CN110418851A - 癌症的治疗和诊断方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了用于癌症例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤的治疗和诊断方法及组合物。本发明提供了基于单独组织肿瘤突变负荷(tTMB)分数或与PD‑L1表达水平(例如，从患者获得的肿瘤样品(肿瘤区域)中的肿瘤或肿瘤浸润性免疫细胞中的PD‑L1表达水平)相结合来治疗癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的方法；确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD‑L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应的方法；预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者对包括PD‑L1轴结合拮抗剂的治疗的响应的方法；以及为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者选择疗法的方法；所述组织肿瘤突变负荷分数反映从所述患者获得的肿瘤组织样品中基因的体细胞突变水平。

Description

癌症的治疗和诊断方法
发明领域
本文提供了用于病理状况诸如癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))、乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC))或黑素瘤)的治疗和诊断方法及组合物，以及使用PD-L1轴结合拮抗剂的方法。具体而言，本发明提供了用于患者选择和诊断的方法、治疗方法、制品、诊断试剂盒和检测方法。
背景技术
癌症仍然是对人类健康最致命的威胁之一。癌症或恶性肿瘤以不受控制的方式转移和快速生长，使得及时检测和治疗极为困难。在美国，癌症每年影响近130万新患者，是继心脏病后死亡的第二大原因，占约1/4的死亡人数。例如，肺癌是最常见的癌症形式，并且它是美国女性癌症相关死亡率的主要原因。特别是转移性非小细胞肺癌(NSCLC)与极差的结局相关联，并且5年生存率为约1％。
程序性死亡配体1(PD-L1)是一直在慢性感染、妊娠、组织同种异体移植、自身免疫性疾病和癌症期间在抑制免疫系统应答方面牵涉的蛋白质。PD-L1通过结合至被称为程序性死亡1(PD-1)的抑制性受体来调节免疫应答，所述PD-1在T细胞、B细胞和单核细胞的表面上表达。PD-L1还通过与另一种受体B7-1的相互作用来负调节T细胞功能。PD-L1/PD-1和PD-L1/B7-1复合物的形成负调节T细胞受体信号传导，导致随后的T细胞活化的下调和抗肿瘤免疫活性的抑制。
尽管癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))、乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC))或黑素瘤)的治疗取得了显著进展，但是仍在寻求改进的疗法和诊断方法。
发明内容
本发明提供了用于癌症例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤的治疗和诊断方法及组合物。
在一个方面，本发明的特征在于一种鉴定能够受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，所述方法包括从来自个体的肿瘤样品确定组织肿瘤突变负荷(tTMB)分数，其中肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数将所述个体鉴定为能够受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个方面，本发明的特征在于一种用于为患有癌症的个体选择疗法的方法，所述方法包括从来自个体的肿瘤样品确定tTMB分数，其中肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数将所述个体鉴定为能够受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，从肿瘤样品确定的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，并且所述方法还包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括：(a)从来自个体的肿瘤样品确定tTMB分数，其中肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，以及(b)向个体施用将有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中在施用之前已经从来自个体的肿瘤样品确定的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，参考tTMB分数是患有癌症的个体的参考群体中的tTMB分数，所述个体群体由已经用PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的第一个体小组和已经用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的第二个体小组组成，其中非PD-L1轴结合拮抗剂疗法不包括PD-L1轴结合拮抗剂。在一些实施方案中，参考tTMB分数基于对用PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应与对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应的显著性差异，将第一个体小组和第二个体小组中的每个显著区分开。在一些实施方案中，非PD-L1轴结合拮抗剂疗法包括细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂或它们的组合。在一些实施方案中，对治疗的响应是无进展生存期(PFS)的增加。在一些实施方案中，对治疗的响应是总生存期(OS)的增加。在一些实施方案中，对治疗的响应是总响应率(ORR)的增加。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。在一些实施方案中，已经确定来自个体的肿瘤样品的表1中所示的至少三分之一的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少三分之一的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。在一些实施方案中，已经确定来自个体的肿瘤样品的表1中所示的至少一半的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一半的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。在一些实施方案中，已经确定来自个体的肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少三分之二的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。在一些实施方案中，已经确定来自个体的肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少四分之三的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。在一些实施方案中，已经确定来自个体的肿瘤样品的表1中所示的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，体细胞突变是取代、缺失和/或插入。在一些实施方案中，表1中所示的至少一个基因的体细胞突变是改变蛋白质的体细胞突变。在一些实施方案中，取代、缺失和/或插入在编码区中。在一些实施方案中，缺失和/或插入是插入缺失(indel)。在一些实施方案中，来自个体的肿瘤样品具有的全基因组突变负荷大于参考水平全基因组突变负荷。在一些实施方案中，中位数全基因组突变负荷为至少约10个突变/兆碱基(mut/Mb)。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，参考tTMB分数是预先指定的tTMB分数。在前述方面中的任一个的一些实施方案中，参考tTMB分数在约5个和约50个突变/兆碱基(mut/Mb)之间。在一些实施方案中，参考tTMB分数在约8和约30mut/Mb之间。在一些实施方案中，参考tTMB分数在约10和约20mut/Mb之间。在一些实施方案中，参考tTMB分数为约10mut/Mb。在一些实施方案中，参考tTMB分数为约16mut/Mb。在一些实施方案中，参考tTMB分数为约20mut/Mb。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约5mut/Mb。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数在约5和约100mut/Mb之间。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约10mut/Mb。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数在约10和约100mut/Mb之间。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约16mut/Mb。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约16mut/Mb，并且参考tTMB分数为约16mut/Mb。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约20mut/Mb。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约20mut/Mb，并且参考tTMB分数为约20mut/Mb。
在前述方面中的任一个的其他实施方案中，从肿瘤样品确定的tTMB分数小于参考tTMB分数。在一些实施方案中，从肿瘤样品确定的tTMB分数小于参考tTMB分数，并且所述方法还包括向个体施用不同于PD-L1轴结合拮抗剂或除PD-L1轴结合拮抗剂之外的治疗剂。在一些实施方案中，来自个体的肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少三分之一的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少三分之一的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少一半的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一半的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少三分之二的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少四分之三的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品的表1中所示的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数小于约16mut/Mb。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数小于约16mut/Mb，并且参考tTMB分数为约16mut/Mb。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数小于约20mut/Mb。在一些实施方案中，肿瘤样品的tTMB分数小于约20mut/Mb，并且参考tTMB分数为约20mut/Mb。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，tTMB分数或参考tTMB分数以计算的体细胞突变数/确定的测序碱基数表示。在一些实施方案中，确定的测序碱基数在约100kb至约10Mb之间。在一些实施方案中，确定的测序碱基数为约1.1Mb。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，tTMB分数或参考tTMB分数是等效TMB值。在一些实施方案中，等效TMB值通过全外显子组测序(WES)来确定。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在肿瘤样品中的1％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在肿瘤样品中的5％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在肿瘤样品中的10％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在肿瘤样品中的20％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在肿瘤样品中的50％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在前述方面中的任一个的其他实施方案中，已经确定肿瘤样品在肿瘤样品中的肿瘤细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在占肿瘤样品的1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在占肿瘤样品的5％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品在占肿瘤样品的10％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在前述方面中的任一个的其他实施方案中，已经确定肿瘤样品在肿瘤浸润性免疫细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。在一些实施方案中，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1二者的结合。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，抗体是阿特珠单抗(atezolizumab)(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗(durvalumab))或MSB0010718C(阿维鲁单抗(avelumab))。在一些实施方案中，抗体包含重链和轻链，所述重链包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列；和所述轻链包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列。在一些实施方案中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列，所述轻链可变区包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列。在一些实施方案中，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，抗体是MDX-1106(纳武单抗(nivolumab))、MK-3475(派姆单抗(pembrolizumab))、CT-011(皮地珠单抗(pidilizumab))、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810或BGB-108。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。在一些实施方案中，Fc融合蛋白是AMP-224。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，所述方法还包括向个体施用有效量的第二治疗剂。在一些实施方案中，第二治疗剂是细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂或它们的组合。
在另一个方面，本发明的特征在于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，用于治疗患有癌症的个体)，其中已经确定来自个体的肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，并且任选地其中已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加，在占肿瘤样品的约1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平，和/或在占肿瘤样品的1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在另一个方面，本发明的特征在于有效量的PD-L1轴结合拮抗剂在制造用于治疗患有癌症的个体的药物方面的用途，其中已经确定来自个体的肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，并且任选地其中已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加，在占肿瘤样品的约1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平，和/或在占肿瘤样品的1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在另一个方面，本发明的特征在于用于治疗患有癌症的个体的方法的包含有效量的PD-L1轴结合拮抗剂的组合物，其中已经确定来自个体的肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，并且任选地其中已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加，在占肿瘤样品的约1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平，和/或在占肿瘤样品的1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，个体具有高水平的微卫星不稳定性(MSI)，例如来自个体的肿瘤样品具有MSI高(MSI-H)表型。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，癌症是肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结肠直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、梅克尔(merkel)细胞癌、子宫内膜癌、皮肤癌或恶性血液病。在一些实施方案中，癌症是肺癌、膀胱癌、黑素瘤、肾癌、结肠直肠癌或头颈癌。在一些实施方案中，癌症是肺癌。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施方案中，NSCLC是转移性NSCLC。在其他实施方案中，NSCLC是局部晚期NSCLC。在一些实施方案中，NSCLC是IIIB期NSCLC。在一些实施方案中，NSCLC是IV期NSCLC。在一些实施方案中，NSCLC是复发性NSCLC。在一些实施方案中，个体已接受使用针对NSCLC的含铂方案的至少一种先前治疗。在一些实施方案中，个体已接受使用针对NSCLC的含铂方案的至少两种先前治疗。在一些实施方案中，个体未接受使用针对NSCLC的含铂方案的先前治疗。在一些实施方案中，膀胱癌是局部晚期或转移性泌尿上皮癌。在一些实施方案中，膀胱癌是转移性泌尿上皮癌。在一些实施方案中，个体(i)未接受针对膀胱癌的先前治疗或(ii)个体已接受针对膀胱癌的至少一种先前治疗(例如，一种或两种先前治疗)。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，肿瘤样品是福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，PD-L1的表达水平是蛋白质表达水平。在一些实施方案中，使用选自免疫组织化学(IHC)、免疫荧光、流式细胞术和Western印迹的方法来确定PD-L1的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，使用IHC来确定PD-L1的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，使用抗PD-L1抗体来检测PD-L1的蛋白质表达水平。
在前述方面中的任一个的一些实施方案中，PD-L1的表达水平是mRNA表达水平。在一些实施方案中，使用选自定量聚合酶链式反应(qPCR)、逆转录qPCR(RT-qPCR)、RNA测序、微阵列分析、原位杂交和基因表达系列分析(SAGE)的方法来确定PD-L1的mRNA表达水平。
附图说明
图1是显示在POPLAR(临床试验ID No.:NCT01903993)患者群体中与多西他赛治疗相比的阿特珠单抗治疗的总生存率(OS)益处的图。OS益处与PD-L1表达增加相关联。然而，在肿瘤细胞(TC)和肿瘤浸润性免疫细胞(IC)上具有低PD-L1表达或无PD-L1表达的患者也可以从阿特珠单抗治疗获得临床益处。TC0和IC0分别表示TC和IC IHC分数为0。TC1/2/3和IC1/2/3分别表示TC和IC IHC分数为1、2或3。TC2/3和IC2/3分别表示TC和IC IHC分数为2或3。TC3和IC3分别表示TC和IC IHC分数为3。表6提供了TC和IC IHC评分标准的概述。ITT，治疗意向；NE，不可估计；a，亚组的非分层风险比(HR)和ITT的分层风险比；mo，月。
图2A是显示体细胞突变水平(也称为突变负荷或肿瘤突变负荷(TMB))与改善的对阿特珠单抗的临床响应相关联的图，如通过RECIST v1.1在BIRCH(临床试验ID No.:NCT02031458)和FIR(临床试验ID No.:NCT01846416)患者群体中所确定。CR，完全响应；PR，部分响应；SD，病情稳定；PD，病情进展。
图2B是显示BIRCH和FIR患者群体中TMB与改善的无进展生存期(PFS)相关联的一组图。左图中显示了TMB四分位数截止值(例如，25％、50％和75％TMB四分位数)及其相关的风险比。右图是卡普兰-梅尔(Kaplan-Meier)图，它显示了小于75％TMB四分位数截止值(<75％)和等于或大于75％四分位数截止值(≥75％)的患者的PFS概率。b，生物标志物可评估群体(BEP)(n＝371)和ITT(n＝613)群体的客观响应率(ORR)均为19％。
图2C是显示BIRCH和FIR患者群体中TMB与改善的总生存率(OS)相关联的一组图。左图中显示了TMB四分位数截止值(例如，25％、50％和75％TMB四分位数)及其相关的风险比。右图是卡普兰-梅尔图，它显示了小于75％TMB四分位数截止值(<75％)和等于或大于75％四分位数截止值(≥75％)的患者的OS概率。b，BEP(n＝371)和ITT(n＝613)群体的ORR均为19％。
图3A是显示在来自随机化POPLAR研究(临床试验ID No.:NCT01903993)的2L+NSCLC PD-L1未选择的患者中，TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系与TMB和多西他赛治疗功效之间的关系相比较(上图)的一组图。左下图是卡普兰-梅尔图，它显示了小于75％TMB四分位数截止值(<75％，低多西他赛)和等于或大于75％四分位数截止值(≥75％，高多西他赛)的PFS概率。右下图是卡普兰-梅尔图，它显示了小于75％TMB四分位数截止值(<75％，低阿特珠单抗)和等于或大于75％四分位数截止值(≥75％，高阿特珠单抗)的患者的PFS概率。a，在每个TMB分位数截止值之下，与多西他赛相比，阿特珠单抗的未调整的非分层HR。
图3B是显示在来自随机化POPLAR研究的2L+NSCLC PD-L1未选择的患者中，TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系与TMB和多西他赛治疗功效之间的关系相比较(上图)的一组图。左下图是卡普兰-梅尔图，它显示了小于75％TMB四分位数截止值(<75％，低多西他赛)和等于或大于75％四分位数截止值(≥75％，高多西他赛)的OS概率。右下图是卡普兰-梅尔图，它显示了小于75％TMB四分位数截止值(<75％，低阿特珠单抗)和等于或大于75％四分位数截止值(≥75％，高阿特珠单抗)的患者的OS概率。a，在每个TMB分位数截止值之下，与多西他赛相比，阿特珠单抗的未调整的非分层HR。
图4是显示在组合的BIRCH、FIR和POPLAR患者群体中TC或IC上的TMB和PD-L1表达之间的关系的图。
图5是显示对阿特珠单抗治疗的响应随着TMB的增加和随着TC或IC上的PD-L1表达水平的增加而增加的图。
图6是显示体细胞突变水平(也称为突变负荷或肿瘤突变负荷(TMB))与改善的对阿特珠单抗的临床响应相关联的图，如通过RECIST v1.1在BIRCH(临床试验ID No.:NCT02031458)和FIR(临床试验ID No.:NCT01846416)患者群体中所确定。BCOR，最佳确认的总响应率。
图7A和7B是显示在BIRCH和FIR研究的整个患者群体中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图7A是卡普兰-梅尔图，它显示了小于16mut/Mb截止值(<16mut/Mb，相当于<75％四分位数)和等于或大于16mut/Mb截止值(≥16mut/Mb，相当于≥75％四分位数)的患者的PFS概率。图7B是卡普兰-梅尔图，它显示了小于20mut/Mb截止值(<20mut/Mb，相当于<85％四分位数)和等于或大于20mut/Mb截止值(≥20mut/Mb，相当于≥85％四分位数)的患者的PFS概率。
图7C和7D是显示在BIRCH和FIR研究的一线(1L)患者中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图7C是卡普兰-梅尔图，它显示了小于9mut/Mb截止值(相当于<50％分位数)和等于或大于9mut/Mb截止值(相当于≥50％分位数)的患者的PFS概率。图7D是卡普兰-梅尔图，它显示了小于16mut/Mb截止值(相当于<85％分位数)和等于或大于16mut/Mb截止值(相当于≥85％分位数)的患者的PFS概率。
图7E和7F是显示在BIRCH和FIR研究的二线或三线(2L+)患者中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图7E是卡普兰-梅尔图，它显示了小于75％分位数截止值(<75％分位数)和等于或大于75％分位数截止值(≥75％分位数)的患者的PFS概率。图7F是卡普兰-梅尔图，它显示了小于85％分位数截止值(<85分位数)和等于或大于85％四分位数截止值(≥85分位数)的患者的PFS概率。
图8A和8B是显示在BIRCH和FIR研究的整个患者群体中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图8A是卡普兰-梅尔图，它显示了小于16mut/Mb截止值(<16mut/Mb，相当于<75％四分位数)和等于或大于16mut/Mb截止值(≥16mut/Mb，相当于≥75％四分位数)的患者的OS概率。图8B是卡普兰-梅尔图，它显示了小于20mut/Mb截止值(<20mut/Mb，相当于<85％四分位数)和等于或大于20mut/Mb截止值(≥20mut/Mb，相当于≥85％四分位数)的患者的OS概率。
图8C和8D是显示在BIRCH和FIR研究的1L患者中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图8C是卡普兰-梅尔图，它显示了小于9mut/Mb截止值(相当于<50％分位数)和等于或大于9mut/Mb截止值(相当于≥50％分位数)的患者的OS概率。图8D是卡普兰-梅尔图，它显示了小于16mut/Mb截止值(相当于<85％分位数)和等于或大于16mut/Mb截止值(相当于≥85％分位数)的患者的OS概率。
图8E和8F是显示在BIRCH和FIR研究中的2L+患者中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图8E是卡普兰-梅尔图，它显示了小于75％分位数截止值(<75％分位数)和等于或大于75％分位数截止值(≥75％分位数)的患者的OS概率。图8F是卡普兰-梅尔图，它显示了小于85％分位数截止值(<85分位数)和等于或大于85％四分位数截止值(≥85分位数)的患者的OS概率。
图9A和9B是显示在OAK(图9A)和POPLAR(图9B)研究中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。该图示出了生物标志物可评估的<16mut/Mb、≥16mut/Mb和≥20mut/Mb亚组中的响应的比例。
图10A和10B是显示在POPLAR研究中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图10A是卡普兰-梅尔图，它显示了用阿特珠单抗(MPDL3280A)或多西他赛治疗的小于16mut/Mb截止值(<16mut/Mb)和等于或大于16mut/Mb(≥16mut/Mb)截止值的患者的PFS概率。图10B是卡普兰-梅尔图，它显示了用阿特珠单抗或多西他赛治疗的小于20mut/Mb截止值(<20mut/Mb)和等于或大于20mut/Mb截止值(≥20mut/Mb)的患者的PFS概率。
图11A和11B是显示在POPLAR研究中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图11A是卡普兰-梅尔图，它显示了用阿特珠单抗(MPDL3280A)或多西他赛治疗的小于16mut/Mb截止值(<16mut/Mb)和等于或大于16mut/Mb截止值(≥16mut/Mb)的患者的OS概率。图11B是卡普兰-梅尔图，它显示了用阿特珠单抗或多西他赛治疗的小于20mut/Mb截止值(<20mut/Mb)和等于或大于20mut/Mb截止值(≥20mut/Mb)的患者的OS概率。
图12A和12B是显示在OAK研究中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图12A是卡普兰-梅尔图，它显示了用阿特珠单抗或多西他赛治疗的小于16mut/Mb截止值(<16mut/Mb)和等于或大于16mut/Mb截止值(≥16mut/Mb)的患者的PFS概率。图12B是卡普兰-梅尔图，它显示了用阿特珠单抗或多西他赛治疗的小于20mut/Mb截止值(<20mut/Mb)和等于或大于20mut/Mb截止值(≥20mut/Mb)的患者的PFS概率。
图13A和13B是显示在OAK研究中TMB和阿特珠单抗治疗功效之间的关系的一组图。图13A是卡普兰-梅尔图，它显示了用阿特珠单抗(MPDL3280A)或多西他赛治疗的小于16mut/Mb截止值(<16mut/Mb)和等于或大于16mut/Mb截止值(≥16mut/Mb)的患者的OS概率。图13B是卡普兰-梅尔图，它显示了用阿特珠单抗或多西他赛治疗的小于20mut/Mb截止值(<20mut/Mb)和等于或大于20mut/Mb截止值(≥20mut/Mb)的患者的OS概率。
图14A-14C是显示在OAK研究中≥16和≥20mut/Mb截止值之下TMB和阿特珠单抗治疗的响应持续时间之间的关系的一组图。图14A显示了森林图，而图14B和图14C显示了卡普兰-梅尔图，它们分别显示了在≥16和≥20mut/Mb截止值之下的响应持续时间(DoR)。
图15A-15C是显示在IMvigor210研究中TMB增加与1L转移性泌尿上皮癌(mUC)患者(群组1)的结局相关联的一组图。图15A显示了针对不适合用顺铂治疗的1L mUC患者的响应绘制的每兆碱基的突变负荷。图15B和15C分别显示了在指定TMB四分位数处的PFS和OS。
图15D和15E是显示在≥16mut/Mb(图15D)和≥20mut/Mb(图15E)TMB截止值之下在IMvigor210试验中高TMB与不适合用顺铂治疗的1L mUC患者的OS增加相关联的一组图。
图16A-16C是显示在IMvigor210研究中TMB增加与2L+mUC患者(群组2)的结局相关联的一组图。图16A显示了针对2L+mUC患者的响应绘制的突变负荷。图16B和16C分别显示了在指定TMB四分位数处的PFS和OS。
图16D和16E是显示在≥16和≥20mut/Mb截止值之下在IMvigor210试验中高TMB(TMB-H)与2L+mUC患者的OS增加相关联的一组图。
图17是显示在IMvigor210研究中在≥16和≥20mut/Mb TMB截止值之下1L或2L+mUC患者的响应的比例的图。
图18是显示已经在常见和罕见的癌症适应症中鉴定的高TMB的图，因此预期很多适应症可从例如使用PD-L1轴结合拮抗剂诸如抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)的免疫疗法获益。
图19是显示IMvigor210研究中高TMB与微卫星不稳定性高(MSI-H)和对阿特珠单抗单一疗法的响应的重叠的维恩(Venn)图。
具体实施方式
I.引言
本发明提供了用于癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)))的治疗和诊断方法及组合物。本发明至少部分地基于以下发现：确定从患者获得的肿瘤组织样品的体细胞突变水平并且获得组织肿瘤突变负荷(tTMB)分数可以用作治疗患有癌症的患者中的生物标志物(例如，预测性生物标志物)，用于诊断患有癌症的患者，用于确定患有癌症的患者是否可能对用包括免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))的抗癌疗法的治疗产生响应，用于优化包括免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗))的抗癌疗法的治疗功效，和/或用于针对包括免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗))的抗癌疗法的患者选择。
II.定义
应当理解，本文所述的发明的方面和实施方案包括“方面和实施方案包括”、“由方面和实施方案组成”和“主要由方面和实施方案组成”。如本文所用，除非另外指明，否则单数形式“一个(a)”、“一种(an)”和“所述(the)”包括复数指代物。
如本文所用的术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知道的相应值的常见误差范围。本文提及“约”某一值或参数包括(以及描述)涉及该值或参数本身的实施方案。例如，提及“约X”的描述包括“X”的描述。在一些实施方案中，“约”表示所述值的最多±10％，例如±1％、±2％、±3％、±4％、±5％、±6％、±7％、±8％、±9％或±10％的值。
如本文所用，术语“突变的负荷”、“突变负荷”、“突变负荷量”、“肿瘤突变负荷分数”、“TMB分数”、“组织肿瘤突变负荷分数”和“tTMB分数”各自可以可互换使用，是指在肿瘤组织样品(例如，福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品)中检测到的预定基因集合中(例如，在预定基因集合的编码区中)每个预选单元(例如，每兆碱基)的改变(例如，一个或多个改变，例如，一个或多个体细胞改变)的水平(例如，数量)。tTMB分数可以例如基于全基因组或外显子组，或基于基因组或外显子组的亚组来测量。在某些实施方案中，可以推导出基于基因组或外显子组的亚组测量的tTMB分数，以确定全基因组或外显子组突变负荷。在一些实施方案中，tTMB分数是指个体(例如，动物(例如，人))内累积的体细胞突变的水平。tTMB分数可以指患有癌症(例如，肺癌，例如，NSCLC)的患者中累积的体细胞突变。在一些实施方案中，tTMB分数是指个体的全基因组中累积的突变。在一些实施方案中，tTMB分数是指从个体收集的特定组织样品(例如，肿瘤组织活检物，例如，肺癌肿瘤样品，例如，NSCLC肿瘤样品)内累积的突变。
术语“体细胞突变”或“体细胞改变”是指在体细胞组织(例如，种系外的细胞)中发生的遗传改变。遗传改变的实例包括但不限于点突变(例如，单个核苷酸与另一个核苷酸的交换(例如，沉默突变、错义突变和无义突变))、插入和缺失(例如，添加和/或移除一个或多个核苷酸(例如，插入缺失))、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)、重排和剪接变体。特定突变的存在可以与疾病状态(例如，癌症，例如，肺癌，例如，NSCLC)相关联。
在某些实施方案中，体细胞改变是沉默突变(例如，同义改变)。在其他实施方案中，体细胞改变是非同义单核苷酸变体(SNV)。在其他实施方案中，体细胞改变是乘客突变(passenger mutation)(例如，对克隆的适合性没有可检测影响的改变)。在某些实施方案中，体细胞改变是意义不明变体(VUS)，例如致病性既不能被证实也不能被排除的改变。在某些实施方案中，体细胞改变尚未被鉴定为与癌症表型相关联。
在某些实施方案中，体细胞改变与对细胞分裂、生长或存活的影响无关或与该影响的相关性不明。在其他实施方案中，体细胞改变与对细胞分裂、生长或存活的影响相关联。
在某些实施方案中，体细胞改变的数量排除了亚基因组间隔中的功能性改变。
在一些实施方案中，功能性改变是与参考序列(例如，野生型或未突变的序列)相比，对细胞分裂、生长或存活具有影响(例如，促进细胞分裂、生长或存活)的改变。在某些实施方案中，功能性改变如通过包括在功能性改变的数据库，例如COSMIC数据库中来鉴定(参见Forbes等人,Nucl.Acids Res.43(D1):D805-D811,2015，该文献以引用的方式整体并入本文)。在其他实施方案中，功能性改变是具有已知功能状态(例如，作为COSMIC数据库中的已知体细胞改变而发生)的改变。在某些实施方案中，功能性改变是具有可能的功能状态(例如，肿瘤抑制基因中的截短)的改变。在某些实施方案中，功能性改变是驱动突变(例如，在微环境中为克隆提供选择性优势(例如，通过增加细胞存活或繁殖)的改变)。在其他实施方案中，功能性改变是能够引起克隆扩增的改变。在某些实施方案中，功能性改变是能够引起以下一者、二者、三者、四者、五者或全部六者的改变：(a)生长信号的自给自足；(b)抗生长信号减少，例如对其不敏感；(c)细胞凋亡减少；(d)复制潜力增加；(e)持续血管发生；或(f)组织侵袭或转移。
在某些实施方案中，功能性改变不是乘客突变(例如，不是对细胞克隆的适合性没有可检测影响的改变)。在某些实施方案中，功能性改变不是意义不明变体(VUS)(例如，不是致病性既不能被证实也不能被排除的改变)。
在某些实施方案中，预定基因集合中的预选肿瘤基因中的多个(例如，约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多)功能性改变被排除在外。在某些实施方案中，预定基因集合中的预选基因(例如，肿瘤基因)中的所有功能性改变都被排除在外。在某些实施方案中，预定基因集合中的多个预选基因(例如，肿瘤基因)中的多个功能性改变被排除在外。在某些实施方案中，预定基因集合中的所有基因(例如，肿瘤基因)中的所有功能性改变都被排除在外。
在某些实施方案中，体细胞改变的数量排除了亚基因组间隔中的种系突变。
在某些实施方案中，种系改变是SNP、碱基取代、插入、缺失、插入缺失或沉默突变(例如，同义突变)。
在某些实施方案中，通过使用不采用与匹配的正常序列比较的方法来排除种系改变。在其他实施方案中，通过包括使用算法的方法来排除种系改变。在某些实施方案中，种系改变如通过包括在种系改变的数据库，例如dbSNP数据库中来鉴定(参见Sherry等人,Nucleic Acids Res.29(1):308-311,2001，该文献以引用的方式整体并入本文)。在其他实施方案中，种系改变如通过包括在ExAC数据库的两个或更多个计数中来鉴定(参见ExomeAggregation Consortium等人,bioRxiv preprint,2015年10月30日，该文献以引用的方式整体并入本文)。在一些实施方案中，种系改变如通过包括在1000基因组计划(1000GenomeProject)数据库中来鉴定(McVean等人,Nature 491,56–65,2012，该文献以引用的方式整体并入本文)。在一些实施方案中，种系改变如通过包括在ESP数据库(外显子组变体服务器，NHLBI GO外显子组测序计划(Exome Variant Server,NHLBI GO Exome SequencingProject(ESP),Seattle,WA))中来鉴定。
如本文所用，术语“免疫检查点抑制剂”是指靶向至少一种免疫检查点蛋白以改变免疫应答的调节(例如下调或抑制免疫应答)的治疗剂。免疫检查点蛋白是本领域已知的，包括但不限于细胞毒性T淋巴细胞抗原4(CTLA-4)、程序性细胞死亡1(PD-1)、程序性细胞死亡配体1(PD-L1)、程序性细胞死亡配体2(PD-L2)、T细胞活化的V结构域Ig抑制物(VISTA)、B7-H2、B7-H3、B7-H4、B7-H6、2B4、ICOS、HVEM、CD160、gp49B、PIR-B、KIR家族受体、TIM-1、TIM-3、TIM-4、LAG-3、BTLA、SIRPα(CD47)、CD48、2B4(CD244)、B7.1、B7.2、ILT-2、ILT-4、TIGIT、LAG-3、BTLA、IDO、OX40和A2aR。在一些情况下，免疫检查点蛋白可以在活化的T细胞的表面上表达。可以用作本发明的方法中所用的免疫检查点抑制剂的治疗剂包括但不限于靶向CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、VISTA、B7-H2、B7-H3、B7-H4、B7-H6、2B4、ICOS、HVEM、CD160、gp49B、PIR-B、KIR家族受体、TIM-1、TIM-3、TIM-4、LAG-3、BTLA、SIRPα(CD47)、CD48、2B4(CD244)、B7.1、B7.2、ILT-2、ILT-4、TIGIT、LAG-3、BTLA、IDO、OX40和A2aR中的一者或多者的治疗剂。在一些情况下，免疫检查点抑制剂增强或抑制一种或多种所靶向的免疫检查点蛋白的功能。在一些情况下，免疫检查点抑制剂是如本文所述的PD-L1轴结合拮抗剂。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”是指如下分子，其抑制PD-L1轴结合配偶体与其结合配偶体中的一者或多者的相互作用，以消除由PD-1信号传导轴上的信号传导所产生的T细胞功能障碍，结果为恢复或增强的T细胞功能。如本文所用，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干扰PD-L1和PD-1之间的相互作用的分子(例如，PD-L2-Fc融合物)。
在免疫功能障碍的语境中，术语“功能障碍”是指对抗原刺激的免疫应答减少的状态。该术语包括其中可以发生抗原识别，但后续免疫应答对控制感染或肿瘤生长无效的“耗竭”和/或“无变应性”二者的共同要素。
如本文所用，术语“功能障碍”还包括对抗原识别的顽固性或无应答性，具体是将抗原识别转化为下游T细胞效应功能(诸如增殖、细胞因子产生(例如，IL-2)和/或靶细胞杀伤)的能力受损。
术语“无变应性”是指通过T细胞受体递送的信号不完全或不充足产生的对抗原刺激的无应答的状态(例如，在不存在Ras活化的情况下细胞内Ca2+的增加)。T细胞无变应性还可以在不存在共刺激的情况下用抗原刺激时产生，导致即使在共刺激的情况下，细胞也对通过抗原进行的后续活化变得顽固。无应答状态通常可以通过白介素-2的存在来覆盖。无变应性T细胞不经历克隆扩增和/或获得效应功能。
术语“耗竭”是指由在许多慢性感染和癌症期间发生的持续TCR信号传导所产生的作为T细胞功能障碍的状态的T细胞耗竭。它与无变应性的区别在于它不通过不完全或缺乏的信号传导，而是从持续信号传导来产生。它被定义为较差的效应功能、抑制性受体的持续表达以及与功能效应物或记忆T细胞的转录状态不同的转录状态。耗竭防止了感染和肿瘤的最佳控制。耗竭可以从外部负调控途径(例如，免疫调节细胞因子)以及胞内负调控(共刺激)途径(PD-1、B7-H3、B7-H4等)二者来产生。
“增强T细胞功能”意指将T细胞诱导、引起或刺激为具有持续的或扩大的生物学功能，或更新或重新激活已耗竭的或失活的T细胞。增强T细胞功能的实例包括：相对于干预前的水平，从CD8+ T细胞分泌的γ-干扰素增加、增殖增加、抗原应答增加(例如，病毒、病原体或肿瘤清除)。在一个实施方案中，增强的水平为至少50％、或者60％、70％、80％、90％、100％、120％、150％或200％的增强。测量此增强的方式是本领域的普通技术人员已知的。
“肿瘤免疫”是指其中肿瘤逃避免疫识别和清除的过程。因此，作为治疗概念，当这种逃避减弱，并且肿瘤被免疫系统识别和攻击时，肿瘤免疫得到“治疗”。肿瘤识别的实例包括肿瘤结合、肿瘤收缩和肿瘤清除。
“免疫原性”是指特定物质引发免疫应答的能力。肿瘤是具有免疫原性的，并且增强肿瘤免疫原性有助于通过免疫应答来清除肿瘤细胞。增强肿瘤免疫原性的实例包括用PD-L1轴结合拮抗剂治疗。
如本文所用，“PD-L1结合拮抗剂”是减少、阻断、抑制、消除或干扰PD-L1与其结合配偶体(诸如PD-1和/或B7-1)中的一者或多者的相互作用所产生的信号转导的分子。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配偶体的结合的分子。在一个具体方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂包括抗PD-L1抗体及其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗剂、多核苷酸拮抗剂以及减少、阻断、抑制、消除或干扰PD-L1与其结合配偶体(诸如PD-1和/或B7-1)中的一者或多者的相互作用所产生的信号转导的其他分子。在一个实施方案中，PD-L1结合拮抗剂通过PD-L1或PD-1来减少由或通过T淋巴细胞和其他细胞上表达的细胞表面蛋白介导的负信号，以使得功能障碍性T细胞的功能障碍减少。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的YW243.55.S70。在另一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的MDX-1105。在又一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的阿特珠单抗(MPDL3280A)。在又一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的MEDI4736(德瓦鲁单抗)。在又一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的MSB0010718C(阿维鲁单抗)。
如本文所用，“PD-1结合拮抗剂”是减少、阻断、抑制、消除或干扰PD-1与其结合配偶体(诸如PD-L1和/或PD-L2)中的一者或多者的相互作用所产生的信号转导的分子。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其结合配偶体的结合的分子。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和/或PD-L2的结合。例如，PD-1结合拮抗剂包括抗PD-1抗体及其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗剂、多核苷酸拮抗剂以及减少、阻断、抑制、消除或干扰PD-1与PD-L1和/或PD-L2的相互作用所产生的信号转导的其他分子。在一个实施方案中，PD-1结合拮抗剂通过PD-1或PD-L1来减少由或通过T淋巴细胞和其他细胞上表达的细胞表面蛋白介导的负信号，以使得功能障碍性T细胞的功能障碍减少。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的MDX-1106(纳武单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的MK-3475(派姆单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的CT-011(皮地珠单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的MEDI-0680(AMP-514)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的PDR001。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的REGN2810。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的BGB-108。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的AMP-224。
