JP2010046089A

JP2010046089A - ナイセリア抗原

Info

Publication number: JP2010046089A
Application number: JP2009245980A
Authority: JP
Inventors: Vega Masignani; マシグナーニベガ; Rino Rappuoli; ラプオリリノ; Mariagrazia Pizza; ピザマリアグラツィア; Vincenzo Scarlato; スカーラトビンセンツォ; Guido Grandi; グランディグイド
Original assignee: Chiron SRL
Current assignee: GSK Vaccines SRL
Priority date: 1997-11-06
Filing date: 2009-10-26
Publication date: 2010-03-04
Also published as: AU9363798A; EP1029052A2; JP2003522514A; EP2278006A2; WO1999024578A3; WO1999024578A2; EP1029052B1; DE69841807D1; JP2006089488A; CY1110880T1; EP1900818A3; ATE476508T1; JP4472866B2; BR9813930A; CA2308606A1; CA2671261A1; EP2278006A3; HK1033337A1; EP1900818A2; HK1027126A1

Abstract

【課題】ナイセリアアミノ酸配列を含むタンパク質を提供すること。
【解決手段】ナイセリアアミノ酸配列を含むタンパク質。特定の配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、タンパク質。特定の配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子。該ナイセリアアミノ酸配列と相同な（すなわち、配列同一性を有する）配列を含むタンパク質。および、ナイセリア細菌に起因する感染の処置または防止のための医薬品の製造における、該ナイセリアアミノ酸配列を含む組成物の使用。
【選択図】なし

Description

本発明はＮｅｉｓｓｅｒｉａ細菌由来の抗原に関する。

ＮｅｉｓｓｅｒｉａｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮｅｉｓｓｅｒｉａ
ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅは、ヒトにおいて病原性である非運動性のグラム陰性双
球菌である。Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、咽頭にコロニー形成をし、髄膜
炎（および、時折、髄膜炎のない敗血症）を引き起こす；Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏ
ｅａｅは、生殖管にコロニー形成しそして淋病を引き起こす。身体の異なる領域
にコロニーを形成しそして全く異なる疾患を引き起こすが、この２つの病原は密
接に関係しており、髄膜炎菌が淋病菌と明らかに異なる１つの特徴は、全ての病
原性髄膜炎菌に存在する多糖類性被膜の存在である。

Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅは、米国のみで１９８３年〜１９９０年の期間中に１年間あたりおおよそ８００，０００件も引き起こした（非特許文献１）。この疾患は、かなりの罹患率を生じるが死亡率は制限される。Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅに対するワクチン接種が、高く所望されたが、繰り返した試みは失敗している。このワクチンに対する主な候補抗原は、ピリ、ポーリンのような表面露出タンパク質、混濁付随タンパク質（Ｏｐａｓ）および他の表面露出タンパク質（Ｌｉｐ，Ｌａｚ，ＩｇＡ１プロテアーゼおよびトランスフェリン結合タンパク質）である。リポオリゴ糖（ＬＯＳ）もまた、ワクチンとして示唆されている（非特許文献１，前出）。

Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、風土病および伝染病を引き起こす。米国において、発病率は１年間に１００，０００人中０．６〜１人の割合であり、そして大発生によりずっと大きくなり得る（非特許文献２；非特許文献３）。発展途上国では、風土病の割合は、よりずっと大きくそして伝染病発生率は１年間あたり１００，０００人あたり５００件に達し得る。死亡率は極めて高く、米国では１０〜２０％、そして発展途上国においてはよりずっと高い。Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓｉｎｆｌｕｅｎｚａｅに対する共役ワクチンの導入の結果、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔ
ｉｄｉｓは、米国において全ての年齢における細菌性髄膜炎の主な原因である（非特許文献３，前出）。

ＭｅｉｔｚｎｅｒおよびＣｏｈｅｎ，「ＶａｃｃｉｎｅｓＡｇａｉｎｓｔＧｏｎｏｃｏｃｃａｌＩｎｆｅｃｔｉｏｎ」，ＮｅｗＧｅｎｅｒａｔｉｏｎＶａｃｃｉｎｅｓ，１９９７，第２版，Ｌｅｖｉｎｅ，Ｗｏｏｄｒｏｗ，ＫａｐｅｒおよびＣｏｂｏｎ編，ＭａｒｃｅｌＤｅｋｋｅｒ，ＮｅｗＹｏｒｋ，８１７−８４２頁Ｌｉｅｂｅｒｍａｎら，ＳａｆｅｌｙａｎｄＩｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙｏｆａＳｅｒｏｇｒｏｕｐｓＡ／ＣＮｅｉｓｓｅｒｉａｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓＯｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ−ＰｒｏｔｅｉｎＣｏｎｊｕｇａｔｅＶａｃｃｉｎｅｉｎＹｏｕｎｇＣｈｉｌｄｒｅｎ．ＪＡＭＡ（１９９６）２７５（１９）：１４９９−１５０３Ｓｃｈｕｃｈａｔら，ＢａｃｔｅｒｉａｌＭｅｎｉｎｇｉｔｉｓｉｎｔｈｅＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓｉｎ１９９５，ＮＥｎｇｌＪＭｅｄ（１９９７）３７７（１４）：９７０−９７６

生物の被膜多糖類に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの１２血清群が
同定されている。Ａ群はサハラアフリカ周縁での伝染病において最も頻繁に関与
している病原体である。血清型Ｂ群および血清型Ｃ群は、米国および大部分の先
進国における症例の大部分の原因である。血清型Ｗ１３５およびＹは、米国およ
び先進国における症例の残りの原因である。現在使用される髄膜炎ワクチンは、
血清型Ａ、Ｃ、Ｙ、およびＷ１３５で構成される４価の多糖類ワクチンである。
これは、青年および成人には効果があるが、弱い免疫応答および短い保護持続期
間を誘導し、そして胎児には使用され得ない（例えば、Ｍｏｒｂｉｄｉｔｙａ
ｎｄＭｏｒｔａｌｉｔｙｗｅｅｋｌｙｒｅｐｏｒｔ，Ｖｏｌ．４６，Ｎｏ
．ＰＲ−５（１９９７））。これは、多糖類が、繰り返し免疫処置により増強さ
れ得ない弱い免疫応答を誘導するＴ細胞独立性抗原であるからである。Ｈ．ｉｎ
ｆｌｕｅｎｚａに対するワクチン接種の成功に続き、血清型Ａおよび血清型Ｃに
対する共役ワクチンが開発されており、そして臨床試験の最終段階である（Ｚｏ
ｌｌｉｎｇｅｒＷＤ「ＮｅｗａｎｄＩｍｐｒｏｖｅｄＶａｃｃｉｎｅｓ
ＡｇａｉｎｓｔＭｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌＤｉｓｅａｓｅ」ＮｅｗＧ
ｅｎｅｒａｔｉｏｎＶａｃｃｉｎｅｓ，上記，４６９−４８８頁；Ｌｉｅｂｅ
ｒｍａｎら（１９９６）上記；Ｃｏｓｔａｎｔｉｎｏら（１９９２）Ｄｅｖｅｌ
ｏｐｍｅｎｔａｎｄｐｈｅａｓｅＩｃｌｉｎｉｃａｌｔｅｓｔｉｎｇ
ｏｆａｃｏｎｊｕｇａｔｅｖａｃｃｉｎｅａｇａｉｎｓｔｍｅｎｉ
ｎｇｏｃｏｃｕｓＡおよびＣ．Ｖａｃｃｉｎｅ１０：６９１−６９８）。

しかし、髄膜炎菌Ｂは問題を残している。この血清型は現在、米国、欧州、お
よび南アメリカにおける全髄膜炎のおおよそ５０％の原因である。この多糖類ア
プローチは使用され得ない。なぜならばｍｅｎＢ被膜多糖類は、哺乳動物組織に
もまた存在するα（２−８）−連結Ｎ−アセチルノイラミン酸のポリマーである
からである。これは抗原に対する寛容性を生ずる；実際、免疫応答が惹起された
場合、それは抗−自己であり、それ故、所望されない。自己免疫の誘導を回避し
そして保護的免疫応答を誘導するために、この被膜性多糖類は、例えば、Ｎ−ア
セチル基をＮ−プロピオニル基と置換するように化学的に改変されるが、特異的
抗原性は不変のままである（ＲｏｍｅｒｏおよびＯｕｔｓｃｈｏｏｒｎ（１９９
４）ＣｕｒｒｅｎｔＳｔａｔｕｓｏｆＭｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌｇｒ
ｏｕｐＢｖａｃｃｉｎｅｃａｎｄｉｄａｔｅｓ：ｃａｐｓｕｌａｒｏｒ
ｎｏｎ−ｃａｐｓｕｌａｒ？ＣｌｉｎＭｉｃｒｏｂｉｏｌＲｅｖ７（
４）：５５９−５７５）。

ｍｅｎＢワクチンに対する代替のアプローチは、外膜タンパク質（ＯＭＰ）の
複合体混合物（ＯＭＰのみを含むかまたはポーリンに富むＯＭＰのいずれかを含
む）を使用するか、または細菌活性をブロックする抗体を誘導すると考えられる
クラス４ＯＭＰを欠失した。このアプローチは、十分に特徴付けられていないワ
クチンを産生する。それらワクチンは、相同な菌株に対して保護し得えるが、外
膜タンパク質の多くの抗原性改変体が多く存在する場合、全体として効果がない
。抗原変異性を克服するために、９つまでの異なるポリンを含む多価ワクチンが
構築されている（例えば、ＰｏｏｌｍａｎＪＴ（１９９２）Ｄｅｖｅｌｏｐｍ
ｅｎｔｏｆａｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌｖａｃｃｉｎｅ．Ｉｎｆｅｃ
ｔ．ＡｇｅｎｔｓＤｉｓ．４：１３−２８）。外膜ワクチンで使用されるさら
なるタンパク質は、ｏｐａおよびｏｐｃタンパク質であるが、これらのアプロー
チは抗原変異性を克服し得ない（例えば、Ａｌａ’ＡｌｄｅｅｎおよびＢｏｒｒ
ｉｅｌｌｏ（１９９６）Ｔｈｅｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌｔｒａｎｆｅｒ
ｒｉｎ−ｂｉｎｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎｓ１ａｎｄ２ａｒｅｂｏｔ
ｈｓｕｒｆａｃｅｅｘｐｏｓｅｄａｎｄｇｅｎｅｒａｔｅｂａｃｔｅ
ｒｉｃｉｄａｌａｎｔｉｂｏｄｉｅｓｃａｐａｂｌｅｏｆｋｉｌｌｉｎ
ｇｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓａｎｄｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓｓｔｒａｉｎ
ｓ．Ｖａｃｃｉｎｅ１４（１）：４９−５３）。

特定の量の配列データは、髄膜炎菌および淋病菌の遺伝子およびタンパク質（
例えば、ＥＰ−Ａ−０４６７７１４，ＷＯ９６／２９４１２）について利用可能
であるが、これは決して完全ではない。さらなる配列の供給は、免疫系に対する
標的と推測され、そして抗原的に変異し得ることのない分泌タンパク質または表
面露出タンパク質を同定するための機会を提供し得た。例えば、同定されたタン
パク質のいくつかは、髄膜炎菌Ｂに対して効果のあるワクチンの成分であり、い
くつかは全ての髄膜炎菌血清型に対するワクチンの成分であり、そして他は全て
の病原性Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｅに対するワクチンの成分であり得た。

（本発明）
本発明は、本実施例で開示されたナイセリアアミノ酸配列を含むタンパク質を
提供する。これらの配列はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓまたはＮ．ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅに関連する。上記目的を達成するために、本発明は、例えば、以下
の手段を提供する。
（項目１）配列番号２、４、６および８からなる群から選択されるアミノ酸配
列を含む、タンパク質。
（項目２）項目１に記載のタンパク質をコードする、核酸分子。
（項目３）配列番号１、３、５および７からなる群から選択されるヌクレオチ
ド配列を含む、項目２に記載の核酸分子。
（項目４）以下の配列番号からなる群から選択されるアミノ酸配列を含
む、タンパク質：配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２
０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４
４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６
８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９
２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１
１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１
３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１
４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１
６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１
８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２
０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２
２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２
３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２
５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２
７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２
９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３
１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３
２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３
４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３
６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３７８、３８０、３
８２、３８４、３８６、３８８、３９０、３９２、３９４、３９６、３９８、４
００、４０２、４０４、４０６、４０８、４１０、４１２、４１４、４１６、４
１８、４２０、４２２、４２４、４２６、４２８、４３０、４３２、４３４、４
３６、４３８、４４０、４４２、４４４、４４６、４４８、４５０、４５２、４
５４、４５６、４５８、４６０、４６２、４６４、４６６、４６８、４７０、４
７２、４７４、４７６、４７８、４８０、４８２、４８４、４８６、４８８、４
９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０４、５０６、５
０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２２、５２４、５
２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、５４０、５４２、５
４４、５４６、５４８、５５０、５５２、５５４、５５６、５５８、５６０、５
６２、５６４、５６６、５６８、５７０、５７２、５７４、５７６、５７８、５
８０、５８２、５８４、５８６、５８８、５９０、５９２、５９４、５９６、５
９８、６００、６０２、６０４、６０６、６０８、６１０、６１２、６１４、６
１６、６１８、６２０、６２２、６２４、６２６、６２８、６３０、６３２、６
３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６
５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６
７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８４、６８６、６
８８、６９０、６９２、６９４、６９６、６９８、７００、７０２、７０４、７
０６、７０８、７１０、７１２、７１４、７１６、７１８、７２０、７２２、７
２４、７２６、７２８、７３０、７３２、７３４、７３６、７３８、７４０、７
４２、７４４、７４６、７４８、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７
６０、７６２、７６４、７６６、７６８、７７０、７７２、７７４、７７６、７
７８、７８０、７８２、７８４、７８６、７８８、７９０、７９２、７９４、７
９６、７９８、８００、８０２、８０４、８０６、８０８、８１０、８１２、８
１４、８１６、８１８、８２０、８２２、８２４、８２６、８２８、８３０、８
３２、８３４、８３６、８３８、８４０、８４２、８４４、８４６、８４８、８
５０、８５２、８５４、８５６、８５８、８６０、８６２、８６４、８６６、８
６８、８７０、８７２、８７４、８７６、８７８、８８０、８８２、８８４、８
８６、８８８、８９０、および８９２。
（項目５）項目４に記載のタンパク質と５０％またはそれより多くの
配列同一性を有する、タンパク質。
（項目６）以下の配列番号からなる群から選択されるアミノ酸配列のフ
ラグメントを含む、タンパク質：配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、
１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、
４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、
６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、
８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０
８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２
６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４
４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６
２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８
０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９
８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１
６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３
４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５
２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７
０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８
８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０
６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２
４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４
２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６
０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３７
８、３８０、３８２、３８４、３８６、３８８、３９０、３９２、３９４、３９
６、３９８、４００、４０２、４０４、４０６、４０８、４１０、４１２、４１
４、４１６、４１８、４２０、４２２、４２４、４２６、４２８、４３０、４３
２、４３４、４３６、４３８、４４０、４４２、４４４、４４６、４４８、４５
０、４５２、４５４、４５６、４５８、４６０、４６２、４６４、４６６、４６
８、４７０、４７２、４７４、４７６、４７８、４８０、４８２、４８４、４８
６、４８８、４９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０
４、５０６、５０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２
２、５２４、５２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、５４
０、５４２、５４４、５４６、５４８、５５０、５５２、５５４、５５６、５５
８、５６０、５６２、５６４、５６６、５６８、５７０、５７２、５７４、５７
６、５７８、５８０、５８２、５８４、５８６、５８８、５９０、５９２、５９
４、５９６、５９８、６００、６０２、６０４、６０６、６０８、６１０、６１
２、６１４、６１６、６１８、６２０、６２２、６２４、６２６、６２８、６３
０、６３２、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４
８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６
６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８
４、６８６、６８８、６９０、６９２、６９４、６９６、６９８、７００、７０
２、７０４、７０６、７０８、７１０、７１２、７１４、７１６、７１８、７２
０、７２２、７２４、７２６、７２８、７３０、７３２、７３４、７３６、７３
８、７４０、７４２、７４４、７４６、７４８、７５０、７５２、７５４、７５
６、７５８、７６０、７６２、７６４、７６６、７６８、７７０、７７２、７７
４、７７６、７７８、７８０、７８２、７８４、７８６、７８８、７９０、７９
２、７９４、７９６、７９８、８００、８０２、８０４、８０６、８０８、８１
０、８１２、８１４、８１６、８１８、８２０、８２２、８２４、８２６、８２
８、８３０、８３２、８３４、８３６、８３８、８４０、８４２、８４４、８４
６、８４８、８５０、８５２、８５４、８５６、８５８、８６０、８６２、８６
４、８６６、８６８、８７０、８７２、８７４、８７６、８７８、８８０、８８
２、８８４、８８６、８８８、８９０、および８９２。
（項目７）項目４〜６のいずれか１つの項目に記載のタンパク質と
結合する抗体。
（項目８）項目４〜６のいずれか１つの項目に記載のタンパク質を
コードする、核酸分子。
（項目９）以下の配列番号からなる群から選択されるヌクレオチド配列
を含む、項目８に記載の核酸分子：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、
１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、
４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、
６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、
８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０
９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２
７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４
５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６
３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８
１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９
９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１
７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３
５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５
３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７
１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８
９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０
７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２
５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４
３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６
１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７７、３７
９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８９、３９１、３９３、３９５、３９
７、３９９、４０１、４０３、４０５、４０７、４０９、４１１、４１３、４１
５、４１７、４１９、４２１、４２３、４２５、４２７、４２９、４３１、４３
３、４３５、４３７、４３９、４４１、４４３、４４５、４４７、４４９、４５
１、４５３、４５５、４５７、４５９、４６１、４６３、４６５、４６７、４６
９、４７１、４７３、４７５、４７７、４７９、４８１、４８３、４８５、４８
７、４８９、４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０
５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２
３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、５４
１、５４３、５４５、５４７、５４９、５５１、５５３、５５５、５５７、５５
９、５６１、５６３、５６５、５６７、５６９、５７１、５７３、５７５、５７
７、５７９、５８１、５８３、５８５、５８７、５８９、５９１、５９３、５９
５、５９７、５９９、６０１、６０３、６０５、６０７、６０９、６１１、６１
３、６１５、６１７、６１９、６２１、６２３、６２５、６２７、６２９、６３
１、６３３、６３５、６３７、６３９、６４１、６４３、６４５、６４７、６４
９、６５１、６５３、６５５、６５７、６５９、６６１、６６３、６６５、６６
７、６６９、６７１、６７３、６７５、６７７、６７９、６８１、６８３、６８
５、６８７、６８９、６９１、６９３、６９５、６９７、６９９、７０１、７０
３、７０５、７０７、７０９、７１１、７１３、７１５、７１７、７１９、７２
１、７２３、７２５、７２７、７２９、７３１、７３３、７３５、７３７、７３
９、７４１、７４３、７４５、７４７、７４９、７５１、７５３、７５５、７５
７、７５９、７６１、７６３、７６５、７６７、７６９、７７１、７７３、７７
５、７７７、７７９、７８１、７８３、７８５、７８７、７８９、７９１、７９
３、７９５、７９７、７９９、８０１、８０３、８０５、８０７、８０９、８１
１、８１３、８１５、８１７、８１９、８２１、８２３、８２５、８２７、８２
９、８３１、８３３、８３５、８３７、８３９、８４１、８４３、８４５、８４
７、８４９、８５１、８５３、８５５、８５７、８５９、８６１、８６３、８６
５、８６７、８６９、８７１、８７３、８７５、８７７、８７９、８８１、８８
３、８８５、８８７、８８９、および８９１。
（項目１０）以下の配列番号からなる群から選択されるヌクレオチド配
列のフラグメントを含む、核酸分子：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、
１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、
４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、
６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、
８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０
９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２
７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４
５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６
３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８
１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９
９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１
７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３
５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５
３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７
１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８
９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０
７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２
５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４
３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６
１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７７、３７
９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８９、３９１、３９３、３９５、３９
７、３９９、４０１、４０３、４０５、４０７、４０９、４１１、４１３、４１
５、４１７、４１９、４２１、４２３、４２５、４２７、４２９、４３１、４３
３、４３５、４３７、４３９、４４１、４４３、４４５、４４７、４４９、４５
１、４５３、４５５、４５７、４５９、４６１、４６３、４６５、４６７、４６
９、４７１、４７３、４７５、４７７、４７９、４８１、４８３、４８５、４８
７、４８９、４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０
５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２
３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、５４
１、５４３、５４５、５４７、５４９、５５１、５５３、５５５、５５７、５５
９、５６１、５６３、５６５、５６７、５６９、５７１、５７３、５７５、５７
７、５７９、５８１、５８３、５８５、５８７、５８９、５９１、５９３、５９
５、５９７、５９９、６０１、６０３、６０５、６０７、６０９、６１１、６１
３、６１５、６１７、６１９、６２１、６２３、６２５、６２７、６２９、６３
１、６３３、６３５、６３７、６３９、６４１、６４３、６４５、６４７、６４
９、６５１、６５３、６５５、６５７、６５９、６６１、６６３、６６５、６６
７、６６９、６７１、６７３、６７５、６７７、６７９、６８１、６８３、６８
５、６８７、６８９、６９１、６９３、６９５、６９７、６９９、７０１、７０
３、７０５、７０７、７０９、７１１、７１３、７１５、７１７、７１９、７２
１、７２３、７２５、７２７、７２９、７３１、７３３、７３５、７３７、７３
９、７４１、７４３、７４５、７４７、７４９、７５１、７５３、７５５、７５
７、７５９、７６１、７６３、７６５、７６７、７６９、７７１、７７３、７７
５、７７７、７７９、７８１、７８３、７８５、７８７、７８９、７９１、７９
３、７９５、７９７、７９９、８０１、８０３、８０５、８０７、８０９、８１
１、８１３、８１５、８１７、８１９、８２１、８２３、８２５、８２７、８２
９、８３１、８３３、８３５、８３７、８３９、８４１、８４３、８４５、８４
７、８４９、８５１、８５３、８５５、８５７、８５９、８６１、８６３、８６
５、８６７、８６９、８７１、８７３、８７５、８７７、８７９、８８１、８８
３、８８５、８８７、８８９、および８９１。
（項目１１）項目８〜１０のいずれか１つの項目に記載の核酸分子
と相補的なヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
（項目１２）項目８〜１１のいずれか１つの項目に記載の核酸分子
と５０％またはそれより多くの配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、核
酸分子。
（項目１３）高ストリンジェンシー条件下で項目８〜１２のいずれか
１つの項目に記載の核酸分子とハイブリダイズし得る、核酸分子。
（項目１４）上記項目のいずれか１つの項目に記載のタンパク質、
核酸分子、または抗体を含む、組成物。
（項目１５）ワクチン組成物または診断用組成物である、項目１４に
記載の組成物。
（項目１６）製剤として使用するための、項目１４または項目１５
に記載の組成物。
（項目１７）ナイセリア細菌に起因する感染の処置または防止のための
医薬品の製造における、項目１４に記載の組成物の使用。

これはまた、本実施例で開示されるナイセリアアミノ酸配列と相同な（すなわ
ち、配列同一性を有する）配列を含むタンパク質を提供する。この特定の配列に
依存して、同一性の程度は、好ましくは５０％よりも大きい（例えば、６５％、
８０％、９０％、またはこれ以上）。これらの相同なタンパク質は、本実施例で
開示される配列の変異体および対立遺伝子の改変体を含む。代表的には、２つの
タンパク質の間の５０％の同一性またはそれ以上の同一性は、機能的に等価であ
ることの表示であると考えられる。タンパク質間の同一性は、好ましくはパラメ
ーターｇａｐｏｐｅｎｐｅｎａｌｔｙ＝１２およびｇａｐｅｘｔｅｎｔｉ
ｏｎｐｅｎａｌｔｙ＝１を有するａｆｆｉｎｅ変換ギャップ検索を使用して，
ＭＰＳＲＣＨプログラム（ＯｘｆｏｒｄＭｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行さ
れるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定
される。

本発明はさらに、本実施例で開示されるナイセリアアミノ酸配列のフラグメン
トを含むタンパク質を提供する。このフラグメントは、その配列由来の少なくと
もｎ個の連続したアミノ酸を含み、そしてその特定の配列に依存して、ｎは７ま
たはそれ以上（例えば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０またはそれ以上
）である。好ましくはこのフラグメントは、その配列に由来するエピトープを含
む。

本発明のタンパク質は、もちろん、種々の手段（例えば、組換えの発現、細胞
培養物からの精製、化学合成など）によっておよび種々の型で（例えば、天然型
、融合型など）調製され得る。これらは、好ましくは実質的に純粋または単離さ
れた型で調製される（すなわち、他のナイセリアタンパク質または宿主細胞タン
パク質を実質的に含まない）。

さらなる局面に従って、本発明は、これらのタンパク質に結合する抗体を提供
する。これらは、ポリクローナルまたはモノクローナルであり、そして任意の適
切な手段により産生され得る。

さらなる局面に従って、本発明は、本実施例で開示されるナイセリアヌクレオ
チド配列を含む核酸を提供する。さらに、本発明は、本実施例で開示されるナイ
セリアヌクレオチド配列と相同な（すなわち、配列同一性を有する）配列を含む
核酸を提供する。

さらに、本発明は、本実施例で開示されるナイセリア核酸に、好ましくは「高
ストリンジェンシー」な条件下で（例えば、０．１×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ溶
液中６５℃）ハイブリダイズし得る核酸を提供する。

これらの配列のフラグメントを含む核酸もまた、提供される。これらは、ナイ
セリア配列由来の少なくともｎ個の連続するヌクレオチドを含有すべきであり、
そして特定の配列に依存して、ｎは１０またはそれ以上（例えば、１２、１４、
１５、１８、２０、２５、３０、３５、４０またはそれ以上）である。

さらなる局面に従って、本発明は、本発明のタンパク質およびタンパク質フラ
グメントをコードする核酸を提供する。

本発明が上記に記載される配列と相補的な配列を含む核酸を提供することもま
た、認識されるべきである（例えば、アンチセンス目的またはプローブの目的に
おいて）。

本発明に従う核酸は、もちろん、多くの様式（例えば、化学合成により、ゲノ
ムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーから、生物体自体から）で調製され
得、そして種々の型（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プローブなど）をと
り得る。

さらに、用語「核酸」は、ＤＮＡおよびＲＮＡ、そしてまた改変された骨格を
含むＤＮＡおよびＲＮＡのようなそれらの類似物、そしてまたペプチド核酸（Ｐ
ＮＡ）などを含む。

さらなる局面に従って、本発明は、本発明のヌクレオチド配列を含むベクター
（例えば、発現ベクター）およびそのようなベクターで形質転換された宿主細胞
を提供する。

さらなる局面に従って、本発明は、本発明に従うタンパク質、抗体および／ま
たは核酸を含む組成物を提供する、これらの組成物は、例えばワクチンとして、
または診断用試薬として、または免疫原性組成物として適切であり得る。

本発明はまた、医薬品として（例えばワクチンとして）または治療用試薬とし
て使用するための、本発明に従う核酸、タンパク質、または抗体を提供する。ま
た、以下の製造における、本発明に従う核酸、タンパク質、または抗体の使用を
提供する：（ｉ）ナイセリア細菌に起因する感染の処置または予防のための医薬
品；（ｉｉ）ナイセリア細菌またはナイセリア細菌に対して惹起された抗体の存
在を検出するための診断用試薬；および／または（ｉｉｉ）ナイセリア細菌に対
する抗体を惹起し得る試薬。上記のナイセリア細菌は任意の種または菌株であり
得る（例えば、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、またはＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄ
ｉｓの任意の菌株（例えば、菌株Ａ、菌株Ｂまたは菌株Ｃ））。

本発明はまた、治療的有効量の、本発明に従う核酸、タンパク質、および／ま
たは抗体を患者に投与する工程を含む、患者の処置の方法を提供する。

さらなる局面に従って、本発明は、種々のプロセスを提供する。

本発明のタンパク質を産生するためのプロセスであって、タンパク質の発現を
誘導する条件下において、本発明に従う宿主細胞を培養する工程を包含する、プ
ロセスが提供される。

本発明のタンパク質または核酸を産生するためのプロセスであって、ここでそ
のタンパク質または核酸は、化学的手段を使用して、一部または全体が合成され
るプロセスが提供される。

本発明のポリヌクレオチドを検出するためのプロセスであって、（ａ）本発明
に従う核プローブを、二重鎖を形成させるハイブリダイズの条件下で生物学的サ
ンプルと接触させる工程；および（ｂ）上記の二重鎖を検出する工程を包含する
、プロセスが提供される。

本発明のタンパク質を検出するためのプロセスであって、（ａ）本発明に従う
抗体を、抗体−抗原複合体の形成に適した条件下で生物学的サンプルと接触させ
る工程；および（ｂ）上記の複合体を検出する工程を包含する、プロセスが提供
される。

本発明を実行するために用いられ得る標準的な技術および手順（例えば、ワク
チン接種目的または診断目的のために、開示された配列を利用するための）の要
旨は以下の通りである。この要旨は、本発明に対する限定ではなく、むしろ使用
され得るが必要とされるわけではない実施例を与えるものである。

（一般）
本発明の実施は、他に示されなければ、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ
、および免疫学の慣習的な技術を使用し、これらは当該分野の技術の範囲内であ
る。このような技術は以下の文献で十分説明されている（例えば、Ｓａｍｂｒｏ
ｏｋＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ；ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａ
ｎｕａｌ第２版（１９８９）；ＤＮＡＣｌｏｎｉｎｇ，ＶｏｌｕｍｅｓＩ
ａｎｄｉｉ（Ｄ．ＮＧｌｏｖｅｒ編１９８５）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅ
ｏｔｉｄｅＳｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ編１９８４）；Ｎｕｃｌ
ｅｉｃＡｃｉｄＨｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｄ．ＨａｍｅｓおよびＳ
．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ編１９８４）；Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｎｄ
Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｄ．ＨａｍｅｓおよびＳ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ編
１９８４）；ＡｎｉｍａｌＣｅｌｌＣｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈ
ｎｅｙ編１９８６）；ＩｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄＣｅｌｌｓａｎｄＥｎｚ
ｙｍｅｓ（ＩＲＬＰｒｅｓｓ，１９８６）；Ｂ．Ｐｅｒｂａｌ，ＡＰｒａｃ
ｔｉａｌＧｕｉｄｅｔｏＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ（１９８４
）；ｔｈｅＭｅｔｈｏｄｓｉｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙｓｅｒｉｅｓ（Ａ
ｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．），特に１５４および１５５巻；Ｇｅｎ
ｅＴｒａｎｓｆｅｒＶｅｃｔｏｒｆｏｒＭａｍｍａｌｉａｎＣｅｌｌ
ｓ（Ｊ．Ｈ．ＭｉｌｌｅｒおよびＭ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ編１９８７，ＣｏｌｄＳ
ｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ）；ＭａｙｅｒおよびＷａｌ
ｋｅｒ，編（１９８７），ＩｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌＭｅｔｈｏｄｓｉ
ｎＣｅｌｌａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉ
ｃＰｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）；Ｓｃｏｐｅｓ，（１９８７）Ｐｒｏｔｅｉｎ
Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：ＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓａｎｄＰｒａｃｔｉｃ
ｅ，第２版（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．）、およびＨａｎｄｂ
ｏｏｋｏｆＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍ
ｅｓＩ−ＩＶ（Ｄ．Ｍ．ＷｅｉｒおよびＣ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ編１９
８６）。

ヌクレオチドおよびアミノ酸についての標準的な省略が、本明細書において使
用される。

本明細書中で引用される全ての刊行物、特許、および特許出願は参考としてそ
の全体が援用される。特に、英国特許出願９７２３５１６．２、９７２４１９０
．５、９７２４３８６．９、９７２５１５８．１、９７２６１４７．３、９８０
０７５９．４、および９８１９０１６．８の内容が本明細書中に援用される。

（定義）
Ｘを含む組成物は、組成物中の全Ｘ＋Ｙの少なくとも８５重量％がＸであると
き、Ｙを「実質的に含まない」。好ましくは、Ｘは、組成物中の全Ｘ＋Ｙの少な
くとも９０重量％を、さらに好ましくは少なくとも約９５重量％または９９重量
％さえを含む。

用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」お
よび「からなる」を意味する。例えば、Ｘを「含む」組成物は、もっぱらＸから
なり得るか、またはＸ＋ＹのようなＸに付加したものも含み得る。

用語「異種」とは、天然では共に見られない２つの生物学的成分をいう。この
成分は、宿主細胞、遺伝子、調節領域（例えば、プロモーター）であり得る。異
種成分は天然では共に見られないが、遺伝子に対して異種のプロモーターがその
遺伝子に作動可能に連結されるときのように、それらは共に機能し得る。別の例
は、ナイセリア配列がマウス宿主細胞に対して異種であることである。さらなる
例は、天然においてみられない配置で単一タンパク質に組み立てられる同じタン
パク質または異なるタンパク質由来の２つのエピトープである。

「複製起点」とは、発現ベクターのような、ポリヌクレオチドの複製を開始ま
たは調節するポリヌクレオチド配列である。複製起点は、細胞内でのポリヌクレ
オチド複製の自律性ユニットとして振る舞い、それ自体の制御下で複製し得る。
複製起点は、ベクターが特定の宿主細胞において複製するために必要であり得る
。特定の複製起点を有せば、発現ベクターは、細胞内の適切なタンパク質の存在
下で高いコピー数で再生され得る。起点の例は、酵母において有効な自律性複製
配列；およびＣＯＳ−７細胞で有効であるウイルスＴ抗原である。

「変異体」配列は、天然の配列または開示された配列とは異なるが配列同一性
を有するＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列またはアミノ酸配列として規定される。特定の
配列に依存して、天然の配列または開示された配列と変異体配列との間の配列同
一性の程度は、好ましくは５０％より大きい（例えば、上記記載のＳｍｉｔｈ−
Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用して算出して６０％、７０％、８０％、９
０％、９５％、９９％またはそれ以上）。本明細書中で使用されるように、本明
細書で核酸分子配列が提供される核酸分子、または領域の「対立遺伝子改変体」
は、別のもしくは２番目の単離体のゲノム中の同じ遺伝子座で本質的に生ずる領
域および、例えば、変異または組換えにより生ずる天然変化に起因して、類似す
るが、しかし同一でない核酸配列を有する核酸分子、または領域である。コード
領域の対立遺伝子改変体は、代表的には、比較される遺伝子によってコードされ
るタンパク質の活性と類似した活性を有するタンパク質をコードする。対立遺伝
子改変体はまた、遺伝子の５’または３’非翻訳領域（例えば、調節制御領域）
での変化を含み得る（例えば、米国特許第５，７５３，２３５号）。

（発現系）
ナイセリアヌクレオチド配列は、種々の異なる発現系；例えば、哺乳動物細胞
、バキュロウイルス、植物、細菌、および酵母と共に使用される発現系において
発現され得る。

（ｉ．哺乳動物系）
哺乳動物発現系は当該分野において公知である。哺乳動物プロモーターは、哺
乳動物ＲＮＡポリメラーゼを結合し、コード配列（例えば、構造遺伝子）のｍＲ
ＮＡへの下流（３’）転写を開始し得る任意のＤＮＡ配列である。プロモーター
は、転写開始領域（これはコード配列の５’末端の近位に通常位置する）および
ＴＡＴＡボックス（転写開始部位の２５〜３０塩基対（ｂｐ）上流に通常位置す
る）を有する。ＴＡＴＡボックスは、その正しい部位においてＲＮＡポリメラー
ゼＩＩにＲＮＡ合成を開始させるよう指示すると考えられている。哺乳動物プロ
モーターはまた、ＴＡＴＡボックスの１００〜２００ｂｐ上流以内に通常位置す
る上流プロモーターエレメントを含む。上流プロモーターエレメントは、転写が
開始され、そしていずれかの方向において作用し得る速度を決定する（Ｓａｍｂ
ｒｏｏｋら（１９８９）「ＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＣｌｏｎｅｄＧｅｎ
ｅｓｉｎＭａｍｍａｌｉａｎＣｅｌｌｓ」ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏ
ｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、第２版）
哺乳動物ウイルス遺伝子は、しばしば高度に発現され、そして広い宿主範囲を
有する；従って、哺乳動物ウイルス遺伝子をコードする配列は、特に有用なプロ
モーター配列を提供する。例は、ＳＶ４０初期プロモーター、マウス乳癌ウイル
スＬＴＲプロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター（ＡｄＭＬＰ）
、および単純疱疹ウイルスプロモーターを含む。さらに、マウスのメタロチオネ
イン遺伝子のような非ウイルス性遺伝子に由来する配列もまた、有用なプロモー
ター配列を提供する。発現は、構成性であるかまたは調節される（誘導可能）か
のいずれかであり得る、プロモーターに依存して、ホルモン応答性細胞において
グルココルチコイドで誘導され得る。

上記に記載されるプロモーターエレメントと組み合わされるエンハンサーエレ
メント（エンハンサー）の存在は、通常発現レベルを増大させる。エンハンサー
は、相同性プロモーターまたは異種プロモーターに連結されるとき、転写を１０
０倍まで刺激し得る調節ＤＮＡ配列であり、合成は、通常のＲＮＡ開始部位で開
始する。エンハンサーはまた、それらが、通常方向もしくはｆｌｉｐｐｅｄ方向
のいずれかで転写開始部位より上流または下流に、もしくはプロモーターから１
０００ヌクレオチドを超える距離で位置するとき、活性である（Ｍａｎｉａｔｉ
ｓら（１９８７）Ｓｃｉｅｎｃｅ２３６：１２３７；Ａｌｂｅｒｔｓら（１
９８９）ＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙｏｆｔｈｅＣｅｌｌ，第２
版）。ウイルス由来のエンハンサーエレメントは、それらは通常、より広い宿主
範囲を有するため、特に有用であり得る。例は、ＳＶ４０初期遺伝子エンハンサ
ー（Ｄｉｊｋｅｍａら（１９８５）ＥＭＢＯＪ．４：７６１）およびラウス肉
腫ウイルスの長末端反復（ＬＴＲ）に由来するエンハンサー／プロモーター（Ｇ
ｏｒｍａｎら（１９８２ｂ）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７９：６
７７７）およびヒトサイトメガウイルスに由来するエンハンサー／プロモーター
（Ｂｏｓｈａｒｔら（１９８５）Ｃｅｌｌ４１：５２１）を包含する。さらに
、いくつかのエンハンサーは調節可能であり、そしてホルモンまたは金属イオン
のような誘導因子の存在下のみで活性になる（Ｓａｓｓｏｎｅ−Ｃｏｒｓｉおよ
びＢｏｒｅｌｌｉ（１９８６）ＴｒｅｎｄｓＧｅｎｅｔ．２：２１５；Ｍａｎ
ｉａｔｉｓら（１９８７）Ｓｃｉｅｎｃｅ２３６：１２３７）。

ＤＮＡ分子は、哺乳動物細胞において細胞内で発現され得る。プロモーター配
列は、組換えタンパク質のＮ末端における最初のアミノ酸が常にＡＴＧ開始コド
ンによりコードされるメチオニンである場合、ＤＮＡ分子と直接連結され得る。
所望される場合、Ｎ末端は、臭化シアンとのインビトロでのインキュベーション
によりタンパク質から切断され得る。

あるいは、外来タンパク質もまた、哺乳動物細胞において外来タンパク質の分
泌を提供するリーダー配列フラグメントで構成される融合タンパク質をコードす
るキメラＤＮＡ分子を作製することにより、細胞から成長培地へ分泌され得る。
好ましくは、インビボまたはインビトロのいずれかにおいて切断され得る、リー
ダーフラグメントおよび外来遺伝子との間にコードされるプロセシング部位が存
在する。リーダー配列フラグメントは通常、細胞からのタンパク質の分泌を指示
する疎水性アミノ酸で構成される単一のペプチドをコードする。アデノウイルス
３分割リーダーは、哺乳動物細胞における外来タンパク質の分泌を提供するリー
ダー配列の例である。

通常、哺乳類細胞によって認識される転写終結配列およびポリアデニル化配列
は、翻訳終止コドンの３’側に存在する調節領域であり、従って、プロモーター
エレメントと共に、コード配列に隣接する。成熟ｍＲＮＡの３’末端は、部位特
異的転写後切断およびポリアデニル化により形成される（Ｂｉｒｎｓｔｉｅｌら
．（１９８５）Ｃｅｌｌ４１：３４９；ＰｒｏｕｄｆｏｏｔおよびＷｈｉｔｅ
ｌａｗ（１９８８）「Ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎａｎｄ３’ｅｎｄｐｒｏｃ
ｅｓｓｉｎｇｏｆｅｕｋａｒｙｏｔｉｃＲＮＡ．」Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ
ｉｏｎａｎｄｓｐｌｉｃｉｎｇ（Ｂ．Ｄ．ＨａｍｅｓおよびＤ．Ｍ．Ｇｌｏ
ｖｅｒ編）；Ｐｒｏｕｄｆｏｏｔ（１９８９）ＴｒｅｎｄｓＢｉｏｃｈｅｍ．
Ｓｃｉ．１４：１０５）。これらの配列は、ｍＲＮＡの転写を方向づけ、そのｍ
ＲＮＡは、そのＤＮＡにコードされるポリペプチドに翻訳され得る。転写終結／
ポリアデニル化シグナルの例としては、ＳＶ４０由来のシグナルが挙げられる（
Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）「Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆｃｌｏｎｅｄ
ｇｅｎｅｓｉｎｃｕｌｔｕｒｅｄｍａｍｍａｌｉａｎｃｅｌｌｓ．」
ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａ
ｌ）。

通常、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、および転写終結配列を含む上
記の構成要素は、発現構築物内に共に導入される。エンハンサー、機能的なスプ
ライス供与部位および受容部位を有するイントロン、ならびにリーダー配列もま
た、所望される場合、発現構築物内に含まれ得る。発現構築物はしばしば、哺乳
類細胞または細菌のような宿主内で安定的に維持し得る染色体外エレメント（例
えば、プラスミド）のような、レプリコン内で維持される。哺乳類の複製系とし
ては、複製にトランス作用性の因子を必要とする、動物ウイルス由来の複製系が
挙げられる。例えば、ＳＶ４０（Ｇｌｕｚｍａｍ（１９８１）Ｃｅｌｌ２３：
１７５）、あるいはポリオーマウイルスのようなパポバウイルスの複製系を含む
プラスミドは、適切なウイルスのＴ抗原の存在下で極めて高いコピー数で複製す
る。哺乳類レプリコンの別の例としては、ウシパピローマウイルスおよびエプス
タイン−バーウイルス由来のレプリコンが挙げられる。さらに、このレプリコン
は、二つの複製系を有し得、従って、例えば、発現用の哺乳類細胞内で、ならび
にクローニングおよび増幅用の原核生物の宿主内で、そのレプリコンは維持する
ことが可能である。このような哺乳類−細菌シャトルベクターの例としては、ｐ
ＭＴ２（Ｋａｕｆｍａｎら．（１９８９）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．９：９
４６）およびｐＨＥＢＯ（Ｓｈｉｍｉｚｕら．（１９８６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．
Ｂｉｏｌ．６：１０７４）が挙げられる。

使用される形質転換の手順は、形質転換される宿主に依存する。異種のポリヌ
クレオチドの哺乳類細胞への導入方法は、当該分野で公知であり、その方法とし
ては、デキストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブ
レン媒介トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション
、リポソーム内でのポリヌクレオチドの封入、およびＤＮＡの核内への直接微量
注入が挙げられる。

発現用宿主として利用可能な哺乳類細胞株は、当該分野で公知であり、そのよ
うな細胞株としては、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＨｅＬａ細
胞、乳仔ハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞、サル腎臓細胞（ＣＯＳ）、ヒト肝細胞
癌細胞（例えば、ＨｅｐＧ２）および多くの他の細胞株を含むが、これらに限
定しない、ＡｍｅｒｉｃａｎＴｙｐｅＣｕｌｔｕｒｅＣｏｌｌｅｃｔｉｏ
ｎ（ＡＴＣＣ）から入手可能な多くの不死化細胞株が含まれる。

（ｉｉバキュロウイルス系）
タンパク質をコードしているポリヌクレオチドはまた、適切な昆虫の発現ベク
ター内に挿入され得、そしてそのベクター内で、制御エレメントに作動可能に連
結される。ベクターの構築には、当該分野で公知の技術を使用する。一般に、そ
の発現系の構成要素として、以下のものが挙げられる：バキュロウイルスゲノム
のフラグメント、および発現させる異種遺伝子の挿入用の簡便な制限部位の両方
を有する転移ベクター（通常は細菌ベクター）；転移ベクター内のバキュロウイ
ルスに特異的なフラグメントに相同性のある配列を有する野生型バキュロウイル
ス（これは、バキュロウイルスゲノム内への異種遺伝子の相同組換えを可能にす
る）；ならびに適切な昆虫宿主細胞および生育培地。

転移ベクターにタンパク質をコードするＤＮＡ配列を挿入した後、そのベクタ
ーおよび野生型ウイルスゲノムを、昆虫宿主細胞にトランスフェクトし、そこで
ベクターとウイルスゲノムを組換え可能にする。パッケージングされた組換えウ
イルスは発現され、そして組換えプラークが同定されそして精製される。バキュ
ロウイルス／昆虫細胞発現系の材料および方法は、特に、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ
、ＳａｎＤｉｅｇｏＣＡからキット形態（「ＭａｘＢａｃ」キット）で市販
される。これらの技術は、一般に当業者に公知であり、そしてＳｕｍｍｅｒｓな
らびにＳｍｉｔｈ，ＴｅｘａｓＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＥｘｐｅｒｉｍｅ
ｎｔＳｔａｔｉｏｎＢｕｌｌｅｔｉｎＮｏ．１５５５（１９８７）（以下
、「ＳｕｍｍｅｒｓａｎｄＳｍｉｔｈ」）に十分に記載されている。

タンパク質をコードするＤＮＡ配列をバキュロウイルスゲノムに挿入するのに
先立って、プロモーター配列、リーダー配列（所望される場合は）、目的のコー
ド配列、および転写終結配列を含む上記の構成要素を、通常、中間転移構築物（
転移ベクター）に構築する。この構築物は、単一の遺伝子および作動可能に連結
された調節エレメント；操作可能に連結された調節エレメントのセットを各々が
所有する複数の遺伝子；あるいは同じ調節エレメントのセットにより調節される
複数の遺伝子を含み得る。中間転移構築物は、しばしば、細菌のような宿主内で
安定的に維持し得る染色体外エレメント（例えば、プラスミド）のような、レプ
リコン内で維持される。レプリコンは、複製系を有しており、従って、それはク
ローニングおよび増幅用の適切な宿主内で維持され得る。

