WO2017086397A1 - オリゴヌクレオチドの製造方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチドの製造方法 Download PDF

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WO2017086397A1
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祐大 菅原
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日産化学工業株式会社
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    • Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
    • Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups

Definitions

  • the present invention relates to a novel method for producing an oligonucleotide.
  • oligonucleotides such as DNA probes, siRNA, antisense DNA, and antisense RNA have been actively used with the rapid progress and development of cutting-edge bio-related research such as genome drug discovery and gene diagnosis / treatment.
  • Known methods for chemically synthesizing oligonucleotides include the phosphoramidite method and the H-phosphonate method.
  • a typical amidating reagent such as 2-cyanoethyl chloro (diisopropylamino) phosphinite or 2-cyanoethyl bis (diisopropylamino) phosphinite is used.
  • the solid phase synthesis method using the phosphoramidite method is advantageous in terms of speed and is most widely used.
  • the solid-phase synthesis method has limitations that scale-up is limited due to equipment limitations, and that reagents and raw materials are used excessively, and it is difficult to confirm the progress of the reaction at an intermediate stage and to perform intermediate structure analysis.
  • An object of the present invention is to provide a novel method for producing an oligonucleotide using a nucleoside or oligonucleotide which is easily isolated and has high storage stability.
  • the present inventors have made a normal production method comprising a coupling step, a step of modifying a phosphorus atom (oxidation reaction, sulfurization reaction, etc.), a deprotection step, etc.
  • the above-mentioned problem can be solved by a production method different from the above, wherein the method comprises a step of H-phosphonateizing the 5′-position hydroxyl group or the 3′-position hydroxyl group of a nucleoside or oligonucleotide having a pseudo solid phase protecting group.
  • the headline and the present invention were completed.
  • the present invention includes the following. [1] At least one position selected from the group consisting of the 2′-position, the 3′-position, the 5′-position and the nucleic acid base part has a pseudo solid phase protecting group, and the 5′-position or the 3′-position is a hydroxy group
  • At least one position selected from the group consisting of the 2′-position, the 3′-position, the 5′-position and the nucleic acid base part has a pseudo solid phase protecting group, and the 5′-position or the 3′-position is a hydroxy group
  • the extension reaction cycle is A hydroxy group having a pseudo-solid phase protecting group at at least one position selected from the group consisting of the 2′-position, the 3′-position and the nucleic acid base part and protected at the 3′-position with a basic protecting group or a pseudo-solid phase protecting group And removing the temporary protecting group of the first nucleoside or the first oligonucleotide having a hydroxy group protected with a temporary protecting group at the 5 ′ position to form a 5′-hydroxy group; , A second step comprising H-phosphonation of the resulting 5′-hydroxy group with an H-phosphonation reagent; 3'- of a second nucleoside or second oligonucleotide having a 5'-hydroxy group H-phosphonated and a hydroxy group at the 3 'position and a hydroxy group protected with a temporary protecting group at the 5' position Forming a phosphite diester bond from the hydroxy group to obtain a conjugate of the first nucleo
  • the phosphite diester bond of the conjugate is a phosphate diester bond, a thiophosphate diester bond, a boranophosphate diester bond, an aminophosphate diester bond, a phosphate diester bond protected with a basic protecting group, or a basic protecting group.
  • the method further includes a fourth step including converting the phosphite diester bond of the conjugate into a phosphodiester bond, a thiophosphate diester bond, a boranophosphate diester bond, or an aminophosphate diester bond.
  • the manufacturing method as described.
  • the extension reaction cycle includes: A hydroxy group having a pseudo-solid phase protecting group at at least one position selected from the group consisting of 2′-position, 5′-position and nucleobase, and protected with a basic protecting group or a pseudo-solid-phase protecting group at 5′-position And removing the temporary protecting group of the third nucleoside or the third oligonucleotide having a hydroxy group protected at the 3 ′ position with a temporary protecting group to produce a 3′-hydroxy group; , An eighth step comprising H-phosphonating the resulting 3′-hydroxy group with an H-phosphonating reagent; 5'- of a fourth nucleoside or fourth oligonucleotide having a 3'-hydroxy group which is H-phosphonated and a hydroxy group at the 5 'position and a hydroxy group protected with a temporary protecting group at the 3' position.
  • the phosphite diester bond of the conjugate is a phosphate diester bond, a thiophosphate diester bond, a boranophosphate diester bond, an aminophosphate diester bond, a phosphate diester bond protected with a basic protecting group, or a basic protecting group.
  • the method further includes a tenth step including converting the phosphite diester bond of the conjugate into a phosphodiester bond, a thiophosphate diester bond, a boranophosphate diester bond, or an aminophosphate diester bond.
  • the manufacturing method as described.
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 5 is a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 haloalkenyl group
  • L 6 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group
  • m is 0 or 1
  • the pseudo solid phase protecting group has a nucleobase moiety and m of the pseudo solid phase protecting group is 0, among the pseudo solid phase protecting groups L 1 , L 2 , L 3 and L 4 , The number of bonds is 0 to 3, and the production method according to any one of [1] to [18].
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • R 2 represents a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 halo.
  • the step of forming H-phosphonate comprises phosphorous acid, diphenyl phosphite, phenyl-H-phosphonate triethylammonium salt, p-toluyl-H-phosphonate triethylammonium salt, 2-chloro-4H-1 , 3,2-benzodioxaphosphorin-4-one, at least one H-phosphonation reagent selected from the group consisting of phosphorus trichloride is used, according to any one of [1] to [21] Manufacturing method.
  • the nucleobase contained in the nucleoside and oligonucleotide is independently a 6-aminopurin-9-yl group (adenine residue), a 2-amino-6-hydroxypurin-9-yl group (guanine).
  • n represents an arbitrary integer of 1 or more
  • Base Z represents each independently a nucleobase, a nucleobase protected with a basic protecting group, or a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • X and Z each independently represent a hydrogen atom, a halogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom, or a hydroxy group protected with a pseudo solid phase protecting group.
  • Y is independently a hydrogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, a thiol group, a thiol group protected with a basic protecting group, a borohydride group, a mono C1-6 alkylamino group or a di
  • Z represents a hydrogen atom, a basic protecting group, a temporary protecting group or a pseudo solid phase protecting group
  • at least one of Base Z is a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • at least one of X Z is a hydroxy group protected with a pseudo solid phase protecting group
  • Z is a pseudo solid phase. At least one of the protecting groups is satisfied. ) Or a salt thereof.
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • R 2 represents a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 halo.
  • An alkenyl group) or —O— In the case where the quasi-solid phase protecting group has a nucleobase protecting group, the number of single bonds is 0 to 3 among L 1 , L 2 , L 3 and L 4 of the pseudo-solid phase protecting group).
  • At least one of Base Z in the formula (XI) satisfies at least one of a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group and Z is a pseudo solid phase protecting group.
  • Z is a pseudo solid phase protecting group.
  • Base Z independently represents a nucleobase, a nucleobase protected with a basic protecting group, or a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • X Z independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom, or a hydroxy group protected with a pseudo solid phase protecting group.
  • Y is independently a hydrogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, a thiol group, a thiol group protected with a basic protecting group, a borohydride group, a mono C 1-6 alkylamino group, or a di group.
  • a C1-6 alkylamino group, Z represents a hydrogen atom, a basic protecting group, a temporary protecting group or a pseudo solid phase protecting group,
  • at least one of Base Z is a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • at least one of X Z is a hydroxy group protected with a pseudo solid phase protecting group
  • Z is a pseudo solid phase. At least one of the protecting groups is satisfied. ) Or a salt thereof.
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • R 2 represents a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 halo.
  • the number of single bonds is 0 to 3 among L 1 , L 2 , L 3 and L 4 of the pseudo-solid phase protecting group) [29] or a salt thereof.
  • At least one of Base Z in the formula (XII) is a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group, and at least one of Z is a pseudo solid phase protecting group, [29] Or the compound as described in [30], or its salt.
  • Base Z represents each independently a nucleobase, a nucleobase protected with a basic protecting group, or a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • X and Z each independently represent a hydrogen atom, a halogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom, or a hydroxy group protected with a pseudo solid phase protecting group.
  • W represents a hydrogen atom or a temporary protecting group
  • Y is independently a hydrogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, a thiol group, a thiol group protected with a basic protecting group, a borohydride group, a mono C1-6 alkylamino group or a di
  • Z represents a hydrogen atom, a basic protecting group, a temporary protecting group or a pseudo solid phase protecting group
  • at least one of Base Z is a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • at least one of X Z is a hydroxy group protected with a pseudo solid phase protecting group
  • Z is a pseudo solid phase. Satisfy at least one of the protecting groups, At least one of the pseudo-solid phase protecting groups is represented by the formula (I)
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 5 is a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 haloalkenyl group
  • L 6 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group
  • m is 0 or 1
  • m is 0, L 4 is not a single bond.
  • Base Z independently represents a nucleobase, a nucleobase protected with a basic protecting group, or a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • X Z independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom, or a hydroxy group protected with a pseudo solid phase protecting group.
  • W represents a hydrogen atom or a temporary protecting group
  • Y is independently a hydrogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, a thiol group, a thiol group protected with a basic protecting group, a borohydride group, a mono C 1-6 alkylamino group, or a di group.
  • a C1-6 alkylamino group, Z represents a hydrogen atom, a basic protecting group, a temporary protecting group or a pseudo solid phase protecting group
  • at least one of Base Z is a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • at least one of X Z is a hydroxy group protected with a pseudo solid phase protecting group
  • Z is a pseudo solid phase. Satisfy at least one of the protecting groups, At least one of the pseudo-solid phase protecting groups is represented by the formula (I)
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 5 is a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 haloalkenyl group
  • L 6 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group
  • m is 0 or 1
  • m is 0, L 4 is not a single bond.
  • * represents a binding position with at least one position selected from the group consisting of a hydroxyl group at the 2′-position, 3′-position and 5′-position of a nucleoside or oligonucleotide and a nucleic acid base part;
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group, s is an integer of 1 to 5,
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group,
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • An alkenyl group), —C (O) — or —O—, L 5 is a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 haloalkenyl group, L 6 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group, m is 0 or 1, and when m is 0, L 4 is not a single bond.
  • the 3′-position and the 5′-position independently have a hydroxy group or a protected hydroxy group, It has a hydroxy group at least at one position selected from the group consisting of the 2′-position, the 3′-position, the 5′-position and the nucleic acid base part, or the hydroxy group or the amino group at at least one position in the 2′-position and the nucleic acid base part
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group).
  • X is a halogen atom, and R 1 , L 1 , L 2 , and L 3 are the same as defined in the formula (X-1); L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 5 is a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 haloalkenyl group
  • L 6 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group.
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group, s is an integer of 1 to 5, L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group, L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • An alkenyl group), —C (O) — or —O—, L 5 is a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 haloalkenyl group, L 6 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group, m is 0 or 1, and when m is 0, L 4 is not a single bond.
  • simulation solid-phase protecting group represented by this.
  • the present invention it has become possible to provide a novel method for producing an oligonucleotide using a nucleoside or oligonucleotide which is easily isolated and has high storage stability.
  • the new production method can cope with mass synthesis of oligonucleotides.
  • n- means normal, “i-” means iso, “t-” and “tert-” mean tertiary, “Ph” means phenyl, “Py” means pyridyl or pyridine.
  • Me is methyl
  • Et is ethyl
  • Pr is propyl
  • Bu is butyl
  • Bn is benzyl
  • Boc is tertiary butoxycarbonyl
  • TPS is tertiary butyldimethylsilyl
  • TIPS means triisopropylsilyl
  • TDPS means tertiary butyldiphenylsilyl
  • DMTr means 4,4′-dimethoxytrityl.
  • L 1 and L 1 are synonymous, “L 2 ” and “L 2 ] are synonymous,“ L 3 ”and“ L 3 ”are synonymous, and“ L 4 ”and“ L 4 ”are synonymous.
  • halogen atom is a fluorine atom, a chlorine atom, a bromine atom, or an iodine atom.
  • the “C 1-6 alkyl group” means a straight or branched saturated hydrocarbon group having 1 to 6 carbon atoms, such as a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, an isopropyl group, an n— Examples thereof include a butyl group, isobutyl group, sec-butyl group, tert-butyl group, n-pentyl group, isopentyl group, neopentyl group, n-hexyl group and isohexyl group.
  • the “C2-6 alkenyl group” means a straight chain or branched hydrocarbon group having 2 to 6 carbon atoms having one or more double bonds at any position.
  • an ethenyl group (vinyl Group), 1-propenyl group, 2-propenyl group (allyl group), isopropenyl group, 1-butenyl group, 2-butenyl group, 3-butenyl group (homoallyl group), 4-pentenyl group, 5-hexenyl group, etc. Is mentioned.
  • C2-6 alkynyl group means a linear or branched hydrocarbon group having 2 to 6 carbon atoms having one or more triple bonds at any position, and includes, for example, an ethynyl group, 1- Examples include propynyl group, 2-propynyl group, 1-butynyl group, 2-butynyl group, 3-butynyl group, 4-pentynyl group, 5-hexynyl group and the like.
  • the “C1-40 alkyl group” means a straight or branched saturated hydrocarbon group having 1 to 40 carbon atoms, such as a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, an isopropyl group, an n— Butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl, n-pentyl, isopentyl, neopentyl, n-hexyl, isohexyl, decyl, octadecyl, icosyl, triacontyl, tetracontyl, etc. Is mentioned.
  • the “C2-40 alkenyl group” means a straight chain or branched hydrocarbon group having 2 to 40 carbon atoms having one or more double bonds at any position.
  • an ethenyl group (vinyl Group), 1-propenyl group, 2-propenyl group (allyl group), isopropenyl group, 1-butenyl group, 2-butenyl group, 3-butenyl group (homoallyl group), 4-pentenyl group, 5-hexenyl group
  • Examples include 10-decenyl group, 18-octadecenyl group, 20-icosenyl group, 30-triacontenyl group, 40-tetracontenyl group and the like.
  • the “C2-40 alkynyl group” means a straight chain or branched hydrocarbon group having 2 to 40 carbon atoms having one or more triple bonds at any position, and includes, for example, an ethynyl group, 1- Propynyl, 2-propynyl, 1-butynyl, 2-butynyl, 3-butynyl, 4-pentynyl, 5-hexynyl, 10-decynyl, 18-octadecynyl, 20-icosinyl, 30- Examples thereof include a triacontinyl group and a 40-tetracontinyl group.
  • C10-30 alkyl group means a linear or branched saturated hydrocarbon group having 10 to 30 carbon atoms, and examples thereof include a decyl group, an octadecyl group, an icosyl group, and a triacontyl group.
  • C15-25 alkyl group means a linear or branched saturated hydrocarbon group having 15 to 25 carbon atoms, such as pentadecyl, hexadecyl, heptadecyl, octadecyl, nonadecyl, icosyl. Group, docosyl group and the like.
  • C15-20 alkyl group means a linear or branched saturated hydrocarbon group having 15 to 20 carbon atoms, such as pentadecyl, hexadecyl, heptadecyl, octadecyl, nonadecyl, icosyl. Groups and the like.
  • the “C10-30 alkenyl group” means a linear or branched hydrocarbon group having 10 to 30 carbon atoms having one or more double bonds at an arbitrary position, such as a 2-decenyl group. Examples thereof include a 10-decenyl group, 18-octadecenyl group, 20-icosenyl group, and 30-triacontenyl group.
  • the “C 1-6 alkylene group” means a divalent substituent obtained by removing one hydrogen atom at any position from the “C 1-6 alkyl group”.
  • a methylene group an ethylene group (ethanediyl group) Propane-1,3-diyl group, propane-2,2-diyl group, 2,2-dimethyl-propane-1,3-diyl group, hexane-1,6-diyl group, 3-methylbutane-1,2 -Diyl groups and the like.
  • the “C2-6 alkylene group” means a linear or branched divalent substituent having 2 to 6 carbon atoms in the “C1-6 alkylene group”, for example, an ethylene group (ethanediyl group). Group), propane-1,3-diyl group, propane-2,2-diyl group, hexane-1,6-diyl group, 3-methylbutane-1,2-diyl group and the like.
