CN107002119A - 使用c‑met拮抗剂的癌症治疗及前者与hgf表达的关联 - Google Patents

使用c‑met拮抗剂的癌症治疗及前者与hgf表达的关联 Download PDF

Info

Publication number
CN107002119A
CN107002119A CN201580026979.2A CN201580026979A CN107002119A CN 107002119 A CN107002119 A CN 107002119A CN 201580026979 A CN201580026979 A CN 201580026979A CN 107002119 A CN107002119 A CN 107002119A
Authority
CN
China
Prior art keywords
hgf
patient
met
antibody
cancer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201580026979.2A
Other languages
English (en)
Inventor
H·科本
S·潘
S·罗斯特
于炜
D·沙姆斯
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
F Hoffmann La Roche AG
Original Assignee
F Hoffmann La Roche AG
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by F Hoffmann La Roche AG filed Critical F Hoffmann La Roche AG
Publication of CN107002119A publication Critical patent/CN107002119A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/39558—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against tumor tissues, cells, antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
    • A61P13/12—Drugs for disorders of the urinary system of the kidneys
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/22—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against growth factors ; against growth regulators
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2863—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against receptors for growth factors, growth regulators
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06Q—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
    • G06Q30/00—Commerce
    • G06Q30/02—Marketing; Price estimation or determination; Fundraising
    • G06Q30/0241—Advertisements
    • G06Q30/0251—Targeted advertisements
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A61K2039/507—Comprising a combination of two or more separate antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/545—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the dose, timing or administration schedule
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/24—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
    • C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
    • C12Q2531/113—PCR
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2561/00—Nucleic acid detection characterised by assay method
    • C12Q2561/113—Real time assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Abstract

本发明关注癌症生物标志物。特别地，本发明关注HGF作为癌症中患者选择和患者预后的生物标志物，以及治疗性处理的方法、制品及其制备方法、诊断试剂盒、检测方法及其相关做广告的方法。