現在、外来遺伝子のＡｃＮＰＶへの導入のために最も一般に使用される転移ベ
クターは、ｐＡｃ３７３である。当業者に公知の多くの他のベクターもまた設計
され、これらのものとして、例えば、ｐＶＬ９８５（ポリへドリンの開始コドン
をＡＴＧからＡＴＴに変化させ、そしてそのＡＴＴから３２塩基対下流に、Ｂａ
ｍＨＩクローニング部位を導入する；ＬｕｃｋｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ，Ｖｉ
ｒｏｌｏｇｙ（１９８９）１７：３１）が挙げられる。

そのプラスミドも通常、ポリへドリンポリアデニル化シグナル（Ｍｉｌｌｅｒ
ら、（１９８８）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，４２：１７７）、お
よび原核生物のアンピシリン耐性（ａｍｐ）遺伝子、および大腸菌においての選
抜ならびに増殖のための複製起点を有する。

バキュロウイルス転移ベクターは通常、バキュロウイルスプロモーターを有す
る。バキュロウイルスプロモーターは、バキュロウイルスＲＮＡポリメラーゼに
結合し、そしてコード配列（例えば、構造遺伝子）のｍＲＮＡへの下流（５’か
ら３’）方向の転写を開始し得る任意のＤＮＡ配列である。プロモーターは、通
常、コード配列の５’末端に近接して存在する転写開始領域を有している。この
転写開始領域は通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位および転写開始点を含む。バ
キュロウイルス転移ベクターは、またエンハンサーと呼ばれる第二のドメインを
有し得、存在する場合は、通常、構造遺伝子に対し遠位にある。発現は調節され
得るか、あるいは構成的であり得る。

ウイルスの感染周期の後期で大量に転写される構造遺伝子は、特に有用なプロ
モーター配列を提供する。例としては、ウイルス多面体タンパク質をコードする
遺伝子（Ｆｒｉｅｓｅｎら、（１９８６）「ＴｈｅＲｅｇｕｌａｔｉｏｎｏ
ｆＢａｃｕｌｏｖｉｒｕｓＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，」：Ｔｈｅ
ＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙｏｆＢａｃｕｌｏｖｉｒｕｓｅｓ（Ｗ
ａｌｔｅｒＤｏｅｒｆｌｅｒ編）；ＥＰＯ公開番号１２７８３９および１５５
４７６；ならびにｐ１０タンパク質をコードする遺伝子（Ｖｌａｋら，（１９８
８），Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．６９：７６５）由来の配列が挙げられる。

適切なシグナル配列をコードするＤＮＡは、分泌昆虫タンパク質、あるいはバ
キュロウイルスポリへドリン遺伝子（Ｃａｒｂｏｎｅｌｌら，（１９９８）Ｇｅ
ｎｅ，７３：４０９）のような、分泌バキュロウイルスタンパク質の遺伝子から
由来し得る。あるいは、哺乳類細胞の翻訳後修飾（シグナルペプチド切断、タン
パク質分解性切断、およびリン酸化のような）のシグナルは、昆虫細胞に認識さ
れると思われ、そして分泌および核蓄積に必要なシグナルはまた、無脊椎動物細
胞および脊椎動物細胞間で保存されると思われるために、ヒトインターフェロン
α（Ｍａｅｄａら，（１９８５），Ｎａｔｕｒｅ３１５：５９２）；ヒトガス
トリン放出ペプチド（Ｌｅｂａｃｑ−Ｖｅｒｈｅｙｄｅｎら，（１９８８），Ｍ
ｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．８：３１２９）；ヒトＩＬ−２（Ｓｍｉｔｈら
，（１９８５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌＡｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８２：８４
０４）；マウスＩＬ−３（Ｍｉｙａｊｉｍａら，（１９８７）Ｇｅｎｅ５８：
２７３）；およびヒトグルコセレブロシダーゼ（Ｍａｒｔｉｎら，（１９８８）
ＤＮＡ、７：９９）をコードする遺伝子由来のような、非昆虫起源のリーダーも
、昆虫での分泌を与えるために使用され得る。

組換えポリペプチドあるいは組換えポリタンパク質は、細胞内に発現され得、
あるいは適切な調節配列と共に発現される場合、分泌され得る。非融合の外来タ
ンパク質の優れた細胞内発現には通常、ＡＴＧ開始シグナルに先行する適切な翻
訳開始シグナルを含む短いリーダー配列を理想的には有する異種遺伝子が必要で
ある。所望であれば、Ｎ末端のメチオニンは、臭化シアンとのインビトロインキ
ュベーションにより、成熟タンパク質から切断され得る。

あるいは、自然に分泌されない組換えポリタンパク質あるいは組換えタンパク
質は、昆虫において外来タンパク質の分泌を与えるリーダー配列フラグメントを
含む、融合タンパク質をコードするキメラＤＮＡ分子を作成することにより、昆
虫細胞から分泌され得る。リーダー配列フラグメントは通常、タンパク質の小胞
体内への輸送を指示する疎水性アミノ酸からなるシグナルペプチドをコードして
いる。

タンパク質の前駆体である発現産物をコードするＤＮＡ配列および／または遺
伝子の挿入後、昆虫細胞宿主に、転移ベクターの異種ＤＮＡおよび野生型バキュ
ロウイルスのゲノムＤＮＡを同時形質転換（通常は、同時トランスフェクション
によって）する。構築物のプロモーターおよび転写終結配列は、通常バキュロウ
イルスゲノムの２〜５ｋｂの区域を含む。バキュロウイルスウイルスの望ましい
部位に異種ＤＮＡを導入する方法は、当該分野で公知である（Ｓｕｍｍｅｒｓお
よびＳｍｉｔｈ、上記；Ｊｕら（１９８７）；Ｓｍｉｔｈら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ
．Ｂｉｏｌ．（１９８３）３：２１５６；ならびにＬｕｃｋｏｗおよびＳｕｍｍ
ｅｒｓ（１９８９）を参照のこと）。例えば、その挿入物は、相同二重交差組換
え（ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｄｏｕｂｌｅｃｒｏｓｓｏｖｅｒｒｅｃｏｎｖ
ｉｎａｔｉｏｎ）により、ポリへドリン遺伝子のような遺伝子内にあり得る；挿
入物はまた、所望のバキュロウイルス遺伝子に設計された制限酵素部位内にあり
得る。Ｍｉｌｌｅｒら、（１９８９）、Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ４；９１。発現ベ
クター内のポリへドリン遺伝子の代わりにクローン化される場合のＤＮＡ配列は
、ポリへドリン特異的配列により５’および３’の両側で隣接され、そしてポリ
へドリンプロモーターの下流に位置される。

新規に形成されたバキュロウイルス発現ベクターは続いて、感染性の組換えバ
キュロウイルス内にパッケージされる。相同組換えは、低い頻度で起こる（約１
％〜約５％の間）；それゆえ、同時トランスフェクション後に産生されたウイル
スの大半は、依然野生型ウイルスである。従って、方法には、組換えウイルスの
同定が必要となる。その発現系の利点は、組換えウイルスを区別させ得る可視的
スクリーニングである。天然のウイルスにより産生されるポリへドリンタンパク
質は、ウイルス感染後の後期で、その感染された細胞の核内で非常に高いレベル
で産生される。蓄積されたポリへドリンタンパク質は、閉塞体を形成し、またそ
れは包理された粒子を含む。これらの閉塞体は、最大１５μｍの大きさで、高度
に屈折し、明るく輝く外見を与え、容易に光学顕微鏡下で可視化される。組換え
ウイルスに感染された細胞は、閉塞体を欠く。組換えウイルスと野生型ウイルス
を区別するために、トランスフェクションの上清を、当業者に公知の技術により
昆虫細胞の単層にプラーク形成させた。すなわち、プラークを、光学顕微鏡下で
閉塞体の存在（野性型ウイルスを示す）または非存在（組換えウイルスを示す）
によりスクリーニングする。「ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭ
ｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ」２巻（Ａｕｓｕｂｅｌら編）１６．８（増補１０、１
９９０）；ＳｕｍｍｅｒｓおよびＳｍｉｔｈ、上記；Ｍｉｌｌｅｒら（１９８９
）。

組換えバキュロウイルス発現ベクターは、いくらかの昆虫細胞への感染用に開
発された。例えば、組換えバキュロウイルスは、特に以下に示すもののために開
発された：Ａｅｄｅｓａｅｇｙｐｔｉ、Ａｕｔｏｇｒａｐｈａｃａｌｉｆｏ
ｒｎｉｃａ、Ｂｏｍｂｙｘｍｏｒｉ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｍｅｌａｎｏｇ
ａｓｔｅｒ、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ、およびＴｒｉｃｈ
ｏｐｌｕｓｉａｎｉ（ＷＯ８９／０４６６９９；Ｃａｒｂｏｎｅｌｌら，（１
９８５）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．５６：１５３；Ｗｒｉｇｈｔ（１９８６）Ｎａｔｕｒ
ｅ３２１：７１８；Ｓｍｉｔｈら，（１９８３）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ
．３：２１５６；およびＦｒａｓｅｒら，（１９８９）ＩｎＶｉｔｒｏＣｅ
ｌｌ．Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．２５：２２５を一般に参照のこと）。

細胞および細胞培養培地は、バキュロウイルス／発現系における異種ポリペプ
チドの直接発現および融合発現の両方のために市販される；細胞培養技術は、一
般に当業者に公知である。例えば、上記ＳｕｍｍｅｒｓおよびＳｍｉｔｈを参照
のこと。

改変した昆虫細胞をさらに、適切な栄養培地で増殖し、その改変した昆虫宿主
内で存在するプラスミドの安定的維持を可能にする。発現産物の遺伝子が、誘導
性の制御下にある場合、宿主は高密度で増殖され得、そして発現は誘導され得る
。あるいは、発現が構成的である場合、その産物は培地中に連続的に発現され、
そして栄養培地を連続的に循環し、目的産物を取り出し、そして枯渇した栄養を
補給する必要がある。その産物は、クロマトグラフィー（例えば、ＨＰＬＣ、ア
フィニティークロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーなど）；電気
泳動；密度勾配遠心；溶媒抽出などのような技術により精製し得る。適切には、
その産物をさらに精製し、必要ならば、培地中に分泌された、または昆虫細胞の
溶解から生じた任意の昆虫タンパク質を実質的に除去し、宿主細片（例えば、タ
ンパク質、脂質および多糖類）を少なくとも実質的に含まない産物を供給する。

タンパク質の発現を得るために、形質転換体に由来する組換え宿主細胞は、組
換えタンパク質をコードする配列の発現を可能にする条件下でインキュベートさ
れる。これらの条件は、選択された宿主細胞に依存して変動する。しかし、その
条件は、当該分野で公知の条件に基づいて、当業者に容易に確かめられる。

（ｉｉｉ植物系）
当該分野で公知の多くの植物細胞培養および全植物遺伝子発現系が存在する。
例示的な植物細胞遺伝子発現系としては、米国特許第５，６９３，５０６号；米
国特許第５，６５９，１２２号；米国特許第５，６０８，１４３号のような特許
に記載されるものが挙げられる。植物細胞培養における遺伝子発現の別の例は、
Ｚｅｎｋ，Ｐｈｙｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ３０：３８６１−３８６３（１９９
１）に記載された。植物タンパク質のシグナルペプチドの記載は、上記の参考文
献に加え、以下に示すものの中においても確認される；Ｖａｕｌｃｏｍｂｅら，
Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２０９：３３−４０（１９８７）；Ｃｈａｎｄｌ
ｅｒら，ＰｌａｎｔＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ３：４０７−４１
８（１９８４）；Ｒｏｇｅｒｓ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０：３７３１−
３７３８（１９８５）；Ｒｏｔｈｓｔｅｉｎら，Ｇｅｎｅ５５：３５３−３５
６（１９８７）；Ｗｈｉｔｔｉｅｒら，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅ
ａｒｃｈ１５：２５１５−２５３５（１９８７）；Ｗｉｒｓｅｌら，Ｍｏｌｅ
ｃｕｌａｒＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ３：３−１４（１９８９）；Ｙｕら，
Ｇｅｎｅ１２２：２４７−２５３（１９９２）。植物ホルモン（ジベレリン酸
およびジベレリン酸により誘導される分泌酵素）による植物遺伝子発現の調節の
記載は、Ｒ．Ｌ．ＪｏｎｅｓおよびＪ．ＭａｃＭｉｌｌｉｎ，Ｇｉｂｂｅｒｅｌ
ｌｉｎｓ：ＡｄｖａｎｃｅｄＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，Ｍａｌｃｏ
ｌｍＢ．Ｗｉｌｋｉｎｓ編１９８４ＰｉｔｍａｎＰｕｂｌｉｓｈｉｎｇ
Ｌｉｍｉｔｅｄ，Ｌｏｎｄｏｎ，２１−５２頁の中に確認され得る。他の代謝
調節性遺伝子が記載される参考文献は；Ｓｈｅｅｎ，ＰｌａｎｔＣｅｌｌ，２
：１０２７−１０３８（１９９０）；Ｍａａｓら，ＥＭＢＯＪ．９：３４４７
−３４５２（１９９０）；ＢｅｎｋｅｌおよびＨｉｃｋｅｙ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ
ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：１３３７−１３３９（１９８７）。

代表的に、当該分野で公知の技術を使用して、所望のポリヌクレオチド配列は
、植物内で操作するために設計された遺伝子調節エレメントを含む発現カセット
の中に挿入される。その発現カセットは、植物宿主内での発現に適切な発現カセ
ットの上流および下流にコンパニオン配列を有する望ましい発現ベクターの中に
挿入される。そのコンパニオン配列は、プラスミドまたはウイルス起源のもので
あり、そしてそのベクターが、細菌のような本来のクローニング宿主から、所望
の植物宿主へＤＮＡを移動させるために必要とされる特徴をベクターに提供する
。基本的な細菌／植物ベクター構築物は、好ましくは、広い宿主範囲の原核生物
の複製起点；原核生物の選択マーカー；および、アグロバクテリウムの形質転換
については、アグロバクテリウム媒介転位のためのＴＤＮＡ配列を植物染色体
に提供する。異種遺伝子が容易に検出に従順しない場合は、好ましくは、その構
築物はまた、植物細胞が形質転換されたかどうかを決定するために適した選択マ
ーカー遺伝子を有する。適切なマーカーの一般的な総説は、例えば、イネ科につ
いては、ＷｉｌｍｉｎｋおよびＤｏｎｓ，１９９３，ＰｌａｎｔＭｏｌ．Ｂｉ
ｏｌ．Ｒｅｐｔｒ，１１（２）：１６５−１８５に見られる。

植物ゲノムへの異種配列の組み込みを可能にするために適した配列もまた、推
奨される。これらは、植物ゲノム内へ異種発現カセットのランダム挿入を可能に
する相同組換え用のためのトランスポゾン配列など、およびＴｉ配列を含み得る
。適切な原核生物選択マーカーとしては、アンピシリンまたはテトラサイクリン
のような抗生物質に対する耐性が挙げられる。別の機能をコードしている他のＤ
ＮＡ配列はまた、そのベクターの中に存在し得、当該分野で公知である。

本発明の核酸分子はまた、目的のタンパク質の発現用の発現カセットに含まれ
得る。２つ以上も可能であるが、通常はただ一つの発現カセットである。組換え
発現カセットは、異種タンパクのコード配列に加え、以下のエレメントを含む；
プロモーター領域、植物５’非翻訳配列、構造遺伝子がそれを備えているかどう
かに依存して、開始コドン、ならびに転写および翻訳終結配列。そのカセットの
５’および３’末端の独特な制限酵素部位は、既存のベクター内への容易な挿入
を可能にする。

異種のコード配列は、本発明に関係する任意のタンパク質のための配列であり
得る。目的のタンパクをコードする配列は、そのタンパク質の適切なプロセッシ
ングおよび輸送を可能にするシグナルペプチドをコードし、そして通常、本発明
の所望のタンパク質の膜への結合を生じ得る任意の配列を欠いている。翻訳開始
領域は、大部分は、発芽中に発現および輸送される遺伝子のためのものであるか
ら、輸送を与えるシグナルペプチドを使用することにより、それはまた、目的の
タンパク質の輸送を提供し得る。この方法で、目的のタンパク質は、それらが発
現される細胞から輸送され、そして効率的に回収され得る。代表的には、種子に
おける分泌は、種子の胚乳内へ、アリューロン層あるいは胚盤上皮層を通過する
。タンパク質がそれが産生された細胞から分泌される必要がない場合、このこと
は組換えタンパク質の分離および精製を容易にする。

所望の遺伝子産物の過剰発現が、真核生物におけるものであるために、クロー
ン化した遺伝子の任意の部分が、イントロンのように、宿主のスプライセオソー
ム（ｓｐｌｉｃｏｓｏｍｅ）機構より、プロセッシングされる配列を含むかどう
かを決定することが望ましい。そのような場合、「イントロン」領域の部位特異
的変異誘発は、仮性イントロンコードとして遺伝的情報の一部を欠失することを
防ぐために実施され得る。ＲｅｅｄおよびＭａｎｉａｔｉｓ、Ｃｅｌｌ４１：
９５−１０５（１９８５）。

ベクターは、組換えＤＮＡを機械的に転移するためにマイクロピペットを用い
て植物細胞内に直接的に微量注入され得る（Ｃｒｏｓｓｗａｙ、Ｍｏｌ．Ｇｅｎ
．Ｇｅｎｅｔ，２０２：１７９−１８５、１９８５）。遺伝子物質はまた、ポリ
エチレングリコールを用いて植物細胞内に転移され得る（Ｋｒｅｎｓら、Ｎａｔ
ｕｒｅ，２９６、７２−７４、１９８２）。核酸部分の導入の別の方法は、小さ
いビーズまたは微粒子のいずれかのマトリックスの内部に、あるいは表面に核酸
を有する小さな微粒子による高速バリスティック（ｂａｌｌｉｓｔｉｃ）穿通法
である（Ｋｌｅｉｎら，Ｎａｔｕｒｅ，３２７，７０−７３，１９８７ならびに
ＫｎｕｄｓｅｎおよびＭｕｌｌｅｒ，１９９１，Ｐｌａｎｔａ，１８５：３３０
−３３６は、大麦胚乳の粒子の照射（ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ）によりトランス
ジェニック大麦を作製することを示している）。さらに別の導入方法は、他の物
体、いずれかのミニ細胞、細胞、リソソームあるいは他の易融な脂肪表面体との
プロトプラストの融合である（Ｆｒａｌｅｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ
．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７９，１８５９−１８６３，１９８２）。

ベクターはまた、エレクトロポレーションにより植物細胞内に導入され得る（
Ｆｒｏｍｍら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｉ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８２：５８２
４，１９８５）。この技術において、植物プロトプラストは、遺伝子構築物を含
むプラスミドの存在中でエレクトロポレートされる。高い電界の強さの電気衝撃
により、生体膜を可逆的に通過できるようにし、プラスミドの導入を可能にする
。エレクトロポレートされた植物プロトプラストは細胞壁を再形成し、分裂し、
植物カルス形成する。

プロトプラストが単離され得、そして培養されて完全な再生植物を与え得る全
ての植物は、本発明により形質転換され得、転移した遺伝子を保持する完全な植
物が再生される。実際に、全ての植物は、さとうきび、甜菜、綿、果実および他
の樹木、マメ科植物および野菜の全ての主要な種を含むがそれらに限定されない
培養細胞あるいは組織から再生され得る。いくつかの適応した植物としては、例
えば、以下の属由来の種が挙げられる；Ｆｒａｇａｒｉａ，Ｌｏｔｕｓ，Ｍｅｄ
ｉｃａｇｏ，Ｏｎｏｂｒｙｃｈｉｓ，Ｔｒｉｆｏｌｉｕｍ，Ｔｒｉｇｏｎｅｌｌ
ａ，Ｖｉｇｎａ，Ｃｉｔｒｕｓ，Ｌｉｎｕｍ，Ｇｅｒａｎｉｕｍ，Ｍａｎｉｈｏ
ｔ，Ｄａｕｃｕｓ，Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ，Ｂｒａｓｓｉｃａ，Ｒａｐｈａｎ
ｕｓ，Ｓｉｎａｐｉｓ，Ａｔｒｏｐａ，Ｃａｐｓｉｃｕｍ，Ｄａｔｕｒａ，Ｈｙ
ｏｓｃｙａｍｕｓ，Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｏｎ，Ｎｉｃｏｔｉａｎａ，Ｓｏｌａｎ
ｕｍ，Ｐｅｔｕｎｉａ，Ｄｉｇｉｔａｌｉｓ，Ｍａｊｏｒａｎａ，Ｃｉｃｈｏｒ
ｉｕｍ，Ｈｅｌｉａｎｔｈｕｓ，Ｌａｃｔｕｃａ，Ｂｒｏｍｕｓ，Ａｓｐａｒａ
ｇｕｓ，Ａｎｔｉｒｒｈｉｎｕｍ，Ｈｅｒｅｒｏｃａｌｌｉｓ，Ｎｅｍｅｓｉａ
，Ｐｅｌａｒｇｏｎｉｕｍ，Ｐａｎｉｃｕｍ，Ｐｅｎｎｉｓｅｔｕｍ，Ｒａｎｕ
ｎｃｕｌｕｓ，Ｓｅｎｅｃｉｏ，Ｓａｌｐｉｇｌｏｓｓｉｓ，Ｃｕｃｕｍｉｓ，
Ｂｒｏｗａａｌｉａ，Ｇｌｙｃｉｎｅ，Ｌｏｌｉｕｍ，Ｚｅａ，Ｔｒｉｔｉｃｕ
ｍ，Ｓｏｒｇｈｕｍ，およびＤａｔｕｒａ。

再生のための手法は、植物の種によって変化するが、しかし一般に異種遺伝子
のコピーを含む形質転換されたプロトプラストの懸濁液が最初に提供される。カ
ルス組織は形成され、そしてシュートがカルスから誘導され、続いて発根される
。あるいは、胚形成がプロトプラスト懸濁液から誘導され得る。これらの胚は、
天然の胚として発芽し、植物を形成する。培養培地は、一般に種々のアミノ酸、
ならびにオーキシンおよびサイトカイニンのようなホルモンを含有する。またグ
ルタミン酸およびプロリンを培地に添加することは、特にコーンおよびアルファ
ルファのような種にとって有用である。シュートおよび根は通常、同時に発生す
る。効果的な再生は培地、遺伝子型、および培養遍歴に依存する。これらの３つ
の変数が制御される場合は、再生は十分に再現性がありそして繰り返し可能であ
る。

いくつかの植物細胞培養系において、本発明の所望のタンパク質は排出され、
あるいはこのタンパク質は植物全体から抽出され得る。本発明の所望のタンパク
質は培地内に分泌される場合、これは回収され得る。あるいは、胚および胚のな
い不完全な種子または他の植物組織は、機械的に破壊され細胞間および組織間の
任意の分泌されたタンパク質を放出し得る。その混合物は緩衝液に懸濁され、可
溶タンパクを回収し得る。次いで、慣用的なタンパク質分離および精製方法は組
換えタンパク質を精製するために使用される。時間、温度、ｐＨ、酸素、および
容量のパラメーターは、異種タンパク質の適切な発現および回収のために慣用的
な方法により調整される。

（ＩＶ．細菌系）
細菌の発現技術は、当該分野で公知である。細菌のプロモーターは、細菌のＲ
ＮＡポリメラーゼに結合し得、そしてコード配列（例えば、構造遺伝子）の下流
方向（３’方向）へのｍＲＮＡへの転写を開始し得る任意のＤＮＡ配列である。
プロモーターは、通常、コード配列の５’末端に近接して存在する転写開始領域
を有する。この転写開始領域は、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位および転写
開始部位を含む。細菌のプロモーターはまた、オペレーターと呼ばれる第二のド
メインを有し、ＲＮＡ合成が始まる近接のＲＮＡポリメラーゼ結合部位と重複し
ている。オペレーターは、遺伝子リプレッサータンパク質が、オペレーターに結
合し、そのため特定の遺伝子の転写を抑制し得るような、負の調節された（誘導
性の）転写を可能にする。構成的発現は、オペレーターのような負の調節エレメ
ントの非存在下で起こり得る。さらに、正の調節は、遺伝子アクチベータータン
パク質結合配列により達成され得、その配列が存在する場合は通常、ＲＮＡポリ
メラーゼ結合配列の（５’）側に近接している。遺伝子アクチベータータンパク
質の例としては、異化活性化タンパク質（ＣＡＰ）があり、それはＥｓｃｈｅｒ
ｉｃｈｉａｃｏｌｉ（Ｅ．Ｃｏｌｉ）におけるｌａｃオペロンの転写の開始を
助ける（Ｒａｉｂａｕｄら（１９８４）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．１８：
１７３）。調節される発現は、それゆえ正または負のいずれかであり、従って転
写を増強するかまたは低下し得る。

代謝経路の酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する
。例としては、ガラクトース、ラクトース（ｌａｃ）（Ｃｈａｎｇら．（１９９
７）Ｎａｔｕｒｅ１９８：１０５６）、およびマルトースのような糖代謝の酵
素由来のプロモーター配列が挙げられる。さらなる例としては、トリプトファン
（ｔｒｐ）（Ｇｏｅｄｄｅｌら．（１９８０）Ｎｕｃ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．８
：４０５７；Ｙｅｌｖｅｒｔｏｎら．（１９８１）Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅ
ｓ．９：７３１；米国特許第４，７３８，９２１号；ＥＰ−Ａ−００３６７７６
号およびＥＰ−Ａ−０１２１７７５）のような生合成酵素由来のプロモーター配
列が挙げられる。ｇ−ラクタマーゼ（ｇ−ｌａｏｔａｍａｓｅ）（ｂｌａ）プロ
モーター系（Ｗｅｉｓｓｍａｎｎ（１９８１）「Ｔｈｅｃｌｏｎｉｎｇｏｆ
Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎａｎｄｏｔｈｅｒｍｉｓｔａｋｅｓ．」Ｉｎｔｅ
ｒｆｅｒｏｎ３（Ｉ．Ｇｒｅｓｓｅｒ編））、バクテリオファージλＰＬ（Ｓｈ
ｉｍａｔａｋｅら．（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ２９２：１２８）およびＴ５（
米国特許第４，６８９，４０６号）プロモーター系もまた有用なプロモーター配
列を提供する。

さらに、天然に存在しない合成プロモーターもまた、細菌のプロモーターとし
て機能する。例えば、あるバクテリアあるいはバクテリオファージプロモーター
の転写活性化配列は、別のバクテリアあるいはバクテリオファージプロモーター
のオペロン配列と結合し得、合成ハイブリッドプロモーターを形成する。（米国
特許第４，５５１，４３３号）。例えば、ｔａｃプロモーターは、ｌａｃリプレ
ッサーにより調節されるｔｒｐプロモーター配列およびｌａｃオペロン配列の両
方から構成される、ハイブリッドｔｒｐ−ｌａｃプロモーターである（Ａｍａｎ
ｎら．（１９８３）Ｇｅｎｅ２５：１６７；ｄｅＢｏｅｒら．（１９８３）
Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８０：２１）。

さらに、ある細菌のプロモーターは、細菌のＲＮＡポリメラーゼに結合し、そ
して転写を開始させる能力を有する非細菌起源の天然に存在するプロモーターを
含み得る。非細菌起源の天然に存在するプロモーターはまた、原核生物内でいく
らかの遺伝子の高いレベルでの発現を生じるために、適合性のあるＲＮＡポリメ
ラーゼと結合され得る。バクテリオファージＴ７ＲＮＡポリメラーゼ／プロモ
ーター系は、連結したプロモーター系の例である（Ｓｔｕｄｉｅｒら．（１９８
６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１８９：１１３；Ｔａｂｏｒら．（１９８５）Ｐｒ
ｏｃＮａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８２：１０７４）。さらに、ハイブリッド
プロモーターはまた、バクテリオファージプロモーターおよびＥ．ｃｏｌｉオペ
レーター領域から構成され得る（ＥＰＯ−Ａ−０２６７８５１）。

機能性のプロモーター配列に加え、効果的なリボソーム結合部位はまた、原核
生物における外来遺伝子の発現に有用である。Ｅ．ｃｏｌｉにおいて、リボソー
ム結合部位は、シャイン−ダルガノ（ＳＤ）配列と呼ばれ、そして開始コドン（
ＡＴＧ）および開始コドンの３〜１１ヌクレオチド上流に位置する長さ３〜９ヌ
クレオチドの配列を含む（Ｓｈｉｎｅら．（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ２５４：
３４）。ＳＤ配列は、ＳＤ配列とＥ．ｃｏｌｉの１６ＳｒＲＮＡの３’側との間
の塩基対形成によりｍＲＮＡのリボソームへの結合を促進すると考えられている
（Ｓｔｅｉｔｚら．（１９７９）「ＧｅｎｅｔｉｃＳｉｇｎａｌｓａｎｄ
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎｍｅｓｓｅｎｇｅｒＲＮ
Ａ．」ＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＲｅｇｕｌａｔｉｏｎａｎｄＤｅｖｅｌｏｐ
ｍｅｎｔ：ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（Ｒ．Ｆ．Ｇｏｌｄｂｅｒｇｅｒら
編））。弱いリボソーム結合部位を有する真核遺伝子および原核遺伝子の発現の
ためには（Ｓａｍｂｒｏｏｋら．（１９８９）「Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆ
ｃｌｏｎｅｄｇｅｎｅｓｉｎＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ．」Ｍｏ
ｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ）
。

ＤＮＡ分子は、細胞内で発現され得る。プロモーター配列は、直接的にそのＤ
ＮＡ分子と連結され得、この場合、Ｎ末端の最初のアミノ酸は、常に、ＡＴＧ開
始コドンによりコードされるメチオニンである。所望される場合、Ｎ末端のメチ
オニンは、臭化シアンとのインビトロインキュベーション、あるいは細菌のメチ
オニンＮ末端ペプチダーゼとのインビボまたはインビトロインキュベーションの
いずれかによりタンパク質から切断され得る（ＥＰＯ−Ａ−０２１９２３７）。

融合タンパク質は、直接的発現に代わるものを提供する。通常、内在性の細菌
のタンパク質、あるいは他の安定なタンパク質のＮ末端部分をコードするＤＮＡ
配列は、異種のコード配列の５’末端と融合される。発現の際に、この構築物は
、２つのアミノ酸配列の融合を提供する。例えば、バクテリオファージλ細胞遺
伝子は、外来遺伝子の５’末端と連結し得、そして細菌において発現され得る。
生じた融合タンパク質は、好ましくは、外来遺伝子由来のバクテリオファージタ
ンパク質を切断するための切断酵素（第Ｘａ因子）用の部位を保持する（Ｎａｇ
ａｉら．（１９８４）Ｎａｔｕｒｅ３０９：８１０）。融合タンパク質はまた
、ｌａｃＺ（Ｊｉａら．（１９８７）Ｇｅｎｅ６０：１９７）、ｔｒｐＥ（Ａ
ｌｌｅｎら．（１９８７）Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．５：９３；Ｍａｋｏｆｆ
ら．（１９８９）Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１３５：１１）、およびＣ
ｈｅｙ（ＥＰ−Ａ−０３２４６４７）遺伝子由来の配列を用いて作製され得る。
２つのアミノ酸配列の接合部でのＤＮＡ配列は、切断部位をコードしてもよいし
、あるいはコードしなくてもよい。別の例としては、ユビキチン融合タンパク質
である。そのような融合タンパク質は、好ましくは、外来タンパク質からユビキ
チンを切断するための切断酵素（例えば、ユビキチン特異的切断プロテアーゼ）
用の部位を保持するユビキチン領域と共に作製され得る。この方法を通して、天
然外来タンパク質は分離され得る（Ｍｉｌｌｅｒら．（１９８９）Ｂｉｏ／Ｔｅ
ｃｈｎｏｌｏｇｙ７：６９８）。

あるいは、外来タンパク質はまた、細菌における外来タンパク質の分泌を提供
するシグナルペプチド配列フラグメントから構成される、融合タンパク質をコー
ドするキメラＤＮＡ分子を作製することによって、細胞から分泌され得る(米国
特許４，３３６，３３６）。シグナル配列フラグメントは、通常、細胞からのタ
ンパク質の分泌を指向する、疎水性アミノ酸から構成されるシグナルペプチドを
コードする。このタンパク質は、増殖培地（グラム陽性細菌）、または細胞の内
膜と外膜との間に位置する細胞周辺腔（グラム陰性細菌）のいずれかへ分泌され
る。好ましくは、インビボまたはインビトロのいずれかで切断され得る、このシ
グナルペプチドフラグメントと外来遺伝子との間にコードされるプロセシング部
位がある。

適切なシグナル配列をコードするＤＮＡは、Ｅ．ｃｏｌｉ外膜タンパク質遺伝
子（ｏｍｐＡ）（Ｍａｓｕｉら（１９８３）、ＥｘｐｅｒｉｍｅｔａｌＭａｎ
ｉｐｕｌａｔｉｏｎｏｆＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎ；Ｇｈｒａｙｅｂ
ら、（１９８４）ＥＭＢＯＪ．３：２４３７）およびＥ．ｃｏｌｉアルカリホ
スファターゼシグナル配列（ｐｈｏＡ）（Ｏｋａら（１９８５）Ｐｒｏｃ．Ｎａ
ｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８２：７２１２）のような、分泌性細菌タンパク質に
関する遺伝子由来であり得る。さらなる例として、種々のＢａｃｉｌｌｕｓ株由
来のα−アミラーゼ遺伝子のシグナル配列は、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来の異種
タンパク質を分泌するために使用され得る（Ｐａｌｖａら（１９８２）Ｐｒｏｃ
.Ｎａｔｌ.Ａｃａｄ.Ｓｃｉ.ＵＳＡ７９：５５８２；ＥＰ−Ａ−０２４４０４
２）。

通常、細菌によって認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの３’側に位
置する調節領域であり、そして従って、プロモーターとともに、コード配列に隣
接する。これらの配列は、そのＤＮＡによってコードされるポリペプチドへと翻
訳され得るｍＲＮＡの転写を指向する。転写終結配列は、しばしば、転写の終結
を補助するステムループ構造を形成し得る、約５０ヌクレオチドのＤＮＡ配列を
含む。例は、強力なプロモーターを有する遺伝子（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｔｒ
ｐ遺伝子および他の生合成遺伝子）由来の転写終結配列を含む。

通常、上記の成分（プロモーター、シグナル配列（もし所望ならば）、目的の
コード配列、および転写終結配列を含む）は、組み立てられて発現構築物となる
。発現構築物は、しばしば、宿主（例えば細菌）における安定な保持が可能であ
る染色体外エレメント（例えばプラスミド）のような、レプリコンに保持される
。このレプリコンは複製系を有し、従って、このことが、発現またはクローニン
グおよび増幅のいずれかのために、レプリコンが原核生物宿主において保持され
ることを可能にする。さらに、レプリコンは、高コピー数プラスミドまたは低コ
ピー数プラスミドのいずれかであり得る。高コピー数プラスミドは、一般に約５
〜約２００、そして通常約１０〜約１５０の範囲のコピー数を有する。高コピー
数プラスミドを含む宿主は、好ましくは少なくとも約１０個、そしてより好まし
くは少なくとも約２０個のプラスミドを含む。高コピー数ベクターまたは低コピ
ー数ベクターのいずれもが選択され得、それは、宿主に対するベクターおよび外
来タンパク質の効果に依存する。

あるいは、発現構築物は、組み込みベクターを用いて、細菌のゲノムへ組み込
まれ得る。組み込みベクターは、通常、ベクターが組み込むのを可能にする、細
菌の染色体と相同な少なくとも１つの配列を含む。組み込みは、ベクターにおけ
る相同なＤＮＡと細菌の染色体との間の組換えから生じるようである。例えば、
種々のＢａｃｉｌｌｕｓ株からのＤＮＡによって構築される組み込みベクターは
、Ｂａｃｉｌｌｕｓ染色体に組み込まれる（ＥＰ−Ａ−０１２７３２８）。
組み込みベクターはまた、バクテリオファージまたはトランスポゾン配列から構
成され得る。

通常、染色体外発現構築物および組み込み発現構築物は、選択マーカーを含ん
で、形質転換された細菌株の選択を可能にし得る。選択マーカーは、細菌宿主に
おいて発現され得、そして細菌が薬物（例えば、アンピシリン、クロラムフェニ
コール、エリスロマイシン、カナマイシン（ネオマイシン）、およびテトラサイ
クリン）に耐性になるようにする遺伝子を含み得る（Ｄａｖｉｅｓら（１９７８
）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３２：４６９）。選択マーカーはま
た、ヒスチジン、トリプトファン、およびロイシンの生合成経路における生合成
遺伝子のような、生合成遺伝子を含み得る。

あるいは、上記の成分のいくつかは、形質転換ベクターにおいて組み立てられ
得る。形質転換ベクターは、通常、上記のように、レプリコンにおいて保持され
るか、または組み込みベクターへと開発されるかのいずれかの選択マーカー（ｍ
ａｒｋｅｔ）から構成され得る。

発現ベクターまたは形質転換ベクターは、染色体外レプリコンまたは組み込み
ベクターのいずれも、多くの細菌への形質転換のために開発されてきた。例えば
、発現ベクターは、とりわけ、以下の細菌のために開発されてきた：Ｂａｃｉｌ
ｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓ（Ｐａｌｖａら（１９８２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａ
ｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７９：５５８２；ＥＰ−Ａ−００３６２５９およ
びＥＰ−Ａ−００６３９５３；ＷＯ８４／０４５４１）、Ｅｓｃｈｅｒｉ
ｃｈｉａｃｏｌｉ（Ｓｈｉｍａｔａｋｅら（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ２９２
：１２８；Ａｍａｎｎら（１９８５）Ｇｅｎｅ４０：１８３；Ｓｔｕｄｉｅｒ
ら（１９８６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１８９：１１３；ＥＰ−Ａ−００３６
７７６、ＥＰ−Ａ−０１３６８２９およびＥＰ−Ａ−０１３６９０７
）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｃｒｅｍｏｒｉｓ（Ｐｏｗｅｌｌら（１９８
８）Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５４：６５５）；Ｓｔｒ
ｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｌｉｖｉｄａｎｓ（Ｐｏｗｅｌｌら（１９８８）Ａｐｐ
ｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５４：６５５）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍ
ｙｃｅｓｌｉｖｉｄａｎｓ（米国特許４，７４５，０５６）。

外来ＤＮＡを細菌宿主へ導入する方法は、当該分野において周知であり、そし
て通常、ＣａＣｌ₂または他の薬剤（例えば、２価の陽イオンおよびＤＭＳＯ）
のいずれかで処理された細菌の形質転換を含む。ＤＮＡはまた、エレクトロポレ
ーションによって、細菌細胞へ導入され得る。形質転換の手順は、通常、形質転
換される細菌の種によって変化する。例えば以下を参照のこと：（Ｍａｓｓｏｎ
ら（１９８９）ＦＥＭＳＭｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．６０：２７３；Ｐａ
ｌｖａら（１９８２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７９：
５５８２；ＥＰ−Ａ−００３６２５９およびＥＰ−Ａ−０６３９５３；Ｗ
Ｏ８４／０４５４１、Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、（Ｍｉｌｌｅｒら（１９８８）Ｐ
ｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８５：８５６；Ｗａｎｇら（１９９０）
Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７２：９４９、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、（
Ｃｏｈｅｎら（１９７３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６９：２１
１０；Ｄｏｗｅｒら（１９８８）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．１６：
６１２７；Ｋｕｓｈｎｅｒ（１９７８）「ＣｏｌＥ１由来のプラスミドによるＥ
ｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉの形質転換のための改良された方法」Ｇｅｎｅ
ｔｉｃＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：ＰｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓｏｆｔｈｅＩ
ｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＳｙｍｐｏｓｉｕｍｏｎＧｅｎｅｔｉｃＥｎ
ｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（Ｈ．Ｗ．ＢｏｙｅｒおよびＳ．Ｎｉｃｏｓｉａ編）；Ｍａ
ｎｄｅｌら（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５３：１５９；Ｔａｋｅｔｏ（
１９８８）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ９４９：３１８；Ｅｓ
ｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、（Ｃｈａｓｓｙら（１９８７）ＦＥＭＳＭｉｃｒｏｂ
ｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．４４：１７３Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）；（Ｆｉｅｄ
ｌｅｒら（１９８８）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ１７０：３８、Ｐｓｅｕｄｏ
ｍｏｎａｓ）；（Ａｕｇｕｓｔｉｎら（１９９０）ＦＥＭＳＭｉｃｒｏｂｉｏ
ｌ．Ｌｅｔｔ．６６：２０３、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、（Ｂａｒａｎ
ｙら（１９８０）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１４４：６９８；Ｈａｒｌａｎｄｅ
ｒ（１９８７）「エレクトロポレーションによるＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
ｌａｃｔｉｓの形質転換」ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌＧｅｎｅｔｉｃｓ（Ｊ
．ＦｅｒｒｅｔｔｉおよびＲ．ＣｕｒｔｉｓｓＩＩＩ編）；Ｐｅｒｒｙら（１
９８１）Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．３２：１２９５；Ｐｏｗｅｌｌら（１９８
８）Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５４：６５５；Ｓｏｍｋ
ｕｔｉら（１９８７）Ｐｒｏｃ．４ｔｈＥｖｒ．Ｃｏｎｇ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎ
ｏｌｏｇｙ１：４１２、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）。

（ｖ．酵母発現）
酵母発現系もまた、当業者に公知である。酵母プロモーターは、酵母ＲＮＡポ
リメラーゼに結合可能であり、そしてコード配列（例えば、構造遺伝子）からｍ
ＲＮＡへの下流の（３’側の）転写を開始し得る、任意のＤＮＡ配列である。プ
ロモーターは、通常、コード配列の５’末端の近位に位置する転写開始領域を有
する。この転写開始領域は、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位（「ＴＡＴＡボ
ックス」）および転写開始部位を含む。酵母プロモーターはまた、上流アクチベ
ーター配列（ＵＡＳ）と呼ばれる第２のドメインを有し得、これは、もし存在す
るならば、通常、構造遺伝子とは遠位である。このＵＡＳは、調節される（誘導
できる）発現を可能にする。構成的発現は、ＵＡＳの非存在下で生じる。調節さ
れる発現は、正または負のいずれかであり得、それによって転写を増加させるか
または減少させるかのいずれかであり得る。

酵母は、活性な代謝経路を有する発酵性微生物であり、従って、代謝経路にお
ける酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。例とし
ては、以下が挙げられる：アルコールデヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ）（ＥＰ−Ａ−
０２８４０４４）、エノラーゼ、グルコキナーゼ、グルコース−６−リン酸
イソメラーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰまた
はＧＡＰＤＨ）、ヘキソキナーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、３−ホスホグリセ
リン酸ムターゼ、およびピルビン酸キナーゼ（ＰｙＫ）（ＥＰＯ−Ａ−０３２
９２０３）。酵母ＰＨＯ５遺伝子はまた、酸性ホスファターゼをコードし、有
用なプロモーター配列を提供する（Ｍｙａｎｏｈａｒａら（１９８３）Ｐｒｏｃ
．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８０：１）。

さらに、天然には生じない合成プロモーターもまた、酵母のプロモーターとし
て機能する。例えば、ある１つの酵母プロモーターのＵＡＳ配列は、別の酵母プ
ロモーターの転写活性化領域と連結され得、合成ハイブリッドプロモーターを生
成し得る。このようなハイブリッドプロモーターの例は、ＧＡＰ転写活性化領域
と連結されるＡＤＨ調節配列（米国特許第４，８７６，１９７号および同第４，
８８０，７３４号）を含む。ハイブリッドプロモーターの他の例は、ＡＤＨ２、
ＧＡＬ４、ＧＡＬ１０、またはＰＨＯ５遺伝子のいずれかの調節配列からなり、
ＧＡＰまたはＰｙＫ（ＥＰ−Ａ−０１６４５５６）のような解糖酵素遺伝子
の転写活性化領域に結合されているプロモーターを含む。さらに、酵母プロモー
ターは、酵母ＲＮＡポリメラーゼと結合し、そして転写を開始する能力を有する
、天然に生じる非酵母起源のプロモーターを含み得る。このようなプロモーター
の例としては、とりわけ、以下が挙げられる：（Ｃｏｈｅｎら、（１９８０）Ｐ
ｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７７：１０７８；Ｈｅｎｉｋｏ
ｆｆら（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ２８３：８３５；Ｈｏｌｌｅｎｂｅｒｇら（
１９８１）Ｃｕｒｒ．ＴｏｐｉｃｓＭｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９
６：１１９；Ｈｏｌｌｅｎｂｅｒｇら（１９７９）「酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙ
ｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅにおける細菌の抗生物質耐性遺伝子の発現」、Ｐ
ｌａｓｍｉｄｓｏｆＭｅｄｉｃａｌ，Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌａｎｄ
ＣｏｍｍｅｒｃｉａｌＩｍｐｏｒｔａｎｃｅ（Ｋ．Ｎ．Ｔｉｍｍｉｓおよび
Ａ．Ｐｕｈｌｅｒ編）；Ｍｅｒｃｅｒａｕ−Ｐｕｉｇａｌｏｎら（１９８０）Ｇ
ｅｎｅ１１：１６３；Ｐａｎｔｈｉｅｒら（１９８０）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ
．２：１０９；）。

ＤＮＡ分子は、酵母において、細胞内で発現され得る。プロモーター配列は、
ＤＮＡ分子と直接連結され得、その場合、組換えタンパク質のＮ末端にある最初
のアミノ酸は常にＡＴＧ開始コドンによってコードされているメチオニンである
。もし所望ならば、Ｎ末端のメチオニンは、臭化シアンとのインビトロインキュ
ベーションによって、タンパク質から切断され得る。

融合タンパク質は、酵母発現系について、ならびに哺乳動物、バキュロウイル
ス、および細菌の発現系において、代替物を提供する。通常、内因性酵母タンパ
ク質、または他の安定なタンパク質のＮ末端部分をコードするＤＮＡ配列は、異
種コード配列の５’末端に融合される。発現において、この構築物は、２つのア
ミノ酸配列の融合物を提供する。例えば、酵母またはヒトのスーパーオキシドジ
スムターゼ（ＳＯＤ）遺伝子は、外来遺伝子の５’末端に連結され、そして酵母
において発現し得る。２つのアミノ酸配列の連結部にあるＤＮＡ配列は、切断部
位をコードしてもよいし、コードしなくてもよい。例えば、ＥＰ−Ａ−０１９
６０５６を参照のこと。別の例はユビキチン融合タンパク質である。このよう
な融合タンパク質は、外来タンパク質からユビキチンを切断するプロセシング酵
素（例えば、ユビキチン特異的プロセシングプロテアーゼ）のための部位を好ま
しくは保持する、ユビキチン領域を伴って作製される。従って、この方法を通じ
て、ネイティブな融合タンパク質は、単離され得る（例えば、ＷＯ８８／０２４
０６６）。