  • the “C2-6 alkenylene group” means a divalent substituent obtained by removing one hydrogen atom at an arbitrary position from the “C2-6 alkenyl group”, and includes, for example, an ethene-1,1-diyl group, Ethene-1,2-diyl group, propene-1,1-diyl group, propene-1,2-diyl group, propene-1,3-diyl group, but-1-ene-1,4-diyl group, butane -1-ene-1,3-diyl group, but-2-ene-1,4-diyl group, buta-1,3-diene-1,4-diyl group, penta-2-ene-1,5- Examples thereof include a diyl group, a hexa-3-ene-1,6-diyl group, and a hexa-2,4-diene-1,6-diyl group.
  • the “C2-6 alkynylene group” means a divalent substituent obtained by removing one hydrogen atom at any position from the “C2-6 alkynyl group”, and includes, for example, an ethyne-1,2-diyl group, Propyne-1,3-diyl group, but-1-yne-1,4-diyl group, but-1-in-1,3-diyl group, but-2-yne-1,4-diyl group, penta- Examples include 2-in-1,5-diyl group, penta-2-in-1,4-diyl group, and hexa-3-in-1,6-diyl group.
  • the “C 1-6 haloalkyl group” means a group in which one or more of the “halogen atoms” is substituted with a hydrogen atom at any position of the “C 1-6 alkyl group”, for example, a monofluoromethyl group Monofluoroethyl group, monofluoropropyl group, 2,2,3,3,3-pentafluoropropyl group, monochloromethyl group, trifluoromethyl group, trichloromethyl group, 2,2,2-trifluoroethyl group, Examples include 2,2,2-trichloroethyl group, 1,2-dibromoethyl group, 1,1,1-trifluoropropan-2-yl group and the like.
  • C2-6 haloalkenyl group means a group in which one or more “halogen atoms” are substituted with a hydrogen atom at any position of the “C2-6 alkenyl group”.
  • the “C3-6 cycloalkyl group” is any monocyclic, fused, bridged or spirocyclic aliphatic hydrocarbon ring having 3 to 6 carbon atoms constituting the ring. Means a monovalent substituent in which one hydrogen atom at the position is removed, and specific examples thereof include a cyclopropyl group, a cyclobutyl group, a cyclopentyl group, and a cyclohexyl group.
  • C1-6 alkoxy group means a group in which the “C1-6 alkyl group” is bonded to an oxy group (—O—).
  • “Mono C1-6 alkylamino group” means a group in which one C1-6 alkyl group is bonded to an amino group, such as a methylamino group, an ethylamino group, an n-propylamino group, an isopropylamino group. N-butylamino group, isobutylamino group, sec-butylamino group, tert-butylamino group, n-pentylamino group, isopentylamino group, neopentylamino group, n-hexyl group amino and isohexylamino group, etc. Is mentioned.
  • the “di-C 1-6 alkylamino group” means a group in which two identical or different “C 1-6 alkyl groups” are bonded to an amino group, such as a dimethylamino group, a diethylamino group, a di-n— Propylamino group, diisopropylamino group, di-n-butylamino group, diisobutylamino group, di-t-butylamino group, di-n-pentylamino group, di-n-hexylamino group, N-ethyl-N- Methylamino group, N-methyl-Nn-propylamino group, N-isopropyl-N-methylamino group, Nn-butyl-N-methylamino group, N-isobutyl-N-methylamino group, N- t-butyl-N-methylamino group, N-methyl-Nn-pentylamino group, Nn
  • C1-6 alkoxycarbonyl group “mono C1-6 alkylaminocarbonyl group”, “diC1-6 alkylaminocarbonyl group” and the like are the above-mentioned “C1-6 alkoxy group”, “mono C1-6 alkylamino group”, respectively.
  • group and the “di-C 1-6 alkylamino group” mean a group bonded to a carbonyl group (—C (O) —).
  • C6-10 aryl group means any position from a monocyclic or bicyclic aromatic hydrocarbon ring in which all of the atoms constituting the ring are carbon atoms and the number of carbon atoms is 6 to 10 Is a monovalent substituent obtained by removing one hydrogen atom, and specific examples thereof include a phenyl group and a naphthyl group.
  • the “5-10 membered heteroaryl group” means that the number of atoms constituting the ring is 5 to 10, and 1 to 5 heteroatoms (the hetero atom is a nitrogen atom) in the atoms constituting the ring.
  • An oxygen atom or a sulfur atom and in the case of two or more, they may be the same or different.
  • the monocyclic “5-10 membered heteroaryl group” includes 2-thienyl group, 3-thienyl group, 2-furyl group, 3-furyl group, 2-pyranyl group, 3-pyranyl group, 4-pyranyl group 1-pyrrolyl group, 2-pyrrolyl group, 3-pyrrolyl group, 1-imidazolyl group, 2-imidazolyl group, 4-imidazolyl group, 1-pyrazolyl group, 3-pyrazolyl group, 4-pyrazolyl group, 2-thiazolyl group 4-thiazolyl group, 5-thiazolyl group, 3-isothiazolyl group, 4-isothiazolyl group, 5-isothiazolyl group, 1,2,4-triazol-1-yl group, 1,2,4-triazol-3-yl Group, 1,2,4-triazol-5-yl group, 1,2,3-triazol-1-yl group, 1,2,3-triazol-4-yl group, 1,2,3-triazole-5 -Il group 2-oxazo
  • the “5-10 membered heteroaryl group” of the condensed ring system includes 2-benzofuranyl group, 3-benzofuranyl group, 4-benzofuranyl group, 5-benzofuranyl group, 6-benzofuranyl group, 7-benzofuranyl group, 1-isobenzofuran group Furanyl group, 4-isobenzofuranyl group, 5-isobenzofuranyl group, 2-benzothienyl group, 3-benzothienyl group, 4-benzothienyl group, 5-benzothienyl group, 6-benzothienyl group, 7-benzothienyl group, 1-isobenzothienyl group, 4-isobenzothienyl group, 5-isobenzothienyl group, 2-benzothiazolyl group, 3-benzothiazolyl group, 4-benzothiazolyl group, 5-benzothiazolyl group, 6-benzothiazolyl group Group, 7-benzothiazolyl group, 2-chromenyl group,
  • the “aralkyl group” means a monovalent substituent in which an arbitrary hydrogen atom of the “C1-6 alkyl group” is replaced by the “C6-10 aryl group”.
  • heteroaryl group means a monovalent substituent in which any hydrogen atom of the “C1-6 alkyl group” is replaced by the “5-10 membered heteroaryl group”.
  • the “3-11 membered nitrogen-containing non-aromatic heterocyclic group” means a monocyclic system or condensed ring system containing at least one nitrogen atom and having 3 to 11 atoms constituting the ring (including the above-mentioned In a condensed ring system, a non-aromatic ring may be condensed to a non-aromatic ring or an aromatic ring.),
  • a bridged ring system or a spiro ring system non-aromatic heterocyclic ring Means a monovalent substituent from which one hydrogen atom has been removed; azetidinyl group, pyrrolidinyl group, 2-oxopyrrolidinyl group, piperidinyl group, 3-oxopiperidinyl group, piperazinyl group, morpholino group, thiomorpholino group , Homomorpholino group, homopiperazino group and the like.
  • C1-40 alkylthio group “C3-6 cycloalkylthio group”, “C6-10 arylthio group”, “5-10 membered heteroarylthio group”, “aralkylthio group”, “heteroarylthio group” and the like
  • nucleoside which is a structural unit of an oligonucleotide means that a nucleobase is located at the 1 ′ position of a sugar (for example, ribose, 2′-deoxyribose, 2 ′ and 4 ′ bridged ribose). It means a compound linked by N-glycosidation.
  • ribose and 2′-deoxyribose are unsubstituted or a C1-6 alkyl group, a halogen atom, a hydroxy group, an amino group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, or a protected amino group.
  • the C1-6 alkyl group is unsubstituted or independently selected from a halogen atom, a C1-6 alkoxycarbonyl group, a mono C1-6 alkylaminocarbonyl group, a diC1-6 alkylaminocarbonyl group, and the like. Substituted with one or more substituents.
  • the C1-6 alkoxycarbonyl group, mono C1-6 alkylaminocarbonyl group, diC1-6 alkylaminocarbonyl group and the like are unsubstituted, C6-10 aryl group, 5-10 membered heteroaryl group or 3 Substituted from a -11-membered nitrogen-containing non-aromatic heterocyclic group.
  • the ribose in which the 2′-position and the 4′-position are cross-linked is not limited as long as the 2′-position and the 4′-position of the nucleoside are cross-linked via a cross-linking group.
  • the 2′-position and the 4′-position A C2-6 alkylene group (the alkylene group is unsubstituted or substituted with a C1-6 alkyl group, and one or two methylene groups of the alkylene group are not substituted, or —O—, —NR 11 — (R 11 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group), —S—, —CO—, —CS—, —COO—, —OCONR 12 — (R 12 represents a hydrogen atom) Or —CONR 13 — (R 13 represents a hydrogen atom or a C1-6 alkyl group) and —CSNR 14 — (R 14 represents a hydrogen atom or a C1-6 alkyl group).
  • Crosslinked ribose and the like include compounds of the following formula.
  • the sugar of the nucleoside is preferably ribose or 2'-deoxyribose.
  • nucleobase is not particularly limited as long as it is used for nucleic acid synthesis.
  • pyrimidine bases such as cytosyl group, uracil group, thyminyl group, 5-methylcytosyl group, adenyl group, etc.
  • purine bases such as a guanyl group.
  • protected nucleobase is, for example, a nucleobase having an amino group protected in an adenyl group, guanyl group, or cytosyl group, which is a nucleobase having an amino group, or having a hydroxy group.
  • the hydroxy group is protected, in the case of a nucleobase having a thiol group, the thiol group is protected, or in the nucleobase having a carbonyl group, the amino group or hydroxy substituted on the ring
  • the carbonyl group is protected in the form of a hydroxy group in conjugation with a group, and is protected by a protecting group that can withstand the deprotection conditions of the temporary protecting group at the 3′-position or 5′-position.
  • Nucleobases are preferred.
  • amino-protecting group in the nucleobase is not particularly limited, and for example, PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS, 3rd edition, John Willy and Sons. (JOHN WILLY & SONS) Publishing (1999) etc. can be mentioned.
  • amino-protecting group examples include, for example, a pivaloyl group, a pivaloyloxymethyl group, a trifluoroacetyl group, a phenoxyacetyl group, a 4-isopropylphenoxyacetyl group, a 4-tert-butylphenoxyacetyl group, Examples thereof include an acetyl group, a benzoyl group, an isobutyryl group, a dimethylformamidinyl group, and a 9-fluorenylmethyloxycarbonyl group. Among these, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, acetyl group, benzoyl group, isobutyryl group, and dimethylformamidinyl group are preferable.
  • the “protecting group for hydroxy group” in the nucleobase is not particularly limited, and for example, PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS, 3rd edition, John Willy and Sons. (JOHN WILLY & SONS) publication (1999) etc. can mention the arbitrary protecting groups.
  • alkyl groups methyl group, tert-butyl group, etc.
  • arylmethyl groups benzyl group, p-methoxybenzyl group, etc.
  • alkoxyalkyl groups methoxymethyl group, methoxyethyl group, cyanoethoxymethyl group, Ethoxyethyl group, etc.
  • 2-tetrahydropyranyl group cyanoethyl group, carbamoyl group (phenylcarbamoyl group, 1,1-dioxothiomorpholine-4-thiocarbamoyl group, etc.)
  • acyl group acetyl group, pivaloyl group, isobutyryl
  • benzoyl group phenoxyacetyl group, levulinyl group, 3-benzoylpropionyl group, etc.
  • silyl group trimethylsilyl group, triethylsilyl group, triisopropylsilyl group, ter
  • an acetyl group, a benzoyl group, a benzyl group, or a p-methoxybenzyl group is preferable.
  • the “thiol group protecting group” in the nucleobase include a protecting group that forms a disulfide bond in addition to the same protecting group as the “hydroxy group protecting group”.
  • nucleobase includes, in addition to the above-mentioned groups, a nucleobase having an arbitrary substituent (eg, halogen atom, alkyl group, aralkyl group, alkoxy group, acyl group, alkoxyalkyl group, hydroxy group, amino group).
  • a nucleobase having an arbitrary substituent eg, halogen atom, alkyl group, aralkyl group, alkoxy group, acyl group, alkoxyalkyl group, hydroxy group, amino group.
  • Modified nucleobases eg, 8-bromoadenyl group, 8-bromoguanyl group, 5-bromocytosyl group substituted with 1 to 3 substituents at any position by a group, monoalkylamino, dialkylamino, carboxy, cyano, nitro, etc.
  • extension reaction cycle means that a nucleoside or oligonucleotide having a pseudo solid phase protecting group is H-phosphonated and then reacted with a nucleoside or oligonucleotide having a hydroxy group to have a pseudo solid phase protecting group. It means a reaction cycle for obtaining a conjugate in which a nucleoside or oligonucleotide and a nucleoside or oligonucleotide having a hydroxy group are bonded via a phosphorus-containing group.
  • the extension reaction cycle may include, for example, removing a nucleoside or oligonucleotide temporary protecting group having a pseudo solid phase protecting group and having a hydroxy group protected with a temporary protecting group at the 3′-position or 5′-position to remove the hydroxy group.
  • These include: a step comprising producing, a step comprising H-phosphonateating the produced hydroxy group to obtain an H-phosphonate form, an H-phosphonate form and a nucleoside or oligonucleotide having a hydroxy group. Obtaining an oligonucleotide linked via a phosphodiester bond.
  • the pseudo-solid phase protecting group used in the present invention means that the reaction substrate has the protecting group so that the reaction substrate and the reaction product are solubilized in a low polarity solvent, and the reaction in the liquid phase is possible.
  • Examples of the pseudo solid phase protecting group include groups represented by the following formula (I).
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 5 is a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 haloalkenyl group
  • L 6 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group
  • m is 0 or 1.
  • L 3 represents a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or C 2- A 6-alkynylene group is preferred.
  • a pseudo solid phase protecting group for example, 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyloxysuccinyl group (3- ⁇ 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyloxycarbonyl ⁇ propanoyl group), 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzoyl group, 4-oxo-4- (2,4,6-tris (octadecyloxy) phenyl) butyryl group, 2- (3,4,5-tris (octadecyloxy) benzamido) ethoxysuccinyl group (3- [2- ⁇ 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzamido ⁇ ethoxycarbonyl] propanoyl group), 2- (N-methyl-3,4,5-tris (octadecyloxy) benzamido) ethoxysuccinyl group (3- [2-
  • the pseudo-solid phase protecting group is preferably a group represented by the following formula (II).
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 2 is —COO— or —O— and L 4 is —OCO— or —O—
  • L 3 represents a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or C 2- More preferably, it is a 6 alkynylene group.
  • the pseudo-solid phase protecting group is more preferably a group represented by the following formula (III).
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a C 1-6 alkylene group or a C 2-6 alkenylene group
  • L 3 is a C1-6 alkylene group or a C2-6 alkenylene group
  • R 2 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group or a C 2-6 alkenyl group.
  • the pseudo solid phase protecting group is more preferably a group represented by the following formula (IV).
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a C 1-6 alkylene group or a C 2-6 alkenylene group
  • L 3 is a C 1-6 alkylene group or a C 2-6 alkenylene group.
  • the pseudo solid phase protecting group is more preferably a group represented by the following formula (IV-2).
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group, s is an integer of 1 to 5, L 1 is a C 1-6 alkylene group or a C 2-6 alkenylene group.
  • the pseudo solid phase protecting group is more preferably a group represented by the following formula (IV-3).
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a C 1-6 alkylene group or a C 2-6 alkenylene group
  • R 2 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group or a C 2-6 alkenyl group.
  • L 1 is preferably a C 1-6 alkylene group, particularly preferably an ethylene group.
  • L 1 is preferably a C 1-6 alkylene group, particularly preferably a methylene group.
