er allerede blitt testet serieplasmaprøver tatt fra 5 pasienter med åpen hjerte post-transfusjons NANB hepatitt med studier som ble fulgt i 3-12 år. Opprinnelige blodtappings-datoer var mindre enn en uke fra hverandre. Hver prøve ble testet for IgG og IgM ved EIA mot et kjerneantigen (C22), to kappeantigener (El og E2) og tre ikke-strukturelle regi-onantigener (C33c, C100 og NS5). IgM responsen overfor C22 og C33c overgikk IgG responsen for disse antigenene. NS-5 induserte også en IgM respons, men denne responsen overskred ikke IgG responsen for antigenet. Det er derfor mulig å danne analyser som kan bestemme meget tidligere stadier av infeksjon ved anvendelse av epitoper avledet fra C22 og C33c regionene og analysering for IgM binding. Antistoffer mot C33c regionen var vedvarende i lengst tidsperiode og dette tyier på at diagnostiske analyser rettet met C33c er de mest pålitelige.

IV.C Sekvensvariasjoner i HCV isolater fra forskjellige individer

HCV isolater som inneholder sekvenser som avviker fra CDC/HCV1 ble identifisert i humane individer og noen av disse var serologisk positive for anti-C100-3 antistoffer (EC10 var antistoff negativ). Identifikasjon av disse nye isolatene ble oppnådd ved kloning og sekvensering av segmentene til HCV genomet som var blitt amplifisert ved PCR teknikken ved anvendelse av CDC/HC1 sekvensene. Metoden anvender primere og prober basert på HCV/cDNA sekvensene beskrevet heri. Det første trinnet i metoden er syntese av et cDNA for enten HCV genomet eller dets replikative mellomprodukt ved anvendelse av revers transkriptase. Etter syntese av HCV cDNA og før ampiifikasjonen blir RNA i prøven degradert ved teknikker kjent innenfor fagområdet. Et designert segment av HCV cDNA blir deretter amplifisert ved anvendelse av de hensiktsmessige primerene. De amplifiserte sekvensene blir klonet og klonene inneholdende de amplifiserte sekvensene blir detektert ved en probe som er komplementær til en sekvens som ligger mellom primerene, men som ikke overlapper primerene,

IV.Cl HCV isolater isolert fra mennesker i U. S. A. Blodprøver som ble anvendt som en kilde for HCV viruser ble oppnådd fra amerikans røde kors i Charlotte, North Carilina og fra Community Blood Center i Kansas, Kansas City, Missouri. Prøvene ble screenet for antistoffer mot HCV C100-3 antigen ved anvendelse av en ELISA analyse og utsatt for Western blot analyser ved anvendelse av et polyklonalt geite anti-humant HRP for å måle anti-HCV antistoffene. To prøver, nr. 23 og nr. 27, fra amerikansk røde kors og fra Community Blood Center of Kansas ble bestemt å være HCV positive ifølge disse analysene.

Virale partikler til stede i serumet til disse prøvene ble isolert ved ultrasentrifugsring urder betingelsene b°Vrevet av Bradley et al. (1985). RNA ble ekstrahert fra partiklene ved spaltning med proteinase K og SDS ved sluttkonsentra-sjoner på 10 jjg/ml proteinase K og 0,1$ SDS, spaltninger ble utført i 1 time ved 37°C. Viralt RNA ble ytterligere renset ved ekstrahering med kloroform-fenol.

HCV RNA i RNS prepareringen ble revers transkribert til cDNA. Etter at begge trådene til cDNA var syntetisert ble det resulterende cDNA amplifisert ifølge PCR metoden. HCV cDNA i de tre klonene avledet fra hvert HCV isolat ble utsatt for sekvensanalyse. Analysen var vesentlig ifølge metoden beskrevet i Chen og Seeburg (1985).

Konsensussekvensene til kloner avledet fra HCV i prøvene 23 og 27 er vist i henholdsvis figurene 3 og 4. De variable sekvensene er også vist i figurene og det er også aminosyrer som blir kodet i konsensussekvensene.