あるいは、外来タンパク質はまた、酵母における外来タンパク質の分泌を提供
する、リーダー配列フラグメントから構成される融合タンパク質をコードする、
キメラＤＮＡ分子を作製することによって、細胞から増殖培地へ分泌され得る。
好ましくは、インビボまたはインビトロのいずれかで切断され得る、リーダーフ
ラグメントと外来遺伝子との間にコードされるプロセシング部位が存在する。リ
ーダー配列フラグメントは、細胞からのタンパク質の分泌を指向する、疎水性ア
ミノ酸から構成されるシグナルペプチドを、通常コードする。

適切なシグナル配列をコードするＤＮＡは、分泌性酵母タンパク質に関する遺
伝子由来であり得、その遺伝子は例えば、酵母インベルターゼ遺伝子（ＥＰ−Ａ
−００１２８７３；ＪＰＯ．６２，０９６，０８６）およびＡ因子遺伝子（
米国特許４，５８８，６８４）である。あるいは、インターフェロンリーダーの
ような、酵母における分泌もまた提供する、非酵母起源のリーダーが存在する（
ＥＰ−Ａ−００６００５７）。

好ましいクラスの分泌リーダーは、酵母α因子遺伝子のフラグメントを使用す
るリーダーであり、これは「プレ」シグナル配列、および「プロ」領域の両方を
含む。用いられ得るこの型のα因子フラグメントは、完全長の、プレ−プロα因
子リーダー(約８３アミノ酸残基）および短縮されたα因子リーダー（通常約２
５〜約５０アミノ酸残基）を含む（米国特許４，５４６，０８３および４，８７
０，００８；ＥＰ−Ａ−０３２４２７４）。分泌を提供するα因子リーダー
フラグメントを使用するさらなるリーダーは、第１の酵母のプレ配列を有するが
、第２の酵母α因子からのプロ領域を有しないで作製される、ハイブリッドα因
子リーダーを含む（例えば、ＷＯ８９／０２４６３を参照のこと）。

通常、酵母に認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの３’側に位置する
調節領域であり、そして従って、プロモーターと共にコード配列に隣接する。こ
れらの配列は、そのＤＮＡにコードされるポリペプチドへと翻訳され得る、ｍＲ
ＮＡの転写を指向する。転写終結配列および他の酵母に認識される終結配列の例
は、例えば、解糖酵素をコードする転写終結配列である。

通常、上記の成分（プロモーター、リーダー（もし所望ならば）、目的のコー
ド配列、および転写終結配列を含む）は、組み立てられて発現構築物になる。発
現構築物は、宿主（例えば、酵母または細菌）において安定に保持され得る染色
体外エレメント（例えば、プラスミド）のような、レプリコンにおいてしばしば
保持される。このレプリコンは、２つの複製系を有し得、従って、このことが、
例えば、発現のために酵母において、ならびにクローニングおよび増幅のために
原核生物宿主において保持されることを可能にする。このような酵母−細菌シャ
トルベクターの例としては、以下が挙げられる：ＹＥｐ２４（Ｂｏｔｓｔｅｉｎ
ら（１９７９）Ｇｅｎｅ８：１７〜２４）、ｐＣｌ／１（Ｂｒａｋｅら（１９
８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８１：４６４２〜４６
４６）、およびＹＲｐ１７（Ｓｔｉｎｃｈｃｏｍｂら（１９８２）Ｊ．Ｍｏｌ．
Ｂｉｏｌ．１５８：１５７）。さらに、レプリコンは、高コピー数プラスミドま
たは低コピー数プラスミドのいずれかであり得る。高コピー数プラスミドは、一
般に約５〜約２００、そして通常約１０〜約１５０の範囲のコピー数を有し得る
。高コピー数プラスミドを含む宿主は、好ましくは少なくとも約１０個、そして
より好ましくは少なくとも約２０個を有する。高コピー数ベクターまたは低コピ
ー数ベクターのいずれかが選択され得、それは、宿主に対するベクターおよび外
来タンパク質の効果に依存する。例えば、Ｂｒａｋｅら、前出を参照のこと。

あるいは、発現構築物は、組み込みベクターを用いて、酵母のゲノムへ組み込
まれ得る。組み込みベクターは、通常、ベクターが組み込むのを可能にする、酵
母の染色体と相同な少なくとも１つの配列を含み、そして好ましくは、発現構築
物に隣接する２つの相同配列を含む。組み込みは、ベクターにおける相同なＤＮ
Ａと酵母の染色体との間の組換えから生じるようである（Ｏｒｒ−Ｗｅａｖｅｒ
ら（１９８３）ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＥｎｚｙｍｏｌ．１０１：２２８〜２４
５）。組み込みベクターは、そのベクター中に含有するために適切な相同配列を
選択することによって、酵母における特定の遺伝子座を指向され得る。Ｏｒｒ−
Ｗｅａｖｅｒら、前出を参照のこと。１つ以上の発現構築物が組み込まれ得、お
そらく産生される組換えタンパク質のレベルに影響を与え得る（Ｒｉｎｅら（１
９８３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８０：６７５０）。
ベクターに含まれる染色体配列は、ベクターにおける単一セグメント（ベクター
全体の組み込みを生じる）、または染色体における隣接セグメントに相同でかつ
ベクターにおける発現構築物に隣接する２つのセグメント（発現構築物のみの安
定した組み込みを生じ得る）のいずれかとして生じ得る。

通常、染色体外発現構築物および組み込み発現構築物は、選択マーカーを含み
得、形質転換された酵母株の選択を可能にする。選択マーカーは、酵母宿主にお
いて発現され得る生合成遺伝子を含み得、それは例えば、ＡＤＥ２、ＨＩＳ４、
ＬＥＵ２、ＴＲＰ１、およびＡＬＧ７、ならびにＧ４１８耐性遺伝子であり、そ
れぞれ、酵母細胞がツニカマイシンおよびＧ４１８に耐性になるようにする。さ
らに、適切な選択マーカーはまた、金属のような毒性化合物の存在下において増
殖する能力を、酵母に提供し得る。例えば、ＣＵＰ１の存在は、酵母が、銅イオ
ンの存在下において増殖することを可能にする（Ｂｕｔｔら（１９８７）Ｍｉｃ
ｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．５１：３５１）
あるいは、上記成分のうちのいくつかは、組み立てられて形質転換ベクターに
なり得る。形質転換ベクターは、通常、上記のように、レプリコンにおいて保持
されるか、または組み込みベクターに開発されるかのいずれかである、選択マー
カーから構成される。

発現ベクターおよび形質転換ベクターは、染色体外レプリコンまたは組み込み
ベクターのいずれかであり、多くの酵母への形質転換のために開発されてきた。
例えば、発現ベクターは、とりわけ、以下の酵母のために開発されてきた：Ｃａ
ｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ（Ｋｕｒｔｚら（１９８６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．
Ｂｉｏｌ．６：１４２）、Ｃａｎｄｉｄａｍａｌｔｏｓａ（Ｋｕｎｚｅら（１
９８５）Ｊ.ＢａｓｉｃＭｉｃｒｏｂｉｏｌ．２５：１４１）。Ｈａｎｓｅｎ
ｕｌａｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ（Ｇｌｅｅｓｏｎら（１９８６）Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍ
ｉｃｒｏｂｉｏｌ．１３２：３４５９；Ｒｏｇｇｅｎｋａｍｐら（１９８６）Ｍ
ｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２０２：３０２）、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ
ｆｒａｇｉｌｉｓ（Ｄａｓら（１９８４）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５８：１
１６５）、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓｌａｃｔｉｓ（ＤｅＬｏｕｖｅｎｃ
ｏｕｒｔら（１９８３）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５４：７３７；Ｖａｎｄ
ｅｎＢｅｒｇら（１９９０）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ８：１３５）、
Ｐｉｃｈｉａｇｕｉｌｌｅｒｉｍｏｎｄｉｉ（Ｋｕｎｚｅら（１９８５）Ｊ．
ＢａｓｉｃＭｉｃｒｏｂｉｏｌ．２５：１４１）、Ｐｉｃｈｉａｐａｓｔｏ
ｒｉｓ（Ｃｒｅｇｇら（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：３３７６
；米国特許第４，８３７，１４８号および同第４，９２９，５５５号）、Ｓａｃ
ｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ（Ｈｉｎｎｅｎら（１９７８）Ｐ
ｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７５：１９２９；Ｉｔｏら（１
９８３）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５３：１６３）、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈ
ａｒｏｍｙｃｅｓｐｏｍｂｅ（ＢｅａｃｈおよびＮｕｒｓｅ（１９８１）Ｎａ
ｔｕｒｅ３００：７０６）、およびＹａｒｒｏｗｉａｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ
（Ｄａｖｉｄｏｗら（１９８５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．１０：３８０４７１；
Ｇａｉｌｌａｒｄｉｎら（１９８５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．１０：４９）。

外来ＤＮＡを酵母宿主へ導入する方法は、当該分野において周知であり、そし
て通常、スフェロプラストの、またはアルカリ陽イオンで処置された無傷の酵母
細胞のいずれかの形質転換を含む。形質転換の手順は、通常、形質転換される酵
母の種によって変化する。例えば以下を参照のこと：（Ｋｕｒｔｚら（１９８６
）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．６：１４２；Ｋｕｎｚｅら（１９８５）Ｊ．Ｂ
ａｓｉｃＭｉｃｒｏｂｉｏｌ．２５：１４１；Ｃａｎｄｉｄａ）；（Ｇｌｅｅ
ｓｏｎら（１９８６）Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１３２：３４５９；Ｒ
ｏｇｇｅｎｋａｍｐら（１９８６）Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２０２：３０
２；Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）；（Ｄａｓら（１９８４）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．
１５８：１１６５；ＤｅＬｏｕｖｅｎｃｏｕｒｔら（１９８３）Ｊ．Ｂａｃｔ
ｅｒｉｏｌ．１５４：１１６５；ＶａｎｄｅｎＢｅｒｇら（１９９０）Ｂｉ
ｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ８：１３５；Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）；（Ｃ
ｒｅｇｇら（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：３３７６；Ｋｕｎｚ
ｅら（１９８５）Ｊ．ＢａｓｉｃＭｉｃｒｏｂｉｏｌ．２５：１４１；米国特
許第４，８３７，１４８号および同第４，９２９，５５５号；Ｐｉｃｈｉａ）；
（Ｈｉｎｎｅｎら（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
７５：１９２９；Ｉｔｏら（１９８３）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５３：１
６３Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）；（ＢｅａｃｈおよびＮｕｒｓｅ（１９８
１）Ｎａｔｕｒｅ３００：７０６；Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ
）；（Ｄａｖｉｄｏｗら（１９８５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．１０：３９；Ｇａ
ｉｌｌａｒｄｉｎら（１９８５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．１０：４９；Ｙａｒｒ
ｏｗｉａ）。

（抗体）
本明細書中で使用される場合、用語「抗体」とは、少なくとも１つの抗体結合
部位から構成されるポリペプチドまたはポリペプチド群をいう。「抗体結合部位
」は、内部表面形状および抗原のエピトープの特徴に相補的な電荷分布を有する
、３次元結合空間であり、これが、抗体と抗原の結合を可能にする。「抗体」は
、例えば、脊椎動物抗体、ハイブリッド抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、変化さ
れた抗体、単価抗体、Ｆａｂタンパク質、および単一ドメイン抗体を含む。

本発明のタンパク質に対する抗体は、親和性クロマトグラフィー、免疫アッセ
イ、およびＮｅｉｓｓｅｒｉａのタンパク質の識別／同定に有用である。

本発明のタンパク質に対する抗体（ポリクローナルおよびモノクローナルの両
方）は、従来の方法によって調製され得る。一般に、タンパク質は、最初に、適
切な動物、好ましくはマウス、ラット、ウサギ、またはヤギを免疫するために使
用される。ウサギおよびヤギは、得られ得る血清の容量、および標識された抗ウ
サギ抗体および抗ヤギ抗体の入手可能性に起因して、ポリクローナル血清の調製
のために好ましい。免疫は、一般的に、タンパク質を生理的食塩水（好ましくは
フロイント完全アジュバントのようなアジュバント）に混合または乳化し、そし
て混合物または乳化物を非経口的に（一般的に皮下、または筋肉内に）注射する
ことによって、行われる。５０〜２００μｇ／注射の用量が、代表的に充分であ
る。免疫は、一般的に、２〜６週後に生理的食塩水（好ましくはフロイント不完
全アジュバント）中のタンパク質の１回以上の注射でブーストされる。あるいは
、当該分野において公知の方法を使用するインビトロ免疫によって抗体を産生し
得、これは、本発明の目的にとっては、インビボ免疫に等しいと考えられる。ポ
リクローナル抗血清は、免疫された動物からガラスまたはプラスチック製容器へ
採血し、その血液を２５℃で１時間インキュベートし、その後４℃で２〜１８時
間インキュベートすることによって得られる。この血清は、遠心分離（例えば１
，０００ｇ、１０分間）によって回収される。ウサギから、採血につき約２０〜
５０ｍｌが得られ得る。

モノクローナル抗体は、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（Ｎａｔｕｒｅ
（１９７５）２５６：４９５〜９６）の標準的方法、またはその改変版を使用し
て調製される。代表的には、マウスまたはラットが、上記のように免疫される。
しかし、血清を抽出するために動物から採血するよりも、脾臓（および必要に応
じていくつかの大きなリンパ節）が取り出され、そして単細胞へ解離される。も
し所望ならば、脾臓細胞は、（非特異的付着細胞の回収後）細胞懸濁液をタンパ
ク質抗原でコーティングされたプレートまたはウェルへアプライすることによっ
て、スクリーニングされ得る。この抗原に特異的な膜結合免疫グロブリンを発現
するＢ細胞は、このプレートに結合し、そして残りの懸濁液によって、洗い落と
されない。生じるＢ細胞、または全ての解離された脾臓細胞は、次に骨髄腫細胞
と融合するように誘導されてハイブリドーマを形成し、そして選択培地（例えば
ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン培地、「ＨＡＴ」）において培養さ
れる。生じるハイブリドーマは、限界希釈によってプレーティングされ、そして
免疫する抗原に対して特異的に結合する（かつ関連しない抗原に結合しない）抗
体の産生についてアッセイされる。選択されるＭＡｂ分泌ハイブリドーマは、次
にインビトロ（例えば、組織培養瓶または中空線維リアクター中で）、またはイ
ンビボ（マウスにおける腹水として）のいずれかで培養される。

もし所望ならば、抗体は（ポリクローナルまたはモノクローナルいずれであっ
ても）、従来技術を使用して標識され得る。適切な標識としては、以下が挙げら
れる：発蛍光団、発色団、放射性原子（特に³²Ｐおよび¹²⁵Ｉ）、電子密度試薬
、酵素、および特異的結合パートナーを有するリガンド。酵素は、代表的に、そ
の活性によって検出される。例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼは、通常、３
，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）を青い色素（分光光度計
を用いて定量可能）へ変換するその能力によって、検出される。「特異的結合パ
ートナー」とは、高い特異性でリガンド分子に結合し得るタンパク質をいい、例
えば抗原およびそれに特異的なモノクローナル抗体の場合である。他の特異的結
合パートナーは、ビオチンおよびアビジンまたはストレプトアビジン、ＩｇＧお
よびプロテインＡ、ならびに当該分野において公知の多くのレセプター−リガン
ド対を含む。同じ標識がいくつかの異なる様式で働き得るので、以上の記載が、
種々の標識を別個のクラスへ分類することを意味しないことは、理解されるべき
である。例えば、¹²⁵Ｉは、放射性標識として、または電子密度試薬として働き
得る。ＨＲＰは、酵素として、またはＭＡｂについての抗原として働き得る。さ
らに、所望の効果のために、種々の標識を組合せ得る。例えば、ＭＡｂおよびア
ビジンはまた、本発明の実施において、標識を必要とする。従って、ＭＡｂをビ
オチンで標識して、そして¹²⁵Ｉで標識したアビジン、またはＨＲＰで標識した
抗ビオチンＭＡｂで、その存在を検出し得る。他の置換および可能性は、当業者
に容易に明らかであり、そして本発明の範囲内に等しいと考えられる。

（薬学的組成物）
薬学的組成物は、本発明のポリペプチド、抗体または核酸のいずれかを含み得
る。この薬学的組成物は、治療上有効な量の、本願発明のポリペプチド、抗体、
またはポリヌクレオチドのいずれかを含む。

本明細書において使用される用語「治療上有効な量」とは、所望の疾患または
状態を処置、改善、または予防するための治療薬剤の量、または、検出可能な治
療効果または予防効果を示すための治療薬剤の量をいう。この効果は、例えば、
キメラマーカーまたは抗原レベルによって検出され得る。治療効果はまた、体温
低下のような、身体の症状における減少を含む。被験体に関する正確な有効量は
、被験体の大きさおよび健康、状態の性質および程度、および投与のために選択
される治療または治療の組合せに依存する。従って、あらかじめ正確な有効量を
特定することは有用ではない。しかし、所定情況のための有効量は、慣用的な実
験によって決定され得、そして臨床医の判断内である。

本発明の目的のために、有効な用量は、ＤＮＡ構築物が投与される個体におい
て、ＤＮＡ構築物の約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇまたは０．０５ｍｇ
／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇである。

薬学的組成物はまた、薬学的に受容可能なキャリアを含み得る。用語「薬学的
に受容可能なキャリア」とは、抗体またはポリペプチド、遺伝子、および他の治
療薬剤のような、治療薬剤の投与のためのキャリアをいう。この用語は、この組
成物を受け取る個体に有害な抗体の産生をそれ自体誘導しない、任意の薬学的キ
ャリアをいい、そして、過度の毒性を伴わずに投与され得る。適切なキャリアは
、タンパク質、多糖、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、重合アミノ酸、アミノ酸コ
ポリマー、および不活性ウイルス粒子のように、大きく、遅く代謝される巨大分
子であり得る。このようなキャリアは、当業者に周知である。

薬学的に受容可能な塩が、その中で使用され得る。例えば、塩酸塩、臭化水素
塩、リン酸塩、硫酸塩などのような鉱酸塩；および酢酸塩、プロピオン酸塩、マ
ロン酸塩、安息香酸塩などのような有機酸の塩である。薬学的に受容可能な賦形
剤の徹底的な議論は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ
Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（ＭａｃｋＰｕｂ．Ｃｏ．、Ｎ．Ｊ．１９９１）にて利用
可能である。

治療組成物における薬学的に受容可能なキャリアは、水、生理的食塩水、グリ
セロールおよびエタノールのような液体を含み得る。さらに、湿潤剤または乳化
剤、ｐＨ緩衝物質などのような補助物質が、このようなビヒクルに存在し得る。
代表的には、治療組成物は、液体溶液または懸濁液のいずれかの、注射可能物質
として調製される；注射前に液体ビヒクルに溶解または懸濁するのに適切な固体
形態もまた、調製され得る。リポソームは、薬学的に受容可能なキャリアの定義
中に含まれる。

（送達方法）
一旦処方されると、本発明の組成物は、その被験体へ直接投与され得る。処置
される被験体は、動物であり得；特に、ヒト被験体が処置され得る。

その組成物直接送達は、一般的に、皮下的に、腹腔内に、静脈内に、または筋
肉内のいずれかでの注入によって達成されるか、あるいは、組織の間質空間へ送
達される。この組成物はまた、病巣へ投与され得る。他の投与様式には、経口投
与、および肺投与、坐剤、および経皮（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）適用または経
皮（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）適用（例えば、ＷＯ９８／２０７３４を参
照のこと）、針、および遺伝子銃またはハイポスプレー（ｈｙｐｏｓｐｒａｙ）
が含まれる。投薬処置は、単回用量スケジュール、または多数回用量スケジュー
ルであり得る。

（ワクチン）
本発明に従うワクチンは、予防的（すなわち、感染を予防するため）または治
療（すなわち、感染後の疾患を処置するため）のいずれかであり得る。

このようなワクチンは、免疫抗原、免疫原、ポリペプチド、タンパク質または
核酸を、通常「薬学的に受容可能なキャリア」とともに含み、このキャリア自体
は、その組成物を受ける個体に有害である抗体の産生を誘発しない任意のキャリ
アを含む。適切なキャリアは、代表的に、大きく、ゆっくり代謝される高分子（
例えば、タンパク質、ポリサッカリド、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマー
性アミノ酸、アミノ酸コポリマー、脂質凝集物（例えば、油小滴またはリポソー
ム）、および不活性ウイルス粒子である。このようなキャリアは、当該分野で周
知である。さらに、これらのキャリアは免疫刺激薬剤（「アジュバント」）とし
て機能し得る。さらに、この抗原または免疫原は、細菌毒素（例えば、ジフテリ
ア、破傷風、コレラ、Ｈ．ｐｙｌｏｒｉなどの病原因子からの毒素）と結合体化
され得る。

この組成物の効力を増強するために好ましいアジュバントは、（１）アルミニ
ウム塩（「明礬」）（例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸
アルミニウムなど）、（２）水中油懸濁処方物（他の特定の免疫刺激薬剤（例え
ば、ムラミルペプチド（以下を参照のこと）または細菌細胞壁成分）を伴うか伴
わない）を包含するが、それらに限定されず、例えば、以下：（ａ）５％スクア
レン、０．５％Ｔｗｅｅｎ８０、および０．５％Ｓｐａｎ８５（必要に応
じて、種々の量のＭＴＰ−ＰＥ（以下を参照のこと）を含有するが、必要ではな
い）を含み、モデル１１０Ｙ微小流体化器（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ、Ｎｅ
ｗｔｏｎ、ＭＡ）のような微小流体化器を用いてμ未満の粒子へと処方されたＭ
Ｆ５９^TM（ＷＯ９０／１４８３７；Ｖａｃｃｉｎｅｄｅｓｉｇｎ：ｔｈｅｓ
ｕｂｕｎｉｔａｎｄａｄｊｕｖａｎｔａｐｐｒｏａｃｈ、編、Ｐｏｗｅｌ
ｌ＆Ｎｅｗｍａｎ、ＰｌｅｎｕｍＰｒｅｓｓ１９９５の第１０節）；（
ｂ）μ未満のエマルジョンへと微小流体化されたか、またはボルテックスして、
より大きな粒子径エマルジョンを生成したかのいずれかである、１０％スクアレ
ン、０．４％Ｔｗｅｅｎ８０、５％プルロニックブロックポリマーＬ１２１、お
よびｔｈｒ−ＭＤＰ（以下を参照のこと）を含有するＳＡＦ、ならびに（ｃ）２
％スクアレン、０．２％Ｔｗｅｅｎ８０、およびモノホスホリピドＡ（ＭＰＬ）
、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）好ましく
はＭＰＬおよびＣＷＳ（Ｄｅｔｏｘ^TM）からなる群由来の１つ以上の細菌細胞壁
成分を含むＲｉｂｉ^TMアジュバント系（ＲＡＳ）、（ＲｉｂｉＩｍｍｕｎｏｃ
ｈｅｍ、Ｈａｍｉｌｔｏｎ、ＭＴ）；（３）サポニンアジュバント（例えば、Ｓ
ｔｉｍｕｌｏｎ^TM）（ＣａｍｂｒｉｄｇｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｗｏｒｃｅ
ｓｔｅｒ、ＭＡ）を使用し得るか、またはそれから粒子（例えば、ＩＳＣＯＭ（
免疫刺激性複合体）を生成し得る；（４）完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ
）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）；（５）サイトカイン（例え
ば、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、Ｉ
Ｌ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２など）、インターフェロン（例えば、γインター
フェロン）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（
ＴＮＦ）など；および（６）その組成物の効力を強化するための免疫刺激因子と
して作用する他の物質を包含するがそれらに限定されない。ミョウバンおよびＭ
Ｆ５９^TMが好ましい。

上記で言及したように、ムラミルペプチドは、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−
スレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラ
ミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ノル−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチルムラ
ミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’
−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチ
ルアミン（ＭＴＰ−ＰＥ）などを包含するがそれらに限定されない。

免疫原性組成物（例えば、免疫化抗原／免疫原／ポリペプチド／タンパク質／
核酸、薬学的に受容可能なキャリア、およびアジュバント）は、代表的に、希釈
剤（例えば、水、生理食塩水、グリセロール、エタノールなど）を含有する。さ
らに、補助物質（例えば、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝物質など）は、このよ
うなビヒクルにおいて存在し得る。

代表的に、免疫原性組成物は、液体溶液または懸濁物として、注射剤として調
製され；注射前に液体ビヒクルにおける溶液または懸濁物として適切な固体形態
もまた調製され得る。この調製物はまた、薬学的に受容可能なキャリアの下で、
上記に記載のように、アジュバント効果の強化のために乳化され得るかまたはリ
ポソーム中にカプセル化され得る。

ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的有効量の抗原性または
免疫原性のポリペプチド、および任意の他の上記の成分を必要に応じて含む。「
免疫学的有効量」とは、その量の個体への投与が、単回用量であれ、一連の（用
量の）一部としてであれ、処置または予防に有効であることを意味する。この量
は、処置される個体の健康および身体状態、処置される個体の分類学上の群（例
えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、個体の免疫系が抗体を合成する能力、所望
される保護の程度、そのワクチンの処方物、処置する医師の医療的状況の評価、
および他の関連する因子に依存して変動する。その量は、比較的広い範囲に入り
、この量が慣用的な試行を通して決定され得ることが予想される。

免疫学的組成物は、従来のように、非経口的（例えば、皮下、筋肉内または経
皮（ｔｒａｎｓｕｄｅｒｍａｌｌｙ）／経皮（ｔｒａｎｓｕｃｕｔａｎｅｏｕｓ
ｌｙ）のいずれかでの注射による）（例えば、ＷＯ９８／２０７３４）に投与さ
れる）。他の投与様式に適切なさらなる処方物は、経口処方物および肺処方物、
坐剤、および経皮適用を含む。投薬処置は、単回用量スケジュールまたは多数回
用量スケジュールであり得る。ワクチンは、他の免疫調節剤とともに投与され得
る。

タンパク質ベースのワクチンの代替として、ＤＮＡワクチンを使用し得る（例
えば、ＲｏｂｉｎｓｏｎおよびＴｏｒｒｅｓ（１９９７）Ｓｅｍｉｎａｒｓｉ
ｎＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ９：２７１−２８３；Ｄｏｎｎｅｌｌｙら（１９９
７）ＡｎｎｕＲｅｖＩｍｍｕｎｏｌ１５：６１７−６４８；本明細書中後
半部を参照のこと）。

（遺伝子送達ビヒクル）
本発明の治療剤のコード配列を含む、哺乳動物における発現のためにその哺乳
動物へ送達される構築物の送達のための遺伝子治療ビヒクルは、局所または全身
的のいずれかで投与され得る。これらの構築物は、ウイルスベクターアプローチ
または非ウイルスベクターアプローチを、インビボまたはエキソビボの様式で利
用し得る。このようなコード配列の発現は、内因性哺乳動物プロモーターまたは
外因性プロモーターを用いて誘導され得る。このコード配列のインビボでの発現
は、構成性または調節性のいずれかであり得る。

本発明は、意図された核酸配列を発現し得る遺伝子送達ビヒクルを含む。この
遺伝子送達ビヒクルは、好ましくは、ウイルスベクター、およびより好ましくは
レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡ
Ｖ）ベクター、ヘルペスウイルスベクターまたはαウイルスベクターである。こ
のウイルスベクターはまた、アストロウイルスベクター、コロナウイルスベクタ
ー、オルトミクソウイルスベクター、パポバウイルスベクター、パラミクソウイ
ルスベクター、パルボウイルスベクター、ピコルナウイルスベクター、ポックス
ウイルスベクター、またはトガウイルスベクターであり得る。一般的には、Ｊｏ
ｌｌｙ（１９９４）ＣａｎｃｅｒＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ１：５１−６４
；Ｋｉｍｕｒａ（１９９４）ＨｕｍａｎＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ５：８４
５−８５２；Ｃｏｎｎｅｌｌｙ（１９９５）ＨｕｍａｎＧｅｎｅＴｈｅｒａ
ｐｙ６：１８５−１９３；およびＫａｐｌｉｔｔ（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ
Ｇｅｎｅｔｉｃｓ６：１４８−１５３を参照のこと。

レトロウイルスベクターは、当該分野で周知であり、そして本発明者らは、任
意のレトロウイルス遺伝子治療ベクターが本発明において使用可能であることを
意図する。これには、Ｂ型、Ｃ型およびＤ型のレトロウイルス、異種栄養性ウイ
ルス（例えば、ＮＺＢ−Ｘ１、ＮＺＢ−Ｘ２およびＮＺＢ９−１（Ｏ’Ｎｅｉｌ
ｌ（１９８５）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．５３：１６０を参照のこと）多栄養性レトロウ
イルス（例えば、ＭＣＦおよびＭＣＦ−ＭＬＶ（Ｋｅｌｌｙ（１９８３）Ｊ．Ｖ
ｉｒｏｌ．４５：２９１を参照のこと）、スプマウイルスおよびレンチウイルス
が含まれる。ＲＮＡＴｕｍｏｒＶｉｒｕｓｅｓ、第２版、ＣｏｌｄＳｐｒ
ｉｎｇＨａｒｏｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８５を参照のこと。

レトロウイルス遺伝子治療ベクターの部分は、異なるレトロウイルスに由来し
得る。例えば、レトロウイルスＬＴＲは、マウス肉腫ウイルスに由来し得、ｔＲ
ＮＡ結合部位はラウス肉腫ウイルスに由来し得、パッケージングシグナルはマウ
ス白血病ウイルスに由来し得、そして第二の鎖合成の起源はトリ白血病ウイルス
に由来し得る。

これらの組換えレトロウイルスベクターを使用して、適切なパッケージング細
胞株へそれらを導入することによって形質導入適合性レトロウイルスベクター粒
子を生成し得る（米国特許第５，５９１，６２４号を参照のこと）。レトロウイ
ルスベクターは、レトロウイルス粒子へのキメラインテグラーゼ酵素の組込みに
よって宿主細胞ＤＮＡへの部位特異的組込みについて構築され得る（ＷＯ９６／
３７６２６号を参照のこと）。この組換えウイルスベクターは複製欠損組換えウ
イルスであることが好ましい。

上記に記載のレトロウイルスベクターを伴う使用について適切なパッケージン
グ細胞株は、当該分野で周知であり、容易に調製され（ＷＯ９５／３０７６３号
およびＷＯ９２／０５２６６号を参照のこと）、そしてこれを使用して、組換え
ベクター粒子の生産のためのプロデューサー細胞株（これは、ベクター細胞株ま
たは「ＶＣＬ」とも称される）を作製し得る。好ましくは、このパッケージング
細胞株は、ヒトの親細胞（例えば、ＨＴ１０８０細胞）またはミンク親細胞株か
ら作製され、これは、ヒト血清における不活化を除去する。

レトロウイルス遺伝子治療ベクターの構築のために好ましいレトロウイルスは
、トリ白血病ウイルス、ウシ白血病ウイルス、マウス白血病ウイルス、ミンク細
胞フォーカス形成ウイルス、マウス肉腫ウイルス、細網内皮症ウイルス、および
ラウス肉腫ウイルスを含む。特に好ましいマウス白血病ウイルスは、４０７０Ａ
および１５０４Ａ（ＨａｒｔｌｅｙおよびＲｏｗｅ（１９７６）Ｊ．Ｖｉｒｏ
ｌ．１９：１９−２５）、Ａｂｅｌｓｏｎ（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−９９９）、Ｆｒ
ｉｅｎｄ（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−２４５）、Ｇｒａｆｆｉ、Ｇｒｏｓｓ（ＡＴＣＣ
番号ＶＲ−５９０）、Ｋｉｒｓｔｅｎ、Ｈａｒｖｅｙ肉腫ウイルスおよびＲａｕ
ｓｃｈｅｒ（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−９９８）およびモロニーマウス白血病ウイルス
（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−１９０）を含む。このようなレトロウイルスベクターは、
寄託機関または収集機関（例えば、アメリカンタイプカルチャーコレクション（
「ＡＴＣＣ」）、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、Ｍａｒｙｌａｎｄ）から入手し得るか、
または一般に利用可能な技術を用いて公知の供給源から単離され得る。

本発明において使用可能な例示的な公知のレトロウイルス遺伝子治療ベクター
は、特許出願ＧＢ２２００６５１、ＥＰ０４１５７３１、ＥＰ０３４５２４２、
ＥＰ０３３４３０１、ＷＯ８９／０２４６８；ＷＯ８９／０５３４９、ＷＯ８９
／０９２７１．ＷＯ９０／０２８０６、ＷＯ９０／０７９３６、ＷＯ９４／０３
６２２、ＷＯ９３／２５６９８、ＷＯ９３／２５２３４、ＷＯ９３／１１２３０
、ＷＯ９３／１０２１８、ＷＯ９１／０２８０５、ＷＯ９１／０２８２５、ＷＯ
９５／０７９９４、米国特許第５，２１９，７４０号、同４，４０５，７１２号
、同４，８６１，７１９号、同４，９８０，２８９号、同４，７７７，１２７号
、同５，５９１，６２４号に記載されるものを含む。Ｖｉｌｅ（１９９３）Ｃａ
ｎｃｅｒＲｅｓ５３：３８６０−３８６４；Ｖｉｌｅ（１９９３）Ｃａｎｃ
ｅｒＲｅｓ．５３：９６２−９６７；Ｒａｍ（１９９３）ＣａｎｃｅｒＲｅ
ｓ５３（１９９３）８３−８８；Ｔａｋａｍｉｙａ（１９９２）ＪＮｅｕｒ
ｏｓｃｉＲｅｓ３３：４９３−５０３；Ｂａｂａ（１９９３）ＪＮｅｕｒ
ｏｓｕｒｇ７９：７２９−７３５；Ｍａｎｎ（１９８３）Ｃｅｌｌ３３：１
５３；Ｃａｎｅ（１９８４）ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉ８１；６
３４９；およびＭｉｌｌｅｒ（１９９０）ＨｕｍａｎＧｅｎｅＴｈｅｒａｐ
ｙ１もまた参照のこと。

ヒトアデノウイルス遺伝子治療ベクターもまた当該分野で公知であり、そして
本発明において使用可能である。例えば、Ｂｅｒｋｎｅｒ（１９８８）Ｂｉｏｔ
ｅｃｈｎｉｑｕｅｓ６：６１６およびＲｏｓｅｎｆｅｌｄ（１９９１）Ｓｃｉ
ｅｎｃｅ２５２：４３１；ならびにＷＯ９３／０７２８３、ＷＯ９３／０６２
２３、およびＷＯ９３／０７２８２を参照のこと。本発明において使用可能な例
示的な公知のアデノウイルス遺伝子治療ベクターは、上記に参照される文書およ
びＷＯ９４／１２６４９、ＷＯ９３／０３７６９、ＷＯ９３／１９１９１、ＷＯ
９４／２８９３８、ＷＯ９５／１１９８４、ＷＯ９５／００６５５、ＷＯ９５／
２７０７１、ＷＯ９５／２９９９３、ＷＯ９５／３４６７１、ＷＯ９６／０５３
２０、ＷＯ９４／０８０２６、ＷＯ９４／１１５０６、ＷＯ９３／０６２２３、
ＷＯ９４／２４２９９、ＷＯ９５／１４１０２、ＷＯ９５／２４２９７、ＷＯ９
５／０２６９７、ＷＯ９４／２８１５２、ＷＯ９４／２４２９９、ＷＯ９５／０
９２４１，ＷＯ９５／２５８０７、ＷＯ９５／０５８３５、ＷＯ９４／１８９２
２およびＷＯ９５／０９６５４において記載されるものを含む。あるいは、Ｃｕ
ｒｉｅｌ（１９９２）Ｈｕｍ．ＧｅｎｅＴｈｅｒ．３：１４７−１５４に記載
されるような殺傷したアデノウイルスに連結したＤＮＡの投与が使用され得る。
本発明の遺伝子送達ビヒクルはまた、アデノウイルス随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベ
クターを含む。本発明における使用のためのこのようなベクターの主要なおよび
好ましい例は、ＳｒｉｖａｓｔａｖａＷＯ９３／０９２３９に開示されるＡＡ
Ｖ−２ベースのベクターである。最も好ましいＡＡＶベクターは、２つのＡＡＶ
逆方向末端反復を含む。ここで、ネイティブＤ配列は、ヌクレオチドの置換によ
って改変され、その結果、少なくとも５つのネイティブなヌクレオチドおよび１
８までのネイティブヌクレオチド、好ましくは少なくとも１０のネイティブヌク
レオチドから１８までのネイティブヌクレオチド、最も好ましくは１０のネイテ
ィブヌクレオチドが維持され、そしてＤ配列の残りのヌクレオチドが欠失または
ネイティブでないヌクレオチドで置換されている。ＡＡＶ逆方向末端反復のネイ
ティブなＤ配列は、各ＡＡＶ逆方向末端反復において（すなわち、各末端に１つ
の配列が存在する）２０の連続するヌクレオチドの配列であって、これは、ＨＰ
形成に関与しない。ネイティブでない置換ヌクレオチドは、同じ位置でのネイテ
ィブなＤ配列に見出されるヌクレオチド以外の任意のヌクレオチドであり得る。
他の使用可能な例示的なＡＡＶベクターは、、ｐＷＰ−１９、ｐＷＮ−１であり
、これらは両方ともＮａｈｒｅｉｎｉ（１９９３）Ｇｅｎｅ１２４：２５７−
２６２に開示される。このようなＡＡＶベクターの別の例は、ｐｓｕｂ２０１（
Ｓａｍｕｌｓｋｉ（１９８７）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６１：３０９６を参照のこと）
である。別の例示的なＡＡＶベクターは、Ｄｏｕｂｌｅ−ＤＩＴＲベクターで
ある。Ｄｏｕｂｌｅ−ＤＩＴＲベクターの構築は、米国特許第５，４７８，７
４５号に開示される。なお他のベクターは、Ｃａｒｔｅｒ米国特許第４，７９
７，３６８号およびＭｕｚｙｃｚｋａ米国特許第５，１３９，９４１号、Ｃｈ
ａｒｔｅｊｅｅ米国特許第５，４７４，９３５号ならびにＫｏｔｉｎＷＯ９
４／２８８１５７に開示されるものである。本発明において使用可能なＡＡＶベ
クターのなおさらなる例は、ＳＳＶ９ＡＦＡＢＴＫｎｅｏであり、これは、ＡＦ
Ｐエンハンサーおよびアルブミンプロモーターを含み、そして肝臓において優性
に発現を指向する。その構造および構築は、Ｓｕ（１９９６）ＨｕｍａｎＧｅ
ｎｅＴｈｅｒａｐｙ７：４６３−４７０に開示される。さらなるＡＡＶ遺伝
子治療ベクターは、米国特許第５，３５４，６７８号、同５，１７３，４１４号
、同５，１３９，９４１号、および同５，２５２，４７９号に開示される。

本発明の遺伝子治療ベクターはまた、ヘルペスウイルスベクターを含む。主要
なおよび好ましい例は、チミジンキナーゼポリペプチドをコードする配列を含む
単純ヘルペスウイルスベクター（例えば、米国特許第５，２８８，６４１号、お
よびＥＰ０１７６１７０（Ｒｏｉｚｍａｎ）に開示されるもの）である。さらな
る例示的な単純ヘルペスウイルスベクターは、ＷＯ９５／０４１３９（Ｗｉｓｔ
ａｒＩｎｓｔｉｔｕｔｅ）に開示されるＨＦＥＭ／ＩＣＰ６−ｌａｃＺ、Ｇｅ
ｌｌｅｒ（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ２４１：１６６７−１６６９ならびにＷ
Ｏ９０／０９４４１およびＷＯ９２／０７９４５に記載されるｐＨＳＶｌａｃ、
Ｆｉｎｋ（１９９２）ＨｕｍａｎＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ３：１１−１９
に記載されるＨＳＶＵｓ３：：ｐｇＣ−ｌａｃＺ、ならびにＥＰ０４５３２４
２（Ｂｒｅａｋｅｆｉｅｌｅｄ）に記載されるＨＳＶ７１３４、２ＲＨ１０
５およびＧＡＬ４、ならびにＡＴＣＣに受託番号ＡＴＣＣＶＲ−９７７および
ＡＴＣＣＶＲ−２６０として寄託されたものを含む。

意図されるのはまた、本発明において使用され得るαウイルス遺伝子治療ベク
ターである。好ましいαウイルスベクターは、シンドビスウイルスベクターであ
る。トガウイルス、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣＶＲ−６７；ＡＴＣＣ
ＶＲ−１２４７）、Ｍｉｄｄｌｅｂｅｒｇウイルス（ＡＴＣＣＶＲ−３７０）
、ロスリバーウイルス（ＡＴＣＣＶＲ−３７３；ＡＴＣＣＶＲ−１２４６）
、ベネズエラウマ脳脊髄炎ウイルス（ＡＴＣＣＶＲ−９２３；ＡＴＣＣＶＲ
−１１２５０；ＡＴＣＣＶＲ−１２４９；ＡＴＣＣＶＲ−５３２）および米
国特許第５，００９１，３０９号、同５，２１７，８７９号、およびＷＯ９２／
１０５７８に記載されるもの。より詳細には、米国特許出願第０８／４０５，６
２７号（１９９５年３月１５日出願）、ＷＯ９４／２１７９２号、ＷＯ９２／１
０５７８号、ＷＯ９５／０７９９４号、米国特許第５，０９１，３０９号、およ
び米国特許第５，２１７，８７９号に記載されるそれらのαウイルスベクターが
使用可能である。このようなαウイルスは、ＡＴＣＣ、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、Ｍ
ａｒｙｌａｎｄのような寄託機関または収集機関から入手し得るか、または一般
的に利用可能な技術を用いて公知の供給源から単離され得る。好ましくは、細胞
傷害性が減少したαウイルスベクターを使用する（米国特許仮出願０８／６７９
６４０号を参照のこと）。

ＤＮＡベクター系（例えば、真核細胞層状発現系）もまた、本発明の核酸の発
現について有用である。真核生物層状発現系の詳細な説明についてはＷＯ９５／
０７９９４を参照のこと。好ましくは、本発明の真核細胞層状発現系はαウイル
スベクターに由来し、そして最も好ましくはシンドビスウイルスベクターに由来
する。

本発明における使用に適切な他のウイルスベクターは、ポリオウイルス（例え
ば、ＡＴＣＣＶＲ−５８およびＥｖａｎｓ、Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）３８５
およびＳａｂｉｎ（１９７３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｓｔａｎｄａｒｄｉｚａｔｉｏｎ
１：１１５に記載されるもの；リノウイルス、例えば、ＡＴＣＣＶＲ−１１
１０およびＡｒｎｏｌｄ（１９９０）ＪＣｅｌｌＢｉｏｃｈｅｍＬ４０１
に記載されるもの；ポックスウイルス（例えば、カナリアポックスルウイルスま
たはワクシニアウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−１１１およびＡＴＣＣＶ
Ｒ−２０１０ならびにＦｉｓｈｅｒ−Ｈｏｃｈ（１９８９）ＰｒｏｃＮａｔｌ
ＡｃａｄＳｃｉ８６：３１７；Ｆｌｅｘｎｅｒ（１９８９）ＡｎｎＮＹ
ＡｃａｄＳｃｉ５６９：８６、Ｆｌｅｘｎｅｒ（１９９０）Ｖａｃｃｉｎ
ｅ８：１７；米国特許第４，６０３，１１２号および同４，７６９，３３０号
ならびにＷＯ８９／０１９７３号に記載されるもの））；ＳＶ４０ウイルス（例
えば、ＡＴＣＣＶＲ−３０５およびＭｕｌｌｉｇａｎ（１９７９）Ｎａｔｕｒ
ｅ２７７：１０８およびＭａｄｚａｋ（１９９２）ＪＧｅｎＶｉｒｏｌ
７３：１５３３に記載されるもの）；インフルエンザウイルス（例えば、ＡＴＣ
ＣＶＲ−７９７および米国特許第５，１６６，０５７号およびＥｎａｍｉ（１
９９０）ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉ．８７：３８０２−３８０５
；ＥｎａｍｉおよびＰａｌｅｓｅ（１９９１）ＪＶｉｒｏｌ６５：２７１１
−２７１３およびＬｕｙｔｊｅｓ（１９８９）Ｃｅｌｌ５９−１１０（ＭｃＭ
ｉｃｈａｅｌ（１９８３）ＮＥＪＭｅｄ３０９：１３ならびにＹａｐ（１９
７８）Ｎａｔｕｒｅ２７３：２３８およびＮａｔｕｒｅ（１９７９）２７７：
１０８もまた参照のこと）に記載されるような逆遺伝子技術を使用して作製した
組換えインフルエンザウイルス）；ＥＰ−０３８６８８２およびＢｕｃｈｓｃｈ
ａｃｈｌｅｒ（１９９２）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６６：２７３１に記載されるような
ヒト免疫不全ウイルス；麻疹ウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−６７およびＶ
Ｒ−１２４７ならびにＥＰ−０４４０２１９に記載されるもの）；アウラウイル
ス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−３６８）；ベバルウイルス（例えば、ＡＴＣＣ
ＶＲ−６００およびＡＴＣＣＶＲ−１２４０）；カバス（Ｃａｂａｓｓｏｕ）
ウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−９２２）；チクングンヤウイルス（例えば
、ＡＴＣＣＶＲ−６４およびＡＴＣＣＶＲ−１２４１）；フォートモーガン
（ＦｏｒｔＭｏｒｇａｎ）ウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−９２４）；ゲ
タウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−３６９およびＡＴＣＣＶＲ−１２４３
）；キジラガハ（Ｋｙｚｙｌａｇａｃｈ）ウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−
９２７）；マヤロウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−６６）；ムカンボウイル
ス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−５８０およびＡＴＣＣＶＲ−１２４４）；ヌヅ
ムウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−３７１）；ピクスナウイルス（例えば、
ＡＴＣＣＶＲ−３７２およびＡＴＣＣＶＲ−１２４５）；トナテ（Ｔｏｎａ
ｔｅ）ウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−９２５）；トリニティウイルス（例
えば、ＡＴＣＣＶＲ−４６９）；ユナウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−３
７４）；ワタロアウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−９２６）；Ｙ−６２−３
３ウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−３７５）；オニオニオンウイルス、東部
ウマ脳脊髄炎ウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−６５およびＡＴＣＣＶＲ−
１２４２）；西部ウマ脳脊髄炎ウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−７０、ＡＴ
ＣＣＶＲ−１２５１、ＡＴＣＣＶＲ−６２２およびＡＴＣＣＶＲ−１２５
２）；ならびにコロナウイルス（例えば、ＡＴＣＣＶＲ−７４０）およびＨａ
ｍｒｅ（１９６６）ＰｒｏｃＳｏｃＥｘｐＢｉｏｌＭｅｄ１２１：１
９０に記載のものを含む。