术语“程序性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中是指天然序列PD-L1多肽、多肽变体和天然序列多肽和多肽变体的片段(它们在本文中进一步定义)。本文所述的PD-L1多肽可以是从多种来源(诸如从人组织类型或从另一种来源)分离的，或通过重组或合成的方法来制备的多肽。
“天然序列PD-L1多肽”包括具有与来源于自然的相应PD-L1多肽相同的氨基酸序列的多肽。
“PD-L1多肽变体”或其变化形式意指如本文所定义与如本文所公开的任何天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％的氨基酸序列同一性的PD-L1多肽，通常为活性PD-L1多肽。此类PD-L1多肽变体包括例如其中在天然氨基酸序列的N-末端或C-末端添加或缺失一个或多个氨基酸残基的PD-L1多肽。通常，PD-L1多肽变体将与如本文所公开的天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％的氨基酸序列同一性，或者至少约81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的氨基酸序列同一性。通常，PD-L1变体多肽的长度为至少约10个氨基酸，或者长度为至少约20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、110个、120个、130个、140个、150个、160个、170个、180个、190个、200个、210个、220个、230个、240个、250个、260个、270个、280个、281个、282个、283个、284个、285个、286个、287个、288个或289个氨基酸或更多。任选地，与天然PD-L1多肽序列相比，PD-L1变体多肽将具有不超过一个保守氨基酸取代，或者与天然PD-L1多肽序列相比，具有不超过2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个保守氨基酸取代。
如本文可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指具有任何长度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、经修饰的核苷酸或碱基和/或它们的类似物，或可以通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应并入聚合物的任何底物(substrate)。因此，例如，如本文所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA、包含单链和双链区域的DNA、单链和双链RNA、以及包含单链和双链区域的RNA、包含DNA和RNA(可以是单链的或更通常地是双链的，或者包括单链和双链区域)的杂合分子。另外，如本文所用的术语“多核苷酸”是指包含RNA或DNA或者RNA和DNA二者的三链区域。这些区域中的链可以来自相同的分子或来自不同的分子。这些区域可以包括所有一种或多种分子，但更典型地仅涉及一些分子的区域。三螺旋区域的分子之一通常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体包括cDNA。
多核苷酸可以包括经修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸以及它们的类似物。如果存在，核苷酸结构的修饰可以在聚合物组装之前或之后给予。核苷酸的序列可以被非核苷酸组分中断。多核苷酸可以在合成后进一步修饰，诸如通过与标记缀合。其他类型的修饰包括例如“帽”；一个或多个天然存在的核苷酸被类似物取代；核苷酸间修饰例如具有不带电的键合(例如，膦酸甲酯、磷酸三酯、磷酸酰胺、氨基甲酸酯等等)和具有带电的键合(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等等)的那些修饰；含有侧基部分例如蛋白质(例如，核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等等)的那些修饰；具有嵌入剂(例如，吖啶、补骨脂素等等)的那些修饰；含有螯合剂(例如，金属、放射性金属、硼、氧化性金属等等)的那些修饰；含有烷基化剂的那些修饰；具有经修饰的键合(例如，α异头核酸等等)的那些修饰；以及未经修饰形式的一种或多种多核苷酸。另外，通常存在于糖中的任何羟基基团都可以例如被由标准保护基团保护的膦酸基团、磷酸基团替代，或活化以制备与另外核苷酸的另外键合，或可以缀合至固相或半固相载体。5’和3’末端OH可以是磷酸化的，或被胺或具有1至20个碳原子的有机加帽基团部分取代。其他羟基也可衍生化为标准保护基团。多核苷酸还可以含有本领域中通常已知的类似形式的核糖或脱氧核糖，包括例如2’-O-甲基核糖、2’-O-烯丙基核糖、2’-氟核糖或2’-叠氮基核糖、碳环糖类似物、α-异头糖、差向异构糖(诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖)、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖、无环类似物以及无碱基核苷类似物(诸如甲基核糖核苷)。一个或多个磷酸二酯键可以被替代性连接基团替代。这些替代性连接基团包括但不限于其中磷酸被P(O)S(“硫代磷酸”)、P(S)S(“二硫代磷酸”)、(O)NR2(“酰胺”)、P(O)R、P(O)OR’、CO或CH2(“甲缩醛”)替代的实施方案，其中每个R或R’独立地为H或任选地含有醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基(araldyl)的取代的或未取代的烷基(1-20个碳)。多核苷酸中并非所有键都需要相同。多核苷酸可以含有如本文所述的一种或多种不同类型的修饰和/或相同类型的多种修饰。上文描述适用于本文提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文所用，“寡核苷酸”通常是指长度为但不一定小于约250个核苷酸的短单链多核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”不是相互排斥的。以上对多核苷酸的描述同样且完全适用于寡核苷酸。
术语“引物”是指能够与核酸杂交并且通常通过提供游离的3’-OH基团来允许互补的核酸的聚合的单链多核苷酸。
术语“小分子”是指分子量为约2000道尔顿或更小，优选地为约500道尔顿或更小的任何分子。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可互换使用，是指已经引入外源性核酸的细胞，包括这些细胞的子代。宿主细胞包括“转化子”和“转化细胞”，这些细胞包括原代转化细胞以及来源于它们的子代，而不考虑传代次数。子代可以在核酸含量上与亲代细胞不完全相同，但可以含有突变。本文包括具有与在原始转化细胞中筛选或选择的相同的功能或生物学活性的突变子代。
如本文所用，术语“载体”是指能够使与它们所连接的另一种核酸增殖的核酸分子。该术语包括自我复制的核酸结构形式的载体以及并入载体所引入的宿主细胞的基因组内的载体。某些载体能够引导与它们可操作地连接的核酸的表达。本文将这些载体称为“表达载体”。
“分离的”核酸是指已与天然环境的组分分离的核酸分子。分离的核酸包括通常含有核酸分子的细胞中所含有的核酸分子，但是核酸分子存在于染色体外或存在于不同于其天然染色体位置的染色体位置处。
术语“抗体”在本文中以最广泛意义使用并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)和抗体片段，只要它们表现出所需的抗原结合活性即可。
“分离的”抗体是已经从天然环境的组分鉴定和分离和/或回收的抗体。天然环境的污染组分是将干扰抗体的研究、诊断和/或治疗用途的物质，并且可以包括酶、激素和其他蛋白质或非蛋白质溶质。在一些实施方案中，抗体被纯化至(1)如通过例如洛瑞(Lowry)法所测定，大于95重量％的抗体，并且在一些实施方案中，大于99重量％；(2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得N-末端或内部氨基酸序列的至少15个残基的程度；或(3)使用例如考马斯(Coomassie)蓝或银染在还原或非还原条件下通过SDS-PAGE达到的均一性。因为抗体的天然环境的至少一种组分将不存在，所以分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而，通常将通过至少一个纯化步骤来制备分离的抗体。
“天然的抗体”通常是由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链组成的约150,000道尔顿的异源四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键连接至重链，而二硫键的数目在不同的免疫球蛋白同种型的重链之间有所不同。每条重链和轻链还具有规律间隔的链内二硫桥。每条重链在一端具有可变结构域(VH)，其后是若干恒定结构域。每条轻链在一端具有可变结构域(VL)，在另一端具有恒定结构域；轻链的恒定结构域与重链的第一恒定结构域对齐，并且轻链可变结构域与重链的可变结构域对齐。据信特定的氨基酸残基会在轻链和重链可变结构域之间形成界面。
来自任何哺乳动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可以根据它们恒定结构域的氨基酸序列归类为两种明显不同的类型(称为kappa(“κ”)和lambda(“λ”))之一。
术语“恒定结构域”是指相对于免疫球蛋白的含有抗原结合位点的另一部分(可变结构域)，具有更保守的氨基酸序列的免疫球蛋白分子的一部分。恒定结构域含有重链的CH1、CH2和CH3结构域(统称为CH)和轻链的CHL(或CL)结构域。
抗体的“可变区”或“可变结构域”是指抗体的重链或轻链的氨基末端结构域。重链的可变结构域可以称为“VH”。轻链的可变结构域可以称为“VL”。这些结构域通常是抗体中变异最大的部分并且含有抗原结合位点。
术语“可变”是指这样的事实，可变结构域的某些部分在抗体间的序列上广泛不同，并且用于每种特定抗体与其特定抗原的结合和特异性。然而，变异性不均匀地分布于整个抗体的可变结构域。它集中于位于轻链可变结构域和重链可变结构域二者中三个称为高变区(HVR)的区段。可变结构域的更加高度保守的部分称为框架区(FR)。天然重链和轻链的可变结构域各自包含四个FR区，它们大多采用β-折叠构型，通过三个HVR连接，这三个HVR形成连接β-折叠结构(在一些情况下形成β-折叠结构的一部分)的环。每条链中的HVR通过FR区紧密靠近在一起，并且来自另一条链的HVR有助于形成抗体的抗原结合位点(参见Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第五版,NationalInstitute of Health,Bethesda,Md.(1991))。恒定结构域不直接参与抗体与抗原的结合，但是表现出多种效应功能，诸如抗体参与到抗体依赖性细胞毒性中。
如本文所用，术语“高变区”、“HVR”或“HV”，是指在序列上是高变的和/或形成结构上限定的环的抗体可变结构域的区域。通常，抗体包含六个HVR；三个在VH中(H1、H2、H3)，三个在VL中(L1、L2、L3)。在天然抗体中，H3和L3显示出这六个HVR最具多样性，并且据信H3特别在赋予抗体精细特异性方面发挥了独特的作用。参见例如Xu等人,Immunity 13:37-45(2000)；Johnson和Wu,载于Methods in Molecular Biology 248:1-25(Lo编,HumanPress,Totowa,N.J.,2003)。实际上，仅由重链构成的天然存在的骆驼科动物抗体在不存在轻链的情况下具有功能性和稳定性。参见例如Hamers-Casterman等人,Nature363:446-448(1993)；Sheriff等人,Nature Struct.Biol.3:733-736(1996)。
许多HVR描述正在使用中并且涵盖在本文中。Kabat互补决定区(CDR)基于序列变异性并且是最常用的(Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。而Chothia是指结构环的位置(Chothia和Lesk J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。AbM HVR代表Kabat HVR和Chothia结构环之间的折衷方案，并且由Oxford Molecular的AbM抗体建模软件使用。“接触”HVR基于可用的复合物晶体结构的分析。来自这些HVR中的每个的残基注释如下。
HVR可以包含如下的“延伸HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)、46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)以及VH中的26-35(H1)、50-65或49-65(H2)和93-102、94-102或95-102(H3)。可变结构域残基根据Kabat等人(出处同上)的这些定义中的每个编号。
“框架”或“FR”残基是除了本文定义的HVR残基之外的那些可变结构域残基。
术语“Kabat中的可变结构域残基编号”或“Kabat中的氨基酸位置编号”及其变化形式是指Kabat等人(出处同上)中用于编码抗体的重链可变结构域或轻链可变结构域的编号系统。使用此编号系统，实际线性氨基酸序列可以含有较少或另外的如下氨基酸，这些氨基酸对应于可变结构域的FR或HVR的缩短或对其进行的插入。例如，重链可变结构域可以包括H2的残基52之后的单个氨基酸插入片段(根据Kabat的残基52a)和重链FR残基82之后的插入残基(例如，根据Kabat的残基82a、82b和82c等)。可以通过在抗体序列的同源区处与“标准”Kabat编号序列的比对来确定给定抗体的残基的Kabat编号。
当提及可变结构域中的残基时，通常使用Kabat编号系统(大约轻链的残基1-107和重链的残基1-113)(例如，Kabat等人,Sequences of Immunological Interest.第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。当提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时，通常使用“EU编号系统”或“EU索引”(例如，Kabat等人(出处同上)中报告的EU索引)。“Kabat中的EU索引”是指人IgG1EU抗体的残基编号。
术语“全长抗体”、“完整抗体”或“全抗体”可互换使用，是指基本上完整形式的抗体，而不是下文定义的抗体片段。该术语特别指具有含有Fc区的重链的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选地包含其抗原结合区。在一些实施方案中，本文所述的抗体片段是抗原结合片段。抗体片段的实例包括Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；以及从抗体片段形成的多特异性抗体。
木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的称为“Fab”片段的抗原结合片段，每个抗原结合片段具有单个抗原结合位点；和剩余的“Fc”片段，它们的名称反映了它们易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生具有两个抗原结合位点并且仍能够交联抗原的F(ab’)2片段。
“Fv”是含有完全抗原结合位点的最小抗体片段。在一个实施方案中，双链Fv种类由处于紧密、非共价缔合的一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)种类中，一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域可以通过柔性肽接头共价连接，以使得轻链和重链可以与双链Fv种类中的“二聚”结构类似的“二聚”结构缔合。在此构型中，每个可变结构域的三个HVR相互作用以将抗原结合位点限定在VH-VL二聚体的表面上。总之，六个HVR赋予抗体抗原结合特异性。然而，即使单个可变结构域(或仅包含三个对抗原具有特异性的HVR的一半Fv)也具有识别和结合抗原的能力，虽然亲和力小于整个结合位点。
Fab片段含有重链可变结构域和轻链可变结构域，并且还含有轻链的恒定结构域和重链的第一恒定结构域(CH1)。Fab’片段由于在重链CH1结构域的羧基端添加了少量残基(包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸)而不同于Fab片段。Fab’-SH是其中恒定结构域的一个或多个半胱氨酸残基具有游离硫醇基的Fab’在本文中的名称。F(ab’)2抗体片段最初以其间具有铰链半胱氨酸的Fab’片段对的形式产生。抗体片段的其他化学偶联也是已知的。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于单个多肽链中。通常，scFv多肽还包含VH与VL结构域之间的多肽接头，所述接头能够使scFv形成抗原结合所需的结构。关于scFv的综述，参见例如Pluckthün，The Pharmacology ofMonoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York,1994),第269-315页。
术语“双抗体”是指具有两个抗原结合位点的抗体片段，所述抗体片段包含在相同的多肽链(VH-VL)中与轻链可变结构域(VL)连接的重链可变结构域(VH)。通过使用太短而不允许相同链上的两个结构域之间发生配对的接头，迫使所述结构域与另一条链的互补结构域发生配对并产生两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体在例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)；和Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)中更充分地描述。三抗体和四抗体还在Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)中有所描述。
抗体的“类别”是指该抗体的重链所具有的恒定结构域或恒定区的类型。抗体有五大类别：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且这些类别中的几个可以进一步分成“子类”(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。对应于不同抗体类别的重链恒定结构域分别称为α、δ、ε、γ和μ。
如本文所用的术语“单克隆抗体”是指从大致上均质抗体的群体获得的抗体，例如除了可以少量存在的可能的突变(例如，天然存在的突变)之外，构成所述群体的单个抗体是相同的。因此，修饰语“单克隆”表示抗体特征不是离散抗体的混合物。在某些实施方案中，此类单克隆抗体通常包括含有结合靶标的多肽序列的抗体，其中所述靶标结合多肽序列通过包括从多个多肽序列中选择单个靶标结合多肽序列的过程来获得。例如，选择过程可以是从多个克隆(诸如杂交瘤克隆、噬菌体克隆或重组DNA克隆的库)选择独特的克隆。应当理解，可以进一步改变选定的靶标结合序列，例如以提高对靶标的亲和力，使靶标结合序列人源化，改善它们在细胞培养物中的产生，降低它的体内免疫原性，形成多特异性抗体等，并且包含改变的靶标结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂的每个单克隆抗体针对抗原上的单个决定簇。单克隆抗体制剂的优点除了特异性外，还在于它们通常不被其他免疫球蛋白污染。
修饰语“单克隆”表示从基本上均质的抗体群获得的抗体特征，并且不应解释为需要通过任何特定方法来产生该抗体。例如，根据本发明使用的单克隆抗体可以通过多种技术制备，包括例如杂交瘤方法(例如，Kohler和Milstein,Nature 256:495-97(1975)；Hongo等人,Hybridoma 14(3):253-260(1995)；Harlow等人,Antibodies:A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press,第2版,1988)；Hammerling等人,载于:Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas563-681(Elsevier,N.Y.,1981))、重组DNA方法(参见例如美国专利No.4,816,567)、噬菌体展示技术(参见例如Clackson等人,Nature,352:624-628(1991)；Marks等人,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Sidhu等人,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等人,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；和Lee等人,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004))以及在具有部分或全部人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中产生人或人样抗体的技术(参见例如WO 1998/24893、WO 1996/34096、WO 1996/33735、WO 1991/10741；Jakobovits等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2551(1993)；Jakobovits等人,Nature 362:255-258(1993)；Bruggemann等人,Year in Immunol.7:33(1993)；美国专利No.5,545,807、5,545,806、5,569,825、5,625,126、5,633,425和5,661,016；Marks等人,Bio/Technology 10:779-783(1992)；Lonberg等人,Nature 368:856-859(1994)；Morrison,Nature 368:812-813(1994)；Fishwild等人,Nature Biotechnol.14:845-851(1996)；Neuberger,NatureBiotechnol.14:826(1996)；和Lonberg等人,Intern.Rev.Immunol.13:65-93(1995))。
本文的单克隆抗体明确包括这样的“嵌合”抗体：其中重链和/或轻链的一部分与来源于特定物种或属于特定抗体类别或子类的抗体中的相应序列相同或同源，而一条或多条链的其余部分与来源于另一个物种或属于另一个抗体类别或子类的抗体中的相应序列相同或同源；以及这些抗体的片段，只要它们表现出所需的生物学活性即可(参见例如美国专利No.4,816,567；和Morrison等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855(1984))。嵌合抗体包括抗体，其中该抗体的抗原结合区来源于通过例如使用所关注的抗原免疫猕猴而产生的抗体。
“人抗体”是具有这样的氨基酸序列的抗体：所述氨基酸序列对应于由人或人细胞产生的抗体或来源于利用人抗体组库或其他人抗体编码序列的非人来源的抗体的氨基酸序列。人抗体的此定义明确排除了包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”抗体是指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人框架区(FR)的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体将包含至少一个、通常两个可变结构域的基本上全部，其中全部或基本上全部HVR(例如，CDR)对应于非人抗体的HVR，并且全部或基本上全部FR对应于人抗体的FR。人源化抗体任选地可以包含来源于人抗体的抗体恒定区的至少一部分。抗体(例如，非人抗体)的“人源化形式”是指已经历人源化的抗体。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合至PD-L1的抗体”是指能够以足以使抗体在靶向PD-L1方面用作诊断剂和/或治疗剂的亲和力结合PD-L1的抗体。在一个实施方案中，如例如通过放射免疫测定法(RIA)所测量，抗PD-L1抗体与无关的非PD-L1蛋白的结合程度小于抗体与PD-L1的结合的约10％。在某些实施方案中，抗PD-L1抗体结合至在不同物种的PD-L1中保守的PD-L1的表位。
术语“抗PD-1抗体”和“结合至PD-1的抗体”是指能够以足以使抗体在靶向PD-1方面用作诊断剂和/或治疗剂的亲和力结合PD-1的抗体。在一个实施方案中，如例如通过放射免疫测定法(RIA)所测量，抗PD-1抗体与无关的非PD-1蛋白的结合程度小于抗体与PD-1的结合的约10％。在某些实施方案中，抗PD-1抗体结合至在不同物种的PD-1中保守的PD-1的表位。
“阻断”抗体或“拮抗剂”抗体是抑制或减少该抗体所结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的阻断抗体或拮抗剂抗体基本上或完全抑制抗原的生物学活性。
“亲和力”是指分子(例如，抗体)的单个结合位点与其结合配偶体(例如，抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另外指明，否则如本文所用，“结合亲和力”是指反映结合对的成员(例如，抗体和抗原)之间的1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力可以通常以解离常数(Kd)表示。亲和力可以通过本领域已知的常用方法(包括本文所述的那些方法)来测量。用于测量结合亲和力的特定说明性和示例性实施方案如下所述。
如本文所用，术语“结合”、“特异性结合至”或“对......具有特异性”是指可测量的和可再现的相互作用，诸如靶标和抗体之间的结合，所述结合在存在分子(包括生物分子)的非均质群体的情况下确定靶标的存在。例如，结合至或特异性结合至靶标(可以是表位)的抗体是与其他靶标的结合相比，以更大的亲和力、亲合力、更容易和/或以更长的持续时间结合该靶标的抗体。在一个实施方案中，如例如通过放射免疫测定法(RIA)所测量，抗体与无关的靶标的结合程度小于抗体与靶标的结合的约10％。在某些实施方案中，特异性结合至靶标的抗体的解离常数(Kd)为≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM或≤0.1nM。在某些实施方案中，抗体特异性结合至在不同物种的蛋白质中保守的蛋白质上的表位。在另一个实施方案中，特异性结合可以包括但不要求排他性结合。
“亲和力成熟的”抗体是指与在一个或多个高变区(HVR)中不具有一个或多个改变的亲本抗体相比具有此类改变的抗体，此类改变会导致抗体对抗原的亲和力得到改善。
“结合至与参考抗体相同的表位的抗体”是指在竞争测定中阻断参考抗体与其抗原的结合50％或更多的抗体，相反，参考抗体在竞争测定中阻断所述抗体与其抗原的结合50％或更多。
“免疫缀合物”是抗体缀合至一个或多个异源性分子(包括但不限于细胞毒性剂)。
如本文所用，术语“免疫粘附素”指代将异源性蛋白(“粘附素”)的结合特异性与免疫球蛋白恒定结构域的效应功能组合的抗体样分子。在结构上，免疫粘附素包含具有所需结合特异性(不同于抗体的抗原识别和结合位点(即，是“异源性的”))的氨基酸序列和免疫球蛋白恒定结构域序列的融合物。免疫粘附素分子的粘附素部分通常是包含至少受体或配体的结合位点的连续氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定结构域序列可以从诸如以下的任何免疫球蛋白获得：IgG1、IgG2(包括IgG2A和IgG2B)、IgG3或IgG4亚型、IgA(包括IgA1和IgA2)、IgE、IgD或IgM。Ig融合物优选地包括在Ig分子内的至少一个可变区的位置处本文所述的多肽或抗体的域的取代。在特别优选的实施方案中，免疫球蛋白融合物包括IgG1分子的铰链、CH2和CH3或铰链、CH1、CH2和CH3区。对于免疫球蛋白融合物的产生，还可参见美国专利No.5,428,130。例如，作为用于本文疗法的药物的有用的免疫粘附素包括这样的多肽，其包含与免疫球蛋白序列的恒定结构域融合的PD-L1或PD-L2的胞外结构域(ECD)或PD-1结合部分，或PD-1的胞外部分或PD-L1结合部分或PD-L2结合部分，分别为诸如PD-L1ECD-Fc、PD-L2ECD-Fc和PD-1ECD-Fc。免疫粘附素组合Ig Fc和细胞表面受体的ECD有时称为可溶性受体。
“融合蛋白”和“融合多肽”是指具有共价连接在一起的两个部分的多肽，其中每个部分是具有不同性质的多肽。所述性质可以是生物学性质，诸如体外或体内活性。所述性质还可以是简单化学或物理特性，诸如与靶分子的结合、反应的催化等等。这两个部分可以通过单个肽键或通过肽接头直接连接，但是彼此处于阅读框中。
关于本文鉴定的多肽序列的“氨基酸序列同一性百分比(％)”被定义为在比对序列并且必要时引入空位以实现最大序列同一性百分比之后，并且不考虑作为序列同一性的一部分的任何保守性取代，与待比较的多肽中的氨基酸残基相同的候选序列中的氨基酸残基的百分比。用于确定氨基酸序列同一性百分比目的的比对可以以在本领域技术范围内的多种方式实现，例如使用可公开获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域的技术人员可以确定用于测量比对的适当参数，包括在所比较序列的全长上实现最大比对所需的任何算法。然而，出于本文的目的，使用序列比较计算机程序ALIGN-2产生氨基酸序列同一性％值。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.编写，并且源代码已与用户文件一起提交给美国版权办公室(U.S.Copyright Office,Washington D.C.,20559)，其中该程序以美国版权登记No.TXU510087注册。ALIGN-2程序可以通过Genentech,Inc.,South San Francisco,California公开获得。ALIGN-2程序应编译为在UNIX操作系统(优选地digital UNIX V4.0D)上使用。所有序列比较参数都通过ALIGN-2程序设置并且不变。
在其中ALIGN-2用于氨基酸序列比较的情况下，给定氨基酸序列A对于、与或相对于给定氨基酸序列B的氨基酸序列同一性％(或者可以表述为给定氨基酸序列A对于、与或相对于给定氨基酸序列B具有或包含一定的氨基酸序列同一性％)的计算公式如下：
100×分数X/Y
其中X为在A和B的程序比对中被序列比对程序ALIGN-2评分为相同匹配的氨基酸残基数，并且其中Y为B中的氨基酸残基总数。应当理解，在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况下，A与B的氨基酸序列同一性％将不等于B与A的氨基酸序列同一性％。除非另外特别指明，否则本文所用的所有氨基酸序列同一性％值均如前一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得。
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
如本文所用的术语“生物标志物”是指可以在样品中检测的指标，例如预测指标、诊断指标和/或预后指标，例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质，或所述特定基因的一个或多个体细胞突变。生物标志物可以用作疾病或病症(例如，癌症)的特定亚型的指标，所述疾病或病症的特征在于某些分子、病理学、组织学和/或临床特征(例如，对疗法(包括PD-L1轴结合拮抗剂)的响应)。在一些实施方案中，生物标志物是基因的集合或基因集合中突变/改变(例如，体细胞突变)的集合数。生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如，DNA和/或RNA)、多核苷酸改变(例如，多核苷酸拷贝数改变，例如，DNA拷贝数改变)、多肽、多肽和多核苷酸修饰(例如，翻译后修饰)、碳水化合物和/或基于糖脂的分子标志物。
与个体的临床益处增加相关的体细胞突变的“量”或“水平”是生物样品中的可检测水平。这些可以通过本领域的技术人员已知的以及本文所公开的方法来测量。所评估的体细胞突变的表达水平或量可以用于确定对治疗的响应。
术语“水平”是指生物样品中体细胞突变的量。
体细胞突变的“水平增加”、“增加的水平”或“升高的水平”是指相对于对照(诸如未患有疾病或病症(例如，癌症)的一个或多个个体或内部对照(例如，参考基因))，个体的增加的体细胞突变水平。在一些实施方案中，在个体的全基因组中存在增加的体细胞突变水平。在其他实施方案中，从个体收集的样品(例如，组织样品)中存在增加的体细胞突变水平。在一些实施方案中，个体患有癌症(例如，癌症，例如，肺癌，例如，非小细胞肺癌(NSCLC))。
体细胞突变的“水平减少”、“减少的水平”、“水平降低”或“降低的水平”是指相对于对照(诸如未患有疾病或病症(例如，癌症)的一个或多个个体或内部对照(例如，参考水平))，个体的减少的体细胞突变水平。在一些实施方案中，在个体的全基因组中存在减少的体细胞突变水平。在其他实施方案中，从个体收集的样品(例如，组织样品)中存在减少的体细胞突变水平。在一些实施方案中，个体患有癌症(例如，癌症，例如，肺癌，例如，非小细胞肺癌(NSCLC))。
如本文所用，术语“参考tTMB分数”是指另一tTMB分数与之比较，例如以进行诊断、预测、预后和/或治疗确定的tTMB分数。例如，参考tTMB分数可以是参考样品、参考群体和/或预定值中的tTMB分数。在一些情况下，参考tTMB分数是截止值，它基于个体对用免疫检查点抑制剂的治疗(例如，PD-L1轴结合拮抗剂疗法)的响应与个体对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应之间的显著性差异等于或大于截止值和/或小于截止值，将参考群体中的已经用免疫检查点抑制剂治疗(例如，PD-L1轴结合拮抗剂疗法)的个体(例如，患者)的第一小组，与相同参考群体中的已经用不包含免疫检查点抑制剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体(例如，患者)的第二小组显著区分开。在一些情况下，个体对用免疫检查点抑制剂治疗(例如，PD-L1轴结合拮抗剂疗法)的响应，相对于个体对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的响应等于或大于截止值而言是显著改善的。在一些情况下，个体对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的响应，相对于个体对用于免疫检查点抑制剂治疗(例如，PD-L1轴结合拮抗剂疗法)的响应小于截止值而言是显著改善的。
本领域的技术人员将理解，参考tTMB分数的数值可以根据癌症的类型(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)或小细胞肺癌)、肾癌(例如，肾脏泌尿上皮癌或肾细胞癌(RCC))、膀胱癌(例如，膀胱泌尿上皮(移行细胞)癌(例如，局部晚期或转移性泌尿上皮癌，包括一线(1L)或二线以上(2L+)局部晚期或转移性泌尿上皮癌))、乳腺癌(例如，人表皮生长因子受体-2(HER2)+乳腺癌或激素受体阳性(HR+)乳腺癌)、结肠直肠癌(例如，结肠腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)、皮肤癌(例如，皮肤鳞状细胞癌)、头颈癌(例如，头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、甲状腺癌、肉瘤(例如，软组织肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、成骨肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤或横纹肌肉瘤)、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓细胞性白血病(AML)、慢性粒细胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒细胞性白血病或慢性淋巴细胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金(Hodgkin)淋巴瘤或非霍奇金(non-Hodgkin)淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤(MM))、蕈样肉芽肿、梅克尔细胞癌、恶性血液病、血液组织癌、B细胞癌、支气管癌、胃癌、脑或中枢神经系统癌、周围神经系统癌、子宫或子宫内膜癌、口腔或咽癌、肝癌、睾丸癌、胆道癌、小肠或阑尾癌、唾液腺癌、肾上腺癌、腺癌、炎性肌纤维母细胞瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、结肠癌、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生性疾病(MPD)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、尤因氏(Ewing)肿瘤、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯(Wilms)肿瘤、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、肝细胞癌、甲状腺癌、小细胞癌、原发性血小板增多症、特发性骨髓外化生、嗜酸性粒细胞增多综合征、全身性肥大细胞增多症、家族性嗜酸性粒细胞增多症、神经内分泌癌或类癌瘤)、用于测量tTMB分数的方法和/或用于生成tTMB分数的统计方法而变化。
术语“等效TMB值”是指对应于tTMB分数的数值，所述tTMB分数可以通过将体细胞变体(例如，体细胞突变)的计数除以测序的碱基数(例如，约1.1Mb(例如，约1.125Mb)，例如通过组合(panel)来评估)来计算。应当理解，一般而言，tTMB分数与测序的基因组区域的大小线性相关。这种等效tTMB值表示与tTMB分数相同程度的肿瘤突变负荷，并且在本文所述的方法中可互换使用，例如以预测癌症患者对免疫检查点抑制剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗)的响应。举例来说，在一些实施方案中，等效tTMB值是归一化tTMB值，它可以通过将体细胞变体(例如，体细胞突变)的计数除以测序的碱基数来计算。例如，等效tTMB值可以表示为在确定数量的测序碱基(例如，约1.1Mb(例如，约1.125Mb)，例如通过组合来评估)上计算的体细胞突变数。例如，约25的tTMB分数(如在约1.1Mb上计算的体细胞突变数所确定)对应于约23个突变/Mb的等效tTMB值。应当理解，如本文所述的tTMB分数(例如，TMB分数表示为在确定数量的测序碱基(例如，约1.1Mb(例如，约1.125Mb))上计算的体细胞突变数，例如通过组合来评估)涵盖使用不同方法获得的等效tTMB值(例如，全外显子组测序或全基因组测序)。例如，对于全外显子组合，靶标区域可以为大约50Mb，并且具有检测的大约500个体细胞突变的样品是tTMB分数的约10个突变/Mb的等效tTMB值。在一些实施方案中，在基因组或外显子组的小组(例如，预定的基因小组)中根据在确定数量的测序碱基(例如，约1.1Mb(例如，约1.125Mb)，例如通过组合来评估)上计算的体细胞突变数所确定的tTMB分数与通过全外显子组测序来确定的tTMB分数的偏差小于约30％(例如，小于约30％、约25％、约20％、约15％、约10％、约5％、约4％、约3％、约2％、约1％或更小)。参见例如Chalmers等人,Genome Medicine 9:34,2017。
术语“表达的水平”或“表达水平”通常可互换使用，通常是指生物样品中生物标志物的量。“表达”通常是指将信息(例如，基因编码的和/或表观遗传学信息)转换为存在于细胞中以及在细胞中操作的结构的过程。因此，如本文所用，“表达”可以指转录成多核苷酸，翻译成多肽，或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸、翻译的多肽的片段或者多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)也应被视为表述它们来源于通过选择性剪接产生的转录物或降解的转录物，还是来源于多肽的翻译后加工(例如通过蛋白质水解)。“表达的基因”包括转录成多核苷酸(即mRNA)并且翻译成多肽的那些基因，以及转录成RNA但不翻译成多肽的那些基因(例如，转运和核糖体RNA)。
“表达增加”、“表达水平增加”、“水平增加”、“表达升高”、“表达水平升高”或“水平升高”是指相对于对照(诸如未患有疾病或病症(例如，癌症)的一个或多个个体或内部对照(例如，管家生物标志物))，个体中生物标志物的表达增加或水平增加。
“表达减少”、“表达水平减少”、“水平减少”、“表达降低”、“表达水平降低”或“水平降低”是指相对于对照(诸如未患有疾病或病症(例如，癌症)的一个或多个个体或内部对照(例如，管家生物标志物))，个体中生物标志物的表达减少或水平减少。
如本文所用，“扩增”通常是指产生多个拷贝的所需序列的过程。“多个拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”不一定意味着与模板序列的完美序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包括核苷酸类似物(诸如脱氧肌苷)、有意的序列改变(诸如通过引物引入的序列改变，所述引物包含可与模板杂交但不互补的序列)和/或在扩增期间发生的序列错误。
术语“多重PCR”是指使用多于一个引物组对从单一来源(例如，个体)获得的核酸进行的单一PCR反应，目的是在单一反应中扩增两种或更多种DNA序列。
如本文所用的“聚合酶链式反应”或“PCR”技术通常是指其中微量特定核酸、RNA和/或DNA片段被扩增的程序，如例如美国专利No.4,683,195所述。通常，需要获得来自所关注区域末端或更远区域的序列信息，从而可以设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上与待扩增的模板的反义链相同或相似。两个引物的5’末端核苷酸可以与待扩增物质的末端一致。PCR可用于扩增特定RNA序列、来自总基因组DNA的特定DNA序列以及从总细胞RNA、噬菌体或质粒序列等转录的cDNA。通常参见Mullis等人,Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.51:263(1987)和Erlich编,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。如本文所用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一个但不是唯一实例，包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物以及利用核酸聚合酶来扩增或产生特定核酸片段，或扩增或产生与特定核酸互补的特定核酸片段。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”是指其中在PCR反应的每个步骤均测量PCR产物的量的PCR形式。该技术已在各种出版物中有所描述，包括例如Cronin等人,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)和Ma等人,Cancer Cell 5:607-616(2004)。
术语“微阵列”是指基底上的可杂交阵列要素(优选地多核苷酸探针)的有序排列。
术语“诊断”在本文中用于指分子或病理状态、疾病或病症(例如，癌症)的鉴定或分类。例如，“诊断”可以指特定类型癌症的鉴定。“诊断”还可以指例如通过组织病理学标准或通过分子特征(例如，特征为生物标志物(例如，特定基因或由所述基因编码的蛋白质)中的一种或组合的表达的亚型)进行的特定癌症亚型的分类。
术语“辅助诊断”在本文中用于指帮助做出关于疾病或病症(例如，癌症)的特定类型的症状或病患的存在或性质的临床判断的方法。例如，帮助诊断疾病或病症(例如，癌症)的方法可以包括测量来自个体的生物样品中的某些体细胞突变。
如本文使用，术语“样品”是指从所关注的受试者和/或个体获得或来源于所关注的受试者和/或个体的组合物，所述组合物含有将要例如根据物理、生物化学、化学和/或生理学特征来表征和/或鉴定的细胞和/或其他分子实体。例如，短语“疾病样品”及其变化形式是指从所关注的受试者获得的任何样品，预期或已知所述受试者含有待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于组织样品、原代或培养细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解物、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、滤泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、泪液、汗液、粘液、肿瘤裂解物和组织培养基、组织提取物(诸如匀浆组织)、肿瘤组织、细胞提取物以及它们的组合。
所谓“组织样品”或“细胞样品”意指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是如来自新鲜、冷冻和/或保存的器官、组织样品、活检物和/或吸出物的固体组织；血液或任何血液成分(诸如血浆)；体液，诸如脑脊液、羊水、腹膜液或间质液；来自受试者妊娠或发育的任何时间的细胞。组织样品也可以是原代或培养细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品从疾病组织/器官获得。例如，“肿瘤样品”是从肿瘤或其他癌组织获得的组织样品。组织样品可以含有细胞类型的混合群体(例如，肿瘤细胞和非肿瘤细胞、癌细胞和非癌细胞)。组织样品可以含有性质上不与组织天然混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝血剂、缓冲剂、固定剂、营养素、抗生素等等。在一些情况下，组织样品或肿瘤组织样品不是血液样品或样品或血液成分，诸如血浆。
如本文所用，“肿瘤细胞”是指存在于肿瘤或其样品中的任何肿瘤细胞。可以使用本领域已知和/或本文所述的方法将肿瘤细胞与可能存在于肿瘤样品中的其他细胞(例如，基质细胞和肿瘤浸润性免疫细胞)区分开。
如本文所用，“参考样品”、“参考细胞”、“参考组织”、“对照样品”、“对照细胞”或“对照组织”是指用于比较目的的样品、细胞、组织、标准或水平。在一个实施方案中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织从相同受试者或个体的身体的健康和/或非患病部分(例如，组织或细胞)获得。例如，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织可以是与患病细胞或组织相邻的健康和/或非患病细胞或组织(例如，与肿瘤相邻的细胞或组织)。在另一个实施方案中，参考样品从相同受试者或个体的身体的未治疗的组织和/或细胞获得。在又一个实施方案中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织从不是受试者或个体的个体的身体的健康和/或非患病部分(例如，组织或细胞)获得。在又一个实施方案中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织从不是受试者或个体的个体的身体的未治疗的组织和/或细胞获得。
出于本文的目的，组织样品的“切片”意指组织样品的单个部分或片，例如从组织样品(例如，肿瘤样品)切下的组织或细胞薄片。应当理解，可以采集多个组织样品切片并进行分析，前体条件是应当理解，可以在形态和分子水平上分析相同的组织样品切片，或者针对多肽(例如，通过免疫组织化学)和/或多核苷酸(例如，通过原位杂交)来分析相同的组织样品切片。