  • L 3 is preferably a C 1-6 alkylene group, and particularly preferably a methylene group or an ethylene group.
  • R 2 is preferably a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group, particularly preferably a hydrogen atom or a methyl group.
  • the pseudo solid phase protecting group is preferably a group represented by the following formula (V).
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group
  • s is an integer of 1 to 5
  • L 1 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 2 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 3 is a single bond, a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or a C 2-6 alkynylene group
  • L 4 represents a single bond, —COO—, —CON (R 2 ) — (wherein R 2 represents a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group, or a C 2-6 halo).
  • L 5 is a hydrogen atom, a C1-6 alkyl group, a C1-6 haloalkyl group, a C2-6 alkenyl group or a C2-6 haloalkenyl group
  • L 6 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group, a C 2-6 alkenyl group or a C 2-6 haloalkenyl group.
  • L 3 represents a C 1-6 alkylene group, a C 2-6 alkenylene group or C 2- More preferably, it is a 6 alkynylene group.
  • the pseudo-solid phase protecting group is more preferably the following formula (VI)
  • R 1 is a C1-40 alkyl group, a C2-40 alkenyl group or a C2-40 alkynyl group, s is an integer of 1 to 5, L 1 is a C 1-6 alkylene group or a C 2-6 alkenylene group, L 3 is a C1-6 alkylene group or a C2-6 alkenylene group, L 4 is a single bond or —N (R 2 ) CO— (wherein R 2 is a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group, a C 1-6 haloalkyl group or a C 2-6 alkenyl group), L 5 is a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group, L 6 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group), or a group represented by the following formula (VII)
  • L 5 is a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group
  • L 6 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group.
  • the pseudo-solid phase protecting group is still more preferably a group represented by the formula (VII).
  • L 1 is preferably a C 1-6 alkylene group, particularly preferably a methylene group or an ethylene group.
  • L 3 is preferably a C 1-6 alkylene group, particularly preferably a methylene group or an ethylene group.
  • L 5 and L 6 are particularly preferably a hydrogen atom.
  • R 1 of the pseudo-solid phase protecting group represented by formula (I) to formula (VII) is preferably a C10-30 alkyl group or a C10-30 alkenyl group, more preferably a C10-30 alkyl group. More preferred is a C15-25 alkyl group, even more preferred is a C15-20 alkyl group, and particularly preferred is an octadecyl group.
  • S of the pseudo solid phase protecting group represented by the formula (I) to the formula (VII) is preferably an integer of 2 to 4, more preferably 3. In formulas (I) to (VII), when s is 2 to 5, each R 1 may be the same or different.
  • the temporary protecting group used in the present invention is a protecting group for protecting the 5′-position hydroxy group or the 3′-position hydroxy group, and is a protecting group to be deprotected in the “elongation reaction cycle”.
  • the deprotected 5′-hydroxy group or 3′-hydroxy group is used for conjugation with another nucleoside or oligonucleotide after being H-phosphonated in an extension reaction cycle.
  • Examples of the temporary protecting group include protecting groups as described in the following documents. Protective Groups in Organic Synthesis, Greene T. W. and Wuts P.M. G. M.M. , Published by Wiley Interscience, 1999 and Protecting Groups, Kocienski P. et al. J. et al. , 1994, Georg Thime Verlag.
  • the basic protecting group used in the present invention is an amino group, a carbonyl group, a hydroxy group, or a thiol group in a nucleobase, a 2′-position hydroxy group, a 3′-position hydroxy group, a 5′-position hydroxy group, or phosphorus. It is a protecting group that protects the hydroxy group of the acid diester bond or the thiol group of the thiophosphate diester bond, and is not deprotected in the “elongation reaction cycle”, and has the function that the “pseudo solid phase protecting group” has. There are no common protecting groups. Examples of the basic protecting group include protecting groups described in the following documents. Protective Groups in Organic Synthesis, Greene T. W. and Wuts P.M. G. M.M. , Published by Wiley Interscience, 1999 and Protecting Groups, Kocienski P. et al. J. et al. , 1994, Georg Thime Verlag.
  • the basic protecting group used for the amino group, hydroxy group, or thiol group in the nucleobase is the “amino group protecting group” in the nucleobase, the “hydroxy group protecting group” in the nucleobase, As described in “Protecting group for thiol group”.
  • the basic protecting groups used for the carbonyl group in the nucleobase are phenoxy group, 2,5-dichlorophenyl group, 3-chlorophenyl group, 3,5-dichlorophenyl group, 2-formylphenyl group, 2-naphthyl group, 4- Methoxyphenyl group, 4-chlorophenyl group, 2-nitrophenyl group, 4-nitrophenyl group, 4-acetylaminophenyl group, pentafluorophenyl, 4-pivaloyloxybenzylalkyl group, 4-nitrophenethylalkyl group, 2- (Methylsulfonyl) ethyl group, 2- (phenylsulfonyl) ethyl group, 2-cyanoethyl group, 2- (trimethylsilyl) ethyl group, dimethylaminocarbonyl group, diethylaminocarbonyl group, N-methyl-N-phenylcarbamoy
  • the basic protective group for protecting the hydroxy group of the phosphodiester bond or the thiol group of the thiophosphate diester bond will be described later.
  • Functional groups protected with protecting groups hydroxy groups and nucleobases protected with pseudo solid phase protecting groups, hydroxy groups protected with temporary protecting groups, hydroxy groups protected with basic protecting groups, amino groups, thiol groups, etc. ) Means that the hydrogen atom of the functional group is substituted by the protecting group, respectively.
  • the “organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom” means an organic group that crosslinks the 2′-position and the 4′-position of the sugar and is not particularly limited.
  • the alkylene group is unsubstituted or substituted with a C 1-6 alkyl group, wherein one or two methylene groups of the alkylene group are not substituted or are —O—, —NR 11 — (R 11 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group), —S—, —CO—, —CS—, —COO—, —OCONR 12 — (R 12 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group) ), —CONR 13 — (R 13 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group) and —CSNR 14 — (R 14 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group).
  • a method for producing the oligonucleotide according to the present invention (hereinafter also referred to as “the production method of the present invention”) will be described. Specifically, from a nucleoside or oligonucleotide protected with a pseudo solid phase protecting group (hereinafter also referred to as “n-polymerized oligonucleotide”), a nucleoside or oligonucleotide (hereinafter also referred to as “p-polymerized oligonucleotide”).
  • n-polymerized oligonucleotide a nucleoside or oligonucleotide protected with a pseudo solid phase protecting group
  • p-polymerized oligonucleotide a nucleoside or oligonucleotide
  • n + p polymerized oligonucleotide A method for producing an oligonucleotide that has been extended in step 1 and protected with a pseudo solid phase protecting group (hereinafter also referred to as “n + p polymerized oligonucleotide”) will be described.
  • the n-polymerized oligonucleotide means an oligonucleotide in which n nucleosides are bonded via a phosphorus-containing group.
  • n 1, the n-polymerized oligonucleotide is interpreted as a nucleoside, and a p-polymerized oligonucleotide. The same applies to nucleotides.
  • each nucleobase part may be the same or different
  • n polymerized oligonucleotides contain two or more pseudo solid phases.
  • each pseudo solid phase protecting group may be the same or different.
  • each basic protecting group is the same. If n-polymerized oligonucleotides have organic groups that crosslink to two or more 4-position carbon atoms, the organic groups that crosslink to each 4-position carbon atom are the same or different. It may be. The same applies to p-polymerized oligonucleotides.
  • the method for producing an oligonucleotide has a pseudo solid phase protecting group at at least one position selected from the group consisting of 2′-position, 3′-position, 5′-position and nucleobase portion, and the 5′-position or 3′-position is A phosphonation step in which the 5′-hydroxy group or 3′-hydroxy group of the nucleoside or oligonucleotide which is a hydroxy group is H-phosphonated.
  • the method for producing an oligonucleotide includes at least one extension reaction cycle including the H-phosphonation step.
  • the method for producing an oligonucleotide is characterized in that the extension reaction cycle includes a step of H-phosphonateizing a nucleoside having a pseudo solid phase protecting group or a 5′-position hydroxy group or a 3′-position hydroxy group of an oligonucleotide.
  • the method for producing an oligonucleotide preferably includes the following steps a to d in the extension reaction cycle.
  • the order of the process a to the process d is performed in order of the process a, the process b, the process c, and the process d, or is performed in the order of the process a, the process d, the process b, and the process c.
  • a preferable order is the order of the process a, the process b, the process c, and the process d.
  • Step a includes a hydroxy group that is not an extended end, a nucleobase part, and a quasi-solid phase protecting group in at least one of the 2 ′ positions, and a nucleoside in which the hydroxy group at the extended end is protected with a temporary protecting group
  • Step b is a phosphonation step including H-phosphonation of the hydroxy group from which the temporary protecting group has been removed with an H-phosphonation reagent.
  • step c a nucleoside or oligonucleotide having a hydroxy group is added to the nucleoside or oligonucleotide that has been H-phosphonated in step b, and condensed via a phosphite diester bond via the hydroxy group. It is a coupling process including.
  • step d the formed phosphite diester bond is converted into a phosphodiester bond, a thiophosphate diester bond, an aminophosphate diester bond, a boranophosphate diester bond, a phosphate diester bond protected with a basic protecting group (phosphate triester). Or a thiophosphoric diester bond protected with a basic protecting group (thiophosphoric acid-O, O, S-triester bond) or the like.
  • the amino group of the aminophosphoric acid diester bond is unsubstituted or substituted with one or two C1-6 alkyl groups.
  • the hydrogen atom of one hydroxy group of the phosphodiester bond is C1-40 alkyl group, C3-6 cycloalkyl group, C6-10 aryl group, 5-10 member A bond is replaced by a heteroaryl group, an aralkyl group, a heteroaralkyl group or the like.
  • the C1-6 alkyl group is unsubstituted or substituted by a halogen atom, a cyano group or the like.
  • C3-6 cycloalkyl group, C6-10 aryl group, 5-10 membered heteroaryl group, aralkyl group and heteroaralkyl group are unsubstituted or substituted by C1-6 alkyl group, halogen atom, cyano group, etc.
  • the thiophosphate diester bond protected with the basic protecting group is such that the hydrogen atom of one thiol group of the thiophosphate diester bond is a C1-40 alkyl group, a C3-6 cycloalkyl group, a C6-10 aryl group, a 5-10 member A bond is replaced by a heteroaryl group, an aralkyl group, a heteroaralkyl group or the like.
  • the C1-40 alkyl group is unsubstituted or substituted by a halogen atom, a cyano group or the like.
  • C3-6 cycloalkyl group, C6-10 aryl group, 5-10 membered heteroaryl group, aralkyl group and heteroaralkyl group are unsubstituted or substituted by C1-6 alkyl group, halogen atom, cyano group, etc. Has been.
  • the number n of nucleosides contained in the nucleoside or oligonucleotide having a pseudo solid phase protecting group used in step a is not particularly limited as long as it is an arbitrary integer of 1 or more, but is preferably 1 to 50, more preferably 1 To 30, more preferably 1 to 20, even more preferably 1 to 10, and particularly preferably 1 to 5.
  • the number p of nucleosides contained in the nucleoside or oligonucleotide having a hydroxy group used in step c is not particularly limited as long as it is an arbitrary integer of 1 or more, but is preferably 1 to 50, more preferably 1 to 30.
  • step a can be performed at the same time by appropriately raising the temperature after step d.
  • the method for producing an oligonucleotide can further purify a nucleoside or oligonucleotide by easily and effectively removing excess raw materials and by-products by including the following step e.
  • Step e is a separation step in which a polar solvent is added to the reaction mixture obtained in any one of steps a to d to precipitate a nucleoside or oligonucleotide having a pseudo solid phase protecting group, and is obtained by solid-liquid separation. It is.
  • step e is a step unique to liquid phase synthesis using a pseudo solid phase protecting group, which cannot exist in a normal liquid phase synthesis method without using a pseudo solid phase protecting group or in a solid phase synthesis method. is there.
  • the number of steps e included in the extension reaction cycle is not particularly limited. Step e can be performed after any step from step a to step d.
  • the step e is independently included, for example, 0 to 5 times, preferably 0 to 3 times, more preferably 0 to 2 times, and still more preferably 0 after each step from the step a to the step d. Or included once.
  • at least one after the steps a to d includes one or more steps e.
  • the extension reaction cycle preferably includes 1 to 4 steps e. Since the step e is included once in each of at least one after the step a, after the step b and after the step d in the extension reaction cycle, it is possible to strictly control and control the generation of by-products.
  • step e is included once after step b, once after step d, or once after step b and step d in the extension reaction cycle.
  • step e may be included once after step a, once after step b, or once after step a and step b in the extension reaction cycle. More preferably, each step is included once after step a and step b.
  • step e after repeating step a to step d as a basic unit if the amount of by-products generated can be controlled by controlling the equivalent of raw materials and controlling the reaction.
  • the method for producing an oligonucleotide may further include step f. Thereby, a desired oligonucleotide can be isolated and manufactured.
  • Step f is a deprotection step in which all of the basic protecting group, temporary protecting group and pseudo solid phase protecting group of the oligonucleotide obtained in steps a to e are removed.
  • Oligonucleotide production methods are mainly classified into method A or method B depending on the extension direction of the oligonucleotide.
  • Method A the hydroxy group at the 5 'position is converted by steps a to c, and the nucleoside or oligonucleotide is extended to the 5' position.
  • Method B the hydroxy group at the 3 'position is converted by steps a to c, and the nucleoside or oligonucleotide is extended to the 3' position.
  • Method A is A hydroxy group having a pseudo-solid phase protecting group at at least one position selected from the group consisting of the 2′-position, the 3′-position and the nucleic acid base part and protected at the 3′-position with a basic protecting group or a pseudo-solid phase protecting group
  • a first nucleoside having a hydroxy group protected with a temporary protecting group at the 5 ′ position or a temporary protecting group of the first oligonucleotide to produce a 5′-hydroxy group ( Step a);
  • a second step (step b) comprising H-phosphonating the resulting 5′-hydroxy group with an H-phosphonate reagent; 3'- of a second nucleoside or second oligonucleotide having a 5'-hydroxy group H-phosphonated and a hydroxy group at the 3 'position and a hydroxy group protected with a temporary protecting group at the 5' position
  • Method B A hydroxy group having a pseudo-solid phase protecting group at at least one position selected from the group consisting of 2′-position, 5′-position and nucleobase, and protected with a basic protecting group or a pseudo-solid-phase protecting group at 5′-position
  • An eighth step (step b) comprising H-phosphonating the resulting 3′-hydroxy group with an H-phosphonating reagent; 5'- of a fourth nucleoside or fourth oligonucleotide having a 3'-hydroxy group which is H-phosphonated and a hydroxy group at the 5 'position and a hydroxy group protected with a temporary protecting group at the 3' position.
  • the phosphite diester bond of the conjugate was protected with a phosphodiester bond, a thiophosphate diester bond, a boranophosphate diester bond, an aminophosphate diester bond, a phosphodiester bond protected with a basic protecting group, or a basic protecting group.
  • Step a in each case of method A or method B is shown in Scheme 1 or 2.
  • n Represents an arbitrary integer of 1 or more, and represents a nucleoside when n 1.
  • n any integer of 1 or more
  • Base z independently represents a nucleobase, a nucleobase protected with a basic protecting group, or a nucleobase protected with a pseudo solid phase protecting group
  • R represents a temporary protecting group
  • X z are each a hydrogen atom independently, halogen atom, hydroxy group, protected hydroxy group in basic protecting group, 4-position organic group or a pseudo solid phase protection bridging carbon atoms
  • Y represents independently a hydrogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, a thiol group, a thiol group protected with a basic protecting group, borohydride
  • a mono C1-6 alkylamino group or a diC1-6 alkylamino group is represented
  • Z represents a basic protecting group, a temporary protecting group or a pseudo solid phase protecting group.
  • each of Base Z , XZ and Z includes a pseudo solid phase protecting group.