本発明の組成物の細胞への送達は、上記に言及したウイルスベクターに限定さ
れない。他の送達方法および媒体が使用され得る（例えば、核酸発現ベクター、
殺傷したアデノウイルスに連結したかまたは連結してないポリカチオン性縮合Ｄ
ＮＡ単独（例えば、米国特許出願番号０８／３６６，７８７（１９９４年１２月
３０日出願）およびＣｕｒｉｅｌ（１９９２）ＨｕｍＧｅｎｅＴｈｅｒ３
：１４７−１５４を参照のこと）、リガンド連結ＤＮＡ（例えば、Ｗｕ（１９８
９）ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２６４：１６９８５−１６９８７を参照のこと）
、真核生物細胞送達ビヒクル細胞（例えば、米国特許出願番号０８／２４０，０
３０（１９９４年５月９日出願）および米国特許出願番号０８／４０４，７９６
を参照のこと）、光重合化ヒドロゲル物質の沈着、手動の遺伝子送達粒子銃（米
国特許第５，１４９，６５５号に記載されるような）、米国特許第５，２０６，
１５２およびＷＯ９２／１１０３３に記載されるような電離放射線、核酸電荷中
和または細胞膜との融合）。さらなるアプローチは、Ｐｈｉｌｉｐ（１９９４）
ＭｏｌＣｅｌｌＢｉｏｌ１４：２４１１−２４１８およびＷｏｆｆｅｎｄ
ｉｎ（１９９４）ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉ９１：１５８１−１
５８５に記載される。

粒子媒介遺伝子送達が使用され得る（例えば、米国特許出願６０／０２３，８
６７号を参照のこと）。手短には、配列を、高レベル発現のための従来の制御配
列を含む従来のベクターに挿入し得、次いで細胞標的化リガンド（例えば、アシ
アロオロソムコイド（ＷｕおよびＷｕ（１９８７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２
６２：４４２９−４４３２に記載されるような）、Ｈｕｃｋｅｄ（１９９０）Ｂ
ｉｏｃｈｅｍＰｈａｒｍａｃｏｌ４０：２５３−２６３に記載されるような
インスリン、Ｐｌａｎｋ（１９９２）ＢｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅＣｈｅｍ３
：５３３−５３９に記載されるようなガラクトース、ラクトースまたはトランス
フェリン）に連結された合成遺伝子送達分子（例えば、重合ＤＮＡ結合カチオン
様ポリリジン、プロタミンおよびアルブミン）とともにインキュベートされ得る
。

裸のＤＮＡもまた使用され得る。例示的な裸のＤＮＡ導入方法は、ＷＯ９０／
１１０９２および米国特許第５，５８０，８５９号に記載される。取り込み効率
は、生体分解性のラテックスビーズを用いて改良され得る。ＤＮＡコートラテッ
クスビーズは、ビーズによるエンドサイトーシス開始の後に効率よく細胞へと輸
送される。この方法は、ビーズを処理して疎水性を高め、それによってエンドソ
ームの破壊および細胞質へのＤＮＡの放出を容易にすることによってさらに改良
され得る。

遺伝子送達ビヒクルとして作用し得るリポソームは、米国特許第５，４２２，
１２０号、ＷＯ９５／１３７９６、ＷＯ９４／２３６９７、ＷＯ９１／１４４４
５、およびＥＰ５２４，９６８に記載される。米国特許出願６０／０２３，８６
７に記載されるように、非ウイルス性送達において、ポリペプチドをコードする
核酸配列は、高レベル発現のための従来の制御配列を含む従来のベクターへと挿
入され得、次いで細胞標的化リガンド（例えば、アシアロオロソムコイド、イン
スリン、ガラクトース、ラクトースまたはトランスフェリン）に連結された、重
合性ＤＮＡ結合カチオン（例えば、ポリリジン、プロタミン、およびアルブミン
）のような合成遺伝子伝達分子とともにインキュベートされ得る。他の送達系は
、種々の組織特異的または普遍的作用性のプロモーターの制御下に遺伝子を含む
ＤＮＡをカプセル化するためのリポソームの使用を含む。さらに、使用に適切な
非ウイルス送達は、機械的送達系（例えば、Ｗｏｆｆｅｎｄｉｎら（１９９４）
Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９１（２４）：１１５８１−
１１５８５に記載されるアプローチを含む。さらに、コード配列およびそのよう
なものの発現産物は、光重合化ヒドロゲル物質の沈着を介して送達され得る。コ
ード配列の送達について使用され得る、遺伝子送達のための他の従来の方法は、
例えば、手動の遺伝子送達粒子銃（米国特許第５，１４９，６５５号に記載され
るような）；移入された遺伝子を活性化するための電離放射線の使用（米国特許
第５，２０６，１５２号およびＷＯ９２／１１０３３に記載されるような）を含
む。

例示的なリポソームおよびポリカチオン性遺伝子送達ビヒクルは、米国特許第
５，４２２，１２０号および同４，７６２，９１５号；ＷＯ９５／１３７９６；
ＷＯ９４／２３６９７；およびＷＯ９１／１４４４５；ＥＰ−０５２４９６８；
およびＳｔｒｙｅｒ、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、２３６−２４０頁（１９７５
）、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ、ＳａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ；Ｓｚｏｋａ（１９
８０）ＢｉｏｃｈｅｍＢｉｏｐｈｙｓＡｃｔａ６００：１；Ｂａｙｅｒ（
１９７９）ＢｉｏｃｈｅｍＢｉｏｐｈｙｓＡｃｔａ５５０：４６４；Ｒ
ｉｖｎａｙ（１９８７）ＭｅｔｈＥｎｚｙｍｏｌ１４９：１１９；Ｗａｎｇ
（１９８７）ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉ８４：７８５１；Ｐｌａ
ｎｔ（１９８９）ＡｎａｌＢｉｏｃｈｅｍ１７６：４２０に記載されるもの
である。

ポリヌクレオチド組成物は、治療有効量（この用語は上記に定義されるとおり
である）の遺伝子治療ビヒクルを含み得る。本発明の目的のために、有効用量は
、投与される個体において、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇまたは０．
０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇのＤＮＡ構築物である。

（送達方法）
一旦処方されると、本発明のポリヌクレオチド組成物は、（１）被験体に直接
）；（２）エキソビボで被験体由来の細胞に送達されて；または（３）組換えタ
ンパク質の発現のためにインビトロで、投与され得る。処置される被験体は、哺
乳動物または鳥類であり得る。ヒト被験体もまた処置され得る。

この組成物の直接送達は、皮下、腹腔内、静脈内、または筋肉内の注射によっ
て、または組織の間質空間への送達のいずれかによって一般的に達成される。こ
の組成物はまた、病巣へ投与され得る。他の投与様式は、経口投与または肺投与
、坐剤、および経皮または経皮適用（例えば、ＷＯ９８／２０７３４を参照のこ
と）、針、および遺伝子銃またはハイポスプレーを含む。投薬治療は、単回用量
スケジュールまたは多数回用量スケジュールであり得る。

エキソビボ送達および被験体への形質転換細胞の再移植のための方法は、当該
分野で公知であり、そして例えばＷＯ９３／１４７７８に記載されている。エキ
ソビボ適用に有用である細胞の例は、例えば、幹細胞、特に、造血細胞、リンパ
細胞、マクロファージ、樹状細胞または腫瘍細胞を含む。

一般的に、エキソビボ適用およびインビトロ適用の両方のための核酸の送達は
、以下の手順：例えば、デキストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシ
ウム沈降、ポリブレン媒介トランスフェクション、原形質融合、エレクトロポレ
ーション、ポリヌクレオチドのリポソーム内へのカプセル化、およびＤＮＡの核
への直接の微量注入（これらはすべて当該分野で周知である）で達成され得る。

（ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの薬学的組成物）
上記に記載の薬学的に受容可能なキャリアおよび塩に加えて、以下のさらなる
薬剤がポリヌクレオチド組成物および／またはポリペプチド組成物とともに使用
され得る。

（Ａ．ポリペプチド）
１つの例は、限定することなく以下を包含する：アシアロオロソムコイド（Ａ
ＳＯＲ）；トランスフェリン；アシアロ糖タンパク質；抗体；抗体フラグメント
；フェリチン；インターロイキン；インターフェロン；顆粒球マクロファージコ
ロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、マ
クロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、幹細胞因子およびエリスロポエ
チン。ウイルス抗原（例えば、エンベロープタンパク質）もまた、使用され得る
。また、他の侵襲性生物由来のタンパク質（例えば、ＲＩＩとして知られるＰｌ
ａｓｍｏｄｉｕｍｆａｌｃｉｐａｒｕｍの環境スポロゾイト（ｃｉｒｃｕｍｓ
ｐｏｒｏｚｏｉｔｅ）タンパク質由来の１７アミノ酸ペプチド）。

（Ｂ．ホルモン、ビタミンなど）
包含され得る他の群は、例えば、ホルモン、ステロイド、アンドロゲン、エス
トロゲン、甲状腺ホルモン、またはビタミン、葉酸である。

（Ｃ．ポリアルキレン、ポリサッカリドなど）
また、ポリアルキレングリコールが、所望のポリヌクレオチド／ポリペプチド
とともに含有され得る。好ましい実施態様において、ポリアルキレングリコール
は、ポリエチレングリコールである。さらに、モノサッカリド、ジサッカリド、
またはポリサッカリドが含有され得る。この局面の好ましい実施態様において、
このポリサッカリドは、デキストランまたはＤＥＡＥデキストランである。また
、キトサンおよびポリ（乳酸−コ−グリコリド）。

（Ｄ．脂質およびリポソーム）
所望のポリヌクレオチド／ポリペプチドはまた、被験体またはそれに由来する
細胞への送達の前に、脂質中にカプセル化され得るか、またはリポソーム中にパ
ッケージングされ得る。

脂質カプセル化は、一般的に核酸に安定に結合し得るか、または核酸を捕捉も
しくは維持し得るリポソームを用いて達成される。縮合ポリヌクレオチドの脂質
調製物に対する比は、変動し得るが、一般的に約１：１（ｍｇＤＮＡ：マイクロ
モル脂質）であるか、またはより多くの脂質である。核酸の送達のためのキャリ
アとしてリポソーム使用の概説については、ＨｕｇおよびＳｌｅｉｇｈｔ（１９
９１）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．１０９７：１−１７；Ｓｔ
ｒａｕｂｉｎｇｅｒ（１９８３）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１０１：５１２−
５２７を参照のこと。

本発明における使用のためのリポソーム調製物は、カチオン性（正に荷電した
）アニオン性（負に荷電した）および中性の調製物を包含する。カチオン性リポ
ソームは、機能的な形態で、プラスミドＤＮＡ（Ｆｅｌｇｎｅｒ（１９８７）Ｐ
ｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８４：７４１３−７４１６）；
ｍＲＮＡ（Ｍａｌｏｎｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．
ＵＳＡ８６：６０７７−６０８１；および精製した転写因子（Ｄｅｂｓ（１９
９０）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：１０１８９−１０１９２）の細胞内送
達を媒介することが示されている。

カチオン性リポソームは容易に入手可能である。例えば、Ｎ［１−２，３−ジ
オレイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリエチルアンモニウム（ＤＯＴＭ
Ａ）リポソームは、ＧＩＢＣＯＢＲＬ、ＧｒａｎｄＩｓｌａｎｄ、ＮＹから
の商標リポフェクチン（Ｌｉｐｏｆｅｃｔｉｎ）の下で入手可能である（Ｆｅｇ
ｎｅｒ前出もまた参照のこと）。他の市販されているリポソームは、トランスフ
ェクテース（ｔｒａｎｓｆｅｃｔａｃｅ）（ＤＤＡＢ／ＤＯＰＥ）およびＤＯＴ
ＡＰ／ＤＯＰＥ（Ｂｏｅｒｈｉｎｇｅｒ）を含む。他のカチオン性リポソームは
、当該分野で周知の技法を使用する容易に利用可能な物質から調製され得る。例
えば、ＤＯＴＡＰ（１，２−ビス（オレイルオキシ）−３−（トリメチルアンモ
ニオ）プロパン）リポソームの合成の記載について、Ｓｚｏｋａ（１９７８）Ｐ
ｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７５：４１９４−４１９８；Ｗ
Ｏ９０／１１０９２を参照のこと。

同様に、アニオン性および中性リポソームは、例えば、ＡｖａｎｔｉＰｏｌ
ａｒＬｉｐｉｄｓ（Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＡＬ）から容易に入手可能である
か、または容易に入手可能な物質を使用してたやすく調製され得る。このような
物質には、とりわけ、ホスファチジルコリン、コレステロール、ホスファチジル
エタノールアミン、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、ジオレオ
イルホスファチジルグリセロール（ＤＯＰＧ）、ジオレオイルホスファチジルエ
タノールアミン（ＤＯＰＥ）などが含まれる。これらの物質はまた、適切な比率
のＤＯＴＭＡおよびＤＯＴＡＰの出発物質と混合され得る。これらの物質を使用
してリポソームを作製する方法は、当該分野で周知である。

このリポソームは、多重膜のベシクル（ＭＬＶ）、小さな単一膜ベシクル（Ｓ
ＵＶ）、または大きな単一膜のベシクル（ＬＵＶ）を含み得る。種々のリポソー
ム−核酸複合体は当該分野で公知の方法を使用して調製され得る。例えば、Ｓｔ
ｒａｕｂｉｎｇｅｒ（１９８３）Ｍｅｔｈ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０１：５１２−
５２７；Ｓｚｏｋａ（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳ
Ａ７５：４１９４−４１９８；Ｐａｐａｈａｄｊｏｐｏｕｌｏｓ（１９７５）
Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ３９２：４８３；Ｗｉｌｓｏｎ（
１９７９）Ｃｅｌｌ１７：７７）；ＤｅａｍｅｒおよびＢａｎｇｈａｍ（１９
７６）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ４４３：６２９；Ｏｓｔｒ
ｏ（１９７７）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．７６
：８３６；Ｆｒａｌｅｙ（１９７９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．
ＵＳＡ７６：３３４８）；ＥｎｏｃｈおよびＳｔｒｉｔｔｍａｔｔｅｒ（１９
７９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７６：１４５；Ｆｒａ
ｌｅｙ（１９８０）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８０）２５５：１０４３１
；ＳｚｏｋａおよびＰａｐａｈａｄｊｏｐｏｕｌｏｓ（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎ
ａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７５：１４５；ならびにＳｃｈａｅｆｅｒ
−Ｒｉｄｄｅｒ（１９８２）Ｓｃｉｅｎｃｅ２１５：１６６を参照のこと。

（Ｅ．リポタンパク質）
さらに、リポタンパク質が、送達されるポリヌクレオチド／ポリペプチドとと
もに含まれ得る。利用されるリポタンパク質の例は、キロミクロン、ＨＤＬ、Ｉ
ＤＬ、ＬＤＬ、およびＶＬＤＬを含む。これらのタンパク質の変異体、フラグメ
ント、または融合物もまた、使用され得る。また、天然に存在するリポタンパク
質の改変体（例えば、アセチル化されたＬＤＬ）が使用され得る。これらのリポ
タンパク質は、リポタンパク質レセプターを発現する細胞へ、ポリヌクレオチド
の送達を標的化し得る。好ましくは、リポタンパク質が、送達されるポリヌクレ
オチドとともに含まれる場合、他の標的化リガンドはその組成物中には含まれな
い。

天然に存在するリポタンパク質は、脂質部分およびタンパク質部分を含む。こ
のタンパク質部分は、アポタンパク質として知られる。現在では、アポタンパク
質Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥが単離および同定されている。少なくともこれらの
２つはいくつかのタンパク質を含み、ローマ数字、ＡＩ、ＡＩＩ、ＡＩＶ；ＣＩ
、ＣＩＩ、ＣＩＩＩによって命名されている。

１つのリポタンパク質は、１を超えるアポタンパク質を含み得る。例えば、天
然に存在するキロミクロンはＡ、Ｂ、Ｃ、およびＥからなり、そして時間が経て
ばこれらのリポタンパク質はＡを欠失し、そしてＣおよびＥアポタンパク質を獲
得する。ＶＬＤＬは、Ａ、Ｂ、Ｃ、およびＥアポタンパク質を含み、ＬＤＬはア
ポタンパク質Ｂを含み；そしてＨＤＬはアポタンパク質Ａ、Ｃ、およびＥを含む
。

これらのアポタンパク質のアミノ酸は公知であり、そして例えば、Ｂｒｅｓｌ
ｏｗ（１９８５）ＡｎｎｕＲｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ５４：６９９；Ｌａｗ（
１９８６）Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．１５１：１６２；Ｃｈｅｎ（１
９８６）ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２６１：１２９１８；Ｋａｎｅ（１９８０）
ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ７７：２４６５；Ｕｔｅｒｍ
ａｎｎ（１９８４）ＨｕｍＧｅｎｅｔ６５：２３２に記載されている。

リポタンパク質は、トリグリセリド、コレステロール（遊離およびエステル）
、およびリン脂質を含む、種々の脂質を含む。この脂質の組成は、天然に存在す
るリポタンパク質において変化する。例えば、キロミクロンは主としてトリグリ
セリドを含む。天然に存在するリポタンパク質の脂質含有物のより詳細な記載は
、例えば、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１２８（１９８６）に見いだされ得る。
この脂質の組成は、レセプター結合活性についてアポタンパク質の立体構造にお
いて補助するために選択される。脂質組成はまた、ポリヌクレオチド結合分子と
の疎水性相互作用および会合を容易にするように選択され得る。

天然に存在するリポタンパク質は、例えば、血清から超遠心分離によって単離
され得る。そのような方法は、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（前出）；Ｐｉｔａ
ｓ（１９８０）Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２５３：５４５４−５４６０およびＭａｈ
ｅｙ（１９７９）ＪＣｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ６４：７４３−７５０に記載さ
れる。リポタンパク質はまた、インビトロまたは所望の宿主細胞中のアポタンパ
ク質遺伝子の発現による組換え方法によって産生され得る。例えば、Ａｔｋｉｎ
ｓｏｎ（１９８６）ＡｎｎｕＲｅｖＢｉｏｐｈｙｓＣｈｅｍ１５：４０
３およびＲａｄｄｉｎｇ（１９５８）ＢｉｏｃｈｉｍＢｉｏｐｈｙｓＡｃｔ
ａ３０：４４３を参照のこと。リポタンパク質はまた、Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ
Ｔｅｃｈｎｉｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｓｔｏｕｇｈｔｏｎ，Ｍａｓｓａｃ
ｈｕｓｅｔｔｓ，ＵＳＡのような商業的な供給者から購入され得る。さらなるリ
ポタンパク質の記載は、Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら、ＰＣＴ／ＵＳ９７／１４４６
５に見い出され得る。

（Ｆ．ポリカチオン性薬剤）
ポリカチオン性薬剤は、送達される所望のポリヌクレオチド／ポリペプチドを
有する組成物中に、リポタンパク質を伴って、またはリポタンパク質を伴わずに
含まれ得る。

ポリカチオン性薬剤は、代表的には、生理的に適切なｐＨにおいて正味の正電
荷を示し、そして所望の位置への送達を容易にするための核酸の電荷を中和し得
る。これらの薬剤は、インビトロ、エキソビボ、およびインビボ適用のいずれも
を有する。ポリカチオン性薬剤は、生きている被験体に、筋肉内、皮下などのい
ずれかで核酸を送達するために使用され得る。

以下は、ポリカチオン性薬剤としての有用なポリペプチドの例である：ポリリ
ジン、ポリアルギニン、ポリオルニチン、およびプロタミン。他の例は、ヒスト
ン、プロタミン、ヒト血清アルブミン、ＤＮＡ結合タンパク質、非ヒストン染色
体タンパク質、ＤＮＡウイルス由来のコートタンパク質（例えば、Ｘ１７４）を
含む。転写因子もまた、ＤＮＡに結合するドメインを含み、従って核酸縮合薬剤
として有用であり得る。手短に言えば、転写因子（例えば、Ｃ／ＣＥＢＰ、ｃ−
ｊｕｎ、ｃ−ｆｏｓ、ＡＰ−１、ＡＰ−２、ＡＰ−３、ＣＰＦ、Ｐｒｏｔ−１、
Ｓｐ−１、Ｏｃｔ−１、Ｏｃｔ−２、ＣＲＥＰ、およびＴＦＩＩＤ）は、ＤＮＡ
配列に結合する塩基性ドメインを含む。

有機ポリカチオン性薬剤は、スペルミン、スペルミジン、およびプトレシン（
ｐｕｒｔｒｅｓｃｉｎｅ）を含む。

ポリカチオン性薬剤の大きさおよびその物理的特性は、上記の表から外挿され
て、他のポリカチオン性薬剤が構築され得るか、または合成ポリカチオン性薬剤
が産生され得る。

有用な合成ポリカチオン性薬剤は、例えば、ＤＥＡＥ−デキストラン、ポリブ
レンを含む。Ｌｉｐｏｆｅｃｔｉｎ^TM、およびｌｉｐｏｆｅｃｔＡＭＩＮＥ^TMは
、ポリヌクレオチド／ポリペプチドと組み合わせた場合にポリカチオン性複合体
を形成するモノマーである。

（免疫診断アッセイ）
本発明のＮｅｉｓｓｅｒｉａ抗原は、抗体レベルを検出するためのイムノアッ
セイにおいて使用され得る（または、逆に抗Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ抗体は抗原レベ
ルを検出するために使用され得る）。充分に規定された組換え抗原に基づくイム
ノアッセイは、侵襲性の診断方法と置き換えるために開発され得る。生物学的サ
ンプル（例えば、血液サンプルまたは血清サンプルを含む）内のＮｅｉｓｓｅｒ
ｉａタンパク質に対する抗体が検出され得る。このイムノアッセイの設計は、多
くのバリエーションの対象であり、そして種々のこれらは当該分野で公知である
。イムノアッセイのプロトコルは、例えば、競合アッセイ、または直接反応アッ
セイ、またはサンドイッチ型アッセイに基づき得る。プロトコルはまた、例えば
、固体支持体を使用し得、または免疫沈降によってなされ得る。ほとんどのアッ
セイは、標識された抗体またはポリペプチドの使用を含み、その標識は、例えば
、蛍光分子、化学発光分子、放射性分子、または色素分子であり得る。プローブ
からのシグナルを増幅するアッセイは公知である；これらの例は、ビオチンおよ
びアビジンを利用するアッセイ、ならびに酵素標識および酵素媒介イムノアッセ
イ（例えば、ＥＬＡＳＡアッセイ）である。

免疫診断に適切でありそして適切な標識試薬を備えるキットは、適切な容器中
に、アッセイの実行に必要とされる残りの試薬および物質（例えば、適切な緩衝
液、塩溶液など）ならびに適切なセットのアッセイの説明書と共に本発明の組成
物を含む適切な物質を詰めることによって構築される。

（核酸ハイブリダイゼーション）
「ハイブリダイゼーション」とは、水素結合による２つの核酸配列の互いの会
合をいう。代表的には、１つの配列は、固体支持体に固定され、そして他方は溶
液中で遊離している。次いで、２つの配列は水素結合に好ましい条件下で互いに
接触される。この結合に影響を与える因子は以下を含む：溶媒のタイプおよび容
量；反応温度；ハイブリダイゼーションの時間；撹拌；液体相の配列の固体支持
体への非特異的な付着をブロックする薬剤（Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ試薬またはＢ
ＬＯＴＴＯ）；配列の会合の速度を増大させる化合物（硫酸デキストランまたは
ポリエチレングリコール）の使用；およびハイブリダイゼーション後の洗浄条件
のストリンジェンシー。Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）第２巻、第９章、９．４７
〜９．５７頁。

「ストリンジェンシー」とは、異なる配列よりも非常に類似する配列の会合に
好ましいハイブリダイゼーション反応における条件をいう。例えば、研究中のハ
イブリッドの計算されたＴｍより約１２０〜２００℃低い温度および塩濃度の組
み合わせが選択されるべきである。温度および塩条件はしばしば、フィルターに
固定したゲノムＤＮＡのサンプルが目的の配列にハイブリダイズし、次いで異な
るストリンジェンシーの条件下で洗浄される、予備的な実験において経験的に決
定され得る。Ｓａｍｂｒｏｏｋら、９．５０頁を参照のこと。

例えば、サザンブロットを行う場合、考慮する変数は、（１）ブロットされる
ＤＮＡの複雑さ、および（２）プローブおよび検出される配列の間の相同性であ
る。研究されるフラグメント全量は、プラスミドまたはファージ消化物について
は０．１〜１μｇ、高度に複雑な真核生物ゲノム中の単一コピーについては１０
^-9〜１０^-8ｇまで、１０倍変化し得る。より低い複雑さのポリヌクレオチドにつ
いては、実質的により短いブロッティング、ハイブリダイゼーション、および曝
露回数、より少量の出発ポリヌクレオチド、およびより低い非活性のプローブが
使用され得る。例えば、単一コピーの酵母遺伝子は、１μｇの酵母ＤＮＡで開始
し、２時間ブロットし、そして４〜８時間１０⁸ｃｐｍ／μｇを用いてハイブリ
ダイズして、わずか１時間の曝露時間を用いて検出され得る。単一コピーの哺乳
動物遺伝子について、保存性のアプローチは、１０μｇのＤＮＡで開始し、一晩
ブロットし、そして１０⁸ｃｐｍ／μｇより多いプローブを用いて１０％硫酸デ
キストランの存在下で一晩ハイブリダイズし、約２４時間露光時間を生じる。

いくつかの因子が、プローブと目的のフラグメントとの間のＤＮＡ−ＤＮＡハ
イブリッドの融解温度（Ｔｍ）、ならびに、結果として、ハイブリダイゼーショ
ンおよび洗浄についての適切な条件に影響を与え得る。多くの場合において、そ
のプローブはフラグメントに対して１００％相同なわけではない。他の共通して
直面する変化には、長さ、ハイブリダイズする配列の全Ｇ＋Ｃ含量、ならびにイ
オン強度およびハイブリダイゼーション緩衝液のホルムアミド含量が含まれる。
これらのすべての因子の効果は、一つの式によって近似され得る：
Ｔｍ＝８１＋１６．６（ｌｏｇ₁₀Ｃｉ）＋０．４［％（Ｇ＋Ｃ）］−０．６
（％ホルムアミド）−６００／ｎ−１．５（％ミスマッチ）。
ここでＣｉは塩濃度（一価イオン）であり、およびｎは塩基対内のハイブリッド
の長さである（ＭｅｉｎｋｏｔｈおよびＷａｈｌ（１９８４）Ａｎａｌ．Ｂｉｏ
ｃｈｅｍ．１３８：２６７／２８４からわずかに改変した）。

ハイブリダイゼーション実験の設計において、核酸ハイブリダイゼーションに
影響を与えるいくつかの因子が簡便に変更され得る。ハイブリダイゼーションお
よび洗浄の温度ならびに洗浄時の塩濃度を調整するのが最も単純である。ハイブ
リダイゼーション温度（すなわち、ストリンジェンシー）が上昇するにつれて、
非相同的な鎖の間で起こるハイブリダイゼーションは起こりにくくなるようであ
り、結果として、バックグラウンドが減少する。放射標識したプローブが固定化
されたフラグメントと完全に相同ではない場合（遺伝子ファミリーおよび種間の
ハイブリダイゼーション実験における場合で頻繁であるように）、ハイブリダイ
ゼーション温度は低下されなければならず、そしてバックグラウンドが増大する
。洗浄の温度は、類似の様式で、ハイブリダイゼーションバンドの強度、および
バックグラウンドの程度に影響を与える。洗浄のストリンジェンシーはまた、塩
濃度の減少とともに増大する。

一般的に、５０％ホルミアミドの存在下で都合よいハイブリダイゼーション温
度は、標的フラグメントに９５％〜１００％相同であるプローブについて４２℃
、９０％〜９５％相同性では３７℃、８５％〜９０％相同性については３２℃で
ある。より低い相同性については、上記の式を用いて、適切にホルムアミド含量
が低くされ、そして温度が調整されるべきである。プローブと標的フラグメント
との間の相同性が未知である場合、最も単純なアプローチは、ともにストリンジ
ェントではないハイブリダイゼーション条件および洗浄条件で開始することであ
る。オートラジオグラフィー後に非特異的バンドまたは高いバックグラウンドが
観察される場合、フィルターは高ストリンジェンシーで洗浄され得、そして再び
露光され得る。露光のために必要な時間がこのアプローチを非実用的にする場合
、いくつかのハイブリダイゼーションおよび／または洗浄ストリンジェンシーが
並行して試験されるべきである。

（核酸プローブアッセイ）
本発明に従う核酸プローブを利用する、ＰＣＲ、分枝ＤＮＡプローブアッセイ
、またはブロッティング技術のような方法は、ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの存在を
決定し得る。プローブは、検出されるに十分に安定な、二重鎖または二本鎖複合
体を形成し得る場合に、本発明の配列に「ハイブリダイズする」といわれる。

核酸プローブは、本発明のＮｅｉｓｓｅｒｉａヌクレオチド配列（センス鎖お
よびアンチセンス鎖の両方を含む）にハイブリダイズする。多くの異なるヌクレ
オチド配列がアミノ酸配列をコードするが、ネイティブなＮｅｉｓｓｅｒｉａ配
列は、細胞に存在する実際の配列であるので、好ましい。ｍＲＮＡは、コード配
列を表し、従ってプローブはコード配列に相補的であるべきであり、一本鎖ｃＤ
ＮＡはｍＲＮＡに相補的であり、従ってｃＤＮＡプローブは非コード配列に相補
的であるべきである。

プローブ配列はＮｅｉｓｓｅｒｉａ配列（またはその相補物）に同一である必
要はない。核酸プローブが標的ヌクレオチドと検出され得る二重鎖を形成し得る
場合、配列および長さの変動は、アッセイの感受性の増加をもたらし得る。また
、核酸プローブは、形成された二重鎖を安定化するためにさらなるヌクレオチド
を含み得る。さらなるＮｅｉｓｓｅｒｉａ配列もまた、形成された二重鎖を検出
するための標識としての一助となり得る。例えば、非相補的ヌクレオチド配列が
、そのプローブの５’末端に付着され得、ここでそのプローブ配列の残りはＮｅ
ｉｓｓｅｒｉａ配列に相補的である。あるいは、プローブ配列が、それとハイブ
リダイズし、そしてそれによって検出され得る二重鎖を形成するためにＮｅｉｓ
ｓｅｒｉａ配列との十分な相補性を有する場合、非相補的塩基またはより長い配
列は、プローブ中に分散され得る。

プローブの正確な長さおよび配列は、ハイブリダイゼーション条件（例えば、
温度、塩条件など）に依存する。例えば、診断的適用については、分析物の配列
の複雑さに依存して、核酸プローブは、代表的には、少なくとも１０〜２０ヌク
レオチド、好ましくは１５〜２５、そして最も好ましくは少なくとも３０ヌクレ
オチドを含むが、これよりも短くもあり得る。短いプライマーは、一般的には、
鋳型との安定なハイブリッド複合体を形成するのにより低い温度を必要とする。

プローブは、合成的手順（例えば、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらのトリエステル法、
（Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（１９８１）１０３：３１８５））、またはＵ
ｒｄｅａら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８３）８０
：７４６１）に従って、または市販の自動オリゴヌクレオチド合成機を使用して
、産生され得る。

プローブの化学的性質は、優先度に従って選択され得る。特定の適用について
は、ＤＮＡまたはＲＮＡが適切である。他の適用については、改変（例えば、ホ
スホロチオエートまたはメチルホスホネートのようなバックボーンの改変）が組
み込まれ得、インビボの半減期を増大させるために使用され得、ＲＮＡ親和性を
変化させ、ヌクレアーゼ耐性などを増大させるなどを行い（例えば、Ａｇｒａｗ
ａｌおよびＩｙｅｒ（１９９５）ＣｕｒｒＯｐｉｎＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ
６：１２−１９；Ａｇｒａｗａｌ（１９９６）ＴＩＢＴＥＣＨ１４：３７６−
３８７）；ペプチド核酸のようなアナログもまた使用され得る（例えば、Ｃｏｒ
ｅｙ（１９９７）ＴＩＢＴＥＣＨ１５２２４−２２９；Ｂｕｃｈａｒｄｔら
（１９９３）ＴＩＢＴＥＣＨ１１：３８４−３８６）。

あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、少量の標的核酸を検出する別
の周知の手段である。そのアッセイは、Ｍｕｌｌｉｓら、（Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙ
ｍｏｌ．（１９８７）１５５：３３５−３５０）；米国特許第４，６８３，１９
５号および同第４，６８３，２０２号に記載されている。２つの「プライマー」
ヌクレオチドは、標的核酸とハイブリダイズし、そして反応を開始するために使
用される。このプライマーは、増殖標的（またはその相補物）の配列にハイブリ
ダイズしない、二重鎖の安定性を補助するための、または、例えば、首尾よい制
限部位を組み込むための配列を含む。代表的には、このような配列は、所望のＮ
ｅｉｓｓｅｒｉａ配列に隣接する。

熱安定性のポリメラーゼは、もともとの標的核酸を鋳型として使用して、プラ
イマーから標的核酸のコピーを作製する。標的核酸の閾値量がポリメラーゼによ
って産生された後、それらはより従来的な方法（例えば、サザンブロット）によ
って検出され得る。サザンブロット法を使用する場合、標識されたプローブは、
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ配列（またはその相補物）にハイブリダイズする。
また、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）に記載される
、従来的なブロッティング技術によって検出され得る。ｍＲＮＡ、またはｍＲＮ
Ａからポリメラーゼ酵素を使用して生成されたｃＤＮＡは、ゲル電気泳動を使用
して精製および分離され得る。次いで、ゲル上のこの核酸は、ニトロセルロース
のような固体支持体にブロットされる。この固体支持体は、標識されたプローブ
に曝露され、次いですべてのハイブリダイズしていないプローブを洗浄して除去
する。次に、標識プローブを含む二重鎖を検出する。代表的には、そのプローブ
は、放射活性部分で標識される。

図１は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ３７を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図２は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ５を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す。図３は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ２を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す。ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。図４は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ１５を示す。Ｍ１およびＭ２は、分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す。ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。図５は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ２２を示す。Ｍ１およびＭ２は、分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。図６は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ２８を示す。Ｍ１およびＭ２は、分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。図７は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ３２を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。図８は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ４を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す。ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において；菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図９は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ６１を示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図１０は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ７６を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す。ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。図１１は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ８９を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。図１２は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ９７を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図１３は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ１０６を示す。Ｍ１およびＭ２は、分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図１４は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ１３８を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図１５は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ２３を示す。Ｍ１およびＭ２は、分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。図１６は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ２５を示す。Ｍ１およびＭ２は、分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図１７は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ２７を示す。Ｍ１およびＭ２は、分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。図１８は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ７９を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図１９は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ８５を示す。Ｍ１は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。図２０は、実施例から得られた生化学的データを示し、そしてまた配列分析、ＯＲＦ１３２を示す。Ｍ１およびＭ２は、分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ全タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指数（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープ（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳＲｅｓＨｕｍＲｅｔｒｏｖｉｒ１２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）ＳｃａｎｄＪＩｍｍｕｎｏｌ補遺１１：９）を予測するために使用されており、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８ＳｏｕｔｈＰａｒｋＳｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ５３７１５ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎｐａｃｋａｇｅで利用可能である。

（実施例）
本実施例は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定された核酸配列を、推定の
翻訳産物と共に記載し、そしてまたＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの核酸配列およ
び翻訳産物も記載する。すべての核酸配列が完全なわけではなく、すなわち、そ
れらは、全長の野生型タンパク質より短い配列をコードする。

本実施例は一般的には以下の様式である：
・Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ｂ株）において同定されたヌクレオチド配
列
・この配列の推定の翻訳産物
・データベースの比較に基づく翻訳産物のコンピューター分析
・Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）およびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
において同定された対応する遺伝子およびタンパク質配列
・適切に抗原性であることを示すタンパク質の性質の記載
・生化学的分析の結果（発現、精製、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳなど）。

本実施例は、代表的には種および株の間の配列同一性の詳細を含む。配列にお
いて類似のタンパク質は、一般的に構造および機能の両方において類似し、そし
て配列同一性はしばしば、共通の進化の起源を示す。公知の機能のタンパク質の
配列との比較は、新しい配列に対する推定のタンパク質の機能の割り当てのため
の指針として広く使用され、そして、特に全ゲノム分析において有用であること
が証明されている。

配列比較を、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ２、ＢＬＡＳＴｎ、ＢＬＡＳＴｐ、ｔＢ
ＬＡＳＴｎ、ＢＬＡＳＴｘ、およびｔＢＬＡＳＴｘの各アルゴリズム（例えば、
Ａｌｔｓｃｈｕｌら、（１９９７）ＧａｐｐｅｄＢＬＡＳＴａｎｄＰＳＩ
−ＢＬＡＳＴ：ａｎｅｗｇｅｎｅｒａｉｏｎｏｆｐｒｏｔｅｉｎｄａ
ｔａｂａｓｅｓｅａｒｃｈｐｒｏｇｒａｍｓ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓ
Ｒｅｓａｅｒｃｈ２５：２２８９−３４０２もまた参照のこと）を使用して
、ＮＣＢＩ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）で行
った。検索を、以下のデータベースに対して行った：縮重しないＧｅｎＢａｎｋ
＋ＥＭＢＬ＋ＤＤＢＬ＋ＰＤＢ配列および縮重しないＧｅｎＢａｎｋＣＤＳ
翻訳物＋ＰＤＢ＋ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ＋ＳＰｕｐｄａｔｅ＋ＰＩＲ配列。

Ｍｅｎｉｎｇｃｏｃｃｕｓの配列およびＧｏｎｏｃｏｃｃｕｓの配列を比較す
るために、ｔＢＬＡＳＴｘアルゴニズムを、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍ
ｅ．ｏｕ．ｅｄｕ／ｇｏｎｏ＿ｂｌａｓｔ．ｈｔｍｌに実施されるように使用し
た。ＦＡＳＴＡアルゴリズムをまた使用して、ＯＲＦを比較した（ＧＣＧＷｉ
ｓｃｏｎｓｉｎＰａｃｋａｇｅ、バージョン９．０）。

ヌクレオチド配列中のドット（例えば、配列番号１１中の４９５位）は、リー
ディングフレームを維持するために任意に導入したヌクレオチドを示す。同様に
、二重下線を付したヌクレオチドを取り除いた。小文字（例えば、配列番号１１
の４９６位）は、独立した配列決定反応のアラインメントの間に生じたあいまい
さを示す（本実施例におけるヌクレオチド配列のいくつかは２つ以上の実験の結
果を合わせて得られる）。

ヌクレオチド配列を６つのリーディングフレームで走査して、Ｅｓｐｏｓｔｉ
ら（Ｃｒｉｔｉｃａｌｅｖａｌｕａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｈｙｄｒｏｐａ
ｔｈｙｏｆｍｅｍｂｒａｎｅｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９０）ＥｕｒＪ
Ｂｉｏｃｈｅｍ１９０：２０７−２１９）の統計学的な研究に基づくアルゴニ
ズムを用いて、疎水性ドメインの存在を予測した。これらのドメインは、潜在的
な膜貫通ドメインまたは疎水性リーダー配列を表す。

オープンリーディングフレームを、プログラムＯＲＦＦＩＮＤＥＲ（ＮＣＢＩ
）を使用して、フラグメント化されたヌクレオチド配列から予測した。

下線を付したアミノ酸配列は、ＰＳＯＲＴアルゴリズム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗ
ｗ．ｐｓｏｒｔ．ｎｉｂｂ．ａｃ．ｊｐ）によって予測される、ＯＲＦ中の潜在
的な膜貫通ドメインまたはリーダー配列を示す。機能的なドメインもまた、ＭＯ
ＴＩＦＳプログラム（ＧＣＧＷｉｓｃｏｎｓｉｎおよびＰＲＯＳＩＴＥ）を使
用して予測した。

種々の試験を使用して、本実施例で同定されたタンパク質のインビボの免疫原
性を評価し得る。例えば、そのタンパク質は、組換え的に発現され得、そしてイ
ムノブロットによって患者の血清をスクリーニングするために使用し得る。タン
パク質と患者の血清との間の陽性反応は、この患者が以前に問題のタンパク質に
対する免疫応答を引き起こしたことを示す（すなわち、このタンパク質は免疫原
である）。この方法はまた、免疫優性タンパク質を同定するために使用され得る
。

この組み換えタンパク質をまた、例えばマウスで抗体を調製するために簡便に
使用し得る。タンパク質が細胞表面に局在することの直接的な確認のために、こ
れらを使用し得る。標識された抗体（例えば、ＦＡＣＳのための蛍光標識）をイ
ンタクトな細菌とインキュベートし、そして細菌表面における標識の存在がこの
タンパク質の局在を確認する。

特に、以下の方法（Ａ）〜（Ｓ）を使用して、本発明のタンパク質の発現、精
製、および生化学的特徴付けを行った。

（Ａ．染色体ＤＮＡ調製）
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ株２９９６を、１００ｍｌのＧＣ培地中で対数
増殖期まで増殖させ、遠心分離によって収集し、そして５ｍｌ緩衝液（２０％ス
クロース、５０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ、５０ｍＭＥＤＴＡ、ｐＨ８）に再懸
濁した。氷上で１０分間インキュベーションした後、その細菌を１０ｍｌ溶解溶
液（５０ｍＭＮａＣｌ、１％Ｎａ−サルコシル、５０μｇ／ｍｌプロテイ
ナーゼＫ）の添加によって溶菌し、そしてその懸濁液を３７℃で２時間インキュ
ベートした。２回のフェノール抽出（ｐＨ８に平衡化）および１回のクロロホル
ム／イソアミルアルコール（２４：１）抽出を行った。ＤＮＡを、０．３Ｍ酢
酸ナトリウムおよび２容量のエタノールの添加によって沈殿させ、そして遠心分
離によって収集した。ペレットを、７０％エタノールで１回洗浄し、そして４ｍ
ｌ緩衝液（１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ、１ｍＭＥＤＴＡ、ｐＨ８）に再溶解
した。ＤＮＡ濃度を、２６０ｎｍにおけるＯＤを読みとることによって測定した
。

（Ｂ．オリゴヌクレオチド設計）
合成オリゴヌクレオチドプライマーを、（ａ）利用可能な場合にはｍｅｎｉｎ
ｇｏｃｏｃｃｕｓＢ配列、または（ｂ）ｇｏｎｏｃｏｃｃｕｓ／ｍｅｎｉｎｇｏ
ｃｏｃｃｕｓＡ配列を使用して、必要に応じて、ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃｕｓの
好ましいコドンに適合させて、各々のＯＲＦのコード配列に基づいて設計した。
予測されるリーダー配列の直後の下流の５’末端増幅プライマー配列を推定する
ことによって、任意の予測されるシグナルペプチドを除外した。

大部分のＯＲＦについて、５’プライマーは２つの制限酵素部位を含んだ（そ
の遺伝子自体の制限パターンに依存して、ＢａｍＨＩ−ＮｄｅＩ、ＢａｍＨＩ−
ＮｈｅＩ、またはＥｃｏＲＩ−ＮｈｅＩ）；３’プライマーは、ＸｈｏＩ制限部
位を含んだ。この手順を、各々の増幅産物（各々のＯＲＦに一致する）のクロー
ニングを２つの異なる発現系：ｐＧＥＸ−ＫＧ（ＢａｍＨＩ−ＸｈｏＩまたはＥ
ｃｏＲＩ−ＸｈｏＩのいずれかを使用する）、およびｐＥＴ２１ｂ＋（ＮｄｅＩ
−ＸｈｏＩまたはＮｈｅＩ−ＸｈｏＩのいずれかを使用する）に指向させるため
に確立した。

５’末端プライマーテイル：ＣＧＣＧＧＡＴＣＣＣＡＴＡＴＧ（Ｂａｍ
ＨＩ−ＮｄｅＩ）
ＣＧＣＧＧＡＴＣＣＧＣＴＡＧＣ（Ｂａｍ
ＨＩ−ＮｈｅＩ）
ＣＣＧＧＡＡＴＴＣＴＡＧＣＴＡＧＣ（Ｅｃｏ
ＲＩ−ＮｈｅＩ）
３’末端プライマーテイル：ＣＣＣＧＣＴＣＧＡＧ（ＸｈｏＩ
）。

ＯＲＦ５、ＯＲＦ１５、ＯＲＦ１７、ＯＲＦ１９、ＯＲＦ２０、ＯＲＦ２２、
ＯＲＦ２７、ＯＲＦ２８、ＯＲＦ６５、およびＯＲＦ８９については、２つの異
なる増幅を、各々のＯＲＦを２つの発現系でクローニングされるように行った。
２つの異なるＰＣＲプライマーを、各々のＯＲＦについて使用した；同じ３’Ｘ
ｈｏＩプライマーを以前のように使用した：
５’末端プライマーテイル：ＧＧＡＡＴＴＣＣＡＴＡＴＧＧＣＣＡＴＧＧ
（ＮｄｅＩ）
５’末端プライマーテイル：ＣＧＧＧＡＴＣＣ
（ＢａｍＨＩ）
ＯＲＦ７６をｐＴＲＣ発現ベクターにクローニングし、そしてアミノ末端Ｈｉ
ｓ−タグ融合物として発現した。特定の場合において、予想されたシグナルペプ
チドを最終産物に含めた。ＮｈｅＩ−ＢａｍＨＩ制限部位を、プライマーを使用
して組み込んだ：
５’末端プライマーテイル：ＧＡＴＣＡＧＣＴＡＧＣＣＡＴＡＴＧ
（ＮｈｅＩ）
３’末端プライマーテイル：ＣＧＧＧＡＴＣＣ
（ＢａｍＨＩ）。

制限酵素認識配列を含むのと同様に、プライマーは、増幅される配列にハイブ
リダイズするヌクレオチドを含んだ。ハイブリダイズするヌクレオチドの数は、
プライマー全体の融解温度に依存し、そして各々のプライマーについて以下の式
を使用して決定した：
Ｔ_m＝４（Ｇ＋Ｃ）＋２（Ａ＋Ｃ）
（テイルを除外）
Ｔ_m＝６４．９＋０．４１（％ＧＣ）−６００／Ｎ
（プライマー全体）
選択したオリゴの平均融解温度は、オリゴ全体について６５〜７０℃であり、そ
してハイブリダイズ領域単独では５０〜５５℃であった。