所谓“关联”或“相关联”意指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以在执行第二方案时使用第一分析或方案的结果，和/或可以使用第一分析或方案的结果来确定是否应当进行第二分析或方案。关于多肽分析或方案的实施方案，可以使用多肽表达分析或方案的结果来确定是否应当进行具体治疗方案。关于多核苷酸分析或方案的实施方案，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来确定是否应当进行具体治疗方案。
可以使用指示对个体的益处的任何终点(endpoint)来评估“个体响应”或“响应”，所述益处包括但不限于(1)在一定程度上抑制疾病进展(例如，癌症进展)，包括减缓或完全停滞；(2)肿瘤大小的减小；(3)抑制(即，减少、减缓或完全停止)癌细胞浸润到相邻的周边器官和/或组织中；(4)抑制(即，减少、减缓或完全停止)转移；(5)在一定程度上减轻疾病或病症(例如，癌症)相关的一种或多种症状；(6)生存长度(包括总生存率和无进展生存期)的增加或延长；和/或(7)治疗后给定时间点处的死亡率降低。
患者的“有效响应”或患者对药物治疗的“响应”以及类似措辞是指赋予处于疾病或病症(诸如癌症)的风险下或患有这些疾病或病症(诸如癌症)的患者的临床或治疗益处。在一个实施方案中，此类益处包括以下任何一者或多者：延长生存率(包括总生存率和/或无进展生存期)；产生客观响应(包括完全响应或部分响应)；或改善癌症的体征或症状。在一个实施方案中，肿瘤细胞中的体细胞突变水平(例如，肿瘤突变负荷(TMB))(例如如使用本文公开的方法所确定)用于鉴定预期相对于不具有相同水平的体细胞突变的患者，具有增加的对药物治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)的治疗)的响应的可能性的患者。在一个实施方案中，肿瘤细胞中的体细胞突变水平的增加(例如如使用本文公开的方法所确定)用于鉴定预期相对于不具有增加的体细胞突变水平的患者，具有增加的对药物(例如，抗PD-L1抗体)治疗的响应的可能性的患者。在另一个实施方案中，生物标志物(例如，如使用IHC所测定的PD-L1表达)用于鉴定预期相对于不表达生物标志物的患者，具有增加的对药物治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)的治疗)的响应的可能性的患者。在一个实施方案中，生物标志物(例如，如使用IHC所测定的PD-L1表达)用于鉴定预期相对于不表达相同水平的生物标志物的患者，具有增加的对药物(例如，抗PD-L1抗体)治疗的响应的可能性的患者。在一个实施方案中，生物标志物的存在用于鉴定相对于不存在生物标志物的患者，更可能对药物治疗产生响应的患者。在另一个实施方案中，生物标志物的存在用于确定患者相对于不存在生物标志物的患者将具有增加的受益于药物治疗的可能性。
“客观响应”是指可测量的响应，包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。在一些实施方案中，“客观响应率(ORR)”是指完全响应(CR)率和部分响应(PR)率的总和。
“完全响应”或“CR”意指对治疗产生响应的癌症的所有体征的消失(例如，所有靶标病灶的消失)。这并不总是意味着癌症已被治愈。
“持续响应”是指在停止治疗后对减少肿瘤生长的持续作用。例如，肿瘤大小可能与药物施用期开始时的大小相同或更小。在一些实施方案中，持续响应具有与治疗持续时间至少相同、治疗持续时间长度的至少1.5×、2.0×、2.5×或3.0×或更长的持续时间。
如本文所用，“减少或抑制癌症复发”意指减少或抑制肿瘤或癌症复发，或肿瘤或癌症进展。如本文所公开，癌症复发和/或癌症进展包括但不限于癌症转移。
如本文所用，“部分响应”或“PR”是指对治疗产生响应的一个或多个肿瘤或病灶大小的减小，或体内癌症程度的降低。例如，在一些实施方案中，PR是指以基线SLD作为参考，靶标病灶的最长直径(SLD)之和减少至少30％。
如本文所用，“病情稳定”或“SD”是指以从治疗开始以来的最小SLD作为参考，靶标病灶的收缩不足以符合PR，靶标病灶的增加也不足以符合PD。
如本文所用，“病情进展”或“PD”是指以从治疗开始或一个或多个新病灶的存在以来记录的最小SLD作为参考，靶标病灶的SLD增加至少20％。
术语“生存”是指患者保持活着，并且包括总生存率和无进展生存期。
如本文所用，“无进展生存期”或“PFS”是指所治疗的疾病(例如，癌症)未恶化的治疗期间和之后的时间长度。无进展生存期可以包括患者经历完全响应或部分响应的时间量，以及患者经历病情稳定的时间量。
如本文所用，“总生存率”或“OS”是指某个组中在特定持续时间之后可能活着的个体的百分比。
“延长生存”意指相对于未治疗的患者(即，相对于未用药物治疗的患者)，或相对于不具有指定水平的体细胞突变的患者，和/或相对于用抗肿瘤剂治疗的患者，经治疗的患者中的总生存率或无进展生存期的增加。
如本文所用，术语“基本上相同”表示两个数值之间的足够高的相似度，以使得本领域的技术人员将认为在通过所述值(例如，Kd值或突变水平)测量的生物学特征的情况下，这两个值之间的差异几乎没有或没有生物学和/或统计学显著性。所述两个值之间的差异随着参考/比较值的变化而变化，为例如小于约50％、小于约40％、小于约30％、小于约20％和/或小于约10％。
如本文所用，短语“基本上不同”表示两个数值之间的足够高的差异，以使得本领域的技术人员将认为在通过所述值(例如，Kd值或突变水平)测量的生物学特征的情况下，这两个值之间的差异具有统计学显著性。所述两个值之间的差异随着参考/比较分子的值的变化而变化，为例如大于约10％、大于约20％、大于约30％、大于约40％和/或大于约50％。
当词语“标记”在本文中使用时是指直接或间接缀合或融合至试剂(诸如多核苷酸探针或抗体)并且促进所缀合或融合的试剂的检测的化合物或组合物。标记本身可以是可检测的(例如，放射性同位素标记或荧光标记)或就酶学标记而言可以催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。该术语旨在涵盖通过将可检测物质偶联(即，物理连接)至探针或抗体来直接标记探针或抗体，以及通过与直接标记的另一种试剂反应来间接标记探针或抗体。间接标记的实例包括使用荧光标记的二抗来检测一抗，以及使用生物素对DNA探针进行末端标记，以使得该DNA探针可以用荧光标记的链霉亲和素来检测。
“治疗有效量”是指治疗或预防哺乳动物中的疾病或病症的治疗剂的量。就癌症而言，治疗有效量的治疗剂可以减少癌细胞的数量；减小原发性肿瘤的大小；抑制(即，在某种程度上减缓并优选地停止)癌细胞对周边器官的浸润；抑制(即，在某种程度上减缓并优选地停止)肿瘤转移；在某种程度上抑制肿瘤生长；和/或在某种程度上减轻病症相关的一种或多种症状。在药物可阻止生长和/或杀死现有癌细胞的程度上，它可以是细胞抑制性和/或细胞毒性的。对于癌症疗法，可以例如通过评估生存的持续时间、疾病进展时间(TTP)、响应率(例如，CR和PR)、响应的持续时间和/或生命的质量来测量体内功效。
“病症”是将受益于治疗的任何病症，包括但不限于慢性和急性病症或疾病，包括使哺乳动物易患所考虑的病症的那些病理病症。
术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物中的生理学病症，该病症的特征通常为细胞生长不受调控。该定义包括良性和恶性癌症。所谓“早期癌症”或“早期肿瘤”是指非侵袭性或转移性或被分类为0、1或2期癌症的癌症。癌症的实例包括但不限于癌、淋巴瘤、胚细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、神经鞘瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺癌、黑素瘤和白血病或淋巴恶性肿瘤。癌症的实例还包括但不限于肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、肾癌(例如，肾脏泌尿上皮癌或RCC)、膀胱癌(例如，膀胱泌尿上皮(移行细胞)癌(例如，局部晚期或转移性泌尿上皮癌，包括1L或2L+局部晚期或转移性泌尿上皮癌))、乳腺癌、结肠直肠癌(例如，结肠腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)、头颈癌(例如，头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、甲状腺癌、肉瘤(例如，软组织肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、成骨肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤或横纹肌肉瘤)、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓细胞性白血病(AML)、慢性粒细胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒细胞性白血病或慢性淋巴细胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤(MM))、蕈样肉芽肿、梅克尔细胞癌、恶性血液病、血液组织癌、B细胞癌、支气管癌、胃癌、脑或中枢神经系统癌、周围神经系统癌、子宫或子宫内膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、睾丸癌、胆道癌、小肠或阑尾癌、唾液腺癌、肾上腺癌、腺癌、炎性肌纤维母细胞瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、结肠癌、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生性疾病(MPD)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、尤因氏肿瘤、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯肿瘤、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、肝细胞癌、甲状腺癌、小细胞癌、原发性血小板增多症、特发性骨髓外化生、嗜酸性粒细胞增多综合征、全身性肥大细胞增多症、家族性嗜酸性粒细胞增多症、神经内分泌癌或类癌瘤。此类癌症的更具体的实例包括肺癌(包括NSCLC、鳞状细胞癌(例如，上皮鳞状细胞癌))、肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC)以及肺腺癌和肺鳞状细胞癌)。在具体实例中，肺癌是NSCLC，例如局部晚期或转移性NSCLC(例如，IIIB期NSCLC、IV期NSCLC或复发性NSCLC)。在一些实施方案中，肺癌(例如，NSCLC)是不可切除/不能手术的肺癌(例如，不可切除的NSCLC)。其他实例包括腹膜癌、肝细胞癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮膀胱癌(例如，移行细胞或泌尿上皮癌、非肌肉侵袭性膀胱癌、肌肉侵袭性膀胱癌和转移性膀胱癌)和非泌尿上皮膀胱癌)、胃癌(包括胃肠癌)、胰腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌、乳腺癌(包括转移性乳腺癌)、结肠癌、直肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、直肠癌、阴茎癌、梅克尔细胞癌、蕈样肉芽肿、睾丸癌、食道癌、胆道肿瘤以及头颈癌和血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，癌症是三阴性转移性乳腺癌，包括任何组织学证实的乳腺三阴性(ER-、PR-、HER2-)腺癌伴局部复发性或转移性疾病(其中局部复发性疾病不适合通过切除来治疗)。
如本文所用，术语“肿瘤”是指所有赘生性细胞生长和增殖(无论恶性还是良性)以及所有癌前和癌性细胞和组织。如本文所提及，术语“癌症”、“癌性”和“肿瘤”不是相互排斥的。
术语“药物制剂”是指呈允许包含在其中的活性成分的生物学活性有效的形式的制剂，并且其不含有对将施用制剂的受试者具有不可接受的毒性的其他组分。
“药学上可接受的载剂”是指药物制剂中除活性成分之外的对受试者无毒的成分。药学上可接受的载剂包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变化形式，诸如“诊疗(treat)”或“医治(treating)”)是指尝试改变所治疗个体的天然病程的临床介入，并且可以出于预防目的或在临床病变过程中进行。所期望的治疗效果包括但不限于防止疾病的发生或复发、减轻症状、减弱疾病的任何直接或间接病理学后果、防止转移、降低疾病进展速率、改善或缓解疾病状态以及缓和或改善预后。在一些实施方案中，抗体(例如，抗PD-L1抗体和/或抗PD-1抗体)用于延迟疾病发展或减缓疾病进展。
术语“抗癌疗法”是指用于治疗癌症的疗法。抗癌治疗剂的实例包括但不限于细胞毒性剂、化疗剂、生长抑制剂、用于放射疗法的剂、抗血管生成剂、细胞凋亡剂、抗微管蛋白剂和治疗癌症的其他剂(例如抗CD20抗体、血小板衍生生长因子抑制剂(例如，GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼))、COX-2抑制剂(例如，塞来昔布(celecoxib))、干扰素、细胞因子、结合以下靶标中的一者或多者的拮抗剂(例如，中和抗体)：PDGFR-β、BlyS、APRIL、一种或多种BCMA受体、TRAIL/Apo2、其他生物活性和有机化学剂等等)。它们的组合也包括在本发明中。
如本文所用的术语“细胞毒性剂”是指抑制或阻止细胞功能和/或导致细胞破坏的物质。该术语旨在包括放射性同位素(例如，At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)；化疗剂(例如，甲氨蝶呤、阿德力霉素(adriamicin)、长春花生物碱(长春新碱、长春花碱、依托泊苷)、阿霉素、美法仑(melphalan)、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、道诺霉素或其他嵌入剂)；酶及其片段(诸如溶核酶)；抗生素；以及毒素(诸如小分子毒素或细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素，包括其片段和/或变体)；以及下文公开的各种抗肿瘤剂或抗癌剂。其他细胞毒性剂如下所述。杀肿瘤剂导致肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”是用于治疗癌症的化合物。化疗剂的实例包括烷基化剂，诸如噻替派(thiotepa)和环磷酰胺；烷基磺酸盐，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶，诸如苯佐替哌(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥替哌(meturedopa)和乌瑞替哌(uredopa)；乙烯亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(acetogenin)(特别是布拉它辛(bullatacin)和布拉它辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢大麻酚(屈大麻酚(dronabinol)、)；β-拉帕醌；拉帕醇；秋水仙素；桦木酸；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康(topotecan)CPT-11(伊立替康(irinotecan)、)、乙酰喜树碱、莨菪素(scopolectin)和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素；凯利他汀(callystatin)；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素；鬼臼酸；替尼泊苷(teniposide)；念珠藻素(cryptophycin)(特别是念珠藻素1和念珠藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；倍癌霉素(duocarmycin)(包括合成类似物KW-2189和CB1-TM1)；软珊瑚醇(eleutherobin)；水鬼蕉碱汀(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素(spongistatin)；氮芥，诸如苯丁酸氮芥、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷酰胺(cholophosphamide)、雌氮芥(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、二氯甲基二乙胺(mechlorethamine)、二氯甲基二乙胺氧化物盐酸盐、美法仑、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、氯乙环磷酰胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲霉素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、罗莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，诸如烯二炔抗生素(例如，卡里奇霉素(calicheamicin)，特别是卡里奇霉素γ1I和卡里奇霉素ω1I(参见例如Nicolaou等人,Angew.Chem Intl.编Engl.,33:183-186(1994))；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素A；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素(neocarzinostatin)发色团和相关的色蛋白烯二炔抗生素发色团、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素、安曲霉素(authramycin)、重氮丝氨酸、博莱霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、卡柔比星(carabicin)、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌菌素(carzinophilin)、色霉素、放线菌素D(dactinomycin)、道诺红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-氧代-L-正亮氨酸、阿霉素(包括吗啉代-阿霉素、氰基吗啉代-阿霉素、2-吡咯啉基-阿霉素和脱氧阿霉素)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(诸如丝裂霉素C)、霉酚酸、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链脲霉素(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他汀(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物，诸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲氨蝶呤、蝶罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤(6-mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如环胞苷(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二脱氧尿苷(dideoxyuridine)、脱氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素，诸如二甲睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺剂，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸；乙酰葡醛酸内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；倍曲布西(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依洛尼塞(elfornithine)；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃博霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素(maytansinoid)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他汀(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌；2,2’,2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯(trichothecene)(特别是T-2毒素、疣孢菌素A(verracurin A)、杆孢菌素A(roridin A)和蛇形菌素(anguidine))；氨基甲酸乙酯(urethan)；长春地辛 达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加西托星(gacytosine)；阿拉伯糖苷(arabinoside)(“Ara-C”)；噻替哌(thiotepa)；紫杉烷类(taxoid)，例如紫杉烷(taxane)，包括紫杉醇(Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)、ABRAXANETM无聚氧乙烯蓖麻油(Cremophor-free)的紫杉醇的白蛋白工程改造的纳米颗粒制剂(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,Illinois)和多西他赛(-Poulenc Rorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥；吉西他滨(gemcitabine)6-硫代鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂或基于铂的化疗剂和铂类似物，诸如顺铂、卡铂、奥沙利铂(oxaliplatin)(ELOXATINTM)、沙铂(satraplatin)、吡铂(picoplatin)、奈达铂(nedaplatin)、三铂(triplatin)和脂质体顺铂(lipoplatin)；长春花碱(vinblastine)铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱奥沙利铂；甲酰四氢叶酸(leucovovin)；长春瑞滨诺消灵(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；伊班膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视色素(retinoid)，诸如视黄酸；卡培他滨(capecitabine)任何上述化疗剂的药学上可接受的盐、酸或衍生物；以及上述化疗剂中的两种或更多种的组合，诸如CHOP(即环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松龙(prednisolone)的组合疗法的缩写)，以及FOLFOX(即使用奥沙利铂(ELOXATINTM)与5-FU和甲酰四氢叶酸(leucovorin)组合进行的治疗方案的缩写)。另外的化疗剂包括用作抗体药物缀合物的细胞毒性剂，例如美登木素(例如，DM1)和奥里斯他汀(auristatin)MMAE和MMAF。
“化疗剂”还包括用于调节、减少、阻断或抑制可促进癌症生长的激素的作用并且通常为系统性或全身治疗形式的“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”。它们可以是激素本身。实例包括抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(SERM)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括他莫昔芬)、雷洛昔芬(raloxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、4-羟基他莫昔芬(4-hydroxytamoxifen)、曲沃昔芬(trioxifene)、那洛昔芬(keoxifene)、LY117018、奥那司酮(onapristone)和托瑞米芬(toremifene)；抗孕酮；雌激素受体负调节物(ERD)；用于抑制或停止卵巢的药剂，例如促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂，诸如和醋酸亮丙瑞林(leuprolide acetate)、醋酸戈舍瑞林(goserelin acetate)、醋酸布舍瑞林(buserelinacetate)和曲普瑞林(tripterelin)；其他抗雄激素，诸如氟他胺(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)和比卡鲁胺(bicalutamide)；以及抑制调节肾上腺中的雌激素产生的酶(芳香酶)的芳香酶抑制剂，诸如4(5)-咪唑、氨鲁米特、醋酸甲地孕酮(megestrolacetate)、依西美坦(exemestane)、福美司坦(formestanie)、法倔唑(fadrozole)、伏氯唑(vorozole)、来曲唑(letrozole)和阿那曲唑(anastrozole)。此外，化疗剂的这种定义包括双膦酸盐，诸如氯膦酸盐(例如或)、依替膦酸盐(etidronate)、NE-58095、唑来膦酸(zoledronic acid)/唑来膦酸盐(zoledronate)、阿仑膦酸盐(alendronate)、帕米膦酸盐(pamidronate)、替鲁膦酸盐(tiludronate)或利塞膦酸盐(risedronate)；以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸，特别是抑制牵涉于异常细胞增殖的信号传导途径中的基因表达的那些反义寡核苷酸，例如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGFR)；疫苗，诸如疫苗和基因疗法疫苗，例如疫苗、疫苗和疫苗；拓扑异构酶1抑制剂；rmRH；二对甲苯磺酸拉帕替尼(lapatinibditosylate)(ErbB-2和EGFR双酪氨酸激酶小分子抑制剂，也称为GW572016)；以及任何上述化疗剂的药学上可接受的盐、酸或衍生物。
化疗剂还包括抗体，诸如阿仑单抗(alemtuzumab)(Campath)、贝伐珠单抗(bevacizumab)(Genentech)；西妥昔单抗(cetuximab)(Imclone)；帕尼单抗(panitumumab)(Amgen)、利妥昔单抗(rituximab)(Genentech/Biogen Idec)、帕妥珠单抗(pertuzumab)(2C4，Genentech)、曲妥珠单抗(trastuzumab)(Genentech)、托西莫单抗(tositumomab)(Bexxar，Corixia)以及抗体药物缀合物，吉妥珠单抗奥唑米星(gemtuzumabozogamicin)(Wyeth)。与本发明的化合物组合的具有作为剂的治疗潜力的其他人源化单克隆抗体包括：阿泊珠单抗(apolizumab)、阿塞珠单抗(aselizumab)、阿替珠单抗(atlizumab)、巴品珠单抗(bapineuzumab)、莫比伐珠单抗(bivatuzumabmertansine)、莫坎妥珠单抗(cantuzumab mertansine)、西利珠单抗(cedelizumab)、赛妥珠单抗(certolizumab pegol)、西弗斯妥单抗(cidfusituzumab)、cidtuzumab、达利珠单抗(daclizumab)、依库珠单抗(eculizumab)、依法利珠单抗(efalizumab)、依帕珠单抗(epratuzumab)、厄利珠单抗(erlizumab)、非维珠单抗(felvizumab)、芳妥珠单抗(fontolizumab)、吉妥珠单抗奥唑米星、奥英妥珠单抗奥唑米星(inotuzumabozogamicin)、伊匹单抗(ipilimumab)、拉贝珠单抗(labetuzumab)、林妥珠单抗(lintuzumab)、马妥珠单抗(matuzumab)、美泊利单抗(mepolizumab)、莫维珠单抗(motavizumab)、motovizumab、那他珠单抗(natalizumab)、尼妥珠单抗(nimotuzumab)、nolovizumab、努马维珠单抗(numavizumab)、奥瑞珠单抗(ocrelizumab)、奥马珠单抗(omalizumab)、帕利珠单抗(palivizumab)、帕考珠单抗(pascolizumab)、帕氟珠单抗(pecfusituzumab)、pectuzumab、培克珠单抗(pexelizumab)、ralivizumab、雷珠单抗(ranibizumab)、reslivizumab、瑞利珠单抗(reslizumab)、热西维珠单抗(resyvizumab)、罗维珠单抗(rovelizumab)、卢利珠单抗(ruplizumab)、西罗珠单抗(sibrotuzumab)、西利珠单抗(siplizumab)、索土珠单抗(sontuzumab)、替他珠单抗(tacatuzumab tetraxetan)、他度珠单抗(tadocizumab)、他利珠单抗(talizumab)、特非珠单抗(tefibazumab)、托珠单抗(tocilizumab)、托利珠单抗(toralizumab)、tucotuzumab celmoleukin、tucusituzumab、umavizumab、乌珠单抗(urtoxazumab)、优特克单抗(ustekinumab)、维西珠单抗(visilizumab)以及抗白介素-12(ABT-874/J695,Wyeth Research and AbbottLaboratories)(它是经基因修饰为识别白介素-12p40蛋白的重组专一性人序列全长IgG1λ抗体)。
化疗剂还包括“EGFR抑制剂”，它是指结合EGFR或者与EGFR直接相互作用并且预防或降低其信号传导活性的化合物，并且可替代地称为“EGFR拮抗剂”。此类剂的实例包括结合EGFR的抗体和小分子。结合EGFR的抗体的实例包括MAb 579(ATCC CRL HB 8506)、MAb455(ATCC CRL HB8507)、MAb 225(ATCC CRL 8508)、MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见美国专利No.4,943,533,Mendelsohn等人)以及它们的变体，诸如嵌合225(C225或西妥昔单抗；)和改造人225(H225)(参见WO 96/40210,Imclone Systems Inc.)；IMC-11F8(完全人EGFR靶向抗体(Imclone))；结合II型突变型EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；如美国专利No.5,891,996所述结合EGFR的人源化和嵌合抗体；以及结合EGFR的人抗体，诸如ABX-EGF或帕尼单抗(参见WO98/50433,Abgenix/Amgen)；EMD 55900(Stragliotto等人,Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(马妥珠单抗)与EGF和TGF-α二者竞争EGFR结合的针对EGFR的人源化EGFR抗体(EMD/Merck)；人EGFR抗体，HuMax-EGFR(GenMab)；称为E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3和E7.6.3并且描述于US 6,235,883中的完全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；以及mAb 806或人源化mAb 806(Johns等人,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可以与细胞毒性剂缀合，从而产生免疫缀合物(参见例如EP 659,439A2,Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子，诸如美国专利No.:5,616,582、5,457,105、5,475,001、5,654,307、5,679,683、6,084,095、6,265,410、6,455,534、6,521,620、6,596,726、6,713,484、5,770,599、6,140,332、5,866,572、6,399,602、6,344,459、6,602,863、6,391,874、6,344,455、5,760,041、6,002,008和5,747,498，以及以下PCT公开：WO 98/14451、WO 98/50038、WO 99/09016和WO 99/24037所述的化合物。特定小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774，厄洛替尼(erlotinib)，Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI 1033，2-丙烯酰胺，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-,二盐酸盐，Pfizer Inc.)；ZD1839，吉非替尼(gefitinib)4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉，AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲苯基-氨基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟苯基)-4-[(1-苯乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；和双重EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016或N-[3-氯-4-[(3-氟苯基)甲氧基]苯基]-6[5[[[2-甲基磺酰基)乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”，包括前一段中提到的EGFR靶向药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如可从Takeda获得的TAK165；CP-724,714，ErbB2受体酪氨酸激酶的口服选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；双重HER抑制剂，诸如EKB-569(可从Wyeth获得)，它优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR过表达的细胞；拉帕替尼(GSK572016；可从Glaxo-SmithKline获得)，口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(可从Novartis获得)；泛HER抑制剂，诸如卡奈替尼(canertinib)(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂，诸如可从ISIS Pharmaceuticals获得的反义试剂ISIS-5132，它抑制Raf-1信号传导；非HER靶向TK抑制剂，诸如甲磺酸伊马替尼(可从Glaxo SmithKline获得)；多靶向酪氨酸激酶抑制剂，诸如舒尼替尼(sunitinib)(可从Pfizer获得)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂，诸如瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787/ZK222584，可从Novartis/Schering AG获得)；MAPK胞外调节激酶I抑制剂CI-1040(可从Pharmacia获得)；喹唑啉，诸如PD 153035，4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶；嘧啶并嘧啶；吡咯并嘧啶，诸如CGP 59326、CGP 60261和CGP 62706；吡唑并嘧啶，4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；姜黄素(二阿魏酰甲烷，4,5-双(4-氟苯胺基)邻苯二甲酰亚胺)；含有硝基噻吩部分的tyrphostine；PD-0183805(Warner-Lamber)；反义分子(例如，结合HER编码核酸的那些分子)；喹喔啉(美国专利No.5,804,396)；tryphostin(美国专利No.5,804,396)；ZD6474(Astra Zeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；泛HER抑制剂，诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼PKI166(Novartis)；GW2016(GlaxoSmithKline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；司马西尼(Semaxinib)(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone)，雷帕霉素(rapamycin)(西罗莫司(sirolimus)，)；或者如任何以下专利公开所述：美国专利No.5,804,396、WO 1999/09016(American Cyanamid)、WO 1998/43960(AmericanCyanamid)、WO 1997/38983(Warner Lambert)、WO 1999/06378(Warner Lambert)、WO1999/06396(Warner Lambert)、WO 1996/30347(Pfizer,Inc)、WO 1996/33978(Zeneca)、WO1996/3397(Zeneca)和WO 1996/33980(Zeneca)。
化疗剂还包括地塞米松、干扰素、秋水仙素、氯苯氨啶、环孢菌素、两性霉素、甲硝唑、阿仑单抗、阿利维A酸(alitretinoin)、别嘌呤醇、氨磷汀、三氧化二砷、天冬酰胺酶、活BCG、贝伐珠单抗(bevacuzimab)、贝沙罗汀(bexarotene)、克拉屈滨(cladribine)、氯法拉滨(clofarabine)、达贝泊汀α(darbepoetin alfa)、地尼白介素(denileukin)、右雷佐生(dexrazoxane)、epoetinα、elotinib、非格司亭(filgrastim)、醋酸组氨瑞林(histrelinacetate)、ibritumomab、干扰素α-2a、干扰素α-2b、来那度胺(lenalidomide)、左旋咪唑、美司钠(mesna)、甲氧沙林(methoxsalen)、诺龙(nandrolone)、奈拉滨(nelarabine)、若莫单抗(nofetumomab)、奥普瑞白介素(oprelvekin)、帕利夫明(palifermin)、帕米膦酸(pamidronate)、培加酶(pegademase)、培门冬酶(pegaspargase)、培非格司亭(pegfilgrastim)、培美曲塞二钠(pemetrexed disodium)、普卡霉素(plicamycin)、卟吩姆钠(porfimer sodium)、喹吖因(quinacrine)、拉布立酶(rasburicase)、沙莫司亭(sargramostim)、替莫唑胺(temozolomide)、VM-26、6-TG、托瑞米芬、维A酸(tretinoin)、ATRA、戊柔比星(valrubicin)、唑来膦酸盐和唑来膦酸以及它们的药学上可接受的盐。
化疗剂还包括氢化可的松(hydrocortisone)、醋酸氢化可的松(hydrocortisoneacetate)、醋酸可的松(cortisone acetate)、特戊酸硫氢可的松(tixocortol pivalate)、曲安奈德(triamcinolone acetonide)、曲安西龙醇(triamcinolone alcohol)、莫米松(mometasone)、安西奈德(amcinonide)、布地奈德(budesonide)、地奈德(desonide)、氟喹诺酮(fluocinonide)、醋酸氟轻松(fluocinolone acetonide)、倍他米松(betamethasone)、倍他米松磷酸钠(betamethasone sodium phosphate)、地塞米松(dexamethasone)、地塞米松磷酸钠(dexamethasone sodium phosphate)、氟可龙(fluocortolone)、氢化可的松-17-丁酸(hydrocortisone-17-butyrate)、氢化可的松-17-戊酸(hydrocortisone-17-valerate)、二丙酸阿氯米松(aclometasone dipropionate)、戊酸倍他米松(betamethasone valerate)、二丙酸倍他米松(betamethasonedipropionate)、泼尼卡酯(prednicarbate)、氯倍他松-17-丁酸(clobetasone-17-butyrate)、氯倍他索-17-丙酸(clobetasol-17-propionate)、己酸氟考龙(fluocortolonecaproate)、特戊酸氟考龙(fluocortolone pivalate)和醋酸氟泼尼定(fluprednideneacetate)；免疫选择性抗炎肽(ImSAID)，诸如苯丙氨酸-谷氨酰胺-甘氨酸(FEG)及其D-异构形式(feG)(IMULAN BioTherapeutics,LLC)；抗风湿药诸如硫唑嘌呤(azathioprine)、环孢菌素(ciclosporin)(环孢菌素A(cyclosporine A))、D-青霉胺(D-penicillamine)、金盐、羟氯喹(hydroxychloroquine)、来氟米特环素(leflunomideminocycline)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、肿瘤坏死因子α(TNFα)阻断剂诸如依那西普(etanercept)英夫利昔单抗(infliximab)阿达木单抗(adalimumab)certolizumab pegol戈利木单抗(golimumab)白介素1(IL-1)阻断剂诸如阿那白滞素(anakinra)T细胞共刺激阻断剂诸如阿巴西普(abatacept)白介素6(IL-6)阻断剂诸如托珠单抗(tocilizumab)白介素13(IL-13)阻断剂诸如来金珠单抗(lebrikizumab)；干扰素α(IFN)阻断剂诸如罗利珠单抗(rontalizumab)；β7整合素阻断剂诸如rhuMAbβ7；IgE途径阻断剂诸如抗M1prime；分泌性同源三聚体LTa3和膜结合性异源三聚体LTa1/β2阻断剂诸如抗淋巴毒素α(LTa)；各种研究药物诸如硫铂、PS-341、丁酸苯酯、ET-18-OCH3和法呢基转移酶抑制剂(L-739749、L-744832)；多酚诸如槲皮素、白藜芦醇、白皮杉醇(piceatannol)、表没食子儿茶素没食子酸酯、茶黄素、黄烷醇、原花青素、桦木酸以及它们的衍生物；自噬抑制剂诸如氯喹；δ-9-四氢大麻酚(屈大麻酚(dronabinol)，)；β-拉帕醌；拉帕醇；秋水仙素；桦木酸；乙酰喜树碱、莨菪素和9-氨基喜树碱)；鬼臼毒素；替加氟(tegafur)贝沙罗汀(bexarotene)双膦酸盐诸如氯膦酸盐(例如，或)、依替膦酸盐NE-58095、唑来膦酸/唑来膦酸盐阿仑膦酸盐帕米膦酸盐替鲁膦酸盐或利塞膦酸盐和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗诸如疫苗；哌立福辛、COX-2抑制剂(例如，塞来昔布或依托考昔(etoricoxib))、蛋白酶体抑制剂(例如，PS341)；CCI-779；替吡法尼(tipifarnib)(R11577)；orafenib，ABT510；Bcl-2抑制剂诸如奥利默森钠(oblimersen sodium)pixantrone；法呢基转移酶抑制剂诸如洛那法尼(lonafarnib)(SCH 6636，SARASARTM)；以及任何上述化疗剂的药学上可接受的盐、酸或衍生物；以及上述化疗剂中的两种或更多种的组合。
如本文所用的术语“前药”是指与母体药物相比对肿瘤细胞的细胞毒性较小，并且能够被酶促活化或转化为更具活性的母体形式的药物活性物质的前体或衍生物形式。参见例如Wilman,“Prodrugs in Cancer Chemotherapy”Biochemical Society Transactions,14,第375-382页,615th Meeting Belfast(1986)和Stella等人,“Prodrugs:A ChemicalApproach to Targeted Drug Delivery,”Directed Drug Delivery,Borchardt等人,(编),第247-267页,Humana Press(1985)。本发明的前药包括但不限于含磷酸的前药、含硫代磷酸的前药、含硫酸的前药、含肽的前药、D-氨基酸修饰的前药、糖基化的前药、含β-内酰胺的前药、任选地取代的含苯氧基乙酰胺的前药或任选地取代的含苯乙酰胺的前药、5-氟胞嘧啶和其他5-氟尿苷前药，它们可转化为更具活性的无细胞毒性药物。可以衍生化为用于本发明的前药形式的细胞毒性药物的实例包括但不限于上述那些化疗剂。
当“生长抑制剂”在本文中使用时是指在体外或体内抑制细胞(例如，生长依赖于PD-L1表达的细胞)的生长和/或增殖的化合物或组合物。因此，生长抑制剂可以是显著降低处于S期的细胞的百分比的生长抑制剂。生长抑制剂的实例包括阻断细胞周期进展(处于除S期之外的位置)的剂，诸如诱导G1停滞和M期停滞的剂。经典的M期阻断剂包括长春花生物碱(vincas)(长春新碱和长春花碱)、紫杉烷和拓扑异构酶II抑制剂，诸如蒽环类抗生素阿霉素((8S-顺)-10-[(3-氨基-2,3,6-三脱氧-α-L-来苏-吡喃己糖基)氧]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-8-(羟基乙酰基)-1-甲氧基-5,12-并四苯二酮)、表柔比星、道诺红霉素、依托泊苷和博来霉素。G1停滞的那些剂也外溢到S期停滞，例如DNA烷基化剂诸如他莫昔芬、泼尼松、达卡巴嗪、二氯甲基二乙胺、顺铂、甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶和阿糖胞苷。其他信息可见于“The Molecular Basis of Cancer,”Mendelsohn和Israel编,第1章,标题“Cell cycleregulation,oncogenes,and antineoplastic drugs”Murakami等人著(WB Saunders:Philadelphia,1995),特别是第13页。紫杉烷(紫杉醇和多西他赛)都是来源于紫杉树的抗癌药。来源于欧洲紫衫的多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer)是紫杉醇(Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。紫杉醇和多西他赛促进从微管蛋白二聚体的微管组装并通过防止解聚来稳定微管，这会导致细胞中有丝分裂的抑制。
所谓“放射疗法”意指使用定向γ射线或β射线来诱导对细胞的足够损伤，以限制它们正常发挥功能的能力或完全破坏细胞。应当理解，本领域中存在很多已知的方法来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次性施用给予，并且典型的剂量范围为每天10至200个单位(戈瑞)。
如本文所用，术语“个体”、“患者”和“受试者”可互换使用，是指期望治疗的任何单个动物，更优选地哺乳动物(包括像例如狗、猫、马、兔、动物园动物、奶牛、猪、绵羊和非人灵长类动物那样的非人动物)。在特定实施方案中，本文中的个体或患者是人。