Description

使用C-MET拮抗剂的癌症治疗及前者与HGF表达的关联
对相关申请的交叉引用
本申请要求2014年4月28日提交的临时专利No.61/985,316和2014年3月24日提交的临时申请No.61/969,706的优先权，通过援引将其每一篇的内容收入本文。
序列表
本申请含有序列表，已经以ASCII格式电子提交且通过援引完整收入本文。2015年3月20日创建的所述ASCII拷贝命名为P5805R1-WO_SL.txt，并且大小为31,028个字节。
发明领域
本发明关注治疗性处理的方法。特别地，本发明关注使用c-met拮抗剂对人癌症患者的治疗。另外，本发明关注生物标志物，诸如肝细胞生长因子。
发明背景
癌症仍然是对人类健康的最致命威胁之一。在美国，癌症每年影响近130万新患者，而且是位于心脏病之后的第二位死因，占4例死亡中的大约1例。还预测癌症可能在5年内超越心血管疾病成为第一位死因。实体瘤对大多数上述死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗中已经取得了重大进步，但是所有癌症的总体5年存活率在最近20年里只改进了约10％。癌症(或称作恶性肿瘤)以不受控制的方式快速生长和转移，使得及时检测和治疗极端困难。
胶质瘤占所有恶性脑和CNS肿瘤的81％。成胶质细胞瘤--世界卫生组织(WHO)IV级星形细胞瘤--占恶性胶质瘤的60％至70％，而且仍然是胶质瘤中最具攻击性的亚型。它大多在成人中发生(诊断时的中值年龄：64岁)，而且它在美国的发病率估算是3.05/100,000，在欧洲的发病率估算是小于2/100,000，。鉴于1年和5年总体存活分别为29％和3％，成胶质细胞瘤的预后仍然是特别差的(美国中枢脑肿瘤登记(2005)(CBTRUS；http://www.cbtrus.org)。
虽然成胶质细胞瘤的治疗取得了一些进展，但是这种疾病面临高度未满足的医疗需求，只有有限的治疗选项。
间皮瘤是自间皮(覆盖许多内脏的保护性衬里)的细胞发生的癌症形式。恶性间皮瘤的发生率显示国家间的显著变化。在具有最高发生率的国家，澳大利亚，比利时，和英国，发生率估计是3/100,000左右。有证据指示暴露于石棉和发生间皮瘤之间的相关性。首次暴露于石棉和和诊断出间皮瘤之间的潜伏期变化较大，有可能是暴露于石棉的强度的变化的结果。由于当前疗法较差的结果，恶性间皮瘤仍然是一个严重的健康问题(Bianchi,C.andBianchi,T.,Industrial Health,45:379-387(2007))。
肝细胞癌(HCC，也称作恶性肝瘤)是肝癌的最常见类型。HCC的大多数病例是病毒性肝炎感染(乙型或丙型肝炎)或硬化任一所继发的。HCC是全世界最常见肿瘤之一。它在男性中比在女性中更常发生，而且通常在50岁或更老的人中看到。如果不能通过手术完全去除该癌症，那么HCC通常在3-6个月内导致死亡(MedlinePlus(2013)；http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000280.htm)。
胃癌最常见的是由细菌幽门螺旋杆菌感染引起的。约90-95％的胃癌是腺癌。胃癌大多在成人中发生(诊断时的平均年龄：69岁)。胃癌的发生率为约111人中1人。在美国所有具有胃癌的人中的总体5年相对存活率为约29％(American Cancer Society(2014)；http://www.cancer.org/cancer/stomachcancer/index)。
肾细胞癌是肾癌的最常见类型，占到肾癌的约90％。肾细胞癌大多在成人中发生(诊断时的平均年龄：64)。发生肾癌的终生风险为约63人中1人。诊断有肾癌的人的5年存活率随癌症的阶段而变化，自具有I期肾癌的人所具有的81％的5年存活率至具有IV期肾癌的人所具有的8％的5年存活率(American Cancer Society(2015)；http://www.cancer.org/cancer/kidneycancer/index)。
肉瘤是源自间充质起源的转化细胞的癌症。肉瘤可源自多种组织，包括骨，软骨，脂肪，肌肉，血管，和造血组织。美国每年有约15,000个肉瘤新病例。骨肉瘤的5年存活率为约70％(Longi,A.,et al.,Cancer Treat.Rev.,32(6)；423-36(2006))。
通过援引而完整收录本文中引用的所有参考文献(包括专利申请和出版物)。
发明概述
提供了c-met拮抗剂用于有效治疗癌症患者的用途。本申请还提供了用于诊断疾病及用于任选用c-met拮抗剂治疗疾病的更好方法。c-met拮抗剂任选与VEGF拮抗剂组合使用以有效治疗癌症。
特别地，利用肝细胞生长因子(可互换称作“HGF”)生物标志物来鉴定如下的患者群体，其中抗c-met拮抗剂，任选加VEGF拮抗剂，治疗提供临床上有意义的好处。特别地，本发明提供来自抗c-met抗体MetMAb(奥奴珠单抗)与抗VEGF抗体(贝伐珠单抗)组合在具有复发性成胶质细胞瘤的受试者中的一项随机化II期临床试验的数据。利用HGF生物标志物来鉴定如下的患者群体，其中MetMAb加贝伐珠单抗治疗提供临床上有意义的好处，是通过无进展存活和总体存活评估的。在该临床试验中，用MetMAb和贝伐珠单抗治疗对具有表达高水平的HGF生物标志物的复发性成胶质细胞瘤的患者提供临床上有意义的好处。结果显示通过无进展存活(PFS)和总体存活(OS)评估的功效是正面的，尤其是在与单独贝伐珠单抗治疗的PFS和OS数据比较时。差异是统计上显著的，而且对贝伐珠单抗添加MetMab在具有表达高水平HGF生物标志物的复发性成胶质细胞瘤的患者中延长无进展和总体存活二者。临床试验数据还显示相对于单独用贝伐珠单抗治疗的具有表达低水平的HGF生物标志物的复发性成胶质细胞瘤的患者中进展和死亡的风险，用MetMAb与贝伐珠单抗组合治疗在此类患者中提高进展和死亡的风险。结果显示在与单独用贝伐珠单抗治疗的具有表达低水平的HGF生物标志物的成胶质细胞瘤的患者中的PFS和OS数据比较时，通过PFS和OS评估的功效在用MetMAb和贝伐珠单抗治疗的患者中更差。差异是统计上显著的。
一方面，提供的是用于治疗具有癌症的患者的方法，其包括如果该患者的癌症已经发现具有大量的HGF生物标志物的话对该患者施用有效量的c-met拮抗剂。
在一些实施方案中，该患者的癌症过表达c-met。在一些实施方案中，该患者的癌症展示c-met扩增。在一些实施方案中，该患者的癌症不展示c-met扩增。
在一些实施方案中，该患者的癌症表达c-met和HGF二者。在一些实施方案中，自细胞分泌的HGF结合以自分泌方式分泌它的细胞的表面上的c-met。在一些实施方案中，该患者的癌症表达c-met和HGF二者且以自分泌方式发信号。在一些实施方案中，使用IHC或ISH或本领域知道的其它方法测定患者的癌症中的HGF表达。
在一些实施方案中，该c-met拮抗剂是拮抗性抗c-met抗体。在一些实施方案中，该抗c-met抗体包含(a)包含序列GYTFTSYWLH(SEQ ID NO:1)的HVR1；(b)包含序列GMIDPSNSDTRFNPNFKD(SEQ ID NO:2)的HVR2；(c)包含序列ATYRSYVTPLDY(SEQ ID NO:3)的HVR3-HC；(d)包含序列KSSQSLLYTSSQKNYLA(SEQ ID NO:4)的HVR1-LC；(e)包含序列WASTRES(SEQ ID NO:5)的HVR2-LC；和(f)包含序列QQYYAYPWT(SEQ ID NO:6)的HVR3-LC。在一些实施方案中，该抗c-met抗体结合奥奴珠单抗(onartuzumab)表位。在一些实施方案中，该抗c-met抗体是奥奴珠单抗。在一些实施方案中，该抗c-met抗体的有效量是每三周15mg/kg。在一些实施方案中，该抗c-met抗体的有效量是每两周10mg/kg。在一些实施方案中，该c-met拮抗剂是crizotinib，tivantinib，carbozantinib，MGCD-265，ficlatuzumab，人源化TAK-701，rilotumumab，foretinib，h224G11，DN-30，MK-2461，E7050，MK-8033，PF-4217903，AMG208，JNJ-38877605，EMD1204831，INC-280，LY-2801653，SGX-126，RP1040，LY2801653，BAY-853474，和/或LA480中的一种或多种。
在一些实施方案中，治疗是用有效量的c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合。在一些实施方案中，该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体结合A4.6.1表位。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗(bevacizumab)。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)，其中该VH具有氨基酸序列EVQLVESGGGLVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGW INTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAYLQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVT VSS(SEQ ID NO:14)且该VL具有氨基酸序列DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPSRFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKR(SEQ ID NO:15)。在一些实施方案中，所述抗VEGF抗体的有效量是每两周静脉内10mg/kg。在一些实施方案中，所述抗VEGF抗体的有效量是每三周静脉内15mg/kg。在一些实施方案中，该有效量的该抗VEGF抗体最初在90分钟里静脉内施用，后续输注在60分钟里，然后在30分钟里。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体在第一个周期第二个施用于所述患者。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体的后续施用或是在该c-met拮抗剂之前或之后。在一些实施方案中，该VEGF拮抗剂与该c-met拮抗剂并行施用。
在一些实施方案中，该患者小于50岁龄。在一些实施方案中，该患者等于或大于50岁龄。在一些实施方案中，该患者具有70％至80％的Karnofsky性能状态。在一些实施方案中，该患者具有90％至100％的Karnofsky性能状态。
在一些实施方案中，该患者相对于不具有高HGF生物标志物的患者具有更大的PFS和/或OS。在一些实施方案中，该患者相对于单独用VEGF拮抗剂治疗的患者具有更大的PFS和/或OS。
在一些实施方案中，该HGF生物标志物是HGF mRNA，且使用原位杂交(ISH)在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物mRNA表达。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是ISH得分为2+和/或3+。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是ISH得分为2+和3+。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约12个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约15个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约20个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约25个或更多HGFISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约30个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约35个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有1％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有2％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有3％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有4％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有5％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有10％或更多HGF ISH信号阳性细胞。
在一些实施方案中，该HGF生物标志物表达是核酸表达且使用基于扩增的测定法，RNA-seq，微阵列分析，SAGE，MassARRAY技术，或FISH在来自该患者的样品中测定。在一些实施方案中，该基于扩增的测定法是基于聚合酶链式反应(PCR)的测定法(例如定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)，和逆转录定量PCR(rt-qPCR))。
在一些实施方案中，该HGF生物标志物是HGF mRNA，且使用基于扩增的测定法，RNA-seq，微阵列分析，SAGE，MassARRAY技术，或FISH在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物mRNA表达。在一些实施方案中，该基于扩增的测定法是基于PCR的测定法(例如定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)和逆转录定量PCR(rt-qPCR))。在一些实施方案中，该基于PCR的测定法是rt-qPCR。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前50％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前40％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前35％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前30％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前25％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前20％中的HGF表达水平。
在一些实施方案中，该样品是该患者的癌症的。该患者的癌症的样品可以包括癌细胞，淋巴细胞，白细胞，基质，血管，结缔组织，基底层，和与该癌症有关的任何其它细胞类型。在一些实施方案中，该样品包含癌细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肾细胞癌，胃癌，肝细胞癌或肉瘤。在一些实施方案中，该癌症是成胶质细胞瘤。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的成胶质细胞瘤。在一些实施方案中，该样品包含成胶质细胞瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该良性基质细胞是反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和内皮细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，该癌症是间皮瘤。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的间皮瘤。在一些实施方案中，该样品包含间皮瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该癌症是胃癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的胃癌。在一些实施方案中，该癌症包含胃癌细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该良性基质细胞是成纤维细胞，巨噬细胞，和内皮细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，该癌症是肾细胞癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肾细胞癌。在一些实施方案中，该样品包含肾细胞癌细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该癌症是肝细胞癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肝细胞癌。在一些实施方案中，该样品包含肝细胞癌细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该癌症是肉瘤(例如骨肉瘤)。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肉瘤(例如先前治疗过的骨肉瘤)。在一些实施方案中，该样品包含肉瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该样品是患者的肿瘤的。肿瘤样品可以包括癌细胞，淋巴细胞，白细胞，基质，血管，结缔组织，基底层，和与该肿瘤有关的任何其它细胞类型。
在一些实施方案中，该样品是在用c-met拮抗剂治疗之前获得的。在一些实施方案中，该样品是在用VEGF拮抗剂治疗之前获得的。在一些实施方案中，该样品是在用癌症药物治疗之前获得的。
在一些实施方案中，该样品是福尔马林固定和石蜡包埋的。在一些实施方案中，使用基于杂交的信号放大来检测该ISH。
在一些实施方案中，自该样品分离RNA。在一些实施方案中，自该福尔马林固定和石蜡包埋的样品分离RNA。在一些实施方案中，纯化该分离的RNA。在一些实施方案中，使用该纯化的RNA作为基于扩增的测定法的RNA来源。在一些实施方案中，该基于扩增的测定法是基于PCR的测定法。在一些实施方案中，该基于PCR的测定法是rt-qPCR。
在一些实施方案中，该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肾细胞癌，胃癌，肝细胞癌或肉瘤。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的成胶质细胞瘤。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的间皮瘤。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肾细胞癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的胃癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肝细胞癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肉瘤。
一方面，提供的是用于治疗具有癌症的患者的方法，其包括如果该患者的癌症已经发现具有小量的HGF生物标志物的话对该患者施用治疗有效量的除c-met拮抗剂以外的药物。
一方面，本发明提供用于鉴定有可能响应用c-met拮抗剂治疗的癌症患者的方法，其包括测定该患者的癌症是否具有大量的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达指示该患者有可能响应用该c-met拮抗剂治疗。
在一些实施方案中，该HGF生物标志物是HGF mRNA，且使用原位杂交(ISH)在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物mRNA表达。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是ISH得分为2+和/或3+。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是ISH得分为2+和3+。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约12个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约15个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约20个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约25个或更多HGFISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约30个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约35个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物该样品中有1％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有2％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有3％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有4％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有5％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是该样品中有10％或更多HGF ISH信号阳性细胞。
在一些实施方案中，该HGF生物标志物表达是核酸表达且使用基于扩增的测定法，RNA-seq，微阵列分析，SAGE，MassARRAY技术，或FISH在来自该患者的样品中测定。在一些实施方案中，该基于扩增的测定法是基于聚合酶链式反应(PCR)的测定法(例如定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)，和逆转录定量PCR(rt-qPCR))。
在一些实施方案中，该HGF生物标志物是HGF mRNA，且使用基于扩增的测定法，RNA-seq，微阵列分析，SAGE，MassARRAY技术，或FISH在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物mRNA表达。在一些实施方案中，该基于扩增的测定法是基于聚合酶链式反应(PCR)的测定法(例如定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)和逆转录定量PCR(rt-qPCR))。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前50％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前40％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前35％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前30％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前25％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，高HGF生物标志物是参照患者群体的前20％中的HGF表达水平。
一方面，提供的是用于鉴定不大可能响应用c-met拮抗剂治疗的癌症患者的方法，其包括测定该患者的癌症是否具有小量的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达指示该患者不大可能响应用该c-met拮抗剂治疗。在一些实施方案中，使用原位杂交(ISH)在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物核酸表达。在一些实施方案中，低HGFmRNA生物标志物是ISH得分为小于2+。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为小于1+。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为0或1+。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为0。在一些实施方案中，低HGF生物标志物是10个或更少细胞中存在HGF ISH阳性信号。在一些实施方案中，低HGF生物标志物是5个或更少细胞中存在HGF ISH阳性信号。在一些实施方案中，低HGF生物标志物是无细胞中存在HGF ISH阳性信号。
一方面，提供的是用于鉴定不大可能响应用c-met拮抗剂治疗的癌症患者的方法，其包括测定该患者的癌症是否具有小量的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达指示该患者不大可能响应用该c-met拮抗剂治疗。在一些实施方案中，使用基于扩增的测定法，RNA-seq，微阵列分析，SAGE，MassARRAY技术，或FISH在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物核酸表达。在一些实施方案中，该基于扩增的测定法是基于聚合酶链式反应(PCR)的测定法(例如定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)，和逆转录定量PCR(rt-qPCR))。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是参照患者群体的后50％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是参照患者群体的后60％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是参照患者群体的后65％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是参照患者群体的后70％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是参照患者群体的后75％中的HGF表达水平。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是参照患者群体的后80％中的HGF表达水平。
在一些实施方案中，患者是人患者。该患者可以是癌症患者，即罹患或有风险患上癌症的一种或多种症状的。而且，该患者可以是先前接受过治疗的癌症患者。该患者可以是成胶质细胞瘤患者，即罹患或有风险患上成胶质细胞瘤的一种或多种症状的。而且，该患者可以是先前接受过治疗的成胶质细胞瘤患者。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用替莫唑胺治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用替莫唑胺与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用替莫唑胺与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该成胶质细胞瘤是第二线成胶质细胞瘤。该患者可以是间皮瘤患者，即罹患或有风险患上间皮瘤的一种或多种症状的。而且，该患者可以是先前接受过治疗的间皮瘤患者。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该间皮瘤是第二线间皮瘤。该患者可以是胃癌患者，即罹患或有风险患上胃癌的一种或多种症状的。而且，该患者可以是先前接受过治疗的胃癌患者。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该胃癌是第二线胃癌。该患者可以是肾细胞癌患者，即罹患或有风险患上肾细胞癌的一种或多种症状的。而且，该患者可以是先前接受过治疗的肾细胞癌患者。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该肾细胞癌是第二线肾细胞癌。该患者可以是肝细胞癌患者，即罹患或有风险患上肝细胞癌的一种或多种症状的。而且，该患者可以是先前接受过治疗的肝细胞癌患者。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该肝细胞癌是第二线肝细胞癌。
在一些实施方案中，该样品是自癌症患者获得的细胞或流体的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织，如来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官或组织样品或活检或抽吸物；血液或任何血液组分；体液，诸如脑脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、或间隙液；来自受试者的妊娠或发育中任何时间的细胞。该组织样品可以含有在自然界中天然不与组织混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝血剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素、诸如此类。本文中肿瘤样品的例子包括但不限于肿瘤活检、细针抽吸物、支气管灌洗液、胸膜液(胸水)、痰液、尿液、手术标本、循环中的肿瘤细胞、血清、血浆、循环中的血浆蛋白质、腹水、衍生自肿瘤或展现出肿瘤样特性的原代细胞培养物或细胞系、以及保存的肿瘤样品，诸如福尔马林固定的、石蜡包埋的肿瘤样品或冷冻的肿瘤样品。肿瘤样品可以包括癌细胞，淋巴细胞，白细胞，基质，血管，结缔组织，基底层，和与肿瘤有关的任何其它细胞类型。在一个实施方案中，该样品包含成胶质细胞瘤肿瘤样品(例如包含良性基质，例如反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和/或内皮细胞的成胶质细胞瘤肿瘤样品)。在一些实施方案中，该样品包含宏观解剖的成胶质细胞瘤肿瘤样品(例如其中已经自该肿瘤样品取出形态上正常的脑组织)。在一些实施方案中，该宏观解剖的成胶质细胞瘤肿瘤样品包含良性基质(例如反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和/或内皮细胞)。在一些实施方案中，该样品是成胶质细胞瘤活检的。在一些实施方案中，该样品是成胶质细胞瘤癌症切除的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的成胶质细胞瘤复发之后获得的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的成胶质细胞瘤复发之前获得的。在一个实施方案中，该样品包含间皮瘤肿瘤样品(例如间皮瘤肿瘤样品包含良性基质)。在一些实施方案中，该样品包含宏观解剖的间皮瘤肿瘤样品(例如其中已经自该肿瘤样品取出形态上正常的间皮组织)。在一些实施方案中，该宏观解剖的间皮瘤肿瘤样品包含良性基质。在一些实施方案中，该样品是间皮瘤活检的。在一些实施方案中，该样品是间皮瘤癌症切除的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的间皮瘤复发之后获得的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的间皮瘤复发之前获得的。在一个实施方案中，该样品包含胃癌肿瘤样品(例如包含良性基质，例如成纤维细胞，巨噬细胞和/或内皮细胞的胃癌肿瘤样品)。在一些实施方案中，该样品包含宏观解剖的胃癌肿瘤样品(例如其中已经自该肿瘤样品取出形态上正常的胃组织)。在一些实施方案中，该宏观解剖的胃癌肿瘤样品包含良性基质(例如成纤维细胞，巨噬细胞和/或内皮细胞)。在一些实施方案中，该样品是胃癌活检的。在一些实施方案中，该样品是胃癌切除的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的胃癌复发之后获得的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的胃癌复发之前获得的。在一个实施方案中，该样品包含肾细胞癌肿瘤样品(例如肾细胞癌肿瘤样品包含良性基质)。在一些实施方案中，该样品包含宏观解剖的肾细胞癌肿瘤样品(例如其中已经自该肿瘤样品取出形态上正常的肾组织)。在一些实施方案中，该宏观解剖的肾细胞癌肿瘤样品包含良性基质。在一些实施方案中，该样品是肾细胞癌活检的。在一些实施方案中，该样品是肾细胞癌癌症切除的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的肾细胞癌复发之后获得的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的肾细胞癌复发之前获得的。在一个实施方案中，该样品包含肝细胞癌肿瘤样品(例如肝细胞癌肿瘤样品包含良性基质)。在一些实施方案中，该样品包含宏观解剖的肝细胞癌肿瘤样品(例如其中已经自该肿瘤样品取出形态上正常的肝组织)。在一些实施方案中，该宏观解剖的肝细胞癌肿瘤样品包含良性基质。在一些实施方案中，该样品是肝细胞癌活检的。在一些实施方案中，该样品是肝细胞癌癌症切除的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的肝细胞癌复发之后获得的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的肝细胞癌复发之前获得的。
在一些实施方案中，该样品是该患者的癌症的。在一些实施方案中，该样品是该患者的成胶质细胞瘤的。在一些实施方案中，该成胶质细胞瘤是先前治疗过的。在一些实施方案中，该样品包含成胶质细胞瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该良性基质细胞是反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和内皮细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，该样品是该患者的间皮瘤的。在一些实施方案中，该间皮瘤是先前治疗过的。在一些实施方案中，该样品包含间皮瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该样品是该患者的胃癌的。在一些实施方案中，该胃癌是先前治疗过的。在一些实施方案中，该样品包含胃癌细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该良性基质细胞是成纤维细胞，巨噬细胞，和内皮细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，该癌症是肾细胞癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肾细胞癌。在一些实施方案中，该样品包含肾细胞癌细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该癌症是肝细胞癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肝细胞癌。在一些实施方案中，该样品包含肝细胞癌细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，该癌症是肉瘤(例如骨肉瘤)。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肉瘤(例如先前治疗过的骨肉瘤)。在一些实施方案中，该样品包含肉瘤细胞和良性基质细胞。
在一些实施方案中，先前治疗过成胶质细胞瘤的患者已经为成胶质细胞瘤接受过在先癌症疗法。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用替莫唑胺治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用替莫唑胺与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用替莫唑胺与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该成胶质细胞瘤是第二线成胶质细胞瘤。
在一些实施方案中，先前治疗过间皮瘤的患者已经为间皮瘤接受过在先癌症疗法。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该间皮瘤是第二线间皮瘤。
在一些实施方案中，先前治疗过胃癌的患者已经为胃癌接受过在先癌症疗法。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该胃癌是第二线胃癌。
在一些实施方案中，先前治疗过肾细胞癌的患者已经为肾细胞癌接受过在先癌症疗法。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该肾细胞癌是第二线肾细胞癌。
在一些实施方案中，先前治疗过肝细胞癌的患者已经为肝细胞癌接受过在先癌症疗法。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与放射组合治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用化疗与另一种药剂组合治疗过。在一些实施方案中，该肝细胞癌是第二线肝细胞癌。
在一些实施方案中，该样品是在用c-met拮抗剂治疗之前获得的。在一些实施方案中，该样品是在用VEGF拮抗剂治疗之前获得的。在一些实施方案中，该样品是在用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂治疗之前获得的。在一些实施方案中，该样品是在用癌症药物治疗之前获得的。在一些实施方案中，该样品是福尔马林固定和石蜡包埋的。在一些实施方案中，使用基于杂交的信号放大来检查该ISH。在一些实施方案中，自该样品分离RNA。在一些实施方案中，自该福尔马林固定和石蜡包埋的样品分离RNA。在一些实施方案中，纯化该分离的RNA。在一些实施方案中，使用该纯化的RNA作为基于扩增的测定法的RNA来源。在一些实施方案中，该基于扩增的测定法是基于PCR的测定法。在一些实施方案中，该基于PCR的测定法是rt-qPCR。
在一些实施方案中，该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肾细胞癌，胃癌，肝细胞癌或肉瘤。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的成胶质细胞瘤。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的间皮瘤。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肾细胞癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的胃癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肝细胞癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的肉瘤。
在一些实施方案中，该c-met拮抗剂是拮抗性抗c-met抗体。在一些实施方案中，该抗c-met抗体包含(a)包含序列GYTFTSYWLH(SEQ ID NO:1)的HVR1；(b)包含序列GMIDPSNSDTRFNPNFKD(SEQ ID NO:2)的HVR2；(c)包含序列ATYRSYVTPLDY(SEQ ID NO:3)的HVR3-HC；(d)包含序列KSSQSLLYTSSQKNYLA(SEQ ID NO:4)的HVR1-LC；(e)包含序列WASTRES(SEQ ID NO:5)的HVR2-LC；和(f)包含序列QQYYAYPWT(SEQ ID NO:6)的HVR3-LC。在一些实施方案中，该抗c-met抗体结合奥奴珠单抗表位。在一些实施方案中，该抗c-met抗体是奥奴珠单抗。在一些实施方案中，该抗c-met抗体的有效量是每三周15mg/kg。在一些实施方案中，该抗c-met抗体的有效量是每两周10mg/kg。在一些实施方案中，该c-met拮抗剂是crizotinib，tivantinib，carbozantinib，MGCD-265，ficlatuzumab，人源化TAK-701，rilotumumab，foretinib，h224G11，DN-30，MK-2461，E7050，MK-8033，PF-4217903，AMG208，JNJ-38877605，EMD1204831，INC-280，LY-2801653，SGX-126，RP1040，LY2801653，BAY-853474，和/或LA480中的一种或多种。
在一些实施方案中，该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体结合A4.6.1表位。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)，其中该VH具有氨基酸序列EVQLVESGGGLVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGW INTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAYLQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVT VSS(SEQ ID NO:14)且该VL具有氨基酸序列DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPSRFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKR(SEQ ID NO:15)。在一些实施方案中，所述抗VEGF抗体的有效量是每两周静脉内10mg/kg。在一些实施方案中，所述抗VEGF抗体的有效量是每三周静脉内15mg/kg。在一些实施方案中，该有效量的所述抗VEGF抗体最初在90分钟里静脉内施用，后续输注在60分钟里，然后在30分钟里。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体在第一个周期第二个施用于所述患者。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体的施用在所述c-met拮抗剂之前或之后。在一些实施方案中，该VEGF拮抗剂与所述c-met拮抗剂并行施用。
在一些实施方案中，该患者小于50岁龄。在一些实施方案中，该患者等于或大于50岁龄。在一些实施方案中，该患者具有70％至80％的Karnofsky性能状态。在一些实施方案中，该患者具有90％至100％的Karnofsky性能状态。
在一些实施方案中，该患者相对于不具有高HGF生物标志物的患者具有更大的PFS和/或OS。在一些实施方案中，该患者相对于单独用VEGF拮抗剂治疗的患者具有更大的PFS和/或OS。
一方面，提供的是将具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有间皮瘤(例如先前治疗过的间皮瘤)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有间皮瘤(例如先前治疗过的间皮瘤)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有胃癌(例如先前治疗过的胃癌)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有胃癌(例如先前治疗过的胃癌)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肾细胞癌(例如先前治疗过的肾细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肾细胞癌(例如先前治疗过的肾细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肝细胞癌(先前治疗过的肝细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肝细胞癌(例如先前治疗过的肝细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肉瘤(例如先前治疗过的肉瘤)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肉瘤(例如先前治疗过的肉瘤)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过ISH进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有间皮瘤(例如先前治疗过的间皮瘤)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有间皮瘤(例如先前治疗过的间皮瘤)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有胃癌(例如先前治疗过的胃癌)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有胃癌(例如先前治疗过的胃癌)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肾细胞癌(例如先前治疗过的肾细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肾细胞癌(例如先前治疗过的肾细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肝细胞癌(例如先前治疗过的肝细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肝细胞癌(例如先前治疗过的肝细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肉瘤(例如先前治疗过的肉瘤)的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是将具有肉瘤(例如先前治疗过的肉瘤)的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中该HGF生物标志物是HGF核酸(例如mRNA)且测量通过基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法进行；并(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法进一步包含第二癌症药物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，提供的是用于测定HGF生物标志物表达的方法，其包括测定患者的癌症是否具有高水平的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达是mRNA表达且使用ISH在来自该患者的样品中测定，其中高HGF生物标志物表达是ISH得分大于2+，其中该高HGF生物标志物表达指示在用抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)与抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)组合治疗该患者时该患者有可能具有延长的OS和/或PFS。
一方面，提供的是用于测定HGF生物标志物表达的方法，其包括测定患者的癌症是否具有高水平的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达是mRNA表达且使用ISH在来自该患者的样品中测定，其中高HGF生物标志物表达是ISH得分大于2+，其中该高HGF生物标志物表达指示在用抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)治疗该患者时该患者有可能具有延长的OS和/或PFS。在一些实施方案中，用抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)任选与第二癌症药物组合治疗该患者。
一方面，提供的是用于测定HGF生物标志物表达的方法，其包括测定患者的癌症是否具有高水平的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达是mRNA表达且使用基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法在来自该患者的样品中测定，其中高HGF生物标志物表达是参照患者群体的前25％中的HGF表达水平，其中该高HGF生物标志物表达指示在用抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)与抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)组合治疗该患者时该患者有可能具有延长的OS和/或PFS。
一方面，提供的是用于测定HGF生物标志物表达的方法，其包括测定患者的癌症是否具有高水平的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达是mRNA表达且使用基于PCR(例如rt-qPCR)的测定法在来自该患者的样品中测定，其中高HGF生物标志物表达是参照患者群体的前25％中的HGF表达水平，其中该高HGF生物标志物表达指示在用抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)治疗该患者时该患者有可能具有延长的OS和/或PFS。在一些实施方案中，用抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)任选与第二癌症药物组合治疗该患者。
在一些实施方案中，推荐治疗指使用所生成的涉及患者的样品中c-met的水平或存在的信息或数据来鉴定患者为适合或不适合用某种疗法治疗。在一些实施方案中，该疗法可以包含c-met抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法可以包含VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法可以包含与VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)组合的抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)。该信息或数据可以是任何形式，书面的、口头的或电子的。在一些实施方案中，使用所生成的信息或数据包括传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、递送、分发、或其组合。在一些实施方案中，传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、递送、分发、或其组合是由计算装置、分析单元或其组合实施的。在一些进一步的实施方案中，传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、分发、或其组合是由个人(例如实验室或医学专业人员)实施的。在一些实施方案中，该信息或数据包括HGF的水平与参照水平的比较。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示样品中存在或缺失HGF。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示HGF ISH信号强度以特定水平(例如0，1+，2+，3+)存在。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示HGF ISH信号强度存在于特定百分比的细胞(例如成胶质细胞瘤肿瘤细胞和良性基质细胞，间皮瘤肿瘤细胞和良性基质细胞，胃癌肿瘤细胞和良性基质细胞，肝细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞，肾细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞，或肉瘤肿瘤细胞和良性基质细胞)中。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示HGFmRNA表达水平与自参照患者群体获得的肿瘤中的HGF mRNA表达水平相比处于特定百分位，该参照患者群体包含代表性数目的患者，包含具有特定癌症(例如前50％，前40％，前35％，前30％，前25％，前20％，后50％，后60％，后65％，后70％，后75％，后80％)的患者。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示该患者适合或不适合用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示该患者适合或不适合用与第二癌症药物组合的包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示该患者适合或不适合用包含与VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗。
一方面，提供的是用于为c-met抗体做广告的方法，其包括向目标受众推广基于HGF生物标志物的表达使用c-met抗体来治疗具有癌症的患者。在一些实施方案中，该推广通过伴随该抗c-met抗体的商业性配制剂的包装插页进行。在一些实施方案中，该推广通过伴随第二药物的商业性配制剂的包装插页进行。在一些实施方案中，该第二药物是化疗剂。在一些实施方案中，该第二药物是VEGF拮抗剂。在一些实施方案中，该抗c-met抗体是奥奴珠单抗且该VEGF拮抗剂是贝伐珠单抗。在一些实施方案中，如果该癌症样品以高水平表达该生物标志物的话选择该患者用c-met拮抗剂治疗。在一些实施方案中，该推广通过包装插页来进行，其中该包装插页提供接受与VEGF拮抗剂组合的抗c-met抗体疗法的说明书。在一些实施方案中，该推广继以在有或无第二药物的情况下用该抗c-met抗体治疗该患者。
在一些实施方案中，推广包括推广治疗剂诸如抗c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)和/或VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)用于治疗适应症，诸如成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤)，间皮瘤(例如复发性间皮瘤)，胃癌(例如复发性胃癌)，肾细胞癌(例如复发性肾细胞癌)，肝细胞癌(例如复发性肝细胞癌)，或肉瘤(例如复发性肉瘤)，其中此类推广得到食品和药品管理局(Food and Drug Administration，FDA)核准为已经证明在受试者群体中与统计上显著的治疗功效和可接受的安全性有关。
一方面，提供的是诊断试剂盒，其包含用于测定来自癌症患者的样品中HGF生物标志物的表达的一种或多种试剂，其中检测到大量的该HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。在一些实施方案中，该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的成胶质细胞瘤，间皮瘤，肾细胞癌，胃癌，肝细胞癌，或肉瘤(例如骨肉瘤)。在一些实施方案中，检测到大量的该HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂和第二癌症药物的组合治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。在一些实施方案中，检测到大量的该HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂和标准护理抗肿瘤剂的组合治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。在一些实施方案中，检测到大量的该HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。在一些实施方案中，该试剂盒进一步包含使用该试剂盒如果测定到大量的HGF生物标志物的话选择c-met拮抗剂来治疗该先前治疗过的癌症患者的说明书。
一方面，提供的是生成本文中提供的任何诊断试剂盒的方法，其包括在一个包装中组合包含癌症药物的药物组合物和指示该药物组合物基于HGF生物标志物的表达用于治疗具有癌症的患者的包装插页。
在本发明的任何方法的一些实施方案中，该方法进一步包括对患者的癌症的样品测试生物标志物。在一些实施方案中，该生物标志物是c-met生物标志物。在一些实施方案中，使用本文中提供的任何方法测定高c-met生物标志物。在一些实施方案中，该生物标志物是HGF生物标志物。在一些实施方案中，使用本文中提供的任何方法测定高HGF生物标志物。
附图简述
图1：显示研究设计的概览。
图2：显示总体存活依照HGF ISH状态的亚组分析。41名患者(全部患者的大约32％)具有HGF 2+或3+样品。HR是未分层的。
图3：显示HGF ISH低(0/1+)患者和HGF ISH高(2+/3+)患者中的总体存活的Kaplan-Meier分析。贝伐珠单抗+安慰剂分支＝实线。贝伐珠单抗+奥奴珠单抗分支＝虚线。
图4：显示无进展存活依照HGF ISH状态的亚组分析。HR是未分层的。
图5：显示HGF ISH低(0/1+)患者和HGF ISH高(2+/3+)患者中的无进展存活的Kaplan-Meier分析。贝伐珠单抗+安慰剂分支＝实线。贝伐珠单抗+奥奴珠单抗＝虚线。
图6：显示随机化分至贝伐珠单抗+安慰剂的患者(实线)较之随机化分至贝伐珠单抗+奥奴珠单抗的患者(虚线)中总体存活的分析。HR是来自分层分析的。
图7：显示随机化分至贝伐珠单抗+安慰剂的患者(实线)较之随机化分至贝伐珠单抗+奥奴珠单抗的患者(虚线)中无进展存活的分析。HR是来自分层分析的。
图8：展示3+HGF ISH信号的成胶质细胞瘤切片的例示性显微照片。使用该10倍物镜查看切片，而且阳性细胞容易鉴定。箭指向例示性HGF ISH信号阳性细胞。
图9：图10中显示的成胶质细胞瘤切片以高放大倍数(大致等同于40倍物镜)查看时的例示性显微照片。在遍布视野散布的多个细胞中观察到HGF ISH信号。
图10：展示1+HGF ISH信号的成胶质细胞瘤切片的例示性显微照片。使用低放大倍数(大致等同于10倍物镜)查看切片，而且难以鉴定HGF ISH信号阳性细胞。
图11：图10中显示的成胶质细胞瘤切片以高放大倍数(大致等同于40倍物镜)查看时的例示性显微照片。在遍布视野散布的细胞中观察到弱HGF ISH信号。箭指向例示性HGFISH信号阳性细胞。
图12：展示3+HGF ISH信号的成胶质细胞瘤切片的例示性显微照片，以中等放大倍数(大致等同于20倍物镜)查看。在肿瘤的侵入性边缘处的多个细胞中观察到HGF ISH阳性信号。
图13：显示基质细胞中有局灶性(箭头)高表达(3+)的胃癌中HGF RNA的代表性原位杂交。通过褐色色原体点针对蓝色苏木精复染剂来显示探针杂交。棒＝100um。
图14：显示间皮瘤癌症中HGF RNA的代表性原位杂交。通过红色色原体针对蓝色苏木精复染剂来显示探针杂交。
图15：显示HGF表达有肿瘤内异质性的间皮瘤癌症中HGF RNA的代表性原位杂交。通过红色色原体针对蓝色苏木精复染剂来显示探针杂交。
图16：显示展示自分泌HGF表达的间皮瘤癌症中HGF的代表性原位杂交。通过红色色原体针对蓝色苏木精复染剂来显示探针杂交。
图17：显示总体存活依照HGF-PCR状态的亚组分析。HR是未分层的。
图18：显示HGF-PCR低(后75％)患者和HGF-PCR高(前25％)患者中总体存活的Kaplan-Meier分析。贝伐珠单抗+安慰剂分支＝实线。贝伐珠单抗+奥奴珠单抗分支＝虚线。
图19：显示无进展存活依照HGF-PCR状态的亚组分析。HR是未分层的。
图20：显示HGF-PCR低(后75％)患者和HGF-PCR高(前25％)患者中无进展存活的Kaplan-Meier分析。贝伐珠单抗+安慰剂分支＝实线。贝伐珠单抗+奥奴珠单抗分支＝虚线。
图21：显示贝伐珠单抗+奥奴珠单抗分支中的HGF-PCR高(前25％)患者较之贝伐珠单抗+安慰剂分支中的患者中的总体响应率(ORR)。
图22：显示贝伐珠单抗+安慰剂分支中的HGF-PCR低(后75％)患者和HGF-PCR高(前25％)患者中无进展存活(顶部)和总体存活(底部)的预后效果。
发明详述
I.定义
术语“抗血管发生剂”或“血管发生抑制剂”指或是直接或是间接抑制血管发生(angiogenesis)，血管生成(vasculogenesis)或不想要的血管通透性的小分子量物质，多核苷酸，多肽，分离的蛋白质，重组蛋白，抗体，或其缀合物或融合蛋白。应当理解，抗血管发生剂包括那些结合并阻断血管发生性因子或其受体的血管发生活性的药剂。例如，抗血管发生剂是说明书全文定义的或本领域已知的血管发生剂的抗体或其它拮抗剂，例如但不限于VEGF-A的抗体，VEGF-A受体(例如KDR受体或Flt-1受体)的抗体，VEGF陷阱，抗PDGFR抑制剂诸如GleevecTM(Imatinib Mesylate)。抗血管发生剂还包括天然血管发生抑制剂，例如血管他丁(angiostatin)，内皮他丁(endostatin)等。参见例如Klagsbrun and D′Amore,Annu.Rev.Physiol.,53:217-39(1991)；Streit and Detmar,Oncogene,22:3172-3179(2003)(例如列举恶性黑素瘤中的抗血管发生疗法的表3)；Ferrara&Alitalo,NatureMedicine 5:1359-1364(1999)；Tonini et al.,Oncogene,22:6549-6556(2003)(例如列举已知的抗血管发生性因子的表2)；及Sato.Int.J.Clin.Oncol.,8:200-206(2003)(例如列举临床试验中所使用的抗血管发生剂的表1)。
术语“贝伐珠单抗”(Bevacizumab)指依照Presta et al.(1997)Cancer Res.57:4593-4599生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体，也称作“rhuMAb VEGF”或它包含突变的人IgG1框架区和来自鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1(其阻断人VEGF对其受体的结合)的抗原结合互补决定区。贝伐珠单抗大约93％的氨基酸序列(包括大部分框架区)衍生自人IgG1，而约7％的序列衍生自鼠抗体A4.6.1。贝伐珠单抗与杂交瘤ATCC HB 10709生成的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位。
“表位A4.6.1”指受抗VEGF抗体贝伐珠单抗(参见Muller Y etal.,Structure,15September 1998,6:1153-1167)识别的表位。在本发明的某些实施方案中，抗VEGF抗体包括但不限于与由杂交瘤ATCC HB 10709生成的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位的单克隆抗体；依照Presta et al.(1997)Cancer Res.57:4593-4599生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体。
术语“静脉内输注”指以超过约5分钟的一段时间，优选约30-90分钟，将药物导入动物或人受试者的静脉，尽管依照本发明，静脉内输注或可施用10小时或更短。
“维持”(maintenance)剂量在本文中指在治疗期间或之后施用于受试者的一个或多个剂量的治疗剂。通常，维持剂量以一定的治疗间隔施用，诸如以大约每周，大约每两周，大约每三周，或大约每四周的间隔施用。“维持疗法”意指为了降低疾病复发或进展的可能性而给予的治疗方案。维持疗法可持续任意长时间，包括长至受试者终身的延长的时段。维持疗法可在初始疗法之后或与初始或别的疗法联合提供。用于维持疗法的剂量可变化，而且可包括与其它类型的疗法使用的剂量相比降低的剂量。还可见本文中的“维持”。
在本文中，“患者”为人患者。患者可以是“癌症患者”，即患有或有风险患上一种或多种癌症症状的患者。此外，患者可以是先前治疗过的癌症患者。患者可以是“成胶质细胞瘤患者”，即患有或有风险患上一种或多种成胶质细胞瘤症状的患者。此外，患者可以是先前治疗过的成胶质细胞瘤患者。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用替莫唑胺治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用与放射组合的替莫唑胺治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用与另一种药剂组合的替莫唑胺治疗过。在一些实施方案中，该成胶质细胞瘤是第二线成胶质细胞瘤。
如本文中使用的，除非另外指明，术语“c-met”或“Met”指任何天然或变异(无论天然的或合成的)c-met多肽。术语“野生型c-met”一般指包含天然发生c-met蛋白的氨基酸序列的多肽。术语“野生型c-met序列”一般指在天然发生c-met中找到的氨基酸序列。
如本文中使用的，除非另外指明，术语“肝细胞生长因子”或“HGF”指任何天然或变异(无论天然的或合成的)HGF多肽。术语“野生型HGF”一般指包含天然发生HGF蛋白的氨基酸序列的多肽。术语“野生型HGF序列”一般指在天然发生HGF中找到的氨基酸序列。
术语“抗c-met抗体”和“结合c-met的抗体”指能够以足够的亲和力结合c-met，使得抗体可用作靶向c-met中的诊断和/或治疗剂的抗体。在一个实施方案中，抗c-met抗体对无关的，非c-met蛋白的结合程度小于抗体对c-met的结合的约10％，如例如通过放射性免疫测定法(RIA)测量的。在某些实施方案中，结合c-met的抗体具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，≤0.1nM，≤0.01nM，或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗c-met抗体结合在来自不同物种的c-met间保守的c-met表位。
术语“抗HGF抗体”和“结合HGF的抗体”指能够以足够的亲和力结合HGF，使得抗体可用作靶向HGF中的诊断和/或治疗剂的抗体。在一个实施方案中，抗HGF抗体对无关的，非HGF蛋白的结合程度小于抗体对HGF的结合的约10％，如例如通过放射性免疫测定法(RIA)测量的。在某些实施方案中，结合HGF的抗体具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，≤0.1nM，≤0.01nM，或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗HGF抗体结合在来自不同物种的HGF间保守的HGF表位。
“c-met活化”指c-met受体的活化或磷酸化。一般而言，c-met活化导致信号转导(例如由c-met受体的细胞内激酶结构域引起的，磷酸化c-met或底物多肽中的酪氨酸残基)。c-met活化可以由c-met配体(HGF)结合感兴趣c-met受体来介导。HGF对c-met的结合可活化c-met的激酶结构域并由此导致c-met中酪氨酸残基的磷酸化和/或其它的底物多肽中酪氨酸残基的磷酸化。
受试者“群体”指一组癌症受试者，诸如临床试验中的，或对特定适应证诸如成胶质细胞瘤疗法FDA批准之后肿瘤学家看到的。
对于本发明的方法，术语“指导”患者意味着通过任何手段，但是优选书面地，诸如以包装插页或其它书面推广材料的形式提供关于可应用疗法、药疗、处理、处理方案、等等的指导。
对于本发明的方法，术语“推广(promoting)”意味着通过任何手段，包括书面地，诸如以包装插页的形式提供、登广告、出售、或描述特定药物、药物组合、或治疗模态。推广在本文中指治疗剂，诸如抗c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)和/或VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)用于适应证，诸如成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤)治疗的推广，其中此类推广得到食品和药品管理局(FDA)批准，认为已证明与受试者群体中统计上显著的治疗功效和可接受的安全性有关。
术语“销售”在本文中用于描述产品(例如药物)的推广、出售或分发。销售具体包括目的在于包装、登广告、和任何使产品商业化的商业活动。
为了本文中的目的，“先前接受过治疗的”成胶质细胞瘤患者已经为成胶质细胞瘤接受过在先癌症疗法。在一些实施方案中，该患者已经用不多于一种在前线化疗治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用替莫唑胺治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用与放射组合的替莫唑胺治疗过。在一些实施方案中，该患者先前用与另一种药剂组合的替莫唑胺治疗过。在一些实施方案中，该成胶质细胞瘤是第二线成胶质细胞瘤。
“癌症药物”指有效治疗癌症的药物。癌症药物的例子包括下文所述化疗剂和化疗方案；c-met拮抗剂，包括抗c-met抗体，诸如奥奴珠单抗；和VEGF拮抗剂，包括抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗。
如本文中所使用的，术语“生物标志物”或“标志物”一般指其在哺乳动物组织或细胞中或上的表达或分泌可以通过已知方法(或本文中所公开的方法)来检测且预示或可用于预测(或帮助预测)细胞、组织或患者对治疗方案的响应性的分子，包括基因、mRNA、蛋白质、碳水化合物结构、或糖脂。本文中特别感兴趣的生物标志物是HGF。
如本文中使用的，“阴性c-met染色强度”或“阴性染色强度”表示TOV-112D，H522，H1155，LXFL529和/或H23的c-met染色强度。在一些实施方案中，阴性c-met染色强度表示对照细胞系TOV-112D的c-met染色强度。在一些实施方案中，阴性c-met染色强度表示对照细胞系H522的c-met染色强度。在一些实施方案中，阴性c-met染色强度表示对照细胞系H1155的c-met染色强度。在一些实施方案中，阴性c-met染色强度表示对照细胞系LXFL529的c-met染色强度。在一些实施方案中，阴性c-met染色强度表示对照细胞系H23的c-met染色强度。用于c-met IHC的方法是本领域知道的。在一些实施方案中，c-met染色强度是使用c-met抗体(例如SP44)染色对照细胞团粒的福尔马林固定的石蜡包埋的细胞(例如在组织微阵列中制备的)测定的。
如本文中使用的，“弱c-met染色强度”或“弱染色强度”表示对照细胞系H1703，HEK-293，和/或H460的c-met IHC染色强度。在一些实施方案中，弱c-met染色强度表示对照细胞系H1703的c-met染色强度。在一些实施方案中，弱c-met染色强度表示对照细胞系HEK-293的c-met染色强度。在一些实施方案中，弱c-met染色强度表示对照细胞系H460的c-met染色强度。用于c-met IHC的方法是本领域知道的。在一些实施方案中，c-met染色强度是使用c-met抗体(例如SP44)染色对照细胞团粒的福尔马林固定的石蜡包埋的细胞(例如在组织微阵列中制备的)测定的。
如本文中使用的，“中等c-met染色强度”或“中等染色强度”表示对照细胞系A549和/或SKMES1的c-met IHC染色强度。在一些实施方案中，中等c-met染色强度表示对照细胞系A549的c-met染色强度。在一些实施方案中，中等c-met染色强度表示对照细胞系SKMES1的c-met染色强度。用于c-met IHC的方法是本领域知道的。在一些实施方案中，c-met染色强度是使用c-met抗体(例如SP44)染色对照细胞团粒的福尔马林固定的石蜡包埋的细胞(例如在组织微阵列中制备的)测定的。
如本文中使用的，“强c-met染色强度”或“强染色强度”表示对照细胞系EBC-1和/或H441的c-met IHC染色强度。在一些实施方案中，强c-met染色强度表示对照细胞系EBC-1的c-met染色强度。在一些实施方案中，强c-met染色强度表示对照细胞系H441的c-met染色强度。用于c-met IHC的方法是本领域知道的。在一些实施方案中，c-met染色强度是使用c-met抗体(例如SP44)染色对照细胞团粒的福尔马林固定的石蜡包埋的细胞(例如在组织微阵列中制备的)测定的。
“患者样品”指从癌症患者得到的细胞或流体的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织，像来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官或组织样品或活检样品或穿刺样品；血液或任何血液组分；体液，诸如脑脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、或间隙液；来自受试者的妊娠或发育任何时间的细胞。组织样品可能包含在自然界中天然不与组织混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素、等等。肿瘤样品的例子在本文中包括但不限于肿瘤活检、细针吸出物、支气管灌洗液、胸膜液(胸水)、痰液、尿液、手术标本、循环中的肿瘤细胞、血清、血浆、循环中的血浆蛋白质、腹水、衍生自肿瘤或展现出肿瘤样特性的原代细胞培养物或细胞系，以及保存的肿瘤样品，诸如福尔马林固定的、石蜡包埋的肿瘤样品或冷冻的肿瘤样品。在一个实施方案中，所述样品包含成胶质细胞瘤肿瘤样品(例如成胶质细胞瘤肿瘤样品包含良性基质，例如反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和/或内皮细胞)。在一些实施方案中，该样品包含宏观解剖的成胶质细胞瘤肿瘤样品(例如其中已经自该肿瘤样品取出形态上正常的脑组织)。在一些实施方案中，该宏观解剖的成胶质细胞瘤肿瘤样品包含良性基质(例如反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和/或内皮细胞)。在一些实施方案中，该样品是成胶质细胞瘤活检的。在一些实施方案中，该样品是成胶质细胞瘤癌症切除的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的成胶质细胞瘤复发之后获得的。在一些实施方案中，该样品是在该患者的成胶质细胞瘤复发之前获得的。
患者对药物治疗的“有效响应”或“响应性”及类似用语指在施用癌症药物后对处于癌症(例如成胶质细胞瘤)风险或患有癌症(例如成胶质细胞瘤)的患者给予的临床或治疗好处。此类好处包括如下任何一项或多项：延长存活(例如延长总体和/或无进展存活)；导致客观响应(包括完全响应或部分响应)；或改善癌症体征或症状，等，包括延长具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者经历的临床重要的疾病相关症状恶化前时间。在一些实施方案中，该症状是癫痫、神经认知功能(包括但不限于人物、时间和/或地点的取向)、阅读、书写、和理解中的任一项或多项(任意组合)。在一个实施方案中，使用生物标志物(例如HGF mRNA表达，例如使用ISH和/或qPCR测定的)来鉴定预期在用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂治疗时相对于单独用VEGF拮抗剂治疗的患者具有延长的存活(例如延长的总体和/或无进展存活)的患者。本文中的生物标志物的发生率(例如通过HGF mRNA ISH和/或rtPCR分析测定的)有效预测或以高灵敏度预测此类有效响应。
“延长存活”意味着使依照本发明治疗的患者的总体或无进展存活相对于未接受治疗的患者和/或相对于用一种或多种已获批准的抗肿瘤剂治疗但未接受依照本发明的治疗的患者延长。在一个具体的例子中，“延长存活”意味着使接受本发明的组合疗法(例如用c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)和VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的组合治疗)的癌症患者的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)相对于仅用贝伐珠单抗治疗的患者延长。在另一个具体的例子中，“延长存活”意味着使接受本发明的组合疗法(例如用奥奴珠单抗和贝伐珠单抗的组合治疗)的癌症患者(例如癌症患者群体)的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)相对于仅用贝伐珠单抗治疗的患者(例如癌症患者群体)延长。
“存活”(survival)指患者保持存活，而且包括总体存活(overall survival)和无进展存活(progress free survival)。在本发明根本的研究中，用于存活分析的事件是任何原因的死亡。
“总体存活”指保持一定时期诸如1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、1年、2年、3年、等存活的患者，自诊断或治疗时起计算。可以通过Kaplan-Meier方法来评估存活。
“无进展存活”指保持存活且癌症没有进展或恶化的患者。在一些实施方案中，患者保持活着达1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、或更多，没有癌症进展或恶化。在本发明的一个方面，可以通过神经肿瘤学响应评估(ResponseAssessment in Neuro-Oncology,RANO)标准来评估成胶质细胞瘤的PFS。Wen et al.,JClin Oncol 2010；28:1963-72。在一些实施方案中，使用RESIST标准来评估PFS。
“延长存活”意味着使接受治疗的患者的总体存活或无进展存活相对于未接受治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者)，或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者，和/或相对于用已获批准的抗肿瘤剂治疗的患者有延长。在一些实施方案中，总体或无进展存活延长1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、或更多。
“客观响应”指可测量的响应，包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。
“完全响应”或“CR”指癌症的所有体征响应治疗而消失。这并不总是意味着癌症已经治愈。
“部分响应”或“PR”指一处或多处肿瘤或损害的大小或体内癌症的程度响应治疗而减小。
“总体响应率”或“客观响应率”指经历癌的尺寸(或血液癌的量)降低达最小时间量的人的百分比。
危害比(HR)是事件比率的统计定义。为了本发明的目的，危害比定义为代表任何特定时间点时实验分支中的事件概率除以对照分支中的事件概率。无进展存活分析中的“危害比”是两条无进展存活曲线之间的差异的汇总，代表随访期里与对照相比治疗的死亡风险降低。
术语“VEGF”或“VEGF-A”用于指165个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子及相关的121个、145个、189个和206个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子，如例如Leung etal.Science,246:1306(1989)；及Houck et al.Mol.Endocrin.,5:1806(1991)所述，及其天然存在的等位基因形式和加工形式。VEGF-A是包括VEGF-B、VEGF-C、VEGF-D、VEGF-E、VEGF-F和PlGF在内的基因家族的一部分。VEGF-A主要结合两种高亲和力受体酪氨酸激酶，即VEGFR-1(Flt-1)和VEGFR-2(Flk-1/KDR)，后者是VEGF-A血管内皮细胞有丝分裂信号的主要递质。另外，神经毡蛋白-1已经被鉴定为肝素结合VEGF-A同种型(isoform)的受体，而且可在血管发育中发挥作用。术语“VEGF”或“VEGF-A”还指来自非人物种诸如小鼠、大鼠或灵长类动物的VEGF。有时，来自特定物种的VEGF表示如下，hVEGF表示人VEGF，mVEGF表示鼠VEGF。典型地，VEGF指人VEGF。术语“VEGF”还用于指包含165个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子的氨基酸第8-109位或第1-109位的截短形式或多肽片段。本申请中可能通过例如“VEGF(8-109)”、“VEGF(1-109)”或“VEGF165”来鉴别任何此类形式VEGF。“截短的”天然VEGF的氨基酸位置如天然VEGF序列中所示编号。例如，截短的天然VEGF中的第17位氨基酸(甲硫氨酸)也是天然VEGF中的第17位(甲硫氨酸)。截短的天然VEGF具有与天然VEGF相当的对KDR和Flt-1受体的结合亲和力。
“抗VEGF抗体”指以足够亲和力和特异性结合VEGF的抗体。所选择的抗体通常会具有对VEGF的结合亲和力，例如，该抗体可以以介于100nM-1pM之间的Kd值结合hVEGF。抗体亲和力可通过例如基于表面等离振子共振的测定法(诸如PCT申请公开文本No.WO2005/012359中所记载的BIAcore测定法)；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；和竞争测定法(例如RIA)来测定。在某些实施方案中，本发明的抗VEGF抗体可用作治疗剂，用于靶向和干扰其中涉及VEGF活性的疾病或疾患。还有，可对该抗体进行其它生物学活性测定法，例如为了评估其作为治疗剂的效力所进行的生物学活性测定法。此类测定法是本领域已知的，而且取决于抗体的靶抗原和预定用途。例子包括HUVEC抑制测定法；肿瘤细胞生长抑制测定法(如例如WO 89/06692中所记载的)；抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)和补体介导的细胞毒性(CDC)测定法(美国专利5,500,362)；及激动活性或造血测定法(参见WO 95/27062)。抗VEGF抗体通常不会结合其它VEGF同系物，诸如VEGF-B或VEGF-C，也不会结合其它生长因子，诸如PlGF、PDGF或bFGF。
“VEGF拮抗剂”指能够中和、阻断、抑制、消除、降低或干扰VEGF活性(包括其与一种或多种VEGF受体的结合)的分子。VEGF拮抗剂包括抗VEGF抗体及其抗原结合片段、特异性结合VEGF由此使其隔绝与一种或多种受体结合的受体分子及衍生物、抗VEGF受体抗体和VEGF受体拮抗剂诸如VEGFR酪氨酸激酶的小分子抑制剂。
“嵌合VEGF受体蛋白”指具有衍生自至少两种不同蛋白质(其中至少一种是VEGF受体蛋白)的氨基酸序列的VEGF受体分子。在某些实施方案中，嵌合VEGF受体蛋白能够结合VEGF并抑制VEGF的生物学活性。
术语“基因扩增”指在特定细胞或细胞系中形成多拷贝的基因或基因片段的过程。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般可互换使用，而且一般指生物学样品中多核苷酸、mRNA、或氨基酸产物或蛋白质的量。“表达”一般指基因所编码的信息转换成细胞中存在的和运行的结构的过程。因此，依照本发明，基因的“表达”可以指转录成多核苷酸、翻译成蛋白质、或甚至蛋白质的翻译后修饰。转录得到的多核苷酸的、翻译得到的蛋白质的、或翻译后修饰得到的蛋白质的片段也应视为表达的，无论它们是源自通过可变剪接生成的转录物或经过降解的转录物，或者是源自蛋白质的翻译后加工(例如通过蛋白水解)。在一些实施方案中，“表达的水平”指HGF mRNA的存在或缺失或量或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)，如使用ISH和/或rtPCR评估的。
在用于本文时，短语“基于……的表达”表示使用关于一种或多种本文中生物标志物的表达水平或表达的存在或缺失(例如成胶质细胞瘤肿瘤细胞和相关良性基质中HGFISH信号的存在或缺失或流行度(例如展示HGF ISH信号的细胞的百分比))的信息来通知治疗决定、在包装插页上提供的信息、或销售/推广指导等。
如本文中使用的，就生物标志物而言，短语“不具有实质性生物标志物表达”或“实质性无生物标志物表达”表示生物标志物不展示背景水平以上(在一些实施方案中，具有统计学显著性的背景水平以上)的表达水平。如本文中使用的，就生物标志物而言，短语“少至无生物标志物表达”表示生物标志物不展示有生物学意义的量的表达。正如本领域会理解的，表达的量可以定量或定性测定，只要能够进行生物标志物样品与参照对应物之间的比较。可以依照本领域已知的任何测定法或技术来测量或检测表达，包括例如本文中记载的那些(诸如ISH)。
与癌症(例如成胶质细胞瘤)患者的临床好处增多有关的生物标志物的“量”或“水平”指生物学样品中的可检测水平，其中生物标志物的水平与患者临床好处增多有关。这些可以通过本领域技术专家知道及本发明也公开的方法来测量。评估的生物标志物的表达水平或量可用于测定对治疗的响应。在一些实施方案中，生物标志物的量或水平使用ISH(例如患者癌症样品的，例如包含肿瘤细胞和良性基质细胞的成胶质细胞瘤样品)来测定。在一些实施方案中，高HGF mRNA与临床好处增多有关。在一些实施方案中，高HGF mRNA是使用ISH测定的。在一些实施方案中，高HGF mRNA是HGF ISH信号强度为至少+2。在一些实施方案中，高HGF mRNA是HGF ISH信号强度为至少+3。在一些实施方案中，高HGF mRNA是HGF ISH信号强度为+2或+3。在一些实施方案中，高HGF mRNA是使用PCR(例如rtPCR)测定的。
与癌症(例如成胶质细胞瘤)患者的临床好处减少有关的生物标志物的“量”或“水平”指生物学样品中的低可检测水平或无可检测生物标志物，其中生物标志物的水平与患者临床好处减少有关。这些可以通过本领域技术专家知道及本发明也公开的方法来测量。评估的生物标志物的表达水平或量可用于测定对治疗的响应。在一些实施方案中，生物标志物的量或水平使用ISH(例如患者癌症样品的，例如包含肿瘤细胞和良性基质细胞的)来测定。在一些实施方案中，低HGF mRNA与临床好处减少有关。在一些实施方案中，低HGFmRNA是使用ISH测定的。在一些实施方案中，低HGF mRNA是HFG ISH信号强度为0。在一些实施方案中，低HGF mRNA是HGF ISH信号强度为+1。在一些实施方案中，低HGF mRNA是HGF ISH信号强度为0或+1。在一些实施方案中，低HGF mRNA是使用PCR(例如rtPCR)测定的。
“展示HGF mRNA表达”的癌或生物学样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HGFmRNA的癌或生物学样品。“展示HGF mRNA表达”的成胶质细胞瘤样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HGF mRNA的成胶质细胞瘤样品。在一些实施方案中，成胶质细胞瘤样品包括肿瘤细胞和良性基质细胞。
“展示c-met扩增”的癌或生物学样品指在诊断测试中扩增了c-met基因的癌或生物学样品。在一些实施方案中，扩增的c-met基因平均(在细胞群体中)大于或等于5个或更多个拷贝的c-met基因，或平均8个或更多个拷贝的c-met基因，或更多，诸如10个或更多个，15个或更多个或20个或更多个拷贝的c-met基因。
“不展示c-met扩增”的癌或生物学样品指在诊断测试中没有扩增c-met基因的癌或生物学样品。
如本文中使用的，术语“突变”指特定蛋白质或核酸(例如DNA，RNA)分别相对于野生型蛋白质或核酸的氨基酸或核酸序列的差异。突变的蛋白质或核酸可以由基因的一个等位基因(杂合的)或两个等位基因(纯合的)表达或者在其中找到。在本发明中，突变一般是体细胞的。突变包括序列重排，诸如插入、删除、和点突变(包括单核苷酸/氨基酸多态性)。
术语“引物”指能够与核酸杂交并且容许互补核酸聚合(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“阵列”或“微阵列”指可杂交阵列元件，优选多核苷酸探针(例如寡核苷酸)在基片上的有序排列。基片可以是固体基片，诸如玻璃载玻片，或半固体基片，诸如硝酸纤维素膜。
术语“扩增”指生成参照核酸序列或其互补物的一个或多个拷贝的过程。扩增可以是线性或指数的(例如PCR)。“拷贝”不一定意指相对于模板序列的完全序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包含核苷酸类似物(诸如脱氧肌苷)、有意的序列变化(诸如经由包含与模板可杂交但不完全互补的序列的引物引入的序列变化)、和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“持家型生物标志物”指通常相似地存在于所有细胞类型中的一种生物标志物或一组生物标志物(例如多核苷酸和/或多肽)。在一些实施方案中，持家型生物标志物是“持家基因”。“持家基因”在本文中指一种基因或一组基因，其编码活性对于细胞功能维持而言必要的蛋白质，且通常相似地存在于所有细胞类型中。
如本文中使用的，“扩增”一般指生成多拷贝的期望序列的过程。“多拷贝”指至少2个拷贝。“拷贝”不必然意味着与模板序列有完全的序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包含核苷酸类似物诸如脱氧肌苷、有意的序列变化(诸如经由包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列变化)和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“多重PCR”指出于在单个反应中扩增两种或更多种DNA序列的目的，使用超过一套引物在自单一来源(例如个体)获得的核酸(例如DNA或RNA)上进行的单个PCR反应。
“ISH”或“原位杂交”指一种类型的杂交，其使用互补DNA或RNA链(例如引物或探针)在组织或细胞的一部分或切片中定位特定DNA或RNA序列(原位)。在一些实施方案中，使用互补DNA链在组织或细胞的一部分或切片中原位定位特定RNA序列。在一些实施方案中，ISH进一步包含基于杂交的放大。
杂交反应的“严格性”可以由本领域中的普通技术人员容易地确定，而且通常根据探针长度、洗涤温度和盐浓度凭经验计算。一般而言，较长的探针要求较高的温度以正确退火，而较短的探针需要较低的温度。杂交通常依赖于当互补链存在于低于其解链温度的环境中时变性DNA或RNA重新退火的能力。探针与可杂交序列之间的期望同源性程度越高，可使用的相对温度也越高。结果，可推出较高相对温度将趋向于使反应条件更为严格，而较低温度也就较不严格。关于杂交反应严格性的其它细节和解释，参见Ausubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology,Wiley Interscience Publishers,(1995)。
组织样品的“切片”意指一块或一片组织样品，例如从组织样品上切下来的一薄片组织或细胞。应当了解，可以制作多片组织样品切片并进行分析。在一些实施方案中，可以将组织样品的同一切片用于形态学和分子两个水平的分析。在一些实施方案中，可以将组织样品的同一切片针对多肽和多核苷酸二者进行分析。
“关联”或“联系”意指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以将第一分析或方案的结果用于实施第二方案，和/或，可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就多核苷酸分析或方案的实施方案而言，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