Figurene 5 og 6 viser sammenligninger av de oppstilte postivt trådede nukleotidsekvensene (figur 5) og antatte aminosyresekvenser (figur 6) i prøvene 23, 27 og HCV1. Aminosyresekvensen til HCV1 i figur 6 repsenterer aminosyrenummerene 129-467 av HCV polyproteinet som blir kodet av stort ORF i HCV genomisk RNA. En undersøkelse av figurene 5 og 6 viser at disse er variasjoner i sekvenser til de tre isolerte klonene. Sekvensvariasjonene på nukleotidnivå og aminosyrenivå er oppsummert i tabellen nedenfor. I tabellen angir polypeptidene S og NS1 aminosyre nummerene 130 til ca 380 og 380 til ca 470 som de domenene som tidligere er kjente. Nummer-eringen er fra antatt initiatir methionin. Terminologien S og NS1 er basert på posisjoneringen til sekvensene som koder for polypeptidene ved anvendelse av Flavivirusmodellen. Som angitt ovenfor tyder senere bevis på at det er ikke en total korrelasjon mellom HCV og Flaviviruser med hensyn på virale polypeptiddomener, spesielt i de antatte E/NS1 domenene. HCV

pol xrryo ts + -?Hom<r> r\rr HoTiop l/nrlcrirlo HnrrtoTiD*» )/oti Titui TroqoTitl i ffo r'^-J r""!-' '-CD -<■•-- - — •w^.U.wi.— ■.— ^-•- -. - - . •-■ o ■• t_,~ avvik fra Flavivirus modellen.

Til tross for at det er variasjoner i de nye isolerte HCV sekvensene inneholder de klonede sekvensene fra prøvene 23 og 27 (betegnet HCV 23 og HCV 27) hver inneholdende 1019 nukleotider og dette indikerer mangel på delesjon og adhesjonsmutanter i denne regionen i de selekterte klonene. Sekvensene i figurene 5 og 6 viser også at de isolerte sekvensene ikke er rearrangerte i denne regionen.

En sammenligning av konsensussekvensene for HCV1 og for andre isolater av HCV er oppsummert i tabellen oevnfor. Sekvensvariasjonene mellom sjimpanseisolat HCV1 og HCV isolert fra mennesker er omtrent de samme som det som sees mellom HCV med human opprinnelse.

Det er av interesse at sekvensvariasjonene i to av de antatte domenene ikke er jevn. Sekvensen i en antatt S region ser ut til å være relativt konstant og tilfeldog spredt gjennom regionen. En antatt NS1 region har i kontrast til dette en høyere grad av variabilitet enn den totale sekvensen og variasjonen ser ut til å være i en hypervariabel lomme på omtrent 28 aminosyrer som er beliggende omtrent 70 aminosyrer nedstrøms fra den antatte N-terminusen til det antatte polyproteinet.

Det kan argumenteres med at de detekterte variasjonene ble i^^f-^^t i løpet a" amplifi^asjo^sprop^sser' - meri d^^~ e^1 usannsynlig at alle variasjonene er fra dette resultatet. Det er blitt vurdert at Taq polymerase innfører feil i en sekvens ved omtrent en base pr. 10 kilobaser av DNA templat pr. syklus (Saiki et al. (1988)). Basert på denne vurderingen kan opp til 7 feil ha blitt innført i løpet av PCR amplifikasjonen av 1019 bp DNA fragmentet. 3 subkloner av HCV-23 og HCV-27 ga henholdsvis 29 og 14 basevariasjoner. Det følgende tyder på at disse variasjonene er naturlig forekommende. Omtrent 60$ av baseforandringene er stille mutasjoner som ikke forandrer aminosyresekvensen. Variasjoner innført av Taq polymerase i løpet av PCR amplifikasjonen antas å oppstå tilfeldig, men resultatene viser at variantsekvensene er opphopet i minst en spesifikk region.

IV.C.2 HCV isolater fra mennesker i Italia og U. S. A.