表Ｉ（４８７頁）は、各増幅のために使用される正方向および逆方向のプライ
マーを示す。特定の場合において、プライマー配列は、ＯＲＦの配列に正確には
マッチしないことが注目される。対応する配列が、ｇｏｎｏｃｏｃｃｕｓにおい
て同定されていたが、初期の増幅が行われた時、完全な５’および／または３’
配列は、いくつかのｍｅｎｉｇｏｃｏｃｃａｌＯＲＦについて公知ではなかっ
た。従って、増幅について、ｇｏｎｏｃｏｃｃａｌ配列を、プライマー設計につ
いての基礎として使用し得、コドンの優先性を考慮して変化され得る。特に、以
下のコドンを変化させた：ＡＴＡ→ＡＴＴ；ＴＣＧ→ＴＣＴ；ＣＡＧ→ＣＡＡ；
ＡＡＧ→ＡＡＡ；ＧＡＧ→ＧＡＡ；ＣＧＡ→ＣＧＣ；ＣＧＧ→ＣＧＣ；ＧＧＧ→
ＧＧＣ。表Ｉにおいてイタリックとしたヌクレオチドは、そのような変化を示す
。一旦完全な配列が同定されると、このアプローチが一般的にもはや必要でない
ことが理解される。

ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ３９４ＤＮＡ／ＲＮＡ合成機によってオリゴを
合成し、２ｍｌのＮＨ₄ＯＨ中でカラムから溶出し、５６℃での５時間のインキ
ュベートにより脱保護した。このオリゴを０．３Ｍ酢酸ナトリウムおよび２容
量のエタノールの添加によって沈殿させた。次に、このサンプル遠心分離し、そ
してそのペレットを１００μｌまたは１ｍｌの水のいずれかに再懸濁した。ＯＤ
₂₆₀を、ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒＬａｍｂｄａＢｉｏ分光光度計を使用し
て決定し、濃度を決定し、そして２〜１０ｐｍｏｌ／μｌに調整した。

（Ｃ）増幅）
標準ＰＣＲプロトコールは、以下のとおりである：５０〜２００ｎｇのゲノム
ＤＮＡを、２０〜４０μＭの各オリゴ、４００〜８００μＭのｄＮＴＰｓ溶液、
１×ＰＣＲ緩衝液（１．５ｍＭＭｇＣｌ₂を含む）、２．５単位のＴａｑＩ
ＤＮＡポリメラーゼ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒＡｍｐｌｉＴａｑ、ＧＩＢＣ
ＯＰｌａｔｉｎｕｍ、ＰｗｏＤＮＡポリメラーゼ、またはＴａｋａｒａＳ
ｈｕｚｏＴａｑポリメラーゼを使用する）の存在下でテンプレートとして使用
した。

いくつかの場合において、ＰＣＲを１０μｌのＤＭＳＯまたは５０μｌの２Ｍ
ベタインの添加によって最適化した。

ホットスタート（全混合物を９５℃で予め３分間インキュベーションしている
間にポリメラーゼを添加する）の後に、各サンプルに二工程増幅を行った：最初
の５サイクルを、制限酵素のテールを除く１つのオリゴのハイブリダイゼーショ
ン温度を使用して行い、次にオリゴ全長のハイブリダイゼーション温度に従って
３０サイクルを行った。このサイクルの次に、７２℃で最後の１０分間の伸長を
した。

標準サイクルは、以下のとおりである：
変性ハイブリダイゼーション伸長
最初の５サイクル３０秒３０秒３０〜６０秒
９５℃ ５０〜５５℃ ７２℃
最後の３０サイクル３０秒３０秒３０〜６０秒
伸長時間は、増幅されるＯＲＦの長さに従って変化する。

増幅を９６００または２４００ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒＧｅｎｅＡｍｐ
ＰＣＲシステムのいずれかを使用して行った。結果を確認するために、増幅容
量の１／１０を１〜１．５％アガロースゲルにロードし、そして各増幅フラグメ
ントのサイズをＤＮＡ分子量マーカーと比較した。

増幅したＤＮＡを、１％アガロースゲルに直接ロードしたか、またはまずエタ
ノール沈殿をして、適切な容量中に再懸濁し、１％アガロースゲルにロードした
。次に、正確なサイズのバンドに対応するＤＮＡフラグメントを、Ｑｉａｇｅｎ
ＧｅｌＥｘｔｒａｃｔｉｏｎＫｉｔを使用し、製造業者の指示に従い、ゲ
ルから溶出して精製した。ＤＮＡフラグメントの最終容量は、水または１０ｍＭ
Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．５の、３０μｌまたは５０μｌのいずれかであった。

（Ｄ）ＰＣＲフラグメントの切断）
増幅フラグメントに対応する精製ＤＮＡを２つのアリコートに分け、そして以
下を用いて２重に消化した：
−ｐＥＴ−２１ｂ＋へのクローニングおよびＣ末端Ｈｉｓ−タグ融合物としての
タンパク質のさらなる発現のためのＮｄｅＩ／ＸｈｏＩまたはＮｈｅＩ／Ｘｈｏ
Ｉ
−ｐＧＥＸ−ＫＧへのクローニングおよびＮ末端ＧＳＴ融合物としてのタンパク
質のさらなる発現のためのＢａｍＨＩ／ＸｈｏＩまたはＥｃｏＲＩ／ＸｈｏＩ
−ＯＲＦ７６について、ｐＴＲＣ−ＨｉｓＡベクターへのクローニングおよびＮ
末端Ｈｉｓ−タグ融合物としてのタンパク質のさらなる発現のためのＮｈｅＩ／
ＢａｍＨＩ
−ｐＧｅｘ−ＨｉｓへのクローニングおよびＮ末端Ｈｉｓ−タグ融合物としての
タンパク質のさらなる発現のためのＥｃｏＲＩ／ＰｓｔＩ、ＥｃｏＲＩ／Ｓａｌ
Ｉ、ＳａｌＩ／ＰｓｔＩ。

各精製ＤＮＡフラグメントを、各制限酵素（ＮｅｗＥｎｇｌａｎｄＢｉｏ
ｌａｂｓ）２０単位を用い、３０または４０μｌのいずれかの最終容量中で、適
切な緩衝液の存在下で、インキュベート（３７℃で３時間〜オーバーナイト）し
た。次に、消化産物をＱＩＡｑｕｉｃｋＰＣＲ精製キットを使用して、製造業
者の指示に従い、精製し、そして、水または１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ
８．５）のいずれかの３０または５０μｌの最終容量中で溶出した。最終ＤＮＡ
濃度を、適定した分子量マーカーの存在下での１％アガロースゲル電気泳動によ
って決定した。

（Ｅ）クローニングベクター（ｐＥＴ２２Ｂ、ｐＧＥＸ−ＫＧ、ｐＴＲＣ−Ｈ
ｉｓＡ、およびｐＧｅｘ−Ｈｉｓ）の消化）
１０μｇのプラスミドを、適切な緩衝液の存在下で、２００μｌの反応容量中
で、５０単位の各制限酵素を用いて、３７℃でオーバーナイトのインキュベーシ
ョンで２重に消化した。消化物全体を１％アガロースゲルにロードした後に、消
化したベクターに対応するバンドを、ＱｉａｇｅｎＱＩＡｑｕｉｃｋＧｅｌ
ＥｘｔｒａｃｔｉｏｎＫｉｔを使用してゲルから精製し、そのＤＮＡを５０
μｌの１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．５）中に溶出した。ＤＮＡ濃度を
サンプルのＯＤ₂₆₀を測定することにより推定し、そして５０μｇ／μｌに調整
した。１μｌのプラスミドを、各クローニング手順に使用した。

ベクターｐＧＥＸ−Ｈｉｓは、トロンビン切断部位の上流に６つのヒスチジン
残基をコードする領域を有し、ベクターｐＴＲＣ９９（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）の
多重クローニング部位を含有する改変したｐＧＥＸ−２Ｔベクターである。

（Ｆ）クローニング）
以前に消化して精製した各ＯＲＦに対応するフラグメントを、ｐＥＴ２２ｂお
よびｐＧＥＸ−ＫＧの両方にライゲーションした。最終容量２０μｌ中で、分子
比３：１のフラグメント／ベクターを、０．５μｌのＮＥＢＴ４ＤＮＡリガ
ーゼ（４００単位／μｌ）を使用して、製造業者から供給された緩衝液の存在下
でライゲーションした。この反応物を、室温で３時間、インキュベートした。い
くつかの実験において、ライゲーションを、Ｂｏｈｅｒｉｎｇｅｒの「Ｒａｐｉ
ｄＬｉｇａｔｉｏｎＫｉｔ」を使用して、製造業者の指示に従い、行った。

適切な株に組換えプラスミドを導入するために、１００μｌのＥ．ｃｏｌｉ
ＤＨ５コンピテント細胞を、リガーゼ反応溶液とともに、４０分間氷上でインキ
ュベートし、次に、３７℃で３分間インキュベートし、次に、８００μｌのＬＢ
ブロスを添加した後、再度３７℃で２０分間インキュベートした。次に細胞を、
Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆの微量遠心機において最大速度で遠心分離し、そして約２０
０μｌの上清に再懸濁した。次に、その懸濁物をＬＢアンピシリン（１００ｍｇ
／ｍｌ）上にプレーティングした。

組換えクローンのスクリーニングを、無作為に選択した５つのコロニーを、１
００μｇ／ｍｌのアンピシリンを加えた２ｍｌ（ｐＧＥＸまたはｐＴＣクローン
）または５ｍｌ（ｐＥＴクローン）のＬＢブロスのいずれかにおいて３７℃でオ
ーバーナイトで増殖させて、行った。次に、細胞をペレットにして、Ｑｉａｇｅ
ｎＱＩＡｐｒｅｐＳｐｉｎＭｉｎｉｐｒｅｐＫｉｔを使用し、製造業者
の指示に従い、ＤＮＡを最終容量３０μｌに抽出した。各々個々のミニプレップ
（約１ｇ）の５μｌを、ＮｄｅＩ／ＸｈｏＩまたはＢａｍＨＩ／ＸｈｏＩのいず
れかを用いて消化し、そして全消化物を、１〜１．５％アガロースゲル（予想イ
ンサートのサイズに依存する）に、分子量マーカー（１ＫｂＤＮＡＬａｄｄ
ｅｒ、ＧＩＢＣＯ）と並行してロードした。陽性クローンのスクリーニングを、
正確なインサートのサイズに基づいて行った。

ＯＲＦ１１０、１１１、１１３、１１５、１１９、１２２、１２５および１３
０のクローニングのために、２重に消化したＰＣＲ産物を、ＥｃｏＲＩ−Ｐｓｔ
Ｉクローニング部位を使用して、２重消化したベクター中にライゲーションした
。あるいは、ＯＲＦ１１５および１２７のクローニングのために、ＥｃｏＲＩ−
ＳａｌＩクローニング部位を使用したか、またはＯＲＦ１２２のクローニングの
ために、ＳａｌＩ−ＰｓｔＩクローニング部位を使用した。クローニングの後に
、組換えプラスミドをＥ．ｃｏｌｉ宿主Ｗ３１１０に導入した。個々のクローン
を５０μｌ／ｍｌアンピシリンを含有するＬブロス中で３７℃で、オーバーナイ
トで増殖させた。

（Ｇ）発現）
発現ベクター中の各ＯＲＦクローンを、組換えタンパク質産物の発現に適切な
株中に形質転換した。各構築物の１μｌを使用して、３０μｌのＥ．ｃｏｌｉ
ＢＬ２１（ｐＧＥＸベクター）、Ｅ．ｃｏｌｉＴＯＰ１０（ｐＴＲＣベクター
）またはＥ．ｃｏｌｉＢＬ２１−ＤＥ３（ｐＥＴベクター）を、上記のように
形質転換した。ｐＧＥＸ−Ｈｉｓベクターの場合、同一のＥ．ｃｏｌｉ株（Ｗ３
１１０）を初期のクローニングおよび発現のために使用した。単一の組換えコロ
ニーを２ｍｌのＬＢおよびアンピシリン（１００μｇ／ｍｌ）に接種し、３７℃
でオーバーナイトでインキュベートし、次に、１００ｍｌのフラスコ中で２０ｍ
ｌのＬＢおよびアンピシリン（１００μｇ／ｍｌ）中に１：３０で希釈した（Ｏ
Ｄ₆₀₀の範囲が０．１〜０．１５の間であることを確認する）。このフラスコを
ＯＤが発現の誘導に適切な指数増殖期を示すまで（ｐＥＴおよびｐＴＲＣベクタ
ーについて、０．４〜０．８ＯＤ；ｐＧＥＸおよびｐＧＥＸ−Ｈｉｓベクター
について０．８〜１ＯＤ）、回転型水浴振とう機中で３０℃でインキュベート
した。ｐＥＴ、ｐＴＲＣおよびｐＧＥＸ−Ｈｉｓベクターについて、タンパク質
の発現を１ｍＭＩＰＴＧの添加によって誘導し、一方、ｐＧＥＸ系の場合、Ｉ
ＰＴＧの最終濃度は、０．２ｍＭであった。３０℃での３時間のインキュベーシ
ョンの後、サンプルの最終濃度を、ＯＤによって確認した。発現を確認するため
に、１ｍｌの各サンプルを取り出し、微量遠心機で遠心分離し、ペレットをＰＢ
Ｓ中で再懸濁し、そしてクマシーブルー染色を用いる１２％ＳＤＳ−ＰＡＧＥ
によって分析した。全サンプルを６０００ｇで遠心分離し、そしてペレットをさ
らなる使用のためにＰＢＳ中に再懸濁した。

（Ｈ）ＧＳＴ融合タンパク質の大規模精製）
単一のコロニーをＬＢおよびアンピシリンアガープレート上で３７℃でオーバ
ーナイトで増殖させた。細菌を、水浴振とう機中の２０ｍｌのＬＢおよびアンピ
シリン液体培養物中に接種し、オーバーナイトで増殖させた。細菌を、６００ｍ
ｌの新鮮な培地中に１：３０に希釈し、最適な温度（２０〜３７℃）でＯＤ₅₅₀
が０．８〜１まで増殖させた。タンパク質の発現を０．２ｍＭのＩＰＴＧを用い
て誘導し、続いて、３時間インキュベートした。培養物を８０００ｒｐｍで４℃
で遠心分離した。上清を捨て、細菌のペレットを７．５ｍｌの冷ＰＢＳ中に懸濁
した。この細胞を、ＢｒａｎｓｏｎｓｏｎｉｆｉｅｒＢ−１５を使用し、氷
上で、３０秒間、４０Ｗで超音波処理して、破砕し、２回凍結融解して、再度遠
心分離した。この上清を回収し、１５０μｌのグルタチオン−Ｓｅｐｈａｒｏｓ
ｅ４Ｂ樹脂（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）（前もってＰＢＳで洗浄）と混合し、室温
で３０分間インキュベートした。このサンプルを７００ｇで５分間４℃で遠心分
離した。この樹脂を１０ｍｌの冷ＰＢＳを用いて、１０分間、２回洗浄し、１ｍ
ｌの冷ＰＢＳに再懸濁し、そして使い捨てカラムにロードした。この樹脂を素通
り画分が０．０２〜０．０６のＯＤ₂₈₀に到達するまで２ｍｌの冷ＰＢＳで２回
洗浄した。ＧＳＴ融合タンパク質を、７００μｌの冷グルタチオン溶出緩衝液（
１０ｍＭ還元グルタチオン、５０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ）の添加によって溶
出し、そして画分をＯＤ₂₈₀が０．１になるまで回収した。各画分の２１μｌを
、ＢｉｏｒａｄＳＤＳ−ＰＡＧＥＭｏｌｅｃｕｌａｒｗｅｉｇｈｔｓｔ
ａｎｄａｒｄｂｒｏａｄｒａｎｇｅ（Ｍ１）（２００、１１６．２５、９７
．４、６６．２、４５、３１、２１．５、１４．４、６．５ｋＤａ）またはＡｍ
ｅｒｓｈａｍＲａｉｎｂｏｗＭａｒｋｅｒ（Ｍ２）（２２０、６６、４６、
３０、２１．５、１４．３ｋＤａ）のいずれかを標準として使用する１２％Ｓ
ＤＳゲル上にロードした。ＧＳＴの分子量が２６ｋＤａなので、この値を各ＧＳ
Ｔ融合タンパク質の分子量に添加しなければならない。

（Ｉ）Ｈｉｓ−融合物の溶解度分析（ＯＲＦ１１１〜１２９））
Ｈｉｓ融合発現産物の溶解度を分析するために、３ｍｌ培養物のペレットを、
緩衝液Ｍ１（５００μｌＰＢＳｐＨ７．２）中に再懸濁した。２５μｌのリ
ゾチーム（１０ｍｇ／ｍｌ）を添加し、細菌を１５分間、４℃でインキュベート
した。このペレットを、ＢｒａｎｓｏｎｓｏｎｉｆｉｅｒＢ−１５を使用し
、３０秒間、４０Ｗで超音波処理して、２回凍結融解して、再度、遠心分離工程
によってペレットと上清に分離した。この上清を回収し、そしてこのペレットを
緩衝液Ｍ２（８Ｍ尿素、０．５ＭＮａＣｌ、２０ｍＭイミダゾールおよび
０．１ＭＮａＨ₂ＰＯ₄）に再懸濁し、３〜４時間４℃でインキュベートした。
遠心分離の後、上清を回収し、そしてペレットを緩衝液Ｍ３（６Ｍグアニジン
−ＨＣｌ、０．５ＭＮａＣｌ、２０ｍＭイミダゾールおよび０．１ＭＮａ
Ｈ₂ＰＯ₄）に４℃、オーバーナイトで再懸濁した。全工程からの上清を、ＳＤＳ
−ＰＡＧＥで分析した。

ＯＲＦ１１３、１１９および１２０から発現したタンパク質が、ＰＢＳに可溶
性であることを見いだした。その一方で、可溶化のために、ＯＲＦ１１１、１２
２、１２６および１２９は、尿素を必要とし、そしてＯＲＦ１２５および１２７
は、グアニジン−ＨＣｌを必要とした。

（Ｊ）Ｈｉｓ−融合物の大規模精製）
単一のコロニーをＬＢおよびアンピシリンアガープレート上で３７℃でオーバ
ーナイトで増殖させた。細菌を、２０ｍｌのＬＢおよびアンピシリン液体培養物
中に接種し、水浴振とう機中でオーバーナイトでインキュベートした。細菌を、
６００ｍｌの新鮮な培地中に１：３０に希釈し、最適な温度（２０〜３７℃）で
ＯＤ₅₅₀が０．６〜０．８まで増殖させた。タンパク質の発現を１ｍＭのＩＰＴ
Ｇの添加によって誘導し、そして、培養物をさらに３時間インキュベートした。
培養物を８０００ｒｐｍで４℃で遠心分離した。上清を捨て、細菌のペレットを
７．５ｍｌの（ｉ）可溶性タンパク質について冷緩衝液Ａ（３００ｍＭＮａＣ
ｌ、５０ｍＭリン酸緩衝液、１０ｍＭイミダゾール、ｐＨ８）、または（ｉ
ｉ）不溶性タンパク質について緩衝液Ｂ（尿素８Ｍ、１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣ
ｌ、１００ｍＭリン酸緩衝液、ｐＨ８．８）中に懸濁した。

この細胞を、ＢｒａｎｓｏｎｓｏｎｉｆｉｅｒＢ−１５を使用し、氷上で
、３０秒間、４０Ｗで超音波処理して、破砕し、２回凍結融解して、そして再度
遠心分離した。

不溶性タンパク質について、上清を−２０℃に保存し、一方、ペレットを２ｍ
ｌの緩衝液Ｃ（６Ｍ塩酸グアニジン、１００ｍＭリン酸緩衝液、１０ｍＭ
Ｔｒｉｓ―ＨＣｌ、ｐＨ７．５）に再懸濁し、そしてホモジナイザー中で１０サ
イクル処理した。この産物を１３０００ｒｐｍで４０分間遠心分離した。

上清を回収し、１５０μｌのＮｉ²⁺−樹脂（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）（適切なよ
うに、緩衝液Ａまたは緩衝液Ｂのいずれかで前もって洗浄する）と混合し、３０
分間、穏やかな撹拌をしながら、室温でインキュベートした。このサンプルを７
００ｇで５分間４℃で遠心分離した。この樹脂を１０ｍｌの緩衝液ＡまたはＢを
用いて１０分間、２回洗浄し、１ｍｌの緩衝液ＡまたはＢ中に再懸濁し、使い捨
てカラムにロードした。この樹脂を、（ｉ）２ｍｌの冷緩衝液Ａを用いて４℃で
、または（ｉｉ）２ｍｌの緩衝液Ｂを用いて室温でのいずれかで、素通り画分が
０．０２〜０．０６のＯＤ₂₈₀に達するまで洗浄した。

この樹脂を、（ｉ）２ｍｌの冷２０ｍＭのイミダゾール緩衝液（３００ｍＭ
ＮａＣｌ、５０ｍＭリン酸緩衝液、２０ｍＭイミダゾール、ｐＨ８）、また
は（ｉｉ）緩衝液Ｄ（尿素８Ｍ、１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ、１００ｍＭリ
ン酸緩衝液、ｐＨ６．３）のいずれかで、素通り画分が０．０２〜０．０６のＯ
Ｄ₂₈₀に達するまで洗浄した。このＨｉｓ−融合タンパク質を、７００μｌの（
ｉ）冷溶出緩衝液Ａ（３００ｍＭＮａＣｌ、５０ｍＭリン酸緩衝液、２５０
ｍＭイミダゾール、ｐＨ８）、または（ｉｉ）溶出緩衝液Ｂ（尿素８Ｍ、１０
ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ、１００ｍＭリン酸緩衝液、ｐＨ４．５）のいずれか
の添加によって溶出し、ＯＤ₂₈₀が０．１になるまで、画分を回収した。２１μ
ｌの各画分を、１２％ＳＤＳゲルにロードした。

（Ｋ）Ｈｉｓ−融合タンパク質の再生）
１０％グリセロールを、変性タンパク質に添加した。次にこのタンパク質を透
析緩衝液Ｉ（１０％グリセロール、０．５Ｍアルギニン、５０ｍＭリン酸緩
衝液、５ｍＭ還元型グルタチオン、０．５ｍＭ酸化型グルタチオン、２Ｍ
尿素、ｐＨ８．８）を使用して２０μｇ／ｍｌまで希釈し、同じ緩衝液に対して
、４℃で１２〜１４時間透析した。このタンパク質をさらに透析緩衝液ＩＩ（１
０％グリセロール、０．５Ｍアルギニン、５０ｍＭリン酸緩衝液、５ｍＭ
還元型グルタチオン、０．５ｍＭ酸化型グルタチオン、ｐＨ８．８）に対して
４℃で１２〜１４時間透析した。タンパク質濃度を、以下の式を用いて推定した
：
タンパク質（ｍｇ／ｍｌ）＝（１．５５×ＯＤ₂₈₀）−（０．７６×ＯＤ₂₆₀）。

（Ｌ）Ｈｉｓ−融合物の大規模精製（ＯＲＦ１１１〜１２９））
５００ｍｌの細菌培養物を誘導し、そして融合タンパク質を、上記の手順を使
用して、緩衝液Ｍ１、Ｍ２またはＭ３中で可溶化した。細菌の粗抽出物を、この
融合タンパク質の可溶化緩衝液に依存して、緩衝液Ｍ１、Ｍ２またはＭ３を用い
て平衡化したＮｉ−ＮＴＡスーパーフローカラム（Ｑｕｉａｇｅｎ）上にロード
した。結合しない物質を、カラムを同一の緩衝液で洗浄することにより溶出した
。対応する５００ｍＭのイミダゾールを含有する緩衝液を用いて、特異的なタン
パク質を溶出し、イミダゾールを含有しない対応する緩衝液に対して、透析した
。各操作の後、このカラムを、少なくとも２カラム容量の０．５Ｍ水酸化ナト
リウムを用いて洗浄することにより、消毒し、次の使用の前に再度平衡化した。

（Ｍ）マウスの免疫化
２０μｇの各精製タンパク質を使用して、マウスの腹腔内で免疫した。ＯＲＦ
２、４、１５、２２、２７、２８、３７、７６、８９および９７の場合、Ｂａｌ
ｂ−Ｃマウスを、Ａｌ（ＯＨ）₃をアジュバントとして用いて、１、２１および
４２日目に免疫し、そして５６日目に採取したサンプルにおける免疫応答をモニ
ターした。ＯＲＦ４４、１０６および１３２について、ＣＤ１マウスを、同一の
プロトコールを用いて免疫した。ＯＲＦ２５および４０について、ＣＤ１マウス
を、ＡＬ（ＯＨ）₃ではなくフロイントアジュバントを用いて免疫し、そして免
疫応答を５６日目ではなく４２日目に測定したことを除いて、同一の免疫プロト
コールを使用した。同様に、ＯＲＦ２３、３２、３８および７９について、ＣＤ
１マウスをフロイントアジュバントを用いて免疫したが、免疫応答を４９日目に
測定した。

（Ｎ）ＥＬＩＳＡアッセイ（血清分析））
無莢膜のＭｅｎＢＭ７株を、チョコレートアガープレート上にプレートし、
３７℃でオーバーナイトでインキュベートした。細菌のコロニーをアガープレー
トから滅菌ドラコン（ｄｒａｃｏｎ）スワブを使用して回収し、０．２５％グル
コースを含有する７ｍｌのＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎブロス（Ｄｉｆｃｏ）
中に接種した。細菌の増殖を３０分毎に、ＯＤ₆₂₀を追跡することによりモニタ
ーした。細菌をＯＤが０．３〜０．４の値に達するまで増殖させた。培養物を１
０分間１００００ｒｐｍで遠心分離した。上清を捨て、細菌をＰＢＳで１回洗浄
し、０．０２５％のホルムアルデヒドを含有するＰＢＳ中に再懸濁し、室温で２
時間インキュベートし、次に４℃でオーバーナイトで攪拌しながらインキュベー
トした。１００μｌの細菌細胞を、９６ウェルＧｒｅｉｎｅｒプレートの各ウェ
ルに添加し、そして４℃でオーバーナイトでインキュベートした。次にそのウェ
ルをＰＢＴ洗浄緩衝液（ＰＢＳ中の０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０）を用いて３回
洗浄した。２００μｌの飽和緩衝液（水中に２．７％のポリビニルピロリドン
１０）を各ウェルに添加し、そしてプレートを３７℃で２時間インキュベートし
た。ウェルをＰＢＴで３回洗浄した。２００μｌの希釈血清（希釈緩衝液：ＰＢ
Ｓ中に１％ＢＳＡ、０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０、０．１％ＮａＮ₃）を各
ウェルに添加し、そしてそのプレートを３７℃で９０分間インキュベートした。
ウェルをＰＢＴで３回洗浄した。希釈緩衝液中に１：２０００に希釈した１００
μｌのＨＲＰ−結合体化ウサギ抗マウス（Ｄａｋｏ）血清を、各ウェルに添加し
、そのプレートを３７℃で９０分間インキュベートした。ウェルを、ＰＢＴ緩衝
液で３回洗浄した。１００μｌのＨＲＰのための基質緩衝液（２５ｍｌのクエン
酸緩衝液、ｐＨ５、１０ｍｇのＯ−フェニルジアミンおよび１０μｌのＨ₂Ｏ）
を各ウェルに添加し、このプレートを室温に２０分間放置した。１００μｌのＨ
₂ＳＯ₄を各ウェルに添加し、ＯＤ₄₉₀を追跡した。ＯＤ₄₉₀が対応する免疫前血清
の２．５倍である場合、ＥＬＩＳＡが陽性であると考慮した。

（Ｏ）ＦＡＣＳｃａｎ細菌結合アッセイ手順）
無莢膜ＭｅｎＢＭ７株をチョコレートアガープレートにプレートし、３７℃
でオーバーナイトでインキュベートした。細菌のコロニーをアガープレートから
滅菌ドラコン（ｄｒａｃｏｎ）スワブを使用して回収し、０．２５％グルコース
を含有する８ｍｌのＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎブロス（Ｄｉｆｃｏ）を含む
４本のチューブに中に接種した。細菌の増殖を３０分毎に、ＯＤ₆₂₀を追跡する
ことによりモニターした。細菌をＯＤが０．３５〜０．５の値に達するまで増殖
させた。培養物を５分間４０００ｒｐｍで遠心分離した。上清を捨て、ペレット
をブロッキング緩衝液（１％ＢＳＡ、０．４％ＮａＮ₃）中に再懸濁し、５
分間４０００ｒｐｍで遠心分離した。細胞をＯＤ₆₂₀が０．０７に達するように
ブロッキング緩衝液に再懸濁した。１００μｌの細菌細胞を、Ｃｏｓｔｅｒ９６
ウェルプレートの各ウェルに添加した。１００μｌの希釈（１：２００）血清（
ブロッキング緩衝液中）を各ウェルに添加し、そしてそのプレートを４℃で２時
間インキュベートした。細胞を５分間４０００ｒｐｍで遠心分離し、その上清を
吸引し、各ウェルに２００μｌ／ウェルのブロッキング緩衝液を添加することに
より、細胞を洗浄した。１００μｌのＲ−フィコエリトリン結合体化Ｆ（ａｂ）
₂ヤギ抗マウス（１：１００希釈）を各ウェルに添加し、そしてプレートを１時
間４℃でインキュベートした。細胞を、４０００ｒｐｍ５分間の遠心分離によっ
て遠心沈殿し、２００μｌ／ウェルのブロッキング緩衝液を添加することにより
、洗浄した。その上清を吸引し、そして細胞を２００μｌ／ウェルのＰＢＳ、０
．２５％のホルムアルデヒドに再懸濁した。そのサンプルをＦＡＣＳｃａｎチュ
ーブに移して、読み取った。ＦＡＣＳｃａｎ設定の状態は、以下のとおりである
：ＦＬ１オン、ＦＬ２およびＦＬ３オフ；ＦＳＣ−Ｈ閾値：９２；ＦＳＣ
ＰＭＴ電圧：Ｅ０２；ＳＳＣＰＭＴ：４７４；増幅利得７．１：ＦＬ−２
ＰＭＴ：５３９；補償値：０。

（Ｐ）ＯＭＶ調製）
細菌を５ＧＣプレート上でオーバーナイトで増殖させ、ループを用いて収穫し
、そして１０ｍｌの２０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌに再懸濁した。５６℃、３０分
の熱不活化を行い、そして細菌を１０分間氷上で超音波処理することにより破壊
した（５０％衝撃係数、５０％出力）。未破壊細胞を５０００ｇ、１０分間
の遠心分離によって除去し、そして全細胞エンベロープ画分を５００００ｇ、４
℃、７５分間の遠心分離によって回収した。細胞質膜タンパク質を粗外膜から抽
出するために、全画分を２％サルコシル（Ｓｉｇｍａ）中に再懸濁し、そして室
温で２０分間インキュベートした。この懸濁液を、１００００ｇで１０分間遠心
し、凝集物を除去し、そしてこの上清をさらに５００００ｇで７５分間、超遠心
分離して、外膜をペレット化した。この外膜を、１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（
ｐＨ８）に再懸濁し、そしてそのタンパク質濃度をＢｉｏ−ＲａｄＰｒｏｔｅ
ｉｎアッセイによって、ＢＳＡを標準として測定した。

（Ｑ）全抽出物の調製）
細菌をＧＣプレート上でオーバーナイトで増殖させ、ループを用いて収穫し、
そして１ｍｌの２０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌに再懸濁した。５６℃、３０分の熱
不活化を行った。

（Ｒ）ウェスタンブロッティング）
ＭｅｎＢ株２９９６由来の精製タンパク質（５００ｎｇ／レーン）、外膜ベシ
クル（５μｇ）および全細胞抽出物（２５μｇ）を、１５％ＳＤＳ−ＰＡＧＥ上
にロードし、ニトロセルロース膜上に転写した。この転写を、２時間、１５０ｍ
Ａ、４℃、転写緩衝液中（０．３％ＴｒｉｓＢａｓｅ、１．４４％グリシ
ン、２０％メタノール）で行った。この膜を飽和緩衝液（ＰＢＳ中の１０％
スキムミルク、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ１００）中での４℃のオーバーナイ
トのインキュベートにより飽和させた。この膜を洗浄緩衝液（ＰＢＳ中の３％
スキムミルク、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ１００）を用いて２回洗浄し、洗浄
緩衝液中に１：２００に希釈したマウス血清とともに、２時間３７℃でインキュ
ベートした。この膜を２回洗浄し、１：２０００希釈の西洋わさびペルオキシダ
ーゼ標識化抗マウスＩｇとともに９０分間インキュベートした。この膜をＰＢＳ
中の０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ１００を用いて２回洗浄し、Ｏｐｔｉ−４ＣＮ
基質キット（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を用いて、発色させた。この反応を水を添加して
停止した。

（Ｓ）殺菌性アッセイ）
ＭＣ５８株をチョコレートアガープレート上で、３７℃でオーバーナイトで増
殖させた。５〜７のコロニーを回収し、そして７ｍｌのＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎ
ｔｏｎブロスに接種するために使用した。この懸濁液を、旋回装置上で３７℃で
インキュベートし、ＯＤ₆₂₀が０．５〜０．８になるまで増殖させた。この培養
物を滅菌１．５ｍｌエッペンドルフチューブに等分し、微量遠心機中で最大速度
で２０分間遠心分離した。このペレットをＧｅｙ緩衝液（Ｇｉｂｃｏ）中で１回
洗浄し、そして同一の緩衝液中でＯＤ₆₂₀を０．５に再懸濁し、Ｇｅｙ緩衝液中
に１：２００００に希釈し、２５℃で保存した。

５０μｌのＧｅｙ緩衝液／１％ＢＳＡを９６ウェル組織培養プレートの各ウ
ェルに添加した。２５μｌの希釈マウス血清（Ｇｅｙ緩衝液／０．２％ＢＳＡ
中に１：１００）を各ウェルに添加し、そのプレートを４℃でインキュベートし
た。上記記載の細菌懸濁液の２５μｌを各ウェルに添加した。熱不活化（５６℃
水浴中に３０分）または正常乳児ウサギ補体のいずれかの２５μｌを各ウェルに
添加した。乳児ウサギ補体の添加の直後に、１ウェルあたり２２μｌの各サンプ
ルをＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎアガープレート上にプレートした（時間０）
。この９６ウェルプレートを１時間３７℃で回転しながらインキュベートし、次
に、１ウェルあたり２２μｌの各サンプルをＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎアガ
ープレート上にプレートした（時間１）。オーバーナイトのインキュベートの後
、時間０および時間１に対応するコロニーを計数した。

表ＩＩは、クローニング、発現および精製結果の概要を示す。

（実施例１）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定された（配列
番号１）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２；ＯＲＦ３７）に対応する：

さらなる研究は、以下の完全ヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号３）

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４；ＯＲＦ３７−１）に対応する：

さらなる研究は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統における対応遺伝子
を同定した(配列番号５)：

これは、以下のアミノ酸配列(配列番号６；ＯＲＦ３７ａ)を有するタンパク質
をコードする：

初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ３７）は、ＯＲＦ３７ａとの７５ア
ミノ酸にわたる重複で６８．０％の同一性示す：

さらなる研究は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅにおいて対応する遺伝子を同定
した(配列番号７)：

これは、以下のアミノ酸配列(配列番号８；ＯＲＦ３７ｎｇ)を有するタンパク
質をコードする：

初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ３７）は、ＯＲＦ３７ｎｇとの１１
１アミノ酸にわたる重複で６４．９％の同一性示す：

Ｂ系統完全配列（ＯＲＦ３７−１）およびＯＲＦ３７ｎｇは、１９８アミノ酸
の重複において５１．５％の同一性を示す：

これらのアミノ酸配列に関するコンピューター分析は推定リーダー配列を示し
、そしてＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来
のタンパク質、ならびにそれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のため
、または抗体の惹起のための有用な抗原になり得ることが予測された。

ＯＲＦ３７−１（１１ｋＤａ）を上記のように、ｐＥＴベクターおよびｐＧｅ
ｘベクターにクローン化し、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて発現させた。タンパク質発現
および精製の産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図１ＡはＧＳＴ融合タ
ンパク質のアフィニティ−精製の結果を示し、図１ＢはＥ．ｃｏｌｉにおけるＨ
ｉｓ融合体の発現の結果を示す。精製ＧＳＴ融合タンパク質を使用してマウスを
免疫し、その血清をＥＬＩＳＡのため（陽性結果）、ＦＡＣＳ分析のため（図１
Ｃ）および殺菌性アッセイのため（図１Ｄ）に使用した。これらの実験は、ＯＲ
Ｆ３７−１が表面露出タンパク質であり、そして有用な免疫原であることを確認
する。

図１Ｅは、ＯＲＦ３７−１についての親水性、抗原性指標、およびＡＭＰＨＩ
領域のプロットを示す。

（実施例２）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号９）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１０）に対応する。

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（仮定のＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅタンパク質（ｙｂｒｄ．ｈａｅｉｎ；登
録番号ｐ４５０２９）との相同性）
配列番号９およびｙｂｒｄ．ｈａｅｉｎは、１２２アミノ酸の重複内で４８．
４％のアミノ酸同一性を示す:

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
配列番号９は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦと１１８アミノ
酸にわたる重複で９９．２％の同一性を示す：

完全ｙｒｂｄＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ配列は、リーダー配列を有し、そし
て、全長相同性Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質もまたリーダー配列を
有することが予測される。これは、それが膜タンパク質、分泌タンパク質、また
は表面タンパク質のいずれかであること、およびそのタンパク質、またはそのエ
ピトープの１つが、ワクチンまたは診断薬のための有用な抗原であり得ることを
示唆する。

（実施例３）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号１１）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１２；ＯＲＦ３）に対応する：

さらなる配列分析は、以下の完全ヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号
１３）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１４；ＯＲＦ３−１）に対応する：

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ系統）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ３
ａ）との２８６アミノ酸にわたる重複で９３．０％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３ａヌクレオチド配列（配列番号１５）は以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１６）を有するタンパク質をコードす
ると予測される：

２つの膜貫通ドメインに、下線を付す。

ＯＲＦ３−１はＯＲＦ３ａとの４１０アミノ酸の重複内で９４．６％の同一性
を示す：

（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓのｙｖｆｃ遺伝子（登録番号Ｚ７１９２８）により
コードされる仮定タンパク質との相同性）
ＯＲＦ３およびＹＶＦＣタンパク質は、１７０アミノ酸の重複（ＢＬＡＳＴｐ
）において５５％のアミノ酸同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ３．ｎｇ
）との２８６アミノ酸にわたる重複で８６．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１７）は、以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１８）を有するタンパク質をコードす
る：

このタンパク質はＯＲＦ３−１との４１３アミノ酸の重複内で８６．９％の同
一性を示す：

さらに、ＯＲＦ３ｎｇはＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来の仮定タンパク質との有意
な相同性を示す：

ｙｖｆｃ遺伝子の仮定の産物は、Ｒ．ｍｅｌｉｌｏｔｉのＥＸＯＹ（エキソ多
糖類生産タンパク質）に類似性を示す。このこと、および相同性Ｎ．ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅ配列内の２つの推定膜貫通領域に基づき、これらのタンパク質、ま
たはこれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のための、または抗体の惹
起のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例４）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号１９）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２０；ＯＲＦ５）に対応する：

さらなる配列分析は、完全ＤＮＡ配列が以下の配列（配列番号２１）であるこ
とを明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２２；ＯＲＦ５−１）に対応する：

さらなる研究は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統における対応遺伝子
を同定した（配列番号２３）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２４；ＯＲＦ５ａ）を有するタンパク
質をコードする：

初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ５）は、ＯＲＦ５ａとの１２４アミ
ノ酸にわたる重複で５４．７％の同一性を示す：

Ｂ系統完全配列（ＯＲＦ５−１）およびＯＲＦ５ａは３００アミノ酸の重複内
で９２．７％の同一性を示す：

さらなる研究は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅにおけるＤＮＡ部分配列（配列
番号２５）を同定した。これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２６；ＯＲＦ５
ｎｇ）を有するタンパク質をコードする。：

さらなる分析は完全淋菌ヌクレオチド配列（配列番号２７）が以下であること
を明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２８；ＯＲＦ５ｎｇ−１）を有するタ
ンパク質をコードする：

初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ５）は、部分淋菌配列（ＯＲＦ５ｎ
ｇ）との１３５アミノ酸にわたる重複で８３．１％の同一性を示す：

Ｂ系統完全配列および淋菌配列（ＯＲＦ５−１およびＯＲＦ５ｎｇ−１）は、
３０４アミノ酸の重複内で９２．４％の同一性を示す：

これらのアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、推定リーダー配列を示
し、そして以下の相同性を同定した：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの溶血素ホモログＴｌｙＣ（登録番号Ｕ３２７
１６）との相同性）
ＯＲＦ５およびＴｌｙＣタンパク質は、７７アミノ酸の重複（ＢＬＡＳＴｐ）
において５８％のアミノ酸同一性を示す。

ＯＲＦ５ｎｇ−１はまたＴｌｙＣとの有意な相同性を示す：

（Ｅ．ｃｏｌｉ由来の仮定の分泌タンパク質との相同性）
ＯＲＦ５ａはＥ．ｃｏｌｉ由来の仮定の分泌タンパク質との相同性を示す：

この分析（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のＴｌｙＣ溶血素ホモログ（溶血素
は分泌タンパク質である）に対するアミノ酸相同性を含む）に基づき、Ｎ．ｍｅ
ｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質は分
泌され、従って、ワクチンまたは診断薬に有用な抗原であり得ることが予測され
た。

ＯＲＦ５−１（３０．７ｋＤａ）を、上記のようにｐＧｅｘベクターにクロー
ン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉにおいて発現させた。タンパク質発現および精製の
産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図２Ａは、ＧＳＴ融合タンパク質のア
フィニティ−精製の結果を示す。精製ＧＳＴ融合タンパク質使用してマウスを免
疫し、その血清をウエスタンブロット分析（図１Ｂ）のために使用した。これら
の実験は、ＯＲＦ５−１が表面露出タンパク質であり、そして有用な免疫原であ
ることを確認する。

（実施例５）
以下の部分ＤＮＡ配列はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された（
配列番号２９）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号３０；ＯＲＦ７）に対応する：

さらなる配列分析は、以下の完全ＤＮＡ配列（配列番号３１）を明らかにした
：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号３２；ＯＲＦ７−１）に対応する：

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は以下の結果を与えた：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのｙｃｅｇ遺伝子（登録番号Ｐ４４２７０）に
よりコードされる仮定のタンパク質との相同性）
ＯＲＦ７およびｙｃｅｇタンパク質は１９２アミノ酸の重複内で４４％のアミ
ノ酸同一性を示す：

完全長ＹＣＥＧタンパク質は以下の配列を有する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ系統）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ７
ａ）との１８７アミノ酸にわたる重複で９５．２％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ７ａヌクレオチド配列（配列番号３３）は以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号３４）を有するタンパク質をコードす
ると予測される：

リーダー配列に下線を付す。

ＯＲＦ７ａおよびＯＲＦ７−１は、３３１アミノ酸重複において９８．８％の
同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ７．ｎｇ
）との１８７アミノ酸にわたる重複で９４．７％の同一性を示す：

ＯＲＦ７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号３５）は、以下のアミノ酸配列（配
列番号３６）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる配列分析は、ＯＲＦ７ｎｇの部分ＤＮＡ配列を明らかにした（配列番
号３７）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号３８；ＯＲＦ７ｎｇ−１）に対応する
：

ＯＲＦ７ｎｇ−１およびＯＲＦ７−１は、２９８アミノ酸の重複内で９８．０
％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ７ｎｇ−１は、仮定のＥ．ｃｏｌｉタンパク質との有意な相同
性を示す：

この分析（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅＹＣＥＧタンパク質が可能性のあるリ
ーダー配列を有するという事実を含む）に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉ
ｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質、およびそれらのエピト
ープが、ワクチンもしくは診断薬のための、または抗体を惹起するための有用な
抗原であり得ることが予測される。

（実施例６）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号３９）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４０；ＯＲＦ９）に対応する：

さらなる配列分析は、完全ＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号４１）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４２；ＯＲＦ９−１）に対応する：

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ系統）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ９
ａ）との１６６アミノ酸にわたる重複で８９．８％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ９ａヌクレオチド配列（配列番号４３）は、以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４４）を有するタンパク質をコードす
る：

ＯＲＦ９ａおよびＯＲＦ９−１は６１４アミノ酸の重複内で９５．３％の同一
性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ９は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ９．ｎｇ
）との１６３アミノ酸にわたる重複で８２．８％の同一性を示す：

ＯＲＦ９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４５）は、以下のアミノ酸配列（配
列番号４６）を有するタンパク質をコードすると予測された：

アミノ酸１〜２８は推定リーダー配列であり、そしてアミノ酸１７３〜１８９
は膜貫通ドメインであると予測される。

さらなる配列分析は完全長ＯＲＦ９ｎｇＤＮＡ配列（配列番号４７）を明ら
かにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４８）を有するタンパク質をコードす
る：

ＯＲＦ９ｎｇおよびＯＲＦ９−１は、６１４アミノ酸の重複内で８８．１％の
同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ９ｎｇはＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来の仮定のタンパク質と
の有意な相同性を示す：

この分析に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅ由来のタンパク質、およびそれらのエピトープが、ワクチンもしくは診
断薬のための、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得ることが予測さ
れる。

（実施例７）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号４９）；

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５０；ＯＲＦ１１）に対応する：

さらなる配列分析は完全ＤＮＡ配列（配列番号５１）を明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５２；ＯＲＦ１１−１）に対応する：

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｕｔｉｄａの６０ｋＤａ内膜タンパク質（登
録番号Ｐ２５７５４）との相同性）
ＯＲＦ１１および６０ｋＤａタンパク質は、２２９アミノ酸重複において５８
％のアミノ酸同一性を示す（ＢＬＡＳＴｐ）。

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ系統）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１１ａ）との２４０アミノ酸にわたる重複で９７．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１１ａヌクレオチド配列（配列番号５３）は以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５４）を有するタンパク質をコードす
る：

ＯＲＦ１１ａおよびＯＲＦ１１−１は、５４４アミノ酸の重複内で９５．２％
の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１１．
ｎｇ）との２４０アミノ酸にわたる重複で９６．３％の同一性を示す：

ＯＲＦ１１ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５５）は、以下のアミノ酸配列（
配列番号５６）を有するタンパク質をコードすると予測された：

さらなる配列分析は、完全淋菌ＤＮＡ配列（配列番号５７）が以下の配列であ
ることを明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５８；ＯＲＦ１１ｎｇ−１）を有する
タンパク質をコードする：

ＯＲＦ１１ｎｇ−１およびＯＲＦ１１−１は、５４６アミノ酸の重複内で９５
．１％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１１ｎｇ−１は、データベースからの内膜タンパク質（登録番
号ｐ２５７５４）との有意な相同性を示す：