  • each nucleobase part may be the same or different, and (ia) or (ia)
  • each quasi-solid phase protecting group may be the same or different, and (ia) or (ia) has two or more basic protecting groups.
  • each basic protecting group may be the same or different, and when n polymerized oligonucleotides have an organic group that crosslinks to two or more 4-position carbon atoms, they cross-link to each 4-position carbon atom.
  • the organic groups to be used may be the same or different.
  • the step of removing the temporary protecting group R by addition of a fluorine reagent, acid or base (detemporary protecting group step) (Scheme 2).
  • Scheme 2 n, Base z , R, X z , Y, and Z are the same as defined in Scheme 1.
  • the pseudo solid phase protecting group is preferably contained in at least one of Base Z and Z, and more preferably contained in Z.
  • Z is preferably a basic protecting group or a pseudo solid phase protecting group, more preferably a pseudo solid phase protecting group.
  • a preferred pseudo solid phase protecting group contained in XZ or Z is a group represented by the aforementioned formulas (I) to (VII), and preferred embodiments are also the same.
  • the pseudo solid phase protecting group contained in Base z is a group represented by the following formula (I), wherein m is 1 or m is 0, and L 1 , L 2 , L 3 And L 4 is preferably a group having 0 to 3 single bonds.
  • * indicates the position of binding to the nucleic acid base
  • other symbols are the same as defined in the formula (I), and the preferred embodiments are also the same.
  • the quasi-solid phase protecting group contained in Base z is a group represented by the following formula (II), and is a group having 0 to 3 single bonds among L 1 , L 2 , L 3 and L 4 Is more preferable.
  • * indicates the position of binding to the nucleic acid base
  • other symbols are the same as defined in the formula (II), and the preferred embodiments are also the same.
  • the pseudo-solid phase protecting group contained in Base z is more preferably a group represented by the following formula (III).
  • the pseudo solid phase protecting group contained in Base z is more preferably a group represented by the following formula (IV).
  • pseudo solid phase protecting group contained in XZ or Z is more preferably a group represented by the following formula (IV-2).
  • the pseudo solid phase protecting group contained in XZ or Z is more preferably a group represented by the following formula (IV-3).
  • * represents the position of binding to the nucleobase, and other symbols are the same as defined in the formula (IV-3).
  • L 1 of the pseudo-solid phase protecting group represented by the formulas (II) to (IV-3) contained in Base z is preferably a C 1-6 alkylene group, and particularly preferably an ethylene group.
  • L 3 of the pseudo-solid phase protecting group represented by the formulas (II) to (IV) contained in Base z is preferably a C 1-6 alkylene group, and particularly preferably a methylene group or an ethylene group.
  • the pseudo solid phase protecting group contained in Base z is preferably a group represented by the following formula (V).
  • the pseudo solid phase protecting group contained in Base z is more preferably the following formula (VI)
  • the pseudo solid phase protecting group contained in Base z is a group represented by the formula (VII).
  • L 1 of the pseudo-solid phase protecting group represented by formula (I), formula (V) or (VI) contained in Base z is preferably a C1-6 alkylene group, particularly preferably a methylene group or ethylene. It is a group.
  • L 3 of the pseudo-solid phase protecting group represented by formula (I), formula (V) or (VI) contained in Base z is preferably a C1-6 alkylene group, particularly preferably a methylene group or ethylene. It is a group.
  • L 5 and L 6 of the pseudo solid phase protecting group represented by the formula (I) or the formula (V) to the formula (VII) contained in Base z are particularly preferably hydrogen atoms.
  • R 1 of the pseudo-solid phase protecting group represented by formula (I) to formula (VII) contained in Base z is preferably a C10-30 alkyl group or a C10-30 alkenyl group, more preferably C10 A -30 alkyl group; S of the pseudo-solid phase protecting group represented by the formula (I) to the formula (VII) included in Base z is preferably an integer of 2 to 4, more preferably 3. In formulas (I) to (VII), when s is 2 to 5, each R 1 may be the same or different.
  • the temporary protecting group R that can be used for the hydroxy group at the extended end of the oligonucleotide is not particularly limited as long as it can be deprotected with a fluorine reagent, acid or base, and can be used as a protecting group for the hydroxy group.
  • Examples of the temporary protecting group R that can be deprotected with a fluorine reagent include silyl groups (tert-butyldimethylsilyl group, triethylsilyl group, trimethylsilyl group, etc.).
  • Examples of the temporary protecting group R that can be deprotected with an acid include a xanthenyl group (9- (9-phenyl) xanthenyl group, 9-phenylthioxanthenyl group, etc.), an alkoxyalkyl group (1-methoxy-1-methylethyl group, 1,3-dioxolan-2-yl group, 1,3-benzodioxol-2-yl group), alkylthioalkyl group (1,3-dithiolan-2-yl group, 1,3-benzodithiol-2) -Yl group), alkoxycarbonyl group (such as tert-butyloxycarbonyl group), and triarylmethyl group (such as trityl group, dimethoxytrityl group, and monomethoxytrityl group).
  • a xanthenyl group (9- (9-phenyl) xanthenyl group, 9-phenylthioxantheny
  • Examples of the temporary protecting group R that can be deprotected with a base include a levulinyl group and a 3-benzoylpropionyl group.
  • a levulinyl group and a 3-benzoylpropionyl group Preferably, tert-butyldimethylsilyl group, trityl group, 9- (9-phenyl) xanthenyl group, 9-phenylthioxanthenyl group, 1,1-bis (4-methoxyphenyl) -1-phenylmethyl group (dimethoxy) Trityl group) and 1- (4-methoxyphenyl) -1,1-diphenylmethyl group (monomethoxytrityl group).
  • a tert-butyldimethylsilyl group, a monomethoxytrityl group, and a dimethoxytrityl group are preferable, and a tert-butyldimethylsilyl group and a dimethoxytrityl group are preferable.
  • a dimethoxytrityl group is particularly preferable.
  • a tert-butyldimethylsilyl group is also particularly preferred.
  • Examples of the basic protecting group of the “hydroxy group protected by the basic protecting group” in Xz include, for example, PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS, 3rd edition, John Willy and -The protecting group described in Sands (John WILLY & SONS) publication (1999) etc. can be mentioned.
  • an alkyl group such as a methyl group or a tert-butyl group
  • an arylmethyl group such as a benzyl group or a p-methoxybenzyl group
  • a diarylmethyl group such as a diphenylmethyl group
  • an alkoxyalkyl group such as a methoxymethyl group
  • Methoxyethyl group Methoxyethyl group, ethoxyethyl group, cyanoethoxymethyl group, etc.
  • 2-tetrahydropyranyl group such as a methoxymethyl group
  • Methoxyethyl group Methoxyethyl group, ethoxyethyl group, cyanoethoxymethyl group, etc.
  • 2-tetrahydropyranyl group such as cyanoethyl group
  • carbamoyl group phenylcarbamoyl group, 1,1-dioxothiomorpholine-4-thiocarbamo
  • a tert-butyldimethylsilyl group, a triisopropylsilyl group, or a tert-butyldiphenylsilyl group is preferable, and a tert-butyldimethylsilyl group or a triisopropylsilyl group is more preferable.
  • a levulinyl group or 3-benzoylpropionyl group is preferable, and a levulinyl group is more preferable.
  • X z is preferably a hydrogen atom, a hydroxy group, a hydroxy group protected with a basic protecting group, or an organic group that bridges to the 4-position carbon atom, and more preferably a hydrogen atom, a hydroxy group, or a C 1-6 alkyl group , A hydroxy group protected with a tert-butyldimethylsilyl group, a triisopropylsilyl group or a tert-butyldiphenylsilyl group, and more preferably a hydroxy group protected with a hydrogen atom or a triisopropylsilyl group.
  • the C1-6 alkyl group is unsubstituted or substituted with a group selected from the group consisting of a C1-6 alkoxycarbonyl group, a mono C1-6 alkylaminocarbonyl group, and a diC1-6 alkylaminocarbonyl group.
  • X z is more preferably a C2-6 alkylene group (the alkylene group is unsubstituted or substituted with a methyl group.
  • one or two methylene groups of the alkylene group) Is not replaced, or —O—, —NR 11 — (R 11 represents a hydrogen atom or a methyl group), —CO—, —CS—, —COO—, —OCONR 12 — (R 12 is Substituted with a group selected from: —CONR 13 — (R 13 represents a hydrogen atom or methyl group) and —CSNR 14 — (R 14 represents a hydrogen atom or methyl group); It is an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom represented by X z is more preferably an ethylene group (one or two methylene groups of the ethylene group are not substituted or —O—, —CONR 13 — (R 13 represents a hydrogen atom or a methyl group) and An organic group that bridges to the 4-position carbon atom represented by —CSNR 14 — (wherein R 14 represents a hydrogen atom or a methyl group).
  • the basic protecting group for Z those exemplified as the basic protecting group for “hydroxy group protected by basic protecting group” for X z can be mentioned.
  • a tert-butyldimethylsilyl group, a triisopropylsilyl group, a tert-butyldiphenylsilyl group, a levulinyl group or a 3-benzoylpropionyl group is preferable, a levulinyl group or a 3-benzoylpropionyl group is more preferable, and a levulinyl group is still more preferable.
  • a protecting group that is not deprotected under the conditions for deprotecting the temporary protecting group can be used.
  • a temporary protecting group that is deprotected with an acid a protective group that is not deprotected with an acid but is deprotected with a base or a fluorine reagent is used as a basic protecting group among those listed as the temporary protecting group. be able to.
  • a temporary protecting group that is deprotected with a base a protecting group that is not deprotected with a base but is deprotected with an acid or a fluorine reagent is used as a basic protecting group among those listed as the temporary protecting group.
  • a temporary protecting group that is deprotected with a base a protecting group that is not deprotected with a base but is deprotected with an acid or a fluorine reagent is used as a basic protecting group among those listed as the temporary protecting group.
  • a temporary protecting group that is deprotected with a fluorine reagent among those listed as the temporary protecting group, a protecting group that is not deprotected with a fluorine reagent but is deprotected with an acid or base is used as a basic protecting group. Can be used.
  • the temporary protecting group when the basic protecting group in X z or Z is a levulinyl group or 3-benzoyl propionyl group, the temporary protecting group, tert- butyldimethylsilyl group, silyl groups such as triethylsilyl group, or a trityl group, dimethoxytrityl And a triarylmethyl group such as a monomethoxytrityl group.
  • the temporary protecting group is a levulinyl group or a 3-benzoylpropionyl group
  • the basic protecting group in Xz or Z is a silyl group such as a tert-butyldimethylsilyl group or a triethylsilyl group, or a trityl group, a dimethoxytrityl group, A triarylmethyl group such as a monomethoxytrityl group is preferred.
  • a levulinyl group or 3-benzoylpropionyl group may be used as a temporary protecting group.
  • Y independently represents a hydrogen atom, a hydroxy group, a protected hydroxy group, a thiol group, a protected thiol group, a borohydride, a mono C1-6 alkylamino group, or a diC1-6 alkylamino group.
  • the protected hydroxy group is the same as the group that replaces the hydroxy group in the “phosphate diester bond protected by the basic protecting group” converted in step d described later.
  • the protected thiol group is the same as the group that replaces the thiol group in the “thiophosphate diester bond protected with a basic protecting group” converted in step d described later.
  • Y is each independently preferably a hydrogen atom, a hydroxy group, a thiol group, or a 2-cyanoethoxy group, and more preferably a hydroxy group or a thiol group.
  • the phosphorus functional group including Y has, for example, the following structure (or a structure obtained by adding a salt to the following structure).
  • Step a is performed in a solvent that does not affect the reaction. Since the higher the solubility in the solvent, the better the reactivity can be expected, it is preferable to select a low polarity solvent having a high solubility of the target compound.
  • halogen solvents such as chloroform, dichloromethane and 1,2-dichloroethane
  • aromatic solvents such as benzene, toluene, xylene and mesitylene
  • ester solvents such as ethyl acetate and isopropyl acetate
  • hexane, pentane and heptane Aliphatic solvents such as octane, nonane and cyclohexane
  • ether solvents such as tetrahydrofuran, diethyl ether, cyclopentyl methyl ether and tert-butyl methyl ether.
  • solvents may be used as a mixture of two or more in any ratio.
  • nitrogen-containing aromatic solvents such as pyridine, nitrile solvents such as acetonitrile and propionitrile, amides such as N, N-dimethylformamide, N, N-dimethylacetamide and N-methylpyrrolidone
  • a polar solvent such as a system solvent may be mixed and used at an arbitrary ratio as long as n polymerization oligonucleotides can be dissolved.
  • the solvents used in Step a are dichloromethane, chloroform, 1,2-dichloroethane, benzene, toluene, xylene, mesitylene, hexane, pentane, heptane, nonane, cyclohexane, ethyl acetate, isopropyl acetate, tetrahydrofuran, tert-butyl methyl ether.
  • Cyclopentyl methyl ether, or a combination thereof is preferable, and dichloromethane and tetrahydrofuran are particularly preferable.
  • the concentration of the n-polymerized oligonucleotide in step a is not particularly limited as long as it is dissolved, but is preferably 1 to 30% by weight.
  • the fluorine reagent, acid or base used in step a is not particularly limited as long as good deprotection of the temporary protecting group can be achieved.
  • Fluorine reagents include hydrogen fluoride pyridine salt, tetrabutylammonium fluoride, hydrogen fluoride triethylamine salt, hydrofluoric acid, ammonium fluoride, ammonium fluoride hydrofluoride adduct, potassium fluoride or fluoride.
  • a hydrogen fluoride adduct of potassium is preferable.
  • a pyridine salt of hydrogen fluoride or tetrabutylammonium fluoride is more preferable, and a pyridine salt of hydrogen fluoride is particularly preferable.
  • the acid is preferably trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, p-toluenesulfonic acid, hydrochloric acid, acetic acid, ammonium cerium nitrate, phosphonic acid or phosphoric acid.
  • trifluoroacetic acid More preferred are dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, p-toluenesulfonic acid, hydrochloric acid, acetic acid or ammonium cerium nitrate, trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid or p-Toluenesulfonic acid is more preferable, and dichloroacetic acid or phosphonic acid is particularly preferable.
  • Trifluoroacetic acid or p-toluenesulfonic acid is also particularly preferred.
  • bases include hydrazine derivatives (hydrazine monohydrate, hydrazine acetate, hydrazinium sulfate, acetohydrazide, methyl carbazate, phenyl hydrazine, p-toluenesulfonyl hydrazine, etc.), ethylenediamine derivatives (ethylenediamine, etc.) and inorganic bases (carbonic acid carbonate, etc.). Potassium etc.).
  • hydrazine derivatives are preferable, and hydrazine monohydrate is more preferable.
  • fluorine reagents, acids and bases can be used by diluting with the above-mentioned low polarity solvent.
  • deprotection with enzymes such as Chirazyme L-2 and Chirazyme L-5 is also possible.
  • the amount of the fluorine reagent, acid or base used in step a can be used in an amount of 1 to 100 mol, preferably 1 to 40 mol, more preferably 1 to 30 mol, per 1 mol of n polymerized oligonucleotides. And more preferably 5 to 30 mol.
  • the reaction temperature in step a is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably ⁇ 10 ° C. to 60 ° C., more preferably 0 ° C. to 50 ° C., and further preferably 0 ° C. to 30 ° C.
  • the reaction time varies depending on the type of n polymerized oligonucleotide used, the type of fluorine reagent, the type of acid or base, the type of solvent, the reaction temperature, etc., but preferably 5 minutes to 50 hours, more preferably 5 minutes to 12 hours. 30 minutes to 6 hours is more preferable.
  • a temporary protecting group for the 5′-position or 3′-position hydroxy group of the p-polymerized oligonucleotide (iv)
  • the quench treatment is performed with a silicon reagent or an organic base when the deprotecting agent is a fluorine reagent or acid, and with a ketone compound when the deprotecting agent is the base.