Segmenter av HCV RNA til stede i forskjellige isolater ble amplifisert ifølge HCV/cPCR metoden. Disse segmentene dekker en region på ca 0,6 kb til ca 1,6 kb nedstrøms fra det methionin kodende startkodonet av det -antatte HCV polyproteinet. Isolatene er fra biologiske arter oppnådd fra HCV infiserte individer. Isolat HCT nr. 18 er fra humant plasma fra et individ i U.S.A, EC1 og EC10 er fra et leverbiopsi av en italiensk pasient og Th er fra en perifer blod mono-nukleocytfraksjon fra en amerikansk pasient. Sammenlignbare segmenter av HCV RNA er blitt isolert fra en sjimpanse.

RNA ble ekstrahert fra humane plasmaprøver ved anvendelse av fenol:CHCL3:isoamylalkohol ekstrhering. Enten 0,1 ml eller 0,01 ml plasma ble fortynnet til et sluttvolum på 1,0 ml med en TENB/proteinase K/SDS oppløsning (0,05 M Tris-HCL, PH 8,0, 0,001 M EDTA, 0,1 M NaCl , 1 mg/ml proteinase K og 0,5$ SDS inneholdende 10 til 40 pg/ml polyadenylsyre og inkubert ved 37° C i 60 minutter. Etter denne proteinase K spaltningen ble de resulterende plasmafraksjonene deproteinisert ved ekstrahering med TE (50 mM Tris-HCl, pH 8,0, 1 mM EDTA) mettet fenol, pH 6,5. Fenolfasen ble separert ved sentri-Fl1 TPti i V"| T «-> rf \\~\ r\ t»A titt olTO + rtoVfi w+ rf r»»^ rFT?'YT"D -imm^Vi^IHciri^o f\ "1 fl£ -■- u-é>t- - — —'o '-'o i-.'—'— —- a <—— j. - ii. i. w —— -• (—.' SDS. De resulterende vandige fasene fra hver ekstraksjon ble slått sammen og ekstrahert to ganger med et likt volum fenol/kloroform/isoamylalkohol (1:1(99:1)) og deretter to ganger med et likt volum av en 99:1 blanding av kloroform/- isoamylalkohol. Etter faseseparasjon ved sentrifugering ble den vandige fasen bragt til en sluttkonsentrasjon på 0,2 M Na acetat og nukleinsyrene ble presipitert ved tilsetning av to volum etanol. De presipiterte nukleinsyrene ble isolert-ved ultrasentrifugering i en SW 41 rotor ved 38 K i 60 minutter ved 4°C eller i en mikrosentrifuge i 10 minutter ved 10 K, 4°C.

RNA ekstrahert fra leverbiopsi ble gitt av dr. F. Bonino, Ospedale Maggiore di S. Giovanni Battista, Torino, Italia. Mononukleocyt fraksjonen ble oppnådd ved sedimentering av individets alikvot av blod ved Ficoll-Paque (Pharmacia Corp), ved anvendelse av forhandlerens instruksjoner. Totalt RNA ble ekstrahert fra fraksjonen ved anvendelse av guanidiunium thiocyanat prosedyren beskrevet i Choo et al (1989).

Syntese av HCV cDNA fra prøvene ble oppnådd ved anvendelse av revers transkrlptase. Etter etanolpresipitering ble presipitert RNA eller nukleinsyrefraksjonen tørket og resuspendert i DEPC behandlet destillert vann. Sekundære strukturer i nukleinsyrene ble ødelagt ved oppvarming ved 65 ° C i 10 minutter og prøvene ble øyeblikkelig avkjølt på is. cDNA ble syntetisert ved anvendelse av 1 til 3 pg totalt RNA fra lever eller fra nukleinsyrer (eller RNA) ekstrahert fra 10 til 100 pl plasma. Syntesen anvendt i revers transkriptase og var i en 25 pl reaksjon ved anvendelse av protokollen spesifisert av fremstilleren BRL. Alle reaksjonsblandingene for cDNA syntese inneholdt 23 enheter RNAse inhibitor, Rnasin (Fisher/Promega). Etter cDNA syntese ble reaksjonsblandingen fortynnet med vann, kokt i 10 minutter og hurtig avkjølt på is.

