CN1286727A - 奈瑟球菌抗原 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了脑膜炎奈瑟球菌(菌株A和B)以及淋病奈瑟球菌的蛋白,包括氨基酸序列、对应的核苷酸序列、表达数据以及血清学数据。该蛋白是有用的抗原,可用作疫苗、免疫原性组合物和/或诊断试剂。

Description

奈瑟球菌抗原
本发明涉及奈瑟球菌属细菌。
背景技术
脑膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitidis)和淋病奈瑟球菌(Neisseria gonrrhoeae)是不能动的人致病性革兰阴性双球菌。脑膜炎奈瑟球菌群集在咽喉处，并引起脑膜炎(有时没有脑膜炎而是败血病)；淋病奈瑟球菌群集在生殖道并引起淋病。尽管这两种病原体群集在身体不同的区域并引起完全不同的疾病，但它们却是密切相关的，然而脑膜炎球菌与淋球菌明显不同的一个特征是所有病原性脑膜炎双球菌中存在多糖荚膜。
在1983-1990年期间，单单在美国，淋病奈瑟球菌每年就引起约800000起病例(Meitzner和Cohen，＂抗淋球菌感染的疫苗＂章节，在New Generation Vaccines，第2版，Levine,Woodrow,Kaper和Cobon,Marcel Dekker编辑，New York,1997,817-842页)。该疾病引起的发病率很高，但死亡率有限。非常希望对淋病奈瑟球菌进行疫苗接种，但反复尝试没有成功。该疫苗的主要候选抗原是表面外露蛋白如菌毛、孔蛋白、与不透明相关的蛋白(Opas)以及其它外露蛋白如Lip、Laz、IgA1蛋白酶以及运铁蛋白结合蛋白。也有人提议用脂寡糖(LOS)作为疫苗(Meitzner和Cohen，同上)。
脑膜炎奈瑟球菌会引起地方性和流行性疾病。在美国，其发病率为每年每100000人有0.6-1人，爆发时可以高得多(见Lieberman等人，(1996)＂血清型A/C脑膜炎奈瑟球菌寡糖-蛋白偶联物疫苗在幼儿中的安全性和免疫原性＂，JAMA 275(19):1499-1503；Schuchat等人(1997)“1995年美国的细菌性脑膜炎”，N Engl J Med337(14):970-976)。在发展中国家，地方性疾病率要高得多，在流行时，发病率可高达每年每100000人有500起。该病的死亡率在美国很高，为10-20％，在发展中国家则要高得多。在引入了抗流感嗜血菌的偶联物疫苗后，脑膜炎奈瑟球菌是引起美国所有年龄人群中细菌性脑膜炎的主要原因(Schuchat等人(1997)同上)。
根据生物的荚膜多糖，已经鉴定出12种脑膜炎奈瑟球菌的血清型。A型是亚撒哈拉-非洲地区流行病中最常见的病原体。B型和C型血清型菌是导致美国以及大多数发达国家内的大多数病例的原因。W135和Y型血清型菌是导致美国和发达国家的其余病例的原因。目前使用的脑膜炎球菌是由血清型A、C、Y和W135组成的四价多糖疫苗。尽管其在青年和成人中有效，但是它诱导了差的免疫应答和短期的保护作用，并且不能用于婴儿[例如，见发病率和死亡率每周报道，46卷，PR-5(1997)]这是因为多糖是T细胞非依赖型抗原，其诱导的弱免疫应答不能通过重复免疫来加强。在流感嗜血菌的疫苗接种成功后，已经开发出了针对血清型A和C的偶联疫苗，现在是临床测试的最终阶段(Zollinger WD＂新的和改进的抗脑膜炎球菌疾病疫苗＂，在：New Generation Vaccines中，同上，469-488页；Lieberman等人(1996)同上；Costantino等人(1992)“抗脑膜炎球菌A和C的偶联疫苗的开发和Ⅰ期临床测试”，Vaccine,10:691-698)。
然而，脑膜炎球菌B仍是一个问题。此血清型目前在美国、欧洲和南美州引起的病例约占总脑膜炎的50％。不能采用多糖方法，因为menB荚膜多糖是α(2-8)-相连的N-乙酰基神经氨酸的聚合物，它也存在于哺乳动物组织中。这导致了对抗原的耐受；实际上，如果引发免疫应答，则该免疫应答是抗自身的，因此是不希望的。为了避免引起自身免疫力并诱导保护性免疫应答，已经对该荚膜多糖进行化学修饰，例如用N-丙酰基代替N-乙酰基，而不改变特异性抗原性(Romero和Outschoorn(1994)＂B型脑膜炎球菌候选疫苗的目前状况：荚膜或非荚膜？＂ClinMicrobiol Rev 7(4):595-575)。
menB疫苗的另一种方法采用外膜蛋白(OMP)的复合物混合物，它只含有OMP、或富集在膜孔蛋白中的OMP，或缺失4型OMP(认为它诱导了封闭杀菌活性的抗体)。该方法产生的疫苗的性质还未经完全地分析。它们能保护机体抵抗同源的菌株，但是当存在许多外膜蛋白的抗原性变体株时一般无效。为了克服抗原性差异，已经构建了含有高达9种不同膜孔蛋白的多价疫苗(例如，Poolman JT(1992)“脑膜炎球菌疫苗的发展”Infect.Agents Dis.4:13-28)。用于外膜疫苗的其它蛋白是opa和opc蛋白，但是这些方法均不能克服抗原性差异(例如Ala′Aldeen和Borriello(1996)＂脑膜炎球菌运铁蛋白结合蛋白1和2均是外露的，并产生能杀伤同源和异源菌株的杀菌性抗体＂Vaccine 14(1):49-53)。
已可得到脑膜炎球菌和淋球菌的基因和蛋白的一定数量的序列信息(例如EP-A-0467714,WO96/29412)，但这决不完全的。提供进一步的信息，就有机会能鉴定出估计是免疫系统靶标且没有抗原性差异的分泌的或外露的蛋白。例如，一些已鉴定的蛋白可作为抗脑膜炎球菌B的有效疫苗的成分，一些可作为抗有所脑膜炎球菌血清型的疫苗的成分，其它可作为抗所有病原性奈瑟球菌的疫苗的成分。
本发明
本发明提供了一些蛋白，该蛋白含有公开在实施例中的奈瑟球菌氨基酸序列。这些序列涉及脑膜炎奈瑟球菌或淋病奈瑟球菌。
本发明还提供了含有与实施例所公开的奈瑟球菌氨基酸序列同源(即具有序列相同性)的序列的蛋白。根据具体的序列，相同性的程度宜大于50％(例如65％、80％、90％或更高)。这些同源性蛋白包括实施例中公开的序列的突变体和等位基因变体。通常，认为两种蛋白之间有50％或更高的相同性表明功能等价。蛋白之间的相同性宜用在MRSRCH程序(Oxford Molecular)中执行的Smith-Watemen同源性搜寻算法来确定，采用仿射空隙搜寻，参数“空隙开口罚分(gap open penalty)”为12，“空隙延伸罚分(gap extension penalty)”为1。
本发明还提供了包含实施例所公开的奈瑟球菌氨基酸序列片段的蛋白。该片段应包含该序列中至少n个连续的氨基酸，根据具体的序列，n为7或更高(例如，8、10、12、14、16、18、20或更高)。该片段宜包含该序列的一个表位。
本发明的蛋白当然可用各种方法(例如重组表达、从细胞培养中纯化、化学合成等)制成各种形式(例如天然的、融合物等)。它们宜制成基本上纯的或分离的形式(即基本上不含其它奈瑟球菌或宿主细胞蛋白)。
另一方面，本发明提供了结合这些蛋白的抗体。它们可能是多克隆的或单克隆的，可用任何合适的方法制得。
还有一方面，本发明提供了包含实施例所公开的奈瑟球菌核苷酸序列的核酸。另外，本发明还提供了包含与实施例所公开的奈瑟球菌核苷酸序列同源(即具有序列相同性)的序列的核酸。
另外，本发明还提供了能与实施例中公开的奈瑟球菌核酸杂交(较佳的是在“高度严谨”条件(65℃，在0.1x SSC、0.5％SDS溶液中)下杂交)的核酸。
本发明还提供了包含这些序列之片段的核酸。这些核酸应包含来自奈瑟球菌序列的至少n个连续的核苷酸，根据具体的序列，n为10或更高(例如，12、14、15、18、20、25、30、35、40或更高)。
还有一方面，本发明提供了编码本发明的蛋白和蛋白片段的核酸。
也应理解，本发明也提供了包含与上述那些序列互补的序列的核酸(例如用于反义或探针目的)。
当然，本发明的核酸可用各种方式(例如化学合成，从基因组或cDNA文库、或从生物体本身制得等)制得，并可采用各种形式(例如单链、双链、载体、探针等)。
另外，术语“核酸”包括DNA和RNA，以及它们的类似物，如含有修饰的骨架的那些，还包括肽核酸(PNA)等。
另一方面，本发明提供了含有本发明的核苷酸序列的载体(如表达载体)以及转化了这些载体的宿主细胞。
另一方面，本发明提供了包含本发明的蛋白、抗体和/核酸的组合物。例如，这些组合物适合用作疫苗，或作为诊断性试剂，或作为免疫原性组合物。
本发明还提供了本发明的核酸、蛋白或抗体用作药剂(例如作为疫苗)或作为诊断性试剂的应用。本发明还提供了本发明的核酸、蛋白或抗体在生产下列物质中的应用：(ⅰ)用于治疗或预防奈瑟球菌感染的药剂；(ⅱ)用于检测奈瑟球菌或针对奈瑟球菌产生的抗体是否存在的诊断性试剂；和/或(ⅲ)可产生针对奈瑟球菌的抗体的制剂。所述奈瑟球菌可以是任何种或菌株(例如淋病奈瑟球菌或脑膜炎奈瑟球菌的任何菌株如菌株A、菌株B或菌株C)。
本发明还提供了一种治疗患者的方法，该方法包括给予患者治疗有效量的本发明的核酸、蛋白和/或抗体。
还有一方面，本发明提供了以下各种方法。
本发明提供了一种生产本发明的蛋白的方法，该方法包括在诱导蛋白表达的条件下培育本发明的宿主细胞的步骤。
本发明提供了一种生产本发明的蛋白或核酸的方法，其中用化学手段部分或全部合成所述蛋白或核酸。
本发明提供了一种检测本发明的多核苷酸的方法，该方法包括下列步骤：(a)在杂交条件下使本发明的核酸探针与生物样品接触，形成双链体；和(b)检测所述双链体。
本发明提供了一种检测本发明的蛋白质的方法，该方法包括下列步骤：(a)在适合形成抗体-抗原复合物的条件下使本发明的抗体和生物样品接触；和(b)检测所述复合物。
下面归纳了为了实施本发明而采用的标准技术和方法(例如用公开的序列用于接种或诊断性目的)。这种归纳不是对本发明的限制，而是举例，这些例子可以采用，但是不要求一定用。
综述
除非另有描述，本发明的实施将采用分子生物学、微生物学、重组DNA和免疫学的常规技术，这些均是本领域技术人员所知的。这些技术在下列文献中有完整的描述：例如，Sambrook《分子克隆实验指南》第2版(1989)；《DNA克隆》第Ⅰ和Ⅱ卷(D.N.Glover编辑1985)；《寡核苷酸合成》(M.J.Gait编辑，1984)；《核酸杂交》(B.D.Hames和S.J.Higgins编辑.1984)；《转录和翻译》(B.D.Hames和S.J.Higgins编辑，1984)；《动物细胞培养》(R.I.Freshney编辑，1986)；《固定化细胞和酶》(IRL出版社，1986)；B.Perbal，《分子克隆实用指南》(1984)；《酶学方法》系列丛书(Academic Press,Inc.)，尤其是154和155卷；《哺乳动物细胞的基因转移载体》(J.H.Miller和M.P.Calos编辑，1987,Cold Spring Harbor Laboratory)；Mayer和Walker编辑(1987)，《细胞和分子生物学的免疫化学方法》(Academic Press,London)；Scopes,(1987)《蛋白质纯化：原理和实践》第2版(Springer-Verlag,N.Y.)，以及《实验免疫学手册》Ⅰ-Ⅳ卷(D.C.Weir和C.C.Blackwell编辑1986)。
在本说明书中采用了核苷酸和氨基酸的标准缩写。
本文引用的所有出版物、专利和专利申请均纳入本文作参考。尤其是将英国专利申请9723516.2、9724190.5、9724386.9、9725158.1、9726147.3、9800759.4和9819016.8的内容纳入本文作为参考。
定义
当组合物中总X+Y重量的至少85％是X时，则称含有X的组合物“基本上没有Y”。较佳的，X占组合物中X+Y总重量的至少约90％，更佳至少约95％或者甚至99％(重量)。
术语“包含”指“包括”以及“由…组成”，例如组合物“包含”X可以是只由X组成，或可包括X以外的物质，例如X+Y。
术语“异源”指在自然界中发现不在一起的两种生物学组分。此组分可以是宿主细胞、基因、或调控区如启动子。尽管异源组分在自然界中发现不在一起，但是它们能一起起作用，例如当与基因异源的启动子与该基因操作性相连时。另一个例子是奈瑟球菌序列与小鼠宿主细胞异源。还有一个例子是相同或不同蛋白的两个表位装配到一个蛋白中，以自然界中未曾发现的排列方式排列。
“复制起点”是启动和调节多核苷酸(例如表达载体)复制的多核苷酸序列。复制起点可作为细胞内多核苷酸复制的自主性单位，能在其自身的控制下进行复制。复制起点是载体在特定宿主细胞中复制所需的。有了某一复制起点，表达载体就能在细胞中合适蛋白的存在下高拷贝数的复制。复制起点的例子是在酵母中有效的自主复制序列；以及在COS-7细胞中有效的病毒性T-抗原。
“突变体”序列定义成与天然或公开的序列不同但具有序列相同性的DNA、RNA或氨基酸序列。根据具体的序列，天然或公开的序列与突变体序列之间的序列相同性程度宜大于50％(例如60％、70％、80％、90％、95％、99％或更高，用上述Smith-Waterman算法计算出)。如本文所述，本文提供的核酸序列的核酸分子或区域的“等位基因变体”是在另一或第二个分离物的基因组中基本上相同的基因座上的核酸分子或区域，由于诸如突变或重组引起的自然变异，它们具有相似但不相同的核酸序列。编码区等位基因变体通常编码的蛋白具有与其比较基因所编码蛋白相似的活性。等位基因变体还可包含基因5′或3′非翻译区中的变化，例如在调控控制区中的变化(例如见美国专利5,753,235)。
表达系统
奈瑟球菌核苷酸序列可在各种不同的表达系统中表达；例如和哺乳动物细胞、杆状病毒、植物、细菌和酵母一起使用的那些系统。
ⅰ．哺乳动物系统
哺乳动物表达系统是本领域中已知的。哺乳动物启动子是能结合哺乳动物RNA聚合酶并启动下游(3′)编码序列(如结构基因)转录成mRNA的任何DNA序列。启动子具有一个转录起始区，其通常邻近编码序列的5′端，还具有一个TATA盒，其通常位于转录起始位点上游25-30个碱基对(bp)处。认为TATA盒指导RNA聚合酶Ⅱ在正确位点开始RNA合成。哺乳动物启动子还含有一个上游启动子元件，其通常位于TATA盒上游100至200bp内。该上游启动子元件决定了转录启动的速度，并可在两个方向之一上起作用[Sambrook等人(1989)“克隆基因在哺乳动物细胞中的表达”《分子克隆实验指南》，第2版]。
哺乳动物病毒基因通常是高表达的，具有宽的宿主范围；因此，编码哺乳动物病毒基因的序列提供了特别有用的启动子序列。例子包括SV40早期启动子、小鼠乳房肿瘤病毒LTR启动子、腺病毒主要晚期启动子(Ad MLP)以及单纯疱疹病毒启动子。另外，从非病毒基因(如鼠金属硫蛋白基因)衍生的序列也提供了有用的启动子序列。表达可以是组成型的或受调控的(诱导的)，这取决于该启动子能否在激素反应性细胞中用促糖皮质激素诱导。
增强元件(增强子)的存在，联合上述启动子元件通常会提高表达水平。增强子是这样一种调控性DNA序列，当其与同源或异源启动子相连，合成在正常的RNA起始位点开始时，它能刺激转录提高1000倍。当增强子位于转录起始位点的上游或下游，处于正常或翻转方向，或距离启动子1000个核苷酸以上的距离时，它均具有活性[Maniatis等人(1987)Science 236:1237；Alberts等人(1989)《细胞分子生物学》，第2版]。从病毒衍生获得的增强子元件可能是特别有用的，因为它们通常具有较宽的宿主范围。例子包括SV40早期基因增强子[Dijkema等人(1985)EMBO J.4:761]以及衍生自Rous肉瘤病毒的长末端重复序列(LTR)的增强子/启动子[Gorman等人(1982b)Proc.Natl.Acad.Sci.79:6777]以及来自人巨细胞病毒的增强子/启动子[Boshart等人(1985)Cell 41:521]。另外，一些增强子仅仅在诱导物(例如激素或金属离子)的存在下是可调节的并具有活性[Sassone-Corsi和Borelli(1986)Trends Genet.2:215；Maniatis等人(1987)Science 236:1237]。
DNA分子可在哺乳动物细胞中胞内表达。启动子序列可以和DNA分子直接相连，在这种情况下，重组蛋白的N端第一个氨基酸始终是甲硫氨酸，其由ATG起始密码子编码。如果需要，可通过和溴化氰体外培育来从蛋白上切下N端。
另外，外来蛋白也可从细胞中分泌到生长培养基中，方法是产生嵌合的DNA分子，该DNA分子编码的融合蛋白包括一前导序列片段，该片段在哺乳动物细胞中提供了外源蛋白的分泌。较佳的，在前导序列片段和外源基因之间可以有能在体内或体外断裂的加工位点。前导序列片段通常编码一种信号肽，该信号肽包含指导蛋白分泌出细胞的疏水性氨基酸。腺病毒三联前导序列是哺乳动物细胞中分泌外来蛋白的一个前导序列例子。
通常，哺乳动物细胞识别的转录终止和聚腺苷酸化序列是位于翻译终止密码子3′的调控区域，因此它和启动子元件一起连接在编码序列的侧面。成熟mRNA的3′端由定点的转录后断裂和聚腺苷酸化形成[Bimstiel等人(1985)Cell 41:349；Proudfoot和Whitelaw(1988)＂真核RNA的终止和3′端加工＂《转录和剪接》(B.D.Hames和D.M.Glover编辑)；Proudfoot(1989)Trends Biochem.Sci.14:105]。这些序列指导mRNA的转录，mRNA能被翻译成该DNA编码的多肽。转录终止子/聚腺苷酸化信号的例子包括从SV40获得的那些[Sambrook等人(1989)“克隆基因在培养的哺乳动物细胞中的表达”《分子克隆实验指南》]。
通常，上述组件，包括启动子、聚腺苷酸化信号以及转录终止序列被一起放在表达构建物中。如果需要，该表达构建物中还包括增强子、具有功能性剪接供体体和受体位点的内含子以及前导序列。表达构建物通常以复制子形式维持，例如是能在宿主(如哺乳动物细胞或细菌)中稳定维持的染色体外元件(如质粒)。哺乳动物复制系统包括从动物病毒衍生的那些系统，其需要反式作用因子来进行复制。例如，含有乳多空病毒复制系统的质粒，如SV40[Gluzman(1981)Cell 23:175]或多瘤病毒，在合适的病毒T抗原存在下复制出极高的拷贝数。哺乳动物复制子的其它例子包括衍生自牛乳头瘤病毒和EB病毒的复制子。另外，复制子可以有两个复制系统，从而使其能维持在例如哺乳动物细胞中进行表达并能在原核宿主中克隆和扩增。这些哺乳动物细菌穿梭载体的例子包括pMT2[Kaufman等人(1989)Mol.Cell.Biol.9:946]和pHEBO[Shimizu等人(1986)Mol.Cell.Biol.6:1074]。
所用的转化程序取决于待转化的宿主。将异源多核苷酸导入哺乳动物细胞中的方法是本领域所知的，其包括葡聚糖介导的转染、磷酸钙沉淀、Polybrene(1,5-二甲基-1,5-二氮十一亚甲基聚甲溴化物)介导的转染、原生质体融合、电穿孔、将多核苷酸包裹在脂质体中以及将DNA直接显微注射到胞核中。
可作为宿主进行表达的哺乳动物细胞系是本领域中已知的，其包括许多从美国典型培养物保藏中心(ATCC)获得的无限增殖细胞系，包括但不局限于，中国仓鼠卵巢(CHO)细胞、海拉细胞、幼仓鼠肾(BHK)细胞、猴肾细胞(COS)、人肝细胞癌细胞(如Hep G2)和其它许多细胞系。
ⅱ．杆状病毒系统
编码蛋白质的多核苷酸也可插入合适的昆虫表达载体中，并与该载体中的控制元件操作性相连。载体构建采用本领域已知的技术。总地来说，表达系统的组分包括一种转移载体，通常是细菌质粒，其含有杆状病毒基因组片段以及便于插入待表达异源基因的限制性位点；野生型杆状病毒，其序列与转移载体中的杆状病毒特异性片段同源(这使得异源基因能同源重组到杆状病毒基因组中)；以及合适的昆虫宿主细胞和生长培养基。
在将编码蛋白质的DNA序列插入转移载体中后，将载体和野生型病毒基因组转染到昆虫宿主细胞中，使载体和病毒基因组重组。表达包装的重组病毒，鉴定并纯化重组噬斑。杆状病毒/昆虫细胞表达系统材料及其方法，除别的以外，可以试剂盒形式购自Invitrogen,San Diego CA(＂MaxBac＂试剂盒)。这些技术通常是本领域技术人员所知的，在Summers和Smith的Texas Agricultural Experiment Station Bulletin No.1555(1987)(后称“Summer和Smith的文章”)中有充分描述。
在将编码蛋白质的DNA序列插入杆状病毒基因组之前，通常将上述组件，包括启动子、前导序列(如果需要)、感兴趣的编码序列以及转录终止序列装配在中间置换型构建物(转移载体)中。该构建物可含有单个基因以及操作性相连的调控元件；多个基因，每个基因有其自己的操作性相连调控元件；或是由同一组调控元件调控的多个基因。中间置换型构建物通常保持在一个复制子中，例如能在宿主(如细菌)内稳定保持的染色体外元件(如质粒)。复制子将具有一个复制系统，从而使其能保持在合适的宿主中进行克隆和扩增。
目前，用来将外源基因导入AcNPV的最常用的转移载体是pAc373。还可设计本领域技术人员已知的其它许多载体。这些载体例如包括，pVL985(其将多角体蛋白的起始密码子从ATG变为ATT，在ATT下游32个碱基对处引入一个BamHⅠ克隆位点；见Luckow和Summers,Virology(1989)17:31)。
质粒通常还含有多角体蛋白聚腺苷酸化信号(Miller等人(1988)Ann.Rev.Microbiol.,42:177)以及用来在大肠杆菌中选择和繁殖的原核氨苄青霉素抗性(amp)基因和复制起点。
杆状病毒转移载体通常含有杆状病毒启动子。杆状病毒启动子是能结合杆状病毒RNA聚合酶并启动下游(5′到3′)编码序列(如结构基因)转录成mRNA的DNA序列。启动子具有一个转录起始区，该区通常邻近编码序列的5′端。该转录起始区通常包括一个RNA聚合酶结合位点以及一个转录起始位点。杆状病毒转移载体还可能有称为增强子的第二个区，如果该区域存在，它通常在结构基因的远端。表达可以是调控的或组成型的。
在病毒感染周期晚期大量转录的结构基因提供特别有用的启动子序列。例子包括从编码病毒多角体蛋白的基因衍生获得的序列，Friesen等人(1986)“杆状病毒基因表达的调控”《杆状病毒分子生物学》(Walter Doerfler编辑)；EPO公开号127 839和155 476；以及编码p10蛋白的基因，Vlak等人(1988)，J.Gen.Virol.69:765。
编码合适的信号序列的DNA可以衍生自分泌的昆虫或杆状病毒蛋白(如杆状病毒多角体蛋白基因)的基因(Carbonell等人，(1988)Gene,73:409)。另外，由于哺乳动物细胞翻译后修饰的信号(如信号肽断裂、蛋白水解断裂和磷酸化)看来可被昆虫细胞识别，且分泌和胞核积累所需的信号看来在非脊椎动物细胞和脊椎动物细胞之间是保守的，因此也可用非昆虫来源的前导序列来提供昆虫中的分泌，这些前导序列例如是从编码人α-干扰素(Maeda等人(1985),Nature 315:592)、人胃泌素释放的肽(Lebacq-Verheyden等人(1988),Molec.Cell.Biol.8:3129)、人IL-2(Smith等人(1985)PNAS,82:8404)、小鼠IL-3(Miyajima等人(1987)Gene 58:273)和人葡糖脑苷脂酶(Martin等人(1988)DNA,7:99)的基因衍生获得的。
重组多肽或多蛋白可以在胞内表达，或如果它和合适的调控序列一起表达，它可被分泌。非融合的外源蛋白的良好的胞内表达理想的通常需要具有短前导序列的异源基因在ATG起始信号前有合适的翻译起始信号。如果需要，可通过和溴化氰体外培育来从成熟蛋白上切下N端甲硫氨酸。
另外，可通过产生嵌合的DNA分子将非天然分泌的重组聚蛋白或蛋白从昆虫细胞中分泌出来，该嵌合的DNA分子所编码的融合蛋白包含一前导序列片段，该片段提供了昆虫中分泌外源蛋白的作用。该前导序列片段通常编码一种信号肽，该信号肽包含的疏水性氨基酸指导蛋白质转移到内质网中。
在插入了编码该蛋白表达产物前体的DNA序列和/或基因后，用转移载体的异源DNA和野生型杆状病毒的基因组DNA共同转化(通常是共转染)昆虫细胞宿主。构建物的启动子和转录终止序列通常包含2-5kb的杆状病毒基因组片段。将异源DNA引入杆状病毒中所需位点内的方法是本领域所知的。(见Summers和Smith的文章，同上；Ju等人(1987)；Smith等人，Mol.Cell.Biol.(1983)3:2156；和Luckow和Summers(1989))。例如，插入可以是通过同源双交换重组来插入基因如多角体蛋白基因中；插入还可以是插入工程改造入所需杆状病毒基因内的限制性酶切位点中。Miller等人(1989),Bioessays 4:91。当DNA序列被克隆在表达载体多角体蛋白基因位置中后，其5′和3′均侧接了多角体蛋白特异性序列，并位于多角体蛋白启动子的下游。
随后将新形成的杆状病毒表达载体包装到感染性重组杆状病毒中。发生同源重组的频率很低(在约1％和5％之间)；因此，共转染后产生的大多数病毒仍是野生型病毒。因此，需要用一种方法来鉴别重组病毒。该表达系统的一个优点是视觉筛选能区分重组病毒。在病毒感染后期，天然病毒产生的多角体蛋白在受其感染细胞的胞核中产生的水平非常高。累积的多角体蛋白形成的包涵体还含有包埋颗粒。这些包涵体的大小为15微米，它们具有高度的折光性，从而使它们呈现了明亮的发光的外观，在光学显微镜下很容易观察。感染了重组病毒的细胞缺少包涵体。为了区分重组病毒和野生型病毒，用本领域已知的技术将转染上清接种到单层昆虫细胞上形成噬斑。即，在光学显微镜下筛选存在(表明是野生型病毒)或不存在(表明是重组病毒)包涵体的噬斑。“当代微生物学方法”第2卷(Ausubel等人编辑)，16.8(增补10,1990)；Summers和Smith，同上；Miller等人(1989)。
已经开发出感染进入几种昆虫细胞的重组杆状病毒表达载体。例如，已经开发出用于感染以下昆虫的细胞的重组杆状病毒：埃及伊蚊、苜蓿丫纹夜蛾、家蚕、黑尾果蝇、草地夜蛾和粉纹夜蛾(WO 89/046699；Carbonell等人(1985)J.Virol.56:153；Wright(1986)Nature 321:718；Smith等人(1983)Mol.Cell.Biol.3:2156；综述见Fraser等人(1989)Vitro Cell.Dev.Biol.25:225)。
可以购得细胞和细胞培养基用于在杆状病毒/表达系统中直接表达和融合表达异源多肽；细胞培养技术是本领域技术人员通常所知的。例如见Summers和Smith，同上。
然后，经修饰的昆虫细胞可以生长在合适的营养培养基中，该培养基能稳定地保持该质粒于修饰的昆虫宿主中。当表达产物基因处于可诱导的控制下时，可以使宿主生长至高密度，并诱导表达。另外，当表达是组成型表达时，产物将被连续表达到培养基中，营养性培养基必需不断循环，同时取出感兴趣的产物并补充消耗的营养物。产物可用以下这些技术来纯化：例如层析，如HPLC、亲和层析、离子交换层析等；电泳；密度梯度离心；溶剂抽提等。产物可按需作进一步纯化，以基本上除去所有也分泌到培养基中或由昆虫细胞裂解而产生的昆虫蛋白，以提供一种至少基本上不含宿主碎片如蛋白质、脂质和多糖的产物。
为了进行蛋白质表达，将从转化子衍生获得的重组宿主细胞培育在允许重组蛋白的编码序列表达的条件下。这些条件将随所选定的宿主细胞而变。然而，本领域技术人员容易根据本领域已知的知识来确定该条件。
ⅲ．植物系统
本领域中已知有许多植物细胞培养系统和全植物遗传表达系统。典型的植物细胞基因表达系统包括在以下专利中描述的那些，例如：US 5,693,506；US 5,659,122；和US 5,608,143。Zenk,Phytochemistry 30:3861-3863(1991)中描述了在植物细胞培养物中遗传表达的其它例子。除上述参考文献外，关于植物蛋白信号肽的描述还可在下列文献中找到：Vaulcombe等人，Mol.Gen.Genet.209:33-40(1987)；Chandler等人，Plant Molecular Biology 3:407-418(1984)；Rogers,J.Biol.Chem.260:3731-3738(1985)；Rothstein等人，Gene 55:353-356(1987)；Whittier等人，Nucleic Acids Research15:2515-2535(1987)；Wirsel等人，Molecular Microbiology 3:3-14(1989)；Yu等人，Gene 122:247-253(1992)。关于用植物激素、赤霉素酸和赤霉素酸诱导分泌的酶调节植物基因表达的描述可在R.L.Jones和J.MacMillin,Gibberellins，《植物生理学进展》，Malcolm B.Wilkins编辑，1984 Pitman Publishing Limited,London,21-52页中找到。描述其它调节代谢的基因的参考文献参见：Sheen,Plant Cell,2:1027-1038(1990)；Maas等人，EMBO J.9:3447-3452(1990)；Benkel和Hickey,Proc.Natl.Acad.Sci.84:1337-1339(1987)。
通常，利用本领域已知的技术，将所需的多核苷酸序列插入一表达盒中，该表达盒含有为在植物中操作而设计的基因调控元件。将该表达盒插入所需的表达载体中，表达盒的上游和下游有适合在植物宿主中表达的伴随序列。该伴随序列可来自质粒或病毒，并为载体提供所需的性质，以允许载体将DNA从起初的克隆宿主(如细菌)中移动到所需植物宿主中。基础的细菌/植物载体构建物最好能提供宽的宿主范围原核复制起点；原核可选择标记；以及，对于农杆菌转化而言，宜提供T DNA序列用于农杆菌介导转移至植物染色体。当异源基因不易检测时，该构建物最好还具有一个适用于确定植物细胞是否已经转化的可选择标记基因。关于合适标记(例如对于禾草类家族成员)的综述可在Wilmink和Dons,1993,Plant Mol.Biol.Reptr,11(2):165-185中找到。
还建议采用合适将异源序列整合到植物基因组中的序列。这些序列可能包括用于同源重组的转座子序列以及允许将异源表达盒随机插入植物基因组中的Ti序列。合适的原核可选择标记包括抗生素(如氨苄青霉素或四环素)抗性标记。编码其它功能的其它DNA序列也可存在于载体中，这是本领域所知的。
本发明的核酸分子可包括在一个表达盒中来表达感兴趣的蛋白质。通常只有一个表达盒，但是两个或多个表达盒也是可行的。除了编码异源蛋白的序列外，重组表达盒还含有下列元件：启动子区域、植物5′非翻译序列、起始密码子(根据结构基因原来是否具有而定)、以及转录和翻译终止序列。表达盒5′和3′端的独特限制性酶位点能使表达盒方便地插入预先存在的载体中。
异源编码序列可以用于任何与本发明有关的蛋白。编码感兴趣的蛋白的序列将编码出一个信号肽，该信号肽能适当地加工和转运蛋白质，并且通常缺少可能会导致本发明的所需蛋白与膜结合的序列。由于对于大部分来说，转录起始区将针对发芽期间表达和转运的基因，采用提供转运的信号肽，也可提供转运感兴趣的蛋白质。通过这种方式，感兴趣的蛋白将从表达该蛋白的细胞中转运出来，并能被有效地收获。通常，种子中的分泌是通过糊粉或小盾体上皮层进入种子的胚乳。尽管不需要使蛋白从产生该蛋白的细胞中分泌出来，但是这种分泌有利于重组蛋白的分离和纯化。
由于所需基因产物的最终表达将在真核细胞中进行，因此需要确定克隆的基因部分是否含有作为内含子被宿主剪接体机制加工的序列。如果是这样，需要对“内含子”区进行定点诱变，以防止一部分遗传信息作为错误的内含子密码而丧失，Reed和Maniatis,Cell 41:95-105,1985。
可用微量移液管以机械方式转移重组DNA，将载体直接显微注射到植物细胞中。Crossway,Mol.Gen.Genet,202:179-185。还可用聚乙二醇将遗传物质转移到植物细胞中，Krens等人，Nature,296,72-74,1982。导入核酸片段的另一种方法是用小颗粒进行高速弹道贯穿，在这些小珠或颗粒的基质中或表面上带有核酸，Klein等人，Nature,327,70-73,1987,Knudsen和Muller,1991,Planta,185:330-336提出用颗粒轰击大麦胚乳以产生转基因大麦。还有一种导入方法是使原生质体和其它实体(微细胞(minicell)、细胞、溶酶体或其它可融合的脂质表面体)融合，Fraley等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,79,1859-1863,1982。
载体也可通过电穿孔导入植物细胞中。(Fromm等人，PNAS 82:5824,1958)。在该技术中，在含有基因构建物的质粒存在下电穿孔植物原生质体。高电场强度的电脉冲使生物膜可逆地被通透，从而允许导入质粒。电穿孔的植物原生质体改造了细胞壁，分裂并形成植物胼胝体。
本发明可转化所有的植物，从中能分离出原生质体并能培育成全再生植物，从而回收得到含有转基因的全植物。已经知道实际上可以从培育的细胞或组织再生所有的全植物，其包括但不局限于，甘蔗、甜菜、棉花、果实和其它树、豆科植物和蔬菜的所有主要种类。一些合适的植物包括，例如，草莓属、莲花属、苜蓿属、驴食豆属、三叶草属、胡卢巴属、豇豆属、柑橘属、亚麻属、老鹳草属、Manihot、Daucus、鼠耳芥属、芸苔属、萝卜属、白芥属、颠茄属、辣椒属、曼陀罗属、天仙子属、番茄属、烟草属、茄属、碧冬茄属、毛地黄属、Majorana、菊苣属、向日葵属、莴苣属、雀麦属、天门冬属、金鱼草属、龙骨角属、Nemesia、天竺葵属、稷属、狼尾草属、毛茛属、千里光属、Salpiglossis、香瓜属、Browaalia、大豆属、黑麦草属、玉蜀黍属、小麦、蜀黍属和曼陀罗属各种类。
各种植物的再生方式是不同的，但是通常是首先提供含有异源基因拷贝的转化的原生质体悬液。形成胼胝体组织，从胼胝体中诱生出枝条，随后是根。另外，从原生质体悬液可以诱生形成胚胎。这些胚胎象天然的胚胎那样发芽形成植物。培养基通常含有各种氨基酸和激素，如植物生长素和细胞分裂素。尤其是对于玉米和苜蓿属来说，在培养基中加入谷氨酸和脯氨酸也是很有利的。枝条和根通常同时发育。有效的再生取决于培养基、基因型以及培养史。如果控制了这三个变量，那么再生能完全再现和重复。
在一些植物细胞培养系统中，本发明所需的蛋白可能被排泄出来，或者蛋白可从全植物中提取出来。当本发明所需的蛋白被分泌到培养基中后，就可进行收集。或者，可以用机械方式破碎胚以及无胚-半种子或其它植物组织，以释放出分泌到细胞和组织之间的蛋白。将该混合物悬于缓冲液中，以提取可溶性蛋白。然后用常规的蛋白分离和纯化方法纯化重组蛋白。用常规方法调节时间、温度、pH、氧和体积等参数，以优化异源蛋白的表达和回收。
ⅳ．细菌系统
细菌表达技术是本领域已知的。细菌启动子是能结合细菌RNA聚合酶并启动下游(3′)编码序列(如结构基因)转录成mRNA的DNA序列。启动子具有一个转录起始区，其通常位于编码序列的5′端附近。该转录起始区通常包括RNA聚合酶结合位点以及一个转录起始位点。细菌启动子可能还有第二个功能区域称为操纵子，它可能与毗邻的RNA合成开始的RNA聚合酶结合位点重叠。该操纵子允许(可诱导)对转录的负调节，因为基因阻遏蛋白可能结合操纵子并因而抑制特定基因的转录。在负调节元件(如操纵子)不存在时，可能发生组成型表达。另外，正调节可通过基因激活蛋白结合序列来实现，如果有的话，它通常邻近RNA聚合酶结合序列(5′)。基因激活蛋白的例子是分解代谢物激活剂蛋白(CAP)，它帮助启动大肠杆菌(E.coli)中的lac操纵子的转录[Raibaud等人(1984)Annu.Rev.Genet.18:173]。因此，表达调控可能是正作用或负作用，从而增强或减弱了转录。
编码代谢途径中的酶的序列提供了特别有用的启动子序列。例子包括衍生白糖(如半乳糖、乳糖(lac)[Chang等人(1977)Nature 198:1056]和麦芽糖)代谢酶的启动子序列。其它例子包括衍生自生物合成酶(如色氨酸(trp))[Goeddel等人(1980)Nuc.AcidsRes.8:4057；Yelverton等人(1981)Nucl.Acids Res.9:731；美国专利4,738,921；EP-A-0036776和EP-A-0121775]的启动子序列。g-内酰胺酶(bla)启动子系统[Weissmann(1981)＂干扰素的克隆和其它错误＂《干扰素3》(I.Gresser编辑)]，λ嗜菌体PL[Shimatake等人(1981)Nature 292:128]和T5[美国专利4,689,406]启动子系统也提供了有用的启动子序列。
另外，非天然存在的合成的启动子也可象细菌启动子一样起作用。例如，一种细菌或嗜菌体启动子的转录激活序列可以和另一种细菌或嗜菌体启动子的操纵子序列连接在一起，形成合成的杂交启动子[美国专利4,551,433]。例如，tac启动子是杂合的trp-lac启动子，它由trp启动子以及受lac阻遏蛋白调节的lac操纵子序列组成[Anann等人(1983)Gene 25:167；de Boer等人，(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.80:21]。另外，细菌启动子可包括非细菌来源但能结合细菌RNA聚合酶并启动转录的天然存在的启动子。天然存在的非细菌来源的启动子还能和相容的RNA聚合酶偶联在一起，从而在原核细胞中高水平地表达某些基因[Studier等人(1986)J.Mol.Biol.189:113；Tabor等人(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.82:1074]。另外，杂合的启动子还可由嗜菌体启动子以及大肠杆菌操纵子区域组成(EPO A-0 267 851)。
除了有功能的启动子序列外，有效的核糖体结合位点对于外来基因在原核细胞中的表达也是有用的。在大肠杆菌中，核糖体结合位点称为Shine-Dalgarno(SD)序列，其包括起始密码子(ATG)以及在起始密码子上游3-11个核苷酸处的长度为3-9个核苷酸的序列[Shine等人(1975)Nature 254:34]。认为SD序列是通过SD序列和大肠杆菌16S rRNA的3′端碱基配对来促进mRNA与核糖体结合的[Steitz等人(1979)＂信使RNA中的遗传信号和核苷酸序列＂生物学调节和发育：基因表达＂(编者R.F.Goldberger)]。为了表达具有弱的核糖体结合位点的原核基因和真核基因[Sambrook等人(1989)＂克隆基因在大肠杆菌中的表达＂《分子克隆实验指南》]。
DNA分子可以在胞内表达。启动子序列可以直接与DNA分子相连，在这种情况下，N端的第一个氨基酸始终是甲硫氨酸，其由ATG起始密码子编码。如果需要，可通过和溴化氰体外培育或通过和细菌甲硫氨酸N-端肽酶体内或体外培育，将N端的甲硫氨酸从蛋白质上切下(EPO-A-0 219 237)。
融合蛋白为直接表达提供了一种备选方案。通常，将编码内源细菌蛋白或其它稳定的蛋白之N端部分的DNA序列与异源编码序列的5′端融合。在表达时，该构建物将提供这两个氨基酸序列的融合物。例如，λ噬菌体细胞基因可以和外源基因的5′端相连并在细菌中表达。所得融合蛋白宜保留一个酶(因子Xa)加工位点，以便将噬菌体蛋白与外源基因切开[Nagai等人(1984)Nature 309:810]。融合蛋白也可用lacZ[Jia等人(1987)Gene 60:197],trpE[Allen等人(1987)J.Biotechnol.5:93；Makoff等人(1989),J.Gen.Microbiol.135:11]以及Chey[EP-A-0-324 647]基因的序列组成。两个氨基酸序列连接处的DNA序列可能编码或不编码可切割的位点。另一个例子是遍在蛋白融合蛋白。这种融合蛋白由遍在蛋白区域组成，该区域宜保留一个酶(例如遍在蛋白特异性加工蛋白酶)加工位点，以便将外源蛋白和遍在蛋白切开。通过这种方法，可以分离获得天然的外源蛋白[Miller等人(1989)Bio/Technology 7:698]。
另外，还可通过产生嵌合的DNA分子来将外源蛋白分泌出细胞，该嵌合的DNA分子编码的融合蛋白含有一个信号肽序列片段，该序列片段能使细菌中的外源蛋白分泌出来[美国专利4,336,336]。信号序列片段通常编码一个信号肽，该信号肽含有疏水性氨基酸，能指引蛋白分泌出细胞。蛋白质被分泌到生长培养基(革兰阳性菌)中或细胞内膜和外膜之间的周质间隙内(革兰阴性菌)。在编码的信号肽片段和外源基因之间宜具有能在体内或体外切割的加工位点。
编码合适信号序列的DNA可以从分泌性细菌蛋白的基因衍生获得，这些基因例如是大肠杆菌外膜蛋白基因(ompA)[Masui等人(1983)，《基因表达的实验操作》；Ghrayeb等人(1984)EMBO J.3:2437]以及大肠杆菌碱性磷酸酶信号序列(phoA)[Oka等人(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.82:7212]。另一个例子是，可采用各种芽孢杆菌菌株的α淀粉酶基因的信号序列将异源蛋白分泌出枯草芽孢杆菌[Palva等人(1982)Proe.Natl.Acad.Sci.USA 79:5582；EP-A-0 244 042]。
通常，细菌所识别的转录终止序列是位于翻译终止密码子3′的调控区，它和启动子一起侧接在编码序列的两侧。这些序列指导mRNA的转录，而mRNA能被翻译成该DNA所编码的多肽。转录终止序列通常包括约50个核苷酸的DNA序列，该序列能形成帮助终止转录的茎环结构。例子包括衍生自具有强启动子的基因(如大肠杆菌中的trp基因以及其它生物合成的基因)的转录终止序列。
上述组件，包括启动子、信号序列(如果需要的)、感兴趣的编码序列以及转录终止序列通常一起被放在表达构建物中。表达构建物通常以复制子的形式维持，例如能在宿主(如细菌)中稳定维持的染色体外元件(如质粒)。复制子具有一个复制系统，从而允许其维持在原核宿主中或进行表达或进行克隆和扩增。另外，复制子可以是高拷贝数或低拷贝数的质粒。高拷贝数质粒的拷贝数大致在约5至200之间，通常在约10至150之间。含有高拷贝数质粒的宿主宜含有至少约10个质粒，更佳的含有至少约20个质粒。根据载体以及外源蛋白对宿主的影响，可以选择高拷贝数或低拷贝数的载体。
另外，表达构建物可以和一个整合载体一起整合入细菌基因组中。整合载体通常含有至少一个序列与细菌染色体同源，从而允许该载体整合。整合看来是载体和细菌染色体中的同源DNA之间重组引起的。例如，用不同芽孢杆菌菌株的DNA构建的整合载体整合到芽孢杆菌染色体中(EP-A-0 127 328)。整合载体还可包含噬菌体或转座子序列。
通常，染色体外以及整合的表达构建物均含有可选择的标记，以便选择已经转化的菌株。可选择标记可在细菌宿主中表达，其包括赋予细菌对药物(如氨苄青霉素、氯霉素、红霉素、卡那霉素(新霉素)和四环素)抗性的基因[Davies等人(1978)Annu.Rev.Microbiol.32:469]。可选择标记还可包括生物合成性基因，如在组氨酸、色氨酸以及亮氨酸生物合成途径中的那些基因。
另外，上述某些组件可以一起放在转化载体中。转化载体通常包含一个可选择标记，如上所述，该载体以复制子形式维持或发展成一个整合载体。
已经开发出了用于转化到许多细菌中的表达和转化载体(无论是染色体外复制子还是整合载体)。例如，已经开发出了用于下列细菌的表达载体：枯草芽孢杆菌[Palva等人，(1982)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 79:5582；EP-A-0 036 259和EP-A-0 063 953；WO 84/04541]，大肠杆菌[Shimatake等人，(1981)Nature 292:128；Amann等人，(1985)Gene 40:183；Studier等人，(1986)J.Mol.Biol.189:113；EP-A-0 036 776,EP-A-0 136829和EP-A-0 136 907]，酪链球菌[Powell等人，(1988)Appl.Environ.Microbiol.54:655]；浅青紫链球菌[Powell等人，(1988)Appl.Environ.Microbiol.54:655]，浅青紫链霉菌[US patent 4,745,056]。
将外源DNA导入细菌宿主的方法是本领域熟知的，通常包括用氯化钙或其它试剂(如二价阳离子和DMSO)处理对细菌进行转化。DNA还可通过电穿孔方法导入细菌细胞。转化程序通常因待转化的细菌种类而不同。例如参见[Masson等人，(1989)FEMS Microbiol.Lett.60:273；Palva等人，(1982)Proc.Natl.Acad.Sci. USA 79:5582；EP-A-0 036 259和EP-A-0 063 953；WO 84/04541，芽孢杆菌]，[Miller等人，(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.85:856；Wang等人，(1990)J.Bacteriol.172:949，弯曲杆菌]，[Cohen等人，(1973)Proc.Natl.Acad.Sci.69:2110；Dower等人，(1988)Nucleic Acids Res.l6:6127；Kushner(1978)＂用ColE1-衍生的质粒转化大肠杆菌的改进的方法＂GeneticEngineering:Proceedings of the International Symposium on Genetic Engineering(H.W.Boyer和S.Nicosia编辑)；Mandel等人，(1970)J.Mol.Biol.53:159；Taketo(1988)Biochim.Biophys,Acta 949:318；埃希氏菌]，[Chassy等人，(1987)FEMS Microbiol.Lett.44:173乳酸杆菌]；[Fiedler等人，(1988)Anal,Biochem 170:38，假单胞菌]；[Augustin等人，(1990)FEMS Microbiol.Lett.66:203，葡萄球菌]，[Barany等人，(1980)J.Bacteriol.l44:698；Harlander(1987)＂用电穿孔转化链球菌产乳酸微生物＂Streptococcal Genetics(J.Ferretti和R.Curtiss Ⅲ编辑)；Perry等人，(1981)Infect.Immun.32:1295；Powell等人，(1988)Appl.Environ.Microbiol.54:655；Somkuti等人，(1987)Proc.4th Evr.Cong.Biotechnology 1:412，链球菌]。
ⅴ．酵母表达
酵母表达系统也是本领域技术人员所知的。酵母启动子是能结合酵母RNA聚合酶并启动下游(3′)编码序列(如结构基因)转录成mRNA的DNA序列。启动子具有一个转录起始区，它通常位于编码序列的5′端附近。该转录起始区通常包括RNA聚合酶结合位点(＂TATA＂盒)以及一个转录起始位点。酵母启动子可能还有第二个功能区域称为上游激活序列(UAS)，如果存在的话，它通常在结构基因的远端。UAS能调节表达(可诱导)。在UAS不存在时，发生组成型表达。表达的调控可能是正作用或负作用的，从而增强或减弱了转录。
酵母是一种发酵生物体，具有活泼的代谢途径，因此编码代谢途径中的酶的序列提供了特别有用的启动子序列。例子包括醇脱氢酶(ADH)(EP-A-0 284 044)、烯醇酶、葡萄糖激酶、葡萄糖-6-磷酸异构酶、甘油醛-3-磷酸-脱氢酶(GAP或GAPDH)、己糖激酶、磷酸果糖激酶、3-磷酸甘油酸变位酶、以及丙酮酸激酶(PyK)(EPO-A-0 329203)。编码酸性磷酸酶的酵母PHO5基因也提供了有用的启动子序列[Myanohara等人(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80:1]。
另外，非天然存在的合成的启动子也可象酵母启动子一样起作用。例如，一种酵母启动子的UAS序列可以和另一种酵母启动子的转录激活区连接在一起，形成合成的杂合启动子。这种杂合启动子的例子包括与GAP转录激活区相连的ADH调控序列(美国专利No.4,876,197和4,880,734)。杂合启动子的其它例子包括由ADH2、GAL4、GAL 10或PHO5基因的调控序列组成的启动子与糖酵解酶基因如GAP或PyK的转录激活区组合(EP-A-0 164 556)。另外，酵母启动子可包括非酵母来源但能结合酵母RNA聚合酶并启动转录的天然存在的启动子。这些启动子的例子包括，尤其是，[Cohen等人，(1980)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:1078；Henikoff等人，(1981)Nature 283:835；Hollenberg等人，(1981)Curr.Topics Microbiol.Immunol. 96:119；Hollenberg等人，(1979)＂细菌抗生素抗性基因在酿酒酵母中的表达＂Plasmids ofMedical,Environmental and Commercial Importance(K.N.Timmis和A.Puhler编辑)；Mercerau-Puigalon等人，(1980)Gene ll:63；Panthier等人，(1980)Curr.Genet.2:109]。
DNA分子可以在酵母菌胞内表达。启动子序列可以直接与DNA分子相连，在这种情况下，重组蛋白N端的第一个氨基酸始终是甲硫氨酸，其由ATG起始密码子编码。如果需要，可通过和溴化氰体外培育将N端的甲硫氨酸从蛋白质上切下。
象在哺乳动物、杆状病毒以及细菌表达系统中一样，融合蛋白为酵母表达系统提供了一种备选方案。通常，将编码内源酵母蛋白或其它稳定的蛋白之N端部分的DNA序列与异源编码序列的5′端融合。在表达时，该构建物将提供这两个氨基酸序列的融合物。例如，酵母或人超氧化物歧化酶(SOD)基因可以和外源基因5′端相连并在酵母中表达。两个氨基酸序列连接处的DNA序列可能编码或不编码可切割的位点。例如参见EP-A-0 196 056。另一个例子是遍在蛋白融合蛋白。这种融合蛋白由遍在蛋白区域组成，该区域宜保留一个酶(例如遍在蛋白特异性加工蛋白酶)加工位点，以便将外源蛋白和遍在蛋白切开。因此，通过这种方法，可以分离获得天然的外源蛋白(例如WO88/024066)。
另外，还可通过产生嵌合的DNA分子来将外源蛋白从细胞分泌到生长培养基中，该嵌合的DNA分子编码的融合蛋白含有一个前导序列片段，该前导序列片段能使酵母中的外源蛋白分泌出来。较佳的，在编码的前导片段和外来基因之间宜具有能在体内或体外切割的加工位点。该前导序列片段通常编码了含有疏水性氨基酸的信号肽，其指导蛋白从细胞分泌出来。
编码合适信号序列的DNA可以从分泌性酵母蛋白的基因衍生获得，这些基因例如有酵母转化酶基因(EP-A-0 012 873；JPO.62,096,086)以及A-因子基因(美国专利4,588,684)。另外，非酵母来源的前导序列(如干扰素前导序列)的存在也能提供分泌出酵母的作用(EP-A-0 060 057)。
较佳的一类分泌前导序列采用了酵母α-因子基因的片段，其含有＂pre＂信号序列和＂pro＂区。可采用的α因子片段的类型包括全长pre-pro α因子前导序列(约83个氨基酸残基)以及截短的α-因子前导序列(通常约25至50个氨基酸残基)(美国专利4,546,083和4,870,008；EP-A-0 324 274)。采用α-因子前导片段提供分泌作用的其它前导序列包括杂合的α-因子前导序列，其由第一个酵母的pre序列以及第二个酵母α因子的pro区域组成(例如见WO 89/02463)。
通常，被酵母识别的转录终止序列是位于翻译终止密码子3′的调控区，其和启动子一起侧接在编码序列的两侧。这些序列指导mRNA的转录，而mRNA能被翻译成该DNA所编码的多肽。转录终止序列和其它酵母识别的终止序列的例子例如是编码糖酵解酶的那些转录终止序列。
上述组件，包括启动子、信号序列(如果需要的)、感兴趣的编码序列以及转录终止序列，通常被一起放在表达构建物中。表达构建物通常以复制子的形式保持，例如能在宿主(如酵母或细菌)中稳定保持的染色体外元件(如质粒)。复制子可能具有两个复制系统，从而允许其能维持在例如酵母中进行表达，并能维持在原核宿主进行克隆和扩增。这些酵母-细菌穿梭载体的例子包括YEp24[Botstein等人(1979)Gene8:17-24],pCL/1[Brake等人，(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:4642-4646]和YRp17[Stinchcomb等人(1982)J.Mol.Biol.158:157]。另外，复制子可以是高拷贝数或低拷贝数的质粒。高拷贝数质粒的拷贝数大致在约5至200之间，通常在约10至150之间。含有高拷贝数质粒的宿主宜含有至少约10个质粒，更佳的含有至少约20个质粒。根据载体以及外源蛋白对宿主的影响，可以选择高拷贝数或低拷贝数的载体。例如参见Brake等人，同上。
另外，表达构建物可以和一个整合载体一起整合入酵母基因组中。整合载体通常含有至少一个序列与酵母染色体同源，从而允许该载体整合，最好含有两个同源序列侧接该表达构建物。整合看来是载体和酵母染色体中同源DNA之间重组引起的[Orr-Weaver等人(1983)Methods in Enzymol.101:228-245]。通过选择合适的同源序列插入载体中，可以使整合载体针对酵母中某一特定的基因座。见Orr-Weaver等人，同上。可以整合入一个或多个表达构建物，这可能会影响重组蛋白产生的水平[Rine等人(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80:6750]。载体中的染色体序列可以载体中的单个片段形式存在(从而导致整个载体的整合)，或是与染色体中的相邻片段同源的两个片段，这两个片段在载体中侧接在表达构建物两侧，从而导致仅仅表达构建物稳定地整合。
通常，染色体外以及整合的表达构建物均含有可选择的标记，以便选择已经转化的酵母菌株。可选择标记可包括能在酵母宿主中表达的生物合成基因(如ADE2、HIS4、LEU2、TRP1和ALG7以及G418抗性基因)，这些基因分别赋予酵母细胞对衣霉素以及G418的抗性。另外，合适的可选择标记还可能为酵母在毒性化合物(如金属)存在下提供生长能力。例如，CUP1的存在使酵母能在铜离子存在下生长[Butt等人，(1987)Microbiol,Rev.51:351]。
另外，上述某些组件可以一起放在转化载体中。转化载体通常包含一个可选择标记，如上所述，该载体以复制子形式维持或发展成一个整合载体。
已经开发出了用于转化入许多酵母中的表达和转化载体(无论是染色体外复制子还是整合载体)。例如，已经开发出用于下列酵母菌的表达载体：白假丝酵母[Kurtz，等人，(1986)Mol.Cell.Biol.6:142]，麦芽糖念珠菌[Kunze，等人，(1985)J.BasicMicrobiol.25:141]，多形汉逊酵母[Gleeson，等人，(1986)J.Gen.Microbiol.132:3459；Roggenkamp等人，(1986)Mol.Gen.Genet.202:302]，脆壁克鲁维酵母[Das，等人，(1984)J.Bacteriol.158:1165]，乳酸克鲁维酵母[De Louvencourt等人，(1983)J.Bacteriol.l54:737；Van den Berg等人，(1990)Bio/Technology 8:135]，季也蒙毕赤酵母[Kunze等人，(1985)J.Basic Microbiol.25:141]，巴斯德毕酵母[Cregg，等人，(1985)Mol.Cell.Biol.5:3376；美国专利No.4,837,148和4,929,555]，酿酒酵母[Hinnen等人，(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 75:1929；Ito等人，(1983)J.Bacteriol.153:163]，栗酒裂植酵母[Beach和Nurse(1981)Nature 300:706]，以及Yarrowialipolytica[Davidow，等人，(1985)Curr.Genet.10:380471 Gaillardin，等人，(1985)Curr.Genet.10:49]。
将外源DNA导入酵母宿主的方法是本领域熟知的，通常包括用碱阳离子处理转化的原生质球或完整酵母细胞。转化程序通常因待转化的酵母种类而不同。例如参见，[Kurtz等人，(1986)Mol.Cell.Biol.6:142；Kunze等人，(1985)J.BasicMicrobiol.25:141；假丝酵母]；[Gleeson等人，(1986)J.Gen.Microbiol.132:3459；Roggenkamp等人，(1986)Mol.Gen.Genet.202:302；汉逊酵母]；[Das等人，(1984)J.Bacteriol.158:1165；De Louvencourt等人，(1983)J.Bacteriol.154:1165；Van denBerg等人，(1990)Bio/Technology 8:135；克鲁维酵母]；[Cregg等人，(1985)Mol.Cell.Biol.5:3376；Kunze等人，(1985)J.Basic Microbiol.25:141；美国专利No.4,837,148和4,929,555；毕赤酵母]；[Hinnen等人，(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 75；1929；Ito等人，(1983)J.Bacteriol.153:163酿酒酵母]；[Beach和Nurse(1981)Nature300:706；裂殖酵母]；[Davidow等人，(1985)Curr.Genet.10:39；Gaillardin等人，(1985)Curr.Genet.10:49；Yarrowia]。
抗体
本文所用的术语“抗体”指由至少一个抗体结合位点组成的一个或一组多肽。“抗体结合位点”是一个三维结合空间，其内表面形状和电荷分布与抗原表位的特征互补，从而使抗体与抗原结合。“抗体”例如包括，脊椎动物抗体、杂合抗体、嵌合抗体、人化抗体、经修饰的抗体、单价抗体、Fab蛋白以及单结构域抗体。
针对本发明蛋白的抗体可用于亲和层析、免疫试验以及区别/鉴定奈瑟球菌蛋白。
针对本发明蛋白的多克隆和单克隆抗体可用常规方法制得。通常，首先用蛋白来免疫合适的动物，较佳的是小鼠、大鼠、家兔或山羊。由于可获得的血清体积多，能获得标记的抗家兔和抗山羊抗体，因此对于制备多克隆抗血清来说，家兔和山羊是较佳的。免疫通常这样进行：将蛋白混合或乳化到盐水(较佳的是佐剂如Freund完全佐剂)中，然后肠胃外(通常是皮下或肌内)注射该混合物或乳剂。每次注射50-200微克的剂量就足够了。2-6周后用盐水(较佳的是用Freund不完全佐剂)配的蛋白质注射一次或多次以强化免疫。另外可以用本领域已知的方法进行体外免疫来产生抗体，从本发明的目的来看，认为其与体内免疫等效。将免疫后的动物血液抽取到玻璃或塑料容器中，25℃培育该血液1小时，然后4℃培育2-18小时，获得多克隆抗血清。离心(例如1000g 10分钟)回收血清。家兔每次取血可获得约20-50毫升。
用Kohler和Milstein的标准方法[Nature(1975)256:495-96]或其改进方法制得单克隆抗体。通常，如上所述对小鼠或大鼠免疫。然而，并非是对动物取血然后抽提血清，而是取出脾脏(以及任选地取出几个大的淋巴结)，将其分离成单细胞。如果需要，可将细胞悬液(在除去非特异性粘附的细胞后)加入包被了蛋白质抗原的板或孔中，对脾细胞进行筛选。表达抗原特异性的膜结合免疫球蛋白的B细胞结合到板上，不象悬液其它物质那样被洗去。然后使所得B细胞或所有解离的脾细胞与骨髓瘤细胞融合形成杂交瘤，培养在选择性培养基(如次黄嘌呤、氨基蝶呤胸苷培养基，“HAT”)中。通过有限稀释接种所得杂交瘤，并测定特异性结合免疫抗原(且不结合无关抗原)的抗体的产生。然后，体外(例如在组织培养瓶或中空纤维反应器中)或体内(如小鼠腹水中)培养所选的分泌单克隆抗体的杂交瘤。
如果需要，抗体(无论是多克隆还是单克隆抗体)可用常规技术来标记。合适的标记包括荧光团、发色团、放射活性原子(具体是32P和125I)、密电子试剂、酶、以及具有特异性结合配偶的配体。酶通常靠其活性来检测。例如，辣根过氧化物酶通常是检测其将3,3′,5,5′-四甲基联苯胺(TMB)转变成蓝色的能力，可用分光光度计定量测定。“特异性结合配偶”指能以高特异性结合配体分子的蛋白质，例如抗原以及对其有特异性的单克隆抗体。其它特异性结合配偶包括生物素和亲和素或链亲和素，IgG和蛋白A，以及本领域已知的许多受体-配体对。应理解，上述内容并非要将各种标记分成不同的类，因为同一标记可在几种不同的模型中起作用。例如，125I可作为放射活性标记，或作为密电子试剂。HRP可作为酶或单抗的抗原。另外，一种物质可以和各种标记组合以获得所需的效果。例如，在实施本发明中，单抗和亲和素也需要标记，因此，可以用生物素标记单抗，并用标记了125I的亲和素检测其存在，或用标记HRP的抗生物素单抗检测其存在。其它替换和可能性对于本领域普通技术人员来说是显而易见的，所以应认作等价物属于本发明的范围。
药物组合物
药物组合物可包含本发明的多肽、抗体或核酸。该药物组合物将包含治疗有效量的本发明的多肽、抗体或多核苷酸。
本文所用的术语“治疗有效量”指治疗剂治疗、缓解或预防目标疾病或状况的量，或是表现出可检测的治疗或预防效果的量。该效果例如可通过化学标记或抗原水平来检测。治疗效果也包括生理性症状的减少，例如体温降低。对于某一对象的精确有效的量取决于该对象的体型和健康状况、病症的性质和程度、以及选择给予的治疗剂和或治疗剂的组合。因此，预先指定准确的有效量是没用的。然而，对于某给定的状况而言，可以用常规实验来确定该有效量，临床医师是能够判断出来的。
为了本发明的目的，有效的剂量为给予个体约0.01毫克/千克至50毫克/千克或0.05毫克/千克至10毫克/千克的DNA构建物。
药物组合物还可含有药学上可接受的载体。术语“药学上可接受的载体”指用于治疗剂(例如抗体、多肽、基因或其它治疗剂)给药的载体。该术语指这样一些药剂载体：它们本身不诱导产生对接受该组合物的个体有害的抗体，且给药后没有过分的毒性。合适的载体可能是大的、代谢缓慢的大分子，如蛋白质、多糖、聚乳酸(polylactic acid)、聚乙醇酸、氨基酸聚合物、氨基酸共聚物以及无活性的病毒颗粒。这些载体是本领域普通技术人员所熟知的。
本文可用的药学上可接受的盐例如有：无机酸盐，如盐酸盐、氢溴酸盐、磷酸盐、硫酸盐等；以及有机酸的盐，如乙酸盐、丙酸盐、丙二酸盐、苯甲酸盐等。在Remington′s Pharmaceutical Sciences(Mack Pub.Co.,N.J.1991)中可找到关于药学上可接受的赋形剂的充分讨论。
治疗性组合物中的药学上可接受的载体可含有液体，如水、盐水、甘油和乙醇。另外，这些载体中还可能存在辅助性的物质，如润湿剂或乳化剂、pH缓冲物质等。通常，可将治疗性组合物制成可注射剂，例如作为液体溶液或悬液；还可制成在注射前适合配入溶液或悬液中、液体载体的固体形式。脂质体也包括在药学上可接受的载体的定义中。
输药方法
一旦配成本发明的组合物，可将其直接给予对象。待治疗的对象可以是动物；尤其可以治疗人对象。
直接输送该组合物通常可通过皮下、腹膜内、静脉内或肌内注射或输送至组织间隙来实现。组合物也可输送至病灶区。其它给药方式包括口服和肺给药、栓剂和透皮或经皮肤应用(例如参见WO98/20734)、用针、基因枪或手持喷雾器(hypospray)。治疗剂量方案可以是单剂方案或多剂方案。
疫苗
本发明的疫苗可以是预后性的(即预防感染)或治疗性的(即在感染后治疗疾病)。
这些疫苗包含免疫性抗原、免疫原、多肽、蛋白或核酸，通常与“药学上可接受的载体”组合，这些载体包括本身不诱导产生对接受该组合物的个体有害的抗体的任何载体。合适的载体通常是大的、代谢缓慢的大分子，如蛋白质、多糖、聚乳酸、聚乙醇酸、氨基酸聚合物、氨基酸共聚物、脂质凝集物(如油滴或脂质体)以及无活性的病毒颗粒。这些载体是本领域普通技术人员所熟知的。另外，这些载体可作为免疫刺激剂(“佐剂”)。另外，抗原或免疫原可以和细菌类毒素(如白喉、破伤风、霍乱、幽门螺杆菌等病原体的类毒素)偶联。
增强组合物效果的较佳的佐剂包括但不局限于：(1)铝盐(alum)，如氢氧化铝、磷酸铝、硫酸铝等；(2)水包油的乳剂配方(有或没有其它特异性的免疫刺激剂，如胞壁酰肽(见下文)或细菌细胞壁成分)，例如，例(a)MF59TM(WO 90/14837；《疫苗设计：亚基和佐剂方法》第10章，编者Powell和Newman,Plenum Press 1995)，其含有5％鲨烯、0.5％吐温80和0.5％Span 85(任选地含有不同量的MTP-PE(见下文)，虽然并不需要)，用微量流化器(如110Y型微量流化器(Microfluidics,Newton,MA))制成亚微米级颗粒；(b)SAF，其含有10％鲨烯、0.4％吐温 80、5％普卢兰尼克(pluronic)嵌段聚合物L121以及thr-MDP(见下文)，微量流化成亚微米级乳剂或涡流振荡产生粒径较大的乳剂，和(c)RibiTM佐剂系统(RAS)(Ribi Immunochem,Hamilton,MT)，其含有2％鲨烯、0.2％吐温80以及取自单磷酰脂A(MPL)、二霉菌酸海藻糖酯(TDM)、和细胞壁骨架(CWS)的一种或多种细菌细胞壁组分，较佳的是MPL+CWS(DetoxTM)；(3)皂素佐剂，例如可采用StimulonTM(Cambridge Bioscience,Worcester,MA)或从其产生的颗粒，如ISCOM(免疫刺激性复合物)；(4)Freund完全佐剂(CFA)和Freund不完全佐剂(IFA)；(5)细胞因子，如白介素(如IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12等)、干扰素(如γ干扰素)、巨噬细胞集落刺激因子(M-CFS)、肿瘤坏死因子(TNF)等；以及(6)作为免疫刺激剂来增强组合物效果的其它物质。Alum和MF59TM是较佳的。
如上所述，胞壁酰肽包括但不局限于，N-乙酰-胞壁酰-L-苏氨酰-D-异谷氨酰胺(thr-MDP)、N-乙酰-去胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷氨酰胺(nor-MDP)、N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷氨酰氨酰基-L-丙氨酸-2-(1′-2′-二棕榈酰-sn-甘油-3-羟基磷酰氧)-乙胺(MTP-PE)等。
免疫原性组合物(如免疫用抗原/免疫原/多肽/蛋白质/核酸，药学上可接受的载体以及佐剂)通常含有稀释剂，如水，盐水，甘油，乙醇等。另外，辅助性物质，如润湿剂或乳化剂、pH缓冲物质等可存在于该赋形剂中。
通常，可将免疫原性组合物制成可注射剂，例如作为液体溶液或悬液；还可制成在注射前适合配入溶液或悬液、液体赋形剂的固体形式。该制剂还可乳化或包封在脂质体中，在上述药学上可接受的载体下增强佐剂效果。
用作疫苗的免疫原性组合物包含免疫学有效量的抗原性或免疫原性多肽，以及上述其它所需的组分。“免疫学有效量”指以单剂或连续剂一部分给予个体的量对治疗或预防是有效的。该用量根据所治疗个体的健康状况和生理状况、所治疗个体的类别(如非人灵长类等)、个体免疫系统合成抗体的能力、所需的保护程度、疫苗的配制、治疗医师对医疗状况的评估、及其它的相关因素而定。预计该用量将在相对较宽的范围内，可通过常规实验来确定。
传统方法是从肠胃外(皮下、肌内、或透皮/经皮肤(如WO98/20734))途径通过注射给予免疫原性组合物。适合其它给药方式的其它配方包括口服和肺制剂、栓剂和透皮应用。治疗剂量可以是单剂方案或多剂方案。疫苗可以结合其它免疫调节剂一起给予。
作为以蛋白质为基础的疫苗的备选方案是，可以采用DNA疫苗接种[例如，Robinson和Torres(1997)Seminars in Immunology 9:271-283；Donnelly等人(1997)Annu Rev.Immunol 15:617-648；见下文]。
基因输送载体
用于输送构建物的基因治疗载体可以口服或全身性给予，其中所述构建物包括本发明治疗剂的编码序列，将其输送至哺乳动物以便在哺乳动物体内表达。这些构建物可利用体内或活体外方式中的病毒或非病毒载体方法。这些编码序列的表达可用内源哺乳动物启动子或异源启动子诱导。编码序列的体内表达可以是组成型的或受调控的。
本发明包括能表达所涉及的核酸序列的基因输送载体。基因输送载体宜为病毒载体，更佳的是逆转录病毒、腺病毒、腺伴随病毒(AAV)、疱疹病毒或甲病毒载体。病毒载体还可以是星状病毒、冠状病毒、正粘病毒、乳多空病毒、副粘病毒、细小病毒、小核糖核酸病毒、痘病毒或披膜病毒的病毒载体。通常参见Jolly(1994)CancerGene Therapy 1:51-64；Kimura(1994)Human Gene Therapy 5:845-852；Connelly(1995)Human Gene Therapy 6:185-193；以及Kaplitt(1994)Nature Genetics 6:148-153。
逆转录病毒载体是本领域中熟知的，我们认为任何逆转录病毒基因治疗载体均可用于本发明，包括B、C和D型逆转录病毒、异嗜性逆转录病毒(例如NZB-X1、NZB-X2和NZB9-1(见O′Neill(1985)J.Virol.53:160)广食性逆转录病毒如MCF和MCF-MLV(见Kelly(1983)J.Virol 45:291)、泡沫病毒和慢病毒。见《RNA肿瘤病毒》第2版，Cold Spring Harbor Laboratory,1985。
逆转录病毒基因治疗载体的诸部分可从不同逆转录病毒衍生获得。例如，逆转录载体LTR可以从鼠肉瘤病毒衍生获得，tRNA结合位点可以从Rous肉瘤病毒衍生获得，包装信号从鼠白血病病毒获得，第二链的合成起点从禽类白血病病毒获得。
可将这些重组逆转录病毒导入合适的包装细胞系，用来产生转导感受态逆转录病毒载体颗粒(见美国专利5,591,624)。通过将嵌合性整合酶掺入逆转录病毒颗粒，构建逆转录病毒载体，以便将其定点整合到宿主细胞DNA中(见WO96/37626)。较佳的是重组病毒载体是复制缺陷型重组病毒。
适合与上述逆转录病毒载体一起使用的包装细胞系是本领域中熟知的，很容易制得(见WO95/30763和WO92/05266)，并能用来产生能生产重组载体颗粒的生产型细胞系(也称为载体细胞系或“VCL”)。包装细胞系宜从人亲代细胞(如HTl080细胞)或貂亲代细胞系制取，以便消除人血清的灭活作用。
用来构建逆转录病毒基因治疗载体的较佳的逆转录病毒包括禽类白血病病毒、牛白血病病毒、鼠白血病病毒、水貂细胞灶诱导病毒、鼠肉瘤病毒、网状内皮组织增殖病毒和Rous肉瘤病毒。特别佳的鼠白血病病毒包括4070A和1504A(Hartley和Rowe(1976)J Virol 19:19-25),Abelson(ATCC No.VR-999),Friend(ATCCNo.VR-245),Graffi,Gross(ATCC Nol VR-590),Kirsten,Harvey肉瘤病毒和Rauscher(ATCC No.VR-998)以及莫洛尼鼠白血病病毒(ATCC No.VR-190)。这些逆转录病毒可以从保藏机构或保藏中心如Rockville,Maryland的美国典型培养物保藏中心(ATCC)获得，或用常用的技术从已知来源分离获得。
可用于本发明的典型的已知逆转录病毒基因治疗载体包括在以下专利申请中描述的那些载体：GB2200651,EP0415731,EP0345242,EP0334301,WO89/02468；WO89/05349,WO89/09271,WO90/02806,WO90/07936,WO94/03622,WO93/25698,WO93/25234,WO93/11230,WO93/10218,WO91/02805,WO91/02825,WO95/07994,US 5,219,740,US 4,405,712,US 4,861,719,US 4,980,289,US 4,777,127,US 5,591,624.另见Vile(1993)Cancer Res 53:3860-3864；Vile(1993) Cancer Res 53:962-967；Ram(1993)Cancer Res 53(1993)83-88；Takamiya(1992)J Neurosci Res 33:493-503；Baba(1993)JNeurosurg 79:729-735；Mann(1983)Cell 33:153；Cane(1984)Proc Natl AcadSci 81:6349；以及Miller(1990) Human Gene Therapy 1。
人腺病毒基因治疗载体也是本领域中已知的，并可用于本发明。例如参见Berkner(1988)Biotechniques 6:616和Rosenfeld(1991)Science 252:431，以及WO93/07283,WO93/06223和WO93/07282。用于本发明的典型的已知的腺病毒基因治疗载体包括在上述文献以及下述专利中描述的那些例子：WO94/12649,WO93/03769,WO93/19191,WO94/28938,WO95/11984,WO95/00655,WO95/27071,WO95/29993,WO95/34671,WO96/05320,WO94/08026,WO94/11506,WO93/06223,WO94/24299,WO95/14102,WO95/24297,WO95/02697,WO94/28152,WO94/24299,WO95/09241,WO95/25807,WO95/05835,WO94/18922和WO95/09654。另外，可以采用Curiel(1992)Hum.Gene Ther.3:147-154中描述的给予和已杀死腺病毒相连的DNA的方法。本发明的基因输递载体还包括腺病毒伴随病毒(AAV)载体。用于本发明的这种载体的主要且较佳的例子是Srivastava,WO93/09239中公开的AAV-2为基的载体。最佳的AAV载体包含两个AAV反向末端重复序列，其中通过替换核苷酸对天然D-序列进行修饰，使至少5-18个天然的核苷酸(较佳的至少10-18个天然核苷酸，最佳的10个天然核苷酸)被保留下来，而D-序列其余的核苷酸缺失或被非天然核苷酸取代。AAV末端反向重复序列的天然D-序列是每个AAV反向末端重复序列中不参与HP形成的20个串联核苷酸的序列(即每一端有一个序列)。非天然的替换核苷酸可以是天然D-序列该位置中所见核苷酸除外的任何核苷酸。其它可采用典型AAV载体是pWP-19、pWN-1，两者均公开在Nahreini(1993)Gene 124:257-262中。这样的AAV的另一个例子是psub201(见Samulski(1987)J.Virol.61:3096)。另一个典型的AAV载体是Double-D ITR载体。Double-D ITR载体的构建方案公开在美国专利5,478,745中。还有其它的载体是公开在Carter的美国专利4,797,368和Muzyczka的美国专利5,139,941、Chartejee的美国专利5,474,935和Kotin的WO94/288157中的载体。可用于本发明的另一个AAV载体例子是SSV9AFABTKneo，它含有AFP增强子和白蛋白启动子，并且主要指导肝内表达。其结构和构建方案公开在Su(1996)Human GeneTherapy 7:463-470中。其它的AAV基因治疗载体在美国专利5,354,678, 5,173,414,5,139,941, 5,252,479中有所描述。
本发明的基因治疗载体还包括疱疹载体。主要且较佳的例子是含有编码胸苷激酶多肽的序列的单纯疱疹病毒载体，如公开在US5,288,641和EP0176170(Roizman)中的那些。其它典型的单纯疱疹病毒载体包括WO95/04139中公开的HFEM/ICP6-LacZ(Wistar Institute)、Geller(1988)Science 241:1 667-1669以及WO90/09441和WO92/07945中公开的pHSVlac、Fink(1992)Human Gene Therapy 3:11-19中描述的HSV Us3∷pgC-lacZ、EP 0453242(Breakefield)中描述的HSV 7134、2 RH 105和GAL4以及保藏于ATCC、保藏号为ATCC VR-977和ATCC VR-260的那些病毒。
还考虑到甲病毒基因基因治疗载体也可用于本发明。较佳的甲病毒载体是新培斯病毒载体。披膜病毒、Semliki Forest病毒(ATCC VR-67；ATCC VR-1247)、Middleberg病毒(ATCC VR-370)、Ross River病毒(ATCC VR-373；ATCC VR-1246)、委内瑞拉马脑炎病毒(ATCC VR923；ATCC VR-1250；ATCC VR-1249；ATCC VR-532)、以及在美国专利5,091,309,5,217,879以及WO92/10578中描述的那些。更具体地说，可以采用1995年3月15日提交的美国申请08/405,627、WO94/21792、WO92/10578、WO95/07994、US 5,091,309和US 5,217,879中描述的那些甲病毒载体。这些甲病毒可以从保藏机构或保藏中心如Rockville,Maryland的美国典型培养物保藏中心(ATCC)获得，或用常用的技术从已知来源分离获得。较佳的是，采用细胞毒性减少的甲病毒载体(见USSN 08/679640)。
DNA载体系统，如真核分层的(layered)表达系统也可用于表达本发明的核酸。关于真核分层的表达系统详见WO95/07994。较佳的，本发明的真核分层表达系统宜从甲病毒载体衍生获得，更佳的从新培斯病毒载体衍生获得。
适用于本发明的其它病毒载体包括：从脊髓灰质炎病毒衍生的病毒，例如ATCCVR-58以及在Evans,Nature 339(1989)385和Sabin(1973)J.Biol.Standardization 1:115中描述的那些；鼻病毒，例如ATCC VR-1110以及在Arnold(1990)J Cell Biochem L401中描述的那些；痘病毒，如金黄色痘病毒或牛痘病毒，例如ATCC VR-111和ATCCVR-2010，以及在Fisher-Hoch(1989)Proc Natl AcadSci 86:317；Flexner(1989)Ann NYAcad Sci 569:86,Flexner (1990)Vaccine 8:17；US 4,603,112,US 4,769,330以及WO89/01973中描述的那些；SV40病毒，例如ATCC VR-305以及在Mulligan(1979)Nature 277:108和Madzak(1992)J Gen Virol 73:1533中描述的那些；流感病毒，例如ATCC VR-797以及用例如US 5,166,057和Enami(1990)Proc Natl Acad Sci87:3802-3805；Enami和Palese(1991)J Virol 65:2711-2713；Luytjes(1989)Cell 59:110中所述的反基因技术制得的重组流感病毒(另见McMichael(1983)NEJ Med 309:13,Yap(1978)Nature 273:238以及Nature(1979)277:108)；EP-0386882和Buchschacher(1992)J.Virol. 66:2731中描述的人免疫缺陷病毒；麻疹病毒，例如ATCC VR-67和VR-1247，以及EP-0440219中描述的那些；奥拉病毒，例如ATCC VR-368；Bebaru病毒，例如ATCC VR-600和ATCC VR-1240；Cabassou病毒，例如ATCC VR-922；屈曲病毒，例如ATCC VR-64和ATCC VR-1241；Fort Morgan病毒，例如ATCCVR-924；Getah病毒，例如ATCC VR-369和ATCC VR-1243；Kyzylagach病毒，例如ATCC VR-927；Mayaro病毒，例如ATCC VR-66；Mucambo病毒，例如ATCC VR-580和ATCC VR-1244；Ndumu病毒，例如ATCC VR-371；Pixuna病毒，例如ATCC VR-372和ATCC VR-1245；Tonate病毒，例如ATCC VR-925；Triniti病毒，例如ATCC VR-469；Una病毒，例如ATCC VR-374；Whataroa病毒，例如ATCC VR-926；Y-62-33病毒，例如ATCC VR-375；O′Nyong病毒，东部脑炎病毒，例如ATCC VR-65和ATCCVR-1242；西部脑炎病毒，例如ATCC VR-70,ATCC VR-1251,ATCC VR-622和ATCCVR-1252；和冠状病毒，例如ATCC VR-740和在Hamre(1966)Proc Soc Exp Biol Med121:190中描述的那些。
将本发明的组合物输送至细胞内并不局限于上述病毒载体。还可采用其它输送方法和介质，例如核酸表达载体、与已被杀死的腺病毒相连或不相连的单独的聚阳离子凝缩的DNA(例如参见1994年12月30日美国申请No.08/366,787和Curiel(1992)Hum Gene Ther 3:147-154)、配体连接的DNA(例如参见Wu(1989)J.Biol.Chem.264:16985-16987)、真核细胞输送载体细胞(例如参见1994年5月9日提交的美国申请No.08/240,030以及美国申请No.08/404,796)、光聚合水凝胶材料的沉淀、手提式基因转移颗粒枪(如美国专利5,149,655所述)、电离辐射(如US5,206,152和WO92/11033所述)、核电荷中和或与细胞膜融合。其它方法在Philip(1994)Mol CellBiol 14:2411-2418以及Woffendin(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.91:1581-1585中有所描述。
可以采用颗粒介导的基因转移，例如参见美国申请No.60/023,867。简言之，可将序列插入含有控制高水平表达的常规序列的常规载体中，然后和合成性基因转移分子一起培育，这些基因转移分子例如是聚合性DNA-结合阳离子(如聚赖氨酸、鱼精蛋白和白蛋白)，其与细胞寻靶配体(如脱唾液酸血清类粘蛋白(如Wu和Wu(1987)J.Biol.Chem.262:4429-4432所述)、胰岛素(如Hucked(1990)Biochem Pharmacol40:253-263所述)、半乳糖(如Plank(1992)Bioconjugate Chem 3:533-539所述)、乳糖或运铁蛋白)相连。
还可使用裸露的DNA。典型的裸露DNA导入方法在WO 90/11902和US 5,580,859中有所描述。用可生物降解的乳胶珠可以改善摄取效果。在对珠粒的胞吞作用开始后，DNA包被的乳胶珠粒被有效地运输到细胞中。通过处理珠粒以提高其疏水性可进一步改进该方法，从而帮助破坏核内体和将DNA释放到细胞质中。
可作为基因输送载体的脂质体在US 5,422,120,WO95/13796,WO94/23697,WO91/14445和EP-524,968中有所描述。如USSN 60/023,867中所描述的，在非病毒输送时，可将编码多肽的核酸序列插入含有控制高水平表达的常规序列的常规载体中，然后和合成性基因转移分子一起培育，这些基因转移分子例如是聚合性DNA-结合阳离子(如聚赖氨酸、鱼精蛋白和白蛋白)，其与细胞寻靶配体(如脱唾液酸血清类粘蛋白、胰岛素、半乳糖、乳糖或运铁蛋白)相连。其它输送系统包括采用脂质体来包裹DNA，该DNA所含基因在各种组织特异性或活性普遍存在的启动子控制下。适用的其它非病毒输送系统包括机械输送系统，如Woffendin等人(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91(24):11581-11585中描述的方法。另外，该系统的编码序列和表达产物可以通过光聚合的水凝胶材料的沉淀来输送。可用来输送编码序列的其它基因输送常规方法例如包括，用手提式基因转移颗粒枪(如美国专利5,149,655所述)；用电离辐射来激活转移的基因(如US 5,206,152和WO92/11033所述)。
典型的脂质体和聚阳离子基因输送载体在下列文献中有所描述：US 5,422,120和4,762,915；WO95/13796；WO94/23697；WO91/14445；EP-0524968；Stryer,Biochemistry,236-240页(1975)W.H.Freeman,San Francisco；Szoka(1980)BiochemBiophys Acta 600:1；Bayer(1979)Biochem Biophys Acta 550:464；Rivnay(1987)MethEnzymol 149:119；Wang(1987)Proc NatlAcad Sci 84:7851；Plant(1989)Anal Biochem176:420。
多核苷酸组合物可包含治疗有效量的基因治疗载体，其定义如上所述。出于本发明的目的，有效的剂量是给予个体约0.01毫克/千克至50毫克/千克或0.05毫克/千克至10毫克/千克的DNA构建物。
输送方法
一旦配制成后，本发明的多核苷酸组合物可以以下三种方式给予：(1)直接给予对象；(2)活体外输送至从对象衍生获得的细胞；或(3)体外表达重组蛋白。待处理的对象可以是哺乳动物或鸟类。另外，也可对人进行治疗。
直接输送该组合物通常可通过皮下、腹膜内、静脉内或肌内注射或输送至组织间隙来实现。组合物也可输送至病灶区。其它给药方式包括口服和肺给药、栓剂和透皮或经皮肤应用(例如参见WO98/20734)、用针、基因枪或手持喷雾器(hypospray)。治疗剂量方案可以是单剂方案或多剂方案。
活体外输送以及将转化的细胞重新植入对象体内的方法是本领域所熟知的，在例如WO93/14778中有所描述。用于活体外应用的细胞例子包括例如干细胞、尤其是造血细胞、淋巴细胞、巨噬细胞、树突细胞或肿瘤细胞。
通常，对于活体外和体外应用，核酸的输送可通过以下步骤来实现，例如有葡聚糖介导的转染、磷酸钙沉淀、Polybrene介导的转染、原生质体融合、电穿孔、将多核苷酸包囊在脂质体中以及将DNA直接显微注射到胞核中，所有这些均是本领域所熟知的。
多核苷酸和多肽药物组合物
除了上述的药学上可接受的载体和盐外，多核苷酸和多肽组合物中还可采用下列附加试剂。
A．多肽
一个例子是多肽，其包括但不局限于：脱唾液酸血清类粘蛋白(ASOR)；运铁蛋白；脱唾液酸糖蛋白；抗体；抗体片段；铁蛋白；白介素；干扰素；粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)；粒细胞集落刺激因子(G-CSF)、巨噬细胞集落刺激因子(M-CSF)、干细胞因子和促红细胞生成素。还可使用病毒抗原，如包膜蛋白。另外，可用来自其它侵袭性生物的蛋白，例如疟原虫恶性疟疾的环孢子蛋白的17个氨基酸的肽(称为RⅡ)。
B．激素，维生素等
其它可包括的种类例如是：激素、类固醇、雄激素、雌激素、甲状腺激素或维生素、叶酸。
C．聚亚烷基、多糖等
另外，聚(亚烷基)二醇可以和所需的多核苷酸/多肽组合在一起。在一个较佳的实施方案中，聚(亚烷基)二醇是聚乙二醇。另外，可以加入单糖、二糖或多糖。在此方面的一个较佳实施方案中，多糖是葡聚糖或DEAE-葡聚糖。另外有脱乙酰壳多糖和聚交酯-聚乙醇酸内酯共聚物。
D．脂质和脂质体
所需的多核苷酸/多肽还可在输送给对象或对象衍生的细胞之前包裹在脂质中或包裹在脂质体中。
脂质包裹通常用能稳定结合或捕获并保留核酸的脂质体来实现。浓缩的多核苷酸与脂质制剂之比可以变化，但是通常在约1∶1(毫克DNA∶微摩尔脂质)之间，或脂质更多。关于脂质体作为输送核酸的载体的综述参见Hug和Sleight(1991)Biochim.Biophys.Acta.1097:1-17；Straubinger(1983)Meth.Enzymol.101:512-527。
用于本发明的脂质体制剂包括阳离子(带正电荷)、阴离子(带负电荷)和中性制剂。阳离子脂质体已经显示出能以有功能的形式介导质粒DNA的胞内输送(Felgner(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:7413-7416)；mRNA(Malone(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:6077-6081)；和纯化的转录因子(Debs(1990)J.Biol.Chem.265:10189-10192)。
阳离子脂质体很容易购得。例如，N[1-2,3-二油烯基氧)丙基]-N,N,N-三乙铵(DOMTA)脂质体可以Lipofectin的商品名从GIBCO BRL,GrandIsland,NY购得。(另见Felgner，同上)。其它市售的脂质体包括transfectace(DDAB/DOPE)和DOTAP/DOPE(Boerhinger)。其它阳离子脂质体可用本领域熟知的方法从易购得的材料制得。例如参见，Szoka(1978)PNAS 75:4194-4198；WO90/11092关于DOTAP(1,2-二(油酰基氧)-3-(三甲基铵溶)丙烷)脂质体合成的描述。
同样，阴离子和中性脂质体也是容易获得的，例如购自Avanti PolarLipids(birmingham,AL)，或容易用易购得的材料制得。这种材料包括磷脂酰胆碱、胆固醇、磷脂酰乙醇胺、二油酰基磷脂酰胆碱(DOPC)、二油酰基磷脂酰甘油(DOPG)、二油酰基磷脂酰乙醇胺(DOPE)。这些材料还能以合适比例与DOTMA和DOTAP原料混合。用这些材料制备脂质体的方法是本领域熟知的。
脂质体可包含多层脂质体(MLV)，小的单层脂质体(SUV)、或大的单层脂质体(LUTV)。各种脂质体-核酸复合物可用本领域已知的方法制得。例如参见Straubinger(1983)Meth.Immunol.101:512-527；Szoka(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.USA75:4194-4198；Papahadjopoulos(1975)Biochim.Biophys.Acta 394:483；Wilson(1979)Cell 17:77)；Deamer和Bangham(1976)Biochim.Biophys.Acta 443:629；Ostro(1977)Biochem.Biophys.Res.Commun.76:836；Fraley(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.USA76:3348)；Enoch和Strittmatter(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 76:145；Fraley(1980)J.Biol.Chem.(1980)255:10431；Szoka和Papahadjopoulos(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 75:145；以及Schaefer-Ridder(l982)Science 215:166。
E．脂蛋白
另外，脂蛋白也可加入待输送的多核苷酸/多肽中。采用的脂蛋白的例子包括：乳糜微粒、HDL、IDL、LDL和VLDL。还可采用这些蛋白的突变体、片段或融合物。另外，可采用天然存在的脂蛋白的修饰物，例如乙酰化的LDL。这些脂蛋白能使多核苷酸的输送指向表达脂蛋白受体的细胞。较佳的，如果待输送的多核苷酸中加入了脂蛋白，则组合物中不加入其它寻靶的配体。
天然存在的脂蛋白包含脂质和蛋白部分。蛋白部分称为脱辅基蛋白。目前，已经分离并鉴定出了脱辅基蛋白A、B、C、D和E。其中至少有两个含有几种蛋白，用罗马数字AⅠ、AⅡ、AⅣ；CⅠ、CⅡ、CⅢ命名。
脂蛋白可包含多个脱辅基蛋白。例如，天然存在的乳糜微粒包含A、B、C和E，随着时间的推移，这些脂蛋白失去A，得到C和E脱辅基蛋白。VLDL包含A、B、C、和E脱辅基蛋白，LDL包含脱辅基蛋白B；HDL包含脱辅基蛋白A、C和E。
这些脱辅基蛋白的氨基酸是已知的，并且在下列文献中有所描述：Breslow(1985)Annu Rev.Biochem 54:699；Law(1986)Adv.Exp Med.Biol.151:162；Chen(1986)J BiolChem 261:12918；Kane(1980)Proc Natl Acad Sci USA 77:2465；and Utermann(1984)Hum Genet 65:232。
脂蛋白含有各种脂质，包括甘油三酯、胆固醇(游离的和酯型)以及磷脂。天然存在的脂蛋白中脂质的组成是不同的。例如，乳糜微粒主要含甘油三酯。关于天然存在的脂蛋白的脂质含量更详细的描述可在例如Meth.Enzymol.128(1968)中找到。选择脂质的组成，以使脱辅基蛋白的构型与受体结合活性相符。还可选择脂质的组成，以促进与多核苷酸结合分子的疏水性相互作用和结合。
天然存在的脂蛋白可以用诸如超离心的方法从血清中分离出来。这些方法在Meth.Enzymol.(同上)；Pitas(1980)J.BioChem.255:5454-5460以及Mahey(1979)J Clin.Invest 64:743-750中有所描述。脂蛋白还可在体外产生，或通过在所需宿主细胞中表达脱辅基蛋白基因的重组方法产生。例如参见Atkinson(1986)Annu Rev Biophys Chem15:403和Radding(1958)Biochim Biophys Acta 30:443。脂蛋白也可购自商业供应商，如Biomedical Techniologies,Inc.,Stoughton,Massachusetts,USA。关于脂蛋白的进一步描述可在Zuckermann等人的PCT/US97/14465中找到。
F．聚阳离子试剂
聚阳离子试剂可以与或不与脂蛋白一起包括在含所需待输送多核苷酸/多肽的组合物中。
聚阳离子试剂通常在生理性相关的pH下表现出净的正电荷，并能中和核酸的电荷，以有助于输送至所需位置。这些试剂具有体外、活体外和体内的用途。聚阳离子试剂可用来将核酸通过肌内或皮下等输送至活的对象。
下面是用作聚阳离子试剂的多肽例子：聚赖氨酸、聚精氨酸、聚鸟氨酸和鱼精蛋白。其它例子包括组蛋白、鱼精蛋白、人血清白蛋白、DNA结合蛋白、非组蛋白染色体蛋白、DNA病毒的外壳蛋白，如(X174，转录因子还含有结合DNA的结构域，因此可用作核酸浓缩剂。简言之，转录因子如C/CEBP、c-jun、c-fos、AP-1、AP-2、AP-3、CPF、Prot-1、Sp-1、Oct-1、Oct-2、CREP、和TFIID含有结合DNA序列的基础性结构域。
聚阳离子有机试剂包括：精胺、亚精胺和腐胺。
从上面的清单可以推出聚阳离子试剂的尺寸和生理性能，以构建其它多肽聚阳离子试剂或产生合成的聚阳离子试剂。
可采用的合成的聚阳离子试剂例如包括，DEAE-葡聚糖、poiybrene。LipofectinTM和lipofectAVINETM是和多核苷酸/多肽组合时形成聚阳离子复合物的单体。
免疫诊断试验
本发明的奈瑟球菌抗原可用于免疫试验来检测抗体水平(或相反，可用抗奈瑟球菌抗体来检测抗原水平)。根据明确的免疫试验，可以开发出重组抗原，以代替侵入性诊断性方法。针对生物学样品(例如包括血液或血清样品)中的奈瑟球菌蛋白的抗体可以被检测出来。免疫试验的设计可作很大变化，其各种方案均是本领域中已知的。免疫试验的方案可采取例如竞争性、或直接反应或夹心型试验。方案例如还可采用固体支持物，或可以采用免疫沉淀法。大多数试验涉及采用有标记的抗体或多肽；该标记例如可以是荧光标记、化学发光标记、放射活性标记或染料分子。扩增探针信号的试验也是已知的；其例子是采用生物素和亲和素的试验，酶标记的和介导的免疫试验，如ELISA试验。
将合适的材料(包括本发明的组合物)以及进行试验所需的其它试剂和材料(例如合适的缓冲液、盐溶液等)和合适的试验说明包装到合适的容器中，构成适用于免疫诊断且含有适当标记的试剂的试剂盒。
核酸杂交
“杂交”指两个核酸序列相互之间通过氢键而结合。通常，一个序列被固定到固体载体中，另一个将游离于溶液内。然后，在有利于形成氢键的条件下使两个序列相互接触。影响这种结合的因素包括：溶剂的类型和体积；反应温度；杂交时间；搅拌程度；封闭液相序列与固体载体非特异性连接的试剂(Denhardt′s试剂或BLOTTO)；序列的浓度；是否用化合物来增加序列结合的速度(硫酸葡聚糖或聚乙二醇)；以及杂交后洗涤条件的严谨程度。见Sambrook等人[同上]第2卷，第9章，9.47至9.57页。
“严谨性”指有利于非常相似的序列与不同序列发生结合的杂交反应条件。例如，应选择温度和盐浓度组合，使温度比所研究的杂交物的Tm计算值低大约120至200℃。温度和盐浓度常可在前期初步实验中通过经验来确定，在初步实验中，固定在滤膜上的基因组DNA样品与感兴趣的序列杂交，然后在不同的严谨度条件下洗涤。见Sambrook等人第9.50页。
在进行例如Southern印迹时，要考虑的参数是(1)待印迹的DNA的复杂性以及(2)探针与受检测序列之间的同源性。对于高度复杂的真核基因组中的单拷贝基因，待研究片段的总量可以在10的一个数量级范围内变化，质粒为0.1至1微克，或将噬菌体消化至10-9至10-8克。对于复杂性较低的多核苷酸，可以采用实际上更短的印迹、杂交以及接触时间，更少量的起始多核苷酸，以及比活更低的探针。例如，从1微克酵母DNA开始，用仅仅1小时的接触时间，印迹2小时，然后和108cpm/μg的探针杂交4-8小时，就可以检测单拷贝酵母基因。对于单拷贝哺乳动物基因而言，一种保守的方法是从10微克DNA开始，印迹过夜，在10％硫酸葡聚糖存在下用108cpm/μg以上的探针杂交过夜，导致接触时间约为24小时。
有几个因素可能会影响探针与感兴趣片段之间的DNA-DNA杂合物的解链温度(Tm)，因而影响杂交和洗涤的合适条件。在许多情况下，探针并非与片段100％同源。其它常常遇到的变量包括杂交序列的长度和G+C总含量，以及杂交缓冲液的离子强度和甲酰胺含量。所有这些因素的作用可近似表示成一个方程式：
Tm=81+16.6(log10Ci)+0.4[％(G+C)]-0.6(％甲酰胺)-600/n-1.5(％错配)其中Ci是盐浓度(单价离子)，n是杂交物碱基对的长度(对Meinkoth和Wahl(1984)Anal.Biochem.138:267-284中的稍稍作了修改)。
在设计杂交实验时，影响核酸杂交的一些因素可以方便地予以改变。杂交和洗涤时的温度以及洗涤时的盐浓度的调节最为简单。随着杂交温度(即严谨度)的升高，不同源的链之间发生杂交的可能性变得更少，结果背景值降低。如果放射性标记的探针并非与固定的片段完全同源(这在基因家族和种间杂交实验中是常见的)，则必须降低杂交温度，而背景值将会增加。洗涤温度以类似的方式影响杂交带的强度和背景值的程度。洗涤的严谨性也随盐浓度的降低而升高。
通常，在50％甲酰胺存在下的方便的杂交温度是:对于靶片段同源性达95％至100％的探针而言，是42℃；对于同源性为90％至95％的探针，为37℃；对于同源性为85％和90％的探针，为32℃。对于较低的同源性，应用上述方程式应相应地降低甲酰胺含量和调节温度。如果探针和靶片段之间的同源性是未知的，则最简单的方法是从非严谨的杂交和洗涤条件开始。如果在放射自显影后发现了非特异性的条带或高背景值，则可在高严谨性下洗涤滤膜，并重新曝光。如果曝光所需时间使得该方法不切实际，则应平行测试几个杂交和/或洗涤严谨性。
核酸探针试验
采用本发明的核酸探针的方法(如PCR、分支DNA探针试验或印迹技术)能确定cDNA或mRNA的存在。如果探针和本发明的序列能形成稳定地足以被检测到的双链体或双链复合物，则称探针与本发明的序列“杂交”。
核酸探针将与本发明的奈瑟球菌核苷酸序列(包括有义和反义链)杂交。尽管有许多不同的核苷酸序列编码该氨基酸序列，但是天然的奈瑟球菌序列是较佳的，因为它是实际存在于细胞中的序列。mRNA代表一种编码序列，因此探针应与该编码序列互补；单链cDNA与mRNA互补，因此cDNA探针应与非编码序列互补。
探针序列无需和奈瑟球菌序列(或其互补体)相同，序列以及长度的一些差异能增加试验的灵敏度，如果核酸探针能和靶核苷酸形成能被检测的双链体的话。另外，核酸探针可包括其它核苷酸，以使形成的双链体稳定。其它奈瑟球菌序列也是有帮助的，可作为检测形成的双链体的标记。例如，非互补的核苷酸序列可以和探针的5′端相连，探针序列的其余部分与奈瑟球菌序列互补。或者，非互补的碱基或较长的序列能散布到探针中，只要探针序列与奈瑟球菌序列有足够的互补性以便与其杂交从而形成能被检测的双链体。
探针的确切长度和序列将取决于杂交条件，如温度，盐浓度等。例如，对于诊断应用，根据分析物序列的复杂程度，核酸探针通常含有至少10-20个核苷酸，较佳的有15-25个，更佳的有至少30个核苷酸，但是也可短于该长度。短的引物通常需要温度较低，以便和模板形成足够稳定的杂交复合物。
探针可用合成方法产生，例如Matteucci等人[J.Am.Chem.Soc.(1981)103:3185]的方法或Urdea等人[Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1983)80:7461]的方法，或用市售的自动寡核苷酸合成仪合成。
可以根据偏好选择探针的化学特征。对于某些应用，DNA或RNA是合适的。对于其它的应用，可以加入修饰，例如骨架修饰，如硫代磷酸酯或甲基磷酸酯，可用来增加体内半衰期，改变RNA亲和力，增加核酸酶抗性等[例如参见Agrawal和Iyer(1995)Curr Opin Biotechnol 6:12-19；Agrawal(1996)TIBTECH 14:376-387]；还可采用类似物如肽核酸[例如参见Corey(1997)TIBTECH 15:224-229；Buchardt等人(1993)TIBTECH 11:384-386]。
另外，聚合酶链反应(PCR)是另一个熟知的检测少量靶核酸的手段。该试验在Mullis等人[Meth.Enzymol.(1987)155:335-350]；美国专利4,683,195和4,468,202中有所描述。用两个“引物”核苷酸与靶核酸杂交，并用来引导反应。引物可包含不与扩增靶序列(或其互补序列)杂交的序列，以帮助双链体的稳定性，或例如可插入一个简便的限制性位点。这些序列通常侧接所需的奈瑟球菌序列。
利用最初的靶核酸作为模板，热稳定的聚合酶能从引物产生靶核酸的拷贝。在聚合酶产生临界量的靶核酸后，它们可用较传统的方法(如Southern印迹)来检测。当采用Southern印迹方法后，标记的探针将与奈瑟球菌序列(如其互补序列)杂交。
另外，mRNA或cDNA也可用Sambrook等人[同上]中描述的传统印迹技术来检测。用凝胶电泳可纯化并分离利用聚合酶从mRNA产生的mRNA或cDNA。然后，将凝胶上的核酸印迹到固体载体如硝酸纤维素上。使固体载体与标记的探针接触，然后洗涤除去所有未杂交的探针。然后，检测含有标记探针的双链体。该探针通常用放射活性物质作标记。
附图简述
图1-20显示了实施例中，和ORF 37、5、2、15、22、28、32、4、61、76、89、97、106、138、23、25、27、79、85以及132的序列分析所得的生化数据。M1和M2是分子量标记。箭头表示主要重组产物的位置，或在Western印迹中，主要的脑膜炎奈瑟球菌免疫反应性条带的位置。TP表示脑膜炎奈瑟球菌总蛋白抽提物；OMV表示脑膜炎奈瑟球菌外膜泡囊制备物。在杀菌试验的结果中：菱形(◆)表示免疫前的数据；三角(▲)表示GST对照数据；圆圈(●)表示脑膜炎奈瑟球菌重组蛋白的数据。计算机分析显示了亲水性曲线(上方)、抗原性指数曲线(中间)以及AMPHI分析(下方)。用AMPHI程序预测T-细胞表位[Gao等人(1989)J.Immunol.143:3007；Roberts等人(1996)AIDS Res Hum Retrovir 12:593；Quakyi等人(1992)Scand J Immunol增版11:9]，该程序可从DNASTAR,Inc(1228 South Park Street,Madison,Wisconsin 53715USA)的Protean软件包中获得。
实施例
下列实施例描述已经在脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌中鉴定的核酸序列及其推定的翻译产物。并非所有的核酸序列都是完整的，即它们编码的不是全长野生型蛋白。
实施例总体上采用下列形式：
●脑膜炎奈瑟球菌(B株)中已经鉴定的核苷酸序列
●该序列推定的翻译产物
●根据数据库比较用计算机分析翻译产物
●脑膜炎奈瑟球菌(A株)以及淋病奈瑟球菌中鉴定的对应的基因和蛋白序列
●可能具有适当抗原性的蛋白的特性描述
●生物化学分析(表达、纯化、ELISA、FACS等)的结果
实施例通常包括菌株和菌株之间的序列相同性细节情况。序列相似的蛋白其结构和功能通常是相似的，序列相同性通常表示有共同的进化起源。广泛采用功能已知的蛋白序列之间的比较，作为赋予其新序列推定蛋白功能的指南，在全基因组分析中证明这是特别有用的。
在NCBI(http:∥www.ncbi.nlm.nih.gov)用BLAST、BLAST2、BLASTn、BLASTp、tBLASTn、BLASTx、和tBLASTx算法进行序列比较[例如参见Altschul等人(1997)＂Gapped BLAST和PSI-BLAST：新一代的蛋白数据库搜索程序＂Nucleic AcidsResearch 25:2289-3402]。对下列数据库进行搜索：非冗长的GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列和非冗长的GenBank CDS翻译+PDB+SwissProt+SPupdate+PIR序列。
为了比较脑膜炎球菌和淋球菌序列，用tBLASTx算法，在http:∥www.genome.ou.edu/gono_blast.html中执行。还用FASTA算法来比较ORF(购自GCG Wisconsin Package,9.0版)。
核苷酸序列中的点(例如SEQ ID 11中的495位)代表为了维持读码框而任意导入的核苷酸。同样，除去带双划线的核苷酸。小写字母(如SEQ ID 11的496位)代表在独立测序反应的序列对比时出现了多义性(实施例中的一些核苷酸序列是通过合并两个或多个实验的结果而获得的)。
用根据Esposti等人[＂膜蛋白亲水性的关键评价＂(1990)Eur J Biochem 190:207-219]的统计研究的算法，扫描所有6个读码框中的核苷酸序列，以预测疏水性区域的存在。这些结构域代表潜在的跨膜区域或疏水性前导序列。
用ORFFINDER程序(NCBI)从片段化的核苷酸序列预测开放读框。
有下划线的氨基酸序列代表用PSORT算法(http:∥www.psort.nibb.ac.jp)估测出的ORF中可能的跨膜区域或前导序列。还用MOTIFS程序(GCG Wisconsin和PROSITE)预测了功能性结构域。
可用各种试验来评价实施例中鉴定的蛋白的体内免疫原性。例如，可以重组表达蛋白，并用于免疫印迹筛选患者血清。蛋白和患者血清之间发生阳性反应表明该患者以前已经建立了对该所述蛋白的免疫应答，即该蛋白是免疫原。该方法还可用来鉴定免疫优势蛋白。
重组蛋白还可方便地用来例如在小鼠中制备抗体。这些抗体可用来直接确认蛋白位于细胞表面。将标记的抗体(例如对于FACS为荧光标记)与完整的细菌培育，细菌表面出现标记确认了该蛋白的位置。
具体地说，采用下列方法(A)至(S)，来表达、纯化和分析本发明蛋白的生物化学特性：
A)染色体DNA制备
使脑膜炎奈瑟球菌2996菌株在100毫升GC培养基中生长至指数期，离心收获，重悬于5毫升缓冲液(20％蔗糖、50毫摩尔Tris-HCl、50毫摩尔EDTA、pH 8)中。冰上培育10分钟后，加入10毫升裂解溶液(50毫摩尔NaCl,1％Na-十二烷基肌氨酸钠，50微克/毫升蛋白酶K)裂解该细菌，37℃培育悬液2小时。用苯酚抽提两次(平衡至pH 8)，用三氯甲烷/异戊醇(24∶1)抽提一次。加入0.3M乙酸钠和2体积乙醇，使DNA沉淀，离心收集。用70％乙醇洗涤沉淀一次，重新溶解在4毫升缓冲液(10毫摩尔Tris-HCl,1毫摩尔EDTA,pH 8)中。读取260纳米下OD值，测定DNA浓度。
B)寡核苷酸设计
用(a)脑膜炎球菌B的序列(当能获得时)，或(b)淋球菌/脑膜炎球菌A序列(按需适应于脑膜炎球菌密码子偏好利用率)，根据各ORF的编码序列，设计合成的寡核苷酸引物。推导紧靠预计的前导序列下游5′端扩增引物序列，忽略任何预计的信号肽。
对于大多数ORF,5′引物包括两个限制性酶识别位点(BamHⅠ-NdeⅠ,BamHⅠ-NheⅠ或EcoRⅠ-NheⅠ，这取决于基因自身的限制性方式)；3′引物包括一个XhoⅠ限制性位点。建立该步骤是为了指导各扩增产物(对应于各ORF)克隆到以下两个不同的表达系统中：pGEX-KG(用BamHⅠ-XhoⅠ或EcoRⅠ-XhoⅠ)，以及pET21b+(用NdeⅠ-XhoⅠ或NheⅠ-XhoⅠ)。
5’-端引物尾序列：  CGCGGATCCCATATG        (BamHⅠ-NdeⅠ)
                    CGCGGATCCGCTAGC        (BamHⅠ-NheⅠ)
                    CCGGAATTCTAGCTAGC      (EcoRⅠ-NheⅠ)
3’-端引物尾序列：  CCCGCTCGAG             (XhoⅠ)
对于ORF5、15、17、19、20、22、27、28、65和69，进行两个不同的扩增，将各ORF克隆到两个表达系统中。对于各ORF采用两个不同的5′引物；如前采用了同一3′XhoⅠ引物：
5’-端引物尾序列：  GGAATTCCATATGGCCATGG    (NdeⅠ)
5’-端引物尾序列：CGGGATCC           (BamHⅠ)
ORF76被克隆到pTRC表达载体中，并表达成氨基端His-tag融合。在该具体情况中，预计的信号肽包括在最终产物中。用下列引物掺入NheⅠ-BamHⅠ限制性位点：
5’-端引物尾序列：GATCAGCTAGCCATATG       (MheⅠ)
3’-端引物尾序列：CGGGATCC                (BamHⅠ)
引物不仅含有限制性酶识别序列，而且还包括与待扩增序列杂交的核苷酸。杂交核苷酸的数目取决于整个引物的解链温度，对于各引物可用下式测定：
Tm=4(G+C)+2(A+T)                      (排除尾部)
Tm=64.9+0.41(％GC)-600/N              (整个引物)
对于整个寡核苷酸来说，所选寡核苷酸的平均解链温度为65-70℃，对于单单杂交区来说，平均解链温度为50-55℃。
表1(511页)显示了用于各种扩增的正向和反向引物。在某些情况下，应注意引物的序列没有与ORF中的序列完全匹配。在进行最初的扩增时，一些脑膜炎球菌ORF的完整的5′和/或3′序列并不是已知的，但是已经鉴定了其在淋球菌中的对应序列。为了进行扩增，可用淋球菌序列作为引物设计的根据，考虑密码偏好作了改变。具体地说，改变下列密码子：ATA→ATT；TCG→TCT；CAG→CAA；AAG→AAA；GAG→GAA；CGA→CGC；CGG→CGC；GGG→GGC。表1中的斜体核苷酸表明这种变化。应理解，一旦鉴定出了完整的序列，就不再需要该方法了。
用Perkin Elmer 394 DNA/RNA合成仪合成寡核苷酸，用2毫升氢氧化铵从柱上洗脱下，56℃培育5小时去保护。加入0.3M乙酸钠和2体积乙醇，使寡核苷酸沉淀。然后离心样品，将沉淀重悬于100微升或1毫升水中。用Perkin ElmerλBio分光光度计测定OD260，测得浓度，调节至2-10pmol/微升。
C)扩增
标准的PCR程序如下：在20-40微摩尔各寡核苷酸、400-800微摩尔dNTP溶液、1x PCR缓冲液(包括1.5毫摩尔氯化镁)、2.5单位TaqⅠ DNA聚合酶(用Perkin-ElmerAmpliTaQ,GIBCO Platinum,Pwo DNA聚合酶或Tahara Shuzo Taq聚合酶)存在下，用50-200ng基因组DNA作为模板。
在一些例子中，通过加入10微升DMSO或50微升2M甜菜碱来优化PCR。
在加热开始后(在最初的95℃培育整个混合物3分钟期间加入聚合酶)，每个样品经历两个步骤的扩增：开头5轮的进行用排除限制性酶尾部的寡核苷酸的解链温度作为杂交温度，随后的30轮根据全长寡核苷酸的杂交温度来进行。这些轮后是最后在72℃下延伸10分钟。
标准循环如下：
    变性     杂交     延伸
    前5轮     30秒95℃     30秒50-55℃     30-60秒72℃
    后30轮     30秒95℃     30秒65-70℃     30-60秒72℃
延伸时间随待扩增ORF的长度不同而不同。
扩增用9600或2400 Perkin Elmer GeneAmp PCR系统进行。为了检查结果，将1/10的扩增体积装载到1-1.5％琼脂糖凝胶上，将各扩增片段的大小与DNA分子标记作比较。
将扩增的DNA直接上样到1％琼脂糖凝胶上，或是先用乙醇沉淀，然后重悬于合适的体积中，上样到1％琼脂糖凝胶上。然后用Qiagen凝胶抽提试剂盒按照生产商说明从凝胶中洗脱并纯化获得对应于大小正确条带的DNA片段。该DNA片段的最终体积为30微升或50微升的水，或10毫摩尔Tris,pH 8.5。
D)PCR片段的消化
将对应于扩增片段的纯化的DNA分成2等份，用以下物质进行双重消化：
-NdeⅠ/XhoⅠ或NheⅠ/XhoⅠ，用于克隆到pET-21b+中，该蛋白进一步表达成C-端His-尾融合物
-BamHⅠ/XhoⅠ或EcoRⅠ/XhoⅠ，用于克隆到pGEX-KG中，该蛋白进一步表达成N-端GST融合物
-对于ORF76,NheⅠ/BamHⅠ，用于克隆到pTRC-HisA载体中，该蛋白进一步表达成N-端His-尾融合物
-EcoRⅠ/PstⅠ,EcoRⅠ/SalⅠ,SalⅠ/PstⅠ，用于克隆到pGex-His中，该蛋白进一步表达成N-端His-尾融合物
在合适的缓冲液存在下，使各纯化的DNA片段与20单位的各种限制性酶(NewEngland Biolabs)在30或40微升的最终体积中培育(37℃培育3小时至过夜)。然后用QIAquiek PCR纯化试剂盒按照生产商说明书纯化消化产物，洗脱到最终体积为30微升或50微升的水中或10毫摩尔Tris-HCl,pH 8.5中。在滴定的分子量标记存在下，通过1％琼脂糖凝胶电泳测定最终的DNA浓度。
E)克隆载体(pET22B,pGEX-KG,pTRC-His A和pGex-His)的消化
在合适的缓冲液存在下，使200微升反应体积中的限制性酶各50单位与10微克质粒37℃培育过夜，对10微克质粒进行双消化。在将全部消化物上样到1％琼脂糖凝胶上后，用Qiagen QIAquick凝胶抽提试剂盒从凝胶中纯化对应于消化载体的条带，将DNA洗脱到50微升10毫摩尔Tris-HCl,pH 8.5中。测定样品的OD260，评价其DNA浓度，并调节至50微克/微升。每个克隆步骤采用1微升质粒。
pGEX-His载体是经修饰的pGEX-2T载体，其在凝血酶断裂位点上游携带有一个编码6个组氨酸残基的区域，而且还含有载体pTRC99(Pharmacia)的多个克隆位点。
F)克隆
将预先消化和纯化的对应于各ORF的片段连接到pET22b和pGEX-KG中。在20微升的最终体积，在生产商提供的缓冲液存在下，用0.5微升NEB T4 DNA连接酶(400单位/微升)连接摩尔比为3∶1的片段/载体。室温培育反应3小时。在一些实验中，用Boheringer的＂快速连接试剂盒＂按照生产商说明书进行连接。
为了将重组质粒导入合适的菌株内，使100微升大肠杆菌DH5感受态细胞与连接酶反应溶液于冰上培育40分钟，然后37℃3分钟，然后在加入800微升LB肉汤后，再37℃培育20分钟。然后在Eppendorf微量离心机中以最大速度离心细胞，重悬于约200微升上清液中。然后将悬液接种到LB氨苄青霉素(100毫克/毫升)平板上。
使5个随机选择的菌落在2毫升(pGEX或pTC克隆)或5毫升(pET克隆)LB肉汤+100微克/毫升氨苄青霉素中37℃生长过夜，对重组克隆进行筛选。然后，使细胞沉淀，用Qiagen QIAprep旋转微量制备试剂盒，按照生产商说明书，将DNA抽提到最终体积为30微升。用NdeⅠ/XhoⅠ或BamHⅠ/XhoⅠ消化5微升各个微量制备物(约1微克)，将整个消化物上样到1-1.5％琼脂糖凝胶上(取决于预计的插入物大小)，与分子量标记(1Kb DNA梯序列，GIBCO)平行。根据正确的插入物大小筛选阳性克隆。
对于ORF110、111、113、115、119、122、125和130的克隆，将双消化的PCR产物连接入双消化载体利用的是EcoRⅠ-PstⅠ克隆位点，或者对于115和127，利用的是EcoRⅠ-SalⅠ位点，或者对于ORF122，利用的是SalⅠ-PstⅠ位点。克隆后，将重组质粒导入大肠杆菌宿主W3110中。使单个克隆在含50微升/毫升氨苄青霉素的L-肉汤中37℃生长过夜。
G)表达
将克隆到表达载体中的每个ORF转化入适合表达重组蛋白产物的菌株中。用1微升各构建物转化上述30微升大肠杆菌BL21(pGEX载体)、大肠杆菌TOP10(pTRC载体)或大肠杆菌BL21-DE3(pET载体)。在pGEX-His载体例子中，用相同的大肠杆菌菌株(W3110)进行最初的克隆和表达。将单个重组菌落接种到2毫升LB+Amp(100微克/毫升)中，37℃培育过夜，然后1∶30稀释在100毫升瓶中的20毫升LB+Amp(100微克/毫升)中，确保OD600在0.1至0.15之间。将瓶培育在30℃的回转水浴摇床中，直至OD表明达到适合诱导表达的指数生长(pET和pTRC载体的OD为0.4-0.8；pGEX和pGEX-His载体的OD为0.8-1)。对于pET,pTRC和pGEX-His载体，加入1毫摩尔IPTG，诱导蛋白质表达，而在pGEX系统情况下，IPTG的最终浓度为0.2毫摩尔。30℃培育3小时后，测OD检查样品的最终浓度。为了检查表达，取出各样品1毫升，在微量离心机中离心，将沉淀重悬于PBS中，用12％SDS-PAGE和考马斯蓝染色分析。6000g离心整个样品，将沉淀重悬于PBS中待用。
H)GST-融合蛋白大规模纯化
使单菌落在LB+Amp琼脂板上37℃培育过夜。将细菌接种到水浴摇床中20毫升LB+Amp培养液中，生长过夜。将细菌1∶30稀释到600毫升新鲜培养基中，使其在最适温度(20-37℃)下生长至OD550为0.8-1。用0.2毫摩尔IPTG诱导蛋白质表达，然后培育3小时。4℃、8000rpm离心培养物。弃去上清液，将细菌沉淀重悬于7.5毫升冷的PBS中。用40W的Brason超声波仪B-15在冰上超声破碎细胞30秒种，冻融2次，再次离心。收集上清液，与150微升谷胱苷肽-Sepharose 4B树脂(Pharmacia)(先用PBS洗涤)混合，室温下培育30分钟。4℃、700g离心样品5分钟。用10毫升冷的PBS洗涤树脂2次10分钟，重悬于1毫升冷的PBS中，上样于一次性柱中。用2毫升冷PBS洗柱2次，直至流穿液OD280达到0.02-0.06。加入700微升冷的谷胱苷肽洗脱缓冲液(10毫摩尔还原的谷胱苷肽，50毫摩尔Tris-HCl)，洗脱GST-融合蛋白，收集组分直至OD280为0.1。将各组分21微升上样于12％SDS凝胶上，凝胶采用Biorad SDS-PAGE分子量标准宽范围(M1)(200,116.25,97.4,66.2,45,31,21.5,14.4,6.5kDa)或Amersham Rainbow标记(M2)(220,66,46,30,21.5,14.3kDa)作为标准。因为GST的MW为26kDa，因此该值必须加入各GST-融合蛋白的MW中。
Ⅰ)His-融合物溶解度分析(ORF111-129)
为了分析His-融合物表达产物的溶解度，将3毫升培养物沉淀重悬于缓冲液M1[500微升PBS,pH 7.2]中。加入25微升溶菌酶(10毫克/毫升)，4℃培育细菌15分钟。用Branson超声仪B-15以40W超声破碎沉淀30秒，冻融两次，然后再次离心分离成沉淀和上清液。收集上清液，将沉淀重悬于缓冲液M2[8M尿素，0.5M氯化钠，20毫摩尔咪唑和0.1M磷酸二氢钠]中，4℃培育3-4小时。离心后，收集上清液，将沉淀重悬于缓冲液M3[6M盐酸胍，0.5M氯化钠，20毫摩尔咪唑和0.1M磷酸二氢钠]中，4℃过夜。用SDS-PAGE分析所有步骤的上清液。
发现ORF113、119和120表达的蛋白溶于PBS，而ORF111、122、116以及129表达的蛋白的溶解需要尿素，ORF125和127的需要盐酸胍。
J)His融合物大规模纯化
使单菌落在LB+Amp琼脂板上37℃培育过夜。将细菌接种到20毫升LB+Amp培养液中，在水浴摇床中培育过夜。将细菌1∶30稀释到600毫升新鲜培养基中，使其在最适温度(20-37℃)下生长至OD550为0.6-0.8。加入1毫摩尔IPTG诱导蛋白质表达，进一步培育该培养物3小时。4℃、8000rpm离心培养物，弃去上清液，将细菌沉淀重悬于7.5毫升(ⅰ)冷的缓冲液A(300毫摩尔氯化钠，50毫摩尔磷酸缓冲液，10毫摩尔咪唑，pH 8，针对可溶性蛋白)或(ⅱ)缓冲液B(尿素8M,10毫摩尔Tris-HCl,100毫摩尔磷酸缓冲液，pH 8.8，针对不溶性蛋白)。
用Brason超声波仪B-15于40W在冰上超声破碎细胞30秒种，冻融2次，再次离心。
对于不溶性蛋白，-20℃保藏上清液，而将沉淀重悬于2毫升缓冲液C(6M盐酸胍，100毫摩尔磷酸缓冲液，10毫摩尔Tris-HCl,pH 7.5)中，在匀化器中处理10个循环。13000rpm离心产物40分钟。
收集上清液，与150微升Ni2+-树脂(Pharmacia)(先用合适的缓冲液A或缓冲液B洗涤)，室温下轻微搅动培育30分钟。4℃,700g离心样品5分钟。用10毫升缓冲液A或B洗涤树脂二次10分钟，重悬于1毫升缓冲液A或B中，上样于一次性柱中。用2毫升冷的缓冲液A 4℃洗涤树脂，或在室温下用2毫升缓冲液B洗涤树脂，直至流穿液OD280达到0.02-0.06。
用以下缓冲液洗涤树脂：(ⅰ)2毫升冷的20毫摩尔咪唑缓冲液(300毫摩尔氯化钠，50毫摩尔磷酸缓冲液，20毫摩尔咪唑，pH 8)或(ⅱ)缓冲液D(尿素8M,10毫摩尔Tris-HCl,100毫摩尔磷酸缓冲液，pH 6.3)，直至流穿液OD280达到0.02-0.06。加入700微升的(ⅰ)冷的洗脱缓冲液A(300毫摩尔氯化钠，50毫摩尔磷酸缓冲液，250毫摩尔咪唑，pH8)或(ⅱ)洗脱缓冲液B(尿素8M,10毫摩尔Tris-HCl,100毫摩尔磷酸缓冲液，pH 4.5)，洗脱His-融合蛋白，收集组分直至OD280为0.1。将各组分21微升上样于12％SDS凝胶中。
K)His-融合蛋白复性
在变性的蛋白中加入10％甘油。然后用透析缓冲液Ⅰ(10％甘油，0.5M精氨酸，50毫摩尔磷酸缓冲液，5毫摩尔还原的谷胱苷肽，0.5毫摩尔氧化的谷胱苷肽，2M尿素，pH 8.8)将蛋白质稀释至20微克/毫升，用相同的缓冲液4℃透析12-14小时。用透析缓冲液Ⅱ(10％甘油，0.5M精氨酸，50mM磷酸缓冲液，5毫摩尔还原的谷胱苷肽，0.5毫摩尔氧化的谷胱苷肽，pH 8.8)进一步4℃透析蛋白质12-14小时。用下式评价蛋白浓度：
蛋白质(毫克/毫升)=(1.55×OD280)-(0.76×OD260)
L)His-融合物大规模纯化(ORF111-129)
用上述步骤诱导500毫升细菌培养物，获得可溶于缓冲液M1、M2或M3的融合蛋白。将细菌粗提物上样于Ni-NTA superflow柱(Quiagen)，根据融合蛋白的溶解缓冲液，用M1、M2或M3预先平衡该柱。用相同缓冲液洗柱，洗脱未结合的物质。用含有500毫摩尔咪唑的相应缓冲液洗脱特异性蛋白，用不含咪唑的相应缓冲液透析。每一轮后，在下次使用前用至少两个柱体积的0.5M氢氧化钠洗涤并重新平衡，对柱进行清洁。
M)小鼠免疫
用各纯化蛋白20微克腹膜内免疫小鼠。在ORF 2、4、15、22、27、28、37、76、89和97情况下，用氢氧化铝作为佐剂，在第1、21和42天免疫Balb-C小鼠，检测第56天所取样品中的免疫应答。对于ORF 44、106和132，用相同方案免疫CD1小鼠。对于ORF 25和40，用Freund佐剂，而不是氢氧化铝，免疫CD1小鼠，采用相同的免疫方案，只是在第42天而非56天测定免疫应答。同样，对于ORF 23、32、38和79，用Freund佐剂免疫CD1小鼠，但是在第49天测定免疫应答。
N)ELISA试验(血清分析)
将无荚膜MenB M7菌株接种到巧克力琼脂板上，37℃培育过夜。用无菌挑菌拭子收集琼脂板的细菌菌落，接种到7毫升含0.25％葡萄糖的Mueller-Hinton肉汤(Difco)中。跟踪OD260每30分钟监测细菌生长。使细菌长至OD达到0.3-0.4。10000rpm离心培养物10分钟。弃去上清液，用PBS洗涤细菌1次，重悬于含0.025％甲醛的PBS中，室温培育2小时，然后4℃搅拌过夜。在96孔Greiner板的每个孔中加入100微升细菌细胞，4℃培育过夜。然后用PBT洗涤缓冲液(0.1％吐温-20,PBS配)洗涤孔三次。每个孔中加入200微升饱和缓冲液(含2.7％聚乙烯吡咯烷酮10的水)，37℃培育平板2小时。用PBT洗涤各孔3次。每个孔中加入200微升稀释的血清(稀释缓冲液：1％BSA,0.1％吐温-20,0.1％叠氮钠，PBS配)，37℃培育平板90分钟。用PBT洗孔三次。在每个孔中加入100微升以稀释缓冲液1∶2000稀释的HRP-偶联的家兔抗小鼠(Dako)血清，37℃培育平板90分钟。用PBT缓冲液洗涤孔三次。在每个孔中加入100微升HRP的底物缓冲液(25毫升柠檬酸缓冲液pH 5,10毫克邻苯二胺和10微升水)，使平板在室温下放置20分钟。在每个孔中加入100微升硫酸，并跟踪OD490。当OD490为各自免疫前血清OD值的2.5倍时，认为ELISA呈阳性。
O)FACScan细菌结合试验程序
将无荚膜MenB M7菌株接种到巧克力琼脂板上，37℃培育过夜。用无菌挑菌拭子收集琼脂板上的细菌菌落，接种到8毫升含0.25％葡萄糖的Mueller-Hinton肉汤(Difco)的4个试管中。跟踪OD260，每30分钟监测细菌生长。使细菌长至OD达到0.35-0.5。4000rpm离心培养物10分钟。弃去上清液，将沉淀重悬于封闭缓冲液(1％BSA,0.4％叠氮钠)中，4000rpm离心5分钟。将细胞重悬于封闭缓冲液中，至OD620为0.07。在Costar 96孔板的每个孔中加入100微升细菌细胞。在每个孔中加入100微升稀释(1∶200)血清(封闭缓冲液配)，4℃培育平板2小时。4000rpm离心细胞5分钟，吸出上清液，每个孔中加入200微升封闭缓冲液，洗涤细胞。在每个孔中加入1∶100稀释的R-Phicoerytrin偶联的F(ab)2山羊抗小鼠抗体，4℃培育平板1小时。4000rpm离心5分钟，使细胞旋转沉淀，在每个孔中加入200微升封闭缓冲液进行洗涤。吸出上清液，将细胞重悬于每孔200微升PBS和0.25％甲醛中。将样品转移到FACScan管中读数。FACScan设置的条件为：FL1，开，FL2和FL3关；FSC-H临界值：92；FSC PMT电压：E 02；SSC PMT:474；Amp.Gains 7.1；FL-2 PMT:539；补偿值：0。
P)OMV制备
使细菌在5 GC平板上生长过夜，用挑菌环收获，重悬于10毫升20毫摩尔Tris-HCl中。56℃热灭活30分钟，在冰上超声破碎该细菌10分钟(50％负载循环，50％输出)。5000g离心10分钟，除去未破碎的细胞，4℃、50000g离心75分钟，回收全部细胞包膜组分。为了从粗制的外膜中抽提出细胞质膜蛋白，将全部组分重悬于2％十二烷基肌氨酸钠(Sigma)中，室温培育20分钟。10000g离心该悬浮液10分钟，除去凝聚物，对上清液进一步50000g超离心75分钟，使外膜沉淀。将外膜重悬于10毫摩尔Tris-HCl,pH 8，用BioRad蛋白质试验以BSA为标准品测定蛋白浓度。
Q)全抽提物制备
使细菌在GC板上生长过夜，用挑菌环收获，重悬于1毫升20毫摩尔Tris-HCl中。56℃热灭活30分钟。
R)Western印迹
将MenB菌株2996的纯化蛋白(每条泳道500ng)、外膜泡囊(5微克)和全细胞抽提物(25微克)上样于15％SDS-PAGE中并转移到硝酸纤维素膜上。转移在4℃、150mA、转移缓冲液(0.3％Tris碱，1.44％甘氨酸，20％甲醇)中进行2小时。在饱和缓冲液(10％脱脂乳、0.1％Triton X100,PBS配)中4℃培育过夜，使该膜饱和。用洗涤缓冲液(3％脱脂乳，0.1％Triton X 100,PBS配)洗涤该膜两次，并与洗涤缓冲液1∶200稀释的小鼠血清37℃培育2小时。洗涤该膜两次，和稀释度为1∶2000的辣根过氧化物酶标记的抗小鼠Ig培育90分钟。用含0.1％Triton X100的PBS洗涤该膜两次，用Opti-4CN底物试剂盒(Bio-Rad)显影。加入水，终止反应。
S)杀菌试验
使MC58菌株在巧克力琼脂板上37℃生长过夜。收集5-7个菌落，用于接种7毫升Mueller-Hinton肉汤。在章动器上37℃培育该悬浮液，使其生长，至OD620为0.5-0.8。将培养液等分到1.5毫升无菌Eppendorf管中，在微量离心机中以最大速度离心20分钟。以Gey′s缓冲液(Gibco)洗涤沉淀一次，重悬于相同缓冲液中，至OD620为0.5，以Gey′s缓冲液稀释1∶20000,25℃保藏。
在96孔组织培养板的每个孔中加入50微升Gey′s缓冲液/1％BSA。在每个孔中加入25微升稀释的小鼠血清(1∶100稀释在Gey′s缓冲液/0.2％BSA中)，4℃培育平板。将25微升前述细菌悬浮液加入每个孔中。每个孔中加入25微升热灭活(56℃水浴30分钟)或正常的幼兔补体。在加入幼兔补体后，立即将每个孔中22微升的样品接种到Mueller-Hinton琼脂板(时间0)。37℃转动培育96孔板1小时，然后将每个孔内22微升的样品接种到Mueller-Hinton琼脂板(时间1)上。过夜培育后，计数对应于时间0和时间1的菌落。
表Ⅱ(520页)给出了克隆、表达和纯化结果的小结。
实施例1
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 1>:1  ATGAAACAGA  CAGTCAA.AT  GCTTGCCGCC  GCCCTGATTG  CCTTGGGCTT51  GAACCGACCG  GTGTGGNCGG  ATGACGTATC  GGATTTTCGG  GAAAACTTGC101  A.GCGGCAGC  ACAGGGAAAT  GCAGCAGCCC  AATACAATTT  GGGCGCAATG151  TAT.TACAAA  GGACGCGCGT  GCGCCGGGAT  GATGCTGAAG  CGGTCAGATG201  GTATCGGCAG  CCGGCGGAAC  AGGGGTTAGC  CCAAGCCCAA  TACAATTTGG251  GCTGGATGTA  TGCCAACGGG  CGCGC.GTGC  GCCAAGATGA  TACCGAAGCG301  GTCAGATGGT  ATCGGCAGGC  GGCAGCGCAG  GGGGTTGTCC  AAGCCCAATA351  CAATTTGGGC  GTGATATATG  CCGAAGGACG  TGGAGTGCGC  CAAGACGATG401  TCGAAGCGGT  CAGATGGTTT  CGGCAGGCGG  CAGCGCAGGG  GGTAGCCCAA451  GCCCAAAACA  ATTTGGGCGT  GATGTATGCC  GAAAGANCGC  GCGTGCGCCA501  AGACCG...它对应于氨基酸序列<SEQID 2；ORF37>:1  MKQTVXMLAA  ALIALGLNRP  VWXDDVSDFR  ENLXAAAQGN  AAAQYNLGAM51  YXQRTRVRRD  DAEAVRWYRQ  PAEQGLAQAQ  YNLGWMYANG  RXVRQDDTEA101  VRWYRQAAAQ  GVVQAQYNLG  VIYAEGRGVR  QDDVEAVRWF  RQAAAQGVAQ151  AQNNLGVMYA  ERXRVRQD...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 3>：1  ATGAAACAGA  CAGTCAAATG  GCTTGCCGCC  GCCCTGATTG  CCTTGGGCTT51  GAACCGAGCG  GTGTGGGCGG  ATGACGTATC  GGATTTTCGG  GAAAACTTGC101  AGGCGGCAGC  ACAGGGAAAT  GCAGCAGCCC  AATACAATTT  GGGCGCAATG151  TATTACAAAG  GACGCGGCGT  GCGCCGGGAT  GATGCTGAAG  CGGTCAGATG201  GTATCGGCAG  GCGGCGGAAC  AGGGGTTAGC  CCAAGCCCAA  TACAATTTGG251  GCTGGATGTA  TGCCAACGGG  CGCGGCGTGC  GCCAAGATGA  TACCGAAGCG301  GTCAGATGGT  ATCGGCAGGC  GGCAGCGCAG  GGGGTTGTCC  AAGCCCAATA351  CAATTTGGGC  GTGATATATG  CCGAAGGACG  TGGAGTGCGC  CAAGACGATG401  TCGAAGCGGT  CAGATGGTTT  CGGCAGGCGG  CAGCGCAGGG  GGTAGCCCAA451  GCCCAAAACA  ATTTGGGCGT  GATGTATGCC  GAAAGACGCG  GCGTGCGCCA501 AGACCGCGCC  CTTGCACAAG  AATGGTTTGG  CAAGGCTTGT  CAAAACGGAG551 ACCAAGACGG  CTGCGACAAT  GACCAACGCC  TGAAGGCGGG  TTATTGA其对应于氨基酸序列<SEQID 4；ORF37-1>:1 MKQTVKWLAA  ALIALGLNRA  VWADDVSDFR  ENLQAAAQGN  AAAQYNLGAM51 YYKGRGVRRD  DAEAVRWYRQ  AAEQGLAQAQ  YNLGWMYANG  RGVRQDDTEA101 VRWYRQAAAQ  GVVQAQYNLG  VIYAEGRGVR  QDDVEAVRWF  RQAAAQGVAQ151 AQNNLGVMYA  ERRGVRQDRA  LAQEWFGKAC  QNGDQDGCDN  DQRLKAGY*进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 5>:1 ATGAAACAGA  CAGTCAAATG  GCTTGCCGCC  GCCCTGATTG  CCTTGGGCTT51 GAACCAAGCG  GTGTGGGCGG  ATGACGTATC  GGATTTTCGG  GAAAACTTGC101 AGGCGGCAGC  ACAGGGAAAT  GCAGCAGCCC  AAAACAATTT  GGGCGTGATG151 TATGCCGAAA  GACGCGGCGT  GCGCCAAGAC  CGCGCCCTTG  CACAAGAATG201 GCTTGGCAAG  GCTTGTCAAA  ACGGATACCA  AGACAGCTGC  GACAATGACC251 AACGCCTGAA  AGCGGGTTAT  TGA它编码的蛋白具有以下的氨基酸序列<SEQ ID 6；ORF37a>:1  MKQTVKWLAA  ALIALGLNQA  VWADDVSDFR  ENLQAAAQGN  AAAQNNLGVM51  YAERRGVRQD  RALAQEWLGK  ACQNGYQDSC  DNDQRLKAGY  *
最初鉴定的部分菌株B序列(ORF37)和ORF37a在75个氨基酸的重叠区内显示出有68.0％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf37.pep   MKQTVXMLAAALIALGLNRPVWXDDVSDFRENLXAAAQGNAAAQYNLGAMYXQRTRVRRD
        |||||  |||||||||||: || |||||||||| |||||||||| |||:|| :|  ||:|orf37a      MKQTVKWLAAALIALGLNQAVWADDVSDFRENLQAAAQGNAAAQNNLGVMYAERRGVRQD
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf37.pep   DAEAVRWYRQPAEQGLAQAQYNLGWMYANGRXVRQDDTEAVRWYRQAAAQGVVQAQYNLG
         | | :|  :  ::|orf37a      RALAQEWLGKACQNGYQDSCDNDQRLKAGYX
                    70         80        90进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌中的对应基因<SEQ ID 7>:1  ATGAAACAGA CAGTCAAATG GCTTGCCGCC GCCCTGATTG CCTTGGGCTT51  GAACCAAGCG GTGTGGGCGG GTGACGTATC GGATTTTCGG GAAAACTTGC101  AGgcggcaGA ACaggGAAAT GCAGCAGCCC AATTCAATTT GGGCGTGATG151  TATGAAAATG GACAAGGAGT TCGTCAAGAT TATGTACAGG CAGTGCAGTG201  GTATCGCAAG GCTTCAGAAC AAGGGGATGC CCAAGCCCAA TACAATTTGG251  GCTTGATGTA TTACGATGGA CGCGGCGTGC GCCAAGACCT TGCGCTCGCT301  CAACAATGGC TTGGCAAGGC TTGTCAAAAC GGAGACCAAA ACAGCTGCGA351  CAATGACCAA CGCCTGAAGG CGGGTTATTA A它编码的蛋白质具有以下的氨基酸序列<SEQ ID 8；ORF37ng>:1  MKQTVKWLAA ALIALGLNQA VWAGDVSDFR ENLQAAEQGN AAAQFNLGVM551  YENGQGVRQD YVQAVQWYRK ASEQGDAQAQ YNLGLMYYDG RGVRQDLALA101  QQWLGKACQN GDQNSCDNDQ RLKAGY*
最初鉴定的部分菌株B序列(ORF37)在与ORF37ng重叠的111个氨基酸内显示出64.9％的相同性：orf37.pep   MKQTVXMLAAALIALGLNRPVWXDDVSDFRENLXAAAQGNAAAQYNLGAMYXQRTRVRRD  60
        |||||  |||||||||||: ||  ||||||||| || |||||||:|||:|| :   ||:|orf37ng     MKQTVKWLAAALIALGLNQAVWAGDVSDFRENLQAAEQGNAAAQFNLGVMYENGQGVRQD  60orf37.pep   DAEAVRWYRQPAEQGLAQAQYNLGWMYANGRXVRQDDTEAVRWYRQAAAQGVVQAQYNLG 120
         ::||:|||: :||| |||||||| || :|| |||| : | :|  :|  :|orf37ng     YVQAVQWYRKASEQGDAQAQYNLGIMYYDGRGVRQDLALAQQWLGKACQNGDQNSCDNDQ 120orf37.pep   VIYAEGRGVRQDDVEAVRWFRQAAAQGVAQAQNNLGVMYAERXRVRQD 168orf37ng     RLKAGY                                           126
完整的菌株B序列(ORF37-1)和ORF37ng在重叠的198个氨基酸中显示出51.5％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf37-1.pep   MKQTVKWLAAALIALGLNRAVWADDVSDFRENLQAAAQGNAAAQYNLGAMYYKGRGVRRD
          ||||||||||||||||||:|||| |||||||||||| |||||||:|||:|| :|:|||:|orf37ng       MKQTVKWLAAALIALGLNQAVWAGDVSDFRENLQAAEQGNAAAQFNLGVMYENGQGVRQD
                   10       20        30        40        50        60
                   70       80        90       100       110       120orf37-1.pep   DAEAVRWYRQAAEQGLAQAQYNLGWMYANGRGVRQDDTEAVRWYRQAAAQGVVQAQYNLG
           ::||:|||:|:||| |||||||| || :|||||||orf37ng       YVQAVQWYRKASEQGDAQAQYNLGLMYYDGRGVRQD------------------------
                   70       80        90
                  130      140       150       160       170       180orf37-1.pep   VIYAEGRGVRQDDVEAVRWFRQAAAQGVAQAQNNLGVMYAERRGVRQDRALAQEWFGKAC
                                                           ||||:|:||||orf37ng       ------------------------------------------------LALAQQWLGKAC
                                                           100
                  190      199orf37-1.pep   QNGDQDGCDNDQRLKAGYX
          |||||::||||||||||||orf37ng       QNGDQNSCDNDQRLKAGYX
         110       120
这些氨基酸序列的计算机分析表明了一个推定的前导序列，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位能用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF37-1(11kDa)克隆到pET和pGex载体中，并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图1A显示了GST-融合蛋白亲和纯化的结果，图1B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，用该小鼠的血清进行ELISA(阳性结果)，FACS分析(图1C)和杀菌试验(图1D)。这些实验确证ORF37-1是一种外露蛋白，并且是一种有用的免疫原。
图1E显示了ORF37-1的亲水性、抗原性指数以及AMPHI区域。
实施例2
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 9>:TTCGGCGA CATCGGCGGT TTGAAGGTCA ATGCCCCCGT CAAATCCGCAGGCGTATTGG TCGGGCGCGT CGGCGCTATC GGACTTGACC CGAAATCCTATCAGGCGAGG GTGCGCCTCG ATTTGGACGG CAAGTATCAG TTCAGCAGCGACGTTTCCGC GCAAATCCTG ACTTCsGGAC TTTTGGGCGA GCAGTACATCGGGCTGCAGC AGGGCGGCGA CACGGAAAAC CTTGCTGCCG GCGACACCATCTCCGTAACC AGTTCTGCAA TGGTTCTGGA AAACCTTATC GGCAAATTCATGACGAGTTT TGCCGAGAAA AATGCCGACG GCGGCAATGC GGAAAAAGCCGCCGAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 10>:1 FGDIGGLKVN APVKSAGVLV GRVGAIGLDP KSYQARVRLD LDGKYQFSSD51 VSAQILTSGL LGEQYIGLQQ GGDTENLAAG DTISVTSSAM VLENLIGKFM101 TSFAEKNADG GNAEKAAE*这些氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与假设的流感嗜血菌蛋白(Vbrd.haein：登录号p45029)的同源性SEQ ID 9和ybrd.haein在122个重叠的氨基酸内显示出有48.4％的相同性：
     20        30        40        50        60        70yrbd.h LGIGALVFLGLRVANVQGFAETKSYTVTATFDNIGGLKVRAPLKIGGVVIGRVSAITLDE
                                 |::||||||:||:| :||::|||:||:||N.m                                  FGDIGGLKVNAPVKSAGVLVGRVGAIGLDP
                                         10        20        30
     80        90       100       110       120       130yrbd.h KSYLPKVSIAINQEYNEIPENSSLSIKTSGLLGEQYIALTMGFDDGDTAMLKNGSQIQDT
   ||| ::|::::: :| ::::: |  | ||||||||||:|  |   |||: | :|: |  |N. m   KSYQARVRLDLDGKY-QFSSDVSAQILTSGLLGEQYIGLQQG---GDTENLAAGDTISVT
           40         50         60       70           80
    140       150         160yrbd.h TSAMVLEDLIGQFL--YGSKKSDGNEKSESTEQ
   :||||||:|||:|:  :::|::||:: ::::|:N. m   SSAMVLENLIGKFMTSFAEKNADGGNAEKAAEX
     90       100       110       120
与淋病奈瑟球菌的预计的ORF的同源性
SEQ ID 9与淋病奈瑟球菌的预计的ORF在重叠的118个氨基酸内显示出有99.2％的相同性：
     20        30        40        50        60        70yrbd   GAAAVAFLAFRVAGGAAFGGSDKTYAVYADFGDIGGLKVNAPVKSAGVLVGRVGAIGLDP
                                 ||||||||||||||||||||||||||||||N. m                                 FGDIGGLKVNAPVKSAGVLVGRVGAIGLDP
                                         10        20        30
     80        90       100       110       120       130yrbd   KSYQARVRLDLDGKYQFSSDVSAQILTSGLLGEQYIGLQQGGDTENLAAGDTISVTSSAM
   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||N. m   KSYQARVRLDLDGKYQFSSDVSAQILTSGLLGEQYIGLQQGGDTENLAAGDTISVTSSAM
           40        50        60        70        80        90
    140       150       160yrbd   VLENLIGKFMTSFAEKNAEGGNAEKAAEX
   ||||||||||||||||||:||||||||||N. m   VLENLIGKFMTSFAEKNADGGNAEKAAEX
          100       110       120
完整的yrbd流感嗜血菌序列具有一个前导序列，预计全长的同源脑膜炎奈瑟球菌该蛋白也会有一个前导序列。这提示它可能是膜蛋白、分泌的蛋白或表面蛋白，且该蛋白或其表位之一可能是疫苗或诊断的有用抗原。
实施例3
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 11>:  1 ..ATTTTGATAT ACCTCATCCG CAAGAATCTA GGTTCGCCCG TCTTCTTCTT51   TCAGGAACGC CCCGGAAAGG ACGGAAAACC TTTTAAAATG GTCAAATTCC101   GTTCCATGCG CGACGGCTTG TATTCAGACG GCATTCCGCT GCCCGACGGA151   GAACGCCTGA CACCGTTCGG CAAAAAACTG CGTGCCGcCA GTwTGGACGA201   ACTGCCTGAA TTATGGAATA TCTTAAAAGG CGAGATGAGC CTGGTCGGCC251   CCCGCCCGCT GCTGATGCAA TATCTGCCGC TGTACGACAA CTTCCAAAAC301   CGCCGCCACG AAATGAAACC CGGCATTACC GGCTGGGCGC AGGTCAACGG351   GCGCAACGCg CTTTCGTGGG ACGAAAAATT CGCCTGCGAT GTTTGGTATA401   TCGACCACTT CAGCCTGTGC CTCGACATCA AAATCCTACT GCTGACGGTT451   AAAAAAGTAT TAATCAAGGA AGGGATTTCC GCACAGGGCG AACA.aCCAT501   GCCCCCTTTC ACAGGAAAAC GCAAACTCGC CGTCGTCGGT GCGGGCGGAC551   ACGGAAAAGT CGTTGCCGAC CTTGCCGCCG CACTCGGCCG GTACAGGGAA601   ATCGTTTTTC TGGACGACCG CGCACAAGGC AGCGTCAACG GCTTTTCCGT651   CATCGGCACG ACGCTGCTGC TTGAAAACAG TTTATCGCCC GAACAATACG701   ACGTCGCCGT CGCCGTCGGC AACAACCGCA TCCGCCGCCA AATCGCCGAA751   AAAGCCGCCG CGCTCGGCTT CGCCCTGCCC GTACTGGTTC ATCCGGACGC801   GACCGTCTCG CCTTCTGCAA CAGTCGGACA AGGCAGCGTC GTTATGGCGA851   AAGCGGTCG..它对应于氨基酸序列<SEQID 12；ORF3>:1 ..ILIYLIRKNL GSPVFFFQER PGKDGKPFKM VKFRSMRDGL YSDGIPLPDG51   ERLTPFGKKL RAASXDELPE LWNILKGEMS LVGPRPLLMQ YLPLYDNFQN101   RRHEMKPGIT GWAQVNGRNA LSWDEKFACD VWYIDHFSLC LDIKILLLTV151   KKVLIKEGIS AQGEXTMPPF TGKRKLAVVG AGGHGKVVAD LAAALGRYRE201   IVFLDDRAQG SVNGFSVIGT TLLLENSLSP EQYDVAVAVG NNRIRRQIAE251   KAAALGFALP VLVHPDATVS PSATVGQGSV VMAKAV..进一步的序列分析揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 13>:1  ATGAGTAAAT TCTTCAAACG CCTGTTTGAC ATTGTTGCCT CCGCCTCGGG51  ACTGATTTTC CTCTCGCCAG TATTTTTGAT TTTGATATAC CTCATCCGCA101  AGAATCTAGG TTCGCCCGTC TTCTTCTTTC AGGAACGCCC CGGAAAGGAC151  GGAAAACCTT TTAAAATGGT CAAATTCCGT TCCATGCGCG ACGCGCTTGA201  TTCAGACGGC ATTCCGCTGC CCGACGGAGA ACGCCTGACA CCGTTCGGCA251  AAAAACTGCG TGCCGCCAGT TTGGACGAAC TGCCTGAATT ATGGAATATC301  TTAAAAGGCG AGATGAGCCT GGTCGGCCCC CGCCCGCTGC TGATGCAATA351  TCTGCCGCTG TACGACAACT TCCAAAACCG CCGCCACGAA ATGAAACCCG401  GCATTACCGG CTGGGCGCAG GTCAACGGGC GCAACGCGCT TTCGTGGGAC451  GAAAAATTCG CCTGCGATGT TTGGTATATC GACCACTTCA GCCTGTGCCT501  CGACATCAAA ATCCTACTGC TGACGGTTAA AAAAGTATTA ATCAAGGAAG551  GGATTTCCGC ACAGGGCGAA GCCACCATGC CCCCTTTCAC AGGAAAACGC601  AAACTCGCCG TCGTCGGTGC GGGCGGACAC GGAAAAGTCG TTGCCGACCT651  TGCCGCCGCA CTCGGCCGGT ACAGGGAAAT CGTTTTTCTG GACGACCGCG701  CACAAGGCAG CGTCAACGGC TTTTCCGTCA TCGGCACGAC GCTGCTGCTT751  GAAAACAGTT TATCGCCCGA ACAATACGAC GTCGCCGTCG CCGTCGGCAA801  CAACCGCATC CGCCGCCAAA TCGCCGAAAA AGCCGCCGCG CTCGGCTTCG851  CCCTGCCCGT TCTGGTTCAT CCGGACGCGA CCGTCTCGCC TTCTGCAACA901  GTCGGACAAG GCAGCGTCGT TATGGCGAAA GCCGTCGTAC AGGCAGGCAG951  CGTATTGAAA GACGGCGTGA TTGTGAACAC TGCCGCCACC GTCGATCACG1001  ACTGCCTGCT TAACGCTTTC GTCCACATCA GCCCAGGCGC GCACCTGTCG1051  GGCAACACGC ATATCGGCGA AGAAAGCTGG ATAGGCACGG GCGCGTGCAG1101  CCGCCAGCAG ATCCGTATCG GCAGCCGCGC AACCATTGGA GCGGGCGCAG1151  TCGTCGTACG CGACGTTTCA GACGGCATGA CCGTCGCGGG CAATCCGGCA1201  AAGCCGCTGC CGCGCAAAAA CCCCGAGACC TCGACAGCAT AA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 14；ORF3-1>:1   MSKFFKRLFD IVASASGLIF LSPVFLILIY LIRKNLGSPV FFFQERPGKD51   GKPFKMVKFR SMRDALDSDG IPLPDGERLT PFGKKLRAAS LDELPELWNI101   LKGEMSLVGP RPLLMQYLPL YDNFQNRRHE MKPGITGWAQ VNGRNALSWD151   EKFACDVWYI DHFSLCLDIK ILLLTVKKVL IKEGISAQGE ATMPPFTGKR201   KLAVVGAGGH GKVVADLAAA LGRYREIVFL DDRAQGSVNG FSVIGTTLLL251   ENSLSPEQYD VAVAVGNNRI RRQIAEKAAA LGFALPVLVH PDATVSPSAT301   VGQGSVVMAK AVVQAGSVLK DGVIVNTAAT VDHDCLLNAF VHISPGAHLS351  GNTHIGEESW IGTGACSRQQ IRIGSRATIG AGAVVVRDVS DGMTVAGNPA401  KPLPRKNPET STA*
对该氨基酸序列的计算机分析给出下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF3与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF3a)在重叠的286个氨基酸内显示出有93.0％的相同性：
                                        10        20        30orf3.pep                            ILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||orf3a     MSKFFKRLFDIVASASGLIFLSPVFLILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
              10        20        30        40        50        60
          40        50        60        70        80        90orf3.pep  SMRDGLYSDGIPLPDGERLTPFGKKLRAASXDELPELWNILKGEMSLVGPRPLLMQYLPL
      ||:|:| |||| |||||||||||||||||| ||||||||:|||:||||||||||||||||orf3a     SMHDALDSDGILLPDGERLTPFGKKLRAASLDELPELWNVLKGDMSLVGPRPLLMQYLPL
              70        80        90       100       110       120
         100       110       120       130       140       150orf3.pep  YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFACDVWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL
      |||||||||||||||||||||||||||||||:||||:|||||||||||||||||||||||orf3a     YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDERFACDIWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL
             130       140       150       160       170       180
         160       170       180       190       200       210orf3.pep  IKEGISAQGEXTMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVADLAAALGRYREIVFLDDRAQGSVNG
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||:|||||| | ||||||||:||||||orf3a     IKEGISAQGEATMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVAELAAALGTYGEIVFLDDRVQGSVNG
             190       200       210       220       230       240
         220       230       240       250       260       270orf3.pep  FSVIGTTLLLENSLSPEQYDVAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLVHPDATVSPSAT
      | ||||||||||||||||:|:|||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||orf3a     FPVIGTTLLLENSLSPEQFDIAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLIHPDSTVSPSAT
             250       260       270       280       290       300
         280orf3.pep  VGQGSVVMAKAV
      ||||:|||||||orf3a     VGQGGVVMAKAVVQADSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLDAFVHISPGAHLSGNTRIGEESW
             310       320       330       340       350       360全长ORF3a核苷酸序列<SEQ ID 15>是：1  ATGAGTAAAT TCTTCAAACG CCTGTTTGAC ATTGTTGCCT CCGCCTCGGG51  ACTGATTTTC CTCTCGCCAG TATTTTTGAT TTTGATATAC CTCATCCGCA101  AGAATCTGGG TTCGCCCGTC TTCTTCTTTC AGGAACGCCC CGGAAAGGAC151  GGAAAACCTT TTAAAATGGT CAAATTCCGT TCCATGCACG ACGCGCTTGA201  TTCAGACGGC ATTCTGCTGC CCGACGGAGA ACGCCTGACA CCGTTCGGCA251  AAAAACTGCG TGCCGCCAGT TTGGACGAAC TGCCCGAACT GTGGAACGTC301  CTCAAAGGCG ACATGAGCCT GGTCGGCCCC CGCCCGCTGC TGATGCAATA351  TCTGCCGCTG TACGACAACT TCCAAAACCG CCGCCACGAA ATGAAACCGG401  GCATTACCGG CTGGGCGCAG GTCAACGGGC GCAACGCGCT TTCGTGGGAC451  GAACGCTTCG CATGCGACAT CTGGTATATC GACCACTTCA GCCTGTGCCT501  CGACATCAAA ATCCTACTGC TGACGGTTAA AAAAGTATTA ATCAAAGAAG551  GGATTTCCGC ACAGGGCGAA GCCACCATGC CCCCTTTCAC AGGAAAACGC601  AAACTTGCCG TCGTCGGTGC GGGCGGACAC GGCAAAGTCG TTGCCGAGCT651  TGCCGCCGCA CTCGGCACAT ACGGCGAAAT CGTTTTTCTG GACGACCGCG701  TCCAAGGCAG CGTCAACGGC TTCCCCGTCA TCGGCACGAC GCTGCTGCTT 751  GAAAACAGTT TATCGCCCGA ACAATTCGAC ATCGCCGTCG CCGTCGGCAA801  CAACCGCATC CGCCGCCAAA TCGCCGAAAA AGCCGCCGCG CTCGGCTTCG851  CCCTGCCCGT CCTGATTCAT CCGGACTCGA CCGTCTCGCC TTCTGCAACA901  GTCGGACAAG GCGGCGTCGT TATGGCGAAA GCCGTCGTAC AGGCTGACAG951  CGTATTGAAA GACGGCGTAA TTGTGAACAC TGCCGCCACC GTCGATCACG1001  ATTGCCTGCT TGATGCTTTC GTCCACATCA GCCCGGGCGC GCACCTGTCG1051  GGCAACACGC GTATCGGCGA AGAAAGCTGG ATAGGCACAG GCGCGTGCAG1101  CCGCCAGCAG ATCCGTATCG GCAGCCGCGC AACCATTGGA GCGGGCGCAG1151  TCGTCGTGCG CGACGTTTCA GACGGCATGA CCGTCGCGGG CAACCCGGCA1201  AAACCATTGG CAGGCAAAAA TACCGAGACC CTGCGGTCGT AA预计它编码的蛋白具有下列氨基酸序列<SEQ ID 16>:1  MSKFFKRLFD IVASASGLIF LSPVFLILIY LIRKNLGSPV FFFQERPGKD51  GKPFKMVKFR SMHDALDSDG ILLPDGERLT PFGKKLRAAS LDELPELWNV101  LKGDMSLVGP RPLLMQYLPL YDNFQNRRHE MKPGITGWAQ VNGRNALSWD151  ERFACDIWYI DHFSLCLDIK ILLLTVKKVL IKEGISAQGE ATMPPFTGKR201  KLAVVGAGGH GKVVAELAAA LGTYGEIVFL DDRVQGSVNG FPVIGTTLLL251  ENSLSPEQFD IAVAVGNNRI RRQIAEKAAA LGFALPVLIH PDSTVSPSAT301  VGQGGVVMAK AVVQADSVLK DGVIVNTAAT VDHDCLLDAF VHISPGAHLS351  GNTRIGEESW IGTGACSRQQ IRIGSRATIG AGAVVVRDVS DGMTVAGNPA401  KPLAGKNTET LRS*两个跨膜结构域用下划线表示。ORF3-1与ORF3a在重叠的410个氨基酸中显示出有94.6％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf3a.pep  MSKFFKRLFDIVASASGLIFLSPVFLILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf3-1     MSKFFKRLFDIVASASGLIFLSPVFLILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf3a.pep  SMHDALDSDGILLPDGERLTPFGKKLRAASLDELPELWNVLKGDMSLVGPRPLLMQYLPL
       ||:|||||||| |||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||orf3-1     SMRDALDSDGIPLPDGERLTPFGKKLRAASLDELPELWNILKGENSLVGPRPLLMQYLPL
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf3a.pep  YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDERFACDIWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL
       |||||||||||||||||||||||||||||||:||||:|||||||||||||||||||||||orf3-1     YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFACDVWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf3a.pep  IKEGISAQGEATMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVAELAAALGTYGEIVFLDDRVQGSVNG
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||| | ||||||||:||||||orf3-1     IKEGISAQGEATMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVADLAAALGRYREIVFLDDRAQGSVNG
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290       300orf3a.pep  FPVIGTTLLLENSLSPEQFDIAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLIHPDSTVSPSAT
       | ||||||||||||||||:|:|||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||orf3-1     FSVIGTTLLLENSLSPEQYDVAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLVHPDATVSPSAT
              250       260       270       280       290       300
              310       320       330       340       350       360orf3a.pep  VGQGGVVMAKAVVQADSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLDAFVHISPGAHLSGNTRIGEESW
       ||||:|||||||||| |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:||||||orf3-1     VGQGSVVMAKAVVQAGSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLNAFVHISPGAHLSGNTHIGEESW
               310      320       330       340       350       360
               370      380       390       400       410orf3a.pep     IGTGACSRQQIRIGSRATIGAGAVVVRDVSDGMTVAGNPAKPLAGKNTETLRSX
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||orf3-1        IGTGACSRQQIRIGSRATIGAGAVVVRDVSDGMTVAGNPAKPLPRKNPETSTAX
                 370       380       390       400       410
与枯草芽孢杆菌的yvfc基因(登录号为Z71928)编码的假设蛋白质的同源性
ORF3和YVFC蛋白质在170个氨基酸重叠区域内表现出有55％的氨基酸相同性(BLASTp):ORF3   3 IYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFRSMRDGLYSDGIPLPDGERLTPFGKKLRA 62
     I ++R  +GSPVFF Q RPG  GKPF + KFR+M D   S G  LPD  RLT  G+ +Ryvfc  27 IAVVRLKIGSPVFFKQVRPGLHGKPFTLYKFRTMTDERDSKGNLLPDEVRLTKTGRLIRK 86ORF3  63 ASXDELPELWNILKGEMSLYGPRPLLMQYLPLYDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALS 122
      S DELP+L N+LKG++SLVGPRPLLM YLPLY   Q RRHE+KPGITGWAQ+NGRNA+Syvfc  87 LSIDELPQLLNVLKGDLSLVGPRPLLMDYLPLYTEKQARRHEVKPGITGWAQINGRNAIS 146ORF3 123 WDEKFACDVWYIDHFSLCLDXXXXXXXXXXXXXXEGISAQGEXTMPPFTG 172
     W++KF  DVWY+D++S  LD              EGI      T   FTGyvfc 147 WEKKFELDVWYVDNWSFFLDLKILCLTVRKVLVSEGIQQTNHVTAERFTG 196
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF3与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF3.ng)在重叠的286个氨基酸内显示出有86.3％的相同性：orf3                               ILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR 34
                               :|||||||| ||||||::||||||||||||||||orf3ng   MSKAVKRLFDIIASASGLIVLSPVFLVLIYLIRKNKGSPVFFIRERPGKDGKPFKMVKFR 60orf3     SMRDGLYSDGIPLPDGERLTPFGKKLRAASXDELPELWNILKGEMSLVGPRPLLMQYLPL 94
     ||||:| ||||||||:|||| |||||||:| ||||||||:||||||||||||||||||||orf3ng   SMRDALDSDGIPLPDSERLTDFGKKLRATSLDELPELWNVLKGEMSLVGPRPLLMQYLPL 120orr3     YDNFQNRRHFMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFACDVWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL 154
     |::||||||||||||||||||||||||||||||:||||| |:||: ||:|||:|||||||orf3ng   YNKFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFSCDVWYTDNFSFWLDMKILFLTVKKVL 180orr3     IKEGISAQGEXTMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVADLAAALGRYREIVFLDDRAQGSVNG 214
     |||||||||| |||||:|:|||||:||||||||||:|||||| | ||||||||:||||||orf3ng   IKEGISAQGEATMPPFAGNRKLAVIGAGGHGKVVAELAAALGTYGEIVFLDDRTQGSVNG 240orf3     FSVIGTTLLLENSLSPEQYDVAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLVHPDATVSPSAT 274
     | ||||||||||||||||:|::||||||||||||:|:|||||| ||||:||||||||||orf3ng   FPVIGTTLLLENSLSPEQFDITVAVGNNRIRRQITENAAALGFKLPVLIHPDATVSPSAI 300orf3     VGQGSVVMAKAV                                                 286
     :|||||||||||orf3ng   IGQGSVVMAKAVVQAGSVLKDGVIVNTAATVDHICLLDAFVHISPGAHLSGNTRIGEESR 360全长ORF3ng核苷酸序列<SEQ ID 17>是：1 ATGAGTAAAG CCGTCAAACG CCTGTTCGAC ATCATCGCAT CCGCATCGGG51 GCTGATTGTC CTGTCGCCCG TGTTTTTGGT TTTAATATAC CTCATCCGCA101 AAAACTTAGG TTCGCCCGTC TTCTTCattC GGGAACGCCc cgGAAAGGAc151 ggaaaacCTT TTAAAATGGT CAAATTCCGT TCCAtgcgcg acgcgcttGA201 TTCAGACGGC ATTCCGCTGC CCGATAGCGA ACGCCTGACC GATTTCGGCA251 AAAAATTACG CGCCACCAGT TTGGACGAAC TTCCTGAATT ATGGAATGTC301 CTCAAAGGCG AGATGAGCCT GGTCGGCCCC CGCCCGCTTT TGATGCAGTA351 TCTGCCGCTT TACAACAAAT TTCAAAACCG CCGCCACGAA ATGAAACCGG401 GCATTACCGG CTGGGCGCAG GTCAACGGGC GCAACGCGCT TTCGTGGGAC451 GAAAAGTTCT CCTGCGATGT TTGGTACACC GACAATTTCA GCTTTTGGCT 501  GGATATGAAA ATCCTGTTTC TGACAGTCAA AAAAGTCTTG ATTAAAGAAG551  GCATTTCGGC GCAAGGGGAA GCCACCATGC CCCCTTTCGC GGGGAATCGC601  AAACTCGCCG TTATCGGCGC GGGCGGACAC GGCAAAGTCG TTGCCGAGCT651  TGCCGCCGCA CTCGGCACAT ACGGCGAAAT CGTTTTTCTG GACGACCGCA701  CCCAAGGCAG CGTCAACGGC TTCCCCGTCA TCGGCACGAC GCTGCTGCTT751  GAAAACAGTT TATCGCCCGA ACAATTCGAC ATCACCGTCG CCGTCGGCAA801  CAACCGCATC CGCCGCCAAA TCACCGAAAA CGCCGCCGCG CTCGGCTTCA851  AACTGCCCGT TCTGATTCAT CCCGACGCGA CCGTCTCGCC TTCTGCAATA901  ATCGGACAAG GCAGCGTCGT AATGGCGAAA GCCGTCGTAC AGGCCGGCAG951  CGTATTGAAA GACGGCGTGA TTGTGAACAC TGCCGCCACC GTCGATCACG1001  ACTGCCTGCT TGACGCTTTC GtccaCATCA GCCCGGGCGC GCACCTGTCG1051  GGCAACACGC GTATCGGCGA AGAAAGCCGG ATAGGCACGG GCGCGTGCAG1101  CCGCCAGCAG ACAACCGTCG GCAGCGGGGT TACCgccgGT GCAGGGgcGG1151  TTATCGTATG CGACATCCCG GACGGCATGA CCGTCGCGGG CAACCCGGCA1201  AAGCCCCTTA CGGGCAAAAA CCCCAAGACC GGGACGGCAT AA它编码的蛋白质具有下列氨基酸序列<SEQ ID 18>:1  MSKAVKRLFD IIASASGLIV LSPVFLVLIY LIRKNLGSPV FFIRERPGKD51  GKPFKMVKFR SMRDALDSDG IPLPDSERLT DFGKKLRATS LDELPELWNV101  LKGEMSLVGP RPLLMQYLPL YNKFQNRRHE MKPGITGWAQ VNGRNALSWD151  EKFSCDVWYT DNFSFWLDMK ILFLTVKKVL IKEGISAQGE ATMPPFAGNR201  KLAVIGAGGH GKVVAELAAA LGTYGEIVFL DDRTQGSVNG FPVIGTTLLL251  ENSLSPEQFD ITVAVGNNRI RRQITENAAA LGFKLPVLIH PDATVSPSAI301  IGQGSVVMAK AVVQAGSVLK DGVIVNTAAT VDHDCLLDAF VHISPGAHLS351  GNTRIGEESR IGTGACSRQQ TTVGSGVTAG AGAVIVCDIP DGMTVAGNPA401  KPLTGKNPKT GTA*该蛋白与ORF3-1在重叠的413个氨基酸内有86.9％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf3-1.pep    MSKFFKRLFDIVASASGLIFLSPVFLILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
          |||  ||||||:||||||| ||||||:|||||||||||||||::||||||||||||||||orf3ng        MSKAVKRLFDIIASASGLIVLSPVFLVLIYLIRKNLGSPVFFIRERPGKDGKPFKMVKFR
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100      110        120orf3-1.pep    SMRDALDSDGIPLPDGERLTPFGKKLRAASLDELPELWNILKGEMSLVGPRPLLMQYLPL
          |||||||||||||||:|||| |||||||:||||||||||:||||||||||||||||||||orf3ng        SMRDALDSDGIPLPDSERLTDFGKKLRATSLDELPELWNVLKGEMSLVGPRPLLMQYLPL
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf3-1.pep    YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFACDVWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL
          |::||||||||||||||||||||||||||||||:||||| |:||: ||:|||:|||||||orf3ng        YNKFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFSCDVWYTDNFSFWLDMKILFLTVKKVL
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf3-1.pep    IKEGISAQGEATMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVADLAAALGRYREIVFLDDRAQGSVNG
          ||||||||||||||||:|:|||||:||||||||||:|||||| | ||||||||:||||||orf3ng        IKEGISAQGEATMPPFAGNRKLAVIGAGGHGKVVAELAAALGTYGEIVFLDDRTQGSVNG
                 190       200       210       220        230      240
                 250       260       270       280        290      300orf3-1.pep    FSVIGTTLLLENSLSPEQYDVAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLVHPDATVSPSAT
          | ||||||||||||||||:|::||||||||||||:|:|||||| ||||:|||| ||||||orf3ng        FPVIGTTLLLENSLSPEQFDITVAVGNNRIRRQITENAAALGFKLPVLIHPDATVSPSAI
                 250       260       270       280        290      300
                 310       320       330       340        350      360orf3-1.pep    VGQGSVVMAKAVVQAGSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLNAFVHISPGAHLSGNTHIGEESW
          :||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:|||||orf3ng        IGQGSVVMAKAVVQAGSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLDAFVHISPGAHLSGNTRIGEESR
                 310       320       330       340       350       360
                 370       380       390       400       410orf3-1.pep    IGTGACSRQQIRIGSRATIGAGAVVVRDVSDGMTVAGNPAKPLPRKNPETSTAX
          ||||||||||  :|| :| |||||:| |: |||||||||||||  |||:|:|||orf3ng        IGTGACSRQQTTVGSGVTAGAGAVIVCDIPDGMTVAGNPAKPLTGKNPKTGTAX
                 370       380       390       400       410另外，ORF3ng显示出与枯草芽孢杆菌的假设蛋白明显同源：gnl|PID|e238668(Z71928)假设蛋白[枯草芽孢杆菌]>gi|1945702|gnl|PID|e313004(Z94043)假设蛋白[枯草芽孢杆菌]>gi|2635938|gnl|PID|e1186113(Z99121)与荚膜多糖生物合成相似[枯草芽孢杆菌]长度=202评分=235位(594)，估计值=3e-61相同性=114/195(58％)，阳性=142/195(72％)询问：5   VKRLFDIIASASGLIVLSPVFLVLIYLIRKNLGSPVFFIRERPGKDGKPFKMVKFRSMRD 64
 +KRLFD+ A+   L   S + L  I ++R  +GSPVFF + RPG  GKPF + KFR+M D目标：3   LKRLFDLTAAIFLLCCTSVIILFTIAVVRLKIGSPVFFKQVRPGLHGKPFTLYKFRTMTD 62询问：65  ALDSDGIPLPDSERLTDFGKKLRATSLDELPELWNVLKGEMSLVGPRPLLMQYLPLYNKF 124
   DS G  LPD  RLT  G+ +R  S+DELP+L NVLKG++SLVGPRPLLM YLPLY +目标：63  ERDSKGNLLPDEVRLTKTGRLIRKLSIDELPQLLNVLKGDLSLVGPRPLLMDYLPLYTEK 122询问：125 QNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFSCDVWYTDNFSFWLDMKILFLTVKKVLIKEG 184
 Q RRHE+KPGITGWAQ+NGRNA+SW++KF  DVWY DN+SF+LD+KIL LTV+KVL+ EG目标：123 QARRHEVKPGITGWAQINGRNAISWEKKFELDVWYVDNWSFFLDLKILCLTVRKVLVSEG 182询问：185 ISAQGEATMPPFAGN 199
 I      T   F G+目标：183 IQQTNHVTAERFTGS 197
yvfc基因的假设产物显示与苜蓿根瘤菌(R.meliloti)的EXOY(一种外多糖产生蛋白(exopolysacCharide production protein))相似。根据这个情况以及同源的淋病奈瑟球菌序列中两个预计的跨膜区，预计这些蛋白或它们的表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗原。
实施例4
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 19>:1 ..AACCATATGG CGATTGTCAT CGACGAATAC GGCGGCACAT CCGGCTTGGT51   CACCTTTGAA GACATCATCG AGCAAATCGT CGGCGAAATC GAAGACGAGT101   TTGACGAAGA CGATAGCGCC GACAATATCC ATGCCGTTTC TTCAGACACG151   TGGCGCATCC ATGCAGCTAC CGAAATCGAA GACATCAACA CCTTCTTCGG201   CACGGAATAC AGCATCGAAG AAGCCGACAC CATT.GGCGG CCTGGTCATT251   CAAGAGTTGG GACATCTGCC CGTGCGCGGC GAAAAAGTCC TTATCGGCGG301   TTTGCAGTTC ACCGTCGCAC GCGCCGACAA CCGCCCCCTG CATACGCTGA351   TGGCGACCCG CGTGAAGTAA GC........ .....ACCGC CGTTTCTGCA401   CAGTTTAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 20:ORF5>:1 ..NHMAIVIDEY GGTSGLVTFE DIIEQIVGEI EDEFDEDDSA DNIHAVSSDT51   WRIHAATEIE DINTFFGTEY SIEEADTIXR PGHSRVGTSA RARRKSPYRR101   FAVHRRTRRQ PPPAYADGDP REVS....XR RFCTV*进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列是<SEQ ID 21>:1   ATGGACGGCG CACAACCGAA AACGAATTTT TTTGAACGCC TGATTGCCCG 51  ACTCGCCCGC GAACCCGATT CCGCCGAAGA CGTATTAAAC CTGCTTCGGC101  AGGCGCACGA GCAGGAAGTT TTTGATGCGG ATACGCTTTT AAGATTGGAA151  AAAGTCCTCG ATTTTTCCGA TTTGGAAGTG CGCGACGCGA TGATTACGCG201  CAGCCGTATG AACGTTTTAA AAGAAAACGA CAGCATCGAG CGCATCACCG251  CCTACGTTAT CGATACCGCC CATTCGCGCT TCCCCGTCAT CGGCGAAGAC301  AAAGACGAAG TTTTGGGCAT TTTGCACGCC AAAGACCTGC TCAAATATAT351  GTTTAACCCC GAGCAGTTCC ACCTCAAATC CATTCTCCGC CCCGCCGTCT401  TCGTCCCCGA AGGCAAATCG CTGACCGCCC TTTTAAAAGA GTTCCGCGAA451  CAGCGCAACC ATATGGCGAT TGTCATCGAC GAATACGGCG GCACATCCGG501  CTTGGTCACC TTTGAAGACA TCATCGAGCA AATCGTCGGC GAAATCGAAG551  ACGAGTTTGA CGAAGACGAT AGCGCCGACA ATATCCATGC CGTTTCTTCC601  GAACGCTGGC GCATCCATGC AGCTACCGAA ATCGAAGACA TCAACACCTT651  CTTCGGCACG GAATACAGCA GCGAAGAAGC CGACACCATT CGGCCTGGTC701  ATTCAAGAGT TGGGACATCT GCCCGTGCGC GGCGAAAAAG TCCTTATCGG751  CGGTTTGCAG TTCACCGTCG CACGCGCCGA CAACCGCCGC CTGCATACGC801  TGATGGCGAC CCGCGTGAAG TAAGCACCGC CGTTTCTGCA CAGTTTAGGA851  TGACGGTACG GGCGTTTTCT GTTTCAATCC GCCCCATCCG CCAAACATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 22；ORF5-1>:1 MDGAQPKTNF FERLIARLAR EPDSAEDVLN LLRQAHEQEV FDADTLLRLE51 KVLDFSDLEV RDAMITRSRM NVLKENDSIE RITAYVIDTA HSRFPVIGED101 KDEVLGILHA KDLLKYMFNP EQFHLKSILR PAVFVPEGKS LTALLKEFRE151 QRNHMAIVID EYGGTSGLVT FEDIIEQIVG EIEDEFDEDD SADNIHAVSS201 ERWRIHAATE IEDINTFFGT EYSSEEADTI RPGHSRVGTS ARARRKSPYR251 RFAVHRRTRR QPPPAYADGD PREVSTAVSA QFRMTVRAFS VSIRPIRQT*进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 23>:1 ATGGACGGCG CACAACCGAA AACAAATTTT TTNNAACGCC TGATTGCCCG51 ACTCGCCCGC GAACCCGATT CCGCCGAAGA CGTATTGACC CTGTTGCGCC101 AAGCGCACGA ACAGGAAGTA TTTGATGCGG ATACGCTTTT AAGATTGGAA151 AAAGTCCTCG ATTTTTCTGA TTTGGAAGTG CGCGACGCGA TGATTACGCG201 CAGCCGTATG AACGTTTTAA AAGAAAACGA CAGCATCGAA CGCATCACCG251 CCTACGTTAT CGATACCGCC CATTCGCGCT TCCCCGTCAT CGGTGAAGAC301 AAAGACGAAG TTTTGGGTAT TTTGCACGCC AAAGACCTGC TCAAATATAT351 GTTCAACCCC GAGCAGTTCC ACCTCAAATC GATATTGCGC CCTGCCGTCT401 TCGTCCCCGA AGGCAAATCG CTGACCGCCC TTTTAAAAGA GTTCCGCGAA451 CAGCGCAACC ATATGGCAAT CGTCATCGAC GAATACGGCG GCACGTCGGG501 TTTGGTAACT TTTGAAGACA TCATCGAGCA AATCGTCGGC GACATCGAAG551 ATGAGTTTGA CGAAGACGAA AGCGCGGACA ACATCCACGC CGTTTCCGCC601 GAACGCTGGC GCATCCACGC GGCTACCGAA ATCGAAGACA TCAACGCCTT651 TTTCGGCACG GAATACAGCA GCGAAGAAGC CGACACCATC GGCGGCCNTG701 GTCATTCAGG AATTGGNACA CCTGCCCGTG CGCGGCGAAA AAGTCNTTAT751 CGGCGNNTTG CANTTCACNG TCGCCNGCGC NGACAACCGC CGCCTGCATA801 CGCTGATGGC GACCCGCGTG AAGTAAGCTC CGCCGTTTCT GTACAGTTTA851 GGATGACGGT ACGGGCGTTT TCTGTTTCAA TCCGCCCCAT CCGCCANACA901 TAA它编码的蛋白具有以下的氨基酸序列<SEQ ID 24；ORF5a>:1  MDGAQPKTNF XXRLIARLAR EPDSAEDVLT LLRQAHEQEV FDADTLLRLE51  KVLDFSDLEV RDAMITRSRM NVLKENDSIE RITAYVIDTA HSRFPVIGED101  KDEVLGILHA KDLLKYMFNP EQFHLKSILR PAVFVPEGKS LTALLKEFRE151  QRNHMAIVID EYGGTSGLVT FEDIIEQIVG DIEDEFDEDE SADNIHAVSA201  ERWRIHAATE IEDINAFFGT EYSSEEADTI GGXGHSGIGT PARARRKSXY251  RRXAXHXRXR XQPPPAYADG DPREVSSAVS VQFRMTVRAF SVSIRPIRXT301  *
最初鉴定的部分菌株B序列(ORF5)与ORF5a在重叠的124个氨基酸内显示出有54.7％的相同性：
                                               10        20        30orf5.pep                                   NHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGEI
                                       ||||||||||||||||||||||||||||:|orf5a      FHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGDI
            130       140       150       160       170       180
               40        50        60        70        80        90orfS.pep   EDEFDEDDSADNIHAVSSDTWRIHAATEIEDINTFFGTEYSIEEADTIXRPGHSRVGTSA
       |||||||:|||||||||:: |||||||||||||:||||||| ||||||   ||| :|| |orf5a      EDEFDEDESADNIHAVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYSSEEADTIGGXGHSGIGTPA
            190       200       210       220       230       240
              100       110       120       130off5.pep   RARRKSPYRRFAVHRRTRRQPPPAYADGDPREVSXXXXXRRFCTV
       |||||| ||| | | |:| |||||||||||||||orf5a      RARRKSXYRRXAXHXRXRXQPPPAYADGDPREVSSAVSVQFRMTVRAFSVSIRPIRXTX
            250       260       270       280       290       300
完整的菌株B序列(ORF5-1)和ORF5a在重叠的300个氨基酸中显示出有92.7％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf5a.pep   MDGAQPKTNFXXRLIARLAREPDSAEDVLTLLRQAHEQEVFDADTLLRLEKVLDFSDLEV
        ||||||||||  |||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||orfS-1      MDGAQPKTNFFERLIARLAREPDSAEDVLNLLRQAHEQEVFDADTLLRLEKVLDFSDLEV
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf5a.pep   RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYMFNP
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf5-1      RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYMFNP
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orfSa.pep   EQFHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf5-1      EQFHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVG
               130       140       150       160       170       180
               190       200       210       220       230       240orf5a.pep   DIEDEFDEDESADNIHAVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYSSEEADTIGGXGHSGIGT
        :||||||||:|||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||||   ||| :||orf5-1      EIEDEFDEDDSADNIHAVSSERWRIHAATEIEDINTFFGTEYSSEEADTIRP-GHSRVGT
               190       200       210       220       230
               250       260       270       280       290       300orf5a.pep   PARARRKSXYRRXAXHXRXRXQPPPAYADGDPREVSSAVSVQFRMTVRAFSVSIRPIRXT
         ||||||| ||| | | |:| |||||||||||||||:|||:||||||||||||||||| |orf5-1      SARARRKSPYRRFAVHRRTRRQPPPAYADGDPREVSTAVSAQFRMTVRAFSVSIRPIRQT
      240       250       260       270       280       290
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌中的部分DNA序列<SEQ ID 25>，它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 26；ORF5ng>.1 MDGAQPKTNF FERLIARLAR EPDSAEDVLN LLRQAHEQEV FDADTLTRLE51 KVLDFAELEV RDAMITRSRM NVLKENDSIE RITAYVIDTA HSRFPVIGED101 KDEVLGILHA KDLLKYMFNP EQFHLKSVLR PAVFVPEGKS LTALLKEFRE151 QRNHMAIVID EYGGTSGLVT FEDIIEQIVG DIEDEFDEDE SADDIHSVSA201 ERWRIHAATE IEDINAFFGT EYGSEEADTI RRLGHSGIGT PARARRKSPY251 RRFAVHRRPR RQPPPAHADG DPREVSRACP HRRFCTV*进一步的分析揭示了完整的淋球菌核苷酸序列<SEQ ID 27>是：1  ATGGACGGCG CACAACCGAA AACAAATTTT TTTGAACGCC TGATTGCCCG51  ACTCGCCCGC GAACCCGATT CCGCCGAAGA CGTATTAAAC CTGCTTCGGC101  AGGCGCACGA ACAGGAAGTT TTTGATGCCG ACACACTGAC CCGGCTGGAA151 AAAGTATTGG ACTTTGCCGA GCTGGAAGTG CGCGATGCGA TGATTACGCG201 CAGCCGCATG AACGTATTGA AAGAAAACGA CAGCATCGAA CGCATCACCG251 CCTACGTCAT CGATACCGCC CATTCGCGCT TCCCCGTCAT CGGCGAAGAC301 AAAGACGAAG TTTTGGGCAT TTTGCACGCC AAAGACCTGC TCAAATATAT351 GTTCAACCCC GAGCAGTTCC ACCTGAAATC CGTCTTGCGC CCTGCCGTTT401 TCGTGCCCGA AGGCAAATCT TTGACCGCCC TTTTAAAAGA GTTCCGCGAA451 CAGCGCAACC ATATGGCAAT CGTCATCGAC GAATACGGCG GCACGTCGGG501 TTTGGTCACC TTTGAAGACA TCATCGAGCA AATCGTCGGT GACATCGAAG551 ACGAGTTTGA CGAAGACGAA AGCGccgacg acatCCACTC cgTTTccgCC601 GAACGCTGGC GCATCCacgc ggctaCCGAA ATCGAAGaca TCAACGCCTT651 TTTCGGTACG GAatacggca gcgaagaagc cgacaccatc cggcggctTG701 GTCATTCAGG AATTGGGACA CCTGCCCGTG CGCGGCGAAA AAGTCCTTAt751 cggcgGTTTG Cagttcaccg tCGCCCGCGC CGACAACCGC CGCCTGCACA801 CGCTGATGGC GACCCGCGTG AAGTAAGCAG AGCCTGCCcg AccgccgttT851 CTGCacAGTT TAGGatgACG gtaCGGTCGT TTTCTGTTTC AATCCGCCCC901 ATCCGCCAAA CATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 28；ORF5ng-1>:1  MDGAQPKTNF FERLIARLAR EPDSAEDVLN LLRQAHFQEV FDADTLTRLE51  KVLDFAELEV RDAMITRSRM NVLKENDSIE RITAYVIDTA HSRFPVIGED101  KDEVLGILHA KDLLKYMFNP FQFHLKSVLR PAVFVPEGKS LTALLKEFRE151  QRNHMAIVID EYGGTSGLVT FEDIIEQIVG DIEDEFDEDE SADDIHSVSA201  ERWRIHAATE IEDINAFFGT EYGSEEADTI RRLGHSGIGT PARARRKSPY251  RRFAVHRRPR RQPPPAHADG DPREVSRACP TAVSAQFRMT VRSFSVSIRP301  IRQT*
最初鉴定的部分菌株B序列(ORF5)与部分淋球菌序列(ORF5ng)在重叠的135个氨基酸内显示出有83.1％的相同性：orf5                                      NHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGEI   30
                                      ||||||||||||||||||||||||||||:|orf5ng      FHLKSVLRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGDI  182orf5        EDEFDEDDSADNIHAVSSDTWRIHAATEIEDINTFFGTEYSIEEADTIXRPGHSRVGTSA   90
        |||||||:|||:||:||:: |||||||||||||:||||||: |||||| | ||| :|| |orf5ng      EDEFDEDESADDIHSVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYGSEEADTIRRLGHSGIGTPA  242orf5        RARRKSPYRRFAVHRRTRRQPPPAYADGDPREVSX----RRFCTV  131
        |||||||||||||||| |||||||:|||||||||     ||||||orf5ng      RARRKSPYRRFAVHRRPRRQPPPAHADGDPREVSRACPHRRFCTV  287
完整的菌株B和淋球菌序列(ORF5-1和ORF5ng-1)在重叠的304个氨基酸中显示出有92.4％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf5ng-1.pep  MDGAQPKTNFFERLIARLAREPDSAEDVLNLLRQAHEQEVFDADTLTRLEKVLDFAELEV
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||::|||orf5-1        MDGAQPKTNFFERLIARLAREPDSAEDVLNLLRQAHEQEVFDADTLLRLEKVLDFSDLEV
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf5ng-1.pep  RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYMFNP
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf5-1        RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYMFNP
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf5ng-1.pep  EQFHLKSVLRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVG
          |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf5-1        EQFHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVG
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf5ng-1.pep  DIEDEFDEDESADDIHSVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYGSEEADTIRRLGHSGIGT
          :||||||||:|||:||:||:|||||||||||||||:||||||:||||||||  ||| :||orf5-1        EIEDEFDEDDSADNIHAVSSERWRIHAATEIEDINTFFGTEYSSEEADTIRP-GHSRVGT
                 190       200       210      220        230
                 250       260       270      280        290      300orf5ng-1.pep  PARARRKSPYRRFAVHRRPRRQPPPAHADGDPREVSRACPTAVSAQFRMTVRSFSVSIRP
           ||||||||||||||||| |||||||:|||||||||    ||||||||||||:|||||||orf5-1        SARARRKSPYRRFAVHRRTRRQPPPAYADGDPREVS----TAVSAQFRMTVRAFSVSIRP
        240       250       260       270           280       290orf5ng-1.pep  IRQTX
          |||||orf5-1        IRQTX
            300
这些氨基酸序列的计算机分析表明了一个推定的前导序列，并鉴定了下列同源性：
与流感嗜血菌的溶血素同系物TlvC(登录号为U32716)的同源性
ORF5和TlyC蛋白在重叠的77个氨基酸内有58％的相同性(BLASTp)。ORF5  2   HMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGEIEDEFDEDDSADNIHAVSSDTWRIHAATEIED  61
      HMAIV+DE+G  SGLVT EDI+EQIVG+IEDEFDE++ AD I  +S  T+ + A T+I+DTlyC  166 HMAIVVDEFGAVSGLVTIEDILEQIVGDIEDEFDEEEIAD-IRQLSRHTYAVRALTDIDD  224ORF5  62  INTFFGTEYSIEEADTI 78
      N   F T++  EE DTITlyC  225 FNAQFNTDFDDEEVDTI 241ORF5ng-1还显示出与TlyC明显同源：评分   Init1: 301 Initn: 419 Opt: 668Smith-Waterman评分：668； 242个重叠的氨基酸内有45.9％的相同性
                         10        20         30        40        50orf5ng-1.pep         MDGAQPKTNFFERLIARLAR-EPDSAEDVLNLLRQAHEQEVFDADTLTRLEK
                       |  ||: |::|: : |  : |::::::|::::::::| :|   :|tlyc_haein   MNDEQQNSNQSENTKKPFFQSLFGRFFQGELKNREELVEVIRDSEQNDLIDQNTREMIEG
                 10        20        30        40        50        60
                60        70        80        90         100      109orf5ng-1.pep VLDFAELEVRDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGE--DKDEVLGILH
         |:::|||:||| || ||::  ::::::::     :|::||||||||::  |:|:::||||tlyc_haein   VMEIAELRVRDIMIPRSQIIFIEDQQDLNTCLNTIIESAHSRFPVIADADDRDNIVGILH
                 70        80        90       100       110       120
       110        120       130       140       150       160orf5ng-1.pep AKDLLKYMF-NPEQFHLKSVLRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGL
         ||||||::  : | | |:|:|||:|:|||:| :  :||:|| :| |||||:||:|::|||tlyc_haein   AKDLLKFLREDAEVFDLSSLLRPVVIVPESKRVDRMLKDFRSERFHMAIVVDEFGAVSGL
                130       140       150       160       170       180
        170       180       190       200       210       220orf5ng-1.pep VTFEDIIEQIVGDIEDEFDEDESADDIHSVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYGSEEAD
         ||:|||:|||||||||||||:| || |:::| : : ::| |:|:|:|| |:|:: :||:|tlyc_haein   VTIEDILEQIVGDIEDEFDEEEIAD-IRQLSRHTYAVRALTDIDDFNAQFNTDFDDEEVD
                190       200        210       220       230
        230        240       250       260       270       280orf5ng-1.pep TIRRLGHSGIG-TPARARRKSPYRRFAVHRRPRRQPPPAHADGDPREVSRACPTAVSAQF
        ||  |  : :|  | |:tlyc_haein  TIGGLIMQTFGYLPKRGEEIILKNLQFKVTSADSRRLIQLRVTVPDEHLAEMNNVDEKSE
      240       250       260       270       280       290与大肠杆菌的假设分泌蛋白的同源性：ORF5显示出与大肠杆菌的一种假设分泌蛋白有同源性：sp|P77392|YBEX_ECOLI CUTE-ASNB基因间区域中假设的33.3 KD蛋白>gi|1778577(U82598)与流感嗜血菌相似[大肠杆菌]>gi|1786879(AE000170)f292；该292 aa ORF与约440aa蛋白的272个残基有23％的相同性(9个空隙)YTFL_HAEIN SW:P44717[大肠杆菌]长度=292评分=212位(533)，估计值=3e-54相同性=112/230(48％)，阳性=149/230(64％)，空隙=3/230(1％)询问：2   DGAQPKTNFXXRLIARLAR-EPDSAEDVLTLLRQAHEQEVFDADTLLRLEKVLDFSDLEV 60
       D    K  F   L+++L   EP + +++L L+R + + ++ D DT   LE V+D +D  V目标：10  DTISNKKGFFSLLLSQLFHGEPKNRDELLALIRDSGQNDLIDEDTRDMLEGVMDIADQRV 69询问：61  RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYM-FN 119
       RD MI RS+M  LK N +++     +I++AHSRFPVI EDKD + GIL AKDLL +M  +目标：70  RDIMIPRSQMITLKRNQTLDECLDVIIESAHSRFPVISEDKDHIEGILMAKDLLPFMRSD 129询问：120 PEQFHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIV 179
        E F +  +LR AV VPE K +  +LKEFR QR HMAIVIDE+GG SGLVT EDI+E IV目标：130 AEAFSMDKVLRQAVVVPESKRVDRMLKEFRSQRYHMAIVIDEFGGVSGLVTIEDILELIV 189询问：180 GDIEDEFDEDESADNIHAVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYSSEEADT 229
       G+IEDE+DE++  D    +S   W + A   IED N  FGT +S EE DT目标：190 GEIEDEYDEEDDID-FRQLSRHTWTVRALASIEDFNEAFGTHFSDEEVDT 238
根据该分析，包括与流感嗜血菌的TlyC溶血素同系物的氨基酸同源性(溶血素是分泌的蛋白质)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白是分泌性的，因此可用作疫苗或诊断用的抗原。
如上所述，将ORF5-1(30.7kDa)克隆到pGex中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图2A显示了GST-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，将小鼠的血清用于Western印迹分析(图1B)。这些实验确认ORF5-1是外露的蛋白，且是有用的免疫原。
实施例5
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQID 29>:1  ATGCGCGGCG GCAGGCCGGA TTCCGTTACC GTGCAGATTA TCGAAGGTTC51  GCGTTTTTCG CATATGAGGA AAGTCATCGA CGCAACGCCC GACATCGGAC101  ACGACACCAA AGGCTGGAGC AATGAAAAAC TGATGGCGGA AGTTGCGCCC151  GATGCCTTCA GCGGCAATCC TGAAgGGCAG TTTTTCCCCG ACAGCTACGA201  AATCGATGCG GGCGGCAGTG ATTTGCAGAT TTACCAAACC GCCTACAAgG251  GCGATGCAAC GCCGCCTGAA TGAgGGCATG GGAAAGCAGG CAGGACGGGC301  TGCCTTATAA AAACCCTTAT GAAATGCTGA TTATGGCGAr CCTGGTCGAA351  AAGGAAACAG GGCATGAAGC CGAsCsCGAC CATGTcGCTT CCGTCTTCGT401  CAACCGCCTG AAAATCGGTA TGCGCCTGCA AACCgAssCG TCCGTGATTT451  ACGGCATGGG TGCGGCATAC AAGGGCAAAA TCCGTAAAGC CGACCTGCGC501  CGCGACACGC CGTACAACAC CTACACGCGC GGCGGTCTGC CGCCAACCCC551  GATTGCGCTG CCC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 30；ORF7>:  1  MRGGRPDSYT VQIIEGSRFS HMRKVIDATP DIGHDTKGWS NEKLMAEYAP51  DAFSGNPEGQ FFPDSYEIDA GGSDLQIYQT AYKAMQRRLN EAWESRQDGL101  PYKNPYEMLI MAXLVEKETG HEAXXDHVAS VFVNRLKIGM RLQTXXSVIY151  GMGAAYKGKI RKADLRRDTP YNTYTRGGLP PTPIALP..进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 31>:1  ATGTTGAGAA AATTGTTGAA ATGGTCTGCC GTTTTTTTGA CCGTGTCGGC51  AGCCGTTTTC GCCGCGCTGC TTTTTGTTCC TAAGGATAAC GGCAGGGCAT101  ACCGAATCAA AATTGCCAAA AACCAGGGTA TTTCGTCGGT CGGCAGGAAA151  CTTGCCGAAG ACCGCATCGT GTTCAGCAGG CATGTTTTGA CGGCGGCGGC201  CTACGTTTTG GGTGTGCACA ACAGGCTGCA TACGGGGACG TACAGATTGC251  CTTCGGAAGT GTCTGCTTGG GATATCTTGC AGAAAATGCG CGGCGGCAGG301  CCGGATTCCG TTACCGTGCA GATTATCGAA GGTTCGCGTT TTTCGCATAT351  GAGGAAAGTC ATCGACGCAA CGCCCGACAT CGGACACGAC ACCAAAGGCT401  GGAGCAATGA AAAACTGATG GCGGAAGTTG CGCCCGATGC CTTCAGCGGC451  AATCCTGAAG GGCAGTTTTT CCCCGACAGC TACGAAATCG ATGCGGGCGG501  CAGTGATTTG CAGATTTACC AAACCGCCTA CAAGGCGATG CAACGCCGCC551  TGAATGAGGC ATGGGAAAGC AGGCAGGACG GGCTGCCTTA TAAAAACCCT601  TATGAAATGC TGATTATGGC GAGCCTGGTC GAAAAGGAAA CAGGGCATGA651  AGCCGACCGC GACCATGTCG CTTCCGTCTT CGTCAACCGC CTGAAAATCG701  GTATGCGCCT GCAAACCGAC CCGTCCGTGA TTTACGGCAT GGGTGCGGCA751  TACAAGGGCA AAATCCGTAA AGCCGACCTG CGCCGCGACA CGCCGTACAA801  CACCTACACG CGCGGCGGTC TGCCGCCAAC CCCGATTGCG CTGCCCGGCA851  AGGCGGCACT CGATGCCGCC GCCCATCCGT CCGGCGAAAA ATACCTGTAT901  TTCGTGTCCA AAATGGACGG CACGGGCTTG AGCCAGTTCA GCCATGATTT951  GACCGAACAC AATGCCGCCG TCCGCAAATA TATTTTGAAA AAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 32；ORF7-1>:1  MLRKLLKWSA VFLTVSAAVF AALLFVPKDN GRAYRIKIAK NQGISSVGRK51  LAEDRIVFSR HVLTAAAYVL GVHNRLHTGT YRLPSEVSAW DILQKMRGGR101  PDSVTVQIIE GSRFSHMRKV IDATPDIGHD TKGWSNEKLM AEVAPDAFSG151  NPEGQFFPDS YEIDAGGSDL QIYQTAYKAM QRRLNEAWES RQDGLPYKNP201  YEMLIMASLV EKETGHEADR DHVASVFVNR LKIGMRLQTD PSVIYGMGAA251  YKGKIRKADL RRDTPYNTYT RGGLPPTPIA LPGKAALDAA AHPSGEKYLY301  FVSKMDGTGL SQFSHDLTEH NAAVRKYILK K*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与流感嗜血菌的vceg基因(登录号为P44270)编码的假设蛋白的同源性ORF7和yceg蛋白在重叠的192个氨基酸内显示出有44％的氨基酸相同性：ORF7  1   MRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATPDIGHDTKGWSNEKLMA-----EVAPDAFSG 55
      +  G+     V+ IEG  F   RK ++  P +    K  SNE++ A     ++  +yceg  102 LNSGKEVQFNVKWIEGKTFKDWRKDLENAPHLVQTLKDKSNEEIFALLDLPDIGQNLELK 161ORF7   56 NPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMAXLV 115
      N EG  +PD+Y      +DL++ + + + M++ LN+AW  R + LP  NPYEMLI+A +Vyceg  162 NVEGWLYPDTYNYTPKSTDLELLKRSAERMKKALNKAWNERDEDLPLANPYEMLILASIV 221ORF7  116 EKETGHEAXXDHVASVFVNRLKIGMRLQTXXSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYT 175
      EKETG       VASVF+NRLK  M+LQT  +VIYGMG  Y G IRK DL   TPYNTYyceg  222 EKETGIANERAKVASVFINRLKAKMKLQTDPTVIYGMGENYNGNIRKKDLETKTPYNTYV 281ORF7  176 RGGLPPTPIALP 187
        GLPPTPIA+Pyceg  282 IDGLPPTPIAMP 293全长YCEG蛋白具有以下序列：1  MKKFLIAILL LILILAGVAS FSYYKMTEFV KTPVNVQADE LLTIERGTTS51  SKLATLFEQE KLIADGKLLP YLLKLKPELN KIKAGTYSLE NVKTVQDLLD101  LLNSGKEVQF NVKWIEGKTF KDWRKDLENA PHLVQTLKDK SNEEIFALLD151  LPDIGQNLEL KNVEGWLYPD TYNYTPKSTD LELLKRSAER MKKALNKAWN201 ERDEDLPLAN PYEMLILASI VEKETGIANE RAKVASVFIN RLKAKMKLQT251 DPTVIYGMGE NYNGNIRKKD LETKTPYNTY VIDGLPPTPI AMPSESSLQA301 VANPEKTDFY YFVADGSGGH KFTRNLNEHN KAVQEYLRWY RSQKNAK
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF7与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF7a)在重叠的187个氨基酸内显示出有95.2％的相同性：
                                             10        20        30orf7. pep                                MRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATP
                                     ||||||||||||||||||||||||||||||orf7a      AAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATP
          70        80        90       100       110       120
               40        50        60        70        80        90orf7.pep   DIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLN
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||| ||||||||||orfTa      DIEHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLRIYQIAYKAMQRRLN
         130       140       150       160       170       180
              100       110       120       130       140       150orf7.pep   EAWESRQDGLPYKNPYEMLIMAXLYEKETGHEAXXDHYASVFVNRLKIGMRLQTXXSVIY
       |||||||||||||||||||||| |:||||||||  |||||||||||||||||||  ||||orf7a      EAWESRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSVIY
         190       200       210       220       230       240
              160       170       180orf7.pep   GMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALP
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf7a      GMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALPGKAALDAAAHPSGEKYLYFVSKM
         250       260       270       280       290       300orf7a      DGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
         310       320       330全长ORF7a核苷酸序列<SEQ ID 33>是：1  ATGTTGAGAA AATTGTTGAA ATGGTCTGCC GTTTTTTTGA CCGTATCGGC51  AGCCGTTTTC GCCGCGCTGC TTTTCGTCCC TAAAGACAAC GGCAGGGCAT101  ACAGGATTAA AATTGCCAAA AACCAGGGTA TTTCGTCGGT CGGCAGGAAA151  CTTGCCGAAG ACCGCATCGT GTTCAGCAGG CATGTTTTGA CGGCGGCGGC201  CTACGTTTTG GGTGTGCACA ACAGGCTGCA TACGGGGACG TACAGACTGC251  CTTCGGAAGT GTCTGCTTGG GATATCTTGC AGAAAATGCG CGGCGGCAGG301  CCGGATTCCG TTACCGTGCA GATTATCGAA GGTTCGCGTT TTTCGCATAT351  GAGGAAAGTC ATCGACGCAA CGCCCGACAT CGAACACGAC ACCAAAGGCT401  GGAGCAATGA AAAACTGATG GCGGAAGTTG CCCCTGATGC CTTCAGCGGC451  AATCCTGAAG GGCAGTTTTT CCCCGACAGC TACGAAATCG ATGCGGGCGG501  CAGCGATTTA CGGATTTACC AAATCGCCTA CAAGGCGATG CAACGCCGAC551  TGAATGAGGC ATGGGAAAGC AGGCAGGACG GGCTGCCTTA TAAAAACCCT601  TATGAAATGC TGATTATGGC GAGCCTGATC GAAAAGGAAA CAGGGCATGA651  AGCCGACCGC GACCATGTCG CTTCCGTCTT CGTCAACCGC CTGAAAATCG701  GTATGCGCCT GCAAACCGAC CCGTCCGTGA TTTACGGCAT GGGTGCGGCA751  TACAAGGGCA AAATCCGTAA AGCCGACCTG CGCCGCGACA CGCCGTACAA801  CACCTACACG CGCGGCGGTC TGCCGCCAAC CCCGATCGCG CTGCCCGGCA851  AGGCGGCACT CGATGCCGCC GCCCATCCGT CCGGTGAAAA ATACCTGTAT901  TTCGTGTCCA AAATGGACGG TACGGGCTTG AGCCAGTTCA GCCATGATTT951  GACCGAACAC AACGCCGCCG TTCGCAAATA TATTTTGAAA AAATAA预计它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 34>:1  MLRKLLKWSA VFLTVSAAVF AALLFVPKDN GRAYRIKIAK NQGISSVGRN51  LAEDRIVFSR HVLTAAAYVL GVHNRLHTGT YRLPSEVSAW DILQKMRGGR101  PDSVTVQIIE GSRFSHMRKV IDATPDIEHD TKGWSNEKLM AEVAPDAFSG151  NPEGQFFPDS  YEIDAGGSDL  RIYQIAYKAM  QRRLNEAWES  RQDGLPYKNP201  YEMLIMASLI  EKETGHEADR  DHVASVFVNR  LKIGMRLQTD  PSVIYGMGAA251  YKGKIRKADL  RRDTPYNTYT  RGGLPPTPIA  LPGKAALDAA  AHPSGEKYLY301  FVSKMDGTGL  SQFSHDLTEH  NAAVRKYILK  K*
前导肽用下划线表示。
ORF7a和ORF7-1在重叠的133个氨基酸内显示出有98.1％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf7a.pep  MLRKLLKWSAVFLTVSAAVFAALLFVPKDNGRAYRIKIAKNQGISSVGRKLAEDRIVFSR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     MLRKLLKWSAVFLTVSAAVFAALLFVPKDNGRAYRIKIAKNQGISSVGRKLAEDRIVFSR
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf7a.DeD  HVLTAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     HVLTAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKV
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf7a.pep  IDATPDIEHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLRIYQIAYKAM
           ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||| |||||
orf7-1     IDATPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAM
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf7a.pep  QRRLNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTD
           |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     QRRLNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMASLVEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTD
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf7a.pep  PSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALPGKAALDAAAHPSGEKYLY
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     PSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALPGKAALDAAAHPSGEKYLY
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330
orf7a.pep  FVSKMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
           ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     FVSKMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
                  310       320       330
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF7与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF7.ng)在重叠的187个氨基酸内显示出有94.7％的相同性：
orf7      MRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATPDIGHITKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQ  60
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7ng    MRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQ  60
orf7      FFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMAXLVEKETG 120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| :||||||||||||||||| |:|||||
orf7ng    FFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLNEAWAGRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEKETG 120
orf7      HEAXXDHVASVFVNRLKIGMRLQTXXSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLP 180
          |||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
orf7ng    HEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTGGGLP 180
orf7      PTPIALP                                                   187
     || ||||orf7ng   PTRIALPGKAAMDAAAHPSGEKYLYFVSKMDGTGLSQFSHDLTEHNAAYRKYILKK  236
预计ORF7ng核苷酸序列<SEQ ID 35>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID36>:1 MRGGRPDSVT VQIIEGSRFS HMRKVIDATP DIGHDTKGWS NEKLMAEVAP51 DAFSGNPEGQ FFPDSYEIDA GGSDLQIYQT AYKAMQRRLN EAWAGRQDGL101 PYKNPYFMLI MASLIEKETG HEADRDHVAS VFVNRLKIGM RLQTDPSVIY151 GMGAAYKGKI RKADLRRDTP YNTYTGGGLP PTRIALPGKA AMDAAAHPSG201 EKYLYFVSKM DGTGLSQFSH DLTEHNAAVR KYILKK*进一步的序列分析揭示了ORF7ng的部分DNA序列<SEQ ID 37>:1 ..taccgaatca AGATTGCCAA AAATCAGGGT ATTTCGTCGG TCGGCAGGAA51   ACTTGCcgaA GACCGCATCG TGTTCAGCAG GCATGTTTTG ACAGCGGCGG101   CCTACGTTTT GGGTGTGCAC AACAGGCTGC ATACGGGGAC gTACAGATTG151   CCTTCGGAAG TGTCTGCTTG GGATATCTTG CAGAAAATGC GCGGCGGCAG201   GCCGGATTCC GTTACCGTGC AGATTATCGA AGGTTCGCGT TTTTCGCATA251   TGAGGAAAGT CATCGACGCA ACGCCCGACA TCGGACACGA CACCAAAGGC301   TGGAGCAATG AAAAACTGAT GGCGGAAGTT GCGCCCGATG CCTTCAGCGG351   CAATCCTGAA GGGCAGTTTT TTCCCGACAG CTACGAAATC GATGCGGGCG401   GCAGCGATTT GCAGATTTAC CAAACCGCCT ACAAGGCGAT GCAACGCCGC451   CTGAACGAGG CATGGGCAGG CAGGCAGGAC GGGCTGCCTT ATAAAAACCC501   TTATGAAATG CTGATTATGG CGAGCCTGAT CGAAAAGGAA ACGGGGCATG551   AGGCCGACCG CGACCATGTC GCTTCCGTCT TCGTCAACCG CCTGAAAATC601   GGTATGCGCC TGCAAACCGA CCCGTCCGTG ATTTACGGCA TGGGTGCGGC651   ATACAAGGGC AAAATCCGTA AAGCCGACCT GCGCCGCGAC ACGCCGTACA701   aCAccTAtac gggcgggggc ttgccgccaa cccggattgc gctgcccggC751   Aaggcggcaa tggatgccgc cgcccacccg tccggcgaAa aatacctgTa801   tttcgtgtcC AAAATGGACG GCACGGGCTT GAGCCAGTTC AGCCATGATT851   TGACCGAACA CAACGCCGCc gTcCGCAAAT ATATTTTGAA AAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQID 38:ORF7ng-1>:1 ..YRIKIAKNQG ISSVGRKLAE DRIVFSRHVL TAAAYVLGVH NRLHTGTYRL51   PSEVSAWDIL QKMRGGRPDS VTVQIIEGSR FSHMRKVIDA TPDIGHDTKG101   WSNEKLMAEV APDAFSGNPE GQFFPDSYEI DAGGSDLQIY QTAYKAMQRR151   LNEAWAGRQD GLPYKNPYEM LIMASLIEKE TGHEADRDHV ASVFVNRLKI201   GMRLQTDPSV IYGMGAAYKG KIRKADLRRD TPYNTYTGGG LPPTRIALPG251   KAAMDAAAHP SGEKYLYFVS KMDGTGLSQF SHDLTEHNAA VRKYILKK*ORF7ng-1和ORF7-1在重叠的298个氨基酸内有98.0％的相同性：
             10        20        30        40        50        60orf7-1.pep  KLLKWSAVFLTVSAAVFAALLFVPKDNGRAYRIKIAKNQGISSVGRKLAEDRIVFSRHVL
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||orf7ng-1                                  YRIKIAKNQGISSYGRKLAEDRIVFSRHVL
                                              10        20        30
             70        80        90       100       110       120orf7-1.pep  TAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf7ng-1    TAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDA
                40        50        60        70        80        90
            130       140       150       160       170       180orf7-1.pep  TPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRR
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf7ng-1    TPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRR
               100       110       120       130       140       150
            190       200       210       220       230       240orf7-1.pep  LNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMASLVEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSV
        ||||| :|||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||orf7ng-1    LNEAWAGRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSV
               160       170       180       190       200       210
            250       260       270       280       290       300orf7-1.pep  IYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALPGKAALDAAAHPSGEKYLYFVS
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||:||||||||||||||||orf7ng-1    IYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTGGGLPPTRIALPGKAAMDAAAHPSGEKYLYFVS
                220      230       240       250       260       270
            310       320       330orf7-1.pep  KMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
        |||||||||||||||||||||||||||||orf7ng-1    KMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
               280       290另外，ORF7ng-1显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白明显同源：sp|P28306|YCEG_ECOLI PABC-HOLB基因间区域中假设的38.2KD蛋白gi|1787339(AE000210)o340；与YCEG_ECOLI片段100％相同SW:P28306但有97个附加的C端残基[大肠杆菌]长度=340评分=79(36.2位)，估计值=5.0e-57,Sum P(2)=5.0e-57相同性=20/87(22％)，阳性=40/87(45％)询问：    10 GISSVGRKLAEDRIVFSRHVLTAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPD 69
          G  ++G +L  D+I+    V      +    +    GTYR   +++  ++L+ +  G+目标：    49 GRLALGEQLYADKIINRPRVFQWLLRIEPDLSHFKAGTYRFTPQMTVREMLKLLESGKEA 108询问：    70 SVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATPDIGH 96
             ++++EG R S   K +   P I H目标：   109 QFPLRLVEGMRLSDYLKQLREAPYIKH 135评分=438(200.7位)，估计值=5.0e-57,Sum P(2)=5.0e-57相同性=84/155(54％)，阳性=111/155(71％)询问：120 EGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLNEAWAGRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEK 179
       EG F+PD++   A  +D+ + + A+K M + ++ AW GR DGLPYK+  +++ MAS+IEK目标：158 EGWFWPDTWMYTANTTDVALLKRAHKKMVKAVDSAVEGRADGLPYKDKNQLVTMASIIEK 217询问：180 ETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTGG 239
       ET   ++RD VASVF+NRL+IGMRLQTDP+VIYGMG  Y GK+ +ADL   T YNTYT目标：218 ETAVASERDKVASVFINRLRIGMRLQTDPTVIYGMGERYNGKLSRADLETPTAYNTYTIT 277询问：240 GLPPTRIALPGKAAMDAAAHPSGEKYLYFVSKMDG 274
       GLPP  IA PG  ++ AAAHP+   YLYFV+   G目标：278 GLPPGAIATPGADSLKAAAHPAKTPYLYFVADGKG 312
根据该分析，包括流感嗜血菌YCEG蛋白具有一个可能的前导序列这一事实，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白及其表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗原。
实施例6
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 39>:1  CGTTTCAAAA TGTTAACTGT GTTGACGGCA ACCTTGATTG CCGGACAGGT51  ATCTGCCGCC GGAGGCGGTG CGGGGGATAT GAAACAGCCG AAGGAAGTCG101  GAAAGGTTTT CAGAAAGCAG CAGCGTTACA GCGAGGAAGA AATCAAAAAC151  GAACGCGCAC GGCTTGCGGC AGTGGGCGAG CGGGTTAATC AGATATTTAC201  GTTGCTGGGA GGGGAAACCG CCTTGCAAAA GGGGCAGGCG GGAACGGCTC251  TGGCAACCTA TATGCTGATG TTGGAACGCA CAAAATCCCC CGAAGTCGCC301  GAACGCGCCT TGGAAATGGC CGTGTCGCTG AACGCGTTTG AACAGGCGGA351  AATGATTTAT CAGAAATGGC GGCAGATTGA GCCTATACCG GGTAAGGCGC401  AAAAACGGGC GGGGTGGCTG CGGAACGTGC TGAGGGAAAG AGGAAATCAG451  CATCTGGACG GACGGGAAGA AGTGCTGGCT CAGGCGGACG AAGGACAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 40；ORF9>:1  ..RFKMLTVLTA TLIAGQVSAA GGGAGDMKQP KEVGKVFRKQ QRYSEEEIKN51    ERARLAAVGE RVNQIFTLLG GETALQKGQA GTALATYMLM LERTKSPEVA101    ERALEMAVSL NAFEQAEMIY QKWRQIEPIP GKAQKRAGWL RNVLRERGNQ151    HLDGREEVLA QADEGQ进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 41>:1  ATGTTACCTA ACCGTTTCAA AATGTTAACT GTGTTGACGG CAACCTTGAT51  TGCCGGACAG GTATCTGCCG CCGGAGGCGG TGCGGGGGAT ATGAAACAGC101  CGAAGGAAGT CGGAAAGGTT TTCAGAAAGC AGCAGCGTTA CAGCGAGGAA151  GAAATCAAAA ACGAACGCGC ACGGCTTGCG GCAGTGGGCG AGCGGGTTAA201  TCAGATATTT ACGTTGCTGG GAGGGGAAAC CGCCTTGCAA AAGGGGCAGG251  CGGGAACGGC TCTGGCAACC TATATGCTGA TGTTGGAACG CACAAAATCC301  CCCGAAGTCG CCGAACGCGC CTTGGAAATG GCCGTGTCGC TGAACGCGTT351  TGAACAGGCG GAAATGATTT ATCAGAAATG GCGGCAGATT GAGCCTATAC401  CGGGTAAGGC GCAAAAACGG GCGGGGTGGC TGCGGAACGT GCTGAGGGAA451  AGAGGAAATC AGCATCTGGA CGGACTGGAA GAAGTGCTGG CTCAGGCGGA501  CGAAGGACAG AACCGCAGGG TGTTTTTATT GTTGGCACAA GCCGCCGTGC551  AACAGGACGG GTTGGCGCAA AAAGCATCGA AAGCGGTTCG CCGCGCGGCG601  TTGAAATATG AACATCTGCC CGAAGCGGCG GTTGCCGATG TGGTGTTCAG651  CGTACAGGGA CGCGAAAAGG AAAAGGCAAT CGGAGCTTTG CAGCGTTTGG701  CGAAGCTCGA TACGGAAATA TTGCCCCCCA CTTTAATGAC GTTGCGTCTG751  ACTGCACGCA AATATCCCGA AATACTCGAC GGCTTTTTCG AGCAGACAGA801  CACCCAAAAC CTTTCGGCCG TCTGGCAGGA AATGGAAATT ATGAATCTGG851  TTTCCCTGCA CAGGCTGGAT GATGCCTATG CGCGTTTGAA CGTGCTGTTG901  GAACGCAATC CGAATGCAGA CCTGTATATT CAGGCAGCGA TATTGGCGGC951  AAACCGAAAA GAAGGTGCTT CCGTTATCGA CGGCTACGCC GAAAAGGCAT1001  ACGGCAGGGG GACGGAGGAA CAGCGGAGCA GGGCGGCGCT AACGGCGGCG1051  ATGATGTATG CCGACCGCAG GGATTACGCC AAAGTCAGGC AGTGGCTGAA1101  AAAAGTATCC GCGCCGGAAT ACCTGTTCGA CAAAGGTGTG CTGGCGGCTG1151  CGGCGGCTGT CGAGTTGGAC GGCGGCAGGG CGGCTTTGCG GCAGATCGGC1201  AGGGTGCGGA AACTTCCCGA ACAGCAGGGG CGGTATTTTA CGGCAGACAA1251  TTTGTCCAAA ATACAGATGC TCGCCCTGTC GAAGCTGCCC GATAAACGGG1301  AGGCTTTGAG GGGGTTGGAC AAGATTATCG AAAAACCGCC TGCCGGCAGT1351  AATACAGAGT TACAGGCAGA GGCATTGGTA CAGCGGTCAG TTGTTTACGA1401  TCGGCTTGGC AAGCGGAAAA AAATGATTTC AGATCTTGAA AGGGCGTTCA1451  GGCTTGCACC CGATAACGCT CAGATTATGA ATAATCTGGG CTACAGCCTG1501  CTGACCGATT CCAAACGTTT GGACGAAGGT TTCGCCCTGC TTCAGACGGC1551  ATACCAAATC AACCCGGACG ATACCGCTGT CAACGACAGC ATAGGCTGGG1601  CGTATTACCT GAAAGGCGAC GCGGAAAGCG CGCTGCCGTA TCTGCGGTAT1651  TCGTTTGAAA ACGACCCCGA GCCCGAAGTT GCCGCCCATT TGGGCGAAGT1701  GTTGTGGGCA TTGGGCGAAC GCGATCAGGC GGTTGACGTA TGGACGCAGG1751  CGGCACACCT TACGGGAGAC AAGAAAATAT GGCGGGAAAC GCTCAAACGT1801  CACGGCATCG CATTGCCCCA ACCTTCCCGA AAACCTCGGA AATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 42；ORF9-1>:1  MLPNRFKMLT VLTATLIAGQ VSAAGGGAGD MKQPKEVGKV FRKQQRYSEE51  EIKNERARLA AVGERVNQIF TLLGGETALQ KGQAGTALAT YMLMLERTKS101  PEVAERALEM AVSLNAFEQA EMIYQKWRQI EPIPGKAQKR AGWLRNVLRE151  RGNQHLDGLE EVLAQADEGQ NRRVFLLLAQ AAVQQDGLAQ KASKAVRRAA201  LKYEHLPEAA VADVVFSYQG REKEKAIGAL QRLAKLDTEI LPPTLMTLRL251  TARKYPEILD GFFEQTDTQN LSAVWQEMEI MNLVSLHRLD DAYARLNVLL301  ERNPNADLYI QAAILAANRK EGASVIDGYA EKAYGRGTEE QRSRAALTAA351  MMYADRRDYA KVRQWLKKVS APEYLFDKGV LAAAAAVELD GGRAALRQIG401  RVRKLPEQQG RYFTADNLSK IQMLALSKLP DKREALRGLD KIIEKPPAGS451  NTELQAEALV QRSVVYDRLG KRKKMISDLE RAFRLAPDNA QIMNNLGYSL501  LTDSKRLDEG FALLQTAYQI NPDDTAVNDS IGWAYYLKGD AESALPYLRY551  SFENDPEPEV AAHLGEVLWA LGERDQAVDV WTQAAHLTGD KKIWRETLKR
601 HGIALPQPSR KPRK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF9与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF9a)在重叠的166个氨基酸区域表现出有89.8％的相同性：
                   10        20        30        40        50orf9.pep       RFKMLTVLTATLIAGQVSAAGGGAGDMKQPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
           || :|:||:|:|:|||: ||  ||:| | |||||||||||||||||||||||||||orf9a      MLPARFTILSVLAAALLAGQAYAA--GAADAKPPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
               10        20          30        40        50
         60        70        80        90       100       110orf9.pep   AVGERVNQIFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf9a      AVGERVNQIFTLLGXETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
       60        70        80        90       100       110
        120       130       140       150       160orf9.pep   EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGREEVLAQADEGQ
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |orf9a      EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGLEEXLAQADEXQNRRVFLLLAQ
      120       130       140       150       160       170orf9a      AAVQQDGLAQKASKAVRRAALRYEHLPEAAVADVVFSVQXREKEKAIGALQRLAKLDTEI
      180       190       200       210       220       230全长ORF9a核苷酸序列<SEQ ID 43>是：1  ATGTTACCCG CCCGTTTCAC CATTTTATCT GTGCTCGCGG CAGCCCTGCT51  TGCCGGGCAG GCGTATGCCG CCGGCGCGGC GGATGCGAAG CCGCCGAAGG101  AAGTCGGAAA GGTTTTCAGA AAGCAGCAGC GTTACAGCGA GGAAGAAATC151  AAAAACGAAC GCGCACGGCT TGCGGCAGTG GGCGAGCGGG TTAATCAGAT201  ATTTACGTTG CTGGGANGGG AAACCGCCTT GCAAAAGGGG CAGGCGGGAA251  CGGCTCTGGC AACCTATATG CTGATGTTGG AACGCACAAA ATCCCCCGAA301  GTCGCCGAAC GCGCCTTGGA AATGGCCGTG TCNCTGAACG CGTTTGAACA351  GGCGGAAATG ATTTATCAGA AATGGCGGCA GATTGAGCCT ATACCGGGTA401  AGGCGCAAAA ACGGGCGGGG TGGCTGCGGA ACGTGCTGAG GGAAAGAGGA451  AATCAGCATC TAGACGGACT GGAAGAANTG CTGGCTCAGG CGGACGAANG501  ACAGAACCGC AGGGTGTTTT TATTGTTGGC ACAAGCCGCC GTGCAACAGG551  ACGGGTTGGC GCAAAAAGCA TCGAAAGCGG TTCGCCGCGC GGCGTTGAGA601  TATGAACATC TGCCCGAAGC GGCGGTTGCC GATGTGGTGT TCAGCGTACA651  GGNACGCGAA AAGGAAAAGG CAATCGGAGC TTTGCAGCGT TTGGCGAAGC701  TCGATACGGA AATATTGCCC CCCACTTTAA TGACGTTGCG TCTGACTGCA751  CGCAAATATC CCGAAATACT CGACGGCTTT TTCGAGCAGA CAGACACCCA801  AAACCTTTCG GCCGTCTGGC AGGAAATGGA AATTATGAAT CTGGTTTCCC851  TGCACAGGCT GGATGATGCC TATGCGCGTT TGAACGTGCT GTTGGAACGC901  AATCCGAATG CAGACCTGTA TATTCAGGCA GCGATATTGG CGGCAAACCG951  AAAAGAANGT GCTTCCGTTA TCGACGGCTA CGCCGAAAAG GCATACGGCA1001  GGGGGACGGG GGAACAGCGG GGCAGGGCGG CAATGACGGC GGCGATGATA1051  TATGCCGACC GAAGGGATTA CACCAAAGTC AGGCAGTGGT TGAAAAAAGT1101  GTCCGCGCCG GAATACCTGT TCGACAAAGG TGTGCTGGCG GCTGCGGCGG1151  CTGTCGAGTT GGACNGCGGC AGGGCGGCTT TGCGGCAGAT CGGCAGGGTG1201  CGGAAACTTC CCGAACAGCA GGGGCGGTAT TTTACGGCAG ACAATTTGTC1251  CAAAATACAG ATGTTCGCCC TGTCGAAGCT GCCCGACAAA CGGGAGGCTT1301  TGAGGGGGTT GGACAAGATT ATCGAAAAAC CGCCTGCCGG CAGTAATACA1351  GAGTTACAGG CAGAGGCATT GGTACAGCGG TCAGTTGTTT ACGATCGGCT1401  TGGCAAGCGG AAAAAAATGA TTTCAGATCT TGAAAGGGCG TTCAGGCTTG1451  CACCCGATAA CGCTCAGATT ATGAATAATC TGGGCTACAG CCTGCTTTCC1501  GATTCCAAAC GTTTGGACGA AGGCTTCGCC CTGCTTCAGA CGGCATACCA1551  AATCAACCCG GACGATACCG CTGTCAACGA CAGCATAGGC TGGGCGTATT1601  ACCTGAAANG CGACGCGGAA AGCGCGCTGC CGTATCTGCG GTATTCGTTT1651  GAAAACGACC CCGAGCCCGA AGTTGCCGCC CATTTGGGCG AAGTGTTGTG1701  GGCATTGGGC GAACGCGATC AGGCGGTTGA CGTATGGACG CAGGCGGCAC1751  ACCTTACGGG AGACAAGAAA ATATGGCGGG AAACGCTCAA ACGTCACGGC1801  ATCGCATTGC CCCAACCTTC CCGAAAACCT CGGAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 44>:1  MLPARFTILS VLAAALLAGQ AYAAGAADAK PPKEVGKVFR KQQRYSEEEI51  KNERARLAAV GERVNQIFTL LGXETALQKG QAGTALATYM LMLERTKSPE101  VAERALEMAV SLNAFEQAEM IYQKWRQIEP IPGKAQKRAG WLRNVLRERG151  NQHLDGLEEX LAQADEXQNR RVFLLLAQAA VQQDGLAQKA SKAVRRAALR201  YEHLPEAAVA DVVFSVQXRE KEKAIGALQR LAKLDTEILP PTLMTLRLTA251  RKYPEILDGF FFQTDTQNLS AVWQEMEIMN LVSLHRLDDA YARLNVLLER301  NPNADLYIQA AILAANRKEX ASVIDGYAEK AYGRGTGEQR GRAAMTAAMI351  YADRRDYTKV RQWLKKVSAP EYLFDKGVLA AAAAVELDXG RAALRQIGRV401  RKLPEQQGRY FTADNLSKIQ MFALSKLPDK REALRGLDKI IEKPPAGSNT451  ELQAEALVQR SVVYDRLGKR KKMISDLERA FRLAPDNAQI MNNLGYSLLS501  DSKRLDEGFA LLQTAYQINP DDTAVNDSIG WAYYLKXDAE SALPYLRYSF551  ENDPEPEVAA HLGEYLWALG ERIQAVDVWT QAAHLTGDKK IWRETLKRHG601  IALPQPSRKP RK*ORF9a和ORF9-1在614个氨基酸的重叠区域内显示出有95.3％的相同性：
               10        20          30        40        50orf9a.pep  MLPARFTILSVLAAALLAGQAYAAG--AADAKPPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
       ||| || :|:||:|:|:|||: |||  |:| | |||||||||||||||||||||||||||orf9-1     MLPNRFKMLTVLTATLIAGQVSAAGGGAGDMKQPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
               10        20        30        40        50        60
       60        70        80        90       100       110orf9a.pep  AVGERVNQIFTLLGXETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf9-1     AVGERVNQIFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
               70        80        90       100       110       120
       120      130       140       150       160       170orf9a.pep  EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGLEEXLAQADEXQNRRVFLLLAQ
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||orf9-1     EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGLEEVLAQADEGQNRRVFLLLAQ
              130       140       150       160       170       180
      180       190       200       210       220       230orf9a.pep  AAVQQDGLAQKASKAVRRAALRYEHLPEAAVADVVFSVQXREKEKAIGALQRLAKLDTEI
       |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||orf9-1     AAVQQDGLAQKASKAVRRAALKYEHLPEAAVADVVFSVQGREKEKAIGALQRLAKLDTEI
              190       200       210       220       230       240
      240       250       260       270      280       290orf9a.pep  LPPTLMTLRLTARKYPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLHRLDDAYARLNVLL
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf9-1     LPPTLMTLRLTARKYPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLHRLDDAYARLNVLL
              250       260       270       280       290       300
      300       310       320       330       340       350orf9a.pep  ERNPNADLYIQAAILAANRKEXASVIDGYAEKAYGRGTGEQRGRAAMTAAMIYADRRDYT
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||:|||:||||:|||||||:orf9-1     ERNPNADLYIQAAILAANRKEGASVIDGYAEKAYGRGTEEQRSRAALTAAMMYADRRDYA
              310       320       330       340       350       360
      360       370       380       390       400       410orf9a.pep  KVRQWLKKVSAPEYLFDKGVLAAAAAVELDXGRAALRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSK
          |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf9-1    KVRQWLKKVSAPEYLFDKGVLAAAAAVELDGGRAALRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSK
                 370       380       390       400       410       420
         420       430       440       450       460       470
orf9a.pep IQMFALSKLPDKREALRGLDKIIEKPPAGSNTELQAEALVQRSVVYDRLGKRKKMISDLE
          |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9-1    IQMLALSKLPDKREALRGLDKIIEKPPAGSNTELQAEALVQRSVVYDRLGKRKKMISDLE
                 430       440       450       460       470       480
         480       490       500       510       520       530
orf9a.pep RAFRLAPDNAQIMNNLGYSLLSDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKXD
          |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf9-1    RAFRLAPDNAQIMNNLGYSLLTDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGD
                 490       500       510       520       530       540
         540       550       560       570       580       590
orf9a.pep AESALPYLRYSFENDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLTGDKKIWRETLKR
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9-1    AESALPYLRYSFENDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLTGDKKIWRETLKR
                 550       560       570       580       590       600
         600       610
orf9a.pep HGIALPQPSRKPRKX
          |||||||||||||||
orf9-1    HGIALPQPSRKPRKX
                 610
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF9与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF9.ng)在重叠的163个氨基酸区域内显示出有82.8％的相同性：
Orf9            RFKMLTVLTATLIAGQVSAAGGGAGDMKQPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERAR  54
                || :|:||:|:|:|||: ||  ||:|:: |||||||:||::|||||||||||||
orf9ng    MIMLPARFTILSVLAAALLAGQAYAA--GAADVELPKEVGKVLRKHRRYSEEEIKNERAR  58
orf9      LAAVGERVNQIFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFE 114
          |||||||||::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9ng    LAAVGERVNRVFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFE 118
orf9      QAEMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGREEVLAQADEGQ         166
          |||||||||||||||||:||| ||||||||:| || |||  ||| ||:|
orf9ng    QAEMIYQKWRQIEPIPGEAQKPAGWLRNVLKEGGNPHLDRLEEVPAQSDYVHQPMIFLLL 178
预计ORF9ng核苷酸序列<SEQ ID 45>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID46>:1  MIMLPARFTI LSVLAAALLA GQAYAAGAAD VELPKEVGKV LRKHRRYSEE51  EIKNERARLA AVGERVNRVF TLLGGETALQ KGQAGTALAT YMLMLERTKS101  PEVAERALEM AVSLNAFEQA EMIYQKWRQI EPIPGEAQKP AGWLRNVLKE151  GGVPHLDRLE EVPAQSDYVH QPMIFLLLVQ AAVQHGGVAQ KPSKAVRPAA201  YNYEVLPETA GADAVFCVQG PQYEKAIQSF PPCGRNPQTE NIAPPFNELF251  RPTARPISPK LLQRFFRTEP NLAKPFRPPG PEMETYQTGF PRPLTRNNPT氨基酸1-28是推定的前导序列，173-189预计是跨膜结构域。进一步的序列分析揭示了全长ORF9ng DNA序列<SEQ ID 47>:1  ATGTTACCCG CCCGTTTCAC TATTTTATCT GTCCTCGCAG CAGCCCTGCT51  TGCCGGACAG GCGTATGCTG CCGGCGCGGC GGATGTGGAG CTGCCGAAGG101  AAGTCGGAAA GGTTTTAAGG AAACATCGGC GTTACAGCGA GGAAGAAATC151  AAAAACGAAC GCGCACGGCT TGCGGCAGTG GGCGAACGGG TCAACAGGGT 201 GTTTACGCTG TTGGGCGGTG AAACGGCTTT GCAGAAAGGG CAGGCGGGAA251 CGGCTCTGGC AACCTATATG CTGATGTTGG AACGCACAAA ATCCCCCGAA301 GTCGCCGAAC GCGCCTTGGA AATGGCCGTG TCGCTGAACG CGTTTGAACA351 GGCGGAAATG ATTTATCAGA AATGgcggca gatcgagcct ataCcgggtg401 aggcgcaaaa accgGcgggG tggctgcgga acgtattgaa ggaagggGGa451 aaTCAGCATC TGGAcgggtt gaaagaggTG CtggcgcaAT cggacgatGT501 GCAAAAAcgc aggaTATTTT TGCTGCTGGT GCAAGCCGCC GTGCagcagg551 gTGGGGTGGC TCAAAAAGCA TCGAAAGCGG TTCGCcgtgc GGcgttgaAG601 TATGAACATC TGCCcgaagc ggcggTTGCC GATGcggTGT TCGGCGTACA651 GGGACGCGAA AAGGAAAagg caaTCGAAGC TTTGCAGCGT TTGGCGAAGC701 TCGATACGGA AATATTGCCC CCCACTTTAA TGACGTTGCG TCTGACTGCA751 CGCAAATATC CCGAAATACT CGACGGCTTT TTCGAGCAGA CAGACACCCA801 AAACCTTTCG GCCGTCTGGC AGGAAATGGA AATTATGAAT CTGGTTTCCC851 TGCGTAAGCC GGATGATGCC TATGCGCGTT TGAACGTGCT GTTGGAACAC901 AACCCGAATG CAAACCTGTA TATTCAGGCG GCGATATTGG CGGCAAACCG951 AAAAGAAGGT GCGTCCGTTA TCGACGGCTA CGCCGAAAAG GCATACGGCA1001 GGGGGACGGG GGAACAGCGG GGCagggcgg cAATgacggc GGCGATGATA1051 TATGCCGACC GCAGGGATTA CGCCAAAGTC AGGCAGTGGT TGAAAAAAGT1101 GTCCGCGCCG GAATACCTGT TCGACAAAGG CGTGCTGGCG GCTGCGGCGG1151 CTGCCGAATT GGACGGAGGC CGGGCGGCTT TGCGGCAGAT CGGCAGGGTG1201 CGGAAACTTC CCGAACAGCA GGGGCGGTAT TTTACGGCAG ACAATTTGTC1251 CAAAATACAG ATGCTCGCCC TGTCGAAGCT GCCCGACAAA CGGGAAGCCC1301 TGATCGGGCT GAACAACATC ATCGCCAAAC TTTCGGCGGC GGGAAGCACG1351 GAACCTTTGG CGGAAGCATT GGCACAGCGT TCCATTATTT ACGaacAGTT1401 cggCAAACGG GGAAAAATGA TTGCCGACCT tgaAACcgcg CTCAAACTTA1451 CGCCCGATAA TGCACAAATT ATGAATAATC TGGGCTACAG CCTGCTTTCC1501 GATTCCAAAC GTTTGGACGA GGGTTTCGCC CTGCTTCAGA CGGCATACCA1551 AATCAACCCG GACGATACCG CCGTTAACGA CAGCATAGGC TGGGCGTATT1601 ACCTGAAAGG CGACgcggaA AGCGCGCTGC CGTATCTGcg gtattcgttt1651 gAAAACGACC CCGAGCCCGA AGTTGCCGCC CATTTGGGCG AAGTGTTGTG1701 GGCATTGGGC GAACGCGATC AGGCGGTTGA CGTATGGACG CAGGCGGCAC1751 ACCTTAGGGG AGACAAGAAA ATATGGCGGG AGACGCTCAA ACGCTACGGA1801 ATCGCCTTGC CCGAGCCTTC CCGAAAACCC CGGAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 48>:1  MLPARFTILS VLAAALLAGQ AYAAGAADVE LPKEVGKVLR KHRRYSEEEI51  KNERARLAAV GERVNRVFTL LGGETALQKG QAGTALATYM LMLERTKSPE101  VAERALEMAV SLNAFEQAEM IYQKWRQIEP IPGEAQKPAG WLRNVLKEGG151  NQHLDGLKEV LAQSDDVQKR RIFLLLVQAA VQQGGVAQKA SKAVRRAALK201  YEHLPEAAVA DAVFGVQGRE KEKAIEALQR LAKLDTEILP PTLMTLRLTA251  RKYPEILDGF FEQTDTQNLS AVWQEMEIMN LVSLRKPDDA YARLNVLLEH301  NPNANLYIQA AILAANRKEG ASVIDGYAEK AYGRGTGEQR GRAAMTAAMI351  YADRRDYAKV RQWLKKVSAP EYLFDKGVLA AAAAAELDGG RAALRQIGRV401  RKLPEQQGRY FTADNLSKIQ MLALSKLPDK REALIGLNNI IAKLSAAGST451  EPLAEALAQR SIIYEQFGKR GKMIADLETA LKLTPDNAQI MNNLGYSLLS501  DSKRLDEGFA LLQTAYQINP DDTAVNDSIG WAYYLKGDAE SALPYLRYSF551  ENDPEPEVAA HLGEVLWALG ERDQAVDVWT QAAHLRGDKK IWRETLKRYG601  IALPEPSRKP RK*ORF9ng和ORF9-1在614个氨基酸的重叠区域内显示出有88.1％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf9-1.pep  MLPNRFKMLTVLTATLIAGQVSAAGGGAGDMKQPKEYGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
        ||| || :|:||:|:|:|||: |||  |:|:: |||||||:||::|||||||||||||||orf9ng-1    MLPARFTILSVLAAALLAGQAYAAG--AADVELPKEYGKVLRKHRRYSEEEIKNERARLA
                       10        20          30        40        50
                70        80        90       100       110       120orf9-1.pep  AVGERVNQIFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
        |||||||::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf9ng-1    AVGERVNRVFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
        60        70        80        90       100       110
               130       140       150       160       170       180orf9-1.pep  EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGLEEVLAQADEGQNRRVFLLLAQ
        |||||||||||||||:||| ||||||||:| ||||||||:|||||:|: |:||:||||:|orf9ng-1    EMIYQKWRQIEPIPGEAQKPAGWLRNVLKEGGNQHLDGLKEVLAQSDDVQKRRIFLLLVQ
       120       130       140       150       160       170
               190       200       210      220       230       240orf9-1.pep  AAVQQDGLAQKASKAVRRAALKYEHLPEAAVADVVFSVQGREKEKAIGALQRLAKLDTEI
        ||||| |:|||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||| ||||||||||||orf9ng-1    AAVQQGGVAQKASKAVRRAALKYEHLPEAAVADAVFGVQGREKEKAIEALQRLAKLDTEI
       180       190       200       210       220       230
               250       260       270       280       290       300orf9-1.pep  LPPTLMTLRLTARKYPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLHRLDDAYARLNVLL
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:: |||||||||||orf9ng-1    LPPTLMTLRLTARKYPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQFMEIMNLVSLRKPDDAYARLNVLL
       240       250      260        270       280       290
               310       320       330       340       350       360orf9-1.pep  ERNPNADLYIQAAILAANRKEGASVIDGYAEKAYGRGTEEQRSRAALTAAMMYADRRDYA
        |:||||:||||||||||||||||||||||||||||||| |||:|||:||||:||||||||orf9ng-1    EHNPNANLYIQAAILAANRKEGASVIDGYAEKAYGRGTGEQRGRAAMTAAMIYADRRDYA
       300       310       320       330       340       350
               370       380       390       400       410       420orf9-1.pep  KVRQWLKKVSAPEYLFDKGVLAAAAAVELDGGRAALRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSK
        ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||orf9ng-1    KVRQWLKKVSAPEYLFDKGVLAAAAAAELDGGRAALRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSK
       360       370       380       390       400       410
               430       440       450       460       470       480orf9-1.pep  IQMLALSKLPDKREALRGLDKIIEKPPAGSNTELQAEALVQRSVVYDRLGKRKKMISDLE
        |||||||||||||||| ||::|| |  |:::||  ||||:|||::|:::||| |||:|||orf9ng-1    IQMLALSKLPDKREALIGLNNIIAKLSAAGSTEPLAEALAQRSIIYEQFGKRGKWIADLE
       420       430       440       450       460       470
               490       500       510       520       530       540orf9-1.pep  RAFRLAPDNAQIMNNLGYSLLTDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAYNDSIGWAYYLKGD
         |::|:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf9ng-1    TALKLTPDNAQIMNNLGYSLLSDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGD
       480       490       500       510       520       530
               550       560       570       580       590       600orf9-1.pep  AESALPYLRYSFENDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLTGDKKIWRETLKR
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||orf9ng-1    AESALPYLRYSFENDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLRGDKKIWRETLKR
       540       550       560       570       580       590
               610orf9-1.pep  HGIALPQPSRKPRKX
        :|||||:||||||||orf9ng-1    YGIALPEPSRKPRKX
       600       610另外，ORF9ng显示出与绿脓杆菌的一种假设蛋白明显同源：sp|P42810|YHE3_PSEAE HEMM-HEMA基因间区域中的假设的64.8 KD蛋白(ORF3)>gi|1072999|pir||S49376假设蛋白3-绿脓杆菌>gi|557259(X82071)orf3[绿脓杆菌]长度=576评分=128位(318)，估计值=1e-28相同性=138/587(23％)，阳性=228/587(38％)，空隙=125/587(21％)询问：67  VFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQAEMIYQKWR 126
       +++LL  E A Q+ +   AL+ Y++  ++T+ P V+ERA  +A  L A ++A      W目标：53  LYSLLVAELAGQRNRFDIALSNYVVQAQKTRDPGVSERAFRIAEYLGADQEALDTSLLWA 112询问：127 QIEPIPGEAQKPAG--------------WLRNVLKEGGNQHLDGLKEVLAQSDDVQKRRI 172
       +  P   +AQ+ A               ++  VL   G+ H D L    A++D   +  +目标：113 RSAPDNLDAQRAAAIQLARAGRYEESMVYMEKVLNGQGDTHFDFLALSAAETDPDTRAGL 172询问：173 FXXXXXXXXXXXXXXXKASKAVRRAALKYEHLPEAAVADAVFGVQGREKEKAIEALQRLA 232
                          ++      KY +  +     A+   Q    ++A+  L+  +目标：173 L------------------QSFDHLLKKYPNNGQLLFGKALLLQQDGRPDEALTLLEDNS 214询问：233 KLDTEILPPTLMTLRLTARK-----YPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLRKP 287
           E+ P  L +  L + K      P +  G  E  D + +   +  +    LV   +目标：215 ASRHEVAPLLLRSRLLQSMKRSDEALPLLKAGIKEHPDDKRVRLAYARL----LVEQNRL 270询问：288 DDAYARLNVLLEHNPN---------------------ANLYIQAAI-------------- 312
       DDA A    L++  P+                     A +Y++  +目标：271 DDAKAEFAGLVQQFPDDDDDLRFSLALVCLEAQAWDEARIYLEELVERDSHVDAAHFNLG 330询问：313 -LAANRKEGASVIDGYAEKAYGRGTGEQRGRAAMTAAMIYADRRDYAKVRQWLKKVSAPE 371
        LA  +K+ A  +D  YA+  G G      +   T  ++ A R D A  R    +   P+目标：331 RLAEEQKDTARALDEYAQ--VGPGNDFLPAQLRQTDVLLKAGRVDEAAQRLDKARSEQPD 388询问：372 YLFDKXXXXXXXXXXXXXXXXXXRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSKIQMLALSKLPDKR 431
       Y                                        A  L  I+  ALS    +目标：389 Y----------------------------------------AIQLYLIEAEALSNNDQQE 408询问：432 EALIGLNNIIAKLSAAGSTEPLAEALAQRSIIYEQFGKRGKMIADLETALKLTPDNAQIM 491
       +A   +   + +       E L   L  RS++ E+     +M  DL   +   PDNA  +目标：409 KAWQAIQEGLKQYP-----EDL-NLLYTRSMLAEKRNDLAQMEKDLRFVIAREPDNAMAL 462询问：492 NNLGYSLLSDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGDAESALPYLRYSFE 551
       N LGY+L   + R  E   L+  A+++NPDD A+ DS+GW  Y +G    A  YLR + +目标：463 NALGYTLADRTTRYGEARELILKAHKLNPDDPAILDSMGWINYRQGKLADAERYLRQALQ 522询问：552 NDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLRGDKKIWRETLKR 598
         P+ EVAAHLGEVLWA G +  A  +W +    + D  + R T+KR目标：523 RYPDHEVAAHLGEVLWAQGRQGDARAIWREYLDKQPDSDVLRRTIKR 569gi|2983399(AE000710)假设蛋白[Aquifex aeolicus]长度=545评分=81.5位(198)，估计值=1e-14相同性=61/198(30％)，阳性=98/198(48％)，空隙=19/198(9％)询问：408 GRYFTADNL-SKIQMLALSKLPDKREALIGLNNIIAKLSAAGSTEPLAEALAQ------- 459
       G Y  A  L  K ++LA    PDK+E L    +  +K         + + L +目标：335 GNYEDAKRLIEKAKVLA----PDKKEILFLEADYYSKTKQYDKALEILKKLEKDYPNDSR 390询问：460 ----RSIIYEQFGKRGKMIADLETALKLTPDNAQIMNNLGYSLLS--DSKRLDEGFALLQ 513
            +I+Y+  G        L  A++L P+N    N LGYSLL     +R++E   L++目标：391 VYFMEAIVYDNLGDIKNAEKALRKAIELDPENPDYYNYLGYSLLLWYGKERVEEAEELIK 450询问：514 TAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGDAESALPYLRYSF-ENDPEPEVAAHLGEVLWALGER 572
        A + +P++ A  DS+GW YYLKGD E A+ YL  +  E   +P V  H+G+VL  +G +目标：451 KALEKDPENPAYIDSMGWVYYLKGDYERAMQYLLKALREAYDDPVVNEHVGDVLLKMGYK 510询问：573 DQAVDVWTQAAHLRGDKK 590
       ++A + + +A  L  + K目标：511 EEARNYYERALKLLEEGK 528
根据该分析，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗原。
实施例7
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 49>:1  AACCTCTACG CCGGCCCGCA GACCACATCC GTCATCGCAA ACATCGCCGA51  CAACCTGCAA CTGGCCAAAG ACTACGGCAA AGTACACTGG TTCGCCTCCC101  CGCTCTTCTG GCTCCTGAAC CAACTGCACA ACATCATCGG CAACTGGGGC151  TGGGCGATTA TCGTTTTAAC CATCATCGTC AAAGCCGTAC TGTATCCATT201  GACCAACGCC TCTTACCGCT CTATGGCGAA AATGCGTGCC GCCGCACCCA251  AACTGCAAGC CATCAAAGAG AAATACGGCG ACGACCGTAT GGCGCAACAA301  CAGGCGATGA TGCAGCTTTA CACAGACGAG AAAATCAACC CGaCTGGGCG351  GCTGCCTGCC TATGCTGTTG CAAATCCCCG TCTTCATCGG ATTGTATTGG401  GCATTGTTCG CCTCCGTAGA ATTGCGCCAG GCACCTTGGC TGGGTTGGAT451  TACCGACCTC AGCCGCGCCG ACCCCTACTA CATCCTGCCC ATCATTATGG501  CGGCAACGAT GTTCGCCCAA ACTTATCTGA ACCCGCCGCC GAcCGACCCG551  ATGCagGCGA AAATGATGAA AATCATGCCG TTGGTTTTCT CsGwCrTGTT601  CTTCTTCTTC CCTGCCGGks TGGTATTGTA CTGGGTAGTC AACAACCTCC651  TGACCATCGC CCAGCAATGG CACATCAACC GCAGCATCGA AAAACAACGC701  GCCCAAGGCG AAGTCGTTTC CTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 50:ORF11>:1 ..NLYAGPQTTS VIANIADNLQ LAKDYGKVHW FASPLFWLLN QLHNIIGNWG51   WAIIVLTIIV KAVLYPLTNA SYRSMAKMRA AAPKLQAIKE KYGDDRMAQQ101   QAMMQLYTDE KINPLGGCLP MLLQIPVFIG LYWALFASVE LRQAPWLGWI151   TDLSRADPYY ILPIIMAATM FAQTYLNPPP TDPMQAKMMK IMPLVFSXXF201   FFFPAGXVLY WVVNNLLTIA QQWHINRSIE KQRAQGEVVS *进一步的序列分析揭示了全部的DNA序列<SEQ ID 51>:1  ATGGATTTTA AAAGACTCAC GGCGTTTTTC GCCATCGCGC TGGTGATTAT51  GATCGGCTGG GAAAAGATGT TCCCCACTCC GAAGCCAGTC CCCGCGCCCC101  AACAGGCAGC ACAACAACAG GCCGTAACCG CTTCCGCCGA AGCCGCGCTC151  GCGCCCGCAA CGCCGATTAC CGTAACGACC GACACGGTTC AAGCCGTCAT201  TGATGAAAAA AGCGGCGACC TGCGCCGGCT GACCCTGCTC AAATACAAAG251  CAACCGGCGA CGAAAATAAA CCGTTCATCC TGTTTGGCGA CGGCAAAGAA301  TACACCTACG TCGCCCAATC CGAACTTTTG GACGCGCAGG GCAACAACAT351  TCTAAAAGGC ATCGGCTTTA GCGCACCGAA AAAACAGTAC AGCTTGGAAG401  GCGACAAAGT TGAAGTCCGC CTGAGCGCGC CTGAAACACG CGGTCTGAAA451  ATCGACAAAG TTTATACTTT CACCAAAGGC AGCTATCTGG TCAACGTCCG501  CTTCGACATC GCCAACGGCA GCGGTCAAAC CGCCAACCTG AGCGCGGACT551  ACCGCATCGT CCGCGACCAC AGCGAACCCG AGGGTCAAGG TTACTTTACC601  CACTCTTACG TCGGCCCTGT TGTTTATACC CCTGAAGGCA ACTTCCAAAA651  AGTCAGCTTT TCCGACTTGG ACGACGATGC CAAATCCGGC AAATCCGAGG701  CCGAATACAT CCGCAAAACC CCGACCGGCT GGCTCGGCAT GATTGAACAC751  CACTTCATGT CCACCTGGAT TCTCCAACCT AAAGGCAGAC AAAGCGTTTG801  CGCCGCAGGC GAGTGCAACA TCGACATCAA ACGCCGCAAC GACAAGCTGT851  ACAGCACCAG CGTCAGCGTG CCTTTAGCCG CCATCCAAAA CGGCGCGAAA901  GCCGAAGCCT CCATCAACCT CTACGCCGGC CCGCAGACCA CATCCGTCAT951  CGCAAACATC GCCGACAACC TGCAACTGGC CAAAGACTAC GGCAAAGTAC1001  ACTGGTTCGC CTCCCCGCTC TTCTGGCTCC TGAACCAACT GCACAACATC1051  ATCGGCAACT GGGGCTGGGC GATTATCGTT TTAACCATCA TCGTCAAAGC1101  CGTACTGTAT CCATTGACCA ACGCCTCTTA CCGCTCTATG GCGAAAATGC1151  GTGCCGCCGC ACCCAAACTG CAAGCCATCA AAGAGAAATA CGGCGACGAC1201  CGTATGGCGC AACAACAGGC GATGATGCAG CTTTACACAG ACGAGAAAAT1251  CAACCCGCTG GGCGGCTGCC TGCCTATGCT GTTGCAAATC CCCGTCTTCA1301  TCGGATTGTA TTGGGCATTG TTCGCCTCCG TAGAATTGCG CCAGGCACCT1351  TGGCTGGGTT GGATTACCGA CCTCAGCCGC GCCGACCCCT ACTACATCCT1401  GCCCATCATT ATGGCGGCAA CGATGTTCGC CCAAACTTAT CTGAACCCGC1451  CGCCGACCGA CCCGATGCAG GCGAAAATGA TGAAAATCAT GCCGTTGGTT1501  TTCTCCGTCA TGTTCTTCTT CTTCCCTGCC GGTCTGGTAT TGTACTGGGT1551  AGTCAACAAC CTCCTGACCA TCGCCCAGCA ATGGCACATC AACCGCAGCA1601  TCGAAAAACA ACGCGCCCAA GGCGAAGTCG TTTCCTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 52；ORF11-1>:1 MDFKRLTAFF AIALVIMIGW EKMFPTPKPV PAPQQAAQQQ AVTASAEAAL51 APATPITVTT DTVQAVIDEK SGDLRRLTLL KYKATGDENK PFILFGDGKE101 YTYVAQSELL DAQGNNILKG IGFSAPKKQY SLEGDKVEYR LSAPETRGLK151 IDKVYTFTKG SYLVNYRFDI ANGSGQTANL SADYRIVRDH SEPEGQGYFT201 HSYVGPVVYT PEGNFQKVSF SDLDDDAKSG KSEAEYIRKT PTGWLGMIEH251 HFMSTWILQP KGRQSVCAAG ECNIDIKRRN DKLYSTSVSV PLAAIQNGAK301 AEASINLYAG PQTTSVIANI ADNLQLAKDY GKVHWFASPL FWLLNQLHNI351 IGNWGWAIIV LTIIVKAVLY PLTNASYRSM AKMRAAAPKL QAIKEKYGDD401 RMAQQQAMMQ LYTDEKINPL GGCLPMLLQI PVFIGLYWAL FASVELRQAP451 WLGWITDLSR ADPYYILPII MAATMFAQTY LNPPPTDPMQ AKMMKIMPLV501 FSVMFFFFPA GLVLYWVVNN LLTIAQQWHI NRSIEKQRAQ GEVVS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果:
与恶臭假单胞菌ORF11的60kDa内膜蛋白(登录号为P25754)的同源性
ORF11和60kDa的蛋白在229个氨基酸的重叠区域内显示出有58％的氨基酸相同性(BLASTp)。ORF11  2   LYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIVLTIIVK 61
       LYAGP+  S +  ++  L+L  DYG + + A P+FWLL  +H+++GNWGW+IIVLT+++K60K    324 LYAGPKIQSKLKELSPGLELTVDYGFLWFIAQPIFWLLQHIHSLLGNWGWSIIVLTMLIK 383ORF11  52  AVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRXXXXXXXXXLYTDEKINPLGGCLPM 121
        + +PL+ ASYRSMA+MRA APKL A+KE++GDDR         LY  EKINPLGGCLP+60K    384 GLFFPLSAASYRSMARMRAVAPKLAALKERFGDDRQKMSQAMMELYKKEKINPLGGCLPI 443ORF11  122 LLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLNPPPT 181
       L+Q+PVF+ LYW L  SVE+RQAPW+ WITDLS  DP++ILPIIM ATMF Q  LNP P60K    444 LVQMPVFLALYWVLLESVEMRQAPWILWITDLSIKDPFFILPIIMGATMFIQQRLNPTPP 503ORF11  182 DPMQAKMMKIMPLVXXXXXXXXPAGXVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIE 230
       DPMQAK+MK+MP++        PAG VLYWVVNN L+I+QQW+I R IE60K    504 DPMQAKVMKMMPIIFTFFFLWFPAGLVLYWVVNNCLSISQQWYITRRIE 552
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF11与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF11a)在240个氨基酸重叠区域内显示出有97.9％的相同性：
                                              10        20        30orf11. pep                                NLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHW
                                      ||||||||||||||||||||| ||||||||orf11a      IKRRNDKLYSTSVSVPLAAIQNGAKSXASINLYAGPQTTSVIANIADNLQLXKDYGKVHW
          280       290       300       310       320       330
                40        50        60        70        80        90orf11.pep   FASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIVLTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKE
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11a      FASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIVLTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKE
          340       350       360       370       380       390
               100       110       120       130       140       150orf11.pep   KYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPLGGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWI
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11a      KYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPLGGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWI
          400       410       420       430       440       450
                160       170       180       190       200       210orf11. pep   TDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVFSXXFFFFPAGXVLY
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||orf11a       TDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVXSXXFFXFPAGLVLY
           460       470       480       490       500       510
                220       230       240orf11.pep    WVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGEVVSX
         ||:||||||||||||||||||||||||||||orf11a       WVINNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGEVVSX
           520       530       540全长ORF11核苷酸序列<SEQ ID 53>是：1  ANGGATTTTA AAAGACTCAC NGNGTTTTTC GCCATCGCAC TGGTGATTAT51  GATCGGATNG NAAANGATGT TCCCCACTCC GAAGCCCGTC CCCGCGCCCC101  AACAGACGGC ACAACAACAG GCCGTAANCG CTTCCGCCGA AGCCGCGCTC151  GCGCCCGNAN CGCCGATTAC CGTAACGACC GACACGGTTC AAGCCGTCAT201  TGATGAAAAA AGCGGCGACC TGCGCCGGCT GACCCTGCTC AAATACAAAG251  CAACCGGCGA CNAAAATAAA CCGTTCATCC TGTTTGGCGA CGGCAAANAA301  TACACCTACN TCGCCCANTC CGAACTTTTG GACGCGCAGG GCAACAACAT351  TCTAAAAGGC ATCGGCTTTA GCGCACCGAA AAAACAGTAC AGCTTGGAAG401  GCGACAAAGT TGAAGTCCGC CTGAGCGCAC CTGAAACACG CGGTCTGAAA451  ATCGACAAAG TTTATACTTT CACCAAAGGC AGCTATCTGG TCAACGTCCG501  CTTCGACATC GCCAACGGCA GCGGTCAAAC CGCCAACCTG AGCGCGGACT551  ACCGCATCGT CCGCGACCAC AGCGAACCCG AGGGTCAAGG CTACTTTACC601  CACTCTTACG TCGGCCCTGT TGTTTATACC CCTGAAGGCA ACTTCCAAAA651  AGTCAGCTTC TCCGACTTGG ACGACGATGC CAANTCCGGN AAATCCGAGG701  CCGAATACAT CCGCAAAACC CNGACCGGCT GGCTCGGCAT GATTGAACAC751  CACTTCATGT CCACCTGGAT CCTCCAACCC AAAGGCGGAC AAAGCGTTTG801  CGCCGCTGGC GACTGCNGTA TNGACATCAA ACGCCGCAAC GACAAGCTGT851  ACAGCACCAG CGTCAGCGTG CCTTTAGCCG CTATCCAAAA CGGTGCGAAA901  TCCNAAGCCT CCATCAACCT CTACGCCGGC CCACAGACCA CATCNGTTAT951  CGCAAACATC GCCGACAACC TGCAACTGGN CAAAGACTAC GGCAAAGTAC1001  ACTGGTTCGC CTCCCCCCTC TTTTGGCTTT TGAACCAACT GCACAACATC1051  ATCGGCAACT GGGGCTGGGC GATTATCGTT TTAACCATCA TCGTCAAAGC1101  CGTACTGTAT CCATTGACCA ACGCCTCTTA CCGTTCGATG GCGAAAATGC1151  GTGCCGCCGC GCCCAAACTG CAAGCCATCA AAGAGAAATA CGGCGACGAC1201  CGTATGGCGC AGCAACAAGC CATGATGCAG CTTTACACAG ACGAGAAAAT1251  CAACCCGCTG GGCGGCTGCC TGCCTATGCT GTTGCAAATC CCCGTCTTCA1301  TCGGATTGTA TTGGGCATTG TTCGCCTCCG TAGAATTGCG CCAGGCACCT1351  TGGCTGGGTT GGATTACCGA CCTCAGCCGC GCCGACCCNT ACTACATCCT1401  GCCCATCATT ATGGCGGCAA CGATGTTCGC CCAAACCTAT CTGAACCCGC1451  CGCCGACCGA CCCGATGCAG GCGAAAATGA TGAAAATCAT GCCTTTGGTT1501  NTNTCNNNNA NGTTCTTCNN CTTCCCTGCC GGTCTGGTAT TGTACTGGGT1551  GATCAACAAC CTCCTGACCA TCGCCCAGCA ATGGCACATC AACCGCAGCA1601  TCGAAAAACA ACGCGCCCAA GGCGAAGTCG TTTCCTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 54>:1  XDFKRLTXFF AIALVIMIGX XXMFPTPKPV PAPQQTAQQQ AVXASAEAAL51  APXXPITVTT DTVQAVIDEK SGDLRRLTLL KYKATGDXNK PFILFGDGKX101  YTYXAXSELL DAQGNNILKG IGFSAPKKQY SLEGDKVEVR LSAPETRGLK151  IDKVYTFTKG SYLVNVRFDI ANGSGQTANL SADYRIVRDH SEPEGQGYFT201  HSYVGPVVYT PEGNFQKVSF SDLDDDAXSG KSEAEYIRKT XTGWLGMIEH251  HFMSTWILQP KGGQSVCAAG DCXXDIKRRN DKLYSTSVSV PLAAIQNGAK301  SXASINLYAG PQTTSVIANI ADNLQLXKDY GKVHWFASPL FWLLNQLHNI351  IGNWGWAIIV LTIIVKAVLY PLTNASYRSM AKMRAAAPKL QAIKEKYGDD401  RMAQQQAMMQ LYTDEKINPL GGCLPMLLQI PVFIGLYWAL FASVELRQAP451  WLGWITDLSR ADPYYILPII MAATMFAQTY LNPPPTDPMQ AKMMKIMPLV501  XSXXFFXFPA GLVLYWVINN LLTIAQQWHI NRSIEKQRAQ GEVVS*ORF11和ORF11-1在544个氨基酸重叠区域内显示出有95.2％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf11a.pep   XDFKRLTXFFAIALVIMIGXXXMFPTPKPVPAPQQTAQQQAVXASAEAALAPXXPITVTT
          |||||| |||||||||||   |||||||||||||:||||||:||||||||| :||||||orf11-1      MDFKRLTAFFAIALVIMIGWEKMFPTPKPVPAPQQAAQQQAVTASAEAALAPATPITVTT
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf11a.pep   DTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDXNKPFILFGDGKXYTYXAXSELLDAQGNNILKG
         ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||orf11-1      DTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDENKPFILFGDGKEYTYVAQSELLDAQGNNILKG
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf11a.pep   IGFSAPKKQYSLEGDKVEVRLSAPETRGLKIDKVYTFTKGSYLVNVRFDIANGSGQTANL
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11-1      IGFSAPKKQYSLEGDKVEVRLSAPETRGLKIDKVYTFTKGSYLVNVRFDIANGSGQTANL
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf11a.pep   SADYRIVRDHSEPEGQGYFTHSYVGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAXSGKSEAEYIRKT
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||orf11-1      SADYRIVRDHSEPEGQGYFTHSYVGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAKSGKSEAEYIRKT
                190      200        210       220       230       240
                250      260        270       280       290       300orf11a.pep   XTGWLGWIEHHFMSTWILQPKGGQSVCAAGDCXXDIKRRNDKLYSTSVSVPLAAIQNGAK
          ||||||||||||||||||||| |||||||:|  ||||||||||||||||||||||||||orf11-1      PTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGRQSVCAAGECNIDIKRRNDKLYSTSVSVPLAAIQNGAK
                250      260       270        280       290       300
                310      320       330        340       350       360orf11a.pep   SXASINLYAGPQTTSVIANIADNLQLXKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIV
         : |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||orf11-1      AEASINLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIV
                310      320       330       340        350       360
                370      380       390       400        410       420orf11a.pep   LTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPL
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11-1      LTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPL
                370      380       390       400        410       420
                430      440       450       460        470       480orf11a.pep   GGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTY
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11-1      GGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTY
                430      440       450       460        470       480
                490      500       510       520        530       540orf11a.pep   LNPPPTDPMQAKMMKIMPLVXSXXFFXFPAGLVLYWVINNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQ
         |||||||||||||||||||| |  || ||||||||||:||||||||||||||||||||||orf11-1      LNPPPTDPMQAKMMKIMPLVFSVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQ
                490      500       510       520         530       540orf11a.pep   GEVVSX
         ||||||orf11-1      GEVVSX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF11与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF11.ng)在240个氨基酸重叠区域内显示出有93.6％的相同性：Orf11          NLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHMFASPLEWLLNQLHNIIGNWGWAIIVLT  57
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||orf11ng     MAVNLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIVVLT  60orf11       IIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPLGG 117
        ||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||: ||:||||||orf11ng     IIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPELQTIKEKYGDDPMAQQQAMMQLFEDEEINPLGG 120orf11       CLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLN 177
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11ng     CLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLN 180orf11       PPPTDPMQAKMNKGMPLVFSXXFFFFPAGXVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGE 237
        ||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||orf11ng     PPPTDPMQAKMMKIMAPLVFSVMFFFFPAGLVLYWVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGE 240orf11       VVS  240
        |||orf11ng     VVS  243
预计ORF11ng核苷酸序列<SEQ ID 55>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID56>:1  MAVNLYAGPQ TTSVIANIAD NLQLAKDYGK VHWFASPLFW LLNQLHNIIG51  NWGWAIVVLT IIVKAVLYPL TNASYRSMAK MRAAAPELQT IKEKYGDDRM101  AQQQAMMQLF EDEEINPLGG CLPMLLQIPV FIGLYWALFA SVELRQAPWL151  GWITDLSRAD PYYILPIIMA ATMFAQTYLN PPPTDPMQAK MMKIMPLVFS201  VMFFFFPAGL VLYWVVNNLL TIAQQWHINR SIEKQRAQGE VVS*进一步的序列分析揭示了全部的淋球菌DNA序列<SEQ ID 57>是：1 ATGGATTTTA AAAGACTCAC GGCGTTTTTC GCCATCGCGC TGGTGATTAT51 GATCGGCTGG GAAAAAATGT TCCCCACCCC GAAACCCGTC CCCGCGCCCC101 AACAGGCGGC ACAAAAACAG GCAGCAACCG CTTCCGCCGA AGCCGCGCTC151 GCGCCCGCAA CGCCGATTAC CGTAACGACC GACACGGTTC AAGCCGTTAT201 TGATGAAAAA AGTGGCGACC TGCGCCGGCT GACCCTGCTC AAATACAAAG251 CAACCGGCGA CGAAAACAAA CCGTTCGTCC TGTTTGGCGA CGGCAAAGAA301 TACACCTACG TCGCCCAATC CGAACTTTTG GACGCGCAGG GCAACAACAT351 TCTGAAAGGC ATCGGCTTTA GCGCACCGAA AAAACAGTAC ACCCTCAACG401 GCGACACAGT CGAAGTCCGC CTGAGCGCGC CCGAAACCAA CGGACTGAAA451 ATCGACAAAG TCTATACCTT TACCAAAGAC AGCTATCTGG TCAACGTCCG501 CTTCGACATC GCCAACGGCA GCGGTCAAAC CGCCAACCTG AGCGCGGACT551 ACCGCATCGT CCGCGACCAC AGCGAACCCG AGGGTCAAGG CTACTTTACC601 CACTCTTACG TCGGCCCTGT TGTTTATACC CCTGAAGGCA ACTTCCAAAA651 AGTCAGCTTC TCCgacTTgg acgACGATGC gaaaTccggc aaATccgagg701 ccgaatacaT CCGCAAAACC ccgaccggtt ggctcggcat gattgaacac751 cacttcatgt ccacctggat cctccAAcct aaaggcggcc aaaacgtttg801 cgcccaggga gactgccgta tcgacattaa aCgccgcaac gacaagctgt851 acagcgcaag cgtcagcgtg cctttaaccg ctatcccaac ccgggggcca901 aaaccgaaaa tggcggTCAA CCTGTATGCC GGTCCGCAAA CCACATCCGT951 TATCGCAAAC ATCGCcgacA ACCTGCAACT GGCAAAAGAC TACGGTAAAG1001 TACACTGGTT CGCATCGCCG CTCTTCTGGC TCCTGAACCA ACTGCACAAC1051 ATTATCGGCA ACTGGGGCTG GGCAATCGTC GTTTTGACCA TCATCGTCAA1101 AGCCGTACTG TATCCATTGA CCAACGcctc ctACCGTTCG ATGGCGAAAA1151 TGCGTGccgc cgcacCcaaA CTGCAGACCA TCAAAGAAAA ATAcgGCGAC1201 GACCGTATGG CGCAACAGCA AGCGATGATG CAGCTTTACA AAgacgAGAA1251 AATCAACCCG CTGGGCGGCT GTctgcctat gctgttgCAA ATCCCCGTCT1301 TCATCGGCTT GTACTGGGCA TTGTTCGCCT CCGTAGAATT GCGCCAGGCA1351 CCTTGGCTGG GCTGGATTAC CGACCTCAGC CGCGCCGACC CCTACTACAT1401  CCTGCCCATC ATTATGGCGG CAACGATGTT CGCCCAAACC TATCTGAACC1451  CGCCGCCGAC CGACCCGATG CAGGCGAAAA TGATGAAAAT CATGCCGTTG1501  GTTTTCTCCG TCATGTTCTT CTTCTTCCCT GCCGGTTTGG TTCTCTACTG1551  GGTGGTCAAC AACCTCCTGA CCATCGCCCA GCAGTGGCAC ATCAACCGCA1601  GCATCGAAAA ACAACGCGCC CAAGGCGAAG TCGTTTCCTA A它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 58；ORF11ng-1>:1  MDFKRLTAFF AIALVIMIGW EKMFPTPKPV PAPQQAAQKQ AATASAEAAL51  APATPITVTT DTVQAVIDEK SGDLRRLTLL KYKATGDENK PFVLFGDGKE101  YTYVAQSELL DAQGNNILKG IGFSAPKKQY TLNGDTVEVR LSAPETNGLK151  IDKVYTFTKD SYLVNVRFDI ANGSGQTANL SADYRIVRDH SEPEGQGYFT201  HSYVGPVVYT PEGNFQKVSF SDLDDDAKSG KSEAEYIRKT PTGWLGMIEH251  HFMSTWILQP KGGQNVCAQG DCRIDIKRRN DKLYSASVSV PLTAIPTRGP301  KPKMAVNLYA GPQTTSVIAN IADNLQLAKD YGKVHWFASP LFWLLNQLHN351  IIGNWGWAIV VLTIIVKAVL YPLTNASYRS MAKMRAAAPK LQTIKEKYGD401  DRMAQQQAMM QLYKDEKINP LGGCLPMLLQ IPVFIGLYWA LFASVELRQA451  PWLGWITDLS RADPYYILPI IMAATMFAQT YLNPPPTDPM QAKMMKIMPL501  VFSVMFFFFP AGLVLYWVVN NLLTIAQQWH INRSIEKQRA QGEVVS*ORF11ng-1和ORF11-1在546个氨基酸的重叠区域内显示出有95.1％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf11ng-1.pep MDFKRLTAFFAIALVIMIGWEKMFPTPKPVPAPQQAAQKQAATASAEAALAPATPITVTT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||:||||||||||||||||||orf11-1       MDFKRLTAFFAIALVIMIGWEKMFPTPKPVPAPQQAAQQQAVTASAEAALAPATPITVTT
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf11ng-1.pep DTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDENKPFVLFGDGKEYTYVAQSELLDAQGNNILKG
          ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||orf11-1       DTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDENKPFILFGDGKEYTYVAQSELLDAQGNNILKG
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf11ng-1.pep IGFSAPKKQYTLNGDTVEVRLSAPETNGLKIDKVYTFTKDSYLVNVRFDIANGSGQTANL
          ||||||||||:|:|| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||orf11-1       IGFSAPKKQYSLEGDKVEVRLSAPETRGLKIDKVYTFTKGSYLVNVRFDIANGSGQTANL
                 130       140      150        160       170       180
                 190       200      210        220       230       240orf11ng-1.pep SADYRIVRDHSEPEGQGYFTHSYVGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAKSGKSEAEYIRKT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11-1       SADYRIVRDHSEPEGQGYFTHSYVGPYVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAKSGKSEAEYIRKT
                 190       200      210        220       230       240
                 250       260      270        280       290       300orf11ng-1.pep PTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGGQNVCAQGDCRIDIKRRNDKLYSASVSVPLTAIPTRGP
          |||||||||||||||||||||| |:||| |:| ||||||||||||:||||||:|| : |orf11-1       PTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGRQSVCAAGECNIDIKRRNDKLYSTSVSVPLAAIQN-GA
                 250       260      270        280       290
                 310       320      330        340       350       360orf11ng-1.pep KPKMAVNLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIV
          | : ::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:orf11-1       KAEASINLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAII
        300       310       320       330       340       350
                 370       380       390       400       410       420orf11ng-1.pep VLTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQTIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYKDEKINP
          ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| ||||||orf11-1       VLTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINP
        360       370       380       390       400       410
                 430       440       450        460      470       480orf11ng-1.pep LGGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11-1       LGGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQT
        420       430       440       450       460       470
                 490       500       510       520       530       540orf11ng-1.pep YLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVFSVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf11-1       YLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVFSVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRA
        480       490       500       510       520       530orf11ng-1.pep QGEVVSX
          |||||||orf11-1       QGEVVSX
        540另外，ORF11ng-1显示出与数据库中的内膜蛋白(登录号为p25754)明显同源：ID   60IM_PSEPU     STANDARD；      PRT；   560 AA.AC  P25754；DT 01-MAY-1992(REL.22，产生)DT 01-MAY-1992(REL.22，序列的最后更新)DT 01-NOV-1995(REL.32，注解的最后更新)DE 60 KD内膜蛋白....SCORES    Initl:1074 Initn:1293 Opt:1103Smith-Waterman评分：1406；    574个氨基酸重叠区内有41.5％的相同性
                     10        20                         30        40orf11ng-1.pep MDFKR---LTAFFAIALVIMIGW-----EKMFPT------------PKPVPAPQQAAQKQ
          ||:||   ::|: ::: |::: |     :  :||            |  ||| :::|: :p25754        MDIKRTILIAALAVVSYVMVLKWNDDYGQAALPTQNTAASTVAPGLPDGVPAGNNGASAD
                  10        20        30        40        50        60
                  50               60        70        80         90orf11ng-1.pep AATASAEAALAPATPIT-------VTTDTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDE-NKPF
          : :|:||:: |  :|::       | ||::: :||  :||: :|:| ||    |: | ||p25754        VPSANAESSPAELAPVALSKDLIRVKTDVLELAIDPVGGDIVQLNLPKYPRRQDHPNIPF
                  70        80        90       100       110       120
               100       110       120          130           140orf11ng-1.pep VLFGDGKEYTYVAQSELLQAQGNNILKGIG---FSAPKKQYTL-NGD---TVEVRLSAPE
           || :| | :|:||| |  ::| :  :: |   ::| :|:| | :|:   :|::::|p25754        QLFDNGGERVYLAQSGLTGTDGPDA-RASGRPLYAAEQKSYQLADGQEQLVVDLKFS---
                 130       140        150       160       170
            150       160       170       180       190         200orf11ng-1.pep TNGLKIDKVYTFTKDSYLVNVRFDIANGSGQTANLSADYRIVRDHS-EPEGQGYF-THSY
           ||::  | ::| :  | :|| : | | |||: | :   :: || | :| ::    | :|p25754        DNGVNYIKRFSFKRGEYDLNVSYLIDNQSGQAWNGNMFAQLKRDASGDPSSSTATGTATY
           180       190       200       210       220       230
              210       220       230       240       250       260orf11ng-1.pep VGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAKSGKSEAEYIRKTPTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGG
          :| :::|    ::|||::|:|   |:: :|     ::  ||:: ::|:|:::||   |:p25754        LGAALWTASEPYKKVSMKDID---KGSLKE-----NVSGGWVAWLQHYFVTAWI-PAKSD
           240       250          260            270       280
              270       280       290       300       310       320orf11ng-1.pep QNVCAQGDCRIDIKRRNDKLYSASVSVPLTAIPTRGPKPKMAYNLYAGPQTTSVIANIAD
          :||       :: :: ::  |  : : |: ::|: | | : :: |||||:  | : :::p25754        NNV-------VQTRKDSQGNYIIGYTGPVISVPA-GGKVETSALLYAGPKIQSKLKELSP
          290              300       310        320       330
              330        340       350       360       370       380orf11ng-1.pep NLQLAKDYGKVHWF-ASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIVVLTIIVKAVLYPLTNASYRSMA
          :|:|: ||| : || |:|:||||:::|:::|||||:|:|||:::|::::||: |||||||p25754        GLELTVDYGFL-WFIAQPIFWLLQHIHSLLGNWGWSIIVLTMLIKGLFFPLSAASYRSMA
         340      350        360       370       380       390
               390       400       410       420       430       440orf11ng-1.pep KMRAAAPKLQTIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYKDEKINPLGGCLPMLLQIPVFIGLYWALF
          :|||:|||| ::||::||||: ::||||:||| |||||||||||:|:|:|||::|||:|:p25754        RMRAVAPKLAALKERFGDDRQKMSQAMMELYKKEKINPLGGCLPILVQMPVFLALYWVLL
         400       410       420       430       440       450
               450       460       470       480       490       500orf11ng-1.pep ASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLNPPPTDPKQAKMMKIMPLVF
           |||:|||||: ||||||  ||::||||||:|||| |  ||| | ||||||:||:||::|p25754        ESVEMRQAPWILWITDLSIKDPFFILPIIMGATMFIQQRLNPTPPDPMQAKVMKMMPIIF
         460       470       480       490       500       510
               510       520       530       540orf11ng-1.pep SVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGEVVSX
          : :|::||||||||||||| |:|:|||:|:| ||p25754        TFFFLWFPAGLVLYWVVNNCLSISQQWYITRRIEAATKKAAA
         520       530       540       550       560
根据该分析结果(包括与恶臭假单胞菌的内膜蛋白以及预计的跨膜结构域有同源性(在脑膜炎球菌和淋球菌蛋白均见到))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白及其表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗体。
实施例8
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 1>:1  ..GCCGTCTTAA TCATCGAATT ATTGACGGGA ACGGTTTATC TTTTGGTTGT51    NAGCGCGGCT TTGGCGGGTT CGGGCATTGC TTACGGGCTG ACCGGCAGTA101    CGCCTGCCGC CGTCTTGACC GNCGCTCTGC TTTCCGCGCT GGGTATTTNG151    TTCGTACACG CCAAAACCGC CGTTAGAAAA GTTGAAACGG ATTCATATCA201    GGATTTGGAT GCCGGACAAT ATGTCGAAAT CCTCCGNCAC ACAGGCGGCA251    ACCGTTACGA AGTT.TTTAT CGCGGTACG. ACTGGCAGGC TCAAAATACG301    GGGCAAGAAG AGCTTGAACC AGGAACTCGC GCCCTCATTG TCCGCAAGGA351    AGGCAACCTT CTTATTATCA CACACCCTTA A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 2；ORF13>:1 ..AVLIIELLTG TVYLLVVSAA LAGSGIAYGL TGSTPAAVLT XALLSALGIX51   FVHAKTAYRK VETDSYQDLD AGQYVEILRH TGGNRYEVXY RGTXWQAQNT101   GQEELEPGTR ALIVRKEGNL LIITHP*进一步的序列分析稍稍详细地描述了DNA序列<SEQ ID 3>:1 ..GCCGTCTTAA TCATCGAATT ATTGACGGGA ACGGTTTATC TTTTGGTTGT51   nAGCGCGGCT TTGGCGGGTT CGGGCATTGC TTACGGGCTG ACCGGCAGTA101   CGCCTGCCGC CGTCTTGACC GnCGCTCTGC TTTCCGCGCT GGGTATTTnG151   TTCGTACACG CCAAAACCGC CGTTAGAAAA GTTGAAACGG ATTCATATCA201   GGATTTGGAT GCCGGACAAT ATGTCGAAAT CCTCCGACAC ACAGGCGGCA251   ACCGTTACGA AGTTTTtTAT CGCGGTACGc ACTGGCAGGC TCAAAATACG301   GGGCAAGAAG AGCTTGAACC AGGAACTCGC GCCCTCATTG TCCGCAAGGA351  AGGCAACCTT CTTATTATCA CACACCCTTA A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 4；ORF13-1>:1 ..AVLIIELLTG TVYLLVVSAA LAGSGIAYGL TGSTPAAVLT XALLSALGIX51   FVHAKTAVRK VETDSYQDLD AGQYVEILRH TGGNRYEVFY RGTHWQAQNT101   GQEELEPGTR ALIVRKEGNL LIITHP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF13和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF13a)在126氨基酸重叠区显示出有92.9％的相同性：
              10        20        30        40        50orf13.pep          AVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTXALLSALGIXF
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |orf13a    MTVWFVAAVAVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTAALLSALGIWF
              10        20        30        40        50        60
             60        70        80        90       100       110orf13.pep VHAKTAVRKVETDSYQDLDAGQYVEILRHTGGNRYEVXYRGTXWQAQNTGQEELEPGTRA
      ||||||| |||||||||||||||:|||||:||||||| |||| |||||||||||||||||orf13a    VHAKTAVGKVETDSYQDLDAGQYAEILRHAGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEELEPGTRA
              70        80        90       100       110       120
            120orf13.pep LIVRKEGNLLIITHPX
      ||||||||||||::||orf13a    LIVRKEGNLLIIAKPX
             130全长ORF13a核苷酸序列<SEQ ID 5>是：1  ATGACTGTAT GGTTTGTTGC CGCTGTTGCC GTCTTAATCA TCGAATTATT51  GACGGGAACG GTTTATCTTT TGGTTGTCAG CGCGGCTTTG GCGGGTTCGG101  GCATTGCTTA CGGGCTGACC GGCAGCACGC CTGCCGCCGT CTTGACCGCC151  GCTCTGCTTT CCGCGCTGGG TATTTGGTTC GTACACGCCA AAACCGCCGT201  GGGAAAAGTT GAAACGGATT CATATCAGGA TTTGGATGCC GGGCAATATG251  CCGAAATCCT CCGGCACGCA GGCGGCAACC GTTACGAAGT TTFTTATCGC301  GGTACGCACT GGCAGGCTCA AAATACGGGG CAAGAAGAGC TTGAACCAGG351  AACGCGCGCC CTAATCGTCC GCAAGGAAGG CAACCTTCTT ATCATCGCAA401  AACCTTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 6>:1  MTVWFVAAVA VLIIELLTGT VYLLVVSAAL AGSGIAYGLT GSTPAAVLTA51  ALLSALGIWF VHAKTAVGKV ETDSYQDLDA GQYAEILRHA GGNRYEVFYR101  GTHWQAQNTG QEELEPGTRA LIVRKEGNLL IIAKP*ORF13a和ORF13-1在126氨基酸重叠区内表现出94.4％的相同性
                10        20        30        40        50        60orf13a.pep  MTVWFVAAVAVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTAALLSALGIWF
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |orf13-1              AVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTXALLSALGIXF
                         10        20        30        40        50
                70        80        90       100       110       120orf13a.pep  VHAKTAVGKVETDSYQDLDAGQYAEILRHAGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEELEPGTRA
        ||||||| |||||||||||||||:|||||:||||||||||||||||||||||||||||||orf13-1     VHAKTAVRKVETDSYQDLDAGQYVEILRHTGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEELEPGTRA
               60        70        80        90       100       110
orf13a.pep    LIVRKEGNLLIIAKPX
              ||||||||||||::||
orf13-1       LIVRKEGNLLIITHPX
                    120
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF13和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF13.ng)在126氨基酸重叠区内显示出有89.7％的相同性：
orf13             AVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTXALLSALGIXF  51
                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
orf13ng  MTVWFVAAVAVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTAALLSALGIWF  60
orf13    VHAKTAVRKVETDSYQDLDAGQYVEILRHTGGNRYEVXYRGTXWQAQNTGQEELEPGTRA 111
         ||||||| |||||||||||:|:|:||||:|||||||| |||| ||||||||| :||||||
orf13ng  VHAKTAVGKVETDSYQDLDTGKYAEILRYTGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEVFEPGTRA 120
orf13    LIVRKEGNLLIITHP 126
         ||||||||||||::|
orf13ng  LIVRKEGNLLIIANP 135
全长ORF13ng核苷酸序列<SEQ ID 7>是：
  1  ATGACTGTAT GGTTTGTTGC CGCTGTTGCC GTCTTAATCA TCGAATTATT
 51  GACGGGAACG GTTTATCTTT TGGTTGTCAG CGCGGCTTTG GCGGGTTCGG
101  GCATTGCCTA CGGGCTGACT GGCAGCACGC CTGCCGCCGT CTTGACCGCC
151  GCACTGCTTT CCGCGCTGGG CATTTGGTTC GTACATGCCA AAACCGCCGT
201  GGGAAAAGTT GAAACGGATT CATATCAGGA TTTGGATACC GGAAAATATG
251  CCGAAATCCT CCGATACACA GGCGGCAACC GTTACGAAGT TTTTTATCGC
301  GGTACGCACT GGCAGGCGCA AAATACGGGG CAGGAAGTGT TTGAACCGGG
351  AACGCGCGCC CTCATCGTCC GCAAAGAAGG TAACCTTCTT ATCATCGCAA
401  ACCCTTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 8>:
  1  MTVWFYAAYA VLIIELLTGT VYLLVVSAAL AGSGIAYGLT GSTPAAVLTA
 51  ALLSALGIWF VHAKTAVGKV ETDSYQDLDT GKYAEILRYT GGNRYEVFYR
101  GTHWQAQNTG QEVFEPGTRA LIVRKEGNLL IIANP*
OFR13ng和ORF13-1在重叠的126个氨基酸内显示出有91.3％的相同性：
                                10        20        30        40        50
orf13-1.pep             AVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTXALLSALGIXF
                        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
orf13ng        MTVWFVAAVAVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTAALLSALGIWF
                       10        20        30        40        50        60
                      60        70        80        90       100       110
orf13-1.pep    VHAKTAVRKVETDSYQDLDAGQYVEILRHTGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEELEPGTRA
               ||||||| |||||||||||:|:|:||||:||||||||||||||||||||||| :||||||
orf13ng        VHAKTAVGKVETDSYQDLDTGKYAEILRYTGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEVFEPGTRA
                       70        80        90       100       110       120
                     120
orf13-1.pep    LIVRKEGNLLIITHPX
               ||||||||||||::||
orf13ng        LIVRKEGNLLIIANPX
                      130
根据该分析，包括该蛋白中的延伸前导序列，预计ORF13和ORF13ng可能是外膜蛋白。因此，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗原。
实施例9
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 9>:1 ATGTwTGATT TCGGTTTrGG CGArCTGGTT TTTGTCGGCA TTATCGCCCT51 GATwGtCCTC GGCCCCGAAC GCsTGCCCGA GGCCGCCCGC AyCGCCGGAC101 GGcTCATCGG CAGGCTGCAA CGCTTTGTCG GcAGCGTCAA ACAGGAATTT151 GACACTCAAA TCGAACTGGA AGAACTGAGG AAGGCAAAGC AGGAATTTGA201 AGCTGCCGcC GCTCAGGTTC GAGACAGCCT CAAAGAAACC GGTACGGATA251 TGGAAGGCAA TCTGCACGAC ATTTCCGACG GTCTGAAGCC TTGGGAAAAA301 CTGCCCGAAC AGCGGACACC TGCCGATTTC GGTGTCGATG AAAACGGCAA351 TCCGCT.TCC CGATGCGGCA AACACCCTAT CAGACGGCAT TTCCGACGTT401 ATGCCGTC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 10；ORF2>:1  MXDFGLGELV FVGIIALIVL GPERXPEAAR XAGRLIGRLQ RFVGSVKQEF51  DTQIELEELR KAKQEFEAAA AQVRDSLKET GTDMEGNLHD ISDGLKPWEK101  LPEQRTPADF GVDENGNPXS RCGKHPIRRH FRRYAV..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 11>:1  ATGTTTGATT TCGGTTTGGG CGAGCTGGTT TTTGTCGGCA TTATCGCCCT51  GATTGTCCTC GGCCCCGAAC GCCTGCCCGA GGCCGCCCGC ACCGCCGGAC101  GGCTCATCGG CAGGCTGCAA CGCTTTGTCG GCAGCGTCAA ACAGGAATTT151  GACACTCAAA TCGAACTGGA AGAACTGAGG AAGGCAAAGC AGGAATTTGA201  AGCTGCCGCC GCTCAGGTTC GAGACAGCCT CAAAGAAACC GGTACGGATA251  TGGAAGGCAA TCTGCACGAC ATTTCCGACG GTCTGAAGCC TTGGGAAAAA301  CTGCCCGAAC AGCGGACACC TGCCGATTTC GGTGTCGATG AAAACGGCAA351  TCCGCTTCCC GATGCGGCAA ACACCCTATC AGACGGCATT TCCGACGTTA401  TGCCGTCCGA ACGTTCCTAC GCTTCCGCCG AAACCCTTGG GGACAGCGGG451  CAAACCGGCA GTACAGCCGA ACCCGCGGAA ACCGACCAAG ACCGCGCATG501  GCGGGAATAC CTGACTGCTT CTGCCGCCGC ACCCGTCGTA CAGACCGTCG551  AAGTCAGCTA TATCGATACT GCTGTTGAAA CGCCTGTTCC GCACACCACT601  TCCCTGCGCA AACAGGCAAT AAGCCGCAAA CGCGATTTTC GTCCGAAACA651  CCGCGCCAAA CCTAAATTGC GCGTCCGTAA ATCATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 12；ORF2-1>:1 MFDFGLGELV FVGIIALIVL GPERLPEAAR TAGRLIGRLQ RFVGSVKQEF51 DTQIELEELR KAKQEFEAAA AQVRDSLKET GTDMEGNLHD ISDGLKPWEK101 LPEQRTPADF GVDENGNPLP DAANTLSDGI SDVMPSERSY ASAETLGDSG151 QTGSTAEPAE TDQDRAWREY LTASAAAPVV QTVEVSYIDT AVETPVPHTT201 SLRKQAISRK RDFRPKHRAK PKLRVRKS*进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 13>:1  ATGTTTGATT TCGGTTTGGG CGAGCTGGTT TTTGTCGGCA TTATCGCCCT51  GATTGTCCTC GGCCCCGAAC GCCTGCCCGA GGCCGCCCGC ACCGCCGGAC101  GGCTCATCGG CAGGCTGCAA CGCTTTGTCG GCAGCGTCAA ACAGGAATTT151  GACACGCAAA TCGAACTGGA AGAACTAAGG AAGGCAAAGC AGGAATTTGA201  AGCTGCCGCT GCTCAGGTTC GAGACAGCCT CAAAGAAACC GGTACGGATA251  TGGAGGGTAA TCTGCACGAC ATTTCCGACG GTCTGAAGCC TTGGGAAAAA301  CTGCCCGAAC AGCGCACGCC TGCTGATTTC GGTGTCGATG AAAACGGCAA351  TCCCTTTCCC GATGCGGCAA ACACCCTATT AGACGGCATT TCCGACGTTA401  TGCCGTCCGA ACGTTCCTAC GCTTCCGCCG AAACCCTTGG GGACAGCGGG451  CAAACCGGCA GTACAGCCGA ACCCGCGGAA ACCGACCAAG ACCGTGCATG501  GCGGGAATAC CTGACTGCTT CTGCCGCCGC ACCCGTCGTA CAGACCGTCG551  AAGTCAGCTA TATCGATACC GCTGTTGAAA CCCCTGTTCC GCATACCACT601  TCGCTGCGTA AACAGGCAAT AAGCCGCAAA CGCGATTTGC GTCCTAAATC651  CCGCGCCAAA CCTAAATTGC GCGTCCGTAA ATCATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 14；ORF2a>:  1  MFDFGLGELV FVGIIALIVL GPERLPEAAR TAGRLIGRLQ RFVGSVKQEF51  DTQIELEELR KAKQEFEAAA AQVRDSLKET GTDMEGNLHD ISDGLKPWEK101  LPEQRTPADF GVDENGNPFP DAANTLLDGI SDVMPSERSY ASAETLGDSG151  QTGSTAEPAE TDQDRAWREY LTASAAAPVV QTVEVSYIDT AVETPVPHTT201  SLRKQAISRK RDLRPKSRAK PKLRVRKS*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF2)和ORF2a在重叠的118氨基酸内显示出有97.5％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf2.pep    MXDFGLGELVFVGIIALIVLGPERXPEAARXAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR
            | |||||||||||||||||||||| |||||:|||||||||||||||||||||||||||||
orf2a       MFDFGLGELVFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf2.pep    KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPXS
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf2a       KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPFP
                    70        80        90       100       110       120
                   130
orf2.pep    RCGKHPIRRHFRRYAV
orf2a       DAANTLLDGISDVMPSERSYASAETLGDSGQTGSTAEPAETDQDRAWREYLTASAAAPVV
                   130       140       150       160       170       180
完整的菌株B序列(ORF2-1)和ORF2a在228个氨基酸重叠区内显示出有98.2％的相同性：
orf2a.pep    MFDFGLGELVFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR  60
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf2-1       MFDFGLGELVFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR  60
orf2a.pep    KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPFP 120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf2-1       KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPLP 120
orf2a.pep    DAANTLLDGISDVMPSERSYASAETLGDSGQTGSTAEPAETDQDRAWREYLTASAAAPVV 180
             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf2-1       DAANTLSDGISDVMPSERSYASAETLGDSGQTGSTAEPAETDQDRAWREYLTASAAAPVV 180
orf2a.pep    QTVEVSYIDTAVETPVPHTTSLRKQAISRKRDLRPKSRAKPKLRVRKSX 229
             ||||||||||||||||||||||||||||||||:||| ||||||||||||
orf2-1       QTVEVSYIDTAVETPVPHTTSLRKQAISRKRDFRPKHRAKPKLRVRKSX 229
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌中的部分DNA序列<SEQ ID 15>，它编码下列氨基酸序列<SEQID 16；ORF2ng>:1 MFDFGLGELI FVGIIALIVL GPERLPEAAR TAGRLIGRLQ RFVGSVKQEL51 DTQIELEELR KVKQAFFAAA AQVRDSLKET DTDMQNSLHD ISDGLKPWEK101 LPEQRTPADF GVDEKGNSLS RYGKHRIRRH FRRYAV*进一步的工作鉴定了完整的淋球菌基因序列<SEQ ID 17>:1  ATGTTTGATT TCGGTTTGGG CGAGCTGATT TTTGTCGGCA TTATCGCCCT51  GATTGTCCTT GGTCCAGAAC GCCTGCCCGA AGCCGCCCGC ACTGCCGGAC101  GGCTTATCGG CAGGCTGCAA CGCTTTGTAG GAAGCGTCAA ACAAGAACTT151  GACACTCAAA TCGAACTGGA AGAGCTGAGG AAGGTCAAGC AGGCATTCGA201  AGCTGCCGCC GCTCAGGTTC GAGACAGCCT CAAAGAAACC GATACGGATA251  TGCAGAACAG TCTGCACGAC ATTTCCGACG GTCTGAAGCC TTGGGAAAAA301  CTGCCCGAAC AGCGCACGCc tgccgatttc gGTGTCGATg AAAacggcaa351  tccccttccc gATACGGCAA ACACCGTATC AGACGGCATT TCCGACGTTA401  TGCCGTCTGA ACGTTCCGAT ACTtccgcCG AAACCCTTGG GGACGACAGG451  CAAACCGGCA GTACAGCCGA ACCTGCGGAA ACCGACAAAG ACCGCGCATG501  GCGGGAATAC CTGactgctt ctgccgccgc acctgtcgta Cagagggccg551  tcgaagtcag ctaTATCGAT ACTGCTGTTG AAacgcctgT tccgcaCacc601  acttccctgc gcaAACAGGC AATAAACCGC AAACGCGATT TttgtccgaA651  ACACCGCGCc aAACCGAAat tgcgcgtcCG TAAATCATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 18；ORF2ng-1>:1  MFDFGLGELI FVGIIALIVL GPERLPEAAR TAGRLIGRLQ RFVGSVKQEL51  DTQIELEELR KVKQAFEAAA AQVRDSLKET DTDMQNSLHD ISDGLKPWEK101  LPEQRTPADF GVDENGNPLP DTANTVSDGI SDVMPSERSD TSAETLGDDR151  QTGSTAEPAE TDKDRAWREY LTASAAAPVV QRAVEVSYID TAVETPVPHT201  TSLRKQAINR KRDFCPKHRA KPKLRVRKS*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF2)和ORF2ng在重叠的136个氨基酸内显示出有87.5％的相同性:
orf2.pep    MXDFGLGELVFVGIIALIVLGPERXPEAARXAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR  60
            | |||||||:|||||||||||||| |||||:||||||||||||||||||:||||||||||
orf2ng      MFDFGLGELIFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQELDTQIELEELR  60
orf2.pep    KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPXS 120
            |:|| ||||||||||||||| |||:::|||||||||||||||||||||||||||:||
orf2ng      KVKQAFEAAAAQVRDSLKETDTDMQNSLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDEKGNSLP 120
orf2.pep    RCGKHPIRRHFRRYAV 136
            | ||| ||||||||||
orf2ng      RYGKHRIRRHFRRYAV 136
完整的菌株B和淋球菌序列(ORF2-1和ORF2ng-1)在229个氨基酸的重叠区内显示出有91.7％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf2-1.pep   MFDFGLGELVFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR
             |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf2ng-1     MFDFGLGELIFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQELDTQIELEELR
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf2-1.pep   KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPLP
             |:|| ||||||||||||||| |||:::|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf2ng-1     KVKQAFEAAAAQVRDSLKETDTDMQNSLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPLP
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf2-1.pep   DAANTLSDGISDVMPSERSYASAETLGDSGQTGSTAEPAETDQDRAWREYLTASAAAPVV
             |:|||:||||||||||||| :|||||||: ||||||||||||:|||||||||||||||||
orf2ng-1     DTANTVSDGISDVMPSERSDTSAETLGDDRQTGSTAEPAETDKDRAWREYLTASAAAPVV
                    130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220      229
orf2-1.pep   Q-TVEVSYIDTAVETPVPHTTSLRKQAISRKRDFRPKHRAKPKLRVRKSX
             | :|||||||||||||||||||||||||:||||| |||||||||||||||
orf2ng-1     QRAVEVSYIDTAVETPVPHTTSLRKQAINRKRDFCPKHRAKPKLRVRKSX
                    190       200       210       220       230
计算机分析这些氨基酸序列，结果提示了一个跨膜区(下划线)，并且还揭示淋球菌序列与大肠杆菌的TatB蛋白之间有同源性(59％的相同性)：gnl|PID|e1292181(AJ005830)TatB蛋白[大肠杆菌]长度=171评分=56.6位(134)，估计值=1e-07相同性=30/88(34％)，阳性=52/88(59％)，空隙=1/88(1％)询问：1  MFDFGLGELIFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQELDTQIELEELR 60
      MFD G  EL+ V II L+VLGP+RLP A +T    I  L+    +V+ EL  +++L+E +目标：1  MFDIGFSELLLVFIIGLVVLGPQRLPVAVKTVAGWIRALRSLATTVQNELTQELKLQEFQ 60询问：61 -KVKQAFEAAAAQVRDSLKETDTDMQNS 87
        +K+  +A+   +   LK +  +++ +目标：61 DSLKKVEKASLTNLTPELKASMDELRQA 88
根据该分析，预计ORF2、ORF2a和ORF2ng可能是膜蛋白，因此，脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF2-1(16kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图3A显示了GST融合蛋白亲和纯化的结果，图3B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行Western印迹(图3C)、ELISA(阳性结果)和FACS分析(图3D)。这些实验确认ORF37-1是一种外露蛋白，并且它是有用的免疫原。
实施例10
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 19>:1 ATGCAAGCAC GGCTGCTGAT ACCTATTCTT TTTTCAGTTT TTATTTTATC51 CGC.TGCGGG ACACTGACAG GTATTCCATC GCATGGCGgA GkTAAACgCT101 TTgCGGTCGA ACAAGAACTT GTGGCCGCTT CTGCCAGAGC TGCCGTTAAA151 GACATGGATT TACAGGCATT ACACGGACGA AAAGTTGCAT TGTACATTGC201 CACTATGGGC GACCAAGGTT CAGGcAGTTT GACAGGGGGG TCGCTACTCC251 ATTGATGCAC kGrTwCsTGG CGAATACATA AACAGCCCTG CCGTCCGTAC301 CGATTACACC TATCCACGTT ACGAAACCAC CGCTGAAACA ACATCAGGCG351 GTTTGACAGG TTTAACCACT TCTTTATCTA CACTTAATGC CCCTGCACTC401 TCTCGCACCC AATCAGACGG TAGCGGAAGT AAAAGCAGTC TGGGCTTAAA451 TATTGGCGGG ATGGGGGATT ATCGAAATGA AACCTTGACG ACTAACCCGC501 GCGACACTGC CTTTCTTTCC CACTTGGTAC AGACCGTATT TTTCCTGCGC551 GGCATAGACG TTGTTTCTCC TGCCAATGCC GATACAGATG TGTTTATTAA601 CATCGACGTA TTCGGAACGA TACGCAACAG AACCGAAATG..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 20；ORF15>:1  MQARLLIPIL FSVFILSACG TLTGIPSHGG XKRFAVEQEL VAASARAAVK51  DMDLQALHGR KVALYIATMG DQGSGSLTGG RYSIDAXXXG EYINSPAVRT101  DYTYPRYETT AETTSGGLTG LTTSLSTLNA PALSRTQSDG SGSKSSLGLN151  IGGMGDYRNE TLTTNPRDTA FLSHLVQTVF FLRGIDVVSP ANADTDVFIN201  IDVFGTIRNR TEM..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 21>:1  ATGCAAGCAC GGCTGCTGAT ACCTATTCTT TTTTCAGTTT TTATTTTATC51  CGCCTGCGGG ACACTGACAG GTATTCCATC GCATGGCGGA GGTAAACGCT101  TTGCGGTCGA ACAAGAACTT GTGGCCGCTT CTGCCAGAGC TGCCGTTAAA151  GACATGGATT TACAGGCATT ACACGGACGA AAAGTTGCAT TGTACATTGC201  CACTATGGGC GACCAAGGTT CAGGCAGTTT GACAGGGGGT CGCTACTCCA251  TTGATGCACT GATTCGTGGC GAATACATAA ACAGCCCTGC CGTCCGTACC301  GATTACACCT ATCCACGTTA CGAAACCACC GCTGAAACAA CATCAGGCGG351  TTTGACAGGT TTAACCACTT CTTTATCTAC ACTTAATGCC CCTGCACTCT401  CTCGCACCCA ATCAGACGGT AGCGGAAGTA AAAGCAGTCT GGGCTTAAAT451  ATTGGCGGGA TGGGGGATTA TCGAAATGAA ACCTTGACGA CTAACCCGCG501  CGACACTGCC TTTCTTTCCC ACTTGGTACA GACCGTATTT TTCCTGCGCG551  GCATAGACGT TGTTTCTCCT GCCAATGCCG ATACAGATGT GTTTATTAAC601  ATCGACGTAT TCGGAACGAT ACGCAACAGA ACCGAAATGC ACCTATACAA651  TGCCGAAACA CTGAAAGCCC AAACAAAACT GGAATATTTC GCAGTAGACA701  GAACCAATAA AAAATTGCTC ATCAAACCAA AAACCAATGC GTTTGAAGCT751  GCCTATAAAG AAAATTACGC ATTGTGGATG GGGCCGTATA AAGTAAGCAA801  AGGAATTAAA CCGACGGAAG GATTAATGGT CGATTTCTCC GATATCCGAC851  CATACGGCAA TCATACGGGT AACTCCGCCC CATCCGTAGA GGCTGATAAC901  AGTCATGAGG GGTATGGATA CAGCGATGAA GTAGTGCGAC AACATAGACA951  AGGACAACCT TGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 22；ORF15-1>:1 MQARLLIPIL FSVFILSACG TLTGIPSHGG GKRFAVEQEL VAASARAAVK51 DMDLQALHGR KVALYIATMG DQGSGSLTGG RYSIDALIRG EYINSPAVRT101 DYTYPRYETT AETTSGGLTG LTTSLSTLNA PALSRTQSDG SGSKSSLGLN151 IGGMGDYRNE TLTTNPRDTA FLSHLVQTVF FLRGIDVVSP ANADTDVFIN201 IDVFGTIRNR TEMHLYNAET LKAQTKLEYF AVDRTNKKLL IKPKTNAFEA251 AYKENYALWM GPYKVSKGIK PTEGLMVDFS DIRPYGNHTG NSAPSVEADN301 SHEGYGYSDE VVRQHRQGQP *进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 23>:1  ATGCAAGCAC GGCTGCTGAT ACCTATTCTT TTTTCAGTTT TTATTTTATC51  CGCCTGCGGG ACACTGACAG GTATTCCATC GCATGGCGGA GGTAAACGCT101  TTGCGGTCGA ACAAGAACTT GTGGCCGCTT CTGCCAGAGC TGCCGTTAAA151  GACATGGATT TACAGGCATT ACACGGACGA AAAGTTGCAT TGTACATTGC201  AACTATGGGC GACCAAGGTT CAGGCAGTTT GACAGGGGGT CGCTACTCCA251  TTGATGCACT GATTCGTGGC GAATACATAA ACAGCCCTGC CGTCCGTACC301  GATTACACCT ATCCACGTTA CGAAACCACC GCTGAAACAA CATCAGGCGG351  TTTGACAGGT TTAACCACTT CTTTATCTAC ACTTAATGCC CCTGCACTCT401  CGCGCACCCA ATCAGACGGT AGCGGAAGTA AAAGCAGTCT GGGCTTAAAT451  ATTGGCGGGA TGGGGGATTA TCGAAATGAA ACCTTGACGA CTAACCCGCG501  CGACACTGCC TTTCTTTCCC ACTTGGTACA GACCGTATTT TTCCTGCGCG551  GCATAGACGT TGTTTCTCCT GCCAATGCCG ATACGGATGT GTTTATTAAC601  ATCGACGTAT TCGGAACGAT ACGCAACAGA ACCGAAATGC ACCTATACAA651  TGCCGAAACA CTGAAAGCCC AAACAAAACT GGAATATTTC GCAGTAGACA701  GAACCAATAA AAAATTGCTC ATCAAACCAA AAACCAATGC GTTTGAAGCT751  GCCTATAAAG AAAATTACGC ATTGTGGATG GGACCGTATA AAGTAAGCAA801  AGGAATTAAA CCGACAGAAG GATTAATGGT CGATTTCTCC GATATCCAAC851  CATACGGCAA TCATATGGGT AACTCTGCCC CATCCGTAGA GGCTGATAAC901  AGTCATGAGG GGTATGGATA CAGCGATGAA GCAGTGCGAC GACATAGACA951  AGGGCAACCT TGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 24；ORF15a>:1  MQARLLIPIL FSVFILSACG TLTGIPSHGG GKRFAVEQEL VAASARAAVK51  DMDLQALHGR KVALYIATMG DQGSGSLTGG RYSIDALIRG EYINSPAVRT101  DYTYPRYETT AETTSGGLTG LTTSLSTLNA PALSRTQSDG SGSKSSLGLN151  IGGMGDYRNE TLTTNPRDTA FLSHLVQTVF FLRGIDVVSP ANADTDVFIN201  IDVFGTIRNR TEMHLYNAET LKAQTKLEYF AVDRTNKKLL IKPKTNAFEA251  AYKENYALWM GPYKVSKGIK PTEGLMVDFS DIQPYGNHMG NSAPSVEADN301  SHEGYGYSDE AVRRHRQGQP *
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF15)和ORF15a在213氨基酸重叠区内显示出有98.1％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf15.pep   MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGXKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||orf15a      MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf15.pep   KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDAXXXGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
          ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
orf15a    KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180
orf15.pep LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15a    LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210
orf15.pep FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEM
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15a    FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
                 190       200       210       220       230       240
完整的菌株B序列(ORF15-1)和ORF15a在320个氨基酸的重叠区内显示出有98.8％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf15a.pep    MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKIMDLQALHGR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15-1       MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf15a.pep    KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15-1       KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf15a.pep    LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15-1       LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf15a.pep    FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15-1       FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf15a.pep    IKPKTNAFEAAYKENYALWMGPYKVSKGIKPTEGLMVDFSDIQPYGNHMGNSAPSVEADN
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||| |||||||||||
orf15-1       IKPKTNAFEAAYKENYALWMGPYKVSKGIKPTEGLMVDFSDIRPYGNHTGNSAPSVEADN
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320
orf15a.pep    SHEGYGYSDEAVRRHRQGQPX
              ||||||||||:||:|||||||
orf15-1       SHEGYGYSDEVVRQHRQGQPX
                     310       320
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌中对应的基因<SEQ ID 25>:1  ATGCGGGCAC GGCTGCTGAT ACCTATTCTT TTTTCAGTTT TTATTTTATC51  CGCCTGCGGG ACACTGACAG GTATTCCATC GCATGGCGGA GGCAAACGCT101  TCGCGGTCGA ACAAGAACTT GTGGCCGCTT CTGCCAGAGC TGCCGTTAAA151  GACATGGATT TACAGGCATT ACACGGACGA AAAGTTGCAT TGTACATTGC201  AACTATGGGC GACCAAGGTT CAGGCAGTTT GACAGGGGGT CGCTACTCCA251  TTGATGCACT GATTCGCGGC GAATACATAA ACAGCCCTGC CGTCCGCACC301  GATTACACCT ATCCGCGTTA CGAAACCACC GCTGAAACAA CATCAGGCGG351  TTTGACGGGT TTAACCACTT CTTTATCTAC ACTTAATGCC CCTGCACTCT401  CGCGCACCCA ATCAGACGGT AGCGGAAGTA GGAGCAGTCT GGGCTTAAAT451  ATTGGCGGGA TGGGGGATTA TCGAAATGAA ACCTTGACGA CCAACCCGCG501  CGACACTGCC TTTCTTTCCC ACTTGGTGCA GACCGTATTT TTCCTGCGCG551  GCATAGACGT TGTTTCTCCT GCCAATGCCG ATACAGATGT GTTTATTAAC601  ATCGACGTAT TCGGAACGAT ACGCAACAGA ACCGAAATGC ACCTATACAA651  TGCCGAAACA CTGAAAGCCC AAACAAAACT GGAATATTTC GCAGTAGACA701  GAACCAATAA AAAATTGCTC ATCAAACCCA AAACCAATGC GTTTGAAGCT751  GCCTATAAAG AAAATTACGC ATTGTGGATG GGGCCGTATA AAGTAAGCAA801  AGGAATCAAA CCGACGGAAG GATTGATGGT CGATTTCTCC GATATCCAAC851  CATACGGCAA TCATACGGGT AACTCCGCCC CATCCGTAGA GGCTGATAAC901  AGTCATGAGG GGTATGGATA CAGCGATGAA GCAGTGCGAC AACATAGACA951  AGGGCAACCT TGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 26；ORF15ng>:1  MRARLLIPIL FSVFILSACG TLTGIPSHGG GKRFAVEQEL VAASARAAVK51  DMDLQALHGR KVALYIATMG DQGSGSLTGG RYSIDALIRG EYINSPAVRT101  DYTYPRYETT AETTSGGLTG LTTSLSTLNA PALSRTQSDG SGSRSSLGLN151  IGGMGDYRNE TLTTNPRDTA FLSHLVQTVF FLRGIDVVSP ANADTDVFIN201  IDVFGTIRNR TEMHLYNAET LKAQTKLEYF AVDRTNKKLL IKPKTNAFEA251  AYKENYALWM GPYKVSKGIK PTEGLMVDFS DIQPYGNHTG NSAPSVEADN301  SHEGYGYSDE AVRQHRQGQP *
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF15)和ORF15ng在重叠的213个氨基酸内显示出有97.2％的相同性：
orf15.pep MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGXKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR  60
          |:|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng   MRARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR  60
orf15.pep KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDAXXXGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG 120
          ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng   KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG 120
orf15.pep LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF 180
          |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng   LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSRSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF 180
orf15.pep FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEM                            213
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng   FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL 240
完整的菌株B序列(ORF15-1)和ORF15ng在320个氨基酸的重叠区内显示出有98.8％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf15-1.pep   MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
              |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng       MRARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf15-1.pep   KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng       KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf15-1.pep   LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
              |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng       LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSRSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf15-1.pep   FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf15ng       FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf15-1.pep   IKPKTNAFEAAYKENYALWMGPYKVSKGIKPTEGLMVDFSDIRPYGNHTGNSAPSVEADN
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||orf15ng       IKPKTNAFEAAYKENYALWMGPYKVSKGIKPTEGLMVDFSDIQPYGNHTGNSAPSVEADN
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320orf15-1.pep   SHEGYGYSDEVVRQHRQGQPX
          ||||||||||:||||||||||orf15ng       SHEGYGYSDEAVRQHRQGQPX
                 310       320
这些氨基酸序列的计算机分析揭示了一个ILSAC基序(推定的膜脂蛋白脂质连接位点，如MOTIFS程序所预计的那样)，暗示了一个推定的前导序列，并且预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的该蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
将ORF15-1(31.7kDa)如上所述克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图4A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图4B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行Western印迹(图4C)和ELISA(阳性结果)。这些结果确认ORFX-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例11
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 27>:1 ..GG.CAGCACA AAAAACAGGC GGTTGAACGG AAAAACCGTA TTTACGATGA51   TGCCGGGTAT GATATTCGGC GTATTCACGG GCGCATTCTC CGCAAAATAT101   ATCCCCGCGT TCGGGCTTCA AATTTTCTTC ATCCTGTTTT TAACCGCCGT151   CGCATTCAAA ACACTGCATA CCGACCCTCA GACGGCATCC CGCCCGCTGC201   CCGGACTGCC CrGACTGACT GCGGTTTCCA CACTGTTCGG CACAATGTCG251   AGCTGGGTCG GCATAGGCGG CGGTTCACTT TCCGTCCCCT TCTTAATCCA301   CTGCGGCTTC CCCGCCCATA AAGCCATCGG CACATCATCC GGCCTTGCCT351   GGCCGATTGC ACTCTCCGGC GCAATATCGT ATCTGCTCAA CGGCCTGAAT401   ATTGCAGGAT TGCCCGAAGG GTCACTGGGC TTCCTTTACC TGCCCGCCGT451   CGCCGTCCTC AGCGCGGCAA CCATTGCCTT TGCCCCGCTC GGTGTCAAAA501   CCGCCCACAA ACTTTCTTCT GCCAAACTCA AAAAATC.TT CGGCATTATG551   TTGCTTTTGA TTGCCGGAAA AATGCTGTAC AACCTGCTTT AA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 28；ORF17>:1 ..GQHKKQAVNG KTVFTMMPGM IFGVFTGAFS AKYIPAFGLQ IFFILFLTAV51   AFKTLHTDPQ TASRPLPGLP XLTAVSTLFG TMSSWVGIGG GSLSVPFLIH101   CGFPAHKAIG TSSGLAWPIA LSGAISYLLN GLNIAGLPEG SLGFLYLPAV151   AVLSAATIAF APLGVKTAHK LSSAKLKKSF GIMLLLIAGK MLYNLL*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 29>:1    ATGTGGCATT  GGGACATTAT  CTTAATCCTG  CTTGCCGTAG  GCAGTGCGGC 51  AGGTTTTATT GCCGGCCTGT TCGGCGTAGG CGGCGGCACG CTGATTGTCC101  CTGTCGTTTT ATGGGTGCTT GATTTGCAGG GTTTGGCACA ACATCCTTAC151  GCGCAACACC TCGCCGTCGG CACATCCTTC GCCGTCATGG TCTTCACCGC201  CTTTTCCAGT ATGCTGGGGC AGCACAAAAA ACAGGCGGTC GACTGGAAAA251  CCGTATTTAC GATGATGCCG GGTATGATAT TCGGCGTATT CACGGGCGCA301  CTCTCCGCAA AATATATCCC CGCGTTCGGG CTTCAAATTT TCTTCATCCT351  GTTTTTAACC GCCGTCGCAT TCAAAACACT GCATACCGAC CCTCAGACGG401  CATCCCGCCC GCTGCCCGGA CTGCCCGGAC TGACTGCGGT TTCCACACTG451  TTCGGCACAA TGTCGAGCTG GGTCGGCATA GGCGGCGGTT CACTTTCCGT501  CCCCTTCTTA ATCCACTGCG GCTTCCCCGC CCATAAAGCC ATCGGCACAT551  CATCCGGCCT TGCCTGGCCG ATTGCACTCT CCGGCGCAAT ATCGTATCTG601  CTCAACGGCC TGAATATTGC AGGATTGCCC GAAGGGTCAC TGGGCTTCCT651  TTACCTGCCC GCCGTCGCCG TCCTCAGCGC GGCAACCATT GCCTTTGCCC701  CGCTCGGTGT CAAAACCGCC CACAAACTTT CTTCTGCCAA ACTCAAAAAA751  Tc.TTCGGCA TTATGTTGCT TTTGATTGCC GGAAAAATGC TGTACAACCT801 GCTTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 30；ORF17-1>:1  MWHWDIILIL LAVGSAAGFI AGLFGVGGGT LIYPVVLWVL DLQGLAQHPY51  AQHLAVGTSF AVMVFTAFSS MLGQHKKQAV DWKTVFTMMP GMIFGVFTGA101  LSAKYIPAFG LQIFFILFLT AVAFKTLHTD PQTASRPLPG LPGLTAVSTL151  FGTMSSWVGI GGGSLSVPFL IHCGFPAHKA IGTSSGLAWP IALSGAISYL201  LNGLNIAGLP EGSLGFLYLP AVAYLSAATI AFAPLGVKTA HKLSSAKLKK251  XFGIMLLLIA GKMLYNLL*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与假设的流感嗜血菌跨膜蛋白HI0902(登录号P44070)的同源性：
ORF17和HI0902蛋白在192个氨基酸的重叠区内显示出有28％的氨基酸相同性：ORF17   3   HKKQAVNGKTVFTMMPGMIFGVFT-GAFSAKYIPAFGLQIF--FILFLTAVAFKTLHTDP 59
        HK   +  + V  + P ++  VF  G F  +       +IF   +++L      ++  DHI0902  72  HKLGNIVWQAVRILAPVIMLSVFICGLFIGRLDREISAKIFACLVVYLATKMVLSIKKD- 130ORF17   60  QTASRPLPGLPXLTAVSTLFGTMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPI 119
        Q  ++ L  L  +     L G  SS  GIGGG   VPFL   G    +AIG+S+     +HI0902  131 QVTTKSLTPLSSVIG-GILIGMASSAAGIGGGGFIVPFLTARGINIKQAIGSSAECGMLL 189ORF17   120 ALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVXXXXXXXXXXXXXX 179
         +SG  S++++G     +PE SLG++YLPAV  ++A +   + LGHI0902  190 GISGMFSFIVSGWGNPLMPEYSLGYIYLPAVLGITATSFFTSKLGASATAKLPVSTLKKG 249ORF17   180 FGIMLLLIAGKM 191
        F + L+++A  MHI0902  250 FALELIVVAINM 261
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF17和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF17a)在重叠的196个氨基酸内显示出有96.9％的相同性：
                                              10        20        30orf17.pep                                 GQHKKQAVNGKTVFTMMPGMIFGVFTGAFS
                                      ||||||||: ||||||||||:||||:||:|or f17a     QGLAQHPYAQHLAVGTSFAVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTVFTMMPGMVFGVFAGALS
              50        60        70        80        90       100
                40        50        60        70        80        90orf17.pep   AKYIPAFGLQIFFILFLTAVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPXLTAVSTLFGTMSSWVGIGG
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||orf17a    AKYIPAFGLQIFFILFLTAVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGTMSSWVGIGG
           110       120       130       140       150       160
             100       110       120       130       140       150orf17.pep GSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAV
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf17a    GSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAV
           170       180       190       200       210       220
             160       170       180       190orf17.pep AVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKKSFGLMLLLIAGKMLYNLLX
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf17a    AVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKKSFGIMLLLIAGKMLYNLLX
           230       240       250       260全长ORF17a核苷酸序列<SEQ ID 31>是：1 ATGTGGCATT GGGACATTAT CTTAATCCTG CTrGCCGTAG GCAGTGCGGC51 AGGTTTTATT GCCGGCCTGT TCGGCGTAGG CGGCGGCACG CTGATTGTCC101 CTGTCGTTTT ATGGGTGCTT GATTTGCAGG GTTTGGCACA ACATCCTTAC151 GCGCAACACC TCGCCGTCGG CACATCCTTC GCCGTCATGG TCTTCACCGC201 CTTTTCCAGT ATGCTGGGGC AGCACAAAAA ACAGGCGGTC GACTGGAAAA251 CCGTATTTAC GATGATGCCG GGTATGGTAT TCGGCGTATT CGCTGGCGCA301 CTCTCCGCAA AATATATCCC AGCGTTCGGG CTTCAAATTT TCTTCATCCT351 GTTTTTAACC GCCGTCGCAT TCAAAACACT GCATACCGAC CCTCAGACGG401 CATCCCGCCC GCTGCCCGGA CTGCCCGGAC TGACTGCGGT TTCCACACTG451 TTCGGCACAA TGTCGAGCTG GGTCGGCATA GGCGGCGGTT CACTTTCCGT501 CCCCTTCTTA ATCCACTGCG GCTTCCCCGC CCATAAAGCC ATCGGCACAT551 CATCCGGCCT TGCCTGGCCG ATTGCACTCT CCGGCGCAAT ATCGTATCTG601 CTCAACGGCC TGAATATTGC AGGATTGCCC GAAGGGTCAC TGGGCTTCCT651 TTACCTGCCC GCCGTCGCCG TCCTCAGCGC GGCAACCATT GCCTTTGCCC701 CGCTCGGTGT CAAAACCGCC CACAAACTTT CTTCTGCCAA ACTCAAAAAA751 TCCTTCGGCA TTATGTTGCT TTTGATTGCC GGAAAAATGC TGTACAACCT801 GCTTTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 32>:1  MWHWDIILIL LAVGSAAGFI AGLFGVGGGT LIVPVVLWVL DLQGLAQHPY51  AQHLAVGTSF AVMVFTAFSS MLGQHKKQAV DWKTVFTMMP GMVFGVFAGA101  LSAKYIPAFG LQIFFILFLT AVAFKTLHTD PQTASRPLPG LPGLTAVSTL151  FGTMSSWVGI GGGSLSVPFL IHCGFPAHKA IGTSSGLAWP IALSGAISYL201  LNGLNIAGLP EGSLGFLYLP AVAVLSAATI AFAPLGVKTA HKLSSAKLKK251  SFGIMLLLIA GKMLYNLL*ORF17a和ORF17-1在268个氨基酸的重叠区内显示出有98.9％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf17a.pep    MWHWDIILILLAVGSAAGFIAGLFGVGGGTLIVPVVLWVLDLQGLAQHPYAQHLAVGTSF
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf17-1       MWHWDIILILLAVGSAAGFIAGLFGVGGGTLIVPVVLWVLDLQGLAQHPYAQHLAVGTSF
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf17a.pep    AVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTVFTMMPGMVFGVFAGALSAKYIPAFGLQIFFILFLT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||||||||||||||||||orf17-1       AVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTVFTMMPGMIFGVFTGALSAKYIPAFGLQIFFILFLT
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf17a.pep    AVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGTMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf17-1       AVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGTMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKA
                 130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf17a.pep    IGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf17-1       IGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTA
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260      269
orf17a.pep    HKLSSAKLKKSFGIMLLLIAGKMLYNLLX
              |||||||||| ||||||||||||||||||
orf17-1       HKLSSAKLKKXFGIMLLLIAGKMLYNLLX
                     250       260
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORE17与淋病奈瑟球菌的预计ORE(ORF17.ng)在196氨基酸重叠区内显示出有93.9％的相同性：
orf17.pep                                GQHKKQAVNGKTVFTMMPGMIFGVFTGAFS  30
                                         ||||||||: ||:|:||||||||||:||:|
orf17ng    QGLAQHPYAQHLAVGTSFAVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTIFAMMPGMIFGVFAGALS 102
orf17.pep  AKYIPAFGLQIFFILFLTAVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPXLTAVSTLFGTMSSWVGIGG  90
           |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||:|||||||||
orf17ng    AKYIPAFGLQIFFILFLTAVAFKTLHTGRQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGAMSSWVGIGG 162
orf17.pep  GSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAV 150
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf17ng    GSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLVNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAV 202
orf17.pep  AVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKKSFGIMLLLIAGKMLYNLL 196
           |||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf17ng    AVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKESFGIMLLLIAGKMLYNLL 268
预计ORF17ng核苷酸序列<SEQ ID 33>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID34>:1 MWHWDIILIL LAVGSAAGFI AGLFGVGGGT LIVPVVLWVL DLQGLAQHPY51 AQHLAVGTSF AVMVFTAFSS MLGQHKKQAV DWKTIFAMMP GMIFGVFAGA101 LSAKYIPAFG LQIFFILFLT AVAFKTLHTG RQTASRPLPG LPGLTAVSTL151 FGAMSSWVGI GGGSLSVPFL IHCGFPAHKA IGTSSGLAWP IALSGAISYL201 VNGLNIAGLP EGSLGFLYLP AVAVLSAATI AFAPLGVKTA HKLSSAKLKE251 SFGIMLLLIA GKMLYNLL*进一步的工作揭示了该完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 35>:1 ATGTGGCATT GGGACATTAT CTTAATCCTG CTTGCcgtag gcAGTGCGGC51 AGGTTTTATT GCCGGCCTGT Tcggtgtagg cggcgGTACG CTGATTGTCC101 CTGTCGTTTT ATGGGTGCTT GATTTGCAGG GTTTGGCACA ACATCCTTAC151 GCGCAACACC TCGCCGTCGG CAcaTccttc gcCGTCATGG TCTTCACCGC201 CTTTTCCAGT ATGTTGGGGC AGCACAAAAA ACAGGCGGTC GACTGGAAAA251 CCATATTTGC GATGATGCCG GGTATGATAT TCGGCGTATT CGCTGGCGCA301 CTCTCCGCAA AATATATCCC CGCGTTCGGG CTTCAAATTT TCTTCATCCT351 GTTTTTAACC GCCGTCGCAT TCAAAACACT GCATACCGGT CGTCAGACGG401 CATCCCGCCC GCTGCCCGGG CTGCCCGGAC TGACTGCGGT TTCCACACTG451 TTCGGCGCAA TGTCGAGCTG GGTCGGCATA GGCGGCGGTT CACTTTCCGT501 CCCCTTCTTA ATCCACTGCG GCTTCCCCGC CCATAAAGCC ATCGGCACAT551 CATCCGGCCT TGCCTGGCCG ATTGCACTCT CCGGCGCAAT ATCGTATCTG601 GTCAACGGTC TGAATATTGC AGGATTGCCC GAAGGGTCGC TGGGCTTCCT651 TTACCTGCCC GCCGTCGCCG TCCTCAGCGC GGCAACCATT GCCTTTGCCC701 CGCTCGGTGT CAAAACCGCC CACAAACTTT CTTCTGCCAA ACTCAAAGAA751 TCCTTCGGCA TTATGTTGCT TTTGATTGCC GGAAAAATGC TGTACAACCT801 GCTTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 36；ORF17ng-1>:1  MWHWDIILIL LAVGSAAGFI AGLFGVGGGT LIVPVVLWVL DLQGLAQHPY51  AQHLAVGTSF AVMVFTAFSS MLGQHKKQAV DWKTIFAMMP GMIFGVFAGA101  LSAKYIPAFG LQIFFILFLT AVAFKTLHTG RQTASRPLPG LPGLTAVSTL151  FGAMSSWVGI GGGSLSVPFL IHCGFPAHKA IGTSSGLAWP IALSGAISYL201  VNGLNIAGLP EGSLGFLYLP AVAVLSAATI AFAPLGVKTA HKLSSAKLKE251  SFGIMLLLIA GKMLYNLL*ORF17ng-1和ORF17-1在268个氨基酸的重叠区内显示出有96.6％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf17-1.pep   MWHWDIILILLAVGSAAGFIAGLFGVGGGTLIVPVVLWVLDLQGLAQHPYAQHLAVGTSF
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf17ng-1     MWHWDIILILLAVGSAAGFIAGLFGVGGGTLIVPVVLWVLDLQGLAQHPYAQHLAVGTSF
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf17-1.pep   AVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTVFTMMPGMIFGVFTGALSAKYIPAFGLQIFFILFLT
          ||||||||||||||||||||||||:|:||||||||||:||||||||||||||||||||||orf17ng-1     AVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTIFAMMPGMIFGVFAGALSAKYIPAFGLQIFFILFLT
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf17-1.pep   AVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGTMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKA
          |||||||||  |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||orf17ng-1     AVAFKTLHTGRQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGAMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKA
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf17-1.pep   IGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTA
          ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf17ng-1     IGTSSGLAWPIALSGAISYLVNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTA
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260      269orf17-1.pep   HKLSSAKLKKXFGIMLLLIAGKMLYNLLX
          |||||||||: ||||||||||||||||||orf17ng-1     HKLSSAKLKESFGIMLLLIAGKMLYNLLX
                 250       260
另外，ORF17ng-1显示出与假设的流感嗜血菌蛋白同源：
sp|P44070|Y902_HAEIN假设蛋白HI0902 pir||G64015假设蛋白HI0902-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)gi|1573922(U32772)流感嗜血菌预计编码区H10902[流感嗜血菌]长度=264评分=74(34.9位)，估计值=1.6e-23,Sum P(2)=1.6e-23相同性=15/43(34％)，阳性=23/43(53％)询问：  55  AVGTSFAVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTIFAMMPGMIFGVF 97
         A+GTSFA +V T   S    HK   + W+ +  + P ++  VF目标：  52  ALGTSFATIVITGIGSAQRHHKLGNIVWQAVRILAPVIMLSVF 94评分=195(91.9位)，估计值=1.6e-23,Sum P(2)=1.6e-23相同性=44/114(38％)，阳性=65/114(57％)询问：150 LFGAMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLVNGLNIAGL 209
       L G  SS  GIGGG   VPFL   G    +AIG+S+     + +SG  S++V+G     +目标：148 LIGMASSAAGIGGGGFIVPFLTARGINIKQAIGSSAFCGMLLGISGMFSFIVSGWGNPLM 207询问：210 PEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKESFGIMLLLIAGKM 263
       PE SLG++YLPAV  ++A +   + LG     KL  + LK+ F + L+++A  M目标：208 PEYSLGYIYLPAVLGITATSFFTSKLGASATAKLPVSTLKKGFALFLIVVAINM 261
这个分析结果，包括与一种假设的流感嗜血菌跨膜蛋白有同源性，提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例12
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 37>:1 ..GGAAACGGAT GGCAGGCAGA CCCCGAACAT CCGCTGCTCG GGCTTTTTGC51   CGTCAGTAAT GTATCGATGA CGCTTGCTTT TGTCGGAATA TGTGCGTTGG101   TGCATTATTG CTTTTCGGGA ACGGTTCAAG TGTTTGTGTT TGCGGCACTG151   CTCAAACTTT ATGCGCTGAA GCCGGTTTAT TGGTTCGTGT TGCAGTTTGT201   GCTGATGGCG GTTGCCTATG TCCACCGCTG CGGTATAGAC CGGCAGCCGC251   CGTCAACGTT CGGCGGCTCG CAGCTGCGAC TCGGCGGGTT GACGGCAGCG301   TTGATGCAGG TCTCGGTACT GGTGCTGCTG CTTTCAGAAA TTGGAAGATA351   A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 38；ORF18>:1 ..GNGWQADPEH PLLGLFAVSN VSMTLAFVGI CALVHYCFSG TVQVFVFAAL51   LKLYALKPVY WFVLQFVLMA VAYVHRCGID RQPPSTFGGS QLRLGGLTAA101   LMQVSVLVLL LSEIGR*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 39>:1  ATGATTTTGC TGCATTTGGA TTTTTTGTCT GCCTTACTGT ATGCGGCGGT51  TTTTCTGTTT CTGATATTCC GCGCAGGAAT GTTGCAATGG TTTTGGGCGA101  GTATTATGCT GTGGCTGGGC ATATCGGTTT TGGGGGCAAA GCTGATGCCC151  GGCATATGGG GAATGACCCG CGCCGCGCCC TTGTTCATCC CCCATTTTTA201  CCTGACTTTG GGCAGCATAT TTTTTTTCAT CGGGCATTGG AACCGGAAAA251  CAGATGGAAA CGGATGGCAG GCAGACCCCG AACATCCGCT GCTCGGGCTT301  TTTGCCGTCA GTAATGTATC GATGACGCTT GCTTTTGTCG GAATATGTGC351  GTTGGTGCAT TATTGCTTTT CGGGAACGGT TCAAGTGTTT GTGTTTGCGG401  CACTGCTCAA ACTTTATGCG CTGAAGCCGG TTTATTGGTT CGTGTTGCAG451  TTTGTGCTGA TGGCGGTTGC CTATGTCCAC CGCTGCGGTA TAGACCGGCA501  GCCGCCGTCA ACGTTCGGCG GCTCGCAGCT GCGACTCGGC GGGTTGACGG551  CAGCGTTGAT GCAGGTCTCG GTACTGGTGC TGCTGCTTTC AGAAATTGGA601  AGATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 40；ORF18-1>:1 MILLHLDFLS ALLYAAVFLF LIFRAGMLQW FWASIMLWLG ISVLGAKLMP51 GIWGMTRAAP LFIPHFYLTL GSIFFFIGHW NRKTDGNGWQ ADPEHPLLGL101 FAVSNVSMTL AFVGICALVH YCFSGTVQVF VFAALLKLYA LKPVYWFVLQ151 FVLMAVAYVH RCGIDRQPPS TFGGSQLRLG GLTAALMQVS VLVLLLSEIG201 R*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF18与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF18a)在重叠的116个氨基酸内显示出有98.3％的相同性：
                                               10        20        30orf18.pep                                  GNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGI
                                       ||||||||||||||||||||||||||||||orf18a       TRAAPLFIPHFYLTLGSIFFFIGHWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGI
            60        70        80        90       100       110
              40        50        60        70        80        90orf18.pep CALVHYCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGS
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf18a    CALVHYCFSXTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGS
        120       130       140       150       160       170
             100       110orf18.pep QLRLGGLTAALMQVSVLVLLLSEIGRX
      ||||||||||||| |||||||||||||orf18a    QLRLGGLTAALMQXSVLVLLLSEIGRX
        180       190       200全长ORF18a核苷酸序列<SEQ ID 41>是：1  ATGATTTTGC TGCATTTGGA TTTTTTGTCT GCCTTACTGT ATGCGGCGGT51  TTTTCTGTTT CTGATATTCC GCGCAGGAAT GTTGCAATGG TTTTGGGCGA101  GTATTATGCT GTGGCTGGGC ATATCGGTTT TGGGGGCAAA GCTGATGCCC151  GGCATATGGG GAATGACCCG CGCCGCGCCC TTGTTCATCC CCCATTTTTA201  CCTGACTTTG GGCAGCATAT TTTTTTTCAT CGGGCATTGG AACCGGAAAA251  CGGATGGAAA CGGATGGCAG GCAGACCCCG AACATCCTCT GCTCGGGCTG301  TTTGCCGTCA GTAATGTATC GATGACGCTT GCTTTTGTCG GAATATGTGC351  GTTGGTGCAT TATTGCTTTT CGNGAACGGT TCAAGTGTTT GTGTTTGCGG401  CACTGCTCAA ACTTTATGCG CTGAAGCCGG TTTATTGGTT CGTGTTGCAG451  TTTGTGCTGA TGGCGGTTGC CTATGTCCAC CGCTGCGGTA TAGACCGGCA501  GCCGCCGTCA ACGTTCGGCG GNTCGCAGCT GCGACTCGGC GGGTTGACGG551  CAGCGTTGAT GCAGNTCTCG GTACTGGTGC TGCTGCTTTC AGAAATTGGA601  AGATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 42>:1  MILLHLDFLS ALLYAAVFLF LIFRAGMLQW FWASIMLWLG ISVLGAKLMP51  GIWGMTRAAP LFIPHFYLTL GSIFFFIGHW NRKTDGNGWQ ADPEHPLLGL101  FAVSNVSMTL AFVGICALVH YCFSXTVQVF VFAALLKLYA LKPVYWFVLQ151  FVLMAVAYVH RCGIDRQPPS TFGGSQLRLG GLTAALMQXS VLVLLLSEIG201  R*ORF18a和ORF18-1在201个氨基酸的重叠区内显示出有99.0％的相同性:
               10        20        30        40        50        60orf18a.pep MILLHLDFLSALLYAAVFLFLIFRAGMLQWFWASIMLWLGISVLGAKLMPGIWGMTRAAP
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf18-1    MILLHLDFLSALLYAAVFLFLIFRAGMLQWFWASIMLWLGISVLGAKLMPGIWGMTRAAP
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf18a.pep LFIPHFYLTLGSIFFFIGHWNRKTDGNGWQADPEMPLLGLFAVSNVSMTLAFVGICALVH
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf18-1    LFIPHFYLTLGSIFFFIGHVNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGICALVH
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf18a.pep YCFSXTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGSQLRLG
       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf18-1    YCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGSQLRLG
              130       140       150       160       170       180
              190       200orf18a.pep GLTAALMQXSVLVLLLSEIGRX
       |||||||| |||||||||||||orf18-1    GLTAALMQVSVLVLLLSEIGRX
              190       200
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF18显示出在与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF18.ng)在重叠的116个氨基酸中有93.1％的相同性：
orf18.pep                               GNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGI 30
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||
orf18ng   TRAAPLFIPHFYLTLGSIFFFIGYWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGI 115
orf18.pep CALVHYCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGS 90
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18ng   CALVHYCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGS 175
orf18.pep QLRLGGLTAALMQVSVLVLLLSEIGR 116
          ||||| |:| ||||:| ::||:||||
orf18ng   QLRLGVLAAMLMQVAVTAMLLAEIGR 201
全长ORF18ng核苷酸序列是<SEQ ID 43>:1 ATGATTTTGC TGCATTTGGA TTTTTTGTCT GCCTTACTGt aTGCGGcggt51 tttTctgTTT CTGATATTCC GCGCAGGAAT GTTGCAATGG TTTTGGGCGA101 GTATTGCGTT GTGGCTCGGC ATCTCGGTTT TAGGGGTAAA GCTGATGCCG151 GGGATGTGGG GAATGACCCG CGCCGCGCCT TTGTTCATCC CCCATTTTTA201 CCTGACTTTG GGCAGCATAT TTTTTTTCAT CGGGTATTGG AACCGGAAAA251 CAGATGGAAA CGGATGGCAG GCAGACCCCG AACATCCGCT GCTCGGGCTT301 TTTGCCGTCA GTAATGTATC GATGACGCTT GCTTTTGTCG GAATATGTGC351 GTTGGTGCAT TATTGCTTTT CGGGAACGGT TCAAGTGTTT GTGTTTGCGG401 CATTGCTCAA ACTTTATGCG CTGAAGCCGG TTTATTGGTT CGTGTTGCAG451 TTTGTATTGA TGGCGGttgC CTATGTCCAC CGCTGCGGTA TAGACCGGCA501 GCCGCCGTCA ACGTTCGGCG GTTCGCAGCT GCGACTCGGC GTGTTGGCGG551 CGATGTTGAT GCAGGTTGCG GTAACGGCGA TGCTGCTTGC CGAAATCGGC601 AGATGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 44>:1 MILLHLDFLS ALLYAAVFLF LIFRAGMLQW FWASIALWLG ISVLGVKLMP51 GMWGMTRAAP LFIPHFYLTL GSIFFFIGYW NRKTDGNGWQ ADPEHPLLGL101 FAVSNVSMTL AFVGICALVH YCFSGTVQVF VFAALLKLYA LKPVYWFVLQ151 FVLMAVAYVH RCGIDRQPPS TFGGSQLRLG VLAAMLMQVA VTAMLLAEIG201 R*
此ORF18ng蛋白质序列显示出与ORF18-1在重叠的201个氨基酸中有94.0％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf18-1.pep MILLHLDFLSALLYAAVFLFLIFRAGMLQWFWASIMLWLGISVLGAKLMPGIWGMTRAAP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||:|||||:||||||||
orf18ng     MILLHLDFLSALLYAAVFLFLIFRAGMLQWFWASIALWLGISVLGVKLMPGMWGMTRAAP
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf18-1.pep LFIPHFYLTLGSIFFFIGHWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGICALVH
            ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18ng     LFIPHFYLTLGSIFFFIGYWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGICALVH
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf18-1.pep YCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGSQLRLG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18ng     YCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGSQLRLG
                   130       140       150       160        170      180
                   190       200
orf18-1.pep GLTAALMQVSVLVLLLSEIGRX
             |:| ||||:| ::||:|||||
orf18ng     VLAAMLMQVAVTAMLLAEIGRX
                   190       200
根据本分析，包括该淋球菌蛋白中存在几个推定跨膜结构域的分析，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例13
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 45>:1 ATGAAAACCC CACTCCTCAA GCCTCTGCTN ATTACCTCGC TTCCCGTTTT51 CGCCAGTGTT TTTACCGCCG CCTCCATCGT CTGGCAGCTA GGCGAACCCA101 AGCTCGCCAT GCCCTTCGTA CTCGGCATCA TCGCCGGCGG CCTTGTCGAT151 TTGGACAACC NCNTGACCGG ACGGCTNAAA AACATCATCA CCACCGTCGC201 CCTGTTCACC CTCTCCTCGC TCACGGCACA AAGCACCCTC GGCACAGGGC251 TGCCCTTCAT CCTCGCCATG ACCCTGATGA CTT.CG.CTT CACCATTTTA301 GGCGCGGNCG ...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 46；ORF19>:1  MKTPLLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPKLAMPFV LGIIAGGLVDS1  LDNXXTGRLK NIITTVALFT LSSLTAQSTL GTGLPFILAM TLMTXXFTIL101  GAX...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 47>:1  ATGAAAACCC CACTCCTCAA GCCTCTGCTC ATTACCTCGC TTCCCGTTTT51  CGCCAGTGTT TTTACCGCCG CCTCCATCGT CTGGCAGCTA GGCGAACCCA101  AGCTCGCCAT GCCCTTCGTA CTCGGCATCA TCGCCGGCGG CCTTGTCGAT151  TTGGACAACC GCCTGACCGG ACGGCTGAAA AACATCATCA CCACCGTCGC201  CCTGTTCACC CTCTCCTCGC TCACGGCACA AAGCACCCTC GGCACAGGGC251  TGCCCTTCAT CCTCGCCATG ACCCTGATGA CCTTCGGCTT CACCATTTTA301  GGCGCGGTCG GGCTCAAATA CCGCACCTTC GCCTTCGGTG CACTCGCCGT351  CGCCACCTAC ACCACACTTA CCTACACCCC CGAAACCTAC TGGCTGACCA401  ACCCCTTCAT GATTTTATGC GGCACCGTAC TGTACAGCAC CGCCATCCTC451  CTGTTCCAAA TCGTCCTGCC CCACCGCCCC GTCCAAGAAA GCGTCGCCAA501  CGCCTACGAC GCACTCGGCG GCTACCTCGA AGCCAAAGCC GACTTCTTCG551  ACCCCGATGA GGCAGCCTGG ATAGGCAACC GCCACATCGA CCTCGCCATG601  AGCAACACCG GCGTCATCAC CGCCTTCAAC CAATGCCGTT CCGCCCTGTT651  TTACCGCCTT CGCGGCAAAC ACCGCCACCC GCGCACCGCC AAAATGCTGC701  GTTACTACTT TGCCGCCCAA GACATACACG AACGCATCAG CTCCGCCCAC751  GTCGATTATC AGGAAATGTC CGAAAAATTC AAAAACACCG ACATCATCTT801  CCGCATCCAC CGCCTGCTCG AAATGCAGGG ACAAGCCTGC CGCAACACCG851  CCCAAGCCCT GCGCGCAAGC AAAGACTACG TTTACAGCAA ACGCCTCGGC901  CGCGCCATCG AAGGCTGCCG CCAATCGCTG CGCCTCCTTT CAGACAGCAA951  CGACAGTCCC GACATCCGCC ACCTGCGCCG CCTTCTCGAC AACCTCGGCA1001  GCGTCGACCA GCAGTTCCGC CAACTCCAGC ACAACGGCCT GCAGGCAGAA1051  AACGACCGCA TGGGCGACAC CCGCATCGCC GCCCTCGAAA CCAGCAGCCT1101  CAAAAACACC TGGCAGGCAA TCCGTCCGCA GCTAAACCTC GAATCAGGCG1151  TATTCCGCCA TGCCGTCCGC CTGTCCCTCG TCGTTGCCGC CGCCTGCACC1201  ATCGTCGAAG CCCTCAACCT CAACCTCGGC TACTGGATAC TACTGACCGC1251  CCTTTTCGTC TGCCAACCCA ACTACACCGC CACCAAAAGC CGCGTCCGCC1301  AGCGCATCGC CGGCACCGTA CTCGGCGTAA TCGTCGGCTC GCTCGTCCCC1351  TACTTCACCC CGTCTGTCGA AACCAAACTC TGGATTGTCA TCGCCAGTAC1401  CACCCTCTTT TTCATGACCC GCACCTACAA ATACAGTTTC TCCACCTTCT1451  TCATTACCAT TCAAGCCCTG ACCAGCCTCT CCCTCGCAGG TTTGGACGTA1501  TACGCCGCCA TGCCCGTACG CATCATCGAC ACCATTATCG GCGCATCCCT1551  TGCCTGGGCG GCAGTCAGCT ACCTGTGGCC AGACTGGAAA TACCTCACGC1601  TCGAACGCAC CGCCGCCCTT GCCGTATGCA GCAACGGTGC CTATCTCGAA1651  AAAATCACCG AACGCCTCAA AAGCGGCGAA ACCGGCGACG ACGTCGAATA1701  CCGCGCCACC CGCCGCCGCG CCCACGAACA CACCGCCGCC CTCAGCAGCA1751  CCCTTTCCGA CATGAGCAGC GAACCCGCAA AATTCGCCGA CAGCCTGCAA1801  CCCGGCTTTA CCCTGCTCAA AACCGGCTAC GCCCTGACCG GCTACATCTC1851  CGCCCTCGGC GCATACCGCA GCGAAATGCA CGAAGAATGC AGCCCCGACT1901  TTACCGCACA GTTCCACCTC GCCGCCGAAC ACACCGCCCA CATCTTCCAA1951  CACCTGCCCG AAACCGAACC CGACGACTTT CAGACAGCAC TGGATACACT2001  GCGCGGCGAA CTCGACACCC TCCGCACCCA CAGCAGCGGA ACACAAAGCC2051  ACATCCTCCT CCAACAGCTC CAACTCATCG CCCGACAGCT CGAACCCTAC2101  TACCGCGCCT ACCGCCAAAT TCCGCACAGG CAGCCCCAAA ATGCAGCCTG2151  A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 48；ORF19-1>:1  MKTPLLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPKLAMPFV LGIIAGGLVD51  LDNRLTGRLK NIITTVALFT LSSLTAQSTL GTGLPFILAM TLMTFGFTIL101  GAVGLKYRTF AFGALAVATY TTLTYTPETY WLTNPFMILC GTVLYSTAIL151  LFQIVLPHRP VQESVANAYD ALGGYLEAKA DFFDPDEAAW IGNRHIDLAM201  SNTGVITAFN QCRSALFYRL RGKHRHPRTA KMLRYYFAAQ DIHERISSAH251  VDYQEMSEKF KNTDIIFRIH RLLEMQGQAC RNTAQALRAS KDYVYSKRLG301  RAIEGCRQSL RLLSDSNDSP DIRHLRRLLD NLGSVDQQFR QLQHNGLQAE351  NDRMGDTRIA ALETSSLKNT WQAIRPQLNL ESGVFRHAVR LSLVVAAACT401  IVEALNLNLG YWILLTALFV CQPNYTATKS RVRQRIAGTV LGVIVGSLVP451  YFTPSVETKL WIVIASTTLF FMTRTYKYSF STFFITIQAL TSLSLAGLDV501  YAAMPVRIID TIIGASLAWA AVSYLWPDWK YLTLERTAAL AVCSNGAYLE551  KITERLKSGE TGDDVEYRAT RRRAHEHTAA LSSTLSDMSS EPAKFADSLQ601  PGFTLLKTGY ALTGYISALG AYRSEMHEEC SPDFTAQFHL AAEHTAHIFQ651  HLPETEPDDF QTALDTLRGE LDTLRTHSSG TQSHILLQQL QLIARQLEPY701  YRAYRQIPHR QPQNAA*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与预计的流感嗜血菌的跨膜蛋白YHFK(登录号为P44289)的同源性ORF19和YHFK蛋白在97个氨基酸的重叠区内显示出有45％的氨基酸相同性：orf19 6  LKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNXXTGRLKNIITT 65
     L   +I+++PVF +V  AA  +W       +MP +LGIIAGGLVDLDN  TGRLKN+  TYHFK  5  LNAKVISTIPVFIAVNIAAVGIWFFDISSQSMPLILGIIAGGLVDLDNRLTGRLKNVFFT 64orf19 66 VALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTXXFTILGA 102
     +  F++SS   Q  +G  + +I+ MT++T  FT++GAYHFK  65 LIAFSISSFIVQLHIGKPIQYIVLMTVLTFIFTMIGA 101
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF19显示出在与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF19a)在重叠的102个氨基酸内有92.2％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60
orf19.pep MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNXXTGRLK
          |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
orf19a    MKTPPLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100
orf19.pep NIITTVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTXXFTILGAX
          |||:||||||||||:|||||||||||||||||||  |||:||
orf19a    NIIATVALFTLSSLVAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTIMGAVGLKYRTFAFGALAVATY
                  70        80        90       100       110      120orf19a TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAIILFQIILPHRPVQENVANAYEALGSYLEAKA
          130       140       150       160       170       180全长ORF19a核苷酸序列<SEQ ID 49>是：1  ATGAAAACCC CACCCCTCAA GCCTCTGCTC ATTACCTCGC TTCCCGTTTT51  CGCCAGTGTC TTTACCGCCG CCTCCATCGT CTGGCAGCTG GGCGAACCCA101  AGCTCGCCAT GCCCTTCGTA CTCGGCATCA TCGCTGGCGG CCTGGTCGAT151  TTGGACAACC GCCTGACCGG ACGGCTGAAA AACATCATCG CCACCGTCGC201  CCTGTTCACC CTCTCCTCAC TTGTCGCGCA AAGCACCCTC GGCACAGGTT251  TGCCATTCAT CCTCGCCATG ACCCTGATGA CTTTCGGCTT TACCATCATG301  GGCGCGGTCG GGCTGAAATA CCGCACCTTC GCCTTCGGCG CACTCGCCGT351  CGCCACCTAC ACCACACTTA CCTACACCCC CGAAACCTAC TGGCTGACCA401  ACCCCTTTAT GATTCTGTGC GGAACCGTAC TGTACAGCAC CGCCATCATC451  CTGTTCCAAA TCATCCTGCC CCACCGCCCC GTTCAAGAAA ACGTCGCCAA501  CGCCTACGAA GCACTCGGCA GCTACCTCGA AGCCAAAGCC GACTTTTTCG551  ATCCCGACGA AGCCGAATGG ATAGGCAACC GCCACATCGA CCTCGCCATG601  AGCAACACCG GCGTCATCAC CGCCTTCAAC CAATGCCGTT CCGCCCTGTT651  TTACCGCCTT CGCGGCAAAC ACCGCCACCC GCGCACCGCC AAAATGCTGC701  GCTACTACTT CGCCGCCCAA GACATACACG AACGCATCAG CTCCG CCCAC751  GTCGACTACC AAGAGATGTC CGAAAAATTC AAAAACACCG ACATCATCTT801  CCGCATCCAC CGCCTGCTCG AAATGCAGGG ACAAGCCTGC CGCAACACCG851  CCCAAGCCCT GCGCGCAAGC AAAGACTACG TTTACAGCAA ACGCCTCGGC901  CGCGCCATCG AAGGCTGCCG CCAATCGCTG CGCCTCCTTT CAGACAGCAA951  CGACAATCCC GACATCCGCC ACCTGCGCCG CCTTCTCGAC AACCTCGGCA1001  GCGTCGACCA GCAGTTCCGC CAACTCCAGC ACAACGGCCT GCAGGCAGAA1051  AACGACCGCA TGGGCGACAC CCGCATCGCC GCCCTCGAAA CCGGCAGCCT1101  CAAAAACACC TGGCAGGCAA TCCGTCCGCA GCTAAACCTC GAATCAGGCG1151  TATTCCGCCA TGCCGTCCGC CTGTCCCTTG TCGTTGCCGC CGCCTGCACC1201  ATCGTCGAAG CCCTCAACCT CAACCTCGGC TACTGGATAC TACTGACCGC1251  CCTTTTCGTC TGCCAACCCA ACTACACCGC CACCAAAAGC CGCGTCCGCC1301  AGCGCATCGC CGGCACCGTA CTCGGCGTAA TCGTCGGCTC GCTCGTCCCC1351  TACTTTACCC CCTCCGTCGA AACCAAACTC TGGATCGTCA TCGCCAGTAC1401  CACCCTCTTT TTCATGACCC GCACCTACAA ATACAGCTTC TCGACATTTT1451  TCATCACCAT TCAAGCCCTG ACCAGCCTCT CCCTCGCAGG GTTGGACGTA1501  TACGCCGCCA TGCCCGTACG CATCATCGAC ACCATTATCG GCGCATCCCT1551  TGCCTGGGCG GCAGTCAGCT ACCTGTGGCC AGACTGGAAA TACCTCACGC1601  TCGAACGCAC CGCCGCCCTT GCCGTATGCA GCAACGGCGC CTATCTCGAA1651  AAAATCACCG AACGCCTCAA AAGCGGCGAA ACCGGCGACG ACGTCGAATA1701  CCGCGCCACC CGCCGCCGCG CCCACGAACA CACCGCCGCC CTCAGCAGCA1751  CCCTTTCCGA CATGAGCAGC GAACCCGCAA AATTCGCCGA CAGCCTGCAA1801  CCCGGCTTTA CCCTGCTCAA AACCGGCTAC GCCCTGACCG GCTACATCTC1851  CGCCCTCGGC GCATACCGCA GCGAAATGCA CGAAGAATGC AGCCCCGACT1901  TTACCGCACA GTTCCACCTC GCCGCCGAAC ACACCGCCCA CATCTTCCAA1951  CACCTGCCCG AAACCGAACC CGACGACTTT CAGACAGCAC TGGATACACT2001  GCGCGGCGAA CTCGACACCC TCCGCACCCA CAGCAGCGGA ACACAAAGCC2051  ACATCCTCCT CCAACAGCTC CAACTCATCG CCCGGCAGCT CGAACCCTAC2101  TACCGCGCCT ACCGACAAAT TCCGCACAGG CAGCCCCAAA ACGCAGCCTG2151  A它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 50>:1  MKTPPLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPKLAMPFV LGIIAGGLVD51  LDNRLTGRLK NIIATVALFT LSSLVAQSTL GTGLPFILAM TLMTFGFTIM101  GAVGLKYRTF AFGALAVATY TTLTYTPETY WLTNPFMILC GTVLYSTAII151  LFQIILPHRP VQENVANAYE ALGSYLEAKA DFFDPDEAEW IGNRHIDLAM201  SNTGVITAFN QCRSALFYRL RGKHRHPRTA KMLRYYFAAQ DIHERISSAH251  VDYQEMSEKF KNTDIIFRIH RLLEMQGQAC RNTAQALRAS KDYVYSKRLG301  RAIEGCRQSL RLLSDSNDNP DIRHLRRLLD NLGSVDQQFR QLQHNGLQAE351  NDRMGDTRIA ALETGSLKNT WQAIRPQLNL ESGVFRHAVR LSLVVAAACT401  IVEALNLNLG YWILLTALFV CQPNYTATKS RVRQRIAGTV LGVIVGSLVP451  YFTPSVETKL WIVIASTTLF FMTRTYKYSF STFFITIQAL TSLSLAGLDV501 YAAMPYRIID TIIGASLAWA AVSYLWPDWK YLTLERTAAL AVCSNGAYLE551 KITERLXSGE TGDDVEYRAT RRRAHEHTAA LSSTLSDMSS EPAKFADSLQ601 PGFTLLKTGY ALTGYISALG AYRSEMHEEC SPDFTAQFHL AAEHTAHIFQ651 HLPETEPDDF QTALDTLRGE LDTLRTHSSG TQSHILLQQL QLIARQLEPY701 YRAYRQIPHR QPQNAA*ORF19a和ORF19-1显示在716个氨基酸的重叠区内有98.3％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf19a.pep MKTPPLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19-1    MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf19a.pep NIIATVALFTLSSLVAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTIMGAVGLKYRTFAFGALAVATY
       |||:||||||||||:||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||orf19-1    NIITTVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTILGAVGLKYRTFAFGALAVATY
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf19a.pep TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAIILFQIILPHRPVQENVANAYEALGSYLEAKA
       |||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||||:|||||:|||:||||||orf19-1    TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAILLFQIVLPHRPVQESVANAYDALGGYLEAKA
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf19a.pep DFFDPDEAEWIGNRHIDLAMSNTGVITAFNQCRSALFYRLRGKHRHPRTAKMLRYYFAAQ
       |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19-1    DFFDPDEAAWIGNRHIDLAMSNTGVITAFNQCRSALFYRLRGKHRHPRTAKMLRYYFAAQ
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290       300orf19a.pep DIHERISSAHVDYQEMSEKFKNTDIIFRIHRLLEMQGQACRNTAQALRASKDYVYSKRLG
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19-1    DIHERISSAHVDYQEMSEKFKNTDIIFRIHRLLEMQGQACRNTAQALRASKDYVYSKRLG
              250       260       270       280       290       300
              310       320       330       340       350       360orf19a.pep RAIEGCRQSLRLLSDSNDNPDIRHLRRLLDNLGSVDQQFRQLQHNGLQAENDRMGDTRIA
       ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19-1    RAIEGCRQSLRLLSDSNDSPDIRHLRRLLDNLGSVDQQFRQLQHNGLQAENDRMGDTRIA
              310       320       330       340       350       360
              370       380       390       400       410       420orf19a.pep ALETGSLKNTWQAIRPQLNLESGVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFV
       ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19-1    ALETSSLKNTWQAIRPQLNLESGVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFV
              370       380       390       400       410       420
              430       440       450       460       470       480orf19a.pep CQPNYTATKSRVRQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIASTTLFFMTRTYKYSF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19-1    CQPNYTATKSRVRQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIASTTLFFMTRTYKYSF
              430       440       450       460       470       480
              490       500       510       520       530       540orf19a.pep STFFITIQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAAL
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19-1    STFFITIQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAAL
              490       500       510       520       530       540
                  550       560       570       580       590       600
orf19a.pep AVCSNGAYLEKITERLKSGETGDDVEYRATRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQ
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1    AVCSNGAYLEKITERLKSGETGDDVEYRATRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQ
                  550       560       570       580       590       600
                  610       620       630       640       650       660
orf19a.pep PGFTLLKTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSPDFTAQFHLAAEHTAHIFQHLPETEPDDF
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1    PGFTLLKTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSPDFTAQFHLAAEHTAHIFQHLPETEPDDF
                  610       620       630       640       650       660
                  670       680       690       700       710
orf19a.pep QTALDTLRGELDTLRTHSSGTQSHILLQQLQLIARQLEPYYRAYRQIPHRQPQNAAX
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1    QTALDTLRGELDTLRTHSSGTQSHILLQQLQLIARQLEPYYRAYRQIPHRQPQNAAX
                  670       680       690       700       710
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF19在与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF19.ng)在重叠的102个氨基酸内显示有95.1％的相同性：
orf19.pep    MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNXXTGRLK  60
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
orf19ng      MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK  60
orf19.pep    NIITTVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTXXFTILGAX                  103
             |||:||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
orf19ng      NIIATVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTILGAVGLKYRTFAFGALAVATY 120
预计ORF19ng核苷酸序列<SEQ ID 51>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID52>：1  MKTPLLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPKLAMPFV LGIIAGGLVD51  LDNRLTGRLK NIIATVALFT LSSLTAQSTL GTGLPFILAM TLMTFGFTIL101  GAVGLKYRTF AFGALAVATY TTLTYTPETY WLTNPFMILC GTVLYSTAII151  LFQIILPHRP VQESVANAYE ALGGYLEAKA DFFDPDEAAW IGNRHIDLAM201  SNTGVITAFN QCRSALFYRL RGKHRHPRTA KMLRYYFAAQ DIHERISSAH251  VDYQEMSEKF KNTDIIFRIR RLLEMQGQAC RNTAQAIRSG KDYVYSKRLG301  RAIEGCRQSL RLLSDGNDSP DIRHLSRLLD NLGSVDQQFR QLRHSDSPAE351  NDRMGDTRIA ALETGSFKNT *进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 53>:1  ATGAAAACCC CACTCCTCAA GCCTCTGCTC ATTACCTCGC TTCCCGTTTT51  CGCCAGTGTC TTTACCGCCG CCTCCATCGT CTGGCAGCTA GGCGAACCCA101  AGCTCGCCAT GCCCTTCGTA CTCGGCATCA TCGCCGGCGG CCTGGTCGAT151  TTGGACAACC GCCTGACCGG ACGGCTGAAA AACATCATCG CCACCGTCGC201  CCTGTTTACC CTCTCCTCGC TCACGGCGCA AAGCACCCTC GGCACAGGGC251  TGCCCTTCAT CCTCGCCATG ACCCTGATGA CCTTCGGCTT TACCATTTTA301  GGCGCGGTCG GGCTGAAATA CCGCACCTTC GCCTTCGGCG CACTCGCCGT351  CGCCACCTAC ACCACGCTTA CCTACACCCC CGAAACCTAC TGGCTGACCA401  ACCCCTTCAT GATTTTATGC GGCACCGTAC TGTACAGCAC CGCCATCATC451  CTGTTCCAAA TCATCCTGCC CCACCGCCCC GTCCAAGAAA GCGTCGCCAA501  TGCCTACGAA GCACTCGGCG GCTACCTCGA AGCCAAAGCC GACTTCTTCG551  ACCCCGATGA GGCAGCCTGG ATAGGCAACC GCCACATCGA CCTCGCCATG601  AGCAACACCG GCGTCATCAC CGCCTTCAAC CAATGCCGTT CCGCCCTGTT651  TTACCGTTTG CGCGGCAAAC ACCGCCACCC GCGCACCGCC AAAATGCTGC701  GCTACTACTT CGCCGCCCAA GACATCCACG AACGCATCAG CTCCGCCCAC751  GTCGACTACC AAGAGATGTC CGAAAAATTC AAAAACACCG ACATCATCTT801  CCGCATCCGC CGCCTGCTCG AAATGCAGGG GCAGGCGTGC CGCAACACCG 851 CCCAAGCCAT CCGGTCGGGC AAAGACTAcg tTTACAGCAA ACGCCTCGGA901 CGCGCCATcg aaggctgCCG CCAGTCGCtg cgcctCCTTt cagacggcaA951 CGACAGTCCC GACATCCGCC ACCTGAGccg CCTTCTCGAC AACCTCGgca1001 GCGTcgacca gcagtTCcgc caactCCGAC ACAgcgactC CCCCGCcgaa1051 Aacgaccgca tgggcgacaC CCGCATCGCC GCCCtcgaaa ccggcagctT1101 caaaaaCAcc tggcaggCAA TCCGTCCGCa gctgaaCCTC GAATCatgCG1151 TATTCCGCCA TGCCGTCCGC CTGTCCCTCG TCGTTGCCGC CGCCTGCACC1201 ATCGTCgaag cCCTCAACCT CAACCTCGGC TACTGGATAC TGCTGACCGC1251 CCTTTTCGTC TGCCAACCCA ACTACACCGC CACCAAAAGC CGCGTGTACC1301 AACGCATCGC CGGCACCGTA CTCGGCGTAA TCGTCGGCTC GCTCGTCCCC1351 TACTTCACCC CCTCCGTCGA AACCAAACTC TGGATTGTCA TCGCCGGTAC1401 CACCCTGTTC TTCATGACCC GCACCTACAA ATACAGTTTC TCCACCTTCT1451 TCATCACCAT TCAGGCACTG ACCAGCCTCT CCCTCGCAGG TTTGGACGTA1501 TACGCCGCCA TGCCCGTGCG CATCATcgaC ACCATTATCG GCGCATCCCT1551 TGCCTGGGCG GCGGTCAGCT ACCTGTGGCC AGACTGGAAA TACCTCACGC1601 TCGAACGCAC CGCCGCCCTT GCCGTATGCA GCAGCGGCAC ATACCTCCAA1651 AAAATTGCCG AACGCCTCAA AACCGGCGAA ACCGGCGACG ACATAGAATA1701 CCGCATCACC CGCCGCCGCG CCCACGAACA CACCGCCGCC CTCAGCAGCA1751 CCCTTTCCGA CATGAGCAGC GAACCCGCAA AATTCGCCGA CAGCCTGCAA1801 CCCGGCTTTA CCCTGCTCAA AACCGGCTAC GCCCTGACCG GCTACATCTC1851 CGCCCTCGGC GCATACCGCA GCGAAATGCA CGAAGAATGC AGCCCCGACT1901 TTACCGCACA GTTCCACCTT GCCGCCGAAC ACACCGCCCA CATCTTCCAA1951 CACCTGCCCG ACATGGGACC CGACGACTTT CAGACGGCAT TGGATACACT2001 GCGCGGCGAA CTCGGCACCC TCCCCACCCG CAGCAGCGGA ACACAAAGCC2051 ACATCCTCCT CCAACAGCTC CAACTCATCG CccgGCAACT CGAACCCTAC2101 TACCGCGCCT ACCGACAAAT TCCGCACAGG CAGCCCCAAA ACGCAGCCTG2151 A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 54；ORF19ng-1>:1  MKTPLLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPKLAMPFV LGIIAGGLVD51  LDNRLTGRLK NIIATVALFT LSSLTAQSTL GTGLPFILAM TLMTFGFTIL101  GAVGLKYRTF AFGALAVATY TTLTYTPETY WLTNPFMILC GTVLYSTAII151  LFQIILPHRP VQESVANAYE ALGGYLEAKA DFFDPDEAAW IGNRHIDLAM201  SNTGVITAFN QCRSALFYRL RGKHRHPRTA KMLRYYFAAQ DIHERISSAH251  VDYQEMSEKF KNTDIIFRIR RLLEMQGQAC RNTAQAIRSG KDYVYSKRLG301  RAIEGCRQSL RLLSDGNDSP DIRHLSRLLD NLGSVDQQFR QLRHSDSPAE351  NDRMGDTRIA ALETGSFKNT WQAIRPQLNL ESCVFRHAVR LSLVYAAACT401  IVEALNLNLG YWILLTALFV CQPNYTATKS RVYQRIAGTV LGVIVGSLVP451  YFTPSVETKL WIVIAGTTLF FMTRTYKYSF STFFITIQAL TSLSLAGLDV501  YAAMPYRIID TIIGASLAWA AVSYLWPDWK YLTLERTAAL AVCSSGTYLQ551  KIAERLKTGE TGDDIEYRIT RRRAHEHTAA LSSTLSDMSS EPAKFADSLQ601  PGFTLLKTGY ALTGYISALG AYRSEMHEEC SPDFTAQFHL AAEHTAHIFQ651  HLPDMGPDDF QTALDTLRGE LGTLRTRSSG TQSHILLQQL QLIARQLEPY701  YRAYRQIPHR QPQNAA*ORF19ng-1和ORF19-1在716个氨基酸的重叠区内显示出有95.5％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf19-1.pep  MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19ng-1    MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf19-L pep  NIITTVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTILGAVGLKYRTFAFGALAVATY
         |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf19ng-1    NIIATVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTILGAVGLKYRTFAFGALAVATY
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf19-1.pep  TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAILLFQIVLPHRPVQESVANAYDALGGYLEAKA
         |||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||||||||||:||||||||||
orf19ng-1   TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAIILFQIILPHRPVQESVANAYEALGGYLEAKA
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf19-1.pep DFFDPDEAAWIGNRHIDLAMSNTGVITAFNQCRSALFYRLRGKHRHPRTAKMLRYYFAAQ
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1   DFFDPDEAAWIGNRHIDLAMSNTGVITAFNQCRSALFYRLRGKHRHPRTAKMLRYYFAAQ
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf19-1.pep DIHERISSAHVDYQEMSEKFKNTDIIFRIHRLLEMQGQACRNTAQALRASKDYVYSKRLG
            |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||:|::||||||||||
orf19ng-1   DIHERISSAHVDYQEMSEKFKNTDIIFRIRRLLEMQGQACRNTAQAIRSGKDYVYSKRLG
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf19-1.pep RAIEGCRQSLRLLSDSNDSPDIRHLRRLLDNLGSVDQQFRQLQHNGLQAENDRMGDTRIA
            |||||||||||||||:||||||||| ||||||||||||||||:|:   ||||||||||||
orf19ng-1   RAIEGCRQSLRLLSDGNDSPDIRHLSRLLDNLGSVDQQFRQLRHSDSPAENDRMGDTRIA
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400       410       420
orf19-1.pep ALETSSLKNTWQAIRPQLNLESGVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFV
            ||||:|:||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1   ALETGSFKNTWQAIRPQLNLESCVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFV
                   370       380       390       400       410       420
                   430       440       450       460       470       480
orf19-1.pep CQPNYTATKSRVRQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIASTTLFFMTRTYKYSF
            |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf19ng-1   CQPNYTATKSRVYQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIAGTTLFFMTRTYKYSF
                   430       440       450       460       470       480
                   490       500       510       520       530       540
orf19-1.pep STFFITIQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAAL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1   STFFITIQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAAL
                   490       500       510       520       530       540
                   550       560       570       580       590       600
orf19-1.pep AVCSNGAYLEKITERLKSGETGDDVEYRATRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQ
            ||||:|:||:||:||||:||||||:||| |||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1   AVCSSGTYLQKIAERLKTGETGDDIEYRITRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQ
                   550       560       570       580       590       600
                   610       620       630       640       650       660
orf19-1.pep PGFTLLKTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSPDFTAQFHLAAEHTAHIFQHLPETEPDDF
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:  ||||
orf19ng-1   PGFTLLKTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSPDFTAQFHLAAEHTAHIFQHLPDMGPDDF
                   610       620       630       640       650       660
                   670       680       690       700       710
orf19-1.pep QTALDTLRGELDTLRTHSSGTQSHILLQQLQLIARQLEPYYRAYRQIPHRQPQNAAX
            ||||||||||| ||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1   QTALDTLRGELGTLRTRSSGTQSHILLQQLQLIARQLEPYYRAYRQIPHRQPQNAAX
                   670       680       690       700       710
另外，ORF19ng-1显示出与以前输入数据库的一种假设的淋球菌蛋白有明显同源性：
sp|033369|YOR2_NEIGO假设的45.5 KD蛋白(ORF2)gnl|PID|e1154438(AJ002423)假设蛋白[淋病奈瑟球菌]长度=417评分=1512(705.6位)，估计值=5.3e-203,P=5.3e-203相同性=301/326(92％)，阳性=306/326(93％)询问：307 RQSLRLLSDGNDSPDIRHLSRLLDNLGSVDQQFRQLRHSDSPAENDRMGDTRIAALETGS 366
       RQSLRLLSDGNDS DIRHLSRLLDNLGSVDQQFRQLRHSDSPAENDRMGDTRIAALETGS目标：  1 RQSLRLLSDGNDSXDIRHLSRLLDNLGSVDQQFRQLRHSDSPAENDRMGDTRIAALETGS 60询问：367 FKNTWQAIRPQLNLESCVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFVCQPNYT 426
       FKNTWQAIRPQLNLES VFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLT LFVCQPNYT目标： 61 FKNTWQAIRPQLNLESGVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTRLFVCQPNYT 120询问：427 ATKSRVYQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIAGTTLFFMTRTYKYSFSTFFIT 486
       ATKSRVYQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSYETKLWIVIAGTTLFFMTRTYKYSFSTFFIT目标：121 ATKSRVYQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIAGTTLFFMTRTYKYSFSTFFIT 180询问：487 IQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAALAVCSSG 546
       IQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAALAVCSSG目标：181 IQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAALAVCSSG 240询问：547 TYLQKIAERLKTGETGDDIEYRITRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQPGFTLL 606
       TYLQKIAERLKTGETGDDIEYRITRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFAD+  P目标：241 TYLQKIAERLKTGETGDDIEYRITRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADTCNPALPCS 300询问：607 KTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSP 632
       K   ALTGYISALG   ++  +  +P目标：301 KPATALTGYISALGHTAAKCTKNAAP 326
根据该分析，包括该淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域(第一个结构域在脑膜炎球菌蛋白中也见到)以及与YHFK蛋白的同源性，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例14
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 55>:1 ATGAATATGC TGGGAGCTTT GGCAAAAGTC GGCAGCCTGA CGATGGTGTC51 GCGCGTTTTG GGATTTGTGC GCGATACGGT CATTGCGCGG GCATTCGGCG101 CGGGTATGGC GACGGATGCG TTTTTTGTCG CGTTCAAACT GCCCAACCTG151 CTTCGCCGCG TGTTTGCGGA GGGGGCGTTT GCCCAAGCGT TTGTGCCGAT201 TTTGGCGGAA TACAAGGAAA CGCGTTCAAA AGAGGCGG.C GAAGCCTTTA251 TCCGCCATGT GGCGGGGATG CTGTCGTTTG TACTGGTTAT CGTTACCGCG301 CTGGGCATAC TTGCCGCGCC TTGGGTGATT TATGTTTCCG CACCCGAGTT351 TTGCCCAAGA TGCCGACAAA TTTCAGCTCT CCATCGATTT GCTGCGGATT401 ACGTTTCCTT ATATATTATT GATTTCCCTG TCTTCATTTG TCGGCTCGGT451 ACTCAATTCT TATCATAAGT TCGGCATTCC GGCGTTTACG CCAC.GTTTC501 TGAACGTGTC GTTTATCGTA TTCGCGCTGT TTTTCGTGCC GTATTTCGAT551 CCGCCCGTTA CCGCGCyGGC GTGGGCGGTC TTTGTCGGCG GCATTTTGCA601 ACTCGrmTTC CAACTGCCCT GGCTGGCGAA ACTGGGCTTT TTGAAACTGC651 CCAAACtGAG TTTCAAAGAT GCGGCGGTCA ACCGCGTGAT GAAACAGATG701 GCGCCTGCgA TTTTgGGCGT GAgCGTGGCG CAGGTTTCTT TGGTGATCAA751 CACGATTTTc GCGTCTTATC TGCAATCGGG CAGCGTTTCA TGGATGTATT801 ACGCCGACCG CATGATGGAG CTGCCCAGCG GCGTGCTGGG GGCGGCACTC851 GGTACGATTT TGCTGCCGAC TTTGTCCAAA CACTCGGCAA ACCaAGATAC901 GGaACAGTTT TCCGCCCTGC TCGACTGGGG TTTGCGCCTG TGCATGCtgc951 TGACGCTGCC GGCGgcGGTC GGACTGGCGG TGTTGTCGTT cCCgCtGGTG1001 GCGACGCTGT TTATGTACCG CGwATTTACG CTGTTTGACG CGCAGATGAC1051 GCAACACGCG CTGATTGCCT ATTCTTTCGG TTTAATCGGC TTAATCATGA1101 TTAAAGTGTT GGCACCCGGC TTCTATGCGC GGCAAAACAT CAAwAmGCCC1151 GTCAAAATCG CCATCTTCAC GCTCATCTGC mCGCAGTTGA TGAACCTTGs1201 CTTTAyCGGC CCACTrrAAC rCasTCGGAC TTTCGCTTGC CATCGGTCTG1251 GGCGCGTGTA TCAATGCCGG ATTGTTGTTT TACCTGTTGC GCAGACACGG1301 TATTTACCAA CCTGG.CAAG GGTTGGGCAG CGTTCTT.AG CAAAAATGCT1351 GcTCTCGCTC GCCGTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 56；ORF20>:1  MNMLGALAKV GSLTMVSRVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL51  LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAX EAFIRHVAGM LSFVLVIVTA101  LGILAAPWVI YVSAPSFAQD ADKFQLSIDL LRITFPYILL ISLSSFVGSV151  LNSYHKFGIP AFTPXFLNVS FIVFALFFVP YFDPPVTAXA WAVFVGGILQ201  LXFQLPWLAK LGFLKLPKLS FKDAAVNRVM KQMAPAILGV SVAQVSLVIN251  TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELPSGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT301  EQFSALLDWG LRLCMLLTLP AAVGLAVLSF PLVATLFMYR XFTLFDAQMT351  QHALIAYSFG LIGLIMIKVL APGFYARQNI XXPVKIAIFT LICXQLMNLX401  FXGPLXXIGL SLAIGLGACI NAGLLFYLLR RHGIYQPXQG LGSVLXQKCC451  SRSP*详细描述这些序列，其完整的DNA序列<SEQ ID 57>是：1  ATGAATATGC TGGGAGCTTT GGCAAAAGTC GGCAGCCTGA CGATGGTGTC51  GCGCGTTTTG GGATTTGTGC GCGATACGGT CATTGCGCGG GCATTCGGCG101  CGGGTATGGC GACGGATGCG TTTTTTGTCG CGTTCAAACT GCCCAACCTG151  CTTCGCCGCG TGTTTGCGGA GGGGGCGTTT GCCCAAGCGT TTGTGCCGAT201  TTTGGCGGAA TACAAGGAAA CGCGTTCAAA AGAGGCGGCG GAGGCTTTTA251  TCCGCCATGT GGCGGGGATG CTGTCGTTTG TACTGGTTAT CGTTACCGCG301  CTGGGCATAC TTGCCGCGCC TTGGGTGATT TATGTTTCCG CACCCGGTTT351  TGCCCAAGAT GCCGACAAAT TTCAGCTCTC CATCGATTTG CTGCGGATTA401  CGTTTCCTTA TATATTATTG ATTTCCCTGT CTTCATTTGT CGGCTCGGTA451  CTCAATTCTT ATCATAAGTT CGGCATTCCG GCGTTTACGC CCACGTTTCT501  GAACGTGTCG TTTATCGTAT TCGCGCTGTT TTTCGTGCCG TATTTCGATC551  CGCCCGTTAC CGCGCTGGCG TGGGCGGTCT TTGTCGGCGG CATTTTGCAA601  CTCGGCTTCC AACTGCCCTG GCTGGCGAAA CTGGGCTTTT TGAAACTGCC651  CAAACTGAGT TTCAAAGATG CGGCGGTCAA CCGCGTGATG AAACAGATGG701  CGCCTGCGAT TTTGGGCGTG AGCGTGGCGC AGGTTTCTTT GGTGATCAAC751  ACGATTTTCG CGTCTTATCT GCAATCGGGC AGCGTTTCAT GGATGTATTA801  CGCCGACCGC ATGATGGAGC TGCCCAGCGG CGTGCTGGGG GCGGCACTCG851  GTACGATTTT GCTGCCGACT TTGTCCAAAC ACTCGGCAAA CCAAGATACG901  GAACAGTTTT CCGCCCTGCT CGACTGGGGT TTGCGCCTGT GCATGCTGCT951  GACGCTGCCG GCGGCGGTCG GACTGGCGGT GTTGTCGTTC CCGCTGGTGG1001  CGACGCTGTT TATGTACCGC GAATTTACGC TGTTTGACGC GCAGATGACG1051  CAACACGCGC TGATTGCCTA TTCTTTCGGT TTAATCGGCT TAATCATGAT1101  TAAAGTGTTG GCACCCGGCT TCTATGCGCG GCAAAACATC AAAACGCCCG1151  TCAAAATCGC CATCTTCACG CTCATCTGCA CGCAGTTGAT GAACCTTGCC1201  TTTATCGGCC CACTGAAACA CGTCGGACTT TCGCTTGCCA TCGGTCTGGG1251  CGCGTGTATC AATGCCGGAT TGTTGTTTTA CCTGTTGCGC AGACACGGTA1301  TTTACCAACC TGGCAAGGGT TGGGCAGCGT TCTTAGCAAA AATGCTGCTC1351  TCGCTCGCCG TGATGTGCGG CGGACTGTGG GCAGCGCAGG CTTACCTGCC1401  GTTTGAATGG GCGCACGCCG GCGGAATGCG GAAAGCGGGG CAGCTCTGCA1451  TCCTGATTGC CGTCGGCGGC GGACTGTATT TCGCATCACT GGCGGCTTTG1501  GGCTTCCGTC CGCGCCATTT CAAACGCGTG GAAAACTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 58；ORF20-1>:1  MNMLGALAKV GSLTMVSRVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL51  LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAA EAFIRHVAGM LSFVLVIVTA101  LGILAAPWVI YVSAPGFAQD ADKFQLSIDL LRITFPYILL ISLSSFVGSV151  LNSYHKFGIP AFTPTFLNVS FIVFALFFVP YFDPPVTALA WAVFVGGILQ201  LGFQLPWLAK LGFLKLPKLS FKDAAVNRVM KQMAPAILGV SVAQVSLVIN251  TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELPSGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT301  EQFSALLDWG LRLCMLLTLP AAVGLAYLSF PLVATLFMYR EFTLFDAQMT351  QHALIAYSFG LIGLIMIKYL APGFYARQNI KTPVKIAIFT LICTQLMNLA401  FIGPLKHVGL SLAIGLGACI NAGLLFYLLR RHGIYQPGKG WAAFLAKMLL
451 SLAVMCGGLW AAQAYLPFEW AHAGGMRKAG QLCILIAVGG GLYFASLAAL
501 GFRPRHFKRV EN*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与鼠伤寒杆菌的MviN毒力因子(登录号为P37169)的同源性
ORF20和MviN蛋白在440个氨基酸重叠区内显示出有63％的氨基酸相同性：Orf20 1   MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRYFAEGAF 60
      MN+L +LA V S+TM SRVLGF RD ++AR FGAGMATDAFFVAFKLPNLLRR+FAEGAFMviN  14  MNLLKSLAAVSSMTMFSRVLGFARDAIVARIFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRIFAEGAF 73Orf20 61  AQAFVPILAEYKETRSKEAXEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPSFAQD 120
      +QAFVPILAEYK  + +EA   F+ +V+G+L+  L +VT  G+LAAPWVI V+AP FAMviN  74  SQAFVPILAEYKSKQGEEATRIFVAYVSGLLTLALAVVTVAGMLAAPWVIMVTAPGFADT 133Orf20 121 ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPXFLNVSFIVFALFFVP 180
      ADKF L+  LLRITFPYILLISL+S VG++LN++++F IPAF P FLN+S I FALF  PMviN  134 ADKFALTTQLLRITFPYILLISLASLVGAILNTWNRFSIPAFAPTFLNISMIGFALFAAP 193Orf20 181 YFDPPVTAXAWAVFVGGILQLXFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV 240
      YF+PPV A AWAY VGG+LQL +QLP+L K+G L LP+++F+D    RV+KQM PAILGVMviN  194 YFNPPVLALAWAVTVGGVLQLVYQLPYLKKIGMLVLPRINFRDTGAMRVVKQMGPAILGV 253Orf20 241 SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT 300
      SV+Q+SL+INTIFAS+L SGSVSWMYYADR+ME PSGVLG ALGTILLP+LSK  A+ +MviN  254 SVSQISLIINTIFASFLASGSVSWMYYADRLMEFPSGVLGVALGTILLPSLSKSFASGNH 313Orf20 301 EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYRXFTLFDAQMTQHALIAYSFG 360
      +++  L+DWGLRLC LL LP+AV L +L+ PL  +LF Y  FT FDA MTQ ALIAYS GMviN  314 DEYCRLMDWGLRLCFLLALPSAVALGILAKPLTVSLFQYGKFTAFDAAMTQRALIAYSVG 373Orf20 361 LIGLIMIKVLAPGFYARQNIXXPVKIAIFTLICXQLMNLXFXXXXXXXXXXXXXXXXXCI 420
      LIGLI++KVLAPGFY+RQ+I  PVKIAI TLI  QLMNL F                 C+MviN  374 LIGLIVVKVLAPGFYSRQDIKTPVKIAIVTLIMTQLMNLAFIGPLKHAGLSLSIGLAACL 433Orf20 421 NAGLLFYLLRRHGIYQPXQG 440
      NA LL++ LR+  I+ P  GMviN  434 NASLLYWQLRKQNIFTPQPG 453
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF20与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF20a)在重叠的447个氨基酸内显示出有93.5％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf20.pep    MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
             |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20a       MNMLGALVKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf20.pep    AQAFVPILAEYKETRSKEAXEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPSFAQD
             |||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||:||:|
orf20a       AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPGFAKD
                     70        80        90       100       110       120
             130       140       150       160       170       180orf20.pep ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPXFLNVSFIVFALFFVF
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||:|||||||||||||||orf20a    ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFSIPAFTPTFLNVSFIVFALFFVF
             130       140       150       160       170       180
             190       200       210       220       230       240orf20.pep YFDPPVTAXAWAVFVGGILQLXFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf20a    YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
             190       200       210        220      230       240
             250       260       270        280      290       300orf20.pep SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
      ||||:||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||orf20a    SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPGGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
             250       260       270        280      290       300
             310       320       330        340      350       360orf20.pep EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYRXFTLFDAQMTQHALIAYSFG
      |||||||||||| |||||||||||:||||||||||||||| |||||||||||||||||||orf20a    EQFSALLDWGLRXCMLLTLPAAVGMAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
             310       320       330        340      350       360
             370       380       390        400      410       420orf20.pep LIGLIMIKVLAPGFYARQNIXXPVKIAIFTLICXQLMNLXFXGPLXXIGLSLAIGLGACI
      |||||||||||||||||||| :|||||||||||:||||| | |||  :||||||||||||orf20a    LIGLIMIKVLAPGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHVGLSLAIGLGACI
             370       380       390       400       410       420
             430       440       450orf20.pep NAGLLFYLLRRHGIYQPXQGLGSVLXQKCCSRSPX
      ||||||||||||||||| :| :: | :orf20a    NAGLLFYLLRRHGIYQPGKGWAAFLAKMLLSLAVMGGGLYAAQIWLPFDWAHAGGMQKAA
             430       440       450       460       470       480全长ORF20a核苷酸序列<SEQ ID 59>是：1  ATGAATATGC TGGGAGCTTT GGTAAAAGTC GGCAGCCTGA CGATGGTGTC51  GCGCGTTTTG GGATTTGTGC GCGATACGGT CATTGCGCGC GCATTCGGCG101  CAGGCATGGC GACGGATGCG TTCTTTGTCG CGTTCAAACT GCCCAACCTG151  CTTCGCCGCG TGTTTGCGGA GGGGGCGTTT GCCCAAGCGT TTGTGCGGAT201  TTTGGCGGAA TATAAGGAAA CGCGTTCTAA AGAGGCGACG GAGGCTTTTA251  TCCGCCATGT GGCGGGGATG CTGTCGTTTG TACTGGTCAT CGTTACCGCG301  CTGGGCATAC TTGCCGCGCC TTGGGTGATT TATGTTTCCG CACCCGGTTT351  TGCCAAAGAT GCCGACAAAT TTCAGCTCTC TATCGATTTG CTGCGGATTA401  CGTTTCCTTA TATCTTATTG ATTTCACTTT CCTCTTTTGT CGGCTCGGTA451  CTCAATTCCT ATCATAAATT CAGCATTCCT GCGTTTACGC CCACGTTCCT501  GAACGTGTCG TTTATCGTAT TCGCGCTGTT TTTCGTGCCG TATTTCGATC551  CTCCCGTTAC CGCGCTGGCT TGGGCGGTTT TTGTCGGCGG CATTTTGCAA601  CTCGGCTTCC AACTGCCCTG GCTGGCGAAA CTGGGTTTTT TGAAACTGCC651  CAAACTGAGT TTCAAAGATG CGGCGGTCAA CCGCGTGATG AAACAGATGG701  CGCCTGCGAT TTTGGGCGTG AGCGTGGCGC AGATTTCTTT GGTGATCAAC751  ACGATTTTCG CGTCTTATCT GCAATCGGGC AGCGTTTCAT GGATGTATTA801  CGCCGACCGC ATGATGGAAC TGCCCGGCGG CGTGCTGGGG GCGGCACTCG851  GTACGATTTT GCTGCCGACT TTGTCCAAAC ACTCGGCAAA CCAAGATACG901  GAACAGTTTT CCGCCCTGCT CGACTGGGGT TTGCGCNTGT GCATGCTGCT951  GACGCTGCCG GCGGCGGTCG GAATGGCGGT GTTGTCGTTC CCGCTGGTGG1001  CAACCTTGTT TATGTACCGA GAATTCACGC TGTTTGACGC GCAGATGACG1051  CAACACGCGC TGATTGCCTA TTCTTTCGGT TTAATCGGTT TAATCATGAT1101  TAAAGTGTTG GCGCCCGGCT TTTATGCGCG GCAAAACATC AAAACGCCCG1151  TCAAAATCGC CATCTTCACG CTCATTTGCA CGCAGTTGAT GAACCTTGCC1201  TTTATCGGCC CACTGAAACA CGTCGGACTT TCGCTTGCCA TCGGTCTGGG1251  CGCGTGTATC AATGCCGGAT TGTTGTTTTA CCTGTTGCGC AGACACGGTA1301  TTTACCAACC TGGCAAGGGT TGGGCAGCGT TCTTGGCAAA AATGCTGCTC1351  TCGCTCGCCG TGATGGGAGG CGGCCTGTAT GCCGCCCAAA TCTGGCTGCC1401  GTTCGACTGG GCACACGCCG GCGGAATGCA AAAGGCCGCC CGGCTCTTCA1451  TCCTGATTGC CGTCGGCGGC GGACTGTATT TCGCATCACT GGCGGCTTTG1501  GGCTTCCGTC CGCGCCATTT CAAACGCGTG GAAAGCTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 60>:1  MNMLGALVKV GSLTMVSRVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL51  LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAT EAFIRHVAGM LSFVLVIVTA101  LGILAAPWVI YVSAPGFAKD ADKFQLSIDL LRITFPYILL ISLSSFVGSV151  LNSYHKFSIP AFTPTFLNVS FIVFALFFVP YFDPPVTALA WAVFVGGILQ201  LGFQLPWLAK LGFLKLPKLS FKDAAVNRVM KQMAPAILGV SVAQISLVIN251  TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELPGGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT301  EQFSALLDWG LRXCMLLTLP AAVGMAVLSF PLVATLFMYR EFTLFDAQMT351  QHALIAYSEG LIGLIMIKVL APGFYARQNI KTPVKIAIFT LICTQLMNLA401  FIGPLKHVGL SLAIGLGACI NAGLLFYLLR RHGIYQPGKG WAAFLAKMLL451  SLAVMGGGLY AAQIWLPFDW AHAGGMQKAA RLFILIAVGG GLYFASLAAL501  GFRPRHFKRV ES*ORF20a和ORF20-1在512个氨基酸的重叠区内显示出有96.5％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf20a.pep MNMLGALVKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
       |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf20-1    MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf20a.pep AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPGFAKD
       |||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|orf20-1    AQAFVPILAEYKETRSKEAAEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPGFAQD
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf20a.pep ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFSIPAFTPTFLNVSFIVFALFFVP
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||orf20-1    ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPTFLNVSFIVFALFFVP
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf20a.pep YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf20-1    YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290       300orf20a.pep SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPGGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
       ||||:||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||orf20-1    SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
              250       260       270       280       290       300
              310       320       330       340       350       360orf20a.pep EQFSALLDWGLRXCMLLTLPAAVGMAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
       |||||||||||| |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||orf20-1    EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
              310       320       330       340       350       360
              370       380       390       400       410       420orf20a.pep LIGLIMIKVLAPGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHVGLSLAIGLGACI
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20-1     LIGLIMIKVLAPGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHVGLSLAIGLGACI
                   370       380       390       400       410       420
                   430       440       450       460       470       480
orf20a.pep  NAGLLFYLLRRHGIYQPGKGWAAFLAKMLLSLAVMGGGLYAAQIWLPFDWAHAGGMQKAA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:||| :|||:|||||||:||:
orf20-1     NAGLLFYLLRRHGIYQPGKGWAAFLAKMLLSLAVMCGGLWAAQAYLPFEWAHAGGMRKAG
                   430       440       450       460       470       480
                   490       500       510
orf20a.pep  RLFILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKRVESX
            :| ||||||||||||||||||||||||||||:|
orf20-1     QLCILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKRVENX
                   490       500       510
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF20与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF20ng)在重叠的454个氨基酸内显示出有92.1％的相同性：
orf20.pep  MNMLGALAKYGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF  60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20ng    MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF  60
orf20.pep  AQAFVPILAEYKETRSKEAXEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPSFAQD 120
           |||||||||||||||||||:|||||||||||||||::||||||||||||||||||:|::|
orf20ng    AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLIVVTALGILAAPWVIYVSAPGFTKD 120
orf20.pep  ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPXFLNVSFIVFALFFVP 180
           ||||||||:||||||||||||||||||||:||||||||||||||:|||:|||||||||||
orf20ng    ADKFQLSISLLRITFPYILLISLSSFVGSILNSYHKFGIPAFTPTFLNISFIVFALFFVP 180
orf20.pep  YFDPPVTAXAWAVFVGGILQLXFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV 240
           |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf20ng    YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLNFKDAAVNRVMKQMAPAILGV 240
orf20.pep  SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT 300
           ||||:||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf20ng    SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPGGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT 300
orf20.pep  EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYRXFTLFDAQMTQHALIAYSFG 360
           ||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
orf20ng    EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAAGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG 360
orf20.pep  LIGLIMIKVLAPGFYARQNIXXPVKIAIFTLICXQLMNLXFXGPLXXIGLSLAIGLGACI 420
           ||||||||||| |||||||| :|||||||||||:||||| | |||   ||||||||||||
orf20ng    LIGLIMIKVLASGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHAGLSLAIGLGACI 420
orf20.pep  NAGLLFYLLRRHGIYQPXQGLGSVLXQKCCSRSP 454
           ||||||:|:|:||||:| ||||:   :|||||||
orf20ng    NAGLLFFLFRKHGIYRPGQGLGQPSWRKCCSRSP 454
预计ORF20ng核苷酸序列<SEQ ID 61>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID62>:1  MNMLGALAKV GSLTMVSRYL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL51  LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAT EAFIRHVAGM LSFVLIVYTA101  LGILAAPWVI YVSAPGFTKD ADKFQLSISL LRITFPYILL ISLSSFVGSI151  LNSYHKFGIP AFTPTFLNIS FIYFALFFYP YFDPPYTALA WAVFYGGILQ201  LGFQLPWLAK LGFLKLPKLN FKDAAVNRVM KQMAPAILGV SVAQISLVIN251  TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELPGGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT301  EQFSALLDWG LRLCMLLTLP AAAGLAVLSF PLVATLFMYR EFTLFDAQMT351  QHALIAYSFG LIGLIMIKVL ASGFYARQNI KTPVKIAIFT LICTQLMNLA401  FIGPLKHAGL SLAIGLGACI NAGLLFFLFR KHGIYRPGQG LGQPSWRKCC451  SRSP*进一步的DNA分析揭示了下列DNA序列<SEQ ID 63>:1 ATGAATATGC TTGGAGCTTT GGCAAAAGTC GGCAGCCTGA CGATGGTGTC51 GCGCGTTTTG GGATTTGTGC GCGATACGGT CATTGCGCGG GCATTCGGCG101 CGGGTATGGC GACGGATGCG TTTTTTGTCG CGTTCAAACT GCCCAACCTG151 CTTCGCCGCG TGTTTGCGGA GGGGGCGTTT GCCCAAGCGT TTGTGCCGAT201 TTTGGCGGAA TATAAGGAAA CGCGTTCTAA AGAGGCGAcg gAGGCTTTTA251 TCCGCCACGt tgcgggAatg CTGTCGTTTG TGCTGATcgt cGttacCGCG301 CTGGGCATAC TTGCCGCgcc tTGGGTGATT TATGTTtccg CgcccGGCTT351 TACCAAAGAC GCGGACAAGT TCCAACTTTC CATCAGCCTG CTGCGGATTA401 CGTTTCCTTA TATATTATTG ATTTCTTTGT CTTCTTTTGT CGGCTCGATA451 CTCAATTCCT ACCATAAGTT CGGCATTCCC GCGTTTACGC CCACGTTTTT501 AAACATCTCT TTTATCGTAT TCGCACTGTT TTTCGTGCCG TATTTCGATC551 CGCCCGTTAC CGCGCTGGCG TGGGCGGTTT TTGTCGGCGG TATTTTGCAG601 CTCGGTTTCC AACTGCCGTG GCTGGCGAAA CTGGGCTTTT TGAAACTGCC651 CAAACTGAAT TTCAAAGATG CGGCGGTCAA CCGCGTCATG AAACAGATGG701 CGCCTGCGAT TTTGGGCGTG agcgTGGCGC AAATTTCTTT GgttATCAAC751 ACGATTTTCG CGTCTTATCT GCAATCGGGC AGCGTTTCAT GGATGTatta801 cgCCGACCGC ATGATGGAGc tgcgccGGGG CGTGCTGGGG GCTGCACTCG851 GTACAATTTT GCTGCCGACT TTGTCCAAAC ACTCGGCAAA CCAAGATACG901 GAACAGTTTT CCGCCCTGCT CGACTGGGGT TTGCGCCTGT GCATGCTGCT951 GACGCTGCCG GCGGCGGccg GACTGGCGGT ATTGTCGTTC CCGCTGGTGG1001 CGACGCTGTT TATGTACCGA GAATTCACGC TGTTTGACGC ACAAATGACG1051 CAACACGCGC TGATTGCCTA TTCTTTCGGT TTAATCGGTT TAATTATGAT1101 TAAAGTGTTG GCATCCGGCT TTTATGCGCG GCAAAACATC AAAACGCCCG1151 TCAAAATCGC CATCTTCACG CTCATCTGCA CGCAGTTGAT GAACCTCGCC1201 TTTATCGGTC CGTTGAAACA CGCCGGGCTT TCGCTCGCCA TCGGCCTGGG1251 CGCGTGCATC AACGCCGGAT TGTTGTTCTT CCTGTTGCGC AAACACGGTA1301 TTTACCGGCC cggcaggggt tgggcggcgt TCTTGGCGAA AATGCTGCTC1351 GCGCTCGCCG TGATGTGCGG CGGACTGTGG GCGGCGCAGG CTTGCCTGCC1401 GTTCGAATGG GCGCACGCCG GCGGAATGCG GAAAGCGGGG CAGCTCTGCA1451 TCCTGATTGC CGTCGGCGGC GGACTGTATT TCGCATCTCT GGCGGCTTTG1501 GGCTTCCGTC CGCGCCATTT CAAACGCGTG GAAAGCTGA它编码下列氨基酸序列<SEQ ID 64；ORF20ng-1>:1  MNMLGALAKV GSLTMVSEVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL51  LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAT EAFIRHVAGM LSFVLIVVTA101  LGILAAPWVI YVSAPGFTKD ADKFQLSISL LRITFPYILL ISLSSFVGSI151  LNSYHKFGIP AFTPTFLNIS FIVFALFFVP YFDPPVTALA WAVFVGGILQ201  LGFQLPWLAK LGFLKLPKLN FKDAAVNRVM KQMAPAILGV SVAQISLVIN251  TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELRRGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT301  EQFSALLDWG LRLCMLLTLP AAAGLAVLSF PLVATLFMYR EFTLFDAQMT351  QHALIAYSFG LIGLIMIKVL ASGFYARQNI KTPVKIAIFT LICTQLMNLA401  FIGPLKHAGL SLAIGLGACI NAGLLFFLLR KHGIYRPGRG WAAFLAKMLL451  ALAVMCGGLW AAQACLPFEW AHAGGMRKAG QLCILIAVGG GLYFASLAAL501  GFRPRHFKRV ES*ORF20ng-1和ORF20-1在512个氨基酸的重叠区内显示出有95.7％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf20-1.pep  MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf20ng-1    MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf20-1.pep  AQAFVPILAEYKETRSKEAAEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPGFAQD
         |||||||||||||||||||:|||||||||||||||::||||||||||||||||||||::|orf20ng-1    AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLIVVTALGILAAPWVIYVSAPGFTKD
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf20-1.pep ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPTFLNVSFIVFALFFVP
        ||||||||:||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||:|||||||||||orf20ng-1   ADKFQLSISLLRITFPYILLISLSSFVGSILNSYHKFGIPAFTPTFLNISFIVFALFFVP
               130       140       150       160       170       180
               190       200       210       220       230       240orf20-1.pep YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||orf20ng-1   YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLNFKDAAVNfVMKQMAPAILGV
               190       200       210       220       230       240
               250       260       270       280       290       300orf20-1.pep SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
        ||||:|||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||orf20ng-1   SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELRRGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
               250       260       270       280       290       300
               310       320       330       340       350       360orf20-1.pep EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
        ||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf20ng-1   EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAAGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
               310       320       330       340       350       360
               370       380       390       400       410       420orf20-1.pep LIGLIMIKVLAPGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHVGLSLAIGLGACI
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||orf20ng-1   LIGLIMIKVLASGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHAGLSLAIGLGACI
               370       380       390      400        410       420
               430       440       450      460        470       480orf20-1.pep NAGLLFYLLRRHGIYQPGKGWAAFLAKMLLSLAVMCGGLWAAQAYLPFEWAHAGGMRKAG
        ||||||:|||:||||:||:|||||||||||:||||||||||||| |||||||||||||||orf20ng-1   NAGLLFFLLRKHGIYRPGRGWAAFLAKMLLALAVMCGGLWAAQACLPFEWAHAGGMRKAG
               430       440       450      460        470       480
               490       500       510orf20-1.pep QLCILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKRVENX
        |||||||||||||||||||||||||||||||:|orf20ng-1   QLCILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKRVESX
               490       500       510
另外，ORF20ng-1显示出与鼠伤寒杆菌的一种毒力因子明显同源：
sp|P37169|MVIN_SALTY毒力因子MVIN pir||S40271 mviN蛋白-鼠伤寒杆菌gi|438252(Z26133)mviB基因产物[鼠伤寒杆菌]gnl|PID|d1005521(D25292)ORF2[鼠伤寒杆菌]长度=524
评分=1573(750.1位)，估计值=1.1e-220,Sum P(2)=1.1e-220
相同性=309/467(66％)，阳性=368/467(78％)询问：    1 MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF 60
         MN+L +LA V S+TM SRVLGF RD ++AR FGAGMATDAFFVAFKLPNLLRR+FAEGAF目标：   14 MNLLKSLAAVSSMTMFSRVLGFARDAIVARIFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRIFAEGAF 73询问：   61 AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLIVVTALGILAAPWVIYVSAPGFTKD 120
         +QAFVPILAEYK  + +EAT  F+ +V+G+L+  L VVT  G+LAAPWVI V+APGF目标：   74 SQAFVPILAEYKSKQGEEATRIFVAYVSGLLTLALAVVTVAGMLAAPWVIMVTAPGFADT 133询问：  121 ADKFQLSISLLRITFPYILLISLSSFVGSILNSYHKFGIPAFTPTFLNISFIVFALFFVP 180
         ADKF L+  LLRITFPYILLISL+S VG+ILN++++F IPAF PTFLNIS I FALF  P目标：  134 ADKFALTTQLLRITFPYILLISLASLVGAILNTWNRFSIPAFAPTFLNISMIGFALFAAP 193询问：181 YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLNFKDAAVNRVMKQMAPAILGV 240
       YF+PPV ALAWAV VGG+LQL +QLP+L K+G L LP++NF+D    RV+KQM PAILGV目标：194 YFNPPVLALAWAVTVGGVLQLVYQLPYLKKIGMLVLPRINFRDTGAMRVVKQMGPAILGV 253询问：241 SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELRRGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT 300
       SV+QISL+INTIFAS+L SGSVSWMYYADR+ME   GVLG ALGTILLP+LSK  A+ +目标：254 SVSQISLIINTIFASFLASGSVSWMYYADRLMEFPSGVLGVALGTILLPSLSKSFASGNH 313询问：301 EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAAGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG 360
       +++  L+DWGLRLC LL LP+A  L +L+ PL  +LF Y +FT FDA MTQ ALLAYS G目标：314 DEYCRLMDWGLRLCFLLALPSAVALGILAKPLTVSLFQYGKFTAFDAAMTQRALIAYSVG 373询问：361 LIGLIMIKVLASGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHAGLSLAIGLGACI 420
       LIGLI++KVLA GFY+RQ+IKTPVKIAI TLI TQLMNLAFIGPLKHAGLSL+IGL AC+目标：374 LIGLIVVKVLAPGFYSRQDIKTPVKIAIVTLIMTQLMNLAFIGPLKHAGLSLSIGLAACL 433询问：421 NAGLLFFLLRKHGIYRPGRGWXXXXXXXXXXXXVMCGGLWAAQACLP 467
       NA LL++ LRK  I+ P  GW            VM   L+     +P目标：434 NASLLYWQLRKQNIFTPQPGWMWFLMRLIISVLVMAAVLFGVLHIMP 480评分=70(33.4位)，估计值=1.1e-220,Sum P(2)=1.1e-220相同性=14/41(34％)，阳性=23/41(56％)询问：469 EWAHAGGMRKAGQLCILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKR 509
       EW+    + +  +L  ++  G   YFA+LA LGF+ + F R目标：481 EWSQGSMLWRLLRLMAVVIAGIAAYFAALAVLGFKVKEFVR 521
根据该分析结果，包括与鼠伤寒杆菌的一种毒力因子有同源性，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白质可作为疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例15
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 65>:1 atGATTAAAA TCAAAAAAGG TCTAAACCTG CCCATCGCGG GCAGACCGGA51 GCAAGCCGTT tACGACGGCC CGGCCaTTAC CGAAGtCGCG TTGCTTGGCG101 AAGAATATGC CGGTATGCGC CCCTCGATGA AAGTCAAGGA AGGCGATGCC151 GTcAAAAAAG GCCAAGTGCT GTTTGAAGAC AAAAAGAATC CGGGCGTGGT201 GTTTACTGCG CCGGCTTCAG GcAAAATCGC CGCGATTCAC CGTGGCGAAA251 AGCGCGTACT TCAGTCAGTC GTGATTGCCG TTGAArGCAA CGACGAAATC301 GAGTTTGAAC GCTACGCACC TGAAGCGCTG GCAAACTTAA GCGGCGAAGA351 AGTGCGCCGC AACCTGATCC AATCCGGTTT GTGGACTGCG CTGCGCACCC401 GTCCGTTCAG CAAAATTCCT GCCGTCGATG CCGAGCCGTT CGCCATCTTC451 GTCAATGCGA tGGACACCAA TCCG..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 66；ORF22>:1  MIKIKKGLNL PIAGRPEQAV YDGPAITEVA LLGEEYAGMR PSMKVKEGDA51  VKKGQVLFED KKNPGVVFTA PASGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEXNDEI101  EFERYAPEAL ANLSGEEVRR NLIQSGLWTA LRTRPFSKIP AVDAEPFAIP151  VNAMDTNP..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 67>:1  ATGATTAAAA TCAAAAAAGG TCTAAACCTG CCCATCGCGG GCAGACCGGA51  GCAAGCCGTT TACGACGGCC CGGCCATTAC CGAAGTCGCG TTGCTTGGCG101  AAGAATATGC CGGTATGCGC CCCTCGATGA AAGTCAAGGA AGGCGATGCC151  GTCAAAAAAG GCCAAGTGCT GTTTGAAGAC AAAAAGAATC CGGGCGTGGT201  GTTTACTGCG CCGGCTTCAG GCAAAATCGC CGCGATTCAC CGTGGCGAAA 251  AGCGCGTACT TCAGTCAGTC GTGATTGCCG TTGAAGGCAA CGACGAAATC301  GAGTTTGAAC GCTACGCACC TGAAGCGCTG GCAAACTTAA GCGGCGAAGA351  AGTGCGCCGC AACCTGATCC AATCCGGTTT GTGGACTGCG CTGCGCACCC401  GTCCGTTCAG CAAAATTCCT GCCGTCGATG CCGAGCCGTT CGCCATCTTC451  GTCAATGCGA TGGACACCAA TCCGCTGGCT GCCGACCCTA CGGTCATTAT501  CAAAGAAGCC GCCGAGGATT TCAAACGCGG CCTGTTGGTA TTGAGCCGTT551  TGACCGAACG CAAAATCCAT GTTTGTAAGG CAGCTGGCGC AGACGTGCCG601  TCTGAAAATG CTGCCAACAT CGAAACACAT GAATTCGGCG GCCCGCATCC651  TGCCGGTTTG AGTGGCACGC ACATTCATTT CATCGAGCCG GTCGGCGCGA701  ATAAAACCGT GTGGACCATC AATTATCAAG ATGTAATTAC CATTGGCCGT751  TTGTTTGCAA CAGGCCGTCT GAACACCGAG CGCGTGATTG CCCTAGGTGG801  TTCTCAAGTC AACAAACCGC GCCTCTTGCG TACCGTTTTG GGTGCGAAAG851  TATCGCAAAT TACTGCGGGC GAATTGGTTG ACACAGACAA CCGCGTGATT901  TCCGGTTCGG TATTGAACGG CGCGATTACA CAAGGCGCGC ACGATTATTT951  GGGACGCTAC CACAATCAGA TTTCCGTTAT CGAAGAAGGC CGCAGCAAAG1001  AGCTGTTCGG CTGGGTTGCG CCGCAGCCGG ACAAATACTC CATCACGCGT1051  ACAACCCTCG GCCATTTCCT GAAAAACAAA CTCTTCAAGT TCAACACAGC1101  CGTCAACGGC GGCGACCGCG CCATGGTGCC GATTGGTACT TACGAGCGCG1151  TGATGCCCTT GGATATCCTG CCCACCCTGC TTTTGCGCGA TTTAATCGTC1201  GGCGATACCG ACAGCGCGCA GGCATTGGGT TGCTTGGAAT TGGACGAAGA1251  AGACCTCGCT TTGTGCAGCT TCGTCTGCCC GGGCAAATAC GAATACGGCC1301  CGCTGTTGCG CAAAGTGCTG GAAACCATTG AGAAGGAAGG CTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 68；ORF22-1>:1  MIKIKKGLNL PIAGRPEQAV YDGPAITEVA LLGEEYAGMR PSMKVKEGDA51  VKKGQVLFED KKNPGVVFTA PASGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEGNDEI101  EFERYAPEAL ANLSGEEVRR NLIQSGLWTA LRTRPFSKIP AVDAEPFAIF151  VNAMDTNPLA ADPTVIIKEA AEDFKRGLLV LSRLTERKIH VCKAAGADVP201  SENAANIETH EFGGPHPAGL SGTHIHFIEP VGANKTVWTI NYQDVITIGR251  LFATGRLNTE RVIALGGSQV NKPRLLRTVL GAKVSQITAG ELVDTDNRVI301  SGSVLNGAIT QGAHIYLGRY HNQISVIEEG RSKELFGWVA PQPDKYSITR351  TTLGHFLKNK LFKFNTAVNG GDRAMVPIGT YERVMPLDIL PTLLLRDLIV401  GDTDSAQALG CLELDEEDLA LCSFVCPGKY EYGPLLRKVL ETIEKEG*进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 69>:1  ATGATTAAAA TCAAAAAAGG TCTAAACCTG CCCATCGCGG GCAGACCGGA51  GCAAGTCATT TATGACGGGC CCGTCATTAC CGAAGTCGCG TTGCTTGGCG101  AAGAATATGC CGGTATGCGC CCCTNGATGA AAGTCAAGGA AGGCGATGCC151  GTCAAAAAAG GCCAAGTGCT GTTTGAAGAC AAAAAGNATC CGGGCGTGGT201  GTTTACCGCG CCNGTTTCAG GCAAAATCGC CGCCATCCAT CGCGGCGAAA251  AGCGCGTACT TCAGTCGGTC GTGATTGCCG TTGAAGGCAA CGACGAAATC301  GAGTTCGAAC GCTACGCGCC CGAAGCGTTG GCAAACTTAA GCGGCGANGA351  ANTNNGNNGC AATCTGATCC AATCCGGTTT GTGGACTGCG CTGCGTANCC401  GTCCGTTCAG CAAAATCCCT GCCGTCGATG CCGAGCCGTT CGCCATCTTC451  GTCAATGCGA TGGACACCAA TCCGC NGCG GCAGACCCTG TGGTTGTGAT501  CAAAGAAGCC GNCGANGATT TCAGACGANG TNTGCTGGTA TTGAGCCGTT551  TGACCGAGCG TAAAATCCAT GTGTGTAAGG CAGCTGGCGC AGACGTGCCG601  TCTGAAAATG CTGCCAACAT CGAAACACAT GAATTCGGCG GCCCGCATCC651  GGCCGGTTTG AGTGGCACGC ACATTCATTT CATTGAGCCG GTCGGTGCAA701  ACAAAACCGT TTGGACCATC AATTATCAAG ATGTAATTGC CATCGGACGT751  TTGTTTGCAA CAGGCCGTCT GAACACCGAG CGCGTGATTG CTTTGGGTGG801  TTCTCAAGTC AACAAACCAC GCCTCTTGCG TACCGTTTTG GGTGCGAAAG851  TATCGCAAAT TACTGCGGGC GAATTGGTTG ACGCAGACAA CCGCGTGATT901  TCCGGTTCGG TATTGAACGG CGCGATTACA CAAGGCGCGC ACGATTATTT951  GGGACGCTAC CACAATCAGA TTTCCGTTAT CGAAGAAGGC CGCAGCAAAG1001  AGCTGTTCGG CTGGGTTGCG CCGCAGCCGG ACAAATACTC CATCACGCGT1051  ACGACCCTCG GCCATTTCCT GAAAAACAAA CTCTTCAAGT TCACGACAGC1101  CGTCAACGGT GGCGACCGCG CCATGGTGCC GATTGGTACT TACGAGCGCG1151  TAATGCCGCT AGACATCCTG CCTACCCTGC TTTTGCGCGA TTTAATCGTC1201  GGCGATACCG ACAGCGCGCA AGCATTGGGT TGCTTGGAAT TGGACGAAGA1251  AGACCTCGCT TTGTGCAGCT TCGTCTGCCC GGGCAAATAC GAATANGGCC1301  CGCTGTTGCG TAAGGTGCTG GAAACCNTTG AGAAGGAAGG CTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 70；ORF22a>:1  MIKIKKGLNL PIAGRPEQVI YDGPVITEVA LLGEEYAGMR PXMKVKEGDA51  VKKGQVLFED KKXPGVVFTA PVSGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEGNDEI101  EFERYAPEAL ANLSGXEXXX NLIQSGLWTA LRXRPFSKIP AVDAEPFAIF151  VNAMDTNPLA ADPVVVIKEA XXDFRRXXLV LSRLTERKIH VCKAAGADYP201  SENAANIETH EFGGPHPAGL SGTHIHFIEP VGANKTVWTI NYQDVIAIGR251  LFATGRLNTE RVIALGGSQV NKPRLLRTVL GAKVSQITAG ELYDADNRVI301  SGSVLNGAIT QGAHDYLGRY HNQISVIEEG RSKELFGWVA PQPDKYSITR351  TTLGHFLKNK LFKFTTAVNG GDRAMVPIGT YERVMPLDIL PTLLLRDLIV401  GDTDSAQALG CLELDEEDLA LCSFVCPGKY EXGPLLRKVL ETXEKEG*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF22)与ORF22a在重叠的158个氨基酸内显示出有94.2％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60
orf22.pep MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED
          ||||||||||||||||||::||||:|||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf22a    MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPVITEVALLGEEYAGMRPXMKVKEGDAVKKGQVLFED
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120
orf22.pep KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEXNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR
          || ||||||||:||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
orf22a    KKXPGVVFTAPVSGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGXEXXX
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150
orf22.pep NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNP
          ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
orf22a    NLIQSGLWTALRXRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPVVVIKEAXXDFRRXXLV
                 130       140       150       160       170       180
完整的菌株B序列(ORF22-1)和ORF22a在447个氨基酸的重叠区内显示出有94.9％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf22a.pep MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPVITEVALLGEEYAGMRPXMKVKEGDAVKKGQVLFED
           ||||||||||||||||||::||||:|||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf22-1    MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf22a.pep KKXPGVVFTAPVSGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGXEXXX
           || ||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf22-1    KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf22a.pep NLIQSGLWTALRXRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPVVVIKEAXXDFRRXXLV
           ||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|:||||  ||:|  ||
orf22-1    NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf22a.pep LSRLTERKIHVCKAAGADVPSENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTVWTI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22-1    LSRLTERKIHVCKAAGADVPSENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTVWTI
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf22a.pep NYQDVIAIGRLFATGRLNTERVIALGGSQVNKPRLLRTVLGAKVSQITAGELVDADNRVI
           ||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf22-1    NYQDVITIGRLFATGRLNTERVIALGGSQVNKPRLLRTVLGAKVSQITAGELVDTDNRVI
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360
orf22a.pep SGSVLNGAITQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFLKNK
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22-1    SGSVLNGAITQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFLKNK
                  310       320       330       340       350       360
                  370       380       390       400       410       420
orf22a.pep LFKFTTAVNGGDRAMVPIGTYERVMPLDILPTLLLRDLIVGDTDSAQALGCLELDEEDLA
           ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22-1    LFKFNTAVNGGDRAMVPIGTYERVMPLDILPTLLLRDLIVGDTDSAQALGCLELDEEDLA
                  370       380       390       400       410       420
                  430       440
orf22a.pep LCSFVCPGKYEXGPLLRKVLETXEKEGX
           ||||||||||| |||||||||| |||||
orf22-1    LCSFVCPGKYEYGPLLRKVLETIEKEGX
                  430       440
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌的部分基因序列<SEQ ID 71>，它编码下列氨基酸序列<SEQ ID 72；ORF22ng>:1 MIKIKKGLNL PIAGRPEQVI YDGPAITEVA LLGEEYVGMR PSMKIKEGEA51 VKKGQVLFED KKNPGVVFTA PASGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEGNDEI101 EFERYVPEAL AKLSSEKVRR NLIQSGLWTA LRTRPFSKIP AVDAEPFAIF151 VNAMDTNPLA ADPTVIIKEA AEDFKRGLLV LSRLTERKIH VCKAAGADVP201 SENAANIETH EFGGPHPAGL SGTHIHFIEP VGANKTVWTI NYQDVIAIGR251 LFVTGRLNTE RVVALGGLQV NKPRLLRTVL GAKVSQLTAG ELVDADNRVI301 SGSVLNGAIA QGAHDYLGRY HN*进一步的工作鉴定了完整的淋球菌基因<SEQ ID 73>:1  ATGATTAAAA TCAAAAAAGG TCTAAATCTG CCCATCGCGG GCAGACCGGA51  GCAAGTCATT TATGACGGCC CGGCCATTAC CGAAGTCGCG TTGCTTGGCG101  AAGAATATGT CGGCATGCGC CCCTCGATGA AAATCAAGGA AGGTGAAGCC151  GTCAAAAAAG GCCAAGTGCT GTTTGAAGAC AAAAAGAATC CGGGCGTAGT201  ATTTACTGCG CCGGCTTCAG GCAAAATCGC CGCTATTCAC CGTGGCGAAA251  AGCGCGTACT TCAGTCAGTC GTGATTGCCG TTGAAGGCAA CGACGAAATC301  GAGTTCGAAC GCTACGTACC TGAAGCGCTG GCAAAATTGA GCAGCGAAAA351  AGTGCGCCGC AACCTGATTC AATCAGGCTT ATGGACTGCG CTTCGCACCC401  GTCCGTTCAG CAAAATCCCT GCCGTAGATG CCGAGCCGTT CGCCATCTTC451  GTCAATGCGA TGGACACCAA TCCGCTGGCT GCCGACCCTA CGGTCATCAT501  CAAAGAAGCC GCCGAAGACT TCAAACGCGG CCTGTTGGTA TTGAGCCGCC551  TGACCGAACG TAAAATCCAT GTGTGTAAAG CAGCAGGCGC AGACGTGCCG601  TCTGAAAATG CTGCCAATAT CGAAACACAT GAATTTGGCG GCCCGCATCC651  TGCCGGCTTG AGTGGCACGC ACATTCATTT CATCGAGCCA GTCGGCGCGA701  ATAAAACCGT GTGGACCATC AATTATCAAG ACGTGATTGC TATCGGACGT751  TTGTTCGTAA CAGGCCGTCT GAATACCGAG CGCGTGGTTG CCTTGGGCGG801  CCTGCAAGTC AACAAACCGC GCCTCTTGCG TACCGTTTTG GGTGCGAAGG851  TGTCTCAACT TACCGCCGGC GAATTGGTTG ACGCGGACAA CCGCGTGATT901  TCCGGTTCGG TATTGAACGG TGCGATTGCA CAAGGCGCGC ATGATTATTT951  GGGACGCTAC CACAATCAGA TTTCCGTTAT CGAAGAAGGC CGCAGCAAAG1001  AGCTGTTCGG CTGGGTTGCG CCGCAGCCGG ACAAATACTC CATCACGCGC1051  ACCACTCTCG GCCATTTCCT AAAAAACAAA CTCTTCAAGT TCACGACAGC1101  CGTCAACGGC GGCGACCGCG CCATGGTACC GATCGGCACT TATGAGCGCG1151  TAATGCCGTT GGACATCCTG CCTACCTTGC TTTTGCGCGA TTTAATCGTC1201  GGCGATACCG ACAGCGCGCA GGCTTTGGGT TGCTTGGAAT TGGACGAAGA1251  AGACCTCGCT TTGTGCAGCT TCGTCTGCCC GGGCAAATAC GAATACGGCC1301  CGCTGTTGCG CAAAGTGCTG GAAACCATTG AGAAGGAAGG CTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 74；ORF22ng-1>:1  MIKIKKGLNL PIAGRPEQVI YDGPAITEVA LLGEEYVGMR PSMKIKEGEA51  VKKGQVLFED KKNPGVVFTA PASGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEGNDEI101  EFERYVPEAL AKLSSEKVRR NLIQSGLWTA LRTRPFSKIP AVDAEPFAIF151  VNAMDTNPLA ADPTVIIKEA AEDFKRGLLV LSRLTERKIH VCKAAGADVP201  SENAANIETH EFGGPHPAGL SGTHIHFIEP VGANKTVWTI NYQDVIAIGR251  LFVTGRLNTE RVVALGGLQV NKPRLLRTVL GAKVSQLTAG ELVDADNRVI301  SGSVLNGAIA QGAHIYLGRY HNQISVIEEG RSKELFGWVA PQPDKYSITR351  TTLGHFLKNK LFKFTTAVNG GDRAMVPIGT YERVMPLDIL PTLLLRDLIV401  GDTDSAQALG CLELDEEDLA LCSFVCPGKY EYGPLLRKVL ETIEKEG*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF22)与ORF22ng在重叠的158个氨基酸内显示出有93.7％的相同性：
orf22.pep MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED  60
          ||||||||||||||||||::||||||||||||||||:|||||||:|||:|||||||||||
orf22ng   MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPAITEVALLGEEYVGMRPSMKIKEGEAVKKGQVLFED  60
orf22.pep KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEXNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR 120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||:|||||:||:|:|||
orf22ng   KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYVPEALAKLSSEKVRR 120
orf22.pep NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNP                       158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng   NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV 180
菌株B(ORF22-1)和淋球菌(ORF22ng)的完整序列在447个氨基酸的重叠区内显示出有96.2％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf22-1.pep MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED
            ||||||||||||||||||::||||||||||||||||:|||||||:|||:|||||||||||
orf22ng-1   MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPAITEVALLGEEYVGMRPSMKIKEGEAVKIGQVLFED
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf22-1.pep KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:||:|:|||
orf22ng-1   KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYVPEALAKLSSEKVRR
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf22-1.pep NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng-1   NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf22-1.pep LSRLTERKIHVCKAAGADVPSENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTVWTI
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng-1   LSRLTERKIHVCKAAGADVPSENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTVWTI
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf22-1.pep NYQDVITIGRLFATGRLNTERVIALGGSQVNKPRLLRTVLGAKVSQITAGELVDTDNRVI
            ||||||:|||||:|||||||||:|||| ||||||||||||||||||:|||||||:|||||
orf22ng-1   NYQDVIAIGRLFVTGRLNTERVVALGGLQVNKPRLLRTVLGAKVSQLTAGELVDADNRVI
                   250       260       270       280       290       300
               310       320       330       340       350       360orf22-1.pep SGSVLNGAITQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFLKNK
        |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf22ng-1   SGSVLNGAIAQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFLKNK
               310       320       330       340       350       360
               370       380       390       400       410       420orf22-1.pep LFKFNTAVNGGDRAMVPIGTYERVMPLDILPTLLLRDLIVGDTDSAQALGCLELDEEDLA
        ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf22ng-1   LFKFTTAVNGGDRAMVPIGTYERVMPLDILPTLLLRDLIVGDTDSAQALGCLELDEEDLA
               370       380       390       400       410       420
               430       440orf22-1.pep LCSFVCPGKYEYGPLLRKVLETIEKEGX
        ||||||||||||||||||||||||||||orf22ng-1   LCSFVCPGKYEYGPLLRKVLETIEKEGX
               430       440这些序列的计算机分析给出了下列结果：与大叶性肺炎放线杆菌的48kDa外膜蛋白(登录号U24492)的同源性ORF22和该48kDa蛋白在158个氨基酸的重叠区内有72％的氨基酸相同性：Orf22 1   MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED 60
      MI IKKGL+LPIAG P Q +++G  + EVA+LGEEY GMRPSMKV+EGD VKKGQVLFED48kDa 1   MITIKKGLDLPIAGTPAQVIHNGNTVNEVAMLGEEYVGMRPSMKVREGDVVKKGQVLFED 60off22 61  KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEXNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR 120
      KKNPGVVFTAPASG +  I+RGEKRVLQSVVI VE +++I F RY    LA+LS E+V++48kDa 61  KKNPGVVFTAPASGTVVTINRGEKRVLQSVVIKVEGDEQITFTRYEAAQLASLSAEQVKQ 120orf22 121 NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNP 158
      NLI+SGLWTA RTRPFSK+PA+DA P +IFVNAMDTNP48kDa 121 NLIESGLWTAFRTRPFSKVPALDAIPSSIFVNAMDTNP 158ORF22a还显示出与48kDa的大叶性肺炎放线杆菌蛋白有同源性：gi|1185395(U24492)48 kDa外膜蛋白[大叶性肺炎放线杆菌]长度=449评分=530位(1351)，估计值=e-150相同性=274/450(60％)，阳性=323/450(70％)，空隙=4/450(0％)询问：1   MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPVITEVALLGEEYAGMRPXMKVKEGDAVKKGQVLFED 60
       MI IKKGL+LPIAG P QVI++G  + EVA+LGEEY GMRP MKV+EGD VKKGQVLFED目标：1   MITIKKGLDLPIAGTPAQVIHNGNTVNEVAMLGEEYVGMRPSMKVREGDVVKKGQVLFED 60询问：61  KKXPGVVFTAPVSGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGXEXXX 120
       KK PGVVFTAP SG +  I+RGEKRVLQSVVI VEG+++I F RY    LA+LS  +目标：61  KKNPGVVFTAPASGTVVTINRGEKRVLQSVVIKVEGDEQITFTRYEAAQLASLSAEQVKQ 120询问：121 NLIQSGLWTALRXRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPVVVIKEAXXDFRRXXLV 180
       NLI+SGLWTA R RPFSK+PA+DA P +IFVNAMDTNPLAADP VV+KE   DF+    V目标：121 NLIESGLWTAFRTRPFSKVPALDAIPSSIFVNAMDTNPLAADPEVVLKEYETDFKDGLTV 180询问：181 LSRL--TERKIHVCKAAGADVP-SENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTV 237
       L+RL   ++ +++CK A +++P S     I    F G HPAGL GTHIHF++PVGA K V目标：181 LTRLFNGQKPVYLCKDADSNIPLSPAIEGITIKSFSGVHPAGLVGTHIHFVDPVGATKQV 240询问：238 WTINYQDVIAIGRLFATGRLNTERVIALGGSQVNKPRLLRTVLGAKVSQITAGELVDADN 297
       W +NYQDVIAIG+LF TG L T+R+I+L G QV  PRL+RT LGA +SQ+TA EL   +N目标：241 WHLNYQDVIAIGKLFTTGELFTDRIISLAGPQVKNPRLVRTRLGANLSQLTANELNAGEN 300询问：298 RVISGSVLNGAITQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFL 357
       RVISGSVL+GA   G  DYLGRY  Q+SV+ EGR KELFGW+ P  DK+SITRT LGHF目标：301 RVISGSVLSGATAAGPVDYLGRYALQVSVLAEGREKELFGWIMPGSDKFSITRTVLGHFG 360询问：358 KNKLFKFTTAVNGGDRAMVPIGTYERVMXXXXXXXXXXXXXXVGDTDSAQXXXXXXXXXX 417
       K KLF FTTAV+GG+RAMVPIG YERVM               GDTDSAQ目标：361 K-KLFNFTTAVHGGERAMVPIGAYERVMPLDIIPTLLLRDLAAGDTDSAQNLGCLELDEE 419询问：418 XXXXXSFVCPGKYEXGPLLRKVLETXEKEG 447
            ++VCPGK   GP+LR  LE  EKEGORF22ng-1还显示出与大叶性肺炎放线杆菌的OMP有同源性：gi|1185395(U24492)48 kDa外膜蛋白[大叶性肺炎放线杆菌]长度=449评分=555位(1414)，估计值=e-157相同性=284/450(63％)，阳性=337/450(74％)，空隙=4/450(0％)询问：27  MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPAITEVALLGEEYVGMRPSMKIKEGEAVKKGQVLFED 86
       MI IKKGL+LPIAG P QVI++G  + EVA+LGEEYVGMRPSMK++EG+ VKKGQVLFED目标：1   MITIKKGLDLPIAGTPAQVIHNGNTVNEVAMLGEEYVGMRPSMKVREGDVVKKGQVLFED 60询问：87  KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYVPEALAKLSSEKVRR 146
       KKNPGVVFTAPASG +  I+RGEKRVLQSVVI VEG+++I F RY    LA LS+E+V++目标：61  KKNPGVVFTAPASGTVVTINRGEKRVLQSVVIKVEGDEQITFTRYEAAQLASLSAEQVKQ 120询问：147 NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV 206
       NLI+SGLWTA RTRPFSK+PA+DA P +IFVNAMDTNPLAADP V++KE   DFK GL V目标：121 NLIESGLWTAFRTRPFSKVPALDAIPSSIFVNAMDTNPLAADPEVVLKEYETDFKDGLTV 180询问：207 LSRL--TERKIHVCKAAGADVP-SENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTV 263
       L+RL   ++ +++CK A +++P S     I    F G HPAGL GTHIHF++PVGA K V目标：181 LTRLFNGQKPVYLCKDADSNIPLSPAIEGITIKSFSGVHPAGLVGTHIHFVDPVGATKQV 240询问：264 WTINYQDVIAIGRLFVTGRLNTERVVALGGLQVNKPRLLRTVLGAKVSQLTAGELVDADN 323
       W +NYQDVIAIG+LF TG L T+R+++L G QV  PRL+RT LGA +SQLTA EL   +N目标：241 WHLNYQDVIAIGKLFTTGELFTDRIISLAGPQVKNPRLVRTRLGANLSQLTANELNAGEN 300询问：324 RVISGSVLNGAIAQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFL 383
       RVISGSVL+GA A G  DYLGRY  Q+SV+ EGR KELFGW+ P  DK+SITRT LGHF目标：301 RVISGSVLSGATAAGPVDYLGRYALQVSVLAEGREKELFGWIMPGSDKFSITRTVLGHFG 360询问：384 KNKLFKFTTAVNGGDRAMVPIGTYERVMXXXXXXXXXXXXXXVGDTDSAQXXXXXXXXXX 443
       K KLF FTTAV+GG+RAMVPIG YERVM               GDTDSAQ目标：361 K-KLFNFTTAVHGGERAMVPIGAYERVMPLDIIPTLLLRDLAAGDTDSAQNLGCLELDEE 419询问：444 XXXXXSFVCPGKYEYGPLLRKVLETIEKEG 473
            ++VCPGK  YGP+LR  LE IEKEG目标：420 DLALCTYVCPGKNNYGPMLRAALEKIEKEG 449
根据该分析结果，包括与大叶性肺炎放线杆菌外膜蛋白有同源性，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
将ORF22-1(35.4kDa)如上所述克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图5A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图5B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白来免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA(阳性结果)和FACS分析(图5C)。这些结果确认ORF22-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例16
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 75>:1 ..GCGnCGnAAA TCATCCATCC CC..nACGTC GTAGGCCCTG AAGCCAACTG51   GTTTTTTATG GTAGCCAGTA CGTTTGTGAT TGCTTTGATT GGTTATTTTG101   TTACTGAAAA AATCGTCGAA CCGCAATTGG GCCCTTATCA ATCAGATTTG151   TCACAAGAAG AAAAAGACAT TCGGCATTCC AATGAAATCA CGCCTTTGGA201   ATATAAAGGA TTAATTTGGG CTGGCGTGGT GTTTGTTGCC TTATCCGCCC251   TATTGGCTTG GAGCATCGTC CCTGCCGACG GTATTTTGCG TCATCCTGAA301   ACAGGATTGG TTTCCGGTTC GCCGTTTTTA AAATCGATTG TTGTTTTTAT351   TTTCTTGTTG TTTGCACTGC CGGGCATTGT TTATGGCCGG GTAACCCGAA401   GTTTGCGCGG CGAACAGGAA GTCGTTAATG CGmyGGCCGA ATCGATGAGT451   ACTCTGGsGC TTTmTTTGsw CAkcATCTTT TTTGCCGCAC AGTTTGTCGC501   ATTTTTTAAT TGGACGAATA TTGGGCAATA TATTGCCGTT AAAGGGGCGA551   CGTTCTTAAA AGAAGTCGGC TTGGGCGGCA GCGTGTTGTT TATCGGTTTT601   ATTTTAATTT GTGCTTTTAT CAATCTGATG ATAGGCTCCG CCTCCGCGCA651   ATGGGCGGTA ACTGCGCCGA TTTTCGTCCC TATGCTGATG TTGGCCGGCT701   ACGCGCCCGA AGTCATTCAA GCCGCTTACC GCATCGGTGA TTCCGTTACC751   AATATTATTA CGCCGATGAT GAGTTATTTC GGGCTGATTA TGGCGACGGT801   GrkCmmmTAC AAAAAAGATG CGGGCGTGGG TaCGcTGATT wCTATGATGT851   TGCCGTATTC CGCTTTCTTC TTGATTGCgT GGATTGCCTT ATTCTGCATT901   TGGGTATTTg TTTTGGGCCT GCCCGTCGGT CCCGGCGCGC CCACATTCTA951   TCCCGCACCT TAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 76；ORF12>:1 ..AXXIIHPXXV VGPEANWFFM VASTFVIALI GYFVTEKIVE PQLGPYQSDL51   SQEEKDIRHS NEITPLEYKG LIWAGVVFVA LSALLAWSIV PADGILRHPE101   TGLVSGSPFL KSIVVFIFLL FALPGIVYGR VTRSLRGEQE VVNAXAESMS151   TLXLXLXXIF FAAQFVAFFN WTNIGQYIAV KGATFLKEVG LGGSVLFIGF201   ILICAFINLM IGSASAQWAV TAPIFVPMLM LAGYAPEVIQ AAYRIGDSVT251   NIITPMMSYF GLIMATVXXY KKDAGVGTLI XMMLPYSAFF LIAWIALFCI301   WVFVLGLPVG PGAPTFYPAP *进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 77>是：1  ATGAGTCAAA CCGATACGCA ACGGGACGGA CGATTTTTAC GCACAGTCGA51  ATGGCTGGGC AATATGTTGC CGCATCCGGT TACGCTTTTT ATTATTTTCA101  TTGTGTTATT GCTGATTGCC TCTGCCGTCG GTGCGTATTT CGGACTATCC151  GTCCCCGATC CGCGCCCTGT TGGTGCGAAA GGACGTGCCG ATGACGGTTT201  GATTTACATT GTCAGCCTGC TCAATGCCGA CGGTTTTATC AAAATCCTGA251  CGCATACCGT TAAAAATTTC ACCGGTTTCG CGCCGTTGGG AACGGTGTTG301  GTTTCTTTAT TGGGCGTGGG GATTGCGGAA AAATCGGGCT TGATTTCCGC351  ATTAATGCGC TTATTGCTCA CAAAATCGCC ACGCAAACTC ACTACTTTTA401  TGGTTGTTTT TACAGGGATT TTATCTAATA CCGCTTCTGA ATTGGGCTAT451  GTCGTCCTAA TCCCTTTGTC CGCCATCATC TTTCATTCCC TCGGCCGCCA501  TCCGCTTGCC GGTCTGGCTG CGGCTTTCGC CGGCGTTTCG GGCGGTTATT551  CGGCCAATCT GTTCTTAGGC ACAATCGATC CGCTCTTGGC AGGCATCACC601  CAACAGGCGG CGCAAATCAT CCATCCCGAC TACGTCGTAG GCCCTGAAGC651  CAACTGGTTT TTTATGGTAG CCAGTACGTT TGTGATTGCT TTGATTGGTT701  ATTTTGTTAC TGAAAAAATC GTCGAACCGC AATTGGGCCC TTATCAATCA751  GATTTGTCAC AAGAAGAAAA AGACATTCGG CATTCCAATG AAATCACGCC801  TTTGGAATAT AAAGGATTAA TTTGGGCTGG CGTGGTGTTT GTTGCCTTAT851  CCGCCCTATT GGCTTGGAGC ATCGTCCCTG CCGACGGTAT TTTGCGTCAT901  CCTGAAACAG GATTGGTTTC CGGTTCGCCG TTTTTAAAAT CGATTGTTGT951  TTTTATTTTC TTGTTGTTTG CACTGCCGGG CATTGTTTAT GGCCGGGTAA1001  CCCGAAGTTT GCGCGGCGAA CAGGAAGTCG TTAATGCGAT GGCCGAATCG1051  ATGAGTACTC TGGGGCTTTA TTTGGTCATC ATCTTTTTTG CCGCACAGTT1101  TGTCGCATTT TTTAATTGGA CGAATATTGG GCAATATATT GCCGTTAAAG1151  GGGCGACGTT CTTAAAAGAA GTCGGCTTGG GCGGCAGCGT GTTGTTTATC1201  GGTTTTATTT TAATTTGTGC TTTTATCAAT CTGATGATAG GCTCCGCCTC1251  CGCGCAATGG GCGGTAACTG CGCCGATTTT CGTCCCTATG CTGATGTTGG1301  CCGGCTACGC GCCCGAAGTC ATTCAAGCCG CTTACCGCAT CGGTGATTCC1351  GTTACCAATA TTATTACGCC GATGATGAGT TATTTCGGGC TGATTATGGC1401  GACGGTGATC AAATACAAAA AAGATGCGGG CGTGGGTACG CTGATTTCTA1451  TGATGTTGCC GTATTCCGCT TTCTTCTTGA TTGCGTGGAT TGCCTTATTC1501  TGCATTTGGG TATTTGTTTT GGGCCTGCCC GTCGGTCCCG GCGCGCCCAC1551  ATTCTATCCC GCACCTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 78；ORF12-1>:1 MSQTDTQRDG RFLRTVEWLG NMLPHPVTLF IIFIVLLLIA SAVGAYFGLS51 VPDPRPVGAK GRADDGLIYI VSLLNADGFI KILTHTVKNF TGFAPLGTVL101 VSLLGVGIAE KSGLISALMR LLLTKSPRKL TTFMVVFTGI LSNTASELGY151 VVLIPLSAII FHSLGRHPLA GLAAAFAGVS GGYSANLFLG TIDPLLAGIT201 QQAAQIIHPD YVVGPEANWF FMVASTFVIA LIGYFVTEKI VEPQLGPYQS251 DLSQEEKDIR HSNEITPLEY KGLIWAGVVF VALSALLAWS IVPADGILRH301 PETGLVSGSP FLKSIVVFIF LLFALPGIVY GRVTRSLRGE QEVVNAMAES351 MSTLGLYLVI IFFAAQFVAF FNWTNIGQYI AVKGATFLKE VGLGGSVLFI401 GFILICAFIN LMIGSASAQW AVTAPIFVPM LMLAGYAPEV IQAAYRIGDS451 VTNIITPMMS YFGLIMATVI KYKKDAGVGT LISMMLPYSA FFLIAWIALF501 CIWVFVLGLP VGPGAPTFYP AP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF12与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF12a)在重叠的320个氨基酸内显示出有96.3％的相同性：
                                                10        20        30
orf12.pep                               AXXIIHPXXVVGPEANWFFMVASTFVIALI
                                        |  ||||  |||||||||||||||||||||
orf12a    AAAFAGVSGGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMVASTFVIALI
               180       190       200       210       220       230
                  40        50        60        70        80        90
orf12.pep GYFVTEKIVEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIV
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12a    GYFVTEKIVEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIV
               240       250       260       270       280       290
                 100       110       120       130       140       150
orf12.pep PADGILRHPETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAXAESMS
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
orf12a    PADGILRHPETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAMAESMS
               300       310       320       330       340       350
                 160       170       180       190       200       210
orf12.pep TLXLXLXXIFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLM
          || | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12a    TLGLYLVIIFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLM
               360       370       380       390       400       410
                 220       230       240       250       260       270
orf12.pep IGSASAQWAVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVXXY
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
orf12a    IGSASAQWAVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKY
               420       430       440       450       460       470
                 280       290       300       310       320orf12.pep KKDAGVGTLIXMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf12a    KKDAGVGTLISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
           480       490       500       510       520全长ORF12a核苷酸序列<SEQ ID 79>是：1  ATGAGTCAAA CCGATACGCA ACGGGACGGA CGATTTTTAC GCACAGTCGA51  ATGGCTGGGC AATATGTTGC CGCACCCGGT TACGCTTTTT ATTATTTTCA101  TTGTGTTATT GCTGATTGCC TCTGCCGCCG GTGCGTATTT CGGACTATCC151  GTGCCCGATC CGCGCCCTGT TGGTGCGAAA GGACGTGCCG ATGACGGTTT201  GATTCACGTT GTCAGCCTGC TCGATGCTGA CGGTTTGATC AAAATCCTGA251  CGCATACCGT TAAAAATTTC ACCGGTTTCG CGCCGTTGGG AACGGTGTTG301  GTTTCTTTAT TGGGCGTGGG GATTGCGGAA AAATCGGGCT TGATTTCCGC351  ATTAATGCGC TTATTGCTCA CAAAATCTCC ACGCAAACTC ACTACTTTTA401  TGGTTGTTTT TACAGGGATT TTATCTAATA CCGCTTCTGA ATTGGGCTAT451  GTCGTCCTAA TCCCTTTGTC CGCCATCATC TTTCATTCCC TCGGCCGCCA501  TCCGCTTGCC GGTCTGGCTG CGGCTTTCGC CGGCGTTTCG GGCGGTTATT551  CGGCCAATCT GTTCTTAGGC ACAATCGATC CGCTCTTGGC AGGCATCACC601  CAACAGGCGG CGCAAATCAT CCATCCCGAC TACGTCGTAG GCCCTGAAGC651  CAACTGGTTT TTTATGGTAG CCAGTACGTT TGTGATTGCT TTGATTGGTT701  ATTTTGTTAC TGAAAAAATC GTCGAACCGC AATTGGGCCC TTATCAATCA751  GATTTGTCAC AAGAAGAAAA AGACATTCGA CATTCCAATG AAATCACGCC801  TTTGGAATAT AAAGGATTAA TTTGGGCTGG CGTGGTGTTT GTTGCCTTAT851  CCGCCCTATT GGCTTGGAGC ATCGTCCCTG CCGACGGTAT TTTGCGTCAT901  CCTGAAACAG GATTGGTTTC CGGTTCGCCG TTTTTAAAAT CAATTGTTGT951  TTTTATTTTC TTGTTGTTTG CACTGCCGGG CATTGTTTAT GGCCGGGTAA1001  CCCGAAGTTT GCGCGGCGAA CAGGAAGTCG TTAATGCGAT GGCCGAATCG1051  ATGAGTACTC TGGGGCTTTA TTTGGTCATC ATCTTTTTTG CCGCACAGTT1101  TGTCGCATTT TTTAATTGGA CGAATATTGG GCAATATATT GCCGTTAAAG1151  GGGCGACGTT CTTAAAAGAA GTCGGCTTGG GCGGCAGCGT GTTGTTTATC1201  GGTTTTATTT TAATTTGTGC TTTTATCAAT CTGATGATAG GCTCCGCCTC1251  CGCGCAATGG GCGGTAACTG CGCCGATTTT CGTCCCTATG CTGATGTTGG1301  CCGGCTACGC GCCCGAAGTC ATTCAAGCCG CTTACCGCAT CGGTGATTCC1351  GTTACCAATA TTATTACGCC GATGATGAGT TATTTCGGGC TGATTATGGC1401  GACGGTGATC AAATACAAAA AAGATGCGGG CGTGGGTACG CTGATTTCTA1451  TGATGTTGCC GTATTCCGCT TTCTTCTTGA TTGCGTGGAT TGCCTTATTC1501  TGCATTTGGG TATTTGTTTT GGGCCTGCCC GTCGGTCCCG GCGCGCCCAC1551  ATTCTATCCC GCACCTTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 80>:1 MSQTDTQRDG RFLRTVEWLG NMLPHPVTLF IIFIVLLLIA SAAGAYFGLS51 VPDPRPVGAK GRADDGLIHV VSLLDADGLI KILTHTVKNF TGFAPLGTVL101 VSLLGVGIAE KSGLISALMR LLLTKSPRKL TTFMVVFTGI LSNTASELGY151 VVLIPLSAII FHSLGRHPLA GLAAAFAGVS GGYSANLFLG TIDPLLAGIT201 QQAAQIIHPD YVYGPEANWF FMVASTFVIA LIGYFVTEKI VEPQLGPYQS251 DLSQEEKDIR HSNEITPLEY KGLIWAGVVF VALSALLAWS IVPADGILRH301 PETGLVSGSP FLKSIVVFIF LLFALPGIVY GRVTRSLRGE QEVVNAMAES351 MSTLGLYLVI IFFAAQFVAF FNWTNIGQYI AVKGATFLKE VGLGGSVLFI401 GFILICAFIN LMIGSASAQW AVTAPIFVPM LMLAGYAPEV IQAAYRIGDS451 VTNIITPMMS YFGLIMATVI KYKKDAGVGT LISMMLPYSA FFLIAWIALF501 CIWVFVLGLP VGPGAPTFYP AP*ORF12a和ORF12-1在522个氨基酸的重叠区内显示出有99.0％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf12a.pep MSQTDTQRDGRFLRTVEWLGNMLPHPVTLFIIFIVLLLIASAAGAYFGLSVPDPRPVGAK
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||orf12-1    MSQTDTQRDGRFLRTVEWLGNMLPHPVTLFIIFIVLLLIASAVGAYFGLSVPDPRPVGAK
               10        20        30        40       50         60
               70        80        90       100      110        120orf12a.pep GRADDGLIHVVSLLDADGLIKILTHTVKNFTGFAPLGTVLVSLLGVGIAEKSGLISALMR
             ||||||||::||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1      GRADDGLIYIVSLLNADGFIKILTHTVKNFTGFAPLGTVLVSLLGVGIAEKSGLISALMR
                     70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf12a.pep LLLTKSPRKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAIIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVS
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1    LLLTKSPRKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAIIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVS
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf12a.pep GGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMVASTFVIALIGYFVTEKI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1    GGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMVASTFVIALIGYFVTEKI
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf12a.pep VEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRH
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1    VEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRH
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360
orf12a.pep PETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAMAESMSTLGLYLVI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1    PETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAMAESMSTLGLYLVI
                  310       320       330       340       350       360
                  370       380       390       400       410       420
orf12a.pep IFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQW
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1    IFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQW
                  370       380       390       400       410       420
                  430       440       450       460       470       480
orf12a.pep AVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGT
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1    AVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGT
                  430       440       450       460       470       480
                  490       500       510       520
orf12a.pep LISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1    LISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
                  490       500       510       520
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF12与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF12.ng)在重叠的320个氨基酸内显示出有92.5％的相同性：
orf12.pep                               AXXIIHPXXVVGPEANWFFMVASTFVIALI  30
                                        |  ||||  |||||||||||:|||||||||
orf12ng   AAAFAGVSGGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMAASTFVIALI 232
orf12.pep GYFVTEKIVEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIV  90
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12ng   GYFVTEKIVEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIV 292orf12.pep PADGILRHPETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAXAESMS 150
      ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||:||||| |||||orf12ng   PADGILRHPETGLVAGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRITRSLRGEREVVNAMAESMS 352orf12.pep TLXLXLXXIFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLM 210
      || | |  |||||||||||||||||||||||||:|||:  ||||||||||||||||||||orf12ng   TLGLYLVIIFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGAVFLKKFRLGGSVLFIGFILICAFINLM 412orf12.pep IGSASAQWAVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVXXY 270
      ||||||||||||||||||||||| ||:||||||||||||||||||||||||||||||  |orf12ng   IGSASAQWAVTAPIFVPMLMLAGNAPQVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKY 472orf12.pep KKDAGVGTLIXMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAP 320
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:|orf12ng   KKDAGVGTLISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGTPTFYPVP 522全长ORF12ng核苷酸序列<SEQ ID 81>是：1 ATGAGTCAAA CCGACGCGCG TCGTAGCGGA CGATTTTTAC GCACAGTCGA51 ATGGCTGGGC AATATGTTGC CGCACCCGGT TACGCTTTTT ATTATTTTCA101 TTGTGTTATT GCTGATTGcc tctgCCGTCG GTGCGTATTT CGGACTATCC151 GTCCCCGATC CGCGTCCTGT TGGGGCGAAA GGACGTGCCG ATGACGGTTT201 GATTCACGTT GTCAGCCTGC TCGATGCCGA CGGTTTGATC AAAATCCTGA251 CGCATACCGT TAAAAATTTC ACCGGTTTCG CGCCGTTGGG AACGGTGTTG301 GTTTCTTTAT TGGGCGTGGG GATTGCGGAA AAATCGGGCT TGATTTCCGC351 ATTAATGCGC TTATTGCTCA CAAAATCCCC ACGCAAACTC ACTACTTTTA401 TGGTTGTTTT TACAGGGATT TTATCCAATA CGGCTTCTGA ATTGGGCTAT451 GTCGTCCTAA TCCCTTTGTC CGCCGTCATC TTTCATTCGC TCGGCCGCCA501 TCCGCTTGCC GGTTTGGCTG CGGCTTTCGC CGGCGTTTCG GGCGGTTATT551 CGGCCAATCT GTTCTTAGGC ACAATCGATC CGCTCTTGGC AGGCATCACC601 CAACAGGCGG CGCAAATCAT CCATCCCGAC TACGTCGTAG GCCCTGAAGC651 CAACTGGTTT TTTATGGCAG CCAGTACGTT TGTGATTGCT TTGATTGGTT701 ATTTTGTTAC TGAAAAAATC GTCGAACCGC AATTGGGCCC TTATCAATCA751 GATTTGTCAC AAGAAGAAAA AGACATTCGG CATTCCAATG AAATCACGCC801 TTTGGAATAT AAAGGATTAA TTTGGGCAGG CGTGGTGTTT GTTGCCTTAT851 CCGCCCTATT GGCTTGGAGC ATCGTCCCTG CCGACGGTAT TTTGCGTCAT901 CCTGAAACAG GATTGGTTGC CGGTTCGCCG TTTTTAAAAT CGATTGTTGT951 TTTTATTTTC TTGTTGTTTG CGCTGCCGGG CATTGTTTAT GGCCGGATAA1001 CCCGAAGTTT GCGCGGCGAA CGGGAAGTCG TTAATGCGAT GGCCGAATCG1051 ATGAGTACTT TGGGACTTTA TTTGGTCATC ATCTTTTTTG CCGCACAGTT1101 TGTCGCATTT TTTAATTGGA CGAATATTGG GCAATATATT GCCGTTAAAG1151 GGGCGGTGTT CTTAAAAGAA GTCGGCTTGG GCGGCAGTGT GTTGTTTATC1201 GGTTTTATTT TAATTTGTGC TTTTATCAAT CTGATGATAG GCTCCGCCTC1251 CGCGCAATGG GCGGTAACTG CGCCGATTTT CGTCCCTATG CTGATGTTGG1301 CCGGCTACGC GCCCGAAGTC ATTCAAGCCG CTTACCGCAT CGGTGATTCC1351 GTTACCAATA TTATTACGCC GATGATGAGT TATTTCGGGC TGATTATGGC1401 GACGGTAATC AAATACAAAA AAGATGCGGG CGTAGGCACG CTGATTTCTA1451 TGATGTTGCC GTATTCCGCT TTCTTCTTAA TTGCATGGAT CGCCTTATTC1501 TGCATTTGGG TATTTGTTTT GGGTCTGCCC GTCGGTCCCG GCACACCCAC1551 ATTCTATCCG GTGCCTTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 82>:1  MSQTDARRSG RFLRTVEWLG NMLPHPVTLF IIFIVLLLIA SAVGAYFGLS51  VPDPRPVGAK GRADDGLIHV VSLLDADGLI KILTHTVKNF TGFAPLGTVL101  VSLLGVGIAE KSGLISALMR LLLTKSPRKL TTFMVVFTGI LSNTASELGY151  VVLIPLSAVI FHSLGRHPLA GLAAAFAGVS GGYSANLFLG TIDPLLAGIT201  QQAAQIIHPD YVVGPEANWF FMAASTFVIA LIGYFVTEKI VEPQLGPYQS251  DLSQEEKDIR HSNEITPLEY KGLIWAGVVF VALSALLAWS IVPADGILRH301  PETGLVAGSP FLKSIVVFIF LLFALPGIVY GRITRSLRGE REVVNAMAES351  MSTLGLYLVI IFFAAQFVAF FNWTNIGQYI AVKGAVFLKK FRLGGSVLFI401  GFILICAFIN LMIGSASAQW AVTAPIFVPM LMLAGNAPQV IQAAYRIGDS451  VTNIITPMMS YFGLIMATVI KYKKDAGVGT LISMMLPYSA FFLIAWIALF
501  CIWVFVLGLP VGPGTPTFYP VP*ORF12ng与ORF12-1在重叠的522个氨基酸内显示出有97.1％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf12-1.pep MSQTDTQRDGRFLRTVEWLGNMLPHPVTLFIIFIVLLLIASAVGAYFGLSVPDPRPVGAK
        |||||::|:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf12ng     MSQTDARRSGRFLRTVEWLGNMLPHPVTLFIIFIVLLLIASAVGAYFGLSVPDPRPVGAK
                10        20        30        40       50         60
                70        80        90       100      110        120orf12-1.pep GRADDGLIYIVSLLNADGFIKILTHTVKNFTGFAPLGTVLVSLLGVGIAEKSGLISALMR
        ||||||||::||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf12ng     GRADDGLIHVVSLLDADGLIKILTHTVKNFTGFAPLGTVLVSLLGVGIAEKSGLISALMR
                70        80        90       100      110        120
               130       140       150       160      170        180orf12-1.pep LLLTKSPRKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAIIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVS
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||orf12ng     LLLTKSPRKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAVIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVS
               130       140       150       160      170        180
               190       200       210       220      230        240orf12-1.pep GGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMVASTFVIALIGYFVTEKI
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||orf12ng     GGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMAASTFVIALIGYFVTEKI
               190       200       210       220      230        240
               250       260       270       280      290        300orf12-1.pep VEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRH
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf12ng     VEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRH
               250       260       270       280      290        300
               310       320       330       340      350        360orf12-1.pep PETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAMAESMSTLGLYLVI
        ||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||:|||||||||||||||||||orf12ng     PETGLVAGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRITRSLRGEREVVNAMAESMSTLGLYLVI
               310      320        330       340      350        360
               370      380        390       400      410        420orf12-1.pep IFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQW
        |||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||orf12ng     IFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGAVFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQW
               370      380        390       400      410        420
               430      440        450       460      470        480orf12-1.pep AVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf12ng     AVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGT
               430      440        450       460      470        480
               490      500        510       520orf12-1.pep LISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:||orf12ng     LISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGTPTFYPVPX
               490      500        510       520另外，ORF12ng显示出与大肠杆菌的一种假设蛋白明显同源：sp|P46133|YDAH_ECOLI OGT-DBPA基因间区域中假设的55.1 KD蛋白>gi|1787597(AE000231)5’区域中的假设蛋白[大肠杆菌]长度=510评分=329位(835)，估计值=2e-89相同性=178/507(35％)，阳性=281/507(55％)，空隙=15/507(2％)询问：8   RSGRFLRTVEWLGNMLPHPVTXXXXXXXXXXXASAVGAYFGLSVPDPRPVGAKGRADDGL 67
       +SG+    VE +GN +PHP              +A+ + FG+S  +P         D目标：13  QSGKLYGWVERIGNKVPHPFLLFIYLIIVLMVTTAILSAFGVSAKNP--------TDGTP 64询问：68  IHVVSLLDADGLIKILTHTVKNFTGFAPXXXXXXXXXXXXIAEKSGLISALMRLLLTKSP 127
       + V +LL  +GL   L + +KNF+GFAP            +AE+ GL+ ALM  + +目标：65  VVVKNLLSVEGLHWFLPNVIKNFSGFAPLGAILALVLGAGLAERVGLLPALMVKMASHVN 124询问：128 RKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAVIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVSGGYSANL 187
        +  ++MV+F    S+ +S+   V++ P+ A+IF ++GRHP+AGL AA AGV  G++ANL目标：125 ARYASYMVLFIAFFSHISSDAALVIMPPMGALIFLAVGRHPVAGLLAAIAGVGCGFTANL 184询问：188 FLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMAASTFVIALIGYFVTEKIVEPQLGP 247
        + T D LL+GI+ +AA   +P   V   NW+FMA+S   V+ ++G  +T+KI+EP+LG目标：185 LIVTTDVLLSGISTEAAAAFNPQMHVSVIDNWYFMASSVVVLTIVGGLITDKIIEPRLGQ 244询问：248 YQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRHPETGLVA 307
       +Q +  ++ + +  S         GL  AGVV +   A +A  ++P +GILR P    V目标：245 WQGNSDEKLQTLTESQRF------GLRIAGVVSLLFIAAIALMVIPQNGILRDPINHTVM 298询问：308 GSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRITRSLRGEREVVNAMAESMSTLGLYLXXXXXXXXX 367
        SPF+K IV  I L F +  + YG  TR++R + ++ + M E M  +  ++目标：299 PSPFIKGIVPLIILFFFVVSLAYGIATRTIRRQADLPHLMIEPMKEMAGFIVMVFPLAQF 358询问：368 XXXXNWTNIGQYIAVKGAVFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQWAVTAPIF 427
           NW+N+G++IAV     L+  GL G   F+G  L+ +F+ + I S SA W++ APIF目标：359 VAMFNWSNMGKFIAVGLTDILESSGLSGIPAFVGLALLSSFLCMFIASGSAIWSILAPIF 418询问：428 VPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGTLISMMLP 487
       VPM ML G+ P   Q  +RI DS    + P+  +  L +  + +YK DA +GT  S++LP目标：419 VPMFMLLGFHPAFAQILFRIADSSVLPLAPVSPFVPLFLGFLQRYKPDAKLGTYYSLVLP 478询问：488 YSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPG 514
       Y   FL+ W+ +   W +++GLP+GPG目标：479 YPLIFLVVWLLMLLAW-YLVGLPIGPG 504
根据该分析结果，包括该淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域和预计的辅肌动蛋白型结合肌动蛋白的结构域特征序列(用粗体表示)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例17
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 83>:1 ..ACAGCCGGCG CAGCAGGTTn CnCGGTCTTC GTTTTCGTAA CGGACAGTCA51   GGTGGAGGTG TTCGGGAACA TCCAGACCGC AGTGGAAACA GGTTTTTTTC101   ATGGCATTTC GGTTTCGTCT GTGTTTGGTG CGGCGGCACA AGACTCGGCA151   ATgGCTTCGC GCAGTGCGTC TATACCGGTA TTTTCAGCAA CGGAAATGCG201   GACGGcGgCA ATTTTTCCCG CAGCGTCGCG CCATATGCCC GTGTTTTgTT251   CTTCAGACGG CAGCAGGTCG GTTTTGTTGT ACACCTTgAT GCACGGAaTA301   TCGCCGGCAT GGATTTCTTG CAGTACGTTT TCCACGTCTT CAATCTGCTG351   TCCGCTGTTC GGAGCGGCGG CATCGACGAC GTGCAGCAGC ACATCgGcTT401   gCGCGGTTTC TTCCAGCGTG GCgGAAAAGG CGGAAATCAG TTTgTGCGGC451   agATyGCTnA CGAATCCGAC GGTATCGGTC AGGATAATGC TGCATTCGGG501   ACT..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 84；ORF14>:1 ..TAGAAGXXVF VFVTDSQVEV FGNIQTAVET GFFHGISVSS VFGAAAQDSA51   MASRSASIPV FSATEMRTAA IFPAASRHMP VFCSSDGSRS VLLYTLMHGI101   SPAWISCSTF STSSICCPLF GAAASTTCSS TSACAVSSSV AEKAEISLCG151   RXLTNPTVSV RIMLHSG..
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF14与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF14a)在重叠的167个氨基酸内显示出有94.0％的相同性：
                                                10        20        30
orf14.pep                               TAGAAGXXVFVFVTDSQVEVFGNIQTAVET
                                        |:||||  |||||||:|::||||:| ||||
orf14a    GRQLGFLRVGGALFVITAQARVNNALCDCLTTGAAGFAVFVFVTDGQMQVFGNVQPAVET
         150       160       170       180       190       200
                  40        50        60        70        80        90
orf14.pep GFFHGISVSSVFGAAAQDSAMASRSASIPVFSATEMRTAAIFPAASRHMPVFCSSDGSRS
          ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf14a    GFFHGISVSSVFGAAAQYSAMASRSASIPVFSATEMRTAAIFPAASRHMPVFCSSDGSRS
         210       220       230       240       250       260
                 100       110       120       130       140       150
orf14.pep VLLYTLMHGISPAWISCSTFSTSSICCPLFGAAASTTCSSTSACAVSSSVAEKAEISLCG
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf14a    VLLYTLMHGISPAWISCSTFSTSSICCPLFGAAASTTCSSTSACAVSSSVAEKAEISLCG
         270       280       290       300       310       320
                 160
orf14.pep RXLTNPTVSVRIMLHSG
          | |||||||||||||||
orf14a    RSLTNPTVSVRIMLHSGLMYSRRAVVSSVAKSWSFAYMPDLVSRLNRLDLPTLVX
         330       340       350       360       370       380
全长ORF14a核苷酸序列<SEQ ID 85>是：1  ATGGAGGATT TGCAGGAAAT CGGGTTCGAT GTCGCCGCCG TAAAGGTAGG51  TCGGCAGCGC GAACATCATC GTCTGCATCA TCCCCAGCCC GGCAACGGCG101  AGGCGGACGA TGTATTGTTT GCGTTCTTTT TGGTTGGCGG CTTCGATTTT151  TTGCGCGTCA TAGGGTGCGG CGGTGTAGCC TATCTGCCTG ATTTTCAACA201  GAATGTCGGA AAGGCGGATT TTGCCGTCGT CCCAGACGAC GCGGCAGCGG251  TGCGTGCTGT AATTGAGGTC GATGCGGACG ATGCCGTCTG TACGCAAAAG301  CTGCTGTTCG ATCAGCCAGA CGCAGGCGGC GCAGGTGATG CCGCCGAGCA351  TTAAAACCGC CTCGCGCGTG CCGCCGTGGG TTTCCACAAA GTCGGACTGG401  ACTTCGGGCA GGTCGTACAG GCGGATTTGG TCGAGGATTT CTTGGGGCGG451  CAGCTCGGTT TTTTGCGCGT CGGCGGTGCG TTGTTTGTAA TAACTGCCCA501  AGCCCGCGTC AATAATGCTT TGTGCGACTG CCTGACAACC GGCGCAGCAG551  GTTTCGCGGT CTTCGTTTTC GTAACGGACG GTCAGATGCA GGTTTTCGGG601  AACGTCCAGC CCGCAGTGGA AACAGGTTTT TTTCATGGCA TTTCGGTTTC651  GTCTGTGTTT GGTGCGGCGG CACAATACTC GGCAATGGCT TCGCGCAGTG701  CGTCTATACC GGTATTTTCA GCAACGGAAA TGCGGACGGC GGCAATTTTT751  CCCGCAGCGT CGCGCCATAT GCCCGTGTTT TGTTCTTCAG ACGGCAGCAG801  GTCGGTTTTG TTGTACACCT TGATGCACGG AATATCGCCG GCATGGATTT851  CTTGCAGTAC GTTTTCCACG TCTTCAATCT GCTGTCCGCT GTTCGGAGCG901  GCGGCATCGA CGACGTGCAG CAGCACATCG GCTTGCGCGG TTTCTTCCAG951  CGTGGCGGAA AAGGCGGAAA TCAGTTTGTG CGGCAGATCG CTGACGAATC1001  CGACGGTATC GGTCAGGATA ATGCTGCATT CGGGACTGAT GTACAGCCGC1051  CGCGCCGTCG TGTCGAGTGT GGCGAAAAGC TGGTCTTTCG CATATATGCC1101  CGACTTGGTC AGCCGGTTGA ACAGACTGGA TTTGCCGACA TTGGTATAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 86>:1  MEDLQEIGFD VAAVKVGRQR EHHRLHHPQP GNGEADDVLF AFFLVGGFDF51  LRVIGCGGVA YLPDFQQNVG KADFAVVPDD AAAVRAVIEV DADDAVCTQK101  LLFDQPDAGG AGDAAEH*NR LARAAVGFHK VGLDFGQVVQ ADLYEDFLGR151  QLGFLRVGGA LFVITAQARV NNALCDCLTT GAAGFAVFVF VTDGQMQVFG201  NVQPAVETGF FHGISVSSVF GAAAQYSAMA SRSASIPVFS ATEMRTAAIF251  PAASRHMPVF CSSDGSRSVL LYTLMHGISP AWISCSTFST SSICCPLFGA301  AASTTCSSTS ACAVSSSVAE KAEISLCGRS LTNPTVSVRI MLHSGLMYSR351  RAVVSSVAKS WSFAYMPDLV SRLNRLDLPT LV*
应注意该序列在118位包括一个终止密码子。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF14与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF14.ng)在重叠的167个氨基酸内显示出有89.8％的相同性：
orf14.pep                               TAGAAGXXVFVFVTDSQVEVFGNIQTAVET  30
                                        || |||  ||:||:|:|::||||:| ||||
orf14ng   GRQFGFFRVGGASFVITAQAGIDDALCDCLTADAAGFAVFAFVADGQMQVFGNVQPAVET 208
orf14.pep GFFHGISVSSVFGAAAQDSAMASRSASIPVFSATEMRTAAIFPAASRHMPVFCSSDGSRS  90
          ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf14ng   GFFHGISVSSVFGAAAQYSAMASRSASIPVFSATEMRTAAIFPAASRHMPVFCSSDGSRS 268
orf14.pep VLLYTLMHGISPAWISCSTFSTSSICCPLFGAAASTTCSSTSACAVSSSVAEKAEISLCG 150
          ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||:|||:|||||||||||
orf14ng   VLLYTLMHGISWAWISCSTFSTSSICCPLFRAAASTTCSSTSACTVSSKVAEKAEISLCG 328
orf14.pep RXLTNPTVSVRIMLHSG                                       167
          | |||||||||||||:|
orf14ng   RSLTNPTVSVRIMLHAGLMYSRRAVVSRVAKSWSFAYMPDLVSRLNRLDLPTLV  382
预计全长ORF14ng核苷酸序列<SEQ ID 87>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 88>:1 MEDLQEIGFD VAAVKVGRQR EHHRLHHTQS GNGKADDVLF AFFLVGGFDF51 LRVIGCGGVA CLPDFQQNVG EADFAVVPDD AAAVRAVIEV DADDAVCAQK101 LLFDQPDAGG AGNAAEHQHC FVRAIMGFHK VGLDFGQVVQ ADLVEDFLGR151 QFGFFRVGGA SFVITAQAGI DDALCDCLTA DAAGFAVFAF VADGQMQVFG201 NVQPAVETGF FHGISVSSVF GAAAQYSAMA SRSASIPVFS ATEMRTAAIF251 PAASRHMPVF CSSDGSRSVL LYTLMHGISW AWISCSTFST SSICCPLFRA301 AASTTCSSTS ACTVSSKVAE KAEISLCGRS LTNPTVSVRI MLHAGLMYSR351 RAVVSRVAKS WSFAYMPDLV SRLNRLDLPT LV*
根据该淋球菌蛋白中有一个推定的跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例18
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 89>:1 ..GGCCATTACT CCGACCGCAC TTGGAAGCCG CGTTTGGNCG GCCGCCGTCT51   GCCGTATCTG CTTTATGGCA CGCTGATTGC GGTTATTGTG ATGATTTTGA101   TGCCGAACTC GGGCAGCTTC GGTTTCGGCT ATGCGTCGCT GGCGGCTTTG151   TCGTTCGGCG CGCTGATGAT TGCGCTGTTA GACGTGTCGT CAAATATGGC201   GATGCAGCCG TTTAAGATGA TGGTCGGCGA CATGGTCAAC GAGGAGCAGA251   AAA.NTACGC CTACGGGATT CAAAGTTTCT TAGCAAATAC GGGCGCGGTC301   GTGGCGGCGA TTCTGCCGTT TGTGTTTGCG TATATCGGTT TGGCGAACAC351   CGCCGANAAA GGCGTTGTGC CGCAGACCGT GGTCGTGGCG TTTTATGTGG401    GTGCGGCGTT GCTGGTGATT ACCAGCGCGT TCACGATTTT CAAAGTGAAG451    GAATACGANC CGGAAACCTA CGCCCGTTAC CACGGCATCG ATGTCGCCGC501    GAATCAGGAA AAAGCCAACT GGATCGCACT CTTAAAA.CC GCGC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 90；ORF16>:1  ..GHYSDRTWKP RLXGRRLPYL LYGTLIAVIV MILMPNSGSF GFGYASLAAL51    SFGALMIALL DVSSNMAMQP FKMMVGDMVN EEQKXYAYGI QSFLANTGAV101    VAAILPFVFA YIGLANTAXK GVVPQTVVVA FYVGAALLVI TSAFTIFKVK151    EYXPETYARY HGIDVAANQE KANWIALLKX A..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 91>:1  ATGTCGGAAT ATACGCCTCA AACAGCAAAA CAAGGTTTGC CCGCGCTGGC51  AAAAAGCACG ATTTGGATGC TCAGTTTCGG CTTTCTCGGC GTTCAGACGG101  CCTTTACCCT GCAAAGCTCG CAAATGAGCC GCATTTTTCA AACGCTAGGC151  GCAGACCCGC ACAATTTGGG CTGGTTTTTC ATCCTGCCGC CGCTGGCGGG201  GATGCTGGTG CAGCCGATTG TCGGCCATTA CTCCGACCGC ACTTGGAAGC251  CGCGTTTGGG CGGCCGCCGT CTGCCGTATC TGCTTTATGG CACGCTGATT301  GCGGTTATTG TGATGATTTT GATGCCGAAC TCGGGCAGCT TCGGTTTCGG351  CTATGCGTCG CTGGCGGCTT TGTCGTTCGG CGCGCTGATG ATTGCGCTGT401  TAGACGTGTC GTCAAATATG GCGATGCAGC CGTTTAAGAT GATGGTCGGC451  GACATGGTCA ACGAGGAGCA GAAAGGCTAC GCCTACGGGA TTCAAAGTTT501  CTTAGCAAAT ACGGGCGCGG TCGTGGCGGC GATTCTGCCG TTTGTGTTTG551  CGTATATCGG TTTGGCGAAC ACCGCCGAGA AAGGCGTTGT GCCGCAGACC601  GTGGTCGTGG CGTTTTATGT GGGTGCGGCG TTGCTGGTGA TTACCAGCGC651  GTTCACGATT TTCAAAGTGA AGGAATACGA TCCGGAAACC TACGCCCGTT701  ACCACGGCAT CGATGTCGCC GCGAATCAGG AAAAAGCCAA CTGGATCGAA751  CTCTTGAAAA CCGCGCCTAA GGCGTTTTGG ACGGTTACTT TGGTGCAATT801  CTTCTGCTGG TTCGCCTTCC AATATATGTG GACTTACTCG GCAGGCGCGA851  TTGCGGAAAA CGTCTGGCAC ACCACCGATG CGTCTTCCGT AGGTTATCAG901  GAGGCGGGTA ACTGGTACGG CGTTTTGGCG GCGGTGCAGT CGGTTGCGGC951  GGTGATTTGT TCGTTTGTAT TGGCGAAAGT GCCGAATAAA TACCATAAGG1001  CGGGTTATTT CGGCTGTTTG GCTTTGGGCG CGCTCGGCTT TTTCTCCGTT1051  TTCTTCATCG GCAACCAATA CGCGCTGGTG TTGTCTTATA CCTTAATCGG1101  CATCGCTTGG GCGGGCATTA TCACTTATCC GCTGACGATT GTGACCAACG1151  CCTTGTCGGG CAAGCATATG GGCACTTACT TGGGCTTGTT TAACGGCTCT1201  ATCTGTATGC CTCAAATCGT CGCTTCGCTG TTGAGTTTCG TGCTTTTCCC1251  TATGCTGGGC GGCTTGCAGG CCACTATGTT CTTGGTAGGG GGCGTCGTCC1301  TGCTGCTGGG CGCGTTTTCC GTGTTCCTGA TTAAAGAAAC ACACGGCGGG1351  GTTTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 92；ORF16-1>:1  MSEYTPQTAK QGLPALAKST IWMLSFGFLG VQTAFTLQSS QMSRIFQTLG51  ADPHNLGWFF ILPPLAGMLV QPIVGHYSDR TWKPRLGGRR LPYLLYGTLI101  AVIVMILMPN SGSFGFGYAS LAALSFGALM IALLDVSSNM AMQPFKMMVG151  DMVNEEQKGY AYGIQSFLAN TGAVVAAILP FVFAYIGLAN TAEKGVVPQT201  VVVAFYVGAA LLVITSAFTI FKVKEYDPET YARYHGIDVA ANQEKANWIE251  LLKTAPKAFW TVTLVQFFCW FAFQYMWTYS AGAIAENVWH TTDASSVGYQ301  EAGNWYGVLA AVQSVAAVIC SFVLAKVPNK YHKAGYFGCL ALGALGFFSV351  FFIGNQYALV LSYTLIGIAW AGIITYPLTI VTNALSGKHM GTYLGLFNGS401  ICMPQIVASL LSFVLFPMLG GLQATMFLVG GVVLLLGAFS VFLIKETHGG451  V*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF16与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF16a)在重叠的181个氨基酸内显示出有96.7％的相同性：
                                  10        20        30
orf16.pep                 GHYSDRTWKPRLXGRRLPYLLYGTLIAVIV
                          |||||||||||| |||||||||||||||||orf16a    IFQTLGADPHSLGWFFILPPLAGMLVQPIVGHYSDRTWKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIV
          50        60        70        80        90       100
              40        50        60        70        80        90orf16.pep MILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKXYAYGI
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||orf16a    MILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKGYAYGI
         110       120       130       140       150       160
             100       110       120       130       140       150orf16.pep QSFLANTGAVVAAILPFVFAYIGLANTAXKGVVPQTVVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVK
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||orf16a    QSFLANTGAVVAAILPFVFAYIGLANTAEKGVVPQTVVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVK
         170       180       190       200       210       220
             160       170        180orf16.pep EYXPETYARYHGIDVAANQEKANWIALLKXA
      || |||||||||||||||||||||| |||:|orf16a    EYNPETYARYHGIDVAANQEKANWIELLKTAPKAFWTVTLVQFFCWFAFQYMWTYSAGAI
         230       240       250       260       270       280orf16a    AENVWHTTDASSVGYQEAGNWYGVLAAVQSVAAVICSFVLAKVPNKYHKAGYFGCLALGA
         290       300       310       320       330       340全长ORF16a核苷酸序列<SEQ ID 93>是：1  ATGTCGGAAT ATACGCCTCA AACAGCAAAA CAAGGTTTGC CCGCGCTGGC51  AAAAAGCACG ATTTGGATGC TCAGTTTCGG CTTTCTCGGC GTTCAGACGG101  CCTTTACCCT GCAAAGCTCG CAGATGAGCC GCATCTTCCA GACGCTCGGT151  GCCGATCCGC ACAGCCTCGG CTGGTTCTTT ATCCTGCCGC CGCTGGCGGG201  GATGCTGGTG CAGCCGATTG TCGGCCATTA CTCCGACCGC ACTTGGAAGC251  CGCGTTTGGG CGGCCGCCGT CTGCCGTATC TGCTTTATGG CACGCTGATT301  GCGGTTATTG TGATGATTTT GATGCCGAAC TCGGGCAGCT TCGGTTTCGG351  CTATGCGTCG CTGGCGGCTT TGTCGTTCGG CGCGCTGATG ATTGCGCTGT401  TAGACGTGTC GTCAAATATG GCGATGCAGC CGTTTAAGAT GATGGTCGGC451  GACATGGTCA ACGAGGAGCA GAAAGGCTAC GCCTACGGGA TTCAAAGTTT501  CTTAGCGAAT ACGGGCGCGG TCGTGGCGGC GATTCTGCCG TTTGTGTTTG551  CGTATATCGG TTTGGCGAAC ACCGCCGAGA AAGGCGTTGT GCCGCAGACC601  GTGGTCGTGG CGTTTTATGT GGGTGCGGCG TTGCTGGTGA TTACCAGCGC651  GTTCACGATT TTCAAAGTGA AGGAATACAA TCCGGAAACC TACGCCCGTT701  ACCACGGCAT CGATGTCGCC GCGAATCAGG AAAAAGCCAA CTGGATCGAA751  CTCTTGAAAA CCGCGCCTAA GGCGTTTTGG ACGGTTACTT TGGTGCAATT801  CTTCTGCTGG TTCGCCTTCC AATATATGTG GACTTACTCG GCAGGCGCGA851  TTGCGGAAAA CGTCTGGCAC ACCACCGATG CGTCTTCCGT AGGTTATCAG901  GAGGCGGGTA ACTGGTACGG CGTTTTGGCG GCGGTGCAGT CGGTTGCGGC951  GGTGATTTGT TCGTTTGTAT TGGCGAAAGT GCCGAATAAA TACCATAAGG1001  CGGGTTATTT CGGCTGTTTG GCTTTGGGCG CGCTCGGCTT TTTCTCCGTT1051  TTCTTCATCG GCAACCAATA CGCGCTGGTG TTGTCTTATA CCTTAATCGG1101  CATCGCTTGG GCGGGCATTA TCACTTATCC GCTGACGATT GTGACCAACG1151  CCTTGTCGGG CAAGCATATG GGCACTTACT TGGGCCTGTT TAACGGCTCT1201  ATCTGTATGC CGCAAATCGT CGCTTCGCTG TTGAGTTTCG TGCTTTTCCC1251  TATGCTGGGC GGCTTGCAGG CCACTATGTT CTTGGTAGGG GGCGTCGTCC1301  TGCTGCTGGG CGCGTTTTCC GTGTTCCTGA TTAAAGAAAC ACACGGCGGG1351  GTTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 94>:1  MSEYTPQTAK QGLPALAKST IWMLSFGFLG VQTAFTLQSS QMSRIFQTLG51  ADPHSLGWFF ILPPLAGMLV QPIVGHYSDR TWKPRLGGRR LPYLLYGTLI101  AVIVMILMPN SGSFGFGYAS LAALSFGALM IALLDVSSNM AMQPFKMMVG151  DMVNEEQKGY AYGIQSFLAN TGAVVAAILP FVFAYIGLAN TAEKGVVPQT201  VVVAFYVGAA LLVITSAFTI FKVKEYNPET YARYHGIDVA ANQEKANWIE251  LLKTAPKAFT TVTLVQFFCW FAFQYMWTYS AGAIAENVWH TTDASSVGYQ301  EAGNWYGVLA AVQSVAAVIC SFVLAKVPNK YHKAGYFGCL ALGALGFFSV351  FFIGNQYALV LSYTLIGIAW AGIITYPLTI VTNALSGKHM GTYLGLFNGS401  ICMPQIVASL LSFVLFPMLG GLQATMFLVG GVVLLLGAFS VFLIKETHGG451  V*ORF16a和ORF16-1在451个氨基酸的重叠区内显示出有99.6％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf16a.pep MSEYTPQTAKQGLPALAKSTIWMLSFGFLGVQTAFTLQSSQMSRIFQTLGADPHSLGWFF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||orf16-1    MSEYTPQTAKQGLPALAKSTIWMLSFGFLGVQTAFTLQSSQMSRIFQTLGADPHNLGWFF
              10         20        30        40        50        60
              70         80        90       100       110       120orf16a.pep ILPPLAGMLVQPIVGHYSDRTWKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIVMILMPNSGSFGFGYAS
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf16-1    ILPPLAGMLVQPIVGHYSDRTWKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIVMILMPNSGSFGFGYAS
              70         80        90       100       110       120
             130        140       150       160       170       180orf16a.pep LAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKGYAYGIQSFLANTGAVVAAILP
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf16-1    LAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKGYAYGIQSFLANTGAVVAAILP
             130        140       150       160       170       180
             190        200       210       220       230       240orf16a.pep FVFAYIGLANTAEKGVVPQTVVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVKEYNPETYARYHGIDVA
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||orf16-1    FVFAYIGLANTAEKGVVPQTVVVAFYVGAALLVITSAFTIFKYKEYDPETYARYHGIDVA
             190        200      210        220       230       240
             250        260      270        280       290       300orf16a.pep ANQEKANWIELLKTAPKAFWTVTLVQFFCWFAFQYMWTYSAGAIAENVWHTTDASSVGYQ
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf16-1    ANQEKANWIELLKTAPKAFWTVTLVQFFCWFAFQYMWTYSAGAIAENVWHTTDASSVGYQ
             250        260      270        280       290       300
             310        320      330        340       350       360orf16a.pep EAGNWYGVLAAVQSVAAVICSFVLAKVPNKYHKAGYFGCLALGALGFFSVFFIGNQYALV
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf16-1    EAGNWYGVLAAVQSVAAVICSFVLAKVPNKYHKAGYFGCLALGALGFFSVFFIGNQYALV
             310        320      330       340        350       360
             370        380      390       400        410       420orf16a.pep LSYTLIGIAWAGIITYPLTIVTNALSGKHMGTYLGLFNGSICMPQIVASLLSFVLFPMLG
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf16-1    LSYTLIGIAWAGIITYPLTIVTNALSGKHMGTYLGLFNGSICMPQIVASLLSFVLFPMLG
             370        380      390       400        410       420
             430        440      450orf16a.pep GLQATMFLVGGVVLLLGAFSVFLIKETHGGVX
       ||||||||||||||||||||||||||||||||orf16-1    GLQATMFLVGGVVLLLGAFSVFLIKETHGGVX
             430        440      450
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF16与淋病奈瑟球菌预计的ORF(ORF16.ng)在重叠的181个氨基酸内显示出有93.9％的相同性：
orf16.pep                     GHYSDRTWKPRLXGRRLPYLLYGTLIAVIV 30
                              |:|||||||||| |||||||||||||||||orf16ng    HFSNARRRPAQFGLVFHPAAAGGDAGSADSGYYSDRTWKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIV 131orf16.pep  MILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKXYAYGI  90
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||orf16ng    MILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKSYAYGI 191orf16.pep  QSFLANTGAVVAAILPFVFAYIGLANTAXKGVVPQTVVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVK 150
       ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||:||||||| |||orf16ng    QSFLANTDAVVAAILPFVFAYIGLANTAEKGVVPQTVVVAFYVGAALLIITSAFTISKVK 251orf16.pep  EYXPETYARYHGIDVAANQEKANWIALLKXA                              181
       || |||||||||||||||||||||: |||:|orf16ng    EYDPETYARYHGIDVAANQEKANWFELLKTAPKVFWTVTPVQFFCWFAFRYMWTYSAGAI 311全长ORF16ng核苷酸序列<SEQ ID 95>是：1  ATGATAGGGG ATCGCCGCGC CGGCAACCAT TTCGGATTTT CCAAAGCAAA51  TACTTTTCAA ATCAAAAAAA AGGATTTACT TTATGTCGGA ATATACGCCT101  CAAACAGCAA AACAAGGTTT GCCCGCGCCG GCAAAAAGCA CGATTTGGAT151  GTTGAGCTTC GGCTATCTCG GCGTTCAGAC GGCCTTTACC CTGCAAAGCT201  CGCAGATGAG CCGCATTTTT CAAACGCTAG GCGCAGACCC GCACAATTTG251  GGCTGGTTTT TCATCCTGCC GCCGCTGGCG GGGATGCTGG TTCAGCCGAT301  AGTGGCTACT ACTCAGACCG CACTTGGAAG CCGCGCTTGG GCGGCCGCCG351  CCTGCCGTAT CTGCTTTACG GCACGCTGAT TGCGGTCATC GTGATGATTT401  TGATGCCGAA CTCGGGCAGC TTCGGTTTCG GCTATGCGTC GCTGGCGGCC451  TTGTCGTTCG GCGCGCTGAT GATTGCGCTG TTGGACGTGT CGTCGAATAT501  GGCGATGCAG CCGTTTAAGA TGATGGTCGG CGATATGGTC AACGAGGAGC551  AGAAAAGCTA CGCCTACGGG ATTCAAAGTT TCTTAGCGAA TACGGACGCG601  GTTGTGGCAG CGATTCTGCC GTTTGTGTTC GCGTATATCG GTTTGGCGAA651  CACTGCCGAG AAAGGCGTTG TGCCACAAAC CGTGGTCGTA GCATTCTATG701  TGGGTGCGGC GTTACTGATT ATTACCAGTG CGTTCACAAT CTCCAAAGTC751  AAAGAATACG ACCCGGAAAC CTACGCCCGT TACCACGGCA TCGATGTCGC801  CGCGAATCAG GAAAAAGCCA ACTGGTTCGA ACTCTTAAAA ACCGCGCCTA851  AAGTGTTTTG GACGGTTACT CCGGTACAGT TTTTCTGCTG GTTCGCCTTC901  CGGTATATGT GGACTTACTC GGCAGGCGCG ATTGCAGAAA ACGTCTGGCA951  CACTACCGAT GCGTCTTCCG TAGGCCATCA GGAGGCGGGC AACCGGTACG1001  GCGTTTTGGC GGCGGTGTAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 96>:1  MIGDRRAGNH FGFSKANTFQ IKKKDLLYVG IYASNSKTRF ARAGKKHDLD51  VELRLSRRSD GLYPAKLADE PHFSNARRRP AQFGLVFHPA AAGGDAGSAD101  SGYYSDRTWK PRLGGRRLPY LLYGTLIAVI VMILMPNSGS FGFGYASLAA151  LSFGALMIAL LDVSSNMAMQ PFKMMVGDMV NEEQKSYAYG IQSFLANTDA201  VVAAILPFVF AYIGLANTAE KGVVPQTVVV AFYVGAALLI ITSAFTISKV251  KEYDPETYAR YHGIDVAANQ EKANWFELLK TAPKVFWTVT PVQFFCWFAF301  RYMWTYSAGA IAENVWHTTD ASSVGHQEAG NRYGVLAAV*ORF16ng和ORE16-1在261个氨基酸的重叠区内显示出有89.3％的相同性：
              30        40        50        60        70         80orf16-1.pep MLSFGFLGVQTAFTLQSSQMSRIFQTLGADPHNLGWFFILPPLAGMLVQPI-VGHYSDRT
                                      | ::|  |  |  ||  :     |:|||||orf16ng     DVELRLSRRSDGLYPAKLADEPHFSNARRRPAQFGLVF-HPAAAGGDAGSADSGYYSDRT
       50        60        70        80         90       100
               90       100       110       120       130       140orf16-1.pep WKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIVMILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf16ng     WKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIVMILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMA
       110       120       130       140       150       160
              150       160       170       180       190       200orf16-1.pep MQPFKMMVGDMVNEEQKGYAYGIQSFLANTGAVVAAILPFVFAYIGLANTAEKGVVPQTV
        |||||||||||||||||:|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf16ng     MQPFKMMVGDMVNEEQKSYAYGIQSFLANTDAVVAAILPFVFAYIGLANTAEKGVVPQTV
           170       180       190       200       210       220
                  210       220       230       240       250       260
orf16-1.pep VVAFYVGAALLVITSAFTIFKVKEYDPETYARYHGIDVAANQEKANWIELLKTAPKAFWT
            |||||||||||:||||||| |||||||||||||||||||||||||||:||||||||:|||
orf16ng     VVAFYVGAALLIITSAFTISKVKEYDPETYARYHGIDVAANQEKANWFELLKTAPKVFWT
           230       240       250       260       270       280
                  270       280       290       300       310       320
orf16-1.pep VTLVQFFCWFAFQYMWTYSAGAIAENVWHTTDASSVGYQEAGNWYGVLAAVQSVAAVICS
            || |||||||||:||||||||||||||||||||||||:||||| |||||||
orf16ng     VTPVQFFCWFAFRYMWTYSAGAIAENVWHTTDASSVGHQEAGNRYGVLAAVX
           290       300       310       320       330       340
根据该分析结果，包括该淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例19
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 97>:1  ATGTTGTTCC GTAAAACGAC CGCCGCCGTT TTGGCGCATA CCTTGATGCT51  GAACGGCTGT ACGTTGATGT TGTGGGGAAT GAACAACCCG GTCAGCGAAA101  CAATCACCCG NAAACACGTT GNCAAAGACC AAATCCGNGN CTTCGGTGTG151  GTTGCCGAAG ACAATGCCCA ATTGGAAAAG GGCAGCCTGG TGATGATGGG201  CGGAAAATAC TGGTTCGTCG TCAATCCCGA AGATTCGGCG AA.NTGACGG251  GNATTTTGAN GGCAGGGCTG GACAAACCCT TCCAAATAGT TNAGGATACC301  CCGAGCTATG C.TGCCACCA AGCCCTGCCG GTCAAACTCG GATCGNCTGG351  CAGCCAGAAT...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 98；ORF28>:
1 MLFRKTTAAV LAHTLMLNGC TLMLWGMNNP VSETITRKHV XKDQIRXFGV51 VAEDNAQLEK GSLVMMGGKY WFVVNPEDSA XXTGILXAGL DKPFQIVXDT101 PSYXCHQALP VKLGSXGSQN...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 99>:1  ATGTTGTTCC GTAAAACGAC CGCCGCCGTT TTGGCGGCAA CCTTGATGCT51  GAACGGCTGT ACGTTGATGT TGTGGGGAAT GAACAACCCG GTCAGCGAAA101  CAATCACCCG CAAACACGTT GACAAAGACC AAATCCGCGC CTTCGGTGTG151  GTTGCCGAAG ACAATGCCCA ATTGGAAAAG GGCAGCCTGG TGATGATGGG201  CGGAAAATAC TGGTTCGTCG TCAATCCCGA AGATTCGGCG AAGCTGACGG251  GCATTTTGAA GGCAGGGCTG GACAAACCCT TCCAAATAGT TGAGGATACC301  CCGAGCTATG CTCGCCACCA AGCCCTGCCG GTCAAACTCG AATCGCCTGG351  CAGCCAGAAT TTCAGTACCG AAGGCCTTTG CCTGCGCTAC GATACCGACA401  AGCCTGCCGA CATCGCCAAG CTGAAACAGC TCGGGTTTGA AGCGGTCAAA451  CTCGACAATC GGACCATTTA CACGCGCTGC GTATCCGCCA AAGGCAAATA501  CTACGCCACA CCGCAAAAAC TGAACGCCGA TTACCATTTT GAGCAAAGTG551  TGCCTGCCGA TATTTATTAC ACGGTTACTG AAGAACATAC CGACAAATCC601  AAGCTGTTTG CAAATATCTT ATATACGCCC CCCTTTTTGA TACTGGATGC651  GGCGGGCGCG GTACTGGCCT TGCCTGCGGC GGCTCTGGGT GCGGTCGTGG701  ATGCCGCCCG CAAATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 100；ORF28-1>:1  MLFRKTTAAV LAATLMLNGC TLMLWGMNNP VSETITRKHV DKDQIRAFGV51  VAEDNAQLEK GSLVMMGGKY WFVVNPEDSA KLTGILKAGL DKPFQIVEDT101  PSYARHQALP VKLESPGSQN FSTEGLCLRY DTDKPADIAK LKQLGFEAVK
151 LDNRTIYTRC VSAKGKYYAT PQKLNADYHF EQSVPADIYY TVTEEHTDKS
201 KLFANILYTP PFLILDAAGA VLALPAAALG AVVDAARK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF28与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF28a)在重叠的120个氨基酸内显示出有79.2％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60
orf28.pep MLFRKTTAAVLAHTLMLNGCTLMLWGMNNPVSETITRKHVXKDQIRXFGVVAEDNAQLEK
          |||||||||||| ||||||||:|:||||:| ||| :|||| ||||| |||||||||||||
orf28a    MLFRKTTAAVLAATLMLNGCTVMMWGMNSPFSETTARKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120
orf28.pep GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAXXTGILXAGLDKPFQIVXDTPSYXCHQALPVKLGSXGSQN
          ||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||:|  :| :  :||||||| | :|||
orf28a    GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAKLTGILKAGLDKQFQMVEPNPRFA-YQALPVKLESPASQN
                  70        80        90       100        110
orf28a    FSTEGLCLRYDTDRPADIAKLKQLEFEAVELDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
        120       130       140       150       160       170
全长ORF28a核苷酸序列<SEQ ID 101>是：1  ATGTTGTTCC GTAAAACGAC CGCCGCCGTT TTGGCGGCAA CCTTGATGTT51  GAACGGCTGT ACGGTAATGA TGTGGGGTAT GAACAGCCCG TTCAGCGAAA101  CGACCGCCCG CAAACACGTT GACAAGGACC AAATCCGCGC CTTCGGTGTG151  GTTGCCGAAG ACAATGCCCA ATTGGAAAAG GGCAGCCTGG TGATGATGGG201  CGGGAAATAC TGGTTCGTCG TCAATCCTGA AGATTCGGCG AAGCTGACGG251  GCATTTTGAA GGCCGGGTTG GACAAGCAGT TTCAAATGGT TGAGCCCAAC301  CCGCGCTTTG CCTACCAAGC CCTGCCGGTC AAACTCGAAT CGCCCGCCAG351  CCAGAATTTC AGTACCGAAG GCCTTTGCCT GCGCTACGAT ACCGACAGAC401  CTGCCGACAT CGCCAAGCTG AAACAGCTTG AGTTTGAAGC GGTCGAACTC451  GACAATCGGA CCATTTACAC GCGCTGCGTC TCCGCCAAAG GCAAATACTA501  CGCCACACCG CAAAAACTGA ACGCCGATTA TCATTTTGAG CAAAGTGTGC551  CTGCCGATAT TTATTACACG GTTACGAAAA AACATACCGA CAAATCCAAG601  TTGTTTGAAA ATATTGCATA TACGCCCACC ACGTTGATAC TGGATGCGGT651  GGGCGCGGTG CTGGCCTTGC CTGTCGCGGC GTTGATTGCA GCCACGAATT701  CCTCAGACAA ATGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 102>:1  MLFRKTTAAV LAATLMLNGC TVMMWGMNSP FSETTARKHV DKDQIRAFGV51  VAEDNAQLEK GSLVMMGGKY WFVVNPEDSA KLTGILKAGL DKQFQMVEPN101  PRFAYQALPV KLESPASQNF STEGLCLRY1 TDRPADIAKL KQLEFEAVEL151  DNRTIYTRCV SAKGKYYATP QKLNADYHFE QSVPADIYYT VTKKHTDKSK201  LFENIAYTPT TLILDAVGAV LALPVAALIA ATNSSDK*ORF28a和ORF28-1在238个氨基酸的重叠区内显示出有86.1％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf28a.pep MLFRKTTAAVLAATLMLNGCTVMMWGMNSPFSETTARKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
       |||||||||||||||||||||:|:||||:| ||| :||||||||||||||||||||||||orf28-1    MLFRKTTAAVLAATLMLNGCTLMLWGMNNPVSETITRKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       119orf28a.pep GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAKLTGILKAGLDKQFQMVEPNPRFA-YQALPVKLESPASQN
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||:|| :| :|||||||||||||:|||orf28-1    GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAKLTGILKAGLDKPFQIVEDTPSYARHQALPVKLESPGSQN
               70        80        90       100       110       120
         120       130       140       150       160       170      179
orf28a.pep FSTEGLCLRYDTDRPADIAKLKQLEFEAVELDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
           |||||||||||||:|||||||||| ||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf28-1    FSTEGLCLRYDTDKPADIAKLKQLGFEAVKLDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
                  130       140       150       160       170       180
         180       190       200       210       220       230
orf28a.pep EQSVPADIYYTVTKKHTDKSKLFENIAYTPTTLILDAVGAVLALPVAALIAATNSSDKX
           |||||||||||||::|||||||| || |||  |||||:|||||||:||| |::::: ||
orf28-1    EQSVPADIYYTVTEEHTDKSKLFANILYTPPFLILDAAGAVLALPAAALGAVVDAARKX
                  190       200       210       220       230
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF28与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF28.ng)在重叠的120个氨基酸内显示出有84.2％的相同性：
orf28.pep  MLFRKTTAAVLAHTLMLNGCTLMLWGMNNPVSETITRKHVXKDQIRXFGVVAEDNAQLEK  60
           |||||||||||| ||:|||||:|| |||||||:||||||| ||||| |||||||||||||
orf28ng    MLFRKTTAAVLAATLILNGCTMMLRGMNNPVSQTITRKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK  60
orf28.pep  GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAXXTGILXAGLDKPFQIVXDTPSYXCHQALPVKLGSXGSQN 120
           ||||||||||||:|||||||  ||:| |||||||||| |||||  |||||||: : ||||
orf28ng    GSLVMMGGKYWFAVNPEDSAKLTGLLKAGLDKPFQIVEDTPSYARHQALPVKFEAPGSQN 120
全长ORF28ng核苷酸序列<SEQ ID 103>是1  ATGTTGTTCC GTAAAACGAC CGCCGCCGTT TTGGCGGCAA CCTTGATACT51  GAACGGCTGT ACGATGATGT TGCGGGGGAT GAACAACCCG GTCAGCCAAA101  CAATCACCCG CAAACACGTT GACAAAGACC AAATCCGCGC CTTCGGTGTG151  GTTGCCGAAG ACAATGCCCA ATTGGAAAAG GGCAGCCTGG TGATGATGGG201  CGGGAAATAC TGGTTCGCCG TCAATCCCGA AGATTCGGCG AAGCTGACGG251  GCCTTTTGAA GGCCGGGTTG GACAAGCCCT TCCAAATAGT TGAGGATACC301  CCGAGCTATG CCCGCCACCA AGCCCTGCCG GTCAAATTCG AAGCGCCCGG351  CAGCCAGAAT TTCAGTACCG GAGGTCTTTG CCTGCGCTAT GATACCGGCA401  GACCTGACGA CATCGCCAAG CTGAAACAGC TTGAGTTTAA AGCGGTCAAA451  CTCGACAATC GGACCATTTA CACGCGCTGC GTATCCGCCA AAGGCAAATA501  CTACGCCACG CCGCAAAAAC TGAACGCCGA TTATCATTTT GAGCAAAGTG551  TGCCCGCCGA TATTTATTAT ACGGTTACTG AAAAACATAC CGACAAATCC601  AAGCTGTTTG GAAATATCTT ATATACGCCC CCCTTGTTGA TATTGGATGC651  GGCGGCCGCG GTGCTGGTCT TGCCTATGGC TCTGATTGCA GCCGCGAATT701  CCTCAGACAA ATGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 104>:1 MLFRKTTAAV LAATLILNGC TMMLRGMNNP VSQTITRKHV DKDQIRAFGV51 VAEDNAQLEK GSLVMMGGKY WFAVNPEDSA KLTGLLKAGL DKPFQIVEDT101 PSYARHQALP VKFEAPGSQN FSTGGLCLRY DTGRPDDIAK LKQLEFKAVK151 LDNRTIYTRC VSAKGKYYAT PQKLNADYHF EQSVPADIYY TVTEKHTDKS201 KLFGNILYTP PLLILDAAAA VLVLPMALIA AANSSDK*ORF28ng和ORF28-1在231个氨基酸的重叠区内显示有90.0％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf28-1.pep MLFRKTTAAVLAATLMLNGCTLMLWGMNNPVSETITRKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
        |||||||||||||||:|||||:|| |||||||:|||||||||||||||||||||||||||orf28ng     MLFRKTTAAVLAATLILNGCTMMLRGMNNPVSQTITRKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf28-1.pep GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAKLTGILKAGLDKPFQIVEDTPSYARHQALPVKLESPGSQN
        ||||||||||||:|||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||:|:|||||orf28ng     GSLVMMGGKYWFAVNPEDSAKLTGLLKAGLDKPFQIVEDTPSYARHQALPVKFEAPGSQN
                70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf28-1.pep FSTEGLCLRYDTDKPADIAKLKQLGFEAVKLDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
            ||| |||||||| :| |||||||| |:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf28ng     FSTGGLCLRYDTGRPDDIAKLKQLEFKAVKLDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230      239
orf28-1.pep EQSVPADIYYTVTEEHTDKSKLFANILYTPPFLILDAAGAVLALPAAALGAVVDAARKX
            ||||||||||||||:||||||||:|||||||:||||||:|||:|| | ::|:
orf28ng     EQSVPADIYYTVTEKHTDKSKLFGNILYTPPLLILDAAAAVLVLPMALIAAANSSDKX
                   190       200       210       220       230
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域的结果)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF28-1(24kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图6A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图6B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白来免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA，得到阳性结果。这些结果确认ORF28-1是一种外露蛋白，且其可能是一种有用的免疫原。
实施例20
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 105>:1 ..GTCAGTCCTG TACTGCCTAT TACACACGAA CGGACAGGGT TTGAAGGTGT51   TATCGGTTAT GAAACCCATT TTTCAGGGCA CGGACATGAA GTACACAGTC101   CGTTCGATCA TCATGATTCA AAAAGCACTT CTGATTTCAG CGGCGGTGTA151   GACGGCGGTT TTACTGTTTA CCAACTTCAT CGAACATGGT CGGAAATCCA201   TCCGGAGGAT GAATATGACG GGCCGCAAGC AGCG.ATTAT CCGCCCCCCG251   GAGGAGCAAG GGATATATAC AGCTATTATG TCAAAGGAAC TTCAACAAAA301   ACAAAGACTA GTATTGTCCC TCAAGCCCCA TTTTCAGACC GTTGGCTAGA351   AGAAAATGCC GGTGCCGCCT CTGGT..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 106；ORF29>:1 ..VSPVLPITHE RTGFEGVIGY ETHFSGHGHE VHSPFDHHDS KSTSDFSGGV51   DGGFTVYQLH RTWSEIHPED EYDGPQAAXY PPPGGARDIY SYYVKGTSTK101   TKTSIVPQAP FSDRWLEENA GAASG..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 107>:1  ATGAATTTGC CTATTCAAAA ATTCATGATG CTGTTTGCAG CAGCAATATC51  GTTGCTGCAA ATCCCCATTA GTCATGCGAA CGGTTTGGAT GCCCGTTTGC101  GCGATGATAT GCAGGCAAAA CACTACGAAC CGGGTGGTAA ATACCATCTG151  TTTGGTAATG CTCGCGGCAG TGTTAAAAAG CGGGTTTACG CCGTCCAGAC201  ATTTGATGCA ACTGCGGTCA GTCCTGTACT GCCTATTACA CACGAACGGA251  CAGGGTTTGA AGGTGTTATC GGTTATGAAA CCCATTTTTC AGGGCACGGA301  CATGAAGTAC ACAGTCCGTT CGATCATCAT GATTCAAAAA GCACTTCTGA351  TTTCAGCGGC GGTGTAGACG GCGGTTTTAC TGTTTACCAA CTTCATCGAA401  CAGGGTCGGA AATCCATCCG GAGGATGGAT ATGACGGGCC GCAAGGCAGC451  GATTATCCGC CCCCCGGAGG AGCAAGGGAT ATATACAGCT ATTATGTCAA501  AGGAACTTCA ACAAAAACAA AGACTAATAT TGTCCCTCAA GCCCCATTTT551  CAGACCGTTG GCTAAAAGAA AATGCCGGTG CCGCCTCTGG TTTTTTCAGC 601  CGTGGGGATG AAGCAGGAAA ACTGATATGG GAAAGCGACC CCAATAAAAA651  TTGGTGGGCT AACCGTATGG ATGATGTTCG CGGCATCGTC CAAGGTGCGG701  TTAATCCTTT TTTAATGGGT TTTCAAGGAG TAGGGATTGG GGCAATTACA751  GACAGTGCAG TAAGCCCGGT CACAGATACA GCCGCGCAGC AGACTCTACA801  AGGTATTAAT GATTTAGGAA AATTAAGTCC GGAAGCACAA CTTGCTGCCG851  CGAGCCTATT ACAGGACAGT GCTTTTGCGG TAAAAGACGG TATCAACTCT901  GCCAAACAAT GGGCTGATGC CCATCCAAAT ATAACAGCTA CTGCCCAAAC951  TGCCCTTTCC GCAGCAGAGG CCGCAGGTAC GGTTTGGAGA GGTAAAAAAG1001  TAGAACTTAA CCCGACTAAA TGGGATTGGG TTAAAAATAC CGGTTATAAA1051  AAACCTGCTG CCCGCCATAT GCAGACTTTA GATGGGGAGA TGGCAGGTGG1101  GAATAAACCT ATTAAATCTT TACCAAACAG TGCCGCTGAA AAAAGAAAAC1151  AAAATTTTGA GAAGTTTAAT AGTAACTGGA GTTCAGCAAG TTTTGATTCA1201  GTGCACAAAA CACTAACTCC CAATGCACCT GGTATTTTAA GTCCTGATAA1251  AGTTAAAACT CGATACACTA GTTTAGATGG AAAAATTACA ATTATAAAAG1301  ATAACGAAAA CAACTATTTT AGAATCCATG ATAATTCACG AAAACAGTAT1351  CTTGATTCAA ATGGTAATGC TGTGAAAACC GGTAATTTAC AAGGTAAGCA1401  AGCAAAAGAT TATTTACAAC AACAAACTCA TATCAGGAAC TTAGACAAAT1451  GA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 108；ORF29-1>:1  MNLPIQKFMM LFAAAISLLQ IPISHANGLD ARLRDDMQAK HYEPGGKYHL51  FGNARGSVKK RVYAVQTFDA TAVSPVLPIT HERTGFEGVI GYETHFSGHG101  HEVHSPFDHH DSKSTSDFSG GVDGGFTVYQ LHRTGSEIHP EDGYDGPQGS151  DYPPPGGARD IYSYYVKGTS TKTKTNIVPQ APFSDRWLKE NAGAASGFFS201  RADEAGKLIW ESDPNKNWWA NRMDDVRGIV QGAVNPFLMG FQGVGIGAIT251  DSAVSPVTDT AAQQTLQGIN DLGKLSPEAQ LAAASLLQDS AFAVKDGINS301  AKQWADAHPN ITATAQTALS AAEAAGTVWR GKKVELNPTK WDWVKNTGYK351  KPAARHMQTL DGEMAGGNKP IKSLPNSAAE KRKQNFEKFN SNWSSASFDS401  VHKTLTPNAP GILSPDKVKT RYTSLDGKIT IIKDNENNYF RIHDNSRKQY451  LDSNGNAVKT GNLQGKQAKD YLQQQTHIRN LDK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF29与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF29a)在重叠的125个氨基酸中显示出有88.0％的相同性：
                                                10        20        30
orf29.pep                               VSPVLPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHE
                                        |:|:||||||||||||:|||||||||||||
orf29a    EPGGKYHLFGNARGSVKNRVYAVQTFDATAVGPILPITHERTGFEGIIGYETHFSGHGHE
                50        60        70        80        90       100
                  40        50        60        70        80        90
orf29.pep VHSPFDHHDSKSTSDFSGGVDGGFTVYQLHRTWSEIHPEDEYDGPQAAXYPPPGGARDIY
          ||||||:||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||:: |||||||||||
orf29a    VHSPFDNHDSKSTSDFSGGVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGSDYPPPGGARDIY
               110       120       130       140       150       160
                 100       110       120
orf29.pep SYYVKGTSTKTKTSIVPQAPFSDRWLEENAGAASG
            ||||||||||::|||:||||||||:||||||||
orf29a    XXYVKGTSTKTKSNIVPRAPFSDRWLKENAGAASGFFSRADEAGKLIWESDPNKNWWANR
               170       180       190       200       210       220
orf29a    MDDIRGIVQGAVNPFLMGFQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGXNHLGXLSPEAQLA
               230       240       250       260       270       280全长ORF29a核苷酸序列<SEQ ID 109>是：1  ATGAATTNGC CTATTCAAAA ATTCATGATG CTGTTTGCAG CAGCAATATC51  GTNGCTGCAA ATCCCNATTA GTCATGCGAA CGGTTTGGAT GCCCGTTTGC 101  GCGATGATAT GCAGGCAAAA CACTACGAAC CGGGTGGTAA ATACCATCTG151  TTTGGTAATG CTCGCGGCAG TGTTAAAAAT CGGGTTTACG CCGTCCAAAC201  ATTTGATGCA ACTGCGGTCG GCCCCATACT GCCTATTACA CACGAACGGA251  CAGGATTTGA AGGCATTATC GGTTATGAAA CCCATTTTTC AGGACATGGA301  CATGAAGTAC ACAGTCCGTT CGATAATCAT GATTCAAAAA GCACTTCTGA351  TTTCAGCGGC GGCGTAGACG GTGGTTTTAC CGTTTACCAA CTTCATCGGA401  CAGGGTCGGA AATCCATCCG GAGGATGGAT ATGACGGGCC GCAAGGCAGC451  GATTATCCGC CCCCCGGAGG AGCAAGGGAT ATATACANNT ANTATGTCAA501  AGGAACTTCA ACAAAAACAA AGAGTAATAT TGTTCCCCGA GCCCCATTTT551  CAGACCGCTG GCTAAAAGAA AATGCCGGTG CCGCCTCTGG TTTTTTCAGC601  CGTGCTGATG AAGCAGGAAA ACTGATATGG GAAAGCGACC CCAATAAAAA651  TTGGTGGGCT AACCGTATGG ATGATATTCG CGGCATCGTC CAAGGTGCGG701  TTAATCCTTT TTTAATGGGT TTTCAAGGAG TAGGGATTGG GGCAATTACA751  GACAGTGCAG TAAGCCCGGT CACAGATACA GCCGCGCAGC AGACTCTACA801  AGGTATNAAT CATTTAGGAA ANTTAAGTCC CGAAGCACAA CTTGCGGCTG851  CAACCGCATT ACAAGACAGT GCTTTTGCGG TAAAAGACGG TATCAATTCC901  GCCAGACAAT GGGCTGATGC CCATCCGAAT ATAACTGCAA CAGCCCAAAC951  TGCCCTTGCC GTAGCAGANG CCGCAACTAC GGTTTGGGGC GGTAAAAAAG1001  TAGAACTTAA CCCGACCAAA TGGGATTGGG TTAAAAATAC NGGCTATAAN1051  ACACCTGCTG TTCGCACCAT GCATACTTTG GATGGGGAAA TGGCCGGTGG1101  GAATAGACCG CCTAAATCTA TAACGTCCAA CAGCAAAGCA GATGCTTCCA1151  CACAACCGTC TTTACAAGCG CAACTAATTG GAGAACAAAT TANNNNNGGG1201  CATGCTTATA ACAAGCATGT CATAAGACAA CAAGAATTTA CGGATTTAAA1251  TATCAATTCA CCAGCAGATT TTGCTCGGCA TATTGAAAAT ATTGTTAGCC1301  ATCCANCAAA TATGAAAGAG TTACCTCGCG GTAGAACTGC GTATTGGGAT1351  NATAAAACAG GGACNATAGT TATCCGAGAT AAAAATTCTG ACGATGGAGG1401  TACAGCATTT AGACCAACAT CAGGTAAAAA ATATTATGAT GATTTATAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 110>:1  MNXPIQKFMM LFAAAISXLQ IPISHANGLD ARLRDDMQAK HYEPGGKYHL51  FGNARGSV1N RVYAVQTFDA TAYGPILPIT HERTGFEGII GYETHFSGHG101  HEVHSPFDNH DSKSTSDFSG GVDGGFTVYQ LHRTGSEIHP EDGYDGPQGS151  DYPPPGGARD IYXXYVKGTS TKTKSNIVPR APFSDRWLKE NAGAASGFFS201  RADEAGKLIW ESDPNKNWWA NRMDDIRGIV QGAVNPFLMG FQGVGIGAIT251  DSAVSPVTDT AAQQTLQGXN HLGXLSPEAQ LAAATALQDS AFAVKDGINS301  ARQWADAHPN ITATAQTALA VAXAATTVWG GKKVELNPTK WDWVKNTGYX351  TPAVRTMHTL DGEMAGGNRP PKSITSNSKA DASTQPSLQA QLIGEQIXXG401  HAYNKHVIRQ QEFTDLNINS PADFARHIEN IVSHPXNMKE LPRGRTAYWD451  XKTGTIVIRD KNSDDGGTAF RPTSGKKYYD DL*ORF29a和ORF29-1在385个氨基酸的重叠区内显示出有90.1％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf29a.pep MNXPIQKFMMLFAAAISXLQIPISHANGLDARLRDDMQAKHYEPGGKYHLFGNARGSVKN
       || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:orf29-1    MNLPIQKFMMLFAAAISLLQIPISHANGLDARLRDDMQAKHYEPGGKYHLFGNARGSVKK
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf29a.pep RVYAVQTFDATAVGPILPITHERTGFEGIIGYETHFSGHGHEVHSPFDNHDSKSTSDFSG
       |||||||||||||:|:||||||||||||:|||||||||||||||||||:|||||||||||orf29-1    RVYAVQTFDATAVSPVLPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHEVHSPFDHHDSKSTSDFSG
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf29a.pep GVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGSDYPPPGGARDIYXXYVKGTSTKTKSNIVPR
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||:||||:orf29-1    GVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGSDYPPPGGARDIYSYYVKGTSTKTKTNIVPQ
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf29a.pep APFSDRWLKENAGAASGFFSRADEAGKLIWESDPNKNWWANRMDDIRGIVQGAVNPFLMG
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf29-1    APFSDRWLKENAGAASGFFSRADEAGKLIWESDPNKNWWANRMDDVRGIVQGAVNPFLMG
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf29a.pep FQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGXNHLGXLSPEAQLAAATALQDSAFAVKDGINS
           |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||: ||||||||||||||
orf29-1    FQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGINDLGKLSPEAQLAAASLLQDSAFAVKDGINS
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360
orf29a.pep ARQWADAHPNITATAQTALAVAXAATTVWGGKKVELNPTKWDWVKNTGYXTPAVRTMHTL
           |:|||||||||||||||||::| || ||| |||||||||||||||||||  ||:| |:||
orf29-1    AKQWADAHPNITATAQTALSAAEAAGTVWRGKKVELNPTKWDWVKNTGYKKPAARHMQTL
                  310       320       330       340       350       360
                  370       380       390       400       410       420
orf29a.pep DGEMAGGNRPPKSITSNSKADASTQPSLQAQLIGEQIXXGHAYNKHVIRQQEFTDLNINS
           ||||||||:| ||:  || |:   |
orf29-1    DGEMAGGNKPIKSLP-NSAAEKRKQNFEKFNSNWSSASFDSVHKTLTPNAPGILSPDKVK
                  370        380       390       400       410
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF29与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF29.ng)在重叠的125个氨基酸内显示出有88.8％的相同性：
orf29.pep                                VSPVLPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHE  30
                                         |:|:||||||||||||||||||||||||||
orf29ng    EPGGKYHLFGNARGSVKNRVCAVQTFDATAVGPILPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHE 102
orf29.pep  VHSPFDHHDSKSTSDFSGGVDGGFTVYQLHRTWSEIHPEDEYDGPQAAXYPPPGGARDIY  90
           ||||||:||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||:: |||||||||||
orf29ng    VHSPFDNHDSKSTSDFSGGVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGGGYPPPGGARDIY 162
orf29.pep  SYYVKGTSTKTKTSIVPQAPFSDRWLEENAGAASG                          125
           ||::|||||||| : |||||||||||:||||||||
orf29ng    SYHIKGTSTKTKINTVPQAPFSDRWLKENAGAASGFLSRADEAGKLIWENDPDKNWRANR 222
预计全长ORF29ng核苷酸序列<SEQ ID 111>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 112>:1  MNLPIQKFMM LFAAAISLLQ IPISHANGLD ARLRDDMQAK HYEPGGKYHL51  FGNARGSVKN RVCAVQTFDA TAVGPILPIT HERTGFEGVI GYETHFSGHG101  HEVHSPFDNH DSKSTSDFSG GVDGGFTVYQ LHRTGSEIHP EDGYDGPQGG151  GYPPPGGARD IYSYHIKGTS TKTKINTVPQ APFSDRWLKE NAGAASGFLS201  RADEAGKLIW ENDPDKNWRA NRMDDIRGIV QGAVNPFLTG FQGLGVGAIT251  DSAVSPYTYA AARKTLQGIH NLGNLSPEAQ LAATALQDS  AFAVKDSINS301  ARQWADAHPN ITATAQTALA VTEAATTVWG GKKVELNPAK WDWVKNTGYK351  KPAARHMQTV DGEMAGGNKP LESKNTVTTN NFFENTGYTE KVLRQASNGD401  YHGFPQSVDA FSENGTVIQI VGGDNIVRHK LYIPGSYKGK DGNFEYIREA451  DGKINHRLFV PNQQLPEK*在第二个实验中，鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 113>:1 atgAATTTGC CTATTCAAAA ATTCATGATG ctgttggcAg cggcaatatc51 gatgctGCat ATCCCCATTA GTCATGCGAA CGGTTTGGAT GCCCGTTTGC101 GCGATGATAT GCAGGCAAAA CACTACGAAC CGGGTGGCAA ATACCATCTG151 TTTGGTAATG CTCGCGGCAG TGTTAAAAAT CGGGTTTGCG CCGTCCAAAC201 ATTTGATGCA ACTGCGGTCG GCCCCATACT GCCTATTACA CACGAACGGA251 CAGGATTTGA AGGTGTTATC GGCTATGAAA CCCATTTTTC AGGACACGGA301 CACGAAGTAC ACAGTCCGTT CGATAATCAT GATTCAAAAA GCACTTCTGA 351  TTTCAGCGGC GGCGTAGACG GCGGTTTTAC CGTTTACCAA CTTCATCGGA401  CAGGGTCGGA AATACATCCC GCAGACGGAT ATGACGGGCC TCAAGGCGGC451  GGTTATCCGG AACCACAAGG GGCAAGGGAT ATATACAGCT ACCATATCAA501  AGGAACTTCA ACCAAAACAA AGATAAACAC TGTTCCGCAA GCCCCTTTTT551  CAGACCGCTG GCTAAAAGAA AATGCCGGTG CCGCTTCCGG TTTTCTCAGC601  CGTGCGGATG AAGCAGGAAA ACTGATATGG GAAAACGACC CCGATAAAAA651  TTGGCGGGCT AACCGTATGG ATGATATTCG CGGCATCGTC CAAGGTGCGG701  TTAATCCTTT TTTAACGGGT TTTCAAGGGG TAGGGATTGG GGCAATTACA751  GACAGTGCGG TAAGCCCGGT CACAGATACA GCCGCTCAGC AGACTCTACA801  AGGTATTAAT GATTTAGGAA ATTTAAGTCC GGAAGCACAA CTTGCCGCCG851  CGAGCCTATT ACAGGACAGT GCCTTTGCGG TAAAAGACGG CATCAATTCC901  GCCAGACAAT GGGCTGATGC CCATCCGAAT ATAACAGCAA CAGCCCAAAC951  TGCCCTTGCC GTAGCAGAGG CCGCAGGTAC GGTTTGGCGC GGTAAAAAAG1001  TAGAACTTAA CCCGACCAAA TGGGATTGGG TTAAAAATAC CGGCTATAAA1051  AAACCTGCTG CCCGCCATAT GCAGACTGTA GATGGGGAGA TGGCAGGGGG1101  GAATAGACCG CCTAAATCTA TAACGTCGGA AGGAAAAGCT AATGCTGCAA1151  CCTATCCTAA GTTGGTTAAT CAGCTAAATG AGCAAAACTT AAATAACATT1201  GCGGCTCAAG ATCCAAGATT GAGTCTAGCT ATTCATGAGG GTAAAAAAAA1251  TTTTCCAATA GGAACTGCAA CTTATGAAGA GGCAGATAGA CTAGGTAAAA1301  TTTGGGTTGG TGAGGGTGCA AGACAAACTA GTGGAGGCGG ATGGTTAAGT1351  AGAGATGGCA CTCGACAATA TCGGCCACCA ACAGAAAAAA AATCACAATT1401  TGCAACTACA GGTATTCAAG CAAATTTTGA AACTTATACT ATTGATTCAA1451  ATGAAAAAAG AAATAAAATT AAAAATGGAC ATTTAAATAT TAGGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 114；ORF29ng-1>:1  MNLPIQKFMM LLAAAISMLH IPISHANGLD ARLRDDMQAK HYEPGGKYHL51  FGNARGSVKN RVCAVQTFDA TAVGPILPIT HERTGFEGVI GYETHFSGHG101  HEVHSPFDNH DSKSTSDFSG GVDGGFTVYQ LHRTGSEIHP ADGYDGPQGG151  GYPEPQGARD IYSYHIKGTS TKTKINTVPQ APFSDRWLKE NAGAASGFLS201  RADEAGKLIW ENDPDKNWRA NRMDDIRGIV QGAVNPFLTG FQGVGIGAIT251  DSAVSPVTDT AAQQTLQGIN DLGNLSPEAQ LAAASLLQDS AFAVKDGINS301  ARQWADAHPN ITATAQTALA VAEAAGTVWR GKKVELNPTK WDWVKNTGYK351  KPAARHMQTV DGEMAGGNRP PKSITSEGKA NAATYPKLVN QLNEQNLNNI401  AAQDPRLSLA IHEGKKNFPI GTATYEEADR LGKIWVGEGA RQTSGGGWLS451  RDGTRQYRPP TEKKSQFATT GIQANFETYT IDSNEKRNKI KNGHLNIR*ORF29ng-1和ORF29-1在401个氨基酸的重叠区内显示出有86.0％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf29ng-1.pep MNLPIQKFMMLLAAAISMLHIPISHANGLDARLRDDMQAKHYEPGGKYHLFGNARGSVKN
          |||||||||||:|||||:|:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:orf29-1       MNLPIQKFMMLFAAAISLLQIPISHANGLDARLRDDMQAKHYEPGGKYHLFGNARGSVKK
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf29ng-1.pep RVCAYQTFDATAVGPILPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHEVHSPFDNHDSKSTSDFSG
          || ||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||orf29-|       RVYAVQTFDATAVSPVLPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHEVHSPFDHHDSKSTSDFSG
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf29ng-1.pep GVDGGFTVYQLHRTGSEIHPADGYDGPQGGGYPEPQGARDIYSYHIKGTSTKTKINTVPQ
          |||||||||||||||||||| ||||||||: || | ||||||||::|||||||| | |||orf29-1       GVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGSDYPPPGGARDIYSYYVKGTSTKTKTNIVPQ
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf29ng-1.pep APFSDRWLKENAGAASGFLSRADEAGKLIWENDPDKNWRANRMDDIRGIVQGAVNPFLTG
          ||||||||||||||||||:||||||||||||:||:||| ||||||:|||||||||||| |orf29-1       APFSDRWLKENAGAASGFFSRADEAGKLIWESDPNKNWWANRMDDVRGIVQGAVNPFLMG
                 190       200       210       220       230       240
                     250       260       280       280       290       300
orf29ng-1.pep FQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGINDLGNLSPEAQLAAASLLQDSAFAVKDGINS
              |||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||
orf29-1       FQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGINDLGKLSPEAQLAAASLLQDSAFAVKDGINS
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf29ng-1.pep ARQWADAHPNITATAQTALAVAEAAGTVWRGKKVELNPTKWDWVKNTGYKKPAARHMQTV
              |:|||||||||||||||||::||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf29-1       AKQWADAHPNITATAQTALSAAEAAGTVWRGKKVELNPTKWDWVKNTGYKKPAARHMQTL
                     310       320       330       340       350       360
                     370        380       390       400       410      419
orf29ng-1.pep DGEMAGGNRPPKSI-TSEGKANAATYPKLVNQLNEQNLNNIAAQDPRLSLAIHEGKKNFP
              ||||||||:| ||: :| ::    :: |: :: :  :::::
orf29-1       DGEMAGGNKPIKSLPNSAAEKRKQNFEKFNSNWSSASFDSVHKTLTPNAPGILSPDKVKT
                     370       380       390       400       410       420
            420       430       440       450       460       470      479
orf29ng-1.pep IGTATYEEADRLGKIWVGEGARQTSGGGWLSRDGTRQYRPPTEKKSQFATTGIQANFETY
orf29-1       RYTSLDGKITIIKDNENNYFRIHDNSRKQYLDSNGNAVKTGNLQGKQAKDYLQQQTHIRN
                     430       440       450       460       470       480
根据该分析结果，包括该淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例21
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 115>:
1 ATGAAAAAAC AAATCACCGC AGCCGTAATG ATGCTGTCTA TGATTGCCCC51 CGCAATGGCA AACGGCTTGG ACAATCAGGC ATTTGAAGAC CAAATGTTCC101 ACACGCGGGC AGATGCACCG ATGCAG...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 116；ORF30>:
1 MKKQITAAVM MLSMIAPAMA NGLDNQAFED QMFHTRADAP MQ..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 117>:1  ATGAAAAAAC AAATCACCGC AGCCGTAATG ATGCTGTCTA TGATTGCCCC51  CGCAATGGCA AACGGCTTGG ACAATCAGGC ATTTGAAGAC CAAGTGTTCC101  ACACGCGGGC AGATGCACCG ATGCAGTTGG CGGAGCTTTC TCAAAAGGAG151  ATGAAGGAGA CAGAGGGGGC GTTTCTTCCA TTGGCTATCT TGGGTGGTGC201  TGCCATTGGT ATGTGGACAC AGCATGGTTT TAGTTATGCA ACGACAGGCA251  GACCAGCTTC TGTTAGAGAT GTTGCTATTG CTGGCGGATT AGGCGCAATT301  CCTGGTGGTG TAGGCGCCGC AGGAAAGGTT GTTTCCTTTG CTAAATATGG351  ACGTGAGATT AAAATCGGCA ATAATATGCG GATAGCCCCT TTCGGTAATA401  GAACAGGTCA TCCTATTGGA AAATTTCCCC ATTATCATCG TCGAGTTACG451  GATAATACGG GCAAGACTTT GCCTGGACAG GGAATTGGTC GTCATCGCCC501  TTGGGAATCA AAATCTACGG ACAGATCATG GAAAAACCGC TTCTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 118；ORF30-1>:1  MKKQITAAVM MLSMIAPAMA NGLDNQAFED QVFHTRADAP MQLAELSQKE51  MKETEGAFLP LAILGGAAIG MWTQHGFSYA TTGRPASVRD VAIAGGLGAI101  PGGVGAAGKV VSFAKYGREI KIGNNMRIAP FGNRTGHPIG KFPHYHRRVT151  DNTGKTLPGQ GIGRHRPWES KSTDRSWKNR F*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF30与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF30a)在重叠的42个氨基酸内显示出有97.6％的相同性：
                  10        20        30        40
orf30.pep MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQMFHTRADAPMQ
          |||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf30a    MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKXTXGAFLP
                  10        20        30        40        50        60
orf30a    LXILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVAIAGGLGAIPGXVGAAGKVVSFAKYGREI
                  70        80        90       100       110       120
全长ORF30a核苷酸序列<SEQ ID 119>是：1  ATGAAAAAAC AAATCACCGC AGCCGTAATG ATGCTGTCTA TGATTGCCCC51  CGCAATGGCA AACGGCTTGG ACAATCAGGC ATTTGAAGAC CAAGTGTTCC101  ACACGCGGGC AGATGCACCG ATGCAGTTGG CGGAGCTTTC TCAAAAGGAG151  ATGAAGGANA CAGNGGGGGC GTTTCTTCCA TTGGNTATCT TGGGTGGTGC201  TGCCATTGGT ATGTGGACAC AGCATGGTTT TAGTTATGCA ACGACAGGCA251  GACCAGCTTC TGTTAGAGAT GTTGCTATTG CTGGCGGATT AGGCGCAATT301  CCTGGTGNTG TAGGCGCCGC AGGAAAGGTT GTTTCCTTTG CTAAATATGG351  ACGTGAGATT AAAATCGGCA ATAATATGCG GATAGCCCCT TTCGGTAATA401  GAACAGGTCA TCCTATTGGN AAATTTCCCC ATTATCATCG TCGAGTTACG451  GATAATACGG GCAAGACTTT GCCTGGACAG GGAATTGGTC GTCATCGCCC501  TTGGGAATCA AAATCTACGG ACAGATCATG GAAAAACCGC TTCTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 120>:1  MKKQITAAVM MLSMIAPAMA NGLDNQAFED QVFHTRADAP MQLAELSQKE51  MKXTXGAFLP LXILGGAAIG MWTQHGFSYA TTGRPASVRD VAIAGGLGAI101  PGXVGAAGKV VSFAKYGREI KIGNNMRIAP FGNRTGHPIG KFPHYHRRVT151  DNTGKTLPGQ GIGRHRPWES KSTDRSWKNR F*
ORF30a和ORF30-1在181个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
orf30a.pep MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKXTXGAFLP  60
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
orf30-1    MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKETEGAFLP  60
orf30a.pep LXILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVAIAGGLGAIPGXVGAAGKVVSFAKYGREI 120
           | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf30-1    LAILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVAIAGGLGAIPGGVGAAGKVVSFAKYGREI 120
orf30a.pep KIGNNMRIAPFGNRTGHPIGKFPHYHRRVTDNTGKTLPGQGIGRHRPWESKSTDRSWKNR 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf30-1    KIGNNMRIAPFGNRTGHPIGKFPHYHRRVTDNTGKTLPGQGIGRHRPWESKSTDRSWKNR 180
orf30a.pep FX
           ||
orf30-1    FX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF30与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF30.ng)在重叠的42个氨基酸内显示出有97.6％的相同性：
orf30.pep MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQMFHTRADAPMQ                   42
          |||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf30ng   MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKETEGAFLP 60全长ORF30ng核苷酸序列<SEQ ID 121>是1  ATGAAAAAAC AAATCACCGC AGCCGTAATG ATGCTGTCTA TGATCGCCCC51  CGCAATGGCA AACGGATTGG ACAATCAGGC ATTTGAAGAC CAAGTGTTCC101  ACACGCGGGC AGATGCGCCG ATGCAGTTGG CGGAGCTTTC TCAGAAGGAG151  ATGAAGGAGA CTGAAGGGGC TTTTCTTCCA TTGGCTATCT TGGGTGGTGC201  TGCCATTGGT ATGTGGACAC AGCATGGTTT TAGTTATGCA ACGACAGGCA251  GACCAGCTTC TGTTAGAGAT GTTGCTGGCG GATTAGGCGC AATTCCTGGT301  GATGTAGGTG CTGCAGGAAA GGTTGTTTCC TTTGCTAAAT ATGGACGTGA351  GATTAAAATC GGCAATAATA TGCGGATAGC CCCTTTCGGT AATAGAACAG401  GTCATCCTAT TGGAAAATTT CCCCATTATC ATCGTCGAGT TACGGATAAT451  ACGGGCAAGA CTTTGCCTGG ACAGGGAATT GGTCGTCATC GCCCTTGGGA501  ATCAAAATCT ACGGACAGAT CATGGAAAAA CCGCTTCTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 122>:1  MKKQITAAVM MLSMIAPAMA NGLDNQAFED QVFHTRADAP MQLAELSQKE51  MKETEGAFLP LAILGGAAIG MWTQHGFSYA TTGRPASVRD VAGGLGAIPG101  DVGAAGKVVS FAKYGREIKI GNNMRIAPFG NRTGHPIGKF PHYHRRVTDN151  TGKTLPGQGI GRHRPWESKS TDRSWKNRF*
ORF30ng和ORF30-1在181个氨基酸的重叠区内显示出有98.3％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf30ng.pep MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKETEGAFLP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf30-1     MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKETEGAFLP
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90         100       110
orf30ng.pep LAILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVA--GGLGAIPGDVGAAGKVVSFAKYGREI
            ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||
orf30-1     LAILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVAIAGGLGAIPGGVGAAGKVVSFAKYGREI
                    70        80        90       100       110       120
           120       130       140       150       160       170
orf30ng.pep KIGNNMRIAPFGNRTGHPIGKFPHYHRRVTDNTGKTLPGQGIGRHRPWESKSTDRSWKNR
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf30-1     KIGNNMRIAPFGNRTGHPIGKFPHYHRRVTDNTGKTLPGQGIGRHRPWESKSTDRSWKNR
                   130       140       150       160       170       180
           180
orf30ng.pep FX
            ||
orf30-1     FX
根据该分析结果，包括该淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例22
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 123>:1 ATGAATAAAA CTCTCTATCG TGTAATTTTC AACCGCAAAC GTGGGGCTGT51 GrTAGCCGTT GCTGAAACTA CCAAGCGCGA AGGTAAAAGC TGTGCCGATA101 GTGATTCAGG CAGCGCTCAT GTGAAATCTG TTCCTTTTGG TACTACTCAT151 GCACCTGTTT GTg.CGTTaC AAATATCTTT TCTTTTTCTT TATTGGGCTT201 TTCTTTATGT TTGGCTGTAG GtacGGyCAA TATTGCTTTT GCTGATGGCA251 TT..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 124；ORF31>:
1 MNKTLYRVIF NRKRGAVXAV AETTKREGKS CADSDSGSAH VKSVPFGTTH
51 APVCXVTNIF SFSLLGFSLC LAVGTXNIAF ADGI..进一步的工作揭示进一步的部分核苷酸序列<SEQ ID 125>:1  ATGAATAAAA CTCTCTATCG TGTAATTTTC AACCGCAAAC GTGGGGCTGT51  GGTAGCCGTT GCTGAAACTA CCAAGCGCGA AGGTAAAAGC TGTGCCGATA101  GTGATTCAGG CAGCGCTCAT GTGAAATCTG TTCCTTTTGG TACTACTCAT151  GCACCTGTTT GTCGTTCAAA TATCTTTTCT TTTTCTTTAT TGGGCTTTTC201  TTTATGTTTG GCTGTAGGTA CGGCCAATAT TGCTTTTGCT GATGGCATT..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 126；ORF31-1>:
 1  MNKTLYRVIF NRKRGAVVAV AETTKREGKS CADSDSGSAH VKSVPFGTTH
51  APVCRSNIFS FSLLGFSLCL AVGTANIAFA DGI..
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF31与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF31.ng)在重叠的84个氨基酸内显示出有76.2％的相同性：
orf31.pep MNKTLYRVIFNRKRGAVXAVAETTKREGKSCADSDSGSAHVKSVPFGTTHAPVCXVTNIF  60
          ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||::|||| |  ||      :: |
orf31ng   MNKTLYRVIFNRKRGAVVAVAETTKREGKSCADSGSGSVYVKSVSFIPTH------SKAF  54
orf31.pep SFSLLGFSLCLAVGTXNIAFADGI                                      84
           || ||||||||:|| ||||||||
orf31ng   CFSALGFSLCLALGTVNIAFADGIITDKAAPKTQQATILQTGNGIPQVNIQTPTSAGVSV 114
全长ORF31ng核苷酸序列<SEQ ID 127>是：1  ATGAACAAAA CCCTCTATCG TGTGATTTTC AACCGCAAAC GCGGTGCTGT51  GGTAGCTGTT GCCGAAACCA CCAAGCGCGA AGGTAAAAGC TGTGCCGATA101  GTGGTTCGGG CAGCGTTTAT GTGAAATCCG TTTCTTTCAT TCCTACTCAT151  TCCAAAGCCT TTTGTTTTTC TGCATTAGGC TTTTCTTTAT GTTTGGCTTT201  GGGTACGGTC AATATTGCTT TTGCTGACGG CATTATTACT GATAAAGCTG251  CTCCTAAAAC CCAACAAGCC ACGATTCTGC AAACAGGTaa cGGCATACCG301  CAAGTCAATA TTCAAACCCC TACTTCGGCA GGGGTTTCTG TTAATCAATA351  TGCCCAGTTT GATGTGGGTA ATCGCGGGGC GATTTTAAAC AACAGTCGCA401  GCAACACCCA AACACAGCTA GGCGGTTGGA TTCAAGGCAA TCCTTGGTTG451  ACAAGGGGCG AAGCACGTGT GGTTGTAAAC CAAATCAACA GCAGCCATCC501  TTCACAACTG AATGGCTATA TTGAAGTGGG TGGACGACGT GCAGAAGTCG551  TTATTGCCAA TCCGGCAGGG ATTGCAGTCA ATGGTGGTGG TTTTATCAAT601  GCTTCCCGTG CCACTTTGAC GACAGGCCAA CCGCAATATC AAGCAGGAGA651  CTTTAGCGGC TTTAAGATAA GGCAAGGCAA TGCTGTAATC GCCGGACACG701  GTTTGGATGC CCGTGATACC GATTTCACAC GTATTCTTGT ATGCCAACAA751  AATCACCTTG ATCAGTACGG CCGAACAAGC AGGCATTCGT AA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 128>:1  MNKTLYRVIF NRKRGAVVAV AETTKREGKS CADSGSGSVY VKSVSFIPTH51  SKAFCFSALG FSLCLALGTV NIAFADGIIT DKAAPKTQQA TILQTGNGIP101  QVNIQTPTSA GVSVNQYAQF DVGNRGAILN NSRSNTQTQL GGWIQGNPWL151  TRGEARVVVN QINSSHPSQL NGYIEVGGRR AEVVIANPAG IAVNGGGFIN201  ASRATLTTGQ PQYQAGDFSG FKIRQGNAVI AGHGLDARDT DFTRILVCQQ251  NHLDQYGRTS RHS*
该淋球菌蛋白与菊欧文氏菌的孔形成溶血素样HecA蛋白(登录号为L39897)在重叠的149个氨基酸内有50％的相同性：orf31ng 96 GNGIPQVNIQTPTSAGVSVNQYAQFDVGNRGAILNNSRSN-TQTQLGGWIQGNPWLTRGE 154
       GNG+P VNI TP ++G+S N+Y  F+V NRG ILNN  +  T +QLGG IQ NP LHecA    45  GNGVPVVNIATPDASGLSHNRYHDFNVDNRGLILNNGTARLTPSQLGGLIQNNPNLNGRA 104Orf31ng 155 ARVVVNQINSSHPSQLNGYIEVGGRRAEVVIANPAGIAVNGGGFINASRATLTTGQPQYQ 214
        A  ++N++ S + S+L GY+EV G+ A VV+ANP GI  +G GF+N  R TLTTG PQ+HecA    105 AAAILNEVVSPNRSRLAGYLEYAGQAANVVVANPYGITCSGCGFLNTPRLTLTTGTPQFD 164Orf31ng 215 -AGDFSGFKIRQGNAVIAGHGLDARDTDF 242
         AG  SG  +R G+ +I G GLDA  +D+HecA    165 AAGGLSGLDVRGGDILIDGAGLDASRSDY 193
另外，ORF31ng和ORF31-1在83个氨基酸的重叠区内显示出有79.5％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf31-1.pep MNKTLYRVIFNRKRGAVVAVAETTKREGKSCADSDSGSAHVKSVPFGTTHAPVCRSNIFS
            |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||::|||| |  ||     |: |
orf31ng     MNKTLYRVIFNRKRGAVVAVAETTKREGKSCADSGSGSVYVKSVSFIPTH-----SKAFC
                    10        20        30        40        50
                    70        80
orf31-1.pep FSLLGFSLCLAVGTANIAFADGI
            || ||||||||:||:||||||||
orf31ng     FSALGFSLCLALGTVNIAFADGIITDKAAPKTQQATILQTGNGIPQVNIQTPTSAGVSVN
               60        70        80        90       100       110
根据这一发现，包括与溶血素以及粘附素有同源性，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例23
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 129>:1  ATGAATACTC CTCCTTTTGT CTGTTGGATT TTTTGCAAGG TCATCGACAA51  TTTCGGCGAC ATCGGCGTTT CGTGGCGGCT CGCCCGTGTT TTGCACCGCG101  AACTCGGTTG GCAGGTGCAT TTGTGGACGG ACGATGTGTC CGCCTTGCGT151  GCGCTTTGCC CTGATTTGCC CGATGTTCCC TGCGTTCATC AGGATATTCA201  TGTCCGCACT TGGCATTCCG ATGCGGCAGA TATTGATACC GCG..它对应于氨基酸序列<SEQID 130；ORF32>:
1 MNTPPFVCWI FCKVIDNFGD IGVSWRLARV LHRELGWQVH LWTDDVSALR
51 ALCPDLPDVP CVHQDIHVRT WHSDAADIDT A..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 131>:1  ATGAATACTC CTCCTTTTGT CTGTTGGATT TTTTGCAAGG TCATCGACAA51  TTTCGGCGAC ATCGGCGTTT CGTGGCGGCT CGCCCGTGTT TTGCACCGCG101  AACTCGGTTG GCAGGTGCAT TTGTGGACGG ACGATGTGTC CGCCTTGCGT151  GCGCTTTGCC CTGATTTGCC CGATGTTCCC TGCGTTCATC AGGATATTCA201  TGTCCGCACT TGGCATTCCG ATGCGGCAGA TATTGATACC GCGCCTGTTC251  CCGATGTCGT CATCGAAACT TTTGCCTGCG ACCTGCCCGA AAATGTGCTG301  CACATTATCC GCCGACACAA GCCGCTTTGG CTGAATTGGG AATATTTGAG351  CGCGGAGGAA AGCAATGAAA GGCTGCATCT GATGCCTTCG CCGCAGGAGG401  GTGTTCAAAA ATATTTTTGG TTTATGGGTT TCAGCGAAAA AAGCGGCGGG451  TTGATACGCG AACGTGATTA CTGCGAAGCC GTCCGTTTCG ATACTGAAGC501  CCTGCGAGAG CGGCTGATGC TGCCCGAAAA AAACGCCTCC GAATGGCTGC551  TTTTCGGCTA TCGGAGCGAT GTTTGGGCAA AGTGGCTGGA AATGTGGCGA601  CAGGCAGGCA GCCCGATGAC ACTGTTGCTG GCGGGGACGC AAATCATCGA651  CAGCCTCAAA CAAAGCGGCG TTATTCCGCA AGATGCCCTG CAAAACGACG701  GCGATGTTTT TCAGACGGCA TCCGTCCGCC TCGTCAAAAT CCCTTTCGTG751  CCGCAACAGG ACTTCGACCA ACTGCTGCAC CTTGCCGACT GCGCCGTCAT801  CCGCGGCGAA GACAGTTTCG TGCGCGCCCA GCTTGCGGGC AAACCCTTCT 851  TTTGGCACAT CTACCCGCAA GACGAGAATG TCCATCTCGA CAAACTCCAC901  GCCTTTTGGG ATAAGGCACA CGGTTTCTAC ACGCCCGAAA CCGTGTCGGC951  ACACCGCCGT CTTTCGGACG ACCTCAACGG CGGAGAGGCT TTATCCGCAA1001  CACAACGCCT CGAATGTTGG CAAACCCTGC AACAACATCA AAACGGCTGG1051  CGGCAAGGCG CGGAGGATTG GAGCCGTTAT CTTTTCGGGC AGCCGTCAGC1101  TCCTGAAAAA CTCGCTGCCT TTGTTTCAAA GCATCAAAAA ATACGCTAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 132；ORF32-1>:1 MNTPPFVCWI FCKVIDNFGD IGVSWRLARV LHRELGWQVH LWTDDVSALR51 ALCPDLPDVP CVHQDIHVRT WHSDAADIDT APVPDVVIET FACDLPENVL101 HIIRRHKPLW LNWEYLSAEE SNERLHLMPS PQEGVQKYFW FMGFSEKSGG151 LIRERDYCEA VRFDTFALRE RLMLPEKNAS EWLLFGYRSD VWAKWLEMWR201 QAGSPMTLLL AGTQIIDSLK QSGVIPQDAL QNDGDVFQTA SVRLVKIPFV251 PQQDFDQLLH LADCAVIRGE DSFVRAQLAG KPFFWHIYPQ DENVHLDKLH301 AFWDKAHGFY TPETVSAHRR LSDDLNGGEA LSATQRLECW QTLQQHQNGW351 RQGAEDWSRY LFGQPSAPEK LAAFVSKHQK IR*w
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF32与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF32a)在重叠的81个氨基酸内显示出有93.8％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60
orf32.pep MNTPPFVCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDVP
          ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32a    MNTPPFSAGXFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDVX
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80
orf32.pep CVHQDIHVRTWHSDAADIDTA
          |||||||||||||||||||||
orf32a    CVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVXDVVIETFACDLPENVLHIIRRHKPLWLXWEYLSAEX
                  70        80        90       100       110       120
全长ORF32a核苷酸序列<SEQ ID 133>是：1  ATGAATACTC CTCCTTTTTC TGCTGGANTT TTTTGCAAGG TCATCGACAA51  TTTCGGCGAC ATCGGCGTTT CGTGGCGGCT TGCCCGTGTT TTGCACCGCG101  AACTCGGTTG GCAGGTGCAT TTGTGGACGG ACGATGTGTC CGCCTTGCGT151  GCGCTTTGCC CTGATTTGCC CGATGTTCNC TGCGTTCATC AGGATATTCA201  TGTCCGCACT TGGCATTCCG ATGCGGCAGA TATTGATACC GCGCCTGTTC251  NCGATGTCGT CATCGAAACT TTTGCCTGCG ACCTGCCCGA AAATGTGCTG301  CACATCATCC GCCGACACAA GCCGCTTTGG CTGAANTGGG AATATTTGAG351  CGCGGAGGAN AGCAATGAAA GGCTGCACNT GATGCCTTCG CCGCAGGAGA401  GTGTTCNAAA ATANTTTTGG TTTATGGGTT TCAGCGAANN NAGCGGCGGA451  CTGATACGCG AACGCGATTA CTGCGAAGCC GTCCGTTTCG ATAGCGGAGC501  CTTGCGCAAG AGGCTGATGC TTCCCGAAAA AAACGNCCCC GAATGGCTGC551  TTTTCGGCTA TCGGAGCGAT GTTTGGGCAA AGTGGCTGGA AATGTGGCGA601  CAGGCAGGCA GTCCGTTGAC ACTTTTGCTG GCNGGGGCGC ANATTATCGA651  CAGCCTCAAA CAAAACGGCG TTATTCCGCA AGATGCCCTG CAAAACGACG701  GCGATGTTTT TCAGACGGCA TCCGTCCGCC TCGTCAAAAT CCCTTTCGTG751  CCGCAACAGG ACTTCGACAA ACTGCTGCAC CTTGCCGACT GCGCCGTCAT801  CCGCGGCGAA GACAGTTTCG TGCGCGCCCA GCTTGCGGGC AAACCCTTCT851  TTTGGCACAT CTACCCGCAA GATGAGAATG TCCATCTCGA CAAACTCCAC901  GCCTTTTGGG ATAAGGCACA CGGTTTCTAC ACGCCCGAAA CCGCATCGGC951  ACACCGCCGC CTTTCAGACG ACCTCAACGG CGGAGAGGCT TTATCCGCAA1001  CACAACGCCT CGAATGTTGG CAAATCCTGC AACAACATCA AAACGGCTGG1051  CGGCAAGGCG CGGAGGATTG GAGCCGTTAT CTTTTTGGGC AGCCTTCCGC1101  ATCCGAAAAA CTCGCCGCCT TTGTTTCAAA GCATCAAAAA ATACGCTAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 134>:  1  MNTPPFSAGX FCKVIDNFGD IGVSWRLARV LHRELGWQVH LWTDDVSALR51  ALCPDLPDYX CVHQDIHVRT WHSDAADIDT APYXDVVIET FACDLPENVL101  HIIRRHKPLW LXWEYLSAEX SNERLHXMPS PQESVXKXFW FMGFSEXSGG151  LIRERDYCEA VRFDSGALRK RLMLPEKNXP EWLLFGYRSD VWAKWLFMWR201  QAGSPLTLLL AGAXIIDSLK QNGVIPQDAL QNDGDVFQTA SVRLVKIPFV251  PQQDFDKLLH LADCAVIRGE DSFVRAQLAG KPFFWHIYPQ DENVHLDKLH301  AFWDKAHGFY TPETASAHRR LSDDLNGGEA LSATQRLECW QILQQHQNGW351  RQGAEDWSRY LFGQPSASEK LAAFVSKHQK IR*
ORF32a和ORF32-1在382个氨基酸的重叠区内显示出有93.2％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf32-1.pep MNTPPFVCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDVP
            ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32a      MNTPPFSAGXFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDVX
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf32-1.pep CVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVPDVVIETFACDLPENVLHIIRRHKPLWLNWEYLSAEE
            ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf32a      CVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVXDVVIETFACDLPENVLHIIRRHKPLWLXWEYLSAEX
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf32-1.pep SNERLHLMPSPQEGVQKYFWFMGFSEKSGGLIRERDYCEAVRFDTEALRERLMLPEKNAS
            |||||| ||||||:| | |||||||| |||||||||||||||||: |||:||||||||
orf32a      SNERLHXMPSPQESVXKXFWFMGFSEXSGGLIRERDYCEAVRFDSGALRKRLMLPEKNXP
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf32-1.pep EWLLFGYRSDVWAKWLEMWRQAGSPMTLLLAGTQIIDSLKQSGVIPQDALQNDGDVFQTA
            |||||||||||||||||||||||||:||||||: |||||||:||||||||||||||||||
orf32a      EWLLFGYRSDVWAKWLEMWRQAGSPLTLLLAGAXIIDSLKQNGVIPQDALQNDGDVFQTA
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf32-1.pep SVRLVKIPFVPQQDFDQLLHLADCAVIRGEDSFVRAQLAGKPFFWHIYPQDENVHLDKLH
            ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32a      SVRLVKIPFVPQQDFDKLLHLADCAVIRGEDSFVRAQLAGKPFFWHIYPQDENVHLDKLH
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf32-1.pep AFWDKAHGFYTPETVSAHRRLSDDLNGGEALSATQRLECWQTLQQHQNGWRQGAEDWSRY
            ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf32a      AFWDKAHGFYTPETASAHRRLSDDLNGGEALSATQRLECWQILQQHQNGWRQGAEDWSRY
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380
orf32-L pep LFGQPSAPEKLAAFVSKHQKIRX
            ||||||| |||||||||||||||
orf32a      LFGQPSASEKLAAFVSKHQKIRX
                   370       380
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF32与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF32.ng)在重叠的82个氨基酸内显示出有95.1％的相同性：
orf32.pep    MNTPPF-VCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLP 57
             |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32ng    MVMNTYAFPVCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLP 60
orf32.pep DVPCVHQDIHVRTWHSDAADIDTA                                      81
          ||| ||||||||||||||||||||
orf32ng   DVPFVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVPDAVIETFACDLPENVLNIIRRHKPLWLNWEYLS 120
预计ORF32ng核苷酸序列<SEQ ID 135>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID136>:1 MVMNTYAFPV CWIFCKVIDN FGDIGVSWRL ARVLHRELGW QVHLWTDDVS51 ALRALCPDLP DVPFVHQDIH VRTWHSDAAD IDTAPVPDAV IETFACDLPE101 NVLNIIRRHK PLWLNWEYLS AEESNERLHL MPSPQEGVQK YFWFMGFSEK151 SGGLIRERDY REAVRFDTEA LRRRLVLPEK NAPEWLLFGY RGDVWAKWLD201 MWQQAGSLMT LLLAGAQIIQ SLKQSGVIPQ NALQNEGGVF QTASVRLVKI251 PFVPQQDFDK LLHLADCAVI RGEDSFVRTQ LAGKPFFWHI YPQDENVHLD301 KLHAFWDKAY GFYTPETASV HRLLSDDLNG GEALSATQRL ECGVL*进一步的测序揭示了下列DNA序列<SEQ ID 137>:1 ATGAATACAT ACGCTTTTCC TGTCTGTTGG ATTTTTTGCA AGGTCATCGA51 CAATTTCGGC GACATCGGCG TTTCGTGGCG GCTCGCCCGT GTTTTGCACC101 GCGAACTCGG TTGGCAGGTG CATTTGTGGA CGGACGACGT GTCCGCCTTG151 CGCGCGCTTT GTCCCGATTT GCCCGATGTT CCCTTCGTTC ATCAGGATAT201 TCATGTCCGC ACTTGGCATT CCGATGCGGC AGACATTGAT ACCGCGCCCG251 TTCCCGATGC CGTTATCGAA ACTTTTGCCT GCGACCTGCC CGAAAATGTG301 CTGAACATCA TCCGCCGACA CAAACCGCTT TGGCTGAATT GGGAATATTT351 GAGCGCGGAG GAAAGCAATG AAAGGCTGCA CCTGATGCCT TCGCCGCAGG401 AGGGCGTTCA AAAATATTTT TGGTTTATGG GTTTCAGCGA AAAAAGCGGC451 GGGTTGATAC GCGAACGCGA TTACCGCGAA GCCGTCCGTT TCGATACCGA501 AGCCCTGCGC CGGCGGCTGG TGCTGCCCGA AAAAAACGCC CCCGAATGGC551 TGCTTTTCGG CTATCGGGGC GATGTTTGGG CAAAGTGGCT GGACATGTGG601 CAACAGGCAG GCAGCCTGAT GACCCTACTG CTGGCGGGGG CGCAAATTAT651 CGACAGCCTC AAACAAAGCG GCGTTATTCC GCAAAACGCC CTGCAAAAtg701 aaggcgGTGT CTTTCagacG gcatccgTcC gccttGTCAA AAtcCCGTTC751 GTGCcGCAAC AGGAcTTCGA CAAATTGCTG CAcctcgcCG ACTGCGCCGT801 GATACGCGGC GAAGACAGTT TCGTGCGTAC CCAGCTTGCC GGAAAACCCT851 TTTTTTGGCA CATCTACCCG CAAGACGAGA ATGTCCATCT CGACAAACTC901 CACGCCTTTT GGGATAAGGC ATACGGCTTC TACACGCCCG AAACCGCATC951 GGTGCACCGC CTCCTTTCGG ACGACCTCAA CGGCGGAGAG GCTTTATCCG1001 CAACACAACG CCTCGAATGT TGGCAAACCC TGCAACAACA TCAAAACGGC1051 TGGCGGCAAG GCGCGGAGGA TTGGAGCCGT TATCTTTTCG GGCAGCCTTC1101 CGCATCCGAA AAACTCGCCG CCTTTGTTTC AAAGCATCAA AAAATACGCT1151 AG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 138；ORF32ng-1>:1  MNTYAFPVCW IFCKVIDNFG DIGVSWRLAR VLHRELGWQV HLWTDDVSAL51  RALCPDLPDV PFVHQDIHVR TWHSDAADID TAPVPDAVIE TFACDLPENV101  LNIIRRHKPL WLNWEYLSAE ESNERLHLMP SPQEGVQKYF WFMGFSEKSG151  GLIRERDYRE AVRFDTEALR RRLVLPEKNA PEWLLFGYRG DVWAKWLDMW201  QQAGSLMTLL LAGAQIIDSL KQSGVIPQNA LQNEGGVFQT ASVRLVKIPF251  VPQQDFDKLL HLADCAVIRG EDSFVRTQLA GKPFFWHIYP QDENVHLDKL301  HAFWDKAYGF YTPETASVHR LLSDDLNGGE ALSATQRLEC WQTLQQHQNG351  WRQGAEDWSR YLFGQPSASE KLAAFVSKHQ KIR*ORF32ng-1和ORF32-1在383个氨基酸的重叠区内显示出有93.5％的相同性：
                  10        20        30        40        50       59orf32-1.pep  MNTPPF-VCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDV
         |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf32ng-1    MNTYAFPVCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDV
                 10        20        30        40        50        60
        60        70        80        90       100       110      119orf32-1.pep  PCVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVPDVVIETFACDLPENVLHIIRRHKPLWLNWEYLSAE
         | ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||:||||||||||||||||||orf32ng-1    PFVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVPDAVIETFACDLPENVLNIIRRHKPLWLNWEYLSAE
                     70        80        90       100       110       120
           120       130       140       150       160       170      179
orf32-L pep  ESNERLHLMPSPQEGVQKYFWFMGFSEKSGGLIRERDYCEAVRFDTEALRERLMLPEKNA
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||:||:||||||
orf32ng-1    ESNERLHLMPSPQEGVQKYFWFMGFSEKSGGLIRERDYREAVRFDTEALRRRLVLPEKNA
                    130       140       150       160       170       180
           180       190       200       210       220       230      239
orf32-1.pep  SEWLLFGYRSDVWAKWLEMWRQAGSPMTLLLAGTQIIDSLKQSGVIPQDALQNDGDVFQT
              ||||||||:|||||||:||:|||| |||||||:||||||||||||||:||||:| ||||
orf32ng-1    PEWLLFGYRGDVWAKWLDMWQQAGSLMTLLLAGAQIIDSLKQSGVIPQNALQNEGGVFQT
                    190       200       210       220       230       240
          240        250       260       270       280       290      299
orf32-1.pep  ASVRLVKIPFVPQQDFDQLLHLADCAVIRGEDSFVRAQLAGKPFFWHIYPQDENVHLDKL
             |||||||||||||||||:||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf32ng-1    ASVRLVKIPFVPQQDFDKLLHLADCAVIRGEDSFVRTQLAGKPFFWHIYPQDENVHLDKL
                    250       260       270       280       290       300
           300       310       320       330       340       350      359
orf32-L pep  HAFWDKAHGFYTPETVSAHRRLSDDLNGGEALSATQRLECWQTLQQHQNGWRQGAEDWSR
             |||||||:|||||||:|:|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32ng-1    HAFWDKAYGFYTPETASVHRLLSDDLNGGEALSATQRLECWQTLQQHQNGWRQGAEDWSR
                    310       320       330       340       350       360
           360       370       380
orf32-1.pep  YLFGQPSAPEKLAAFVSKHQKIRX
             |||||||| |||||||||||||||
orf32ng-1    YLFGQPSASEKLAAFVSKHQKIRX
                    370       380
根据这一发现，包括该淋球菌蛋白中有粘附素有特有的RGD序列的发现，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF32-1(42kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图7A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果，图7B显示出GST-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA，得到阳性结果。这些结果确认ORF32-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例24
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 139>:1 ..TTGTTCCTGC GTGTNAAAGT GGGGCGTTTT TTCAGCAGTC CGGCGACGTG51   GTTTCGGGNC AAAGACCCTG TAAATCAGGC GGTGTTGCGG CTGTATNCGG101   ACGAGTGGCG GCA.ACTTCG GTACGTTGGA AAATAGNCGC AACGTCGCAC151   AGCCTGTGGC TCTGCACGCT GCTCGGAATG CTGGTGTCGG TATTGTTGCT201   GCTTTTGGTG CGGCAATATA CGTTCAACTG GGAAAGCACG CTGTTGAGCA251   ATGCCGCTTC GGTACGCGCG GTGGAAATGT TGGCATGGCT GCCGTCGAAA301   CTCGGTTTCC CTGTCCCCGA TGCGCGGTCG GTCATCGAAG GCCGTCTGAA351   CGGCAATATT GCCGATGCGC GGGCTTGGTC GGGGCTGCTG GTCGNCAGTA
401 TCGCCTGCTA NGGCATCCTG CCGCGCCTG..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 140；ORF33>:1  ..LFLRVKVGRF FSSPATWFRX KDPVNQAVLR LYXDEWRXTS VRWKIXATSH51    SLWLCTLLGM LVSVLLLLLV RQYTFNWEST LLSNAASVRA VEMLAWLPSK101    LGFPVPDARS VIEGRLNGNI ADARAWSGLL VXSIACXGIL PRL..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 141>:1  ATGTTGAATC CATCCCGAAA ACTGGTTGAG CTGGTCCGTA TTTTGGACGA51  AGGCGGTTTT ATTTTCAGCG GCGATCCCGT ACAGGCGACG GAGGCTTGC101  GCCGCGTGGA CGGCAGTACG GAGGAAAAAA TCATCCGTCG GGCGGAGATG151  ATTGACAGGA ACCGTATGCT GCGGGAGACG TTGGAACGTG TGCGTGCGGG201  GTCGTTCTGG TTGTGGGTGG TGGCGGCGAC GTTTGCATTT TTTACCGGTT251  TTTCAGTCAC TTATCTTCTA ATGGACAATC AGGGTCTGAA TTTCTTTTTG301  GTTTTGGCGG GCGTGTTGGG CATGAATACG CTGATGCTGG CAGTATGGTT351  GGCAATGTTG TTCCTGCGTG TGAAAGTGGG GCGTTTTTTC AGCAGTCCGG401  CGACGTGGTT TCGGGGCAAA GACCCTGTAA ATCAGGCGGT GTTGCGGCTG451  TATGCGGACG AGTGGCGGCA ACCTTCGGTA CGTTGGAAAA TAGGCGCAAC501  GTCGCACAGC CTGTGGCTCT GCACGCTGCT CGGAATGCTG GTGTCGGTAT551  TGTTGCTGCT TTTGGTGCGG CAATATACGT TCAACTGGGA AAGCACGCTG601  TTGAGCAATG CCGCTTCGGT ACGCGCGGTG GAAATGTTGG CATGGCTGCC651  GTCGAAACTC GGTTTCCCTG TCCCCGATGC GCGGGCGGTC ATCGAAGGCC701  GTCTGAACGG CAATATTGCC GATGCGCGGG CTTGGTCGGG GCTGCTGGTC751  GGCAGTATCG CCTGCTACGG CATCCTGCCG CGCCTGCTGG CTTGGGTAGT801  GTGTAAAATC CTTTTGAAAA CAAGCGAAAA CGGATTGGAT TTGGAAAAGC851  CCTATTATCA GGCGGTCATC CGCCGCTGGC AGAACAAAAT CACCGATGCG901  GATACGCGTC GGGAAACCGT GTCCGCCGTT TCACCGAAAA TCATCTTGAA951  CGATGCGCCG AAATGGGCGG TCATGCTGGA GACCGAGTGG CAGGACGGCG1001  AATGGTTCGA GGGCAGGCTG GCGCAGGAAT GGCTGGATAA GGGCGTTGCC1051  ACCAATCGGG AACAGGTTGC CGCGCTGGAG ACAGAGCTGA AGCAGAAACC1101  GGCGCAACTG CTTATCGGCG TGCGCGCCCA AACTGTGCCG GACCGCGGCG1151  TGTTGCGGCA GATTGTCCGA CTCTCGGAAG CGGCGCAGGG CGGCGCGGTG1201  GTGCAGCTTT TGGCGGAACA GGGGCTTTCA GACGACCTTT CGGAAAAGCT1251  GGAACATTGG CGTAACGCGC TGGCCGAATG CGGCGCGGCG TGGCTTGAGC1301  CTGACAGGGC GGCGCAGGAA GGGCGTTTGA AAGACCAATA A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 142；ORF33-1>:1 MLNPSRKLVE LVRILDEGGF IFSGDPVQAT EALRRVDGST EEKIIRRAEM51 IDRNRMLRET LERVRAGSFW LWVVAATFAF FTGFSVTYLL MDNQGLNFFL101 VLAGVLGMNT LMLAVWLAML FLRVKVGRFF SSPATWFRGK DPVNQAVLRL151 YADEWRQPSV RWKIGATSHS LWLCTLLGML VSVLLLLLVR QYTFNWESTL201 LSNAASVRAV EMLAWLPSKL GFPVPDARAV IEGRLNGNIA DARAWSGLLV251 GSIACYGILP RLLAWVVCKI LLKTSENGLD LEKPYYQAVI RRWQNKITDA301 DTRRETVSAV SPKIILNDAP KWAVMLETEW QDGEWFEGRL AQEWLDKGVA351 TNREQVAALE TELKQKPAQL LIGVRAQTVP DRGVLRQIVR LSEAAQGGAV401 VQLLAEQGLS DDLSEKLEHW RNALAECGAA WLEPDRAAQE GRLKDQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF33与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF33a)在重叠的143个氨基酸内显示出有90.9％的相同性：
                                                10        20        30
orf33.pep                               LFLRVKVGRFFSSPATWFRXKDPVNQAVLR
                                        ||||||||||||||||||| ||||||||||
orf33a    LMDNQGLNFFLVLAGVXGMNTLMLAVWLAMLFLRVKVGRFFSSPATWFRGKDPVNQAVLR
         90       100       110       120       130       140
                  40        50        60        70        80        90
orf33.pep LYXDEWRXTSVRWKIXATSHSLWLCTLLGMLVSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRA
      || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||::::|||orf33a    LYADEWRXPSVRWKIGATSHSLWLCTLLGMLVSVLLLLLVRQYTFNWESTLLGDSSSVRL
    150       160        170      180       190       200
             100       110       120       130       140orf33.pep VEMLAWLPSKLGFPVPDARSVIEGRLNGNIADARAWSGLLVXSIACXGILPRL
      ||||||||:||||||||||:||||||||||||||||||||| |||| ||||||orf33a    VEMLAWLPAKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIADARAWSGLLVGSTACYGILPRLLAWAVCK
    210       220       230       240       250       260orf33a    ILXXTSENGLDLEKXXXXXXIRRWQNKITDADTRRETVSAVSPKIVLNDAPKWAVMLETE
    270       280       290       300       310       320全长ORF33a核苷酸序列<SEQ ID 143>是：1  ATGTTGAATC CATCCCGAAA ACTGGTTGAG CTGGTCCGTA TTTTGGAAGA51  AGGCGGCTTT ATTTTCAGCG GCGATCCCGT GCAGGCGACG GAGGCTTTGC101  GCCGCGTGGA CGGCAGTACG GAGGAAAAAA TCATCCGTCG GGCGAAGATG151  ATCGACAGGA ACCGTATGCT GCGGGAGACG TTGGAACGTG TGCGTGCGGG201  GTCGTTCTGG TTGTGGGTGG CGGCGGCGAC GTTTGCGTTT NTTACCGNTT251  TTTCAGTTAC TTATCTTCTA ATGGACAATC AGGGTCTGAA TTTCTTTTTG301  GTTTTGGCGG GCGTGNTGGG CATGAATACG CTGATGCTGG CAGTATGGTT351  GGCAATGTTG TTCCTGCGCG TGAAAGTGGG GCGTTTTTTC AGCAGTCCGG401  CGACGTGGTT TCGGGGCAAA GACCCTGTCA ATCAGGCGGT GTTGCGGCTG451  TATGCGGACG AGTGGCGGCN ACCTTCGGTA CGTTGGAAAA TAGGCGCAAC501  GTCGCACAGC CTGTGGCTCT GCACGCTGCT CGGAATGCTG GTGTCGGTAT551  TGTTGCTGCT TTTGGTGCGG CAATATACGT TCAACTGGGA AAGCACGCTG601  TTGGGCGATT CGTCTTCGGT ACGGCTGGTG GAAATGTTGG CATGGCTGCC651  TGCGAAACTG GGTTTTCCCG TGCCTGATGC GCGGGCGGTC ATCGAAGGTC701  GTCTGAACGG CAATATTGCC GATGCGCGGG CTTGGTCGGG GCTGCTGGTC751  GGCAGTATCG CCTGCTACGG CATCCTGCCG CGCCTCTTGG CTTGGGCGGT801  ATGCAAAATC CTTNTGNAAA CAAGCGAAAA CGGCTTGGAT TTGGAAAAGC851  NCNNNNNTCN NNCGNTCATC CGCCGCTGGC AGAACAAAAT CACCGATGCG901  GATACGCGTC GGGAAACCGT GTCCGCCGTT TCGCCGAAAA TCGTCTTGAA951  CGATGCGCCG AAATGGGCGG TCATGCTGGA GACCGAATGG CAGGACGGCG1001  AATGGTTCGA GGGCAGGCTG GCGCAGGAAT GGCTGGATAA AGGGCGTTGCC1051  GCCAATCGGG AACAGGTTGC CGCGCTGGAG ACAGAGCTGA AGCAGAAACC1101  GGCGCAACTG CTTATCGGCG TGCGCGCCCA AACTGTGCCC GACCGCGGCG1151  TGTTGCGGCA GATCGTCCGA CTTTCGGAAG CGGCGCAGGG CGGCGCGGTG1201  GTGCANCTTT TGGCGGAACA GGGGCTTTCA GACGACCTTT CGGAAAAGCT1251  GGAACATTGG CGTAACGCGC TGACCGAATG CGGCGCGGCG TGGCTGGAAC1301  CCGACAGAGC GGCGCAGGAA GGCCGTCTGA AAACCAACGA CCGCACTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 144>:1 MLNPSRKLVE LVRILEEGGF IFSGDPVQAT EALRRVDGST EEKIIRRAKM51 IDRNRMLRET LERVRAGSFW LWVAAATFAF XTXFSVTYLL MDNQGLNFFL101 VLAGVXGMNT LMLAVWLAML FLRVKVGRFF SSPATWFRGK DPVNGAVLRL151 YADEWRXPSV RWKIGATSHS LWLCTLLGML VSVLLLLLVR QYTFNWESTL201 LGDSSSVRLV EMLAWLPAKL GFPVPDARAV IEGRLNGNIA DARAWSGLLV251 GSIACYGILP RLLAWAVCKI LXXTSENGLD LEKXXXXXXI RRWQNKITDA301 DTRRETVSAV SPKIVLNDAP KWAVMLETEW QDGEWFEGRL AQEWLDKGVA351 ANREQVAALE TELKQKPAQL LIGVRAQTVP DRGVLRQIVR LSEAAQGGAV401 VXLLAEQGLS DDLSEKLEHW RNALTECGAA WLEPDRAAQE GRLKTNDRT*ORF33a和ORF33-1在444个氨基酸的重叠区内显示出有94.1％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf33a.pep MLNPSRKLVELVRILEEGGFIFSGDPVQATEALRRVDGSTEEKIIRRAKMIDRNRMLRET
       |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||orf33-1    MLNPSRKLVELVRILDEGGFIFSGDPVQATEALRRVDGSTEEKIIRRAEMIDRNRMLRET
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf33a.pep LERVRAGSFWLWVAAATFAFXTXFSVTYLLMDNQGLNFFLVLAGVXGMNTLMLAVWLAML
           |||||||||||||:|||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf33-1    LERVRAGSFWLWVVAATFAFFTGFSVTYLLMDNQGLNFFLVLAGVLGMNTLMLAVWLAML
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf33a.pep FLRVKVGRFFSSPATWFRGKDPVNQAVLRLYADEWRXPSVRWKIGATSHSLWLCTLLGML
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
orf33-1    FLRVKVGRFFSSPATWFRGKDPVNQAVLRLYADEWRQPSVRWKIGATSHSLWLCTLLGML
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf33a.pep VSVLLLLLVRQYTFNWESTLLGDSSSVRLVEMLAWLPAKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIA
           |||||||||||||||||||||::::||| ||||||||:||||||||||||||||||||||
orf33-1    VSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRAVEMLAWLPSKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIA
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf33a.pep DARAWSGLLVGSIACYGILPRLLAWAVCKILXXTSENGLDLEKXXXXXXIRRWQNKITDA
           |||||||||||||||||||||||||:|||||  ||||||||||      |||||||||||
orf33-1    DARAWSGLLVGSIACYGILPRLLAWVVCKILLKTSENGLDLEKPYYQAVIRRWQNKITDA
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360
orf33a.pep DTRRETVSAVSPKIVLNDAPKWAVMLETEWQDGEWFEGRLAQEWLDKGVAANREQVAALE
           ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||
orf33-1    DTRRETVSAVSPKIILNDAPKWAVMLETEWQDGEWFEGRLAQEWLDKGVATNREQVAALE
                  310       320       330       340       350       360
                  370       380       390       400       410       420
orf33a.pep TELKQKPAQLLIGVRAQTVPDRGVLRQIVRLSEAAQGGAVVXLLAEQGLSDDLSEKLEHW
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf33-1    TELKQKPAQLLIGVRAQTVPDRGVLRQIVRLSEAAQGGAVVQLLAEQGLSDDLSEKLEHW
                  370       380       390       400       410       420
                  430       440       450
orf33a.pep RNALTECGAAWLEPDRAAQEGRLKTNDRTX
           ||||:|||||||||||||||||||
orf33-1    RNALAECGAAWLEPDRAAQEGRLKDQX
                  430       440
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF33与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF33.ng)在重叠的143个氨基酸内显示出有91.6％的相同性：
orf33.pep                               LFLRVKVGRFFSSPATWFRXKDPVNQAVLR  30
                                        ||||||||||||||||||| | ||||||||
orf33ng   LMDNQGLNFFLVLAGVLGMNTLMLAVWLATLFLRVKVGRFFSSPATWFRGKGPVNQAVLR 100
orf33.pep LYXDEWRXTSVRWKIXATSHSLWLCTLLGMLVSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRA  90
          || |:||  |||||| ||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf33ng   LYADQWRQPSVRWKIGATAHSLWLCTLLGMLVSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRA 160
orf33.pep VEMLAWLPSKLGFPVPDARSVIEGRLNGNIADARAWSGLLVXSIACXGILPRL        143
          |||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||| ||:| ||||||
orf33ng   VEMLAWLPSKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIADARAWSGLLVGSIVCYGILPRLLAWVVCK 220
预计ORF33ng核苷酸序列<SEQ ID 145>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID146>:
1 MIDRDRMLRD TLERVRAGSF WLWVVVASMM FTAGFSGTYL LMDNQGLNFF 51  LVLAGVLGMN TLMLAVWLAT LFLRVKVGRF FSSPATWFRG KGPVNQAVLR101  LYADQWRQPS VRWKIGATAH SLWLCTLLGM LVSVLLLLLV RQYTFNWEST151  LLSNAASVRA VEMLAWLPSK LGFPVPDARA VIEGRLNGNI ADARAWSGLL201  VGSIVCYGIL PRLLAWVVCK ILLKTSENGL DLEKTYYQAV IRRWQNKITD251  ADTRRETVSA VSPKIVLNDA PKWALMLETE WQDGQWFEGR LAQEWLDKGV301  AANREQVAAL ETELKQKPAQ LLIGVRAQTV PDRGVLRQIV RLSEAAQGGA351  VVQLLAEQGL SDDLSEKLEH WRNALTECGA AWLEPDRVAQ EGRLKDQ*进一步的序列分析揭示了下列DNA序列<SEQ ID 147>:1 ATGTTGaatC CATCCCgaAA ACTGgttgag ctGgTCCgtA Ttttgaataa51 agggggtTTT attttcagcg gcgatcctgt gcaggcgacg gaggctttgc101 gccgcgtgga cggcAGTACG GAggAaaaaa tcttccgtcg GGCGGAGAtg151 atcgACAGGg accgtatgtt gcgggACaCg TtggaacGTG TGCGTGCggg201 gtcgtTctgG TTATGGGTGG TggtggCAtC gATGATGTtt aCCGCCGGAT251 TTTCAGgcac ttatCttCTG ATGGACaatC AGGGGCtGAA TtTCTTTTTA301 GTTTTggcgG GAGTGTtggG CATGaatacG ctgATGCTGG CAGTATGGtt351 gGCAACGTTG TTCCTGCGCG TGAAAGTGGG ACGGTTTTTC AGCAGTCCGG401 CGACGTGGTT TCGGGGCAAA GGCCCTGTAA ATCAGGCGGT GTTGCGGCTG451 TATGCGGACC AGTGGCGGCA ACCTTCGGTA CGATGGAAAA TAGGCGCAAC501 GGCGCACAGC TTGTGGCTCT GCACGCTGCT CGGAATGCTG GTGTCGGTAT551 TGCTGCTGCT TTTGGTGCGG CAATATACGT TCAACTGGGA AAGCACGCTG601 TTGAGCAATG CCGCTTCGGT ACGCGCGGTG GAAATGTTGG CATGGCTGCC651 GTCGAAACTC GGTTTCCCTG TCCCCGATGC GCGGGCGGTC ATCGAAGGTC701 GTCTGAACGG CAATATTGCC GATGCGCGGG CTTGGTCGGG GCTGCTGGTC751 GGCAGTATCG TCTGCTACGG CATCCTGCCG CGCCTCTTGG CTTGGGTAGT801 GTGTAAAATC CTTTTGAAAA CAAGCGAAAA CGGattgGAT TTGGAAAAAA851 CCTATTATCA GGCGGTCATC CGCCGCTGGC AGAACAAAAT CACCGATGCG901 GATACGCGTC GGGAAACCGT GTCCGCCGTT TCGCcgaAAA TCGTCTTGAA951 CGATGCGCCG AAATGGGCGC TCATGCTGGA GACCGAGTGG CAGGACGGCC1001 AATGGTTCGA GGGCAGGCTG GCGCAGGAAT GGCTGGATAA GGGCGTTGCC1051 GCCAATCGGG AACAGGTTGC CGCGCTGGAG ACAGAGCTGA AGCAGAAACC1101 GGCGCAACTG CTTATCGGCG TACGCGCCCA AACTGTGCCG GACCGGGGCG1151 TGCTGCGGCA GATTGTGCGG CTTTCGGAAG CGGCGCAGGG CGGCGCGGTG1201 GTGCAGCTTT TGGCGGAACA GGGGCTTTCA GACGACCTTT CGGAAAAGCT1251 GGAACATTGG CGTAACGCGC TGACCGAATG CGGCGCGGCG TGGCTTGAGC1301 CTGACAGGGT GGCGCAGGAA GGCCGTTTGA AAGACCAATA A它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 148；ORF33ng-1>:1  MLNPSRKLVE LVRILNKGGF IFSGDPVQAT EALRRVDGST EEKIFRRAEM51  IDRDRMLRDT LERVRAGSFW LWVVVASMMF TAGFSGTYLL MDNQGLNFFL101  VLAGVLGMNT LMLAVWLATL FLRVKVGRFF SSPATWFRGK GPVNQAVLRL151  YADQWRQPSV RWKIGATAHS LWLCTLLGML VSVLLLLLVR QYTFNWESTL201  LSNAASVRAV EMLAWLPSKL GFPVPDARAV IEGRLNGNIA DARAWSGLLV251  GSIVCYGILP RLLAWVVCKI LLKTSENGLD LEKTYYQAVI RRWQNKITDA301  DTRRETVSAV SPKIVLNDAP KWALMLETEW QDGQWFEGRL AQEWLDKGVA351  ANREQVAALE TELKQKPAQL LIGVRAQTVP DRGVLRQIVR LSEAAQGGAV401  VQLLAEQGLS DDLSEKLEHW RNALTECGAA WLEPDRVAQE GRLKDQ*ORF33ng-1和ORF33-1在446个氨基酸的重叠区内显示出有94.6％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf33-1.pep MLNPSRKLVELVRILDEGGFIFSGDPVQATEALRRVDGSTEEKIIRRAEMIDRNRMLRET
        |||||||||||||||::|||||||||||||||||||||||||||:||||||||:||||:|orf33ng-1   MLNPSRKLVELVRILNKGGFIFSGDPVQATEALRRVDGSTEEKIFRRAEMIDRDRMLRDT
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf33-1.pep LERVRAGSFWLWVVAATFAFFTGFSVTYLLMDNQGLNFFLVLAGVLGMNTLMLAVWLAML
        ||||||||||||||:|:: | :||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |orf33ng-1   LERVRAGSFWLWVVVASMMFTAGFSGTYLLMDNQGLNFFLVLAGVLGMNTLMLAVWLATL
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180
orf33-1.pep FLRVKVGRFFSSPATWFRGKDPVNQAVLRLYADEWRQPSVRWKIGATSHSLWLCTLLGML
            |||||||||||||||||||| ||||||||||||:|||||||||||||:||||||||||||
orf33ng-1   FLRVKVGRFFSSPATWFRGKGPVNQAVLRLYADQWRQPSVRWKIGATAHSLWLCTLLGML
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf33-1.pep VSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRAVEMLAWLPSKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf33ng-1   VSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRAVEMLAWLPSKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIA
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf33-1.pep DARAWSGLLVGSIACYGILPRLLAWVVCKILLKTSENGLDLEKPYYQAVIRRWQNKITDA
            |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
orf33ng-1   DARAWSGLLVGSIVCYGILPRLLAWVVCKILLKTSENGLDLEKTYYQAVIRRWQNKITDA
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf33-1.pep DTRRETVSAVSPKIILNDAPKWAVMLETEWQDGEWFEGRLAQEWLDKGVATNREQVAALE
            ||||||||||||||:||||||||:|||||||||:||||||||||||||||:|||||||||
orf33ng-1   DTRRETVSAVSPKIVLNDAPKWALMLETEWQDGQWFEGRLAQEWLDKGVAANREQVAALE
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400       410       420
orf33-1.pep TELKQKPAQLLIGVRAQTVPDRGVLRQIVRLSEAAQGGAVVQLLAEQGLSDDLSEKLEHW
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf33ng-1   TELKQKPAQLLIGVRAQTVPDRGVLRQIVRLSEAAQGGAVVQLLAEQGLSDDLSEKLEHW
                   370       380       390       400       410       420
                   430       440
orf33-1.pep RNALAECGAAWLEPDRAAQEGRLKDQX
            ||||:|||||||||||:||||||||||
orf33ng-1   RNALTECGAAWLEPDRVAQEGRLKDQX
                   430       440
根据该淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例25
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 149>:1 ..CAGAAGAGTT TGTCGAGAAT TTCTTTATGG GGTTTGGGCG GCGTGTTTTT51   CGGGGTGTCC GGTCTGGTAT GGTTTTCTTT GGGCGTTTCT TT.GAGTGCG101   CCTGTTTTTC GGGTGTTTCT TTTCGGGGTT CGGGACGGGG GACGTTTGTG151   GGCAGTACGG GGGTTTCTTT GAGTGTGTTT TCAGCTTGTG TTCC.GGCGT201   CGTCCGGCTG CCTGTCGGTT TGAGCTGTGT CGGCAGGTTG CG..GTTTGA251   CCCGGTTTTT CTTGGGTGCG GCAGGGGACG TCATTCTCCT GCCGCTTTCG301   TCTGTGCCGT CCGGCTGTGC GGGTTCGGAT GAGGCGGCGT GGTGGTGTTC351   GGGTTGGGCG GCATCTTGTT CCGACTACGC CGTTTGGCAG CCAGAATTCG401   GTTTCGCGGG GGCTGTCGGT GTGTTGCGGT TCGGCTTGAA GGGTTTTGTC451   GTCC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 150；ORF34>:
1 ..QKSLSRISLW GLGGVFFGVS GLVWFSLGVS XECACFSGVS FRGSGRGTFV51   GSTGVSLSVF SACVXGVVRL PVGLSCVGRL XXLTRFFLGA AGDVILLPLS101   SVPSGCAGSD EAAWWCSGWA ASCPTTPFGS QNSVSRGLSV CCGSA*RVLS151   S..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 151>:1  ATGATGATGC CGTTCATAAT GCTTCCTTGG ATTGCkGGTG TGCCTGCCGT51  GCCGGGTCAG AATAGGTTGT CCAGAATTTC TTTATGGGGT TTGGGCGGCG101  TGTTTTTCGG GGTGTCCGGT TTGGTATGGT TTTCTTTGGG CGTTTCTTTG151  GGCTGCGCCT GTTTTTCGGG TGTTTCTTTT CGGGGTTCGG GACGGGGGAC201  GTTTGTGGGC AGTACGGGGG TTTCTTTGAG TGTGTTTTCA GCTTGTGTTC251  CGGCGTCGTC CGGCTGCCTG TCGGTTTGAG CTGTGTCGGC AGGTTGCGGT301  TTGACCCGGT TTTTCTTGGG TGCGGCAGGG GACGGCAGTC CGCTGCCGCT351  TTCGTCTGTG CCGTCCGGCT GTGCGGGTTC GGATGAGGCG GCGTGGTGGT401  GTTCGGGTTG GGCGGCATCT TGTCCGACTA CGCCGTTTGG CAGCCAGAAT451  TCGGTTTCGC GGGGGCTGTC GGTGTGTTGC GGTTCGGCTT GAAGGGTTTT501  GTCGCCGTTC GGGTTGAATG TGCTGACGAT GCCTATTGCC AATGCGCCGA551  TGGCGGCGAT ACAGATGAGC AATACGGCGC GTATCAGGAG TTTGGGGGTC601  AGCCTGAAGG GTTTGTTCGG TTTTTTTGCC ATTTTGATTG TGCTTTTGGG651  GTGTCGGGCA ATGCCGTCTG AAGGCGGTTC AGACGGCATT GCCGAGTCAG701  CGTTGGACGT AGTTTTGGTA GAGGGTGATG ACTTTTTGTA CGCCGACGGT751  GGTGCTGACT TTTTGGGTAA TCTGCGCCTG TTCTTCGGGG GTGAGGATGC801  CCATAACGTA GGTTACGTTG CCGTAGGTAA CGATTTTGAC GCGCGCCTGT851  GTGGCGGGGC TGATGCCCAA CAGCGTGGCG CGGACTTTGG ATGTGTTCCA901  AGTGTCGCCG GCGATGTCGC CGGCAGTGCG CGGCAGGGAG GCGACGGTAA951  TATAGTTGTA CACGCCTTCG GCGGCCTGTT CGGAACGTGC AATCTGACCG1001  ACGAACTGTT TTTCGCCTTC GGTGGCGACT TGTCCGAGCA GCAGCAGGTG1051  GCGGTTGTAG CCGACGACGG AGATTTGGGG CGTGTAGCCT TTGGTTTGGT1101  TGTTTTGGCG CAGATAGGAA CGGGCGGTGG TTTCGATACG CAACGCCATA1151  ACGTTGTCGT CGGTTTGCGC GCCGGTGGTT CGGCGGTCGA CGGCGGATTT1201  CGCGCCGACG GCGGCGCTTC CGATTACTGC GCTGACGCAG CCGCTAAGGG1251  CAAGGCTGAA AATGGCGGCA ATCAGGGTGC GGACGGTGTG CGGTTTGGGT1301  TTCATCGGGT GCTTCCTTTC TTGGGCGTTT CAGACGGCAT TGCTTTGCGC1351  CATGCCGTCT GA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 152；ORF34-1>:1  MMMPFIMLPW IAGVPAVPGQ NRLSRISLWG LGGVFFGVSG LVWFSLGVSL51  GCACFSGVSF RGSGRGTFVG STGVSLSVFS ACVPASSGCL SV*AVSAGCG101  LTRFFLGAAG DGSPLPLSSV PSGCAGSDEA AWWCSGWAAS CPTTPFGSQN151  SVSRGLSVCC GSA*RVLSPF GLNVLTMPIA NAPMAAIQMS NTARIRSLGV201  SLKGLFGFFA ILIVLLGCRA MPSEGGSDGI AESALDVVLV EGDDFLYADG251  GADFLGNLRL FFGGEDAHNV GYVAVGNDFD ARLCGGADAQ QRGADFGCVP301  SVAGDVAGSA RQGGDGNIVV HAFGGLFGTC NLTDELFFAF GGDLSEQQQV351  AVVADDGDLG RVAFGLVVLA QIGTGGGFDT QRHNVVVGLR AGGSAVDGGF401  RADGGASDYC ADAAAKGKAE NGGNQGADGV RFGFHRVLPF LGVSDGIALR451  HAV*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF34与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF34a)在重叠的161个氨基酸内显示出有73.3％的相同性：
                                     10        20        30
orf34.pep                    QKSLSRISLWGLGGVFFGVSGLVWFSLGVSXE------CAC
                             || ||| ||||||| ||||||||||||||||       |||
orf34a    MMXPXIMLPWIAGVPAVPGQKRLSRXSLWGLGGXFFGVSGLVWFSLGVSXSLGVSXGCAC
                  10        20        30        40        50        60
             40        50        60        70        80             90
orf34.pep FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACVXGVVRLPVGLSCVGRLXX-----LTRFFLGA
          ||||||||||||||||||||||||||||:      |:: :|::         ||| | ||
orf34a    FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACA------PASSGCLSVXAVSAGCGLTRXFXGA
                  70        80              90       100       110
             100       110       120       130       140       150orf34.pep AGDVILLPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSAXRVLS
      |||   ||||||||||||:|| |  |||||||||||||||||||||||||||||: ||||orf34a    AGDGSPLPLSSVPSGCAGADEEAXXCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSVWRVLS
         120       130       140       150       160       170orf34.pep Sorf34a    PFGXNVLTMPIANAPMAVIQMSNTARIRSLGVSLKGLFXFFAILIVLLGCRAMPSEGGSD
         180       190       200       210       220       230全长ORF34a核苷酸序列<SEQ ID 153>是：1  ATGATGATNC CGTTNATAAT GCTTCCTTGG ATTGCGGGTG TGCCTGCCGT51  GCCGGGTCAG AAGAGGTTGT CGAGAANTTC TTTATGGGGT TTAGGCGGCN101  TGTTTTTCGG GGTGTCCGGT TTGGTATGGT TTTCTTTGGG CGTTTCTNTT151  TCTTTGGGTG TTTCTNTGGG CTGTGCCTGT TTTTCGGGTG TTTCTTTTCG201  GGGTTCGGGA CGGGGGACGT TTGTGGGCAG TACNGGGGTT TCTTTGAGTG251  TGTTTTCAGC TTGTGCTCCG GCGTCGTCCG GCTGCCTGTC GGTTTNAGCT301  GTGTCGGCAG GTTGCGGTTT GACCCGGNTT TTCTTNGGTG CGGCAGGGGA351  CGGCAGTCCG CTGCCGCTTT CGTCTGTGCC GTCCGGCTGT GCGGGTGCGG401  ATGAGGAGGC GTNGTNGTGT TCGGGTTGGG CGGCATCTTG TCCGACTACG451  CCGTTTGGCA GCCAGAATTC GGTTTCGCGG GGGCTGTCGG TGTGTTGCGG501  TTCGGTNTGG AGGGTTTTGT CNCCGTTCGG GTNGAATGTG CTGACGATGC551  CTATTGCCAA TGCGCCGATG GCGGTGATAC AGATGAGCAA TACGGCGCGT601  ATCAGGAGTT TGGGGGTCAG CCTGAAGGGT TTGTTCNGTT TTTTTGCCAT651  TTTGATTGTG CTTTTGGGGT GTCGGGCAAT GCCGTCTGAA GGCGGTTCAG701  ACGGCATTGC CGAGTCAGCG TTGGACGTAG TTTNGGTAGA GGGTGATGAC751  TTTTTGTACG CCGACGGTGG TGCTGACTTT TTGGGTAATC TGCGCCTGTT801  CTTCGGGGGT GAGGATGCCC ATAACGTAGG TTACGTTGCC GTAGGTAACG851  ATTTTGACGC GCGCCTGTGT GGCGGGGCTG ATGCCCAACA GCGTGGCGCG901  GACTTTGGAT GTGTTCCAAG TGTCGCCGGC GATGTCGCCG GCAGTGCGCG951  GCAGGGAGGC GACGGTAATG TANTTGTACA CGCCTTCGGC GGCCTGTTCG1001  GAACGTGCAA TCTGACCGAC GAACTGTTTC TCGCCTTCGG TGGCGACTTG1051  TCCGAGCAGC AGCAGGTGGC GGTTGTAGCC GACAACGGAG ATTTGGGGCG1101  TGTANCCTTT GGTTTGGTTG TTTTGGCGCA GATAGGAGCG GGCGGTGGTT1151  TCGATACGCA GCGCCATTAC GTTGTCGTCG GTTNGCGCGC CGGTGGTTCG1201  GCGGTCGACG GCGGATTTCG CGCCGACCGC CGCGCCGCCG ACGACTGCGC1251  TGACGCAGCC GCCGAGGGCA AGGCTGAGGA CGGCGGCAGT CAGGGTGCGG1301  ACGGTGTGCG GTTTGGGTTT CATCGGGTGC TTCCTTTCTT GGGCGTTTCA1351  GACGGCATTG CTTTGCGCCA TGCCGTCTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 154>:1  MMXPXIMLPW IAGVPAVPGQ KRLSRXSLWG LGGXFFGVSG LVWFSLGVSX51  SLGVSXGCAC FSGVSFRGSG RGTFVGSTGV SLSVFSACAP ASSGCLSVXA101  VSAGCGLTRX FXGAAGDGSP LPLSSVPSGC AGADEEAXXC SGWAASCPTT151  PFGSQNSVSR GLSVCCGSVW RVLSPFGXNV LTMPIANAPM AVIQMSNTAR201  IRSLGVSLKG LFXFFAILIV LLGCRAMPSE GGSDGIAESA LDVVXVEGDD251  FLYADGGADF LGNLRLFFGG EDAHNVGYVA VGNDFDARLC GGADAQQRGA301  DFGCVPSVAG DVAGSARQGG DGNVXVHAFG GLFGTCNLTD ELFLAFGGDL351  SEQQQVAVVA DNGDLGRVXF GLVVLAQIGA GGGFDTQRHY VVVGXRAGGS401  AVDGGFRADR RAADDCADAA AEGKAEDGGS QGADGVRFGF HRVLPFLGVS451  DGIALRHAV*ORF34a和ORF34-1在459个氨基酸的重叠区内显示出有91.3％的相同性：
               10        20         30       40        50        60orf34a.pep MMXPXIMLPWIAGVPAVPGQKRLSRXSLWGLGGXFFGVSGLVWFSLGVSXSLGVSXGCAC
       || | |||||||||||||||:|||| ||||||| |||||||||||||||       ||||orf34-1    MMMPFIMLPWIAGVPAVPGQNRLSRISLWGLGGVFFGVSGLVWFSLGVSL------GCAC
               10        20         30       40        50
               70        80         90      100       110       120
orf34a.pep FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACAPASSGCLSVXAVSAGCGLTRXFXGAAGDGSP
           ||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| | ||||||||
orf34-1    FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACVPASSGCLSVXAVSAGCGLTRFFLGAAGDGSP
               60        70        80        90       100       110
                  130       140       150       160       170       180
orf34a.pep LPLSSVPSGCAGADEEAXXCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSVWRVLSPFGXNV
           ||||||||||||:|| |  |||||||||||||||||||||||||||||: ||||||| ||
orf34-1    LPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSAXRVLSPFGLNV
              120       130       140       150       160       170
                  190       200       210       220       230       240
orf34a.pep LTMPIANAPMAVIQMSNTARIRSLGVSLKGLFXFFAILIVLLGCRAMPSEGGSDGIAESA
           |||||||||||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
orf34-1    LTMPIANAPMAAIQMSNTARIRSLGVSLKGLFGFFAILIVLLGCRAMPSEGGSDGIAESA
              180       190       200       210       220       230
                  250       260       270       280       290       300
orf34a.pep LDVVXVEGDDFLYADGGADFLGNLRLFFGGEDAHNVGYVAVGNDFDARLCGGADAQQRGA
           |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf34-1    LDVVLVEGDDFLYADGGADFLGNLRLFFGGEDAHNVGYVAVGNDFDARLCGGADAQQRGA
               240      250       260       270       280       290
                  310       320       330       340       350       360
orf34a.pep DFGCVPSVAGDVAGSARQGGDGNVXVHAFGGLFGTCNLTDELFLAFGGDLSEQQQVAVVA
           |||||||||||||||||||||||: ||||||||||||||||||:||||||||||||||||
orf34-1    DFGCVPSVAGDVAGSARQGGDGNIVVHAFGGLFGTCNLTDELFFAFGGDLSEQQQVAVVA
              300       310       320       330       340       350
                  370       380       390       400       410       420
orf34a.pep DNGDLGRVXFGLVVLAQIGAGGGFDTQRHYVVVGXRAGGSAVDGGFRADRRAADDCADAA
           |:|||||| ||||||||||:||||||||| |||| ||||||||||||||  |:| |||||
orf34-1    DDGDLGRVAFGLVVLAQIGTGGGFDTQRHNVVVGLRAGGSAVDGGFRADGGASDYCADAA
              360       370       380       390       400       410
                  430       440       450       460
orf34a.pep AEGKAEDGGSQGADGVRFGFHRVLPFLGVSDGIALRHAVX
           |:||||:||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf34-1    AKGKAENGGNQGADGVRFGFHRVLPFLGVSDGIALRHAVX
              420       430       440      450
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF34与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF34.ng)在重叠的161个氨基酸内显示出有77.6％的相同性：
orf34.pep                     QKSLSRISLWGLGGVFFGVSGLVWFSLGVSXE------CAC  35
                              || |||||||||:|||||||||||||||||        |||
orf34ng    MMMPFIMLPWIAGVPAVPGQKRLSRISLWGLAGVFFGVSGLVWFSLGVSFSLGVSLGCAC  60
orf34.pep  FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACVXGVVRLPVGLSCV-----GRLXXLTRFFLGA  90
           |||||||||| |:|||||||||||||||      :||: | :     ||   ||||||||
orf34ng    FSGVSFRGSGWGAFVGSTGVSLSVFSACVP----VPVNESAARAASEGR--GLTRFFLGA 114
orf34.pep  AGDVILLPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSAXRVLS 150
           |||   |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||: ||||
orf34ng    AGDGSPLPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTAPFGSQNSVSRGLSVCCGSVWRVLS 174
orf34.pep  S                                                            175
orf34ng    PFGLNVLTMPTANAPMAVIQMSNTARIRSLGVSLKGLFGFFAILIVLLGCRAMPSEGGSD 234全长ORF34ng核苷酸序列<SEQ ID 155>是：1  ATGATGATGC CGTTCATAAT GCTTCCTTGG ATTGCGGGTG TGCCTGCCGT51  GCCGGGTCAA AAGAGGTTGT CGAGAATCTC TTTATGGGGT TTGGCCGGCG101  TGTTTTTCGG GGTGTCCGGT TTGGTATGGT TTTCTTTGGG CGTTTCTTTT151  TCTTTGGGTG TTTCTTTGGG CTGCGCCTGT TTTTCGGGTG TTTCTTTTCG201  GGGTTCGGGA TGGGGGGCGT TTGTGGGCAG TACGGGGGTT TCTTTGAGTG251  TGTTTTCAGC TTGTGTTCCG GTGCCGGTTA ACGAATCGGC TGCCCGGGCC301  GCATCCGAAG GGCGCGGTTT gACCCGGTTT TTCTTGGGTG CGGCAGGGGA351  CGGCAGTCCG CTGCCGCTTT CTTCTGTGCC GTCCGGCTGT GCGGGTTCGG401  ATGAGGCGGC GTGGTGGTGT TCGGGTTGGG CGGCATCTTG TCCGACGGCG451  CCGTTTGGCA GCCAGAATTC GGTTTCGCGG GGGCTGTCGG TGTGTTGCGG501  TTCGGTTTGG AGGGTTTTGT CGCCGTTCGG GTTGAATGTG CTGACGATGC551  CTACTGCCAA TGCGCCGATG GCGGTGATAC AGATGAGCAA TACGGCGCGT601  ATCAGGAGTT TGGGGGTCAG CCTGAAGGGT TTGTTCGGTT TTTTTGCCAT651  TTTGATTGTG CTTTTGGGGT GTCGGGCAAT GCCGTCTGAA GGCGGTTCAG701  ACGGCATTGC CGAGTCAGCG TTGGACGTAG TTTTGGTAGA GGGTAATGAC751  TTTTTGTACG CCGAcggTGG TGCTGACTTT TTGGGTAATC TGCGCCTGTT801  CTTCGGGGGT GAGGATGCCC ATAACGTAGG TTACATTGCC GTAGGTAATG851  ATTTTGACGC GCGCCTGTGT AGCGGGGCTG ATGCCCAGCA GcgtgGCGCG901  GACTTTGGAC GTGTTCCAAG TGTCGCCGGC GATGTCGCCC GCAGTGCGCG951  GCAGGGAGGC GACGGTAATG TAGTTGTATA CGCCTTCGGC GGCCTGTTCG1001  GAACGTGCAA TCTGACCGAC GAACTGTTTT TCGCCTTCGG TGGCGACTTG1051  TCCGAGCAGC AGCAGGTGGC GGTTGTAGCC GACGACGGAG ATTTGGGGCG1101  TGTAGCCTTT GGTTTGGTTG TTTTGGCGCA GGTAGGAACG GGCGGTGGTT1151  TCGATACGCA ACGCCATAAC GTtgtCATCG GTTtgcgcgc CGGTGGTTcg1201  gCGGTCGATG ACGGATTTTG CGCCGACGGC GGCCCCGCCG ACGACTGCGC1251  TGAAGCAGCC GCCGAGGGCA AGGCTGAGGA CGGCGGCAAT CAGGGTGCGG1301  ACGGTGTGTG GTTTGGGTTT CATCGGGGAC TTCCTTTCTT GGGCGTTTCA1351  GACGGCATTG CTTTGCGCCA TGCCGTCTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 156>:1  MMMPFIMLPW IAGVPAVPGQ KRLSRISLWG LAGVFFGVSG LVWFSLGVSF51  SLGVSLGCAC FSGVSFRGSG WGAFVGSTGV SLSVFSACVP VPVNESAARA101  ASEGRGLTRF FLGAAGDGSP LPLSSVPSGC AGSDEAAWWC SGWAASCPTA151  PFGSQNSVSR GLSVCCGSVW RVLSPFGLNV LTMPTANAPM AVIQMSNTAR201  IRSLGVSLKG LFGFFAILIV LLGCRAMPSE GGSDGIAESA LDVVLVEGND251  FLYADGGADF LGNLRLFFGG EDAHNVGYIA VGNDFDARLC SGADAQQRGA301  DFGRVPSVAG DVARSARQGG DGNVVVYAFG GLFGTCNLTD ELFFAFGGDL351  SEQQQVAYVA DDGDLGRVAF GLVVLAQVGT GGGFDTQRHN VVIGLRAGGS401  AVDDGFCADG GPADDCAEAA AEGKAEDGGN QGADGVWFGF HRGLPFLGVS451  DGIALRHAV*ORF34ng和ORF34-1在459个氨基酸的重叠区内显示出有90.0％的相同性：
                10        20        30        40       4      50orf34-1.pep MMMPFIMLPWIAGVPAVPGQNRLSRISLWGLGGVFFGVSGLVWFSLGVS------LGCAC
        ||||||||||||||||||||:||||||||||:|||||||||||||||||      |||||orf34ng     MMMPFIMLPWIAGVPAVPGQKRLSRISLWGLAGVFFGVSGLVWFSLGVSFSLGVSLGCAC
                10        20        30        40        50        60
            60        70        80        90       100       110orf34-1.pep FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACVPASSGCLSVXAVSAGCGLTRFFLGAAGDGSP
        |||||||||| |:|||||||||||||||||:  :  :: |:| | |||||||||||||||orf34ng     FSGVSFRGSGWGAFVGSTGVSLSVFSACVPVPVNESAARAASEGRGLTRFFLGAAGDGSP
                70        80        90       100       110       120
           120       130       140       150       160       170orf34-1.pep LPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSAXRVLSPFGLNV
        |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||: ||||||||||orf34ng     LPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTAPFGSQNSVSRGLSVCCGSVWRVLSPFGLNV
               130       140       150       160       170       180
               180       190       200       210       220       230
orf34-1.pep LTMPIANAPMAAIQMSNTARIRSLGVSLKGLFGFFAILIVLLGCRAMPSEGGSDGIAESA
            |||| ||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf34ng     LTMPTANAPMAVIQMSNTARIRSLGVSLKGLFGFFAILIVLLGCRAMPSEGGSDGIAESA
                   190       200       210       220       230       240
               240       250       260       270       280       290
orf34-1.pep LDVVLVEGDDFLYADGGADFLGNLRLFFGGEDAHNVGYVAVGNDFDARLCGGADAQQRGA
            ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||:|||||||||
orf34ng     LDVVLVEGNDFLYADGGADFLGNLRLFFGGEDAHNVGYIAVGNDFDARLCSGADAQQRGA
                   250       260       270       280       290       300
               300       310       320       330       340       350
orf34-1.pep DFGCVPSVAGDVAGSARQGGDGNIVVHAFGGLFGTCNLTDELFFAFGGDLSEQQQVAVVA
            ||| ||||||||| |||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf34ng     DFGRVPSVAGDVARSARQGGDGNVVVYAFGGLFGTCNLTDELFFAFGGDLSEQQQVAVVA
                   310       320       330       340       350       360
               360       370       380       390       400       410
orf34-1.pep DDGDLGRVAFGLVVLAQIGTGGGFDTQRHNVVVGLRAGGSAVDGGFRADGGASDYCADAA
            |||||||||||||||||:||||||||||||||:|||||||||| || |||| :| ||:||
orf34ng     DDGDLGRVAFGLVVLAQVGTGGGFDTQRHNVVIGLRAGGSAVDDGFCADGGPADDCAEAA
                   370       380       390       400       410       420
               420       430       440       450
orf34-1.pep AKGKAENGGNQGADGVRFGFHRVLPFLGVSDGIALRHAVX
            |:||||:||||||||| ||||| |||||||||||||||||
orf34ng     AEGKAEDGGNQGADGVWFGFHRGLPFLGVSDGIALRHAVX
                   430       440       450       460
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和几个推定的跨膜结构域(单划线)的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例26
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 157>:1  ATGAAAACCT TCTTCAAAAC CCTTTCCGCC GCCGCACTCG CGCTCATCCT51  CGCCGCCTGC GGATT.CAAA AAGACAGCGC GCCCGCCGCA TCCGCTTCTG101  CCGCCGCCGA CAACGGCGCG GCGTAAAAAA GAAATCGTCT TCGGCACGAC151  CGTCGGCGAC TTCGGCGATA TGGTCAAAGA ACAAATCCAA GCCGAGCTGG201  AGAAAAAAGG CTACACCGTC AAACTGGTCG AGTTTACCGA CTATGTACGC251  CCGAATCTGG CATTGGCTGA GGGCGAGTTG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 158；ORF4>:
1 MKTFFKTLSA AALALILAAC G.QKDSAPAA SASAAADNGA AKKEIVFGTT51 VGDFGDMVKE QIQAELEKKG YTVKLVEFTD YVRPNLALAE GEL进一步的序列分析揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 159>:1  ATGAAAACCT TCTTCAAAAC CCTTTCCGCC GCCGCACTCG CGCTCATCCT51  CGCCGCCTGC GGCGGTCAAA AAGACAGCGC GCCCGCCGCA TCCGCTTCTG101  CCGCCGCCGA CAACGGCGCG GCGAAAAAAG AAATCGTCTT CGGCACGACC151  GTCGGCGACT TCGGCGATAT GGTCAAAGAA CAAATCCAAG CCGAGCTGGA201  GAAAAAAGGC TACACCGTCA AACTGGTCGA GTTTACCGAC TATGTACGCC251  CGAATCTGGC ATTGGCTGAG GGCGAGTTGG ACATCAACGT CTTCCAACAC301  AAACCCTATC TTGACGACTT CAAAAAAGAA CACAATCTGG ACATCACCGA351  AGTCTTCCAA GTGCCGACCG CGCCTTTGGG ACTGTACCCG GGCAAGCTGA401  AATCGCTGGA AGAAGTCAAA GACGGCAGCA CCGTATCCGC GCCCAACGAC451  CCGTCCAACT TCGCCCGCGT CTTGGTGATG CTCGACGAAC TGGGTTGGAT501  CAAACTCAAA GACGGCATCA ATCCGTTGAC CGCATCCAAA GCGGACATCG551  CCGAGAACCT GAAAAACATC AAAATCGTCG AGCTTGAAGC CGCGCAACTG601  CCGCGTAGCC GCGCCGACGT GGATTTTGCC GTCGTCAACG GCAACTACGC651  CATAAGCAGC GGCATGAAGC TGACCGAAGC CCTGTTCCAA GAACCGAGCT701  TTGCCTATGT CAACTGGTCT GCCGTCAAAA CCGCCGACAA AGACAGCCAA751  TGGCTTAAAG ACGTAACCGA GGCCTATAAC TCCGACGCGT TCAAAGCCTA801  CGCGCACAAA CGCTTCGAGG GCTACAAATC CCCTGCCGCA TGGAATGAAG851  GCGCAGCCAA ATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 160；ORF4-1>:1 MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SASAAADNGA AKKEIVFGTT51 VGDFGDMVKE QIQAELEKKG YTVKLVEFTD YVRPNLALAE GELDINVFQH101 KPYLDDFKKE HNLDITEVFQ VPTAPLGLYP GKLKSLEEVK DGSTVSAPND151 PSNFARVLVM LDELGWIKLK DGINPLTASK ADIAENLKNI KIVELEAAQL201 PRSRADVDFA VVNGNYAISS GMKLTEALFQ EPSFAYVNWS AVKTADKDSQ251 WLKDVTEAYN SDAFKAYAHK RFEGYKSPAA WNEGAAK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF4与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF4a)在重叠的93个氨基酸内显示出有93.5％的相同性：
                 10        20         30        40        50       59
off4.pep MKTFFKTLSAAALALILAACG-QKDSAPAASASAAADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKE
         ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf4a    MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASASAAADNGAAXKEIVFGTTVGDFGDMVKE
                 10        20        30        40        50        60
        60        70        80        90
orf4.pep QIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGEL
          || ||||||||||||| ||||| |||||||||
orf4a    XIQPELEKKGYTVKLVEXTDYVRXNLALAEGELDINVXQHXXYLDDXKKXHNLDITXVXQ
                 70        80        90       100       110       120
orf4a    VPTAPLGLYPGKLKSLXXVKXGSTVSAPNDPXXFXRVLVMLDELGXIKLKDXIXXXXXXX
                130       140       150       160       170       180
全长ORF4a核苷酸序列<SEQ ID 161>是：1  ATGAAAACCT TCTTCAAAAC CCTTTCCGCC GCCGCACTCG CGCTCATCCT51  CGCCGCCTGC GGCGGTCAAA AAGATAGCGC GCCCGCCGCA TCCGCTTCTG101  CCGCCGCCGA CAACGGCGCG GCGAANAAAG AAATCGTCTT CGGCACGACC151  GTCGGCGACT TCGGCGATAT GGTCAAAGAA CANATCCAAC CCGAGCTGGA201  GAAAAAAGGC TACACCGTCA AACTGGTCGA GTNTACCGAC TATGTGCGCN251  CGAATCTGGC ATTGGCTGAG GGCGAGTTGG ACATCAACGT CTTNCAACAC301  ANACNCTATC TTGACGACTN CAAAAAANAA CACAATCTGG ACATCACCNN351  AGTCTTNCAA GTGCCGACCG CGCCTTTGGG ACTGTACCCG GGCAAGCTGA401  AATCGCTGGA NNAAGTCAAA GANGGCAGCA CCGTATCCGC GCCCAACGAC451  CCGTNNNACT TCGNCCGCGT CTTGGTGATG CTCGACGAAC TGGGTTNGAT501  CAAACTCAAA GACNGCATCA NNNNGNNGNN NNNANCNANA NNNGANANNN551  NNNNANNNNT NNNNNNNNNN NNNNNCNNCG NNNNNNNANN NNNNNNNNNN601  NCGNNTNNNN NNGCNNNNNT NNANNNTNNN NNCNNCNNNN NNNNNTNNNN651  NANNANNAGC GGCATGAAGC TGACCGAAGC CCTGTTCCAA GAACCGAGCT701  TTGCCTATGT CAACTGGTCT GCCGTCAAAA CCGCCGACAA AGACAGCCAA751  TGGCTTAAAG ACGTAACCGA GGCCTATAAC TCCGACGCGT TCAAAGCCTA801  CGCGCACAAA CGCTTCGAGG GCTACAAATC CCCTGCCGCA TGGAATGAAG851  GCGCAGCCAA ATAA预计编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 162>:
1 MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SASAAADNGA AXKEIVFGTT 51 VGDFGDMVKE XIQPELEKKG YTVKLVEXTD YVRXNLALAE GELDINVXQH101 XXYLDDXKKX HNLDITXVXQ VPTAPLGLYP GKLKSLXXVK XGSTVSAPND151 PXXFXRVLVM LDELGXIKLK DXIXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX201 XXXXAXXXXX XXXXXXXXXS GMKLTEALFQ EPSFAYVNWS AVKTADKDSQ251 WLKDVTEAYN SDAFKAYAHK RFEGYKSPAA WNEGAAK*前导肽用下划线表示。对这些菌株A序列作进一步的分析，揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 163>:1  ATGAAAACCT TCTTCAAAAC CCTTTCCGCC GCCGCACTCG CGCTCATCCT51  CGCCGCCTGC GGCGGTCAAA AAGATAGCGC GCCCGCCGCA TCCGCTTCTG101  CCGCCGCCGA CAACGGCGCG GCGAAAAAAG AAATCGTCTT CGGCACGACC151  GTCGGCGACT TCGGCGATAT GGTCAAAGAA CAAATCCAAC CCGACCTGGA201  GAAAAAAGGC TACACCGTCA AACTGGTCGA GTTTACCGAC TATGTGCGCC251  CGAATCTGGC ATTGGCTGAG GGCGAGTTGG ACATCAACGT CTTCCAACAC301  AAACCCTATC TTGACGACTT CAAAAAAGAA CACAATCTGG ACATCACCGA351  AGTCTTCCAA GTGCCGACCG CGCCTTTGGG ACTGTACCCG GGCAAGCTGA401  AATCGCTGGA AGAAGTCAAA GACGGCAGCA CCGTATCCGC GCCCAACGAC451  CCGTCCAACT TCGCCCGCGT CTTGGTGATG CTCGACGAAC TGGGTTGGAT501  CAAACTCAAA GACGGCATCA ATCCGCTGAC CGCATCCAAA GCGGACATTG551  CCGAAAACCT GAAAAACATC AAAATCGTCG AGCTTGAAGC CGCGCAACTG601  CCGCGTAGCC GCGCCGACGT GGATTTTGCC GTCGTCAACG GCAACTACGC651  CATAAGCAGC GGCATGAAGC TGACCGAAGC CCTGTTCCAA GAACCGAGCT701  TTGCCTATGT CAACTGGTCT GCCGTCAAAA CCGCCGACAA AGACAGCCAA751  TGGCTTAAAG ACGTAACCGA GGCCTATAAC TCCGACGCGT TCAAAGCCTA801  CGCGCACAAA CGCTTCGAGG GCTACAAATC CCCTGCCGCA TGGAATGAAG851  GCGCAGCCAA ATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 164；ORF4a-1>:1 MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SASAAADNGA AKKEIVFGTT51 VGDFGDMVKE QIQPELEKKG YTVKLVEFTD YVRPNLALAE GELDINYFQH101 KPYLDDFKKE HNLDITEVFQ VPTAPLGLYP GKLKSLEEVK DGSTVSAPND151 PSNFARVLVM LDELGWIKLK DGINPLTASK ADIAENLKNI KIVELEAAQL201 PRSRADVDFA VVNGNYAISS GMKLTEALFQ EPSFAYVNWS AVKTADKDSQ251 WLKDVTEAYN SDAFKAYAHK RFEGYKSPAA WNEGAAK*ORF4a-1和ORF4-1在287个氨基酸的重叠区内显示出有99.7％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf4a-1    MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASASAAADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKE
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf4-1     MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASASAAADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKE
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf4a-1    QIQPELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQ
       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf4-1     QIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQ
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf4a-1    VPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASK
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf4-1     VPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASK
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf4a-1    ADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWS
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf4-1     ADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWS
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280
orf4a-1   AVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAWNEGAAKX
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4-1    AVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAWNEGAAKX
                 250       260       270       280
与溶血性巴斯德氏菌的外膜蛋白(登录号为q08869)的同源性
ORF4和此外膜蛋白在91个氨基酸的重叠区内显示出有33％的氨基酸相同性：
                 10    20
lip2.pasha                             MNFKKLLGVALVSALALTACKDEKAQAP----
                                         || | ::||  || |:||  :|:  |
0RF4       VXTPNPDGRTPCPSFLFETATTSGENMKTFFKTLSAAAL--ALILAACGFKKTARPPHPL
                 110       120       130       140         150
            30        40        50        60        70        80
lip2.pasha -ATTAKTENKAPLKVGVMTGPEAQMTEVAVKIAKEKYGLDVELVQFTEYTQPNAALHSKD
               : :: |  :  |: :|  ::|::  ::   || |  |:||:||:|::|| ||   :
ORF4       LPPPTTARRKKEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGE
         160       170       180       190       200       210
            90       100       110       120       130       140
lip2.pasha LDANAFQTVPYLEQEVKDRGYKLAIIGNTLVWPIAAYSKKIKNISELKDGATVAIPNNAS
           |
ORF4       L.....
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF4与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF4.ng)在重叠的94个氨基酸内显示出有93.6％的相同性：
                                                 10        20        30
orf4nm.pep                               MKTFFKTLSAAALALILAACGXQKDSAPAA
                                         |||||||||:|:||||||||| ||||||||
orf4ng     RANAVXTPNPDGRTPCLSFLFETATTSGENMKTFFKTLSTASLALILAACGGQKDSAPAA
                  200       210       220       230       240       250
                    40        50        60        70        80       89
orf4nm.pep SASA-AADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALA
           ||:| :||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4ng     SAAAPSADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALA
                  260       270       280       290       300       310
          90
orf4nm.pep EGEL
           ||||
orf4ng     EGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEAFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPN
                  320       330       340      350        360       370
预计全长ORF4ng核苷酸序列<SEQ ID 165>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 166>：1  MKTFFKTLST ASLALILAAC GGQKDSAPAA SAAAPSADNG AAKKEIYFGT51  TVGDFGDMVK EQIQAELEKK GYTYKLVEFT DYVRPNLALA EGELDINVFQ101  HKPYLDDFKK EHNLDITEAF QVPTAPLGLY PGKLKSLEEV KDGSTVSAPN151  DPSNFARALV MLNELGWIKL KDGINPLTAS KADIAENLKN IKIVELEAAQ201  LPRSRADVDF AVVNGNYAIS SGMKLTEALF QEPSFAYVNW SAVKTADKDS251  QWLKDVTEAY NSDAFKAYAH KRFEGYKYPA AWNEGAAK*进一步的分析揭示了全长ORF4ngDNA序列<SEQ ID 167>是：1 atgAAAACCT TCTTCAAAAC cctttccgcc gccgcaCTCG CGCTCATCCT 51  CGCAGCCTGc ggCggtcaAA AAGACAGCGC GCCCgcagcc tctgcCGCCG101  CCCCTTCTGC CGATAACGgc gCgGCGAAAA AAGAAAtcgt ctTCGGCACG151  Accgtgggcg acttcggcgA TAtggTCAAA GAACAAATCC AagcCGAgct201  gGAGAAAAAA GgctACACcg tcAAattggt cgaatttacc gactatgtGC251  gCCCGAATCT GGCATTGGCG GAGGGCGAGT TGGACATCAA CGTCTTCCAA301  CACAAACCCT ATCTTGACGA TTTCAAAAAA GAACACAACC TGGACATCAC351  CGAAGCCTTC CAAGTGCCGA CCGCGCCTTT GGGACTGTAT CCGGGCAAAC401  TGAAATCGCT GGAAGAAGTC AAAGACGGCA GCACCGTATC CGCGCCCAac451  gACccgTCCA ACTTCGCACG CGCCTTGGTG ATGCTGAACG AACTGGGTTG501  GATCAAACTC AAAGACGGCA TCAATCCGCT GACCGCATCC AAAGCCGACA551  TCGCGGAAAA CCTGAAAAAC ATCAAAATCG TCGAGCTTGA AGCCGCACAA601  CTGCCGCGCA GCCGCGCCGA CGTGGATTTT GCCGTCGTCA ACGGCAACTA651  CGCCATAAGC AGCGGCATGA AGCTGACCGA AGCCCTGTTC CAAGAGCCGA701  GCTTTGCCTA TGTCAACTGG TCTGCCgtcA AAACCGCCGA CAAAGACAGC751  CAATGGCTTA AAGACGTAAC CGAGGCCTAT AACTCCGACG CGTTCAAAGC801  CTACGCGCAC AAACGCTTCG AGGGCTACAA ATACCCTGCC GCATGGAATG851  AAGGCGCAGC CAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 168；ORF4ng-1>:1  MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SAAAPSADNG AAKKEIVFGT51  TVGDFGDMVK EQIQAELEKK GYTVKLVEFT DYVRPNLALA EGELDINVFQ101  HKPYLDDFKK EHNLDITEAF QVPTAPLGLY PGKLKSLEEV KDGSTVSAPN151  DPSNFARALV MLNELGWIKL KDGINPLTAS KADIAENLKN IKIVELEAAQ201  LPRSRADVDF AVVNGNYAIS SGMKLTEALF QEPSFAYVNW SAVKTADKDS251  QWLKDVTEAY NSDAFKAYAH KRFEGYKYPA AWNEGAAK*它与ORF4-1在重叠的288个氨基酸内显示出有97.6％的相同性：
                10        20        30         40        50       59orf4-1.pep  MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASASA-AADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVK
        ||||||||||||||||||||||||||||||||:| :||||||||||||||||||||||||orf4ng-1    MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASAAAPSADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVK
                10        20        30        40        50        60
       60        70        80        90       100       110      119orf4-1.pep  EQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVF
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|orf4ng-1    EQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEAF
                70        80        90       100       110       120
      120       130       140       150       160       170      179orf4-1.pep  QVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTAS
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:|||||||||||||||||orf4ng-1    QVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARALVMLNELGWIKLKDGINPLTAS
               130       140       150       160       170       180
      180       190       200       210       220       230      239orf4-1.pep  KADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNW
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf4ng-1    KADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNW
               190       200       210       220       230       240
      240       250       260       270       280orf4-1.pep  SAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAWNEGAAKX
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||orf4ng-1    SAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKYPAAWNEGAAKX
               250       260       270       280另外，ORF4ng-1显示出与数据库的一种外膜蛋白明显同源：ID LIP2_PASHA    STANDARD；    PRT；276 AA.AC Q08869；DT 01-NOV-1995(REL.32，产生的)DT 01-NOV-1995(REL.32，序列的最后更新)DT 01-NOV-1995(REL.32，注解的最后更新)DE 28.2 KD外膜蛋白前体....SCORES    Initl:   279 Initn:  416 0pt:  494Smith-Waterman评分：494；    在275个氨基酸的重叠区内有36.0％的相同性
                 10          20        30        40        50orf4ng-1.pep MKTFFKTLSAAAL--ALILAACGGQKDSAPAASAAAPSADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDM
             || | ::||  || |:||  :| :|||::|   :::| |  |    |: :|  ::|lip2_pasha     MNFKKLLGVALVSALALTACKDEKAQAPATTA---KTENKAPLK---VGVMTGPEAQM
                   10        20        30           40           50
         60        70        80        90       100       110orf4ng-1.pep VKEQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITE
         ::  ::   || |  |:||:||:|::|| ||   :|| |:||  |||::  |:::  ::lip2_pasha   TEVAVKIAKEKYGLDVELVQFTEYTQPNAALHSKDLDANAFQTVPYLEQEVKDRGYKLAI
               60        70        80        90       100       110
        120       130       140       150       160       170orf4ng-1.pep AFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARALVMLNELGWIKLKDGINPLT
           :: : |:: |  |:|:: |:|||:||: ||: || ||||::|:  | :||||  | :lip2_pasha   IGNTLVWPIAAYSKKIKNISELKDGATVAIPNNASNTARALLLLQAHGLLKLKDPKN-VF
              120       130       140       150       160        170
        180       190       200       210       220         230orf4ng-1.pep ASKADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTE--ALFQEPSFA
         |:: || || ||||||: ::: | |   ||::||:|::|| ::|::  :   : :  :lip2_pasha   ATENDIIENPKNIKIVQADTSLLTRMLDDVELAVINNTYAGQAGLSPDKDGIIVESKDSP
               180       190       200       210       220       230
          240       250       260       270       280      289orf4ng-1.pep YVNWSAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKYPAAWNEGAAKX
         |||  : :  :||:  |:  :::::::     | | |:|lip2_pasha   YVNLVVSREDNKDDPRLQTFVKSFQTEEVFQEALKLFNGGVVKGW
               240       250       260       270
根据该分析结果(包括与溶血性巴斯德氏菌的外膜蛋白同源，以及淋球菌蛋白中存在一个推定的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF4-1(30kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图8A和8B分别显示了His-融合蛋白以及GST-融合蛋白的亲和纯化的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，用其血清进行ELISA(阳性结果)，Western印迹(图8C)，FACS分析(图8D)，和杀菌试验(图8E)。这些结果确认ORF4-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
图8F显示了出ORF4-1的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。
实施例27
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 169>:
1 CCTCGTCGTC CTCGGCATGC TCCAGTTTCA AGGGGCGATT TACTCCAAGG51 CGGTGGAACG TATGCTCGGC ACGGTCATCG GGCTGGGCGC GGGTTTGGGC101 GTTTTATGGC TGAACCAGCA TTATTTCCAC GGCAACCTCC TCTTCTACCT151 CACCGTCGGC ACGGCAAGCG CACTGGCCGG CTGGGCGGCG GTCGGCAAAA201 ACGGCTACGT CCCTmTGCTG GCAGGGCTGA CGATGTGTAT GCTCATCGGC251 GACAACGGCA GCGAATGGCT CGACAGCGGA CTCATGCGCG CCATGAACGT301 CCTCATCGGC GyGGCCATCG CCATCGCCGC CGCCAAACTG CTGCCGCTGA351 AATCCACACT GATGTGGCGT TTCATGCTTG CCGACAACCT GGCCGACTGC401 AGCAAAATGA TTGCCGAAAT CAGCAACGGC AGGCGCATGA CCCGCGAACG451 CCTCGAGGAG AACATGGCGA AAATGCGCCA AATCAACGCA CGCATGGTCA501 AAAGCCGCAG CCATCTCGCC GCCACATCGG GCGAAAGCTG CATCAGCCCC551 GCCATGATGG AAGCCATGCA GCACGCCCAC CGTAAAATCG TCAACACCAC601 CGAGCTGCTC CTGACCACCG CCGCCAAGCT GCAATCTCCC AAACTCAACG651 GCAGCGAAAT CCGGCTGCTT GACCGCCACT TCACACTGCT CCAAAC....701 .......... .......... ........GC AGACACGCCC GCCGCATCCG751 CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA AGCCCTCGCC GAACACCTCC801 ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA GCACCGATAT GCGTCAGGAA851 ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC ACCCGCCGCA AATGGCTGGA901 TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG CCTGCTTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 170；ORF8>:1  ......PRRP RHAPVSRGDL LQGGGTYARH GHRAGRGFGR FMAEPALFPR51  QPPLLPHRRH GKRTGRLGGG RQKRLRPXAG RADDVYAHRR QRQRMARQRT101  HARHERPHRR GHRHRRRQTA AAEIHTDVAF HACRQPGRLQ QNDCRNQQRQ151  AHDPRTPRGE HGENAPNQRT HGQKPQPSER HIGRKLHQPR HDGSHAARPP201  XNRQHHRAAP DHRRQAAISQ TQRQRNPAAX PPLHTAPN.. .........Q251  TRPPHPHRHR HQPRTGSPRR TPPLPMAGLP LAQHRYASGN FRPRHPAATH301  PPQMAGCPRT PTPAPKPA*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
序列基序
ORF8富含脯氨酸，其脯氨酸残基分布与表面定位相符。而且，RGD基序的存在可能暗示其可能在细菌粘附行为中有作用。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF8与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF8.ng)在重叠的312个氨基酸内有86.5％的相同性：
orf8ng     1 MDRDDRLRRPRHAPVPRRDLLQRGGTYARYGHRAGRGFGRFMAEPALFPR 50
                    |||||||| | |||| ||||||:||||||||||||||||||||
orf8.pep   1 ......PRRPRHAPVSRGDLLQGGGTYARHGHRAGRGFGRFMAEPALFPR 44
orf8ng    51 QPPLLPDHRHGKRTGRLGGGRQKRLRPYVGGADDVHAHRRQRQRMARQRP 100
             ||||||  |||||||||||||||||||  | ||||:|||||||||||||
orf8.pep  45 QPPLLPHRRHGKRTGRLGGGRQKRLRPXAGRADDVYAHRRQRQRMARQRT 94
orf8ng   101 DARDERPHRRRHRHCRRQTAAAEIHTDVAFHACRQPGRLQQNDCRNQQRQ 150
              || |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
orf8.pep  95 HARHERPHRRGHRHRRRQTAAAEIHTDVAFHACRQPGRMQQNDCRNQQRQ 144
orf8ng   151 AYDARTFGAEYGQNAPNQRTHGQKPQPPRRHIGRKPHQPLHDGSHAARPP 200
             |:| ||   |:|:|||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||
orf8.pep 145 AHDPRTPRGEHGENAPNQRTHGQKPQPSRRHIGRKLHQPRHDGSHAARPP 194
orf8ng   201 QNRQHHRAAPDHRRQAAISQTQRQRNPAARPPLHTAPNRPATNRRPHQRQ 250
              |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |
orf8.pep 195 XNRQHHRAAPDHRRQAAISQTQRQRNPAAXPPLHTAPN...........Q 244
orf8ng   251 TRPPHPHRHRHQPRTGSPRRTPPLPMAGFPLAQHQYASGNFRPRHPPATH 300
             |||||||||||||||||||||||||||| |||||.||||||||||| |||
orf8.pep 245 TRPPHPHRHRHQPRTGSPRRTPPLPMAGLPLAQHRYASGNFRPRHPAATH 294
orf8ng    301 PPQMAGCPRTPTPAPKPA* 319
              |||||||||||||||||||
orf8.pep  295 PPQMAGCPRTPTPAPKPA* 313
预计全长ORF8ng核苷酸序列<SEQ ID 171>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 172>:1  MDRDDRLRRP RHAPVPRRDL LQRGGTYARY GHRAGRGFGR FMAEPALFPR51  QPPLLPDHRH GKRTGRLGGG RQKRLRPYVG GADDVHAHRR QRQRMARQRP101  DARDERPHRR RHRHCRRQTA AAEIHTDVAF HACRQPGRLQ QNDCRNQQRQ151  AYDARTFGAE YGQNAPNQRT HGQKPQPPRR HIGRKPHQPL HDGSHAARPP201  QNRQHHRAAP DHRRQAAISQ TQRQRNPAAR PPLHTAPNRP ATNRRPHQRQ251  TRPPHPHRHR HQPRTGSPRR TPPLPMAGFP LAQHQYASGN FRPRHPPATH301  PPQMAGCPRT PTPAPKPA*
根据这些蛋白质中的序列基序，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例28
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 173>:1 ..GAAATCAGCC TGCGGTCCGA CNACAGGCCG GTTTCCGTGN CGAAGCGGCG51   GGATTCGGAA CGTTTTCTGC TGTTGGACGG CGGCAACAGC CGGCTCAAGT101   GGGCGTGGGT GGAAAACGGC ACGTTCGCAA CCGTCGGTAG CGCGCCGTAC151   CGCGATTTGT CGCCTTTGGG CGCGGAGTGG GCGGAAAAGG CGGATGGAAA201   TGTCCGCATC GTCGGTTGCG CTGTGTGCGG AGAATTCAAA AAGGCACAAG251   TGCAGGAACA GCTCGCCCGA AAAATCGAGT GGCTGCCGTC TTCCGCACAG301   GCTTT.GGCA TACGCAACCA CTACCGCCAC CCCGAAGAAC ACGGTTCCGA351   CCGCTGGTTC AACGCCTTGG GCAGCCGCCG CTTCAGCCGC AACGCCTGCG401   TCGTCGTCAG TTGCGGCACG GCGGTAACGG TTGACGCGCT CACCGATGAC451   GGACATTATC TCGGAGA.GG AACCATCATG CCCGGTTTCC ACCTGATGAA501   AGAATCGCTC GCCGTCCGAA CCGCCAACCT CAACCGGCAC GCCGGTAAGC551   GTTATCCTTT CCCGACCGG..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 174；ORF61>:1 ..EISLRSDXRP VSYXKRRDSE RFLLLDGGNS RLKWAWVENG TFATVGSAPY51   RDLSPLGAEW AEKADGNVRI VGCAVCGEFK KAQVQEQLAR KIEWLPSSAQ101   AXGIRNHYRH PEEHGSDRWF NALGSRRFSR NACVVVSCGT AVTVDALTDD151   GHYLGXGTIM PGFHLMKESL AVRTANLNRH AGKRYPFPT..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 175>:1  ATGACGGTTT TGAAGCTTTC GCACTGGCGG GTGTTGGCGG AGCTTGCCGA51  CGGTTTGCCG CAACACGTCT CGCAACTGGC GCGTATGGCG GATATGAAGC101  CGCAGCAGCT CAACGGTTTT TGGCAGCAGA TGCCGGCGCA CATACGCGGG151  CTGTTGCGCC AACACGACGG CTATTGGCGG CTGGTGCGCC CATTGGCGGT201  TTTCGATGCC GAAGGTTTGC GCGAGCTGGG GGAAAGGTCG GGTTTTCAGA251  CGGCATTGAA GCACGAGTGC GCGTCCAGCA ACGACGAGAT ACTGGAATTG301  GCGCGGATTG CGCCGGACAA GGCGCACAAA ACCATATGCG TGACCCACCT351  GCAAAGTAAG GGCAGGGGGC GGCAGGGGCG GAAGTGGTCG CACCGTTTGG401  GCGAGTGTCT GATGTTCAGT TTTGGCTGGG TGTTTGACCG GCCGCAGTAT451  GAGTTGGGTT CGCTGTCGCC TGTTGCGGCA GTGGCGTGTC GGCGCGCCTT501  GTCGCGTTTA GGTTTGGATG TGCAGATTAA GTGGCCCAAT GATTTGGTTG551  TCGGACGCGA CAAATTGGGC GGCATTCTGA TTGAAACGGT CAGGACGGGC601  GGCAAAACGG TTGCCGTGGT CGGTATCGGC ATCAATTTTG TCCTGCCCAA651  GGAAGTAGAA AATGCCGCTT CCGTGCAATC GCTGTTTCAG ACGGCATCGC701  GGCGGGGCAA TGCCGATGCC GCCGTGCTGC TGGAAACGCT GTTGGTGGAA751  CTGGACGCGG TGTTGTTGCA ATATGCGCGG GACGGATTTG CGCCTTTTGT801  GGCGGAATAT CAGGCTGCCA ACCGCGACCA CGGCAAGGCG GTATTGCTGT 851  TGCGCGACGG CGAAACCGTG TTCGAAGGCA CGGTTAAAGG CGTGGACGGA901  CAAGGCGTTT TGCACTTGGA AACGGCAGAG GGCAAACAGA CGGTCGTCAG951  CGGCGAAATC AGCCTGCGGT CCGACGACAG GCCGGTTTCC GTGCCGAAGC1001  GGCGGGATTC GGAACGTTTT CTGCTGTTGG ACGGCGGCAA CAGCCGGCTC1051  AAGTGGGCGT GGGTGGAAAA CGGCACGTTC GCAACCGTCG GTAGCGCGCC1101  GTACCGCGAT TTGTCGCCTT TGGGCGCGGA GTGGGCGGAA AAGGCGGATG1151  GAAATGTCCG CATCGTCGGT TGCGCTGTGT GCGGAGAATT CAAAAAGGCA1201  CAAGTGCAGG AACAGCTCGC CCGAAAAATC GAGTGGCTGC CGTCTTCCGC1251  ACAGGCTTTG GGCATACGCA ACCACTACCG CCACCCCGAA GAACACGGTT1301  CCGACCGCTG GTTCAACGCC TTGGGCAGCC GCCGCTTCAG CCGCAACGCC1351  TGCGTCGTCG TCAGTTGCGG CACGGCGGTA ACGGTTGACG CGCTCACCGA1401  TGACGGACAT TATCTCGGGG GAACCATCAT GCCCGGTTTC CACCTGATGA1451  AAGAATCGCT CGCCGTCCGA ACCGCCAACC TCAACCGGCA CGCCGGTAAG1501  CGTTATCCTT TCCCGACCAC AACGGGCAAT GCCGTCGCCA GCGGCATGAT1551  GGATGCGGTT TGCGGCTCGG TTATGATGAT GCACGGGCGT TTGAAAGAAA1601  AAACCGGGGC GGGCAAGCCT GTCGATGTCA TCATTACCGG CGGCGGCGCG1651  GCAAAAGTTG CCGAAGCCCT GCCGCCTGCA TTTTTGGCGG AAAATACCGT1701  GCGCGTGGCG GACAACCTCG TCATTTACGG GTTGTTGAAC ATGATTGCCG1751  CCGAAGGCAG GGAATATGAA CATATTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 176；ORF61-1>:1  MTVLKLSHWR VLAELADGLP QHVSQLARMA DMKPQQLNGF WQQMPAHIRG51  LLRQHDGYWR LVRPLAVFDA EGLRELGERS GFQTALKHEC ASSNDEILEL101  ARIAPDKAHK TICVTHLQSK GRGRQGRKWS HRLGECLMFS FGWVFDRPQY151  ELGSLSPVAA VACRRALSRL GLDVQIKWPN DLVVGRDKLG GILIETVRTG201  GKTVAVVGIG INFVLPKEVE NAASVQSLFQ TASRRGNADA AVLLETLLVE251  LDAVLLQYAR DGFAPFVAEY QAANRDHGKA VLLLRDGETV FEGTVKGVDG301  QGVLHLETAE GKQTVVSGEI SLRSDDRPVS VPKRRDSERF LLLDGGNSRL351  KWAWVENGTF ATVGSAPYRD LSPLGAEWAE KADGNVRIVG CAVCGEFKKA401  QVQEQLARKI EWLPSSAQAL GIRNHYRHPE EHGSDRWFNA LGSRRFSRNA451  CVVVSCGTAV TVDALTDDGH YLGGTIMPGF HLMKESLAVR TANLNRHAGK501  RYPFPTTTGN AVASGMMDAV CGSVMMMHGR LKEKTGAGKP VDVIITGGGA551  AKVAEALPPA FLAENTVRVA DNLVIYGLLN MIAAEGREYE HI*
图9显示出ORF61-1的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。该氨基酸序列的进一步计算机分析给出了下列结果：
与副百日咳博德特氏菌的baf蛋白(登录号为U12020)的同源性
ORF61和baf蛋白在166个氨基酸的重叠区内有33％的氨基酸相同性：orf61  23  LLLDGGNSRLKWAWVE-NGTFATVGSAPYR----DLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCG 77
       +L+D GNSRLK  W + +   A    AP      DL  LG   A       R +G  V Gbaf    3   ILIDSGNSRLKVGWFDPDAPQAAREPAPVAFDNLDLDALGRWLATLPRRPQRALGVNVAG 62orf61  78  EFKKAQVQEQLAR---KIEWLPSSAQAXGIRNHYRHPEEHGSDRW---FNALGSRRFSRN 131
         +   +   L      I WL +   A G+RN YR+P++ G+DRW      L  +baf    63  LARGEAIAATLRAGGCDIRWLRAQPLAMGLRNGYRNPDQLGADRWACMVGVLARQPSVHP 122orf61  132 ACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGXGTIMPGFHLMKESLAVRTANL 177
         +V S GTA T+D +  D  + G G I+PG  +M+ +LA  TA+Lbaf    123 PLLVASFGTATTLDTIGPDNVFPG-GLILPGPAMMRGALAYGTAHL 167
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF61与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF61a)在重叠的189个氨基酸内有97.4％的相同性：
                                   10        20        30
orf61.pep                  EISLRSDXRPVSVXKRRDSERFLLLDGGNS
                           ||||||| ||||| ||||||||||||||||orf61a    TVFEGTVKGVDGQGVLHLETAEGKQTVVSGEISLRSDDRPVSVPKRRDSERFLLLDGGNS
     290       300       310       320       330       340
              40        50        60        70        80        90orf61.pep RLKWAWVENGTFATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLAR
      |||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||orf61a    RLKWAWVENGTFATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKVDGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLAR
     350       360       370       380       390       400
             100       110       120       130       140       150orf61.pep KIEWLPSSAQAXGIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDD
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61a    KIEWLPSSAQALGIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDD
     410       420       430       440       450       460
             160       170       180      189orf61.pep GHYLGXGTIMPGFHLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPT
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||orf61a    GHYLG-GTIMPGFHLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSVMMM
     470        480       490       500       510       520orf61a    HGRLKEKTGAGKPVDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIHGLLNLIAAEGG
      530       540       550       560       570       580全长ORF61a核苷酸序列<SEQ ID 177>是：1  ATGACGGTTT TGAAGCCTTC GCACTGGCGG GTGTTGGCGG AGCTTGCCGA51  CGGTTTGCCG CAACACGTCT CGCAACTGGC GCGTATGGCG GATATGAAGC101  CGCAGCAGCT CAACGGTTTT TGGCAGCAGA TGCCGGCGCA CATACGCGGG151  CTGTTGCGCC AACACGACGG CTATTGGCGG CTGGTGCGCC CATTGGCGGT201  TTTCGATGCC GAAGGTTTGC GCGAGCTGGG GGAAAGGTCG GGTTTTCAGA251  CGGCATTGAA GCACGAGTGC GCGTCCAGCA ACGACGAGAT ACTGGAATTG301  GCGCGGATTG CGCCGGACAA GGCGCACAAA ACCATATGTG TGACCCACCT351  GCAAAGTAAG GGCAGGGGGC GGCAGGGGCG GAAGTGGTCG CACCGTTTGG401  GCGAGTGTCT GATGTTCAGT TTTGGCTGGG TGTTTGACCG GCCGCAGTAT451  GAGTTGGGTT CGCTGTCGCC TGTTGCGGCA GTGGCGTGCC GGCGCGCCTT501  GTCGCGTTTG GGTTTGAAAA CGCAAATCAA GTGGCCAAAC GATTTGGTCG551  TCGGACGCGA CAAATTGGGC GGCATTCTGA TTGAAACGGT CAGGACGGGC601  GGCAAAACGG TTGCCGTGGT CGGTATCGGC ATCAATTTCG TGCTGCCCAA651  GGAAGTGGAA AACGCCGCTT CCGTGCAATC GCTGTTTCAG ACGGCATCGC701  GGCGGGGAAA TGCCGATGCC GCCGTGTTGC TGGAAACGCT GTTGGCGGAA751  CTTGATGCGG TGTTGTTGCA ATATGCGCGG GACGGATTTG CGCCTTTTGT801  GGCGGAATAT CAGGCTGCCA ACCGCGACCA CGGCAAGGCG GTATTGCTGT851  TGCGCGACGG CGAAACCGTG TTCGAAGGCA CGGTTAAAGG CGTGGACGGA901  CAAGGCGTTC TGCACTTGGA AACGGCAGAG GGCAAACAGA CGGTCGTCAG951  CGGCGAAATC AGCCTGCGGT CCGACGACAG GCCGGTTTCC GTGCCGAAGC1001  GGCGGGATTC GGAACGTTTT CTGCTGTTGG ACGGCGGCAA CAGCCGGCTC1051  AAGTGGGCGT GGGTGGAAAA CGGCACGTTC GCAACCGTCG GTAGCGCGCC1101  GTACCGCGAT TTGTCGCCTT TGGGCGCGGA GTGGGCGGAA AAGGTGGATG1151  GAAATGTCCG CATCGTCGGT TGCGCCGTGT GCGGAGAATT CAAAAAGGCA1201  CAAGTGCAGG AACAGCTCGC CCGAAAAATC GAGTGGCTGC CGTCTTCCGC1251  ACAGGCTTTG GGCATACGCA ACCACTACCG CCACCCCGAA GAACACGGTT1301  CCGACCGCTG GTTCAACGCC TTGGGCAGCC GCCGCTTCAG CCGCAACGCC1351  TGCGTCGTCG TCAGTTGCGG CACGGCGGTA ACGGTTGACG CGCTCACCGA1401  TGACGGACAT TATCTCGGGG GAACCATCAT GCCCGGTTTC CACCTGATGA1451  AAGAATCGCT CGCCGTCCGA ACCGCCAACC TCAACCGGCA CGCCGGTAAG1501  CGTTATCCTT TCCCGACCAC AACGGGCAAT GCCGTCGCCA GCGGCATGAT1551  GGATGCGGTT TGCGGCTCGG TTATGATGAT GCACGGGCGT TTGAAAGAAA1601  AAACCGGGGC GGGCAAGCCT GTCGATGTCA TCATTACCGG CGGCGGCGCG1651  GCAAAAGTTG CCGAAGCCCT GCCGCCTGCA TTTTTGGCGG AAAATACCGT1701  GCGCGTGGCG GACAACCTCG TCATTCACGG GCTGCTGAAC CTGATTGCCG1751  CCGAAGGCGG GGAATCGGAA CATACTTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 178>:1  MTVLKPSHWR VLAELADGLP QHVSQLARMA DMKPQQLNGF WQQMPAHIRG51  LLRQHDGYWR LVRPLAVFDA EGLRELGERS GFQTALKHEC ASSNDEILEL101  ARIAPDKAHK TICVTHLQSK GRGRQGRKWS HRLGECLMFS FGWVFDRPQY151  ELGSLSPVAA VACRRALSRL GLKTQIKWPN DLVVGRDKLG GILIETVRTG201  GKTVAVVGIG INFVLPKEVE NAASVQSLFQ TASRRGNADA AVLLETLLAE251  LDAVLLQYAR DGFAPFVAEY QAANRDHGKA VLLLRDGETV FEGTVKGVDG301  QGVLHLETAE GKQTVVSGEI SLRSDDRPVS VPKRRDSERF LLLDGGNSRL351  KWAWVENGTF ATVGSAPYRD LSPLGAEWAE KVDGNVRIVG CAVCGEFKKA401  QVQEQLARKI EWLPSSAQAL GIRNHYRHPE EHGSDRWFNA LGSRRFSRNA451  CVVVSCGTAV TVDALTDDGH YLGGTIMPGF HLMKESLAVR TANLNRHAGK501  RYPFPTTTGN AVASGMMDAV CGSVMMMHGR LKEKTGAGKP VDVIITGGGA551  AKVAEALPPA FLAENTVRVA DNLVIHGLLN LIAAEGGESE HT*ORF61a和ORF61-1在591个氨基酸的重叠区内有98.5％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf61a.pep MTVLKPSHWRVLAELADGLPQHVSQLARMADMKPQQLNGFWQQMPAHIRGLLRQHDGYWR
       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1    MTVLKLSHWRVLAELADGLPQHVSQLARMADMKPQQLNGFWQQMPAHIRGLLRQHDGYWR
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf61a.pep LVRPLAVFDAEGLRELGERSGFQTALKHECASSNDEILELARIAPDKAHKTICVTHLQSK
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1    LVRPLAVFDAEGLRELGERSGFQTALKHECASSNDEILELARIAPDKAHKTICVTHLQSK
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf61a.pep GRGRQGRKWSHRLGECLMFSFGWVFDRPQYELGSLSPVAAVACRRALSRLGLKTQIKWPN
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| :||||||orf61-1    GRGRQGRKWSHRLGECLMFSFGWVFDRPQYELGSLSPVAAVACRRALSRLGLDVQIKWPN
             130        140       150       160       170       180
             190        200       210       220       230       240orf61a.pep DLVVGRDKLGGILIETVRTGGKTVAVVGIGINFVLPKEVENAASVQSLFQTASRRGNADA
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1    DLVVGRDKLGGILIETVRTGGKTVAVVGIGINFVLPKEVENAASVQSLFQTASRRGNADA
             190        200       210       220       230       240
             250        260       270       280       290       300orf61a.pep AVLLETLLAELDAVLLQYARDGFAPFVAEYQAANRDHGKAVLLLRDGETVFEGTVKGVDG
       ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1    AVLLETLLVELDAVLLQYARDGFAPFVAEYQAANRDHGKAVLLLRDGETVFEGTVKGVDG
             250        260       270       280       290       300
             310        320       330       340       350       360orf61a.pep QGVLHLETAEGKQTVVSGEISLRSDDRPVSVPKRRDSERFLLLDGGNSRLKWAWVENGTF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1    QGVLHLETAEGKQTVVSGEISLRSDDRPVSVPKRRDSERFLLLDGGNSRLKWAWVENGTF
             310       320        330       340       350       360
             370       380        390       400       410       420orf61a.pep ATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKVDGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLARKIEWLPSSAQAL
       |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1    ATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLARKIEWLPSSAQAL
             370       380        390       400       410       420
             430       440        450       460       470       480orf61a.pep GIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGGTIMPGF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1    GIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGGTIMPGF
                  430       440       450       460       470       480
                  490       500       510       520       530       540
orf61a.pep HLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSVMMMHGRLKEKTGAGKP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1    HLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSVMMMHGRLKEKTGAGKP
                  490       500       510       520       530       540
                  550       560       570       580       590
orf61a.pep VDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIHGLLNLIAAEGGESEHTX
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||| | ||
orf61-1    VDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIYGLLNMIAAEGREYEHIX
                  550       560       570       580       590
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF61与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF61.ng)在重叠的189个氨基酸内有94.2％的相同性：
orf61.pep                               EISLRSDXRPVSVXKRRDSERFLLLDGGNS  30
                                        ||||| | | ||| || ||||||||:||||
orf61ng   TVCEGTVKGVDGRGVLHLETAEGEQTVVSGEISLRPDNRSVSVPKRPDSERFLLLEGGNS 211
orf61.pep RLKWAWVENGTFATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLAR  90
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:|||||
orf61ng   RLKWAWVENGTFATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGESKKAQVKEQLAR 271
orf61.pep KIEWLPSSAQAXGIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDD 150
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61ng   KIEWLPSSAQALGIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDD 331
orf61.pep GHYLGXGTIMPGFHLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPT                      189
          ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
orf61ng   GHYLG-GTIMPGFHLMKESLAVRTANLNRPAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSIMMM 390
预计ORF61ng核苷酸序列<SEQ ID 179>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID180>:1 MFSFGWAFDR PQYELGSLSP VAALACRRAL GCLGLETQIK WPNDLVVGRD51 KLGGILIETV RAGGKTVAVV GIGINFVLPK EVENAASVQS LFQTASRRGN101 ADAAVLLETL LAELGAVLEQ YAEEGFAPFL NEYETANRDH GKAVLLLRDG151 ETVCEGTVKG VDGRGVLHLE TAEGEQTVVS GEISLRPDNR SVSVPKRPDS201 ERFLLLEGGN SRLKWAWVEN GTFATVGSAP YRDLSPLGAE WAEKADGNVR251 IVGCAVCGES KKAQVKEQLA RKIEWLPSSA QALGIRNHYR HPEEHGSDRW301 FNALGSRRFS RNACVVVSCG TAVTVDALTD DGHYLGGTIM PGFHLMKESL351 AVRTANLNRP AGKRYPFPTT TGNAVASGMM DAVCGSIMMM HGRLKEKNGA401 GKPVDVIITG GGAAKVAEAL PPAFLAENTV RVADNLVIHG LLNLIAAEGG451 ESEHA*进一步的分析揭示完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 181>是：1  ATGACGGTTT TGAAGCCTTC GCATTGGCGG GTGTTGGCGG AGCTTGCCGA51  CGGTTTGCCG CAACACGTAT CGCAATTGGC GCGTGAGGCG GACATGAAGC101  CGCAGCAGCT CAACGGTTTT TGGCAGCAGA TGCCGGCGCA TATACGCGGG151  CTGTTGCGCC AACACGACGG CTATTGGCGG CTGGTGCGCC CCTTGGCGGT201  TTTCGATGCC GAAGGTTTGC GCGATCTGGG GGAAAGGTCG GGTTTTCAGA251  CGGCATTGAA GCACGAGTGC GCGTCCAGCA ACGACGAGAT ACTGGAATTG301  GCGCGGATTG CGCCGGACAA GGCGCACAAA ACCATATGCG TGACCCACCT351  GCAAAGTAAG GGCAGGGGGC GGCAGGGGCG GAAGTGGTCG CACCGTTTGG401  GCGAGTGCCT GATGTTCAGT TTCGGCTGGG CGTTTGACCG GCCGCAGTAT451  GAGTTGGGTT CGCTGTCGCC TGTTGCGGCA CTTGCGTGCC GGCGCGCTTT 501  GGGGTGTTTG GGTTTGGAAA CGCAAATCAA GTGGCCAAAC GATTTGGTCG551  TCGGACGCGA CAAATTGGGC GGCATTCTGA TTGAAACAGT CAGGGCGGGC601  GGTAAAACGG TTGCCGTGGT CGGTATCGGC ATCAATTTCG TGCTGCCCAA651  GGAAGTGGAA AACGCCGCTT CCGTGCAGTC GCTGTTTCAG ACGGCATCGC701  GGCGGGGCAA TGCCGATGCC GCCGTATTGC TGGAAACATT GCTTGCGGAA751  CTGGGCGCGG TGTTGGAACA ATATGCGGAA GAAGGGTTCG CGCCATTTTT801  AAATGAGTAT GAAACGGCCA ACCGCGACCA CGGCAAGGCG GTATTGCTGT851  TGCGCGACGG CGAAACCGTG TGCGAAGGCA CGGTTAAAGG CGTGGACGGA901  CGAGGCGTTC TGCACTTGGA AACGGCAgaa ggcgaACAGa cggtcgtcag951  cggcgaaaTC AGcctGCggc ccgacaacaG GTCGGtttcc gtgccgaagc1001  ggccggatTC GgaacgtTTT tTGCtgttgg aaggcgggaa cagccgGCTC1051  AAGTGGGCGT GggtggAAAa cggcacgttc gcaaccgtgg gcagcgcgCc1101  gtaCCGCGAT TTGTCGCCTT TGGGCGCGGA GTGGGCGGAA AAGGCGGATG1151  GAAATGTCCG CATCGTCGGT TGCGCCGTGT GCGGAGAATC CAAAAAGGCA1201  CAAGTGAAGG AACAGCTCGC CCGAAAAATC GAGTGGCTGC CGTCTTCCGC12S1  ACAGGCTTTG GGCATACGCA ACCACTACCG CCACCCCGAA GAACACGGTT1301  CCGACCGTTG GTTCAACGCC TTGGGCAGCC GCCGCTTCAG CCGCAACGCC1351  TGCGTCGTCG TCAGTTGCGG CACGGCGGTA ACGGTTGACG CGCTCACCGA1401  TGACGGACAT TATCTCGGCG GAACCATCAT GCCCGGCTTC CACCTGATGA1451  AAGAATCGCT CGCCGTCCGA ACCGCCAACC TCAACCGCCC CGCCGGCAAA1501  CGTTACCCTT TCCCGACCAC AACGGGCAAC GCCGTCGCAA GCGGCATGAT1551  GGACGCGGTT TGCGGCTCGA TAATGATGAT GCACGGCCGT TTGAAAGAAA1601  AAAACGGCGC GGGCAAGCCT GTCGATGTCA TCATTACCGG CGGCGGCGCG1651  GCGAAAGTCG CCGAAGCCCT GCCGCCTGCA TTTTTGGCGG AAAATACCGT1701  GCGCGTGGCG GACAACCTCG TCATCCACGG GCTGCTGAAC CTGATTGCCG1751  CCGAAGGCGG GGAATCGGAA CACGCTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 182；ORF61ng-1>:1  MTVLKPSHWR VLAELADGLP QHVSQLAREA DMKPQQLNGF WQQMPAHIRG51  LLRQHDGYWR LVRPLAVFDA EGLRDLGERS GFQTALKHEC ASSNDEILEL101  ARIAPDKAHK TICVTHLQSK GRGRQGRKWS HRLGECLMFS FGWAFDRPQY151  ELGSLSPVAA LACRRALGCL GLETQIKWPN DLVVGRDKLG GILIETVRAG201  GKTVAVVGIG INFVLPKEVE NAASVQSLFQ TASRRGNADA AVLLETLLAE251  LGAVLEQYAE EGFAPFLNEY ETANRDHGKA VLLLRDGETV CEGTVKGVDG301  RGVLHLETAE GEQTVVSGEI SLRPDNRSVS VPKRPDSERF LLLEGGNSRL351  KWAWVENGTF ATVGSAPYRD LSPLGAEWAE KADGNVRIVG CAVCGESKKA401  QVKEQLARKI EWLPSSAQAL GIRNHYRHPE EHGSDRWFNA LGSRRFSRNA451  CVVVSCGTAV TVDALTDDGH YLGGTIMPGF HLMKESLAVR TANLNRPAGK501  RYPFPTTTGN AVASGMMDAV CGSIMMMHGR LKEKNGAGKP VDVIITGGGA551  AKVAEALPPA FLAENTVRVA DNLVIHGLLN LIAAEGGESE HA*ORF61ng-1和ORF61-1在591个氨基酸的重叠区内有93.9％的相同性：orf61ng-1.pep MTVLKPSHWRVLAELADGLPQHVSQLAREADMKPQQLNGFWQQMPAHIRGLLRQHDGYWR  60
          ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1       MTVLKLSHWRVLAELADGLPQHVSQLARMADMKPQQLNGFWQQMPAHIRGLLRQHDGYWR  60orf61ng-1.pep LVRPLAVFDAEGLRDLGERSGFQTALKHECASSNDEILELARIAPDKAHKTICVTHLQSK 120
          ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1       LVRPLAVFDAEGLRELGERSGFQTALKHECASSNDEILELARIAPDKAHKTICVTHLQSK 120orf61ng-1.pep GRGRQGRKWSHRLGECLMFSFGWAFDRPQYELGSLSPVAALACRRALGCLGLETQIKWPN 180
          |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||:||||||: |||::||||||orf61-1       GRGRQGRKWSHRLGECLMFSFGWVFDRPQYELGSLSPVAAVACRRALSRLGLDVQIKWPN 180orf61ng-1.pep DLVVGRDKLGGILIETVRAGGKTVAVVGIGINFVLPKEVENAASVQSLFQTASRRGNADA 240
          ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf61-1       DLVVGRDKLGGILIETVRTGGKTVAVVGIGINFVLPKEVENAASVQSLFQTASRRGNADA 240orf61ng-1.pep AVLLETLLAELGAVLEQYAEEGFAPFLNEYETANRDHGKAVLLLRDGETVCEGTVKGVDG 300
          ||||||||:|| ||| |||::|||||: ||::|||||||||||||||||| |||||||||orf61-1       AVLLETLLVELDAVLLQYARDGFAPFVAEYQAANRDHGKAVLLLRDGETVFEGTVKGVDG 300
orf61ng-1.pep RGVLHLETAEGEQTVVSGEISLRPDNRSVSVPKRPDSERFLLLEGGNSRLKWAWVENGTF 360
              :||||||||||:||||||||||| |:| |||||| ||||||||:||||||||||||||||
orf61-1       QGVLHLETAEGKQTVVSGEISLRSDDRPVSVPKRRDSERFLLLDGGNSRLKWAWVENGTF 360
orf61ng-1.pep ATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGESKKAQVKEQLARKIEWLPSSAQAL 420
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:|||||||||||||||||
orf61-1       ATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLARKIEWLPSSAQAL 420
orf61ng-1.pep GIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGGTIMPGF 480
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1       GIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGGTIMPGF 480
orf61ng-1.pep HLMKESLAVRTANLNRPAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSIMMMHGRLKEKNGAGKP 540
              |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||:|||||
orf61-1       HLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSVMMMHGRLKEKTGAGKP 540
orf61ng-1.pep VDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIHGLLNLIAAEGGESEHAX 593
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||| | ||
orf61-1       VDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIYGLLNMIAAEGREYEHIX 593
根据该分析结果(包括与副百日咳博德特氏菌的baf蛋白有同源性，以及存在一个推定的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例29
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 183>:1  ATGTTTTACC AAATCCTTGC CCTGATTATC TGGAGCAGCT CGTTTATTGC51  CGCCAAATAT GTCTATGGCG GCATCGATCC CGCATTGATG GTCGGCGTGC101  GCCTGCTAAT TGCCGCGCTG CCTGCACTGC CCGCCTGCCG CCGTCATGTC151  GGCAAGATTC CGCGTGAGGA ATGGAAGCCG TTGCTGATTG TGTCGTTCGT201  CAACTATGTG CTGACCCTGC TGCTTCAGTT TGTCGGGTTG AAATACACTT251  CCGCCGCCAG CGCATCGGTC ATTGTCGGAC TCGAGCCGCT GCTGATGGTG301  TTTGTCGGAC ACTTTTTCTT CAACGACAAA GCGCGTGCCT ACCACTGGAT351  ATGCGGCGCG GCGGCATTTG CCGGTGTCGC GCTGCTGATG GCGGGCGGTG401  CGGaAGAGGG CGGCGaAGTC GGCTGGTTCG GCTGCCTGCT GGTGTTGTTG451  GCGGGCGCGG GCTTTTGTGC CGCTATGCGT CCGACGCAAA GGCTGATTGC501  ACGCATCGGC GCACCGGCAT TCACATCTGT TTCCATTGCC GCCGCATCGT551  TGATGTGCCT GCCGTTTTCG CTTGCTTTGG CGCAAAGTTA TACCGTGGAC601  TGGAGCGTCG GGATGGTATT GTCGCTGCTG TATTTGGGTT TGGGGTGC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 184；ORF62>:1 MFYQILALII WSSSFIAAKY VYGGIDPALM VGVRLLIAAL PALPACRRHV51 GKIPREEWKP LLIVSFVNYV LTLLLQFVGL KYTSAASASV IVGLEPLLMV101 FVGHFFFNDK ARAYHWICGA AAFAGVALLM AGGAEEGGEV GWFGCLLVLL151 AGAGFCAAMR PTQRLIARIG APAFTSVSIA AASLMCLPFS LALAQSYTVD201 WSVGMVLSLL YLGLGC..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 185>:1  ATGTTTTACC AAATCCTTGC CCTGATTATC TGGAGCAGCT CGTTTATTGC51  CGCCAAATAT GTCTATGGCG GCATCGATCC CGCATTGATG GTCGGCGTGC101  GCCTGCTAAT TGCCGCGCTG CCTGCACTGC CCGCCTGCCG CCGTCATGTC151  GGCAAGATTC CGCGTGAGGA ATGGAAGCCG TTGCTGATTG TGTCGTTCGT201  CAACTATGTG CTGACCCTGC TGCTTCAGTT TGTCGGGTTG AAATACACTT251  CCGCCGCCAG CGCATCGGTC ATTGTCGGAC TCGAGCCGCT GCTGATGGTG301  TTTGTCGGAC ACTTTTTCTT CAACGACAAA GCGCGTGCCT ACCACTGGAT351  ATGCGGCGCG GCGGCATTTG CCGGTGTCGC GCTGCTGATG GCGGGCGGTG401  CGGAAGAGGG CGGCGAAGTC GGCTGGTTCG GCTGCCTGCT GGTGTTGTTG451  GCGGGCGCGG GCTTTTGTGC CGCTATGCGT CCGACGCAAA GGCTGATTGC501  ACGCATCGGC GCACCGGCAT TCACATCTGT TTCCATTGCC GCCGCATCGT551  TGATGTGCCT GCCGTTTTCG CTTGCTTTGG CGCAAAGTTA TACCGTGGAC601  TGGAGCGTCG GGATGGTATT GTCGCTGCTG TATTTGGGTT TGGGGTGCGG651  CTGGTACGCC TATTGGCTGT GGAACAAGGG GATGAGCCGT GTTCCTGCCA701  ATGTTTCGGG ACTGTTGATT TCGCTCGAAC CCGTCGTCGG CGTGCTGCTG751  GCGGTTTTGA TTTTGGGCGA ACACCTGTCG CCCGTGTCCG CCTTGGGCGT801  GTTTGTCGTC ATCGCCGCCA CCTTGGTTGC CGGCCGGCTG TCGCATCAAA851  AATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 186；ORF62-1>:1  MFYQILALII WSSSFIAAKY VYGGIDPALM VGVRLLIAAL PALPACRRHV51  GKIPREEWKP LLIVSFYNYV LTLLLQFVGL KYTSAASASV IVGLEPLLMV101  FVGHFFFNDK ARAYHWICGA AAFAGVALLM AGGAEFGGEV GWFGCLLVLL151  AGAGFCAAMR PTQRLIARIG APAFTSVSIA AASLMCLPFS LALAQSYTVD201  WSVGMVLSLL YLGLGCGMYA YWLWNKGMSR VPANVSGLLI SLEPVVGVLL251  AVLILGEHLS PVSALGVFVV IAATLVAGRL SHQK*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与流感嗜血菌的假设跨膜蛋白HI0976(登录号为O57147)的同源性ORF62和HI0976在114的氨基酸的重叠区内有50％的氨基酸相同性：Orf62   1   MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRXXXXXXXXXXXCRRHVGKIPREEWKP 60
        M YQILAL+IWSSS I  K  Y  +DP L+V VR             R   KI +   KHI0976  1   MLYQILALLIWSSSLIVGKLTYSMMDPVLVVQVRLIIAMIIVMPLFLRRWKKIDKPMRKQ 600rf62   61  LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAY 114
        L  ++F NY    LLQF+GLKYTSA+SA  ++GLEPLL+VFVGHFFF  K   +HI0976  61  LWWLAFFNYTAVFLLQFIGLKYTSASSAVTMIGLEPLLVVFVGHFFFKTKQNGF 114
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF62与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF62a)在重叠的216个氨基酸内有99.5％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60
orf62.pep MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62a    MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGYRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120
orf62.pep LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62a    LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFYGHFFFNDKARAYHWICGA
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180
orf62.pep AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62a    AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210
orf62.pep AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGC
          |||||||||||||||||||||||||||||||||:||
orf62a    AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGVGCSWYAYWLWNKGMSRVPANVSGLLI
                 190       200       210       220       230       240orf62a    SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSVLGVFVVIAATLVAGRLSHQKX
             250       260       270       280全长ORF62a核苷酸序列<SEQ ID 187>是：1  ATGTTTTACC AAATCCTTGC CCTGATTATC TGGAGCAGCT CGTTTATTGC51  CGCCAAATAT GTCTATGGCG GCATCGATCC CGCATTGATG GTCGGCGTGC101  GCCTGCTGAT TGCTGCGCTG CCTGCACTGC CCGCCTGCCG CCGTCATGTC151  GGCAAGATTC CGCGTGAGGA ATGGAAGCCG TTGCTGATTG TGTCGTTCGT201  CAACTATGTG CTGACCCTGC TACTTCAGTT TGTCGGGTTG AAATACACTT251  CCGCCGCCAG CGCATCGGTC ATTGTCGGAC TCGAGCCACT GCTGATGGTG301  TTTGTCGGAC ACTTTTTCTT CAACGACAAA GCGCGTGCCT ACCACTGGAT351  ATGCGGCGCG GCGGCATTTG CCGGTGTCGC GCTGCTGATG GCGGGCGGTG401  CGGAAGAGGG CGGCGAAGTC GGCTGGTTCG GCTGCCTGCT GGTGTTGTTG451  GCGGGCGCGG GCTTTTGTGC CGCTATGCGT CCGACGCAAA GGCTGATTGC501  ACGCATCGGC GCACCGGCAT TCACATCTGT TTCCATTGCC GCCGCATCGT551  TGATGTGCCT GCCGTTTTCG CTTGCTTTGG CGCAAAGTTA TACCGTGGAC601  TGGAGCGTCG GAATGGTATT GTCGCTGCTG TATTTGGGCG TGGGGTGCAG651  CTGGTACGCC TATTGGCTGT GGAACAAGGG GATGAGCCGT GTTCCTGCCA701  ACGTTTCGGG ACTGTTGATT TCGCTCGAAC CCGTCGTCGG CGTGCTGCTG751  GCGGTTTTGA TTTTGGGCGA ACACCTGTCG CCCGTGTCCG TCTTGGGCGT801  GTTTGTCGTC ATCGCCGCCA CCTTGGTTGC CGGCCGGCTG TCGCATCAAA851  AATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 188>:1  MFYQILALII WSSSFIAAKY VYGGIDPALM VGVRLLIAAL PALPACRRHV51  GKIPREEWKP LLIVSFVNYV LTLLLQFVGL KYTSAASASV IVGLEPLLMV101  FVGHFFFNDK ARAYHWICGA AAFAGVALLM AGGAEEGGEV GWFGCLLVLL151  AGAGFCAAMR PTQRLIARIG APAFTSVSIA AASLMCLPFS LALAQSYTVD201  WSVGMVLSLL YLGVGCSWYA YWLWNKGMSR VPANVSGLLI SLEPVVGVLL251  AVLILGEHLS PVSVLGVFVV IAATLVAGRL SHQK*
ORF62a和ORF62-1在284个氨基酸的重叠区内有98.9％的相同性：
orf62a.pep MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP  60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1    MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP  60
orf62a.pep LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1    LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA 120
orf62a.pep AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1    AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA 180
orf62a.pep AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGVGCSWYAYWLWNKGMSRVPANVSGLLI 240
           |||||||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||
orf62-1    AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGCGWYAYWLWNKGMSRVPANVSGLLI 240
orf62a.pep SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSVLGVFVVIAATLVAGRLSHQKX 285
           |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf62-1    SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSALGVFVVIAATLVAGRLSHQKX 285
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF62与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF62.ng)在重叠的216个氨基酸内有99.5％的相同性：
orf62.pep  MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP 60
           |||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62ng    MFYQILALIIWGSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP 60orf62.pep LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA 120
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf62ng   LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA 120orf62.pep AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA 180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf62ng   AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA 180orf62.pep AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGC                         216
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf62ng   AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGCGWYAYWLWNKGMSRVPANASGLLI 240全长ORF62ng核苷酸序列<SEQ ID 189>是：1  ATGTTTTACC AAATCCTTGC CCTGATTATC TGGGGCAGCT CGTTTATTGC51  CGCCAAATAT GTCTATGGCG GCATCGATCC CGCATTGATG GTCGGCGTGC101  GCCTGCTGAT TGCCGCGCTG CCTGCACTGC CCGCCTGCCG CCGTCATGTC151  GGCAAGATTC CGCGTGAGGA ATGGAAGCCG TTGCTGATTG TGTCGTTCGT201  CAACTATGTG CTGACCCTGC TGCTTCAGTT TGTCGGGTTG AAATACACTT251  CCGCCGCCAG CGCATCGGTC ATTGTCGGAC TCGAGCCGCT GCTGATGGTG301  TTTGTCGGAC ACTTTTTCTT CAACGACAAA GCGCGTGCCT ACCACTGGAT351  ATGCGGCGCG GCGGCATTTG CCGGTGTCGC GCTGCTGATG GCGGGCGGTG401  CGGAAGAGGG CGGCGAAGTC GGCTGGTTCG GCTGCCTGCT GGTGTTGTTG451  GCGGGCGCGG GCTTTTGTGC CGCTATGCGT CCGACGCAAA GGCTGATTGC501  CCGCATCGGC GCACCGGCAT TCACATCTGT TTCCATTGCC GCCGCATCGT551  TGATGTGCCT GCCGTTTTCG CTTGCTTTGG CGCAAAGTTA TACCGTGGAC601  TGGAGCGTCG GGATGGTATT GTCGCTGTTG TATTTGGGTT TGGGGTGCGG651  CTGGTACGCC TATTGGCTGT GGAACAAGGG GATGAGCCGT GTTCCTGCCA701  ACGCGTCGGG ACTGTTGATT TCGCTCGAAC CCGTCGTCGG CGTGCTGTTG751  GCGGTTTTGA TTTTGGGCGA ACATTTATCG CCCGTGTCCG CCTTGGGCGT801  GTTTGTCGTC ATCGCCGCCA CTTTCGCCGC CGGCCGGCTG TCGCGCAGGG851  ACGCGCAAAA CGGCAATGCC GTCTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 190>:1 MFYQILALII WGSSFIAAKY VYGGIDPALM VGVRLLIAAL PALPACRRHV51 GKIPREEWKP LLIVSFVNYV LTLLLQFVGL KYTSAASASV IVGLEPLLMV101 FVGHFFFNDK ARAYHWICGA AAFAGVALLM AGGAEEGGEV GWFGCLLVLL151 AGAGFCAAMR PTQRLIARIG APAFTSVSIA AASLMCLPFS LALAQSYTVD201 WSVGMVLSLL YLGLGCGWYA YWLWNKGMSR VPANASGLLI SLEPVVGVLL251 AVLILGEHLS PVSALGVFVV IAATFAAGRL SRRDAQNGNA V*ORF62ng和ORF62-1在283个氨基酸的重叠区内有97.9％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf62ng.pep MFYQILALIIWGSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP
        |||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf62-1     MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf62ng.pep LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf62-1     LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf62ng.pep AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf62-1     AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA
               130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf62ng.pep AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGCGWYAYWLWNKGMSRVPANASGLLI
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf62-1     AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGCGWYAYWLWNKGMSRVPANVSGLLI
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290
orf62ng.pep SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSALGVFVVIAATFAAGRLSRRDAQNGNAVX
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||::|||||::
orf62-1     SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSALGVFVVIAATLVAGRLSHQKX
                   250       260       270       280
另外，ORF62ng显示出与假设的流感嗜血菌蛋白明显同源：
sp|Q57147|Y975_HAEIN假设蛋白HI0976>gi|1074589|pir||B64163假设蛋白HI0976-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)
>gi|1574004(U32778)假设的[流感嗜血菌]长度=128
评分=106位(262)，估计值=2e-22
相同性=56/114(49％)，阳性=68/114(59％)
询问：1  MFYQILALIIWGSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRXXXXXXXXXXXCRRHVGKIPREEWKP 60
          M YQILAL+IW SS I  K  Y  +DP L+V VR             R   KI +    K
目标：1  MLYQILALLIWSSSLIVGKLTYSMMDPVLVVQVRLIIAMIIVMPLFLRRWKKIDKPMRKQ 60
询问：61 LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAY 114
          L  ++F NY    LLQF+GLKYTSA+SA  ++GLEPLL+VFVGHFFF  K   +
目标：61 LWWLAFFNYTAVFLLQFIGLKYTSASSAVTMIGLEPLLVVFVGHFFFKTKQNGF 114
根据该分析结果(包括与流感嗜血菌的跨膜蛋白同源，且淋球菌蛋白中有推定的前导序列和几个跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例30
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 191>:1 ATGCGCCGTT TTCTACCGAT CGCAGCCATA TGCGCmGwms TCCTGkkGTA51 sGGACTGACG GCGGCAACCG GCAGCACCAG TTCGCTGGCG GATTATTTCT101 GGTGGATTGT TGCGTTCAGC GCAATGCTGC TGCTGGTGTT GTCCGCCGTT151 TTGGCACGTT ATGTCATATT GCTGTTGAAA GACAGGCGCG ACGGCGTATT201 CGGTTCGCtA srTyGCCAAA gsGCCTgkks TGGG.ATGTT TACGCTGGTT251 GCCGkACTGC CCGGCGTGTT TCTGTTCGGC TTTCCCGCAC AGTTCATCAA301 CGGCACGATT AATTCGTGGT TCGGCAACGA TACCCACGAG GCGCTTGAAC351 GCAGCCTCAA TTTGAGCAAG TCCGCATTGA ATTTGGCGGC AGACAACGCC401 CTCGGCAACG CCGTCCCCGT GCAGATAGAC CTCATCGGCG CGGCTTCCCT451 GCCCGGGGAT ATGGGCAGGG TGCTGGAACA TTACGCCGGC AGCGGTTTTG501 CCCAGCTTGC CCTGTACAAy ksCGCAAGCG GCAAAATCGA AAAAAGCATC551 AACCCGCACA AGCTCGATCA GCCGTTTCCA GGTAAGGCGC GTTGGGAaAa601 AATCCaACGG GCGGGTTCGG TCAGGGATTT GGAAAGCATA GGCGGCGTAT651 TGTaCGCGCA GGGCTGGCTG TCGGCGGGTA CGCACwACGG GCGCGATTAC701 GCCTTGTTTT TCCGTCAGCC GGTTCCCAAA GGCGTGGCAG AGGATGCCGT751 yTTAATCGAA AAGGCAAGGG CGAAATATGC TGAGTTGAGT TACAGCAAAA801 AAGGTTTGCA GACCTTTTTC CTGGCAACCC TGCTGATTGC CTCGCTGCTG851 TCGATTTTTC TTGCACTGGT CATGGCACTG TATTTCGCCC GCCGTTTCGT901 CGAACCCGTC CTATCGCTTG CCGAGGGGGC GAAGGCGGTG GCGCAAGGCG951 ATTTCAGCCA GACGCGCCCC GTGTTGCGCA ACGACGAGTT CGGACGCTTG1001 ACCArGTTGT TCAACCACAT GACCGAGCAG CTTTCCATCG CCAAAGATGC1051 AGACGAGCGC AACCGCCGGC GCGAGGAAGC CGCCAGGCAT TATCTTGAAT1101 GCGTGTTGGA GGGGCTGACC ACGGGCGTGG TGGTGTTTGA CGAACAAGGC  1151 TGTCTGAAAA CCTTCAACAA AGCGGCGGGT ACC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 192；ORF64>:1  MRRFLPIAAI CAXXLXXGLT AATGSTSSLA DYFWWIVAFS AMLLLVLSAV51  LARYVILLLK DRRDGVFGSX XAKXPXXXMF TLVAXLPGVF LFGFPAQFIN101  GTINSWFGND THEALERSLN LSKSALNLAA DNALGNAVPV QIDLIGAASL151  PGDMGRVLEH YAGSGFAQLA LYNXASGKIE KSINPHKLDQ PFPGKARWEK201  IQRAGSVRDL ESIGGVLYAQ GWLSAGTHXG RDYALFFRQP VPKGVAEDAV251  LIEKARAKYA ELSYSKKGLQ TFFLATLLIA SLLSIFLALV MALYFARRFV301  EPVLSLAEGA KAVAQGDFSQ TRPVLRNDEF GRLTXLFNHM TEQLSIAKDA351  DERNRRREEA ARHYLECVLE GLTTGVVVFD EQGCLKTFNK AAGT..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 193>:1  ATGCGCCGTT TTCTACCGAT CGCAGCCATA TGCGCCGTCG TCCTGTTGTA51  CGGACTGACG GCGGCAACCG GCAGCACCAG TTCGCTGGCG GATTATTTCT101  GGTGGATTGT TGCGTTCAGC GCAATGCTGC TGCTGGTGTT GTCCGCCGTT151  TTGGCACGTT ATGTCATATT GCTGTTGAAA GACAGGCGCG ACGGCGTATT201  CGGTTCGCAG ATTGCCAAAC GCCTTTCTGG GATGTTTACG CTGGTTGCCG251  TACTGCCCGG CGTGTTTCTG TTCGGCGTTT CCGCACAGTT CATCAACGGC301  ACGATTAATT CGTGGTTCGG CAACGATACC CACGAGGCGC TTGAACGCAG351  CCTCAATTTG AGCAAGTCCG CATTGAATTT GGCGGCAGAC AACGCCCTCG401  GCAACGCCGT CCCCGTGCAG ATAGACCTCA TCGGCGCGGC TTCCCTGCCC451  GGGGATATGG GCAGGGTGCT GGAACATTAC GCCGGCAGCG GTTTTGCCCA501  GCTTGCCCTG TACAATGCCG CAAGCGGCAA AATCGAAAAA AGCATCAACC551  CGCACAAGCT CGATCAGCCG TTTCCAGGTA AGGCGCGTTG GGAAAAAATC601  CAACGGGCGG GTTCGGTCAG GGATTTGGAA AGCATAGGCG GCGTATTGTA651  CGCGCAGGGC TGGCTGTCGG CGGGTACGCA CAACGGGCGC GATTACGCCT701  TGTTTTTCCG TCAGCCGGTT CCCAAAGGCG TGGCAGAGGA TGCCGTCTTA751  ATCGAAAAGG CAAGGGCGAA ATATGCTGAG TTGAGTTACA GCAAAAAAGG801  TTTGCAGACC TTTTTCCTGG CAACCCTGCT GATTGCCTCG CTGCTGTCGA851  TTTTTCTTGC ACTGGTCATG GCACTGTATT TCGCCCGCCG TTTCGTCGAA901  CCCGTCCTAT CGCTTGCCGA GGGGGCGAAG GCGGTGGCGC AAGGCGATTT951  CAGCCAGACG CGCCCCGTGT TGCGCAACGA CGAGTTCGGA CGCTTGACCA1001  AGTTGTTCAA CCACATGACC GAGCAGCTTT CCATCGCCAA AGAAGCAGAC1051  GAGCGCAACC GCCGGCGCGA GGAAGCCGCC AGGCATTATC TTGAATGCGT1101  GTTGGAGGGG CTGACCACGG GCGTGGTGGT GTTTGACGAA CAAGGCTGTC1151  TGAAAACCTT CAACAAAGCG GCGGAACAGA TTTTGGGGAT GCCGCTTACC1201  CCCCTGTGGG GCAGCAGCCG GCACGGTTGG CACGGCGTTT CGGCGCAGCA1251  GTCCCTGCTT GCCGAAGTGT TTGCCGCCAT CGGCGCGGCG GCAGGTACGG1301  ACAAACCGGT CCATGTGAAA TATGCCGCGC CGGACGATGC CAAAATCCTG1351  CTGGGCAAGG CAACCGTCCT GCCCGAAGAC AACGGCAACG GCGTGGTAAT1401  GGTGATTGAC GACATCACCG TTTTGATACA CGCGCAAAAA GAAGCCGCGT1451  GGGGCGAAGT GGCGAAGCGG CTGGCACACG AAATCCGCAA TCCGCTCACG1501  CCCATCCAGC TTTCCGCCGA ACGGCTGGCG TGGAAATTGG GCGGGAAGCT1551  GGATGAGCAG GATGCGCAAA TCCTGACGCG TTCGACCGAC ACCATCGTCA1601  AACAGGTGGC GGCATTGAAG GAAATGGTCG AAGCATTCCG CAATTATGCG1651  CGTTCCCCTT CGCTCAAATT GGAAAATCAG GATTTGAACG CCTTAATCGG1701  CGATGTGTTG GCATTGTATG AAGCCGGTCC GTGCCGGTTT GCGGCGGAGC1751  TTGCCGGCGA ACCGCTGACG GTGGCGGCGG ATACGACCGC CATGCGGCAG1801  GTGCTGCACA ATATTTTCAA AAATGCCGCC GAAGCGGCGG AAGAAGCCGA1851  TGTGCCCGAA GTCAGGGTAA AATCGGAAAC AGGGCAGGAC GGTCGGATTG1901  TCCTGACGGT TTGCGACAAC GGCAAAGGGT TCGGCAGGGA AATGCTGCAC1951  AACGCCTTCG AGCCGTATGT AACGGACAAA CCGGCGGGAA CGGGATTGGG2001  TCTGCCTGTG GTGAAAAAAA TCATTGAAGA ACACGGCGGC CGCATCAGCC2051  TGAGCAATCA GGATGCGGGT GGCGCGTGTG TCAGAATCAT CTTGCCAAAA2101  ACGGTAAAAA CTTATGCGTA G它对应于氨基酸序列<SEQ ID 194；ORF64-1>:1  MRRFLPIAAI CAVVLLYGLT AATGSTSSLA DYFWWIVAFS AMLLLVLSAV51  LARYVILLLK DRRDGVFGSQ IAKRLSGMFT LVAVLPGVFL FGVSAQFING101  TINSWFGNDT HEALERSLNL SKSALNLAAD NALGNAVPVQ IDLIGAASLP151  GDMGRVLEHY AGSGFAQLAL YNAASGKIEK SINPHKLDQP FPGKARWEKI201  QRAGSVRDLE SIGGVLYAQG WLSAGTHNGR DYALFFRQPV PKGVAEDAVL251  IEKARAKYAE LSYSKKGLQT FFLATLLIAS LLSIFLALVM ALYFARRFVE301  PVLSLAEGAK AVAQGDFSQT RPVLRNDEFG RLTKLFNIMT EQLSIAKEAD351  ERNRRREEAA RHYLECVLEG LTTGVVVFDE QGCLKTFNKA AEQILGMPLT401  PLWGSSRHGW HGVSAQQSLL AEVFAAIGAA AGTDKPVHVK YAAPDDAKIL451  LGKATVLPED NGNGVVMVID DITVLIHAQK EAAWGEVAKR LAHEIRNPLT501  PIQLSAERLA WKLGGKLDEQ DAQILTRSTD TIVKQVAALK EMVEAFRNYA551  RSPSLKLENQ DLNALIGDVL ALYEAGPCRF AAELAGEPLT VAADTTAMRQ601  VLHNIFKNAA EAAEEADVPE VRVKSETGQD GRIVLTVCDN GKGFGREMLH651  NAFEPYVTDK PAGTGLGLPV VKKIIEEHGG RISLSNQDAG GACVRIILPK701  TVKTYA*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF64与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF64a)在重叠的392个氨基酸内有92.6％的相同性：
              10        20        30        40        50        60orf64.pep MRRFLPIAAICAXXLXXGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
      ||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf64a    MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
              10        20       30        40         50        60
              70        80       90       100        110       120orf64.pep DRRDGVFGSXXAKXPXXXMFTLVAXLPGVFLFGFPAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLN
      |||||||||  ||     |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||orf64a    DRRDGVFGSQIAKR-LSGMFTLVAVLPGVFLFGVSAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLN
              70         80        90       100       110
             130       140       150       160       170       180orf64.pep LSKSALNLAADNALGNAVPVQIDLIGAASLPGDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNXASGKIE
      |||||||||||||||||:||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||orf64a    LSKSALNLAADNALGNAIPVQIDXIGAASLPXDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIE
    120       130       140       150       160       170
             190       200       210       220       230       240orf64.pep KSINPHKLDQPFPGKARWEKIQRAGSVRDLESIGGVLYAQGWLSAGTHXGRDYALFFRQP
      ||||||||||||||||||||||:|||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||orf64a    KSINPHKLDQPFPGKARWEKIQQAGSVRDXESIGGVLYAXGWLSAXTHNGRDYALFFRQP
    180       190       200       210       220       230
             250       260       270       280       290       300orf64.pep VPKGVAEDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFV
      |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf64a    VPKGVAEDAVLIEKARAXXXXLSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFV
    240       250       260       270       280       290
             310       320       330       340       350       360orf64.pep EPVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTXLFNHMTEQLSIAKDADERNRRREEA
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|||||||||||orf64a    EPVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEA
    300       310       320       330       340       350
             370       380       390orf64.pep ARHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAGT
      ||||||||||||||||||||||||||||||||orf64a    ARHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAEQILGMPLTPLWGSSRHGWHGVSAQQSL
    360       370       380       390       400       410orf64a    LAEVFAAIGAAAGTDKPVHVKYAAPDDAKILLGKATVLPEDNXNGVVMVIDDITVLIHAQ
  420    430    440    450    460    470全长ORF64a核苷酸序列<SEQ ID 195>是：1  ATGCGCCGTT TTCTACCGAT CGCAGCCATA TGCGCCGTCG TCCTGTTGTA51  CGGACTGACG GCGGCAACCG GCAGCACCAG TTCGCTGGCG GATTATTTCT101  GGTGGATTGT TGCGTTCAGC GCAATGCTGC TGCTGGTGTT GTCCGCCGTT151  TTGGCACGTT ATGTCATATT GCTGTTGAAA GACAGGCGCG ACGGCGTATT201  CGGTTCGCAG ATTGCCAAAC GCCTTTCCGG GATGTTTACG CTGGTTGCCG251  TACTGCCCGG CGTGTTTCTG TTCGGCGTTT CCGCACAGTT TATCAACGGC301  ACGATTAATT CGTGGTTCGG CAACGATACC CACGAGGCGC TTGAACGCAG351  CCTCAATTTG AGCAAGTCCG CATTGAATCT GGCGGCAGAC AACGCCCTTG401  GCAACGCCAT CCCCGTGCAG ATAGACNTCA TCGGCGCGGC TTCCCTGCCC451  NGGGATATGG GCAGGGTGCT GGAACATTAC GCCGGCAGCG GTTTTGCCCA501  GCTTGCCCTG TACAATGCCG CAAGCGGCAA AATCGAAAAA AGCATCAACC551  CGCACAAGCT CGATCAGCCG TTTCCAGGTA AGGCGCGTTG GGAAAAAATC601  CAACAGGCGG GTTCGGTCAG GGATNNGGAA AGCATAGGCG GCGTATTGTA651  CGCGCANGGC TGGCTGTCGG CAGNNACGCA CAACGGGCGC GATTACGCCT701  TGTTTTTCCG TCAGCCGGTT CCCAAAGGCG TGGCAGAGGA TGCCGTCTTA751  ATCGAAAAGG CAAGGGCGNA ANANNNTNAG TTGAGTTACA GCAAAAAAGG801  TTTGCAGACC TTTTTCCTNG CAACCCTGCT GATTGCCTCN CTGCTGTCGA851  TTTTTCTTGC ACTGGTCATG GCACTGTATT TCGCCCGCCG TTTCGTCGAA901  CCCGTCCTAT CGCTTGCCGA GGGGGCGAAG GCGGTGGCGC AAGGCGATTT951  CAGCCAGACG CGCCCCGTGT TGCGCAACGA CGAGTTCGGA CGCTTGACCA1001  AGTTGTTCAA CCACATGACC GAGCAGCTTT CCATCGCCAA AGAAGCAGAC1051  GAGCGCAACC GCCGGCGCGA GGAAGCCGCC AGACATTATC TCGAATGCGT1101  GTTGGAGGGG CTGACCACGG GCGTGGTGGT GTTTGACGAA CAAGGCTGTC1151  TGAAAACCTT CAACAAAGCG GCGGAACAGA TTTTGGGGAT GCCGCTTACC1201  CCCCTGTGGG GCAGCAGCCG GCACGGTTGG CACGGCGTTT CGGCGCAGCA1251  GTCCCTGCTT GCCGAAGTGT TTGCCGCCAT CGGCGCGGCG GCAGGTACGG1301  ACAAACCGGT CCATGTGAAA TATGCCGCGC CGGACGATGC CAAAATCCTG1351  CTGGGCAAGG CAACCGTCCT GCCCGAAGAC AACNGCAACG GCGTGGTAAT1401  GGTGATTGAC GACATCACCG TTTTGATACA CGCGCAAAAA GAAGCCGCGT1451  GGGGCGAAGT GGCAAAACGG CTGGCACACG AAATCCGCAA TCCGCTCACG1501  CCCATCCAGC TTTCTGCCGA ACGGCTGGCG TGGAAATTGG GCGGGAAGCT1551  GGACGAGCAN GACGCGCAAA TCCTGACACG TTCGACCGAC ACCATCATCA1601  AACAAGTGGC GGCATTAAAA GAAATGGTCG AGGCATTCCG CAATTACNCG1651  CGTTCCCCTT CGNCTCAATT GGAAAATCAG GATTTGAACG CCTTAATCGG1701  CGATGTGTTG GCATTGTACG AAGCTGGTCC GTGCCGGTTT GCGGCGGAAC1751  TTGCCGGCGA ACCGCTGATG ATGGCGGCGG ATACGACCGC CATGCGGCAG1801  GTGCTGCACA ATATTTTCAA AAATGCCGCC GAAGCGGCGG AAGAAGCCGA1851  TGTGCCCGAA GTCAGGGTAA AATCGGAAGC GGGGCAGGAC GGACGGATTG1901  TCCTGACAGT TTGCGACAAC GGCAAGGGGT TCGGCAGGGA AATGCTGCAC1951  AATGCCTTCG AGCCGTATGT AACGGACAAA CCGGCTGGAA CGGGATTGNG2001  ACTGCCCGTG GTGAAAAAAA TCATTGAAGA ACACGGCGGC CNCATCAGCC2051  TGAGCAATCA GGATGCGGGC GGCGCGTNTG TCAGAATCAT CTTGCCAAAA2101  ACGGTAGAAA CTTATGCGTA G它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 196>:1  MRRFLPIAAI CAVVLLYGLT AATGSTSSLA DYFWWIVAFS AMLLLVLSAV51  LARYVILLLK DRRDGVFGSQ IAKRLSGMFT LVAVLPGYFL FGVSAQFING101  TINSWFGNDT HEALERSLNL SKSALNLAAD NALGNAIPYQ IDXIGAASLP151  XDMGRVLEHY AGSGFAQLAL YNAASGKIEK SINPHKLDQP FPGKARWEKI201  QQAGSVRDXE SIGGVLYAXG WLSAXTHNGR DYALFFRQPV PKGVAEDAVL251  IEKARAXXXX LSYSKKGLQT FFLATLLIAS LLSIFLALVM ALYFARRFVE301  PVLSLAEGAK AVAQGDFSQT RPVLRNDEFG RLTKLFNHMT EQLSIAKEAD351  ERNRRREEAA RHYLECVLEG LTTGVVVFDE QGCLKTFNKA AEQILGMPLT401  PLWGSSRHGW HGVSAQQSLL AEVFAAIGAA AGTDKPVHVK YAAPDDAKIL451  LGKATVLPED NXNGVVMVID DITVLIHAQK EAAWGEVAKR LAHEIRNPLT501  PIQLSAERLA WKLGGKLDEX DAQILTRSTD TIIKQVAALK EMVEAFRNYX551  RSPSXQLENQ DLNALIGDVL ALYEAGPCRF AAELAGEPLM MAADTTAMRQ601  VLHNIFKNAA EAAEEADVPE VRVKSEAGQD GRIVLTVCDN GKGFGREMLH
651  NAFEPYVTDK PAGTGLXLPV VKKIIEEHGG XISLSNQDAG GAXVRIILPK
701  TVETYA*ORF64a和ORF64-1在706个氨基酸的重叠区内有96.6％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf64a.pep MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf64-1    MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf64a.pep DRRDGVFGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGVFLFGVSAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNL
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf64-1    DRRDGVFGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGVFLFGVSAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNL
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf64a.pep SKSALNLAADNALGNAIPVQIDXIGAASLPXDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIEK
       ||||||||||||||||:||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||orf64-1    SKSALNLAADNALGNAVPVQIDLIGAASLPGDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIEK
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf64a.pep SINPHKLDQPFPGKARWEKIQQAGSVRDXESIGGVLYAXGWLSAXTHNGRDYALFFRQPV
       |||||||||||||||||||||:|||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||orf64-1    SINPHKLDQPFPGKARWEKIQRAGSVRDLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYALFFRQPV
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290       300orf64a.pep PKGVAEDAVLIEKARAXXXXLSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFVE
       ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf64-1    PKGVAEDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFVE
              250       260       270       280       290       300
              310       320       330       340       350       360orf64a.pep PVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEAA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf64-1    PVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEAA
              310       320       330       340       350       360
              370       380       390       400       410       420orf64a.pep RHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAEQILGMPLTPLWGSSRHGWHGVSAQQSLL
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf64-1    RHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAEQILGMPLTPLWGSSRHGWHGVSAQQSLL
              370       380       390       400       410       420
              430       440       450       460       470       480orf64a.pep AEVFAAIGAAAGTDKPVHVKYAAPDDAKILLGKATVLPEDNXNGVVMVIDDITVLIHAQK
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||orf64-1    AEVFAAIGAAAGTDKPVHVKYAAPDDAKILLGKATVLPEDNGNGVVMVIDDITVLIHAQK
              430       440       450       460       470       480
              490       500       510       520       530       540orf64a.pep EAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDEXDAQILTRSTDTIIKQVAALK
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||:|||||||orf64-1    EAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDEQDAQILTRSTDTIVKQVAALK
              490       500       510       520       530       540
              550       560       570       580       590       600orf64a.pep EMVEAFRNYXRSPSXQLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFAAELAGEPLMMAADTTAMRQ
       ||||||||| |||| :||||||||||||||||||||||||||||||||| :|||||||||orf64-1    EMVEAFRNYARSPSLKLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFAAELAGEPLTYAADTTAMRQ
              550       560       570       580       590       600
              610       620       630       640       650       660orf64a.pep VLHNIFKNAAEAAEEADVPEVRVKSEAGQDGRIVLTVCDNGKGFGREMLHNAFEPYVTDK
       ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||orf64-1    VLHNIFKNAAEAAEEADVPEVRVKSETGQDGRIVLTVCDNGKGFGREMLHNAFEPYVTDK
              610       620       630       640       650       660
              670       680       690       700orf64a.pep PAGTGLXLPVVKKIIEEHGGXISLSNQDAGGAXVRIILPKTVETYAX
       |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||:||||orf64-1    PAGTGLGLPVVKKIIEEHGGRISLSNQDAGGACVRIILPKTVKTYAX
              670       680       690       700与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF64与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF64.ng)在重叠的387个氨基酸内有86.6％的相同性：orf64.pep MRRFLPIAAICAXXLXXGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK  60
      ||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||orf64ng  MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVSFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK  60orf64.pep DRRDGVFGSXXAKXPXXXMFTLVAXLPGVFLFGFPAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLN 120
      |||:|||||  ||     |||||| |||:||||: |||||||||||||||||||||||||orf64ng   DRRNGVFGSQIAKR-LSGMFTLVAVLPGLFLFGISAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLN 119orf64.pep LSKSALNLAADNALGNAVPVQIDLIGAASLPGDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNXASGKIE 180
      ||||||:||||||::|||||||||||:||| |:|| ||||||||||||||||| ||||||orf64ng   LSKSALDLAADNAVSNAVPVQIDLIGTASLSGNMGSVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIE 179orf64.pep KSINPHKLDQPFPGKARWEKIQRAGSVRDLESIGGVLYAQGWLSAGTHXGRDYALFFRQP 240
      ||||||::|||:| | :||:||::||||:||||||||||||||||||| |||||||||||orf64ng   KSINPHQFDQPLPDKEHWEQIQQTGSVRSLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYALFFRQP 239orf64.pep VPKGVAEDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFV 300
      :|::||:|||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||orf64ng   IPENVAQDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLVTLLIASLLSIFLALVMALYFARRFV 299orf64.pep EPVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTXLFNHMTEQLSIAKDADERNRRREEA 360
      ||:||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|||||||||||orf64ng   EPILSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEA 359orf64.pep ARHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAGT        394
      |||||||||:||||||||    :| :|orf64ng   ARHYLECVLDGLTTGVVVSYPLSCCRTAVFSTCHSSPLSYF 400
预计ORF64ng核苷酸序列<SEQ ID 197>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID198>:1 MRRFLPIAAI CAVVLLYGLT AATGSTSSLA DYFWWIVSFS AMLLLVLSAV51 LARYVILLLK DRRNGVFGSQ IAKRLSGMFT LVAVLPGLFL FGISAQFING101 TINSWFGNDT HEALERSLNL SKSALDLAAD NAVSNAVPVQ IDLIGTASLS151 GNMGSVLEHY AGSGFAQLAL YNA4SGKIEK SINPHQFDQP LPDKEHWEQI201 QQTGSVRSLE SIGGVLYAQG WLSAGTHNGR DYALFFRQPI PENVAQDAVL251 IEKARAKYAE LSYSKKGLQT FFLVTLLIAS LLSIFLALVM ALYFARRFVE301 PILSLAEGAK AVAQGDFSQT RPVLRNDEFG RLTKLFNHMT EQLSIAKEAD351 ERNRRREEAA RHYLECVLDG LTTGVVVSYP LSCCRTAVFS TCHSSPLSYF*进一步的工作揭示了完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 199>:   1  ATGCGCCGCT TCCTACCGAT CGCAGCCATA TGCGCCGTCG TCCTGCTGTA51  CGGATTGACG GCGGCGACCG GCAGCACCAG TTCGCTGGCG GATTATTTCT101  GGTGGATAGT CTCGTTCAGC GCAATGCTGC TGCTGGTGTT GTCCGCCGTT151  TTGGCACGTT ATGTCATATT GCTGTTGAAA GACAGGCGCA ACGGCGTGTT201  CGGTTCGCAG ATTGCCAAAC GCCTTTCCGG GATGTTCACG CTGGTCGCCG251  TACTGCCCGG CTTGTTCCTG TTCGGCATTT CCGCGCAGTT TATCAACGGC301  ACGATTAATT CGTGGTTCGG CAACGACACC CACGAAGCCC TCGAACGCAG351  CCTTAATTTG AGCAAGTCCG CACTGGATTT GGCGGCAGAC AATGCCGTCA401  GCAACGCCGT TCCCGTACAG ATAGACCTCA TCGGCACCGC CTCCCTGTCG451  GGCAATATGG GCAGTGTGCT GGAACACTAC GCCGGCAGCG GTTTTGCCCA501  GCTTGCCCTG TACAATGCCG CAAGCGGGAA AATCGAAAAA AGCATCAATC551  CGCACCAATT CGACCAGCCG CTTCCCGACA AAGAACATTG GGAACAGATT601  CAGCAGACCG GTTCGGTTCG GAGTTTGGAA AGCATAGGCG GCGTATTGTA651  CGCGCAGGGA TGGTTGTCGG CAGGTACGCA CAACGGGCGC GATTACGCGC701  TGTTCTTCCG CCAGCCGATT CCCGAAAATG TGGCACAGGA TGCCGTTCTG751  ATTGAAAAGG CGCGGGCGAA ATATGCCGAA TTGAGTTACA GCAAAAAAGG801  TTTGCAGACC TTTTTTCTGG TAACCCTGCT GATTGCCTCG CTGCTGTCGA851  TTTTTCTTGC GCTGGTAATG GCACTGTATT TTGCCCGCCG TTTCGTCGAA901  CCCATTCTGT CGCTTGCCGA GGGCGCAAAG GCGGTGGCGC AGGGTGATTT951  CAGCCAGACG CGCCCCGTAT TGCGCAACGA CGAGTTCGGA CGTTTGACCA1001  AGCTGTTCAA CCATATGACC GAGCAGCTTT CCATCGCCAA AGAAGCAGAC1051  GAACGCAACC GCCGGCGCGA GGAAGCCGCC CGTCACTACC TCGAGTGCGT1101  GTTGGATGGG TTGACTACCG GTGTGGTGGT GTTTGACGAA AAAGGCCGTT1151  TGAAAACCTT CAACAAGGCG GCGGAACAGA TTTTGGGGAT GCCGCTCGCC1201  CCCCTGTGGG GCAGCAGCCG GCACGGTTGG CACGGCGTTT CGGCGCAGCA1251  GTCCCTGCTT GCCGAAGTGT TtgccgccAT CGGTGCGGCG GCAGGTACGG1301  ACAAACCGGT CCAGGTGGAA TATGCCGCGC CGGACGATGC CAAAATCCTG1351  CTGGGCAAGG CGACGGTATT GCCCGAAGAC AACGGCAACG GCGTGGTGAT1401  GGTGATTGAC GACATCACCG TGCTGATACG CGCGCAAAAA GAAGCCGCGT1451  GGGGTGAAGT GGCGAAGCGG CTGGCACACG AAATCCGCAA TCCGCTCACG1501  CCCATCCAGC TTTCCGCCGA ACGGCTGGCG TGGAAATTGG GCGGGAAGCT1551  GGACGATCAG GACGCGCAAA TCCTGACGCG TtcgACCGAC ACCATCATCA1601  AACAGgtggc gGCGTTAAAA GAAATGGTCG AGGCATTCCG CAATTACGCG1651  CGCGCCCCTT CGCTCAAACT GGAAAATCAG GATTTGAACG CCTTAATCGG1701  CGATGTTTTG GCCCTGTACG AAGCCGGCCC GTGCCGGTTT GAGGCGGAAC1751  TTGCCGGCGA ACCGCTGATG ATGGCGGCGG ATACGACCGC CATGCGGCAG1801  GTGCTGCACA ATATTTTCAA AAATGCCGCC GAAGCGGCGG AAGAAGCCGA1851  TATGCCCGAA GTCAGGGTAA AATCGGAAAC GGGGCAGGAC GGACGGATTG1901  TCCTGACGGT TTGCGACAAC GGCAAGGGAT TCGGCAAGGA AATGCTGCAC1951  AATGCFTTCG AGCCGTATGT GACGGATAAG CCGGCGGGAA CGGGACTGGG2001  TCTGCCTGTA GTGAAAAAAA TCATTGGAGA ACACGGCGGC CGCATCAGCC2051  TGAGCAATCA GGATGCGGGT GGGGCGTGTG TCAGAATCAT CTTGCCAAAA2101  ACGGTAGAAA CTTATGCGTA G它对应于氨基酸序列<SEQ ID 200；ORF64ng-1>:1  MRRFLPIAAI CAVVLLYGLT AATGSTSSLA DYFWWIVSFS AMLLLVLSAV51  LARYVILLLK DRRNGVFGSQ IAKRLSGMFT LVAVLPGLFL FGISAQFING101  TINSWFGNDT HEALERSLNL SKSALDLAAD NAVSNAVPVQ IDLIGTASLS151  GNMGSVLEHY AGSGFAQLAL YNAASGKIEK SINPHQFDQP LPDKEHWEQI201  QQTGSVRSLE SIGGVLYAQG WLSAGTHNGR DYALFFRQPI PENVAQDAVL251  IEKARAKYAE LSYSKKGLQT FFLVTLLIAS LLSIFLALVM ALYFARRFVE301  PILSLAEGAK AVAQGDFSQT RPVLRNDEFG RLTKLFNHMT EQLSIAKEAD351  ERNRRREEAA RHYLECVLDG LTTGVVVFDE KGRLKTFNKA AEQILGMPLA401  PLWGSSRHGW HGVSAQQSLL AEVFAAIGAA AGTDKPVQVE YAAPDDAKIL451  LGKATVLPED NGNGVVMVID DITVLIRAQK EAAWGEVAKR LAHEIRNPLT501  PIQLSAERLA WKLGGKLDDQ DAQILTRSTD TIIKQVAALK EMVEAFRNYA551  RAPSLKLENQ DLNALIGDVL ALYEAGPCRF EAELAGEPLM MAADTTAMRQ601  VLHNIFKNAA EAAEEADMPE VRVKSETGQD GRIVLTVCDN GKGFGKEMLH651  NAFEPYVTDK PAGTGLGLPV VKKIIGEHGG RISLSNQDAG GACVRIILPK701  TVETYA*ORF64ng-1和ORF64-1在706个氨基酸的重叠区内有93.8％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf64ng-1.pep MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVSFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||orf64-1       MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf64ng-1.pep DRRNGVFGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGLFLFGISAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNL
          |||:|||||||||||||||||||||||:||||:|||||||||||||||||||||||||||orf64-1       DRRDGVFGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGVFLFGVSAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNL
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf64ng-1.pep SKSALDLAADNAVSNAVPVQIDLIGTASLSGNMGSVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIEK
          |||||:||||||::|||||||||||:||| |:|| |||||||||||||||||||||||||orf64-1       SKSALNLAADNALGNAVPVQIDLIGAASLPGDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIEK
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf64ng-1.pep SINPHQFDQPLPDKEHWEQIQQTGSVRSLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYALFFRQPI
          |||||::|||:| | :||:||::||||:|||||||||||||||||||||||||||||||:orf64-1       SINPHKLDQPFPGKARWEKIQRAGSVRDLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYALFFRQPV
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf64ng-1.pep PENVAQDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLVTLLIASLLSIFLALVMALYFARRFVE
          |::||:|||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||orf64-1       PKGVAEDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFVE
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320       330       340       350       360orf64ng-1.pep PILSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEAA
          |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf64-1       PVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEAA
                 310       320       330       340       350       360
                 370       380       390       400       410       420orf64ng-1.pep RHYLECVLDGLTTGVVVFDEKGRLKTFNKAAEQILGMPLAPLWGSSRHGWHGVSAQQSLL
          ||||||||:|||||||||||:| ||||||||||||||||:||||||||||||||||||||orf64-1       RHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAEQILGMPLTPLWGSSRHGWHGVSAQQSLL
                 370       380       390       400       410       420
                 430       440       450       460       470       480orf64ng-1.pep AEVFAAIGAAAGTDKPVQVEYAAPDDAKILLGKATVLPEDNGNGVVMVIDDITVLIRAQK
          |||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||orf64-1       AEVFAAIGAAAGTDKPVHVKYAAPDDAKILLGKATVLPEDNGNGVVMVIDDITVLIHAQK
                 430       440       450       460       470       480
                 490       500       510       520       530       540orf64ng-1.pep EAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDDQDAQILTRSTDTIIKQVAALK
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||:|||||||orf64-1       EAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDEQDAQILTRSTDTIVKQVAALK
                 490       500       510       520       530       540
                 550       560       570       580       590       600orf64ng-1.pep EMVEAFRNYARAPSLKLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFEAELAGEPLMMAADTTAMRQ
          |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| :|||||||||orf64-1       EMVEAFRNYARSPSLKLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFAAELAGEPLTVAADTTAMRQ
                 550       560       570       580       590       600
                     610       620       630       640       650       660
orf64ng-1.pep VLHNIFKNAAEAAEEADMPEVRVKSETGQDGRIVLTVCDNGKGFGKEMLHNAFEPYVTDK
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1       VLHNIFKNAAEAAEEADVPEVRVKSETGQDGRIVLTVCDNGKGFGREMLHNAFEPYVTDK
                     610       620       630       640       650       660
                     670       680       690       700
orf64ng-1.pep PAGTGLGLPVVKKIIGEHGGRISLSNQDAGGACVRIILPKTVETYAX
              ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||:||||
orf64-1       PAGTGLGLPVVKKIIEEHGGRISLSNQDAGGACVRIILPKTVKTYAX
                     670       680       690       700
另外，ORF64ng-1显示出与茎瘤固氮根瘤菌的一种蛋白明显同源：
sp|Q04850|NTRY_AZOCA氮调节蛋白NTRY>gi|77479|pir||S18624 ntrY蛋白-茎瘤固氮根瘤菌>gi|38737(X63841)NtrY基因产物[茎瘤固氮根瘤菌]长度=771
评分=218位(550)，估计值=7e-56
相同性=195/720(27％)，阳性=320/720(44％)，空隙=58/720(8％)
询问：7   IAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIXXXXXXXXXXXXXXXXRYVILLLKDRRNGV 66
           I+A+   ++L GLT    +   +      +                R +  + K R  G
目标：35  ISALATFLILMGLTPVVPTHQVVIS----VLLVNAAAVLILSAMVGREIWRIAKARARGR 90
询问：67  FGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGLFLFGISAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNLSKSALD 126
             +++  R+ G+F +V+V+P + +  +++  ++  ++ WF   T E +  S++++++ +
目标：91  AAARLHIRIVGLFAVVSVVPAILVAVVASLTLDRGLDRWFSMRTQEIVASSVSVAQTYVR 150
询问：127 LAADNAVSNAVPVQIDLIGTASLSGNMGSVLEHYAG--SGFAQLALYNAASGKIEKSINP 184
             A N   + + +  DL    S+          Y G  S F Q+    AA   +  ++
目标：151 EHALNIRGDILAMSADLTRLKSV----------YEGDRSRFNQILTAQAALRNLPGAMLI 200
询问：185 HQFDQPLPDKEHWEQIQQTGSVRSLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYA----------- 233
            + D  + ++ +   I +   V +  +IG     Q  +     N  DY
目标：201 RR-DLSVVERAN-VNIGREFIVPANLAIGDATPDQPVIYLP--NDADYVAAVVPLKDYDD 256
询问：234 --LFFRQPIPENVAQDAVLIEKARAKYAE1SYSKKGLQTFFLVTXXXXXXXXXXXXXVMA 291
             L+  + I   V       ++  A Y  L   + G+Q  F +               +
目标：257 LYLYVARLIDPRVIGYLKTTQETLADYRSLEERRFGVQVAFALMYAVITLIVLLSAVWLG 316
询问：292 LYFARRFVEPILSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRND-EFGRLTKLFNHMTEQLSIXXXXX 350
           L F++  V PI  L   A  VA+G+     P+ R + +   L + FN MT +L
目标：317 LNFSKWLVAPIRRLMSAADHVAEGNLDVRVPIYRAEGDLASLAETFNKMTHELRSQREAI 376
询问：351 XXXXXXXXXXXHYLECVLDGLTTGVVVFDEKGRLKTFNKAAEQILGMPLAPLWGSSRHGW 410
                       + E VL G+  GV+  D + R+   N++AE++LG  L+ +    RH
目标：377 LTARDQIDSRRRFTEAVLSGVGAGVIGLDSQERITILNRSAERLLG--LSEVEALHRHLA 434
询问：411 HGVSAQQSLLAEVFXXXXXXXXTDKPVQVEYAAPDDAKILLGKATVLPEDNG---NGVVM 467
             V     LL E            + VQ       D +  +    V  E +    +G V+
目标：435 EVVPETAGLLEEA------EHARQRSVQGNITLTRDGRERVFAVRVTTEQSPEAEHGWVV 488
询问：468 VIDDITVLIRAQKEAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDDQDAQILTR 527
            +DDIT LI AQ+ +AW +VA+R+AHEI+NPLTPIQLSAERL  K G  +  QD +I  +
目标：489 TLDDITELISAQRTSAWADVARRIAHEIKNPLTPIQLSAERLKRKFGRHV-TQDREIFDQ 547
询问：528 STDTIIKQVAALKEMVEAFRNYARAPSLKLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFEAELAGE 587
            TDTII+QV  +  MV+ F ++AR P   +++QD++ +I   + L   G      +
目标：548 CTDTIIRQVGDIGRMVDEFSSFARMPKPVVDSQDMSEIIRQTVFLMRVGHPEVVFDSEVP 607
询问：588 PLMMAA-DTTAMRQVLHNIFKNXXXXXXXXDMPEVRVK-------SETGQDGRIVLTVCD 639
           P M A  D   + Q L NI KN          P+VR +       +  G+D  +V+ + D
目标：608 PAMPARFDRRLVSQALTNILKNAAEAIEAVP-PDVRGQGRIRVSANRVGED--LVIDIID 664
询问：640 NGKGFGKEMLHNAFEPYVTDKPAGTGLGLPVVKKIIGEHGGRISLSNQDAG-GACVRIIL 698
           NG G  +E  +   EPYVT +  GTGLGL +V KI+ EHGG I L++   G GA +R+ L
目标：665 NGTGLPQESRNRLLEPYVTTREKGTGLGLAIVGKIMEEHGGGIELNDAPEGRGAWIRLTL 724
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和几个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例31
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 201>:1  ATGTACGCAT TTACCGCCGC ACAGCAACAG AAGGCACTCT TCCGGCTGGT51  GCTTTTTCAT ATCCTCATCA TCGCCGCCAG CAACTATCTG GTGCAGTTCC101  CTTTCCAAAT TTTCGGCATC CACACCACTT GGGGCGCATT TTCCTTTCCC151  TTCATCTTCC TTGCCACCGA CCTGACCGTC CGCATTTTCG GTTCTCACTT201  GGCACGGCGG ATTATCTTTT GGGTGATGTT CCCCGCCCTT TTGCTTTCCT251  ACGTCTTTTC CGTTTTGTTC CACAACGGCA GTTGGACAGG CTTGGGCGCG301  CTGTCCGAAT TCAACACCTT TGTCGGACGC ATCGCCTTAG CCAGCTTTGC351  CGCCTACGCG ATCGGACAAA TCCTTGATAT TTTTGTATTC AACAAATTAC401  GCCGTCTGAA AGCGTGGTGG ATTGCACCGA ACGCATCAAC CGTCATCGGG451  CACGCGTTGG ATACG...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 202；ORF66>:1  MYAFTAAQQQ KALFRLVLFH ILIIAASNYL VQFPFQIFGI HTTWGAFSFP51  FIFLATDLTV RIFGSHLARR IIFWVMFPAL LLSYVFSVLF HNGSWTGLGA101  LSEFNTFVGR IALASFAAYA IGQILDIFVF NKLRRLKAWW IAPNASTVIG151  HALDT...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 203>:1  ATGTACGCAT TTACCGCCGC ACAGCAACAG AAGGCACTCT TCCGGCTGGT51  GCTTTTTCAT ATCCTCATCA TCCCCGCCAG CAACTATCTG GTGCAGTTCC101  CTTTCCAAAT TTTCGGCATC CACACCACTT GGGGCGCATT TTCCTTTCCC151  TTCATCTTCC TTGCCACCGA CCTGACCGTC CGCATTTTCG GTTCTCACTT201  GGCACGGCGG ATTATCTTTT GGGTGATGTT CCCCGCCCTT TTGCTTTCCT251  ACGTCTTTTC CGTTTTGTTC CACAACGGCA GTTGGACAGG CTTGGGCGCG301  CTGTCCGAAT TCAACACCTT TGTCGGACGC ATCGCCTTAG CCAGCTTTGC351  CGCCTACGCG ATCGGACAAA TCCTTGATAT TTTTGTATTC AACAAATTAC401  GCCGTCTGAA AGCGTGGTGG ATTGCACCGA CCGCATCAAC CGTCATCGGC451  AACGCCTTGG ATACGCTGGT ATTTTTCGCC GTTGCCTTCT ACGCAAGCAG501  CGATGGATTT ATGGCGGCAA ACTGGCAGGG CATCGCTTTT GTCGATTACC551  TGTTCAAACT TACCGTCTGC ACCCTCTTCT TCCTGCCCGC CTACGGCGTG601  ATACTGAATC TGCTGACGAA AAAACTGACA ACCCTGCAAA CCAAACAGGC651  GCAAGACCGC CCCGCGCCCT CGCTGCAAAA TCCGTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 204；ORF66-1>:1 MYAFTAAQQQ KALFRLVLFH ILIIAASNYL VQFPFQIFGI HTTWGAFSFP51 FIFLATDLTV RIFGSHLARR IIFWVMFPAL LLSYVFSVLF HNGSWTGLGA101 LSEFNTFVGR IALASFAAYA IGQILDIFVF NKLRRLKAWW IAPTASTVIG151 NALDTLVFFA VAFYASSDGF MAANWQGIAF VDYLFKLTVC TLFFLPAYGV201 ILNLLTKKLT TLQTKQAQDR PAPSLQNP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与大肠杆菌的假设蛋白o221(登录号P37619)的同源性
ORF66和o221蛋白在155个氨基酸的重叠区内有67％的氨基酸相同性：orf66 1   MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
      M  F+  Q+ KALF L LFH+L+I +SNYLVQ P  I G HTTWGAFSFPFIFLATDLTVo221  1   MNVFSQTQRYKALFWLSLFHLLVITSSNYLVQLPVSILGFHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60orf66 61  RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA 120
      RIFG+ LARRIIF VM PALL+SYV S LF+ GSW G GAL+ FN FV RIA ASF AYAo221  61  RIFGAPLARRIIFAVMIPALLISYVISSLFYMGSWQGFGALAHFNLFVARIATASFMAYA 120orf66 121 IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPNASTVIGHALDT 155
      +GQILD+ VFN+LR+ + WW+AP AST+ G+  DTo221  121 LGQILDVHVFNRLRQSRRWWLAPTASTLFGNVSDT 155与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF66与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF66a)在重叠的155个氨基酸内有96.1％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf66. pep MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV
       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||orf66a     MYAFTAAQQQKALFWLVLFHILIIAASNYLVQFPFQISGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf66.pep  RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf66a     RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150orf66.pep  IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPNASTVIGHALDT
       :|||||||||||||||||||:||:||||||:||||orf66a     LGQILDIFVFNKLRRLKAWWVAPTASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDGFMAANWQGIAF
              130       140       150       160       170       180orf66a     VDYLFKLTVCGLFFLPAYGVILNLLTKKLTTLQTKQAQDRPAPSLQNPX
              190       200       210       220全长ORF66a核苷酸序列<SEQ ID 205>是：1 ATGTACGCAT TTACCGCCGC ACAGCAACAG AAGGCACTCT TCTGGCTGGT51 GCTTTTTCAT ATCCTCATCA TCGCCGCCAG CAACTATCTG GTGCAGTTCC101 CCTTCCAAAT TTCCGGCATC CACACCACTT GGGGCGCGTT TTCCTTTCCC151 TTCATCTTCC TCGCCACCGA CCTGACCGTC CGCATTTTCG GTTCGCACTT201 GGCACGGCGG ATTATCTTTT GGGTCATGTT CCCCGCCCTT TTGCTTTCCT251 ACGTCTTTTC CGTTTTGTTC CACAACGGCA GTTGGACGGG CTTGGGCGCG301 CTGTCCGAAT TCAACACCTT TGTCGGACGC ATCGCGCTGG CAAGTTTTGC351 CGCCTACGCG CTCGGACAAA TCCTTGATAT TTTTGTGTTC AACAAATTAC401 GCCGTCTGAA AGCGTGGTGG GTTGCCCCGA CTGCATCAAC CGTCATCGGC451 AACGCCTTAG ATACGTTGGT ATTTTTCGCC GTTGCCTTCT ACGCAAGCAG501 CGATGGATTT ATGGCGGCAA ACTGGCAGGG CATCGCTTTT GTCGATTACC551 TGTTCAAACT CACCGTCTGC GGTCTGTTTT TCCTGCCCGC CTACGGCGTG601 ATTCTGAATC TGCTGACGAA AAAACTGACG ACCCTGCAAA CCAAACAGGC651 GCAAGACCGC CCCGCGCCCT CGCTGCAAAA TCCGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 206>:1 MYAFTAAQQQ KALFWLVLFH ILIIAASNYL VQFPFQISGI HTTWGAFSFP51 FIFLATDLTV RIFGSHLARR IIFWVMFPAL LLSYVFSVLF HNGSWTGLGA101 LSEFNTFVGR IALASFAAYA LGQILDIFVF NKLRRLKAWW VAPTASTVIG151 NALDTLVFFA VAFYASSDGF MAANWQGIAF VDYLFKLTVC GLFFLPAYGV201 ILNLLTKKLT TLQTKQAQDR PAPSLQNP*
ORF66a和ORF66-1在228个氨基酸的重叠区内有97.8％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf66a.pep MYAFTAAQQQKALFWLVLFHILIIAASNYLVQFPFQISGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV
           |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
orf66-1    MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf66a.pep RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf66-1    RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf66a.pep LGQILDIFVFNKLRRLKAWWVAPTASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDGFMAANWQGIAF
           :|||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf66-1    IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPTASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDGFMAANWQGIAF
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220      229
orf66a.pep VDYLFKLTVCGLFFLPAYGVILNLLTKKLTTLQTKQAQDRPAPSLQNPX
           |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf66-1    VDYLFKLTVCTLFFLPAYGVILNLLTKKLTTLQTKQAQDRPAPSLQNPX
                  190       200       210       220
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF66与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF66.ng)在重叠的155个氨基酸内有94.2％的相同性：
orf66.pep MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV  60
          |||:|||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf66ng   MYALTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFRIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV  60
orf66.pep RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA 120
          |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |:|||||||||||||||||
orf66ng   RIFGSHLARRIIFWVMFPALSLSYVFSVLFHNGSWTGLGAPSQFNTFVGRIALASFAAYA 120
orf66.pep IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPNASTVIGHALDT                          155
          :|||||||||:|||||||||||| ||||||:||||
orf66ng   LGQILDIFVFDKLRRLKAWWIAPAASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDEFMAANWQGIAF 180全长ORF66ng核苷酸序列<SEQ ID 207>是：1 ATGTACGCAT TGACCGCCGC ACAGCAACAG AAGGCACTCT TCCGGCTGGT51 GCTTTTCCAT ATCCTCATCA TCGCCGCCAG CAACTATCTG GTGCAGTTCC101 CCTTCCGGAT TTTCGGCATC CACACCACTT GGGGCGCGTT TTCCTTTCCC151 TTCATCTTCC TCGCCACCGA CCTGACCGTC CGCATTTTCG GTTCGCACTT201 GGCGCGGCGG ATTATCTTTT GGGTGATGTT CCCCGCCCTT ttgCTTTcat251 aCGTCTTTTC CGTTTTGTTC CACAACGGCA GTTGGACGGG CTTGGGCGCG301 ctgTCCCAAT TCAACACCTT TGTCGGACGC ATCGCGCTGG CAAGTTTTGC351 CGCCTACGCG CTCGGACAAA TCCTTGATAT TTTCGTATTC GACAAATTAC401 GCCGTCTGAA AGCGTGGTGG ATTGCCCCGG CCGCATCAAC CGTCATCGGC451 AATGCACTGG ACACGTTAGT ATTTTTTGCC GTTGCCTTTT ACGCAAGCAG501 CGATGAATTT ATGGCGGCAA ACTGGCAGGG CATCGCTTTT GTCGATTACC551 TGTTCAAACT TACCGTCTGC ACCCTCTTCT TCCTGCCCGC CTACGGCGTG601 ATACTGAATC TGCTGACGAA AAAACTGACG GCCCTGCAAA CCAAACAGGC651 GCAAGACCGC CCCGTGCCCT CGCTGCAAAA TCCGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 208>:
1 MYALTAAQQQ KALFRLVLFH ILIIAASNYL VQFPFRIFGI HTTWGAFSFP
 51 FIFLATDLTV RIFGSHLARR IIFWVMFPAL SLSYVFSVLF HNGSWTGLGA
101 PSQFNTFVGR IALASFAAYA LGQILDIFVF DKLRRLKAWW IAPAASTVIG
151 NALDTLVFFA VAFYASSDEF MAANWQGIAF VDYLFKLTVC TLFFLPAYGV
201 ILNLLTKKLT ALQTKQAQDR PVPSLQNP*
另一个注释的序列是：
  1 MYALTAAQQQ KALFRLVLFH ILIIAASNYL VQFPFRIFGI HTTWGAFSFP
 51 FIFLATDLTV RIFGSHLARR IIFWVMFPAL LLSYVFSVLF HNGSWTGLGA
101 LSQFNTFVGR IALASFAAYA LGQILDIFVF DKLRRLKAWW IAPAASTVIG
151 NALDTLVFFA VAFYASSDEF MAANWQGIAF VDYLFKLTVC TLFFLPAYGV
201 ILNLLTKKLT ALQTKQAQDR PVPSLQNP*
ORF66ng和ORF66-1在228个氨基酸的重叠区内有96.1％的相同性：
orf66-1.pep MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV  60
            |||:|||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf66ng     MYALTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFRIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV  60
orf66-1.pep RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA 120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf66ng     RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSQFNTFVGRIALASFAAYA 120
orf66-1.pep IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPTASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDGFMAANWQGIAF 180
            :|||||||||:||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| |||||||||||
orf66ng     LGQILDIFVFDKLRRLKAWWIAPAASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDEFMAANWQGIAF 180
orf66-1.pep VDYLFKLTVCTLFFLPAYGVILNLLTKKLTTLQTKQAQDRPAPSLQNPX 229
            ||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||:|||||||
orf66ng     VDYLFKLTVCTLFFLPAYGVILNLLTKKLTALQTKQAQDRPVPSLQNPX 229
另外，ORF66ng显示出与大肠杆菌的ORF有明显的同源性：
sp|P37619|YHHQ_ECOLI FTSY-NIKA基因间区域中的假设的25.3 KD蛋白(0221)
>gi|1073495|pir||S47690假设蛋白o221-大肠杆菌>gi|466607(U00039)没有发现确定线[大肠杆菌]>gi|1789882(AE000423)ftsY-nikA基因间区域中假设的25.3 kD蛋白[大肠杆菌]长度=221
评分=273位(692)，估计值=5e-73
相同性=132/203(65％)，阳性=155/203(76％)
询问：1   MYALTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFRIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
          M    +  Q+ KALF L LFH+L+I +SNYLVQ P  I G HTTWGAFSFPFIFLATDLTV
目标：1   MNVFSQTQRYKALFWLSLFHLLVITSSNYLVQLPVSILGFHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
询问：61  RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSQFNTFVGRIALASFAAYA 120
           RIFG+ LARRIIF VM PALL+SYV S LF+ GSW G GAL+ FN FV RIA ASF AYA
目标：61  RIFGAPLARRIIFAVMIPALLISYVISSLFYMGSWQGFGALAHFNLFVARIATASFMAYA 120
询问：121 LGQILDIFVFDKLRRLKAWWIAPAASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDEFMAANWQGIAF 180
           LGQILD+ VF++LR+ + WW+AP AST+ GN  DTL FF +AF+ S D FMA +W  IA
目标：121 LGQILDVHVFNRLRQSRRWWLAPTASTLFGNVSDTLAFFFIAFWRSPDAFMAEHWMEIAL 180
询问：181 VDYLFKLTVCTLFFLPAYGVILN 203
           VDY FK+ +  +FFLP YGV+LN
目标：181 VDYCFKVLISIVFFLPMYGVLLN 203
根据该分析结果(包括与大肠杆菌蛋白质同源以及淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例32
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 209>:
  1 ATGGTCATAA AATATACAAA TTTGAATTTT GCGAAATTGT CGATAATTGC
 51 AATTTTGATG ATGTATTCGT TTGAAGCGAA TGCAAAyGCA GTmwrAATAT
101 CTGAAACTGT TTCAGTTGAT ACCGGACAAG GTGCGAAAAT TCATAAGTTT
151 GTACCTAAAA ATAGTAAAAC TTATTCATCT GATTTAATAA AAACGGTAGA
201 TTTAACACAC AyyCCTACGG GCGCAAAAGC CCGAATCAAC GCCAAAATAA
251 CCGCCAGCGT ATCCCGCGCC GGCGTATTGG CGGGGGTCGG CAAACTTGCC
301 CGCTTAGgCG CGAAATTCAG CACAAGGGCG GTtCCCTATG TCGGAACAGC
351 CcTTTTAGCC CACGACGTAT ACGAAAcTTT CAAAGAAGAC ATACAGGCAC
401 GAGGCTACCA ATACGACCCC GAAACCGACA AATTTGTAAA AGGCTACGAA
451 TATAGTAATT GCCTTTGGTA CGAAGACAAA AGACGTATTA ATAGAACCTA
501 TGGCTGCTAC GGCGTTGAT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 210；ORF72>:
  1 MVIKYTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VXISETVSVD TGQGAKIHKF
 51 VPKNSKTYSS DLIKTVDLTH XPTGAKARIN AKITASVSRA GVLAGVGKLA
101 RLGAKFSTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGYQYDP ETDKFVKGYE
151 YSNCLWYEDK RRINRTYGCY GVD..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 211>:
  1 ATGGTCATAA AATATACAAA TTTGAATTTT GCGAAATTGT CGATAATTGC
 51 AATTTTGATG ATGTATTCGT TTGAAGCGAA TGCAAATGCA GTAAAAATAT
101 CTGAAACTGT TTCAGTTGAT ACCGGACAAG GTGCGAAAAT TCATAAGTTT
151 GTACCTAAAA ATAGTAAAAC TTATTCATCT GATTTAATAA AAACGGTAGA
201 TTTAACACAC ATCCCTACGG GCGCAAAAGC CCGAATCAAC GCCAAAATAA
251 CCGCCAGCGT ATCCCGCGCC GGCGTATTGG CGGGGGTCGG CAAACTTGCC
301 CGCTTAGGCG CGAAATTCAG CACAAGGGCG GTTCCCTATG TCGGAACAGC
351 CCTTTTAGCC CACGACGTAT ACGAAACTTT CAAAGAAGAC ATACAGGCAC
401 GAGGCTACCA ATACGACCCC GAAACCGACA AATTTGCAAA GGTCTCAGGC
451 TAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 212；ORF72-1>:
  1 MVIKYTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VKISETVSVD TGQGAKIHKF
 51 VPKNSKTYSS DLIKTVDLTH IPTGAKARIN AKITASVSRA GVLAGVGKLA
101 RLGAKFSTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGYQYDP ETDKFAKVSG
151 *
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF72与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF72a)在重叠的147个氨基酸内有98.0％的相同性。
                  10        20        30        40        50        60
orf72.pep MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVXISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf72a    MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       L00       110       120
orf72.pep DLIKTVDLTHXPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
          |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf72a    DLIKTVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170
orf72.pep HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFVKGYEYSNCLWYEDKRRINRTYGCYGVD
          |||||||||||||||||||||||||:|
orf72a    HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFAKVSGX
                 130       140       150
全长ORF72a核苷酸序列<SEQ ID 213>是：
  1 ATGGTCATAA AATATACAAA TTTGAATTTT GCGAAATTGT CGATAATTGC
 51 AATTTTGATG ATGTATTCGT TTGAAGCGAA TGCAAATGCA GTAAAAATAT
101 CTGAAACTGT TTCAGTTGAT ACCGGACAAG GTGCGAAAAT TCATAAGTTT
151 GTACCTAAAA ATAGTAAAAC TTATTCATCT GATTTAATAA AAACGGTAGA
201 TTTAACACAC ATCCCTACGG GCGCAAAAGC CCGAATCAAC GCCAAAATAA
251 CCGCCAGCGT ATCCCGCGCC GGCGTATTGG CGGGGGTCGG CAAACTTGCC
301 CGCTTAGGCG CGAAATTCAG CACAAGGGCG GTTCCCTATG TCGGAACAGC
351 CCTTTTAGCC CACGACGTAT ACGAAACTTT CAAAGAAGAC ATACAGGCAC
401 GAGGCTACCA ATACGACCCC GAAACCGACA AATTTGCAAA GGTCTCAGGC
451 TAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 214>:
  1 MVIKYTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VKISETVSVD TGQGAKIHKF
 51 VPKNSKTYSS DLIKTVDLTH IPTGAKARIN AKITASVSRA GVLAGVGKLA
101 RLGAKFSTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGYQYDP ETDKFAKVSG
151 *
ORF72a和ORF72-1在150个氨基酸的重叠区内有100.0％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf72a.pep MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf72-1    MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf72a.pep DLIKTVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf72-1    DLIKTVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150
orf72a.pep HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFAKVSGX
           |||||||||||||||||||||||||||||||
orf72-1    HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFAKVSGX
                  130       140       150
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF72与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF72.ng)在重叠的173个氨基酸内有89％的相同性：
orf72.pep MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVXISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS  60
          || |:|||||||||||||||||||||||||| ||||:|||||||||:||||||:|: |||
orf72ng   MVTKHTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETLSVDTGQGAKVHKFVPKSSNIYSS  60
orf72.pep DLIKTVDLTHXPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA 120
          || |:||||| ||||||||||||||||||||||:|||||:| ||||:|||||||||||||
orf72ng   DLTKAVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLSGVGKLVRQGAKFGTRAVPYVGTALLA 120
orf72.pep HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFVKGYEYSNCLWYEDKRRINRTYGCYGVD        173
          ||||||||||||||| :||||||||||||||:|||||||:|||||||||||||
orf72ng   HDVYETFKEDIQARGCRYDPETDKFVKGYEYANCLWYEDERRINRTYGCYGVDSSIMRLM 180
预计ORF72ng核苷酸序列<SEQ ID 215>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID216>:  1 MVTKHTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VKISETLSVD TGQGAKVHKF51 VPKSSNIYSS DLTKAVDLTH IPTGAKARIN AKITASVSRA GVLSGVGKLV101 RQGAKFGTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGCRYDP ETDKFVKGYE151 YANCLWYEDE RRINRTYGCY GVDSSIMRLM PDRSRFPEVK QLMESQMYRL201 ARPFWNWRKE ELNKLSSLDW NNFVLNRCTF DWNGGGCAVN KGDDFRAGAS251 FSLGRNPKYK EEMDAKKPEE ILSLKVDADP DKYIEATGYP GYSEKVEVAP301 GTKVNMGPVT DRNGNPVQVA ATFGRDAQGN TTADVQVIPR PDLTPASAEA351 PHAQPLPEVS PAENPANNPD PDENPGTRPN PEPDPDLNPD ANPDTDGQPG401 TSPDSPAVPD RPNGRHRKER KEGEDGGLSC DYFPEILACQ EMGKPSDRMF451 HDISIPQVTD DKTWSSHNFL PSNGVCPQPK TFHVFGRQYR ASYEPLCVFA501 EKIRFAVLLA FIIMSAFVVF GSLGGE*在进一步分析后，鉴定出下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 217>:1  ATGGTCACAA AACATACAAA TTTGAATTTT GCGAAATTGT CGATAATTGC51  AATTTTGATG ATGTATTCGT TTGAAGCGAA TGCAAATGCA GTAAAAATAT101  CTGAAACTCT TTCGGTTGAT ACCGGACAAG GCGCGAAAGT TCATAAGTTC151  GTTCCTAAAT CAAGTAATAT TTATTCATCT GATTTAACAA AAGCGGTAGA201  TTTAACGCAT ATCCCCACGG GCGCAAAAGC CCGAATCAAC GCCAAAATAA251  CCGCCAGCGT ATCCCGCGCC GGCGTATTGT CGGGGGTCGG CAAACTTGTC301  CGCCAAGGCG CGAAATTCGG CACAAGGGCG GTTCCCTATG TCGGAACAGC351  CCTTTTAGCC CACGACGTAT ACGAAACTTT CAAAGAAGAC ATACAGGCAC401  GAGGCTGCCG ATACGATCCC GAAACCGACA AATTT它对应于氨基酸序列<SEQ ID 218；ORF72ng-1>:1  MVTKHTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VKISETLSVD TGQGAKVHKF51  VPKSSNIYSS DLTKAVDLTH IPTGAKARIN AKITASVSRA GVLSGVGKLV101  RQGAKFGTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGCRYDP ETDKF
ORF72ng-1和ORF721-1在145个氨基酸的重叠区内有89.7％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf72ng-1.pe MVTKHTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETLSVDTGQGAKVHKFVPKSSNIYSS
             || |:|||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||:||||||:|: |||
orf72-1      MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf72ng-1.pe DLTKAVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLSGVGKLVRQGAKFGTRAVPYVGTALLA
             || |:|||||||| || ||||||||||||||||:|||||:| ||||:|||||||||||||
orf72-1      DLIKTVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
                     70        80        90       100        110      120
                    130       140
orf72ng-1.pe HDVYETFKEDIQARGCRYDPETDKF
             ||||||||||||||| :||||||||
orf72-1      HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFAKVSGX
                    130       140       150
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列以及数个跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例33
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 219>:
  1  ATGAGATTTT TCGGTATCGG TTTTTTGGTG CTGCTGTTTT TGGAGATTAT
 51  GTCGATTGTG TGGGTTGCCG ATTGGCTGGG CGGCGGCTGG ACGTTGTTTT
101  TGATGGCGGC AGGTTTTGCC GCCGGCGTGC TGATGCTCAG GCAAACCGGG
151 GCTGACCGGT CTTTTATTGG CGGGCGGGGC AATGAGAAGC GGCGGGAAGG
201 TATCCGTTTA TCAGATGTTG TGGCCTATC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 220；ORF73>:
 1 MRFFGIGFLV LLFLEIMSIV WVADWLGGGW TLFLMAAGFA AGVLMLRQTG
51 LTGLLLAGAA MRSGGKVSVY QMLWPI..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 221>:1  ATGAGATTTT TCGGTATCGG TTTTTTGGTG CTGCTGTTTT TGGAGATTAT51  GTCGATTGTG TGGGTTGCCG ATTGGCTGGG CGGCGGCTGG ACGTTGTTTT101  TGATGGCGGC AGGTTTTGCC GCCGGCGTGC TGATGCTCAG GCATACGGGG151  CTGTCCGGTC TTTTATTGGC GGGCGCGGCA ATGAGAAGCG GCGGGAGGGT201  ATCCGTTTAT CAGATGTTGT GGCCTATCCG TTATACGGTG GCGGCTGTGT251  GTCTGATGAG TCCGGGATTC GTATCCTCGG TGTTGGCGGT ATTGCTGCTG301  CTGCCGTTTA AGGGAGGGGC AGTGTTGCAG GCAGGAGGTG CGGAAAATTT351  TTTCAACATG AACCAATCGG GCAGAAAAGA GGGCTTTTCC CGCGATGACG401  ATATTATCGA GGGAGAATAT ACGGTTGAAG AGCCTTACGG CGGCAATCGT451  TCCCGAAACG CCATCGAACA CAAAAAAGAC GAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 222：ORF73-1>:1  MRFFGIGFLV LLFLEIMSIV WVADWLGGGW TLFLMAAGFA AGVLMLRHTG51  LSGLLLAGAA MRSGGRVSVY QMLWPIRYTV AAVCLMSPGF VSSVLAVLLL101  LPFKGGAVLQ AGGAENFFNM NQSGRKEGFS RDDDIIEGEY TVEEPYGGNR151  SRNAIEHKKD E*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF73与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF73a)在重叠的76个氨基酸内有90.8％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60
orf73.pep MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAAGFAAGVLMLRQTGLTGLLLAGAA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:|||:|||:||||||||
orf73a    MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAATFAAGVVMLRHTGLSGLLLAGAA
                  10        20        30        40        50        60
                  70
orf73.pep MRSGGKVSVYQMLWPI
          |||||:|||| ||| |
orf73a    MRSGGRVSVYXMLWXIRYTVAAVCXMSPGFVSSVXAVLLXLPFKGGAVLQAGGAENFFNM全长ORF73a核苷酸序列<SEQ ID 223>是：1  ATGAGATTTT TCGGTATCGG TTTTTTGGTG CTGCTGTTTT TGGAGATTAT51  GTCGATTGTG TGGGTTGCCG ATTGGTTGGG CGGCGGTTGG ACGCTGTTTC101  TAATGGCGGC AACCTTTGCC GCCGGCGTGG TGATGCTCAG GCATACGGGG151  CTGTCCGGTC TTTTATTGGC GGGCGCGGCA ATGAGAAGCG GCGGGAGGGT201  ATCCGTTTAT CANATGTTGT GGCNTATCCG TTATACGGTG GCGGCGGTGT251  GTCNGATGAG TCCGGGATTC GTATCCTCGG TGTNGGCGGT ATTGCTGNTG301  CTNCCGTTTA AGGGAGGTGC AGTGTTGCAG GCAGGAGGTG CGGAAAATTT351  TTTCAACATG AACCANTCGG GCAGAAAAGA NGGCNTTTCC CGCGATGACG401  ATATTATCGA GGGGGAATAT ACGGTTGAAG ANCCTTACGG CGGCANTCGT451  TTCCGAAACG CCNTNGAACA CAAAAAAGAC GAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 224>:1  MRFFGIGFLV LLFLEIMSIV WVADWLGGGW TLFLMAATFA AGVVMLRHTG51  LSGLLLAGAA MRSGGRVSVY XMLWXIRYTV AAVCXMSPGF VSSVXAVLLX101  LPFKGGAVLQ AGGAENFFNM NXSGRKXGXS RDDDIIEGEY TVEXPYGGXR151  FRNAXEHKKD E*ORF73a和ORF73-1在161个氨基酸的重叠区内有91.3％的相同性
     180      190       200       210       220       230
            220                230       240       250       260orf1.pep ----RESSYH----IA-----SGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGFQLVRK
         |::: :    ||     |||||||||  ::|||:||||||| || |: |||||:||orf1a    SGDVRHANDYGPMPIAGAAGDSGSPMFIYDKTNNKWLLNGVLQTGYPYSGRENGFQLIRK
    240       250       260       270       280       290
           270       280       290       300       310       320orf1.pep DWFYDEIFAGDTHSVFYEPRQNGKYSFNDDNNGTGKINAKHEHNSLPNRLKTRTVQLFNV
     |||||:|: ||||:| :|||:||::||:::||||| ::  :|: | | :||::||:||:orf1a    DWFYDDIYRGDTHTVXFEPRSNGHFSFTSNNNGTGTVTETNEKVSNP-KLKVQTVRLFDE
    300       310       320       330       340        350
           330       340       350       360       370       380orf1.pep SLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLYFQGDFT
     ||:|| :|||| ||||:|:||||||||||:|||| |:|:|||::|||||||||||:||||orf1a    SLNETDKEPVY-AAGGVNQYRPRLNNGENLSFIDYGNGKLILSNNINQGAGGLYFEGDFT
     360        370       380       390       400       410
           390       400       410       420       430orf1.pep VSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTL------------------
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1a    VSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLHVQAKGENQGSISVGDGT
      420       430       440       450       460       470orf1pep  ------------------------------------------------------------orf1a    VILDQQADDKGKKQAFSEIGLXSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNGHSLSFH
      480       490       500       510       520       530orf1.pep ------------------------------------------------------------orf1a    RIQNTDEGAMIXXHNATTTSTVTITGNESITQPSGKNINRLNYSKEIAYNGWFGEKDTTK
      540       550       560       570       580       590orf1.pep ------------------------------------------------------------orf1a    TNGRLNLVYQPAAEDRTXLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLGSGWSKMEG
      600       610       620       630       640       650orf1.pep -----------------------------------------------------------orf1a    IPQGEIVWDNDWIXRTFKAENFHIQGGQAVISRNVAKVEGDXHLSNHAQAVFGVAPHQSH
      660       670       680       690       700       710
                     440      450       460       470       480orf1.pep ----------------XXXXXDKVTASLTKTDISGNVDLADHAHLNLTGLATLNGNLSAN
                :    || : ||| ||||||| || |          :  |:| ||||||orf1a    TICTRSDWTGLTNCVEXXITDDKVIASLTKTDXSGXVXLXXXXXXXLXGXAXLXGNLSAN
      720       730       740       750       760       770
          490       500       510       520       530       540orf1.pep GDTRYTVSHNATQNGNXSLVXNAQATFNQATLNGNTSASGNASFNLSDHAVQNGSLTLSG
     |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||:| |||||||||::|:|||||||||orf1a    GDTRYTVSHNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNXSXSGNASFNLSNNAAQNGSLTLSD
      780       790       800       810       820       830
                   10        20        30        40        50        60
orf73a.pep MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAATFAAGVVMLRHTGLSGLLLAGAA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:||||||||||||||||
orf73-1    MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAAGFAAGVLMLRHTGLSGLLLAGAA
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf73a.pep MRSGGRVSVYXMLWXIRYTVAAVCXMSPGFVSSVXAVLLXLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
           |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
orf73-1    MRSGGRVSVYQMLWPIRYTVAAVCLMSPGFVSSVLAVLLLLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160
orf73a.pep NXSGRKXGXSRDDDIIEGEYTVEXPYGGXRFRNAXEHKKDEX
           | |||| | |||||||||||||| |||| | ||| |||||||
orf73-1    NQSGRKEGFSRDDDIIEGEYTVEEPYGGNRSRNAIEHKKDEX
                  130       140       150       160
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF73与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF73.ng)在重叠的76个氨基酸内有92.1％的相同性：
orf73.pep MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAAGFAAGVLMLRQTGLTGLLLAGAA  60
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||:|||:||||||||
orf73ng   MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAATFAAGVLMLRHTGLSGLLLAGAA  60
orf73.pep MRSGGKVSVYQMLWPI                                              76
          ::|:||||||||||||
orf73ng   VKSSGKVSVYQMLWPIRYTVAAVCLMSPGFVSSVLAVLLLLPFKGGAVLQAGGAENFFNM 120
全长ORF73ng核苷酸序列<SEQ ID 225>是：1  ATGAGATTTT TCGGTATCGG TTTTTTGGTG CTGCTGTTTT TGGAAATTAT51  GTCGATTGTG TGGGTTGCCG ATTGGCTGGG CGGCGGTTGG AcgcTGTTTC101  TAATGGCGGC AACCTTTGCC GCCGGTGTGC TGATGCTCAG GCATAcggGG151  CTGTCCGGTC TTTTATTGGC TGGCGCGGCG GTAAAAagta gtgGGAAGGT201  ATCTGTTTAT CagatgtTGT GGCCTATCCG TTATAcggtg gcggcggtgT251  GTCTGatgag tCcggGATTC GTATCCTccg tgttggCGGT ATTGCTGCTG301  CTGCcgttta aggGaggGgc agtgttgcag gcaggaggtg cggaaaATTT351  TTTCAACATg aaCcaatcgg gcagaaAaga gggatttttc cacgatgacg401  atattatcga gggagaatat acggttgaaa aacctgacgg cggcaatcgt451  tcccgaAAcg ccatcgaaca cgaaaAagac gaataA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 226>:1  MRFFGIGFLV LLFLEIMSIV WVADWLGGGW TLFLMAATFA AGVLMLRHTG51  LSGLLLAGAA VKSSGKVSVY QMLWPIRYTV AAVCLMSPGF VSSVLAVLLL101  LPFKGGAVLQ AGGAENFFNM NQSGRKEGFF HDDDIIEGEY TVEKPDGGNR151  SRNAIEHEKD E*ORF73ng和ORG73-1在161个氨基酸的重叠区内有93.8％的相同性
                10        20        30        40        50        60orf73-1.pep MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAAGFAAGVLMLRHTGLSGLLLAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||orf73ng     MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAATFAAGVLMLRHTGLSGLLLAGAA
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf73-1.pep MRSGGRVSVYQMLWPIRYTVAAVCLMSPGFVSSVLAVLLLLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
        ::|:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf73ng     VKSSGKVSVYQMLWPIRYTVAAVCLMSPGFVSSVLAVLLLLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
                70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160
orf73-1.pep NQSGRKEGFSRDDDIIEGEYTVEEPYGGNRSRNAIEHKKDEX
            ||||||||| :||||||||||||:| |||||||||||:||||
orf73ng     NQSGRKEGFFHDDDIIEGEYTVEKPDGGNRSRNAIEHEKDEX
                   130       140       150       160
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列以及推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例34
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 227>:1  ATGTTTGTTT TTCAGACGGC ATTCTT.ATG TTTCAGAAAC ATTTGCAGAA51  AGCCTCCGAC AGCGTCGTCG GAGGGACATT ATACGTGGTT GCCACGCCCA101  TCGGCAATTT GGCGGACATT ACCCTGCGCG CTTTGGCGGT ATTGCAAAAG151  GCG....... .....GCCGA AGACACGCGC GTTACCGCAC AGCTTTTGAG201  CGCGTACGGC ATTCAGGGCA AACTCGTCAG TGTGCGCGAA CACAACGAAC251  GGCAGATGGC GGACAAGATT GTCGGCTATC TTTCAGACGG CATGGTTGTG301  GCACAGGTTT CCGATGCGGG TACGCCGGCC GTGTGCGACC CGGGCGCGAA351  ACTCGCCCGC CGCGTGCGTG AGGCCGGGTT TAAAGTCGTT CCCGTCGTGG401  GCGCAAC.GC GGTGATGGCG GCTTTGAGCG TGGCCGGTGT GGAAGGATCC451  GATTTTTATT TCAACGGTTT TGTACCGCCG AAATCGGGAG AACGCAGGAA501  ACTGTTTGCC AAATGGGTGC GGGCGGCGTT TCCTATCGTC ATGTTTGAAA551  CGCCGCACCG CATCGGTGCA GCGCTTGCCG ATATGGCGGA ACTGTTCCCC601  GAACGCCGAT TAATGCTGGC GCGCGAAATT ACGAAAACGT TTGAAACGTT651  CTTAAGCGGC ACGGTTGGGG AAATTCAGAC GGCATTGTCT GCCGACGGCG701  ACCAATCGCG CGGCGAGATG GTGTTGGTGC TTTATCCGGC GCAGGATGAA751  AAACACGAAG GCTTGTCCGA GTCCGCGCAA AACATCATGA AAATCCTCAC801  AGCCGAGCTG CCGACCAAAC AGGCGGCGGA GCTTGCTGCC AAAATCACGG851  GCGAGGGAAA GAAAGCTTTG TACGAT..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 228；ORF75>:1  MFVFQTAFXM FQKHLQKASD SVVGGTLYVV ATPIGNLADI TLRALAVLQK51  A....AEDTR VTAQLLSAYG IQGKLVSVRE HNERQMADKI VGYLSDGMVV101  AQVSDAGTPA VCDPGAKLAR RVREAGFKVV PVVGAXAVMA ALSVAGVEGS151  DFYFNGFVPP KSGERRKLFA KWVRAAFPIV MFETPHRIGA ALADMAELFP201  ERRLMLAREI TKTFETFLSG TVGEIQTALS ADGDQSRGEM VLVLYPAQDE251  KHEGLSESAQ NIMKILTAEL PTKQAAELAA KITGEGKKAL YD..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 229>:1  ATGTTTCAGA AACATTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC51  ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCGGAC ATTACCCTGC101  GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATCTGTGC CGAAGACACG151  CGCGTTACCG CACAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAAACTCGT201  CAGTGTGCGC GAACACAACG AACGGCAGAT GGCGGACAAG ATTGTCGGCT251  ATCTTTCAGA CGGCATGGTT GTGGCACAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG301  GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GTGAGGCCGG351  GTTTAAAGTC GTTCCCGTCG TGGGCGCAAG CGCGGTGATG GCGGCTTTGA401  GCGTGGCCGG TGTGGAAGGA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG451  CCGAAATCGG GAGAACGCAG GAAACTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGCGGC501  GTTTCCTATC GTCATGTTTG AAACGCCGCA CCGCATCGGT GCGACGCTTG551  CCGATATGGC GGAACTGTTC CCCGAACGCC GATTAATGCT GGCGCGCGAA601  ATTACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA651  GACGGCATTG TCTGCCGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG701  TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCCGCG751  CAAAACATCA TGAAAATCCT CACAGCCGAG CTGCCGACCA AACAGGCGGC801  GGAGCTTGCT GCCAAAATCA CGGGCGAGGG AAAGAAAGCT TTGTACGATC851  TGGCTCTGTC TTGGAAAAAC AAATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 230；ORF75-1>:1  MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADIICAEDT51  RVTAQLLSAY GIQGKLVSVR EHNERQMADK IVGYLSDGMV VAQVSDAGTP101  AVCDPGAKLA RRVREAGFKV VPVVGASAVM AALSVAGVEG SDFYFNGFVP151  PKSGERRKLF AKWVRAAFPI VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE201  ITKTFETFLS GTVGEIQTAL SADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA251  QNIMKILTAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF75与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF75a)在重叠的283个氨基酸内有95.8％的相同性：
              10        20        30        40        50        60orf75.pep MFVFQTAFXMFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKAXXXXAEDTR
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||orf75a             MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTR
                       10        20        30        40        50
              70        80        90       100       110       120orf75.pep VTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLAR
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf75a    VTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLAR
             60        70        80        90       100       110
             130       140       150       160       170       180orf75.pep RVREAGFKVVPVVGAXAVMAALSVAGVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIV
      ||||:|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||:|||:|orf75a    RVREVGFKVVPVVGASAVMAALSVAGVAGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRVAFPVV
            120       130       140       150       160       170
             190       200       210       220       230       240orf75.pep MFETPHRIGAALADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGDQSRGEM
      ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||orf75a    MFETPHRIGATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEM
            180       190       200       210       220       230
             250       260       270       280       290orf75.pep VLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYD
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf75a    VLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNK
            240       250       260       270       280       290orf75a    X全长ORF75a核苷酸序列<SEQ ID 231>是：1  ATGTTTCAGA AACATTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC51  ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCGGAC ATTACCCTGC101  GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATCTGTGC CGAAGACACG151  CGCGTTACCG CGCAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAAACTCGT201  CAGCGTGCGC GAACACAACG AACGGCAGAT GGCGGACAAG ATTGTCGGCT251  ATCTTTCAGA CGGCATGGTT GTGGCACAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG301  GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GTGAGGTCGG351  GTTTAAAGTT GTCCCTGTTG TCGGCGCAAG CGCGGTGATG GCGGCTTTGA401  GTGTGGCTGG TGTGGCGGGA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG451  CCGAAATCGG GCGAACGTAG GAAATTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGTGGC501  GTTTCCCGTC GTGATGTTTG AAACGCCGCA CCGCATCGGG GCGACGCTTG551  CCGATATGGC GGAACTGTTC CCCGAACGCC GATTAATGCT GGCGCGCGAA601  ATCACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA651  GACGGCATTG GCGGCGGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG701  TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCCGCG751  CAAAACATCA TGAAAATCCT CACAGCCGAG CTGCCGACCA AACAGGCGGC801  GGAGCTTGCC GCCAAAATCA CGGGCGAGGG AAAAAAAGCT TTGTACGATC851  TGGCACTGTC TTGGAAAAAC AAATGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 232>:1  MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADIICAEDT51  RVTAQLLSAY GIQGKLVSVR EHNERQMADK IVGYLSDGMV VAQVSDAGTP101  AVCDPGAKLA RRVREVGFKV VPVVGASAVM AALSVAGVAG SDFYFNGFVP151  PKSGERRKLF AKWVRVAFPV VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE201  ITKTFETFLS GTVGEIQTAL AADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA251  QNIMKILTAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*ORF75a和ORF75-1在291个氨基酸的重叠区内有98.3％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf75a.pep MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAY
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf75-1    MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAGLLSAY
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf75a.pep GIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREVGFKV
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||orf75-1    GIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKV
               70        80        90       100       120       120
              130       140       150       160       170       180orf75a.pep VPVVGASAVMAALSVAGVAGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRVAFPVVMFETPHRIG
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||orf75-1    VPVVGASAVMAALSVAGVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIVMFETPHRIG
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf75a.pepmATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQD
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||orf75-1    ATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGNQSRGEMVLVLYPAQD
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290orf75a.pep EKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf75-1    EKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
              250       260       270       280       290
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF75与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF75.ng)在重叠的292个氨基酸内有93.2％的相同性：orf75.pep  MFVFQTAFXMFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKA----AEDTR  56
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||orf75ng    MSVFQTAFFMFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTR  60orf75.pep  VTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLAR 116
       |||||||||||||:|||||||||||||||::|:||||:||||||||||||||||||||||orf75ng    VTAQLLSAYGIQGRLVSVREHNERQMADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLAR 120orf75.pep    RVREAGFKVVPVVGAXAVMAALSVAGVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIV  176
         ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||:|orf75ng      RVREAGFKVVPVVGASAVMAALSVAGVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVV  180orf75.pep    MFETPHRIGAALADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGDQSRGEM  236
         ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||orf75ng      MFETPHRIGATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEM  240orf75.pep    VLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYD          288
         ||||||:|||||||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||orf75ng      VLVLYPAQDEKHEGLSESAQNAMKILAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNK  300
预计ORF75ng核苷酸序列<SEQ ID 233>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID234>:1  MSVFQTAFFM FQKHLQKASD SVVGGTLYVV ATPIGNLADI TLRALAVLQK51  ADIICAEDTR VTAQLLSAYG IQGRLVSVRE HNERQMADKV IGFLSDGLVV101  AQVSDAGTPA VCDPGAKLAR RVREAGFKVV PVVGASAVMA ALSVAGVAES151  DFYFNGFVPP KSGERRKLFA KWVRAAFPVV MFETPHRIGA TLADMAELFP201  ERRLMLAREI TKTFETFLSG TVGEIQTALA ADGNQSRGEM VLVLYPAQDE251  KHEGLSESAQ NAMKILAAEL PTKQAAELAA KITGEGKKAL YDLALSWKNK301  *
在进一步分析后，鉴定出下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 235>:1  ATGTTTCAGA AACACTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC51  ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCAGAC ATTACCCTGC101  GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATTTGTGC CGAAGACACG151  CGCGTTACTG CGCAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAGGTTGGT201  CAGTGTGCGC GAACACAACG AGCGGCAGAT GGCGGACAAG GTAATCGGTT251  TCCTTTCAGA CGGCCTGGTT GTGGCGCAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG301  GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GCGAAGCAGG351  GTTCAAAGTC GTTCCCGTCG TGGGCGCAAG CGCGGTAATG GCGGCGTTGA401  GTGTGGCCGG TGTGGCGGAA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG451  CCGAAATCGG GCGAACGTAG GAAATTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGCGGC501  ATTTCCTGTC GTCATGTTTG AAACGCCGCA CCGAATCGGG GCAACGCTTG551  CCGATATGGC GGAATTGTTC CCCGAACGCC GTCTGATGCT GGCGCGCGAA601  ATCACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA651  GACGGCATTG GCGGCGGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG701  TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCTGCG751  CAAAATGCGA TGAAAATCCT TGCGGCCGAG CTGCCGACCA AGCAGGCGGC801  GGAGCTTGCC GCCAAGATTA CAGGTGAGGG CAAAAAGGCT TTGTACGATT851  TGGCACTGTC GTGGAAAAAC AAATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 236；ORF75ng-1>:1  MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADIICAEDT51  RVTAQLLSAY GIQGRLVSVR EHNERQMADK VIGFLSDGLV VAQVSDAGTP101  AVCDPGAKLA RRVREAGFKV VPVVGASAVM AALSVAGVAE SDFYFNGFVP151  PKSGERRKLF AKWVRAAFPV VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE201  ITKTFETFLS GTVGEIQTAL AADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA251  QNAMKILAAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWIN K*ORF75ng-1和ORF75-1在291个氨基酸的重叠区内有96.2％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf75-1.pep MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAY
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf75ng-1   MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAY
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf75-1.pep GIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKV
        ||||:|||||||||||||||::|:||||:|||||||||||||||||||||||||||||||orf75ng-1   GIQGRLVSVREHNERQMADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVQREAGFKV
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf75-1.pep VPVVGASAVMAALSVAGVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIVMFETPHRIG
        ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||orf75ng-1   VPVVGASAVMAALSVAGVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVVMFETPHRIG
               130       140       150       160       170       180
               190       200       210       220       230       240orf75-1.pep ATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGNQSRGEMVLVLYPAQD
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||orf75ng-1   ATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQD
               190       200       210       220       230       240
               250       260       270       280       290orf75-1.pep EKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
        |||||||||||| |||||:|||||||||||:|||||||||||||||||||||orf75ng-1   EKHEGLSESAQNAMKILAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
               250       260       270       280       290另外，ORG75ng-1显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白明显同源：sp|P45528|YRAL_ECOLI AGAI-MTR基因间区域中的假设的31.3KD蛋白(F286)＞gi|606086(U18997)0RF_f286[大肠杆菌]＞gi|1789535(AE000395)agai-mtr基因间区域中的假设的31.3kD蛋白[大肠杆菌]长度=286评分=218位(550)，估计值=3e-56相同性=128/284(45％)，阳性=171/284(60％)，空隙=4/284(1％)询问：4   KHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAYGIQ 63
       K  Q A +S   G LY+V TPIGNLADIT RAL VLQ  D+I AEDTR T  LL  +GI目标：2   KQHQSADNSQ--GQLYIVPTPIGNLADITQRALEVLQAVDLIAAEDTRHTGLLLQHFGIN 59询问：64  GRLVSVREHNERQMADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPV 123
        RL ++ +HNE+Q A+ ++  L +G  +A VSDAGTP + DPG  L R  REAG +VVP+目标：60  ARLFALHDHNEQQKAETLLAKLQEGQNIALVSDAGTPLINDPGYHLVRTCREAGIRVVPL 119询问：124 VGASAVMAALSVAGVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVVMFETPHRIGATL 183
        G  A + ALS AG+    F + GF+P KS  RR            ++ +E+ HR+  +L目标：120 PGPCAAITALSAAGLPSDRFCYEGFLPAKSKGRRDALKAIEAEPRTLIFYESTHRLLDSL 179询问：184 ADMAELFPERR-LMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQDEK 242
        D+  +  E R ++LARE+TKT+ET     VGE+   +  D N+ +GEMVL++      +目标：180 EDIVAVLGESRYVVLARELTKTWETIHGAPVGELLAWVKEDENRRKGEMVLIV-EGHKAQ 238询问：243 HEGLSESAQNAMKILAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLAL 286
        E L   A   + +L AELP K+AA LAA+I G  K ALY  AL目标：239 EEDLPADALRTLALLQAELPLKKAAALAAEIHGVKKNALYKYAL 282
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域的结果)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的该蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例35
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 237>:1 ATGAAACAGA AAAAAACCGC TGCCGCAGTT ATTGCTGCCAA TGTTGGCAGG51 TTTTGCGGCA GC AAAGCAC CCGAAATCGA CCCGGCCTTTG ..........
                             //651  ..........  ...GAGTTGG  TCAGAAACCA  GTTGGAGCAG  GGTTTGAGAC701  AGGAAAAAGC  CCGCTTGAAA  ATCGATGCCC  TTTTGGAAGA  AAACGGTGTC751  AAACCGTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 238；ORF76>:1  MKQKKTAAAV  IAAMLAGFAA  XKAPEIDPAL  ..........  ..........
                             //201  ..........  ..........  ELYRNQLEQG  LRQEKARLKI  DALLEENGYK251  P*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 239>:1  ATGAAACAGA AAAAAACCGC TGCCGCAGTT ATTGCTGCAA TGTTGGCAGG51  TTTTGCGGCA GCCAAAGCAC CCGAAATCGA CCCGGCTTTG GTGGATACGC101  TGGTGGCGCA GATCATGCAG CAGGCAGACC GGCATGCGGA GCAGTCCCAA151  AAACCGGACG GGCAGGCAAT CCGAAACGAT GCCGTCCGCC GGCTACAAAC201  TTTGGAAGTT TTGAAAAACA GGGCATTGAA GGAAGGTTTG GATAAGGATA251  AGGATGTCCA AAACCGCTTT AAAATCGCCG AAGCGTCTTT TTATGCCGAG301  GAGTACGTCC GTTTTCTGGA ACGTTCGGAA ACGGTTTCCG AAGACGAGCT351  GCACAAGTTT TACGAACAGC AAATCCGCAT GATCAAATTG CAGCAGGTCA401  GCTTCGCAAC CGAAGAGGAG GCGCGTCAGG CGCAGCAGCT CCTGCTCAAA451  GGGCTGTCTT TTGAAGGGCT GATGAAGCGT TATCCGAACG ACGAGCAGGC501  TTTTGACGGT TTCATTATGG CGCAGCAGCT TCCCGAGCCG CTGGCTTCGC551  AGTTTGCCGC GATGAATCGG GGCGACGTTA CCCGCGATCC GGTCAAATTG601  GGCGAACGCT ATTATCTGTT CAAACTCAGC GAGGTCGGGA AAAACCCCGA651  CGCGCAGCCT TTCGAGTTGG TCAGAAACCA GTTGGAGCAG GGTTTGAGAC701  AGGAAAAAGC CCGCTTGAAA ATCGATGCCC TTTTGGAAGA AAACGGTGTC751  AAACCGTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 240；ORF76-1>:1  MKQKKTAAAV IAAMLAGFAA AKAPEIDPAL VDTLVAQIMQ QADRHAEQSQ51  KPDGQAIRND AVRRLQTLEV LKNRALKEGL DKDKDVQNRF KIAEASFYAE101  EYVRFLERSE TVSEDELHKF YEQQIRMIKL QQVSFATEEE ARQAQQLLLK151  GLSFEGLMKR YPNDEQAFDG FIMAQQLPEP LASQFAAMNR GDVTRDPVKL201  GERYYLFKLS EVGKNPDAQP FELVRNQLEQ GLRQEKARLK IDALLEENGV251  KP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF76与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF76a)在重叠的30个氨基酸中有96.7％的相同性，在31个氨基酸的重叠区内有96.8％的相同性：
                 10        20        30orf76.pep    MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAXKAPEIDPAL
         |||||||||||||||||||| |||||||||orf76a       MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQADRHAEQSQKPDGQAIRND
                 10        20         30        40       50       60
                 //
                                        70        80        90orf76.pep                                 XELVRNQLEQGLRQEKARLKIDALLEENGVKPX
                                      |||||||||||||||||||||||:|||||||||orf76a      DVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLKIDAILEENGVKPX
              200       210       220       230       240       250全长ORF76a核苷酸序列<SEQ ID 241>是：1  ATGAAACAGA AAAAAACCGC TGCCGCAGTT ATTGCTGCAA TGTTGGCAGG51  TTTTGCGGCA GCCAAAGCAC CCGAAATCGA CCCGGCTTTG GTGGATACGC101  TGGTGGCGCA GATCATGCAG CAGGCAGACC GGCATGCGGA GCAGTCCCAA151  AAACCGGACG GGCAGGCAAT CCGAAACGAT GCCGTCCGTC GGCTGCAAAC201  TTTGGAAGTT TTGAAAAACA GGGCATTGAA GGAAGGTTTG GATAAGGATA251  AGGATGTCCA AAACCGCTTT AAAATCGCCG AAGCGTCTTT TTATGCCGAG301  GAGTACGTCC GTTTTCTGGA ACGTTCGGAA ACGGTTTCCG AAAGCGCACT351  GCGTCAGTTT TATGAGCGGC AAATCCGCAT GATCAAATTG CAGCAGGTCA401  GCTTCGCAAC CGAAGAGGAG GCGCGTCAGG CGCAGCAGCT CCTGCTCAAA451  GGGCTGTCTT TTGAAGGGCT GATGAAGCGT TATCCGAACG ACGAGCAGGC501  TTTTGACGGT TTCATTATGG CGCAGCAGCT TCCCGAGCCG CTGGCTTCGC551  AGTTTGCAGC GATGAATCGG GGCGACGTTA CCCGCGATCC GGTCAAATTG601  GGCGAACGCT ATTATCTGTT CAAACTCAGC GAGGTCGGGA AAAACCCCGA651  CGCGCAGCCT TTCGAGTTGG TCAGAAACCA GTTGGAACAA GGTTTGAGAC701  AGGAAAAAGC CCGCTTGAAA ATCGATGCCA TTTTGGAAGA AAACGGTGTC751  AAACCGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEO ID 242>:1  MKQKKTAAAV IAAMLAGFAA AKAPEIDPAL VDTLVAQIMQ QADRHAEQSQ51  KPDGQAIRND AVRRLQTLEV LKNRALKEGL DKDKDVQNRF KIAEASFYAE101  EYVRFLERSE TVSESALRQF YERQIRMIKL QQVSFATEEE ARQAQQLLLK151  GLSFEGLMKR YPNDEQAFDG FIMAQQLPEP LASQFAAMNR GDVTRDPVKL201  GERYYLFKLS EVGKNPDAQP FELVRNQLEQ GLRQEKARLK IDAILEENGV251  KP*
ORF76a和ORF76-1在252个氨基酸的重叠区内有97.6％的相同性：
              10        20        30        40        50        60orf76a.pep MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQKPDGQAIRND
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf76-1    MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQKPDGQAIRND
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf76a.pep AVRRLQTLEVLKNRALKEGLDKDKDVQNRFKIAEASFYAEEYVRFLERSETVSESALRQF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||: |::|orf76-1    AVRRLQTLEVLKNRALKEGLDKDKDVQNRFKIAEASFYAEEYVRFLERSETVSEDELHKF
               70        80        90       100      110        120
              130       140       150       160      170        180orf76a.pep YERQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPNDEQAFDGFIMAQQLPEP
       ||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf76-1    YEQQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPNDEQAFDGFIMAQQLPEP
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf76a.pep LASQFAAMNRGDVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLK
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf76-1    LASQFAAMNRGDVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLK
              190       200       210       220       230       240
              250orf76a.pep IDAILEENGVKPX
       |||:|||||||||orf76-1    IDALLEENGVKPX
              250
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF76与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF76.ng)的N端和C端进行氨基酸序列对比，分别显示在30和31个氨基酸重叠区内有96.7％和100％的相同性：orf76.pep MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAXKAPEIDPAL                                  30
      |||||||||||||||||||| |||||||||orf76ng   MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQRPDGQAIRND    60
                             //orf76.pep                              ELVRNQLEQGLRQEKARLKIDALLEENGVKP   251
                                    |||||||||||||||||||||||||||||||orf76ng    VTRNPVKLGERYYLFKLGAVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLKIDALLEENGVKP  251全长ORF76ng核苷酸序列<SEQ ID 243>是：1  ATGAAACAGA AAAAGACCGC TGCCGCAGTT ATTGCTGCAA TGTTGGCAGG51  TTTTGCGGCA GCCAAAGCAC CCGAAATCGA CCCGGCTTTG GTGGATACGC101  TGGTGGCGCA GATCATGCAG CAGGCAGACC GGCATGCGGA GCAGTCCCAA151  AGACCGGACG GGCAGGCAAT CCGAAACGAT GCCGTCCGCC GGCTGCAAAC201  TTTGGAAGTT TTGAAAAACA GGGCATTGAA GGAAGGTTTG GATAAGGATA251  AGGATGTCCA AAACCGCTTT AAAATCGCCG AAGCGTCTTT TTATGCCGAG301  GAGTACGTCC GTTTTCTGGA ACGTTCGGAA ACGGTTTCCG AAAGCGCACT351  GCGTCAGTTT TATGAGCGGC AAATCCGCAT GATCAAATTG CAGCAGGTCA401  GCTTCGCAAC CGAAGAGGAG GCGCGTCAGG CGCAGCAGCT CCTGCTCAAA451  GGGCTGTCTT TTGAAGGGCT GATGAAGCGT TATCCGAACG ACGAGCAGGC501  GTTCGACGGT TTCATTATGG CGCAGCAGCT TCCCGAGCCG CTGGCTTcgc551  agtttgCCGG TATGAACCGT GGCGACGTTA CCCGCAATCC GGTCAAATTG601  GGCGAACGCT ATTACCTGTT CAAACTCGGC GCGGTCGGGA AAAACCCCGA651  CGCGCAGCCT TTCGAGTTGG TCAGAAACCA GTTGGAACAA GGTTTGAGGC701  AGGAAAAAGC CCGCTTGAAA ATCGATGCCC TTTTGGAaga Aaacggtgtc751  AaacCGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 244>:1  MKQKKTAAAV IAAMLAGFAA AKAPEIDPAL VDTLVAQIMQ QADRHAEQSQ51  RPDGQAIRND AVRRLQTLEV LKNRALKEGL DKDKDVQNRF KIAEASFYAE101  EYVRFLERSE TVSESALRQF YERQIRMIKL QQVSFATEEE ARQAQQLLLK151  GLSFEGLMKR YPNDEQAFDG FIMAQQLPEP LASQFAGMNR GDVTRNPVKL201  GERYYLFKLG AVGKNPDAQP FELVRNQLEQ GLRQEKARLK IDALLEENGV251  KP*ORF76ng和ORF76-1在252个氨基酸的重叠区内有96.0％的相同性
                10        20        30        40        50        60orf76-1.pep MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQKPDGQAIRND
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||orf76ng     MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADPHAEQSQRPDGQAIRND
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf76-1.pep AVRRLQTLEVLKNRALKEGLDKDKDVQNRFKIAEASFYAEEYVRFLERSETVSEDELHKF
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||: |::|orf76ng     AVRRLQTLEVLKNRALKEGLDKDKDVQNRFKIAEASFYAEEYVRFLERSETVSESALRQF
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf76-1.pep YEQQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPNDEQAFDGFIMAQQLPEP
        ||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf76ng     YERQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPNDEQAFDGFIMAQQLPEP
               130       140       150       160       170       180
               190       200       210       220       230       240orf76-1.pep LASQFAAMNRGDVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLK
        ||||||:||||||||:|||||||||||||: |||||||||||||||||||||||||||||orf76ng     LASQFAGMNRGDVTRNPVKLGERYYLFKLGAVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLK
               190       200       210       220       230       240
               250orf76-1.pep IDALLEENGVKPX
        |||||||||||||orf76ng     IDALLEENGVKPX
               250
另外，ORF76ng显示出与一种枯草杆菌输出蛋白(export protein)前体明显同源：
  sp|P24327|PRSA_BACSU蛋白输出蛋白PRSA前体＞gi|98227| pir||S15269 33K脂蛋白-枯草芽孢杆菌＞gi|39782(X57271)33kDa脂蛋白[枯草芽孢杆菌]
  ＞gi|2226124|gnl|PID|e325181(Y14077)33kDa脂蛋白[枯草芽孢杆菌]＞gi|2633331|gnl|PID|e1182997(Z99109)分子陪伴蛋白[枯草芽孢杆菌]长度=292
    评分=50.4位(118)，估计值=le-05
    相同性=48/199(24％)，阳性=82/199(41％)，空隙=32/199(16％)
询问：70  VLKNRALKEGLDK-----DKDVQNRFKIAEASF----------YAEEYYRFLERSETVSE 114
           VL     ++ LDK     DK++ N+ K  +            Y ++Y++    + E +++
目标：53  VLTQLVQEKYLDKKYKVSDKEIDNKLKEYKTQLGDQYTALEKQYGKDYLKEQVKYELLTQ 112
询问：115 SA-----------LRQFYERQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPN 163
            A           +++++E     I+   +  A ++ A + ++ L KG  FE L K Y
目标：113 KAAKDNIKVTDADIKEYWEGLKGKIRASHILVADKKTAEEVEKKLKKGEKFEDLAKEYST 172
询问：164 DEQAFDG-----FIMAQQLPEPLASQFAAMNRGDVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDA 218
           D  A  G     F    Q+ E  +     +  G+V+ DPVK    Y++ K +E     D
目标：173 DSSASKGGDLGWFAKEGQMDETFSKAAFKLKTGEVS-DPVKTQYGYHIIKKTEERGKYDD 231
询问：219 QPFELVRNQLEQGLRQEKA 237
              EL    LEQ L    A
目标：232 MKKELKSEVLEQKLNDNAA 250
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中存在一个推定前导序列和一个RGD基序)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF76-1(27.8kDa)克隆到pET载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图10A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，将小鼠血清用于Western印迹(图10B)，ELISA(阳性结果)，和FACS分析(图10C)。这些实验确认ORF76-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例36
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 245>:1  ATGAAAAAAT CTTTCCTTAC GCTTGTTCTG TATTCGTCTT  TACTTACCGC51  CAGCGAAATT GCCTTACCCC TTGGAATTGG GGATTGAAAC CTTACCGGCG101  GCAAAAATTG CGGAAACGTT TGCGCTGACA TTTGTGATTG CTGCGCTGTA151  TCTGTTTGCG CGTAATAAGG TGACGCGTTT GTTGATTGCG GTGTTTTTTG201  CGTTCAGCAT TATTGCCAAC AATGTGCATT ACGCGGATTA TCAAAGCTGG251  ATGACG.... .......... .......... .......... ..........
                            //1201  .......... CAAACCGTAT TCGAGCAGCT GCAAAAGACT CCTGACGGCA1251  ACTGGCTGTT TGCCTATACC TCCGATCATG GCCAGTATGT TCGCCAAGAT1301  ATCTACAATC AAGGCACGGT GCAGCCCGAC AGCTATCTCG TGCCGCTAGT1351  GTTGTACAGC CCGGATAAGG CCGTGCAACA GGCTGCCAAC CAGGCTTTTG1401  CGCCTTGCGA GATTGCCTTC CATCAGCAGC TTTCAACGTT CCTGATTCAC1451  ACGTTGGGCT ACGATATGCC GGTTTCAGGT TGTCGCGAAG GCTCGGTAAC1501  GGGCAACCTG ATTACGGGTG ATGCAGGCAG CTTGAACATT CGCGACGGCA1551  AGGCGGAATA TGTTTATCCG CAATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 246；ORF81>:   1  MKKSFLTLVL YSSLLTASEI AYPLELGIET LPAAKIAETF ALTFVIAALY51  LFARNKVTRL LIAVFFAFSI IANNVHYADY QSWMT..... ..........