  • the silicon reagent used for the quenching process is not particularly limited as long as it can quench the fluorine reagent, but hexamethyldisiloxane [TMS 2 O], trimethylsilyl chloride [TMSCl], hexamethyldisilazane, Trimethylsilyl bromide, trimethylsilyl iodide, trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate, triethylsilyl chloride, triisopropylsilyl chloride, tert-butyldimethylsilyl chloride, tert-butyldiphenylsilyl chloride, phenyldimethylsilyl chloride, diphenylmethylsilyl chloride, triphenylsilyl chloride TMS 2 O and TMSCl are more preferable, and TMS 2 O is particularly preferable.
  • the organic base used for the quench treatment is not particularly limited as long as it can neutralize the above-mentioned acid, but is not limited to pyridine, 2,4,6-trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4. -Triazole, N-phenylimidazole, 2-amino-4,6-dimethylpyrimidine, 1,10-phenanthroline, imidazole, N-methylimidazole, 2-chlorobenzimidazole, 2-bromobenzimidazole, 2-methylimidazole, 2 -Phenylbenzimidazole, N-phenylbenzimidazole, 5-nitrobenzimidazole are preferred, pyridine, 2,4,6-trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4-triazole, N-phenylimidazole, N-methylimidazole 2-amino-4 6-dimethylpyrimidine, more preferably 1,10-phenanthroline, pyridine is particularly preferred.
  • the ketone compound used in the quenching treatment is not particularly limited as long as it can consume the above-mentioned base, and examples thereof include acetylacetone and acetone, and acetylacetone is preferable.
  • the amount of the silicon reagent, organic base, or ketone compound used for the quench treatment in step a is, for example, 0.01 to 100 moles, preferably 0.1 to 50 moles per mole of the fluorine reagent, acid, or base. Mol, more preferably 1 to 20 mol, still more preferably 1 to 3 mol.
  • step a and the subsequent step b continuously in a liquid phase, it is preferable to add a cation scavenger during or after the deprotection reaction of the temporary protecting group R in the step a.
  • a cation scavenger may or may not be added.
  • the cation scavenger is not particularly limited as long as reprotection (returning the raw material) by the removed protecting group R or side reaction to the deprotected functional group does not proceed, but pyrrole, 2-methylpyrrole, 3- Pyrrole derivatives such as methylpyrrole, 2,3-dimethylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole; indole, 4-methylindole, 5-methylindole, 6-methylindole, 7-methylindole, 5,6-dimethylindole, Indole derivatives such as 6,7-dimethylindole can be used.
  • pyrrole, 3-methylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole, indole, 4-methylindole, 5-methylindole, 6-methylindole, 7-methylindole, 5, 6-dimethylindole and 6,7-dimethylindole are preferred, pyrrole, 3-methylpyrrole and indole are more preferred, pyrrole and indole are more preferred, and pyrrole is particularly preferred.
  • the amount of the cation scavenger used is, for example, 1 to 50 moles, preferably 1 to 15 moles, and more preferably 1 to 3 moles with respect to 1 mole of n-polymerized oligonucleotide (ia or ib). is there.
  • step b or step d is performed.
  • the 5′-position hydroxy group of n-polymerized oligonucleotide is obtained by performing substitution with the solvent used in step b or step d by separating liquid and distilling off the solvent, if necessary, and performing step e.
  • the deprotected form of (iia) or the deprotected form of the 3′-hydroxy group (iib) can be isolated.
  • Step b in each case of method A or method B is shown in scheme 3 or 4.
  • Step b in Method A comprises the step of removing the 5′-hydroxy group of the deprotected form (ia) of the 5′-hydroxy group of the n-polymerized oligonucleotide obtained in the above-mentioned Step a of Method A or Step d described later, as an H-phosphonate.
  • This is a step (scheme 3 below).
  • each symbol is as defined above.
  • Step b in Method B is the step of converting the 3′-hydroxy group of the deprotected form (iib) of the 3′-hydroxy group of the n-polymerized oligonucleotide obtained in the above-mentioned Step a of Method B or Step d described later to H-phosphonate.
  • This is a step (scheme 4 below).
  • each symbol has the same definition as above.
  • the solvent used in step b include the same solvents as in step a.
  • step b When a solvent other than a nitrogen-containing aromatic solvent such as pyridine is used in step b, it is preferable to add a nucleophile such as pyridine.
  • the nucleophile is not particularly limited as long as good H-phosphonation can be achieved.
  • pyridine 2-picoline, 4-picoline, 3,4-lutidine, 2,6-lutidine, 2,4,6-collidine, N, N-dimethylaminopyridine, 3-methoxypyridine, 4-methoxypyridine, (S, S) -2,6-bis (4-isopropyl-2-oxazolin-2-yl) pyridine, (R, R) -2,6-bis (4-phenyl-2-oxazolin-2-yl) Pyridine, quinoline, quinidine, N-methylimidazole, 3-methylpyridazine and 4-methoxypyridine-N-oxide are preferred, and pyridine is particularly preferred.
  • the amount of the nucleophile used in step b is not particularly limited, but is, for example, 1 to 300 mol, preferably 1 to 100 mol, more preferably 1 mol per 1 mol of n-polymerized oligonucleotide (ia or iib). Is 1 to 40 moles.
  • the H-phosphonation reagent used in step b is not particularly limited as long as good H-phosphonation can be achieved, but phosphorous acid, diaryl phosphite (such as diphenyl phosphite), ammonium of aryl-H-phosphonate Salts (such as triethylammonium salt of phenyl-H-phosphonate, triethylammonium salt of p-toluyl-H-phosphonate), phosphorus halide (2-chloro-4H-1,3,2-benzodioxaphosphorin-4- ON, phosphorus trichloride, etc.).
  • phosphorous acid, diphenyl phosphite, phenyl-H-phosphonate triethylammonium salt, p-toluyl-H-phosphonate triethylammonium salt, 2-chloro-4H-1,3,2-benzodioxaphospholine -4-one and phosphorus trichloride are preferred, and phosphorous acid and diphenyl phosphite are more preferred.
  • condensing agent When using phosphorous acid or an ammonium salt of aryl-H-phosphonate as the H-phosphonate reagent, it is preferable to add a condensing agent.
  • the condensing agent include condensing agents usually used in the H-phosphonate method.
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride isobutyryl chloride, pivaloyl chloride, acetyl chloride, 1-adamantyl chloride, diphenyl chlorophosphate, 2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl chloride, 2- (benzoyltriazol-1-yloxy) -1,3-dimethyl-2-pyrrolidin-1-yl-1,3,2 -Diazaphosphoridinium hexafluorate [BOMP], N, N-bis (2-oxazolidinyl) phosphonic chloride [BopCl], benzoyl chloride, benzoic anhydride, diphenyl carbonate, di-p-nitrophenyl carbonate and carbonic acid Examples include diaryl carbonates such as bispentafluorophenyl It is.
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride isobutyryl chloride, 1-adamantyl chloride, diphenyl chlorophosphate, 2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl chloride and BopCl are preferable, and 2,2-dimethylbutyryl chloride is preferable. More preferred.
  • diaryl phosphite or ammonium salt of aryl-H-phosphonate is used as the H-phosphonate reagent, it can be converted to an H-phosphonate group by treating with water and a tertiary amine such as triethylamine after completion of the reaction. Can do.
  • the amount of H-phosphonation reagent used in step b is preferably 1 to 100 moles, more preferably 1 to 40 moles, and even more preferably 10 to 40 moles per mole of n-polymerized oligonucleotide (iaa or iib). .
  • the amount of the condensing agent used in step b is preferably 1 to 100 moles, more preferably 1 to 40 moles, and even more preferably 10 to 30 moles per mole of n-polymerized oligonucleotide (ia or iib).
  • the reaction temperature in step b is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably ⁇ 10 ° C. to 60 ° C., more preferably 20 ° C. to 50 ° C.
  • the reaction time varies depending on the type of n-polymerized oligonucleotide used, the type of solvent, the type of nucleophile, the type of H-phosphonate reagent, the type of condensing agent, the reaction temperature, etc., but from 5 minutes to 24 hours. Preferably, 10 minutes to 12 hours are more preferable, and 30 minutes to 6 hours are more preferable.
  • Step c is performed after step b. Before step c, if necessary, liquid separation treatment, substitution of the solvent used in step c by distilling off the solvent, or 5′-position H-phosphonate form (iii) of n-polymerized oligonucleotide by step e or 3 Isolation of the 'position H-phosphonate (iii) can be performed.
  • Step c) in each case of Method A or Method B is shown in Scheme 5 or 6.
  • Step c) in Method A includes the 5′-hydroxy group H-phosphonate form (iii) of the n-polymerized oligonucleotide obtained in (Step b) in Method A and the 5′-position hydroxy group is temporarily protected.
  • P-polymerized oligonucleotide (iva) protected by the group R and having a 3′-hydroxy group (wherein p represents an arbitrary integer of 1 or more, and when p 1, it represents a nucleoside)
  • Scheme 5 a step of condensing
  • p represents any integer of 1 or more, and other symbols are as defined above, but at least one of Base Z and X Z in the compound (iva) has a pseudo solid phase protecting group. May or may not be included.
  • the case of having two or more nucleobase parts, the case of having two or more pseudo solid phase protecting groups, and the case of having two or more basic protecting groups are the same as defined above.
  • step c Specific examples of the solvent used in step c include the same solvents as in step a. Of these, pyridine, dichloromethane, tetrahydrofuran, toluene and the like are preferable, and pyridine is particularly preferable.
  • a solvent other than a nitrogen-containing aromatic solvent such as pyridine it is preferable to add a nucleophile such as pyridine.
  • the nucleophilic agent is not particularly limited as long as a good coupling reaction can be achieved. Specific examples include the same nucleophilic agent as in step b above, and pyridine is particularly preferable.
  • the nucleophile used in step c is, for example, 1 to 100 mol, preferably 1 to 20 mol, per 1 mol of the H-phosphonate form (iii or iiib) of the n-polymerized oligonucleotide obtained in step b. More preferably, it is 1 to 10 mol.
  • the amount of the p-polymerized oligonucleotide (iva or ivb) used in step c is preferably 1 with respect to 1 mole of the H-phosphonate body (iii or iiib) of the n-polymerized oligonucleotide obtained in step b.
  • the condensing agent used in step c is not particularly limited as long as the coupling reaction proceeds satisfactorily.
  • Specific examples include condensing agents similar to those in step b.
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride, isobutyryl chloride, 1-adamantyl chloride, diphenyl chlorophosphate, 2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl chloride, bis (2-oxo-3-oxazolidinyl) phosphinic acid chloride Bispentafluorophenyl carbonate and the like are preferable, and 2,2-dimethylbutyryl chloride or bispentafluorophenyl carbonate is particularly preferable.
  • the condensing agent used in step c is, for example, 1 to 200 mol, preferably 1 to 100 mol, per 1 mol of the H-phosphonate form (iii or iiib) of the n-polymerized oligonucleotide obtained in step b. And more preferably 1 to 50 mol.
  • the reaction temperature in step c is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably ⁇ 10 ° C. to 60 ° C., more preferably 0 ° C. to 50 ° C., and further preferably 0 ° C. to 30 ° C.
  • the reaction time varies depending on the type of n-polymerized oligonucleotide used, the type of solvent, the type of nucleophile, the type of condensing agent, the reaction temperature, etc., but preferably 1 minute to 12 hours, and 2 minutes to 6 hours. More preferred is 5 minutes to 3 hours.
  • step c After the reaction of step c, a compound represented by the formula (iva or ivb) or a salt thereof in Scheme 5 or 6 or a compound represented by the formula (iaa or iib) or a salt thereof in Scheme 3 or 4 If it remains, the obtained solution may be subjected to a capping reaction if necessary.
  • the capping reaction may be carried out using an acid anhydride such as acetic anhydride, benzoic anhydride, or in addition to the aforementioned condensing agent, triethylammonium salt of methyl-H-phosphonate, triethylammonium salt of ethyl-H-phosphonate, isopropyl- It can be carried out in a conventional manner using ammonium salts of alkyl-H-phosphonates such as triethylammonium salt of H-phosphonate and triethylammonium salt of 2-cyanoethyl-H-phosphonate.
  • an acid anhydride such as acetic anhydride, benzoic anhydride
  • triethylammonium salt of methyl-H-phosphonate triethylammonium salt of ethyl-H-phosphonate
  • isopropyl- isopropyl- It can be carried out in a conventional manner using ammonium salts of al
  • the capping reaction is a reaction that converts a hydroxy group of a compound having a hydroxy group remaining after a coupling reaction or an oxidation reaction into a substituent that cannot extend a nucleoside or oligonucleotide.
  • the capping reaction may be performed after step d described later.
  • the capping reaction is preferably performed after step c or step d.
  • step d or step a is performed. Before step d or step a, if necessary, liquid separation treatment, solvent distillation, substitution to the solvent used in step b or step a, step e, and n + p polymerization oligonucleotide (va or vb) Isolation and the like can be performed. Further, the reaction solution in step c can be used as it is in the next step d or step a.
  • n + p polymerization oligonucleotide (va or vb) obtained in step c or the n polymerization oligonucleotide obtained in step a is reacted with a reagent for modifying a phosphorus atom to thereby react the n + p polymerization oligonucleotide.
  • the phosphite diester bond of (va or vb) is protected with a phosphodiester bond, a thiophosphate diester bond, an aminophosphate diester bond, a boranophosphate diester bond, a phosphodiester bond protected with a basic protecting group, or a basic protecting group. This is a step of converting into a thiophosphoric acid diester bond.
  • Step d in Method A is represented by the following Scheme 7 (in Scheme 7, each symbol is as defined above, but R is a hydrogen atom after Step a).
  • Step d in Method B is represented by the following Scheme 8 (in Scheme 8, each symbol is as defined above, but in the case after Step a, R is a hydrogen atom).
  • n + p polymerized oligonucleotides (va or vb) obtained in step c or n polymerized oligonucleotides (ia or iib) obtained in step a are not isolated. This can be done by simply adding a reagent for modifying the phosphorus atom directly to the subsequent reaction mixture.
  • a reagent for modifying the phosphorus atom an oxidizing agent, a sulfurizing agent, an amidite agent or a boron agent is used.
  • an oxidizing agent or a sulfurizing agent to convert to a phosphate diester bond, a thiophosphate diester bond, a phosphate diester bond protected with a basic protecting group, or a thiophosphate diester bond protected with a basic protecting group. More preferably, it is converted into a phosphodiester bond or a thiophosphate diester bond.
  • the step d may be performed by isolating the n + p polymerization oligonucleotide (va or vb) obtained in the step c or the n polymerization oligonucleotide (iii or iib) obtained in the step a.
  • step d Specific examples of the solvent used in step d include the same solvents as in step a, and are appropriately selected depending on the oxidizing agent, sulfiding agent, amidating agent or boronating agent used.
  • the “oxidant” used in step d is not particularly limited as long as it has the ability to oxidize a phosphite diester bond to a phosphodiester bond without oxidizing other sites, but iodine, (1S) — (+)-(10-camphanylsulfonyl) oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide (TBHP), 2-butanone peroxide, 1,1-dihydroperoxycyclododecane, bis (trimethylsilyl) peroxide, m-chloroperbenzoic acid are preferred. .
  • Iodine, tert-butyl hydroperoxide, and 2-butanone peroxide are more preferable, and iodine is particularly preferable from the viewpoint that an oxidation reaction with a good yield or reaction rate can be achieved.
  • Such an oxidizing agent can be used by diluting with an appropriate solvent so as to have a concentration of 0.05 to 2M.
  • a diluting solvent is not particularly limited as long as it is an inert solvent for the reaction, and examples thereof include pyridine, tetrahydrofuran [THF], dichloromethane, water, or a mixed solvent thereof.
  • step d it is preferable to use a mixed solvent of iodine / water / pyridine or a mixed solvent of iodine / water / pyridine / THF.
  • the reaction solvent in step d is the same as the dilution solvent.
  • the “sulfurizing agent” used in step d is not particularly limited as long as it has the ability to convert a phosphite diester bond to a thiophosphate diester bond.