如本文中使用的，术语“实质性相同”表示两个数值之间足够高的相似程度，以致本领域技术人员会认为在用所述数值(例如Kd值或表达)所测量的生物学特征背景内两个数值之间的差异具有很小的或没有生物学和/或统计学显著性。作为参照/比较值的函数，所述两个数值之间的差异例如小于约50％，小于约40％，小于约30％，小于约20％，和/或小于约10％。
如本文中使用的，短语“实质性不同”表示两个数值之间足够高的差异程度，以致本领域技术人员会认为在用所述数值(例如Kd值)所测量的生物学特征背景内两个数值之间的差异具有统计学显著性。作为参照/比较分子值的函数，所述两个数值之间的差异例如大于约10％，大于约20％，大于约30％，大于约40％，和/或大于约50％。
词语“标记物”在用于本文时指可检测的化合物或组合物。标记物通常与试剂如多核苷酸探针或抗体直接或间接缀合或融合，而且协助对其所缀合或融合的试剂的检测。标记物可以是通过自身就可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)，或者在酶标记物的情况中，可催化产生可检测产物的底物化合物或组合物的化学改变。
“聚合酶链式反应”或“PCR”技术在用于本文时一般指其中扩增微量的核酸、RNA和/或DNA特定片段的流程。通常，需要获知目的区域末端或以外的序列信息，从而可设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上将与待扩增模板的相对链相同或相似。两条引物的5’末端核苷酸可与所扩增物质的末端一致。PCR可用于从总基因组DNA和由总细胞RNA转录的cDNA、噬菌体或质粒序列等扩增特定RNA序列、特定DNA序列。一般参见Mullis等,Cold SpringHarbor Symp.Quant.Biol.51:263(1987)；Erlich ed.,PCR Technology,Stockton Press,NY,1989。在用于本文时，PCR视为用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一个但非唯一的例子，包括使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸片段，或者扩增或生成与特定核酸互补的特定核酸片段。
“处理”和“治疗”指治疗性处理和预防性或防范性措施二者。那些需要治疗的包括那些早就患有良性、癌前、或非转移性肿瘤的以及那些要预防癌症发生或复发的。
术语“治疗有效量”指治疗剂(药物)在哺乳动物中治疗或预防疾病或病症的量。在癌症(例如成胶质细胞瘤，例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的情况中，治疗有效量的治疗剂可减少癌细胞的数目；缩小原发性肿瘤的尺寸；抑制(即一定程度的减缓，优选阻止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(即一定程度的减缓，优选阻止)肿瘤转移；一定程度的抑制肿瘤生长；和/或一定程度的减轻一种或多种与病症有关的症状。根据药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度，它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法，体内功效可以通过例如评估存活持续时间、疾病进展前时间(TTP)、响应率(RR)、响应持续时间、和/或生活质量和/或TDD来测量。
术语“癌(症)”和“癌(性)的”指向或描述哺乳动物中典型的以不受调节的细胞生长为特征的生理疾患。此定义中包括良性和恶性癌症。“早期癌症”或“早期肿瘤”指非侵入性的或转移性的，或者归为0期、I期、或II期癌症的癌症。癌症的例子包括但不限于癌瘤、淋巴瘤、母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、施旺氏细胞瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺癌、黑素瘤、和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的另外的例子包括但不限于成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤，第二线成胶质细胞瘤)。在一些实施方案中，癌症是肺癌(例如NSCLC)，肾细胞癌，胃癌，黑素瘤，乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌)，结直肠癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，癌症，膀胱癌，肝细胞癌，前列腺癌。
术语“并行”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂，其中至少部分施用在时间上交叠。因而，并行施用包括如下的剂量给药方案，一种或多种药剂的施用中断后继续施用一种或多种其它药剂。
术语“多核苷酸”在以单数或复数使用时一般指任何多聚核糖核苷酸或多聚脱氧核糖核苷酸，可以是未经修饰的RNA或DNA或者是经过修饰的RNA或DNA。如此，例如，本文中所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA、包含单链区和双链区的DNA、单链和双链RNA、及包含单链区和双链区的RNA，包含DNA和RNA的杂合分子，它可以是单链的，或者更典型的是双链的，或者包含单链区和双链区。另外，术语“多核苷酸”在用于本文时指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区。此类区中的链可来自相同分子或来自不同分子。所述区可包含一种或多种分子的整个，但是更典型的是只包含有些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”明确包括cDNA。该术语包括包含一种或多种经修饰碱基的DNA(包括cDNA)和RNA。如此，主链为稳定性或其它原因而修饰的DNA或RNA也是“多核苷酸”该术语在本文中的意图所在。此外，包含罕见碱基诸如肌苷或经修饰碱基诸如氚化碱基的DNA或RNA也包括在本文中所定义的术语“多核苷酸”内。一般而言，术语“多核苷酸”涵盖未修饰多核苷酸的所有化学、酶学和/或代谢修饰形式，以及病毒和细胞，包括简单和复杂细胞的特征性的DNA和RNA的化学形式。
术语“寡核苷酸”指相对较短的多核苷酸，包括但不限于单链脱氧核糖核苷酸、单链或双链核糖核苷酸、RNA:DNA杂合物、及双链DNA。寡核苷酸，诸如单链DNA探针寡核苷酸，常常通过化学方法来合成，例如使用商品化的自动化寡核苷酸合成仪。然而，寡核苷酸可通过多种其它方法来制备，包括体外重组DNA介导的技术和通过DNA在细胞和生物体中的表达。
具有指定抗体的“生物学特征”的抗体指拥有该指定抗体区别于其它结合相同抗原的抗体的一项或多项生物学特征的抗体。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。本文中提供了一种例示性竞争测定法。
如本文中使用的，短语“提供诊断”指使用所生成的涉及患者的样品中HGF的水平或存在(例如HGF mRNA的水平或存在或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))的信息或数据来诊断患者中的成胶质细胞瘤。该信息或数据可以是任何形式，书面的、口头的或电子的。在一些实施方案中，使用所生成的信息或数据包括传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、递送、分发、或其组合。在一些实施方案中，传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、递送、分发、或其组合是由计算装置、分析单元或其组合实施的。在一些进一步的实施方案中，传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、分发、或其组合是由个人(例如实验室或医学专业人员)实施的。在一些实施方案中，该信息或数据包括HGF的水平(例如HGF mRNA的水平，例如使用ISH或PCR测量的)与参照水平的比较。在一些实施方案中，该信息或数据包括HGF ISH信号的流行度(例如成胶质细胞瘤肿瘤样品中的细胞中阳性HGFISH信号的流行度)。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示样品中存在或缺失HGF(例如HGF mRNA)。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示患者诊断有成胶质细胞瘤(在一些实施方案中，HGF阳性成胶质细胞瘤)。
如本文中使用的，短语“推荐治疗”指使用所生成的涉及患者的样品中c-met的水平或存在的信息或数据来鉴定患者为适合或不适合用某种疗法治疗。在一些实施方案中，该疗法可以包含c-met抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法可以包含VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法可以包含与VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)组合的抗c-met抗体(例如奥奴珠单抗)。该信息或数据可以是任何形式，书面的、口头的或电子的。在一些实施方案中，使用所生成的信息或数据包括传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、递送、分发、或其组合。在一些实施方案中，传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、递送、分发、或其组合是由计算装置、分析单元或其组合实施的。在一些进一步的实施方案中，传达、呈现、报告、存储、发送、转移、供应、传输、分发、或其组合是由个人(例如实验室或医学专业人员)实施的。在一些实施方案中，该信息或数据包括HGF的水平与参照水平的比较。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示样品中存在或缺失HGF。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示HGF ISH信号强度以特定水平(例如0，+1，+2，+3)存在。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示HGF ISH信号强度存在于特定百分比的细胞(例如成胶质细胞瘤肿瘤细胞和良性基质细胞)中。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示该患者适合或不适合用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示该患者适合或不适合用包含与VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗。
“目标受众(target audience)”指接受如通过推销或做广告(尤其为了特定用途、治疗、或适应症)进行的特定药物推广或意图进行的特定药物推广的人群或机构，诸如患者个体，患者群体，报纸、医学文献、和杂志读者，电视或因特网观众，无线电或因特网听众，内科医生，药品公司，等。
术语“包装插页”用于指治疗产品的商业包装中通常包含的用法说明书，其含有关于涉及此类治疗产品应用的适应症、用法、剂量、施用、禁忌症、要与包装的产品组合的其它治疗产品、和/或警告等的信息。
本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。
“抗体片段”指与完整抗体不同的分子，其包含完整抗体中结合完整抗体结合的抗原的部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
术语“嵌合”抗体指其中的重和/或轻链的一部分自特定的来源或物种衍生，而重和/或轻链的剩余部分自不同来源或物种衍生的抗体。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。抗体有5大类：IgA、IgD、IgE、IgG、和IgM，并且这些中的几种可以进一步分成亚类(同种型)，例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、和IgA2。与不同类免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α、δ、ε、γ、和μ。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中至少含有恒定区一部分的C端区。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区自Cys226，或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而，Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定，Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号方式依照EU编号系统，又称作EU索引，如记载于Kabat等,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991。
“框架”或“FR”指除高变区(HVR)残基外的可变域残基。一般地，可变域的FR由4个FR域组成：FR1、FR2、FR3、和FR4。因而，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以如下的顺序出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
术语“全长抗体”、“完整抗体”、和“全抗体”在本文中可互换使用，指与天然抗体结构具有基本上类似的结构或者具有含有如本文中所限定的Fc区的重链的抗体。
“人抗体”指拥有与由人或人细胞生成的或利用人抗体全集或其它人抗体编码序列自非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的此定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人共有框架”指代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列选集中最常存在的氨基酸残基的框架。通常，人免疫球蛋白VL或VH序列选集来自可变域序列亚组。通常，序列亚组是如Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第五版,NIHPublication 91-3242,Bethesda MD(1991),第1-3卷中的亚组。在一个实施方案中，对于VL，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组κI。在一个实施方案中，对于VH，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组III。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会包含至少一个，通常两个基本上整个可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如，CDR)对应于非人抗体的那些，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的那些。任选地，人源化抗体可以至少包含自人抗体衍生的抗体恒定区的一部分。抗体，例如非人抗体的“人源化形式”指已经经历人源化的抗体。
如本文中使用的，术语“高变区”或“HVR”指抗体可变域中在序列上高变的(“互补决定区”或“CDR”)和/或形成结构上限定的环(“高变环”)和/或含有抗原接触残基(“抗原接触”)的每个区。一般地，抗体包含6个HVR：三个在VH中(H1，H2，H3)，且三个在VL中(L1，L2，L3)。本文中的例示性HVR包括：
(a)高变环，存在于氨基酸残基26-32(L1)，50-52(L2)，91-96(L3)，26-32(H1)，53-55(H2)，和96-101(H3)(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))；
(b)CDR，存在于氨基酸残基24-34(L1)，50-56(L2)，89-97(L3)，31-35b(H1)，50-65(H2)，和95-102(H3)(Kabat et al.,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991))；
(c)抗原接触，存在于氨基酸残基27c-36(L1)，46-55(L2)，89-96(L3)，30-35b(H1)，47-58(H2)，和93-101(H3)(MacCallum et al.J.Mol.Biol.262:732-745(1996))；和
(d)(a)，(b)，和/或(c)的组合，包括HVR氨基酸残基46-56(L2)，47-56(L2)，48-56(L2)，49-56(L2)，26-35(H1)，26-35b(H1)，49-65(H2)，93-102(H3)，和94-102(H3)。在一个实施方案中，HVR残基包含说明书中别处鉴定的那些。除非另有说明，HVR残基及可变域中的其它残基(例如FR残基)在本文中是依照Kabat等，见上文编号的。
在用于本文时，术语“细胞毒剂”指抑制或阻止细胞功能和/或引起细胞死亡或破坏的物质。细胞毒剂包括但不限于：放射性同位素(例如At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素)；化学治疗剂或药物(例如甲氨蝶呤(methotrexate)、阿霉素(adriamycin)、长春花生物碱类(vinca alkaloids)(长春新碱(vincristine)、长春碱(vinblastine)、依托泊苷(etoposide))、多柔比星(doxorubicin)、美法仑(melphalan)、丝裂霉素(mitomycin)C、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂)；生长抑制剂；酶及其片段，诸如溶核酶；抗生素；毒素，诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物起源的酶活性毒素，包括其片段和/或变体；及下文公开的各种抗肿瘤或抗癌剂。
“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。
“免疫缀合物”指与一种或多种异源分子，包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。
在用于本文时，术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体是相同的和/或结合相同表位，除了例如含有天然存在的突变或在单克隆抗体制备物的生成期间发生的可能的变体抗体外，此类变体一般以极小量存在。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。如此，修饰语“单克隆”指示抗体自一群基本上同质的抗体获得的特性，而不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，可以通过多种技术来生成要依照本发明使用的单克隆抗体，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示方法、和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，本文中描述了用于生成单克隆抗体的此类方法和其它例示性方法。
“裸抗体”指未与异源模块(例如细胞毒性模块)或放射性标记物缀合的抗体。裸抗体可以存在于药物配制剂中。
“天然抗体”指具有不同结构的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的异四聚糖蛋白，由二硫化物键合的两条相同轻链和两条相同重链构成。从N至C端，每条重链具有一个可变区(VH)，又称作可变重域或重链可变域，接着是三个恒定域(CH1、CH2、和CH3)。类似地，从N至C端，每条轻链具有一个可变区(VL)，又称作可变轻域或轻链可变域，接着是一个恒定轻(CL)域。根据其恒定域氨基酸序列，抗体轻链可归入两种类型中的一种，称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
为了本文中的目的，“奥奴珠单抗”(Onartuzumab)和“MetMAb”可互换使用，指包含分别在SEQ ID NO：8和7中的可变轻和可变重氨基酸序列，和SEQ ID NO:13的Fc序列的抗体。在一些实施方案中，它包含SEQ ID NO：12中的轻链氨基酸序列和SEQ ID NO：11中的重链氨基酸序列和SEQ ID NO:13的Fc序列。该抗体任选是由大肠杆菌细胞生成的。术语“奥奴珠单抗”和“MetMAb”在本文中涵盖具有美国采用的名称(United States Adopted Name,USAN)或国际非专有名称(International Nonproprietary Name,INN)：奥奴珠单抗的药物的生物相似型式。
“奥奴珠单抗表位”指受到抗c-met抗体奥奴珠单抗识别的表位(参见Merchant,M.et al.,PNAS(2013)110(32):E2987-E2996)。
术语“药物配制剂”指其形式容许药物的生物学活性是有效的，且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的无菌制备物。
“无菌”配制剂是无菌的或不含所有活的微生物及其孢子。
“试剂盒”指包含至少一种试剂(例如用于治疗癌症(例如成胶质细胞瘤)的药物，或用于特异性检测本发明的生物标志物基因或蛋白质的试剂(例如抗体))的任何制品(例如包装或容器)。所述制品优选以用于实施本发明方法的单位来推广、分发、或销售。
“药学可接受载体”指药物配制剂中与活性成分不同的，且对受试者无毒的成分。药学可接受载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂、或防腐剂。
关于参照多肽序列的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为比对序列并在必要时引入缺口以获取最大百分比序列同一性后，且不将任何保守替代视为序列同一性的一部分时，候选序列中与参照多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分率。为测定百分比氨基酸序列同一性目的的对比可以以本领域技术范围内的多种方式进行，例如使用公众可得到的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可以决定用于比对序列的合适参数，包括对所比较序列全长获得最大对比所需的任何算法。然而，为了本发明的目的，％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2产生的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.编写，并且源代码已经连同用户文档一起提交给美国版权局(US Copyright Office,Washington D.C.,20559)，其中其以美国版权注册号TXU510087注册。公众自Genentech,Inc.,South San Francisco,California可获得ALIGN-2程序，或者可以从源代码编译。ALIGN2程序应当编译成在UNIX操作系统，包括数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设定且不变。
在采用ALIGN-2来比较氨基酸序列的情况中，给定氨基酸序列A相对于(to)、与(with)、或针对(against)给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为具有或包含相对于、与、或针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性的给定氨基酸序列A)如下计算：
分数X/Y乘100
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B比对中评分为相同匹配的氨基酸残基数，且其中Y是B中的氨基酸残基总数。应当领会，若氨基酸序列A的长度与氨基酸序列B的长度不相等，则A相对于B的％氨基酸序列同一性将不等于B相对于A的％氨基酸序列同一性。除非另有明确说明，本文中所使用的所有％氨基酸序列同一性值都是依照上一段所述，使用ALIGN-2计算机程序获得的。
“化疗剂”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的例子包括烷化剂类，诸如例如替莫唑胺，即烷化剂达卡巴嗪的咪唑四嗪衍生物。化疗剂的别的例子包括例如帕利他赛或托泊替康或PEG化脂质体多柔比星(PLD)。化疗剂的其它例子包括烷化剂类(alkylatingagents)，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclosphosphamide)；磺酸烷基酯类(alkyl sulfonates)，诸如白消安(busulfan)，英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodopa)，卡波醌(carboquone)，美妥替派(meturedopa)和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)，三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)，三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)，三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)，卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；duocarmycin(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)，萘氮芥(chlornaphazine)，胆磷酰胺(cholophosphamide)，雌莫司汀(estramustine)，异环磷酰胺(ifosfamide)，双氯乙基甲胺(mechlorethamine)，盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)，美法仑(melphalan)，新氮芥(novembichin)，苯芥胆甾醇(phenesterine)，泼尼莫司汀(prednimustine)，曲磷胺(trofosfamide)，尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)，氯脲菌素(chlorozotocin)，福莫司汀(fotemustine)，洛莫司汀(lomustine)，尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素类，诸如烯二炔类抗生素(enediyne)(如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1(参见例如Agnew,Chem.Intl.Ed.Engl.,33:183-186(1994))；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A；二膦酸盐类(bisphosphonates)，诸如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团)，阿克拉霉素(aclacinomysin)，放线菌素(actinomycin)，氨茴霉素(anthramycin)，偶氮丝氨酸(azaserine)，博来霉素(bleomycin)，放线菌素C(cactinomycin)，carabicin，洋红霉素(caminomycin)，嗜癌霉素(carzinophilin)，色霉素(chromomycinis)，放线菌素D(dactinomycin)，柔红霉素(daunorubicin)，地托比星(detorubicin)，6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸，多柔比星(doxorubicin)(包括吗啉代多柔比星，氰基吗啉代多柔比星，2-吡咯代多柔比星和脱氧多柔比星)，表柔比星(epirubicin)，依索比星(esorubicin)，伊达比星(idarubicin)，麻西罗霉素(marcellomycin)，丝裂霉素类(mitomycins)诸如丝裂霉素C，霉酚酸(mycophenolic acid)，诺拉霉素(nogalamycin)，橄榄霉素(olivomycin)，培洛霉素(peplomycin)，泊非霉素(potfiromycin)，嘌呤霉素(puromycin)，三铁阿霉素(quelamycin)，罗多比星(rodorubicin)，链黑菌素(streptonigrin)，链佐星(streptozocin)，杀结核菌素(tubercidin)，乌苯美司(ubenimex)，净司他丁(zinostatin)，佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)，甲氨蝶呤，蝶酰三谷氨酸(pteropterin)，三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)，6-巯基嘌呤(mercaptopurine)，硫咪嘌呤(thiamiprine)，硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)，阿扎胞苷(azacitidine)，6-氮尿苷，卡莫氟(carmofur)，阿糖胞苷(cytarabine)，双脱氧尿苷(dideoxyuridine)，去氧氟尿苷(doxifluridine)，依诺他滨(enocitabine)，氟尿苷(floxuridine)；雄激素类，诸如卡鲁睾酮(calusterone)，丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)，表硫雄醇(epitiostanol)，美雄烷(mepitiostane)，睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)，米托坦(mitotane)，曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(folinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elformithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃坡霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,Oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofuran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2′,2”-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素，疣孢菌素(verracurin)A，杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoids)，例如帕利他赛(paclitaxel)(Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)，不含克列莫佛(Cremophor)，清蛋白改造的纳米颗粒剂型的帕利他赛(AmericanPharmaceutical Partners,Schaumberg,Ill.)和多西他塞(docetaxel)(Rhone-Poulenc Rorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥(chloranbucil)；吉西他滨(gemcitabine)；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂类似物，诸如顺铂(cisplatin)，奥沙利铂(oxaliplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；铂；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；长春瑞滨(vinorelbine)；能灭瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；希罗达(xeloda)；伊本膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(irinotecan)(Camptosar，CPT-11)(包括伊立替康及5-FU和亚叶酸(leucovorin)的治疗方案)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄酸(retinoids)，诸如视黄酸(retinoic acid)；卡培他滨(capecitabine)；考布他汀(combretastatin)；亚叶酸(leucovorin)(LV)；拉帕替尼(lapatinib)其降低细胞增殖的；及任何上述物质的药学可接受盐，酸或衍生物。在一些实施方案中，该化疗剂是替莫唑胺；丙卡巴肼；洛莫司汀；长春新碱(PCV)，卡莫司汀，卡莫司汀注入晶片，顺铂；及任何上述物质的药学可接受盐，酸或衍生物。
II.癌症药物
一方面，提供的是治疗癌症的方法，其包括施用c-met拮抗剂。在一些实施方案中，该治疗癌症的方法包括任选与第二癌症药物组合施用c-met拮抗剂。在一些实施方案中，该治疗癌症的方法包括施用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合。一方面，提供的是基于一种或多种本文中公开的生物标志物的表达来选择能用癌症药物治疗的患者的方法。癌症药物的例子包括但不限于：
-c-met拮抗剂，包括抗c-met抗体；
-VEGF拮抗剂，包括抗VEGF抗体；
-化疗剂和化疗方案；
-用于治疗癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肝细胞癌，肾细胞癌，和肉瘤)的开发中的或已批准的其它药物或其组合。
c-Met拮抗剂
在一个实施方案中，该药物是抗体，包括但不限于结合人c-met的抗体。在一些实施方案中，该抗体干扰(例如阻断)c-met结合肝细胞生长因子(HGF)。在一些实施方案中，该抗体结合c-met。在一些实施方案中，该抗体结合HGF。在一个实施方案中，抗c-met抗体对无关的，非c-met蛋白的结合程度小于抗体对c-met的结合的约10％，如例如通过放射性免疫测定法(RIA)测量的。在一个实施方案中，抗HGF抗体对无关的，非c-met蛋白的结合程度小于抗体对HGF的结合的约10％，如例如通过放射性免疫测定法(RIA)测量的。本文中的抗体包括：单克隆抗体，包括嵌合抗体、人源化抗体或人抗体。在一个实施方案中，抗体是抗体片段，例如Fv、Fab、Fab’、单臂抗体、scFv、双抗体、或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，抗体是全长抗体，例如完整IgG1抗体或其它抗体类或同种型，如本文中定义的。在一个实施方案中，抗体是单价的。在另一个实施方案中，抗体是包含Fc区的单臂抗体(即重链可变域和轻链可变域形成单一抗原结合臂)，其中Fc区包含第一和第二Fc多肽，其中第一和第二Fc多肽以复合物存在且形成Fc区，与包含所述抗原结合臂的Fab分子相比，该Fc区提高所述抗体片段的稳定性。单臂抗体可以是单价的。
在一个实施方案中，抗c-met抗体是奥奴珠单抗。在另一个实施方案中，抗c-met抗体包含重链可变域，其包含下述一项或多项：(a)HVR1，其包含序列GYTFTSYWLH(SEQ ID NO:1)；(b)HVR2，其包含序列GMIDPSNSDTRFNPNFKD(SEQ ID NO:2)；和/或(c)HVR3-HC，其包含序列ATYRSYVTPLDY(SEQ ID NO:3)。在一些实施方案中，抗体包含轻链可变域，其包含下述一项或多项：(a)HVR1-LC，其包含序列KSSQSLLYTSSQKNYLA(SEQ ID NO:4)；HVR2-LC，其包含序列WASTRES(SEQ ID NO:5)；和/或(c)HVR3-LC，其包含序列QQYYAYPWT(SEQ ID NO:6)。在一些实施方案中，抗c-met抗体包含重链可变域和轻链可变域，该重链可变域包含：(a)HVR1，其包含序列GYTFTSYWLH(SEQ ID NO:1)；(b)HVR2，其包含序列GMIDPSNSDTRFNPNFKD(SEQ IDNO:2)；和(c)HVR3-HC，其包含序列ATYRSYVTPLDY(SEQ ID NO:3)，该轻链可变域包含：(a)HVR1-LC，其包含序列KSSQSLLYTSSQKNYLA(SEQ ID NO:4)；HVR2-LC，其包含序列WASTRES(SEQ ID NO:5)；和(c)HVR3-LC，其包含序列QQYYAYPWT(SEQ ID NO:6)。
在任何上述实施方案中，例如，抗c-met抗体可以是人源化的。在一个实施方案中，抗c-met抗体包含任何上述实施方案中的HVR，且进一步包含受体人框架，例如人免疫球蛋白框架或人共有框架。
另一方面，抗c-met抗体包含与SEQ ID NO:7的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在某些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的VH序列相对于参照序列含有替代(例如保守替代)、插入、或删除，但是包含该序列的抗c-met抗体保留结合人c-met的能力。在某些实施方案中，在SEQ ID NO:7中替代、改变插入和/或删除了总共1到10个氨基酸。在某些实施方案中，替代、插入、或删除存在于HVR以外的区域(即在FR中)。任选地，抗c-met抗体包含SEQ ID NO:7中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。
另一方面，提供抗c-met抗体，其中该抗体包含与SEQ ID NO:8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％序列同一性的轻链可变域(VL)。在某些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的VL序列相对于参照序列含有替代(例如保守替代)、插入、或删除，但是包含该序列的抗c-met抗体保留结合c-met的能力。在某些实施方案中，在SEQ ID NO:8中替代、插入和/或删除了总共1到10个氨基酸。在某些实施方案中，替代、插入、或删除存在于HVR以外的区域(即在FR中)。任选地，抗c-met抗体包含SEQ ID NO:8中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。
在还有另一个实施方案中，抗c-met抗体包含与SEQ ID NO:8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％序列同一性的VL区和与SEQ ID NO:7的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％序列同一性的VH区。在还有又一个实施方案中，抗c-met抗体包含：HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:1；HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:2；HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:3；HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:4；HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:5；和HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:6。
另一方面，抗c-met抗体包含上文提供的任何实施方案中的VH和上文提供的任何实施方案中的VL。在一些实施方案中，抗c-met抗体是单价的且进一步包含Fc多肽。
另一方面，该c-met拮抗剂结合奥奴珠单抗表位。在一些实施方案中，该c-met拮抗剂(例如抗c-met抗体)在包含至少一个来自1)A319-A347；2)S360-V427；3)L439-T457；或4)R461-L480的氨基酸残基的结合位点处结合人c-met，其中氨基酸残基的位置是基于(或依照)SEQ ID NO:16中的位置。在一些实施方案中，该结合位点包含至少一个选自下组的氨基酸残基：c-met的A327，Q328，R331，Q332，I333，G334，A335，S336，L337，N338，D339，K368，Y369，R426，I446，G448，D449，或R469，其中氨基酸残基的位置基于SEQ ID NO:16中的位置。在一些实施方案中，该结合位点包含至少一个来自A319-A347的氨基酸残基。在一些实施方案中，该结合位点包含氨基酸残基A327，Q328，R331，Q332，I333，G334，A335，S336，L337，N338，或D339中的至少一个。在一些实施方案中，该结合位点包含氨基酸残基Q328，R331，L337，和N338中的至少一个。在依照这一段中的任一实施方案的一些实施方案中，该结合位点进一步包含至少一个来自1)S360-V427；2)L439-T457；或3)R461-L480的氨基酸残基。在依照这一段中的任一实施方案的一些实施方案中，该结合位点包含至少一个选自下组的氨基酸残基：K368，Y369，R426，I446，G448，D449，和R469。在依照任一上文所述实施方案的一些实施方案中，该结合位点包含氨基酸残基Q328，R331，L337，和N338。在一些实施方案中，该结合位点进一步包含氨基酸残基R331，Q332，I333，G334，A335，S336，D339，K368，Y369，R426，I446，G448，D449，和R469。
又一方面，本发明提供与本文中提供的抗c-met抗体结合相同表位的抗体。例如，在某些实施方案中，提供与包含VH序列SEQ ID NO:7和VL序列SEQ ID NO:8的抗c-met抗体结合相同表位的抗体。
另一方面，本发明提供与奥奴珠单抗具有相同生物学特征的抗c-met抗体。
在本发明的又一个方面，依照本文中任何实施方案的抗c-met抗体可以是单克隆抗体，包括单价抗体、嵌合抗体、人源化抗体或人抗体。在一个实施方案中，抗c-met抗体是抗体片段，例如单臂、Fv、Fab、Fab’、scFv、双抗体、或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，抗体是全长抗体，例如完整IgG1或IgG4抗体或其它抗体类或同种型，如本文中定义的。依照另一个实施方案中，抗体是双特异性抗体。在一个实施方案中，双特异性抗体包含上文所述HVR或包含上文所述VH和VL区。
在一些实施方案中，抗c-met抗体是单价的，而且包含下述各项：(a)第一多肽，其包含重链可变域(其具有序列：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYWLHWVRQAPGKGLEWVGMIDPSNSDTRFNPNFKDRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCATYRSYVTPLDYWGQGTLVTVSS(SEQ IDNO:7))、CH1序列、和第一Fc多肽；(b)第二多肽，其包含轻链可变域(其具有序列：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKSSQSLLYTSSQKNYLAWYQQKPGKAPKLLIYWASTRESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYAYPWTFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:8))、和CL1序列；和(c)第三多肽，其包含第二Fc多肽。在一些实施方案中，第一多肽包含Fc序列CPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLSCAVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLVSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:9)，而第二多肽包含Fc序列CPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ IDNO:10)。
在另一些实施方案中，抗c-met抗体是单价的，而且包含：(a)第一多肽，其包含重链，所述多肽包含序列：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYWLHWVRQAPGKGLEWVGMIDPSNSDTRFNPNFKDRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCATYRSYVTPLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLSCAVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLVSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:11)；(b)第二多肽，其包含轻链，所述多肽包含序列DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKSSQSLLYTSSQKNYLAWYQQKPGKAPKLLIYWASTRESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYAYPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:12)；和第三多肽，其包含Fc序列，所述多肽包含序列DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:13)。
作为生成多特异性抗体和/或单臂抗体和/或免疫粘附素的方法，节入穴的使用是本领域公知的。参见美国专利No.5,731,168、PCT公开No.WO2009089004、和美国专利公开No.20090182127。还可参见Marvin and Zhu,Acta Pharmacologica Sincia(2005)26(6):649-658及Kontermann(2005)Acta Pharmacol.Sin.,26:1-9。在一个实施方案中，抗体包含构成“节”和“穴”的Fc突变，如WO2005/063816中描述的。例如，穴突变可以是Fc多肽中的T366A、L368A和/或Y407V中的一项或多项，而空腔突变可以是Fc多肽中的T366W。
本文中描述了且本领域知道适合用于本发明方法的其它抗c-met抗体。例如，WO05/016382中公开的抗c-met抗体(包括但不限于抗体13.3.2、9.1.2、8.70.2、8.90.3)；由以ICLC编号PD 03001保藏于CBA(Genoa)的杂交瘤细胞系生成或识别HGF受体β链胞外域上表位(所述表位与该单克隆抗体识别的表位相同)的抗c-met抗体；WO2007/126799中公开的抗c-met抗体(包括但不限于04536、05087、05088、05091、05092、04687、05097、05098、05100、05101、04541、05093、05094、04537、05102、05105、04696、04682)；WO2009/007427中公开的抗c-met抗体(包括但不限于于2007年3月14日以编号I-3731、于2007年3月14日以编号I-3732、于2007年7月6日以编号I-3786、于2007年3月14日以编号I-3724保藏于CNCM(Institut Pasteur,Paris,France)的抗体)；20110129481中公开的抗c-met抗体；US20110104176中公开的抗c-met抗体；WO2009/134776中公开的抗c-met抗体；WO2010/059654中公开的抗c-met抗体；WO2011020925中公开的抗c-met抗体(包括但不限于自于2008年3月12日以编号I-3949保藏于CNCM(Institut Pasteur,Paris,France)的杂交瘤和于2010年1月14日以编号I-4273保藏的杂交瘤分泌的抗体)。
在一些实施方案中，c-met拮抗剂是抗肝细胞生长因子(HGF)抗体，包括但不限于人源化抗HGF抗体TAK701、rilotumumab、Ficlatuzumab、和/或WO2007/143090中描述的人源化抗体2B8。在一些实施方案中，抗HGF抗体是US7718174B2中描述的抗HGF抗体。
在一些实施方案中，c-met拮抗剂是c-met小分子抑制剂。在一些实施方案中，c-met小分子抑制剂是选择性c-met小分子抑制剂。
在一个实施方案中，c-met拮抗剂结合c-met胞外域。在一些实施方案中，c-met拮抗剂结合c-met激酶域。在一些实施方案中，c-met拮抗剂与HGF竞争c-met结合。在一些实施方案中，c-met拮抗剂与c-met竞争HGF结合。在一些实施方案中，c-met拮抗剂结合HGF。
在某些实施方案中，c-met拮抗剂是下述任一：SGX-523，Crizotinib；JNJ-38877605(CAS no.943540-75-8)，BMS-698769，PHA-665752(Pfizer)，SU5416，INC-280(Incyte；SU11274(Sugen；[(3Z)-N-(3-氯苯基)-3-({3,5-二甲基-4-[(4-甲基哌嗪-1-基)羰基]-1H-吡咯-2-基}亚甲基)-N-甲基-2-氧二氢吲哚-5-磺酰胺；CAS no.658084-23-2])，Foretinib，MGCD-265(MethylGene；MGCD-265靶向c-MET、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、Ron和Tie-2受体；CAS no.875337-44-3)，Tivantinib(ARQ 197)，LY-2801653(Lilly)，LY2875358(Lilly)，MP-470，Rilotumumab(AMG 102，抗HGF单克隆抗体)，抗体223C4或人源化抗体223C4(WO2009/007427)，人源化L2G7(人源化TAK701；人源化抗HGF单克隆抗体)；EMD1214063(Merck Sorono)，EMD 1204831(Merck Serono)，NK4，Cabozantinib(carbozantinib是met和VEGFR2的一种双重抑制剂)，MP-470(SuperGen；是c-KIT、MET、PDGFR、Flt3、和AXL的一种抑制剂)，Comp-1，Ficlatuzumab(AV-299；抗HGF单克隆抗体)，E7050(Cas no.1196681-49-8；E7050是一种双重c-met和VEGFR2抑制剂(Esai)；MK-2461(Merck；N-((2R)-1,4-二恶烷-2-基甲基)-N-甲基-N′-[3-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-5-氧-5H-苯并[4,5]环庚[1,2-b]吡啶-7-基]磺酰胺；CAS no.917879-39-1)；MK8066(Merck)，PF4217903(Pfizer)，AMG208(Amgen)，SGX-126，RP1040，LY2801653，AMG458，EMD637830，BAY-853474，DP-3590。在某些实施方案中，c-met拮抗剂是crizotinib、tivantinib、carbozantinib、MGCD-265、ficlatuzumab、人源化TAK-701、rilotumumab、foretinib、h224G11、DN-30、MK-2461、E7050、MK-8033、PF-4217903、AMG208、JNJ-38877605、EMD1204831、INC-280、LY-2801653、SGX-126、RP1040、LY2801653、BAY-853474,和/或LA480中任一种或多种。在某些实施方案中，c-met拮抗剂是crizotinib、tivantinib、carbozantinib、MGCD-265、ficlatuzumab、人源化TAK-701、rilotumumab、和/或foretinib中任一种或多种。
抗VEGF抗体和拮抗剂
要用于生成VEGF抗体的VEGF抗原可以是例如VEGF165分子以及VEGF的其它同等型或其含有期望表位的片段。在一个实施方案中，期望表位是受到贝伐珠单抗识别的表位，贝伐珠单抗与由杂交瘤ATCC HB 10709生成的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位(称作本文中定义的“A.4.6.1表位”)。可用于生成本发明的抗VEGF抗体的其它形式的VEGF对于本领域技术人员会是显而易见的。
人VEGF首先是使用牛VEGF cDNA作为杂交探针筛选自人细胞制备的cDNA文库而获得的。Leung等(1989)Science，246：1306。一种由此鉴定出的cDNA编码一种165个氨基酸的蛋白质，其与牛VEGF具有超过95％的同源性；此165个氨基酸的蛋白质通常称作人VEGF(hVEGF)或VEGF165。人VEGF的促有丝分裂活性通过在哺乳动物宿主细胞中表达人VEGF cDNA得到了验证。由经人VEGF cDNA转染的细胞条件化的培养基促进毛细血管内皮细胞增殖，而对照细胞不然。Leung等(1989)Science，见上文。进行进一步努力来经重组DNA技术克隆和表达VEGF。(参见例如Ferrara，Laboratory Investigation 72：615-618(1995)及其中引用的参考文献)。
源自可变RNA剪接，VEGF在多种组织中作为多种同二聚体形式(每个单体121，145，165，189，和206个氨基酸)表达。VEGF121是一种可溶性丝裂原，不结合肝素；更长形式的VEGF以越来越高的亲和力结合肝素。肝素结合形式的VEGF可以在羧基末端被纤溶酶切割以释放可扩散形式的VEGF。纤溶酶切割后鉴定出的羧基末端肽的氨基酸测序是Arg110-Ala111。作为同二聚体分离到的氨基末端“核心”蛋白，VEGF(1-110)以与完整VEGF165同二聚体相比相似的亲和力结合中和性单克隆抗体(诸如称作4.6.1和3.2E3.1.1的抗体)和可溶性形式的VEGF受体。
最近还鉴定出数种在结构上与VEGF有关的分子，包括胎盘生长因子(PIGF)，VEGF-B，VEGF-C，VEGF-D和VEGF-E。Ferrara和Davis-Smyth(1987)Endocr.Rev.，见上文；Ogawa等,J.Biological Chem.273：31273-31281(1998)；Meyer等,EMBO J.，18：363-374(1999)。受体酪氨酸激酶Flt-4(VEGFR-3)鉴定为VEGF-C和VEGF-D的受体。Joukov等,EMBO.J.15：1751(1996)；Lee等,PNAS USA 93：1988-1992(1996)；Achen等(1998)PNAS USA 95：548-553。VEGF-C显示出涉及对淋巴管发生的调节。Jeltsch等,Science 276：1423-1425(1997)。
已经鉴定出两种VEGF受体，即Flt-1(也称作VEGFR-1)和KDR(也称作VEGFR-2)。Shibuya等(1990)Oncogene 8：519-527；de Vries等(1992)Science 255：989-991；Terman等(1992)Biochem.Biophys.Res.Commun.187：1579-1586。神经毡蛋白-1显示为选择性VEGF受体，能够结合肝素结合性VEGF同等型(Soker等(1998)Cell 92：735-45)。
在本发明的方法中有用的抗VEGF抗体包括任何抗体或其抗原结合片段，它们以足够亲和力和特异性结合VEGF且能降低或抑制VEGF的生物学活性。抗VEGF抗体通常不会结合其它VEGF同源物，诸如VEGF-B或VEGF-C，也不会结合其它生长因子，诸如PlGF，PDGF，或bFGF。
在本发明的某些实施方案中，抗VEGF抗体包括但不限于与由杂交瘤ATCC HB10709生成的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1；依照Presta等(1997)Cancer Res.57：4593-4599生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体结合相同表位的单克隆抗体。在一个实施方案中，抗VEGF抗体是“贝伐珠单抗(BV)”，也称作“rhuMAb VEGF”或它包含经过突变的人IgG1框架区和来自小鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1的抗原结合互补决定区，阻断人VEGF结合其受体。贝伐珠单抗大约93％的氨基酸序列(包括大部分框架区)是自人IgG1衍生，而且约7％的序列是自小鼠抗体A4.6.1衍生的。
贝伐珠单抗是第一种得到FDA批准的抗血管发生疗法，而且批准用于治疗转移性结直肠癌(第一线和第二线治疗，与基于静脉内5-FU的化疗组合)，晚期非鳞状，非小细胞肺癌(NSCLC)(不可切除的，局部晚期，复发性或转移性NSCLC的一线治疗，与卡铂和帕利他赛组合)和转移性HER2阴性乳腺癌(先前未治疗的，转移性HER2阴性乳腺癌，与帕利他赛组合)。
贝伐珠单抗和其它人源化抗VEGF抗体进一步记载于2005年2月26日公告的美国专利No.6,884,879。别的抗体包括G6或B20系列抗体(例如G6-31，B20-4.1)，如记载于PCT公开号WO2005/012359，PCT公开号WO2005/044853，和美国专利申请60/991,302，通过援引明确将这些专利申请的内容收入本文。对于别的抗体，参见美国专利No.7,060,269，6,582,959，6,703,020；6,054,297；WO98/45332；WO 96/30046；WO94/10202；EP0666868B1；美国专利申请公开文本No.2006009360，20050186208，20030206899，20030190317，20030203409，和20050112126；和Popkov等，Journal of Immunological Methods 288：149-164(2004)。其它抗体包括那些结合人VEGF上包含残基F17，M18，D19，Y21，Y25，Q89，I91，K101，E103，和C104或者包含残基F17，Y21，Q22，Y25，D63，I83和Q89的功能性表位的。
在本发明的一个实施方案中，抗VEGF抗体具有包含下述氨基酸序列的轻链可变区：DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPSRFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKR(SEQ ID NO:15)；和包含下述氨基酸序列的重链可变区：EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGWINTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:14)。
依照本发明的“G6系列抗体”指自G6抗体的序列衍生的抗VEGF抗体或依照PCT公开文本No.WO2005/012359的图7，24-26，和34-35之任一的G6衍生抗体，通过援引明确将其完整公开内容收入本文。还可参见PCT公开文本No.WO2005/044853，通过援引明确将其完整公开内容收入本文。在一个实施方案中，G6系列抗体结合人VEGF上的功能性表位，其包含残基F17，Y21，Q22，Y25，D63，I83和Q89。
依照本发明的“B20系列抗体”指自B20抗体的序列衍生的抗VEGF抗体或依照PCT公开文本No.WO2005/012359的图27-29之任一的B20衍生抗体，通过援引明确将其完整公开内容收入本文。还可参见PCT公开文本No.WO2005/044853和美国专利申请60/991,302，通过援引明确将这些专利申请的内容收入本文。在一个实施方案中，B20系列抗体结合人VEGF上的功能性表位，其包含残基F17，M18，D19，Y21，Y25，Q89，I91，K101，E103，和C104。
依照本发明的“功能性表位”指抗原中有力地促进抗体结合的氨基酸残基。抗原中贡献巨大的残基中任一个的突变(例如，丙氨酸或同系物突变对野生型VEGF的突变)会破坏抗体的结合，使得抗体的相对亲和力比(IC50突变型VEGF/IC50野生型VEGF)会大于5(参见WO2005/012359的实施例2)。在一个实施方案中，相对亲和力比是通过溶液结合噬菌体展示ELISA测定的。简言之，将96孔Maxisorp免疫板(NUNC)用Fab形式的待测试抗体以PBS中2ug/ml的浓度于4℃包被过夜，并用PBS，0.5％BSA，和0.05％Tween20(PBT)于室温封闭2小时。首先将展示hVEGF丙氨酸点突变体(残基8-109形式)或野生型hVEGF(8-109)的噬菌体在PBT中的连续稀释液在Fab包被的板上于室温温育15分钟，并用PBS，0.05％Tween20(PBST)清洗板。用在PBT中1:5000稀释的抗M13单克隆抗体辣根过氧化物酶(Amersham Pharmacia)缀合物检测所结合的噬菌体，用3,3’,5,5’-四甲基联苯胺(TMB,Kirkegaard&Perry Labs,Gaithersburg,Md.)底物显色大约5分钟，用1.0M H3PO4淬灭，并以分光光度法于450nm读数。IC50值的比(IC50,ala/IC50,wt)代表了结合亲和力的降低倍数(相对结合亲和力)。
VEGF受体分子
两种表征最全面的VEGF受体是VEGFR1(也称作Flt-1)和VEGFR2(鼠同系物也称作KDR和FLK-1)。每一种受体对每一种VEGF家族成员的特异性有所不同，但是VEGF-A结合Flt-1和KDR二者。Flt-1和KDR都属于受体酪氨酸激酶(RTK)家族。RTK包含具有多样生物学活性的跨膜受体的大家族。鉴定出至少十九(19)个独特RTK亚家族。受体酪氨酸激酶(RTK)家族包括对于多种细胞类型的生长和分化至关重要的受体(Yarden和Ullrich(1988)Ann.Rev.Biochem.57：433-478；Ullrich和Schlessinger(1990)Cell 61：243-254)。RTK的内在功能在配体结合后被活化，导致受体和多种细胞底物磷酸化，随后导致多种细胞应答(Ullrich和Schlessinger(1990)Cell 61：203-212)。如此，受体酪氨酸激酶介导的信号转导通过与特定生长因子(配体)的细胞外相互作用而启动，通常接着是受体二聚化，刺激内在蛋白质酪氨酸激酶活性和受体转磷酸。由此为细胞内信号转导分子创建结合位点，并导致与一系列细胞质信号传导分子的复合物形成，推动适宜细胞应答。(例如细胞分裂，分化，代谢影响，细胞外微环境的变化)参见Schlessinger和Ullrich(1992)Neuron 9：1-20。在结构上，Flt-1和KDR都具有胞外域中的七个免疫球蛋白样结构域，单个跨膜区，和被激酶插入域中断的共有酪氨酸激酶序列。Matthews等(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88：9026-9030；Terman等(1991)Oncogene 6：1677-1683。胞外结构域涉及VEGF结合，而胞内结构域涉及信号转导。
特异性结合VEGF的VEGF受体分子或其片段可以在本发明的方法中用于结合和隔绝VEGF蛋白，由此阻止它发信号。在某些实施方案中，VEGF受体分子或其VEGF结合片段是可溶性形式，诸如sFlt-1。受体的可溶性形式发挥对VEGF蛋白生物学活性的抑制效应，其通过结合VEGF，由此阻止它结合其在靶细胞表面上存在的天然受体来实现。还包括VEGF受体融合蛋白，下文描述了它们的例子。
嵌合VEGF受体蛋白指具有自至少两种不同蛋白质(其中至少一种是VEGF受体蛋白，例如flt-1或KDR受体)衍生的氨基酸序列且能够结合并抑制VEGF生物学活性的受体分子。在某些实施方案中，本发明的嵌合VEGF受体蛋白由自只有两种不同VEGF受体分子衍生的氨基酸序列组成；然而，可以将包含一个，两个，三个，四个，五个，六个，或所有七个来自flt-1和/或KDR受体胞外配体结合区的Ig样结构域的氨基酸序列连接至来自其它无关蛋白质的氨基酸序列，例如免疫球蛋白序列。与Ig样结构域组合的其它氨基酸序列对于本领域普通技术人员会是显而易见的。嵌合VEGF受体蛋白的例子包括例如可溶性Flt-1/Fc，KDR/Fc，或FLt 1/KDR/Fc(也称作VEGF Trap)(参见例如PCT申请公开文本No.WO97/44453)。
本发明的可溶性VEGF受体蛋白或嵌合VEGF受体蛋白包括没有经跨膜结构域而固定至细胞表面的VEGF受体蛋白。因此，VEGF受体(包括嵌合受体蛋白)的可溶性形式，虽然能够结合并灭活VEGF，但是不包含跨膜结构域，并如此一般不会变成与该分子在其中表达的细胞的细胞膜相结合。
在一个实施方案中，抗体(例如本文方法中使用的抗体)可掺入任何单一或组合特征，如下文1-6节描述的。
1.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv、和scFv片段，单臂抗体，及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，见Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，见例如Pluckthün,于The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994)；还可见WO 93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；见例如美国专利No.6,248,516B1)。
单臂抗体(即重链可变域和轻链可变域形成单一抗原结合臂)公开于例如WO2005/063816；Martens et al,Clin Cancer Res(2006),12:6144。对于需要拮抗功能且抗体二价性导致不想要的激动效应的病理状况治疗，单臂抗体(即包含单一抗原结合臂的抗体)的单价性状导致和/或确保抗体结合靶分子时的拮抗功能。另外，包含Fc区的单臂抗体的特征在于与具有相似/基本上相同的抗原结合特征的Fab形式相比卓越的药动学属性(诸如体内降低的清除速率和/或延长的半衰期)，如此克服使用常规单价Fab抗体的主要缺点。用于制备单臂抗体的技术包括但不限于“结入穴”工程(参见例如美国专利No.5,731,168)。奥奴珠单抗是单臂抗体的一个例子。
可以通过多种技术，包括但不限于对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段，如本文中所描述的。
2.嵌合的和人源化的抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，自小鼠、大鼠、仓鼠、家兔、或非人灵长类，诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR，例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生，而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地，人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)，并且进一步记载于例如Riechmann等,Nature 332:323-329(1988)；Queen等,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；Kashmiri等,Methods 36:25-34(2005)(描述了SDR(a-CDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等,Methods 36:43-60(2005)(描述了“FR改组”)；及Osbourn等,Methods 36:61-68(2005)和Klimka等,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等,J.Immunol.151:2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；及Presta等,J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及Rosok等,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
3.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地，人抗体记载于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述了技术；美国专利No.7,041,870，其描述了K-M技术，和美国专利申请公开文本No.US 2007/0061900，其描述了技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；及Boerner等,J.Immunol.,147:86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein,Histologyand Histopathology,20(3):927-937(2005)及Vollmers和Brandlein,Methods andFindings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后，可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
4.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等,于Methods in MolecularBiology 178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,2001)，并且进一步记载于例如McCafferty等,Nature 348:552-554；Clackson等,Nature 352:624-628(1991)；Marks等,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,于Methods in Molecular Biology248:161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；及Lee等,J.Immunol.Methods284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如记载于Winter等,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和还有自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等,EMBO J,12:725-734(1993)描述的。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如：美国专利No.5,750,373、和美国专利公开文本No.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
5.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对c-met，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合c-met的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达c-met的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983)、WO 93/08829、和Traunecker等,EMBO J.10:3655(1991))、和“突起-入-空穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan等,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；及使用单链Fv(sFv)二聚体(见例如Gruber等,J.Immunol.,152:5368(1994))；及如例如Tutt等,J.Immunol.,147:60(1991)中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(见例如US 2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括包含结合c-met及另一种不同抗原(诸如EGFR)的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”(见例如US2008/0069820)。
6.抗体变体
在某些实施方案中，涵盖本文中提供的抗体的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除、和/或插入和/或替代。可以进行删除、插入、和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有期望的特征，例如，抗原结合。
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性、或改善的ADCC或CDC。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地，为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力、降低的免疫原性)和/或会基本上保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体，其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变，并将变体抗体在噬菌体上展示，并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
氨基酸序列插入包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
在某些实施方案中，改变本文中提供的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中，可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的、双触角寡糖，其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。见例如Wright等,TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖、和唾液酸，以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺乏附着(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的、杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的Eu编号方式)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US 2003/0157108(Presta,L.)；US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd)。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等,J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等,Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请No US 2003/0157108A1,Presta,L；及WO 2004/056312 A1,Adams等，尤其在实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；及WO2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体，例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO 2003/011878(Jean-Mairet等)；美国专利No.6,602,684(Umana等)；及US 2005/0123546(Umana等)。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO 1997/30087(Patel等)；WO 1998/58964(Raju,S.)；及WO 1999/22764(Raju,S.)。
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文中提供的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如，人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体，所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238,265,269,270,297,327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，及Shields等,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001))。
在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代，例如Fc区的位置298、333、和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如记载于美国专利No.6,194,551、WO 99/51642、及Idusogie等,J.Immunol.164:4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于US2005/0014934A1(Hinton等)，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一处或多处具有替代，例如，Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还可见Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO 94/29351，其关注Fc区变体的其它例子。
在某些实施方案中，可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在具体的实施方案中，替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它模块，诸如药物模块或接头-药物模块缀合，以创建免疫缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、右旋糖苷、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三口恶烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)、和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物数目可以变化，而且如果附着了超过一个聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能、抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，并且包括但不限于对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
在一个实施方案中，药物是包含与一种或多种细胞毒剂，诸如化学治疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如，蛋白质毒素、细菌、真菌、植物、或动物起源的酶活性毒素、或其片段)、或放射性同位素缀合的抗体(诸如c-met抗体)的免疫缀合物。
在一个实施方案中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，包括但不限于美登木素生物碱(见美国专利No.5,208,020、5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235 B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(见美国专利No.5,635,483和5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(见美国专利No.5,712,374,5,714,586,5,739,116,5,767,285,5,770,701,5,770,710,5,773,001和5,877,296；Hinman等,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；及Lode等,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(见Kratz等,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等,Bioorganic&Med.Chem.Letters16:358-362(2006)；Torgov等,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel)、帕利他塞、larotaxel、tesetaxel、和ortataxel；单端孢霉素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体，所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒蛋白(ricin)A链、相思豆毒蛋白(abrin)A链、蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链、α-帚曲霉素(sarcin)、油桐(Aleutitesfordii)毒蛋白、香石竹(dianthin)毒蛋白、美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜(Momordica charantia)抑制物、麻疯树毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂、白树毒蛋白(gelonin)、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(trichothecenes)。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射性缀合物。例子包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时，它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子，例如tc99m或I123，或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，mri)用的自旋标记物，诸如再一次的碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亚氨基硫烷(IT)，亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)、活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯)、醛类(诸如戊二醛)、双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)、和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如，可以如Vitetta等,Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头、肽酶敏感性接头、光不稳定接头、二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等,Cancer Res 52:127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、sulfo-EMCS、sulfo-GMBS、sulfo-KMUS、sulfo-MBS、sulfo-SIAB、sulfo-SMCC、和sulfo-SMPB，及SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它们是商品化的(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
结合测定法和其它测定法
一方面，对抗体测试其抗原结合活性，例如通过已知的方法诸如ELISA，Western印迹，等来进行。
另一方面，可使用竞争测定法来鉴定与包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：1的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：2的HVR-L2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：3的HVR-L3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：4的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：5的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：6的HVR-H3的抗c-met抗体和/或包含VH序列SEQ ID NO:7和VL序列SEQ IDNO:8的抗c-met抗体竞争对人c-met的结合的抗体。在一些实施方案中，可以使用此类竞争测定法来鉴定与奥奴珠单抗竞争对人c-met的结合的抗体。
用于定位拮抗剂(例如抗体)结合的表位的例示性方法是本领域公知的。参见例如Merchant,M.et al,PNAS(2013)110(32):E2987–E2996,and Morris(1996)“EpitopeMapping Protocols,”in Methods in Molecular Biology vol.66(Humana Press,Totowa,NJ)。例如，可以对药剂筛选结合人c-met或其片段和改变形式的c-met或其片段(其中结合位点上的氨基酸残基是改变的)的能力二者。如果c-met拮抗剂对改变形式的c-met的结合与人c-met或其片段相比降低(例如显著降低)，那么它测定为结合人c-met或其片段。针对改变形式的c-met或其片段的结合测定法可以与针对人c-met或其片段的结合测定法同时进行，例如作为高通量筛选背景中的反筛选(counter-screen)。或者，针对改变形式的c-met的结合测定法可以在该药剂已经鉴定/确认为结合人c-met或其片段之后进行。在一些实施方案中，该方法包括：比较a)c-met拮抗剂(例如c-met抗体)对人c-met或其片段的结合与b)c-met拮抗剂对包含Q328，R331，L337，和N338中至少一个氨基酸残基(包括例如至少2，3，或4个氨基酸残基)改变的改变形式的c-met或其片段的结合，其中选择对人c-met或其片段展现比对改变形式更大的结合亲和力的c-met拮抗剂作为选择性结合人c-met上包含在改变形式中改变的此类氨基酸残基的结合位点的c-met拮抗剂。
III.诊断方法
一方面，本发明提供诊断方法，例如用于鉴定有可能响应用c-met拮抗剂治疗的癌症患者。在一些实施方案中，该c-met拮抗剂是抗c-met抗体。在一些实施方案中，该抗c-met抗体是奥奴珠单抗。
提供的是将具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者鉴定为有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是将具有间皮瘤(例如先前治疗过的间皮瘤)的患者鉴定为有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是将具有胃癌(例如先前治疗过的胃癌)的患者鉴定为有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是将具有肾细胞癌(例如先前治疗过的肾细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是将具有肝细胞癌(例如先前治疗过的肝细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
一方面，本发明提供诊断方法，例如用于鉴定有可能响应用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)治疗的癌症患者。