如本文所用，“施用”意指将一定剂量的化合物(例如，拮抗剂)或药物组合物(例如，包含拮抗剂的药物组合物)给予受试者(例如，患者)的方法。施用可以通过任何合适的方式进行，包括肠胃外、肺内和鼻内以及(如果局部治疗需要)病灶内施用。胃肠外输注包括例如肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。给药可以通过任何合适的途径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行，这部分地取决于施用是短暂的还是长期的。本文考虑了各种给药计划，包括但不限于单次施用或在各个时间点的多次施用、推注施用和脉冲输注。
术语“同时地”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂，其中施用的至少一部分在时间上重叠。因此，同时施用包括当在停止施用一种或多种其他剂之后继续施用一种或多种剂时的给药方案。
所谓“减少或抑制”意指引起总体上减少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的能力。减少或抑制可以指例如所治疗的病症的症状、转移的存在或大小、或原发性肿瘤的大小。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗产品的商业包装中的说明，该说明含有关于适应症、用法、剂量、施用、联合治疗、禁忌症和/或关于使用这种治疗产品的警告的信息。
“无菌”制剂是无菌的或不含任何活微生物及其孢子。
“制品”是包含至少一种试剂的任何制造物(例如，包装或容器)或试剂盒，例如用于治疗疾病或病症(例如，癌症)的药物，或用于特异性检测本文所述的生物标志物(例如，PD-L1)的探针。在某些实施方案中，制造物或试剂盒作为用于实施本文所述的方法的单元促销、分发或出售。
当短语“基于”在本文中使用时意指关于一种或多种生物标志物的信息用来告知治疗决定、包装插页上提供信息或营销/促销指导等。
III.方法
A.基于组织肿瘤突变负荷(tTMB)分数的诊断方法，反映癌症相关基因中的体细胞突变的水平
本文提供了用于确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂)的治疗产生响应的方法。本文还提供了用于预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者对包括免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂)的治疗的响应的方法。本文还提供了用于为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者选择疗法的方法。任何前述方法可以基于从来自患者的肿瘤组织样品确定的或预先确定的组织肿瘤突变负荷(tTMB)分数。因此，任何前述方法可以基于肿瘤样品中本文(例如，表1和/或表2)所述的任何基因中的体细胞突变的水平。任何前述方法还可以基于生物标志物的表达水平，例如肿瘤样品中，例如肿瘤浸润性免疫细胞和/或肿瘤细胞中的PD-L1表达。任何方法还可以包括向患者施用免疫检查点抑制剂，诸如向患者施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文部分D所述)。任何方法还可以包括向患者施用有效量的第二治疗剂。
本发明提供了一种鉴定能够受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的个体的方法，所述方法包括从来自个体的肿瘤样品确定tTMB分数，其中肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数将所述个体鉴定为能够受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
本发明还提供了一种用于为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的个体选择疗法的方法，所述方法包括从来自个体的肿瘤样品确定tTMB分数，其中肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数将所述个体鉴定为能够受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在任何前述方法中，从肿瘤样品确定的tTMB分数可以等于或大于参考tTMB分数，并且所述方法还可以包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在前述方面中的任一个的其他实施方案中，从肿瘤样品确定的tTMB分数可以小于参考tTMB分数。在一些实施方案中，从肿瘤样品确定的tTMB分数小于参考tTMB分数，并且所述方法还包括向个体施用不同于PD-L1轴结合拮抗剂或除PD-L1轴结合拮抗剂之外的治疗剂。
在任何前述方法中，在一些情况下，参考tTMB分数是患有癌症的个体的参考群体中的tTMB分数，其中所述个体群体由已经用PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的第一个体小组和已经用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的第二个体小组组成，所述非PD-L1轴结合拮抗剂疗法不包括PD-L1轴结合拮抗剂。在一些情况下，参考tTMB分数基于对用PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的响应与对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的响应的显著性差异，将第一个体小组和第二个体小组中的每个显著区分开。在一些情况下，对治疗的响应是无进展生存期(PFS)的增加。在一些情况下，对治疗的响应是总生存率(OS)的增加。在一些情况下，对治疗的响应是总响应率(ORR)的增加。
在任何前述方法中，参考tTMB分数是预先指定的tTMB分数。在一些情况下，参考tTMB分数在约5和约100个突变/Mb(mut/Mb)之间，例如约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30、约31、约32、约33、约34、约35、约36、约37、约38、约39、约40、约41、约42、约43、约44、约45、约46、约47、约48、约49、约50、约51、约52、约53、约54、约55、约56、约57、约58、约59、约60、约61、约62、约63、约64、约65、约66、约67、约68、约69、约70、约71、约72、约73、约74、约75、约76、约77、约78、约79、约80、约81、约82、约83、约84、约85、约86、约87、约88、约89、约90、约91、约92、约93、约94、约95、约96、约97、约98、约99或约100mut/Mb。例如，在一些情况下，参考tTMB分数在约8和约30mut/Mb之间(例如，约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29或约30mut/Mb)。在一些情况下，参考tTMB分数在约10和约20mut/Mb之间(例如，约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19或约20mut/Mb)。在特定情况下，参考tTMB分数可以为10mut/Mb、16mut/Mb或20mut/Mb。
在任何前述方法的一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约5mut/Mb。例如，在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数在约5和约100mut/Mb之间(例如，约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30、约31、约32、约33、约34、约35、约36、约37、约38、约39、约40、约41、约42、约43、约44、约45、约46、约47、约48、约49、约50、约51、约52、约53、约54、约55、约56、约57、约58、约59、约60、约61、约62、约63、约64、约65、约66、约67、约68、约69、约70、约71、约72、约73、约74、约75、约76、约77、约78、约79、约80、约81、约82、约83、约84、约85、约86、约87、约88、约89、约90、约91、约92、约93、约94、约95、约96、约97、约98、约99或约100mut/Mb)。在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30、约31、约32、约33、约34、约35、约36、约37、约38、约39、约40、约41、约42、约43、约44、约45、约46、约47、约48、约49或约50mut/Mb。例如，在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约10mut/Mb。在一些实施方案中，参考tTMB分数为10mut/Mb。在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数在约10和100mut/Mb之间。在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数在约10和20mut/Mb之间。在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约16mut/Mb。在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约16mut/Mb，并且参考tTMB分数为16mut/Mb。在其他情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约20mut/Mb。在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约20mut/Mb，并且参考tTMB分数为约20mut/Mb。
在任何前述方法的一些情况下，tTMB分数或参考tTMB分数以计算的体细胞突变数/确定的测序碱基数表示。例如，在一些情况下，确定的测序碱基数在约100kb至约10Mb之间。在一些情况下，确定的测序碱基数为约1.1Mb(例如，约1.125Mb)，例如通过组合来评估)。在一些情况下，tTMB分数或参考tTMB分数是等效TMB值。在一些情况下，等效TMB值通过全外显子组测序(WES)来确定。
在任何前述方法中，所确定的tTMB分数可以反映在表1和/或表2中列出的基因中检测到的体细胞突变和/或重排的水平。在一些情况下，tTMB分数已经(或被)确定为至少约5mut/Mb或更多(例如，约5mut/Mb或更多、约6mut/Mb或更多、约7mut/Mb或更多、约8mut/Mb或更多、约9mut/Mb或更多、约10mut/Mb或更多、约11mut/Mb或更多、约12mut/Mb或更多、约13mut/Mb或更多、约14mut/Mb或更多、约15mut/Mb或更多、约16mut/Mb或更多、约17mut/Mb或更多、约18mut/Mb或更多、约19mut/Mb或更多、约20mut/Mb或更多、约25mut/Mb或更多、约30mut/Mb或更多、约35mut/Mb或更多、约40mut/Mb或更多和约50mut/Mb或更多)可预测对治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗)的响应。在一些情况下，预测对治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗)的响应的tTMB分数可以在约7个突变/Mb至约20个突变/Mb之间。在一些情况下，预测对治疗的响应的tTMB分数可以在约10个突变/Mb至约15个突变/Mb之间。在一些情况下，预测对治疗的响应的tTMB分数可以在约11个突变/Mb至约13个突变/Mb之间。在一些情况下，预测对治疗的响应的tTMB分数可以为约12.5个突变/Mb。在其他情况下，预测对治疗的响应的tTMB分数可以为约10mut/Mb或更多，例如约10mut/Mb或更多、约11mut/Mb或更多、约12mut/Mb或更多、约13mut/Mb或更多、约14mut/Mb或更多、约15mut/Mb或更多、约16mut/Mb或更多、约17mut/Mb或更多、约18mut/Mb或更多、约19mut/Mb或更多、约20mut/Mb或更多。
在任何前述方法的一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表1中所示的基因被确定为体细胞突变有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少一半或约50％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二或约67％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三或约75％的基因的体细胞突变水平有所增加。
表1.癌症相关基因
体细胞突变的存在和/或水平(量)可以根据本领域已知的任何合适的标准(包括但不限于个体中DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数水平的测量值)定性和/或定量确定。在一些情况下，确定个体的综合基因组谱。在一些情况下，确定从个体收集的样品(例如，组织样品、福尔马林固定石蜡包埋的(FFPE)组织样品、粗针或细针活检物)的综合基因组谱。在一些情况下，基因组谱的确定包括应用本领域已知或本文所述的新一代测序方法来鉴定已知是明确的癌症驱动因素(例如实体瘤)的基因组改变(例如，体细胞突变(例如，碱基取代、插入和缺失(插入缺失)、拷贝数改变(CNA)和重排))。
在一些情况下，该测试对约300个基因的编码区进行同时测序(例如，至少约300至约400个基因，例如约300个、310个、320个、330个、340个、350个、360个、370个、380个、390个或400个基因的多样化集合)，所述编码区覆盖至少约0.05Mb至约10Mb(例如，0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10Mb)，达到至少约500×(例如，500×、550×、600×、650×、700×、750×、800×、850×、900×、950×或1,000×)的典型中位数外显子覆盖深度。在其他情况下，该测试对约400个基因、约425个基因、约450个基因、约475个基因、约500个基因、约525个基因、约550个基因、约575个基因、约600个基因、约625个基因、约650个基因、约675个基因、约700个基因、约725个基因、约750个基因、约775个基因、约800个基因、约825个基因、约850个基因、约875个基因、约900个基因、约925个基因、约950个基因、约975个基因、约1000个基因或超过1000个基因的编码区进行同时测序。在一些情况下，该基因集合包括表1中所示的一个或多个基因(例如，癌症相关基因)。在一些情况下，该基因集合是组合的基因集合(参见例如Frampton等人,Nat.Biotechnol.31:1023-31,2013，该文献以引用的方式整体并入本文)。在一些情况下，该基因集合是 CDx组合的基因集合。在一些实施方案中，该测试对大于约10Mb，例如大于约10Mb、大于约15Mb、大于约20Mb、大于约25Mb、大于约30Mb、大于约35Mb、大于约40Mb、大于约45Mb、大于约50Mb、大于约55Mb、大于约60Mb、大于约65Mb、大于约70Mb、大于约75Mb、大于约80Mb、大于约85Mb、大于约90Mb、大于约95Mb、大于约100Mb、大于约200Mb、大于约300Mb、大于约400Mb、大于约500Mb、大于约600Mb、大于约700Mb、大于约800Mb、大于约900Mb、大于约1Gb、大于约2Gb、大于约3Gb、或约3.3Gb的个体基因组进行测序。在一些情况下，该测试对315个癌症相关基因的编码区和来自28个基因的内含子进行同时测序，所述编码区和内含子在癌症中通常重排或改变为大于500×的典型中位数覆盖深度。在一些情况下，每个覆盖的测序读段代表独特的DNA片段，以便能够高度灵敏和特异性地检测由于肿瘤异质性、低肿瘤纯度和小组织样品而以低频率发生的基因组改变。在其他情况下，通过全外显子组测序来确定体细胞突变的存在和/或水平。在一些情况下，通过全基因组测序来确定体细胞突变的存在和/或水平。
在其中从肿瘤样品确定的tTMB分数小于参考tTMB分数的一些情况下，来自个体的肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平也可以有所减少。在一些情况下，例如在一些实施方案中，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少三分之一的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少三分之一的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些情况下，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少一半的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一半的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些情况下，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少三分之二的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些情况下，已经确定肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少四分之三的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些情况下，已经确定肿瘤样品的表1中所示的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的基因的体细胞突变的参考水平有所减少。在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数小于约16mut/Mb。在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数小于约16mut/Mb，并且参考tTMB分数为约16mut/Mb。在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数小于约20mut/Mb。在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数小于约20mut/Mb，并且参考tTMB分数为约20mut/Mb。在其中从肿瘤样品确定的tTMB分数小于参考tTMB分数，并且表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所减少的任何这些情况中，所述方法还可以包括向个体施用不同于PD-L1轴结合拮抗剂或除PD-L1轴结合拮抗剂之外的治疗剂。
本发明还提供了一种用于确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应的方法，所述方法包括确定从患者获得的肿瘤样品的体细胞突变水平，其中肿瘤样品的表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。例如，在一些情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约三分之一的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约三分之二的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约四分之三的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表1中所示的基因被确定为体细胞突变有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少一半或约50％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二或约67％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三或约75％的基因的体细胞突变水平有所增加。
本发明还提供了一种用于预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应的方法，所述方法包括确定从患者获得的肿瘤样品的体细胞突变水平，其中肿瘤样品的表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。例如，在一些情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约三分之一的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约三分之二的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约四分之三的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表1中所示的基因被确定为体细胞突变有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少一半或约50％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二或约67％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三或约75％的基因的体细胞突变水平有所增加。
本发明还提供了一种用于为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者选择疗法的方法，所述方法包括确定从患者获得的肿瘤样品的体细胞突变水平，其中肿瘤样品的表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。例如，在一些情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约三分之一的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约三分之二的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表1中所示的至少约四分之三的基因的体细胞突变水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表1中所示的基因被确定为体细胞突变有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少一半或约50％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二或约67％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三或约75％的基因的体细胞突变水平有所增加。
在任何前述方法中，已经确定表1中所示的基因的体细胞突变，相对于表1中所示的基因的体细胞突变的参考水平增加约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多或约95％或更多)。例如，在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约1％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约5％或更多。在其他情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约10％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约15％或更多。在另外其他情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约20％或更多。在另外情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约25％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约30％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约35％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约40％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约50％或更多。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表1中所示的基因被确定为体细胞突变有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少一半或约50％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二或约67％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三或约75％的基因的体细胞突变水平有所增加。
在任何前述方法中，所述方法还可以包括确定从患者获得的肿瘤样品的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平。在一些实施方案中，肿瘤样品中的约1％或更多(例如，约1％、约2％、约3％、约4％、约5％或更多、约10％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。例如，在一些情况下，肿瘤样品中的1％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的30％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在另外其他情况下，肿瘤样品中的50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。
在任何前述方法的一些实施方案中，肿瘤样品中的约1％至约99％(例如，约1％至约99％、约1％至约90％、约1％至约85％、约1％至约80％、约1％至约75％、约1％至约70％、约1％至约65％、约1％至约60％、约1％至约55％、约1％至约50％、约1％至约45％、约1％至约40％、约1％至约35％、约1％至约30％、约1％至约25％、约1％至约20％、约1％至约15％、约1％至约10％、约1％至约5％、约5％至约50％、约5％至约40％、约5％至约30％、约5％至约20％、约5％至约10％、约50％至约99％、约50％至95％、约50％至约90％、约50％至约85％、约50％至约80％、约50％至约75％、约50％至约70％、约50％至约65％、约50％至约60％或约50％至约55％)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对PD-L1结合拮抗剂治疗产生响应。
在一些实施方案中，已经确定从患者获得的肿瘤样品在肿瘤样品中的肿瘤细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
在任何前述方法中，所述方法还可以包括确定从患者获得的肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平。在一些实施方案中，从患者获得的肿瘤样品在组成超过1％(例如，超过1％、超过2％、超过3％、超过4％、超过5％、超过6％、超过7％、超过8％、超过9％、超过10％、超过20％、超过30％、超过40％、或超过50％)的肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在一些情况下，例如如通过使用抗PD-L1抗体的免疫组织化学所测定，覆盖肿瘤样品切片的1％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的5％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的20％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的30％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在另外其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的50％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。
在任何前述方法的一些实施方案中，覆盖肿瘤样品切片的约1％至约50％(例如，约1％至约50％、约1％至约45％、约1％至约40％、约1％至约35％、约1％至约30％、约1％至约25％、约1％至约20％、约1％至约15％、约1％至约10％、约1％至约5％、约5％至约50％、约5％至约40％、约5％至约30％、约5％至约20％、约5％至约10％、约10％至约50％、约10％至约40％、约10％至约30％、约10％至约20％或约10％至约15％)的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对PD-L1结合拮抗剂治疗产生响应。
在一些实施方案中，已经确定从患者获得的肿瘤样品在肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
在任何前述方法中，患者可以具有高水平的微卫星不稳定性。例如，患者可以具有MSI高(MSI-H)表型，例如如使用基于PCR的方法诸如MSI分析系统(Promega,Madison,WI)所评估，该表型由5个假单态单核苷酸重复元件(BAT-25、BAT-26、NR-21、NR-24和MONO-27)组成，用于检测MSI和2个五核苷酸基因座(PentaC和PendaD)，以确认正常和肿瘤样品之间的同一性。每个微卫星基因座的碱基大小可以例如通过凝胶电泳来确定，并且如果两个或更多个单核苷酸基因座的长度与种系DNA相比有所变化，则可以将肿瘤称为MSI-H。参见例如Le等人,NEJM 372:2509-2520,2015。在其他实施方案中，患者可以具有低水平的微卫星不稳定性(例如，MSI低(MSI-L)。
在任何前述方法中，所述方法还可以包括根据肿瘤样品中的体细胞突变的水平向患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域已知或本文所述(例如，下文部分D)的任何PD-L1轴结合拮抗剂。
例如，在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。在其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在另外其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1二者的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些情况下，抗体是MPDL3280A(阿特珠单抗)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)或MSB0010718C(阿维鲁单抗)。在一些情况下，抗体包含重链(包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQID NO:21的HVR-H3序列)；和轻链(包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列)。在一些情况下，抗体包含重链可变区(包含SEQ IDNO:25的氨基酸序列)和轻链可变区(包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在另外其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些情况下，抗体是MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810或BGB-108。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，Fc融合蛋白是AMP-224。在一些情况下，PD-1轴结合拮抗剂作为单药疗法施用。
在一些情况下，所述方法进一步包括向患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况下，第二治疗剂是细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂或它们的组合。
在任何前述方法中，个体可能患有选自例如以下的癌症：肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)或小细胞肺癌)、肾癌(例如，肾脏泌尿上皮癌或RCC)、膀胱癌(例如，膀胱泌尿上皮(移行细胞)癌(例如，局部晚期或转移性泌尿上皮癌，包括1L或2L+局部晚期或转移性癌))、乳腺癌(例如，TNBC、HER2+乳腺癌或HR+乳腺癌)、子宫内膜癌、皮肤癌(例如，皮肤鳞状细胞癌)、结肠直肠癌(例如，结肠腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)、头颈癌(例如，头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、甲状腺癌、肉瘤(例如，软组织肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、成骨肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤或横纹肌肉瘤)、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓细胞性白血病(AML)、慢性粒细胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒细胞性白血病或慢性淋巴细胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤(MM))、蕈样肉芽肿、梅克尔细胞癌、恶性血液病、血液组织癌、B细胞癌、支气管癌、胃癌、脑或中枢神经系统癌、周围神经系统癌、子宫或子宫内膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、睾丸癌、胆道癌、小肠或阑尾癌、唾液腺癌、肾上腺癌、腺癌、炎性肌纤维母细胞瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、结肠癌、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生性疾病(MPD)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、尤因氏肿瘤、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯肿瘤、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、肝细胞癌、甲状腺癌、小细胞癌、原发性血小板增多症、特发性骨髓外化生、嗜酸性粒细胞增多综合征、全身性肥大细胞增多症、家族性嗜酸性粒细胞增多症、神经内分泌癌或类癌瘤。
在任何前述方法的一些情况下，个体在用含铂方案(例如，包括基于铂的化疗剂的方案，例如包括基于顺铂的化疗的方案)治疗癌症后进展。在其他情况下，个体可能不适合用含铂方案治疗(例如，包括基于铂的化疗剂的方案，例如包括基于顺铂的化疗的方案)和/或未接受过针对癌症的先前治疗。在一些情况下，个体未接受过用免疫检查点抑制剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)的先前治疗。
例如，在任何前述情况下，肺癌可以是NSCLC，包括但不限于局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发性)NSCLC。在一些情况下，肺癌(例如，NSCLC)是不可切除/不能手术的肺癌(例如，NSCLC)。在其他情况下，肺癌(例如，NSCLC)可能在用先前的含铂方案治疗期间或之后已经进展。
体细胞突变的存在和/或水平(量)可以根据本领域已知的任何合适的标准(包括但不限于DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数)定性和/或定量确定。
在任何前述情况下，体细胞突变可以是取代、缺失和/或插入。
在任何前述方法中，从患者获得的样品选自组织、全血、血浆、血清以及它们的组合。在一些情况下，样品是组织样品。在一些情况下，组织样品是肿瘤样品。在一些情况下，肿瘤样品包含肿瘤浸润性免疫细胞、肿瘤细胞、基质细胞或它们的任何组合。在任何前述情况下，肿瘤样品可以是福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品。
在某些情况下，与第二样品中体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)相比，第一样品中这些体细胞突变的存在和/或水平(量)有所增加或升高。在某些情况下，与第二样品中体细胞突变的存在和/或水平(量)相比，第一样品中这些体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)有所减少或降低。在某些情况下，第二样品是参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织。本文描述了用于确定体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)的其他公开内容。
在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是单个样品或者在与获得测试样品时不同的一个或多个时间点获得的来自相同受试者或个体的多个样品的组合。例如，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织在比获得测试样品时更早的时间点从相同的受试者或个体获得。如果在癌症的初始诊断期间获得参考样品并且随后在癌症变为转移性时获得测试样品，则这种参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织可以是有用的。
在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自一个或多个非患者的健康个体的多个样品的组合。在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自一个或多个患有疾病或病症(例如，癌症)的个体(非受试者或个体)的多个样品的组合。在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自正常组织的合并RNA样品或者来自一个或多个非患者个体的合并血浆或血清样品。在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自肿瘤组织的合并RNA样品或者来自一个或多个患有疾病或病症(例如，癌症)的非患者个体的合并血浆或血清样品。
在本文所述任何方法的一些情况下，升高或增加的水平是指与参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，体细胞突变水平总体增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更多，如通过本领域已知的标准方法诸如本文所述的那些方法所检测。在某些情况下，升高的水平是指样品中体细胞突变的水平/量的增加，其中增加为参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中各自体细胞突变的水平/量的至少约1.5×、1.75×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、25×、50×、75×或100×。在一些情况下，升高的水平是指与参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，总体增加大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍或约3.25倍。在一些情况下，升高或增加的体细胞突变水平是指与参考水平相比，一类或多类体细胞突变水平(例如，点突变、插入和缺失(例如，插入缺失)、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)和重排)的总体增加和/或样品中特定体细胞突变水平的总体增加。
在本文所述任何方法的一些情况下，降低的水平是指与参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，体细胞突变水平总体降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更多，如通过本领域已知的标准方法诸如本文所述的那些方法所检测。在某些情况下，降低的水平是指样品中体细胞突变的水平/量的减少，其中减少为参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中各自体细胞突变的水平/量的至少约0.9×、0.8×、0.7×、0.6×、0.5×、0.4×、0.3×、0.2×、0.1×、0.05×或0.01×。在一些情况下，降低或减少的体细胞突变水平是指与参考水平相比，一类或多类体细胞突变水平(例如，点突变、插入和缺失(例如，插入缺失)、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)和重排)的总体减少和/或样品中特定体细胞突变水平的总体减少。
B.基于癌症中的重排基因的水平的诊断方法
本文提供了可以单独或与上文部分A中提供的任何前述方法组合使用的方法，所述方法用于根据表2中列出的任一个基因的重排水平来确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。例如，表2中列出的一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个或更多个)基因的重排可以确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，例如表2中列出的一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个或更多个)基因的重排水平的增加，与表1中列出的1个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变的增加组合，可以确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。
本文还提供了可以单独或与上文部分A中提供的任何前述方法组合使用的方法，所述方法用于根据表2中列出的任一个基因的重排水平来预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应。例如，表2中列出的一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个或更多个)基因的重排可以预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，例如表2中列出的一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个或更多个)基因的重排水平的增加，与表1中列出的一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变的增加组合，可以预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。任何方法还可以包括向患者施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文部分D所述)。任何方法还可以包括向患者施用有效量的第二治疗剂。
本发明提供一种用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者的方法，所述方法包括向患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个或更多个)基因的重排水平，相对于表2中所示的至少一个基因的重排的参考水平有所增加。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表2中所示的基因被确定为重排水平有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少一半或约50％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少三分之二或约67％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少四分之三或约75％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因的重排水平升高组合，已经确定表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
表2.癌症中重排的基因
ALK BRAF BRD4 ETV4 FGFR1 KIT MYC NTRK2 RARA TMPRSS2
BCL2 BRCA1 EGFR ETV5 FGFR2 MSH2 NOTCH2 PDGFRA RET
BCR BRCA2 ETV1 ETV6 FGFR3 MYB NTRK1 RAF1 ROS1
体细胞突变的存在和/或水平(量)可以根据本领域已知的任何合适的标准(包括但不限于个体中DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数水平的测量值)定性和/或定量确定。在一些情况下，确定个体的综合基因组谱。在一些情况下，确定从个体收集的样品(例如，组织样品、福尔马林固定石蜡包埋的(FFPE)组织样品、粗针或细针活检物)的综合基因组谱。在一些情况下，基因组谱的确定包括应用本领域已知或本文所述的新一代测序方法来鉴定已知是明确的癌症驱动因素(例如实体瘤)的基因组改变(例如，体细胞突变(例如，碱基取代、插入和缺失(插入缺失)、拷贝数改变(CNA)和重排))。在一些情况下，该测试对315个癌症相关基因的编码区和来自28个基因的内含子进行同时测序，所述编码区和内含子在癌症中通常重排为大于500×的典型中位数覆盖深度。在一些情况下，每个覆盖的测序读段代表独特的DNA片段，以便能够高度灵敏和特异性地检测由于肿瘤异质性、低肿瘤纯度和小组织样品而以低频率发生的基因组改变。
本发明提供了一种用于确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应的方法，所述方法包括确定从患者获得的肿瘤样品的重排水平，其中肿瘤样品的表2中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个或更多个)基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。例如，在一些情况下，肿瘤样品中的表2中所示的至少约三分之一的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表2中所示的至少约三分之二的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表2中所示的至少约四分之三的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表2中所示的基因被确定为重排有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少一半或约50％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少三分之二或约67％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少四分之三或约75％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因的体细胞突变水平升高组合，已经确定表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