  • -5-thione (ADTT) 3-((N, N-dimethylaminomethylidene) amino) -3H-1,2,4-dithiazole-5-thione (DDTT), 3H-1,2-benzodithiol- 3-one-1,1-dioxide (Beaucage reagent), 3H-1,2-benzodithiol-3-one, phenylacetyl disulfide (PADS), tetraethylthiuram disulfide (TETD), N- (benzoylthio) -succinimide preferable.
  • ADTT 3-((N, N-dimethylaminomethylidene) amino) -3H-1,2,4-dithiazole-5-thione
  • DDTT 3-((N,
  • elemental sulfur and ADTT are more preferable, and elemental sulfur is particularly preferable.
  • a sulfurizing agent can be used by diluting with a suitable solvent so as to have a concentration of 0.05 to 2M.
  • a diluting solvent is not particularly limited as long as it is inert to the reaction, and examples thereof include dichloromethane, acetonitrile, pyridine, and a mixed solvent thereof.
  • the reaction solvent in step d is the same as the dilution solvent.
  • the reagent for converting the phosphite diester bond to the “phosphoric diester bond protected by the basic protecting group” is not particularly limited as long as it has the conversion ability, but the corresponding alcohol compound, Carbon chloride, iodine, carbon tribromide, N-chlorosuccinimide, trichloroisocyanuric acid, sodium hypochlorite, 3,3-dichloro-5,5-dimethylhydantoin, N, N'-dichlorobis (2,4 Oxidizing agents such as, 6-trichlorophenyl) urea are preferred.
  • the solvent for the conversion reaction is not particularly limited as long as it is an inert solvent for the reaction, and examples thereof include dichloromethane, pyridine, and mixed solvents thereof, preferably dichloromethane or pyridine, and more preferably pyridine.
  • the reagent for converting a phosphite diester bond to a “thiophosphate diester bond protected with a basic protecting group” is not particularly limited as long as it has the conversion ability. Examples thereof include an acid sulfiding agent and a morpholine dione sulfiding agent.
  • the solvent for the conversion reaction is not particularly limited as long as it is an inert solvent for the reaction, and examples thereof include dichloromethane, pyridine, and mixed solvents thereof, preferably dichloromethane or pyridine, and more preferably pyridine.
  • phthalimide-based sulfurizing agent examples include N- (C1-40 alkylthio) phthalimide, N- (C3-6 cycloalkylthio) phthalimide, N- (corresponding to the target “thiophosphate diester bond protected with a basic protecting group”.
  • the target “thiophosphoric diester bond protected with a basic protecting group” includes a substituent such as a halogen atom, a cyano group, a C1-6 alkyl group, the N- (C1-40 alkylthio) phthalimide, N- (C3-6 cycloalkylthio) phthalimide, N- (C6-10 arylthio) phthalimide, N- (5-10 membered heteroarylthio) phthalimide, N- (aralkylthio) phthalimide and N- (heteroarylthio) phthalimide Sulfiding agents containing those substituents in the corresponding part of can be used.
  • a substituent such as a halogen atom, a cyano group, a C1-6 alkyl group
  • the N- (C1-40 alkylthio) phthalimide N- (C3-6 cycloalkylthio) phthalimide, N- (C6-10 arylthio)
  • phthalimide-based sulfurizing agent examples include N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide, N- (methylthio) phthalimide, N- (ethylthio) phthalimide, N- (propylthio) phthalimide, N- (isopropylthio).
  • Phthalimide N- (butylthio) phthalimide, N- (tert-butylthio) phthalimide, N- (cyclohexylthio) phthalimide, N- (dodecylthio) phthalimide, N- (benzylthio) phthalimide, N- (phenylthio) phthalimide, N- Examples include ⁇ (p-chlorophenyl) thio ⁇ phthalimide, N- ⁇ (p-methylphenyl) thio] phthalimide, and N-[(2-benzothiazolyl) thio] phthalimide.
  • succinic sulfiding agent examples include N- (C1-40 alkylthio) succinimide and N- (C3-6 cycloalkylthio) succinic acid corresponding to the target “thiophosphate diester bond protected with a basic protecting group”.
  • examples thereof include imide, N- (C6-10 arylthio) succinimide, N- (5-10 membered heteroarylthio) aralkylthiosuccinimide, and N- (heteroarylthio) succinimide.
  • the target “thiophosphoric acid diester bond protected with a basic protecting group” includes a substituent such as a halogen atom, a cyano group, or a C1-6 alkyl group
  • succinimide-containing sulfiding agent examples include N-[(2-cyanoethyl) thio] succinimide, N- (methylthio) succinimide, N- (ethylthio) succinimide, N- (propylthio).
  • N- (C1-40 alkylthio) morpholine-3,5-dione, N- (C3-6 cyclohexane) corresponding to the target “thiophosphate diester bond protected with a basic protecting group” is used.
  • the target “thiophosphoric acid diester bond protected with a basic protecting group” includes a substituent such as a halogen atom, a cyano group, or a C1-6 alkyl group
  • a substituent such as a halogen atom, a cyano group, or a C1-6 alkyl group
  • morpholine dione-based sulfurizing agent examples include N-[(2-cyanoethyl) thio] morpholine-3,5-dione, N- (methylthio) morpholine-3,5-dione, and N- (ethylthio) morpholine.
  • the “amidizing agent” used in step d is not particularly limited as long as it has the ability to convert a phosphite diester bond to an aminophosphate diester bond, and the corresponding amine compound and carbon tetrachloride, iodine, bromide.
  • the solvent for the conversion reaction is not particularly limited as long as it is an inert solvent for the reaction, and examples thereof include dichloromethane, pyridine, and mixed solvents thereof, preferably dichloromethane or pyridine, and more preferably pyridine.
  • the “boronating agent” used in step d is not particularly limited as long as it has the ability to convert a phosphite diester bond to a boranophosphate diester bond, but borohydride (BH 3 ), BH 3 -THF complex, BH 3 -dimethyl sulfide complex, BH 3 -pyridine complex and the like are preferable.
  • the solvent for the conversion reaction is not particularly limited as long as it is an inert solvent for the reaction, and examples thereof include dichloromethane, pyridine, and mixed solvents thereof, preferably dichloromethane or pyridine, and more preferably pyridine.
  • the amount of the reagent that modifies the phosphorus atom is 1 with respect to 1 mol of the n + p polymerized oligonucleotide (va or vb) obtained in step c or the n polymerized oligonucleotide (ia or iib) obtained in step a.
  • the reaction temperature is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably ⁇ 10 ° C. to 60 ° C., more preferably 20 ° C. to 50 ° C.
  • the reaction time is n + p polymerization oligonucleotide (va or vb) obtained in step c or n polymerization oligonucleotide (ia or iib) obtained in step a, and the type of reagent used to modify the phosphorus atom used. Depending on the reaction temperature, etc., it is preferably 1 minute to 24 hours, more preferably 10 minutes to 12 hours, and even more preferably 30 minutes to 6 hours.
  • the oxidizing agent and the sulfiding agent may induce an undesirable side reaction after the completion of the reaction or after the next step.
  • a reducing agent may be added after the end of the reaction. Can be used for quenching.
  • a trivalent phosphorus reagent for example, trialkyl phosphite such as trimethyl phosphite, triethyl phosphite, tris (2-carboxyethyl) phosphine, dimethyl phosphite, A reducing agent such as dialkyl phosphite such as diethyl phosphate) or sodium thiosulfate is used.
  • the quenching process can be omitted.
  • step d When step d is performed after step c, the compound represented by the formula (iva or ivb) or a salt thereof in scheme 5 or 6 or the scheme (ia or iib) in scheme 3 or 4 after the reaction in step d. ) Or a salt thereof may remain, if necessary, the obtained solution may be subjected to a capping reaction.
  • the capping reaction may be carried out using an acid anhydride such as acetic anhydride, benzoic anhydride, or in addition to the aforementioned condensing agent, triethylammonium salt of methyl-H-phosphonate, triethylammonium salt of ethyl-H-phosphonate, isopropyl- It can be carried out in a conventional manner using ammonium salts of alkyl-H-phosphonates such as triethylammonium salt of H-phosphonate and triethylammonium salt of 2-cyanoethyl-H-phosphonate.
  • the capping reaction may be performed after step c described above. When step d is performed after step a, the capping reaction is not performed after step d.
  • Step e is a step in which the oligonucleotide is precipitated by adding a polar solvent to the reaction solution obtained in any of steps a to d, and is obtained by solid-liquid separation.
  • polar solvents in step e include alcohol solvents such as methanol, ethanol and isopropanol n-butanol; nitrile solvents such as acetonitrile and propionitrile; ketone solvents such as acetone and 2-butanone; dimethylformamide and dimethyl
  • An amide solvent such as acetamide and N-methylpiperidone, a sulfoxide solvent such as dimethyl sulfoxide; water, and a mixture of two or more of these are used.
  • the polar solvent in step e is preferably an alcohol solvent or a nitrile solvent, more preferably an alcohol solvent having 1 to 6 carbon atoms or a nitrile solvent having 1 to 6 carbon atoms, particularly preferably methanol or acetonitrile. is there.
  • step e When performing step e using the reaction solution obtained in step d, by using a solution obtained by adding the aforementioned reducing agent to methanol or acetonitrile as a precipitation solvent, a quenching treatment of a reagent that modifies a phosphorus atom, At the same time, step e can be performed.
  • the target oligonucleotide can be obtained with high purity and high yield by repeating the above steps a to e a desired number of times.
  • Step f (Deprotection and oligonucleotide isolation step)
  • the oligonucleotide can be isolated by performing deprotection according to the types and properties of the basic protecting group, the temporary protecting group, and the pseudo solid phase protecting group. Deprotection methods are described, for example, in PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS, 3rd edition, John WILLY & Sons (1999), etc. According to the deprotection method that has been described, a step of removing all the protecting groups of the oligonucleotide can be performed.
  • the pseudo-solid phase protecting group and the basic protection protecting the basic protective group such as benzoyl group, isobutyryl group, phenoxyacetyl group, acetyl group, levulinyl group, phosphate diester bond or thiophosphate diester bond
  • the 2-cyanoethyl group which is a group, can be completely removed by treatment with aqueous ammonia, aqueous ammonia / ethanol solution, or a mixture of aqueous ammonia and aqueous methylamine.
  • the temporary protecting group at the 5′-position or 3′-position can be removed by treatment with the fluorine reagent, acid or base used in step a, or a solution obtained by appropriately diluting them.
  • a method of removing a basic protecting group such as benzoyl group, isobutyryl group, phenoxyacetyl group, acetyl group, levulinyl group, etc. with an inorganic base (potassium carbonate or the like) can also be used.
  • the phosphodiester bond protected with the basic protecting group can be obtained by, for example, the method described in Journal of the Chemical Society Parkin Transaction 1, 1999, pages 1477-1486 ((E) -2-nitrobenzaldoxime, pyridine It can be converted into a phosphodiester bond by deprotection with an oxime compound such as -2-aldoxime and a base such as 1,1,3,3-tetramethylguanidine and DBU.
  • a thiophosphate diester bond protected with a basic protecting group that can be deprotected by ⁇ elimination, such as a 2-cyanoethyl group, can be converted to a thiophosphate diester bond by deprotection under the basic conditions.
  • the thiophosphoric acid diester bond protected with other basic protecting group is, for example, a method described in Journal of the Chemical Society Parkin Transaction 1, 1999, pages 1477 to 1486 (a method of treating with the oxime compound and the base). Etc.) can be converted into a phosphodiester bond. Since an oligonucleotide having no protecting group is easily degraded by an enzyme, it is preferable to isolate the oligonucleotide under air cleanliness control.
  • step a to step d and step f can apply the same method as a general liquid phase organic synthesis reaction. That is, the reaction can be followed using thin layer silica gel chromatography, high performance liquid chromatography or the like.
  • oligonucleotide obtained from step e or step f can be further led to a desired oligonucleotide derivative by subjecting it to an organic synthesis reaction.
  • Oligonucleotides can also be produced using Method A or Method B using oligonucleotides produced using Method A and oligonucleotides produced using Method B.
  • the 5′-hydroxy group H-phosphonate of the n-polymerized oligonucleotide obtained in step b in Method A (iii), and the n-polymerized oligonucleotide (iib) obtained in Step a in Method B Can be condensed with a phosphite diester bond under the same conditions as in Step c.
  • This process is shown in Scheme 9.
  • the symbols in the scheme are the same as defined above, and n in formula (iii) and n in formula (iib) may be the same or different.
  • Z in formula (iii) and Z in formula (iib) May be the same or different.
  • an H-phosphonate body (iiib) of the 5′-hydroxy group of the n-polymerized oligonucleotide obtained in step b in Method B, and the n-polymerized oligonucleotide (iii) obtained in Step a in Method A; Can be condensed with a phosphite diester bond under the same conditions as in Step c.
  • This step is shown in Scheme 10.
  • the symbols in the scheme are the same as defined above, and n in formula (iiib) and n in formula (ia) may be the same or different, and Z in formula (iii) and Z in formula (iii) May be the same or different.
  • the condensed nucleoside or oligonucleotide (vii) having a pseudo solid phase protecting group is precipitated in the same manner as in step e
  • a separation step obtained by separation can be performed.
  • a nucleoside or oligonucleotide (viii) in which the phosphite diester bond having a pseudo solid phase protecting group is converted in the same manner as in step e. Can be precipitated, and a separation step obtained by solid-liquid separation can be carried out.
  • the oligonucleotide can be isolated by performing deprotection according to the types and properties of the basic protecting group, temporary protecting group and pseudo solid phase protecting group.
  • At least one of the two Z possessed by the condensate (vii) by the phosphite diester bond or the converter (viii) of the phosphite diester bond is a basic protecting group, and the basic protecting group is temporarily protected
  • the condensate (vii) by the phosphite diester bond, or the converted product (viii) of the phosphite diester bond is represented by the formula (ia or ib) in Scheme 1 or 2. Step a in Method A or Method B can be carried out.
  • oligonucleotides are pharmaceuticals for various humans or animals (RNA, DNA, oligonucleotide drugs, etc.), functional foods, specified health foods, foods, chemicals, biopolymer materials, industrial polymers It can be used for various applications such as materials.
  • the starting material in the oligonucleotide production method is a known functional group transformation method (eg, Comprehensive Organic Transformations) such as existing oxidation, reduction, hydrolysis, esterification reaction, amide condensation, etc. 2nd edition (Comprehensive Organic Transformations, Second Edition), by RC Larock, Wiley-VCH (1999), etc.)
  • a nucleoside in which a nucleobase is bonded to a ribose bridged at the 2′-position and the 4′-position with —CSNR 14 — R 14 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group
  • R 13 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group
  • a protection reaction and a deprotection reaction are performed as necessary using a thiocarbonylating reagent (eg, Lawson reagent) from a nucleoside having a structure bridged by Can be synthesized.
  • a thiocarbonylating reagent eg, Lawson
  • a nucleoside or oligonucleotide into which a pseudo solid phase protecting group has been introduced can be produced by the following method, but the following production method is an example of a general production method, and the pseudo solid phase according to the present embodiment is used.
  • the method for producing a nucleoside or the like into which a phase protecting group has been introduced is not limited.
  • a nucleoside or oligonucleotide having a group in which m is 0 is introduced, for example, a carboxylic acid represented by the following formula (X-1) or the following formula It can be obtained by reacting the carboxylic acid halide represented by (X-2) with a hydroxyl group or nucleobase of a nucleoside or oligonucleotide.
  • X means a halogen atom, and other symbols are the same as defined above.
  • N, N, N ′, N′-tetramethyl is used in a solvent.
  • Pseudo solid phase protecting groups can be introduced into nucleosides or oligonucleotides using condensing agents such as —O- (benzotriazol-1-yl) uronium hexafluorophosphate and carbonyldiimidazole. If necessary, an additive such as 1-hydroxybenzotriazole can be used in combination.