提供的是将具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者鉴定为有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择该包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是将具有间皮瘤(例如先前治疗过的间皮瘤)的患者为鉴定有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择该包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是将具有胃癌(例如先前治疗过的胃癌)的患者为鉴定有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGFmRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择该包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是将具有肾细胞癌(例如先前治疗过的肾细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择该包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是将具有肝细胞癌(例如先前治疗过的肝细胞癌)的患者鉴定为有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法的方法，该方法包括：(i)测量来自该患者的样品中HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比)；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者鉴定为更有可能响应包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择该包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供癌症诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的癌症。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供癌症诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的癌症。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供成胶质细胞瘤诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的成胶质细胞瘤。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供成胶质细胞瘤诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的成胶质细胞瘤。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供间皮瘤诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的间皮瘤。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供间皮瘤诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的间皮瘤。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供胃癌诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的胃癌。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供胃癌诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的胃癌。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供肾细胞癌诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的肾细胞癌。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供肾细胞癌诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的肾细胞癌。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供肝细胞癌诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的肝细胞癌。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是提供肝细胞癌诊断的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时将该患者诊断为具有包含高HGF生物标志物的肝细胞癌。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和(b)抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)的疗法治疗该患者。
提供的是对患者推荐治疗的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时推荐用c-met拮抗剂(任选用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合)治疗。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法包含与VEGF拮抗剂组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。
提供的是对成胶质细胞瘤患者推荐治疗的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时推荐用c-met拮抗剂(任选用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合)治疗。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法包含与VEGF拮抗剂组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。
提供的是对间皮瘤患者推荐治疗的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时推荐用c-met拮抗剂(任选用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合)治疗。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法包含与VEGF拮抗剂组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。
提供的是对胃癌患者推荐治疗的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时推荐用c-met拮抗剂(任选用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合)治疗。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法包含与VEGF拮抗剂组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。
提供的是对肾细胞癌患者推荐治疗的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时推荐用c-met拮抗剂(任选用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合)治疗。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法是体外方法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法包含与VEGF拮抗剂组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。
提供的是对肝细胞癌患者推荐治疗的方法，其包括：(i)测量来自该患者的样品中的HGF生物标志物(例如HGF的水平或存在或缺失或流行度(例如表达HGF mRNA的细胞的百分比))；(ii)在该样品具有高HGF生物标志物表达时推荐用c-met拮抗剂(任选用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合)治疗。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iii)选择包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)的疗法治疗该患者。在一些实施方案中，该疗法包含任选与第二癌症药物组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该疗法包含与VEGF拮抗剂组合的c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)。在一些实施方案中，该方法是体外方法。
在本文中提供的任何发明的一些实施方案中，样品是在用c-met拮抗剂治疗之前获得的。在本文中提供的任何发明的一些实施方案中，样品是在用VEGF拮抗剂治疗之前获得的。在本文中提供的任何发明的一些实施方案中，样品是在用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂治疗之前获得的。在一些实施方案中，样品是在用癌症药物治疗之前获得的。在一些实施方案中，样品是在癌症已经转移之后获得的。在一些实施方案中，样品是福尔马林固定和石蜡包埋的(FFPE)。在一些实施方案中，对第一样品测试HGF表达(例如使用ISH或PCR)。在一些实施方案中，样品是活检(例如芯活检)，手术标本(例如来自手术切除的标本)，或细针吸出物的。
对来自患者的样品测试本文中一种或多种生物标志物的表达。组织或细胞样品的来源可以是固体组织，如来自新鲜的，冷冻的和/或保存的器官或组织样品或活检或吸出物(包括但不限于细针吸出物)；血液或任何血液组分；体液，诸如脑脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、支气管灌洗液、胸膜液(胸水)、痰液、或间隙液；来自受试者的妊娠或发育任何时间的细胞。组织样品可能包含在自然界中天然不与组织混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素、等等。本文中肿瘤样品的例子包括但不限于肿瘤活检、肿瘤细胞、血清、血浆、循环中的血浆蛋白质、腹水、衍生自肿瘤或展现出肿瘤样特性的原代细胞培养物或细胞系，支气管灌洗液，胸膜液(胸水)，痰液，脑脊液，尿液，以及保存的肿瘤样品，诸如福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤样品(包括但不限于福尔马林固定的石蜡包埋的细针吸出物样品)或冷冻的肿瘤样品。在一个实施方案中，患者样品为福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品(例如成胶质细胞瘤肿瘤样品，间皮瘤肿瘤样品，或胃癌肿瘤样品)。在一个实施方案中，患者样品是活检(例如针活检)。在一个实施方案中，患者样品是来自细针吸出物的福尔马林固定的石蜡包埋的样品。在一个实施方案中，样品是来自芯活检(例如成胶质细胞瘤芯活检，间皮瘤芯活检，胃癌芯活检，或肾细胞癌芯活检)的FFPE肿瘤样品。在一个实施方案中，患者样品是手术切除样品。可以在用癌症药物(诸如抗c-met拮抗剂)治疗患者之前或期间获得样品。可以在用癌症药物治疗患者之前或期间获得样品。可以自原发性肿瘤或自转移性肿瘤获得样品。可以在第一次诊断癌症时或者例如在肿瘤已经转移之后获得样品。肿瘤样品可以包括癌细胞，淋巴细胞，白细胞，基质，血管，结缔组织，基底层，和与肿瘤有关的任何其它细胞类型。在一些实施方案中，肿瘤样品是肺，淋巴结，胃，肝，脑，或肾的。在一些实施方案中，对肿瘤进行宏观解剖，例如为了自成胶质细胞瘤肿瘤样品去除形态上正常的脑组织。在一些实施方案中，宏观解剖的成胶质细胞瘤肿瘤样品包含良性基质细胞(例如反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和/或内皮细胞)。在一些实施方案中，对肿瘤进行宏观解剖，例如为了自间皮瘤肿瘤样品去除形态上正常的间皮组织。在一些实施方案中，宏观解剖的间皮瘤肿瘤样品包含良性基质细胞。在一些实施方案中，对肿瘤进行宏观解剖，例如为了自胃癌肿瘤样品去除形态上正常的胃组织。在一些实施方案中，宏观解剖的胃癌肿瘤样品包含良性基质细胞(例如成纤维细胞，巨噬细胞和/或内皮细胞)。在一些实施方案中，对肿瘤进行宏观解剖，例如为了自肾细胞癌肿瘤样品去除形态上正常的肾组织。在一些实施方案中，宏观解剖的肾细胞癌肿瘤样品包含良性基质细胞。在一些实施方案中，对肿瘤进行宏观解剖，例如为了自肝细胞癌肿瘤样品去除形态上正常的肝组织。在一些实施方案中，宏观解剖的肝细胞癌肿瘤样品包含良性基质细胞。
展示HGF mRNA表达的癌症或生物学样品指在诊断性测试中表达(包括过表达)HGFmRNA的癌症或生物学样品。展示HGF mRNA表达的成胶质细胞瘤样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HGF mRNA的成胶质细胞瘤样品。在一些实施方案中，成胶质细胞瘤样品包括肿瘤细胞和良性基质细胞。展示HGF mRNA表达的间皮瘤样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HGF mRNA的间皮瘤样品。在一些实施方案中，间皮瘤样品包括肿瘤细胞和良性基质细胞。展示HGF mRNA表达的胃癌样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HGF mRNA的胃癌样品。在一些实施方案中，胃癌样品包括肿瘤细胞和良性基质细胞。展示HGF mRNA表达的肾细胞癌样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HGF mRNA的肾细胞癌样品。在一些实施方案中，肾细胞癌样品包括肿瘤细胞和良性基质细胞。展示HGF mRNA表达的肝细胞癌样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HGF mRNA的肝细胞癌样品。在一些实施方案中，肝细胞癌样品包括肿瘤细胞和良性基质细胞。展示HGF mRNA表达的肉瘤样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HGF mRNA的肉瘤样品。在一些实施方案中，肉瘤样品包括肿瘤细胞和良性基质细胞。
展示c-met扩增的癌症或生物学样品指在诊断测试中具有扩增的c-met基因的癌症或生物学样品。在一些实施方案中，扩增的c-met基因是平均(在细胞群体中)大于或等于4或更多个拷贝的c-met基因，5或更多个拷贝的c-met基因，或平均8或更多个拷贝的c-met基因，或更多，诸如10或更多，12或更多，15或更多或20或更多个拷贝的c-met基因。
用于测定基因扩增、蛋白质、或mRNA表达的各种方法包括但不限于基因表达序型分析、聚合酶链式反应(PCR)(包括定量实时PCR(qRT-PCR))、逆转录酶定量PCR(rt-qPCR)、RNA-Seq、FISH、CISH、微阵列分析、基因表达连续分析(SAGE)、MassARRAY、蛋白质组学、免疫组织化学(IHC)、Northern和Southern印迹分析、原位杂交(例如单一或多重核酸原位杂交技术诸如Advanced Cell Diagnostic的RNAscope技术)，RNA酶保护测定法，和微阵列(例如Illumina BeadArrayTM技术；用于检测基因表达的珠阵列(BADG E))。还可以通过基于聚合酶链式反应(PCR)的测定法，例如定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(RT-PCR)，和逆转录酶定量PCR(rt-qPCR)来测量生物标志物。其它基于扩增的方法包括例如转录物介导的扩增(TMA)，链置换扩增(SDA)，基于核酸序列的扩增(NASBA)，和信号放大方法诸如bDNA。还可以通过例如NanoString nCounter和高覆盖率表达序型分析(HiCEP)来测量核酸生物标志物。可以使用各种技术诸如微芯片，荧光极化测定法，测序，和基质辅助激光解吸离子化(MALDI)质谱术来实施对扩增的核酸序列的分析。在一些实施方案中，通过测序来分析扩增的核酸。在一些实施方案中，对核酸表达进行测量和/或定量。在一些实施方案中，对蛋白质表达进行测量和/或定量。
现在会更加详细地描述用于测定生物标志物表达的多种例示性方法。
PCR测定法是本领域公知的，包括但不限于实时PCR(RT-PCR)测定法诸如定量PCR测定法，包括逆转录酶定量PCR(rt-qPCR)。用于实施定量PCR测定法的平台包括：Fluidigm(例如BioMarkTM HD系统)，Roche Molecular System(例如cobas 4800系统)。
在一个实施方案中，使用如下方法来检测HGF核酸(例如HGF mRNA)，该方法包括(a)使用至少一种引物通过逆转录自样品生成cDNA；(b)扩增cDNA；并(c)检测扩增的cDNA的存在。另外，此类方法可以包括一个或多个容许测定样品中mRNA的水平的步骤(例如通过同时或分开检查某种基因(例如持家基因，诸如肌动蛋白家族成员)的比较性对照mRNA序列的水平)。任选地，可以测定扩增的cDNA的序列。
在一些实施方案中，使用如下方法来检测HGF核酸(例如HGF mRNA)，该方法包括(a)对自患者癌症样品(诸如FFPE固定的患者癌症样品)提取的核酸(例如mRNA)实施PCR；并(b)测定样品中核酸的表达。
在核酸水平，可以通过电泳，Northern和Southern印迹分析，原位杂交(例如单一或多重核酸原位杂交)，RNA酶保护测定法，和微阵列(例如Illumina BeadArrayTM技术；用于检测基因表达的珠阵列(BADG E))来测量生物标志物。还可以通过基于聚合酶链式反应(PCR)的测定法，例如定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)，和逆转录酶定量PCR(rt-qPCR)来测量生物标志物。其它基于扩增的方法包括例如转录物介导的扩增(TMA)，链置换扩增(SDA)，基于核酸序列的扩增(NASBA)，和信号放大方法诸如bDNA。还可以通过基于测序的技术诸如例如，基因表达连续分析(SAGE)，RNA-Seq，和高通量测序技术(例如大量平行测序)，和Sequenom 技术来测量核酸生物标志物。还可以通过例如NanoString nCounter和高覆盖率表达序型分析(HiCEP)来测量核酸生物标志物。
在上文所列的技术中，一种灵敏且灵活的定量方法是rt-qPCR，其可用于比较不同样品群中的，正常和肿瘤组织中的，有或无药物处理下的mRNA水平，表征基因表达样式，区分密切相关的mRNA，及分析RNA结构。
第一步是自靶样品分离mRNA。起始材料典型的是分别从人肿瘤或肿瘤细胞系及相应的正常组织或细胞系分离的总RNA。如此，可从多种原发性肿瘤中分离RNA，包括乳房、肺、结肠、前列腺、脑、肝、肾、胰、胃、胆囊、脾、胸腺、睾丸、卵巢、子宫、等，相应的正常的组织，或肿瘤细胞系。如果mRNA的来源是原发性肿瘤，那么mRNA可从例如冷冻的或归档的石蜡包埋且固定(例如福尔马林固定)的组织样品提取。用于提取mRNA的通用方法是本领域公知的，公开于分子生物学的标准教科书中，包括Ausubel等人，《Current Protocols ofMolecular Biology》，John Wiley and Sons，1997。用于从石蜡包埋组织提取RNA的方法公开于例如Rupp and Locker,Lab Invest.56:A67(1987)；De Andrés et al.,BioTechniques 18:42044(1995)。具体而言，RNA分离可使用来自商业制造商诸如Qiagen的纯化试剂盒、缓冲液组和蛋白酶依照制造商的说明书实施。例如，来自培养细胞的总RNA可使用Qiagen RNeasy微型柱分离。其它商品化RNA分离试剂盒包括完整DNA和RNA纯化试剂盒(Madison,Wis.)和石蜡块RNA分离试剂盒(Ambion,Inc.)。来自组织样品的总RNA可使用RNA Stat-60(Tel-Test)分离。从肿瘤制备的RNA可通过例如氯化铯密度梯度离心来分离。
由于RNA不能充当PCR的模板，通过PCR进行基因表达序型分析的第一步是将RNA模板逆转录成cDNA，接着是它在PCR反应中的指数式扩增。最常用的两种逆转录酶是禽类成髓细胞白血病病毒逆转录酶(AMV-RT)和莫洛尼(Moloney)鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)。逆转录步骤典型的使用特异性引物、随机六聚物、或oligo-dT引物引发，取决于表达序型分析的境况和目标。例如，提取的RNA可使用GENEAMPTM RNA PCR试剂盒(Perkin Elmer,Calif.,USA)遵循制造商的说明书逆转录。然后可将衍生的cDNA作为模板用于后续PCR反应。尽管PCR步骤可使用多种热稳定的DNA依赖性DNA聚合酶，典型的采用Taq DNA聚合酶，它具有5′-3′核酸酶活性但缺乏3′-5′校正内切核酸酶活性。如此，PCR典型地利用Taq或Tth聚合酶的5′-核酸酶活性来水解与其靶扩增子结合的杂交探针，但是可使用具有等效5′核酸酶活性的任何酶。使用两种寡核苷酸引物来生成扩增子，典型的是PCR反应的。第三种寡核苷酸或探针设计用于检测位于前两种PCR引物之间的核苷酸序列。探针是Taq DNA聚合酶不可延伸的且用报道荧光染料和淬灭荧光染料标记。在两种染料正如它们在探针上的那样位置靠近时，任何激光诱发的来自报道染料的发射受到淬灭染料的淬灭。在扩增反应期间，Taq DNA聚合酶以模板依赖性方式切割探针。所得探针片段在溶液中解离，来自所释放报道染料的信号不再受到第二荧光团的淬灭效应的作用。每合成一个新的分子就释放一个分子的报道染料，未淬灭报道染料的检测提供了数据定量阐述的基础。
PCR可使用商品化设备实施，诸如例如ABI PRISM (Perkin-Elmer-Applied Biosystems,Foster City,Calif.,USA)或Lightcycler(Roche Molecular Biochemicals,Mannheim,Germany)。在一个实施方案中，在实时定量PCR装置上运行5′核酸酶规程，诸如ABI PRISM 序列检测系统。该系统由热循环仪、激光(器)、电荷耦合装置(CCD)、照相机和计算机组成。该系统在热循环仪上以96孔形式扩增样品。在扩增过程中，通过光纤电缆实时收集所有96个孔的激光诱发的荧光信号，并在CCD处检测。该系统包括用于运行设备和分析数据的软件。
5′-核酸酶测定法数据最初可以表述为Ct，或循环阈值(threshold cycle)。在每个循环期间记录荧光值并代表至扩增反应中该点时扩增的产物的量。首次记录到有统计学意义的荧光信号的点即循环阈值(Ct)。
为了将错误和样品间变异的影响降至最低，通常使用内部标准物实施PCR，内部标准物在不同组织间以恒定水平表达，不受实验处理的影响。最频繁的用于基因表达样式标准化的RNA是持家基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)和β-肌动蛋白的mRNA。
PCR技术的一种最新变异是定量实时PCR(qRT-PCT)，它通过双重标记的荧光生成探针(即探针)测量PCR产物积累。定量实时聚合酶链式反应技术指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤测量PCR产物的量。这种技术已经记载于多份出版物，包括Cronin et al.,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；Ma et al.,Cancer Cell.5:607-616(2004)。实时PCR与定量竞争性PCR(其中使用每种靶序列的内部竞争物来进行标准化)和定量比较性PCR(使用样品内包含的标准化基因或持家基因供PCR之用)都兼容。更多详情参阅例如Held et al.,Genome Research 6:986-994(1996)。逆转录定量聚合酶链式反应(rt-qPCR)技术是PCR的一种形式，其中要扩增的核酸是RNA，首先将RNA逆转录成cDNA，并在PCR反应的每个步骤测量PCR产物的量。
多份发表的期刊论文给出了使用固定的、石蜡包埋的组织作为RNA来源用于基因表达序型分析的代表性方案的步骤，包括mRNA分离、纯化、引物延伸和扩增(例如Godfreyet al.,J.Molec.Diagnostics 2:84-91(2000)；Specht et al.,Am.J.Pathol.158:419-29(2001))。简言之，一种代表性方法由切出石蜡包埋的肿瘤组织样品的约10微米厚切片开始。然后，提取mRNA，并除去蛋白质和DNA。分析RNA浓度后，在必要时可包括RNA修复和/或扩增步骤，并使用基因特异启动子逆转录RNA，随后是PCR。
依照本发明的一个方面，PCR引物和探针是基于待扩增基因中存在的内含子序列设计的。在这个实施方案中，引物/探针设计的第一步是描绘基因内的内含子序列。这可通过公众可得到的软件来进行，诸如由Kent,W.,Genome Res.12(4):656-64(2002)开发的DNABLAT软件或BLAST软件，包括其变异。后续步骤遵循完全建立的PCR引物和探针设计方法。
因而，在一个实施方案中，可以使用如下方法来测定HGF生物标志物，该方法包括：(a)提供包含或怀疑包含靶核酸的样品；(b)自所述样品分离mRNA；(c)自所述样品纯化mRNA；(d)实施RNA逆转录cDNA；(e)提供至少一套能够杂交至所述靶核酸的cDNA的两种PCR探针；(f)提供设计成在两种PCR探针之间杂交至所述靶核酸的第三探针，其中该第三探针是Taq DNA聚合酶不可延伸的且用报道荧光染料和淬灭荧光染料标记；(g)使用PCR扩增所述靶核酸的cDNA；(h)通过检测未淬灭的报道染料的量对所述样品中所述靶核酸的量定量；(i)比较所述样品中所述靶核酸的量与内部标准的表达水平。
在一个实施方案中，可以使用如下方法来测定HGF生物标志物，该方法包括：(a)提供包含或怀疑包含HGF核酸的样品，其中该样品包含石蜡包埋的，福尔马林固定的组织样品(例如石蜡包埋的，福尔马林固定的成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤组织样品)；(b)自所述样品分离HGF mRNA；(c)自所述样品纯化HGF mRNA；(d)实施RNA逆转录成cDNA；(e)提供至少一套能够杂交至HGF的cDNA的两种PCR探针(f)提供设计成在两种PCR探针之间杂交至所述靶核酸的第三探针，其中该第三探针是Taq DNA聚合酶不可延伸的且用报道荧光染料和淬灭荧光染料标记；(g)使用PCR扩增HGF的cDNA；(h)通过检测未淬灭的报道染料的量对所述样品中HGF核酸的量定量；(i)基于HGF的Ct值和内部标准的均值Ct值的差异比较所述样品中HGF核酸的量与一种或多种内部标准的表达水平(例如GAPDH，β-肌动蛋白，AL-1377271，和/或VPS-33B的表达水平)。
在一些实施方案中，大量的HGF生物标志物(高HGF生物标志物)指高HGF mRNA(例如样品中，例如患者的癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的肿瘤切片中)。在一些实施方案中，HGF mRNA表达是使用基于扩增的测定法测定的。在一些实施方案中，基于扩增的测定法是基于PCR的测定法。在一些实施方案中，基于PCR的测定法是定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)或逆转录定量PCR(rt-qPCR)。在一些实施方案中，HGF mRNA表达是使用rt-qPCR测定的。在一些实施方案中，HGF mRNA表达是使用Fluidigm基因表达分析测定的。在一些实施方案中，高HGF mRNA是基于与如下的标准相比的相对表达水平而确定的，该标准是通过测量自患者的参照群体获得的肿瘤样品中的HGF mRNA水平而确立的，该参照群体包含代表性数目的患者，包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者。在一些实施方案中，该代表性数目的患者是10或更多名患者。在一些实施方案中，该代表性数目的患者是25或更多名患者。在一些实施方案中，该代表性数目的患者是50或更多名患者。在一些实施方案中，该代表性数目的患者是100或更多名患者。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的成胶质细胞瘤患者(例如复发性成胶质细胞瘤)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的间皮瘤患者(例如复发性间皮瘤)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的胃癌患者(例如复发性胃癌)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的肾细胞癌患者(例如复发性肾细胞癌)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的肝细胞癌患者(例如复发性肝细胞癌)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的肉瘤患者(例如复发性肉瘤)。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的高HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其大于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中50％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的高HGF mRNA表达水平是如下的HGFmRNA表达水平，其大于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中60％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的高HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其大于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中65％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的高HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其大于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中70％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的高HGFmRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其大于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中75％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的高HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其大于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中80％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，肿瘤样品包含成胶质细胞瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含间皮瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含胃癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含肾细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含肝细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含肉瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。
在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是使用基于扩增的测定法测定的。在一些实施方案中，基于扩增的测定法是基于PCR的测定法。在一些实施方案中，基于PCR的测定法是定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)或逆转录定量PCR(rt-qPCR)。在一些实施方案中，基于PCR的测定法是rt-qPCR。在一些实施方案中，高HGFmRNA生物标志物是使用Fluidigm基因表达分析测定的。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是通过测定HGF mRNA的Ct与来自参照基因的mRNA的Ct比较而确定的。在一些实施方案中，参照基因是在多种细胞系间，在新鲜冷冻的组织样品中，和在福尔马林固定的石蜡包埋的组织样品中以相等水平稳定表达的基因。在一些实施方案中，测定数种参照基因的Ct，并将均值Ct与HGF mRNA的Ct比较。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是通过测定HGF表达的ΔCt而确定的，其中ΔCt等于HGF的均值Ct减去靶基因的均值Ct。
在一些实施方案中，小量的HGF生物标志物(低HGF生物标志物)指低HGF mRNA生物标志物(例如样品中，例如患者的癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的肿瘤切片中)。在一些实施方案中，低mRNA表达是使用基于扩增的测定法确定的。在一些实施方案中，基于扩增的测定法是基于PCR的测定法。在一些实施方案中，基于PCR的测定法是定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)或逆转录定量PCR(rt-qPCR)。在一些实施方案中，HGF mRNA表达是使用rt-qPCR测定的。在一些实施方案中，HGF mRNA表达是使用Fluidigm基因表达分析测定的。在一些实施方案中，低HGFmRNA是基于与如下的标准相比的相对表达水平而确定的，该标准是通过测量自患者的参照群体获得的肿瘤样品中的HGF mRNA水平而确立的，该参照群体包含代表性数目的患者，包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者。在一些实施方案中，该代表性数目的患者是10或更多名患者。在一些实施方案中，该代表性数目的患者是25或更多名患者。在一些实施方案中，该代表性数目的患者是50或更多名患者。在一些实施方案中，该代表性数目的患者是100或更多名患者。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的成胶质细胞瘤患者(例如复发性成胶质细胞瘤)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的间皮瘤患者(例如复发性间皮瘤)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的胃癌患者(例如复发性胃癌)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的肾细胞癌患者(例如复发性肾细胞癌)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的肝细胞癌患者(例如复发性肝细胞癌)。在一些实施方案中，本文所述患者的参照群体包含代表性数目的肉瘤患者(例如复发性肉瘤)。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的低HGFmRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其小于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中50％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的低HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其小于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中60％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的低HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其小于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中65％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的低HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其小于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中70％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的低HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其小于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中75％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，患者肿瘤样品的低HGF mRNA表达水平是如下的HGF mRNA表达水平，其小于自包含具有特定癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者的参照患者群体获得的肿瘤样品中80％的HGF mRNA表达水平。在一些实施方案中，肿瘤样品包含成胶质细胞瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含间皮瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含胃癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含肾细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含肝细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，肿瘤样品包含肉瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。
在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是使用基于扩增的测定法测定的。在一些实施方案中，基于扩增的测定法是基于PCR的测定法。在一些实施方案中，基于PCR的测定法是定量PCR，实时PCR，定量实时PCR(qRT-PCR)，逆转录酶PCR(rt-PCR)或逆转录定量PCR(rt-qPCR)。在一些实施方案中，基于PCR的测定法是rt-qPCR。在一些实施方案中，低HGFmRNA生物标志物是使用Fluidigm基因表达分析测定的。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是通过测定HGF mRNA的Ct与来自参照基因的mRNA的Ct比较而确定的。在一些实施方案中，参照基因是在多种细胞系间，在新鲜冷冻的组织样品中，和/或在福尔马林固定的石蜡包埋的组织样品中以相等水平稳定表达的基因。在一些实施方案中，测定数种参照基因的Ct，并将均值Ct与HGF mRNA的Ct比较。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是通过测定HGF表达的ΔCt而确定的，其中ΔCt等于HGF的均值Ct减去靶基因的均值Ct。
ISH指一种类型的杂交，其使用互补DNA或RNA链(即探针)在组织的一部分或切片中定位特定DNA或RNA序列(原位)。引物和探针类型包括但不限于双链DNA(dsDNA)，单链DNA(ssDNA)，单链互补RNA(sscRNA)，信使RNA(mRNA)，微小RNA(miRNA)，和合成寡核苷酸。在一些实施方案中，探针是经过标记的，例如用荧光标记物(例如FISH，或荧光原位杂交)。在一些实施方案中，探针是经过标记的，例如用产色标记物(例如CISH，或产色原位杂交)。在一些实施方案中，实施ISH(例如使用DNA引物)，然后使用基于杂交的信号放大(例如使用放大探针和标记物探针)来放大ISH信号。基于杂交的信号放大的例子包括使用分支DNA分子来放大ISH信号。利用基于杂交的信号放大的例示性平台包括：(Affymetrix)；(Advanced Cell Technology)。可以单路(单一靶)或多路(多个靶)实施ISH。例如，对于QuantiGene测定法，使用探针套组杂交至靶mRNA。一种典型的探针套组利用多至20或更多对寡核苷酸探针。在探针套组杂交后，添加前置放大器，放大器和标记物探针以生成信号进行显现。前置放大器探针结合至靶特异性探针，然后放大器探针结合至前置放大器探针，接着是标记物探针结合至放大器探针。例如，对于测定法技术(Advanced Cell Technology)，两种或更多种捕捉探针连续杂交到靶mRNA上。捕捉探针可以含有例如18-25个碱基的与靶RNA互补的区域，间隔物序列，和15个碱基的尾部。使用一对靶探针，各自拥有不同类型的尾部序列，并连续杂交至靶区域(约50bp)。探针上的两种“尾部”序列形成28个碱基的前置放大器探针杂交位点，前置放大器探针含有多个(例如20个)放大器探针结合位点，放大器探针继而含有多个(例如20个)标记物探针结合位点。前置放大器，放大器和标记物探针顺序杂交至每一对捕捉探针，导致积累多达8,000个标记物分子/1kb靶RNA。标记物探针可以缀合至荧光团或产色酶(例如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶)，从而能够分别在标准明视场或落射荧光显微镜下查看杂交信号。因而，在一个实施方案中，可以使用如下方法来测定HGF生物标志物，该方法包括：(a)提供包含或怀疑包含所述靶核酸的样品；(b)提供至少一套能够杂交至所述靶核酸的两种或更多种捕捉探针；(c)提供：(i)能够杂交至标记物探针的放大器；(ii)能够杂交至放大器且能够杂交至所述两种或更多种捕捉探针的套组的前置放大器；(iii)标记物探针；(d)将所述两种或更多种捕捉探针的套组与所述靶核酸杂交；(e)将前置放大器，放大器和标记物探针捕捉至所述两种或更多种捕捉探针的套组，由此将标记物探针捕捉至所述靶核酸；并(f)检测与捕捉到的标记物探针有关的标记物的存在，缺失，或量。
在一些实施方案中，大量的HGF生物标志物(高HGF生物标志物)指高HGF mRNA生物标志物(例如样品中，例如患者的癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的肿瘤切片中)。在一些实施方案中，HGF mRNA表达是使用ISH测定的。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有1％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有2％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有3％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有4％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有5％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有6％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有7％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有8％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有9％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有10％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有12％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有15％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有20％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有25％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有30％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有35％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有40％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有50％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有55％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有60％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有65％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有70％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是样品中有75％或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，细胞是成胶质细胞瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是间皮瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是胃癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肾细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肝细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肉瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。
在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在(例如样品中，例如患者的癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)肿瘤切片中)约10个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约11个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约12个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约13个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约14个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约15个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约16个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约20个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约25个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约30个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约35个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约40个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约45个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约50个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约55个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约60个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约70个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约75个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在约80个或更多HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，细胞是成胶质细胞瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是间皮瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是胃癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肾细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肝细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肉瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。
在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是ISH得分为大于2+。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是ISH得分为大于3+。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是ISH得分为2+或3+。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是ISH得分为大于1+。
在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是众多细胞中存在HGF ISH阳性信号(例如如使用配备有低倍数物镜的光学显微镜观察的)。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是频繁的细胞中存在HGF ISH阳性信号(例如如使用中等或高倍数物镜使用光学显微镜观察的)。
在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在用配备有低倍数物镜(例如10倍物镜)的光学显微镜查看样品时容易观察到的HGF ISH阳性信号。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在用配备有中等倍数物镜(例如20倍物镜)或高倍数物镜(例如40倍物镜)的光学显微镜查看样品时容易观察到的HGF ISH阳性信号。
在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过2个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶(例如样品中，例如患者的癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的肿瘤切片中)。如本文中使用的，“灶”指HGF mRNA ISH信号阴性细胞围绕的一个或多个HGF ISH信号阳性细胞。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过3个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过4个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过5个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过6个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过7个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过8个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过9个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过10个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过11个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过12个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过13个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGFmRNA生物标志物是存在超过14个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过15个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过16个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过17个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过18个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶。在一些实施方案中，高HGF mRNA生物标志物是存在超过19个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶(或更多，诸如超过20，25，30，35，40，45，50或更多个包含HGF ISH信号阳性细胞的灶)。在一些实施方案中，细胞是成胶质细胞瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是间皮瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是胃癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肾细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肝细胞癌肿瘤细胞和良性基质细胞。在一些实施方案中，细胞是肉瘤肿瘤细胞和良性基质细胞。
在一些实施方案中，在以低放大倍数(例如大致等同于10倍物镜)使用光学显微镜查看载片时，灶是可见的。在一些实施方案中，在以中等放大倍数(例如大致等同于20倍物镜)使用光学显微镜查看载片时，灶是可见的。在一些实施方案中，在以高放大倍数(例如大致等同于40倍物镜)使用光学显微镜查看载片时，灶是可见的。
在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为小于2+。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为小于1+。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为0或1+。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为0。
在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是少数细胞中存在HGF ISH阳性信号，例如10个或更少，诸如9，8，7，6个，或更少(例如如使用配备有中等或高倍数物镜的光学显微镜观察的)，例如患者的癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的切片中。在一些实施方案中，低HGF mRNA生物标志物是没有细胞中存在HGF ISH阳性信号(例如如使用配备有中等或高倍数物镜的光学显微镜观察的)。
在一些实施方案中，比较HGF mRNA ISH阳性信号与阳性对照，例如对已知表达和分泌HGF的KP4胰腺肿瘤细胞(Riken BioResource Center，订购号RCB1005)实施的HGFISH。在一些实施方案中，比较HGF mRNA ISH阳性信号与阴性对照，例如用DapB ISH探针探查的KP4细胞。
在一些实施方案中，IHC(下文进一步讨论)和ISH测定法型式包括对为了显微镜检查在合适固体支持物(例如载玻片或其它平坦支持物)上封固的组织切片进行一系列处理步骤，通过选择性染色突显疾病状态的某些形态学指示物或检测生物学标志物。
在一些实施方案中，在实施在ISH或IHC(下文进一步讨论)测定法型式中检测靶物之前，要实施检测前规程。它可以涉及例如下述步骤：切割和修整组织，固定，脱水，石蜡浸润，切成薄切片，封固到载玻片上，烘烤，脱石蜡，再水合，抗原修复，封闭步骤，应用一抗，清洗，应用二抗-酶缀合物和清洗。
许多固定和包埋组织标本的方法是已知的，例如醇固定和福尔马林固定和后续石蜡包埋(FFPE)。下文关于IHC进一步讨论固定和包埋组织标本的方法。
在一些实施方案中，经由预处理标本来修复或揭露靶抗原以提高大多数靶物的反应性。抗原修复(抗原揭露)的广泛综述可参见Shi et al.,1997,J Histochem Cytochem,45(3):327。抗原修复包括使得靶物对于与特异性检测试剂的反应性而言的可及性最大化的各种方法。最常见的技术是在适宜缓冲液中蛋白水解酶(例如蛋白酶，链霉蛋白酶，胃蛋白酶，木瓜蛋白酶，胰蛋白酶或神经氨酸酶)的酶促消化或在适宜pH稳定的缓冲液(通常含有EDTA，EGTA，Tris-HCl，柠檬酸盐，脲，甘氨酸-HCl或硼酸)中使用微波照射，水浴，蒸箱，普通烤箱，高压灭菌锅或高压锅加热的热诱导表位修复(HIER)。抗原修复缓冲液可以是含水的，但是也可以含有其它溶剂，包括沸点超过水的溶剂。另外，在一些实施方案中，可以通过不同物理方法来提高信噪比，包括在试剂温育之前或期间冷冻和融化切片，或应用真空和超声。作为检测规程中的一个步骤，可以去除内源生物素结合位点或内源酶活性(例如磷酸酶，过氧化氢酶或过氧化物酶)，例如，可以通过用过氧化物处理来去除内源生物素和过氧化物酶活性。可以通过用左旋咪唑处理来去除内源磷酸酶活性。可以通过加热来破坏内源磷酸酶和酯酶。可以使用用惰性蛋白质像马血清清蛋白(HSA)，酪蛋白，牛血清清蛋白(BSA)，和卵清蛋白，胎牛血清或其它血清，或去污剂像Tween20，Triton X-100，Saponin，Brij或Pluronics封闭非特异性结合位点。也可以使用用未标记且靶物非特异性型式的特异性试剂封闭组织或细胞中的非特异性结合位点。
在一些实施方案中，于探针的解链温度Tm以下约15至约25℃的温度实施杂交。通过使用含有探针及其它成分(例如有机溶剂，离子溶液)的杂交缓冲液实施杂交。可以实施杂交后清洗以去除未结合的探针和仅仅部分结合的探针。例如，可以于Tm以下约10至约15℃的温度和/或通过使用具有递减盐浓度的溶液实施清洗。
在一些实施方案中，可以遵循该方法的规程(a)在与免疫特异性试剂的关键温育之后在载片上封固组织切片。然后对载片上封固的组织切片进行检测过程的剩余部分。在一些实施方案中，还可以使用自由漂浮技术来制备样品和检测靶分子。在这种方法中，在适宜的容器(例如微量离心管)中以悬浮或自由漂浮状态使组织切片接触不同试剂和清洗缓冲液。
RNA-Seq(也称作全转录组鸟枪测序(WTSS))指使用高通量测序技术来对cDNA测序以获得关于样品的RNA内容物的信息。描述RNA-Seq的出版物包括：Wang et al.“RNA-Seq:arevolutionary tool for transcriptomics”Nature Reviews Genetics 10(1):57-63(January 2009)；Ryan et al.BioTechniques 45(1):81-94(2008)；及Maher et al."Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer".Nature 458(7234):97-101(January 2009)。
差异基因表达也可使用微阵列技术来鉴定或验证。如此，可使用微阵列技术在新鲜的或石蜡包埋的肿瘤组织中测量成胶质细胞瘤相关基因、间皮瘤相关基因、胃癌相关基因、肾细胞癌相关基因、肝细胞癌相关基因、或肉瘤相关基因的表达序型。在这种方法中，在微芯片基片上涂布(plate)或排列(array)感兴趣多核苷酸序列(包括cDNA和寡核苷酸)。然后使排列的序列与来自感兴趣细胞或组织的特异性DNA探针杂交。正如在PCR方法中一样，mRNA的来源典型的是从人肿瘤或肿瘤细胞系及相应的正常组织或细胞系分离的总RNA。如此，RNA可以从多种原发性肿瘤或肿瘤细胞系分离。如果mRNA的来源是原发性肿瘤，那么mRNA可从例如冷冻的或归档的石蜡包埋且固定(例如福尔马林固定)的组织样品提取，所述组织样品是日常临床实践中常规制备和保存的。
在微阵列技术的一个具体实施方案中，将PCR扩增的cDNA克隆的插入物以密集阵列应用至基片。优选的是，将至少10,000种核苷酸序列应用至基片。以每种10,000个成分固定在微芯片上的微阵列基因适于在严格条件下杂交。荧光标记的cDNA探针可通过从感兴趣组织提取的RNA的逆转录中掺入荧光核苷酸来生成。应用至芯片的经标记cDNA探针与阵列上的每个DNA斑点以特异性发生杂交。严格清洗以除去非特异性结合的探针后，通过共聚焦激光显微镜检术或通过其它检测方法诸如CCD照相机扫描芯片。每种阵列成分的杂交的定量容许评估相应mRNA的丰度。凭借双重有色荧光，将从两种RNA来源生成的分开标记的cDNA探针与阵列成对杂交。如此同时测定来自对应于每种指定基因的两种来源的转录物的相对丰度。小型化规模的杂交提供了大量基因表达样式的便利且快速评估。此类方法已经显示出检测以每个细胞少数拷贝表达的罕见转录物所要求的灵敏度及可再现的检测表达水平的至少约2倍差异(Schena et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93(2):106-149(1996))。微阵列分析可使用商品化设备遵循制造商的方案进行，诸如使用Affymetrix GENCHIPTM技术、或Incyte的微阵列技术。
为大规模分析基因表达而开发的微阵列方法使得有可能系统搜索多种肿瘤类型中的癌症分类和后果预测的分子标志物。
基因表达连续分析(SAGE)是容许同时且定量分析大量基因转录物且不需要为每种转录物提供个别杂交探针的一种方法。首先，生成包含足以唯一鉴定一种转录物的信息的一种短序列标签(约10-14bp)，倘若该标签是从每种转录物内的一个唯一位置得到的。然后，将许多转录物连接起来以形成长、连续分子，它们可测序，以同时揭示多种标签的身份(identity)。任何转录物群的表达样式可通过测定个别标签的丰度并鉴定与每种标签对应的基因来定量评估。更多详情参见例如Velculescu et al.,Science 270:484-487(1995)；Velculescu et al.,Cell 88:243-51(1997)。
MassARRAY(Sequenom,San Diego,Calif.)技术是一种使用质谱术(MS)进行检测的自动化、高通量基因表达分析方法。依照此方法，在分离RNA、逆转录并PCR扩增之后，对cDNA进行引物延伸。纯化cDNA衍生的引物延伸产物，并分配到芯片阵列上，该芯片阵列预先加载有MALDI-TOF MS样品制备所需要的成分。通过分析所获得的质谱中的峰面积对反应中存在的各种cDNA定量。
一般而言，基因表达序型分析的方法可分成两大组：基于多核苷酸杂交分析的方法，和基于多核苷酸测序的方法。本领域中已知用于样品中mRNA表达定量的最常使用的方法包括Northern印迹和原位杂交(Parker&Barnes,Methods in Molecular Biology 106:247-283(1999))；RNA酶保护测定法(Hod,Biotechniques 13:852-854(1992))；及聚合酶链式反应(PCR)(Weis等,Trends in Genetics 8:263-264(1992))。或者，可采用能识别特定双链体(包括DNA双链体、RNA双链体、及DNA-RNA杂合双链体或DNA-蛋白质双链体)的抗体。基于测序的基因表达分析的代表性方法包括基因表达连续分析(SAGE)和通过大规模平行签名测序(MPSS)的基因表达分析。
可以自患者样品(例如血浆，血清，尿液，脑脊液，痰液，粪便，呼吸冷凝液，肿瘤，其它组织测定HGF蛋白质。用于测定HGF蛋白质的方法是本领域知道的且包括ELISA，质谱术，表面等离振子共振，western印迹，IHC，和其它公知方法。参见例如Mai et al,MolecCancer Ther(2013)13(2):540-52。用于检测HGF的试剂盒可通过商业途径获得。
组织切片的免疫组化染色(IHC)已经证明是一种评估或检测样品中蛋白质存在的可靠方法。免疫组化技术利用抗体来探查和显现原位细胞抗原，通常通过显色或者荧光方法。如此，使用对每种标志物特异性的抗体或抗血清，在一些实施方案中，多克隆抗血清，和在一些实施方案中，单克隆抗体来检测表达。如下文极为详细讨论的，抗体可通过直接标记抗体自身来检测，例如用放射性标记物、荧光标记物、半抗原标记物诸如生物素、或酶诸如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶。或者，未标记一抗与经标记二抗联合使用，包括对一抗特异性的抗血清、多克隆抗血清或单克隆抗体。免疫组化方案和试剂盒是本领域众所周知的，而且可通过商业途径获得。
在一些实施方案中，IHC测定法是直接测定法，其中直接测定抗体与靶抗原的结合。这种直接测定法使用经过标记的试剂，诸如荧光标签或酶标记的一抗，其不需要进一步的抗体相互作用就能显现。在一些实施方案中，IHC测定法是间接测定法。在一种典型的间接测定法中，未缀合的第一抗体结合至抗原，然后经过标记的第二抗体(secondaryantibody)结合至第一抗体。若第二抗体缀合有酶标记物，则添加显色底物或荧光底物以提供抗原的显现。因为数个第二抗体可以与第一抗体上的不同表位反应，所以发生信号放大。
用于免疫组化的第一和/或第二抗体通常用可检测模块进行标记。可利用许多标记物，一般可分成以下几类：
(a)放射性同位素，诸如35S、14C、125I、3H和131I。例如，可使用Current Protocols inImmunology,卷1和2,Coligen等编,Wiley-Interscience,New York,N.Y.,Pubs.1991中描述的技术用放射性同位素标记抗体，并可使用闪烁计数来测量放射性。
(b)胶体金颗粒。
(c)荧光标记物，包括但不限于稀士螯合物(铕螯合物)、德克萨斯红、若丹明、荧光素、丹酰、丽丝胺、伞形酮、藻红蛋白、藻蓝蛋白、或商品化荧光团诸如SPECTRUM 和SPECTRUM 和/或上述一种或多种的衍生物。例如，可使用CurrentProtocols in Immunology,见上文中披露的技术使荧光标记物与抗体缀合。可使用荧光计对荧光进行定量。
(d)可利用各种酶-底物标记物且美国专利No.4,275,149中提供了有关它们中的一些的综述。酶一般催化可使用多种技术测量的显色底物的化学改变。例如，酶可以催化可通过分光光度法测量的底物的颜色改变。或者，酶可以改变底物的荧光或化学发光。上文描述了用于对荧光改变进行定量的技术。化学发光底物通过化学反应变成电子激发态，然后可发射可测量(例如使用化学发光计)或给荧光受体提供能量的光。酶标记物的例子包括萤光素酶(例如萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；美国专利No.4,737,456)、萤光素、2,3-二氢酞嗪二酮类、苹果酸脱氢酶、尿素酶、过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO)、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)、杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)、乳过氧化物酶、微过氧化物酶等。用于使酶与抗体缀合的技术描述于O′Sullivan等,Methods for the Preparationof Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay,Methods inEnzym.,J.Langone和H.Van Vunakis编,Academic Press,New York,73:147-166(1981)。
酶-底物组合的例子包括例如：
(i)辣根过氧化物酶(HRPO)，其以过氧化氢为底物，其中过氧化氢氧化染料前体(例如邻苯二胺(OPD)或3,3′,5,5′-四甲基联苯胺盐酸盐(TMB))。3,3-Diaminobenzidine(DAB)也可以用于观察HRP标记的抗体；
(ii)碱性磷酸酶(AP)与作为显色底物的对硝基苯基磷酸酯；和
(iii)β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)与显色底物(例如对硝基苯基-β-D-半乳糖苷)或荧光底物(例如4-甲基伞形基-β-D-半乳糖苷)。
本领域技术人员可利用许多其它酶-底物组合。有关它们的一般性综述参见美国专利No.4,275,149和4,318,980。
有时，将标记物与抗体间接缀合。熟练技术人员了解实现这一目的的多种技术。例如，可将抗体与生物素缀合，而且可以将上述四大类标记物中的任一种与亲合素缀合，或反之亦然。生物素选择性结合亲合素，由此标记物可与抗体以这种间接方式缀合。或者，为了实现标记物与抗体的间接缀合，将抗体与小型半抗原缀合，并将上述不同类型的标记物之一与抗半抗原抗体缀合。由此，可实现标记物与抗体的间接缀合。
在上文讨论的样品制备规程外，可能还需要在IHC之前、期间或之后对组织切片进行进一步的处理。例如，可以实施表位修复法，诸如在柠檬酸盐缓冲液中对组织样品进行加热(参见例如Leong等,Appl.Immunohistochem.4(3):201(1996))。
在任选的封闭步骤后，将组织切片在合适条件下暴露于第一抗体足够时间，使得第一抗体结合至组织样品中的靶蛋白抗原。实现这一目的的适宜条件可以通过常规实验来确定。
抗体与样品的结合程度通过使用上文讨论的任一种可检测标记物来测定。优选地，标记物是酶标记物(例如HRPO)，其催化显色底物诸如3,3′-二氨基联苯胺色原体的化学变化。优选的是，将酶标记物缀合至特异性结合第一抗体的抗体(例如第一抗体是家兔多克隆抗体，第二抗体是山羊抗家兔抗体)。
可以将如此制备的标本放置好并盖上盖玻片。然后进行载玻片评估，例如利用显微镜。
IHC可以与形态学染色组合，或是在之前或是在之后。脱石蜡后，可以用形态学染料对封固在载玻片上的切片染色以进行评估。使用的形态学染料提供组织切片的精确形态学评估。可以用一种或多种染料对切片染色，每种染料独特染色不同细胞成分。在一个实施方案中，使用苏木精来对载玻片上的细胞核染色。苏木精广泛可得。合适苏木精的一个例子是苏木精II(Ventana)。当期望浅蓝色核时，可以在苏木精染色之后使用发蓝试剂。本领域技术人员会领会，通过延长或缩短载玻片保持在染料中的时间长度可以对给定组织优化染色。
用载玻片制备和IHC加工的自动化系统是商品化的。BenchMark XT系统是此类自动化系统的一个例子。Autostainer Plus和Leica Bond III也是此类自动化系统的例子。
染色后，可以通过显微术的标准技术来分析组织切片。通常，病理学家或类似人员对组织评估异常或正常细胞或特定细胞类型的存在并提供感兴趣细胞类型的位置。如此，例如，病理学家或类似人员会检查载玻片并鉴定正常细胞(诸如正常肺细胞)和异常细胞(诸如异常或赘生肺细胞)。可以使用定义感兴趣细胞位置的任何手段(例如X-Y轴上的坐标)。
在一些实施方案中，使用抗HGF抗体实施IHC。
在一些实施方案中，例如使用IHC检测c-met生物标志物。适合用于IHC的抗c-met抗体是本领域公知的，而且包括SP-44(Ventana)，DL-21(Upstate)，D1C2(Cell SignalingTechnologies)，ab27492(Abcam)，PA1-37483(Pierce Antibodies)，Met4(由以登录号PTA-7680保藏于美国典型培养物保藏中心的杂交瘤细胞系生成的一种单克隆抗体；参见例如美国专利No.6,548，640)。在一些实施方案中，抗c-met抗体是SP44。在一些实施方案中，抗c-met抗体是DL-21。在一些实施方案中，抗c-met抗体是D1C2。在一些实施方案中，抗c-met抗体是Met4。普通技术人员理解，例如使用本文中公开的IHC方案和例子，通过与c-met抗体比较，可以鉴定和表征别的合适的抗c-met抗体。
可以利用具有各种染色强度(例如在用c-met抗体SP44染色时)的对照细胞系(例如离心成细胞团粒并福尔马林固定和石蜡包埋，例如制备成组织微阵列，和例如用SP44染色)作为IHC分析的对照。例如，H441(强c-met染色强度)；EBC1(强c-met染色强度)；A549(中等c-met染色强度)；SKMES1(中等c-met染色强度)；H1703(弱c-met染色强度)，HEK-293(弱c-met染色强度)；H460(弱c-met染色强度)；和TOV-112D(阴性c-met染色强度)，LXFL529(阴性c-met染色强度)，H522(阴性c-met染色强度)，H23(阴性c-met染色强度)或H1155(阴性c-met染色强度)。普通技术人员理解，使用本申请的教导及本领域公知的和本文中公开的方法可以容易地鉴定具有阴性，弱，中等和高c-met染色强度的其它对照细胞团粒。因而，在一些实施方案中，强c-met染色强度是具有H441和/或EBC1的c-met染色强度的对照细胞的c-met染色强度。在一些实施方案中，中等c-met染色强度是具有A549和/或SKMES1的c-met染色强度的对照细胞的c-met染色强度。在一些实施方案中，弱c-met染色强度是具有HEK-293和/或H460的c-met染色强度的对照细胞的c-met染色强度。在一些实施方案中，阴性c-met染色强度是具有LXFL529，H522，H23，和/或H1155的c-met染色强度的对照细胞的c-met染色强度。具有不同染色强度的对照细胞团粒对于IHC分析的用途(例如癌症样品的c-met IHC的评分和分析)是本领域公知的。本文中例示了c-met免疫组织化学方案和评分方案。在一些实施方案中，使用下述方案分析c-met IHC：
表A
在一些实施方案中，使用下述方案分析c-Met IHC：
表B
在一些实施方案中，依照表X或表B分析c-met IHC，而且癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，依照表B分析c-met，而且癌症是成胶质细胞瘤。在一些实施方案中，依照表B分析c-met，而且癌症是间皮瘤。在一些实施方案中，依照表B分析c-met，而且癌症是胃癌。在一些实施方案中，依照表B分析c-met，而且癌症是肾细胞癌。在一些实施方案中，依照表B分析c-met，而且癌症是肝细胞癌。在一些实施方案中，依照表B分析c-met，而且癌症是肉瘤。
在一些实施方案中，在样品中1％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中超过1％的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中5％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中10％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中15％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中20％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中25％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中30％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中35％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中40％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中45％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中50％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中55％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中60％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中65％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中70％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中75％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中80％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中85％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中90％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中95％或更多的肿瘤细胞表达c-met蛋白质(例如以任何强度表达c-met蛋白质)时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，c-met表达是膜的。在一些实施方案中，c-met表达是胞质的。在一些实施方案中，c-met-表达是膜和胞质的。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤)。在一些实施方案中，癌症是间皮瘤。在一些实施方案中，癌症是胃癌。在一些实施方案中，癌症是肾细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肝细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肉瘤。
在一些实施方案中，在样品中1％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中超过1％的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中5％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中10％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中15％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中20％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中25％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中30％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中35％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中40％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中45％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中50％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中55％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中60％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中65％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中70％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中75％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中80％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中85％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中90％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中95％或更多的肿瘤细胞以中等和/或强染色强度表达c-met蛋白质时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，c-met表达是膜的。在一些实施方案中，c-met表达是胞质的。在一些实施方案中，c-met表达是膜和胞质的。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤)。在一些实施方案中，癌症是间皮瘤。在一些实施方案中，癌症是胃癌。在一些实施方案中，癌症是肾细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肝细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肉瘤。
在一些实施方案中，在肿瘤的最大染色强度是1时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在肿瘤的最大染色强度是2时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在肿瘤的最大染色强度是3时，患者的肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，c-met表达是膜的。在一些实施方案中，c-met表达是胞质的。在一些实施方案中，c-met表达是膜和胞质的。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤)。在一些实施方案中，癌症是间皮瘤。在一些实施方案中，癌症是胃癌。在一些实施方案中，癌症是肾细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肝细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肉瘤。在一些实施方案中，使用IHC测量c-met多肽或HGF。在一些实施方案中，使用IHC测量c-met多肽，而且患者样品是福尔马林固定的和石蜡包埋的。在一些实施方案中，通过使样品接触结合(在一些实施方案中，特异性结合)c-met多肽的药剂，由此形成药剂和c-met生物标志物之间的复合物来测量c-met多肽，其中在样品中50％或更多的肿瘤细胞具有中等或高c-met染色强度时，肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中50％或更多的肿瘤细胞具有高c-met染色强度时，肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中50％或更多的肿瘤细胞具有中等c-met染色强度时，肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，在样品中50％或更多的肿瘤细胞具有低，中等或高c-met染色强度时，肿瘤是c-met阳性的。在一些实施方案中，结合c-met的药剂是抗c-met抗体SP44。在一些实施方案中，结合c-met的药剂是抗c-met抗体D1C1。在一些实施方案中，结合c-met的药剂是抗c-met抗体Met4。在一些实施方案中，结合c-met的药剂是抗c-met抗体DL21。在一些实施方案中，通过比较样品中的c-met染色与参照水平来测定c-met强度。在一些实施方案中，参照水平是对照细胞团粒(例如对照细胞系A549，SKMES1，EBC-1，H441，或具有与A549，SKMES1，EBC-1，H441任一相当的强度的细胞或细胞系)的c-met染色。在一些实施方案中，中等c-met染色强度表示对照细胞系A549的c-met染色强度。在一些实施方案中，中等c-met染色强度表示对照细胞系SKMES1的c-met染色强度。在一些实施方案中，强c-met染色强度表示对照细胞系EBC-1的c-met染色强度。在一些实施方案中，强c-met染色强度表示对照细胞系H441的c-met染色强度。在一些实施方案中，患者样品是在用c-met拮抗剂和/或VEGF拮抗剂治疗之前获得的。在一些实施方案中，样品是在癌症已经转移之后获得的。在一些实施方案中，样品是在用癌症药物治疗之前获得的。在一些实施方案中，样品是活检，手术标本，或细针吸出物的。在一些实施方案中，样品是福尔马林固定和石蜡包埋的。在一些实施方案中，其中对照细胞团粒是福尔马林固定和石蜡包埋的。在一些实施方案中，对照细胞团粒制备成组织微阵列。在一些实施方案中，c-met表达是膜的。在一些实施方案中，c-met表达是胞质的。在一些实施方案中，c-met表达是膜和胞质的。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤)。在一些实施方案中，癌症是间皮瘤。在一些实施方案中，癌症是胃癌。在一些实施方案中，癌症是肾细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肝细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肉瘤。在一些实施方案中，使用H-得分对c-met IHC打分(例如为c-met阳性)。在一些实施方案中，使用H-得分对HGF IHC打分(例如为HGF阳性)。本领域公开了用于计算H-得分的方法。简言之，以弱，中等，和强强度显示染色的肿瘤细胞的比例(例如使用本文中讨论的细胞系对照)可以作为给定成胶质细胞瘤样品中肿瘤细胞总数的百分比来计数或估算。基于公式计算综合H得分：(％以弱强度染色的肿瘤细胞x1)+(％以中等强度染色的肿瘤细胞x2)+(％以强强度染色的肿瘤细胞x3)。遵循该公式，给定肿瘤可以与介于“0”(无肿瘤细胞显示任何染色)和“300”(100％的肿瘤细胞显示强染色)之间的值有关。在本文中的任何方法的一些实施方案中，高c-Met或HGF表达对应于H得分为约160或更高(约161，162，163，164，165，166，167，168，169，或更高)，160或更高，约160至约230，约160至230，约160(约161，162，163，164，165，166，167，168，169，或更高任一至约220，221，223，224，225，226，227，228，229，230或更高任一)，230或更高，约220，221，223，224，225，226，227，228，229，230或更高任一)，约170或更高，或170或更高(例如约171，172，173，175，175，176，177，178，179，180或更高任一)。在一个实施方案中，H得分是约180或更高。在一些实施方案中，H得分是大于约10。在一些实施方案中，H得分是大于约25。在一些实施方案中，H得分是大于约50。在一些实施方案中，H得分是大于约75。在一些实施方案中，H得分是大于约100。在一些实施方案中，H得分是大于约125。在一些实施方案中，H得分是大于约150。在一些实施方案中，H得分是大于约175。在一些实施方案中，H得分是大于约200。在一些实施方案中，c-met表达是膜的。在一些实施方案中，c-met表达是胞质的。在一些实施方案中，c-met表达是膜和胞质的。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。在一些实施方案中，癌症是成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤)。在一些实施方案中，癌症是间皮瘤。在一些实施方案中，癌症是胃癌。在一些实施方案中，癌症是肾细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肝细胞癌。在一些实施方案中，癌症是肉瘤。
在一些实施方案中，分析(例如IHC分析)进一步包括形态学染色，或是在之前或是在之后。在一个实施方案中，使用苏木精对载玻片的细胞核染色。苏木精广泛可得。合适的苏木精的一个例子是苏木精II(Ventana)。当期望浅蓝色核时，可以在苏木精染色之后使用发蓝试剂。
IV.治疗疗法
提供c-met拮抗剂用于有效治疗癌症患者的用途。提供c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂用于有效治疗癌症患者的用途。特别地，使用HGF生物标志物来鉴定奥奴珠单抗，奥奴珠单抗加第二癌症药物，奥奴珠单抗加化疗剂，或奥奴珠单抗加VEGF拮抗剂治疗在其中提供临床上有意义的好处的患者群体。
癌症药物可以与其它癌症药物组合使用。例如，c-met抗体可以与别的c-met拮抗剂共施用。上文所述此类组合疗法涵盖组合施用(其中同一配制剂或分开的配制剂中包括两种或更多种治疗剂)和分开施用，在该情况中，第一药物的施用可以在第二药物的施用之前、同时、和/或之后。癌症药物的例子包括但不限于手术，放射疗法(放疗)，生物疗法，免疫疗法，化疗(例如替莫唑胺)，或者这些疗法的组合。另外，可以与抗VEGF拮抗剂和/或c-met拮抗剂组合使用细胞毒剂，抗血管发生剂和抗增殖剂。
所涵盖的化疗剂的例示性和非限制性列表在本文中在“定义”下提供或在本文中描述。在一个实施方案中，化疗剂是替莫唑胺。在另一个实施方案中，化疗剂与放疗伴随施用。
可以通过任何合适的手段，包括胃肠外、肺内、和鼻内，及若期望用于局部治疗的话，损伤内施用来施用本文中的药物。胃肠外输注包括肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内、或皮下施用。部分根据施用是短暂的还是长期的，剂量给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种剂量给药日程表，包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用、推注施用、和脉冲输注。
为了预防或治疗疾病，本发明的抗体(当单独使用或与一种或多种其它别的治疗剂组合使用时)的合适剂量会取决于要治疗的疾病的类型、抗体的种类、疾病的严重性和病程、是出于预防还是治疗目的施用抗体、之前的治疗、患者的临床史和对抗体的应答、以及主治医师的斟酌决定。抗体适合于在一次或一系列的治疗中施用于患者。对于几天或更长时间的重复施用，取决于病情，治疗通常会持续直至出现疾病症状得到期望的抑制为止。然而，可使用其它剂量方案。通过常规技术和测定方法易于监测治疗的进展。