                            //401  ...QTVFEQL QKTPDGNWLF AYTSDHGQYV RQDIYNQGTV QPDSYLVPLV451  LYSPDKAVQQ AANQAFAPCE IAFHQQLSTF LIHTLGYDMP VSGCREGSVT501  GNLITGDAGS LNIRDGKAEY VYPQ*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 247>:1  ATGAAAAAAT CTTTCCTTAC GCTTGTTCTG TATTCGTCTT TACTTACCGC51  CAGCGAAATT GCCTATCGCT TTGTATTTGG GATTGAAACC TTACCGGCGG101  CAAAAATTGC GGAAACGTTT GCGCTGACAT TTGTGATTGC TGCGCTGTAT151  CTGTTTGCGC GTTATAAGGT GACGCGTTTG TTGATTGCGG TGTTTTTTGC201  GTTCAGCATT ATTGCCAACA ATGTGCATTA CGCGGTTTAT CAAAGCTGGA251  TGACGGGCAT CAATTATTGG CTGATGCTGA AAGAGGTTAC CGAAGTCGGC301  AGCGCGGGTG CGTCGATGTT GGATAAGTTG TGGCTGCCTG TGTTGTGGGG351  CGTGTTGGAA GTCATGTTGT TTTGCAGCCT TGCCAAGTTC CGCCGTAAGA401  CGCATTTTTC TGCCGATATA CTGTTTGCCT TCCTAATGCT GATGATTTTC451  GTGCGTTCGT TCGACACGAA ACAAGAGCAC GGTATTTCGC CCAAACCGAC501  ATACAGCCGC ATCAAAGCCA ATTATTTCAG CTTCGGTTAT TTTGTCGGAC551  GCGTGTTGCC GTATCAGTTG TTTGATTTAA GCAGGATTCC CGCCTTTAAG601  CAGCCTGCTC CAAGCAAAAT CGGGCAGGGC AGTGTTCAAA ATATCGTCCT651  GATTATGGGC GAAAGCGAAA GCGCGGCGCA TTTGAAGCTG TTTGGCTACG701  GACGCGAAAC TTCGCCGTTT TTAACCCGGC TGTCGCAAGC CGATTTTAAG751  CCGATTGTGA AACAAAGTTA TTCCGCAGGC TTTATGACTG CAGTGTCCCT801  GCCCAGTTTT TTCAATGCGA TACCGCACGC CAACGGCTTG GAACAAATCA851  GCGGCGGCGA TACCAATATG TTCCGCCTCG CCAAAGAGCA GGGCTATGAA901  ACGTATTTTT ACAGCGCGCA GGCGGAAAAC GAGATGGCGA TTTTGAACTT951  AATCGGTAAG AAATGGATAG ACCATCTGAT TCAGCCGACG CAACTTGGCT1001  ACGGCAACGG CGACAATATG CCCGATGAGA AGCTGCTGCC GTTGTTCGAC1051  AAAATCAATT TGCAGCAGGG CAAGCATTTT ATCGTGTTGC ACCAACGCGG1101  TTCGCACGCC CCATACGGCG CATTGTTGCA GCCTCAAGAT AAAGTATTCG1151  GCGAAGCEGA TATTGTGGAT AAGTACGACA ACACCATCCA CAAAACCGAC1201  CAAATGATTC AAACCGTATT CGAGCAGCTG CAAAAGCAGC CTGACGGCAA1251  CTGGCTGTTT GCCTATACCT CCGATCATGG CCAGTATGTT CGCCAAGATA1301  TCTACAATCA AGGCACGGTG CAGCCCGACA GCTATCTCGT GCCGCTAGTG1351  TTGTACAGCC CGGATAAGGC CGTGCAACAG GCTGCCAACC AGGCTTTTGC1401  GCCTTGCGAG ATTGCCTTCC ATCAGCAGCT TTCAACGTTC CTGATTCACA1451  CGTTGGGCTA CGATATGCCG GTTTCAGGTT GTCGCGAAGG CTCGGTAACG1501  GGCAACCTGA TTACGGGTGA TGCAGGCAGC TTGAACATTC GCGACGGCAA1551  GGCGGAATAT GTTTATCCGC AATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 248；ORF81-1>:1  MKKSFLTLVL YSSLLTASEI AYRFVFGIET LPAAKIAETF ALTFVIAALY51  LFARYKVTRL LIAVFFAFSI IANNVHYAVY QSWMTGINYW LMLKEVTEVG101  SAGASMLDKL WLPVLWGVLE VMLFCSLAKF RRKTHFSADI LFAFLMLMIF151  VRSFDTKQEH GISPKPTYSR IKANYFSFGY FVGRVLPYQL FDLSRIPAFK201  QPAPSKIGQG SVQNIVLIMG ESESAAHLKL FGYGRETSPF LTRLSQADFK251  PIVKQSYSAG FMTAVSLPSF FNAIPHANGL EQISGGDTNM FRLAKEQGYE301  TYFYSAQAEN EMAILNLIGK KWIDHLIQPT QLGYGNGDNM PDEKLLPLFD351  KINLQQGKHF IVLHQRGSHA PYGALLQPQD KVFGEADIVD KYDNTIHKTD401  QMIQTVFEQL QKQPDGNWLF AYTSDHGQYV RQDIYNQGTV QPDSYLVPLV451  LYSPDKAVQQ AANQAFAPCE IAFHQQLSTF LIHTLGYDMP VSGCREGSVT501  GNLITGDAGS LNIRDGKAEY VYPQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF81和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF81a)在85个氨基酸的重叠区内有84.7％的相同性，在121个氨基酸的重叠区内有99.2％的相同性：
               10      20      30      40      50      60orf81.pep   MKKSFLTLVLYSSLLTASEIAYPLELGIETLPAAKIAETFALTFVIAALYLFARNKVTRL
        ||||:::||||||||||||||| : :|||||||||:|||||||||||||||||| |:|||orf81a      MKKSLFVLFLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKMAETFALTFVIAALYLFARYKATRL
                10        20        30        40        50        60
                70        80orf81.pep   LIAVFFAFSIIANNVHYADYQSWMT
        |||||||||||||||||| ||||:|orf81a      LIAVFFAFSIIANNVHYAVYQSWITGINYWLMLKEITEVGGAGASMLDKLWLPALWGVLE
                70        80        90       100       110       120
                 //
                                             120       130       140orf81.pep   QTVFEQLQKTPDGNWLFAYTSDHGQYVRQD
        ||||||||| ||||||||||||||||||||orf81a      IPHANGLEQISGGDIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLFAYTSDHGQYVRQD
            280       290       300       310       320       330
            150       160       170       180       190       200orf81.pep IYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTFLIHTLGYDMPVSG
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf81a    IYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTFLIHTLGYDMPVSG
          340       350       360       370       380       390
          210       220       230orf81.pep CREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
      ||||||||||||||||||||||||||||||||orf81a    CREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
          400       410       420全长ORF81a核苷酸序列<SEQ ID 249>是：1  ATGAAAAAAT CCCTTTTCGT TCTCTTTCTG TATTCGTCCC TACTTACTGC51  CAGCGAAATT GCTTATCGCT TTGTATTCGG AATTGAAACC TTACCGGCTG101  CAAAAATGGC AGAAACGTTT GCGCTGACAT TTGTGATTGC TGCGCTGTAT151  CTGTTTGCGC GTTATAAGGC AACGCGTTTG TTGATTGCGG TGTTTTTCGC201  GTTCAGCATT ATTGCCAACA ATGTGCATTA CGCGGTTTAT CAAAGCTGGA251  TAACGGGCAT TAATTATTGG CTGATGCTGA AAGAGATTAC CGAAGTTGGC301  GGCGCAGGGG CGTCGATGTT GGATAAGTTG TGGCTGCCTG CGTTGTGGGG351  CGTGTTGGAA GTCATGTTGT TTTGCAGCCT TGCCAAGTTC CGCCGTAAGA401  CGCATTTTTC TGCCGATATA CTGTTTGCCT TCCTAATGCT GATGATTTTC451  GTGCGTTCGT TCGACACGAA ACAAGAACAC GGTATTTCGC CCAAACCGAC501  ATACAGCCGC ATCAAAGCCA ATTATTTCAG CTTCGGTTAT TTTGTCGGAC551  GCGTGTTGCC GTATCAGTTG TTTGATTTAA GCAAGATTCC TGTGTTCAAA601  CAGCCTGCTC CAAGCAGAAT CGGGCAAGGC AGTATTCAAA ATATCGTCCT651  GATTATGGGC GAAAGCGAAA GCGCGGCGCA TTTGAAATTG TTTGGCTACG701  GGCGCGAAAC TTCGCCGTTT TTGACCCAGC TTTCGCAAGC CGATTTTAAG751  CCGATTGTGA AACAAAGTTA TTCCGCAGGC TTTATGACGG CAGTATCCCT801  GCCCAGTTTC TTTAACGTCA TACCGCATGC CAACGGCTTG GAACAAATCA851  GCGGCGGCGA TATTGTGGAT AAGTACGACA ACACCATCCA CAAAACCGAC901  CAAATGATTC AAACCGTATT CGAGCAGCTG CAAAAGCAGC CTGACGGCAA951  CTGGCTGTTT GCCTATACCT CCGATCATGG CCAGTATGTT CGCCAAGATA1001  TCTACAATCA AGGCACGGTG CAGCCCGACA GCTATCTCGT GCCGCTGGTG1051  TTGTACAGCC CGGATAAGGC CGTGCAACAG GCTGCCAACC AGGCTTTTGC1101  GCCTTGCGAG ATTGCCTTCC ATCAGCAGCT TTCAACGTTC CTGATTCACA1151  CGTTGGGCTA CGATATGCCG GTTTCAGGTT GTCGCGAAGG CTCGGTAACG1201  GGCAACCTGA TTACGGGTGA TGCAGGCAGC TTGAACATTC GCGACGCCAA1251  GGCGGAATAT GTTTATCCGC AATGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 250>:1  MKKSLFVLFL YSSLLTASEI AYRFVFGIET LPAAKMAFTF ALTFVIAALY51  LFARYKATRL LIAVFFAFSI IANNVHYAVY QSWITGINYW LMLKEITEVG101  GAGASMLDKL WLPALWGVLE VMLFCSLAKF RRKTHFSADI LFAFLMLMIF151  VRSFDTKQEH GISPKPTYSR IKANYFSFGY FVGRVLPYQL FDLSKIPVFK201  QPAPSRIGQG SIQNIVLIMG ESESAAHLKL FGYGRETSPF LTQLSQADFK251  PIVKQSYSAG FMTAVSLPSF FNVIPHANGL EQISGGDIVD KYDNTIHKTD301  QMIQTVFEQL QKQPDGNWLF AYTSDHGQYV RQDIYNQGTV QPDSYLVPLV351  LYSPDKAVQQ AANQAFAPCE IAFHQQLSTF LIHTLGYDMP VSGCREGSVT401  GNLITGDAGS LNIRDGKAEY  VYPQ*ORF81a和ORF81-1在524个氨基酸的重叠区内有77.9％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf81a.pep MKKSLFVLFLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKMAETFALTFVIAALYLFARYKATRL
       ||||:::| ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||:|||orf81-1    MKKSFLTLVLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKIAETFALTFVIAALYLFARYKVTRL
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf81a.pep LIAVFFAFSIIANNVHYAVYQSWITGINYWLMLKEITEVGGAGASMLDKLWLPALWGVLE
       |||||||||||||||||||||||:|||||||||||:||||:||||||||||||:||||||orf81-1    LIAVFFAFSIIANNVHYAVYQSWMTGINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPVLWGVLE
               70        80        90       100       110       120
               130       140       150      160       170       180orf81a.pep VMLFCSLAKFRRKTHFSADILFAFLMLMIFVRSFDTKQEHGISPKPTYSRIKANYFSFGY
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf81-1    VMLFCSLAKFRRKTHFSADILFAFLMLMIFVRSFDTKQEHGISPKPTYSRIKANYFSFGY
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf81a.pep FVGRVLPYQLFDLSKIPVFKQPAPSRIGQGSIQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPF
       ||||||||||||||:||:|||||||:|||||:||||||||||||||||||||||||||||orf81-1    FVGRVLPYQLFDLSRIPAFKQPAPSKIGQGSVQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPF
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280orf81a.pep LTQLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLPSFFNVIPHANGLEQISGGD-------------
       ||:|||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||orf81-1    LTRLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLPSFFNAIPHANGLEQISGGDTNMFRLAKEQGYE
              250       260       270       280       290       300orf81a.pep ------------------------------------------------------------orf81-1    TYFYSAQAENEMAILNLIGKKWIDHLIQPTQLGYGNGDNMPDEKLLPLFDKINLQQGKHF
              310       320       330       340       350       360
                                  290       300       310       320orf81a.pep ---------------------------IVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLF
                                  |||||||||||||||||||||||||||||||||orf81-1    IVLHQRGSHAPYGALLQPQDKVFGEADIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLF
              370       380       390       400       410       420
              330       340       350       360       370       380orf81a.pep AYTSDHGQYVRQDIYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf81-1    AYTSDHGQYVRQDIYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTF
              430       440       450       460       470       480
              390       400       410       420orf81a.pep LIHTLGYDMPVSGCREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf81-1    LIHTLGYDMPVSGCREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
              490       500       510       520
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF81与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF81.ng)的N-和C-端的氨基酸序列对比分别显示出在85和121个氨基酸的重叠区内有82.4％和97.5％的相同性：orf81.pep    MKKSFLTLVLYSSLLTASEIAYPLELGIETLPAAKIAETFALTFVIAALYLFARNKVTRL  60
         ||||:::| ||||||||||||| : :|||||||||:||||||||:||||||||| |::||orf81ng      MKKSLFVLFLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKMAETFALTFMIAALYLFARYKASRL  60orf81.pep    LIAVFFAFSIIANNVHYADYQSWMT                                     85
         |||||||||:|||||||| ||||||orf81ng      LIAVFFAFSMIANNVHYAVYQSWMTGINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPALWGVAE  120
                                //orf81.pep                                  QTVFEQLQKTPDGNWLFAYTSDHGQYVRQD  433
                                      ||||||||| ||||||||||||||||||||orf81ng      ALLQPQDKVFGEADIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLFAYTSDHGQYVRQD  433orf81.pep    IYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTFLIHTLGYDMPVSG  493
         |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf81ng      IYNQCTYQPDSYIVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQKSTFLIHTLGYDMPVSG  493orf81.pep    CREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQ 524
         |||||||||||||||||||||:|||||||||orf81ng      CREGSVTGNLITGDAGSLNIRNGKAEYVYPQ 524全长ORF81ng核苷酸序列<SEQ ID 251>是：1  ATGAAAAAAT CCCTTTTCGT TCTCTTTCTG TATTCATCCC TACTTACCGC51  CAGCGAAATC GCCTATCGCT TTGTATTCGG AATTGAAACC TTACCGGCTG101  CAAAAATGGC GGAAACGTTT GCGCTGACAT TTATGATTGC TGCGCTGTAT151  CTGTTTGCGC GTTATAAGGC TTCGCGGCTG CTGATTGCGG TGTTTTTCGC201  GTTCAGCATG ATTGCCAACA ATGTGCATTA CGCGGTTTAT CAAAGCTGGA251  TGACGGGTAT TAACTATTGG CTGATGCTGA AAGAGGTTAC CGAAGTCGGC301  AGCGCGGGCG CGTCGATGTT GGATAAGTTG TGGCTGCCTG CTTTGTGGGG351  CGTGGCGGAA GTCATGTTGT TTTGCAGCCT TGCCAAGTTC CGCCGTAAGA401  CGCATTTTTC TGCCGATATA CTGTTTGCCT TCCTAATGCT GATGATTTTC451  GTGCGTTCGT TCGACACGAA ACAAGAGCAC GGTATTTCGC CCAAACCGAC501  ATACAGCCGC ATCAAAGCCA ATTATTTCAG CTTCGGTTAT TTTGTCGGGC551  GCGTGTTGCC GTATCAGTTG TTTGATTTAA GCAAGATCCC TGTGTTCAAA601  CAGCCTGCTC CAAGCAAAAT CGGGCAAGGC AGTATTCAAA ATATCGTCCT651  GATTATGGGC GAAAGCGAAA GCGCGGCGCA TTTGAAATTG TTTGGTTACG701  GGCGCGAAAC TTCGCCGTTT TTAACCCGGC TGTCGCAAGC CGATTTTAAG751  CCGATTGTGA AACAAAGTTA TTCCGCAGGC TTTATGACGG CAGTATCCCT801  GCCCAGTTTC TTTAACGTCA TACCGCACGC CAACGGCTTG GAACAAATCA851  GCGGCGGCGA TACCAATATG TTCCGCCTCG CCAAAGAGCA GGGCTATGAA901  ACGTATTTTT ACAGTGCCCA GGCTGAAAAC CAAATGGCAA TTTTGAACTT951  AATCGGTAAG AAATGGATAG ACCATCTGAT TCAGCCGACG CAACTTGGCT1001  ACGGCAACGG CGACAATATG CCCGATGAGA ACCTGCTGCC GTTGTTCGAC1051  AAAATCAATT TGCAGCAGGG CAGGCATTTT ATCGTGTTGC ACCAACGCGG1101  TTCGCACGCC CCATACGGCG CATTGTTGCA GCCTCAAGAT AAAGTATTCG1151  GCGAAGCCGA TATTGTGGAT AAGTACGACA ACACCATCCA CAAAACCGAC1201  CAAATGATTC AAACCGTATT CGAGCAGCTG CAAAAGCAGC CTGACGGCAA1251  CTGGCTGTTT GCCTATACCT CCGATCATGG CCAGTATGTG CGCCAAGATA1301  TCTACAATCA AGGCACGGTG CAGCCCGACA GCTATATTGT GCCTCTGGTT1351  TTGTACAGCC CGGATAAGGC CGTGCAACAG GCTGCCAACC AGGCCTTTTGC1401  GCCTTGCGAG ATTGCCTTCC ATCAGCAGCT TTCAACGTTC CTGATTCACA1451  CGTTGGGCTA CGATATGCCG GTTTCAGGTT GTCGCGAAGG CTCGGTAACA1501  GGCAACCTGA TTACGGGCGA TGCAGGCAGC TTGAACATTC GCAACGGCAA1551  GGCGGAATAT GTTTATCCGC ATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 252>:  1  MKKSLFVLFL YSSLLTASEI AYRFVFGIET LPAAKMAETF ALTFMIAALY51  LFARYKASRL LIAVFFAFSM IANNYHYAVY QSWMTGINYW LMLKEVTEVG101  SAGASMLDKL WLPALWGVAE VMLFCSLAKF RRKTHFSADI LFAFLMLMIF151  VRSFDTKQEH GISPKPTYSR IKANYFSFGY FVGRVLPYQL FDLSKIPVFK201  QPAPSKIGQG SIQNIVLIMG ESESAAHLKL FGYGRETSPF LTRLSQADFK251  PIVKQSYSAG FMTAVSLPSF FNVIPHANGL EQISGGDTNM FRLAKEQGYE301  TYFYSAQAEN QMAILNLIGK KWIDHLIQPT QLGYGNGDNM PDEKLLPLFD351  KINLQQGRHF IVLHQRGSHA PYGALLQPQD KVFGEADIVD KYDNTIHKTD401  QMIQTVFEQL QKQPDGNWLF AYTSDHGQYV RQDIYNQGTV QPDSYIVPLV451  LYSPDKAVQQ AANQAFAPCE IAFHQQLSTF LIHTLGYDMP VSGCREGSVT501  GNLITGDAGS LNIRNGKAEY VYPQ*ORF81ng和ORF81-1在524个氨基酸的重叠区内有96.4％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf81ng-1.pep MKKSLFVLFLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKMAETFALTFMIAALYLFARYKASRL
          ||||:::||||||||||||||||||||||||||||:||||||||:|||||||||||::||orf81-1       MKKSFLTLVLYSSILTASEIAYRFVFGIETLPAAKIAETFALTFVIAALYLFARYKVTRL
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf81ng-1.pep LIAVFFAFSMIANNVHYAVYQSWMTGINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPALWGVAE
          |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||orf81-1       LIAVFFAFSIIANNVHYAVYQSWMTGINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPVLWGVLE
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf81ng-1.pep VMLFCSLAKFRRKTHFSADILFAFLMLMIFVRSFDTKQEHGISPKPTYSRIKANYFSFGY
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf81-1       VMLFCSLAKFRRKTHFSADILFAFLMLMIFVRSFDTKQEHGISPKPTYSRIKANYFSFGY
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf81ng-1.pep FVGRVLPYQLFDLSKIPVFKQPAPSKIGQGSIQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPF
          ||||||||||||||:||:|||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||orf81-1       FVGRVLPYQLFDLSRIPAFKQPAPSKIGQGSVQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPF
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf81ng-l.pep LTRLSQADFIPIVKQSYSAGFMTAVSLPSFFNVIPHANGLEQISGGDTNMFRLAKEQGYE
          ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||orf81-1       LTRLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLPSFFNAIPHANGLEQISGGDTNMFRLAKEQGYE
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320       330       340       350       360orf81ng-1.pep TYFYSAQAENQMAILNLIGKKWIDHLIQPTQLGYGNGDNMPDEKLLPLFDKINLQQGRHF
          ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||orf81-1       TYFYSAQAENEMAILNLIGKKWIDHLIQPTQLGYGNGDNMPDEKLLPLFDKINLQQGKHF
                 310       320       330       340       350       360
                 370       380       390       400       410       420orf81ng-1.pep IVLHQRGSHAPYGALLQPQDKVFGEADIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLF
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf81-1       IVLHQRGSHAPYGALLQPQDKVFGEADIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLF
                 370       380       390       400       410       420
                 430       440       450       460       470       480orf81ng-1.pep AYTSDHGQYVRQDIYNQGTVQPDSYIVPLVLYSPIKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTF
          |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf81-1       AYTSDHGQYVRQDIYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTF
                 430       440       450       460       470       480
                 490       500       510       520orf81ng-1.pep LIHTLGYDMPVSGCREGSVTGNLITGDAGSLNIRNGKAEYVYPQX
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||orf81-1       LIHTLGYDMPVSGCREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
                 490       500       510       520另外，ORF81ng显示出与大肠杆菌的OMP明显同源：gi|1256380(U50906)结合外膜蛋白粘附蛋白的蛋白[E.coli]长度=547评分=87.4位(213)，估计值=2e-16相同性=122/468(26％)，阳性=198/468(42％)，空隙=70/468(14％)询问：25  VFGIETLPAAKMAETFA-LTFMIAALYLFARYKAS--RLLIAVFFAFSMIANNVHYAVYQ 81
      VFGI  L A+  A     L F +  + +  R  +   RLL+A  F   + A ++  ++Y目标：29  VFGITNLVASSGAHMVQRLLFFVLTILVVKRISSLPLRLLVAAPFVL-LTAADMSISLY- 86询问：82  SWMT-------GINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPALWGVAEVMLFCSLAKFRRKT 134
       SW T       G    ++  +  EV    A ML  ++ P L   A + L       +目标：87  SWCTFGTTFNDGFAISVLQSDPDEV----AKMLG-MYSPYLCAFAFLSLLFLAVIIKYDV 141询问：135 HFSADILFAFLMLMIFVRSF---------DTKQEHGISPKPTYSRIKAN--YFSFGYFVG 183
             +   L+L++   S          D K ++  SP    SR      +F+  YF目标：142 SLPTKKVTGILLLIVISGSLFSACQFAYKDAKNKNAFSPYILASRFATYTPFFNLNYFAL 201询问：184 RVLPYQ--LFDLSKIPVFKQPAPSKIGQGSIQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPFL 241
           +Q  L   + +P F+      +    I   VLI+GES    ++ L+GY R T+P +目标：202 AAKEHQRLLSIANTVPYFQL----SVRDTGIDTYVLIVGESVRVDNMSLYGYTRSTTPQV 257询问：242 TRLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLP---SFFNVIPHANGLEQISGGDTNMFRLAKEQG 298
          +Q     +  Q+ S    TA+S+P   +  +V+ H      I     N+  +A + G目标：258 E--AQRKQIKLFNQAISGAPYTALSVPLSLTADSVLSH-----DIHNYPDNIINMANQAG 310询问：299 YETYFYSAQA---ENQMAILNLIGKKWIDHLIQPTQLGYGNGDNMPDEKLLPLFDKINLQ 355
       ++T++ S+Q+   +N  A+ ++         ++  +  Y  G    DE LLP   +   Q目标：311 FQTFWLSSQSAFRQNGTAVTSI--------AMRAMETVYVRGF---DELLLPHLSQALQQ 359询问：356 --QGRHFIVLHQRGSHAPYGALLQPQDKVFGEADIVDK-YDNTIHKTDQMIQTVFEQLQK 412
         Q +  IVLH  GSH P  +       VF   D  D  YDN+IH TD ++  VFE L+目标：360 NTQQKKLIVLHLNGSHEPACSAYPQSSAVFQPQDDQDACYDNSIHYTDSLLGQVFELLK- 418询问：413 QPDGNWLFAYTSDHG---QYVRQDIYNQG--TVQPDSYIVPL-VLYSP 454
         D      Y +DHG      ++++Y  G       +Y VP+ + YSP目标：419 --DRRASVMYFADHGLERDPTKKNVYFHGGREASQAYHVPMFIWWYSP 464
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域单划线)的结果)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例37
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 253>:1 ...ACCCTGCTCC TCTTCATCCC CCTCGTCCTC ACAC.GTGCG GCACACTGAC51    CGGCATACTC GCCCaCGGCG GCGGCAAACG CTTTGCCGTC GAACAAGAAC101    TCGTCGCCGC ATCGTCCCGC GCCGCCGTCA AAGAAATGGA TTTGTCCGCC151    yTAAAAGGAC GCAAAGCCGC CyTTTACGTC TCCGTTATGG GCGACCAAGG201    TTCGGGCAAC ATAAGCGGCG GACGCTACTC TATCGACGCA CTGATACGCG251    GCGGCTACCA CAACAACCCC GAAAGTGCCA CCCAATACAG CTACCCCGCC301  TACGACACTA CCGCCACCAC CAAATCCGAC GCGCTCTCCA GCGTAACCAC351  TTCCACATCG CTTTTGAACG CCCCCGCCGC CGyCyTGACG AAAAACAGCG401  GACGCAAAGG CGAACGcTCC GCCGGACTGT CCGTCAACGG CACGGGCGAC451  TACCGCAACG AAACCCTGCT CGCCAACCCC CGCGACGTTT CCTTCCTGAC501  CAACCTCATC CAAACCGTCT TCTACCTGCG CGGCATCGAA GTCgTACCGC551  CCGrATACGC CGACACCGAC GTATTCGTAA CCGTCGACGT  A...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 254；ORF83>:1..TLLLFIPLVL TXCGTLTGIL AHGGGKRFAV EQELVAASSR AAVKEMDLSA51  LKGRKAAXYV SVMGDQGSGN ISGGRYSIDA LIRGGYHNNP ESATQYSYPA101  YDTTATTKSD ALSSVTTSTS LLNAPAAXLT KNSGRKGERS AGLSVNGTGD151  YRNETLLANP RDVSFLTNLI QTVFYLRGIE VVPPXYADTD VFYTVDV..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 255>:1  ATGAAAACCC TGCTCCTCCT CATCCCCCTC GTCCTCACAG CCTGCGGCAC51  ACTGACCGGC ATACCCGCCC ACGGCGGCGG CAAACGCTTT GCCGTCGAAC101  AAGAACTCGT CGCCGCATCG TCCCGCGCCG CCGTCAAAGA AATGGATTTG151  TCCGCCCTAA AAGGACGCAA AGCCGCCCTT TACGTCTCCG TTATGGGCGA201  CCAAGGTTCG GGCAACATAA GCGGCGGACG CTACTCTATC GACGCACTGA251  TACGCGGCGG CTACCACAAC AACCCCGAAA GTGCCACCCA ATACAGCTAC301  CCCGCCTACG ACACTACCGC CACCACCAAA TCCGACGCGC TCTCCAGCGT351  AACCACTTCC ACATCGCTTT TGAACGCCCC CGCCGCCGCC CTGACGAAAA401  ACAGCGGACG CAAAGGCGAA CGCTCCGCCG GACTGTCCGT CAACGGCACG451  GGCGACTACC GCAACGAAAC CCTGCTCGCC AACCCCCGCG ACGTTTCCTT501  CCTGACCAAC CTCATCCAAA CCGTCTTCTA CCTGCGCGGC ATCGAAGTCG551  TACCGCCCGA ATACGCCGAC ACCGACGTAT TCGTAACCGT CGACGTATTC601  GGCACCGTCC GCAGCCGTAC CGAACTGCAC CTCTACAACG CCGAAACCCT651  TAAAGCCCAA ACCAAGCTCG AATATTTCGC CGTTGACCGC GACAGCCGGA701  AACTGCTGAT TACCCCTAAA ACCGCCGCCT ACGAATCCCA ATACCAAGAA751  CAATACGCCC TTTGGACCGG CCCTTACAAA GTCAGCAAAA CCGTCAAAGC801  CTCAGACCGC CTGATGGTCG ATTTCTCCGA CATTACCCCC TACGGCGACA851  CAACCGCCCA AAACCGTCCC GACTTCAAAC AAAACAACGG TAAAAAACCC901  GATGTCGGCA ACGAAGTCAT CCGCCGCCGC AAAGGAGGAT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 256；ORF83-1>:1  MKTLLLLIPL VLTACGTLTG IPAHGGGKRF AVEQELVAAS SRAAVKEMDL51  SALKGRKAAL YVSVMGDQGS GNISGGRYSI DALIRGGYHN NPESATQYSY101  PAYDTTATTK SDALSSVTTS TSLLNAPAAA LTKNSGRKGE RSAGLSVNGT151  GDYRNETLLA NPRDVSFLTN LIQTVFYLRG IEVVPPEYAD TDVFVTVDVF201  GTVRSRTELH LYNAETLKAQ TKLEYFAVDR DSRKLLITPK TAAYESQYQE251  QYALWTGPYK VSKTVKASDR LMVDFSDITP YGDTTAQNRP DFKQNNGKKP301  DVGNEVIRRR KGG*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF83与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF83a)在重叠的197个氨基酸内有96.4％的相同性：
                10        20        30        40        50orf83.pep   TLLLFIPLVLTXCGTLTGILAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAX
        ||| :|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83a    MKTLLXLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
              10        20        30        40        50        60
      60        70        80        90       100       110orf83.pep YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83a    YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
              70        80        90       100       110       120
     120       130       140       150       160       170orf83.pep TSLLNAPAAXLTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83a    TSLLNAPAAALTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
             130       140       150       160       170       180
        180       190orf83.pep    IEVVPPXYADTDVFVTVDV
         |||||| ||||||||||||orf83a    IEVVPPEYADTDYFYTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLIAPK
             190       200       210       220       230       240全长ORF83a核苷酸序列<SEQ ID 257>是：1  ATGAAAACCC TGCTCNTCCT CATCCCCCTC GTCCTCACAG CCTGCGGCAC51  ACTGACCGGC ATACCCGCCC ACGGCGGCGG CAAACGCTTT GCCGTCGAAC101  AAGAACTCGT CGCCGCATCG TCCCGCGCCG CCGTCAAAGA AATGGACTTG151  TCCGCCCTGA AAGGACGCAA AGCCGCCCTT TACGTCTCCG TTATGGGCGA201  CCAAGGTTCG GGCAACATAA GCGGCGGACG CTACTCTATC GACGCACTGA251  TACGCGGCGG CTACCACAAC AACCCCGAAA GTGCCACCCA ATACAGCTAC301  CCCGCCTACG ACACTACCGC CACCACCAAA TCCGACGCGC TCTCCAGCGT351  AACCACTTCC ACATCGCTTT TGAACGCCCC CGCCGCCGCC CTGACGAAAA401  ACAGCGGACG CAAAGGCGAA CGCTCCGCCG GACTGTCCGT CAACGGCACG451  GGCGACTACC GCAACGAAAC CCTGCTCGCC AACCCCCGCG ACGTTTCCTT501  CCTGACCAAC CTCATCCAAA CCGTCTTCTA CCTGCGCGGC ATCGAAGTCG551  TACCGCCCGA ATACGCCGAC ACCGACGTAT TCGTAACCGT CGACGTATTC601  GGCACCGTCC GCAGCCGCAC CGAACTGCAC CTCTACAACG CCGAAACCCT651  TAAAGCCCAA ACCAAGCTCG AATATTTCGC CGTTGACCGC GACAGCCGGA701  AACTGCTGAT TGCCCCTAAA ACCGCCGCCT ACGAATCCCA ATACCAAGAA751  CAATACGCCC TCTGGATGGG ACCTTACAGC GTCGGCAAAA CCGTCAAAGC801  CTCAGACCGC CTGATGGTCG ATTTCTCCGA CATCACCCCC TACGGCGACA851  CAACCGCCCA AAACCGTCCC GACTTCAAAC AAAACAACGG TAAAAAACCC901  GATGTCGGCA ACGAAGTCAT CCGCCGCCGC AAAGGAGGAT AA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 258>:1  MKTLLXLIPL VLTACGTLTG IPAHGGGKRF AVEQELVAAS SRAAVKEMDL51  SALKGRKAAL YVSVMGDQGS GNISGGRYSI DALIRGGYHN NPESATQYSY101  PAYDTTATTK SDALSSVTTS TSLLNAPAAA LTKNSGRKGE RSAGLSVNGT151  GDYRNETLLA NPRDVSFLTN LIQTVFYLRG IEVVPPEYAD TDVFVTVDVF201  GTVRSRTEIH LYNAETLKAQ TKLEYFAVDR DSRKLLIAPK TAAYESQYQE251  QYALWMGPYS VGKTVKASDR LMVDFSDITP YGDTTAQNRP DFKQNNGKKP301  DVGNEVIRRR KGG*ORF83a和ORF83-1在313个氨基酸的重叠区内有98.4％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf83a.pep MKTLLXLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83-1    MKTLLLLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
               10        20        30    40            50        60
               70        80        90   100           110       120orf83a.pep YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83-1    YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf83a.pep TSLLNAPAAALTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83-1    TSLLNAPAAALTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf83a.pep  IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLIAPK
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||orf83-1     IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLITPK
               190       200       210       220       230       240
               250       260       270       280       290       300orf83a.pep  TAATESQYQEQYALWMGPYSVGKTVKASDRLMVDFSDITPYGDTTAQNRPDFKQNNGKKP
        |||||||||||||| ||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83-1     TAAYESQYQEQYALWTGPYKVSKTVKASDRLMVDFSDITPYGDTTAQNRPDFKQNNGKKP
               250       260       270       280       290       300
               310orf83a.pep  DVGNEVIRRRKGGX
        ||||||||||||||orf83-1     DVGNEVIRRRKGGX
               310
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF83和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF83.ng)在重叠的197个氨基酸内有94.9％的相同性：orf83.pep     TLLLFIPLVLTXCGTLTGILAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAX  58
          ||||:|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83ng     MKTLLLLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL  60orf83.pep   YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS  118
        ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||:||||orf83ng     YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPDSATRYSYPAYDTTATTKSDALSGVTTS  120orf83.pep   TSLLNAPAAXLTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG  178
        ||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83ng     TSLLNAPAAALTKNNGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG  180orf83.pep   IEVVPPXYADTDVFVTVDV                                           197
        |||||| ||||||||||||orf83ng     IEVVPPEYADTDYFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLIAPK  240全长ORF83ng核苷酸序列<SEQ ID 259>是：1  ATGAAAACCC TGCTCCTCCT CATCCCCCTC GTACTCACCG CCTGCGGCAC51  ACTGACCGGC ATACCCGCCC ACGGCGGCGG CAAACGCTTT GCCGTCGAAC101  AGGAACTCGT CGCCGCATCG TCCCGCGCCG CCGTCAAAGA AATGGACTTG151  TCCGCCCTGA AAGGACGCAA AGCCGCCCTT TACGTCTCCG TTATGGGCGA201  CCAAGGTTCG GGCAACATAA GCGGCGGACG CTACTCCATC GACGCACTGA251  TACGCGGCGG CTACCACAAC AACCCCGACA GCGCCACCCG ATACAGCTAC301  CCCGCCTATG ACACTACCGC CACCACCAAA TCCGACGCGC TCTCCGGCGT351  AACCACTTCC ACATCGCTTT TGAACGCCCC CGCCGCCGCC CTGACGAAAA401  ACAACGGACG CAAAGGCGAA CGCTCCGCCG GACTGTCCGT CAACGGCACG451  GGCGACTACC GCAACGAAAC CCTGCTCGCC AACCCCCGCG ACGTTTCCTT501  CCTGACCAAC CTCATCCAAA CCGTCTTCTA CCTGCGCGGC ATCGAAGTCG551  TACCGCCCGA ATACGCCGAC ACCGACGTAT TCGTAACCGT CGACGTATTC601  GGCACCGTCC GCAGCCGTAC CGAACTGCAC CTCTACAACG CCGAAACCCT651  TAAAGCCCAA ACCAAGCTCG AATATTTCGC CGTCGACCGC GACAGCCGGA701  AACTGCTGAT TGCCCCTAAA ACCGCCGCCT ACGAATCCCA ATACCAAGAA751  CAATACGCCC TCTGGATGGG ACCTTACAGC GTCGGCAAAA CCGTCAAAGC801  CTCAGACCGC CTGATGGTCG ATTTCTCCGA CATCACCCCC TACGGCGACA851  CAACCGCCCA AAACCGTCCC GACTTCAAAC AAAACAACGG TAAAAACCCC901  GATGTCGGCA ACGAAGTCAT CCGCCGCCGC AAAGGAGGAT AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 260>:
1 MKTLLLLIPL VLTACGTLTG IPAHGGGKRF AVEQELVAAS SRAAVKEMDL 51  SALKGRKAAL YVSVMGDQGS GNISGGRYSI DALIRGGYHN NPDSATRYSY101  PAYDTTATTK SDALSGVTTS TSLLNAPAAA LTKNNGRKGE RSAGLSVNGT151  GDYRNETLLA NPRDVSFLTN LIQTVFYLRG IEVVPPEYAD TDVFVTVDVF201  GTVRSRTELH LYNAETLKAQ TKLEYFAVDR DSRKLLIAPK TAAYESQYQE251  QYALWMGPYS VGKTVKASDR LMVDFSDITP YGDTTAQNRP DFKQNNGKNP301  DVGNEVIRRR KGG*ORF83ng和ORF83-1在313个氨基酸的重叠区内有97.1％的相同性
                  10        20        30        40        50        60orf83-1.pep   MKTLLLLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83ng       MKTLLLLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf83-1.pep   YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
          ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||:||||orf83ng       YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPDSATRYSYPAYDTTATTKSDALSGVTTS
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf83-1.pep   TSLLNAPAAALTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
          ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf83ng       TSLLNAPAAALTKNNGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf83-1.pep   IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLITPK
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||orf83ng       IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLIAPK
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf83-1.pep   TAAYESQYQEQYALWTGPYKVSKTVKASDRLMVDFSDITPYGDTTAQNRPDFKQNNGKKP
          ||||||||||||||| |||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|orf83ng       TAAYESQYQEQYALWMGPYSVGKTVKASDRLMVDFSDITPYGDTTAQNRPDFKQNNGKNP
                 250       260       270       280       290       300
                 310orf83-1.pep   DVGNEVIRRRKGGX
          ||||||||||||||orf83ng       DVGNEVIRRRKGGX
                 310
根据该分析结果(预计淋球菌蛋白中存在一个推定的ATP/GTP-结合位点基序A(P-环)(双划线)以及一个推定的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例38
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 261>:1  ATGGCAGAGA TCTGTTTGAT AACCGGCACG CCCGGTTCAG GGAAAACATT51  AAAAATGGTT TCCATGATGG CGAATGATGA AATGTTTAAG CCTGATGAAA101  AAGCCATACG CCGTAAAGTA TTTACGAACA TAAAAGGCTT GAAAATACCG151  CACACCTACA TAGAAACGGA CGCAAAAAAG CTGCCGAAAT CGACAGATGA 201 GCAGCTTTCG GCGCATGATA TGTACGAATG GATAAAGAAG CCCGAAAATA251 TCGGGTCTAT TGTCATTGTA GATGAAGCTC AAGACGTATG GCCGGCACGC301 TCGGCAGGTT CAAAAATCCC TGAAAATGTC CAATGGCTGA ATACGCACAG351 ACATCAGGGC ATTGATATAT TTGTTTTGAC TCAAGGTCCT AAGCTTCTAG401 ATCAAAATCT TAGAACGCTT GTACGGAAAC ATTACCACAT CGCTTCAAAC451 AAGATGGGTA TGCGTACGCT TTTAGAATGG AAAATATGCG CGGACGATCC501 CGTAAAAATG GCATCAAGCG CATTCTCCAG TATCTATACA CTGGATAAAA551 AAGTTTATGA CTTGTAysrr TmmGCGGAAG TTCATACCGT AAATAAGGTC601 AAGCGGTCAA AGTGGTTTTA CACTCTGCCa GTAATAGTAT TGCTGATTCC651 CGTGTTTGTC GGCCTGTCCT ATAAAATGTT GagCaGTTAC GGAAAAAAAC701 aGGAAGAACC CGCAGCACAA GAATCGGCGG CAACAGAACA GCAGGCAGTA751 CTTCCGGATA AAACAGAAGG CGAGCCGGTA AATAACGGCA ACCTTACCGC801 AGATATGTTT GTTCCGACAT TGTCCGAaAA ACCCGrAAGC AAGCcgaTTT851 ATAACGGTGT AAGGCAGGTA AGAACCTTTG AATATATAGC AGGCTGTATA901 GAAGGCGGAA GAACCGGATG CGCCTGCTAT TCGCaTCAAG GGACGGCATt951 gaAAGAAGTG ACGGaGTTGA TGTGccaAgG aCTATGTaAA AAacGGCTTG1001 CCGTTTAACC CaTACAAAGA AGAAAGCCAA GGGCAGGAAG TTCAGCAAAG1051 CGCGCAgCAA CATTCGGACA GGGCGcCAAG TTGCCACATT GGGCGGAAAA1101 CCGTAGCAGA ACCTAATGTA CGATAATTGG GAAGAACGCG GGAAACCGTT1151 TGAAGGAATC GGaCGGGGGC GTGGTCGGAT CGGCAAACTG A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 262；ORF84>:1 MAEICLITGT PGSGKTLKMV SMMANDEMFK PDEKAIRRKV FTNIKGLKIP51 HTYIETDAKK LPKSTDEQLS AHDMYEWIKK PENIGSIVIV DEAQDVWPAR101 SAGSKIPENV QWLNTHRHQG IDIFVLTQGP KLLDQNLRTL VRKHYHIASN151 KMGMRTLLEW KICADDPVKM ASSAFSSIYT LDKKVYDLYX XAEVHTVNKV201 KRSKWFYTLP VIVLLIPVFV GLSYKMLSSY GKKQEEPAAQ ESAATEQAV251 LPDKTEGEPV NNGNLTADMF VPTLSEKPXS KPIYNGVRQV RTFEYIAGCI301 EGGRTGCACY SHQGTALKEV TELMCKDYVK NGLPFNPYKE ESQGQEVQQS351 AQQHSDRAQV ATLGGKPXQN LMYDNWEERG KPFEGIGGGV VGSAN*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 263>:1 ATGGCAGAGA TCTGTTTGAT AACCGGCACG CCCGGTTCAG GGAAAACATT51 AAAAATGGTT TCCATGATGG CGAATGATGA AATGTTTAAG CCTGATGAAA101 ACGGCATACG CCGTAAAGTA TTTACGAACA TAAAAGGCTT GAAAATACCG151 CACACCTACA TAGAAACGGA CGCAAAAAAG CTGCCGAAAT CGACAGATGA201 GCAGCTTTCG GCGCATGATA TGTACGAATG GATAAAGAAG CCCGAAAATA251 TCGGGTCTAT TGTCATTGTA GATGAAGCTC AAGACGTATG GCCGGCACGC301 TCGGCAGGTT CAAAAATCCC TGAAAATGTC CAATGGCTGA ATACGCACAG351 ACATCAGGGC ATTGATATAT TTGTTTTGAC TCAAGGTCCT AAGCTTCTAG401 ATCAAAATCT TAGAACGCTT GTACGGAAAC ATTACCACAT CGCTTCAAAC451 AAGATGGGTA TGCGTACGCT TTTAGAATGG AAAATATGCG CGGACGATCC501 CGTAAAAATG GCATCAAGCG CATTCTCCAG TATCTATACA CTGGATAAAA551 AAGTTTATGA CTTGTACGAA TCAGCGGAAG TTCATACCGT AAATAAGGTC601 AAGCGGTCAA AGTGGTTTTA CACTCTGCCA GTAATAGTAT TGCTGATTCC651 CGTGTTTGTC GGCCTGTCCT ATAAAATGTT GAGCAGTTAC GGAAAAAAAC701 AGGAAGAACC CGCAGCACAA GAATCGGCGG CAACAGAACA GCAGGCAGTA751 CTTCCGGATA AAACAGAAGG CGAGCCGGTA AATAACGGCA ACCTTACCGC801 AGATATGTTT GTTCCGACAT TGTCCGAAAA ACCCGAAAGC AAGCCGATTT851 ATAACGGTGT AAGGCAGGTA AGAACCTTTG AATATATAGC AGGCTGTATA901 GAAGGCGGAA GAACCGGATG CGCCTGCTAT TCGCATCAAG GGACGGCATT951 GAAAGAAGTG ACGGAGTTGA TGTGCAAGGA CTATGTAAAA AACGGCTTGC1001 CGTTTAACCC ATACAAAGAA GAAAGCCAAG GGCAGGAAGT TCAGCAAAGC1051 GCGCAGCAAC ATTCGGACAG GGCGCAAGTT GCCACATTGG GCGGAAAACC1101 GTAGCAGAAC CTAATGTACG ATAATTGGGA AGAACGCGGG AAACCGTTTG1151 AAGGAATCGG CGGGGGCGTG GTCGGATCGG CAAACTGA它对应于氨基酸序列<SEO ID 264；ORF84-1>:1 MAEICLITGT PGSGKTLKMV SMMANDFMFK PDENGIRRKV FTNIKGLKIP51 HTYIETDAKK LPKSTDEQLS AHDMYEWIKK PENIGSIVIV DEAQDVWPAR101 SAGSKIPENV QWLNTHRHQG IDIFVLTQGP KLLDQNLRTL VRKHYHIASN151 KMGMRTLLEW KICADDPVKM ASSAFSSIYT LDKKVYDLYE SAEVHTVNKV201  KRSKWFYTLP VIVLLIPVFV GLSYKMLSSY GKKQEEPAAQ ESAATEQQAV251  LPDKTEGEPV NNGNLTADMF VPTLSEKPES KPIYNGVRQV RTFEYIAGCI301  EGGRTGCACY SHQGTALKEV TELMCKDYVK NGLPFNPYKE ESQGQEVQQS351  AQQHSDRAQV ATLGGKP*QN LMYDNWEERG KPFEGIGGGV VGSAN*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF84与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF84a)在重叠的395个氨基酸内有93.9％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf84.pep     MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDEKAIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
          |||||||||||||||||||||||||||||||||::|||||||||||||||||||||||||orf84a        MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf84.pep     LPKSTDEQLSAHDWYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84a        LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf84.pep     IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84a        IDIFVLTQGSKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf84.pep     LDKKVYDLYXXAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIVLLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
          |||||||||  |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||orf84a        LDKKVYDLYESAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIILLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf84.pep     ESAATEQQAVLPDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPXSKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI
          ||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||:orf84a        ESAATEHQAVFQDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCV
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320       330       340       350       360orf84.pep     EGGRTGCACYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV
          |||||||:|||||||||||:|: |||||::||||||||||||||::|||| |:|||| ||orf84a        EGGRTGCTCYSHQGTALKEITKEMCKDYARNGLPFNPYKEESQGRDVQQSEQHHSDRPQV
                 310       320       330       340       350       360
                 370       380       390orf84.pep     ATLGGKPXQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSANX
          ||||||| ||||||||:|||||||||||||||||||orf84a        ATLGGKPWQNLMYDNWQERGKPFEGIGGGVVGSANX
                 370       380       390全长ORF84a核苷酸序列<SEQ ID 265>是：1  ATGGCAGAGA TCTGTTTGAT AACCGGCACG CCCGGTTCAG GGAAAACATT51  AAAAATGGTT TCCATGATGG CAAACGATGA AATGTTTAAG CCGGATGAAA101  ACGGCATACG CCGTAAAGTA TTTACGAACA TCAAAGGCTT GAAGATACCG151  CACACCTACA TAGAAACGGA CGCGAAAAAG CTGCCGAAAT CGACAGATGA201  GCAGCTTTCG GCGCATGATA TGTACGAATG GATAAAGAAG CCCGAAAATA251  TCGGGTCTAT TGTCATTGTA GATGAAGCTC AAGACGTATG GCCGGCACGC301  TCGGCAGGTT CAAAAATCCC TGAAAATGTC CAATGGCTGA ATACGCACAG 351 ACATCAGGGC ATTGATATAT TTGTTTTGAC TCAAGGCTCT AAGCTTCTAG401 ATCAAAATCT TAGAACGCTT GTACGGAAAC ATTACCACAT CGCTTCAAAC451 AAGATGGGTA TGCGTACGCT TTTAGAATGG AAAATATGCG CGGACGATCC501 CGTAAAAATG GCATCAAGCG CATTCTCCAG TATCTATACA CTGGATAAAA551 AAGTTTATGA CTTGTACGAA TCAGCGGAAG TTCATACCGT AAATAAGGTC601 AAGCGGTCAA AATGGTTTTA TACTCTGCCA GTAATAATAT TGCTGATTCC651 CGTTTTTGTC GGCCTGTCCT ATAAAATGTT AAGTAGTTAT GGAAAAAAAC701 AGGAAGAACC CGCAGCACAA GAATCGGCGG CAACAGAACA TCAGGCAGTA751 TTTCAGGATA AAACAGAAGG CGAGCCGGTA AACAACGGTA ACCTTACCGC801 AGATATGTTT GTTCCGACAT TGTCCGAAAA ACCCGAAAGC AAGCCGATTT851 ATAACGGTGT AAGGCAGGTA AGAACCTTTG AATATATAGC AGGCTGTGTA901 GAAGGCGGAA GAACCGGATG CACATGCTAT TCGCATCAAG GGACGGCATT951 GAAAGAAATT ACAAAGGAAA TGTGCAAGGA TTACGCAAGA AACGGATTGC1001 CGTTTAACCC ATATAAAGAA GAAAGCCAAG GGCGGGATGT CCAGCAAAGT1051 GAGCAGCACC ATTCGGACAG ACCGCAAGTT GCCACGTTGG GCGGAAAGCC1101 GTGGCAAAAT CTTATGTATG ATAATTGGCA GGAGCGCGGA AAACCGTTTG1151 AAGGAATCGG CGGGGGCGTG GTCGGATCGG CAAACTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 266>:1  MAEICLITGT PGSGKTLKMV SMMANDEMFK PDENGIRRKV FTNIKGLKIP51  HTYIETDAKK LPKSTDEQLS AHDMYEWIKK PENIGSIVIV DEAQDVWPAR101  SAGSKIPENV QWLNTHRHQG IDIFVLTQGS KLLDQNLRTL VRKHYHIASN151  KMGMRTLLEW KICADDPVKM ASSAFSSIYT LDKKVYDLYE SAEVHTVNKV201  KRSKWFYTLP VIILLIPVFV GLSYKMLSSY GKKQEEPAAQ ESAATEHQAV251  FQDKTEGEPV NNGNLTADMF VPTLSEKPES KPIYNGVRQV RTFEYIAGCV301  EGGRTGCTCY SHQGTALKEI TKEMCKDYAR NGLPFNPYKE ESQGRDVQQS351  EQHHSDRPQV ATLGGKPWQN LMYDNWQERG KPFEGIGGGV VGSAN*ORF84a和ORF84-1在395个氨基酸的重叠区内有95.2％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf84a.pep  MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84-1      MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf84a.pep   LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84-1      LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf84a.pep   IDIFVLTQGSKLLIQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
         ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84-1      IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf84a.Dep   LDKKVYDLYESAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIILLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
         ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||orf84-1      LDKKVYDLYESAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIVLLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf84a.pep   ESAATEHQAVFQDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCV
         ||||||:|||: |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:orf84-1      ESAATEQQAVLPDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf84a.pep   EGGRTGCTCYSHQGTALKEITXEMCKDYARNGLPFNPYXEESQGRDVQQSEQHHSDRPQV
       |||||||:|||||||||||:|: |||||::||||||||||||||::|||| |:|||| ||orf84-1    EGGRTGCACYSHQGGALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV
              310       320       330       340       350       360
              370       380       390orf84a.pep ATLGGKPWQNLMYDNWQERGKPFEGIGGGVVGSANX
       ||||||| ||||||||:|||||||||||||||||||orf84-1    ATLGGKPXQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSANX
              370       380       390
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF84与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF84.ng)在重叠的395个氨基酸内有94.2％的相同性：orf84.pep  MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDEKAIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK  60
       |||||||||||||||||||||||||||||||||:::||||||||||||||||:|||||||orf84ng    MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGVRRKVFTNIKGLKIPHTHIETDAKK  60orf84.pep  LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG  120
       |||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84ng    LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENVGAIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG  120orf84.pep  IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT  180
       |||||||||||||||||||||::|||||:||||:|||||||:||||||||||||||||||orf84ng    IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVKRHYHIAANKMGLRTLLEWKVCADDPVKMASSAFSSIYT  180orf84.pep  LDKKVYDLYXXAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIVLLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ  240
       |||||||||  ||:|||||||||||||:||||:||||:|||||||||:||||||||||||orf84ng    LDKKVYDLYESAEIHTVNKVKRSKWFYALPVIILLIPLFVGLSYKMLGSYGKKQEEPAAQ  240orf84.pep  ESAATEQQAVLPDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPXSKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI  300
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||orf84ng    ESAATEQQAVLPDKTEGESVNNGNLTADMFVPTLPEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI  300orf84.pep  EGGRTGCACYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV  360
       |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84ng    EGGRTGCTCYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV  360orf84.pep  ATLGGKPXQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSAN  395
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||orf84ng    ATLGGKPQQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSAN  395全长ORF84ng核苷酸序列<SEQ ID 267>是：1  ATGGCAGAAA TCTGTTTGAT AACCGGCACG CCCGGTTCAG GGAAAACATT51  AAAAATGGTT TCCATGATGG CAAACGATGA AATGTTTAAG CCAGATGAAA101  ACGGCGTACG CCGTAAAGTA TTTACGAACA TCAAAGGTTT GAAGATACCG151  CACACCCACA TAGAAACAGA CGCAAAGAAG CTGCCGAAAT CAACCGATGA201  ACAGCTTTCG GCGCATGATA TGTATGAATG GATCAAGAAG CCTGAAAacg251  tcggcgCAAT CGTTATTGTC GATGAGGCGC AAGACGTATG GCCCGCACGC301  TccgCAGGTT CGAAAATCCC CGAAAACGTC CAATGGCTGA ACACACACAG351  GCATCAGGGC ATAGATATAT TTGTATTGAC ACAAGGTCCT AAACTCTTAG401  ATCAGAACTT GCGAACATTG GTTAAAAGAC ATTACCACAT TGCGGCCAAC451  AAAATGGGTT TGCGTACCCT GCTTGAATGG AAAGTATGCG CGGATGACCC501  GGTAAAAATG GCATCAAGTG CATTTTCCAG TATCTACACA CTGGATAAAA551  AAGTTTATGA CTTGTACGAA TCCGCAGAAA TTCACACGGT AAACAAAGTC601  AAGCGTTCAA AATGGTTTTA TGCATTGCCC GTCATCATAT TATTGATTCC651  GCTATTTGTC GGTTTGTCTT ACAAAATGTT GGGCAGTTAC GGAAAAAAAC701  AGGAAGAACC CGCAGCACAA GAATCGGCGG CAACAGAACA GCAGGCAGTA751  CTTCCGGATA AAACAGAAGG AGAATCGGTG AATAACGGAA ACCTTACGGC801  AGATATGTTT GTTCCGACAT TGCCCGAAAA ACCCGAAAGC AAGCCGATTT 851  ATAACGGTGT AAGGCAGGTA AGGACCTTTG AATATATAGC AGGCTGTATA901  GAAGGCGGAA GAACCGGATG CACCTGCTAT TCGCATCAAG GGACGGCATT951  GAAAGAAGTG ACGGAGTTGA TGTGCAAGGA CTATGTAAAA AACGGCTTGC1001  CGTTTAACCC ATACAAAGAA GAAAGCCAAG GGCAGGAAGT TCAGCAAAGC1051  GCGCAGCAAC ATTCGGACAG GGCGCAAGTT GCCACCTTGG GCGGAAAACC1101  GCAGCAGAAC CTAATGTACG ACAATTGGGA AGAACGCGGG AAACCGTTTG1151  AAGGAATCGG CGGGGGCGTG GTCGGATCGG CAAACTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 268>:1   MAEICLITGT PGSGKTLKMV SMMANDEMFK PDENGVRRKV FTNIKGLKIP51   HTHIETDAKK LPKSTDEQLS AHIMYEWIKK PENVGAIVIV DEAQDYWPAR101   SAGSKIPENV QWLNTHRHQG IDIFVLTQGP KLLDQNLRTL VKRHYHIAAN151   KMGLRTLLEW KVCADDPVKM ASSAFSSIYT LDKKVYDLYE SAEIHTVNKV201   KRSKWFYALP VIILLIPLFV GLSYKMLGSY GKKQEEPAAQ ESAATEQQAV251   LPDKTEGESV NNGNLTADMF VPTLPEKPES KPIYNGVRQV RTFEYIAGCI301   EGGRTGCTCY SHQGTALKEV TELMCKDYVK NGLPFNPYKE ESQGQEVQQS351   AQQHSDRAQV ATLGGKPQQN LMYDNWEERG KPFEGIGGGV VGSAN*ORF84ng和ORF84-1在395个氨基酸的重叠区内有95.4％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf84-1.pep  MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||:|||||||orf84ng      MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGVRRKVFTNIKGLKIPHTHIETDAKK
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf84-1.pep  LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
         |||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84ng      LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENVGAIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
                 70        80      90         100       110       120
                130       140     150         160       170       180orf84-1.pep  IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
         |||||||||||||||||||||::|||||:||||:|||||||:||||||||||||||||||orf84ng      IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVKRHYHIAANKMGLRTLLEWKVCADDPVKMASSAFSSIYT
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf84-1.pep  LDKKVYDLYESAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIVLLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
         |||||||||||||:|||||||||||||:||||:||||:|||||||||:||||||||||||orf84ng      LDKKVYDLYESAEIHTVNKVKRSKWFYALPVIILLIPLFVGLSYKMLGSYGKKQEEPAAQ
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf84-1.pep  ESAATEQQAVLPDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI
         |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84ng      ESAATEQQAVLPDKTEGESVNNGNLTADMFVPTLPEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf84-1.pep  EGGRTGCACYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV
         |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf84ng      EGGRTGCTCYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390orf84-1.pep  ATLGGKPXQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSANX
         ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||orf84ng      ATLGGKPQQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSANX
                370       380       390
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域(单划线)，以及一个推定的ATP/GTP-结合位点基序A(P环，双划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例39
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 269>:1  GTGGTTTTCC TGAATGCCGA CAACGGGATA TTGGTTCAGG ACTTGCCTTT51  TGAAGTCAAA CTGAAAAAAT TCCATATCGA TTTTTACAAT ACGGGTATGC101  CGCGTGATTT CGCCAGCGAT ATTGAAGTGA CGGACAAGGC AACCGGTGAG151  AAACTCGAGC GCACCATCCG CGTGAACCAT CCTTTGACCT TGCACGGCAT201  CACGATTTAT CAGGCGAGTT TTGCCGACGG CGGTTCGGAT TTGACATTCA251  AGGCGTGGAA TTTGGGTGAT GCTTCGCGCG AGCCTGTCGG GTTGAAGGCA301  ACATCCATAC ACCAGTTTCC GTTGGAAATT GGCAAACACA AATATCGTCT351  TGAGTTCGAT CAGTTCACTT CTATGAATGT GGAGGACATG AGCGAGGGCG401  CGGAACGGGA AAAAAGCCTG AAATCCACGC TGCCCGATGT CCGCGCCGTT451  ACTCAGGAAG GTCACAAATA CACCAAT... .......... .....TACCG501  TATCCGTGAT GCGCCAGGCC AGGCGGTCGA ATATAAAAAC TATATGCTGC551  CGGTTTTGCA GGAACAGGAT TATTTTTGGA TTACCGGCAC GCGCAGCGC.601  TTGCAGCAGC AATACCGCTG GCTGCGTATC CCCTTGGACA AGCAGTTGAA651  AGCGGACACC TTTATGGCAT TGCGTGAGTT TTTGAAAGAT GGGGAAGGGC701  GCAAACGTCT .GTTGCCGAC GCAACCAAAG GCGCACCTGC CGAAATCCGC751  GAACAATTCA TGCTGGCTGC GGAAAACACG CTGAACATCT TTGCACAAAA801  AGGCTATTTG GGATTGGACG AATTTATTAC GTCCAATATC CCGAAAGAGC851  AGCAGGATAA GATGCAGGGC TATTTCTACG AAATGCTTTA CGGCGTGATG901  AACGCTGCTT TGGATGAAAC CAT.ACCCGG TACGGCTTGC CCGAATGGCA951  GCAGGATGAA GCGCGGAATC GTTTCCTGCT GCACAGTATG GATGCGTACA1001  CGGGTTTGAC CGAATATCCC GCGCCTATGC TGCTGCAACT TGATGGGTTT1051  TCCGAGGTGC GTTCGTCGGG TTTGCAGATG ACCCGTTCCC C.GGTCCGCT1101  TTTGGTCTAT CTC...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 270；ORF88>:1  MVFLNADNGI LVQDLPFEVK LKKFHIDFYN TGMPRDFASD IEVTDKATGE51  KLERTIRVNH PLTLHGITIY QASFADGGSD LTFKAWNLGD ASREPVVLKA101  TSIHQFPLEI GKHKYRLEFD QFTSMNVEDM SEGAEREKSL KSTLPDVRAV151  TQEGHKYTNX XXXXXYRIRD APGQAVEYKN YMLPVLQEQD YFWITGTRSX201  LQQQYRWLRI PLDKQLKADT FMALREFLKD GEGRKRXYAD ATKGAPAEIR251  EQFMLAAENT LNIFAQKGYL GLDEFITSNI PKEQQDKMQG YFYEMLYGVM301  NAALDETXTR YGLPEWQQDE ARNRFLLHSM DAYTGLTEYP APMLLQLDGF351  SEVRSSGLQM TRSXGPLLVY L...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 271>:1  ATGAGTAAAT CCCGTAGATC TCCCCCACTT CTTTCCCGTC CGTGGTTCGC51  TTTTTTCAGC TCCATGCGCT TTGCAGTCGC TTTGCTCAGT CTGCTGGGTA101  TTGCATCGGT TATCGGTACG GTGTTGCAGC AAAACCAGCC GCAGACGGAT151  TATTTGGTCA AATTCGGATC GTTTTGGGCG CAGATTTTTG GTTTTCTGGG201  ACTGTATGAC GTCTATGCTT CGGCATGGTT TGTCGTTATC ATGATGTTTT251  TGGTGGTTTC TACCAGTTTG TGCCTGATTC GCAATGTGCC GCCGTTCTGG301  CGCGAAATGA AGTCTTTTCG GGAAAAGGTT AAAGAAAAAT CTCTGGCGGC351  GATGCGCCAT TCTTCGCTGT TGGATGTAAA AATTGCGCCC GAGGTTGCCA401  AACGTTATCT GGAAGTACAA GGTTTTCAGG GAAAAACCAT TAACCGTGAA451  GACGGGTCGG TTCTGATTGC CGCCAAAAAA GGCACAATGA ACAAATGGGG501  CTATATCTTT GCCCATGTTG CTTTGATTGT CATTTGCCTG GGCGGGTTGA551  TAGACAGTAA CCTGCTGTTG AAACTGGGTA TGCTGACCGG TCGGATTGTT601  CCGGACAATC AGGCGGTTTA TGCCAAGGAT TTCAAGCCCG AAAGTATTTT651  GGGTGCGTCC AATCTCTCAT TTAGGGGCAA CGTCAATATT TCCGAGGGGC701  AGAGTGCGGA TGTGGTTTTC CTGAATGCCG ACAACGGGAT ATTGGTTCAG751  GACTTGCCTT TTGAAGTCAA ACTGAAAAAA TTCCATATCG ATTTTTACAA801  TACGGGTATG CCGCGTGATT TCGCCAGCGA TATTGAAGTG ACGGACAAGG 851  CAACCGGTGA GAAACTCGAG CGCACCATCC GCGTGAACCA TCCTTTGACC901  TTGCACGGCA TCACGATTTA TCAGGCGAGT TTTGCCGACG GCGGTTCGGA951  TTTGACATTC AAGGCGTGGA ATTTGGGTGA TGCTTCGCGC GAGCCTGTCG1001  TGTTGAAGGC AACATCCATA CACCAGTTTC CGTTGGAAAT TGGCAAACAC1051  AAATATCGTC TTGAGTTCGA TCAGTTCACT TCTATGAATG TGGAGGACAT1101  GAGCGAGGGC GCGGAACGGG AAAAAAGCCT GAAATCCACG CTGAACGATG1151  TCCGCGCCGT TACTCAGGAA GGTAAAAAAT ACACCAATAT CGGCCCTTCC1201  ATTGTTTACC GTATCCGTGA TGCGGCAGGG CAGGCGGTCG AATATAAAAA1251  CTATATGCTG CCGGTTTTGC AGGAACAGGA TTATTTTTGG ATTACCGGCA1301  CGCGCAGCGG CTTGCAGCAG CAATACCGCT GGCTGCGTAT CCCCTTGGAC1351  AAGCAGTTGA AAGCGGACAC CTTTATGGCA TTGCGTGAGT TTTTGAAAGA1401  TGGGGAAGGG CGCAAACGTC TGGTTGCCGA CGCAACCAAA GGCGCACCTG1451  CCGAAATCCG CGAACAATTC ATGCTGGCTG CGGAAAACAC GCTGAACATC1501  TTTGCACAAA AAGGCTATTT GGGATTGGAC GAATTTATTA CGTCCAATAT1551  CCCGAAAGAG CAGCAGGATA AGATGCAGGG CTATTTCTAC GAAATGCTTT1601  ACGGCGTGAT GAACGCTGCT TTGGATGAAA CCATACGCCG GTACGGCTTG1651  CCCGAATGGC AGCAGGATGA AGCGCGGAAT CGTTTCCTGC TGCACAGTAT1701  GGATGCGTAC ACGGGTTTGA CCGAATATCC CGCGCCTATG CTGCTGCAAC1751  TTGATGGGTT TTCCGAGGTG CGTTCGTCGG GTTTGCAGAT GACCCGTTCC1801  CCGGGTGCGC TTTTGGTCTA TCTCGGCTCG GTGCTGTTGG TATTGGGTAC1851  GGTATTGATG TTTTATGTGC GCGAAAAACG GGCGTGGGTA TTGTTTTCAG1901  ACGGCAAAAT CCGTTTTGCC ATGTCTTCGG CCCGCAGCGA ACGGGATTTG1951  CAGAAGGAAT TTCCAAAACA CGTCGAGAGT CTGCAACGGC TCGGCAAGGA2001  CTTGAATCAT GACTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 272；ORF88-1>:1   MSKSRRSPPL LSRPWFAFFS SMRFAVALLS LLGIASVIGT VLQQNQPQTD51   YLVKFGSFWA QIFGFLGLYD VYASAWFVVI MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW101   REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP EVAKRYLEVQ GFQGKTINRE151   DGSVLIAAKK GTMNKWGYIF AHVALIVICL GGLIDSNLLL KLGMLTGRIV201   PDNQAVYAKD FKPESILGAS NLSFRGNVNI SEGQSADVVF LNADNGILVQ251   DLPFEVKLKK FHIDFYNTGM PRDFASDIEV TDKATGEKLE RTIRVNHPLT301   LHGITIYQAS FADGGSDLTF KAWNLGDASR EPVVLKATSI HQFPLEIGKH351   KYRLEFDQFT SMNVEDMSEG AEREKSLKST LNDVRAVTQE GKKYTNIGPS401   IVYRIRDAAG QAVEYKNYML PVLQEQDYFW ITGTRSGLQQ QYRWLRIPLD451   KQLKADTFMA LREFLKDGEG RKRLVADATK GAPAEIREQF MLAAENTLNI501   FAQKGYLGLD EFITSNIPKE QQDKMQGYFY EMLYGVMNAA LDETIRRYGL551   PEWQQDEARN RFLLHSMDAY TGLTEYPAPM LLQLDGFSEV RSSGLQMTRS601   PGALLVYLGS VLLVLGTVLM FYVREKRAWV LFSDGKIRFA MSSARSERDL651   QKEFPKHVES LQRLGKDLNH D*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF88与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF88a)在重叠的371个氨基酸内有95.7％的相同性：
                                               10        20        30orf88.pep                                  MVFLNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYN
                                       :|||||||||||||||||||||||||||||orf88a       AKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVFLNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYN
         210       220       230       240       250       260
                 40        50        60        70        80        90orf88.pep    TGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLTLHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGD
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88a       TGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLTLHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGD
         270       280       290       300       310       320
                100       110       120       130       140       150orf88.pep    ASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFTSMNVEDMSEGAEREKSLKSTLPDVRAV
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88a    ASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFTSMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAV
      330       340       350       360       370       380
             160       170       180       190       200       210orf88.pep TQEGHKYTNXXXXXXYRIRDAPGQAVEYKNYMLPVLQEQDYFWITGTRSXLQQQYRWLRI
      ||||:||||      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||orf88a    TQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYMLPVLQEQDYFWITGTRSGLQQQYRWLRI
      390       400       410       420       430       440
             220       230       240       250       260       270orf88.pep PLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRXVADATKGAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYL
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||orf88a    PLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATKGAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYL
      450       460       470       480       490       500
             280       290       300       310       320       330orf88.pep DLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAALDETXTRYGLPEWQQDEARNRFLLHSM
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||orf88a    GLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAALDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSM
      510       520       530       540       550       560
             340       350       360       370orf88.pep DAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRSXGPLLVYL
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||orf88a    DAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRSPGALLVYLGSVLLVLGTVLMFYVREKR
      570       580       590       600       610       620orf88a    AWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVESLQRLGKDLNHDX
      630       640       650       660       670全长ORF88a核苷酸序列<SEQ ID 273>是：1  ATGAGTAAAT CCCGTAGATC TCCCCCACTT CTTTCCCGTC CGTGGTTCGC51  TTTTTTCAGC TCCATGCGCT TTGCGGTCGC TTTGCTCAGT CTGCTGGGTA101  TTGCATCGGT TATCGGTACG GTGTTGCAGC AAAACCAGCC GCAGACGGAT151  TATTTGGTCA AATTCGGATC GTTTTGGGCG CAGATTTTTG GTTTTCTGGG201  ACTGTATGAC GTCTATGCTT CGGCATGGTT TGTCGTTATC ATGATGTTTT251  TGGTGGTTTC TACCAGTTTG TGCCTGATTC GCAATGTGCC GCCGTTCTGG301  CGCGAAATGA AGTCTTTTCG GGAAAAGGTT AAAGAAAAAT CTCTGGCGGC351  GATGCGCCAT TCTTCGCTGT TGGATGTAAA AATTGCGCCC GAGGTTGCCA401  AACGTTATCT GGAAGTACAA GGTTTTCAGG GAAAAACCAT TAACCGTGAA451  GACGGGTCGG TTCTGATTGC CGCCAAAAAA GGCACAATGA ACAAATGGGG501  CTATATCTTT GCCCATGTTG CTTTGATTGT CATTTGCCTG GGCGGGTTGA551  TAGACAGTAA CCTGCTGTTG AAACTGGGTA TGCTGACCGG TCGGATTGTT601  CCGGACAATC AGGCGGTTTA TGCCAAGGAT TTCAAGCCCG AAAGTATTTT651  GGGTGCGTCC AATCTCTCAT TTAGGGGCAA CGTCAATATT TCCGAGGGGC701  AGAGTGCGGA TGTGGTTTTC CTGAATGCCG ACAACGGGAT ATTGGTTCAG751  GACTTGCCTT TTGAAGTCAA ACTGAAAAAA TTCCATATCG ATTTTTACAA801  TACGGGTATG CCGCGCGATT TTGCCAGTGA TATTGA4GTA ACGGATAAGG851  CAACCGGTGA GAAACTCGAG CGCACCATCC GCGTGAACCA TCCTTTGACC901  TTGCACGGCA TCACGATTTA TCAGGCGAGT TTTGCCGACG GCGGTTCGGA951  TTTGACATTC AAGGCGTGGA ATTTGGGTGA TGCTTCGCGC GAGCCTGTCG1001  TGTTGAAGGC AACATCCATA CACCAGTTTC CGTTGGAAAT TGGCAAACAC1051  AAATATCGTC TTGAGTTCGA TCAGTTTACT TCTATGAATG TGGAGGACAT1101  GACCGAGGGC GCGGAACGGG AAAAAAGCCT GAAATCCACG CTGAACGATG1151  TCCGCGCCGT TACTCAGGAA GGTAAAAAAT ACACCAATAT CGGCCCTTCC1201  ATTGTTTACC GTATCCGTGA TGCGGCAGGG CAGGCGGTCG AATATAAAAA1251  CTATATGCTG CCGGTTTTGC AGGAACAGGA TTATTTTTGG ATTACCGGCA1301  CGCGCAGCGG CTTGCAGCAG CAATACCGCT GGCTGCGTAT CCCCTTGGAC1351  AAGCAGTTGA AAGCGGACAC CTTTATGGCA TTGCGTGAGT TTTTGAAAGA1401  TGGGGAAGGG CGCAAACGTC TGGTTGCCGA CGCAACCAAA GGCGCACCTG1451  CCGAAATCCG CGAACAATTC ATGCTGGCTG CGGAAAACAC GCTGAACATC1501  TTTGCACAAA AAGGCTATTT GGGATTGGAC GAATTTATTA CGTCCAATAT1551  CCCGAAAGAG CAGCAGGATA AGATGCAGGG CTATTTCTAC GAAATGCTTT1601  ACGGCGTGAT GAACGCTGCT TTGGATGAAA CCATACGCCG GTACGGCTTG1651  CCCGAATGGC AGCAGGATGA AGCGCGGAAT CGTTTCCTGC TGCACAGTAT1701  GGATGCGTAC ACGGGTTTGA CCGAATATCC CGCGCCTATG CTGCTGCAAC1751  TTGATGGGTT TTCCGAGGTG CGTTCGTCGG GTTTGCAGAT GACCCGTTCC1801  CCGGGTGCGC TTTTGGTCTA TCTCGGCTCG GTGCTGTTGG TATTGGGTAC1851  GGTATTGATG TTTTATGTGC GCGAAAAACG GGCGTGGGTA TTGTTTTCAG1901  ACGGCAAAAT CCGTTTTGCC ATGTCTTCGG CCCGCAGCGA ACGGGATTTG1951  CAGAAGGAAT TTCCAAAACA CGTCGAGAGT CTGCAACGGC TCGGCAAGGA2001  CTTGAATCAT GACTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 274>:1  MSKSRRSPPL LSRPWFAFFS SMRFAVALLS LLGIASVIGT VLQQNQPQTD51  YLVKFGSFWA QIFGFLGLYD VYASAQFVVT MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW101  REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP EVAKRYLEVQ GFQGKTINRE151  DGSVLIAAKK GTMNKWGYIF AHVALIVICL GGLIDSNLLL KLGMLTGRIV201  PDNQAVYAKD FKPESILGAS NLSFRGNVNI SEGQSADVVF LNADNGILVQ251  DLPFEVKLKK FHIDFYNTGM PRDFASDIEV TDKATGEKLE RTIRVNHPLT301  LHGITIYQAS FADGGSDLTF KAWNLGDASR EPVVLKATSI HQFPLEIGKH351  KYRLEFDQFT SMNVEDMSEG AEREKSLKST LNDVRAVTQE GKKYTNIGPS401  IVYRIRDAAG QAVEYKNYML PVLQEQDYFW ITGTRSGLQQ QYRWLRIPLD451  KQLKADTFMA LREFLKDGEG RKRLVADATK GAPAEIREQF MLAAENTLNI501  FAQKGYLGLD EFITSNIPKE QQDKMQGYFY EMLYGVMNAA LDETIRRYGL551  PEWQQDEARN RFLLHSMDAY TGLTEYPAPM LLQLDGFSEV RSSGLQMTRS601  PGALLVYLGS VLLVLGTVLM FYVREKRAWV LFSDGKIRFA MSSARSERDL651  QKEFPKHVES LQRLGKDLNH D*ORF88a和ORF88-1在671个氨基酸的重叠区内有100.0％的相同性：orf88a.pep MSKSRRSPPLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGSFWA   60
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    MSKSRRSPPLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGSFWA   60orf88a.pep QIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH  120
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    QIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH  120orf88a.pep SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL  180
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL  180orf88a.pep GGLIDSNLLLKLGMLTGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF  240
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    GGLIDSNLLLKLGMLTGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF  240orf88a.pep LNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT  300
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    LNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT  300orf88a.pep LHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFT  360
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    LHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFT  360orf88a.pep SMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYML  420
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    SMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYML  420orf88a.pep PVLQEQDYFWITGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATK  480
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    PVLQEQDYFWITGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATK  480orf88a.pep GAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAA  540
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    GAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAA  540orf88a.pep LDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRS  600
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    LDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRS  600orf88a.pep PGALLVYLGSVLLVLGTVLMFYVREKRAWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVES  660
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88-1    PGALLVYLGSVLLVLGTVLMFYVREKRAWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVES  660orf88a.pep LQRLGKDLNHD   672
       |||||||||||orf88-1    LQRLGKDLNHD   672
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF88与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF88.ng)在重叠的371个氨基酸内有93.8％的相同性：orf88.pep  MVFLNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNH  60
       |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng    MVFLNADNGMLVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNH  60orf88.pep  PLTLHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGDASREPVVLKATSIHQFPLEIGIIKYRLEFD  120
       |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng    PLTLHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLRDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFD  120orf88.pep  QFTSMNVEDMSEGAEREKSLKSTLPDVRAVTQEGHKYTNXXXXXXYRIRDAPGQAVEYKN  180
       |||||||||||||||||||||||| |||||||||:||||      |||||| ||||||||orf88ng    QFTSMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKN  180orf88.pep  YMLPVLQEQDYFWITGTRSXLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRXVAD  240
       ||||:||::||||:||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||orf88ng    YMLPILQDKDYFWLTGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVAD  240orf88.pep  ATKGAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKEQQDIIQGYFYEMLYGVM  300
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||orf88ng    ATKDAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKGQQDKMQGYFYEMLYGVM  300orf88.pep  NAALDETXTRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMIAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQM  360
       |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng    NAALDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQM  360orf88.pep  TRSXGPLLVYL                                                   371
       ||| | |||||orf88ng    TRSPGALLVYLGSVLLVLGTVFMFYVPKKRAWVLFSNXKIRFAMSSARSERDLQKEFPKH  420
预计ORF88ng核苷酸序列<SEQ ID 275>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID276>:1  MVFLNADNGM LVQDLPFEVK LKKFHIDFYN TGMPRDFASD IEVTDKATGE51  KLERTIRVNH PLTLHGITIY QASFADGGSD LTFKAWNLRD ASREPVVLKA101  TSIHQFPLEI GKHKYRLEFD QFTSMNVEDM SEGAEREKSL KSTLNDVRAV151  TQEGKKYTNI GPSIVYRIRD AAGQAVEYKN YMLPILQDKD YFWLTGTRSG201  LQQQYRWLRI PLDKQLKADT FMALREFLKD GEGRKRLVAD ATKDAPAEIR251  EQFMLAAENT LNIFAQKGYL GLDEFITSNI PKGQQIKMQG YFYEMLYGVM301  NAALDETIRR YGLPEWQQDE ARNRFLLHSM DAYTGLTEYP APMLLQLDGF351  SEVRSSGLQM TRSPGALLVY LGSVLLVLGT VFMFYVPKKR AWVLFSNXKI 401  RFNMSSARSE RDLQKEFPKH VESLQRLGKD LNHD*进一步的工作揭示了完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 277>:1  ATGAGTAAAT CCCGTATATC TCCCACACTT CTTTCCCGTC CGTGGTTCGC51  TTTTTTCAGC TCCATGCGCT TTGCGGTCGC TTTGCTCAGT CTGCTGGGTA101  TTGCATCGGT TATCGGCACG GTGTTACAGC AAAACCAGCC GCAGACGGAT151  TATTTGGTCA AATTCGGACC GTTTTGGACT CGGATTTTTG ATTTTTTGGG201  TTTGTATGAT GTCTATGCTT CGGCATGGTT TGTCGTTATC ATGATGTTTC251  TGGTGGTTTC TACCAGTTTG TGTTTAATCC GTAACGTTCC GCCGTTTTGG301  CGCGAAATGA AGTCTTTCCG GGAAAAGGTT AAAGAAAAAT CTCTGGCGGC351  GATGCGCCAT TCTTCGCTGT TGGATGTAAA AATTGCCCCC GAAGTTGCCA401  AACGTTATCT GGAGGTGCGG GGTTTTCAGG GAAAAACCGT CAGCCGTGAG451  GACGGGTCGG TTCTGATTGC CGCCAAAAAA GGCAcaatga acaaATGGGG501  CTATATCTTT GCccaagtag ctTTGATTGT CATTTGCCTG GGCGGGTTGA551  TAGACAGTAA CCTGCTGCTG AACCTGGGTA TGCTGGCCGG TCGGATTGTT601  CCGGACAATC AGGCGGTTTA TGCCAAGGAT TTCAAGCCCG AAAGTATTTT651  GGGTGCGTCC AATCTCTCAT TTAGGGGCAA CGTCAATATT TCCGAGGGGC701  AAAGTGCGGA TGTGGTTTTC CTGAATGCCG ACAACGGGAT GTTGGTTCAG751  GACTTGCCTT TTGAAGTCAA ACTGAAAAAA TTCCATATCG ATTTTTACAA801  TACGGGTATG CCGCGCGATT TTGCCAGCGA TATTGAAGTA ACGGACAAGG851  CAACCGGTGA GAAACTCGAG CGCACCATCC GCGTGAACCA TCCTTTGACC901  TTGCACGGCA TCACGATTTA TCAGGCGAGT TTTGCCGACG GCGGTTCGGA951  TTTGACATTC AAGGCGTGGA ATTTGAGGGA TGCTTCGCGC GAACCTGTCG1001  TGTTGAAGGC AACCTCCATA CACCAGTTTC CGTTGGAAAT CGGCAAACAC1051  AAATATCGTC TTGAGTTCGA TCAGTTCACT TCTATGAATG TGGAGGACAT1101  GAGCGAGGGT GCGGAACGGG AAAAAAGCCT GAAATCCACT CTGAACGATG1151  TCCGCGCCGT TACTCAGGAA GGTAAAAAAT ACACCAATAT CGGCCCTTCC1201  ATCGTGTACC GCATCCGTGA TGcggCAGGG CAGGCGGTCG AATATAAAAA1251  CTATATGCTG CCGATTTTGC AGGACAAAGA TTATTTTTGG CTGACCGGCA1301  CGCGCAGCGG CTTGCAGCAG CAATACCGCT GGCTGCGTAT CCCCTTGGAC1351  AAGCAGTTGA AAGCGGACAC CTTTATGGCA TTGCGTGAGT TTTTGAAAGA1401  TGGGGAAGGG CGCAAACGTC TGGTTGCCGA CGCAACCAAA GACGCACCTG1451  CCGAAATCCG CGAACAATTC ATGCTGGCTG CGGAAAACAC GCTGAATATC1501  TTTGCGCAAA AAGGCTATTT GGGATTGGAC GAATTTATTA CGTCCAATAT1551  CCCGAAAGGG CAGCAGGATA AGATGCAGGG CTATTTCTAC GAAATGCTTT1601  ACGGCGTGAT GAACGCTGCT TTGGATGAAA CCATACGCCG GTACGGCTTG1651  CCCGAATGGC AGCAGGATGA AGCGCGGAAC CGTTTCCTGC TGCACAGTAT1701  GGATGCCTAT ACGGGGCTGA CGGAATATCC CGCGCCTATG CTGCTCCAGC1751  TTGACGGGTT TTCCGAGGTG CGTTCCTCAG GTTTGCAGAT GACCCGTTCG1801  CCGGGTGCGC TTTTGGTCTA TCtcggctcg gtattgttgg TTTTGGgtac1851  ggtaTttatg tTTTATGTGC GCGAAAAACG GGCGTGGgta tTGTTTTCag1901  aCGGCAAAAT CCGTTTTGCT ATGtCTTcgg CCcgcagcga ACGGGATTTG1951  cAGAaggaaT TTCCAAAACA CGtcgAGAGC CTGCAACggc tcggcaaggA2001  CttgaaTCAT GACTga它对应于氨基酸序列<SEQ ID 278；ORF88ng-1>:1  MSKSRISPTL LSRPWFAFFS SMRFAVALLS LLGIASVIGT VLQQNQPQTD51  YLVKFGPFWT RIFDFLGLYD VYASAWFVVT MMFLVVSTSL CLTRNVPPFW101  REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP EVAKRYLEVR GFQGKTVSRE151  DGSVLIAAKK GTMNKWGYIF AQVALIVICL GGLIDSNLLL KLGMLAGRIV201  PDNQAVYAKD FKPESILGAS NLSFRGNVNI SEGQSADVVF LNADNGMLVQ251  DLPFEVKLKK FHIDFYNTGM PRDFASDIEV TDKATGEKLE RTIRVNHPLT301  LHGITIYQAS FADGGSDLTF KAWNLRDASR EPVVLKATSI HQFPLEIGKH351  KYRLEFDQFT SMNVEDMSEG AEREKSLKST LNDVRAVTQE GKKYTNIGPS401  IVYRIRDAAG QAVEYKNYML PILQDKDYFW LTGTRSGLQQ QYRWLRIPLD451  KQLKADTFMA LREFLKDGEG RKRLVADATK DAPAEIREQF MLAAENTLNI501  FAQKGYLGLD EFITSNIPKG QQDKMQGYFY EMLYGVMNAA LDETIRRYGL551  PEWQQDEARN RFLLHSMDAY TGLTEYPAPM LLQLDGFSEV RSSGLQMTRS601  PGALLVYLGS VLLVLGTVFM FYVREKRAWV LFSDGKIRFA MSSARSERDL651  QKEFPKHVES LQRLGKDLNH D*ORF88ng-1和ORF88-1在671个氨基酸的重叠区内有97.0％的相同性：orf88-1.pep MSKSRRSPPLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGSFWA 60
        ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||:orf88ng-1   MSKSRISPTLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGPFWT 60orf88-1.pep QIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKV|EKSLAAMRH 120
        :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng-1   RIFDFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH 120orf88-1.pep SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL 180
        |||||||||||||||||||:||||||::|||||||||||||||||||||||:||||||||orf88ng-1   SSLLDVKIAPEVALRYLEVRGFQGKTVSREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAQVALIVICL 180orf88-1.pep GGLIDSNLLLKLGMLTGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF 240
        |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng-1   GGLIDSNLLLKLGMLAGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF 240orf88-1.pep LNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT 300
        ||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng-1   LNADNGMLVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT 300orf88-1.pep LHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFT 360
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng-1   LHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLRDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFT 360orf88-1.pep SMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYML 420
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng-1   SMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYML 420orf88-1.pep PVLQEQDYFWITGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATK 480
        |:||::||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng-1   PILQDKDYFWLTGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATK 480orf88-1.pep GAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAA 540
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||orf88ng-1   DAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKGQQDKMQGYFYEMLYGVMNAA 540orf88-1.pep LDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRS 600
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng-1   LDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRS 600orf88-1.pep PGALLVYLGSVLLVLGTVLMFYVREKRAWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVES 660
        ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf88ng-1   PGALLVYLGSVLLVLGTVFMFYVREKRAWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVES 660orf88-1.pep LQRLGKDLNHD  671
        |||||||||||orf88ng-1   LQRLGKDLNHD  671另外，ORG88ng-1显示出与Aguifex aeolicus的一种假设蛋白同源：gi|2984296(AE000771)假设蛋白[Aquifex aeolicus]长度=537评分=94.4位(231)，估计值=2e-18相同性=91/334(27％)，阳性=159/334(47％)，空隙=59/334(17％)询问：16  FAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIG-TVLQQNQPQTDYLVKFGPFWTRIFDFLGLYDVYAS 74
       + F +S++ A+ ++ +LGI S++G T ++QNQ    YL +FG         L L DV+ S目标：80  YDFLASLKLAIFIMLVLGILSMLGSTYIKQNQSFEWYLDQFGYDVGIWIWKLWLNDVFHS 139询问：75  AWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRHSSLLDVKIAPEVAK 134
        ++++ ++ L V+   C I+ +P  W++  S +E++ +    A +H   + VKI P+  K目标：140 WYYILFIVLLAVNLIFCSIKRLPRVWKQAFS-KERILKLDEHAEKHLKPITVKI-PDKDK 197
询问：135 -RYLEVRGFQGKTVSREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAQVALIVICLGGLIDSNLLLKL  192
            ++L  +GF+   V  E   + + A+KG  ++ G     +AL+VI  G LID
目标：198 VLKFLLKKGFK-VFVEEEGNKLYVFAEKGRFSRLGVYITHIALLVIMAGALID------  249
询问：193 GMLAGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVFLNADNGMLVQDL 252
                                 +I+G      RG++ ++EG + DV+ + A+       L
目标：250-----------------------AIVGV-----RGSLIVAEGDTNDVMLVGAE--QKPYKL 280
询问：253 PFEVKLKKFHIDFY---NTGMPRDFA-------SDIEVTDKATGEKLER--TIRVNHPLT 300
           PF V L  F I  Y   N  + + FA       SDIE+ +   G K+E   T++VN P
目标：281 PFAVHLIDFRIKTYAEENPNVDKRFAQAVSSYESDIEIIN---GGKVEAKGTVKVNEPFD 337
询问：301 LHGITIYQASFA--DGGSDLTFKAWNLRDASREP 332
                ++QA++   DG S +     + + A  +P
目标：338 FGRYRLFQATYGILDGTSGMGVIVVDRKKAHEDP 371
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中有推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例40
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 279>：1  ATGATGAGTA ATAmAATGGm ACAAAAAGGG TTTACATTGA TTGmGmTGAT51  GATAGTCGTC GCGATAGTCG GCATTATCAG CGTCATTGCC ATACCTTCTT101  ATCmAAGTTA TATTGAAAAA GGCTATCAGT CCCAGCTTTA TACGGAGATG151  GyCGGTATCA ACAATATTTC CAAACAGTTT ATTTTGAAAA ATCCCCTGGA201  CGATAATCAG ACCATCGAGA ACAAACTGGA AATATTTGTC TCAGGCTATA251  AGATGAATCC GAAAATTGCC AAAAAaTATA GTGTTTCGGT AAAGTTTGTC301  GATAAGGAAA AATCAAGGGC ATACAGGTTG GTCGGCGTTC CGAAGGCGGG351  GACGGGTTAT ACTTTGTCGG TATGGATGAA CAGCGTGGGC GACGGATACA401  AATGCCGTGA TGCCGCTTCT GCCCAAGCCC ATTTGGAGAC CTTGTCCTCA451  GATGTCGGCT GTGAAGCCTT CTCTAATCGT AAAAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 280；ORF89>:1  MMSNXMXQKG FTLIXXMIVV AILGIISVIA IPSYXSYIEK GYQSQLYTEM51  XGINNISKQF ILKNPLDDNQ TIENKLEIFV SGYKMNPKIA KKYSVSVKFV101  DKEKSRAYRL VGVPKAGTGY TLSVWMNSVG DGYKCRDAAS AQAHLETLSS151  DVGCEAFSNR KK*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 281>:1  ATGATGAGTA ATAAAATGGA AGAAAAAGGG TTTACATTGA TTGAGATGAT51  GATAGTCGTC GCGATACTCG GCATTATCAG CGTCATTGCC ATACCTTCTT101  ATCAAAGTTA TATTGAAAAA GGCTATCAGT CCCAGCTTTA TACGGAGATG151  GTCGGTATCA ACAATATTTC CAAACAGTTT ATTTTGAAAA ATCCCCTGGA201  CGATAATCAG ACCATCGAGA ACAAACTGGA AATATTTGTC TCAGGCTATA251  AGATGAATCC GAAAATTGCC AAAAAATATA GTGTTTCGGT AAAGTTTGTC301  GATAAGGAAA AATCAAGGGC ATACAGGTTG GTCGGCGTTC CGAAGGCGGG351  GACGGGTTAT ACTTTGTCGG TATGGATGAA CAGCGTGGGC GACGGATACA401  AATGCCGTGA TGCCGCTTCT GCCCAAGCCC ATTTGGAGAC CTTGTCCTCA451  GATGTCGGCT GTGAAGCCTT CTCTAATCGT AAAAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 282；ORF89-1>:1  MMSNKMEQKG FTLIEMMIVV AILGIISVIA IPSYQSYIEK GYQSQLYTEM51  VGINNISKQF ILKNPLDDNQ TIENKLEIFV SGYKMNPKIA KKYSVSVKFV101  DKEKSRAYRL VGVPKAGTGY TLSVWMNSVG DGYKCRDAAS AQAHLETLSS151  DVGCEAFSNR KK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的PilE(登录号Z69260)的同源性
ORF89和PilE蛋白在120个氨基酸重叠区内显示出有30％的氨基酸相同性：
orf89 8  QKGFTLIXXMIVVAILGIISVIAIPSYXSYIEKGYQSQLYTEMXGINNISKQFILKNPL- 66
         QKGFTLI  MIV+AI+GI++ +A+P+Y  Y  +   S+      G  +   ++ L + +
PilE  5  QKGFTLIELMIVIAIVGILAAVALPAYQDYTARAQVSEAILLAEGQKSAVTEYYLNHGIW 64
orf89 67 -DDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGYTLSVW 125
           DN +         +G   + KI  KY  SV       +      GV K   G  LS+W
PilE  65 PKDNTS---------AGVASSDKIKGKYVQSVTVAKGVVTAEMASTGVNKEIQGKKLSLW 115
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF89显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF89a)在重叠的162个氨基酸内有83.3％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf89.pep    MMSNXMXQKGFTLIXXMIVVAILGIISVIAIPSYXSYIEKGYQSQLYTEMXGINNISKQF
         |||| |||||||||||    ||    |||    ||||||||||||||||| |||||||||orf89a       MMSNKMEQKGFTLIXXXXXXAIXXXXSVIXXXXYXSYIEKGYQSQLYTEMVGINNISKQX
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf89.pep    ILKNPLDDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGY
         ||||||||||||::||||||||||||||||:||:|||:||::|| ||| ||||||:||||orf89a       ILKNPLDDNQTIKSKLEIFVSGYKMNPKIAEKYNVSVHFVNEEKPRAYSLVGVPKTGTGY
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160orf89.pep    TLSVWMNSVGDGYKCRDAASAQAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
         |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||orf89a       TLSVWMNSVGDGYKCRDAASARAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
                130       140       150       160全长ORF89a核苷酸序列<SEQ ID 283>是：1  ATGATGAGTA ATAAAATGGA ACAAAAAGGG TTTACATTGA TTGNGANGNT51  NATNGNCNTC GCGATACNCN GCNTTANCAG CGTCATTNCN ATNNNTNCNT101  ATCNNAGTTA TATTGAAAAA GGCTATCAGT CCCAGCTTTA TACGGAGATG151  GTCGGTATCA ACAATATTTC CAAACAGTNT ATTTTGAAAA ATCCCCTGGA201  CGATAATCAG ACCATCAAGA GCAAACTGGA AATATTTGTC TCAGGCTATA251  AGATGAATCC GAAAATTGCC GAAAAATATA ATGTTTCGGT GCATTTTGTC301  AATGAGGAAA AACCNAGGGC ATACAGCTTG GTCGGCGTTC CAAAGACGGG351  GAGGGGTTAT ACTTTGTCGG TATGGATGAA CAGCGTGGGC GACGGATACA401  AATGCCGTGA TGCCGCTTCT GCCCGAGCCC ATTTGGAGAC CTTGTCCTCA451  GATGTCGGCT GTGAAGCCTT CTCTAATCGT AAAAAATAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 284>:1  MMSNKMEQKG FTLIXXXXXX AIXXXXSVIX XXXYXSYIEK GYQSQLYTEM51  VGINNISKQX ILKNPLDDNQ TIKSKLEIFV SGYKMNPKIA EKYNVSVHFV101  NEEKPRAYSL VGVPKTGTGY TLSVWMNSVG DGYKCRDAAS ARAHLETLSS151  DVGCEAFSNR KK*ORF89a和ORF89-1显示在162个氨基酸的重叠区内有83.3％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf89a.pep   MMSNKMEQKGFTLIXXXXXXAIXXXXSVIXXXXYXSYIEKGYQSQLYTEMVGINNISKQX
         ||||||||||||||      ||     ||    |||||||||||||||||||||||||||orf89-1      MMSNKMEQKGFTLIEMMIVVAILGIISVIAIPSYQSYIEKGYQSQLYTEMVGINNISKQF
                 10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf89a.pep ILKNPLDDNQTIKSKLEIFVSGYKMNPKIAEKYNVSVHFVNEEKPRAYSLVGVPKTGTGY
       ||||||||||||::||||||||||||||||:||:|||:||::|| ||| ||||||:||||orf89-1    ILKNPLDDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGY
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160orf89a.pep TLSVWMNSVGDGYKCRDAASARAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
       |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||orf89-1    TLSVWMNSVGDGYKCRDAASAQAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
              130       140       150       160
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF89与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF89.ng)在重叠的162个氨基酸内显示有84.6％的相同性：orf89      MMSNXMXQKGFTLIXXMIVVAILGIISVIAIPSYXSYIEKGYQSQLYTEMXGINNISKQF 60
       |||| | |||||||  ||||:||||||||||||| ||||||||||||||| ||||: |||orf89ng    MMSNKMEQKGFTLIEMMIVVTILGIISVIAIPSYQSYIEKGYQSQLYTEMVGINNVLLQF 60orf89      ILKNPLDDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGY 120
       ||||| |||:|:::||:||||||||||||||||||||:||| || |||||||||:|||||orf89ng    ILKNPQDDNDTLKSKLKIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVRFVDAEKPRAYRLVGVPNAGTGY 120orf89      TLSVWMNSVGDGYKCRDAASAQAHLETLSSDVGCEAFSNRKK 162
       ||||||||||||||||||:||||: :|:||| ||||||||||orf89ng    TLSVWMNSVGDGYKCRDATSAQAYSDTLSADSGCEAFSNRKK 162全长ORF89ng核苷酸序列<SEQ ID 285>是：1  aTGATGAGCA ATAAAATGGA ACAAAAAGGG TTTACATTGA TTGAGATGAT51  GATAGTTGTC ACGATACTCG GCATCATCAG CGTCATTGCC ATACCTTCTTI01  ATCAGAGTTA TATTGAAAAA GGCTATCAGT CCCAGCTTTA TACGGAGATG151  GTCGGTATCA ACAATGTTCT CAAACAGTTT ATTTTGAAAA ATCCCCAGGA201  CGATAATGAT ACCCTCAAGA GCAAACTGAA AATATTTGTC TCAGGCTATA251  AGATGAATCC GAAAAttgCC AAAAAATATA GTGTTTCGGt aaggtttGTC301  gatGCGGAAA AACCAAGGGC ATACAGGTTG GTCGGCGTTC CGAACGCGGG351  GACGGGTTAT ACTTTGTCGG TATGGATGAA CAGCGTGGGC GACGGATACA401  AATGCCGTGA TGCCACTTCT GCCCAGGCCT ATTCGGACAC CTTGTCCGCA451  GATAGCGGCT GTGAAGCTTT CTCTAATCGT AAAAAATAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 286>:1  MMSNKMEQKG FTLIEMMIVV TILGIISVIA IPSYQSYIEK GYQSQLYTEM51  VGINNVLKQF ILKNPQDDND TLKSKLKIFV SGYKMNPKIA KKYSVSVRFV101  DAEKPRAYRL VGVPNAGTGY TLSVWMNSVG DGYKCRDATS AQAYSDTLSA151  DSGCEAFSNR KK*
该淋球菌蛋白具有一个推定的前导序列(下划线)和N端甲基化位点(NMePhe或4型菌毛，双划线)。另外，ORF89ng和ORF89-1在162个氨基酸的重叠区内有88.3％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf89-1.pep MMSNKMEQKGFTLIEMMIVVAILGIISVIAIPSYQSYIEKGYQSQLYTEMVGINNISKQF
        ||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||: |||orf89ng     MMSNKMEQKGFTLIEMMIVVTILGIISVIAIPSYQSYIEKGYQSQLYTEMVGINNVLKQF
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf89-1.pep ILKNPLDDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGY
        ||||| |||:|:::||:||||||||||||||||||||:||| ||||||||:|||:|||||orf89ng     ILKNPQDDNDTLKSKLKIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVRFVDAEKPRAYRLVGVPNAGTGY
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160orf89-1.pep TLSVWMNSVGDGYKCRDAASAQAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
        ||||||||||||||||||:||||: :|||:| |||||||||||orf89ng     TLSVWMNSVGDGYKCRDATSAQAYSDTLSADSGCEAFSNRKKX
               130       140       150       160
根据该分析结果(包括淋球菌基序以及与已知PilE蛋白的同源性)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF89-1(13.6kDa)克隆到pGex载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图11A显示出GST-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，该小鼠的血清在ELISA测试中给出了阳性结果，这确认了ORF89-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例41
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 287>:1  ATGAAAAAAT CCTCCCTCAT CAGCGCATTG GGCATCGGTA TTTTGAGCAT51  CGGCATGGCA TTTGCCGCCC CTGCCGACGC GGTAAGCCAA ATCCGTCAAA101  ACGCCACTCA AGTATTGAGC ATCTTAAAAA ACGGCGATGC CAACACCGCT151  CGCCAAAAAG CCGAAGCCTA TGCGATTCCC TATTTCGATT TCCAACGTAT201  GACCGCATTG GCGGTCGGCA ACCCTTGGsG CACCG.GTCC GACG.GCAAA251  AACAAGCGTT GGCCn.AGAA TTTCAACCC...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 288；ORF91>:1  MKKSSLISAL GIGILSIGMA FAAPADAVSQ IRQNATQVLS ILKNGDANTA51  RQKAEAYAIP YFDFQRMTAL AVGNPWXTXS DXQKQALAXE FQP...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 289>:1  ATGAAAAAAT CCTCCCTCAT CAGCGCATTG GGCATCGGTA TTTTGAGCAT51  CGGCATGGCA TTTGCCGCCC CTGCCGACGC GGTAAGCCAA ATCCGTCAAA101  ACGCCACTCA AGTATTGAGC ATCTTAAAAA ACGGCGATGC CAACACCGCT151  CGCCAAAAAG CCGAAGCCTA TGCGATTCCC TATTTCGATT TCCAACGTAT201  GACCGCATTG GCGGTCGGCA ACCCTTGGCG CACCGCGTCC GACGCGCAAA251  AACAAGCGTT GGCCAAAGAA TTTCAAACCC TGCTGATCCG CACCTATTCC301  GGCACGATGC TGAAATTAAA AAACGCCAAC GTCAACGTCA AAGACAATCC351  CATCGTCAAT AAAGGCGGCA AAGAAATCAT CGTCCGCGCC GAAGTCGGCG401  TACCCGGGCA AAAACCCGTC AACATGGACT TCACCACCTA CCAAAGCGGC451  GGTAAATACC GTACCTACAA CGTCGCCATC GAAGGCGCGA GCCTGGTTAC501  CGTGTACCGC AACCAATTCG GCGAAATTAT CAAAGCGAAA GGCGTGGACG551  GACTGATTGC CGAGTTGAAA GCCAAAAACG GCGGCAAATA A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 290；ORF91-1>:1  MKKSSLISAL GIGILSIGMA FAAPADAVSQ IRQNATQVLS ILKNGDANTA51  RQKAEAYAIP YFDFQPMTAL AVGNPWRTAS DAQKQALAKE FQTLLIRTYS101  GTMLKLKNAN VNVKDNPIVN KGGKEIIVRA EVGVPGQKPV NMDFTTYQSG151  GKYRTYNVAI EGASLVTVYR NQFGEIIKAK  GVDGLIAELK  AKNGGK*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF91显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF91a)在重叠的92个氨基酸内有92.4％的相同性：
                10         20        30        40        50        60orf91.pep    MKKSSLISALGIGILSIGMAFAAPADAVSQIRQNATQVLSILKNGDANTARQKAEAYAIP
         |||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||:||||||||||||||||orf91a       MKKSSFISALGIGILSIGMAFAAPADAVNQIRQNATQVLSILKSGDANTARQKAEAYAIP
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90orf91.pep    YFDFQRMTALAVGNPWXTXSDXQKQALAXEFQP
         |||||||||||||||| | || |||||| |||orf91a       YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKLKNANVNVKDNPIVN
                 70        80        90       100       110       120orf91a       KGGKEIIVRAEVGVPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGASLVTVYRNQFGEIIKAK
                130       140       150       160       170       180全长ORF91a核苷酸序列<SEQ ID 291>是：1  ATGAAAAAAT CCTCCTTCAT CAGCGCATTG GGCATCGGTA TTTTGAGCAT51  CGGCATGGCA TTTGCCGCCC CTGCCGACGC GGTAAACCAA ATCCGTCAAA101  ACGCCACTCA AGTATTGAGC ATCTTAAAAA GCGGTGATGC CAACACCGCC151  CGCCAAAAAG CCGAAGCCTA TGCGATTCCC TATTTCGATT TCCAACGTAT201  GACCGCATTG GCGGTCGGCA ACCCTTGGCG CACCGCGTCC GACGCGCAAA251  AACAAGCGTT GGCCAAAGAA TTTCAAACCC TGCTGATCCG CACCTATTCC301  GGCACGATGC TGAAATTAAA AAACGCCAAC GTCAACGTCA AAGACAATCC351  CATCGTCAAT AAAGGCGGCA AAGAAATCAT CGTCCGCGCC GAAGTCGGCG401  TACCCGGGCA AAAACCCGTC AACATGGACT TCACCACCTA CCAAAGCGGC451  GGTAAATACC GTACCTACAA CGTCGCCATC GAAGGCCCGA GCCTGGTTAC501  CGTGTACCGC AACCAATTCG GCGAAATTAT CAAAGCGAAA GGCGTGGACG551  GACTGATTGC CGAGTTGAAG GCTAAAAACG GCAGCAAGTA A它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 292>:1  MKKSSFISAL GIGILSIGMA FAAPADAVNQ IRQNATQVLS ILKSGDANTA51  RQKAEAYAIP YFDFQRMTAL AVGNPWRTAS DAQKQALAKE FQTLLIRTYS101  GTMLKLKNAN VNVKDNPIVN KGGKEIIVRA EVGVPGQKPV NMDFTTYQSG151  GKYRTYNVAI EGASLVTVYR NQFGEIIKAK GVDGLIAELK AKNGSK*ORF91a和ORF91-1显示在196个氨基酸的重叠区内有98.0％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf91a.pep   MKKSSFISALGIGILSIGMAFAAPADAVNQIRQNATQVLSILKSGDANTARQKAEAYAIP
         |||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||:||||||||||||||||orf91-1      MKKSSLISALGIGILSIGMAFAAPADAVSQIRQNATQVLSILKNGDANTARQKAEAYAIP
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf91a.pep   YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKLKNANVNVKDNPIVN
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf91-1      YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKLKNANVNVKDNPIVN
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf91a.pep   KGGKEIIVRAEVGVPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGASLVTVYRNQFGEIIKAK
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf91-1      KGGKEIIVRAEVGVPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGASLVTVYRNQFGEIIKAK
                130       140       150       160       170       180
                190orf91a.pep   GVDGLIAELAKNGSKX
        ||||||||||||||:||orf91-1     GVDGLIAELKAKNGGKX
               190
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF91显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF91.ng)在重叠的92个氨基酸内有84.8％的相同性：orf91.pep   MKKSSLISALGIGILSIGMAFAAPADAVSQIRQNATQVLSILKNGDANTARQKAEAYAIP  60
        :||||:||||||||||||||||:|||||:||||||||||:|||:||| :|| ||||||:|orf91ng     VKKSSFISALGIGILSIGMAFASPADAVGQIRQNATQVLTILKSGDAASARPKAEAYAVP  60orf91.pep   YFDFQRMTALAVGNPWXTXSDXQKQALAXEFQP                             93
        |||||||||||||||| | ||||||||| |||orf91ng     YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKFKNATVNVKDNPIVN 120
预计全长ORF91ng核苷酸序列<SEQ ID 293>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 294>:1 VKKSSFISAL GIGILSIGMA FASPADAVGQ IRQNATQVLT ILKSGDAASA51 RPKAEAYAVP YFDFQRMTAL AVGNPWRTAS DAQKQALAKE FQTLLIRTYS101 GTMLKFKNAT VNVKDNPIVN KGGKEIVVRA EYGIPGQKPV NMDFTTYQSG151 GKYRTYNVAI EGTSLVTVYR NQFGEIIKAK GIDGLIAELK AKNGGK*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 295>:1  ATGAAAAAAT CCTCCTTCAT CAGCGCATTG GGCATCGGTA TTTTGAGCAT51  CGGCATGGCA TTTGCCTCCC CGGCCGACGC AGTGGGACAA ATCCGCCAAA101  ACGCCACACA GGTTTTGACC ATCCTCAAAA GCGGCGACGC GGCTTCTGCA151  CGCCCAAAAG CCGAAGCCTA TGCGGTTCCC TATTTCGATT TCCAACGTAT201  GACCGCATTG GCGGTCGGCA ACCCTTGGCG TACCGCGTCC GACGCGCAAA251  AACAAGCGTT GGCCAAAGAA TTTCAAACCC TGCTGATCCG CACCTATTCC301  GGCACGATGC TGAAATTCAA AAACGCGACC GTCAACGTCA AAGACAATCC351  CATCGTCAAT AAGGGCGGCA AGGAAATCGT CGTCCGTGCC GAAGTCGGCA401  TCCCCGGTCA GAAGCCCGTC AATATGGACT TTACCACCTA CCAAAGCGGC451  GGCAAATACC GTACCTACAA CGTCGCCATC GAAGGCACGA GCCTGGTTAC501  CGTGTACCGC AACCAATTCG GCGAAATCAT CAAAGCCAAA GGCATCGACG551  GGCTGATTGC CGAGTTGAAA GCCAAAAACG GCGGCAAATA A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 296；ORF91ng-1>:1  MKKSSFISAL GIGILSIGMA FASPADAVGQ IRQNATQVLT ILKSGDAASA51  RPKAEAYAVP YFDFQRMTAL AYGNPWRTAS DAQKQALAKE FQTLLIRTYS101  GTMLKFKNAT VNVKDNPIVN KGGKEIVVRA EVGIPGQKPV NMDFTTYQSG151  GKYRTYNVAI EGTSLVTVYR NQFGEIIKAK GIDGLIAELK AKNGGK*ORF91ng-1和ORF91-1显示在196个氨基酸的重叠区内有92.3％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf91-1.pep MKKSSLISALGIGILSIGMAFAAPADAVSQIRQNATQVLSILKNGDANTARQKAEAYAIP
        |||||:||||||||||||||||:|||||:||||||||||:|||:||| :|| ||||||:|orf91ng-1   MKKSSFISALGIGILSIGMAFASPADAVGQIRQNATQVLTILKSGDAASARPKAEAYAVP
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf91-1.pep YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKLKNANVNVKDNPIVN
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||orf91ng-1   YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKFKNATVNVKDNPIVN
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf91-1.pep KGGKEIIVRAEVGVPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGASLVTVYRNQFGEIIKAK
        ||||||:||||||:||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||orf91ng-1    KGGKEIVVRAEVGIPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGTSLVTVYRNQFGEIIKAK
                130       140       150       160     170         180
                190orf91-1.pep  GVDGLIAELKAKNGGKX
         |:|||||||||||||||orf91ng-1    GIDGLIAELKAKNGGKX
                190
另外，ORF91ng-1显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白同源：
sp|P45390|YRBC_ECOLI MURA-RPON基因间区域中的假设的24.0 KD蛋白前体(F211)＞gi|606130(U18997)ORF_f211[大肠杆菌]＞gi|1789583(AE000399)murZ-rpoN基因间区域中的假设的24.0 kD蛋白[大肠杆菌]长度=211
   评分=70.6位(170)，估计值=6e-12
   相同性=42/137(30％)，阳性=76/137(54％)，空隙=6/137(4％)
询问：59 VPYFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKFKNATVNVKDNPI 118
          +PY   +   AL +G  +++A+ AQ++A    F+  L + Y   +  +   T  +   P
目标：65  LPYVQVKYAGALVLGQYYKSATPAQREAYFAAFREYLKQAYGQALAMYHGQTYQIA--PE 122
询问：119 VNKGGKEIV-VRAEVGIP-GQKPVNMDFTTYQSG--GKYRTYNVAIEGTSLVTVYRNQFG 174
              G K IV +R  +  P G+ PV +DF   ++   G ++ Y++  EG S++T  +N++G
目标：123 QPLGDKTIVPIRVTIIDPNGRPPVRLDFQWRKNSQTGNWQAYDMIAEGVSMITTKQNEWG 182
询问：175 EIIKAKGIDGLIAELKA 191
            +++ KGIDGL A+LK+
目标：183 TLLRTKGIDGLTAQLKS 199
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例42
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 297>:1  ATGAAACACA TACTCCCCCT GATTGCCGCA TCCGCACTCT GCATTTCAAC51  CGCTTCGGCA CATCCTGCCA GCGAACCGTC CACTCAAAAC GAAACCGCTA101  TGATCACGCA TACCCTCATC TCAAAATACA GTTTTGGnnn nnnnnnnnnn151  nnnnnnnnnn nnGCCATAAA AAGCAAAGGG ATGGACATTT TTGCCGTCAT201  CGACCATCAG GAAGCCGCAC GCCGAAACGG CTTAACGATG CAGCCGGCAA251  AAGTCATCGT CTTCGGCACG CCCAAAGCCG GCACGCCGCT GATGGTCAAA301  GACCCCGCCT TCGCCCTGCA ACTGCCCCTA CGCGTCCTCG TTACCGAAAC351  GGACGGCAAA GTACGCGCCG CCTATACCGA TACGCGCGCC CTCATCGCCG401  GCAGCCGCAT CGGTTTCGAC GAAGTGGCAA ACACTTTGGC AAACGCCGAA451  AAACTGATAC AAAAAACCGT AGGCGAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 298；ORF97>:1  MKHILPLIAA SALCISTASA HPASEPSTQN ETAMITHTLI SKYSFGXXXX51  XXXXAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK101  DPAFALQLPL RVLVTETDGK VRAAYTDTRA LIAGSRIGFD EYANTLANAE151  KLIQKTVGE*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 299>:1  ATGAAACACA TACTCCCCCT GATTGCCGCA TCCGCACTCT GCATTTCAAC51  CGCTTCGGCA CATCCTGCCA GCGAACCGTC CACCCAAAAC GAAACCGCTA101  TGACCACGCA TACCCTCACC TCAAAATACA GTTTTGACGA AACCGTCAGC151  CGCCTTGAAA CCGCCATAAA AAGCAAAGGG ATGGACATTT TTGCCGTCAT201  CGACCATCAG GAAGCCGCCC GCCGAAACGG CTTAACGATG CAGCCGGCAA251  AAGTCATCGT CTTCGGCACG CCCAAAGCCG GCACGCCGCT GATGGTCAAA301  GACCCCGCCT TCGCCCTGCA ACTGCCCCTA CGCGTCCTCG TTACCGAAAC351  GGACGGCAAA GTACGCGCCG CCTATACCGA TACGCGCGCC CTCATCGCCG401  GCAGCCGCAT CGGTTTCGAC GAAGTGGCAA ACACTTTGGC AAACGCCGAA451  AAACTGATAC AAAAAACCGT  AGGCGAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 300；ORF97-1>:1  MKHILPLIAA SALCISTASA HPASEPSTQN ETAMTTHTLT SKYSFDETVS51  RLETAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK101  DPAFALQLPL RVLVTETDGK VRAAYTDTRA LIAGSRIGFD EVANTLANAE151  KLIQKTYGE*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF97显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF97a)在重叠的159个氨基酸内有88.7％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf97.pep    MKHILPLIAASALCISTASAHPASEPSTQNETAMITHTLISKYSFGXXXXXXXXAIKSKG
         |||||||  |||||||||| ||||||:||||||| ||||||||||  :     :||||||orf97a       MXHILPLXXASALCISTASXHPASEPQTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf97.pep    MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||orf97a       MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVXVTETDGK
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160orf97.pep    VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTVGEX
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||orf97a       VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTIGEX
                130       140       150       160全长ORF97a核苷酸序列<SEQ ID 301>是：1  ATGANACACA TACTCCCCCT GANTGNCGCA TCCGCACTCT GCATTTCAAC51  CGCTTCGGNN CATCCTGCCA GCGAACCGCA AACCCAAAAC GAAACCGCTA101  TGACCACGCA TACCCTCACC TCAAAATACA GTTTTGACGA AACCGTCAGC151  CGCCTTGAAA CCGCCATAAA AAGCAAAGGG ATGGACATTT TTGCCGTCAT201  CGACCATCAG GAAGCCGCCC GCCGAAACGG CTTAACGATG CAGCCGGCAA251  AAGTCATCGT CTTCGGCACG CCCAAAGCCG GTACGCCGCT GATGGTCAAA301  GACCCCGCCT TCGCCCTGCA ACTGCCCCTG CGCGTCNTCG TTACCGAAAC351  GGACGGCAAA GTACGCGCCG CCTATACCGA TACGCGCGCC CTCATCGCCG401  GCAGCCGCAT CGGTTTCGAC GAAGTGGCAA ACACTTTGGC AAACGCCGAA451  AAACTGATAC AAAAAACCAT AGGCGAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 302>:1  MXHILPLXXA SALCISTASX HPASEPQTQN ETAMTTHTLT SKYSFDETVS51  RLETAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK101  DPAFALQLPL RVXVTETDGK VRAAYTDTRA LIAGSRIGFD EVANTLANAE151  KLIQKTIGE*ORF97a和ORF97-1显示在159个氨基酸的重叠区内有95.6％的相同性：
                 10        20         30       40        50        60orf97a.pep   MXHILPLXXASALCISTASXHPASEPQTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
         | |||||  |||||||||| ||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||orf97-1      MKHILPLIAASALCISTASAHPASEPSTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
                 10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf97a.pep MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVXVTETDGK
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||orf97-1    MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160orf97a.pep VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTIGEX
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||orf97-1    VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTVGEX
              130       140       150       160
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF97显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF97.ng)在重叠的159个氨基酸内有88.1％的相同性：orf97.pep    MKHILPLIAASALCISTASAHPASEPSTQNETAMITHTLISKYSFGXXXXXXXXAIKSKG  60
         |||||| |||||:||||||||||::| ||||||| ||||  ||||  :     :||||||orf97ng      MKHILPPIAASAFCISTASAHPAGKPPTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG  60orf97.pep    MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK  120
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf97ng      MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK  120orf97.pep    VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTVGE 159
         ||:|||||||||:||||:|||||||||||||||||||||orf97ng      VRTAYTDTRALIVGSRISFDEVANTLANAEKLIQKTVGE 159
预计全长ORF97ng核苷酸序列<SEQ ID 303>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 304>:1  MKHILPPIAA  SAFCISTASA  HPAGKPPTQN  ETAMTTHTLT  SKYSFDETVS51  RLETAIKSKG  MDIFAVIDHQ  EAARRNGLTM  QPAKVIVFGT  PKAGTPLMVK101  DPAFALQLPL  RVLVTETDGK  VRTAYTDTRA  LIVGSRISFD  EVANTLANAE151  KLIQKTVGE*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 305>:1  ATGAAACACA TACTCCCcct gatcgccgca TccgcactCT GCATTTCAAC51  CGCTTCGGCA CACCCTGCCG GCAAACCGCC CACCCAAAAC GAAACCGCTA101  TGACCACGCA CACCCTCACC TCGAAATACA GTTTTGACGA AACCGTCAGC151  CGCCTTGAAA CCGCCATAAA AAGCAAAGGG ATGGACATTT TTGCCGTCAT201  CGACCATCAG GAAGCGGCAC GCCGAAACGG CCTGACCATG CAGCCGGCAA251  AAGTCATCGT CTTCGGCACG CCCAAGGCCG GTACGCCgct GATGGTCAAA301  GACCCCGCCT TCGCCCTGCA ACTGCCCCTG CGCGTCCTCG TTACCGAAAC351  GGACGGCAAA GTACGCACCG CCTATACCGA TACGCGCGCC CTCATCGTCG401  GCAGCCGCAT CAGTTTCGAC GAAGTGGCAA ACACTTTGGC AAACGCCGAA451  AAACTGATAC AAAAAACCGT AGGCGAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 306；ORF97ng-1>:1  MKHILPLIAA SALCISTASA HPAGKPPTQN ETAMTTHTLT SKYSFDETVS51  RLETAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK101  DPAFALQLPL RVLVTETDGK VRTAYTDTRA LIVGSRISFD EVANTLANAE151  KLIQKTVGE*ORF97ng-1和ORF97-1显示在159个氨基酸的重叠区内有96.2％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf97-1.pep  MKHILPLIAASALCISTASAHPASEPSTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
         |||||||||||||||||||||||::| |||||||||||||||||||||||||||||||||orf97ng-1    MKHILPLIAASALCISTASAHPAGKPPTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
                10         20        30        40        50        60
                70         80        90       100       110       120orf97-1.pep  MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK
         |||||||||||||||||||||||||||||||||V||||||||||||||||||||||||||orf97ng-1    MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160orf97-1.pep  VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTVGEX
         ||:|||||||||:||||:||||||||||||||||||||||orfg7ng-1    VRTAYTDTRALIYGSRISFDEVANTLANAEKLIQKTVGEX
                130       140       150       160
根据该分析，包括此淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF97-1(15.3kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图12A和12B分别显示了GST-融合蛋白和His-融合蛋白的亲和纯化结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行Western印迹(图12C)，ELISA(阳性结果)，和FACS分析(图12D)。这些实验确认ORF97-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
图12E显示出ORF97-1的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。
实施例43
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA<SEQ ID 307>:1  ATGGCTTTTA TTACGCGCTT ATTCAAAAGC AGTAAATGGC TGATTGTGCC51  GCTGATGCTC CCCGCCTTTC AGAATGTGGC GGCGGAGGGG ATAGATGTGA101  GCCGTGCCGA AGCGAGGATA ACCGACGGCG GGCAGCTTTC CATCAGCAGC151  CGCTTCCAAA CCGAGCTGCC CGACCAGCTC CAACAGGCGT TGCGCCGGGg201  CGTGCCGCTC AACTTTACCT TAAGCTGGCA GCTTTCCGCC CCGATAATCG251  CTTCTTATGG GTTTAAATTG GGGCAACTGA TTGGCGATGA CGACaATATT301  GACTACAAAC TGAGTTTCCA TCCGCTGACc AaACGCTACC GCGTTACCgT351  CGgCGCGTTT TCGACAGACT ACGACACCTT GGATGCGGCA TTGCGCGCGA401  CCGGCGCGGT TGCCAACTGG AAAGTCCTGA ACAAAGGCGC GCTGTCCGGT451  GCGGAAGCAG GGGAAACCAA GGCGGAAATC CGCCTGACGC TGTCCACTTC501  AAAACTGCCC AAGCCTTTTC AAATCAATGC ATTGACTTCT CAAAACTGGC551  ATTTGGATTC GGGTTGGAAA CCTCTAAACA TCATCGGGAA CAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 308；ORF106>:1  MAFITRLFKS SKWLIVPLML PAFQNVAAEG IDVSRAEARI TDGGQLSISS51  RFQTELPDQL QQALRRGVPL NFTLSWQLSA PIIASYRFKL GQLIGDDDNI101  DYKLSFHPLT KRYRVTVGAF STDYDTLDAA LRATGAVANW KVLNKGALSG151  AEAGETKAEI RLTLSTSKLP KPFQINALTS QNWHLDSGWK PLNIIGNK*进一步的工作揭示了下列DNA序列<SEQ ID 309>:1  ATGGCTTTTA TTACGCGCTT ATTCAAAAGC AGTAAATGGC TGATTGTGCC51  GCTGATGCTC CCCGCCTTTC AGAATGTGGC GGCGGAGGGG ATAGATGTGA101  GCCGTGCCGA AGCGAGGATA ACCGACGGCG GGCAGCTTTC CATCAGCAGC151  CGCTTCCAAA CCGAGCTGCC CGACCAGCTC CAACAGGCGT TGCGCCGGGG201  CGTGCCGCTC AACTTTACCT TAAGCTGGCA GCTTTCCGCC CCGATAATCG251  CTTCTTATCG GTTTAAATTG GGGCAACTGA TTGGCGATGA CGACAATATT301  GACTACAAAC TGAGTTTCCA TCCGCTGACC AACCGCTACC GCGTTACCGT351  CGGCGCGTTT TCGACAGACT ACGACACCTT GGATGCGGCA TTGCGCGCGA401  CCGGCGCGGT TGCCAACTGG AAAGTCCTGA ACAAAGGCGC GCTGTCCGGT451  GCGGAAGCAG GGGAAACCAA GGCGGAAATC CGCCTGACGC TGTCCACTTC501  AAAACTGCCC AAGCCTTTTC AAATCAATGC ATTGACTTCT  CAAAACTGGC551  ATTTGGATTC GGGTTGGAAA CCTCTAAACA TCATCGGGAA  CAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 310；ORF106-1>:1  MAFITRLFKS SKWLIVPLML PAFQNVAAEG IDVSRAEARI TDGGQLSISS51  RFQTELPDQL QQALRRGYPL NFTLSWQLSA PIIASYRFKL GQLIGDDDNI101  DYKLSFHPLT ARYRVTVGAF STDYDTLDAA LRATGAVANW KVLNKGALSG151  AEAGETKAEI RLTLSTSKLP KPFQINALTS QNWHLDSGWK PLNIIGNK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF106显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF106a)在重叠的199个氨基酸内有87.4％的相同性：
               10         20        30        40        50       59orf106.pep MAFITRLFKSSK-WLIVPLMLPAFQNVAAEGIDVSRAEARITDGGQLSISSRFQTELPDQ
       |||||||||| | ||::  || :: ::||||||:|||||||:||||||  ||||||||||orf106a    MAFITRLFKSIKQWLVLLPMLSVLPDAAAEGIDVSRAEARIXDGGQLSXXSRFQTELPDQ
               10        20        30        40        50        60
      60        70        80        90       100       110      119orf106.pep LQQALRRGVPLNFTLSWQLSAPIIASYRFKLGQLIGDDDNIDYKLSFHPLTKRYRVTVGA
       || |  ||| || || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||:||||||||orf106a    LQXAXXRGVXLNXTLXWQLSAPIIASYRFXLGQLIGDDDXIDYKLSFHPLTNRYRVTVGA
               70        80        90       100       110       120
     120       130       140       150       160       170      179orf106.pep FSTDYDTLDAALRATGAVANWKVLNKGALSGAEAGETKAEIRLTLSTSKLPKPFQINALT
       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf106a    FSTXYDTLDAALRATGAVANWKVLNKGALSGAEAGETKAEIRLTLSTSKLPKPFQINALT
              130       140       150       160       170       180
     180       190      199orf106.pep SQNWHLDSGWKPLNIIGNKX
       ||||||||||||||||||||orf106a    SQNWHLDSGWKPLNIIGNKX
              190       200
由于残基11位的K被替代成N,ORF106a和ORF106-1之间在相同的199个氨基酸重叠区内的同源性是87.9％。
全长ORF106a核苷酸序列<SEQ ID 311>是：1  ATGGCTTTTA TTACGCGCTT ATTCAAAAGC ATTAAACAAT GGCTTGTGCT51  GCTGCCGATG CTTTCCGTTT TGCCGGACGC GGCGGCGGAG GGGATAGATG101  TGAGCCGCGC CGAAGCGAGG ATAANCGACG GCGGGCAGCT TTCCATNAGN151  AGCCGCTTCC AAACCGAGCT GCCCGACCAG CTCCAANNNG CGNNGNGCCG201  GGGCGTGNCG CTCAACTNTA CCTTAAGNTG GCAGCTTTCC GCCCCGATAA251  TCGCTTCTTA TCGGTTTNAA TTGGGGCAAC TGATTGGCGA TGACGACNAT301  ATTGACTACA AACTGAGTTT CCATCCGCTG ACCAACCGCT ACCGCGTTAC351  CGTCGGCGCG TTTTCGACAG ANTACGACAC CTTGGATGCG GCATTGCGCG401  CGACCGGCGC GGTTGCCAAC TGGAAAGTCC TGAACAAAGG CGCGCTGTCC451  GGTGCGGAAG CAGGGGAAAC CAAGGCGGAA ATCCGCCTGA CGCTGTCCAC501  TTCAAAACTG CCCAAGCCTT TTCAAATCAA TGCATTGACT TCTCAAAACT551  GGCATTTGGA TTCGGGTTGG AAACCTCTAA ACATCATCGG GAACAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 312>:1  MAFITRLFKS IKQWLVLLPM LSVLPDAAAE GIDVSRAEAR IXDGGQLSXX51  SRFQTELPDQ LQXAXXRGVX LNXTLXWQLS APIIASYRFX LGQLIGDDDX101  IDYKLSFHPL TNRYRVTVGA FSTXYDTLDA ALRATGAVAN WKVLNKGALS151  GAEAGETKAE IRLTLSTSKL PKPFQINALT SQNWHLDSGW KPLNIIGNK*
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF106显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF106.ng)在重叠的199个氨基酸内有90.5％的相同性：orf106.pep MAFITRLFKSSK-WLIVPLMLPAFQNVAAEGIDVSRAEARITDGGQLSISSRFQTELPDQ  59
       |||||||||| | ||::  :| :: ::||||| ::||||||||||:||||||||||||||orf106ng   MAFITRLFXSIKQWLVLLPILSVLPDAAAEGIAATRAEARITDGGRLSISSRFQTELPDQ  60orf106.pep LQQALRRGVPLNFTLSWQLSAPIIASYRFKLGQLIGDDDNIDYKLSFHPLTKRYRVTVGA  119
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||orf106ng   LQQALRRGVPLNFTLSWQLSAPTIASYRFKLGQLIGDDDNIDYKLSFHPLTNRYRVTVGA  120orf106.pep FSTDYDTLDAALRATGAVANWKVLNKGALSGAEAGETKAEIRLTLSTSKLPKPFQINALT  179
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf106ng   FSTDYDTLDAALRATGAVANWKVLNKGALSGAEAGETKAEIRLTLSTSKLPKPFQINALT  180orf106.pep SQNWHLDSGWKPLNIIGNK 198
       |||||||||||||||||||orf106ng   SQNWHLDSGWKPLNIIGNK 199
由于残基111位的K被替换成N,ORF106ng和ORF106-1之间在相同的199个氨基酸重叠区内的同源性是91.0％。
全长ORF106ng核苷酸序列<SEQ ID 313>是：1  ATGGCTTTTA TTACGCGCTT ATTCAAAAGD ATTAAACAAT GGCTTGTGCT51  GTTGCCGATA CTCTCCGTTT TGCCGGACGC GGCGGCGGAG GGCATTGCCG101  CGACCCGCGC CGAAGCGAGG ATAACCGACG GCGGGCGGCT TTCCATCAGC151  AGCCGCTTCC AAACCGAGCT GCCCGACCAG CTCCAACAGG CGTTGCGCCG201  GGGCGTACCG CTCAACTTTA CCTTAAGCTG GCAGCTTTCC GCCCCGACAA251  TCGCTTCTTA TCGGTTTAAA TTGGGGCAAC TGATTGGCGA TGACGACAAT301  ATTGACTACA AACTAAGTTT CCATCCGCTG ACCAACCGCT ACCGCGTTAC351  CGTCGGCGCA TTTTCCACCG ATTACGACAC TTTGGATGCG GCATTGCGCG401  CGACCGGCGC GGTTGCCAAC TGGAAAGTCC TGAACAAAGG CGCGTTGTCC451  GGTGCGGAAG CAGGGGAAAC CAAGGCGGAA ATCCGCCTGA CGCTGTCCAC501  TTCAAAACTG CCCAAGCCTT TCGAAATCAA CGCATTGACT TCTCAAAACT551  GGCATTTGGA TTCGGGTTGG AAACCTCTAA ACATCATCGG GAACAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 314>:1  MAFITRLFKS IKQWLVLLPI LSVLPDAAAE GIAATRAEAR ITDGGRLSIS51  SRFQTELPDQ LQQALRRGVP LNFTLSWQLS APTIASYRFK LGQLIGDDDN101  IDYKLSFHPL TNRYRVTVGA FSTDYDTLDA ALRATGAVAN WKVLNKGALS151  GAEAGETKAE IRLTLSTSKL PKPFQINALT SQNWHLDSGW KPLNIIGNK*
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF106-1(18kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图13A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果，图13B显示出GST-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，将小鼠血清用于FACS分析(图13C)。这些实验确认ORF106-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例44
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 315>:1  ATGGACACAA AAGAAATCCT CGG.TACGCG GcAGGcTCGA TCGGCAGCGC51  GGTTTTAGCC GTCATCATCc TGCCGCTGCT GTCGTGGTAT TTCCCCGCCG101  ACGACATCGG GCGCATCGTG CTGATGCAGA CGGCGGCGGG GCTgACGGTG151  TCGGTGTTGT GCCTCGGGCT GGATCAGGCA TACGTCCGCG AATACTATGC201  CACCGCCGAC AAAGACAcCT TGTTCAAAAC CCTGTTCCTG CCGCCGCTGC251  TGTCTGCCGC CGCGATAGCC GCCCTGCTGG TTTCCCGCCC GTCCCTGCGG301  TCTGAAATCC TGTTTTCACT CGACGATGCC gCCGCCGGCa TCGGGCTGGT351  GCTGTTTGAA CtGAGCTTCC TGCCCATCCG cTTTCTCTTA CTGGTTTTGC401  GTATGGAAGG ACGCGCCcTT GCCTTTTCGT CCGCGCAACT CGTGCcCAAG451  CTCGCCATCC TGCTGCTG.T GCCGCTGACG GTGGGGCTGC TGCACTTTCC501  AGCGAACACC GCCGTCCTGA CCGCCGTTTA CGCGCTGGCA AACCTTGCCG551  CCGCCGCCTT TTTGCTGTTT CAAAACCGAT GCCGTCTGAA GGCCGTCCGG601  CACGCACCGT TTTCGCCCGC CGTCCTGCAC CGGGGG.TGC GCTACGGCAT651  ACCGATCGCA CTGAGCAGCA TCGCCTATTG GGGGCTGGCA TCCGCCGACC701  GTTTGTTCCT GAAAAAATAT GCCGGCCTGG AACAGCTCGG CGTTTATTCG751  ATGGGTATTT CGTTCGGCGG GGCGGCATTA TTGTTCCAAA GCATCTTTTC801  AACGGTCTGG ACACCGTATA TTTTCCGCGC AATCGAAGAA AACGCCCCGC851  CCGCTCGCCT CTCGGCAACG GCAGAATCCG CCGCCGCCCT GCTTGCCTCC901  GCCCTCTGC. TGACCGGCAT TTTCTCGCCC CTTGCCTCCC TCCTGCTGCC951  GGAAAACTAC GCCGCCGTCC GGTTTATCGT CGTATCGTGT ATG.TGCCGC1001  CGCTGTTTTG CACGCTGGCG GAAATCAGCG GCATCGGTTT GAACGTCGTT1051  CGGAAAACGC GCCCGATCGC GCTCGCCACC TTGGGCGCGC TGGCGGCAAA1101  CCTGCTGCTG CTGGGGCTTG ACCGTGCCGT ACCGGCGAGG CCGCC.GGCG1151  CGGCGGTTGC CTGTGCCGCC TCATTCTGGC TGTTTTTTGC CTTCAAGACC1201  GAAAGCTCyT GCCGCCTGTG GCAGCCGCTC AAACGCCTGC CGCTTTATCT1251  GCACACATTG TTCTGCCTGA CCTCCTCGGC GGCCTACACC TGCTTCGGCA1301  CGCGGGCAAA CTATCCCCTG TTTGCCGGCG TATGGGCGGC ATATCTGGCA1351  GGCTGCATCC TGCGCCACCG GAAAGATTTG CACAAACTGT TTCATTATTT1401  GAAAAAACAA GGTTTCCCAT TATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 316；ORF10>:1  MDTKEILXYA AGSIGSAVLA VIILPLLSWY FPADDIGRIV LMQTAAGLTV51  SVLCLGLDQA YVREYYATAD KDTLFKTLFL PPLLSAAAIA ALLLSRPSLP101  SEILFSLDDA AAGIGLVLFE LSFLPIRFLL LVLRMEGRAL AFSSAQLVPK151  LAILLLXPLT VGLLHFPANT AVLTAVYALA NLAAAAFLLF QNRCRLKAVR201  HAPFSPAVLH RGXRYGIPIA LSSIAYWGLA SADRLFLKKY AGLEQLGVYS251  MGISFGGAAL LFQSIFSTVW TPYIFRAIEE NAPPARLSAT AESAAALLAS301  ALCXTGIFSP LASLLLPENY AAVRFIVVSC MXPPLFCTLA EISGIGLNVV351  RKTRPIALAT LGALAANLLL LGLDRAVPAR PXGAAVACAA SFWLFFAFKT401  ESSCRLWQPL KRLPLYLHTL FCLTSSAAYT CFGTPANYPL FAGVWAAYLA451  GCILRHRKDL HKLFHYLKKQ GFPL*进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 317>是：1  ATGGACACAA AAGAAATCCT CGGCTACGCG GCAGGCTCGA TCGGCAGCGC51  GGTTTTAGCC GTCATCATCC TGCCGCTGCT GTCGTGGTAT TTCCCCGCCG101  ACGACATCGG GCGCATCGTG CTGATGCAGA CGGCGGCGGG GCTGACGGTG151  TCGGTGTTGT GCCTCGGGCT GGATCAGGCA TACGTCCGCG AATACTATGC201  CACCGCCGAC AAAGACACCT TGTTCAAAAC CCTGTTCCTG CCGCCGCTGC251  TGTCTGCCGC CGCGATAGCC GCCCTGCTGC TTTCCCGCCC GTCCCTGCCG 301  TCTGAAATCC TGTTTTCACT CGACGATGCC GCCGCCGGCA TCGGGCTGGT351  GCTGTTTGAA CTGAGCTTCC TGCCCATCCG CTTTCTCTTA CTGGTTTTGC401  GTATGGAAGG ACGCGCCCTT GCCTTTTCGT CCGCGCAACT CGTGCCCAAG451  CTCGCCATCC TGCTGCTGCT GCCGCTGACG GTCGGGCTGC TGCACTTTCC501  AGCGAACACC GCCGTCCTGA CCGCCGTTTA CGCGCTGGCA AACCTTGCCG551  CCGCCGCCTT TTTGCTGTTT CAAAACCGAT GCCGTCTGAA GGCCGTCCGG601  CACGCACCGT TTTCGCCCGC CGTCCTGCAC CGGGGGCTGC GCTACGGCAT651  ACCGATCGCA CTGAGCAGCA TCGCCTATTG GGGGCTGGCA TCCGCCGACC701  GTTTGTTCCT GAAAAAATAT GCCGGCCTGG AACAGCTCGG CGTTTATTCG751  ATGGGTATTT CGTTCGGCGG GGCGGCATTA TTGTTCCAAA GCATCTTTTC801  AACGGTCTGG ACACCGTATA TTTTCCGCGC AATCGAAGAA AACGCCCCGC851  CCGCCCGCCT CTCGGCAACG GCAGAATCCG CCGCTTGCCT GCTTGCCTCC901  GCCCTCTGCC TGACCGGCAT TTTCTCGCCC CTTGCCTCCC TCCTGCTGCC951  GGAAAACTAC GCCGCCGTCC GGTTTATCGT CGTATCGTGT ATGCTGCCGC1001  CGCTGTTTTG CACGCTGGCG GAAATCAGCG GCATCGGTTT GAACGTCGTC1051  CGCAAAACGC GCCCGATCGC GCTCGCCACC TTGGGCGCGC TGGCGGCAAA1101  CCTGCTGCTG CTGGGGCTTG CCGTGCCGTC CGGCGGCGCG CGCGGGCGCG1151  CGGTTGCCTG TGCCGCCTCA TTCTGGCTGT TTTTTGCCTT CAAGACCGAA1201  AGCTCCTGCC GCCTGTGGCA GCCGCTCAAA CGCCTGCCGC TTTATCTGCA1251  CACATTGTTC TGCCTGACCT CCTCGGCGGC CTACACCTGC TTCGGCACGC1301  CGGCAAACTA TCCCCTGTTT GCCGGCGTAT GGGCGGCATA TCTGGCAGGC1351  TGCATCCTGC GCCACCGGAA AGATTTGCAC AAACTGTTTC ATTATTTGAA1401  AAAACAAGGT TTCCCATTAT GA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 318；ORF10-1>:1  MDTKEILGYA AGSIGSAVLA VTILPLLSWY FPADDIGRIV LMQTAAGLTV51  SVLCLGLDQA YVREYYATAD KDTLFKTLFL PPLLSAAAIA ALLLSRPSLP101  SEILFSLDDA AAGIGLVLFF LSFLPIRFLL LVLRMEGRAL AFSSAQLVPK151  LAILLLLPLT VGLLHFPANT AVLTAVYALA NLAAAAFLLF QNRCRLKAVR201  HAPFSPAVLH RGLRYGIPIA LSSIAYWGLA SADRLFLKKY AGLEQLGVYS251  MGISFGGAAL LFQSIFSTVW TPYIFRAIEE NAPPARLSAT AESAAALLAS301  ALCLTGIFSP LASLLLPENY AAVRFIVVSC MLPPLFCTLA EISGIGLNVV351  RKTRPIALAT LGALAANLLL LGLAVPSGGA RGAAVACAAS FWLFFAFKTE401  SSCRLWQPLK RLPLYLHTLF CLTSSAAYTC FGTPANYPLF AGVWAAYLAG451  CILRHRKDLH KLFHYLKKQG FPL*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
预计
预计ORF10-1是一种整合膜蛋白的前体，因为它包含几个(12-13个)潜在跨膜片段，以及一个可能的可断裂信号肽。
与唾液链球菌嗜热亚种的EpsM(登录号为U40830)的同源性
ORF10显示出与唾液链球菌嗜热亚种的epsM基因同源，该基因编码的蛋白质大小与ORF10相似，并涉及外多糖的合成。它还与原核生物膜蛋白有其它同源性：询问：213 LRYGIPLALSSLAYWGLASADRLFLKKYAGLEQLGVYSMGISFGGAALLLQSIFSTVW  270
       L Y +PL  SS+ +W L ++ R F+  + G    G+ ++         +  +IF+  W目标：210 LYYALPLIPSSILWWLLNASSRYFVLFFLGAGANGLLAVATKIPSIISIFNTIFTQAW  267相同性=15/57(26％)，阳性=31/57(54％)询问：   7  LGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQAYVR  63
         L +  G++GS +L  +++PL ++     + G   L QT A L + ++ + +  A +R目标：   12 LVFTIGNLGSKLLVFLLVPLYTYAMTPQEYGMADLYQTTANLLLPLIT~NVFDATLR  68
相同性=16/96(16％)，阳性=36/96(37％)
询问：307 IFSPLASLLLPENYAAVRFTVVSCMLPPLFYTLTEISGIGLNVVRKTRPIXXXXXXXXXX 366
             +  P+   ++  +YA+    V   ML  LF + ++  G      ++T+ +
目标：305 VLKPIVEKVVSSDYASSWQYVPFFMLSMLFSSFSDFFGTNYIAAKQTKGVFMTSIYGTIV 364
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF10显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF10a)在重叠的475个氨基酸内有95.4％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf10.pep    MDTKEILXYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
         ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf10a       MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf10.pep    YVREYYATADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
         |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf10a       YVREYYAAADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf10.pep    LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLXPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
         |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||orf10a       LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVSKLAILLLLPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf10.pep    NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRHAPFSPAVLHRGXRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
         ||||||||||||||||||||:|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||orf10a       NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRRAPFSSAVLHRGLRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf10.pep    AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEENAPPARLSATAESAAALLAS
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||orf10a       AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEANAPPARLSATAESAAALLAS
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf10.pep    ALCXTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMXPPLFCTLAEISGIGLNVVRKTRPIALAT
         ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||:||||||||||||||||||||orf10a       ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMLPPLFCTLVEISGIGLNVVRKTRPIALAT
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       419orf10.pep    LGALAANLLLLGLDRAVPAR-PXGAAVACAASFWLFFAFKTESSCRLWQPLKRLPLYLHT
         |||||||||||||  |||:    ||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||orf10a       LGALAANLLLLGL--AVPSGGARGAAVACAASFWLFFVFKTESSCRLWQPLKRLPLYMHT
                370         380       390       400       410
       420       430       440       450       460       470orf10.pep    LFCLTSSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
         ||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||orf10a       LFCLASSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAVYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
        420       430       440       450       460       470全长ORF10a核苷酸序列<SEQ ID 319>是：
1 ATGGACACAA AAGAAATCCT CGGCTACGCG GCAGGCTCGA TCGGCAGCGC  51  GGTTTTAGCC GTCATCATCC TGCCGCTGCT GTCGTGGTAT TTCCCTGCCG101  ACGACATCGG ACGCATCGTG CTGATGCAGA CGGCGGCGGG GCTGACGGTG151  TCGGTGTTGT GCCTCGGGCT GGATCAGGCA TACGTCCGCG AATACTATGC201  CGCCGCCGAC AAAGACACTT TGTTCAAAAC CCTGTTCCTG CCGCCGCTGC251  TGTCTGCCGC CGCGATAGCC GCCCTGCTGC TTTCCCGCCC ATCCCTGCCG301  TCTGAAATCC TGTTTTCGCT CGACGATGCC GCCGCCGGCA TCGGGCTGGT351  GCTGTTTGAA CTGAGCTTCC TGCCCATCCG CTTTCTCTTA CTGGTTTTGC401  GTATGGAAGG ACGCGCCCTT GCCTTTTCGT CCGCGCAACT CGTGTCCAAG451  CTCGCCATCC TGCTGCTGCT GCCGCTGACG GTCGGGCTGC TGCACTTTCC501  GGCGAACACC GCCGTCCTGA CCGCCGTTTA CGCGCTGGCA AACCTTGCCG551  CCGCCGCCTT TTTGCTGTTT CAAAACCGAT GCCGTCTGAA GGCCGTCCGG601  CGCGCACCGT TTTCATCCGC CGTCCTGCAT CGCGGCCTGC GCTACGGCAT651  ACCGATCGCA CTAAGCAGCA TCGCCTATTG GGGGCTGGCA TCCGCCGACC701  GTTTGTTCCT GAAAAAATAT GCCGGCCTAG AACAGCTCGG CGTTTATTCG751  ATGGGTATTT CGTTCGGCGG AGCGGCATTA TTGTTCCAAA GCATCTTTTC801  AACGGTCTGG ACACCGTATA TTTTCCGCGC AATCGAAGCA AACGCCCCGC851  CCGCCCGCCT CTCGGCAACG GCAGAATCCG CCGCCGCCCT GCTTGCCTCC901  GCCCTCTGCC TGACCGGCAT TTTCTCGCCC CTCGCCTCCC TCCTGCTGCC951  GGAAAACTAC GCCGCCGTCC GGTTTATCGT CGTATCGTGT ATGCTGCCTC1001  CGCTGTTTTG CACGCTGGTA GAAATCAGCG GCATCGGTTT GAACGTCGTC1051  CGAAAAACAC GCCCGATCGC GCTCGCCACC TTGGGCGCGC TGGCGGCAAA1101  CCTGCTGCTG CTGGGGCTTG CCGTACCGTC CGGCGGCGCG CGCGGCGCGG1151  CGGTTGCCTG TGCCGCCTCA TTTTGGCTGT TTTTTGTTTT CAAGACCGAA1201  AGCTCCTGCC GCCTGTGGCA GCCGCTCAAA CGCCTGCCGC TTTATATGCA1251  CACATTGTTC TGCCTGGCCT CCTCGGCGGC CTACACCTGC TTCGGCACTC1301  CGGCAAACTA CCCCCTGTTT GCCGGCGTAT GGGCGGTATA TCTGGCAGGC1351  TGCATCCTGC GCCACCGGAA AGATTTGCAC AAACTGTTTC ATTATTTGAA1401  AAAACAAGGT TTCCCATTAT GA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 320>:1  MDTKEILGYA AGSIGSAVLA VIILPLLSWY FPADDIGRIV LMQTAAGLTV51  SVLCLGLDQA YVREYYAAAD KDTLFKTLFL PPLLSAAAIA ALLLSRPSLP101  SEILFSLDDA AAGIGLVLFE LSFLPIRFLL LVLRMEGRAL AFSSAQLVSK151  LAILLLLPLT VGLLHFPANT AVLTAVYALA NLAAAAFLLF QNRCRLKAVR201  RAPFSSAVLH RGLRYGIPIA LSSIAYWGLA SADRLFLKKY AGLEQLGVYS251  MGISFGGAAL LFQSIFSTVW TPYIFRAIEA NAPPARLSAT AESAAALLAS301  ALCLTGIFSP LASLLLPENY AAVRFIVVSC MLPPLFCTLV EISGIGLNVV351  RKTRPIALAT LGALAANLLL LGLAVPSGGA RGAAVACAAS FWLFFVFKTE401  SSCRLWQPLK RLPLYMHTLF CLASSAAYTC FGTPANYPLF AGVWAVYLAG451  CILRHRKDLH KLFHYLKKQG FPL*ORF10a和ORF10-1显示在475个氨基酸的重叠区内有95.4％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60oTf10-1.pep    MDTKEILXYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf10a         MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf10-1.pep    YVREYYATADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
           |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf10a         YVREYYAAADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf10-1.pep    LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLXPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
           |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||orf10a         LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVSKLAILLLLPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf10-1.pep  NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRHAPFSPAVLHRGXRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
         ||||||||||||||||||||:|||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||orf10a       NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRRAPFSSAVLHRGLRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf10-1.pep  AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEENAPPARLSATAESAAALLAS
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||orf10a       AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEANAPPARLSATAESAAALLAS
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf10-1.pep  ALCXTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMXPPLFCTLAEISGIGLNVVRKTRPIALAT
         ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||:||||||||||||||||||||orf10a       ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMLPPLFCTLVEISGIGLNVVRKTRPIALAT
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       419orf10-1.pep  LGALAANLLLLGLDRAVPAR-PXGAAVACAASFWLFFAFKTESSCRLWQPLKRLPLYLHT
         |||||||||||||  |||:    ||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||orf10a       LGALAANLLLLGL--AVPSGGARGAAVACAASFWLFFVFKTESSCRLWQPLKRLPLYMHT
                370         380       390       400       410
       420       430       440       450       460       470orf10-1.pep  LFCLTSSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
         ||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||orf10a       LFCLASSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAVYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
        420       430       440       450       460       470
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF10显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF10.ng)在重叠的475个氨基酸内有94.1％的相同性：orf10ng.pep  MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA  60
         ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf10nm      MDTKEILXYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA  60orf10ng.pep  YVREYYAAADKDTLFKTLFLPPLLFSAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE  120
         |||||||:|||||||||||||||| :||||||||||||||||||||||||||||||||||orf10nm      YVREYYATADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE  120orf10ng.pep  LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLLPLTVGLLHFPANTSVLTAVYALA  180
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|||||||||orf10nm      LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLXPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA  180orf10ng.pep  NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRRAPFSPAVLHRGLRYGIPLALSSLAYWGLASADRLFLKKY  240
         ||||||||||||||||||||:||||||||||| |||||:||||:||||||||||||||||orf10nm      NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRHAPFSPAVLHRGXRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY  240orf10ng.pep  AGLEQLGVYSMGISFGGAALLLQSIFSTVWTPYIFRAIEENATPARLSATAESAAALLAS  300
         |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||orf10nm      AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEENAPPARLSATAESAAALLAS  300orf10ng.pep  ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFTVVSCMLPPLFYTLTEISGIGLNVVRKTRPIALAT  360
         ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||:||||||||||||||||||||orf10nm      ALCXTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMXPPLFCTLAEISGIGLNVVRKTRPIALAT  360
                370         380       390       400       410orf10ng.pep  LGALAANLLLLGL--AVPSGGTRGAAVACAASFWLFFVFKTESSCRLWQPLKRLPLYMHT
         |||||||||||||  |||:    ||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||orf10nm      LGALAANLLLLGLDRAVPAR-PXGAAVACAASFWLFFAFKTESSCRLWQPLKRLPLYLHT
                370       380        390       400       410
        420       430       440       450       460       470orf10ng.pep  LFCLASSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKNLHKLFHYLKKQGFPLX
         ||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||orf10nm      LFCLTSSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
       420       430       440       450       460       470全长ORF10ng核苷酸序列<SEQ ID 321>是：1  ATGGACACAA AAGAAATCCT CGGCTACGCG GCAGGCTCGA TCGGCAGCGC51  GGTTTTAGCC GTCATCATCC TGCCGCTGCT GTCGTGGTAT TTCcccgCCG101  ACGACATCGG GCGCATCGTG CTGATGCAGA CGGCGGCGGG ACTGACGGTG151  TCGGTATTGT GCCTCGGGCT GGATCAGGCA TACGTCCGCG AATACTATGC201  CGCCGCCGAC AAAGACACTT TGTTCAAAAC CCTGTTCCTG CCGCCGCTGC251  TGTTTTCCGC CGCGATAGCC GCCCTGCTGC TTTCCCGCCC GTCCCTGCCG301  TCTGAAATCC TGTTTTCGCT CGACGATGCC GCCGCCGGCA TCGGGCTGGT351  GCTGTTTGAA CTGAGCTTCC TGCCCATCCG CTTTCTCTTA CTGGTTTTGC401  GTATGGAAGG GCGCGCCCTT GCCTTTTCGT CCGCGCAACT CGTGCCCAAA451  CTCGCCATTC TGCTGCTGTT GCCGCTGACG GTCGGGCTGC TGCACTTTCC501  GGCGAACACC TCCGTCCTGA CCGCCGTTTA CGCGCTGGCA AACCTTGCCG551  CCGCCGCCTT TTTGCTGTTT CAAAACCGAT GCCGTCTGAA GGCCGTCCGG601  CGCGCGCCGT TTTCGCCCGC CGTCCTGCAC CGGGGGCTGC GCTACGGCAT651  ACCGCTCGCA CTGAGCAGCC TTGCCTATTG GGGGCTGGCA TCCGCCGACC701  GTTTGTTCCT GAAAAAATAT GCGGGCCTGG AACAGCTCGG CGTTTATTCG751  ATGGGTATTT CGTTCGGCGG GGCGGCATTA TTGCTCCAAA GCATCTTTTC801  AACGGTCTGG ACACCGTATA TTTTCCGTGC AATCGAAGAA AACGCCACGC851  CCGCCCGCCT CTCGGCAACG GCAGAATCCG CCGCCGCCCT GCTTGCCTCC901  GCCCTCTGCC TGACCGGAAT TTTCTCGCCC CTCGCCTCCC TCCTGCTGCC951  GGAAAACTAC GCCGCCGTCC GGTTTACCGT CGTATCGTGT ATGCTGccgc1001  cgctGTTTTA CACGCTGACC GAAATCAGCG GCATCGGTTT GAACGTCGTC1051  CGCAAAACGC GTCCGATCGC GCTTGCCACC TTGGGCGCGC TGGCGGCAAA1101  CCTGCTGCTG CTGGGGCTTG CCGTACCGTC CGGCGGCACG CGCGGCGCGG1151  CGGTTGCCTG TGCCGCCTCA TTCTGGTTGT TTTTTGTTTT CAAGACAGAA1201  AGCTCCTGCC GCCTGTGGCA GCCGCTCAAA CGCCTGCCGC TTTATATGCA1251  CACATTGTTC TGCCTgGCCT CCTCGGCGGC CTACACCTGC TTCGGCACAC1301  CGGCAAACTA CCCcctgttt gccggcgtAT GGGCGGCATA TCTGGCAGGC1351  TGCATCCTGC GCCACCGGAA AAATTTGCAC AAACTGTTTC ATTATTTGAA1401  AAAACAAGGT TTCCCATTAT GA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 322>:1  MDTKEILGYA AGSIGSAVLA VIILPLLSWY FPADDIGRIV LMQTAAGLTV51  SVLCLGLDQA YVREYYAAAD KDTLFKTLFL PPLLFSAAIA ALLLSRPSLP101  SEILFSLDDA AAGIGLVLFE LSFLPIRFLL LVLRMEGRAL AFSSAQLVPK151  LAILLLLPLT VGLLHFPANT SVLTAVYALA NLAAAAFLLF QNRCRLKAVR201  RAPFSPAVLH RGLRYGIPLA LSSLAYWGLA SADRLFLKKY AGLEQLGYYS251  MGISFGGAAL LLQSIFSTVW TPYIFRAIEE NATPARLSAT AESAAALLAS301  ALCLTGIFSP LASLLLPENY AAVRFTVVSC MLPPLFYTLT EISGIGLNVV351  RKTRPIALAT LGALAANLLL LGLAVPSGGT RGAAVACAAS FWLFFVFKTE401  SSCRLWQPLK RLPLYMHTLF CLASSAAYTC FGTPANYPLF AGVWAAYLAG451  CILRHRKNLH KLFHYLKKQG FPL*ORF10ng和ORF10-1显示在473个氨基酸的重叠区内有96.4％的相同性：
                10        20         30        40        50        60orf10-1.pep MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf10ng-1   MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
                10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf10-1.pep  YVREYYATADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
         |||||||:|||||||||||||||| :||||||||||||||||||||||||||||||||||orf10ng-1    YVREYYAAADKDTLFKTLFLPPLLFSAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf10-1.pep  LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLLPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||orf10ng-1    LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLLPLTVGLLHFPANTSVLTAVYALA
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf10-1.pep  NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRHAPFSPAVLHRGLRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
         ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||:||||:||||||||||||||||orf10ng-1    NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRRAPFSPAVLHRGLRYGIPLALSSLAYWGLASADRLFLKKY
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf10-1.pep  AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEENAPPARLSATAESAAALLAS
         |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||orf10ng-1    AGLEQLGVYSMGISFGGAALLLQSIFSTVWTPYIFRAIEENATPARLSATAESAAALLAS
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf10-1.pep  ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMLPPLFCTLAEISGIGLNVVRKTRPIALAT
         ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||:||||||||||||||||||||orf10ng-1    ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFTVVSCMLPPLFYTLTEISGIGLNVVRKTRPIALAT
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       420orf10-1.pep  LGALAANLLLLGLAVPSGGARGAAVACAASFWLFFAFKTESSCRLWQPLKRLPLYLHTLF
         |||||||||||||||||||:|||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||||orf10ng-1    LGALAANLLLLGLAVPSGGTRGAAVACAASFWLFFVFKTESSCRLWQPLKRLPLYMHTLF
                370       380       390       400       410       420
                430       440       450       460       470orf10-1.pep  CLTSSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKGGFPLX
         ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||orf10ng-1    CLASSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKNLHKLFHYLKKQGFPLX
                430       440       450       460       470
根据该分析结果(包括存在一个推定的前导肽和几个跨膜片段，以及存在一个亮氨酸拉链基序(相隔6个氨基酸的4个Leu残基，用粗体表示))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例45
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 323>:1  ..ATCCTGAAAC CGCATAACCA GCTTAAGGAA GACATCCAAC CTGATCCGGC51    CGATCAAAAC GCCTTGTCCG AACCGGATGC TGCGACAGAG GCAGAGCAGT101    CGGATGCGGA AAATGCTGCC GACAAGCAGC CCGTTGCCGA TAAAGCCGAC151    GAGGTTGAAG AAAAGGCGGG CGAGCCGGAA CGGGAAGAGC CGGACGGACA201    GGCAGTGCGT AAGAAAGCGC TGACGGAAGA GCGTGAACAA ACCGTCAGGG251  AAAAAGCGCA GAAGAAAGAT GCCGAAACGG TTAAAATACA AGCGGTAAAA301  CCGTCTAAAG AAACAGAGAA AAAAGCTTCA AAAGAAGAGA AAAAGGCGGC351  GAAGGAAAAA GTTGCACCCA AACCAACCCC GGAACAAATC CTCAACAGCG401  GCAgCATCGA AAAmGCGCGC AgTGCCGCCG CCAAAGAAGT GCAGAAAATG451  AA.AACGTCC GACAAGGCGG AAGC.AACGC ATTATCTGCA AATGGGCGCG501  TATGCCGACC GTCAGAGCGC GGAAGGGCAG CGTGCCAAAC TGGCAATCTT551  GGGCATATCT TCCAAGGTGG TCGGTTATCA GGCGGGACAT AAAACGCTTT601  ACCGGGTGCA AAGCGGCAAT ATGTCTGCCG ATGCGGTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 324；ORF65>:1..ILKPHNQLKE DIQPDPADQN ALSEPDAATE AEQSDAENAA DKQPVADKAD51  EVEEKAGEPE REEPDGQAVR KKALTEEREQ TVREKAQKKD AETVKIQAVK101  PSKETEKKAS KEEKKAAKEK VAPKPTPEQI LNSGSIEXAR SAAAKEVQKM151  XNVRQGGSXR IICKWARMPT VRARKGSVPN WQSWAYLPRW SVIRRDIKRF201  TGCKAAICLP MR*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 325>:1  ATGTTTATGA ACAAATTTTC CCAATCCGGA AAAGGTCTGT CCGGTTTTTT51  CTTCGGTTTG ATACTGGCGA CGGTCATTAT TGCCGGTATT TTGTTTTATC101  TGAACCAGAG CGGTCAAAAT GCGTTCAAAA TCCCGGCTTC GTCGAAGCAG151  CCTGCAGAAA CGGAAATCCT GAAACCGAAA AACCAGCCTA AGGAAGACAT201  CCAACCTGAA CCGGCCGATC AAAACGCCTT GTCCGAACCG GATGCTGCGA251  CAGAGGCAGA GCAGTCGGAT GCGGAAAAAG CTGCCGACAA GCAGCCCGTT301  GCCGATAAAG CCGACGAGGT TGAAGAAAAG GCGGGCGAGC CGGAACGGGA351  AGAGCCGGAC GGACAGGCAG TGCGTAAGAA AGCGCTGACG GAAGAGCGTG401  AACAAACCGT CAGGGAAAAA GCGCAGAAGA AAGATGCCGA AACGGTTAAA451  AAACAAGCGG TAAAACCGTC TAAAGAAACA GAGAAAAAAG CTTCAAAAGA501  AGAGAAAAAG GCGGCGAAGG AAAAAGTTGC ACCCAAACCA ACCCCGGAAC551  AAATCCTCAA CAGCGGCAGC ATCGAAAAAG CGCGCAGTGC CGCCGCCAAA601  GAAGTGCAGA AAATGAAAAC GTCCGACAAG GCGGAAGCAA CGCATTATCT651  GCAAATGGGC GCGTATGCCG ACCGTCAGAG CGCGGAAGGG CAGCGTGCCA701  AACTGGCAAT CTTGGGCATA TCTTCCAAGG TGGTCGGTTA TCAGGCGGGA751  CATAAAACGC TTTACCGGGT GCAAAGCGGC AATATGTCTG CCGATGCGGT801  GAAAAAAATG CAGGACGAGT TGAAAAAACA TGAAGTCGCC AGCCTGATCC851  GTYCTATCGA AAGCAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 326；ORF65-1>:1  MFMNKFSQSG KGLSGFFFGL ILATVIIAGI LFYLNQSGQN AFKIPASSKQ51  PAETEILKPK NQPKEDIQPE PADQNALSEP DAATEAEQSD AEKAADKQPV101  ADKADEVEEK AGEPEREEPD GQAVRKKALT EEREQTVREK AQKKDAETVK151  KQAVKPSKET EKKASKEEKK AAKEKVAPKP TPEQDLNSGS IEKARSAAAK201  EVQKMKTSDK AEATHYLQMG AYADRQSAEG QRAKLAILGI SSKVVGYQAG251  HKTLYRVQSG NMSADAVKKM QDELKKHEVA SLIRSIESK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF65显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF65a)在重叠的150个氨基酸内有92.0％的相同性：
                                             10        20        30orf65.pep                                ILKPHNQLKEDIQPDPADQNALSEPDAATE
                                     ||||:|| ||:|||:|||||||||||||||orf65a     IIAGILFYLNQSGQNAFKIPVPSKQPAETEILKPKNQPKEDIQPEPADQNALSEPDAAKE
          30        40        50        60        70        80
               40        50        60        70        80        90orf65.pep  AEQSDAENAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPDGQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKD
       |||||||:|||||||||||||||||| |||||: |||||||||||||||||| |||||||orf65a     AEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKADEPEREKSDGQAVRKKALTEEREQTVGEKAQKKD
          90       100       110       120       130       140
                100       110       120       130       140       150orf65.pep    AETVKIQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKPTPEQILNSGSIEXARSAAAKEVQKM
         ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||orf65a       AETVKKQAVKPSKETE1KASKEEKKAEKEKVAPKPTPEQILNSGSIEKARSAAAKEVQKM
           150       160       170       180       190       200
                160       170       180       190       200       210orf65.pep    XNVRQGGSXRIICKWARMPTVRARKGSVPNWQSWAYLPRWSVIRRDIKRFTGCKAAICLPorf65a       KTPDKAEATHYLQMGAYADRRSAEGQRAKLAILGISSKVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSAD
           210       220       230       240       250       260全长ORF65a核苷酸序列<SEQ ID 327>是：1  ATGTTTATGA ACAAATTTTC CCAATGCGGA AAAGGTCTGT CCGGTTTTTT51  CTTCGGTTTG ATACTGGCGA CGGTCATTAT TGCCGGTATT TTGTTTTATC101  TGAACCAGAG CGGTCAAAAT GCGTTCAAAA TCCCGGTTCC GTCGAAGCAG151  CCTGCAGAAA CGGAAATCCT GAAACCGAAA AACCAGCCTA AGGAAGACAT201  CCAACCTGAA CCGGCCGATC AAAACGCCTT GTCCGAACCG GATGCTGCGA251  AAGAGGCAGA GCAGTCGGAT GCGGAAAAAG CTGCCGACAA GCAGCCCGTT301  GCCGACAAAG CCGACGAGGT TGAGGAAAAG GCGGACGAGC CGGAGCGGGA351  AAAGTCGGAC GGACAGGCAG TGCGCAAGAA AGCACTGACG GAAGAGCGTG401  AACAAACCGT CGGGGAAAAA GCGCAGAAGA AAGATGCCGA AACGGTTAAA451  AAACAAGCGG TAAAACCATC TAAAGAAACA GAGAAAAAAG CTTCAAAAGA501  AGAGAAAAAG GCGGAGAAGG AAAAAGTTGC ACCCAAACCG ACCCCGGAAC551  AAATCCTCAA CAGCGGCAGC ATCGAAAAAG CGCGCAGTGC CGCTGCCAAA601  GAAGTGCAGA AAATGAAAAC GCCCGACAAG GCGGAAGCAA CGCATTATCT651  GCAAATGGGC GCGTATGCCG ACCGCCGGAG CGCGGAAGGG CAGCGTGCCA701  AACTGGCAAT CTTGGGCATA TCTTCCAAGG TGGTCGGTTA TCAGGCGGGA751  CATAAAACGC TTTACCGGGT GCAAAGCGGC AATATGTCTG CCGATGCGGT801  GAAAAAAATG CAGGACGAGT TGAAAAAACA TGAAGTCGCC AGCCTGATCC851  GTTCTATCGA AAGCAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 328>:1  MFMNKFSQSG KGLSGFFFGL ILATVIIAGI LFYLNQSGQN AFKIPVPSKQ51  PAETEILKPK NQPKEDIQPE PADQNALSEP DAAKEAEQSD AEKAADKQPV101  ADKADEVEEK ADEPEREKSD GQAVRKKALT EEREQTVGEK AQKKDAETVK151  KQAVKPSKET EKKASKEEKK AEKEKVAPKP TPEQILNSGS IEKARSAAAK201  EVQKMKTPDK AEATHYLQMG AYADRRSAEG QRAKLAILGI SSKVVGYQAG251  HKTLYRVQSG NMSADAVKKM QDELKKHEVA SLIRSIESK*ORF65a和ORF65-1显示在289个氨基酸的重叠区内有96.5％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf65a.pep   MFMNKFSQSGKGLSGFFFGLILATVIIAGILFYLNQSGQNAFKIPVPSKQPAETEILKPK
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||: |||||||||||||orf65-1      MFMNKFSQSGKGLSGFFFGLILATVIIAGILFYLNQSGQNAFKIPASSKQPAETEILKPK
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf65a.pep   NQPKEDIQPEPADQNALSEPDAAKEAEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKADEPEREKSD
         ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||: |orf65-1      NQPKEDIQPEPADQNALSEPDAATEAEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPD
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf65a.pep   GQAVRKKALTEEREQTVGEKAQKKDAETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAEKEKVAPKP
         ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf65-1      GQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKDAETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKP
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf65a.pep   TPEQILNSGSIEKARSAAAKEVQKMKTPDKAEATHYLQMGAYADRRSAEGQRAKLAILGI
           ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||:||||||||||||||
orf65-1    TPEQILNSGSIEKARSAAAKEVQKMKTSDKAEATHYLQMGAYADRQSAEGQRAKLAILGI
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290
orf65a.pep SSKVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSADAVKKMQDELKKHEVASLIRSIESKX
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf65-1    SSKVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSADAVKKMQDELKKHEVASLIRSIESKX
                  250       260       270       280       290
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF65显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF65.ng)在重叠的212个氨基酸内有89.6％的相同性：
                30        40        50        60        70        80
ORF65ng IIAGILLYLNQGGQNAFKIPAPSKQPAETEILKLKNQPKEDIQPEPADQNALSEPDVAKE
                                         ||| :||| |||||:|||||||||||:| |
ORF65                                    ILKPHNQLKEDIQPDPADQNALSEPDAATE
                                                  10        20       30
                90       100       110       120       130       140
ORF65ng AEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPDGQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKD
           |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0RF65      AEQSDAENAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPDGQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKD
                    40        50        60        70        80        90
               150       160       170       180       190       200
0RF65ng AETVKKKAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKPTPEQILNSRSIEKARSAAAKEVQKM
           |||||: ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
ORF65      AETVKIQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKPTPEQILNSGSIEXARSAAAKEVQKM
                   100       110       120       130       140       150
               210       220       230       240       250       260
ORF65ng KNFGQGGSQRIICKWARMPNPGARKGSVPNWQSWAYLPKWSAIRRDIKRFTACKAAICPP
            |  |||| ||||||||||:  ||||||||||||||||:||:||||||||||:|||||  |
ORF65      XNVRQGGSXRIICKWARMPTVRARKGSVPNWQSWAYLPRWSVIRRDIKRFTGCKAAICLP
              160       170       180       190       200       210
ORF65ng    MR
           ||
ORF65      MR
预计An ORF65ng核苷酸序列<SEQ ID 329>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 330>:1  MFMNKFSQSG KGLSGFFFGL ILATVIIAGI LLYLNQGGQN AFKIPAPSKQ51  PAETEILKLK NQPKEDIQPE PADQNALSEP DVAKEAEQSD AEKAADKQPV101  ADKADEVEEK AGEPEREEPD GQAVRKKALT EEREQTVREK AQKKDAETVK1S1  KKAVKPSKET EKKASKEEKK AAKEKVAPKP TPEQILNSRS IEKARSAAAK201  EVQ1MKNFGQ GGSQRIICKW ARMPNPGARK GSVPNWQSWA YLPKWSAIRR251  DIKRFTACKA AICPPMR*进一步分析后，发现此完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 331>是：1  ATGTTTATGA ACAAATTTTC CCAATCCGGA AAAGGTCTGT CCGGTTTCTT51  CTTCGGTTTG ATACTGGCAA CGGTCATTAT TGCCGGTATT TTGCTTTATC101  TGAACCAGGG CGGTCAAAAT GCGTTCAAAA TCCCGGCTCC GTCGAAGCAG151  CCTGCAGAAA CGGAAATCCT GAAACTGAAA AACCAGCCTA AGGAAGACAT201  CCAACCTGAA CCGGCCGATC AAAACGCCTT GTCCGAACCG GATGTTGCGA251  AAGAGGCAGA GCAGTCGGAT GCGGAAAAAG CTGCCGACAAG CAGCCCGTT301  GCCGACAAag ccgacgAGGT TGAAGAAAag GcGGgcgAgc cggaACGGga351  aGAGCCGGAC ggACAGGCAG TGCGCAAGAA AGCACTGAcg gAAGAgcGTG401  AACAAACcgt cagggAAAAA GCGCagaaga AAGATGCCGA AACGgTTAAA451  AAacaaCCgg tAaaaccgtc tAAAGAAACa gagaaaaaag cTtcaaaaga501  agagaaaaag gcggcgaaag aaaAAGttgc acccaaaccg accccggaaC551  aaatcctcaa cagccgCagc atcgaaaaag cgcgtagtgc cgctgccaaa601  gaAgtgcaGA AAatgaaaaa ctTtgggcaa ggcgGaagcc aacgcattaT651  CTGcaaatgg gcgcgtatgc cgaccgtccg gagcgcggaA gggcagcgtg701  ccaaACtggc aAtcttgGgc atatctTccg aagtggtcgG CTATCAGGCG751  GGACATAAAA CGCTTTACCG CGTGCAAagc GGCAatatgt ccgccgatgc801  gGTGAAAAAA AGTTGAAAAA GCATGGGGtt gcCAGCCTGA851  TCCGTGcgAT TGAAGGCAAA TAA它编码下列氨基酸序列<SEQ ID 332>:1  MFMNKFSQSG KGLSGFFFGL ILATVIIAGI LLYLNQGGQN AFKIPAPSKQ51  PAETEILKLK NQPKEDIQPE PADQNALSEP DYAKEAEQSD AEKAADKQPV101  ADKADEVEEK AGEPEREEPD GQAYRKKALT EEREQTVREK AQKKDAETVK151  KQAVKPSKET EKKASKEEKK AAKEKVAPKP TPEQILNSRS IEKARSAAAK201  EVQKMKNFGQ GGSQRIICKW ARMPTVRSAE GQRAKLAILG ISSEVVGYQA251  GHKTLYRVQS GNMSADAVKK MQDELKKHGV ASLIRAIEGK *ORF65ng-1和ORF65-1显示在290个氨基酸的重叠区内有89.0％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf65-1.pep  MFMNKFSQSGKGLSGFFFGLILATVIIAGILFYLNQSGQNAFKIPASSKQPAETEILKPK
         |||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||||| ||||||||||| |orf65ng-1    MFMNKFSQSGKGLSGFFFGLILATVIIAGILLYLNQGGQNAFKIPAPSKQPAETEILKLK
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf65-1.pep  NQPKEDIQPEPADQNALSEPDAATEAEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPD
         |||||||||||||||||||||:| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf65ng-1    NQPKEDIQPEPADQNALSEPDVAKEAEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPD
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf65-1.pep  GQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKDAETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKP
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf65ng-1    GQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKDAETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKP
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       239orf65-1.pep  TPEQILNSGSIEKARSAAAKEVQKMKTSDKAEATHYL-QMGAYADRQSAEGQRAKLAILG
         ||||||||||||||||||||||||||:  :: : : : : : : :|||||||||||||||orf65ng-1    TPEQILNSRSIEKARSAAAKEVQKMKNFGQGGSQRIICKWARMPTVRSAEGQRAKLAILG
                190       200       210       220       230       240
       240       250       260       270       280       290orf65-1.pep  ISSKVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSADAVKKMQDELKKHEVASLIRSIESKX
         |||:|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||:||:||orf65ng-1    ISSEVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSADAVKKMQDELKKHGVASLIRAIEGKX
                250       260       270       280       290
根据该结果，包括淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例46
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 333>:1  ATGAACCACG ACATCACTTT CCTCACCCTG TTCCTACTCG GTkTCTTCGG51  CGGAAcGCAC TGCATCGGTA TGTGCGGCGG ATTAAGCAGC GcGTTTGs.s101  TCCAACTCCC CCCGCATATC AACCGCTTTT GGCTGATCCT GCTGCTTAAC151  ACAGGACGGG TAAGCAGCTA TACGGCAAtC GGCCTGATAC TCGGATTAAT201  CGGACAGGTC GGCGTTTCAC TCGAcCAaAC CCGCGTCCTG CAGAATATTT251  TATACACGGC CGCCAACCTC CTGCTGCTCT TTTTAGGCTT ATACTTGAGC301  GGTATTTCTT CCTTGGCGGC AAAAATCGAG AAaATCGGCA AACCGATATG351  GCGGAACCTG AACCCGATAC TCAACCGGCT GTTACCCATA AAATCCATAC401  CCGCCTGCCT tGCGgTCGGA ATATTATGGG GCTGGCTGCC GTGCGGACTG451  GTTTACAGCG CGTCGCTTTA CGCGCTGGGA AgCGGTAGTG CGGCAACGGG501  CGGGTTATAT ATGCTTGCCT TTGCACTGGG TACGCTGCCC AATCTTtTAG551  CAATCGGCAT TTTtTCCCTG CAACTGAAwA AAATCATGCA AAACCGATAT601  ATCCGCCTGT GTACGGGATT ATCCGTATCA TTATGGGCAT TATGGAAACT651  TGCCGTCCTG TGGCTGTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 334；ORF103>:1  MNHDITFLTL FLLGXFGGTH CIGMCGGLSS AFXXQLPPHI NRFWLILLLN51  TGRVSSYTAI GLILGLIGQV GVSLDQTRVL QNILYTAANL LLLFLGLYLS101  GISSLAAKIE KIGKPIWRNL NPILNRLLPI KSIPACLAVG ILWGWLPCGL151  VYSASLYALG SGSAATCGLY MLAFALGTLP NLLAIGIFSL QLXKIMQNRY201  IRLCTGLSVS LWALWKLAVL WL*进一步的工作详细描述了该DNA序列<SEQ ID 335>:1  ATGAACCACG ACATCACTTT CCTCACCCTG TTCCTACTCG GTTTCTTCGG51  CGGAACGCAC TGCATCGGTA TGTGCGGCGG ATTAAGCAGC GCGTTTGCGC101  TCCAACTCCC CCCGCATATC AACCGCTTTT GGCTGATCCT GCTGCTTAAC151  ACAGGACGGG TAAGCAGCTA TACGGCAATC GGCCTGATAC TCGGATTAAT201  CGGACAGGTC GGCGTTTCAC TCGACCAAAC CCGCGTCCTG CAGAATATTT251  TATACACGGC CGCCAACCTC CTGCTGCTCT TTTTAGGCTT ATACTTGAGC301  GGTATTTCTT CCTTGGCGGC AAAAATCGAG AAAATCGGCA AACCGATATG351  GCGGAACCTG AACCCGATAC TCAACCGGCT GTTACCCATA AAATCCATAC401  CCGCCTGCCT TGCGGTCGGA ATATTATGGG GCTGGCTGCC GTGCGGACTG451  GTTTACAGCG CGTCGCTTTA CGCGCTGGGA AGCGGTAGTG CGGCAACGGG501  CGGGTTATAT ATGCTTGCCT TTGCACTGGG TACGCTGCCC AATCTTTTAG551  CAATCGGCAT TTTTTCCCTG CAACTGAAAA AAATCATGCA AAACCGATAT601  ATCCGCCTGT GTACGGGATT ATCCGTATCA TTATGGGCAT TATGGAAACT651  TGCCGTCCTG TGGCTGTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 336；ORF103-1>:1  MNHDITFLTL FLLGFFGGTH CIGMCGGLSS AFALQLPPHI NRFWLILLLN51  TGRVSSYTAI GLILGLIGQV GVSLDQTRVL QNILYTAANL LLLFLGLYLS101  GISSLAAKIE KIGKPIWRNL NPILNRLLPI KSIPACLAVG ILWGWLPCGL151  VYSASLYALG SGSAATGGLY MLAFALGTLP NLLAIGIFSL QLKKIMQNRY201  IRLCTGLSVS LWALWKLAVL  WL*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF103显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF103.a)在重叠的222个氨基酸内有93.8％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf103.pep MNHDITFLTLFLLGXFGGTHCIGMCGGLSSAFXXQLPPHINRFWLILLLNTGRVSSYTAI
       || ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||orf103a    MNXDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRXWLILLLNTGRVSSYTAI
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf103.pep GLILGLIGQVGVSLDQTRVLQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf103a    GLILGLIGQVGVSLDQTRVXQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf103.pep NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf103a    NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220orf103.pep NLLAIGIFSLQLXKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf103a    NLXAIGIFSLQLXKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
              190       200       210       220全长ORF103a核苷酸序列<SEQ ID 337>是：1  ATGAACCANG ACATCACTTT CCTCACCCTG TTCCTACTCG GTTTCTTCGG51  CGGAACGCAC TGCATCGGTA TGTGCGGCGG ATTAAGCAGC GCGTTTGCGC101  TCCAACTCCC CCCGCATATC AACCGCTTNT GGCTGATCCT GCTGCTTAAC151  ACAGGACGGG TAAGCAGCTA TACGGCAATC GGCCTGATAC TCGGATTAAT201  CGGACAGGTC GGCGTTTCAC TCGACCAAAC CCGCGTCNTG CAGAATATTT251  TATACACGGC CGCCAACCTC CTGCTGCTCT TTTTAGGCTT ATACTTGAGC301  GGTATTTCTT CCTTGGCGGC AAAAATCGAG AAAATCGGCA AACCGATATG351  GCGGAACCTG AACCCGATAC TCAACCGGCT GTTACCCATA AAATCCATAC401  CCGCCTGCCT TGCGGTCGGA ATATTATGGG GCTGGCTGCC GTGCGGACTA451  GTTTACAGCG CGTCGCTTTA CGCGCTGGGA AGCGGTAGTG CGGCAACGGG501  CGGGTTATAT ATGCTTGCCT TTGCACTGGG TACGCTGCCC AATCTTTNGG551  CAATCGGCAT TTTTTCCCTG CAACTGNAAA AAATCATGCA AAACCGATAT601  ATCCGCCTGT GTACGGGATT ATCCGTATCA TTATGGGCAT TATGGAAACT651  TGCCGTCCTG TGGCTGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 338>:1  MNXDITFLTL FLLGFFGGTH CIGMCGGLSS AFALQLPPHI NRXWLILLLN51  TGRVSSYTAI GLILGLIGQV GVSLDQTRVX QNILYTAANL LLLFLGLYLS101  GISSLAAKIE KIGKPIWRNL NPILNRLLPI KSIPACLAVG ILWGWLPCGL151  VYSASLYALG SGSAATGGLY MLAFALGTLP NLXAIGIFSL QLXKIMQNRY201  IRLCTGLSVS LWALWKLAVL WL*ORF103a和ORF103-1显示在222个氨基酸的重叠区内有97.7％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf103a.pep    MNXDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRXWLILLLNTGRVSSYTAI
           || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||orf103-1       MNHDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRFWLILLLNTGRVSSYTAI
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf103a.pep    GLILGLIGQVGVSLDQTRVXQNDLYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
           ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf103-1       GLILGLIGQVGVSLDQTRVLQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf103a.pep    NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf103-1       NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220orf103a.pep    NLXAIGIFSLQLXKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
           || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||orf103-1       NLLAIGIFSLQLKKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
               190        200        210        220
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF103显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF103.ng)在重叠的222个氨基酸内有95.5％的相同性：orf103.pep  MNHDITFLTLFLLGXFGGTHCIGMCGGLSSAFXXQLPPHINRFWLILLLNTGRVSSYTAI  60
        |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||:||||||orf103ng    MNHDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRFWLILLLMTGRISSYTAI  60orf103.pep  GLILGLIGQVGVSLDQTRVLQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL  120
        ||:||||||:|:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||orf103ng    GLMLGLIGQLGISLDQTRVLQNILYTASNLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL  120orf103.pep  NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP  180
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||orf103ng    NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSATTGGLYMLAFALGTLP  180orf103.pep  NLLAIGIFSLQLXKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWL 222
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||orf103ng    NLLAIGIFSLQLKKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWL 222全长ORF103ng核苷酸序列<SEQ ID 339>是：1  ATGAACCACG ACATCACTTT CCTCACCCTG TTCCTGCTCG GTTTCTTCGG51  CGGAACTCAC TGCATCGGTA TGTGCGGCGG ATTAAGCAGC GCGTTTGCGC101  TCCAACTCCC CCCGCATATC AACCGCTTTT GGCTGATTCT GCTGCTTAAC151  ACAGGACGGA TAAGCAGCTA TACGGCAATC GGCCTGATGC TCGGATTAAT201  CGGACAACTC GGCATTTCAC TCGACCAAAc ccgcgTCCTG CAAAATATTT251  tatacacagc ctccaaCCTC CTGCTGCTCT TTTTAGGCTT ATACTTGAGC301  GGTATTTCTT CCTTGGCGGC AAAAATCGAG AAAATCGGCA AACCGATATG351  GCGCAACCTG AACCCGATAC TCAACCGGCT GCTGCCCATA AAATCCATAC401  CCGCCTGCCT TGCTGTCGGA ATATTATGGG GCTGGCTGCC GTGCGGACTG451  GTTTACAGCG CATCACTTTA CGCGCTGGGA AGCGGTAGTG CGACAACCGG501  CGGACTGTAT ATGCTTGCCT TTGCACTGGG TACGCTGCCC AATCTTTTGG551  CAATCGGCAT TTTTTCCCTG CAACTGAAAA AAATCATGCA AAACCGATAT601  ATCCGCCTGT GTACAGGATT ATCCGTATCA TTATGGGCAT TATGGAAGCT651  TGCCGTCCTG TGGCTGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 340>:1  MNHDITFLTL FLLGFFGGTH CIGMCGGLSS AFALQLPPHI NRFWLILLLN51  TGRISSYTAI GLMLGLIGQL GISLDQTRVL QNILYTASNL LLLFLGLYLS101  GISSLAAKIE KIGKPIWRNL NPLNRLLPI KSIPACLAVG ILWGWLPCGL151  VYSASLYALG SGSATTGGLY MLAFALGTLP NLLAIGIFSL QLKKIMQNRY201  IRLCTGLSVS LWALWKLAVL WL*
另外，ORF103ng和ORF103-1显示在222个氨基酸的重叠区内有97.3％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf103-1.pep  MNHDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRFWLILLLNTGRVSSYTAI
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||orf103ng      MNHDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRFWLILLLNTGRISSYTAI
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf103-1.pep  GLILGLIGQVGVSLDQTRVLQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
          ||:||||||:|:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||orf103ng      GLMLGLIGQLGISLDQTRVLQNILYTASNLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
                  70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf103-1.pep NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||orf103ng     NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSATTGGLYMLAFALGTLP
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220orf103-1.pep NLLAIGIFSLQLKKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf103ng     NLLAIGIFSLQLKKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
                190       200       210       220
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例47
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 341>:1  ATGGAAAACC AAAGGCCGCT CCTAGGCTTT CGCTTGGCAC TTTTGGCGGC51  GATGACGTGG GGAACGCTGC CGAT.TCCGT GCGGCAGGTA TTGAAGTTTG101  TCGATGCGCC GACGCTGGTG TGGGTGCGTT TTACCGTGGC GGCGGCGGTA151  TTGTTTGTTT TGCTGGCACT GGGCGGGCGG CTGCcGAAGC GGCGaGGATT201  TTTCTTGGTG CTCATTCAGG CTGCTGCTGC TCGGCGTGGC GGGCATTTCG251  GCAAACTTTG TGCTGATTGC CCAAGGGCTG CATTATATTT CGCCGACCAC301  GACGCAGGTT TTGTGGCAGA TTTCGCCGTT TACGATGATT GTwGTCGGTG351  TGTTGGTGTT TAAAGACCGG ATGACTGCCG CTCAGAAAAT CGGCTTGGTT401  TTGCTGCTTG CCGGTTTGCT TATGTATTTT AACGATAAAT TCGGCGAGTT451  GTCGGGTTTG GGCGCGTATG C.AAGGGCGT GTTGCTGTGT GCGGCAGGCA501  GTATGGCATG GGTGTGTAAT GCCGTGGCGC AAAAGCTGCT GTCGGCGCAA551  TTCGGGCCGC AACAGATTCT GCTGTTGATT TATGCGGCAA GTGCCGCCGT601  GTTCCTGCCG TTTGCCGAAC CGGCACACAT CGGAAGTATG GACGGTACGT651  TGGCGTGGGT ATGTATTGCG TATTGCTGCT TGAATACGTT AATCGGTTAC701  GGCTCGTTCG GCGAGGCGTT GAAACATTGG GAGGCTTCCA AAGTCAGCGC751  GGTAACAACC TTGCTCCCCG TGTTTACCGT AATAAATACT TTGCTCGGGC801  ATTATGTGAT GCCTGAAACT TTTGCCGCGC CGGA..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 342；ORF104>:1  MENQRPLLGF RLALLAAMTW GTLPXSVRQV LKFVDAPTLV WVRFTVAAAV51  LFVLLALGGR LPKRRDFSWC SFRLLLLGVA GISANFVLIA QGLHYISPTT101  TQVLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTAAQKI GLVLLLAGLL MYFNDKFGEL151  SGLGAYXKGV LLCAAGSMAW VCNAVAQKLL SAQFGPQQIL LLIYAASAAV201  FLPFAEPAHI GSMDGTLAWV CIAYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASKVSA251  VTTLLPVFTV INTLLGHYVM PETFAAP...进一步的工作进一步揭示了部分DNA序列<SEQ ID 343>:1  ATGGAAAACC AAAGGCCGCT CCTAGGCTTC GCGTTGGCAC TTTTGGCGGC51  GATGACGTGG GGAACGCTGC CGATTGCCGT GCGGCAGGTA TTGAAGTTTG101  TCGATGCGCC GACGCTGGTG TGGGTGCGTT TTACCGTGGC GGCGGCGGTA151  TTGTTTGTTT TGCTGGCACT GGGCGGGCGG CTGCCGAAGC GGCGGGATTT201  TTCTTGGTGC TCATTCAGGC TGCTGCTGCT CGGCGTGGCG GGCATTTCGG251  CAAACTTTGT GCTGATTGCC CAAGGGCTGC ATTATATTTC GCCGACCACG301  ACGCAGGTTT TGTGGCAGAT TTCGCCGTTT ACGATGATTG TTGTCGGTGT351  GTTGGTGTTT AAAGACCGGA TGACTGCCGC TCAGAAAATC GGCTTGGTTT401  TGCTGCTTGC CGGTTTGCTT ATGTTTTTTA ACGATAAATT CGGCGAGTTG451  TCGGGTTTGG GCGCGTATGC GAAGGGCGTG TTGCTGTGTG CGGCAGGCAG501  TATGGCATGG GTGTGTTATG CCGTGGCGCA AAAGCTGCTG TCGGCGCAAT551  TCGGGCCGCA ACAGATTCTG CTGTTGATTT ATGCGGCAAG TGCCGCCGTG601  TTCCTGCCGT TTGCCGAACC GGCACACATC GGAAGTTTGG ACGGTACGTT651  GGCGTGGGTT TGTTTTGCGT ATTGCTGCTT GAATACGTTA ATCGGTTACG701  GCTCGTTCGG CGAGGCGTTG AAACATTGGG AGGCTTCCAA AGTCAGCGCG751  GTAACAACCT TGCTCCCCGT GTTTACGGTA ATAwTwwCTT TGCTCGGGCA801  TTATGTGATG CCTGAAACTT  TTGCCGCGCC  GGA...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 344；ORF104-1>:1  MENQRPLLGF ALALLAAMTW GTLPIAVRQV LKFVDAPTLV WVRFTVAAAV51  LFVLLALGGR LPKRRDFSWC SFRLLLLGVA GISANFVLIA QGLHYISPTT101  TQVLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTAAQKI GLVLLLAGLL MFFNDKFGEL151  SGLGAYAKGV LLCAAGSMAW VCYAVAQKLL SAQFGPQQIL LLIYAASAAV201  FLPFAEPAHI GSLDGTLAWV CFAYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASKVSA251  VTTLLPVFTV IXXLLGHYVM PETFAAP...该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与假设的流感嗜血菌HI0878蛋白(登录号U32769)的同源性ORF104和HI0878显示在277个氨基酸的重叠区内有40％的氨基酸相同性：orf104  4   QRPLLGFRLALLAAMTWGTLPXSVRQVLKFVDAPTLVWXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXP- 62
        Q+PLLGF  AL+ AM WG+LP +++QVL  ++A T+VW                    PHI0878  3   QQPLLGFTFALITAMAWGSLPIALKQVLSVMNAQTIVWYRFIIAAVSLLALLAYKKQLPE 62orf104  63  --KRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF 120
          K R ++W    ++L+GV G+++NF+L +  L+YI P+  Q+   +S F M++ GVL+FHI0878  63  LMKVRQYAW----IMLIGVIGLTSNFLLFSSSLNYIEPSVAQIFIHLSSFGMLICGVLIF 118orf104  121 KDRMTAAQKIXXXXXXXXXXMYFNDKFGELSGLGAYXKGVLLCAAGSMAWVCNAVAQKLL 180
        K+++   QKI          ++FND+F   +GL  Y  GV+L   G++ WV   +AQKL+HI0878  119 KEKLGLHQKIGLFLLLIGLGLFFNDRFDAFAGLNQYSTGVILGVGGALIWVAYGMAQKLM 178orf104  181 SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSMDGTLAWVCIAYCCLNTLIGYGSFGEAL 240
          +F  QQILL++Y   A  F+P A+ + +  +   LA +C  YCCLNTLIGYGS+ EALHI0878  179 LRKFNSQQILLMMYLGCAIAFMPMADFSQVQELT-PLALICFIYCCLNTLIGYGSYAEAL 237orf104  241 KHWEASKVSAVTTLLPVFTVINTLLGHYVMPETFAAP 277
          W+ SKVS V TL+P+FT++ + + HY  P  FAAPHI0878  238 NRWDVSKVSVVITLVPLFTILFSHIAHYFSPADFAAP 274
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF104显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF104a)在重叠的277个氨基酸内有95.3％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf104.pep MENQRPLLGFRLALLAAMTWGTLPXSVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
       |||||||||| ||||||||||||| :||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104a    MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf104.pep LPKRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104a    LPKWRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf104.pep KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMYFNDKFGELSGLGAYXKGVLLCAAGSMAWVCNAVAQKLL
       |||||||||||||||||||||:|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||orf104a    KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf104.pep SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSMDGTLAWVCIAYCCLNTLIGYGSFGEAL
       |||||||||||||||||||||||||| |||||:||||||||:||||||||||||||||||orf104a    SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAELAHIGSLDGTLAWVCFAYCCLNTLIGYGSFGEAL
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270orf104.pep KHWEASKVSAVTTLLPVFTVINTLLGHYVMPETFAAP
       ||||||||||||||||||||| :||||||||:|||||orf104a    KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMNGLGYAGALVVVGGAVTAAVG
              250       260       270       280       290       300全长ORF104a核苷酸序列<SEQ ID 345>是：1  ATGGAAAACC AAAGGCCGCT CCTAGGCTTC GCGTTGGCAC TTTTGGCGGC51  GATGACGTGG GGAACGCTGC CGATTGCCGT GCGGCAGGTA TTGAAGTTTG101  TCGATGCGCC GACGCTGGTG TGGGTGCGTT TTACCGTGGC GGCGGCGGTA151  TTGTTTGTTT TGCTGGCATT GGGCGGGCGG CTGCCGAAGT GGCGGGATTT201  TTCTTGGTGC TCATTCAGGC TGCTGCTGCT CGGCGTGGCG GGCATTTCGG251  CAAACTTTGT GCTGATTGCC CAAGGGCTGC ATTATATTTC GCCGACCACG301  ACGCAGGTTT TGTGGCAGAT TTCGCCGTTT ACGATGATTG TTGTCGGTGT351  GTTGGTGTTT AAAGACCGGA TGACTGCCGC TCAGAAAATC GGCTTGGTTT401  TGCTGCTTGC CGGTTTGCTT ATGTFTTTTA ACGATAAATT CGGCGAGTTG451  TCGGGTTTGG GCGCGTATGC GAAGGGCGTG TTGCTGTGTG CGGCAGGCAG501  TATGGCATGG GTGTGTTATG CCGTGGCGCA AAAGCTGCTG TCGGCGCAAT551  TCGGGCCGCA ACAGATTCTG CTGTTGATTT ATGCGGCAAG TGCCGCCGTG601  TTCCTGCCGT TTGCCGAACT GGCACACATC GGAAGTTTGG ACGGTACGTT651  GGCGTGGGTT TGTTTTGCGT ATTGCTGCTT GAATACGTTA ATCGGTTACG701  GCTCGTTCGG CGAGGCGTTG AAACATTGGG AGGCTTCCAA AGTCAGCGCG751  GTAACAACCT TGCTCCCCGT GTTTACCGTA ATATTTTCTT TGCTCGGGCA801  TTATGTGATG CCTGATACTT TTGCCGCGCC GGATATGAAC GGTTTGGGTT851  ATGCCGGCGC ACTGGTCGTG GTCGGGGGTG CGGTTACGGC GGCGGTGGGG901  GACAGGCTGT TCAAACGCCG CTAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 346>:1  MENQRPLLGF ALALLAAMTW GTLPIAVRQV LKFVDAPTLV WVRFTVAAAV51  LFVLLALGGR LPKWRDFSWC SFRLLLLGVA GISANFVLIA QGLHYISPTT101  TQVLWQISPF TMIVVGYLVF KDRMTAAQKI GLVLLLAGLL MFFNDKFGEL151  SGLGAYAKGV LLCAAGSMAW VCYAVAQKLL SAQFGPQQIL LLIYAASAAV201  FLPFAELAHI GSLDGTLAWV CFAYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASKVSA251  VTTLLPVFTV IFSLLGHYVM PDTFAAPDMN GLGYAGALVV VGGAVTAAVG301  DRLFKRR*ORF104a和ORF104-1显示在277个氨基酸的重叠区内有98.2％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf104a.pep    MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104-1       MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf104a.pep    LPKWRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
           ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104-1       LPKRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf104a.pep    KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104-1       KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
                  130       140       150      160        170       180
                  190       200       210       220       230       240orf104a.pep    SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAELAHIGSLDGTLAWVCFAYCCLNTLIGYGSFGEAL
           |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||orf104-1       SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSLDGTLAWVCFAYCCLNTLIGYGSFGEAL
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300orf104a.pep    KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMNGLGYAGALVVVGGAVTAAVG
           |||||||||||||||||||||  ||||||||:||||||||||||||||||||||||||||orf104-1       KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIXXLLGHYVMPETFAAP
                  250       260       270
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF104显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF104.ng)在重叠的277个氨基酸内有93.9％的相同性：orf104.pep   MENQRPLLGFRLALLAAMTWGTLPXSVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR 60
         |||||||||| ||||||||||||| :||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104ng     MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR 60orf104.pep   LPKRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF 120
         ||||||||| |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104ng     LPKRRDFSWHSFRLLLLGVTGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF 120orf104.pep   KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMYFNDKFGELSGLGAYXKGVLLCAAGSMAWVCNAVAQKLL 180
         ||||||||||||||||:||||:|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||orf104ng     KDRMTAAQKIGLVLLLVGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL 180orf104.pep   SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSMDGTLAWVCIAYCCLNTLIGYGSFGEAL 240
         ||||||||||||||||||||||  ||||||||:||||||||::|||||||||||||||||orf104ng     SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLLXAEPAHIGSLDGTLAWVCFVYCCLNTLIGYGSFGEAL 240orf104.pep   KHWEASKVSAVTTLLPVFTVINTLLGHYVMPETFAAP                        277
         ||||||||||||||||||||| :||||||||:|||||orf104ng     KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMNGLGYVGALVVVGGAVTAAVG 300
预计全长ORF104ng核苷酸序列<SEQ ID 347>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 348>:1  MENQRPLLGF ALALLAAMTW GTLPIAVRQV LKFVDAPTLV WVRFTVAAAV51  LFVLLALGGR LPKRRDFSWH SFRLLLLGVT GISANFVLIA QGLHYISPTT101  TQVLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTAAQKI GLYLLLVGLL MFFNDKFGEL151  SGLGAYAKGV LLCAAGSMAW VCYAVAQKLL SAQFGPQQIL LLIYAASAAV201  FLLXAEPAHI GSLDGTLAWV CFVYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASKVSA251  VTTLLPVFTV IFSLLGHYYM PDTFAAPDMN GLGYVGALVV VGGAVTAAVG301  DRPFKRR*进一步的工作揭示了完整的淋球菌核苷酸序列<SEQ ID 349>:1 ATGGAAAACC AAAGGCCGCT CCTAGGCTTC GCGTTGGCAC TTTTGGCGGC51 GATGACGTGG GGGACGCTGC CGATTGCCGT GCGGCAGGTA TTGAAGTTTG101 TCGATGCGCC GACGCTGGTG TGGGTGCGTT TTACCGTGGC GGCGGCGGTA151 TTGTTTGTTT TGCTGGCATT GGGCGGGCGG CTGCCGAAGC GGCGGGATTT201 TTCTTGGCAT TCATTCAGGC TGCTGCTGCT CGGCGTGACG GGCATTTCGG251 CAAACTTTGT GCTGATTGCC CAAGGGCTGC ATTATATTTC GCCGACCACG301 ACGCAGGTTT TGTGGCAGAT TTCGCCGTTT ACGATGATTG TTGTCGGCGT351 GTTGGTGTTT AAAGACCGGA tgaCTGCCGC GCAGAAAATC GGTTTGGTTT401 TGCTGCttgT CGGTttgCTT ATGTTTTtta ACGACAAATT CGGCGAGTTG451 TCGGGTTTGG GCGCGTATGC GAAGGGCGTG TTGCTGTGTG CGGCAGGCAG501 TATGGCCTGG GTGTGTTATG CCGTGGCGCA AAAGCTGCTG TCGGCGCAAT551  TCGGGCCGCA ACAGATTCTG CTGTTGATTT ATGCGGcaag tgccgccGTG601  TTCCtgccgT TTGccgaaCC GGCACACATC GGAAGTTTgg aCGGTACGtt651  GGCGTGGGTT TGTTTTGTGT ATTGCTGCTT GAATACGTTA ATCGGTTACG701  GCTCGTTCGG CGAGGCGTTG AAACATTGGG AGGCTTCCAA AGTCAGCGCG751  GTAACAACCT TGCTCCCCGT GTTTACCGTA ATATTTTCTT TGCTCGGGCA801  TTATGTGATG CCTGATACTT TTGCCGCGCC GGATATGAAC GGTTTGGGTT851  ATGTCGGCGC ACTGGTCGTG GTCGGGGGTG CGGTTACGGC GGCGGTGGGG901  GACAGGCCGT TCAAACGCCG CTAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 350；ORF104ng-1>:1  MENQRPLLGF ALALLAAMTW GTLPIAVRQV LKFVDAPTLV WVRFTVAAAV51  LFVLLALGGR LPKRRDFSWH SFRLLLLGYT GISANFVLIA QGLHYISPTT101  TQVLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTAAQKI GLVLLLVGLL MFFNDKFGEL151  SGLGAYAKGV LLCAAGSMAW VCYAVAQKLL SAQFGPQQIL LLIYAASAAV201  FLPFAEPAHI GSLDGTLAWV CFVYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASKVSA251  VTTLLPVFTV IFSLLGHYVM PDTFAAPDMN GLGYVGALVV VGGAVTAAVG301  DRPFKRR*ORF104ng-1和ORF104-1显示在277个氨基酸的重叠区内有97.5％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf104-1.pep MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104ng-1   MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf104-1.pep LPKRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
         ||||||||| |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104ng-1   LPKRRDFSWHSFRLLLLGVTGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf104-1.pep KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
         ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf104ng-1   KDRMTAAQKIGLVLLLVGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf104-1.pep SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSLDGTLAWVCFAYCCLNTLIGYGSFGEAL
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||orf104ng-1   SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSLDGTLAWVCFVYCCLNTLIGYGSFGEAL
              190       200       210       220       230       240
                250       260       270orf104-1.pep KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIXXLLGHYVMPETFAAP
         |||||||||||||||||||||  ||||||||:|||||orf104ng-1   KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMNGLGYVGALVVVGGAVTAAVG
                250       260       270       280       290       300另外，ORF104ng-1显示出与一种假设的流感嗜血菌蛋白明显同源：gi|1573895(U32769)假设的[流感嗜血菌]长度=306评分=237位(598)，估计值=8e-62相同性=114/280(40％)，阳性=168/280(59％)，空隙=8/280(2％)询问：30 QRPXXXXXXXXXXXMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXP- 88
      Q+P           M WG+LPIA++QVL  ++A T+VW                    P目标：3  QQPLLGFTFALITAMAWGSLPIALKQVLSVMNAQTIVWYRFIIAAVSLLALLAYKKQLPE 62询问：89 --KRRDFSWHSFRLLLLGVTGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF 146
        K R ++W    ++L+GV G+++NF+L +  L+YI P+  Q+   +S F M++ GVL+F目标：63 LKVRQYAW----IMLIGVIGLTSNFLLFSSSLNYIEPSVAQIFIHLSSFGMLICGVLIF  118
询问：147 KDRMTAAQKIXXXXXXXXXXMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL 206
           K+++   QKI          +FFND+F   +GL  Y+ GV+L   G++ WV Y +AQKL+
目标：119 KEKLGLHQKIGLFLLLIGLGLFFNDRFDAFAGLNQYSTGVILGVGGALIWVAYGMAQKLM 178
询问：207 SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSLDGTLAWVCFVYCCLNTLIGYGSFGEAL 266
             +F  QQILL++Y   A  F+P A+ + +  L   LA +CF+YCCLNTLIGYGS+ EAL
目标：179 LRKFNSQQILLMMYLGCAIAFMPMADFSQVQELT-PLALICFIYCCLNTLIGYGSYAEAL 237
询问：267 KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMN 306
             W+ SKVS V TL+P+FT++FS + HY  P  FAAP++N
目标：238 NRWDVSKVSVVITLVPLFTILFSHIAHYFSPADFAAPELN 277
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列和数个推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例48
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 351>:1  ATGGTAGCTC GTCGGGCTCA TAACCCGAAG GTCGTAGGTT CGAATCCTGT51  .CCCGCAACC TAATTTCAAA CCCCTCGGTT CAATGCCGAG GG.GTTTTGT101  T.TTGCCTGT TTCCTGTTTC CTGTTTCCTG CCGCCTCCGT TTTTTGCCGG151  ATTTTCCTTC CGGCCGCAAT ATCGGAACGG CAGACCGCCG TCTGTTTGCG201  GTTGCAAATT CAGGCAGTTT GGCTACAATC TTCCGCATTG TCTTCAAGAA251  AGCCAACCAT GCCGACCGTC CGTTTTACCG AATCCGTCAG CAAACAAGAC301  CTTGATGCTC TGTTCGAGTG GGCAAAAGCA AGTTACGGTG CAGAAAGTTG351  CTGGAAAACG CTGTATCTGA ACGGTCysCC TTTGGGCAAC CTGTCGCCGG401  AATGGGTGGA ACGCGTsmmA AAAGACTGGG AGGCAGGCTG CyCGGAGTCT451  TCAGACGGCA TTTTTCTGAA TgCGGACGGc TGgCctGATA TGGgCGGAcg501  cTTACAGCAC CTCGCCCTCG GTTGGCACTG TGCGGGGCTG TTGGACGgsT551  GGCGCAACGA 6TGTTTCGAC CTGACCGACG GCGGCGGCAA CCCCTTGTTC601  ACGCTCGaAc GCGCCGyTTT mCGTCCTkTC GGACTGCTCA GCCGCGCCGT651  CCATCTCAAC GGTCTGACCG AATCGGACGG CCGATGGCAT TTCTGGATAG701  GCAGGCGCAG TCCGCACAAA GCAGTCGATC CCAACAAACT CGACAATACT751  rCCGCCGGCG GTGTTTCCGG CGGCGAAATG CCGTCTGAAG CCGTGTGTCG801  CGAAAGCAGC GAAGAAGCCG GTTTGGATAA AACGCTGcTT CCGCTCATCC851  GCCCGGTATC GCAGCTGCAC AGCCTGCGCT CCGTCAGCCG GGGTGTACAC901  AATGAAATCC TGTATGTATT CGATGCCGTC CTGCCG...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 352；ORF105>:1  MVARRAHNPK VVGSNPXPAT XFQTPRFNAE XVLXLPVSCF LFPAASVFCR51  IFLPAAISER QTAVCLRLQI QAVWLQSSAL SSRKPTMPTV RFTESVSKQD101  LDALFEWAKA SYGAESCWKT LYLNGXPLGN LSPEWVERVX KDWEAGCXES151  SDGIFLNADG WPDMGGRLQH LALGWHCAGL LDGWRNECFD LTDGGGNPLF201  TLERAXXRPX GLLSRAVHLN GLTESDGRWH FWIGRRSPHK AVDPNKLDNT251  XAGGVSGGEM PSEAVCRESS EEAGLDKTLL PLIRPVSQLH SLRSVSRGVH301  NEILYVFDAV LP...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 353>:1  ATGCCGACCG TCCGTTTTAC CGAATCCGTC AGCAAACAAG ACCTTGATGC51  TCTGTTCGAG TGGGCAAAAG CAAGTTACGG TGCAGAAAGT TGCTGGAAAA101  CGCTGTATCT GAACGGTCTG CCTTTGGGCA ACCTGTCCCC GGAATGGGTG151  GAACGCGTCA AAAAAGACTG GGAGGCAGGC TGCTCGGAGT CTTCAGACGG201  CATTTTTCTG AATGCGGACG GCTGGCCTGA TATGGGCGGA CGCTTACAGC251  ACCTCGCCCT CGGTTGGCAC TGTGCGGGGC TGTTGGACGG CTGGCGCAAC301  GAGTGTTTCG ACCTGACCGA CGGCGGCGGC AACCCCTTGT TCACGCTCGA351  ACGCGCCGCT TTCCGTCCTT TCGGACTGCT CAGCCGCGCC GTCCATCTCA401  ACGGTCTGAC CGAATCGGAC GGCCGATGGC ATTTCTGGAT AGGCAGGCGC451  AGTCCGCACA AAGCAGTCGA TCCCAACAAA CTCGACAATA CTGCCGCCGG501  CGGTGTTTCC GCCGGCGAAA TGCCGTCTGA AGCCGTGTGT CGCGAAAGCA551  GCGAAGAAGC CGGTTTGGAT AAAACGCTGC TTCCGCTCAT CCGCCCGGTA601  TCGCAGCTGC ACAGCCTGCG CTCCGTCAGC CGGGGTGTAC ACAATGAAAT651  CCTGTATGTA TTCGATGCCG TCCTGCCCGA AACCTTCCTG CCTGAAAATC701  AGGATGGCGA AGTGGCGGGT TTTGAGAAAA TGGACATCGG CGGTCTGTTG751  GATGCCATGT TGTCGGGAAA CATGATGCAC GACGCGCAAC TGGTTACGCT801  GGACGCGTTT TGCCGTTACG GTCTGATTGA TGCCGCCCAT CCGCTGTCCG851  AGTGGCTGGA CGGCATACGT TTATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 354；ORF105-1>:1  MPTVRFTESV SKQDLDALFE WAKASYGAES CWKTLYLNGL PLGNLSPEWV51  ERVKKDWEAG CSESSDGIFL NADGWPDMGG RLQHLALGWH CAGLLDGWRN101  ECFDLTDGGG NPLFTLERAA FRPFGLLSRA VHLNGLTESD GRWHFWIGRR151  SPHKAVDPNK LDNTAAGGVS GGEMPSEAVC RESSEEAGLD KTLLPLIRPV201  SQLHSLRSVS RGVHNEILYV FDAVLPETFL PENQDGEVAG FEKMDIGGLL251  DAMLSGNMMH DAQLVTLDAF CRYGLIDAAH PLSEWLDGIR L*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF105显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF105a)在重叠的226个氨基酸内有89.4％的相同性：
         60        70        80        90       100       110orf105.pep ISERQTAVCLRLQIQAVWLQSSALSSRKPTMPTVRFTESVSKQDLDALFEWAKASYGAES
                                     |||||||||||:||||||||||||||||||orf105a                                  MPTVRFTESVSKHDLDALFEWAKASYGAES
                                             10        20        30
        120       130       140       150       160       170orf105.pep CWKTLYLNGXPLGNLSPEWVERVXKDWEAGCXESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLALGWH
       ||||||||| |||||||||:||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |:orf105a    CWKTLYLNGLPLGNLSPEWAERVKKDWEAGCSESSDGIFLNADGWPDMGRRLQHLARIWK
               40        50        60        70        80        90
        180       190       200       210       220       230orf105.pep CAGLLDGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAXXRPXGLLSRAVHLNGLTESDGRWHFWIGRR
        |||| |||:|||||||||:||||:||||  || ||||||||||||:|||||||||||||orf105a    EAGLLHGWRDECFDLTDGGSNPLFALERAAFRPFGLLSRAVHLNGLVESDGRWHFWIGRR
              100       110       120       130       140       150
        240       250       260       270       280       290orf105.pep SPHKAVDPNKLDNTXAGGVSGGEMPSEAVCRESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRSVS
       ||||||||:||||| |||||:||:|||:||||||||||||||||||||||||||||| ||orf105a    SPHKAVDPDKLDNTAAGGVSSGELPSETVCRESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRPVS
              160       170       180       190       200       210
        300       310orf105.pep RGVHNEILYVFDAVLP
       ||||||||||||||||orf105a    RGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAGFEKMDIGGLLAAMLSGNMMHDAQLVTLDAF
              220       230       240       250       260       270全长ORF105a核苷酸序列<SEQ ID 355>是：1  ATGCCGACCG TCCGTTTTAC CGAATCCGTC AGCAAACACG ACCTTGATGC51  CCTATTCGAG TGGGCAAAGG CAAGTTACGG TGCGGAAAGT TGCTGGAAAA101  CGCTGTATCT GAACGGTCTG CCTTTGGGCA ATCTGTCGCC GGAATGGGCG151  GAGCGCGTCA AAAAAGACTG GGAGGCAGGC TGCTCGGAGT CTTCAGACGG201  CATTTTCCTG AATGCGGACG GCTGGCCAGA TATGGGCAGA CGCTTGCAGC251  ACCTCGCCCG AATATGGAAA GAAGCGGGAC TGCTTCACGG CTGGCGCGAC301  GAGTGTTTCG ACCTGACCGA CGGCGGCAGC AATCCCTTGT TCGCGCTCGA351  ACGCGCCGCT TTCCGTCCGT TCGGACTGCT CAGCCGCGCC GTCCATCTCA401  ACGGTTTGGT CGAATCGGAC GGCCGATGGC ATTTCTGGAT AGGCAGGCGC451  AGTCCGCACA AAGCAGTCGA TCCCGACAAA CTCGACAATA CTGCCGCCGG501  CGGTGTTTCC AGCGGTGAAT TGCCGTCTGA AACCGTGTGT CGCGAAAGCA551  GCGAAGAAGC CGGTTTGGAT AAAACGCTGC TTCCGCTCAT CCGCCCGGTA601  TCGCAGCTGC ACAGCCTGCG CCCCGTCAGC CGGGGTGTGC ACAATGAAAT651  CCTGTATGTA TTCGATGCCG TCCTGCCCGA AACCTTCCTG CCTGAAAATC701  AGGATGGCGA AGTGGCGGGT TTTGAGAAAA TGGACATCGG CGGTCTGTTG751  GCTGCCATGT TGTCGGGAAA CATGATGCAC GACGCGCAAC TGGTTACGCT801  GGACGCGTTT TGCCGTTACG GTCTGATTGA TGCCGCCCAT CCGCTGTCCG851  AGTGGCTGGA CGGCATACGT TTATAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 356>:1  MPTVRFTESV SKHDLDALFE WAKASYGAES CWKTLYLNGL PLGNLSPEWA51  ERVKKDWEAG CSESSDGIFL NADGWPDMGR RLQHLARIWK EAGLLHGWRD101  ECFDLTDGGS NPLFALERAA FRPFGLLSRA VHLNGLYESD GRWHFWIGRR151  SPHKAVDPDK LDNTAAGGVS SGELPSETVC RESSEEAGLD KTLLPLIRPV201  SQLHSLRPVS RGVHNEILYV FDAVLPETFL PENQDGEVAG FEKMDIGGLL251  AAMLSGNMMH DAQLVTLDAF CRYGLIDAAH PLSEWLDGIR L*ORF105a和ORF105-1显示在291个氨基酸的重叠区内有93.8％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf105a.pep    MPTVRFTESVSKHDLDALFEWAKASYGAESCWKTLYLNGLPLGNLSPEWAERVKKDWEAG
           ||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||orf105-1       MPTVRFTESVSKQDLDALFEWAKASYGAESCWKTLYLNGLPLGNLSPEWVERVKKDWEAG
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf105a.pep    CSESSDGIFLNADGWPDMGRRLQHLARIWKEAGLLHGWRDECFDLTDGGSNPLFALERAA
           ||||||||||||||||||| ||||||  |: |||| |||:|||:|||||:||||:|||||orf105-1       CSESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLALGWHCAGLLDGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAA
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf105a.pep    FRPFGLLSRAVHLNGLVESDGRWHFWIGRRSPHKAVDPDKLDNTAAGGVSSGELPSETVC
           ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||:|||||||||||:||:|||:||orf105-1       FRPFGLLSRAVHLNGLTESDGRWHFWIGRRSPHKAVDPNKLDNTAAGGVSGGEMPSEAVC
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf105a.pep    RESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRPVSRGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAG
           ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||orf105-1       RESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRSVSRGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAG
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290orf105a.pep    FEKMDIGGLLAAMLSGNMMHDAQLVTLDAFCRYGLIDAAHPLSEWLDGIRLX
           |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf105-1       FEKMDIGGLLDAMLSGNMMHDAQLVTLDAFCRYGLIDAAHPLSEWLDGIRLX
                  250       260       270       280       290
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF105显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF105.ng)在重叠的312个氨基酸内有87.5％的相同性：orf105.pep MVARRAHNPKVVGSNPXPATXFQTPRFNAEXVLXLPVSCFLFPAASVFCRIFLPAAISER 60
       |||||||||||||||| ||| :|||||||| ||      |||||||||||||||||||||orf105ng   MVARRAHNPKVVGSNPAPATKYQTPRFNAEGVLF-----FLFPAASVFCRIFLPAAISER 55orf105.pep   QTAVCLRLQIQAVWLQSSALSSRKPTMPTVRFTESVSKQDLDALFEWAKASYGAESCWKT 120
         |:|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||orf105ng     QAAVCLRLQIQAVWLQSSALCSRKPAMPTVRFTESVSKQDLDALFERAKASYGAESCWKT 115orf105.pep   LYLNGXPLGNLSPEWVERVXKDWEAGCXESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLALGWHCAGL 180
         ||||  |||||||||:||||||||||| |||:||||||||||||||||||||  |: |||orf105ng     LYLNRLPLGNLSPEWAERIKKDWEAGCSESSNGIFLNADGWPDMGGRLQHLARTWNKAGL 175orf105.pep   LDGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAXXRPXGLLSRAVHLNGLTESDGRWHFWIGRRSPHK 240
         | |||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||:||:||||||||||||||orf105ng     LHGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAAFRPFGLLIRAVHLNGLVESNGRWHFWIGRRSPHK 235orf105.pep   AVDPNKLDNTXAGGVSGGEMPSEAVCRESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRSVSRGVH 300
         ||||:||||  :|||||||||||||||||||||||||||:|||||||:||||| ||||||orf10Sng     AVDPGKLDNIAGGGVSGGEMPSEAVCRESSEEAGLDKTLFPLIRPVSRLHSLRPVSRGVH 295orf105.pep   NEILYVFDAVLP                                                 312
         ||||||||||||orf105ng     NEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAGFEKMDIGGLLDAMLSKNMMHDAQLVTLDAFYRYG 355
预计全ORF105ng核苷酸序列<SEQ ID 357>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 358>:1  MVARRAHNPK VVGSNPAPAT KYQTPRFNAE GVLFFLFPAA SVFCRIFLPA51  AISERQAAVC LRLQIQAVWL QSSALCSRKP AMPTVRFTES VSKQDLDALF101  ERAKASYGAE SCWKTLYLNR LPLGNLSPEW AERIKKDWEA GCSESSNGIF151  LNADGWPDMG GRLQHLARTW NKAGLLHGWR NECFDLTDGG GNPLFTLERA201  AFRPFGLLIR AVHLNGLVES NGRWHFWIGR RSPHKAVDPG KLDNIAGGGV251  SGGFMPSEAV CRESSEEAGL DKTLFPLIRP VSRLHSLRPV SRGYHNEILY301  VFDAVLPETF LPENQDGEVA GFEKMDIGGL LDAMLSKNMM HDAQLVTLDA351  FYRYGLIDAA HPLSEWLDGI RL*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 359>:1  ATGCCGACCG TCCGTTTTAC CGAATCCGTC AGCAAACAAG ACCTTGATGC51  CCTGTTCGAG CGGGCAAAAG CAAGTTACGG TGCCGAAAGT TGCTGGAAAA101  CGCTGTATCT GAACCGTCTT CCTTTGGGCA ATCTGTCGCC GGAATGGGCT151  GAGCGCATCA AAAAAGACTG GGAGGCAGGC TGCTCCGAGT CTTCAGACGG201  CATTTTTCTG AATGCGGACG GCTGGCCGGA TATGGGCGGA CGCTTGCAGC251  ACCTCGCCCG CACATGGAAC AAGGCGGGGC TGCTTCACGG ATGGCGCAAC301  GAGTGTTTCG ACCTGACCGA CGGCGGCGGC AACCCCTTGT TCACGCTCGA351  ACGCGCCGCT TTCCGTCCGT TCGGACTACT CAGCCGCGCC GTCCATCTCA401  ACGGTTTGGT CGAATCGAAC GGCAGATGGC ATTTTTGGAT AGGCAGGCGC451  AGTCCGCACA AAGCAGTCGa tcCCGGCAAG CTCGACAATA TTGCCGGCGG501  CGGTGTTTCC GGCGGCGAAA TGCCGTCTGA AGCCGTGTGC CGCGAAAGCA551  GCGAAGAAGC CGGTTTGGAT AAAACGCTGT TTCCGCTCAT CCGCCCAGTA601  TCGCGGCTGC ACAGCCTTCG CCCCGTCAGC CGAGGTGTGC ACAATGAAAT651  CCTGTATGTG TTCGATGCCG TCCTGCCCGA AACCTTCCTG CCTGAAAATC701  AGGATGGCGA GGTAGCGGGT TTTGAAAAGA TGGACATTGG CGGCCTATTG751  GATGCCATGT TGTCGAAAAA CATGATGCAC GACGCGCAAC TGGTTACGCT801  GGACGCGTTT TACCGTTACG GTCTGATTGA TGCCGCCCAT CCGCTGTCCG851  AGTGGCTGGA CGGCATACGT TTATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 360；ORF105ng-1>:1  MPTVRFTESV SKQDLDALFE RAKASYGAES CWKTLYLNRL PLGNLSPEWA51  ERIKKDWEAG CSESSDGIFL NADGWPDMGG RLQHLARTWN KAGLLHGWRN101  ECFDLTDGGG NPLFTLERAA FRPFGLLSRA VHLNGLVESN GRWHFWIGRR151  SPHKAVDPGK LDNIAGGGVS GGEMPSEAVC RESSEEAGLD KTLFPLIRPV201  SRLHSLRPVS RGVHNEILYV FDAVLPETFL PENQDGEVAG FEMDIGGLL251  DAMLSKNMMH DAQLVTLDAF YRYGLIDAAH PLSEWLDGIR L*ORG105ng-1和ORF105-1显示在291个氨基酸的重叠区内有93.5％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf105-1.pep   MPTVRFTESVSKQDLDALFEWAKASYGAESCWKTLYLNGLPLGNLSPEWVERVKKDWEAG
           ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||:||:||||||||orf105ng-1     MPTVRFTESVSKQDLDALFERAKASYGAESCWKTLYLNRLPLGNLSPEWAERIKKDWEAG
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf105-1.pep   CSESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLALGWHCAGLLDGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAA
           ||||||||||||||||||||||||||  |: ||||  |||||||||||||||||||||||orf105ng-1     CSESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLARTWNKAGLLHGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAA
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf105-1.pep  FRPFGLLSRAVHLNGLTESDGRWHFWIGRRSPHKAVDPNKLDNTAAGGVSGGEMPSEAVC
           ||||||||||||||||:||:||||||||||||||||||:|||| |:||||||||||||||orf105ng-1     FRPFGLLSRAVHLNGLVESNGRWHFWIGRRSPHKAVDPGKLDNIAGGGVSGGEMPSEAVC
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf105-1.pep   RESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRSVSRGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAG
           |||||||||||||:|| ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||orf105ng-1     RESSEEAGLDKTLFPLIRPVSRLHSLRPVSRGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAG
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290orf105-1.pep   FEKMDIGGLLDAMLSGNMMHDAQLVTLDAFCRYGLIDAAHPLSEWLDGIRLX
           ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||orf105ng-1     FEKMDIGGLLDAMLSKNMMHDAQLVTLDAFYRYGLIDAAHPLSEWLDGIRLX
                  250       260       270       280       290
另外，ORF105ng-1显示出与一种酵母的酶同源：
sP|P41888|TNR3_SCHPO硫胺焦磷酸激酶(TPK)(硫胺激酶)
＞gi|1076928|pir||S52350硫胺焦磷酸激酶(EC2.7.6.2)-裂殖酵母(栗酒裂殖酵母)＞gi|666111(X84417)硫胺焦磷酸激酶[栗酒裂殖酵母]＞gi|2330852|gnl|PID|e334056(Z98533)硫胺焦磷酸激酶[栗酒裂殖酵母]长度=569
评分=105位(259)，估计值=4e-22
相同性=64/192(33％)，阳性=94/192(48％)，空隙=3/192(1％)
询问：268 NKAGLLHGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAAFRPFGLLSRAVHLNGLVESNGRW--HFWI 441
           N  G+   WRNE + +      P+  +ER  F  FG LS  VH    + +        W+
目标：96  NTFGIADQWRNELYTVYGKSK1PVLAVERGGFWLFGFLSTGVHCTMYIPATKEHPLRIWV 155
询问：442 GRRSPHKAVDPGKLDNIAGGGVSGGEMPSEAVCRESSEEAGLDKTLFPLIRPVSRLHSLR 621
            RRSP K   P  LDN   GG++ G+     + +E SEEA LD +   LI P   +  ++
目标：156 PRRSPTKQTWPNYLDNSVAGGIAHGDSVIGTMIKEFSEEANLDVSSMNLI-PCGTVSYIK 214
询问：622 PVSRG-VHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAGFEKMDIGGLLDAMLSKNMMHDAQLVT 798
              R  +  E+ YVFD  + +  +P   DGEVAGF  + +  +L  +  K+   +  LV
目标：215 MEKRHWIQPELQYVFDLPVDDLVIPRINDGEVAGFSLLPLNQVLHELELKSFKPNCALVL 274
询问：799 LDAFYRYGLIDAAHP 843
           LD   R+G+I   HP
目标：275 LDFLIRHGIITPQHP 289
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例49
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 361>:1  ATGAATAGAC CCAAGCAACC CTTCTTCCGT CCCGAAGTCG CCGTTGCCCG51  CCAAACCAGC CTGACGGGTA AAGTGATTCT GACACGACCG TTGTCATTTT101  CCCTATGGAC GACATTTGCA TCGATATCTG CGTTATTGAT TATCCTGTTT151  TTGATATTTG GTAACTATAC GCGAAAGACA ACAGTGGAGG GACAAATTTT201  ACCTGCATCG GGCGTAATCA GGGTGTATGC ACCGgATACG rGkACAATTA251  CAGCGAAATT CGTGGAAGAT GGmsAAAAGG TTAAGGCTGG CGACAAGCTA301  TTTGCGCTTT CGACCTCACG TTTCGGCGCA GGAGGTAGCG TGCAGCAGCA351  GTTGAAAACG GAGGCAGTTT TGAAGAAAAC GTTGGCAGAA CAGGAACTGG401  GTCGTCTGAA GCTGATACAC GGGAATGAAA CGCGCAgCcT TAAAGCAACT451  GTCGAACGTT TGGAAAACCA GGAACTCCAT ATTTCGCAAC AGATAGACGG501  TCAGAAAAGG CGCATTAGAC TTGCGGAAGA AATGTTGCAG AAATATCGTT551  TCCTATCCGC .CAATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 362；ORF107>:1  MNRPKQPFFR PEVAVARQTS LTGKVILTRP LSFSLWTTFA SISALLIILF51  LIFGNYTRKT TVEGQILPAS GVIRVYAPDT XTITAKFVED GXKVKAGDKL101  FALSTSRFGA GGSVQQQLKT EAVLKKTLAE QELGRLKLIH GNETRSLKAT151  VERLENQELH ISQQIDGQKR RIRLAEEMLQ KYRFLSXQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF107显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF107a)在重叠的186个氨基酸内有97.8％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf107.pep MNRPKQPFFRPEVAVARQTSLTGKVILTRPLSFSLWTTFASISALLIILFLIFGNYTRKT
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf107a    MNRPKQPFFRPEVAVARQTSLTGKVILTRPLSFSLWTTFASISALLIILFLIFGNYTRKT
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf107.pep TVEGQILPASGVIRVYAPDTXTITAKFVEDGXKVKAGDKLFALSTSRFGAGGSVQQQLKT
       |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||orf107a    TVEGQILPASGVIRVYAPDTGTITAKFXEDGEKVKAGDKLFALSTSRFGAGDSVQQQLKT
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf107.pep EAVLKKTLAEQELGRLKLIHGNETRSLKATVERLENQELHISQQIDGQKRRIRLAEEMLQ
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf107a    EAVLKKTLAEQELGRLKLIHGNETRSLKATVERLENQELHISQQIDGQKRRIRLAEEMLQ
              130       140       150       160       170       180
             189orf107.pep KYRFLSXQX
       ||||||orf107a    KYRFLSANDAVPKQEMMNVKAELLEQKAKLDAYRREEVGLLQEIRTQNLTLXSLPQAAX
              190       200       210       220       230全长ORF107a核苷酸序列<SEQ ID 363>是：1  ATGAATAGAC CCAAGCAACC NTTCTTCCGT CCCGAAGTCG CCGTTGCCCG51  CCAAACCAGC CTGACGGGTA AAGTGATTCT GACACGACCG TTGTCATTTT101  CCCTATGGAC GACATTTGCA TCGATATCTG CGTTATTGAT TATCCTGTTT151  TTGATATTTG GTAACTATAC GCGAAAGACA ACAGTGGAGG GACAAATTTT201  ACCTGCATCG GGCGTAATCA GGGTGTATGC ACCGGATACG GGGACAATTA251  CNGCGAAATT CNTGGAAGAT GGAGAAAAGG TTAAGGCTGG CGACAAGCTA301  TTTGCGCTTT CGACCTCACG TTTCGGCGCA GGAGATAGCG TGCAGCAGCA351  GTTGAAAACG GAGGCAGTTT TGAAGAAAAC GTTGGCAGAA CAGGAACTGG401  GTCGTCTGAA GCTGATACAC GGGAATGAAA CGCGCAGCCT TAAAGCAACT451  GTCGAACGTT TGGAAAACCA GGAACTCCAT ATTTCGCAAC AGATAGACGG501  TCAGAAAAGG CGCATTAGAC TTGCGGAAGA AATGTTGCAG AAATATCGTT551  TCCTATCCGC CAATGATGCA GTGCCAAAAC AAGAAATGAT GAATGTCAAG601  GCAGAGCTTT TAGAGCAGAA AGCCAAACTT GATGCCTACC GCCGAGAAGA651  AGTCGGGCTG CTTCAGGAAA TCCGCACGCA GAATCTGACA TTGGNNAGCC701  TCCCCCAAGC GGCATGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 364>:1  MNRPKQPFFR PEVAVARQTS LTGKVILTRP LSFSLWTTFA SISALLIILF51  LIFGNYTRKT TVEGQILPAS GVIRVYAPDT GTITAKFXED GEKVKAGDKL101  FALSTSRFGA GDSVQQQLKT EAVLKKTLAE QELGRLKLIH GNETRSLKAT151  VERLENQELH ISQQIDGQKR RIRLAEEMLQ KYRFLSANDA VPKQEMMNVK201  AELLEQKAKL DAYRREEVGL LQEIRTQNLT LXSLPQAA*
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF107显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF107.ng)在重叠的188个氨基酸内有95.7％的相同性：orf107.pep  MNRPKQPFFRPEVAVARQTSLTGKVILTRPLSFSLWTTFASISALLIILFLIFGNYTRKT 60
        ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf107ng    MNRPKQPFFRPEVAIARQTSLTGKVILTRPLSFSLWTTFASISALLIILFLIFGNYTRKT 60orf107.pep  TVEGQILPASGVIRVYAPDTXTITAKFVEDGXKVKAGDKLFALSTSRFGAGGSVQQQLKT 120
        |:|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||orf107ng    TMEGQILPASGVIRVYAPDTGTITAKFVEDGEKVKAGDKLFALSTSRFGAGGSVQQQLKT 120orf107.pep  EAVLKKTLAEQELGRLKLIHGNETRSLKATVERLENQELHISQQIDGQKRRIRLAEEMLQ 180
        |||||||||||||||||||| ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||:orf107ng    EAVLKKTLAEQELGRLKLIHENETRSLKATVERLENQKLHISQQIDGQKRRIRLAEEMLR 180orf107.pep  KYRFLSXQ 188
        |||||| |orf107ng    KYRFLSAQ 188
预计全长ORF107ng核苷酸序列<SEQ ID 365>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEO ID 366>:1  MNRPKQPFFR PEVAIARQTS LTGKVILTRP LSFSLWTTFA SISALLIILF51  LIFGNYTRKT TMEGQILPAS GVIRVYAPDT GTITAKFVED GEKVKAGDKL101  FALSTSRFGA GGSVQQQLKT EAVLKKTLAE QELGRLKLIH ENETRSLKAT151  VERLENQKLH ISQQIDGQKR RIRLAEEMLR KYRFLSAQ*
根据此淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例50
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 367>:1  ATGCTGAATA CTTTTTTTGC CGTATTGGGC GGCTGCCTGC TGCT.TTGCC51  GTGCGGCAAA TCCGTAAATA CGGCGGTACA GCCGCAAAAC GCGGTACAAA101  GCGCGCCGAA ACCGGTTTTC AAAGTCATAT ATATCGACAA TACGGCGATT151  GCCGGTTTGG ATTTGGGACA AAGCAGCGAA GGCAAAACCA ACGACGGCAA201  AAAACAAATC AGTTATCCGA TTAAAGGCTT GCCGGAACAA AATGTTATCC251  GACTGATCGG CAAGCATCCC GGCGACTTGG AAGCCGTCAG CGGCAAATGT301  ATGGAAACCG ATGATAAGGA CAGTCCGGCA GGTTGGGCAG AAAACGGCGT351  GTGCCATACC TTGTTTGCCA AACTGGTGGG CAATATCGCC GAAGACGGCG401  GCAAACTGAC GGATTACCTA GTTTCGCATG CCGCCCTGCA ACCCTATCAG451  GCAGGCAAAA GCGGCTATGC CGCCGTGCAG AACGGACGCT ATGTGCTGGA501  AATCGACAGC  GAAGGGGCGT  TTTATTTCCG  CCGCCGCCAT  TATTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 368；ORF108>:1  MLNTFFAVLG GCLLXLPCGK SVNTAVQPQN AVQSAPKPVF KVIYIDNTAI51  AGLDLGQSSE GKTNDGKKQI SYPIKGLPEQ NVIRLIGKHP GDLEAVSGKC101  METDDKDSPA GWAENGVCHT LFAKLVGNIA EDGGKLTDYL VSHAALQPYQ151  AGKSGYAAVQ NGRYVLEIDS EGAFYFRRRH Y*进一步的工作揭示了下列DNA序列<SEQ ID 369>:1  ATGCTGAAAA CATCTTTTGC CGTATTGGGC GGCTGCCTGC TGCTTGCCGC51  CTGCGGCAAA TCCGAAAATA CGGCGGAACA GCCGCAAAAC GCGGTACAAA101  GCGCGCCGAA ACCGGTTTTC AAAGTCAAAT ATATCGACAA TACGGCGATT151  GCCGGTTTGG ATTTGGGACA AAGCAGCGAA GGCAAAACCA ACGACGGCAA201  AAAACAAATC AGTTATCCGA TTAAAGGCTT GCCGGAACAA AATGTTATCC251  GACTGATCGG CAAGCATCCC GGCGACTTGG AAGCCGTCAG CGGCAAATGT301  ATGGAAACCG ATGATAAGGA CAGTCCGGCA GGTTGGGCAG AAAACGGCGT351  GTGCCATACC TTGTTTGCCA AACTGGTGGG CAATATCGCC GAAGACGGCG401  GCAAACTGAC GGATTACCTA GTTTCGCATG CCGCCCTGCA ACCCTATCAG451  GCAGGCAAAA GCGGCTATGC CGCCGTGCAG AACGGACGCT ATGTGCTGGA501  AATCGACAGC GAAGGGGCGT TTTATTTCCG CCGCCGCCAT TATTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 370；ORF108-1>:1  MLKTSFAVLG GCLLLAACGK SENTAEQPQN AVQSAPKPVF KVKYIDNTAI51  AGLDLGQSSE GKTNDGKKQI SYPIKGLPEQ NVIRLIGKHP GDLEAVSGKC101  METDDKDSPA GWAENGVCHT LFAKLVGNIA EDG GKLTDYL VSHAALQPYQ151  AGKSGYAAVQ NGRYVLEIDS EGAFYFRRRH Y*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF108显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF108.ng)在重叠的181个氨基酸内有88.4％的相同性：orf108.pep MLNTFFAVLGGCLLXLPCGKSVNTAVQPQNAVQSAPKPVFKVIYIDNTAIAGLDLGQSSE 60
       ||:  |||||||||   |||| ||| |||||:|||||||||| |||||||||| ||||||orf108ng   MLKIPFAVLGGCLLLAACGKSENTAEQPQNAAQSAPKPVFKVKYIDNTAIAGLALGQSSE 60orf108.pep GKTNDGKKQISYPIKGLPEQNVIRLIGKHPGDLEAVSGKCMETDDKDSPAGWAENGVCHT 120
       |||||||||||||||||||||::|| ||||:||||| ||||||| ||:||||||||||||orf108ng   GKTNDGKKQISYPIKGLPEQNAVRLTGKHPNDLEAVVGKCMETDGKDAPSGWAENGVCHT 120orf108.Dep LFAKLVGNIAEDGGKLTDYLVSHAALQPYQAGKSGYAAVQNGRYVLEIDSEGAFYFRRRHY 181
       ||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf108ng   LFAKLVGNIAEDGGKLTDYLISHSALQPYQAGKSGYAAYQNGRYVLEIDSEGAFYFRRRHY 181ORF108-1与ORF108ng在相同的181个氨基酸重叠区内有92.3％的相同性：orf108-1.pep MLKTSFAVLGGCLLLAACGKSENTAEQPQNAVQSAPKPVFKVKYIDNTAIAGLDLGQSSE 60
         |||  ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||| ||||||orf108ng-1   MLKIPFAVLGGCLLLAACGKSENTAEQPQNAAQSAPKPVFKVKYIDNTAIAGLALGQSSE 60orf108-1.pep GKTNDGKKQISYPIKGLPEQNVIRLIGKHPGDLEAVSGKCMETDDKDSPAGWAENGVCHT 120
         |||||||||||||||||||||::|| ||||:||||| ||||||| ||:|:||||||||||orf108ng-1   GKTNDGKKQISYPIKGLPEQNAVRLTGKHPNDLEAVVGKCMETDGKDAPSGWAENGVCHT 120orf108-1.pep LFAKLVGNIAEDGGKLTDYLVSHAALQPYQAGKSGYAAVQNGRYVLEIDSEGAFYFRRRHY 181
       ||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf108ng-1 LFAKLVGNIAEDGGKLTDYLISHSALQPYQAGKSGYAAVQNGRYVLEIDSEGAFYFRRRHY 181全长ORF108ng核苷酸序列<SEQ ID 371>是：1  ATGCTGAAAa tacctTTTGC CGTGTtgggc ggCtgcctGC TGCTTGCCGC51  CTGCGGCAAA TCCGAAAATa cggcggaACA GCCGCAAAAT gcggCACAAA101  GCGCGCCGAA ACCGGTTTTC AAAGTCAAAT ACATCGACAA TACGGCGATT151  GCCGGTTTGG CTTTGGGACA AAGTAGCGAA GGCAAAACCA acgacgGCAA201  AAAACAAATC AGTTATccgA TTAAAGGCTT GCCGGAACAA Aacgccgtcc251  gGCTGACCGG AAAGCATCCC AACGACTTGG AagccgtcgT CGGCAAATGT301  ATGGAAACCG ACGGAAAGGA CGCGCCTTCG GGCTGGGCGG AAAACGGCGT351  GTGCCATACC TTGTTTGCCA AACTGGTGGG CAATATCGCC GAAGACGGCG401  GCAAACTGAC TGATTACCTG ATTTCGCATT CCGCCCTGCA ACCCTATCAG451  GCAGGCAAAA GCGGCTATGC CGCCGTGCAG AACGGACGCT ATGTGCTGGA501  AATCGACAGC GagggGGCGT TTTATttccg ccgccgccat tattgA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 372>:1  MLKIPFAVLG GCLLLAACGK SENTAEQPQN AAQSAPKPVF KVKYIDNTAI51  AGLALGQSSE GKTNDGKKQI SYPIKGLPEQ NAVRLTGKHP NDLEAVVGKC101  METDGKDAPS GWAENGVCHT LFAKLVGNIA EDGGKLTDYL ISHSALQPYQ151  AGKSGYAAVQ NGRYVLEIDS EGAFYFRRRH Y*
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个预计的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点(下划线)和一个推定的ATP/GTP-结合位点基序A(P-环，双划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例51
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 373>:1  ATGGAAGATT TATATATAAT ACTCGCTTTG GGTTTGGTTG CGATGATTGC51  CGgATTTATC GATgcgatTg cGggCGGGGG TGGTTTGATT ACGCTGCCCG101  CACTCTTGTT GGCAGGTATT CCTCCCGTGT CGGCAATTGC CACCAACAAG151  CTGCAAgCAG CCGCTGCTAC GTTTTCAGCT ACGGTTTCTT TTGCACGCAA201  AGGTTTGATT GATTGGAAGA AAGGTCTCCC GATTGCCGCA GCATCGTTTG251  TAGGCGGCGT GGcCGGTGCA TTATCGGTCA GCTTGGTTTC CAAAGATATT301  CTgCTgGCGG TCGTGCCGGT TTTGTTGATA TTTGTCGCAC TGTATTTTGT351  GTTTTCGCCC AAGCTCGACG GCAGTAAGGA AGGCAAAGCC AGAATGTCTT401  TTTTTCTGTT cGGGCTGACG GTCGC.ACCG CTTTTGGGTT TTTACGACGG451  TGTGTTCGGA CCGGGTGTCG GCTCGTTTTT TCTGATTGCC TTTATTGTTT501  TGCTCGGCTG CAAgCTGTTG AACGCGATGT CTTACACCAA ATTGGCGAAC551  GTTGCCTGCA ATCTTGGTTC GCTATCGGTA TTCCTGCTGC ACGGTTCGAT601  TATTTTCCCG ATTGCGGCAA CGaTGGCGGT CGGTGCGTTT GTCGGtGCGA651  ATTTAgGTGC GAGATTTGCC GTaCgctTCG GTTCGAAGCT GATTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 374；ORF109>:1  MEDLYIILAL GLVAMIAGFI DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNA51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIAA ASFVGGVAGA LSVSLVSKDI101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA RMSFFLFGLT VXTAFGFLRR151  CVRTGCRLVF SDCLYCFARL QAVERDVLHQ IGERCLQSWF AIGIPAARFD201  YFPDCGNDGG RCVCRCEFRC EICRTLRFEA  D*进一步的工作揭示了下列DNA序列<SEQ ID 375>:1  ATGGAAGATT TATATATAAT ACTCGCTTTG GGTTTGGTTG CGATGATTGC51  CGGATTTATC GATGCGATTG CGGGCGGGGG TGGTTTGATT ACGCTGCCCG101  CACTCTTGTT GGCAGGTATT CCTCCCGTGT CGGCAATTGC CACCAACAAG151  CTGCAAGCAG CCGCTGCTAC GTTTTCAGCT ACGGTTTCTT TTGCACGCAA201  AGGTTTGATT GATTGGAAGA AAGGTCTCCC GATTGCCGCA GCATCGTTTG251  TAGGCGGCGT GGCCGGTGCA TTATCGGTCA GCTTGGTTTC CAAAGATATT301  CTGCTGGCGG TCGTGCCGGT TTTGTTGATA TTTGTCGCAC TGTATTTTGT351  GTTTTCGCCC AAGCTCGACG GCAGTAAGGA AGGCAAAGCC AGAATGTCTT401  TTTTTCTGTT CGGGCTGACG GTCGCACCGC TTTTGGGTTT TTACGACGGT451  GTGTTCGGAC CGGGTGTCGG CTCGTTTTTT CTGATTGCCT TTATTGTTTT501  GCTCGGCTGC AAGCTGTTGA ACGCGATGTC TTACACCAAA TTGGCGAACG551  TTGCCTGCAA TCTTGGTTCG CTATCGGTAT TCCTGCTGCA CGGTTCGATT601  ATTTTCCCGA TTGCGGCAAC GATGGCGGTC GGTGCGTTTG TCGGTGCGAA651  TTTAGGTGCG AGATTTGCCG TCCGCTTCGG TTCGAAGCTG ATTAAGCCGC701  TGCTGATTGT CATCAGCATT TCGATGGCTG TGAAATTGTT GATAGACGAG751  AGAAATCCGC TGTATCAGAT GATTGTTTCG ATGTTTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 376；ORF109-1>:1  MEDLYIILAL GLVAMIAGFT DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNK51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIAA ASFVGGVAGA LSVSLVSKDI101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA RMSFFLFGLT VAPLLGFYDG151  VFGPGVGSFF LIAFIVLLGC KLLNAMSYTK LANVACNLGS LSVFLLHGSI201  IFPIAATMAV GAFVGANLGA RFAVRFGSKL IKPLLIVISI SMAVKLLIDE251  RNPLYQMIVS MF*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF109显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF109a)在重叠的147个氨基酸内有95.9％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf109.pep MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSAorf109a    MEDLYIILALGLYAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf109.pep TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFVGGVAGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
       |||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||orf109a    TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFAGGVVGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf109.pep KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVXTAFGFLRRCVRTGCRLVFSDCLYCFARLQAVERDVLHQorf109a    KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
              130       140       150       160       170       180全长ORF109a核苷酸序列<SEQ ID 377>是：1  ATGGAAGATT TATACATAAT ACTCGCTTTG GGTTTGGTTG CGATGATTGC51  CGGATTTATC GATGCGATTG CGGGTGGGGG TGGTTTGATT ACGCTGCCTG101  CACTCTTGTT GGCAGGTATT CCTCCCGTGT CGGCAATTGC CACCAACAAG151  CTGCAAGCAG CCGCTGCTAC GTTTTCGGCT ACGGTTTCTT TTGCACGCAA201  AGGTTTGATT GATTGGAAGA AAGGTCTCCC GATTGCGGCA GCATCGTTTG251  CAGGCGGCGT GGTCGGTGCA TTATCGGTCA GCTTGGTTTC CAAAGATATT301  CTGCTGGCGG TCGTGCCGGT TTTGTTGATA TTTGTCGCGC TGTATTTTGT351  GTTTTCGCCC AAGCTCGACG GCAGTAAGGA AGGCAAAGCC AGAATGTCTT401  TTTTTCTGTT CGGTCTGACG GTTGCACCAC TTTTGGGTTT TTACGACGGT451  GTGTTCGGAC CGGGTGTCGG CTCGTTTTTT CTGATTGCCT TTATTGTTTT501  GCTCGGCTGC AAGCTGTTGA ACGCGATGTC TTACACCAAA TTGGCGAACG551  TTGCCTGCAA TCTTGGTTCG CTATCGGTAT TCCTGCTGCA CGGTTCGATT601  ATTTTCCCGA TTGCGGCAAC GATGGCGGTC GGTGCGTTTG TCGGTGCGAA651  TTTAGGTGCG AGATTTGCCG TCCGCTTCGG TTCGAAGCTG ATTAAGCCGC701  TGCTGATTGT CATCAGCATT TCGATGGCTG TGAAATTGTT GATAGACGAG751  AGAAATCCGC TGTATCAGAT GATTGTTTCG ATGTTTTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 378>:1  MEDLYIILAL GLYAMIAGFI DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNK51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWGKGLPIAA ASFAGGVVGA LSVSLVSKDI101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA RMSFFLFGLT VAPLLGFYDG151  VFGPGVGSFF LIAFIVLLGC KLLNAMSYTK LANVACNLGS LSVFLLHGSI201  IFPIAATMAV GAFVGANLGA RFAVRFGSKL IKPLLIVISI SMAVKLLIDE251  RNPLYQMIVS MF*ORF109a和ORF109-1显示在262个氨基酸的重叠区内有99.2％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf109a.pep MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf109-1    MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf109a.pep TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFAGGVVGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
         |||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||orf109-1    TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFYGGVAGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf109a.pep  KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf109-1     KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf109a.pep  LANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIAATMAVGAFVGANLGARFAVRFGSKLIKPLLIVISI
         ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||orf109-1     LANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIAATMAVGAFVGANLGARFAVRFGSKLIKPLLIVISI
                190       200       210       220       230       240
                250       260orf109a.pep  SMAVKLLIDERNPLYQMIVSMFX
         |||||||||||||||||||||||orf109-1     SMAVKLLIDERNPLYQMIVSMFX
                250       260
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF109显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF109.ng)在重叠的231个氨基酸内有98.3％的相同性：orf109.pep MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA 60
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf109ng   MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA 60orf109.pep TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFVGGVAGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP 120
       |||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||orf109ng   TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFAGGVVGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP 120orf109.pep KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVXTAFGFLRRCVRTGCRLVFSDCLYCFARLQAVERDVLHQ 180
       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf109ng   KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVATAFGFLRRCVRTGCRLVFSDCLYCFARLQAVERDVLHQ 180orf109.pep IGERCLQSWFAIGIPAARFDYFPDCGNDGGRCVCRCEFRCEICRTLRFEAD 231
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||orf109ng    IGERCLQSWFAIGIPAARFDYFPDCGNDGGRCVCRCEFRCEICRPLRFEAD  231
预计ORF109ng核苷酸序列<SEQ ID 379>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID380>:1  MEDLYIILAL GLVAMIAGFI DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNK51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIAA ASFAGGVYGA LSVSLVSKDI101  LLAVVPVLLI FYALYFYFSP KLDGSKEGKA RMSFFLFGLT VATAFGFLRR151  CVRTGCRLVF SDCLYCFARL QAVERDVLHQ IGERCLQSWF AIGIPAARFD201  YFPDCGNDGG RCVCRCEFRC EICRPLRFEA D*进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 381>:1  ATGGAAGATT TATACATAAT ACTCGCTTTG GGTTTGGTTG CGATGATCGC51  CGGATTTATC GATGCGATTG CGGGCGGGGG TGGTTTGATT ACGCTGCCTG101  CACTCTTGTT GGCAGGTATT CCTCCCGTGT CGGCAATTGC CACCAACAAG151  CTGCAAGCAG CCGCTGCTAC GTTTTCGGCT ACGGTTTCTT TTGCACGCAA201  AGGTTTGATT GATTGGAAGA AAGGTCTCCC GATTGCCGCA GCATCGTTTG251  CAGGCGGCGT GGTCGGTGCA TTATCGGTCA GCTTGGTTTC CAAAGATATT301  TTGCTGGCGG TCGTGCCGGT TTTGTTGATA TTTGTCGCGC TGTATTTTGT351  GTTTTCGCCC AAGCTCGACG GCAGTAAGGA AGGCAAAGCC AGAATGTCTT401  TTTTTCTATT CGGGCTGACG GTTGCACCGC TTTTGGGTTT TTACGACGGT451  GTGTTCGGAC CGGGTGTCGG CTCGTTTTTT CTGATTGCCT TTATTGTTTT501  GCTCGGCTGC AAGCTGTTGA ACGCGATGTC TTACACCAAA TTGGCGAACG551  TTGCTTGCAA TCTTGGTTCG CTATCGGTAT TCCTGCTGCA CGGTTCGATT601  ATTTTCCCGA TTGTGGCAAC GATGGCGGTC GGTGCGTTTG TCGGTGCGAA651  TTTAGGTGCG AGATTTGCCG TCCGCTTCGG TTCGAAGCTG ATTAAGCCGC701  TGCTGATTGT CATCAGCATT TCGATGGCTG TGAAATTGTT GATAGACGAG751  AGAAATCCGC TGTATCAGAT GATTGTTTCG ATGTTTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 382；ORF109ng-1>:1  MEDLYIILAL GLVAMIAGFI DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNK51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIAA ASFAGGVVGA LSVSLVSKDI101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA RMSFFLFGLT VAPLLGFYDG151  VFGPGVGSFF LIAFIVLLGC KLLNAMSYTK LANVACNLGS LSVFLLHGSI201  IFPIVATMAV GAFVGANLGA RFAVRFGSKL IKPLLIVISI SMAVKLLIDE251  RNPLYQMIVS MF*ORF109ng-1和ORF109-1显示在262个氨基酸的重叠区内有98.9％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf109ng-1.pep MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf109-1       MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf109ng-1.pep TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFAGGVVGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
           |||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||orf109-1       TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFVGGVAGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf109ng-1.pep KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf109-1       KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf109ng-1.pep LANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIVATMAVGAFVGANLGARFAVRFGSKLIKPLLIVISI
           ||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||orf109-1       LANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIAATMAVGAFVGANLGARFAVRFGSKLIKPLLIVISI
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260orf109ng-1.pep SMAVKLLIDERNPLYQMIVSMFX
           |||||||||||||||||||||||orf109-1       SMAVKLLIDERNPLYQMIVSMFX
                  250       260另外，ORF109ng-1显示出与一种假设的假单胞菌属蛋白同源：sp|P29942|YCB9_PSEDE COBO 3’区域中假设的27.4KD蛋白(ORF9)＞gi|94984|pir||I38164假设蛋白9-假单胞菌属＞gi|551929(M62866)ORF9[脱氮假单胞菌]长度=261评分=175位(439)，估计值=3e-43相同性=83/214(38％)，阳性=131/214(60％)，空隙=1/214(0％)询问：41  PPVSAIATNKLQXXXXXXXXXXXXXRKGLIDWKKGLPIXXXXXXXXXXXXXXXXXXXKDI 100
       PP+  + TNKLQ             R+G ++ K+ LP+                    D+目标：43  PPLQTLGTNKLQGLFGSGSATLSYARRGHVNLKEQLPMALMSAAGAVLGALLATIVPGDV 102询问：101 LLAVVPVLLIFVALYFVFSPKLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFF 160
       L A++P LLI +ALYF   P + G  +  +R++ F+F LT+ PL+GFYDGVFGPG GSFF目标：103 LKAILPFLLIAIALYFGLKPNM-GDVDQHSRVTPFVFTLTLVPLIGFYDGVFGPGTGSFF 161询问：161 LIAFIVLLGCKLLNAMSYTKLANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIVATMAVGAFVGANLGA 220
       ++ F+ L G  +L A ++TK  N   N+G+  VFL  G++++ +   M +G F+GA +G+目标：162 MLGFVTLAGFGVLKATAHTKFLNFGSNVGAFGVFLFFGAVLWKVGLLMGLGQFLGAQVGS 221询问：221 RFAVRFGSKLIKPLLIVISISMAVKLLIDERNPL 254
       R+A+  G+K+IKPLL+++SI++A++LL D  +PL目标：222 RYAMAKGAKIIKPLLVIVSIALAIRLLADPTHPL 255
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例52
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 383>:1  ..CTGCTAGGGT ATTGCATCGG TTATCGGTAC GGCTGTTGCA GCAAAACCAG51    CCGCAGACGG ATTATTTGGT CAAATTCGGA TCGTTTTGGG CGAG.ATTTT101    TGGTTTTCTG GGACTGTATG ACGTCTATGC TTCGGCATGG TTTGTCGTTA151    TCATGATGTT TTTGGTGGTT TCTACCAGTT TGTGCCTGAT TCGCAATGTG201    CCGCCGTTCT GGCGCGAAAT GAAGTCTTTT CGGGAAAAGG TTAAAGAAAA251    ATCTCTGGCG GCGATGCGCC ATTCTTCGCT GTTGGATGTA AAAATTGCGC301    CCGAGGTTGC CAAACGTTAT CTGGAAGTAC AAGGTTTTCA GGGGAAAACC351    ATTAACCGTG AAGACGGGTC GGTTCTGATT GCCGCCAAAA AAGGCACAAT401    GAACAAATGG GGCTATATCT TTGCCCATGT TGCTTTGATT GTCATTTGCC451    TGGGCGGGTT GATAGACAGT AACCTGCTGT TGAAACTGGG TATGCTGACC501    GGTCGGATTG TTCCGGACAA TCAGGCGGTT TATGCCAAGG ATTTC.AAGC551    CCGAAAGTAT .TTTGGGTGC gTCCAATCTC TCATTTAGGG GCAACGTCAA601    TATTTCCG.A GGGGCAGAgT GCGGATGTGG TTTTCCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 384 ORF110>:1  ..LLGIASVIGT LLQQNQPQTD YLVKFGSFWA XIFGFLGLYD VYASAWFVVI51    MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP101    EVAKRYLEVQ GFQGKTINRE DGSVLIAAKK GTMNKQGYIF AHVALIVICL151    GGLIDSNLLL KLGMLTGRIF RTIRRFMPRI XKPESXFGCV QSLI*GQRQY201    FXRGRVRMWF S*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的ORF88a的同源性
ORF110显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF88a在重叠的188个氨基酸内有91.5％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf88a.pep  MSKSRRSPPLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGSFWA
                                      ||||||||||:|||||||||||||||||||orf110                                    LLGIASVIGTLLQQNQPQTDYLVKFGSFWA
                                              10        20        30
                70        80        90       100       110       120orf88a.pep  QIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf110      XIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH
                40        50        60        70        80        90
               130       140       150       160       170       180orf88a.pep  SSLLDVKIAPEVAKRYLEVGGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf110      SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL
               100       110       120       130       140       150
               190       200       210       220       230       240orf88a.pep  GGLIDSNLLLKLGMLTGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF
        |||||||||||||||||||    :  : :  |||| :|orf110      GGLIDSNLLLKLGMLTGRIFRTIRRFMPRIXKPESXFGCVQSLIXGQRQYFXRGRVRMWF
               160       170       180       190       200       210
               250       260       270       280       290       300orf88a.pep  LNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLTorf110      SX
然而，ORF88和ORF110并不匹配，因为它们代表了同一蛋白上的两个不同片段。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF110显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF110.ng)在重叠的211个氨基酸内有88.6％的相同性：orf110.pep                                LLGIASVIGTLLQQNQPQTDYLVKFGSFWA 30
                                      ||||||||||:||||||||||||||| ||:orf110ng    MSKSRISPTLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGPFWT 60orf110.pep  XIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH 90
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf110ng    RIFDFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH 120orf110.pep  SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL 150
        |||||||||||||||||||:||||||::||||||||||||||||||||| ||||||||||orf110ng    SSLLDVKIAPEVAKRYLEVRGFQGKTVSREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIXAHVALIVICL 180orf110.pep  GGLIDSNLLLKLGMLTGRIFRTIRRFMPRIXKPESXFGCVQSLIXGQRQYFXRGRVRMWF 210
        | ||: |||||||||:| |||: || |||| |||| :| ||||| |||||| ||:|||||orf110ng    GRLINXNLLLKLGMLAGSIFRNNRRVMPRISKPESIWGGVQSLIKGQRQYFQRGKVRMWF 240
orf110.pep S 211
           |
orf110ng   S 241
预计全长ORF110ng核苷酸序列<SEQ ID 385>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 386>:1  MSKSRISPTL LSRPWFAFFS SMRFAVALLS LLGIASVIGT VLQQNQPQTD51  YLVKFGPFWT RIFDFLGLYD VYASAWFVVI MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW101  REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDYKIAP EVAKRYLEVR GFQGKTVSRE151  DGSVLIAAKK GTMNKWGYIX AHVALIVICL GRLINXNLLL KLGMLAGSIF201  RNNRRVMPRI SKPESIWGGV QSLIKGQRQY FQRGKVPMWF S*
根据淋球菌蛋白中存在推定的跨膜结构域的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。实施例53在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 387>:1  ATGCCGTCTG AAACACGCCT GCGGAACTTT ATCCGCGTCT TGATATTTGC51  CCTGGGTTTC ATCTTCCTGA ACGCCTGTTC GGAACAAACC GCGCAAACCG101  TTACCCTGCA AGGCGAAACG ATGGGCACGA CCTATACCGT CAAATACCTT151  TCAAATAATC GGGACAAACT CCCCTCACCT GCCGAAATAC AAAAACGCAT201  CGATGACGCG CTTAAAGAAG TCAACCGGCA GATGTCCACC TATCAGCCCG251  ACTCCGAAAT CAGCCGGTTC AACCAACACA CAGCCGGCAA GCCCCTCCGC301  ATTTCAAGCG ACTTCGCACA CGTTACTGCC GAAGCCGTCC GCCTGAACCG351  CCTGACACAC GGCGCGCTGG ACGTAACCGT CGGCCCCTTG GTCAACCTTT401  GGGGATTCGG CCCCGACAAA TCCGTTACCC GTGAACCGTC GCCGGAACAA451  ATCAAACAGG CGGCATCTTA TACGGGCATA GACAAAATCA TTTTGAAACA501  AGGCAAAGAT TACGCTTCCT TGAGCAAAAC CCACCCCAAG GCCTATTTGG551  ATTTATCTTC GATTGCCAAA GGCTTCGGCG TTGATAAAGT TGCGGGCGAA601  CTGGAAAAAT ACGGCATTCA AAATTATCTG GTCGAAATCG GCGGCGAGTT651  GCACGGCAAA GGCAAAAACG CGCGCGGCGA ACCGTGGCGC ATCGGTATCG701  AGCAGCCCAA TATCGTCCAA GGCGGCAATA CGCAGATTAT CGTCCCGCTG751  AACAACCGTT CGCTTGCCAC TTCCGGCGAT TACCGTATTT TCCACGTCGA801  TAAAAACGGC AAACGCCTCT CCCATATCAT CAACCCGAAC AACAAACGAC851  CCATCAGCCA CAACCTCGCC TCCATCAGCG TGGTCGCAGA CAGTGCGATG901  ACGGCGGACG GCTTGTCCAC AGGATTATTC GTATTGGGCG AAACCGAAGC951  CTTAAAGCTG GCAGAGCGCG AAAAACTCGC TGTTTTCCTG ATTGTCAGGG1001 ATAAAGGCGG CTACCGCACC GCCATGTCTT CCGAATTTGA AAAACTGCTC1051 CGCTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 388；ORF111>:1  MPSETRLPNF IRVLIFALGF IFLNACSEQT AQTVTLQGET MGTTYTVKYL51  SNNRDKLPSP AEIQKRIDDA LKEVNRQMST YQPDSEISRF NQHTAGKPLR101  ISSDFAHVTA EAVRLNRLTH GALDVTVGPL VNLWGFGPDK SVTREPSPEQ151  IKQAASYTGI DKIILKQGKD YASLSKTHPK AYLDLSSIAK GFGVDKVAGE201  LEKYGIQNYL VEIGGELHGK GKNARGEPWR IGIEQPNIVQ GGNTQIIVPL251  NNRSLATSGD YRIFHVDKNG KRLSHIINPN NKRPISHNLA SISVVADSAM301  TADGLSTGLF VLGETEALKL AEREKLAVFL IVRDKGGYRT AMSSEFEKLL351  R*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF111显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF111a)在重叠的351个氨基酸内有96.9％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf111a.pep  MPSETRLPNFIRTLIFALSFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDXLPSP
         ||||||||||||:|||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||orf111       MPSETRLPNFIRVLIFALGFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDKLPSP
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf111a.pep  AEIQXRIDDALKEVNRQMSTYQPDSEISRFNQHTAGKPLRISSDFAHVTAEAVHLNRLTH
         |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||orf111       AEIQKRIDDALKEVNRQMSTYQPDSEISRFNQHTAGKPLRISSDFAHVTAEAVRLNRLTH
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf111a.pep  GALDVTVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILKQGKDYASLSKTHPK
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf111       GALDVTVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILKQGKDYASLSKTHPK
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf111a.pep  AYLDLSSIAKGFGVDXVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKXKNARGEPWRIGIEQPNIVQ
         ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||orf111       AYLDLSSIAKGFGVDKVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKGKNARGEPWRIGIEQPNIVQ
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf111a.pep  GGNTQIIVPLNNRSXATSGDYRIFHVDKSGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVXADSAM
         |||||||||||||| |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||| |||||orf111       GGNTQIIVPLNNRSLATSGDYRIFHVDKNGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVVADSAM
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350orf111a.pep  TADGXSTGLFVLGETEALKLAEREKLAVFLIVRDKGGYRTAMSSEFEKLLRX
         |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf111       TADGLSTGLFVLGETEALKLAEREKLAVFLIVRDKGGYRTAMSSEFEKLLRX
                310       320       330       340       350全长ORF111a核苷酸序列<SEQ ID 389>是：1  ATGCCGTCTG AAACACGCCT GCCGAACTTT ATCCGCACCT TGATATTTGC51  CCTGAGTTTT ATCTTCCTGA ACGCCTGTTC GGAACAAACC GCGCAAACCG101  TTACCCTGCA AGGTGAAACG ATGGGCACGA CCTATACCGT CAAATACCTT151  TCAAATAATC GGGACNAACT CCCNTCACCT GCCGAAATAC AAAANCGCAT201  CGATGACGCG CTTAAAGAAG TCAACCGGCA GATGTCCACC TATCAGCCCG251  ACTCCGAAAT CAGCCGGTTC AACCAACACA CAGCCGGCAA GCCCCTCCGC301  ATTTCAAGCG ACTTCGCACA CGTTACTGCC GAAGCCGTCC ACCTGAACCG351  CCTGACACAC GGCGCGCTGG ACGTAACCGT CGGCCCCTTG GTCAACCTTT401  GGGGATTCGG CCCCGACAAA TCCGTTACCC GTGAACCGTC GCCGGAACAA451  ATCAAACAAG CAGCATCTTA TACGGGCATA GACAAAATCA TTTTGAAACA501  AGGCAAAGAT TACGCTTCCT TGAGCAAAAC CCACCCCAAG GCCTATTTGG551  ATTTATCTTC GATTGCCAAA GGCTTCGGCG TTGATNANGT TGCGGGCGAA601  CTGGAAAAAT ACGGCATTCA AAATTATCTG GTCGAAATCG GCGGNGAGTT651  GCACGGCAAA GNCAAAAACG CGCGCGGCGA ACCTTGGCGC ATCGGCATCG701  AACAGCCCAA CATCGTCCAA GGCGGCAATA CGCAGATTAT CGTCCCGCTG751  AACAACCGTT CGNTTGCCAC TTCCGGCGAT TACCGTATTT TCCACGTCGA801  TAAAAGCGGC AAACGCCTCT CCCATATCAT TAATCCGAAC AACAAACGAC851  CCATCAGCCA CAACCTCGCC TCCATCAGCG TGNTCGCAGA CAGTGCGATG901  ACGGCGGACG GCTTNTCCAC AGGATTATTC GTATTGGGCG AAACCGAAGC951  CTTAAAGCTG GCAGAGCGCG AAAAACTCGC TGTTTTCCTG ATTGTCAGGG1001 ATAAAGGCGG CTACCGCACC GCCATGTCTT CCGAATTTGA AAAACTGCTC1051 CGCTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 390>:
1 MPSETRLPNF IRTLIFALSF IFLNACSEQT AQTVTLQGET MGTTYTVKYL 51  SNNRDXLPSP AEIQXRIDDA LKEVNRQMST YQPDSEISRF NQHTAGKPLR101  ISSDFAHVTA EAVHLNRLTH GALDVTVGPL VNLWGFGPDK SVTREPSPEQ151  IKQAASYTGI DKIILKQGKD YASLSKTHPK AYLDLSSIAK GFGVDXVAGE201  LEKYGIQNYL VEIGGELHGK XKNARGEFWR IGIEQPNIYQ GGNTQIIVPL251  NNRSXATSGD YRIFHVDKSG KRLSHIINPN NKRPISHNLA SISVXADSAM301  TADGXSTGLF VLGETEALKL AEREKLAVFL IVRDKGGYRT AMSSEFEKLL351  R*
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF111显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF111.ng)在重叠的351个氨基酸内有96.6％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf111ng    MPSETRLPNLIRALIFALGFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDKLPSP
        |||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf111      MPSETRLPNFIRVLIFALGFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDKLPSP
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf111      AKIQKRIDDALKEVNRQMSTYQTDSEISRFNQHTAGKPLRISSDFAHVTAEAVRLNRLTH
        |:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf111      AEIQKRIDDALKEVNRQMSTYQPDSEISRFNQHTAGKPLRISSDFAHVTAEAVRLNRLTH
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf111ng    GALDVTVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILQQGKDYASLSKTHPK
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||orf111      GALDVTVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILKQGKDYASLSKTHPK
               130       140       150       160       170       180
               190       200       210       220       230       240orfI1Ing    AYLDLSSIAKGFGVDKVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKGKNAHGEPWRIGIEQPNIIQ
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||:|orf111      AYLDLSSIAKGFGVDKVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKGKNARGEPWRIGIEQPNIVQ
               190       200       210       220       230       240
               250       260       270       280       290       300orf111ng    GGNTQIIVPLNNRSLATSGDYRIFHVDKNGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVVSDSAM
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||orf111      GGNTQIIVPLNNRSLATSGDYRIFHVDKNGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVVADSAM
               250       260       270       280       290       300
               310       320       330       340       350orf111ng    TADGLSTGLFVLGETEALRLAEQEKLAVFLIVRDKDGYRTAMSSEFAKLLRX
        ||||||||||||||||||:|||:|||||||||||| |||||||||| |||||orf111      TADGLSTGLFVLGETEALKLAEREKLAVFLIVRDKGGYRTAMSSEFEKLLRX
               310       320       330       340       350全长ORF111ng核苷酸序列<SEQ ID 391>是：1  ATGCCGTCTG AAACACGCCT GCCGAACCTT ATCCGCGCCT TGATATTTGC51  CCTGGGTTTC ATCTTCCTGA ACGCCTGTTC GGaacaaacC GCGCAaaccg101  TTACCCTGCA AGGCGAAAcg aTGGGTACGA CCTATACCGT CAAATACCTT151  TCAAATAATC GGGACAAACT CCCCTCCCCT GCCAAAATAC AAAAGCGCAT201  TGATGATGCG CTTAAAGAAG TCAACCGGCA GATGTCCACC TACCAGACCG251  ATTCCGAAAT CAGCCGGTTC AACCAACACA CAGCCGGCAA GCCCCTCCGC301  ATTTCAAGCG ATTTCGCACA CGTTACCGCC GAAGCCGTCC GCCTGAACCG351  CCTGACTCAC GGCGCACTGG ACGTAACCGT CGGCCCTTTG GTCAACCTTT401  GGGGGTTCGG CCCCGACAAA TCCGTTACCC GTGAACCGTC GCCGGAACAA451  ATCAAACAGG CGGCATCTTA TACGGGCATA GACAAAATCA TTTTGCAACA501  AGGCAAAGAT TACGCTTCCT TGAGCAAAAC CCACCCCAAA GCCTATTTGG 551  ATTTATCTTC GATTGCCAAA GGCTTCGGCG TTGATAAAGT TGCGGGCGAA601  CTGGAAAAAT ACGGCATTCA AAATTATCTG GTCGAAAtcg gcggcGAGTT651  GCACGGCAAA GGCAAAAATG CGCACGGCGA ACCGTGGCGC ATCGGTATAG701  AGCAACCCAA TATCATCCAA GgcgGCAata CGCAGATTAt cgtcccgctg751  aaCaaccgtt cgctTGCCAC TTCCGGCGAT TAccgtaTTT tccacgtcgA801  TAAAAAcggc aaacgccttt cccacaTCAT CAATCCCaAC aacAAACgac851  ccATCAGcca caacctcgcc tccatcagcg tggtctcAGA CAGTGCAATG901  ACGGCGGACG GTTtatCCAC AGGATTATTT GTTTTAGGCG AAACCGAAGC951  CTTAAGGCTG GCAGAACAAG AAAAACTCGC TGTTTTCCTA ATTGTCCGGG1001  ATAAGGACGG CTACCGCACC GCCATGTCTT CCGAATTTGC CAAGCTGCTC1051  CGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 392>：1  MPSETRLPNL IRALIFALGF IFLNACSEQT AQTVTLQGET MGTTYTVKYL51  SNNRDKLPSP AKIQKRIDDA LKEVNRQMST YQTDSEISRF NQHTAGKPLR101  ISSDFAHVTA EAVRLNRLTH GALDVTVGPL VNLWGFGPDK SVTREPSPEQ151  IKQAASYTGI DKIILQAGKD YASLSKTHPK AYLDLSSIAK GFGVDKVAGE201  LEKYGIQNYL VEIGGELHGK GKNAHGEPWR IGIEQPNIIQ GGNTQIIVPL251  NNRSLATSGD YRIFHVDKNG KRLSHIINPN NKRPISHNLA SISVVSDSAM301  TADGLSTGLF VLGETEALRL AEQEKLAVFL IVRDKDGYRT AMSSEFAKLL351  R*
该蛋白显示出与一种假设的流感嗜血菌的脂蛋白前体同源：
sp|P44550|YOJL_HAEIN假设的脂蛋白HI0172前体＞gi|1074292|pir|4假设蛋白HI0172-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)＞gi|1573128(U32702)假设的[流感嗜血菌]长度=346
评分=353位(896)，估计值=9e-97
相同性=181/344(52％)，阳性=247/344(71％)，空隙=4/344(1％)
询问：7  LPNLIRALIFALGFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDKLPSPAKIQKR 66
          +  LI  +I     + L AC ++T + ++L G+TMGTTY VKYL +      S  K  +
目标：1  MKKLISGIIAVAMALSLAACQKET-KVISLSGKTMGTTYHVKYLDDGSITATSE-KTHEE 58
询问：67 IDDALKEVNRQMSTYQTDSEISRFNQHT-AGKPLRISSDFAHVTAEAVRLNRLTHGALDV 125
          I+  LK+VN +MSTY+ DSE+SRFNQ+T    P+ IS+DFA V AEA+RLN++T GALDV
目标：59 IEAILKDVNAKMSTYKKDSELSRFNQNTQVNTPIEISADFAKVLAEAIRLNKVTEGALDV 118
询问：126 TVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILQQGKDYASLSKTHPKAYLDL 185
           TVGP+VNLWGFGP+K   ++P+PEQ+ +  ++ GIDKI L   K+ A+LSK  P+ Y+DL
目标：119 TVGPVVNLWGFGPEKRPEKQPTPEQLAERQAWVGIDKITLDTNKEKATLSKALPQVYVDL 178
询问：186 SSIAKGFGVDKVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKGKNAHGEPWRIGIEQPNIIQGGNTQ 245
           SSIAKGFGVD+VA +LE+   QNY+VEIGGE+  KGKN  G+PW+I IE+P        +
目标：179 SSIAKGFGVDQVAEKLEQLNAQNYMVEIGGEIRAKGKNIEGKPWQIAIEKPTTTGERAVE 238
询问：246 IIVPLNNRSLATSGDYRIFHVDKNGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVVSDSAMTADGL 305
            ++ LNN  +A+SGDYRI+  ++NGKR +H I+P    PI H+LASI+V++ ++MTADGL
目标：239 AVIGLNNMGMASSGDYRIY-FEENGKRFAHEIDPKTGYPIQHHLASITVLAPTSMTADGL 297
询问：306 STGLFVLGETEALRLAEQEKLAVFLIVRDKDGYRTAMSSEFAKL 349
           STGLFVLGE +AL +AE+  LAV+LI+R  +G+ T  SS F KL
目标：298 STGLFVLGEDKALEVAEKNNLAVYLIIRTDNGFVTKSSSAFKKL 341
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例54
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 393>:
1  ..CCGTGCCGCC GACAGGGCGA CGACGTGTAT GCGGCGCACG CGTCCCGTCA 51  AAAATTGTGG CTGCGCTTCA TCGGCGGCCG GTCGCATCAA AATATACGGG101  GCGGCGCGGC TGCGGACGGG TGGCGCAAAG GCGTGCAAAT CGGCGGCGAG151  GTGTTTGTAC GGCAAAATGA AGGCAGCCkA yTGGCAATCG GCGTGATGGG201  CGGCAGGGCC GGCCAGCACG CwTCAGTCAA CGGCAAAGGC GGTGCGGCAG251  gCAGTGATTT GTATGGTTAT GgCGGGGgTG TTTATGCTgC GTGGCATCAG301  TTGCGCGATA AACAAACGGG TgCGTATTTG GACGGCTGGT TGCAATACCA351  ACGTTTCAAA CACCGCATCA ATGATGAAAA CCGTGCGGAA CgCTACAAAA401  CCAAAGGTTG GACGGCTTCT GTCGAAGGCG GCTACAACGC GCTTGTGGCG451  GAAGGCATTG TCGGAAAAGG CAATAATGTG CGGTTTTACC TACAACCGCA501  GgCGCAGTTT ACCTACTTGG GCGTAAACGG CGGCTTTACC GACAGCGAGG551  GGACGGCGGT CGGACTGCTC GGCAGCGGTC AGTGGCAAAG CCGCGCCGGC601  AtTCGGGCAA AAACCCGTTT TGCTTTGCGT AACGGTGTCA ATCTTCAGCC651  TTTTGCCGCT TTTAATGTtt TGCACAGGTC AAAATCTTTC GGCGTGGAAA701  TGGACGGCGA AAAACAGACG CTGGCAGGCA GGACGGCACT CGAAGGGCGG751  TTCGGTATTG AAGCCGGTTG GAAAGGCCAT ATGTCCGCA..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 394；ORF35>:1..PCRRQGDDVY AAHASRQKLW LRFIGGRSHQ NIRGGAAADG WRKGVQIGGE51  VFVRQNEGSX LAIGVMGGRA GQHASVNGKG GAAGSDLYGY GGGVYAAWHQ101  LRDKQTGAYL DGWLQYQRFK HRINDENRAE RYKTKGWTAS VEGGYNALVA151  EGIVGKGNNV RFYLQPQAQF TYLGVNGGFT DSEGTAVGLL GSGQWQSRAG201  IRAKTRFALR NGVNLQPFAA FNYLHRSKSF GVEMDGEKQT LAGRTALEGR251  FGIEAGWKGH MSA..该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与脑膜炎奈瑟球菌的推定分泌性VirG-同系物(登录号A32247)的同源性ORF和virg-h蛋白显示在261个氨基酸的重叠区内有51％的氨基酸相同性：Orf35  5   QGDDVYAAHASRQKLWLRFIGGRSHQNIRGGAA-ADGWRKGVQIGGEVFVRQNEGSXLAI 63
       +  D++     R+ LWLR I G S+Q ++G  A  +G+RKGVQ+GGEVF  QNE + L+Ivirg-h 396 KNSDIFDRTLPRKGLWLRVIDGHSNQWVQGKTAPVEGYRKGVQLGGEVFTWQNESNQLSI 455Orf35  64  GVMGGRAGQHASVNGKG--GAAGSDLYGYGGGVYAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKH 121
       G+MGG+A Q ++ +          ++ G+G GVYA WHQL+DKQTGAY D W+QYQRF+Hvirg-h 456 GLMGGQAEQRSTFHNPDTDNLTTGNVKGFGAGVYATWHQLQDKQTGAYADSWMQYQRFRH 515Orf35  122 RINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAEGIVGKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTD 181
       RIN E+  ER+ +KG TAS+E GYNAL+AE    KGN++R YLQPQAQ TYLGVNG F+Dvirg-h 516 RINTEDGTERFTSKGITASIEAGYNALLAEHFTKKGNSLRVYLQPQAQLTYLGVNGKFSD 575Orf35  182 SEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRNGVNLQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTL 241
       SE   V LLGS Q Q+R G++AK +F+L   + ++PFAA N L+ +K FGVEMDGE++ +virg-h 576 SENAHVNLLGSRQLQTRVGVQAKAQFSLYKNIAIEPFAAVNALYHNKPFGVEMDGERRVI 635Orf35  242 AGRTALEGRFGIEAGWKGHMS 262
         +TA+E + G+    K H++virg-h 636 NNKTAIESQLGVAVKIKSHLT 656
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF35显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF35a)在重叠的259个氨基酸内有96.9％的相同性：
                                          10        20        30orf35. pep                            PCRRQGDDVYAAHASRQKLWLRFIGGRSHQNIRG
                                      :|||||||  ||||||||||||| ||||||orf35a      QRLAIPEAEAVLYAQQAYAANTLFGLRAADRGDDVYAADPSRQKLWLRFIGGRSHQNIRG
       310       320       330       340       350       360