  • Solvents include halogen solvents such as chloroform, dichloromethane and 1,2-dichloroethane; aromatic solvents such as benzene, toluene, xylene and mesitylene; ester solvents such as ethyl acetate and isopropyl acetate; hexane, pentane, heptane, Aliphatic solvents such as octane, nonane, cyclohexane; ether solvents such as tetrahydrofuran, diethyl ether, cyclopentyl methyl ether, tert-butyl methyl ether; N, N-dimethylformamide, N, N-dimethylacetamide, N-methylpyrrolidone And amide solvents such as
  • the carboxylic acid or acid halide may be converted into a known functional group transformation method such as oxidation, reduction, hydrolysis (for example, Comprehensive Organic Transformations, Second Edition). Edition), RCLarock, Wiley-VCH (1999), etc.).
  • a known functional group transformation method such as oxidation, reduction, hydrolysis (for example, Comprehensive Organic Transformations, Second Edition). Edition), RCLarock, Wiley-VCH (1999), etc.).
  • an arbitrary bond among the bond between L 1 and L 2 2 is formed using the above condensation method or functional group conversion method
  • a pseudo solid phase protecting group can be introduced step by step.
  • L 2 is —COO—, —CON (R 2 ) —, OCO— or —N (R 2 ) CO—
  • the ester bond or amide bond contained in L 2 is converted into the above condensation method or functional group.
  • a pseudo solid phase protecting group can also be introduced step by step using a conversion method or the like.
  • L 4 is —COO—, —CON (R 2 ) —, OCO— or —N (R 2 ) CO—.
  • R 2 is the same as defined above.
  • m is 0, and L 2 is —COO— or —CON (R 2 Nucleosides or oligonucleotides having groups that are-)-can be produced.
  • L 1 is the same as defined above.
  • the condensation of is usually in a solvent with dicyclohexylcarbodiimide, 1-ethyl-3- (3-dimethylaminopropyl) carbodiimide hydrochloride, N, N, N ′, N′-tetramethyl-O- (benzotriazole-1- I) It is carried out using a condensing agent such as uronium hexafluorophosphate or carbonyldiimidazole. If necessary, an additive such as 1-hydroxybenzotriazole can be used in combination.
  • the solvent is the same as in the reaction of the compound represented by the formula (X-1) or the formula (X-2) with the nucleoside or oligonucleotide.
  • a group or a nucleobase is condensed under the same conditions as in the above condensation reaction, and a deprotection reaction is performed as necessary, whereby an alcohol compound represented by the following formula (X-12) or the following formula (X— 13) to obtain an amino compound represented by the formula (X-12) or an amino compound represented by the formula (X-13) and a formula (X-14)
  • the quasi-solid phase protecting group represented by the formula (I) wherein the carboxy compound or the arylcarboxylic acid halide represented by the formula (X-15) is condensed under the same conditions as in the condensation reaction.
  • L 4 has a group which is CO- -OCO- or -N (R 2), can be prepared nucleoside
  • P 1 represents a protecting group for hydroxy group
  • P 2 represents a protecting group of amino group
  • X represents a halogen atom
  • P 1 is hydroxy
  • the protecting group can be selected from a temporary protecting group or a basic protecting group
  • P 2 can be selected from a basic protecting group that protects an amino group.
  • a nucleoside or oligonucleotide having a group in which m is 1 is introduced, for example, an alkyl halide represented by the following formula (X-3) and a nucleoside or It can be obtained by reacting the oligonucleotide with a hydroxy group or nucleobase in a solvent.
  • X means a halogen atom, and other symbols are the same as defined above.
  • a base (potassium carbonate, triethylamine, etc.) is used for the reaction between the alkyl halide represented by the formula (X-3) and the nucleoside or oligonucleotide.
  • the solvent the above-mentioned halogen solvents, aromatic solvents, ester solvents, aliphatic solvents, ether solvents, amide solvents or the like are used, and among them, amide solvents are used.
  • the alkyl halide represented by the formula (X-3) is obtained by reacting the carboxylic acid represented by the formula (X-1) with chloromethanesulfonic acid chloride in a solvent (described in International Publication No. 2014-144285). And by reacting the carboxylic acid represented by the formula (X-1), paraformaldehyde and zinc chloride in a solvent (Journal of Medicinal Chemistry, 2009, Vol. 52, pp. 771-778). Method).
  • an arbitrary bond can be converted using the above condensation method or functional group conversion method.
  • a pseudo solid phase protecting group can be introduced stepwise.
  • L 2 is —COO—, —CON (R 2 ) —, OCO— or —N (R 2 ) CO—
  • the ester bond or amide bond contained in L 2 is converted into the above condensation method or functional group.
  • a pseudo solid phase protecting group can also be introduced step by step using a conversion method or the like. The same applies when L 4 is —COO—, —CON (R 2 ) —, OCO— or —N (R 2 ) CO—.
  • R 2 is the same as defined above.
  • NMR nuclear magnetic resonance spectrum
  • MS mass spectrometry
  • MS was measured by ESI (electrospray ionization) method under the following condition 1 unless otherwise specified.
  • ESI + means ESI positive ion mode
  • ESI ⁇ means ESI negative ion mode.
  • Condition 1 Device: AB SCIEX TripleTOF 5600
  • Aqueous layer 10 mM ammonium formate aqueous solution
  • the mixing ratio of the organic layer and the aqueous layer was linearly changed to 90/10 in 10 minutes after the start of measurement at 50/50. Thereafter, the mixing ratio of the organic layer and the aqueous layer was fixed to 90/10 for 5 minutes.
  • nucleic acid monomer used for oligonucleotide synthesis 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) thymidine [OH], 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-hydroxyphos Finylthymidine triethylamine salt [p (H)] and 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-cyanoethoxy (diisopropylamino) phosphinothymidine [PA] were selected. Each solid was stirred at 100 ° C., and HPLC analysis was performed after a certain period of time. The result is shown in FIG.
  • FIG. 1 shows that nucleosides are more stable than H-phosphonates and amidites.
  • tert-butyldimethylsilyl chloride (16.62 g, 110 mmol) was added to a suspension of thymidine (24.20 g, 100 mmol) in pyridine (60 mL) at 0 ° C., and the mixture was stirred for 22 hours and 29 minutes.
  • the solvent was distilled off under reduced pressure, and methylene chloride and water were added for liquid separation.
  • Methylene chloride was added to the obtained aqueous layer for liquid separation, and the obtained organic layers were combined, washed with 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and washed with water.
  • Step 1 Synthesis of 5′-O- (tert-butyldimethylsilyl) uridine Under nitrogen atmosphere, uridine (12.03 g, 49.3 mmol), imidazole (6.74 g, 99.0 mmol) in N, N-dimethylformamide [ To a DMF] (120 g) solution, tert-butyldimethylsilyl chloride (7.76 g, 51.5 mmol) was added at room temperature, and the mixture was stirred for 5 hours and 1 minute. The reaction mixture was added dropwise to water (240 g), and the precipitated solid was filtered.
  • Step 2 Synthesis of 5′-O- (tert-butyldimethylsilyl) -2′-O-triisopropylsilyluridine
  • 5′-O- (tert-butyldimethylsilyl) uridine (5.40 g, 15. 1 mmol)
  • silver nitrate [AgNO 3 ] (10.3 g, 60.6 mmol)
  • pyridine 6.1 mL, 75 mmol
  • THF 50 mL
  • triisopropylsilyl chloride 11.65 g, 60.4 mmol
  • the reaction mixture was filtered through celite, the solvent was evaporated under reduced pressure, and ethyl acetate was added. Water was added for liquid separation, and ethyl acetate was added to the obtained aqueous layer for liquid separation.
  • the obtained organic layers were combined, washed with 6% aqueous potassium hydrogen carbonate solution, and washed with water.
  • the solvent was distilled off under reduced pressure, hexane was added to precipitate a solid, cooled to 0 ° C., filtered, and filtered with 5′-O- (tert-butyldimethylsilyl) -2′-O-triisopropylsilyluridine (5. 24 g, 68% yield) was obtained as a white solid.
  • Step 1 Synthesis of Compound 2 Under a nitrogen atmosphere, triethylamine (6.21 mL) was added to a solution of Compound 1 (8.02 g, 22.4 mmol) and succinic anhydride (3.35 g, 33.5 mmol) in methylene chloride (80 g) at room temperature. , 44.8 mmol) was added and stirred for 4 hours 3 minutes. To the reaction mixture, 2.0M phosphoric acid-triethylamine aqueous solution was added for liquid separation.
  • Step 2 Synthesis of Compound 3 Under a nitrogen atmosphere, the method described in Compound 2 (2.79 g, 5.0 mmol), 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl alcohol (Tetrahedron, 2011, 67, 6633-6663) 2- (1H-benzotriazol-1-yl) -1,1,3,3-tetramethyluronium in a solution of (3.13 g, 3.4 mmol) in methylene chloride (65 g) at room temperature Hexafluorophosphate [HBTU] (2.55 g, 6.7 mmol), diisopropylethylamine (1.2 mL, 7.1 mmol) and dimethylaminopyridine [DMAP] (847 mg, 6.9 mmol) were added and stirred for 1 hour and 8 minutes.
  • HBTU Hexafluorophosphate
  • DMAP dimethylaminopyridine
  • Step 1 Synthesis of Compound 6 Under a nitrogen atmosphere, hydrogen fluoride-pyridine (86.5 ⁇ L, 3.3 mmol) was added to a solution of Compound 3 (1.00 g, 0.74 mmol) in methylene chloride (5 mL) at 40 ° C. The mixture was stirred for 4 hours and 42 minutes, and hexamethyldisiloxane [TMS 2 O] (0.55 mL, 2.6 mmol) was added. In this reaction mixture, pyridine (8 mL) was added to 0.53 mmol of compound 3, and the mixture was concentrated under reduced pressure. Pyridine (8 mL) was added again, the mixture was concentrated under reduced pressure, and pyridine (6 mL) was added to give a pyridine solution of compound 4.
  • TMS 2 O hexamethyldisiloxane
  • Step 2 Synthesis of Compound 9 Hydrogen fluoride-pyridine (51.9 ⁇ L, 2.0 mmol) was added to a solution of Compound 6 (750 mg) in methylene chloride (4 mL) at 40 ° C. under a nitrogen atmosphere, and the mixture was stirred for 3 hours and 23 minutes. , Hexamethyldisiloxane [TMS 2 O] (0.33 mL, 1.6 mmol) was added. Pyridine (8 mL) was added and concentrated under reduced pressure. Pyridine (8 mL) was added again and concentrated under reduced pressure, and pyridine (6 mL) was added to give a pyridine solution of compound 7.
  • TMS 2 O Hexamethyldisiloxane
  • Step 1 Synthesis of Compound 12 3′-O- (tert-butyldimethylsilyl) thymidine (Berry) (3.07 g, 8.6 mmol), succinic anhydride (1.29 g, 12.9 mmol) under nitrogen atmosphere
  • a methylene chloride (31 g) solution of triethylamine (2.64 g, 26.1 mmol) was added at room temperature and stirred for 2 hours and 33 minutes.
  • 2.0M phosphoric acid-triethylamine aqueous solution was added for liquid separation.
  • Step 2 Synthesis of Compound 13 Under a nitrogen atmosphere, Compound 12 (3.73 g, 8.2 mmol), 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl alcohol (4.96 g, 5.4 mmol) in methylene chloride (224 g) To the solution was added 2- (1H-benzotriazol-1-yl) -1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate [HBTU] (4.13 g, 10.9 mmol), diisopropylethylamine (1 .42 g, 11.0 mmol) and dimethylaminopyridine (1.37 g, 11.2 mmol) were added, and the mixture was stirred for 16 hours and 18 minutes.
  • 2- (1H-benzotriazol-1-yl) -1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate [HBTU] (4.13 g, 10.9 mmol)
  • Step 3 (Elongation Reaction Cycle Step a: Deprotection) Synthesis of Compound 14
  • compound 13 (6.06 g, 4.5 mmol) in tetrahydrofuran [THF] (60 g) solution was added 1.0 M tetrabutylammonium at room temperature.
  • Fluoride [TBAF] / THF solution (4.5 mL, 4.9 mmol) was added and stirred for 1 hour and 23 minutes.
  • Methanol was added to the reaction mixture, and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 14 (5.45 g) as a white solid.
  • Step 4 (Elongation Reaction Cycle Step b: Synthesis of H-phosphonate) Synthesis of Compound 15
  • a solution of diphenyl phosphite (1.36 g, 5.8 mmol) in pyridine (15 mL) at room temperature at compound 14 (1. 05 g, 0.85 mmol) in pyridine (10 mL) was added and washed with pyridine (5 mL).
  • the mixture was stirred at 40 ° C. for 1 hour and 22 minutes, water (5.13 g) and triethylamine (3.79 g) were sequentially added, and the mixture was stirred for 14 minutes.
  • Step 5 (Elongation Reaction Cycle Steps c and d: Coupling and Oxidation) Synthesis of Compound 16
  • Compound 15 250 mg
  • 3′-O- (tert-butyldimethylsilyl) thymidine 9 mg, 0.27 mmol
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride 0.12 mL, 0.90 mmol
  • pyridine 5 mL
  • Step 1 Synthesis of Compound 18
  • a solution of Compound 17 (synthesized according to the method described in JP2011-126993A) (4.26 g, 4.8 mmol) in nitrobenzene (43 g) at 60 ° C.
  • Succinic acid monoethyl chloride (1.36 mL, 9.7 mmol) was added, aluminum chloride (1.30 g, 9.8 mmol) was added, and the mixture was stirred at 60 ° C. for 2 hr 2 min.
  • the mixture was cooled to room temperature and washed twice with water. Methanol was added to the obtained organic layer to precipitate a solid, which was filtered to obtain a pale yellow solid.
  • Step 2 Synthesis of Compound 19 Under a nitrogen atmosphere, a solution of compound 18 (3.56 g, 3.6 mmol) and compound 1 (1.98 g, 5.6 mmol) in methylene chloride (22 g) at room temperature was treated with 2- (1H-benzoic acid). Triazol-1-yl) -1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate [HBTU] (2.75 g, 7.3 mmol), diisopropylethylamine (1.23 mL, 7.2 mmol), dimethylaminopyridine (0.91 g, 7.4 mmol) was added and stirred for 1 hour 31 minutes. Water was added to the reaction mixture for liquid separation.
  • HBTU Triazol-1-yl) -1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate
  • Step 3 Synthesis of Compound 20 Under a nitrogen atmosphere, hydrogen fluoride-pyridine (3 ⁇ L) was added to a solution of compound 19 (22.5 mg) in methylene chloride (0.3 mL), and the mixture was stirred for 7 hours and 3 minutes. Trimethylsilyl chloride [TMSCl ] (10 ⁇ L) was added. Pyridine (0.1 mL) was added, phosphorous acid (2.9 mg) and 2,2-dimethylbutyryl chloride (20 ⁇ L) were added, and compound 1 (12.9 mg) was added. The mixture was stirred for 2 days, 2,2-dimethylbutyryl chloride (10 ⁇ L) was added, and the mixture was further stirred for 1 hour and 28 minutes.
  • TMSCl Trimethylsilyl chloride
  • Step 1 Synthesis of Compound 22 Under a nitrogen atmosphere, 2,2-dimethylbutyryl chloride (0.33 mL, 2.4 mmol) was added to a solution of phosphorous acid (329 mg, 4.0 mmol) in pyridine (11 mL) at 40 ° C. And stirred for 32 minutes.
  • Compound 21 (synthesized according to the method described in International Publication No. 2014-077292) (492 mg, 0.39 mmol) was added to this solution and washed with pyridine (0.40 mL). The mixture was stirred at 40 ° C. for 3 hours and 40 minutes, and acetonitrile was added to precipitate a solid.
  • Step 2 Synthesis of Compound 23 Under a nitrogen atmosphere, a solution of compound 22 (453 mg) and compound 1 (177 mg, 0.50 mmol) in pyridine (9 mL) at 25 ° C. with 2,2-dimethylbutyryl chloride (0.14 mL, 1 0.0 mmol) was added and stirred for 28 minutes. 2,2-Dimethylbutyryl chloride (0.14 mL, 1.0 mmol) was added and stirred for a further 44 minutes, followed by a solution of pyridine, THF and water (4.0 mL, 0.40 mmol) containing 0.1 M iodine.