根据疾病的类型和严重程度，约1μg/kg至100mg/kg(例如0.1-20mg/kg)抗c-met抗体作为初始候选剂量施用于受试者，无论例如通过一次或多次分开的施用或通过连续输注。在一个实施方案中，期望的剂量包括例如6mg/kg，8mg/kg，10mg/kg，和15mg/kg。对于持续数天或更久的重复施用或周期，根据状况，持续治疗直至癌症得到治疗，如通过上文所述或本领域已知方法测量的。然而，其它剂量方案可能也是有用的。在一个例子中，每周，每两周，或每三周一次施用抗c-met抗体，剂量范围为约6mg/kg至约15mg/kg，包括但不限于6mg/kg，8mg/kg，10mg/kg或15mg/kg。本发明疗法的进展易于通过常规技术和测定法来监测。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在成胶质细胞瘤中组合使用。下文实施例中提供关于合适剂量的进一步信息。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在间皮瘤中组合使用。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在胃癌中组合使用。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在肾细胞癌中组合使用。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在肝细胞癌中组合使用。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在肉瘤中组合使用。在一些实施方案中，抗c-met抗体的有效量是每三周15mg/kg，例如静脉内施用。在一些实施方案中，抗c-met抗体的有效量是每两周10mg/kg，例如静脉内施用。
根据疾病的类型和严重程度，约1μg/kg至100mg/kg(例如0.1-20mg/kg)抗VEGF抗体作为初始候选剂量施用于受试者，无论例如通过一次或多次分开的施用或通过连续输注。在一个实施方案中，期望的剂量包括例如6mg/kg，8mg/kg，10mg/kg，和15mg/kg。对于持续数天或更久的重复施用或周期，根据状况，持续治疗直至癌症得到治疗，如通过上文所述或本领域已知方法测量的。然而，其它剂量方案可能也是有用的。在一个例子中，每周，每两周，或每三周一次施用抗VEGF抗体，剂量范围为约6mg/kg至约15mg/kg，包括但不限于6mg/kg，8mg/kg，10mg/kg或15mg/kg。本发明疗法的进展易于通过常规技术和测定法来监测。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在成胶质细胞瘤中组合使用。下文实施例中提供关于合适剂量的进一步信息。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在间皮瘤中组合使用。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在胃癌中组合使用。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在肾细胞癌中组合使用。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在肝细胞癌中组合使用。在其它实施方案中，此类剂量给药方案与化疗方案在肉瘤中组合使用。在一些实施方案中，所述抗VEGF抗体的有效量是每两周静脉内10mg/kg，例如最初在90分钟里静脉内施用，后续输注在60分钟里，然后在30分钟里。在一些实施方案中，所述抗VEGF抗体的有效量是每三周静脉内15mg/kg，例如最初在90分钟里静脉内施用，后续输注在60分钟里，然后在30分钟里。在上文所述方法中，该抗VEGF抗体在第一个周期第二个施用于所述患者，然后所述抗VEGF抗体的后续施用在所述化疗之前或之后。在另一个实施方案中，该抗VEGF抗体与所述化疗和放疗并行施用。在一些实施方案中，中止对患者施用类固醇。
在一些实施方案中，奥奴珠单抗的有效量是每三周静脉内15mg/kg，且贝伐珠单抗的有效量是每三周静脉内15mg/kg。
在任何方法和用途的一些其它方面，治疗进一步包括施用别的癌症药物。例示性癌症药物包括涉及肿瘤生长的其它因子(诸如EGFR，ErbB3，ErbB4，或TNF)的拮抗剂。有时，还对受试者施用一种或多种细胞因子可能是有益的。在一个实施方案中，与生长抑制剂共施用抗VEGF抗体。例如，可以先施用生长抑制剂，接着是VEGF抗体。然而，也涵盖同时施用或先施用VEGF抗体。生长抑制剂的合适剂量就是当前所用的那些，而且可以由于生长抑制剂与抗VEGF抗体的联合作用(协同)而降低。
本文中的配制剂还可以含有所治疗具体适应证所必需的超过一种活性化合物，优选活性互补且彼此没有不利影响的。例如，可能希望在一种配制剂中进一步提供结合EGFR、VEGF(例如结合VEGF上不同表位或相同表位的抗体)、VEGFR、或ErbB2(例如)的抗体。或者/另外，所述组合物可以包含化疗剂或细胞毒剂。合适的是，此类分子以对于预定目的有效的量组合存在。
在任何方法和用途的某些方面，对于本发明抗体的组合癌症疗法有用的其它治疗剂包括其它抗血管发生剂。已经鉴定了许多抗血管发生剂，而且是本领域已知的，包括Carmeliet和Jain(2000)列出的那些。在一个实施方案中，抗VEGF抗体与另一种VEGF拮抗剂或VEGF受体拮抗剂诸如VEGF变体、可溶性VEGF受体片段、能够阻断VEGF或VEGFR的适体、中和性抗VEGFR抗体、VEGFR酪氨酸激酶的低分子量抑制剂及其任意组合联合使用。或者/另外，可以对受试者共施用两种或更多种抗VEGF抗体。
正如本领域普通技术人员会理解的，化疗剂或其它抗癌剂的适宜剂量一般大约会是临床疗法(例如单独地或与其它化疗剂组合地施用化疗剂的)中早就采用的剂量。剂量变化有可能会随所治疗的状况而发生。施行治疗的医师会能够确定对受试者个体适宜的剂量。
在一些实施方案中，治疗导致在施用癌症药物后对有风险或罹患癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者赋予的临床或治疗好处。此类好处包括下述任一项或多项：延长存活(例如提高总体和/或无进展存活)；导致客观响应(包括完全响应或部分响应)；或改善癌症的体征或症状，等，包括延长具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间，延长具有间皮瘤(例如先前治疗过的间皮瘤)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间，延长具有胃癌(例如先前治疗过的胃癌)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间，延长具有肾细胞癌(例如先前治疗过的肾细胞癌)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间，延长具有肝细胞癌(例如先前治疗过的肝细胞癌)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间，或延长具有肉瘤(例如先前治疗过的肉瘤)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间。在一些实施方案中，该症状是癫痫、神经认知功能(包括但不限于：人物、时间和/或地点的取向)、阅读、书写、和理解中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，该症状是胸壁痛，胸腔积液，呼吸短促，疲劳，贫血，喘鸣，声嘶，咳嗽，痰中带血，腹痛，腹水，腹部肿块，肠功能问题，重量减轻，血块，弥散性血管内凝血，黄疸，低血糖水平，和肺栓子中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，该症状是消化不良，烧心，虚弱，疲劳，腹胀，腹痛，恶心，呕吐，腹泻，便秘，重量减轻，出血，贫血，和吞咽困难中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，该症状是血尿(或尿中带血)，体侧痛，腹部或体侧肿块，重量减轻，食欲不振，发热，高血压，不适，盗汗，贫血，红细胞增多，精索静脉曲张，高血压，和高钙血中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，该症状是皮肤发黄，腹部液体所致腹胀，凝血异常所致容易淤血，食欲不振，非故意的重量减轻，腹痛，恶心，呕吐，和不适中的任一项或多项(任意组合)。在一个实施方案中，使用该生物标志物(例如HGF mRNA表达，例如使用ISH和/或rt-qPCR测定的)来鉴定预期在用c-met拮抗剂治疗时具有延长的存活(例如延长的总体和/或无进展存活)的患者。在一些实施方案中，使用该生物标志物(例如HGF mRNA表达，例如使用ISH和/或rt-qPCR测定的)来鉴定预期在用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂治疗时相对于单独用VEGF拮抗剂治疗的患者具有延长的存活(例如延长的总体和/或无进展存活)的患者。本文中的生物标志物的发生率(例如通过HGF mRNA ISH和/或rt-qPCR分析测定的)有效预测或以高灵敏度预测此类有效响应。
在一些实施方案中，延长存活意味着使依照本发明治疗的患者的总体或无进展存活相对于未接受治疗的患者和/或相对于用一种或多种已获批准的抗肿瘤剂治疗但未接受依照本发明的治疗的患者延长。在一个具体的例子中，延长存活意味着使接受本发明的疗法(例如用c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)治疗)的癌症患者的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)相对于未接受治疗的患者和/或相对于用一种或多种已获批准的抗肿瘤剂治疗但未接受c-met拮抗剂治疗的患者延长。在另一个具体的例子中，延长存活意味着使接受本发明的疗法(例如用c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)治疗)的癌症患者(例如癌症患者群体)的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)相对于未接受治疗的患者(例如癌症患者群体)和/或相对于用一种或多种已获批准的抗肿瘤剂治疗但未接受c-met拮抗剂治疗的患者(例如癌症患者群体)延长。在另一个具体的例子中，延长存活意味着使接受本发明的组合疗法(例如用c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)和VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的组合治疗)的癌症患者的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)相对于仅用贝伐珠单抗治疗的患者延长。在另一个具体的例子中，延长存活意味着使接受本发明的组合疗法(例如用奥奴珠单抗和贝伐珠单抗的组合治疗)的癌症患者(例如癌症患者群体)的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)相对于仅用贝伐珠单抗治疗的患者(例如癌症患者群体)延长。
在一些实施方案中，治疗导致改善癌症的体征或症状，等，包括延长具有成胶质细胞瘤(例如先前治疗过的成胶质细胞瘤)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间。在一些实施方案中，该症状是癫痫、神经认知功能(包括但不限于：人物、时间和/或地点的取向)、阅读、书写、和理解中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，提供用于预防此类癌症体征或症状变多/变重的方法。
在一些实施方案中，治疗导致改善癌症的体征或症状，等，包括延长具有间皮瘤(例如先前治疗过的间皮瘤)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间。在一些实施方案中，该症状是胸壁痛，胸腔积液，呼吸短促，疲劳，贫血，喘鸣，声嘶，咳嗽，痰中带血，腹痛，腹水，腹部肿块，肠功能问题，重量减轻，血块，弥散性血管内凝血，黄疸，低血糖水平，和肺栓子中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，提供用于预防此类癌症体征或症状变多/变重的方法。
在一些实施方案中，治疗导致改善癌症的体征或症状，等，包括延长具有胃癌(例如先前治疗过的胃癌)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间。在一些实施方案中，该症状是消化不良，烧心，虚弱，疲劳，腹胀，腹痛，恶心，呕吐，腹泻，便秘，重量减轻，出血，贫血，和吞咽困难中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，提供用于预防此类癌症体征或症状变多/变重的方法。
在一些实施方案中，治疗导致改善癌症的体征或症状，等，包括延长具有肝细胞癌(例如先前治疗过的肝细胞癌)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间。在一些实施方案中，该症状是皮肤发黄，腹部液体所致腹胀，凝血异常所致容易淤血，食欲不振，非故意的重量减轻，腹痛，恶心，呕吐，和不适中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，提供用于预防此类癌症体征或症状变多/变重的方法。
在一些实施方案中，治疗导致改善癌症的体征或症状，等，包括延长具有肾细胞癌(例如先前治疗过的肾细胞癌)的患者经历的临床上重要的疾病相关症状的恶化前时间。在一些实施方案中，该症状是血尿(或尿中带血)，体侧痛，腹部或体侧肿块，重量减轻，食欲不振，发热，高血压，不适，盗汗，贫血，红细胞增多，精索静脉曲张，高血压，和高钙血中的任一项或多项(任意组合)。在一些实施方案中，提供用于预防此类癌症体征或症状变多/变重的方法。
在一些实施方案中，该患者是成胶质细胞瘤患者。在一些实施方案中，该患者没有接受过c-met拮抗剂在先治疗。在一些实施方案中，该患者没有接受过大脑内药剂在先治疗。在一些实施方案中，该患者没有24小时中大于1.0g蛋白质的蛋白尿，如使用针对蛋白尿的尿液试纸测试测定的。在一些实施方案中，该患者没有控制不当的高血压(例如抗高血压药疗时收缩血压大于150mmHg和/或舒张血压大于100mmHg)。在一些实施方案中，该患者没有高血压危象或高血压脑病的在先历史。在一些实施方案中，该患者没有心肌梗死(例如在12个月内)或不稳定心绞痛(例如在6个月内)的在先历史。在一些实施方案中，该患者没有中风或短暂性缺血发作的历史(例如在6个月内)。在一些实施方案中，该患者没有重大血管疾病(例如需要手术修复的主动脉瘤或最近的周围动脉血栓形成，例如在6个月内)。在一些实施方案中，该患者没有腹瘘或胃肠穿孔的历史(例如在6个月内)。在一些实施方案中，该患者没有出血素质或凝血病(在治疗性抗凝缺失下)的证据。在一些实施方案中，该患者没有颅内脓肿的历史(例如在6个月内)。
在一些实施方案中，该患者接受过替莫唑胺在先治疗。在一些实施方案中，该患者接受过不多于一种在前线化疗(例如一种在前线替莫唑胺，例如并行或辅助替莫唑胺)。在一些实施方案中，该患者具有大于或等于70％的Karnofsky性能状态。
另一方面，提供的是用于在患者中评估与使用本文所述任何方法治疗先前治疗过的成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤有关的不利事件的方法，其中治疗是用c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)，该方法包括对患者监测一种或多种不利事件的步骤。在一些实施方案中，对患者监测一种或多种不利事件的数目和/或严重性。例示性不利事件在本文中有公开，而且包括但不限于：外周水肿。
另一方面，提供的是用于在患者中评估与使用本文所述任何方法治疗先前治疗过的成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤有关的不利事件的方法，其中治疗是用c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)和化疗剂，该方法包括对患者监测一种或多种不利事件的步骤。在一些实施方案中，对患者监测一种或多种不利事件的数目和/或严重性。例示性不利事件在本文中有公开，而且包括但不限于：外周水肿。
另一方面，提供的是用于在患者中评估与使用本文所述任何方法治疗先前治疗过的成胶质细胞瘤或肾细胞癌有关的不利事件的方法，其中治疗是用c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)和VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)，该方法包括对患者监测一种或多种不利事件的步骤。在一些实施方案中，对患者监测一种或多种不利事件的数目和/或严重性。例示性不利事件在本文中有公开，而且包括但不限于：外周水肿。
要理解，可以替换抗体或在抗体外使用抗体的免疫缀合物作为药物来实施任何本文所述配制剂或治疗方法。
V.制品
在本发明的另一个实施方案中，提供了用于治疗癌症(诸如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的制品。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的癌症(诸如先前治疗过的(例如第二线)成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)。所述制品包括容器和容器上或伴随容器的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶(bottles)、管形瓶(vials)、注射器(syringes)、等。所述容器可以用多种材料诸如玻璃或塑料制成。所述容器容纳或装有包含癌症药物作为活性剂的组合物，并可以具有无菌出入口(例如该容器可以是具有可被皮下注射针头刺穿的塞子的静脉内溶液袋或管形瓶)。
所述制品可以进一步包括第二容器，该容器装有药学可接受的稀释缓冲剂，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏(Ringer)溶液、和右旋糖溶液。制品还可包括从商业和使用者观点看有需要的其它材料，包括其它缓冲剂、稀释剂、滤器、针头、和注射器。
本发明的制品还包括信息，例如以包装插页的形式，指示所述组合物用于如本文中公开的那样基于生物标志物的表达，治疗癌症。所述插页或标签可采取任何形式，诸如纸或在电子介质上，诸如磁记录介质(例如软盘)或CD-ROM。所述标签或插页还可包括关于所述试剂盒或制品中药物组合物和剂量形式的其它信息。
本发明还涉及用于制造制品的方法，包括在包装中组合药物组合物和包装插页，该药物组合物包含c-met拮抗剂(例如抗c-met抗体，例如奥奴珠单抗)，该包装插页指示该药物组合物如本文中公开的那样基于HGF生物标志物的表达用于治疗具有癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的癌症(例如第二线成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)。
本发明还涉及用于制造制品的方法，包括在包装中组合药物组合物和包装插页，该药物组合物包含VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)，该包装插页指示该药物组合物用于如本文中公开的那样基于HGF生物标志物的表达治疗具有癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)的患者。在一些实施方案中，该癌症是先前治疗过的癌症(例如第二线成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)。
所述制品可以进一步包括别的容器，该容器装有药学可接受的稀释缓冲剂，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏(Ringer)溶液、和/或右旋糖溶液。制品还可包括从商业和使用者观点看有需要的其它材料，包括其它缓冲剂、稀释剂、滤器、针头、和注射器。
VI.诊断试剂盒
本发明还涉及可用于检测任何一种或多种本文中鉴定的生物标志物的诊断试剂盒。因而，提供了诊断试剂盒，其包含用于测定来自癌症患者(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤患者)的样品中一种或多种HGF生物标志物的表达的一种或多种试剂。任选地，该试剂盒进一步包含使用该试剂盒如果该患者的癌症已经测定为具有大量的HGF生物标志物(例如通过ISH，或PCR)的话选择癌症药物(例如c-met拮抗剂，诸如抗c-met抗体，例如奥奴珠单抗)来治疗成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤患者的说明书。在一些实施方案中，该癌症患者是先前接受过治疗的癌症患者(例如先前接受过治疗的成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤患者)。任选地，该试剂盒进一步包含使用该试剂盒如果该患者的癌症已经测定为具有大量的HGF生物标志物(例如通过ISH，或PCR)的话选择癌症药物(例如c-met拮抗剂，诸如抗c-met抗体，例如奥奴珠单抗)来治疗该先前接受过治疗的成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤患者的说明书。在另一个实施方案中，该试剂盒进一步包含使用该试剂盒如果该患者的癌症(例如成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，或肉瘤)已经测定为具有大量的HGF生物标志物的话选择c-met拮抗性抗体(例如奥奴珠单抗)和VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)的治疗的说明书。在一些实施方案中，该试剂盒包含与HGF mRNA互补的引物和/或探针(例如1，2，3，4，或更多)。
VII.做广告的方法
本文中的发明还关注一种用于为癌症药物做广告的方法，其包括给目标受众推广所述癌症药物(例如抗c-met抗体，任选与抗VEGF抗体组合)用于基于HGF生物标志物的表达，治疗癌症患者的用途，如本文中公开的。
做广告为经由非个人媒体进行的、通常付费的通讯，其中发起人受到鉴别且信息受到控制。为本文目的的做广告包括宣传(publicity)、公共关系(public relations)、产品布置(product placement)、赞助(sponsorship)、保险(underwriting)、和促销(salespromotion)。该术语还包括出现在任何印刷传播媒体中的商业信息公告，其设计用于引起大众的兴趣以劝说、通知、推广、激发、或以其它方式改变行为，向购买、支持、或认可本文中发明的有利方式发展。
本文中诊断方法的广告和推广可通过任何手段实现。用于传递这些信息的广告媒体的例子包括电视、电台、电影、杂志、报纸、因特网、和告示板，包括商业性的，即出现在广播媒体中的信息。广告还包括那些在食品货车座位上、机场通道墙壁上、和公共汽车侧面上的广告、或电话等候信息或店内PA系统中听到的广告、或可放置视觉或听觉通讯的任何地方的广告。
推广或做广告手段的更特定的例子包括电视、电台、电影、因特网(诸如网络传播和网络研讨会(webinar))、意图到达同步用户的交互式计算机网络、固定的或电子的告示板和其它公共标牌、海报、传统的或电子的文献(诸如杂志和报纸)、其它媒体渠道、讲座或个体接触，例如通过电子邮件、电话、即时信息、邮寄、快递、大众(mass)、或载体邮件(carrier mail)、亲自访问等进行。
所使用的做广告的类型会取决于许多因素，例如待传达的目标受众的性质，例如医院、保险公司、诊所、医生、护士、和患者，以及成本考虑和管理药物和诊断剂做广告的相关管辖权法律和条例。可根据由服务相互作用和/或其它数据(诸如用户人口统计状况和地理学定位)限定的用户表征使做广告个性化或用户化。
在一些实施方案中，推广指推广治疗剂诸如抗c-met拮抗剂(例如奥奴珠单抗)和/或VEGF拮抗剂(例如贝伐珠单抗)用于治疗适应症，诸如成胶质细胞瘤(例如复发性成胶质细胞瘤)，间皮瘤(例如复发性间皮瘤)，胃癌(例如复发性胃癌)，肾细胞癌(例如复发性肾细胞癌)，肝细胞癌(例如复发性肝细胞癌)，或肉瘤(例如复发性肉瘤)，其中此类推广得到食品和药品管理局(Food and Drug Administration，FDA)核准为已经证明在受试者群体中与统计上显著的治疗功效和可接受的安全性有关。
序列
SEQ ID NO:16
MKAPAVLAPGILVLLFTLVQRSNGECKEALAKSEMNVNMKYQLPNFTAETPIQNVILHEHHIFLGATNYIYVLNEEDLQKVAEYKTGPVLEHPDCFPCQDCSSKANLSGGVWKDNINMALVVDTYYDDQLISCGSVNRGTCQRHVFPHNHTADIQSEVHCIFSPQIEEPSQCPDCVVSALGAKVLSSVKDRFINFFVGNTINSSYFPDHPLHSISVRRLKETKDGFMFLTDQSYIDVLPEFRDSYPIKYVHAFESNNFIYFLTVQRETLDAQTFHTRIIRFCSINSGLHSYMEMPLECILTEKRKKRSTKKEVFNILQAAYVSKPGAQLARQIGASLNDDILFGVFAQSKPDSAEPMDRSAMCAFPIKYVNDFFNKIVNKNNVRCLQHFYGPNHEHCFNRTLLRNSSGCEARRDEYRTEFTTALQRVDLFMGQFSEVLLTSISTFIKGDLTIANLGTSEGRFMQVVVSRSGPSTPHVNFLLDSHPVSPEVIVEHTLNQNGYTLVITGKKITKIPLNGLGCRHFQSCSQCLSAPPFVQCGWCHDKCVRSEECLSGTWTQQICLPAIYKVFPNSAPLEGGTRLTICGWDFGFRRNNKFDLKKTRVLLGNESCTLTLSESTMNTLKCTVGPAMNKHFNMSIIISNGHGTTQYSTFSYVDPVITSISPKYGPMAGGTLLTLTGNYLNSGNSRHISIGGKTCTLKSVSNSILECYTPAQTISTEFAVKLKIDLANRETSIFSYREDPIVYEIHPTKSFISGGSTITGVGKNLNSVSVPRMVINVHEAGRNFTVACQHRSNSEIICCTTPSLQQLNLQLPLKTKAFFMLDGILSKYFDLIYVHNPVFKPFEKPVMISMGNENVLEIKGNDIDPEAVKGEVLKVGNKSCENIHLHSEAVLCTVPNDLLKLNSELNIEWKQAISSTVLGKVIVQPDQNFTGLIAGVVSISTALLLLLGFFLWLKKRKQIKDLGSELVRYDARVHTPHLDRLVSARSVSPTTEMVSNESVDYRATFPEDQFPNSSQNGSCRQVQYPLTDMSPILTSGDSDISSPLLQNTVHIDLSALNPELVQAVQHVVIGPSSLIVHFNEVIGRGHFGCVYHGTLLDNDGKKIHCAVKSLNRITDIGEVSQFLTEGIIMKDFSHPNVLSLLGICLRSEGSPLVVLPYMKHGDLRNFIRNETHNPTVKDLIGFGLQVAKGMKYLASKKFVHRDLAARNCMLDEKFTVKVADFGLARDMYDKEYYSVHNKTGAKLPVKWMALESLQTQKFTTKSDVWSFGVLLWELMTRGAPPYPDVNTFDITVYLLQGRRLLQPEYCPDPLYEVMLKCWHPKAEMRPSFSELVSRISAIFSTFIGEHYVHVNATYVNVKCVAPYPSLLSSEDNADDEVDTRPASFWETS
实施例
实施例1：成胶质细胞瘤样品中HGF mRNA表达的原位杂交分析
样品：分析治疗前患者成胶质细胞瘤样品，该样品来自为评估奥奴珠单抗加贝伐珠单抗治疗较之贝伐珠单抗加安慰剂在具有复发性成胶质细胞瘤的患者中的初步活性和安全性而设计的一项盲试的，II期，随机化的，多中心的试验(下文进一步描述)。对于加入该研究的所有患者要求提交代表成胶质细胞瘤的福尔马林固定的石蜡包埋的肿瘤标本。
原位杂交(ISH)：实施ISH测定法，使用靶DNA探针套组杂交至感兴趣靶RNA，继以基于杂交的信号放大。靶探针是设计成成对杂交的寡核苷酸，每对为前置放大器创建一个结合位点。该前置放大器在有利于杂交至靶探针对而非靶探针个体的温度杂交至靶探针。这确保了如果未配对的靶探针非特异性杂交至非特异性RNA的话，不会发生信号放大。然后，放大器杂交至前置放大器。最后，缀合有发色分子的标记物探针杂交至放大器。
依照制造商的说明书(RNAScope 2.0 Manual Assay)实施测定法，只是相对于制造商的说明书改变了预处理步骤。预处理步骤的改变对于例如优化信号是重要的。
方案：
1.将载片于60℃烘烤60分钟。
2.脱石蜡/再水合：将载片用3x二甲苯(EMD Millipore Chemicals；产品目录号XX0060-4)处理5分钟，接着用2x 100％试剂醇(Thermo Scientific；产品目录号9111)处理2分钟。
使所有保存于4℃的试剂升至室温。在使用之前大约10分钟将探针预加热至40℃。
3.将载片风干，并在组织周围设置疏水性屏障。
4.通过滴管将预处理(PT)1溶液(内源过氧化物酶，Advanced Cell Diagnostics，产品目录号310020)添加至每个载片以覆盖标本，然后将样品于室温温育10分钟，然后将载片转移至H2O 2次各2分钟
5.制备1.5升预处理(PT)2溶液(Advanced Cell Diagnostics；产品目录号320043；溶液来时为10x储液，在使用之前在dH2O中稀释至1x)并转移入PT模块，然后将载片置于装有PT2溶液的PT模块中，并在其中于92℃煮沸20分钟，然后将载片置于PT模块(LabVisionTM PT Module，Thermo Scientific，part.号A80400112)中并于92℃放置20分钟，然后将载片转移至H2O以使载片冷却2次各2分钟。
6.通过滴管将预处理(PT)3(Advanced Cell Diagnostics；产品目录号310020)添加至每个载片以覆盖标本，将载片于40℃放置20分钟，然后转移至磷酸盐缓冲盐水2次各2分钟。
7.将载片在PBS pH7.4(Genentech Media Prep)中的4％低聚甲醛中于室温固定5分钟，然后在PBS中清洗2次各1-5分钟以漂洗掉低聚甲醛。
8.依照制造商的说明书(参见RNAScope 2.0 Manual Assay方案)实施探针杂交。探针(HGF探针或对照探针)于40℃杂交2小时，然后在清洗缓冲液(RNAscope 50X FFPE清洗缓冲液；Advanced Cell Diagnostics，产品目录号310091；在dH2O中稀释至1x)中清洗2次各2分钟。
8.放大步骤1：将载片于40℃温育30分钟，然后在清洗缓冲液中清洗2次各2分钟。
9.放大步骤2：将载片于40℃温育15分钟，然后在清洗缓冲液中清洗2次各2分钟。
10.放大步骤3：将载片于40℃温育30分钟，然后在清洗缓冲液中清洗2次各2分钟。
11.放大步骤4：将载片于40℃温育15分钟，然后在清洗缓冲液中清洗2次各2分钟。
12.放大步骤5：将载片于室温温育30分钟，然后在清洗缓冲液中清洗2次各2分钟。
13.放大步骤6：将载片于室温温育15分钟，然后在清洗缓冲液中清洗2次各2分钟。
14.检测：将DAB A和DAB B(均来自2.0检测试剂盒–褐色；AdvancedCell Diagnostics；订购号310033)1:1混合，添加至载片，然后将载片于室温温育10分钟，然后在dH2O中漂洗。
15.复染：将在水中1:1稀释的Gill氏苏木精(Gill氏苏木精#2；Polysciences，Inc.；订购号24243-500)添加至载片达2分钟，然后在dH2O中漂洗载片。将载片在铵水(氢氧化铵；Sigma Aldrich；221228-25ML-A–在dH2O中稀释至0.01％)中浸入5次，然后将载片在dH2O中浸入5次。
16.脱水：将载片在70％试剂醇(70％试剂醇，American MasterTech Scientific，Inc.；#ALREA70GAL)中浸入1次2分钟，然后100％试剂醇2次各2分钟，然后二甲苯1次5分钟。
17.在Permount封固介质(TissueGlasTM封固介质；Sakura；订购号6419)中给载片盖上盖玻片。
步骤6-11在湿度控制盘(HybEZTM湿度控制盘；Advanced Cell Diagnostics；订购号310012，与dH2O浸泡的增湿纸一起使用，HybEZTM增湿纸；ACD；订购号310015)中实施，并在HybEZTM炉(Advanced Cell Diagnostics；订购号241000ACD)中温育。
HGF ISH中使用的探针为：HGF探针：Hs-HGF探针(Advanced Cell Diagnostics；订购号310761)；阳性对照探针Hs-UBC探针(遍在蛋白C)(Advanced Cell Diagnostics；订购号310041)；和阴性对照探针DapB探针(二氢吡啶二羧酸还原酶)(Advanced CellDiagnostics；订购号310043)。
以HGF mRNA的ISH对成胶质细胞瘤样品打分：展示阳性HGF ISH信号的样品在细胞的核和/或胞质中展示点状褐色点。在肿瘤细胞和良性基质细胞(例如反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和内皮细胞)中观察到阳性HGF ISH信号，而且在形态上正常的脑组织中(例如，在正常的脑的广泛部分在切片上远离肿瘤存在的情况中)从未观察到阳性HGF ISH信号。HGF ISH信号在绝大多数(如果不是全部的话)样品中是局灶性的，使得肿瘤和/或良性基质中的阳性HGF ISH信号能在切片的一些部分中观察到且在切片的其它部分中观察不到。事实上，切片在一些视野中具有阳性HGF ISH信号且在其它视野中缺乏HGF ISH信号(有时数个视野缺乏HGF ISH信号)并不异常。因而，对整个切片关于肿瘤和良性基质细胞中阳性ISH信号的存在或缺失和流行度打分，只是对切片上远离肿瘤存在的形态上正常的脑组织不打分。在有些情况中，进行打分分析的组织视野中包括的区域内可以已经存在正常的脑组织(例如，在肿瘤区域内含有正常的脑组织时)。
还将来自相同肿瘤的切片与阳性(UBC)和阴性(DapB)对照探针杂交作为对照。自分析排除没有UBC阳性对照ISH阳性信号的任何病例。
ISH测定法具有极低水平的非特异性(或背景)信号，这有助于检测低水平和流行度的阳性HGF ISH信号。通过在每个实验中包括HGF表达的阳性和阴性对照和背景染色来评估该测定法中背景信号的水平：已知KP4细胞系表达并分泌HGF。用FFPE固定的KP4细胞团粒的切片制备载片，并使用HGF探针(阳性对照)和DapB探针(阴性对照)进行分析。DapB是在哺乳动物细胞中不表达的细菌基因，因而预期在KP4细胞中不会观察到阳性DapB ISH信号。
如下所述实施打分，即在光学显微镜上使用10倍物镜扫描整个切片，然后使用20X或40倍物镜扫描整个切片。如下所述在自0至3+的尺度上根据具有阳性HGF ISH信号的细胞的流行度对样品打分。为了测定罕见的，偶尔的或众多细胞中是否存在信号，采取下述办法：使用10倍物镜扫描整个肿瘤切片(如上所述，聚焦于样品中的肿瘤和相邻良性基质，并自肿瘤排除形态上正常的脑组织的广泛部分)。如果使用10倍物镜容易观察到阳性HGF ISH信号，那么该样品表征为众多细胞中显示HGF ISH信号并打分为HGF ISH 3+。图8显示展示3+HGF ISH信号的成胶质细胞瘤切片的显微照片，在低放大倍数下查看。图9显示同一切片的显微照片，以高放大倍数查看。
如果使用10倍物镜不容易观察到阳性HGF ISH信号，那么使用20X和/或40倍物镜扫描整个肿瘤切片。如果在多个细胞中观察到阳性HGF ISH信号，在20或40X下查看的(典型地在载片的数个视野中；有时在定位有阳性信号的视野之前不得不扫描切片的数个视野)，那么该样品表征为偶尔的细胞中显示HGF ISH信号并打分为HGF ISH 2+。如果观察到很少的细胞(典型地整个切片中约10个或更少)有阳性HGF ISH信号，例如通常在观察到阳性HGFISH信号之前需要搜索载片的多个视野，那么该样品表征为罕见细胞中显示HGF ISH信号，并打分为HGF ISH 1+。图10显示展示1+HGF ISH信号的成胶质细胞瘤切片的例示性显微照片。使用低放大倍数(大致等同于10倍物镜)查看切片，而且难以鉴定HGF ISH信号阳性细胞。图11显示同一成胶质细胞瘤切片的例示性显微照片，是以高放大倍数(大致等同于40倍物镜)查看的。在遍布视野散布的细胞中观察到弱HGF ISH信号。箭指向例示性HGF ISH信号阳性细胞。图12显示展示3+HGF ISH信号的成胶质细胞瘤切片的例示性显微照片，是以中等放大倍数(大致等同于20倍物镜)查看的。在肿瘤的侵入性边缘处的多个细胞中观察到HGFISH阳性信号。
如果在切片中没有观察到HGF ISH信号，那么对样品打分为HGF ISH 0。
评估了128份样品。4份样品的组织不足以进行评估。8份样品因RNA质量不够(阳性对照UBC基因ISH的染色为阴性)而被排除。27份样品对于HGF呈阴性(23％)，49份样品对于HGF呈1+(42％)，34份样品对于HGF呈2+(29％)而6份样品对于HGF呈3+(5％)。34％打分为HGF诊断阳性(HGF ISH 2+和3+)。22份样品在根据细胞学标准(细胞/核非典型)为明显恶性的肿瘤细胞中显示阳性HGF ISH信号。
实施例2：胃癌和间皮瘤样品中HGF mRNA表达的原位杂交分析
如上文关于成胶质细胞瘤样品描述的那样对福尔马林固定的石蜡包埋的胃癌样品进行针对HGF RNA的ISH分析，并且基本上如上文关于成胶质细胞瘤样品描述的那样对样品打分，只是在胃癌样品中找到的基质细胞包括成纤维细胞，巨噬细胞，内皮细胞。在一些情况中，肿瘤样品可以包括癌细胞，淋巴细胞，白细胞，基质，血管，结缔组织，基底层，和与肿瘤有关的任何其它细胞类型。图13：显示基质细胞中有局灶性(箭头)高表达(3+)的胃癌中HGF的代表性原位杂交。通过褐色色原体针对蓝色苏木精复染剂来显示探针杂交。棒＝100um。
如上文关于成胶质细胞瘤样品描述的那样对福尔马林固定的石蜡包埋的间皮瘤样品进行针对HGF RNA的ISH分析，并且基本上如上文关于成胶质细胞瘤样品描述的那样对样品打分。图14：显示基质细胞中有局灶性高表达(3+)的间皮瘤癌症中HGF RNA的代表性原位杂交。通过红色色原体针对蓝色苏木精复染剂来显示探针杂交。图15：显示HGF表达有肿瘤内异质性的间皮瘤癌症中HGF RNA的代表性原位杂交。通过红色色原体针对蓝色苏木精复染剂来显示探针杂交。图16：显示展示自分泌HGF表达的间皮瘤癌症中HGF RNA的代表性原位杂交。通过红色色原体针对蓝色苏木精复染剂来显示探针杂交。
实施例3：评估奥奴珠单抗与贝伐珠单抗组合在具有复发性成胶质细胞瘤的患者中的功效和安全性的一项随机化的，双盲的，安慰剂作对照的，多中心的II期研究
这是一项随机化的，双盲的，安慰剂作对照的，多中心的II期试验，该试验用于评估奥奴珠单抗+贝伐珠单抗相对于安慰剂+贝伐珠单抗在具有成胶质细胞瘤的患者中首次复发时的功效和安全性。
背景：用于新诊断的成胶质细胞瘤的标准治疗是手术减积(debulking)，继以放疗和替莫唑胺(TMZ)及另外的维持TMZ。虽然此类治疗与存活好处有关，但是几乎所有患者在初始疗法后复发。具有复发性成胶质细胞瘤的患者具有约4个月的中值无进展存活(PFS)和小于10个月的OS。仍然不清楚具有复发性成胶质细胞瘤的患者的最佳管理，因为没有直接比较主动干预与支持护理的随机化试验。来自再干预的好处的最重要的预后因子是治疗前性能状态和患者年龄。主动干预包括重复手术，再照放射，或系统性疗法，目的是改善或保留神经学功能和延长无进展存活(PFS)和总体存活(OS)。TMZ化疗在初始试验中作为第二线疗法展现存活延长。然而，现在一般使用TMZ作为第一线治疗的一种成分，因而没有已建立的化疗方案可用于复发性成胶质细胞瘤。
研究设计：将患者随机指派(1:1)指两个治疗分支之一：安慰剂+贝伐珠单抗(分支A)或奥奴珠单抗+贝伐珠单抗(分支B)。基于Karnofsky性能状态(70％-80％对90％-100％)和年龄(<50对≥50岁)对患者分层，因为已经使用Cox比例风险模型将这些特征鉴定为接受主动治疗的具有复发性成胶质细胞瘤的患者中的预后因子。代表成胶质细胞瘤诊断的石蜡包埋的肿瘤样品的可得性对于随机化分入研究是强制性的。来自再发生手术的组织是优选的，但是来自初始手术的组织对于进入研究是足够的。继续研究治疗，直至疾病进展，不可接受的毒性，患者或内科医生决定中止，或死亡。自安慰剂贝伐珠单抗(分支A)转换至奥奴珠单抗治疗是不容许的。在治疗中止后，每6周跟踪患者的存活情况。图1显示研究设计的概览。
为了表征安慰剂+贝伐珠单抗和奥奴珠单抗+贝伐珠单抗的安全性和耐受性概况，贯穿研究监测患者的不利事件(所有级别)，严重不利事件，任何需要中断或中止药物的不利事件，实验室数值的变化，和体检发现。
功效结局测量：这项研究的功效结局测量如下。
这项研究的主要功效结局测量是：
·无进展存活(PFS)，定义为自随机化之日至第一次记录疾病进展或死亡(以先发生者为准)之日的时间。会使用RANO标准基于调查人员评估测定疾病进展。因为成胶质细胞瘤典型地不展现延长的疾病不活动(与低级胶质瘤相反)，所以没有肿瘤进展的持续时间通常是临床上有意义的。这项研究的次要功效结局测量是：
·总体存活(OS)，定义为自随机化直至任何原因的死亡的时间
·总体存活-9(OS-9)，定义为在随机化之后9个月时活着的患者的的百分比
·无进展存活-6(PFS-6)，定义为在随机化之后6个月时活着且无进展的患者的百分比
·总体响应率(ORR)，定义为每个治疗分支中调查人员判断为具有客观响应(如使用RANO标准确定的)的患者的百分比
·响应持续时间(DOR)，定义为研究期间自第一次发生记录的客观响应至疾病进展(如调查人员使用RANO标准确定的)或任何原因的死亡的时间这项研究的安全性结局测量如下：
·依照NCI CTCAE version 4.0的不利事件，包括严重不利事件(SAE)的发生率，性质，和严重性
·施用研究药物期间和之后临床实验室结果的变化
·针对奥奴珠单抗的ATA的发生率和血清水平
这项研究的PK结局测量如下：
·周期1，2，3和4第1天时第一次输注之前和研究药物中止拜访(SDDV)时血清中奥奴珠单抗和贝伐珠单抗的最小浓度(Cmin)
·周期1，2，3，和4第1天时最后一次输注之后30分钟血清中奥奴珠单抗和贝伐珠单抗的最大浓度(Cmax)
这项研究的探索性结局测量如下：
·皮质类固醇使用
·生物标志物的变化，和生物标志物与PFS，ORR，和OS的相关性
·如使用MMSE确定的神经认知功能
·成胶质细胞瘤和治疗相关症状严重性和干预的患者报告的结局，如使用MDASI-BT确定的
材料和方法
患者：如果患者在并行或辅助化放疗之后第一次复发时具有成胶质细胞瘤的话，他们对于这项研究是潜在适格的。研究中的患者满足下述标准来进入研究：
疾病特征包括下述：
·并行或辅助化放疗之后第一次复发时组织学确认的成胶质细胞瘤
·如通过RANO标准定义的第一次肿瘤进展或再生长的成像确认
·替莫唑胺(TMZ)在先治疗。
·不多于一种在前线化疗。基于并行和辅助TMZ的化疗(包括TMZ与调查性药剂的组合)认为是一条线化疗。
·无贝伐珠单抗或其它靶向VEGF或VEGF受体的药剂在先治疗
·无靶向HGF或Met途径的实验性治疗在先暴露
·容许伽马刀或其它局灶性高剂量放疗在先疗法，但是患者必须具有复发的后续组织学证明，除非复发是照射场以外的新病变
·无伴有卡莫司汀晶片的prolifeprospan 20在先治疗
·无在先大脑内药剂
·自在先疗法的有毒效应恢复
·没有基线脑MRI上近期出血的证据
·不需要针对重大疾病(例如即将形成疝)的紧急姑息干预
·代表成胶质细胞瘤的福尔马林固定的石蜡包埋的肿瘤组织可得
患者特征包括下述：
·根据调查人员的判断，愿意和能够提供知情同意书和遵从研究方案
·年龄≥18岁
·Karnofsky性能状态≥70％
·在随机化之前5天内稳定或递减剂量的皮质类固醇
·自研究进入排除满足某些标准任一的患者，包括下述：
·患者不能经受IV钆的脑MRI扫描
·在登记之前7天内绝对嗜中性细胞计数(ANC)<1.5x109/L；血小板计数<100x109/L；或血红蛋白(Hb)<9.0g/dL。注意：使用输血或其它干预来实现Hb≥9g/dL是可接受的。
·总胆红素≥1.5 x ULN(诊断有吉尔伯特氏病的患者除外)
AST(SGOT)，ALT(SGPT)，或碱性磷酸酶(ALP)≥2.5 x ULN
·血清肌酸酐＞1.5 x ULN或计算肌酸酐清除(CrCl)<60mL/min(Cockcroft和Gault)
·针对蛋白尿的尿液试纸测试≥2+；发现具有≥2+蛋白尿的患者应当经受24小时尿液收集且必须展现24小时中≤1.0g蛋白质)
·国际标准化比率(INR)，凝血酶原时间(PT)，或活化部分凝血活酶时间
(APTT)如下：
在意图对患者抗凝的治疗剂缺失下：INR＞1.5或PT＞1.5 x ULN或aPTT＞1.5xULN
或
在意图对患者抗凝的治疗剂存在下：INR或PT和aPTT不在治疗限度内(依照制度中的医疗标准)或患者在随机化之前尚未服用稳定剂量的抗凝血剂至少2周。(注意：遵照ASCO指导方针，低分子量肝素[LMWH]应当是优选的办法。)
·控制不当的高血压(定义为抗高血压药疗时收缩血压＞150mmHg和/或舒张血压＞100mmHg)
·未受控制的糖尿病，表现为空腹血清葡萄糖水平＞200mg/dL
·高血压危象或高血压脑病的在先历史
·纽约心脏协会(NYHA)II级或更高级充血性心力衰竭
·在随机化之前心肌梗死(12个月内)或不稳定心绞痛(6个月内)的历史
·在随机化之前6个月内中风或短暂性缺血发作的历史
·在随机化之前6个月内重大血管病(例如需要手术修复的主动脉瘤或最近的周围动脉血栓形成)
·出血素质或凝血病(在治疗性抗凝缺失下)的证据
·在随机化之前6个月内腹瘘或胃肠穿孔的历史
·在随机化之前6个月内颅内脓肿的历史
·在随机化之前28内重大手术规程，开放式活检，或显著外伤性损伤
·预期试验过程期间需要重大手术规程
·严重非愈合伤口，活动性溃疡，或未治疗的骨折
·之前3年中另一恶性肿瘤的历史，无疾病间隔<3年。具有原位癌或基细胞或鳞状细胞皮肤癌的在先历史的患者是适格的。
·在随机化之前2周内需要入院或IV抗生素的任何活动性感染的证据
·已知的对奥奴珠单抗或贝伐珠单抗的任何赋形剂的超敏感性
·对中国仓鼠卵巢细胞产品或其它重组人或人源化抗体的超敏感性
研究治疗
奥奴珠单抗/奥奴珠单抗安慰剂。在装有600mg奥奴珠单抗的单次使用15-cc管形瓶中作为无菌液体提供奥奴珠单抗。奥奴珠单抗药物产品配制成10mM组氨酸乙酸酯，120mM蔗糖，0.4mg/mL聚山梨酯20，pH 5.4中的60mg/mL奥奴珠单抗。奥奴珠单抗安慰剂由250cc0.9％生理盐水溶液(NSS)IV袋组成，而且会由调查场所提供。一旦稀释奥奴珠单抗，溶液必须在8小时内施用。
贝伐珠单抗。在单次使用管形瓶中作为用于IV输注的无防腐剂的清澈至略微乳浊，无色至浅棕色，无菌液体供应贝伐珠单抗。它在具有16mL填充的20mL(400mg，25mg/mL)玻璃管形瓶中供应。配制剂含有磷酸钠，海藻糖，聚山梨酯20，和无菌注射用水(SWFI)，USP。
剂量，施用
奥奴珠单抗/贝伐珠单抗/安慰剂的给药依赖于指派的治疗分支。在这项研究中，首先施用奥奴珠单抗/奥奴珠单抗安慰剂继以贝伐珠单抗。在奥奴珠单抗/奥奴珠单抗安慰剂输注结束时继以60分钟推荐观察期之后，施用贝伐珠单抗。
分支A中的患者贯穿研究接受奥奴珠单抗安慰剂。分支B中的患者贯穿研究每三周接受15mg/kg奥奴珠单抗。奥奴珠单抗/奥奴珠单抗安慰剂的剂量基于患者在筛选时的重量。此剂量贯穿研究施用且不会根据重量而变化。将液体奥奴珠单抗用0.9％NSS稀释成250mL总体积。一旦将奥奴珠单抗稀释入NSS，溶液推荐在8小时内使用。不应用右旋糖稀释奥奴珠单抗。推荐丢弃任何剩余溶液。作为IV输注施用奥奴珠单抗/奥奴珠单抗安慰剂。第一剂在60分钟(±10分钟)里输注。对于经历输注相关症状的患者，奥奴珠单抗/奥奴珠单抗安慰剂输注可以减缓或中断。在奥奴珠单抗/奥奴珠单抗安慰剂给药后对患者观察发热，发冷，或其它输注相关症状至少60分钟。随后，在30(±10)分钟里施用奥奴珠单抗/奥奴珠单抗安慰剂剂量，前提是患者耐受在前的输注。
分支A和分支B中的患者贯穿研究每三周接受15mg/kg贝伐珠单抗(在奥奴珠单抗输注之后)。贝伐珠单抗的剂量基于患者在筛选时的重量，而且会贯穿研究保持相同，除非患者的重量变化超过10％。将贝伐珠单抗在0.9％氯化钠注射液，USP中稀释至100mL的总体积。在90±15分钟里投递初始剂量。如果第一次输注得到耐受，没有任何输注相关不利事件(发热和/或发冷)，那么在60±10分钟里投递第二次输注。如果60分钟输注得到较好耐受，那么在30±10分钟里投递所有后续输注。
统计分析。PFS的治疗比较基于0.05显著性水平(双侧)的分层的秩和检验。分层因子为Karnofsky性能状态(70％-80％对90％-100％)和年龄(<50对≥50岁)。使用Kaplan-Meier方法学来评估每个治疗分支的中值PFS，并构建Kaplan-Meier曲线以提供奥奴珠单抗+贝伐珠单抗和安慰剂+贝伐珠单抗之间差异的视觉描述。治疗效果的估值经由使用分层Cox模型表述成危害比(HR)，包括95％置信区间(CI)。OS定义为自随机化直至任何原因的死亡的时间。没有报告在分析时已经死亡的患者的数据在知道活着的最后时间之日审查；如果基线后数据不可得，在随机化之日审查OS。分析方法与PFS的相同。OS-9定义为在9个月时活着的患者的百分比。使用Kaplan-Meier方法来评估OS-9，连同标准误差和相应的95％CI，使用Greenwood方程进行。使用自Greenwood方程估算的标准误差通过z检验确定来自分支A和B的OS-9之间差异的95％CI和p值。PFS-6定义为在6个月(24周)时活着且无进展的患者的百分比。分析方法与OS-9的相同。客观响应定义为CR或PR。没有基线后疾病评估的患者认为是非响应者。ORR的分析群体是在基线时具有可测量疾病的所有随机化患者。使用Blyth-Still-Casella方法计算每个治疗分支的ORR估值及其95％CI。使用二项分布的正态近似确定两个分支之间ORR的差异的CI。DOR定义为研究期间经历CR或PR的患者中自初始响应至疾病进展或死亡的时间。在分析时没有进展或死亡的患者在最后疾病评估日审查。使用Kaplan-Meier方法学估算DOR。治疗分支之间经由使用不分层秩和检验的比较只为描述目的进行。
探索性分析包括下述：
迷你心理状态检查(MMSE)。以治疗分支和时间点汇总使用MMSE的神经认知功能相对于基线的变化。
皮质类固醇。以治疗分支和时间点汇总基线时皮质类固醇的使用和地塞米松等效剂量相对于基线的变化。
生物标志物。实施了探索性生物标志物分析以努力了解这些标志物与研究药物响应，包括功效和/或不利事件的关联。
患者报告的结局(PRO)。使用MD Anderson症状盘点-脑肿瘤问卷(MDASI-BT)评估疾病和治疗相关症状严重性和症状干预的PRO。对于所有患者，以均值(和95％CI)汇总MDASI-BT症状严重性和症状干预子量表并随时间绘图。报告每个时间点的均值(和95％CI)相对于基线(周期1第1天给药前)的变化以及绝对得分。打分基于MDASI和MDASI-BT验证文件(Cleeland et al.,Cancer(2000)89:1634-46；Armstrong et al.,Neurooncol(2006)80:27-35)。在两个主要治疗分支(奥奴珠单抗+贝伐珠单抗和贝伐珠单抗+安慰剂)之间比较均值(和95％CI)相对于基线(周期1第1天)的变化。
结果。将129名患者随机化分入这两个分支。以月计的中值存活随访为9.9(安慰剂+贝伐珠单抗)，9.8(奥奴珠单抗+贝伐珠单抗)。这项分析的临床数据截止日期为2013年11月07日。
在复发性成胶质细胞瘤患者中，用c-met拮抗剂奥奴珠单抗和VEGF拮抗剂贝伐珠单抗的组合治疗展现出：
(i)HGF ISH 2+/3+中相对于对照分支显著更长的PFS和OS；和
(ii)HGF ISH 0/1+中相对于对照分支显著更短的PFS和OS。
图2：显示总体存活依照HGF ISH状态的亚组分析。具有高HGF ISH(2+/3+)的患者在用安慰剂+贝伐珠单抗治疗时具有6.6个月的中值总体存活，较之在用奥奴珠单抗+贝伐珠单抗治疗时10.9个月的中值总体存活(HR＝0.39(95％CI 0.16，0.96))。具有低HGF ISH(0/1+)的患者在用安慰剂+贝伐珠单抗治疗时具有12.6个月的中值总体存活，较之在用奥奴珠单抗+贝伐珠单抗治疗时8.6个月的中值总体存活(HR＝2.37(95％CI 1.21，4.66))。
图3：显示HGF ISH低(0/1+)患者和HGF ISH高(2+/3+)患者中的总体存活的Kaplan-Meier分析。
图4：显示无进展存活依照HGF ISH状态的亚组分析。具有高HGF ISH(2+/3+)的患者在用安慰剂+贝伐珠单抗治疗时具有2.8个月的中值无进展存活，较之在用奥奴珠单抗+贝伐珠单抗治疗时8.3个月的中值总体存活(HR＝0.32(95％CI 0.15，0.6))。具有低HGFISH(0/1+)的患者在用安慰剂+贝伐珠单抗治疗时具有4.1个月的中值无进展存活，较之在用奥奴珠单抗+贝伐珠单抗治疗时2.9个月的中值总体存活(HR＝1.63(95％CI 0.99，2.68))。
图5：显示HGF ISH低(0/1+)患者和HGF ISH高(2+/3+)患者中的无进展存活的Kaplan-Meier分析。
图6：显示随机化分至贝伐珠单抗+安慰剂的所有患者(实线)较之随机化分至贝伐珠单抗+奥奴珠单抗的患者(虚线)中总体存活的分析。
图7：显示随机化分至贝伐珠单抗+安慰剂的所有患者(实线)较之随机化分至贝伐珠单抗+奥奴珠单抗的患者(虚线)中无进展存活的分析。
虽然出于清楚理解的目的，前述发明已经通过举例说明相当详细地进行了描述，但是说明书和实施例不应解释为限制本发明的范围。
实施例3a：使用PCR评估奥奴珠单抗与贝伐珠单抗组合在具有复发性成胶质细胞瘤的患者中的功效和安全性的随机化的，双盲的，安慰剂作对照的，多中心的II期研究的分析
使用PCR评估上文所述随机化的，双盲的，安慰剂作对照的，多中心的II期试验，该试验用于评估奥奴珠单抗+贝伐珠单抗相对于安慰剂+贝伐珠单抗在具有成胶质细胞瘤的患者中首次复发时的功效和安全性。对于这项分析，使用Fluidigm基因表达分析评估HGFmRNA表达水平。
方案：
切出石蜡包埋的，福尔马林固定的成胶质细胞瘤肿瘤组织样品的10微米厚切片。然后提取RNA，并去除蛋白质和DNA。使用Superscript III/Platinum Taq(Invitrogen)和预扩增反应混合物(Invitrogen)在一个反应中将2μl总RNA逆转录成cDNA并预扩增。预扩增反应(其包括额外的95对探针引物)中包括为了检测HGF的表达而选择的引物/探针套组，终浓度为0.05倍初始Taqman测定法浓度(Applied Biosystems)。热循环条件如下：1个循环的50℃达15min，1个循环的70℃达2min，然后是14个循环的95℃达15sec和60℃达4min。
将预扩增的cDNA稀释1.94倍，然后依照制造商的说明书在BioMark BMK-M-96.96平台(Fluidigm)上使用Taqman通用PCR大师级混合物(Applied Biosystems)进行扩增。一式三份测定所有样品。表达组团中包括先前在多种细胞系，新鲜冷冻的组织样品，和FFPE组织样品间评估了它们的表达稳定性的两种定制设计的参照基因，AL-1377271和VPS-33B。为每份样品计算这两种参照基因的Ct值的均值，并如下使用ΔCt(dCt)法测定HGF的表达水平：均值Ct(靶基因)–均值Ct(参照基因)。
结果。将129名患者随机化分入这两个分支。以月计的中值存活随访为9.9(安慰剂+贝伐珠单抗)，9.8(奥奴珠单抗+贝伐珠单抗)。这项分析的临床数据截止日期为2013年11月07日。
在复发性成胶质细胞瘤患者中，用c-met拮抗剂奥奴珠单抗和VEGF拮抗剂贝伐珠单抗的组合治疗展现出：
(i)具有前25％HGF-PCR表达的患者中相对于对照分支显著更长的PFS和OS；和
(ii)具有后75％HGF-PCR表达的患者中相对于对照分支显著更短的PFS和OS。
图17：显示总体存活依照HGF-PCR表达的亚组分析。具有高HGF-PCR(前25％)的患者在安慰剂+贝伐珠单抗分支中具有7.3个月的中值总体存活，较之奥奴珠单抗+贝伐珠单抗分支中未达到的中值总体存活(HR＝0.29(95％CI 0.08,1.06))。具有低HGF-PCR(后75％)的患者在安慰剂+贝伐珠单抗分支中具有未达到的中值总体存活，较之奥奴珠单抗+贝伐珠单抗分支中8.6个月的中值总体存活(HR＝1.86(95％CI 1.03，3.36))。
图18：显示低HGF-PCR(后75％)患者和高HGF-PCR(前25％)患者中总体存活的Kaplan-Meier分析。
图19：显示无进展存活依照HGF-PCR表达的亚组分析。具有高HGF-PCR(前25％)的患者在安慰剂+贝伐珠单抗分支中具有2.8个月的中值无进展存活，较之奥奴珠单抗+贝伐珠单抗分支中6.1个月的中值无进展存活(HR＝0.37(95％CI 0.16，0.86))。具有低HGF-PCR(后75％)的患者在安慰剂+贝伐珠单抗分支中具有4.1个月的中值无进展存活，较之奥奴珠单抗+贝伐珠单抗分支中2.9个月的中值无进展存活(HR＝1.39(95％CI 0.87，2.20))。
图20：显示低HGF-PCR(后75％)患者和高HGF-PCR(前25％)患者中无进展存活的Kaplan-Meier分析。
图21：显示贝伐珠单抗+奥奴珠单抗分支中的HGF-PCR高(前25％)患者较之贝伐珠单抗+安慰剂分支中的患者中的总体响应率(ORR)。
图22：显示贝伐珠单抗+安慰剂分支中的HGF-PCR低(后75％)患者和HGF-PCR高(前25％)患者中无进展存活和总体存活的预后效果。
序列表
<110> 基因泰克公司（GENENTECH, INC.）等
<120> 使用C-MET拮抗剂的癌症治疗及前者与HGF表达的关联
<130> P5805R1-WO
<140>
<141>
<150> 61/985,316
<151> 2014-04-28
<150> 61/969,706
<151> 2014-03-24
<160> 16
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的肽"
<400> 1
Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr Trp Leu His
1 5 10
<210> 2
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的肽"
<400> 2
Gly Met Ile Asp Pro Ser Asn Ser Asp Thr Arg Phe Asn Pro Asn Phe
1 5 10 15
Lys Asp
<210> 3
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的肽"
<400> 3
Ala Thr Tyr Arg Ser Tyr Val Thr Pro Leu Asp Tyr
1 5 10
<210> 4
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的肽"
<400> 4
Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Tyr Thr Ser Ser Gln Lys Asn Tyr Leu
1 5 10 15
Ala
<210> 5
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的肽"
<400> 5
Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser
1 5
<210> 6
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的肽"
<400> 6
Gln Gln Tyr Tyr Ala Tyr Pro Trp Thr
1 5
<210> 7
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 7
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Trp Leu His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Met Ile Asp Pro Ser Asn Ser Asp Thr Arg Phe Asn Pro Asn Phe
50 55 60
Lys Asp Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Tyr Arg Ser Tyr Val Thr Pro Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 8
<211> 114
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 8
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Tyr Thr
20 25 30
Ser Ser Gln Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys
35 40 45
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln
85 90 95
Tyr Tyr Ala Tyr Pro Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile
100 105 110
Lys Arg
<210> 9
<211> 222
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 9
Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe
1 5 10 15
Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro
20 25 30
Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val
35 40 45
Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr
50 55 60
Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val
65 70 75 80
Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys
85 90 95
Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser
100 105 110
Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro
115 120 125
Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Ser Cys Ala Val
130 135 140
Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly
145 150 155 160
Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp
165 170 175
Gly Ser Phe Phe Leu Val Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp
180 185 190
Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His
195 200 205
Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
210 215 220
<210> 10
<211> 222
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 10
Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe
1 5 10 15
Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro
20 25 30
Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val
35 40 45
Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr
50 55 60
Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val
65 70 75 80
Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys
85 90 95
Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser
100 105 110
Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro
115 120 125
Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Trp Cys Leu Val
130 135 140
Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly
145 150 155 160
Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp
165 170 175
Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp
180 185 190
Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His
195 200 205
Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
210 215 220
<210> 11
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 11
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Trp Leu His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Met Ile Asp Pro Ser Asn Ser Asp Thr Arg Phe Asn Pro Asn Phe
50 55 60
Lys Asp Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Tyr Arg Ser Tyr Val Thr Pro Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe
115 120 125
Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu
130 135 140
Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp
145 150 155 160
Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu
165 170 175
Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser
180 185 190
Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro
195 200 205
Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys
210 215 220
Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro
225 230 235 240
Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser
245 250 255
Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp
260 265 270
Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn
275 280 285
Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val
290 295 300
Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu
305 310 315 320
Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys
325 330 335
Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr
340 345 350
Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Ser
355 360 365
Cys Ala Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu
370 375 380
Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu
385 390 395 400
Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Val Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys
405 410 415
Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu
420 425 430
Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
Lys
<210> 12
<211> 220
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 12
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Tyr Thr
20 25 30
Ser Ser Gln Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys
35 40 45
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln
85 90 95
Tyr Tyr Ala Tyr Pro Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile
100 105 110
Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp
115 120 125
Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn
130 135 140
Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu
145 150 155 160
Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp
165 170 175
Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr
180 185 190
Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser
195 200 205
Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210 215 220
<210> 13
<211> 227
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 13
Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly
1 5 10 15
Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met
20 25 30
Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His
35 40 45
Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val
50 55 60
His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr
65 70 75 80
Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly
85 90 95
Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile
100 105 110
Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val
115 120 125
Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser
130 135 140
Leu Trp Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu
145 150 155 160
Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro
165 170 175
Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val
180 185 190
Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met
195 200 205
His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser
210 215 220
Pro Gly Lys
225
<210> 14
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 14
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr
20 25 30
Gly Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Trp Ile Asn Thr Tyr Thr Gly Glu Pro Thr Tyr Ala Ala Asp Phe
50 55 60
Lys Arg Arg Phe Thr Phe Ser Leu Asp Thr Ser Lys Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Tyr Pro His Tyr Tyr Gly Ser Ser His Trp Tyr Phe Asp Val
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 15
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 15
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Ser Ala Ser Gln Asp Ile Ser Asn Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Val Leu Ile
35 40 45
Tyr Phe Thr Ser Ser Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Ser Thr Val Pro Trp
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 16
<211> 1390
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述: 合成的多肽"
<400> 16
Met Lys Ala Pro Ala Val Leu Ala Pro Gly Ile Leu Val Leu Leu Phe
1 5 10 15
Thr Leu Val Gln Arg Ser Asn Gly Glu Cys Lys Glu Ala Leu Ala Lys
20 25 30
Ser Glu Met Asn Val Asn Met Lys Tyr Gln Leu Pro Asn Phe Thr Ala
35 40 45
Glu Thr Pro Ile Gln Asn Val Ile Leu His Glu His His Ile Phe Leu
50 55 60
Gly Ala Thr Asn Tyr Ile Tyr Val Leu Asn Glu Glu Asp Leu Gln Lys
65 70 75 80
Val Ala Glu Tyr Lys Thr Gly Pro Val Leu Glu His Pro Asp Cys Phe
85 90 95
Pro Cys Gln Asp Cys Ser Ser Lys Ala Asn Leu Ser Gly Gly Val Trp
100 105 110
Lys Asp Asn Ile Asn Met Ala Leu Val Val Asp Thr Tyr Tyr Asp Asp
115 120 125
Gln Leu Ile Ser Cys Gly Ser Val Asn Arg Gly Thr Cys Gln Arg His
130 135 140
Val Phe Pro His Asn His Thr Ala Asp Ile Gln Ser Glu Val His Cys
145 150 155 160
Ile Phe Ser Pro Gln Ile Glu Glu Pro Ser Gln Cys Pro Asp Cys Val
165 170 175
Val Ser Ala Leu Gly Ala Lys Val Leu Ser Ser Val Lys Asp Arg Phe
180 185 190
Ile Asn Phe Phe Val Gly Asn Thr Ile Asn Ser Ser Tyr Phe Pro Asp
195 200 205
His Pro Leu His Ser Ile Ser Val Arg Arg Leu Lys Glu Thr Lys Asp
210 215 220
Gly Phe Met Phe Leu Thr Asp Gln Ser Tyr Ile Asp Val Leu Pro Glu
225 230 235 240
Phe Arg Asp Ser Tyr Pro Ile Lys Tyr Val His Ala Phe Glu Ser Asn
245 250 255
Asn Phe Ile Tyr Phe Leu Thr Val Gln Arg Glu Thr Leu Asp Ala Gln
260 265 270
Thr Phe His Thr Arg Ile Ile Arg Phe Cys Ser Ile Asn Ser Gly Leu
275 280 285
His Ser Tyr Met Glu Met Pro Leu Glu Cys Ile Leu Thr Glu Lys Arg
290 295 300
Lys Lys Arg Ser Thr Lys Lys Glu Val Phe Asn Ile Leu Gln Ala Ala
305 310 315 320
Tyr Val Ser Lys Pro Gly Ala Gln Leu Ala Arg Gln Ile Gly Ala Ser
325 330 335
Leu Asn Asp Asp Ile Leu Phe Gly Val Phe Ala Gln Ser Lys Pro Asp
340 345 350
Ser Ala Glu Pro Met Asp Arg Ser Ala Met Cys Ala Phe Pro Ile Lys
355 360 365
Tyr Val Asn Asp Phe Phe Asn Lys Ile Val Asn Lys Asn Asn Val Arg
370 375 380
Cys Leu Gln His Phe Tyr Gly Pro Asn His Glu His Cys Phe Asn Arg
385 390 395 400
Thr Leu Leu Arg Asn Ser Ser Gly Cys Glu Ala Arg Arg Asp Glu Tyr
405 410 415
Arg Thr Glu Phe Thr Thr Ala Leu Gln Arg Val Asp Leu Phe Met Gly
420 425 430
Gln Phe Ser Glu Val Leu Leu Thr Ser Ile Ser Thr Phe Ile Lys Gly
435 440 445
Asp Leu Thr Ile Ala Asn Leu Gly Thr Ser Glu Gly Arg Phe Met Gln
450 455 460
Val Val Val Ser Arg Ser Gly Pro Ser Thr Pro His Val Asn Phe Leu
465 470 475 480
Leu Asp Ser His Pro Val Ser Pro Glu Val Ile Val Glu His Thr Leu
485 490 495
Asn Gln Asn Gly Tyr Thr Leu Val Ile Thr Gly Lys Lys Ile Thr Lys
500 505 510
Ile Pro Leu Asn Gly Leu Gly Cys Arg His Phe Gln Ser Cys Ser Gln
515 520 525
Cys Leu Ser Ala Pro Pro Phe Val Gln Cys Gly Trp Cys His Asp Lys
530 535 540
Cys Val Arg Ser Glu Glu Cys Leu Ser Gly Thr Trp Thr Gln Gln Ile
545 550 555 560
Cys Leu Pro Ala Ile Tyr Lys Val Phe Pro Asn Ser Ala Pro Leu Glu
565 570 575
Gly Gly Thr Arg Leu Thr Ile Cys Gly Trp Asp Phe Gly Phe Arg Arg
580 585 590
Asn Asn Lys Phe Asp Leu Lys Lys Thr Arg Val Leu Leu Gly Asn Glu
595 600 605
Ser Cys Thr Leu Thr Leu Ser Glu Ser Thr Met Asn Thr Leu Lys Cys
610 615 620
Thr Val Gly Pro Ala Met Asn Lys His Phe Asn Met Ser Ile Ile Ile
625 630 635 640
Ser Asn Gly His Gly Thr Thr Gln Tyr Ser Thr Phe Ser Tyr Val Asp
645 650 655
Pro Val Ile Thr Ser Ile Ser Pro Lys Tyr Gly Pro Met Ala Gly Gly
660 665 670
Thr Leu Leu Thr Leu Thr Gly Asn Tyr Leu Asn Ser Gly Asn Ser Arg
675 680 685
His Ile Ser Ile Gly Gly Lys Thr Cys Thr Leu Lys Ser Val Ser Asn
690 695 700
Ser Ile Leu Glu Cys Tyr Thr Pro Ala Gln Thr Ile Ser Thr Glu Phe
705 710 715 720
Ala Val Lys Leu Lys Ile Asp Leu Ala Asn Arg Glu Thr Ser Ile Phe
725 730 735
Ser Tyr Arg Glu Asp Pro Ile Val Tyr Glu Ile His Pro Thr Lys Ser
740 745 750
Phe Ile Ser Gly Gly Ser Thr Ile Thr Gly Val Gly Lys Asn Leu Asn
755 760 765
Ser Val Ser Val Pro Arg Met Val Ile Asn Val His Glu Ala Gly Arg
770 775 780
Asn Phe Thr Val Ala Cys Gln His Arg Ser Asn Ser Glu Ile Ile Cys
785 790 795 800
Cys Thr Thr Pro Ser Leu Gln Gln Leu Asn Leu Gln Leu Pro Leu Lys
805 810 815
Thr Lys Ala Phe Phe Met Leu Asp Gly Ile Leu Ser Lys Tyr Phe Asp
820 825 830
Leu Ile Tyr Val His Asn Pro Val Phe Lys Pro Phe Glu Lys Pro Val
835 840 845
Met Ile Ser Met Gly Asn Glu Asn Val Leu Glu Ile Lys Gly Asn Asp
850 855 860
Ile Asp Pro Glu Ala Val Lys Gly Glu Val Leu Lys Val Gly Asn Lys
865 870 875 880
Ser Cys Glu Asn Ile His Leu His Ser Glu Ala Val Leu Cys Thr Val
885 890 895
Pro Asn Asp Leu Leu Lys Leu Asn Ser Glu Leu Asn Ile Glu Trp Lys
900 905 910
Gln Ala Ile Ser Ser Thr Val Leu Gly Lys Val Ile Val Gln Pro Asp
915 920 925
Gln Asn Phe Thr Gly Leu Ile Ala Gly Val Val Ser Ile Ser Thr Ala
930 935 940
Leu Leu Leu Leu Leu Gly Phe Phe Leu Trp Leu Lys Lys Arg Lys Gln
945 950 955 960
Ile Lys Asp Leu Gly Ser Glu Leu Val Arg Tyr Asp Ala Arg Val His
965 970 975
Thr Pro His Leu Asp Arg Leu Val Ser Ala Arg Ser Val Ser Pro Thr
980 985 990
Thr Glu Met Val Ser Asn Glu Ser Val Asp Tyr Arg Ala Thr Phe Pro
995 1000 1005
Glu Asp Gln Phe Pro Asn Ser Ser Gln Asn Gly Ser Cys Arg Gln
1010 1015 1020
Val Gln Tyr Pro Leu Thr Asp Met Ser Pro Ile Leu Thr Ser Gly
1025 1030 1035
Asp Ser Asp Ile Ser Ser Pro Leu Leu Gln Asn Thr Val His Ile
1040 1045 1050
Asp Leu Ser Ala Leu Asn Pro Glu Leu Val Gln Ala Val Gln His
1055 1060 1065
Val Val Ile Gly Pro Ser Ser Leu Ile Val His Phe Asn Glu Val
1070 1075 1080
Ile Gly Arg Gly His Phe Gly Cys Val Tyr His Gly Thr Leu Leu
1085 1090 1095
Asp Asn Asp Gly Lys Lys Ile His Cys Ala Val Lys Ser Leu Asn
1100 1105 1110
Arg Ile Thr Asp Ile Gly Glu Val Ser Gln Phe Leu Thr Glu Gly
1115 1120 1125
Ile Ile Met Lys Asp Phe Ser His Pro Asn Val Leu Ser Leu Leu
1130 1135 1140
Gly Ile Cys Leu Arg Ser Glu Gly Ser Pro Leu Val Val Leu Pro
1145 1150 1155
Tyr Met Lys His Gly Asp Leu Arg Asn Phe Ile Arg Asn Glu Thr
1160 1165 1170
His Asn Pro Thr Val Lys Asp Leu Ile Gly Phe Gly Leu Gln Val
1175 1180 1185
Ala Lys Gly Met Lys Tyr Leu Ala Ser Lys Lys Phe Val His Arg
1190 1195 1200
Asp Leu Ala Ala Arg Asn Cys Met Leu Asp Glu Lys Phe Thr Val
1205 1210 1215
Lys Val Ala Asp Phe Gly Leu Ala Arg Asp Met Tyr Asp Lys Glu
1220 1225 1230
Tyr Tyr Ser Val His Asn Lys Thr Gly Ala Lys Leu Pro Val Lys
1235 1240 1245
Trp Met Ala Leu Glu Ser Leu Gln Thr Gln Lys Phe Thr Thr Lys
1250 1255 1260
Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Val Leu Leu Trp Glu Leu Met Thr
1265 1270 1275
Arg Gly Ala Pro Pro Tyr Pro Asp Val Asn Thr Phe Asp Ile Thr
1280 1285 1290
Val Tyr Leu Leu Gln Gly Arg Arg Leu Leu Gln Pro Glu Tyr Cys
1295 1300 1305
Pro Asp Pro Leu Tyr Glu Val Met Leu Lys Cys Trp His Pro Lys
1310 1315 1320
Ala Glu Met Arg Pro Ser Phe Ser Glu Leu Val Ser Arg Ile Ser
1325 1330 1335
Ala Ile Phe Ser Thr Phe Ile Gly Glu His Tyr Val His Val Asn
1340 1345 1350
Ala Thr Tyr Val Asn Val Lys Cys Val Ala Pro Tyr Pro Ser Leu
1355 1360 1365
Leu Ser Ser Glu Asp Asn Ala Asp Asp Glu Val Asp Thr Arg Pro
1370 1375 1380
Ala Ser Phe Trp Glu Thr Ser
1385 1390