            40        50        60        70        80        90orf35.pep GAAADGWRKGVQIGGEVFVRQNEGSXLAIGVMGGRAGQHASVNGKGGAAGSDLYGYGGGV
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |:||||||orf35a    GAAADGRRKGVQIGGEVFVRQNEGSRLAIGVMGGRAGQHASVNGKGGAAGSYLHGYGGGV
     370       380       390       400       410       420
         100       110       120       130       140       150orf35.pep YAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKHRINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAEGIV
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|orf35a    YAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKHRINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAEGVV
     430       440       450       460       470       480
         160       170       180       190       200       210orf35.pep GKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTDSEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRNGVN
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf35a    GKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTDSEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRNGVN
     490       500       510       520       530       540
         220       230       240       250       260orf35.pep LQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTLAGRTALEGRFGIEAGWKGHMSA
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf35a    LQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTLAGRTALEGRFGIEAGWKGHMSARIGYGKRTDGD
     550       560       570       580       590       600orf35a    KEAALSLKWLFX
     610       620全长ORF35a核苷酸序列<SEQ ID 395>是：1  ATGTTCAGAG CTCAGCTTGG TTCAAATACT CGTTCTACCA AAATCGGCGA51  CGATGCCGAT TTTTCATTTT CAGACAAGCC GAAACCCGGC ACTTCCCATT101  ATTTTTCCAG CGGTAAAACC GATCAAAATT CATCCGAATA TGGGTATGAC151  GAAATCAATA TCCAAGGTAA AAACTACAAT AGCGGCATAC TCGCCGTCGA201  TAATATGCCC GTTGTTAAGA AATATATTAC AGATACTTAC GGGGATAATT251  TAAAGGATGC GGTTAAGAAG CAATTACAGG ATTTATACAA AACAAGACCC301  GAAGCTTGGG AAGAAAATAA AAAACGGACT GAGGAGGCGT ATATAGAACA351  GCTTGGACCA AAATTTAGTA TACTCAAACA GAAAAACCCC GATTTAATTA401  ATAAATTGGT AGAAGATTCC GTACTCACTC CTCATAGTAA TACATCACAG451  ACTAGTCTCA ACAACATCTT CAATAAAAAA TTACACGTCA AAATCGAAAA501  CAAATCCCAC GTCGCCGGAC AGGTGTTGGA ACTGACCAAG ATGACGCTGA551  AAGATTCCCT TTGGGAACCG CGCCGCCATT CCGACATCCA TATGCTGGAA601  ACTTCCGATA ATGCCCGCAT CCGCCTGAAC ACGAAAGATG AAAAACTGAC651  CGTCCATAAA GCGTATCAGG GCGGTGCGGA TTTCCTGTTC GGCTACGACG701  TGCGGGAGTC GGACAAACCC GCCCTGACCT TTGAAGAAAA AGTCAGCGGA751  CAATCCGGCG TGGTTTTGGA ACGCCGGCCG GAAAATCTGA AAACGCTCGA801  CGGGCGCAAA CTGATTGCGG CGGAAAAGGC AGACTCTAAT TCGTTTGCGT851  TTAAACAAAA TTACCGGCAG GGACTGTACG AATTATTGCT CAAGCAATGC901  GAAGGCGGAT TTTGCTTGGG CGTGCAGCGT TTGGCTATCC CCGAGGCGGA951  AGCGGTTTTA TATGCCCAAC AGGCTTATGC GGCAAATACT TTGTTCGGGC1001  TGCGTGCCGC CGACAGGGGC GACGACGTGT ATGCCGCCGA TCCGTCCCGT1051  CAAAAATTGT GGCTGCGCTT CATCGGCGGC CGGTCGCATC AAAATATACG1101  GGGCGGCGCG GCTGCGGACG GGCGGCGCAA AGGCGTGCAA ATCGGCGGCG1151  AGGTGTTTGT ACGGCAAAAT GAAGGCAGCC GGCTGGCAAT CGGCGTGATG1201  GGCGGCAGGG CTGGCCAGCA CGCATCAGTC AACGGCAAAG GCGGTGCGGC1251  AGGCAGTTAT TTGCATGGTT ATGGCGGGGG TGTTTATGCT GCGTGGCATC1301  AGTTGCGCGA TAAACAAACG GGTGCGTATT TGGACGGCTG GTTGCAATAC1351  CAACGTTTCA AACACCGCAT CAATGATGAA AACCGTGCGG AACGCTACAA1401  AACCAAAGGT TGGACGGCTT CTGTCGAAGG CGGCTACAAC GCGCTTGTGG1451  CGGAAGGCGT TGTCGGAAAA GGCAATAATG TGCGGTTTTA CCTGCAACCG1501  CAGGCGCAGT TTACCTACTT GGGCGTAAAC GGCGGCTTTA CCGACAGCGA1551  GGGGACGGCG GTCGGACTGC TCGGCAGCGG TCAGTGGCAA AGCCGCGCCG1601  GCATTCGGGC AAAAACCCGT TTTGCTTTGC GTAACGGTGT CAATCTTCAG1651  CCTTTTGCCG CTTTTAATGT TTTGCACAGG TCAAAATCTT TCGGCGTGGA1701  AATGGACGGC GAAAAACAGA CGCTGGCAGG CAGGACGGCG CTCGAAGGGC1751  GGTTCGGCAT TGAAGCCGGT TGGAAAGGCC ATATGTCCGC ACGCATCGGA1801  TACGGCAAAA GGACGGACGG CGACAAAGAA GCCGCATTGT CGCTCAAATG1851  GCTGTTTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 396>:1  MFRAQLGSNT RSTKIGDDAD FSFSDKPKPG TSHYFSSGKT DQNSSEYGYD51  EINIQGKNYN SGILAVDNMP VVKKYITDTY GDNLKDAVKK QLQDLYKTRP101  EAWEENKKRT EEAYIEQLGP KFSILKQKNP DLINKLVEDS VLTPHSNTSQ151  TSLNNIFNKK LHVKIENKSH VAGQVLELTK MTLKDSLWEP RRHSDIHMLE201  TSDNARIRLN TKDEKLTVHK AYQGGADFLF GYDVRESDKP ALTFEEKVSG251  QSGVVLERRP ENLKTLDGRK LIAAEKADSN SFAFKQNYRQ GLYELLLKQC301  EGGFCLGVQR LAIPEAEAVL YAQQAYAANT LFGLRAADRG DDVYAADPSR351  QKLWLRFIGG RSHQNIRGGA AADRRKGVQ  IGGEVFVRQN EGSRLAIGVM401  GGRAGQHASV NGKGGAAGSY LHGYGGGVYA AWHQLRDKQT GAYLDGWLQY451  QRFKHRINDE NRAERYKTKG WTASVEGGYN ALVAEGVVGK GNNVRFYLQP501  QAQFTYLGVN GGFTDSEGTA VGLLGSGQWQ SRAGIRAKTR FALRNGVNLQ551  PFAAFNVLHR SKSFGVEMDG EKQTLAGRTA LEGRFGIEAG WKGHQSARIG601  YGKRTDGDKE AALSLKWLF*
与淋病奈瑟球菌的预计QRF的同源性
ORF35显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF35ngh)在重叠的261个氨基酸内有51.7％的相同性：orf35.pep                             PCRRQGDDVYAAHASRQKLWLRFIGGRSHQNIRG   34
                                      :::|::     |: |||| | |:|:| ::|orf35ngh    FTKVQERDDIAIYAQQAQAANTLFALRLNDKNSDIFDRTLPRKGLWLRVIDGHSNQWVQG  370orf35.pep   GAA-ADGWRKGVQIGGEVFVRQNEGSXLAIGVMGGRAGQHASVNGKG--GAAGSDLYGYG   91
         :| ::|:|||||:|||||: |||:: |:||:|||:| |:::  :    : : ::: |:|orf35ngh    KTAPVEGYRKGVQLGGEVFTWQNESNQLSIGLMGGQAEQRSTFRNPDTDNLTTGNVKGFG  430orf35.pep   GGVYAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKHRINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAE  151
        :||||:||||:||||| |:|:|:||| |:|||| |  :||: :|| |||:|:|||||:||orf35ngh    AGVYATWHQLQDKQTGAYVDSWMQYQRFRHRINTEYATERFTSKGITASIEAGYNALLAE  490orf35.pep   GIVGKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTDSEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRN  211
         :: |||::| |||||||:||||||| |:|||:: |:|||| | |||:|::||::||: |orf35ngh    HFTKKGNSLRVYLQPQAQLTYLGVNGKFSDSENAQVNLLGSRQLQSRVGVQAKAQFAFTN  550orf35.pep   GVNLQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTLAGRTALEGRFGIEAGWKGHMSA          263
        ||::|||:| | ::::| ||||:||::::: ::|::| ::|: |  |:|::orf35ngh    GVTFQPFVAVNSIYQQKPFCVEIDGDRRVINNKTVIETQLGVAAKIKSHLTLQASFNRQT  610
预计部分ORF35ngh核苷酸序列<SEQ ID 397>编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEQ ID 398>:1..KKLRDRNSEY WKEETYHIKS NGRTYPNIPA LFPKHPFDPF ENINNSKKIS51  FYDKEYTEDY LVGFARGFGV EKRNGEEEKP LRQYFKDCVN TENSNNDNCK101  ISSFGNYGPI LIKSDIFALA SQIKNSHINS EILSVGNYIE WLRPTLNKLT151  GWQEHLYAGL DPFHYIEVTD NSHVIGQTID LGALELTNSL WKPRWNSNID201  YLITKNAEIR FNTKNESLLV KEDYAGGARF RFAYDLKDKV PEIPVLTFEK251  NITGTSDIIF EGKALDNLKH LDGHQIVKVN DTADKDAFRL SSKYRKGIYT301  LSLQQRPEGF FTKVQERDDI AIYAQQAQAA NTLFALRLND KNSDIFDRTL351  PRKGLWLRVI DGHSNQWVQG KTAPVEGYRK GVQLGGEVFT WQNESNQLSI401  GLMGGQAEQR STFRNPDTDN LTTGNVKGFG AGVYATWHQL QDKQTGAYVD451  SWMQYQRFRH RINTEYATER FTSKGITASI EAGYNALLAE HFTKKGNSLR501  VYLQPQAQLT YLGVNGKFSD SENAQVNLLG SRQLQSRVGV QAKAQFAFTN551  GVTFQPFVAV NSIYQQKPFG VEIDGDRRVI NNKTVIETQL GVAAKIKSHL601  TLQASFNRQT SKHHHAKQGA LNLQWTF*
根据该预测，脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例55
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 399>:1  ..GCGGAATATG TTCAGTTCTC TATAGATTTG TTCAGTGTGG GTAAATCGGG51    GGGCGGTATA CCTAAGGCTA AGCCTGTGTT TGATGCGAAA CCGAGATGGG101    AGGTTGATAG GAAGCTTAAT AAATTGACAA CTCGTGAGCA GGTGGAGAAA151    AATGTTCAGG AAACGAGAAG AAGGAGTCAG AGTAGTCAGT TTAAAGCCCA201    TGCGCAACGA GAATGGGAAA ATAAAACAGG GTTAGATTTT AATCATTTTA251    TAGGTGGTGA TATCAATAAA AAAGGCACAG TAACAGGAGG GCATAGTCTA301    ACCCGTGGTG ATGTACGGGT GATACAACAA ACCTCGGCAC CTGATAAACA351    TGGGGT.TTA TCAAGCGACA GTGGAAATTN A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 400；ORF46>:1  ..AEYVQFSIDL FSVGKSGGGI PKAKPVFDAK PRWEVDRKLN KLTTREQVEK51    NVQETRRRSQ SSQFKAHAQR EWENKTGLDF NHFIGGDINK KGTVTGGHSL101    TRGDVRVIQQ TSAPDKHGXL SSDSGNX进一步的工作进一步揭示了部分核苷酸序列<SEQ ID 401>:1  ..GCAGTGTGCC TnCCGATGCA TGCACACGCC TCAnATTTGG CAAACGATTC51    TTTTATCCGG CAGGTTCTCG ACCGTCAGCA TTTCGAACCC GACGGGAAAT101    ACCACCTATT CGGCAGCAGG GGGGAACTTG CCGAGCGCCA GTCTCATATC151    GGATTGGGAA AAATACAAAG CCATCAGTTG GGCAACCTGA TGATTCAACA201    GGCGGCCATT AAAGGAAATA TCGGCTACAT TGTCCGCTTT TCCGATCACG251    GGCACGAAGT CCATTCCCCs TTCGACAACC ATGCCTCACA TTCCGATTCT301    GATGAAGCCG GTAGTCCCGT TGACGGATTT AGCCTTT.ACC GCATCCATTG351    GGACGGATAC GAACACCATC CCGCCGACGG CTATGACGGG CCACAGGGCG401    GCGGCTATCC CGCTCCCAAA GGCGCGAGGG ATATATACAG TTACGACATA451    AAAGGCGTTG CCCAAAATAT CCGCCTCAAC CTGACCGACA ACCGCAGCAC501    CGGACAACGG CTTGCCGACC GTTTCCACAA TGCCGGTAGT ATGCTGACGC551    AAGGAGTAGG CGACGGATTC AAACGCGCCA CCCGATACAG CCCCGAGCTG601    GACAGATCGG GCAATGCCGC CGAAGCCTTC AACGGCACTG CAGATATCGT651    TAAAAACATC ATCGGCGCTG CAGGAGAAAT TGT它对应于氨基酸序列<SEQ ID 402；ORF46-1>:1  ..AVCLPMHAHA SXLANDSFIR QVLDRQHFEP DGKYHLFGSR GELAERQSHI51    GLGKIQSHQL GNLMIQQAAI KGNIGYIVRF SDHGHEVHSP FDNHASHSDS101    DEAGSPVDGF SLYRIHWDGY EHHPADGYDG PQGGGYPAPK GARDIYSYDI151    KGVAQNIRLN LTDNRSTGQR LADRFHNAGS MLTQGVGDGF KRATRYSPEL201    DRSGNAAEAF NGTADIVKNI IGAAGEI
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF46显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF64ng)在重叠的111个氨基酸内有98.2％的相同性：orf46.pep                AEYVQFSIDLFSVGKSGGGIPKAKPVFDAKPRWEVDRKLNKLTTR  45
                                    ||||||||||||||||||||||||||| |orf46ng   PKTGVPFDGKGFPNFEKHVKYDTKLDIQELSGGGIPKAKPVFDAKPRWEVDRKLNKLTTR 217orf46.pep EQVEKNVQETRRRSQSSQFKAHAQREWENKTGLDFNHFIGGDINKKGTVTGGHSLTRGDV 105
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||orf46ng   EQVEKNVQETRRRSQSSQFKAHAQREWENKTGLDFNHFIGGDINKKGAVTGGHSLTRGDV 277orf46.pep    RVIQQTSAPDKHGXLSSDSGN 126
         ||||||||||||| |||||||orf46ng      RVIQQTSAPDKHGVLSSDSGN 298
预计部分ORF46ng核苷酸序列<SEQ ID 403>编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEOID 404>:1  ..RRLKHCCHAR LGSAFHRKQD GAHQRFGRYG ATQRLCRSSH PRLGSPKPQC51    RTRHRSRQQY LYGSHPHQRD WSCPGKIQLG RHHGTSCRAV ADXRDRICER101    EIRRQRQXCR CRLGKIPSLS IPKYPLKLEQ RYGKENITSS TVPPSNGKNV151    KLADQRHPKT GVPFDGKGFP NFEKHVKYDT KLDIQELSGG GIPKAKPVFD201    AKPRWEVDRK LNKLTTREQV EKNVQETRRR SQSSQFKAHA QREWENKTGL251    DFNHFIGGDI NKKGAVTGGH SLTRGDVRVI QQTSAPDKHG VLSSDSGN*进一步的工作揭示了该完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 405>:1  TTGGGCATTT CCCGCAAAAT ATCCCTTATT CTGTCCATAC TGGCAGTGTG51  CCTGCCGATG CATGCACACG CCTCAGATTT GGcaAACGAT CCCTTTATCC101  GgCaggttcT CGaccGTCAG CATTTCGaac ccgacggGAa ATACCaCCTA151  TTcggCaGCA GGGGGGAGCT TgccnagcGC aacggccATa tcggattggG201  aaacaTAcaa Agccatcagt tGggccacct gatgattcaa caggcggccg251  ttgaaggaaA TAtcgGctac attgtccgct tttccgatca cgggcacaaa301  ttccattcgc ccttcGAcaa ccaTGCCTCA CATTCCGATT CTGACGAAGC351  CGGTAGTCCC GTTGACGGAT TCAGCCTTTA CCGCATCCAT TGGGACGGAT401  ACGAACACCA TCCCGCCGAC GGCTATGACG GGCCACAGGG CGGCGGCTAT451  CCCGCTCCCA AAGGCGCGAG GGATATATAC AGCTACGACA TAAAAGGCGT501  TGCCCAAAAT ATCCGCCTCA ACCTGACCGA CAACCGCAGC ACCGGACAAC551  GGCTTGCCGA CCGTTTCCAC AATGCCGGCG CTATGCTGAC GCAAGGAGTA601  GGCGACGGAT TCAAACGCGC CACCCGATAC AGCCCCGAGC TGGACAGATC651  GGGCAATGCc gccGAAGCCT TCAACGGCAC TGCAGATATC GTCAAAAACA701  TCATCGGCGC GGCAGGAGAA ATTGTCGGCG CAGGCGRTGC CGTGCagGGT751  ATAAGCGAAG GCTCAAACAT TGCTGTCATG CACGGCTTGG GTCTGCTTTC801  CACCGAAAAC AAGATGGCGC GCATCAACGA TTTGGCAGAT ATGGCGCAAC851  TCAAAGACTA TGCCGCAGCA GCCATCCGCG ATTGGGCAGT CCAAAACCCC901  AATGCCGCAC AAGGCATAGA AGCCGTCAGC AATATCTTTA TGGCAGCCAT951  CCCCATCAAA GGGATTGGAG CTGTCCGGGG AAAATACGGC TTGGGCGGCA1001  TCACGGCACA TCCTGTCAAG CGGTCGCAGA TGGGCGCGAT CGCATTGCCG1051  AAAGGGAAAT CCGCCGTCAG CGACAATTTT GCCGATGCGG CATACGCCAA1101  ATACCCGTCC CCTTACCATT CCCGAAATAT CCGTTCAAAC TTGGAGCAGC1151  GTTACGGCAA AGAAAACATC ACCTCCTCAA CCGTGCCGCC GTCAAACGGC1201  AAAAATGTCA AACTGGCAGA CCAACGCCAC CCGAAGACAG GCGTACCGTT1251  TGACGGTAAA GGGTTTCCGA ATTTTGAGAA GCACGTGAAA TATGATACGA1301  AGCTCGATAT TCAAGAATTA TCGGGGGGCG GTATACCTAA GGCTAAGCCT1351  GTGTTTGATG CGAAACCGAG ATGGGAGGTT GATAGGAAGC TTAATAAATT1401  GACAACTCGT GAGCAGGTGG AGAAAAATGT TCAGGAAACG AGAAGAAGGA1451  GTCAGAGTAG TCAGTTTAAA GCCCATGCGC AACGAGAATG GGAAAATAAA1501  ACAGGGTTAG ATTTTAATCA TTTTATAGGT GGTGATATCA ATAAGAAAGG1551  CACAGTAACA GGAGGGCATA GTCTAACCCG TGGTGATGTA CGGGTGATAC1601  AACAAACCTC GGCACCTGAT AAACATGGGG TTTATCAAGC GACAGTGGAA1651  ATTAAAAAGC CTGATGGAAG TTGGGAGGTG AAAACGAAAA AAGGTGGGAA1701  AGTGATGACC AAGCACACCA TGTTCCCAAA AGATTGGGAT GAGGCTAGAA1751  TTAGGGCTGA AGTTACTTCG GCTTGGGAAA GTAGAATAAT GCTTAAGGAT1801  AATAAATGGC AGGGTACAAG TAAATCGGGT ATTAAAATAG AAGGATTTAC1851  CGAACCTAAT AGAACAGCAT ATCCCATTTA TGAATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 406；ORF46ng-1>:1  LGISRKISLI LSILAVCLPM HAHASDLAND PFIRQVLDRQ HFEPDGKYHL51  FGSRGELAXR NGHIGLGNIQ SHQLGHLMIQ QAAVEGNIGY IVRFSDHGHK101  FHSPFDNHAS HSDSDEAGSP VDGFSLYRIH WDGYEHHPAD GYDGPQGGGY151  PAPKGARDIY SYDIKGVAQN IRLNLTDNRS TGQRLADRFH NAGAMLTQGV201  GDGFKRATRY SPELDRSGNA AEAFNGTADI VKNIIGAAGE IVGAGDAVQG251  ISEGSNIAVM HGLGLLSTEN KMARINDLAD MAQLKDYAAA AIRDWAVQNP301  NAAQGIEAVS NIFMAAIPIK GIGAVRGKYG LGGITAHPVK RSQMGAIALP351  KGKSAVSDNF ADAAYAKYPS PYHSRNIRSN LEQRYGKENI  TSSTVPPSNG401  KNVKLADQRH PKTGVPFDGK GFPNFEKHVK YDTKLDIQEL  SGGGIPKAKP451  VFDAKPRWEV DRKLNKLTTR EQVEKNVQET RRRSQSSQFK  AHAQREWENK501  TGLDFNHFIG GDINKKGTVT GGHSLTRGDV RVIQQTSAPD  KHGVYQATVE551  IKKPDGSWEV KTKKGGKVMT KHTMFPK1WD EARIRAEVTS  AWESRIMLKD601  NKWQGTSKSG IKIEGFTEPN RTAYPIYE*ORF46ng-1和ORF46-1显示在227个氨基酸的重叠区内有94.7％的相同性：
                              10        20        30        40orf46-1.pep               AVCLPMHAHASXLANDSFIRQVLDRQHFEPDGKYHLFGSRGELAER
                      ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |orf46ng-1   LGISRKISLILSILAVCLPMHAHASDLANDPFIRQVLDRQHFEPDGKYHLFGSRGELAXR
                10        20        30        40        50        60
          50        60        70        80        90       100orf46-1.pep QSHIGLGKIQSHQLGNLMIQQAAIKGNIGYIVRFSDHGHEVHSPFDNHASHSDSDEAGSP
        ::|||||:|||||||:|||||||::||||||||||||||: |||||||||||||||||||orf46ng-1   NGHIGLGNIQSHQLGHLMIQQAAVEGNIGYIVRFSDHGHKFHSPFDNHASHSDSDEAGSP
                70        80        90       100       110       120
         110       120       130       140       150       160orf46-1.pep VDGFSLYRIHWDGYEHHPADGYDGPQGGGYPAPKGARDIYSYDIKGVAQNIRLNLTDNRS
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf46ng-1   VDGFSLYRIHWDGYEHHPADGYDGPQGGGYPAPKGARDIYSYDIKGVAQNIRLNLTDNRS
               130       140       150       160       170       180
         170       180       190       200       210       220orf46-1.pep TGQRLADRFHNAGSMLTQGVGDGFKRATRYSPELDRSGNAAEAFNGTADIVKNIIGAAGE
        |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf46ng-1   TGQRLADRFHNAGAMLTQGVGDGFKRATRYSPELDRSGNAAEAFNGTADIVKNIIGAAGE
               190       200       210       220       230       240orf46-1.pep I
        |orf46ng-1   IVGAGDAVQGISEGSNIAVMHGLGLLSTENKMARINDLADMAQLKDYAAAAIRDWAVQNP
               250       260       270       280       290       300
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF46ng-1显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF46a)在重叠的486个氨基酸内有87.4％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf46a.pep  LGISRKISLILSILAVCLPMHAHASDLANDSFIRQVLDRQHFEPDGKYHLFGSRGELAER
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |orf46ng-1   LGISRKISLILSILAVCLPMHAHASDLANDPFIRQVLDRQHFEPDGKYHLFGSRGELAXR
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf46a.pep  SGHIGLGNIQSHQLGNLFIQQAAIKGNIGYIVRFSDHGHEVHSPFDNHASHSDSDEAGSP
        :||||||||||||||:|:|||||::|||||||||||||||: ||||||||||||||||||orf46ng-1   NGHIGLGNIQSHQLGHLMIQQAAVEGNIGYIVRFSDHGHKFHSPFDNHASHSDSDEAGSP
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf46a.pep  VDGFSLYRIHWDGYEHHPADGYDGPQGGGYPAPKGARDIYSYDIKGVAQNIRLNLTDNRS
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf46ng-1   VDGFSLYRIHWDGYEHHPADGYDGPQGGGYPAPKGARDIYSYDIKGVAQNIRLNLTDNRS
               130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf46a.pep   TGQRLVDRFHNTGSMLTQGVGDGFKRATRYSPELDRSGNAAEAFNGTADIVKNIIGAAGE
         |||||:|||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf46ng-1    TGQRLADRFHNAGAMLTQGVGDGFKRATRYSPELDRSGNAAEAFNGTADIVKNIIGAAGE
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf46a.pep   IVGAGDAVQGISEGSNIAVMHGLGLLSTENKMARINDLADMAQLKDYAAAAIRDWAVQNP
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf46ng-1    IVGAGDAVQGISEGSNIAVMHGLGLLSTENKMARINDLADMAQLKDYAAAAIRDWAVQNP
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf46a.pep   NAAQGIEAVSNIFTAVIPVKGIGAVRGKYGLGGITAHPVKRSQMGEIALPKGKSAVSDNF
         ||||||||||||| |:||:|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||orf46ng-1    NAAQGIEAVSNIFMAAIPIKGIGAVRGKYGLGGITAHPVKRSQMGAIALPKGKSAVSDNF
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       420orf46a.pep   ADAAYAKYPSPYHSRNIRSNLEQRYGKENITSSTVPPSNGKNVKLANKRHPKTKVPFDGK
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::||| ||||||||orf46ng-1    ADAAYAKYPSPYHSRNIRSNLEQRY6KENITSSTVPPSNGKNVKLADQRHPKTGVPFDGK
                370       380       390       400       410       420
                430       440           450         460       470orf46a.pep   GFPNFEKDVKYDTRINTAVPQVN----PIDEPVFN--PKGSVGSAHSWSITARIQYAKLP
         ||||||| |||||:::  : :::    |  :|||:  |:  |    : ::|:| |  |orf46ng-1    GFPNFEKHVKYDTKLD--IQELSGGGIPKAKPVFDAKPRWEVDRKLN-KLTTREQVEKNV
                430         440       450       460        470
            480       490       500       510       520       530orf46a.pep   RQGRIRYIPPKNYSPSAPLPKGPNNGYLDKFGNEWTKGPSRTKGQEFEWDVQLSKTGRFQ
         :: | |orf46ng-1    QETRRRSQSSQFKAHAQREWENKTGLDFNHFIGGDINKKGTVTGGHSLTRGDVRVIQQTS
         480       490       500       510       520       530全长ORF46aDNA序列<SEQ ID 407>是：1  TTGGGCATTT CCCGCAAAAT ATCCCTTATT CTGTCCATAC TGGCAGTGTG51  CCTGCCGATG CATGCACACG CCTCAGATTT GGCAAACGAT TCTTTTATCC101  GGCAGGTTCT CGACCGTCAG CATTTCGAAC CCGACGGGAA ATACCACCTA151  TTCGGCAGCA GGGGGGAACT TGCCGAGCGC AGCGGTCATA TCGGATTGGG201  AAACATACAA AGCCATCAGT TGGGCAACCT GTTCATCCAG CAGGCGGCCA251  TTAAAGGAAA TATCGGCTAC ATTGTCCGCT TTTCCGATCA CGGGCACGAA301  GTCCATTCCC CCTTCGACAA CCATGCCTCA CATTCCGATT CTGATGAAGC351  CGGTAGTCCC GTTGACGGAT TCAGCCTTTA CCGCATCCAT TGGGACGGAT401  ACGAACACCA TCCCGCCGAC GGCTATGACG GGCCACAGGG CGGCGGCTAT451  CCCGCTCCCA AAGGCGCGAG GGATATATAC AGCTACGACA TAAAAGGCGT501  TGCCCAAAAT ATCCGCCTCA ACCTGACCGA CAACCGCAGC ACCGGACAAC551  GGCTTGTCGA CCGTTTCCAC AATACCGGTA GTATGCTGAC GCAAGGAGTA601  GGCGACGGAT TCAAACGCGC CACCCGATAC AGCCCCGAGC TGGACAGATC651  GGGCAATGCC GCCGAAGCTT TCAACGGCAC TGCAGATATC GTCAAAAACA701  TCATCGGCGC GGCAGGAGAA ATTGTCGGCG CAGGCGATGC CGTGCAGGGT751  ATAAGCGAAG GCTCAAACAT TGCTGTTATG CACGGCTTGG GTCTGCTTTC801  CACCGAAAAC AAGATGGCGC GCATCAACGA TTTGGCAGAT ATGGCGCAAC851  TCAAAGACTA TGCCGCAGCA GCCATCCGCG ATTGGGCAGT CCAAAACCCC901  AATGCCGCAC AAGGCATAGA AGCCGTCAGC AATATCTTTA CGGCAGTCAT951  CCCCGTCAAA GGGATTGGAG CTGTTCGGGG AAAATACGGC TTGGGCGGCA1001  TCACGGCACA TCCTGTCAAG CGGTCGCAGA TGGGCGAGAT CGCATTGCCG1051  AAAGGGAAAT CCGCCGTCAG CGACAATTTT GCCGATGCGG CATACGCCAA1101  ATACCCGTCC CCTTACCATT CCCGAAATAT CCGTTCAAAC TTGGAGCAGC1151  GTTACGGCAA AGAAAACATC ACCTCCTCAA CCGTGCCGCC GTCAAACGGA1201  AAGAATGTGA AACTGGCAAA CAAACGCCAC CCGAAGACCA AAGTGCCGTT1251  TGACGGTAAA GGGTTTCCGA ATTTTGAAAA AGACGTAAAA TACGATACGA1301  GAATTAATAC CGCTGTACCA CAAGTGAATC CTATAGATGA ACCCGTCTTT1351  AATCCTAAAG GTTCTGTCGG ATCGGCTCAT TCTTGGTCTA TAACTGCCAG1401  AATTCAATAC GCAAAATTAC CAAGGCAAGG TAGAATCAGA TATATCCCAC1451  CTAAAAATTA CTCTCCTTCA GCACCGCTAC CAAAAGGACC TAATAATGGA1501  TATTTGGATA AATTTGGTAA TGAATGGACT AAAGGTCCAT CAAGAACTAA1551  AGGTCAAGAA TTTGAATGGG ATGTTCAATT GTCTAAAACA GGAAGAGAGC1601  AACTTGGATG GGCTAGTAGG GATGGTAAGC ATTTAAATAT ATCAATTGAT1651  GGAAAGATTA CACACAAATG A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 408>:1  LGISRKISLI LSILAVCLPM HAHASDLAND SFIRQVLDRQ HFEPDGKYHL51  FGSRGELAER SGHIGLGNIQ SHQLGNLFIQ QAAIKGNIGY IVRFSDHGHE101  VHSPFDNHAS HSDSDEAGSP VDGFSLYRIH WDGYEHHPAD GYDGPQGGGY151  PAPKGARDIY SYDIKGVAQN IRLNLTDNRS TGQRLVDRFH NTGSMLTQGV201  GDGFKRATRY SPELDRSGNA AEAFNGTADI VKNIIGAAGE IVGAGDAVQG251  ISEGSNIAVM HGLGLLSTEN KMARINDLAD MAQLKDYAAA AIRDWAVQNP301  NAAQGIEAVS NIFTAVIPVK GIGAVRGKYG LGGITAHPVK RSQMGEIALP351  KGKSAVSDNF ADAAYAKYPS PYHSRNIRSN LEQRYGKENI TSSTVPPSNG401  KNVKLANKRH PKTKVPFDGK GFPNFEKDVK YDTRINTAVP QVNPIDEPVF451  NPKGSVGSAH SWSITARIQY AKLPRQGRIR YIPPKNYSPS APLPKGPNNG501  YLDKFGNEWT KGPSRTKGQE FEWDVQLSKT GREQLGWASR DGKHLNISID551  GKITHK*
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在粘附素典型的RGD序列)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例56
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 409>:1  ATGAATATTC ACACCCTGCT CTCCAAACAA TGGACGCTGC CGCCATTCCT51  GCCGAAACGG CTGCTGCTGT CCCTGCTGAT ACTGCTTGCC CCCAATGCGG101  TGTTTTGGGT TTTGGCACTG CTGACCGCCA CCGCCCGCCC GATTGTCAAT151  TTGGACTATC TTCCCGCCGC GCTGCTGATC GCCCTGCCTT GGCGTTTCGT201  CAAAATTGCC GGCGTATTGG CGTTTTGGCT GGCGGTTTTG TTTGACGGGC251  TGATGATGGT GATCCAACTC TTCCCTTTTA TGGATCTCAT CGGCGCCATC301  AACCTCGTCC CCTTCATCCT GACCGCCCCC GCCCCTTATC AGATAATGAC351  CGGGCTG...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 410；ORF48>:1  MNIHTLLSKQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLA PNAVFWVLAL LTATARPIVN51  LDYLPAALLI ALPWRFVKIA GVLAFWLAVL FDGLMMVIQL FPFMDLIGAI101  NLVPFILTAP APYQIMTGL...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 411>:1  ATGAATATTC ACACCCTGCT CTCCAAACAA TGGACGCTGC CGCCATTCCT51  GCCGAAACGG CTGCTGCTGT CCCTGCTGAT ACTGCTTGCC CCCAATGCGG101  TGTTTTGGGT TTTGGCACTG CTGACCGCCA CCGCCCGCCC GATTGTCAAT151  TTGGACTATC TTCCCGCCGC GCTGCTGATC GCCCTGCCTT GGCGTTTCGT201  CAAAATTGCC GGCGTATTGG CGTTTTGGCT GGCGGTTTTG TTTGACGGGC251  TGATGATGGT GATCCAACTC TTCCCTTTTA TGGATCTCAT CGGCGCCATC301  AACCTCGTCC CCTTCATCCT GACCGCCCCC GCCCCTTATC AGATAATGAC351  CGGGCTGTTG CTGCTGTATA TGCTGGCGAT GCCGTTTGTG TTGCAGAAAG401  CCGCCGCCAA AACCGACTTC CGGCACATTG CCGTCTGCGC CGCCGTTGTG451  GCGGCAGCCG GCTATTTCAC CGGCCATTTG AGTTACTACG ACCGGGGTCG 501  GATGGCCAAT ATCTTCGGCG CAAACAACTT CTACTACGCC AAAAGTCAGG551  CGATGCTCTA CACCGTCAGC CAGAATGCCG ACTTTATTAC CGCCGGCCTG601  GTCGATCCCG TCTTCCTCCC CTTGGGCAAT CAACAGCGTG CCGCCACGCA651  TCTGAACGAG CCGAAATCTC AAAAAATCCT CTTTATCGTC GCCGAATCTT701  GGGGGCTGCC GGCCAATCCC GAACTTCAAA ACGCCACTTT TGCCAAACTG751  CTGGCGCAAA AAGACCGTTT TTCGGTTTGG GAAAGCGGCA GTTTTCCCTT801  CATCGGCGCG ACGGTCGAAG GCGAAATGCG CGAACTGTGT GCCTACGGCG851  GTTTGCGCGG GTTCGCACTG CGCCGCGCGC CCGACGAAAA ATTTGCCCGC901  TGCCTCCCCA ACCGTTTGAA ACAAGAAGGT TACGCCACCT TTGCGATGCA951  CGGCGCGGGC AGTTCGCTTT ACGACCGCTT CAGCTGGTAT CCGAGGGCGG1001  GCTTTCAAGA AATCAAAACC GCCGAAAACC TGATCGGTAA AAAAACCTGC1051  GCCATTTTCG GCGGCGTGTG CGACAGCGAG CTGTTCGGCG AAGTGTCGGC1101  ATTTTTCAAA AAACACGACA AGGGACTGTT TTACTGGATG ACGCTGACCA1151  GCCACGCCGA CTATCCCGAA TCCGACATTT TCAACCACAG GCTCAAATGC1201  ACCGAATATG GCCTGCCCGC CGAAACCGAC CTCTGCCGCA ATTTCAGCCT1251  GCACACCCAA TTCTTCGACC AACTGGCGGA TTTGATCCAA CGCCCCGAAA1301  TGAAAGGCAC GGAAGTCATC ATCGTCGGCG ACCATCCGCC GCCCGTCGGC1351  AACCTCAATG AAACCTTCCG CTACCTCAAA CAGGGGCACG TCGCCTGGCT1401  GAACTTCAAA ATCAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 412；ORF48-1>:1  MNIHTLLSKQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLA PNAVFWVLAL LTATARPIVN51  LDYLPAALLI ALPWRFVKIA GVLAFWLAVL FDGLMMVIQL FPFMDLIGAI101  NLVPFILTAP APYQIMTGLL LLYMLAMPFV LQKAAAKTDF RHIAVCAAVV151  AAAGYFTGHL SYYDRGRMAN IFGANNFYYA KSQAMLYTVS QNADFITAGL201  VDPVFLPLGN QQRAATHLNE PKSQKILFIV AESWGLPANP ELQNATFAKL251  LAQKDRFSVW ESGSFPFIGA TVEGEMRELC AYGGLRGFAL RRAPDEKFAR301  CLPNRLKQEG YATFAMHGAG SSLYDRFSWY PRAGFQEIKT AENLIGKKTC351  AIFGGVCDSE LFGEVSAFFK KHDKGLFYWM TLTSHADYPE SDIFNHRLKC401  TEYGLPAETD LCRNFSLHTQ FFDQLADLIQ RPEMKGTEVI IVGDHPPPVG451  NLNETFRYLK GGHVAWLNFK IK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF48显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF48a)在重叠的119个氨基酸内有94.1％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf48.pep    MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI
         ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||orf48a       MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLXPNAVFWVLALLTATARPIVNLXYLPAALLI
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110      119orf48.pep    ALPWRFVKIAGVLAFWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGL
         ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||orf48a       ALPWRXVKIXGVLAXWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFIXTAPALYQIMTGLL
                 70        80        90       100       110       120orf48a       LLYMLAMPFVLQKAAAKTDFRHIAACAAVVVAAGYFTGHLSXYDRGRMANIFGANNFYYA
                130       140       150       160       170       180全长ORF48a核苷酸序列<SEQ ID 413>是：1  ATGAATATTC ACACCCTGCT CTCCAAACAA TGGACGCTGC CGCCATTCCT51  GCCGAAACGG CTGCTGCTGT CCCTGCTGAT ACTGCTNNCC CCCAATGCGG101  TGTTTTGGGT TTTGGCACTG CTGACCGCCA CCGCCCGCCC GATTGTCAAT151  TTGGANTACC TTCCCGCCGC GCTGCTGATC GCCCTGCCTT GGCGTNTCGT201  CAAAATTGNC GGCGTATTGG CGTNTTGGCT GGCGGTTTTG TTTGACGGGC251  TGATGATGGT GATCCAACTC TTCCCTTTTA TGGATCTCAT CGGCGCCATC301  AACCTCGTCC CCTTCATCNT GACCGCCCCC GCCCTTTATC AGATAATGAC 351  CGGGCTGTTA CTGCTGTATA TGCTGGCGAT GCCGTTTGTG TTGCAGAAAG401  CCGCCGCCAA AACCGACTTC CGACACATTG CCGCCTGTGC CGCCGTTGTG451  GTGGCAGCCG GCTATTTTAC CGGCCATTTG AGTTANTACG ACCGGGGGCG501  GATGGCCAAT ATCTTCGGCG CAAACAACTT CTATTACGCC AAAAGTCAGG551  CGATGCTCTA CACCGTCAGC CAGAATGCCG ACTTTATTAC CGCCGGCCTG601  GTCGATCCCG TCTTCCTCCC CTTGGGCAAT CAACAGCGTG CCGCCACGCA651  TCTGAACGAG CCGAAATCTC AAAAAATCCT CTTTATCGTC GCCGAATCTT701  GGGGGCTGCC GGCCAATCCC GAACTTCAAA ACGCCACTTT TGCCAAACTG751  CTGGCGCAAA AAGANCGTTT TTCGGTTTGG GAAAGCGGCA GTTTTCCCTT801  CATCGGCGCG ACGATCGAAG GCGAAATGCG CGAACTGTGT GCCTACGGCG851  GTTTGCGCGG GTTCGCACTG CGCCGCGCGC CCGACGAAAA ATTTGCCCGC901  TGCCTCCCCA ACCGTTTGAA ACAAGAAGGT TACGCCACCT TTGCGATGCA951  CGGCGCGGGC AGTTCGCTTT ACGACCGCTT CAGCTGGTAT CCGAGGGCGG1001  GCTTTCAAGA AATCAAAACC GCCGAAAACC TGATCGGTAA AAAAACCTGC1051  GCCATTTTCG GCGGCGTGTG CGACAGCGAG CTGTTCGGCG AAGTGTCGGC1101  ANTTTTCAAA AAACACGACA AGGGACTGTT TTACTGGATG ACGCTGACCA1151  GCCACGCCGA CTATCCCGAA TCNGACATTT TCAACCACAG GCTCAAATGC1201  ACCGAATATG GCCTGCCCGC CGAAACCGAC NTCTGCCGCA ATTTCAGCCT1251  GCACACCCAA TTCTTCGACC AACTGGCGGA TTTGATCCAA CGCCCCGAAA1301  TGAAAGGCAC GGAAGTCATC ATCGTCGGCG ACCATCCGCC GCCCGTCGGC1351  AACCTCAATG AAACCTTCCG CTACCTCAAA CAGGGGCACG TCGNCTGGCT1401  GAACTTCAAA ATCAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 414>:1  MNIHTLLSKQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLX PNAVFWVLAL LTATARPIVN51  LXYLPAALLI ALPWRXVKIX GVLAXWLAVL FDGLMMVIQL FPFMDLIGAI101  NLVPFIXTAP ALYQIMTGLL LLYMLAMPFV LQKAAAKTDF RHIAACAAVV151  VAAGYFTGHL SXYDRGRMAN IFGANNFYYA KSQAMLYTVS QNADFITAGL201  VDPVFLPLGN QQRAATHLNE PKSQKILFIV AESWGLPANP ELQNATFAKL251  LAQKXRFSVW ESGSFPFIGA TIEGEMRELC AYGGLRGFAL RRAPDEKFAR301  CLPNRLKQEG YATFAMHGAG SSLYDRFSWY PRAGFQEIKT AENLIGKKTC351  AIFGGVCDSE LFGEVSAXFK KHDKGLFYWM TLTSHADYPE SDIFNHRLKC401  TEYGLPAETD XCRNFSLHTQ FFDQLADLIQ RPEMKGTEVI IVGDHPPPVG451  NLNETFRYLK QGHVXWLNFK IK*ORF48a和ORF48-1显示在472个氨基酸的重叠区内有96.8％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf48a.pep MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLXPNAVFWVLALLTATARPIVNLXYLPAALLI
       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||orf48-1    MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf48a.pep ALPWRXVKIXGVLAXWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFIXTAPALYQIMTGLL
       ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||orf48-1    ALPWRFVKIAGVLAFWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGLL
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf48a.pep LLYMLAMPFVLQKAAAKTDFRHIAACAAVVVAAGYFTGHLSXYDRGPMANIFGANNFYYA
       ||||||||||||||||||||||||:|||||:|||||||||| ||||||||||||||||||orf48-1    LLYMLAMPFVLQKAAAKTDFRHIAVCAAVVAAAGYFTGHLSYYDRGRMANIFGANNFYYA
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf48a.pep KSQAMLYTVSQNADFITAGLVDPVFLPLGNQQRAATHLNEPKSQKILFIVAESWGLPANP
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48-1    KSQAMLYTVSQNADFITAGLVDPVFLPLGNQQRAATHLNEPKSQKILFIVAESW6LPANP
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290       300orf48a.pep   ELQNATFAKLLAQKXRFSVWESGSFPFIGATIEGEMRELCAYGGLRGFALRRAPDEKFAR
         |||||||||||||  ||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||orf48-1      ELQNATFAKLLAQKDRFSVWESGSFPFIGATVEGEMRELCAYGGLRGFALRRAPDEKFAR
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf48a.pep   CLPNRLKQEGYATFAMHGAGSSLYDRFSWYPRAGFQEIKTAENLIGKXTCAIFGGVCDSE
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48-1      CLPNRLKQEGYATFAMHGAGSSLYDRFSWYPRAGFQEIKTAENLIGKKTCAIFGGVCDSE
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       420DRf48a.pep   LFGEVSAXFKKHDKGLFYWMTLTSHADYPESDIFNHRLKCTEYGLPAETDXCRNFSLHTQ
         ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||orf48-1      LFGEVSAFFKKHDKGLFYWMTLTSHADYPESDIFNHRLKCTEYGLPAETDLCRNFSLHTQ
                370       380       390       400       410       420
                430       440       450       460       470orf48a.pep   FFDQLADLIQRPEMKGTEVIIVGDHPPPVGNLNETFRYLKQGHVXWLNFKIKX
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf48-1      FFDQLADLIQRPEMKGTEVIIVGDHPPPVGNLNETFRYLKQGHVAWLNFKIKX
                430       440       450       460       470
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF48显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF48ng)在重叠的119个氨基酸内有97.5％的相同性：orf48.pep    MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI  60
         ||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48ng      MNIHALLSEQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI  60orf48.pep    ALPWRFVKIAGVLAFWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGL  119
         |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48ng      ALPWRFVKIAGVLAFWPAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGLL 120
预计ORF48ng核苷酸序列<SEQ ID 415>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID416>:1  MNIHALLSEQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLA PNAVFWVLAL LTATARPIVN51  LDYLPAALLI ALPWRFVKIA GVLAFWPAVL FDGLMMVIQL FPFMDLIGAI101  NLVPFILTAP APYQIMTGLL LLYMLAMPFV LQKAAVKTDF RHIAVCAAVV151  AAARYFTGPF ELLRTGGRWQ YVQHRRLLLS GSRASFRRRQ KADVLRRLGN201  PYASMGNGG..进一步的工作鉴定出完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 417>:1  ATGAATATTC ACGCCCTGCT CTCCGAACAA TGGACGCTGC CGCCATTCCT51  GCCGAAACGG CTGCTGCTGT CCCTGCTGAT ACTGCTGGCC CCCAATGCGG101  TGTTTTGGGT TTTGGCACTG CTGACCGCCA CCGCCCGCCC GATTGTCAAT151  TTGGACTACC TTCCCGCCGC GCTGCTGATC GCCCTGCCTT GGCGTTTCGT201  CAAAATTGCC GGCGTATTGG CGTTTTGGCC GGCGGTTTTG TTTGACGGGC251  TGATGATGGT GATCCAACTC TTCCCTTTTA TGGACCTCAT CGGCGCCATC301  AACCTCGTCC CCTTCATCCT GACCGCCCCC GCCCCTTATC AGATAATGAC351  CGGGCTGTTG CTGCTGTATA TGCTGGCGAT GCCGTTTGTG TTGCAAAAAG401  CCGCCGTCAA AACCGACTTC CGACACATTG CCGTCTGTGC CGCCGTTGTG451  GCGGCAGCCG GCTATTTCAC CGGCCATTTG AGTTACTACG ACCGGGGGCG501  GATGGCCAAT ATCTTCGGCG CAAACAACTT CTATTACGCc aAAAGTCAGG551  CGATGCTCTA CACCGTCAGC CAGAATGCCG ACTTTATTAC CGCCGgcctG601  GTCGACCCCG TCTTCCTCCC CTTGGGCAAT CAGCAGCGTG CCGCCACGCG651  GCTGAGTGAG CCGAAATCTC AAAAAATCCT CTTTATCGTC GCCGAATCTT701  GGGGGCTGCC GGGCAATCCC GAGCTTCAAA ACGCCACTTT TGCCAAACTG 751  CTGGCGCAAA AAGACCGTTT TTCGGTTTGG GAAAGCGGCA GTTTTCCCTT801  CATCGGCGCG ACGGTCGAAG GCGAAATGCG CGAATTGTGC GCCTACGGCG851  GTTTGCGCGG GTTCGCACTG CGCCGCGCGC CCGACGAAAA ATTTGCCCGC901  TGCCTCCCCA ACCGTTTGAA ACAAGAAGGT TACGCCACCT TTGCGATGCA951  CGGCGCGGGT AGTTCGCTTT ACGACCGCTT CAGCTGGTAT CCGAGGGCGG1001  GCTTTCAAAA AATCAAAACC GCCGAAAACC TGATCGGTAA AAAAACCTGC1051  GCCATTTTCG GCGGCGTGTG CGACAGCGAG CTGTTCGGCG AAGTGTCGGC1101  ATTTTTCAAA AAACACGACA AGGGACTGTT TTACTGGATG ACGCTGACCA1151  GCCACGCCGA CTATCCCGAA TCCGACATTT TCAACCACAG GCTCAAATGC1201  ACCGAATACG GCCTGCCCGC CGAAACCGAC CTCTGCCGCA ATTTCAGCCT1251  GCACACCCAA TtcttcgACC AACTGGCGGA TTTGATCCGA CGCCCCGAAA1301  TGAAAGGCAC GGAAGTCATC ATCGTCGGCG ACCATCCGCC GCCCGTCGGC1351  AACCTCAATG AAACCTTCCG CTACCTCAAA CAGGGACACG TCGCCTGGCT1401  GCACTTCAAA ATCAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 418；ORF48ng-1>:1  MNIHALLSEQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLA PNAVFWVLAL LTATARPIVN51  LDYLPAALLI ALPWRFVKIA GVLAFWPAVL FDGLMMVIQL FPFMDLIGAI101  NLVPFILTAP APYQIMTGLL LLYMLAMPFV LQKAAVKTDF RHIAVCAAVV151  AAAGYFTGHL SYYDRGRMAN IFGANNFYYA KSQAMLYTVS QNADFITAGL201  VDPVFLPLGN QQRAATRLSE PKSQKILFIV AESWGLPGNP ELQNATFAKL251  LAQKDRFSVW ESGSFPFIGA TVEGEMRELC AYGGLRGFAL RRAPDEKFAR301  CLPNRLKQEG YATFAMHGAG SSLYDRFSWY PRAGFQKIKT AENLIGKKTC351  AIFGGVCDSE LFGEVSAFFK KHDKGLFYWM TLTSHADYPE SDIFNHRLKC401  TEYGLPAETD LCRNFSLHTQ FFDQLADLIR RPEMKGTEVI IVGDHPPPVG451  NLNETFRYLK QGHVAWLHFK IK*ORG48ng-1和ORF48-1显示在472个氨基酸的重叠区内有97.9％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf48-1.pep    MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI
           ||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48ng-1      MNIHALLSEQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf48-1.pep    ALPWRFVKIAGVLAFWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGLL
           |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48ng-1      ALPWRFVKIAGVLAFWPAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGLL
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf48-1.pep    LLYMLAMPFVLQKAAAKTDFRHIAVCAAVVAAAGYFTGHLSYYDRGRMANIFGANNFYYA
           |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48ng-1      LLYMLAMPFVLQKAAVKTDFRHIAVCAAVVAAAGYFTGHLSYYDRGRMANIFGANNFYYA
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf48-1.pep    KSQAMLYTVSQNADFITAGLVDPVFLPLGNQQRAATHLNEPKSQKILFIVAESWGLPANP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||:||orf48ng-1      KSQAMLYTVSQNADFITAGLVDPVFLPLGNQQRAATRLSEPKSQKILFIVAESWGLPGNP
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300orf48-1.pep    ELQNATFAKLLAQKDRFSVWESGSFPFIGATVEGEMRELCAYGGLRGFALRRAPDEKFAR
|          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48ng-1      ELQNATFAKLLAQKDRFSVWESGSFPFIGATVEGEMRELCAYGGLRGFALRRAPDEKFAR
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360orf48-1.pep    CLPNRLKQEGYATFAMHGAGSSLYDRFSWYPRAGFQEIKTAENLIGKKTCAIFGGVCDSE
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||orf48ng-1    CLPNRLKQEGYATFAMHGAGSSLYDRFSWYPRAGFQKIKTAENLIGKKTCAIFGGVCDSE
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       420orf48-1.pep  LFGEVSAFFKKHDKGLFYWMTLTSHADYPESDIFNHRLKCTEYGLPAETDLCRNFSLHTQ
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf48ng-1    LFGEVSAFFKKHDKGLFYWMTLTSHADYPESDIFNHRLKCTEYGLPAETDLCRNFSLHTQ
                370       380       390       400       410       420
                430       440       450       460       470orf48-1.pep  FFDQLADLIQRPEMKGTEVIIVGDHPPPVGNLNETFRYLKQGHVAWLNFKIKX
         |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||orf48ng-1    FFDQLADLIRRPEMKGTEVIIVGDHPPPVGNLNETFRYLKQGHVAWLHFKIKX
                430       440       450       460       470
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和两个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例57
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 419>:1  ..GTGAGCGGAC GTTACCGCGC TTTGGATCGC GTTTCCAAAA TCATCATCGT51    TACTTTGAGT ATCGCCACGC TTGCCGCCGC CGGCATCGCT ATGTCGCGCG101    GTATGCAGAT GCAGTCCGAT TTTATCGAGC CGACACCGTG GACGCTTGCC151    GGTTTGGGCT TCCTGATCGC GCTGATGGGC TGGATGCCCG CGCCGATTGA201    AATTTCCGCC ATCAATTCTT TGTGGGTAAC CGAAAAACAA CGCATCAATC251    CTTCCGAATA CCGCGACGGG ATTTTTGAAT TCAACGTCGG TTATATCGCC301    AGTGCGGTTT TGGCTTTGGT TTTCCTTGCA CTGGGCGC.G TAGCGCCGAA351    CGGCAACGGC GA.ACAGTGC AGATGGCGGG CGGCAAATAT AACGGGCAAT401    TGATCAATAT GTACGCC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 420；ORF53>:1  ..VSGRYRALDR VSKIIIVTLS IATLAAAGIA MSRGMQMQSD FIEPTPWTLA51    GLGFLIALMG WMPAPIEISA INSLWVTEKQ RINPSEYRDG IFEFNVGYIA101    SAVLALVFLA LGXVAPNGNG XTVQMAGGKY NGQLINMYA..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 421>:1  ATGTCCGAAC AACATATTTC GACTTGGAAA AGTAAAATCA ACGCATTGGG51  TCCGGGGATC ATGATGGCTT CGGCGGCGGT CGGCGGTTCG CACCTGATTG101  CCTCGACGCA GGCGGGCGCG CTTTACGGCT GGCAGATCGC GCTCATCATC151  ATCCTGACCA ACCTCTTCAA ATACCCGTTT TTCCGCTTCA GCGCGCATTA201  CACGCTGGAC ACGGGCAAGA GCCTGATTGA AGGTTATGCC GAGAAAAGCC251  GCGTTTATTT GTGGGTATTC CTGATTTTGT GCATCCTCTC CGCCACGATT301  AACGCGGGCG CGGTCGCCAT TGTAACCGCC GCCATCGTCA AAATGGCGAT351  TCCCTCGCTG ATGTTTGATG CCGGCACGGT TGCCGCCTTG ATTATGGCAT401  CCTGCCTGAT TATTTTGGTG AGCGGACGTT ACCGCGCTTT GGATCGCGTT451  TCCAAAATCA TCATCGTTAC TTTGAGTATC GCCACGCTTG CCGCCGCCGG501  CATCGCTATG TCGCGCGGTA TGCAGATGCA GTCCGATTTT ATCGAGCCGA551  CACCGTGGAC GCTTGCCGGT TTGGGCTTCC TGATCGCGCT GATGGGCTGG601  ATGCCCGCGC CGATTGAAAT TTCCGCCATC AATTCTTTGT GGGTAACCGA651  AAAACAACGC ATCAATCCTT CCGAATACCG CGACGGGATT TTTGATTTCA701  ACGTCGGTTA TATCGCCAGT GCGGTTTTGG CTTTGGTTTT CCTTGCACTG751  GGCGCGTTTG TGCAATACGG CAACGGCGAA GCAGTGCAGA TGGCGGGCGG801  CAAATATATC GGGCAATTGA TCAATATGTA CGCCGTTACC ATCGGCGGCT851  GGTCGCGCCC GCTGGTGGCG TTTATCGCGT TTGCCTGTAT GTACGGCACG901  ACGATTACCG TCGTGGACGG CTATGCCCGT GCCATTGCCG AACCCGTGCG951  CCTGCTGCGC GGAAAAGACA AAACGGGCAA CGCCGAATTC TTTGCCTGGA1001  ATATTTGGGT GGCGGGCAGC GGTTTGGCGG TGATTTTCTG GTTTGACGGC1051  GTAATGGCGA ATCTGCTCAA ATTTGCGATG ATTGCCGCTT TTGTGTCCGC1101  CCCTGTGTTT GCCTGGCTGA ATTACCGTTT GGTTAAAGGT GATGAAAAAC1151  ACAAACTCAC ATCAGGTATG AATGCCCTTG CATTGGCAGG CTTGATTTAT1201  CTGACCGGTT TTACCGTTTT GTTCTTATTG AATTTGGCGG GAATGTTCAA1251  ATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 422；ORF53-1>:1  MSEQHISTWK SKINALGPGI MMASAAVGGS HLIASTQAGA LYGWQIALII51  ILTNLFKYPF FRFSAHYTLD TGKSLIEGYA EKSRVYLWVF LILCILSATI101  NAGAVAIVTA AIVKMAIPSL MFDAGTVAAL IMASCLIILV SGRYRALDRV151  SKIIIVTLSI ATLAAAGIAM SRGMQMQSDF IEPTPWTLAG LGFLIALMGW201  MPAPIEISAI NSLWVTEKQR INPSEYRDGI FDFNVGYIAS AVLALVFLAL251  GAFVQYGNGE AVQMAGGKYI GQLINMYAVT IGGWSRPLVA FIAFACMYGT301  TITVVDGYAR AIAEPVRLLR GKDKTGNAEF FAWNIWVAGS GLAVIFWFDG351  VMANLLKFAM IAAFVSAPVF AWLNYRLVKG DEKHKLTSGM NALALAGLIY401  LTGFTVLELL NLAGMFK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF53显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF53a)在重叠的139个氨基酸内有93.5％的相同性：
                                            10        20        30orf53.pep                               VSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIA
                                    ||||||||||||||||||||||||||||||orf53a    AAIVKMAIPSLMFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIA
    110       120       130       140       150       160
              40        50        60        70        80        90orf53.pep MSRGMQMQSDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDG
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53a    MSRGMQMQSDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDG
    170       180       190       200       210       220
             100       110       120       130      139orf53.pep IFEFNVGYIASAVLALVFLALGXVAPNGNGXTVQMAGGKYNGQLINMYA
      ||:|||||||||||||||||||  :  ||| :|||||||| ||||||||orf53a    IFDFNVGYIASAVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLV
    230       240       250       260       270       280orf53a    AFIAFACMYGTTITVVDGYARAIAEPVRLLRGKDKTGNAEFFAWNIWVAGSGLAVIFWFD
    290       300       310       320       330       340全长ORF53a核苷酸序列<SEQ ID 423>是：1  ATGTCCGAAC AACATATTTC GACTTGGAAA AGTAAAATCA ACGCATTGGG51  ACCGGGGATT ATGATGGCTT CGGCGGCGGT CGGCGGTTCG CACCTGATTG101  CCTCGACGCA GGCGGGCGCG CTTTACGGCT GGCAGATCGC GCTCATCATC151  ATCCTGACCA ACCTCTTCAA ATACCCGTTT TTCCGCTTCA GCGCGCATTA201  CACGCTGGAC ACGGGCAAGA GCCTGATTGA AGGTTATGCC GAGAAAAGCC251  GCGTTTATTT GTGGGTATTC CTGATTTTGT GCATCCTCTC CGCCACGATT301  AACGCGGGCG CGGTCGCCAT TGTAACCGCC GCCATCGTCA AAATGGCGAT351  TCCCTCGCTG ATGTTTGATG CCGGCACGGT TGCCGCCTTG ATTATGGCAT401  CCTGCCTGAT TATTTTGGTG AGCGGACGTT ACCGCGCTTT GGATCGCGTT451  TCCAAAATCA TCATCGTTAC TTTGAGTATC GCCACGCTTG CCGCCGCCGG501  CATCGCTATG TCGCGCGGTA TGCAGATGCA GTCCGATTTT ATCGAGCCGA551  CACCGTGGAC GCTTGCCGGT TTGGGCTTCC TGATCGCGCT GATGGGCTGG601  ATGCCCGCGC CGATTGAAAT TTCCGCCATC AATTCTTTGT GGGTAACCGA651  AAAACAACGC ATCAATCCTT CCGAATACCG CGACGGGATT TTTGATTTCA701  ACGTCGGTTA TATCGCCAGT GCGGTTTTGG CTTTGGTTTT CCTTGCACTG 751  GGCGCGTTTG TGCAATACGG CAACGGCGAA GCAGTGCAGA TGGCGGGCGG801  CAAATATATC GGGCAATTGA TCAATATGTA CGCCGTTACC ATCGGCGGCT851  GGTCGCGCCC GCTGGTGCCG TTTATCGCGT TTGCCTGTAT GTACGGCACG901  ACGATTACCG TTGTGGACGG CTATGCCCGT GCCATTGCCG AACCCGTGCG951  CCTGCTGCGC GGAAAAGACA AAACGGGCAA CGCCGAATTC TTTGCCTGGA1001  ATATTTGGGT GGCGGGCAGC GGTTTGGCGG TGATTTTCTG GTTTGACGGC1051  GTAATGGCGA ATCTGCTCAA ATTTGCGATG ATTGCCGCTT TTGTGTCCGC1101  CCCTGTGTTT GCCTGGCTGA ATTACCGTTT GGTCAAAGGT GATGAAAAAC1151  ACAAACTCAC ATCAGGTATG AATGCCCTTG CATTGGCAGG CTTGATTTAT1201  CTGACCGGTT TTACCGTTTT GTTCTTATTG AATTTGGCGG GAATGTTCAA1251  ATGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 424>:1  MSEQHISTWK SKINALGPGI MMASAAVGGS HLIASTQAGA LYGWQIALII51  ILTNLFKYPF FRFSAHYTLD TGKSLIEGYA EKSRVYLWVF LILCILSATI101  NAGAVAIVTA AIVKMAIPSL MFDAGTVAAL IMASCLIILV SGRYRALDRV151  SKIIIVTLSI ATLAAAGIAM SRGMQMQSDF IEPTPWTLAG LGFLIALMGW201  MPAPIEISAI NSLWVTEKQR INPSEYRDGI FDFNVGYIAS AVLALVFLAL251  GAFVQYGNGE AVQMAGGKYI GQLINMYAVT IGGWSRPLVA FIAFACMYGT301  TITVVDGYAR AIAEPVRLLR GKDKTGNAEF FAWNIWVAGS GLAVIFWFDG351  VMANLLKFAM IAAFVSAPVF AWLNYRLVKG DEKHKLTSGM NALALAGLIY401  LTGFTVLFLL NLAGMFK*ORF 53a显示与ORF53-1在重叠的417个氨基酸内有100.0％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf53a.pep MSEQHISTWKSKINALGPGIMMASAAVGGSHLIASTQAGALYGWQIALIIILTNLFKYPF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53-1    MSEQHISTWKSKINALGPGIMMASAAVGGSHLIASTQAGALYGWQIALIIILTNLFKYPF
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf53a.pep FRFSAHYTLDTGKSLIEGYAEKSRVYLWVFLILCILSATINAGAVAIVTAAIVKMAIPSL
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53-1    FRFSAHYTLDTGKSLIEGYAEKSRVYLWVFLILCILSATINAGAVAIVTAAIVKMAIPSL
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf53a.pep MFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIAMSRGMQMQSDF
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53-1    MFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIAMSRGMQMQSDF
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf53a.pep IEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDGIFDFNVGYIAS
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53-1    IEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDGIFDFNVGYIAS
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290       300orf53a.pep AVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLVAFIAFACMYGT
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53-1    AVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLVAFIAFACMYGT
              250       260       270       280       290       300
              310       320       330       340       350       360orf53a.pep TITVVDGYARAIAEPVRLLRGKDKTGNAEFFAWNIWVAGSGLAVIFWFDGVMANLLKFAM
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53-1    TITVVDGYARAIAEPVRLLRGKDKTGNAEFFAWNIWVAGSGLAVIFWFDGVMANLLKFAM
              310       320       330       340       350       360
              370       380       390       400       410orf53a.pep IAAFVSAPVFAWLNYRLVKGDEKHKLTSGMNALALAGLIYLTGFTVLFLLNLAGMFKX
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53-1    IAAFVSAPVFAWLNYRLVKGDEKHKLTSGMNALALAGLIYLTGFTVLFLLNLAGMFKX
              370       380       390       400       410
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF53显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF53ng)在重叠的139个氨基酸内有92.1％的相同性：orf53.pep                                  VSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIA  30
                                       ||||||||||||||||||||||||||||||orf53ng      AAIVKMAIPSLMFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIA  91orf53.pep    MSRGMQMQSDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDG  90
         |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53ng      MSRGMQMQPDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDG 151orf53.pep    IFEFNVGYIASAVLALVFLALGXVAPNGNGXTVQMAGGKYNGQLINMYA            139
         ||:|||||||||||||||||||  :  ||| :|||:|||| ||||||||orf53ng      IFDFNVGYIASAVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMGGGKYIGQLINMYAVTIGGGSRPLV 211
预计ORF53ng核苷酸序列<SEQ ID 425>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID426>:1  MPKKSCVYLW VFLILCIASA TINAGAVAIV TAAIVKMAIP SLMFDAGTVA51  ALIMASCLII LVSGRYRALD RVSKIIIVTL SIATLAAAGI AMSRGMQMQP101  DFIEPTPWTL AGLGFLIALM GWMPAPIEIS AINSLWVTEK QRINPSEYRD151  GIFDFNVGYI ASAVLALVFL ALGAFVQYGN GEAVQMGGGK YIGQLINMYA201  VTIGGGSRPL VAFIAFACMY GAASTVVDGY ARAIAEPVRL LRGKDKTARP251  IVLLEKLGGR HRFGRDFLV*进一步的分析进一步揭示了淋球菌的该部分DNA序列<SEQ ID 427>:1  ..aagaAAAGCT GCGTTTATTT GTGGGTTTTT TTGATTTTGT GTATCGCCTC51    CGCCACGATT AACGCGGGCG CGGTCGCCAT TGTAACCGCC GCCATCGTCA101    AAATGGCGAT TCCCTCGCTG ATGTTTGATG CCGGCACGGT TGCCGCCTTG151    ATTATGGCAT CCTGCCTGAT TATTTTGGTG AGCGGACGTT ACCGCGCTTT201    GGATCGTGTT TCCAAAATCA TCATTGTTAC TTTGAGCATC GCCACGCTTG251    CCGCCGCCGG CATCGCTATG TCGCGCGGTA TGCAGATGCA GCCCGATTTT301    ATCGAGCCGA CACCGTGGAC GCTTGCCGGT TTGGGCTTCC TGATCGCGCT351    GATGGGCTGG ATGCCCGCGC CGATCGAAAT TTCCGCCATC AATTCTTTGT401    GGGTAACCGA AAAACAACGC ATCAATCCTT CTGAATACCG CGACGGGATT451    TTCGATTTCA ACGTCGGTTA TATCGCcagT GCGGTTTTGG CTTTGGTTTT501    CCTTGCACTG GGCGCGTTTG TGCAATACGG CAACGGCGAA GCAGTGCAGA551    TGGCGGGCGG CAAATATATC GGGCAATTGA TTAATATGTA TGCCGTAACC601    ATCGGCGGCT GGTCTCGTCC GCTGGTGGCG TTTATCGCGT TTGCCTGTAT651    GTACGGCACG ACGATTACCG TTGTGGACGG TTATGCGCGT GCCATTGCCG701    AACCCGTGCG CCTGCTGCGC GGCAGGGATA AAACCGGCAA CGCCGAGTTG751    TTtgccTGGA ATATTTGGGT GGCGGGCAGC GGTTTGGCGG TGATTTTCTG801    GTTTGACggc gcaaTGGCgG AACtgcTCAA ATTTGCGATG ATtgccgcCT851    TTGTGTCCGC CCCTGTGTTC GCCTGGCTCA ACTACCGCCT CGTCAAAGGG901    GACAAACGCC ACAGGCTTAC CGCCGGTATG AACGCCCTTG CCATTGTCGG951    CCTGCTCTAC CTGGCCGGGT TTGCCGTTTT GTTCCTGTTG AACCTTACCG1001    GACTTTTGGC ATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 428；ORF53ng-1>:1  ..KKSCVYLWVF LILCIASATI NAGAVAIVTA AIVKMAIPSL MFDAGTVAAL51    IMASCLIILV SGRYRALDRV SKIIIVTLSI ATLAAAGIAM SRGMQMQPDF101    IEPTPWTLAG LGFLIALMGW MPAPIEISAI NSLWVTEKQR INPSEYRDGI151    FDFNVGYIAS AVLALVFLAL GAFVQYGNGE AVQMAGGKYI GQLINMYAVT201    IGGWSRPLVA FIAFACMYGT TITVVDGYAR AIAEPVRLLR GRDKTGNAEL251    FAWNIWVAGS GLAVIFWFDG AMAELLKFAM IAAFVSAPVF AWLNYRLVKG301    DKRHRLTAGM NALAIYGLLY LAGFAYLFLL NLTGLLA*ORF53ng-1和ORF53-1显示在336个氨基酸的重叠区内有94.0％的相同性：
                60        70        80        90       100       110orf53-1.pep ILTNLFKYPFFRFSAHYTLDTGKSLIEGYAEKSRVYLWVFLILCILSATINAGAVAIVTA
                                      :|| ||||||||||| ||||||||||||||orf53ng-1                                 KKSCVYLWVFLILCIASATINAGAVAIVTA
                                              10        20        30
               120       130       140       150       160       170orf53-1.pep AIVKMAIPSLMFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIAM
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53ng-1   AIVKMAIPSLMFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIAM
                40        50        60        70        80        90
               180       190       200       210       220       230orf53-1.pep SRGMQMQSDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDGI
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53ng-1   SRGMQMQPDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDGI
               100       110       120       130       140       150
               240       250       260       270       280       290orf53-1.pep FDFNVGYIASAVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLVA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf53ng-1   FDFNVGYIASAVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLVA
               160       170       180       190       200       210
               300       310       320       330       340       350orf53-1.pep FIAFACMYGTTITVVDGYARAIAEPVRLLRGKDKTGNAEFFAWNIWVAGSGLAVIFWFDG
        |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||:||||||||||||||||||||orf53ng-1   FIAFACMYGTTITVVDGYARAIAEPVRLLRGRDKTGNAELFAWNIWVAGSGLAVIFWFDG
               220       230       240       250       260       270
               360       370       380       390       400       410orf53-1.pep VMANLLKFAMIAAFVSAPVFAWLNYRLVKGDEKHKLTSGMNALALAGLIYLTGFTVLFLL
        :||:|||||||||||||||||||||||||||::|:||:||||||::||:||:||:|||||orf53ng-1   AMAELLKFAMIAAFVSAPVFAWLNYRLVKGDKRHRLTAGMNALAIVGLLYLAGFAVLFLL
               280       290       300       310       320       330orf53-1.pep NLAGMFKX
        ||:|::orf53ng-1   NLTGLLAX
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例58
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 429>:1  ..TTGCGGGAAA CGGCATATGT TTTGGATAGT TTTGATCGTT ATTTTGTTGT51    TGCGCTTGCC GGCTTGTTTT TTGTCCGCGC ACAATCCGAA CGCGAGTGGA101    TGCGCGAGGT TTCTGCGTGG CAGGAAAAGA AAGGGGAAAA ACAGGCGGAG151    CTGCCTGAAA TCAAAGACGG TATGCCCGAT TTTCCCGAAC TTGCCCTGAT201    GCTTTTCCAC GCCGTCAAAA CGGCAGTGTA TTGGCTGTTT GTCGGTGTCG251    TCCGTTTCTG CCGAAACTAT CTGGCGCACG AATCCGAACC GGACAGGCCC301    GTTCCGCCT..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 430；ORF58>:1  ..LRETAYVLDS FDRYFVVALA GLFFVRAQSE REWMREVSAW QEKKGEKQAE51    LPEIKDGMPD FPELALMLFH AVKTAVYWLF VGVVRFCRNY LAHESEPDRP101    VPP..进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 431>:1  ATGTTTTGGA TAGTTTTGAT CGTTATTTTG TTGCTTGCGC TTGCCGGCTT51  GTTTTTTGTC CGCGCACAAT CCGAACGCGA GTGGATGCGC GAGGTTTCTG101  CGTGGCAGGA AAAGAAAGGG GAAAAACAGG CGGAGCTGCC TGAAATCAAA151  GACGGTATGC CCGATTTTCC CGAACTTGCC CTGATGCTTT TCCATGCCGT201  CAAAACGGCA GTGTATTGGC TGTTTGTCGG TGTCGTCCGT TTCTGCCGAA251  ACTATCTGGC GCACGAATCC GAACCGGACA GGCCCGTTCC GCCTGCTTCT301  GCAAACCGTG CGGATGTTCC GACCGCATCC GACGGATATT CAGACAGTGG351  AAACGGGACG GAAGAAGCGG AAACGGAAGA AGCAGAAGCT GCGGAGGAAG401  AGGCTGCCGA TACGGAAGAC ATTGCAACTG CCGTAATCGA CAACCGCCGC451  ATCCCATTCG ACCGGAGTAT TGCTGAAGGG TTGATGCCGT CTGAAAGCGA501  AATTTCGCCC GTCCGTCCGG TTTTTAAAGA AATCACTTTG GAAGAAGCAA551  CGCGTGCTTT AAACAGCGCG GCTTTAAGGG AAACGA4AAA ACGCTATATC601  GATGCATTTG AGAAAAACGA AACAGCGGTC CCCAAAGTCC GCGTGTCCGA651  TACCCCGATG GAAGGGCTGC AGATTATCGG TTTGGACGAC CCTGTGCTTC701  AACGCACGTA TTCCCATATG TTCGATGCGG ACAAAGAAGC GTTTTCCGAG751  TCTGCGGATT ACGGATTTGA GCCGTATTTT GAGAAGCAGC ATCCGTCTGC801  CTTTTCTGCA GTCAAAGCCG AAAATGCACG GAATGCGCCG TTCCACCGTC851  ATGCAGGGCA GRGGAAAGGG CAGGCGGAGG CAAA4TCCCC GGATGTTTCC901  CAAGGGCAGT CCGTTTCAGA CGGCACGGCC GTCCGCGATG CCCGCCGCCG951  CGTTTCCGTC AATTTGAAAG AACCGAACAA GGCAACGGTT TCTGCGGAGG1001  CGCGAATTTC TCGCCTGATT CCGGAAAGTC AGACGGTTGT CGGGAAACGG1051  GATGTCGAAA TGCCGTCTGA AACCGAAAAT GTTTTCACGG AAACCGTTTC1101  GTCTGTGGGA TACGGCGGTC CGGTTTATGA TGAAACTGCC GATATCCATA1151  TTGAAGAACC TGCCGCGCCC GATGCTTGGG TGGTCGAACC ACCCGAAGTG1201  CCGAAAGTTC CCATGACCGC AATCGATATT CAGCCGCCGC CTCCCGTATC1251  GGAAATCTAC AACCGTACCT ATGAACCGCC GTCAGGATTC GAGCAGGTGC1301  AACGCAGCCG CATTGCCGAG ACCGACCATC TTGCCGATGA TGTTTTGAAT1351  GGAGGTTGGC AGGAGGAAAC CGCCGCTATT GCGGATGACG GCAGTGAAGG1401  TGCGGCAGAG CGGTCAAGCG GGCAATATCT GTCGGAAACC GAAGCGTTCG1451  GGCATGACAG TCAGGCGGTT TGTCCGTTTG AAAATGTGCC GTCTGAACGC1501  CCGTCCTGCC GGGTATCGGA TACGGAAGCG GATGAAGGGG CGTTCCCATC1551  TGAAGAAACC GGTGCGGTAT CCGAACACCT GCCGACAACC GACCTGCTTC1601  TGCCTCCGCT GTTCAATCCC GAGGCGACGC AAACCGAAGA AGAACTGTTG1651  GAAAACAGCA TCACCATCGA AGAAAAATTG GCGGAGTTCA AAGTCAAGGT1701  CAAGGTTGTC GATTCTTATT CCGGCCCCGT AATTACGCGT TATGAAATCG1751  AACCCGATGT CGGCGTGCGC GGCAATTCCG TTCTGAATCT GGAAAAAGAT1801  TTGGCGCGTT CGCTCGGCGT GGCTTCCATC CGCGTTGTCG AAACCATCCC1851  CGGCAAAACC TGCATGGGTT TGGAACTTCC GAACCCGAAA CGCCAAATGA1901  TACGCCTGAG CGAAATCTTC AATTCGCCCG AGTTTGCCGA ATCCAAATCC1951  AAGCTGACGC TCGCGCTCGG TCAGGACATC ACCGGACAGC CCGTCGTAAC2001  CGACTTGGGA AAAGCACCGC ATTTGTTGGT TGCCGGCACG ACCGGTTCGG2051  GCAAATCGGT GGGTGTCAAC GCGATGATTC TGTCTATGCT TTTCAAAGCC2101  GCGCCGGAAG ACGTGCGTAT GATTATGATC GATCCGAAAA TGCTGGAATT2151  GAGCATTTAC GAAGGCATCC CGCACCTGCT CGCCCCTGTC GTTACCGATA2201  TGAAGCTGGC GGCAAACGCG CTGAACTGGT GTGTTAACGA AATGGAAAAA2251  CGCTACCGCC TGATGAGCTT TATGGGCGTG CGTAATCTTG CGGGCTTCAA2301  TCAAAAAATC GCCGAAGCCG CAGCAAGGGG AGAAAAAATC GGCAATCCGT2351  TCAGCCTCAC GCCCGACGAT CCCGAACCTT TGGAAAAACT GCCGTTTATC2401  GTGGTCGTGG TCGATGAGTT TGCCGACCTG ATGATGACGG CAGGCAAGAA2451  AATCGAAGAA CTGATTGCCC GCCTCGCCCA AAAAGCCCGC GCGGCAGGCA2501  TCCATTTGAT TCTTGCCACA CAACGCCCCA GCGTCGATGT CATCACGGGT2551  CTGATTAAGG CGAACATCCC GACGCGTATC GCGTTCCAAG TGTCCAGCAA2601  AATCGACAGC CGCACGATTC TCGACCAAAT GGGCGCGGAA AACCTGCTCG2651  GTCAGGGCGA TATGCTGTTC CTGCTGCCGG GTACTGCCTA TCCGCAGCGC2701  GTTCACGGCG CGTTTGCCTC GGATGAAGAG GTGCACCGCG TGGTCGAATA2751  TTTGAAACAG TTTGGCGAAC CGGACTATGT TGACGATATT TTGAGCGGCG2801  GCGGCAGCGA AGAGCTGCCC GGCATCGGGC GCAGCGGCGA CGACGAAACC2851  GATCCGATGT ACGACGAGGC CGTATCCGTT GTCCTGAAAA CGCGCAAAGC2901  CAGCATTTCG GGCGTACAGC GCGCCTTGCG TATCGGCTAC AACCGCGCCG2951  CGCGTCTGAT TGACCAGATG GAGGCGGAAG GCATTGTGTC CGCACCGGAA3001  CACAACGGCA ACCGTACGAT TCTCGTCCCC TTGGACAATG CTTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 432；ORF58-1>:1  MFWIVLIVIL LLALAGLFFV RAQSEREWMR EVSAWQEKKG EKQAELPEIK51  DGMPDFPELA LMLFHAVKTA VYWLFVGVVR FCRNYLAHES EPDRPVPPAS101  ANRADVPTAS DGYSDSGNGT EEAETEEAEA AEEEAADTED IATAVIDNRR151  IPFDRSIAEG LMPSESEISP VRPVFKEITL EEATRALNSA ALRETKKRYI201  DAFEKNETAV PKVRVSDTPM EGLQIIGLDD PVLQRTYSHA FDADKEAFSE251  SADYGFEPYF EKQHPSAFSA VKAENARNAP FHRHAGQGKG QAEAKSPDVS301  QGQSVSDGTA VRDARRRVSV NLKEPNKATV SAEARISRLI PESQTVVGKR351  DVEMPSETEN VFTETVSSVG YGGPVYDETA DIHIEEPAAP DAWVVEPPEV401  PKVPMTAIDI QPPPPVSEIY NRTYEPPSGF EQVQRSRIAE TDHLADDVLN451  GGWQEETAAI ADDGSEGAAE RSSGQYLSET EAFGHDSQAV CPFENVPSER501  PSCRVSDTEA DEGAFPSEET GAVSEHLPTT DLLLPPLFNP EATQTEEELL551  ENSITIEEKL AEFKVKVKVV DSYSGPVITR YEIEPDVGVR GNSVLNLEKD601  LARSLGVASI RVVETIPGKT CMGLELPNPK RQMIRLSEIF NSPEFAESKS651  KLTLALGQDI TGQPVVTDLG KAPHLLVAGT TGSGKSVGVN AMILSMLFKA701  APEDVRMIMI DPKMLELSIY EGIPHLLAPV VTDMKLAANA LNWCVNEMEK751  RYRLMSFMGV RNLAGFNQKI AEAAARGEKI GNPFSLTPDD PEPLEKLPFI801  VVVVDEFADL MMTAGKKIEE LIARLAQKAR AAGIHLILAT QRPSVDVITG851  LIKANIPTRI AFQVSSKIDS RTILDQMGAE NLLGQGDMLF LLPGTAYPQR901  VHGAFASDEE VHRVVEYLKQ FGEPDYVDDI LSGGGSEELP GIGRSGDDET951  DPMYDEAVSV VLKTRKASIS GVQRALRIGY NRAARLIDQM EAEGIVSAPE1001  HNGNRTILVP LDNA*
对该氨基酸序列的计算机分析预计了指定的跨膜区，并给出下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF58显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF58a)在重叠的89个氨基酸内有96.6％的相同性：
              10        20        30        40        50        60orf58.pep LRETAYVLDSFDRYFVVALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPD
                    :::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58a         MFWIVLIVILLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPD
                   10        20        30        40        50
              70        80        90       100orf58.pep FPELALMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPP
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58a    FPELALMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSD
         60        70        80        90       100       110全长ORF58a核苷酸序列<SEQ ID 433>是：1  ATGTTTTGGA TAGTTTTGAT CGTTATTTTG TTGCTTGCGC TTGCCGGCTT51  GTTTTTTGTC CGCGCACAAT CCGAACGCGA GTGGATGCGC GAGGTTTCTG101  CGTGGCAGGA AAAGAAAGGG GAAAAACAGG CGGAGCTGCC TGAAATCAAA151  GACGGTATGC CCGATTTTCC CGAACTTGCC CTGATGCTTT TCCATGCCGT201  CAAAACGGCA GTGTATTGGC TGTTTGTCGG TGTCGTCCGT TTCTGCCGAA251  ACTATCTGGC GCACGAATCC GAACCGGACA GGCCCGTTCC GCCTGCTTCT301  GCAAATCGTG CGGATGTTCC GACCGCATCC GACGGATATT CAGACAGTGG351  AAACGGGACG GAAGAAGCGG AAACGGAAGA AGCAGAAGCT GCGGAGGAAG 401  AGGCTGCCGA TACGGAAGAC ATTGCAACTG CCGTAATCGA CAACCGCCGC451  ATCCCATTCG ACCGGAGTAT TGCTGAAGGG TTGATGCCGT CTGAAAGCGA501  AATTTCGCCC GTCCGTCCGG TTTTTAAGGA AATCACTTTG GAAGAAGCAA551  CGCGTGCTTT AAACAGCGCG GCTTTAAGGG AAACGAAAAA ACGCTATATC601  GATGCATTTG AGAAAAACGA AACAGCGGTC CCCAAAGTCC GCGTGTCCGA651  TACCCCGATG GAAGGGCTGC AGATTATCGG TTTGGACGAC CCTGTGCTTC701  AACGCACGTA TTCCCGTATG TTCGATGCGG ACAAAGAAGC GTTTTCCGAG751  TCTGCGGATT ACGGATTTGA GCCGTATTTT GAGAAGCAGC ATCCGTCTGC801  CTTTTCTGCA GTCAAAGCCG AAAATGCACG GAATGCGCCG TTCCGCCGTC851  ATGCAGGGCA GGGNAAAGGG CAGGCGGAGG CNAAATCCCC GGATGTTTCC901  CAAGGGCAGT CCGTTTCAGA CGGCACAGCC GTCCGCGATG CCNGCCGCCG951  CGTTTCCGTC AATTTGAAAG AACCGAACAA GGCAACGGTT TCTGCGGAGG1001  CGCGGATTTC GCGCCTGATT CCGGAAAGTC GGACGGTTGT CGGGAAACGG1051  GATGTCGAAA TGCCGTCTGA AACCGAAAAT GTTTTCACGG AAANTGTTTC1101  GTCTGTGGGA TACGGCGNTC CGGTTTATGA TGAAACTGCC GATATCCATA1151  TTGAAGAACC TGCCGCGCCC GATGCTTGGG TGGTCGAACC ACCCGAAGTG1201  CCGAAAGTTC CCATGCCCGC AATNGATATT CCGCCGCCGC CTCCCGTATC1251  GGAAATCTAC AACCGTACCT ATGAACCGCC GGCAGGATTC GAGCAGGTGC1301  AACGCAGCCG CATTGCCGAA ACCGATCATC TTGCCGATGA TGTTTTGAAT1351  GGAGGTTGGC AGGAGGAAAC CGCCGCTATT GCGAATGACG GCAGTGAGGG1401  TGTGGCAGAG CGGTCAAGCG GGCAATATTT GTCGGAAACC GAAGCGTTCG1451  GGCATGACAG TCAGCCGGTT TGTCCGTTTG AAAATGTCCC GTCTGA4CGC1501  CCGTCCCGCC GGGCATNGGA TACGGAAGCG GATGAAGGGG CGTTCCAATC1551  TGAAGAAACC GGTGCGGTAT CCGAACACCT GCCGACAACC GACCTGCTTC1601  TGCCGCCGCT GTTCAATCCC GGGGCGACGC AAACCGAAGA AGANCTGTTG1651  GANAACAGCA TCACCATCGA AGAAAAATNG GCGGAGTTCA AAGTCAAGGT1701  CAAGGTTGTC GATTCTTATT CCGGCCCCGT GATTACGCGT TATGAAATCG1751  AACCCGATGT CGGCGTGCGC GGCAATTCCG TTCTAAATCT GGAAAAAGAN1801  TTGGCGCGTT CGCTCGGCGT GGCTTCCATC CGCGTTGTCG AAACCATCCT1851  CGGCAAAACC TGTATGGGTT TGGAACTTCC GAACCCGAAA CGCCAAATGA1901  TACGCCTGAG CGAAATCTTC AATTCGCCCG AGTTTGCCGA ATCCAAATCC1951  AAGCTGACGC TCGCGCTCGG TCAGGACATC ACCGGACAGC CCGTCGTAAC2001  CGACTTGGGC AAAGCACCGC ATTTGTTGGT TGCCGGCACG ACCGGTTCGG2051  GCAAATCGGT GGGTGTCAAC GCGATGATTC TGTCTATGCT TTTCAAAGCC2101  GCGCCGGAAG ACGTGCGTAT GATTATGATC GATCCGAAAA TGCTGGAATT2151  GAGCATTTAC GAAGGCATCC CGCACCTGCT CGCCCCTGTC GTTACCGATA2201  TGAAGCTGGC GGCAAACGCG CTGAACTGGT GTGTTAACGA AATGGAAAAA2251  CGCTACCGCC TGATGAGCTT TATGGGCGTG CGCAATCTTG CGGGTNTCAA2301  TCAAAAAATC GCCGAAGCCG CAGCAAGGGG GGAGAAAATC GGCAACCCGT2351  TCAGCCTCAC GCCCGACAAT CCCGAACCTT TGGANAAATT GCCGTTTATC2401  GTGGTCGTGG TTGATGAGTT TGCCGACCTG ATGATGACGG CAGGCAAGAA2451  AATCGAAGAA CTGATTGCCC GCCTCGCCCA AAAAGCCCGC GCGGCAGGCA2501  TCCATCTTAT CCTTGCCACA CAACGCCCCA GTGTCGATGT CATCACGGGT2551  CTGATTAAGG CGAACATCCC GACGCGTATC GCGTTCCAAG TGTCCAGCAA2601  AATCGACAGC CGCACGATTC TTGACCAAAT GGGTGCGGAA AACCTGCTCG2651  GGCAGGGCGA TATGCTGTTC CTGCCGCCGG GTACGGCCTA TCCGCAGCGC2701  GTTCACGGCG CGTTTGCCTC GGATGAAGAG GTGCACCGCG TGGTCGAATA2751  TCTGAAACAG TTTGGCGAAC CGGACTATGT TGACGATATN TTGAGCGGCG2801  GTATGTCCGA CGATTTGCTG GGAATCAGCC GGAGCGGCGA CGGCGAAACC2851  GATCCGATGT ACGACGAGGC CGTGTCNGTT GTTTTGAAAA CGCGCAAAGC2901  CAGCATTTCT GGCGTGCAGC GCGCATTGCG TATCGGCTAT AATCGCGCCG2951  CGCGTCTGAT TGACCAGATG GAGGCGGAAG GCATTGTGTC CGCACCGGAA3001  CACAACGGCA ACCGTACGAT TCTCGTCCCC TTNGACAATG CTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 434>:1   MFWIVLIVIL LLALAGLFFV RAQSEREWMR EVSAWQEKKG EKQAELPEIK51   DGMPDFPELA LMLFHAVKTA VYWLFVGVVR FCRNYLAHES EPDRPVPPAS101   ANRADVPTAS DGYSDSGNGT EEAETEEAEA AEEEAADTED IATAVIDNRR151   IPFDRSIAEG LMPSESEISP VRPVFKEITL EEATRALNSA ALRETKKRYI201   DAFEKNETAV PKVRVSDTPM EGLQIIGLDD PVLQRTYSRM FDADKEAFSE251   SADYGFEPYF EKQHPSAFSA VKAENARNAP FRRHAGAGKG AAEAKSPDVS 301  QGASVSDGTA VRDAXRRVSV NLKEPNKATV SAEARISRLI PESRTVVGKR351  DVEMPSETEN VFTEXVSSVG YGXPVYDETA DIHIEEPAAP wDAWVVEPPEV401  PKVPMPAXDI PPPPPVSEIY NRTYEPPAGF EQVQRSRIAE TDHLADDVLN451  GGWQEETAAI ANDGSEGYAE RSSGQYLSET EAFGHDSQAV CPFENVPSER501  PSRRAXDTEA DEGAFQSEET GAVSEHLPTT DLLLPPLFNP GATQTEEXLL551  XNSITIEEKX AEFKVKYKVV DSYSGPVITR YEIEPDVGVR GNSYLNLEKX601  LARSLGVASI RVYETILGKT CMGLELPNPK RQMIRLSEIF NSPEFAESKS651  KLTLALGQDI TGQPVVTDLG KAPHLLVAGT TGSGKSVGVN AMILSMLFKA701  APEDYRMIMI DPKMLELSIY EGIPHLLAPV VTDMKLAANA LNWCYNEMEK751  RYRLMSFMGV RNLAGXNQKI AEAAARGEKI GNPFSLTPDN PEPLXKLPFI801  VVVVDEFADL MMTAGKKIEE LIARLAQKAR AAGIRLILAT QRPSVDVITG851  LIKANIPTRI AFQVSSKIDS RTILIQMGAE NLLGQGDMLF LPPGTAYPQR901  VHGAFASDEE VHRVYEYLKQ FGEPDYVDDX LSGGMSDDLL GISRSGDGET951  DPMYDEAVSV VLKTRKASIS GVQRALRIGY NRAARLIDQM EAEGIVSAPE1001  HNGNRTILVP XDNA*ORF58a和ORF58-1显示在1014个氨基酸的重叠区内有96.6％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf58a.pep MFWIVLIVILLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPDFPELA
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58-1    MFWIVLIVILLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPDFPELA
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf58a.pep LMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNGT
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58-1    LMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNGT
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170       180orf58a.Dep EEAETEEAEAAEEEAADTEDIATAVIDNRRIPFDRSIAEGLMPSESEISPVRPVFKEITL
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||V|||||||||||||||||||||||orf58-1    EEAETEEAEAAEEEAADTEDIATAVIDNRRIPFDRSIAEGLMPSESEISPVRPVFKEITL
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf58a.pep EEATRALNSAALRETKKRYIDAFEKNETAVPKVRVSDTPMEGLQIIGLDDPVLQRTYSRM
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|orf58-1    EEATRALNSAALRETKKRYIDAFEKNETAVPKVRVSDTPMEGLQIIGLDDPVLQRTYSHM
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290       300orf58a.pep FDADKEAFSESADYGFEPYFEKQHPSAFSAVKAENARNAPFRRHAGQGKGQAEAKSPDVS
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||| ||||orf58-1    FDADKEAFSESADYGFEPYFEKQHPSAFSAVKAENARNAPFHRHAGQGKGQAEAKSPDVS
              250       260       270       280       290       300
              310       320       330       340       350       360orf58a.pep QGQSVSDGTAVRDAXRRVSVNLKEPNKATVSAEARISRLIPESRTVVGKRDVEMPSETEN
       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||orf58-1    QGQSVSDGTAVRDARRRVSVNLKEPNKATVSAEARISRLIPESQTVVGKRDVEMPSETEN
              310       320       330       340       350       360
              370       380       390       400       410       420orf58a.pep VFTEXVSSVGYGXPVYDETADIHIEEPAAPDAWVVEPPEVPKVPMPAXDIPPPPPVSEIY
       ||||:||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||orf58-1    VFTETVSSVGYGGPVYDETADIHIEEPAAPDAWVVEPPEVPKVPMTAIDIQPPPPVSEIY
              370       380       390       400       410       420
              430       440       450       460       470       480orf58a.pep NRTYEPPAGFEQVQRSRIAETDHLADDVLNGGWQEETAAIANDGSEGVAERSSGQYLSET
        |||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:||||||||||||orf58-1     NRTYEPPSGFEQVQRSRIAETDHLADDVLNGGWQEETAAIADDGSEGAAERSSGQYLSET
               430       440       450       460       470       480
               490       500       510       520       530       540orf58a.pep  EAFGHDSQAVCPFENVPSERPSRRAXDTEADEGAFQSEETGAVSEHLPTTDLLLPPLFNP
        |||||||||||||||||||||| |: ||||||||| ||||||||||||||||||||||||orf58-1     EAFGHDSQAVCPFENVPSERPSCRVSDTEADEGAFPSEETGAVSEHLPTTDLLLPPLFNP
               490       500       510       520       530       540
               550       560       570       580       590       600orf58a.pep  GATQTEEXLLXNSITIEEKXAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKX
         |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58-1     EATQTEEELLENSITIEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKD
               550       560       570       580       590       600
               610       620       630       640       650       660orf58a.pep  LARSLGVASIRVVETILGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDI
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58-1     LARSLGVASIRVVETIPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDI
               610       620       630       640       650       660
               670       680       690       700       710       720orf58a.pep  TGQPVVTDLGKAPHLLVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIY
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58-1     TGQPVVTDLGKAPHLLVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIY
               670       680       690       700       710       720
               730       740       750       760       770       780orf58a.pep  EGIPHLLAPVVTDMKLAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGXNQKIAEAAARGEKI
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||orf58-1     EGIPHLLAPVVTDMKLAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKI
               730       740       750       760       770       780
               790       800       810       820       830       840orf58a.pep  GNPFSLTPDNPEPLXKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILAT
        |||||||||:|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58-1     GNPFSLTPDDPEPLEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILAT
               790       800       810       820       830       840
               850       860       870       880       890       900orf58a.pep  QRPSVDVITGLIKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLPPGTAYPQR
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf58-1     QRPSVDVITGLIKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLLPGTAYPQR
               850       860       870       880       890       900
               910       920       930       940       950       960orf58a.pep  VHGAFASDEEVHRVVEYLKQFGEPDYVDDXLSGGMSDDLLGISRSGDGETDPMYDEAVSV
        ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |::| ||:|||| ||||||||||||orf58-1     VHGAFASDEEVHRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDDETDPMYDEAVSV
               910       920       930       940       950       960
               970       980       990      1000      1010orf58a.pep  VLKTRKASISGVQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVPXDNAX
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||orf58-1     VLKTRKASISGVQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVPLDNAX
               970       980       990      1000      1010
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF58显示出与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF58ng)的9个氨基酸重叠区完全相同：orf58.pep ALMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPP                      103
                                    |||||||||orf58ng                                 SEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNG  30
预计ORF58ng核苷酸序列<SEQ ID 435>编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEQ ID 436>:1  ..SEPDRPVPPA SANRADVPTA SDGYSDSGNG TEEAETEAAE AAEEEAADTE51    DIATAVIDNR RIPFDRSIAE GLMQSESKTS PVRPVFKEIT LEEATRALSS101    AALRETKKRY IDAFEKNGTA VPKVRVSDTP MEGLQIIGLD DPVLQRTYSR151    MFDADKEAFS ESADYGFEPY FEKQHPSAFS AVKAENARNA PFRRHAGQEK201    GQAEAKSPDV SQGQSVSDGT AVRDARRRVS VNLKEPNKAT VSAEARISRL251    IPESRTVVGK RDVEMPSETE NVFTETVSSV GYGGPVYDEA ADIHIEEPAA301    PDAWVVEPPE VPEVAVPEID ILPPPPVSEI YNRTYEPPAG FEQAQRSRIA351    ETDHLAADVL NGGWQEETAA IADDGSEGAA ERSSGQYLSE TEAFGHDSQA401    VCPFEDVPSE RPSCRVSDTE ADEGAFQSEE TGAVSEHLPT TDLLLPPLFN451    PEATQTEEEL LENSITIEEK LAEFKVKVKV VDSYSGPVIT RYEIEPDVGV501    RGNSVLNLEK DLARSLGVAS IRVVETIPGK TCMGLELPNP KRQMIRLSEI551    FNSPEFAESK SKLTLALGQD ITGQPVVTDL GKAPHLLVAG TTGSGKSVGV601    NAMILSMLFK AAPEDVRMIM IDPIMLELSI YEGITHLLAP VVTDMKLAAN651    ALNWCVNEME KRYRLMSFMG VRNLAGFNQK IAEAAARGEK IGNPFSLTPD701    DPEPLEKLPF IVVVVDEFAD LMMTAGKKIE ELIARLAQKA RAAGIHLILA751    TQRPSVDVIT GLIKANIPTR IAFQVSSKID SRTILDQMGA ENLLGQGDML801    FLPPGTAYPQ RVHGAFASDE EVHRVVEYLK QFGEPDYVDD ILSGGGSEEL851    PGIGRSGDGE TDPMYDEAVS VVLKTRKASI SGVQRALRIG YNRAARLIDQ901    MEAEGIVSAP EHNGNRTILV PLDNA*
该部分淋球菌序列含有一个预计的跨膜区和一个预计的ATP/GTP-结合位点基序A(P-环；双划线)。另外，它具有一个与大肠杆菌的FTSK细胞分裂蛋白同源的结构域。将ORF58ng和Ftsk(登录号p46889)作序列对比，结果显示在459个氨基酸重叠区内有65％的氨基酸相同性：ORF58ng:  467 IEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKDLARSLGVASIRVVET 526
          +E +LA+F++K  VV+   GPVITR+E+    GV+   + NL +DLARSL   ++RVVEFtsK:     868 VEARLADFRIKADVVNYSPGPVITRFELNLAPGVKAARISNLSRDLARSLSTVAVRVVEV 927ORF58ng:  527 IPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDITGQPVVTDLGKAPHL 586
          IPGK  +GLELPN KRQ + L E+ ++ +F ++ S LT+ LG+DI G+PVV DL K PHLFtsK:     928 IPGKPYVGLELPNKKRQTVYLREVLDNAKFRDNPSPLTVVLGKDIAGEPVVADLAKMPHL 987ORF58ng:  587 LVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIYEGITHLLAPVVTDMK 845
          LVAGTTGSGKSYGVNAMILSML+KA PEDVR IMIDPKMLELS+YEGI HLL  VVTDMKFtsK:     988 LVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLYKAQPEDVRFIMIDPKMLELSVYEGIPHLLTEVVTDMK 1047ORF58ng:  647 LAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKIGNPFSLTPDDPEP-- 704
           AANAL WCVNEME+RY+LMS +GVRNLAG+N+KIAEA      I +P+    D  +FtsK:    1048 DAANALRWCVNEMERRYKLMSALGVRNLAGYNEKIAEADRMMRPIPDPYWKPGDSMDAQH 1107ORF58ng:  705 --LEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILATQRPSVDVITGL 762
            L+K P+IVV+VDEFADLMMT GKK+EELIARLAQKARAAGIHL+LATQRPSVDVITGLFtsK:    1108 PVLKKEPYIVVLVDEFADLMMTVGKKVEELIARLAQKARAAGIHLVLATQRPSVDVITGL 1167ORF58ng:  763  IKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLPPGTAYPQRYHGAFASDEEV 822
           IKANIPTRIAF VSSKIDSRTILDQ GAE+LLG GDML+  P +  P RVHGAF  D+EVFtsK:    1168  IKANIPTRIAFTVSSKIDSRTILDQAGAESLLGMGDMLYSGPNSTLPVRVHGAFVRDQEV 1227ORF58ng:  823  HRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDGETDPMYDEAVSVVLKTRKASISG 882
           H VV+  K  G P YVD I S   SE   G G  G  E DP++D+AV  V + RKASISGFtsK:    1228  HAVVQDWKARGRPQYVDGITSDSESEGGAG-GFDGAEELDPLFIQAVQFVTEKRKASISG 1286ORF58ng:  883  VQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVP 921
           VQR  RIGYNRAAR+I+QMEA+GIVS   HNGNR +L PFtsK:     1287 VQRQFRIGYNRAARIIEQMEAQGIVSEQGHNGNREVLAP 1325对ORF58ng作进一步工作揭示了其完整的淋球菌DNA序列<SEO ID 437>是：1  ATGTTTTGGA TAGTTTTGAT CGTTATtgtg TTGCTTGCGC TTGCCGGCCT51  GTTTTTTGTC CGCGCACAAT CCGAACGCGA GTGGATGCGC GAGGTTTCTG101  CGTGGCAGGA AAAGAAAGGG GAAAAACAGG CGGAGCTGCC TGAAATCAAA151  GACGGTATGC CCGATTTTCC CGAGTTTTCC CTGATGCTTT TCCATGCCGT201  CAAAACGGCA GTGTATTGGC TGTTTGTCGG TGTCGTCCGT TTCTGCCGAA251  ACTATCTGGC GCACGAATCC GAACCGGACA GGCCCGTTCC GCCTGCTTCT301  GCAAACCGTG CGGATGTTCC GACCGCATCC GACGGGTATT CAGACAGTGG351  AAACGGGACG GAAGAAGCGG AAACGGAAGC AGCAGAAGCT GCGGAGGAAG401  AGGCTGCCgA TACgGAAGAC ATTGCAACTG CCGTAATCGA CAACCGCCGC451  ATCCcatTCG ACCGGAGTAT TGCTGAAGGG TTGATGCAGT CTGAAACCAA501  AACTTCGCCC GTCCGTCCGG TTTTTAAGGA AATCACTTTG GAAGAAGCAA551  CGCGTGCTTT AAGCAGCGCG GCTTTAAGGG AAACGAAAAA ACGCTATATC601  GATGCATTTG AGAAAAACGG AACAGCCGTC CCCAAAGTAC GCGTGTCCGA651  TACCCCGATG GAAGGGCTGC AGATTATCGG TTTGGACGAC CCTGTGCTTC701  AACGCACGTA TTCCCGTATG TTTGATGCGG ACAAAGAAGC GTTTTCCGAG751  TCTGCGGATT ACGGATTTGA GCCGTATTTT GAGAAGCAGC ATCCGTCTGC801  CTTTTCTGCA GTCAAAGCCG AAAATGCACG GAATGCGCCG TTCCGCCGTC851  ATGCAGGGCA GGAGAAAGGG CAGGCGGAGG CAAAATCCCC GGATGTTTCC901  CAAGGGCAGT CCGTTTCAGA CGGCACAGCC GTCCGCGATG CCCGCCGCCG951  CGTTTCCGTC AATTTGAAAG AACCGAACAA GGCAACGGTT TCTGCGGAGG1001  CGCGGATTTC GCGCCTGATT CCGGAAAGTC GGACGGTTGT CGGGAAACGG1051  GATGTCGAAA TGCCGTCTGA AACCGAAAAT GTTTTCACGG AAACCGTTTC1101  GTCTGTGGGA TACGGCGGTC CGGTTTATGA TGAAGCTGCC GATATCCATA1151  TTGAAGAGCC TGCCGCGCCC GATGCTTGGG TGGTCGAACC ACCCGAAGTG1201  CCGGAGGTAG CCGTACCCGA AATCGATATT CTGCCGCCGC CTCCCGTATC1251  GGAAATCTAC AACCGTACCT ATGAGCCGCC GGCAGGATTC GAGCAGGCGC1301  AACGCAGCCG CATTGCCGAA ACCGACCATC TTGCCGCTGA TGTTTTGAAT1351  GGAGGTTGGC AGGAGGAAAC CGCCGCTATT GCAGATGACG GCAGTGAGGG1401  TGCGGCAGAG CGGTCAAGCG GGCAATATCT GTCGGAAACC GAAGCGTTCG1451  GGCATGACAG TCAGGCGGTT TGTCCGTTTG AAGATGTGCC GTCTGAACGC1501  CCGTCCTGCC GGGTATCGGA TACGGAAGCG GATGAAGGGG CGTTCCAATC1551  GGAAGAGACC GGTGCGGTAT CCGAACACCT GCCGACAACC GACCTGCTTC1601  TGCCTCCGCT GTTCAATCCC GAGGCGACGC AAACCGAAGA AGAACTGTTG1651  GAAAACAGCA TCACCATCGA AGAAAAATTG GCGGAGTTCA AAGTCAAGGT1701  CAAGGTTGTC GATTCTTATT CCGGCCCCGT GATTACGCGT TATGAAATCG1751  AACCCGATGT CGGCGTGCGC GGCAATTCCG TTCTGAATTT GGAAAAAGAC1801  TTGGCGCGTT CGCTCGGCGT GGCTTCCATC CGCGTTGTCG AAACCATCCC1851  CGGCAAAACC TGCATGGGTT TGGAACTTCC GAACCCGAAA CGCCAAATGA1901  TACGCCTGAG CGAAATTTTC AATTCGCCCG AGTTTGCCGA ATCCAAATCC1951  AAGCTGACGC TCGCGCTCGG TCAGGACATT ACCGGACAGC CCGTCGTAAC2001  CGACTTGGGC AAAGCACCGC ATTTGCTGGT TGCCGGCACG ACCGGTTCGG2051  GCAAATCGGT GGGTGTCAAC GCGATGATTC TGTCTATGCT TTTCAAAGCC2101  GCGCCGGAAG ACGTGCGTAT GATTATGATC GATCCGAAAA TGCTGGAATT2151  GAGCATTTAC GAAGGCATCA CGCACCTGCT CGCCCCTGTC GTTACCGATA2201  TGAAGCTGG  GGCAAACGCG CTGAACTGGT GTGTTAACGA AATGGAAAAA2251  CGCTACCGCC TGATGAGCTT TATGGGCGTG CGCAATCTTG CGGGCTTCAA2301  CCAAAAAATC GCCGAAGCCG CAGCAAGGGG AGAAAAAATC GGCAATCCGT2351  TCAGCCTCAC GCCCGACGAT CCCGAACCTT TGGAAAAACT GCCGTTTATC2401  GTGGTCGTGG TCGATGAGTT TGCCGATTTG ATGATGACGG CAGGCAAGAA2451  AATCGAAGAA CTGATTGCGC GCCTCGCCCA AAAAGCCCGC GCGGCAGGCA2501  TCCACCTTAT CCTTGCCACA CAACGCCCCA GCGTCGATGT CATCACGGGT2551  CTGATTAAGG CGAACATCCC GACGCGTATC GCGTTCCAAG TGTCCAGCAA2601  AATCGACAGC CGCACGATTC TCGACCAAAT GGGCGCGGAA AACCTGCTCG2651  GTCAGGGCGA TATGCTGTTC CTGCCGCCGG GTACTGCCTA TCCGCAGCGC2701  GTTCACCGCG CGTTTGCCTC GGATGAAGAG GTGCACCGCG TGGTCGAATA2751  TCTGAAGCAG TTTGGCGAGC CGGACTATGT TGACGATATT TTGAGCGGCG2801  GCGGCAGCGA AGAGCTGCCC GGCATCGGGC GCAGCGGCGA CGGCGAAACC2851  GATCCGATGT ACGACGAGGC CGTATCCGTT GTCCTGAAAA CGCGCAAAGC2901  CAGCATTTCG GGCGTACAGC GCGCCTTGCG CATCGGCTAC AACCGCGCCG2951  CGCGTCTGAT TGACCAAATG GAAGCGGAAG GCATTGTGTC CGCACCGGAA3001  CACAACGGCA ACCGTACGAT TCTCGTCCCC TTGGACAATG CTTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 438；ORF58ng-1>:1  MFWIVLIVIV LLALAGLFFV RAQSEREWMR EVSAWQEKKG EKQAELPEIK51  DGMPDFPEFS LMLFHAVKTA VYWLFVGVVR FCRNYLAHES EPDRPVPPAS101  ANRADVPTAS DGYSDSGNGT EEAETEAAEA AEEEAADTED IATAVIDNRR151  IPFDRSIAEG LMQSESKTSP VRPVFKEITL EEATRALSSA ALRETKKRYI201  DAFEKNGTAV PKVRVSDTPM EGLQIIGLDD PVLQRTYSRM FDADKEAFSE251  SADYGFEPYF EKQHPSAFSA VKAENARNAP FRRHAGQEKG QAEAKSPDVS301  QGQSVSDGTA VRDARRRVSV NLKEPNKATV SAEARISRLI PESRTVVGKR351  DVEMPSETEN VFTETVSSVG YGGPVYDEAA DIHIEEPAAP DAWVVEPPEV401  PEVAVPEIDI LPPPPVSEIY NRTYEPPAGF EQAQRSRIAE TDHLAADVLN451  GGWQEETAAI ADDGSEGAAE RSSGQYLSET EAFGHDSQAV CPFEDVPSER501  PSCRVSDTEA DEGAFQSEET GAVSEHLPTT DLLLPPLFNP EATQTEEELL551  ENSITIEEKL AEFKVKVKVV DSYSGPVITR YEIEPDVGVR GNSVLNLEKD601  LARSLGVASI RVVETIPGKT CMGLELPNPK RQMIRLSEIF NSPEFAESKS651  KLTLALGQDI TGQPVVTDLG KAPHLLVAGT TGSGKSVGVN AMILSMLFKA701  APEDVRMIMI DPKMLELSIY EGITHLLAPV VTDMKLAANA LNWCVNEMEK751  RYRLMSFMGV RNLAGFNQKI AEAAARGEKI GNPFSLTPDD PEPLEKLPFI801  VVVVDEFADL MMTAGKKIEE LIARLAQKAR AAGIHLILAT QRPSVDVITG851  LIKANIPTRI AFQVSSKIDS RTILDQMGAE NLLGQGDMLF LPPGTAYPQR901  VHGAFASDEE VHRVVEYLKQ FGEPDYVDDI LSGGGSEELP GIGRSGDGET951  DPMYDEAVSV VLKTRKASIS GVQRALRIGY NRAARLIDQM EAEGIVSAPE1001  HNGNRTILVP LDNA*ORF58ng-1和ORF58-1显示在1014个氨基酸的重叠区内有97.2％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf58-1.pep  MFWIVLIVILLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPDFPELA
         |||||||||:|||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||::orf58ng-1    MFWIVLIVIVLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPDFPEFS
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf58-1.pep  LMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNGT
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1    LMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNGT
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf58-1.pep  EEAETEEAEAAEEEAADTEDIATAVIDNRRIPFDRSIAEGLMPSESEISPVRPVFKEITL
         |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||: ||||||||||||orf58ng-1    EEAETEAAEAAEEEAADTEDIATAVIDNRRIPFDRSIAEGLMQSESKTSPVRPVFKEITL
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf58-1.pep  EEATRALNSAALRETKKRYIDAFEKNETAVPKVRVSDTPMEGLQIIGLDDPVLQRTYSHM
         |||||||:|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|orf58ng-1    EEATRALSSAALRETKKRYIDAFEKNGTAVPKVRVSDTPMEGLQIIGLDDPVLQRTYSRM
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf58-1.pep  FDADKEAFSESADYGFEPYFEKQHPSAFSAVKAENARNAPFHRHAGQGKGQAEAKSPDVS
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||| ||||||||||||orf58ng-1    FDADKEAFSESADYGFEPYFEKQHPSAFSAVKAENARNAPFRRHAGQEKGQAEAKSPDVS
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf58-1.pep  QGQSVSDGTAVRDARRRVSVNLKEPNKATVSAEARISRLIPESQTVVGKRDVEMPSETEN
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||orf58ng-1    QGQSVSDGTAVRDARRRVSVNLKEPNKATVSAEARISRLIPESRTVVGKRDVEMPSETEN
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       420orf58-1.pep  VFTETVSSVGYGGPVYDETADIHIEEPAAPDAWVVEPPEVPKVPMTAIDIQPPPPVSEIY
         ||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||:| :  |||||||||||||orf58ng-1    VFTETVSSVGYGGPVYDEAADIHIEEPAAPDAWVVEPPEVPEVAVPEIDILPPPPVSEIY
                370       380       390       400       410       420
                430       440       450       460       470       480orf58-1.pep  NRTYEPPSGFEQVQRSRIAETDHLADDVLNGGWQEETAAIADDGSEGAAERSSGQYLSET
         |||||||:||||:|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1    NRTYEPPAGFEQAQRSRIAETDHLAADVLNGGWQEETAAIADDGSEGAAERSSGQYLSET
                430       440       450       460       470       480
                490       500       510       520       530       540orf58-1.pep  EAFGHDSQAVCPFENVPSERPSCRVSDTEADEGAFPSEETGAVSEHLPTTDLLLPPLFNP
         ||||||||||||||:|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||orf58ng-1    EAFGHDSQAVCPFEDVPSERPSCRVSDTEADEGAFQSEETGAVSEHLPTTDLLLPPLFNP
                490       500       510       520       530       540
                550       560       570       580       590       600orf58-1.pep  EATQTEEELLENSITIEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKD
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1    EATQTEEELLENSITIEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKD
                550       560       570       580       590       600
                610       620       630       640       650       660orf58-1.pep  LARSLGVASIRVVETIPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDI
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1    LARSLGVASIRVVETIPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDI
                610       620       630       640       650       660
                670       680       690       700       710       720orf58-1.pep  TGQPVVTDLGKAPHLLVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIY
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1    TGQPVVTDLGKAPHLLVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIY
                670       680       690       700       710       720
                730       740       750       760       770       780orf58-1.pep  EGIPHLLAPVVTDMKLAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKI
         ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1    EGITHLLAPVVTDMKLAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKI
                730       740       750       760       770       780
                790       800       810       820       830       840orf58-1.pep  GNPFSLTPDDPEPLEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILAT
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1    GNPFSLTPDDPEPLEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILAT
                790       800       810       820       830       840
                 850       860       870       880       890       900orf58-1.pep   QRPSVDVITGLIKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLLPGTAYPQR
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1     QRPSVDVITGLIKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLPPGTAYPQR
                 850       860       870       880       890       900
                 910       920       930       940       950       960orf58-1.pep   VHGAFASDEEVHRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDDETDPMYDEAVSV
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||orf58ng-1     VHGAFASDEEVHRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDGETDPMYDEAVSV
                 910       920       930       940       950       960
                 970       980       990      1000      1010orf58-1.pep   VLKTRKASISGVQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVPLDNAX
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf58ng-1     VLKTRKASISGVQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVPLDNAX
                 970       980       990      1000      1010
另外，ORF58ng-1显示出与大肠杆菌蛋白Ftsk明显同源：
sp|P46889|FTSK_ECOLI细胞分裂蛋白FTSK＞gi|1651412|gnl|PID|d1015290(D1分裂蛋白FtsK[大肠杆菌]＞gi|1651418|gnl|PID|d1015296(D90727)细胞分裂蛋白FtsK[大肠杆菌]＞gi|1787117(AE000191)细胞分裂蛋白FtsK[大肠杆菌]长度=1329
评分=576位(1469)，估计值=e-163
相同性=301/459(65％)，阳性=353/459(76％)，空隙=5/459(1％)
询问：556  IEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKDLARSLGVASIRVVET 615
            +E +LA+F++K  VV+   GPVITR+E+    GV+   +NL  +DLARSL   ++RVVE
目标：868  VEARLADFRIKADVVNYSPGPVITRFELNLAPGVKAARISNLSRDLARSLSTVAVRVVEV 927
询问：616  IPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDITGQPVVTDLGKAPHL 675
            IPGK  +GLELPN KRQ + L E+ ++ +F ++ S LT+ LG+DI G+PVV DL K PHL
目标：928  IPGKPYVGLELPNKKRQTVYLREVLDNAKFRDNPSPLTVVLGKDIAGEPVVADLAKMPHL 987
询问：676  LVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIYEGITHLLAPVVTDMK 735
            LVAGTTGSGKSVGVNAMILSML+KA PEDVR IMIDPKMLELS+YEGI HLL  VVTDMK
目标：988  LVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLYKAQPEDVRFIMIDPKMLELSVYEGIPHLLTEVVTDMK 1047
询问：736  LAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKIGNPFSLTPDDPEP-- 793
             AANAL WCVNEME+RY+LMS +GVRNLAG+N+KIAEA      I +P+    D  +
目标：1048 DAANALRWCVNEMERRYKLMSALGVRNLAGYNEKIAEADRMMRPIPDPYWKPGDSMDAQH 1107
询问：794  --LEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILATQRPSVDVITGL 851
              L+K P+IVV+VDEFADLMMT GKK+EELIARLAQKARAAGIHL+LATQRPSVDVITGL
目标：1108 PVLKKEPYIVVLVDEFADLMMTVGKKVEELIARLAQKARAAGIHLVLATQRPSVDVITGL 1167
询问：852  IKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLPPGTAYPQRVHGAFASDEEV 911
            IKANIPTRIAF VSSKIDSRTILDQ GAE+LLG GDML+  P +  P RVHGAF  D+EV
目标：1168 IKANIPTRIAFTVSSKIDSRTILDQAGAESLLGMGDMLYSGPNSTLPVRVHGAFVRDQEV 1227
询问：912  HRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDGETDPMYDEAVSVVLKTRKASISG 971
            H VV+  K  G P YVD I S   SE   G G  G  E DP++D+AV  V + RKASISG
目标：1228 HAVVQDWKARGRPQYVDGITSDSESEGGAG-GFDGAEELDPLFDQAVQFVTEKRKASISG 1286
询问：972  VQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVP 1010
            VQR  RIGYNRAAR+I+QMEA+GIVS   HNGNR +L P
目标：1287 VQRQFRIGYNRAARIIEQMEAQGIVSEQGHNGGNEVLAP 1325
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例59
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 439>:1  ATGATTTATC AAAGAAACCT CATCAAAGAA CTCTCTTTTA CCGCCGTCGG51  CATTTTCGTC GTCCTCTTGG CGGTATTGGT CTCCACGCAG GCAATCAACC101  TGCTCGGCCG TGCCGCCGAC GGGC..GTGA TCGCCATCGA TGCCGTGTTG151  GCATTGGTCG GCTTCTGGGT C......... .......... ..........
                            //901  .........A TTGCCATCGG TTTGTTTTTA ATTTACCAAA ACGGGCTGAC951  CCTGCTTTTT GAAGCCGTGG AAGACGGCAA AATCCATTTT TGGCTCGGAC1001  TGCTGCCTAT GCACATTATC ATGTTTGTCC TTGCACTCAT CCTGTTGCGC1051  GTCCGCAGTA TGCCCAGCCA GCCCTTCTGG CAGGCGGTTG GCAAAAGTCT1101  GACATTGAAA GGCGGAAAAT GA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 440；ORF101>:1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGRAAD GXVIAIDAVL51  ALVGFWV... .......... .......... .......... ..........
                        //301  ...IAIGLFL IYQNGLTLLF EAVEDGKIHF WLGLLPMHII MFVLALILLR351  VRSMPSQPFW QAVGKSLTLK GGK*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 441>:1  ATGATTTATC AAAGAAACCT CATCAAAGAA CTCTCTTTTA CCGCCGTCGG51  CATTTTCGTC GTCCTCTTGG CGGTATTGGT CTCCACGCAG GCAATCAACC101  TGCTCGGCCG TGCCGCCGAC GGGCGTGTCG CCATCGATGC CGTGTTGGCA151  TTGGTCGGCT TCTGGGTCAT CGGTATGACG CCGCTTTTGC TGGTGTTGAC201  CGCATTTATC AGTACGTTGA CCGTGTTGAC CCGCTACTGG CGCGACAGCG251  AAATGTCGGT CTGGCTATCC TGCGGATTGG CATTGAAACA ATGGATACGC301  CCGGTGATGC AGTTTGCCGT GCCGTTTGCC GTTTTGGTTG CCGTCATGCA351  GCTTTGGGTG ATACCGTGGG CAGAGCTACG CAGCCGCGAA TACGCTGAAA401  TCCTGAAGCA GAAGCAGGAA TTGTCTTTGG TGGAGGCAGG CGAGTTCAAC451  AGTTTGGGCA AGCGCAACGG CAGGGTTTAT TTTGTCGAAA CCTTCGATAC501  CGAATCCGGC ATCATGAAAA ACCTGTTCCT GCGCGAACAG GACAAAAACG551  GCGGCGACAA CATCATCTTC GCCAAAGAAG GTAACTTCTC GCTGAACGAC601  AACAAACGCA CGCTCGAATT GCGCCACGGC TACCGTTACA GCGGCACGCC651  CGGACGCGCC GACTACAATC AGGTTTCCTT CCAAAAACTC AACCTGATTA701  TCAGCACCAC GCCCAAACTC ATCGACCCCG TTTCCCACCG CCGTACCATT751  CCGACCGCCC AACTGATTGG CAGCAGCAAC CCGCAACATC AGGCGGAATT801  GATGTGGCGC ATCTCGCTGA CCGTCAGCGT CCTCCTACTC TGCCTGCTTG851  CCGTGCCGCT TTCCTATTTC AACCCGCGCA GCGGACATAC CTACAATATC901  TTGATTGCCA TCGGTTTGTT TTTAATTTAC CAAAACGGGC TGACCCTGCT951  TTTTGAAGCC GTGGAAGACG GCAAAATCCA TTTTTGGCTC GGACTGCTGC1001  CTATGCACAT TATCATGTTT GCCGTTGCAC TCATCCTGTT GCGCGTCCGC1051  AGTATGCCCA GCCAGCCCTT CTGGCAGGCG GTTGGCAAAA GTCTGACATT1101  GAAAGGCGGA AAATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 442：ORF101-1>:1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGRAAD GRVAIDAVLA51  LVGFWNIGMT PLLLVLTAFI STLTVLTRYW RDSEMSVWLS CGLALKQWIR101  PVMQFAVPFA VLVAVMQLWV IPQAELRSRE YAEILKQKQE LSLVEAGEFN151  SLGKRNGRVY FVETFDTESG IMKNLFLREQ DKNGGDNIIF AKEGNFSLND201  NKRTLELRHG YRYSGTPGRA DYNQVSFQKL NLIISTTPKL IDPVSHRRTI251  PTAQLIGSSN PQHQAELMWR ISLTVSVLLL CLLAVPLSYF NPRSGHTYNI301  LIAIGLFLIY QNGLTLLFEA VEDGKIHFWL GLLPMHIIMF AVALILLRVR351  SMPSQPFWQA VGKSLTLKGG K*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF101显示和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF101a)在57个氨基酸重叠区内有91.2％的相同性，在69个氨基酸重叠区内有95.7％的相同性：
               10        20        30        40        50orf101.pep MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGXVIAIDAVLALVGFWVX
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||||||orf101a    MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGXAADXRX-AIDAVLALVGFWVXXM
               10        20        30        40         50
                                           //
                                        90       100       110orf101.pep .............................IAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGL
                                     ||||||||||||||||||||||||||||||orf101a    LTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNILXAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGL
            280       290       300       310       320       330
         120       130       140       150orf101.pep LPMHIIMFVLALILLRVRSMPSQPFWQAVGKSLTLKGGKX
       |||||||||:|::|||||||||||||||||||||||||||orf101a    LPMHIIMFVIAIVLLRVRSMPSQPFWQAVGKSLTLKGGKX
            340       350       360       370全长ORF101a核苷酸序列<SEQ ID 443>是：1  ATGATTTATC AAAGAAACCT CATCAAAGAA CTCTCTTTTA CCGCCGTCGG51  CATTTTCGTC GTCCTCTTGG CGGTATTGGT CTCCACGCAG GCAATCAACC101  TGCTCGGCCN TGCCGCCGAC NGGCGTNTCG CCATCGATGC CGTGTTGGCA151  TTGGTCGGCT TCTGGGTCNN NNGNATGACG CCGCTTTTGC TNGTGTTGAC201  CGCATTTATC AGTACGTTGA CCGTGTTGAC CCGCTACTGG CGNGACAGCG251  AAATGTCGGT CTGGNTATCC TGCGGATTGG CATTGAAACA ATGGATACGC301  CCGGTGATGC AGTTTGCCGT GCCGTTTGCC GTTTTGGTTG CCGTCATGCA351  GCTTTGGGTG ATACCGTGGG CAGAGCTACG CAGCCGCGAA TACGCTGAAA401  TCCTGAAGCA GAAGCAGGAA TTGTCTTTGG TGGAGGCAGG CGGGTTCAAC451  AGTTTGGGCA AGCGCAACGG CAGGGTTTAT TTTGTCGAAA CCTTCGATAC501  CGAATCCGGC ATCATGAAAA ACCTGTTCCT GCGCGAACAG GACAAAAACG551  GCGGCGACAA CATCATCTTC NCCAAAGAAA GTAACTTCTC GCTGAACGAC601  AACAAACGCA CGCTCGAATT GCGCCACGGC TACCGTTACA GCGGCACGCC651  CGGACGCGCC GACTACAATC AGGTTTCCTT CCNAAAACTC AACCTGATTA701  TCAGCACCAC GCCCAAACTC ATCGACCCCG TTTCCCACCG CCGTACNATN751  CCNACNGCCC AACTGATTGG CAGCAGCAAC CCGCAACATC ANGCGGAATT801  GATGTGGCGC ATCTCGCTGA CCGTCAGCGT CCTCCTACTC TGCCTGCTTG851  CCGTGCCGCT TTCCTATTTC AACCCGCGCA GCGGACATAC CTACAATATC901  TTGANTGCCA TCGGTTTGTT TTTAATTTAC CAAAACGGGC TGACCCTGCT951  TTTTGAAGCC GTGGAAGACG GCAAAATCCA TTTTTGGCTC GGACTGCTGC1001  CTATGCACAT CATCATGTTC GTCATCGCAA TCGTACTTCT GCGCGTCCGC1051  AGCATGCCCA GCCAGCCCTT CTGGCAGGCG GTTGGCAAAA GTCTGACATT1101  GAAAGGCGGA AAATGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 444>:1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGXAAD XRXAIDAVLA51  LVGFWVXXMT PLLLVLTAFI STLTVLTRYW RDSEMSVWXS CGLALKQWIR101  PVMQFAVPFA VLVAVMQLWV IPWAELRSRE YAEILKQKQE LSLVEAGGFN151  SLGKRNGRVY FVETFDTESG IMKNLFLREQ DKNGGDNIIF XKESNFSLND201  NKRTLELRHG YRYSGTPGRA DYNQVSFXKL NLIISTTPKL IDPVSHRRTX251  PTAQLIGSSN PQHXAELMWR ISLTVSVLLL CLLAVPLSYF NPRSGHTYNI301  LXAIGLFLIY QNGLTLLFEA VEDGKIHFWL GLLPMHIIMF VIAIVLLRVR351  SMPSQPFWQA VGKSLTLKGG K*ORF101a和ORF101-1显示在371个氨基酸的重叠区内有95.4％的相同性：orf101a.pep   MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGXAADXRXAIDAVLALVGFWVXXMT 60
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||  ||orf101-1    MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGRVAIDAVLALVGFWVIGMT  60orf101a.pep PLLLVLTAFISTLTVLTRYWRDSEMSVWXSCGLALKQWIRPVMQFAVPFAVLVAVMQLWV 120
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||orf101-1    PLLLVLTAFISTLTVLTRYWRDSFMSVWLSCGLALKQWIRPVMQFAVPFAVLVAVMQLWV 120orf101a.pep IPWAELRSREYAEILKQKQELSLVEAGGFNSLGKRNGRVYFVETFDTESGIMKNLFLREQ 180
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||orf101-1    IPWAELRSREYAEILKQKQELSLVEAGEFNSLGKRNGRVYFVETFDTESGIMKNLFLREQ 180orf101a.pep DKNGGDNIIFXKESNFSLNDNKRTLELRHGYRYSGTPGRADYNQVSFXKLNLIISTTPKL 240
        |||||||||| ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf101-1    DKNGGDNIIFAKEGNFSLNDNKRTLELRHGYRYSGTPGRADYNQVSFQKLNLIISTTPKL 240orf101a.pep IDPVSHRRTXPTAQLIGSSNPQHXAELMWRISLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNI 300
        ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||Drf101-1    IDPVSHRRTIPTAQLIGSSNPQHQAELMWRISLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNI 300orf101a.pep LXAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGLLPMHIIMFVIAIVLLRVRSMPSQPFWQA 360
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::|::|||||||||||||||orf101-1    LIAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGLLPMHIIMFAVALILLRVRSMPSQPFWQA 360orf101a.pep VGKSLTLKGGK 371
        |||||||||||orf101-1    VGKSLTLKGGK 371
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF101显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF101ng)在N端结构域的57个氨基酸重叠区以及C端结构域的61个氨基酸重叠区内分别有96.5％和95.1％的相同性：orf101.pep MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGXVIAIDAVLALVGFWV    57
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||orf101ng   MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGRV-AIDAVLALVGFWVIGM 59
                                  //orf101.pep                               IAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLG 333
                                     ||||||||||||||||||||||||||||||orf101ng   SLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNILIAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLG 331orf101.pep LLPMHIIMFVLALILLRVRSMPSQPFWQAVGKSLTLKGGK 373
       ||||||||||:|::|||||||||||||||||orf101ng   LLPMHIIMFVIAIVLLRVRSMPSQPFWQAVG          362
预计ORF101ng核苷酸序列<SEQ ID 445>编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEQ ID 446>:1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGRAAD GRVAIDAVLA51  LVGFWVIGMT PLLLYLTAFI STLTVLTRYW RDSEMSVWLS CGLALKQWIR101  PVMQFAVPFA ILIAVMQLWV IPWAELRSRE YAEILKQKQE LSLVEAGEFN151  NLGKRNGRVY FVETFDTESG IMKNLFLREQ DKNGGDNIIF AKEGNFSLKD201  NKRTLELRHG YRYSGTPGRA DYNQVSFQKL NLIISTTPKL IDPVSHRRTI251  STAQLIGSSN PQHQAELMWR ISLTVSVLLL CLLAVPLSYF NPRSGHTYNI301  LIAIGLFLIY QNGLTLLFEA VEDGKIHFWL GLLPMHIIMF VIAIVLLRVR351  SMPSQPFWQA VG...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 447>:
1 ATGATTTATC AAAGAAACCT CATCAAAGAA CTCTCTTTTA CCGCCGTCGG  51  CATTTTCGTC GTCCTCTTGG CGGTGTTGGT GTCCACGCAG GCGATCAACC101  TGCTTGGCCG CGCAGCTGAC GGGCGTGTCG CCATCGATGC CGTGTTGGCC151  TTAGTCGGCT TCTGGGTCAT CGGTATGACC CCGCTTTTGC TGGTGTTGAC201  CGCATTCATC AGCACGCTGA CCGTATTGAC CCGCTACTGG CGCGACAGCG251  AAATGTCGGT CTGGCTATCC TGCGGATTGG CGTTGAAACA GTGGATACGC301  CCCGTCATGC AGTTTGCCGT GCCGTTTGCC ATCCTGATTG CCGTCATGCA351  GCTTTGGGTG ATACCGTGGG CAGAGCTGCG CAGCCGCGAA TATGCCGAAA401  TTTTGAAGCA GAAGCAGGAA TTGTCTTTGG TGGAAGCCGG CGAGTTCAAT451  AACTTGGGCA AGCGCAACGG CAgggtttaT TtcgtcgaaA CCTTTGACAC501  CGaatccgGC ATCATGAAAA ACCTGTtcct GcGCGAACAG GACAAAAACG551  gcggcgacaA CATCATCTTC GCcaaaGAag gtaactTctc gctgaaggaC601  AACAAAcgca cgctcgaATT GCGCCACGGC TACCGTTACA GCGGcacgcC651  CGGacGCGCc gactaCAATC AGGTTtcctt cCAAAAacTc aacctgATta701  TCAGCACCAC GCCCAAacTT ATCGaccCCG TTTCCCACCG CCGCACCATT751  tcgacCGCCC AAcTGATTGG CAGCAGCAAT CCGCAACATC AGGCAGAATT801  GATGTGGCGC ATCTCGCTGA CCGTCAGCGT CCTCCTGCTC TGCCTACTCG851  CCGTGCCGCT TTCCTATTTC AACCCGCGCA GCGGACATAC CTACAATATC901  TTGATTGCCA TCGGTTTGTT TTTAATTTAC CAAAACGGGC TGACCCTGCT951  TTTTGAAGCC GTGGAAGACG GCAAAATCCA TTTTTGGCTC GGACTGCTGC1001  CTATGCACAT CATCATGTTC GTCATCGCAA TCGTACTTCT GCGCGTCCGC1051  AGTATGCCCA GCCAGCCCTT CTGGCAGGCG GTTGGCAAAA GTCTGACATT1101  GAAAGgcgGA AAATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 448；ORF101ng-1>:1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGRAAD GRVAIDAVLA51  LVGFWVIGMT PLLLVLTAFI STLTVLTRYW RDSEMSVWLS CGLALKQWIR101  PVMQFAVPFA ILIAVMQLWN IPWAELRSRE YAEILKQKQE LSLVEAGEFN151  NLGKRNGRVY FVETFDTESG IMKNLFLREQ DKNGGDNIIF AKEGNFSLKD201  NKRTLELRHG YRYSGTPGRA DYNQVSFQKL NLIISTTPKL IDPVSHRRTI251  STAQLIGSSN PQHQAELMWR ISLTVSVLLL CLLAVPLSYF NPRSGHTYNI301  LIAIGLFLIY QNGLTLLFEA VEDGKIHFWL GLLPMHIIMF VIAIVLLRVR351  SMPSQPFWQA VGKSLTLKGG K*ORF101ng-1和ORF101-1显示在371个氨基酸的重叠区内有97.6％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf101-1.pep MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGRVAIDAVLALVGFWVIGMT
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf101ng-1   MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGRVAIDAVLALVGFWVIGMT
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf101-1.pep PLLLVLTAFISTLTVLTRYWRDSEMSVWLSCGLALKQWIRPVMQFAVPFAVLVAVMQLWV
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||||||orf101ng-1   PLLLVLTAFISTLTVLTRYWRDSEMSVWLSCGLALKQWIRPVMQFAVPFAILIAVMQLWV
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf101-1.pep IPWAELRSREYAEILKQKQELSLVEAGEFNSLGKRNGRVYFVETFDTESGIMKNLFLREQ
         ||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||orf101ng-1   IPWAELRSREYAEILKQKQELSLVEAGEFNNLGKRNGRVYFVETFDTESGIMKNLFLREQ
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf101-1.pep DKNGGDNIIFAKEGNFSLNDNKRTLELRHGYRYSGTPGRADYNQVSFQKLNLIISTTPKL
         ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf101ng-1   DKNGGDNIIFAKEGNFSLKDNKRTLELRHGYRYSGTPGRADYNQVSFQKLNLIISTTPKL
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf101-1.pep IDPVSHRRTIPTAQLIGSSNPQHQAELMWRISLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNI
         |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf101ng-1    IDPVSHRRTISTAQLIGSSNPQHQAELMWRISLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNI
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320       330       340       350       360orf101-1.pep  LIAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGLLPMHIIMFAVALILLRVRSMPSQPFWQA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::|::|||||||||||||||orf101ng-1    LIAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGLLPMHIIMFVIAIVLLRVRSMPSQPFWQA
                 310       320       330       340       350       360
                 370orf101-1.pep  VGKSLTLKGGKX
          ||||||||||||orf101ng-1    VGKSLTLKGGKX
                 370
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例60
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 449>:1  ..GGTGGTGGTT TTATCAATGC TTCCTGTGCC ACTTTGACGA CAGCCAAACC51    GCAATATCAA GCAGGAGACC TTAGCGCTTT TAAGATAAGG CAAGGCAATG101    TTGTAATCGC CGGACACGGT TTGGATGCAC GTGATACCGA TTACACACGT151    ATTCTCAGTT ATCATTCCAA AATCGATGCA CCCGTATGGG GACAAGATGT201    TCGTGTCGTC GCGGGACAAA ACGATGTGGC CGCAACAGGT GATGCACATT251    CGCCTATTCT CAATAATGCT GCTGCCAATA CGTCAAACAA TACAGCCAAC301    AACGGCACAC ATATCCCTTT ATTTGCGATT GATACAGGCA AATTAGGAGG351    TAT.GTATGC CAACAAAATC ACCTTGATCA GTACGGTCGA GCAAGCAGGC401    ATTCGTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 450；ORF113>:1  ..GGGFINASCA TLTTAKPQYQ AGDLSAFKIR QGNVVIAGHG LDARDTDYTR51    ILSYHSKIDA PVWGQDVRVV AGQNDVAATG DAHSPILNNA AANTSNNTAN101    NGTHIPLFAI DTGKLGGXVC QQNHLDQYGR ASRHS*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与脑膜炎奈瑟球菌的pspA推定分泌蛋白(登录号为AF030941)的同源性ORF和pspA显示在179个氨基酸的重叠区内有44％的氨基酸相同性：orf113   GGGFINASCATLTTAKPQYQAGDLSAFKIRQGNVVIAGHGLDARDTDYTRILSYHSKIDA 60
     GGG INA+  TLT+  P    G+L+ F +  G VVI G GLD  D DYTRILS  ++I+Apspa     GGGLINAASVTLTSGVPVLNNGNLTGFDVSSGKVVIGGKGLDTSDADYTRILSRAAEINA 256orf113   PVWGQDVRVVAGQNDVAATGDAHSPILXXXXXXXXXXXXXXGTHIPLFAIDTGKLGGMYA 120
      VWG+DV+VV+G+N +   G                      +  P  AIDT  LGGMYApspa     GVWGKDVKVVSGKNKLDFDG---------SLAKTASAPSSSDSVTPTVAIDTATLGGMYA 307orf113   NKITLISTVEQAGIRNQGQWFASAGNVAVNAEGKLVNTGMIAATGENHAVSLHARNVHN  179
     +KITLIST   A IRN+G+ FA+ G V ++A+GKL N+G I A      +++ A+ V Npspa     DKITLISTDNGAVIRNKGRIFAATGGVTLSADGKLSNSGSIDAA----EITISAQTVDN  362与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性ORF113显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF113ng)在N端部分的52个氨基酸重叠区以及C端部分的17个氨基酸重叠区内有86.5％和94.1％的相同性：orf113                                  GGGFINASCATLTTAKPQYQAGDLSAFKIR  30
                                    |||||||| |||||::|||||||:|:||||orf113ng  SHPSQLNGYIEVGGRRAEVVIANPAGIAVNGGGFINASRATLTTGQPQYQAGDFSGFKIR 224orf113    QGNVVIAGHGLDARDTDYTRILSYHSKIDAPVWGQDVRVVAGQNDVAATGDAHSPILNNA 90
      |||:|||||||||||||:||||orf113ng  QGNAVIAGHGLDARDTDFTRILVCQQNHLDQYGRTSRHS 263orf113                         IDTGKLGGXVCQQNHLDQYGRASRHS 135
                                    ||||||||||||:||||orf113ng  DFSGFKIRQGNAVIAGHGLDARDTDFTRILVCQQNHLDQYGRTSRHS 263
预计全长ORF113ng核苷酸序列<SEQ ID 451>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 452>:1  MNKTLYRVIF NRKRGAVVAV AETTKREGKS CADSGSGSVY VKSVSFIPTH51  SKAFCFSALG FSLCLALGTV NIAFADGIIT DKAAPKTQQA TILQTGNGIP101  QVNIQTPTSA GVSVNQYAQF DYGNRGAILN NSRSNTQTQL GGWIQGNPWL151  TRGEARVVVN QINSSHPSQL NGYIEVGGRR AEVVIANPAG IAVNGGGFIN201  ASRATLTTGQ PQYQAGDFSG FKIRQGNAVI AGHGLDARDT DFTRILVCQQ251  NHLDQYGRTS RHS*
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例61
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 453>:1  ..TCAACGGGAC ATAGCGAACA AAATTACACT TTGCCGCGAG AAATCACACG51    CAACATTTCA CTGGGTTCAT TTGCCTATGA ATCGCATCGC AAAGCATTAA101    GCCATCATGC GCCCAGCCAA GGCACTGAGT TGCCGCAAAG CAACGGTATT151    TCGCTACCCT ATACGTCCAA TTCTTTTACC CCATTACCCA GCAGCAGCTT201    ATACATTATC AATCCTGTCA ATAAAGGCTA TCTTGTTGAA ACCGATCCAC251    GCTTTGCCAA CTACCGTCAA TGGTTGGGTA GTGACTATAT GCtGGACAGC301    CTCAAACTAG ACCCAAACAA TTTACATAAA CGTTTGGGTG ATGGTTATTA351    CGAGCAACGT TTAATCAATG AACAAATCGC AGAGCTGACA GGGCATCGTC401    GTTTAGAcGG TTATCAAAAC GACGAAGAAC AATTTAAAGC CTTAATGGAT451    AATGGCGCGA CTGCGGCACG TTcGATGAAT CTCAGCGTTG GCATTGCATT501    AAGTGCCGAG CAAGTAGCGC AACTGACCAG CGATATTGTT TGGTTGGTAC551    AAAAAGAAGT TAAGCTTCCT GATGGCGGCA CACAAACCGT ATTGGTGCCA601    CAGGTTTATG TACGCGTTAA AAATGGCGAC ATAGACGGTA AAGGTGCATT651    GTTGTCAGGC AGCAATACAC AAATCAATGT TTCAGGCAGC CTGAAAAACT701    CAGGCACGAT TGCAGGgCGC AATGCGCTTA TTATCAATAC CGATACGCTA751    GACAATATCG GTGGGCGTAT TCATGCGCAA AAATCAGCGG TTACGGCCAC801    ACAAGACATC AATAATATTG GCGGCATGCT TTCTGCCGAA CAGACATTAT851    TGCTCAACGC AGGCAACAAC ATCAACAGCC AAAGCACCAC CGCCAGCAGT901    CAAAATACAC AAGGCAGCAG CACCTACCTA GACCGAATGG CAGGTATTTA951    TATCACAGGC AAAGAAAAAG GTGTTT..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 454；ORF115>:1  ..STGHSEQNYT LPREITRNIS LGSFAYESHR KALSHHAPSQ GTELPQSNGI51    SLPYTSNSFT PLPSSSLYII NPVNKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLDS101    LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD151    NGATAARSMN LSVGIALSAE QVAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLVP201    QVYVRVKNGD IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL251    DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGMLSAE QTLLLNAGNN INSQSTTASS301     QNTQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGV..该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与脑膜炎奈瑟球菌的pspA推定分泌蛋白(登录号为AF030941)的同源性ORF115和pspA蛋白显示在325个氨基酸的重叠区内有50％的氨基酸相同性：Orf115:1    STGHSEQNYTLPREITRNISLGSFAYESHRKALSHHAPSQGTELPQSNGISLPYTSNSFT 60
        STG+S   Y    E++ +I +G  AY+ +    +   P     +   NGI   +TpspA:  778  STGYSRSPYEPAPEVS-SIRMGISAYKGYAPQQASDIPGTYVPVVAENGIHPTFT----- 831Orf115:61   PLPSSSLYIINPVNKGYLVETDPRFANYRQWLGSDYMLDSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQR 120
         LP+SSL+ I P NKGYL+ETDP F +YR+WLGS YML +L+ DPN++HKRLGDGYYEQ+pspA:  832  -LPNSSLFAIAPNNKGYLIETDPAFTDYRKWLGSGYMLAALQQDPNHIHKRLGDGYYEQK 890Orf115:121  LINEQIAELTGHRRLDGYQNDEEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQVAQLTSDIV 180
        L+NEQIA+LTG+RRLDGY NDEEQFKALMDNG T A+ + L+ GIALSAEQVA+LTSDIVpspA:  891  LVNEQIAKLTGYRRLDGYTNDEEQFKALMDNGITIAKELQLTPGIALSAEQVARLTSDIV 950Orf11S: 181 WLVQKEVKLPDGGTQTVLVPQVYVRVKNGDIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKN-SGTIAG 239
        WL  + V LPDG TQTVL P+VYVR +  D++G+GALLSGS   I  SG+++N  G IAGpspA:  951  WLENETVTLPDGTTQTVLKPKVYVRARPKDMNGQGALLSGSVVDIG-SGAIENRGGLIAG 1009Orf115:240  RNALIINTDTLDNIGGRIHAQKSAVTATQDINNIGGMLSAEQTLLLNAGXXXXXXXXXXX 299
        R ALI+N   + N+ G +  +     A  DI N G  + AE  LLL ApspA: 1010  REALILNAQNIKNLQGDLQGKNIFAAAGSDITNTGS-IGAENALLLKASNNIESRSETRS 1068Orf115:300  XXXXXXXXXYLDRMAGIYITGKEKG 324
                  + R+AGIY+TG++ GpspA: 1069  NQNEQGSVRNIGRVAGIYLTGRQNG 1093
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF115显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF115ng)在重叠的334个氨基酸内有91.9％的相同性：orf115.pep                               STGHSEQNYTLPREITRNISLGSFAYESHRK 31
                                      ||| |||||||:||||:||||||||||| |orf115ng    NEQTFGEKKVFSENGKLHNYWRARRKGHDETGHREQNYTLPEEITRDISLGSFAYESHSK 71orf115.pep  ALSHHAPSQGTELPQSN----------GISLPYTSNSFTPLPSSSLYIINPVNKGYLVET 81
        |||:|||||||||||||          ||||||| |||||||:||||||||:||||||||orf115ng    ALSRHAPSQGTELPQSNRDNIRTAKSNGISLPYTPNSFTPLPGSSLYIINPANKGYLVET 131orf115.pep  DPRFANYRQWLGSDYMLDSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELTGHRRLDGYQND 141
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf115ng    DPRFANYRQWLGSDYMLGSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELTGHRRLDGYQND 191orf115.pep  EEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQVAQLTSDIVWLVQKEVKLPDGGTQTVLVPQ 201
        ||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||orf115ng    EEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQAAQLTSDIVWLVQKEVKLPDGGTQTVLMPQ 251orf115.pep  VYVRVKNGDIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKNSGTIAGRNALIINTDTLDNIGGRIHAQK 261
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf115ng    VYVRVKNGGIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKNSGTIAGRNALIINTDTLDNIGGRIHAQK 311orf115.pep  SAVTATQDINNIGGMLSAEQTLLLNAGNNINSQSTTASSQNTQGSSTYLDRMAGIYITGK 321
        ||||||||||||||:||:|||||||||||||:|||: ||||:||||||||||||||||||orf115ng    SAVTATQDINNIGGILSAEQTLLLNAGNNINNQSTAKSSQNAQGSSTYLDRMAGIYITGK 371
orf115.pep  EKGV                                                         325
            ||||
orf115ng    EKGVLAAQAGKDINIIAGQISNQSDQGQTRLQAGRDINLDTVQTGKYQEIHFDADNHTIR 431
预计ORF115ng核苷酸序列<SEQ ID 455>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID456>:1  MLVQTEKDGL HNEQTFGEKK VFSENGKLHN YWRARRKGHD ETGHREQNYT51  LPEEITRDIS LGSFAYESHS KALSRHAPSQ GTELPQSNRD NIRTAKSNGI101  SLPYTPNSFT PLPGSSLYII NPANKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLGS151  LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD201  NGATAARSMN LSVGIALSAE QAAQLTSDIV WLVQKEYKLP DGGTQTVLMP251  QVYVRVKNGG IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL301  DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGILSAE QTLLLNAGNN INNQSTAKSS351  QNAQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGVLAAQA GKDINIIAGQ ISNQSDQGQT401  RLQAGRDINL DTVQTGKYQE IHFDADNHTI RGSTNEVGSS IQTKGDVTLL451  SGNNLNAKAA EVGSAKGTLA VYAKNDITIS SGIHAGQVDD ASKHTGRSGG501  GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTRI551  QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS601  NEHTGSTVGS LKGDTTIVAS KHYEQTGSNV SSPEGNNLIS TQSMDIGAAQ651  NQLNSKTTQT YEQKGLTVAF SSPVTDLAQQ AIAVAHKAAK QFDKAKTTAL701  MPWRLPMQVG RLFKQAKAPK K*进一步的工作揭示了下列淋球菌的部分DNA序列<SEQ ID 457>:1  TTGCTTGTGC AAACAGAAAA AGACGGTTTG CATAACGAGC AAACCTTTGG51  CGAGAAGAAA GTCTTCAGCG AAAATGGTAA GTTGCACAAC TACTGGCGTG101  CGCGTCGTAA AGGACATGAT GAAACAGGGC ATCGTGAACA AAATTATACT151  TTGCCGGAGG AAATCACACG CGACATTTCA CTGGGTTCAT TTGCCTATGA201  ATCGCATAGC AAAGCATTAA GCCGTCATGC GCCCAGCCAA GGCACTGAGT251  TGCCACAAAG TAACCGGGAT AATATCCGTA CTGCGAAAAG CAACGGTATT301  TCGCTACCCT ATACGCCCAA TTCTTTTACC CCATTACCCG GCAGCAGCTT351  ATACATTATC AATCCTGCCA ATAAAGGCTA TCTTGTTGAA ACCGATCCAC401  GCTTTGCCAA CTACCGTCAA TGGTTGGGTA GTGACTATAT GCTGGGCAGC451  CTCAAACTAG ACCCAAACAA TTTACATAAA CGTTTGGGTG ATGGTTATTA501  CGAGCAACGT TTAATCAATG AACAAATCGC AGAGCTGACA GGGCATCGTC551  GTTTAGACGG TTATCAAAAC GACGAAGAAC AATTTAAAGC CTTAATGGAT601  AATGGCGCGA CTGCGGCACG TTCGATGAAT CTCAGCGTTG GCATTGCATT651  AAGTGCCGAG CAAGCAGCGC AACTGACCAG CGATATTGTT TGGTTGGTAC701  AAAAAGAAGT TAAACTTCCT GATGGCGGCA CACAAACCGT ATTGATGCCA751  CAGGTTTATG TACGCGTTAA AAATGGCGGC ATAGACGGTA AAGGTGCATT801  GTTGTCAGGC AGCAATACAC AAATCAATGT TTCAGGCAGC CTGAAAAACT851  CAGGCACGAT TGCAGGGCGC AATGCGCTTA TTATCAATAC CGATACGCTA901  GACAATATCG GTGGGCGTAT TCATGCGCAA AAATCAGCGG TTACGGCCAC951  ACAAGACATC AATAATATTG GCGGCATTCT TTCTGCCGAA CAGACATTAT1001  TGCTCAATGC GGGTAACAAC ATCAACAACC AAAGCACGGC CAAGAGCAGT1051  CAAAATGCAC AAGGTAGCAG CACCTACCTA GACCGAATGG CAGGTATTTA1101  TATCACAGGC AAAGAAAAAG GTGTTTTAGC AGCGCAGGCA GGCAAAGACA1151  TCAACATCAT TGCCGGTCAA ATCAGCAATC AATCAGATCA AGGGCAAACC1201  CGGCTGCAGG CAGGACGCGA CATTAACCTG GATACGGTAC AAACCGGCAA1251  ATATCAAGAA ATCCATTTTG ATGCCGATAA CCATACCATC CGAGGTTCAA1301  CGAACGAAGT CGGCAGCAGC ATTCAAACAA AAGGCGATGT TACCCtatTG1351  TCAGGGAATA ATCTCAATGC CAAAGCTGCC GAAGTCGGCA GCGCAAAAGG1401  CACACTTGCC GTGTATGCTA AAAATGACAT TACTATCAGC TCAGGCATCC1451  ATGCCGGCCA AGTTGATGAT GCGTCCAAAC ATACAGGCAG AAGCGGCGGC1501  GGTAATAAAT TAGTCATTAC CGATAAAGCC CAAAGTCATC ACGAAACTGC1551  TCAAAGCAGC ACCTTTGAAG GCAAGCAAGT TGTATTGCAG GCAGGAAACG1601  ATGCCAACAT CCTTGGCAGT AATGTTATTT CCGATAATGG CACCCGGATT1651  CAAGCAGGCA ATCATGTTCG CATTGGTACA ACCCAAACTC AAAGCCAAAG1701  CGAAACCTAT CATCAAACCC AAAAATCAGG ATTGATGAGT GCAGGTATCG1751  GCTTCACTAT TGGCAGCAAG ACAAACACAC AAGAAAACCA ATCCCAAAGC1801  AACGAACATA CAGGCAGTAC CGTAGGCAGC CTGAAAGGCG ATACCACCAT1851  TGTTGCAAGC AAACACTACG AACAAACCGG CAGCAAGGTT TCCAGCCCTG1901  AGGGCAACAA CCTTATCAGC ACGCAAAGTA TGGATATTGG CGCAGCACAA1951  AACCAATTAA ACAGCAAAAC CACCCAAACC TACGAACAAA AAGGCTTAAC2001  GGTGGCATTC AGTTCGCCCG TTACCGATTT GGCACAACAA GCGATTGCCG2051  TAGCACACAA AGCAGCAAAC AAGTCGGACA AAGCAAAAAC GACCGCGTTA2101  ATGCCATGGC GGCTGCCAAT GCAGGTTGGC AGGCCTATCA AACAGGCAAA2151  GGCGCACAAA ACTTAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 458；ORF115ng-1>:1  LLVQTEKDGL HNEQTFGEKK VFSENGKLHN YWRARRKGHD ETGHREQNYT51  LPEEITRDIS LGSFAYESHS KALSRHAPSQ GTELPQSNRD NIRTAKSNGI101  SLPYTPNSFT PLPGSSLYII NPANKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLGS151  LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD201  NGATAARSMN LSVGIALSAE QAAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLMP251  QVYVRVKNGG IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL301  DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGILSAE QTLLLNAGNN INNQSTAKSS351  QNAQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGVLAAQA GKDINIIAGQ ISNQSDQGQT401  RLQAGRDINL DTVQTGKYQE IHFDADNHTI RGSTNEVGSS IQTKGDVTLL451  SGNNLNAKAA EVGSAKGTLA VYAKNDITIS SGIHAGQVDD ASKHTGRSGG501  GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTRI551  QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS601  NEHTGSTVGS LKGDTTIVAS KHYEQTGSNV SSPEGNNLIS TQSMDIGAAQ651  NQLNSKTTQT YEQKGLTVAF SSPVTDLAQQ AIAYAHKAAN KSDKAKTTAL701  MPWRLPMQVG RPIKQAKAHK T*
此淋球菌蛋白(ORF115ng-1)显示和ORF115在334个氨基酸内有91.9％的相同性：
                 20        30        40        50        60        70orf115ng-1.p NEQTFGEKKVFSENGKLHNYWRARRKGHDETGHREQNYTLPEEITRDISLGSFAYESHSK
                                        ||| |||||||:||||:||||||||||| |orf115                                    STGHSEQNYTLPREITRNISLGSFAYESHRK
                                               10        20        30
                 80        90       100       110       120       130orf115ng-1.p  ALSRHAPSQGTELPQSNRDNIRTAKSNGISLPYTPNSFTPLPGSSLYIINPANKGYLVET
          |||:|||||||||||||          ||||||| |||||||:||||||||:||||||||orf115        ALSHHAPSQGTELPQSN----------GISLPYTSNSFTPLPSSSLYIINPVNKGYLVET
                 40                  50        60        70        80
                140       150       160       170       180       190orf115ng-1.p  DPRFANYRQWLGSDYMLGSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELTGHRRLDGYQND
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf115        DPRFANYRQWLGSDYMLDSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELTGHRRLDGYQND
                 90       100       110       120       130       140
                200       210       220       230       240       250orf115ng-1.p  EEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQAAQLTSDIVWLVQKEVKLPDGGTQTVLMPQ
          ||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||orf115        EEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQVAQLTSDIVWLVQKEVKLPDGGTQTVLVPQ
                150       160       170       180       190       200
                260       270       280       290       300       310orf115ng-1.p  VYVRVKNGGIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKNSGTIAGRNALIINTDTLDNIGGRIHAQK
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf115        VYVRVKNGDIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKNSGTIAGRNALIINTDTLDNIGGRIHAQK
                210       220       230       240       250       260
                320       330       340       350       360       370orf115ng-1.p  SAVTATQDINNIGGILSAEQTLLLNAGNNINNQSTAKSSQNAQGSSTYLDRMAGIYITGK
          ||||||||||||||:||||||||||||||||:|||: ||||:||||||||||||||||||orf115        SAVTATQDINNIGGMLSAEQTLLLNAGNNINSQSTTASSQNTQGSSTYLDRMAGIYITGK
                270       280       290       300       310       320
               380       390       400       410       420        430orf115ng-1.p EKGVLAAQAGKDINIIAGQISNQSDQGQTRLQAGRDINLDTVQTGKYQEIHFDADNHTIR
         ||||orf115       EKGV另外，它显示出与数据库中一种分泌的脑膜炎奈瑟球菌蛋白同源：gi|2623258(AF030941)推定分泌的蛋白[脑膜炎奈瑟球菌]长度=2273评分=604位(1541)，估计值=e-172相同性=325/678(47％)，阳性=449/678(65％)，空隙=22/678(3％)询问：1    LLVQTEKDGLHNEQTFGEKKVFSENGKLHNYWRARRKGHDETGHREQNYTLPEEITRDIS 60
        L+V T +  L N++T G K + ++ G LH Y R  +KG D TG+    Y    E++  I目标：739  LIVGTPESALDNDETLGTKTI-TDKGDLHRYHRHHKKGRDSTGYSRSPYEPAPEVS-SIR 796询问：61   LGSFAYESHSKALSRHAPSQGTELPQSNRDNIRTAKSNGISLPYTPNSFTPLPGSSLYII 120
        +G  AY++        AP Q +++P +    +     NGI   +T      LP SSL+ I目标：797  MGISAYKGY-------APQQASDIPGTV---VPVVAENGIHPTFT------LPNSSLFAI 840询问：121  NPANKGYLVETDPRFANYRQWLGSDYMLGSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELT 180
         P NKGYL+ETDP F+YR+WLGS  YML +L+ DPN++HKRLGDGYYEQ+L+NEQIA+LT目标：841  APNNKGYLIETDPAFTDYRKWLGSGYMLAALQQDPNHIHKRLGDGYYEQKLVNEQIAKLT 900询问：181  GHRRLDGYQNDEEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQAAQLTSDIVWLVQKEVKLP 240
        G+RRLDGY NDEEQFKALMDNG T A+ + L+ GIALSAEQ A+LTSDIVWL  + V LP目标：901  GYRRLDGYTNDEEQFKALMDNGITIAKELQLTPGIALSAEQVARLTSDIVWLENETVTLP 960询问：241  DGGTQTVLMPQVYVRVKNGGIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKN-SGTIAGRNALIINTDT 299
        DG TQTVL P+VYVR +   ++G+GALLSGS   I  SG+++N  G IAGR ALI+N目标：961  DGTTQTVLKPKVYVRARPKDMNGQGALLSGSVVDIG-SGAIENRGGLIAGREALILNAQN 1019询问：300  LDNIGGRIHAQKSAVTATQDINNIGGILSAEQTLLLNAGNNINNQSTAKSSQNAQGSSTY 359
        + N+ G +  +     A  DI N G I  AE  LLL A NNI ++S  +S+QN QGS目标：1020 IKNLQGDLQGKNIFAAAGSDITNTGSI-GAENALLLKASNNIESRSETRSNQNEQGSVRN 1078询问：360  LDRMAGIYITGKEKGVLAAQAGKDINIIAGQISNQSDQGQTRLQAGRDINLDTVQTGKYQ 419
        + R+AGIY+TG++ G +   AG +I + A +++NQS+ GQT L AG DI  DT    + Q目标：1079 IGRVAGIYLTGRQNGSVLLDAGNNIVLTASELTNQSEDGQTVLNAGGDIRSDTTGISRNQ 1138询问：420  EIHFDADNHTIRGSTNEVGSSIQTKGDVTLLSGNNLNAKAAEVGSAKGTLAVYAKNDITI 479
           FD+DN+ IR   NEVGS+I+T+G+++L +  ++  +AAEVGS +G L + A  DI +目标：1139 NTIFDSDNYVIRKEQNEVGSTIRTRGNLSLNAKGDIRIRAAEVGSEQGRLKLAAGRDIKV 1198询问：480  SSGIHAGQVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSHHETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILG 539
         +G    + +DA K+TGRSGGG K  +T   ++ +  A S T +GK+++L +G D  + G目标：1199 EAGKAHTETEDALKYTGRSGGGIKQKMTRHLKNQNGQAVSGTLDGKEIILVSGRDITVTG 1258询问：540  SNVISDNGTRIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQTQKSGLM-SAGIGFTIGSKTNTQENQS 598
        SN+I+DN T + A N++ +   +T+S+S   ++ +KSGLM S GIGFT GSK +TQ N+S目标：1259 SNIIADNHTILSAKNNIVLKAAETRSRSAEMNKKEKSGLMGSGGIGFTAGSKKDTQTNRS 1318询问：599  QSNEHTGSTVGSLKGDTTIVASKHYEQTGSNVSSPEGNNLISTQSMDIGAAQNQLNSKTT 658
        ++  HT S VGSL G+T I A KHY QTGS +SSP+G+  IS+  + I AAQN+ + ++目标：1319 ETVSHTESVVGSLNGNTLISAGKHYTQTGSTISSPQGDVGISSGKISIDAAQNRYSQESK 1378询问：659  QTYEQKGLTVAFSSPVTD 676
       Q  YEQKG+TVA S PV +目标：1379 QVYEQKGVTVAISVPVVN 1396
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例62
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 459>:1  ..TCAGGGAATA ACCTCAATGC CAAAGCTGCC GAAGTCAGCA GCGCAAACGG51    TACACTCGCT GTGTCTGCCA ATAATGACAT CAACATCAGC GCAGGCATCA101    ACACGACCCA TGTTGATGAT GCGTCCAAAC ACACAGGCAG AAGCGGTGGT151    GGCAATAAAT TAGTCATTAC CGATAAAGCC CAAAGTCATC ACGAAACCGC201    CCAAAGCAGC ACCTTTGAAG GCAAGCAAGT TGTATTGCAG GCAGGAAACG251    ATGCCAACAT CCTTGGCAGC AATGTTATTT CCGATAATGG CACCCAGATT301    CAAGCAGGCA ATCATGTTCG CATTGGTACA ACCCAAACTC AAAGCCAAAG351    CGAAACCTAT CATCAAACCC AGAAATCAGG ATTGATGAGT GCAGGTATCG401    GCTTCACTAT TGGCAGCAAG ACAAACACAC AAGAAAACCA ATCCCAAAGC451    AACGAACATA CAGGCAGTAC CGTAGGCAGC TTGAAAGGCG ATACCACCAT501    TGTTGCAGGC AAACACTACG AACAAATCGG CAGTACCGTT TCCAGCCCGG551    AAGGCAACAA TACCATCTAT GCCCAAAGCA TAGACATTCA AGCGGCACAC601    AACAAATTAA ACAGTAATAC CACCCAAACC TATGAACAAA AAGG.CTAAC651    GGTGGCATTC AGTTCGCCCG TTACCGATTT GGCACAACAA...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 460；ORF117>:1  ..SGNNLNAKAA EVSSANGTLA VSANNDINIS AGINTTHVDD ASKHTGRSGG51    GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTQI101    QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS151    NEHTGSTVGS LKGDTTIVAG KHYEQIGSTV SSPEGNNTIY AQSIDIQAAH201    NKLNSNTTQT YEQKXLTVAF SSPVTDLAQQ ...该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与脑膜炎奈瑟球菌的pspA推定分泌蛋白(登录号AF030941)的同源性ORF117和pspA蛋白显示在224个氨基酸的重叠区内有45％的氨基酸相同性：Orf11T: 4    NLNAKAAEVSSANGTLAVSANNDINISAGINTTHVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSH 63
         ++  +AAEV S  G L ++A  DI + AG   T  +DA K+TGRSGGG K  +T   ++pspA:   1173 DIRIRAAEVGSEQGRLKLAAGRDIKVEAGKAHTETEDALKYTGRSGGGIKQKMTRHLKNQ 1232Orf11T: 64   HETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILGSNVISDNGTQIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQT 123
         +  A S T +GK+++L +G D  + GSN+I+DN T + A N++ +   +T+S+S   ++pspA:   1233 NGQAVSGTLDGKEIILVSGRDITVTGSNIIADNHTILSAKNNIVLKAAETRSRSAEMNKK 1292Orf11T: 124  QKSGLM-SAGIGFTIGSKTNTQENQSQSNEHTGSTVGSLKGDTTIVAGKHYEQIGSTVSS 182
         +KSGLM S GIGFT GSK +TQ N+S++  HT S VGSL G+T I AGKHY Q GST+SSpspA:   1293 EKSGLMGSGGIGFTAGSKKDTQTNRSETVSHTESVVGSLNGNTLISAGKHYTQTGSTISS 1352Orf11T: 183  PEGNNTIYAQSIDIQAAHNKLNSNTTQTYEQKXLTVAFSSPVTD 226
         P+G+  I +  I I AA N+ +  + Q YEQK +TVA S PV +pspA:   1353 PQGDVGISSGKISIDAAQNRYSQESKQVYEQKGVTVAISVPVVN 1396
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF117显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF117ng)在230个氨基酸的重叠区内有90％的相同性：orf117.pep                                SGNNLNAKAAEVSSANGTLAVSANNDINIS  30
                                      ||||||||||||:||:||||| |:|||:||orf117ng    IHFDADNHTIRGSTNEVGSSIQTKGDVTLLSGNNLNAKAAEVGSAKGTLAVYAKNDITIS 480orf117.pep  AGINTTHVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSHHETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILGS  90
        :|::  :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf117ng    SGIHAGQVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSHHETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILGS 540orf117.pep NVISDNGTQIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQTQKSGLMSAGIGFTIGSKTNTQENQSQS 150
       ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf17ng    NVISDNGTRIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQTQKSGLMSAGIGFTIGSKTNTQENQSQS 600orf117.pep NEHTGSTVGSLKGDTTIVAGKHYEQIGSTVSSPEGNNTIYAQSIDIQAAHNKLNSNTTQT 210
       |||||||||||||||||||:||||| ||:|||||||| | :||:|| ||:|:|||:||||orf117ng   NEHTGSTVGSLKGDTTIVASKHYEQTGSNVSSPEGNNLISTQSMDIGAAQNQLNSKTTQT 660orf117.pep YEQKXLTVAFSSPVTDLAQQ                                         230
       |||| |||||||||||||||orf117ng   YEQKGLTVAFSSPVTDLAQQAIAVAHKAAKQFDKAKTTALMPWRLPMQVGRLFKQAKAPK 720
预计ORF117ng核苷酸序列<SEQ ID 461>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID462>:1  ..LLVQTEKDGL HNEQTFGEKK VFSENGKLHN YWRARRKGHD ETGHREQNYT51    LPEEITRDIS LGSFAYESHS KALSRHAPSQ GTELPQSNRD NIRTAKSNGI101    SLPYTPNSFT PLPGSSLYII NPANKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLGS151    LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD201    NGATAARSMN LSVGIALSAE QAAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLMP251    QVYVRVKNGG IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL301    DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGILSAE QTLLLNAGNN INNQSTAKSS351    QNAQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGVLAAQA GKDINIIAGQ ISNQSDQGQT401    RLQAGRDINL DTVQTGKYQE IHFDADNHTI RGSTNEVGSS IQTKGDVTLL451    SGNNLNAKAA EVGSAKGTLA VYAKNDITIS SGIHAGQVDD ASKHTGRSGG501    GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTRI551    QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS601    NEHTGSTVGS LKGDTTIVAS KHYEQTGSNV SSPEGNNLIS TQSMDIGAAQ651    NQLNSKTTQT YEQKGLTVAF SSPVTDLAQQ AIAVAHKAAK QFDKAKTTAL701    MPWRLPMQVG RLFKQAKAAPK K*进一步的工作揭示了下列淋球菌的部分DNA序列<SEQ ID 463>:1  TTGCTTGTGC AAACAGAAAA AGACGGTTTG CATAACGAGC AAACCTTTGG51  CGAGAAGAAA GTCTTCAGCG AAAATGGTAA GTTGCACAAC TACTGGCGTG101  CGCGTCGTAA AGGACATGAT GAAACAGGGC ATCGTGAACA AAATTATACT151  TTGCCGGAGG AAATCACACG CGACATTTCA CTGGGTTCAT TTGCCTATGA201  ATCGCATAGC AAAGCATTAA GCCGTCATGC GCCCAGCCAA GGCACTGAGT251  TGCCACAAAG TAACCGGGAT AATATCCGTA CTGCGAAAAG CAACGGTATT301  TCGCTACCCT ATACGCCCAA TTCTTTTACC CCATTACCCG GCAGCAGCTT351  ATACATTATC AATCCTGCCA ATAAAGGCTA TCTTGTTGAA ACCGATCCAC401  GCTTTGCCAA CTACCGTCAA TGGTTGGGTA GTGACTATAT GCTGGGCAGC451  CTCAAACTAG ACCCAAACAA TTTACATAAA CGTTTGGGTG ATGGTTATTA501  CGAGCAACGT TTAATCAATG AACAAATCGC AGAGCTGACA GGGCATCGTC551  GTTTAGACGG TTATCAAAAC GACGAAGAAC AATTTAAAGC CTTAATGGAT601  AATGGCGCGA CTGCGGCACG TTCGATGAAT CTCAGCGTTG GCATTGCATT651  AAGTGCCGAG CAAGCAGCGC AACTGACCAG CGATATTGTT TGGTTGGTAC701  AAAAAGAAGT TAAACTTCCT GATGGCGGCA CACAAACCGT ATTGATGCCA751  CAGGTTTATG TACGCGTTAA AAATGGCGGC ATAGACGGTA AAGGTGCATT801  GTTGTCAGGC AGCAATACAC AAATCAATGT TTCAGGCAGC CTGAAAAACT851  CAGGCACGAT TGCAGGGCGC AATGCGCTTA TTATCAATAC CGATACGCTA901  GACAATATCG GTGGGCGTAT TCATGCGCAA AAATCAGCGG TTACGGCCAC951  ACAAGACATC AATAATATTG GCGGCATTCT TTCTGCCGAA CAGACATTAT1001  TGCTCAATGC GGGTAACAAC ATCAACAACC AAAGCACGGC CAAGAGCAGT1051  CAAAATGCAC AAGGTAGCAG CACCTACCTA GACCGAATGG CAGGTATTTA1101  TATCACAGGC AAAGAAAAAG GTGTTTTAGC AGCGCAGGCA GGCAAAGACA1151  TCAACATCAT TGCCGGTCAA ATCAGCAATC AATCAGATCA AGGGCAAACC1201  CGGCTGCAGG CAGGACGCGA CATTAACCTG GATACGGTAC AAACCGGCAA1251  ATATCAAGAA ATCCATTTTG ATGCCGATAA CCATACCATC CGAGGTTCAA1301  CGAACGAAGT CGGCAGCAGC ATTCAAACAA AAGGCGATGT TACCCtatTG1351  TCAGGGAATA ATCTCAATGC CAAAGCTGCC GAAGTCGGCA GCGCAAAAGG1401  CACACTTGCC GTGTATGCTA AAAATGACAT TACTATCAGC TCAGGCATCC1451  ATGCCGGCCA AGTTGATGAT GCGTCCAAAC ATACAGGCAG AAGCGGCGGC1501  GGTAATAAAT TAGTCATTAC CGATAAAGCC CAAAGTCATC ACGAAACTGC1551  TCAAAGCAGC ACCTTTGAAG GCAAGCAAGT TGTATTGCAG GCAGGAAACG1601  ATGCCAACAT CCTTGGCAGT AATGTTATTT CCGATAATGG CACCCGGATT1651  CAAGCAGGCA ATCATGTTCG CATTGGTACA ACCCAAACTC AAAGCCAAAG1701  CGAAACCTAT CATCAAACCC AAAAATCAGG ATTGATGAGT GCAGGTATCG1751  GCTTCACTAT TGGCAGCAAG ACAAACACAC AAGAAAACCA ATCCCAAAGC1801  AACGAACATA CAGGCAGTAC CGTAGGCAGC CTGAAAGGCG ATACCACCAT1851  TGTTGCAAGC AAACACTACG AACAAACCGG CAGCAACGTT TCCAGCCCTG1901  AGGGCAACAA CCTTATCAGC ACGCAAAGTA TGGATATTGG CGCAGCACAA1951  AACCAATTAA ACAGCAAAAC CACCCAAACC TACGAACAAA AAGGCTTAAC2001  GGTGGCATTC AGTTCGCCCG TTACCGATTT GGCACAACAA GCGATTGCCG2051  TAGCACACAA AGCAGCAAAC AAGTCGGACA AAGCAAAAAC GACCGCGTTA2101  ATGCCATGGC GGCTGCCAAT GCAGGTTGGC AGGCCTATCA AACAGGCAAA2151  GGCGCACAAA ACTTAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 464；ORF117ng-1>:1  LLVQTEKDGL HNEQTFGEKK VFSENGKLHN YWRARRKGHD ETGHREQNYT51  LPEEITRDIS LGSFAYESHS KALSRHAPSQ GTELPQSNRD NIRTAKSNGI101  SLPYTPNSFT PLPGSSLYII NPANKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLGS151  LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD201  NGATAARSMN LSVGIALSAE QAAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLMP251  QVYVRVKNGG IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL301  DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGILSAE QTLLLNAGNN INNQSTAKSS351  QNAQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGVLAAQA GKDINIIAGQ ISNQSDQGQT401  RLQAGRDINL DTVQTGKYQE IHFDADNHTI RGSTNEVGSS IQTKGDVTLL451  SGNNLNAKAA EVGSAKGTLA VYAKNDITIS SGIHAGQVDD ASKHTGRSGG501  GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTRI551  QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS601  NEHTGSTVGS LKGDTTIVAS KHYEQTGSNV SSPEGNNLIS TQSMDIGAAQ651  NQLNSKTTQT YEQKGLTVAF SSPVTDLAQQ AIAVAHKAAN KSDKAKTTAL701  MPWRLPMQVG RPIKQAKAHK T*
ORF117ng-1和ORF117显示在230个氨基酸的重叠区内同样有90％的相同性。另外，它显示出与数据库中一种分泌型脑膜炎奈瑟球菌蛋白同源：
gi|2623258(AF030941)推定分泌的蛋白[脑膜炎奈瑟球菌]长度=2273
评分=604位(1541)，估计值=e-172
相同性=325/678(47％)，阳性=449/678(65％)，空隙=22/678(3％)
询问：1   LLVQTEKDGLHNEQTFGEKKVFSENGKLHNYWRARRKGHDETGHREQNYTLPEEITRDIS 60
           L+V T +  L N++T G K + ++ G LH Y R  +KG D TG+    Y    E++  I
目标：739 LIVGTPESALDNDETLGTKTI-TDKGDLHRYHRHHKKGRDSTGYSRSPYEPAPEVS-SIR 796
询问：61  LGSFAYESHSKALSRHAPSQGTELPQSNRDNIRTAKSNGISLPYTPNSFTPLPGSSLYII 120
           +G  AY+ +       AP Q +++P +    +     NGI   +T    LP   SSL+ I
目标：797 MGISAYKGY-------APQQASDIPGTV---VPVVAENGIHPTFT------LPNSSLFAI 840
询问：121 NPANKGYLVETDPRFANYRQWLGSDYMLGSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELT 180
            P NKGYL+ETDP F +YR+WLGS YML +L+ DPN++HKRLGDGYYEQ+L+NEQIA+LT
目标：841 APNNKGYLIETDPAFTDYRKWLGSGYMLAALQQDPNHIHKRLGDGYYEQKLVNEQIAKLT 900
询问：181 GHRRLDGYQNDEEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQAAQLTSDIVWLVQKEVKLP 240
           G+RRLDGY NDEEQFKALMDNG T A+ + L+ GIALSAEQ A+LTSDIVWL  + V LP
目标：901 GYRRLDGYTNDEEQFKALMDNGITIAKELQLTPGIALSAEQVARLTSDIVWLENETVTLP 960
询问：241 DGGTQTVLMPQVYVRVKNGGIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKN-SGTIAGRNALIINTDT 299
           DG TQTVL P+VYVR +   ++G+GALLSGS   I  SG+++N  G IAGR ALI+N
目标：961 DGTTQTVLKPKVYVRARPKDMNGQGALLSGSVVDIG-SGAIENRGGLIAGREALILNAQN 1019
询问：300 LDNIGGRIHAQKSAVTATQDINNIGGILSAEQTLLLNAGNNINNQSTAKSSQNAQGSSTY 359
           + N+ G +  +     A  DI N G I  AE  LLL A NNI ++S  +S+QN QGS目标：1020 IKNLQGDLQGKNIFAAAGSDITNTGSI-GAENALLLKASNNIESRSETRSNQNEQGSVRN 1078询问：360  LDRMAGIYITGKEKGVLAAQAGKDINIIAGQISNQSDQGQTRLQAGRDINLDTVQTGKYQ 419
        + R+AGIY+TG++ G +   AG +I + A +++NQS+ GQT L AG DI  DT    + Q目标：1079 IGRVAGIYLTGRQNGSVLLDAGNNIVLTASELTNQSEDGQTVLNAGGDIRSDTTGISRNQ 1138询问：420  EIHFDADNHTIRGSTNEVGSSIQTKGDVTLLSGNNLNAKAAEVGSAKGTLAVYAKNDITI 479
           FD+DN+ IR   NEVGS+I+T+G+++L +  ++  +AAEVGS +G L + A  DI +目标：1139 NTIFDSDNYVIRKEQNEVGSTIRTRGNLSLNAKGDIRIRAAEVGSEQGRLKLAAGRDIKV 1198询问：480  SSGIHAGQVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSHHETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILG 539
         +G    + +DA K+TGRSGGG K  +T   ++ +  A S T +GK+++L +G D  + G目标：1199 EAGKAHTETEDALKYTGRSGGGIKQKMTRHLKNQNGQAVSGTLDGKEIILVSGRDITVTG 1258询问：540  SNVISDNGTRIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQTQKSGLM-SAGIGFTIGSKTNTQENQS 598
        SN+I+DN T + A N++ +   +T+S+S   ++ +KSGLM S GIGFT GSK +TQ N+S目标：1259 SNIIADNHTILSAKNNIVLKAAETRSRSAEMNKKEKSGLMGSGGIGFTAGSKKDTQTNRS 1318询问：599  QSNEHTGSTVGSLKGDTTIVASKHYEQTGSNVSSPEGNNLISTQSMDIGAAQNQLNSKTT 658
        ++  HT S VGSL G+T I A KHY QTGS +SSP+G+  IS+  + I AAQN+ + ++目标：1319 ETVSHTESVVGSLNGNTLISAGKHYTQTGSTISSPQGDVGISSGKISIDAAQNRYSQESK 1378询问：659  QTYEQKGLTVAFSSPVTD 676
        Q YEQKG+TVA S PV +目标：1379 QVYEQKGVTVAISVPVVN 1396
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例.63
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 465>:1  ATGATTTACA TCGTACTGTT TCTAGCTGTC GTCCTCGCCG TTGTCGCCTA51  CAACATGTAT CAGGAAAACC AATACCGCAA AAAAGTGCGC GACCAGTTCG101  GACACTCCGA CAAAGATGCC CTGCTCAACA GCAwAACCAG CCATGTCCGC151  GACGGCAAAC CGTCCGGCGG GTCAGTCATG ATGCCGAAAC CCCAACCGGC201  GGTCAAAAAA ACGGCAAAAC CCCAAGACCC CGyCATGCGC AACCTGCAAG251  AACAGGATGC CGTCTACATC GCCAAGCAGA AACAGGCAAA AGCCTCCCCG301  TTCAAAACCG AAATCGAAAC CGCCTTGGAA GAAAGCGGCA TTATCGGCAA351  CTCCGCCCAC ACCGTTTCCG AACCCCAAAC CGGACATTCC GCAACGAAAC401  CTGCCGACGC GTCGGCAAAA CCTGCACCCG TTCCGCAAAC ACCTGCAAAA451  CCGCTGATTA CGCTCAAAGA ACTGTCAAAA GTCGAATTAT CCTGGTTTGA501  CGTGCGCATC GACTTCATCT CCTAT...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 466；ORF119>:1  MIYIVLFLAV VLAVVAYNMY QENQYRKKVR DQFGHSDKDA LLNSXTSHVR51  DGKPSGGSVM MPKPQPAVKK TAKPQDPXMR NLQEQDAVYI AKQKQAKASP101  FKTEIETALE ESGIIGNSAH TVSEPQTGHS ATKPADASAK PAPVPQTPAK151  PLITLKELSK VELSWFDVRI DFISY...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 467>:1  ATGATTTACA TCGTACTGTT TCTAGCTGTC GTCCTCGCCG TTGTCGCCTA51  CAACATGTAT CAGGAAAACC AATACCGCAA AAAAGTGCGC GACCAGTTCG101  GACACTCCGA CAAAGATGCC CTGCTCAACA GCAAAACCAG CCATGTCCGC151  GACGGCAAAC CGTCCGGCGG GTCAGTCATG ATGCCGAAAC CCCAACCGGC201  GGTCAAAAAA ACGGCAAAAC CCCAAGACCC CGCCATGCGC AACCTGCAAG251  AACAGGATGC CGTCTACATC GCCAAGCAGA AACAGGCAAA AGCCTCCCCG301  TTCAAAACCG AAATCGAAAC CGCCTTGGAA GAAAGCGGCA TTATCGGCAA351  CTCCGCCCAC ACCGTTTCCG AACCCCAAAC CGGACATTCC GCACCGAAAC 401  CTGCCGAGGC GCCGGCAAAA CCTGCACCCG TTCCGCAAAC AGCTGCAAAA451  CCGCTGATTA CGCTCAAAGA ACTGTCAAAA GTCGAATTAC CCTGGTTTGA501  CGTGCGCTTC GACTTCATCT CCTATATCGC GCTGACCGAA GCCAAAGAAC551  TGCACGCACT GCCGCGCCTT TCCAACCGCT GCCGCTACCA GATTGTCGGC601  TGCACCATGG ACGACCATTT CCAGATTGCC GAACCCATCC CGGGCATCCG651  CTATCAGGCA TTTATCGTGG GTATTCAGGC AGTCAGCCGC AACGGACTTG701  CCTCGCAGGA AGAACTCTCC GCATTCAACC GCCAGGTGGA CGCATTCGCA751  CAAAGCATGG GCGGTCAGAC GCTGCACACC GACCTTGCCG CCTTTATCGA801  AGTGGCTTCC GCACTGGACG CATTCTGCGC GCGCGTCGAC CAGACCATCG851  CCATCCATTT GGTTTCCCCG ACCAGCATCA GCGGCGTAGA ACTGCGTTCC901  GCCGTAACGG GCGTGGGTTT CGTTTTGGAA GACGACGGCG CGTTCCACTA951  TACCGACACG TCGGGCTCGA CCATGTTCTC CATCTGCTCG CTCAACAACG1001  AGCCGTTTAC XAACGCCCTT TTGGACAACC AGTCCTACAA AGGCTTCAGT1051  ATGCTGCTCG ACATCCCGCA CTCTCCGGCA GGCGAAAAAA CCTTCGACGA1101  TTTGTTTATG GATTTGGCGG TACGCCTGTC CGGCCAGTTG AACCTGAATC1151  TGGTCAACGA CAAAATGGAA GAAGTTTCGA CCCAATG6CT CAAAGACGTG1201  CGCACTTATG TATTGGCGCG TCAGTCCGAG ATGCTCAAAG TCGGTATCGA1251  ACCGGGCGGC AAAACCGCAT TGCGCCTGTT CTCCTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 468；ORF119-1>:1  MIYIVLFLAV VLAVVAYNMY QENQYRKKVR DQFGHSDKDA LLNSKTSHVR51  DGKPSGGSVM MPKPQPAVKK TAKPQDPAMR NLQEQDAVYI AKQKQAKASP101  FKTEIETALE ESGIIGNSAH TVSEPQTGHS APKPADAPAK PAPVPQTPAK151  PLITLKELSK VELPWFDVRF DFISYIALTE AKELHALPRL SNRCRYQIVG201  CTMDDHFQIA EPIPGIRYQA FIVGIQAVSR NGLASQEELS AFNRQVDAFA251  QSMGGQTLHT DLAAFIEVAS ALDAFCARVD QTIAIHLVSP TSISGVELRS301  AVTGVGFVLE DDGAFHYTDT SGSTMFSICS LNNEPFTNAL LDNQSYKGFS351  MLLDIPHSPA GEKTFDDLFM DLAVRLSGQL NLNLVNDKME EVSTQWLKDV401  RTYVLARQSE MLKVGIEPGG KTALRLFS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF119显示和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF119a)在175个氨基酸的重叠区内有93.7％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf119.pep MIYIVLFLAVVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSXTSHVRDGKPSGGSVM
       |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||orf119a    MIYIVLFLAAVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGPVM
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf119.pep MPKPQPAVKKTAKPQDPXMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
       ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119a    MPKPQPAVKKTAKSQDPAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
               70        80        90       100       110       120
              130       140       150       160       170orf119.pep TVSEPQTGHSATKPADASAKPAPVPQTPAKPLITLKELSKVELSWFDVRIDFISY
       || |||||||| ||||| |||:||||||||||||||||||||| |||||:|||||orf119a    TVPEPQTGHSAPKPADAPAKPVPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
              130       140       150       160       170       180orf119a    AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
              190       200       210       220       230       240全长ORF119a核苷酸序列<SEQ ID 469>是：1    ATGATTTACA TCGTACTGTT CCTCGCCGCC GTCCTCGCCG TTGTCGCCTA51    CAATATGTAT CAGGAAAACC AATACCGCAA AAAAGTGCGC GACCAGTTCG101    GGCACTCCGA CAAAGATGCC CTGCTCAACA GCAAAACCAG CCATGTCCGC 151  GACGGCAAAC CGTCCGGCGG GCCAGTCATG ATGCCGAAAC CCCAACCGGC201  GGTCAAAAAA ACGGCAAAAT CCCAAGACCC CGCCATGCGC AACCTGCAAG251  AGCAGGATGC CGTCTACATC GCCAAGCAGA AACAGGCAAA AGCCTCCCCG301  TTCAAAACCG AAATCGAAAC CGCCTTGGAA GAAAGCGGCA TTATCGGCAA351  CTCCGCCCAC ACCGTTCCCG AACCCCAAAC CGGACATTCC GCACCAAAAC401  CTGCCGACGC GCCGGCAAAA CCTGTTCCCG TTCCGCAAAC GCCGGCAAAA451  CCGCTGATTA CGCTCAAAGA GCTGTCGAAG GTCGAGCTGC CCTGGTTTGA501  CGTGCGCTTC GACTTCATCT CTTATATCGC GCTGACCGAA GCCAAAGAAC551  TGCACGCACT GCCGCGCCTT TCCAACCGCT GCCGCTACCA GATTGTCGGC601  TGCACCATGG ACGACCATTT CCAGATTGCC GAACCCATCC CGGGCATCCG651  CTATCAGGCA TTTATCGTGG GTATTCAGGC AGTCAGCCGC AACGGACTTG701  CCTCGCAGGA AGAACTCTCC GCATTCAACC GCCAGGTGGA TGCATTCGCA751  CACAGCATGG GCGGTCAGAC GCTGCACACC GACCTTGCCG CCTTTATCGA801  AGTGGCTTCC GCACTGGACG CATTCTGCGC GCGCGTCGAC CAGACTATCG851  CCATCCATTT GGTTTCCCCG ACCAGCATCA GCGGCGTAGA ACTGCGTTCC901  GCCGTAACGG GCGTGGGTTT CGTTTTGGAA GACGACGGCG CGTTCCACTA951  TACCGACACG TCGGGCTCGA CCATGTTCTC CATCTGCTCG CTCAACAACG1001  AGCCGTTTAC CAATGCCCTT TTGGACAACC AGTCCTATAA AGGCTTCAGT1051  ATGCTGCTCG ACATCCCGCA CTCTCCGGCA GGCGAAAAAA CCTTCGACGA1101  TTTGTTTATG GATTTGGCGG TACGCCTGTC CGGCCAGTTG AACCTGAATC1151  TGGTCAACGA CAAAATGGAA GAAGTTTCGA CCCAATGGCT CAAAGACGTG1201  CGCACTTATG TATTGGCTCG TCAGTCCGAG ATGCTCAAAG TCCGTATCGA1251  ACCGGGCGGC AAAACCGCAT TGCGCCTGTT CTCCTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 470>:1  MIYIVLFLAA VLAVVAYNMY QENQYRKKVR DQFGHSDKDA LLNSKTSHVR51  DGKPSGGPVM MPKPQPAVKK TAKSQDPAMR NLQEQDAVYI AKQKQAKASP101  FKTEIETALE ESGIIGNSAH TVPEPQTGHS APKPADAPAK PVPVPQTPAK151  PLITLKELSK VELPWFDVRF DFISYIALTE AKELHALPRL SNRCRYQIVG201  CTMDDHFQIA EPIPGIRYQA FIVGIQAVSR NGLASQEELS AFNRQVDAFA251  HSMGGQTLHT DLAAFIEVAS ALDAFCARVD QTIAIHLVSP TSISGVELRS301  AVTGVGFVLE DDGAFHYTDT SGSTMFSICS LNNEPFTNAL LDNQSYKGFS351  MLLDIPHSPA GEKTFDDLFM DLAVRLSGQL NLNLVNDKME EVSTQWLKDV401  RTYVLARQSE MLKVGIEPGG KTALRLFS*ORF119a和ORF119-1显示在428个氨基酸的重叠区内有98.6％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf119a.pep    MIYIVLFLAAVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGPVM
           |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||orf119-1       MIYIVLFLAVVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFCHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGSVM
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf119a.pep    MPKPQPAVKKTAKSQDPAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
           ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1       MPKPQPAVKKTAKPQDPAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf119a.pep    TVPEPQTGHSAPKPADAPAKPVPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
           || ||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1       TVSEPQTGHSAPKPADAPAKPAPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf119a.pep    AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1       AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300orf119a.pep     AFNRQVDAFAHSMGGQTLHTDLAAFIEVASALDAFCARVDQTIAIHLVSPTSISGVELRS
            ||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1        AFNRQVDAFAQSMGGQTLHTDLAAFIEVASALDAFCARVDQTIAIHLVSPTSISGVELRS
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360orf119a.pep     AVTGVGFVLEDDGAFHYTDTSGSTMFSICSLNNEPFTNALLDNQSYKGFSMLLDIPHSPA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1        AVTGVGFVLEDDGAFHYTDTSGSTMFSICSLNNEPFTNALLDNQSYKGFSMLLDIPHSPA
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400       410       420orf119a.pep     GEKTFDDLFMDLAVRLSGQLNLNLVNDKMEEVSTQWLKDVRTYVLARQSEMLKVGIEPGG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1        GEKTFDDLFMDLAVRLSGQLNLNLVNDKMEEVSTQWLKDVRTYVLARQSEMLKVGIEPGG
                   370       380       390       400       410       420
                  429orf119a.pep     KTALRLFSX
            |||||||||orf119-1        KTALRLFSX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF119显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF119ng)在175个氨基酸的重叠区内有93.1％的相同性：orf119.pep  MIYIVLFLAVVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSXTSHVRDGKPSGGSVM 60
        |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||orf119ng    MIYIVLFLAAVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGPVM 60orf119.pep  MPKPQPAVKKTAKPQDPXMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH 120
        |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf119ng    MPKPQPAVKKPAKPQDSAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEEIGIIGNSAH 120orf119.pep  TVSEPQTGHSATKPADASAKPAPVPQTPAKPLITLKELSKVELSWFDVRIDFISY      175
        ||||||||||| ||||| |||:|||||||||||||||||||||||||||:|||||orf119ng    TVSEPQTGHSAPKPADAPAKPVPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE 180全长ORF119ng核苷酸序列<SEQ ID 471>是：1  ATGATTTACA TCGTACTGTT CCTCGCCGCC GTCCTCGCCG TTGTCGCCTA51  CAATATGTAT CAGGAAAACC AATACCGCAA AAAAGTGCGC GACCAGTTCG101  GACACTCCGA CAAAGATGCC CTGCTCAACA GCAAAACCAG CCATGTCCGC151  GACGGCAAAC CGTCCGGCGG GCCAGTCATG ATGCCGAAAC CCCAACCGGC201  GGTCAAAAAA CCGGCCAAAC CCCAAGACTC CGCCATGCGC AACCTGCAAG251  AACAGGATGC CGTCTACATC GCCAAGCAGA AACAGGCAAA AGCCTCCCCG301  TTCAAAACCG AAATCGAAAC CGCCTTGGAA GAAATCGGCA TTATCGGCAA351  CTCCGCCCAC ACCGTTTCCG AACCCCAAAC CGGACATTCC GCACCGAAAC401  CTGCCGACGC GCCGGCAAAA CCCGTTCCCG TTCCGCAAAC GCCGGCAAAA451  CCGCTGATTA CGCTCAAAGA GCTGTCGAAG GTCGAGCTGC CCTGGTTTGA501  CGTGCGCTtc gACTTCATCT CCTATATCGC GCTGACCGAA GCCAAAGAAC551  TGCACGCACT GCCGCGCCTT tccAACCGCT GCCGCTACCA GATTGTCGGC601  TGCACCATGG ACGACCATTT CCAGATTGCC GAACCCATCC CGGGCATCCG651  CTATCAGGCA TTTATCGTGG GTATCCAGGC AGTCAGCCGC AACGGACTTG701  CCTCGCAGGA AGAACTCTCC GCATTCAACC GCCAGGCGGA CGCATTCGCA751  CAAAGCATGG GCGGTCAGAC GCTGCACACC GACCTTGCCG CCTTTATCGA801  AGTGGCTTCC GCACTGGACG CATTCTGCGC GCGCGTCGAC CAGACCATCG851  CCATCCATTT GGTTTCGCCG ACCAGCATCA GCGGCGTAGA ACTGCGTTCC901  GCCGTAACGG GCGTGGGTTT CGTTTTGGAA GACGACGGCG CGTTCCACTA951  TACCGACACG TCGGGCTCGA CCATGTTCTC CATCTGCTCG CTCAACAACG1001  AGCCGTTTAC CAATGCCCTT TTGGACAACC AGTCCTACAA AGGCTTCAGT1051  ATGCTGCTCG ACATCCCGCA CTCTCCGGCA GGCGAAAAAA CCTTCGACGA1101  TTTGTTTATG GATTTGGCGG TACGCCTGTC CGGTCAGTTG AACCTGAATC1151  TGGTCAACGA CAAAATGGAA GAAGTTTCGA CCCAATGGCT CAAAGACGTA1201  CGCACTTATG TATTGGCGCG TCAGTCCGAG ATGCTCAAAG TCGGTATCGA1251  ACCGGGCGGC AAAACCGCCC TGCGCCTGTT TTCATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 472>:1  MTYTVLFLAA VLAVVAYNMY QENQYRKKVR DQFGHSDKDA LLNSKTSHVR51  DGKPSGGPVM MPKPQPAVKK PAKPQDSAMR NLQEQDAVYI AKQKQAKASP101  FKTEIETALE EIGIIGNSAH TVSEPQTGHS APKPADAPAK PVPVPQTPAK151  PLITLKELSK VELPWFDVRF DFISYIALTE AKELHALPRL SNRCRYQIVG201  CTMDDHFQIA EPIPGIRYQA FIVGIQAVSR NGLASQEELS AFNRQADAFA251  QSMGGQTLHT DLAAFIEVAS ALDAFCARVD QTIAIHLVSP TSISGVELRS301  AVTGVGFVLE DDGAFHYTDT SGSTMFSICS LNNEPFTNAL LDNQSYKGFS351  MLLDIPHSPA GEKTFDDLFM DLAVRLSGQL NLNLVNDKME EVSTQWLKDV401  RTYVLARQSE MLKYGIEPGG KTALRLFS*ORF119ng和ORF119-1显示在428个氨基酸的重叠区内有98.4％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf119ng     MIYIVLFLAAVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGPVM
         |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||orf119-1     MIYIVLFLAVVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGSVM
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf119ng     MPKPQPAVKKPAKPQDSAMRNLQEQDAVYIAKQKGAKASPFKTEIETALEEIGIIGNSAH
         |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf119-1     MPKPQPAVKKTAKPQDPAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf119ng     TVSEPQTGHSAPKPADAPAKPVPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
         |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1     TVSEPQTGHSAPKPADAPAKPAPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf119ng    AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1     AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf119ng     AFNRQADAFAQSMGGQTLHTDLAAFIEVASALDAFCARVDQTIAIHLVSPTSISGVELRS
         |||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1     AFNRQVDAFAQSMGGQTLHTDLAAFIEVASALDAFCARVDQTIAIHLVSPTSISGVELRS
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf119ng     AVTGVGFVLEDDGAFHYTDTSGSTMFSICSLNNEPFTNALLDNQSYKGFSMLLDIPHSPA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1     AVTGVGFVLEDDGAFHYTDTSGSTMFSICSLNNEPFTNALLDNQSYKGFSMLLDIPHSPA
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       420orf19ng      GEKTFDDLFMDLAVRLSGQLNLNLVNDKMEEVSTQWLKDVRTYVLARQSEMLKVGIEPGG
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf119-1     GEKTFDDLFMDLAVRLSGQLNLNLVNDKMEEVSTQWLKDVRTYVLARQSEMLKVGIEPGG
                370       380       390       400       410       420
               429orf119ng       KTALRLFSX
           |||||||||orf119-1       KTALRLFSX
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例64
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 473>1  ..GCGCGGCACG GCACGGAAGA TTTCTTCATG AACAACAGCG ACAC.ATCAG51    GCAGATAGTC GAAAGCACCA CCGGTACGAT GAAGCTGCTG ATTTCCTCCA101    TCGCCCTGAT TTCATTGGTA GTCGGCGGCA TCGGCGTGAT GAACATCATG151    CTGGTGTCCG TTACCGAGCG CACCAAAGAA ATCGGCATAC GGATGGCAAT201    CGGCGCGCGG CGCGGCAATA TTTyGCAGCA GTTTTTGATT GAGGCGGTGT251    TAATCTGCGT CATCGGCGGT TTGGTCGGCG TGGGTTTGTC CGCCGCCGTC301    AGCCTCGTGT TCAATCATTT TGTAACCGAC TTCCCGATGG ACATTTCCGC351    CATGTCCGTC ATCGGCGCGG TCGCCTGTTC GACCGGAATC GGCATCGCGT401    TCGGCTTTAT GCCTGCCAAT AAAGCAGCCA AACTCAATCC GATAGACGCA451    TTGGCACAGG ATTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 474；ORF134>:1  ..ARHGTEDFFM NNSDXIRQIV ESTTGTMKLL ISSIALISLV VGGIGVMNIM51    LVSVTERTKE IGIRMAIGAR RGNIXQQFLI EAVLICVIGG LVGVGLSAAV101    SLVFNHFVTD FPMDISAMSV IGAVACSTGI GIAFGFMPAN KAAKLNPIDA151    LAQD*进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 475>:1  ATGTCGGTGC AAGCAGTATT GGCGCACAAA ATGCGTTCGC TTCTGACGAT51  GCTCGGCATC ATCATCGGTA TCGCGTCGGT GGTTTCCGTC TCGCATTGG101  GCAATGGTTC GCAGAAAAAA ATCCTTGAAG ACATCAGTTC GATAGGGACG151  AACACCATCA GCATCTTCCC GGGGCGCGGC TTCGGCGACA GGCGCAGCGG201  CAGGATTAAA ACCCTGACCA TAGACGACGC AAAAATCATC GCCAAACAAA251  GCTACGTTGC TTCCGCCACG CCCATGACTT CGAGCGGCGG CACGCTGACT301  TACCGCAACA CCGACCTGAC CGCCTCGCTT TACGGCGTGG GCGAACAATA351  TTTCGACGTG CGCGGACTGA AGCTGGAAAC GGGGCGGCTG TTTGACGAAA401  ACGATGTGAA AGAAGACGCG CAGGTCGTCG TCATCGACCA AAATGTCAAA451  GACAAACTCT TTGCGGACTC GGATCCGTTG GGTAAAACCA TTTTGTTCAG501  GAAACGCCCC TTGACCGTCA TCGGCGTGAT GAAAAAAGAC GAAAACGCTT551  TCGGCAATTC CGACGTGCTG ATGCTTTGGT CGCCCTATAC GACGGTGATG601  CACCAAATCA CAGGCGAGAG CCACACCAAC TCCATCACCG TCAAAATCAA651  AGACAATGCC AATACCCAGG TTGCCGAAAA AGGGCTGACC GATCTGCTCA701  AAGCGCGGCA CGGCACGGAA GATTTCTTCA TGAACAACAG CGACAGCATC751  AGGCAGATAG TCGAAAGCAC CACCGGTACG ATGAAGCTGC TGATTTCCTC801  CATCGCCCTG ATTTCATTGG TAGTCGGCGG CATCGGCGTG ATGAACATCA851  TGCTGGTGTC CGTTACCGAG CGCACCAAAG AAATCGGCAT ACGGATGGCA901  ATCGGCGCGC GGCGCGGCAA TATTTTGCAG CAGTTTTTGA TTGAGGCGGT951  GTTAATCTGC GTCATCGGCG GTTTGGTCGG CGTGGGTTTG TCCGCCGCCG1001  TCAGCCTCGT GTTCAATCAT TTTGTAACCG ACTTCCCGAT GGACATTTCC1051  GCCATGTCCG TCATCGGCGC GGTCGCCTGT TCGACCGGAA TCGGCATCGC1101  GTTCGGCTTT ATGCCTGCCA ATAAAGCAGC CAAACTCAAT CCGATAGACG1151  CATTGGCACA GGATTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 476；ORF134-1>:1  MSVQAVLAHK MRSLLTMLGI IIGIASVVSV VALGNGSQKK ILEDISSIGT51  NTISIFPGRG FGDRRSGRIK TLTIDDAKII AKQSYVASAT PMTSSGGTLT101  YRNTDLTASL YGVGEQYFDV RGLKLETGRL FDENDVKEDA QVVVIDQNVK151  DKLFADSDPL GKTILFRKRP LTVIGVMKKD ENAFGNSDVL MLWSPYTTVM201  HQITGESHTN SITVKIKDNA NTQVAEKGLT DLLKARHGTE DFFMNNSDSI251  RQIVESTTGT MKLLISSIAL ISLVVGGIGV MNIMLVSVTE RTKEIGIRMA301  IGARRGNILQ QFLIEAVLIC VIGGLVGVGL SAAVSLVFNH FVTDFPMDIS351  AMSVIGAVAC STGIGIAFGF MPANKAAKLN PIDALAQD*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与假设的大肠杆菌o648蛋白(登录号为AE000189)的同源性ORF134和o648蛋白显示在153个氨基酸的重叠区内有45％的氨基酸相同性：0rf134:2   RHGTEDFFMNNSDXIRQIVESTTGTMKXXXXXXXXXXXVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEI 61
       RHG +DFF  N D + + VE TT T++           VVGGIGVMNIMLVSVTERT+EIo648:  496 RHGKKDFFTWNMDGVLKTVEKTTRTLQLFLTLVAVISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTREI 5550rf134:62  GIRMAIGARRGNIXQQFLIEAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXFNHFVTDFPMDISAMSVI 121
       GIRMA+GAR  ++ QQFLIEA                        F+  + +  S ++++o648:  556 GIRMAVGARASDVLQQFLIEAVLVCLVGGALGITLSLLIAFTLQLFLPGWEIGFSPLALL 6150rf134:122 GAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQD 154
        A  CST  GI FG++PA  AA+L+P+DALA++o648:  616 LAFLCSTVTGILFGWLPARNAARLDPVDALARE 648
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF134显示和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF134a)在154个氨基酸的重叠区内有98.7％的相同性：
                                             10        20        30orf134.pep                               ARHGTEDFFMNNSDXIRQIVESTTGTMKLL
                                     |||||||||||||| |||||||||||||||orf134a    GESHTNSITVKIKDNANTQVAEKGLTDLLKARHGTEDFFMNNSDSIRQIVESTTGTMKLL
          210       220       230       240       250       260
               40        50        60        70        80        90orf134.pep ISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAIGARRGNIXGQFLIEAVLICVIGG
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||orf134a    ISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAIGARRGNILQQFLIEAVLICVIGG
          270       280       290       300       310       320
              100       110       120       130       140       150orf134.pep LVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDA
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134a    LVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDA
          330       340       350       360       370       380orf134.pep LAQDX
       |||||orf134a    LAQDX全长ORF134a核苷酸序列<SEQ ID 477>是：1  ATGTCGGTGC AAGCAGTATT GGCGCACAAA ATGCGTTCGC TTCTGACGAT551  GCTCGGCATC ATCATCGGTA TCGCTTCGGT TGTCTCCGTC GTCGCATTGG101  GCAACGGTTC GCAGAAAAAA ATCCTTGAAG ACATCAGTTC GATAGGGACG151  AACACCATCA GCATCTTCCC AGGGCGCGGC TTCGGCGACA GGCGCAGCGG201  CAGGATTAAA ACCCTGACCA TAGACGACGC AAAAATCATC GCCAAACAAA251  GCTACGTTGC TTCCGCCACG CCCATGACTT CGAGCGGCGG CACGCTGACT301  TACCGCAATA CCGACCTGAC CGCTTCTTTG TACGGTGTGG GCGAACAATA351  TTTCGACGTG CGCGGGCTGA AGCTGGAAAC GGGGCGGCTG TTTGACGAAA401  ACGATGTGAA AGAAGACGCG CAGGTCGTCG TCATCGACCA AAATGTCAAA 451  GACAAACTCT TTGCGGACTC GGATCCGTTG GGTAAAACCA TTTTGTTCAG501  GAAACGCCCC TTGACCGTCA TCGGCGTGAT GAAAAAAGAC GAAAACGCTT551  TCGGCAATTC CGACGTGCTG ATGCTTTGGT CGCCCTATAC GACGGTGATG601  CACCAAATCA CAGGCGAGAG CCACACCAAC TCCATCACCG TCAAAATCAA651  AGACAATGCC AATACCCAGG TTGCCGAAAA AGGGCTGACC GATCTGCTCA701  AAGCGCGGCA CGGCACGGAA GATTTCTTCA TGAACAACAG CGACAGCATC751  AGGCAGATAG TCGAAAGCAC CACCGGTACG ATGAAGCTGC TGATTTCCTC801  CATCGCCCTG ATTTCATTGG TAGTCGGCGG CATCGGCGTG ATGAACATCA851  TGCTGGTGTC CGTTACCGAG CGCACCAAAG AAATCGGCAT ACGGATGGCA901  ATCGGCGCGC GGCGCGGCAA TATTTTGCAG CAGTTTTTGA TTGAGGCGGT951  GTTAATCTGC GTCATCGGCG GTTTGGTCGG CGTGGGTTTG TCCGCCGCCG1001  TCAGCCTCGT GTTCAATCAT TTTGTAACCG ACTTCCCGAT GGACATTTCC1051  GCCATGTCCG TCATCGGCGC GGTCGCCTGT TCGACCGGAA TCGGCATCGC1101  GTTCGGCTTT ATGCCTGCCA ATAAAGCAGC CAAACTCAAT CCGATAGATG1151  CATTGGCGCA GGATTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 478>:1  MSVQAVLAHK MRSLLTMLGI IIGIASVVSV VALGNGSQKK ILEDISSIGT51  NTISIFPGRG FGDRRSGRIK TLTIDDAKII AKQSYVASAT PMTSSGGTLT101  YRNTDLTASL YGVGEQYFDV RGLKLETGRL FDENDVKEDA QVVVIDQNVK151  DKLFADSDPL GKTILFRKRP LTVIGVMKKD ENAFGNSDYL MLWSPYTTVM201  HQITGESHTN SITVKIKDNA NTQVAEKGLT DLLKARHGTE DFFMNNSDSI251  RQIVESTTGT MKLLISSIAL ISLVVGGIGV MNIMLVSVTE RTKEIGIRMA301  IGARRGNILQ QFLIEAVLIC VIGGLVGVGL SAAVSLVFNH FVTDFPMDIS351  AMSVIGAVAC STGIGIAFGF MPANKAAKLN PIDALAQD*ORF134a和ORF134-1显示在388个氨基酸的重叠区内有100.0％的相同性：orf134a.pep    MSVQAVLAHKMRSLLTMLGIIIGIASVVSVVALGNGSQKKILEDISSIGTNTISIFPGRG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1       MSVQAVLAHKMRSLLTMLGIIIGIASVVSVVALGNGSQKKILEDISSIGTNTISIFPGRGorf134a.pep    FGDRRSGRIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1       FGDRRSGRIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDVorf134a.pep    RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFADSDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKKD
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1       RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFADSDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKKDorf134a.pep    ENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTQVAEKGLTDLLKARHGTE
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1       ENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTQVAEKGLTDLLKARHGTEorf134a.pep    DFFMNNSDSIRQIVESTTGTMKLLISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1       DFFMNNSDSIRQIVESTTGTMKLLISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAorf134a.pep    IGARRGNILQQFLIEAVLICVIGGLVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVAC
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-L       IGARRGNILQQFLIEAVLICVIGGLVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVACorf134a.pep    STGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQDX
           |||||||||||||||||||||||||||||orf134-1       STGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQDX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF134显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(QRF134.ng)在154个氨基酸的重叠区内有96.8％的相同性：orf134.pep                                ARHGTEDFFMNNSDXIRQIVESTTGTMKLL  30
                                      |||||||||||||| |||:|||||||||||orf134ng    GESHTNSITVKIKDNANTRVAEKGLAELLKARHGTEDFFMNNSDSIRQMVESTTGTMKLL 264orf134.pep  ISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAIGARRGNIXQQFLIEAVLICVIGG  90
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||:|||orf134ng    ISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAIGARRGNILQQFLIEAVLICIIGG 324orf134.pep  LVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDA 150
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||orf134ng    LVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAASVIGAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDA 384orf134.pep  LAQD 154
        ||||orf134ng    LAQD 388全长ORF134ng核苷酸序列<SEQ ID 479>是：1  ATGTCGGTGC AAGCAGTATT GGCGCACAAA ATGCGTTCGC TTCTGACCAT51  GCTCGGCATC ATCATCGGTA TCGCTTCGGT TGTCTCCGTC GTCGCGCTGG101  GCAACGGTTC GCAGAAAAAA ATCCTCGAAG ACATCAGTTC GATGGGGACG151  AACACCATCA GCATCTTCCC CGGGCGCGGC TTCGGCGACA GGCGCAGCGG201  CAAAATCAAA ACCCTGACCA TAGACGACGC AAAAATCATC GCCAAACAAA251  GCTACGTTGC CTCCGCCACG CCCATGACTT CGAGCGGCGG CACGCTGACC301  TACCGCAATA CCGACCTGAC CGCTTCTTTG TACGGTGTGG GCGAACAATA351  TTTCGACGTG CGCGGGCTGA AGCTGGAAAC GGGGCGGCTG TTTGATGAGA401  ACGATGTGAA AGAAGACGCG CAAGTCGTCG TCATCGACCA AAATGTCAAA451  GACAAACTCT TTGCGGACTC GGATCCGTTG GGTAAAACCA TTTTGTTCAG501  GAAACGCCCC TTGACCGTCA TCGGCGTGAT GAAAAAAGAC GAAAACGCTT551  TCGGCAATTC CGACGTGCTG ATGCTTTGGT CGCCCTATAC GACGGTGATG601  CACCAAATCA CAGGCGAGAG CCACACCAAC TCCATCACCG TCAAAATCAA651  AGACAATGCC AATACCCGGG TTGCCGAAAA AGGGCTGGCC GAGCTGCTCA701  AAGCACGGCA CGGCACGGAA GACTTCTTTA TGAACAACAG CGACAGCATC751  AGGCAGATGG TCGAAAGCAC CACCGGTACG ATGAAGCTGC TGATTTCCTC801  CATCGCCCTG ATTTCATTGG TAGTCGGCGG CATCGGTGTG ATGAACATTA851  TGCTGGTGTC CGTTACCGAG CGCACCAAAG AAATCGGCAT ACGGATGGCA901  ATCGGCGCGC GGCGCGGCAA TATTTTGCAG CAGTTTTTGA TTGAGGCGGT951  GTTAATCTGC ATCATCGGAG GCTTGGTCGG CGTAGGTTTG TCCGCCGCCG1001  TCAGCCTCGT GTTCAATCAT TTTGTAACCG ATTTCCCGAT GGACATTTCG1051  GCGGCATCCG TTATCGGGGC GGTCGCCTGT TCGACCGGAA TCGGCATCGC1101  GTTCGGCTTT ATGCCTGCCA ATAAGGCAGC CAAACTCAAT CCGATAGATG1151  CATTGGCGCA GGATTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 480>:1  MSVQAVLAHK MRSLLTMLGI IIGIASVVSV VALGNGSQKK ILEDISSMGT51  NTISIFPGRG FGDRRSGKIK TLTIDDAKII AKQSYVASAT PMTSSGGTLT101  YRNTDLTASL YGVGEQYFDV RGLKLETGRL FDENDVKEDA QVVVIDQNVK151  DKLFADSDPL GKTILFRKRP LTVIGVMKKD ENAFGNSDVL MLWSPYTTVM201  HQITGESHTN SITVKIKDNA NTRVAEKGLA ELLKARHGTE DFFMNNSDSI251  RQMVESTTGT MKLLISSIAL ISLVVGGIGV MNIMLVSVTE RTKEIGIRMA301  IGARRGNILQ QFLIEAVLIC IIGGLVGVGL SAAVSLVFNH FVTDFPMDIS351  AASVIGAVAC STGIGIAFGF MPANKAAKLN  PIDALAQD*ORF134ng和ORF134-1显示在388个氨基酸的重叠区内有97.9％的相同性：orf134ng    MSVQAVLAHKMRSLLTMLGIIIGIASVVSVVALGNGSQKKILEDISSMGTNTISIFPGRG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||orf134-1    MSVQAVLAHKMRSLLTMLGIIIGIASVVSVVALGNGSQKKILEDISSIGTNTISIFPGRGorf134ng    FGDRRSGKIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDV
        |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1    FGDRRSGRIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDVorf1 34ng   RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFADSDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKKD
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1    RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFADSDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKKDorf134ng    ENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTRVAEKGLAELLKARHGTE
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||::|||||||||orf134-1    ENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTQVAEKGLTDLLKARHGTEorf134ng    DFFMNNSDSIRQMVESTTGTMKLLISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMA
        ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1    DFFMNNSDSIRQIVESTTGTMKLLISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAorf134ng    IGARRGNILQQFLIEAVLICIIGGLVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAASVIGAVAC
        ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf134-1    IGARRGNILQQFLIEAVLICVIGGLVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVACorf134ng    STGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQDX
        |||||||||||||||||||||||||||||orf134-1    STGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQDX
ORF134ng还显示出与一种大肠杆菌ABC转运蛋白同源：
sp|P75831|YBJZ_ECOLI假设的ABC转运蛋白ATP-结合蛋白YBJZ＞gi5(AE000189)o648:similar to YBBA_HAEINSW:P45247[大肠杆菌]长度=648
评分=297位(753)，估计值=6e-80
相同性=162/389(41％)，阳性=230/389(58％)，空隙=1/389(0％)
询问：1   MSVQAVLAHKMRSLLTMLXXXXXXXXXXXXXXLGNGSQKKILEDISSMGTNTISIFPGRG 60
           M+ +A+ A+KMR+LLTML              +G+ +++ +L DI S+GTNTI ++PG+
目标：260 MAWRALAANKMRTLLTMLGIIIGIASVVSIVVVGDAAKQMVLADIRSIGTNTIDVYPGKD 319
询问：61  FGDRRSGKIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDV 120
           FGD      + L  DD   I KQ +VASATP  S    L Y N D+ AS  GV   YF+V
目标：320 FGDDDPQYQQALKYDDLIAIQKQPWVASATPAVSQNLRLRYNNVDVAASANGVSGDYFNV 379
询问：121 RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFAD-SDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKK 179
            G+    G  F++  +   AQVVV+D N + +LF   +D +G+ IL    P  VIGV ++
目标：380 YGMTFSEGNTFNQEQLNGRAQVVVLDSNTRRQLFPHKADVVGEVILVGNMPARVIGVAEE 439
询问：180 DENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTRVAEKGLAELLKARHGT 239
            ++ FG+S VL +W PY+T+  ++ G+S  NSITV++K+  ++  AE+ L  LL  RHG
目标：440 KQSMFGSSKVLRVWLPYSTMSGRVMGQSWLNSITVRVKEGFDSAEAEQQLTRLLSLRHGK 499
询问：240 EDFFMNNSDSIRQMVESTTGTMKXXXXXXXXXXXVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRM 299
           +DFF  N D + + VE TT T++           VVGGIGVMNIMLVSVTERT+EIGIRM
目标：500 KDFFTVNMDGVLKTVEKTTRTLQLFLTLVAVISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTREIGIRM 559
询问：300 AIGARRGNILQQFLIEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXFNHFVTDFPMDISAASVIGAVA 359
           A+GAR  ++LQQFLIE                         F+  + +  S  +++ A
目标：560 AVGARASDVLQQFLIEAVLVCLVGGALGITLSLLIAFTLQLFLPGWEIGFSPLALLLAFL 619
询问：360 CSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQD 388
           CST  GI FG++PA  AA+L+P+DALA++
目标：620 CSTVTGILFGWLPARNAARLDPVDALARE 648
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在前导肽和跨膜区)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例65
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 481>:1  ..GGGACGGGAG CGATGCTGCT GCTGTTTTAC GCGGTAACGA T.CTGCCTTT551    GGCCACTGGC GTTACCCTGA GTTACACCTC GTCGATTTTT TTGGCGGTAT101    TTTCGTFCCT GATTTTGAAA GAACGGATTT CCGTTTACAC GCAGGCGGTG151    CTGCTCCTTG GTTTTGCCGG CGTGGTATTG CTGCTTAATC CCTCGTTCCG201    CAGCGGTCAG GAAACGGCGG CACTCGCCGG GCTGGCGGGC GGCGCGATGT251    CCGGCTGGGC GTATTTGAAA GTGCGCGAAC TGTCTTTGGC GGGCGAACCC301    GGCFGGCGCG TCGTGTTTTA CCTTTCCGTG ACAGGTGTGG CGATGTCGTC351    GGTTTGGGCG ACGCTGACCG GCTGGCACAC CCTGTCCTTT CCATCGGCAG401    TTTATCTGTC GTGCATCGGC GTGTCCGCGC TGATTGCCCA ACTGTCGATG451    ACCCCCGCCT ACAAAGTCGG CGACAAATTC ACGGTTGCCT CGCTTTCCTA501    TATGACCGTC GTTTTTTCCG CTCTGTCTGC CGCATTTTTT CTGGGCGAAG551    AGCTTTTCTG GCAGGAAATA CTCGGTATGT GCATCATCAT CCTCAGCGGT601    ATTTTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 482；ORF135>:1  ..GTGAALLLFY AVTILPLATG VTLSYTSSIF LAVFSFLILK ERISVYTQAV51    LLLGFAGVVL LLNPSFRSGQ ETAALAGLAG GAMSGWAYLK VRELSLAGEP101    GWRVVFYLSV TGVAMSSVWA TLTGWHTLSF PSAVYLSCIG VSALIAQLSM151    TRAYKVGDKF TVASLSYMTV VFSALSAAFF LGEELFWQEI LGMCIIISAV201    F*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 483>:1  ATGGATACCG CAAAAAAAGA CATTTTAGGA TCGGGCTGGA TGCTGGTGGC51  GGCGGCCTGC TTTACCATTA TGAACGTATT GATTAAAGAG GCATCGGCAA101  AATTTGCCCT CGGCAGCGGC GAATTGGTCT TTTGGCGCAT GCTGTTTTCA151  ACCGTTGCGC TCGGGGCTGC CGCCGTATTG CGTCGGGACA mCTTCCGCAC201  GCCCCATTGG AAAAACCACT TAAACCGCAG TATGGTCGGG ACGGGGGCGA251  TGCTGCTGCT GTTTTACGCG GTAACGCATC TGCCTTTGGC CACTGGCGTT301  ACCCTGAGTT ACACCTCGTC GATTTTTTTG GCGGTATTTT CCTTCCTGAT351  TTTGAAAGAA CGGATTTCCG TTTACACGCA GGCGGTGCTG CTCCTTGGTT401  TTGCCGGCGT GGTATTGCTG CTTAATCCCT CGTTCCGCAG CGGTCAGGAA451  ACGGCGGCAC TCGCCGGGCT GGCGGGCGGC GCGATGTCCG GCTGGGCGTA501  TTTGAAAGTG CGCGAACTGT CTTTGGCGGG CGAACCCGGC TGGCGCGTCG551  TGTTTTACCT TTCCGTGACA GGTGTGGCGA TGTCGTCGGT TTGGGCGACG601  CTGACCGGCT GGCACACCCT GTCCTTTCCA TCGGCAGTTT ATCTGTCGTG651  CATCGGCGTG TCCGCGCTGA TTGCCCAACT GTCGATGACG CGCGCCTACA701  AAGTCGGCGA CAAATTCACG GTTGCCTCGC TTTCCTATAT GACCGTCGTT751  TTTTCCGCTC TGTCTGCCGC ATTTTTTCTG GGCGAAGAGC TTTTCTGGCA801  GGAAATACTC GGTATGTGCA TCATCATCCT CAGCGGTATT TTGAGCAGCA851  TCCGCCCCAC TGCCTTCAAA CAGCGGCTGC AATCCCTGTT CCGCCAAAGA901  TAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 484；ORF135-1>:1  MDTAKKDILG SGWMLVAAAC FTIMNVLIKE ASAKFALGSG ELVFWRMLFS51  TVALGAAAVL RRDXFRTPHW KNHLNRSMVG TGAMLLLFYA VTHLPLATGV101  TLSYTSSIFL AVFSFLILKE RISVYTQAVL LLGFAGVVLL LNPSFRSGQE151  TAALAGLAGG AMSGWAYLKV RFLSLAGEPG WRVVFYLSVT GVAMSSVWAT201  LTGWHTLSFP SAVYLSCIGV SALIAQLSMT RAYKVGDKFT VASLSYMTVV251  FSALSAAFFL GEELFWQEIL GMCIIILSGI LSSIRPTAFK QRLQSLFRQR301  *
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF135显示和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF135a)在197个氨基酸的重叠区内有99.0％的相同性：
                                          10        20        30orf135.pep                            GTGAMLLLFYAVTILPLATGVTLSYTSSIF
                                     ||||||||||||| ||||||||||||||||orf135a    STVALGAAAVLRRDTFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLATGVTLSYTSSIF
      50        60        70        80        90       100
               40        50        60        70        80        90orf135.pep LAVFSFLILKERISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLK
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf135a    LAVFSFLILKERISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLK
     110       120       130       140       150       160
              100       110       120       130       140       150orf135.pep VRELSLAGEPGWRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSM
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf135a    VRELSLAGEPGWRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSM
     170       180       190       200       210       220
              160       170       180       190       200orf135.pep TRAYKVGDKFTVASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIISAVFX
       |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||orf135a    TRAYKVGDKFTVASLSYMTVVFSALSAAFFLAEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPTAF
     230       240       250       260       270       280orf135a    KQRLQSLFRQRX
    290        300全长ORF135a核苷酸序列<SEQ ID 485>是：1  ATGGATACCG CAAAAAAAGA CATTTTAGGA TCGGGCTGGA TGCTGGTGGC51  GGCGGCCTGC TTTACCATTA TGAACGTATT GATTAAAGAG GCATCGGCAA101  AATTTGCCCT CGGCAGCGGC GAATTGGTCT TTTGGCGCAT GCTGTTTTCA151  ACCGTTGCGC TCGGGGCTGC CGCCGTATTG CGTCGGGACA CCTTCCGCAC201  GCCCCATTGG AAAAACCACT TAAACCGCAG TATGGTCGGG ACGGGGGCGA251  TGCTGCTGCT GTTTTACGCG GTAACGCATC TGCCTTTGGC CACCGGCGTT301  ACCCTGAGTT ACACCTCGTC GATTTTTTTG GCGGTATTTT CCTTCCTGAT351  TTTGAAAGAA CGGATTTCCG TTTACACGCA GGCGGTGCTG CTCCTTGGTT401  TTGCCGGCGT GGTATTGCTG CTTAATCCCT CGTTCCGCAG CGGTCAGGAA451  ACGGCGGCAC TCGCCGGGCT GGCGGGCGGC GCGATGTCCG GCTGGGCGTA501  TTTGAAAGTG CGCGAACTGT CTTTGGCGGG CGAACCCGGC TGGCGCGTCG551  TGTTTTACCT TTCCGTGACA GGTGTGGCGA TGTCATCGGT TTGGGCGACG601  CTGACCGGCT GGCACACCCT GTCCTTTCCA TCGGCAGTTT ATCTGTCGTG651  CATCGGCGTG TCCGCGCTGA TTGCCCAACT GTCGATGACG CGCGCCTACA701  AAGTCGGCGA CAAATTCACG GTTGCCTCGC TTTCCTATAT GACCGTCGTT751  TTTTCCGCTC TGTCTGCCGC ATTTTTTCTG GCCGAAGAGC TTTTCTGGCA801  GGAAATACTC GGTATGTGCA TCATCATCCT CAGCGGTATT TTGAGCAGCA851  TCCGCCCCAC TGCCTTCAAA CAGCGGCTGC AATCCCTGTT CCGCCAAAGA901  TAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 486>:1  MDTAKKDILG SGWMLVAAAC FTIMNVLIKE ASAKFALGSG ELVFWRMLFS51  TVALGAAAVL RRDTFRTPHW KNHLNRSMVG TGAMLLLFYA VTHLPLATGV101  TLSYTSSIFL AVFSFLILKE RISVYTQAVL LLGFAGVVLL LNPSFRSGQE151  TAALAGLAGG AMSGWAYLKV RELSLAGEPG WRVVFYLSVT GVAMSSVWAT201  LTGWHTLSFP SAVYLSCIGV SALIAQLSMT RAYKVGDKFT VASLSYMTVV251  FSALSAAFFL AEELFWQEIL GMCIIILSGI LSSIRPTAFK QRLQSLFRQR301  *ORF135a和ORF135-1显示在300个氨基酸的重叠区内有99.3％的相同性：orf135a.pep MDTAKKDILGSGWMLVAAACFTIMNVLIKEASAKFALGSGELVFWRMLFSTVALGAAAVL
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf135-1    MDTAKKDILGSGWMLVAAACFTIMNVLIKEASAKFALGSGELVFWRMLFSTVALGAAAVLorf135a.pep RRDTFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLATGVTLSYTSSIFLAVFSFLILKE
        |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf135-1       RRDXFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLATGVTLSYTSSIFLAVFSFLILKEorf135a.pep    RISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLKVRELSLAGEPG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf135-1       RISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLKVRELSLAGEPGorf135a.pep    WRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSMTRAYKVGDKFT
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf135-1       WRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSMTRAYKVGDKFTorf135a.pep    VASLSYMTVVFSALSAAFFLAEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPTAFKQRLQSLFRQR
           ||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||orf135-1       VASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPTAFKQRLQSLFRQR
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF135和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF135ng)在201个氨基酸的重叠区内显示出有97％的相同性：orf135.pep                                GTGAMLLLFYAVTXLPLATGVTLSYTSSIF  30
                                      ||||||||||||| |||:||||||||||||orf135ng    STVTLGAAAVLRRDTFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLTTGVTLSYTSSIF 335orf135.pep  LAVFSFLILKERISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLK  90
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||orf135ng    LAVFSFLILKERISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQEPAALAGLAGGAMSGWAYLK 395orf135.pep  VRELSLAGEPGWRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSM 150
        |||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||orf135ng    VRELSLAGEPGWRVVFYLSATGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSGIGVSALIAQLSM 455orf135.pep  TRAYKVGDKFTVASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIISAVF  201
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|orf135ng    TRAYKVGDKFTVASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIISAAF  506
预计ORF135ng核苷酸序列<SEQ ID 487>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID488>:1  MPSEKAFRRH LRTASFQGLH LHHFHQKVGK CGIIGFGIHI FPTLLPAAQG51  ILDIQLGLFR IDFAALAVYR RTQVDFIHTV IDGIASDQAF SEVVQILRRL101  NLGHFTDTHL IAQARRFIAD FGNIRPMRRG EAKTFCRCFR FDGIDGIHGD151  FRQCGHINRL APGKDCRNGK RDKVFFHTRH YNQVCLEKTN CSARKIKFRH201  QKQAKTHSTS LAARFTIRPS LSQRPFMDTA KKDILGSGWM LVAAACFTVM251  NVLIKEASAK FALGSGELVF WRMLFSTVTL GAAAVLRRDT FRTPHWKNHL301  NRSMVGTGAM LLLFYAVTHL PLTTGVTLSY TSSIFLAVFS FLILKERISV351  YTQAVLLLGF AGVVLLLNPS FRSGQEPAAL AGLAGGAMSG WAYLKVRELS401  LAGEPGWRVV FYLSATGVAM SSVWATLTGW HTLSFPSAVY LSGIGVSALI451  AQLSMTRAYK VGDKFTVASL SYMTVVFSAL SAAFFLGEEL FWQEILGMCI501  IISAAF*进一步的工作揭示了下列淋球菌序列<SEQ ID 489>:1  ATGGATACCG CAAAAAAAGA CATTTTAGGA TCGGGCTGGA TGCTGGTGGC551  GGCGGCCTGC TTCACCGTTA TGAACGTATT GATTAAAGAG GCATCGGCAA101  AATTTGCCCT CGGCAGCGGC GAATTGGTCT TTTGGCGCAT GCTGTTTTCA151  ACCGTTACGC TCGGTGCTGC CGCCGTATTG CGGCGCGACA CCTTCCGCAC201  GCCCCATTGG AAAAACCACT TAAACCGCAG TATGGTCGGG ACGGGGGCGA251  TGCTGCTGCT GTTTTACGCG GTAACGCATC TGCCTTTGAC AACCGGCGTT301  ACCCTGAGTT ACACCTCGTC GATTTTTttg GCGGTATTTT CCTTCCTGAT351  TTTGAAAGAA CGGATTTCCG TTTACACGCA GGCGGTGCTG CTCCTTGGTT401  TTGCCGGCGT GGTATTGCTG CTTAATCCCT CGTTCCGCAG CGGTCAGGAA451  CCGGCGGCAC TCGCCGGGCT GGCGGGCGGC GCGATGTCCG GCTGGGCGTA501  TTTGAAAGTG CGCGAACTGT CTTTGGCGGG CGAACCCGGC TGGCGCGTCG551  TGTTTTACCT TTCCGCAACC GGCGTGGCGA TGTCGTCggt ttgggcgacg601  Ctgaccggct ggCACAcccT GTCCTTTcca tcggcagttt ATCtgtCGGG651  CATCGGCGTG tccgcgCtgA TTGCCCAaCT GtcgatgAcg cGCGcctaca701  aaGTCGGCGA CAAATTCACG GTTGCCTCGC tttcctaTAt gaccgtcGTC751  TTTTCCGCCC TGTCTGCCGC ATTTTTTCTg ggcgaagagc tttTCtggCA801  GGAAATACTC GGTATGTGCA TCATTAtccT CAGCGGCATT TTGAGCAGCA851  TCCGCCCCAT TGCCTTCAAA CAGCGGCTGC AAGCCCTCTT CCGCCAAAGA901  TAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 490；ORF135ng-1>:1  MDTAKKDILG SGWMLVAAAC FTVMNVLIKE ASAKFALGSG ELVFWRMLFS51  TVTLGAAAVL RRDTFRTPHW KNHLNRSMVG TGAMLLLFYA VTHLPLTTGV101  TLSYTSSIFL AVFSFLILKE RISVYTQAVL LLGFAGVVLL LNPSFRSGQE151  PAALAGLAGG AMSGWAYLKV RELSLAGEPG WRVVFYLSAT GVAMSSVWAT201  LTGWHTLSFP SAVYLSGIGV SALIAQLSMT RAYKVGDKFT VASLSYMTVV251  FSALSAAFFL GEELFWQEIL GMCIIILSGI LSSIRPIAFK QRLQALFRQR301  *ORF135ng-1和ORF135-1显示在300个氨基酸的重叠区内有97.0％的相同性：orf135ng-1.pep MDTAKKDILGSGWMLVAAACFTVMNVLIKEASAKFALGSGELVFWRMLFSTVTLGAAAVL
           ||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||:|||||||orf135-1       MDTAKKDILGSGWMLVAAACFTIMNVLIKEASAKFALGSGELVFWRMLFSTVALGAAAVLorf135ng-1.pep RRDTFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLTTGVTLSYTSSIFLAVFSFLILKE
           |||:||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||orf135-1       RRDXFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLATGVTLSYTSSIFLAVFSFLILKEorf135ng-1.pep RISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQEPAALAGLAGGAMSGWAYLKVRELSLAGEPG
           |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||orf135-1       RISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLKVRELSLAGEPGorf135ng-1.pep WRVVFYLSATGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSGIGVSALIAQLSMTRAYKVGDKFT
           ||||||||:||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||orf135-1       WRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSMTRAYKVGDKFTorf135ng-1.pep VASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPIAFKQRLQALFRQR
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|||||orf135-1       VASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPTAFKQRLQSLFRQR
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例66
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 491>:1  ATGAAGCGGC GTATAGCCGT CTTCGTCCTG TTCCCGCAGA TAATCCGAGT51  TTTGGGACAA CTGTTGCCGA AAATCGTCAA TACAGTTCCG GCACATCGGA101  TGCTCTTCCA GATTTTCGGG ATGTTCTTTT TCTTCATACA CCAGCAATAT151  CTGCCCGGGA TCGCCGAAAT CGATTCCCCA TGCGGCATCG TGTTCGGTGC201  GCTCCTCTTC CGTCATCTGC CCGCGCATTG CCTGTATGGT AAAGCCGCCG251  TAGGGGATGC CgTTGCACAC GAACATCCAG TCGCTGATGT CGTCAACCGG301  AACGCAAACG cTTTCGCCTT GTTCGACATT GGTCAGTTCG CCsGGTTCAT351  TGTTCAGCAC ACCGTAAATA TAAAGACCGT CAAAATAAAT ATCGTCGATC401  CACATATGTT CGCAAATTTC GCCGTCTTCG CCGTCTTGGA AAAAAGGGAC451  TTTGACCATG GCAAAATCCA AGGCGGAAAT AATGCGGCGG CGTTCCCAAA501  AAAGcTCGCG CCAAAAATAT TTGAATGTTT TACGGGCGCG TTCGTCGGCA551  CGGTTTACCG GTTCGTCTGC CTGTTCTACA TAATAAATGA CGGAATCGCC601  CATCATATCT GCTCCTCAAC GTGTACGGTA TCTGTTTGCA CCTTACTGCG651  GCTTTCTgcC kTCGGCATCC GATTCGGATT TGAAAAGTTC mmrwyATTCG701  GAATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 492；ORF136>:1  MKRRIAVFVL FPQIIRVLGQ LLPKIVNTVP AHRMLFQIFG MFFFFIHQQY51  LPGIAEIDSP CGIVFGALLF RHLPAHCLYG KAAVGDAVAH EHPVADVVNR101  NANAFALFDI GQFAXFIVQH TVNIKTVKIN IVDPHMFANF AVFAVLEKRD151  FDHGKIQGGN NAAAFPKKLA PKIFECFTGA FVGTVYRFVC LFYIINDGIA201  HHSAPQRVRY LFAPYCGFLP SASDSDLKSS XXSE*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 493>:1  ATGATGAAGC GGCGTATAGC CGTCTTCGTC CTGTTCCCGC AGATAATCCG51  AGTTTTGGGA CAACTGTTGC CGAAAATCGT CAATACAGTT CCGGCACATC101  GGATGCTCTT CCAGATTTTC GGGATGTTCT TTTTCTTCAT ACACCAGCAA151  TATCTGCCCG GGATCGCCGA AATCGATTCC CCATGCGGCA TCGTGTTCGG201  TGCGCTCCTC TTCCGTCATC TGCCCGCGCA TTGCCTGTAT GGTAAAGCCG251  CCGTAGGGGA TGCCGTTGCA CACGAACATC CAGTCGCTGA TGTCGTCAAC301  CGGAACGCAA ACGCTTTCGC CTTGTTCGAC ATTGGTCAGT TCGCCGGGTT351  CATTGTTCAG CACACCGTAA ATATAAAGAC CGTCAAAATA AATATCGTCG401  ATCCACATAT GTTCGCAAAT TTCGCCGTCT TCGCCGTCTT GGAAAAAAGG451  GACTTTGACC ATGGCAAAAT CCAAGGCGGA AATAATGCGG CGGCGTTCCC501  AAAAAAGCTC GCGCCAAAAA TATTTGAATG TTTTACGGGC GCGTTCGTCG551  GCACGGTTTA CCGGTTCGTC TGCCTGTTCT ACATAATAAA TGACGGAATC601  GCCCATCATT CTGCTCCTCA ACGTGTACGG TATCTGTTTG CACCTTACTG651  CGGCTTTCTG CCTTCGGCAT CCGATTCGGA TTTGAAAAGT TCCAAATATT701  CGGAATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 494；ORF136-1>:1  MMKRRIAVFV LFPQIIRVLG QLLPKIVNTV PAHRMLFQIF GMFFFFIHQQ51  YLPGIAEIDS PCGIVFGALL FRHLPAHCLY GKAAVGDAVA HEHPVADVVN101  RNANAFALFD IGQFAGFIVQ HTVNIKTVKI NIVDPHMFAN FAVFAVLEKR151  DFDHGKIQGG NNAAAFPKKL APKIFECFTG AFVGTVYRFV CLFYIINDGI201  AHHSAPQRVR YLFAPYCGFL PSASDSDLKS SKYSE*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF136和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF136a)在237个氨基酸的重叠区内显示出有71.7％的相同性：
                  10        20        30        40        50       59orf136.pep    MKRRIAVFVLFPQIIRVLGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
          ||||||||||: | ||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||orf136a      MMKRRIAVFVLLMQKIRILGQLLPKIVNTVPAHRMLFQXFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
                 10        20        30        40        50        60
        60        70        80        90       100       110      119orf136.pep   PCGIVFGALLFRHLPAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAXFIVQ
         |||||||:|||||  :||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||| ||||orf136a      PCGIVFGTLLFRHXSTHCLYGKAAVGNAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAGFIVQ
                 70        80        90       100       110       120
       120       130       140       150       160       170      179orf136.pep   HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKIFECFTG
         |::|:||||||||||||||||| ||||||| :  :| :         |:   | :: : :orf136a      HAINVKTVKINIVDPHMFANFAXFAVLEKRALTMAKSKXXXMRRRSQKSSRQKYLNVLRA
             130          140       150       160       170       180
       180       190       200          210       220       230orf136.pep  AFVGTVYRFVCLFYIINDGIAHH---SAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSXXSEX
            :  ||: |    :  :::     |||||||||||||||||||||||||||  |||orf136a     R---SPARFTGLSACSTXXMTESPIISAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSKYSEX
                  190       200       210       220       230全长ORF136a核苷酸序列<SEQ ID 495>是：1  ATGATGAAGC GGCGTATAGC CGTCTTCGTC CTGCTCATGC AGAAAATCCG51  GATTTTGGGA CAACTGTTGC CGAAAATCGT CAATACAGTT CCGGCACATC101  GGATGCTCTT CCAGATNTTC GGGATGTTCT TTTTCTTCAT ACACCAGCAA151  TACCTGCCCG GGATCGCCGA AATCGATTCC CCATGCGGCA TCGTGTTCGG201  TACGCTCCTC TTCCGTCATC NGTCCACGCA TTGCCTGTAT GGTAAAGCCG251  CCGTAGGGAA TGCCGTTGCA CACGAACATC CAGTCGCTGA TGTCGTCAAC301  CGGAACGCAA ACGCTFTCGC CTTGTTCGAC ATTGGTCAGT TCGCCGGGTT351  CATTGTTCAG CACGCCATAA ATGTAAAGAC CGTCAAAATA AATATCGTCG401  ATCCACATAT GTTCGCAAAT TTCGCCNTCT TCGCCGTCTT GGAAAAAAGG451  GCTTTGACCA TGGCAAAATC TAAGGNGNNA NNGATGCGGC GGCGTTCCCA501  AAAAAGCTCG CGCCAAAAAT ATTTGAATGT TTTGCGGGCG CGTTCGCCGG551  CACGGTTTAC CGGTTTGTCT GCCTGTTCTA CATAATAAAT GACGGAATCG601  CCCATCATAT CTGCTCCTCA ACGTGTACGG TATCTGTTTG CACCTTACTG651  CGGCTTTCTG CCTTCGGCAT CCGATTCGGA TTTGAAAAGT TCCAAATATT701  CGGAATAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 496>:1  MMKRRIAVFV LLMQKIRILG QLLPKIVNTV PAHRMLFQXF GMFFFFIHQQ51  YLPGIAEIDS PCGIVFGTLL FRHXSTHCLY GKAAVGNAVA HEHPVADVVN101  RNANAFALFD IGQFAGFIVQ HAINVKTVKI NIVDPHMFAN FAXFAVLEKR151  ALTMAKSKXX XMRRRSQKSS RQKYLNVLRA RSPARFTGLS ACST**MTES201  PIISAPQRVR YLFAPYCGFL PSASDSDLKS SKYSE*ORF136a和ORF136-1显示在238个氨基酸的重叠区内有73.1％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf136a.pep MMKRRIAVFVLLMQKIRILGQLLPKIVNTVPAHRMLFQXFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
        |||||||||||: | ||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||orf136-1    MMKRRIAVFVLFPQIIRVLGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf136a.pep PCGIVFGTLLFRHXSTHCLYGKAAVGNAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAGFIVQ
        |||||||:|||||  :||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||orf136-1    PCGIVFGALLFRHLPAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAGFIVQ
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf136a.pep HAINVKTVKINIVDPHMFANFAXFAVLEKRALTMAKSKXXXMRRRSQKSSRQKYLNVLRA
        |::|:||||||||||||||||| ||||||| :  :| :         |:   | :: : :orf136-1    HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKIFECFTG
               130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230orf136a.pep R---SPARFTGLSACSTXXMTESPIISAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSKYSEX
            :  ||: |    :  :::     ||||||||||||||||||||||||||||||||orf136-1    AFVGTVYRFVCLFYIINDGIAHH---SAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSKYSEX
               190       200          210       220       230
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF136和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF136ng)在234个氨基酸的重叠区内显示出有92.3％的相同性：orf136.pep  MKRRIAVFVLFPQIIRVLGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS  59
        ||||||||||: | ||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||orf136ng   MMKRRIAVFVLLMQKIRILGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHRQYLPGIAEIDS  60orf136.pep PCGIVFGALLFRHLPAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAXFIVQ 119
       | |||||:|||||| |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||| | ||||orf136ng   PGGIVFGTLLFRHLSAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVANRNANAFALFDIGQSAGFIVQ 120orf136.pep HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKIFECFTG 179
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||orf136ng   HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKVFECFTG 180orf136.pep AFVGTVYRFVCLFYIINDGIAHHSAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSXXSE  234
       ||:||||||||||||||||||||:|||||||||||| |||| |||||||||  ||orf136ng   AFAGTVYRFVCLFYIINDGIAHHTAPQRVRYLFAPYRGFLPPASDSDLKSSKYSE  235全长ORF136ng核苷酸序列<SEQ ID 497>是：1  ATGATGAAGC GGCGTATAGC CGTCTTCGTC CTGCTCATGC AGAAAATCCG51  GATTTTGGGA CAACTGTTGC CGAAAATCGT CAATACAGTT CCGGCACATC101  GGATGCTCTT CCAAATTTTC GGGATGTTCT TTTTCTTCAT ACACCGGCAA151  TACCTGCCCG GGATCGCCGA AATCGATTCC CCAGGCGGTA TCGTGTTCGG201  TACGCTCCTC TTCCGTCATC TGTCCGCGCA TTGCCTGTAC GGTAAAGCCG251  CCGTAGGGGA TGCCGTTGCA CACGAACATC CAGTCGCTGA TGTCGCCAAC301  CGGAACGCAA ACGCTTTCGC CTTGTTCGAC ATTGGTCAGT CCGCCGGGTT351  CATTGTTCAG CACACCGTAA ATATAAAGAC CGTCAAAATA AATATCGTCG401  ATCCACATAT GTTCGCAAAT TTCGCCGTCT TCGCCGTCTT GGAAAAAAGG451  GACTTTGACC ATGGCAAAAT CCAAGGCGGA AATAATGCGG CGGCGTTCCC501  AAAAAAGCTC GCGCCAAAAG TATTTGAATG TTTTACGGGC GCGTTCGCCG551  GCACGGTTTA CCGGTTCGTC TGCCTGTTCT ACATAATAAA TGACGGAATC601  GCCCATCATA CTGCTCCTCA ACGTGTACGG TATCTGTTTG CACCTTACCG551  CGGTTTTCTA CCTCCGGCAT CCGATTCGGA TTTGAAAAGT TCCAAATATT701  CGGAATAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 498>:1  MMKRRIAVFV LLMQKIRILG QLLPKIVNTV PAHRMLFQIF GMFFFFIHRQ51  YLPGIAEIDS PGGIVFGTLL FRHLSAHCLY GKAAVGDAVA HEHPVADVAN101  RNANAFALFD IGQSAGFIVQ HTVNIKTVKI NIVDPHMFAN FAVFAVLEKR151  DFDHGKIQGG NNAAAFPKKL APKVFECFTG AFAGTVYRFV CLFYIINDGI201  AHHTAPQRVR YLFAPYRGFL PPASDSDLKS SKYSE*ORF136ng和ORF136-1显示在235个氨基酸的重叠区内有93.6％的相同性：orf136ng  MMKRRIAVFVLLMQKIRILGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHRQYLPGIAEIDS
      |||||||||||: | ||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||orf136-1  MMKRRIAVFVLFPQIIRVLGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDSorf136ng  PGGIVFGTLLFRHLSAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVANRNANAFALFDIGQSAGFIVQ
      | |||||:|||||| |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||| ||||||orf136-1  PCGIVFGALLFRHLPAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAGFIVQorf136ng  HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKVFECFTG
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||orf136-1  HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKIFECFTGorf136ng  AFAGTVYRFVCLFYIINDGIAHHTAPQRVRYLFAPYRGFLPPASDSDLKSSKYSEX
      ||:||||||||||||||||||||:|||||||||||| |||| ||||||||||||||orf136-1  AFVGTVYRFVCLFYIINDGIAHHSAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSKYSEX
根据此淋球菌蛋白中存在推定跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例67
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 499>:1  ATGGAAAATA TGGTAACGTT TTCAAAAATC AGACCGCTTT TGGCAATCGC51  CGCCGCCGCG TTGCTTGCCG CC.TGCGGAC GGCGGGARAT AATGCTGTCC101  GCAAGCCGGT GCAAACCGCC AAACCCGCCG CAGTGGTCGG TTTGGCACTC151  GGTGGCGGCG CATCTAAAGG ATTTGCCCAT GTAGGTATTA TTAAGGTTTT201  GAAAGAAAAC GGTATTCCTG TGAAGGTGGT TACCGGCACC TCCGCAGGTT251  CGATTGTCGG CAACCTTTTT GCATCGGGTA TGTCGCCCGA CCGCCTCGAA301  TTGGAAGCCG AAATTTTAGG CAAAACCGAT TTGGTCGATT TAACCTTGTC351  CACCAATGGG TTTATCAAAG GCGCAAAGCT GCAAAATTAC ATCAACCGAA401  AACTCCGCGG CATGCAGATT CAGCAGTTTC CCATCAAATT TGCCGCC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 500；ORF137>:1  MENMVTFSKI RPLLAIAAAA LLAAXRTAGN NAVRKPVQTA KPAAVVGLAL51  GGGRSKGFAH VGIIKVLKEN GIPVKVVTGT SAGSIVGNLF ASGMSPDRLE101  LEAEILGKTD LVDLTLSTNG FIKGAKLQNY INRKLRGMQI QQFPIKFAA..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 501>:1  ATGGAAAATA TGGTAACGTT TTCAAAAATC AGACCGCTTT TGGCAATCGC51  CGCCGCCGCG TTGCTTGCCG CCTGCGCCAC GGCGGGAAAT AATGCTGTCC101  GCAAGCCGGT GCAAACCGCC AAACCCGCCG CAGTGGTCGG TTTGGCACTC151  GGTGGCGGCG CATCTAAAGG ATTTGCCCAT GTAGGTATTA TTAAGGTTTT201  GAAAGAAAAC GGTATTCCTG TGAAGGTGGT TACCGGCACA TCGGCAGGTT251  CGATTGTCGG CAGCCTTTTT GCATCGGGTA TGTCGCCCGA CCGCCTCGAA301  TTGGAAGCCG AAATTTTAGG CAAAACCGAT TTGGTCGATT TAACCTTGTC351  CACCAGTGGT TTTATCAAAG GCGAAAAGCT GCAAAATTAC ATCAACCGAA401  AAGTCGGCGG CAGGCAGATT CAGCAGTTTC CCATCAAATT TGCCGCCGTT451  GCTACTGATT TTGAAACCGG CAAGGCCGTC GCTTTCAATC AGGGGAATGC501  CGGGCAGGCT GTGCGCGCTT CCGCCGCCAT TCCCAATGTG TTCCAACCCG551  TTATCATCGG CAGGCATACA TATGTTGACG GCGGTCTGTC GCAGCCCGTG601  CCCGTCAGTG CCGCCXGGCG GCAGGGGGCG AATTTCGTGA TTGCCGTCGA651  TATTTCCGCC CGTCCGGGCA AAAACATCAG CCAAGGTTTC TTCTCTTATC701  TCGATCAGAC GCTGAACGTA ATGAGCGTTT CTGCGTTGCA AAATGAGTTG751  GGGCAGGCGG ATGTGGTTAT CAAACCGCAG GTTTTGGATT TGGGTGCAGT801  CGGCGGATTC GATCAGAAAA AACGCGCCAT CCGGTTGGGT GAGGAGGCAG851  CACGTGCCGC ATTGCCTGAA ATCAAACGCA AACTGGCGGC ATACCGTTAT901  TGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 502；ORF137-1>:1  MENMVTFSKI RPLLAIAAAA LLAACGTAGN NAVRKPVQTA KPAAVVGLAL51  GGGASKGFAH VGIIKVLKEN GIPVKVVTGT SAGSIVGSLF ASGMSPDRLE101  LEAEILGKTD LVDLTLSTSG FIKGEKLQNY INRKVGGRQI QQFPIKFAAV151  ATDFETGKAV AFNQGNAGQA VRASAAIPNV FQPVIIGRHT YVDGGLSQPV201  PVSAARRQGA NFVIAVDISA RPGKNISQGF FSYLDQTLNV MSVSALQNEL251  GQADVVIKPQ VLDLGAVGGF DQKKRAIRLG EEAARAALPE IKRKLAAYRY301  *
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF137和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF137a)在149个氨基酸的重叠区内显示出有93.3％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf137.pep MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAAXRTAGNNAVRKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH
       ||||||||||||||||||||||||  ||||||:|||||||||||||||||||||||||||orf137a    MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAACGTAGNNAARKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf137.pep VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGNLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTNG
       |||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|orf137a    VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG
               70        80        90       100       110       120
              130       140       149orf137.pep FIKGAKLQNYINRKLRGMQIQQFPIKFAA
       |||| |||||||||: | :||||||||||orf137a    FIKGEKLQNYINRKVGGRRIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
              130       140       150       160       170       180全长ORF137a核苷酸序列<SEQ ID 503>是：1  ATGGAAAATA TGGTAACGTT TTCAAAAATC AGACCGCTTT TGGCAATCGC51  CGCCGCCGCG TTGCTTGCCG CCTGCGGCAC GGCGGGAAAT AATGCTGCCC101  GCAAGCCGGT GCAAACCGCC AAACCCGCCG CAGTGGTCGG TTTGGCACTC151  GGTGGCGGCG CATCTAAAGG ATTTGCCCAT GTAGGTATTA TTAAGGTTTT201  GAAAGAAAAC GGTATTCCTG TGAAGGTGGT TACCGGCACA TCGGCAGGTT251  CGATAGTCGG CAGCCTTTTT GCATCGGGTA TGTCGCCCGA CCGCCTCGAA301  TTGGAACCCG AAATTTTAGG TAAAACCGAT TTGGTCGATT TAACCTTGTC351  CACCAGTGGT TTTATCAAAG GCGAAAAGCT GCAAAATTAC ATCAACCGAA401  AAGTCGGCGG CAGGCGGATT CAGCAGTTTC CCATCAAATT TGCCGCCGTT451  GCTACTGATT TTGAAACCGG CAAGGCCGTC GCTTTCAATC AAGGGAATGC501  CGGGCAGGCT GTGCGCGCTT CCGCCGCCAT TCCCAATGTG TTCCAACCCG551  TTATCATCGG CAGGCATACA TATGTTGACG GCGGTCTGTC GCAGCCCGTG601  CCCGTCAGTG CCGCCCGGCG GCANGNNNNG NATNTCGTGA TTGCCGTCGA651  TATTTCCGCC CGTCCGAGCA AAAACATCAG CCAAGGCTTC TTCTCTTATC701  TCGATCAGAC GCTGAACGTA ATGAGCGTTT CCGCGTTGCA AAATGAGTTG751  GGGCAGGCGG ATGTGGTTAT CAAACCGCAG GTTTTGGATT TGGGTGCAGT801  CGGCGGATTC GATCAGAAAA AACGCGCCAT CCGGTTGGGT GAGGAGGCAG851  CACGTGCCGC ATTGCCTGAA ATCAAACGCA AACTGGCGGC ATACCGTTAT901  TGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 504>:1  MENMVTFSKI RPLLAIAAAA LLAACGTAGN NAARKPVQTA KPAAVVGLAL51  GGGASKGFAH VGIIKVLKEN GIPVKVVTGT SAGSIVGSLF ASGMSPDRLE101  LEAEILGKTD LVDLTLSTSG FIKGEKLQNY INRKVGGRRI QQFPIKFAAV151  ATDFETGKAV AFNQGNAGQA VRASAAIPNV FQPVIIGRHT YVDGGLSQPV201  PVSAARRXXX XXVIAVDISA RPSKNISQGF FSYLDQTLNV MSVSALQNEL251  GQADVVIKPQ VLDLGAVGGF DQKKRAIRLG EEAARAALPE IKRKLAAYRY301  *ORF137a和ORF137-1显示在300个氨基酸的重叠区内有97.3％的相同性：orf137a.pep    MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAACGTAGNNAARKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH
           |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf137-1       MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAACGTAGNNAVRKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAHorf137a.pep    VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf137-1       VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSGorf137a.pep    FIKGEKLQNYINRKVGGRRIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
           ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf137-1       FIKGEKLQNYINRKVGGRQIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNVorf137a.pep    FQPVIIGRHTYVDGGLSQPVPVSAARRXXXXXVIAVDISARPSKNISQGFFSYLDQTLNV
           |||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||:|||||||||||||||||orf137-1       FQPVIIGRHTYVDGGLSQPVPVSAARRQGANFVIAVDISARPGKNISQGFFSYLDQTLNVorf137a.pep    MSVSALQNELGQADVVIIPQVLDLGAVGGFDQKKRAIRLGEEAARAALPEIKRKLAAYRY
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf137-1       MSVSALQNELGQADVVIKPQVLDLGAVGGFDQKKRAIRLGEEAARAALPEIKRKLAAYRY
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF137和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF137ng)在149个氨基酸的重叠区内显示出有89.9％的相同性：
orf137.pep  MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAAXRTAGNNAVRKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH 60
            ||||||||||| :|||||||||||  ||||||:|||||||||||||:|||||||||||||
orf137ng    MENMVTFSKIRSFLAIAAAALLAACGTAGNNAARKPVQTAKPAAVVALALGGGASKGFAH 60
orf137.pep  VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGNLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTNG 120
            :||:|||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||:|
orf137ng    IGIVKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLLASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG 120
orf137.pep  FIKGAKLQNYINRKLRGMQIQQFPIKFAA                                149
            |||| |||||||||: | |||||||||||
orf137ng    FIKGEKLQNYINRKVGGRQIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV 180
全长ORF137ng核苷酸序列<SEQ ID 505>是：1  ATGGAAAATA TGGTAACGTT TTCAAAAATC AGATCATTTT TGGCAATCCC51  CGCCGCCGCG TTGCTTGCCG CCTGCGGTAC GGCGGGAAAC AATGCCGCCC101  GCAAGCCGGT GCAAACCGCC AAACCCGCCG CAGTGGTCGC TTTGGCACTC151  GGTGGCGGCG CATCTAAAGG ATTTGCCCAT ATAGGAATTG TTAAGGTTTT201  GAAAGAAAAC GGTATTCCTG TGAAGGTGGT TACCGGCACA TCGGCAGGTT251  CGATAGTCGG CAGCCTTTTG GCATCGGGTA TGTCGCCCGA CCGCCTCGAA301  TTGGAAGCCG AGATTTTAGG TAAAACCGAT TTAGTCGATT TAACCTTGTC351  CACCAGTGGT TTTATCAAAG GCGAAAAGCT GCAAAATTAC ATCAACCGAA401  AAGTCGGCGG CAGGCAGATT CAGCAGTTTC CCATCAAATT TGCCGCCGTT451  GCCACTGATT TTGAAACCGG CAAGGCCGTC GCTTTCAATC AAGGGAATGC501  CGGGCAGGCG GTTCGTGCTT CCGCCGCCAT TCCCAATGTG TTCCAGCCAG551  TCATCATCGG CAGGCACAAA TATGTTGACG GCGGTCTGTC GCAGCCCGTG601  CCCGTCAGTG CCGCTCGGCG GCAGGGGGCG AATTTCGTGA TTGCCGTCGA651  TATTTCCGCA CGTCCGAGCA AAAATGTCGG TCAAGGTTTC TTCTCTTATC701  TCGATCAGAC GCTGAACGTG ATGAGCGTTT CCGTGTTGCA AAACGAGTTG751  gggcAGGCGG ATGTGGTTAT CAAACCGCag gtTTTGGATT TGGGTGCAGT801  CGGCGGATTC GATCAGAAAA AGCGCGCCAT CCGGTTGGGC GAGGAGGCAG851  CACGTGCCGC ATTGCCTGAA ATCAAACGCA AACTGGCGGC ATACCGTTAT901  TGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 506>:1  MENMVTFSKI RSFLAIAAAA LLAACGTAGN NAARKPVQTA KPAAVVALAL51  GGGASKGFAH IGIVKVLKEN GIPVKVVTGT SAGSIVGSLL ASGMSPDRLE101  LHAEILGKTD LVDLTLSTSG FIKGEKLQNY INRKVGGRQI QQFPIKFAAV151  ATDFETGKAV AFNQGNAGQA VRASAAIPNV FQPVIIGRHK YVDGGLSQPV201  PVSAARRQGA NFVIAVDISA RPSKNVGQGF FSYLDQTLNV MSVSVLQNEL251  GQADVVIKPQ VLDLGAVGGF DQKKRAIRLG EEAARAALPE IKRKLAAYRY301  *ORF137ng和ORF137-1显示在300个氨基酸的重叠区内有96.0％的相同性：orf137ng    MENMVTFSKIRSFLAIAAAALLAACGTAGNNAARKPVQTAKPAAVVALALGGGASKGFAH
        ||||||||||| :|||||||||||||||||||:|||||||||||||:|||||||||||||orf137-1    MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAACGTAGNNAVRKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAHorf137ng    IGIVKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLLASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG
        :||:|||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||orf137-1    VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSGorf137ng    FIKGEKLQNYINRKVGGRQIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf137-1    FIKGEKLQNYINRKVGGRQIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
orf137ng    FQPVIIGRHKYVDGGLSQPVPVSAARRQGANFVIAVDISARPSKNVGQGFFSYLDQTLNV
            ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||:||::|||||||||||||
orf137-1    FQPVIIGRHTYVDGGLSQPVPVSAARRQGANFVIAVDISARPGKNISQGFFSYLDQTLNV
orf137ng    MSVSVLQNELGQADVVIKPQVLDLGAVGGFDQKKRAIRLGEEAARAALPEIKRKLAAYRY
            ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf137      MSVSALQNELGQADVVIKPQVLDLGAVGGFDQKKRAIRLGEEAARAALPEIKRKLAAYRY
根据此淋球菌蛋白中存在预计的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点(下划线表示)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例68
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 507>:1  ATGTTTCGTT TACAATTCAG GCTGTTTCCC CCTTTGCGAA CCGCCATGCA51  CATCCTGTTG ACCGCCCTGC TCAAATGCCT CTCCCTGcTG CCGCTTTCCT101  GTCTGCACAC GCTGGGAAAC CGGCTCGGAC ATCTGGCGTT TTACCTTTTA151  AAGGAAGACC GCGCGCGCAT CGTCGCCmAT ATGCGGCAGG CGGGTTTGAA201  CCCCGACCCC AAAACGGTCA AAGCCGTTTT TGCGGAAACG GCAAAAGGCG251  GTTTGGAACT TGCCCCCGCG TTTTTCAGAA AACCGGAAGA CATAGAAACA301  ATGTTCAAAG CGGTACACGG CTGGGAACAT GTGCAGCAGG CTTTGGACAA351  ACACGAAGGG CTGCTATTC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 508；ORF138>:1  MFRLQFRLFP PLRTAMHILL TALLKCLSLL PLSCLHTLGN RLGHLAFYLL51  KEDRARIVAX MRQAGLNPDP KTVKAVFAET AKGGLELAPA FFRKPEDIET101  MFKAVHGWEH VQQALDKHEG LLF进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 509>:1  ATGTTTCGTT TACAATTCAG GCTGTTTCCC CCTTTGCGAA CCGCCATGCA51  CATCCTGTTG ACCGCCCTGC TCAAATGCCT CTCCCTGCTG CCGCTTTCCT101  GTCTGCACAC GCTGGGAAAC CGGCTCGGAC ATCTGGCGTT TTACCTTTTA151  AAGGAAGACC GCGCGCGCAT CGTCGCCAAT ATGCGGCAGG CGGGTTTGAA201  CCCCGACCCC AAAACGGTCA AAGCCGTTTT TGCGGAAACG GCAAAAGGCG251  GTTTGGAACT TGCCCCCGCG TTTTTCAGAA AACCGGAAGA CATAGAAACA301  ATGTTCAAAG CGGTACACGG CTGGGAACAT GTGCAGCAGG CTTTGGACAA351  ACACGAAGGG CTGCTATTCA TCACGCCGCA CATCGGCAGC TACGATTTGG401  GCGGACGCTA CATCAGCCAG CAGCTTCCGT TCCCGCTGAC CGCCATGTAC451  AAACCGCCGA AAATCAAAGC GATAGACAAA ATCATGCAGG CGGGCAGGGT501  TCGCGGCAAA GGAAAAACCG CGCCTACCAG CATACAAGGG GTCAAACAAA551  TCATCAAAGC CCTGCGTTCG GGCGAAGCAA CCATCGTCCT GCCCGACCAC601  GTCCCCTCCC CTCAAGAAGG CGGGGAAGGC GTATGGGTGG ATTTCTTCGG651  CAAACCTGCC TATACCATGA CGCTGGCGGC AAAATTGGCA CACGTCAAAG701  GCGTGAAAAC CCTGTTTTTC TGCTGCGAAC GCCTGCCTGG CGGACAAGGT751  TTCGATTTGC ACATCCGCCC CGTCCAAGGG GAATTGAACG GCGACAAAGC801  CCATGATGCC GCCGTGTTCA ACCGCAATGC CGAATATTGG ATACGCCGTT851  TTCCGACGCA GTATCTGTTT ATGTACAACC GCTACAAAAT GCCGTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 510；ORF138-1>:1  MFRLQFRLFP PLRTAMHILL TALLKCLSLL PLSCLHTLGN RLGHLAFYLL51  KEDRARIVAN MRQAGLNPDP KTVKAVFAET AKGGLELAPA FFRKPEDIET101  MFKAVHGWEH VQQALDKHEG LLFITPHIGS YDLGGRYISQ QLPFPLTAMY151  KPPKIKAIDK IMQAGRVRGK GKTAPTSIQG VKQIIKALRS GEATIVLPDH201  VPSPQEGGEG VWVDFFGKPA YTMTLAAKLA HVKGVKTLFF CCERLPGGQG251  FDLHIRPVQG ELNGDKAHDA AVFNRNAEYW IRRFPTQYLF MYNRYKMP*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF138和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF138a)在123个氨基酸重叠区内显示出有99.2％的相同性：
               10        20        30        40        50        60orf138.pep MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAX
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf138a    MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN
               10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf138.pep MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf138a    MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
               70        80        90       100       110       120orf138.pep LLF
       |||orf138a    LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFPLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTSIQG
              130       140       150       160       170       180全长ORF138a核苷酸序列<SEQ ID 511>是：1  ATGTTTCGTT TACAATTCAG GCTGTTTCCC CCTTTGCGAA CCGCCATGCA51  CATCCTGTTG ACCGCCCTGC TCAAATGCCT CTCCCTGCTG CCGCTTTCCT101  GTCTGCACAC GCTGGGAAAC CGGCTCGGAC ATCTGGCGTT TTACCTTTTA151  AAGGAAGACC GCGCGCGCAT CGTCGCCAAT ATGCGTCAGG CAGGCATGAA201  TCCCGACCCC AAAACGGTCA AAGCCGTTTT TGCGGAAACG GCAAAAGGCG251  GTTTGGAACT TGCCCCCGCG TTTTTCAGAA AACCGGAAGA CATAGAAACA301  ATGTTCAAAG CGGTACACGG CTGGGAACAT GTGCAGCAGG CTTTGGACAA351  ACACGAAGGG CTGCTATTCA TCACGCCGCA CATCGGCAGC TACGATTTGG401  GCGGACGCTA CATCAGCCAG CAGCTTCCGT TCCCGCTGAC CGCCATGTAC451  AAACCGCCGA AAATCAAAGC GATAGACAAA ATCATGCAGG CGGGCAGGGT501  TCGCGGCAAA GGAAAAACCG CGCCTACCAG CATACAAGGG GTCAAACAAA551  TCATCAAAGC CCTGCGTTCG GGCGAAGCAA CCATCGTCCT GCCCGACCAC601  GTCCCCTCCC CTCAAGAAGG CGGGGAAGGC GTATGGGTGG ATTTCTTCGG651  CAAACCTGCC TATACCATGA CGCTGGCGGC AAAATTGGCA CACGTCAAAG701  GCGTGAAAAC CCTGTTTTTC TGCTGCGAAC GCCTGCCTGG CGGACAAGGT751  TTCGATTTGC ACATCCGCCC CGTCCAAGGG GAATTGAACG GCGACAAAGC801  CCATGATGCC GCCGTGTTCA ACCGCAATGC CGAATATTGG ATACGCCGTT851  TTCCGACGCA GTATCTGTTT ATGTACAACC GCTACAAAAT GCCGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 512>:1  MFRLQFRLFP PLRTAMHILL TALLKCLSLL PLSCLHTLGN RLGHLAFYLL51  KEDRARIVAN MRQAGLNPDP KTVKAVFAET AKGGLELAPA FFRKPEDIET101  MFKAVHGWEH VQQALDKHEG LLFITPHIGS YDLGGRYISQ QLPFPLTAMY151  KPPKIKAIDK IMQAGRVRGK GKTAPTSIQG VKQIIKALRS GEATIVLPDH201  VPSPQEGGEG VWVDFFGKPA YTMTLAAKLA HVKGVKTLFF CCERLPGGQG251  FDLHIRPVQG ELNGDKAHDA AVFNRNAEYW IRRFPTQYLF MYNRYKMP*ORF138a和ORF138-1显示在298个氨基酸的重叠区内有99.7％的相同性：orf138a.pep MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf138-1    MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVANorf138a.pep MRQAGMNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
        |||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf138-1    MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEGorf138a.pep LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFPLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTSIQG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138-1    LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFPLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTSIQG
orf138a.pep VKQIIKALRSGEATIVLPDHVPSPQEGGEGVWVDFFGKPAYTMTLAAKLAHVKGVKTLFF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138-1    VKQIIKALRSGEATIVLPDHVPSPQEGGEGVWVDFFGKPAYTMTLAAKLAHVKGVKTLFF
orf138a.pep CCERLPGGQGFDLHIRPVQGELNGDKAHDAAVFNRNAEYWIRRFPTQYLFMYNRYKMP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138-1    CCERLPGGQGFDLHIRPVQGELNGDKAHDAAVFNRNAEYWIRRFPTQYLFMYNRYKMP
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF138和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF138ng)在123个氨基酸的重叠区内显示出有94.3％的相同性：
orf138.pep  MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAX 60
            |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf138ng    MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLSLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN 60
orf138.pep  MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG 120
            ||||||||| :|||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| ||
orf138ng    MRQAGLNPDTQTVKAVFAETAKCGLELAPAFFKKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKGEG 120
orf138.pep  LLF                                                          123
            |||
orf138ng    LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFHLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTGIQG 180
全长ORF138ng核苷酸序列<SEQ ID 513>是：1  ATGTTTCGTT TACAATTCAG GCTGTTTCCC CCTTTGCGAA CCGCCATGCA51  CATCCTGTTG ACCGCCCTGC TCAAATGCCT CTCCCTGCTG TCGCTTTCCT101  GTCTGCACAC GCTGGGAAAC CGGCTCGGAC ATCTGGCGTT TTACCTTTTA151  AAGGAAGACC GCGCGCGCAT CGTCGCCAAT ATGCGGCAGG CGGGTTTGAA201  CCCCGACACG CAGACGGTCA AAGCCGTTTT TGCGGAAACG GCAAAATGCG251  GTTTGGAACT TGCCCCCGCG TTTTTCAAAA AACCGGAAGA CATCGAAACA301  ATGTTCAAAG CGGTACACGG CTGGGAACAC GTGCAGCAGG CTTTGGACAA351  GGGCGAAGGG CTGCTGTTCA TCACGCCGCA CATCGGCAGC TACGATTTGG401  GCGGACGCTA CATCAGCCAG CAGCTTCCGT TCCACCTGAC CGCCATGTAC451  AAGCCGCCGA AAATCAAAGC GATAGACAAA ATCATGCAGG CGGGCAGGGT501  GCGCGGCAAA GGCAAAACcg cgcccaccgg catACAAGGG GTCAAACAAA551  tcatcaAGGC CCTGCGCGCG GGCGAGGCAA CCAtcATCCT GCCCGACCAC601  GTCCCTTCTC CGCAGGAagg cggCGGCGTG TGGGCGGATT TTTTCGGCAA651  ACCTGCATAc acCATGACAC TGGCGGCAAA ATTGGCACAC GTCAAAGGCG701  TGAAAACCCT GTTTTTCTGC TGCGAACGCC TGCCCGACGG ACAAGGCTTC751  GTGTTGCACA TCCGCCCCGT CCAAGGGGAA TTGAACGGCA ACAAAGCCCA801  CGATGCCGCC GTGTTCAACC GCAATACCGA ATATTGGATA CGCCGTTTTC851  CGACGCAGTA TCTGTTTATG TACAACCGCT ATAAAACGCC GTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 514>:1  MFRLQFRLFP PLRTAMHILL TALLKCLSLL SLSCLHTLGN RLGHLAFYLL51  KEDRARIVAN MRQAGLNPDT QTVKAVFAET AKCGLELAPA FFKKPEDIET101  MFKAVHGWEH VQQALDKGEG LLFITPHIGS YDLGGRYISQ QLPFHLTAMY151  KPPKIKAIDK IMQAGRVRGK GKTAPTGIQG VKQIIKALRA GEATIILPDH201  VPSPQEGGGV WADFFGKPAY TMTLAAKLAH VKGVKTLFFC CERLPDCQGF251  VLHIRPVQGE LNGNKAHDAA VFNRNTEYWI RRFPTQYLFM YNRYKTF*ORF138ng和ORF138-1在299个氨基酸的重叠区内显示出有94.3％的相同性：orf138-1.pep MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN
         |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||orf138ng     MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLSLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVANorf138-1.pep  MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
          ||||||||| :|||||||||||  ||||||||:|||||||||||||||||||||||| ||orf138ng      MRQAGLNPDTQTVKAVFAETAKCGLELAPAFFKKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKGEGorf138-1.pep  LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFPLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTSIQG
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|||orf138ng      LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFHLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTGIQGorf138-1.pep  VKQIIKALRSGEATIVLPDHVPSPQEGGEGVWVDFFGKPAYTMTLAAKLAHVKGVKTLFF
          |||||||||:|||||:|||||||||||| |||:|||||||||||||||||||||||||||orf138ng      VKQIIKALRAGEATIILPDHVPSPQEGG-GVWADFFGKPAYTMTLAAKLAHVKGVKTLFForf138-1.pep   CCERLPGGQGFDLHIRPVQGELNGDKAHDAAVFNRNAEYWIRRFPTQYLFMYNRYKMP
           |||||| |||| ||||||||||||:|||||||||||:||||||||||||||||||| |orf138ng       CCERLPDGQGFVLHIRPVQGELNGNKAHDAAVFNRNTEYWIRRFPTQYLFMYNRYKTP另外，ORF138ng与荧光假单胞菌的htrB蛋白同源：gnl|PID|e334283(Y14568)htrB[荧光假单胞菌]长度=253评分=80.8位(196)，估计值=9e-15相同性=49/151(32％)，阳性=79/151(51％)，空隙=6/151(3％)询问：101 MFKAVHGWEHVQQALDKGEGLLFITPHIGSYD-LGGRYISQQLPFHLTAMYKPPKIKAID 159
      + + V G E +++AL  G+G++ IT H+G+++ L   Y SQ  P      Y+PPK+KA+D目标：94  LVREVEGLEVLKEALASGKGVVGITSHLGNWEVLNHFYCSQCKPI---IFYRPPKLKAVD 150询问：160 KIMQAGRVRGKGKTAPTGIQGVKQIIKALRAGEATIILPDHVPSPQEGGGVWADFFGKPA 219
       ++++  RV+   K A +  +G+  +IK +R G    I  D  P P E  G++  FF   A目标：151 ELLRKQRVQLGNKVAASTKEGILSVIKEVRKGGQVGIPAD--PEPAESAGIFVPFFATQA 208询问：220 YTMTLAAKLAHVKGVKTLFFCCERLPDGQGF 250
        T      +        +F    RLPDG G+目标：209 LTSKFVPNMLAGGKAVGVFLHALRLPDGSGY 239
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF138-1(57kDa)克隆到pGex载体中，并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图14A显示出GST-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的GST-融合蛋白来免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA(阳性结果)和FACS分析(图14B)。这些实验确认ORF138-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例69
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 515>:1  ..GCGTGGTCGG CCGGCGAATC GTGGCGTGTG TTAATGGAAA GTGAAACGTG551    GCATGCGGTG TGGAATACTT TGCGCTTCTC GGCGGCGGCG GTGTATGCGG101    CAGCGGTTTT GGGTGTGGTG TATGCGGCGC CGGCGCGGCG GTCGGCGTGG151    ATGCGCGGGC TGATGTTTTA GCCGTTTATG GTGTCGCCGG TTTGTGTTTC201    GGCGGGCGTG CTGCTGCTTT ATCCGCAGTG GACGGCTTCG TTGCCGTTGC251    TGCTGGCGAT GTATGCGCTG CTGGCGTATC CGTTTGTGGC AAAAGATGTT301    TTATCAGCCT GGGATGCACT GCCGCCGGAT TACGGCAGGG CGGCGGCGGG351    TTTGGGTGCA AACGGCTTTC AGACGGCATG CCGCATCACG TTCCCCCTCT401  TGAAACCGGC GTTGCGGCGC GGTCTGACTT TGGCGGCGGC AACCTGCGTG451  GGCGAATTTG CGGCGACATT GTTTCTGTCG CGTCCGGAAT GGCAGACGCT501  GACGACTTTG ATTTATGCCT ATTTGGGACG CGCGGGTGAG GATAATTACG551  CGCGGGCGAT GGTGCTG..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 516；ORF139>:1  ..AWSAGESWRV LMESETWHAV WNTLRFSAAA VYAAAVLGVV YAAPARRSAW51    MRGLMFXPFM VSPVCVSAGV LLLYPQWTAS LPLLLAMYAL LAYPFVAKDV101    LSAWDALPPD YGRAAAGLGA NGFQTACRIT FPLLKPALRR GLTLAAATCV151    GEFAATLFLS RPEWQTLTTL IYAYLGRAGE DNYARAMVL..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 517>:1  ATGGATGGAC GGCGTTGGGT GGTATGGGGT GCTTTTGCCC TGCTGCCTTC51  GGCTTTTTTG GCGGTAATGG TCGTTGCGCC TTTGTGGGCG GTGGCGGCGT101  ATGACGGTTT GGCGTGGCGC GCGGTGCTGT CGGATGCCTA TATGCTCAAA151  CGTTTGGCGT GGACGGTATT TCAGGCAGCG GCAACCTGTG TGCTGGTGCT201  GCCTTTGGGC GTGCCTGTCG CGTGGGTGCT GGCGCGGCTG GCGTTTCCGG251  GGCGGGCTTT GGTGCTGCGC CTGCTGATGC TGCCTTTTGT GATGCCCACG301  TTGGTGGCGG GCGTGGGCGT GCTGGCCCTG TTCGGGGCGG ACGGGCTGTT351  GTGGCGCGGC AGGCAGGATA CGCCGTATCT GTTGTTGTAC GGCAATGTGT401  TTTTCAACCT TCCTGTGTTG GTCAGGGCGG CGTATCAGGG GTTTGTGCAA451  GTGCCTGCGG CACGGGTTCA GACGGCACGG ACGTTGGGCG CGGGGGCGTG501  GCGGCGGTTT TGGGACATTG AAATGCCCGT TTTGCGCCCG TGGCTTGCCG551  GCGGCGTGTG CCTTGTCTTT CTGTATTGTT TTTCCGGGTT CGGGCTGGCG601  CTGCTGCTGG GCGGCAGCCG TTATGCCACG GTCGAAGTGG AAATTTACCA651  GTTGGTCATG TTCGAACTCG ATATGGCGGT TGCTTCGGTG CTGGTGTGGC701  TGGTGTTGGG GGTAACGGCG GCGGCAGGGT TGCTGTATGC GTGGTTCGGC751  AGGCGCGCGG TTTCGGATAA GGCGGTTTCC CCTGTGATGC CGTCGCCGCC801  GCAGTCGGTC GGGGAATATG TGCTGCTGGC GTTTGCGGCG GCGGTGTTGT851  CTGTGTGCTG CCTGTTTCCT TTGTTGGCAA TTGTTGTGAA AGCGTGGTCG901  GCCGGCGAAT CGTGGCGTGT GTTAATGGAA AGTGAAACGT GGCAGGCGGT951  GTGGAATACT TTGCGCTTCT CGGCGGCGGC GGTGTATGCG GCGGCGGTTT001  TGGGTGTGGT GTATGCGGCG GCGGCGCGGC GGTCGGCGTG GATGCGCGGG1051 CTGATGTTTT TGCCGTTTAT GGTGTCGCCG GTTTGTGTTT CGGCGGGCGT1101 GCTGCTGCTT TATCCGCAGT GGACGGCTTC GTTGCCGTTG CTGCTGGCGA1151 TGTATGCGCT GCTGGCGTAT CCGTTTGTGG CAAAAGATGT TTTATCAGCC1201 TGGGATGCAC TGCCGCCGGA TTACGGCAGG GCGGCGGCGG GTTTGGGTGC1251 AAACGGCTTT CAGACGGCAT GCCGCATCAC GTTCCCCCTC TTGAAACCGG1301 CGTTGCGGCG CGGTCTGACT TTGGCGGCGG CAACCTGCGT GGGCGAATTT1351 GCGGCGACAT TGTTTCTGTC GCGTCCGGAA TGGCAGACGC TGACGACTTT1401 GATTTATGCC TATTTGGGAC GCGCGGGTGA GGATAATTAC GCGCGGGCGA1451 TGGTGCTGAC ATTGCTGTTG GCGGCGTTCG CGCTGGGTAT TTTCCTGCTG1501 TTGGACGGCG GCGAAGGCGG AAAACAGACG GAAACGTTAT AA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 518；ORF139-1>:1  MDGRRWVVWG AFALLPSAFL AVMVVAPLWA VAAYDGLAWR AVLSDAYMLK51  RLAWTVFQAA ATCVLVLPLG VPVAWVLARL AFPGRALVLR LLMLPFVMPT101  LVAGVGVLAL FGADGLLWRG RQDTPYLLLY GNVFFNLPVL VRAAYQGFVQ151  VPAARLQTAR TLGAGAWRRF WDIEMPVLRP WLAGGVCLVF LYCFSGFGLA201  LLLGGSRYAT VEVEIYQLVM FELDMAVASV LVWLVLGVTA AAGLLYAWFG251  RRAVSDKAVS PVMPSPPQSV GEYVLLAFAA AVLSVCCLFP LLAIVVKAWS301  AGESWRVLME SETWQAVWNT LRFSAAAVYA AAVLGVVYAA AARRSAWMRG351  LMFLPFMVSP VCVSAGVLLL YPQWTASLPL LLAMYALLAY PFVAKDVLSA401 WDALPPDYGR AAAGLGANGF QTACRITFPL LKFALRRGLT LAAATCVGEF451 AATLFLSRPE WQTLTTLIYA YLGRAGEDNY ARAMVLTLLL AAFALGIFLL501 LDGGEGGKQT ETL*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF139和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF139a)在189个氨基酸的重叠区内显示出有94.7％的相同性：
                                                 10        20        30
orf139.pep                               AWSAGESWRVLMESETWHAVWNTLRFSAAA
                                         |||||||||||||||||:||||| ||||||
orf139a    QSVGEYVLLAFAAAVXSVCCLFXLLAIVVKAWSAGESWRVLMESETWQAVWNTXRFSAAA
           270       280       290       300       310       320
                   40        50        60        70        80        90
orf139.pep VYAAAVLGVVYAAPARRSAWMRGLMFXPFMVSPVCVSAGVLLLYPQWTASLPLLLAMYAL
           ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
orf139a    VYAAAVLGVVYAAAARRSAWMRGLMFLPFMVSPVCVSAGVLLLXPQWTASLPLLLAMYAL
           330       340       350       360       370       380
                  100       110       120       130       140       150
orf139.pep LAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGFQTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCV
           ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139a    LAYPFVAKDVLSAXDALPPDYGRAAAGLGANGFQTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCV
           390       400       410       420       430       440
                  160       170       180      189
orf139.pep GEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNYARAMVL
           |||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||
orf139a    GEFAATLFXSRXEWQTLTTLIYAYXGRAGXDNYARAMVLTLLLAAFALGXFLLLDGGEGG
           450       460       470       480       490       500全长ORF139a核苷酸序列<SEQ ID 519>是：1  ATGGATGGAC GGCGTTGGGC GGTATGGGGT GCTTTTGCCC TGCTGCCTTC51  GGCTTTTTTG GCGGCAATGG TCGTTGCGCC TTTGTGGGCG GTGGCGGCGT101  ATGACGGTTT GGCGTGGCGC GCGGTGCTGT CGGATGCCTA TATGCTCAAA151  CGTTTGGCGT GGACGGTATT TCAGGCAGCG GCAACCTGTG TGCTGGTGCT201  GCCTTTGGGC GTGCCTGTCG CGTGGGTGCT GGCGCGGCTG GCGTTTCCGG251  GGCGGGCTTT GGTGCTGCGC CTGCTGATGC TGCCTTTTGT GATGCCCACG301  TTGGTGGCGG GCGTGGGCGT GCTGGCTCTG TTCGGGGCGG ACGGCCTGTN351  GTGGCGCGGC TGGCAGGATA CGCCGTATCT GTTGTTGTAC GGCAATGTGT401  TTTTTNACCT TCCTGTGTTG GTCAGGGCGG CATATCAGGG GTTTGTGCAA451  GTGCCTGCGG CACGGCTTCA GACGGCACNG ACATTGGGCG CGGGGGCGTG501  GCGGCGGTTT TGGGACATTG AAATGCCCGT TTTGCGCCCG TGGCTTGCCG551  GCGGCGTGTG CCTTGTCTTC CTGTATTGTT TTTCGGGGTT CGGGCTGGCA601  TTGCTGCTGG GCGGCAGCCG TTATGCCACG GTCGAAGTGG AAATTTACCA651  GTTGGTCATG TTCGAACTCG ATATGGCGGT TGCTTCGGTG CTNGTGTGGC701  TGGTGTNGGG GGTAACNGCG GCGGCAGGGT TGCTGTATGC GTGGTTCGGC751  AGGCGCGCGG TTTCGGATAA GGCNGTTTCC CCTGTGATGC CGTCGCCGCC801  GCAGTCGGTC GGGGAATATG TGCTNCTGGC GTTTGCGGCG GCGGTGTNGT851  CTGTGTGCTG CCTGTTTCNT TTGTTGGCAA TTGTTGTGAA AGCGTGGTCG90I  GCCGGCGAAT CGTGGCGTGT GTTAATGGAA AGTGAAACGT GGCAGGCGGT951  GTGGAATACT NTGCGCTTCT CGGCGGCGGC GGTGTATGCG GCGGCGGTTT1001  TGGGTGTGGT GTATGCGGCG GCGGCGCGGC GGTCGGCGTG GATGCGCGGG1051  CTGATGTTTT TGCCGTTTAT GGTGTCGCCG GTTTGTGTTT CGGCGGGCGT1101  GCTGCTGCTT NATCCGCAGT GGACGGCTTC GTTGCCGCTG CTGCTGGCGA1151  TGTATGCGCT GCTGGCGTAT CCGTTTGTGG CAAAAGATGT TTTATCAGCC1201  TGNGATGCAC TGCCGCCGGA TTACGGCAGG GCGGCGGCGG GTTTGGGTGC1251  AAACGGCTTT CAGACGGCAT GCCGCATCAC GTTCCCCCTC TTGAAACCGG1301  CGTTGCGGCG CGGTCTGACT TTGGCGGCGG CAACCTGCGT GGGCGAATTT1351  GCGGCAACCT TGTTCNTGTC GCGTCNCGAG TGGCAGACGC TGACGACTTT1401  GATTTATGCC TATNTGGGAC GCGCGGGTGA NGATAATTAC GCGCGGGCGA1451  TGGTGCTGAC ATTGCTGTTG GCGGCGTTCG CGCTGGGTAT NTTCCTGCTG1501  TTGGACGGCG GCGAAGGCGG AAAACGGACG GAAACGTTAT AA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 520>:1  MDGRRWAVWG AFALLPSAFL AAMVVAPLWA VAAYDGLAWR AVLSDAYMLK51  RLAWTVFQAA ATCVLVLPLG VPVAWVLARL AFPGRALVLR LLMLPFVMPT101  LVAGVGVLAL FGADGLXWRG WQDTPYLLLY GNVFFXLPVL VRAAYQGFVQ151  VPAARLQTAX TLGAGAWRRF WDIEMPVLRP WLAGGVCLVF LYCFSGFGLA201  LLLGGSRYAT VEVEIYQLVM FELDMAVASV LVWLVXGVTA AAGLLYAWFG251  RRAVSDKAVS PVMPSPPQSV GEYVLLAFAA AVXSVCCLFX LLAIVVKAWS301  AGESWRVLME SETWQAVWNT XRFSAAAVYA AAVLGVVYAA AARRSAWMRG351  LMFLPFMVSP VCVSAGVLLL XPQWTASLPL LLAMYALLAY PFVAKDVLSA401  XDALPPDYGR AAAGLGANGF QTACRITFPL LKPALRRGLT LAAATCVGEF451  AATLFXSRXE WQTLTTLIYA YXGRAGXDNY ARAMVLTLLL AAFALGXFLL501  LDGGEGGKRT ETL*ORF139a和ORF139-1在514个氨基酸的重叠区内显示出有96.5％的同源性：orf139a.pep MDGRRWAVWGAFALLPSAFLAAMVVAPLWAVAAYDGLAWRAVLSDAYMLKRLAWTVFQAA
        ||||||:||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf139-1    MDGRRWVVWGAFALLPSAFLAVMVVAPLWAVAAYDGLAWRAVLSDAYMLKRLAWTVFQAAorf139a.pep ATCVLVLPLGVPVAWVLARLAFPGRALVLRLLMLPFVMPTLVAGVGVLALFGADGLXWRG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf139-1    ATCVLVLPLGVPVAWVLARLAFPGRALVLRLLMLPFVMPTLVAGVGVLALFGADGLLWRGorf139a.pep WQDTPYLLLYGNVFFXLPVLVRAAYQGFVQVPAARLQTAXTLGAGAWRRFWDIEMPVLRP
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||orf139-1    RQDTPYLLLYGNVFFNLPVLVRAAYQGFVQVPAARLQTARTLGAGAWRRFWDIEMPVLRPorf139a.pep WLAGGVCLVFLYCFSGFGLALLLGGSRYATVEVEIYQLVMFELDMAVASVLVWLVXGVTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||orf139-1    WLAGGVCLVFLYCFSGFGLALLLGGSRYATVEVEIYQLVMFELDMAVASVLVWLVLGVTAorf139a.pep AAGLLYAWFGRRAVSDKAVSPVMPSPPQSVGEYVLLAFAAAVXSVCCLFXLLAIVVKAWS
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||orf139-1    AAGLLYAWFGRRAVSDKAVSPVMPSPPQSVGEYVLLAFAAAVLSVCCLFPLLAIVVKAWSorf139a.pep AGESWRVLMESETWQAVWNTXRFSAAAVYAAAVLGVVYAAAARRSAWMRGLMFLPFMVSP
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf139-1    AGESWRVLMESETWQAVWNTLRFSAAAVYAAAVLGVVYAAAARRSAWMRGLMFLPFMVSPorf139a.pep VCVSAGVLLLXPQWTASLPLLLAMYALLAYPFVAKDVLSAXDALPPDYGRAAAGLGANGF
        |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||orf139-1    VCVSAGVLLLYPQWTASLPLLLAMYALLAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGForf139a.pep QTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCVGEFAATLFXSRXEWQTLTTLIYAYXGRAGXDNY
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||orf139-1    QTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCVGEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNYorf139a.pep ARAMVLTLLLAAFALGXFLLLDGGEGGKRTETLX
        |||||||||||||||| |||||||||||:|||||orf139-1    ARAMVLTLLLAAFALGIFLLLDGGEGGKQTETLX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF139和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF139ng)在189个氨基酸的重叠区内显示出有95.2％的相同性：orf139.pep                               AWSAGESWRVLMESETWHAVWNTLRFSAAA  30
                                     ||||||| |||||||||:||||||||||||orf139ng   QSVGEYVLLAFSVAVLSVCCLFPLSAIVVKAWSAGESRRVLMESETWQAVWNTLRFSAAA 327orf139.pep VYAAAVLGVVYAAPARRSAWMRGLMFXPFMVSPVCVSAGVLLLYPQWTASLPLLLAMYAL  90
       |:||||||||||| ||| :|||||:| |||||||||||||||||| ||||||||||||||orf139ng   VFAAAVLGVVYAAAARRLVWMRGLVFLPFMVSPVCVSAGVLLLYPGWTASLPLLLAMYAL 387
orf139.pep LAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGFQTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCV 150
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139ng   LAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGFQTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCV 447
orf139.pep GEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNYARAMVL                      189
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139ng   GEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNYARAMVLTLLLSAFAVCIFLLLDNGEGG 507
预计全长ORF139ng核苷酸序列<SEQ ID 521>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 522>:1  MDGRCWAVRG AFSLLPSAFL AVMVVAPLWA VAAYDGLAWR AVLSDAYMLK51  RLAWTVFQAA ATCVLVLPLG VPVAWVLARL AFPGRALVLR LLMLPFVMPT101  LVAGVGVLAL FGADGLLWRG RQDTPYLLLY GNVFFNLPVL VRAAYQGFAQ151  VPAARLQTAR TLGAGAWRPF WIIEMPVLRP WLAGGVCLVF LYCFSGFGLA201  LLLCGSRYAT VEVEIYQLVM FELDMAGASA LVWLVLGVTA AAGLLYAWFG251  RRAVSDKAVS PVMPSPPQSV GEYVLLAFSV AVLSVCCLFP LSAIVVKAWS301  AGESRRVLME SETWQAVWNT LRFSAAAVFA AAVLGVVYAA AARRLVWMRG351  LVFLPFMVSP VCVSAGVLLL YPGWTASLPL LLAMYALLAY PFVAKDVLSA401  WDALPPDYGR AAAGLGANGF QTACRITFPL LKPALRRGLT LAAATCVGEF451  AATLFLSRPE WQTLTTLIYA YLGRAGEDNY ARAMVLTLLL SAFAVCIFLL501  LDNGEGGKRT ETL*进一步的工作揭示了一个淋球菌变体DNA序列<SEQ ID 523>:1  ATGGATGGAC GGTGTTGGGC GGTACGGGGT GCTTTTTCCC TGCTGCCTTC51  GGCTTTTTTG GCGGTAATGG TCGTTGCGCC TTTGTGGGCG GTGGCGGCGT101  ATGACGGTTT GGCGTGGCGC GCGGTGCTGT CGGATGCCTA TATGCTCAAA151  CGTTTGGCGT GGACGGTGTT TCAGGCGGCG GCAACCTGTG TGCTGGTGCT201  GCCTTTGGGC GTGCCTGTCG CGTGGGTGCT GGCGCGGCTG GCGTTCCCGG251  GGCGGGCTTT GGTGCTGCGC CTGCTGATGC TGCCGTTTGT GATGCCCACG301  CTGGTGGCGG GCGTGGGCGT GCTGGCTCTG TTCGGGGCGG ACGGGCTGTT351  GTGGCGCGGC CGGCAGGATA CGCCGTATCT GTTGTTGTAC GGCAATGTGT401  TTTTCAACCT GCCCGTGTTG GTCAGGGCGG CGTATCAGGG GTTTGCTCAA451  GTGCCTGCGG CACGGCTTCA GACGGCACGG ACGTTGGGCG CGGGGGCGTG501  GCGGCGGTTT TGGGACATTG AAATGCCCGT TTTGCGCCCG TGGCTTGCCG551  GCGGCGTGTG CCTTGTCTTC CTGTATTGTT TTTCGGGGTT CGGGCTGGCA601  TTGCTGTTGG GCGGCAGCCG TTATGCCACG GTCGAAGTGG AAATTTACCA651  GTTGGTTATG TTCGAACTCG ATATGGCGGG GGCTTCGGCG CTGGTGTGGC701  TGGTGTTGGG GGTAACGGCG GCGGCAGGGT TGCTGTATGC GTGGTTCGGC751  AGGCGCGCGG TTTCGGATAA GGCGGTTTCC CCCGTGATGC CGTCGCCGCC801  GCAATCGGTG GGGGAATATG TATTGCTGGC ATTTTCGGTG GCGGTGTTGT851  CCGTGTGCTG CCTGTTTCCT TTGTCGGCAA TTGTTGTGAA AGCGTGGTCG901  GCCGGCGAAT CGCGGCGTGT GTTAATGGAA AGTGAAACGT GGCAGGCAGT951  GTGGAATACt ttGCGCTTTT CGGCGGCGGC GGTGTTTGCG GCGGCGGTTT1001  TGGGTGTGGT GTATGCGGCG GCGGCGCGGC GGCTGGTGTG GATGCGCGGA1051  CTGGTGTTTT TACCGTTTAT GGTGTCGCCG GTTTGTGTTT CGGCGGGCGT1101  GCTGCTGCTT TATCCGGGGT GGACGGCTTC GTTACCGCTG CTGCTGGCGA1151  TGTATGCGCT GCTGGCGTAT CCGTTTGTGG CAAAAGATGT TTTATCGGCC1201  TGGGATGCAC TGCCGCCGGA TTACGGCAGG GCGGCGGCAG GTTTGGGCGC1251  AAACGGCTTT CAGACGGCAT GCCGTATCAC GTTCCCCCTC TTGAAACCGG1301  CGTTGCGGCG CGGTCTGACT TTGGCGGCGG CGACGTGTGT GGGCGAATTT1351  GCGGCAACCT TGTTCCTGTC GCGTCCGGAA TGGCAGACGT TGACGACTTT1401  GATTTATGCC TATTTGGGGC GTGCGGGTGA GGACAATTAT GCGCGGGCAA1451  TGGTGTTGAC ATTGCTGTTG TCGGCATTTG CGGTGTGCAT TTTCCTGCTG1501  TTGGACAACG GCGAAGGCGg aaaACGGACG GAAACGTTAT AA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 524；ORF139ng-1>:1  MDGRCWAVRG AFSLLPSAFL AVMVVAPLWA VAAYDGLAWR AVLSDAYMLK51  RLAWTVFQAA ATCVLVLPLG VPVAWVLARL AFPGRALVLR LLMLPFVMPT101  LVAGVGVLAL FGADGLLWRG RQDTPYLLLY GNVFFNLPVL VRAAYQGFAQ151  VPAARLQTAR TLGAGAWRRF WDIEMPVLRP WLAGGVCLVF LYCFSGFGLA201  LLLGGSRYAT VEVEIYQLVM FELDMAGASA LVWLVLGVTA AAGLLYAWFG251  RRAVSDKAVS PVMPSPPQSV GEYVLLAFSV AVLSVCCLFP LSAIVVKAWS301  AGESRRVLME SETWQAVWNT LRFSAAAVFA AAVLGVVYAA AARRLVWMRG351  LVFLPFMVSP VCVSAGVLLL YPGWTASLPL LLAMYALLAY PFVAKDVLSA401  WDALPPDYGR AAAGLGANGF QTACRITFPL LKPALRRGLT LAAATCVGEF451  AATLFLSRPE WQTLTTLIYA YLGRAGEDNY ARAMVLTLLL SAFAVCIFLL501  LDNGEGGKRT ETL*ORF139ng-1和ORF139-1在513个氨基酸的重叠区内显示出有95.9％的相同性：orf139ng    MDGRCWAVRGAFSLLPSAFLAVMVVAPLWAVAAYDGLAWRAVLSDAYMLKRLAWTVFQAA
        |||| |:| |||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf139-1    MDGRRWVVWGAFALLPSAFLAVMVVAPLWAVAAYDGLAWRAVLSDAYMLKRLAWTVFQAAorf139ng    ATCVLVLPLGVPVAWVLARLAFPGRALVLRLLMLPFVMPTLVAGVGVLALFGADGLLWRG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf139-1    ATCVLVLPLGVPVAWVLARLAFPGRALVLRLLMLPFVMPTLVAGVGVLALFGADGLLWRGorf139ng    RQDTPYLLLYGNVFFNLPVLVRAAYQGFAQVPAARLQTARTLGAGAWRRFWDIEMPVLRP
        ||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||orf139-1    RQDTPYLLLYGNVFFNLPVLVRAAYQGFVQVPAARLQTARTLGAGAWRRFWDIEMPVLRPorf139ng    WLAGGVCLVFLYCFSGFGLALLLGGSRYATVEVEIYQLVMFELDMAGASALVWLVLGVTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||:||||||||||orf139-1    WLAGGVCLVFLYCFSGFGLALLLGGSRYATVEVEIYQLVMFELDMAVASVLVWLVLGVTAorf139ng    AAGLLYAWFGRRAVSDKAVSPVMPSPPQSVGEYVLLAFSVAVLSVCCLFPLSAIVVKAWS
        ||||||||||||||||||||||||||||::||||||||||||| ||||||||||||||||orf139-1    AAGLLYAWFGRRAVSDKAVSPVMPSPPQSVGEYVLLAFAAAVLSVCCLFPLLAIVVKAWSorf139ng    AGESRRVLMESETWQAVWNTLRFSAAAVFAAAVLGVVYAAAARRLVWMRGLVFLPFMVSP
        |||| |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||| :|||||:||||||||orf139      AGESWRVLMESETWQAVWNTLRFSAAAVYAAAVLGVVYAAAARRSAWMRGLMFLPFMVSPorf139ng    VCVSAGVLLLYPGWTASLPLLLAMYALLAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGF
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf139-1    VCVSAGVLLLYPQWTASLPLLLAMYALLAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGForf139ng    QTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCVGEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNY
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf139-1    QTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCVGEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNYorf139ng    ARAMVLTLLLSAFAVCIFLLLDNGEGGKRTETL
        ||||||||||:|||: ||||||:|:|||:||||orf139-1    ARAMVLTLLLAAFALGIFLLLDGGEGGKQTETL
根据淋球菌蛋白中存在一个预计的结合蛋白依赖型转运蛋白系统内膜组分特征序列(下划线)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例70