この分析（Ｐ．ｐｕｔｉｄａ由来の内膜タンパク質および推定膜貫通ドメイン
（髄膜炎菌性および淋菌性タンパク質の両方において見られる）に対する相同性
を含む）に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏ
ｅａｅ由来のタンパク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは診
断薬のための、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得ることが予測さ
れる。

（実施例８）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号５９）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６０；ＯＲＦ１３）に対応する：

さらなる配列分析は、ＤＮＡ配列をわずかに精巧にした（配列番号６１）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６２；ＯＲＦ１３−１）に対応する：

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ系統）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３ａ）との１２６アミノ酸にわたる重複で９２．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１３ａヌクレオチド配列（配列番号６３）は、以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６４）を有するタンパク質をコードす
る：

ＯＲＦ１３ａおよびＯＲＦ１３−１は、１２６アミノ酸重複において９４．４
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１３．
ｎｇ）との１２６アミノ酸配列にわたる重複で８９．７％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１３ｎｇヌクレオチド配列（配列番号６５）は、以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６６）を有するタンパク質をコードす
る：

ＯＲＦ１３ｎｇは、ＯＲＦ１３−１との１２６アミノ酸重複において９１．３
％の同一性を示す：

この分析（このタンパク質中の延長リーダー配列を含む）に基づき、ＯＲＦ１
３およびＯＲＦ１３ｎｇは外膜タンパク質である可能性が高いと予測される。よ
って、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の
タンパク質、ならびにそれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のための
、または抗体の惹起のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例９）
以下のＤＮＡ配列はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された（配列
番号６７）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６８；ＯＲＦ２）に対応する：

さらなる研究は完全ヌクレオチド配列（配列番号６９）を明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号７０；ＯＲＦ２−１）に対応する：

さらなる研究は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統において対応する遺
伝子を同定した（配列番号７１）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号７２；ＯＲＦ２ａ）をコードする：

初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ２）は、ＯＲＦ２ａとの１１８アミ
ノ酸にわたる重複で９７．５％の同一性を示す：

Ｂ系統完全配列（ＯＲＦ２−１）およびＯＲＦ２ａは、２２８アミノ酸の重複
内で９８．２％の同一性を示す：

さらなる研究は、以下のアミノ酸配列（配列番号７４；ＯＲＦ２ｎｇ）をコー
ドする、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅにおける部分ＤＮＡ配列（配列番号７３）
を同定した：

さらなる研究は、完全淋菌遺伝子配列（配列番号７５）を同定した：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号７６；ＯＲＦ２ｎｇ−１）を有するタ
ンパク質をコードする：

初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ２）は、ＯＲＦ２ｎｇと１３６アミ
ノ酸にわたる重複で８７．５％の同一性を示す：

Ｂ系統完全配列および淋菌配列（ＯＲＦ２−１およびＯＲＦ２ｎｇ−１）は、
２２９アミノ酸重複において９１．７％の同一性を示す：

これらのアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、膜貫通領域（下線）を
示し、そしてまた淋菌配列とＥ．ｃｏｌｉのＴａｔＢタンパク質との間の相同性
（５９％の同一性）を明らかにした：

この分析に基づき、ＯＲＦ２、ＯＲＦ２ａ、およびＯＲＦ２ｎｇは膜タンパク
質である可能性が高いこと、従ってＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇ
ｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質、ならびにそれらのエピトープは、ワク
チンもしくは診断薬のための、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得
ることが予測される。

ＯＲＦ２−１（１６ｋＤａ）を、上記のように、ｐＥＴおよびｐＧｅｘベクタ
ーにクローン化し、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて発現させた。タンパク質発現および精
製の産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図３Ａは、ＧＳＴ融合タンパク質
のアフィニティ−精製の結果を示し、そして図３Ｂは、Ｅ．ｃｏｌｉにおけるＨ
ｉｓ融合タンパク質の発現の結果を示す。精製ＧＳＴ融合タンパク質を使用して
マウスを免疫し、その血清をウェスタンブロットために（図３Ｃ）、ＥＬＩＳＡ
のために（陽性結果）、およびＦＡＣＳ分析のために（図３Ｄ）使用した。これ
らの実験は、ＯＲＦ３７−１が表面露出タンパク質であり、そして有用な免疫原
であることを確認する。

（実施例１０）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号７７）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号７８；ＯＲＦ１５）に対応する：

さらなる研究は、完全ヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号７９）

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号８０；ＯＲＦ１５−１）に対応する：

さらなる研究は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統における対応遺伝子
を同定した（配列番号８１）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号８２；ＯＲＦ１５ａ）を有するタンパ
ク質をコードする：

初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ１５）は、ＯＲＦ１５ａとの２１３
アミノ酸にわたる重複で９８．１％の同一性を示す：

Ｂ系統完全配列（ＯＲＦ１５−１）およびＯＲＦ１５ａは、３２０アミノ酸重
複において９８．８％の同一性を示す：

さらなる研究は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅにおける対応遺伝子を同定した
（配列番号８３）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号８４；ＯＲＦ１５ｎｇ）を有するタン
パク質をコードする：

初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ１５）は、ＯＲＦ１５ｎｇとの２１３
アミノ酸にわたる重複で９７．２％の同一性を示す：

Ｂ系統完全配列（ＯＲＦ１５−１）およびＯＲＦ１５ｎｇは、３２０アミノ酸重
複において９８．８％の同一性を示す：

これらのアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、ＩＬＳＡＣモチーフ（
ＭＯＴＩＦＳプログラムにより予測されるように、推定の膜リポタンパク質脂質
結合部位）を明らかにし、推定リーダー配列を示し、そしてＮ．ｍｅｎｉｎｇｉ
ｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質、ならびにそれ
らのエピトープが、ワクチンもしくは診断薬のために、または抗体を惹起するた
めに有用な抗原であり得ることが予測される。

ＯＲＦ１５−１（３１．７ｋＤａ）を、上記のように、ｐＥＴベクターおよび
ｐＧｅｘベクターにクローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉにおいて発現させた。タ
ンパク質発現および精製の産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図４ＡはＧ
ＳＴ融合タンパク質のアフィニティ−精製の結果を示し、そして図４ＢはＥ．ｃ
ｏｌｉにおけるＨｉｓ融合タンパク質の発現の結果を示す。精製ＧＳＴ融合タン
パク質を使用してマウスを免疫し、その血清をウェスタンブロットのために（図
４Ｃ）およびＥＬＩＳＡのために（陽性結果）使用した。これらの実験は、ＯＲ
ＦＸ−１が表面露出タンパク質であり、そして有用な免疫原であることを確認す
る。

（実施例１１）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号８５）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号８６；ＯＲＦ１７）に対応する：

さらなる研究は、完全ヌクレオチド配列（配列番号８７）を明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号８８；ＯＲＦ１７−１）に対応する：

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（仮定のＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ膜貫通タンパク質ＨＩ０９０２（登録番
号Ｐ４４０７０）との相同性）
ＯＲＦ１７およびＨＩ０９０２タンパク質は、１９２アミノ酸の重複において
２８％のアミノ酸同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ系統）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１７ａ）との１９６アミノ酸にわたる重複で９６．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１７ａヌクレオチド配列（配列番号８９）は、以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号９０）を有するタンパク質をコードす
る：

ＯＲＦ１７ａおよびＯＲＦ１７−１は、２６８アミノ酸重複において９８．９
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１７．
ｎｇ）との１９６アミノ酸にわたる重複で９３．９％の同一性を示す：

ＯＲＦ１７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号９１）は、以下のアミノ酸配列（
配列番号９２）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる研究は、完全淋菌ＤＮＡ配列（配列番号９３）を明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号９４；ＯＲＦ１７ｎｇ−１）に対応す
る：

ＯＲＦ１７ｎｇ−１およびＯＲＦ１７−１は、２６８アミノ酸重複において９
６．６％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１７ｎｇ−１は、仮定のＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅタンパク質
との有意な相同性を示す：

この分析は（仮定のＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ膜貫通タンパク質との相同性を
含む）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来
のタンパク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは診断薬のため
の、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得ることを示唆する。

（実施例１２）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号９５）：

これは、以下のアミノ酸配列(配列番号９６;ＯＲＦ１８)に対応する：

さらなる研究は、完全ヌクレオチド配列(配列番号９７)を明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列(配列番号９８;ＯＲＦ１８−１)に対応する：

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ系統）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１８は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１８ａ）との１１６アミノ酸にわたる重複で９８．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１８ａヌクレオチド配列（配列番号９９）は、以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１００）を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ１８ａおよびＯＲＦ１８−１は、２０１アミノ酸重複において９９．０
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１８．
ｎｇ）との１１６アミノ酸にわたる重複において９３．１％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１８ｎｇヌクレオチド配列は、以下（配列番号１０１）である：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１０２）を有するタンパク質をコード
する：

このＯＲＦ１８ｎｇタンパク質配列は、ＯＲＦ１８−１との２０１アミノ酸重
複において９４．０％の同一性を示す：

この分析（淋菌タンパク質内のいくつかの推定膜貫通ドメインの存在を含む）
に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由
来のタンパク質、ならびにそれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のた
めの、または抗体の惹起のための有用な抗原であり得ることが予測される：
（実施例１３）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号１０３）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１０４;ＯＲＦ１９）に対応する：

さらなる研究は、以下の完全ヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号１０
５）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１０６;ＯＲＦ１９−１）に対応する
：

このアミノ酸配列に関するコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの推定膜貫通タンパク質ＹＨＦＫ（登録番号Ｐ
４４２８９）との相同性）
ＯＲＦ１９およびＹＨＦＫタンパク質は、９７アミノ酸重複において４５％の
アミノ酸同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ系統）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１９ａ）との１０２アミノ酸にわたる重複で９２．２％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１９ａヌクレオチド配列（配列番号１０７）は、以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１０８）を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ１９ａおよびＯＲＦ１９−１は、７１６アミノ酸重複において９８．３
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１９は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１９．
ｎｇ）と、１０２アミノ酸の重複にわたって、９５．１％の同一性を示す。

ＯＲＦ１９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１０９）は、以下のアミノ酸配列
（配列番号１１０）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる研究は、以下の完全ヌクレオチド配列（配列番号１１１）を明らかに
した：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１１２;ＯＲＦ１９ｎｇ−１）に対応
する：

ＯＲＦ１９ｎｇ−１およびＯＲＦ１９−１は、７１６アミノ酸重複において９
５．５％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１９ｎｇ−１は、以前にデータベース登録された仮定の淋菌タ
ンパク質に対して有意な相同性を示す：

この分析（淋菌タンパク質内のいくつかの推定膜貫通ドメインの存在（そのう
ちの最初のものは、髄膜炎菌性タンパク質においてもまた見られる）を含む）、
およびＹＨＫタンパク質との相同性に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓお
よびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質、ならびにそれらのエピトー
プは、ワクチンもしくは診断薬のための、または抗体の惹起のための有用な抗原
であり得ることが予測される：
（実施例１４）
完全であると考えられる、以下のＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉ
ｓ中で同定された（配列番号１１３）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１１４；ＯＲＦ２０）に対応する：

これらの配列がさらに精巧に配列決定され、そしてその完全なＤＮＡ配列（配
列番号１１５）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１１６；ＯＲＦ２０−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター解析は、以下の結果を与えた。

（Ｓ．ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍのＭｖｉＮのビルレニス因子（登録番号Ｐ３７
１６９）との相同性）
ＯＲＦ２０およびＭｖｉＮタンパク質は、４４０アミノ酸重複において６３％
アミノ酸同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２０は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ２
０ａ）と４４７アミノ酸重複にわたって９３．５％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ２０ａヌクレオチド配列（配列番号１１７）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１１８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２０ａおよびＯＲＦ２０−１は、５１２アミノ酸重複において９６．５
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２０は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ２０ｎ
ｇ）と４５４アミノ酸重複にわたって９２．１％の同一性を示す：

ＯＲＦ２０ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１１９）は、アミノ酸配列（配列
番号１２０）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなるＤＮＡ配列の解析は、以下のＤＮＡ配列（配列番号１２１）を示した
：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１２２；ＯＲＦ２０ｎｇ−１）をコー
ドする：

ＯＲＦ２０ｎｇ−１およびＯＲＦ２０−１は、５１２アミノ酸重複中で９５．
７％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ２０ｎｇ−１は、Ｓ．ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍのビルレニス因
子と有意な相同性を示す：

Ｓ．ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ由来のビルレニス因子との相同性を含むこの解析
に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由
来のこれらのタンパク質、およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断の
ため、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得ると推定される。

（実施例１５）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号１２３）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１２４；ＯＲＦ２２）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号１２５）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号１２６；ＯＲＦ２２−１）に対応する：

さらなる研究は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株中で対応する遺伝子を
同定した（配列番号１２７）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１２８；ＯＲＦ２２ａ）を有するタンパク質
をコードする：

最初に同定された部分的なＢ株の配列（ＯＲＦ２２）は、ＯＲＦ２０ａと１５
８アミノ酸重複にわたって９４．２％の同一性を示す：

完全なＢ株配列は（ＯＲＦ２２−１）およびＯＲＦ２２ａは、４４７アミノ酸
重複中で９４．９％同一性を示す：

さらなる研究は、以下のアミノ酸配列（配列番号１３０；ＯＲＦ２２ｎｇ）を
コードする、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の部分的な遺伝子配列（配列番号
１２９）を同定した：

さらなる研究は、完全な淋菌遺伝子を同定した（配列番号１３１）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１３２；ＯＲＦ２２ｎｇ−１）を有するタン
パク質をコードする：

最初に同定された部分的なＢ株配列（ＯＲＦ２２）は、ＯＲＦ２２ｎｇと１５
８アミノ酸重複にわたって９３．７％の同一性を示す：

Ｂ株（ＯＲＦ２２−１）および淋菌（ＯＲＦ２２ｎｇ）由来の完全な配列は、
４４７アミノ酸重複にわたって９６．２％の同一性を示す：

これらの配列のコンピューター解析は、以下の結果を与えた。

（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの４８
ｋＤａ外膜タンパク質（登録番号Ｕ２４４９２）との相同性）
ＯＲＦ２２およびこの４８ｋＤａタンパク質は、１５８アミノ酸重複において
７２％の同一性を示す：

ＯＲＦ２２ａもまた、４８ｋＤａＡｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌｅｕ
ｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質と相同性を示す：

ＯＲＦ２２ｎｇ−１もまた、Ａ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来ＯＭ
Ｐと相同性を示す：

Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの外膜タ
ンパク質との相同性を含むこの解析に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓお
よびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、およびそれらのエ
ピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を惹起するための有用な抗
原であり得ると推定された。

上記のように、ＯＲＦ２２−１（３５．４ｋＤａ）は、ｐＥＴおよびｐＧｅｘ
ベクターにクローニングされ、そしてＥ．ｃｏｌｉ中で発現された。タンパク質
の発現および精製の産物は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析された。図５Ａは、Ｇ
ＳＴ融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示し、そして図５Ｂは、Ｅ．
ｃｏｌｉ中でのＨｉｓ融合物の発現の結果を示す。精製されたＧＳＴ融合タンパ
ク質は、マウスを免疫するために用いられ、このマウスの血清はＥＬＩＳＡ（陽
性結果）およびＦＡＣＳ分析（図５Ｃ）に用いられた。これらの実験は、ＯＲＦ
２２−１が表面に曝露されるタンパク質であり、そしてそれが有用な免疫原であ
ることを確認する。

（実施例１６）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された：
（配列番号１３３）

これは、アミノ酸配列（配列番号１３４；ＯＲＦ１２）に対応する：

さらなる配列解析は、完全なＤＮＡ配列（配列番号１３５）が以下であること
を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号１３６；ＯＲＦ１２−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１
２ａ）と３２０アミノ酸重複にわたって９６．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１２ａヌクレオチド配列（配列番号１３７）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１３８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２ａおよびＯＲＦ１２−１は、５２２アミノ酸重複中で９９．０％同
一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１２．
ｎｇ）と３２０アミノ酸重複にわたって９２．５％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１２ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１３９）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１４０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２ｎｇは、ＯＲＦ１２−１と５２２アミノ酸重複中で９７．１％同一
性を示す：

さらに、ＯＲＦ１２ｎｇは、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のハイポセティカルタンパク質
と有意な相同性を示す：

いくつかの推定膜貫通ドメインおよび淋菌タンパク質中の推定アクチン型アク
チン結合ドメイン記号（太字で示す）の存在を含む、この解析に基づき、Ｎ．ｍ
ｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のそのタンパク
質、およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を惹
起するための有用な抗原であり得ると推定される。

（実施例１７）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号１４１）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１４２；ＯＲＦ１４）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１
４ａ）と１６７アミノ酸重複にわたって９４．０％同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１４ａヌクレオチド配列（配列番号１４３）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１４４）を有するタンパク質をコードする：

この配列が、１１８の位置の終止コドン含むことに留意すべきである。

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１４．
ｎｇ）と１６７アミノ酸重複にわたって８９．８％同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１４ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１４５）は、アミノ酸配列
（配列番号１４６）を有するタンパク質をコードすると推定される：

淋菌タンパク質中の推定の膜貫通ドメインに基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉ
ｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のそのタンパク質、およびそれら
のエピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を惹起するための有用
な抗原であり得ると推定される。

（実施例１８）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された
（配列番号１４７）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１４８；ＯＲＦ１６）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列を示した（配列番号１４９）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１５０；ＯＲＦ１６−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１６は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１
６ａ）と１８１アミノ酸重複にわたって９６．７％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１６ａヌクレオチド配列（配列番号１５１）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１５２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１６ａおよびＯＲＦ１６−１は、４５１アミノ酸重複中で９９．６％同
一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１６は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１６．
ｎｇ）と１８１アミノ酸重複にわたって９３．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１６ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１５３）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１５４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１６ｎｇおよびＯＲＦ１６−１は、２６１アミノ酸重複中で８９．３％
同一性を示す：

淋菌タンパク質中のいくつかの推定の膜貫通ドメインの存在を含む、この解析
に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由
来のそのタンパク質、およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のため
、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得ると推定される。

（実施例１９）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号１５５）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１５６；ＯＲＦ２８）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号１５７）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号１５８；ＯＲＦ２８−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２８は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ２
８ａ）と１２０アミノ酸重複にわたって７９．２％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ２８ａヌクレオチド配列（配列番号１５９）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１６０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２８ａおよびＯＲＦ２８−１は、２３８アミノ酸重複中で８６．１％同
一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ２８．
ｎｇ）と１２０アミノ酸重複にわたって８４．２％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ２８ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１６１）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１６２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２８ｎｇおよびＯＲＦ２８−１は、２３１アミノ酸重複中で９０．０％
同一性を共有する：

淋菌タンパク質中の推定の膜貫通ドメインの存在を含むこの解析に基づき、Ｎ
．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク
質、およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を惹
起するための有用な抗原であり得ると推定された。

上記のように、ＯＲＦ２８−１（２４ｋＤａ）は、ｐＥＴおよびｐＧｅｘベク
ターにクローニングされ、そしてＥ．ｃｏｌｉ中で発現された。タンパク質の発
現および精製の産物は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析された。図６Ａは、ＧＳＴ
融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示し、そして図６Ｂは、Ｅ．ｃｏ
ｌｉ中でのＨｉｓ融合物の発現の結果を示す。精製されたＧＳＴ融合タンパク質
は、マウスを免疫するために用いられ、このマウスの血清はＥＬＩＳＡに用いら
れ、ＥＬＩＳＡは陽性結果を与えた。これらの実験は、ＯＲＦ２２−１が、表面
に曝露されるタンパク質であり、そしてそれが有用な免疫原であり得ることを確
認する。

（実施例２０）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号１６３）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１６４；ＯＲＦ２９）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号１６５）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号１６６；ＯＲＦ２９−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ２
９ａ）と１２５アミノ酸重複にわたって８８．０％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ２９ａヌクレオチド配列（配列番号１６７）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１６８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２９ａおよびＯＲＦ２９−１は、３５８アミノ酸重複中で９０．１％同
一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２９は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ２９．
ｎｇ）と１２５アミノ酸重複にわたって８８．８％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ２９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１６９）は、アミノ酸配列
（配列番号１７０）を有するタンパク質をコードすることが推定される：

２番目の実験で、以下のＤＮＡ配列（配列番号１７１）が同定された：

これは、アミノ酸配列（配列番号１７２；ＯＲＦ２９ｎｇ−１）を有するタン
パク質をコードする：

ＯＲＦ２９ｎｇ−１およびＯＲＦ２９−１は、４０１アミノ酸重複中で８６．
０％同一性を示す：

淋菌タンパク質中の推定のリーダー配列の存在を含む、この解析に基づき、Ｎ
．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク
質、およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を惹
起するための有用な抗原であり得ると推定される。

（実施例２１）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号１７３）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１７４；ＯＲＦ３０）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号１７５）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号１７６；ＯＲＦ３０−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３０は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ３
０ａ）と４２アミノ酸重複にわたって９７．６％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３０ａヌクレオチド配列（配列番号１７７）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１７８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ３０ａおよびＯＲＦ３０−１は、１８１アミノ酸重複中で９７．８％同
一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３０は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ３０．
ｎｇ）と４２アミノ酸重複にわたって９７．６％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３０ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１７９）は以下である

これは、アミノ酸配列（配列番号１８０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ３０ｎｇおよびＯＲＦ３０−１は、１８１アミノ酸重複中で９８．３％
同一性を示す：

淋菌タンパク質中の推定のリーダー配列の存在を含むこの解析に基づき、Ｎ．
ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質
、およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を惹起
するための有用な抗原であり得ると推定される。

（実施例２２）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号１８１）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１８２；ＯＲＦ３１）に対応する：

さらなる研究は、さらなる部分的ヌクレオチド配列（配列番号１８３）を示し
た：

これは、アミノ酸配列（配列番号１８４；ＯＲＦ３１−１）に対応する：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３１は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ３１．
ｎｇ）と８４アミノ酸重複にわたって７６．２％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３１ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１８５）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１８６）を有するタンパク質をコードする：

この淋菌タンパク質は、Ｅｒｗｉｎｉａｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（登録番
号Ｌ３９８９７）由来の細孔形成（ｐｏｒｅ−ｆｏｒｍｉｎｇ）溶血素類似Ｈｅ
ｃＡタンパク質と１４９アミノ酸重複にわたって５０．０％の同一性を共有する
：

さらに、ＯＲＦ３１ｎｇおよびＯＲＦ３１−１は、８３アミノ酸重複中で７９
．５％同一性を示す：

溶血素との相同性、およびまた付着因子との相同性を含むこの解析に基づき、
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパ
ク質、およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を
惹起するための有用な抗原であり得ると推定される。

（実施例２３）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号１８７）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１８８；ＯＲＦ３２）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号１８９）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号１９０；ＯＲＦ３２−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ３
２ａ）と８１アミノ酸重複にわたって９３．８％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３２ａヌクレオチド配列（配列番号１９１）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号１９２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ３２ａおよびＯＲＦ３２−１は、３８２アミノ酸重複中で９３．２％同
一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ３２．
ｎｇ）と８２アミノ酸重複にわたって９５．１％の同一性を示す：

ＯＲＦ３２ｎｇヌクレオチド配列（配列番号１９３）は、アミノ酸配列（配列
番号１９４）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる配列決定は、以下のＤＮＡ配列（配列番号１９５）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号１９６；ＯＲＦ３２ｎｇ−１）を有するタン
パク質をコードする：

ＯＲＦ３２ｎｇ−１およびＯＲＦ３２−１は、３８３アミノ酸重複中で９３．
５％同一性を示す：

淋菌タンパク質中の付着因子に特徴的な、ＲＧＤ配列を含むこの解析に基づき
、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタン
パク質、およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体
を惹起するための有用な抗原であり得ると推定される。

上記のように、ＯＲＦ３２−１（４２ｋＤａ）は、ｐＥＴおよびｐＧｅｘベク
ターにクローニングされ、そしてＥ．ｃｏｌｉ中で発現された。タンパク質の発
現および精製の産物は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析された。図７Ａは、Ｈｉｓ
融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示し、そして図７Ｂは、Ｅ．ｃｏ
ｌｉ中のＧＳＴ融合物の発現の結果を示す。精製されたＨｉｓ融合タンパク質は
、マウスを免疫するために用いられ、このマウスの血清はＥＬＩＳＡに用いられ
、ＥＬＩＳＡは陽性結果を与えた。これらの実験は、ＯＲＦ３２−１が、表面に
曝露されるタンパク質であり、そしてそれは有用な免疫原であり得ることを確認
する。

（実施例２４）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号１９７）：

これは、アミノ酸配列（配列番号１９８；ＯＲＦ３３）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号１９９）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号２００；ＯＲＦ３３−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ３
３ａ）と１４３アミノ酸重複にわたって９０．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３３ａヌクレオチド配列（配列番号２０１）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号２０２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ３３ａおよびＯＲＦ３３−１は、４４４アミノ酸重複中で９４．１％同
一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３３は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ３３．
ｎｇ）と１４３アミノ酸重複にわたって９１．６％の同一性を示す：

ＯＲＦ３３ｎｇヌクレオチド配列（配列番号２０３）は、アミノ酸配列（配列
番号２０４）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらに配列解析は、以下のＤＮＡ配列（配列番号２０５）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号２０６；ＯＲＦ３３ｎｇ−１）を有するタン
パク質をコードする：

ＯＲＦ３３ｎｇ−１およびＯＲＦ３３−１は、４４６アミノ酸重複中で９４．
６％同一性を示す：

淋菌タンパク質中のいくつかの推定の膜貫通ドメインの存在に基づき、Ｎ．ｍ
ｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質、
およびそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を惹起す
るための有用な抗原であり得ると推定される。

（実施例２５）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号２０７）：

これは、アミノ酸配列（配列番号２０８；ＯＲＦ３４）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号２０９）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号２１０；ＯＲＦ３４−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ３
４ａ）と１６１アミノ酸重複にわたって７３．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３４ａヌクレオチド配列（配列番号２１１）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号２１２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ３４ａおよびＯＲＦ３４−１は、４５９アミノ酸重複中で９１．３％同
一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３４は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ３４．
ｎｇ）と１６１アミノ酸重複にわたって７７．６％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３４ｎｇヌクレオチド配列（配列番号２１３）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号２１４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ３４ｎｇおよびＯＲＦ３４−１は、４５９アミノ酸重複中で９０．０％
同一性を示す：

淋菌タンパク質中の推定のリーダー配列（二重下線）およびいくつかの推定の
膜貫通ドメイン（下線）の存在を含むこの解析に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔ
ｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質、およびそれらの
エピトープは、ワクチンまたは診断のため、または抗体を惹起するための有用な
抗原であり得ると推定される。

（実施例２６）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号２１５）：

これは、アミノ酸配列（配列番号２１６；ＯＲＦ４）に対応する：

さらに配列解析は、完全なヌクレオチド配列（配列番号２１７）を示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号２１８；ＯＲＦ４−１）に対応する：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ４ａ
）と９３アミノ酸重複にわたって９３．５％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ４ａヌクレオチド配列（配列番号２１９）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号２２０）を有するタンパク質をコードすると
推定される：

リーダーペプチドは下線である。

これらのＡ株配列のさらなる解析は、完全なＤＮＡ配列（配列番号２２１）を
示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号２２２；ＯＲＦ４ａ−１）を有するタンパク
質をコードする：

ＯＲＦ４ａ−１およびＯＲＦ４−１は、２８７アミノ酸重複中で９９．７％同
一性を示す：

（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｈａｍｏｌｉｔｉｃａ（登録番号ｑ０８８６９）
の外膜タンパク質との相同性）
ＯＲＦ４およびこの外膜タンパク質は、９１アミノ酸重複中で３３％同一性を
示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ４は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ４．ｎｇ
）と９４アミノ酸重複にわたって９３．６％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ４ｎｇヌクレオチド配列（配列番号２２３）は、アミノ酸配列（
配列番号２２４）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる解析は、完全長ＯＲＦ４ｎｇＤＮＡ配列（配列番号２２５）が以下で
あることを示した：

これは、アミノ酸配列（配列番号２２６；ＯＲＦ４ｎｇ−１）を有するタンパ
ク質をコードする：

これは、ＯＲＦ４−１と２８８アミノ酸重複中で９７．６％同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ４ｎｇ−１は、データベースから外膜タンパク質と有意な相同
性を示す：

Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｈａｍｏｌｉｔｉｃａの外膜タンパク質との相同性
を含むこの解析、および淋菌タンパク質中の推定の原核生物膜リポタンパク質の
脂質付着部位の存在に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎ
ｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、およびそれらのエピトープは、ワ
クチンまたは診断のため、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得ると
推定された。

上記のように、ＯＲＦ４−１（３０ｋＤａ）は、ｐＥＴおよびｐＧｅｘベクタ
ーにクローニングされ、そしてＥ．ｃｏｌｉ中で発現された。タンパク質の発現
および精製のその産物は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析された。図８Ａおよび８
Ｂは、それぞれ、Ｈｉｓ融合物およびＧＳＴ融合タンパク質のアフィニティー精
製の結果を示す。精製されたＨｉｓ融合タンパク質は、マウスを免疫するために
用いられ、このマウスの血清はＥＬＩＳＡ（陽性結果）、ウエスタンブロット（
図８Ｃ）、ＦＡＣＳ解析（図８Ｄ）、および殺菌性解析（図８Ｅ）に用いられた
。これらの実験は、ＯＲＦ４−１が、表面に曝露されるタンパク質であり、有用
な免疫原であることを確認する。

図８Ｆは、ＯＲＦ４−１のための、親水性のプロット、抗原性指数、およびＡ
ＭＰＨＩ領域を示す。

（実施例２７）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ中で同定された（
配列番号２２７）：

これは、アミノ酸配列（配列番号２２８；ＯＲＦ８）に対応する：

（配列モチーフ）
ＯＲＦ８は、プロリンリッチであり、そして表面局在と一致しているプロリン
残基の分布を有する。さらに、ＲＧＤモチーフの存在は、細菌接着事象において
可能な役割を示し得る。

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ８
．ｎｇ）に対して、３１２ａａのオーバーラップにわたって、８６．５％の同一
性を示す：

この完全長のＯＲＦ８ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号２２９＞は、以下のア
ミノ酸配列＜配列番号２３０＞を有するタンパク質をコードすることが予測され
る：

これらのタンパク質における配列モチーフに基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔ
ｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質、ならびにこれら
のエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のための、または抗体を産生させるた
めの有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例２８）
以下に示す部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した
＜配列番号２３１＞：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２３２；ＯＲＦ６１＞に対応する：

さらなる研究により、以下の完全なヌクレオチド配列＜配列番号２３３＞を明
らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２３４；ＯＲＦ６１−１＞に対応する
：

図９は、ＯＲＦ６１−１について、親水性領域、抗原性領域、およびＡＭＰＨ
Ｉ領域のプロットを示す。このアミノ酸配列のさらなるコンピュータ解析の結果
を以下に示す：
（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓのｂａｆタンパク質（登録番号第Ｕ１２０２０号
）との相同性）
ＯＲＦ６１およびｂａｆタンパク質は、１６６ａａが一致し、３３％のａａ同
一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されるＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ６１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
６１ａ）に対して、１８９ａａのオーバーラップにわたって、９７．４％の同一
性を示す：

この完全長ＯＲＦ６１ａヌクレオチド配列＜配列番号２３５＞は、以下の通り
である：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２３６＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ６１およびＯＲＦ６１−１は、５９１ａａのオーバーラップにおいて、
９８．５％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ６１は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
６１．ｎｇ）に対して、８９ａａのオーバーラップにわたって、９４．２％の相
同性を示す：

ＯＲＦ６１ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号２３７＞は、以下のアミノ酸配列
＜配列番号２３８＞を有するタンパク質をコードすることが予測された：

さらなる解析により、以下に示す完全な淋菌ＤＮＡ配列＜配列番号２３９＞が
明らかになった：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２４０；ＯＲＦ６１ｎｇ−１＞に対応
する：

ＯＲＦ６１ｎｇ−１およびＯＲＦ６１−１は、５９１ａａにおいて、９３．９
％の同一性を示す：

この解析（Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓのｂａｆタンパク質との相同性および推定
される原核生物の膜リポタンパク質脂質付着部位の存在を含む）に基づいて、Ｎ
．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらの
タンパク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のため、
または抗体を産生するために有用な抗原であり得ることが予測される。

(実施例２９）
以下に示す部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ＜配列番号
２４１＞で同定した。

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２４２；ＯＲＦ６２＞に対応する：

さらなる研究により、以下の完全なヌクレオチド配列＜配列番号２４３＞が明
らかになった：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２４４；ＯＲＦ６２−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの仮定的膜貫通タンパク質Ｈ１０９７６（登録
番号第Ｏ５７１４７）の相同性）
ＯＲＦ６２およびＨＩ０９７６は、１１４ａａのオーバーラップにわたって、
５０％のａａ同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されるＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ６２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
６２ａ）に対して、２１６ａａのオーバーラップにわたって、９９．５％の同一
性を示す：

この完全長ＯＲＦ６２ａヌクレオチド配列＜配列番号２４５＞は、以下の通り
である：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２４６＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ６２ａおよびＯＲＦ６２−１は、２８４ａａのオーバーラップにわたっ
て、９８．９％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ６２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
６２．ｎｇ）と２１６ａａのオーバーラップにわたって、９９．５％の相同性を
示す：

この完全長ＯＲＦ６２ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号２４７＞は、以下の通
りである：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２４８＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ６２ｎｇおよびＯＲＦ６２−１は、２８３ａａのオーバーラップにおい
て、９７．９％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ６２ｎｇは、仮定的Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅタンパク質と有
意な相同性を示す：

この解析（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの膜貫通タンパク質および淋菌タンパク
質中の推定されるリーダー配列およびいくつかの膜貫通ドメインとの相同性を含
む）に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅ
ａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンもし
くは診断薬のため、または抗体を産生するために有用な抗原であり得ることが予
測される。

（実施例３０）
以下の部分的ＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した＜配列
番号２４９＞：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２５０；ＯＲＦ６４＞に対応する：

さらなる研究により、以下の完全なヌクレオチド配列＜配列番号２５１＞を明
らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２５２；ＯＲＦ６４−１＞に対応する
：

このアミノ酸のコンピュータ解析の結果を以下に示す：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されるＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ６４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
６４ａ）と３９２ａａのオーバーラップにわたって、９２．６％の同一性を示す
：

この完全長ＯＲＦ６４ａヌクレオチド配列＜配列番号２５３＞は、以下の通り
である：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２５４＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ６４ａおよびＯＲＦ６４−１は、７０６ａａのオーバーラップにわたっ
て、９６．６％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ６４は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
６４．ｎｇ）と３８７ａａのオーバーラップにわたって、８６．６％の同一性を
示す：

ＯＲＦ６４ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号２５５＞は、アミノ酸配列＜配列
番号２５６＞を有するタンパク質をコードすることが予測された：

さらなる研究により、完全な淋菌ＤＮＡ配列＜配列番号２５７＞が明らかにな
った：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２５８；ＯＲＦ６４ｎｇ−１＞に対応
する：

ＯＲＦ６４ｎｇ−１およびＯＲＦ６４−１は、７０６ａａのオーバーラップに
おいて９３．８％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ６４ｎｇ−１は、Ａ．ｃａｕｌｉｎｏｄａｎｓ由来のタンパク
質と有意な同一性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中の推定されるリーダー配列（二重下線）およびい
くつかの推定される膜貫通ドメイン（一重下線）の存在を含む）に基づいて、Ｎ
．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらの
タンパク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のため、
または抗体を産生するための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例３１）
以下に示す部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した
＜配列番号２５９＞：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２６０；ＯＲＦ６６＞に対応する：

さらなる研究により、以下の完全なヌクレオチド配列＜配列番号２６１＞が明
らかになった：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２６２；ＯＲＦ６６−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｅ．ｃｏｌｉの仮定的タンパク質ｏ２２１（登録番号第Ｐ３７６１９号）
との相同性）
ＯＲＦ６６およびｏ２２１タンパク質は、１５５ａａのオーバーラップにおい
て、６７％の同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されるＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ６６は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
６６ａ）と１５５ａａのオーバーラップにわたって、９６．１％の相同性を示す
：

この完全長ＯＲＦ６６ａヌクレオチド配列＜配列番号２６３＞を以下に示す：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２６４＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ６６ａおよびＯＲＦ６６−１は、２２８ａａのオーバーラップにおいて
、９７．８％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦとの同一性）
ＯＲＦ６６は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦ（ＯＲＦ
６６．ｎｇ）と１５５ａａのオーバーラップにわたって、９４．２％の同一性を
示す：

この完全長ＯＲＦ６６ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号２６５＞は、以下の通
りである：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２６６＞を有するタンパク質をコード
する：

代替の注釈の配列は、以下の通りである：

ＯＲＦ６６ｎｇおよびＯＲＦ６６−１は、２２８ａａのオーバーラップにおい
って、９６．１％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ６６ｎｇは、Ｅ．ｃｏｌｉＯＲＦと有意な相同性を示す：

この解析（Ｅ．ｃｏｌｉタンパク質との相同性および淋菌タンパク質中のいく
つかの推定膜貫通ドメインの存在を含む）に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉ
ｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびに
これらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のため、または抗体を産生する
ための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例３２）
以下に示す部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した
＜配列番号２６７＞：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２６８；ＯＲＦ７２＞に対応する：

さらなる研究により、完全なヌクレオチド配列＜配列番号２６９＞が明らかに
なった：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２７０；ＯＲＦ７２−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ(菌株Ａ）由来の予測されたＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ７２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来の予測されたＯＲ
Ｆ（ＯＲＦ７２ａ）と１４７ａａのオーバーラップにわたって、９８．０％の同
一性を示す：

この全長ＯＲＦ７２ａヌクレオチド配列＜配列番号２７１＞は、以下の通りで
ある：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２７２＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ７２およびＯＲＦ７２−１は、１５０ａａのオーバーラップにおいて、
１００％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ７２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦ（ＯＲＦ
７２．ｎｇ）と１７３ａａのオーバーラップにわたって、８９％の同一性を示す
：

ＯＲＦ７２ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号２７３＞は、以下のアミノ酸配列
＜配列番号２７４＞を有するタンパク質をコードすることが予測された：

さらなる解析後、以下の淋菌ＤＮＡ配列＜配列番号２７５＞を同定した：

これは、アミノ酸配列＜配列番号２７６；ＯＲＦ７２ｎｇ−１＞に対応する：

ＯＲＦ７２ｎｇ−１およびＯＲＦ７２１−１は、１４５ａａのオーバーラップ
において、８９．７％の同一性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中での推定されるリーダー配列および膜貫通ドメイ
ンの存在を含む）に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎ
ｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープは、
ワクチンもしくは診断薬のため、または抗体を産生するために有用な抗原であり
得ることが予測される。

（実施例３３）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した＜配
列番号２７７＞：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２７８；ＯＲＦ７３＞に対応する：

さらなる研究により、完全なヌクレオチド配列＜配列番号２７９＞を明らかに
した：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２８０；ＯＲＦ７３−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｉｎｇｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されたＯＲＦとの
相同性）
ＯＲＦ７３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｉｎｇｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来の予測されたＯ
ＲＦ（ＯＲＦ７３ａ）と７６ａａのオーバーラップにわたって、９０．８％の同
一性を示す：

この完全長ＯＲＦ７３ａヌクレオチド配列＜配列番号２８１＞は以下の通りで
ある：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２８２＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ７３ａおよびＯＲＦ７３−１は、１６１ａａのオーバーラップにおいて
、９１．３％の同一性を示す

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ７３は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦ（ＯＲＦ７３
．ｎｇ）と７６ａａのオーバーラップにわたって、９２．１％の同一性を示す：

この完全長ＯＲＦ７３ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号２８３＞は以下の通り
である：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２８４＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ７３ｎｇおよびＯＲＧ７３−１は、１６１ａａのオーバーラップにおい
て、９３．８％の同一性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中で推定されるリーダー配列および推定膜貫通ドメ
インの存在を含む）に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏ
ｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープは
、ワクチンもしくは診断薬のため、または抗体を産生するために有用な抗原であ
り得ることが予測される。

（実施例３４）
以下の部分的ＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した＜配列
番号２８５＞：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２８６；ＯＲＦ７５＞に対応する：

さらなる研究により、完全ヌクレオチド配列＜配列番号２８７＞が明らかにな
った：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２８８；ＯＲＦ７５−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されたＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ７５は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来の予測されたＯＲ
Ｆ（ＯＲＦ７５ａ）と２８３ａａのオーバーラップにわたって、９５．８％の同
一性を示す：

この完全長ＯＲＦ７５ａヌクレオチド配列＜配列番号２８９＞は、以下の通り
である：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２９０＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ７５ａおよびＯＲＦ７５−１は、２９１ａａのオーバーラップにおいて
、９８．３％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ７５は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
７５．ｎｇ）と２９２ａａのオーバーラップにわたって、９３．２％の同一性を
示す：

ＯＲＦ７５ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号２９１＞は、以下のアミノ酸配列
＜配列番号２９２＞を有するタンパク質をコードすることが予測された：

さらなる解析後、以下の淋菌ＤＮＡ配列＜配列番号２９３＞を同定した：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２９４；ＯＲＦ７５ｎｇ−１＞に対応
する：

ＯＲＦ７５ｎｇ−１およびＯＲＦ７５−１は、２９１ａａのオーバーラップに
わたって、９６．２％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＧ７５ｎｇ−１は、仮定的なＥ．ｃｏｌｉタンパク質と有意な相
同性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中での推定される膜貫通ドメインの存在を含む）に
基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由
来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンもしくは診
断薬のため、または抗体を産生させるための有用な抗原であり得ることが予測さ
れる。

（実施例３５）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した＜配
列番号２９５＞：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２９６；ＯＲＦ７６＞に対応する：

さらなる研究により、完全なヌクレオチド配列＜配列番号２９７＞が明らかに
なった：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号２９８；ＯＲＦ７６−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されたＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ７６は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来の予測されたＯＲ
Ｆ（ＯＲＦ７６ａ）と３０ａａのオーバーラップにわたって９６．７％の同一性
を示し、そして３１ａａのオーバーラップにわたって９６．８％の同一性を示す
：

この完全長ＯＲＦ７６ａヌクレオチド配列＜配列番号２９９＞は、以下の通り
である：

これは、アミノ酸配列＜配列番号３００＞を有するポリペプチドをコードする
：

ＯＲＦ７６ａおよびＯＲＦ７６−１は、２５２ａａのオーバーラップにおいて
、９７．６％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦとの相同性）
Ｎ末端およびＣ末端のＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のＯＲＦ７６ならびに
予測されたＯＲＦ（ＯＲＦ７６．ｎｇ）の整列化したａａ配列は、それぞれ、３
０ａａおよび３１ａａのオーバーラップにわたって、９６．７％および１００％
同一性を示す：

この完全長ＯＲＦ７６ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号３０１＞は、以下の通
りである：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３０２＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ７６ｎｇおよびＯＲＦ７６−１は、２５２ａａのオーバーラップにおい
て、９６．０％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ７６ｎｇは、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓエクスポートタンパク質前
駆体との有意な同一性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中で推定されるリーダー配列およびＲＧＤモチーフ
の存在を含む）に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏ
ｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンも
しくは診断薬のため、または抗体を産生するための有用な抗原であり得ることが
予測される。

ＯＲＦ７６−１（２７．８ｋＤａ）を、上記に記載したように、ｐＥＴベクタ
ーにおいてクローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉにおいて発現した。タンパク質発
現および精製の産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析した。図１０Ａは、Ｈｉ
ｓ融合タンパク質のアフィニティ精製の結果を示し、精製されたＨｉｓ融合タン
パク質を、免疫マウス（この血清はウエスタンブロット（図１０Ｂ）について使
用された）、ＥＬＩＳＡ（陽性結果）、およびＦＡＣＳ分析（図１０Ｃ）に使用
した。これらの実験は、ＯＲＦ７６−１は表面が曝露されたタンパク質であり、
そして有用な免疫原であることを確認する。

（実施例３６）
以下の部分的ＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ＜配列番号３０３
＞で同定した：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３０４；ＯＲＦ８１＞に対応する：

さらなる研究により、以下の完全はヌクレオチド配列＜配列番号３０５＞が明
らかになった：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３０６；ＯＲＦ８１−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されたＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ８１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
８１ａ）と８５ａａのオーバーラップにわたって８４．７％の同一性を示し、そ
して１２１ａａのオーバーラップにわたって９９．２％の同一性を示す：

この完全長ＯＲＦ８１ａヌクレオチド配列＜配列番号３０７＞は、以下の通り
である：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３０８＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ８１ａおよびＯＲＦ８１−１は、５２４ａａのオーバーラップにおいて
、７７．９％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦとの相同性）
Ｎ末端およびＣ末端のＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のＯＲＦ８１ならびに
予測されたＯＲＦ（ＯＲＦ８１．ｎｇ）の整列化したａａ配列は、それぞれ、８
５ａａおよび１２１ａａのオーバーラップにおいて、８２．４％および９７．５
％同一性を示す：

この完全長ＯＲＦ８１ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号３０９＞は、以下の通
りである：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３１０＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ８１ｎｇおよびＯＲＦ８１−１は、５２４ａａのオーバーラップにおい
て、９６．４％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ８１ｎｇは、Ｅ．ｃｏｌｉＯＭＰと有意な相同性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中の推定されるリーダー配列（二重下線）およびい
くつかの推定される膜貫通ドメイン（一重下線）を含む）に基づいて、Ｎ．ｍｅ
ｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパ
ク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のため、または
抗体を産生するための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例３７）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ＜配列番号３１
１＞で同定した：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３１２；ＯＲＦ８３＞に対応する：

さらなる研究により、以下の完全なヌクレオチド配列＜配列番号３１３＞が明
らかになった：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３１４；ＯＲＦ８３−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されたＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ８３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来のＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ８３ａ）と１９７ａａのオーバーラップにわたって、９６．４％の相同性を示
す：

この完全長ＯＲＦ８３ａヌクレオチド配列＜配列番号３１５＞は、以下の通り
である：

これは、アミノ酸配列＜配列番号３１６＞を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ８３ａおよびＯＲＦ８３−１は、３１３ａａのオーバーラップにおいて
、９８．４％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ８３は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦ（ＯＲＦ
８３．ｎｇ）と１９７ａａのオーバーラップにわたって、９４．９％の同一性を
示す：

この完全長ＯＲＦ８３ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号３１７＞は、以下の通
りである：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３１８＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ８３ｎｇおよびＯＲＦ８３−１は、３１３ａａのオーバーラップにわた
って、９７．１％の同一性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中の推定されるＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ
（Ｐループ）（二重下線）、および推定される原核生物の膜リポタンパク質脂質
吸着部位（一重下線）の存在を含む）に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉ
ｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれ
らのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のため、または抗体を産生するため
の有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例３８）
完全であると考えられる以下のＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ
＜配列番号３１９＞で同定した：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３２０；ＯＲＦ８４＞に対応する：