Claims (189)

1.一种用于鉴定有可能响应用c-met拮抗剂治疗的癌症患者的方法，其包括测定该患者的癌症是否具有大量的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达指示该患者有可能响应用该c-met拮抗剂治疗。
2.一种用于测定癌症患者预后的方法，其包括测定该患者的癌症是否具有大量的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达指示在用c-met拮抗剂治疗该患者时该患者有可能具有延长的总体存活(OS)和/或无进展存活(PFS)。
3.权利要求1或2的方法，其中该患者的癌症是先前治疗过的成胶质细胞瘤且治疗是用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的治疗有效组合。
4.权利要求1或2的方法，其中该患者的癌症是先前治疗过的肾细胞癌。
5.权利要求4的方法，其中该治疗是用c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的治疗有效组合。
6.权利要求1或2的方法，其中该患者的癌症是先前治疗过的间皮瘤。
7.权利要求6的方法，其中该治疗是用c-met拮抗剂和第二癌症药物的治疗有效组合。
8.权利要求1或2的方法，其中该患者的癌症是先前治疗过的胃癌。
9.权利要求8的方法，其中该治疗是用c-met拮抗剂和第二癌症药物的治疗有效组合。
10.权利要求1或2的方法，其中该患者的癌症是先前治疗过的肝细胞癌。
11.权利要求10的方法，其中该治疗是用c-met拮抗剂和第二癌症药物的治疗有效组合。
12.前述权利要求任一项的方法，其中HGF生物标志物是HGF mRNA，且使用原位杂交(ISH)在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物mRNA表达。
13.权利要求12的方法，其中高HGF生物标志物是ISH得分为2+和/或3+。
14.权利要求12的方法，其中高HGF生物标志物是ISH得分为2+和3+。
15.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约12个或更多HGFISH信号阳性细胞。
16.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约15个或更多HGFISH信号阳性细胞。
17.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约20个或更多HGFISH信号阳性细胞。
18.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约25个或更多HGFISH信号阳性细胞。
19.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约30个或更多HGFISH信号阳性细胞。
20.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约35个或更多HGFISH信号阳性细胞。
21.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有1％或更多HGF ISH信号阳性细胞。
22.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有2％或更多HGF ISH信号阳性细胞。
23.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有3％或更多HGF ISH信号阳性细胞。
24.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有4％或更多HGF ISH信号阳性细胞。
25.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有5％或更多HGF ISH信号阳性细胞。
26.权利要求12的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有10％或更多HGF ISH信号阳性细胞。
27.权利要求1-11任一项的方法，其中HGF生物标志物表达是核酸表达且使用PCR(例如rt-qPCR)，RNA-seq，微阵列分析，SAGE，MassARRAY技术，或FISH在来自该患者的样品中测定。
28.权利要求27的方法，其中使用rt-qPCR在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物表达。
29.权利要求27或28的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是在前25％的参照患者群体中。
30.一种用于鉴定不大可能响应用c-met拮抗剂治疗的癌症患者的方法，其包括测定该患者的癌症是否具有小量的HGF生物标志物的步骤，其中该HGF生物标志物表达指示该患者不大可能响应用该c-met拮抗剂治疗。
31.权利要求30的方法，其中使用原位杂交(ISH)在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物核酸表达。
32.权利要求31的方法，其中低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为小于2+。
33.权利要求31的方法，其中低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为0或1+。
34.权利要求31的方法，其中低HGF mRNA生物标志物是ISH得分为0。
35.权利要求31的方法，其中低HGF生物标志物是10个或更少细胞中存在HGF ISH阳性信号。
36.权利要求31的方法，其中低HGF生物标志物是5个或更少细胞中存在HGF ISH阳性信号。
37.权利要求30的方法，其中使用选自下组的技术在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物核酸表达：PCR，RNA-seq，微阵列分析，SAGE，和MassARRAY技术。
38.权利要求37的方法，其中该PCR是rt-qPCR。
39.权利要求37或38的方法，其中低HGF mRNA生物标志物是在参照患者群体的后75％中。
40.权利要求12-29任一项的方法，其中该样品是该患者的癌症的。
41.权利要求40的方法，其中该样品包含成胶质细胞瘤细胞和良性基质细胞。
42.权利要求41的方法，其中该良性基质细胞是反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和内皮细胞中的一种或多种。
43.权利要求40的方法，其中该样品包含间皮瘤细胞和良性基质细胞。
44.权利要求40的方法，其中该样品包含胃癌细胞和良性基质细胞。
45.权利要求44的方法，其中该良性基质细胞是成纤维细胞，巨噬细胞和内皮细胞中的一种或多种。
46.权利要求40的方法，其中该样品包含肝细胞癌细胞和良性基质细胞。
47.权利要求40的方法，其中该样品包含肾细胞癌细胞和良性基质细胞。
48.权利要求40的方法，其中该样品包含肉瘤细胞和良性基质细胞。
49.权利要求40-48任一项的方法，其中该样品是在用c-met拮抗剂治疗之前获得的。
50.权利要求40-48任一项的方法，其中该样品是在用VEGF拮抗剂治疗之前获得的。
51.权利要求40-48任一项的方法，其中该样品是在用癌症药物治疗之前获得的。
52.权利要求40-51任一项的方法，其中该样品是福尔马林固定和石蜡包埋的。
53.权利要求12-26任一项的方法，其中使用基于杂交的信号放大来检测该ISH。
54.权利要求40的方法，其中该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肝细胞癌，肾细胞癌，胃癌，肉瘤，骨肉瘤，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，乳腺癌，胆囊癌，或胰腺癌。
55.权利要求54的方法，其中该癌症是成胶质细胞瘤，间皮瘤，肾细胞癌，胃癌，肝细胞癌或肉瘤。
56.权利要求55的方法，其中该癌症是先前治疗过的成胶质细胞瘤。
57.权利要求55的方法，其中该癌症是先前治疗过的胃癌。
58.权利要求55的方法，其中该癌症是先前治疗过的间皮瘤。
59.权利要求55的方法，其中该癌症是先前治疗过的肝细胞癌。
60.权利要求55的方法，其中该癌症是先前治疗过的肾细胞癌。
61.权利要求55的方法，其中该癌症是先前治疗过的肉瘤。
62.前述权利要求任一项的方法，其中该c-met拮抗剂是拮抗性抗c-met抗体。
63.权利要求62的方法，其中该抗c-met抗体包含(a)包含序列GYTFTSYWLH(SEQ ID NO:1)的HVR1；(b)包含序列GMIDPSNSDTRFNPNFKD(SEQ ID NO:2)的HVR2；(c)包含序列ATYRSYVTPLDY(SEQ ID NO:3)的HVR3-HC；(d)包含序列KSSQSLLYTSSQKNYLA(SEQ ID NO:4)的HVR1-LC；(e)包含序列WASTRES(SEQ ID NO:5)的HVR2-LC；和(f)包含序列QQYYAYPWT(SEQID NO:6)的HVR3-LC。
64.权利要求62的方法，其中该抗c-met抗体结合奥奴珠单抗(onartuzumab)表位。
65.权利要求62的方法，其中该抗c-met抗体是奥奴珠单抗。
66.权利要求62-65任一项的方法，其中该抗c-met抗体的有效量是每三周15mg/kg。
67.权利要求62-65任一项的方法，其中该抗c-met抗体的有效量是每两周10mg/kg。
68.权利要求1-61任一项的方法，其中该c-met拮抗剂是crizotinib，tivantinib，carbozantinib，MGCD-265，ficlatuzumab，人源化TAK-701，rilotumumab，foretinib，h224G11，DN-30，MK-2461，E7050，MK-8033，PF-4217903，AMG208，JNJ-38877605，EMD1204831，INC-280，LY-2801653，SGX-126，RP1040，LY2801653，BAY-853474，和/或LA480中的一种或多种。
69.权利要求3或5的方法，其中该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。
70.权利要求69的方法，其中该抗VEGF抗体结合A4.6.1表位。
71.权利要求69的方法，其中所述抗VEGF抗体是贝伐珠单抗(bevacizumab)。
72.权利要求69的方法，其中该抗VEGF抗体包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)，其中该VH具有氨基酸序列EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGWINTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:14)且该VL具有氨基酸序列DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDISNYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:15)。
73.权利要求69-72任一项的方法，其中所述抗VEGF抗体的所述有效量是每两周静脉内10mg/kg。
74.权利要求69-72任一项的方法，其中所述抗VEGF抗体的所述有效量，所述抗VEGF抗体的所述有效量是每三周静脉内15mg/kg。
75.权利要求69-74任一项的方法，其中所述有效量的所述抗VEGF抗体最初在90分钟里静脉内施用，后续输注在60分钟里，然后在30分钟里。
76.权利要求69-75任一项的方法，其中所述抗VEGF抗体在第一个周期第二个施用于所述患者。
77.权利要求76的方法，其中所述抗VEGF抗体的后续施用在所述c-met拮抗剂之前或之后。
78.权利要求3，5或69-77任一项的方法，其中所述VEGF拮抗剂与所述c-met拮抗剂并行施用。
79.前述权利要求任一项的方法，其中该患者小于50岁龄。
80.权利要求1-78任一项的方法，其中该患者等于或大于50岁龄。
81.前述权利要求任一项的方法，其中该患者具有70％至80％的Karnofsky性能状态。
82.权利要求1-80任一项的方法，其中该患者具有90％至100％的Karnofsky性能状态。
83.权利要求1-29或40-82任一项的方法，其中该患者相对于不具有高HGF生物标志物的患者具有更大的PFS和/或OS。
84.权利要求3的方法，其中该患者相对于单独用VEGF拮抗剂治疗的患者具有更大的PFS和/或OS。
85.权利要求5的方法，其中该患者相对于单独用VEGF拮抗剂治疗的患者具有更大的PFS和/或OS。
86.一种将具有先前治疗过的选自成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，和肉瘤的癌症的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体的疗法的方法，其中该方法包括：
(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中HGF生物标志物是HGF核酸且测量通过ISH进行；并
(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为有可能响应包含c-met拮抗性抗体的疗法。
87.权利要求86的方法，其中该方法进一步包括(iii)为该患者选择包含c-met拮抗性抗体的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体的疗法。
88.一种将具有先前治疗过的选自成胶质细胞瘤和肾细胞癌的癌症的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体和(b)抗VEGF抗体的疗法的方法，其中该方法包括：
(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中HGF生物标志物是HGF核酸且测量通过ISH进行；并
(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为有可能响应该包含(a)c-met拮抗性抗体和(b)抗VEGF抗体的疗法。
89.权利要求88的方法，其中该方法进一步包括(iii)为该患者选择该包含(a)c-met拮抗性抗体和(b)抗VEGF抗体的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体和(b)抗VEGF抗体的疗法。
90.一种将具有先前治疗过的选自成胶质细胞瘤，间皮瘤，胃癌，肾细胞癌，肝细胞癌，和肉瘤的癌症的患者鉴定为有可能响应包含抗c-met抗体的疗法的方法，其中该方法包括：
(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中HGF生物标志物是HGF核酸且测量通过rt-qPCR进行；并
(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为有可能响应该包含c-met拮抗性抗体的疗法。
91.权利要求90的方法，其中该方法进一步包括(iii)为该患者选择该包含c-met拮抗性抗体的疗法或推荐包含c-met拮抗性抗体的疗法。
92.一种将具有先前治疗过的选自成胶质细胞瘤和肾细胞癌的癌症的患者鉴定为有可能响应包含(a)抗c-met抗体和(b)抗VEGF抗体的疗法的方法，其中该方法包括：
(i)在来自该患者的样品中测量HGF生物标志物，其中HGF生物标志物是HGF核酸且测量通过rt-qPCR进行；并
(ii)在该样品具有高HGF生物标志物时将该患者鉴定为有可能响应该包含(a)c-met拮抗性抗体和(b)抗VEGF抗体的疗法。
93.权利要求92的方法，其中该方法进一步包括(iii)为该患者选择该包含(a)c-met拮抗性抗体和(b)抗VEGF抗体的疗法或推荐包含(a)c-met拮抗性抗体和(b)抗VEGF抗体的疗法。
94.一种用于测定HGF生物标志物表达的方法，其包括测定患者的癌症是否具有高水平的HGF生物标志物的步骤，其中HGF生物标志物表达是mRNA表达且使用ISH在来自该患者的样品中测定，其中高HGF生物标志物表达是ISH得分大于2+，其中该高HGF生物标志物表达指示在用抗c-met抗体治疗该患者时该患者有可能具有延长的OS和/或PFS。
95.一种用于测定HGF生物标志物表达的方法，其包括测定患者的癌症是否具有高水平的HGF生物标志物的步骤，其中HGF生物标志物表达是mRNA表达且使用ISH在来自该患者的样品中测定，其中高HGF生物标志物表达是ISH得分大于2+，其中该高HGF生物标志物表达指示在与抗VEGF抗体组合用抗c-met抗体治疗该患者时该患者有可能具有延长的OS和/或PFS。
96.一种用于测定HGF生物标志物表达的方法，其包括测定患者的癌症是否具有高水平的HGF生物标志物的步骤，其中HGF生物标志物表达是mRNA表达且使用rt-qPCR在来自该患者的样品中测定，其中高HGF生物标志物表达是参照患者群体的前25％中的HGF生物标志物表达，其中该高HGF生物标志物表达指示在用抗c-met抗体治疗该患者时该患者有可能具有延长的OS和/或PFS。
97.一种用于测定HGF生物标志物表达的方法，其包括测定患者的癌症是否具有高水平的HGF生物标志物的步骤，其中HGF生物标志物表达是mRNA表达且使用rt-qPCR在来自该患者的样品中测定，其中高HGF生物标志物表达是参照患者群体的前25％中的HGF生物标志物表达，其中该高HGF生物标志物表达指示在与抗VEGF抗体组合用抗c-met抗体治疗该患者时该患者有可能具有延长的OS和/或PFS。
98.一种用于治疗具有癌症的患者的方法，其包括如果该患者的癌症已经发现具有大量的HGF生物标志物的话对该患者施用有效量的c-met拮抗剂。
99.权利要求98的方法，其中该c-met拮抗剂是拮抗性抗c-met抗体。
100.权利要求99的方法，其中该抗c-met抗体包含(a)包含序列GYTFTSYWLH(SEQ IDNO:1)的HVR1；(b)包含序列GMIDPSNSDTRFNPNFKD(SEQ ID NO:2)的HVR2；(c)包含序列ATYRSYVTPLDY(SEQ ID NO:3)的HVR3-HC；(d)包含序列KSSQSLLYTSSQKNYLA(SEQ ID NO:4)的HVR1-LC；(e)包含序列WASTRES(SEQ ID NO:5)的HVR2-LC；和(f)包含序列QQYYAYPWT(SEQID NO:6)的HVR3-LC。
101.权利要求99的方法，其中该抗c-met抗体结合奥奴珠单抗表位。
102.权利要求99的方法，其中该抗c-met抗体是奥奴珠单抗。
103.权利要求99的方法，其中该抗c-met抗体的有效量是每三周15mg/kg。
104.权利要求99的方法，其中该抗c-met抗体的有效量是每两周10mg/kg。
105.权利要求98的方法，其中该c-met拮抗剂是crizotinib，tivantinib，carbozantinib，MGCD-265，ficlatuzumab，人源化TAK-701，rilotumumab，foretinib，h224G11，DN-30，MK-2461，E7050，MK-8033，PF-4217903，AMG208，JNJ-38877605，EMD1204831，INC-280，LY-2801653，SGX-126，RP1040，LY2801653，BAY-853474，和/或LA480中的一种或多种。
106.权利要求98-105任一项的方法，其中治疗是用有效量的c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合。
107.权利要求106的方法，其中该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。
108.权利要求107的方法，其中该抗VEGF抗体结合A4.6.1表位。
109.权利要求107的方法，其中所述抗VEGF抗体是贝伐珠单抗。
110.权利要求107的方法，其中该抗VEGF抗体包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)，其中该VH具有氨基酸序列EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGWINTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:14)且该VL具有氨基酸序列DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDISNYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:15)。
111.权利要求107-110任一项的方法，其中所述抗VEGF抗体的所述有效量是每两周静脉内10mg/kg。
112.权利要求107-110任一项的方法，其中所述抗VEGF抗体的所述有效量是每三周静脉内15mg/kg。
113.权利要求107-112任一项的方法，其中所述有效量的所述抗VEGF抗体最初在90分钟里静脉内施用，后续输注在60分钟里，然后在30分钟里。
114.权利要求107-113任一项的方法，其中所述抗VEGF抗体在第一个周期第二个施用于所述患者。
115.权利要求107-114任一项的方法，其中所述抗VEGF抗体的后续施用在所述c-met拮抗剂之前或之后。
116.权利要求107-113任一项的方法，其中所述VEGF拮抗剂与所述c-met拮抗剂并行施用。
117.权利要求98-116任一项的方法，其中该患者小于50岁龄。
118.权利要求98-116任一项的方法，其中该患者等于或大于50岁龄。
119.权利要求98-118任一项的方法，其中该患者具有70％至80％的Karnofsky性能状态。
120.权利要求98-118任一项的方法，其中该患者具有90％至100％的Karnofsky性能状态。
121.权利要求98-120任一项的方法，其中该患者相对于不具有高HGF生物标志物的患者具有更大的PFS和/或OS。
122.权利要求98-120任一项的方法，其中该患者相对于单独用VEGF拮抗剂治疗的患者具有更大的PFS和/或OS。
123.权利要求98-122任一项的方法，其中HGF生物标志物是HGF mRNA，且使用原位杂交(ISH)在来自该患者的样品中测定HGF生物标志物mRNA表达。
124.权利要求123的方法，其中高HGF生物标志物是ISH得分为2+和/或3+。
125.权利要求123的方法，其中高HGF生物标志物是ISH得分为2+和3+。
126.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约12个或更多HGF ISH信号阳性细胞。
127.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约15个或更多HGF ISH信号阳性细胞。
128.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约20个或更多HGF ISH信号阳性细胞。
129.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约25个或更多HGF ISH信号阳性细胞。
130.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约30个或更多HGF ISH信号阳性细胞。
131.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中存在约35个或更多HGF ISH信号阳性细胞。
132.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有1％或更多HGFISH信号阳性细胞。
133.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有2％或更多HGFISH信号阳性细胞。
134.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有3％或更多HGFISH信号阳性细胞。
135.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有4％或更多HGFISH信号阳性细胞。
136.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有5％或更多HGFISH信号阳性细胞。
137.权利要求123的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是该样品中有10％或更多HGFISH信号阳性细胞。
138.权利要求98-122任一项的方法，其中HGF生物标志物表达是核酸表达且使用PCR，RNA-seq，微阵列分析，SAGE，MassARRAY技术，或FISH在来自该患者的样品中测定。
139.权利要求138的方法，其中该PCR是rt-qPCR。
140.权利要求138或139的方法，其中高HGF mRNA生物标志物是在参照患者群体的前25％中。
141.权利要求123-140任一项的方法，其中该样品是该患者的癌症的。
142.权利要求141的方法，其中该癌症是先前治疗过的成胶质细胞瘤。
143.权利要求142的方法，其中该样品包含成胶质细胞瘤细胞和良性基质细胞。
144.权利要求143的方法，其中该良性基质细胞是反应性星形细胞，胶质细胞，周细胞和内皮细胞中的一种或多种。
145.权利要求141的方法，其中该癌症是先前治疗过的间皮瘤。
146.权利要求145的方法，其中该样品包含间皮瘤细胞和良性基质细胞。
147.权利要求141的方法，其中该癌症是先前治疗过的胃癌。
148.权利要求147的方法，其中该样品包含胃癌细胞和良性基质细胞。
149.权利要求148的方法，其中该良性基质细胞是成纤维细胞，巨噬细胞和内皮细胞中的一种或多种。
150.权利要求141的方法，其中该癌症是先前治疗过的肾细胞癌。
151.权利要求150的方法，其中该样品包含肾细胞癌细胞和良性基质细胞。
152.权利要求141的方法，其中该癌症是先前治疗过的肝细胞癌。
153.权利要求152的方法，其中该样品包含肝细胞癌细胞和良性基质细胞。
154.权利要求141的方法，其中该癌症是先前治疗过的肉瘤。
155.权利要求154的方法，其中该样品包含肉瘤细胞和良性基质细胞。
156.权利要求123-155任一项的方法，其中该样品是在用c-met拮抗剂治疗之前获得的。
157.权利要求123-155任一项的方法，其中该样品是在用VEGF拮抗剂治疗之前获得的。
158.权利要求123-155任一项的方法，其中该样品是在用癌症药物治疗之前获得的。
159.权利要求123-158任一项的方法，其中该样品是福尔马林固定和石蜡包埋的。
160.权利要求123-137任一项的方法，其中使用基于杂交的信号放大来检测该ISH。
161.一种用于治疗具有癌症的患者的方法，其包括如果该患者的癌症已经发现具有小量的HGF生物标志物的话对该患者施用治疗有效量的除c-met拮抗剂以外的药物。
162.一种用于为c-met抗体做广告的方法，其包括向目标受众推广基于HGF生物标志物的表达使用该c-met抗体来治疗具有癌症的患者。
163.权利要求162的方法，其中该推广通过伴随该抗c-met抗体的商业性配制剂的包装插页来进行。
164.权利要求162的方法，其中该推广通过伴随第二药物的商业性配制剂的包装插页来进行。
165.权利要求164的方法，其中该第二药物是VEGF拮抗剂。
166.权利要求165的方法，其中该抗c-met抗体是奥奴珠单抗且该VEGF拮抗剂是贝伐珠单抗。
167.权利要求162的方法，其中如果该癌症样品以高水平表达该生物标志物的话选择该患者用c-met拮抗剂治疗。
168.权利要求162的方法，其中该推广通过包装插页来进行，其中该包装插页提供接受与VEGF拮抗剂组合的抗c-met抗体疗法的说明书。
169.权利要求162的方法，其中该推广继以在有或无第二药物的情况下用该抗c-met抗体治疗该患者。
170.一种诊断试剂盒，其包含用于测定来自先前接受过治疗的成胶质细胞瘤患者的样品中HGF生物标志物的表达的一种或多种试剂，其中检测到大量的HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。
171.权利要求170的诊断试剂盒，其中检测到大量的HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合治疗该患者时延长的存活。
172.权利要求170的诊断试剂盒，其进一步包含使用该试剂盒如果测定到大量的HGF生物标志物的话选择c-met拮抗剂来治疗该先前接受过治疗的成胶质细胞瘤患者的说明书。
173.一种生成权利要求170-172任一项的诊断试剂盒的方法，其包括在一个包装中组合包含癌症药物的药物组合物和指示该药物组合物基于HGF生物标志物的表达用于治疗具有癌症的患者的包装插页。
174.一种诊断试剂盒，其包含用于测定来自先前接受过治疗的间皮瘤患者的样品中HGF生物标志物的表达的一种或多种试剂，其中检测到大量的HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。
175.权利要求174的诊断试剂盒，其进一步包含使用该试剂盒如果测定到大量的HGF生物标志物的话选择c-met拮抗剂来治疗该先前接受过治疗的间皮瘤患者的说明书。
176.一种生成权利要求174或175的诊断试剂盒的方法，其包括在一个包装中组合包含癌症药物的药物组合物和指示该药物组合物基于HGF生物标志物的表达用于治疗具有癌症的患者的包装插页。
177.一种诊断试剂盒，其包含用于测定来自先前接受过治疗的胃癌患者的样品中HGF生物标志物的表达的一种或多种试剂，其中检测到大量的HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。
178.权利要求177的诊断试剂盒，其进一步包含使用该试剂盒如果测定到大量的HGF生物标志物的话选择c-met拮抗剂来治疗该先前接受过治疗的胃癌患者的说明书。
179.一种生成权利要求177或178的诊断试剂盒的方法，其包括在一个包装中组合包含癌症药物的药物组合物和指示该药物组合物基于HGF生物标志物的表达用于治疗具有癌症的患者的包装插页。
180.一种诊断试剂盒，其包含用于测定来自先前接受过治疗的肾细胞癌患者的样品中HGF生物标志物的表达的一种或多种试剂，其中检测到大量的HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。
181.权利要求180的诊断试剂盒，其中检测到大量的HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂和VEGF拮抗剂的组合治疗该患者时延长的存活。
182.权利要求180的诊断试剂盒，其进一步包含使用该试剂盒如果测定到大量的HGF生物标志物的话选择c-met拮抗剂来治疗该先前接受过治疗的肾细胞癌患者的说明书。
183.一种生成权利要求180-182任一项的诊断试剂盒的方法，其包括在一个包装中组合包含癌症药物的药物组合物和指示该药物组合物基于HGF生物标志物的表达用于治疗具有癌症的患者的包装插页。
184.一种诊断试剂盒，其包含用于测定来自先前接受过治疗的肝细胞癌患者的样品中HGF生物标志物的表达的一种或多种试剂，其中检测到大量的HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。
185.权利要求184的诊断试剂盒，其进一步包含使用该试剂盒如果测定到大量的HGF生物标志物的话选择c-met拮抗剂来治疗该先前接受过治疗的肝细胞癌患者的说明书。
186.一种生成权利要求184或185的诊断试剂盒的方法，其包括在一个包装中组合包含癌症药物的药物组合物和指示该药物组合物用于基于HGF生物标志物的表达用于治疗具有癌症的患者的包装插页。
187.一种诊断试剂盒，其包含用于测定来自先前接受过治疗的肉瘤患者的样品中HGF生物标志物的表达的一种或多种试剂，其中检测到大量的HGF生物标志物意味着在用有效量的c-met拮抗剂治疗该患者时延长的存活(例如PFS和/或OS)。
188.权利要求187的诊断试剂盒，其进一步包含使用该试剂盒如果测定到大量的HGF生物标志物的话选择c-met拮抗剂来治疗该先前接受过治疗的肉瘤患者的说明书。
189.一种生成权利要求187或188的诊断试剂盒的方法，其包括在一个包装中组合包含癌症药物的药物组合物和指示该药物组合物基于HGF生物标志物的表达用于治疗具有癌症的患者的包装插页。
CN201580026979.2A 2014-03-24 2015-03-24 使用c‑met拮抗剂的癌症治疗及前者与hgf表达的关联 Pending CN107002119A (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201461969706P 2014-03-24 2014-03-24
US61/969,706 2014-03-24
US201461985316P 2014-04-28 2014-04-28
US61/985,316 2014-04-28
PCT/US2015/022282 WO2015148531A1 (en) 2014-03-24 2015-03-24 Cancer treatment with c-met antagonists and correlation of the latter with hgf expression