Hvert sett av prøver ble utsatt for to runder med PCR ampi i fikas j cn. Prir.orenc fer reaksjonene ble selektert for å amplifisere regioner betegnet "EnvL" og "EnvE". "ENvL" regionen omfattet nukleotidene 669-1243 og de antatte aminosyrene 117 til 308 og "EnvR" regionen omfatter nukleotidene 1215 og 1629 og koder for de antatte aminosyrene 300-408 (de antatte aminosyrene er nummererte begynnende fra det antatte methionin initieringskodonet).

PCR reaksjonene ble utført vesentlig ifølge forhandlerens instruksjoner (Cetus-Perkin-Elmer), med unntagelse av tilsetning av 1 pg RNase A. Reaksjonen ble utført i et sluttvolum på 100 pl. PCR ble utført i 30 sykluser ved anvendelse av et regime ved 94 °C (1 min.), 370 C (2 min.) og 72"C (3 min.) med en 7 min. lang utvidelse ved 72°C i siste syklus. Prøvene ble deretter ekstrahert med fenol:CHCl3, etanol presipitert to ganger, resuspendert i 10 mM Tris HC1, pH 8,0 og konsentrert ved anvendelse av Centricon-30 (Amicon) filtrering. Denne prosedyren fjerner effektivt oligo-nukleotider som har en mindre størrelse enn 30 nukleotider og dermed blir primerene fra den første runden av PCR amplifikasjonen fjernet.

Centricon-30 konsentrerte prøver ble deretter utsatt for en annen runde med PCR-amplifikasjon. Amplifikasjon ved PCR var i 35 sykluser ved anvendelse av et regime på 94°C (1 min.), 60°C (1 min.) og 72°C (2 min.) med en 7 minutter lang ekstensjon ved 72°C i siste syklus. Prøvene ble deretter ekstrahert med fenol: CHC13, presipitert 2 ganger og spaltet med EcoRI. PCR reaksjonsproduktene ble analysert ved separering av produktene ved elektroforese på 6$ polyakryl-amidgeler. DNA med omtrent den vurderte størrelsen på ventet PCR produkt ble elektroeluert fra gelene og subklonet inn i enten et pGEM-4 plasmid vektor eller inn i Xgtll. De ventede produktstørrelsene for EnvL og EnvR etter første amplifika-sjons runde er 615 bp og 683 bp. Etter den andre amplifika-sjonsrunden er de ventede produktstørrelsene for EnvL og EnvR henholdsvis 414 bp og 575 bp. Plasmider innchcldcnds de amplifiserte produktene ble anvendt for å transformere vertscellene og pGEM-4 plasmidet ble anvendt for å transformere vertscellene og pGEM-4 plasmidet ble anvendt for å transformere DH5-alfa og Xgtll ble anvendt for å transformere C600 delta-HFL. Kloner av de transformerte cellene som enten hybridiserte til hensiktsmessige HCV prober eller de som hadde innskudd med korrekt størrelse ble selektert. Inn-skuddene ble deretter klonet i M13 og sekvensert. Prober - for alle HCV/cPCR produktene bestp av <32>P merkede deler av HCV cDNA som var blitt dannet ifølge PCR amplifikasjon.

Sekvens informasjon på varianter i EnvL regionen ble oppnådd fra 3 kloner fra HCT nr. 18, 2 kloner fra TH, 3 kloner fra EC1 og fra HCV1 klonene. En sammenligning av den totale nukleotidsekvensen til hvert isolat avledet fra disse klonene er vist i fig. 7. I figuren er hver sekvens vist 5' til 3<*>for senstråden for EnvL regionen og sekvensene er oppstilte. De vertikale linjene og de store bokstavene indikerer sekvenshomologi, fravær av en linje og liten/"bokstav indikerer mangel på homologl. Sekvensene vist i linjene er som følger: linje 1, Thorn; linje 2, EC1; linje 3, HCT nr. 18; linje 4, HCV1.

Sekvensinformasjonen på varianter i EnvR regionen ble oppnådd fra to kloner av EC10 og fra HCV1 klonene. De to EC10 klonene var bare forskjellige med et nukleotid. En sammenligning av nukleotidsekvensene til EC10 (klon 2) og en oppsetning av HCV1 sekvensene er vist i fig. 8; hver sekvens er vist 5' til 3' for senstråden til EnvR regionen og sekvensene er blitt oppstilt. Dobbeltprikker mellom sekvensene indikerer sekvenshomologi.