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 525>:1  ATGGACGGCT GGACACAGAC GCTGTCCGCG CAAACCCTGT TGGGCATTTC51  GGCGGCGGCA ATCATCCTCA TTCTGATTTT AATCGTCAGA TTCCGCATCC101  ACGCGCTGCT GACACTGGTC ATCGTCAGCC TGCTGACGGC TTTGGCAACC151  GGTTTGCCCA CAGGCAGCAT TGTCAAAGAC ATACTGGTCA AAAACTTCGG201  CGGCACGCTC GGCGGCGTGG CGCTTCTGGT CGGCCTGGGC GCGATGCTCG251  AACGTTTGGT C...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 526；ORF140>:1  MDGWTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVR FRIHALLTLV IVSLLTALAT51  GLPTGSIVKD ILVKNFGGTL GGVALLVGLG AMLERLV..进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 527>:1  ATGGACGGCT GGACACAGAC GCTGTCCGCG CAAACCCTGT TGGGCATTTC51  GGCGGCGGCA ATCATCCTCA TTCTGATTTT AATCGTCAAA TTCCGCATCC101  ACGCGCTGCT GACACTGGTC ATCGTCAGCC TGCTGACGGC TTTGGCAACC151  GGTTTGCCCA CAGGCAGCAT TGTCAACGAC ATACTGGTCA AAAACTTCGG201  CGGCACGCTC GGCGGCGTGG CGCTTCTGGT CGGCCTGGGC GCGATGCTCG251  GACGTTTGGT CGAAACATCC GGCGGCGCAC AGTCGCTGGC GGACGCGCTG301  ATCCGGATGT TCGGCGAAAA ACGCGCACCG TTCGCGCTGG GCGTTGCCTC351  GCTGATTTTC GGCTTCCCGA TTTTCTTCGA TGCCGGACTA ATCGTCATGC401  TGCCCATCGT GTTCGCCACC GCACGGCGCA TGAAACAGGA CGTACTGCCC451  TTCGCGCTTG CCTCCATCGG CGCATTTTCC GTCATGCACG TCTTCCTGCC501  GCCCCATCCG GGCCCGATTG CCGCTTCCGA ATTTTACGGC GCGAACATCG551  GCCAAGTTTT GATTTTGGGT CTGCCGACCG CCTTCATCAC ATGGTATTTC601  AGCGGCTATA TGCTCGGCAA AGTGTTGGGG CGCACCATCC ATGTTCCCGT551  TCCCGAACTG CTCAGCGGCG GCACGCAAGA CAACGACCTG CCGAAAGAAC701  CTGCCAAAGC AGGAACGGTC GTCGCCATCA TGCTGATTCC CATGCTGCTG751  ATTTTCCTGA ATACCGGCGT ATCGGCCCTC ATCAGCGAAA AACTCGTAAG801  TGCGGACGAA ACCTGGGTTC AGACGGCAAA AATAATCGGT TCGACACCGA851  TCGCCCTTCT GATTTCCGTA TTGGTCGCAC TGTTTGTCTT GGGACGCAAA901  CGCGGCGAAA GCGGCAGCGC GTTGGAAAAA ACCGTGGACG GCGCACTCGC951  CCCCGTCTGT TCCGTGATTC TGATTACCGG CGCGGGCGGT ATGTTCGGCG1001  GCGTTTTGCG CGCTTCCGGC ATCGGCAAGG CACTCGCCGA CAGCATGGCG1051  GATTTGGGCA TTCCCGTCCT TTTGGGCTGT TTCCTTGTCG CCTTGGCACT1101  GCGTATCGCG CAAGGTTCGG CAACCGTCGC CCTGACCACC GCCGCCGCGC1151  TGATGGCTCC TGCCGTTGCC GCCGCCGGCT TTACCGACTG GCAGCTCGCC1201  TGTATCGTAT TGGCAACGGC GGCAGGTTCG GTCGGTTGCA GCCACTTCAA1251  CGACTCCGGC TTCTGGCTGG TCGGCCGTCT CTTGGACATG GACGTACCGA1301  CCACGCTGAA AACCTGGACG GTCAACCAAA CCCTCATCGC ACTCATCGGC1351  TTTGCCTTGT CCGCACTGCT GTTCGCCATC GTCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 528；ORF140-1>:1  MDGWTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVK FRIHALLTLV IVSLLTALAT51  GLPTGSIVND ILVKNFGGTL GGVALLVGLG AMLGRLVETS GGAQSLADAL101  IRMFGEKRAP FALGVASLIF GFPIFFDAGL IVMLPIVFAT ARRMKQDVLP151  FALASIGAFS VMHVFLPPHP GPIAASEFYG ANIGQVLILG LPTAFITWYF201  SGYMLGKVLG RTIHVPVPEL LSGGTQDNDL PKEPAKAGTV VAIMLIPMLL251  IFLNTGVSAL ISEKLVSADE TWVQTAKIIG STPIALLISV LVALFVLGRK301  RGESGSALEK TVDGALAPVC SVILITGAGG MFGGVLRASG IGKALADSMA351  DLGIPVLLGC FLVALALRIA QGSATVALTT AAALMAPAVA AAGFTDWQLA401  CIVLATAAGS VGCSHFNDSG FWLVGRLLDM DVPTTLKTWT VNQTLIALIG451  FALSALLFAI V*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF140和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF140a)在87个氨基酸的重叠区内显示出有95.4％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf140.pep MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVRFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVKD
           |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||:|
orf140a    MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVND
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80
orf140.pep ILVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLERLV
       :|||||||||||||||||||||| |||orf140a    VLVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFALGVASLIF
               70        80        90       100       110       120全长ORF140a核苷酸序列<SEQ ID 529>是：1  ATGGACGGCT GGACACAGAC GCTGTCCGCG CAAACCCTGT TGGGCATTTC51  GGCGGCGGCA ATCATCCTCA TTCTGATTTT AATCGTCAAA TTCCGCATCC101  ACGCGCTGCT GACACTGGTC ATCGTCAGCC TGCTGACGGC TTTGGCAACC151  GGTTTGCCCA CAGGCAGCAT TGTCAACGAC GTACTGGTCA AAAACTTCGG201  CGGCACGCTC GGCGGCGTGG CGCTTCTGGT CGGCCTGGGC GCGATGCTCG251  GACGTTTGGT CGAAACATCC GGCGGCGCAC AGTCGCTGGC GGACGCGCTG301  ATCCGGATGT TCGGCGAAAA ACGCGCACCG TTCGCGCTGG GCGTTGCCTC351  GCTGATTTTC GGCTTCCCGA TTTTCTTCGA TGCCGGACTA ATCGTCATGC401  TGCCCATCGT GTTCGCCACC GCACGGCGCA TGAAACAGGA CGTACTGCCC451  TTCGCGCTTG CCTCCATCGG CGCATTTTCC GTCATGCACG TCTTCCTGCC501  GCCCCATCCG GGCCCGATTG CCGCTTCCGA ATTTTACGGC GCGAACATCG551  GCCAAGTTTT GATTTTGGGT CTGCCGACCG CCTTCATCAC ATGGTATTTC601  AGCGGCTATA TGCTCGGCAA AGTGTTGGGG CGCACCATCC ATGTTCCCGT651  TCCCGAACTG CTCAGCGGCG GCACGCAAGA CAACGACCTG CCGAAAGAAC701  CTGCCAAAGC AGGAACGGTC GTCGCCATCA TGCTGATTCC CATGCTGCTG751  ATTTTCCTGA ATACCGGCGT ATCGGCCCTC ATCAGCGAAA AACTCGTAAG801  TGCGGACGAA ACCTGGGTTC AGACGGCAAA AATAATCGGT TCGACACCGA851  TCGCCCTTCT GATTTCCGTA TTGGTCGCAC TGTTTGTCTT GGGACGCAAA901  CGCGGCGAAA GCGGCAGCGC GTTGGAAAAA ACCGTGGACG GCGCACTCGC951  CCCCGTCTGT TCCGTGATTC TGATTACCGG CGCGGGCGGT ATGTTCGGCG1001  GCGTTTTGCG CGCTTCCGGC ATCGGCAAGG CACTCGCCGA CAGCATGGCG1051  GATTTGGGCA TTCCCGTCCT TTTGGGCTGT TTCCTTGTCG CCTTGGCACT1101  GCGTATCGCG CAAGGTTCGG CAACCGTCGC CCTGACCACC GCCGCCGCGC1151  TGATGGCTCC TGCCGTTGCC GCCGCCGGCT TTACCGACTG GCAGCTCGCC1201  TGTATCGTAT TGGCAACGGC GGCAGGTTCG GTCGGTTGCA GCCACTTCAA1251  CGACTCCGGC TTCTGGCTGG TCGGCCGCCT CTTGGACATG GACGTACCGA1301  CCACGCTGAA AACCTGGACG GTCAACCAAA CCCTCATCGC ACTCATCGGC1351  TTTGCCTTGT CCGCACTGCT GTTCGCCATC GTCTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 530>:1  MDGWTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVK FRIHALLTLV IVSLLTALAT51  GLPTGSIVND VLVKNFGGTL GGVALLVGIG AMLGRLVETS GGAQSLADAL101  IRMFGEKRAP FALGVASLIF GFPIFFDAGL IVMLPIVFAT ARRMKQDVLP151  FALASIGAFS VMHVFLPPHP GPIAASEFYG ANIGQVLILG LPTAFITWYF201  SGYMLGKVLG RTIHVPVPEL LSGGTQDNDL PKEPAKAGTV VAIMLIPMLL251  IFLNTGVSAL ISEKLVSADE TWVQTAKIIG STPIALLISV LVALFVLGRK301  RGESGSALEK TVDGALAPVC SVILITGAGG MFGGVLRASG IGKALADSMA351  DLGIPVLLGC FLVALALRIA QGSATVALTT AAALMAPAVA AAGFTDWQLA401  CIVLATAAGS VGCSHFNDSG FWLVGRLLDM DVPTTLKTWT VNQTLIALIG451  FALSALLFAI V*ORF140a和ORF140-1在461个氨基酸的重叠区内显示出有99.8％的相同性：orf140-1.pep MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVND  60
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140a      MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVND  60orf140-1.pep ILVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFALGVASLIF 120
         :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140a      VLVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFALGVASLIF 120orf140-1.pep GFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQDVLPFALASIGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYG 180
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140a      GFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQDVLPFALASIGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYG 810orf140-1.pep ANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGKVLGRTIHVPVPELLSGGTQDNDLPKEPAKAGTV 240
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140a      ANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGKVLGRTIHVPVPELLSGGTQDNDLPKEPAKAGTV 240orf140-1.pep VAIMLIPMLLIFLNTGVSALISEKLVSADETWVQTAKIIGSTPIALLISVLVALFVLGRK 300
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140a      VAIMLIPMLLIFLNTGVSALISEKLVSADETWVQTAKIIGSTPIALLISVLVALFVLGRK 300orf140-1.pep RGESGSALEKTVDGALAPVCSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGC 360
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140a      RGESGSALEKTVDGALAPVCSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGC 360orf140-1.pep FLVALALRIAQGSATVALTTAAALMAPAVAAAGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSG 420
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140a      FLVALALRIAQGSATVALTTAAALMAPAVAAAGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSG 420orf140-1.pep FWLVGRLLDMDVPTTLKTWTVNQTLIALIGFALSALLFAIV  461
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140a      FWLVGRLLDMDVPTTLKTWTVNQTLIALIGFALSALLFAIV  461与淋病奈瑟球菌ORE的同源性
ORF140和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF140ng)在87个氨基酸的重叠区内显示出有92％的相同性：
orf140.pep  MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVRFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVKD  60
            ||| |||||||||||||||||||||||||:|||:|||||:||||||||||||||||||:|
orf140ng    MDGRTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIRALLTLVIASLLTALATGLPTGSIVND  60
orf140.pep  ILVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLERLV                                   87
            :|||||||||||||||||||||| |||
orf140ng    VLVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFAPGVASLIF 120
预计全长ORF140ng核苷酸序列<SEQ ID 531>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 532>:1  MDGRTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVK FRIRALLTLV IASLLTALAT551  GLPTGSIVND VLYKNFGGTL GGVALLVGLG AMLGRLVETS GGAQSLADAL101  IRMFGEKRAP FAPGVASLIF GFPIFFDAGL IVMLPIVFAT ARRMKQDVLP151  FALASVGAFS VMHVFLPPHP GPIAASEFYG ANIGQVLILG LPTAFITWYF201  SGYMLGKVLG RAIHVPVPEL LSGGTQDSDP PKEPAKAGTV VAVMLIPMLL251  IFLNTGVSAL ISEKLVSADE TWVQTAKMIG STPVALLISV LAALLVLGRK301  RGESGSTLEK TVDGALAPAC SVILITGAGG MFGGVLRASG IGKALADSMA351  DLGIPVLLGC FLVALALRIA QGSATVALTT AAALMAPAVA AAGFTDWQLA401  CIVLATAAGS VGCSHFNDSG FWLVGRLSDM DVPTTLKTWT VNQTLIAFIG451  FALSALLFAI V*进一步的工作揭示了一个淋球菌变体DNA序列<SEQ ID 533>:1  ATGGACGGCC GGACACAGAC GCTGTCCGCG CAAACCTTGT TGGGCATTTC51  GGCGGCGGCA ATCATCCTCA TTCTGATTTT AATCGTCAAA TTCCGCATCC101  GCGCGCTGCT GACACTGGTC ATCGCCAGCC TGCTGACGGC TTTGGCAACC151  GGTTTGCCCA CAGGCAGCAT CGTCAACGAC GTACTGGTCA AAAACTTCGG201  CGGCACGCTC GGCGGCGTGG CGCTTCTGGT CGGTCTGGGC GCAATGCTCG251  GACGTTTGGT AGAAACATCC GGCGGCGCAC AGTCGCTGGC GGACGCGCTG301  ATCCGGATGT TCGGCGAAAA ACGCGCACCG TTCGCTCCGG GCGTTGCCTC351  GCTGATTTTC GGCTTCCCGA TTTTCTTCGA TGCCGGACTA ATCGTCATGC401  TGCCCATCGT ATTCGCCACC GCACGGCGCA TGAAACAGGA CGTACTGCCC451  TTCGCGCTTG CCTCCGTCGG CGCATTTTCC GTCATGCACG TCTTCCTGCC501  GCCCCATCCG GGCCCGATTG CCGCTTCCGA ATTTTACGGC GCGAACATCG551  GCCAGGTTTT GATTTTGGGT CTGCCGACCG CCTTCATCAC ATGGTATTTC601  AGCGGCTATA TGCTCGGCAA AGTGTTGGGG CGCGCCATCC ATGTTCCCGT651  TCCCGAACTG CTCAGCGGCG GCACGCAAGA CAGCGACCCG CCGAAAGAAC701  CTGCCAAAGC ACGAACGGTC GTCGCCGTCA TGCTGATTCC CATGCTGCTG751  ATTTTCCTGA ATACCGGCGT ATCAGCCCTC ATCAGCGAAA AACTCGTAAG 801  TGCGGACGAA ACTTGGGTTC AGACGGCAAA AATGATCGGT TCGACACCTG851  TCGCCCTTCT GATTTCCGTA TTGGCCGCAC TGTTGGTCTT GGGACGCAAA901  CGCGGCGAAA GCGGCAGCAC GTTGGAAAAA ACCGTGGACG GCGCACTCGC951  CCCCGCCTGT TCCGTGATTC TGATTACCGG CGCGGGCGGT ATGTTCGGCG1001  GCGTTTTGCG CGCTTCCGGC ATCGGCAAGG CACTCGCCGA CAGCATGGCG1051  GATTTGGGCA TTCCCGTCCT TTTGGGCTGC TTCCTTGTCG CCTTGGCACT1101  GCGTATCGCG CAAGGTTCGG CAACCGTCGC CCTGACCACA GCCGCCGCGC1151  TGATGGCTCC TGCCGTTGCC GCCGCCGGCT TTACCGACTG GCAGCTCGCC1201  TGTATCGTAT TGGCAACGGC GGCAGGTTCG GTCGGTTGCA GCCACTTCAA1251  CGACTCCGGC TTCTGGCTGG TCGGCCGCCT CTTGGATATG GACGTACCGA1301  CCACGCTGAA AACCTGGACG GTCAACCAAA CCCTCATCGC ATTCATCGGC1351  TTTGCCTTGT CCGCACTGCT GTTTGCCATC GTCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 534；ORF140ng-1>:1  MDGRTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVK FRIRALLTLV IASLLTALAT51  GLPTGSIVND VLVKNFGGTL GGVALLVGLG AMLGRLVETS GGAQSLADAL101  IRMFGEKRAP FAPGVASLIF GFPIFFDAGL IVMLPIVFAT ARRMKQDVLP151  FALASVGAFS VMHVFLPPHP GPIAASEFYG ANIGQVLILG LPTAFITWYF201  SGYMLGKVLG RAIHVPVPEL LSGGTQDSDP PKEPAKAGTV VAVMLIPMLL251  IFLNTGVSAL ISEKLVSADE TWVQTAKMIG STPVALLISV LAALLVLGRK301  RGESGSTLEK TVDGALAPAC SVILITGAGG MFGGVLRASG IGKALADSMA351  DLGIPVLLGC FLVALALRIA QGSATVALTT AAALMAPAVA AAGFTDWQLA401  CIVLATAAGS VGCSHFNDSG FWLVGRLLDM DVPTTLKTWT VNQTLIAFIG451  FALSALLFAI V*ORF140ng-1和ORF140-1在461个氨基酸的重叠区内显示出有96.3％的相同性：orf140ng-1.pep MDGRTQTLSAQTLLGISAAAIIIILILIVKFRIRALLTLVIASLLTALATGLPTGSIVND
           ||| |||||||||||||||||||||||||||||:|||||||:||||||||||||||||||orf140-1       MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVNDorf140ng-1.pep VLVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFAPGVASLIF
           :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||orf140-1        ILVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFALGVASLIForf140ng-1.pep GFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQDVLPFALASVGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYG
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||oRF140-1       GFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQDVLPFALASIGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYGorf140ng-1.pep ANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGKVLGRAIHVPVPELLSGGTQDSDPPKEPAKAGTV
           |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||orf140-1       ANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGKVLGRTIHVPVPELLSGGTQDNDLPKEPAKAGTVorf140ng-1.pep VAVMLIPMLLIFLNTGVSALISEKLVSADETWVQTAKMIGSTPVALLISVLAALLVLGRK
           ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:|||||||:||:|||||orf140-1       VAIMLIPMLLIFLNTGVSALISEKLVSADETWVQTAKIIGSTPIALLISVIVALFVLGRKorf140ng-1.pep RGESGSTLEKTVDGALAPACSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKAIADSMADLGIPVLLGC
           ||||||:|||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140-1       RGESGSALEKTVDGALAPVCSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGCorf140ng-1.pep FLVALALRIAQGSATVALTTAAALMAPAVAAAGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf140-1       FLVALALRIAQGSATVALTTAAALMAPAVAAAGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSGorf140ng-1.pep FWLVGRLLDMDVPTTLKTWTVNQTLIAFIGFALSALLFAIV
           |||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||orf140-1       FWLVGRLLDMDVPTTLKTWTVNQTLIALIGFALSALLFAIV
另外，ORF140ng-1与一种大肠杆菌蛋白同源：
gi|882633(U29579)ORF_o454[大肠杆菌]＞gi|1789097(AE000358)o454；
该454个氨基酸的ORF与约456个氨基酸的蛋白的444个残基有34％的相同性(9个空隙)GNTP_BACLI SW:P46832[大肠杆菌]长度=454评分=210位(529)，估计值=1e-53相同性=130/384(33％)，阳性=194/384(49％)，空隙=19/384(4％)询问：88  ETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFAPGVASLIFGFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQD 147
       E SGGA+SLA+   R  G+KR   A  +A+   G P+FFD G I++ PI++  A+  K目标：80  EHSGGAESLANYFSRKLGDKRTIAALTLAAFFLGIPVFFDVGFIILAPIIYGFAKVAKIS 139询问：148 VLPFALASVGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYGANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGK 207
        L F L   G    +HV +PPHPGP+AA+    A+IG + I+G+  + I     GY   K目标：140 PLKFGLPVAGIMLTVHVAVPPHPGPVAAAGLLHADIGWLTIIGIAIS-IPVGVVGYFAAK 198询问：208 VLGRAIHVPVPELL----------SGGTQDSDPPKEPAKAGTVVAVMLIPMLLIFLNTGV 257
       ++ +  +    E+L           G T+ SD    P  A  V ++++IP+ +I   T目标：199 IINKRQYAMSVEVLEQMQLAPASEEGATKLSDKINPPGVA-LVTSLIVIPIAIIMAGT-- 255询问：258 SALISEKLVSADETWVQTAKMIGSTPXXXXXXXXXXXXXXGRKRGESGSTLEKTVDGALA 317
          +S  L+      + T ++IGS                  +RG S       +  AL目标：256 ---VSATLMPPSHPLLGTLQLIGSPMVALMIALVLAFWLLALRRGWSLQHTSDIMGSALP 312询问：318 PACSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGCFLVALALRIAQGSXXXX 377
        A  VIL+TGAGG+FG VL  SG+GKALA+ +  + +P+L   F+++LALR +QGS目标：313 TAAVVILVTGAGGVFGKVLVESGVGKALANMLQMIDLPLLPAAFIISLALRASQGS--AT 370询问：378 XXXXXXXXXXXXXXXGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSGFWLVGRLLDMDVPTTLK 437
                      G    Q   + LA   G +G SH NDSGFW+V + L + V   LK目标：371 VAILTTGGLLSEAVMGLNPIQCVLVTLAACFGGLGASHINDSGFWIVTKYLGLSVADGLK 430询问：438 TWTVNQTLIAFIGFALSALLFAIV 461
       TWTV  T++ F GF ++  ++A++目标：431 TWTVLTTILGFTGFLITWCVWAVI 454
根据该分析结果(包括鉴定出此淋球菌蛋白中存在一个推定前导序列(双划线)和几个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例71
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 535>:1  ..GATTTCGGCA TATCGCCCGT GTATCTTTGG GTTGCCGCCG CGTTCAAACA51    TTTGCTGTCG CCGTGGGCTG CCGACTCATA CGATGTCGCA CGCTTTGCAG101    GCGTATTTTT TCCCGTTATC GGACTGACTT CCTGCGGCTT TGCCGGTTTC151    AACTTTTTGG GCAGACACCA CGGGCGCAC. GTCGTCCTGA TTCTCATCGG201    CTGTATCGGG CTGATTCCAG TTGCCCATTT CCTCAACCCC GCTGCCGCCG251    CCTTTGCCGC CGCCGGACTG GTGCTGCACG GTTATTCTTT GGCTCGCCGG301    CGCGTGATTG CCGCCTCTTT TCTGCTCGGT ACGGGCTGGA CGCTGATGTC351    GTTGGCAGCA GCTTATCCGG CAGCATTTGC CCTGATGCTG CCCTTGCCCG401    TACTGATGTT TTTCCGTCCG ..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 536；ORF141>:1  ..DFGISPVYLW VAAAFKHLLS PWAADSYDVA RFAGVFFAVI GLTSCGFAGF51    NFLGRHHGRX VVLILIGCIG LIPVAHFLNP AAAAFAAAGL VLHGYSLARR101    RVIAASFLLG TGWILMSLAA AYPAAFALML PLPVLMFFRP ..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 537>:1  ATGCTGACCT ATACCCCGCC CGATGCCCGC CCGCCCGCCA AAACCCACGA51  AAAGCCGTGG CTGCTGCTGT TGATGGCGTT TGCCTGGTTG TGGCCCGGCGI01  TGTTTTCCCA CGATTTGTGG AATCCTGACG AACCTGCCGT CTATACCGCC151  GTCGAAGCAC TGGCAGGCAG CCCCACCCCC TTGGTTGCCC ATCTGTTCGG 201  TCAAACCGAT TTCGGCATAC CGCCCGTGTA TCTTTGGGTT  GCCGCCGCGT251  TCAAACATTT GCTGTCGCCG TGGGCTGCCG ACTCATACGA  TGCCGCACGC301  TTTGCAGGCG TATTTTTTGC CGTTATCGGA CTGACTTCCT  GCGGCTTTGC351  CGGTTTCAAC TTTTTGGGCA GACACCACGG GCGCAgCGTC  GTCCTGATTC401  TCATCGGCTG TATCGGGCTG ATTCCAGTTG CCCATTTCCT  CAACCCCGCT451  GCCGCCGCCT TTGCCGCCGC CGGACTGGTG CTGCACGGTT  ATTCTTTGGC501  TCGCCGGCGC GTGATTGCCG CCTCTTTTCT GCTCGGTACG  GGCTGGACGC551  TGATGTCGTT GGCAGCAGCT TATCCGGCAG CATTTGCCCT GATGCTGCCC601  TTGCCCGTAC TGATGTTTTT CCGTCCGTGG CAAAGCAGGC GTTTGATGTT651  GACGGCAGTC GCCTCACTTG CCTTTGCCCT GCCGCTTATG ACCGTTTACC701  CGCTGCTCTT GGCAAAAACG CAGCCCGCGC TGTTCGCGCA ATGGCTCGAC751  TATCACGTTT TCGGTACGTT CGGCGGCGTG CGGCACGTTC AGACGGCATT801  CAGTTTGTTT TACTATCTGA AAAACCTGCT TTGGTTTGCA TTGCCCGCGC851  TGCCGCTGGC GGTTTGGACG GTTTGCCGCA CGCGCCTGTT TTCGACCGAC901  TGGGGGATTT TGGGCGTCGT CTGGATGCTT GCCGTTTTGG TGCTGCTTGC951  CGTCAATCCG CAGCGTTTTC AGGATAACCT CGTCTGGCTG CTTCCGCCGC1001  TTGCCCTGTT CGGCGCGGCG CAACTGGACA GCCTGAGGCG CGGCGCGGCG1051  GCGTTTGTCA ACTGGTTCGG CATTATGGCG TTCGGACTGT TTGCCGTGTT1101  CCTGTGGACG GGCTTTTTCG CCATGAATTA CGGCTGGCCC GCCAAGCTTG1151  CCGAACGCGC CGCCTATTTC AGCCCGTATT ATGTTCCTGA TATCGATCCC1201  ATTCCGATGG CGGTTGCCGT ACTGTTCACA CCCTTGTGGC TGTGGGCGAT1251  TACCCGGAAA AACATACGCG GCAGGCAGGC GGTTACCAAC TGGGCGGCAG1301  GCGTTACCCT GACCTGGGCT TTGCTGATGA CGCTGTTCCT GCCGTGGCTG1351  GACGCGGCGA AAAGCCACGC GCCGGTCGTC CGGAGTATGG AGGCATCGCT1401  TTCCCCGGAA TTGAAACGGG AGCTTTCAGA CGGCATCGAG TGTATCGGCA1451  TAGGCGGCGG CGACCTGCAC ACGCGGATTG TTTGGACGCA GTACGGCACA1501  TTGCCGCACC GCGTCGGCGA TGTACAATGC CGCTACCGCA TCGTCCTCCT1551  GCCCCAAAAT GCGGATGCGC CGCAAGGCTG GCAGACGGTT TGGCAGGGTG1601  CGCGTCCGCG CAACAAAGAC AGTAAGTTCG CACTGATACG GAAAATCGGG1651  GAAAATATAT AA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 538；ORF141-1>:1  MLTYTPPDAR PPAKTHEKPW LLLLMAFAWL WPGVFSHDLW NPDEPAVYTA51  VEALAGSPTP LVAHLFGQTD FGIPPVYLWV AAAFKHLLSP WAADSYDAAR101  FAGVFFAVIG LTSCGFAGFN FLGRHHGRSV VLILIGCIGL IPVAHFLNPA151  AAAFAAAGLV LHGYSLARRR VIAASFLLGT GWTLMSLAAA YPAAFALMLP201  LPVLMFFRPW QSRRLMLTAV ASLAFALPLM TVYPLLLAKT QPALFAQWLD251  YHVFGTFGGV RHVQTAFSLF YYLKNLLWFA LPALPLAVWF VCRTRLFSTD301  WGILGVVWML AVLVLLAVNP QRFQDNLVWL LPPLALFGAA QLDSLRRGAA351  AFVNWFGIMA FGLFAVFLWT GFFAMNYGWP AKLAERAAYF SPYYVPDIDP401  IPMAVAVLFT PLWLWAITRK NIRGRQAVTN WAAGVTLTWA LLMTLFLPWL451  DAAKSHAPVV RSMEASLSPE LKRELSDGIE CIGIGGGDLH TRIVWTQYGT501  LPHRVGDVQC RYRIVLLPQN ADAPQGWQTV WQGARPRNKD SKFALIRKIG551  ENI*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF141和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF141a)在140个氨基酸的重叠区内显示出有95.0％的相同性：
                                             10        20       30orf141.pep                               DFGISPVYLWVAAAFKHLLSPWAADSYDVA
                                     |||| |||||||||||||||||||| ||:|orf141a    WNPDEPAVYTAVEALAGSPTPLVAHLFGQIDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADPYDAA
      40        50        60        70        80        90
               40        50        60        70        80        90orf141.pep RFAGVFFAVIGLTSCGFAGFNFLGRHHGRXVVLILIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGL
       |||||||||:||||||||||||||||||| |||||||||||||::|||||||||||||||orf141a    RFAGVFFAVVGLTSCGFAGFNFLGRHHGRSVVLILIGCIGLIPTVHFLNPAAAAFAAAGL
     100       110       120       130       140       150
              100       110       120       130       140orf141.pep VLHGYSLARRRVIAASFLLGTGWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRP
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf141a    VLHGYSLARRRVIAASFLLGTGWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTA
     160       170       180       190       200       210orf141a    VASLAFALPLMTVYPLLLAKTQPALFAQWLDDHVFGTFGGVPHIQTAFSLFYYLKNLLWF
     220       230       240       250       260       270全长ORF141a核苷酸序列<SEQ ID 539>是：1  ATGCTGACCT ATACCCCGCC CGATGCCCGC CCGCCCGCCA AAACCCACGA51  AAAGCCGTGG CTGTTGCTGT TGATGGCGTT TGCCTGGTTG TGGCCCGGCG101  TGTTTTCCCA CGATTTGTGG AATCCTGACG AACCTGCCGT CTATACCGCC151  GTCGAAGCAC TGGCAGGCAG CCCCACCCCT TTGGTTGCCC ATCTGTTCGG201  TCAAATCGAT TTCGGCATAC CGCCCGTGTA TCTTTGGGTT GCCGCCGCGT251  TCAAACATTT GCTGTCGCCG TGGGCTGCCG ACCCGTATGA TGCCGCACGC301  TTTGCCGGCG TGTTTTTCGC CGTTGTCGGA CTGACTTCCT GCGGCTTTGC351  CGGTTTCAAC TTTTTGGGCA GACACCACGG GCGCAGCGTC GTCCTGATTC401  TCATCGGCTG TATCGGGCTG ATTCCGACCG TACACTTTCT CAACCCCGCT451  GCCGCCGCCT TTGCCGCCGC CGGACTGGTG CTGCACGGTT ATTCTTTGGC501  TCGCCGGCGC GTGATTGCCG CCTCTTTTCT GCTCGGTACG GGTTGGACGC551  TGATGTCGTT GGCAGCAGCT TATCCGGCGG CATTTGCCCT GATGCTGCCC601  CTGCCCGTGC TGATGTTTTT CCGTCCGTGG CAAAGCAGGC GTTTGATGTT651  GACGGCAGTC GCCTCGCTTG CCTTTGCCCT GCCGCTTATG ACCGTTTACC701  CGCTGCTCTT GGCAAAAACG CAGCCCGCGC TGTTCGCGCA ATGGCTCGAC751  GATCACGTTT TCGGTACGTT CGGCGGCGTG CGGCACATTC AGACGGCATT801  CAGTTTGTTT TACTATCTGA AAAACCTGCT TTGGTTTGCA TTGCCTGCGC851  TGCCGCTGGC GGTTTGGACG GTTTGCCGCA CGCGCCTGTT TTCGACCGAC901  TGGGGGATTT TGGGCGTCGT CTGGATGCTT GCCGTTTTGG TGCTGCTTGC951  CGTCAATCCG CAGCGTTTTC AGGATAACCT CGTCTGGCTG CTTCCGCCGC1001  TTGCCCTGTT CGGCGCGGCG CAACTGGACA GCCTGAGACG CGGCGCGGCG1051  GCGTTTGTCA ACTGGTTCGG CATTATGGCG TTCGGACTGT TTGCCGTGTT1101  CCTGTGGACG GGCTTTTTCG CCATGAATTA CGGCTGGCCC GCCAAGCTTG1151  CCGAACGCGC CGCCTATTTC AGCCCGTATT ATGTTCCTGA TATCGATCCC1201  ATTCCGATGG CGGTTGCCGT ACTGTTCACA CCCTTGTGGC TGTGGGCGAT1251  TACCCGCAAA AACATACGCG GCAGGCAGGC GGTTACCAAC TGGGCGGCAG1301  GCGTTACCCT GACCTGGGCT TTGCTGATGA CGCTGTTCCT GCCGTGGCTG1351  GACGCGGCGA AAAGCCACGC GCCCGTCGTC CGGAGTATGG AGGCATCGCT1401  TTCCCCGGAA TTAAAACGGG AGCTTTCAGA CGGCATCGAG TGTATCGACA1451  TAGGCGGCGG CGACCTACAC ACGCGGATTG TTTGGACGCA GTACGGCACA1501  TTGCCGCACC GCGTCGGCGA TGTACAATGC CGCTACCGCA TCGTCCGCTT1551  GCCCCAAAAC GCGGATGCGC CGCAAGGCTG GCAGACGGTC TGGCAGGGTG1601  CGCGCCCGCG CAACAAAGAC AGTAAGTTCG CACTGATACG GAAAACCGGG1651  GAAAATATAT TAAAAACAAC AGATTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 540>:1  MLTYTPPDAR PPAKTHEKPW LLLLMAFAWL WPGVFSHDLW NPDEPAVYTA51  VEALAGSPTP LVAHLFGQID FG1PPVYLWV AAAFKHLLSP WAADPYDAAR101  FAGVFFAVVG LTSCGFAGFN FLGRHHGRSV VLILIGCIGL IPTVHFLNPA151  AAAFAAAGLV LHGYSLARRR VIAASFLLGT GWTLMSLAAA YPAAFALMLP201  LPVLMFFRPW QSRRLMLTAV ASLAFALPLM TVYPLLLAKT QPALFAQWLD251  DHVFGTFGGV RHIQTAFSLF YYLKNLLWFA LPALPLAVWT VCRTRLFSTD301  WGILGVVWML AVLVLLAVNP QRFQDNLVWL LPPLALFGAA QLDSLRRGAA351  AFVNWFGIMA FGLFAVFLWT GFFAMNYGWP AKLAERAAYF SPYYVPDIDP401  IPMAVAVLFT PLWLWAITRK NIRGRQAVTN WAAGVTLTWA LLMTLFLPWL451  DAAKSHAPVV RSMEASLSPE LKRELSDGIE CIDIGGGDLH TRIVWTQYGT501  LPHRVGDVQC RYRIVRLPQN ADAPQGWQTV WQGARPRNKD SKFALIRKTG551  ENILKTTD*
ORF141a和ORF141-1在553个氨基酸的重叠区内显示出有98.2％的相同性：
orf141a.pep MLTYTPPDARPPAKTHEKPWLLLLMAFAWLWPGVFSHDLWNPDEPAVYTAVEALAGSPTP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1    MLTYTPPDARPPAKTHEKPWLLLLMAFAWLWPGVFSHDLWNPDEPAVYTAVEALAGSPTP
orf141a.pep LVAHLFGQIDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADPYDAARFAGVFFAVVGLTSCGFAGFN
            |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|||||||||||
orf141-1    LVAHLFGQTDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADSYDAARFAGVFFAVIGLTSCGFAGFN
orf141a.pep FLGRHHGRSVVLILIGCIGLIPTVHFLNPAAAAFAAAGLVLHGYSLARRRVIAASFLLGT
            ||||||||||||||||||||||::||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1    FLGRHHGRSVVLILIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGLVLHGYSLARRRVIAASFLLGT
orf141a.pep GWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTAVASLAFALPLMTVYPLLLAKT
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1    GWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTAVASLAFALPLMTVYPLLLAKT
orf141a.pep QPALFAQWLDDHVFGTFGGVRHIQTAFSLFYYLKNLLWFALPALPLAVWTVCRTRLFSTD
            |||||||||| |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1    QPALFAQWLDYHVFGTFGGVRHVQTAFSLFYYLKNLLWFALPALPLAVWTVCRTRLFSTD
orf141a.pep WGILGVVWMLAVLVLLAVNPQRFQDNLVWLLPPLALFGAAQLDSLRRGAAAFVNWFGIMA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1    WGILGVVWMLAVLVLLAVNPQRFQDNLVWLLPPLALFGAAQLDSLRRGAAAFVNWFGIMA
orf141a.pep FGLFAVFLWTGFFAMNYGWPAKLAERAAYFSPYYVPDIDPIPMAVAVLFTPLWLWAITRK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1    FGLFAVFLWTGFFAMNYGWPAKLAERAAYFSPYYVPDIDPIPMAVAVLFTPLWLWAITRK
orf141a.pep NIRGRQAVTNWAAGVTLTWALLMTLFLPWLDAAKSHAPVVRSMEASLSPELKRELSDGIE
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1    NIRGRQAVTNWAAGVTLTWALLMTLFLPWLDAAKSHAPVVRSMEASLSPELKRELSDGIE
orf141a.pep CIDIGGGDLHTRIVWTQYGTLPHRVGDVQCRYRIVRLPQNADAPQGWQTVWQGARPRNKD
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
orf141-1    CIGIGGGDLHTRIVWTQYGTLPHRVGDVQCRYRIVLLPQNADAPQGWQTVWQGARPRNKD
orf141a.pep SKFALIRKTGENI
            |||||||| ||||
orf141-1    SKFALIRKIGENI
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF141和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF141ng)在140个氨基酸的重叠区内显示出有95％的相同性：
orf141.pep                               DFGISPVYLWVAAAFKHLLSPWAADSYDVA  30
                                         |||| |||||||||||||||||||  ||:|
orf141ng   WNPAEPAVYTAVEALAGSPTPLVAHLFGQTDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAAHPYDAA 126
orf141.pep RFAGVFFAVIGLTSCGFAGFNFLGRHHGRXVVLILIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGL  90
           ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||:||||||||||||
orf141ng   RFAGVFFAVIGLTSCGFAGFNFLGRHHGRSVVLIHIGCIGLIPVAHFFNPAAAAFAAAGL 186
orf141.pep VLHGYSLARRRVIAASFLLGTGWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRP           140
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141ng   VLHGYSLARRRVIAASFLLGTGWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTA 246
预计ORF141ng核苷酸序列<SEQ ID 541>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID542>:1  MPSEAVSARP LCEYLLHLAI RPFLLTLMZT YTPPDARPPA KTHEKPELLL51  LMAFAWLWPG VFSHDLWNPA EPAVYTAVEA LAGSPTPLVA HLFGQTDFGI101  PPVYLWVAAA FKHLLSPWAA HPYDAARFAG VFFAVIGLTS CGFAGFNFLG151  RHHGRSVVLI HIGCIGLIPV AHFFNPAAAA FAAAGLVLHG YSLARRRVIA201  ASFLLGTGWT LMSLAAAYPA AFALMLPLPV LMFFRPWQSR RLMLTAVASL251  AFALPLMTVY PLLLAKTQPA LFAQWLNYHV FGTFGGVRHI QRAFSLFHYL301  KNLLWFAPPG LPLAVWTVCR TRLFSTDWGI LGIVWMLAVL VLLAFNPQRF351  QDNLVWLLPP LALFGAAQLD SLRRGAAAFV NWFGIMAFGL FAVFLWTGFF401  AMNYGWPAKL AERAAYFSPY YVPDIDPIPM AVAVLFTPLW LWAITRKVIR451  GRQAVTNWAA GVTLTWALLM TLFLPWLDAA KSHAPVVRSM EASFSPELKR501  ELSDGIECIG IGGGDLHTRI VWTQYGTLPH RVGDVRCRYR IVRLPQNADA551  PQGWQTVWQG ARPRNKDSKF ALIRKIGENI LKTTD*进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 543>:1  ATGCTGACCT ATACCCCGCC CGATGCCCGC CCGCCCGCCA AAACCCACGA51  AAAACCGTGG CTGCTGCTGT TGATGGCGTT TGCCTGGCTG TGGCCCGGCG101  TGTTTTCCCA CGATTTGTGG AATCCTGCCG AACCTGCCGT CTATACCGCC151  GTCGAAGCAC TGGCAGGCAG CCCCACCCCC TTGGTTGCCC ATCTGTTCGG201  TCAAACCGAT TTCGGCATAC CGCCCGTGTA TCTTTGGGTT GCCGCCGCAT251  TCAAACATTT GCTGTCGCCG TGGGCAGCCG ACCCGTATGA TGCCGCACGC301  TTTGCAGGCG TATTTTTTGC CGTTATCGGA CTGACTTCTT GCGGCTTTGC351  CGGTTTCAAC TTTTTGGGCA GACACCACGG GCGCAGCGTT GTTTTAATCC401  ATATCGGCTG TATCGGGCTG ATTCCGGTTG CCCATTTCCT CAATCCcgcc451  gccgccgcct tTGCCGCCGC CGGACTGGTG CTGCacggct actcgctgGC501  ACGCCGGCGC GTGATtgccg cctctTtccT GCTCGGTACG GGTTGGACGT551  TGATGTCGCT GGCGGCAGCT TATCCGGCGG CGTTTGCGCT GATGCTGCCC601  CTGCCCGTGC TGATGTTTTT CCGTCCGTGG CAAAGCAGGC GTTTGATGTT651  GACGGCAGTC GCCTCGCTTG CCTTTGCCCT GCCGCTTATG ACCGTTTACC701  CGCTGCTCtt gGCAAAAACG CAGCCCGCGC TGTTTGCGCA ATGGCTCAAC751  TATCACGTTT TCGGTACGTt cggcgGCGTG CGGCAcaTTC AGAggGCatT801  Cagtttgttt cactatctgA AAaatctgct ttggttcgca ccgcccgggC851  TGCCGCTGGC GGTTTGGACG GTTTGCCGCA CACGCCTGTT TTCGACCGAC901  TGGGGGATTT TGGGCATTGT CTGGATGCTT GCCGTTTTGG TGCTGCTCGC951  CTTTAATCCG CAGCGTTTTC AAGACAACCT CGTCTGGCTG CTGCCGCCGC1001  TTGCCCTGTT CGGCGCGGCG CAACTGGACA GCCTGAGGCG CGGCGCGGCG1051  GCTTTTGTCA ACTGGTTCGG CATTATGGCG TTCGGGCTGT TTGCCGTGTT1101  CCTGTGGACG GGCTTTTTCG CCATGAATTA CGGCTGGCCC GCCAAGCTTG1151  CCGAACGCGC CGCCTACTTC AGCCCGTATT ACGTTCCCGA CATCGATCCC1201  ATTCCGATGG CGGTTGCCGT ACTGTTCACA CCCTTGTGGC TGTGGGCGAT1251  TACCCGGAAA AACATACGCG GCAGGCAGGC GGTTACCAAC TGGGCGGCAG1301  GCGTTACCCT GACCTGGGCT TTGCTGATGA CGCTGTTCCT GCCGTGGCTG1351  GACGCGGCGA AAAGCCACGC GCCCGTCGTC CGGAGTATGG AGGCATCGTT1401  TTCCCCGGAA TTAAAACGGG AGCTTTCAGA CGGCATCGAG TGTATCGGCA1451  TAGGCGGCGG CGACCTGCAC ACGCGGATTG TTTGGACGCA GTACGGCACA1501  TTGCCGCACC GCGTCGGCGA TGTCCGTTGC CGCTACCGTA TCGTCCGCCT1551  GCCCCAAAAC GCGGATGCGC CGCAAGGCTG GCAGACGGTC TGGCAGGGTG1601  CGCGCCCGCG CAACAAAGAC AGTAAGTTTG CACTGATACG GAAAATCGGG1651  GAAAATATAT TAAAAACAAC AGATTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 544；ORF141ng-1>:1  MLTYTPPDAR PPAKTHEKPW LLLLMAFAWL WPGVFSHDLW NPAEPAVYTA51  VEALAGSPTP LVAHLFGQTD FGIPPVYLWV AAAFKHLLSP WAADPYDAAR101  FAGVFFAVIG LTSCGFAGFN FLGRHHGRSV VLIHIGCIGL IPVAHFLNPA151  AAAFAAAGLV LHGYSLARRR VIAASFLLGT GWTLMSLAAA YPAAFALMLP201  LPVLMFFRPW QSRRLMLTAV ASLAFALPLM TVYPLLLAKT QPALFAQWLN251  YHVFGTFGGV RHIQRAFSLF HYLRNLLWFA PPGLPLAVWT VCRTRLFSTD301  WGILGIVWML AVLVLLAFNP QRFQDNLVWL LPPLALFGAA QLDSLRRGAA351  AFVNWFGIMA FGLFAVFLWT GFFAMNYGWP AKLAERAAYF SPYYVPDIDP401  IPMAVAVLFT PLWLWAITRK NIRGRQAVTN WAAGVTLTWA LLMTLFLPWL451  DAAKSHAPVV RSMEASFSPE LKRELSDGIE CIGIGGGDLH TRIVWTQYGT501  LPHRVGDVRC RYRIVRLPQN ADAPQGWQTV WQGARPRNKD SKFALIRKIG551  ENILKTTD*
ORF141ng-1和ORF141-1在553个氨基酸的重叠区内显示出有97.5％的相同性有：
orf141ng-1.pep MLTYTPPDARPPAKTHEKPWLLLLMAFAWLWPGVFSHDLWNPAEPAVYTAVEALAGSPTP
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf141-1       MLTYTPPDARPPAKTHEKPWLLLLMAFAWLWPGVFSHDLWNPDEPAVYTAVEALAGSPTP
orf141ng-1.pep LVAHLFGQTDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADPYDAARFAGVFFAVIGLTSCGFAGFN
               |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf141-1       LVAHLFGQTDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADSYDAARFAGVFFAVIGLTSCGFAGFN
orf141ng-1.pep FLGRHHGRSVVLIHIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGLVLHGYSLARRRVIAASFLLGT
               ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       FLGRHHGRSVVLILIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGLVLHGYSLARRRVIAASFLLGT
orf141ng-1.pep GWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTAVASLAFALPLMTVYPLLLAKT
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       GWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTAVASLAFALPLMTVYPLLLAKT
orf141ng-1.pep QPALFAQWLNYHVFGTFGGVRHIQRAFSLFHYLKNLLWFAPPGLPLAVWTVCRTRLFSTD
               |||||||||:||||||||||||:| |||||:||||||||| |:|||||||||||||||||
orf141-1       QPALFAQWLDYHVFGTFGGVRHVQTAFSLFYYLKNLLWFALPALPLAVWTVCRTRLFSTD
orf141ng-1.pep WGILGIVWMLAVLVLLAFNPQRFQDNLVWLLPPLALFGAAQLDSLRRGAAAFVNWFGIMA
               |||||:||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       WGILGVVWMLAVLVLLAVNPQRFQDNLVWLLPPLALFGAAQLDSLRRGAAAFVNWFGIMA
orf141ng-1.pep FGLFAVFLWTGFFAMNYGWPAKLAERAAYFSPYYVPDIDPIPMAVAVLFTPLWLWAITRK
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       FGLFAVFLWTGFFAMNYGWPAKLAERAAYFSPYYVPDIDPIPMAVAVLFTPLWLWAITRK
orf141ng-1.pep NIRGRQAVTNWAAGVTLTWALLMTLFLPWLDAAKSHAPVVRSMEASFSPELKRELSDGIE
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||
orf141-1       NIRGRQAVTNWAAGVTLTWALLMTLFLPWLDAAKSHAPVVRSMEASLSPELKRELSDGIE
orf141ng-1.pep CIGIGGGDLHTRIVWTQYGTLPHRVGDVRCRYRIVRLPQNADAPQGWQTVWQGARPRNKD
               ||||||||||||||||||||||||||||:|||||| ||||||||||||||||||||||||
orf141-1       CIGIGGGDLHTRIVWTQYGTLPHRVGDVQCRYRIVLLPQNADAPQGWQTVWQGARPRNKD
orf141ng-1.pep SKFALIRKIGENILKTTDX
               |||||||||||||||||||
orf141-1       SKFALIRKIGENIX
根据淋球菌中存在几个推定跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例72
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 545>:1  ..CAATCCGCCA AATGGTTATC GGGCCAAACT CTAGTCGGCA CAGCAATTGG51    GATACGCGGG CAGATAAAGC TTGGCGGCAA CCTGCATTAC GATATATTTA101    CCGGCCGCGC ATTGAAAAAG CCCGAATTTT TCCAATCAAG GAAATGGGCA151    AGCGGTTTTC AGGTAGGCTA TACGTTTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 546；ORF142>:
 1  ..QSAAWLSGQT LVGTAIGIRG QIKLGGNLHY DIFTGRALKK PEFFQSRKWA
51    SGFQVGYTF*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 547>:
 1  ATGGATAATT CGGGTAGTGA GGCGACAGGA AAATACCAAG GAAATATCAC
51  TTTCTCTGCC GACAATCCTT TGGGACTGAG TGATATGTTC TATGTAAATT101  ATGGACGTTC GATTGGCGGT ACGCCCGATG AGGAAAGTTT TGACGGCCAT151  CGCAAAGAAG GCGGATCAAA CAATTACGCC GTACATTATT CAGCCCCTTT201  CGGTAAATGG ACATGGGCAT TCAATCACAA TGGCTACCGT TACCATCAGG251  CAGTTTCCGG ATTATCGGAA GTCTATGACT ATAATGGAAA AAGTTACAAT301  ACTGATTTCG GCTTCAACCG CCTGTTGTAT CGTGATGCCA AACGCAAAAC351  CTATCTCGGT GTAAAACTGT GGATGAGGGA AACAAAAAGT TACATTGATG401  ATGCCGAACT GACTGTACAA CGGCGTAAAA CTGCGGGTTG GTTGGCAGAA451  CTTTCCCACA AAGAATATAT CGGTCGCAGT ACGGCAGATT TTAAGTTGAA501  ATATAAACGC GGCACCGGCA TGAAAGATGC TCTGCGCGCG CCTGAAGAAG551  CCTTTGGCGA AGGCACGTCA CGTATGAAAA TTTGGACGGC ATCGGCTGAT601  GTAAATACTC CTTTTCAAAT CGGTAAACAG CTATTTGCCT ATGACACATC651  CGTTCATGCA CAATGGAACA AAACCCCGCT AACATCGCAA GACAAACTGG701  CTATCGGCGG ACACCACACC GTACGTGGCT TCGACGGTGA AATGAGTTTG751  TCTGCCGAGC GGGGATGGTA TTGGCGCAAC GATTTGAGCT GGCAATTTAA801  ACCAGGCCAT CAGCTTTATC TTGGGGCTGA TGTAGGACAT GTTTCAGGAC851  AATCCGCCAA ATGGTTATCG GGCCAAACTC TAGTCGGCAC AGCAATTGGG901  ATACGCGGGC AGATAAAGCT TGGCGGCAAC CTGCATTACG ATATATTTAC951  CGGCCGCGCA TTGAAAAAGC CCGAATTTTT CCAATCAAGG AAATGGGCAA1001  GCGGTTTTCA GGTAGGCTAT ACGTTTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 548 ORF142-1>:
 1  MDNSGSEATG KYQGNITFSA DNPLGLSDMF YVNYGRSIGG TPDEESFDGH
51  RKEGGSNNYA VHYSAPFGKW TWAFNHNGYR YHQAVSGLSE VYDYNGKSYN101  TDFGFNRLLY RDAKRKTYLG VKLWMRETKS YIDDAELTVQ RRKTAGWLAE151  LSHKEYIGRS TADFKLKYKR GTGMKDALRA PEEAFGEGTS RMKIWFASAD201  VNTPFQIGKQ LFAYDTSVHA QWNKTPLTSQ DKLAIGGHHT VRGFDGEMSL251  SAERGWYWRN DLSWQFKPGH QLYLGADVGH VSGQSAKWLS GQTLVGTAIG301  IRGQIKLGGN LHYDIFTGRA LKKPEFFQSR KWASGFQVGY TF*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF142和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF142ng)在59个氨基酸的重叠区内显示出有88.1％的相同性。orf142.pep                                QSAKWLSGQTLVGTAIGIRGQIKLGGNLHY 30
                                      |||||||||||:||||||||||||||||||orf142ng    RGWYWRNDLSWQFKPGHQLYLGADVGHVSGQSAKWLSGQTLAGTAIGIRGQIKLGGNLHY 313orf142.pep  DIFTGRALKKPEFFQSRKWASGFQVGYTF 59
        ||||||||||||:||::||::||||||:|orf142ng    DIFTGRALKKPEYFQTKKWVTGFQVGYSF 342全长ORF142ng核苷酸序列<SEQ ID 549>是：1  ATGGATAATT CGGGTAGTGA GGCGACAGGA AAATACCAAG GAAATATCAC51  TTTCTCTGCC GACAATCCTT TTGGACTGAG TGATATGTTC TATGTAAATT101  ATGGACGTTC AATTGGCGGT ACGCCCGATG AGGAAAATTT TGACGGCCAT151  CGCAAAGAAG GCGGATCAAA CAATTACGCC GTACATTATT CAGCCCCTTT201  CGGTAAATGG ACATGGGCAT TCAATCACAA TGGCTACCGT TACCATCAGG251  CGGTTTCCGG ATTATCGGAA GTCTATGACT ATAATGGAAA AAGTTACAAC301  ACTGATTTCG GCTTCAACCG CCTGTTGTAT CGTGATGCCA AACGCAAAAC351  CTATCTCAGT GTAAAACTGT GGACGAGGGA AACAAAAAGT TACATTGATG401  ATGCCGAACT GACTGTACAA CGGCGTAAAA CCACAGGTTG GTTGGCAGAA 451  CTTTCCCACA AAGGATATAT CGGTCGCAGT ACGGCAGATT TTAAGTTGAA501  ATATAAACAC GGCACCGGCA TGAAAGATGC TCTGCGCGCG CCTGAAGAAG551  CCTTTGGCGA AGGCACGTCA CGTATGAAAA TTTGGACGGC ATCGGCTGAT601  GTAAATACTC CTTTTCAAAT CGGTAAACAG CTATTTGCCT ATGACACATC651  CGTTCATGCA CAATGGAACA AAACCCCGCT AACATCGCAA GACAAACTGG701  CTATCGGCGG ACACCACACC GTACGTGGCT TCGACGGTGA AATGAGTTTG751  CCTGCCGAGC GGGGATGGTA TTGGCGCAAC GATTTGAGCT GGCAATTTAA801  ACCAGGCCAT CAGCTTTATC TTGGGGCTGA TGTAGGACAT GTTTCAGGAC851  AATCCGCCAA ATGGTTATCG GGCCAAACTC TAGCCGGCAC AGCAATTGGG901  ATACGCGGGC AGATAAAGCT TGGCGGCAAC CTGCATTACG ATATATTTAC951  CGGCCGTGCA TTGAAAAAGC CCGAATATTT TCAGACGAAG AAATGGGTAA1001  CGGGGTTTCA GGTGGGTTAT TCGTTTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 550>:1  MDNSGSEATG KYQGNITFSA DNPFGLSDMF YVNYGRSIGG TPDEENFDGH51  RKEGGSNNYA VHYSAPFGKW TWAFNHNGYR YHQAVSGLSE VYDYNGKSYN101  TDFGFNRLLY RDAKRKTYLS VKLWTRETKS YIDDAELTVQ RRKTTGWLAE151  LSHKGYIGRS TADFKLKYKH GTGMKDALRA PEEAFGEGTS RMKIWTASAD201  VNTPFQIGKQ LFAYDTSVHA QWNKTPLTSQ DKLAIGGHHT VRGFDGEMSL251  PAERGWYWRN DLSWQFKPGH QLYLGADVGH VSGQSAKWLS GQTLAGTAIG301  IRGQIKLGGN LHYDIFTGRA LKKPEYFQTK KWVTGFQVGY SF*通常发现有下划线的序列(芳族-Xaa-芳族氨基酸基序)在外膜蛋白的C端。ORF142ng和ORF142-1在342个氨基酸的重叠区内显示出有95.6％的相同性：orf142-1.pep MDNSGSEATGKYQGNITFSADNPLGLSDMFYVNYGRSIGGTPDEESFDGHRKEGGSNNYA
         |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||:||||||||||||||orf142ng-1   MDNSGSEATGKYQGNITFSADNPFGLSDMFYVNYGRSIGGTPDEENFDGHRKEGGSNNYAorf142-1.pep VHYSAPFGKWTWAFNHNGYRYHQAVSGLSEVYDYNGKSYNTDFGFNRLLYRDAKRKTYLG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:orf142ng-1   VHYSAPFGKWTWAFNHNGYRYHQAVSGLSEVYDYNGKSYNTDFGFNRLLYRDAKRKTYLSorf142-1.pep VKLWMRETKSYIDDAELTVQRRKTAGWLAELSHKEYIGRSTADFKLKYKRGTGMKDALRA
         |||| |||||||||||||||||||:||||||||| |||||||||||||||||||||||||orf142ng-1   VKLWTRETKSYIDDAELTVQRRKTTGWLAELSHKGYIGRSTADFKLKYKHGTGMKDALRAorf142-1.pep PEEAFGEGTSRMKIWTASADVNTPFQIGKQLFAYDTSVHAQWNKTPLTSQDKLAIGGHHT
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf142ng-1   PEEAFGEGTSRMKIWTASADVNTPFQIGKQLFAYDTSVHAQWNKTPLTSQDKLAIGGHHTorf142-1.pep VRGFDGEMSLSAERGWYWRNDLSWQFKPGHQLYLGADVGHVSGQSAKWLSGQTLVGTAIG
         |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||orf142ng-1   VRGFDGEMSLPAERGWYWRNDLSWQFKPGHQLYLGADVGHVSGQSAKWLSGQTLAGTAIGorf142-1.pep IRGQIKLGGNLHYDIFTGRALKKPEFFQSRKWASGFQVGYTF
         |||||||||||||||||||||||||:||::||::||||||:|orf142ng-1   IRGQIKLGGNLHYDIFTGRALKKPEYFQTKKWVTGFQVGYSF另外，ORF142ng与菊欧文氏菌的HecB蛋白同源：gi|1772622(L39897)HecB[菊欧文氏菌]长度=558评分=119位(295)，估计值=3e-26相同性=88/346(25％)，阳性=151/346(43％)，空隙=22/346(6％)询问：2   DNSGSEATGKYQGNITFSADNPFGLSDMFYVNYGRSIGGTPDEENFDGHRKEGGSNNYAV 61
       DNSG ++TG+ Q N + + DN FGL+D ++++ G S   +    + D    + G目标：230 DNSGQKSTGEEQLNGSLALDNVFGLADQWFISAGHS---SRFATSHDAESLQAG------ 280询问：62  HYSAPFGKWTWAFNHNGYRYHQAVSGLSEVYDYNGKSYNTDFGFNRLLYRDAKRKTYLSV 121
        +S P+G W   +N++  RY          +   G S    F  +R+++RD   KT ++目标：281 -FSMPYGYWNLGYNYSQSRYRNTFINRDFPWHSTGDSDTHRFSLSRVVFRDGTMKTAIAG 339
询问：122 KLWTRETKSYIDDAELTVQRRKTTGWLAELSHKGYIGRSTADFKLKYKHGTGMKDALRAP 181
               R   +Y++ + L    RK +     ++H   +    A F   Y  G     +
目标：340 TFSQRTGNNYLNGSLLPSSSRKLSSVSLGVNHSQKLWGGLATFNPTYNRGVRWLGSETDT 399
询问：182 EEAFGEGTSRMKIWTASADVNTPFQIGKQLFAYDTSVHAQWNKTPLTSQDKLAIGGHHTV 241
           +++  E  +    WT SA    P         Y  S++ Q++   L   ++L +GG  ++
目标：400 DKSADEPRAEFNKWTLSASYYHPV---TDSITYLGSLYGQYSARALYGSEQLTLGGESSI 456
询问：242 RGFDGEMSLPAERGWYWRNDLSWQFKP----GHQLYLGA-DVGHVSGQSAKWLSGQTLAG 296
           RGF  E      RG YWRN+L+WQ       G+  ++ A D GH+        +  +L G
目标：457 RGF-REQYTSGNRGAYWRNELNWQAWQLPVLGNVTFMAAVDGGHLYNHKQDNSTAASLWG 515
询问：297 TAIGIRGQIKLGGNLHYDIFTGRALKKPEYFQTKKWVTGFQVGYSF 342
            A+G+    +    L   +  G  +  P + Q    V G++VG SF
目标：516 GAVGMTVASRW---LSQQVTVGWPISYPAWLQPDTMVVGYRVGLSF 558
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例73
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 551>:1  ATGCGGACGA AATGGTCAGC AGTGAGAAGC TGCTTACTTG GgCGGACACC51  GCCGACATCG ATACCGCTTT GAACCTGTTG TACCGTTTGC AAAAACTCGA101  ATTCCTCTAT GGCGATGAAA ACGGTCATTC AGACGGCATC AATTTGwCGG151  ACGAGCAATT GCCGTTGCTG ATGGAACAAT TGTCCGGCAG CGGTAAGGCG201  TTATTGGTCG ATCGGAACGG TCTGTATCTT GCCAACGCCA ATTTCCATCA251  TGAGGCGGCG GAAGAGTTGG GGTTGTTGGC GGCAGAAGTC GCACAGATGG301  AAAAGAAATA CCGGCTGCTG ATTAAGAACA AC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 552；ORF143>:1  MRTKWSAVRS CTWALTADID TALNLLYRLQ KLEFLYGDEN GHSDGINLXD51  EQLPLLMEQL SGSGKALLVD RNGLYLANAN FHHEAAEELG LLAAEVAQME101  KKYRLLIKNN..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 553>:1  ATGGAATCAA CACTTTCACT ACAAGCAAAT TTATATCCCC GCCTGACTCC51  TGCCGGTGCA TTTTATGCCG TATCCAGCGA TGCCCCCAGT GCCGGTAAAA101  CTTTGTTGCA CAGCCTGTTG AAAGCAGATG CGGACGAAAT GGTCAGCAGT151  GAGAAGCTGC TTACTTGGGC GGACACCGCC GACATCGATA CCGCTTTGAA201  CCTGTTGTAC CGTTTGCAAA AACTCGAATT CCTCTATGGC GATGAAAACG251  GTCATTCAGA CGGCATCAAT TTGTCGGACG AGCAATTGCC GTTGCTGATG301  GAACAATTGT CCGGCAGCGG TAAGGCGTTA TTGGTCGATC GGAACGGTCT351  GTATCTTGCC AACGCCAATT TCCATCATGA GGCGGCGGAA GAGTTGGGGT401  TGTTGGCGGC AGAAGTCGCA CAGATGGAAA AGAAATACCG GCTGCTGATT451  AAGAACAACC TGTATATCAA CAATAACGCT TGGGGCGTTT GCGATCCTTC501  CGGTCAGAGC GAATTGACAT TTTTCCCATT GTATATCGGT TCAACCAAAT551  TTATTTTGGT TATCGGCGGC ATTCCCGATT TGGGCAAAGA GGCATTTGTT601  ACTTTGGTAA GGATTTTATA CCGCCGTTAC AGCAACCGCG TGTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 554；ORF143-1>:1  MESTLSLQAN LYPRLTPAGA FYAVSSDAPS AGKTLLHSLL KADADEMVSS51  EKLLTWADTA DIDTALNLLY RLQKLEFLYG DENGHSDGIN LSDEQLPLLM101  EQLSGSGKAL LVDRNGLYLA NANFHHEAAE ELGLLAAEVA QMEKKYRLLI151  KNNLYINNNA WGVCDPSGQS ELTFFPLYIG STKFILVIGG IPDLGKEAFV201  TLVRILYRRY SNRV*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF143和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF143a)在105个氨基酸的重叠区内显示出有92.4％的相同性：
                                        10        20        30orf143.pep                          MRTKWSAVRSCTWADTADIDTALNLLYRLQKLEFL
                                     |: :  ||| ||||||||||||||||||||orf143a    GAFYAVSSDXPSAGKTLLHSLLKADADEMVSSEKLLTWAXTADIDTALNLLYRLQKLEFL
       20        30        40        50        60        70
          40        50        60        70        80        90orf143.pep YGDENGHSDGINLXDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLANANFHHEAAEELGLLAAE
       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf143a    YGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLANANFHHEAAEELGLLAAE
       80        90       100       110       120       130
         100       110orf143.pep VAQMEKKYRLLIKNN
       |||||||||| ||||orf143a    VAQMEKKYRLXIKNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIGSTKFILVIGGIPDLGKEA
      140       150       160       170       180       190全长ORF143a核苷酸序列<SEQ ID 555>是：1  ATGGAATCAA CANTTTCACT ACAAGCAAAT TTATATCNCC GCCTGACTCC51  TGCCGGTGCA TTTTATGCCG TATCCAGCGA TGNCCCCAGT GCCGGTAAAA101  CTTTGTTGCA CAGCCTGTTG AAAGCGGATG CGGACGAAAT GGTNAGCAGT151  GAGAAGCTGC TTACCTGGGC GGANACCGCC GACATCGATA CCGCTTTGAA201  CCTGTTGTAC CGTTTGCAAA AACTCGAATT CCTCTATGGC GATGAAAACG251  GTCATTCAGA CGGCATCAAT TTGTCGGACG AGCAATTGCC GTTGCTGATG301  GAACAATTGT CCGGCAGCGG TAAGGCGTTA TTGGTCGATC GGAACGGTCT351  GTATCTTGCC AACGCCAATT TCCATCATGA GGCGGCGGAA GAGTTGGGGT401  TGTTGGCGGC AGAAGTCGCA CAGATGGAAA AGAAATACCG GCTGCNNATT451  AAGAACAACC TGTATATCAA CAATAACGCT TGGGGCGTTT GCGATCCTTC501  CGGTCAGAGC GAATTGACAT TTTTCCCATT GTATATCGGT TCAACCAAAT551  TTATTTTGGT TATCGGCGGC ATTCCCGATT TGGGCAAAGA GGCATTTGTT601  ACTTTGGTAA GGATNTTATA CCNCCNGTTA CAGCAACCGC GTGTAAAACT651  TGGGAGAGAG GANGGGTTAT GCAGCAATTA TTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 556>:1  MESTXSLQAN LYXRLTPAGA FYAVSSDXPS AGKTLLHSLL KADADEMVSS51  EKLLTWAXTA DIDTALNLLY RLQKLEFLYG DENGHSDGIN LSDEQLPLLM101  EQLSGSGKAL LYDRNGLYLA NANFHHEAAE ELGLLAAEVA QMEKKYRLXI151  KNNLYINNNA WGVCDPSGQS ELTFFPLYIG STKFILVIGG IPDLGKEAFV201  TLVRXLYXXL QQPRVKLGRE XGLCSNY*ORF143a和ORF143-1在207个氨基酸的重叠区内显示出有97.1％的相同性：orf143a.pep    MESTXSLQANLYXRLTPAGAFYAVSSDXPSAGKTLLHSLLKADADEMVSSEKLLTWAXTA
           |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||orf143-1       MESTLSLQANLYPRLTPAGAFYAVSSDAPSAGKTLLHSLLKADADEMVSSEKLLTWADTAorf143a.pep    DIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf143-1       DIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLAorf143a.peD    NANFHHEAAEELGLLAAEVAQMEKKYRLXIKNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIG
           |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||orf143-1       NANFHHEAAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIKNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIGorf143a.pep    STKFILVIGGIPDLGKEAFVTLVRXLY
           |||||||||||||||||||||||| ||
orf143-1    STKFILVIGGIPDLGKEAFVTLVRILY
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF143和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF143ng)在110个氨基酸的重叠区内显示出有95.5％的相同性：
orf143.pep  MRTKWSAVRSCTWADTADIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLXDEQLPLLMEQL  60
            |||||||||||: ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
orf143ng    MRTKWSAVRSCSRADTADIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQL  60
orf143.pep  SGSGKALLVDRNGLYLANANFHHEAAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIKNN           110
            ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||:||
orf143ng    SGSGKALLVDRNGLYLANANFHHESAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIRNNLYINNNAWGV 120
预计ORF143ng核苷酸序列<SEQ ID 557>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID558>:1  MRTKWSAVRS CSRADTADID TALNLLYRLQ KLEFLYGDEN GHSDGINLSD51  EQLPLLMEQL SGSGKALLVD RNGLYLANAN FHHESAEELG LLAAEVAQME101  KKYRLLIRNN LYINNNAWGV CDPSGQSELT FFPLYIGSTK FILVIAGIPD151  LSKGGICYFG KDFIPPLQQP RVKLGTGGIM RQLLISILED LNNTSTDIIA201  SAVISTDGLP MATMLPSHLN SDRVGAISAT LLALGSRSVQ ELACGELEQV251  MIKGKSGYIL LSQAGKDAVL VLVAKETGRL GLILLDAKRA ARHIAEAI*进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 559>:1  ATGGAATCAA CACTTTCACT ACAAGCGAAT TTATATCCCT GCCTGACTCC51  TGCCGGTGCA TTTTATGCCG TATCCAGCGA TGCCCCCAGT GCCGGTAAAA101  CTTTGTTGCG CAGCCTGTTG AAAGCGGATG CGGACGAAGT GGTCAGCAGT151  GAGAAGCTGC TCGCGGCGGA CACCGCCGAC ATCGATACCG CTTTGAACCT201  GTTGTACCGT TTGCAAAAAC TCGAATTCCT CTATGGCGAT GAAAACGGTC251  ATTCAGACGG CATCAATTIG TCGGACGAGC AATTGCCGTT GCTGATGGAA301  CAATTGTCCG GCAGCGGTAA GGCATTATTG GTCGATCGGA ACGGTCTGTA351  TCTTGCCAAC GCCAATTTCC ATCATGAGTC GGCGGAAGAG TTGGGGTTGT401  TGGCGGCAGA AGTCGCACAG ATGGAAAAGA AATACCGGCT GCTGATTAGG451  AACAACCTGT ATATCAACAA TAACGCTTGG GGCGTTTGCG ATCCTTCCGG501  TCAGAGCGAA TTGACATTTT TCCCATTGTA TATCGGTTCA ACCAAATTTA551  TTTTGGTTAT CGCCGGCATT CCCGATTTGA GCAAAGAGGC ATTTGTTACT601  TTGGTAAGGA TTTTATACCG CCGTTACAGC AACCGCGTGT AA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 560；ORF143ng-1>:1  MESTLSLQAN LYPCLTPAGA FYAVSSDAPS AGKTLLRSLL KADADEVVSS51  EKLLAADTAD IDTALNLLYR LQKLEFLYGD ENGHSDGINL SDEQLPLLME101  QLSGSGKALL VDRNGLYLAN ANFHHESAEE LGLLAAEVAQ MEKKYRLLIR151  NNLYINNNAW GVCDPSGQSE LTFFPLYIGS TKFILVIAGI PDLSKEAFVT201  LVRILYRRYS NRV*ORF143ng-1和ORF143-1在214个氨基酸的重叠区内显示出有95.8％的相同性：orf143ng-1.pep MESTLSLQANLYPCLTPAGAFYAVSSDAPSAGKTLLRSLLKADADEVVSSEKLLA-ADTA  59
           ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||:|||||||||:|||||||: ||||orf143-1       MESTLSLQANLYPRLTPAGAFYAVSSDAPSAGKTLLHSLLKADADEMVSSEKLLTWADTA  60orf143ng-1.pep DIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLA 119
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf143-1       DIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLA 120orf143ng-1.pep NANFHHESAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIRNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIG 179
           |||||||:||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||orf143-1       NANFHHEAAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIKNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIG 180orf143ng-1.pep STKFILVIAGIPDLSKEAFVTLVRILYRRYSNRV  213
            ||||||||:|||||:|||||||||||||||||||
orf143-1    STKFILVIGGIPDLGKEAFVTLVRILYRRYSNRV 214
根据淋球菌蛋白中存在推定的跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例74
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 561>:1  ATGACCTTTT TACAACGTTT GCAAGGTTTG GCAGACAATA AAATCTGTGC51  GTTTGCATGG TTCGTCGTCC GCCGCTTTGA TGAAGAACGC GTACCGCAGr101  CGGCGGCAAG CATGACGTTT ACGACGCTGC TGGCACTCGT CCCCGTGCTG151  ACCGTGATGG TGGCGGTCGC TTCGATTTTC CCCGTGTTCG ACCGCTGGTC201  GGATTCGTTC GTCTCCTTCG TCAACCAAAC CATTGTGCCG CA.GGCGCGG251  ACATCGTGTT CGACTATATC AATGCGTTCC GCGAGCAGGC GAACCGGCTG301  ACGGCAATCG GCAGCGTGAT GCTGGTCGTT ACCTCGCTGA TGCTGATTCG351  GACGATAGAC AATACGTTCA ACCGCATCTG GaCGGGTCAA wTyCCAGCGT401  CCGTGGATG..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 562；ORF144>:1  MTFLQRLQGL ADNKICAFAW FVVRRFDEER VPQXAASMTF TTLLALVPVL51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP XGADMVFDYI NAFREQANRL101  TAIGSVMLVV TSLMLIRTID NTFNRIWRVX XQRPWM...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 563>:1  ATGACCTTTT TACAACGTTT GCAAGGTTTG GCAGACAATA AAATCTGTGC51  GTTTGCATGG TTCGTCGTCC GCCGCTTTGA TGAAGAACGC GTACCGCAGG101  CGGCGGCAAG CATGACGTTT ACGACGCTGC TGGCACTCGT CCCCGTGCTG151  ACCGTGATGG TGGCGGTCGC TTCGATTTTC CCCGTGTTCG ACCGCTGGTC201  GGATTCGTTC GTCTCCTTCG TCAACCAAAC CATTGTGCCG CAGGGCGCGG251  ACATGGTGTT CGACTATATC AATGCGTTCC GCGAGCAGGC GAACCGGCTG301  ACGGCAATCG GCAGCGTGAT GCTGGTCGTT ACCTCGCTGA TGCTGATTCG351  GACGATAGAC AATACGTTCA ACCGCATCTG GCGGGTCAAT TCCCAGCGTC401  CGTGGATGAT GCAGTTTCTC GTCTATTGGG CTTTACTGAC GTTCGGGCCG451  CTGTCTTTGG GCGTGGGCAT TTCCTTTATG GTCGGCTCGG TACAGGATGC501  CGCGCTTGCC TCAGGTGCGC CGCAGTGGTC GGGCGCGTTG CGAACGGCGG551  CGACGCTGAC CTTCATGACG CTTTTGCTGT GGGGGCTGTA CCGCTTCGTG601  CCAAACCGCT TCGTTCCCGC GCGGCAGGCG TTTGTCGGGG CTTTGGCAAC651  AGCGTTTTGT CTGGAAACCG CGCGCTCCCT CTTCACTTGG TATATGGGCA701  ATTTCGACGG CTACCGCTCG ATTTACGGCG CGTTTGCCGC CGTGCCGTTT751  TTTCTGTTGT GGCTGAACCT GTTGTGGACG CTGGTCTTGG GCGGCGCGGT801  GCTGACTTCT TCACTCTCCT ACTGGCAGGG AGAAGCGTTC CGCAGGGGCT851  TCGACTCGCG CGGACGGTTT GACGACGTGT TGAAAATCCT GCTGCTTCTG901  GATGCGGCGC AAAAAGAAGG CAAAGCCTTG CCTGTTCAGG AGTTCAGACG951  GCATATCAAT ATGGGCTACG ACGAGTTGGG CGAGCTTTTG GAAAAGCTGG1001  CGCGGCACGG CTACATCTAT TCCGGCAGAC AGGGTTGGGT GTTGAAAACG1051  GGGGCGGATT CGATTGAGTT GAACGAACTC TTCAAGCTCT TCGTTTACCG1101  TCCGTTGCCT GTGGAAAGGG ATCATGTGAA CCAAGCTGTC GATGCGGTAA1151  TGACACCGTG TTTGCAGACT TTGAACATGA CGCTGGCAGA GTTTGACGCT1201  CAGGCGAAAA AACGGCAGTA G它对应于氨基酸序列<SEQ ID 564；ORF144-1>:1  MTFLQRLQGL ADNKICAFAW FVVRRFDEER VPQAAASMTF TTLLALVPVL51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP QGADMVFDYI NAFREQANRL101  TAIGSVMLVV TSLMLIRTID NTFNRIWRVN SQRPWMMQFL VYWALLTFGP151  LSLGVGISFM VGSVQDAALA SGAPQWSGAL RTAATLTFMT LLLWGLYRFV201  PNRFVPARQA FVGALATAFC LETARSLFTW YMGNFDGYRS IYGAFAAVPF251  FLLWLNLLWT LVLGGAVLTS SLSYWQGEAF RRGFDSRGRF DDVLKILLLL301  DAAQKEGKAL PVQEFRRHIN MGYDELGELL EKLARHGYIY SGRQGWVLKT
    351  GADSIELNEL FKLFVYRPLP VERDHVNQAV DAVMTPCLQT LNMTLAEFDA
    401  QAKKRQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF144和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF144a)在136个氨基酸的重叠区内显示出有96.3％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf144.pep MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQXAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF
           ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
orf144a    MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf144.pep PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPXGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID
           |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf144a    PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSXMLIRTID
                   70        80        90       100       110       120
                  130
orf144.pep NTFNRIWRVXXQRPWM
           |||||||||  |||||
orf144a    NTFNRIWRVNSQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFXVGSVQDAALASGAPQWSGAL
                  130       140       150       160       170       180全长ORF144a核苷酸序列<SEQ ID 565>是：1  ATGACCTTTT TACAACGTTT GCAAGGTTTG GCAGACAATA AAATCTGTGC51  GTTTGCATGG TTCGTCGTCC GCCGCTTTGA TGAAGAACGC GTACCGCAGG101  CGGCGGCAAG CATGACGTTT ACGACACTGC TGGCACTCGT CCCCGTGCTG151  ACCGTGATGG TGGCGGTCGC TTCGATTTTC CCCGTGTTCG ACCGNTGGTC201  GGATTCGTTC GTCTCCTTCG TCAACCAAAC CATTGTGCCG CAGGGCGCGG251  ACATGGTNTT CGACTATATC AATGCGTTCC GCGAGCAGGC GAACCGGCTG301  ACGGCAATCG GCAGCGTGAT GCTGGTCGTT ACCTCGCNGA TGCTGATTCG351  GACGATAGAC AATACGTTCA ACCGCATCTG GCGGGTCAAT TCCCAGCGTC401  CGTGGATGAT GCAGTTTCTC GTCTATTGGG CTTTACTGAC GTTCGGGCCG451  CTGTCTTTGG GCGTGGGCAT TTCCTTTATN GTCGGCTCGG TACAGGATGC501  CGCGCTTGCC TCAGGTGCGC CGCAGTGGTC GGGCGCGTTG CGAACGGCGG551  CGACGCTGAN CTTCATGACG CTTTTGCTGT GGGGGCTGTA CCGCTNCGTG601  CCAAACCGCT TCGTTCCCGC GCGGCANGCG TTTGTCGGGG CTTTGGCAAC651  AGCGTTCTGT CTGGAAACCG CGCGTTCCCT CTTTACTTGG TATATGGGCA701  ATTTCGACGG CTACCGCTCG ATTTACGGNG CGTTTGCCGC CGTGCCGTTT751  TTTCTGTTGT GGCTGAACCT GTTGTGGACG CTGGTCTTGG GCGGCGCGGT801  GCTGACTTCT TCACTCTCCT ACTGGCAGGG AGAAGCGTTC CGCAGGGNCT851  TCGACTCGCG CGGACGGTTT GACGACGTGT TGAAAATCCT GCTGCTTCTG901  GATGCGGCGC AAAAAGAAGG CNAAGCCTTG CCTGTTCAGG AGTTCAGACG951  GCATATCAAT ATGGGCTACG ACGAGTTGGG CGAGCTTTTG GAAAAGCTGG1001  CGCGGCACGG CTACATCTAT TCCGGCAGAC AGGGTTGGGT GTTGAAAACG1051  GGGGCGGATT CGATTGAGTT GAACGAACTC TTCAAGCTCT TCGTTTACCG1101  TCCGTTGCCT GTGGAAAGGG ATCATGTGAA CCAAGCTGTC GATGCGGTAA1151  TGATGCCGTG TTTGCAGACT TTGAACATGA CGCTGGCAGA GTTTGACGCT1201  CAGGCGAAAA AACAGCAGCA ATCTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 566>:1  MTFLQRLQGL ADNKICAFAW FVVRRFDEER VPQAAASMTF TTLLALVPVL51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP QGADMVFDYI NAFREQANRL101  TAIGSVMLVV TSXMLIRTID NTFNRIWRVN SQRPWMMQFL VYWALLTFGP151  LSLGVGISFX VGSVQDAALA SGAPQWSGAL RTAATLXFMT LLLWGLYRXV201  PNRFVPARXA FVGALATAFC LETARSLFTW YMGNFDGYRS IYGAFAAVPF251  FLLWLNLLWT LVLGGAVLTS SLSYWQGEAF RRXFDSRGRF DDVLKILLLL301  DAAQKEGXAL PVQEFRRHIN MGYDELGELL EKLARHGYIY SGRQGWVLKT351  GADSIELNEL FKLFVYRPLP VERDHVNQAV DAVMMPCLQT LNMTLAEFDA401  QAKKQQQS*ORF144a和ORF144-1在406个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：orf144a.pep  MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf144-1     MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIForf144a.pep  PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSXMLIRTID
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||orf144-1     PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTIDorf144a.pep  NTFNRIWRVNSQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFXVGSVQDAALASGAPQWSGAL
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||orf144-1     NTFNRIWRVNSQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFMVGSVQDAALASGAPQWSGALorf144a.pep  RTAATLXFMTLLLWGLYRXVPNRFVPARXAFVGALATAFCLETARSLFTWYMGNFDGYRS
         ||||||:||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf144-1     RTAATLTFMTLLLWGLYRFVPNRFVPARQAFVGALATAFCLETARSLFTWYMGNFDGYRSorf144a.pep  IYGAFAAVPFFLLWLNLLWTLVLGGAVLTSSLSYWQGEAFRRXFDSRGRFDDVLKILLLL
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||orf144-1     IYGAFAAVPFFLLWLNLLWTLVLGGAVLTSSLSYWQGEAFRRGFDSRGRFDDVLKILLLLorf144a.pep  DAAQKEGXALPVQEFRRHINMGYDELGELLEKLARHGYIYSGRQGWVLKTGADSIELNEL
         ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf144-1     DAAQKEGKALPVQEFRRHINMGYDELGELLEKLARHGYIYSGRQGWVLKTGADSIELNELorf144a.pep  FKLFVYRPLPVERDHVNQAVDAVMMPCLQTLNMTLAEFDAQAKKQQQS  408
         |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||:|orf144-1     FKLFVYRPLPVERDHVNQAVDAVMTPCLQTLNMTLAEFDAQAKKRQ    406
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF144和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF114ng)在136个氨基酸的重叠区内显示出有91.2％的相同性：
orf144.pep  MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQXAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF 60
            |||||  || ||||||||||||:|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
orf144ng    MTFLQCWQGSADNKICAFAWFVIRRFSEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF 60
orf144.pep  PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPXGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID 120
            |||||||||||||||||||| |||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||
orf144ng    PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYIDAFRIQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID 120
orf144.pep  NTFNRIWRVXXQRPWM                                             136
            |:||||||| :|||||
orf144ng    NAFNRIWRVNTQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFMVGSVQDSVLSSGAQQWADAL 180
预计全长ORF144ng核苷酸序列<SEQ ID 567>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 568>:1  MTFLQCWQGS ADNKICAFAW FVIRRFSEER VPQAAASMTF TTLLALVPVL51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP QGADMVFDYI DAFRDQANRL101  TAIGSVMLVV TSLMLIRTID NAFNRIWRVN TQRPWMMQFL VYWALLTFGP151  LSLGVGISFM VGSVQDSVLS SGAQQWADAL KTAARLAFMT LLLWGLYRFV201  PNRFVPARQA FVGALITAFC LETARFLFTW YMGNFDGYRS IYGAFAAVPF251  FLLWLNLLWT LVLGGAVLTS SLSYWQGEAF RRGFDSRGRF DDVLKILLLL301  DAAQKEGRTL SVQEFRRHIN MGYDELGELL EKLARYGYIY SGRQGWVLKT351  GADSIELSEL FKLFVYRPLP VERDHVNQAV DAVMTPCLQT LNMTLAEFDA 401  QAKKQQQS*进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 569>:1  ATGACCTTTT TACAACGTTG GCAAGGTTTG GCGGACAATA AAATCTGTGC51  ATTTGCATGG TTCGTCATCC GCCGTTTCAG TGAAGAGCGC GTACCGCAGG101  CAGCGGCGAG CATGACGTTT ACGACACTGC TGGCACTCGT CCCCGTACTG151  ACCGTAATGG TCGCGGTCGC TTCGATTTTC CCCGTGTTCG ACCGCTGGTC201  GGATTCGTTC GTCTCCTTCG TCAACCAAAC CATTGTGCCG CAGGGCGCGG251  ATATGGTGTT CGACTATATC GACGCATTCC GCGATCAGGC AAACCGGCTG301  ACCGCCATCG GCAGCGTGAT GCTGGTCGTA ACCTCGCTGA TGCTGATTCG351  GACGATAGAC AATGCGTTCA ACCGCATCTG GCGGGTTAAC ACGCAACGCC401  CCTGGATGAT GCAGTTCCTC GTTTATTGGG CGTTGCTGAC TTTCGGGCCT451  TTGTCTTTGG GTGTGGGCAT TTCCTTTATG GTCGGGTCGG TTCAAGACTC501  CGTACTCTCC TCCGGAGCGC AACAATGGGC GGACGCGTTG AAGACGGCGG551  CAAGGCTGGC TTTCATGACG CTTTTGCTGT GGGGGCTGTA CCGCTTCGTG601  CCCAACCGCT TCGTGCCCGC CCGGCAGGCG TTTGTCGGAG CTTTGATTAC651  GGCATTCTGC CTGGAGACGG CACGTTTCCT GTTCACCTGG TATATGGGCA701  ATTTCGACGG CTACCGCTCG ATTTACGGCG CATTTGCCGC CGTGCCGTTT751  TTCCTGCTGT GGTTAAACCT GCTGTGGACG CTGGTCTTGG GCGGGGCGGT801  GCTGACTTCG TCGCTGTCTT ATTGGCAGGG CGAGGCCTTC CGCAGGGGAT851  TCGACTCGCG CGGACGGTTT GACGACGTGT TGAAAATCCT GCTGCTTCTG901  GATGCGGCGC AAAAAGAAGG CCGAACCCTG TCCGTTCAGG AGTTCAGACG951  GCATATCAAT ATGGGTTACG ATGAATTGGG CGAGCTTTTG GAAAAGCTGG1001  CGCGGTACGG CTATATCTAT TCCGGCAGAC AGGGCTGGGT TTTGAAAACG1051  GGGGCGGATT CGATTGAGTT GAGCGAACTC TTCAAGCTCT TCGTGTACCG1101  CCCGTTGCct gtggaAAGGG ATCATGTGAA CCAAGCTGtc gaTGCGGTAA1151  TGAcgccgtG TTTGCAGACT TTGAACATGA CGCTGGCGGA GTTTGACGCT1201  CAGgcgAAAA AACAGCAGCA GTCTTGA
它编码ORF144ng的一个变体，该变体具有氨基酸序列<SEQ ID 570；ORF144ng-1>:1  MTFLQRWQGL ADNKICAFAW FVIRRFSEER VPQAAASMTF TTLLALVPVL51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP QGADMVFDYI DAFRDQANRL101  TAIGSVMLVV TSLMLIRTID NAFNRIWRVN TQRPWMMQFL VYWALLTFGP151  LSLGVGISFM VGSVQDSVLS SGAQQWADAL KTAARLAFMT LLLWGLYRFV201  PNRFVPARQA FVGALITAFC LETARFLFTW YMGNFDGYRS IYGAFAAVPF251  FLLWLNLLWT LVLGGAVLTS SLSYWQGEAF RRGFDSRGRF DDVLKILLLL301  DAAQKEGRTL SVQEFRRHIN MGYDELGELL EKLARYGYIY SGRQGWVLKT351  GADSIELSEL FKLFVYRPLP VERDHVNQAV DAVMTPCLQT LNMTLAEFDA401  QAKKQQQS*ORF144ng-1和ORF144-1在406个氨基酸的重叠区内显示出有94.1％的相同性：orf144ng-1.pep MTFLQRWQGLADNKICAFAWFVIRRFSEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF
           |||||| |||||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||orf144-1       MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIForf144ng-1.pep PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYIDAFRDQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID
           ||||||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||orf144-1       PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTIDorf144ng-1.pep NAFNRIWRVNTQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFMVGSVQDSVLSSGAQQWADAL
           |:||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf144-1       NTFNRIWRVNSQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFMVGSVQDAALASGAPQWSGALorf144ng-1.pep KTAARLAFMTLLLWGLYRFVPNRFVPARQAFVGALITAFCLETARFLFTWYMGNFDGYRS
           :||| |:|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||orf144-1       RTAATLTFMTLLLWGLYRFVPNRFVPARQAFVGALATAFCLETARSLFTWYMGNFDGYRSorf144ng-1.pep IYGAFAAVPFFLLWLNLLWTLVLGGAVLTSSLSYWQGEAFRRGFDSRGRFDDVLKILLLL
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf144-1       IYGAFAAVPFFLLWLNLLWTLVLGGAVLTSSLSYWQGEAFRRGFDSRGRFDDVLKILLLL
orf144ng-1.pep DAAQKEGRTLSVQEFRRHINMGYDELGELLEKLARYGYIYSGRQGWVLKTGADSIELSEL
               |||||||::| ||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||:||
orf144-1       DAAQKEGKALPVQEFRRHINMGYDELGELLEKLARHGYIYSGRQGWVLKTGADSIELNEL
orf144ng-1.pep FKLFVYRPLPVERDHVNQAVDAVMTPCLQTLNMTLAEFDAQAKKQQQS
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf144-1       FKLFVYRPLPVERDHVNQAVDAVMTPCLQTLNMTLAEFDAQAKKRQ
根据该分析结果(包括在淋球菌蛋白中鉴定出几个推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例75
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 571>:1  ..AGACACGCCC GCCGCATCCG CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA51    AGCCCTCGCC GAACACCTCC ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA101    GCACCGATAT GCGTCAGGAA ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC151    ACCCGCCGCA AATGGCTGGA TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG201    CCTGCTTGAA ACACGGGAAC ACGGCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 572；ORF146>:1  ..RHARRIRIDT AINPELEALA EHLHYQWQGF LWLSTDMRQE ISALVILLQR51    TRRKWLDAHE RQHLRQSLLE TREHG*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 573>:1  ATGAACACCT CGCAACGCAA CCGCCTCGTC AGCCGCTGGC TCAACTCCTA51  CGAACGCTAC CGCTACCGCC GCCTCATCCA CGCCGTCCGG CTCGGCGGGG101  CCGTCCTGTT CGCCACCGCC TCCGCCCGGC TGCTCCACCT CCAACACGGC151  GAGTGGATAG GGATGACCGT CTTCGTCGTC CTCGGCATGC TCCAGTTTCA201  AGGGGCGATT TACTCCAAGG CGGTGGAACG TATGCTCGGC ACGGTCATCG251  GGCTGGGCGC GGGTTTGGGC GTTTTATGGC TGAACCAGCA TTATTTCCAC301  GGCAACCTCC TCTTCTACCT CACCGTCGGC ACGGCAAGCG CACTGGCCGG351  CTGGGCGGCG GTCGGCAAAA ACGGCTACGT CCCTATGCTG GCAGGGCTGA401  CGATGTGTAT GCTCATCGGC GACAACGGCA GCGAATGGCT CGACAGCGGA451  CTCATGCGCG CCATGAACGT CCTCATCGGC GCGGCCATCG CCATCGCCGC501  CGCCAAACTG CTGCCGCTGA AATCCACACT GATGTGGCGT TTCATGCTTG551  CCGACAACCT GGCCGACTGC AGCAAAATGA TTGCCGAAAT CAGCAACGGC601  AGGCGCATGA CCCGCGAACG CCTCGAGGAG AACATGGCGA AAATGCGCCA651  AATCAACGCA CGCATGGTCA AAAGCCGCAG CCATCTCGCC GCCACATCGG701  GCGAAAGCCG CATCAGCCCC GCCATGATGG AAGCCATGCA GCACGCCCAC751  CGTAAAATCG TCAACACCAC CGAGCTGCTC CTGACCACCG CCGCCAAGCT801  GCAATCTCCC AAACTCAACG GCAGCGAAAT CCGGCTGCTT GACCGCCACT851  TCACACTGCT CCAAACCGAC CTGCAACAAA CCGTCGCCCT TATCAACGGC901  AGACACGCCC GCCGCATCCG CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA951  AGCCCTCGCC GAACACCTCC ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA1001  GCACCAATAT GCGTCAGGAA ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC1051  ACCCGCCGCA AATGGCTGGA TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG1101  CCTGCTTGAA ACACGGGAAC ACGGCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 574；ORF146-1>:1  MNTSQRNRLV SRWLNSYERY RYRRLIHAVR LGGAVLFATA SARLLHLQHG51  EWIGMTVFVV LGMLQFQGAI YSKAVERMLG TVIGLGAGLG VLWLNQHYFH101  GNLLFYLTVG TASALAGWAA VGKNGYVPML AGLTMCMLIG DNGSEWLDSG151  LMRAMNVLIG AAIAIAAAKL LPLKSTLMWR FMLADNLADC SKMIAEISNG201  RRMTRERLEE NMAKMRQINA RMVKSRSHLA ATSGESRISP AMMEAMQHAH251  RKIVNTTELL LTTAAKLQSP KLNGSEIRLL DRHFTLLQTD LQQTVALING301  AHARRIRIDT AINPELEALA EHLHYQWQGF LWLSTNMRQE ISALVILLQR351  TRRKWLDAHE RQHLRQSLLE TREHG*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF146和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF146a)在74个氨基酸的重叠区内显示出有98.6％的相同性：
                                             10        20        30orf146.pep                               RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGF
                                     ||||||||||||||||||||||||||||||orf146a    KLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTVALINGRHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGF
              280       290       300       310       320       330
               40        50        60        70orf146.pep LWLSTDMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHERQHLRQSLLETREHGX
       |||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:orf146a    LWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHERQHLRQSLLETREHSX
              340       350       360       370全长ORF146a核苷酸序列<SEQ ID 575>是：1  ATGAACACCT CGCAACGCAA CCGCCTCGTC AGCCGCTGGC TCAACTCCTA51  CGAACGCTAC CGCTACCGCC GCCTCATCCA CGCCGTCCGG CTCGGCGGGG101  CCGTCCTGTT CGCCACCGCC TCCGCCCGGC TGCTCCACCT CCAACACGGC151  GAGTGGATAG GGATGACCGT CTTCGTCGTC CTCGGCATGC TCCAGTTTCA201  AGGGGCGATT TACTCCAAGG CGGTGGAACG TATGCTCGGC ACGGTCATCG251  GGCTGGGCGC GGGTTTGGGC GTTTTATGGC TGAACCAGCA TTATTTCCAC301  GGCAACCTCC TCTTCTACCT CACCGTCGGC ACGGCAAGCG CACTGGCCGG351  CTGGGCGGCG GTCGGCAAAA ACGGCTACGT CCCTATGCTG GCGGGGCTGA401  CGATGTGCAT GCTCATCGGC GACAACGGCA GCGAATGGTT CGACAGCGGC451  CTGATGCGCG CGATGAACGT CCTCATCGGC GCGGCCATCG CCATCGCCGC501  CGCCAAACTG CTGCCGCTGA AATCCACACT GATGTGGCGT TTCATGCTTG551  CCGACAACCT GACCGACTGC AGCAAAATGA TTGCCGAAAT CAGCAACGGC601  AGGCGCATGA CCCGCGAACG CCTCGAAGAG AACATGGCGA AAATGCGCCA651  AATCAACGCA CGCATGGTCA AAAGCCGCAG CCACCTCGCC GCCACATCGG701  GCGAAAGCCG CATCAGCCCC GCCATGATGG AAGCCATGCA GCACGCCCAC751  CGTAAAATTG TCAACACCAC CGAGCTGCTC CTGACCACCG CCGCCAAGCT801  GCAATCTCCC AAACTCAACG GCAGCGAAAT CCGGCTGCTT GACCGCCACT851  TCACACTGCT CCAAACCGAC CTGCAACAAA CCGTCGCCCT TATCAACGGC901  AGACACGCCC GCCGCATCCG CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA951  AGCCCTCGCC GAACACCTCC ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA1001  GCACCAATAT GCGTCAGGAA ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC1051  ACCCGCCGCA AATGGCTGGA TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG1101  CCTGCTTGAA ACACGGGAAC ACAGTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 576>:1  MNTSQRNRLV SRWLNSYERY RYRRLIHAVR LGGAVLFATA SARLLHLQHG51  EWIGMTVFVV LGMLQFQGAI YSKAVERMLG TVIGLGAGLG VLWLNQHYFH101  GNLLFYLTVG TASALAGWAA VGKNGYVPML AGLTMCMLIG DNGSEWFDSG151  LMRAMNVLIG AAIAIAAAKL LPLKSTLMWR FMLADNLTDC SKMIAEISNG201  RRMTRERLEE NMAKMRQINA RMVKSRSHLA ATSGESRISP AMMEAMQHAH251  RKIVNTTELL LTTAAKLQSP KLNGSEIRLL DRHFTLLQTD LQQTVALING301  RHARRIRIDT AINPELEALA EHLHYQWQGF LWLSTNMRQE ISALVILLQR351  TRRKWLDAHE RQHLRQSLLE TREHS*ORF146a和ORF146-1在374个氨基酸的重叠区内显示出有99.5％的相同性：orf146a.pep  MNTSQRNRLVSRWLNSYERYRYRRLIHAVRLGGAVLFATASARLLHLQHGEWIGMTVFVV
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf146-1     MNTSQRNRLVSRWLNSYERYRYRRLIHAVRLGGAVLFATASARLLHLQHGEWIGMTVFVVorf146a.pep    LGMLQFQGAIYSKAVERMLGTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTVGTASALAGWAA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf146-1       LGMLQFQGAIYSKAVERMLGTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTVGTASALAGWAAorf146a.pep    VGKNGYVPMLAGLTMCMLIGDNGSEWFDSGLMRAMNVLIGAAIAIAAAKLLPLKSTLMWR
           ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||orf146-1       VGKNGYVPMLAGLTMCMLIGDNGSEWLDSGLMRAMNVLIGAAIAIAAAKLLPLKSTLMWRorf146a.pep    FMLADNLTDCSKMIAEISNGRRMTRERLEENMAKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISP
           |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf146-1       FMLADNLADCSKMIAEISNGRRMTRERLEENMAKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISPorf146a.pep    AMMEAMQHAHRKIVNTTELLLTTAAKLQSPKLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTVALING
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf146-1       AMMEAMQHAHRKIVNTTELLLTTAAKLQSPKLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTVALINGorf146a.pep    RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHE
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf146-1       RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHEorf146a.pep    RQHLRQSLLETREHSX
           ||||||||||||||:orf146-1       RQHLRQSLLETREHGX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF146和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF146ng)在75个氨基酸的重叠区内显示出有97.3％的相同性：orf146.pep                                RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGF  30
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||orf146ng    KLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTAALINGRHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGF 364orf146.pep  LWLSTDMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHERQHLRQSLLETREHG   75
        |||||:|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||orf146ng    LWLSTNMRQEISALVIPLQRTRRKWLDAHERQHLRQSLLETREHG  409
预计ORF146ng核苷酸序列<SEQ ID 577>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID578>:1  MSGVRFPSPA PIPSTDPPSG SLCFFTFPLQ TASDMNSSQR KRLSGRWLNS51  YERYRHRRLI HAVRLGGTVL FATALARLLH LQHGEWIGMT VFVVLGMLQF101  QGAIYSNAVE RMLGTVIGLG AGLGVLWLNQ HYFHGNLLFY LTIGTASALA151  GWAAVGKNGY VPMLAGLTMC MLIGDNGSEW LDSGLMRAMN VLIGAAIAIA201  AAKLLPLKST LMWRFMLADN LADCSKMIAE ISNGRRMTRE RLEQNMVKMR251  QINARMVKSR SHLAATSGES RISPSMMEAM QHAHRKIVNT TELLLTTAAK301  LQSPKLNGSE IRLLDRHFTL LQTDLQQTAA LINGRHARRI RIDTAINPEL351  EALAEHLHYQ WQGFLWLSTN MRQEISALVI PLQRTRRKWL DAHERQHLRQ401  SLLETREHG*进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 579>:1  ATGAACTCCT CGCAACGCAA ACGCCTTTCC GgccGCTGGC TCAACTCCTA51  CGAACGCTac cGCCaccGCC GCCTCATACA TGCCGTGCGG CTCGGCggaa101  ccgtCCTGTT CGCCACCGCA CTCGCCCGgc tACTCCACCT CCAacacggc151  gAATGGATAG GGAtgaCCGT CTTCGTCGTC CTCGGCATGC TCCAGTTCCA201  AGGCgcgatt tActccaacg cggtgGAacg taTGctcggt acggtcatcg251  ggctgGGCGC GGGTTTGGgc gTTTTATGGC TGAACCAGCA TTAtttccac301  ggcaacCTcc tcttctacct gaccatcggc acggcaagcg cactggccgg351  ctGGGCGGCG GTCGGCAAAA acggctacgt ccctatgctg GCGGGGctgA401  CGATGTGCAT gctcatcggc gACAACGGCA GCGAATGGCT CGACAGCGGC451  CTGATGCGCG CGATGAACGT CCTCATCGGC GCCGCCATCG CCATTGCCGC 501  CGCCAAACTG CTGCCGCTGA AATCCACACT GATGTGGCGT TTCATGCTTG551  CCGACAACCT GGCCGACTGC AGCAAAATGA TTGCCGAAAT CAGCAACGGC601  AGGCGTATGA CGCGCGAACG TTTGGAGCAG AATATGGTCA AAATGCGCCA651  AATCAACGCA CGCATGGTCA AAAGCCGCAG CCACCTCGCC GCCACATCGG701  GCGAAAGCCG CATCAGCCCC TCCATGATGG AAGCCATGCA GCACGCCCAC751  CGCAAAATCG TCAACACCAC CGAGCTGCTC CTGACCACCG CCGCCAAGCT801  GCAATCTCCC AAACTCAACG GCAGCGAAAT CCGGCTGCTC GACCGCCACT851  TCACACTGCT CCAAACCGAC CTGCAACAAA CCGCCGCCCT CATCAACGGC901  AGACACGCCC GCCGCATCCG CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA951  AGCCCTCGCC GAACACCTCC ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA1001  GCACCAATAT GCGTCAGGAA ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC1051  ACCCGCCGCA AATGGCTGGA TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG1101  CCTGCTTGAA ACACGGGAAC ACGGCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 580；ORF146ng-1>:1  MNSSQRKRLS GRWLNSYERY RHRRLIHAVR LGGTVLFATA LARLLHLQHG51  EWIGMTVFVV LGMLQFQGAI YSNAVERMLG TVIGLGAGLG VLWLNQHYFH101  GNLLFYLTIG TASALAGWAA VGKNGYVPML AGLTMCMLIG DNGSEWLDSG151  LARAMNVLIG AAIAIAAAKL LPLKSTLMWR FMLADNLADC SKMIAEISNG201  RRMTRERLEQ NMVKMRQINA RMVKSRSHLA ATSGESRISP SMMEAMQHAH251  RKIVNTTELL LTTAAKLQSP KLNGSEIRLL DRHFTLLQTD LQQTAALING301  RHARRIRIDT AINPELEALA EHLHYQWQGF LWLSTNMRQE ISALVILLQR351  TRRKWLDAHE RQHLRQSLLE TREHG*ORF146ng-1和ORF146-1在375个氨基酸的重叠区内显示出有96.5％的相同性：orf146-1.pep   MNTSQRNRLVSRWLNSYERYRYRRLIHAVRLGGAVLFATASARLLHLQHGEWIGMTVFVV
           ||:|||:|| :||||||||||:|||||||||||:|||||| |||||||||||||||||||orf146ng-1     MNSSQRKRLSGRWLNSYERYRHRRLIHAVRLGGTVLFATALARLLHLQHGEWIGMTVFVVorf146-1.pep   LGMLQFQGAIYSKAVERMLGTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTVGTASALAGWAA
           ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||orf146ng-1     LGMLQFQGAIYSNAVERMLGTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTIGTASALAGWAAorf146-1.pep   VGKNGYVPMLAGLTMCMLIGDNGSEWLDSGLMRAMNVLIGAAIAIAAAKLLPLKSTLMWR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf146ng-1     VGKNGYVPMLAGLTMCMLIGDNGSEWLDSGLMRAMNVLIGAAIAIAAAKLLPLKSTLMWRorf146-1.pep   FMLADNLADCSKMIAEISNGRRMTRERLEENMAKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISP
           |||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||orf146ng-1     FMLADNLADCSKMIAEISNGRRMTRERLEQNMVKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISPorf146-1.pep   AMMEAMQHAHRKIVNTTELLLTTAAKLQSPKLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTVALING
           :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||orf146ng-1     SMMEAMQHAHRKIVNTTELLLTTAAKLQSPKLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTAALINGorf146-1.pep   RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHE
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf146ng-1     RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHEorf146-1.pep   RQHLRQSLLETREHGX
           ||||||||||||||||orf146ng-1     RQHLRQSLLETREHGX
另外，ORF146ng-1显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白同源：
sp|P33011|YEEA_ECOLI COBU-SBMC基因间区域中假设的40.0KD蛋白
＞gi|1736674|gnl|PID|d1016553(D90838)ORF_ID:o348#20：与[SwissProt登录号P33011][大肠杆菌]相似＞gi|1736682|gnl|PID|d1016560(D90839)ORF_ID:o348#20；与[SwissProt登录号P33011][大肠杆菌]相似＞gi|1788318(AE000292)f352；与片段YEEA_ECOLI L00％相同SW:P33011，但C端有附加的203个残基[大肠杆菌]长度=352
评分=109位(271)，估计值=2e-23
相同性=89/347(25％)，阳性=150/347(42％)，空隙=21/347(6％)
询问：20  YRHRRLIHAVRLGGTVLFATALARLLHLQHGEWIGMTVFVVLGMLQFQGAIYSNAVERML 79
       YRH R++H  R+    L    + RL  +    W  +T+ V++G + F G +   A ER+目标：15  YRHYRIVHGTRVALAFLLTFLIIRLFTIPESTWPLVTMVVIMGPISFWGNVVPRAFERIG 74询问：80  GTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTIGTASALAGWAAVGKNGYVPMLAGLTMCMLI 139
       GTV+G   GL  L L         L  +    A  L GW A+GK  Y  +L G+T+ +++目标：75  GTVLGSILGLIALQLE---LISLPLMLVWCAAAMFLCGWLALGKKPYQGLLIGVTLAIVV 131询问：140 GDNGSEWLDSGLMRAMNVLIGXXXXXXXXKLLPLKSTLMWRFMLADNLADCSKMIAEISN 199
       G    E +D+ L R+ +V++G         + P ++ + WR  LA +L + +++     +目标：132 GSPTGE-IDTALWRSGDVILGSLLAMLFTGIWPQRAFIHWRIQLAKSLTEYNRVYQSAFS 190询问：200 GRRMTRERLEQNMVKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISPSMMEAMQHAHRKIVNXXXX 259
          + R RLE ++ K+       VK R  +A  S E+RI  S+ E +Q  +R +V目标：191 PNLLERPRLESHLQKLL---TDAVKMRGLIAPASKETRIPKSIYEGIQTINRNLVCMLEL 247询问：260 XXXXXXXXQSPK---LNGSEIRLLDRHFXXXXXXXXXXAALINGRHARRIRIDTAINPEL 316
               +      LN  ++R  D              AL  G           +N  +目标：248 QINAYWATRPSHFVLLNAQKLR--DTQHMMQQILLSLVHALYEGNPQPVFANTEKLNDAV 305询问：317 EALAEHL--HYQWQ-------GFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRK 354
       E L + L  H+  +       G++WL+     ++  L  L+ R  RK目标：306 EELRQLLNNHHDLKVVETPIYGYVWLNMETAHQLELLSNLICRALRK 352
根据该分析结果(包括鉴定出在此淋球菌中的几个跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例76
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 581>1  ..GCCGAAGACA CGCGCGTTAC CGCACAGCTT TTGAGCGCGT ACGGCATTCA51    GGGCAAACTC GTCAGTGTGC GCGAACACAA CGAACGGCAG ATGGCGGACA101    AGATTGTCGG CTATCTTTCA GACGGCATGG TTGTGGCACA GGTTTCCGAT151    GCGGGTACGC CGGCCGTGTG CGACCCGGGC GCGAAACTCG CCCGCCGCGT201    GCGTGAGGCC GGGTTTAAAG TCGTTCCCGT CGTGGGCGCA AC.GCGGTGA251    TGGCGGCTTT GAGCGTGGCC GGTGTGGAAG GATCCGATTT TTATTTCAAC301    GGTTTTGTAC CGCCGAAATC GGGAGAACGC AGGAAACTGT TTGCCAAATG351    GGTGCGGGCG GCGTTTCCTA TCGTCATGTT TGAAACGCCG CACCGCATCG401    GTGCAGCGCT TGCCGATATG GCGGAACTGT TCCCCGAACG CCGATTAATG451    CTGGCGCGCG AAATTACGAA AACGTTTGAA ACGTTCTTAA GCGGCACGGT501    TGGGGAAATT CAGACGGCAT TGTCTGCCGA CGGCGACCAA TCGCGCGGCG551    AGATGGTGTT GGTGCTTTAT CCGGCGCAGG ATGAAAAACA CGAAGGCTTG601    TCCGAGTCCG CGCAAAACAT CATGAAAATC CTCACAGCCG AGCTGCCGAC651    CAAACAGGCG GCGGAGCTTG CTGCCAAAAT CACGGGCGAG GGAAAGAAAG701    CTTTGTACGA T..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 582；ORF147>:1  ..AEDTRVTAQL LSAYGIQGKL VSVREHNERQ MADKIVGYLS DGMVVAQVSD51    AGTPAVCDPG AKLARRVREA GFKVVPVVGA XAVMAALSVA GVEGSDFYFN101    GFVPPKSGER RKLFAKWVRA AFPIVMFETP HRIGAALADM AELFPERRLM151    LAREITKTFE TFLSGTVGEI QTALSADGDQ SRGEMVLVLY  PAQDEKHEGL201    SESAQNIMKI LTAELPTKQA AELAAKITGE GKKALYD..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 583>:1    ATGTTTCAGA AACATTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC51    ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCGGAC ATTACCCTGC101    GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATCTGTGC CGAAGACACG151    CGCGTTACCG CACAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAAACTCGT201  CAGTGTGCGC GAACACAACG AACGGCAGAT GGCGGACAAG ATTGTCGGCT251  ATCTTTCAGA CGGCATGGTT GTGGCACAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG301  GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GTGAGGCCGG351  GTTTAAAGTC GTTCCCGTCG TGGGCGCAAG CGCGGTGATG GCGGCTTTGA401  GCGTGGCCGG TGTGGAAGGA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG451  CCGAAATCGG GAGAACGCAG GAAACTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGCGGC501  GTTTCCTATC GTCATGTTTG AAACGCCGCA CCGCATCGGT GCGACGCTTG551  CCGATATGGC GGAACTGTTC CCCGAACGCC GATTAATGCT GGCGCGCGAA601  ATTACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA651  GACGGCATTG TCTGCCGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG701  TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCCGCG751  CAAAACATCA TGAAAATCCT CACAGCCGAG CTGCCGACCA AACAGGCGGC801  GGAGCTTGCT GCCAAAATCA CGGGCGAGGG AAAGAAAGCT TTGTACGATC851  TGGCTCTGTC TTGGAAAAAC AAATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 584；ORF147-1>:1  MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADIICAEDT51  RVTAQLLSAY GIQGKLVSVR EHNERQMADK IVGYLSDGMV VAQVSDAGTP101  AVCDPGAKLA RRVREAGFKV VPVVGASAVM AALSVAGVEG SDFYFNGFVP151  PKSGERRKLF AKWVRAAFPI VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE201  ITKTFETFLS GTVGEIQTAL SADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA251  QNIMKILTAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与大肠杆菌的假设蛋白ORF286(登录号为U18997)的同源性
ORF147和大肠杆菌ORF286蛋白在237个氨基酸的重叠区内显示出有36％的氨基酸相同性：Orf147:1   AEDTRVTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPG 60
       AEDTR T  LL  +GI  +L ++ +HNE+Q A+ ++  L +G  +A VSDAGTP + DPGOrf286:43  AEDTRHTGLLLQHFGINARLFALHDHNEQQKAETLLAKLQEGQNIALVSDAGTPLINDPG 102Orf147:61  AKLARRVREXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRA 120
         L R  RE                           F + GF+P KS  RROrf286:103 YHLVRTCREAGIRVVPLPGPCAAITALSAAGLPSDRFCYEGFLPAKSKGRRDALKAIEAE 162Orf147:121 AFPIVMFETPHRIGAALADMAELFPERR-LMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGD 179
          ++ +E+ HR+  +L D+  +  E R ++LARE+TKT+ET     VGE+   +  D +Orf286:163 PRTLIFYESTHRLLDSLEDIVAVLGESRYVVLARELTKTWETIHGAPVGELLAWVKEDEN 222Orf147:180 QSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALY 236
       + +GEMVL++      + E L   A   + +L AELP K+AA LAA+I G  K ALYOrf286:223 RRKGEMVLIV-EGHKAQEEDLPADALRTLALLQAELPLKKAAALAAEIHGVKKNALY 278
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF147和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF75a在237个氨基酸的重叠区内显示出有96.6％的相同性：
                                             10        20        30orf147.pep                               AEDTRVTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQ
                                     ||||||||||||||||||||||||||||||orf75a     TLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQ
         20        30        40        50        60        70
               40        50        60        70        80        90orf147.pep MADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPVVGAXAVMAALSVA
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||orf75a     MADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREVGFKVVPVVGASAVMAALSVA
         80        90       100       110       120       130
              100       110       120       130       140       150orf147.pep GVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIVMFETPHRIGAALADMAELFPERRLM
       || ||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||||||:||||||||||||||orf75a     GVAGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRVAFPVVMFETPHRIGATLADMAELFPERRLM
        140       150       160       170       180       190
              160       170       180       190       200       210orf147.pep LAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGDQSRGFMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKI
       ||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||orf75a     LAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKI
        200       210       220       230       240       250
              220       230orf147.pep LTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYD
       |||||||||||||||||||||||||||orf75a     LTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
        260       270       280       290
ORF147a与ORF75a相同，它包括ORF75的氨基酸56-292。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF147和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF147ng)在237个氨基酸的重叠区内显示出有94.1％的相同性：orf147.pep                               AEDTRVTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQ  30
                                     ||||||||||||||||||:|||||||||||orf147ng   TLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAYGIQGRLVSVREHNERQ  85orf147.pep MADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPVVGAXAVMAALSVA  90
       ||||::|:||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||orf147ng   MADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPVVGASAVMAALSVA 145orf147.pep GVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIVMFETPHRIGAALADMAELFPERRLM 150
       ||  |||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||:||||||||||||||orf147ng   GVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVVMFETPHRIGATLADMAELFPERRLM 205orf147.pep LAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGDQSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKI 210
       ||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||| |||orf147ng   LAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNAMKI 265orf147.pep LTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYD          237
       |:|||||||||||||||||||||||||orf147ng   LAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNK  300
预计ORF147ng核苷酸序列<SEQ ID 585>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID586>:1  MSVFQTAFFM FQKHLQKASD SVVGGTLYVV ATPIGNLADI TLRALAVLQK51  ADIICAEDTR VTAQLLSAYG IQGRLVSVRE HNERQMADKV IGFLSDGLVV101  AQVSDAGTPA VCDPGAKLAR RVREAGFKVV PVVGASAVMA ALSVAGVAES151  DFYFNGFVPP KSGERRKLFA KWVRAAFPVV MFETPHRIGA TLADMAELFP201  ERRLMLAREI TKTFETFLSG TVGEIQTALA ADGNQSRGEM VLVLYPAQDE251  KHEGLSESAQ NAMKILAAEL PTKQAAELAA KITGEGKKAL YDLALSWKNK301  *进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 587>:1  ATGTTTCAGA AACACTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC51  ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCAGAC ATTACCCTGC101  GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATTTGTGC CGAAGACACG151  CGCGTTACTG CGCAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAGGTTGGT201  CAGTGTGCGC GAACACAACG AGCGGCAGAT GGCGGACAAG GTAATCGGTT251  TCCTTTCAGA CGGCCTGGTT GTGGCGCAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG301  GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GCGAAGCAGG351  GTTCAAAGTC GTTCCCGTCG TGGGCGCAAG CGCGGTAATG GCGGCGTTGA401  GTGTGGCCGG TGTGGCGGAA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG451  CCGAAATCGG GCGAACGTAG GAAATTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGCGGC501  ATTTCCTGTC GTCATGTTTG AAACGCCGCA CCGAATCGGG GCAACGCTTG551  CCGATATGGC GGAATTGTTC CCCGAACGCC GTCTGATGCT GGCGCGCGAA601  ATCACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA651  GACGGCATTG GCGGCGGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG701  TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCTGCG751  CAAAATGCGA TGAAAATCCT TGCGGCCGAG CTGCCGACCA AGCAGGCGGC801  GGAGCTTGCC GCCAAGATTA CAGGTGAGGG CAAAAAGGCT TTGTACGATT851  TGGCACTGTC GTGGAAAAAC AAATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 588；ORF147ng-1>:1  MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADIICAEDT51  RVTAQLLSAY GIQGRLVSVR EHNERQMADK VIGFLSDGLV VAQVSDAGTP101  AVCDPGAKLA RRVREAGFKV VPVVGASAVM AALSVAGVAE SDFYFNGFVP151  PKSGERRKLF AKWVRAAFPV VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE201  ITKTFETFLS GTVGEIQTAL AADGNQSRGE MVLYLYPAQD EKHEGLSESA251  QNAMKILAAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*
ORF147ng显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白同源：
sp|P45528| YRAL_ECOLI AGAI-MTR基因间区域中假设的31.3KD蛋白(F286)
＞gi|606086(U18997)ORF_f286[大肠杆菌]
＞gi|1789535(AE000395)agai-mtr基因间区域中假设的31.3kD蛋白[大肠杆菌]长度=286
评分=218位(550)，估计值=3e-56
相同性=128/284(45％)，阳性=171/284(60％)，空隙=4/284(1％)
询问：4   KHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAYGIQ 63
           K  Q A +S   G LY+V TPIGNLADIT RAL VLD  D+I AEDTR T  LL  +GI
目标：2   KQHQSADNSQ--GQLYIVPTPIGNLADITQRALEVLQAVDLIAAEDTRHTGLLLQHFGIN 59
询问：64  GRLVSVREHNERQMADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPV 123
            RL ++ +HNE+Q A+ ++  L +G  +A VSDAGTP + DPG  L R  REAG +VVP+
目标：60  ARLFALHDHNEQQKAETLLAKLQEGQNIALVSDAGTPLINDPGYHLVRTCREAGIRVVPL 119
询问：124 VGASAVMAALSVAGVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVVMFETPHRIGATL 183
            G  A + ALS AG+    F + GF+P KS  RR            ++ +E+ HR+  +L
目标：120 PGPCAAITALSAAGLPSDRFCYEGFLPAKSKGRRDALKAIEAEPRTLIFYESTHRLLDSL 179
询问：184 ADMAELFPERR-LMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQDEK 242
            D+  +  E R ++LARE+TKT+ET     VGE+   +  D N+ +GEMVL++      +
目标：180 EDIVAVLGESRYVVLARELTKTWETIHGAPVGELLAWVKEDENRRKGEMVLIV-EGHKAQ 238
询问：243 HEGLSESAQNAMKILAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLAL 286
            E L   A   + +L AELP K+AA LAA+I G  K ALY  AL
目标：239 EEDLPADALRTLALLQAELPLKKAAALAAEIHGVKKNALYKYAL 282
根据计算机的分析以及淋球菌蛋白中存在一个推定跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例77
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 589>   1  ATGAAAACAA CCGACAAACG GACAACCGAA ACACACCGCA AAGCCCCGAA51  AACCGGTCGC ATCCGCTTCT C.GCTGCTTA CTTAGCCATA TGCCTGTCGT101  TCGGCATTCT TCCCCAAGCC TGGGCGGGAC ACACTTATTT CGGCATCAAC151  TACCAATACT ATCGCGACTT TGCCGAAAAT AAAGGCAAGT TTGCAGTCGG201  GGCGAAAGAT ATTGAGGTTT ACAACAAAAA AGGGGAGTTG GTCGGCAAAT251  CAATGACAAA AGCCCCGATG ATTGATTTTT CTGTGGTGTC GCGTAACGGC301  GTGGCGGcAT TGGTGGGCGt ATCAATATAT TGTGAGCGTG GCACATAACG351  GCGGCTATAA CAACGTTGAT TTTGGTGCGG AAGGAAk.AA tATCCC.GAT401  CAACAwCGww TTACTTATAA AATTGTGAAA CGGAATAATT ATAAAGCAGG451  GACTAAAGGC CATCCTTATG GCGGCGATTA TCATATGCCG CGTTTGCATA501  AATwTGTCAC AGATGCAGAA CCTGTTGAAA TGACCAGTTA TATGGATGGG551  CGGAAATATA TCGATCAAAA TAATTACCCT GACCGTGTTC GTATTGGGGC601  AGGCAGGCAA TATTGGCGAT CTGATGAAGA TGAGCCCAAT AACCGCGAAA651  GTTCATATCA TATTGCAAGT .......... .......... ..........701  .......... .....GGCTC ACCAATGTTT ATCTATGATG CCCAAAAGCA751  AAAGTGGTTA ATTAATGGGG TATTGCAAAC GGGCAACCCC TATATAGGAA801  AAAGCAATGG CTTCCAGCTG GTTCGTAAAG ATTGGTTCTA TGATGAAATC851  TTTGCTGGAG ATACCCATTC AGTATTCTAC GAACCACGTC AAAATGGGAA901  ATACTCTTTT AACGACGATA ATAATGGCAC AGGAAAAATC AATGCCAAAC951  ATGAACACAA TTCTCTGCCT AATAGATTAA AAACACGAAC CGTTCAATTG1001  TTTAATGTTT CTTTATCCGA GACAGCAAGA GAACCTGTTT ATCATGCTGC1051  AGGTGGTGTC AACAGTTATC GACCCAGACT GAATAATGGA GAAAATATTT1101  CCTTTATTGA CGAAGGAAAA GGCGAATTGA TACTTACCAG CAACATCAAT1151  CAAGGTGCTG GAGGATTATA TTTCCAAGGA GATTTTACGG TCTCGCCTGA1201  AAATAACGAA ACTTGGCAAG GCGCGGGCGT TCATATCAGT GAAGACAGTA1251  CCGTTACTTG GAAAGTAAAC GGCGTGGCAA ACGACCGCCT GTCCAAAATC1301  GGCAAAGGCA CGCTG..... .......... .......... ..........
                                         //2101  .......... .......... .......... .......... ...GATAAAG2151  TGACTGCTTC ATTGACTAAG ACCGACATCA GCGGCAATGT CGATCTTGCC2201  GATCACGCTC ATTTAAATCT CACAGGGCTT GCCACACTCA ACGGCAATCT2251  TAGTGCAAAT GGCGATACAC GTTATACAGT CAGCCACAAC GCCACCCAAA2301  ACGGCAACCk TAgCCtCGtG G.sAATGcCC AAGCAACATT TAATCAAGCC2351  ACATTAAACG GCAACACATC GGCTTCgGGC AATGCTTCAT TTAATCTAAG2401  CGACCACGCC GTACAAAACG GCAGTCTGAC GCTTTCCGGC AACGCTAAGG2451  CAAACGTAAG CCATTCCGCA CTCAACGGTA ATGTCTCCCT AGCCGATAAG2501  GCAGTATTCC ATTTTGAAAG CAGCCGCTTT ACCGGACAAA TCAGCGGCGG2551  CAagGATACG GCATTACACT TAAAAGACAG CGAATGGACG CTGCCGTCAg2601  GarCGGAATT AGGCAATTTA AACCTTGACA ACGCCACCAT TACaCTCAAT2651  TCCGCCTATC GCCACGATGC GGCAGGGGCG CAAACCGGCA GTGCGACAGA2701  TGCGCCGCGC CGCCGTTCGC GCCGTTCGCG CCGTTCCCTA TTATmCGTTA2751  CACCGCCAAC TTCGGTAGAA TCCCGTTTCA ACACGCTGAC GGTAAACGGC2801  AAATTGAACG GTCAGGGAAC ATTCCGCTTT ATGTCGGAAC TCTTCGGCTA2851  CCGCAGCGAC AAATTGAAGC TGGCGGAAAG TTCCGAAGGC ACTTACACCT2901  TGGCGGTCAA CAATACCGGC AACGAACCTG CAAGCCTCGA ACAATTGACG2951  GTAGTGGAAG GAAAAGACAA CAAACCGCTG TCCGAAAACC TTAATTTCAC3001  CCTGCAAAAC GAACACGTCG ATGCAGGCGC GTGG...... ..........
                                         //3551  .......... .......... ....TTAGAC CGCGTATTTG CCGAAGACCG3601  CCGCAACGCC GTTTGGACAA GCGGCATCCG GGACACCAAA CACTACCGTT3651  CGCAAGATTT CCGCGCCTAC CGCCAACAAA CCGACCTGCG CCAAATCGGT3701  ATGCAGAAAA ACCTCGGCAG CGGGCGCGTC GCCATCCTGT TTTCGCACAA3751  CCGGACCGAA AACACCTTCG ACGACGGCAT CGGCAACTCG GCACGGCTTG3801  CCCACGGCGC CGTTTTCGGG CAATACGGCA TCGACAGGTT CTACATCGGC3851  ATCAGnCGCG GGCGCGGGTT TTAGCAGCGG CAGCCTTTcA GACGGCATCG3901  GAGsmAAAwT CCGCCGCCGC GTGCtGCATT ACGGCATTCA GGCACGAtAC3951  CGCGCCGgtt tCggCGgATt CGGCATCGAA CCGCACATCG GCGCAACGCg4001  ctATTTCGTC CAAAAAGCGG ATTACCGCTA CGAAAACGTC AATATCGCCA4051  CCCCCGGCCT TGCATTCAAC CGcTACCGCG CGGGCATTAa GGCAGATTAT4101  TCATTCAAAC CGGCGCAACA CATTTCCATC ACGCCTTATT TGAGCCTGTC4151  CTATACCGAT GCCGCTTCGG GCAAAGTCCG AACACGCGTC AATACCGCCG4201  TATTGGCTCA GGATTTCGGC AAAACCCGCA GTGCGGAATG GGgCGTAAAC4251  GCCGAAATCA AAGGTTTCAC GCTGTCCCTC CACGCTGCCG CCGCCAAAGG4301  CCCGCAACTG GAAGCGCAAC ACAGCGCGGG CATCAAATTA GGCTACCGCT4351  GGTAA...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 590；ORFI>:1  MKTTDKRTTE THRKAPKTGR IRFXAAYLAI CLSFGILPQA WAGHTYFGIN51  YQYYRDFAEN KGKFAVGAKD IEVYNKKGEL VGKSMTKAPM IDFSVVSRNG101  VAALVGYQYI VSVAHNGGYN NVDFGAEGXN IXDQXRXTYK IVKRNNYKAG151  TKGHPYGGDY HMPRLHKXVT DAEPVEMTSY MDGRKYIDQN NYPDRVRIGA201  GRQYWRSDED EPNNRESSYH IAS....... ........GS PMFIYDAQKQ251  KWLINGVLQT GNPYIGKSNG FQLVRKDWFY DEIFAGDTHS VFYEPRQNGK301  YSFNDDNNGT GKINAKHEHN SLPNRLKTRT VQLFNVSLSE TAREPVYHAA351  GGVNSYRPRL NNGENISFID EGKGELILTS NINQGAGGLY FQGDFTVSPE401  NNETWQGAGV HISEDSTVTW KVNGVANDRL SKIGKGTL.. ..........
                                        //701  .......... ....DKVTAS LTKTDISGNV DLADHAHLNL TGLATLNGNL751  SANGDTRYTV SHNATQNGNX SLVXNAQATF NQATLNGNTS ASGNASFNLS801  DHAVQNGSLT LSGNAKANVS HSALNGNVSL ADKAVFHFES SRFTGQISGG851  KDTALHLKDS EWTLPSGXEL GNLNLDNATI TLNSAYRHDA AGAQTGSATD901  APRRRSRRSR RSLLXVTPPT SVESRFNTLT VNGKLNGQGT FRFMSELFGY951  RSDKLKLAES SEGTYTLAVN NTGNEPASLE QLTVVEGKDN KPLSENLNFT1001  LQNEHVDAGA W......... .......... .......... ..........
                                        //1151  .......... .......... .......... .......... .LDRVFAEDR1201  RNAVWTSGIR DTKHYRSQDF RAYRQQTDLR QIGMQKNLGS GRVGILFSHN1251  RTENTFDDGI GNSARLAHGA VFGQYGIDRF YIGISAGAGF SSGSLSDGIG1301  XKXRRRVLHY GIQARYRAGF GGFGIEPHIG ATRYFVQKAD YRYENVNIAT1351  PGLAFNRYRA GIKADYSFKP AQHISITPYL SLSYTDAASG KVRTRVNTAV1401  LAQDFGKTRS AEWGVNAEIK GFTLSLHAAA AKGPQLEAQH SAGIKLGYRW1451  *进一步的序列分析揭示了全部的核苷酸序列<SEQ ID 591>:1  ATGAAAACAA CCGACAAACG GACAACCGAA ACACACCGCA AAGCCCCGAA51  AACCGGCCGC ATCCGCTTCT CGCCTGCTTA CTTAGCCATA TGCCTGTCGT101  TCGGCATTCT TCCCCAAGCC TGGGCGGGAC ACACTTATTT CGGCATCAAC151  TACCAATACT ATCGCGACTT TGCCGAAAAT AAAGGCAAGT TTGCAGTCGG201  GGCGAAAGAT ATTGAGGTTT ACAACAAAAA AGGGGAGTTG GTCGGCAAAT251  CAATGACAAA AGCCCCGATG ATTGATTTTT CTGTGGTGTC GCGTAACGGC301  GTGGCGGCAT TGGTGGGCGA TCAATATATT GTGAGCGTGG CACATAACGG351  CGGCTATAAC AACGTTGATT TTGGTGCGGA AGGAAGAAAT CCCGATCAAC401  ATCGTTTTAC TTATAAAATT GTGAAACGGA ATAATTATAA AGCAGGGACT451  AAAGGCCATC CTTATGGCGG CGATTATCAT ATGCCGCGTT TGCATAAATT501  TGTCACAGAT GCAGAACCTG TTGAAATGAC CAGTTATATG GATGGGCGGA551  AATATATCGA TCAAAATAAT TACCCTGACC GTGTTCGTAT TGGGGCAGGC601  AGGCAATATT GGCGATCTGA TGAAGATGAG CCCAATAACC GCGAAAGTTC651  ATATCATATT GCAAGTGCGT ATTCTTGGCT CGTTGGTGGC AATACCTTTG701  CACAAAATGG ATCAGGTGGT GGCACAGTCA ACTTAGGTAG TGAAAAAATT751  AAACATAGCC CATATGGTTT TTTACCAACA GGAGGCTCAT TTGGCGACAG801  TGGCTCACCA ATGTTTATCT ATGATGCCCA AAAGCAAAAG TGGTTAATTA851  ATGGGGTATT GCAAACGGGC AACCCCTATA TAGGAAAAAG CAATGGCTTC901  CAGCTGGTTC GTAAAGATTG GTTCTATGAT GAAATCTTTG CTGGAGATAC951  CCATTCAGTA TTCTACGAAC CACGTCAAAA TGGGAAATAC TCTTTTAACG1001  ACGATAATAA TGGCACAGGA AAAATCAATG CCAAACATGA ACACAATTCT1051  CTGCCTAATA GATTAAAAAC ACGAACCGTT CAATTGTTTA ATGTTTCTTT1101  ATCCGAGACA GCAAGAGAAC CTGTTTATCA TGCTGCAGGT GGTGTCAACA1151  GTTATCGACC CAGACTGAAT AATGGAGAAA ATATTTCCTT TATTGACGAA1201  GGAAAAGGCG AATTGATACT TACCAGCAAC ATCAATCAAG GTGCTGGAGG1251  ATTATATTTC CAAGGAGATT TTACGGTCTC GCCTGAAAAT AACGAAACTT1301  GGCAAGGCGC GGGCGTTCAT ATCAGTGAAG ACAGTACCGT TACTTGGAAA1351  GTAAACGGCG TGGCAAACGA CCGCCTGTCC AAAATCGGCA AAGGCACGCT1401  GCACGTTCAA GCCAAAGGGG AAAACCAAGG CTCGATCAGC GTGGGCGACG1451  GTACAGTCAT TTTGGATCAG CAGGCAGACG ATAAAGGCAA AAAACAAGCC1501  TTTAGTGAAA TCGGCTTGGT CAGCGGCAGG GGTACGGTGC AACTGAATGC1551  CGATAATCAG TTCAACCCCG ACAAACTCTA TTTCGGCTTT CGCGGCGGAC1601  GTTTGGATTT AAACGGGCAT TCGCTTTCGT TCCACCGTAT TCAAAATACC1651  GATGAAGGGG CGATGATTGT CAACCACAAT CAAGACAAAG AATCCACCGT1701  TACCATTACA GGCAATAAAG ATATTGCTAC AACCGGCAAT AACAACAGCT1751  TGGATAGCAA AAAAGAAATT GCCTACAACG GTTGGTTTGG CGAGAAAGAT1801  ACGACCAAAA CGAACGGGCG GCTCAACCTT GTTTACCAGC CCGCCGCAGA1851  AGACCGCACC CTGCTGCTTT CCGGCGGAAC AAATTTAAAC GGCAACATCA1901  CGCAAACAAA CGGCAAACTG TTTTTCAGCG GCAGACCAAC ACCGCACGCC1951  TACAATCATT TAAACGACCA TTGGTCGCAA AAAGAGGGCA TTCCTCGCGG2001  GGAAATCGTG TGGGACAACG ACTGGATCAA CCGCACATTT AAAGCGGAAA2051  ACTTCCAAAT TAAAGGCGGA CAGGCGGTGG TTTCCCGCAA TGTTGCCAAA2101  GTGAAAGGCG ATTGGCATTT GAGCAATCAC GCCCAAGCAG TTTTTGGTGT2151  CGCACCGCAT CAAAGCCACA CAATCTGTAC ACGTTCGGAC TGGACGGGTC2201  TGACAAATTG TGTCGAAAAA ACCATTACCG ACGATAAAGT GATTGCTTCA2251  TTGACTAAGA CCGACATCAG CGGCAATGTC GATCTTGCCG ATCACGCTCA2301  TTTAAATCTC ACAGGGCTTG CCACACTCAA CGGCAATCTT AGTGCAAATG2251  GCGATACACG TTATACAGTC AGCCACAACG CCACCCAAAA CGGCAACCTT2401  AGCCTCGTGG GCAATGCCCA AGCAACATTT AATCAAGCCA CATTAAACGG2451  CAACACATCG GCTTCGGGCA ATGCTTCATT TAATCTAAGC GACCACGCCG2501  TACAAAACGG CAGTCTGACG CTTTCCGGCA ACGCTAAGGC AAACGTAAGC2551  CATTCCGCAC TCAACGGTAA TGTCTCCCTA GCCGATAAGG CAGTATTCCA2601  TTTTGAAAGC AGCCGCTTTA CCGGACAAAT CAGCGGCGGC AAGGATACGG2651  CATTACACTT AAAAGACAGC GAATGGACGC TGCCGTCAGG CACGGAATTA2701  GGCAATTTAA ACCTTGACAA CGCCACCATT ACACTCAATT CCGCCTATCG2751  CCACGATGCG GCAGGGGCGC AAACCGGCAG TGCGACAGAT GCGCCGCGCC2801  GCCGTTCGCG CCGTTCGCGC CGTTCCCTAT TATCCGTTAC ACCGCCAACT2851  TCGGTAGAAT CCCGTTTCAA CACGCTGACG GTAAACGGCA AATTGAACGG2901  TCAGGGAACA TTCCGCTTTA TGTCGGAACT CTTCGGCTAC CGCAGCGACA2951  AATTGAAGCT GGCGGAAAGT TCCGAAGGCA CTTACACCTT GGCGGTCAAC3001  AATACCGGCA ACGAACCTGC AAGCCTCGAA CAATTGACGG TAGTGGAAGG3051  AAAAGACAAC AAACCGCTGT CCGAAAACCT TAATTTCACC CTGCAAAACG3101  AACACGTCGA TGCCGGCGCG TGGCGTTACC AACTCATCCG CAAAGACGGC3151  GAGTTCCGCC TGCATAATCC GGTCAAAGAA CAAGAGCTTT CCGACAAACT3201  CGGCAAGGCA GAAGCCAAAA AACAGGCGGA AAAAGACAAC GCGCAAAGCC3251  TTGACGCGCT GATTGCGGCC GGGCGCGATG CCGTCGAAAA GACAGAAAGC3301  GTTGCCGAAC CGGCCCGGCA GGCAGGCGGG GAAAATGTCG GCATTATGCA3351  GGCGGAGGAA GAGAAAAAAC GGGTGCAGGC GGATAAAGAC ACCGCCTTGG3401  CGAAACAGCG CGAAGCGGAA ACCCGGCCGG CTACCACCGC CTTCCCCCGC3451  GCCCGCCGCG CCCGCCGGGA TTTGCCGCAA CTGCAACCCC AACCGCAGCC3501  CCAACCGCAG CGCGACCTGA TCAGCCGTTA TGCCAATAGC GGTTTGAGTG3551  AATTTTCCGC CACGCTCAAC AGCGTTTTCG CCGTACAGGA CGAATTAGAC3601  CGCGTATTTG CCGAAGACCG CCGCAACGCC GTTTGGACAA GCGGCATCCG3651  GGACACCAAA CACTACCGTT CGCAAGATTT CCGCGCCTAC CGCCAACAAA3701  CCGACCTGCG CCAAATCGGT ATGCAGAAAA ACCTCGGCAG CGGGCGCGTC3751  GGCATCCTGT TTTCGCACAA CCGGACCGAA AACACCTTCG ACGACGGCAT3801  CGGCAACTCG GCACGGCTTG CCCACGGCGC CGTTTTCGGG CAATACGGCA3851  TCGACAGGTT CTACATCGGC ATCAGCGCGG GCGCGGGTTT TAGCAGCGGC3901  AGCCTTTCAG ACGGCATCGG AGGCAAAATC CGCCGCCGCG TGCTGCATTA3951  CGGCATTCAG GCACGATACC GCGCCGGTTT CGGCGGATTC GGCATCGAAC4001  CGCACATCGG CGCAACGCGC TATTTCGTCC AAAAAGCGGA TTACCGCTAC4051  GAAAACGTCA ATATCGCCAC CCCCGGCCTT GCATTCAACC GCTACCGCGC4101  GGGCATTAAG GCAGATTATT CATTCAAACC GGCGCAACAC ATTTCCATCA4151  CGCCTTATTT GAGCCTGTCC TATACCGATG CCGCTTCGGG CAAAGTCCGA4201  ACACGCGTCA ATACCGCCGT ATTGGCTCAG GATTTCGGCA AAACCCGCAG4251  TGCGGAATGG GGCGTAAACG CCGAAATCAA AGGTTTCACG CTGTCCCTCC4301  ACGCTGCCGC CGCCAAAGGC CCGCAACTGG AAGCGCAACA CAGCGCGGGC4351  ATCAAATTAG GCTACCGCTG GTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 592；ORF1-1>:1  MKTTDKRTTE THRKAPKTGR IRFSPAYLAI CLSFGILPQA WAGHTYFGIN51  YQYYRDFAEN KGKFAVGAKD IEVYNKKGEL VGKSMTKAPM IDFSVVSRNG101  VAALVGDQYI VSVAHNGGYN NVDFGAEGRN PDQHRFTYKI VKRNNYKAGT151  KGHPYGGDYH MPRLHKFVTD AEPVEMTSYM DGRKYIDQNN YPDRVRIGAG201  RQYWRSDEDE PNNRESSYHI ASAYSWLVGG NTFAQNGSGG GTVNLGSEKI251  KHSPYGFLPT GGSFGDSGSP MFIYDAQKQK WLINGVLQTG NPYIGKSNGF301  QLVRKDWFYD EIFAGDTHSV FYEPRQNGKY SFNDDNNGTG KINAKHEHNS351  LPNRLKTRTV QLFNVSLSET AREPVYHAAG GVNSYRPRLN NGENISFIDE401  GKGELILTSN INQGAGGLYF QGDFTVSPEN NETWQGAGVH ISEDSTVTWK451  VNGVANDRLS KIGKGTLHVQ AKGENQGSIS VGDGTVILDQ QADDKGKKQA501  FSEIGLVSGR GTVQLNADNQ FNPDKLYFGF RGGRLDLNGH SLSFHRIQNT551  DEGAMIVNHN QDKESTVTIT GNKDIATTGN NNSLDSKKEI AYNGWFGEKD601  TTKTNGRLNL VYQPAAEDRT LLLSGGTNLN GNITQTNGKL FFSGRPTPHA651  YNHLNDHWSQ KEGIPRGEIV WDNDWINRTF KAENFQIKGG QAVVSRNVAK701  VKGDWHLSNH AQAVFGVAPH QSHTICTRSD WTGLTNCVEK TITDDKVIAS751  LTKTDISGNV DLADHAHLNL TGLATLNGNL SANGDTRYTV SHNATQNGNL801  SLVGNAQATF NQATLNGNTS ASGNASFNLS DHAVQNGSLT LSGNAKANVS851  HSALNGNVSL ADKAVFHFES SRFTGQISGG KDTALHLKDS EWTLPSGTEL901  GNLNLDNATI TLNSAYRHDA AGAQTGSATD APRRRSRRSR RSLLSVTPPT951  SYESRFNTLT VNGKLNGQGT FRFMSELFGY RSDKLKLAES SEGTYTLAVN1001  NTGNEPASLE QLTVVEGKDN KPLSENLNFT LQNEHVDAGA WRYQLIRKDG1051  EFRLHNPVKE QELSDKLGKA EAKKQAEKDN AQSLDALIAA GRDAVEKTES1101  VAEPARQAGG ENVGIMQAEE EKKRVQADKD TALAKQREAE TRPATTAFPR1151  ARRARRDLPQ LQPQPQPQPQ RDLISRYANS GLSEFSATLN SVFAVQDELD1201  RVFAEDRRNA VWTSGIRDTK HYRSQDFRAY RQQTDLRQIG MQKNLGSGRV1251  GILFSHNRTE NTFDDGIGNS ARLAHGAVFG QYGIDRFYIG ISAGAGFSSG1301  SLSDGIGGKI RRRVLHYGIQ ARYRAGFGGF GIEPHIGATR YFVQKADYRY1351  ENVNIATPGL AFNRYRAGIK ADYSFKPAQH ISITPYLSLS YTDAASGKVR1401  TRVNTAVLAQ DFGKTRSAEW GVNAEIKGFT LSLHAAAAKG PQLEAQHSAG1451  IKLGYRW*
这些序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF1和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF1a)在1456个氨基酸的重叠区内显示出有57.8％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf1.pep    MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFXAAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
            |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1a       MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf1.pep    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGVQYIVSVAHNGGYN
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
orf1a       KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYN
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf1.pep    NVDFGAEGXNIXDQXRXTYKIVKRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKXVTDAEPVEMTSY
            ||||||||||  || | :|:||||||||  ::  ||:|| ||||||| ||||||||||||
orf1a       NVDFGAEGXN-PDQHRFSYQIVKRNNYKPDNS-HPYNGDXHMPRLHKFVTDAEPVEMTSD
                   130        140       150        160       170
190    200    210
orf1.pep    MDGRKYIDQNNYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEP---------------------NN-----
            | |  | |:::||:|||||:|::||| |:|:                      ||
orf1a       MRGNTYSDKEKYPERVRIGSGHHYWRYDDDKHGDLSYSGAWLIGGNTHMQGWGNNGVXSL
             550       560       570       580       590       600orf1.pep    NAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWTLPSGXELGNL
        ||||||||||||||||||||||||||:||||||:||:| |||||||||||||||:|||||orf1a       NAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGQLSGSKXTALHLKDSEWTLPSGTELGNL
         840       850       860       870       880       890
             610       620       630       640      650        660orf1.pep    NLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPRRRSRRSRRSLLXVTPPTSVESRFNTLTVNG
        ||||||||||||||||||||||| ::|||||||   ||||| ||||||||||||||||||orf1a       NLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGXVSDTPRRRSRRS---LLSVTPPTSVESRFNTLTVNG
         900       910       920       930          940       950
             670       680       690       700       710       720orf1.pep    KLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLTVVEGKDNKPL
        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||orf1a       KLNXQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLDQLTVVEGKDNKPL
            960       970       980       990      1000      1010
             730       740       750orf1.pep    SENLNFTLQNEHVDAGAW------------------------------------------
        ||||||||||||||||||orf1a       SENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAEAJKQAEKDNAQS
           1020      1030      1040      1050      1060      1070orf1 pep    ------------------------------------------------------------orf1a       LDALIAAGRDAAEKTESVAEPARXAGGENVGIMQAEEEKKRVQADKDSALAKQREAETRP
           1080      1090      1100      1110      1120      1130
                                                            760orf1.pep    ---------------------------------------------------------LDR
                                                                 |||orf1a       XTTAFPRARXARRDLPQPQPQPQPQPQPQRDLXSRYANSGLSEFSATLNSVFAVQDELDR
           1140      1150      1160      1170      1180      1190
          770       780       790       800       810       820orf1.pep    VFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFSHNRTEN
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1a       VFAEDRRNAVWTSXIRXTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGKQKNLGSGRVGILFSHNRTEN
           1200      1210      1220      1230      1240      1250
          830       840       850       860       870       880orf1.pep    TFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFYIGISAGAGFSSGSLSDGIGXKXRRRVLHYGIQA
        :|||||||||||||||||||||| || ||||:||||||| |||||| | |||||||||||orf1a       XFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFDIGISTGAGFSSGXLSDGIGGKIRRRVLHYGIQA
           1260      1270      1280      1290      1300      1310
          890       900       910       920       930       940orf1.pep    RYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSFKPAQHI
        |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1a       RYRAGFGGFGIEPYIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSFKPAQHX
           1320      1330      1340      1350      1360      1370
          950       960       970       980       990      1000orf1.pep    SITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSLHAAAAKGP
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf1a       SITPYXSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSXHAAAAKGP
           1380      1390      1400      1410      1420      1430
         1010      1020orf1.pep    QLEAQHSAGIKLGYRWX
        |||||||||||||||||orf1a       QLEAQHSAGIKLGYRWX
           1440      1450全长ORF1a核苷酸序列<SEQ ID 593>是：1  ATGAAAACAA CCGACAAACG GACAACCGAA ACACACCGCA AAGCCCCGAA51  AACCGGCCGC ATCCGCTTCT CGCCTGCTTA CTTAGCCATA TGCCTGTCGT101  TCGGCATTCT TCCCCAAGCT TGGGCGGGAC ACACTTATTT CGGCATCAAC151  TACCAATACT ATCGCGACTT TGCCGAAAAT AAAGGCAAGT TTGCAGTCGG201  GGCGAAAGAT ATTGAGGTNT ACAACAAAAA AGGGGAGTTG GTCGGCAAAT251  CAATGACAAA AGCCCCGATG ATTGATTTTT CTGTGGTGTC GCGTAACGGC301  GTGGCGGCAT TGGTGGGCGA TCAATATATT GTGAGCGTGG CACATAACGG351  CGGCTATAAC AACGTTGATT TTGGTGCGGA AGGAAGNAAT CCCGATCAGC401  ACCGTTTTTC TTACCAAATT GTGAAAAGAA ATAATTATAA GCCTGACAAT451  TCACACCCTT ACAACGGCGA TTANCATATG CCGCGTTTGC ATAAATTTGT501  CACAGATGCA GAACCTGTCG AAATGACGAG TGACATGAGG GGGAATACCT551  ATTCCGATAA AGAAAAATAT CCCGAGCGTG TCCGCATCGG CTCAGGACAC601  CACTATTGGC GTTATGATGA TGACAAACAC GGCGATTTAT CCTACTCCGG651  CGCATGGTTA ATTGGCGGCA ATACACATAT GCAGGGTTGG GGAAATAATG701  GCGTANTTAG TTTGAGCGGC GATGTGCGCC ATGCCAACGA CTATGGCCCT751  ATGCCGATTG CAGGTGCGGC AGGCGACAGC GGTTCGCCAA TGTTTATTTA801  TGACAAAACA AACAATAAAT GGCTGCTCAA CGGAGTTTTA CAAACCGGCT851  ACCCTTATTC CGGCAGGGAA AACGGTTTCC AGCTGATACG CAAAGATTGG901  TTCTACGATG ACATTTACAG AGGCGATACA CATACCGTCT NTTTTGAACC951  GCGCAGTAAC GGACATTTTT CCTTTACATC CAACAACAAC GGTACGGGTA1001  CGGTAACAGA AACCAACGAA AAGGTNTCCA ATCCAAAGCT TAAAGTACAG1051  ACAGTCCGAC TGTTTGACGA ATCTTTGAAT GAAACTGATA AAGAACCAGT1101  TTACGCGGCA GGGGGTGTTA ATCAGTACCG TCCAAGGTTA AACAACGGTG1151  AAAACCTTTC TTTTATCGAT TACGGCAACG GCAAACTCAT CTTATCAAAC1201  AACATCAACC AAGGCGCGGG CGGTTTGTAT TTTGAAGGTG ATTTTACGGT1251  CTCGCCTGAA AACAACGAAA CGTGGCAAGG CGCGGGCGTT CATATCAGTG1301  AAGACAGTAC CGTTACTTGG AAAGTAAACG GCGTGGCAAA CGACCGCCTG1351  TCCAAAATCG GCAAAGGCAC GCTGCACGTT CAAGCCAAAG GGGAAAACCA1401  AGGCTCGATC AGCGTGGGCG ACGGTACAGT CATTTTGGAT CAGCAGGCAG1451  ACGATAAAGG CAAAAAACAA CCCTTTAGTG AAATCGGCTT GNTCAGCGGC1501  AGGGGTACGG TGCAACTGAA TGCCGATAAT CAGTTCAACC CCGACAAACT1551  CTATTTCGGC TTTCGCGGCG GACGTTTGGA TTTAAACGGG CATTCGCTTT1601  CGTTCCACCG TATTCAAAAT ACCGATGAAG GGGCGATGAT TGNCNATCAT1651  AATGCCACAA CAACATCCAC CGTTACCATT ACAGGGAATG AAAGTATTAC1701  ACAACCGAGT GGTAAGAATA TCAATAGACT TAATTACAGC AAAGAAATTG1751  CCTACAACGG TTGGTTTGGC GAGAAAGATA CGACCAAAAC GAACGGGCGG1801  CTCAACCTTG TTTACCAGCC CGCCGCAGAA GACCGCACCC NGCTGCTTTC1851  CGGCGGAACA AATTTAAACG GCAACATCAC GCAAACAAAC GGCAAACTGT1901  TTTTCAGCGG CAGACCGACA CCGCACGCCT ACAATCATTT AGGAAGCGGG1951  TGGTCAAAAA TGGAAGGTAT CCCACAAGGA GAAATCGTGT GGGACAACGA2001  CTGGATCNAC CGCACGTTTA AAGCGGAAAA TTTCCATATT CAGGGCGGGC2051  AGGCGGTGAT TTCCCGCAAT GTTGCCAAAG TGGAAGGCGA TTGNCATTTG2101  AGCAATCACG CCCAAGCAGT TTTTGGTGTC GCACCGCATC AAAGCCATAC2151  AATCTGTACA CGTTCGGACT GGACNGGTCT GACAAATTGT GTCGAANAAA2201  NCATTACCGA CGATAAAGTG ATTGCTTCAT TGACTAAGAC NGACNTNAGC2251  GGCANTGTNA GNCTNNCCNA TNACGNTNNT TNAAANCTCN CNGGGCNTGC2301  NNCACTNAAN GGCAATCTTA GTGCAAATGG CGATACACGT TATACAGTCA2351  GCCACAACGC CACCCAAAAC GGCAACCTTA GCCTCGTGGG CAATGCCCAA2401  GCAACATTTA ATCAAGCCAC ATTAAACGGC AACNCATCGG NTTCGGGCAA2451  TGCTTCATTT AATCTAAGCA ACAACGCCGC ACAAAACGGC AGTCTGACGC2501  TTTCCGACAA CGCTAAGGCA AACGTAAGCC ATTCCGCACT CAACGGCAAT2551  GTCTCCCTAG CCGATAAGGC AGTATTCCAT TTTGAAAACA GCCGCTTTAC2601  CGGACAACTC AGCGGCAGCA AGGANACAGC ATTACACTTA AAAGACAGCG2651  AATGGACGCT GCCGTCAGGC ACGGAATTAG GCAATTTAAA CCTTGACAAC2701  GCCACCATTA CACTCAATTC CGCCTATCGC CACGATGCTG CAGGCGCGCA2751  AACCGGCAGN GTGTCAGACA CGCCGCGCCG CCGTTCGCGC CGTTCCCTAT2801  TATCCGTTAC ACCGCCAACT TCGGTAGAAT CCCGTTTCAA CACGCTGACG2851  GTAAACGGCA AATTGAACNG TCAAGGAACA TTCCGCTTTA TGTCGGAACT2901  CTTCGGCTAC CGAAGCGACA AATTGAAGCT GGCGGAAAGT TCCGAAGGNA2951  CTTACACCTT GGCGGTCAAC AATACCGGCA ACGAACCCGT AAGCCTCGAT3001  CAATTGACGG TAGTGGAAGG GAAAGACAAC AAACCGCTGT CCGAAAACCT3051  TAATTTCACC CTGCAAAACG AACACGTCGA TGCCGGCGCG TGGCGTTACC3101  AACTCATCCG CAAAGACGGC GAGTTCCGCC TGCATAATCC GGTCAAAGAA3151  CAAGAGCTTT CCGACAAACT CGGCAAGGCA GAAGCCAAAA AACAGGCGGA3201  AAAAGACAAC GCGCAAAGCC TTGACGCGCT GATTGCGGCC GGGCGCGATG3251  CCGCCGAAAA GACAGAAAGC GTTGCCGAAC CGGCCCGGCN GGCAGGCGGG3301  GAAAATGTCG GCATTATGCA GGCGGAGGAA GAGAAAAAAC GGGTGCAGGC3351  GGATAAAGAC AGCGCNTTGG CGAAACAGCG CGAAGCGGAA ACCCGGCCGG3401  NTACCACCGC CTTCCCCCGC GCCCGCNGCG CCCGCCGGGA TTTGCCGCAA3451  CCGCAGCCCC AACCGCAACC TCAACCCCAA CCGCAGCGCG ACCTGATNAG3501  CCGTTATGCC AATAGCGGTT TGAGTGAATT TTCCGCCACG CTCAACAGCG3551  TTTTCGCCGT ACAGGACGAA TTGGACCGCG TGTTTGCCGA AGACCGCCGC3601  AACGCNGTTT GGACAAGCNG CATCCGGNAC ACCAAACACT ACCGTTCGCA3651  AGATTTCCGC GCCTACCGCC AACAAACCGA CCTGCGCCAA ATCGGTATGC3701  AGAAAAACCT CGGCAGCGGG CGCGTCGGCA TCCTGTTTTC GCACAACCGG3751  ACCGAAAACA NCTTCGACGA CGGCATCGGC AACTCGGCAC GGCTTGCCCA3801  CGGCGCCGTT TTCGGGCAAT ACGGCATCGG CAGGTTCGAC ATCGGCATCA3851  GCACGGGCGC GGGTTTTAGC AGCGGCANTC TNTCAGACGG CATCGGAGGC3901  AAAATCCGCC GCCGCGTGCT GCATTACGGC ATTCAGGCAC GATACCGCGC3951  CGGTTTCGGC GGATTCGGCA TCGAACCGTA CATCGGCGCA ACGCGCTATT4001  TCGTCCAAAA AGCGGATTAC CGCTACGAAA ACGTCAATAT CGCCACCCCC4051  GGTCTTGCGT TCAACCGNTA CCGNGCGGGC ATTAAGGCAG ATTATTCATT4101  CAAACCGGCG CAACACATNT CCATCACNCC TTATTTNAGC CTGTCCTATA4151  CCGATGCCGC TTCGGGCAAA GTCCGAACAC GCGTCAATAC CGCNGTATTG4201  GCTCAGGATT TCGGCAAAAC CCGCAGTGCG GAATGGGGCG TAAACGCCGA4251  AATCAAAGGT TTCACGCTGT CCNTCCACGC TGCCGCCGCC AAAGGNCCGC4301  AACTGGAAGC GCAACACAGC GCGGGCATCA AATTAGGCTA CCGCTGGTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 594>:1  MKTTDKRTTE THRKAPKTGR IRFSPAYLAI CLSFGILPQA WAGHTYFGIN51  YQYYRDFAEN KGKFAVGAKD IEVYNKKGEL VGKSMTKAPM IDFSVVSRNG101  VAALVGDQYI VSVAHNGGYN NVDFGAEGXN PDQHRFSYQI VKRNNYKPDN151  SHPYNGDXHM PRLHKFVTDA EPVEMTSDMR GNTYSDKEKY PERVRIGSGH201  HYWRYDDDKH GDLSYSGAWL IGGNTHMQGW GNNGVXSLSG DVRHANDYGP251  MPIAGAAGDS GSPMFIYDKT NNKWLLNGVL QTGYPYSGRE NGFQLIRKDW301  FYDDIYRGDT HTVXFEPRSN GHFSFTSNNN GTGTVTETNE KVSNPKLKVQ351  TVRLFDESLN ETDKEPVYAA GGVNQYRPRL NNGENLSFID YGNGKLILSN401  NINQGAGGLY FEGDFTVSPE NNETWQGAGV HISEDSTVTW KVNGVANDRL451  SKIGKGTLHV QAKGENQGSI SVGDGTVILD QQADDKGKKQ AFSEIGLXSG501  RGTVQLNADN QFNPDKLYFG FRGGRLDLNG HSLSFHRIQN TDEGAMIXXH551  NATTTSTVTI TGNESITQPS GKNINRLNYS KEIAYNGWFG EKDTTKTNGR601  LNLVYQPAAE DRTXLLSGGT NLNGNITQTN GKLFFSGRPT PHAYNHLGSG651  WSKMEGIPQG EIVWDNDWIX RTFKAENFHI QGGQAVISRN VAKVEGDXHL701  SNHAQAVFGV APHQSHTICT RSDWTGLTNC VEXXITDDKV IASLTKTDXS751  GXVXLXXXXX XXLXGXAXLX GNLSANGDTR YTVSHNATQN GNLSLVGNAQ801  ATFNQATLNG NXSXSGNASF NLSNNAAQNG SLTLSDNAKA NVSHSALNGN851  VSLADKAVFH FENSRFTGQL SGSKXTALHL KDSEWTLPSG TELGNLNLDN901  ATITLNSAYR HDAAGAQTGX VSDTPRRRSR RSLLSVTPPT SVESRFNTLT951  VNGKLNXQGT FRFMSELFGY RSDKLKLAES SEGTYTLAVN NTGNEPVSLD1001  QLTVVEGKDN KPLSENLNFT LQNEHVDAGA WRYQLIRKDG EFRLHNPVKE1051  QELSDKLGKA EAKKQAEKDN AQSLDALIAA GRDAAEKTES VAEPARXAGG1101  ENVGIMQAEE EKKRVQADKD SALAKQREAE TRPXTTAFPR ARXARRDLPQ1151  PQpQpQPQPQ PQRDLXSRYA NSGLSEFSAT LNSVFAVQDE LDRVFAEDRR1201  NAVWTSXIRX TKHYRSQDFR AYRQQTDLRQ IGMQKNLGSG RVGILFSHNR1251  TENXFDDGIG NSARLAHGAV FGQYGIGRFD IGISTGAGFS SGXLSDGIGG1301  KIRRRVLHYG IQARYRAGFG GFGIEPYIGA TRYFVQKADY RYENVNIATP1351  GLAFNRYRAG IKADYSFKPA QHXSITPYXS LSYTDAASGK VRTRVNTAVL1401  AQDFGKTRSA EWGVNAEIKG FTLSXHAAAA KGPQLEAQHS AGIKLGYRW*跨膜区用下划线表示。ORF1-1和ORF1a在1462个氨基酸的重叠区内显示出有86.3％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf1a.pep    MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1-1       MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf1a.pep    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYN
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1-1       KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYN
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       179orf1a.pep    NVDFGAEGXNPDQHRFSYQIVKRNNYKPDNS-HPYNGDXHMPRLHKFVTDAEPVEMTSDM
         |||||||| |||||||:|:||||||||  :: |||:|| |||||||||||||||||||||orf1-1       NVDFGAEGRNPDQHRFTYKIVKRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSYM
                130       140       150       160       170       180
       180       190       200       210             220       230orf1a.pep    RGNTYSDKEKYPERVRIGSGHHYWRYDDDKHGDL--SYSGA----WLIGGNTHMQGWGNN
          |  | |:::||:|||||:|::||| |:|: ::   ||  |    ||:||||  |: :::orf1-1       DGRKYIDQNNYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSGG
                190       200       210       220       230       240
             240        250       260       270       280       290orf1a.pep    GVXSLSGD-VRHANDYGPMPIAGAAGDSGSPMFIYDKTNNKWLLNGVLQTGYPYSGRENG
         |: :|::: ::|:  || :| :|: |||||||||||  ::|||:||||||| || |: ||orf1-1       GTVNLGSEKIKHS-PYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNG
                250        260       270       280       290
              300       310       320       330       340        350orf1a.pep    FQLIRKDWFYDDIYRGDTHTVXFEPRSNGHFSFTSNNNGTGTVTETNEKVSNP-KLKVQT
         |||:|||||||:|: ||||:| :|||:||::||:::||||| ::  :|: | | :||::|orf1-1       FQLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPRQNGKYSFNDDNNGTGKINAKHEHNSLPNRLKTRT
       300       310       320       330       340       350
                360       370       380       390       400       410orf1a.pep    VRLFDESLNETDKEPVY-AAGGVNQYRPRLNNGENLSFIDYGNGKLILSNNINQGAGGLY
         |:||: ||:|| :|||| ||||||:||||||||||:|||| |:|:|||::||||||||||orf1-1       VQLFNVSLSETAREPVYHAAGGVNSYIPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLY
       360       370       380       390       400       410
                420       430       440       450       460       470orf1a.pep    FEGDFTVSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLHVQAKGENQGSI
         |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1-1       FQGDFTVSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLHVQAKGENQGSI
       420       430       440       450       460       470
                480       490       500       510       520       530orf1a.pep    SVGDGTVILDQQADDKGKKQAFSEIGLXSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNG
         ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||orf1-1       SVGDGTVILDQQADDKGKKQAFSEIGLVSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNG
       480       490       500       510       520       530
              540       550       560       570       580       590orf1a.pep HSLSFHRIQNTDEGAMIXXHNATTTSTVTITGNESITQPSGKNINRLNYSKEIAYNGWFG
       |||||||||||||||||  ||    ||||||||::|:  :|:| | |: :||||||||||orf1-1    HSLSFHRIQNTDEGAMIVNHNQDKESTVTITGNKDIAT-TGNN-NSLDSKKEIAYNGWFG
     540       550       560       570        580        590
              600       610       620       630       640       650orf1a.pep EKDTTKTNGRLNLVYQPAAEDRTXLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLGSG
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||::orf1-1    EKDTTKTNGRLNLVYQPAAEDRTLLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLNDH
       600       610       620       630       640       650
              660       670       680       690       700       710orf1a.pep WSKMEGIPQGEIVWDNDWIXRTFKAENFHIQGGQAVISRNVAKVEGDXHLSNHAQAVFGV
       ||: ||||:|||||||||| ||||||||:|:|||||:|||||||:|| ||||||||||||orf1-1    WSQKEGIPRGEIVWDNDWINRTFKAENFQIKGGQAVVSRNVAKVKGDWHLSNHAQAVFGV
       660       670       680       690       700       710
              720       730       740       750       760       770orf1a.pep APHQSHTICTRSDWTGLTNCVEXXITDDKVIASLTKTDXSGXVXLXXXXXXXLXGXAXLX
       |||||||||||||||||||||| :|||||||||||||| || | |       |:| | |orf1-1    APHQSHTICTRSDWTGLTNCVEKTITDDKVIASLTKTDISGNVDLADHAHLNLTGLATLN
       720       730       740       750       760       770
              780       790       800       810       820       830orf1a.pep GNLSANGDTRYTVSHNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNXSXSGNASFNLSNNAAQNG
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:| |||||||||::|:|||orf1-1    GNLSANGDTRYTVSHNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASGNASFNLSDHAVQNG
       780       790       800       810       820       830
              840       850       860       870       880       890orf1a.pep SLTLSDNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGQLSGSKXTALHLKDSEWTLPSG
       ||||| ||||||||||||||||||||||||||:||||||:||:|||||||||||||||||orf1-1    SLTLSGNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWTLPSG
       840       850       860       870       880       890
              900       910       920       930          940orf1a.pep TELGNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGXVSDTPRRRSRRS---LLSVTPPTSVESRFN
       ||||||||||||||||||||||||||||| ::||||||||||   |||||||||||||||orf1-1    TELGNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPRRRSRRSRRSLLSVTPPTSVESRFN
       900       910       920       930       940       950
       950       960       970       980       990      1000orf1a.pep TLTVNGKLNXQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLDQLTVVEG
       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||orf1-1    TLTVNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLTVVEG
       960       970       980       990      1000      1010
      1010      1020      1030      1040      1050      1060orf1a.pep KDNKPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAEAKKQAE
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1-1    KDNKPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAEAKKQAE
      1020      1030      1040      1050      1060      1070
      1070      1080      1090      1100      1110      1120orf1a.pep KDNAQSLDALIAAGRDAAEKTESVAEPARXAGGENVGIMQAEEEKKRVQADKDSALAKQR
       |||||||||||||||||:||||||||||| |||||||||||||||||||||||:||||||orf1-1    KDNAQSLDALIAAGRDAVEKTESVAEPARQAGGENVGIMQAEEEKKRVQADKDTALAKQR
      1080      1090      1100      1110      1120      1130
      1130      1140      1150      1160      1170      1180
orf1a.pep    EAETRPXTTAFPRARXARRDLPQPQPQPQPQPQPQRDLXSRYANSGLSEFSATLNSVFAV
             |||||| |||||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||
orf1-1       EAETRPATTAFPRARRARRDLPQLQPQPQPQP--QRDLISRYANSGLSEFSATLNSVFAV
            1140      1150      1160        1170      1180      1190
            1190      1200      1210        1220      1230      1240
orf1a.pep    QDELDRVFAEDRRNAVWTSXIRXTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFS
             ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1       QDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFS
              1200      1210      1220      1230      1240      1250
            1250      1260      1270      1280      1290      1300
orf1a.pep    HNRTENXFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFDIGISTGAGFSSGXLSDGIGGKIRRRVL
             ||||||:|||||||||||||||||||||| || ||||:||||||| ||||||||||||||
orf1-1       HNRTENTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFYIGISAGAGFSSGSLSDGIGGKIRRRVL
              1260      1270      1280      1290      1300      1310
            1310      1320      1330      1340      1350      1360
orf1a.pep    HYGIQARYRAGFGGFGIEPYIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSF
             |||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1       HYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSF
              1320      1330      1340      1350      1360      1370
            1370      1380      1390      1400      1410      1420
orf1a.pep    KPAQHXSITPYXSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSXHA
             ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1       KPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSLHA
              1380      1390      1400      1410      1420      1430
           1430       1440      1450
orf1a.pep    AAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
             |||||||||||||||||||||||
orf1-1       AAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
              1440      1450
与流感嗜血菌的粘附和穿透蛋白hap前体(登录号为P45387)的同源性
ORF1的氨基酸23-423和hap蛋白在450个氨基酸的重叠区内显示出有59％的氨基酸相同性：
orf1 23  FXAAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAENKGKFAVGAKDIEVYNKKGELVG 82
         F   +L  C+S GI  QAWAGHTYFGI+YQYYRDFAENKGKF VGAK+IEVYNK+G+LVG
hap  6   FRLNFLTACVSLGIASQAWAGHTYFGIDYQYYRDFAENKGKFTVGAKNIEVYNKEGQLVG 65
orf1 83  KSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGVQYIVSVAHNGGYNNVDFGAEGXNIXDQXRXTYKIV 142
          SMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVG QYIVSVAHNGGYN+VDFGAEG N  DQ R TY+IV
hap  66  TSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYNDVDFGAEGRN-PDQHRFTYQIV 124
orf1 143 KRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKXVTDAEPVEMTSYMDGRKYIDQNNYPDRVRIGAGR 202
         KRNNY+A  + HPY GDYHMPRLHK VT+AEPV MT+ MDG+ Y D+ NYP+RVRIG+GR
hap  125 KRNNYQAWERKHPYDGDYHMPRLHKFVTEAEPVGMTTNMDGKVYADRENYPERVRIGSGR 184
orf1 203 QYWRSDEDEPNNRESSYHIA---------------------------------------- 222
         QYWR+D+DE  N  SSY+++
hap  185 QYWRTDKDEETNVHSSYYVSGAYRYLTAGNTHTQSGNGNGTVNLSGNVVSPNHYGPLPTG 244
orf1 223 -----SGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGFQLVRKDWFYDEIFAGDTHSVF 277
              SGSPMFIYDA+K++WLIN VLQTG+P+ G+ NGFQL+R++WFY+E+ A DT SVF
hap  245 GSKGDSGSPMFIYDAKKKQWLINAVLQTGHPFFGRGNGFQLIREEWFYNEVLAVDTPSVF 304orf1  278 --YEPRQNGKYSFNDDNNGTGKIN-AKHEHNSLPNRLKTRTVQLFNVSLSETAREPVYHA 334
        Y P  NG YSF  +N+GTGK+   +   +    + +  TV+LFN SL++TA+E V  Ahap   305 QRYIPPINGHYSFVSNNDGTGKLTLTRPSKDGSKAKSEVGTVKLFNPSLNQTAKEHV-KA 363orf1  335 AGGVNSYRPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLYFQGDFTV-SPENNETWQGA 393
      A G N Y+PR+  G+NI   D+GKG L + +NINQGAGGLYF+G+F V   +NN TWQGAhap   364 AAGYNIYQPRMEYGKNIYLGDQGKGTLTIENNINQGAGGLYFEGNFVVKGKQNNITWQGA 423orf1  394 GVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTL 423
      GV I +D+TV WKV+   NDRLSKIG GTLhap   424 GVSIGQDATVEWKVHNPENDRLSKIGIGTL 453
ORF1的氨基酸715-1011和hap蛋白在258个氨基酸的重叠区内显示出有50％的氨基酸相同性：Orf1  41  DTRYTVSHNATQ-NGNXSLVXNAQATFNQ-ATLNGNTSASGNASFNLSDEAVQNGSLTLS 98
      DT+   S   TQ NG+ +L  NA    +  A LNGN +   ++ F LS++A Q G++ LShap   733 DTKVINSIPITQINGSINLTNNATVNIHGLAKLNGNVTLIDHSQFTLSNNATQTGNIKLS 792orf1  99  GNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWTLPSGXELGN 158
       +A A V+++ LNGNV L D A F  ++S F  QI G KDT + L+++ WT+PS   L Nhap   793 NHANATVNNATLNGNVHLTDSAQFSLKNSHFWHQIQGDKDTTVTLENATWTMPSDTTLQN 852orf1  159 LNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPXXXXXXXXXXLLXVTPPTSVESRFNTLTVN 218
      L L+N+T+TLNSAY        + S+ +AP          L   T PTS E RFNTLTVNhap   853 LTLNNSTVTLNSAY--------SASSNNAPRHRRS-----LETETTPTSAEHRFNTLTVN 899orf1  219 GKLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLTVVEGKDNKP 278
      GKL+GQGTF+F S LFGY+SDKLKL+  +EG YTL+V NTG EP +LEQLT++E  DNKPhap   900 GKLSGQGTFQFTSSLFGYKSDKLKLSNDAEGDYTLSVRNTGKEPVTLEQLTLIESLDNKP 959orf1  279 LSENLNFTLQNEHVDAGA 296
      LS+ L FTL+N+HVDAGAhap   960 LSDKLKFTLENDHVDAGA 977
ORF1的氨基酸1192-1450和hap蛋白在259个氨基酸的重叠区内显示出有41％的氨基酸相同性：Orf1  1    LDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFSHNR 60
       LDR+F +  ++AVWT+  +D + Y S  FRAY+Q+T+LRQIG+QK L +GR+G +FSH+Rhap   1135 LDRLFVDQAQSAVWTNIAQDKRRYDSDAFRAYQQKTNLRQIGVQKALANGRIGAVFSHSR 1194orf1  61   TENTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFYXXXXXXXXXXXXXXXXXIGXKXRRRVLHYG 120
       ++NTFD+ + N A L   + F QY                          K  R+ ++YGhap   1195 SDNTFDEQVKNHATLTMMSGFAQYQWGDLQFGVNVGTGISASKMAEEQSRKIHRKAINYG 1254orf1  121  IQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSFKPA 180
       + A Y+   G  GI+P+ G  RYF+++ +Y+ E V + TP LAFNRY AGI+ DY+F Phap   1255 VNASYQFRLGQLGIQPYFGVNRYFIERENYQSEEVRVKTPSLAFNRYNAGIRVDYTFTPT 1314orf1  181  QHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSLHAAAA 240
        +IS+ PY  ++Y D ++  V+T VN  VL Q FG+    E G+ AEI  F +S   + +hap   1315 DNISVKPYFFVNYVDVSNANVQTTVNLTVLQQPFGRYWQKEVGLKAEILHFQISAFISKS 1374orf1  241  KGPQLEAQHSAGIKLGYRW 259
       +G QL  Q + G+KLGYRWhap   1375 QGSQLGKQQNVGVKLGYRW 1393与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性ORF1的片段和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF1ng)在467、298和259个氨基酸的重叠区内分别显示出有83.5％,88.3％和97.7％的相同性：
orf1.pep  MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFXAAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN  60
          |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng    MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQARAGHTYFGINYQYYRDFAEN  60
orf1.pep  KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGVQYIVSVAHNGGYN 120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:| |||||||||||||
orf1ng    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALAGDQYIVSVAHNGGYN 120
orf1.pep  NVDFGAEGXNIXDQXRXTYKIVKRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKXVTDAEPVEMTSY  18
          |||||||| |  || | :|:|||||||||||:||||||||||||||| ||||||||||||
orf1ng    NVDFGAEGSN-PDQHRFSYQIVKRNNYKAGTNGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSY 179
orf1.pep  MDGRKYIDQNNYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIAS----------------- 223
          ||| || | |:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng    MDGWKYADLNKYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSG 239
orf1.pep  ----------------------------GSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNG 255
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng    GGTVNLGSEKIKHSPYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNG 289
orf1.pep  FQLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPRQNGKYSFNDDNNGTGKINAKHEHNSLPNRLKTRT 315
          |||||||||||||||||||||||||:||||| |||:|||:|||:|||:| ||| ||||||
orf1ng    FQLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPHQNGKYFFNDNNNGAGKIDAKHKHYSLPYRLKTRT 359
orf1.pep  VQLFNVSLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLY 375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf1ng    VQLFNVSLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDKGKGELILTSNINQGAGGLY
orf1.pep  FQGDFTVSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGT              422
          |:|:|||||:|||||||||||||: ||||||||||||||||||||||
orf1ng    FEGNFTVSPKNNETWQGAGVHISDGSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLLVQAKGENQGSV 479
                                              //
orf1.pep                                DKVTASLTKTDISGNVDLADHAHLNLTGLA 744
                                        ||| |||:|||: |||:|||||||||||||
orf1ng    FGVAPHQSHTICTRSDWTGLTSCTEKTITDDKVIASLSKTDVRGNVSLADHAHLNLTGLA 774
orf1.pep  TLNGNLSANGDTR-YTVSHNATQNGNXSLVXNAQATFNQATLNGNTSASGNASFNLSDHA 803
          |:|||| ::::||   :  ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||::|
orf1ng    TFNGNL-VQAETRTIRLRANATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASDNASFNLSNNA 833
orf1.pep  VQNGSLTLSGNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWT 863
          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||:|||||:|||||||||||||||||
orf1ng    VQNGSLTLSDNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGKISGGKDTALHLKDSEWT 893
orf1.pep  LPSGXELGNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPRRRSRRSRRSLLXVTPPTSVE 923
          ||||:||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||   ||  |||||:|
orf1ng    LPSGTELGNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSAADAPRRRSRRS---LLSVTPPTSAE 950
orf1.pep  SRFNTLTVNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLT 983
          ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||:||||||
orf1ng    SRFNTLTVNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSGKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLEQLT 1010
orf1.pep  VVEGKDNKPLSENLNFTLQNEHVDAGAW                                 1011
          ||||||| ||||||||||||||||||||
orf1ng    VVEGKDNTPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAGET 1070
                                             //
orf1.pep                                LDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFR 1211
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng    PQRDLISRYANSGLSEFSATLNSVFAVQDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFR 1239orf1.pep    AYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFSHNRTENTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFY 1271
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||orf1ng      AYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFSHNRTGNTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFD 1299orf1.pep    IGISAGAGFSSGSLSDGIGXKXRRRVLHYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADY 1331
        ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1ng      IGISAGAGFSSGSLSDGIRGKIRRRVLHYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADY 1359orf1.pep    RYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSFKPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVL 1391
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1ng      RYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSFKPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVL 1419orf1.pep    AQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSLHAAAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRW 1440
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1ng      AQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSLHAAAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRW 1468鉴定出全长ORF1ng核苷酸序列<SEQ ID 595>:
1  ATGAAAACAA CCGACAAACG GACAACCGAA ACACACCGCA AAGCCCCTAA51  AACCGGCCGC ATCCGCTTCT CGCCCGCTTA CTTAGCCATA TGCCTGTCGT101  TCGGCATTCT GCCCCAAGCC CGGGCGGGAC ACACTTATTT CGGCATCAAC151  TACCAATACT ATCGCGACTT TGCCGAAAAT AAAGGCAAGT TTGCAGTCGG201  GGCGAAAGAT ATTGAGGTTT ACAACAAAAA AGGGGAGTTG GTCGGCAAAT251  CGATGACGAA AGCCCCGATG ATTGATTTTT CTGTGGTATC GCGTAACGGC301  GTGGCGGCAT TGGCGGGCGA TCAATATATT GTGAGCGTGG CACATAACGG351  CGGCTATAAC AATGTTGATT TTGGTGCGGA GGGAAGCAAT CCCGATCAGC401  ACCGCTTTTC TTACCAAATT GTGAAAAGAA ATAATTATAA AGCAGGGACT451  AACGGCCATC CTTATGGCGG CGATTATCAT ATGCCGCGTT TGCACAAATT501  TGTCACAGAT GCAGAACCTG TTGAGATGAC CAGTTATATG GATGGGTGGA551  AATACGCTGA TTTAAATAAA TACCCTGATC GTGTTCGAAT CGGAGCAGGC601  AGACAATATT GGCGGTCTGA TGAAGACGAA CCCAATAACC GCGAAAGTTC651  ATATCATATT GCAAGCGCAT ATTCTTGGCT CGTCGGTGGC AATACCTTTG701  CACAAAATGG ATCAGGTGGT GGCACAGTCA ACTTAGGTAG CGAAAAAATT751  AAACATAGCC CATATGGTTT TTTACCAACA GGAGGCTCAT TTGGCGACAG801  TGGCTCACCA ATGTTTATCT ATGATGCCCA AAAGCAAAAG TGGTTAATTA851  ATGGGGTATT GCAAACAGGC AACCCCTATA TAGGAAAAAG CAATGGCTTC901  CAGCTAGTTC GTAAAGATTG GTTCTATGAT GAAATCTTTG CTGGAGATAC951  CCATTCAGTA TTCTACGAAC CACATCAAAA TGGGAAATAC TTTTTTAACG1001  ACAATAATAA TGGCGCAGGA AAAATCGATG CCAAACATAA ACACTATTCT1051  CTACCTTATA GATTAAAAAC ACGAACCGTT CAATTGTTTA ATGTTTCTTT1101  ATCCGAGACA GCAAGAGAAC CTGTTTATCA TGCTGCAGGT GGGGTCAACA1151  GTTATCGACC CAGACTGAAT AATGGAGAAA ATATTTCCTT TATTGACAAA1201  GGAAAAGGTG AATTGATACT TACCAGCAAC ATCAACCAAG GCGCGGGCGG1251  TTTGTATTTT GAGGGTAATT TTACGGTCTC GCCTAAAAAC AACGAAACGT1301  GGCAAGGCGC GGGCGTTCAT ATCAGTGATG GCAGTACCGT TACTTGGAAA1351   GTAAACGGCG TGGCAAACGA CCGCCTGTCC AAAATCGGCA AAGGCACGCT1401   GCTGGTTCAA GCCAAAGGGG AAAACCAAGG CTCGGTCAGC GTGGGCGACG1451   GTAAAGTCAT CTTAGATCAG CAGGCGGACG ATCAAGGCAA AAAACAAGCC1501   TTTAGTGAAA TCGGCTTGGT CAGCGGCAGG GGGACGGTGC AACTGAATGC1551   CGATAATCAG TTCAACCCCG ACAAACTCTA TTTCGGCTTT CGCGGCGGAC1601   GTTTGGATTT GAACGGGCAT TCGCTTTCGT TCCACCGCAT TCAAAATACC1651   GATGAAGGGG CGATGATTGT CAACCACAAT CAAGACAAAG AATCCACCGT1701   TACCATTACA GGCAATAAAG ATATTACTAC AACCGGCAAT AACAACAACT1751   TGGATAGCAA AAAAGAAATT GCCTACAACG GTTGGTTTGG CGAGAAAGAT1801   GCAACCAAAA CGAACGGGCG GCTCAATCTG AATTACCAAC CGGAAGAAGC1851   GGATCGCACT TTACTGCTTT CCGGCGGAAC AAATTTAAAC GGCAATATCA1901   CGCAAACAAA CGGCAAACTG TTTTTCAGCG GCAGACCGAC ACCGCACGCC1951   TACAATCATT TAGGAAGCGG GTGGTCAAAA ATGGAAGGTA TCCCACAAGG2001   AGAAATCGTG TGGGACAACG ATTGGATCGA CCGCACATTT AAAGCGGAAA2051   ACTTCCATAT TCAGGGCGGA CAAGCGGTGG TTTCCCGCAA TGTTGCCAAA2101   GTGGAAGGCG ATTGGCATTT AAGCAATCAC GCCCAAGCAG TTTTCGGTGT2151  CGCACCGCAT CAAAGCCACA CAATCTGTAC ACGTTCGGAC TGGACGGGTC2201  TGACAAGTTG TACCGAAAAA ACCATTACCG ACGATAAAGT GATTCCTTCA2251  TTGAGCAAGA CCGACATCAG AGGCAATGTC AGCCTTGCCG ATCACGCTCA2301  TTTAAATCTC ACAGGACTTG CCACACTCAA CGGCAATCTT AGTGCAGGCG2351  GAGACACGCA CTATACGGTT ACGCGCAACG CCACCCAAAA CGGCAACCTC2401  AGCCTCGTGG GCAATGCCCA AGCAACATTT AATCAAGCCA CATTAAACGG2451  CAACACATCG GCTTCGGACA ATGCTTCATT TAATCTAAGC AACAACGCCG2501  TACAAAACGG CAGTCTGACG CTTTCCGACA ACGCTAAGGC AAACGTAAGC2551  CATTCCGCAC TCAACGGCAA TGTCTCCCTA GCCGATAAGG CAGTATTCCA2601  TTTTGAAAAC AGCCGCTTTA CCGGAAAAAT CAGCGGCGGC AAGGATACGG2651  CATTACACTT AAAAGACAGC GAATGGACGC TGCCGTCGGG CACGGAATTA2701  GGCAATTTAA ACCTTGACAA CGCCACCATT ACACTCAATT CCGCCTATCG2751  ACACGATGCG GCAGGCGCGC AAACCGGCAG TGCGGCAGAT GCGCCGCGCC2801  GCCGTTCGCG CCGTTCCCTA TTATCCGTTA CGCCGCCAAC TTCGGCAGAA2851  TCCCGTTTCA ACACGCTGAC GGTAAACGGC AAATTGAACG GTCAGGGAAC2901  ATTCCGCTTT ATGTCGGAAC TCTTCGGCTA CCGCAGCGGC AAATTGAAGC2951  TGGCGGAAAG TTCCGAAGGC ACTTACACCT TGGCTGTCAA CAATACCGGC3001  AACGAACCCG TAAGTCTCGA GCAATTGACG GTAGTGGAAG GAAAAGACAA3051  CACACCGCTG TCCGAAAATC TTAATTTCAC CCTGCaaaAc gaacacgtcg3101  atgccggcgc atggCGTTAT CAGCTTATCC gcaaagacgG CGAGTTCCgc3151  CTGCATAATC CGGTCAAAGA ACAAGAGCTT TCCGACAAAC TCGGCAAGgc3201  gggagaaACA GAggccgccT TGACGGCAAA ACAGGCacaA CTTGCCGCCA3251  AAcaacaggc ggaaaAAGAC AACgcgcaaa gccttgAcgc gctgattgcg3301  gCcgggcgca atgccaccga AAAGGCAgaa agtgttgccg aaccgGCCCG3351  GCAGGCAGGC GGGGAAAAtg ccgGCATTAT GCAGGCGGAG GAAGAGAAAA3401  AACGGGTGCA GGCGGATAAA GACACCGCCT TGGCGAAACA GCGCGAAGCG3451  GAAACCCGGC CGGCTACCAC CGCCTTCCCC CGCGCCCGCC GCGCCCGCCG3501  GGATTTGCCG CAACCGCAGC CCCAACCGCA ACCCCAACCG CAGCGCGACC3551  TGATCAGCCG TTATGCCAAT AGCGGTTTGA GTGAATTTTC CGCCACGCTC3601  AACAGCGTTT TCGCCGTACA GGACGAATTG GACCGCGTGT TTGCCGAAGA3651  CCGCCGCAAC GCCGTTTGGA CAAGCGGCAT CCGGGACACC AAACACTACC3701  GTTCGCAAGA TTTCCGCGCC TACCGCCAAC AAACCGACCT GCGCCAAATC3751  GGTATGCAGA AAAACCTCGG CAGCGGGCGC GTCGGCATCC TGTTTTCGCA3801  CAACCGGACC GGAAACACCT TCGACGACGG CATCGGCAAC TCGGCACGGC3851  TTGCCCACGG TGCCGTTTTC GGGCAATACG GCATCGGCAG GTTCGACATC3901  GGCATCAGCG CGGGCGCGGG TTTTAGTAGC GGCAGCCTTT CAGACGGCAT3951  CAGAGGCAAA ATCCGCCGCC GCGTGCTGCA TTACGGCATT CAGGCAAGAT4001  ACCGCGCAGG TTTCGGCGGA TTCGGCATCG AACCGCACAT CGGCGCAACG4051  CGCTATTTCG TCCAAAAAGC GGATTACCGA TACGAAAACG TCAATATCGC4101  CACCCCGGGC CTTGCATTCA ACCGCTACCG CGCGGGCATT AAGGCAGATT4151  ATTCATTCAA ACCGGCGCAA CACATTTCCA TCACGCCTTA TTTGAGCCTG4201  TCCTATACCG ATGCCGCTTC CGGCAAAGTC CGAACGCGCG TCAATACCGC4251  CGTATTGGCG CAGGATTTCG GCAAAACCCG CAGTGCGGAA TGGGGCGTAA4301  ACGCCGAAAT CAAAGGTTTC ACGCTGTCCC TCCACGCTGC CGCCGCCAAG4351  GGGCCGCAAT TGGAAGCGCA GCACAGCGCG GGCATCAAAT TAGGCTACCG4401  CTGGTAA预计它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 596>:1  MKTTDKRTTE THRKAPKTGR IRFSPAYLAI CLSFGILPQA RAGHTYFGIN51  YQYYRDFAEN KGKFAVGAKD IEVYNKKGEL VGKSMTKAPM IDFSVVSRNG101  VAALAGDQYI VSVAHNGGYN NVDFGAEGSN PDQHRFSYQI VKRNNYKAGT151  NGHPYGGDYH MPRLHKFVTD AEPVEMTSYM DGWKYADLNK YPDRVRIGAG201  RQYWRSDEDE PNNRESSYHI ASAYSWLVGG NTFAQNGSGG GTVNLGSEKI251  KHSPYGFLPT GGSFGDSGSP MFIYDAQKQK WLINGVLQTG NPYIGKSNGF301  QLVRKDWFYD EIFAGDTHSV FYEPHQNGKY FFNDNNNGAG KIDAKHKHYS351  LPYRLKTRTV QLFNVSLSET AREPVYHAAG GVNSYRPRLN NGENISFIDK401  GKGELILTSN INQGAGGLYF EGNFTVSPKN NETWQGAGVH ISDGSTVTWK451  VNGVANDRLS KIGKGTLLVQ AKGENQGSVS VGDGKVILDQ QADDQGKKQA501  FSEIGLVSGR GTVQLNADNQ FNPDKLYFGF RGGRLDLNGH SLSFHRIQNT551  DEGAMIVNHN QDKESTVTIT GNKDITTTGN NNNLDSKKEI AYNGWFGEKD601  ATKTNGGLNL NYPPEEADRT LLLSGGTNLN GNITQTNGKL FFSGRPTPHA 651  YNHLGSGWSK MEGIPQGEIV WDNDWIDRTF KAENFHIQGG QAVVSRNVAK701  VEGDWHLSNH AQAVFGVAPH QSHTICTRSD WTGLTSCTEK TITDDKVIAS751  LSKTDVRGNV SLADHAHLNL TGLATFNGNL VQAETRTIRL RANATQNGNL801  SLYGNAQATF NQATLNGNTS ASDNASFNLS NNAVQNGSLT LSDNAKANVS851  HSALNGNVSL ADKAVFHFEN SRFTGKISGG KDTALHLKDS EWTLPSGTEL901  GNLNLDNATI TLNSAYRHDA AGAQTGSAAD APRRRSRRSL LSVTPPTSAE951  SRFNTLTVNG KLNGQGTFRF MSELFGYRSG KLKLAESSEG TYTLAVNNTG1001  NEPVSLEQLT VVEGKDNTPL SENLNFTLQN EHVDAGAWRY QLIRKDGEFR1051  LHNPVKEQEL SDKLGKAGET EAALTAKQAQ LAAKQQAEKD NAQSLDALIA1101  AGRNATEKAE SVAEPARQAG GENAGIMQAE EEKKRVQADK DTALAKQREA1151  ETRPATTAFP RARRARRDLP QPQPQPQPQP QRDLISRYAN SGLSEFSATL1201  NSVFAVQDEL DRVFAEDRRN AVWTSGIRDT KHYRSQDFRA YRQQTDLRQI1251  GMQKNLGSGR VGILFSHNRT GNTFDDGIGN SARLAHGAYF GQYGIGRFDI1301  GISAGAGFSS GSLSDGIRGK IRRRVLHYGI QARYRAGFGG FGIEPHIGAT1351  RYFVQKADYR YENVNIATPG LAFNRYRAGI KADYSFKPAQ HISITPYLSL1401  SYTDAASGKV RTRVNTAVLA QDFGKTRSAE WGVNAEIKGF TLSLHAAAAK1451  GPQLEAQHSA GIKLGYRW*
有下划线和双划线的序列代表丝氨酸蛋白酶(胰蛋白酶家族)的活性位点以及ATP/GTP-结合位点基序A(P-环)。
ORF1-1和ORF1ng在1471个氨基酸的重叠区内显示出有93.7％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf1-1.pep    MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
orf1ng-1      MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQARAGHTYFGINYQYYRDFAEN
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf1-1.pep    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYN
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||
orf1ng-1      KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALAGDQYIVSVAHNGGYN
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf1-1.pep    NVDFGAEGRNPDQHRFTYKIVKRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSYM
              |||||||| |||||||:|:|||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      NVDFGAEGSNPDQHRFSYQIVKRNNYKAGTNGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSYM
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf1-1.pep    DGRKYIDQNNYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSGG
              ||||| | |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      DGWKYADLNKYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSGG
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf1-1.pep    GTVNLGSEKIKHSPYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      GTVNLGSEKIKHSPYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGF
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf1-1.pep    QLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPRQNGKYSFNDDNNGTGKINAKHEHNSLPNRLKTRTV
              ||||||||||||||||||||||||:||||| |||:|||:|||:|||:| ||| |||||||
orf1ng-1      QLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPHQNGKYFFNDNNNGAGKIDAKHKHYSLPYRLKTRTV
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf1-1.pep    QLFNVSLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLYF
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| orf1ng-1      QLFNVSLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDKGKGELILTSNINQGAGGLYF
                  370       380       390       400       410       420
                  430       440       450       460       470       480orf1-1.pep    QGDFTVSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLHVQAKGENQGSIS
           :|:|||||:|||||||||||||: ||||||||||||||||||||||| ||||||||||:|orf1ng-1      EGNFTVSPKNNETWQGAGVHISDGSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLLVQAKGENQGSVS
                  430       440       450       460       470       480
                  490       500       510       520       530       540orf1-1.pep    VGDGTVILDQQADDKGKKQAFSEIGLVSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNGH
           |||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1ng-1      VGDGKVILDQQADDQGKKQAFSEIGLVSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNGH
                  490       500       510       520       530       540
                  550       560       570       580       590       600orf1-1.pep    SLSFHRIQNTDEGAMIVNHNQDKESTVTITGNKDIATTGNNNSLDSKKEIAYNGWFGEKD
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||:|||||||||||||||||orf1ng-1      SLSFHRIQNTDEGAMIVNHNQDKESTVTITGNKDITTTGNNNNLDSKKEIAYNGWFGEKD
                  550       560       570       580       590       600
                  610       620       630       640       650       660orf1-1.pep    TTKTNGRLNLVYQPAAEDRTLLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLNDHWSQ
           :||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:: ||orf1ng-1      ATKTNGRLNLNYQPEEADRTLLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLGSGWSK
                  610       620       630       640       650       660
                  670       680       690       700       710       720orf1-1.pep    KEGIPRGEIVWDNDWINRTFKAENFQIKGGQAVVSRNVAKVKGDWHLSNHAQAVFGVAPH
            ||||:||||||||||:||||||||:|:|||||||||||||:||||||||||||||||||orf1ng-1      MEGIPQGEIVWDNDWIDRTFKAENFHIQGGQAVVSRNVAKVEGDWHLSNHAQAVFGVAPH
                  670       680       690       700       710       720
                  730       740       750       760       770       780orf1-1.pep    QSHTICTRSDWTGLTNCVEKTITDDKVIASLTKTDISGNVDLADHAHLNLTGLATLNGNL
           |||||||||||||||:|:|||||||||||||:|||| |||:|||||||||||||||||||orf1ng-1      QSHTICTRSDWTGLTSCTEKTITDDKVIASLSKTDIRGNVSLADHAHLNLTGLATLNGNL
                  730       740       750       760       770       780
                  790       800       810       820       830       840orf1-1.pep    SANGDTRYTVSHNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASGNASFNLSDHAVQNGSLT
           ||:|||:|||::|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||::||||||||orf1ng-1      SAGGDTHYTVTRNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASDNASFNLSNNAVQNGSLT
                  790       800       810       820       830       840
                  850       860       870       880       890       900orf1-1.pep    LSGNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWTLPSGTEL
           || ||||||||||||||||||||||||||:|||||:||||||||||||||||||||||||orf1ng-1      LSDNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGKISGGKDTALHLKDSEWTLPSGTEL
                  850       860       870       880       890       900
                  910       920       930       940       950       960orf1-1.pep    GNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPRRRSRRSRRSLLSVTPPTSVESRFNTLT
           ||||||||||||||||||||||||||||:||||||||   |||||||||||:||||||||orf1ng-1      GNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSAADAPRRRSR---RSLLSVTPPTSAESRFNTLT
                  910       920       930          940       950
                  970       980       990      1000      1010      1020orf1-1.pep    VNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLTVVEGKDN
           |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||orf1ng-1      VNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSGKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLEQLTVVEGKDN
         960       970       980       990      1000      1010
               1030      1040      1050      1060      1070orf1-1.pep  KPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKA----------
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1ng-1    TPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAGETEAALTAK
        1020      1030      1040      1050      1060      1070
                   1080      1090      1100      1110      1120orf1-1.pep  ----EAKKQAEKDNAQSLDALIAAGRDAVEKTESVAEPARQAGGENVGIMQAEEEKKRVQ
              ||:||||||||||||||||||:|:||:||||||||||||||:|||||||||||||orf1ng-1    QAQLAAKQQAEKDNAQSLDALIAAGRNATEKAESVAEPARQAGGENAGIMQAEEEKKRVQ
        1080      1090      1100      1110      1120      1130
         1130      1140      1150      1160      1170      1180orf1-1.pep  ADKDTALAKQREAETRPATTAFPRARRARRDLPQLQPQPQPQPQRDLISRYANSGLSEFS
         |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||orf1ng-1    ADKDTALAKQREAETRPATTAFPRARRARRDLPQPQPQPQPQPQRDLISRYANSGLSEFS
        1140      1150      1160      1170      1180      1190
         1190      1200      1210      1220      1230      1240orf1-1.pep  ATLNSVFAVQDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLG
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1ng-1    ATLNSVFAVQDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLG
        1200      1210      1220      1230      1240      1250
         1250      1260      1270      1280      1290      1300orf1-1.pep  SGRVGILFSHNRTENTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFYIGISAGAGFSSGSLSDGI
         ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||orf1ng-1    SGRVGILFSHNRTGNTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFDIGISAGAGFSSGSLSDGI
        1260      1270      1280      1290      1300      1310
         1310      1320      1330      1340      1350      1360orf1-1.pep  GGKIRRRVLHYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYR
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orflng-1    RGKIRRRVLHYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYR
        1320      1330      1340      1350      1360      1370
         1370      1380      1390      1400      1410      1420orf1-1.pep  AGIKADYSFKPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEI
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf1ng-1    AGIKADYSFKPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEI
        1380      1390      1400      1410      1420      1430
         1430      1440      1450orf1-1.pep  KGFTLSIHAAAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
         ||||||||||||||||||||||||||||||||orf1ng-1    KGFTLSLHAAAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
        1440      1450      1460
另外，ORF1ng和hap蛋白(P45387)在1455个氨基酸的重叠区内显示出有55.7％的相同性：
SCORES      Initl:  1104 Initn:  4632 Opt:  2680
Smith-Waterman评分：5165；    在1455个氨基酸的重叠区内有55.7％的相同性
                      10        20        30        40        50        60
orf1ng-1.pep  MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQARAGHTYFGINYQYYRDFAEN
                                    |   :|: |:|:||: || ||||||||:||||||||||
p45387                         MKKTVFRLNFLTACISLGIVSQAWAGHTYFGIDYQYYRDFAEN
                                  10        20        30        40
                 70        80        90       100       110       120orf1ng-1.pep KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALAGDQYIVSVAHNGGYN
         ||||:|||::|:||||:|:||| |||||||||||||||||||||: :||||||||| ||:p45387       KGKFTVGAQNIKVYNKQGQLVGTSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVENQYIVSVAHNVGYT
              50        60        70        80        90       100
                130       140       150       160       170       180orf1ng-1.pep NVDFGAEGSNPDQHRFSYQIVKRNNYKAGTNGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSYM
         :|||||||:|||||||:|:||||||||   | |||  ||| ||||||||:| |::||| |p45387       DVDFGAEGNNPDQHRFTYKIVKRNNYKKD-NLHPYEDDYHNPRLHKFVTEAAPIDMTSNM
             110       120       130        140       150       160
                190       200       210       220       230       240orf1ng-1.pep DGWKYADLNKYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSGG
         :|  |:| :|||:|||||:|||:||:|:|: :      ::|:|| :|::|||  | |:|:p45387       NGSTYSDRTKYPERVRIGSGRQFWRNDQDKGD------QVAGAYHYLTAGNTHNQRGAGN
              170       180       190             200       210
                250       260       270       280       290       300orf1ng-1.pep GTVNLGSEKIKHSPYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGF
         |   ||::  | : || || :|| ||||||||||||:||||||||:|: |||: || |||p45387       GYSYLGGDVRKAGEYGPLPIAGSKGDSGSPMFIYDAEKQKWLINGILREGNPFEGKENGF
          220       230       240       250       260       270
                310       320       330       340       350       360orf1ng-1.pep QLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPHQNGKYFFNDNNNGAGKIDAKHKHYSLPYRLKTRTV
         |||||::| ||||  | |: :|    || | :: |:|| |:|  |    ::| ::|   :p45387       QLVRKSYF-DEIFERDLHTSLYTRAGNGVYTISGNDNGQGSITQKS---GIPSEIK---I
          280        290       300       310       320
                370        380       390       400       410      419orf1ng-1.pep QLFNVSLSETAREPVYHAA-GGVNSYRPRLNNGENISFIDKGKGELILTSNINQGAGGLY
          | |:||    :: |::    | | | |||||||:: |:|: :| ||::|:|||||||||p45387       TLANMSLPLKEKDKVHNPRYDGPNIYSPRLNNGETLYFMDQKQGSLIFASDINQGAGGLY
       330       340       350       360       370       380
       420       430     440       450         460       470      479orf1ng-1.pep FEGNFTVSPKNNETWQGAGVHISDGSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLLVQAKGENQGSV
         |||||||||::|:||||||:|:|::|||||||||| :||||||||||| |||||||:||:p45387       FEGNFTVSPNSNQTWQGAGIHVSENSTVTWKVNGVEHDRLSKIGKGTLHVQAKGENKGSI
       390       400       410       420       430       440
       480       490       500       510       520       530      539orf1ng-1.pep SVGDGKVILDQQADDQGKKQAFSEIGLVSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNG
         |||||||||:|||||||:||||||||||||||||||| |:||: ||:|||||||||||||p45387       SVGDGKVILEQQADDQGNKQAFSEIGLVSGRGTVQLNDDKQFDTDKFYFGFRGGRLDLNG
       450       460       470       480       490       500
       540       550       560       570        580        590orf1ng-1.pep HSLSFHRIQNTDEGAMIVNHNQDKESTVTITGNKDITT-TGNN-NNLDSKKEIAYNGWFG
         |||:|:|||||||||||||||  : ::||||||::|:  :||| |:|| :||||||||||p45387       HSLTFKRIQNTDEGAMIVNHNTTQAANVTITGNESIVLPNGNNINKLDYRKEIAYNGWFG
       510       520       530       540       550       560
         600       610       620       630       640       650orf1ng-1.pep EKDATKTNGRLNLNYQPEEADRTLLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLGSG
         | | :| |||||| |:|   ||||||||||||:|:||||:|||||||||||||||||::p45387       ETDKNKHNGRLNLIYKPTTEDRTLLLSGGTNLKGDITQTKGKLFFSGRPTPHAYNHLNKR
       570       580       590       600       510       620
         660       670       680       690       700       710orf1ng-1.pep WSKMEGIPQGEIVWDNDWIDRTFKAENFHIQGGQAVVSRNVAKVEGDWHLSNHAQAVFGV
         ||:||||||||||||:|||:||||||||:|:||||||||||:::||:| :||:|:|:|||p45387       WSEMEGIPQGEIVWDHDWINRTFKAENFQIKGGSAVVSRNVSSIEGNWTVSNNANATFGV
       630       640       650       660       670       680
         720       730       740       750       760       770orf1ng-1.pep APHQSHTICTRSDWTGLTSCTEKTITDDKVIASLSKTDIRGNVSLADHAHLNLTGLATLN
         :|:|::||||||||||||:| :  :|| ||| |: ||:| |:::|:|:|  |: ||| ||p45387       VPNQQNTICTRSDWTGLTTCQKVDLTDTKVINSIPKTQINGSINLTDNATANVKGLAKLN
       690       700       710       720       730       740
         780       790       800       810       820       830orf1ng-1.pep GNLSAGGDTHYTVTRNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASDNASFNLSNNAVQNG
         ||::                                        :::::|:|||||:| |p45387       GNVTL---------------------------------------TNHSQFTLSNNATQIG
       750                                              760       770
         840       850       860       870       880       890orf1ng-1.pep SLTLSDNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGKISGGKDTALHLKDSEWTLPSG
         :: ||||: |:|::: ||||| |:|:| | ::||:|: :|:| | |:: |::: ||:||p45387       NIRLSDNSTATVDNANLNGNVHLTDSAQFSLKNSHFSHQIQGDKGTTVTLENATWTMPSD
                780       790       800       810       820       830
         900       910       920       930       940       950orf1ng-1.pep TELGNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSAADAPRRRSRRSLLSVTPPTSAESRFNTLT
         | | ||:|:|:|||||||||       ::|: ::|||||   | : | ||||| ||||||p45387       TTLQNLTLNNSTITLNSAY--------SASSNNTPRRRS---LETETTPTSAEHRFNTLT
                840               850       860          870
         960       970       980       990      1000      1010orf1ng-1.pep VNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSGKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLEQLTVVEGKDN
         |||||:|||||:| | ||||:| ||||::::|| | |:| |||:|| :|||||:||:|||p45387       VNGKLSGQGTFQFTSSLFGYKSDKLKLSNDAEGDYILSVRNTGKEPETLEQLTLVESKDN
       880       890       900       910       920       930
        1020      1030      1040      1050      1060      1070orf1ng-1.pep TPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAGETEAALTAK
          |||::|:|||:|:|||||| ||:|:::|||||||||:||||| : | :| ::| :| ||p45387       QPLSDKLKFTLENDHVDAGALRYKLVKNDGEFRLHNPIKEQELHNDLVRAEQAERTLEAK
       940       950       960       970      980        990
        1080      1090      1100       1110      1120      1130orf1ng-1.pep QAQLAAKQQAEKDNAQSLDALIAAGRNAT-EKAESVAEPARQAGGENAGIMQAEEEKKRV
         |:: :|| |: : ::::| |  ||  ::  :::   |  |:||   :|  :::: : |:|p45387       QVEPTAKTQTGEPKVRSRRAARAAFPDTLPDQSLLNALEAKQAE-LTAETQKSKAKTKKV
      1000      1010      1020      1030      1040       1050
         1140         1150      1160       1170      1180      1190orf1ng-1.pep QADK---DTALAKQREAETRPATTAFPRARRARRD-LPQPQpQPQPQPQRDLISRYANSG
         :: :   :  |  |     : |  ::   :::::| | | : : | : |:||||||:||:p45387       RSKRAVFSDPLLDQSLFALEAALEVIDAPQQSEKDRLAQEEAEKQ-RKQKDLISRYSNSA
       1060      1070      1080      1090      1100       1110
             1200      1210      1220      1230      1240       1250orf1ng-1.pep LSEFSATLNSVFAVQDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQ-TDLRQIG
         |||:|||:||:::|||||||:|::: ::||||:  :| ::| |: ||||:|| |:|||||p45387       LSELSATVNSMLSVQDELDRLFVDQAQSAVWTNIAQDKRRYDSDAFRAYQQQKTNLRQIG
        1120      1130      1140      1150      1160      1170
              1260      1270      1280      1290      1300      1310orf1ng-1.pep MQKNLGSGRVGILFSHNRTGNTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFDIGISAGAGFSSG
         :|| |::||:| :|||:|: ||||: : | | |:  : |:||  | :::|:::|:|:|::p45387       VQKALANGRIGAVFSHSRSDNTFDEQVKNHATLTMMSGFAQYQWGDLQFGVNVGTGISAS
        1180      1190      1200      1210      1220      1230
              1320      1330      1340      1350      1360      1370orf1ng-1.pep SLSDGIRGKIRRRVLHYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGL
         ::::    ||:|::::||::| |:  :| :||:|::|::|||::: :|: |:| : ||:|p45387       KMAEEQSRKIHRKAINYGVNASYQFRLGQLGIQPYFGVNRYFIERENYQSEEVRVKTPSL
        1240      1250      1260      1270      1280      1290
              1380      1390      1400      1410      1420      1430orf1ng-1.pep AFNRYRAGIKADYSFKPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEW
         ||||| |||::||:| |:::||: ||: ::|:|:::::|:| || :|| | ||:  : |p45387       AFNRYNAGIRVDYTFTPTDNISVKPYFFVNYVDVSNANVQTTVNLTVLQQPFGRYWQKEV
        1300      1310      1320      1330      1340      1350
              1440      1450      1460     1469orf1ng-1.pep GVNAEIKGFTLSLHAAAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
         |::|||  | :|   : ::| ||  |:::|:||||||p45387       GLKAEILHFQISAFISKSQGSQLGKQQNVGVKLGYVRW
        1360      1370      1380      1390
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。实施例78在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 597>:1  ..AAGGTGTGGC AATTTGTCGA AGA.CCGCTG CGTGCCGTCG TGCCTGCCGA51    CAGTTTTGAA CCGACCGCGC AAAAATTGAA CCTGTTTAAG GCGGGTGCGG101    CAACCATTTT GTTTTATGAA GATCAAAATG TCGTCAAAGG TTTGCAGGAG151    CAGTTCCCTG CTTATGCCGC TAACTTCCCC GTTTGGGCGg ATCAGGCAAA201    CGCGATGGTG CAGTATGCCG TTTGGACGAC ACTTGCCGCG GTCGGCGTAG251    GTGCAAACCT GCAACATTAC AATCCCTTGC CCGATGCGGC GATTGCCAAA301    GCGTGGAATA TCCCCGAAAA CTGGTTGTTG CGCGCACAAA TGGTTATCGG351    CGGTATTGAA GGGGCGGCAG GTGAAAAGAC CTTTGAACCC GTTGCAGAAC401    GTTTGAAAGT GTTCGGCGCA TAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 598；ORF6>:1  ..KVWQFVEXPL RAVVPADSFE PTAQKLNLFK AGAATILFYE DQNVVKGLQE51    QFPAYAANFP VWADQANAMV QYAVWTTLAA VGVGANLQHY NPLPDAAIAK101    AWNIPENWLL RAQMVIGGIE GAAGEKTFEP VAERLKVFGA *进一步的序列分析进一步揭示了部分DNA序列<SEQ ID 599>:1  ..CTGCGTGCCG TCGTGCCTGC CGACAGTTTT GAACCGACCG CGCAAAAATT51    GAACCTGTTT AAGGCGGGTG CGGCAACCAT TTTGTTTTAT GAAGATCAAA101    ATGTCGTCAA AGGTTTGCAG GAGCAGTTCC CTGCTTATGC CGCTAACTTC151    CCCGTTTGGG CGGATCAGGC AAACGCGATG GTGCAGTATG CCGTTTGGAC201    GACACTTGCC GCGGTCGGCG TAGGTGCAAA CCTGCAACAT TACAATCCCT251    TGCCCGATGC GGCGATTGCC AAAGCGTGGA ATATCCCCGA AAACTGGTTG301    TTGCGCGCAC AAATGGTTAT CGGCGGTATT GAAGGGGCGG CAGGTGAAAA351    GACCTTTGAA CCCGTTGCAG AACGTTTGAA AGTGTTCGGC GCATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 600；ORF6-1>:1  ..LRAVVPADSF EPTAQKLNLF KAGAATILFY EDQNVVKGLQ EQFPAYAANF51    PVWADQANAM VQYAVWTTLA AVGVGANLQH YNPLPDAAIA KAWNIPENWL101    LRAQMVIGGI EGAAGEKTFE PVAERLKVFG A*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF6和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF6a)在140个氨基酸的重叠区内显示出有98.6％的相同性：
                                           10        20        30orf6.pep                               KVWQFVEXPLRAVVPADSFEPTAQKLNLFK
                                   |||||||  |||||||||||||||||||||orf6a    QIVEHAVLHTPSSFNSQSARVVVLFGEEHDKVWQFVEDALRAVVPADSFEPTAQKLNLFK
            40        50        60        70        80        90
             40        50        60        70        80        90orf6.pep AGAATILFYEDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHY
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf6a    AGAATILFYEDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHY
           100       110       120       130       140       150
            100       110       120       130       140orf6.pep NPLPDAAIAKAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf6a    NPLPDAAIAKAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
           160       170       180       190       200全长ORF6a核苷酸序列<SEQ ID 601>是：1  ATGACCCGTC AATCTCTGCA ACAGGCTGCC GAAAGCCGCC GTTCCATTTA51  TTCGTTAAAT AAAAATCTGC CCGTCGGCAA AGATGAAATC GTCCAAATCG101  TCGAACACGC CGTTTTGCAC ACACCTTCTT CGTTCAATTC CCAATCTGCC151  CGTGTGGTCG TGCTGTTTGG CGAAGAGCAT GATAAGGTGT GGCAATTTGT201  CGAAGACGCG CTGCGTGCCG TCGTGCCTGC CGACAGTTTT GAACCGACCG251  CGCAAAAATT GAACCTGTTT AAGGCGGGTG CGGCAACTAT TTTGTTTTAT301  GAAGATCAAA ATGTCGTCAA AGGTTTGCAG GAGCAGTTCC CTGCTTATGC351  CGCCAACTTT CCCGTTTGGG CGGACCAGGC GAACGCGATG GTGCAGTATG401  CCGTTTGGAC GACACTTGCC GCGGTCGGCG TAGGTGCAAA CCTGCAACAT451  TACAATCCCT TGCCCGATGC GGCGATTGCC AAAGCGTGGA ATATCCCCGA501  AAACTGGTTG TTGCGCGCAC AAATGGTTAT CGGCGGTATT GAAGGGGCGG551  CAGGTGAAAA GACCTTTGAA CCAGTTGCAG AACGTTTGAA AGTGTTCGGC601  GCATAA预计它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 602>:1  MTRQSLQQAA ESRRSIYSLN KNLPVGKDEI VQIVEHAVLH TPSSFNSQSA51  RVVVLFGEEH DKVWQFVEDA LRAVVPADSF EPTAQKLNLF KAGAATILFY101  EDQNVVKGLQ EQFPAYAANF PVWADQANAM VQYAVWTTLA AVGVGANLQH151  YNPLPDAAIA KAWNIPENWL LRAQMVIGGI EGAAGEKTFE PVAERLKVFG201  A*ORF6a和ORF6-1在131个氨基酸的重叠区内显示出有100.0％的相同性：
              50        60        70        80        90       100orf6a.pep TPSSFNSQSARVVVLFGEEHDKVWQFVEDALRAVVPADSFEPTAQKLNLFKAGAATILFY
                                    ||||||||||||||||||||||||||||||orf6-1                                  LRAVVPADSFEPTAQKLNLFKAGAATILFY
                                            10        20        30
             110       120       130       140       150       160orf6a.pep EDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHYNPLPDAAIA
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf6-1    EDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHYNPLPDAAIA
              40        50        60        70        80        90
                 170       180       190       200
orf6a.pep KAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf6-1    KAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
                 100       110       120       130
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF6和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF6ng)在140个氨基酸的重叠区内显示出有95.7％的相同性：
orf6.pep                                KVWQFVEXPLRAVVPADSFEPTAQKLNLFK  30
                                        |||||||  |||||||||||||||||:|||
orf6ng    SNVSLDMSNPTVLRMGLPLYIASLRRGAIYKVWQFVEDALRAVVPADSFEPTAQKLKLFK  64
orf6.pep  AGAATILFYEDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHY  90
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
orf6ng    AGAATILFYEDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGAGANLQHY 124
orf6.pep  NPLPDAAIAKAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGA  140
          |||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||
orf6ng    NPLPDVAIAKAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKVFEPVAERLKVFGA  174
鉴定出全长ORF6ng核苷酸序列<SEQ ID 603>:1  ATGGCCGTTG CGTCAAATGT CAGCTTGGAT ATGTCCAATC CTACGGTGTT51  ACGCATGGGA TTACCCTTAT ATATTGCGTC CCTAAGAAGG GGCGCAATAT101  ATAAGGTGTG GCAATTTGTC GAAGACGCGC TGCGTGCCGT CGTGCCTGCC151  GACAGTTTTG AACCGACCGC GCAAAAATTG AAGCTGTTTA AGGCGGGCGC201  GGCAACCATT TTGTTTTATG AAGATCAAAA TGTCGTCAAA GGTTTGCAGG251  AGCAGTTCCC TGCTTATGCC GCCAACTTTC CCGTTTGGGC GGACCAGGCG301  AACGCTATGG TACAGTATGC CGTCTGGACG ACACTTGCCG CGGTCGGTGC351  AGGTGCAAAT CTGCAACATT ACAACCCCTT GCCCGATGTG GCGATTGCTA401  AAGCGTGGAA TATTCCCGAA AACTGGCTGT TGCGCGCGCA AATGGTTATC451  GGTGGTATTG AAGGGGcggc aggtgaaaaa gtctttgaac CCGTTGCgga501  acgtttgAAA GTGTTCGGCG CATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 604>:1  MAVASNVSLD MSNPTVLRMG LPLYIASLRR GAIYKVWQFV EDALRAVVPA51  DSFEPTAQKL KLFKAGAATI LFYEDQNVVK GLQEQFPAYA ANFPVWADQA101  NAMVQYAVWT TLAAVGAGAN LQHYNPLPDV AIAKAWNIPE NWLLRAQMVI151  GGIEGAAGEK VFEPVAERLK VFGA*ORF6ng和ORF6-1在131个氨基酸的重叠区内显示出有96.9％的相同性：
                                             10        20        30orf6-1.pep                               LRAVVPADSFEPTAQKLNLFKAGAATILFY
                                     |||||||||||||||||:||||||||||||orf6ng     PTVLRMGLPLYIASLRRGAIYKVWQFVEDALRAVVPADSFEPTAQKLKLFKAGAATILFY
            20        30        40        50        60        70
               40        50        60        70        80        90orf6-1.pep EDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHYNPLPDAAIA
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||:|||orf6ng     EDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGAGANLQHYNPLPDVAIA
            80        90       100       110       120       130
              100       110       120       130orf6-1.pep KAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
       |||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||orf6ng     KAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKVFEPVAERLKVFGAX
           140       150      160       170
预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例79
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 605>1  ..GGCTACAACT ACCTGTTCGC GCGCGGCAGC CGCATCGCCA ACTACCAAAT51    CAACGGCATC CCCGTTGCCG ACGCGCTGGC CGATACGGGt CAATGCCAAC101    ACCGCCGCCT ATGAGCGCGT AGAAGTCGTG CGCGGCGTGG CGGGGCTGCT151    GGACGGCACG GGCGAGCCTT CCGCCACCGT CAATCTGGTG CGCAAACGCC201    TGACCCGCAA GCCATTGTTT GAAGTCCGCG CCGAAGCgGG CAACCGcAAA251    CATTTCGGGC TGGACGCGGA CGTATCGGGC AGCCTGAACA CCGAAG.crC301    rCTGCGCgGC CGCCTGGTTT CCAcCTTCGG ACGCGGCGAC TCGTGGCGGC351    GGCGCGAACG CAGCCGskAT GCCGAACTCT ACGGCATTTT GGAATACGAC401    ATCGCACCGC AAACCCGCGT CCACGCArGC ATGGACTACC AGCAGGCGAA451    AGAAACCGCC GACGCGCCGC TCAGcTACGC CGTGTACGAC AGCCAAGGTT501    ATGCCACCGC CTTCGGCCCG AAAGACAACC CCGCCACAAA TTGGGCGAAC551    AGCCACCACC GTGCGCTCAA CCTGTTCGCC GGCATCGAAC ACCGCTTCAA601    CCAAGACTGG AAACTCAAAG CCGAATACGA CTAC..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 606；ORF23>:1  ..GYNYLFARGS RIANYQINGI PVADALADTG NANTAAYERV EVVRGVAGLL51    DGTGEPSATV NLVRKRLTRK PLFEVRAEAG NRKHFGLDAD VSGSLNTEXX101    LRGRLVSTFG RGDSWRRRER SRXAELYGIL EYDIAPQTRV HAXMDYQQAK151    ETADAPLSYA VYDSQGYATA FGPKDNPATN WANSHHRALN LFAGIEHRFN201    QDWKLKAEYD Y..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 607>:1  ATGACACGCT TCAAATATTC CCTGCTGTTT GCCGCCCTGT TGCCCGTGTA51  CGCGCAGGCC GATGTTTCFG TTTCAGACGA CCCCAAACCG CAGGAAAGCA101  CTGAATTGCC GACCATCACC GTTACCGCCG ACCGCACCGC GAGTTCCAAC151  GACGGCTACA CTGTTTCCGG CACGCACACC CCGCTCGGGC TGCCCATGAC201  CCTGCGCGAA ATCCCGCAGA GCGTCAGCGT CATCACATCG CAACAAATGC251  GCGACCAAAA CATCAAAACG CTCGACCGCG CCCTGTTGCA GGCGACCGGC301  ACCAGCCGCC AGATTTACGG CTCCGACCGC GCGGGCTACA ACTACCTGTT351  CGCGCGCGGC AGCCGCATCG CCAACTACCA AATCAACGGC ATCCCCGTTG401  CCGACGCGCT GGCCGATACG GGCAATGCCA ACACCGCCGC CTATGAGCGC451  GTAGAAGTCG TGCGCGGCGT GGCGGGGCTG CTGGACGGCA CGGGCGAGCC501  TTCCGCCACC GTCAATCTGG TGCGCAAACG CCTGACCCGC AAGCCATTGT551  TTGAAGTCCG CGCCGAAGCG GGCAACCGCA AACATTTCGG GCTGGACGCG601  GACGTATCGG GCAGCCTGAA CACCGAAGGC ACGCTGCGCG GCCGCCTGGT651  TTCCACCTTC GGACGCGGCG ACTCGTGGCG GCGGCGCGAA CGCAGCCGCG701  ATGCCGAACT CTACGGCATT TTGGAATACG ACATCGCACC GCAAACCCGC751  GTCCACGCAG GCATGGACTA CCAGCAGGCG AAAGAAACCG CCGACGCGCC801  GCTCAGCTAC GCCGTGTACG ACAGCCAAGG TTATGCCACC GCCTTCGGCC851  CGAAAGACAA CCCCGCCACA AATTGGGCGA ACAGCCGCCA CCGTGCGCTC901  AACCTGTTCG CCGGCATCGA ACACCGCTTC AACCAAGACT GGAAACTCAA951  AGCCGAATAC GACTACACCC GCAGCCGCTT CCGCCAGCCC TACGGCGTAG1001  CAGGCGTGCT TTCCATCGAC CACAACACCG CCGCCACCGA CCTGATTCCC1051  GGTTATTGGC ACGCCGACCC GCGCACCCAC AGCGCCAGCG TGTCATTGAT1101  CGGCAAATAC CGCCTGTTCG GCCGCGAACA CGATTTAATC GCGGGTATCA1151  ACGGTTACAA ATACGCCAGC AACAAATACG GCGAACGCAG CATCATCCCC1201  AACGCCATTC CCAACGCCTA CGAATTTTCC CGCACGGGTG CCTACCCGCA1251  GCCTGCATCG TTTGCCCAAA CCATCCCGCA ATACGGCACC AGGCGGCAAA1301  TCGGCGGCTA TCTCGCCACC CGTTTCCGCG CCGCCGACAA CCTTTCGCTG1351  ATTTTGGGCG GACGATACAC CCGTTACCGC ACCGGCAGCT ACGACAGCCG1401  CACACAAGGC ATGACCTATG TGTCCGCCAA CCGTTTCACC CCCTACACAG1451  GCATCGTGTT CGACCTGACC GGCAACCTGT CTCTTTACGG CTCGTACAGC1501  AGCCTGTTCG TCCCGCAATC GCAAAAAGAC GAACACGGCA GCTACCTGAA1551  ACCCGTAACC GGCAACAATC TGGAAGCCGG CATCAAAGGC GAATGGCTTG1601  AAGGCCGTCT GAACGCATCC GCCGCCGTGT ACCGCGCCCG TAAAAACAAC1651  CTCGCCACCG CAGCAGGACG CGACCCGAGC GGCAACACCT ACTACCGCGC1701  CGCCAACCAA GCCAAAACCC ACGGCTGGGA AATCGAAGTC GGCGGCCGCA1751  TCACGCCCGA ATGGCAGATA CAGGCAGGTT ACAGCCAAAG CAAAACCCGC1801  GACCAAGACG GCAGCCGCCT GAACCCCGAC AGCGTACCCG AACGCAGCTT1851  CAAACTCTTC ACTGCCTACC ACTTTCCCC  CGAAGCCCCC AGCGGCTGGA1901  CCATCGGCGC AGGCGTGCGC TGGCAGAGCG AAACCCACAC CGACCCTGCC1951  ACGCTCCGCA TCCCCAACCC CGCCGCCAAA GCCCGCGCCG CCGACAACAG2001  CCGCCAAAAA GCCTACGCCG TCGCCGACAT CATGGCGCGT TACCGCTTCA2051  ATCCGCGCGC CGAACTGTCG CTGAACGTGG ACAATCTGTT CAACAAACAC2101  TACCGCACCC AGCCCGACCG CCACAGCTAC GGCGCACTGC GGACAGTGAA2151  CGCGGCGTTT ACCTATCGGT TTAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 608；ORF23-1>：1  MTRFKYSLLF AALLPVYAQA DVSVSDDPKP QESTELPTIT VTADRTASSN51  DGYTVSGTHT PLGLPMTLRE IPQSVSVITS QQMRDQNIKT LDRALLQATG101  TSRQIYGSDR AGYNYLFARG SRIANYQING IPVADALADT GNANTAAYER151  VEVVRGVAGL LDGTGEPSAT VNLYRKRLTR KPLFEVRAEA GNRKHFGLDA201  DVSGSLNTEG TLRGRLVSTF GRGDSWRRRE RSRDAELYGI LEYDIAPQTR251  VHAGMDYQQA KETADAPLSY AVYDSQGYAT AFGPKDNPAT NWANSRHRAL301  NLFAGIEHRF NQDWKLKAEY DYTRSRFRQP YGVAGVLSID HNTAATDLIP351  GYWHADPRTH SASVSLIGKY RLFGREHDLI AGINGYKYAS NKYGERSIIP401  NAIPNAYEFS RTGAYPQPAS FAQTIPQYGT RRQIGGYLAT RFRAADNLSL451  ILGGRYTRYR TGSYDSRTQG MTYVSANRFT PYTGIVFDLT GNLSLYGSYS501  SLFVPQSQKD EHGSYLKPVT GNNLEAGIKG EWLEGRLNAS AAVYPARKNN551  LATAAGRDPS GNTYYRAANQ AKTHGWEIEV GGRITPEWQI QAGYSQSKTR601  DQDGSRLNPD SVPERSFKLF TAYHFAPEAP SGWTIGAGVR WQSETHTDPA651  TLRIPNPAAK ARAADNSRQK AYAVADIMAR YRFNPRAELS LNVDNLFNKH701  YRTQPDRHSY GALRTVNAAF TYRFK*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与恶臭假单胞菌的铁-假单胞菌素受体PupB(登录号为P38047)的同源性ORF23和PupB蛋白在205个氨基酸的重叠区内显示出有32％的氨基酸相同性：Orf23  6   FARGSRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRK 65
       ++RG  I NY+++G+P +  L D  + + A ++RVE+VRG  GL+ G G PSAT+NL+RKPupB   215 WSRGFAIQNYEVDGVPTSTRL-DNYSQSMAMFDRVEIVRGATGLISGMGNPSATINLIRK 273Orf23  66  RLTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLDADVSGSLNTEXXLRGRLVSTFXXXXXXXXXXXXXXAE 125
       R T +    +  EAGN   +G   DVSG L     +RGR V+ +PupB   274 RPTAEAQASITGEAGNWDRYGTGFDVSGPLTETGNIRGRFVADYKTEKAWIDRYNQQSQL 333Orf23  126 LYGILEYDIAPQTRVHAXMDYQQAKETADAPLSYAVYD--SQGYATAFGPKDNPATNWAN 183
       +YGI E+D++  T +     Y   +   D+PL   +    S G  T      N A +W+PupB   334 MYGITEFDLSEDTLLTVGFSY--LRSDIDSPLRSGLPTRFSTGERTNLKRSLNAAPDWSY 391Orf23  184 SHHRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAE 208
       + H   + F  IE +    W  K EPupB   392 NDHEQTSFFTSIEQQLGNGWSGKIE 416
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF23和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF23a)在211个氨基酸的重叠区内显示出有95.7％的相同性：
                              10        20       30orf23．pep                              GYNYLFARGSRIANYQINGIPVADALADTG
                                    ||||||||||||||||||||||||||||||orf23a    QMRDQNIKALDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARGSRIANYQINGIPVADALADTG
             90       100       110       120       130       140
             40        50        60        70        80        90orf23.Dep NANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRLTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLDAD
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||orf23a    NANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRPTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLGAD
            150       160       170       180       190       200
             100       110       120       130       140       150orf23.pep VSGSLNTEXXLRGRLVSTFGRGDSWRRRERSRXAELYGILEYDIAPQTRVHAXMDYQQAK
      ||||||:| :|||||||||||||||||:|||| ||||||||||||||||||| |||||||orf23a    VSGSLNAEGTLRGRLVSTFGRGDSWRQRERSRDAELYGILEYDIAPQTRVHAGMDYQQAK
            210       220       230       240       250       260
             160       170       180       190       200       210orf23.pep ETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSHHRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYD
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||orf23a    ETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSRHRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYD
            270       280       290       300       310       320orf23.pep Y
      |orf23a    YTRSRFRQPYGVAGVLSIDHNTAATDLIPGYWHADPRTHSASVSLIGKYRLFGREHDLIA
            330       340       350       360        370      380全长ORF23a核苷酸序列<SEQ ID 609>是：1  ATGACACGCT TCAAATATTC CCTGCTGTTT GCCGCCCTGT TGCCCGTGTA51  CGCGCAGGCC GATGTTTCTG TTTCAGACGA CCCAAAACCG CAGGAAAGCA101  CTGAATTGCC GACCATCACC GTTACCGCCG ACCGCACCGC GAGTTCCAAC151  GACGGCTACA CTGTTTCCGG CACGCACACC CCGCTCGGGC TGCCCATGAC201  CCTGCGCGAA ATCCCGCAGA GCGTCAGCGT CATCACATCG CAACAAATGC251  GCGACCAAAA CATCAAAGCG CTCGACCGCG CCCTGTTGCA GGCGACCGGC301  ACCAGCCGCC AGATTTACGG CTCCGACCGC GCGGGCTACA ACTACCTGTT351  CGCGCGCGGC AGCCGCATCG CCAACTACCA AATCAACGGC ATCCCCGTTG401  CCGACGCGCT GGCCGATACG GGCAATGCCA ACACCGCCGC CTATGAGCGC451  GTAGAAGTCG TGCGCGGCGT GGCGGGGCTG CTGGACGGCA CGGGCGAGCC501  TTCCGCCACC GTCAATCTGG TGCGCAAACG CCCGACCCGC AAGCCATTGT551  TTGAAGTCCG CGCCGAAGCG GGCAACCGCA AACATTTCGG GCTGGGCGCG601  GACGTATCGG GCAGCCTGAA TGCCGAAGGC ACGCTGCGCG GCCGCCTGGT651  TTCCACCTTC GGACGCGGCG ACTCGTGGCG GCAGCGCGAA CGCAGCCGCG701  ATGCCGAACT CTACGGCATT TTGGAATACG ACATCGCACC GCAAACCCGC751  GTCCACGCAG GCATGGACTA CCAGCAGGCG AAAGAAACCG CCGACGCGCC801  GCTCAGCTAC GCCGTGTACG ACAGCCAAGG TTATGCCACC GCCTTCGGCC851  CGAAAGACAA CCCCGCCACA AATTGGGCGA ACAGCCGCCA CCGTGCGCTC901  AACCTGTTCG CCGGCATCGA ACACCGCTTC AACCAAGACT GGAAACTCAA951  AGCCGAATAC GACTACACCC GCAGCCGCTT CCGCCAGCCC TACGGCGTAG1001  CAGGCGTGCT TTCCATCGAC CACAACACCG CCGCCACCGA CCTGATTCCC1051  GGTTATTGGC ACGCCGACCC GCGCACCCAC AGCGCCAGCG TGTCATTAAT1101  CGGCAAATAC CGCCTGTTCG GCCGCGAACA CGATTTAATC GCGGGTATCA1151  ACGGTTACAA ATACGCCAGC AACAAATACG GCGAACGCAG CATCATCCCC1201  AACGCCATTC CCAACGCCTA CGAATTTTCC CGCACGGGTG CCTACCCGCA1251  GCCTGCATCG TTTGCCCAAA CCATCCCGCA ATACGGCACC AGGCGGCAAA1301  TCGGCGGCTA TCTCGCCACC CGTTTCCGCG CCGCCGACAA CCTTTCGCTG1351  ATACTCGGCG GCAGATACAG CCGTTACCGC ACCGGCAGCT ACGACAGCCG1401  CACACAAGGC ATGACCTATG TGTCCGCCAA CCGTTTCACC CCCTACACAG1451  GCATCGTGTT CGACCTGACC GGCAACCTGT CGCTTTACGG CTCGTACAGC1501  AGCCTGTTCG TCCCGCAATC GCAAAAAGAC GAACACGGCA GCTACCTGAA
1551    ACCCGTAACC  GGCAACAATC  TGGAAGCCGG  CATCAAAGGC  GAATGGCTTG
1601    AAGGCCGTCT  GAACGCATCC  GCCGCCGTGT  ACCGCGCCCG  TAAAAACAAC
1651    CTCGCCACCG  CAGCAGGACG  CGACCCGAGC  GGCAACACCT  ACTACCGCGC
1701    CGCCAACCAA  GCCAAAACCC  ACGGCTGGGA  AATCGAAGTC  GGCGGCCGCA
1751    TCACGCCCGA  ATGGCAGATA  CAGGCAGGTT  ACAGCCAAAG  CAAAACCCGC
1801    GACCAAGACG  GCAGCCGCCT  GAACCCCGAC  AGCGTACCCG  AACGCAGCTT
1851    CAAACTCTTC  ACTGCCTACC  ACTTTGCCCC  CGAAGCCCCC  AGCGGCTGGA
1901    CCATCGGCGC  AGGCGTGCGC  TGGCAGAGCG  AAACCCACAC  CGACCCTGCC
1951    ACGCTCCGCA  TCCCCAACCC  CGCCGCCAAA  GCCCGCGCCG  CCGACAACAG
2001    CCGCCAAAAA  GCCTACGCCG  TCGCCGACAT  CATGGCGCGT  TACCGCTTCA
2051    ATCCGCGCGC  CGAACTGTCG  CTGAACGTGG  ACAATCTGTT  CAACAAACAC
2101    TACCGCACCC  AGCCCGACCG  CCACAGCTAC  GGCGCACTGC  GGACAGTGAA
2151    CGCGGCGTTT  ACCTATCGGT  TTAAATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 610>：
   1    MTRFKYSLLF  AALLPVYAQA  DVSVSDDPKP  QESTELPTIT  VTADRTASSN
  51    DGYTVSGTHT  PLGLPMTLRE  IPQSVSVITS  QQMRDQNIKA  LDRALLQATG
 101    TSRQIYGSDR  AGYNYLFARG  SRIANYQING  IPVADALADT  GNANTAAYER
 151    VEVVRGVAGL  LDGTGEPSAT  VNLVRKRPTR  KPLFEVRAEA  GNRKHFGLGA
 201    DVSGSLNAEG  TLRGRLVSTF  GRGDSWRQRE  RSRDAELYGI  LEYDIAPQTR
 251    VHAGMDYQQA  KETADAPLSY  AVYDSQGYAT  AFGPKDNPAT  NWANSRHRAL
 301    NLFAGIEHRF  NQDWKLKAEY  DYTRSRFRQP  YGVAGVLSID  HNTAATDLIP
 351    GYWHADPRTH  SASVSLIGKY  RLFGREHDLI  AGINGYKYAS  NKYGERSIIP
 401    NAIPNAYEFS  RTGAYPQPAS  FAQTIPQYGT  RRQIGGYLAT  RFRAADNLSL
 451    ILGGRYSRYR  TGSYDSRTQG  MTYVSANRFT  PYTGIVFDLT  GNLSLYGSYS
 501    SLFVPQSQKD  EHGSYLKPVT  GNNLEAGIKG  EWLEGRLNAS  AAVYRARKNN
 551    LATAAGRDPS  GNTYYRAANQ  AKTHGWEIEV  GGRITPEWQI  QAGYSQSKTR
 601    DQDGSRLNPD  SVPERSFKLF  TAYHFAPEAP  SGWTIGAGVR  WQSETHTDPA
 651    TLRIPNPAAK  ARAADNSRQK  AYAVADIMAR  YRFNPRAELS  LNYDNLFNKH
 701    YRTQPDRHSY  GALRTVNAAF  TYRFK*ORF23a和ORF23-1在725个氨基酸的重叠区内显示出有99.2％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf23a.pep    MTRFKYSLLFAALLPVYAQADVSVSDDPKPQESTELPTITVTADRTASSNDGYTVSGTHT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf23-1       MTRFKYSLLFAALLPVYAQADVSVSDDPKPQESTELPTITVTADRTASSNDGYTVSGTHT
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf23a.pep    PLGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKALDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARG
          |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||orf23-1       PLGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKTLDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARG
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf23a.pep    SRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRPTR
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||orf23-1       SRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRLTR
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf23a.pep    KPLFEVRAEAGNRKHFGLGADVSGSLNAEGTLRGRLVSTFGRGDSWRQRERSRDAELYGI
          |||||||||||||||||| ||||||||:|||||||||||||||||||:||||||||||||orf23-1       KPLFEVRAEAGNRKHFGLDADVSGSLNTEGTLRGRLVSTFGRGDSWRRRERSRDAELYGI
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf23a.pep    LEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSRHRAL
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf23-1       LEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSRHRAL
                 250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf23a.pep    NLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHNTAATDLIPGYWHADPRTH
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       NLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHNTAATDLIPGYWHADPRTH
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf23a.pep    SASVSLIGKYRLFGREHDLIAGINGYKYASNKYGERSIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPAS
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       SASVSLIGKYRLFGREHDLIAGINGYKYASNKYGERSIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPAS
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf23a.pep    FAQTIPQYGTRRQIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYSRYRTGSYDSRTQGMTYVSANRFT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf23-1       FAQTIPQYGTRRQIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYTRYRTGSYDSRTQGMTYVSANRFT
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500       510       520       530       540
orf23a.pep    PYTGIVFDLTGNLSLYGSYSSLFVPQSQKDEHGSYLKPVTGNNLEAGIKGEWLEGRLNAS
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       PYTGIVFDLTGNLSLYGSYSSLFVPQSQKDEHGSYLKPVTGNNLEAGIKGEWLEGRLNAS
                     490       500       510       520       530       540
                     550       560       570       580       590       600
orf23a.pep    AAVYRARKNNLATAAGRDPSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKTR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       AAVYRARKNNLATAAGRDPSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKTR
                     550       560       570       580       590       600
                     610       620       630       640       650       660
orf23a.pep    DQDGSRLNPDSVPERSFKLFTAYHFAPEAPSGWTIGAGVRWQSETHTDPATLRIPNPAAK
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       DQDGSRLNPDSVPERSFKLFTAYHFAPEAPSGWTIGAGVRWQSETHTDPATLRIPNPAAK
                     610       620       630       640       650       660
                     670       680       690       700       710       720
orf23a.pep    ARAADNSRQKAYAVADIMARYRFNPRAELSLNVDNLFNKHYRTQPORHSYGALRTVNAAF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       ARAADNSRQKAYAVADIMARYRFNPRAELSLNVDNLFNKHYRTQPDRHSYGALRTVNAAF
                     670       680       690       700       710       720
orf23a.pep    TYRFKX
              ||||||
orf23-1       TYRFKX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF23和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF23.ng)在211个氨基酸的重叠区内显示出有93.4％的相同性：
orf23.pep             GYNYLFARGSRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLD   51
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf23ng      SAVDACRIPGYNYLFARGSRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLPD   60
orf23.pep    GTGEPSATVNLVRKRLTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLDADVSGSLNTEXXLRGRLVSTFGR  111
             ||||||||||||||: |||||||||||||||||||| ||||||||:| :|||||||||||
orf23ng      GTGEPSATVNLVRKHPTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLGADVSGSLNAEGTLRGRLVSTFGR  120
orf23.pep    GDSWRRRERSRXAELYGILEYDIAPQTRVHAXMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAF 171
             |||||: |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf23ng      GDSWRQLERSRDAELYGILEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAF 180
orf23.pep    GPKDNPATNWANSHHRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDY                     211
             ||||||||||:||::|||||||||||||||||||||||||
orf23ng      GPKDNPATNWSNSRNRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHS 240
预计ORF23ng核苷酸序列<SEQ ID 611>编码的蛋白质包含氨基酸序列<SEQ ID612>：
   1  SAVDACRIPG YNYLFARGSR IANYQINGIP VADALADTGN ANTAAYERVE
  51  VVRGVAGLPD GTGEPSATVN LVRKHPTRKP LFEVRAEAGN RKHFGLGADV
 101  SGSLNAEGTL RGRLVSTFGR GDSWRQLERS RDAELYGILE YDIAPQTRVH
 151  AGMDYQQAKE TADAPLSYAV YDSQGYATAF GPKDNPATNW SNSRNRALNL
 201  FAGIEHRFNQ DWKLKAEYDY TRSRFRQPYG VAGVLSIDHS TAATDLIPGY
 251  WHADPRTHSA SMSLTGKYRL FGREHDLIAG INGYKYASNK YGERSIIPNA
 301  IPNAYEFSRT GAYPQPSSFA QTIPQYDTRR QIGGYLATRF RAADNLSLIL
 351  GGRYSRYRAG SYNSRTQGMT YVSANRFTPY TGIVFDLTGN LSLYGSYSSL
 401  FVPQLQKDEH GSYLKPVTGN NLEADIKGEW LEGRLNASAA VYRARKNNLA
 451  TAAGRDQSGN TYYRAANQAK THGWEIEVGG RITPEWQIQA GYSQSKPRDQ
 501  DGSRLNPDSV PERSFKLFTA YHLAPEAPSG RTIGAGVRRQ GETHTDPAAL
 551  RIPNPAAKAR AVANSRQKAY AVADIMARYR FNPRTELSLN VDNLFNKHYR
 601  TQPDRHSYGA LRTVNAAFTY RFK*进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQID 613>：
   1  ATGACACGCT TCAAATACTC CCTGCTTTTT GCCGCCCTGC TACCCGTGTA
  51  CGCGCAGGCC GATGTTTCTG TTTCAGACGA CCCCAAACCG CAGGAAAGCA
 101  CCGAATTGCC GACCATCACC GTTACCGCCG ACCGCACCGC GAGTTCCAAC
 151  GACGGCTACA CCGTTTCCGG CACGCACACC CCGTTCGGGC TGCCCATGAC
 201  CCTGCGCGAA ATCCCGCAGA GCGTCAGCGT CATCACATCG CAACAAATGC
 251  GCGACCAAAA CATCAAAACG CTCGACCGCG CCCTGTTGCA GGCGACCGGC
 301  ACCAGCCGCC AGATTTACGG CTCCGACCGC GCGGGCTACA ACTACCTGTT
 351  CGCGCGCGGC AGCCGCATCG CCAACTACCA AATCAACGGC ATCCCCGTTG
 401  CCGACGCGCT GGCCGATACG GGCAATGCCA ACACCGCCGC CTATGAGCGC
 451  GTAGAAGTCG TGCGCGGCGT GGCGGGGCTG CCGGACGGCA CGGGCGAGCC
 501  TTCTGCCACC GTCAATCTGG TACGCAAACA CCCGACCCGC AAGCCATTGT
 551  TTGAAGTCCG CGCCGAAGCC GGCAACCGCA AACATTTCGG GCTGGGCGCG
 601  GACGTATCGG GCAGCCTGAA CGCCGAAGGC ACGCTGCGCG GCCGCCTGGT
 651  TTCCACCTTC GGACGCGGCG ACTCGTGGCG GCAGCTCGAA CGCAGCCGCG
 701  ATGCCGAACT CTACGGCATT TTGGAATACG ACATCGCACC GCAAACCCGC
 751  GTCCACGCAG GCATGGACTA CCAGCAGGCG AAAGAAACCG CAGACGCGCC
 801  GCTCAGCTAC GCCGTGTACG ACAGCCAAGG TTATGCCACC GCCTTCGGCC
 851  CAAAAGACAA CCCCGCCACA AATTGGTCGA ACAGCCGCAA CCGTGCGCTC
 901  AACCTGTTCG CCGGCATAGA ACACCGCTTC AACCAAGACT GGAAACTCAA
 951  AGCCGAATAC GACTACACCC GTAGCCGCTT CCGCCAGCCC TACGGTGTGG
1001 CAGGCGTACT TTCCATCGAC CACAGCACTG CCGCCACCGA CCTGATTCCC
1051 GGTTATTGGC ACGCcgatcc GCGCACCCAC AGCGCCAGCA TGTCATTGAC
1101 CGGCAAATAC CgcctGTTCG GCCGCGAGCA CGATTTAATC GCGGGTATCA
1151 ACGGCTACAA ATACGCCAGC AACAAATACG GCGAACGCAG CATCATTCCC
1201 AACGCCATTC CCAACGCCTA CGAATTTTCC CGCACGGGCG CCTATCCGCA
1251 GCCATCATCG TTTGCCCAAA CCATCCCGCA ATACGACACC AGGCGGCAAA
1301 TCGGCGGCTA TCTCGCCACC CGTTTCCGCG CCGCCGACAA CCTTTCGCTG
1351 ATACTCGGCG GCAGATACAG CCGCTACCGC GCAGGCAGCT ACAACAGCCG
1401 CACACAAGGC ATGACCTATG TGTCCGCCAA CCGTTTCACC CCCTACACAG
1451 GCATCGTGTT CGATCTGACC GGCAACCTGT CGCTTTACGG CTCGTACAGC
1501 AGCCTGTTCG TCCCGCAATT GCAAAAAGAC GAACACGGCA GCTACCTGAA
1551 ACCCGTAACC GGCAACAATC TGGAAGCCGA CATCAAAGGC GAATGGCTTG
1601 AAGGGCGTCT GAACGCATCC GCCGCCGTGT ACCGCGCCCG TAAAAACAAC
1651 CTCGCCACCG CAGCAGGACG CGACCAGAGC GGCAACACCT ACTATCGCGC
1701 CGCCAACCAA GCCAAAACCC ACGGCTGGGA AATCGAAGTC GGCGGCCGCA
1751 TCACGCCCGA ATGGCAGATA CAGGCAGGCT ACAGCCAAAG CAAACCCCGC
1801 GACCAAGACG GCAGCCGCCT GAACCCCGAC AGCGTAcCCG AACGCAGCTT
1851 CAAACTCTTC ACCGCCTACC ACTTAGCCCC CGAAGCCCCC AGCGGCCGGA
1901 CCATcggTGC GGGTGTGCGC CGGCAGGGCG AAACCCACAC CGACCCAGCC
1951 GCGCTCCGCA TCCCCAACCC CGCCGCCAAA GCCCGCGCCG TCGCCAACAG
2001 CCGCCAGAAA GCCTACGCCG TCGCCGACAT CATGGCGCGT TACCGCTTCA
2051 ATCCGCGCAC CGAACTGTCG CTGAACGTGG ACAACCTGTT CAACAAACAC
2101 TACCGCACCC AGCCCGACCG CCACAGCTAC GGCGCACTGC GGACAGTGAA
2151 CGCGGCGTTT ACCTATCGGT TTAAATAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 614；ORF23ng-1>：
   1 MTRFKYSLLF AALLPVYAQA DVSVSDDPKP QESTELPTIT VTADRTASSN
  51 DGYTVSGTHT PFGLPMTLRE IPQSVSVITS QQMRDQNIKT LDRALLQATG
 101 TSRQIYGSDR AGYNYLFARG SRIANYQING IPVADALADT GNANTAAYER
 151 VEVVRGVAGL PDGTGEPSAT VNLVRKHPTR KPLFEVRAEA GNRKHFGLGA
 201 DVSGSLNAEG TLRGRLVSTF GRGDSWRQLE RSRDAELYGI LEYDIAPQTR
 251 VHAGMDYQQA KETADAPLSY AVYDSQGYAT AFGPKDNPAT NWSNSRNRAL
 301 NLFAGIEHRF NQDWKLKAEY DYTRSRFRQP YGVAGVLSID HSTAATDLIP
 351 GYWHADPRTH SASMSLTGKY RLFGREHDLI AGINGYKYAS NKYGERSIIP
 401 NAIPNAYEFS RTGAYPQPSS FAQTIPQYDT RRQIGGYLAT RFRAADNLSL
 451 ILGGRYSRYR AGSYNSRTQG MTYVSANRFT PYTGIVFDLT GNLSLYGSYS
 501 SLFVPQLQKD EHGSYLKPVT GNNLEADIKG EWLEGRLNAS AAVYRARKNN
 551 LATAAGRDQS GNTYYRAANQ AKTHGWEIEV GGRITPEWQI QAGYSQSKPR
 601 DQDGSRLNPD SVPERSFKLF TAYHLAPEAP SGRTIGAGVR RQGETHTDPA
 651 ALRIPNPAAK ARAVANSRQK AYAVADIMAR YRFNPRTELS LNVDNLFNKH
 701 YRTQPDRHSY GALRTVNAAF TYRFK*ORF23ng-1和ORF23-1在725个氨基酸的重叠区内显示出有95.9％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60orf23-1.pep     MTRFKYSLLFAALLPVYAQADVSVSDDPKPQESTELPTITVTADRTASSNDGYTVSGTHT
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf23ng-1       MTRFKYSLLFAALLPVYAQADVSVSDDPKPQESTELPTITVTADRTASSNDGYTVSGTHT
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120orf23-1.pep     PLGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKTLDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARG
            |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf23ng-1       PFGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKTLDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARG
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180orf23-1.pep     SRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRLTR
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||: ||orf23ng-1       SRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLPDGTGEPSATVNLVRKHPTR
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240orf23-1.pep     KPLFEVRAEAGNRKHFGLDADVSGSLNTEGTLRGRLVSTFGRGDSWRRRERSRDAELYGI
            |||||||||||||||||| ||||||||:|||||||||||||||||||: |||||||||||orf23ng-1       KPLFEVRAEAGNRKHFGLGADVSGSLNAEGTLRGRLVSTFGRGDSWRQLERSRDAELYGI
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300orf23-1.pep     LEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSRHRAL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:|||orf23ng-1       LEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWSNSRNRAL
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360orf23-1.pep     NLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHNTAATDLIPGYWHADPRTH
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||orf23ng-1       NLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHSTAATDLIPGYWHADPRTH
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf23-1.pep    SASVSLIGKYRLFGREHDLIAGINGYKYASNKYGERSIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPAS
               |||:|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf23ng-1      SASMSLTGKYRLFGREHDLIAGINGYKYASNKYGERSIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPSS
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440       450       460       470       480
orf23-1.pep    FAQTIPQYGTRRQIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYTRYRTGSYDSRTQGMTYVSANRFT
               |||||||| |||||||||||||||||||||||||||:|||:|||:|||||||||||||||
orf23ng-1      FAQTIPQYDTRRQIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYSRYRAGSYNSRTQGMTYVSANRFT
                      430       440       450       460       470       480
                      490       500       510       520       530       540
orf23-1.pep    PYTGIVFDLTGNLSLYGSYSSLFVPQSQKDEHGSYLKPVTGNNLEAGIKGEWLEGRLNAS
               |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
orf23ng-1      PYTGIVFDLTGNLSLYGSYSSLFVPQLQKDEHGSYLKPVTGNNLEADIKGEWLEGRLNAS
                      490       500       510       520       530       540
                      550       560       570       580       590       600
orf23-1.pep    AAVYRARKNNLATAAGRDPSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKTR
               |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf23ng-1      AAVYRARKNNLATAAGRDQSGNTYYRAANQAJTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKPR
                      550       560       570       580       590       600
                      610       620       630       640       650       660
orf23-1.pep    DQDGSRLNPDSVPERSFKLFTAYHFAPEAPSGWTIGAGVRWQSETHTDPATLRIPNPAAK
               ||||||||||||||||||||||||:||||||| ||||||| |:|||||||:|||||||||
orf23ng-1      DQDGSRLNPDSVPERSFKLFTAYHLAPEAPSGRTIGAGVRRQGETHTDPAALRIPNPAAK
                      610       620       630       640       650       660
                      670       680       690       700       710       720
orf23-1.pep    ARAADNSRQKAYAVADIMARYRFNPRAELSLNVDNLFNKHYRTQPDRHSYGALRTVNAAF
               |||: |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23ng-1      ARAVANSRQKAYAVADIMARYRFNPRTELSLNVDNLFNKHYRTQPDRHSYGALRTVNAAF
                      670       680       690       700       710       720
orf23-1.pep    TYRFKX
               ||||||
orf23ng-1      TYRFKX
另外，ORF23ng-1显示出与大肠杆菌的OMP明显同源：
sp|P16869|FHUE_ECOLI FE(Ⅲ)粪原因子、FE(Ⅲ)铁草铵以及FE(Ⅲ)-RHODOTRULIC ACID前体的外膜受体＞gi|1651542|gnl|PID|d1015403(D90745)外膜蛋白FhuE前体[大肠杆菌]>gi|1651545|gnl|PID|d1015405(D90746)外膜蛋白FhuE前体[大肠杆菌]＞gi|1787344(AE000210)E(Ⅲ)粪原因子、FE(Ⅲ)铁草铵以及FE(Ⅲ)-RHODOTRULIC ACID前体的外膜受体[大肠杆菌]长度=729
评分=332位(843)，估计值=3e-90
相同性=228/717(31％)，阳性=350/717(48％)，空隙=60/717(8％)
询问：38 TITVTADRTASSN--DGYTVSGTHTPFGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKTLDRAL  95
         T+V      TA  +  + Y+V+ T     +MT  R+IPQSV++++ Q+M DQ ++TL   +
目标：43 TVIVEGSATAPDDGENDYSVTSTSAGTKMQMTQRDIPQSVTIVSQQRMEDQQLQTLGEVM  102
询问：96 LQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARGSRIANYQINGIP--------VADALADTGNANTAA  147
              G S+    SDRA Y   ++RG +I NY ++GIP        + DAL+D      A
目标：103 ENTLGISKSQADSDRALY---YSRGFQIDNYMVDGIPTYFESRWNLGDALSDM-----AL 154
询问：148 YERVEVVRGVAGLPDGTGEPSATVNLVRKHPTRKPLF-EVRAEAGNRKHFGLGADVSGSL 206
           +ERVEVVRG  GL  GTG PSA +N+VRKH T +    +V AE G+       AD+   L
目标：155 FERVEVVRGATGLMTGTGNPSAAINMVRKHATSREFKGDVSAEYGSWNKERYVADLQSPL 214
询问：207 NAEGTLRGRLVSTPGRGDSWRQLERSRDAELYGILEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADA 266
             +G +R R+V  +   DSW   S        GI++ D+   T + AG +YQ+    +
目标：215 TEDGKIRARIVGGYQNNDSWLDRYNSEKTFFSGIVDADLGDLTTLSAGYEYQRIDVNSPT 274
询问：267 PLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWSNSRNRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSR 326
                 +++ G + ++    + A +W+ +      +F  ++ +F   W+      ++
目标：275 WGGLPRWNTDGSSNSYDRARSTAPDWAYNDKEINKVFMTLKQQFADTWQATNLATHSEVE 334
询问：327 F--RQPYGVAGVLSIDHSTAA--TDLIPGY-------WHADPRTHSA-SMSLTGKYRLFG 374
           F  +  Y  A V   D       ++  PG+       W++  R   A  +   G Y LFG
目标：335 FDSKMMYVDAYVNKADGMLVGPYSNYGPGFDYVGGTGWNSGKRKVDALDLFADGSYELFG 394
询问：375 REHDLIAGINGYKYASNKYGER--SIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPSSFAQTIPQYDTRR 432
           R+H+L+ G   Y   +N+Y     +I P+ I + Y F+  G +PQ     Q++ Q DT
目标：395 RQHNLMFG-GSYSKQNNRYFSSWANIFPDEIGSFYNFN--GNFPQTDWSPQSLAQDDTTH 451
询问：433 QIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYSRYRAGSYNSRTQGMTY-VSANRFTPYTGIVFDXXX 491
               Y ATR   AD L LILG RY+ +R  +       +TY +  N  TPY G+VFD
目标：452 MKSLYAATRVTLADPLHLILGARYTNWRVDT-------LTYSMEKNHTTPYAGLVFDIND 504
询问：492 XXXXXXXXXXXFVPQLQKDEHGSYLKPVTGNNLEADIKGEWLEGRLNASAAVYRARKNNL 551
                      F PQ  +D  G YL P+TGNN E  +K +W+  RL  + A++R  ++N+
目标：505 NWSTYASYTSIFQPQNDRDSSGKYLAPITGNNYELGLKSDWMNSRLTTTLAIFRIEQDNV 564
询问：552 ATAAGR---DQSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKPRDQDGSRLN 608
           A + G      +G T Y+A +   + G E E+ G IT  WQ+  G ++    D +G+ +N
目标：565 AQSTGTPIPGSNGETAYKAVDGTVSKGVEFELNGAITDNWQLTFGATRYIAEDNEGNAVN 624
询问：609 PDSVPERSFKLFTAYHLAPEAPSGRTIGAGVRRQGETHTDPAALRIPNPAAKARAVANSR 668
           P ++P  + K+FT+Y L P  P   T+G GV  Q   +TD        P    RA
目标：625 P-NLPRTTVKMFTSYRL-PVMPE-LTVGGGVNWQNRVYTDTV-----TPYGTFRA----E 672
询问：669 QKAYAVADIMARYRFNPRTELSLNVDNLFNKHYRTQPDRH-SYGALRTVNAAFTYRF 724
           Q +YA+ D+  RY+      L  NV+NLF+K Y T  +    YG  R  +   TY+F
目标：673 QGSYALVDLFTRYQVTKNFSLQGNVNNLFDKTYDTNVEGSIVYGTPRNFSITGTYQF 729
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF23-1(77.5kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图15A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果，图15B显示出GST-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，对小鼠血清进行Western印迹(图15C)和ELISA(阳性结果)。这些实验确认ORF23-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例80
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 615>：
  1  ATGCGCACGG  CAGTGGTTTT  GCTGTTGATC  ATGCCGATGG  CGGCTTCGTC
 51  GGCAATGATG  CCGGAAATGG  TGTGCGCGGG  CGTGTCGCCG  GGAACGGCAA
101  TCATATCCAA  GCCGACCGAA  CAAACGGCGG  TCATGGCTTC  GAGTTTGTCC
151  AGCGTCAgcA  CGCCTGCTTC  GGCGgcGgCa  ATCATACCTT  CGTCTTCGGA
201  AACGGGGATA AACGcGCCAC TCAAACCCCC GACCGCGCTG GAAGCCATCA
251  TGCCGCCTTT TTTCACGGCA TCGTTCAGCA ATGCCAAAGC TGCTGTTGTG
301  CCGTGCGTAC CGCAGACGCT CAAGCCCATT TnTTCAAGAA TGCGTGCCAC
351  TnAGTCGCCG ACGGGG..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 616；ORF24>：
  1  MRTAVVLLLI MPMAASSAMM PEMVCAGVSP GTAIISKPTE QTAVMASSLS
 51  SVSTPASAAA IIPSSSETGI NAPLKPPTAL EAIMPPFFTA SFSNAKAAVV
101  PCVPQTLKPI XSRMRATXSP TG..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 617>：
  1  ATGCGCACGG CAGTGGTTTT GCTGTTGATC ATGCCGATGG CGGCTTCGTC
 51  GGCAATGATG CCGGAAATGG TGTGCGCGGG CGTGTCGCCG GGAACGGCAA
101  TCATATCCAA GCCGACCGAA CAAACGGCGG TCATGGCTTC GAGTTTGTCC
151  AGCGTCAGCA CGCCTGCTTC GGCGGCGGCA ATCATACCTT CGTCTTCGGA
201  AACGGGGATA AACGCGCCAC TCAAACCCCC GACCGCGCTG GAAGCCATCA
251  TGCCGCCTTT TTTCACGGCA TCGTTCAGCA ATGCCAAAGC TGCTGTTGTG
301  CCGTGCGTAC CGCAGACGCT CAAGCCCATT TCTTCAAGAA TGCGTGCCAC
351  TGAGTCGCCG ACGGCGGGGG TCGGCGCCAG CGACAAGTCG AGAATACCAA
401  ACGGGATATT CAGCATTTTT GAGGCTTCGC GGCCGATGAG TTCGCCCACG
451  CGGGTAATTT TGAAAGCAGT TTTCTTCACT ACTTCCGCAA CTTCGGTCAA
501  TGTCGTTGCA TCTGAATTTT CCAACGCGGC TTTTACGACA CCTGGGCCGG
551  ATACGCCGAC ATTGATAACG GCATCCGCTT CGCCCGAACC ATGAAACGCG
601  CCCGCCATAA ACGGGTTGTC TTCCACCGCG TTGCAGAACA CGACAATTTT
651  AGCGCAGCCG AAACCTTCGG GCGTGATTTC CGCCGTGCGT TTGACGGTTT
701  CGCCCGCCAG CTTGACCGCA TCCATATTGA TACCGGCACG CGTACTGCCG
751  ATATTGATGG AGCTGCACAC AATATCGGTA GTCTTCATCG CTTCGGGAAT
801  GGAGCGGATT AACACCTCAT CCGAAGGCGA CATCCCTTTT TGCACCAACG
851  CGGAAAAACC GCCGATAAAA GACACACCGA TGGCTTTGGC AGCTTTATCC
901  AAAGTTTGCG CCACGCTGAC GTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 618；ORF24-1>：
  1  MRTAVVLLLI MPMAASSAMM PEMVCAGVSP GTAIISKPTE QTAVMASSLS
 51  SVSTPASAAA IIPSSSETGI NAPLKPPTAL EAIMPPFFTA SFSNAKAAVV
101  PCVPQTLKPI SSRMRATESP TAGVGASDKS RIPNGIFSIF EASRPMSSPT
151  RVILKAVFFT TSATSVNVVA SEFSNAAFTT PGPDTPTLIT ASASPEP*NA
201  PAINGLSSTA LQNTTILAQP KPSGVISAVR LTVSPASLTA SILIPARVLP
251  ILMELHTISV VFIASGMERI NTSSEGDIPF CTNAEKPPIK DTPMALAALS
301  KVCATLT*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF24和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF24a)在307个氨基酸的重叠区内显示出有96.4％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf24a.pep MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISXPTEQTAVIASSLSNVSTPASAAA
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|||||:|||||||||
orf24      MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISKPTEQTAVMASSLSSVSTPASAAA
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf24a.pep IIPSSSXTGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
           |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24      IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf24a.pep TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf24      TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
              130       140       150       160       170       180
              190       200       210       220       230       240orf24a.pep PGPDTPTLITASASPEPXNAPAIXGLSSXALQNTTILAQPKPSSVISXVRLMVSPASLTA
       ||||||||||||||||||||||| ||||:||||||||||||||:||| ||| ||||||||orf24      PGPDTPTLITASASPEPXNAPAINGLSSTALQNTTILAQPKPSGVISAVRLTVSPASLTA
              190       200       210       220       230       240
              250       260       270       280       290       300orf24a.pep SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERXNTSSEGDIPFCTSAEKPPIKDTPMALAALS
       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||:|||||||||||||||||orf24      SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERINTSSEGDIPFCTNAEKPPIKDTPMALAALS
              250       260       270       280       290       300orf24a.pep KVCATLTX
       ||||||||orf24      KVCATLTX全长ORF24a核苷酸序列<SEQ ID 619>是：
  1    ATGCGCACGG  CAGTGGTTTT  GCTGTTGATC  ATGCCGATGG  CGGCTTCGTC
 51    GGCAATGATG  CCGGAAATGG  TGTGCGCGGG  TGTGTCGCCG  GGAACGGCAA
101    TCATATCCAA  NCCGACCGAA  CAAACGGCGG  TCATCGCTTC  GAGTTTATCC
151    AACGTCAGCA  CGCCTGCTTC  GGCGGCGGCA  ATCATACCTT  CGTCTTCGGA
201    NACGGGGATA  AACGCGCCAC  TCAAACCGCC  AACCGCGCTC  GAAGCCATCA
251    TGCCGCCCTT  TTTCACGGCA  TCGTTCAGCA  ATGCCAAAGC  TGCTGTTGTG
301    CCGTGCGTAC  CGCAGACGCT  CAAACCCATT  TCTTCAAGAA  TGCGCGCCAC
351    CGAGTCGCCG  ACGGCAGGGG  TCGGTGCCAG  CGACAAGTCG  AGAATACCAA
401    ACGGGATATT  CAGCATTTTT  GAGGCTTCGC  GGCCGATGAG  TTCGCCCACG
451    CGGGTAATTT  TGAAGGCGGT  TTTCTTCACA  ACTTCGGCAA  CTTCGGTCAA
501    TGTCGTTGCA  TCCGAATTTT  CCAACGCGGC  TTTTACGACA  CCCGGGCCGG
551    ATACGCCGAC  ATTAATCACA  GCATCCGCTT  CGCCTGAGCC  GTGAAACGCG
601    CCCGCCATAN  ACGGGTTGTC  TTCCNCCGCG  TTGCAGAACA  CGACGATTTT
651    GGCGCAGCCG  AAACCTTCTA  GTGTGATTTC  ANCCGTGCGT  TTGATGGTTT
701    CGCCCGCCAG  TCTGACCGCG  TCCATATTGA  TACCGGCGCG  CGTACTGCCG
751    ATATTGATGG  AGCTGCACAC  GATATCAGTA  GTCTTCATCG  CTTCGGGAAT
801    GGAACGGATN  AACACCTCGT  CAGAAGGCGA  CATACCTTTT  TGCACCAGCG
851    CGGAAAAGCC  GCCAATAAAA  GACACGCCGA  TGGCTTTGGC  AGCCTTATCC
901    AAAGTTTGCG  CCACGCTGAC  GTAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 620>：
  1    MRTAVVLLLI  MPMAASSAMM  PEMVCAGVSP  GTAIISXPTE  QTAVIASSLS
 51    NVSTPASAAA  IIPSSSXTGI  NAPLKPPTAL  EAIMPPFFTA  SFSNAKAAVV
101    PCVPQTLKPI  SSRMRATESP  TAGVGASDKS  RIPNGIFSIF  EASRPMSSPT
151    RVILKAVFFT  TSATSVNVVA  SEFSNAAFTT  PGPDTPTLIT  ASASPEP*NA
201    PAIXGLSSXA  LQNTTILAQP  KPSSVISXVR  LMVSPASLTA  SILIPARVLP
251    ILMELHTISV  VFIASGMERX  NTSSEGDIPF  CTSAEKPPIK  DTPMALAALS
301    KVCATLT*应注意，该蛋白质包括198位的终止密码子。ORF24a和ORF24-1在307个氨基酸的重叠区内显示出有96.4％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf24a.pep    MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISXPTEQTAVIASSLSNVSTPASAAA
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|||||:|||||||||orf24-1       MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISKPTEQTAVMASSLSSVSTPASAAA
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf24a.pep    IIPSSSXTGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
          |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24-1    IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf24a.pep TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24-1    TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf24a.pep PGPDTPTLITASASPEPXNAPAIXGLSSXALQNTTILAQPKPSSVISXVRLMVSPASLTA
           ||||||||||||||||||||||| ||||:||||||||||||||:||| ||| ||||||||
orf24-1    PGPDTPTLITASASPEPXNAPAINGLSSTALQNTTILAQPKPSGVISAVRLTVSPASLTA
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf24a.pep SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERXNTSSEGDIPFCTSAEKPPIKDTPMALAALS
           ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||:|||||||||||||||||
orf24-1    SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERINTSSEGDIPFCTNAEKPPIKDTPMALAALS
                  250       260       270       280       290       300
orf24a.pep KVCATLTX
           ||||||||
orf24-1    KVCATLTX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF24和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF24ng)在121个氨基酸的重叠区内显示出有96.7％的相同性：
orf24.pep    MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISKPTEQTAVMASSLSSVSTPASAAA  60
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||:|||||||
orf24ng      MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIMSKPTEQTAVMASSLSSVNTPASAAA  60
orf24.pep    IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPIXSRMRATXSP 120
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
orf24ng      IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP 120
orf24.pep    TG                                                           122
             |:
orf24ng      TAGVGASDKSRMPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVRLTASEFSSAALTT 180
全长ORF24ng核苷酸序列<SEQ ID 621>是：
      1    ATGCGCACGG  CGGTGGTTTT  GCTGTTGATC  ATGCCGATGG  CGGCTTCGTC
     51    GGCGATGATG  CCGGAAATGG  TGTGCGCGGG  CGTGTCGCCG  GGAACGGCAA
    101    TCATGTCCAA  ACCAACGGAG  CAGACGGCGG  TCATGGCTTC  GAGTTTGTCC
    151    AGCGTCAACA  CGCCTGCCTC  GGCGGCGGCA  ATCATACCTT  CGTCTTCGGA
    201    AACGGGGATA  AACGCGCCGC  TCAAACCGCC  GACCGCGCTG  GAAGCCATCA
    251    TGCCGCCCTT  TTTCACGGCA  TCGTTCAGCA  ATGCCAAAGC  TGCTGTTGTG
    301    CCGTGCGTAC  CGCAGACGCT  CAAGCCCATT  TCTTCAAGAA  TGCGCGCCAC
    351    CGAGTCGCCG  ACGGCGGGGG  TCGGTGCCAG  CGACAAATCG  AGAATGCCGA
    401    ACGGGATATT  CAGCATTTTT  GAGGCTTCGC  GACCGATGAG  TTCGCCCACG
    451    CGGGTGATTT  TGAAAGCGGT  TTTCTTCACG  ACTTCGGCGA  CCTCGGTCAG
    501    GCTGACCGCG  TCCGAATTTT  CCAGCGCGGC  TTTGACCACG  CCTGGACCGG
    551    ATACGCCGAC  ATTAATCACA  GCATCCGCTT  CGCCCGAGCC  GTGGAACGCA
    601    CCCGCCATAA  ACGGATTGTC  TTCCACCGCG  TTGCAGAACA  CGACGATTTT
    651    GGCGCAGCCG  AAACCTTCGG  GTGTGATTTC  AGCCGTGCGT  TTGATGGTTT
    701    CGCCTGCCAG  CTTGACCGCA  TCCATATTGA  TACCGGCACG  CGTGCTGCCG
    751    ATATTGATGG  AGCTGCACAC  GATATCGGTA  GTTTTCATCG  CTTCGGGAAC
    801    GGAACGGATC  AACACCTCAT  CCGAAGGCGA  CATACCTTTT  TGCACCAGCG
    851    CGGAAAAGCC  GCCGATAAAG  GACACGCCGA  TGGCTTTGGC  TGCCTTGTCC
    901    AAAGTCTGCG  CCACGCTGAC  ATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 622>：
      1    MRTAVVLLLI  MPMAASSAMM  PEMVCAGVSP  GTAIMSKPTE  QTAVMASSLS
     51    SVNTPASAAA  IIPSSSETGI  NAPLKPPTAL  EAIMPPFFTA  SFSNAKAAVV
    101    PCVPQTLKPI  SSRMRATESP  TAGVGASDKS  RMPNGIFSIF  EASRPMSSPT
    151    RVILKAVFFT  TSATSVRLTA  SEFSSAALTT  PGPDTPTLIT  ASASPEPWNA
    201    PAINGLSSTA  LQNTTILAQP  KPSGVISAVR  LMVSPASLTA  SILIPARVLP
    251    ILMELHTISV  VFIASGTERI  NTSSEGDIPF  CTSAEKPPIK  DTPMALAALS
    301    KVCATLT*
ORF24ng和ORF24-1在307个氨基酸的重叠区内显示出有96.1％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf24-1.pep    MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISKPTEQTAVMASSLSSVSTPASAAA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||:|||||||
orf24ng        MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIMSKPTEQTAVMASSLSSVNTPASAAA
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf24-1.pep    IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24ng        IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf24-1.pep    TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
               |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||::|||||:||:||
orf24ng        TAGVGASDKSRMPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVRLTASEFSSAALTT
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf24-1.pep    PGPDTPTLITASASPEPXNAPAINGLSSTALQNTTILAQPKPSGVISAVRLTVSPASLTA
               ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf24ng        PGPDTPTLITASASPEPWNAPAINGLSSTALQNTTILAQPKPSGVISAVRLMVSPASLTA
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf24-1.pep    SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERINTSSEGDIPFCTNAEKPPIKDTPMALAALS
               |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf24ng        SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGTERINTSSEGDIPFCTSAEKPPIKDTPMALAALS
                      250       260       270       280       290       300
orf24-1.pep    KVCATLTX
               ||||||||
orf24ng        KVCATLTX
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定前导序列(前18个氨基酸，用双划线表示)和推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例81
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 623>：
     1 .. ACCGACGTGC  AAAAAGAGTT  GGTCGGCGAA  CAACGCAAGT  GGGCGCAGGA
    51    AAAAATCAGC  AACTGCCGAC  AAGCCGCCGC  GCAGGCAGAC  CGGCAGGAAT
 101    ACGCCGAATA  CCTCAAGCTG  CAATGCGACA  CGCGGATGAC  GCGCGAACGG
 181    ATACAGTATC  TTCGCGGCTA  TTCCATCGAT  TAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 624；ORF25>：
   1  ..TDVQKELVGE QRKWAQEKIS NCRQAAAQAD RQEYAEYLKL QCDTRMTRER
  51    IQYLRGYSID*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 625>：
   1    ATGTATCGGA  AACTCATTGC  GCTGCCGTTT  GCCCTGCTGC  TTGCCGCTTG
  51    CGGCAGGGAA  GAACCGCCCA  AGGCATTGGA  ATGCGCCAAC  CCCGCCGTGT
 101    TGCAAGGCAT  ACGCGGCAAT  ATTCAGGAAA  CGCTCACGCA  GGAAGCGCGT
 151    TCTTTCGCGC  GCGAAGACGG  CAGGCAGTTT  GTCGATGCCG  ACAAAATTAT
 201    CGCCGCCGCC  TACGGTTTGG  CGTTTTCTTT  GGAACACGCT  TCGGAAACGC
 251    AGGAAGGCGG  GCGCACGTTC  TGTATCGCCG  ATTTGAACAT  TACCGTGCCG
 301    TCTGAAACGC  TTGCCGATGC  CAAGGCAAAC  AGCCCCCTGT  TGTACGGGGA
 351    AACTGCTTTG  TCGGATATTG  TGCGGCAGAA  GACGGGCGGC  AATGTCGAGT
 401    TTAAAGACGG  CGTATTGACG  GCAGCCGTCC  GCTTCCTGCC  CGTCAAAGAC
 481    GGTCAGACGG  CATTTGTCGA  CAACACGGTC  GGTATGGCGG  CGCAAACGCT
 801    GTCTGCCGCG  CTGCTGCCTT  ACGGCGTGAA  GAGCATCGTG  ATGATAGACG
 551    GCAAGGCGGT  GAAAAAAGAA  GACGCGGTCA  GGATTTTGAG  CGGAAAAGCC
 601    CGTGAAGAAG  AACCGTCCAA  ACCCACGCCC  GAAGACATTT  TGGAACACAA
 651    TGCCGCCGGC  GGCGATGCGG  GCGTACCCCA  AGCCGCAGAA  GGCGCGCCCG
 701    AACCGGAAAT  CCTGCATCCT  GACGACGGCG  AGCGTGCCGA  TACCGTTACC
 751    GTATCACGGG  GCGAAGTGGA  AGAGGCGCGC  GTACAAAACC  AGCGTGCGGA
 801    ATCCGAAATT  ACCAAACTTT  GGGGAGGACT  CGATACCGAC  GTGCAAAAAG
 851    AGTTGGTCGG  CGAACAACGC  AAGTGGGCGC  AGGAAAAAAT  CAGCAACTGC
 901    CGACAAGCCG  CCGCGCAGGC  AGACCGGCAG  GAATACGCCG  AATACCTCAA
 981    GCTGCAATGC  GACACGCGGA  TGACGCGCGA  ACGGATACAG  TATCTTCGCG
1001   GCTATTCCAT  CGATTAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 626；ORF25-1>：
   1    MYRKLIALPF  ALLLAACGRE  EPPKALECAN  PAVLQGIRGN  IQETLTQEAR
  51    SFAREDGRQF  VDADKIIAAA  YGLAFSLEHA  SETQEGGRTF  CIADLNITVP
 101    SETLADAKAN  SPLLYGETAL  SDIVRQKTGG  NVEFKDGVLT  AAVRFLPVKD
 151    GQTAEVDNTV  GMAAQTLSAA  LLPYGVKSIV  MIDGKAVKKE  DAVRILSGKA
 201    REEEPSKPTP  EDILEHNAAG  GDAGVPQAAE  GAPEPEILHP  DDGERADTVT
 251    VSRGEVEEAR  VQNQRAESEI  TKLWGGLDTD  VQKELVGEQR  KWAQEKISNC
 301    RQAAAQADRQ  EYAEYLKLQC  DTRMTRERIQ  YLRGYSID*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF25和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF25a)在60个氨基酸的重叠区内显示出有98.3％的相同性：
                                                10        20        30
orf25.pep                               TDVQKELVGEQRKWAQEKISNCRQAAAQAD
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||
orf25a    VTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEXRKWAQEKISNCRQAAAQAD
         250       260       270       280       290       300
                  40        50         60
orf25.pep RQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
          |||||||||||||||||||||||||||||||
orf25a    RQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
         310       320       330
全长ORF25a核苷酸序列<SEQ ID 627>是：
      1    ATGTATCGGA  AACTCATTGC  GCTGCCGTTT  GCCCTGCTGC  TTGCCGCTTG
     51    CGGCAGGGAA  GAACCGCCCA  AGGCATTGGA  ATGCGCCAAC  CCCGCCGTGT
    101    TGCAANGCAT  ACGCNGCAAT  ATTCAGGAAA  CGCTCACGCA  GGAAGCGCGT
 151    TCTTTCGCGC  GCGAAGACNG  CANGCAGTTT  GTCGATGCCG  ACNAAATTAT
 201    CGCCGCCGCC  TANGNTNNGN  NGNTNTCTTT  GGAACACGCT  TCGGAAACGC
 251    AGGAAGGCGG  GCGCACGTTC  TGTNTCGCCG  ATTTGAACAT  TACCGTGCCG
 301    TCTGAAACGC  TTGCCGATGC  CAAGGCAAAC  AGCCCCCTGC  TGTACGGGGA
 351    AACCGCTTTG  TCGGATATTG  TGCGGCAGAA  GACGGGCGGC  AATGTCGAGT
 401    TTAAAGACGG  CGTATTGACG  GCAGCCGTCC  GCTTCCTACC  CGTCAAAGAC
 451    GGTCAGANGG  CATTTGTCGA  CAACACGGTC  GGTATGGCGG  CGCAAACGCT
 501    GTCTGCCGCG  TTGCTGCCTT  ACGGCGTGAA  GAGCATCGTG  ATGATAGACG
 551    GCAAGGCGGT  AAAAAAAGAA  GACGCGGTCA  GGATTNTGAG  CNGANAAGCC
 601    CGTGAANAAG  AACCGTCCAA  ANCCNNGCCC  GAAGACATTT  TGGAACATAA
 651    TGCCGCCGGA  GGGGATGCAG  ACGTACCCCA  AGCCGGAGAA  GACGCGCCCG
 701    AACCGGAAAT  CCTGCATCCT  GACGACGGCG  AGCGTGCCGA  TACCGTTACC
 751    GTATCACGGG  GCGAAGTGGA  AGAGGCGCGN  GTACAAAACC  AGCGTGCGGA
 801    ATCCGAAATT  ACCAAACTTT  GGGGAGGACT  CGATACCGAC  GTGCAAAAAG
 851    AGTTGGTCGG  CGAANAACGC  AAGTGGGCGC  AGGAAAAAAT  CAGCAACTGC
 901    CGACAAGCCG  CCGCGCAGGC  AGACCGGCAG  GAATACGCCG  AATACCTCAA
 951    GCTGCAATGC  GACACGCGGA  TGACGCGCGA  ACGGATACAG  TATCTTCGCG
1001    GCTATTCCAT  CGATTAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 628>：
   1    MYRKLIALPF  ALLLAACGRE  EPPKALECAN  PAVLQXIRXN  IQETLTQEAR
  51    SFAREDXXQF  VDADXIIAAA  XXXXXSLEHA  SETQEGGRTF  CXADLNITVP
 101    SETLADAKAN  SPLLYGETAL  SDIVRQKTGG  NVEFKDGVLT  AAVRFLPVKD
 151    GQXAFVDNTV  GMAAQTLSAA  LLPYGVKSIV  MIDGKAVKKE  DAVRIXSXXA
 201    REXEPSKXXP  EDILEHNAAG  GDADVPQAGE  DAPEPEILHP  DDGERADTVT
 251    VSRGEYEEAR  VQNQRAESEI  TKLWGGLDTD  VQKELVGEXR  KWAQEKISNC
 301    RQAAAQADRQ  EYAEYLKLQC  DTRMTRERIQ  YLRGYSID*ORF25a和ORF25-1在338个氨基酸的重叠区内显示出有93.5％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf25a.pep    MYRKLIALPFALLLAACGREEPPKALECANPAVLQXIRXNIQETLTQEARSFAREDXXQF
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||orf25-1       MYRKLIALPFALLLAACGREEPPKALECANPAVLQGIRGNIQETLTQEARSFAREDGRQF
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf25a.pep    VDADXIIAAAXXXXXSLEHASETQEGGRTFCXADLNITVPSETLADAKANSPLLYGETAL
          |||| |||||     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||orf25-1       VDADKIIAAAYGLAFSLEHASETQEGGRTFCIADLNITVPSETLADAKANSPLLYGETAL
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf25a.pep    SDIVRQKTGGNVEFKDGVLTAAVRFLPVKDGQXAFVDNTVGMAAQTLSAALLPYGVKSIV
          ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||orf25-1       SDIVRQKTGGNVEFKDGVLTAAVRFLPVKDGQTAFVDNTVGMAAQTLSAALLPYGVKSIV
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf25a.pep    MIDGKAVKKEDAVRIXSXXAREXEPSKXXPEDILEHNAAGGDADVPQAGEDAPEPEILHP
          ||||||||||||||| |  ||| |||| :|||||||||||||| ||||:| |||||||||orf25-1       MIDGKAVKKEDAVRILSGKAREEEPSKPTPEDILEHNAAGGDAGVPQAAEGAPEPEILHP
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf25a.pep    DDGERADTVTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEXRKWAQEKISNC
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||orf25-1       DDGERADTVTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEQRKWAQEKISNC
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320       330      339orf25a.pep    RQAAAQADRQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf25-1     RQAAAQADRQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
                   310       320       330
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF25和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF25ng)在60个氨基酸的重叠区内显示出有100％的相同性：
orf25.pep                                 TDVQKELVGEQRKWAQEKISNCRQAAAQAD  30
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng     VTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEQRKWAQEKISNCRQAAAQAD 308
orf25.pep   RQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSID  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng     RQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSID 338
全长ORF25ng核苷酸序列<SEQ ID 629>是：
   1  ATGTATCGGA AACTCATTGC GCTGCCGTTT GCCCTGCTGC TTGCAGCGTG
  51  CGGCAGGGAA GAACCGCCCA AGGCGTTGGA ATGCGCCAAC CCCGCCGTGT
 101  TGCAGGACAT ACGCGGCAGT ATTCAGGAAA CGCTCACGCA GGAAGCGCGT
 151  TCTTTCGCGC GCGAAGACGG CAGGCAGTTT GTCGATGCCG ACAAAATTAT
 201  CGCCGCCGCC TACGGTTTGG CGTTTTCTTT GGAACACGCT TCGGAAACGC
 251  AGGAAGGCGG GCGCACGTTC TGTATCGCCG ATTTGAACAT TACCGTGCCG
 301  TCTGAAACGC TTGCCGATGC CGAGGCAAAC AGCCCCCTGC TGTATGGGGA
 351  AACGTCTTTG GCAGACATCG TGCAGCAGAA GACGGGCGGC AATGTCGAGT
 401  TTAAAGACGG CGTATTGACG GCAGCCGTCC GCTTCCTGCC CGCCAAAGAC
 451  GCTCGGACGG CATTTATCGA CAACACGGTC GGTATGGCGA CGCAAACGCT
 501  GTCTGCCGCG TTGCTGCCTT ACGGCGTGAA GAGCATCGTG ATGATAGACG
 551  GCAAGGCGGT GACAAAAGAA GACGCGGTCA GGGTTTTGAG CGGCAAAGCC
 601  CGTGAAGAAG AACCGTCCAA ACCCACCCCC GAAGACATTT TGGAACACAA
 651  TGCCGCCGGC GGCGATGCGG GCGTACCCCA AGCCGCAGAA GGCGCACCCG
 701  AACCCGAAAT CCTGCATCCC GACGACGTCG AGCGTGCCGA TACCGTTACC
 751  GTATCACGGG GCGAAGTGGA AGAGGCGCGC GTACAAAACC AACGTGCGGA
 801  ATCCGAAATT ACCAAACTTT GGGGAGGACT CGATACCGAC GTGCAAAAAG
 851  AGTTGGTCGG CGAACAGCGC AAGTGGGCGC AGGAAAAAAT CAGcaactgc
 901  cgACAAGCCG CCGCGCAGGC AGACCGGCAG GAATACGCCG AATACCTCAA
 951  GCTCCAATGC GACACGCGGA TGACGCGCGA ACggaTACAG TATCTTCGCG
1001  GCTATTCCAT CGATTAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 630>：
   1  MYRKLIALPF ALLLAACGRE EPPKALECAN PAVLQDIRGS IQETLTQEAR
  51  SFAREDGRQF VDADKIIAAA YGLAFSLEHA SETQEGGRTF CIADLNITVP
 101  SETLADAEAN SPLLYGETSL ADIVQQKTGG NVEFKDGVLT AAVRFLPAKD
 151  ARTAFIDNTV GMATQTLSAA LLPYGVKSIV MIDGKAVTKE DAVRVLSGKA
 201  REEEPSKPTP EDILEHNAAG GDAGVPQAAE GAPEPEILHP DDVERADTVT
 251  VSRGEVEEAR VQNQRAESEI TKLWGGLDTD VQKELVGEQR KWAQEKISNCV
 301  RQAAAQADRQ EYAEYLKLQC DTRMTRERIQ YLRGYSID*ORF25ng和ORF25-1在338个氨基酸的重叠区内显示出有95.9％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf25-1.pep    MYRKLIALPFALLLAACGREEPPKALECANPAVLQGIRGNIQETLTQEARSFAREDGRQF
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:||||||||||||||||||||orf25ng        MYRKLIALPFALLLAACGREEPPKALECANPAVLQDIRGSIQETLTQEARSFAREDGRQF
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf25-1.pep    VDADKIIAAAYGLAFSLEHASETQEGGRTFCIADLNITVPSETLADAKANSPLLYGETAL
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||:|orf25ng        VDADKIIAAAYGLAFSLEHASETQEGGRTFCIADLNITVPSETLADAEANSPLLYGETSL
                   70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf25-1.pep SDIVRQKTGGNVEFKDGVLTAAVRFLPVKDGQTAFVDNTVGMAAQTLSAALLPYGVKSIV
            :|||:||||||||||||||||||||||:||::|||:|||||||:||||||||||||||||
orf25ng     ADIVQQKTGGNVEFKDGVLTAAVRFLPAKDARTAFIDNTVGMATQTLSAALLPYGVKSIV
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf25-1.pep MIDGKAVKKEDAVRILSGKAREEEPSKPTPEDILEHNAAGGDAGVPQAAEGAPEPEILHP
            ||||||| ||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng     MIDGKAVTKEDAVRVLSGKAREEEPSKPTPEDILEHNAAGGDAGVPQAAEGAPEPEILHP
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf25-1.pep DDGERADTVTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEQRKWAQEKISNC
            || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng     DDVERADTVTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEQRKWAQEKISNC
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330      339
orf25-1.pep RQAAAQADRQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng     RQAAAQADRQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
                   310       320       330
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个预计的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点(下划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF25-1(37kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图16A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图16B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，对小鼠血清进行Western印迹(图16C)，ELISA(阳性结果)，和FACS分析(图16D)。这些实验确认ORF25-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