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN107002119A true CN107002119A (zh) 2017-08-01

Family

ID=52829364

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201580026979.2A Pending CN107002119A (zh) 2014-03-24 2015-03-24 使用c‑met拮抗剂的癌症治疗及前者与hgf表达的关联

Country Status (11)

Country Link
US (1) US10240207B2 (zh)
EP (1) EP3122900A1 (zh)
JP (1) JP2017516458A (zh)
KR (1) KR20160137599A (zh)
CN (1) CN107002119A (zh)
BR (1) BR112016021383A2 (zh)
CA (1) CA2943329A1 (zh)
MA (1) MA39776A (zh)
MX (1) MX2016012285A (zh)
RU (1) RU2016141385A (zh)
WO (1) WO2015148531A1 (zh)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105734159A (zh) * 2016-04-29 2016-07-06 北京泱深生物信息技术有限公司 食管鳞癌的分子标记物
CN109422815A (zh) * 2017-08-28 2019-03-05 复旦大学 双特异性嵌合抗原受体c-Met/PD-1 scFv-CAR-T及其构建方法和应用
CN109666748A (zh) * 2019-02-01 2019-04-23 常州诺赛生物科技有限公司 脐带间充质干细胞在治疗肝病方面生物学效力的评价方法
CN111032692A (zh) * 2017-08-08 2020-04-17 豪夫迈·罗氏有限公司 一种dlbcl患者亚组的奥滨尤妥珠单抗治疗

Families Citing this family (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9840553B2 (en) 2014-06-28 2017-12-12 Kodiak Sciences Inc. Dual PDGF/VEGF antagonists
US10281374B2 (en) * 2015-11-04 2019-05-07 Diagnostic Biosystems Method of pretreatment of biological samples for an analyte-staining assay method
RU2744860C2 (ru) 2015-12-30 2021-03-16 Кодиак Сайенсиз Инк. Антитела и их конъюгаты
AU2017361521B2 (en) 2016-11-21 2020-08-27 Nanostring Technologies, Inc. Chemical compositions and methods of using same
US10379015B2 (en) 2017-06-04 2019-08-13 Diagnostic Biosystems Method for labeling concentration density differentials of an analyte in a biological sample
WO2019161320A1 (en) * 2018-02-17 2019-08-22 Apollomics Inc. Cancer treatment using combination of neutrophil modulator with modulator of immune checkpoint
SG11202011274YA (en) 2018-05-14 2020-12-30 Nanostring Technologies Inc Chemical compositions and methods of using same
US20200341002A1 (en) * 2019-04-17 2020-10-29 Cleveland State University Methods for quantitating protein biomarkers
CA3157509A1 (en) 2019-10-10 2021-04-15 Kodiak Sciences Inc. Methods of treating an eye disorder
US11866493B2 (en) * 2019-11-01 2024-01-09 East Tennessee State University Research Foundation Single-chain variable fragment of Met monoclonal antibody and methods of use in CAR T cell therapy

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010045344A1 (en) * 2008-10-17 2010-04-22 Genentech, Inc. Combination therapy comprising a c-met antagonist and a vegf antagonist
WO2010048304A2 (en) * 2008-10-21 2010-04-29 Bayer Healthcare Llc Identification of signature genes associated with hepatocellular carcinoma
CN101988098A (zh) * 2009-08-07 2011-03-23 芮屈生物技术（上海）有限公司 一种hgf基因的原位杂交检测试剂盒及其检测方法和应用
CN102137939A (zh) * 2008-08-29 2011-07-27 霍夫曼-拉罗奇有限公司 不依赖vegf的肿瘤的诊断和治疗
WO2012031027A1 (en) * 2010-08-31 2012-03-08 Genentech, Inc. Biomarkers and methods of treatment
CN102639564A (zh) * 2009-08-21 2012-08-15 皮埃尔法布雷医药公司 抗-cmet抗体及其用于癌症的检测和诊断的用途
CN102971343A (zh) * 2010-06-29 2013-03-13 皮埃尔法布雷医药公司 用于癌症诊断和/或预后的新型抗体
WO2013043715A1 (en) * 2011-09-19 2013-03-28 Genentech, Inc. Combination treatments comprising c-met antagonists and b-raf antagonists