En sammenligning av aminosyresekvensene som blir kodet i EnvL (aminosyrene nr. 117-308) og EnvR regionen (aminosyrene nr. 300-438) for hver av isolatene vist i henholdsvis fig. 9 og fig. 10. Innbefattet i figurene er sekvenser for isolatene JTT9Q o ty TF0 7 c~ r-\rn "hf}c<Vr*QT7f}+ nwonfoT* <Orrcå> i nH 11 r1 sekvensene fra et japansk isolat og disse sekvensene ble gitt av Dr. T. Muyamura, Japan. I figurene er aminosyresekvensen for regionen gitt i sin helhet for HCV1 og de ikke-homologe aminosyrene i de forskjellige isolatene er angitt.

Som vist i fig. 9 er det i EnvL regionen totalt omtrent en 93% homologi mellom HCV1 og de andre isolatene. HCT18, Th og EC1 har omtrent en 97% homologi med HCV1. JH23 og JH27. har omtrent 9b% og omtrent 95% homologi med HCV1. Fig. 10 viser at homologiene i EnvR regionen er signifikant mindre enn i EnvL regionen og en subregion ser ut til å være hypervariabel (dvs. fra aminosyre 383-405). Disse data er oppsummert i

tabellen nedenfor.

VI. Industriell anvendelse

Epitopene identifisert heri kan bli anvendt for å danne polypeptidprodukter som beskrevet ovenfor for anvendelser så som screening av blod for HCV infeksjon, klinisk HCV diagnostikk, dannelsen av antistoffer og fremstilling av medikamenter.

VII. Bibliografi

Bair et al., Biotechniques (1986) 4:428.

Bradley et al., Gastroenterologv (1985) 28:773.

Botstein, Gene (1979) 8_:17.

M.A. Brinton, (1986) in "The Vimses: The Togaviridae) and Flaviviridae" (Series eds. Fraenkel-Conrat and Wagner, vol. eds. Schlesinger and Schlesinger, Plenum Press), p.327-374.

Broach (1981) in: "Molecular Biology of the Yeast - Saccharomyces, Vol. 1, p.445, Cold Spring Haibor Press.

Broach et al., Meth Enzvmol (1983) 101:307.

Catty (1988), "Antibodies, Volume 1: A Practical Approach" (DUL Press).

Chaney et al., Cell Mol Genet (1986) 12:237.

Chakrabaiti et al, Mol Cell Biol (1985) 5_:3403.

Chang et al, Nature (1977) 19_g:1056.

Case and Sceburg, DNA (19s5; 4:iåii.

Chirgwin et al., Biochemistrv (1979) ig:5294.

Chomczynski and Sacchi, Anal Biochem (1987) 162:156.

Choo et al., Science (1989) 244:359.

Clewell et al.. Proe Nati Acad Sei USA (1969) 62:1159.

Clewell, J Bacteriol (1972) Ufl:667.

Cohen, Proe Nati Acad Sei USA (1972) 62:2110.

Cousens et al, Gene (1987) 61:265.

De Boer et al, Proe Nati Acad Sei USA (1983) 292:128.

Dreesman et al., J Infect Dis (1985) 151:761.

S.M. Feinstone and J.H. Hoofhagle, New En<g>l J Med (1984) 111:185.

Felgner et al, Proe Nati Acad Sei USA (1987) 84:7413.

Fields & Knipe (1986), "Fundamental Virology" (Raven Press, N.Y.).

Fiers et al., Nature (1978) 273_:113.

R.J. Gerety et al., in "Viral Hepatitis and Liver Disease" (B.N. Vyas, J.L.

Dienstag, and J.H. Hoofhagle, eds)

Glennie et al, Nature (1982) 225:712.

Gluzman, £eU (1981) 22:175.

Goeddel et al., Nuc Acids Res (1980) fi:4057.

Graham and Van der Eb, Virologv (1978) 52:546.