图16E显示出ORF25-1的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。
实施例82
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 631>
     1    ATGCAGCTGA TCGACTATTC ACATTCATTT TTCTCGGTTG TGCCACCCTT
    51    TTTGGCACTG GCACTTGCCG TCATTACCCG CCGCGTACTG CTGTCTTTAG
   101    GCATCGGTAT TCTGGwysGC GTTGCCTTTT TGGTCGGCGG CAACCCCGTC
   151    GACGGTCTGA CACACCTGAA AGACATGGTC GTCGGCTTGG CTTGGTCAGA
   201    CGsyGATTGG TCGCTGGGCA AACCAAAAAT CTTGGTTTTC CkGATACTTT
   251    TGGGTATTTT TACTTCCCTG CTGACCTACT CCGGCAGCAA T.........
                                           //
   851    .......... .......... .......... ........AC TTCGCTGGTA
   901    TTCGGCGGCA CTTGCGGCGT CTTTGCCGTC GTTCTCTGCA CGCTCGGCAC
   951    GATTAAAACC GCCGACTATC CCAAAGCCGT TTGGCAGGGT GCGAAATCTA
  1001    TGTTCGGCGC AATCGCCATT TTAATCCTCG CTTGGCTCAT CAGTACGGTT
  1051    GTCGGCGAAA TGCACACCGG CGATTACCTC TCCACACTGG TTGCGGGCAA
  1101    CATCCATCCC GGCTTCCTGC CCGTCATCCT CTTCCTGCTC GCCAGCGTGA
  1151    TGGCGTTTGC CACAGGCACA AGCTGGGGGA CGTTCGGCAT TATGCTGCCG
1201    ATTGCCGCCG  CCATGGCGGT  CAAAGTCGAA  CCCGCGCTGA  TTATCCCGTG
1251    TATGTCCGCA  GTAATGGCGG  GGGCGGTATG  CGGCGACCAC  TGCTCGCCCA
1301    TTTCCGACAC  GACCATCCTG  TCGTCCACCG  GCGCGCGCTG  CAACCACATC
1351    GACCACGTTA  CCTCGCAACT  GCCTTACGCC  TTAACCGTTG  CCGCCGCCGC
1401    CGCATCGGGC  TACCTCGCAT  TGGGTCTGAC  AAAATCCGCG  CTGTTGGGCT
1451    TTGGCACGAC  AGGCATTGTA  TTGGCGGTGC  TGATTTTTCT  GTTGAAAGAT
1501    AAAAAA..它对应于氨基酸序列<SEQ ID 632；ORF26>：
   1    MQLIDYSHSF  FSVVPPFLAL  ALAVITRRVL  LSLGIGILXX  VAFLVGGNPV
  51    DGLTHLKDMV  VGLAWSDXDW  SLGKPKILVF  XILLGIFTSL  LTYSGSN...
                                                //
 251    ..........  ..........  ..........  ..........  ......TSLV
 301    FGGTCGVFAV  VLCTLGTIKT  ADYPKAVWQG  AKSMFGAIAI  LILAWLISTV
 351    VGEMHTGDYL  STLVAGNIHP  GFLPVILFLL  ASVMAFATGT  SWGTFGIMLP
 401    IAAAMAVKYE  PALIIPCMSA  VMAGAVCGDH  CSPISDTTIL  SSTGARCNHI
 451    DHVTSQLPYA  LTVAAAAASG  YLALGLTKSA  LLGFGTTGIV  LAVLIFLLKD
 501    KK..进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 633>：
   1    ATGCAGCTGA  TCGACTATTC  ACATTCATTT  TTCTCGGTTG  TGCCACCCTT
  51    TTTGGCACTG  GCACTTGCCG  TCATTACCCG  CCGCGTACTG  CTGTCTTTAG
 101    GCATCGGTAT  TCTGGTCGGC  GTTGCCTTTT  TGGTCGGCGG  CAACCCCGTC
 151    GACGGTCTGA  CACACCTGAA  AGACATGGTC  GTCGGCTTGG  CTTGGTCAGA
 201    CGGCGATTGG  TCGCTGGGCA  AACCAAAAAT  CTTGGTTTTC  CTGATACTTT
 251    TGGGTATTTT  TACTTCCCTG  CTGACCTACT  CCGGCAGCAA  TCAGGCGTTT
 301    GCCGACTGGG  CAAAACGGCA  CATTAAAAAC  CGGCGCGGCG  CGAAAATGCT
 351    GACCGCCTGC  CTCGTGTTCG  TAACCTTTAT  CGACGACTAT  TTCCACAGTC
 401    TCGCCGTCGG  TGCGATTGCC  CGCCCCGTTA  CCGACAAGTT  TAAAGTTTCC
 451    CGCACCAAAC  TCGCCTACAT  CCTCGACTCC  ACTGCCGCTC  CTATGTGCGT
 501    GCTGATGCCC  GTTTCAAGCT  GGGGCGCGTC  GATTATCGCC  ACGCTTGCCG
 551    GACTGCTCGT  TACCTACAAA  ATCACCGAAT  ACACGCCGAT  GGGGACGTTT
 601    GTCGCCATGA  GCCTGATGAA  CTATTACGCA  CTGTTTGCCC  TGATTATGGT
 651    GTTCGTCGTC  GCATGGTTTT  CCTTCGACAT  CGGCTCGATG  GCACGTTTCG
 701    AACAAGCCGC  GTTGAACGAA  GCCCACGATG  AAACTGCCGT  TTCAGACGCT
 751    ACCAAAGGTC  GTGTTTACGC  ACTGATTATT  CCCGTTTTGG  CCTTAATCGC
 801    CTCAACGGTT  TCCGCCATGA  TCTACACCGG  CGCGCAGGCA  AGCGAAACCT
 851    TCAGCATTTT  GGGGGCATTT  GAAAACACGG  ACGTAAACAC  TTCGCTGGTA
 901    TTCGGCGGCA  CTTGCGGCGT  CCTTGCCGTC  GTTCTCTGCA  CGCTCGGCAC
 951    GATTAAAACC  GCCGACTATC  CCAAAGCCGT  TTGGCAGGGT  GCGAAATCTA
1001    TGTTCGGCGC  AATCGCCATT  TTAATCCTCG  CTTGGCTCAT  CAGTACGGTT
1051    GTCGGCGAAA  TGCACACCGG  CGATTACCTC  TCCACACTGG  TTGCGGGCAA
1101    CATCCATCCC  GGCTTCCTGC  CCGTCATCCT  CTTCCTGCTC  GCCAGCGTGA
1151    TGGCGTTTGC  CACAGGCACA  AGCTGGGGGA  CGTTCGGCAT  TATGCTGCCG
1201    ATTGCCGCCG  CCATGGCGGT  CAAAGTCGAA  CCCGCGCTGA  TTATCCCGTG
1251    TATGTCCGCA  GTAATGGCGG  GGGCGGTATG  CGGCGACCAC  TGCTCGCCCA
1301    TTTCCGACAC  GACCATCCTG  TCGTCCACCG  GCGCGCGCTG  CAACCACATC
1351    GACCACGTTA  CCTCGCAACT  GCCTTACGCC  TTAACCGTTG  CCGCCGCCGC
1401    CGCATCGGGC  TACCTCGCAT  TGGGTCTGAC  AAAATCCGCG  CTGTTGGGCT
1451    TTGGCACGAC  AGGCATTGTA  TTGGCGGTGC  TGATTTTTCT  GTTGAAAGAT
1501    AAAAAACGCG  CCAACGCCTG  A它对应于氨基酸序列<SEQ ID 634；ORF26-1>：
   1    MQLIDYSHSF  FSVVPPFLAL  ALAVITRRVL  LSLGIGILVG  VAFLVGGNPV
  51    DGLTHLKDMV  VGLAWSDGDW  SLGKPKILVF  LILLGIFTSL  LTYSGSNQAF
 101    ADWAKRHIKN  RRGAKMLTAC  LVFVTFIDDY  FHSLAVGAIA  RPVTDKFKVS
 151    RTKLAYILDS  TAAPMCVLMP  VSSWGASIIA  TLAGLLVTYK  ITEYTPMGTF
 201    VAMSLMNYYA  LFALIMVFVV  AWFSFDIGSM  ARFEQAALNE  AHDETAVSDA
 251    TKGRVYALII  PVLALIASTV  SAMIYTGAQA  SETFSILGAF  ENTDVNTSLV
 301    FGGTCGVLAV  VLCTLGTIKT  ADYPKAVWQG  AKSMFGAIAI  LILAWLISTV
 351    VGEMHTGDYL  STLVAGNIHP  GFLPVILFLL  ASVMAFATGT  SWGTFGIMLP
 401    IAAAMAVKVE  PALIIPCMSA  VMAGAVCGDH  CSPISDTTIL  SSTGARCNHI
    451 DHVTSQLPYA LTVAAAAASG YLALGLTKSA LLGFGTTGIV LAVLIFLLKD
    501 KKRANA*
该氨基酸序列的计算分析给出了下列结果：
与流感嗜血菌的假设跨膜蛋白HI1586(登录号为P44263)的同源性
ORF26和HI1586在N端和C端的97和221个氨基酸重叠区内分别显示出有53％和49％的氨基酸相同性：
Orf26  1   MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVXXXXXXXXXXXVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV 60
           M+LID+S S +S+VP LA+ LA+ TRRV               L          +L   V
HI1586 14  MELIDFSSSVWSIVPALLAIILAIATRRVLVSLSAGIIIGSLMLSDWQIGSAFNYLVKNV 73
Orf26  61  VGLAWSDXDWSLGKPKILVFXILLGIFTSLLTYSGSN 97
           V L ++D + +     I++F +LLG+ T+LLT SGSN
HI1586 74  VSLVYADGEIN-SNMNIVLFLLLLGVLTALLTVSGSN 109
                                                 //
Orf26  86  IFTSLLTYSGS--NTSLVFGGTCGVFAVVLCTL--GTIKTADYPKAVWQGAKSMFGXXXX 141
           +F+ L T+  +   TSLV GG C +    L  +    +   +Y ++   G KSM G
HI1586 299 VFSVLGTFENTVVGTSLVVGGFCSIIISTLLIILDRQVSVPEYVRSWIVGIKSMSGAIAI 358
Orf26  142 XXXXXXXSTVVGEMHTGDYLSTLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLP 201
                  + +VG+M TG YLS+LV+GNI   FLPVILF+L + MAF+TGTSWGTFGIMLP
HI1586 359 LFFAWTINKIVGDMQTGKYLSSLVSGNIPMQFLPVILFVLGAAMAFSTGTSWGTFGIMLP 418
Orf26  202 IAAAMAVKVEPALIIPCMSAVMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQXXXX 261
           IAAAMA    P L++PC+SAVMAGAVCGDHCSP+SDTTILSSTGA+CNHIDHVT+Q
HI1586 419 IAAAMAANAAPELLLPCLSAVMAGAVCGDHCSPVSDTTILSSTGAKCNHIDHVTTQLPYA 478
Orf26  262 XXXXXXXXXXXXXXXXXKSALLGFGTTGIVLAVLIFLLKDK 302
                             S L GF  T + L V+IF +K +
HI1586 479 ATVATATSIGYIVVGFTYSGLAGFAATAVSLIVIIFAVKKR 519
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF26和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF26a)在502个氨基酸的重叠区内显示出有58.2％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf26.pep  MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILXXVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
orf26a     MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       99
orf26.pep  VGLAWSDXDWSLGKPKILVFXILLGIFTSLLTYSGSNXX---------------------
           ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
orf26a     VGLAWSDGDWSLGKPKXLVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRRGAKMLTAC
                   70        80        90       100       110       120
orf26.pep  ------------------------------------------------------------
orf26a     LVFVTFIDDYFHSLAVGAXARPVTDKFKVSRAKLAYILDSTAAPMCVLMPVSSWGASIIA
                  130       140       150       160       170       180
orf26.pep  ------------------------------------------------------------orf26a     TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
              190       200       210       220       230       240
                                                 100       110orf26.pep  --------------------------------------------------------TSLV
                                                               ||||orf26a     AHDETAVSDGSWGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
              250       260       270       280       290       300
         120       130       140       150       160       170orf26.pep  FGGTCGVFAVVLCTLGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
       |||||||:||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26a     FGGTCGVLAVVLCTLGTIKIADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
              310       320       330       340       350       360
         180       190       200       210       220       230orf26.peD  STLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSA
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:||||||||orf26a     STLVAGNIHPGFLXVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVDPSLIIPCMSA
              370       380       390       400       410       420
         240       250       260       270       280       290orf26.pep  VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26a     VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
              430       440       450       460       470       480
         300       310orf26.pep  LLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKK
       |||||:||||||||||||||||orf26a     LLGFGXTGIVLAVLIFLLKDKKRANAX
              490       500全长ORF26a核苷酸序列<SEQ ID 635>是：
   1    ATGCAGCTGA  TCGACTATTC  ACATTCATTT  TTCTCGGTTG  TGCCACCCTT
  51    TTTGGCACTG  GCACTTGCCG  TCATTACCCG  CCGCGTACTG  CTGTCTTTAG
 101    GCATCGGTAT  TCTGGTCGGC  GTTGCCTTTT  TGGTCGGCGG  CAACCCCGTC
 151    GACGGTCTGA  CACACCTGAA  AGACATGGTC  GTCGGCTTGG  CTTGGTCAGA
 201    CGGCGATTGG  TCGCTGGGCA  AACCAAAANT  CTTGGTTTTC  CTGATACTTT
 251    TGGGTATTTT  TACTTCCCTG  CTGACCTACT  CCGGCAGCAA  TCAGGCGTTT
 301    GCCGACTGGG  CAAAACGGCA  CATTAAAAAC  CGGCGCGGCG  CGAAAATGCT
 351    GACCGCCTGC  CTCGTGTTCG  TAACCTTTAT  CGACGACTAT  TTCCACAGTC
 401    TCGCCGTCGG  TGCGNTTGCC  CGCCCCGTTA  CCGACAAGTT  TAAAGTTTCC
 451    CGCGCCAAAC  TCGCCTACAT  CCTCGACTCC  ACTGCCGCGC  CTATGTGCGT
 501    GCTGATGCCC  GTTTCAAGCT  GGGGCGCGTC  GATTATCGCC  ACGCTTGCCG
 551    GACTGCTCGT  TACCTACAAA  ATCACCGAAT  ACACGCCGAT  GGGGACGTTT
 601    GTCGCCATGA  GCCTGATGAA  CTATTACGCA  CTGTTTGCCC  TGATTATGGT
 651    GTTCGTCGTC  GCATGGTTCT  CCTTCGACAT  CGGCTCGATG  GCACGTTTCG
 701    AACAAGCCGC  GTTGAACGAA  GCCCACGATG  AAACTGCCGT  TTCAGACGGC
 751    AGCTGGGGCA  GGGTTTACGC  ATTGATTATT  CCCGTTTTGG  CCTTAATCGC
 801    CTCAACGGTT  TCCGCCATGA  TCTACACCGG  TGCACAGGCA  AGCGAAACCT
 851    TCAGCATTTT  GGGTGCATTT  GAAAATACGG  ACGTGAACAC  TTCGCTGGTA
 901    TTCGGCGGCA  CTTGCGGCGT  GCTTGCCGTC  GTCCTCTGCA  CGCTCGGCAC
 951    GATTAAAATC  GCCGATTATC  CCAAAGCCGT  TTGGCAGGGT  GCGAAATCCA
1001    TGTTCGGCGC  AATCGCCATT  TTAATCCTTG  CCTGGCTCAT  CAGTACGGTT
1051    GTCGGCGAAA  TGCACACAGG  CGACTACCTC  TCCACGCTGG  TTGCGGGCAA
1101    CATCCATCCC  GGCTTCCTGN  CCGTCATCCT  TTTCCTGCTC  GCCAGCGTGA
1151    TGGCGTTTGC  CACAGGCACA  AGCTGGGGGA  CGTTCGGCAT  CATGCTGCCG
1201    ATTGCCGCCG  CCATGGCGGT  CAAAGTCGAT  CCCTCACTGA  TTATCCCGTG
1251    TATGTCCGCC  GTGATGGCGG  GGGCGGTATG  CGGCGACCAC  TGCTCGCCCA
1301    TTTCCGACAC  GACCATCCTG  TCGTCCACCG  GCGCGCGCTG  CAACCACATC
1351    GACCACGTTA  CNTCGCAACT  GCCTTACGCC  TTAACCGTTG  CCGCCGCCGC
1401    CGCATCGGGN  TACCTCGCAT  TGGGTCTGAC  AAAATCCGCG  CTGTTGGGTT
1451    TTGGCANGAC  AGGCATTGTA  TTGGCGGTGC  TGATTTTTCT  GTTGAAAGAT
1501    AAAAAACGCG  CCAACGCCTG  A它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 636>：
   1    MQLIDYSHSF  FSVVPPFLAL  ALAVITRRVL  LSLGIGILVG  VAFLVGGNPV
  51    DGLTHLKDMV  VGLAWSDGDW  SLGKPKXLVF  LILLGIFTSL  LTYSGSNQAF
 101    ADWAKRHIKN  RRGAKMLTAC  LVFVTFIDDY  FHSLAVGAXA  RPVTDKFKVS
 151    RAKLAYILDS  TAAPMCVLMP  VSSWGASIIA  TLAGLLVTYK  ITEYTPMGTF
 201    VAMSLMNYYA  LFALIMVFVV  AWFSFDIGSM  ARFEQAALNE  AHDETAVSDG
 251    SWGRVYALII  PVLALIASTV  SAMIYTGAQA  SETFSILGAF  ENTDVNTSLV
 301    FGGTCGVLAV  VLCTLGTIKI  ADYPKAVWQG  AKSMFGAIAI  LILAWLISTV
 351    VGEMHTGDYL  STLVAGNIHP  GFLXVILFLL  ASVMAFATGT  SWGTFGIMLP
 401    IAAAMAVKVD  PSLIIPCMSA  VMAGAVCGDH  CSPISDTTIL  SSTGARCNHI
 451    DHVTSQLPYA  LTVAAAAASG  YLALGLTKSA  LLGFGXTGIV  LAVLIFLLKD
 501    KKRANA*ORF26a和ORF26-1在506个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf26a.pep   MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26-1      MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf26a.pep   VGLAWSDGDWSLGKPKXLVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRRGAKMLTAC
         |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26-1      VGLAWSDGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRRGAKMLTAC
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf26a.pep   LVFVTFIDDYFHSLAVGAXARPVTDKFKVSRAKLAYILDSTAAPMCVLMPVSSWGASIIA
         |||||||||||||||||| ||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||orf26-1      LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFKVSRTKLAYILDSTAAPMCVLMPVSSWGASIIA
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf26a.pep   TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26-1      TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf26a.pep   AHDETAVSDGSWGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
         |||||||||:: ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26-1      AHDETAVSDATKGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf26a.pep   FGGTCGVLAVVLCTLGTIKIADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26-1      FGGTCGVLAVVLCTLGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
                310       320       330       340       350       360
                370       380       390       400       410       420orf26a.pep   STLVAGNIHPGFLXVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVDPSLIIPCMSA
         ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:||||||||orf26-1      STLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSA
                370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf26a.pep    VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26-1       VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500
orf26a.pep    LLGFGXTGIVLAVLlFLLKDKKRANAX
              |||||:|||||||||||||||||||||
orf26-1       LLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKKRANAX
                     490       500
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF26和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF26ng)在N端和C端的97和206个氨基酸的重叠区内分别显示出有94.8％和99％的相同性：
orf26.pep    MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILXXVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV  60
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
orf26ng      MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV  60
orf26.pep    VGLAWSDXDWSLGKPKILVFXILLGIFTSLLTYSGSN                         97
             |||||:| |||||||||||| ||||||||||||||||
orf26ng      VGLAWADGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRCGAKMLTAC 120
                                                 //
orf26.pep                                  TSLVFGGTCGVFAVVLCTLGTIKTADYPKA 326
                                           |||||||||||:||||||:|||||||||||
orf26ng      ASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLVFGGTCGVLAVVLCTFGTIKTADYPKA 326
orf26.pep    VWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYLSTLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAF 386
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng      VWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYLSTLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAF 386
orf26.pep    ATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSAVMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGAR 446
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng      ATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSAVMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGAR 446
orf26.pep    CNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSALLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKK     502
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng      CNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSALLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKKRADV 506
全长ORF26ng核苷酸序列<SEQ ID 637>是：
      1  ATGCAGCTGA TTGACTATTC ACATTCATTT TTCTCGGTTG TGCCACCCTT
     51  TTTGGCACTG GCACTTGCCG TCATTACCCG CCGCGTACTG CTGTCTTTAG
    101  GCATCGGTAT TTTGGTCGGC GTTGCCTTTT TGGTCGGCGG CAACCCCGTC
    151  GACGGTCTGA CACACCTGAA AGACATGGTC GTCGGCTTGG CTTGGGCAGA
    201  CGGCGATTGG TCGCTGGGCA AACCAAAAAT CTTGGTTTTC CTGATACTTT
    251  TGGGCATTTT CACTTCACTG CTGACCTACT CCGGCAGCAA TCAGGCGTTT
    301  GCCGACTGGG CAAAACGGCA CATTAAAAAC CGGTGCGGCG CGAAAATGCT
    351  GACCGCCTGC CTCGTGTTCG TAACCTTTAT CGACGACTAT TTCCACAGCC
    401  TCGCCGTCGG TGCGATTGCC CGCCCCGTTA CCGACAAGTT TAAAGTTTCC
    451  CGCGCCAAAC TCGCCTACAT CCTCGACTCC ACTGCCTCGC CCATGTGCGT
    501  GCTGATGCCC GTTTCAAGCT GGGGCGCGTC GATTATCGCC ACGCTTGCCG
    551  GATTGCTCGT TACCTACAAA ATTACCGAAT ACACGCCGAT GGGGACGTTT
    601  GTCGCCATGA GCCTGATGAA CTATTACGCG CTGTTTGCCC TGATTATGGT
    651  ATTCGTCGTC GCATGGTTCT CCTTCGACAT CGGCTCGAtg gCGCGTTTCG
    701  AACAGGCTGC GTTGAACGAA gcccaggacg aaaccgccgc tTCAGACgCT
    751  ACCAAAGGTC GTGTTTACGC ATTGATTATT CCCGTTTTGG CCTTAATCGC
 801  CTCAACGGTT TCCGCCATGA TCTACACCGG CGCGCAGGCA AGCGAAACCT
 851  TCAGCATTTT GGGGGCATTT GAAAATACCG ACGTAAACAC TTCGCTGGTA
 901  TTCGGCGGCA CTTGCGGCGT GCTTGCCGTC GTCCTCTGCA CGTTCGGCAC
 951  GATTAAAACC GCCGATTATC CCAAAGCCGT GTGGCAGGGT GCGAAATCCA
1001  TGTTCGGCGC AATCGCCATT TTAATCCTCG CCTGGCTCAT CAGTACGGTT
1051  GTCGGCGAAA TGCACACGGG CGACTACCTC TCCACGCTGG TTGCGGGCAA
1101  CATCCATCCC GGCTTCCTGC CCGTCATCCT CTTCCTGCTC GCCAGCGTGA
1151  TGGCGTTTGC CACAGGCACA AGCTGGGGGA CGTTCGGCAT TATGCTGCCG
1201  ATTGCCGCCG CCATGGCGGT CAAAGTCGAA CCCGCGCTGA TTAtcccGTG
1251  TATGTCCGCA GTAATGGCGG GGGCGGTATG CGGCGACCAC TGTTCGCCCA
1301  TCTCCGACAC GACCATCCTG TCGTCCACCG GCGCGCGCTG CAACCACATC
1351  GACCACGTTA CCTCGCAACT GCCTTATGCC CTGACGGTTG CCGCCGCCGC
1401  CGCATCGGGC TACCTCGCAT TGGGTCTGAC AAAATCCGCG CTGTTGGGCT
1451  TTGGCACGAC CGGTATTGTA TTGGCGGTGC TGATTTTTCT GTTGAAAGAT
1501  AAAAAACGCG CCGACGTTTG A它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 638>：
   1  MQLIDYSHSF FSVVPPFLAL ALAVITRRVL LSLGIGILVG VAFLVGGNPV
  51  DGLTHLKDMV VGLAWADGDW SLGKPKILVF LILLGIFTSL LTYSGSNQAF
 101  ADWAKRHIKN RCGAKMLTAC LVFVTFIDDY FHSLAVGAIA RPVTDKFKVS
 151  RAKLAYILDS TASPMCVLMP VSSWGASIIA TLAGLLVTYK ITEYTPMGTF
 201  VAMSLMNYYA LFALIMVFVV AWFSFDIGSM ARFEQAALNE AQDETAASDA
 251  TKGRVYALII PVLALIASTV SAMIYTGAQA SETFSILGAF ENTDVNTSLV
 301  FGGTCGVLAV VLCTFGTIKT ADYPKAVWQG AKSMFGAIAI LILAWLISTV
 351  VGEMHTGDYL STLVAGNIHP GFLPVILFLL ASVMAFATGT SWGTFGIMLP
 401  IAAAMAVKVE PALIIPCMSA VMAGAVCGDH CSPISDTTIL SSTGARCNHI
 451  DHVTSQLPYA LTVAAAAASG YLALGLTKSA LLGFGTTGIV LAVLIFLLKD
 501  KKRADV*ORF26ng和ORF26-1在505个氨基酸的重叠区内显示出有98.4％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf26-1.pep    MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26ng        MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf26-1.pep    VGLAWSDGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRRGAKMLTAC
           |||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf26ng        VGLAWADGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRCGAKMLTAC
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf26-1.pep    LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFKVSRTKLAYILDSTAAPMCVLMPVSSWGASIIA
           |||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||:|||||||||||||||||orf26ng        LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFKVSRAKLAYILDSTASPMCVLMPVSSWGASIIA
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf26-1.pep    TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26ng        TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300orf26-1.pep    AHDETAVSDATKGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
           |:||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf26ng        AQDETAASDATKGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360
orf26-1.pep  FGGTCGVLAVVLCTLGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
             ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng      FGGTCGVLAVVLCTFGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400       410       420
orf26-1.pep  STLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng      STLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSA
                    370       380       390       400       410       420
                    430       440       450       460       470       480
orf26-1.pep  VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng      VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
                    430       440       450       460       470       480
                    490       500
orf26-1.pep  LLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKKRANAX
             ||||||||||||||||||||||||::
orf26ng      LLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKKRADVX
                    490       500
另外，ORF26ng显示出与一种假设的流感嗜血菌蛋白明显同源：
sp|P44263|YF86_HAEIN假设蛋白HI1586＞gi|1074850|pir||C64037假设
protein HI1586-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)＞gi|1574427(U32832)流感嗜血菌预计编码区HI1586[流感嗜血菌]长度=519
评分=538位(1370)，估计值=e-152
相同性=280/507(55％)，阳性=346/507(68％)，空隙=7/507(1％)
询问： 1  MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRXXXXXXXXXXXXXAFLVGGNPVDGLTHLKDMV 60
           M+LID+S S +S+VP  LA+ LA+ TRR              L           +L   V
目标：14  MELIDFSSSVWSIVPALLAIILAIATRRVLVSLSAGIIIGSLMLSDWQIGSAFNYLVKNV 73
询问：61  VGLAWADGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRCGAKMLTAC 120
           V L +ADG+ +     I++FL+LLG+ T+LLT SGSN+AFA+WA+  IK R GAK+L A
目标：74  VSLVYADGEIN-SNMNIVLFLLLLGVLTALLTVSGSNRAFAEWAQSRIKGRRGAKLLAAS 132
询问：121 LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFKVSRAKLAYILDSTASPMCVLMPVSSWGASIIA 180
           LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTD+FKVSRAKLAYILDSTA+PMCV+MPVSSWGA II
目标：133 LVFVTFIDDYFHS¨VGAIARPVTDRFKVSRAKLAYILDSTAAPMCVMMPVSSWGAYIIT 192
询问：181 TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE 240
            + GLL TY ITEYTP+G FVAMS MN+YA+F++IMVF VA+FSFDI SM R E+ AL
目标：193 LIGGLLATYSITEYTPIGAFVAMSSMNFYAIFSIIMVFFVAYFSFDIASMVRHEKLALKN 252
询问：241 AQDETAASDATKGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQA----SETFSILGAFENTDVN 296
            +D+      TKG+V  LI+P+L LI +TVS MIYTGA+A     + FS+LG FENT V
目标：253 TEDQLEEETGTKGQVRNLILPILVLIIATVSMMIYTGAEALAADGKVFSVLGTFENTVVG 312
询问：297 TSLVFGGTCGVL--AVVLCTFGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGXXXXXXXXXXXSTVVGEM 354
           TSLV GG C ++   +++     +   +Y ++   G KSM G           + +VG+M
目标：313 TSLVVGGFCSIIISTLLIILDRQVSVPEYVRSWIVGIKSMSGAIAILFFAWTINKIVGDM 372
询问：355 HTGDYLSTLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALI 414
            TG YLS+LV+GNI   FLPVILF+L + MAF+TGTSWGTFGIMLPIAAAMA    P L+
目标：373 QTGKYLSSLVSGNIPMQFLPVILFV1GAAMAFSTGTSWGTFGIMLPIAAAMAANAAPELL 432
询问：415 IPCMSAVMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQXXXXXXXXXXXXXXXXXX 474
           +PC+SAVMAGAVCGDHCSP+SDTTILSSTGA+CNHIDHVT+Q
目标：433 LPCLSAVMAGAVCGDHCSPVSDTTILSSTGAKCNHIDHVTTQLPYAATVATATSIGYIVV 492
询问：475 XXXKSALLGFGTTGIVLAVLIFLLKDK 501
               S L GF  T + L V+IF +K +
目标：493 GFTYSGLAGFAATAVSLIVIIFAVKKR 519
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例83
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 639>：
    1     .. AAGCAATGGT  ATGCCGACGN  .AGTATCAAG  ACGGAAATGG  TTATGGTCAA
   51        CGATGAGCCT  GCCAAAATTC  TGACTTGGGA  TGAAAGCGGC  CGATTACTCT
  101        CGGAACTGTC  TATCCGCCAC  CATCAACGCA  ACGGGGTGGT  TTTGGAGTGG
  151        TATGAAGATG  GTTCTAAAAA  GAGCGAAGT.  GTTTATCAGG  ATGACAAGTT
  201        GGTCAGGAAA  ACCCAGTGGG  ATAAGGATGG  TTATTTAATC  GAACCCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 640；ORF27>：
    1      ..KQWYADXSIK  TEMVMVNDEP  AKILTWDESG  RLLSELSIRH  HQRNGVVLEW
   51        YEDGSKKSEX  VYQDDKLVRK  TQWDKDGYLI  EP*进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 641>：
    1    ATGAAAAAAT  TATCTCGGAT  TGTATTTTCA  ACTGTCCTGT  TGGGTTTTTC
   51    GGCCGCTTTG  CCGGCGCAGA  CCTATTCTGT  TTATTTTAAT  CAGAACGGAA
  101    AGCTGACGGC  GACGATGTCT  TCTGCCGCTT  ATATCAGGCA  ATATAGTGTG
  151    GTGGCGGGTA  TTGCGCACGC  GCAGGATTTT  TATTATCCGT  CGATGAAGAA
  201    ATATTCTGAA  CCTTATATCG  TTGCTTCAAC  GCAAATCAAA  TCTTTTGTGC
  251    CTACCCTGCA  AAACGGTATG  TTGATTTTGT  GGCATTTTAA  TGGTCAGAAA
  301    AAAATGGCGG  GGGGCTTCAG  CAAGGGTAAG  CCGGACGGGG  AGTGGGTCAA
  351    CTGGTATCCG  AACGGTAAAA  AATCTGCCGT  TATGCCTTAT  AAAAATGGCT
  401    TGAGTGAGGG  TACGGGATAG  CGCTATTACC  GTAACGGCGG  CAAGGAAAGC
  451    GAAATCCAGT  TTAAGCAAAA  TAAGGCAAAC  GGCGTATGGA  AGCAATGGTA
  501    TGCCGACGGC  AGTATCAAGA  CGGAAATGGT  TATGGTCAAC  GATGAGCCTG
  551    CCAAAATTCT  GACTTGGGAT  GAAAGCGGCC  GATTACTCTC  GGAACTGTCT
  601    ATCCGCCACC  ATCAACGCAA  CGGGGTGGTT  TTGGAGTGGT  ATGAAGATGG
  651    TTCTAAAAAG  AGCGAAGCTG  TTTATCAGGA  TGACAAGTTG  GTCAGGAAAA
  701    CCCAGTGGGA  TAAGGATGGT  TATTTAATCG  AACCCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 642；ORF27-1>：
    1    MKKLSRIVFS  TVLLGFSAAL  PAQTYSVYFN  QNGKLTATMS  SAAYIRQYSV
   51    VAGIAHAQDF  YYPSMKKYSE  PYIVASTQIK  SFVPTLQNGM  LILWHFNGQK
  101    KMAGGFSKGK  PDGEWVNWYP  NGKKSAVMPY  KNGLSEGTGY  RYYRNGGKES
  151    EIQFKQNKAN  GVWAQWYADG  SIKTEMVMVN  DEPAKILTWD  ESGRLLSELS
  201    IRHHQRNGVV  LEWYEDGSKK  SEAVYQDDKL  VRKTQWDKDG  YLIEP*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF27和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF27a)在82个氨基酸的重叠区内显示出有91.5％的相同性：
                                                   10        20        30
orf27.pep                                  KQWYADXSIKTEMVMVNDEPAKILTWDESG
                                           |||||| :||||||||||||||||||||||
orf27a       LSEGTGXRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGNIKTEMVMVNDEPAKILTWDESG
                 140       150       160       170       180       190
                     40        50        60        70        80orf27.pep   RLLSELSIRHHQRNGVVLEWYEDGSKKSEXVYQDDKLVRKTQWDKDGYLIEPX
        ||||||||:|| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||orf27a      RLLSELSIHHHXRNGVVLEWYEDGSKKXEAVYQDDKLVRKTQWDXDGYLIEPX
            200       210       220       230       240全长ORF27a核苷酸序列<SEQ ID 643>是：
  1    ATGAAAAAAT  TATCTCGGAT  TGTATTTTCA  ACTGTCCTGT  TGGGTTTTTC
 51    GGCCGCTTTG  CCGGCGCAGA  NCTATTCTGT  TTATTTTAAT  CAGAACGGGA
101    AACTGACGGC  GACGNTGTCT  TCTGCCGCNT  ATATCAGGCA  ATATAGTGTG
151    GCGGAGGGTA  TTGCGCACGC  GCAGGANTTT  TANTATCCGT  CGATGAAGAA
201    ATATTCCGAA  CCTTATATCG  TTGCTTCAAC  GCAAATCAAA  TCTTTTGTGC
251    CTACCCTGCA  AAACGGTATG  TTGATTTTGT  GGCATTTTAA  NGGTCAGAAA
301    AAAATGGCNG  GGGGCTTCAG  CAAGGGTAAG  CCGGACGGGG  AGTGGGTCAA
351    CTGGTATCCG  AACGGTAAAA  AATCTGCCGT  TATGCCTTAT  AAAAATGGTT
401    TGAGTGAAGG  TACGGGGTNN  CGCTATTACC  GTAACGGCGG  CAAGGAAAGC
451    GAAATCCAGT  TTAAACAGAA  TAAGGCAAAC  GGCGTATGGA  AGCAATGGTA
501    TGCCGACGGC  AATATCAAAA  CGGAAATGGT  TATGGTCAAT  GATGAGCCTG
551    CCAAAATTCT  GACATGGGAT  GAAAGCGGTC  GATTACTCTC  GGAACTGTCT
601    ATCCATCATC  ATNAACGTAA  TGGAGTAGTC  TTAGAGTGGT  ATGAAGATGG
651    TTCTAAAAAG  ANTGAAGCTG  TTTATCAGGA  TGATAAGTTG  GTCAGGAAAA
701    CCCAGTGGGA  TAANGATGGT  TATTTAATCG  AACCCTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 644>：
  1    MKKLSRIVFS  TVLLGFSAAL  PAQXYSVYFN  QNGKLTATXS  SAAYIRQYSV
 51    AEGIAHAQXF  XYPSMKKYSE  PYIVASTQIK  SFVPTLQNGM  LILWHFXGQK
101    KMAGGFSKGK  PDGEWVNWYP  NGKKSAVMPY  KNGLSEGTGX  RYYRNGGKES
151    EIQFKQNKAN  GVWKQWYADG  NIKTEMVMVN  DEPAKILTWD  ESGRLLSELS
201    IHHHXRNGVV  LEWYEDGSKK  XEAVYQDDKL  VRKTQWDXDG  YLIEP*ORF27a和ORF27-1在245个氨基酸的重叠区内显示出有94.7％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf27a.pep    MKKLSRIVFSTVLLGFSAALPAQXYSVYFNQNGKLTATXSSAAYIRQYSVAEGIAHAQXF
          |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||| |||||||||||: |||||| |orf27-1       MKKLSRIVFSTVLLGFSAALPAQTYSVYFNQNGKLTATMSSAAYIRQYSVVAGIAHAQDF
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf27a.pep    XYPSMKKYSEPYIVASTQIKSFVPTLQNGMLILWHFXGQKKMAGGFSKGKPDGEWVNWYP
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||orf27-1       YYPSMKKYSEPYIVASTQIKSFVPTLQNGMLILWHFNGQKKMAGGFSKGKPDGEWVNWYP
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf27a.pep    NGKKSAVMPYKNGLSEGTGXRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGNIKTEMVMVN
          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||orf27-1       NGKKSAVMPYKNGLSEGTGYRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGSIKTEMVMVN
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf27a.pep    DEPAKILTWDESGRLLSELSIHHHXRNGVVLEWYEDGSKKXEAVYQDDKLVRKTQWDXDG
          |||||||||||||||||||||:|| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||orf27-1       DEPAKILTMDESGRLLSELSIRHHQRNGVVLEWYEDGSKKSEAVYQDDKLVRKTQWDKDG
                 190       200       210       220       230       240orf27a.pep    YLIEPX
          ||||||orf27-1       YLIEPX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF27和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF27ng)在82个氨基酸的重叠区内显示出有96.3％的相同性：
orf27.pep                                  KQWYADXSIKTEMVMVNDEPAKILTWDESG   30
                                           ||||||||||||||||||||||||||||||
orf27ng      LSEGTGYRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGSIKTEMVMVNDEPAKILTWDESG  193
orf27.pep    RLLSELSIRHHQRNGVVLEWYEDGSKKSEXVYQDDKLVRKTQWDKDGYLIEP   82
             |||||||||||:||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
orf27ng      RLLSELSIRHHKRNGVVLEWYEDGSKKSEAVYQDDKLVRKTQWDKDGYLIEP  245
全长ORF27ng核苷酸序列<SEQ ID 645>是：
  1    ATGAAGAAAT  TATCTCGGAT  TGTATTTTCA  ATCGTACTGT  TGGGTTTTTC
 51    GGCCGCTTTG  CCGGCGCAGA  CCTATTCTGT  TTATTTTAAT  CAGAACGGGA
101    AACTGACGGC  GACGATGTCT  TCTGCCGCTT  ATATCAGGCA  ATATAGTGTG
151    CCGGCGGGTA  TCGCACACGC  GCAGGATTTT  TATTATCCGT  CGATGAAGAA
201    ATATTCCGAA  CCTTATATCG  TTGCTTCAAC  GCAAATCAAA  TCTTTTGTGC
251    CTACCCTGCA  AAACGGTATG  TTGATTTTGT  GGCATTTTAA  TGGTCAGAAA
301    AAAATGGCGG  GGGGCTTCAG  CAAGGGTAAG  CCGGACGGGG  AATGGGTCAA
351    CTGGTATCCG  AACGGTAAAA  AATCTGCGGT  TATGCCTTAT  AAAAATGGCT
401    TGAGTGAGGG  TACGGGATAC  CGTTATTACC  GTAACGGCGG  CAAGGAAAGC
451    GAAATCCAGT  TTAAGCAAAA  TAAGGCGAAC  GGCGTATGGA  AGCAATGGTA
501    TGCCGATGGA  AGTATCAAGA  CGGAAATGGT  TATGGTCAAC  GATGAGCCTG
551    CCAAAATTCT  GACTTGGGAT  GAAAGCGGCC  GATTACTTTC  GGAACTGTCT
601    ATCCGCCACC  ATAAACGCAA  CGGGGTGGTT  TTGGAGTGGT  ATGAAGATGG
651    TTCTAAAAAG  AGCGAGGCTG  TTTATCAGGA  TGACAAGTTG  GTCAGGAAAA
701    CCCAATGGGA  TAAGGATGGT  TATTTAATCG  AACCCTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 646>：
  1    MKKLSRIVFS  IVLLGFSAAL  PAQTYSVYFN  QNGKLTATMS  SAAYIRQYSV
 51    AAGIAHAQDF  YYPSMKKYSE  PYIVASTQIK  SFVPTLQNGM  LILWHFNGQK
101    KMAGGFSKGK  PDGEWVNWYP  NGKKSAVMPY  KNGLSEGTGY  RYYRNGGKES
151    EIQFKQNKAN  GVWKQWYADG  SIKTEMVMVN  DEPAKILTWD  ESGRLLSELS
201    IRHHKRNGVV  LEWYEDGSKK  SEAVYQDDKL  VRKTQWDKDG  YLIEP*ORF27ng和ORF27-1在245个氨基酸的重叠区内显示出有98.8％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf27-1.pep    MKKLSRIVFSTVLLGFSAALPAQTYSVYFNQNGKLTATMSSAAYIRQYSVVAGIAHAQDF
           |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||orf27ng        MKKLSRIVFSIVLLGFSAALPAQTYSVYFNQNGKLTATMSSAAYIRQYSVAAGIAHAQDF
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf27-1.pep    YYPSMKKYSEPYIVASTQIKSFVPTLQNGMLILWHFNGQKKMAGGFSKGKPDGEWVNWYP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf27ng        YYPSMKKYSEPYIVASTQIKSFVPTLQNGMLILWHFNGQKKMAGGFSKGKPDGEWVNWYP
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf27-1.pep    NGKKSAVMPYKNGLSEGTGYRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGSIKTEMVMVN
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf27ng        NGKKSAVMPYKNGLSEGTGYRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGSIKTEMVMVN
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf27-1.pep    DEPAKILTWDESGRLLSELSIRHHQRNGVVLEWYEDGSKKSEAVYQDDKLVRKTQWDKDG
           ||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||orf27ng        DEPAKILTWDESGRLLSELSIRHHKRNGVVLEWYEDGSKKSEAVYQDDKLVRKTQWDKDG
                  190       200       210       220       230       240
orf27-1.pep    YLIEPX
               ||||||
orf27ng        YLIEPX
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中有推定的前导序列)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF27-1(24.5kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图17A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图17B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白来免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA，该试验给出了阳性结果，这确认ORF27-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例84
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 647>：
    1    ATGAAATTTA  CCAAGCACCC  CGTCTGGGCA  ATGGCGTTCC  GCCCATTTTA
   51    TTCGCTGGCG  GCTCTGTACG  GCGCATTGTC  CGTATTGCTG  TGGGGTTTCG
  101    GCTACACGGG  AACGCACkAG  CTGTCCGGTT  TCTATTGGCA  CGCGCATGAg
  151    ATGATTTGGG  GTTATGCCGG  ACTGGTCGTC  ATCGCCTTCC  TGCTGACCGC
  201    CGTCGCCACT  TGGACGGGGC  AGCCGCCCAC  GCGGGGCGGC  GTaTCTGGTC
  251    GGCTTGACTA  TCTTTTGGCT  GGCTGCGCGG  ATTGCCGCCT  TTATCCCGGG
  301    TTGGGGTGCG  TCGGCAAGCG  GCATACTCGG  TACGCTGTTT  TTCTGGTACG
  351    GCGCGGTGTG  CATGGCTTTG  CCCGTTATCC  GTTCGCAGAA  TCAACGCAAC
  401    TATGTTgCCG  TGTTCGCGCT  GTTCGTCTTG  GGCGGCACGC  ATGCGGCGTT
  451    CCACGTCCAG  CTGCACAACG  GCAACCTAGG  CGGACTCTTG  AGCGGATTGC
  501    AGTCGGGCTT  GGTGATG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 648；ORF47>：
    1    MKFTKHPVWA  MAFRPFYSLA  ALYGALSVLL  WGFGYTGTHX  LSGFYWHAHE
   51    MIWGYAGLVV  IAFLLTAVAT  WTGQPPTRGG  VLVGLTIFWL  AARIAAFIPG
  101    WGASASGILG  TLFFWYGAVC  MALPVIRSQN  QRNYVAVFAL  FVLGGTHAAF
  151    HVQLHNGNLG  GLLSGLQSGL  VM进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 649>：
    1    ATGAAATTTA  CCAAGCACCC  CGTCTGGGCA  ATGGCGTTCC  GCCCATTTTA
   51    TTCGCTGGCG  GCTCTGTACG  GCGCATTGTC  CGTATTGCTG  TGGGGTTTCG
  101    GCTACACGGG  AACGCACGAG  CTGTCCGGTT  TCTATTGGCA  CGCGCATGAG
  151    ATGATTTGGG  GTTATGCCGG  ACTGGTCGTC  ATCGCCTTCC  TGCTGACCGC
  201    CGTCGCCACT  TGGACGGGGC  AGCCGCCCAC  GCGGGGCGGC  GTTCTGGTCG
  251    GCTTGACTAT  CTTTTGGCTG  GCTGCGCGGA  TTGCCGCCTT  TATCCCGGGT
  301    TGGGGTGCGT  CGGCAAGCGG  CATACTCGGT  ACGCTGTTTT  TCTGGTACGG
  351    CGCGGTGTGC  ATGGCTTTGC  CCGTTATCCG  TTCGCAGAAT  CAACGCAACT
  401    ATGTTGCCGT  GTTCGCGCTG  TTCGTCTTGG  GCGGCACGCA  TGCGGCGTTC
  451    CACGTCCAGC  TGCACAACGG  CAACCTAGGC  GGACTCTTGA  GCGGATTGCA
  501    GTCGGGCTTG  GTGATGGTGT  CGGGTTTTAT  CGGTCTGATT  GGTACGCGGA
  551    TTATTTCGTT  TTTTACGTCC  AAACGCTTGA  ATGTGCCGCA  GATTCCCAGT
  601    CCGAAATGGG  TGGCGCAGGC  TTCGCTGTGG  CTGCCCATGC  TGACTGCCAT
  651    GCTGATGGCG  CACGGTGTGT  TGGCTTGGCT  GTCTGCCGTT  TTTGCCTTTG
  701    CGGCAGGTGT  GATTTTTACC  GTGCAGGTGT  ACCGCTGGTG  GTATAAACCC
  751    GTGTTGAAAG  AGCCGATGCT  GTGGATTCTG  TTTGCCGGCT  ATCTGTTTAC
  801    CGGATTGGGG  CTGATTGCGG  TCGGCGCGTC  TTATTTCAAA  CCCGCTTTCC
  851    TCAATCTGGG  TGTGCATCTG  ATCGGGGTCG  GCGGTATCGG  CGTGCTGACT
   901    TTGGGCATGA  TGGCGCGTAC  CGCGCTTGGT  CATACGGGCA  ATCCGATTTA
   951    TCCGCCGCCC  AAAGCCGTTC  CCGTTGCGTT  TTGGCTGATG  ATGGCGGCAA
  1001    CCGCCGTCCG  TATGGTTGCC  GTATTTTCTT  CCGGCACTGC  CTACACGCAC
  1051    AGCATCCGCA  CCTCTTCGGT  TTTGTTTGCA  CTCGCGCTTT  TGGTGTATGC
  1101    GTGGAAGTAT  ATTCCTTGGC  TGATTCGTCC  GCGTTCGGAC  GGCAGGCCCG
  1151    GTTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 650；ORF47-1>：
     1    MKFTKHPVWA  MAFRPFYSLA  ALYGALSVLL  WGFGYTGTHE  LSGFYWHAHE
    51    MIWGYAGLVV  IAFLLTAVAT  WTGQPPTRGG  VLVGLTIFWL  AARIAAFIPG
   101    WGASASGILG  TLFFWYGAVC  MALPVIRSQN  QRNYVAVFAL  FVLGGTHAAF
   151    HVQLHNGNLG  GLLSGLQSGL  VMVSGFIGLI  GTRIISFFTS  KRLNYPQIPS
   201    PKWVAQASLW  LPMLTAMLMA  HGVLAWLSAV  FAFAAGVIFT  VQVYRWWYKP
   251    VLKEPMLWIL  FAGYLFTGLG  LIAVGASYFK  PAFLNLGVHL  IGVGGIGVLT
   301    LGMMARTALG  HTGNPIYPPP  KAVPVAFWLM  MAATAVRMVA  VFSSGTAYTH
   351    SIRTSSVLFA  LALLYYAWKY  IPWLIRPRSD  GRPG*
对该氨基酸序列进行计算机分析预测到有一个前导肽，并且还给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF47和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF47a)在172个氨基酸的重叠区内显示出有99.4％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf47.pep    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHXLSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf47a       MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf47.pep    IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47a       IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170
orf47.pep    MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVM
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47a       MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
                    130       140       150       160       170       180
orf47a       GTRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAMLMAHGVMPWLSAAFAFAAGVIFT
                    190       200       210       220       230       240
全长ORF47a核苷酸序列<SEQ ID 651>是：
        1    ATGAAATTTA  CCAAGCACCC  CGTTTGGGCA  ATGGCGTTCC  GCCCGTTTTA
       51    TTCACTGGCG  GCTCTGTACG  GCGCATTGTC  CGTATTGCTG  TGGGGTTTCG
      101    GCTACACGGG  AACGCACGAG  CTGTCCGGTT  TCTATTGGCA  CGCGCATGAG
      151    ATGATTTGGG  GTTATGCCGG  ACTGGTCGTC  ATCGCCTTCC  TGCTGACCGC
      201    CGTCGCCACT  TGGACGGGGC  AGCCGCCCAC  GCGGGGCGGC  GTTCTGGTCG
      251    GCTTGACTAT  CTTTTGGCTG  GCTGCGCGGA  TTGCCGCCTT  TATCCCGGGT
      301    TGGGGTGCGT  CGGCAAGCGG  CATACTCGGT  ACGCTGTTTT  TCTGGTACGG
      351    CGCGGTGTGC  ATGGCTTTGC  CCGTTATCCG  TTCGCAGAAT  CAACGCAATT
      401    ATGTTGCCGT  GTTCGCGCTG  TTCGTCTTGG  GCGGTACGCA  CGCGGCGTTC
      451    CACGTCCAGC  TGCACAACGG  CAACCTAGGC  GGACTCTTGA  GCGGATTGCA
      501    GTCGGGCTTG  GTGATGGTGT  CGGGTTTTAT  CGGTCTGATT  GGTACGCGGA
      551    TTATTTCGTT  TTTTACGTCC  AAACGGTTGA  ATGTGCCGCA  GATTCCCAGT
      601    CCGAAATGGG  TGGCGCAGGC  TTCGCTGTGG  CTGCCCATGC  TGACCGCCAT
      651    GCTGATGGCG  CACGGCGTGA  TGCCTTGGCT  GTCGGCGGCT  TTCGCGTTTG
 701    CGGCAGGTGT  GATTTTTACC  GTGCAGGTGT  ACCGCTGGTG  GTATAAGCCT
 751    GTGTTGAAAG  AGCCGATGCT  GTGGATTCTG  TTTGCCGGCT  ATCTGTTTAC
 801    CGGATTGGGG  CTGATTGCGG  TCGGCGCGTC  TTATTTCAAA  CCCGCTTTCC
 851    TCAATCTGGG  TGTGCATCTG  ATCGGGGTCG  GCGGTATCGG  CGTGCTGACT
 901    TTGGGCATGA  TGGCGCGTAC  CGCGCTCGGT  CATACGGGCA  ATCCGATTTA
 951    TCCGCCGCCC  AAAGCCGTTC  CCGTTGCGTT  TTGGCTGATG  ATGGCGGCAA
1001    CCGCCGTCCG  TATGGTTGCC  GTATTTTCTT  CCGGCACTGC  CTACACGCAC
1051    AGCATACGCA  CCTCTTCGGT  TTTGTTTGCA  CTCGCGCTTT  TGGTGTATGC
1101    GTGGAAGTAT  ATTCCTTGGC  TGATTCGTCC  GCGTTCGGAC  GGCAGGCCCG
1151    GTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 652>：
   1    MKFTKHPVWA  MAFRPFYSLA  ALYGALSVLL  WGFGYTGTHE  LSGFYWHAHE
  51    MIWGYAGLVV  IAFLLTAVAT  WTGQPPTRGG  VLVGLTIFWL  AARIAAFIPG
 101    WGASASGILG  TLFFWYGAVC  MALPVIRSQN  QRNYVAVFAL  FVLGGTHAAF
 151    HVQLHNGNLG  GLLSGLQSGL  VMVSGFIGLI  GTRIISFFTS  KRLNVPQIPS
 201    PKWVAQASLW  LPMLTAMLMA  HGVMPWLSAA  FAFAAGVIFT  VQVYRWWYKP
 251    VLKEPMLWIL  FAGYLFTGLG  LIAVGASYFK  PAFLNLGVHL  IGVGGIGVLT
 301    LGMMARTALG  HTGNPIYPPP  KAYPVAFWLM  MAATAVRMVA  VFSSGTAYTH
 351    SIRTSSVLFA  LALLVYAWKY  IPWLIRPRSD  GRPG*ORF47a和ORF47-1在384个氨基酸的重叠区内显示出有99.2％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf47a.pep    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47-1       MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf47a.pep    IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47-1       IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFMYGAVC
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf47a.pep    MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47-1       MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf47a.pep    GTRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAMLMAHGVMPWLSAAFAFAAGVIFT
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||: ||||:||||||||||off47-1       GTRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAMLMAHGVLAWLSAVFAFAAGVIFT
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf47a.pep    VQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYFKPAFLNLGVHLIGVGGIGVLT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47-1       VQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYFKPAFLNLGVHLIGVGGIGVLT
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320       330       340       350       360orf47a.pep    LGMMARTALGHTGNPIYPPPKAVPVAFWLMMAATAVRMVAVFSSGTAYTHSIRTSSVLFA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47-1       LGMMARTALGHTGNPIYPPPKAVPVAFWLMMAATAVRMVAVFSSGTAYTHSIRTSSVLFA
                 310       320       330       340       350       360
                 370       380orf47a.pep    LALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPGX
          |||||||||||||||||||||||||
orf47-1  LALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPGX
                370       380
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF47和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF47a)在172个氨基酸的重叠区显示出有97.1％的相同性：
ORF47    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV  60
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ORF47ng  MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV  60
ORF47    IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC 120
         |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||:||||||||||||||||
ORF47ng  IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTAFWLAARIAAFIPGWGAAASGILGTLFFWYGAVC 120
ORF47    MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVM         172
         ||||||||||:||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||
ORF47ng  MALPVIRSQNRRNYVAVFAIFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVWGFIGLI 180
预计ORF47ng核苷酸序列<SEQ ID 653>编码的蛋白质包含氨基酸序列<SEQ ID654>：
      1    MKFTKHPVWA  MAFRPFYSLA  ALYGALSYLL  WGFGYTGTHE  LSGFYWHAHE
     51    MIWGYAGLVV  IAFLLTAVAT  WTGQPPTRGG  VLVGLTAFWL  AARIAAFIPG
    101    WGAAASGILG  TLFFWYGAVC  MALPVIRSQN  RRNYVAVFAI  FVLGGTHAAF
    151    HVQLHNGNLG  GLLSGLQSGL  VMVMGFIGLI  GMKIISFFTS  KRLKLPQIPS
    201    PKWVAHASLW  LPMLNAILMA  HRVMPWLSAA  FPFAAGVIFT  VQVYAGGITP
    251    IEETSCGSVA  GICYRLGNSS  G
预计的前导肽和跨膜结构域与脑膜炎球菌蛋白(另见施氏假单胞菌orf396，登录号为e246540)中的序列相同(除了87位的Ile/Ala替换和140位的Leu/Ile替换)：
ORF47ng中的TM节段
    整合可能性=-5.63  跨膜52-68
    整合可能性=-3.88  跨膜169-185
    整合可能性=-3.08  跨膜82-98
    整合可能性=-1.91  跨膜134-150
    整合可能性=-1.44  跨膜107-123
    整合可能性=-1.38  跨膜227-243
进一步的工作揭示了完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 655>：
      1  ATGAAATTTA CCAAACATCC CGTCTGGGCA ATGGCGTTCC GCCCGTTTTA
     51  TTCACTGGCG GCACTGTACG GCGCATTGTC CGTATTGCTG TGGGGTTTCG
    101  GCTACACGGG AACGCACGAG CTGTCCGGTT TCTATTGGCA CGCGCATGAG
    151  ATGATTTGGG GTTATGCCGG TCTCGTCGTC ATCGCCTTCC TGCTGACCGC
    201  CGTCGCCACT TGGACGGGAC AGCCGCCCAC GAGGGGCGGC GTTCTGGTCG
    251  GCTTGACCGC CTTTTGGCTG GCTGCGCGGA TTGCCGCCTT TATCCCGGGT
    301  TGGGGTGCGG CGGCAAGCGG CATACTCGGT ACGCTGTTTT TCTGGTACGG
    351  CGCGGTGTGC ATGGCTTTGC CCGTTATCCG TtcgCAAAAC CGGCGCAACT
    401  ATGtcgCCGT ATTCGCAATA TTTGTGCTGG GCGGTACGCA TGCGgcgTTC
    451  CACGtccAgc tGCACAACGG CAACCTAGGC GGACTCTTGA GCGGATTGCA
    501  GTCGGGCCTG GTTATGGTGT CGGGCTTTAT CGGCCTGATT GGGATGAGGA
    551  TTATTTCGTT TTTTACGTCC AAACGGTTGA ACGTGCCGCA GATTCCCAGT
    601  CCGAAATGGG TGGCGCAGGC TTCGCTGTGG CTACCCATGC TGACCGCCAT
    651  ACTGATGGCG CACGGCGTGA TGCCTTGGCT GTCGGCGGCT TTCGCGTTTG
    701  CGGCGGGCGT GATTTTTACC GTACAGGTGT ACCGCTGGTG GTATAAACCC
    751  GTATTGAAAG AACCGATGCT GTGGATTCTG TTTGCCGGCT ATCTGTTTAC
    801  CGGATTGGGG CTGATTGCGG TCGGCGCGTC TTATTTCAAA CCTGCCTTCC
    851  TCAATCTGGG CGTACATCTG ATCGGGGTCG GCGGTATCGG CGTGCTGACT
    901  TTGGGCATGA TGGCGCGTAC CGCGCTCGGT CATACGGGCA ATTCGATTTA
 951    TCCGCCGCCC  AAAGCCGTTC  CCGTTGCGTT  TTGGCTGATG  ATGGCGGCAA
1001    CCGCCGTCCG  TATGGTTGCC  GTATTTTCTT  CCGGCACTGC  CTACACGCAC
1051    AGCATCCGCA  CGTCTTCGGT  TTTGTTTGCA  CTCGCGCTGC  TGGTGTATGC
1101    GTGGAAATAC  ATTCCGTGGC  TGATCCGTCC  GCGTTCGGAC  GGCAGGCCCG
1151    GTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 656；ORF47ng-1>：
   1    MKFTKHPVWA  MAFRPFYSLA  ALYGALSVLL  WGFGYTGTHE  LSGFYWHAHE
  51    MIWGYAGLVV  IAFLLTAVAT  WTGQPPTRGG  VLVGLTAFWL  AARIAAFIPG
 101    WGAAASGILG  TLFFWYGAVC  MALPVIRSQN  RRNYVAVFAI  FVLGGTHAAF
 151    HVQLHNGNLG  GLLSGLQSGL  VMVSGFIGLI  GMRIISFFTS  KRLNVPQIPS
 201    PKWVAQASLW  LPMLTAILMA  HGVMPWLSAA  FAFAAGVIFT  VQVYRWWYKP
 251    VLKEPNLWIL  FAGYLFTGLG  LIAVGASYFK  PAFLNLGVHL  IGVGGIGVLT
 301    LGMMARTALG  HTGNSIYPPP  KAVPVAFWLM  MAATAVRMVA  VFSSGTAYTH
 351    SIRTSSVLFA  LALLVYAWKY  IPWLIRPRSD  GRPG*ORF47ng-1和ORF47-1在384个氨基酸的重叠区内显示出有97.4％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf47-1.pep    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47ng-1      MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf47-1 pep    IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC
           |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||:||||||||||||||||orf47ng-1      IAFLLTAVATWrGQPPTRGGVLVGLTAFWLAARIAAFIPGWGAAASGILGTLFFWYGAVC
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf47-1.pep    MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
           ||||||||||:||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47ng-1      MALPVIRSQNRRNYVAVFAIFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf47-1.pep    GTRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAMLMAHGVLAWLSAVFAFAAGVIFT
           | ||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||: ||||:||||||||||orf47ng-1      GMRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAILMAHGVMPWLSAAFAFAAGVIFT
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300orf47-1.pep    VQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYFKPAFLNLGVHLIGVGGIGVLT
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47ng-1      VQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYFKPAFLNLGVHLIGVGGIGVLT
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360orf47-1.pep    LGMMARTALGHTGNPIYPPPKAVPVAFWLMMAATAVRMVAVFSSGTAYTHSIRTSSVLFA
           |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf47ng-1      LGMMARTALGHTGNSIYPPPKAVPVAFWLMMAATAVRMVAVFSSGTAYTHSIRTSSVLFA
                  310       320       330       340       350       360
                  370       380orf47-1.pep    LALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPGX
           |||||||||||||||||||||||||orf47ng-1      LALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPGX
                  370       380另外，ORF47ng-1显示出与施氏假单胞菌的一个ORF明显同源：gnl|PID|e246540(Z73914)ORF396蛋白[施氏假单胞菌]长度=396评分=155位(389)，估计值=5e-37
相同性=121/391(30％)，阳性=169/391(42％)，空隙=21/391(5％)
询问：7   PVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFY-------WHAHEMIWGYAGLV  59
           P+W +AFRPF+   +LY  L++ LW   +TG     GF        WH HEM++G+A  +
目标：14  PIWRLAFRPFFLAGSLYALLAIPLWVAAWTGLWP--GFQPTGGWLAWHRHEMLFGFAMAI  71
询问：60  VIAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTAFWLAARIAAFIPGWGAAASGILGTLFFWYGAV  119
           V  FLLTAV TWTGQ    G  LVGL A WLAAR+  ++ G  AA    L  LF
目标：72  VAGFLLTAVQTWTGQTAPSGNRLVGLAAVWLAARL-GWLFGLPAAWLAPLDLLFLVALVW  130
询问：120 CMALPVIRSQNRRNYVAVFAIFVLGGTHAAFXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXMVSGFIGL  179
            MA  +   + +RNY  V  + ++ G                          +V+  + L
目标：131 MMAQMLWAVRQKRNYPIVVVLSLMLGADVLILTGLLQGNDALQRQGVLAGLWLVAALMAL  190
询问：180 IGMRIISFFTSKRLNVPQIPSP-KWVAQASLWLPMLTAILMAHGV----MPWLSAAFAFA  234
           IG R+I FFT + L       P  W+  A L    + A+L A GV     P L   F  A
目标：191 IGGRVIPFFTQRGLGKVDAVKPWVWLDVALLVGTGVIALLHAFGVAMRPQPLLGLLFV-A  249
询问：235 AGVIFTVQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYF-KPAFXXXXXXXXXX  293
            GV   +++ RW+ K + K  +LW L    L+  +    +   +F   A
目标：250 IGVGHLLRLMRWYDKGIWKVGLLWSLHVAMLWLVVAAFGLALWHFGLLAQSSPSLHALSV  309
询问：294 XXXXXXXXXMMARTALGHTGNSIYPPPKAVPVAFWLXXXXXXXXXXXXFSSGTAYTHSIR  353
                    M+AR  LGHTG  +  P   +  AF L            F S       +
目标：310 GSMSGLILAMIARVTLGHTGRPLQLPAGIIG-AFVL---FNLGTAARVFLSVAWPVGGLW  365
询问：354 TSSVLFALALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPG 384
            ++V + LA  +Y W+Y P L+  R DG PG
目标：366 LAAVCWTLAFALYVWRYAPMLVAARVDGHPG 396
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例85
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 657>：
    1 ..ATGCCGTCTG  AAGGTTCAGA  CGGCmTCGGT  GyCGGGGAAy  CAGAAGyGGT
   51   AGCGCATGCC  CAATGAGACT  TCGTGGGTTT  TGAAGCGGGT  GTTTTCCAAG
  101   CGTCCCCAGT  TGTGGTAACG  GTATCCGGTG  TCyAArGTCA  GCTTGGGyGT
  151   GATGTCGAAa  CCGACACCGG  CGATGACACC  AAGACCyAmG  CTGCTGATrC
  201   TGTkGCTTTC  GTGATAGGsA  GGTTTGyTGG  kmksAsyTTG  TAyrATwkkG
  251   CCTssCwsTG  kAGmGCCkTk  CkyTGGTkkA  swGrwArTAG  TCGTGGTTTy
  301   TkTTyyCACC  GAATGAACyT  GATGTTTAAC  GTGTCCGTAG  GCGACGCGCG
  351   CGCCGATATA  GGGTTTGAAT  TTATCGTTGA  GTTTGAAATC  GTAAATGGCG
  401   GACAAGCCGA  GAGAAGAAAC  GGCGTGGAAG  CTGCCGTTTC  CCTGATGTTT
  451   TGTTTGGGTT  TCTTTGTAGT  TGTTGTTTAT  CTCTTCAGTA  ACTTTTTTAG
  501   TAGAAGAATT  ACTTTCTTTC  CATTTTCTGT  AACTGGCATA  ATCTGCCGCT
  551   ATTCTCCAGC  CGCCGAAATC ..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 658；ORF67>：
    1 ..MPSEGSDGXG  XGEXEXVAHA  QXDFVGFEAG  VFQASPVVVT  VSGVXXQLGX
   51   DVETDTGDDT  KTXAADXVAF  VIGRFXGXXL  YXXAXXXXAX  XWXXXXSRGF
  101   XXHRMNLMFN  VSVGDARADI  GFEFIVEFEI  VNGGQAERRN  GVEAAVSLMF
  151   CLGFFVVVVY  LFSNFFSRRI  TFFPFSVTGI  ICRYSPAAEI  ..
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF67和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF67ng)在199个氨基酸的重叠区内显示出有51.8％的相同性：
orf67.pep                                MPSEGSDGXGXGEXEXVAHAQXDFVGFEAG  30
                                         |||||||| | || | |||||  |||||||
orf67ng    TNFEIAVLSGMTVRVFYCARPAPVNGGRLKMPSEGSDGIGIGESEAVAHAQRGFVGFEAG 146
             90       100       110       120       130       140
orf67.pep  VFQASPVVVTVSGVXXQLGXDVETDTGDDTKTXAADXVAFVIGRFXGXXLYXXAXXXXAX  90
           |||||||||:|:||  | | || : :   ::: ||  |||:|| |    :        :
orf67ng    VFQASPVVVAVAGVQ3QAGRDVYAHARHRAEAQAAAAVAFLIGVFLRMSVRIVRNCCVSI 206
orf67.pep  XWXXXXSRGFXXHRMNLMFNVSVGDARADIGFEFIVEFEIVNGGQAERRNGVEAAVSLMF 150
           :     |  :   |:: : :|||||||:||||||:|||||||||||||||||| || |||
orf67ng    TRVGGKSTCYFFSRIDAVSDVSVGDARTDIGFEFVVEFEIVNGGQAERRNGVECAVFDMF 266
orf67.pep  CLGFFVV-------VVYLFSNFFSRRITFF-PFSVTGIICRYSPAAEI             190
            |  | |       ::  |: |: : | :  ||:|||||   :||||:
orf67ng    RLLVFYVKLVAAKSFIILSFQLFYVHGIFIVVPFPVTGIIRGDAPAAEVVADRHPGVDGM 326
预计ORF67ng核苷酸序列<SEQ ID 659>编码的蛋白质包含氨基酸序列<SEQ ID660>：
      1  MPSETVGSIV NVGVDESVGF SPPFPSIQHF YRFHRIHRIR LFRPPGPMQL
     51  NRHSHGSGNL GRGVWATVLS DKFPCGQVRI PACAGMTNFE IAVLSGMTVR
    101  VFYCARPAPV NGGRLKMPSE GSDGIGIGES EAVAHAQRGF VGFEAGVFQA
    151  SPVVVAVAGV QGQAGRDVYA HARHRAEAQA AAAVAFLIGV FLRMSVRINR
    201  NCCVSITRVG GKSTCYFFSR IDAVSDVSVG DARTDIGFEF VVEFEIVNGG
    251  QAERRNGVEC AVFLMFRLLV FYVKLVAAKS FIILSFQLFY VHGIFIVVPF
    301  PVTGIIRGDA PAAEVVADRH PGVDGMRTDV SEIIAYRAYF VFAWSGWFRI
    351  IVGNAFGGVG *
根据淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域的发现，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例86
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 661>
      1  ATGTTTGCTT TTTTAGAAGC CTTTTTTGTC GAATACGGTT ATGCGGCTGT
     51  TTTTTTTGTA TTGGTCATCT GCGGTTTCGG CGTGCCGATT CCCGAGGATT
    101  TGACCTTGGT AACAGGCGGC GTGATTTCGG GTATGGGTTA TACCAATCCG
    151  CATATTATGT TTGCAGTCGG TATGCTCGGC GTATTGGTCG GGGACGGCAT
    201  CATGTTCGCC GCCGGACGAA TTTGGGGGCA GArArTCCTA rGGTTCArAC
    251  CTATTGCGsG CATCATGACG CCGrAACGTT ATGAGCAGGT TCAGGAAAAA
    301  TTCGACAAAT ACGGTAACTG GGTCTTATTT GTCGCCCGTT TCCTGCCCGG
    351  TTTGAGAACG GCCGTATTTG TTACAGCCGG TATCAGCCGC AAGGTTTCAT
    401  ACTTGCGTTT TATCATTATG GATGGACTGG CCGCA...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 662；ORF78>：
      1  MFAFLEAFFV EYGYAAVFFV LVICGFGVPI PEDLTLVTGG VISGMGYTNP
     51  HIMFAVGMLG VLVGDGIMFA AGRIWGQXXL XFXPIAXIMT PXRYEQVQEK
    101  FDKYGNWVLF VARFLPGLRT AVFVTAGISR KVSYLRFIIM DGLAA...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 663>：
      1  ATGTTTGCTT TTTTAGAAGC CTTTTTTGTC GAATACGGTT ATGCGGCTGT
     51  TTTTTTTGTA TTGGTCATCT GCGGTTTCGG CGTGCCGATT CCCGAGGATT
    101  TGACCTTGGT AACAGGCGGC GTGATTTCGG GTATGGGTTA TACCAATCCG
    151     CATATTATGT  TTGCAGTCGG  TATGCTCGGC  GTATTGGTCG  GGGACGGCAT
    201     CATGTTCGCC  GCCGGACGAA  TTTGGGGGCA  GAAAATCCTA  AGGTTCAAAC
    251     CTATTGCGCG  CATCATGACG  CCGAAACGTT  ATGAGCAGGT  TCAGGAAAAA
    301     TTCGACAAAT  ACGGTAACTG  GGTCTTATTT  GTCGCCCGTT  TCCTGCCCGG
    351     TTTGAGAACG  GCCGTATTTG  TTACAGCCGG  TATCAGCCGC  AAGGTTTCAT
    401     ACTTGCGTTT  TATCATTATG  GATGGACTGG  CCGCACTGAT  TTCCGTCCCT
    451     ATTTGGATTT  ATCTGGGCGA  ATACGGTGCG  CACAACATCG  ATTGGCTGAT
    501     GGCGAAAATG  CACAGCCTGC  AATCGGGTAT  TTTTGTTATC  TTGGGTATAG
    551     GTGCGACCGT  TGTCGCTTGG  ATTTGGTGGA  AAAAACGCCA  ACGTATCCAG
    601     TTTTACCGCA  GCAAATTGAA  AGAAAAGCGG  GCGCAACGCA  AAGCCGCCAA
    651     GGCAGCCAAA  AAAGCCGCGC  AAAGCAAACA  ATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 664；ORF78-1>：
      1     MFAFLEAFFV  EYGYAAVFFV  LVICGFGVPI  PEDLTLVTGG  VISGMGYTNP
     51     HIMFAVGMLG  VLVGDGIMFA  AGRIWGQKIL  RFKPIARIMT  PKRYEQVQEK
    101     FDKYGNWVLF  VARFLPGLRT  AVFVTAGISR  KVSYLRFIIM  DGLAALISVP
    151     IWIYLGEYGA  HNIDWLMAKM  HSLQSGIFVI  LGIGATVVAW  IWWKKRQRIQ
    201     FYRSKLKEKR  AQRKAAKAAK  KAAQSKQ*
该氨基酸序列的计算机分析预测了几个跨膜结构域，并且还给出了下列结果：
与流感嗜血菌的dedA类似物(登录号为P45280)的同源性
ORF78和dedA类似物在144个氨基酸的重叠区内显示出有58％的氨基酸相同性：
Orf78:4   FLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGM--GYTNPHIMFAVGMLGV 61
          FL  FF EYGY AV FVL+ICGFGVPIPED+TLV+GGVI+G+     N H+M  V M+GV
DedA: 20  FLIGFFTEYGYWAVLFVLIICGFGVPIPEDITLVSGGVIAGLYPENVNSHLMLLVSMIGV 79
Orf78:62  LVGDGIMFAAGRIWGQXXLXFXPIAXIMTPXRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRTA 121
          L GD  M+  GRI+G   L F PI  I+T  R   V+EKF +YGN VLFVARFLPGLR
DedA: 80  LAGDSCMYWLGRIYGTKILRFRPIRRIVTLQRLRMVREKFSQYGNRVLFVARFLPGLRAP 139
Orf78:122 VFVTAGISRKVSYLRFIIMDGLAA 145
          +++ +GI+R+VSY+RF+++D  AA
DedA: 140 IYMVSGITRRVSYVRFVLIDFCAA 163
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF78和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF78a)在145个氨基酸的重叠区内显示出有93.8％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf78.pep    MFAFLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
             |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf78a       MFALLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf78.pep    VLVGDGIMFAAGRIWGQXXLXFXPIAXIMTPXRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
             |||||||||||||||||  | | ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||
orf78a       VLVGDGIMFAAGRIWGQKILKFKPIARIMTPKRYAQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140
orf78.pep    AVFVTAGISRKVSYLRFIIMDGLAA
             |||||||||||||||||:|||||||
orf78a       AVFVTAGISRKVSYLRFLIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIA
                    130       140       150       160       170       180
全长ORF78a核苷酸序列<SEQ ID 665>是：
      1    ATGTTTGCCC  TTTTGGAAGC  CTTTTTTGTC  GAATACGGCT  ATGCGGCCGT
     51    GTTTTTCGTT  TTGGTCATCT  GCGGTTTCGG  CGTGCCGATT  CCCGAGGATT
    101    TGACCTTGGT  AACAGGCGGC  GTGATTTCGG  GTATGGGTTA  TACCAATCCG
    151    CATATTATGT  TTGCAGTCGG  TATGCTCGGC  GTATTGGTCG  GGGACGGCAT
    201    CATGTTCGCC  GCCGGACGCA  TCTGGGGGCA  GAAAATCCTC  AAGTTCAAAC
    251    CGATTGCGCG  CATCATGACG  CCGAAACGTT  ACGCACAGGT  TCAGGAAAAA
    301    TTCGACAAAT  ACGGCAACTG  GGTGTTATTT  GTCGCTCGTT  TCCTGCCCGG
    351    TTTGCGGACT  GCCGTTTTCG  TTACCGCCGG  CATCAGCCGC  AAAGTATCGT
    401    ATCTGCGCTT  TCTGATTATG  GACGGGCTTG  CCGCGCTGAT  TTCCGTGCCC
    451    GTTTGGATTT  ACTTGGGCGA  GTACGGCGCG  CACAACATCG  ATTGGCTGAT
    501    GGCGAAAATG  CACAGCCTGC  AATCCGGCAT  CTTCATCGCA  TTGGGCGTGC
    551    TGGCGGCGGC  GCTGGCGTGG  TTCTGGTGGC  GCAAACGCCG  ACATTATCAG
    601    CTTTACCGCG  CACAATTGAG  CGAAAAACGC  GCCAAACGCA  AGGCGGAAAA
    651    GGCAGCGAAA  AAAGCGGCAC  AGAAGCAGCA  GTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 666>：
      1    MFALLEAFFV  EYGYAAVFFV  LVICGFGVPI  PEDLTLVTGG  VISGMGYTNP
     51    HIMFAVGMLG  VLVGDGIMFA  AGRIWGQKIL  KFKPIARIMT  PKRYAQVQEK
    101    FDKYGNWVLF  VARFLPGLRT  AVFVTAGISR  KVSYLRFLIM  DGLAALISVP
    151    VWIYLGEYGA  HNIDWLMAKM  HSLQSGIFIA  LGVLAAALAW  FWWRKRRHYQ
    201    LYRAQLSEKR  AKRKAEKAAK  KAAQKQQ*
ORF78a和ORF78-1在227个氨基酸的重叠区内显示出有89.0％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf78a.pep MFALLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
           |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf78-1    MFAFLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf78a.pep VLVGDGIMFAAGRIWGQKILKFKPIARIMTPKRYAQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
           ||||||||||||||||||||:||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf78-1    VLVGDGIMFAAGRIWGQKILRFKPIARIMTPKRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf78a.pep AVFVTAGISRKVSYLRFLIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIA
           |||||||||||||||||:||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||:
orf78-1    AVFVTAGISRKVSYLRFIIMDGLAALISVPIWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFVI
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220
orf78a.pep LGVLAAALAWFWWRKRRHYQLYRAQLSEKRAKRKAEKAAKKAAQKQQX
           ||: |:::||:||:||:: |:||::|:||||:||| ||||||||::||
orf78-1    LGIGATVVAWIWWKKRQRIQFYRSKLKEKRAQRKAAKAAKKAAQSKQX
                  190       200       210       220
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF78和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF78ng)在38个氨基酸的重叠区内显示出有97.4％的相同性：
orf78.pep  XXLXFXPIAXIMTPXRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRTAVFVTAGISRKVSYLRF 137
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf78ng                                YPVLFVARFLPGLRTAVFVTAGISRKVSYLRF  32
orf78.Dep  IIMDGLAA                                                     145
           :|||||||
orf78ng    LIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIALGVLAAALAWFWWRKRR  92
预计ORF78ng核苷酸序列<SEQ ID 667>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID668>：
      1..YPVLFVARFL PGLRTAVFVT AGISRKVSYL RFLIMDGLAA LISVPVWIYL
     51  GEYGAHNIDW LMAKMHSLQS GIFIALGVLA AALAWFWWRK RRHYQLYRAQ
    101  LSEKRAKRKA EKAAKKAAQK QQ*
进一步的工作揭示了完整的淋球菌核苷酸序列<SEQ ID 669>：
      1  atgtttgccc tttTggaagc CTTTTTTGTC GAAtacggCt atgcGGCCGT
     51  GTTTTTCGTT TTGGTCATCT GCGGTTTCGG CGTGCCGATT CCCGAAGATT
    101  TGACCTTGGT AACGGGCGGC GTGATTTCGG GTATGGGTTA TACCAATCCG
    151  CATATTATGT TTGCGGTCGG TATGCTCGGC GTGTTGGCGG GCGACGGCGT
    201  GATGTTTGCC GCCGGACGCA TCTGGGGGCA GAAAATCCTC AAGTTCAAAC
    251  CGATTGCGCG CATCATGACG CCGAAACGTT ACGCGCAGGT TCAGGAAAAA
    301  TTCGACAAAT ACGGCAACTG GGTTCTGTTT GTCGCCCGTT TCCTGCCGGG
    351  TTTGCGGACT GCCGTTTTCG TTACCGCCGG CATCAGCCGC AAAGTATCGT
    401  ATCTGCGCTT TCTGATTATG GACGGGCTGG CCGCGCTGAT TTCCGTGCCC
    451  GTTTGGATTT ACTTGGGCGA GTACGGCGCG CACAACATCG ATTGGCTGAT
    501  GGCGAAAATG CACAGCCTGC AATCGGGCAT CTTCATCGCA TTGGGCGTGC
    551  TGGCGGCGGC GCTGGCGTGG TTCTGGTGGC GCAAACGCCG ACATTATCAG
    601  CTTTACCGCG CACAATTGAG CGAAAAACGC GCCAAACGCA AGGCGGAAAA
    651  GGCAGCGAAA AAAGCGGCAC AGAAGCAGCA GTAa
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 670；ORF78ng-1>：
      1  MFALLEAFFV EYGYAAVFFV LVICGFGVPI PEDLTLVTGG VISGMGYTNP
     51  HIMFAVGMLG VLAGDGVMFA AGRIWGQKIL KFKPIARIMT PKRYAQVQEK
    101  FDKYGNWVLF VARFLPGLRT AVFVTAGISR KVSYLRFLIM DGLAALISVP
    151  VWIYLGEYGA HNIDWLMAKM HSLQSGIFIA LGVLAAALAW FWWRKRRHYQ
    201  LYRAQLSEKR AKRKAEKAAK KAAQKQQ*
ORF78ng-1和ORF78-1在227个氨基酸的重叠区内显示出有88.1％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf78-1.pep  MFAFLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
             |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf78ng-1    MFALLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf78-1.pep  VLVGDGIMFAAGRIWGQKILRFKPIARIMTPKRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
             ||:|||:|||||||||||||:||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf78ng-1    VLAGDGVMFAAGRIWGQKILKFKPIARIMTPKRYAQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf78-1.pep  AVFVTAGISRKVSYLRFIIMDGLAALISVPIWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFVI
             |||||||||||||||||:||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||:
orf78ng-1    AVFVTAGISRKVSYLRFLIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIA
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220
orf78-1.pep  LGIGATVVAWIWWKKRQRIQFYRSKLKEKRAQRKAAKAAKKAAQSKQX
             ||: |:::||:||:||:: |:||::|:||||:||| ||||||||::||
orf78ng-1    LGVLAAALAWFWWRKRRHYQLYRAQLSEKRAKRKAEKAAKKAAQKQQX
                    190       200       210       220
另外，orf78ng-1显示出与流感嗜血菌的dedA蛋白同源：
sp|P45280|YG29_HAEIN假设蛋白HI1629＞gi|1073983|pir||D64133dedA蛋白(dedA)同系物-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)
＞gi|1574476(U32836)dedA蛋白(dedA)[流感嗜血菌]长度=212
评分=223位(563)，估计值=7e-58
相同性=108/182(59％)，阳性=140/182(76％)，空隙=2/182(1％)
询问：5   LEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGM--GYTNPHIMFAVGMLGVL 62
           L  FF EYGY AV FVL+ICGFGVPIPED+TLV+GGVI+G+     N H+M  V M+GVL
目标：21  LIGFFTEYGYWAVLFVLIICGFGVPIPEDITLVSGGVIAGLYPENVNSHLMLLVSMIGVL 80
询问：63  AGDGVMFAAGRIWGQKILKFKPIARIMTPKRYAQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRTAV 122
           AGD  M+  GRI+G KIL+F+PI RI+T +R   V+EKF +YGN VLFVARFLPGLR  +
目标：81  AGDSCMYWLGRIYGTKILRFRPIRRIVTLQRLRMVREKFSQYGNRVLFVARFLPGLRAPI 140
询问：123 FVTAGISRKVSYLRFLIMDGLAALISVFVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIALG 182
           ++ +GI+R+VSY+RF+++D  AA+ISVP+WIYLGE GA N+DWL  ++   Q  I+I +G
目标：141 YMVSGITRRVSYVRFVLIDFCAAIISVPIWIYLGELGAKNLDWLHTQIQKGQIVIYIFIG 200
询问：183 VL 184
            L
目标：201 YL 202
根据该分析结果(包括推定跨膜结构域的存在)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例87
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 671>：
      1    ATGAAAAAAT  TATTGGCGGC  CGTGATGATG  GCAGGTTTGG  CAGGCGCGGT
     51    TTCCGCCGCC  GGAGTCCACG  TTGAGGACGG  CTGGGCGCGC  ACCACCGTCG
    101    AAGGTATGAA  AATAGGCGGC  GCGTTCATGA  AAATCCACAA  CGACGAAGCC
    151    AAACAAGACT  TTTTGCTCGG  CGGAAGCAGC  CCCGTTGCCG  ACCGCGTCGA
    201    AGTGCATACC  CACATCAACG  ACAACGGCGT  GATGCGGATG  CGCGAAGTCG
    251    AAGGCGGCGT  GCCTTTGGAA  GCGAAATCCG  TTACCGAACT  CAAACCCGGC
    301    AGCTATCATG  TGATGTTTAT  GGGTTTGAAA  AAACAATTAA  AAGAGGGCGA
    351    TAAAATTCCC  GTTACCCTGA  AATTTAAAAA  CGCCAAAGCG  CAAACCGTCC
    401    AACTGGAAGT  CAAAATCGCG  CCGATGCCGG  CAATGAACCA  C...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 672；ORF79>：
      1    MKKLLAAVMM  AGLAGAVSAA  GVHVEDGWAR  TTVEGMKIGG  AFMKIHNDEA
     51    KQDFLLGGSS  PVADRVEVHT  HINDNGVMRM  REVEGGVPLE  AKSVTELKPG
    101    SYHVMFMGLK  KQLKEGDKIP  VTLKFKNAKA  QTVQLEVKIA  PMPAMNH..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 673>：
      1    ATGAAAAAAT  TATTGGCGGC  CGTGATGATG  GCAGGTTTGG  CAGGCGCGGT
     51    TTCCGCCGCC  GGAGTCCACG  TTGAGGACGG  CTGGGCGCGC  ACCACCGTCG
    101    AAGGTATGAA  AATAGGCGGC  GCGTTCATGA  AAATCCACAA  CGACGAAGCC
    151    AAACAAGACT  TTTTGCTCGG  CGGAAGCAGC  CCCGTTGCCG  ACCGCGTCGA
    201    AGTGCATACC  CACATCAACG  ACAACGGCGT  GATGCGGATG  CGCGAAGTCG
    251    AAGGCGGCGT  GCCTTTGGAA  GCGAAATCCG  TTACCGAACT  CAAACCCGGC
    301    AGCTATCATG  TGATGTTTAT  GGGTTTGAAA  AAACAATTAA  AAGAGGGCGA
    351    TAAAATTCCC  GTTACCCTGA  AATTTAAAAA  CGCCAAAGCG  CAAACCGTCC
    401    AACTGGAAGT  CAAAATCGCG  CCGATGCCGG  CAATGAACCA  CGGTCATCAC
    451    CACGGCGAAG  CGCATCAGCA  CTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 674；ORF79-1>：
      1    MKKLLAAVMM  AGLAGAVSAA  GVHVEDGWAR  TTVEGMKIGG  AFMKIHNDEA
     51    KQDFLLGGSS  PVADRVEVHT  HINDNGVMRM  REVEGGVPLE  AKSVTELKPG
    101    SYHVMFMGLK  KQLKEGDKIP  VTLKFKNAKA  QTVQLEVKIA  PMPAMNHGHH
    151    HGEAHQH*
对该氨基酸序列的计算机分析揭示了一个推定的前导肽，并且还给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF79和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的OR-F(ORF79a)在147个氨基酸的重叠区内显示出有94.6％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf79.pep    MKKLLAAVMMAGLAGAVSAAGVHVEDGWARTTVEGMKIGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
             || ||||||||||||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf79a       MKXLLAAVMMAGLAGAVSAAGIHVEDGWARTTVEGMKMGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf79.pep    PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIP
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
orf79a       PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGXKKQLKXGDKIP
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140
orf79.pep    VTLKFKNAKAQTVQLEVKIAPMPAMNH
             |||||||||||||||||| ||| ||:|
orf79a       VTLKFKNAKAQTVQLEVKTAPMSAMDHGHHHGEAHQHX
                    130       140       150
全长ORF79a核苷酸序列<SEQ ID 675>是：
      1    ATGAAANAAC  TATTGGCAGC  CGTGATGATG  GCAGGTTTGG  CAGGCGCGGT
     51    TTCCGCCGCC  GGAATCCACG  TTGAGGACGG  CTGGGCGCGC  ACGACCGTCG
    101    AAGGTATGAA  AATGGGCGGC  GCGTTCATGA  AAATCCACAA  CGACGAAGCC
    151    AAACAAGACT  TTTTGCTCGG  CGGAAGCAGC  CCTGTTGCCG  ACCGCGTCGA
    201    AGTGCATACC  CATATCAATG  ATAACGGTGT  GATGCGGATG  CGCGAAGTCG
    251    AAGGCGGCGT  GCCTTTGGAG  GCGAAATCCG  TTACCGAACT  CAAACCCGGC
    301    AGCTATCATG  TCATGTTTAT  GGGTNTGAAA  AAACAATTAA  AAGANGGCGA
    351    CAAGATTCCC  GTTACCCTGA  AATTTAAAAA  CGCCAAAGCA  CAAACCGTCC
    401    AACTGGAAGT  CAAAACCGCG  CCGATGTCGG  CAATGGACCA  CGGTCATCAC
    451    CACGGCGAAG  CGCATCAGCA  CTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 676>：
      1    MKXLLAAVMM  AGLAGAVSAA  GIHVEDGWAR  TTVEGMKMGG  AFMKIHNDEA
     51    KQDFLLGGSS  PVADRVEVHT  HINDNGVMRM  REVEGGVPLE  AKSVTELKPG
    101    SYHVMFMGXK  KQLKXGDKIP  VTLKFKNAKA  QTVQLEVKTA  PMSAMDHGHH
    151    HGEAHQH*
ORF79a和ORF79-1在157个氨基酸的重叠区内显示出有94.9％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf79a.pep  MKXLLAAVMMAGLAGAVSAAGIHVEDGWARTTVEGMKMGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
            || ||||||||||||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf79-1     MKKLLAAVMMAGLAGAVSAAGVHVEDGWARTTVEGMKIGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf79a.pep  PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGXKKQLKXGDKIP
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
orf79-1     PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIP
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150
orf79a.pep  VTLKFKNAKAQTVQLEVKTAPMSAMDHGHHHGEAHQHX
            |||||||||||||||||| ||| ||:||||||||||||
orf79-1     VTLKFKNAKAQTVQLEVKIAPMPKMNHGHHHGEAHQHX
                   130       140       150
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF79和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF79ng)在76个氨基酸的重叠区内显示出有96.1％的相同性：
orf79.pep  FMKIHNDEAKQDFLLGGSSPVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGS 101
                                         ||||||||||||:|||||||||||||||||
orf79ng                                  INDNGVMRMREVKGGVPLEAKSVTELKPGS  30
orf79.pep  YHVMFMGLKKQLKEGDKIPVTLKFKNAKAQTVQLEVKIAPMPAMNH          147
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
orf79ng    YHVMFMGLKKQLKEGDKIPVTLKFKNAKAQTVQLEVKTAPMSAMNHGHHHGEAHQH 86
预计ORF79ng核苷酸序列<SEQ ID 677>编码的蛋白质包含氨基酸序列<SEQ ID678>：
    1..INDNGVMRMR EVKGGVPLEA KSVTELKPGS YHVMFMGLKK QLKEGDKIPV
   51  TLKFKNAKAQ TVQLEVKTAP MSAMNHGHHH GEAHQH*
进一步的工作揭示了完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 679>：
    1  ATGAAAAAAT TATTGGCAGC CGTGATGATG GCAGGTTTGG CAGGCGCGGT
   51  TTccgccgCc GGagTccAtG TCGAggACGG CTGGGCGCGc accaCTGtcg
  101  aaggtATgaa aatggGCGGC GCgttCATga aaATCCACAA CGACGaaGcc
  151  atacaaGACt ttgtgcTCgg CGGaagcatg cccgttgccg accgcGTCGA
  201  AGTGCAtaca cacATCAACG ACAACGGCGT GATGCGTATG CGCGAAGTCA
  251  AAGGCGGCGT GCCTTTGGAG GCGAAATCCG TTACCGAACT CAAACCCGGC
  301  AGCTATCACG TGATGTTTAT GGGTTTGAAA AAACAACTGA AAGAGGGCGA
  351  CAAGATTCCC GTTACCCTGA AATTTAAAAA CGCCAAAGCG CAAACCGTCC
  401  AACTGGAAGT CAAAACCGCG CCGATGTCGG CAATGAACCA CGGTCATCAC
  451  CACGGCGAAG CGCATCAGCA CTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 680；ORF79ng-1>：
    1  MKKLLAAVMM AGLAGAVSAA GVHVEDGWAR TTVEGMKMGG AFMKIHNDEA
   51  IQDFVLGGSM PVADRVEVHT HINDNGVMRM REVKGGVPLE AKSVTELKPG
  101  SYHVMFMGLK KQLKEGDKIP VTLKFKNAKA QTVQLEVKTA PMSAMNHGHH
  151  HGEAHQH*
ORF79ng-1和ORF79-1在157个氨基酸的重叠区内显示出有95.5％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf79-1.pep  MKKLLAAVMMAGLAGAVSAAGVHVEDGWARTTVEGMKIGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||| |||:|||||
orf79ng-1    MKKLLAAVMMAGLAGAVSAAGVHVEDGWARTTVEGMKMGGAFMKIHNDEAIQDFVLGGSM
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf79-1.pep  PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIP
             |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf79ng-1    PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVKGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIP
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150
orf79-1.pep  VTLKFKNAKAQTVQLEVKIAPMPAMNHGHHHGEAHQHX
             |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
orf79ng-1    VTLKFKNAKAQTVQLEVKTAPMSAMNHGHHHGEAHQHX
                    130       140       150
另外，ORF79ng-1显示出与Aquifex aeolicus的蛋白有明显的同源性
gi|2983695(AE000731)推定的蛋白[Aquifex aeolicus]长度=151
评分=63.6位(152)，估计值=6e-10
相同性=38/114(33％)，阳性=58/114(50％)，空隙=1/114(0％)
询问:24 VEDGWARTTVEGMKMGGAFMKIHNDEAIQDFVLGGSMPVADRVEVHTHINDNGVMRMREV 83
         V+  W      G       M I N+    D+++G    +A RVE+H  + +N V +M
目标:27 VKHPWVMEPPPGPNTTMMGMIIVNEGDEPDYLIGAKTDIAQRVELHKTVIENDVAKMVPQ 86
询问:84 KGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIPVTLKFKNAKAQTVQLEV 137
         +  + +  K   E K   YHVM +GLKK++KEGDK+ V L F+ +   TV+  V
目标:87 ER-IEIPPKGKVEFKHHGYHVMIIGLKKRIKEGDKVKVELIFEKSGKITVEAPV 139
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF79-1(15.6kDa)克隆到pET载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图18A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，用其血清进行ELISA(阳性结果)和FACS分析(图18B)。这些实验确认ORF79-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例88
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 681>：
      1  ATGACGGTAA CTGCGGCCGA AGGCGGCAAA GCTGCCAAGG CGTTAAAAAA
     51  ATATCTGATT ACGGGCATTT TGGTCTGGCT GCCGATTGCG GTAACGGTTT
    101  GGGTGGTTTC CTATATCGTT TCCGCGTCCG ATCAGCTCGT CAACCTGCTG
    151  CCGAAGCAAT GGCGGCCGCA ATATGTTTTG GGGTTTAATA TCCCGGGGCT
    201  GGGCGTTATC GTTGCCATTG CCGTATTGTT TGTAACCGGA TTGTTTGCCG
    251  CCAACGTATT GGGTCGGCAG ATCCTCGCCG CGTGGGACAG CCTGTTGGGG
    301  CGGATTCCGG TTGTGAAAtC CATCTATTCG AGTGTGAAAA AAGTATCCGA
    351  ATacgTGCTG TCCGACAGCA GCCGTTCGTT TAAAACGCCG GTACTCGTGC
    401  CGTTTCCCCA GCCCGGTATT TGGACGATyG CTTTCGTGTC AGGGCAGGTG
    451  TCGAATGCGG TTAAGGCCGC ATTGCCGAAs GACGGCGATT ATCTTTCCGT
    501  GTATGTTCCG ACCACGCCGA ATCCGACCGG CGGTTACTAT ATTATGGTAA
    551  AGAAAAGCGA TGTGCGCGAA CTCGATATGA GCGTGGACGA AsCATTGAAA
    601  TATGTGATTT CGCTGGGTAT GGTCATCCCT GACGACCTGC CCGTCAAAAC
    651  ATTGGCAsGA CCTATGCCGT CTGAAAAGGC GGATTTGCCC GAACAACAAT
    701  AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 682；ORF98>：
      1  MTVTAAEGGK AAKALKKYLI TGILVWLPIA VTVWVVSYIV SASDQLVNLL
     51  PKQWRPQYVL GFNIPGLGVI VAIAVLFVTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLG
    101  RIPVVKSIYS SVKKVSEYVL SDSSRSFKTP VLVPFPQPGI WTIAFVSGQV
    151  SNAVKAALPX DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEXLK
    201  YVISLGMVIP DDLPVKTLAX PMPSEKADLP EQQ*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 683>：
      1  ATGACGGAAC nTGCGGCCGA AGGCGGCAAA GCTGCCAArG CGTTAAAAAA
     51  ATATCTGATT ACGGGCATTT TGGTCTGGCT GCCGATTGCG GTAACGGTTT
    101  GGGTGGTTTC CTATATCGTT TCCGCGTCCG ATCAGCTCGT CAACCTGCTG
    151  CCGAAGCAAT GGCGGCCGCA ATATGTTTTG GGGTTTAATA TCCCGGGGCT
    201  GGGCGTTATC GTTGCCATTG CCGTATTGTT TGTAACCGGA TTGTTTGCCG
    251  CCAACGTATT GGGTCGGCAG ATCCTCGCCG CGTGGGACAG CCTGTTGGGG
    301  CGGATTCCGG TTGTGAAATC CATCTATTCG AGTGTGAAAA AAGTATCCGA
    351  ATCGCTGCTG TCCGACAGCA GCCGTTCGTT TAAAACGCCG GTACTCGTGC
    401  CGTTTCCCCA GCCCGGTATT TGGACGATTG CTTTCGTGTC AGGGCAGGTG
    451  TCGAATGCGG TTAAGGCCGC ATTGCCGAAG GACGGCGATT ATCTTTCCGT
    501  GTATGTTCCG ACCACGCCGA ATCCGACCGG CGGTTACTAT ATTATGGTAA
   551    AGAAAAGCGA  TGTGCGCGAA  CTCGATATGA  GCGTGGACGA  AGCATTGAAA
   601    TATGTGATTT  CGCTGGGTAT  GGTCATCCCT  GACGACCTGC  CCGTCAAAAC
   651    ATTGGCAGGA  CCTATGCCGT  CTGAAAAGGC  GGATTTGCCC  GAACAACAAT
   701    AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 684；ORF98-1>：
     1    MTEXAAEGGK  AAKALKKYLI  TGILVWLPIA  VTVWVVSYIV  SASDQLVNLL
    51    PKQWRPQYVL  GFNIPGLGVI  VAIAVLFVTG  LFAANVLGRQ  ILAAWDSLLG
   101    RIPVVKSIYS  SVKKVSESLL  SDSSRSFKTP  VLVPFPQPGI  WTIAFVSGQV
   151    SNAVKAALPK  DGDYLSVYVP  TTPNPTGGYY  IMVKKSDVRE  LDMSVDEALK
   201    YVISLGMVIP  DDLPVKTLAG  PMPSEKADLP  EQQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF98和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF98a)在233个氨基酸的重叠区内显示出有96.1％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf98.pep   MTVTAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
            ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98a      MTEPAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf98.pep   GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSEYVL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  :|
orf98a      GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSXSLL
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf98.pep   SDSSRSFKTPVLVPFPQPGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPXDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf98a      SDSSRSFKTPVLVPFPQSGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPKDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230
or.f98.pep  IMVKKSDVRELDMSVDEXLKYVISLGMVIPDDLPVKTLAXPMPSEKADLPEQQX
            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf98a      IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPSEKADLPEQQX
                   190       200       210       220       230
全长ORF98a核苷酸序列<SEQ ID 685>是：
    1    ATGACGGAAC  CTGCGGCCGA  AGGCGGCAAA  GCTGCCAAGG  CGTTAAAAAA
   51    ATATCTGATT  ACGGGCATTT  TGGTCTGGCT  GCCGATTGCG  GTAACGGTTT
  101    GGGTGGTTTC  CTATATCGTT  TCCGCGTCCG  ATCAGCTCGT  CAACCTGCTG
  151    CCGAAGCAAT  GGCGGCCGCA  ATATGTTTTG  GGGTTTAATA  TCCCGGGGCT
  201    GGGCGTTATC  GTTGCCATTG  CCGTATTGTT  TGTAACCGGA  TTATTTGCCG
  251    CAAACGTATT  GGGCCGGCAG  ATTCTTGCCG  CGTGGGACAG  CTTGTTGGGG
  301    CGGATTCCGG  TTGTGAAGTC  CATCTATTCG  AGTGTGAAAA  AAGTATCCGA
  351    NTCGTTGCTG  TCCGACAGCA  GCCGTTCGTT  TAAAACACCA  GTACTCGTGC
  401    CGTTTCCCCA  ATCGGGTATT  TGGACAATCG  CATTCGTGTC  CGGTCAGGTG
  451    TCGAATGCGG  TTAAGGCCGC  ATTGCCGAAG  GACGGCGATT  ATCTTTCCGT
  501    GTATGTTCCG  ACCACGCCGA  ATCCGACCGG  CGGTTACTAT  ATTATGGTAA
  551    AGAAAAGCGA  TGTGCGCGAA  CTCGATATGA  GCGTGGACGA  AGCGTTGAAA
  601    TATGTGATTT  CGCTGGGTAT  GGTCATCCCT  GACGACCTGC  CCGTCAAAAC
  651    ATTGGCAGGA  CCTATGCCGT  CTGAAAAGGC  GGATTTGCCC  GAACAACAAT
  701    AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 686>：
    1    MTEPAAEGGK  AAKALKKYLI  TGILVWLPIA  VTVWVVSYIV  SASDQLVNLL
     51  PKQWRPQYVL GFNIPGLGVI VAIAVLFVTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLG
    101  RIPVVKSIYS SVKKVSXSLL SDSSRSFKTP VLVPFPQSGI WTIAFVSGQV
    151  SNAVKAALPK DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEALK
    201  YVISLGMVIP DDLPVKTLAG PMPSEKADLP EQQ*
ORF98a和ORF98-1在233个氨基酸的重叠区内显示出有98.7％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf98a.pep MTEPAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
           ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98-1    MTEXAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf98a.pep GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSXSLL
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
orf98-1    GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSESLL
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf98a.pep SDSSRSFKTPVLVPFPQSGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPKDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
           ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98-1    SDSSRSFKTPVLVPFPQPGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPKDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230
orf98a.pep IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPSEKADLPEQQX
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98-1    IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPSEKADLPEQQX
                  190       200       210       220       230
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF98和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF98ng)在233个氨基酸的重叠区内显示出有95.3％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf98.pep  MTVTAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL  60
           ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98ng    MTEPAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL  60
orf98.pep  GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSEYVL 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| :|
orf98ng    GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLXRIPVVKSIYSSVKKVSESLL 120
orf98.pep  SDSSRSFKTPVLVPFPQPGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPXDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY 180
           ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf98ng    SDSSRSFKTPVLVPFPQSGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPQDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY 180
orf98.pep  IMVKKSDVRELDMSVDEXLKYVISLGMVIPDDLPVKTLAXPMPSEKADLPEQQ  233
           ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||:|||||
orf98ng    IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPPEKAELPEQQ  233
预计全长ORF98ng核苷酸序列<SEQ ID 687>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 688>：
      1  MTEPAAEGGK AAKALKKYLI TGILVWLPIA VTVWVVSYIV SASDQLVNLL
     51  PKQWRPQYVL GFNIPGLGVI VAIAVLFVTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLX
    101  RIPVVKSIYS SVKKVSESLL SDSSRSFKTP VLVPFPQSGI WTIAFVSGQV
    151  SNAYKAALPQ DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEALK
    201  YVISLGMVIP DDLPVKTLAG PMPPEKAELP EQQ*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 689>：
      1 ATGACGGAAC CTGCGGCCGA AGGCGGCAAA GCTGCCAAGG CGTTAAAAAA
     51 ATATCTGATT ACAGGCATTT TGGTCTGGCT GCCGATTGCG GTAACGGTTT
    101 GGGTGGTTTC CTATATCGTT TCCGCGTCCG ACCAGCTTGT CAACCTGCTG
    151 CCGAAGCAAT GGCGGCCGCA ATATGTTTTG GGGTTTAATA TCCCCGGGCT
    201 CGCCGTTATT GTTGCCATTG CCGTATTGTT TGTAACCGGA TTATTTGCCG
    251 CAAACGTGTT GGGCCGGCAG ATTCTTGCCG CGTGGGACAG CCTGTTgggg
    301 cggaTTCCGG TTGTCAAATC CATCTATTCG AGTGTGAAAA AAGTATCCGA
    351 ATCGCTGCTG TCCGACAGCA GCCGTTCGTT TAAAACGCCG GTACTCGTGC
    401 CGTTTCCCCA ATCGGGTATT TGGACAATCG CATTCGTGTC CGGTCAGGTG
    451 TCGAATGCGG TTAAGGCCGC ATTGCCGCAG GATGGCGATT ATCTTTCCGT
    501 GTATGTCCCG ACCACGCCCA ACCCGACCGG CGGTTACTAT ATTATGGTAA
    551 AGAAAAGCGA TGTGCGCGAA CTCGATATGA GCGTGGACGA AGCGTTGAAA
    601 TATGTGATTT CGCTGGGTAT GGTCATCCCT GACGACCTGC CCGTCAAAAC
    651 ATTGGCAGGA CCTATGCCGC CTGAAAAGGC GGAGTTGCCC GAACAACAAT
    701 AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 690；ORF98ng-1>：
      1 MTEPAAEGGK AAKALKKYLI TGILVWLPIA VTVWVVSYIV SASDQLVNLL
     51 PKQWRPQYVL GFNIPGLGVI VAIAVLFYTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLG
    101 RIPVVKSIYS SVKKVSESLL SDSSRSFKTP VLVPFPQSGI WTIAFVSGQV
    151 SNAVKAALPQ DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEALK
    201 YVISLGMVIP DDLPVKTLAG PMPPEKAELP EQQ*
ORF98ng-1和ORF98-1在233个氨基酸的重叠区内显示出有97.9％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf98-1.pep MTEXAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
            ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98ng-1   MTEPAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf98-1.pep GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSESLL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98ng-1   GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSESLL
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf98-1.pep SDSSRSFKTPVLVPFPQPGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPKDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
            ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf98ng-1   SDSSRSFKTPVLVPFPQSGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPQDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230
orf98-1.pep IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPSEKADLPEQQX
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:||||||
orf98ng-1   IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPPEKAELPEQQX
                   190       200       210       220       230
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中的推定跨膜结构域与脑膜炎球菌蛋白中的序列相同这一事实)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例89
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 691>：
    1  ATgAAAACGG TAGTCTGGAT TGTCGTCCTG TTTGCCGCCG CCGTCGGACT
  51    GGCGCTGGCT  TCGGGCATTT  ACACCGGCGA  CGTGTATATC  GTACTCGGAC
 101    AGACCATGCT  CAGAATCAAC  CTGCACGCCT  TTGTGTTAGG  TTCGCTGATT
 151    GCCGTCGTGG  TGTGGTATTT  CTTGTTTAAA  TTCATTATCG  GsGgTACTCA
 201    ATATCCCCGA  AAAGATGCAG  CGTTTCGGTT  CGGCnCGTAA  AGGCCkCAAG
 251    ssCGsGCTTG  CCTTGAACAA  GGCGGGTTTG  GCGTATTTTG  AAGGGCGTTT
 301    TGAAAAGGCG  GAACTAGAAG  CCTCACGCGT  GTTGGTCAAC  AAAGtAGGCC
 351    GaGAGACAAC  CGGACTTTGG  CATTGATGCT  GrGCGCGCAC  GCCGCCGGAC
 401    AGATGGAAAA  CATCGAssTG  CGCGACCGTT  ATCTTGCGGA  AATCGCCAAA
 451    CTGCCGGAAA  AACAGCAGCT  TTCCCGTTAT  CTTTTGTTGG  CGGAATCGGC
 501    GTTGAACCGG  CGCGATTACG  AAGCGGCGGA  AGCCAATCTT  CATGCGGCGG
 551    CGAAGATGAA  TGCCAACCTT  ACGCGCCTCG  TGCGTCTGCA  .ATTCGTTAC
 601    GCTTTCGACA  GGGGCGACGC  GTTGCAGGTT  CTGGCAAAAA  CCGAAAAACT
 651    TTCCAAGGCG  GGCGCGTTGG  GCAAATCGGA  AATGGAACGG  TATCAAAATT
 701    GGGCATATCC  GTCGCCAGCT  GGCGGATGCT  GCCGATGCCG  CCGCTTTGAA
 751    AACCTGCCTG  AAGCGGATTC  CCGACAGCCT  CAAAAACGGG  GAATTGAGCG
 801    TATCGGTTGC  GGAAAAGTAC  GAACGTTTGG  GACTGTATGC  CGATGCGGTC
 851    AAATGGGTCA  AACAGCATTA  TCCGCAsAAC  CGCCGCCCCG  AGCTTTTGGA
 901    AGCCTTTGTC  GAAAGCGTGC  GCTTTTTGGG  CGAGCGCGAA  CAGCAGAAAG
 951    CCATCGATTT  TGCCGATGCT  TGGCTGAAAG  AACAGCCCGA  TAACGCGCTT
1001    CTGCTGATGT  ATCTCGGTCG  GCTCGCCTTC  GGCCGCAAAC  TTTGGGGCAA
1051    GGCAAAAGGC  TACCTTGAAG  CGAGCATTGC  ATTAAAGCCG  AGTATTTCCG
1101    CGCGTTTGGT  TCTAACAAAG  GTTTTCGACG  AAATCGGAGA  ACCGCAGAAG
1151    GCGGAGGCGC  AC...它对应于氨基酸序列<SEQ ID 692；ORF100>：
   1    MKTVVWIVVL  FAAAVGLALA  SGIYTGDVYI  VLGQTMLRIN  LHAFVLGSLI
  51    AVVVWYFLFK  FIIGVLNIPE  KMQRFGSARK  GXKXXLALNK  AGLAYFEGRF
 101    EKAELEASRV  LVNKVGRDNR  TLALMLXAHA  AGQMENIXXR  DRYLAEIAKL
 151    PEKQQLSRYL  LLAESALNRR  DYEAAEANLH  AAAKMNANLT  RLVRLXIRYA
 201    FDRGDALQVL  AKTEKLSKAG  ALGKSEMERY  QNWAYRRQLA  DAADAAALKT
 251    CLKRIPDSLK  NGELSVSVAE  KYERLGLYAD  AVKWVKQHYP  XNRRPELLEA
 301    FVESVRFLGE  REQQKAIDFA  DAWLKEQPDN  ALLLMYLGRL  AFGRKLWGKA
 351    KGYLEASIAL  KPSISARLVL  TKVFDEIGEP  QKAEAH...进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 693>：
   1    ATGAAAACGG  TAGTCTGGAT  TGTCGTCCTG  TTTGCCGCCG  CCGTCGGACT
  51    GGCGCTGGCT  TCGGGCATTT  ACACCGGCGA  CGTGTATATC  GTACTCGGAC
 101    AGACCATGCT  CAGAATCAAC  CTGCACGCCT  TTGTGTTAGG  TTCGCTGATT
 151    GCCGTCGTGG  TGTGGTATTT  CTTGTTTAAA  TTCATTATCG  GCGTACTCAA
 201    TATCCCCGAA  AAGATGCAGC  GTTTCGGTTC  GGCGCGTAAA  GGCCGCAAGG
 251    CCGCGCTTGC  CTTGAACAAG  GCGGGTTTGG  CGTATTTTGA  AGGGCGTTTT
 301    GAAAAGGCGG  AACTAGAAGC  CTCACGCGTG  TTGGTCAACA  AAGAGGCCGG
 351    AGACAACCGG  ACTTTGGCAT  TGATGCTGGG  CGCGCACGCC  GCCGGACAGA
 401    TGGAAAACAT  CGAGCTGCGC  GACCGTTATC  TTGCGGAAAT  CGCCAAACTG
 451    CCGGAAAAAC  AGCAGCTTTC  CCGTTATCTT  TTGTTGGCGG  AATCGGCGTT
 501    GAACCGGCGC  GATTACGAAG  CGGCGGAAGC  CAATCTTCAT  GCGGCGGCGA
 551    AGATGAATGC  CAACCTTACG  CGCCTCGTGC  GTCTGCAACT  TCGTTACGCT
 601    TTCGACAGGG  GCGACGCGTT  GCAGGTTCTG  GCAAAAACCG  AAAAACTTTC
 651    CAAGGCGGGC  GCGTTGGGCA  AATCGGAAAT  GGAACGGTAT  CAAAATTGGG
 701    CATACCGCCG  CCAGCTGGCG  GATGCTGCCG  ATGCCGCCGC  TTTGAAAACC
 751    TGCCTGAAGC  GGATTCCCGA  CAGCCTCAAA  AACGGGGAAT  TGAGCGTATC
 801    GGTTGCGGAA  AAGTACGAAC  GTTTGGGACT  GTATGCCGAT  GCGGTCAAAT
 851    GGGTCAAACA  GCATTATCCG  CACAACCGCC  GCCCCGAGCT  TTTGGAAGCC
 901    TTTGTCGAAA  GCGTGCGCTT  TTTGGGCGAG  CGCGAACAGC  AGAAAGCCAT
 951    CGATTTTGCC  GATGCTTGGC  TGAAAGAACA  GCCCGATAAC  GCGCTTCTGC
1001    TGATGTATCT  CGGTCGGCTC  GCCTACGGCC  GCAAACTTTG  GGGCAAGGCA
1051    AAAGGCTACC  TTGAAGCGAG  CATTGCATTA  AAGCCGAGTA  TTTCCGCGCG
1101    TTTGGTTCTA  GCAAAGGTTT  TCGACGAAAT  CGGAGAACCG  CAGAAGGCGG
1151    AGGCGCAGCG  CAACTTGGTT  TTGGAAGCCG  TCTCCGATGA  CGAACGTCAC
1201    GCAGCGTTAG  AGCAGCATAG  CTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 694；ORF100-1>：
      1  MKTVVWIVVL FAAAVGLALA SGIYTGDVYI VLGQTMLRIN LHAFVLGSLI
     51  AVVVWYFLFK FIIGVLNIPE KMQRFGSARK GRKAALALNK AGLAYFEGRF
    101  EKAELEASRV LVNKEAGDNR TLALMLGAHA AGQMENIELR DRYLAEIAKL
    151  PEKQQLSRYL LLAESALNRR DYEAAEANLH AAAKMNANLT RLVRLQLRYA
    201  FDRGDALQVL AKTEKLSKAG ALGKSEMERY QNWAYRRQLA DAADAAALKT
    251  CLKRIPDSLK NGELSVSVAE KYERLGLYAD AVKWVKQHYP HNRRPELLEA
    301  FVESVRFLGE REQQKAIDFA DAWLKEQPDN ALLLMYLGRL AYGRKLWGKA
    351  KGYLEASIAL KPSISARLVL AKVFDEIGEP QKAEAQRNLV LEAVSDDERH
    401  AALEQHS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF100和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF100a)在386个氨基酸的重叠区内显示出有93.5％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf100.pep MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
           |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100a    MKTVVWIVVLFAAAXGLALASGIXTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf100.pep FIIGVLNIPEKMQRFGSARKGXKXXLALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLVNKVGRDNR
           ||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || : |||
orf100a    FIIGVLNXPEKMQRFGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLGNKEAGDNR
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf100.pep TLALMLXAHAAGQMENIXXRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
           |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100a    TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf100.pep AAAKMNANLTRLVRLXIRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQLA
           ||||||||||||||| :|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
orf100a    AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKXSKAGAXGKSEMERYQNWAYRRQLX
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf100.pep DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPXNRRPELLEA
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
orf100a    DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360
orf100.pep FVESVRFLGEREQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLMYLGRLAFGRKLWGKAKGYLEASIAL
           |||||||||||:|||||||||||||||||||||| ||||||:||||||||||||||||||
orf100a    FVESVRFLGERDQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLXYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
                  310       320       330       340       350       360
                  370       380
orf100.pep KPSISARLVLTKVFDEIGEPQKAEAH
           ||||||||||:||||| ||||||||:
orf100a    KPSISARLVLAKVFDETGEPQKAEAQRNLVLASVAEENRPSAETHX
                  370       380       390       400
全长ORF100a核苷酸序列<SEQ ID 695>是：
    1 ATGAAAACGG TAGTCTGGAT TGTCGTCCTG TTTGCCGCCG CNNTCGGGCT
   51 GGCATTGGCG TCGGGCATTN ACACCGGCGA CGTGTATATC GTACTCGGAC
 101    AGACCATGCT  CAGAATCAAC  CTGCACGCCT  TTGTGTTAGG  TTCGCTGATT
 151    GCCGTCGTGG  TGTGGTATTT  CCTGTTCAAA  TTCATCATCG  GCGTACTCAA
 201    TANCCCCGAA  AAGATGCAGC  GTTTCGGTTC  GGCGCGTAAA  CGCCGCAAGG
 251    CCGCGCTTGC  TTTGAACAAG  GCGGGTTTGG  CGTATTTTGA  AGGGCGTTTT
 301    GAAAAGGCGG  AACTTGAAGC  CTCGCGCGTA  TTGGGAAACA  AAGAGGCGGG
 351    GGATAACCGG  ACTTTGGCAT  TGATGTTGGG  CGCACATGCC  GCCGGGCAGA
 401    TGGAAAACAT  CGAGCTGCGC  GACCGTTATC  TTGCGGAAAT  CGCCAAACTG
 451    CCGGAAAAGC  AGCAGCTTTC  CCGTTATCTT  TTGTTGGCGG  AATCGGCGTT
 501    GAACCGGCGC  GATTACGAAG  CGGCGGAAGC  CAATCTTCAT  GCGGCGGCGA
 551    AGATGAATGC  CAACCTTACG  CGCCTCGTGC  GTCTGCAACT  TCGTTACGCT
 601    TTCGACAGGG  GCGACGCGTT  GCAGGTTCTG  GCAAAAACCG  AAAAANTTTC
 651    CAAGGCGGGC  GCGTNGGGCA  AATCGGAAAT  GGAACGGTAT  CAAAATTGGG
 701    CATACCGCCG  CCAGCTGNCG  GATGCTGCCG  ATGCCGCCGC  TTTGAAAACC
 751    TGCCTGAAGC  GGATTCCCGA  CAGCCTCAAA  AACGGGGAAT  TGAGCGTATC
 801    GGTTGCGGAA  AAGTACGAAC  GTTTGGGACT  GTATGCCGAT  GCGGTCAAAT
 851    GGGTCAAACA  GCATTATCCG  CACAACCGCC  GACCCGAACT  TTTGGAAGCN
 901    TTTGTCGAAA  GCGTGCGCTT  TTTGGGCGAA  CGCGATCAGC  AGAAAGCCAT
 951    CGATTTTGCC  GATGCTTGGC  TGAAAGAACA  GCCCGATAAT  GCGCTTCTGC
1001    TGANGTATCT  CGGTCGGCTC  GCCTACGGCC  GCAAACTTTG  GGGCAAGGCA
1051    AAAGGCTACC  TTGAAGCGAG  CATTGCATTA  AAGCCGAGTA  TTTCCGCGCG
1101    TTTGGTTCTG  GCAAAGGTTT  TTGACGAAAC  CGGAGAACCG  CAGAAGGCGG
1151    AGGCGCAGCG  CAACTTGGTT  TTGGCAAGCG  TTGCCGAGGA  AAACCGNCCT
1201    TCCGCCGAAA  CCCATTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 696>：
   1    MKTVVWIVVL  FAAAXGLALA  SGIXTGDVYI  VLGQTMLRIN  LHAFVLGSLI
  51    AVVVWYFLFK  FIIGVLNXPE  KMQRFGSARK  GRKAALALNK  AGLAYFEGRF
 101    EKAELEASRV  LGNKEAGDNR  TLALMLGAHA  AGQMENIELR  DRYLAEIAKL
 151    PEKQQLSRYL  LLAESALNRR  DYEAAEANLH  AAAKMNANLT  RLVRLQLRYA
 201    FDRGDALQVL  AKTEKXSKAG  AXGKSEMERY  QNWAYRRQLX  DAADAAALKT
 251    CLKRIPDSLK  NGELSVSVAE  KYERLGLYAD  AVKWVKQHYP  HNRRPELLEA
 301    FVESVRFLGE  RDQQKAIDFA  DAWLKEQPDN  ALLLXYLGRL  AYGRKLWGKA
 351    KGYLEASIAL  KPSISARLVL  AKVFDETGEP  QKAEAQRNLV  LASVAEENRP
 401    SAETH*ORF100a和ORF100-1在406个氨基酸的重叠区内显示出有95.1％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf100a.pep   MKTVVWIVVLFAAAXGLALASGIXTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
           |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf100-1      MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf100a.pep    FIIGVLNXPEKMQRFGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLGNKEAGDNR
           ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf100-1       FIIGVLNIPEKMQRFGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLVNKEAGDNR
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf100a.pep    TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf100-1       TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf100a.pep    AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKXSKAGAXGKSEMERYQNWAYRRQLX
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||orf100-1       AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQLA
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf100a.pep DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100-1    DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf100a.pep FVESVRFLGERDQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLXYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
            |||||||||||:|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf100-1    FVESVRFLGEREQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLMYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400
orf100a.pep KPSISARLVLAKVFDETGEPQKAEAQRNLVLASVAEENRPSA-ETHX
            |||||||||||||||| |||||||||||||| :|::::| :| | |
orf100-1    KPSISARLVLAKVFDEIGEPQKAEAQRNLVLEAVSDDERHAALEQHSX
                   370       380       390       400
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF100和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF100ng)在386个氨基酸的重叠区内显示出有93.3％的相同性：
orf100.pep MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK  60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng   MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK  60
orf100.pep FIIGVLNIPEKMQRFGSARKGXKXXLALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLVNKVGRDNR 120
           ||||||||||:|:| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || : |||
orf100ng   FIIGVLNIPENMRRSGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLGNKEAGDNR 120
orf100.pep TLALMLXAHAAGQMENIXXRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH 180
           |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng   TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH 180
orf100.pep AAAKMNANLTRLVRLXIRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSFMERYQNWAYRRQLA 240
           ||||||||||||||| :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf100ng   AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQMA 240
orf100.pep DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPXNRRPELLEA 300
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
orf100ng   DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA 300
orf100.pep FVESVRFLGEREQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLMYLGRLAFGRKLWGKAKGYLEASIAL 360
           |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf100ng   FVESVRFLGEREQQKAIDFADSWLKEQPDNALLLMYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL 360
orf100.pep KPSISARLVLTKVFDEIGEPQKAEAH                     386
           |||| |||||:||||| :: |||||:
orf100ng   KPSIPARLVLAKVFDETAQSQKAEAQRNLVLASVAGENRPSAETR  405
全长ORF100ng核苷酸序列<SEQ ID 697>是：
    1    ATGAAAACGG  TAGTCTGGAT  TGTTGTCCTG  TTTGCCGCCG  CCGTCGGACT
   51    GGCGCTGGCT  TCGGGCATTT  ACACCGGCGA  CGTGTATATC  GTACTCGGAC
  101    AGACCATGCT  CAGAATCAAC  CTGCACGCCT  TTGTGTTAGG  TTCGCTGATT
  151    GCCGTCGTGG  TGTGGTATTT  CCTGTTTAAA  TTCATCATCG  GCGTACTCAA
  201    TATCCCCGAA  AATATGCGGC  GTTCCGGTTC  GGCGCGGAAA  GGCCGCAAGG
  251    CCGCGCTTGC  CTTGAATAAG  GCGGGTTTGG  CGTATTTCGA  AGGGCGTTTT
  301    GAAAAGGCGG  AACTCGAAGC  CTCTCGAGTG  TTGGGCAACA  AAGAGGCCGG
  351    AGACAACCGG  ACTTTGGCAT  TGATGCTGGG  CGCGCACGCG  GCAGGACAGA
  401    TGGAAAATAT  CGAGCTGCGC  GACCGTTATC  TTGCGGAAAT  CGCCAAACTG
  451    CCGGAAAAAC  AGCAGCTTTC  CCGCTATCTT  CTGCTGGCGG  AATCGGCGTT
 501  AAACCGGCGC GATTACGAAG CGGCGGAAGC CAATCTTCAT GCGGCGGCGA
 551  AGATGAATGC CAACCTTACG CGCCTCGTGC GTCTGCAACT TCGTTACGCC
 601  TTCGATCGGG GCGATGCGTT GCAGGTTCTG GCAAAAaccG AAAAACTTTC
 651  CAAGGCGGGC GCGTTGGGCA AATCGGAAAT GGAACGGTAT CAAAATTGGG
 701  CATACCGCCG CCAGATGGCG GATGCTGCCG ATGCCGCCGC TTTGAAAACC
 751  TGCCTGAAGC GGATTCCCGA CAGCCTCAAA AACGGGGAAT TGagcGTATC
 801  GGTTGCGGAA AAGTACGAAC GTTTGGGACT GTATGCCGAT GCGGTCAAAT
 851  GGGTCAAACA GCATTATCCG CACAACCGCC GCCCCGAGCT TTTGGAAGCC
 901  TTTGTCGAAA GCGTGCGCTT TTTGGGCGAG CGCGAACAGC AGAAAGCCAT
 951  CGATTTTGCC GATTCTTGGC TGAAAGAACA GCCCGATAAC GCGCTTCTGC
1001  TGATGTATCT CGGCCGGCTC GCCTACGGCC GCAAACTTTG GGGTAAGGCA
1051  AAAGGCTACC TTGAAGCGAG TATTGCACTG AAGCCGAGTA TTCCGGCGCG
1101  TTTGGTGTTG GCAAAGGTTT TTGACGAAAC CGCACAGTCG CAAAAAGCCG
1151  AAGCACAGCG CAACTTGGTT TTGGCAAGCG TTGCCGGGGA AAACCGCCCT
1201  TCCGCCGAAA CCCGTTGA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 698>：
   1  MKTVVWIVVL FAAAVGLALA SGIYTGDVYI VLGQTMLRIN LHAFVLGSLI
  51  AVVVWYFLFK FIIGVLNIPE NMRRSGSARK GRKAALALNK AGLAYFEGRF
 101  EKAELEASRV LGNKEAGDNR TLALMLGAHA AGQMENIELR DRYLAEIAKL
 151  PEKQQLSRYL LLAESALNRR DYEAAEANLH AAAKMNANLT RLVRLQLRYA
 201  FDRGDALQVL AKTEKLSKAG ALGKSEMERY QNWAYRRQMA DAADAAALKT
 251  CLKRIPDSLK NGELSVSVAE KYERLGLYAD AVKWVKQHYP HNRRPELLEA
 301  FVESVRFLGE REQQKAIDFA DSWLKEQPDN ALLLMYLGRL AYGRKLWGKA
 351  KGYLEASIAL KPSIPARLVL AKVFDETAQS QKAEAQRNLV LASVAGENRP
 401  SAETR*ORF100ng和ORF100-在402个氨基酸的重叠区内1显示出有95.3％的相同性：
                 10        20        30        40        50        60orf100-1.pep MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf100ng     MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
                 10        20        30        40        50        60
                 70        80        90       100       110       120orf100-1.pep FIIGVLNIPEKMQRFGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLVNKEAGDNR
         ||||||||||:|:| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||orf100ng     FIIGVLNIPENMRRSGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLGNKEAGDNR
                 70        80        90       100       110       120
                130       140       150       160       170       180orf100-1.pep TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf100ng     TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
                130       140       150       160       170       180
                190       200       210       220       230       240orf100-1.pep AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQLA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|orf100ng     AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQMA
                190       200       210       220       230       240
                250       260       270       280       290       300orf100-1.pep DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf100ng     DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
                250       260       270       280       290       300
                310       320       330       340       350       360orf100-1.pep FVESVRFLGEREQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLMYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
         |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng     FVESVRFLGEREQQKAIDFADSWLKEQPDNALLLMYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400
orf100-1.pep KPSISARLVLAKVFDEIGEPQKAEAQRNLVLEAVSDDERHAALEQHSX
             |||| ||||||||||| :: ||||||||||| :|: ::| :|
orf100n     KPSIPARLVLAKVFDETAQSQKAEAQRNLVLASVAGENRPSAETRX
                    370       380       390       400
根据该分析结果(包括一个推定的前导序列、一个推定的跨膜结构域以及一个RGD基序的存在)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例90
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 699>
      1  ATGATGTTTT CTTGGTTCAA GCTGTTTCAC TTGTTTTTTG TCATTTCGTG
     51  GTTTGCAGGG CTGTTTTACC TGCCGAGGAT TTTCGTCAAT ATGGCGATGA
    101  TTGATGTGCC GCGCGGCAAT CCCGAGTATG TGCGTCTGTC GGGCATGGCG
    151  GTGCGGCTGT ACCGTTTTAT GTCGCCGTTG GGCTTCGGCG CGGTCGTGTT
    201  CGGCGCGGCG ATACCGTTTG CCGCCGGCTG GTGGGGCAGC GGCTGGGTAC
    251  ACGTCAAACT GTGTTTGGGC TTGATGCTCT TGGCTTACCA GTTGTATTGC
    301  GGCGTGCTGC TGCGCCGTTT TCAGGATTAC AGCAATGCTT TTTCACACCG
    351  CTGGTACCGC GTGTTCAACG AAATCCCCGT GCTGCTGATG GTTGCCGCGC
    401  TGTATsTGGT CGTGTTCAAA CCGTTTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 700；ORF102>：
      1  MMFSWFKLFH LFFVISWFAG LFYLPRIFVN MAMIDVPRGN PEYVRLSGMA
     51  VRLYRFMSPL GFGAVVFGAA IPFAAGWWGS GWVHVKLCLG LMLLAYQLYC
    101  GVLLRRFQDY SNAFSHRWYR VFNEIPVLLM VAALYXVVFK PF*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 701>：
      1  ATGATGTTTT CTTGGTTCAA GCTGTTTCAC TTGTTTTTTG TCATTTCGTG
     51  GTTTGCAGGG CTGTTTTACC TGCCGAGGAT TTTCGTCAAT ATGGCGATGA
    101  TTGATGTGCC GCGCGGCAAT CCCGAGTATG TGCGTCTGTC GGGCATGGCG
    151  GTGCGGCTGT ACCGTTTTAT GTCGCCGTTG GGCTTCGGCG CGGTCGTGTT
    201  CGGCGCGGCG ATACCGTTTG CCGCCGGCTG GTGGGGCAGC GGCTGGGTAC
    251  ACGTCAAACT GTGTTTGGGC TTGATGCTCT TGGCTTACCA GTTGTATTGC
    301  GGCGTGCTGC TGCGCCGTTT TCAGGATTAC AGCAATGCTT TTTCACACCG
    351  CTGGTACCGC GTGTTCAACG AAATCCCCGT GCTGCTGATG GTTGCCGCGC
    401  TGTATCTGGT CGTGTTCAAA CCGTTTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 702；ORF102-1>：
      1  MMFSWFKLFH LFFVISWFAG LFYLPRIFVN MAMIDVPRGN PEYVRLSGMA
     51  VRLYRFMSPL GFGAVVFGAA IPFAAGWWGS GWVHVKLCLG LMLLAYQLYC
    101  GVLLRRFQDY SNAFSHRWYR VFNEIPVLLM VAALYLVVFK PF*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与幽门螺杆菌的HP1484假设整合膜蛋白(登录号为AE000647)的同源性
ORF102和HP1484在143个氨基酸的重叠区内显示出有33％的氨基酸相同性：
orf102 3  FSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPLGF 62
          F W K FH+  VISW A LFYLPR+FV  A     +     V++     +LY F++
HP1484 8  FLWVKAFHVIAVISWMAALFYLPRLFVYHAENAHKKEFVGVVQIQEK--KLYSFIASPAM 65
orf102 63 GAVVFGAAIPFAAG---WWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWY 119
          G  +    +        +   GW+H KL L ++LLAY  YC   +R  +      + R+Y
HP1484 66 GFTLITGILMLLIEPTLFKSGGWLHAKLALVVLLLAYHFYCKKCMRELEKDPTRRNARFY 125
orf102 120 RVFNEIPXXXXXXXXXXXXFKPF 142
           RVFNE P             KPF
HP1484 126 RVFNEAPTILMILIVILVVVKPF 148
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF102和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF102a)在142个氨基酸的重叠区内显示出有99.3％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf102.pep MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102a    MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf102.pep GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102a    GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140
orf102.pep VFNEIPVLLMVAALYXVVFKPFX
           ||||||||||||||| |||||||
orf102a    VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
                  130       140
全长ORF102a核苷酸序列<SEQ ID 703>是：
      1    ATGATGTTTT  CTTGGTTCAA  GCTGTTTCAC  TTGTTTTTTG  TCATTTCGTG
     51    GTTTGCAGGG  CTGTTTTACC  TGCCGAGGAT  TTTCGTCAAT  ATGGCGATGA
    101    TTGATGTGCC  GCGCGGCAAT  CCCGAGTATG  TGCGTCTGTC  GGGCATGGCG
    151    GTGCGGCTGT  ACCGTTTTAT  GTCGCCGTTG  GGCTTCGGCG  CGGTCGTGTT
    201    CGGCGCGGCG  ATACCGTTTG  CCGCCGGCTG  GTGGGGCAGC  GGCTGGGTAC
    251    ACGTCAAACT  GTGTTTGGGC  TTGATGCTCT  TGGCTTACCA  GTTGTATTGC
    301    GGCGTGCTGC  TGCGCCGTTT  TCAGGATTAC  AGCAATGCTT  TTTCACACCG
    351    CTGGTACCGC  GTGTTCAACG  AAATCCCCGT  GCTGCTGATG  GTTGCCGCGC
    401    TGTATCTGGT  CGTGTTCAAA  CCGTTTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 704>：
      1    MMFSWFKLFH  LFFVISWFAG  LFYLPRIFVN  MAMIDVPRGN  PEYVRLSGMA
     51    VRLYRFMSPL  GFGAVVFGAA  IPFAAGWWGS  GWVHVKLCLG  LMLLAYQLYC
    101    GVLLRRFQDY  SNAFSHRWYR  VFNEIPVLLM  VAALYLVVFK  PF*
ORF102a和ORF102-1在142个氨基酸的重叠区内显示出完全相同：
                       10        20        30        40        50        60
orf102a.pep    MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102-1       MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf102a.pep    GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102-1       GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140
orf102a.pep    VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
               |||||||||||||||||||||||
orf102-1       VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
               130       140
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF102和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF102ng)在142个氨基酸的重叠区内显示出有97.9％的相同性：
orf102.pep  MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL  60
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf102ng    MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDAPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL  60
orf102.pep  GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR 120
            |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102ng    GFGAVVFGAAIPFAAGRWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR 120
orf102.pep  VFNEIPVLLMVAALYXVVFKPF 142
            ||||||||||||||| ||||||
orf102ng    VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPF 142
全长ORF102ng核苷酸序列<SEQ ID 705>是：
      1  ATGATGTTTT CTTGGTTCAA GCTGTTTCAC TTGTTTTTTG TCATTTCGTG
     51  GTTTGCAGGG CTGTTTTACC TGCCGAGGAT TTTCGTCAAT ATGGCGATGA
    101  TTGATGCGCC GCGCGGCAAT CCCGAGTATG TGCGCCTGTC GGGGATGGCG
    151  GTGCGGTTGT ACCGTTTTAT GTCGCCTTTG GGTTTCGGCG CGGTCGTGTT
    201  CGGCGCGGCG ATACCGTTTG CCGCcggccg GTGGGGCagc ggctggGTTC
    251  ACGTCAAACT GTGTTTGGGC TTGATGCTCT TGGCTTATCA GTTGTATTGC
    301  GGCGTGCTGC TGCGCCGTTT TCAGGATTAC AGCAATGCTT TTTCACACCG
    351  CTGGTACCGC GTGTTCAAcg aAATCCCCGT GCTGCTGATG GTTGCCGCGC
    401  TGTATCTGGT CGTGTTCAAA CCGTTTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 706>：
      1  MMFSWFKLFH LFFVISWFAG LFYLPRIFVN MAMIDAPRGN PEYVRLSGMA
     51  VRLYRFMSPL GFGAVVFGAA IPFAAGRWGS GWVHVKLCLG LMLLAYQLYC
    101  GVLLRRFQDY SNAFSHRWYR VFNEIPVLLM VAALYLVVFK PF*
ORF102ng和ORF102-1在142个氨基酸的重叠区内显示出有98.6％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf102-1.pep MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf102ng     MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDAPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf102-1.pep GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
             |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102ng     GFGAVVFGAAIPFAAGRWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140
orf102-1.pep VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
             |||||||||||||||||||||||
orf102ng     VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
                    130       140
另外，ORF102ng显示出与幽门螺杆菌的一种膜蛋白明显同源：
gi|2314656(AE000647)保守的假设整合蛋白[幽门螺杆菌]长度=148
评分=79.2位(192)，估计值=1e-14
相同性=50/147(34％)，阳性=68/147(46％)，空隙=13/147(8％)
询问:3 FSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDAPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPLGF 62
        F W K FH+  VISW A LFVLPR+FV  A     +     V++     +LY F++
目标:8   FLWVKAFHVIAVISWMAALFYLPRLFVYHAENAHKKEFVGVVQIQEK--KLYSFIA5PAM 65
询问:63  GAVVFGAAIP-------FAAGRWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFS 115
          G  +    +        F +G    GW+H KL L ++LLAY  YC   +R  +      +
目标:66  GFTLITGILMLLIEPTLFKSG----GWLHAKLALVVLLLAYHFYCKKCMRELEKDPTRRN 121
询问:116 HRWYRVFNEIPXXXXXXXXXXXXFKPF 142
           R+YRVFNE P            KPF
目标:122 ARFYRVFNEAPTILMILIVILVVVKPF 148
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例91
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 707>：
      1    ATGGCAAAAA  TGATGAAATG  GGCGGCTGTT  GCGGCGGTCG  CGGCGGCAGC
     51    GGTTTGGGGC  GGATGGTCTT  AACTGAAGCC  CGAGCCGCAC  GTGCTTGATA
    101    TTACGGAAAC  GGTCAGGCGC  GGC //....
    //..   ATTTCGTTTA  CGATTTTGTC  CGAACCGGAT  ACGCCGATTA  AGGCGAAGCT
     51    CGACAGCGTC  GACCCCGGGC  TGACCACGAT  GTCGTCGGGC  GGTTACAACA
    101    GCAGTACGGA  TACGGCTTCC  AATGCGGTCT  ACTATTATGC  CCGTTCGTTT
    151    GTGCCGAATC  CGGACGGCAA  ACTCGCCACG  GGGATGACGA  CGCAGAATAC
    201    GGTTGAAATC  GACGGCGTGA  AAAATGTGCT  GATTATTCCG  TCGCTGACCG
    251    TGAAAAATCG  CGGCGGCAAG  GCGTTTGTGC  GCGTGTTGGG  TGCGGACGGC
    301    AAGGCGGCGG  AACGCGAAAT  CCGGACCGGT  ATGAGAGACA  GTATGAATAC
    351    CGAAGTAAAA  AGCGGGTTGA  AAGAGGGGGA  CAAAGTGGTC  ATCTCCGAAA
    401    TAACCGCCGC  CGAGCAACAG  GAAAGCGGCG  AACGCGCCCT  AGGCGGCCCG
    451    CCGCGCCGAT  AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 708；ORF85>：
      1    MAKMMKWAAV  AAVAAAAVWG  GWS.LKPEPH  VLDITETVRR  G.........
     51    ..........  ..........  ..........  ..........  ..........
    101    ..........  ..........  ..........  ..........  ..........
    151    ..........  ..........  ..........  ..........  ..........
    201    ..........  ..........  ..........  .........I  SFTILSEPDT
    251    PIKAKLDSVD  PGLTTMSSGG  YNSSTDTASN  AVYYYARSFV  PNPDGKLATG
    301    MTTQNTVEID  GVKNVLIIPS  LTVKNRGGKA  FVRVLGADGK  AAEREIRTGM
    351    RDSMNTEVKS  GLKEGDKVVI  SEITAAEQQE  SGERALGGPP  RR*
进一步的工作揭示了部分核苷酸序列<SEQ ID 709>：
      1  ..GTATCGGTCG  GCGCGCAGGC  ATCGGGGCAG  ATTAAGATAC  TTTATGTCAA
     51    ACTCGGGCAA  CAGGTTAAAA  AGGGCGATTT  GATTGCGGAA  ATCAATTCGA
    101    CCTCGCAGAC  CAATACGCTC  AATACGGAAA  AATCCAAGTT  GGAAACGTAT
    151    CAGGCGAAGC  TGGTGTCGGC  ACAGATTGCA  TTGGGCAGCG  CGGAGAAGAA
    201    ATATAAGCGT  CAGGCGGCGT  TATGGAAGGA  AAACGCGACT  TCCAAAGAGG
    251    ATTTGGAAAG  CGCGCAGGAT  GCGTTTGCCG  CCGCCAAAGC  CAATGTTGCC
    301    GAGCTGAAGG  CTTTAATCAG  ACAGAGCAAA  ATTTCCATCA  ATACCGCCGA
    351    GTCGGAATTG  GGCTACACGC  GCATTACCGC  AACGATGGAC  GGCACGGTGG
    401    TGGCGATTCT  CGTGGAAGAG  GGGCAGACTG  TGAACGCGGC  GCAGTCTACG
    451    CCGACGATTG  TCCAATTGGC  GAATCTGGAT  ATGATGTTGA  ACAAAATGCA
    501    GATTGCCGAG  GGCGATATTA  CCAAGGTGAA  GGCGGGGCAG  GATATTTCGT
    551    TTACGATTTT  GTCCGAACCG  GATACGCCGA  TTAAGGCGAA  GCTCGACAGC
    601    GTCGACCCCG  GGCTGACCAC  GATGTCGTCG  GGCGGTTACA  ACAGCAGTAC
    651    GGATACGGCT  TCCAATGCGG  TCTACTATTA  TGCCCGTTCG  TTTGTGCCGA
    701    ATCCGGACGG  CAAACTCGCC  ACGGGGATGA  CGACGCAGAA  TACGGTTGAA
    751    ATCGACGGCG  TGAAAAATGT  GCTGATTATT  CCGTCGCTGA  CCGTGAAAAA
    801    TCGCGGCGGC  AAGGCGTTTG  TGCGCGTGTT  GGGTGCGGAC  GGCAAGGCGG
    851    CGGAACGCGA  AATCCGGACC  GGTATGAGAG  ACAGTATGAA  TACCGAAGTA
     901   AAAAGCGGGT  TGAAAGAGGG  GGACAAAGTG  GTCATCTCCG  AAATAACCGC
     951   CGCCGAGCAA  CAGGAAAGCG  GCGAACGCGC  CCTAGGCGGC  CCGCCGCGCC
    1001   GATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 710；ORF85-1>：
      1  ..VSVGAQASGQ  IKILYVKLGQ  QVKKGDLIAE  INSTSQTNTL  NTEKSKLETY
     51    QAKLVSAQIA  LGSAEKKYKR  QAALWKENAT  SKEDLESAQD  AFAAAKANVA
    101    ELKALIRQSK  ISINTAESEL  GYTRITATMD  GTVVAILVEE  GQTVNAAQST
    151    PTIVQLANLD  MMLNKMQIAE  GDITKVKAGQ  DISFTILSEP  DTPIKAKLDS
    201    VDPGLTTMSS  GGYNSSTDTA  SNAVYYYARS  FVPNPDGKLA  TGMTTQNTVE
    251    IDGVKNVLII  PSLTVKNRGG  KAFVRVLGAD  GKAAEREIRT  GMRDSMNTEV
    301    KSGLKEGDKV  VISEITAAEQ  QESGERALGG  PPRR*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF85和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF85a)在41个氨基酸的重叠区内有87.8％的相同性，在153个氨基酸的重叠区内有99.3％的相同性：
                     10        20         30        40
orf85.pep    MAKMMKWAAVAAVAAAAVWGGWS-LKPEPHVLDITETVRRG
             ||||||||||||||||||||||| |||||::  ||||||||
orf85a       MAKMMKWAAVAAVAAAAVWGGWSYLKPEPQAAYITETVRRGDISRTVSATGEISPSNLVS
                     10        20        30        40        50        60
                                                 //
                                           80        90       100
orf85.pep    ..............................ISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSSG
                                           ||||||||||||||||||||||||||||||
orf85a       TIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSSG
           210       220       230       240       250       260
            110       120       130       140       150       160
orf85.pep    GYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGGK
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf85a       GYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGGR
           270       280       290       300       310       320
            170       180       190       200       210       220
orf85.pep    AFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGGP
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85a       AFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGGP
           330       340       350       360       370       380
            230
orf85.pep    PRRX
             ||||
orf85a       PRRX
           390
全长ORF85a核苷酸序列<SEQ ID 711>是：
      1    ATGGCAAAAA  TGATGAAATG  GGCGGCTGTT  GCGGCGGTCG  CGGCGGCAGC
     51    GGTTTGGGGC  GGATGGTCTT  ATCTGAAGCC  CGACCCGCAG  GCTGCTTATA
    101    TTACGGAAAC  GGTCAGGCGC  GGCGACATCA  GCCGGACGGT  TTCTGCAACA
    151    GGGGAGATTT  CGCCGTCCAA  CCTGGTATCG  GTCGGCGCGC  AGGCATCGGG
    201    GCAGATTAAG  AAACTTTATG  TCA4ACTCGG  GCAACAGGTT  AAAAAGGGCG
    251    ATTTGATTGC  GGAAATCAAT  TCGACCTCGC  AGACCAATAC  GCTCAATACG
    301    GAAAAATCCA  AATTGGAAAC  GTATCAGGCG  AAGCTGGTGT  CGGCACAGAT
    351    TGCATTGGGC  AGCGCGGAGA  AGAAATATAA  GCGTCAGGCG  GCGTTGTGGA
    401    AGGATGATGC  GACCGCTAAA  GAAGATTTGG  AAAGCGCACA  GGATGCGCTT
    451    GCCGCCGCCA  AAGCCAATGT  TGCCGAGCTG  AAGGCTCTAA  TCAGACAGAG
    501    CAAAATTTCC  ATCAATACCG  CCGAGTCGGA  ATTGGGCTAC  ACGCGCATTA
 551    CCGCAACGAT  GGACGGCACG  GTGGTGGCGA  TTCTCGTGGA  AGAGGGGCAG
 601    ACTGTGAACG  CGGCGCAGTC  TACGCCGACG  ATTGTCCAAT  TGGCGAATCT
 651    GGATATGATG  TTGAACAAAA  TGCAGATTGC  CGAGGGCGAT  ATTACCAAGG
 701    TGAAGGCGGG  GCAGGATATT  TCGTTTACGA  TTTTGTCCGA  ACCGGATACG
 751    CCGATTAAGG  CGAAGCTCGA  CAGCGTCGAC  CCCGGGCTGA  CCACGATGTC
 801    GTCGGGCGGC  TACAACAGCA  GTACGGATAC  GGCTTCCAAT  GCGGTCTACT
 851    ATTATGCCCG  TTCGTTTGTG  CCGAATCCGG  ACGGCAAACT  CGCCACGGGG
 901    ATGACGACGC  AGAATACGGT  TGAAATCGAC  GGTGTGAAAA  ATGTGCTGAT
 951    TATTCCGTCG  CTGACCGTGA  AAAATCGCGG  CGGCAGGGCG  TTTGTGCGCG
1001    TGTTGGGTGC  AGACGGCAAG  GCGGCGGAAC  GCGAAATCCG  GACCGGTATG
1051    AGAGACAGTA  TGAATACCGA  AGTAAAAAGC  GGGTTGAAAG  AGGGGGACAA
1101    AGTGGTCATC  TCCGAAATAA  CCGCCGCCGA  GCAGCAGGAA  AGCGGCGAAC
1151    GCGCCCTAGG  CGGCCCGCCG  CGCCGATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 712>：
   1    MAKMMKWAAV  AAVAAAAVWG  GWSYLKPEPQ  AAYITETVRR  GDISRTVSAT
  51    GEISPSNLVS  VGAQASGQIK  KLYVKLGQQV  KKGDLIAEIN  STSQTNTLNT
 101    EKSKLETYQA  KLVSAQIALG  SAEKKYKRQA  ALWKDDATAK  EDLESAQDAL
 151    AAAKANVAEL  KALIRQSKIS  INTAESELGY  TRITATMDGT  VVAILVEEGQ
 201    TVNAAQSTPT  IVQLANLDMM  LNKMQIAEGD  ITKVKAGQDI  SFTILSEPDT
 251    PIKAKLDSVD  PGLTTMSSGG  YNSSTDTASN  AVYYYARSFV  PNPDGKLATG
 301    MTTQNTVEID  GVKNVLIIPS  LTVKNRGGRA  FVRVLGADGK  AAEREIRTGM
 351    RDSMNTEVKS  GLKEGDKVVI  SEITAAEQQE  SGERALGGPP  RR*ORF85a和ORF85-1在334个氨基酸的重叠区内显示出有98.2％的相同性：
       30        40        50        60        70        80orf85a.pep PQAAYITETVRRGDISRTVSATGEISPSNLVSVGAQASGQIKKLYVKLGQQVKKGDLIAE
                                     |||||||||||| |||||||||||||||||orf85-1                                  VSVGAQASGQIKILYVKLGQQVKKGDLIAE
                                             10        20        30
       90       100       110       120       130       140orf85a.pep INSTSQTNTLNTEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKDDATAKEDLESAQD
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::||:|||||||||orf85-1    INSTSQTNTLNTEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKENATSKEDLESAQD
               40        50        60        70        80        90
      150       160       170       180       190       200orf85a.pep ALAAAKANVAELKALIRQSKISINTAESELGYTRITATMDGTVVAILVEEGQTVNAAQST
       |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf85-1    AFAAAKANVAELKALIRQSKISINTAESELGYTRITATMDGTVVAILVEEGQTVNAAQST
              100       110       120       130       140       150
      210       220       230       240       250       260orf85a.pep PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf85-1    PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS
              160       170       180       190       200       210
      270       280       290       300       310       320orf85a.pep GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGG
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf85-1    GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGG
              220       230       240       250       260       270
      330       340       350       360       370       380orf85a.pep RAFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGG
       :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf85-1    KAFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGG
              280       290       300       310       320       330
      390orf85a.pep PPRRX
       |||||orf85-1    PPRRX图19D显示出ORF85a的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性ORF85和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF85ng)显示出高度的相同性：ORF85        1 MAKMMKWAAVAAVAAAAVWGGWS.LKPEPHVLDITETVRRG......... 40
           ||||||||||||||||||||||| |||||::  |||:||||ORF85ng      1 MAKMMKWAAVAAVAAAAVWGGWSYLKPEPQAAYITEAVRRGDISRTVSAT 50ORF85          .......................................ISFTILSEPDT 250
                                                  |||||||||||ORF85ng    201 TVNAAQSTPTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDT 250ORF85      251 PIKAKLDSVDPGLTTMSSGGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATG 300
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||ORF85ng    251 PIKAKLDSVDPGLTTMSSGGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATG 300ORF85      301 MTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGGKAFVRVLGADGKAAEREIRTGM 350
           ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| ||||||||ORF85ng    301 MTTQNTVEIDGVKNVLLIPSLTVKNRGGKAFVRVLGADGKAVEREIRTGM 350ORF85      152 RDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGGPPRR 393
           :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||ORF85ng    351 KDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGGPPRR 393全长ORF85ng核苷酸序列<SEQ ID 713>是：
   1  ATGGCAAAAA  TGATGAAATG  GGCGGCTGTT  GCGGCGGTCG  CGGCGGCaac
  51  GGTTTGGGGC  GGATGGTCTT  ATCTGAAGCC  CGAACCGCAG  GCTGCTTATA
 101  TTACGGAaac  ggTCAGGCGC  GGCGATATCA  GCCGGACGGT  TTCCGCGACG
 151  GgcgAGATTT  CGCCGTCCAA  CCTGGTATCG  GTCGGCGCGC  AGGCTTCGGG
 201  GCAGATTAAA  AAGCTTTATG  TCAAACTCGG  GCAACAGGTC  AAAAAGGGCG
 251  ATTTGATTGC  GGAAATCAAT  TCGACCACGC  AGACCAACAC  GATCGATATG
 301  GAAAAATCCA  AATTGGAAAC  GTATCAGGCG  AAGCTGGTGT  CGGCACAGAT
 351  TGCATTGGGC  AGCGCGGAGA  AGAAATATAA  GCGTCAGGCG  GCGTTGTGGA
 401  AGGATGATGC  GACCTCTAAA  GAAGATTTGG  AAAGCGCGCA  GGATGCGCTT
 451  GCCGCCGCCA  AAGCCAATGT  TGCCGAGTTG  AAGGCTTTAA  TCAGACAGAG
 501  CAAAATTTCC  ATCAATACCG  CCGAGTCGGA  TTTGGGCTAC  ACGCGCATTA
 551  CCGCGACGAT  GGACGGCACG  GTGGTGGCGA  TTCCCGTGGA  AGAGGGGCAG
 601  ACTGTGAACG  CGGCGCAGTC  TACGCCGACG  ATTGTCCAAT  TGGCGAATCT
 651  GGATATGATG  TTGAACAAAA  TGCAGATTGC  CGAGGGCGAT  ATTACCAAGG
 701  TGAAGGCGGG  GCAGGATATT  TCGTTTACGA  TTTTGTCCGA  ACCGGATACG
 751  CCGATTAAGG  CGAAGCTCGA  CAGCGTCGAC  CCCGGGCTGA  CCACGATGTC
 801  GTCGGGCGGC  TACAACAGCA  GTACGGATAC  GGCTTCCAAT  GCGGTCTATT
 851  ATTATGCCCG  TTCGTTTGTG  CCGAATCCGG  ACGGCAAACT  CGCCACGGGG
 901  ATGACGACGC  AGAATACGGT  TGAAATCGAC  GGTGTGAAAA  ATGTGTTGCT
 951  TATTCCGTCG  CTGACCGTGA  AAAATCGCGG  CGGCAAGGCG  TTCGTACGCG
1001  TGTTGGGTGC  GGACGGCAAG  GCAGTGGAAC  GCGAAATCCG  GACCGGTATG
1051  AAAGACAGTA  TGAATACCGA  AGTGAAAAGC  GGGTTGAAAG  AGGGGGACAA
1101  AGTGGTCATC  TCCGAAATAA  CCGCCGCCGA  GCAGCAGGAA  AGCGGCGAAC
1151  GCGCCCTAGG  CGGCCCGCCG  CGCCGATAA它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 714>：
   1  MAKMMKWAAV  AAVAAAAVWG  GWSYLKPEPQ  AAYITEAVRR  GDISRTVSAT
  51  GEISPSNLVS  VGAQASGQIK  KLYVKLGQQV  KKGDLIAEIN  STTQTNTIDM
 101  EKSKLETYQA  KLVSAQIALG  SAEKKYKRQA  ALWKDDATSK  EDLESAQDAL
 151  AAAKANVAEL  KALIRQSKIS  INTAESDLGY  TRITATMDGT  VVAIPVEEGQ
    201    TVNAAQSTPT  IVQLANLDMM  LNKMQIAEGD  ITKVKAGQDI  SFTILSEPDT
    251    PIKAKLDSVD  PGLTTMSSGG  YNSSTDTASN  AVYYYARSFV  PNPDGKLATG
    301    MTTQNTVEID  GVKNVLLIPS  LTVKNRGGKA  FVRVLGADGK  AVEREIRTGM
    351    KDSMNTEVKS  GLKEGDKVVI  SEITAAEQQE  SGERALGGPP  RR*
ORF85ng和ORF85-1在334个氨基酸的重叠区内显示出有96.1％的相同性：
           30        40        50        60        70        80
orf85ng   PQAAYITETVRRGDISRTVSATGEISPSNLVSVGAQASGQIKKLYVKLGQQVKKGDLIAE
                                         |||||||||||| |||||||||||||||||
orf85-1                                  VSVGAQASGQIKILYVKLGQQVKKGDLIAE
                                                 10        20        30
           90       100       110       120       130       140
orf85ng    INSTTQTNTIDMEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKDDATSKEDLESAQD
           ||||:||||:: ||||||||||||||||||||||||||||||||||::||||||||||||
orf85-1    INSTSQTNTLNTEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKENATSKEDLESAQD
                   40        50        60        70        80        90
           150      160       170       180       190       200
orf85ng    ALAAAKANVAELKALIRQSKISINTAESDLGYTRITATMDGTVVAIPVEEGQTVNAAQST
           |:||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| |||||||||||||
orf85-1    AFAAAKANVAELKALIRQSKISINTAESELGYTRITATMDGTVVAILVEEGQTVNAAQST
                  100       110       120       130       140       150
          210       220       230       240       250       260
orf85ng    PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85-1    PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS
                  160       170       180       190       200       210
          270       280       290       300       310       320
orf85ng    GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLLIPSLTVKNRGG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||
orf85-1    GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGG
                  220       230       240       250       260       270
          330       340       350       360       370       380
orf85ng    KAFVRVLGADGKAVEREIRTGMKDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGG
           |||||||||||||:||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85-1    KAFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGG
                  280       290       300       310       320       330
          390
orf85ng    PPRRX
           |||||
orf85-1    PPRRX
另外，ORF85ng显示出与大肠杆菌一种膜融合蛋白明显同源：
gi|1787104(AE000189)o380；与膜融合蛋白前体的332个残基有27％相同(27个空隙)，MTRC_EIG0 SW：P43505(412aa)[大肠杆菌]长度=380
评分=193位(485)，估计值=2e-48
相同性=120/345(34％)，阳性=182/345(51％)，空隙=13/345(3％)
询问：29  PQAAYITETVRRGDISRTVSATGEISPSNLVSVGAQASGQIKKLYVKLGQQVKKGDLIAE 88
           P   Y T  VR GD+ ++V ATG++     V VGAQ SGQ+K L V +G +VKK  L+
目标：41  PVPTYQTLIVRPGDLQQSVLATGKLDALRKVDVGAQVSGQLKTLSVAIGDKVKKDQLLGV 100
询问：89  INSTTQTNTIDMEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKDDATSKEXXXXXXX 148
           I+     N I   ++ L   +A+   A+  L A    Y RQ  L +  A S++
目标：101 IDPEQAENQIKEVEATLMELRAQRQQAEAELKLARVTYSRQQRLAQTKAVSQQDLDTAAT 160
询问：149 XXXXXXXXXXXXXXXIRQSKISINTAESDLGYTRITATMDGTVVAIPVEEGQTVNAAQST 208
                          I++++ S++TA+++L YTRI A M G V  I   +GQTV AAQ
目标：161 EMAVKQAQIGTIDAQIKRNQASLDTAKTNLDYTRIVAPMAGEVTQITTLQGQTVIAAQQA 220
询问：209 PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS 268
           P I+ LA++  ML K Q++E D+  +K GQ  FT+L  +P T  + ++  V P
目标：221 PNILTLADMSAMLVKAQVSEADVIHLKPGQKAWFTVLGDPLTRYEGQIKDVLP------- 273
询问：269 GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLLIPSLTVKNRGG 328
                + +  ++A++YYAR  VPNP+G L   MT Q  +++  VKNVL IP   + +  G
目标：274 -----TPEKVNDAIFYYARFEVPNPNGLLRLDMTAQVHIQLTDVKNVLTIPLSALGDPVG 328
询问：329 KAFVRV-LGADGKAVEREIRTGMKDSMNTEVKSGLKEGDKVVISE 372
               +V L  +G+  ERE+  G ++  + E+  GL+ GD+VVI E
目标：329 DNRYKVKLLRNGETREREVTIGARNDTDVEIVKGLEAGDEVVIGE 373
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF85-1(40.4kDa)克隆到pGex载体中，并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图19A显示出GST-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行Western印迹(图19B)，FACS分析(图19C)和ELISA(阳性结果)。这些实验确认ORF85-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例92
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 715>：
      1  ..ATTCCCGCCA CGATGACATT TGAACGCAGC GGCAATGCTT ACAAAATCGT
     51    TTCGACGATT AAAGTGCCGC TATACAATAT CCGTTTCGAG TCCGGCGGTA
    101    CGGTTGTCGG CAATACCCTG CACCCTACCT ACTATAGAGA CATACGCAGG
    151    GGCAAACTGT ATGCGGAAgc CAAATTCGCC GACgGcAGCG TAACTTACGG
    201    CAAAGCGGGC GAGAGCAAAA CCGAGCAAAG CCCCAAGGCT ATGGATTTGT
    251    TCACGCTTGC CTGGCAGTTG GCGGCAAATG ACGCGAAACT CCCCCCGGGG
    301    CTGAAAATCA CCAACGGCAA AAAACTTTAT TCCGTCGGCG GTTTGAATAA
    351    GGCGGGTACA GGAAAATACA GCATAGGCGG CGTGGAAACC GAAGTCGTCA
    401    AATATCGGGT GCGGCGCGGC GACGATGCGG TAATGTATTT cTTCGCACCG
    451    TCCCTGAACA ATATTCCGGC ACAAATCGGC TATACCGACG ACGGCAAAAC
    501    CTATACGCTG AAACTCAAAT CGGTGCAGAT CAACGGCCAG GCAGCCAAAC
    551    CGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 716；ORF120>：
      1  ..IPAIMTFERS GNAYKIVSTI KVPLYNIRFE SGGTVVGNTL HPTYYRDIRR
     51    GKLYAEAKFA DGSVTYGKAG ESKTEQSPKA MDLFTLAWQL AANDAKLPPG
    101    LKITNGKKLY SVGGLNKAGT GKYSIGGVET EVVKYRVRRG DDAVMYFFAP
    151    SLNNIPAQIG YTDDGKTYTL KLKSVQINGQ AAKP*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 717>：
      1    ATGATGAAGA CTTTTAAAAA TATATTTTCC GCCGCCATTT TGTCCGCCGC
     51    CCTGCCGTGC GCGTATGCGG CAGGGCTGCC CCAATCCGCC GTGCTGCACT
    101    ATTCCGGCAG CTACGGCATT CCCGCCACGA TGACATTTGA ACGCAGCGGC
    151    AATGCTTACA AAATCGTTTC GACGATTAAA GTGCCGCTAT ACAATATCCG
    201    TTTCGAGTCC GGCGGTACGG TTGTCGGCAA TACCCTGCAC CCTACCTACT
    251    ATAGAGACAT ACGCAGGGGC AAACTGTATG CGGAAGCCAA ATTCGCCGAC
    301    GGCAGCGTAA CTTACGGCAA AGCGGGCGAG AGCAAAACCG AGCAAAGCCC
    351    CAAGGCTATG  GATTTGTTCA  CGCTTGCCTG  GCAGTTGGCG  GCAAATGACG
    401    CGAAACTCCC  CCCGGGGCTG  AAAATCACCA  ACGGCAAAAA  ACTTTATTCC
    451    GTCGGCGGTT  TGAATAAGGC  GGGTACAGGA  AAATACAGCA  TAGGCGGCGT
    501    GGAAACCGAA  GTCGTCAAAT  ATCGGGTGCG  GCGCGGCGAC  GATGCGGTAA
    551    TGTATTTCTT  CGCACCGTCC  CTGAACAATA  TTCCGGCACA  AATCGGCTAT
    601    ACCGACGACG  GCAAAACCTA  TACGCTGAAA  CTCAAATCGG  TGCAGATCAA
    651    CGGCCAGGCA  GCCAAACCGT  AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 718；ORF120-1>：
      1    MMKTFKNIFS  AAILSAALPC  AYAAGLPQSA  VLHYSGSYGI  PATMTFERSG
     51    NAYKIVSTIK  VPLYNIRFES  GGTVVGNTLH  PTYYRDIRRG  KLYAEAKFAD
    101    GSVTYGKAGE  SKTEQSPKAM  DLFTLAWQLA  ANDAKLPPGL  KITNGKKLYS
    151    VGGLNKAGTG  KYSIGGVETE  VVKYRVRRGD  DAVMYFFAPS  LNNIPAQIGY
    201    TDDGKTYTLK  LKSVQINGQA  AKP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF120和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF120a)在184个氨基酸的重叠区内显示出有92.4％的相同性：
                                                 10        20        30
orf120.pep                               IPATMTFERSGNAYKIVSTIKVPLYNIRFE
                                         |||| :     || ||||||||||||||||
orf120a    SAAILSAALPCAYAAGLPXSAVLHYSGSYGIPATXXXXXXXNAXKIVSTIKVPLYNIRFE
          10        20        30        40        50        60
                   40        50        60        70        80        90
orf120.pep SGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAMDLFTLAWQL
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120a    SGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAXXXXXXQSPKAMDLFTLAWQL
          70        80        90       100       110       120
                  100       110       120       130      140       150
orf120.pep AANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGDDAVMYFFAP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120a    AANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGDDAVMYFFAP
         130       140       150       160       170       180
                  160       170       180
orf120.pep SLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120a    SLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
         190       200       210       220
全长ORF120a核苷酸序列<SEQ ID 719>是：
      1    ATGATGAAGA  CTTTTAAAAA  TATATTTTCC  GCCGCCATTT  TGTCCGCCGC
     51    CCTGCCGTGC  GCGTATGCGG  CAGGGCTGCC  CNAATCCGCC  GTGCTGCACT
    101    ATTCCGGCAG  CTACGGCATT  CCCGCCACNA  NNANNTNNGN  ACNNNGNGNC
    151    AATGCTTNCA  AAATCGTTTC  GACGATTAAA  GTGCCGCTAT  ACAATATCCG
    201    TTTCGAGTCC  GGCGGTACGG  TTGTCGGCAA  TACCCTGCAC  CCTACCTACT
    251    ATAGAGACAT  ACGCAGGGGC  AAACTGTATG  CGGAAGCCAA  ATTCGCCGAC
    301    GGCAGCGTAA  CCTACGGCAA  AGCGGNNNNN  ANCNNNNNNG  NGCAAAGCCC
    351    CAAGGCTATG  GATTTGTTCA  CGCTTGCNTG  GCAGTTGGCG  GCAAATGACG
    401    CGAAACTCCC  CCCGGGGCTG  AAAATCACCA  ACGGCAAAAA  ACTTTATTCC
    451    GTCGGCGGTT  TGAATAAGGC  GGGTACAGGA  AAATACAGCA  TAGGCGGCGT
    501    GGAAACCGAA  GTCGTCAAAT  ATCGGGTGCG  GCGCGGCGAC  GATGCGGTAA
    551    TGTATTTCTT  CGCACCGTCC  CTGAACAATA  TTCCGGCACA  AATCGGCTAT
    601    ACCGACGACG  GCAAAACCTA  TACGCTGAAA  CTCAAATCGG  TGCAGATCAA
    651    CGGCCAGGCA  GCCAAACCGT  AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 720>：
      1    MMKTFKNIFS  AAILSAALPC  AYAAGLPXSA  VLHYSGSYGI  PATXXXXXXX
     51    NAXKIVSTIK  VPLYNIRFES  GGTVVGNTLH  PTYYRDIRRG  KLYAEAKFAD
    101    GSVTYGKAXX  XXXXQSPKAM  DLFTLAWQLA  ANDAKLPPGL  KITNGKKLYS
    151    VGGLNKAGTG  KYSIGGVETE  VVKYRVRRGD  DAVMYFFAPS  LNNIPAQIGY
    201    TDDGKTYTLK  LKSVQINGQA  AKP*
ORF120a和ORF120-1在223个氨基酸的重叠区内显示出有93.3％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf120a.DeD  MMKTFKNIFSAAILSAALPCAYAAGLPXSAVLHYSGSYGIPATXXXXXXXNAXKIVSTIK
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| :     || |||||||
orf120-1     MMKTFKNIFSAAILSAALPCAYAAGLPQSAVLHYSGSYGIPATMTFERSGNAYKIVSTIK
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf120a.pep  VPLYNIRFESGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAXXXXXXQSPKAM
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    : ||||||
orf120-1     VPLYNIRFESGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAM
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf120a.pep  DLFTLAWQLAANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGD
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120-1     DLFTLAWQLAANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGD
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220
orf120a.pep  DAVMYFFAPSLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120-1     DAVMYFFAPSLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
                    190       200       210       220
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF120和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF120ng)在184个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
orf120.pep                                IPATMTFERSGNAYKIVSTIKVPLYNIRFE  30
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng    SAAILSAALPCAYAARLPQSAVLHYSGSYGIPATMTFERSGNAYKIVSTIKVPLYNIRFE  69
orf120.pep  SGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAMDLFTLAWQL  90
            ||||||||||||:||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng    SGGTVVGNTLHPAYYKDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAMDLFTLAWQL 129
orf120.pep  AANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGDDAVMYFFAP 150
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
orf120ng    AANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGDDTVTYFFAP 189
orf120.pep  SLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKP  184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng    SLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKP  223
全长ORF120ng核苷酸序列<SEQ ID 721>是：
      1    ATGATGAAGA  CTTTTAAAAA  TATATTTTCC  GCCGCCATTT  TGTCCGCCGC
     51    CCTGCCGTGC  GCGTATGCGG  CAAGGCTACC  CCAATCCGCC  GTGCTGCACT
    101    ATTCCGGCAG  CTACGGCATT  CCCGCCACGA  TGACATTTGA  ACGCAGCGGC
    151    AATGCTTACA  AAATCGTTTC  GACGATTAAA  GTGCCCCTAT  ACAATATCCG
    201    TTTCGAATCC  GGCGGTACGG  TTGTCGGCAA  TACCCTGCAC  CCTGCCTACT
    251    ATAAAGACAT  ACGCAGGGGC  AAACTGTATG  CGGAAGCCAA  ATTCGCCGAC
    301 GGCAGCGTAA CCTACGGCAA AGCGGGCGAG AGCAAAACCG AGCAAAGCCC
    351 CAAGGCTATG GATTTGTTCA CGCTTGCCTG GCAGTTGGCG GCAAATGACG
    401 CGAAACTCCC CCCGGGTCTG AAAATCACCA ACGGCAAAAA ACTTTATTCC
    451 GTCGGCGGCC TGAATAAGGC GGGTACGGGA AAATACAGCA TaggCGGCGT
    501 GGAAACCGAA GTCGTCAAAT ATCGGGTGCG GCGCGGCGAC GATACGGTAA
    551 CGTATTTCTT CGCACCGTCC CTGAACAATA TTCCGGCACA AATCGGCTAT
    601 ACCGACGACG GCAAAACCTA TACGCTGAAG CTCAAATCGG TGCAGATCAA
    651 CGGACAGGCC GCCAAACCGT AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 722>：
      1 MMKTFKNIFS AAILSAALPC AYAARLPQSA VLHYSGSYGI PATMTFERSG
     51 NAYKIVSTIK VPLYNIRFES GGTVVGNTLH PAYYKDIRRG KLYAEAKFAD
    101 GSVTYGKAGE SKTEQSPKAM DLFTLAWQLA ANDAKLPPGL KITNGKKLYS
    151 VGGLNKAGTG KYSIGGVETE VVKYRVRRGD DTVTYFFAPS LNNIPAQIGY
    201 TDDGKTYTLK LKSVQINGQA AKP*
与ORF120-1相比，ORF120ng在223个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf120-1.pep MMKTFKNIFSAAILSAALPCAYAAGLPQSAVLHYSGSYGIPATMTFERSGNAYKIVSTIK
             |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng     MMKTFKNIFSAAILSAALPCAYAARLPQSAVLHYSGSYGIPATMTFERSGNAYKIVSTIK
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf120-1.pep VPLYNIRFESGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAM
             |||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng     VPLYNIRFESGGTVVGNTLHPAYYKDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAM
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf120-1.pep DLFTLAWQLAANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGD
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng     DLFTLAWQLAANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGD
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220
orf120-1.pep DAVMYFFAPSLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
             |:| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng     DTVTYFFAPSLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
                    190       200       210       220
该分析结果(包括淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列)提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例93
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 723>：
    1  ATGTATCGGA  GGAAAGGGCG  GGGCATCAAG  CCGTGGATGG  GTGCCGGTGC
   51  .GCGTTTGCC  GCCTTGGTCT  GGCTGGTTTT  CGCGCTCGGC  GATACTTTGA
  101  CTCCGTTTGC  GGTTGCGGCG  GTGCTGGCGT  ATGTATTGGA  CCCTTTGGTC
  151  GAATGGTTGC  AGAAAAAGGG  TTTGAACCGT  GCATCCGCTT  CGATGTCTGT
  201  GATGGTGTTT  TCCTTGATTT  TGTTGTTGGC  ATTATTGTTG  ATTATCGTCC
  251  CTATGCTGGT  CGGGCAGTTC  AACAATTTGG  CATCGCGCCT  GCCCCAATTA
  301  ATCGGTTTTA  TGCAGAACAC  GCTGCTGCCG  TGGTTGAAAA  ATACAATCGG
  351  CGGATATGTG  GAAATCGATC  AGGCATCTAT  TATTGCGTGG  CTTCAGGCGC
  401  ATACGGGAGA  GTTGAGCAAC  GCGCTTAAGG  CGTGGTTTCC  CGTTTTGATG
  451  AGGCAGGGCG  GCAATATT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 724；ORF121>：
     1    MYRRKGRGIK  PWMGAGXAFA  ALVWLVFALG  DTLTPFAVAA  VLAYVLDPLV
    51    EWLQKKGLNR  ASASMSVMVF  SLILLLALLL  IIVPMLVGQF  NNLASRLPQL
   101    IGFMQNTLLP  WLKNTIGGYV  EIDQASIIAW  LQAHTGELSN  ALKAWFPVLM
   151    RQGGNI..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 725>：
     1    ATGTATCGGA  GGAAAGGGCG  GGGCATCAAG  CCGTGGATGG  GTGCCGGTGC
    51    GGCGTTTGCC  GCCTTGGTCT  GGCTGGTTTT  CGCGCTCGGC  GATACTTTGA
   101    CTCCGTTTGC  GGTTGCGGCG  GTGCTGGCGT  ATGTATTGGA  CCCTTTGGTC
   151    GAATGGTTGC  AGAAAAAGGG  TTTGAACCGT  GCATCCGCTT  CGATGTCTGT
   201    GATGGTGTTT  TCCTTGATTT  TGTTGTTGGC  ATTATTGTTG  ATTATCGTCC
   251    CTATGCTGGT  CGGGCAGTTC  AACAATTTGG  CATCGCGCCT  GCCCCAATTA
   301    ATCGGTTTTA  TGCAGAACAC  GCTGCTGCCG  TGGTTGAAAA  ATACAATCGG
   351    CGGATATGTG  GAAATCGATC  AGGCATCTAT  TATTGCGTGG  CTTCAGGCGC
   401    ATACGGGAGA  GTTGAGCAAC  GCGCTTAAGG  CGTGGTTTCC  CGTTTTGATG
   451    AGGCAGGGCG  GCAATATTGT  CAGCAGTATC  GGCAACCTGC  TGCTGCTTCC
   501    CTTGCTGCTT  TACTATTTCC  TGCTGGATTG  GCAGCGGTGG  TCGTGCGGCA
   551    TTGCCAAACT  GGTTCCGAgG  CGTTTTGCCG  GTGCTTATAC  GCGCATTACA
   601    GGCAATTTGA  ACGAGGTATT  GGGCGAATTT  TTGCGCGGGC  AGCTTCTGGT
   651    AATGCTGATT  ATGGGCTTGG  TTTACGGTTT  GGGATTGGTG  CTGGTCGGGC
   701    TGGATTCGGG  GTTTGCCATC  GGTATGCTTG  CCGGTATTTT  GGTGTTTGTC
   751    CCTTATCTCG  GGGCGTTTAC  GGGATTGCTG  CTTGCCACCG  TCGCCGCCTT
   801    GCTCCAGTTC  GGTTCGTGGA  ACGGCATCCT  ATCGGTTTGG  GCGGTTTTTG
   851    CCGTAGGACA  GTTTCTCGAA  AGTTTTTTCA  TTACGCCGAA  AATCGTGGGA
   901    GACCGTATCG  GGCTGTCGCC  GTTTTGGGTT  ATCTTTTCGC  TGATGGCGTT
   951    CGGGCAGCTG  ATGGGCTTTG  TCGGAATGTT  GGCGGGATTG  CCTTTGGCCG
  1001    CCGTAACCTT  GGTCTTGCTT  CGCGAGGGCG  TGCAGAAATA  TTTTGCCGGC
  1051    AGTTTTTACC GGGGCAGGTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 726；ORF121-1>：
     1     MYRRKGRGIK  PWMGAGAAFA  ALVWLVFALG  DTLTPFAVAA  VLAYVLDPLV
    51     EWLQKKGLNR  ASASMSVMVF  SLILLLALLL  IIVPMLVGQF  NNLASRLPQL
   101     IGFMQNTLLP  WLKNTIGGYV  EIDQASIIAW  LQAHTGELSN  ALKAWFPVLM
   151     RQGGNIVSSI  GNLLLLPLLL  YYFLLDWQRW  SCGIAKLVPR  RFAGAYTRIT
   201     GNLNEVLGEF  LRGQLLVMLI  MGLVYGLGLV  LVGLDSGFAI  GMLAGILVFV
   251     PYLGAFTGLL  LATVAALLQF  GSWNGILSVW  AVFAVGQFLE  SFFITPKIVG
   301     DRIGLSPFWV  IFSLMAFGQL  MGFVGMLAGL  PLAAVTLVLL  REGVQKYFAG
   351     SFYRGR*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF121和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF121a)在156个氨基酸的重叠区内显示出有98.7％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf121.pep MYRRKGRGIKPWMGAGXAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121a    MYRRKGRGIKPWMDAGAAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf121.pep ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121a    ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150
orf121.pep EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNI
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf121a    EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNIVSSIGNLLLLPLLLYYFLLDWQRW
              130       140       150       160       170       180orf121a    SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLVLVGLDSGFAI
              190       200       210       220       230       240全长ORF121a核苷酸序列<SEQ ID 727>是：
   1    ATGTATCGGA  GGAAAGGGCG  GGGCATCAAG  CCGTGGATGG  ATGCCGGTGC
  51    GGCGTTTGCC  GCCTTGGTCT  GGCTGGTTTT  CGCGCTCGGC  GATACTTTGA
 101    CTCCGTTTGC  GGTTGCGGCG  GTGCTGGCGT  ATGTATTGGA  CCCTTTGGTC
 151    GAATGGTTGC  AGAAAAAGGG  TTTGAACCGT  GCATCCGCTT  CGATGTCTGT
 201    GATGGTGTTT  TCCTTGATTT  TGTTGTTGGC  ATTATTGTTG  ATTATTGTCC
 251    CTATGCTGGT  CGGGCAGTTC  AACAATTTGG  CATCGCGCCT  GCCCCAATTA
 301    ATCGGTTTTA  TGCAGAACAC  GCTGCTGCCG  TGGTTGAAAA  ATACAATCGG
 351    CGGATATGTG  GAAATCGATC  AGGCATCTAT  TATTGCGTGG  CTTCAGGCGC
 401    ATACGGGCGA  GTTGAGCAAC  GCGCTTAAGG  CGTGGTTTCC  CGTTTTGATG
 451    AGGCAGGGCG  GCAATATTGT  CAGCAGTATC  GQCAACCTGC  TGCTGCTTCC
 501    CTTGCTGCTT  TACTATTTCC  TGCTGGATTG  GCAGCGGTGG  TCGTGCGGCA
 551    TTGCCAAACT  GGTTCCGAGG  CGTTTTGCCG  GTGCTTATAC  GCGCATTACA
 601    GGCAATTTGA  ACGAGGTATT  GGGCGAATTT  TTGCGCGGGC  AGCTTCTGGT
 651    GATGCTGATT  ATGGGTTTGG  TTTACGGCTT  GGGGTTGGTG  CTGGTCGGGC
 701    TGGATTCGGG  GTTTGCAATC  GGTATGGTTG  CCGGTATTTT  GGTTTTTGTT
 751    CCCTATTTGG  GCGCGTTTAC  AGGACTGCTG  CTGGCAACCG  TCGCCGCCTT
 801    GCTCCAGTTC  GGTTCGTGGA  ACGGCATCTT  GGCTGTTTGG  GCGGTTTTTG
 851    CCGTAGGACA  GTTTCTCGAA  AGTTTTTTCA  TTACGCCGAA  AATCGTGGGA
 901    GACCGTATCG  GCCTGTCGCC  GTTTTGGGTT  ATCTTTTCGC  TGATGGCGTT
 951    CGGGCAGCTG  ATGGGCTTTG  TCGGAATGTT  GGCCGGATTG  CCTTTGGCCG
1001    CCGTAACCTT  GGTCTTGCTT  CGCGAGGGCG  TGCAGAAATA  TTTTGCCGGC
1051    AGTTTTTACC  GGGGCAGGTA  G它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 728>：
   1    MYRRKGRGIK  PWMDAGAAFA  ALVWLVFALG  DTLTPFAVAA  VLAYVLDPLV
  51    EWLQKKGLNR  ASASMSVMVF  SLILLLALLL  IIVPMLVGQF  NNLASRLPQL
 101    IGFMQNTLLP  WLKNTIGGYV  EIDQASIIAW  LQAHTGELSN  ALKAWFPVLM
 151    RQGGNIVSSI  GNLLLLPLLL  YYFLLDWQRW  SCGIAKLVPR  RFAGAYTRIT
 201    GNLNEVLGEF  LRGQLLVMLI  MGLVYGLGLV  LVGLDSGFAI  GMVAGILVFV
 251    PYLGAFTGLL  LATVAALLQF  GSWNGILAVW  AVFAVGQFLE  SFFITPKIVG
 301    DRIGLSPFWV  IFSLMAFGQL  MGFVGMLAGL  PLAAVTLVLL  REGVQKYFAG
 351    SFYRGR*ORF121a和ORF121-1在356个氨基酸的重叠区内显示出有99.2％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60orf121a.pep    MYRRKGRGIKPWMDAGAAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf121-1       MYRRKGRGIKPWMGAGAAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120orf121a.pep    ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf121-1       ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180orf121a.pep    EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNIVSSIGNLLLLPLLLYYFLLDWQRW
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf121-1       E1DQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNIVSSIGNLLLLPLLLYYFLLDWQRW
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240orf121a.pep    SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLVLVGLDSGFAI
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121-1    SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLVLVGLDSGFAI
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf121a.pep GMVAGILVFVPYLGAFTGLLLATVAALLQFGSWNGILAVWAVFAVGQFLESFFITPKIVG
            ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf121-1    GMLAGILVFVPYLGAFTGLLLATVAALLQFGSWNGILSVWAVFAVGQFLESFFITPKIVG
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350
orf121a.pep DRIGLSPFWVIFSLMAFGQLMGFVGMLAGLPLAAVTLVLLREGVQKYFAGSFYRGRX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121-1    DRIGLSPFWVIFSLMAFGQLMGFVGMLAGLPLAAVTLVLLREGVQKYFAGSFYRGRX
                   310       320       330       340       350
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF121和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF121ng)在156个氨基酸的重叠区内显示出有97.4％的相同性：
orf121.pep  MYRRKGRGIKPWMGAGXAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR  60
            |||||||||||||||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121ng    MYRRKGRGIKPWMGAGAAFAALVWLVYALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR  60
orf121.pep  ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV 120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121ng    ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV 120
orf121.pep  EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNI                         156
            ||||||||||:|||||||||||||||||||:|||||
orf121ng    EIDQASIIAWFQAHTGELSNALKAWFPVLMKQGGNIVSTIGNLLLPPLLLYYFLLDWHRW 180
预计ORF121ng核苷酸序列<SEQ ID 729>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID730>：
      1    MYRRKGRGIK  PWMGAGAAFA  ALVWLVYALG  DTLTPFAVAA  VLAYVLDPLV
     51    EWLQKKGLNR  ASASMSVMVF  SLILLLALLL  IIVPMLVGQF  NNLASRLPQL
    101    IGFMQNTLLP  WLKNTIGGYV  EIDQASIIAW  FQAHTGELSN  ALKAWFPVLM
    151    KQGGNIVSTI  GNLLLPPLLL  YYFLLDWHRW  SCGIPKLVPR  RFAGAYTRIT
    201    GNLNKVWGKF  LRGQLLGETE  RGAVVCRVGR  ECWEGGGARS  RPSDDGWPRW
    251    GGG*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 731>：
      1    ATGTATCGGA  GAAAAGGACG  GGGCATCAAG  CCGTGGATGG  GTGCCGGCGC
     51    GGCGTTTGCC  GCCTTGGTCT  GGCTGGTTTA  CGCGCTCGGC  GATACTTTGA
    101    CTCCGTTTGC  GGTTGCGGCG  GTGCTGGCGT  ATGTGTTGGA  CCCTTTGGTC
    151    GAATGGTTGC  AGAAAAAGGG  TTTGAACCGT  GCATCCGCTT  CGATGTCTGT
    201    GATGGTGTTT  TCCTTGATTT  TGTTGTTGGC  ATTATTGTTG  ATTATTGTCC
    251    CTATGCTGGT  CGGGCAGTTC  AATAATTTGG  CATCTCGCCT  GCCCCAATTA
    301    ATCGGTTTTA  TGCAGAACAC  GCTGCTGCCG  TGGTTGAAAA  ATACAATCGG
    351    CGGATATGTG  GAAATCGATC  AGGCATCTAT  TATTGCGTGG  TTTCAGGCGC
    401    ATACGGGCGA  GTTGAGCAAC  GCGCTTAAGG  CGTGGTTTCC  CGTTTTGATG
    451    AAACAGGGCG  GCAATATTGT  CAGCAGTATC  GGCAACCTGC  TGCTGCCGCC
    501    CTTGCTGCTT  TACTATTTCC  TGCTGGATTG  GCAGCGGTGG  TCGTGCGGCA
    551    TCGCCAAACT  GGTTCCGAGG  CGTTTTGCCG  GTGCTTATAC  GCGCATTACG
    601    GGTAATTTGA  ACGAGGTATT  GGGCGAATTT  TTGCGCGGTC  AGCTTCTGGT
    651    GATGCTGATT  ATGGGCTTGG  TTTACGGTTT  GGGATTGATG  CTAGTCGGAC
    701    TGGATTCGGG  ATTTGCCATC  GGTATGGTTG  CCGGTATTTT  GGTGTTTGTC
    751    CCCTATTTGG  GTGCGTTTAC  GGGATTGCTG  CTTGCCACTG  TTGCAGCCTT
    801    GCTCCAGTTC  GGTTCGTGGA  ACGGAATCTT  GGCTGTTTGG  GCGGTTTTTG
 851    CCGTCGGTCA  GTTTCTCGAA  AGTTTTTTCA  TTACGCCGAA  AATTGTAGGA
 901    GACCGTATCG  GCCTGTCGCC  GTTTTGGGTT  ATCTTTTCGC  TGATGGCGTT
 951    CGGAGAGCTG  ATGGGCTTTG  TCGGAATGTT  GGCCGGATTG  CCTTTGGCCG
1001    CCGTAACCTT  GGTCTTGCTT  CGCGAGGGCG  CGCAGAAATA  TTTTGCCGGC
1051    AGTTTTTACC  GGGGCAGGTA  G它对应于氨基酸序列<SEQ ID 732；ORF121ng-1>：
   1     MYRRKGRGIK  PWMGAGAAFA  ALVWLVYALG  DTLTPFAVAA  VLAYVLDPLV
  51     EWLQKKGLNR  ASASMSVMVF  SLILLLALLL  IIVPMLVGQF  NNLASRLPQL
 101     IGFMQNTLLP  WLKNTIGGYV  EIDQASIIAW  FQAHTGELSN  ALKAWFPVLM
 151     KQGGNIVSSI  GNLLLPPLLL  YYFLLDWQRW  SCGIAKLVPR  RFAGAYTRIT
 201     GNLNEVLGEF  LRGQLLVMLI  MGLVYGLGLM  LVGLDSGFAI  GMVAGILVFV
 251     PYLGAFTGLL  LATVAALLQF  GSWNGILAVW  AVFAVGQFLE  SFFITPKIVG
 301     DRIGLSPFWV  IFSLMAFGEL  MGFVGMLAGL  PLAAVTLVLL  REGAQKYFAG
 351     SFYRGR*ORF121ng-1和ORF121-1在356个氨基酸的重叠区内显示出有97.5％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf121-1.pep  MYRRKGRGIKPWMGAGAAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
          ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||orf121ng-1    MYRRKGRGIKPWMGAGAAFAALVWLVYALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf121-1.pep  ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf121ng-1    ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180orf121-1.pep  EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNIVSSIGNLLLLPLLLYYFLLDWQRW
          ||||||||||:|||||||||||||||||||:|||||||||||||| ||||||||||||||orf121ng-1    EIDQASIIAWFQAHTGELSNALKAWFPVLMKQGGNIVSSIGNLLLPPLLLYYFLLDWQRW
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240orf121-1.pep  SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLVLVGLDSGFAI
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||orf121ng-1    SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLMLVGLDSGFAI
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300orf121-1.pep  GMLAGILVFVPYLGAFTGLLLATVAALLQFGSWNGILSVWAVFAVGQFLESFFITPKIVG
          ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||orf121ng-1    GMVAGILVFVPYLGAFTGLLLATVAALLQFGSWNGILAVWAVFAVGQFLESFFITPKIVG
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320       330       340       350orf121-1.pep  DRIGLSPFWVIFSLMAFGQLMGFVGMLAGLPLAAVTLVLLREGVQKYFAGSFYRGRX
          ||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||orf121ng-1    DRIGLSPFWVIFSLMAFGELMGFVGMLAGLPLAAVTLVLLREGAQKYFAGSFYRGRX
                 310       320       330       340       350另外，ORF121ng-1显示出与流感嗜血菌的一种通透酶同源：sp|P43969|PERM_HAEIN推定的通透酶PERM同系物长度=349评分=69.9位(168)，估计值=2e-11相同性=67/317(21％)，阳性=120/317(37％)，空隙=7/317(2％)询问：26 VYALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWL-QKKGLNRASASMSVMVFSXXXXXXXXXXXVP 84
      +Y  GD + P  +A VL+Y+L+  + +L Q     R  A++ +               VP目标：32 IYFFGDLIAPLLIALVLSYLLEIPINFLNQYLKCPRMLATILIFGSFIGLAAVFFLVLVP 91
询问：85  MLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYVE-IDQASIIAWFQAHTGELSNALK 143
           ML  Q  +L S LP +     N    WL N    Y E ID + + + F +   ++    +
目标：92  MLWNQTISLLSDLPAMF----NKSNEWLLNLPKNYPELIDYSMVDSIFNSVREKILGFGE 147
询问：144 AWFPVLMKQGGNIVSSIGNXXXXXXXXXXXXXDWQRWSCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNL 203
           +   + +    N+VS                 D      G+++ +P+    A+ R    +
目标：148 SAVKLSLASIMNLVSLGIYAFLVPLMMFFMLKDKSELLQGVSRFLPKNRNLAFXRWK-EM 206
询问：204 NEVLGEFLRGQXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDSGFAIGMVAGILVFVPYXXXXXXXXXXX 263
            + +  ++ G+                    +    +    G+ V VPY
目标：207 QQQISNYIHGKLLEILIVTLITYIIFLIFGLNYPLLLAFAVGLSVLVPYIGAVIVTIPVA 266
询问：264 XXXXXQFGSWNGILAVWAVFAVGQFLESFFITPKIVGDRIGLSPFWVIFSLMAFGELMGF 323
                QFG       +   FAV Q L+   + P +  + + L P  +I S++ FG L GF
目标：267 LVALFQFGISPTFWYIIIAFAVSQLLDGNLLVPYLFSEAVNLHPLIIIISVLIFGGLWGF 326
询问：324 VGMLAGLPLAAVTLVLL 340
            G+   +PLA +   ++
目标：327 WGVFFAIPLATLVKAVI 343
根据该分析结果(包括两个蛋白中存在一个推定的前导序列和跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例94
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 733>：
      1  ..ACTGCTTTTT  CGGCGGCGCT  GCGCTTGAGT  CCATCATGAC  TCGTCATATT
     51    TTTGTCCTTT  GGGAAACCGT  ATCAACAAAC  AGCCGCCATC  TTAACATTTT
    101    TTTGCACGTC  CTGCCCGCCG  CGTTCAAATG  CGTACCAGCA  ATACCGCCGC
    151    CTGCGCCTCT  ATGCCTTCCA  TCCGCCCGAG  ATAGCCGAGT  TTTTCGTTGG
    201    TTTTGCCTTT  GATGTTGACG  CACGAAATGT  CTATGCCCAA  ATCGGCGGCG
    251    ATGTTGGCAC  GCATTTGCGG  AATGTGCGGC  GCGAGTGTGG  GTTTCTGTGC
    301    AATCACGGTC  GTATCGACAT  TGACCGCCTG  CCAACCCTGC  GCCTGAACGC
    351    TTTGATACGC  CGCACGCAAA  AGGACGCGGC  TGTCCGCATC  TTTGAACTCT
    401    GCGGCGGTGT  CGGGGAAATG  GCTGCCGATA  TCGCCCAAAC  CTGCCGCACC
    451    GAGCAGCGCG  TCGGTAACGG  CGTGCAGCAG  CGCATCGGCA  TCGGAGTGTC
    501    CGAGCAGCCC  TTTTTCAAAT  GGGATTTCAA  CTCCGCCAAG  TATCAG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 734；ORF122>：
      1  ..TAFSAALRLS  PSXLVIFLSF  GKPYQQTAAI  LTFFCTSCPP  RSNAYQQYRR
     51    LRLYAFHPPE  IAEFFVGFAF  DVDARNVYAQ  IGGDVGTHLR  NVRRECGFLC
    101    NHGRIDIDRL  PTLRLNALIR  RTQKDAAVRI  FELCGGVGEM  AADIAQTCRT
    151    EQRVGNGVQQ  RIGIGVSEQP  FFKWDFNSAK  YQ..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 735>：
      1    ATATCGTACT  GGGCAAGCAG  TTCGCCGGAT  TTTTTGGAAG  TAGATACCGC
     51    GCCTTTGATT  TTTTTGCCGC  TCTTACCCAA  GGCTTCGATG  AAAAAGTTGA
    101    TGGTCGAGCC  GGTACCGATG  CCGATATATT  CATTTTCGGG  TACGAATTCG
    151    ACTGCTTTTT  CGGCGGCGAT  GCGCTTGAGT  TCGTCTTGTG  TCGTCATATT
    201    TTTGTCCTTT  GGGAAACCGT  ATCAACAAAC  AGCCGCCATC  TTAACATTTT
    251    TTTGCACGTC  CTGCCCGCCG  CGTTCAAATG  CGTACCAGCA  ATACCGCCGC
    301    CTGCGCCTCT  ATGCCTTCCA  TCCGCCCGAG  ATAGCCGAGT  TTTTCGTTGG
    351    TTTTGCCTTT  GATGTTGACG  CACGAAATGT  CTATGCCCAA  ATCGGCGGCG
    401    ATGTTGGCAC  GCATTTGCGG  AATGTGCGGC  GCGAGTTTGG  GTTTCTGTGC
    451    AATCACGGTC  GTATCGACAT  TGACCGCCTG  CCAACCCTGC  GCCTGAACGC
    501    TTTGATACGC  CGCACGCAAA  AGGACGCGGC  TGTCCGCATC  TTTGAACTCT
    551    GCGGCGGTGT  CGGGGAAATG  GCTGCCGATA  TCGCCCAAAC  CTGCCGCACC
    601    GAGCAGCGCG  TCGGTAACGG  CGTGCAGCAG  CGCATCGGCA  TCGGAGTGTC
    651    CGAGCAGCCC  TTTTTCAAAT  GGGATTTCAA  CTCCGCCAAG  TATCAGCTTT
    701    CTGCCTTCGG  TCAGTTGGTG  GACATCGTAG  CCCTGTCCGA  TACGGATGTT
    751    CGTCATCGTT  TGTGTTCCTG  A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 736；ORF122-1>：
      1    ISYWASSSPD  FLEVDTAPLI  FLPLLPKASM  KKLMVEPVPM  PIYSFSGTNS
     51    TAFSAAMRLS  SSCVVIFLSF  GKPYQQTAAI  LTFFCTSCPP  RSNAYQQYRR
    101    LRLYAFHPPE  IAEFFVGFAF  DYDARNVYAQ  IGGDVGTHLR  NVRREFGFLC
    151    NHGRIDIDRL  PTLRLNALIR  RTQKDAAVRI  FELCGGVGEM  AADIAQTCRT
    201    EQRVGNGVQQ  RIGIGVSEQP  FFKWDFNSAK  YQLSAFGQLV  DIVALSDTDV
    251    RHRLCS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF122和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF122a)在182个氨基酸的重叠区内显示出有94.0％的相同性：
                                                 10        20        30
orf122.pep                               TAFSAALRLSPSXLVIFLSFGKPYQQTAAI
                                         ||||||:||| | :||||||||||||||||
orf122a    FLPLLPKASMKKLMVEPVPMPMYSFSGTNSTAFSAAMRLSSSCVVIFLSFGKPYQQTAAI
                   30        40        50        60        70        80
                   40        50        60        70        80        90
orf122.pep LTFFCTSCPPRSNAYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAFDVDARNVYAQIGGDVGTHLR
           |||| |||||||| ||||||||||||| |||:|||||||| |||||||||||||||||||
orf122a    LTFFXTSCPPRSNPYQQYRRLRLYAFHAPEITEFFVGFAFXVDARNVYAQIGGDVGTHLR
                   90       100       110       120       130       140
                  100       110       120       130       140       150
orf122.pep NVRRECGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRIFELCGGVGEMAADIAQTCRT
           |:||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf122a    NMRREFGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRIFELCGGVGEMAADIAQTCRT
                  150       160       170       180       190       200
                  160       170       180
orf122.pep EQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQ
           ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf122a    EQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLVDIVALSDTDVRHRLCSX
                  210       220       230       240       250
全长ORF122a核苷酸序列<SEQ ID 737>是：
    1    ATATCATATT  GGGCAAGCAG  TTCACTGGAT  TTTTTGGAAG  TAGATACCGC
   51    GCCTTTGATT  TTTTTGCCGC  TCTTACCCAA  GGCTTCGATG  AAAAAGTTGA
  101    TGGTCGAACC  GGTACCGATG  CCGATGTATT  CGTTTTCGGG  TACGAATTCG
  151    ACTGCNTTTT  CGGCGGCGAT  GCGCTTGAGT  TCGTCTTGTG  TCGTCATATT
  201    TTTGTCCTTT  GGGAAACCGT  ATCAACAAAC  AGCCGCCATC  TTAACATTTT
  251    TTNNNACGTC  CTGCCCGCCG  CGTTCAAATC  CTTACCAGCA  ATACCGCCGC
  301    CTGCGACTCT  ATGCCTTCCA  TGCGCCCGAG  ATAACCGAGT  TTTTCGTTGG
  351    TTTTGCCTTT  GANGTTGACG  CACGAAATGT  CTATGCCCAA  ATCGGCGGCG
  401    ATGTTGGCAC  GCATTTGCGG  AATATGCGGC  GCGAGTTTGG  GTTTCTGTGC
  451    AATCACGGTC  GTATCGACAT  TGACCGCCTG  CCAACCCTGC  GCCTGAACGC
  501    TTTGATACGC  CGCACGCAAA  AGGACGCGGC  TGTCCGCATC  TTTGAACTCT
  551    GCGGCGGTGT  CGGGGAAATG  GCTGCCGATA  TCGCCCAAAC  CTGCCGCACC
  601    GAGCAGCGCG  TCGGTAACGG  CGTGCAGCAG  CGCATCGGCA  TCGGAGTGTC
  651    CGAGCAGCCC  TTTTTCAAAT  GGGATTTCAA  CTCCGCCAAG  TATCAGCTTT
  701    CTGCCTTCGG  TCAGTTGGTG  GACATCGTAG  CCCTGTCCGA  TACGGATGTT
  751    CGTCATCGTT  TGTGTTCCTG  A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 738>：
      1  ISYWASSSLD FLEVDTAPLI FLPLLPKASM KKLMVEPVPM PMYSFSGTNS
     51  TAFSAAMRLS SSCVVIFLSF GKPYQQTAAI LTFFXTSCPP RSNPYQQYRR
    101  LRLYAFHAPE ITEFFVGFAF XVDARNVYAQ IGGDVGTHLR NMRREFGFLC
    151  NHGRIDIDRL PTLRLNALIR RTQKDAAVRI FELCGGVGFM AADIAQTCRT
    201  EQRVGNGVQQ RIGIGVSEQP FFKWDFNSAK YQLSAFGQLV DIVALSDTDV
    251  RHRLCS*
ORF122a和ORF122-1在256个氨基酸的重叠区内显示出有96.9％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf122a.pep ISYWASSSLDFLEVDTAPLIFLPLLPKASMKKLMVEPVPMPMYSFSGTNSTAFSAAMRLS
            |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf122-1    ISYWASSSPDFLEVDTAPLIFLPLLPKASMRKLMVEPVPMPIYSFSGTNSTAFSAAMRLS
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf122a.pep SSCVVIFLSFGKPYQQTAAILTFFXTSCPPRSNPYQQYRRLRLYAFHAPEITEFFVGFAF
            |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||:||||||||
orf122-1    SSCVVIFLSFGKPYQQTAAILTFFCTSCPPRSNAYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAF
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf122a.pep XVDARNVYAQIGGDVGTHLRNMRREFGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRI
             ||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf122-1    DVDARNVYAQIGGDVGTHLRNYRREFGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRI
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf122a.pep FELCGGVGEMAADIAQTCRTEQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLV
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf122-1    FELCGGVGEMAADIAQTCRTEQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLV
                   190       200       210       220       230       240
                   250
orf122a.pep DIVALSDTDVRHRLCSX
            |||||||||||||||||
orf122-1    DIVALSDTDVRHRLCSX
                   250
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF122和淋病奈瑟球菌的ORF(ORF122ng)在182个氨基酸的重叠区内显示出有89.6％的相同性：
orf122.pep                                TAFSAALRLSPSXLVIFLSFGKPYQQTAAI  30
                                          ||||||:||| | :||||||||||||||||
orf122ng    FLPLLPKASMKKLMVEPVPMPMYSFSGTNSTAFSAAMRLSSSCVVIFLSFGKPYQQTAAI  80
orf122.pep  LTFFCTSCPPRSNAYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAFDVDARNVYAQIGGDVGTHLR  90
            ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||:||||: :|||||||||||
orf122ng    LTFFCTSWPPRSNPYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAFDIDARNIDTQIGGDVGTHLR 140
orf122.pep  NVRRECGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRIFELCGGVGEMAADIAQTCRT 150
            ||| | ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||
orf122ng    NVRCEFGFLCNHGRIDIDHLPTLRLNALIRRTQKDAAVRIFELCGGVGKMAADVAQTCRT 200
orf122.pep  EQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQ                          182
            |||||||||||:|| : |||||||||||||||
orf122ng    EQRVGNGVQQRVGIRMPEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLVDIVALSDTDIRHRLCS  256
全长ORF122ng核苷酸序列<SEQ ID 739>是：
      1  ATGTCGTACC GGGCAAGCAG TTCGCCGGAT TTTTTGGAGG TTGAAACCGC
     51  GCCTTTGATT TTTTTACCGC TTTTGCCCAA GGCTTCGATG AAGAAATTGa
    101  tgGTCGAACC GgtaCCGATG CCGATGTATT CGTTTTCGGG TACGAATTCG
    151  ACTGCTTTTT CGGCGGCGAT GCGCttgAgt TCgtcttgcg TcgTCATATT
    201  TTTAtccttt gGGAAaccct atcaAcaAAc agccgccatC TTAACATTTT
    251  TTTGCACGtc ctggccgccg cgttcaAATc cgtaccaGca ataccgccgc
    301  ctgcgcctCT AtgcCTTCCA TCCGCCCGAG ATAGCCGAGT TTTTCGTTGG
    351  TTTTGCCTTT GATatTGACG CACGAAATAT CGatacCCAa atcggcgGCG
    401  ATGTTGGCAC GCATTTGCGG AATGTGCGGT GCGAGTTTGG GTTTCTGTGC
    451  AATCACGGTC GTATCGACAT TGACCACCTG CCAACCCTGC GCCTGAACGC
    501  TTTGATACGC CGCACGCAAA AGGACGCGGC TGTCCGCATC TTTGAACTCT
    551  GCGGCGGTGT CGGGAAAATG GCTGCCGATG TCGCCCAAAC CTGCCGCACC
    601  GAGCAGCgcg tcggtaaCGG CGTGCAGCAG cgcgTcgGCA TCCGAATGCC
    651  CGAGCAGCCC TTTTTCAAAT GGGATTTCAA CTCCGCCAAG TATCAGCTTT
    701  CTGCCTTCGG TCAATTGGTG GACATCGTAG CCCTGTCCGA TACGGATATT
    751  CGTCATCGTT TGTGTTCCTG A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 740>：
      1  MSYRASSSPD FLEVETAPLI FLPLLPKASM KKLMVEPVPM PMYSFSGTNS
     51  TAFSAAMRLS SSCVVIFLSF GKPYQQTAAI LTFFCTSWPP RSNPYQQYRR
    101  LRLYAFHPPE IAEFFVGFAF DIDARNIDTQ IGGDVGTHLR NVRCEFGFLC
    151  NHGRIDIDHL PTLRLNALIR RTQKDAAVRI FELCGGVGKM AADVAQTCRT
    201  EQRVGNGVQQ RVGIRMPEQP FFKWDFNSAK YQLSAFGQLV DIVALSDTDI
    251  RHRLCS*
ORF122ng和ORF122-1在256个氨基酸的重叠区内显示出有92.6％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf122-1.pep ISYWASSSPDFLEVDTAPLIFLPLLPKASMKKLMVEPVPMPIYSFSGTNSTAFSAAMRLS
             :|| ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf122ng     MSYRASSSPDFLEVETAPLIFLPLLPKASMKKLMVEPVPMPMYSFSGTNSTAFSAAMRLS
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf122-1.pep SSCVVIFLSFGKPYQQTAAILTFFCTSCPPRSNAYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAF
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
orf122ng     SSCVVIFLSFGKPYQQTAAILTFFCTSWPPRSNPYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAF
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf122-1.pep DVDARNVYAQIGGDVGTHLRNVRREFGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRI
             |:||||: :|||||||||||||| ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf122ng     DIDARNIDTQIGGDVGTHLRNVRCEFGFLCNHGRIDIDHLPTLRLNALIRRTQKDAAVRI
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf122-1.pep FELCGGVGEMAADIAQTCRTEQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLV
             ||||||||:||||:|||||||||||||||||:|| : |||||||||||||||||||||||
orf122ng     FELCGGVGKMAADVAQTCRTEQRVGNGVQQRVGIRMPEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLV
                    190       200       210       220       230       240
                    250
orf122-1.pep DIVALSDTDVRHRLCSX
             |||||||||:|||||||
orf122ng     DIVALSDTDIRHRLCSX
                    250
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例95
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 741>：
     1  ..GCCGGCGCGA  GTGCGAACAA  CATTTCCGCG  CGTTTTGCGG  AAACACCCGT
    51    CGCTGTCAGC  GTTACCCTGA  TCGGCACGGT  ACTTGCCGTC  ATGCTGCCCG
   101    TTACCGAATA  TGAAAACTTC  CTGCTGCTTA  TCGGCTCGGT  ATTTGCGCCG
   151    ATGGGGCGGA  TTTTGATTGC  CGACTTTTTC  GTCTTGAAAC  GGCGTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 742；ORF125>：
     1  ..AGASANNISA  RFAETPVAVS  VTLIGTVLAV  MLPVTEYENF  LLLIGSVFAP
    51    MGGFDCRLFR  LETA*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 743>：
     1    ATGTCGGGCA  ATGCCTCCTC  TCCTTCATCT  TCCTCCGCCA  TCGGGCTGAT
    51    TTGGTTCGGC  GCGGCGGTAT  CGATTGCCGA  AATCAGCACG  GGTACGCTGC
   101    TTGCGCCTTT  GGGCTGGCAG  CGCGGTCTGG  CGGCTCTACT  TTTGGGTCAT
   151    GCCGTCGGCG  GCGCGCTGTT  TTTTGCGGCG  GCGTATATCG  GCGCACTGAC
   201    CGGACGCAGC  TCGATGGAAA  GCGTGCGCCT  GTCGTTCGGC  AAACGCGGTT
   251    CAGTGCTGTT  TTCCGTGGCG  AATATGCTGC  AACTGGCCGG  CTGGACGGCG
   301    GTGATGATTT  ACGCCGGCGC  AACGGTCAGC  TCCGCTTTGG  GCAAAGTGTT
   351    GTGGGACGGC  GAATCTTTTG  TCTGGTGGGC  ATTGGCAAAC  GGCGCGCTGA
   401    TTGTGCTGTG  GCTGGTTTTC  GGCGCACGCA  AAACAGGCGG  GCTGAAAACC
   451    GTTTCGATGC  TGCTGATGCT  GTTGGCGGTT  CTGTGGCTGA  GTGCCGAAGT
   501    CTTTTCCACG  GCAGGCAGCA  CCGCCGCACA  GGTTTCAGAC  GGCATGAGTT
   551    TCGGAACGGC  AGTCGAGCTG  TCCGCCGTGA  TGCCGCTTTC  CTGGCTGCCG
   601    CTTGCCGCCG  ACTACACGCG  CCACGCGCGC  CGCCCGTTTG  CGGCAACCCT
   651    GACGGCAACG  CTCGCCTACA  CGCTGACCGG  CTGCTGGATG  TATGCCTTGG
   701    GTTTGGCAGC  GGCGTTGTTC  ACCGGAGAAA  CCGACGTGGC  AAAAATCCTG
   751    CTGGGCGCAG  GTTTGGGTGC  GGCAGGCATT  TTGGCGGTCG  TCCTCTCCAC
   801    CGTTACCACA  ACGTTTCTCG  ATGCCTATTC  CGCCGGCGCG  AGTGCGAACA
   851    ACATTTCCGC  GCGTTTTGCG  GAAACACCCG  TCGCTGTCGG  CGTTACCCTG
   901    ATCGGCACGG  TACTTGCCGT  CATGCTGCCC  GTTACCGAAT  ATGAAAACTT
   951    CCTGCTGCTT  ATCGGCTCGG  TATTTGCGCC  GATGGCGGCG  GTTTTGATTG
  1001    CCGACTTTTT  CGTCTTGAAA  CGGCGTGAGG  AGATTGAAGG  CTTTGACTTT
  1051    GCCGGACTGG  TTCTGTGGCT  TGCGGGCTTC  ATCCTCTACC  GCTTCCTGCT
  1101    CTCGTCCGGC  TGGGAAAGCA  GCATCGGTCT  GACCGCCCCC  GTAATGTCTG
  1151    CCGTTGCCAT  TGCCACCGTA  TCGGTACGCC  TTTTCTTTAA  AAAAACCCAA
  1201    TCTTTACAAA  GGAACCCGTC ATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 744；ORF125-1>：
     1    MSGNASSPSS  SSAIGLIWFG  AAVSIAEIST  GTLLAPLGWQ  RGLAALLLGH
    51    AVGGALFFAA  AYIGALTGRS  SMESVRLSFG  KRGSVLFSVA  NMLQLAGWTA
   101    VMIYAGATVS  SALGKVLWDG  ESFVWWALAN  GALIVLWLVF  GARKTGGLKT
   151    VSMLLMLLAV  LWLSAEVFST  AGSTAAQVSD  GMSFGTAVEL  SAVMPLSWLP
   201    LAADYTRHAR  RPFAATLTAT  LAYTLTGCWM  YALGLAAALF  TGETDVAKIL
   251    LGAGLGAAGI  LAVVLSTVTT  TFLDAYSACA  SANNISARFA  ETPVAVGVTL
   301    IGTVLAVMLP  VTEYENFLLL  IGSVFAPMAA  VLIADFFVLK  RREEIEGFDF
   351    AGLVLWLAGF  ILYRFLLSSG  WESSIGLTAP  VMSAVAIATV  SVRLFFKKTQ
   401    SLQRNPS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF125和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF125a)在51个氨基酸的重叠区内显示出有76.5％的相同性：
                                     10        20        30
orf125.pep                   AGASANNISARFAETPVAVSVTLIGTVLAV
                                     ||:|||||||:::| |:||:|:::||:|||orf125a    KILLGAGLGAAGILAVVLSTVTTTFLDAYSAGVSANNISAKLSEIPIAVAVAVVGTLLAV
       250       260       270       280       290       300
               40        50        60orf125.pep MLPVTEYENFLLLIGSVFAPMGGFDCRLFRLETAX
       :||||||||||||||||||||:orf125a    LLPVTEYENFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEG
       310       320       330       340该ORF125a的部分核苷酸序列<SEQ ID 745>是：
   1    ATGTCGGGCA  ATGCCTCCTC  TCNTTCATCT  TCCGCCGCCA  TCGGGCTGAT
  51    TTGGTTCGGC  GCGGCGGTAT  CGATTGCCGA  AATCAGCACG  GGTACACTGC
 101    TTGCGCCTTT  GGGCTGGCAG  CGCGGTCTGG  CNGCTCTGCT  TTTGGGTCAT
 151    GCCGTCGGCG  GCGCGCTGTT  TTTTGCGGCG  GCGTATATCG  GCGCACTGAC
 201    CGGACNCANC  TCGATGGAAA  GCGTGCGCCT  GTCGTTCGGC  AAACGCGGTT
 251    CAGTGCTGTT  TTCCGTGGCG  AATATGCTGC  AACTGGCCGG  CTGGACGGCG
 301    GTGATGATTT  ACGCCGGCGC  AACGGTCAGC  TCCGCTTTGG  GCAAAGTGTT
 351    GTGGGACGGC  GAATCTTTTG  TCTGGTGGGC  ATTGGCAAAC  GGCGCGCTGA
 401    TTGTGCTGTG  GCTGGTTTTC  GGCGCACGCA  AAACAGGCGG  GCTGAAAACC
 451    GTTTCGATGC  TGCTGATGCT  GTTGGCGGTT  CTGTGGCTGA  GTGCCGAANT
 501    NTTTTCCACG  GCAGGCAGCA  CCGCCGCANN  GGTNNCAGAC  GGCATGAGTT
 551    TCGGAACGGC  AGTCGAGCTG  TCCGCCGTNA  TGCCGCTTTC  TTGGCTGCCG
 601    CTGGCCGCCG  ACTACACGCG  CCACGCGCGC  CGCCCGTTTG  CGGCAACCCT
 651    GACGGCAACG  CTCGCCTACA  CGCTGACCGG  CTGCTGGATG  TATGCCTTGG
 701    GTTTGGCAGC  GGCGTTGTTC  ACCGGAGAAA  CCGACGTGGC  AAAAATCCTG
 751    CTGGGCGCAG  GTTTGGGTGC  GGCAGGCATT  TTGGCGGTCG  TCCTGTCGAC
 801    CGTTACCACC  ACTTTTCTCG  ATGCNTACTC  CGCCGGCGTA  AGTGCCAACA
 851    ATATTTCCGC  CAAACTTTCG  GAAATACCNA  TCGCCGTTGC  CGTCGCCGTT
 901    GTCGGCACAC  TGCTTGCCGT  CCTCCTGCCC  GTTACCGAAT  ATGAAAACTT
 951    CCTGCTGCTT  ATCGGCTCGG  TATTTGCGCC  GATGGCGGCG  GTTTTGATTG
1001    CCGACTTTTT  CGTCTTGAAA  CGGCGTGAGG  AGATTGAAGG  C..它编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEQ ID 746>：
   1    MSGNASSXSS  SAAIGLIWFG  AAVSIAEIST  GTLLAPLGWQ  RGLAALLLGH
  51    AVGGALFFAA  AYIGALTGXX  SMESVRLSFG  KRGSVLFSVA  NMLQLAGWTA
 101    VMIYAGATVS  SALGKVLWDG  ESFVWWALAN  GALIVLWLVF  GARKTGGLKT
 151    VSMLLMLLAV  LWLSAEXFST  AGSTAAXVXD  GMSFGTAVEL  SAVMPLSWLP
 201    LAADYTRHAR  RPFAATLTAT  LAYTLTGCWM  YALGLAAALF  TGETDVAKIL
 251    LGAGLGAAGI  LAVVLSTVTT  TFLDAYSAGV  SANNISAKLS  EIPIAVAVAV
 301    VGTLLAVLLP  VTEYENFLLL  IGSVFAPMAA  VLIADFFVLK  RREEIEG..ORF125a和ORF125-1在347个氨基酸的重叠区内显示出有94.5％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf125a.pep MSGNASSXSSSAAIGLIWFGAAVSIAEISTGTLLAPLGWQRGLAALLLGHAVGGALFFAA
        ||||||| |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf125-1    MSGNASSPSSSSAIGLIWFGAAVSIAEISTGTLLAPLGWQRGLAALLLGHAVGGALFFAA
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf125a.pep AYIGALTGXXSMESVRLSFGKRGSVLFSVANMLQLAGWTAVMIYAGATVSSALGKVLWDG
        ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf125-1    AYIGALTGRSSMESVRLSFGKRGSVLFSVANMLQLAGWTAVMIYAGATVSSALGKVLWDG
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf125a.pep ESFVWWALANGALIVLWLVFGARKTGGLKTVSMLLMLLAVLWLSAEXFSTAGSTAAXVXD
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |orf125-1    ESFVWWALANGALIVLWLVFGARKTGGLKTVSMLLMLLAVLWLSAEVFSTAGSTAAQVSD
               130       140       150       160       110       180
                   190       200       210       220       230       240
orf125a.pep GMSFGTAVELSAVMPLSWLPLAADYTRHARRPFAATLTATLAYTLTGCWMYALGLAAALF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125-1    GMSFGTAVELSAVMPLSWLPLAADYTRHARRPFAATLTATLAYTLTGCWMYALGLAAALF
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf125a.pep TGETDVAKILLGAGLGAAGILAVVLSTVTTTFLDAYSAGVSANNISAKLSEIPIAVAVAV
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||:::| |:||:|::
orf125-1    TGETDVAKILLGAGLGAAGILAVVLSTVTTTFLDAYSAGASANNISARFAETPVAVGVTL
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340
orf125a.pep VGTLLAVLLPVTEYENFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEG
            :||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125-1    IGTVLAVMLPVTEYENFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEGFDFAGLVLWLAGF
                   310       320       330       340       350       360
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF125和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF125ng)在65个氨基酸的重叠区内显示出有86.2％的相同性：
orf125.pep                                AGASANNISARFAETPVAVSVTLIGTVLAV  30
                                          |||||||||||||| ||||:|||| |||||
orf125ng    KILLGAGLGITGILAVVLSTVTTTFLDTYSAGASANNISARFAEIPVAVGVTLIRTVLAV 308
orf125.pep  MLPVTEYENFLLLIGSVFAPM-GGFDCRLFRLETA 64
            |||||||:|||||| |||:|| |||||||| |:||
orf125ng    MLPVTEYKNFLLLIRSVFGPMAGGFDCRLFCLKTA 343
预计ORF125ng核苷酸序列<SEQ ID 747>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID748>：
      1    MSGNASSPSS  SAAIGLVWFG  AAVSIAEIST  GTLLAPLGWQ  RGLAALLLGH
     51    AVGGALFFAA  AYIGALTGRS  SMESVRLSFG  KCGSVLFSVA  NMLQLAGWTA
    101    VMIYVGATVS  SALGKVLWDG  ESFVWWALAN  GALIVLWLVF  GARRTGGLKT
    151    VSMLLMLLAV  LWLSVEVFAS  SGTNAAPAVS  DGMTFGTAVE  LSAVMPLSWL
    201    PLAADYTRQA  RRPFAATLTA  TLAYTLTGCW  MYALGLAAAL  FTGETDVAKI
    251    LLGAGLGITG  ILAVVLSTVT  TTFLDTYSAG  ASANNISARF  AEIPVAVGVT
    301    LIRTVLAVML  PVTEYKNFLL  LIRSVFGPMA  GGFDCRLFCL  KTA*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 749>：
      1    ATGTCGGGCA  ATGCCTCCTC  TCCTTCATCT  TCCGCCGCCA  TCGGGCTGGT
     51    TTGGTTCGGC  GCGGCGGTAT  CGATTGCCGA  AATCAGCACG  GGTACGCTGC
    101    TCGCCCCCTT  GGGCTGGCAG  CGCGGTCTGG  CGGCCCTGCT  TTTGGGTCAT
    151    GCCGTCGGCG  GCGCGCTGTT  TTTTGCGGCG  GCGTATATCG  GCGCACTGAC
    201    CGGACGCAGC  TCGATGGAAA  GTGTGCGCCT  GTCGTTCGGC  AAATGCGGTT
    251    CAGTGCTGTT  TTCCGTGGCG  AATATGCTGC  AACTGGCCGG  CTGGACGGCG
    301    GTGATGATTT  ACGTCGGCGC  AACGGTCAGC  TCCGCTTTGG  GCAAAGTGTT
    351    GTGGGACGGC  GAATCCTTTG  TCTGGTGGGC  ATTGGCAAAC  GGCGCACTGA
    401    TCGTGCTGTG  GCTGGTTTTC  GGCGCACGCA  GAACGGGCGG  GCTGAAAACC
    451    GTTTCGATGC  TGCTGATGCT  GCTTGCCGTG  TTGTGGTTGA  GCGTCGAAGT
    501    GTTCGCTTCG  TCCGGCACAA  ACGCCGCGCC  CGCCGTTTCA  GACGGCATGA
    551    CCTTCGGAAC  GGCAGTCGAA  CTGTCCGCCG  TCATGCCGCT  TTCCTGGCTG
    601    CCGCTGGCCG  CCGACTACAC  GCGCCAAGCA  CGCCGCCCGT  TTGCGGCAAC
    651    CCTGACGGCA  ACGCTCGCCT  ATACGCTGAC  GGGCTGCTGG  ATGTATGCCT
    701    TGGGTTTGGC  GGCGGCTCTG  TTTACCGGAG  AAACCGACGT  GGCGAAAATC
    751    CTGTTGGGCG  CGGGCTTGGG  CATAACGGGC  ATTCTGGCAG  TCGTCCTCTC
    801    CACCGTTACC  ACAACGTTTC  TCGATACCTA  TTCCGCCGGC  GCGAGTGCGA
    851    ACAACATTTC  CGCGCGTTTT  GCGGAAATAC  CCGTCGCTGT  CGGCGTTACC
 901   CTGATCGGCA  CGGTGCTTGC  CGTCATGCTG  CCCGTTACCG  AATATAAAAA
 951   CTTCCTGCTG  CTTATCGGCT  CGGTATTTGC  GCCGATGGCG  GCGGTTTTGA
1001   TTGCCGACTT  TTTCGTCTTA  AAACGGCGTG  AGGAGATTGA  AGGCTTTGAC
1051   TTTGCCGGAC  TGGTTCTGTG  GCTGGCAGGC  TTCATCCTCT  ACCGCTTCCT
1101   GCTCTCGTCC  GGTTGGGAAA  GCAGCATCGG  TCTGACCGCC  CCCGTAATGT
1151   CTGCCGTTGC  CATTGCCACC  GTATCGGTAC  GCCTTTTCTT  TAAAAAAACC
1201   CAATCTTTAC  AAAGGAACCC  GTCATGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 750；ORF125ng-1>：
   1    MSGNASSPSS  SAAIGLVWFG  AAVSIAEIST  GTLLAPLGWQ  RGLAALLLGH
  51    AVGGALFFAA  AYIGALTGRS  SMESVRLSFG  KCGSVLFSVA  NMLQLAGWTA
 101    VMIYVGATVS  SALGKVLWDG  ESFVWWALAN  GALIVLWLVF  GARRTGGLKT
 151    VSMLLMLLAV  LWLSVEVFAS  SGTNAAPAVS  DGMTFGTAVE  LSAVMPLSWL
 201    PLAADYTRQA  RRPFAATLTA  TLAYTLTGCW  MYALGLAAAL  FTGETDVAKI
 251    LLGAGLGITG  ILAVVLSTVT  TTFLDTYSAG  ASANNISARF  AEIPVAVGVT
 301    LIGTVLAVML  PVTEYKNFLL  LIGSVFAPMA  AVLIADFFVL  KRREEIEGFD
 351    FAGLVLWLAG  FILYRFLLSS  GWESSIGLTA  PVMSAVAIAT  VSVRLFFKKT
 401    QSLQRNPS*ORF125ng-1和ORF125-1在408个氨基酸的重叠区内显示出有95.1％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60orf125-1.pep  MSGNASSPSSSSAIGLIWFGAAVSIAEISTGTLLAPLGWQRGLAALLLGHAVGGALFFAA
          |||||||||||:||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf125ng-1    MSGNASSPSSSAAIGLVWFGAAVSIAEISTGTLLAPLGWQRGLAALLLGHAVGGALFFAA
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120orf125-1.pep  AYIGALTGRSSMESVRLSFGKRGSVLFSVANMLQLAGWTAVMIYAGATVSSALGKVLWDG
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||orf125ng-1    AYIGALTGRSSMESVRLSFGKCGSVLFSVANMLQLAGWTAVMIYVGATVSSALGKVLWDG
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       179orf125-1.pep  ESFVWWALANGALIVLWLVFGARKTGGLKTVSMLLMLLAVLWLSAEVFSTAGSTAAQ-VS
          |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||:|||:::|::||  ||orf125ng-1    ESFVWWALANGALIVLWLVFGARRTGGLKTVSMLLMLLAVLWLSVEVFASSGTNAAPAVS
                 130       140       150       160       170       180
        180       190       200       210       220       230      239orf125-1.pep  DGMSFGTAVELSAVMPLSWLPLAADYTRHARRPFAATLTATLAYTLTGCWMYALGLAAAL
          |||:||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||orf125ng-1    DGMTFGTAVELSAVMPLSWLPLAADYTRQARRPFAATLTATLAYTLTGCWMYALGLAAAL
                 190       200       210       220       230       240
        240       250       260       270       280       290      299orf125-1.pep  FTGETDVAKILLGAGLGAAGILAVVLSTVTTTFLDAYSAGASANNISARFAETPVAVGVT
          ||||||||||||||||| :||||||||||||||||:|||||||||||||||| |||||||orf125ng-1    FTGETDVAKILLGAGLGITGILAVVLSTVTTTFLDTYSAGASANNISARFAEIPVAVGVT
                 250       260       270       280       290       300
        300       310       320       330       340       350      359orf125-1.pep  LIGTVLAVMLPVTEYENFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEGFDFAGLVLWLAG
          |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf125ng-1    LIGTVLAVMLPVTEYKNFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEGFDFAGLVLWLAG
                 310       320       330       340       350       360
        360       370       380       390       400orf125-1.pep  FILYRFLLSSGWESSIGLTAPVMSAVAIATVSVRLFFKKTQSLQRNPSX
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf125ng-1    FILYRFLLSSGWESSIGLTAPVMSAVAIATVSVRLFFKKTQSLQRNPSX
                  370       380       390       400
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在推定的前导序列和跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例96