本发明还提供了一种用于预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应的方法，所述方法包括确定从患者获得的肿瘤样品的重排水平，其中肿瘤样品的表2中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个或更多个)基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。例如，在一些情况下，肿瘤样品中的表2中所示的三分之一的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表2中所示的三分之二的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表2中所示的四分之三的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表2中所示的基因被确定为重排有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少一半或约50％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少三分之二或约67％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少四分之三或约75％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因的重排水平升高组合，已经确定表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
本发明还提供了一种用于为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者选择疗法的方法，所述方法包括确定从患者获得的肿瘤样品的重排水平，其中肿瘤样品的表2中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个或更多个)基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。例如，在一些情况下，肿瘤样品中的表2中所示的三分之一的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表2中所示的三分之二的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，肿瘤样品中的表2中所示的四分之三的基因的重排水平增加表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表2中所示的基因被确定为重排有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少一半或约50％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少三分之二或约67％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少四分之三或约75％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因的重排水平升高组合，已经确定表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
在任何前述方法中，已经确定表2中所示的基因的重排，相对于表2中所示的基因的重排的参考水平增加约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多或约95％或更多)。例如，在一些情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约1％或更多。在一些情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约5％或更多。在其他情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约10％或更多。在一些情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约15％或更多。在另外其他情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约20％或更多。在另外情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约25％或更多。在一些情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约30％或更多。在一些情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约35％或更多。在一些情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约40％或更多。在一些情况下，一个或多个重排的水平被确定为增加约50％或更多。在其他情况下，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表2中所示的基因被确定为重排有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少一半或约50％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少三分之二或约67％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表2中所示的至少四分之三或约75％的基因的重排水平有所增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因的重排水平升高组合，已经确定表1中所示的至少一个或多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个、300个或更多个)基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
在任何前述方法的一些实施方案中，肿瘤样品中的约1％至约99％(例如，约1％至约99％、约1％至约90％、约1％至约85％、约1％至约80％、约1％至约75％、约1％至约70％、约1％至约65％、约1％至约60％、约1％至约55％、约1％至约50％、约1％至约45％、约1％至约40％、约1％至约35％、约1％至约30％、约1％至约25％、约1％至约20％、约1％至约15％、约1％至约10％、约1％至约5％、约5％至约50％、约5％至约40％、约5％至约30％、约5％至约20％、约5％至约10％、约50％至约99％、约50％至95％、约50％至约90％、约50％至约85％、约50％至约80％、约50％至约75％、约50％至约70％、约50％至约65％、约50％至约60％或约50％至约55％)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对PD-L1结合拮抗剂治疗产生响应。
在一些实施方案中，已经确定从患者获得的肿瘤样品在肿瘤样品中的肿瘤细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
在任何前述方法中，所述方法还可以包括确定从患者获得的肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平。在一些实施方案中，从患者获得的肿瘤样品在组成超过1％(例如，超过1％、超过2％、超过3％、超过4％、超过5％、超过6％、超过7％、超过8％、超过9％、超过10％、超过20％、超过30％、超过40％、或超过50％)的肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在一些情况下，例如如通过使用抗PD-L1抗体的免疫组织化学所测定，覆盖肿瘤样品切片的1％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的5％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的20％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的30％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在另外其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的50％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。
在任何前述方法的一些实施方案中，覆盖肿瘤样品切片的约1％至约50％(例如，约1％至约50％、约1％至约45％、约1％至约40％、约1％至约35％、约1％至约30％、约1％至约25％、约1％至约20％、约1％至约15％、约1％至约10％、约1％至约5％、约5％至约50％、约5％至约40％、约5％至约30％、约5％至约20％、约5％至约10％、约10％至约50％、约10％至约40％、约10％至约30％、约10％至约20％或约10％至约15％)的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对PD-L1结合拮抗剂治疗产生响应。
在一些实施方案中，已经确定从患者获得的肿瘤样品在肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
在任何前述方法中，患者可以具有高水平的微卫星不稳定性。例如，患者可以具有MSI高(MSI-H)表型，例如如使用基于PCR的方法诸如MSI分析系统(Promega,Madison,WI)所评估，该表型由5个假单态单核苷酸重复元件(BAT-25、BAT-26、NR-21、NR-24和MONO-27)组成，用于检测MSI和2个五核苷酸基因座(PentaC和PendaD)，以确认正常和肿瘤样品之间的同一性。每个微卫星基因座的碱基大小可以例如通过凝胶电泳来确定，并且如果两个或更多个单核苷酸基因座的长度与种系DNA相比有所变化，则可以将肿瘤称为MSI-H。参见例如Le等人,NEJM 372:2509-2520,2015。在其他实施方案中，患者可以具有低水平的微卫星不稳定性(例如，MSI低(MSI-L)。
在任何前述方法中，所述方法还可以包括根据肿瘤样品中的体细胞突变的水平向患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域已知或本文所述(例如，下文部分D)的任何PD-L1轴结合拮抗剂。
例如，在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂选自：PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。在其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在另外其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1二者的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些情况下，抗体选自MPDL3280A(阿特珠单抗)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维鲁单抗)。在一些情况下，抗体包含重链(包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列)；和轻链(包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列)。在一些情况下，抗体包含重链可变区(包含SEQID NO:25的氨基酸序列)和轻链可变区(包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在另外其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些情况下，抗体选自：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，Fc融合蛋白是AMP-224。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂作为单药疗法施用。
在一些情况下，所述方法进一步包括向患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况下，第二治疗剂选自细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂以及它们的组合。
在任何前述方法中，个体可能患有选自例如以下的癌症：肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)或小细胞肺癌)、肾癌(例如，肾脏泌尿上皮癌或RCC)、膀胱癌(例如，膀胱泌尿上皮(移行细胞)癌(例如，局部晚期或转移性泌尿上皮癌，包括1L或2L+局部晚期或转移性癌))、乳腺癌(例如，TNBC、HER2+乳腺癌或HR+乳腺癌)、子宫内膜癌、皮肤癌(例如，皮肤鳞状细胞癌)、结肠直肠癌(例如，结肠腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)、头颈癌(例如，头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、甲状腺癌、肉瘤(例如，软组织肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、成骨肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤或横纹肌肉瘤)、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓细胞性白血病(AML)、慢性粒细胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒细胞性白血病或慢性淋巴细胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤(MM))、蕈样肉芽肿、梅克尔细胞癌、恶性血液病、血液组织癌、B细胞癌、支气管癌、胃癌、脑或中枢神经系统癌、周围神经系统癌、子宫或子宫内膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、睾丸癌、胆道癌、小肠或阑尾癌、唾液腺癌、肾上腺癌、腺癌、炎性肌纤维母细胞瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、结肠癌、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生性疾病(MPD)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、尤因氏肿瘤、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯肿瘤、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、肝细胞癌、甲状腺癌、小细胞癌、原发性血小板增多症、特发性骨髓外化生、嗜酸性粒细胞增多综合征、全身性肥大细胞增多症、家族性嗜酸性粒细胞增多症、神经内分泌癌或类癌瘤。
在任何前述方法的一些情况下，个体在用含铂方案(例如，包括基于铂的化疗剂的方案，例如包括基于顺铂的化疗的方案)治疗癌症后进展。在其他情况下，个体可能不适合用含铂方案治疗(例如，包括基于铂的化疗剂的方案，例如包括基于顺铂的化疗的方案)和/或未接受过针对癌症的先前治疗。在一些情况下，个体未接受过用免疫检查点抑制剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)的先前治疗。
例如，在任何前述情况下，肺癌可以是NSCLC，包括但不限于局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发性)NSCLC。在一些情况下，肺癌(例如，NSCLC)可以是不可切除/不能手术的肺癌(例如，NSCLC)。在其他情况下，肺癌(例如，NSCLC)可能在用先前的含铂方案治疗期间或之后已经进展。
在任何前述情况下，体细胞突变的存在和/或水平(量)可以根据本领域已知的任何合适的标准(包括但不限于DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数)定性和/或定量确定。
在任何前述情况下，体细胞突变可以是取代、缺失和/或插入。例如，在一些情况下，体细胞突变可以是拷贝数改变和/或重排。
在任何前述方法中，从患者获得的样品选自组织、全血、血浆、血清以及它们的组合。在一些情况下，样品是组织样品。在一些情况下，组织样品是肿瘤样品。在一些情况下，肿瘤样品包含肿瘤浸润性免疫细胞、肿瘤细胞、基质细胞或它们的任何组合。在任何前述情况下，肿瘤样品可以是福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品。
在某些情况下，与第二样品中体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)相比，第一样品中这些体细胞突变的存在和/或水平(量)有所增加或升高。在某些情况下，与第二样品中体细胞突变的存在和/或水平(量)相比，第一样品中的存在/不存在和/或水平(量)有所减少或降低。在某些情况下，第二样品是参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织。本文描述了用于确定体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)的其他公开内容。
在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是单个样品或者在与获得测试样品时不同的一个或多个时间点获得的来自相同受试者或个体的多个样品的组合。例如，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织在比获得测试样品时更早的时间点从相同的受试者或个体获得。如果在癌症的初始诊断期间获得参考样品并且随后在癌症变为转移性时获得测试样品，则这种参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织可以是有用的。
在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自一个或多个非患者的健康个体的多个样品的组合。在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自一个或多个患有疾病或病症(例如，癌症)的个体(非受试者或个体)的多个样品的组合。在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自正常组织的合并RNA样品或者来自一个或多个非患者个体的合并血浆或血清样品。在某些情况下，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自肿瘤组织的合并RNA样品或者来自一个或多个患有疾病或病症(例如，癌症)的非患者个体的合并血浆或血清样品。
在本文所述任何方法的一些情况下，升高或增加的水平是指与参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，体细胞突变水平总体增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更多，如通过本领域已知的标准方法诸如本文所述的那些方法所检测。在某些情况下，升高的水平是指样品中体细胞突变的水平/量的增加，其中增加为参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中各自体细胞突变的水平/量的至少约1.5×、1.75×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、25×、50×、75×或100×。在一些情况下，升高的水平是指与参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，总体增加大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍或约3.25倍。在一些情况下，升高或增加的体细胞突变水平是指与参考水平相比，一类或多类体细胞突变水平(例如，点突变、插入和缺失(例如，插入缺失)、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)和重排)的总体增加和/或样品中特定体细胞突变水平的总体增加。
在本文所述任何方法的一些情况下，降低的水平是指与参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，体细胞突变水平总体降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更多，如通过本领域已知的标准方法诸如本文所述的那些方法所检测。在某些情况下，降低的水平是指样品中体细胞突变的水平/量的减少，其中减少为参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中各自体细胞突变的水平/量的至少约0.9×、0.8×、0.7×、0.6×、0.5×、0.4×、0.3×、0.2×、0.1×、0.05×或0.01×。在一些情况下，降低或减少的体细胞突变水平是指与参考水平相比，一类或多类体细胞突变水平(例如，点突变、插入和缺失(例如，插入缺失)、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)和重排)的总体减少和/或样品中特定体细胞突变水平的总体减少。
C.治疗方法
本发明提供了用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者的方法。在一些情况下，患者在用含铂方案(例如，包括基于铂的化疗剂的方案，例如包括基于顺铂的化疗的方案)治疗癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)之后进展。在其他情况下，患者可能不适合用含铂方案(例如，包括基于铂的化疗剂的方案，例如包括基于顺铂的化疗的方案)治疗和/或未接受过针对癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的先前治疗。在一些情况下，本发明的方法包括向患者施用包括PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。本文所述(参见例如下文部分D)或本领域已知的任何PD-L1轴结合拮抗剂均可用于所述方法。在一些情况下，所述方法涉及从来自患者的肿瘤样品确定tTMB分数，其中肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数；以及根据相对于参考tTMB分数的升高的tTMB分数，向患者施用包括PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。这种方法可以包括例如使用本文所述(例如，下文部分A和部分B或实施例中描述的那些)或本领域已知的任何方法来检查样品中体细胞突变的存在和/或表达。
本发明提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者的方法，所述方法包括从来自患者的肿瘤样品确定tTMB分数，其中肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数；以及向患者施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
本发明还提供了一种治疗患有癌症的患者的方法，所述方法包括向患者施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中在施用之前已经确定来自患者的肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数。
在一些情况下，另外已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1和/或表2中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1和/或表2中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
在任何前述方法中，已经确定表1和/或表2中所示的基因的体细胞突变，相对于表1和/或表2中所示的基因的体细胞突变的参考水平增加约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多或约95％或更多)。例如，在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平(例如，来自不同类别(例如，插入、缺失和/或重排)的一个或多个体细胞突变的水平、特定类别的体细胞突变的水平和/或特定体细胞突变的水平)被确定为增加约1％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约5％或更多。在其他情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约10％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约15％或更多。在另外其他情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约20％或更多。在另外情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约25％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约30％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约35％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约40％或更多。在一些情况下，一个或多个体细胞突变的水平被确定为增加约50％或更多。
在任何前述方法中，约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多或约99％或更多)的表1和/或表2中所示的基因被确定为体细胞突变有所增加。例如，在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1和/或表2中所示的至少一半或约50％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1和/或表2中所示的至少三分之二或约67％的基因的体细胞突变水平有所增加。在一些情况下，已经确定从患者获得的肿瘤样品的表1和/或表2中所示的至少四分之三或约75％的基因的体细胞突变水平有所增加。
在一些情况下，该测试对约300个基因的编码区进行同时测序(例如，至少约300至约400个基因，例如约300个、310个、320个、330个、340个、350个、360个、370个、380个、390个或400个基因的多样化集合)，所述编码区覆盖至少约0.05Mb至约10Mb(例如，0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10Mb)，达到至少约500×(例如，500×、550×、600×、650×、700×、750×、800×、850×、900×、950×或1,000×)的典型中位数外显子覆盖深度。在其他情况下，该测试对约400个基因、约425个基因、约450个基因、约475个基因、约500个基因、约525个基因、约550个基因、约575个基因、约600个基因、约625个基因、约650个基因、约675个基因、约700个基因、约725个基因、约750个基因、约775个基因、约800个基因、约825个基因、约850个基因、约875个基因、约900个基因、约925个基因、约950个基因、约975个基因、约1000个基因或超过1000个基因的编码区进行同时测序。在一些情况下，该基因集合包括表1中所示的一个或多个基因(例如，癌症相关基因)。在一些情况下，该基因集合是组合的基因集合(参见例如Frampton等人,Nat.Biotechnol.31:1023-31,2013，该文献以引用的方式整体并入本文)。在一些情况下，该基因集合是 CDx组合的基因集合。在一些实施方案中，该测试对大于约10Mb，例如大于约10Mb、大于约15Mb、大于约20Mb、大于约25Mb、大于约30Mb、大于约35Mb、大于约40Mb、大于约45Mb、大于约50Mb、大于约55Mb、大于约60Mb、大于约65Mb、大于约70Mb、大于约75Mb、大于约80Mb、大于约85Mb、大于约90Mb、大于约95Mb、大于约100Mb、大于约200Mb、大于约300Mb、大于约400Mb、大于约500Mb、大于约600Mb、大于约700Mb、大于约800Mb、大于约900Mb、大于约1Gb、大于约2Gb、大于约3Gb、或约3.3Gb的个体基因组进行测序。在一些情况下，该测试对315个癌症相关基因的编码区和来自28个基因的内含子进行同时测序，所述编码区和内含子在癌症中通常重排或改变为大于500×的典型中位数覆盖深度。在一些情况下，每个覆盖的测序读段代表独特的DNA片段，以便能够高度灵敏和特异性地检测由于肿瘤异质性、低肿瘤纯度和小组织样品而以低频率发生的基因组改变。在其他情况下，通过全外显子组测序来确定体细胞突变的存在和/或水平。在一些情况下，通过全基因组测序来确定体细胞突变的存在和/或水平。
在任何前述方法中，在一些情况下，参考tTMB分数是患有癌症的个体的参考群体中的tTMB分数，所述个体群体由已经用PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的第一个体小组和已经用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的第二个体小组组成，其中非PD-L1轴结合拮抗剂疗法不包括PD-L1轴结合拮抗剂。在一些情况下，参考tTMB分数基于对用PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的响应与对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的响应的显著性差异，将第一个体小组和第二个体小组中的每个显著区分开。在一些情况下，对治疗的响应是无进展生存期(PFS)、总生存率和/或总响应率(ORR)增加。
在任何前述方法中，参考tTMB分数是预先指定的tTMB分数。在一些情况下，参考tTMB分数在约5和约100个突变/Mb(mut/Mb)之间，例如约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30、约31、约32、约33、约34、约35、约36、约37、约38、约39、约40、约41、约42、约43、约44、约45、约46、约47、约48、约49、约50、约51、约52、约53、约54、约55、约56、约57、约58、约59、约60、约61、约62、约63、约64、约65、约66、约67、约68、约69、约70、约71、约72、约73、约74、约75、约76、约77、约78、约79、约80、约81、约82、约83、约84、约85、约86、约87、约88、约89、约90、约91、约92、约93、约94、约95、约96、约97、约98、约99或约100mut/Mb。例如，在一些情况下，参考tTMB分数在约8和约30mut/Mb之间(例如，约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29或约30mut/Mb)。在一些情况下，参考tTMB分数在约10和约20mut/Mb之间(例如，约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19或约20mut/Mb)。在特定情况下，参考tTMB分数可以为10mut/Mb、16mut/Mb或20mut/Mb。
在任何前述方法的一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约5mut/Mb。例如，在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数在约5和约100mut/Mb之间(例如，约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30、约31、约32、约33、约34、约35、约36、约37、约38、约39、约40、约41、约42、约43、约44、约45、约46、约47、约48、约49、约50、约51、约52、约53、约54、约55、约56、约57、约58、约59、约60、约61、约62、约63、约64、约65、约66、约67、约68、约69、约70、约71、约72、约73、约74、约75、约76、约77、约78、约79、约80、约81、约82、约83、约84、约85、约86、约87、约88、约89、约90、约91、约92、约93、约94、约95、约96、约97、约98、约99或约100mut/Mb)。在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30、约31、约32、约33、约34、约35、约36、约37、约38、约39、约40、约41、约42、约43、约44、约45、约46、约47、约48、约49或约50mut/Mb。例如，在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约10mut/Mb。在一些实施方案中，参考tTMB分数为10mut/Mb。在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数在约10和100mut/Mb之间。在一些情况下，肿瘤样品的tTMB分数在约10和20mut/Mb之间。在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约16mut/Mb。在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约16mut/Mb，并且参考tTMB分数为16mut/Mb。在其他情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约20mut/Mb。在一些情况下，来自患者的肿瘤样品的tTMB分数大于或等于约20mut/Mb，并且参考tTMB分数为约20mut/Mb。
在其他情况下，本发明提供了治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者的方法，所述方法包括从来自患者的肿瘤样品确定tTMB分数，其中肿瘤样品的tTMB分数小于参考tTMB分数，并且所述方法还包括向个体施用不同于PD-L1轴结合拮抗剂或除PD-L1轴结合拮抗剂之外的治疗剂。在任何前述方法的一些情况下，tTMB分数或参考tTMB分数以计算的体细胞突变数/确定的测序碱基数表示。例如，在一些情况下，确定的测序碱基数在约100kb至约10Mb之间。在一些情况下，确定的测序碱基数为约1.1Mb(例如，约1.125Mb)，例如通过组合来评估)。在一些情况下，tTMB分数或参考tTMB分数是等效TMB值。在一些情况下，等效TMB值通过全外显子组测序(WES)来确定。在任何前述方法中，所确定的tTMB分数可以反映在表1和/或表2中列出的基因中检测到的体细胞突变和/或重排的水平。在一些情况下，tTMB分数已经(或被)确定为至少约5mut/Mb或更多(例如，约5mut/Mb或更多、约6mut/Mb或更多、约7mut/Mb或更多、约8mut/Mb或更多、约9mut/Mb或更多、约10mut/Mb或更多、约11mut/Mb或更多、约12mut/Mb或更多、约13mut/Mb或更多、约14mut/Mb或更多、约15mut/Mb或更多、约16mut/Mb或更多、约17mut/Mb或更多、约18mut/Mb或更多、约19mut/Mb或更多、约20mut/Mb或更多、约25mut/Mb或更多、约30mut/Mb或更多、约35mut/Mb或更多、约40mut/Mb或更多和约50mut/Mb或更多)可预测对治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗)的响应。在一些情况下，预测对治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗)的响应的突变负荷可以在约7个突变/Mb至约20个突变/Mb之间。在一些情况下，预测对治疗的响应的突变负荷可以在约10个突变/Mb至约15个突变/Mb之间。在一些情况下，预测对治疗的响应的tTMB分数可以在约11个突变/Mb至约13个突变/Mb之间。在一些情况下，预测对治疗的响应的tTMB分数可以为约12.5个突变/Mb。在其他情况下，预测对治疗的响应的tTMB分数可以为约10mut/Mb或更多，例如约10mut/Mb或更多、约11mut/Mb或更多、约12mut/Mb或更多、约13mut/Mb或更多、约14mut/Mb或更多、约15mut/Mb或更多、约16mut/Mb或更多、约17mut/Mb或更多、约18mut/Mb或更多、约19mut/Mb或更多、约20mut/Mb或更多。
在任何前述方法的一些实施方案中，肿瘤样品中的约1％至约99％(例如，约1％至约99％、约1％至约90％、约1％至约85％、约1％至约80％、约1％至约75％、约1％至约70％、约1％至约65％、约1％至约60％、约1％至约55％、约1％至约50％、约1％至约45％、约1％至约40％、约1％至约35％、约1％至约30％、约1％至约25％、约1％至约20％、约1％至约15％、约1％至约10％、约1％至约5％、约5％至约50％、约5％至约40％、约5％至约30％、约5％至约20％、约5％至约10％、约50％至约99％、约50％至95％、约50％至约90％、约50％至约85％、约50％至约80％、约50％至约75％、约50％至约70％、约50％至约65％、约50％至约60％或约50％至约55％)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对用PD-L1结合拮抗剂治疗产生响应。
在一些实施方案中，已经确定从患者获得的肿瘤样品在肿瘤样品中的肿瘤细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
在任何前述方法中，所述方法还可以包括确定从患者获得的肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平。在一些实施方案中，从患者获得的肿瘤样品在组成超过1％(例如，超过1％、超过2％、超过3％、超过4％、超过5％、超过6％、超过7％、超过8％、超过9％、超过10％、超过20％、超过30％、超过40％、或超过50％)的肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在一些情况下，例如如通过使用抗PD-L1抗体的免疫组织化学所测定，覆盖肿瘤样品切片的1％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的5％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的20％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的30％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。在另外其他情况下，覆盖肿瘤样品切片的50％或更多的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应。
在任何前述方法的一些实施方案中，覆盖肿瘤样品切片的约1％至约50％(例如，约1％至约50％、约1％至约45％、约1％至约40％、约1％至约35％、约1％至约30％、约1％至约25％、约1％至约20％、约1％至约15％、约1％至约10％、约1％至约5％、约5％至约50％、约5％至约40％、约5％至约30％、约5％至约20％、约5％至约10％、约10％至约50％、约10％至约40％、约10％至约30％、约10％至约20％或约10％至约15％)的肿瘤区域的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1表达水平表明患者可能对PD-L1结合拮抗剂治疗产生响应。
在一些实施方案中，已经确定从患者获得的肿瘤样品在肿瘤样品(肿瘤区域)的肿瘤浸润性免疫细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
在任何前述方法中，患者可以具有高水平的微卫星不稳定性。例如，患者可以具有MSI高(MSI-H)表型，例如如使用基于PCR的方法诸如MSI分析系统(Promega,Madison,WI)所评估，该表型由5个假单态单核苷酸重复元件(BAT-25、BAT-26、NR-21、NR-24和MONO-27)组成，用于检测MSI和2个五核苷酸基因座(PentaC和PendaD)，以确认正常和肿瘤样品之间的同一性。每个微卫星基因座的碱基大小可以例如通过凝胶电泳来确定，并且如果两个或更多个单核苷酸基因座的长度与种系DNA相比有所变化，则可以将肿瘤称为MSI-H。参见例如Le等人,NEJM 372:2509-2520,2015。在其他实施方案中，患者可以具有低水平的微卫星不稳定性(例如，MSI低(MSI-L)。
在任何前述方法中，PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域已知或本文所述(例如，下文部分D)的任何PD-L1轴结合拮抗剂。
例如，在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。在其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在另外其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1二者的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些情况下，抗体是MPDL3280A(阿特珠单抗)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)或MSB0010718C(阿维鲁单抗)。在一些情况下，抗体包含重链(包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQID NO:21的HVR-H3序列)；和轻链(包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列)。在一些情况下，抗体包含重链可变区(包含SEQ IDNO:25的氨基酸序列)和轻链可变区(包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在另外其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些情况下，抗体是MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810或BGB-108。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，Fc融合蛋白是AMP-224。
在任何前述方法中，个体可能患有选自例如以下的癌症：肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)或小细胞肺癌)、肾癌(例如，肾脏泌尿上皮癌或RCC)、膀胱癌(例如，膀胱泌尿上皮(移行细胞)癌(例如，局部晚期或转移性泌尿上皮癌，包括1L或2L+局部晚期或转移性癌))、乳腺癌(例如，TNBC、HER2+乳腺癌或HR+乳腺癌)、子宫内膜癌、皮肤癌(例如，皮肤鳞状细胞癌)、结肠直肠癌(例如，结肠腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)、头颈癌(例如，头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、甲状腺癌、肉瘤(例如，软组织肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、成骨肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤或横纹肌肉瘤)、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓细胞性白血病(AML)、慢性粒细胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒细胞性白血病或慢性淋巴细胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤(MM))、蕈样肉芽肿、梅克尔细胞癌、恶性血液病、血液组织癌、B细胞癌、支气管癌、胃癌、脑或中枢神经系统癌、周围神经系统癌、子宫或子宫内膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、睾丸癌、胆道癌、小肠或阑尾癌、唾液腺癌、肾上腺癌、腺癌、炎性肌纤维母细胞瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、结肠癌、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生性疾病(MPD)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、尤因氏肿瘤、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯肿瘤、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、肝细胞癌、甲状腺癌、小细胞癌、原发性血小板增多症、特发性骨髓外化生、嗜酸性粒细胞增多综合征、全身性肥大细胞增多症、家族性嗜酸性粒细胞增多症、神经内分泌癌或类癌瘤。
在任何前述方法的一些情况下，个体在用含铂方案(例如，包括基于铂的化疗剂的方案，例如包括基于顺铂的化疗的方案)治疗癌症后进展。在其他情况下，个体可能不适合用含铂方案治疗(例如，包括基于铂的化疗剂的方案，例如包括基于顺铂的化疗的方案)和/或未接受过针对癌症的先前治疗。在一些情况下，个体未接受过用免疫检查点抑制剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)的先前治疗。
例如，在任何前述情况下，肺癌可以是NSCLC，包括但不限于局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发性)NSCLC。在一些情况下，肺癌(例如，NSCLC)可以是不可切除/不能手术的肺癌(例如，NSCLC)。在其他情况下，肺癌(例如，NSCLC)可能在用先前的含铂方案治疗期间或之后已经进展。
在另一个方面，本发明提供了PD-L1轴结合拮抗剂在制造或制备药物中的用途。在一种情况下，药物用于治疗癌症。在另一种情况下，药物用于治疗癌症的方法，所述方法包括向患有癌症(例如肺癌，例如NSCLC)的患者施用有效量的药物。在一种该情况下，所述方法还包括向个体施用有效量的至少一种另外的治疗剂(例如，如下文所述)。
用于本文所述的方法中的组合物(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)可以通过任何合适的方法来施用，包括例如：静脉内、肌肉内、皮下、皮内、经皮、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鞘内、鼻内、阴道内、直肠内、局部、肿瘤内、腹膜、结膜下、囊内、粘膜、心包内、脐内、眼内、眶内、口服、局部、经皮、玻璃体内(例如，通过玻璃体内注射)、通过滴眼剂、通过吸入、通过注射、通过植入、通过输注、通过连续输注、通过将靶细胞直接浸入的局部灌注、通过导管、通过灌洗、以乳剂形式或以脂质组合物形式。用于本文所述的方法的组合物也可以全身或局部施用。施用方法可以根据各种因素(例如，所施用的化合物或组合物以及所治疗的病患、疾病或病症的严重性)而变化。在一些情况下，静脉内、肌肉内、皮下、局部、口服、经皮、腹膜内、眶内、通过植入、通过吸入、鞘内、心室内或鼻内施用PD-L1轴结合拮抗剂。给药可以通过任何合适的途径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行，这部分地取决于施用是短暂的还是长期的。本文考虑了各种给药计划，包括但不限于单次施用或在各个时间点的多次施用、推注施用和脉冲输注。