Grunstein and Hogness, Proe Nati Acad Sei USA (1975) 73:3961.

Grych et al., Nature (1985) 316:74.

Gubler and Hoffman Gene (1983) 25:263.

Hann, Virologv (1988) 162:167.

Hammerling et al, (1981), "Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas".

Han, Biochemistrv (1987) 26:1617./

Helfman, Proe Nati Acad Sei USA (1983) 812:31.

Hess et al., } Artv Fjw-yp^. eg (1968) 2:149.

Hinnen et al., PfK Njrø AttH1 Sei TT?A (1978) 75:1929.

Hitzeman et al., J Biol Chem (1980) 255:2073.

Holland et al., Biochemistrv (1978) 17:4900.

Holland, J Biol Chem (1981) 256:1385.

Holland and Holland, J Biol Chem (1980) 255:2596.

Hoopes et ai., Nuc Acids & es (1981) g;54§3.

Houghton et al i Nuc Acids Res (1981) 2:247

T.V. Hunyh et al., (1985) in "DNA Cloning Techniques; A Practical Approach"

(D. Glover, Ed., IRL Press, Oxford, U.K.) pp. 49-78.

Immun Rev (1982) 62:185.

Ito et al., A<g>ric Biol Chem (1984) 41:341.

Iwarson, British Medical J (1987) 225:946.

Kennett et al. (1980) "Monoclonal Antibodies". Kniskero et al., Gene (1986) 46:135.

Kyte and Doolittle, J Mol Bio f1982^ 157:105-132.

Laemmli, Nature (1970) 227:680. , '

Ucetal., Science (1988) 222:12«8.

Luckow and Summers, Virol (1989) 17:31.

Mackett et al., J Virol (1984) 42:857.

T. Maniatis et al. (1982) "Molecular Cloning; A Laboratory Manual" (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y.).

Sambrook et al. (1989), "Molecular Cloning; A Laboratory Manual", Second Edition (Cold Spring'Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y.-).

Manning and Mocarski, Virol (1988) 167:477.

Mayer and Walker, eds. (1987), "Immunochemical Methods In Cell And

Molecular Biology" (Academic Press, London).

Maxam et al., Meth Enzvmol (1980) 65:499.

MacNamara et al., Science (1984) 226:1325.

Messing et al., Nuc Acids Res (1981) 2:309.

Messing, Meth Enzvmol (1983) lfll:20-37.

Michelle et al., Int. Symposium on Viral Hepatius.

Mohath (1986) in "The Vimses: The Togaviradae And Flaviviridae" (Series eds. Fraenkel-Conrat and Wagner, vol. eds. Schlesinger and Schlesinger, Plenum

Press), pp. 375^140.

Moss (1987) in "Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells" (Miller and Calos, eds., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.), p. 10. Nagahuma et al., Ana1 Ripchpm (1984) 141:74.

Neurath et al., Science (1984) 224:392.

Nisonoff et al., Ctøn JmmnrrolI^iSiirjs^nl (3921) 21'™"■' <"■■'-■

L-P- Overby. Ca rr Hepatol (1985) 5:49.

L.R. Overby, Curr Hepatol (1986) 6:65.

L.R. Overby, Curr Hepatol (1987) 7:35.

Pachl et al., J Virol (1987) 61:315.

Peleg, Nature (1969) 221:193.

Pfefferkorn and Shapiro (1974), in "Comprehensive Virology", Vol. 2 (Fraenkel-Conrat & Wagner, eds., Plenum, N.Y.) pp. 171-230. A.M. Prince, Ann Rev Microbiol (1983) 32:217.

Rice et al, Science (1985) 222:726.

Rice et al (1986) in "The Vimses: The Togaviridae And Flaviviridae" (Series

eds. Fraenkel-Conrat and Wagner, vol. eds. Schlesinger and Schlesinger, Plenum Press), p.279-328.

Roehrig (1986) in "The Vimses: The Togaviridae And Flaviviridae" (Series eds. Fraenkel-Conrat and Wagner, . vol. eds. Schlesinger and Schlesinger, Plenum

Press)

Sadler et al., Gene (1980) &279.