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 751>：
     1    ATGACCCGTA  TCGCCATCCT  CGGCGGCGGC  CTCTCGGGAA  GGCTGACCGC
    51    GTTGCAGCTT  GCAGAACAAG  GTTATCAGAT  TGCACTTTTC  GATAAAAGCT
   101    GCCGCCGGGG  CGAACACGCC  GCCGCCTATG  TAGCCGCCGC  CATGCTCGCG
   151    CCTGCAGCGG  A.ACGGTCGA  AGCCACGCCC  GAAGTGGTCA  GGCTGGGCAG
   201    GCAGAGCATC  CCGCTTTGGC  GCGGCATCCG  ATGCCGTCTG  AACACGCACA
   251    CGATGATGCA  GGAAAACGGC  AGCCTGATTG  TATGGCACGG  GCAGGACAAG
   301    CCATTATCCA  GCGAGTTCGT  CCGCCATCTC  AAACGCGGCG  GCGT.ACGGA
   351    TGACGAAATC  GTCCGTTGGC  GCGCCGACGA  CATCGCCGAA  CGCGAACCGC
   401    AACTCGGCGG  ACGTTTTTAA  GACGGCATCT  ACCTGCCGAC  CGAAGC.CAG
   451    CTCGACGGGC  GGCAATTATA  GTCTGCACTT  GCCGACGCTT  TGGACGAACT
   501    GAACGTCCCC  TGCCATTGGG  AACACGAATG  CGTCCCCGAA  GCCFGCAAG.
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 752；ORF126>：
     1    MTRIAILGGG  LSGRLTALQL  AEQGYQIALF  DKSCRRGEHA  AAYVAAAMLA
    51    PAAXTVEATP  EVVRLGRQSI  PLWRGIRCRL  NTHTMMQENG  SLIVWHGQDK
   101    PLSSEFVRHL  KRGGXTDDEI  VRWRADDIAE  REPQLGGRFX  DGIYLPTEXQ
   151    LDGRQLXSAL  ADALDELNVP  CHWEHECVPE  ACK...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 753>：
     1    ATGACCCGTA  TCGCCATCCT  CGGCGGCGGC  CTCTCGGGAA  GGCTGACCGC
    51    GTTGCAGCTT  GCAGAACAAG  GTTATCAGAT  TGCACTTTTC  GATAAAGGCT
   101    GCCGCCGGGG  CGAACACGCC  GCCGCCTATG  TTGCCGCCGC  CATGCTCGCG
   151    CCTGCGGCGG  AAGCGGTCGA  AGCCACGCCC  GAAGTGGTCA  GGCTGGGCAG
   201    GCAGAGCATC  CCGCTTTGGC  GCGGCATCCG  ATGCCGTCTG  AACACGCACA
   251    CGATGATGCA  GGAAAACGGC  AGCCTGATTG  TGTGGCACGG  GCAGGACAAG
   301    CCATTATCCA  GCGAGTTCGT  CCGCCATCTC  AAACGCGGCG  GCGTAGCGGA
   351    TGACGAAATC  GTCCGTTGGC  GCGCCGACGA  CATCGCCGAA  CGCGAACCGC
   401    AACTCGCCGG  ACGTTTTTCA  GACGCCATCT  ACCTGCCGAC  CGAAGGCCAG
   451    CTCGACGGGC  GGCAAATATT  GTCTGCACTT  GCCGACGCTT  TGGACGAACT
   501    GAACGTCCCC  TGCCATTGGG  AACACGAATG  CGTCCCCGAA  GGCCTGCAAG
   551    CCCAATACGA  CTGGCTGATC  GACTGCCGCG  GCTACGGCGC  AAAAACCGCG
   601    TGGAACCAAT  CCCCCGAGCA  CACCAGCACC  CTGCGCGGCA  TACGCGGCGA
   651    AGTGGCGCGG  GTTTACACAC  CCGAAATCAC  GCTCAACCGC  CCCGTGCGTC
   701    TGCTCCATCC  GCGTTATCCG  CTCTACATCG  CCCCGAAAGA  AAACCACGTC
   751    TTCGTCATCG  GCGCGACCCA  AATCGAAAGC  GAAAGCCAAG  CCCCCGCCAG
   801    CGTGCGTTCA  GGGTTGGAAC  TCTTGTCCGC  ACTCTATGCC  ATCCACCCCG
   851    CCTTCGGCGA  AGCCGACATC  CTCGAAATCG  CCACCGGCCT  GCGCCCCACG
   901    CTCAACCACC  ACAACCCCGA  AATCCGTTAC  AACCGCGCCC  GACGCCTGAT
   951    TGAAATCAAC  GGCCTTTTCC  GCCACGGTTT  CATGATCTCC  CCCGCCGTAA
  1001    CCGCCGCCGC  CGCCAGATTG  GCAGTGGCAC  TGTTTGACGG  AAAAGACGCG
  1051    CCCGAACGCG  ATAAAGAAAG  CGGTTTGGCG  TATATCCGAA  GACAAGATTA
  1101    A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 754；ORF126-1>：
     1    MTRIAILGGG  LSGRLTALQL  AEQGYQIALF  DKGCRRGEHA  AAYVAAAMLA
    51    PAAEAVEATP  EVVRLGRQSI  PLWRGIRCRL  NTHTMMQENG  SLIVWHGQDK
   101    PLSSEFVRHL  KRGGVADDEI  VRWRADDIAE  REPQLGGRFS  DGIYLPTEGQ
   151    LDGRQILSAL  ADALDELNVP  CHWEHECVPE  GLQAQYDWLI  DCRGYGAKTA
   201    WNQSPEHTST  LRGIRGEVAR  VYTPEITLNR  PVRLLHPRYP  LYIAPKENHV
   251    FVIGATQIES  ESQAPASVRS  GLELLSALYA  IHPAFGEADI  LEIATGLRPT
   301   LNHHNPEIRY  NRARRLIEIN  GLFRHGFMIS  PAVTAAAARL  AVALFDGKDA
   351   PERDKESGLA  YIRRQD*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF126和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF126a)在180个氨基酸的重叠区内显示出有90.0％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf126.pep MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKSCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAXTVEATP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| :|||||
orf126a    MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKGCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf126.pep EVVRLGRQSIPLWRGIRCRLNTHTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGXTDDEI
           |||||||| |||||||||:|:| :|| ||||||||||||||||:|||||||||| :|| |
orf126a    EVVRLGRQXIPLWRGIRCHLKTPAMMXENGSLIVWHGQDKPLSNEFVRHLKRGGVADDXI
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf126.pep VRWRADDIAEREPQLGGRFXDGIYLPTEXQLDGRQLXSALADALDELNVPCHWEHECVPE
           ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||: ||||||||||||||||||||:||
orf126a    VRWRADDIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPE
                  130       140       150       160       170       180
全长ORF126a核苷酸序列<SEQ ID 755>是：
     1    ATGACCCGTA  TCGCCATCCT  CGGCGGCGGC  CTCTCNGGAA  GGCTGACCGC
    51    ACTGCAGCTT  GCAGAACAAG  GTTATCAGAT  TGCACTTTTC  GATAAAGGCT
   101    GCCGCCGGGG  CGAACACGCC  GCCGCCTATG  TTGCCGCCGC  CATGCTCGCG
   151    CCTGCGGCGG  AAGCGGTCGA  AGCCACGCCT  GAAGTGGTCA  GGCTGGGCAG
   201    GCAGANCATC  CCGCTTTGGC  GCGGCATCCG  ATGCCATCTG  AAAACGCCTG
   251    CCATGATGCA  NGAAAACGGC  AGCCTGATTG  TGTGGCACGG  GCAGGACAAA
   301    CCTTTATCCA  ACGAGTTCGT  CCGCCATCTC  AAACGCGGCG  GCGTAGCGGA
   351    TGACNAAATC  GTCCGTTGGC  GCGCCGACGA  CATCGCCGAA  CGCGAACCGC
   401    AACTCGGCGG  ACGTTTTTCA  GACGGCATCT  ACCTGCCGAC  CGAAGGCCAG
   451    CTCGACGGGC  GGCAAATATT  GTCTGCACTT  GCCGACGCTT  TGGACGAACT
   501    GAACGTCCCC  TGCCATTGGG  AACACGAATG  TGCCCCCGAA  GACTTGCAAG
   551    CCCAATACGA  CTGGCTGATC  GACTGCCGCG  GCTACGGCGC  AAAAACCGCG
   601    TGGAACCAAT  CCCCCGANNA  NACCAGCACC  CTGCGCGGCA  TACGCGGCGA
   651    AGTGGCGCGG  GTTTACACAC  CCGAAATCAC  GCTCAACCGC  CCCGTGCGCC
   701    TGCTACACCC  GCGCTATCCG  CTNTACATCG  CCCCGAAAGA  AAACCNCGTC
   751    TTCGTCATCG  GCGCGACCCA  AATCGAAAGC  GAAAGCCAAG  CACCTGCCAG
   801    CGTGCGTTCC  GGGCTGGAAC  TCTTATCCGC  ACTCTATGCC  GTCCACCCCG
   851    CCTTCGGCGA  AGCCGACATC  CTCGAAATCG  CCACCGGCCT  GCGCCCCACG
   901    CTCAATCACC  ACAACCCCGA  AATCCGTTAC  AACCGCGCCC  GACGCCTGAT
   951    TGAAATCAAC  GGCCTTTTCC  GCCACGGTTT  CATGATCTCC  CCCGCCGTAA
  1001    CCGCCGCCGC  CGTCAGATTG  GCAGTGGCAC  TGTTTGACGG  AAAAGANGCG
  1051    CCCGAACGCG  ATGAAGAAAG  CGGTTTGGCG  TATATCCGAA  GACAAGATTA
  1101    A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 756>：
     1    MTRIAILGGG  LSGRLTALQL  AEQGYQIALF  DKGCRRGEHA  AAYVAAAMLA
    51    PAAEAVEATP  EVVRLGRQXI  PLWRGIRCHL  KTPAMMXENG  SLIVWHGQDK
   101    PLSNEFVRHL  KRGGVADDXI  VRWRADDIAE  REPQLGGRFS  DGIYLPTEGQ
   151    LDGRQILSAL  ADALDELNVP  CHWEHECAPE  DLQAQYDWLI  DCRGYGAKTA
   201    WNQSPXXTST  LRGIRGEVAR  VYTPEITLNR  PVRLLHPRYP  LYIAPKENXV
   251    FVIGATQIES  ESQAPASYRS  GLELLSALYA  VHPAFGEADI  LEIATGLRPT
   301    LNHHNPEIRY  NRARRLIEIN  GLFRHGFMIS  PAVTAAAVRL  AVALFDGKXA
   351    PERDEESGLA  YIRRQD*
ORF126a和ORF126-1在366个氨基酸的重叠区内显示出有95.4％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf126a.pep    MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKGCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf126-1       MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKGCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf126a.pep    EVVRLGRQXIPLWRGIRCHLKTPAMMXENGSLIVWHGQDKPLSNEFVRHLKRGGVADDXI
               |||||||| |||||||||:|:| :|| ||||||||||||||||:|||||||||||||| |
orf126-1       EVVRLGRQSIPLWRGIRCRLNTHTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEI
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf126a.pep    VRWRADDIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPE
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||
orf126-1       VRWRADDIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECVPE
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf126a.pep    DLQAQYDWLIDCRGYGAKTAWNQSPXXTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYP
                ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf126-1       GLQAQYDWLIDCRGYGAKTAWNQSPEHTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYP
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf126a.pep    LYIAPKENXVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAVHPAFGEADILEIATGLRPT
               |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf126-1       LYIAPKENHVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAIHPAFGEADILEIATGLRPT
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf126a.pep    LNHHNPEIRYNRARRLIEINGLFRHGFMISPAVTAAAVRLAVALFDGKXAPERDEESGLA
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||| |||||:|||||
orf126-1       LNHHNPEIRYNRARRLIEINGLFRHGFMISPAVTAAAARLAVALFDGKDAPERDKESGLA
                      310       320       330       340       350       360
orf126a.pep    YIRRQDX
               |||||||
orf126-1       YIRRQDX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF126和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF126ng)在180个氨基酸的重叠区内显示出有90％的相同性：
orf126.pep  MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKSCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAXTVEATP  60
            |||||:||||||||||||||||||||| ||||: |:||||||||||||||||| :|||||
orf126ng    MTRIAVLGGGLSGRLTALQLAEQGYQIELFDKGTRQGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP  60
orf126.pep  EVVRLGRQSIPLWRGIRCRLNTHTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGXTDDEI 120
            ||:||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| :||||
orf126ng    EVIRLGRQSIPLWRGIRCRLNTLTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEI 120
orf126.pep  VRWRADDIAEREPQLGGRFXDGIYLPTEXQLDGRQLXSALADALDELNVPCHWEHECVPE 180
            ||||||:|||||||||||| |||||||| ||||||: ||||||||||||||||||||:|:
orf126ng    VRWRADEIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPQ 180
预计ORF126ng核苷酸序列<SEQ ID 757>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID758>：
     1    MTRIAVLGGG  LSGRLTALQL  AEQGYQIELF  DKGTRQGEHA  AAYVAAAMLA
    51    PAAEAVEATP  EVIRLGRQSI  PLWRGIRCRL  NTLTMMQENG  SLIVWHGQDK
   101    PLSSEFVRHL  KRGGVADDEI  VRWRADEIAE  REPQLGGRFS  DGIYLPTEGQ
   151    LDGRQILSAL  ADALDELNVP  CHWEHECAPQ  DLQAQVDWVI  DCRGYGAKTA
   201    WNQSPEHTST  LRGIRGEVRG  FTRPKSRSTA  PCACCTRAIR  STSPRKKTTS
   251    SSSARPKSKA  KAKPPPAYVP  GWNSYPRSMP  STPPSAKPTS  SKWRPGLRPT
   301    LNHHNPEIRY  SRERRLIEIN  GLFRHGFMIS  PAVTAAAVRL  AVALFDGKDA
   351    PERDEESGLA  YIGRQD*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 759>：
     1    ATGACCCGTA  TCGCCGTCCT  CGGAGGCGGC  CTTTCCGGAA  GGCTGACCGC
    51    ATTGCAGCTT  GCAGAACAAG  GTTATCAGAT  TGAACTTTTC  GACAAGGGCA
   101    CCCGCCAAGG  CGAACACGCC  GCCGCCTATG  TTGCCGCCGC  GATGCTCGCG
   151    CCTGCGGCGG  AAGCGGTCGA  GGCAACGCCC  GAAGTCATCA  GGCTGGGCAG
   201    GCAGAGCATT  CCGCTTTGGC  GCGGCATCCG  ATGCCGTCTG  AACACGCTCA
   251    CGATGATGCA  GGAAAACGGC  AGCCTGATTG  TGTGGCACGG  GCAGGACAAG
   301    CCATTATCCA  GCGAGTTCGT  CCGCCATCTC  AAACGCGGCG  GCGTAGCGGA
   351    TGACGAAATC  GTCCGTTGGC  GCGCCGATGA  AATCGCCGAA  CGCGAACCGC
   401    AACTCGGCGG  ACGTTTTTCA  GACGGCATCT  ACCTGCCGAC  CGAAGGCCAG
   451    CTCGACGGGC  GGCAAATATT  GTCTGCACTT  GCCGACGCTT  TGGACGAACT
   501    GAACGTCCCT  TGCCATTGGG  AACACGAATG  CGCCCCCCAA  GACCTGCAAG
   551    CCCAATACGA  CTGGGTAATC  GACTGCCGGG  GCTACGGCGC  GAAAACCGCG
   601    TGGAACCAAT  CCCCCGAGCA  CACCAGCACC  TTGCGCGGCA  TACGCGGCGA
   651    AGTGGCGCGG  GTTTACACGC  CCGAAATCAC  GCTCAACCGC  CCCGTGCGCC
   701    TGCTGCACCC  GCGCTATCCG  CTCTACATCG  CCCCGAAAGA  AAACCACGTC
   751    TTCGTCATCG  GCGCGACCCA  AATCGAAAGC  GAAAGCCAAG  CCCCCGCCAG
   801    CGTACGTTCC  GGGCTGGAAC  TCTTATCCGC  GCTCTATGCC  GTCCACCCCG
   851    CCTTCGGCGA  AGCCGACATC  CTCGAAATCG  CCGCCGGCCT  GCGCCCCACG
   901    CTCAACCACC  ACAACCCCGA  AATCCGCTAC  AGCCGCGAAC  GCCGCCTCAT
   951    CGAAATCAAC  GGCCTTTTCC  GGCACGGCTT  TATGATTTCC  CCCGCCGTAA
  1001    CCGCCGCCGC  CGTCAGATTG  GCAGTGGCAC  TGTTTGACGG  AAAAGACGCG
  1051    CCCGAACGTG  ATGAAGAAAG  CGGTTTGGCG  TATATCGGAA  GACAAGATTA
  1101    A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 760；ORF126ng-1>：
     1    MTRIAVLGGG  LSGRLTALQL  AEQGYQIELF  DKGTRQGEHA  AAYVAAAMLA
    51    PAAEAVEATP  EVIRLGRQSI  PLWRGIRCRL  NTLTMMQENG  SLIVWHGQDK
   101    PLSSEFVRHL  KRGGVADDEI  VRWRADEIAE  REPQLGGRFS  DGIYLPTEGQ
   151    LDGRQILSAL  ADALDELNVP  CHWEHECAPQ  DLQAQYDWVI  DCRGYGAKTA
   201    WNQSPEHTST  LRGIRGEVAR  VYTPEITLNR  PVRLLHPRYP  LYIAPKENHV
   251    FVIGATQIES  ESQAPASVRS  GLELLSALYA  VHPAFGEADI  LEIAAGLRPT
   301    LNHHNPEIRY  SRERRLIEIN  GLFRHGFMIS  PAVTAAAVRL  AVALFDGKDA
   351    PERDEESGLA  YIGRQD*
ORF126ng-1和ORF126-1在366个氨基酸的重叠区内显示出有95.1％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf126-1.pep  MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKGCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
              |||||:||||||||||||||||||||| ||||| |:||||||||||||||||||||||||
orf126ng-1    MTRIAVLGGGLSGRLTALQLAEQGYQIELFDKGTRQGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf126-1.pep  EVVRLGRQSIPLWRGIRCRLNTHTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEI
              ||:||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf126ng-1    EVIRLGRQSIPLWRGIRCRLNTLTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEI
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf126-1.pep  VRWRADDIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECVPE
              ||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:
orf126ng-1    VRWRADEIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPQ
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf126-1.pep  GLQAQYDWLIDCRGYGAKTAWNQSPEHTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYP
               |||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf126ng-1    DLQAQYDWVIDCRGYGAKTAWNQSPEHTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYP
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf126-1.pep  LYIAPKENHVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAIHPAFGEADILEIATGLRPT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||:|||||
orf126ng-1    LYIAPKENHVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAVHPAFGEADILEIAAGLRPT
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf126-1.pep  LNHHNPEIRYNRARRLIEINGLFRHGFMISPAVTAAAARLAVALFDGKDAPERDKESGLA
              ||||||||||:| ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||:|||||
orf126ng-1    LNHHNPEIRYSRERRLIEINGLFRHGFMISPAVTAAAVRLAVALFDGKDAPERDEESGLA
                     310       320       330       340       350       360
orf126-1.pep  YIRRQDX
              || ||||
orf126ng-1    YIGRQDX
另外，ORF126ng-1显示出与一种推定的根瘤菌氧化酶黄素蛋白同源：
gi|2627327(AF004408)推定的氨基酸氧化酶黄素蛋白[Rhizobium etli]长度=327
评分=169位(423)，估计值=3e-41
相同性=112/329(34％)，阳性=163/329(49％)，空隙=25/329(7％)
询问：3   RIAVLGGGLSGRLTALQLAEQGYQIELFDKGTRQGEHXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX  62
           RI V G G++G   A QL   G+++ L ++    G
目标：2   RILVNGAGVAGLTVAWQLYRHGFRVTLAERAGTVGA-GASGFAGGMLAPWCERESAEEPV  60
询问：63  IRLGRQSIPLWRGIRCRLNTLTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEIVR 122
           + LGR +   W            +   G+L+V  G+D      F R    G    DE+
目标：61  LTLGRLAADWWEAA-----LPGHVHRRGTLVVAGGRDTGELDRFSRRTS-GWEWLDEVA- 113
询问：123 WRADEIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPQDL 182
                IA  EP L GRF   ++   E  LD RQ L+ALA  L++  +           +
目标：114 -----IAALEPDLAGRFRRALFFRQEAHLDPRQALAALAAGLEDARMRLTLG---VVGES 165
询问：183 QAQYDWVIDCRGYGAKTAWNQSPEHTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYPLY 242
              +D V+DC G                LRG+RGE+  V T E++L+RPVRLLHPR+P+Y
目标：166 DVDHDRVVDCTGAA-------QIGRLPGLRGVRGEMLCVETTEVSLSRPVRLLHPRHPIY 218
询问：243 IAPKENHVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAVHPAFGEADILEIAAGLRPTLN 302
           I P++ + F++GAT IES+   P + RS +ELL+A YA+HPAFGEA + E  AG+RP
目标：219 IVPRDKNRFMVGATMIESDDGGPITARSLMELLNAAYAMHPAFGEARVTETGAGVRPAYP 278
询问：303 HHNPEIRYSRERRLIEINGLFRHGFMISP 331
            + P  R ++E R + +NGL+RHGF+++P
目标：279 DNLP--RVTQEGRTLHVNGLYRHGFLLAP 305
该分析结果提示，脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例97
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 761>：
    1    ATGACTGATA  ATCGGGGGTT  TACGCTGGTT  GAATTAATAT  CAGTGGTCTT
   51    GATATTGTCT  GTACTTGCTT  TAATTGTTTA  TCCGAGCTAT  CGCAATTATG
  101    TTGAGAAAGC  AAAGATAAAT  GCAGTGCGGG  CAGCCTTGTT  AGAAAATGCA
  151    CATTTTATGG  AAAAGTTTTA  TCTGCAGAAT  GGGAGGTTTA  AACAAACATC
  201    TACCAAGTGG  CCAAGTTTGC  CGATTAAAGA  GGCAGAAGGC  TTTTGTATCC
  251    GTTTGAATGG  AATCGtCGCG  CGGG..GCTT  TAGACAGTAA  ATTCATGTTG
  301    AAGGCGGTAG  CCATAGATAA  AGATAAAAAT  CCTTTTATTA  TTAAGATGAA
  351    TGAAAATCTA  GTAACCTTTA  aTTTGCAAGA  AGTCCGCCAG  TTCGTGTAGT
  401    GACGGGCTGG  ATTATTTTAA  AGGAAATGAT  AAGGACTGCA  AGTTACTTAA
  451    GTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 762；ORF127>：
    1    MTDNRGFTLV   ELISVVLILS  VLALIVYPSY  RNYVEKAKIN  AVRAALLENA
   51    HFMEKFYLQN  GRFKQTSTKW  PSLPIKEAEG  FCIRLNGIVA  RXALDSKFML
  101    KAVAIDKDKN  PFIIKMNENL  VTFICKKSAS  SCSDGLDYFK  GNDKDCKLLK
  151    *
进一步的工作揭示了下列DNA序列<SEQ ID 763>：
    1    ATGACTGATA  ATCGGGGGTT  TACGCTGGTT  GAATTAATAT  CAGTGGTCTT
   51    GATATTGTCT  GTACTTGCTT  TAATTGTTTA  TCCGAGCTAT  CGCAATTATG
  101    TTGAGAAAGC  AAAGATAAAT  GCAGTGCGGG  CAGCCTTGTT  AGAAAATGCA
  151    CATTTTATGG  AAAAGTTTTA  TCTGCAGAAT  GGGAGGTTTA  AACAAACATC
  201    TACCAAGTGG  CCAAGTTTGC  CGATTAAAGA  GGCAGAAGGC  TTTTGTATCC
  251    GTTTGAATGG  AATCGCGCGC  GGGGCTTTAG  ACAGTAAATT  CATGTTGAAG
  301    GCGGTAGCCA  TAGATAAAGA  TAAAAATCCT  TTTATTATTA  AGATGAATGA
  351    AAATCTAGTA  ACCTTTATTT  GCAAGAAGTC  CGCCAGTTCG  TGTAGTGACG
  401    GGCTGGATTA  TTTTAAAGGA  AATGATAAGG  ACTGCAAGTT  ACTTAAGTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 764；ORF127-1>：
    1    MTDNRGFTLV  ELISVVLILS  VLALIVYPSY  RNYVEKAKIN  AVRAALLENA
   51    HFMEKFYLQN  GRFKQTSTKW  PSLPIKEAEG  FCIRLNGIAR  GALDSKFMLK
  101    AVAIDKDKNP  FIIKMNENLV  TFICKKSASS  CSDGLDYFKG  NDKDCKLLK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株)的预计ORF的同源性
ORF127和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF127a)在150个氨基酸的重叠区内显示出有98.0％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf127.pep MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf127a    MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINTVRAALLENAHFMEKFYLQN
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf127.pep GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIVARXALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENL
           |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
orf127a    GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGI-ARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENL
                   70        80         90       100       110
                  130       140       150
orf127.pep VTFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
           |||||||||||||||||||||||||||||||
orf127a    VTFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
         120       130       140       150
全长ORF127a核苷酸序列<SEQ ID 765>是：
    1    ATGACTGATA  ATCGGGGGTT  TACGCTGGTT  GAATTAATAT  CAGTGGTCTT
    51    GATATTGTCT  GTACTTGCTT  TAATTGTTTA  TCCGAGCTAT  CGCAATTATG
   101    TTGAGAAAGC  AAAGATAAAT  ACAGTGCGGG  CAGCCTTGTT  AGAAAATGCA
   151    CATTTTATGG  AAAAGTTTTA  TCTGCAGAAT  GGGAGATTTA  AACAAACATC
   201    TACCAAATGG  CCAAGTTTGC  CGATTAAAGA  GGCAGAAGGC  TTTTGTATCC
   251    GTTTGAATGG  AATCGCGCGC  GGGGCCTTAG  ACAGTAAATT  CATGTTGAAG
   301    GCGGTAGCCA  TAGATAAAGA  TAAAAATCCT  TTTATTATTA  AGATGAATGA
   351    AAATCTAGTA  ACCTTTATTT  GCAAGAAGTC  CGCCAGTTCG  TGTAGTGACG
   401    GGCTGGATTA  TTTTAAAGGA  AATGATAAGG  ACTGCAAGTT  ACTTAAGTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 766>：
     1    MTDNRGFTLV  ELISVVLILS  VLALIVYPSY  RNYVEKAKIN  TVRAALLENA
    51    HFMEKFYLQN  GRFKQTSTKW  PSLPIKEAEG  FCIRLNGIAR  GALDSKFMLK
   101    AVAIDKDKNP  FIIKMNENLV  TFICKKSASS  CSDGLDYFKG  NDKDCKLLK*
ORF127a和ORF127-1在149个氨基酸的重叠区内显示出有99.3％的相同性：
                         10        20        30        40        50        60
orf127a.pep    MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINTVRAALLENAHFMEKFYLQN
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf127-1       MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN
                       10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf127a.pep    GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENLV
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf127-1       GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENLV
                       70        80        90       100       110       120
                    130       140       150
orf127a.pep    TFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
               ||||||||||||||||||||||||||||||
orf127-1       TFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
                      130       140       150
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF127和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF127ng)在150个氨基酸的重叠区内显示出有97.3％的相同性：
orf127.pep  MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN  60
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf127ng    MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAAFLENAHFMEKFYLQN  60
orf127.pep  GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIVARXALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENL 120
            |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
orf127ng    GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGI-ARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENL 119
orf127.pep  VTFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLK 150
            |||||||||||||| |||||||||||||||
orf127ng    VTFICKKSASSCSDRLDYFKGNDKDCKLLK 149
全长ORF127ng核苷酸序列<SEQ ID 767>是：
     1    ATGACTGATA  ATCGGGGGTT  TACACTGGTT  GAATTAATAT  CAGTGGTCTT
    51    GATATTGTCT  GTACTTGCTT  TAATTGTTTA  TCCGAGCTAT  CGCAATTATG
   101    TTGAGAAAGC  AAAGATAAAT  GCAGTGCGGG  CAGCCTTGTT  AGAAAATGCA
   151    CATTTTATGG  AAAAGTTTTA  TCTGCAGAAT  GGGAGATTTA  AACAAACATC
   201    TACCAAATGG  CCAAGTTTGC  CGATTAAAGA  GGCAGAAGGC  TTTTGTATCC
   251    GTTTGAATGG  AATCGCGCGC  GGGGCTTTAG  ACAGTAAATT  CATGTTGAAG
   301    GCGGTAGCCA  TAGATAAAGA  TAAAAATCCT  TTTATTATTA  AGATGAATGA
   351    AAATCTAGTA  ACCTTTATTT  GCAAGAAGTC  CGCCAGTTCG  TGTAGTGACG
   401    GGCTGGATTA  TTTTAAAGGA  AATGATAAGG  ACTGCAAGTT  ACTTAAGTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 768>：
      1    MTDNRGFTLV  ELISVVLILS  VLALIVYPSY  RNYVEKAKIN  AVRAAFLENA
     51    HFMEKFYLQN  GRFKQTSTKW  PSLPIKEAEG  FCIRLNGIAR  GALDSKFMLK
    101    AVAIDKDKNP  FIIKMNENLV  TFICKKSASS  CSDRLDYFKG  NDKDCKLLK*
ORF127ng和ORF127-1在149个氨基酸的重叠区内显示出有100.0％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
oTf127-1.pep  MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf127ng-1    MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf127-1.pep  GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENLV
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf127ng-1    GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENLV
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150
orf127-1.pep  TFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
              ||||||||||||||||||||||||||||||
orf127ng-1    TFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
                     130       140       150
该分析结果(包括脑膜炎球菌和淋球菌蛋白均具有预计的跨膜结构域这一事实)提示，脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例98
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 769>
     1  ..GTGTCGCTGG  CTTCGGTGAT  TGCCTCTCAA  ATCTTCCTTT  ACGAAGATTT
    51    CAACCAAATG  CGGAAAACCC  GTGGAGCTAT  CTGCGGTTTT  CTTGTCCAAT
   101    ATTTATCTGG  GGTTTCAGCA  GGGGTATTTC  GATTTGAGTG  CCGACGAGAA
   151    CCCCGTACTG  CATATCTGGT  CTTTGGCAGT  AGAGGAACAG  TATTACCTCC
   201    TGTATCCCCT  TTTGCTGATA  TTTTGCTGCA  AAAAAACCAA  ATCGCTACGG
   251    GTGCTGCGTA  ACATCAGCAT  CATCCTGTTT  TTGATTTTGA  CTGCCTCATC
   301    GTTTTTGCCA  AGCGGGTTTT  ATACCGACAT  CCTCAACCAA  CCCAATACTT
   351    ATTACCTTTC  GACACTGAGG  TTTCCCGAGC  TGTTGGCAGG  TTCGCTGCTG
   401    GCGGTTTACG  GGCAAACGCA  AAACGGCAGA  CGGCAAACAG  CAAATGGAAA
   451    ACGGCAGTTG  CTTTCATCAC  TCTGCTTCGG  CGCATTGCTT  GCCTGCCTGT
   501    TCGTGATTGA  CAAACACAAT  CCGTTTATCC  CGGGAATGAC  CCTGCTCCTT
   551    CCCTGCCTGC  TGACGGCACT  GCTTATCCGG  AGTATGCAAT  ACGGGACACT
   601    TCCGACCCGC  ATCCTGTCGG  CAAGCCCCAT  CGTATTTGTC  GGCAAAATCT
   651    CTTATTCCCT  ATACCTGTAC  CATTGGATTT  TTATTGCTTT  CGCTCCGCTC
   701    ATTAGAGGCG  GGAAACAGCT  CGGACTGCCT  GCCG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 770；ORF128>：
     1  ..VSLASVIASQ  IFLYEDFNQM  RKTVELSAVF  LSNIYLGFQQ  GYFDLSADEN
    51    PVLHIWSLAV  EEQYYLLYPL  LLIFCCKKTK  SLRVLRNISI  ILFLILTASS
   101    FLPSGFYTDI  LNQPNTYYLS  TLRFPELLAG  SLLAVYGQTQ  NGRRQTANGK
   151    RQLLSSLCFG  ALLACLFVID  KHNPFIPGMT  LLLPCLLTAL  LIRSMQYGTL
   201    PTRILSASPI  VFVGKISYSL  YLYHWIFIAF  APLIRGGKQL  GLPA..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 771>：
     1    ATGCAAGCTG  TCCGATACAG  ACCGGAAATT  GACGGATTGC  GGGCCGTCGC
    51    CGTGCTATCC  GTCATGATTT  TCCACCTGAA  TAACCGCTGG  CTGCCCGGAG
 101    GATTCCTGGG  GGTGGACATT  TTCTTTGTCA  TCTCAGGATT  CCTCATTACC
 151    GGCATCATTC  TTTCTGAAAT  ACAGAACGGT  TCTTTTTCTT  TCCGGGATTT
 201    TTATACCCGC  AGGATTAAGC  GGATTTATCC  TGCCTTTATT  GCGGCCGTGT
 251    CGCTGGCTTC  GGTGATTGCC  TCTCAAATCT  TCCTTTACGA  AGATTTCAAC
 301    CAAATGCGGA  AAACCGTGGA  GCTTTCTGCG  GTTTTCTTGT  CCAATATTTA
 351    TCTGGGGTTT  CAGCAGGGGT  ATTTCGATTT  GAGTGCCGAC  GAGAACCCCG
 401    TACTGCATAT  CTGGTCTTTG  GCAGTAGAGG  AACAGTATTA  CCTCCTGTAT
 451    CCCCTTTTGC  TGATATTTTG  CTGCAAAAAA  ACCAAATCGC  TACGGGTGCT
 501    GCGTAACATC  AGCATCATCC  TGTTTTTGAT  TTTGACTGCC  TCATCGTTTT
 551    TGCCAAGCGG  GTTTTATACC  GACATCCTCA  ACCAACCCAA  TACTTATTAC
 601    CTTTCGACAC  TGAGGTTTCC  CGAGCTGTTG  GCAGGTTCGC  TGCTGGCGGT
 651    TTACGGGCAA  ACGCAAAACG  GCAGACGGCA  AACAGCAAAT  GGAAAACGGC
 701    AGTTGCTTTC  ATCACTCTGC  TTCGGCGCAT  TGCTTGCCTG  CCTGTTCGTG
 751    ATTGACAAAC  ACAATCCGTT  TATCCCGGGA  ATGACCCTGC  TCCTTCCCTG
 801    CCTGCTGACG  GCACTGCTTA  TCCGGAGTAT  GCAATACGGG  ACACTTCCGA
 851    CCCGCATCCT  GTCGGCAAGC  CCCATCGTAT  TTGTCGGCAA  AATCTCTTAT
 901    TCCCTATACC  TGTACCATTG  GATTTTTATT  GCTTTCGCCC  ATTACATTAC
 951    AGGCGACAAA  CAGCTCGGAC  TGCCTGCCGT  ATCGGCGGTT  GCCGCGTTGA
1001    CGGCCGGATT  TTCCCTGTTG  AGTTATTATT  TGATTGAACA  GCCGCTTAGA
1051    AAACGGAAGA  TGACCTTCAA  AAAGGCATTT  TTCTGCCTCT  ATCTCGCCCC
1101    GTCCCTGATA  CTTGTCGGTT  ACAACCTGTA  CGCAAGGGGG  ATATTGAAAC
1151    AGGAACACCT  CCGCCCGTTG  CCCGGCGCGC  CCCTTGCTGC  GGAAAATCAT
1201    TTTCCGGAAA  CCGTCCTGAC  CCTCGGCGAC  TCGCACGCCG  GACACCTGAG
1251    GGGGTTTCTG  GATTATGTCG  GCAGCCGGGA  AGGGTGGAAA  GCCAAAATCC
1301    TGTCCCTCGA  TTCGGAGTGT  TTGGTTTGGG  TAGATGAGAA  GCTGGCAGAC
1351    AACCCGTTAT  GTCGAAAATA  CCGGGATGAA  GTTGAAAAAG  CCGAAGCCGT
1401    TTTCATTGCC  CAATTCTATG  ATTTGAGGAT  GGGCGGCCAG  CCTGTGCCGA
1451    GATTTGAAGC  GCAATCCTTC  CTAATACCCG  GGTTCCCAGC  CCGATTCAGG
1501    GAAACCGTCA  AAAGGATAGC  CGCCGTCAAA  CCCGTCTATG  TTTTTGCAAA
1551    CAACACATCA  ATCAGCCGTT  CGCCCCTGAG  GGAGGAAAAA  TTGAAAAGAT
1601    TTGCCGCAAA  CCAATATCTC  CGCCCCATTC  AGGCTATGGG  CGACATCGGC
1651    AAGAGCAATC  AGGCGGTCTT  TGATTTGATT  AAAGATATTC  CCAATGTGCA
1701    TTGGGTGGAC  GCACAAAAAT  ACCTGCCCAA  AAACACGGTC  GAAATATACG
1751    GCCGCTATCT  TTACGGCGAC  CAAGACCACC  TGACCTATTT  CGGTTCTTAT
1801    TATATGGGGC  GGGAATTCCA  CAAACACGAA  CGCCTGCTTA  AATCTTCCCA
1851    CGGCGGCGCA  TTGCAGTAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 772；ORF128-1>：
   1    MQAVRYRPEI  DGLRAVAVLS  VMIFHLNNRW  LPGGFLGVDI  FFVISGFLIT
  51    GIILSEIQNG  SFSFRDFYTR  RIKRIYPAFI  AAVSLASVIA  SQIFLYEDFN
 101    QMRKTVELSA  VFLSNIYLGF  QQGYFDLSAD  ENPVLHIWSL  AVEEQYYLLY
 151    PLLLIFCCKK  TKSLRVLRNI  SIILFLILTA  SSFLPSGFYT  DILNQPNTYY
 201    LSTLRFPELL  AGSLLAVYGQ  TQNGRRQTAN  GKRQLLSSLC  FGALLACLFV
 251    IDKHNPFIPG  MTLLLPCLLT  ALLIRSMQYG  TLPTRILSAS  PIVFVGKISY
 301    SLYLYHWIFI  AFAHYITGDK  QLGLP4VSAV  AALTAGFSLL  SYYLIEQPLR
 351    KRKMTFKKAF  FCLYLAPSLI  LVGYNLYARG  ILKQEHLRPL  PGAPLAAENH
 401    FPETVLTLGD  SHAGHLRGFL  DYVGSREGWK  AKILSLDSEC  LVWVDEKLAD
 451    NPLCRKYRDE  VEKAEAVFIA  QFYDLRMGGQ  PVPRFEAQSF  LIPGFPARFR
 501    ETVKRIAAVK  PVYVFANNTS  ISRSPLREEK  LKRFAANQYL  RPIQAMGDIG
 551    KSNQAVFDLI  KDIPNVHWVD  AQKYLPKNTV  EIYGRYLYGD  QDHLTYFGSY
 601    YMUREFHKHE  RLLKSSHGGA  LQ*该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：与流感嗜血菌的假设的整合膜蛋白HI0392(登录号为U32723)的同源性ORF128和HI0392在180个氨基酸的重叠区内显示出有52％的氨基酸相同性：Orf128:1  VSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVFLSNIYLGFQQGYFDLSADENPVLHIWSLAV 60
      ++L S IAS IF+Y DFN++RKT+EL+  FLSN YLG  QGYFDLSA+ENPVLHIWSLAVHI0392:46 MALVSFTASAIFTYNDFNKLRKTIELAIAFLSNFYLGLTQGYFDLSANENPVLHIWSLAV 105
Orf128:61  EEQXXXXXXXXXIFCCKKTKSLRVLRNISIILFLILTASSFLPSGFYTDILNQPNTYYLS 120
           E Q         I   KK + ++VL  I++ILF IL A+SF+ + FY ++L+QPN YYLS
HI0392:106 EGQYYLIFPLILILAYKKFREVKVLFIITLILFFILLATSFVSANFYKEVLHQPNIYYLS 165
Orf128:121 TLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGKRQLLSSLCFGALLACLFVIDKHNPFIPGMT 180
            LRFPELL GSLLA+Y    N + Q +     +L+ L    L +CLF+++ +  FIPG+T
HI0392:166 NLRFPELLVGSLLAIYHNLSN-KVQLSKQVNNILAILSTLLLFSCLFLMNNNIAFIPGIT 224
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF128和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF128a)在244个氨基酸的重叠区内显示出有98.0％的相同性：
                                                 10        20        30
orf128.pep                               VSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVF
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf128a    ILSEIQNGSFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVF
                 60        70        80        90       100       110
                   40        50        60        70        80        90
orf128.pep LSNIYLGFQQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128a    LSNIYLGFQQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISI
                120       130       140       150       160       170
                  100       110       120       130       140       150
orf128.pep ILFLILTASSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGK
           ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128a    ILFLILTATSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGK
                180       190       200       210       220       230
                  160       170       180       190       200       210
orf128.pep RQLLSSLCFGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128a    RQLLSSLCFGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPI
                240       250       260       270       280       290
                  220       230       240
orf128.pep VFVGKISYSLYLYHWIFIAFAPLIRGGKQLGLPA
           |||||||||||||||||||||  | | |||||||
orf128a    VFVGKISYSLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKR
                300       310       320       330       340       350
orf128a    KMTFKKAFFCLYLAPSLILVGYNLYARGILKQEHLRPLPGAPLAAENHFPETVLTLGDSH
                360       370       380       390       400       410
全长ORF128a核苷酸序列<SEQ ID 773>是：
     1    ATGCAAGCTG  TCCGATACAG  ACCGGAAATT  GACGGATTGC  GGGCCGTCGC
    51    CGTGCTATCC  GTCATGATTT  TCCACCTGAA  TAACCGCTGG  CTGCCCGGAG
   101    GATTCCTGGG  GGTGGACATT  TTCTTTGTCA  TCTCAGGATT  CCTCATTACC
   151    GGCATCATTC  TTTCTGAAAT  ACAGAACGGT  TCTTTTTCTT  TCCGGGATTT
   201    TTATACCCGC  AGGATTAAGC  GGATTTATCC  TGCTTTTATT  GCGGCCGTGT
   251    CGCTGGCTTC  GGTGATTGCC  TCTCAAATCT  TCCTTTACGA  AGATTTCAAC
   301    CAAATGCGGA  AAACCGTGGA  GCTTTCTGCG  GTTTTCTTGT  CCAATATTTA
   351    TCTGGGGTTT  CAGCAGGGGT  ATTTCGATTT  GAGTGCCGAC  GAGAACCCCG
   401    TACTGCATAT  CTGGTCTTTG  GCAGTAGAGG  AACAGTATTA  CCTCCTGTAT
   451    CCTCTTTTGC  TGATATTTTG  CTGCAAAAAA  ACAAAATCGC  TACGGGTGCT
   501    GCGTAACATC  AGCATCATCC  TATTTCTGAT  TTTGACTGCC  ACATCGTTTT
   551    TGCCAAGCGG  GTTTTATACC  GATATTCTCA  ACCAACCCAA  TACTTATTAC
   601    CTTTCGACAC  TGAGGTTTCC  CGAGCTGTTG  GCAGGTTCGC  TGCTGGCGGT
   651    TTACGGGCAA  ACGCAAAACG  GCAGACGGCA  AACAGCAAAT  GGAAAACGGC
 701    AGTTGCTTTC  ATCACTCTGC  TTCGGCGCAT  TGCTTGCCTG  CCTGTTCGTG
 751    ATTGACAAAC  ACAATCCGTT  TATCCCGGGA  ATGACCCTGC  TCCTTCCCTG
 801    CCTGCTGACG  GCACTGCTTA  TCCGGAGTAT  GCAATACGGG  ACACTTCCGA
 851    CCCGCATCCT  GTCGGCAAGC  CCCATCGTAT  TTGTCGGCAA  AATCTCTTAT
 901    TCCCTATACC  TGTACCATTG  GATTTTTATT  GCTTTCGCCC  ATTACATTAC
 951    AGGCGACAAA  CAGCTCGGAC  TGCCTGCCGT  ATCGGCGGTT  GCCGCGTTGA
1001    CGGCCGGATT  TTCCCTGTTG  AGTTATTATT  TGATTGAACA  GCCGCTTAGA
1051    AAACGGAAGA  TGACCTTCAA  AAAGGCATTT  TTCTGCCTCT  ATCTCGCCCC
1101    GTCCCTGATA  CTTGTCGGTT  ACAACCTGTA  CGCAAGGGGG  ATATTGAAAC
1151    AGGAACACCT  CCGCCCGTTG  CCCGGCGCGC  CCCTTGCTGC  GGAAAATCAT
1201    TTTCCGGAAA  CCGTCCTGAC  CCTCGGCGAC  TCGCACGCCG  GACACCTGCG
1251    GGGGTTTCTG  GATTATGTCG  GCAGCCGGGA  AGGGTGGAAA  GCCAAAATCC
1301    TGTCCCTCGA  TTCGGAGTGT  TTGGTTTGGG  TAGATGAGAA  GCTGGCAGAC
1351    AACCCGTTAT  GTCGAAAATA  CCGGGATGAA  GTTGAAAAAG  CCGAAGCCGT
1401    TTTCATTGCC  CAATTCTATG  ATTTGAGGAT  GGGCGGCCAG  CCCGTGCCGA
1451    GATTTGAAGC  GCAATCCTTC  CTAATACCCG  GGTTCCCAGC  CCGATTCAGG
1501    GAAACCGTCA  AAAGGATAGC  CGCCGTCAAA  CCCGTCTATG  TTTTTGCAAA
1551    CAACACATCA  ATCAGCCGTT  CGCCCCTGAG  GGAGGAAAAA  TTGAAAAGAT
1601    TTGCCGCAAA  CCAATATCTC  CGCCCCATTC  AGGCTATGGG  CGACATCGGC
1651    AAGAGCAATC  AGGCGGTCTT  TGATTTGATT  AAAGATATTC  CCAATGTGCA
1701    TTGGGTGGAC  GCACAAAAAT  ACCTGCCCAA  AAACACGGTC  GAAATATACG
1751    GCCGCTATCT  TTACGGCGAC  CAAGACCACC  TGACCTATTT  CGGTTCTTAT
1801    TATATGGGGC  GGGAATTTCA  CAAACACGAA  CGCCTGCTTA  AATCTTCTCG
1851    CGACGGCGCA  TTGCAGTAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 774>：
   1    MQAVRYRPEI  DGLRAVAVLS  VMIFHLNNRW  LPGGFLGVDI  FFVISGFLIT
  51    GIILSEIQNG  SFSFRDFYTR  RIKRIYPAFI  AAVSLASVIA  SQIFLYEDFN
 101    QMRKTVELSA  VFLSNIYLGF  QQGYFDLSAD  ENPVLHIWSL  AVEEQYYLLY
 151    PLLLIFCCKK  TKSLRVLRNI  SIILFLILTA  TSFLPSGFYT  DILNQPNTYY
 201    LSTLRFPELL  AGSLLAVYGQ  TQNGRRQTAN  GKRQLLSSLC  FGALLACLFV
 251    IDKHNPFIPG  MTLLLPCLLT  ALLIRSMQYG  TLPTRILSAS  PIVFVGKISY
 301    SLYLYHWIFI  AFAHYITGDK  QLGLPAVSAV  AALTAGFSLL  SYYLIEQPLR
 351    KRKMTFKKAF  FCLYLAPSLI  LVGYNLYARG  ILKQEHLRPL  PGAPLAAENH
 401    FPETVLTLGD  SHAGHLRGFL  DYVGSREGWK  AKILSLDSEC  LVWVDEKLAD
 451    NPLCRKYRDE  VEKAEAVFIA  QFYDLRMGGQ  PVPRFEAQSF  LIPGFPARFR
 501    ETVKRIAAVK  PVYVFANNTS  ISRSPLREEK  LKRFAANQYL  RPIQAMGDIG
 551    KSNQAVFDLI  KDIPNVHWVD  AQKYLPKNTV  EIYGRYLYGD  QDHLTYFGSY
 601    YMGREFHKHE  RLLKSSRDGA  LQ*ORF128a和ORF128-1在622个氨基酸的重叠区内显示出有99.5％的相同性：orf128a.pep MQAVRYRPEIDGLRAVAVLSVMIFHLNNRWLPGGFLGVDIFFVISGFLITGIILSEIQNG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf128-1    MQAVRYRPEIDGLRAVAVLSVMIFHLNNRWLPGGFLGVDIFFVISGFLITGIILSEIQNGorf128a.pep SFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVFLSNIYLGF
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf128-1    SFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVFLSNIYLGForf128a.pep QQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISIILFLILTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf128-1    QQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISIILFLILTAorf128a.pep TSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGKRQLLSSLC
        :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf128-1    SSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGKRQLLSSLCorf128a.pep FGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPIVFVGKISY
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf128-1    FGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPIVFVGKISY
orf128a.pep SLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKRKMTFKKAF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1    SLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKRKMTFKKAF
orf128a.pep FCLYLAPSLILVGYNLYARGILKQEHLRPLPGAPLAAENHFPETVLTLGDSHAGHLRGFL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1    FCLYLAPSLILVGYNLYARGILKQEHLRPLPGAPLAAENHFPETVLTLGDSHAGHLRGFL
orf128a.pep DYVGSREGWKAKILSLDSECLVWVDEKLADNPLCRKYRDEVEKAEAVFIAQFYDLRMGGQ
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1    DYVGSREGWKAKILSLDSECLVWVDEKLADNPLCRKYRDEVEKAEAVFIAQFYDLRMGGQ
orf128a.pep PVPRFEAQSFLIPGFPARFRETVKRIAAVKPVYVFANNTSISRSPLREEKLKRFAANQYL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1    PVPRFEAQSFLIPGFPARFRETVKRIAAVKPVYVFANNTSISRSPLREEKLKRFAANQYL
orf128a.pep RPIQAMGDIGKSNQAVFDLIKDIPNVHWVDAQKYLPKNTVEIYGRYLYGDQDHLTYFGSY
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1    RPIQAMGDIGKSNQAVFDLIKDIPNVHWVDAQKYLPKNTVEIYGRYLYGDQDHLTYFGSY
orf128a.pep YMGREFHKHERLLKSSRDGALQX
            ||||||||||||||||: |||||
orf128-1    YMGREFHKHERLLKSSHGGALQX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF128和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF128ng)在244个氨基酸的重叠区内显示出有93.4％的相同性：
orf128.pep                                VSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVF  30
                                          |||||||||||||||||||||||:|||:||
orf128ng    ILSEIQNGSFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTIELSTVF 112
orf128.pep  LSNIYLGFQQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISI  90
            ||||||||: ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf128ng    LSNIYLGFRLGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCYKKTKSLRVLRNISI 172
orf128.pep  ILFLILTASSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGK 150
            |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| |||
orf128ng    ILFLILTASSFLPAGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLVGSLLAVYGQTQNGRRQTENGK 232
orf128.pep  RQLLSSLCFGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPI 210
            ||||| |||||||:||||||||:|||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
orf128ng    RQLLSLLCFGALLVCLFVIDKHDPFIPGITLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPI 292
orf128.pep  VFVGKISYSLYLYHWIFIAFAPLIRGGKQLGLPA                           244
            |||||||||||||||||||||  | | |||||||
orf128ng    VFVGKISYSLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKR 352
全长ORF128ng核苷酸序列<SEQ ID 775>是：
     1    ATGCAAGCTG  TCCGATACAG  GCCTGAAATT  GACGGATTGC  GGGCCGTCGC
    51    CGTGCTATCC  GTCATTATTT  TCCACCTGAA  TAACCGCTGG  CTGCCCGGAG
   101    GATTCCTGGG  GGTGGACATT  TTCTTTGTCA  TCTCGGGATT  CCTCATTACC
   151    AACATCATTC  TTTCTGAAAT  ACAGAACGGT  TCTTTTTCTT  TCCGGGATTT
   201    TTATACCCGC  AGGATTAAGC  GGATTTATCC  TGCTTTTATT  GCGGCCGTGT
   251    CCCTGGCTTC  GGTGATTGCT  TCTCAAATCT  TCCTTTACGA  AGATTTCAAC
   301    CAAATGAGGA  AAACCATAGA  GCTTTCTACG  GTTTTTTTGT  CCAATATTTA
   351    TTTGGGGTTC  CGATTGGGGT  ATTTCGATTT  GAGTGCCGAC  GAGAACCCCG
   401    TACTGCATAT  CTGGTCTTTG  GCGGTAGAGG  AACAGTATTA  CCTCCTGTAT
   451    CCTCTTTTGC  TGATATTCTG  TTACAAAAAA  ACCAAATCAC  TACGGGTGCT
   501    GCGTAATATC  AGCATCATCC  TGTTTCTGAT  TTTGACCGCA  TCATCGTTTT
 551    TGCCGGCCGG  GTTTTATACC  GACATCCTCA  ACCAACCcaa  TACTTATTAC
 601    CTTTCGACAC  TGAGGTTTCC  CGAGCTGTTG  GTGGGTTCGC  TGTTGGCGGT
 651    TTACGGGCAA  ACGCAAAACG  GCAGACGGCA  AACAGAAAAT  GGAAAACGGC
 701    AGTTGCTTTC  ATTACTCTGT  TTCGGCGCat  tgCTTGTCTG  CCTGTTCGTG
 751    ATCGACAAAC  ACGATCCGTT  TATCCCGGGA  ATAACCCTGC  TCCTTCCCTG
 801    CCTGCTGACG  GCGCTGCTTA  TCCGGAGTAT  GCAATACGGG  ACACTTCCGA
 851    CCCGCATCCT  GTCGGCAAGC  CCCATCGTAT  TTGTCGGCAA  AATCTCTTAT
 901    TCCCTATACC  TGTACCATTG  GATTTTTATT  GCCTTCGCCC  ATTACATTAC
 951    AGGCGACAAA  CAGCTCGGAC  TGCCTGCCGT  ATCGGCGGTT  GCCGCGTTGA
1001    CGGCCGGATT  TTCCCTGTTG  AGCTATTATT  TGATTGAACA  GCCGCTTAGA
1051    AAACGGAAGA  TGACCTTCAA  AAAGGCATTT  TTCTGCCTTT  ATCTCGCCCC
1101    GTCCCTGATG  CTTGTCGGTT  ACAACCTGTA  TTCAAGAGGG  ATATTGAAAC
1151    AGGAACACCT  CCGCCCGCTG  CCCGGCACGC  CCGTTGCTGC  GGAAAATAAT
1201    TTTCCGGAAA  CCGTCTTGAC  CCTCGGCGAC  TCGCACGCCG  GACACCTGCG
1251    GGGGTTTCTG  GATTATGTCG  GCGGCAGGGA  AGGGTGGAAA  GCTAAAATCC
1301    TGTCCCTCGA  TTCGGAGTGT  TTGGTTTGGG  TGGATGAGAA  GCTGGCAGAC
1351    AACCCGTTGT  GCCGAAAATA  CCGGGATGAA  GTTGAAAAAG  CCGAAGCTGT
1401    TTTCATTGCC  CAATTCTATG  ATTTGAGGAT  GGGCGGCCAG  CCCGTGCCGA
1451    GATTTGAAGC  GCAATCCTTC  CTGATACCCG  GGTTCAAAGC  CCGATTCAGG
1501    GAAACCGTCA  AGAGGATAGC  CGCCGTCAAA  CCTGTATATG  TTTTTGCAAA
1551    CAATACATCA  ATCAGCCGTT  CTCCCTTGAG  GGAGGAAAAA  TTGAAAAGAT
1601    TTGCTATAAA  CCAATACCTC  CGGCCTATTC  GGGCTATGGG  CGACATCGGC
1651    AAGAGCAATC  AGGCGGTCTT  TGATTTGGTT  AAAGATATTC  CCAATGTGCA
1701    TTGGGTGGAC  GCACAAAAAT  ACCTGCCCAA  AAACACGGTC  GAAATACACG
1751    GACGCTATCT  TTACGGCGAC  CAAGACCACC  TGACCTATTT  CGGTTCTTAT
1801    TATATGGGGC  GGGAATTTCA  CAAACACGAA  CGCCTGCTCA  AGCATTCCCG
1851    AGGCGGCGCA  TTGCAGTAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 776>：
   1    MQAVRYRPEI  DGLRAVAVLS  VIIFHLNNRW  LPGGFLGVDI  FFVISGFLIT
  51    NIILSEIQNG  SFSFRDFYTR  RIKRIYPAFI  AAVSLASVIA  SQIFLYEDFN
 101    QMRKTIELST  VFLSNIYLGF  RLGYFDLSAD  ENPVLHIWSL  AVEEQYYLLY
 151    PLLLIFCYKK  TKSLRVLRNI  SIILFLILTA  SSFLPAGFYT  DILNQPNTYY
 201    LSTLRFPELL  VGSLLAVYGQ  TQNGRRQTEN  GKRQLLSLLC  FGALLVCLFV
 251    IDKHDPFIPG  ITLLLPCLLT  ALLIRSMQYG  TLPTRILSAS  PIVFVGKISY
 301    SLYLYHWIFI  AFAHYITGDK  QLGLPAVSAV  AALTAGFSLL  SYYLIEQPLR
 351    KRKMTFKKAF  FCLYLAPSLM  LVGYNLYSRG  ILKQEHLRPL  PGTPVAAENN
 401    FPETVLTLGD  SHAGHLRGFL  DYVGGREGWK  AKILSLDSEC  LVWVDEKLAD
 451    NPLCRKYRDE  VEKAEAVFIA  QFYDLRMGGQ  PVPRFEAQSF  LIPGFKARFR
 501    ETVKRIAAVK  PVYVFANNTS  ISRSPLREEK  LKRFAINQYL  RPIRAMGDIG
 551    KSNQAVFDLV  KDIPNVHWVD  AQKYLPKNTV  EIHGRYLYGD  QDHLTYFGSY
 601    YMGREFHKHE  RLLKHSRGGA  LQ*ORF128ng和ORF128-1在622个氨基酸的重叠区内显示出有95.7％的相同性：orf128-1.pep MQAVRYRPEIDGLRAVAVLSVMIFHLNNRWLPGGFLGVDIFFVISGFLITGIILSEIQNG
         |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||orf128ng     MQAVRYRPEIDGLRAVAVLSVIIFHLNNRWLPGGFLGVDIFFVISGFLITNIILSEIQNGorf128-1.pep SFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVFLSNIYLGF
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||orf128ng     SFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTIELSTVFLSNIYLGForf128-1.pep QQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISIILFLILTA
         : ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||orf128ng     RLGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCYKKTKSLRVLRNISIILFLILTAorf128-1.pep SSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGKRQLLSSLC
         |||||:||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| |||||||| ||orf128ng     SSFLPAGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLVGSLLAVYGQTQNGRRQTENGKRQLLSLLCorf128-1.pep FGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPIVFVGKISY
             |||||:||||||||:|||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128ng     FGALLVCLFVIDKHDPFIPGITLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPIVFVGKISY
orf128-1.pep SLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKRKMTFKKAF
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128ng     SLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKRKMTFKKAF
orf128-1.pep FCLYLAPSLILVGYNLYARGILKQEHLRPLPGAPLAAENHFPETVLTLGDSHAGHLRGFL
             |||||||||:|||||||:||||||||||||||:|:||||:||||||||||||||||||||
orf128ng     FCLYLAPSLMLVGYNLYSRGILKQEHLRPLPGTPVAAENNFPETVLTLGDSHAGHLRGFL
orf128-1.pep DYVGSREGWKAKILSLDSECLVWVDEKLADNPLCRKYRDEVEKAEAVFIAQFYDLRMGGQ
             ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128ng     DYVGGREGWKAKILSLDSECLVWVDEKLADNPLCRKYRDEVEKAEAVFIAQFYDLRMGGQ
orf128-1.pep PVPRFEAQSFLIPGFPARFRETVKRIAAVKPVYVFANNTSISRSPLREEKLKRFAANQYL
             ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
orf128ng     PVPRFEAQSFLIPGFKARFRETVKRIAAVKPVYVFANNTSISRSPLREEKLKRFAINQYL
orf128-1.pep RPIQAMGDIGKSNQAVFDLIKDIPNVHWVDAQKYLPKNTVEIYGRYLYGDQDHLTYFGSY
             |||:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf128ng     RPIRAMGDIGKSNQAVFDLVKDIPNVHWVDAQKYLPKNTVEIHGRYLYGDQDHLTYFGSY
orf128-1.pep YMGREFHKHERLLKSSHGGALQX
             |||||||||||||| |:||||||
orf128ng     YMGREFHKHERLLKHSRGGALQX
                    610       620
另外，ORF218ng显示出与一种假设的流感嗜血菌蛋白同源：
sp|P43993|Y392_HAEIN假设蛋白HI0392＞gi|1074385|pir||B64007假设蛋白HI0392-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)
＞gi|1573364(U32723)流感嗜血菌预计的编码区HI0392[流感嗜血菌]长度=245
评分=239位(604)，估计值=3e-62
相同性=124/225(55％)，阳性=152/225(67％)，空隙=1/225(0％)
询问:38  VDIFFVISGFLITNIILSEIQNGSFSFRDFYTRRIKRIYPXXXXXXXXXXXXXXXXFLYE 97
          +DIFFVISGFLIT II++EIQ SFS  + FYTRRIKRIYP                F+Y
目标:1   MDIFFVISGFLITGIIITEIQQNSFSLKQFYTRRIKRIYPAFITVMALVSFIASAIFIYN 60
询问:98  DFNQMRKTIELSTVFLSNIYLGFRLGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQXXXXXXXXXIFC 157
          DFN++RKTIEL+  FLSN YLG  GYFDLSA+ENPVLHIWSLAVE Q          I
目标:61  DFNKLRKTIELAIAFLSNFYLGLTQGYFDLSANENPVLHIWSLAVEGQYYLIFPLILILA 120
询问:158 YKKTKSLRVLRNISIILFLILTASSFLPAGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLVGSLLAV 217
          YKK + ++VL  I++ILF IL A+SF+ A FY ++L+QPN YYLS LRFPELLVGSLLA+
目标:121 YKKFREVKVLFIITLILFFILLATSFVSANFYKEVLHQPNIYYLSNLRFPELLVGSLLAI 180
询问:218 YGQTQNGRRQTENGKRQLLSLLCFGALLVCLFVIDKHDPFIPGIT 262
          Y    N + Q       +L++L    L  CLF+++ +  FIPGIT
目标:181 YHNLSN-KVQLSKQVNNILAILSTLLLFSCLFLMNNNIAFIPGIT 224
该分析结果(包括鉴定出几个推定的跨膜结构域)提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例99
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 777>：
    1  ..ATTATTTACG  AATACCGCTG  GATGTTTCTT  TACGGCGCAC  TGACGACCTT
   51    GGGGCTGACG  GTCGTGGCAA  C.GCGGGCGG  TTCGGTATTG  GGTCTGTTGT
  101    TGGCGTTGGC  GCGCCTGATT  CACTTGGAAA  AAGCCGGTGC  GCCGATGCGC
  151    GTGCTGGCGT  GGGCGTTGCG  TAAAGTTTCG  CTGCTGTATG  TTACGCTGTT
  201    CCGGGGTACG  CCGCTGTTTG  TGCAGATTGT  GATTTGGGCG  TATGTGTGGT
  251    TTCCGTTTTT  CGTC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 778；ORF129>：
    1  ..IIYEYRWMFL  YGALTTLGLT  VVAXAGGSVL  GLLLALARLI  HLEKAGAPMR
   51    VLAWALRKVS  LLYVTLFRGT  PLFVQIVIWA  YVWFPFFV..
进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 779>：
    1    ATGGATTTTC  GTTTTGACAT  TATTTACGAA  TACCGCTGGA  TGTTTCTTTA
   51    CGGCGCACTG  ACGACCTTGG  GGCTGACGGT  CGTGGCAACG  GCGGGCGGTT
  101    CGGTATTGGG  TCTGTTGTTG  GCGTTGGCGC  GCCTGATTCA  CTTGGAAAAA
  151    GCCGGTGCGC  CGATGCGCGT  GCTGGCGTGG  GCGTTGCGTA  AAGTTTCGCT
  201    GCTGTATGTT  ACGCTGTTCC  GGGGTACGCC  GCTGTTTGTG  CAGATTGTGA
  251    TTTGGGCGTA  TGTGTGGTTT  CCGTTTTTCG  TCCATCCTTC  AGACGGCATT
  301    TTGGTCAGCG  GCGAGGCGGC  AATCGCGCTG  CGTCGCGGAT  ACGGGCCGCT
  351    GATTGCCGGT  TCTTTGGCAC  TGATCGCCAA  CTCGGGGGCG  TATATCTGTG
  401    AGATTTTCCG  CGCGGGCATC  CAGTCTATAG  ACAAAGGACA  GATGGAGGCG
  451    GCGCGTTCTT  TGGGGCTGAC  CTATCCGCAG  GCGATGCGCT  ATGTGATTCT
  501    GCCGCAGGCA  TTGCGCCGCA  TGCTGCCGCC  TTTGGCGAGC  GAGTTCATCA
  551    CGCTCTTGAA  AGACAGCTCG  CTGCTGTCGG  TCATTGCTGT  GGCGGAGTTG
  601    GCGTATGTTC  AGAATACGAT  TACGGGCCGG  TATTCGGTTT  ATGAAGAACC
  651    GCTTTACACC  GTCGCCCTGA  TTTATCTGTT  GATGACGACT  TTCTTAGGCT
  701    GGATATTCCT  GCGTTTGGAA  AAACGTTACA  ATCCGCAACA  CCGCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 780；ORF129-1>：
    1    MDFRFDIIYE  YRWMFLYGAL  TTLGLTVVAT  AGGSVLGLLL  ALARLIHLEK
   51    AGAPMRVLAW  ALRKVSLLYV  TLFRGTPLFV  QIVIWAYVWF  PFFVHPSDGI
  101    LVSGEAAIAL  RRGYGPLIAG  SLALIANSGA  YICEIFRAGI  QSIDKGQMEA
  151    ARSLGLTYPQ  AMRYVILPQA  LRRMLPPLAS  EFITLLKDSS  LLSVIAVAEL
  201    AYVQNTITGR  YSVYEEPLYT  VALIYLLMTT  FLGWIFLRLE  KRYNPQHR*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF129和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF129a)在88个氨基酸的重叠区内显示出有98.9％的相同性：
                          10        20        30        40        50
orf129.pep        IIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVAXAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
                  |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf129a     MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
                    10        20        30        40        50        60
                60        70        80
orf129.pep  ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFV
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129a     ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAG
                    70        80        90       100       110       120
orf129a     SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAARSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
                   130       140       150       160       170       180
全长ORF129a核苷酸序列<SEQ ID 781>是：
      1    ATGGATTTTC  GTTTTGACAT  TATTTACGAA  TACCGCTGGA  TGTTTCTTTA
     51    CGGCGCACTG  ACGACCTTGG  GGCTGACGGT  CGTGGCGACG  GCGGGCGGTT
    101    CGGTATTGGG  TCTGTTGTTG  GCGTTGGCGC  GCCTGATTCA  CTTGGAAAAA
    151    GCCGGTGCGC  CGATGCGCGT  GCTGGCGTGG  GCGTTGCGTA  AGGTTTCGCT
    201    GCTGTATGTT  ACGCTGTTCC  GGGGTACGCC  GCTGTTTGTG  CAGATTGTGA
    251    TTTGGGCGTA  TGTGTGGTTT  CCGTTTTTCG  TCCATCCTTC  AGACGGCATT
    301    TTGGTTAGCG  GCGAGGCGGC  AATCGCGCTG  CGTCGCGGAT  ACGGGCCGCT
    351    GATTGCCGGT  TCTTTGGCAC  TGATCGCCAA  CTCGGGGGCG  TATATCTGTG
    401    AGATTTTCCG  CGCGGGCATC  CAGTCTATAG  ACAAAGGACA  GATGGAGGCG
    451    GCGCGTTCTT  TGGGGCTGAC  CTATCCGCAG  GCGATGCGCT  ATGTGATTCT
    501    GCCGCAGGCA  TTGCGCCGTA  TGCTGCCGCC  TTTGGCGAGC  GAGTTCATCA
    551    CGCTCTTGAA  AGACAGCTCG  CTGCTGTCGG  TCATTGCTGT  GGCGGAGTTG
    601    GCGTATGTTC  AGAATACGAT  TACGGGCCGG  TATTCGGTTT  ATGAAGAACC
    651    GCTTTACACC  GTCGCCCTGA  TTTATCTGTT  GATGACGACT  TTCTTAGGCT
    701    GGATATTCCT  GCGTTTGGAA  AAACGTTACA  ATCCGCAACA  CCGCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 782>：
      1    MDFRFDIIYE  YRWMFLYGAL  TTLGLTVVAT  AGGSVLGLLL  ALARLIHLEK
     51    AGAPMRYLAW  ALRKVSLLYV  TLFRGTPLFV  QIVIWAYVWF  PFFVHPSDGI
    101    LVSGEAAIAL  RRGYGPLIAG  SLALIANSGA  YICEIFRAGI  QSIDKGQMEA
    151    ARSLGLTYPQ  AMRYVILPQA  LRRMLPPLAS  EFITLLKDSS  LLSVIAVAEL
    201    AYVQNTITGR  YSVYEEPLYT  VALIYLLMTT  FLGWIFLRLE  KRYNPQHR*
ORF129a和ORF129-1在248个氨基酸的重叠区内显示出有100.0％的相同性：
orf129a.pep MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129-1    MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
orf129a.pep ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129-1    ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAG
orf129a.pep SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAARSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129-1    SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAARSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
orf129a.pep EFITLLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTVALIYLLMTTFLGWIFLRLE
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129-1    EFITLLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTVALIYLLMTTFLGWIFLRLE
orf129a.pep KRYNPQHRX
            |||||||||
orf129-1    KRYNPQHRX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF129和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF129ng)在88个氨基酸的重叠区内显示出有98.9％的相同性：
orf129.pep       IIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVAXAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW  54
                 |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf129ng   MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW  60
orf129.pep ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFV                            88
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129ng   ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVILHTAFLGNAMRQSRRVPDKGRWIAG 120
预计ORF129ng核苷酸序列<SEQ ID 783>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID784>：
      1  MDFRFDIIYE YRWMFLYGAL TTLGLTVVAT AGGSVLGLLL ALARLIHLEK
     51  AGAPMRVLAW ALRKVSLLYV TLFRGTPLFV QIVIWAYVWF PFFVILHTAF
    101  LGNAMRQSRR VPDKGRWIAG SLELNCQPRG RKTRGEFPPG ESNLGTEPRN
    151  PLSMGQRRFP GCENWYPPQN FIKK*
进一步的工作揭示了下列淋球菌序列<SEQ ID 785>：
      1  ATGGATTTTc gtTTTGACAT TATTTAcgaA TACCGCTGGA TGTTTCTTTA
 51  CGGCGCACTG Acgaccttgg ggctgacggt cgtggcgacg gCGGGCGGTT
101  CGGtattggG TCTGTTGTTG GCGTTGGCGC GCCTGATTCA CTTGGAAAAA
151  GCCGGTGCGC CGATGCGCGT GCTGGCGTGG GCGTTGCGTA AGGTTTCGCT
201  GCTGTACGTT ACCCTGTTCC GGGGTACGCC GCTGTTTGTG CAGATTGTGA
251  TTTGGGCGTA TGTGTGGTTT CCGTTTTTCG TCCATCCTTC AGACGGCATT
301  TTGGTCAGCG GCGAGGCGGC AATCGCGCTG CGTCGCGGAT ACGGGCCGCT
351  GATTGCCGGT TCTTTGGCAC TGATCGCCAA CTCGGGGGCG TATATCTGTG
401  AGATTTTCCG CGCGGGCATC CAGTCTATAG ACAAAGGACA GATGGAGGCG
451  GCGTGTTCTT TGGGACTGAC CTATCCGCAG GCGATGCGCT ATGTGATTCT
501  GCCGCAGGCA TTGCGCCGTA TGCTGCCGCC TTTGGCGAGC GAGTTCATCA
551  CGCTCTTGAA AGACAGCTCG CTGCTGTCGG TCATTGCTGT GGCGGAGTTG
601  GCGTATGTTC AGAATACGAT TACGGGCCGG TATTCGGTTT ATGAAGAACC
651  GCTTTACACC GCCGCCCTGA TTTATCTGTT GATGACGACT TTCTTAGGCT
701  GGATATTCCT GCGTTTGGAA AAACGTTACA ATCCGCAACA CCGCTGA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 786；ORF129ng-1>：
  1  MDFRFDIIYE YRWMFLYGAL TTLGLTVVAT AGGSVLGLLL ALARLIHLEK
 51  AGAPMRVLAW ALRKVSLLYV TLFRGTPLFV QIVIWAYVWF PFFVHPSDGI
101  LVSGEAAIAL RRGYGPLIAG SLALIANSGA YICEIFRAGI QSIDKGQMEA
151  ARSLGLTYPQ AMRYVILPQA LRRMLPPLAS EFITLLKDSS LLSVIAVAEL
201  AYVQNTITGR YSVYEEPLYT VALIYLLMTT FLGWIFLRLE KRYNPQHR*ORF129ng-1和ORF129-1在248个氨基酸的重叠区内显示出有99.2％的相同性：orf129-1.pep MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf129ng-1   MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAWorf129-1.pep ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAG
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf129ng-1   ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAGorf129-1.pep SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAARSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
         ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||orf129ng-1   SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAACSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLASorf129-1.pep EFITLLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTVALIYLLMTTFLGWIFLRLE
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||orf129ng-1   EFITLLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTAALIYLLMTTFLGWIFLRLEorf129-1.pep KRYNPQHRX
         |||||||||orf129ng-1   KRYNPQHRX另外，ORF129ng-1与闪烁古生球菌的ABC转运蛋白同源：2650409(AE001090)谷氨酰胺ABC转运蛋白，通透酶蛋白(glnP)[闪烁古生球菌]长度=224评分=132位(329)，估计值=2e-30相同性=86/178(48％)，阳性=103/178(57％)，空隙=18/178(10％)询问：65  VSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAGSLAL 124
       +S  YV + RGTPL VQI+I       +F  P+ GI +  E A            G +AL目标：58  ISTAYVEVIRGTPLLVQILI------VYFGLPAIGINLQPEPA------------GIIAL 99询问：125 IANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAACSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLASEFIT 184
          SGAYI EI RAGI+SI  GQMEAA SLG+TY QAMRYVI PQA R +LP L +EFI目标：100 SICSGAYIAEIVRAGIESIPIGQMEAARSLGMTYLQAMRYVIFPQAFRNILPALGNEFIA 159询问：185 LLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTAALIYLLMTTFLGWIFLRLEKR 242
       LLKDSSLLSVI++ EL  V   I         P    AL YL+MT  L  +    +K+目标：160 LLKDSSLLSVISIVELTRVGRQIVNTTFNAWTPFLGVALFYLMMTIPLSRLVAYSQKK 217该分析结果(包括在两个蛋白中鉴定出几个跨膜结构域)提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例100
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 787>：
      1  ..CTGAAAGAAT  GCCGTCTGAA  AGACCCTGTT  TTTATTCCAA  ATATCGTTTA
     51    TAAGAACATC  GCCATTACTT  TCCTGCTCTT  GCACGCCGCC  GCCGAACTTT
    101    GGCTGCCCGC  GCAAACCGCC  GGTTTTACCG  CGCTCGCCGT  CGGCTTCATC
    151    CTGCTCGCCA  AGCTGCGTGA  gCTTCACCAT  CACGAACTCT  TACGTAAACA
    201    cTACGTCCGC  ACTTATTACy  TGCTCCAACT  CTTTGCCGCC  GCAGgcTAgT
    251    TTGTGGACAG  GCGCGGCGwA  ATTACAAAAC  CTGCCCGCyT  CCGCGCCCCT
    301    GCACCTGATT  ACCCTCGGCG  GCATGATGGG  CGGCGTGATG  ATGGTGTGGc
    351    TGACCGCCGG  ACTGTGGCAC  AGCGGCTTTA  CCAAACTCGA  CTACCCCAAA
    401    CTCTGCCGCA  TTGCCGTCCC  CATCCTTTTC  GCCGCCGCCG  TCTCGCGCGC
    451    TTTCTTGrTG  AACGTGAACC  CGrTATTTTT  CATTACCGTT  CCTGCGATTC
    501    TGACCGCCGC  CGTATTCGTA  CTGTATCTTT  TCrCGTTTAT  ACCGATATTT
    551    CGGGCGAATG  CGTTTACAGA  CGATCCGGAr  TAr
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 788；ORF130>：
      1  ..LKECRLKDPV  FIPNIVYKNI  AITFLLLHAA  AELWLPAQTA  GFTALAVGFI
     51    LLAKLRELHH  HELLRKHYVR  TYYLLQLFAA  AGSLWTGAAX  LQNLPASAPL
    101    HLITLGGMMG  GVMMVWLTAG  LWHSGFTKLD  YPKLCRIAVP  ILFAAAVSRA
    151    FLXNVNPXFF  ITVPAILTAA  VFVLYLFXFI  PIFRANAFTD  DPE*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 789>：
      1    ATGCGGCCGT  TTTTCGTCGG  CGCGGCGGTG  CTTGCCATAC  TCGGTGCGCT
     51    GGTGTTTTTC  ATCAACCCCG  GTGCCATCGT  CCTGCACCGC  CAAATTTTCT
    101    TGGAACTTAT  GCTGCCGGCG  GCATACGGCG  GTTTTTTGAC  TGCGGCTTTG
    151    TTGGACTGGA  CGGGTTTTTC  GGGTAACCTG  AAACCTGTCG  CGACTTTGAT
    201    GGCGGCATTA  TTGCTCGCCG  CATCCGCTAT  ACTGCCCTTT  TCGCCGCAAA
    251    CTGCCTCGTT  TTTCGTCGCC  GCCTATTGGC  TGGTGTTGCT  GCTGTTCTGC
    301    GCCCGGCTGA  TTTGGCTAGA  CCGAAACACC  GACAACTTCG  CCCTGCTAAT
    351    GTTACTTGCC  GCGTTCACTG  TTTTTCAGAC  GGCATATGCC  GTCAGCGGCG
    401    ATTTGAACCT  GTTGCGCGCG  CAAGTGCATC  TAAATATGGC  GGCGGTGATG
    451    TTCGTATCCG  TGCGCGTCAG  TATTCTTTTG  GGCGCGGAAG  CCCTGAAAGA
    501    ATGCCGTCTG  AAAGACCCTG  TTTTTATTCC  AAATATCGTT  TATAAAAACA
    551    TCGCCATTAC  TTTCCTGCTC  TTGCACGCCG  CCGCCGAACT  TTGGCTGCCC
    601    GCGCAAACCG  CCGGTTTTAC  CGCGCTCGCC  GTCGGCTTCA  TCCTCCTCGC
    651    CAAGCTGCGT  GAGCTTCACC  ATCACGAACT  CTTACGTAAA  CACTACGTCC
    701    GCACTTATTA  CCTGCTCCAA  CTCTTTGCCG  CCGCAGGCTA  TTTGTGGACA
    751    GGCGCGGCGA  AATTACAAAA  CCTGCCCGCC  TCCGCGCCCC  TGCACCTGAT
    801    TACCCTCGGC  GGCATGATGG  GCGGCGTGAT  GATGGTGTGG  CTGACCGCCG
    851    GACTGTGGCA  CAGCGGCTTT  ACCAAACTCG  ACTACCCCAA  ACTCTGCCGC
    901    ATTGCCGTCC  CCATCCTTTT  CGCCGCCGCC  GTCTCGCGCG  CTTTCTTGAT
    951    GAACGTGAAC  CCGATATTTT  TCATTACCGT  TCCTGCGATT  CTGACCGCCG
   1001    CCGTATTCGT  ACTGTATCTT  TTCACGTTTA  TACCGATATT  TCGGGCGAAT
   1051    GCGTTTACAG  ACGATCCGGA  ATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 790；ORF130-1>：
      1    MRPFFVGAAV  LAILGALYFF  INPGAIVLHR  QIFLELMLPA  AYGGFLTAAL
     51    LDWTGFSGNL  KPVATLMAAL  LLAASAILPF  SPQTASFFVA  AYWLVLLLFC
    101    ARLIWLDRNT  DNFALLMLLA  AFTVFQTAYA  VSGDLNLLRA  QVHLNMAAVM
    151    FVSVRVSILL  GAEALKECRL  KDPVFIPNIV  YKNIAITFLL  LHAAAELWLP
    201    AQTAGFTALA  VGFILLAKLR  ELHHHELLRK  HYVRTYYLLQ  LFAAAGYLWT
    251    GAAKLQNLPA  SAPLHLITLG  GMMGGVMMVW  LTAGLWHSGF  TKLDYPKLCR
    301    IAVPILFAAA  VSRAFLMNVN  PIFFITVPAI  LTAAVFVLYL  FTFIPIFRAN
    351    AFTDDPE*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF130和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF130a)在193个氨基酸的重叠区内显示出有94.3％的相同性：
                                              10        20        30
orf130.pep                               LKECRLKDPVFIPNIVYKNIAITFLLLHAA
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf130a    LNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSILLGAEALKECRLKDPVFIPNVVYKNIAITFLLLHAA
              140       150       160       170       180       190
                   40        50        60        70        80        90
orf130.pep AELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQLFAAAGSLWTGAAX
           |||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf130a    AELWLPAQTAGFTSLAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQLFAAAGYLWTGAAK
              200       210       220       230       240       250
                  100       110       120       130       140       150
orf130.pep LQNLPASAPLHLITLGGMMGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDyPKLCRIAVPILFAAAVSRA
           ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130a    LQNLPASAPLHLITLGGMMGSVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCRIAVPILFAAAVSRA
              260       270       280       290       300       310
                  160       170       180       190
orf130.pep FLXNVNPXFFITVPAILTAAVFVLYLFXFIPIFRANAFTDDPEX
            | |||| ||||||||||||||||||::|:||||||||||||||
orf130a    VLMNVNPIFFITVPAILTAAVFVLYLLTFVPIFRANAFTDDPEX
              320       330       340       350
全长ORF130a核苷酸序列<SEQ ID 791>是：
      1    ATGCGGCCGT  TTTTCGTCGG  CGCGGCGGTG  CTTGCCATAC  TCGGTGCGCT
     51    GGTGTTTTTC  ATCAACCCCG  GTGCCATCGT  CCTGCACCGC  CAAATTTTCT
    101    TGGAACTTAT  GCTGCCGGCG  GCATACGGCG  GTTTTTTGAC  TGCGGCTTTG
    151    TTGGACTGGA  CGGGTTTTTC  GGGTAACCTG  AAACCTGTCG  CGACTTTGAT
    201    GGCGGCATTA  TTGCTCGCCG  CATCCGCTAT  ACTGCCCTTT  TCGCCGCAAA
    251    CTGCCTCGTT  TTTCGTCGCC  GCCTATTGGC  TGGTGTTGCT  GCTGTTCTGC
    301    GCCCGGCTGA  TTTGGCTAGA  CCGAAACACC  GACAACTTCG  CCCTGCTAAT
    351    GTTACTTGCC  GCGTTCACTG  TTTTTCAGAC  GGCATATGCC  GTCAGCGGCG
    401    ATTTGAACCT  GTTGCGCGCG  CAAGTGCATC  TAAATATGGC  GGCGGTGATG
    451    TTCGTATCCG  TGCGCGTCAG  TATTCTTTTG  GGCGCGGAAG  CCCTGAAAGA
    501    ATGCCGTCTG  AAAGACCCAG  TATTCATCCC  CAATGTCGTC  TATAAAAACA
    551    TCGCCATTAC  CTTCCTGCTC  CTGCACGCCG  CCGCCGAACT  TTGGCTGCCT
    601    GCGCAAACCG  CCGGTTTTAC  CTCGCTCGCC  GTCGGCTTTA  TCCTGCTTGC
    651    CAAGCTGCGT  GAGCTTCACC  ATCACGAACT  CCTGCGCAAA  CACTACGTCC
    701    GCACTTATTA  CCTGCTCCAA  CTCTTTGCCG  CCGCAGGCTA  TTTGTGGACA
    751    GGCGCGGGGA  AATTACAAAA  CCTGCCCGCC  TCCGCGCCCC  TGCACCTGAT
    801    TACCCTCGGT  GGCATGATGG  GCAGCGTGAT  GATGGTGTGG  CTGACTGCCG
    851    GACTGTGGCA  CAGCGGCTTT  ACCAAGCTCG  ACTACCCGAA  ACTCTGCCGC
    901    ATCGCCGTCC  CCATCCTNTT  CGCCGCCGCC  GTTTCGCGCG  CTGTTTTAAT
    951    GAACGTAAAC  CCGATATTCT  TCATCACCGT  CCCCGCAATT  CTGACCGCCG
   1001    CCGTGTTCGT  GCTTTACCTG  CTGACATTCG  TACCGATCTT  TCGGGCGAAC
   1051    GCGTTTACAG  ACGATCCGGA  ATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 792>：
      1    MRPFFVGAAV  LAILGALVFF  INPGAIVLHR  QIFLELMLPA  AYGGFLTAAL
     51    LDWTGFSGNL  KPVATLMAAL  LLAASAILPF  SPQTASFFVA  AYWLVLLLFC
    101    ARLIWLDRNT  DNFALLMLLA  AFTVFQTAYA  VSGDLNLLRA  QVHLNMAAVM
    151    FVSVRVSILL  GAEALKECRL  KDPVFIPNVV  YKNIAITFLL  LHAAAELWLP
    201    AQTAGFTSLA  VGFILLAKLR  ELHHHELLRK  HYVRTYYLLQ  LFAAAGYLWT
    251    GAAKLQNLPA  SAPLHLITLG  GMMGSVMMVW  LTAGLWHSGF  TKLDYPKLCR
    301    IAVPILFAAA  VSRAVLMNVN  PIFFITVPAI  LTAAVFVLYL  LTFVPIFRAN
   351    AFTDDPE*
ORF130a和ORF130-1在357个氨基酸的重叠区内显示出有98.3％的相同性：
orf130a.pep MRPFFVGAAVLAILGALVFFINPGAIVLHRQIFLELMLPAAYGGFLTAALLDWTGFSGNL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130-1    MRPFFVGAAVLAILGALVFFINPGAIVLHRQIFLELMLPAAYGGFLTAALLDWTGFSGNL
orf130a.pep KPVATLMAALLLAASAILPFSPQTASFFVAAYWLVLLLFCARLIWLDRNTDNFALLMLLA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130-1    KPVATLMAALLLAASAILPFSPQTASFFVAAYWLVLLLFCARLIWLDRNTDNFALLMLLA
orf130a.pep AFTVFQTAYAVSGDLNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSILLGAEALKECRLKDPVFIPNVV
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf130-1    AFTVFQTAYAVSGDLNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSILLGAEALKECRLKDPVFIPNIV
orf130a.pep YKNIAITFLLLHAAAELWLPAQTAGFTSLAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQ
            |||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130-1    YKNIAITFLLLHAAAELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQ
orf130a.pep LFAAAGYLWTGAAKLQNLPASAPLHLITLGGMMGSVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCR
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
orf130-1    LFAAAGYLWTGAAKLQNLPASAPLHLITLGGMMGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCR
orf130a.pep IAVPILFAAAVSRAVLMNVNPIFFITVPAILTAAVFVLYLLTFVPIFRANAFTDDPE
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||
orf130-1    IAVPILFAAAVSRAFLMNVNPIFFITVPAILTAAVFVLYLFTFIPIFRANAFTDDPE
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF130和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF130ng)在193个氨基酸的重叠区内显示出有91.7％的相同性：
orf130.pep                               LKECRLKDPVFIPNIVYKNIAITFLLLHAA  30
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf130ng   LNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSVLLGTETLKECRLKDPVFIPNVIYKNIAIT-LLLHAA 201
orf130.pep AELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQLFAAAGSLWTGAAX  90
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf130ng   AELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQLFAAAGYLWTGAAK 261
orf130.pep LQNLPASAPLHLITLGGMMGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCRIAVPILFAAAVSRA 150
           |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||:|||||
orf130ng   LQNLPASAPLHLITLGGMTGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCRIAVSILFASAVSRA 321
orf130.pep FLXNVNPXFFITVPAILTAAVFVLYLFXFIPIFRANAFTDDPE 193
            | |||| |||||| |||||||:|||::|:|||||||||||||
orf130ng   VLMNVNPIFFITVPEILTAAVFMLYLLTFVPIFRANAFTDDPE 364
预计ORF130ng核苷酸序列<SEQ ID 793>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID794>：
      1    MNKFFTHPMR  PFFVGAAVLA  ILGALVFFHQ  PRRYHPAPPN  FLGTYAAGCI
     51    RRFFDYRFVG  PDGFFRQPET  CRYFDGGVVA  CCGCFIAVFT  ATCRIFRRRL
    101    LAGVAAVLRL  ADLARRQHRT  LRSVDVTAAF  TVFQTAYAVS  6DLNLLRAQV
    151    HLNMAAVMFV  SVRVSVLLGT  ETLKECRLKD  PVFIPNVIYK  NIAITLLLHA
    201    AAELWLPAQT  AGFTALAVGF  ILLAKLRELH  HHELLRKHYV  RTYYLLQLFA
    251    AAGYLWTGAA  KLQNLPASAP  LHLITLGGMT  GGVMMVWLTA  GLWHSGFTKL
    301    DYPKLCRIAV  SILFASAVSR  AVLMNVNPIF  FITVPEILTA  AVFMLYLLTF
    351    VPIFRANAFT  DDPE*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 795>：
      1    ATGCGCCCGT  TTTTCGTCGG  TGCGGCAGTA  CTTGCCATAC  TCGGTGCGTT
     51    GGTGTTTTTT  ATCAACCCCG  GCGCTATCAT  CCTGCACCGC  CAAATTTTCT
    101    TGGAACTTAT  GCTGCCGGCT  GCATACGGCG  GTTTTTTGAC  TACCGCTTTG
    151    TTGGACCGGA  CGGGTTTTTC  AGGCAACCTG  AAACCTGCCG  CTACTTTGAT
    201    GGCGGTGTTG  TTGCTTGTTG  CGGCTGTTTT  ATTGCCGTTT  TTACCGCAAC
    251    TTGCCGCATT  TTTCGTCGCC  GCCTATTGGC  TGGTGTTGCT  GCTGTTCTGC
    301    GCCTGGCTGA  TTTGGCTCGA  CCGCAACACC  GACAACTTCG  CTCTGTTGAT
    351    GTTACTTGCC  GCATTTACCG  TTTTTCAGAC  GGCCTATGCC  GTCAGCGGCG
    401    ATTTGAACTT  ACTGCGCGCG  CAAGTGCATT  TGAATATGGC  GGCGGTCATG
    451    TTCGTATCCG  TCCGCGTCAG  CGTCCTTTTG  GGCACGGAAA  CCCTGAAAGA
    501    ATGCCGTCTG  AAAGACCCCG  TATTCATCCC  CAACGTTATC  TATAAAAACA
    551    TCGCCATCAC  CCTGCTGCTG  CACGCCGCCG  CCGAACTTTG  GCTGCCCGCG
    601    CAAACCGCCG  GTTTTACTGC  GCTTGCCGTC  GGCTTCATCC  TGCTCGCCAA
    651    GCTGCGCGAA  CTGCACCATC  ACGAACTCTT  ACGCAAACAC  TACGTCCGCA
    701    CTTATTACCT  GCTCCAGCTC  TTTGCCGCCG  CAGGTTATCT  GTGGACAGGC
    751    GCGGCGAAAC  TGCAAAACCT  GCCCGCCTCC  GCGCCCCTGC  ACCTGATTAC
    801    CCTCGGCGGC  ATGACGGGTG  GCGTGATGAT  GGTGTGGCTG  ACTGCCGGAC
    851    TGTGGCACAG  CGGCTTTACC  AAACTCGACT  ACCCGAAACT  CTGCCGCATC
    901    GCCGTCTCCA  TCCTTTTCGC  CTCCGCCGTT  TCGCGCGCTG  TTTTAATGAA
    951    CGTGAATCCG  ATATTCTTCA  TCACCGTTCC  CGAGATTCTG  ACCGCCGCCG
   1001    TGTTCATGCT  TTACCTGCTG  ACGTTCGTAC  CGATTTTTCG  AGCGAACGCG
   1051    TTTACAGACG  ATCCGGAATA  A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 796；ORF130ng-1>：
      1    MRPFFVGAAV  LAILGALVFF  INPGAIILHR  QIFLELMLPA  AYGGFLTTAL
     51    LDRTGFSGNL  KPAATLMAVL  LLVAAVLLPF  LPQLAAFFVA  AYWLVLLLFC
    101    AWLIWLDRNT  DNFALLMLLA  AFTVFQTAYA  VSGDLNLLRA  QVHLNMAAVM
    151    FVSVRVSVLL  GTETLKECRL  KDPVFIPNVI  YKNIAITLLL  HAAAELWLPA
    201    QTAGFTALAV  GFILLAKLRE  LHHHELLRKH  YVRTYYLLQL  FAAAGYLWTG
    251    AAKLQNLPAS  APLHLITLGG  MTGGVMMVWL  TAGLWHSGFT  KLDYPKLCRI
    301    AVSILFASAV  SRAVLMNVNP  IFFITVPEIL  TAAVFMLYLL  TFVPIFRANA
    351    FTDDPE*
ORF130ng-1和ORF130-1在357个氨基酸的重叠区内显示出有92.4％的相同性：
orf130-1.pep  MRPFFVGAAVLAILGALVFFINPGAIVLHRQIFLELMLPAAYGGFLTAALLDWTGFSGNL
              ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||:|||| |||||||
orf130ng-1    MRPFFVGAAVLAILGALVFFINPGAIILHRQIFLELMLPAAYGGFLTTALLDRTGFSGNL
orf130-1.pep  KPVATLMAALLLAASAILPFSPQTASFFVAAYWLVLLLFCARLIWLDRNTDNFALLMLLA
              ||:|||||:|||:|:::||| || |:||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf130ng-1    KPAATLMAVLLLVAAVLLPFLPQLAAFFVAAYWLVLLLFCAWLIWLDRNTDNFALLMLLA
orf130-1.pep  AFTVFQTAYAVSGDLNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSILLGAEALKECRLKDPVFIPNIV
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:|:||||||||||||||::
orf130ng-1    AFTVFQTAYAVSGDLNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSVLLGTETLKECRLKDPVFIPNVI
orf130-1.pep  YKNIAITFLLLHAAAELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQ
              ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130ng-1    YKNIAIT-LLLHAAAELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQ
orf130-1.pep  LFAAAGYLWTGAAKLQNLPASAPLHLITLGGMMGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCR
              |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
orf130ng-1    LFAAAGYLWTGAAKLQNLPASAPLHLITLGGMTGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCR
orf130-1.pep  IAVPILFAAAVSRAFLMNVNPIFFITVPAILTAAVFVLYLFTFIPIFRANAFTDDPEX
              ||| ||||:||||| ||||||||||||| |||||||:|||:||:||||||||||||||
orf130ng-1    IAVSILFASAVSRAVLMNVNPIFFITVPEILTAAVFMLYLLTFVPIFRANAFTDDPEX
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例101
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 797>：
      1    ATGGAAATTC  GGGCAATAAA  ATATACGGCA  ATGGCTGCGT  TGCTTGCATT
     51    TACGGTTGCA  GGCTGCCGGC  TGGCGGGGTG  GTATGAGTGT  TCGTCCCTCA
    101    CCGGCTGGTG  TAAGCCGAGA  AAACCGGCTG  CCATCGATTT  TTGGGATATT
    151    GGCGGCGAGA  GTCCGCCGTC  TTTAGGGGAC  TACGAGATAC  CGCTTTCAGA
    201    CGGCAATAGT  TCCGTCAGGG  CAAACGAATA  TGAATCCGCA  CAACAATCTT
    251    ACTTTTACAG  GAAAATAGGG  AAGTTTGAAG  C.TGCGGGCT  GGATTGGCGT
    301    ACGCGTGACG  GCAAACCTTT  GATTGAGACG  TTCAAACAGG  GAGGATTTGA
    351    CTGCTTGGAA  AAG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 798；ORF131>：
      1    MEIRAIKYTA  MAALLAFTVA  GCRLAGWYEC  SSLTGWCKPR  KPAAIDFWDI
     51    GGESPPSLGD  YEIPLSDGNS  SVRANEYESA  QQSYFYRKIG  KFEXCGLDWR
    101    TRDGKPLIET  FKQGGFDCLE  K..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 799>：
      1    ATGGAAATTC  GGGCAATAAA  ATATACGGCA  ATGGCTGCGT  TGCTTGCATT
     51    TACGGTTGCA  GGCTGCCGGC  TGGCGGGGTG  GTATGAGTGT  TCGTCCCTCA
    101    CCGGCTGGTG  TAAGCCGAGA  AAACCGGCTG  CCATCGATTT  TTGGGATATT
    151    GGCGGCGAGA  GTCCGCCGTC  TTTAGGGGAC  TACGAGATAC  CGCTTTCAGA
    201    CGGCAATCGT  TCCGTCAGGG  CAAACGAATA  TGAATCCGCA  CAACAATCTT
    251    ACTTTTACAG  GAAAATAGGG  AAGTTTGAAG  CCTGCGGGCT  GGATTGGCGT
    301    ACGCGTGACG  GCAAACCTTT  GATTGAGACG  TTCAAACAGG  GAGGATTTGA
    351    CTGCTTGGAA  AAGCAGGGGT  TGCGGCGCAA  CGGTCTGTCC  GAGCGCGTCC
    401    GATGGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 800；ORF131-1>：
      1    MEIRAIKYTA  MAALLAFTVA  GCRLAGWYEC  SSLTGWCKPR  KPAAIDFWDI
     51    GGESPPSLGD  YEIPLSDGNR  SVRANEYESA  QQSYFYRKIG  KFEACGLDWR
    101    TRDGKPLIET  FKQGGFDCLE  KQGLRRNGLS  ERVRW*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF131和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF131a)在121个氨基酸的重叠区内显示出有95.0％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf131.pep MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLTGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLGD
           |||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| |
orf131a    MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLSGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLED
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf131.pep YEIPLSDGNSSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEXCGLDWRTRDGKPLIETFKQGGFDCLE
           ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||:
orf131a    YEIPLSDGNRSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLIETFKQEGFDCLK
                   70        80        90       100       110       120
orf131.pep K
           |
orf131a    KQGLRRNGLSERVRWX
                  130
全长ORF131a核苷酸序列<SEQ ID 801>是：
      1    ATGGAAATTC  GGGCAATAAA  ATATACGGCA  ATGGCTGCGT  TGCTTGCATT
     51    TACGGTTGCA  GGCTGCCGGT  TGGCAGGTTG  GTATGAGTGT  TCGTCCCTGT
    101    CCGGCTGGTG  TAAGCCGAGA  AAACCTGCCG  CCATCGATTT  TTGGGATATT
    151    GGCGGCGAGA  GTCCTCCGTC  TTTAGAGGAC  TACGAGATAC  CGCTTTCAGA
    201    CGGCAATCGT  TCCGTCAGGG  CAAACGAATA  TGAATCCGCA  CAACAATCTT
    251    ACTTTTACAG  GAAAATAGGG  AAGTTTGAAG  CCTGCGGGTT  GGATTGGCGT
    301    ACGCGTGACG  GCAAACCTTT  GATTGAGACG  TTCAAACAGG  AAGGTTTTGA
    351    TTGTTTGAAA  AAGCAGGGGT  TGCGGCGCAA  CGGTCTGTCC  GAGCGCGTCC
    401    GATGGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 802>：
      1    MEIRAIKYTA  MAALLAFTVA  GCRLAGMYEC  SSLSGWCKPR  KPAAIDFWDI
     51    GGESPPSLED  YEIPLSDGNR  SVRANEYESA  QQSYFYRKIG  KFEACGLDWR
    101    TRDGKPLIET  FKQEGFDCLK  KQGLRRNGLS  ERVRW*
ORF131a和ORF131-1在135个氨基酸的重叠区内显示出有97.0％的相同性：
orf131a.pep MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLSGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLED
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| |
orf131-1    MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLTGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLGD
orf131a.pep YEIPLSDGNRSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLIETFKQEGFDCLK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:
orf131-1    YEIPLSDGNRSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLIETFKQGGFDCLE
orf131a.pep KQGLRRNGLSERVRWX
            ||||||||||||||||
orf131-1    KQGLRRNGLSERVRWX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF131和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF131ng)121个氨基酸的重叠区内显示出有89.3％的相同性：
orf131.pep  MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLTGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLGD  60
            ||||:||||| |||:||||||||||||||| ||:||||||||||||||||||||| || |
orf131ng    MEIRVIKYTATAALFAFTVAGCRLAGWYECLSLSGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPLSLED  60
orf131.pep  YEIPLSDGNSSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEXCGLDWRTRDGKPLIETFKQGGFDCLE 120
            ||||||||| |||||||||||:||||||||||| |||||||||||||:| ||| ||||||
orf131ng    YEIPLSDGNRSVRANEYESAQKSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLVERFKQEGFDCLE 120
orf131.pep  K                121
            |
orf131ng    KGGLRRNGLSERVRW  134
预计全长ORF131ng核苷酸序列<SEQ ID 803>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 804>：
      1    MEIRVIKYTA  TAALFAFTVA  GCRLAGWYEC  LSLSGWCKPR  KPAAIDFWDI
     51    GGESPLSLED  YEIPLSDGNR  SVRANEYESA  QKSYFYRKIG  KFEACGLDWR
    101    TRDGKPLVER  FKQEGFDCLE  KQGLRRNGLS  ERVRW*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 805>：
      1    ATGGAAATTC  GGGTAATAAA  ATATACGGCA  ACGGCTGCGT  TGTTTGCATT
     51    TACGGTTGCA  GGCTGCCGGC  TGGCGGGGTG  GTATGAGTGT  TCGTCCTTGT
    101    CCGGCTGGTG  TAAGCCGAGA  AAACCTGCCG  CCATCGATTT  TTGGGATATT
    151    GGCGGCGAGA  GtccgctGTC  TTTAGAGGAC  TACGAGATAC  CGCTTTCAGA
    201    CGGCAATCGT  TCCGTCAGGG  CAAACGAATA  TGAATCCGCG  CAAAAATCTT
    251    ACTTTTATAG  GAAAATAGGG  AAGTTTGAAG  CCTGCGGGTT  GGATTGGCGT
    301    ACGCGTGACG  GCAAACCTTT  GGTTGAGAGG  TTCAAACAGG  AAGGTTTCGA
    351    CTGTTTGGAA  AAGCAGGGGT  TGCGGCGCAA  CGGCCTGTCC  GAGCGCGTCC
    401    GATGGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 806；ORF131ng-1>：
      1    MEIRVIKYTA  TAALFAFTVA  GCRLAGWYEC  5SLSGWCKPR  KPAAIDFWDI
     51    GGESPLSLED  YEIPLSDGNR  SVRANEYESA  QKSYFYRKIG  KFEACGLDWR
    101    TRDGKPLVER  FKQEGFDCLE  KQGLRRNGLS  ERVRW*
ORF131ng-1和ORF131-1在135个氨基酸的重叠区内显示出有92.6％的相同性：
orf131ng-1.pep MEIRVIKYTATAALFAFTVAGCRLAGWYECSSLSGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPLSLED
               ||||:||||| |||:||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||| || |
orf131-1       MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLTGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLGD
orf131ng-1.pep YEIPLSDGNRSVRANEYESAQKSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLVERFKQEGFDCLE
               |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||:| ||| ||||||
orf131-1       YEIPLSDGNRSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLIETFKQGGFDCLE
orf131ng-1.pep KQGLRRNGLSERVRWX
               ||||||||||||||||
orf131-1       KQGLRRNGLSERVRWX
根据存在预计的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例102
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 807>
      1    ATGAAACACA  TCCATATTAT  CGGTATCGGC  GGCACGTTTA  TGGGCGGGCT
     51    TGCCGCCATT  GCCAAAGAAG  CGGGGTTTGA  AGTCAGCGGT  TGCGACGCGA
    101    AGATGTATCC  GCCGATGAGC  ACCCAGCTCG  AAGCCTTGGG  TATAGACGTG
    151    TATGAAGGCT  TCGATGCCGC  TCAGTTGGAC  GAATTTAAAG  CCGACGTTTA
    201    CGTTATCGGC  AATGTCGCCA  AGCGCGGGAT  GGATGTGGTT  GAAGCGATTT
    251    TGAACCTCGG  CCTGCCtTAT  ATtTcCGGCC  CGCAATGGCT  GTCGGAAAAC
    301    GTGCTGCACC  ATCATTGGGT  ACTCGGTGTG  GCGGGGACgC  ACGGCAAAAC
    351    GACCACCGCC  TCCATGCTCG  CATGGGTCTT  GGAATATgCC  GGCCTCGCGC
    401    CGGGCTTCCT  TATtGGCGGC  GTACC.GGAA  AATttCGGCG  TTTCCGCCCG
    451    CCTGCCGCAA  ACGCCGCGCC  AAGACCCGAA  CAGCCAATCG  CCGTTTTTcG
    501    TCATCGAAGC  CGACGAATAC  GACACCGCCT  TTtTCGACAA  ACGTTCTAAA
    551    TtCGTGCATT  ACCGTCCGCG  TACCGCCGTG  TTGAACAATC  TGGAATTCGA
    601    CCACGCCGAC  ATCTTTGCCG  ACTTGGGCGC  GATACAGACc  CAGTTCCACT
    651    ACCTCGTGCG  TACCGTGCCG  TCTGAAGGCT  TAATCGTCTG  CAACGGACGG
    701    CAGCAAAGCC  TGCAAGATAC  TTTGGACAAA  GGCTGCTGGA  CGCCGGTGGA
    751    AAAATTCGGC  ACGGAACACG  GCTGGCA..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 808；ORF132>：
      1    MKHIHIIGIG  GTFMGGLAAI  AKEAGFEVSG  CDAKMYPPMS  TQLEALGIDV
     51    YEGFDAAQLD  EFKADVYVIG  NVAKRGMDVV  EAILNLGLPY  ISGPQWLSEN
    101    VLHHHWVLGV  AGTHGKTTTA  SMLAWVLEYA  GLAPGFLIGG  VXGKFRRFRP
    151    PAANAAPRPE  QPIAVFRHRS  RRIRHRLFRQ  TFXIRALPSA  YRRVEQSGIR
    201    PRRHLCRLGR  DTDPVPLPRA  YRAVXRLNRL  QRTAAKPARY  FGQRLLDAGG
    251    KIRHGTRLA..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 809>：
      1    ATGAAACACA  TCCATATTAT  CGGTATCGGC  GGCACGTTTA  TGGGCGGGCT
     51    TGCCGCCATT  GCCAAAGAAG  CGGGGTTTGA  AGTCAGCGGT  TGCGACGCGA
    101    AGATGTATCC  GCCGATGAGC  ACCCAGCTCG  AAGCCTTGGG  TATAGACGTG
    151    TATGAAGGCT  TCGATGCCGC  TCAGTTGGAC  GAATTTAAAG  CCGACGTTTA
    201    CGTTATCGGC  AATGTCGCCA  AGCGCGGGAT  GGATGTGGTT  GAAGCGATTT
    251    TGAACCTCGG  CCTGCCTTAT  ATTTCCGGCC  CGCAATGGCT  GTCGGAAAAC
    301    GTGCTGCACC  ATCATTGGGT  ACTCGGTGTG  GCGGGGACGC  ACGGCAAAAC
     351    GACCACCGCC  TCCATGCTCG  CATGGGTCTT  GGAATATGCC  GGCCTCGCGC
     401    CGGGCTTCCT  TATTGGCGGC  GTACCGGAAA  ATTTCGGCGT  TTCCGCCCGC
     451    CTGCCGCAAA  CGCCGCGCCA  AGACCCGAAC  AGCCAATCGC  CGTTTTTCGT
     501    CATCGAAGCC  GACGAATACG  ACACCGCCTT  TTTCGACAAA  CGTTCTAAAT
     551    TCGTGCATTA  CCGTCCGCGT  ACCGCCGTGT  TGAACAATCT  GGAATTCGAC
     601    CACGCCGACA  TCTTTGCCGA  CTTGGGCGCG  ATACAGACCC  AGTTCCACTA
     651    CCTCGTGCGT  ACCGTGCCGT  CTGAAGGCTT  AATCGTCTGC  AACGGACGGC
     701    AGCAAAGCCT  GCAAGATACT  TTGGACAAAG  GCTGCTGGAC  GCCGGTGGAA
     751    AAATTCGGCA  CGGAACACGG  CTGGCAGGCC  GGCGAAGCCA  ATGCCGACGG
     801    CTCGTTCGAC  GTGTTGCTCG  ACGGCAAAAC  CGCCGGACGC  GTCAAATGGG
     851    ATTTGATGGG  CAGGCACAAC  CGCATGAACG  CGCTCGCCGT  CATTGCCGCC
     901    GCGCGTCATG  TCGGTGTCGA  TATTCAGACC  GCCTGCGAAG  CCTTGGGCGC
     951    GTTTAAAAAC  GTCAAACGCC  GGATGGAAAT  CAAAGGCACG  GCAAACGGCA
    1001    TCACCGTTTA  CGACGACTTC  GCCCACCACC  CGACCGCCAT  CGAAACCACG
    1051    ATTCAAGGTT  TGCGCCAACG  CGTCGGCGGC  GCGCGCATCC  TCGCCGTCCT
    1101    CGAACCGCGT  TCCAACACGA  TGAAGCTGGG  CACGATGAAG  TCCGCCCTGC
    1151    CTGTAAGCCT  CAAAGAAGCC  GACCAAGTGT  TCTGCTACGC  CGGCGGCGTG
    1201    GACTGGGACG  TCGCCGAAGC  CCTCGCGCCT  TTGGGCGGCA  GGCTGAACGT
    1251    CGGCAAAGAC  TTCGATGCCT  TCGTTGCCGA  AATCGTGAAA  AACGCCGAAG
    1301    TAGGCGACCA  TATTTTGGTG  ATGAGCAACG  GCGGTTTCGG  CGGAATACAC
    1351    GGAAAGCTGC  TGGAAGCTTT  GAGATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 810；ORF132-1>：
      1    MKHIHIIGIG  GTFMGGLAAI  AKEAGFEVSG  CDAKMYPPMS  TQLEALGIDV
     51    YEGFDAAQLD  EFKADVYVIG  NVAKRGMDVV  EAILNLGLPY  ISGPQWLSEN
    101    VLHHHWVLGV  AGTHGKTTTA  SMLAWVLEYA  GLAPGFLIGG  VPENFGVSAR
    151    LPQTPRQDPN  SQSPFFVIEA  DEYDTAFFDK  RSKFVHYRPR  TAVLNNLEFD
    201    HADIFADLGA  IQTQFHYLVR  TVPSEGLIVC  NGRQQSLQDT  LDKGCWTPVE
    251    KFGTEHGWQA  GEANADGSFD  VLLDGKTAGR  VKWDLMGRHN  RMNALAVIAA
    301    ARHVGVDIQT  ACEALGAFKN  VKRRMEIKGT  ANGITVYDDF  AHHPTAIETT
    351    IQGLRQRVGG  ARILAVLEPR  SNTMKLGTMK  SALPVSLKEA  DQVFCYAGGV
    401    DWDVAEALAP  LGGRLNVGKD  FDAFVAEIVK  NAEVGDHILV  MSNGGFGGIH
    451    GKLLEALR*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与大肠杆菌的假设的o457蛋白(登录号为U14003)的同源性
ORF132和o457在140个氨基酸的重叠区内显示出有58％的氨基酸相同性：
Orf132：4   IHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLDEFK 63
            IHI+GI GTFMGGLA +A++ G EV+G DA +YPPMST LE  GI++ +G+DA+QL+  +
o457：  3   IHILGICGTFMGGLAMLARQLGHEVTGSDANVYPPMSTLLEKQGIELIQGYDASQLEP-Q 61
Orf132：64  ADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTASML 123
             D+ +IGN   RG   VEA+L   +PY+SGPQWL + VL   WVL VAGTHGKTTTA M
o457：  62  PDLVIIGNAMTRGNPCVEAVLEKNIPYMSGPQWLHDFVLRDRWVLAVAGTHGKTTTAGMA 121
Orf132：124 AWVLEYAGLAPGFLIGGVXG 143
             W+LE  G  PGF+IGGV G
o457：  122 TWILEQCGYKPGFVIGGVPG 141
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF132和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF132a)在189个氨基酸的重叠区内显示出有74.6％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf132.pep MKHIHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLD
           ||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||:||||
orf132a    MKHIHIIGIGGTFMGGIAAIAKEAGFEXSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVYEGFDTAQLD
                   10        20        30        40        50        60
               70        80        90       100       110       120orf132.pep EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||:|| ||||| |||| ||||||||orf132a    EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNRGLPYISGPQWLAENXLHHHWXLGVAXTHGKTTTA
               70        80        90       100       110       120
              130       140          150       160orf132.pep SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVXGKFR---RFRPPAANAAPRPEQPI----------AVFR
       |||||||||||||||| ||||  :|    |: | :    |  ::|:          | |orf132a    SMLAWVLEYAGLAPGFXIGGVPENFSVSARL-PQTPRQDPNSQSPFFVIEADEYDTAFFD
              130       140       150        160       170
       170       180       190       200       210       220orf132.pep HRSRRIRHRLFRQTFXIRALPSAYRRVEQSGIRPRRHLCRLGRDTDPVPLPRAYRAVXRL
       :||: :::|orf132a    KRSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHHLVRTVPSEGLIVCNGRQQSLQD
     180       190       200       210       220       230全长ORF132a核苷酸序列<SEQ ID 811>是：
   1    ATGAAACACA  TCCACATTAT  CGGTATCGGC  GGCACGTTTA  TGGGTGGGAT
  51    TGCCGCCATT  GCCAAAGAAG  CAGGGTTTGA  ANTCAGCGGT  TGCGATGCGA
 101    AGATGTATCC  GCCGATGAGC  ACCCAGCTCG  AAGCCTTGGG  CATAGGCGTG
 151    TATGAAGGCT  TCGACACCGC  GCAGTTGGAC  GAATTTAAAG  CCGACGTTTA
 201    CGTTATCGGC  AATGTCGCCA  AGCGCGGGAT  GGATGTGGTT  GAAGCGATTT
 251    TGAACCGTGG  GCTGCCTTAT  ATTTCCGGCC  CGCAATGGCT  GGCTGAAAAC
 301    NTGCTGCACC  ATCATTGGNN  ACTCGGCGTG  GCGGNGACGC  ACGGCAAAAC
 351    GACCACCGCG  TCTATGCTCG  CGTGGGTTTT  GGAATATGCC  GGACTCGCAC
 401    CGGGCTTCNT  TATCGGCGGC  GTACCGGAAA  ACTTCAGCGT  TTCCGCCCGC
 451    CTGCCGCAAA  CGCCGCGCCA  AGACCCGAAC  AGCCAATCGC  CGTTTTTCGT
 501    CATTGAAGCC  GACGAATACG  ACACCGCGTT  TTTCGACAAA  CGCTCCAAAT
 551    TCGTGCATTA  CCGTCCGCGT  ACCGCCGTGT  TGAACAATCT  GGAATTCGAC
 601    CACGCCGACA  TCTTCGCCGA  TTTGGGCGCG  ATACAGACCC  AGTTCCACCA
 651    CCTCGTGCGT  ACCGTGCCGT  CTGAAGGCCT  CATCGTCTGC  AACGGACGGC
 701    AGCAAAGCCT  GCAAGACACT  TTGGACAAAG  GCTGCTGGAC  GCCGGTGGAA
 751    AAATTCGGCA  CGGAACACGG  CTGGCAGGCC  GGCGAAGCCA  ATGCCGATGG
 801    CTCGTTCGAC  GTGTTGCTTG  ACGGCAAAAA  AGCCGGACAC  GTCGCTTGGA
 851    GTTTGATGGG  CGGACACAAC  CGCATGAACG  CGCTCGCNGT  CATCGCCGCC
 901    GCGCGTCATG  CCGGAGTNGA  CATTCAGACG  GCCTGCGAAG  CCTTGAGCAC
 951    GTTTAAAAAC  GTCAAACGCC  GCATGGAAAT  CAAAGGCACG  GCAAACGGTA
1001    TCACCGTTTA  CGACGACTTC  GCCCACCATC  CGACCGCTAT  CGAAACCACG
1051    ATTCAAGGTT  TGCGCCAGCG  CGTCGGCGGC  GCGCGCATCC  TCGCCGTCCT
1101    CGAACCGCGT  TCCAATACGA  TGAAGCTGGG  TACGATGAAA  GCCGCCCTGC
1151    CCGCAAGCCT  CAAAGAAGCC  GACCAAGTGT  TCTGNTACGC  CGGCGGCGCG
1201    GACTGGGACG  TTGCCGAAGC  CCTCGCGCCT  TTGGGCGGCA  GGCTGCACGT
1251    CGGCAAAGAC  TTCGATGCCT  TCGTTGCCGA  AATCGTGAAA  AACGCCGAAG
1301    CAGGCGACCA  TATTTTGGTG  ATGAGCAACG  GCGGTTTCGG  CGGAATACAC
1351    ACCAAACTGC  TGGACGCTTT  GAGATAG它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 812>：
   1    MKHIHIIGIG  GTFMGGIAAI  AKEAGFEXSG  CDAKMYPPMS  TQLEALGIGV
  51    YEGFDTAQLD  EFKADVYVIG  NVAKRGMDVV  EAILNRGLPY  ISGPQWLAEN
 101    XLHHHWXLGV  AXTHGKTTTA  SMLAWVLEYA  GLAPGFXIGG  VPENFSVSAR
 151    LPQTPRQDPN  SQSPFFVIEA  DEYDTAFFDK  RSKFVHYRPR  TAVLNNLEFD
 201    HADIFADLGA  IQTQFHHLVR  TVPSEGLIVC  NGRQQSLQDT  LDKGCWTPVE
 251    KFGTEHGWQA  GEANADGSFD  VLLDGKKAGH  VAWSLMGGHN  RMNALAVIAA
 301    ARHAGVDIQT  ACEALSTFKN  VKRRMEIKGT  ANGITVYDDF  AHHPTAIETT
 351    IQGLRQRVGG  ARILAVLEPR  SNTMKLGTMK  AALPASLKEA  DQVFXYAGGA
 401    DWDVAEALAP  LGGRLHVGKD  FDAFVAEIVK  NAEAGDHILV  MSNGGFGGIH
 451    TKLLDALR*ORF132a和ORF132-1在458个氨基酸的重叠区内显示出有93.9％的相同性：
orf132a.pep MKHIHIIGIGGTFMGGIAAIAKEAGFEXSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVYEGFDTAQLD
            ||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||:||||
orf132-1    MKHIHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLD
orf132a.pep EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNRGLPYISGPQWLAENXLHHHWXLGVAXTHGKTTTA
            ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||:|| ||||| |||| ||||||||
orf132-1    EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA
orf132a.pep SMLAWVLEYAGLAPGFXIGGVPENFSVSARLPQTPRQDPNSQSPFFVIEADEYDTAFFDK
            |||||||||||||||| ||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf132-1    SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVPENFGVSARLPQTPRQDPNSQSPFFVIEADEYDTAFFDK
orf132a.pep RSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHHLVRTVPSEGLIVCNGRQQSLQDT
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf132-1    RSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHYLVRTVPSEGLIVCNGRQQSLQDT
orf132a.pep LDKGCWTPVEKFGTEHGWQAGEANADGSFDVLLDGKKAGHVAWSLMGGHNRMNALAVIAA
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||:| |:||| ||||||||||||
orf132-1    LDKGCWTPVEKFGTEHGWQAGEANADGSFDVLLDGKTAGRVKWDLMGRHNRMNALAVIAA
orf132a.pep ARHAGVDIQTACEALSTFKNVKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG
            |||:|||||||||||::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf132-1    ARHVGVDIQTACEALGAFKNVKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG
orf132a.pep ARILAVLEPRSNTMKLGTMKAALPASLKEADQVFXYAGGADWDVAEALAPLGGRLHVGKD
            ||||||||||||||||||||:|||:||||||||| ||||:|||||||||||||||:||||
orf132-1    ARILAVLEPRSNTMKLGTMKSALPVSLKEADQVFCYAGGVDWDVAEALAPLGGRLNVGKD
orf132a.pep FDAFVAEIVKNAEAGDHILVMSNGGFGGIHTKLLDALRX
            |||||||||||||:|||||||||||||||| |||:||||
orf132-1    FDAFVAEIVKNAEVGDHILVMSNGGFGGIHGKLLEALRX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF132和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF132ng)在259个氨基酸的重叠区内显示出有89.6％的相同性：
orf132.pep  MKHIHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLD  60
            ||||||||||||||||:|||||||||:||||||||||||||||||||| |:||||||||:
orf132ng    MKHIHIIGIGGTFMGGIAAIAKEAGFKVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVHEGFDAAQLE  60
orf132.pep  EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA 120
            ||:||:|||||||:||||||||||| |||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf132ng    EFQADIYVIGNVARRGMDVVEAILNRGLPYISGPQWLAENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA 120
orf132.pep  SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVXGKFRRFRPPAANAAPRPEQPIAVFRHRSRRIRHRLFRQ 180
            ||||||||||||||||||||| |||||||||:|||| |||| ||||||||||||||||||
orf132ng    SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVPGKFRRFRPPTANAASRPEQQIAVFRHRSRRIRHRLFRQ 180
orf132.pep  TFXIRALPSAYRRVEQSGIRPRRHLCRLGRDTDPVPLPRAYRAVXRLNRLQRTAAKPARY 240
            |: ||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||:|:: | :||||||||||||
orf132ng    TLQIRALSPAYRRVEQSGIRPRRHLRRLGRDTDPVPPPRAHRTIRRPHRLQRTAAKPARY 240
orf132.pep  FGQRLLDAGGKIRHGTRLA    259
            |||||||||||||| ||||
orf132ng    FGQRLLDAGGKIRHRTRLADW  261
预计ORF132ng核苷酸序列<SEQ ID 813>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID814>：
    1    MKHIHIIGIG  GTFMGGIAAI  AKEAGFKVSG  CDAKMYPPMS  TQLEALGIGV
  51  HEGFDAAQLE EFQADIYVIG VVARRGMDVV EAILNRGLPY ISGPQWLAEN
 101  VLHHHWVLGV AGTHGKTTTA SMLAWVLEYA GLAPGFLIGG VPGKFRRFRP
 151  PTANAASRPE QQIAVFRHRS RRIRHRLFRQ TLQIRALSPA YRRVEQSGIR
 201  PRRHLRRLGR DTDPYPPPRA HRTIRRPHRL QRTAAKPARY FGQRLLDAGG
 251  KIRHRTRLAD W*进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 815>：
   1  ATGAAACACA TCCACATTAT CGGTATCGGC GGCACGTTTA TGGGCGGGAT
  51  TGCCGCCATT GCCAAAGAAG CCGGGTTCAA AGTCAGCGGT TGCGACGCGA
 101  AGATGTATCC GCCGATGAGC ACCCAGCTCG AAGCCTTGGG CATAGGCGTA
 151  CACGAAGGCT TCGATGCCGC GCAGTTGGAA GAATTTCAAG CCGATATTTA
 201  CGTCATCGGC AATGTCGCCA GGCGCGGGAT GGATGTGGTC GAGGCGATTT
 251  TGAACCGTGG GCTGCCTTAT ATTTCCGGCC CGCAATGGCT GGCTGAAAac
 301  GTGCtgcacc atcaTTGGgt ACTCGGCGTG GcagggaCGC ACGGcaaAac
 351  gaccaCcGcg tCCATGCTCG CCTGGGTCTT GGAATATGCC GGACTCGCGC
 401  CGGGCTTCCT CATCGGCGGt gtaccggaAA ATTTCGGCGT TTCCGCCCGC
 451  CTACCGCAAA CGCCGCGTCA AGACCCGAAC AGCAAATCGC CGTTTTTCGT
 501  CATCGAAGCC GACGAATACG ACACCGCCTT TTTCGACAAA CGCTCCAAAT
 551  TCGTGCATTA TCGCCCGCGT ACCGCCGTGT TGAACAATCT GGAATTCGAC
 601  CACGCCGACA TCTTCGCCGA CTTGGGCGCG ATACAGACCC AGTTCCACCA
 651  CCTCGTGCGC ACCGTACCAT CCGAAGGCCT CATCGTCTGC AACGGACAGC
 701  AGCAAAGCCT GCAAGATACT TTGGACAAAG GCTGCTGGAC GCCGGTGGAA
 751  AAATTCGGCA CCGGACACGG CTGGCAGATT GGTGAAGTCA ATGCCGACGG
 801  CTCGTTCGAC GTATTGCTTG ACGGCAAAAA AGCCGGACAC GTCGCATGGG
 851  ATTTGATGGG CGGACACAAC CGCATGAACG CGCTCGCCGT CATCGCTGCC
 901  GCACGCCATG CCGGAGTCGA TGTTCAGACG GCCTGCGAAG CCTTGGGTGC
 951  GTTTAAAAAC GTCAAACGCC GCATGGAAAT CAAAGGCACG GCAAACGGCA
1001  TCACCGTTTA CGACGATTTC GCCCACCACC CGACCGCCAT CGAAACCACG
1051  ATTCAAGGTT TGCGCCAACG TGTCGGCGGC GCGCGCATCC TCGCCGTCCT
1101  CGAGCCGCGT TCCAACACCA TGAAACTCGG CACGATGAAG TCCGCCCTGC
1151  CCGCAAGCCT CAAAGAAGCC GACCAAGTGT TCTGCTACGC CGGCGGCGCG
1201  GACTGGGACG TTGCCGAAGC CCTCGCGCCT TTGGGCTGCA GGCTGCGCGT
1251  CGGTAAAGAT TTCGATACCT TCGTTGCCGA AATTGTGAAA AACGCCCGAA
1301  CCGGCGACCA TATTTTGGTG ATGAGCAACG GCGGTTTCGG CGGAATACAC
1351  ACCAAACTGC TGGACGCTTT GAGATAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 816；ORF132ng-1>：
   1  MKHIHIIGIG GTFMGGIAAI AKEAGFKVSG CDAKMYPPMS TQLEALGIGV
  51  HEGFDAAQLE EFQADIYVIG NVARRGMDVV EAILNRGLPY ISGPQWLAEN
 101  VLHHHWVLGV AGTHGKTTTA SMLAWVLEYA GLAPGFLIGG VPENFGVSAR
 151  LPQTPRQDPN SKSPFFVIEA DEYDTAFFDK RSKFVHYRFR TAVLNNLEFD
 201  HADIFADLGA IQTQFHHLVR TVPSEGLIVC NGQQQSLQDT LDKGCWTPVE
 251  KFGTGHGWQI GEVNADGSFD VLLDGKKAGH VAWDLMGGHN RMNALAVIAA
 301  ARHAGYDVQT ACEALGAFKN VKRRMEIKGT ANGITYYDDF AHHPTAIETT
 351  IQGLRQRVGG ARILAVLEPR SNTMKLGTMK SALPASLKEA DQVFCYAGGA
 401  DWDVAEALAP LGCRLRVGKD FDTFVAEIVK NARTGDHILV MSNGGFGGIH
 451  TKLLDALR*ORF132ng-1和ORF132-1在458个氨基酸的重叠区内显示出有93.2％的相同性：orf132ng-1.pep MKHIHIIGIGGTFMGGIAAIAKEAGFKVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVHEGFDAAQLE
           ||||||||||||||||:|||||||||:||||||||||||||||||||| |:||||||||:orf132-1       MKHIHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLDorf132ng-1.pep EFQADIYVIGNVARRGMDVVEAILNRGLPYISGPQWLAENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA
           ||:||:|||||||:||||||||||| |||||||||||:||||||||||||||||||||||orf132-1       EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTAorf132ng-1.pep SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVPENFGVSARLPQTPRQDPNSKSPFFVIEADEYDTAFFDK
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||orf132-1       SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVPENFGVSARLPQTPRQDPNSQSPFFVIEADEYDTAFFDKorf132ng-1.pep RSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHHLVRTVPSEGLIVCNGQQQSLQDT
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:|||||||
orf132-1       RSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHYLVRTVPSEGLIVCNGRQQSLQDT
orf132ng-1.pep LDKGCWTPVEKFGTGHGWQIGEVNADGSFDVLLDGKKAGHVAWDLMGGHNRMNALAVIAA
               |||||||||||||| |||| ||:||||||||||||| ||:| ||||| ||||||||||||
orf132-1       LDKGCWTPVEKFGTEHGWQAGEANADGSFDVLLDGKTAGRVKWDLMGRHNRMNALAVIAA
orf132ng-1.pep ARHAGVDVQTACEALGAFKNVKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG
               |||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf132-1       ARHVGVDIQTACEALGAFKNVKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG
orf132ng-1.pep ARILAVLEPRSNTMKLGTMKSALPASLKEADQVFCYAGGADWDVAEALAPLGCRLRVGKD
               ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||:|||||||||||| || ||||
orf132-1       ARILAVLEPRSNTMKLGTMKSALPVSLKEADQVFCYAGGVDWDVAEALAPLGGRLNVGKD
orf132ng-1.pep FDTFVAEIVKNARTGDHILVMSNGGFGGIHTKLLDALRX
               ||:|||||||||::|||||||||||||||| |||:||||
orf132-1       FDAFVAEIVKNAEVGDHILVMSNGGFGGIHGKLLEALRX
另外，ORF132ng-1与一种假设的大肠杆菌蛋白同源：
pir||S56459假设蛋白o457-大肠杆菌＞gi|537075(U14003)
ORF-o457[大肠杆菌]＞gi|1790680(AE000494)fbp-pmba基因间区中的假设的48.5kD蛋白[大肠杆菌]长度=457
评分=474位(1207)，估计值=e-133
相同性=249/439(56％)，阳性=294/439(66％)，空隙=13/439(2％)
询问：22  KEAGFKVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVHEGFDAAQLEEFQADIYVIGNVARRGMDVVE 81
           ++ G +V+G DA +YPPMST LE  GI + +G+DA+QLE  Q D+ +IGN   RG   VE
目标：21  RQLGHEVTGSDANVYPPMSTLLEKQGIELIQGYDASQLEP-QPDLVIIGNAMTRGNPCVE 79
询问：82  AILNRGLPYISGPQWLAENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTASMLAWVLEYAGLAPGFLIGGV 141
           A+L + +PY+SGPQWL + VL   WVL VAGTHGKTTTA M  W+LE  G  PGF+IGGV
目标：80  AVLEKNIPYMSGPQWLHDFVLRDRWVLAVAGTHGKTTTAGMATWILEQCGYKPGFVIGGV 139
询问：142 PENFGVSARLPQTPRQDPNSKSPFFVIEADEYDTAFFDKRSKFVHYRPRTAVLNNLEFDH 201
           P NF VSA L          +S FFVIEADEYD AFFDKRSKFVHY PRT +LNNLEFDH
目标：140 PGNFEVSAHL---------GESDFFVIEADEYDCAFFDKRSKFVHYCPRTLILNNLEFDH 190
询问：202 ADIFADLGAIQTQFHHLVRTVPSEGLIVCNGQQQSLQDTLDKGCWTPVEKFGTGHGWQIG 261
           ADIF DL AIQ QFHHLVR VP +G I+      +L+ T+  GCW+  E  G    WQ
目标：191 ADIFDDLKAIQKQFHHLVRIVPGQGRIIWPENDINLKQTMAMGCWSEQELVGEQGHWQAK 250
询问：262 EVNADGS-FDVLLDGKKAGHVAWDLMGGHNRMNALAVIAAARHAGVDVQTACEALGAFKN 320
           ++  D S ++VLLDG+K G V W L+G HN  N L  IAAARH GV    A  ALG+F N
目标：251 KLTTDASEWEVLLDGEKVGEVKWSLVGEHNMHNGLMAIAAARHVGVAPADAANALGSFIN 310
询问：321 VKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG-ARILAVLEPRSNTMKLGTM 379
            +RR+E++G ANG+TVYDDFAHHPTAI  T+  LR +VGG ARI+AVLEPRSNTMK+G
目标：311 ARRRLELRGEANGVTVYDDFAHHPTAILATLAALRGKVGGTARIIAVLEPRSNTMKMGIC 370
询问：380 KSALPASLKEADQVF-CYAGGADWDVAEALAPLGCRLRVGKDFDTFVAEIVKNARTGDHI 438
           K  L  SL  AD+VF        W VAE             D DT    +VK A+ GDHI
目标：371 KDDLAPSLGRADEVFLLQPAHIPWQVAEVAEACVQPAHWSGDVDTLADMVVKTAQPGDHI 430
询问：439 LVMSNGGFGGIHTKLLDAL 457
           LVMSNGGFGGIH KLLD L
目标：431 LVMSNGGFGGIHQKLLDGL 449
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF132-1(26.4kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图20A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果，图20B显示出GST-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，将小鼠血清用于FACS分析(图20C)和ELISA(阳性结果)。这些实验确认ORF132是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例103
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 817>
     1  ..CCGGGCTATT ACGGCTCGGA TGACGAATTT AAGCGGGCAT TCGGAGAAAA
    51    CTCGCCGACA TmCAAGAAAC ATTGCAACCG GAGCTGCGGG ATTTATGAAC
   101    CCGTATTGAA AAAATACGGC AAAAAGCGCG CCAACAACCA TTCGGTCAGC
   151    ATTAGTGCGG ACTTCGGCGA TTATTTCATG CCGTTCGCCA GCTATTCGCG
   201    CACACACCGT ATGCCCAACA TCCAAGAAAT GTATTTTTCC CAAATCGGCG
   251    ACTCCGGCGT TCACACCGCC TTAAAACCAG AGCGCGCAAA CACTTGGCAA
   301    TTTGGCTTCr ATACCTATAA AAAAGGATTG TTAAAACAAG ATGATACATT
   351    AGGATTAAAA CTGGTCGGCT ACCGCAGCCG CATCGACAAC TACATCCACA
   401    ACGTTTACGG GAAATGGTGG GATTTGAACG GGGATATTCC GAGCTGGGTC
   451    AGCAGCACCG GGCTTGCCTA CACCATCCAA CATCGCrATT TCAwAGACAA
   501    AGTGCATCAA nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnTACGAT TATGGGCGTT
   551    TTTTCACCAA CCTTTCTTAC GCCTATCAAA AAAGCACGCA ACCGACCAAC
   601    TTCAGCGATG CGAGCGAATC GCCCAACAAT GCGTCCAAAG AAGACCAACT
   651    CAAACAAGGT TATGGGTTGA GCAGGGTTTC CGCCCTGCCG CGAGATTACG
   701    GACGTTTGGA AGTCGGTACG CGCTGGTTGG GCAACAAACT GACTTTGGGC
   751    GGCGCGATGC GCTATTTCGG CAAGAGCATC CGCGCGACGG CTGAAGAACG
   801    CTATATCGAC GCCACCAACG GGGGAAATAC CAGCAATTTC CGGCAACTGG
   851    GCAAGCGTTC CATCAAACAA ACCGAAACTC TTGCCCGCCA GCCTTTGATT
   901    TTwGATTTTa ACGCCGCTTA CGAGCCGAAG AAAAACCTTA TTTTCCGCGC
   951    CGAAGTCAAA AATCTGTTCG ACAGGCGTTA TATCGATCCG CTCGATGCGG
  1001    GCAATGATGC GGCAAC.GAG CGTTATTACA GCTCGTTCGA CCCGAAAGAC
  1051    AAGGACrrAG ACGTAACGTG TAATGCTGAT AAAACGTTGT GCaACGGCAA
  1101    ATACGGCGGC ACAAGCAAAA GCGTATTGAC CAATTTTGCA CGCGGACGCA
  1151    CCTTTTTgAT GACGATGAGC TACAAGTTTT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 818；ORF133>：
     1  ..PGYYGSDDEF KRAFGENSPT XKKHCNRSCG IYEPVLKKYG KKRANNHSVS
    51    ISADFGDYFM PFASYSRTHR MPNIQEMYFS QIGDSGVHTA LKPERANTWQ
   101    FGFXTYKKGL LKQDDTLGLK LVGYRSRIDN YIHNVYGKWW DLNGDIPSWV
   151    SSTGLAYTIQ HRXFXDKVHQ XXXXXXXXYD YGRFFTNLSY AYQKSTQPTN
   201    FSDASESPNN ASKEDQLKQG YGLSRVSALP RDYGRLEVGT RWLGNKLTLG
   251    GAMRYFGKSI RATAEERYID GTNGGNTSNF RQLGKRSIKQ TETLARQPLI
   301    XDFNAAYEPK KNLIFRAEVK NLFDRRYIDP LDAGNDAAXE RYYSSFDPKD
   351    KDXDVTCNAD KTLCNGKYGG TSKSVLTNEA RGRTFLMTMS YKF*
进一步的工作揭示了部分DNA序列<SEQ ID 819>：
     1    GAGGCGCAGA TACAGGTTTT GGAAGATGTG CACGTCAAGG CGAAGCGCGT
    51    ACCGAAAGAC AAAAAAGTGT TTACCGATGC GCGTGCCGTA TCGACCCGTC
   101    AGGATATATT CAAATCCAGC GAAAACCTCG ACAACATCGT ACGCAGCATC
   151    CCCGGTGCGT TTACACAGCA AGATAAAAGC TCGGGCATTG TGTCTTTGAA
   201    TATTCGCGGC GACAGCGGGT TCGGGCGGGT CAATACGATG GTGGACGGCA
   251    TCACGCAGAC CTTTTATTCG ACTTCTACCG ATGCGGGCAG GGCAGGCGGT
   301    TCATCTCAAT TCGGTGCATC TGTCGACAGC AATTTTATTG CCGGACTGGA
   351    TGTCGTCAAA GGCAGCTTCA GCGGCTCGGC AGGCATCAAC AGCCTTGCCG
   401    GTTCGGCGAA TCTGCGGACT TTAGGCGTGG ATGACGTCGT TCAGGGCAAT
   451    AATACCTACG GCCTGCTGCT AAAAGGTCTG ACCGGCACCA ATTCAACCAA
   501    AGGTAATGCG ATGGCGGCGA TAGGTGCGCG CAAATGGCTG GAAAGCGGAG
   551    CATCTGTCGG TGTGCTTTAC GGGCACAGCA GGCGCAGCGT GGCGCAAAAT
 601    TACCGCGTGG  GCGGCGGCGG  GCAGCACATC  GGAAATTTTG  GCGCGGAATA
 651    TTTGGAACGG  CGCAAGCAGC  GATATTTTGT  ACAAGAGGGT  GCTTTGAAAT
 701    TCAATTCCGA  CAGCGGAAAA  TGGGAGCGGG  ATTTACAAAG  GCAACAGTGG
 751    AAATACAAGC  CGTATAAAAA  TTACAACAAC  CAAGAACTAC  AaAAATACAT
 801    CGAAGAGCAT  GACAAAAGCT  GGCGGGAAAA  CCTg.CaCCG  CAATACGACA
 851    TTACCCCCAT  CGATCCGTCC  AGCCTGAAGC  AGCAGTCGGC  AGGCAATCTG
 901    TTTAAATTGG  AATACGACGG  CGTATTCAAT  AAATACACGG  CGCAATTTCG
 951    CGATTTAAAC  ACCAAAATCG  GCAGCCGCAA  AATCATCAAC  CGCAATTATC
1001    AGTTCAATTA  CGGTTTGTCT  TTGAACCCGT  ATACCAACCT  CAATCTGACC
1051    GCAGCCTACA  ATTCGGGCAG  GCAGAAATAT  CCGAAAGGGT  CGAAGTTTAC
1101    AGGCTGGGGG  CTTTTAAAGG  ATTTTGAAAC  CTACAACAAC  GCGAAAATCC
1151    TCGACCTCAA  CAACACCGCC  ACCTTCCGGC  TGCCCCGCGA  AACCGAGTTG
1201    CAAACCACTT  TGGGCTTCAA  TTATTTCCAC  AACGAATACG  GCAAAAACCG
1251    CTTTCCTGAA  GAATTGGGGC  TGTTTTTCGA  CGGTCCTGAT  CAGGACAACG
1301    GGCTTTATTC  CTATTTGGGG  CGGTTTAAGG  GCGATAAAGG  GCTGCTGCCC
1351    CAAAAATCAA  CCATTGTCCA  ACCGGCCGGC  AGCCAATATT  TCAACACGTT
1401    CTACTTCGAT  GCCGCGCTCA  AAAAAGACAT  TTACCGCTTA  AACTACAGCA
1451    CCAATACCGT  CGGCTACCGT  TTCGGCGGCG  AATATACGGG  CTATTACGGC
1501    TCGGATGACG  AATTTAAGCG  GGCATTCGGA  GAAAACTCGC  CGACATACAA
1551    GAAACATTGC  AACCGGAGCT  GCGGGATTTA  TGAACCCGTA  TTGAAAAAAT
1601    ACGGCAAAAA  GCGCGCCAAC  AACCATTCGG  TCAGCATTAG  TGCGGACTTC
1651    GGCGATTATT  TCATGCCGTT  CGCCAGCTAT  TCGCGCACAC  ACCGTATGCC
1701    CAACATCCAA  GAAATGTATT  TTTCCCAAAT  CGGCGACTCC  GGCGTTCACA
1751    CCGCCTTAAA  ACCAGAGCGC  GCAAACACTT  GGCAATTTGG  CTTCAATACC
1801    TATAAAAAAG  GATTGTTAAA  ACAAGATGAT  ACATTAGGAT  TAAAACTGGT
1851    CGGCTACCGC  AGCCGCATCG  ACAACTACAT  CCACAACGTT  TACGGGAAAT
1901    GGTGGGATTT  GAACGGGGAT  ATTCCGAGCT  GGGTCAGCAG  CACCGGGCTT
1951    GCCTACACCA  TCCAACATCG  CAATTTCAAA  GACAAAGTGC  ACAAACACGG
2001    TTTTGAGTTG  GAGCTGAATT  ACGATTATGG  GCGTTTTTTC  ACCAACCTTT
2051    CTTACGCCTA  TCAAAAAAGC  ACGCAACCGA  CCAACTTCAG  CGATGCGAGC
2101    GAATCGCCCA  ACAATGCGTC  CAAAGAAGAC  CAACTCAAAC  AAGGTTATGG
2151    GTTGAGCAGG  GTTTCCGCCC  TGCCGCGAGA  TTACGGACGT  TTGGAAGTCG
2201    GTACGCGCTG  GTTGGGCAAC  AAACTGACTT  TGGGCGGCGC  GATGCGCTAT
2251    TTCGGCAAGA  GCATCCGCGC  GACGGCTGAA  GAACGCTATA  TCGACGGCAC
2301    CAACGGGGGA  AATACCAGCA  ATTTCCGGCA  ACTGGGCAAG  CGTTCCATCA
2351    AACAAACCGA  AACTCTTGCC  CGCCAGCCTT  TGATTTTTGA  TTTTTACGCC
2401    GCTTACGAGC  CGAAGAAAAA  CCTTATTTTC  CGCGCCGAAG  TCAAAAATCT
2451    GTTCGACAGG  CGTTATATCG  ATCCGCTCGA  TGCGGGCAAT  GATGCGGCAA
2501    CGCAGCGTTA  TTACAGCTCG  TTCGACCCGA  AAGACAAGGA  CGAAGACGTA
2551    ACGTGTAATG  CTGATAAAAC  GTTGTGCAAC  GGCAAATACG  GCGGCACAAG
2601    CAAAAGCGTA  TTGACCAATT  TTGCACGCGG  ACGCACCTTT  TTGATGACGA
2651    TGAGCTACAA  GTTTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 820；ORF133-1>：
   1    EAQIQVLEDV  HVKAKRVPKD  KKVFTDARAV  STRQDIFKSS  ENLDNIVRSI
  51    PGAFTQQDKS  SGIVSLNIRG  DSGFGRVNTM  VDGITQTFYS  TSTDAGRAGG
 101    SSQFGASVDS  NFIAGLDVVK  GSFSGSAGIN  SLAGSANLRT  LGVDDVVQGN
 151    NTYGLLLKGL  TGTNSTKGNA  MAAIGARKWL  ESGASVGVLY  GHSRRSVAQN
 201    YRVGGGGQHI  GNFGAEYLER  RKQRYFVQEG  ALKFNSDSGK  WERDLQRQQW
 251    KYKPYKNYNN  QELQKYIEEH  DKSWRENLXP  QYDITPIDPS  SLKQQSAGNL
 301    FKLEYDGVFN  KYTAQFRDLN  TKIGSRKIIN  RNYQFNYGLS  LNPYTNLNLT
 351    AAYNSGRQKY  PKGSKFTGWG  LLKDFETYNN  AKILDLNNTA  TFRLPRETEL
 401    QTTLGFNYFH  NEYGKNRFPE  ELGLFFDGPD  QDNGLYSYLG  RFKGDKGLLP
 451    QKSTIVQPAG  SQYFNTFYFD  AALKKDIYRL  NYSTNTVGYR  FGGEYTGYYG
 501    SDDEFKRAFG  ENSPTYKKHC  NRSCGIYEPV  LKKYGKKRAN  NHSVSISADF
 551    GDYFMPFASY  SRTHRMPNIQ  EMYFSQIGDS  GVHTALKPER  ANTWQFGFNT
 601    YKKGLLKQDD  TLGLKLVGYR  SRIDNYIHNV  YGKWWDLNGD  IPSWVSSTGL
 651    AYTIQHRNFK  DKVHKHGFEL  ELNYDYGRFF  TNLSYAYQKS  TQPTNFSDAS
 701    ESPNNASKED  QLKQGYGLSR  VSALPRDYGR  LEVGTRWLGN  KLTLGGAMRY
 751    FGKSIRATAE  ERYIDGTNGG  NTSNFRQLGK  RSIKQTETLA  RQPLIFDFYA
 801    AYEPKKNLIF  RAEVKNLFDR  RYIDPLDAGN  DAATQRYYSS  FDPKDKDEDV
    851    TCNADKTLCN  GKYGGTSKSV  LTNFARGRTF  LMTMSYKF*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与流感嗜血菌的可能的TonB依赖性受体HI121(登录号为U32801)的同源性
ORF133和HI121在363个氨基酸的重叠区内显示出有57％的氨基酸相同性：
Orf133:31  IYEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTA 90
           I EP+L K G K+A NHS ++SA+  DYFMPF +YSRTHRMPNIQEM+FSQ+ ++GV+TA
HI121: 563 INEPILHKSGHKKAFNHSATLSAELSDYFMPFFTYSRTHRMPNIQEMFFSQVSNAGVNTA 622
Orf133:91  LKPERANTWQFGFXTYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWV 150
           LKPE+++T+Q GF TYKKGL  QDD LG+KLVGYRS I NYIHNVYG WW     +P+W
HI121: 623 LKPEQSDTYQLGFNTYKKGLFTQDDVLGVKLVGYRSFIKNYIHNVYGVWW--RDGMPTWA 680
Orf133:151 SSTGLAYTIQHRXFXDKVHXXXXXXXXXYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNN 210
            S G  YTI H+ +   V          YD GRFF N+SYAYQ++ QPTN++DAS  PNN
HI121: 681 ESNGFKYTIAHQNYKPIVKKSGYELEINYDMGRFFANVSYAYQRTNQPTNYADASPRPNN 740
Orf133:211 ASKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYID 270
           AS+ED LKQGYGLSRVS LP+DYGRLE+GTRW   KLTLG A RY+GKS RAT EE YI+
HI121: 741 ASQEDILKQGYGLSRVSMLPKDYGRLELGTRWFDQKLTLGLAARYYGKSKRATIEEEYIN 800
Orf133:271 GTNGGNTSNFRQLGKRSIKQTETLARQPLIXDFNAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDP 330
           G+     +  R+    ++K+TE + +QP+I D + +YEP K+LI +AEV+NL D+RY+DP
HI121: 801 GSR-FKKNTLRRENYYAVKKTEDIKKQPIILDLHVSYEPIKDLIIKAEVQNLLDKRYVDP 859
Orf133:331 LDAGNDAAXERYYSSFDPKDKDXDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMS 390
           LDAGNDAA +RYYSS      +  + C  D + C    GG+ K+VL NFARGRT++++++
HI121: 860 LDAGNDAASQRYYSSL-----NNSIECAQDSSAC----GGSDKTVLYNFARGRTYILSLN 910
Orf133:391 YKF 393
           YKF
HI121: 911 YKF 913
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF133和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF133a)在392个氨基酸的重叠区内显示出有90.8％的相同性：
                                                10        20        30
orf133.pep                              PGYYGSDDEFKRAFGENSPTXKKHCNRSCGI
                                         ||| |||||||||||||||  ||||:||||
orf133a    FYFDAALKKDIYRLNYSTNTVGYRFGGXYTGYYXSDDEFKRAFGENSPTYXKHCNQSCGI
         450       460       470       480       490       500
                  40        50        60        70        80        90
orf133.pep YEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTAL
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133a    YEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTAL
         510       520       530       540       550       560
                 100       110       120       130       140       150
orf133.pep KPERANTWQFGFXTYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWVS
           |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||:||||||
orf133a    KPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDXYIHNVYGKWWDLNGNIPSWVS
         570       580       590       600       610       620
                 160       170       180       190       200       210
orf133.pep STGLAYTIQHRXFXDKVHQXXXXXXXXYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNA
           ||||||||||| | ||||:        ||| |||||||||||||||||||||||||||||orf133a    STGLAYTIQHRNFKDKVHKHGFELELNYDYXRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNA
     630       640       650       660       670       680
             220       230       240       250       260       270orf133.pep SKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDG
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133a    SKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDX
     690       700       710       720       730       740
             280       290       300       310       320       330orf133.pep TNGGNTSNFRQLGKRSIKQTETLARQPLIXDFNAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDPL
       |||  |||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||orf133a    TNGXXTSNFRQLGKRSIXQTETLARQPLIFDXYAAYEPKKXLIFRAEVKNLFDRRYIDPL
     750       760       770       780       790       800
             340       350       360       370       380       390orf133.pep DAGNDAAXERYYSSFDPKDKDXDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMSY
       |||||||::|||||||||||| :|||| |:||||||||||||||||||||| |||:||||orf133a    DAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEEVTCNDDNTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGXTFLITMSY
     810       820       830       840       850       860orf133.pep KFX
       |||orf133a    KFX
     870一部分ORF133a核苷酸序列<SEQ ID 821>是：
   1    AAAGACAAAA  AAGTGTTTAC  CGATGCGCGT  GCCGTATCGA  CCCGTCAGGA
  51    TATATTCAAA  TCCANCGAAA  ACCTCGACAA  CATCGTACGC  ANCATCCCCG
 101    GTGCGTTTAC  ACANCAANAT  AAAAGCTCGG  GCNTTGTGTC  TTTGAATATT
 151    CGCNGCGACA  GCGGGTTCGG  GCGGGTCAAT  ACNATGGTNG  ACGGCATCAC
 201    NCANACCTTT  TATTCGACTT  CTACCGATGC  GGGCAGGGCA  GGCGGTTCAT
 251    CTCAATTCGG  TGCATCTGTC  GACAGCAATT  TTATNGCCGG  ACTGGATGTC
 301    GTCAAAGGCA  GCTTCAGCGG  CTCGGCAGGC  ATCAACAGCC  TTGCCGGTTC
 351    GGCGAATCTG  CGGACTTTAN  GCGTGGATGA  TGTCGTTCAG  GGCAATANTA
 401    CNTACGGCCT  GCTGCTAAAA  GGTCTGACCG  GCACCAATTC  AACCAAAGGT
 451    AATGCGATGG  CGGCGATAGG  TGCGCGCAAA  TGGCTGGAAA  GCGGAGCATC
 501    TGTCGGTGTG  CTTTACGGGC  ACAGCAGGCG  CAGCGTGGCG  CAAAATTACC
 551    GCGTGGGCGG  CGGCGGGCAG  CACATCGGAA  ATTTTGGCGC  GGAATATCTG
 601    GAACGACGCA  AGCAACGATA  TTTTGAGCAA  GAAGGCGGGT  TGAAATTCAA
 651    TTCCAACAGC  GGAAAATGGG  AGCGGGATTT  CCAAAAGTCG  TACTGGAAAA
 701    CCAAGTGGTA  TCAAAAATAC  GATGCCCCCC  AAGAACTGCA  AAAATACATC
 751    GAAGGTCATG  ATAAAAGCTG  GCGGGAAAAC  CTGGCGCCGC  AATACGACAT
 801    CACCCCCATC  GATCCGTCCA  GCCTGAAGCN  GCAGTCGGCA  GGCAACCTGT
 851    TTAAATTGGA  ATACGACGGC  GTATTCAATA  AATACACGGC  GCAATTTCGC
 901    GATTTAAACA  CCAAAATCGG  CAGCCGCAAA  ATCATCAACC  GCAATTATCA
 951    ATTCAATTAC  GGTTTGTCTT  TGAACCCGTA  TACCAACCTC  AATCTGACCG
1001    CAGCCTACAA  TTCGGGCAGG  CAGAAATATC  CGAAAGGGTC  GAAGTTTACA
1051    GGCTGGGGGC  TTTTNAAAGA  TTTTGAAACC  TACAACAACG  CAAAAATCCT
1101    CGACCTCANC  AACACCTCCA  CCTTCCGGCT  GCCCCGTGAA  ACCGAGTTGC
1151    AAACCACTTT  GGGCTTCAAT  TATTTCCACA  ACGAATACGG  CAAAAACCGC
1201    TTTCCTGAAG  AATTGGGGCT  GTTTTTCGAC  GGTCCGGATC  ANGACAACGG
1251    GCTTTATTCC  TATTTGGGGC  GGTTTAAGGG  CGATAAAGGG  CTGCTGCCCC
1301    AAAAATCAAC  CATTGTCCAA  CCGGCCGGCA  GCCAATATTT  CAACACGTTC
1351    TACTTCGATG  CCGCGCTCAA  AAAAGACATT  TACCGCTTAA  ACTACAGCAC
1401    CAATACCGTC  GGCTACCGTT  TCGGCGGCNA  ATATACGGGC  TATTACNGCT
1451    CGGATGACGA  ATTTAAGCGG  GCATTCGGAG  AAAACTCGCC  GACATACANG
1501    AAACATTGCA  ACCAGAGCTG  CGGAATTTAT  GAACCCGTAT  TGAAAAAATA
1551    CGGCAAAAAG  CGCGCCAACA  ACCATTCGGT  CAGCATTAGT  GCGGACTTCG
1601    GCGATTATTT  CATGCCGTTC  GCCAGCTATT  CGCGCACACA  CCGTATGCCC
1651    AACATCCAAG  AAATGTATTT  TTCCCAAATC  GGCGACTCCG  GCGTTCACAC
1701    CGCCTTAAAA  CCAGAGCGCG  CAAACACTTG  GCAATTTGGC  TTCAATACCT
1751    ATAAAAAAGG  ATTGTTAAAA  CAAGATGATA  TATTAGGATT  AAAACTGGTC
1801    GGCTACCGCA  GCCGCATCGA  CNACTACATC  CACAACGTTT  ACGGGAAATG
1851    GTGGGATTTG  AACGGGAATA  TTCCGAGCTG  GGTCAGCAGC  ACCGGGCTTG
1901    CCTACACCAT  CCAACACCGC  AATTTCAAAG  ACAAAGTGCA  CAAACACGGT
1951    TTTGAGTTGG  AGCTGAATTA  CGATTATNGG  CGTTTTTTCA  CCAACCTTTC
2001    TTACGCCTAT  CAAAAAAGCA  CGCAACCGAC  CAACTTCAGC  GATGCGAGCG
2051    AATCGCCCAA  CAATGCGTCC  AAAGAAGACC  AACTCAAACA  AGGTTATGGG
2101    TTGAGCAGGG  TTTCCGCCCT  GCCGCGAGAT  TACGGACGTT  TGGAAGTCGG
2151    TACGCGCTGG  TTGGGCAACA  AACTGACTTT  GGGCGGCGCG  ATGCGCTATT
2201    TCGGCAAGAG  CATCCGCGCG  ACGGCTGAAG  AACGCTATAT  CGACGNCACC
2251    AATGGGGNAN  NTACCAGCAA  TTTCCGGCAA  CTGGGCAAGC  GTTCCATCAN
2301    ACAAACCGAA  ACCCTTGCCC  GCCAGCCTTT  GATTTTTGAT  TTNTACGCCG
2351    CTTACGAGCC  GAAGAAAAAN  CTTATTTTCC  GCGCCGAAGT  CAAAAATCTG
2401    TTCGACAGGC  GTTATATCGA  TCCGCTCGAT  GCGGGCAATG  ATGCGGCAAC
2451    GCAGCGTTAT  TACAGTTCGT  TCGACCCGAA  AGACAAGGAC  GAAGAAGTAA
2501    CGTGTAATGA  TGATAACACG  TTATGCAACG  GCAAATACGG  CGGCACAAGC
2551    AAAAGCGTAT  TGACCAATTT  TGCACGCGGA  CNCACCTTTT  TGATAACGAT
2601    GAGCTACAAG  TTTTAA它编码的蛋白质具有(部分)氨基酸序列<SEQ ID 822>：
   1    KDKKVFTDAR  AVSTRQDIFK  SXENLDNIVR  XIPGAFTXQX  KSSGXVSLNI
  51    RXDSGFGRVN  TMVDGITXTF  YSTSTDAGRA  GGSSQFGASV  DSNFXAGLDV
 101    VKGSFSGSAG  INSLAGSANL  RTLXVDDVVQ  GNXTYGLLLK  GLTGTNSTKG
 151    NAMAAIGARK  WLESGASVGV  LYGHSRRSVA  QNYRVGGGGQ  HIGNFGAEYL
 201    ERRKQRYFEQ  EGGLKFNSNS  GKWERDFQKS  YWKTKWYQKY  DAPQELQKYI
 251    EGHDKSWREN  LAPQYDITPI  DPSSLKXQSA  GNLFKLEYDG  VFNKYTAQFR
 301    DLNTKIGSRK  IINRNYQFNY  GLSLNPYTNL  NLTAAYNSGR  QKYPKGSKFT
 351    GWGLXKDFET  YNNAKILDLX  NTSTFRLPRE  TELQTTLGFN  YFHNEYGKNR
 401    FPEELGLFFD  GPDXDNGLYS  YLGRFKGDKG  LLPQKSTIVQ  PAGSQYFNTF
 451    YFDAALKKDI  YRLNYSTNTV  GYRFGGXYTG  YYXSDDEFKR  AFGENSPTYX
 501    KHCNQSCGIY  EPVLKKYGKK  RANNHSVSIS  ADFGDYFMPF  ASYSRTHRMP
 551    NIQEMYFSQI  GDSGVHTALK  PERANTWQFG  FNTYKKGLLK  QDDILGLKLV
 601    GYRSRIDXYI  HNVYGKWWDL  NGNIPSWVSS  TGLAYTIQHR  NFKDKVHKHG
 651    FELELNYDYX  RFFTNLSYAY  QKSTQPTNFS  DASESPNNAS  KEDQLKQGYG
 701    LSRVSALPRD  YGRLEVGTRW  LGNKLTLGGA  MRYFGKSIRA  TAEERYIDXT
 751    NGXXTSNFRQ  LGKRSIXQTE  TLARQPLIFD  XYAAYEPKKX  LIFRAEVKNL
 801    FDRRYIDPLD  AGNDAATQRY  YSSFDPKDKD  EEVTCNDDNT  LCNGKYGGTS
 851    KSVLTNFARG  XTFLITMSYK  F*ORF133a和ORF133-1在871个氨基酸的重叠区内显示出有94.3％的相同性：
                                  10        20        30        40orf133a.pep                   KDKKVFTDARAVSTRQDIFKSXENLDNIVRXIPGAFTXQXKS
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1    EAQIQVLEDVHVKAKRVPKDKKVFTDARAVSTRQDIFKSSENLDNIVRSIPGAFTQQDKS
                10        20        30        40        50        60
              50        60        70        80        90       100orf133a.pep SGXVSLNIRXDSGFGRVNTHVDGITXTFYSTSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFXAGLDVVK
        || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||orf133-1    SGIVSLNIRGDSGFGRVNTMVDGITQTFYSTSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFIAGLDVVK
                70        80        90       100       110       120
             110       120       130       140       150       160orf133a.pep GSFSGSAGINSLAGSANLRTLXVDDVVQGNXTYGLLLKGLTGTNSTKGNAMAAIGARKWL
        ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||orf133-1    GSFSGSAGINSLAGSANLRTLGVDDVVQGNNTYGLLLKGLTGTNSTKGNAMAAIGARKWL
               130       140       150       160       170       180
             170       180       190       200       210       220orf133a.pep ESGASVGVLYGHSRRSVAQNYRVGGGGQHIGNFGAEYLERRKQRYFEQEGGLKFNSNSGK
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:|||||:|||orf133-1    ESGASVGVLYGHSRRSVAQNYRVGGGGQHIGNFGAEYLERRKQRYFVQEGALKFNSDSGK
               190       200       210       220       230       240
             230       240       250       260       270       280orf133a.pep WERDFQKSYWKTKWYQKYDAPQELQKYIEGHDKSWRENLAPQYDITPIDPSSLKXQSAGN
        ||||:|:: || | |::|:  |||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||orf133-1    WERDLQRQQWKYKPYKNYNN-QELQKYIEEHDKSWRENLXPQYDITPIDPSSLKQQSAGN
               250       260        270       280       290
             290       300       310       320       330       340orf133a.pep LFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTKIGSRKIINRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQK
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1    LFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTKIGSRKIINRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQK
        300       310       320       330       340       350
             350       360       370       380       390       400orf133a.pep YPKGSKFTGWGLXKDFETYNNAKILDLXNTSTFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFP
        |||||||||||| |||||||||||||| ||:|||||||||||||||||||||||||||||orf133-1    YPKGSKFTGWGLLKDFETYNNAKILDLNNTATFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFP
      360       370       380       390       400       410
             410       420       430       440       450       460orf133a.pep EELGLFFDGPDXDNGLYSYLGRFKGDKGLLPQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYR
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1    EELGLFFDGPDQDNGLYSYLGRFKGDKGLLPQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYR
      420       430       440       450       460       470
             470       480       490       500       510       520orf133a.pep LNYSTNTVGYRFGGXYTGYYXSDDEFKRAFGENSPTYXKHCNQSCGIYEPVLKKYGKKRA
        |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||:|||||||||||||||||orf133-1    LNYSTNTVGYRFGGEYTGYYGSDDEFKRAFGENSPTYKKHCNRSCGIYEPVLKKYGKKRA
      480       490       500       510       520       530
             530       540       550       560       570       580orf133a.pep NNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFN
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1    NNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFN
      540       550       560       570       580       590
             590       600       610       620       630       640orf133a.pep TYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDXYIHNVYGKWWDLNGNIPSWVSSTGLAYTIQHRNF
        ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||:|||||||||||||||||||orf133-1    TYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWVSSTGLAYTIQHRNF
      600       610       620       630       640       650
             650       660       670       680       690       700orf133a.pep KDKVHKHGFELELNYDYXRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLS
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1    KDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLS
      660       670       680       690       700       710
             710       720       730       740       750       760orf133a.pep RVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDXTNGXXTSNFRQLG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||orf133-1    RVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDGTNGGNTSNFRQLG
      720       730       740       750       760       770
             770       780       790       800       810       820orf133a.pep KRSIXQTETLARQPLIFDXYAAYEPKKXLIFRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYS
            |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1    KRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYS
          780       790       800       810       820       830
                 830       840       850       860       870
orf133a.pep SFDPKDKDEEVTCNDDNTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGXTFLITMSYKFX
            |||||||||:|||| |:||||||||||||||||||||| |||:|||||||
orf133-1    SFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMSYKFX
          840       850       860       870       880
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF133和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF133ng)在392个氨基酸的重叠区内显示出有92.3％的相同性：
orf133.pep                               PGYYGSDDEFKRAFGENSPTXKKHCNRSCGI  31
                                          |||||::|||||||||||: |:||: |||:
orf133ng    FYFDAALKKDIYRLNYSTNAINYRFGGEYTGYYGSENEFKRAFGENSPAYKEHCDPSCGL 560
orf133.pep  YEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTAL  91
            ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    YEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFAGYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTAL 620
orf133.pep  KPERANTWQFGFXTYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWVS 151
            |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf133ng    KPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWVG 680
orf133.pep  STGLAYTIQHRXFXDKVHQXXXXXXXXYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNA 211
            ||||||||:|| | ||||:        |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    STGLAYTIRHRNFKDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNA 740
orf133.pep  SKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAWRYFHKSIRATAEERYIDG 271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    SKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDG 800
orf133.pep  TNGGNTSNFRQLGKRSIKQTETLARQPLIXDFNAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDPL 331
            |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    TNGGNTSNVRQLGKRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDPL 860
orf133.pep  DAGNDAAXERYYSSFDPKDKDXDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMSY 391
            |||||||::|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    DAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMSY 920
orf133.pep  KF 393
            ||
orf133ng    KF 922
预计全长ORF133ng核苷酸序列<SEQ ID 823>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 824>：
    1    MRSSFRLKPI  CFYLMGVMLY  HHSYAEDAGR  AGSEAQIQVL  EDVHVKAKRV
   51    PKDKKVFTDA  RAVSTRQDVF  KSGENLDNIV  RSIPGAFTQQ  DKSSGIVSLN
  101    IRGDSGFGRV  NTMVDGITQT  FYSTSTDAGR  AGGSSQFGAS  VDSNFIAGLD
  151    VVKGSFSGSA  GINSLAGSAN  LRTLGVDDVV  QGNNTYGLLL  KGLTGTNSTK
  201    GNAMAAIGAR  KWLESGASVG  VLYGHSRRGV  AQNYRVGGGG  QHIGNFGEEY
  251    LERRKQQYFV  QEGGLKFNAG  SGKWERDLQR  QYWKTKWYKK  YEDPQELQKY
  301    IEEHDKSWRE  NLAPQYDITP  IDPSGLKQQS  AGNLLALEYD  GVFNKYTAQF
  351    RDLNTRIGSR  KIINRNYQFN  YGLSLNPYTN  LNLTAAYNSG  RQKYPKGAKF
  401    TGWGLLKDFE  TYNNAKILDL  NNTATFRLPR  ETELQTTLGF  NYFHNEYGKN
  451    RFPEELGLFF  DGPDQDNGLY  SYLGRFKGDK  GLLPQKSTIV  QPAGSQYFNT
  501    FYFDAALKKD  IYRLNYSTNA  INYRFGGEYT  GYYGSENEFK  RAFGENSPAY
 551  KEHCDPSCGL YEPVLKKYGK KRANNHSVSI SADFGDYFMP FAGYSRTHRM
 601  PNIQEMYFSQ IGDSGVHTAL KPERANTWQF GFNTYKKGLL KQDDILGLKL
 651  VGYRSRIDNY IHNVYGKWWD LNGDIPSWVG STGLAYTIRH RNFKDKVHKH
 701  GFELELNYDY GRFFTNLSYA YQKSTQPTNF SDASESPNNA SKEDQLKQGY
 751  GLSRVSALPR DYGRLEVGTR WLGNKLTLGG AMRYFGKSIR ATAEERYIDG
 801  TNGGNTSNVR QLGKRSIKQT ETLARQPLIF DFYAAYEPKK NLIFRAEYKN
 851  LFDRRYIDPL DAGNDAATQR YYSSFDPKDK DEDVTCNADK TLCNGKYGGT
 901  SKSVLTNFAR GRTFLMTMSY KF*还鉴定出一个变体，它由淋球菌DNA序列<SEQ ID 825>编码：
   1  ATGAGATCTT CTTTCCGGTT GAAGCCGATT TGTTTTTATC TTATGGGTGT
  51  TATGCTATAT CATCATAGTT ATGCCGAAGA TGCAGGGCGC GCGGGCAGCG
 101  AGGCGCAGAT ACAGGTTTTG GAAGATGTGC ACGTCAAGGC GAAGCGCGTA
 151  CCGAAAGACA AAAAAGTGTT TACCGATGCG CGTGCCGTAT CGACCCGTca
 201  gGATGTGTTC AAATCCGGCG AAAACCTCGA CAACATCGTA CGCAGCATAC
 251  CCGGTGCGTT TACACAGCAA GATAAAAGCT CGGGCATTGT GTCTTTGAAT
 301  ATTCGCGGCG ACAGCGGGTT CGGGCGGGTC AATACGATGG TGGACGGCAT
 351  CACGCAGACC TTTTATTCGA CTTCTACCGA TGCGGGCAGG GCAGGCGGTT
 401  CATCTCAATT CGGTGCATCT GTCGACAGCA ATTTTATTGC CGGACTGGAT
 451  GTCGTCAAAG GCAGCTTCAG CGGCTCGGCA GGCATCAACA GCCTTGCCGG
 501  TTCGGCGAAT CTGCGGACTT TAGGCGTGGA TGACGTCGTT CAGGGCAATA
 551  ATACCTACGG CCTGCTGCTA AAAGGTCTGA CCGGCACCAA TTCAACCAAA
 601  GGTAATGCGA TGGCGGCGAT AGGTGCGCGC AAATGGCTGG AAAGCGGAGC
 651  GTCTGTCGGT GTGCTTTACG GGCACAGCAG GCGCGGCGTG GCGCAAAATT
 701  ACCGCGTGGG CGGCGGCGGG CAGCACATCG GAAATTTTGG TGAAGAATAT
 751  CTGGAACGGC GCAAACAGCA ATATTTTGTA CAAGAGGGTG GTTTGAAATT
 801  CAATGCCGGC AGCGGAAAAT GGGAACGGGA TTTGCAAAGG CAATACTGGA
 851  AAACAAAGTG GTATAAAAAA TACGAAGACC CCCAAGAACT GCAAAAATAC
 901  ATCGAAGAGC ATGATAAAAG CTGGCGGGAA AACCTGGCGC CGCAATACGA
 951  CATCACCCCC ATCGATCCGT CCGGCCTGAA GCAGCAGTCG GCAGGCAATC
1001  TGTTTAAATT GGAATACGAC GGCGTATTCA ATAAATACAC GGCGCAATTT
1051  CGCGATTTAA ACACCAGAAT CGGCAGCCGC AAAATCATCA ACCGCAATTA
1101  TCAATTCAAT TACGGTTTGT CTTTGAACCC GTATACCAAC CTCAATCTGA
1151  CCGCAGCCTA CAATTCGGGC AGGCAGAAAT ATCCGAAAGG GGCGAAGTTT
1201  ACAGGCTGGG GGCTTTTAAA AGATTTTGAA ACCTACAACA ACGCGAAAAT
1251  CCTCGACCTC AACAACACCG CCACCTTCCG GCTGCCCCGC GAAACCGAGT
1301  TGCAAACCAC TTTGGGCTTC AATTATTTCC ACAACGAATA CGGCAAAAAC
1351  CGCTTTCCTG AAGAATTGGG GCTGTTTTTC GACGGTCCTG ATCAGGACAA
1401  CGGGCTTTAT TCCTATTTGG GGCGGTTTAA GGGCGATAAA GGGCTGTTGC
1451  CTCAAAAATC AACCATTGTC CAACCGGCCG GCAGCCAATA TTTCAACACG
1501  TTCTACTTCG ATGCCGCGCT CAAAAAAGAC ATTTACCGCT TAAACTACAG
1551  CACCAATGCA ATCAACTACC GTTTCGGCGG CGAATATACG GGCTATTACG
1601  GCTCGGAAAA CGAATTTAAG CGGGCATTCG GAGAAAACTC GCCGGCATAC
1651  AAGGAACATT GCGACCCGAG CTGCGGGCTT TATGAACCCG TATTGAAAAA
1701  ATACGGCAAA AAGCGCGCCA ACAACCATTC GGTCAGCATT AGTGCGGACT
1751  TCGGCGATTA TTTCATGCCG TTCGCCGGGT ATTCGCGCAC ACACCGTATG
1801  CCCAACATCC AAGAAATGTA TTTTTCCCAA ATCGGCGACT CCGGCGTTCA
1851  CACCGCCTTA AAACCAGAGC GCGCAAACAC TTGGCAATTT GGCTTCAATA
1901  CCTATAAAAA AGGATTGTTA AAACAAGATG ATATATTAGG ATTGAAACTG
1951  GTCGGCTACC GCAGCCGCAT TGACAACTAC ATCCACAACG TTTACGGGAA
2001  ATGGTGGGAT TTGAACGGGG ATATTCCGAG CTGGGTCGGC AGCACCGGGC
2051  TTGCCTACAC CATCCGACAC CGCAATTTCA AAGACAAAGT GCACAAACAC
2101  GGTTTTGAGC TGGAGCTGAA TTACGATTAT GGGCGTTTTT TCACCAACCT
2151  TTCTTACGCC TATCAAAAAA GCACGCAACC GACCAATTTC AGCGATGCGA
2201  GCGAATCGCC CAACAATGCC tccaaAGAAG ACCAACTCAA ACAAGGTTAT
2251  GGGCTGAGCA GGGTTTCCGC CCTGCCGCGA GATTACGGAC GTTTGGAAGT
2301  CGGTACGCGC TGGTTGGGCA ACAAACTGAC TTTGGGCGGC GCGAtgcGCT
2351  ATTTCGGCAA GAGCATCCGC GCGACGGCTG AAGAACGCTA TATCGACGGC
2401  ACCAACGGGG GAAATACCAG CAATGTCCGG CAACTGGGCA AGCGTTCCAT
2451  CAAACAAACC GAAACCCTTG CCCGACAGCC TTTGATTTTT GATTTTTACG
2501  CCGCTTACGA GCCGAAGAAA AACCTTATTT TCCGCGCCGA AGTCAAAAAC
2551  CTGTTCGACA GGCGTTATAT CGATCCGCTC GATGCGGGCA ATGATGCGGC
2601  AACGCAGCGT TATTACAGCT CGTTCGACCC GAAAGACAAG GACGAAGACG
2651  TAACGTGTAA TGCTGATAAA ACGTTGTGCA ACGGCAAATA CGGCGGCACA
2701  AGCAAAAGCG TATTGACCAA TTTCGCACGC GGACGCACCT TCTTGATGAC
2751  GATGAGCTAC AAGTTTTAA它对应于氨基酸序列<SEQ ID 826；ORF133ng-1>：
   1  MRSSFRLKPI CFYLMGVMLY HHSYAEDAGR AGSEAQIQVL EDVHVKAKRV
  51  PKDKKVFTDA RAVSTRQDVF KSGENLDNIV RSIPGAFTQQ DKSSGIVSLN
 101  IRGDSGFGRV NTMVDGITQT FYSTSTDAGR AGGSSQFGAS VDSNFIAGLD
 151  VVKGSFSGSA GINSLAGSAN LRTLGVDDVV QGNNTYGLLL KGLTGTNSTK
 201  GNAMAAIGAR KWLESGASVG VLYGHSRRGV AQNYRVGGGG QHIGNFGEEY
 251  LERRKQQYFV QEGGLKFNAG SGKWERDLQR QYWKTKWYKK YEDPQELQKY
 301  IEEHDKSWRE NLAPQYDITP IDPSGLKQQS AGNLFKLEYD GVFNKYTAQF
 351  RDLNTRIGSR KIINRNYQFN YGLSLNPYTN LNLTAAYNSG RQKYPKGAKF
 401  TGWGLLKDFE TYNNAKILDL NNTATFRLPR ETELQTTLGF NYFHNEYGKN
 451  RFPEELGLFF DGPDQDNGLY SYLGRFKGDK GLLPQKSTIV QPAGSQYFNT
 501  FYFDAALKKD IYRLNYSTNA INYRFGGEYT GYYGSENEFK RAFGENSPAY
 551  KEHCDPSCGL YEPVLKKYGK KRANNHSVSI SADFGDYFMP FAGYSRTHRM
 601  PNIQEMYFSQ IGDSGVHTAL KPERANTWQF GFNTYKKGLL KQDDILGLKL
 651  VGYRSRIDNY IHNVYGKWWS LNGDIPSWVG STGLAYTIRH RNFKDKVHKH
 701  GFELELNYDY GRFFTNLSYA YQKSTQPTNF SDASESPNNA SKEDQLKQGY
 751  GLSRVSALPR DYGRLEVGTR WLGNKLTLGG AMRYFGKSIR ATAEERYIDG
 801  TNGGNTSNVR QLGKRSIKQT ETLARQPLIF DFYAAYEPKK NLIFRAEVKN
 851  LFDRRYIDPL DAGNDAATQR YYSSFDPKDK DEDVTCNADK TLCNGKYGGT
 901  SKSVLTNFAR GRTFLMTMSY KF*ORF133ng-1和ORF133-1在889个氨基酸的重叠区显示出有96.2％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf133ng-1.pep SFRLKPICFYLMGVMLYHHSYAEDAGRAGSEAQIQVLEDVHVKAKRVPKDKKVFTDARAV
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1                                     EAQIQVLEDVHVKAKRVPKDKKVFTDARAV
                                                 10        20        30
                70        80        90       100       110       120orf133ng-1.pep STRQDVFKSGENLDNIVRSIPGAFTQQDKSSGIVSLNIRGDSGFGRVNTMVDGITQTFYS
           |||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1       STRQDIFKSSENLDNIVRSIPGAFTQQDKSSGIVSLNIRGDSGFGRVNTMVDGITQTFYS
                   40        50        60        70        80        90
               130       140       150       160       170       180orf133ng-1.pep TSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFIAGLDVVKGSFSGSAGINSLAGSANLRTLGVDDVVQGN
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1       TSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFIAGLDVVKGSFSGSAGINSLAGSANLRTLGVDDVVQGN
                  100       110       120       130       140       150
               190       200       210       220       230       240orf133ng-1.pep NTYGLLLKGLTGTNSTKGNAMAAIGARKWLESGASVGVLYGHSRRGVAQNYRVGGGGQHI
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||orf133-1       NTYGLLLKGLTGTNSTKGNAMAAIGARKWLESGASVGVLYGHSRRSVAQNYRVGGGGQHI
                  160       170       180       190       200       210
               250       260       270       280       290       300orf133ng-1.pep GNFGEEYLERRKQQYFVQEGGLKFNAGSGKWERDLQRQYWKTKWYKKYEDPQELQKYIEE
           |||| ||||||||:||||||:||||: ||||||||||| || | ||:|:: |||||||||orf133-1       GNFGAEYLERRKQRYFVQEGALKFNSDSGKWERDLQRQQWKYKPYKNYNN-QELQKYIEE
                  220       230       240       250       260
               310       320       330       340       350       360orf133ng-1.peD HDKSWRENLAPQYDITPIDPSGLKQQSAGNLFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTRIGSRKII
           ||||||||| |||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||orf133-1       HDKSWRENLXPQYDITPIDPSSLKQQSAGNLFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTKIGSRKII
         270       280       290       300       310       320
               370       380       390       400       410       420orf133ng-1.pep NRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQKYPKGAKFTGWGLLKDFETYNNAKILDLNNT
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||orf133-1       NRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQKYPKGSKFTGWGLLKDFETYNNAKILDLNNT
         330       340       350       360       370       380
               430       440       450       460       470       480orf133ng-1.pep ATFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFPEELGLFFDGPDQDNGLYSYLGRFKGDKGLL
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1       ATFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFPEELGLFFDGPDQDNGLYSYLGRFKGDKGLL
         390       400       410       420       430       440
               490       500       510       520       530       540orf133ng-1.pep PQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYRLNYSTNAINYRFGGEYTGYYGSENEFKRAF
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:::|||||||||||||::||||||orf133-1       PQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYRLNYSTNTVGYRFGGEYTGYYGSDDEFKRAF
         450       460       470       480       490       500
               550       560       570       580       590       600orf133ng-1.pep GENSPAYKEHCDPSCGLYEPVLKKYGK1RANNHSVSISADFGDYFMPFAGYSRTHRMPNI
           |||||:||:||: |||:||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||orf133-1       GENSPTYKKHCNRSCGIYEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNI
         510       520       530       540       550       560
               610       620       630       640       650       660orf133ng-1.pep QEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDNYIHN
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||orf133-1       QEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHN
         570       580       590       600       610       620
               670       680       690       700       710       720orf133ng-1.pep VYGKWWDLNGDIPSWVGSTGLAYTIRHRNFKDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAYQK
           ||||||||||||||||:||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1       VYGKWWDLNGDIPSWVSSTGLAYTIQHRNFKDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAYQK
         630       640       650       660       670       680
               730       740       750       760       770       780orf133ng-1.pep STQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1       STQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMR
         690       700       710       720       730       740
               790       800       810       820       830       840orf133ng-1.pep YFGKSIRATAEERYIDGTNGGNTSNVRQLGKRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKNLI
           ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1       YFGKSIRATAEERYIDGTNGGNTSNFRQLGKRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKNLI
         750       760       770       780       790       800
               850       860       870       880       890       900orf133ng-1.pep FRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTSKS
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf133-1       FRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTSKS
         810       820       830       840       850       860
               910       920orf133ng-1.pep VLTNFARGRTFLMTMSYKFX
           ||||||||||||||||||||orf133-1       VLTNFARGRTFLMTMSYKFX
         870       880
另外，ORF133ng-1与流感嗜血菌中的TonB-依赖性受体同源：
sp|P45114|YC17_HAEIN可能的TONB-依赖性受体HI1217前体
＞gi|1075372|pir||G64110运铁蛋白结合蛋白1前体(tbp1)同系物-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)＞gi|1574147(U32801)运铁蛋白结合蛋白1前体(tbp1)[流感嗜血菌]长度=913
评分=930位(2377)，估计值=0.0
相同性=476/921(51％)，阳性=619/921(66％)，空隙=72/921(7％)
询问：38  QVLEDVHVKAKRVPKDKKVFTDARAVSTRQDVFKSGENLDNIVRSIPGAFTQQDKSSGIV 97
           + L  + V K  +  DKK FT+A+A STR++VFK  + +D ++RSIPGAFTQQDK SG+V
目标：29  ETLGQIDVVEKVISNDKKPFTEAKAKSTRENVFKETQTIDQVIRSIPGAFTQQDKGSGVV 88
询问：98  SLNIRGDSGFGRVNTMVDGITQTFYSTSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFIAGLDVVKGSFS 157
           S+NIRG++G GRVNTMVDG+TQTFYST+ D+G++GGSSQFGA++D NFIAG+DV K +FS
目标：89  SVNIRGENGLGRVNTMVDGVTQTFYSTALDSGQSGGSSQFGAAIDPNFIAGVDVNKSNFS 148
询问：158 GSAGINSLAGSANLRTLGVDDVVQXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAMAAIGARKWLESGA 217
           G++GIN+LAGSAN RTLGV+DV+                       M     RKWL++G
目标：149 GASGINALAGSANFRTLGVNDVITDDKPFGIILKGMTGSNATKSNFMTMAAGRKWLDNGG 208
询问：218 SVGVLYGHSRRGVAQNYRVGGGGQHIGNFGEEYLERRKQQYFVQEGGLKFNAGSGKWERD 277
            VGV+YG+S+R V+Q+YR+ GGG+ + + G++ L + K+ YF +  G   N   G+W  D
目标：209 YVGVVYGYSQREVSQDYRI-GGGERLASLGQDILAKEKEAYF-RNAGYILNP-EGQWTPD 265
询问：278 LQRQYWK-----------TKWY--------------------KKYEDPQELQK---YIEE 303
           L +++W              +Y                    KK +D ++LQK    IEE
目标：266 LSKKHWSCNKPDYQKNGDCSYYRIGSAAKTRREILQELLTNGKKPKDIEKLQKGNDGIEE 325
询问：304 HDKSWRENLAPQYDITPIDPSGLKQQSAGNLFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTRIGSRKII 363
            DKS+  N   QY + PI+P  L+ +S  +L K EY        AQ R L+ +IGSRKI
目标：326 TDKSFERN-KDQYSVAPIEPGSLQSRSRSHLLKFEYGDDHQNLGAQLRTLDNKIGSRKIE 384
询问：364 NRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQKYPKGAKFTGWGLLKDFETYNNAKILDLNNT 423
           NRNYQ NY  + N Y +LNL AA+N G+  YPKG  F GW +     T N A I+D+NN+
目标：385 NRNYQVNYNFNNNSYLDLNLMAAHNIGKTIYPKGGFFAGWQVADKLITKNVANIVDINNS 444
询问：424 ATFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFPEELGLFFDGPDQDNGLYSY--LGRFKGDKG 481
            TF LP+E +L+TTLGFNYF NEY KNRFPEEL LF++    D GLYS+   GR+ G K
目标：445 HTFLLPKEIDLKTTLGFNYFTNEYSKNRFPEELSLFYNDASHDQGLYSHSKRGRYSGTKS 504
询问：482 LLPQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYRLNYSTNAINYRFGGEYTGYYGSENEFKR 541
           LLPQ+S I+QP+G Q F T YFD AL K IY LNYS N  +Y F GEY GY
目标：505 LLPQRSVILQPSGKQKFKTVYFDTALSKGIYHLNYSVNFTHYAFNGEYVGY--------- 555
询问：542 AFGENSPAYKEHCDPSCGLYEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFAGYSRTHRMP 601
              EN+   +        + EP+L K G K+A NHS ++SA+  DYFMPF  YSRTHRMP
目标：556 ---ENTAGQQ--------INEPILHKSGHKKAFNHSATLSAELSDYFMPFFTYSRTHRMP 604
询问：602 NIQEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDNYI 661
           NIQEM+FSQ+ ++GV+TALKPE+++T+Q GFNTYKKGL  QDD+LG+KLVGYRS I NYI
目标：605 NIQEMFFSQVSNAGVNTALKPEQSDTYQLGFNTYKKGLFTQDDVLGVKLVGYRSFIKNYI 664
询问：662 HNVYGKWWDLNGDIPSWVGSTGLAYTIRHRNFKDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAY 721
           HNVYG WW     +P+W  S G  YTI H+N+K  V K G ELE+NYD GRFF N+SYAY
目标：665 HNVYGVWW--RDGMPTWAESNGFKYTIAHQNYKPIVKKSGVELEINYDMGRFFANVSYAY 722
询问：722 QKSTQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGA 781
           Q++ QPTN++DAS  PNNAS+ED LKQGYGLSRVS LP+DYGRLE+GTRW   KLTLG A
目标：723 QRTNQPTNYADASPRPNNASQEDILKQGYGLSRVSMLPKDYGRLELGTRWFDQKLTLGLA 782
询问：782 MRYFGKSIRATAEERYIDGTNGGNTSNVRQLGKRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKN 841
            RY+GKS RAT EE YI+G+     + +R+    ++K+TE + +QP+I D + +YEP K+
目标：783 ARYYGKSKRATIEEEYINGSR-FKKNTLRRENYYAVKKTEDIKKQPIILDLHVSYEPIKD 841
询问：842 LIFRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTS 901
           LI +AEV+NL D+RY+DPLDAGNDAA+QRYYSS      +  + C  D + C    GG+
目标：842 LIIKAEVQNLLDKRYVDPLDAGNDAASQRYYSSL-----NNSIECAQDSSAC----GGSD 892
询问：902 KSVLTNFARGRTFLMTMSYKF 922
           K+VL NFARGRT++++++YKF
目标：893 KTVLYNFARGRTYILSLNYKF 913
该淋球菌蛋白中用下划线示出的基序预计是ATP/GTP结合位点基序A(P-环)，该分析提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例104
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 827>
      1  ATGAACCTGA  TTTCACGTTA  CATCATCCGT  CAAATGGCGG  TTATGGCGGT
     51  TTACGCGCTC  CTTGCCTTCC  TCGCTTTGTA  CAGCTTTTTT  GAAATCCTGT
    101  ACGAAACCGG  CAACCTCGGC  AAAGGCAGTT  ACGGCATATG  GGAAATGCTG
    151  GGCTACACCG  CCCTCAAAAT  GCCCGCCCGC  GCCTACGAAC  TGATTCCCCT
    201  CGCCGTCCTT  ATCGGCGGAC  TGGTCTCCCT  CAGCCAGCTT  GCCGCCGGCA
    251  GCGAACTGAC  CGTCATCAAA  GCCAGCGGCA  TGAGCACCAA  AAAGCTGCTG
    301  TTGATTCTGT  CGCAGTTCGG  TTTTATTTTT  GCTATTGCCA  CCGTCGCGCT
    351  CGGCGAATGG  GTTGCGCCCA  CACTGAGCCA  AAAAGCCGAA  AACATCAAAG
    401  CCGCCGCCAT  CAACGGCAAA  ATCAGCACCG  GCAATACCGG  CCTTTGGCTG
    451  AAAGAAAAAA  ACAGCGTGAT  CAATGTGCGC  GAAATGTTGC  CCGACCAT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 828；ORF112>：
      1  MNLISRYIIR  QMAVMAVYAL  LAFLALYSFF  EILYETGNLG  KGSYGIWEML
     51  GYTALKMPAR  AYELIPLAVL  IGGLVSLSQL  AAGSELTVIK  ASGMSTKKLL
    101  LILSQFGFIF  AIATVALGEW  VAPTLSQKAE  NIKAAAINGK  ISTGNTGLWL
    151  KEKNSVINVR  EMLPDH...
进一步的工作揭示了部分核苷酸序列<SEQ ID 829>：
      1  ATGAACCTGA  TTTCACGTTA  CATCATCCGT  CAAATGGCGG  TTATGGCGGT
     51  TTACGCGCTC  CTTGCCTTCC  TCGCTTTGTA  CAGCTTTTTT  GAAATCCTGT
    101  ACGAAACCGG  CAACCTCGGC  AAAGGCAGTT  ACGGCATATG  GGAAATGCTG
    151  gGCTACACCG  CCCTCAAAAT  GCCCGCCCGC  GCCTACGAAC  TGATTCCCCT
    201  CGCCGTCCTT  ATCGGCGGAC  TGGTCTCCCT  CAGCCAGCTT  GCCGCCGGCA
    251  GCGAACTGAC  CGTCATCAAA  GCCAGCGGCA  TGAGCACCAA  AAAGCTGCTG
    301  TTGATTCTGT  CGCAGTTCGG  TTTTATTTTT  GCTATTGCCA  CCGTCGCGCT
    351  CGGCGAATGG  GTTGCGCCCA  CACTGAGCCA  AAAAGCCGAA  AACATCAAAG
    401  CCGCCGCCAT  CAACGGCAAA  ATCAGCACCG  GCAATACCGG  CCTTTGGCTG
    451  AAAGAAAAAA  ACAGCrTkAT  CAATGTGCGC  GAAATGTTGC  CCGACCATAC
    501  GCTTTTGGGC  ATCAAAATTT  GGGCGCGCAA  CGATAAAAAC  GAATTGGCAG
    551  AGGCAGTGGA  AGCCGATTCC  GCCGTTTTGA  ACAGCGACGG  CAGTTGGCAG
    601  TTGAAAAACA  TCCGCCGCAG  CACGCTTGGC  GAAGACAAAG  TCGAGGTCTC
    651  TATTGCGGCT  GAAGAAAACT  GGCCGATTTC  CGTCAAACGC  AACCTGATGG
    701  ACGTATTGCT  CGTCAAACCC  GACCAAATGT  CCGTCGGCGA  ACTGACCACC
    751  TACATCCGCC  ACCTCCAAAA  CAACAGCCAA  AACACCCGAA  TCTACGCCAT
    801  CGCATGGTGG  CGCAAATTGG  TTTACCCCGC  CGCAGCCTGG  GTGATGGCGC
    851  TCGTCGCCTT  TGCCTTTACC  CCGCAAACCA  CCCGCCACGG  CAATATGGGC
    901  TTAAAACTCT  TCGGCGGCAT  CTGTsTCGGA  TTGCTGTTCC  ACCTTGCCGG
    951  ACGGCTCTTT  GGGTTTACCA  GCCAACTCGG...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 830；ORF112-1>：
      1    MNLISRYIIR  QMAVMAVYAL  LAFLALYSFF  EILYETGNLG  KGSYGIWEML
     51    GYTALKMPAR  AYELIPLAVL  IGGLVSLSQL  AAGSELTVIK  ASGMSTKKLL
    101    LILSQFGFIF  AIATVALGEW  VAPTLSQKAE  NIKAAAINGK  ISTGNTGLWL
    151    KEKNSXINVR  EMLPDHTLLG  IKIWARNDKN  ELAEAVEADS  AVLNSDGSWQ
    201    LKNIRRSTLG  EDKVEVSIAA  EENWPISVKR  NLMDVLLVKP  DQMSVGELTT
    251    YIRHLQNNSQ  NTRIYAIAWW  RKLVYPAAAW  VMALVAFAFT  PQTTRHGNMG
    301    LKLFGGICXG  LLFHLAGRLF  GFTSQL...
对该氨基酸序列进行的计算机分析预测了两个跨膜结构域，并给出下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF112和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF112a)在166个氨基酸的重叠区内显示出有96.4％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf112.pep MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
orf112a    MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMXGYTALKMXAR
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf112.pep AYELIPLAVLIGGLVSLSQLAAGSELTVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
           ||||:||||||||||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112a    AYELMPLAVLIGGLVSXSQLAAGSELXVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160
orf112.pep VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSVINVREMLPDH
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf112a    VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSIINVREMLPDHTLLGIKIWARNDKN
                  130       140       150       160       170       180
orf112a    ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSTLGEDKVEVSIAAEEXWPISVKRNLMDVLLVKP
                  190       200       210       220       230       240
该ORF112a的核苷酸序列<SEQ ID 831>是：
       1    ATGAACCTGA  TTTCACGTTA  CATCATCCGT  CAAATGGCGG  TTATGGCGGT
      51    TTACGCGCTC  CTTGCCTTCC  TCGCTTTGTA  CAGCTTTTTT  GAAATCCTGT
     101    ACGAAACCGG  CAACCTCGGC  AAAGGCAGTT  ACGGCATATG  GGAAATGNTG
     151    GGNTACACCG  CCCTCAAAAT  GNCCGCCCGC  GCCTACGAAC  TGATGCCCCT
     201    CGCCGTCCTT  ATCGGCGGAC  TGGTCTCTNT  CAGCCAGCTT  GCCGCCGGCA
     251    GCGAACTGAN  CGTCATCAAA  GCCAGCGGCA  TGAGCACCAA  AAAGCTGCTG
     301    TTGATTCTGT  CGCAGTTCGG  TTTTATTTTT  GCTATTGCCA  CCGTCGCGCT
     351    CGGCGAATGG  GTTGCGCCCA  CACTGAGCCA  AAAAGCCGAA  AACATCAAAG
     401    CCGCGGCCAT  CAACGGCAAA  ATCAGTACCG  GCAATACCGG  CCTTTGGCTG
     451    AAAGAAAAAA  ACAGCATTAT  CAATGTGCGC  GAAATGTTGC  CCGACCATAC
     501    CCTGCTGGGC  ATTAAAATCT  GGGCCCGCAA  CGATAAAAAC  GAACTGGCAG
     551    AGGCAGTGGA  AGCCGATTCC  GCCGTTTTGA  ACAGCGACGG  CAGTTGGCAG
     601    TTGAAAAACA  TCCGCCGCAG  CACGCTTGGC  GAAGACAAAG  TCGAGGTCTC
     651    TATTGCGGCT  GAAGAAAANT  GGCCGATTTC  CGTCAAACGC  AACCTGATGG
     701    ACGTATTGCT  CGTCAAACCC  GACCAAATGT  CCGTCGGCGA  ACTGACCACC
     751    TACATCCGCC  ACCTCCAAAN  NNACAGCCAA  AACACCCGAA  TCTACGCCAT
     801    CGCATGGTGG  CGCAAATTGG  TTTACCCCGC  CGCAGCCTGG  GTGATGGCGC
     851    TCGTCGCCTT  TGCCTTTACC  CCGCAAACCA  CCCGCCACGG  CAATATGGGC
     901    TTAAAANTCT  TCGGCGGCAT  CTGTCTCGGA  TTGCTGTTCC  ACCTTGCCGG
     951    NCGGCTCTTC  NGGTTTACCA  GCCAACTCTA  CGGCATCCCG  CCCTTCCTCG
    1001    NCGGCGCACT  ACCTACCATA  GCCTTCGCCT  TGCTCGCCGT  TTGGCTGATA
    1051    CGCAAACAGG  AAAAACGCTA  A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 832>：
      1  MNLISRYIIR QMAVMAVYAL LAFLALYSFF EILYETGNLG KGSYGIWEMX
     51  GYTALKMXAR AYELMPLAVL IGGLVSXSQL AAGSELXVIK ASGMSTKKLL
    101  LILSQFGFIF AIATVALGEW VAPTLSQKAE NIKAAAINGK ISTGNTGLWL
    151  KEKNSIINVR EMLPDHTLLG IKIWARNDKN ELAEAVEADS AVLNSDGSWQ
    201  LKNIRRSTLG EDKVEVSIAA EEXWPISVKR NLMDVLLVKP DQMSVGELTT
    251  YIRHLQXXSQ NTRIYAIAWW RKLYYPAAAW VMALVAFAFT PQTTRHGNMG
    301  LKXFGGICLG LLFHLAGRLF XFTSQLYGIP PFLXGALPTI AFALLAVWLI
    351  RKQEKR*
ORF112a和ORF112-1在326个氨基酸的重叠区内显示出有96.3％的相同性：
orf112a.pep MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMXGYTALKMXAR
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
orf112-1    MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR
orf112a.pep AYELMPLAVLIGGLVSXSQLAAGSELXVIXASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
            ||||:||||||||||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112-1    AYELIPLAVLIGGLVSLSQLAAGSELTVIXASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
orf112a.pep VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSIINVREMLPDHTLLGIKIWARNDKN
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
orf112-1    VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSXINVREMLPDHTLLGIKIWARNDKN
orf112a.pep ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSTLGEDKVEVSIAAEEXWPISVKRNLMDVLLVKP
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf112-1    ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSTLGEDKVEVSIAAEENWPISVKRNLMDVLLVKP
orf112a.pep DQMSVGELTTYIRHLQXXSQNTRIYAIAWWRKLVYPAAAWVMALVAFAFTPQTTRHGNMG
            ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112-1    DQMSVGELTTYIRHLQNNSQNTRIYAIAWWRKLVYPAAAWVMALVAFAFTPQTTRHGNMG
orf112a.pep LKXFGGICLGLLFHLAGRLFXFTSQLYGIPPFLXGALPTIAFALLAVWLIRKQEKRX
            || ||||| ||||||||||| |||||
orf112-1    LKLFGGICXGLLFHLAGRLFGFTSQL
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF112和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF112ng)在166个氨基酸的重叠区内显示出有95.8％的相同性：
orf112.pep MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR  60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112ng   MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR  60
orf112.pep AYELIPLAVLIGGLVSLSQLAAGSELTVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW 120
           ||||:|||||||||:|||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||||||
orf112ng   AYELMPLAVLIGGLASLSQLAAGSELAVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIAAVALGEW 120
orf112.pep VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSVINVREMLPDH               166
           |||||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||| |||||
orf112ng   VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKTSIINVRGMLPDHTLLGIKIWARNDKN 180
全长ORF112ng核苷酸序列<SEQ ID 833>是：
      1  ATGAACCTGA TTTCACGTTA CATCATCCGC CAAATGGCGG TTATGGCGGT
     51  TTACGCGCTC CTTGCCTTCC TCGCTTTGTA CAGCTTTTTT GAAATCCTGT
    101  ACGAAACCGG CAACCTCGGC AAAGGCAGTT ACGGCATATG GGAAATGCTG
    151  GGCTACACCG CCCTCAAAAT GCCCGCCCGC GCCTACGAAC TCATGCCCCT
    201  CGCCGTCCTC ATCGGCGGAC TGGCCTCTCT CAGCCAGCTT GCCGCCGGCA
    251  GCGAACTGGC CGTCATCAAA GCCAGCGGCA TGAGCACCAA AAAGCTGCTG
    301  TTGATTCTGT CTCAGTTCGG TTTTATTTTT GCTATTGCCG CCGTCGCGCT
 351  CGGCGAATGG GTTGCGCCCA CGCTGAGCCA AAAAGCCGAA AACATCAAag
 401  cCGCCGCCAt taacggCAAA ATCAGCAccg gcAATACCGG CCTTTggcTG
 451  AAAGAAAAAa ccAGCATTAT CAATGTGcGc GGAATGTTGC CCGACCATAC
 501  GCTTTTGGGC ATCAAAATTT GGGCGCGCAA CGATAAAAAC GAATTGGCAG
 551  AGGCAGTGGA AGCCGATTCC GCCGTTTTGA ACAGCGACGG CAGCTGGCAG
 601  TTGAAAAACA TCCGCCGCAG CATCATGGGT ACAGACAAAA TCGAAACATC
 651  cgCCGCCGCC GAAGAAACTT gGCCGATTGC CGTCAGACGC AACCTGATGG
 701  ACGTATTGCT CGTCAAGCCC GACCAAATGT CCGTCGGCGA GCTGACCACC
 751  TACATCCGCC ACCTCCAAAA CAACAGCCAA AACACCCAAA TCTACGCCAT
 801  CGCATGGTGG CGTAAACTCG TTTACCCCGT CGCCGCATGG GTCATGGCGC
 851  TCGTTGCCTT CGCCTTTACG CCGCAAACCA CGCGCCACGG CAATATGGGC
 901  TTAAAACTCT TCGGCGGCAT CTGTCTCGGA TTGCTGTTCC ACCTTGCCGG
 951  CAGGCTCTTC GGGTTTACCA GCCAACTCTA CGGCACCCCA CCCTTCCTCG
1001  CCGGCGCACT GCCTACCATA GCCTTCGCCT TGCTCGCTGT TTGGCTGATA
1051  CGCAAACAGG AAAAACGTTG A它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 834＞：
   1  MNLISRYIIR QMAVMAVYAL LAFLALYSFF EILYETGNLG KGSYGIWEML
  51  GYTALKMPAR AYELMPLAVL IGGLASLSQL AAGSELAVIK ASGMSTKKLL
 101  LILSQFGFIF AIAAVALGEW VAPTLSQKAE NIKAAAINGK ISTGNTGLWL
 151  KEKTSIINVR GMLPDHTLLG IKIWARNDKN ELAEAVEADS AVLNSDGSWQ
 201  LKNIRRSIMG TDKIETSAAA EETWPIAVRR NLMDVLLVKP DQMSVGELTT
 251  YIRHLQNNSQ NTQIYAIAWW RKLVYPVAAW VMALVAFAFT PQTTRHGNMG
 301  LKLFGGICLG LLFHLAGRLF GFTSQLYGTP PFLAGALPTI AFALLAVWLI
 351  RKQEKR*ORF112ng和ORF112-1在326个氨基酸的重叠区内显示出有94.2％的相同性：
                10        20        30        40        50        60orf112ng    MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||orf112-1    MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR
                10        20        30        40        50        60
                70        80        90       100       110       120orf112ng    AYELMPLAVLIGGLASLSQLAAGSELAVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIAAVALGEW
        ||||:|||||||||:|||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||||||orf112-1    AYELIPLAVLIGGLVSLSQLAAGSELTVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180orf112ng    VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKTSIINVRGMLPDHTLLGIKIWARNDKN
        |||||||||||||||||||||||||||||||||:| |||| |||||||||||||||||||orf112-1    VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSXINVREMLPDHTLLGIKIWARNDKN
               130       140       150       160       170       180
               190       200       210       220       230       240orf112ng    ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSIMGTDKIETSAAAEETWPIAVRRNLMDVLLVKP
        ||||||||||||||||||||||||||| :| ||:|:| ||||:|||:|:|||||||||||orf112-1    ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSTLGEDKVEVSIAAEENWPISVKRNLMDVLLVKP
               190       200       210       220       230       240
               250       260       270       280       290       300orf112ng    DQMSVGELTTYIRHLQNNSQNTQIYAIAWWRKLVYPVAAWVMALVAFAFTPQTTRHGNMG
        ||||||||||||||||||||||:|||||||||||||:|||||||||||||||||||||||orf112-1    DQMSVGELTTYIRHLQNNSQNTRIYAIAWWRKLVYPAAAWVMALVAFAFTPQTTRHGNMG
               250       260       270       280       290       300
               310       320       330       340       350orf112ng    LKLFGGICLGLLFHLAGRLFGFTSQLYGTPPFLAGALPTIAFALLAVWLIRKQEKRX
        ||||||||||||||||||||||||||orf112-1    LKLFGGICXGLLFHLAGRLFGFTSQL
               310       320
该分析结果提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
应理解，本发明只通过实施例进行了描述，而在本发明的思路和范围内还可作其它改动。
表Ⅰ-PCR引物
   ORF 引物                 序列 限制性位点
 ORF1ORF2ORF2-1ORF4ORF5ORF6ORF7ORF8ORF9ORF10 正向反向正向反向正向反向正向反向正向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向 CGCGGATCCGCTAGC-GGACACACTTATTTCGGCCCGCTCGAG-CCAGCGGTAGCCTAATTGCGGATCCCATATG-TTTGATTTCGGTTTGGGCCCGCTCGAG-GACGGCATAACGGCGGCGGATCCCATATG-TTTGATTTCGGTTTGGGCCCGCTCGAG-TGATTTACGGACGCGCAGCGGATCCCATATG-TGCGGAGGTCAAAAAGACCCCGCTCGAG-TTTGGCTGCGCCTTCGGAATTCCATATGGCCATGG-TGGAAGGCGCACAACCCGGGATCC-ATGGAAGGCGCACAACCCCGCTCGAG-GACTGTGCAAAAACGGCGCGGATCCCATATG-ACCCGTCAATCTCTGCACCCGCTCGAG-TGCGCCGAACACTTTCCGCGGATCCGCTAGC-GCGCTGCTTTTTGTTCCCCCGCTCGAG-TTTCAAAATATATTTGCGGAGCGGATCCCATATG-GCTCAACTGCTTCGTACCCCGCTCGAG-AGCAGGCTTTGGCGCCGCGGATCCCATATG-CCGAAGGAAGTCGGAAACCCGCTCGAG-TTTCCGAGGTTTTCGGGGCGGATCCCATATG-GACACAAAAGAAATCCTCCCCGCTCGAG-TAATGGGAAACCTTGTTTT BamHⅠ-NheⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NheⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠ
 ORF11ORF13ORF15ORF17ORF18ORF19ORF20ORF22ORF23ORF24 正向反向正向反向正向正向反向正向正向反向正向反向正向正向反向正向正向反向正向正向反向正向反向正向正向 GCGGATCCCATATG-GCGGTCAACCTCTACGCCCGCTCGAG-GGAAACGACTTCGCCCGCGGATCCCATATG-GCTCTGCTTTCCGCGCCCCGCTCGAG-AGGGTGTGTGATAATAAGGGAATTCCATATGGCCATGG-GCGGGACACTGACAGCGGGATCC-TGCGGGACACTGACAGGCCCGCTCGAG-AGGTTGGCCTTGTCTATGGGAATTCCATATGGCCATGG-TTGCCGGCCTGTTCGCGGGATCC-ATTGCCGGCCTGTTCGCCCGCTCGAG-AAGCAGGTTGTACAGCGCGGATCCCATATG-ATTTTGCTGCATTTGGATCCCGCTCGAG-TCTTCCAATTTCTGAAAGCGGAATTCCATATGGCCATGG-TCGCCAGTGTTTTTACCCGGGATCC-TTCGCCAGTGTTTTTACCGCCCGCTCGAG-GGTGTTTTTGAAGCTGCCGGAATTCCATATGGCCATGG-TCGGCGCGGGTATGCGGGATCC-TTCGGCGCGGGTATGCCCGCTCGAG-CGGCGAGCGAGAGCAGGAATTCCATATGGCCATGG-TGATTAAAATCAAAAAAGGTCTCGGGATCC-ATGATTAAAATCAAAAAAGGTCTAAACCCCCGCTCGAG-ATTATGATAGCGGCCCCGCGGATCCCATATG-GATGTTTCTGTTTCAGACCCCGCTCGAG-TTTAAACCGATAGGTAAACGGAATTCCATATGGCCATGG-TGATGCCGGAAATGGTGCGGGATCC-ATGATGCCGGAAATGGTG BamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠ
ORF25ORF26ORF27ORF28ORF29ORF32ORF33ORF35ORF37ORF58 反向正向反向正向反向正向正向反向正向正向反向正向正向反向正向反向正向反向正向正向反向正向反向正向反向 CCCGCTCGAG-TGTCAGCGTGGCGCAGCGGATCCCATATG-TATCGCAAACTGATTGCCCCGCTCGAG-ATCGATGGAATAGCCGGCGGATCCCATATG-CAGCTGATCGACTATTCCCCGCTCGAG-GACATCGGCGCGTTTTGGAATTCCATATGGCCATGG-AGACCTATTCTGTTTACGGGATCC-CAGACCTATTCTGTTTATTTTAATCCCCGCTCGAG-GGGTTCGATTAAATAACCATGGAATTCCATATGGCCATGG-ACGGCTGTACGTTGATGTCGGGATCC-AACGGCTGTACGTTGATGCCCGCTCGAG-TTTGTCAGAGGAATTCGCGGCGGATCCCATATG-AACGGTTTGGATGCCCGCGCGGATCCGCTAGC-AACGGTTTGGATGCCCGCCCGCTCGAG-TTTGTCTAAGTTCCTGATATGCGCGGATCCCATATG-AATACTCCTCCTTTTGCCCGCTCGAG-GCGTATTTTTTGATGCTTTGGCGGATCCCATATG-ATTGATAGGGATCGTATGCCCGCTCGAG-TTGATCTTTCAAACGGCCGCGGATCCCATATG-TTCAGAGCTCAGCTTCGCGGATCCGCTAGC-TTCAGAGCTCAGCTTCCCGCTCGAG-AAACAGCCATTTGAGCGACGGATCCCATATG-GATGACGTATCGGATTTTCCGCTCGAG-ATAGCCCGCTTTCAGGGCGGATCCGCTAGC-TCCGAACGCGAGTGGATCCGCTCGAG-AGCATTGTCCAAGGGGAC XhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠBamHⅠ-NheⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠBamHⅠ-NheⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NheⅠXhoⅠ
 ORF65ORF66ORF72ORF73ORF75ORF76ORF79ORF83ORF84ORF85ORF89 正向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向正向 GGAATTCCATATGGCCATGG-TGCTGTATCTGAATCAAGCGGGATCC-TTGCTGTATCTGAATCAAGGCCCGCTCGAG-CCGCATCGGCAGACAGCGGATCCCATATG-TACGCATTTACCGCCGCCCGCTCGAG-TGGATTTTGCAGAGATGGCGCGGATCCCATATG-AATGCAGTAAAAATATCTGACCCGCTCGAG-GCCTGAGACCTTTGCAAGCGGATCCCATATG-AGATTTTTCGGTATCGGCCCGCTCGAG-TTCATCTTTTTCATGTTCGGCGGATCCCATATG-TCTGTCTTTCAAACGGCCCCGCTCGAG-TTTGTTTTTGCAAGACAGGATCAGCTAGCCATATG-AAACAGAAAAAAACCGCCGGGATCC-TTACGGTTTGACACCGTTCGCGGATCCCATATG-GTTTCCGCCGCCGCCCGCTCGAG-GTGCTGATGCGCTTCGGCGGATCCCATATG-AAAACCCTGCTGCTGCCCCGCTCGAG-GCCGCCTTTGCGGCGCGGATCCCATATG-GCAGAGATCTGTTTGCCCGCTCGAG-GTTTGCCGATCCGACCACGCGGATCCCATATG-GCGGTTTGGGGCGGACCCGCTCGAG-TCGGCGCGGCGGGCGGAATTCCATATGGCCATGG-CCATACCTTCTTATCACGGGATCC-GCCATACCTTCTTATCAGAG NdeⅠ-NcoⅠBamHⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠNheⅠ-NdeⅠBamHⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠNdeⅠ-NcoⅠBamHⅠ
ORF97ORF98ORF100ORF101ORF102ORF103ORF104ORF105ORF106ORF109ORF11O 反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向 CCCGCTCGAG-TTTTTTGCGATTAGAAAAAGCGCGGATCCCATATG-CATCCTGCCAGCGAACCCCGCTCGAG-TTCGCCTACGGTTTTTTGGCGGATCCCATATG-ACGGTAACTGCGGCCCGCTCGAG-TTGTTGTTCGGGCAAATCGCGGATCCCATATG-TCGGGCATTTACACCGCCCGCTCGAG-ACGGGTTTCGGCGGAAGCGGATCCCATATG-ATTTATCAAAGAAACCTCCCCGCTCGAG-TTTTCCGCCTTTCAATGTGCGGATCCCATATG-GCAGGGCTGTTTTACCCCCGCTCGAG-AAACGGTTTGAACACGACGCGGATCCCATATG-AACCACGACATCACCCCGCTCGAG-CAGCCACAGGACGGCGCGGATCCCATATG-ACGTGGGGAACGCCCCGCTCGAG-GCGGCGTTTGAACGGCGCGGATCCCATATG-ACCAAATTTCAAACCCCTCCCCGCTCGAG-TAAACGAATGCCGTCCAGGCGGATCCCATATG-AGGATAACCGACGGCGCCCGCTCGAG-TTTGTTCCCGATGATGTTGCGGATCCCATATG-GAAGATTTATATATAATACTCGCCCGCTCGAG-ATCAGCTTCGAACCGAAGAAGAATTC-ATGAGTAAATCCCGTAGATCTCCCAACTGCAG-GGAAAACCACATCCGCACTCTGCC XhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠ3amHⅠ-NdeⅠXhoⅠEcoRⅠPstⅠ
 ORF111ORF113ORF115ORF119ORF120ORF121ORF122ORF125ORF126ORF127ORF128ORF129 正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向 AAAGAATTC-GCACCGCAAAAGGCAAAAACCGCAAAACTGCAG-TCTGCGCGTTTTCGGGCAGGGTGGAAAGAATTC-ATGAACAAAACCCTCTATCGTGTGATTTTCAACCGAAACTGCAG-TTACGAATGCCTGCTTGCTCGACCGTACTGAAAGAATTC-TTGCTTGTGCAAACAGAAAAAGACGGAAAAAAGTCGAC-CTATTTTTTAGGGGCTTTTGCTTGTTTGAAAAGCCTGCCAAAGAATTC-TACAACATGTATCAGGAAAACCAATACCGAAACTGCAG-TTATGAAAACAGGCGCAGGGCGGTTTTGCCAAAGAATTC-GCAAGGCTACCCCAATCCGCCGTGAAACTGCAG-CGGTTTGGCTGCCTGGCCGTTGATAAAGAATTC-GCCTTGGTCTGGCTGGTTTTCGCAAACTGCAG-TCATCCCCCACCCCACCTCGGCCATCCATCAAAAAAGTCGAC-ATGTCTTACCGCCCAAGCAGTTCTCCAAACTGCAG-TCAGGAACACAAACGATGACGAATATCCGTATCAAAGAATTC-GCGCTGTTTTTTGCGGCGGCGTATAAACTGCAG-CGCCGTTTCAAGACGAAAAAGTCGAAGAATTC-GCGGAAACGGTCGAAGAACTGCAG-TTAATCTTGTCTTCCGATATACAAGAATTC-ATGACTGATAATCGGGGGTTTACGAAAAAGTCGAC-CTTAAGTAACTTGCAGTCCTTATCAAGAATTC-ATGCAAGCTGTCCGCTACAGGCCAACTGCAG-CTATTGCAATGCGCCGCCCCCGGAATGTTTGAGCAGGCGAAGAATTC-ATGGATTTTCGTTTTGACATTATTTACGAATACCGAACTGCAG-TTATTTTTTGATGAAATTTTGGGGCGG EcoRⅠPstⅠEcoRⅠPstⅠEcoRⅠSalⅠEcoRⅠPstⅠEcoRⅠPstⅠEcoRⅠPstⅠSalⅠPstⅠEcoRⅠPstⅠEcoRⅠPstⅠEcoRⅠSalⅠEcoRⅠPstⅠEcoRⅠPstⅠ
 ORF130ORF131ORF132ORF133ORF134ORF135ORF136ORF137ORF138ORF139ORF140ORF141 正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向 AAAGAATTC-GCAGTACTTGCCATCTCGGTGCGAAACTGCAGG-CTCCGGATCGTCTGTAAACGCATTGCGGATCCCATATG-GAAATTCGGGCAATAAAATCCCGCTCGAG-CCAGCGGACGCGTTCGCGGATCCCATATG-AAAGAAGCGGGGTTTGCCCGCTCGAG-CCAATCTGCCAGCCGTCGCGGATCCCATATG-GAAGATGCAGGGCGCGCCCGCTCGAG-AAACTTGTAGCTCATCGTGCGGATCCCATATG-TCTGTGCAAGCAGTATTGCCCGCTCGAG-ATCCTGTGCCAATGCGGCGGATCCCATATG-CCGTCTGAAAAAGCTTTCCCGCTCGAG-AAATACCGCTGAGGATGGGCGGATCCGCTAGC-ATGAAGCGGCGTATAGCCCCCGCTCGAG-TTCCGAATATTTGGAACTTTTCGCGGATCCCATATG-GGCACGGCGGGAAATACCCGCTCGAG-ATAACGGTATGCCGCCGCGGATCCCATATG-TTTCGTTTACAATTCAGGCCCCGCTCGAG-CGGCGTTTTATAGCGGGCGGATCCCATATG-GCTTTTTTGGCGGTAATGCCCGCTCGAG-TAACGTTTCCGTGCGTTTGCGGATCCCATATG-TTGCCCACAGGCAGCCCCGCTCGAG-GACGATGGCAAACAGCGCGGATCCCATATG-CCGTCTGAAGCAGTCT EcoRⅠPstⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NheⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠ
ORF142ORF143ORF144ORF147 反向正向反向正向反向正向反向正向反向 CCCGCTCGAG-ATCTGTTGTTTTTAAAATATTGCGGATCCCATATG-GATAATTCTGGTAGTGAAGCCCGCTCGAG-AAACGTATAGCCTACCTGCGGATCCCATATG-GATACCGCTTTGAACCTCCCGCTCGAG-AATGGCTTCCGCAATATGGCGGATCCCATATG-ACCTTTTTACAACGTTTGCCCCGCTCGAG-AGATTGTTGTTGTTTTTTCGGCGGATCCCATATG-TCTGTCTTTCAAACGGCCCCGCTCGAG-TTTGTTTTTGCAAGACAG XhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠBamHⅠ-NdeⅠXhoⅠ
NB：
-限制性位点用下划线表示
-对于ORF110-130，当ORF本身携带EcoRⅠ位点(例如ORF122)时，在正向引物中采用SalⅠ位点。同样，当ORF携带了PstⅠ位点(例如ORF115和127)，在反向引物中采用SalⅠ位点。
表Ⅱ-克隆、表达和纯化的归纳
ORF  PCR/克隆 His-融合物表达 GST-融合物表达     纯化
orf1     +       +        + His-融合物
orf2     +       +        + GST-融合物
orf2.1     +     未测定        + GST-融合物
orf4     +       +        + His-融合物
orf5     +     未测定        + GST-融合物
orf6     +       +        + GST-融合物
orf7     +       +        + GST-融合物
orf8     +     未测定     未测定
orf9     +       +        + GST-融合物
orf10     +     未测定     未测定
orf11     +     未测定     未测定
orf13     +     未测定        + GST-融合物
orf15     +       +        + GST-融合物
orf17     +     未测定     未测定
orf18     +     未测定     未测定
orf19     +     未测定     未测定
orf20     +     未测定     未测定
orf22     +       +        + GST-融合物
orf23     +       +        + His-融合物
orf24     +     未测定     未测定
orf25     +       +        + His-融合物
orf26     +     未测定     未测定
orf27     +       +        + GST-融合物
orf28     +       +        + GST-融合物
orf29     +     未测定     未测定
orf32     +       +        + His-融合物
orf33     +     未测定     未测定
orf35     +     未测定     未测定
orf37     +       +       + GST-融合物
orf58     +     未测定     未测定
orf65     +     未测定     未测定
orf66     +     未测定     未测定
orf72     +       +     未测定 His-融合物
orf73     +     未测定       +     未测定
orf75     +     未测定     未测定
orf76     +       +     未测定 His-融合物
orf79     +       +     未测定 His-融合物
orf83     +     未测定       +     未测定
orf84     +     未测定     未测定
orf85     +     未测定       + GST-融合物
orf89     +     未测定       + GST-融合物
orf97     +       +       + GST-融合物
orf98     +     未测定     未测定
orf100     +     未测定     未测定
orf101     +     未测定     未测定
orf102     +     未测定     未测定
orf103     +     未测定     未测定
orf104     +     未测定     未测定
orf105     +     未测定     未测定
orf106     +       +       + His-融合物
orf109     +     未测定     未测定
orf110     +     未测定     未测定
orf111     +       +     未测定 His-融合物
orf113     +       +     未测定 His-融合物
orf115 未测定     未测定     未测定
orf119     +       +     未测定 His-融合物
orf120     +       +     未测定 His-融合物
orf121     +     未测定     未测定
orf122     +       +     未测定 His-融合物
orf125     +       +     未测定 His-融合物
orf126     +       +     未测定 His-融合物
orf127     +       +     未测定 His-融合物
orf128     +     未测定     未测定
orf129     +       +     未测定 His-融合物
orf130     +     未测定     未测定
orf131     +       +       +     未测定
orf132     +       +       + His-融合物
orf133     +     未测定       + GST-融合物
orf134     +     未测定     未测定
orf135     +     未测定     未测定
orf136     +     未测定     未测定
orf137     +     未测定       + GST-融合物
orf138     +     未测定       + GST-融合物
orf139     +     未测定     未测定
orf140     +     未测定     未测定
orf141     +     未测定     未测定
orf142     +     未测定     未测定
orf143     +     未测定     未测定
orf144     +     未测定       +     未测定
orf147     +     未测定     未测定

Claims (17)

1．一种蛋白，它包含选自SEQ ID 2、4、6和8的氨基酸序列。
2．一种核酸分子，它编码权利要求1所述的蛋白。
3．根据权利要求2所述的核酸分子，它包含选自SEQ ID 1、3、5和7的核苷酸序列。
4．一种蛋白，它包含选自SEQ ID 2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28,30,32,34,36,38,40,42,44,46,48,50,52,54,56,58,60,62,64,66,68,70,72,74,76,78,80,82,84,86,88,90,92,94,96,98,100,102,104,106,108,110,112,114,116,118,120,122,124,126,128,130,132,134,136,138,140,142,144,146,148,150,152,154,156,158,160,162,164,166,168,170,172,174,176,178,180,182,184,186,188,190,192,194,196,198,200,202,204,206,208,210,212,214,216,218,220,222,224,226,228,230,232,234,236,238,240,242,244,246,248,250,252,254,256,258,260,262,264,266,268,270,272,274,276,278,280,282,284,286,288,290,292,294,296,298,300,302,304,306,308,310,312,314,316,318,320,322,324,326,328,330,332,334,336,338,340,342,344,346,348,350,352,354,356,358,360,362,364,366,368,370,372,374,376,378,380,382,384,386,388,390,392,394,396,398,400,402,404,406,408,410,412,414,416,418,420,422,424,426,428,430,432,434,436,438,440,442,444,446,448,450,452,454,456,458,460,462,464,466,468,470,472,474,476,478,480,482,484,486,488,490,492,494,496,498,500,502,504,506,508,510,512,514,516,518,520,522,524,526,528,530,532,534,536,538,540,542,544,546,548,550,552,554,556,558,560,562,564,566,568,570,572,574,576,578,580,582,584,586,588,590,592,594,596,598,600,602,604,606,608,610,612,614,616,618,620,622,624,626,628,630,632,634,636,638,640,642,644,646,648,650,652,654,656,658,660,662,664,666,668,670,672,674,676,678,680,682,684,686,688,690,692,694,696,698,700,702,704,706,708,710,712,714,716,718,720,722,724,726,728,730,732,734,736,738,740,742,744,746,748,750,752,754,756,758,760,762,764,766,768,770,772,774,776,778,780,782,784,786,788,790,792,794,796,798,800,802,804,806,808,810,812,814,816,818,820,822,824,826,828,830,832,834,836,838,840,842,844,846,848,850,852,854,856,858,860,862,864,866,868,870,872,874,876,878,880,882,884,886,888,890，和892的氨基酸序列。
5．一种蛋白质，它与权利要求4所述的蛋白质的序列相同性为50％或更高。
6．一种蛋白质，它包含选自SEQ ID 2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28,30,32,34,36,38,40,42,44,46,48,50,52,54,56,58,60,62,64,66,68,70,72,74,76,78,80,82,84,86,88,90,92,94,96,98,100,102,104,106,108,110,112,114,116,118,120,122,124,126,128,130,132,134,136,138,140,142,144,146,148,150,152,154,156,158,160,162,164,166,168,170,172,174,176,178,180,182,184,186,188,190,192,194,196,198,200,202,204,206,208,210,212,214,216,218,220,222,224,226,228,230,232,234,236,238,240,242,244,246,248,250,252,254,256,258,260,262,264,266,268,270,272,274,276,278,280,282,284,286,288,290,292,294,296,298,300,302,304,306,308,310,312,314,316,318,320,322,324,326,328,330,332,334,336,338,340,342,344,346,348,350,352,354,356,358,360,362,364,366,368,370,372,374,376,378,380,382,384,386,388,390,392,394,396,398,400,402,404,406,408,410,412,414,416,418,420,422,424,426,428,430,432,434,436,438,440,442,444,446,448,450,452,454,456,458,460,462,464,466,468,470,472,474,476,478,480,482,484,486,488,490,492,494,496,498,500,502,504,506,508,510,512,514,516,518,520,522,524,526,528,530,532,534,536,538,540,542,544,546,548,550,552,554,556,558,560,562,564,566,568,570,572,574,576,578,580,582,584,586,588,590,592,594,596,598,600,602,604,606,608,610,612,614,616,618,620,622,624,626,628,630,632,634,636,638,640,642,644,646,648,650,652,654,656,658,660,662,664,666,668,670,672,674,676,678,680,682,684,686,688,690,692,694,696,698,700,702,704,706,708,710,712,714,716,718,720,722,724,726,728,730,732,734,736,738,740,742,744,746,748,750,752,754,756,758,760,762,764,766,768,770,772,774,776,778,780,782,784,786,788,790,792,794,796,798,800,802,804,806,808,810,812,814,816,818,820,822,824,826,828,830,832,834,836,838,840,842,844,846,848,850,852,854,856,858,860,862,864,866,868,870,872,874,876,878,880,882,884,886,888,890和892的氨基酸序列的片段。
7．一种抗体，它结合权利要求4至6任一所述的蛋白质。
8．一种核酸分子，它编码权利要求4至6任一所述的蛋白质。
9．根据权利要求8所述的核酸分子，它包括选自SEQ ID 1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51,53,55,57,59,61,63,65,67,69,71,73,75,77,79,81,83,85,87,89,91,93,95,97,99,101,103,105,107,109,111,113,115,117,119,121,123,125,127,129,131,133,135,137,139,141,143,145,147,149,151,153,155,157,159,161,163,165,167,169,171,173,175,177,179,181,183,185,187,189,191,193,195,197,199,201,203,205,207,209,211,213,215,217,219,221,223,225,227,229,231,233,235,237,239,241,243,245,247,249,251,253,255,257,259,261,263,265,267,269,271,273,275,277,279,281,283,285,287,289,291,293,295,297,299,301,303,305,307,309,311,313,315,317,319,321,323,325,327,329,331,333,335,337,339,341,343,345,347,349,351,353,355,357,359,361,363,365,367,369,371,373,375,377,379,381,383,385,387,389,391,393,395,397,399,401,403,405,407,409,411,413,415,417,419,421,423,425,427,429,431,433,435,437,439,441,443,445,447,449,451,453,455,457,459,461,463,465,467,469,471,473,475,477,479,481,483,485,487,489,491,493,495,497,499,501,503,505,507,509,511,513,515,517,519,521,523,525,527,529,531,533,535,537,539,541,543,545,547,549,551,553,555,557,559,561,563,565,567,569,571,573,575,577,579,581,583,585,587,589,591,593,595,597,599,601,603,605,607,609,611,613,615,617,619,621,623,625,627,629,631,633,635,637,639,641,643,645,647,649,651,653,655,657,659,661,663,665,667,669,671,673,675,677,679,681,683,685,687,689,691,693,695,697,699,701,703,705,707,709,711,713,715,717,719,721,723,725,727,729,731,733,735,737,739,741,743,745,747,749,751,753,755,757,759,761,763,765,767,769,771,773,775,777,779,781,783,785,787,789,791,793,795,797,799,801,803,805,807,809,811,813,815,817,819,821,823,825,827,829,831,833,835,837,839,841,843,845,847,849,851,853,855,857,859,861,863,865,867,869,871,873,875,877,879,881,883,885,887,889和891的核苷酸序列。
10．一种核酸分子，它包含选自SEQ ID 1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51,53,55,57,59,61,63,65,67,69,71,73,75,77,79,81,83,85,87,89,91,93,95,97,99,101,103,105,107,109,111,113,115,117,119,121,123,125,127,129,131,133,135,137,139,141,143,145,147,149,151,153,155,157,159,161,163,165,167,169,171,173,175,177,179,181,183,185,187,189,191,193,195,197,199,201,203,205,207,209,211,213,215,217,219,221,223,225,227,229,231,233,235,237,239,241,243,245,247,249,251,253,255,257,259,261,263,265,267,269,271,273,275,277,279,281,283,285,287,289,291,293,295,297,299,301,303,305,307,309,311,313,315,317,319,321,323,325,327,329,331,333,335,337,339,341,343,345,347,349,351,353,355,357,359,361,363,365,367,369,371,373,375,377,379,381,383,385,387,389,391,393,395,397,399,401,403,405,407,409,411,413,415,417,419,421,423,425,427,429,431,433,435,437,439,441,443,445,447,449,451,453,455,457,459,461,463,465,467,469,471,473,475,477,479,481,483,485,487,489,491,493,495,497,499,501,503,505,507,509,511,513,515,517,519,521,523,525,527,529,531,533,535,537,539,541,543,545,547,549,551,553,555,557,559,561,563,565,567,569,571,573,575,577,579,581,583,585,587,589,591,593,595,597,599,601,603,605,607,609,611,613,615,617,619,621,623,625,627,629,631,633,635,637,639,641,643,645,647,649,651,653,655,657,659,661,663,665,667,669,671,673,675,677,679,681,683,685,687,689,691,693,695,697,699,701,703,705,707,709,711,713,715,717,719,721,723,725,727,729,731,733,735,737,739,741,743,745,747,749,751,753,755,757,759,761,763,765,767,769,771,773,775,777,779,781,783,785,787,789,791,793,795,797,799,801,803,805,807,809,811,813,815,817,819,821,823,825,827,829,831,833,835,837,839,841,843,845,847,849,851,853,855,857,859,861,863,865,867,869,871,873,875,877,879,881,883,885,887,889和891的核苷酸序列的片段。
11．一种核酸分子，它包含与权利要求8至10任一所述的核酸分子互补的核苷酸序列。
12．一种核酸分子，它包含的核苷酸序列与权利要求8至11任一所述的核酸分子的序列相同性为50％或更高。
13．一种核酸分子，它能在高度严谨的条件下与权利要求8至12任一所述的核酸分子杂交。
14．一种组合物，它包含前述任一权利要求所述的蛋白质、核酸分子或抗体。
15．根据权利要求14所述的组合物，它是疫苗组合物或诊断组合物。
16．权利要求14或15所述的组合物作为药剂的应用。
17．权利要求14所述的组合物在生产用于治疗或预防由于奈瑟球菌引起的感染的药剂中的应用。
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