さらなる研究により完全なヌクレオチド配列＜配列番号３２１＞が明らかにな
った：

これは、アミノ酸配列＜配列番号３２２；ＯＲＦ８４−１＞に対応する：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されたＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ８４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの菌株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
８４ａ）と３９５ａａのオーバーラップにわたって、９３．９％の相同性を示す
：

この全長ＯＲＦ８４ａヌクレオチド配列＜配列番号３２３＞は、以下の通りで
ある：

これは、アミノ酸配列＜配列番号３２４＞を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ８４ａおよびＯＲＦ８４−１は、３９５ａａのオーバーラップにおいて
、９５．２％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ８４は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されたＯＲＦ（ＯＲＦ
８４．ｎｇ）と３９５ａａのオーバーラップにわたって、９４．２％の同一性を
示す：

この完全長ＯＲＦ８４ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号３２５＞は、以下の通
りである：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３２６＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ８４ｎｇおよびＯＲＦ８４−１は、３９５ａａのオーバーラップにわた
って、９５．４％の同一性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中の推定される膜通過ドメイン（一重下線）、およ
び仮定的ＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐループ、二重下線）の存在を含
む）に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅ
ａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンもし
くは診断薬のため、または抗体を産生するための有用な抗原であり得ることが予
測される。

（実施例３９）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した＜配
列番号３２７＞：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３２８；ＯＲＦ８８＞に対応する：

さらなる研究により、以下の完全なヌクレオチド配列＜配列番号３２９＞が明
らかになった：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３３０；ＯＲＦ８８−１＞に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピュータ解析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来の予測されるＯＲＦとの相
同性）
ＯＲＦ８８は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（菌株Ａ）由来のＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ８８ａ）と３７１ａａのオーバーラップにわたって、９５．７％の同一性を示
す：

この完全長ＯＲＦ８８ａヌクレオチド配列＜配列番号３３１＞は、以下の通り
である：

これは、以下のアミノ酸配列＜配列番号３３２＞を有するタンパク質をコード
する：

ＯＲＦ８８ａおよびＯＲＦ８８−１は、６７１ａａのオーバーラップにおいて
、１００．０％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ８８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
８８．ｎｇ）と３７１ａａのオーバーラップにわたって、９３．８％の同一性を
示す：

ＯＲＦ８８ｎｇヌクレオチド配列＜配列番号３３３＞は、以下のアミノ酸配列
＜配列番号３３４＞を有するタンパク質をコードすることが予測された：

さらなる研究により、完全な淋菌ＤＮＡ配列＜配列番号３３５＞が明らかにな
った：

これは、アミノ酸配列＜配列番号３３６；ＯＲＦ８８ｎｇ−１＞に対応する：

ＯＲＦ８８ｎｇ−１およびＯＲＦ８８−１は、６７１ａａのオーバーラップに
おいて、９７．０％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＧ８８ｎｇ−１は、Ａｑｕｉｆｅｘａｅｏｌｉｃｕｓ由来の仮
定的タンパク質と同一性を示す：

この解析（淋菌タンパク質中の推定される膜貫通ドメインを含む）に基づいて
、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタン
パク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のため、また
は抗体を産生するための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例４０）
以下のＤＮＡ配列は完全であると考えられ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓに
おいて同定した（配列番号３３７）：

これはアミノ酸配列（配列番号３３８；ＯＲＦ８９）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号３３９）：

これはアミノ酸配列（配列番号３４０；ＯＲＦ８９−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのＰｉｌＥとの相同性（受託番号Ｚ６９２６０
））
ＯＲＦ８９およびＰｉｌＥタンパク質は１２０ａａの重複部分にわたって３０
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ８９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ８
９ａ）と１６２ａａ重複部分にわたって８３．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ８９ａヌクレオチド配列（配列番号３４１）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３４２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ８９ａおよびＯＲＦ８９−１は１６２ａａの重複部分において８３．３
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ８９はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ８
９．ｎｇ）と１６２ａａの重複部分にわたって８４．６％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ８９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号３４３）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３４４）を有するタンパク質をコードする：

この淋菌タンパク質は、推定リーダーペプチド（下線）およびＮ末端メチル化
部位（ＮＭｅＰｈｅまたはｔｙｐｅ−４ｐｉｌｉ、二重下線）を有する。さら
に、ＯＲＦ８９ｎｇおよびＯＲＦ８９−１は、１６２ａａの重複部分において８
８．３％の同一性を示す：

淋菌性モチーフおよび公知のＰｉｌＥタンパク質との相同性を含む、この分析
に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは診
断薬のため、あるいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測された
。

上述したように、ＯＲＦ８９−１（１３．６ｋＤａ）を、ｐＧｅｘベクターで
クローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉで発現させた。タンパク質の発現および精製
の産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥで分析した。図１１ＡはＧＳＴ融合タンパク質のアフ
ィニティー精製の結果を示す。精製したＧＳＴ融合タンパク質を使用してマウス
を免疫し、この血清はＥＬＩＳＡ試験において陽性結果を生じた。ＯＲＦ８９−
１は表面に露出されるタンパク質（ｓｕｒｆａｃｅ−ｅｘｐｏｓｅｄｐｒｏｔ
ｅｉｎ）であり、有用な免疫原であることを確認した。

（実施例４１）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した
（配列番号３４５）：

これはアミノ酸配列（配列番号３４６；ＯＲＦ９１）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号３４７）：

これはアミノ酸配列（配列番号３４８；ＯＲＦ９１−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ９１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ９
１ａ）と９２ａａ重複部分にわたって９２．４％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ９１ａヌクレオチド配列（配列番号３４９）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３５０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ９１ａおよびＯＲＦ９１−１は１９６ａａの重複部分において９８．０
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ９１はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ９
１．ｎｇ）と９２ａａの重複部分にわたって８４．８％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ９１ｎｇヌクレオチド配列（配列番号３５１）は、アミノ酸配列
（配列番号３５２）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号３５３）：

これはアミノ酸配列（配列番号３５４；ＯＲＦ９１ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ９１ｎｇ−１およびＯＲＦ９１−１は１９６ａａの重複部分において９
２．３％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ９１ｎｇ−１は仮定のＥ．ｃｏｌｉのタンパク質と相同性を示
す：

淋菌性タンパク質における推定リーダー配列の存在を含む、この分析に基づい
て、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来およびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来
のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは診断薬
のため、あるいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例４２）
以下のＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番
号３５５）：

これはアミノ酸配列（配列番号３５６；ＯＲＦ９７）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号３５７）：

これはアミノ酸配列（配列番号３５８；ＯＲＦ９７−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ９７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ９
１ａ）と１５９ａａ重複部分にわたって８８．７％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ９７ａヌクレオチド配列（配列番号３５９）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３６０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ９７ａおよびＯＲＦ９７−１は１５９ａａの重複部分にわたって９５．
６％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ９７はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ９
７．ｎｇ）と１５９ａａの重複部分にわたって８８．１％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ９７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号３６１）は、アミノ酸配列
（配列番号３６２）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号３６３）：

これはアミノ酸配列（配列番号３６４；ＯＲＦ９７ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ９７ｎｇ−１およびＯＲＦ９７−１は１５９ａａの重複部分において９
６．２％の同一性を示す：

淋菌性タンパク質における推定リーダー配列の存在を含む、この分析に基づい
て、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来およびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来
のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは診断薬
のため、あるいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測された。

上述したように、ＯＲＦ９７−１（１５．３ｋＤａ）を、ｐＥＴベクターおよ
びｐＧｅｘベクターでクローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉで発現させた。タンパ
ク質の発現および精製の産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥで分析した。図１２Ａおよび図
１２Ｂはそれぞれ、ＧＳＴ融合タンパク質のアフィニティー精製の結果、ならび
にＨｉｓ融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示す。精製したＧＳＴ融
合タンパク質を使用してマウスを免疫し、この血清を、ウエスタンブロット解析
（図１２Ｃ）、ＥＬＩＳＡ解析（陽性結果）、およびＦＡＣＳ解析（図１２Ｄ）
のために使用した。これらの実験は、ＯＲＦ９７−１は表面に露出されるタンパ
ク質であり、有用な免疫原であることを確認した。図１２Ｅは、ＯＲＦ９７−１
についての親水性、抗原性指数、およびＡＭＰＨＩ領域のプロットを示す。

（実施例４３）
以下のＤＮＡ配列は完全である考えられ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにお
いて同定した（配列番号３６５）：

これはアミノ酸配列（配列番号３６６；ＯＲＦ１０６）に対応する：

さらなる研究は以下のＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号３６７）：

これはアミノ酸配列（配列番号３６８；ＯＲＦ１０６−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１０６はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来の予測されるＯＲＦ
（ＯＲＦ１０６ａ）と１９９ａａの重複部分にわたって８７．４％の同一性を示
す：

１１１残基でのＫ→Ｎ置換のために、ＯＲＦ１０６ａとＯＲＦ１０６−１との
間の相同性は、同様の１９９ａａの重複部分にわたって８７．９％である。

完全長ＯＲＦ１０６ａヌクレオチド配列（配列番号３６９）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３７０）を有するタンパク質をコードする：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０６はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
１０６．ｎｇ）と１９９ａａの重複部分にわたって９０．５％の同一性を示す：

１１１残基でのＫ→Ｎ置換のために、ＯＲＦ１０６ｎｇとＯＲＦ１０６−１と
の間の相同性は、同様の１９９ａａの重複部分にわたって９１．０％である。

完全長ＯＲＦ１０６ｎｇヌクレオチド配列（配列番号３７１）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３７２）を有するタンパク質をコードする：

淋菌性タンパク質の推定リーダー配列の存在を含む、この分析に基づいて、Ｎ
．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらの
タンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは診断薬のため、あ
るいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測された。

上述したように、ＯＲＦ１０６−１（１８ｋＤａ）を、ｐＥＴベクターおよび
ｐＧｅｘベクターでクローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉで発現させた。タンパク
質の発現および精製の産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥで分析した。図１３ＡはＨｉｓ融
合タンパク質のアフィニティー精製の結果、および図１３ＢはＥ．ｃｏｌｉにお
けるＧＳＴ融合の発現の結果を示す。精製したＨｉｓ融合タンパク質を使用して
マウスを免疫し、この血清をＦＡＣＳ解析（図１３Ｃ）のために使用した。これ
らの実験は、ＯＲＦ１０６−１は表面に露出されるタンパク質であり、有用な免
疫原であることを確認する。

（実施例４４）
以下のＤＮＡ配列は、完全あると考えられ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓに
おいて同定した（配列番号３７３）：

これはアミノ酸配列（配列番号３７４；ＯＲＦ１０）に対応する：

さらなる配列解析は以下の完全ＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号３７５）
：

これはアミノ酸配列（配列番号３７６；ＯＲＦ１０−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（予測）
ＯＲＦ１０−１は、いくつか（１２−１３）の潜在的な膜貫通セグメントを包
含しているので、内在性膜蛋白の前駆体であり、推定切断可能なシグナルペプチ
ドであると予測される。

（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｃｕｓｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（受託番号Ｕ４０８３
０）由来のＥｐｓとの相同性）
ＯＲＦ１０はＳ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓのｅｐｓＭ遺伝子と相同性を示す
。ｅｐｓＭ遺伝子は、ＯＲＦ１０と類似する大きさのタンパク質をコードし、そ
してエクソポリサッカリド合成に関与する。他の相同性は原核生物の膜タンパク
質とである：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１０はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１０
ａ）と４７５ａａの重複部分にわたって９５．４％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０ａヌクレオチド配列（配列番号３７７）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３７８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０ａおよびＯＲＦ１０−１は４７５ａａの重複部分において９５．４
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
１０．ｎｇ）と４７５ａａにわたり９４．１％の相同性を示す：

完全長ＯＲＦ１０ｎｇヌクレオチド配列（配列番号３７９）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３８０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０ｎｇおよびＯＲＦ１０−１は４７３ａａの重複部分において９６．
４％の同一性を示す：

推定リーダーペプチドおよびいくつかの膜貫通セグメントの存在、ならびにロ
イシンジッパーモチーフ（４Ｌｅｕ残基が６ａａによって区切られる、太字で示
している）の存在を含む、この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ
およびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにそれら
のエピトープが、ワクチンまたは診断薬のため、あるいは抗体産生のための有用
な抗原であり得ることが予測される。

（実施例４５）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した
（配列番号３８１）：

これはアミノ酸配列（配列番号３８２；ＯＲＦ６５）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号３８３）：

これはアミノ酸配列（配列番号３８４；ＯＲＦ６５−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ６５は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ６
５ａ）と１５０ａａ重複部分にわたって９２．０％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ６５ａヌクレオチド配列（配列番号３８５）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３８６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ６５ａおよびＯＲＦ６５−１は２８９ａａの重複部分にわたって９６．
５％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ６５はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ６
５．ｎｇ）と２１２ａａの重複部分にわたって８９．６％の同一性を示す：

ＯＲＦ６５ｎｇヌクレオチド配列（配列番号３８７）は、アミノ酸配列（配列
番号３８８）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる解析の後、完全な淋菌ＤＮＡ配列（配列番号３８９）が以下であるこ
とを見出した：

これは以下のアミノ酸配列（配列番号３９０）をコードする：

ＯＲＦ６５ｎｇ−１およびＯＲＦ６５−１は２９０ａａの重複部分において８
９．０％の同一性を示す：

淋菌タンパク質の推定膜貫通ドメインの存在を含む、この基準に基づいて、Ｎ
．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらの
タンパク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンまたは診断薬のため、あ
るいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例４６）
以下のＤＮＡ配列は完全であると考えられ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓに
おいて同定した（配列番号３９１）：

これはアミノ酸配列（配列番号３９２；ＯＲＦ１０３）に対応する：

さらなる研究は以下のようなＤＮＡ配列を合成（ｅｌａｂｏｒａｔｅ）した（
配列番号３９３）：

これはアミノ酸配列（配列番号３９４；ＯＲＦ１０３−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１０３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１０３ａ）と２２２ａａ重複部分にわたって９３．８％の同一性を示す：

完全長のＯＲＦ１０３ａヌクレオチド配列（配列番号３９５）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３９６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０３ａおよびＯＲＦ１０３−１は２２２ａａの重複部分において９７
．７％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの予測されたＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０３はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ１０
３．ｎｇ）と２２２ａａの重複部分にわたって９５．５％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０３ｎｇヌクレオチド配列（配列番号３９７）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号３９８）を有するタンパク質をコードする：

さらに、ＯＲＦ１０３ｎｇおよびＯＲＦ１０３−１は２２２ａａの重複部分に
おいて９７．３％の同一性を示す：

淋菌タンパク質における推定リーダー配列（二重線）およびいくつかの推定の
膜貫通ドメイン（一重線）の存在を含む、この解析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎ
ｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、
ならびにこれらのエピトープは、ワクチンまたは診断薬のため、あるいは抗体産
生のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例４７）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した
（配列番号３９９）：

これはアミノ酸配列（配列番号４００；ＯＲＦ１０４）に対応する：

さらなる研究は、さらなる部分的なＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号４０
１）：

これはアミノ酸配列（配列番号４０２；ＯＲＦ１０４−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（受託番号Ｕ３２７６９）の仮定のＨＩ０８７８
タンパク質との相同性）
ＯＲＦ１０４およびＨＩ０８７８は、２７７ａａの重複部分にわたって４０％
ａａの同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１０４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１０４ａ）と２７７ａａ重複部分にわたって９５．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０４ａヌクレオチド配列（配列番号４０３）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４０４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０４ａおよびＯＲＦ１０４−１は２７７ａａの重複部分において９８
．２％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０４はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲ１
０４．ｎｇ）と２７７ａａの重複部分にわたって９３．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０４ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４０５）を、アミノ酸配
列（配列番号４０６）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる研究は完全な淋菌のヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号４０
７）：

これはアミノ酸配列（配列番号４０８；ＯＲＦ１０４ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１０４ｎｇ−１およびＯＲＦ１０４−１は２７７ａａの重複部分にわた
って９７．５％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１０４ｎｇ−１は、仮定のＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのタンパ
ク質と有意な相同性を示す。

淋菌のタンパク質の、推定リーダー配列、およびいくつかの推定膜貫通ドメイ
ンの存在を含む、これらの解析に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来お
よびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにそれらの
エピトープは、ワクチンまたは診断薬のため、あるいは抗体産生のための有用な
抗原であり得ることが予測される。

（実施例４８）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した
（配列番号４０９）：

これはアミノ酸配列（配列番号４１０；ＯＲＦ１０５）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号４１１）：

これはアミノ酸配列（配列番号４１２；ＯＲＦ１０５−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１０５は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１０５ａ）と２２６ａａの重複部分にわたって８９．４％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０５ａヌクレオチド配列（配列番号４１３）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４１４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０５ａおよびＯＲＦ１０５−１は２９１ａａの重複部分において９３
．８％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０５はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
１０５．ｎｇ）と３１２ａａの重複部分にわたって８７．５％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０５ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４１５）は、アミノ酸配
列（配列番号４１６）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号４１７）：

これはアミノ酸配列（配列番号４１８；ＯＲＦ１０５ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１０５ｎｇ−１およびＯＲＦ１０５−１は２９１ａａの重複部分におい
て９３．５％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１０５ｎｇ−１は酵母の酵素と相同性を示す：

淋菌のタンパク質における推定膜貫通ドメインの存在を含む、これらの解析に
基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来およびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
これらののタンパク質、ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断薬
のため、あるいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例４９）
以下のＤＮＡ配列は、完全であると考えられ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ
において同定した（配列番号４１９）：

これはアミノ酸配列（配列番号４２０；ＯＲＦ１０７）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１０７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１０７ａ）と１８６ａａの重複部分にわたって９７．８％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０７ａヌクレオチド配列（配列番号４２１）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４２２）を有するタンパク質をコードする：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのＡ株由来の予測されるＯＲＦ
（ＯＲＦ１０７．ｎｇ）と１８８ａａの重複部分にわたって９５．７％の同一性
を示す：

完全長ＯＲＦ１０７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４２３）は、アミノ酸配
列（配列番号４２４）を有するタンパク質をコードすると予測される：

淋菌のタンパク質における、推定膜貫通ドメインの存在に基づいて、Ｎ．ｍｅ
ｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来およびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタ
ンパク質が予測され、そしてこれらのエピトープは、ワクチンまたは診断薬のた
め、あるいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例５０）
以下のＤＮＡ配列は完全である考えられ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにお
いて同定した（配列番号４２５）：

これはアミノ酸配列（配列番号４２６；ＯＲＦ１０８）に対応する：

さらなる研究は以下のＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号４２７）：

これはアミノ酸配列（配列番号４２８；ＯＲＦ１０８−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０８はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ１
０８．ｎｇ）と１８１ａａの重複部分にわたって８８．４％の同一性を示す：

ＯＲＦ１０８−１はＯＲＦ１０８ｎｇと１８１ａａの重複部分にわたって９２
．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０８ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４２９）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４３０）を有するタンパク質をコードする：

淋菌のタンパク質における、予測される原核生物の膜リポタンパク質脂質結合
部位（下線）および推定ＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐループ、二重下
線）の存在を含む、この解析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来お
よびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらの
エピトープは、ワクチンまたは診断薬のため、あるいは抗体産生のための有用な
抗原であり得ることが予測される。

（実施例５１）
以下のＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番
号４３１）：

これはアミノ酸配列（配列番号４３２；ＯＲＦ１０９）に対応する：

さらなる研究は以下のＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号４３３）：

これはアミノ酸配列（配列番号４３４；ＯＲＦ１０９−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１０９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１０９ａ）と１４７ａａの重複部分にわたって９５．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１０９ａヌクレオチド配列（配列番号４３５）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４３６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０９ａおよびＯＲＦ１０９−１は２６２ａａの重複部分において９９
．２％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０９はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
１０９．ｎｇ）と２３１ａａの重複部分にわたって９８．３％の同一性を示す：

ＯＲＦ１０９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４３７）は、アミノ酸配列（配
列番号４３８）を有するタンパク質をコードすると予測された：

さらなる研究は、以下の淋菌ＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号４３９）：

これはアミノ酸配列（配列番号４４０；ＯＲＦ１０９ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１０９ｎｇ−１およびＯＲＦ１０９−１は２６２ａａの重複部分にわた
って９８．９％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１０９ｎｇ−１は、仮定のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓタンパク質
に対して相同性を示す：

淋菌のタンパク質において推定リーダー配列（二重下線）およびいくつかの推
定膜貫通ドメイン（一重下線）の存在を含む、この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎ
ｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来およびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタン
パク質、ならびにこれらのエピトープは、ワクチンまたは診断薬のため、あるい
は抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例５２）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（
配列番号４４１）：

これはアミノ酸配列（配列番号４４２；ＯＲＦ１１０）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来のＯＲＦ８８ａとの相同性）
ＯＲＦ１１０は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ８８ａと
１８８ａａの重複部分にわたって９１．５％の同一性を示す：

しかし、ＯＲＦ８８およびＯＲＦ１１０は２つの異なる同種のタンパク質フラ
グメントを示すため、整列しない。

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１０はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
１１０．ｎｇ）と２１１ａａの重複部分にわたって８８．６％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１１０ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４４３）は、アミノ酸配
列（配列番号４４４）を有するタンパク質をコードすると予測される：

淋菌のタンパク質における推定膜貫通ドメインに基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇ
ｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、な
らびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは診断薬のため、あるいは抗体産生
のための有用な抗原であり得ることが予測される。

（実施例５３）
以下のＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番
号４４５）：

これはアミノ酸配列（配列番号４４６；ＯＲＦ１１１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示す：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１１１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１１１ａ）と３５１ａａ重複部分にわたって９６．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１１１ａヌクレオチド配列（配列番号４４７）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４４８）を有するタンパク質をコードする：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１１はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
１１１．ｎｇ）と３５１ａａの重複部分にわたって９６．６％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１１１ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４４９）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４５０）を有するタンパク質をコードする：

これはＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来の仮定のリポタンパク質前駆体との相同
性を示す：

この解析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチ
ンまたは診断薬のため、あるいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが
予測される。

（実施例５４）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した
（配列番号４５１）：

これはアミノ酸配列（配列番号４５２；ＯＲＦ３５）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（受託番号Ａ３２２４７）の推定分泌Ｖｉｒ
Ｇホモログとの相同性）
ＯＲＦおよびｖｉｒｇ−ｈタンパク質は、２６１ａａの重複部分において５１
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ３５は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ３
５ａ）と２５９ａａの重複部分にわたって９６．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ３５ａヌクレオチド配列（配列番号４５３）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４５４）を有するタンパク質をコードする：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３５は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ
３５ｎｇｈ）と２６１ａａの重複部分にわたって５１．７％の同一性を示す：

部分的なＯＲＦ３５ｎｇｈのヌクレオチド配列（配列番号４５５）は、部分的
なアミノ酸配列（配列番号４５６）を有するタンパク質をコードすると予測され
る：

この予測に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチ
ンまたは診断薬のため、あるいは抗体産生のための有用な抗原であり得る。

（実施例５５）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した
（配列番号４５７）：

これはアミノ酸配列（配列番号４５８；ＯＲＦ４６）に対応する：

さらなる研究は、さらに部分的なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号
４５９）：

これはアミノ酸配列（配列番号４６０；ＯＲＦ４６−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ４６はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予測されるＯＲＦ（ＯＲＦ４
６ｎｇ）と１１１ａａの重複部分にわたって９８．２％の同一性を示す：

部分的なＯＲＦ４６ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４６１）は、部分的なア
ミノ酸配列（配列番号４６２）を有するタンパク質をコードすると予測される：

さらなる研究は完全な淋菌のＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号４６３）：

これはアミノ酸配列（配列番号４６４；ＯＲＦ４６ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ４６ｎｇ−１およびＯＲＦ４６−１は２２７ａａの重複部分において９
４．７％の同一性を示す。

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ４９ｎｇ−１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（
ＯＲＦ４６ａ）と４８６ａａの重複部分にわたって８７．４％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ４６ａＤＮＡ配列（配列番号４６５）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４６６）に対応する：

淋菌のタンパク質（特に付着因子）におけるＲＧＤ配列の存在を含む、この解
析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは
診断薬のため、あるいは抗体産生のための有用な抗原であり得ることが予測され
る。

（実施例５６）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した
（配列番号４６７）：

これはアミノ酸配列（配列番号４６８；ＯＲＦ４８）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号４６９）：

これはアミノ酸配列（配列番号４７０；ＯＲＦ４８−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予測されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ４８は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ４
８ａ）と１１９ａａの重複部分にわたって９４．１％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ４８ａヌクレオチド配列（配列番号４７１）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号４７２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ４８ａおよびＯＲＦ４８−１は４７２ａａの重複部分において９６．８
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ４８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ４８ｎ
ｇ）と１１９アミノ酸の重複にわたって９７．５％の同一性を示す：

このＯＲＦ４８ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４７３）は、アミノ酸配列（
配列番号４７４）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる仕事は、完全な淋菌ＤＮＡ配列（配列番号４７５）を同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号４７６；ＯＲＦ４８ｎｇ−１）を有するタンパ
ク質をコードする：

ＯＲＦ４８ｎｇ−１およびＯＲＦ４８−１は、４７２アミノ酸の重複にわたっ
て９７．９％の同一性を示す。

淋菌タンパク質における推定リーダー配列（二重下線）および２つの推定膜貫
通ドメイン（一重下線）の存在を含むこの分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉ
ｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質ならびにそれら
のエピトープは、ワクチンまたは診断、あるいは抗体の惹起のための有用な抗原
であり得ることが推定される。

（実施例５７）
以下の部分ＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号４７７）
において同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号４７８；ＯＲＦ５３）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号４７９）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号４８０；ＯＲＦ５３−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ５３はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ５３
ａ）と１３９アミノ酸配列の重複にわたって９３．５％の同一性を示す：

この完全な長さのＯＲＦ５３ａヌクレオチド配列（配列番号４８１）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号４８２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ５３ａはＯＲＦ５３−１と４１７アミノ酸の重複にわたって１００％の
同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ５３はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ５３ｎｇ
）と１３９アミノ酸の重複にわたって９２．１％の同一性を示す：

ＯＲＦ５３ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４８３）は、アミノ酸配列（配列
番号４８４）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる分析は、さらなる部分ＤＮＡ淋菌配列（配列番号４８５）を明らかに
した：

これはアミノ酸配列（配列番号４８６；ＯＲＦ５３ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ５３ｎｇ−１およびＯＲＦ５３−１は、３３６個のアミノ酸配列の重複
にわたって９４．０％の同一性を示す：

淋菌タンパク質において推定リーダー配列（二重下線）およびいくつかの推定
膜貫通ドメイン（一重下線）の存在を含むこの分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎ
ｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来タンパク質ならびにそれ
らのエピトープは、ワクチンまたは診断、あるいは抗体の惹起のための有用な抗
原であり得ることが推定される。

（実施例５８）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号４８７）に
おいて同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号４８８；ＯＲＦ５８）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号４８９）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号４９０；ＯＲＦ５８−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、示された膜貫通領域を推定し、そ
してまた以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ５８はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ５８
ａ）と１３９個のアミノ酸配列の重複にわたって９６．６％の同一性を示す：

この完全な長さのＯＲＦ５３ａヌクレオチド配列（配列番号４９１）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号４９２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ５８ａおよびＯＲＦ５８−１は、１０１４個のアミノ酸の重複にわたっ
て９６．６％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ５８はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ５８ｎｇ
）と９アミノ酸の重複にわたって完全な同一性を示す：

ＯＲＦ５８ｎｇヌクレオチド配列（配列番号４９３）は、部分アミノ酸配列（
配列番号４９４）を有するタンパク質をコードすると推定される：

この部分淋菌配列は、推定膜貫通領域および推定ＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチ
ーフＡ（Ｐ−ループ；二重下線）を含む。さらに、それはＥ．ｃｏｌｉのＦＴＳ
Ｋ細胞分裂タンパク質に相同なドメインを有する。ＯＲＦ５８ｎｇおよびＦｔｓ
Ｋ（登録番号ｐ４６８８９）の整合は、４５９個の重複にわたって６５％のアミ
ノ酸同一性を示す：

ＯＲＦ５８ｎｇに関するさらなる仕事は、完全な淋菌ＤＮＡ配列が（配列番号
４９５）であることを明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号４９６；ＯＲＦ５８ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ５８ｎｇ−１およびＯＲＦ５８−１は、１０１４個のアミノ酸の重複に
わたって９７．２％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ５８ｎｇ−１は、Ｅ．ｃｏｌｉタンパク質、ＦｔｓＫに対する
有意な相同性を示す：

この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のタンパク質ならびにエピトープは、ワクチンまたは診断、ある
いは抗体の惹起のために有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例５９）
以下の部分的なＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号４９７
）において同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号４９８；ＯＲＦ１０１）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号４９９）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５００；ＯＲＦ１０１−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１０１ａ）と５７個のアミノ酸の重複にわたって９１．２％の同一性および６９
個のアミノ酸の重複にわたって９５．７％の同一性を示す：

この完全な長さのＯＲＦ１０１ａヌクレオチド配列（配列番号５０１）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５０２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０１ａおよびＯＲＦ１０１−１は、３７１個のアミノ酸の重複にわた
って９５．４％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０１は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１０
１ｎｇ）とＮ末端ドメインにおける５７個のアミノ酸の重複にわたって９６．５
％の同一性、Ｃ末端ドメインにおける６１個のアミノ酸の重複にわたって９５．
１％の同一性をそれぞれ示す：

ＯＲＦ１０１ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５０３）は、部分アミノ酸配列
（配列番号５０４）を有するタンパク質をコードすると推定される：

さらなる仕事は、完全なヌクレオチド配列（配列番号５０５）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号５０６；ＯＲＦ１０１ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１０１ｎｇ−１およびＯＲＦ１０１−１は、３７１個のアミノ酸の重複
にわたって９７．６％の同一性を示す：

淋菌タンパク質において推定リーダー配列（二重下線）およびいくつかの推定
膜貫通ドメイン（一重下線）の存在を含むこの分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎ
ｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質ならびにそ
れらのエピトープは、ワクチンまたは診断、あるいは抗体の惹起のために有用な
抗原であり得ることが推定される。

（実施例６０）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号５０７）に
おいて同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号５０８；ＯＲＦ１１３）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのｐｓｐＡ推定分泌タンパク質（登録番号Ａ
Ｆ０３０９４１）との相同性）
ＯＲＦおよびｐｓｐＡは、１７９個のアミノ酸重複にわたって４４％のアミノ
酸の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１３は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１１
３ｎｇ）とＮ末端部分における５２個のアミノ酸の重複にわたって８６．５％の
同一性、Ｃ末端部分における１７個のアミノ酸の重複にわたって９４．１％の同
一性を示す：

完全長のＯＲＦ１１３ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５０９）は、アミノ酸
配列（配列番号５１０）を有するタンパク質をコードすると推定される：

この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診
断、あるいは抗体の惹起のために有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例６１）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号５１１）に
おいて同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号５１２；ＯＲＦ１１５）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のｐｓｐＡ推定分泌タンパク質（登録番
号ＡＦ０３０９４１）との相同性）
ＯＲＦ１１５およびｐｓｐＡタンパク質は、３２５個のアミノ酸の重複にわた
って５０％のアミノ酸同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１５は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１１
５ｎｇ）と３３４個のアミノ酸の重複にわたって９１．９％の同一性を示す：

ＯＲＦ１１５ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５１３）は、アミノ酸配列（配
列番号５１４）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる仕事は、以下の部分ＤＮＡ配列（配列番号５１５）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５１６；ＯＲＦ１１５ｎｇ−１）に対応する：

この淋菌タンパク質（ＯＲＦ１１５ｎｇ−１）は、３３４個のアミノ酸にわた
ってＯＲＦ１１５と９１．９％の同一性を示す：

さらに、それはデータベース中の分泌Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク
質との相同性を示す：

この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅのタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断、
あるいは抗体の惹起のために有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例６２）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配
列番号５１７）：

これはアミノ酸配列（配列番号５１８；ＯＲＦ１１７）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのｐｓｐＡ推定分泌タンパク質（登録番号Ａ
Ｆ０３０９４１）との相同性）
ＯＲＦ１１７およびｐｓｐＡタンパク質は、２２４個のアミノ酸重複にわたっ
て４５％のアミノ酸同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１１
７ｎｇ）と２３０個のアミノ酸の重複にわたって９０％の同一性を示す：

ＯＲＦ１１７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５１９）は、アミノ酸配列（配
列番号５２０）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる仕事は、以下の淋菌の部分ＤＮＡ配列（配列番号５２１）を明らかに
した：

これはアミノ酸配列（配列番号５２２；ＯＲＦ１１７ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１１７ｎｇ−１は、ＯＲＦ１１７と２３０個のアミノ酸にわたって同じ
９０％の同一性を示す。さらに、それはデータベース中の分泌Ｎ．ｍｅｎｉｎｇ
ｉｔｉｄｉｓタンパク質との相同性を示す：

（実施例６３）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号５２３）に
おいて同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号５２４；ＯＲＦ１１９）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号５２５）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５２６；ＯＲＦ１１９−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１１９ａ）と１７５個のアミノ酸配列の重複にわたって９３．７％の同一性を示
す：

この完全長のＯＲＦ１１９ａヌクレオチド配列（配列番号５２７）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５２８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１１９ａおよびＯＲＦ１１９−１は、４２８個のアミノ酸の重複にわた
って９８．６％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１９は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１１
９ｎｇ）と１７５個のアミノ酸の重複にわたって９３．１％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１１９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５２９）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５３０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１１９ｎｇおよびＯＲＦ１１９−１は、４２８個のアミノ酸の重複にわ
たって９８．４％の同一性を示す：

淋菌タンパク質における推定リーダー配列の存在を含むこの分析に基づいて、
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパ
ク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断、あるいは抗体の惹起
のために有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例６４）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配
列番号５３１）：

これはアミノ酸配列（配列番号５３２；ＯＲＦ１３４）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号５３３）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５３４；ＯＲＦ１３４−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｅ．ｃｏｌｉの仮定タンパク質ｏ６４８（登録番号ＡＥ０００１８９）との
相同性）
ＯＲＦ１３４およびｏ６４８タンパク質は、１５３個のアミノ酸重複にわたっ
て４５％のアミノ酸同一性を示す。

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３４はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１３
４ａ）と１５４個のアミノ酸配列の重複にわたって９８．７％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３４ａヌクレオチド配列（配列番号５３５）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５３６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３４ａおよびＯＲＦ１３４−１は、３８８個のアミノ酸の重複にわた
って１００％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３４は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１３
４ｎｇ）と１５４アミノ酸の重複にわたって９６．８％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３４ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５３７）は、

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５３８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３４ｎｇおよびＯＲＦ１３４−１は、３８８個のアミノ酸の重複にわ
たって９７．９％の同一性を示す：

ＯＲＦ１３４ｎｇはまた、Ｅ．ｃｏｌｉＡＢＣ輸送担体に対する相同性を示
す：

淋菌タンパク質における推定リーダー配列および膜貫通領域の存在を含むこの
分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅ
ａｅ由来のタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断、あ
るいは抗体の惹起について有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例６５）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号５３９）に
おいて同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号５４０；ＯＲＦ１３５）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号５４１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５４２；ＯＲＦ１３５−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３５は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３５ａ）と１９７個のアミノ酸配列の重複にわたって９９．０％の同一性を示
す：

この完全長のＯＲＦ１３５ａヌクレオチド配列（配列番号５４３）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５４４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３５ａおよびＯＲＦ１３５−１は、３００個のアミノ酸の重複にわた
って９９．３％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３５は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１３
５ｎｇ）と２０１個のアミノ酸の重複にわたって９７％の同一性を示す：

ＯＲＦ１３５ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５４５）は、アミノ酸配列（配
列番号５４６）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる仕事は、以下の淋菌配列（配列番号５４７）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５４８；ＯＲＦ１３５ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１３５ｎｇ−１およびＯＲＦ１３５−１は、３００個のアミノ酸の重複
にわたって９７．０％の同一性を示す：

淋菌タンパク質のいくつかの推定膜貫通ドメインの存在を含むこの分析に基づ
いて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の
タンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断、あるいは抗体
の惹起のために有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例６６）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号５４９）に
おいて同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号５５０；ＯＲＦ１３６）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号５５１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５５２；ＯＲＦ１３６−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３６は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３６ａ）と２３７個のアミノ酸の重複にわたって７１．７％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３６ａヌクレオチド配列（配列番号５５３）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５５４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３６ａおよびＯＲＦ１３６−１は、２３８個のアミノ酸の重複にわた
って７３．１％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３６は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１３
６ｎｇ）と２３４個のアミノ酸の重複にわたって９２．３％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３６ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５５５）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５５６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３６ｎｇおよびＯＲＦ１３６−１は、２３５個のアミノ酸の重複にわ
たって９３．６％の同一性を示す：

淋菌タンパク質における推定膜貫通ドメインの存在に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉ
ｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質ならびに
それらのエピトープは、ワクチンまたは診断、あるいは抗体の惹起のために有用
な抗原であり得ることが推定される。

（実施例６７）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配
列番号５５７）：

これはアミノ酸配列（配列番号５５８；ＯＲＦ１３７）に対応する：

さらなる仕事は、完全なヌクレオチド配列（配列番号５５９）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号５６０；ＯＲＦ１３７−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３７ａ）と１４９個のアミノ酸配列の重複にわたって９３．３％の同一性を示
す：

この完全長のＯＲＦ１３７ａヌクレオチド配列（配列番号５６１）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５６２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３７ａおよびＯＲＦ１３７−１は、３００個のアミノ酸の重複にわた
って９７．３％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１３
７ｎｇ）と１４９個のアミノ酸の重複にわたって８９．９％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５６３）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５６４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３７ｎｇおよびＯＲＦ１３７−１は、３００個のアミノ酸の重複にわ
たって９６．０％の同一性を示す：

淋菌タンパク質における原核生物の推定膜リポタンパク質脂質付着部位の存在
に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
由来のタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断、あるい
は抗体の惹起のために有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例６８）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号５６５）に
おいて同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号５６６；ＯＲＦ１３８）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号５６７）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５６８；ＯＲＦ１３８−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３８は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３８ａ）と１２３個のアミノ酸の重複にわたって９９．２％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３８ａヌクレオチド配列（配列番号５６９）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５７０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３８ａおよびＯＲＦ１３８−１は、２９８個のアミノ酸の重複にわた
って９９．７％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１３
８ｎｇ）と１２個のアミノ酸の重複にわたって９４．３％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３８ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５７１）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５７２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３８ｎｇおよびＯＲＦ１３８−１は、２９９個のアミノ酸の重複にわ
たって９４．３％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１３８ｎｇは、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｆｌｕｏｒｅｓｃｅ
ｎｓ由来のｈｔｒＢタンパク質と相同的である：

淋菌タンパク質において推定膜貫通ドメインの存在を含むこの分析に基づいて
、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタン
パク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断、あるいは抗体の惹
起のために有用な抗原であり得ることが推定される。

上記のように、ｐＧｅｘベクターにＯＲＦ１３８−１（５７ｋＤａ）をクロー
ン化し、そして大腸菌で発現した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥによってタンパク質発現お
よびタンパク質精製の産物を分析した。図１４Ａは、ＧＳＴ融合タンパク質のア
フィニティー精製の結果を示す。精製されたＧＳＴ融合タンパク質を使用しマウ
スを免疫した。この血清をＥＬＩＳＡ（陽性結果）およびＦＡＣＳ分析に使用し
た（図１４Ｂ）。これらの実験は、ＯＲＦ１３８−１が表面に暴露されたタンパ
ク質であり、そしてそれは有用な免疫原であることを確認する。

（実施例６９）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号５７３）に
おいて同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号５７４；ＯＲＦ１３９）に対応する：

さらなる仕事は完全なヌクレオチド配列（配列番号５７５）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５７６；ＯＲＦ１３９−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３９ａ）と１８９個のアミノ酸の重複にわたって９４．７％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３９ａヌクレオチド配列（配列番号５７７）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５７８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３９ａおよびＯＲＦ１３９−１は、５１４個のアミノ酸の重複にわた
って９６．５％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３９は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１３
９ｎｇ）と１８９個のアミノ酸の重複にわたって９５．２％の同一性を示す：

この完全長のＯＲＦ１３９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号５７９）は、アミ
ノ酸配列（配列番号５８０）を有するタンパク質をコードすると推定される：

さらなる仕事は変異体の淋菌ＤＮＡ配列（配列番号５８１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５８２；ＯＲＦ１３９ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１３９ｎｇ−１およびＯＲＦ１３９−１は、５１３個のアミノ酸の重複
にわたって９５．９％の同一性を示す：

淋菌タンパク質における推定結合タンパク質依存性輸送系内膜成分記号（下線
）の存在に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅ由来のタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断
、あるいは抗体の惹起のための有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例７０）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配
列番号５８３）：

これはアミノ酸配列（配列番号５８４；ＯＲＦ１４０）に対応する：

さらなる仕事は、完全なヌクレオチド配列（配列番号５８５）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号５８６；ＯＲＦ１４０−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４０は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１４０ａ）と８７個のアミノ酸配列の重複にわたって９５．４％の同一性を示す
：

この完全長のＯＲＦ１４０ａヌクレオチド配列（配列番号５８７）は：

である。

これはアミノ酸配列（配列番号５８８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１４０ａおよびＯＲＦ１４０−１は、４６１個のアミノ酸の重複にわた
って９９．８％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４０は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１４
０ｎｇ）と８７アミノ酸の重複部分に渡って９２％の同一性を示す：
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ：

完全長ＯＲＦ１４０ｎｇのヌクレオチド配列（配列番号５８９）は、アミノ酸
配列（配列番号５９０）を有するタンパク質をコードすることが推定された：

さらなる研究は、改変型淋菌ＤＮＡ配列（配列番号５９１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５９２；ＯＲＦ１４０ｎｇ−１）に相当する：

ＯＲＦ１４０ｎｇ−１およびＯＲＦ１４０−１は、４６１アミノ酸の重複部分
に渡って９６．３％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１４０ｎｇ−１は、Ｅ．ｃｏｌｉタンパク質に対して相同性で
ある：

この分析（淋菌タンパク質における推定リーダー配列（二重下線を附す）およ
びいくつかの推定膜貫通ドメイン（１重下線を附す）の存在の同定を含む）に基
いて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅならび
にそれらのエピトープに由来するタンパク質が、ワクチンまたは診断について、
あるいは抗体を惹起するために有用な抗原であり得ると推定される。

（実施例７１）
以下の部分的ＤＮＡ配列はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓと同一であった（配
列番号５９３）：

これはアミノ酸配列（配列番号５９４；ＯＲＦ１４１）に相当する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列（配列番号５９５）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号５９６；ＯＲＦ１４１−１）に相当する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析から以下の結果を得た。

（Ｎ．Ｍｅｎｉｎｇｏｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦ配列との相同性）
ＯＲＦ１４１は、Ｎ．ＭｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１４１ａ）と１４０アミノ酸の重複部分に渡って９５．０％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１４１ａのヌクレオチド配列（配列番号５９７）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号５９８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１４１ａおよびＯＲＦ１４１−１は５５３アミノ酸の重複部分において
９８．２％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４１は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１４
１ｎｇ）と１４１アミノ酸の重複部分に渡って９５％の同一性を示す：

ＯＲＦ１４１ｎｇのヌクレオチド配列（配列番号５９９）は、アミノ酸配列（
配列番号６００）を有するタンパク質をコードすることが推定された。

さらなる研究は、以下の淋菌ＤＮＡ配列（配列番号６０１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号６０２；ＯＲＦ１４１ｎｇ−１）に相当する：

ＯＲＦ１４１ｎｇ−１およびＯＲＦ１４１−１は、５５３アミノ酸の重複部分
において９７．５％の同一性を示す：

淋菌タンパク質におけるいくつかの推定膜貫通ドメインの存在に基づいて、Ｎ
．ＭｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅならびにそれらの
エピトープに由来するタンパク質は、ワクチンもしくは診断について、または抗
体を惹起するために有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例７２）
以下の部分的ＤＮＡ配列（配列番号６０３）はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ
において同定された：

これはアミノ酸配列（配列番号６０４；ＯＲＦ１４２）に相当する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列（配列番号６０５）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号６０６；ＯＲＦ１４２−１）に相当する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析から以下の結果を得た：
（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１４２
ｎｇ）と５９アミノ酸の重複部分に渡って８８．１％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ１４２ｎｇのヌクレオチド配列（配列番号６０７）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号６０８）を有するタンパク質をコードする：

下線を附した配列（芳香族−Ｘａａ−芳香族のアミノ酸モチーフ）は、外膜タ
ンパク質のＣ末端において通常は見出される。

ＯＲＦ１４２ｎｇおよびＯＲＦ１４２−１は、３４２アミノ酸の重複部分に渡
って９５．６％の同一性を示す：

ＯＲＦ１４２ｎｇはさらに、Ｅ．ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉのＨｅｃＢタンパ
ク質と相同性である：

この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のタンパク質、ならびにそれらのエピトープは、ワクチンもしく
は診断のための、または抗体を惹起するために有用な抗原であり得ることが推定
される。

（実施例７３）
以下の部分的なＤＮＡ配列（配列番号６０９）は、Ｎ．Ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄ
ｉｓにおいて同定された。

これはアミノ酸配列（配列番号６１０；ＯＲＦ１４３）に相当する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号６１１）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号６１２；ＯＲＦ１４３−１）に相当する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析から以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１４３ａ）と１０５アミノ酸の重複部分に渡って９２．４％の相同性を示す：

全長ＯＲＦ１４３ａのヌクレオチド配列（配列番号６１３）は以下である；

これはアミノ酸配列（配列番号６１４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１４３ａおよびＯＲＦ１４３−１は、２０７アミノ酸の重複部分におい
て９７．１％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４３はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１４３
ｎｇ）と１１０アミノ酸の重複部分に渡って９５．５％の同一性を示す：

ＯＲＦ１４３ｎｇヌクレオチド配列（配列番号６１５）は、アミノ酸配列（配
列番号６１６）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる研究は、以下の淋菌のＤＮＡ配列（配列番号６１７）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号６１８；ＯＲＦ１４３ｎｇ−１）に相当する：

ＯＲＦ１４３ｎｇ−１およびＯＲＦ１４３−１は、２４１アミノ酸の重複部分
において９５．８％の同一性を示す：

淋菌のタンパク質における推定膜貫通ドメインの存在に基づいて、Ｎ．ｍｅｎ
ｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質ならび
びにそれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断について、または抗体を惹起
するための有用な抗原であり得ることが推定される：
（実施例７４）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号６１９）：

これはアミノ酸配列（配列番号６２０；ＯＲＦ１４４）に相当する；

さらなる研究は全長ヌクレオチド配列（配列番号６２１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号番号６２２；ＯＲＦ１４４−１）に相当する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析から以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１
４４ａ）と１３６アミノ酸の重複部分に渡って９６．３％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ１４４ａのヌクレオチド配列（配列番号６２３）は以下である；