本文所述的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗体、结合多肽和/或小分子)(任何另外的治疗剂)可以以符合良好医疗实践的方式配制、给药和施用。在此背景下考虑的因素包括所治疗的具体病症、所治疗的具体哺乳动物、个体患者的临床病患、病症的起因、剂的递送部位、施用方法、施用计划以及从业医生已知的其他因素。PD-L1轴结合拮抗剂无需但任选地与当前用来预防或治疗所考虑的病症的一种或多种剂一起配制和/或同时施用。此类其他剂的有效量取决于制剂中存在的PD-L1轴结合拮抗剂的量、病症或治疗的类型以及上文讨论的其他因素。这些剂通常以如本文所述的相同剂量以及通过如本文所述的施用途径，或以本文所述的剂量的约1％至99％、或以凭经验/临床上确定为适当的任何剂量以及通过凭经验/临床上确定为适当的任何途径使用。
对于癌症(例如肺癌，例如NSCLC)的预防或治疗，本文所述的PD-L1轴结合拮抗剂的适当剂量(当单独或与一种或多种其他另外的治疗剂组合使用时)将取决于待治疗的疾病的类型、疾病的严重性和病程、是否出于预防性或治疗性目的而施用PD-L1轴结合拮抗剂、先前疗法、患者的临床病史和对PD-L1轴结合拮抗剂的响应以及主治医师的判断。一次或通过一系列治疗向患者合适地施用PD-L1轴结合拮抗剂。根据上文提及的因素，一种典型的每日剂量可能在约1μg/kg至100mg/kg或更多的范围内。对于几天或更长时间的重复施用，根据病患，治疗应通常持续直至出现对疾病症状的所需抑制为止。这些剂量可以间歇地，例如每周或每三周施用(例如，使得患者接受例如约两剂至约二十剂，或例如约六剂PD-L1轴结合拮抗剂)。可以施用初始的较高负荷剂量，然后施用一个或多个较低剂量。然而，其他剂量方案可能是可用的。通过常规技术和测定可易于监测该疗法的进程。
例如，作为一般提议，无论通过一次还是通过多次施用进行，向人施用的PD-L1轴结合拮抗剂抗体的治疗有效量将在约0.01至约50mg/kg患者体重的范围内。在一些情况下，所用抗体例如每日、每周、每两周、每三周或每月以约0.01mg/kg至约45mg/kg、约0.01mg/kg至约40mg/kg、约0.01mg/kg至约35mg/kg、约0.01mg/kg至约30mg/kg、约0.01mg/kg至约25mg/kg、约0.01mg/kg至约20mg/kg、约0.01mg/kg至约15mg/kg、约0.01mg/kg至约10mg/kg、约0.01mg/kg至约5mg/kg或约0.01mg/kg至约1mg/kg施用。在一些情况下，抗体以15mg/kg施用。然而，其他剂量方案也可能是可用的。在一种情况下，在21天循环的第1天(每三周，q3w)以约100mg、约200mg、约300mg、约400mg、约500mg、约600mg、约700mg、约800mg、约900mg、约1000mg、约1100mg、约1200mg、约1300mg、约1400mg、约1500mg、约1600mg、约1700mg或约1800mg的剂量向人施用本文所述的抗PD-L1抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体阿特珠单抗(MPDL3280A)每三周(q3w)以1200mg静脉内施用。剂量可以以单个剂量或以多个剂量(例如，2个或3个剂量)施用，诸如输注。与单次治疗相比，可以减少组合治疗中施用的抗体的剂量。通过常规技术可易于监测该疗法的进程。
在一些情况下，所述方法还涉及向患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况下，第二治疗剂选自细胞毒性剂、化疗剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂以及它们的组合。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与化疗或化疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与放疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向疗法或靶向治疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与免疫疗法或免疫治疗剂(例如，单克隆抗体)联合施用。在一些情况下，第二治疗剂是针对活化性共刺激分子(activating co-stimulatory molecule)的激动剂。在一些情况下，第二治疗剂是针对抑制性共刺激分子(inhibitory co-stimulatory molecule)的拮抗剂。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂作为单药疗法施用。
上述的此类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包括在相同或单独的制剂中)和单独施用，就单独施用而言，PD-L1轴结合拮抗剂的施用可以在施用一种或多种另外的治疗剂之前、同时和/或之后进行。在一种情况下，PD-L1轴结合拮抗剂的施用和另外的治疗剂的施用在彼此的约一个月内，或在约一周、两周或三周内，或在约一天、两天、三天、四天、五天或六天内进行。
不希望受理论的束缚，据信通过促进活化性共刺激分子或通过抑制失活性共刺激分子(negative co-stimulatory molecule)来增强T细胞刺激可以促进肿瘤细胞死亡，从而治疗癌症或延迟癌症的进展。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对活化性共刺激分子的激动剂联合施用。在一些情况下，活化性共刺激分子可以包括CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127。在一些情况下，针对活化性共刺激分子的激动剂是结合CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127的激动剂抗体。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些情况下，抑制性共刺激分子可以包括CTLA-4(也称为CD152)、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶。在一些情况下，针对抑制性共刺激分子的拮抗剂是结合CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶的拮抗剂抗体。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CTLA-4(也称为CD152)的拮抗剂(例如，阻断抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与伊匹单抗(也称为MDX-010、MDX-101或)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与曲美母单抗(tremelimumab)(也称为替西木单抗(ticilimumab)或CP-675,206)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对B7-H3(也称为CD276)的拮抗剂(例如，阻断抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与MGA271联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对TGF-β的拮抗剂(例如，美替木单抗(metelimumab)(也称为CAT-192)、夫苏木单抗(fresolimumab)(也称为GC1008)或LY2157299)联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与包括过继转移表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞(例如，细胞毒性T细胞或CTL)的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与包括过继转移包含显性失活的TGFβ受体(例如，显性失活的TGFβII型受体)的T细胞的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与包括HERCREEM方案的治疗联合施用(参见例如ClinicalTrials.gov标识符NCT00889954)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD137(也称为TNFRSF9、4-1BB或ILA)的激动剂(例如，活化性抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与乌瑞鲁单抗(urelumab)(也称为BMS-663513)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD40的激动剂(例如，活化性抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与CP-870893联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对OX40(也称为CD134)的激动剂(例如，活化性抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗OX40抗体(例如，AgonOX)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD27的激动剂(例如，活化性抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与CDX-1127联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在一些情况下，IDO拮抗剂是1-甲基-D-色氨酸(也称为1-D-MT)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗体-药物缀合物联合施用。在一些情况下，抗体-药物缀合物包含米他汀(mertansine)或单甲基澳瑞他汀E(monomethylauristatin E,MMAE)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗NaPi2b抗体-MMAE缀合物(也称为DNIB0600A或RG7599)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与曲妥珠单抗美坦新(trastuzumab emtansine)(也称为T-DM1、ado-trastuzumab emtansine或Genentech)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与DMUC5754A联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向内皮素B受体(EDNBR)的抗体-药物缀合物(例如，针对与MMAE缀合的EDNBR的抗体)联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗血管生成剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对VEGF的抗体(例如，VEGF-A)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与贝伐珠单抗(也称为Genentech)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对血管生成素2(也称为Ang2)的抗体联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与MEDI3617联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗肿瘤剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CSF-1R的剂(也称为M-CSFR或CD115)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗CSF-1R(也称为IMC-CS4)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与干扰素(例如干扰素α或干扰素γ)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与罗扰素(Roferon-A)(也称为重组干扰素α-2a)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GM-CSF(也称为重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子、rhu GM-CSF、沙莫司亭或)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-2(也称为阿地白介素(aldesleukin)或)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-12联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CD20的抗体联合施用。在一些情况下，靶向CD20的抗体是奥比妥珠单抗(obinutuzumab)(也称为GA101或)或利妥昔单抗。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向GITR的抗体联合施用。在一些情况下，靶向GITR的抗体是TRX518。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与癌症疫苗联合施用。在一些情况下，癌症疫苗是肽癌症疫苗，所述肽癌症疫苗在一些情况下是个体化肽疫苗。在一些情况下，肽癌疫苗是多价长肽、多肽、肽混合物、杂合肽或肽冲击树突细胞(peptide-pulsed dendriticcell)疫苗(参见例如Yamada等人,Cancer Sci.104:14-21,2013)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与佐剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与包括TLR激动剂的治疗(例如，Poly-ICLC(也称为)、LPS、MPL或CpG ODN)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与肿瘤坏死因子(TNF)α联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-1联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与HMGB1联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与ICOS激动剂联合施用，例如通过施用ICOS-L或针对ICOS的激动性抗体。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与选择素(Selectin)激动剂联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向疗法联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与B-Raf的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与维罗非尼(vemurafenib)(也称为)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与达拉菲尼(dabrafenib)(也称为)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与厄洛替尼(也称为)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与MEK的抑制剂(诸如MEK1(也称为MAP2K1)或MEK2(也称为MAP2K2))联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与考比替尼(cobimetinib)(也称为GDC-0973或XL-518)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与曲美替尼(trametinib)(也称为)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与K-Ras的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与c-Met的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与奥纳珠单抗(onartuzumab)(也称为MetMAb)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与Alk的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与AF802(也称为CH5424802或艾乐替尼(alectinib))联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与BKM120联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与艾代拉里斯(idelalisib)(也称为GS-1101或CAL-101)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与哌立福辛(perifosine)(也称为KRX-0401)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与Akt的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与MK2206联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GSK690693联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GDC-0941联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与mTOR的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与西罗莫司(也称为雷帕霉素)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与替西罗莫司(temsirolimus)(也称为CCI-779或)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与依维莫司(everolimus)(也称为RAD001)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与地磷莫司(ridaforolimus)(也称为AP-23573、MK-8669或deforolimus)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与OSI-027联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与AZD8055联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与INK128联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与双重PI3K/mTOR抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与XL765联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GDC-0980联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与BEZ235(也称为NVP-BEZ235)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与BGT226联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GSK2126458联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与PF-04691502联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与PF-05212384(也称为PKI-587)联合施用。
D.用于本发明的方法的PD-L1轴结合拮抗剂
本文提供了用于治疗患者的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)或延迟其进展的方法，所述方法包括向患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。本文提供了用于确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生响应的方法。本文提供了用于预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应的方法。本文提供了用于为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者选择疗法的方法。任何前述方法可以基于本文提供的体细胞突变，例如肿瘤样品中的表1或表2中列出的基因的突变的水平。任何前述方法还可以基于生物标志物的表达水平，例如肿瘤样品中，例如肿瘤浸润性免疫细胞和/或肿瘤细胞中的PD-L1表达。
例如，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂、PD-L1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(程序性死亡1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1”、“PDCD1”、“CD279”和“SLEB2”。示例性人PD-1以UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116显示。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体1”、“PDCD1LG1”、“CD274”、“B7-H”和“PDL1”。示例性人PD-L1以UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1显示。PD-L2(程序性死亡配体2)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体2”、“PDCD1LG2”、“CD273”、“B7-DC”、“Btdc”和“PDL2”。示例性人PD-L2以UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51显示。在一些情况下，PD-1、PD-L1和PD-L2是人PD-1、PD-L1和PD-L2。
在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体的结合的分子。在一个具体方面，PD-1配体结合配偶体是PD-L1和/或PD-L2。在另一种情况下，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配体的结合的分子。在一个具体方面，PD-L1结合配偶体是PD-1和/或B7-1。在另一种情况下，PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2与其配体结合配偶体的结合的分子。在一个具体方面，PD-L2结合配体配偶体是PD-1。拮抗剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。
在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是例如如下文所述的抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些情况下，抗PD-1抗体选自MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。MDX-1106(也称为MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558或纳武单抗)是WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。MK-3475(也称为派姆单抗或兰布鲁珠单抗(lambrolizumab))是WO 2009/114335中描述的抗PD-1抗体。CT-011(也称为hBAT、hBAT-1或皮地珠单抗)是WO 2009/101611中描述的抗PD-1抗体。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是AMP-224。AMP-224(也称为B7-DCIg)是WO 2010/027827和WO 2011/066342中描述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在一些情况下，抗PD-1抗体是MDX-1106。“MDX-1106”的替代性名称包括MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558和纳武单抗。在一些情况下，抗PD-1抗体是纳武单抗(CAS登记号：946414-94-4)。在另外其他情况下，提供了分离的抗PD-1抗体，所述分离的抗PD-1抗体包含重链可变区和/或轻链可变区，所述重链可变区包含来自SEQ ID NO:1的重链可变区氨基酸序列，所述轻链可变区包含来自SEQ ID NO:2的轻链可变区氨基酸序列。在另外其他情况下，提供了分离的抗PD-1抗体，所述分离的抗PD-1抗体包含重链序列和/或轻链序列，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性：QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(SEQ ID NO:1)，并且
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性：EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:2)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L2结合拮抗剂。在一些情况下，PD-L2结合拮抗剂是抗PD-L2抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些情况下，PD-L2结合拮抗剂是免疫粘附素。
在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂是例如如下文所述的抗PD-L1抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1和PD-1之间和/或PD-L1和B7-1之间的结合。在一些情况下，抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是选自Fab、Fab’-SH、Fv、scFv和(Fab’)2片段的抗体片段。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体选自YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗)、MDX-1105和MEDI4736(德瓦鲁单抗)以及MSB0010718C(阿维鲁单抗)。抗体YW243.55.S70是WO 2010/077634中描述的抗PD-L1。MDX-1105(也称为BMS-936559)是WO2007/005874中描述的抗PD-L1抗体。MEDI4736(德瓦鲁单抗)是WO2011/066389和US2013/034559中描述的抗PD-L1单克隆抗体。用于本发明的方法的抗PD-L1抗体的实例以及它们的制备方法在PCT专利申请WO 2010/077634、WO 2007/005874、WO 2011/066389、美国专利No.8,217,149和US 2013/034559中有所描述，这些专利以引用的方式并入本文。
WO 2010/077634A1和US 8,217,149中描述的抗PD-L1抗体可用于本文所述的方法。在一些情况下，抗PD-L1抗体包含SEQ ID NO:3的重链可变区序列和/或SEQ ID NO:4的轻链可变区序列。在另外其他情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和/或轻链可变区序列，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:3)，并且
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:4)。
在一种情况下，抗PD-L1抗体包含重链可变区，所述重链可变区包含HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，其中：
(a)HVR-H1序列是GFTFSX1SWIH(SEQ ID NO:5)；
(b)HVR-H2序列是AWIX2PYGGSX3YYADSVKG(SEQ ID NO:6)；
(c)HVR-H3序列是RHWPGGFDY(SEQ ID NO:7)；
进一步其中：X1是D或G；X2是S或L；X3是T或S。在一个具体方面，X1是D；X2是S并且X3是T。在另一个方面，多肽还包含根据下式的并置在HVR之间的可变区重链构架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)。在又一个方面，框架序列来源于人共有框架序列。在另一个方面，框架序列是VH亚组III共有框架。在又一个方面，至少一个框架序列如下：
FR-H1是EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS(SEQ ID NO:8)
FR-H2是WVRQAPGKGLEWV(SEQ ID NO:9)
FR-H3是RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR(SEQ ID NO:10)
FR-H4是WGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:11)。
在又一个方面，重链多肽还与包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3的可变区轻链组合，其中：
(a)HVR-L1序列是RASQX4X5X6TX7X8A(SEQ ID NO:12)；
(b)HVR-L2序列是SASX9LX10S，(SEQ ID NO:13)；
(c)HVR-L3序列是QQX11X12X13X14PX15T(SEQ ID NO:14)；其中：X4是D或V；X5是V或I；X6是S或N；X7是A或F；X8是V或L；X9是F或T；X10是Y或A；X11是Y、G、F,或S；X12是L、Y、F或W；X13是Y、N、A、T、G、F或I；X14是H、V、P、T或I；X15是A、W、R、P或T。在又一个方面，X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H；X15是A。
在又一个方面，轻链还包含根据下式的并置在HVR之间的可变区轻链构架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一个方面，框架序列来源于人共有框架序列。在又一个方面，框架序列是VLκI共有框架。在又一个方面，至少一个框架序列如下：
FR-L1是DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC(SEQ ID NO:15)
FR-L2是WYQQKPGKAPKLLIY(SEQ ID NO:16)
FR-L3是GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC(SEQ ID NO:17)
FR-L4是FGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:18)。
在另一种情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体或抗原结合片段，所述分离的抗PD-L1抗体或抗原结合片段包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中：
(a)重链包含HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3，其中进一步：
(i)HVR-H1序列是GFTFSX1SWIH；(SEQ ID NO:5)
(ii)HVR-H2序列是AWIX2PYGGSX3YYADSVKG(SEQ ID NO:6)
(iii)HVR-H3序列是RHWPGGFDY，和(SEQ ID NO:7)
(b)轻链包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3，其中进一步：
(i)HVR-L1序列是RASQX4X5X6TX7X8A(SEQ ID NO:12)
(ii)HVR-L2序列是SASX9LX10S；并且(SEQ ID NO:13)
(iii)HVR-L3序列是QQX11X12X13X14PX15T；(SEQ ID NO:14)
其中：X1是D或G；X2是S或L；X3是T或S；X4是D或V；X5是V或I；X6是S或N；X7是A或F；X8是V或L；X9是F或T；X10是Y或A；X11是Y、G、F,或S；X12是L、Y、F或W；X13是Y、N、A、T、G、F或I；X14是H、V、P、T或I；X15是A、W、R、P或T。在一个具体方面，X1是D；X2是S并且X3是T。在另一个方面，X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H；X15是A。在又一个方面，X1是D；X2是S并且X3是T，X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H并且X15是A。
在另一个方面，重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一个方面，框架序列来源于人共有框架序列。在又一个方面，重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在又一个方面，重链框架序列是VH亚组III共有框架。在又一个方面，一个或多个重链框架序列如SEQ ID NO:8、9、10和11所示。在又一个方面，轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在又一个方面，轻链框架序列是VLκI共有框架。在又一个方面，一个或多个轻链框架序列如SEQ ID NO:15、16、17和18所示。
在又一个具体方面，抗体还包含人或鼠科动物恒定区。在又一个方面，人恒定区选自IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在又一个具体方面，人恒定区是IgG1。在又一个方面，鼠科动物恒定区选自IgG1、IgG2A、IgG2B和IgG3。在又一个方面，鼠科动物恒定区是IgG2A。在又一个具体方面，抗体具有降低的或最小效应功能。在又一个具体方面，最小效应功能由“无效应物的Fc突变”或非糖基化来产生。在另外其他情况下，无效应物的Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A取代。
在另外其他情况下，提供了抗PD-L1抗体，所述抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中：
(a)所述重链还包含HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，它们分别与GFTFSDSWIH(SEQID NO:19)、AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:20)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:21)具有至少85％序列同一性，或
(b)所述轻链还包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3序列，它们分别与RASQDVSTAVA(SEQID NO:22)、SASFLYS(SEQ ID NO:23)和QQYLYHPAT(SEQ ID NO:24)具有至少85％序列同一性。
在一个具体方面，序列同一性为86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
在另一个方面，重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一个方面，框架序列来源于人共有框架序列。在又一个方面，重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在又一个方面，重链框架序列是VH亚组III共有框架。在又一个方面，一个或多个重链框架序列如SEQ ID NO:8、9、10和11所示。在又一个方面，轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在又一个方面，轻链框架序列是VLκI共有框架。在又一个方面，一个或多个轻链框架序列如SEQ ID NO:15、16、17和18所示。
在另一个方面，重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一个方面，框架序列来源于人共有框架序列。在又一个方面，重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在又一个方面，重链框架序列是VH亚组III共有框架。在又一个方面，一个或多个重链框架序列如下：
FR-H1 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS(SEQ ID NO:27)
FR-H2 WVRQAPGKGLEWVA(SEQ ID NO:28)
FR-H3 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR(SEQ ID NO:10)
FR-H4 WGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:11)。
在又一个方面，轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在又一个方面，轻链框架序列是VLκI共有框架。在又一个方面，一个或多个轻链框架序列如下：
FR-L1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC(SEQ ID NO:15)
FR-L2 WYQQKPGKAPKLLIY(SEQ ID NO:16)
FR-L3 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC(SEQ ID NO:17)
FR-L4 FGQGTKVEIK(SEQ ID NO:26)。
在又一个具体方面，抗体还包含人或鼠科动物恒定区。在又一个方面，人恒定区选自IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在又一个具体方面，人恒定区是IgG1。在又一个方面，鼠科动物恒定区选自IgG1、IgG2A、IgG2B和IgG3。在又一个方面，鼠科动物恒定区是IgG2A。在又一个具体方面，抗体具有降低的或最小效应功能。在又一个具体方面，最小效应功能由“无效应物的Fc突变”或非糖基化来产生。在另外其他情况下，无效应物的Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A取代。
在另外其他情况下，提供了抗PD-L1抗体，所述抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中：
(c)所述重链还包含HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，它们分别与GFTFSDSWIH(SEQID NO:19)、AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:20)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:21)具有至少85％序列同一性，和/或
(d)所述轻链还包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3序列，它们分别与RASQDVSTAVA(SEQID NO:22)、SASFLYS(SEQ ID NO:23)和QQYLYHPAT(SEQ ID NO:24)具有至少85％序列同一性。
在一个具体方面，序列同一性为86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
在另一个方面，重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一个方面，框架序列来源于人共有框架序列。在又一个方面，重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在又一个方面，重链框架序列是VH亚组III共有框架。在又一个方面，一个或多个重链框架序列如SEQ ID NO:8、9、10和WGQGTLVTVSSASTK(SEQ ID NO:29)所示。
在又一个方面，轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在又一个方面，轻链框架序列是VLκI共有框架。在又一个方面，一个或多个轻链框架序列如SEQ ID NO:15、16、17和18所示。在又一个具体方面，抗体还包含人或鼠科动物恒定区。在又一个方面，人恒定区选自IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在又一个具体方面，人恒定区是IgG1。在又一个方面，鼠科动物恒定区选自IgG1、IgG2A、IgG2B和IgG3。在又一个方面，鼠科动物恒定区是IgG2A。在又一个具体方面，抗体具有降低的或最小效应功能。在又一个具体方面，最小效应功能由“无效应物的Fc突变”或非糖基化来产生。在另外其他情况下，无效应物的Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A取代。
在另外其他情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％序列同一性：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTK(SEQ ID NO:25)，或
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％序列同一性：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:4)。
在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中所述轻链可变区序列与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性。在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中所述重链可变区序列与SEQ ID NO:25的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性。在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中所述轻链可变区序列与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性，并且所述重链可变区序列与SEQ ID NO:25的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性。在一些情况下，重链和/或轻链的N-末端的一个、两个、三个、四个或五个氨基酸残基可以被缺失、取代或修饰。
在另外其他情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链序列和轻链序列，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％序列同一性：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:30)，和/或
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％序列同一性：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:31)。
在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链序列和轻链序列，其中所述轻链序列与SEQ ID NO:31的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性。在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链序列和轻链序列，其中所述重链序列与SEQID NO:30的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性。在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述分离的抗PD-L1抗体包含重链序列和轻链序列，其中所述轻链序列与SEQ ID NO:31的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性，并且所述重链序列与SEQ ID NO:30的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性。
在一些情况下，分离的抗PD-L1抗体是非糖基化的。抗体的糖基化通常是N-连接的或O-连接的。N-连接是指碳水化合物部分连接至天冬酰胺残基的侧链。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸是用于将碳水化合物部分酶促连接至天冬酰胺侧链的识别序列，其中X为除脯氨酸之外的任何氨基酸。因此，这些三肽序列中的任一者存在于多肽中形成了潜在的糖基化位点。O-连接糖基化是指糖(即，N-乙酰半乳糖胺、半乳糖或木糖之一)与羟氨基酸(最常见的是丝氨酸或苏氨酸)的连接，但也可以使用5-羟脯氨酸或5-羟赖氨酸。从抗体中除去糖基化位点通过改变氨基酸序列来便利地实现，以使得上述三肽序列中的一者(对于N-连接糖基化位点)被除去。可以通过用另一个氨基酸残基(例如，甘氨酸、丙氨酸或保守取代)取代糖基化位点内的天冬酰胺、丝氨酸或苏氨酸残基来进行改变。
在本文中的任何情况下，分离的抗PD-L1抗体可以结合至人PD-L1，例如如UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中所示的人PD-L1或其变体。