Family Cites Families (289)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CU22545A1 (es) 1994-11-18 1999-03-31 Centro Inmunologia Molecular Obtención de un anticuerpo quimérico y humanizado contra el receptor del factor de crecimiento epidérmico para uso diagnóstico y terapéutico
US4275149A (en) 1978-11-24 1981-06-23 Syva Company Macromolecular environment control in specific receptor assays
US4318980A (en) 1978-04-10 1982-03-09 Miles Laboratories, Inc. Heterogenous specific binding assay employing a cycling reactant as label
US4342566A (en) 1980-02-22 1982-08-03 Scripps Clinic & Research Foundation Solid phase anti-C3 assay for detection of immune complexes
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
GB8318575D0 (en) 1983-07-08 1983-08-10 Cobbold S P Antibody preparations
US4943533A (en) 1984-03-01 1990-07-24 The Regents Of The University Of California Hybrid cell lines that produce monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4737456A (en) 1985-05-09 1988-04-12 Syntex (U.S.A.) Inc. Reducing interference in ligand-receptor binding assays
US5169939A (en) 1985-05-21 1992-12-08 Massachusetts Institute Of Technology & Pres. & Fellows Of Harvard College Chimeric antibodies
US4676980A (en) 1985-09-23 1987-06-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Target specific cross-linked heteroantibodies
US6548640B1 (en) 1986-03-27 2003-04-15 Btg International Limited Altered antibodies
IL85035A0 (en) 1987-01-08 1988-06-30 Int Genetic Eng Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same
EP0307434B2 (en) 1987-03-18 1998-07-29 Scotgen Biopharmaceuticals, Inc. Altered antibodies
US5606040A (en) 1987-10-30 1997-02-25 American Cyanamid Company Antitumor and antibacterial substituted disulfide derivatives prepared from compounds possessing a methyl-trithio group
US5770701A (en) 1987-10-30 1998-06-23 American Cyanamid Company Process for preparing targeted forms of methyltrithio antitumor agents
WO1989006692A1 (en) 1988-01-12 1989-07-27 Genentech, Inc. Method of treating tumor cells by inhibiting growth factor receptor function
AU4128089A (en) 1988-09-15 1990-03-22 Rorer International (Overseas) Inc. Monoclonal antibodies specific to human epidermal growth factor receptor and therapeutic methods employing same
KR0184860B1 (ko) 1988-11-11 1999-04-01 메디칼 리써어치 카운실 단일영역 리간드와 이를 포함하는 수용체 및 이들의 제조방법과 이용(법)
CA1340530C (en) 1989-04-28 1999-05-04 Kok Kheong Lee Synthetic pseudomonas aeruginosa pilin peptide and related vaccines and diagnostics
DE3920358A1 (de) 1989-06-22 1991-01-17 Behringwerke Ag Bispezifische und oligospezifische, mono- und oligovalente antikoerperkonstrukte, ihre herstellung und verwendung
CA2066428C (en) 1989-09-08 2000-11-28 Bert Vogelstein Structural alterations of the egf receptor gene in human gliomas
CA2026147C (en) 1989-10-25 2006-02-07 Ravi J. Chari Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
US5208020A (en) 1989-10-25 1993-05-04 Immunogen Inc. Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
US5183884A (en) 1989-12-01 1993-02-02 United States Of America Dna segment encoding a gene for a receptor related to the epidermal growth factor receptor
US5871959A (en) 1989-12-27 1999-02-16 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Method of producing hepatocycte growth factor/scatter factor and related cell lines
US5362716A (en) 1989-12-27 1994-11-08 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Methods for stimulating hematopoietic progenitors using hepatocyte growth factor and lymphokines
US5648273A (en) 1989-12-27 1997-07-15 The United States Of America, As Represented By The Department Of Health And Human Services Hepatic growth factor receptor is the MET proto-oncogene
US6150584A (en) 1990-01-12 2000-11-21 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US6075181A (en) 1990-01-12 2000-06-13 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
CA2084987C (en) 1990-06-11 2007-02-13 Larry Gold Nucleic acid ligands
US5770429A (en) 1990-08-29 1998-06-23 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
CA2091700C (en) 1990-09-14 2002-11-19 Jeffrey S. Rubin A non-mitogenic competitive hgf antagonist
US5968509A (en) 1990-10-05 1999-10-19 Btp International Limited Antibodies with binding affinity for the CD3 antigen
US5264365A (en) 1990-11-09 1993-11-23 Board Of Regents, The University Of Texas System Protease-deficient bacterial strains for production of proteolytically sensitive polypeptides
US5508192A (en) 1990-11-09 1996-04-16 Board Of Regents, The University Of Texas System Bacterial host strains for producing proteolytically sensitive polypeptides
ES2113940T3 (es) 1990-12-03 1998-05-16 Genentech Inc Metodo de enriquecimiento para variantes de proteinas con propiedades de union alteradas.
US5571894A (en) 1991-02-05 1996-11-05 Ciba-Geigy Corporation Recombinant antibodies specific for a growth factor receptor
US20030206899A1 (en) 1991-03-29 2003-11-06 Genentech, Inc. Vascular endothelial cell growth factor antagonists
US6582959B2 (en) 1991-03-29 2003-06-24 Genentech, Inc. Antibodies to vascular endothelial cell growth factor
EP0584125B1 (en) 1991-05-10 1997-07-16 PHARMACIA &amp; UPJOHN S.p.A. Truncated forms of the hepatocyte growth factor (hgf) receptor
US5227158A (en) 1991-06-10 1993-07-13 Genentech, Inc. Method of stimulating hepatocyte proliferation by administration of hepatocyte growth factor and gamma-interferon
ES2206447T3 (es) 1991-06-14 2004-05-16 Genentech, Inc. Anticuerpo humanizado para heregulina.
WO1994004679A1 (en) 1991-06-14 1994-03-03 Genentech, Inc. Method for making humanized antibodies
GB9114948D0 (en) 1991-07-11 1991-08-28 Pfizer Ltd Process for preparing sertraline intermediates
US7018809B1 (en) 1991-09-19 2006-03-28 Genentech, Inc. Expression of functional antibody fragments
US5587458A (en) 1991-10-07 1996-12-24 Aronex Pharmaceuticals, Inc. Anti-erbB-2 antibodies, combinations thereof, and therapeutic and diagnostic uses thereof
WO1993008829A1 (en) 1991-11-04 1993-05-13 The Regents Of The University Of California Compositions that mediate killing of hiv-infected cells
SE9103649D0 (sv) 1991-12-10 1991-12-10 Aga Ab Fyllning av luftkudde
WO1993011791A1 (en) 1991-12-18 1993-06-24 The State Of Oregon Acting By And Through The Oregon State Board Of Higher Education On Behalf Of Oregon State University Antigenic preparations that stimulate production of antibodies which bind to the pili of type iv piliated bacteria
AU661533B2 (en) 1992-01-20 1995-07-27 Astrazeneca Ab Quinazoline derivatives
AU675929B2 (en) 1992-02-06 1997-02-27 Curis, Inc. Biosynthetic binding protein for cancer marker
US5316921A (en) 1992-05-18 1994-05-31 Genentech, Inc. Single-chain hepatocyte growth factor variants
US5328837A (en) 1992-05-18 1994-07-12 Genentech, Inc. Hepatocyte growth factor protease domain variants
EP0642585B1 (en) 1992-05-18 2005-12-28 Genentech, Inc. Activation of oligomerizing receptors by using fused receptor ligands
ATE222603T1 (de) 1992-05-18 2002-09-15 Genentech Inc Hepatozytwachstumfaktor variante
CA2136724A1 (en) 1992-06-18 1993-12-23 Ira H. Pastan Recombinant pseudomonas exotoxin with increased activity
DK0662130T3 (da) 1992-09-18 1998-08-10 Us Gov Health & Human Serv Fremgangsmåde til fremstilling af hepatocytvækstfaktor og en cellelinje
CA2145985C (en) 1992-10-28 2003-09-16 Napoleone Ferrara Vascular endothelial cell growth factor antagonists
CA2149329C (en) 1992-11-13 2008-07-15 Darrell R. Anderson Therapeutic application of chimeric and radiolabeled antibodies to human b lymphocyte restricted differentiation antigen for treatment of b cell lymphoma
US5550362A (en) 1992-11-20 1996-08-27 Intermec Corporation Method and apparatus for calibrating a bar code scanner
CA2103323A1 (en) 1992-11-24 1994-05-25 Gregory D. Plowman Her4 human receptor tyrosine kinase
US5635483A (en) 1992-12-03 1997-06-03 Arizona Board Of Regents Acting On Behalf Of Arizona State University Tumor inhibiting tetrapeptide bearing modified phenethyl amides
US5780588A (en) 1993-01-26 1998-07-14 Arizona Board Of Regents Elucidation and synthesis of selected pentapeptides
GB2294267B (en) 1993-06-03 1996-11-20 Therapeutic Antibodies Inc Anti-TNFalpha Fab fragments derived from polyclonal IgG antibodies
JPH08511420A (ja) 1993-06-16 1996-12-03 セルテック・セラピューテイクス・リミテッド 抗 体
RU2146262C1 (ru) 1993-06-30 2000-03-10 Фармация Энд Апджон С.П.А. Пептиды, способ их получения, фармацевтическая композиция и способ ее получения
GB9314893D0 (en) 1993-07-19 1993-09-01 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
US5869049A (en) 1993-09-02 1999-02-09 Trustees Of Dartmouth College Methods of inducing T cell unresponsiveness to bone marrow with gp39 antagonists
ATE207366T1 (de) 1993-12-24 2001-11-15 Merck Patent Gmbh Immunokonjugate
IL112249A (en) 1994-01-25 2001-11-25 Warner Lambert Co Pharmaceutical compositions containing di and tricyclic pyrimidine derivatives for inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family and some new such compounds
IL112248A0 (en) 1994-01-25 1995-03-30 Warner Lambert Co Tricyclic heteroaromatic compounds and pharmaceutical compositions containing them
US5654307A (en) 1994-01-25 1997-08-05 Warner-Lambert Company Bicyclic compounds capable of inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family
US6524832B1 (en) 1994-02-04 2003-02-25 Arch Development Corporation DNA damaging agents in combination with tyrosine kinase inhibitors
US5635388A (en) 1994-04-04 1997-06-03 Genentech, Inc. Agonist antibodies against the flk2/flt3 receptor and uses thereof
US5773001A (en) 1994-06-03 1998-06-30 American Cyanamid Company Conjugates of methyltrithio antitumor agents and intermediates for their synthesis
US5747662A (en) 1995-03-01 1998-05-05 Genentech, Inc. Methods and compositions for secretion of heterologous polypeptides
US5840523A (en) 1995-03-01 1998-11-24 Genetech, Inc. Methods and compositions for secretion of heterologous polypeptides
US6242177B1 (en) 1995-03-01 2001-06-05 Genentech, Inc. Methods and compositions for secretion of heterologous polypeptides
US5731168A (en) 1995-03-01 1998-03-24 Genentech, Inc. Method for making heteromultimeric polypeptides
IL117645A (en) 1995-03-30 2005-08-31 Genentech Inc Vascular endothelial cell growth factor antagonists for use as medicaments in the treatment of age-related macular degeneration
US5869046A (en) 1995-04-14 1999-02-09 Genentech, Inc. Altered polypeptides with increased half-life
US6121022A (en) 1995-04-14 2000-09-19 Genentech, Inc. Altered polypeptides with increased half-life
GB9508538D0 (en) 1995-04-27 1995-06-14 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
US6214344B1 (en) 1995-06-02 2001-04-10 Genetech, Inc. Hepatocyte growth factor receptor antagonists and uses thereof
US5646036A (en) 1995-06-02 1997-07-08 Genentech, Inc. Nucleic acids encoding hepatocyte growth factor receptor antagonist antibodies
US5686292A (en) 1995-06-02 1997-11-11 Genentech, Inc. Hepatocyte growth factor receptor antagonist antibodies and uses thereof
US5747498A (en) 1996-05-28 1998-05-05 Pfizer Inc. Alkynyl and azido-substituted 4-anilinoquinazolines
US5714586A (en) 1995-06-07 1998-02-03 American Cyanamid Company Methods for the preparation of monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
US5880141A (en) 1995-06-07 1999-03-09 Sugen, Inc. Benzylidene-Z-indoline compounds for the treatment of disease
US5712374A (en) 1995-06-07 1998-01-27 American Cyanamid Company Method for the preparation of substantiallly monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
CA2222231A1 (en) 1995-06-07 1996-12-19 Imclone Systems Incorporated Antibody and antibody fragments for inhibiting the growth of tumors
SI9620103A (sl) 1995-07-06 1998-10-31 Novartis Ag Pirolopirimidini in postopki za njihovo pripravo
US5760041A (en) 1996-02-05 1998-06-02 American Cyanamid Company 4-aminoquinazoline EGFR Inhibitors
GB9603095D0 (en) 1996-02-14 1996-04-10 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
GB9603256D0 (en) 1996-02-16 1996-04-17 Wellcome Found Antibodies
AU2660397A (en) 1996-04-05 1997-10-29 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods for producing soluble, biologically-active disulfide bond-containing eukaryotic proteins in bacterial cells
PL190489B1 (pl) 1996-04-12 2005-12-30 Warner Lambert Co Nieodwracalne inhibitory kinaz tyrozyny, kompozycja farmaceutyczna je zawierająca i ich zastosowanie
US6100071A (en) 1996-05-07 2000-08-08 Genentech, Inc. Receptors as novel inhibitors of vascular endothelial growth factor activity and processes for their production
JP2000515735A (ja) 1996-07-03 2000-11-28 ジェネンテック インコーポレーテッド 肝細胞成長因子レセプターアゴニスト
ES2186908T3 (es) 1996-07-13 2003-05-16 Glaxo Group Ltd Compuestos heterociciclos condensados como inhibidores de pproteina-tirosina-quinasas.
EP1247803A3 (en) 1996-08-23 2002-10-16 Sugen, Inc. Indolinone compounds suitable for modulation of protein kinases
ID18494A (id) 1996-10-02 1998-04-16 Novartis Ag Turunan pirazola leburan dan proses pembuatannya
US6002008A (en) 1997-04-03 1999-12-14 American Cyanamid Company Substituted 3-cyano quinolines
US6884879B1 (en) 1997-04-07 2005-04-26 Genentech, Inc. Anti-VEGF antibodies
EP0973804B1 (en) 1997-04-07 2006-12-27 Genentech, Inc. Anti-vegf antibodies
EP3260468A1 (en) 1997-04-07 2017-12-27 Genentech, Inc. Anti-vegf antibodies
US20020032315A1 (en) 1997-08-06 2002-03-14 Manuel Baca Anti-vegf antibodies
US6235883B1 (en) 1997-05-05 2001-05-22 Abgenix, Inc. Human monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
WO1998050038A1 (en) 1997-05-06 1998-11-12 American Cyanamid Company Use of quinazoline compounds for the treatment of polycystic kidney disease
US6083715A (en) 1997-06-09 2000-07-04 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods for producing heterologous disulfide bond-containing polypeptides in bacterial cells
DE69830315T2 (de) 1997-06-24 2006-02-02 Genentech Inc., San Francisco Galactosylierte glykoproteine enthaltende zusammensetzungen und verfahren zur deren herstellung
TW436485B (en) 1997-08-01 2001-05-28 American Cyanamid Co Substituted quinazoline derivatives
AU9805398A (en) 1997-10-15 1999-05-03 Children's Medical Center Corporation Novel human egf receptors and use thereof
ATE419009T1 (de) 1997-10-31 2009-01-15 Genentech Inc Methoden und zusammensetzungen bestehend aus glykoprotein-glykoformen
KR20010031813A (ko) 1997-11-06 2001-04-16 윌리암 에이취 캘넌, 에곤 이 버그 결장 폴립 치료용 티로신 키나제 억제제로서의 퀴나졸린유도체의 용도
US6610833B1 (en) 1997-11-24 2003-08-26 The Institute For Human Genetics And Biochemistry Monoclonal human natural antibodies
ATE531812T1 (de) 1997-12-05 2011-11-15 Scripps Research Inst Humanisierung von nager-antikörpern
GB9800569D0 (en) 1998-01-12 1998-03-11 Glaxo Group Ltd Heterocyclic compounds
ATE375365T1 (de) 1998-04-02 2007-10-15 Genentech Inc Antikörper varianten und fragmente davon
US6194551B1 (en) 1998-04-02 2001-02-27 Genentech, Inc. Polypeptide variants
AU3657899A (en) 1998-04-20 1999-11-08 James E. Bailey Glycosylation engineering of antibodies for improving antibody-dependent cellular cytotoxicity
WO1999057142A2 (en) 1998-05-06 1999-11-11 The Governors Of The University Of Alberta Vaccine for $i(pseudomonas aeruginosa)
MXPA00011248A (es) 1998-05-15 2004-09-06 Imclone Systems Inc Tratamientos de tumores humanos con radiacion e inhibidores de tirosina cinasas de recptor de factor de crecimiento.
ES2188254T3 (es) 1998-11-19 2003-06-16 Warner Lambert Co N-(4-(3-chloro-4-fluoro-fenilamino)-7-(3-morfolin-4-il-propoxi)-quin azolin-6-il)-acrilamada, un inhibidor irreversible de tirosina quinasas.
DE19858253A1 (de) 1998-12-17 2000-06-21 Aventis Pharma Gmbh Verwendung von Inhibitoren des KQt1-Kanals zur Herstellung eines Medikaments zur Behandlung von Krankheiten, die durch Helminthen und Ektoparasiten hervorgerufen werden
US6737056B1 (en) 1999-01-15 2004-05-18 Genentech, Inc. Polypeptide variants with altered effector function
HUP0104865A3 (en) 1999-01-15 2004-07-28 Genentech Inc Polypeptide variants with altered effector function
US6297238B1 (en) 1999-04-06 2001-10-02 Basf Aktiengesellschaft Therapeutic agents
EP2275540B1 (en) 1999-04-09 2016-03-23 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Method for controlling the activity of immunologically functional molecule
US6703020B1 (en) 1999-04-28 2004-03-09 Board Of Regents, The University Of Texas System Antibody conjugate methods for selectively inhibiting VEGF
BR0010524A (pt) 1999-05-14 2002-05-28 Imclone Systems Inc Tratamento de tumores humanos refratários com antagonistas de receptor de fator de crescimento epidérmico
ATE428719T1 (de) 1999-07-29 2009-05-15 Gilead Sciences Inc Nukleinsäureliganden für den hepatozytischen wachstumsfaktor/dispersionsfaktor (hgf/sf) und seines c-met rezeptors
EP1229125A4 (en) 1999-10-19 2005-06-01 Kyowa Hakko Kogyo Kk PROCESS FOR PRODUCING A POLYPEPTIDE
UA72946C2 (uk) 1999-11-05 2005-05-16 Астразенека Аб Похідні хіназоліну як інгібітори васкулярного ендотеліального фактора росту (vegf)
US7087613B2 (en) 1999-11-11 2006-08-08 Osi Pharmaceuticals, Inc. Treating abnormal cell growth with a stable polymorph of N-(3-ethynylphenyl)-6,7-bis(2-methoxyethoxy)-4-quinazolinamine hydrochloride
UA74803C2 (uk) 1999-11-11 2006-02-15 Осі Фармасьютікалз, Інк. Стійкий поліморф гідрохлориду n-(3-етинілфеніл)-6,7-біс(2-метоксіетокси)-4-хіназолінаміну, спосіб його одержання (варіанти) та фармацевтичне застосування
AU784983B2 (en) 1999-12-15 2006-08-17 Genentech Inc. Shotgun scanning, a combinatorial method for mapping functional protein epitopes
ATE337403T1 (de) 1999-12-24 2006-09-15 Genentech Inc Verfahren und verbindungen zur verlängerung der halbwertzeiten bei der ausscheidung von biowirksamen verbindungen
AU767394C (en) 1999-12-29 2005-04-21 Immunogen, Inc. Cytotoxic agents comprising modified doxorubicins and daunorubicins and their therapeutic use
ES2528794T3 (es) 2000-04-11 2015-02-12 Genentech, Inc. Anticuerpos multivalentes y usos de los mismos
JP2004527456A (ja) 2000-08-09 2004-09-09 イムクローン システムズ インコーポレイティド Ｅｇｆ受容体拮抗剤による過増殖性の疾患の治療
US7064191B2 (en) 2000-10-06 2006-06-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for purifying antibody
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
CA2424602C (en) 2000-10-06 2012-09-18 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Antibody composition-producing cell
US6596541B2 (en) 2000-10-31 2003-07-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods of modifying eukaryotic cells
JP3523245B1 (ja) 2000-11-30 2004-04-26 メダレックス，インコーポレーテッド ヒト抗体作製用トランスジェニック染色体導入齧歯動物
WO2002061090A2 (en) 2000-12-14 2002-08-08 Genentech, Inc. Prokaryotically produced antibodies and uses thereof
US6979556B2 (en) 2000-12-14 2005-12-27 Genentech, Inc. Separate-cistron contructs for secretion of aglycosylated antibodies from prokaryotes
US6599902B2 (en) 2001-05-30 2003-07-29 Sugen, Inc. 5-aralkysufonyl-3-(pyrrol-2-ylmethylidene)-2-indolinone derivatives as kinase inhibitors
CN100415720C (zh) 2001-06-22 2008-09-03 麒麟医药株式会社 喹啉衍生物和喹唑啉衍生物以及含有这些化合物的药物组合物
NZ592087A (en) 2001-08-03 2012-11-30 Roche Glycart Ag Antibody glycosylation variants having increased antibody-dependent cellular cytotoxicity
GB0119249D0 (en) 2001-08-07 2001-10-03 Novartis Ag Organic compounds
ATE382053T1 (de) 2001-08-27 2008-01-15 Genentech Inc System zur antikörperexpression und- synthese
ES2326964T3 (es) 2001-10-25 2009-10-22 Genentech, Inc. Composiciones de glicoproteina.
WO2003053446A1 (en) 2001-12-19 2003-07-03 Smithkline Beecham Corporation Thienopyrimidine compounds as protein tyrosine kinase inhibitors
US20040093621A1 (en) 2001-12-25 2004-05-13 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd Antibody composition which specifically binds to CD20
US7332580B2 (en) 2002-04-05 2008-02-19 The Regents Of The University Of California Bispecific single chain Fv antibody molecules and methods of use thereof
US7691568B2 (en) 2002-04-09 2010-04-06 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd Antibody composition-containing medicament
CA2481837A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Production process for antibody composition
US20040110704A1 (en) 2002-04-09 2004-06-10 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells of which genome is modified
AU2003236019A1 (en) 2002-04-09 2003-10-20 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Drug containing antibody composition appropriate for patient suffering from Fc Gamma RIIIa polymorphism
AU2003236018A1 (en) 2002-04-09 2003-10-20 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. METHOD OF ENHANCING ACTIVITY OF ANTIBODY COMPOSITION OF BINDING TO FcGamma RECEPTOR IIIa
ATE503829T1 (de) 2002-04-09 2011-04-15 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd Zelle mit erniedrigter oder deletierter aktivität eines am gdp-fucosetransport beteiligten proteins
US6790852B2 (en) 2002-04-18 2004-09-14 Hoffmann-La Roche Inc. 2-(2,6-dichlorophenyl)-diarylimidazoles
GB0211649D0 (en) 2002-05-21 2002-07-03 Novartis Ag Organic compounds
EP1513879B1 (en) 2002-06-03 2018-08-22 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
RS20050834A (en) 2002-08-19 2007-12-31 Abgenix Inc., Antibodies directed to monocyte chemo-attractant protein-1 (mcp-1) and uses thereof
EP1549645A1 (en) 2002-10-01 2005-07-06 Johnson &amp; Johnson Pharmaceutical Research &amp; Development, Inc. 4,6-diaminosubstituted-2-[oxy or aminoxy]-[1,3,5]triazines as protein tyrosine kinase inhibitors
US7361740B2 (en) 2002-10-15 2008-04-22 Pdl Biopharma, Inc. Alteration of FcRn binding affinities or serum half-lives of antibodies by mutagenesis
US7608429B2 (en) 2002-10-31 2009-10-27 Genentech, Inc. Methods and compositions for increasing antibody production
DE60332957D1 (de) 2002-12-16 2010-07-22 Genentech Inc Immunoglobulinvarianten und deren verwendungen
GB0230203D0 (en) 2002-12-27 2003-02-05 Domantis Ltd Fc fusion
AU2004205631A1 (en) 2003-01-16 2004-08-05 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
BRPI0407446A (pt) 2003-02-13 2006-01-31 Pharmacia Corp Anticorpos para c-met para o tratamento de cânceres
GEP20084341B (en) 2003-02-26 2008-03-25 Sugen Inc Aminoheteroaryl compounds as protein kinase inhibitors
WO2004087207A2 (en) 2003-03-27 2004-10-14 Georgetown University Method for inducing apoptosis and aneuploidy regression in cancer cells
US7547794B2 (en) 2003-04-03 2009-06-16 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Compositions useful as inhibitors of protein kinases
US7220410B2 (en) 2003-04-18 2007-05-22 Galaxy Biotech, Llc Monoclonal antibodies to hepatocyte growth factor
MXPA05012723A (es) 2003-05-30 2006-02-08 Genentech Inc Tratamiento con anticuerpos anti-vgf.
ITMI20031127A1 (it) 2003-06-05 2004-12-06 Uni Degli Studi Del Piemont E Orientale Am Anticorpi anti-hgf-r e loro uso
EP2367008A3 (en) 2003-06-06 2014-12-24 Genentech, Inc. Modulating the interaction between HGF beta chain and C-Met
BRPI0412040A (pt) 2003-07-02 2006-09-05 Sugen Inc hidrazidas de indolinona como inibidores de c-met
US7122548B2 (en) 2003-07-02 2006-10-17 Sugen, Inc. Triazolotriazine compounds and uses thereof
US7037909B2 (en) 2003-07-02 2006-05-02 Sugen, Inc. Tetracyclic compounds as c-Met inhibitors
JP5105874B2 (ja) 2003-07-18 2012-12-26 アムジエン・インコーポレーテツド 肝細胞増殖因子に対する特異的結合因子
US20050106667A1 (en) 2003-08-01 2005-05-19 Genentech, Inc Binding polypeptides with restricted diversity sequences
WO2005044853A2 (en) 2003-11-01 2005-05-19 Genentech, Inc. Anti-vegf antibodies
HN2004000285A (es) 2003-08-04 2006-04-27 Pfizer Prod Inc ANTICUERPOS DIRIGIDOS A c-MET
DE602004012578T2 (de) 2003-08-15 2008-12-11 Vertex Pharmaceuticals Inc., Cambridge Als inhibitoren von c-met geeignete pyrrolzusammensetzungen
US7169800B2 (en) 2003-09-24 2007-01-30 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Imidazole compositions useful as inhibitors of protein kinases
EP2210607B1 (en) 2003-09-26 2011-08-17 Exelixis Inc. N-[3-fluoro-4-({6-(methyloxy)-7-[(3-morpholin-4-ylpropyl)oxy]quinolin-4-yl}oxy)phenyl]-N'-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxamide for the treatment of cancer
US20080241884A1 (en) 2003-10-08 2008-10-02 Kenya Shitara Fused Protein Composition
AU2004280065A1 (en) 2003-10-09 2005-04-21 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Process for producing antibody composition by using RNA inhibiting the function of alpha1,6-fucosyltransferase
EA036531B1 (ru) 2003-11-05 2020-11-19 Роше Гликарт Аг Гуманизированное антитело типа ii к cd20 (варианты), фармацевтическая композиция, содержащая эти варианты антитела, и их применение
KR101520209B1 (ko) 2003-11-06 2015-05-13 시애틀 지네틱스, 인크. 리간드에 접합될 수 있는 모노메틸발린 화합물
KR100556660B1 (ko) 2003-11-11 2006-03-10 국립암센터 Ｈｇｆ의 중화가능 에피토프 및 이에 결합하는 중화 항체
JPWO2005053742A1 (ja) 2003-12-04 2007-06-28 協和醗酵工業株式会社 抗体組成物を含有する医薬
CA2548282A1 (en) 2003-12-11 2005-06-30 Genentech, Inc. Methods and compositions for inhibiting c-met dimerization and activation
PT1718677E (pt) 2003-12-19 2012-07-18 Genentech Inc Fragmentos de anticorpo monovalentes úteis como agentes terapêuticos
AU2005207946A1 (en) 2004-01-23 2005-08-11 Amgen Inc. Quinoline quinazoline pyridine and pyrimidine counds and their use in the treatment of inflammation angiogenesis and cancer
EA011402B1 (ru) 2004-01-23 2009-02-27 Эмджен Инк. Азотсодержащие гетероциклические производные и их фармацевтические применения
EP1713806B1 (en) 2004-02-14 2013-05-08 Irm Llc Compounds and compositions as protein kinase inhibitors
MXPA06011199A (es) 2004-03-31 2007-04-16 Genentech Inc Anticuerpos anti-tgf-beta humanizados.
US7785903B2 (en) 2004-04-09 2010-08-31 Genentech, Inc. Variable domain library and uses
BRPI0510716A (pt) 2004-05-05 2007-11-20 Merrimack Pharmaceuticals Inc uso de um agente de ligação bi-especìfico, agente de ligação bi-especìfico, composição de um agente de ligação bi-especìfico, e, kit
AU2005245386B2 (en) 2004-05-07 2008-11-27 Amgen Inc. Nitrogenated heterocyclic derivatives as protein kinase modulators and use for the treatment of angiogenesis and cancer
EP2592155B2 (en) 2004-06-04 2019-09-11 Genentech, Inc. EGFR mutations
WO2005121125A1 (en) 2004-06-09 2005-12-22 Pfizer Inc. Ether-linked heteroaryl compounds
US20060009360A1 (en) 2004-06-25 2006-01-12 Robert Pifer New adjuvant composition
WO2006014325A2 (en) 2004-07-02 2006-02-09 Exelixis, Inc. C-met modulators and method of use
AU2005264685B2 (en) 2004-07-21 2008-02-28 Lg Chem. Ltd. Gas-barrier nanocomposite composition and article using the same
SI1773885T1 (sl) 2004-08-05 2010-08-31 Genentech Inc Humanizirani anti-CMET antagonisti
CN101018780B (zh) 2004-08-26 2012-01-11 辉瑞大药厂 作为蛋白激酶抑制剂的吡唑取代的氨基杂芳基化合物
JP2008510792A (ja) 2004-08-26 2008-04-10 ファイザー・インク タンパク質チロシンキナーゼ阻害剤としてのアミノヘテロアリール化合物
EP1791565B1 (en) 2004-09-23 2016-04-20 Genentech, Inc. Cysteine engineered antibodies and conjugates
TW200639163A (en) 2005-02-04 2006-11-16 Genentech Inc RAF inhibitor compounds and methods
WO2006091209A2 (en) 2005-02-23 2006-08-31 Merrimack Pharmaceuticals, Inc. Bispecific binding agents for modulating biological activity
WO2006094725A1 (en) 2005-03-10 2006-09-14 Bayer Schering Pharma Aktiengesellschaft Chelators for radioactively labeled conjugates comprising a stabilizing sidechain
US8383357B2 (en) 2005-03-16 2013-02-26 OSI Pharmaceuticals, LLC Biological markers predictive of anti-cancer response to epidermal growth factor receptor kinase inhibitors
DE602006016085D1 (de) 2005-03-16 2010-09-23 Genentech Inc Biologische marker prediktiv für das ansprechen von krebs auf inhibitoren der kinase des rezeptors für epidermalen wachstumsfaktor
US20060216288A1 (en) 2005-03-22 2006-09-28 Amgen Inc Combinations for the treatment of cancer
WO2006104912A2 (en) 2005-03-25 2006-10-05 Genentech, Inc. C-met mutations in lung cancer
JP2008535821A (ja) 2005-03-25 2008-09-04 ジェネンテック・インコーポレーテッド 過剰に安定化したｃ−ｍｅｔを調節するための方法及び組成物
US20060246492A1 (en) 2005-04-05 2006-11-02 The General Hospital Corporation Method for predicting responsiveness to drugs
MX2007012687A (es) 2005-04-15 2008-03-14 Genentech Inc Variantes de cadena beta de hgf.
ATE448305T1 (de) 2005-07-08 2009-11-15 Univ Zuerich Phagen-display mittels cotranslationaler translokation von fusionspolypeptiden
JP2009511032A (ja) 2005-10-11 2009-03-19 アブリンクス エン．ヴェー． Ｅｇｆｒおよびｉｇｆ−ｉｒに対するナノボディおよびポリペプチド
ES2577292T3 (es) 2005-11-07 2016-07-14 Genentech, Inc. Polipéptidos de unión con secuencias hipervariables de VH/VL diversificadas y consenso
US7964365B2 (en) 2005-11-08 2011-06-21 The United States of Americam as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Methods for diagnosing and monitoring the progression of cancer
US20070237764A1 (en) 2005-12-02 2007-10-11 Genentech, Inc. Binding polypeptides with restricted diversity sequences
AU2006323025B2 (en) 2005-12-05 2012-07-05 Pfizer Products Inc. Polymorphs of a c-Met/HGFR inhibitor
AR059246A1 (es) 2006-01-30 2008-03-19 Array Biopharma Inc Compuestos heterobiciclicos de tiofeno y metodos de uso
AU2007224020A1 (en) 2006-03-07 2007-09-13 Array Biopharma Inc. Heterobicyclic pyrazole compounds and methods of use
JP5372737B2 (ja) 2006-03-13 2013-12-18 オーエスアイ・フアーマシユーテイカルズ・エル・エル・シー Ｅｇｆｒキナーゼ阻害剤およびｅｇｆｒキナーゼ阻害剤の効果に対し腫瘍細胞を感作する薬剤を用いる併用治療
WO2007126788A2 (en) 2006-03-27 2007-11-08 Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Methods and compositions for the treatment and prevention of viral infection
CA2646048A1 (en) 2006-03-30 2007-11-08 Novartis Ag Compositions and methods of use for antibodies of c-met
AR059922A1 (es) 2006-04-01 2008-05-07 Galaxy Biotech Llc Anticuerpos monoclonales humanizados para el factor de crecimiento de hepatocitos
CA2651567A1 (en) 2006-05-09 2007-11-22 Genentech, Inc. Binding polypeptides with optimized scaffolds
JP4686634B2 (ja) 2006-06-02 2011-05-25 アベオ ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド 肝細胞成長因子（ｈｇｆ）結合蛋白質
AR061170A1 (es) 2006-06-02 2008-08-06 Aveo Pharmaceuticals Inc Proteinas que se unen con el factor de crecimiento de hepatocitos (hgf)
CA2655128A1 (en) 2006-06-08 2007-12-21 Array Biopharma Inc. Quinoline compounds and methods of use
JP2009541275A (ja) 2006-06-22 2009-11-26 ノボ・ノルデイスク・エー／エス 二重特異性抗体の生産
EP2043675A2 (en) 2006-07-07 2009-04-08 Washington State University Research Foundation C-met receptor regulation by angiotensin iv (at4) receptor ligands
KR100829972B1 (ko) 2006-07-14 2008-05-16 재단법인서울대학교산학협력재단 항-ｈｇｆ/ｓｆ 인간화 항체 및 이의 제조방법
EP2471816A1 (en) 2006-08-30 2012-07-04 Genentech, Inc. Multispecific antibodies
WO2011008990A1 (en) * 2009-07-15 2011-01-20 Prometheus Laboratories Inc. Drug selection for gastric cancer therapy using antibody-based arrays
CA2670315A1 (en) 2006-11-21 2008-11-20 The Regents Of The University Of California Anti-egfr family antibodies, bispecific anti-egfr family antibodies and methods of use thereof
US20080226635A1 (en) 2006-12-22 2008-09-18 Hans Koll Antibodies against insulin-like growth factor I receptor and uses thereof
WO2008113013A2 (en) 2007-03-15 2008-09-18 University Of Chicago C-met mutations and uses thereof
JP5926487B2 (ja) 2007-04-13 2016-05-25 デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート，インコーポレイテッド ＥｒｂＢ療法に耐性である癌を治療するための方法
WO2008127707A1 (en) 2007-04-13 2008-10-23 Dana Farber Cancer Institute, Inc. Receptor tyrosine kinase profiling
US20090042906A1 (en) 2007-04-26 2009-02-12 Massachusetts Institute Of Technology Methods for treating cancers associated with constitutive egfr signaling
CN100592373C (zh) 2007-05-25 2010-02-24 群康科技(深圳)有限公司 液晶显示面板驱动装置及其驱动方法
CA2692165A1 (en) 2007-06-25 2008-12-31 Amgen Inc. Compositions of specific binding agents to hepatocyte growth factor
EP2014681A1 (en) 2007-07-12 2009-01-14 Pierre Fabre Medicament Novel antibodies inhibiting c-met dimerization, and uses thereof
RU2519647C2 (ru) 2007-07-13 2014-06-20 Нестек С.А. Выбор лекарственных средств для терапии рака легких с помощью матриц на основе антител
US7892770B2 (en) 2007-08-24 2011-02-22 Van Andel Research Institute Monoclonal antibody which binds cMet (HGFR) in formalin-fixed and paraffin-embedded tissues and related methods
WO2009033084A1 (en) 2007-09-06 2009-03-12 Array Biopharma Inc. Pyrazolo-pyridines as tyrosine kinase inhibitors
WO2009054939A2 (en) 2007-10-19 2009-04-30 Cell Signaling Technology, Inc. Cancer classification and methods of use
PT2235064E (pt) 2008-01-07 2016-03-01 Amgen Inc Método de preparação de moléculas heterodiméricas de fc de anticorpos utilizando efeitos de indução eletrostática
GB0803477D0 (en) 2008-02-26 2008-04-02 Ge Healthcare As Therapy selection method
TW200942552A (en) 2008-03-06 2009-10-16 Genentech Inc Combination therapy with c-Met and HER antagonists
US20090226443A1 (en) * 2008-03-06 2009-09-10 Genentech, Inc. Combination therapy with c-met and egfr antagonists
CL2009000843A1 (es) 2008-04-11 2009-07-24 Galaxy Biotech Llc Metodo para tratar cancer en un paciente que comprende la administracion de un primer agente que es inhibidor de factor de crecimiento de hepatocito (hgf) en combinacion con un segundo agente que es inhibidor de una ruta de senalizacion celular diferente de la ruta hgf/cmet.
SG190572A1 (en) 2008-04-29 2013-06-28 Abbott Lab Dual variable domain immunoglobulins and uses thereof
EP2349328A1 (en) 2008-10-01 2011-08-03 Ludwig Institute For Cancer Research Methods for the treatment of cancer
CA2739302A1 (en) 2008-10-17 2010-04-22 Brendan C. Bender Treatment method
EP2722400A3 (en) 2008-10-29 2014-07-09 William Beaumont Hospital Methods of using biomarkers
PA8849001A1 (es) 2008-11-21 2010-06-28 Lilly Co Eli Anticuerpos de c-met
AU2010213696B2 (en) 2009-02-12 2015-10-01 Arqule, Inc. A composition comprising (-) -trans-3- (5, 6-dihydro-4H-pyrrolo [3,2,1-ij] quinolin-1-yl)-4-(1H-indol-3-yl) pyrrolidine- 2, 5-dione in combination with a second anti-proliferative agent
ES2572728T3 (es) 2009-03-20 2016-06-02 F. Hoffmann-La Roche Ag Anticuerpos anti-HER biespecíficos
MX2011010166A (es) 2009-04-07 2011-10-11 Roche Glycart Ag Anticuerpos biespecificos anti-erbb-3/anti-c-met.
MX2011010169A (es) 2009-04-07 2011-10-11 Roche Glycart Ag Anticuerpos biespecificos anti-erbb-1/anti-c-met.
KR101671378B1 (ko) 2009-10-30 2016-11-01 삼성전자 주식회사 ｃ-Ｍｅｔ에 특이적으로 결합하는 항체 및 그의 용도
RU2585488C2 (ru) 2009-11-05 2016-05-27 Дженентек, Инк. Способы и композиция для секреции гетерологичных полипептидов
KR101748707B1 (ko) 2009-11-27 2017-06-20 삼성전자주식회사 ｃ-Ｍｅｔ에 특이적으로 결합하는 항체 및 그를 이용한 암 진단용 키트
WO2011143665A1 (en) 2010-05-14 2011-11-17 Genentech, Inc. Treatment methods
WO2012003421A2 (en) 2010-07-01 2012-01-05 Arqule, Inc. Combinational compositions and methods for treatment of cancer
US8575191B2 (en) 2010-09-01 2013-11-05 Arqule, Inc. Methods for treatment of non-small cell lung cancer
WO2013003680A1 (en) 2011-06-30 2013-01-03 Genentech, Inc. Anti-c-met antibody formulations
CA2847245A1 (en) * 2011-09-09 2013-03-14 Amgen Inc. Use of c-met protein for predicting the efficacy of anti-hepatocyte growth factor ("hgf") antibodies in esophageal and gastric cancer patients
BR112014012005A2 (pt) 2011-11-21 2017-12-19 Genentech Inc composições, métodos, formulação farmacêutica e artigo
KR101938698B1 (ko) 2012-07-23 2019-01-16 삼성전자주식회사 Ｃｂｌ의 항 ｃ－ｍｅｔ 항체 적용 대상 환자 선별을 위한 바이오마커로서의 용도
KR101938699B1 (ko) 2012-07-23 2019-01-16 삼성전자주식회사 Ｌｒｉｇ１의 항 ｃ―ｍｅｔ 항체 적용 대상 환자 선별을 위한 용도
CN104487087A (zh) 2012-07-27 2015-04-01 基因泰克公司 治疗fgfr3相关疾患的方法
WO2014066860A2 (en) 2012-10-25 2014-05-01 Cedars-Sinai Medical Center Methods of prognosticating and treating cancer
KR20140093347A (ko) 2013-01-15 2014-07-28 삼성전자주식회사 항 ｃ-Ｍｅｔ 항체 처리에 의해 부작용을 유발하는 유전자 및 이를 이용한 약물 스크리닝 방법
US20160327559A1 (en) 2014-04-24 2016-11-10 Fundació Institut Mar D'investigacions Mèdiques (Imim) Hepatocyte growth factor as marker of prognosis in small cell lung cancer (sclc)

Patent Citations (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102137939A (zh) * 2008-08-29 2011-07-27 霍夫曼-拉罗奇有限公司 不依赖vegf的肿瘤的诊断和治疗
WO2010045344A1 (en) * 2008-10-17 2010-04-22 Genentech, Inc. Combination therapy comprising a c-met antagonist and a vegf antagonist
WO2010048304A2 (en) * 2008-10-21 2010-04-29 Bayer Healthcare Llc Identification of signature genes associated with hepatocellular carcinoma
CN101988098A (zh) * 2009-08-07 2011-03-23 芮屈生物技术（上海）有限公司 一种hgf基因的原位杂交检测试剂盒及其检测方法和应用
CN102639564A (zh) * 2009-08-21 2012-08-15 皮埃尔法布雷医药公司 抗-cmet抗体及其用于癌症的检测和诊断的用途
CN102971343A (zh) * 2010-06-29 2013-03-13 皮埃尔法布雷医药公司 用于癌症诊断和/或预后的新型抗体
WO2012031027A1 (en) * 2010-08-31 2012-03-08 Genentech, Inc. Biomarkers and methods of treatment
CN103221825A (zh) * 2010-08-31 2013-07-24 基因泰克公司 生物标志物和治疗方法
WO2013043715A1 (en) * 2011-09-19 2013-03-28 Genentech, Inc. Combination treatments comprising c-met antagonists and b-raf antagonists

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105734159A (zh) * 2016-04-29 2016-07-06 北京泱深生物信息技术有限公司 食管鳞癌的分子标记物
CN105734159B (zh) * 2016-04-29 2019-04-05 北京泱深生物信息技术有限公司 食管鳞癌的分子标记物
CN111032692A (zh) * 2017-08-08 2020-04-17 豪夫迈·罗氏有限公司 一种dlbcl患者亚组的奥滨尤妥珠单抗治疗
CN109422815A (zh) * 2017-08-28 2019-03-05 复旦大学 双特异性嵌合抗原受体c-Met/PD-1 scFv-CAR-T及其构建方法和应用
CN109666748A (zh) * 2019-02-01 2019-04-23 常州诺赛生物科技有限公司 脐带间充质干细胞在治疗肝病方面生物学效力的评价方法

Also Published As

Publication number Publication date
RU2016141385A (ru) 2018-04-28
WO2015148531A1 (en) 2015-10-01
JP2017516458A (ja) 2017-06-22
MX2016012285A (es) 2017-01-23
CA2943329A1 (en) 2015-10-01
US10240207B2 (en) 2019-03-26
BR112016021383A2 (pt) 2017-10-03
RU2016141385A3 (zh) 2019-04-03
KR20160137599A (ko) 2016-11-30
EP3122900A1 (en) 2017-02-01
MA39776A (fr) 2017-02-01
US20170183740A1 (en) 2017-06-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN107002119A (zh) 使用c‑met拮抗剂的癌症治疗及前者与hgf表达的关联
EP2612151B1 (en) Biomarkers and methods of treatment
CN105209919B (zh) 治疗pd-1和pd-l1相关疾患的生物标志物和方法
CN103930111A (zh) 包含c-met拮抗剂和b-raf拮抗剂的组合治疗
CN107667119A (zh) 用于癌症的治疗和诊断方法
CN107532217A (zh) 用于癌症的治疗和诊断方法
CN107750164A (zh) 使用抗ox40抗体和pd‑1轴结合拮抗剂治疗癌症的方法
CN110418851A (zh) 癌症的治疗和诊断方法
CN107810011A (zh) 使用抗ox40抗体治疗癌症的方法
WO2010146059A2 (en) Biomarkers for igf-1r inhibitor therapy
CN105611940A (zh) 诊断方法和用于治疗成胶质细胞瘤的组合物
CN105611939A (zh) 用于治疗成胶质细胞瘤的组合疗法
CN102216331A (zh) 治疗方法
CN107823630A (zh) 治疗癌症的方法
CN106460067A (zh) 诊断方法和用于治疗成胶质细胞瘤的组合物
JP2022519649A (ja) がんの診断および治療方法
KR20230117162A (ko) 신보조 및 보조 요로상피 암종 요법을 위한 방법 및조성물
AU2016200630A1 (en) Biomarkers and methods of treatment
Oberste-Frielinghaus et al. The effect of a chemotherapy accompanying 4-week aerobic endurance exercise intervention on incidence and severity of cancer related cognitive impairments in leukemia patients. A randomized controlled trial.
AU2013202759A1 (en) Biomarkers and methods of treatment
WO2014150819A2 (en) Biomarkers and methods of treatment

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: DE

Ref document number: 1241936

Country of ref document: HK

WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20170801