Saiki et al., Nature (1986) 224:163.

Saiki et al., Science (1988) 222:487.

Sanger et al., Proe Nati Acad Sei USA (1977) 74:5463.

SeUow, ed. (1988), "Genetic Engineering" Vol. 10, pp. 195-219 (Plenum Publishing Co., N.Y.

Schlesinger et al., J Virol (1986) 6J):1153.

M. Schreier et al., (1980) "Hybridoma Techniques"

Scopes (1984), "Protein;Puirfication, Principles and Practice", 2nd Ed., (Springer-Verlag, N.Y.).

Shimatake et al. Nature (1981) 292:128.

Singh et al., Nuc Acids Res (1983) 11:4049.

Sippel. Eur J Biochem (1973) 37:31.

Smith et al., Mol Cell Biol (1983) 2:2156-2165.

Steimer et al., J Virol (1986) 5fi:9.

Stollar (1980), in "The Togaviruses" (R.W. Schlesinger, ed.), pp. 584-622. Stuve et al, J Virol (1987) 61:326.

Sumiyoshi et al. , Virol (1987) 161:497. /

Taylor et al., MQ£MmMQ$&%$ j£& (1976) 442:324.

Towbin et al., Proe Nati Acad Sei USA (1979) 26:4350.

Tsu and Herzenberg (1980), in "Selected Methods In Cellular Immunology"

(W.H. Freeman and Co.) pp. 373-391.

Vytdehaag et al., J Immunol (1985) 134:1225.

P. Valenzuela et al., Nature (1982) 22&:344.

P. Valenzuela et al., (1984), in "Hepatitis B" (I. Millman et al., ed, Plenum Press) pp. 225-236: '

Warner, DNA (1984) 2:401.

Ward et al, Nature (1989) 241:544.

Wu and Grossman, Meth Enzvmol (1987), 134 "Recombinant DNA", Part E. Wu, Meth Enzvmol (1987), 151, "Recombinant DNA", part F.

Zoller, Nuc Acids Res (1982) 1Q:6487.

Claims

1. Polypeptid, karakterisert ved at det omfatter en forkortet hepatitt C-virus-sekvens (HCV), hvori nevnte forkortede HCV-sekvens omfatter en HCV-epitopinneholdende oktamer valgt fra og hvori nevnte forkortede HCV-sekvens har en maksimal lengde på omtrent 25 aminosyrer.L-t . Polypeptid ifølge krav 1, karakterisert ved at nevnte forkortede HCV-sekvens har en maksimal lengde på omtrent 20 aminosyrer.

3. Polypeptid ifølge krav 1, karakterisert ved at nevnte forkortede HCV-sekvens har en maksimal lengde på omtrent 15 aminosyrer.

4 . Polypeptid ifølge krav 1, karakterisert ved at nevnte forkortede HCV-sekvens har en maksimal lengde på omtrent 10 aminosyrer.

5 . Polypeptid, karakterisert ved at det omfatter en forkortet HCV-sekvens hvori nevnte forkortede HCV-sekvens består av en HCV-epitopinneholdende oktamer valgt fra:

6. Isolert HCV-epitopinneholdende oktamer, karakterisert ved at den er en HCV-epitopinneholdende oktamer valgt fra:

7. Immunoanalysereagens.karakterisert vedat den omfatter syntetiske HCV-polypeptider for detektering av antistoffer mot HCV-epitoper, kjennetegnet ved at nevnte syntetiske HCV-polypeptider er et polypeptid ifølge et hvilket som helst av kravene 1 til 5 og/eller en oktamer ifølge krav 6.

8. Anvendelse av en immunoanalysereagens ifølge krav 7, for in vitro-detektering av hepatitt C-virus i en prøve.

9. Anvendelse av et immunologisk reaktivt HCV-polypeptid sammen med en farmasøytisk akseptabel eksipient, for fremstilling av et medikament for å indusere en immunologisk respons mot HCV i et individ, hvor nevnte immunologiske reaktive HCV-polypeptid er et polypeptid ifølge hvilket som helst av kravene 1 til 5, eller en oktamer ifølge krav 6.