在另外其他情况下，提供了编码本文所述的任何抗体的分离的核酸。在一些情况下，核酸还包括适用于表达编码任何前述抗PD-L1抗体的核酸的载体。在又一个具体方面，载体在适用于表达核酸的宿主细胞中。在又一个具体方面，宿主细胞是真核细胞或原核细胞。在又一个具体方面，真核细胞是哺乳动物细胞，诸如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。
抗体或其抗原结合片段可以使用本领域已知的方法，例如通过包括以下步骤的过程来制备：将含有呈适用于表达的形式的编码任何前述抗PD-L1抗体或抗原结合片段的核酸的宿主细胞在适用于产生此类抗体或片段的条件下培养，以及回收所述抗体或片段。
特别考虑了用于上文列举的任何情况的此类PD-L1轴结合拮抗剂抗体(例如，抗PD-L1抗体、抗PD-1抗体和抗PD-L2抗体)或本文所述的其他抗体可以具有单独或组合形式的下文部分1-7中描述的任何特征。
1.抗体亲和力
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如，10-8M或更小，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。
在一种情况下，通过放射性标记的抗原结合测定(RIA)来测量Kd。在一种情况下，用所关注的抗体的Fab形式及其抗原来进行RIA。例如，通过以下步骤来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力：在存在滴定系列的未标记的抗原的情况下用最小浓度的(125I)标记的抗原来平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被的平板来捕获结合的抗原(参见例如Chen等人,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为了建立测定条件，用50mM碳酸钠(pH 9.6)中的5μg/ml捕获抗Fab抗体(Cappel Labs)涂覆多孔板(Thermo Scientific)过夜，随后在室温(大约23℃)下用PBS中的2％(w/v)牛血清白蛋白阻断二至五小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与所关注的Fab的连续稀释液混合(例如，与Presta等人,Cancer Res.57:4593-4599(1997)中的抗VEGF抗体Fab-12的评估一致)。然后将所关注的Fab孵育过夜；然而，孵育可以持续较长的时期(例如，约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移到捕获板上，在室温下进行孵育(例如，一小时)。然后移除溶液并用PBS中的0.1％聚山梨醇酯20 洗涤板八次。当板已干燥时，每孔加入150μl闪烁体(MICROSCINT-20TM；Packard)，并且将板在TOPCOUNTTMγ计数器(Packard)上计算十分钟。选择产生小于或等于最大结合的20％的每个Fab的浓度用于竞争性结合测定。
根据另一种情况，使用表面等离子共振测定来测量Kd。例如，在25℃下用固定化抗原CM5芯片以约10个响应单位(RU)来进行使用-2000或-3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)的测定。在一种情况下，根据供应商的说明书，用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)来活化羧甲基化葡聚糖生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。用10mM乙酸钠(pH4.8)将抗原稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射以实现大约10个响应单位(RU)的偶联蛋白。在注射抗原之后，注射1M乙醇胺以阻断未反应的基团。对于动力学测量，在25℃下以大约25μl/min的流速在含0.05％聚山梨醇酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中注射Fab的两倍连续稀释液(0.78nM至500nM)。通过同时拟合缔合和解离感测图使用简单一对一朗缪尔(Langmuir)结合模型(评估软件3.2版)来计算缔合速率(k缔合)和解离速率(k解离)。平衡解离常数(Kd)以k解离/k缔合之比计算。参见，例如Chen等，J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果通过上述表面等离子共振测定法测定的缔合速率超过106M-1s-1，则所述缔合速率可以通过使用荧光淬灭技术来测定，所述荧光淬灭技术在存在如在分光计中所测量的浓度逐渐增加的抗原的情况下，测量25℃下PBS(pH 7.2)中的20nM抗抗原抗体(Fab形式)的荧光发射强度的增加或减少(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)，所述分光计诸如配备停流(stop-flow)的分光光度计(Aviv Instruments)或具有搅拌比色杯的8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)。
2.抗体片段
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv和scFv片段以及下文所述的其他片段。关于某些抗体片段的综述，参见Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，参见例如Pluckthün,载于The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994)；还可参见WO93/16185；以及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基并且具有增加的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，参见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，该抗体片段可以是二价的或双特异性的。参见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)；和Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体还在Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)中有所描述。
单结构域抗体是包含抗体的全部或一部分重链可变结构域或全部或一部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些情况下，单结构域抗体是人单结构域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；参见例如美国专利No.6,248,516B1)。
如本文所述，抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞(例如，大肠杆菌(E.coli)或噬菌体)产生。
3.嵌合和人源化抗体
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是嵌合抗体。某些嵌合抗体在例如美国专利No.4,816,567；和Morrison等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984)中有所描述。在一个实例中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，来源于小鼠、大鼠、仓鼠、兔或非人灵长类动物(诸如猴)的可变区)和人恒定区。在另一个实例中，嵌合抗体是“类别转换”抗体，其中类别或子类已从亲本抗体的类别或子类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些情况下，嵌合抗体是人源化抗体。通常，非人抗体被人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般而言，人源化抗体包含一个或多个可变结构域，其中HVR(例如CDR)(或其部分)来源于非人抗体，并且FR(或其部分)来源于人抗体序列。人源化抗体任选地还将包含人恒定区的至少一部分。在一些情况下，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，HVR残基所来源的抗体)的对应的残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其制备方法在例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)中有所综述，并且例如在Riechmann等人,Nature 332:323-329(1988)；Queen等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337、7,527,791、6,982,321和7,087,409；Kashmiri等人,Methods 36:25-34(2005)(描述特异性决定区(SDR)移植)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述“表面重整”)；Dall’Acqua等人,Methods 36:43-60(2005)(描述“FR改组”)；以及Osbourn等人,Methods 36:61-68(2005)和Klimka等人,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述针对FR改组的“导向选择”方法)中进一步描述。
可用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合”法选择的框架区(参见例如Sims等人,J.Immunol.151:2296(1993))；来源于特定轻链可变区或重链可变区亚组的人抗体的共有序列的框架区(参见例如Carter等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；以及Presta等人,J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟(体细胞突变)框架区或人种系框架区(参见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；以及来源于筛选FR文库的框架区(参见例如Baca等人，J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)和Rosok等人,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996)。
4.人抗体
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是人抗体。可以使用本领域已知的各种技术来生产人抗体。人抗体通常在van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)以及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)中有所描述。
可以通过将免疫原施用于转基因动物来制备人抗体，所述转基因动物已被修饰为响应于抗原攻击而产生完整的人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有人免疫球蛋白基因座的全部或一部分，所述人免疫球蛋白基因座的全部或一部分替代内源性免疫球蛋白基因座，或存在于染色体外或随机整合进动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，内源性免疫球蛋白基因座通常已经失活。关于从转基因动物获得人抗体的方法的综述，参见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还可参见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584(描述XENOMOUSETM技术)；美国专利No.5,770,429(描述技术)；美国专利No.7,041,870(描述K-M 技术)和美国专利申请公开No.US 2007/0061900(描述技术)。可以例如通过与不同的人恒定区组合来进一步修饰由此类动物产生的完整抗体的人可变区。
还可以通过基于杂交瘤的方法来制备人抗体。用于产生人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异源骨髓瘤(heteromyeloma)细胞系已有所描述。(参见例如KozborJ.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等人,Monoclonal Antibody ProductionTechniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；以及Boerner等人,J.Immunol.,147:86(1991)。)通过人B细胞杂交瘤技术产生的人抗体还在Li等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)中有所描述。另外的方法包括例如在美国专利No.7,189,826(描述从杂交瘤细胞系产生单克隆人IgM抗体)和Ni,XiandaiMianyixue,26(4):265-268(2006)(描述人-人杂交瘤)中描述的那些方法。人杂交瘤技术(三源杂交瘤技术)还在Vollmers和Brandlein,Histology and Histopathology,20(3):927-937(2005)以及Vollmers和Brandlein,Methods and Findings in Experimental andClinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)中有所描述。
还可以通过分离从人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变结构域序列来产生人抗体。然后，可以将此类可变结构域序列与所需的人恒定结构域组合。用于从抗体文库选择人抗体的技术如下文所述。
5.文库来源的抗体
可以通过从组合文库筛选具有所需的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体(例如，抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)。例如，用于产生噬菌体展示文库以及从此类文库筛选具有所需结合特征的抗体的许多方法是本领域已知的。这些方法例如在Hoogenboom等人,载于Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等人编,Human Press,Totowa,NJ,2001)中有所综述，并且例如在McCafferty等人,Nature 348:552-554；Clackson等人,Nature 352:624-628(1991)；Marks等人,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,载于Methods in Molecular Biology 248:161-175(Lo编,HumanPress,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等人,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等人,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；以及Lee等人,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)中进一步有所描述。
在某些噬菌体展示方法中，通过聚合酶链式反应(PCR)分别克隆VH和VL基因的组库，并且在噬菌体文库中随机重组，然后可以从该噬菌体库文库筛选抗原结合噬菌体，如Winter等人,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)所述。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段来展示抗体片段。免疫来源的文库为免疫原提供了高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以克隆(例如，从人克隆)天然组库以提供针对广泛的非自体抗原和自体抗原的单一来源的抗体，而无需进行任何免疫，如Griffiths等人,EMBO J,12:725-734(1993)所述。最后，天然文库也可以通过以下方式合成制备：使用含有随机序列的PCR引物从干细胞克隆未重排的V基因区段，以编码高度可变的CDR3区以及在体外实现重排，如Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所述。描述人抗体噬菌体文库的专利公开包括例如：美国专利No.5,750,373和美国专利公开No.2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764、2007/0292936和2009/0002360。
从人抗体文库分离的抗体或抗体片段被视为本文的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在上述任一方面，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)可以是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些情况下，本文提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。在某些情况下，一种结合特异性针对PD-L1，另一种结合特异性针对任何其他抗原。在某些情况下，双特异性抗体可以结合PD-L1的两个不同表位。双特异性抗体也可以用于使细胞毒性剂定位于表达PD-L1的细胞。双特异性抗体可以制备成全长抗体或抗体片段。
用于制备多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两个免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(参见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983)、WO 93/08829以及Traunecker等人,EMBO J.10:3655(1991))，以及“杵-进-臼(knob-in-hole)”工程改造(参见例如美国专利No.5,731,168)。还可以通过以下技术来制备多特异性抗体：对用于制备抗体Fc异源二聚体分子的静电转向效应进行工程改造(参见例如WO 2009/089004A1)；使两个或更多个抗体或片段交联(参见例如美国专利No.4,676,980和Brennan等人,Science229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来产生双特异性抗体(参见例如Kostelny等人,J.Immunol.148(5):1547-1553(1992))；使用“双抗体”技术来制备双特异性抗体片段(参见例如Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993))；使用单链Fv(sFv)二聚体(参见例如Gruber等人,J.Immunol.152:5368(1994))；以及制备三特异性抗体，如例如Tutt等人,J.Immunol.147:60(1991)中所述。
本文还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程改造的抗体，包括“章鱼抗体(Octopus antibody)”(参见例如US2006/0025576A1)。
本文的抗体或片段还包括“双重作用性FAb”或“DAF”，它们包含结合至PD-L1以及另一种不同抗原的抗原结合位点。
7.抗体变体
在某些情况下，考虑了本发明的抗体的氨基酸序列变体(例如，抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)。例如，可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其他生物学性质。可以通过将适当的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如抗体的氨基酸序列内的残基的缺失和/或插入和/或取代。可以对缺失、插入和取代进行任何组合以获得最终构建体，前提条件是最终构建体具有所需的特征，例如抗原结合性。
I.取代、插入和缺失变体
在某些情况下，提供具有一个或多个氨基酸取代的抗体变体。用于取代性诱变的所关注的位点包括HVR和FR。表3在表头“优选的取代”下示出了保守取代。表3在表头“示例性取代”下提供了更多实质性变化，并且如下文关于氨基酸侧链类别进一步描述。氨基酸取代可以被引入所关注的抗体以及用于筛选所需活性(例如，保留的/改善的抗原结合、降低的免疫原性或改善的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)或补体依赖性细胞毒性(CDC))的产物中。
表3.示例性和优选的氨基酸取代
根据常见侧链性质，可以对氨基酸进行分组：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；
(6)芳族：Trp、Tyr、Phe。
非保守性取代将需要将这些类别之一的成员替换为另一个类别的成员。
一种类型的取代变体涉及取代亲本抗体的一个或多个高变区残基(例如，人源化或人抗体)。一般而言，被选择用于进一步研究的一种或多种所得的变体相对于亲本抗体将在某些生物学性质(例如，亲和力增加和/或免疫原性降低)方面具有改变(例如，改善)，和/或将基本上保留亲本抗体的某些生物学性质。示例性取代变体是亲和力成熟抗体，该亲和力成熟抗体可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术(诸如，本文所述的那些技术)便利地产生。简而言之，使一个或多个HVR残基突变，并且将变体抗体展示于噬菌体上并且针对特定生物学活性(例如，结合亲和力)进行筛选。
可以在HVR中进行改变(例如，取代)，例如以改善抗体亲和力。此类改变可在HVR“热点”(即在体细胞成熟过程中以高频率发生突变的密码子所编码的残基(参见例如Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))和/或接触抗原的残基)中进行，并且测试所得的变体VH或VL的结合亲和力。通过构建二级文库并从该二级文库进行再选择来实现亲和力成熟已经例如在Hoogenboom等人,载于Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等人编,Human Press,Totowa,NJ,(2001))中有所描述。在亲和力成熟的一些情况下，通过多种方法(例如，易错PCR、链改组或寡核苷酸定向诱变)中的任一种来将多样性引入针对成熟选择的可变基因中。然后产生二级文库。然后，筛选文库以鉴定具有所需亲和力的任何抗体变体。引入多样性的另一方法涉及HVR定向方法(HVR-directed approach)，其中使若干HVR残基(例如，每次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性地鉴定抗原结合中涉及的HVR残基。具体而言，通常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些情况下，取代、插入或缺失可以在一个或多个HVR内发生，只要这些改变基本上不降低抗体结合抗原的能力即可。例如，可以在HVR中进行基本上不降低结合亲和力的保守性改变(例如，如本文所提供的保守性取代)。此类改变可以例如在HVR中的抗原接触残基外部。在上文提供的变体VH和VL序列的某些情况下，每个HVR是未改变的或含有不超过一个、两个或三个氨基酸取代。
用于鉴定可以被靶向以供诱变的抗体的残基或区域的有用方法称为“丙氨酸扫描诱变”，如Cunningham和Wells(1989)Science,244:1081-1085所述。在此方法中，鉴定残基或靶标残基组(例如，带电残基，诸如Arg、Asp、His、Lys和Glu)并将它们取代为中性或带负电氨基酸(例如，丙氨酸或聚丙氨酸)，以确定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始取代显示出功能灵敏性的氨基酸位置处引入另外的取代。或者或另外，抗原-抗体复合物的晶体结构用于鉴定抗体和抗原之间的接触点。可以靶向这些接触残基和邻近残基，或将它们作为取代的候选物消除。可以筛选变体以确定它们是否含有所需的性质。
氨基酸序列插入包括长度在一个残基至含有一百个或更多个残基的多肽的范围内的氨基和/或羧基末端融合物，以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的实例包括具有N-末端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其他插入变体包括抗体的N-末端或C-末端与酶(例如，对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
II.糖基化变体
在某些情况下，可以改变本发明的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列以产生或除去一个或多个糖基化位点来便利地实现对本发明的抗体的糖基化位点的添加或缺失。
在抗体包含Fc区的情况下，可以改变与其连接的碳水化合物。哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包含支链的双触角寡糖，所述寡糖通常通过N-连接来连接至Fc区的CH2结构域的Asn297。参见例如Wright等人,TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如甘露糖、N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸，以及连接到双触角寡糖结构的“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些情况下，可以对本发明的抗体中的寡糖进行修饰以产生具有某些改善的性质的抗体变体。
在一种情况下，提供具有缺乏(直接或间接)连接至Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构的抗体变体。例如，这种抗体中的岩藻糖的量可以为1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。通过计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量，相对于连接至Asn 297的所有糖结构(例如，复合的、杂合的和高甘露糖的结构)的总量(如通过MALDI-TOF质谱法所测量)来确定岩藻糖的量，例如如WO 2008/077546所述。Asn297是指位于Fc区中约第297位(Fc区残基的EU编号)处的天冬酰胺残基；然而，由于抗体中的微小序列变化，Asn297也可以位于第297位的上游或下游约±3个氨基酸处，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。参见例如美国专利公开No.US 2003/0157108和US 2004/0093621。涉及“去岩藻糖基化”或“岩藻糖缺乏型”抗体变体的公开的实例包括：US 2003/0157108；WO2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等人,J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等人,Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生去岩藻糖基化抗体的细胞系的实例包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等人,Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请No.US 2003/0157108A1；以及WO 2004/056312A1,Adams等人，特别是实施例11)，以及敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因、FUT8敲除CHO细胞(参见例如Yamane-Ohnuki等人,Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等人,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；以及WO2003/085107)。
抗体变体还具有二等分寡糖，例如其中连接至抗体的Fc区的双触角寡糖被GlcNAc二等分。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的实例例如在WO 2003/011878；美国专利No.6,602,684；以及US 2005/0123546中有所描述。还提供了在连接至Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体例如在WO 1997/30087；WO 1998/58964；以及WO 1999/22764中有所描述。
III.Fc区变体
在某些情况下，可以将一个或多个氨基酸修饰引入本发明的抗体的Fc区中，从而产生Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置处包含氨基酸修饰(例如，取代)的人Fc区序列(例如，人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)。
在某些情况下，本发明考虑了具有一些但不是全部效应功能的抗体变体，所述效应功能使抗体变体成为用于以下应用的期望候选物：其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应功能(诸如，补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定，以证实CDC和/或ADCC活性的减少/消除。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定以确保抗体缺乏FcγR结合(因此可能缺乏ADCC活性)，但保留FcRn结合能力。介导ADCC的原代细胞(NK细胞)仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。造血细胞上的FcR表达汇总于Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)第464页的表3中。评估所关注的分子的ADCC活性的体外测定的非限制性实例在美国专利No.5,500,362(参见例如Hellstrom,I.等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；美国专利No.5,821,337(参见Bruggemann,M.等人,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))中有所描述。或者，可以采用非放射性测定方法(参见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA)；和CYTOTOX非放射性细胞毒性测定(Promega,Madison,WI))。用于这些测定的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和自然杀伤(NK)细胞。或者或另外，可以在体内例如在动物模型中评估所关注的分子的ADCC活性，诸如Clynes等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)中所公开。还可以进行C1q结合测定以确认抗体不能结合C1q并且因此缺乏CDC活性。参见例如WO 2006/029879和WO2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为评估补体活化，可以进行CDC测定(参见例如Gazzano-Santoro等人,J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg等人,Blood.101:1045-1052(2003)；以及Cragg等人,Blood.103:2738-2743(2004)。还可以使用本领域已知的方法来进行FcRn结合和体内清除/半衰期测定(参见例如Petkova等人,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应功能的抗体包括具有Fc区残基238、265、269、270、297、327和329中的一个或多个的取代的那些抗体(美国专利No.6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两个或更多个处具有取代的Fc突变体，包括残基265和297被取代为丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581和8,219,149)。
描述了对FcR的结合有所改善或降低的某些抗体变体。(参见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，以及Shields等人,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。)
在某些情况下，抗体变体包含具有改善ADCC的一个或多个氨基酸取代(例如，在Fc区的位置298、333和/或334(残基的EU编号)处的取代)的Fc区。
在一些情况下，在Fc区中进行改变，所述改变导致C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)有所改变(即改善或削弱)，例如如美国专利No.6,194,551、WO 99/51642以及Idusogie等人,J.Immunol.164:4178-4184(2000)中所述。
具有延长的半衰期和改善的与新生儿Fc受体(FcRn)结合的抗体，该抗体负责将母体的IgG转移至胎儿(Guyer等人,J.Immunol.117:587(1976)和Kim等人,J.Immunol.24:249(1994))在US2005/0014934A1(Hinton等人)中有所描述。这些抗体包含其中具有一个或多个取代的Fc区，所述取代改善了Fc区与FcRn的结合。此类Fc变体包括在Fc区残基238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434中的一个或多个处具有取代(例如，Fc区残基434的取代)的那些变体(美国专利No.7,371,826)。
还可参见Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；以及WO 94/29351，它们涉及Fc区变体的其他实例。
IV.半胱氨酸工程改造的抗体变体
在某些情况下，可以期望产生半胱氨酸工程改造的抗体，例如“巯基单抗(thioMAb)”，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代。在特定情况下，取代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸取代那些残基，从而将反应性硫醇基团定位于抗体的可接近位点，并且所述反应性硫醇基团可以用于将抗体缀合至其他部分(诸如药物部分或接头-药物部分)，以产生免疫缀合物，如本文所进一步描述。在某些情况下，以下残基中的任何一个或多个可以被半胱氨酸取代：轻链的V205(Kabat编号)；重链的A118(EU编号)；以及重链Fc区的S400(EU编号)。可以如例如美国专利No.7,521,541中所述产生半胱氨酸工程改造的抗体。
V.抗体衍生物
在某些情况下，可以将本文提供的抗体进一步修饰为含有本领域已知的和易于获得的另外非蛋白质部分。适合于抗体的衍生化的部分包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性实例包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或无规共聚物)和葡聚糖或聚(N-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如，甘油)、聚乙烯醇以及它们的混合物。聚乙二醇丙醛由于其在水中的稳定性可在制造方面具有优点。聚合物可以具有任何分子量，并且可以是支链的或无支链的。连接至抗体的聚合物的数目可以变化，并且如果连接了超过一个聚合物，那么它们可以是相同的或不同的分子。一般而言，用于衍生化的聚合物的数目和/或类型可以基于如下考虑因素来确定，所述考虑因素包括但不限于待改善的抗体的特定性质或功能、抗体衍生物是否将在限定条件下用于疗法等。
在另一种情况下，提供了抗体和非蛋白质部分(可以通过暴露于辐射下而选择性加热)的缀合物。在一种情况下，非蛋白质部分是碳纳米管(Kam等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以具有任何波长，并且包括但不限于不损害普通细胞，但将非蛋白质部分加热至抗体-非蛋白质部分附近的细胞被杀死的温度的波长。
VI.免疫缀合物
本发明还提供了这样的免疫缀合物：其包含缀合至一种或多种细胞毒性剂(诸如化疗剂或化疗药物、生长抑制剂、毒素(例如，蛋白质毒素、细菌、真菌、植物或动物起源的酶活性毒素或它们的片段))或放射性同位素的本文的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)。
在一种情况下，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体缀合至一种或多种药物(包括但不限于美登木素)(参见美国专利No.5,208,020、5,416,064和欧洲专利EP 0425 235 B1)；奥里斯他汀，诸如单甲基奥里斯他汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利No.5,635,483和5,780,588和7,498,298)；多拉司他汀；卡里奇霉素或它们的衍生物(参见美国专利No.5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001和5,877,296；Hinman等人,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；和Lode等人,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类，诸如道诺霉素或阿霉素(参见Kratz等人,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等人,Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362(2006)；Torgov等人,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等人,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等人,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；以及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛；紫杉烷，诸如多西他赛、紫杉醇、拉洛他赛(larotaxel)、替西他赛(tesetaxel)和奥他赛(ortataxel)；单端孢霉烯；以及CC1065。
在另一种情况下，免疫缀合物包含缀合至酶活性毒素或它们的片段的本文所述的抗体，所述毒素包括但不限于白喉毒素A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒素A链、相思豆毒素A链、蒴莲根毒素A链、α-帚曲毒素(sarcin)、油桐(Aleurites fordii)蛋白、石竹素(dianthin)蛋白、美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜(momordica charantia)抑制剂、麻风树毒素(curcin)、巴豆毒素(crotin)、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂、白树毒素(gelonin)、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素、依诺霉素(enomycin)和单端孢霉烯。
在另一种情况下，免疫缀合物包含缀合至放射性原子以形成放射性缀合物的本文所述的抗体。多种放射性同位素均可用于产生放射性缀合物。实例包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。当放射性缀合物用于检测时，它可以包含用于闪烁法研究的放射性原子(例如tc99m或I123)或用于核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，mri)的自旋标记物(诸如碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁)。可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来制备抗体和细胞毒性剂的缀合物，所述双功能蛋白质偶联剂诸如N-琥珀酰亚胺基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)、琥珀酰亚胺基-4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)、亚氨基硫烷(IT)、亚氨酸酯的双官能衍生物(诸如己二亚胺酸二甲酯盐酸盐)、活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚胺基酯)、醛类(诸如戊二醛)、双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。例如，蓖麻毒素免疫毒素可以如Vitetta等人,Science 238:1098(1987)所述制备。碳-14标记的1-异硫氰酰苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸缀合至抗体的示例性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是有助于在细胞中释放细胞毒性药物的“可裂解接头”。例如，可以使用酸不稳定性接头、肽酶敏感接头、光不稳定性接头、二甲基接头或含有二硫键的接头(Chari等人,CancerRes.52:127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文的免疫缀合物或ADC特别考虑，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC、磺基-SMPB和SVSB(琥珀酰亚胺基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，所述交联试剂可以商购获得(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
V.药物制剂
根据本发明使用的免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂)的治疗制剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，MPDL3280A))通过将具有所需纯度的拮抗剂与呈冻干制剂或水溶液形式的任选的药学上可接受的载剂、赋形剂或稳定剂混合来制备以便存储。关于涉及制剂的一般信息，参见例如Gilman等人(编)The Pharmacological Bases of Therapeutics,第8版,Pergamon Press,1990；A.Gennaro(编),Remington’s Pharmaceutical Sciences,第18版,Mack Publishing Co.,Pennsylvania,1990；Avis等人(编)Pharmaceutical DosageForms:Parenteral Medications Dekker,New York,1993；Lieberman等人(编)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,New York,1990；Lieberman等人(编),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,New York,1990；以及Walters(编)Dermatological and Transdermal Formulations(Drugs and the PharmaceuticalSciences),第119卷,Marcel Dekker,2002。
可接受的载剂、赋形剂或稳定剂在所采用的剂量和浓度下对接受者是无毒的，并且包括缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵、氯化六烃季铵(hexamethonium chloride)、氯化苯甲烃铵(benzalkonium chloride)、氯化苄乙氧铵(benzethonium chloride)；苯酚、丁醇或苄醇；对羟苯甲酸烷基酯，诸如对羟苯甲酸甲酯或对羟苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇和间甲酚)；低分子量(小于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖以及其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖、甘露糖醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如，Zn-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。
本文的制剂还可以含有超过一种活性化合物，优选地不会不利地彼此影响的具有互补活性的那些活性化合物。此类药物的类型和有效量取决于例如制剂中存在的拮抗剂的量和类型，以及受试者的临床参数。
活性成分也可以包埋在例如通过凝聚技术或界面聚合作用来制备的微胶囊(例如分别为羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙酸甲酯)微胶囊)中、胶体药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米颗粒和纳米胶囊)中或粗乳液中。此类技术在Remington’s Pharmaceutical Sciences,第16版,Osol,A.编(1980)中有所公开。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适实例包括含有拮抗剂的固体疏水性聚合物的半透性基质，所述半透性基质呈成形制品(例如，膜或微胶囊)的形式。持续释放基质的实例包括聚酯、水凝胶(例如，聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸(美国专利No.3,773,919)、L-谷氨酸和γ-乙基-L-谷氨酸酯的共聚体、不可降解乙烯-乙酸乙烯酯、可降解乳酸-乙醇酸共聚物(诸如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林组成的可注射微球))以及聚-D-(-)-3-羟丁酸。
用于体内施用的制剂必须是无菌的。这易于通过无菌过滤膜过滤来实现。
应当理解，作为PD-L1轴结合拮抗剂的替代或除PD-L1轴结合拮抗剂之外，任何上述制品可以包括本文所述的免疫缀合物。
VI.诊断试剂盒和制品