これはアミノ酸配列（配列番号６２４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１４４ａおよびＯＲＦ１４４−１は、４０６アミノ酸の重複部分におい
て９７．８％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４４はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１４４
ｎｇ）と１３６アミノ酸の重複部分に渡って９１．２％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ１４４ｎｇヌクレオチド配列（配列番号６２５）は、アミノ酸配列
（配列番号６２６）を有するタンパク質をコードすると推定される：

さらなる研究は、以下の淋菌のＤＮＡ配列（配列番号６２７）を明らかにした
：

これは、アミノ酸配列（配列番号６２８；ＯＲＦ１４４ｎｇ−１）を有するＯ
ＲＦ１４４ｎｇに相当する：

ＯＲＦ１４４ｎｇ−１およそＯＲＦ１４４−１は、４０６アミノ酸の重複部分
において９４．１％の同一性を示す：

淋菌のタンパク質におけるいくつかの推定膜貫通ドメインの同定を含む、この
分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅ
ａｅ由来のタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診断につ
いて、または抗体を惹起するために有用な抗原であり得ることが推定される：
（実施例７５）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号６１９）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６３０；ＯＲＦ１４６）に相当する；

さらなる研究は全長ヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号６３１）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６３２；ＯＲＦ１４６−１）に相当する：

このアミノ酸配のコンピューター分析から以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓｍ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４６は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来のＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１４６ａ）と７４アミノ酸の重複部分に渡って９８．６％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ１４６ａヌクレオチド配列（配列番号６３３）は以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号６３４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１４６ａおよびＯＲＦ１４６−１は３７４アミノ酸の重複部分において
９９．５％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４６はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１４６
ｎｇ）と７５アミノ酸の重複部分に渡って９７．３％の同一性を示す：

ＯＲＦ１４６ｎｇのヌクレオチド配列番号（配列番号６３５）は、アミノ酸配
列（配列番号６３６）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる研究は、以下の淋菌のＤＮＡ配列（配列番号６３７）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号６３８；ＯＲＦ１４６ｎｇ−１）に相当する

ＯＲＦ１４６ｎｇ−１およびＯＲＦ１４６−１は３７５アミノ酸重複部分にお
いて９６．５％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１４６−ｎｇ１は仮定されるＥ．ｃｏｌｉタンパク質との相同
性を示す。

この分析（淋菌タンパク質における幾つかの膜貫通ドメインの同定を含む）に
基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由
来のタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断または抗
体を惹起するために有用な抗原であり得ることが推定される：
（実施例７６）
以下のＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列
番号６３９）：

これはアミノ酸配列（配列番号６４０；ＯＲＦ１４７）に相当する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列（配列番号６４１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号６４２；ＯＲＦ１４７−１）に相当する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析から以下の結果を得た：
（Ｅ．ｃｏｌｉの仮定タンパク質のＯＲＦ２８６（登録番号Ｕ１８９９７）と
の相同性）
ＯＲＦ１４７およびＥ．ｃｏｌｉのＯＲＦ２８６のタンパク質は、２３７アミ
ノ酸重複部分において３６％の同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ７５ａと
２３７アミノ酸の重複部分に渡って９６．６％の同一性を示す：

ＯＲＦ１４７ａはＯＲＦ７５ａと同一であり、これはＯＲＦ７５の５６〜２９
２アミノ酸を含む。

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１４７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ１４
７ｎｇ）と２３７アミノ酸の重複部分に渡って９４．１％の同一性を示す：

ＯＲＦ１４７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号６４３）は、アミノ酸配列（配
列番号６４４）を有するタンパク質をコードすると推定された：

さらなる研究は以下の淋菌のＤＮＡ配列（配列番号６４５）を明らかにした：

これはアミノ酸配列に相当する（配列番号６４６；ＯＲＦ１４７ｎｇ−１）：

ＯＲＦ１４７ｎｇは、仮定上のＥ．ｃｏｌｉタンパク質との相同性を示す：

淋菌のタンパク質におけるコンピューター分析および推定膜貫通ドメインの存
在に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅ由来のこれらのタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンまたは診
断についての、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得ると推定される
。

（実施例７７）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号番号６４７）：

これはアミノ酸配列番号（配列番号６４８；ＯＲＦ１）に相当する：

さらなる配列決定分析は全長ヌクレオチド配列（配列番号６４９）を明らかに
した：

これは、アミノ酸配列（配列番号６５０；ＯＲＦ１−１）に相当する：

これらの配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１ａ
）と１４５６アミノ酸の重複部分に渡って５７．８％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ１ａのヌクレオチド配列（配列番号６５１）は、以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号６５２）を有するタンパク質をコードする：

膜貫通領域に下線を附す。

ＯＲＦ１−１はＯＲＦ１ａと１４６２アミノ酸の重複部分に渡って８６．７％
の同一性を示す：

（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（登録番号Ｐ４５３８７）の接着および透過タン
パク質であるｈａｐ前駆体との相同性）
ＯＲＦ１のアミノ酸２３〜４２３は、４５０アミノ酸の重複部分でｈａｐタン
パク質と５９％のアミノ酸同一性を示す：

ＯＲＦ１のアミノ酸７１５〜１０１１は、２５８アミノ酸の重複部分において
ｈａｐタンパク質と５０％のアミノ酸同一性を示す：

ＯＲＦ１のアミノ酸１１９２〜１４５０は、２５９アミノ酸の重複部分におい
てｈａｐタンパク質と４１％のアミノ酸の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１のブロックは、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１ｎｇ）とそれぞれ４６７アミノ酸、２９８アミノ酸および２５９アミノ酸の
重複部分において８３．５％、８８．３％および９９．７％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ１ｎｇのヌクレオチド配列を同定した（配列番号６５３）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６５４）を有するタンパク質をコードすると
推定される：

下線を附した配列および二重下線を附した配列は、セリンプロテアーゼ（トリ
プシンファミリー）の活性部位およびＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位のモチーフＡ（Ｐ
−ループ）を表す。

ＯＲＦ−１およびＯＲＦ１ｎｇは、１４７１アミノ酸の重複部分において９３
．７％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１ｎｇはｈａｐタンパク質（Ｐ４５３８７）と１４５５アミノ
酸重複部分に渡って５５．７％の同一性を示す：

この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチン
もしくは診断についての、または抗体を惹起するための有用な抗原であることが
推定される。

（実施例７８）
以下の部分的ＤＮＡ配列はＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号６５５）

これはアミノ酸配列（配列番号６５６；ＯＲＦ６）に相当する：

さらなる配列分析はさらなる部分的ＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号６５
７）：

これは、アミノ配列（配列番号６５８；ＯＲＦ６−１）に相当する：

アミノ酸配列のコンピューター分析はから以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ６は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株に由来するＯＲＦ（ＯＲＦ
６ａ）と１４０アミノ酸の重複部分に渡って９８．６％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ６ａのヌクレオチド配列（配列番号６５９）：

これはアミノ酸配列（配列番号６６０）を有するタンパク質をコードすると推
定される：

ＯＲＦ６ａおよびＯＲＦ６−１は１３１アミノ酸配列の重複部分において１０
０．０％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ６は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ６ｎｇ）
と１４０アミノ酸の重複部分に渡って９５．７％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ６ｎｇのヌクレオチド配列（配列番号６６１）は以下のように同定
した：

これはアミノ酸配列（配列番号６６２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ６ｎｇおよびＯＲＦ６−１は、１３１アミノ酸重複部分において９６．
９％の同一性を示す：

Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のタン
パク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断について、または
抗体を惹起するための有用な抗原であり得ることが推定される。

（実施例７９）
以下の部分的ＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した
（配列番号６６３）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６６４；ＯＲＦ２３）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号６６５）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６６６；ＯＲＦ２３−１）に相当する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析から以下の結果を得た：
（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｕｔｉｄａの鉄の擬バクチン（ｂａｃｔｉｎ）
レセプターであるＰｕｐＢ（登録番号Ｐ３８０４７）との相同性）
ＯＲＦ２３およびＰｕｐＢタンパク質は２０５アミノ酸配列の重複部分におい
て３２％の同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ２
３ａ）と２１１アミノ酸の重複部分に渡って９５．７％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ２３ａのヌクレオチド配列（配列番号６６７）は、以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号６６８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２３ａおよびＯＲＦ２３−１は７２５アミノ酸の重複部分において９９
．２％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２３はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ２３．ｎ
ｇ）と２１１アミノ酸の重複部分に渡って９３．４％の同一性を示す：

ＯＲＦ２３ｎｇのヌクレオチド配列（配列番号６６９）はアミノ酸配列（配列
番号６７０）を含むタンパク質をコードすると推測される：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列番号を明らかにした（配列番号６７１
）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６７２；ＯＲＦ２３ｎｇ−１）に相当する：

ＯＲＦ２３ｎｇ−１およびＯＲＦ２３−１は７２５アミノ酸の重複部分におい
て９５．９％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ２３ｎｇ−１は、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のＯＭＰと有意な相同性を
示す：

この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のこれらのタンパク質ならびにそれらのエピトープは、ワクチン
もしくは診断について、または抗体を惹起するための有用な抗原であり得ると推
定される。

ＯＲＦ２３−１（７７．５ｋＤａ）をｐＥＴベクターおよびｐＧｅｘベクター
にクローニングし、そして上記のようにＥ．ｃｏｌｉ中で発現させる。タンパク
質の発現産物および精製物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図１５Ａは、Ｈ
ｉｓ融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示し、そして図１５ＢはＥ．
ｃｏｌｉにおけるＧＳＴ融合物の発現の結果を示す。精製したＨｉｓ融合タンパ
ク質を使用してマウスを免疫し、マウスの血清をウェスタンブロット（図１５Ｃ
）およびＥＬＩＳＡ（陽性結果）について使用した。これらの実験は、ＯＲＦ２
３−１が表面露出型タンパク質であり、しかも免疫原として有用であることを確
実にする。

（実施例８０）
以下の部分的ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（
配列番号６７３）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６７４；ＯＲＦ２４）に相当する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号６７５）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６７６；ＯＲＦ２４−１）に相当する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析から以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ２
４ａ）と３０７アミノ酸の重複部分に渡って９６．４％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ２４ａのヌクレオチド配列（配列番号６７７）は以下である：

これは、アミノ酸配列（配列番号６７８）を有するタンパク質をコードする：

このタンパク質は、１９８位にて停止コドンを含むことに留意すべきである。

ＯＲＦ２４ａおよびＯＲＦ２４−１は、３０７アミノ酸の重複部分において９
６．４％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２４はＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定ＯＲＦ（ＯＲＦ２４ｎｇ
）と１２１アミノ酸の重複部分に渡って９６．７％の同一性を示す：

全長ＯＲＦ２４ｎｇのヌクレオチド配列（配列番号６７９）は、以下である：

これはアミノ酸配列（配列番号６８０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２４ｎｇおよびＯＲＦ２４−１は３０７アミノ酸の重複部分において９
６．１％の同一性を示す：

この分析（淋菌タンパク質における推定リーダー配列（最初の１８アミノ酸−
２重線で下線を附した）および推定膜貫通ドメイン（１本線で下線を附した）の
存在を含む）に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅ由来のタンパク質ならびにそれらのエピトープはワクチンもしくは
診断について、または抗体を惹起するために有用な抗原であり得ることが推定さ
れる。

（実施例８１）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号６８１）：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６８２；ＯＲＦ２５）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号６８３）を明らかにした：

これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６８４；ＯＲＦ２５−１）に対応する
：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ２５は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株からのＯＲＦ（ＯＲＦ２
５ａ）と６０アミノ酸にわたる重複において，９８，３％の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ２５ａヌクレオチド配列（配列番号６８５）は：

これはアミノ酸配列（配列番号６８６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２５ａおよびＯＲＦ２５−１は、３３８アミノ酸配列重複において９３
，５％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの推定のＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２５は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
２５ｎｇ）との６０アミノ酸にわたる重複において、１００％の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ２５ｎｇのヌクレオチド配列（配列番号６８７）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号６８８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２５ｎｇおよびＯＲＦ２５−１は、３３８アミノ酸重複において９５．
９％の同一性を示す：

この分析をもとに（淋菌タンパク質において予想される原核生物膜リポタンパ
ク質脂質の付着（ａｔｔｃｈｍｅｎｔ）部位（下線部）の存在を含む）、
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからのタンパ
ク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは診断のための、または
抗体惹起のための有用な抗原となり得ると予想された。

ＯＲＦ２５−１（３７ＫＤａ）は、上記に記載されるように、ｐＥＴおよびｐ
Ｇｅｘベクターにおいてクローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉにおいて発現された
。タンパク質発現産物および精製産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図
１６Ａは、ＧＳＴ融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示し、そして図
１６Ｂは、Ｅ．ｃｏｌｉにおけるＨｉｓ融合の結果を示す。精製されたＨｉｓ融
合タンパク質を用いて、マウスを免疫化した。このマウスの血清を、ウエスタン
ブロット（図１６Ｃ）、ＥＬＩＳＡ（陽性コントロール）、およびＦＡＣＳ分析
（図１６Ｄ）について使用した。これらの実験により、ＯＲＦ２５−１は、表面
露出タンパク質であること、およびそれが有用な免疫原であることを確認する。

図１６Ｅは、ＯＲＦ２５−１について親水性のプロット、抗原性指数およびＡ
ＭＰＨＩ領域を示す。

（実施例８２）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定し
た（配列番号６８９）

これはアミノ酸配列（配列番号６９０；ＯＲＦ２６）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号６９１）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号６９２；ＯＲＦ２６−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を与えた：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの仮説的膜貫通タンパク質ＨＩ１５８６（受託番
号Ｐ４４２６３）との相同性）
ＯＲＦ２６およびＨＩ１５８６は、それぞれＮ末端およびＣ末端の、９７およ
び２２１アミノ酸重複において、５３％および４９％のアミノ酸同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの推定されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ２６は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株からのＯＲＦ（ＯＲＦ２
６ａ）と５０２アミノ酸にわたる重複において部分において５８．２％の同一性
を示す：

完全な長さのＯＲＦ２６ａヌクレオチド配列（配列番号６９３）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号６９４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２６ａおよびＯＲＦ２６−１は、５０６アミノ酸重複において９７．８
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２６は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
２６ｎｇ）と、それぞれＮ末端およびＣ末端の、９７および２０６アミノ酸重複
において、９８．４％および９９％の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ２６ｎｇヌクレオチド配列（配列番号６９５）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号６９６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２６ｎｇおよびＯＲＦ２６−１は、５０５アミノ酸重複において９８．
４％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ２５ｎｇは、仮説的なＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅタンパク質に
対して有意な相同性を示す：

この分析に基づき、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅからのこれらのタンパク質ならびにこれらのエピトープは、ワクチンも
しくは診断、または抗体惹起のための有用な抗原となり得ることが予想される。

（実施例８３）
以下の部分的なＤＮＡ配列が、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号６９７）：

これは、アミノ酸配列（配列番号６９８；ＯＲＦ２７）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号６９９）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７００；ＯＲＦ２７−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ２７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓＡ株から得たＯＲＦ（ＯＲＦ２
７ａ）と、８２アミノ酸にわたる重複において、９１．５％の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ２７ａのヌクレオチド配列（配列番号７０１）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７０２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２７およびＯＲＦ２７−１は、２４５アミノ酸重複において９４．７％
の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ２７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
２７ｎｇ）と、８２アミノ酸にわたる重複において９６．３％の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ２７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７０３）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７０４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ２７ｎｇおよびＯＲＦ２７−１は、２４５アミノ酸重複において９８．
８％の相同性を示す：

この分析をもとに（淋菌のタンパク質における推定されるリーダー配列を含む
）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからのタ
ンパク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは診断のための、ま
たは抗体惹起のための有用な抗原であり得ると予想された。

ＯＲＦ２７−１（２４．５ＫＤａ）を、上記に記載されるように、ｐＥＴおよ
びｐＧｅｘベクターにおいてクローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉにおいて発現し
た。タンパク質発現産物および精製産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。
図１７Ａは、ＧＳＴ融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示し、そして
図１７Ｂは、Ｅ．ｃｏｌｉにおけるＧｓｔ融合の発現の結果を示す。精製したＧ
ｓｔ融合タンパク質を用いて、マウスを免疫した。このマウスの血清は、ＥＬＩ
ＳＡについて用いた。これは、陽性の結果を与え、ＯＲＦ２７−１が、表面露出
タンパク質であること、およびそれが有用な免疫原であることを確認した。

（実施例８４）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定し
た（配列番号７０５）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７０６；ＯＲＦ４７）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号７０７）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７０８；ＯＲＦ４７−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析によりリーダーペプチドを予想し、そ
してまた以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ４７は、Ａ株のＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓから得たＯＲＦ（ＯＲＦ
４７ａ）と、１７２アミノ酸にわたる重複において、９９．４％の同一性を示す
：

完全な長さのＯＲＦ４７ａのヌクレオチド配列（配列番号７０９）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７１０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ４７ａおよびＯＲＦ４７−１は、３８４アミノ酸重複において９９．２
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ４７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
４７ｎｇ）と、１７２アミノ酸にわたる重複において９７．１％の同一性を示す
：

ＯＲＦ４７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７１１）は、アミノ酸配列（配列
番号７１２）を含むタンパク質をコードすると予想される：

予想されるリーダーペプチドおよび膜貫通ドメインは、（８７位の残基のＩｌ
ｅ／Ａｌａ置換および１４０位の残基のＬｅｕ／Ｉｌｅ置換を除く）髄膜炎菌の
タンパク質と同一である（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｔｕｔｚｅｒｉｏｒｆ
３９６、受託番号ｅ２４６５４０参照のこと）：

さらなる研究が、完全な淋菌のＤＮＡ配列（配列番号７１３）を明らかにした
：

これは、アミノ酸配列（配列番号７１４；ＯＲＦ４７ｎｇ−１）を有するタン
パク質をコードする：

ＯＲＦ４７ｎｇ−１およびＯＲＦ４７−１は、３８４重複アミノ酸において、
９７．４％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ４７ｎｇ−１は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｔｕｔｚｅｒｉ
からのＯＲＦと有意な相同性を示す：

この分析をもとに、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅからのタンパク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは
診断のための、または抗体惹起のための有用な抗原となり得ると予想される。

（実施例８５）
以下の部分的なＤＮＡ配列が、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号７１５）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７１６；ＯＲＦ６７）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ６７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
６７ｎｇ）と、１９９アミノ酸にわたる重複において５１．８％の同一性を示す
：

ＯＲＦ６７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７１７）は、アミノ酸配列（配列
番号７１８）を含むタンパク質をコードすると予想される：

淋菌タンパク質のいくつかの推定される膜貫通ドメインの存在をもとに、Ｎ．
ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからのタンパク質
、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは診断のための、または抗体
惹起のための有用な抗原となり得ると予想される。

（実施例８６）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定し
た（配列番号７１９）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７２０；ＯＲＦ７８）に対応する：

さらなる研究が、ヌクレオチド配列（配列番号７２１）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７２２；ＯＲＦ７８−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、いくつかの膜貫通ドメインを予想し
、そしてまた以下の結果を与えた：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのｄｅｄＡホモログ（受託番号Ｐ４５２８０）、
との相同性）
ＯＲＦ７８およびｄｅｄＡホモログは、１４４アミノ酸重複において５８％の
アミノ酸の同一性を示す．

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ７８は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株からのＯＲＦ（ＯＲＦ７
８ａ）と、１４５アミノ酸にわたる重複において９３．８％の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ７８ａのヌクレオチド配列（配列番号７２３）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７２４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ７８ａおよびＯＲＦ７８−１は２２７のアミノ酸重複において８９．０
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ７８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
７８ｎｇ）と３８アミノ酸にわたる重複において９７．４％の同一性を示す：

ＯＲＦ７８ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７２５）は、アミノ酸配列（配列
番号７２６）を含むタンパク質をコードすることが予想される：

さらなる研究が、淋菌の完全なヌクレオチド配列（配列番号７２７）を明らか
にした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７２８；ＯＲＦ７８ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ７８ｎｇ−１およびＯＲＦ７８−１は、２２７重複アミノ酸において、
８８．１％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ７８ｎｇ−１は、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのｄｅｄＡタンパ
ク質と相同性を示す：

この分析をもとに（推定の膜貫通ドメインの存在を含む）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇ
ｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからのタンパク質、ならびにそ
れらのエピトープが、ワクチンもしくは診断のための、または抗体惹起のための
有用な抗原となり得ると予想される。

（実施例８７）
以下の部分的なＤＮＡ配列が、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号７２９）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７３０；ＯＲＦ７９）に対応する：

さらなる研究が、完全なヌクレオチド配列（配列番号７３１）を明らかにした
：

これは、アミノ酸配列（配列番号７３２；ＯＲＦ７９−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、推定されるリーダーペプチドを明ら
かとし、そしてまた以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ７９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株からの予想されるＯＲＦ
（ＯＲＦ７９ａ）と、１４７アミノ酸にわたる重複において、９４．６％の同一
性を示す：

完全な長さのＯＲＦ７９ａヌクレオチド配列（配列番号７３３）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７３４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ７９ａおよびＯＲＦ７９−１は、１５７アミノ酸重複において９４．９
％の相同性を有する：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ７９は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
７９ｎｇ）と、７６アミノ酸にわたる重複において９６．１％の同一性を示す：

ＯＲＦ７９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７３５）は、アミノ酸配列（配列
番号７３６）を含むタンパク質をコードすることが予想された

さらなる研究が、淋菌の完全なＤＮＡ配列（配列番号７３７）を明らかにした
：

これは、アミノ酸配列（配列番号７３８；ＯＲＦ７９ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ７９ｎｇ−１およびＯＲＦ７９−１は、１５７重複アミノ酸において、
９５．５％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ７９ｎｇ−１は、Ａｑｕｉｆｅｘａｅｏｌｉｃｕｓからのタ
ンパク質と有意な相同性を示す：

この分析をもとに、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅからのタンパク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは
診断のための、または抗体惹起のための有用な抗原であり得ると予想される。

ＯＲＦ７９−１（１５．６ＫＤａ）と、上記に記載されるように、ｐＥＴベク
ターにクローニングし、そしてＥ．ｃｏｌｉにおいて発現した。タンパク質発現
産物および精製産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図１８Ａは、Ｈｉｓ
融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示す。精製したＨｉｓ融合タンパ
ク質を用いて、マウスを免疫した。このマウスの血清を、ＥＬＩＳＡ（陽性コン
トロール）、およびＦＡＣＳ分析（図１８Ｂ）について使用した。これらの研究
により、ＯＲＦ７９−１は、表面露出タンパク質であること、およびそれが免疫
原として有用であることを確認する。

（実施例８８）
以下のＤＮＡ配列（完全であると考えられる）を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄ
ｉｓにおいて同定した（配列番号７３９）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７４０；ＯＲＦ９８）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号７４１）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７４２；ＯＲＦ９８−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ９８は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株から得たＯＲＦ（ＯＲＦ
９８ａ）と２３３アミノ酸にわたる重複において９６．１％の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ９８ａのヌクレオチド配列（配列番号７４３）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７４４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ９８ａおよびＯＲＦ９８−１は、２３３アミノ酸重複において９８．７
％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ９８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
９８ｎｇ）と、２３３アミノ酸にわたる重複において９５．３％の同一性を示す
：

完全な長さのＯＲＦ９８ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７４５）は、アミノ
酸配列（配列番号７４６）を有するタンパク質をコードすることが予想される：

さらなる研究が、完全なヌクレオチド配列（配列番号７４７）を明らかにした
：

これは、アミノ酸配列（配列番号７４８；ＯＲＦ９８ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ９８ｎｇ−１およびＯＲＦ９８−１は、２３３アミノ酸重複において、
９７．９％の同一性を示す：

この分析をもとに（淋菌タンパク質における推定の膜貫通ドメインが、髄膜炎
菌タンパク質の配列と一致するという事実を含む）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄ
ｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからのタンパク質、ならびにそれらのエ
ピトープが、ワクチンもしくは診断のための、または抗体惹起のための有用な抗
原となり得ると予想される。

（実施例８９）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定し
た（配列番号７４９）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７５０；ＯＲＦ１００）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号７５１）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７５２；ＯＲＦ１００−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１００は、Ａ株のＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓから得たＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１００ａ）と、３８６アミノ酸にわたる重複において９３．５％の同一性を示
す：

完全な長さのＯＲＦ１００ａのヌクレオチド配列（配列番号７５３）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７５４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１００ａおよびＯＲＦ１００−１は、４０６アミノ酸重複において９５
．１％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１００は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１００ｎｇ）と、３８６アミノ酸にわたる重複において９３．３％の同一性を
示す：

完全な長さのＯＲＦ１００ｎｇのヌクレオチド配列（配列番号７５５）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７５６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１００ｎｇおよびＯＲＦ１００−１は、４０２アミノ酸重複において９
５．３％の同一性を示す：

この分析をもとに（推定のリーダー配列、推定の膜貫通ドメイン、およびＲＧ
Ｄモチーフの存在を含む）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏ
ｒｒｈｏｅａｅからのタンパク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンも
しくは診断のための、または抗体惹起のための有用な抗原となり得ると予想され
る。

（実施例９０）
以下のＤＮＡ配列（完全であると考えられる）を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄ
ｉｓにおいて同定した（配列番号７５７）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７５８；ＯＲＦ１０２）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号７５９）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７６０；ＯＲＦ１０２−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｈ．ｐｙｌｏｒｉからのＨＰ１４８４仮説的な内在性膜タンパク質（受託番
号ＡＥ０００６４７）との相同性）
ＯＲＦ１０２とＨＰ１４８４は、１４３アミノ酸重複において３３％の同一性
を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１０２は、Ａ株のＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓから得たＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１０２ａ）と、１４２アミノ酸にわたる重複において９９．３％の同一性を示
す：

完全な長さのＯＲＦ１０２ａのヌクレオチド配列（配列番号７６１）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７６２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０２ａおよびＯＲＦ１０２−１は、１４２アミノ酸重複において完全
な相同性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１０２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１０２ｎｇ）と、１４２アミノ酸にわたる重複において９７．９％の同一性を
示す：

完全な長さのＯＲＦ１０２ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７６３）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７６４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１０２ｎｇおよびＯＲＦ１０２−１は、１４２アミノ酸重複において９
８．６％の相同性を有する：

さらに、ＯＲＦ１０２ｎｇは、Ｈ．ｐｙｌｏｒｉからの膜タンパク質と有意な
相同性を示す：

（実施例９１）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定し
た（配列番号７６５）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７６６；ＯＲＦ８５）に対応する：

さらなる研究がさらに部分的なヌクレオチド配列（配列番号７６７）を明らか
にした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７６８；ＯＲＦ８５−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ８５は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株から得たＯＲＦ（ＯＲＦ
８５ａ）との４１アミノ酸にわたる重複において８７．８％の同一性を示し、１
５３アミノ酸にわたる重複において９９．３％の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ８５ａのヌクレオチド配列（配列番号７６９）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７７０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ８５ａおよびＯＲＦ８５−１は、３３４アミノ酸重複において９８．２
％の同一性を示す：

図１９Ｄは、ＯＲＦ８５ａについての親水性プロット、抗原性指数、およびＡ
ＭＰＨＩ領域を示す。

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ８５は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲＦ
８５ｎｇ）との高い程度の同一性を示す：

完全な長さのＯＲＦ８５ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７７１）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７７２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ８５ｎｇおよびＯＲＦ８５−１は３３４アミノ酸重複において９６．１
％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ８５ｎｇは、Ｅ．ｃｏｌｉ膜融合タンパク質と有意な相同性を
示す：

この分析をもとに、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅからのタンパク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは
診断のための、または抗体惹起のための有用な抗原であり得ると予想された。

ＯＲＦ８５−１（４０．４ＫＤａ）と、上記に記載されるように、ｐＧｅｘベ
クターにおいてクローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉにおいて発現した。タンパク
質発現産物および精製産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図１９Ａは、
ＧＳＴ融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示す。精製されたＧＳＴ融
合タンパク質を使用して、マウスを免疫した。このマウスの血清は、ウエスタン
ブロット（図１９Ｂ）、ＦＡＣＳ分析（図１９Ｃ）、およびＥＬＩＳＡの陽性の
結果について使用した。これらの研究により、ＯＲＦ８５−１は、表面露出タン
パク質であること、およびそれが有用な免疫原であることが確認される。

（実施例９２）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定し
た（配列番号７７３）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７７４；ＯＲＦ１２０）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号７７５）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７７６；ＯＲＦ１２０−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１２０は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株からのＯＲＦ（ＯＲＦ
１２０ａ）と、１８４アミノ酸にわたる重複において９２．４％の同一性を示す
：

完全な長さのＯＲＦ１２０ａのヌクレオチド配列（配列番号７７７）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７７８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２０ａおよびＯＲＦ１２０−１は、２２３アミノ酸重複において９３
．３％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２０は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２０ｎｇ）と、１８４アミノ酸にわたる重複において９７．８％の同一性を
示す：

完全な長さのＯＲＦ１２０ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７７９）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７８０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２０−１と比較して、ＯＲＦ１２０ｎｇは、２２３アミノ酸重複にお
いて、９７．８％の同一性を示す：

この分析は、（淋菌タンパク質における推定されるリーダー配列の存在を含む
）Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからのタン
パク質、ならびにそれらのエピトープが、ワクチンもしくは診断のための、また
は抗体惹起のための有用な抗原であり得ることを示唆する。

（実施例９３）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定し
た（配列番号７８１）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７８２；ＯＲＦ１２１）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号７８３）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７８４；ＯＲＦ１２１−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１２１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株から得たＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２１ａ）との１５６アミノ酸にわたる重複において９８．７％の同一性を示
す：

完全な長さのＯＲＦ１２１ａのヌクレオチド配列（配列番号７８５）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７８６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２１ａおよびＯＲＦ１２１−１は、３５６アミノ酸重複において９９
．２％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２１は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２１ｎｇ）と、１５６アミノ酸にわたる重複において９７．４％の同一性を
示す：

ＯＲＦ１２１ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７８７）は、アミノ酸配列（配
列番号７８８）を有するタンパク質をコードすることが予想された：

さらなる研究が、以下の淋菌のＤＮＡ配列（配列番号７８９）を明らかにした
：

これは、アミノ酸配列（配列番号７９０；ＯＲＦ１２１ｎｇ−１）に対応する
：

ＯＲＦ１２１ｎｇ−１およびＯＲＦ１２１−１は、３５６アミノ酸重複におい
て、９７．５％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１２１ｎｇ−１は、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅからの透過酵素
と相同性を示す：

この分析をもとに（これらの２つのタンパク質における推定リーダー配列およ
び膜貫通ドメインの存在を含む）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇ
ｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからのタンパク質、ならびにそれらのエピトープが、ワク
チンもしくは診断のための、または抗体惹起のための有用な抗原であり得ると予
想された。

（実施例９４）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号７９１）：

これは、アミノ酸配列（配列番号７９２；ＯＲＦ１２２）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号７９３）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号７９４；ＯＲＦ１２２−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１２２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株から得たＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２２ａ）と、１８２アミノ酸にわたる重複において９４．０％の同一性を示
す：

完全な長さのＯＲＦ１２２ａのヌクレオチド配列（配列番号７９５）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７９６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２２ａおよびＯＲＦ１２２−１は、２５６アミノ酸重複において９６
．９％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２２ｎｇ）と、１８２アミノ酸にわたる重複において８９．６％の同一性を
示す：

完全な長さのＯＲＦ１２２ｎｇヌクレオチド配列（配列番号７９７）は：

これは、アミノ酸配列（配列番号７９８）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２２ｎｇおよびＯＲＦ１２２−１は、２５６アミノ酸重複において、
９２．６％の同一性を示す：

（実施例９５）
以下の部分的なＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定さ
れた（配列番号７９９）：

これは、アミノ酸配列（配列番号８００；ＯＲＦ１２５）に対応する：

さらなる研究が完全なヌクレオチド配列（配列番号８０１）を明らかにした：

これは、アミノ酸配列（配列番号８０２；ＯＲＦ１２５−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析により以下の結果を得た：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）からの予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１２５は、Ａ株のＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓから得たＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２５ａ）と、５１アミノ酸にわたる重複において７６．５％の同一性を示す
：

ＯＲＦ１２５ａの部分的なヌクレオチド配列（配列番号８０３）は：

これは、部分的なアミノ酸配列（配列番号８０４）を有するタンパク質をコー
ドする：

ＯＲＦ１２５ａおよびＯＲＦ１２５−１は、３４７アミノ酸重複において９４
．５％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２５は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅからの予想されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２５ｎｇ）と、６５アミノ酸にわたる重複において８６．２％の同一性を示
す：

ＯＲＦ１２５ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８０５）は、アミノ酸配列（配
列番号８０６）を有するタンパク質をコードすることが予想された：

さらなる研究が、以下の淋菌のＤＮＡ配列（配列番号８０７）を明らかにした
：

これは、アミノ酸配列（配列番号８０８；ＯＲＦ１２５ｎｇ−１）に対応する
：

ＯＲＦ１２５ｎｇ−１およびＯＲＦ１２５−１は、４０８ａａの重複部分にわ
たって９５．１％の同一性を示す。

淋菌のタンパク質において推定のリーダー配列および膜貫通ドメインの存在を
含むこの分析に基いて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のそれらのタンパク質、およびそのエピトープは、ワクチンまた
は診断のために、もしくは抗体を惹起するための有用な抗原であり得ることを予
測する。

（実施例９６）
以下の部分ＤＮＡ配列（配列番号８０９）を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ
において同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号８１０；ＯＲＦ１２６）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列（配列番号８１１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号８１２；ＯＲＦ１２６−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１２６は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１２６ａ）と１８０ａａの重複部分にわたって９０．０％の同一性を示す：

完全長のＯＲＦ１２６ａヌクレオチド配列（配列番号８１３）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８１４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２６ａおよびＯＲＦ１２６−１は、３６６ａａの重複部分にわたって
９５．４％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２６は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２６ｎｇ）と１８０ａａの重複部分にわたって９０％の同一性を示す：

ＯＲＦ１２６ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８１５）は、アミノ酸配列（配
列番号８１６）を有するタンパク質をコードすることが推定された。

さらなる研究は以下の淋菌ＤＮＡ配列（配列番号８１７）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号８１８；ＯＲＦ１２６ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１２６ｎｇ−１およびＰＲＦ１２６−１は、３６６ａａの重複部分にわ
たって９５．１％の同一性を示す。

さらに、ＯＲＦ１２６ｎｇ−１は推定のＲｈｉｚｏｂｉｕｍオキシダーゼフラ
ビンタンパク質と相同性を示す：

この分析は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅ由来のそれらのタンパク質、およびそのエピトープが、ワクチンまたは診断の
ための抗原として、あるいは抗体を惹起するための有用な抗原であり得ることを
示唆する。

（実施例９７）
完全であると考えられる以下のＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ
において同定した（配列番号８１９）：

これはアミノ酸配列（配列番号８２０；ＯＲＦ１２７）に対応する：

さらなる仕事は以下のＤＮＡ配列（配列番号８２１）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号８２２；ＯＲＦ１２７−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予想されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１２７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１２７ａ）と１５０ａａの重複部分にわたって９８．０％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１２７ａヌクレオチド配列（配列番号８２３）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８２４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２７ａおよびＯＲＦ１２７−１は、１４９ａａの重複部分において９
９．３％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予想されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２７は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予想されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２７ｎｇ）と１５０ａａの重複部分にわたって９７．３％の相同性を示す：

完全長ＯＲＦ１２７ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８２５）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８２６）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２７ｎｇおよびＯＲＦ１２７−１は、１４９ａａの重複部分において
１００．０％の同一性を示す：

予想された膜貫通ドメインが、骨髄炎菌性および淋菌性のタンパク質に共有さ
れることの事実を含むこの分析は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇ
ｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のそれらのタンパク質、ならびにそのエピトープが、
ワクチンまたは診断のために、あるいは抗体を惹起するために有用な抗原であり
得ることを示唆する。

（実施例９８）
以下部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された
（配列番号８２７）

これはアミノ酸配列（配列番号８２８；ＯＲＦ１２８）に対応する：

さらなる研究は完全なヌクレオチド配列（配列番号８２９）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号８３０；ＯＲＦ１２８−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの仮定の完全な膜タンパク質ＨＩ０３９２（受託
番号Ｕ３２７２３）との相同性）
ＯＲＦ１２８およびＨＩ０３９２は、１８０ａａの重複部分において５２％ａ
ａの同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予想されたＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１２８は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１２８ａ）と２４４ａａの重複部分にわたって９８．０％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１２８ａヌクレオチド配列（配列番号８３１）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８３２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２８ａおよびＯＲＦ１２８−１は、６２２ａａの重複部分において９
９．５％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予想されるＯＲＦとの相同性
ＯＲＦ１２８は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の予想されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２８ｎｇ）と２４４ａａの重複部分にわたって９３．４％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１２８ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８３３）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８３４）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２８ｎｇおよびＯＲＦ１２８−１は、６２２ａａの重複部分において
９５．７％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ２１８ｎｇは、仮定のＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅタンパク質と
相同性を示す。

いくつかの推定の膜貫通ドメインの同定を含むこの分析は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇ
ｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のそれらのタンパク質、な
らびにそのエピトープが、ワクチンまたは診断のために、あるいは抗体を惹起す
るために有用な抗原であり得ることを示唆する。

（実施例９９）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号８３５）
において同定された：

これはアミノ酸配列（配列番号８３６；ＯＲＦ１２９）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号８３７）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号８３８；ＯＲＦ１２９−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１２９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１２９ａ）と８８ａａの重複部分にわたって９８．９％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１２９ａヌクレオチド配列（配列番号８３９）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８４０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１２９ａおよびＯＲＦ１２９−１は、２４８ａａの重複部分において１
００．０％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２９は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１２９ｎｇ）と８８ａａの重複部分にわたって９８．９％の同一性を示す：

ＯＲＦ１２９ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８４１）は、アミノ酸配列（配
列番号８４２）を有するタンパク質をコードすることを予想される：

さらなる研究は、以下の淋菌の配列（配列番号８４３）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号８４４；ＯＲＦ１２９ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１２９ｎｇ−１およびＯＲＦ１２９−１は、２４８ａａの重複部分にお
いて９９．２％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１２９ｎｇ−１は、Ａ．ｆｕｌｇｉｄｕｓ由来のＡＢＣトラン
スポーターと相同である：

２つのタンパク質における膜貫通ドメインの同定を含むこの分析は、Ｎ．ｍｅ
ｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のそれらのタンパ
ク質、ならびにそのエピトープが、ワクチンまたは診断のために、あるいは抗体
の惹起のために有用な抗原であり得ることを示唆する。

（実施例１００）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号８４５）
において同定された：

これはアミノ酸配列（配列番号８４６；ＯＲＦ１３０）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号８４７）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号８４８；ＯＲＦ１３０−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ，ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１３０は、Ｎ，ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３０ａ）と１９３ａａの重複部分にわたって９４．３％の同一性を示す：

完全長のＯＲＦ１３０ａヌクレオチド配列（配列番号８４９）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８５０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３０ａおよびＯＲＦ１３０−１は、３５７ａａの重複部分において９
８．３％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３０は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１３０ｎｇ）と１９３ａａの重複部分にわたって９１．７％の同一性を示す：

ＯＲＦ１３０ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８５１）は、アミノ酸配列（配
列番号８５２）を有するタンパク質をコードすることを予想された：

さらなる研究は、以下の淋菌ＤＮＡ配列（配列番号８５３）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号８５４；ＯＲＦ１３０ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１３０ｎｇ−１およびＯＲＦ１３０−１は、３５７ａａの重複部分にお
いて９２．４％の同一性を示す：

この分析に基き、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏ
ｅａｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンま
たは診断のために、あるいは抗体の惹起のために有用な抗原であり得ることを予
測する。

（実施例１０１）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号８５５）
において同定された：

これはアミノ酸配列（配列番号８５６；ＯＲＦ１３１）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号８５７）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号８５８；ＯＲＦ１３１−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ，ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３１ａ）と１２１ａａの重複部分にわたって９５．０％の同一性を示す：

完全長のＯＲＦ１３１ａヌクレオチド配列（配列番号８５９）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８６０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３１ａおよびＯＲＦ１３１−１は、１３５ａａの重複部分において９
７．０％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３１は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１３１ｎｇ）と１２１ａａの重複部分にわたって８９．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１３１ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８６１）は、アミノ酸配
列（配列番号８６２）を有するタンパク質をコードすることを予想された：

さらなる研究は、以下の淋菌ＤＮＡ配列（配列番号８６３）を明らかにした：

これはアミノ酸配列（配列番号８６４；ＯＲＦ１３１ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１３１ｎｇ−１およびＯＲＦ１３１−１は、１３５ａａの重複部分にお
いて９２．６％の同一性を示す：

推定される原核生物膜リポタンパク質脂質付着部位の存在に基き、Ｎ．ｍｅｎ
ｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来のそれらのタンパク
質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは診断のために、あるいは抗
体を惹起するために有用な抗原であり得ることを予測する。

（実施例１０２）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号８６５）
において同定された：

これはアミノ酸配列（配列番号８６６；ＯＲＦ１３２）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号８６７）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号８６８；ＯＲＦ１３２−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｅ．ｃｏｌｉの仮定のｏ４５７タンパク質との相同性（受託番号Ｕ１４００
３））
ＯＲＦ１３２およびｏ４５７は、１４０ａａの重複部分にわたって５８％の同
一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１３２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３２ａ）と１８９ａａの重複部分にわたって７４．６％の同一性を示す：

完全長のＯＲＦ１３２ａヌクレオチド配列（配列番号８６９）：

これはアミノ酸配列（配列番号８７０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１３２ａおよびＯＲＦ１３２−１は、４５８ａａの重複部分において９
３．９％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１３２ｎｇ）と２５９ａａの重複部分にわたって８９．６％の同一性を示す：

ＯＲＦ１３２ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８７１）は、アミノ酸配列（配
列番号８７２）を有するタンパク質をコードすることを予想された：

さらなる研究は、以下の淋菌ＤＮＡ配列（配列番号８７３）を示した：

これはアミノ酸配列（配列番号８７４；ＯＲＦ１３２ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１３２ｎｇ−１およびＯＲＦ１３２−１は、４５８ａａの重複部分にお
いて９３．２％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１３２ｎｇ−１は、仮定のＥ．ｃｏｌｉタンパク質と相同であ
る：

この分析に基き、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏ
ｅａｅ由来のそれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンま
たは診断のために、あるいは抗体を惹起するために有用な抗原であり得ることを
予測する。

ＯＲＦ１３２−１（２６．４ｋＤａ）を、上記のように、ｐＥＴおよびｐＧｅ
ｘベクターにクローニングし、そしてＥ．ｃｏｌｉ中に発現させた。タンパク質
発現および精製の産物をＤＳＤ−ＰＡＧＥにより分析した。図２０Ａは、Ｈｉｓ
融合タンパク質のアフィニティー精製の結果を示し、そして図２０Ｂは、Ｅ．ｃ
ｏｌｉでのＧＳＴ融合物の発現の結果を示す。精製したＨｉｓ融合タンパク質を
、マウスを免疫するために使用し、マウスの血清を、ＦＡＣＳ分析（図２０Ｃ）
およびＥＬＩＳＡ（ポジティブな結果）のために使用した。これらの実験は、Ｏ
ＲＦ１３２が、表面露出タンパク質であること、および有用な免疫原であること
を確認する。

（実施例１０３）
以下の部分ＤＮＡ配列を、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号８７５）
において同定した：

これはアミノ酸配列（配列番号８７６；ＯＲＦ１３３）に対応する：

さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号８７７）を明らかにした
：

これはアミノ酸配列（配列番号８７８；ＯＲＦ１３３−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの有望なＴｏｎＢ依存性レセプターＨＩ１２１と
の相同性（受託番号Ｕ３２８０１））
ＯＲＦ１３３およびＨＩ１２１は、３６３ａａの重複部分にわたって５７％の
同一性を示す：

（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１３３は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１３３ａ）と３９２ａａの重複部分にわたって９０．８％の同一性を示す：

部分的ＯＲＦ１３３ａヌクレオチド配列（配列番号８７９）は：

これは（部分的）アミノ酸配列（配列番号８８０）を有するタンパク質をコー
ドする：

ＯＲＦ１３３ａおよびＯＲＦ１３３−１は、８７１ａａの重複部分において９
４．３％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１３３は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１３３ｎｇ）と３９２ａａの重複部分にわたって９２．３％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１３３ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８８１）は、アミノ酸配
列（配列番号８８２）を有するタンパク質をコードすることを予想された：

改変体もまた、淋菌ＤＮＡ配列（配列番号８８３）によりコードされることが
同定された：

これはアミノ酸配列（配列番号８８４；ＯＲＦ１３３ｎｇ−１）に対応する：

ＯＲＦ１３３ｎｇ−１およびＯＲＦ１３３−１は、８８９ａａの重複部分にお
いて９６．２％の同一性を示す：

さらに、ＯＲＦ１３３ｎｇ−１は、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅにおけるＴｏｎ
Ｂ依存性レセプターと相同である：

淋菌タンパク質（骨髄炎菌のタンパク質にも存在する）における下線を引いた
モチーフは、ＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐ−ループ）であると予想さ
れ、そしてこの分析は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅ由来のタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは
診断のために、あるいは抗体を惹起するために有用な抗原であり得ることを示唆
する。

（実施例１０４）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（配列番号８８５）
において同定された：

これはアミノ酸配列（配列番号８８６；ＯＲＦ１１２）に対応する：

さらなる研究は、さらに部分的なヌクレオチド配列（配列番号８８７）を明ら
かにした：

これはアミノ酸配列（配列番号８８８；ＯＲＦ１１２−１）に対応する：

このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の推定されるＯＲＦとの相同性
）
ＯＲＦ１１２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ
１１２ａ）と１６６ａａの重複部分にわたって９６．４％の同一性を示す：

ＯＲＦ１１２ａヌクレオチド配列（配列番号８８９）は：

これはアミノ酸配列（配列番号８９０）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１１２ａおよびＯＲＦ１１２−１は、３２６ａａの重複部分において９
６．３％の同一性を示す：

（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１２は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ由来の推定されるＯＲＦ（ＯＲ
Ｆ１１２ｎｇ）と１６６ａａの重複部分にわたって９５．８％の同一性を示す：

完全長ＯＲＦ１１２ｎｇヌクレオチド配列（配列番号８９１）：

これはアミノ酸配列（配列番号８９２）を有するタンパク質をコードする：

ＯＲＦ１１２ｎｇおよびＯＲＦ１１２−１は、３２６ａａの重複部分において
９４．２％の同一性を示す：

この分析は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓおよびＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅ由来のこれらのタンパク質、ならびにこれらのエピトープが、ワクチンまたは
診断のために、あるいは抗体を惹起するために有用な抗原であり得ることを示唆
する。

本発明が、例示のみのために記載され、そして改変が発明の精神および範囲内
でなされ得ることを理解する。

Claims

明細書に記載される方法。