本文提供了包括用于鉴定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的个体的一种或多种试剂的诊断试剂盒，所述个体能够受益于包括免疫检查点抑制剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)的治疗，所述鉴定通过从来自个体的样品(例如，福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品)确定如本文所述的组织肿瘤突变负荷(tTMB)分数来进行。
任选地，试剂盒还可以包括如果从来自个体的样品获得的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，则使用所述试剂盒来选择用于治疗癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的药物(例如免疫检查点抑制剂，例如PD-L1轴结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如MPDL3280A)的说明书。在另一种情况下，如果从来自个体的样品获得的tTMB分数小于参考tTMB分数，则所述说明书将使用所述试剂盒来选择不同于免疫检查点抑制剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)或除疫检查点抑制剂之外的抗癌疗法。
在一些情况下，试剂盒可以包括用于确定来自患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的个体或患者的样品中存在体细胞突变的一种或多种试剂。在一些情况下，当用免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂)来治疗个体时，样品中存在体细胞突变表明功效的可能性更高。在一些情况下，当用免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂)来治疗患病个体时，样品中不存在体细胞突变表明功效的可能性更低。诊断试剂盒还可以包括用于确定来自患有疾病或病症(例如癌症，包括非小细胞肺癌)的个体或患者的样品中存在生物标志物(诸如，例如肿瘤细胞和/或肿瘤浸润性免疫细胞中的PD-L1表达水平)的一种或多种试剂。在一些情况下，当用免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂)来治疗个体时，样品中存在生物标志物表明功效的可能性更高。在一些情况下，当用免疫检查点抑制剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂)来治疗患病个体时，样品中不存在生物标志物表明功效的可能性更低。任选地，试剂盒还可以包括如果个体的样品中具有体细胞突变，则使用所述试剂盒来选择用于治疗疾病或病症的药物(例如，PD-L1轴结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))的说明书。在另一种情况下，如果个体的样品中不表达生物标志物，则说明书将使用所述试剂盒来选择不同于免疫检查点抑制剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)的药物。
本文还提供了制品，所述制品包括包装在一起的药学上可接受的载剂中的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)和包装插页，所述包装插页指示根据确定的tTMB分数/体细胞突变的存在，将PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)、乳腺癌(例如，TNBC)或黑素瘤)的患者。治疗方法包括本文公开的任何治疗方法。本发明还涉及用于制造制品的方法，所述方法包括将包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)的药物组合物和包装插页组合在包装中，所述包装插页指示根据确定的tTMB分数/体细胞突变(诸如，例如肿瘤细胞中的表1和/或表2中列出的基因中的体细胞突变)的存在，将所述药物组合物用于治疗患有癌症的患者。
制品可以包括例如容器以及容器上或与容器相连的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶、小瓶、注射器等等。容器可以由多种材料(诸如玻璃或塑料)形成。容器容纳或含有包含作为活性剂的癌症药物的组合物，并且可以具有无菌入口(例如，容器可以是具有可由皮下注射针刺破的塞子的静脉输液袋或小瓶)。
制品还可以包括第二容器，所述第二容器包含药学上可接受的稀释缓冲剂，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏(Ringer)溶液和/或葡萄糖溶液。制品还可以包括从商业和使用者观点来看所需的其他材料，包括其他缓冲剂、稀释剂、过滤器、针和注射器。
本发明的制品还包括例如包装插页形式的信息，该信息指示根据个体的tTMB分数(例如，存在一个或多个体细胞突变)和/或根据不同生物标志物的表达(诸如，例如肿瘤细胞和/或肿瘤浸润性免疫细胞中的PD-L1表达水平)将组合物用于治疗癌症。插页或标签可以采用任何形式，诸如纸或电子媒体，诸如磁记录介质(例如，软盘)、CD-ROM、通用串行总线(USB)闪存驱动器等等。标签或插页还可以包括关于试剂盒或制品中的药物组合物和剂型的其他信息。
实施例
实施例1：方法
评估肿瘤组织样品中检测到的体细胞突变水平(例如，突变负荷，也称为组织肿瘤突变负荷(tTMB))和PD-L1表达之间的相关性以及它们对用PD-L1轴结合拮抗剂治疗非小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤的独立贡献。在参与II期和III期临床试验(其中阿特珠单抗作为单药疗法施用)的患者中观察到对用阿特珠单抗(MPDL3280A)(一种PD-L1轴结合拮抗剂(抗PD-L1抗体))治疗的响应。这些临床试验汇总于表4和表5中。
研究设计
评估来自465名参与三个II期临床试验(BIRCH、FIR和POPLAR；表4和5)(其中阿特珠单抗作为单药疗法施用)之一的2L+NSCLC患者的治疗前肿瘤样本的组织肿瘤突变负荷(tTMB)。来自1L NSCLC患者的肿瘤样本也在BIRCH和FIR研究中进行评估。
评估由340名患者(包括两名未接受阿特珠单抗治疗的患者)组成的BIRCH(临床试验ID No.:NCT02031458)患者群体的tTMB。BIRCH群体的功效分析排除了这两名未经治疗的患者。如果患者患有局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发性)NSCLC；根据肿瘤浸润性免疫细胞(IC)和/或肿瘤细胞(TC)中的PD-L1表达通过免疫组织化学(IHC)测定确定的PD-L1阳性肿瘤状态；患有由RECIST v1.1定义的可测量的疾病；以及美国东部肿瘤协作组(Eastern Cooperative Oncology Group,ECOG)行为状态为0或1；则它们符合BIRCH研究的入选资格。只要患者正在经历临床益处，即在不存在不可接受的毒性或由于疾病进展而导致的症状恶化的情况下，患者即可接受每三周静脉内注射1200mg剂量的阿特珠单抗。
评估由33名患者组成的FIR(临床试验ID No.:NCT01846416)患者群体的tTMB。如果患者患有IIIB期(例如，不适合通过确定性化放疗来治疗)、IV期或复发性NSCLC；通过IHC测定确定的PD-L1阳性状态；ECOG行为状态为0或1；预期寿命≥12周；患有由RECIST v1.1定义的可测量的疾病；以及充足的血液学和终末器官功能；则它们符合FIR研究的入选资格。患者在每个21天循环的第1天接受1200mg阿特珠单抗的静脉内剂量直到疾病进展。
评估由92名患者(包括三名未接受任何研究治疗的患者)组成的POPLAR(临床试验ID No.:NCT01903993)患者群体的tTMB。如果患者患有局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发性)NSCLC；在用基于铂的辅助性/新辅助性方案治疗的6个月内，在用先前含铂方案治疗局部晚期、不可切除/不能手术的或转移性NSCLC期间或之后疾病进展；患有由RECIST v1.1定义的可测量的疾病；以及ECOG行为状态为0或1；则它们符合POPLAR研究的入选资格。参与者随机接受每三周静脉内注射1200mg剂量的阿特珠单抗或每三周静脉内注射75mg/平方米(mg/m)2)的多西他赛。只要参与者正在经历临床益处，即在不存在不可接受的毒性或由于疾病进展而导致的症状恶化的情况下，即可继续用阿特珠单抗治疗。还评估了来自III期OAK试验(临床试验ID No.:NCT02008227)患者的治疗前肿瘤样品的tTMB。如果患者患有局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发性)NSCLC；在用基于铂的辅助性/新辅助性方案治疗的6个月内，在用先前含铂方案治疗局部晚期、不可切除/不能手术的或转移性NSCLC期间或之后疾病进展；患有由RECIST v1.1定义的可测量的疾病；以及ECOG行为状态为0或1；则它们符合OAK研究的入选资格。参与者随机接受每三周静脉内注射1200mg剂量的阿特珠单抗或每三周静脉内注射75mg/平方米(mg/m2)的多西他赛。只要参与者正在经历临床益处，即在不存在不可接受的毒性或由于疾病进展而导致的症状恶化的情况下，即可继续用阿特珠单抗治疗。
这四个临床试验汇总于下表4中。三个II期试验的功效结果汇总于下表5中。将来自单试验组、PD-L1选择的试验BIRCH和FIR的数据进行组合并分析以检查PD-L1选择的患者中tTMB和临床结果之间的关系。分别分析来自随机化的、PD-L1未选择的试验POPLAR的数据，并比较阿特珠单抗和多西他赛治疗试验组之间的治疗效果。
表4.NSCLC中的阿特珠单抗试验
表5.本研究所用的NSCLC中的II期阿特珠单抗试验的功效结果
组织肿瘤突变负荷(tTMB)分析
为了鉴定体细胞突变，如Frampton等人,Nat.Biotechnol.31:1023-31,2013所述处理肿瘤样品(例如，存档肿瘤样品)。构建测序文库以对样品进行测序和分析。除标准突变处理之外，还应用了突变负荷估算算法，该算法基于表1或表2中分别检测到的体细胞突变和/或重排数来推导作为整体的外显子组或基因组。出于突变负荷估算目的，计算表1和表2中列出的基因中检测到的所有编码短变体改变、碱基取代和插入缺失。另外，计算表1和表2中列出的基因中的除已知的致癌驱动突变之外的所有编码改变(碱基取代和插入缺失)，包括同义改变。然而，很多类别的检测到的改变未计算：非编码改变；具有已知的(作为已知的体细胞改变出现于COSMIC数据库中(Forbes等人,(2014)Nucl.Acids Res.43:D805-11))和可能的(肿瘤抑制基因的截短)功能状态的改变；dbSNP数据库中的已知的种系改变(Sherry等人,(2001)Nucleic Acids Res.29(1):308-11)；ExAC数据库(外显子组整合联合(ExomeAggregation Consortium,ExAC),Cambridge,MA)中出现两次或多次的种系改变；被预测为被评估的样本中的种系的改变；以及被预测为>60,000个临床样本的群组中的种系的改变。最后，为了计算每兆碱基的突变负荷，将计算的突变总数除以测试的编码区目标区域(对于当前型式的测试，为1.110兆碱基(Mb))。所有样品的平均中位数覆盖值为490。
BEP被定义为至少一个tTMB测量值来自基线肿瘤样品的患者。根据突变负荷(例如，突变负荷)将肿瘤归类为分位数亚组。25％分位数被定义为tTMB值≥所分析的群体中所有tTMB值的25％，50％分位数(即，中位数)被定义为tTMB值≥所分析的群体中所有tTMB值的50％，并且75％分位数被定义为tTMB值≥所分析的群体中所有tTMB值的75％。还根据tTMB截止值将肿瘤归类为亚组，例如≥16个突变/兆碱基(mut/Mb)和≥20mut/Mb。
PD-L1表达分析
使用VENTANA PD-L1SP142免疫组织化学(IHC)测定评估TC和IC的PD-L1表达，并且如表6所示对表达进行评分。例如，IHC分析方案要求在抗原修复、阻断以及与一抗抗PD-L1抗体一起孵育之前，对福尔马林固定石蜡包埋的组织切片进行脱蜡。在与二抗一起孵育和酶促显色后，对切片进行复染，并在一系列醇和二甲苯中脱水，然后用盖玻片覆盖。对POPLAR群体的长期随访表明，TC和IC上具有低PD-L1表达或无PD-L1表达的患者也可以从阿特珠单抗获得临床益处(图1)。
表6.使用SP142测定对TC和IC进行PD-L1评分的标准
实施例2：检查患有局部晚期和转移性癌的患者中阿特珠单抗治疗和突变负荷的关系
阿特珠单抗的功效分析
针对指定的tTMB截止值对BIRCH、FIR和POPLAR临床试验的OS、PFS和ORR终点进行评估(例如，25％、50％和75％的tTMB四分位数或诸如≥9、≥16或≥20mut/Mb的tTMB截止值)。对于BIRCH和FIR研究，比较大于每个tTMB截止值的亚组(TMB高)和小于每个tTMB截止值的亚组(TMB低)的功效结果。对于POPLAR，比较TMB高和TMB低亚组的阿特珠单抗和多西他赛试验组的功效结果。BEP的中位数tTMB为9.9/Mb(范围，0-444；第25-75分位数，5.41-16.22)。在PD-L1未选择的NSCLC患者(POPLAR)和PD-L1选择的NSCLC患者(BIRCH和FIR)中，中位数tTMB相同。阿特珠单抗试验的tTMB分布和整个分位数截止值提供于表7中。
表7.整个分位数截止值的tTMB(突变/Mb)
在BIRCH和FIR研究中，据发现组织TMB与PD-L1选择的2L+NSCLC患者中阿特珠单抗的功效改善相关(图2A-2B和表8)。较高的tTMB与响应频率增加相关(图2A)。在每个分位数截止值之下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组中观察到较高的ORR(根据RECIST v1.1确认)(表8)。观察到PFS和OS益处随着tTMB的增加而增加的梯度(分别如图2B-2C所示)。
表8中提供了tTMB与BIRCH和FIR患者群体中的功效终点的关系汇总。
表8.tTMB与BIRCH和FIR中的功效终点的关系汇总
其他数据显示，tTMB与在FIR和BIRCH研究中评估的所有细胞系中阿特珠单抗的效果改善相关。组织TMB与BIRCH和FIR中所有人群(即，1L和2L+)中的响应相关(图6)。例如，在所有人群中截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到改善的PFS益处(图7A和7B)。在截止值≥9mut/Mb和≥16mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组中1L患者的PFS益处有改善趋势(图7C和7D)。在截止值≥75％四分位数和≥85％四分位数的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的2L+患者中也观察到改善的PFS益处(图7E和7F)。另外，在所有人群中截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到改善的OS益处(图8A和8B)。在截止值≥9mut/Mb和≥16mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组中1L患者的OS益处有改善趋势(图8C和8D)。在截止值≥75％四分位数和≥85％四分位数的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的2L+患者中也观察到改善的OS益处(图8E和8F)。
分析显示，在随机化的POPLAR研究中，在PD-L1未选择的2L+NSCLC患者中，与多西他赛相比，tTMB与阿特珠单抗的功效改善相关的趋势(图3A-3B)。观察到特别是PFS的益处随着tTMB的增加的梯度(图3A)。表9中提供了POPLAR患者群体中tTMB与效果终点的关系汇总。较高的ORR(根据RECIST v1.1确认)与用阿特珠单抗治疗的患者的tTMB增加相关，而多西他赛治疗的患者未经历随着tTMB增加的ORR改善。例如，在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到较高的ORR(图9B)。进一步分析显示，在POPLAR中，tTMB与PFS增加相关。例如，在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到改善的PFS益处(图10A和10B)。在POPLAR中，高TMB也与OS增加相关。例如，在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到改善的OS益处(图11A和11B)。
表9.在POPLAR中，tTMB与功效终点的关系汇总
在OAK研究中，组织TMB也与阿特珠单抗的功效改善相关。例如，在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到较高的ORR(图9A)。在POPLAR中，组织TMB与PFS增加相关。例如，在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到改善的PFS益处(图12A和12B)。在OAK中，高TMB NSCLC中的OS也有增加的趋势。例如，在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到改善的OS益处(图13A和13B)。图14A-14C示出了在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，TMB高亚组的患者的响应持续时间(图14A-14C)。
表10显示，就1L BIRCH/FIR和2L+OAK患者群体中的改善的中位数PFS而言，在截止值≥9mut/Mb和≥16mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，TMB高亚组的患者具有改善的来自阿特珠单抗的临床益处。表11显示，就1L BIRCH/FIR和2L+OAK患者群体中的改善的中位数OS而言，在截止值≥9mut/Mb和≥16mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，TMB高亚组的患者具有改善的来自阿特珠单抗的临床益处。
表10：在1L BIRCH/FIR和2L+OAK中，中位数PFS(月)的汇总
表11：在1L BIRCH/FIR和2L+OAK中，中位数OS(月)的汇总
鉴于具有预先存在的免疫力的肿瘤(例如，TC和/或IC上具有高PD-L1表达的肿瘤)富集对PD-L1/PD-1抑制剂的响应，还检查了tTMB与TC或IC上的PD-L1表达的关系。tTMB与TC或IC上的和PD-L1表达水平之间的关系提供于图4中。将来自BIRCH、FIR和POPLAR试验的数据进行组合，用于分析tTMB和PD-L1表达之间的相关性以及它们对阿特珠单抗响应的独立贡献。对阿特珠单抗的响应随着TC或IC上的tTMB和/或PD-L1表达水平的增加而增加(图5)。此处提供的结果首次证明，在2L+NSCLC患者(包括随机化环境中的那些患者)中tTMB和阿特珠单抗单药疗法的功效之间的关系。在PD-L1选择的和PD-L1未选择的患者中观察到这种关系。组织TMB与多西他赛的功效无关。另外，观察到对阿特珠单抗的响应随着tTMB和/或TC或IC上的PD-L1表达水平的增加而增加。
总之，这些数据进一步支持tTMB作为候选预测性生物标志物，其可以单独或与PD-L1表达(例如，TC或IC PD-L1表达)组合使用，以富集从用PD-L1轴结合拮抗剂治疗获得客观响应和PFS益处的患有NSCLC的患者。
实施例3：整个癌症适应症中高tTMB与对阿特珠单抗的响应相关
已经在常见和罕见的癌症适应症中鉴定出高tTMB(图18)。因此，高tTMB可以作为癌症未定性生物标志物，其可以用于鉴定可能对PD-L1轴结合拮抗剂(诸如，抗PD-L1抗体阿特珠单抗)产生响应的患者。
为了评估该想法，在几种不同的癌症类型中评估了tTMB和对阿特珠单抗的响应之间的关系。如实施例2中所述，高tTMB与1L和2L+NSCLC中对阿特珠单抗的响应相关，包括在tTMB截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下。另外，在IMvigor210研究(临床试验IDNo.:NCT02951767)的群组1中，tTMB增加与1L不适合用顺铂治疗的转移性泌尿上皮癌(mUC)患者的ORR增加(图15A)、PFS延长(图15B)和OS延长(图15C)相关。在IMVigor210研究中，在1L不适合用顺铂治疗的mUC患者中，在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到改善的OS益处(图15D和15E)。在IMvigor210研究(临床试验ID No.:NCT02108652)的群组2中，tTMB增加也与2T+mUC患者的ORR增加(图16A)、PFS延长(图16B)和OS延长(图16C)相关。在IMVigor210研究中，在2L+mUC患者中，在截止值≥16mut/Mb和≥20mut/Mb的情况下，与TMB低亚组相比，在TMB高亚组的患者中观察到改善的OS益处(图16D和6E)。在IMvigor210研究中，在≥16mut/Mb和≥20mut/Mb截止值的情况下，组织TMB与1L和2L mUC患者的ORR改善相关(图17)。在IMvigor210 1L不适合用顺铂治疗的和2L+mUC患者中，56/294(19％)的tTMB≥16mut/Mb；6名患者均为TMB高和微卫星不稳定性高(MSI高)，这些患者具有83％ORR(图19)。因此，在1L和2L+环境中，在几种不同的癌症适应症中，在≥16mut/Mb和≥20mut/Mb截止值的情况下，观察到来自阿特珠单抗的改善的治疗效果。
总之，这些数据支持使用tTMB作为癌症未定性生物标志物，用于来自PD-L1轴结合拮抗剂(诸如抗PD-L1抗体阿特珠单抗)的改善的治疗效果。
其他实施方案
虽然出于清楚理解的目的通过说明和实施例详细描述了上述发明，但是这些描述和实施例不应解释为限制本发明的范围。本文引用的所有专利和科学文献的公开内容全文均以引用的方式明确地并入。
序列表
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<212> PRT
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<223> 合成构建体
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Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 22
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 22
Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala
1 5 10
<210> 23
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 23
Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser
1 5
<210> 24
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 24
Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr
1 5
<210> 25
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 25
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
115 120
<210> 26
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 26
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
1 5 10
<210> 27
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 27
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser
20 25 30
<210> 28
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 28
Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala
1 5 10
<210> 29
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 29
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
1 5 10 15
<210> 30
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 30
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
115 120 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
130 135 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145 150 155 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
165 170 175
Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
180 185 190
Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
195 200 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
210 215 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225 230 235 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
245 250 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
260 265 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
275 280 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
290 295 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305 310 315 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
325 330 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
340 345 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
405 410 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
420 425 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
<210> 31
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 31
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210

Claims (100)

1.一种鉴定能够受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，所述方法包括从来自所述个体的肿瘤样品确定组织肿瘤突变负荷(tTMB)分数，其中所述肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数将所述个体鉴定为能够受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
2.一种用于为患有癌症的个体选择疗法的方法，所述方法包括从来自所述个体的肿瘤样品确定tTMB分数，其中所述肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数将所述个体鉴定为能够受益于括包PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
3.如权利要求要求1或2的方法，其中从所述肿瘤样品确定的所述tTMB分数等于或大于所述参考tTMB分数，并且所述方法还包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
4.如权利要求1或2的方法，其中从所述肿瘤样品确定的所述tTMB分数小于所述参考tTMB分数。
5.一种治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括：
(a)从来自所述个体的肿瘤样品确定tTMB分数，其中所述肿瘤样品的所述tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
6.一种治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中在所述施用之前已经从来自所述个体的肿瘤样品确定tTMB分数等于或大于参考tTMB分数。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述参考tTMB分数是患有所述癌症的个体的参考群体中的tTMB分数，所述个体群体由已经用PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的第一个体小组和已经用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的第二个体小组组成，其中所述非PD-L1轴结合拮抗剂疗法不包括PD-L1轴结合拮抗剂。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述参考tTMB分数基于对用所述PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的响应与对用所述非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的响应的显著性差异，将所述第一个体小组和所述第二个体小组中的每个显著区分开。
9.如权利要求8所述的方法，其中对治疗的响应是无进展生存期(PFS)的增加。
10.如权利要求8所述的方法，其中对治疗的响应是总生存期(OS)的增加。
11.如权利要求8所述的方法，其中对治疗的响应是总响应率(ORR)的增加。
12.如权利要求1-3和5-11中任一项的方法，其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的所述至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
13.如权利要求12所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的至少三分之一的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的所述至少三分之一的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
14.如权利要求13所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的至少一半的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的所述至少一半的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
15.如权利要求14所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的至少三分之二的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的所述至少三分之二的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
16.如权利要求15所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的至少四分之三的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的所述至少四分之三的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
17.如权利要求16所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的基因的体细胞突变的参考水平有所增加。
18.如权利要求12-17中任一项所述的方法，其中所述体细胞突变是取代、缺失和/或插入。
19.如权利要求12-17中任一项上述的方法，其中表1中所示的所述至少一个基因的所述体细胞突变是改变蛋白质的体细胞突变。
20.如权利要求18或19所述的方法，其中所述取代、缺失和/或插入在编码区中。
21.如权利要求18-20中任一项所述的方法，其中所述缺失和/或插入是插入缺失。
22.如权利要求1-21中任一项所述的方法，其中所述参考tTMB分数是预先指定的tTMB分数。
23.如权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述参考tTMB分数在约5个和约50个突变/兆碱基(mut/Mb)之间。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述参考tTMB分数在约8和约30mut/Mb之间。
25.如权利要求24所述的方法，其中所述参考tTMB分数在约10和约20mut/Mb之间。
26.如权利要求25所述的方法，其中所述参考tTMB分数为约10mut/Mb。
27.如权利要求25所述的方法，其中所述参考tTMB分数为约16mut/Mb。
28.如权利要求25所述的方法，其中所述参考tTMB分数为约20mut/Mb。
29.如权利要求1-28中任一项所述的方法，其中所述肿瘤样品的所述tTMB分数大于或等于约5mut/Mb。
30.如权利要求29所述的方法，其中所述肿瘤样品的所述tTMB分数在约5和约100mut/Mb之间。
31.如权利要求29所述的方法，其中所述肿瘤样品的所述tTMB分数大于或等于约10mut/Mb。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述肿瘤样品的所述tTMB分数在约10和约100mut/Mb之间。
33.如权利要求29-32中任一项所述的方法，其中所述肿瘤样品的所述tTMB分数大于或等于约16mut/Mb。
34.如权利要求33所述的方法，其中所述参考tTMB分数为约16mut/Mb。
35.如权利要求29-32中任一项所述的方法，其中所述肿瘤样品的所述tTMB分数大于或等于约20mut/Mb。
36.如权利要求35所述的方法，其中所述参考tTMB分数为约20mut/Mb。
37.如权利要求1-36中任一项所述的方法，其中所述tTMB分数或所述参考tTMB分数以计算的体细胞突变数/确定的测序碱基数表示。
38.如权利要求37所述的方法，其中所述确定的测序碱基数在约100kb至约10Mb之间。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述确定的测序碱基数为约1.1Mb。
40.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述tTMB分数或所述参考tTMB分数是等效TMB值。
41.如权利要求40所述的方法，其中所述等效TMB值通过全外显子组测序(WES)来确定。
42.如权利要求1-41中任一项所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在所述肿瘤样品中的1％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
43.如权利要求42所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在所述肿瘤样品中的5％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
44.如权利要求43所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在所述肿瘤样品中的10％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
45.如权利要求44所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在所述肿瘤样品中的20％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
46.如权利要求45所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在所述肿瘤样品中的50％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
47.如权利要求1-41中任一项所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在所述肿瘤样品中的肿瘤细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
48.如权利要求1-47中任一项所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在所述肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
49.如权利要求48所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在占所述肿瘤样品的1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
50.如权利要求49所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在占所述肿瘤样品的5％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
51.如权利要求50所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在占所述肿瘤样品的10％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
52.如权利要求1-47中任一项所述的方法，其中已经确定所述肿瘤样品在所述肿瘤浸润性免疫细胞中具有不可检测的PD-L1表达水平。
53.如权利要求1-52中任一项所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。
54.如权利要求53所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
55.如权利要求54所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。
56.如权利要求55所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
57.如权利要求55所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
58.如权利要求55-57中任一项所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1二者的结合。
59.如权利要求54-58中任一项所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂是抗体。
60.如权利要求59所述的方法，其中所述抗体是阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)或MSB0010718C(阿维鲁单抗)。
61.如权利要求59的方法，其中所述抗体包含重链和轻链，所述重链包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列；所述轻链包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列。
62.如权利要求59的方法，其中所述抗体包含重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列，所述轻链可变区包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列。
63.如权利要求53所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。
64.如权利要求63所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一者或多者的结合。
65.如权利要求63所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
66.如权利要求63所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
67.如权利要求64-66中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2二者的结合。
68.如权利要求63-67中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂是抗体。
69.如权利要求68所述的方法，其中所述抗体是MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810或BGB-108。
70.如权利要求63-67中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。
71.如权利要求70所述的方法，其中所述Fc融合蛋白是AMP-224。
72.如权利要求3和5-71中任一项所述的方法，其还包括向所述个体施用有效量的第二治疗剂。
73.如权利要求72所述的方法，其中所述第二治疗剂是细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂或它们的组合。
74.如权利要求4所述的方法，其还包括向所述个体施用不同于PD-L1轴结合拮抗剂或除PD-L1轴结合拮抗剂之外的治疗剂。
75.如权利要求7-74中任一项所述的方法，其中所述非PD-L1轴结合拮抗剂疗法包括细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂或它们的组合。
76.如权利要求1-75中任一项所述的方法，其中所述癌症是肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结肠直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、梅克尔细胞癌、子宫内膜癌、皮肤癌或恶性血液病。
77.如权利要求76的方法，其中所述癌症是肺癌、膀胱癌、黑素瘤、肾癌、结肠直肠癌或头颈癌。
78.如权利要求77所述的方法，其中所述癌症是肺癌。
79.如权利要求76-78中任一项所述的方法，其中所述肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)。
80.如权利要求79所述的方法，其中所述NSCLC是转移性NSCLC。
81.如权利要求79或80所述的方法，其中所述NSCLC是局部晚期NSCLC。
82.如权利要求79-81中任一项所述的方法，其中所述NSCLC是IIIB期NSCLC。
83.如权利要求79-81中任一项所述的方法，其中所述NSCLC是IV期NSCLC。
84.如权利要求79-81中任一项所述的方法，其中所述NSCLC是复发性NSCLC。
85.如权利要求79-84中任一项所述的方法，其中所述个体已接受使用针对NSCLC的含铂方案的至少一种先前治疗。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述个体已接受使用针对NSCLC的含铂方案的至少两种先前治疗。
87.如权利要求1-84中任一项所述的方法，其中所述个体未接受使用针对NSCLC的含铂方案的先前治疗。
88.如权利要求77所述的方法，其中所述膀胱癌是局部晚期或转移性泌尿上皮癌。
89.如权利要求88所述的方法，其中所述膀胱癌是转移性泌尿上皮癌。
90.如权利要求88或89所述的方法，其中所述个体(i)未接受针对所述膀胱癌的先前治疗或(ii)所述个体已接受针对所述膀胱癌的至少一种先前治疗。
91.如权利要求1-90中任一项所述的方法，其中所述肿瘤样品是福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品。
92.如权利要求42-91中任一项所述的方法，其中所述PD-L1的表达水平是蛋白质表达水平。
93.如权利要求92所述的方法，其中使用选自免疫组织化学(IHC)、免疫荧光、流式细胞术和Western印迹的方法来确定所述PD-L1的蛋白质表达水平。
94.如权利要求93所述的方法，其中使用IHC来确定所述PD-L1的蛋白质表达水平。
95.如权利要求92-94中任一项所述的方法，其中使用抗PD-L1抗体来检测所述PD-L1的蛋白质表达水平。
96.如权利要求42-91中任一项所述的方法，其中所述PD-L1的表达水平是mRNA表达水平。
97.如权利要求96所述的方法，其中使用选自定量聚合酶链式反应(qPCR)、逆转录qPCR(RT-qPCR)、RNA测序、微阵列分析、原位杂交和基因表达系列分析(SAGE)的方法来确定所述PD-L1的mRNA表达水平。
98.一种用于治疗患有癌症的个体的PD-L1轴结合拮抗剂，其中已经确定来自所述个体的肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，并且任选地其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的所述至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加，在占所述肿瘤样品的约1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平，和/或在占所述肿瘤样品的1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
99.有效量的PD-L1轴结合拮抗剂在制造用于治疗患有癌症的个体的药物方面的用途，其中已经确定来自所述个体的肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，并且任选地其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的所述至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加，在占所述肿瘤样品的约1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平，和/或在占所述肿瘤样品的1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
100.一种包含有效量的PD-L1轴结合拮抗剂的组合物，其用于治疗患有癌症的个体的方法，其中已经确定来自所述个体的肿瘤样品的tTMB分数等于或大于参考tTMB分数，并且任选地其中已经确定所述肿瘤样品的表1中所示的至少一个基因的体细胞突变水平，相对于表1中所示的至少一个基因的体细胞突变的参考水平有所增加，在占所述肿瘤样品的约1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平，和/或在占所述肿瘤样品的1％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
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