  • Step 2 Synthesis of Compound 25 Under a nitrogen atmosphere, hydrogen fluoride-pyridine (8.3 ⁇ L, 0.32 mmol) was added to a solution of Compound 24 (99 mg, 0.070 mmol) in methylene chloride (0.5 mL) at 40 ° C. Stir for 3 hours 34 minutes and add hexamethyldisiloxane [TMS 2 O] (53 mL, 0.25 mmol). Pyridine (1 mL) was added and concentrated under reduced pressure. Pyridine (1 mL) was added again and concentrated under reduced pressure, and pyridine (0.8 mL) was added to give a pyridine solution of the deprotected compound.
  • TMS 2 O hexamethyldisiloxane
  • Step 3 Synthesis of Compound 26 Under a nitrogen atmosphere, a solution of Compound 25 (69 mg) and Compound 1 (28 mg, 78 mmol) in pyridine (1.4 mL) at 25 ° C. with 2,2-dimethylbutyryl chloride (35 ⁇ L, 0.25 mmol). ) And stirred for 48 minutes. Thereafter, a solution of pyridine, THF and water (0.6 mL, 0.060 mmol) containing 0.1 M iodine was added and stirred for 1 hour, and trimethyl phosphite (1.2 ⁇ L, 0.010 mmol) was added.
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride (47 ⁇ L, 0.34 mmol) was added to a solution of compound 25 (100 mg) and compound 1 (38 mg, 0.11 mmol) in pyridine (5.0 mL) at 25 ° C. Stir for 14 minutes. Then, a solution of pyridine and water (1.7 mL, 0.085 mmol) containing 0.05 M iodine was added, stirred for 55 minutes, and a solution of pyridine and water (0.41 mL, 0.05 M iodine) was added. 0.021 mmol) was added and stirred for 38 minutes.
  • Step 1 Synthesis of Compound 31 In a nitrogen atmosphere, N- (2-hydroxyethyl) -N-methyl-3,4,5-tris (octadecyloxy) benzamide (in accordance with the method described in JP-A No. 2001-253896) To a solution of (synthesized) (5.0 g, 5.1 mmol) and succinic anhydride (1.0 g, 10 mmol) in methylene chloride (50 g) was added triethylamine (2.1 mL, 15 mmol) at room temperature and stirred for 1 hour and 57 minutes. did.
  • Step 2 Synthesis of Compound 32
  • a solution of compound 31 (1.0 g, 0.92 mmol) and compound 1 (0.51 g, 1.4 mmol) in methylene chloride (25 mL) at room temperature with HBTU (0.70 g, 1.8 mmol), diisopropylethylamine (0.31 mL, 1.8 mmol) and DMAP (0.23 g, 1.9 mmol) were added, and the mixture was stirred for 1 hour and 9 minutes. Thereafter, the reaction mixture was added to methanol (102 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 32 (1.3 g, yield 99%) as a white solid.
  • Step 3 Synthesis of Compound 33 Under a nitrogen atmosphere, a 1.0 M TBAF / THF solution (0.95 mL, 0.95 mmol) was added to a solution of Compound 32 (1.2 g, 0.86 mmol) in THF (10 mL) at room temperature. Stir for 1 hour 10 minutes. Thereafter, the reaction mixture was added to methanol (123 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 33 (1.2 g, quantitative) as a light skin-colored solid.
  • Step 4 Synthesis of Compound 34 Under a nitrogen atmosphere, 2,2-dimethylbutyryl chloride (0.68 mL, 5.0 mmol) was added to a solution of phosphorous acid (0.63 g, 7.6 mmol) in pyridine (20 mL) at 40 ° C. And stirred for 32 minutes. Compound 33 (1.0 g, 0.77 mmol) was added to this solution, and the mixture was stirred at 40 ° C. for 3 hours 3 minutes. Stir. Thereafter, the reaction mixture was added to acetonitrile (210 g), and the precipitated solid was filtered to obtain compound 34 (1.0 g) as a white solid.
  • Step 5 Synthesis of Compound 35 Under a nitrogen atmosphere, a solution of Compound 34 (106 mg) and Compound 1 (43 mg, 0.12 mmol) in pyridine (2.0 mL) at 25 ° C. with 2,2-dimethylbutyryl chloride (49 ⁇ L, 0 .36 mmol) was added and stirred for 30 minutes. Then, a solution of pyridine and water (2.0 mL, 0.10 mmol) containing 0.05 M iodine was added, stirred for 38 minutes, and a solution of pyridine and water containing 0.05 M iodine (0.13 mL, 0 mL). .0063 mmol) was added and stirred for 10 minutes.
  • dimethyl phosphite (3.3 ⁇ L, 0.036 mmol) was added, and the mixture was stirred at 100 ° C. for 3 hours and 33 minutes.
  • the reaction mixture was concentrated under reduced pressure, pyridine (5.0 mL) was added, the mixture was again concentrated under reduced pressure, and pyridine (1.5 mL) was added.
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride 64 ⁇ L, 0.46 mmol was added to a solution of phosphorous acid (64 mg, 0.77 mmol) in pyridine (2.0 mL) at 40 ° C. and stirred for 28 minutes.
  • the reaction mixture containing the above deprotected compound was added to this solution, and the mixture was stirred at 40 ° C.
  • the condensing agent was HBTU (16.1 mg, Example 18), 1,1′-carbonyldiimidazole [CDI] (5.6 mg, Example 19), methanesulfonyl chloride [MsCl.
  • Example 25 1 mg, Example 25), isobutyryl chloride (3.8 ⁇ L, Example 26), acetyl chloride (2.6 ⁇ l) L, Example 27), propionyl chloride (3.1 ⁇ L, Example 28) or butyryl chloride (3.7 ⁇ L, Example 29) was changed to give compound 29.
  • Example 29 Compound 29 was obtained as the main product.
  • Step 1 Synthesis of Compound 39 In a nitrogen atmosphere, 5′-O- (tert-butyldimethylsilyl) -2′-deoxycytidine (Journal of Organic Chemistry, 2011, Vol. 76, pages 105-126) 1-hydroxybenzotriazole at 40 ° C. in a mixed solution of (2.5 g, 7.3 mmol) and compound 31 (5.3 g, 4.9 mmol) in methylene chloride (155 mL) and DMF (25 mL).
  • Step 2 Synthesis of Compound 40 Compound 39 (6.7 g, 4.8 mmol), DMAP (0.062 g, 0.50 mmol), levulinic acid (0.86 g, 7.4 mmol) in THF (69 g) under nitrogen atmosphere was added WSC ⁇ HCl (1.4 g, 7.5 mmol) at room temperature and stirred for 50 minutes. Then, DMAP (0.26 g, 2.1 mmol) was added and stirred at room temperature for 3 days. After filtration of the reaction mixture, the obtained filtrate was concentrated under reduced pressure, and THF (38 g) was added to form a solution, and then added to acetonitrile (505 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 40 (6.7 g, yield).
  • Step 3 Synthesis of Compound 41 Under a nitrogen atmosphere, Compound 37 (6.5 g, 4.3 mmol), acetic acid (2.9 mL, 50 mmol) in THF (71 g) solution at 30 ° C. in 1.0 M TBAF / THF solution (28 mL) 28 mmol), and the mixture was stirred for 4 hours 53 minutes. Thereafter, the reaction mixture was added to methanol (531 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 41 (6.0 g, quantitative) as a white solid.
  • Step 4 Synthesis of Compound 42 Under a nitrogen atmosphere, 2,2-dimethylbutyryl chloride (1.28 mL, 9.3 mmol) was added to a solution of phosphorous acid (1.20 g, 14.6 mmol) in pyridine (40 mL) at 40 ° C. And stirred for 30 minutes. Compound 41 (2.0 g, 1.4 mmol) was added to this solution, and the mixture was stirred at 40 ° C. for 1 hour and 23 minutes. Thereafter, the reaction mixture was added to acetonitrile, and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 42 (2.2 g) as a white solid.
  • Step 5 Synthesis of Compound 43 Under a nitrogen atmosphere, a solution of Compound 42 (96 mg) and Compound 1 (36 mg, 0.10 mmol) in pyridine (2.0 mL) at 40 ° C. with 2,2-dimethylbutyryl chloride (45 ⁇ L, 0 .33 mmol) was added and stirred for 23 minutes. Thereafter, a solution of pyridine and water (2.6 mL, 0.13 mmol) containing 0.05 M iodine was added and stirred for 1 hour and 29 minutes. Then, after adding dimethyl phosphite (3.0 microliters, 0.033 mmol) and water (0.26 mL, 14.4 mmol), it stirred at 70 degreeC for 15 hours and 55 minutes. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 43 as the main product. MS (ESI ⁇ ): [M ⁇ H] ⁇ 1694.1110.
  • Step 1 Synthesis of Compound 44 Under a nitrogen atmosphere, Compound 42 (0.94 g) and 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) thymidine (manufactured by Tokyo Chemical Industry Co., Ltd.) (0.49 g, 0.91 mmol)
  • pyridine 20 mL
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride 0.42 mL, 3.0 mmol
  • a solution of pyridine, THF and water 9.1 mL, 0.91 mmol) containing 0.1 M iodine was added and stirred for 20 minutes.
  • Step 2 Synthesis of Compound 45
  • Compound 44 (0.98 g) and 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) thymidine (manufactured by Tokyo Chemical Industry Co., Ltd.) (0.45 g, 0.83 mmol)
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride (0.38 mL, 2.8 mmol) was added at 25 ° C., and the mixture was stirred for 27 minutes. Thereafter, a solution of pyridine, THF and water (8.3 mL, 0.83 mmol) containing 0.1 M iodine was added and stirred for 44 minutes.
  • Step 3 Synthesis of Compound 46 Under a nitrogen atmosphere, Compound 45 (1.16 g) and 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) thymidine (manufactured by Tokyo Chemical Industry Co., Ltd.) (0.43 g, 0.81 mmol) 2,2-Dimethylbutyryl chloride (0.37 mL, 2.7 mmol) was added to the pyridine (20 mL) solution at 25 ° C., and the mixture was stirred for 29 minutes. Thereafter, a solution of pyridine, THF and water (8.1 mL, 0.81 mmol) containing 0.1 M iodine was added and stirred for 25 minutes.
  • the sulfurizing agent was 3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1.
  • the reaction was carried out by changing to -dioxide (3.3 mg), and the reaction mixture after sulfidation was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 48 as a main product.
  • Example 40 Using a quarter of the reaction solution after the coupling reaction obtained in Example 40, the reaction was carried out under the same conditions as in Example 37 except that the sulfurizing agent was changed to tetraethylthiuram disulfide (4.4 mg). The reaction mixture after sulfurization was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 48 as a main product.
  • Example 50 To one of the solutions divided into three in Example 50 (compound 4: corresponding to 0.093 mmol), N-methylmorpholine (0.45 mL, 4.1 mmol) was added, followed by acetonitrile (43 g) to add a solid. Precipitation was carried out, followed by ice cooling, followed by filtration to obtain compound 5d (96 mg) as a solid.
  • dodecanethiol (6.8 mL, 29 mmol) was added to a mixed solution of phthalimide (4.0 g, 27 mmol) in acetonitrile (15 mL) and pyridine (12 mL), and bromine (1.7 mL, 33 mmol) was added at room temperature.
  • Acetonitrile (20 mL) solution was added dropwise over 40 minutes, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours and 43 minutes.
  • Methanol (32 g) and water (5 g) were added and the mixture was cooled to 0 ° C., and the precipitated solid was filtered to obtain the desired product (6.0 g) as a white solid.
  • 2-mercaptobenzothiazole (4.8 g, 29 mmol) was added to a mixed solution of phthalimide (4.0 g, 27 mmol) in acetonitrile (15 mL) and pyridine (12 mL), and bromine (1.7 mL, 33 mmol) in acetonitrile (20 mL) was added dropwise over 38 minutes and stirred at room temperature for 4 hours 30 minutes.
  • Methanol (30 g) and water (5 g) were added and stirred for 17 minutes, and the precipitated solid was filtered to obtain the desired product (6.8 g) as a pale pink solid.
  • Example 53 The reaction was conducted under the same conditions as in Example 53 except that the condensing agent was changed to pentafluorophenyl acetate (7.1 mg), and the reaction mixture after sulfidation was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 55 as a main product. .
  • Example 53 The reaction was carried out under the same conditions as in Example 53 except that the condensing agent was changed to diphenyl chlorophosphate (4.2 ⁇ L), and the reaction mixture after sulfidation was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 55 as the main product.
  • Step 1 Synthesis of 3′-O- (tert-butyldiphenylsilyl) -5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine N 4 -benzoyl-3′-O under nitrogen atmosphere -(Tert-Butyldiphenylsilyl) -5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -2'-deoxycytidine (Biochemistry, 2004, Vol.
  • Step 2 Synthesis of Compound 62 3′-O- (tert-butyldiphenylsilyl) -5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine (2.5 g, 3. 2 mmol) and compound 31 (2.2 g, 2.0 mmol) in a mixed solution of methylene chloride (70 mL) and pyridine (14 mL) at 40 ° C. were added HOBt (anhydrous) (0.35 g, 2.6 mmol) followed by WSC ⁇ HCl (0.92 g, 4.8 mmol) was added and stirred for 2 hours and 26 minutes.
  • HOBt anhydrous
  • Step 3 Synthesis of Compound 63 Under a nitrogen atmosphere, pyrrole (0.39 mL, 5.7 mmol) was added to a solution of Compound 62 (3.5 g, 1.9 mmol) in methylene chloride (35 g) at room temperature, and dichloroacetic acid ( 1.6 mL, 19 mmol) was added and stirred for 1 hour 53 minutes. Pyridine (0.77 mL, 9.5 mmol) was added, the reaction mixture was added to methanol (351 g), and the precipitated solid was filtered to obtain compound 63 (2.8 g) as a white solid.
  • Step 4 Synthesis of Compound 64 Under a nitrogen atmosphere, 2,2-dimethylbutyryl chloride (0.41 mL, 3.0 mmol) was added to a solution of phosphorous acid (0.39 g, 4.7 mmol) in pyridine (14 mL) at 40 ° C. And stirred for 30 minutes. Compound 63 (0.70 g, 0.46 mmol) was added to this solution at 30 ° C., and the mixture was stirred at 30 ° C. for 46 minutes. Thereafter, 2,2-dimethylbutyryl chloride (0.38 mL, 2.7 mmol) was added and stirred for 58 minutes.
  • Step 5 Synthesis of Compound 65 Under a nitrogen atmosphere, a solution of compound 64 (0.70 g) and 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) thymidine (0.37 g, 0.68 mmol) in pyridine (20 mL) was added. Bispentafluorophenyl carbonate (0.57 g, 1.4 mmol) was added at room temperature and stirred for 24 minutes. Then N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide (0.17 g, 0.71 mmol) was added and stirred for 16 hours 54 minutes. The reaction mixture was added to methanol (200 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 65 (0.88 g).
  • Step 1 Synthesis of Compound 67 Under a nitrogen atmosphere, 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) thymidine (manufactured by Tokyo Chemical Industry Co., Ltd.) (0.34 g) was added to a solution of Compound 42 (1.5 g) in pyridine (20 mL). 0.62 mmol) and bispentafluorophenyl carbonate (0.74 g, 1.9 mmol) were added and stirred for 22 minutes. Thereafter, N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide (0.19 g, 0.81 mmol) was added and stirred for 15 hours and 29 minutes to obtain a reaction solution containing Compound 82.
  • Step 2 Under the same conditions as in Synthesis Step 1 of Compound 68 , Compound 67 is used instead of Compound 42, and N 4 -benzoyl-5′-O is used instead of 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) thymidine. Reaction was performed using-(4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine (Tokyo Chemical Industry Co., Ltd.) (0.60 g) to obtain Compound 68 (0.97 g) as a white solid. MS (ESI ⁇ +> ): [M + H] ⁇ +> 2291.1664.
  • Step 1 Synthesis of Compound 67 Under a nitrogen atmosphere, 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) thymidine (manufactured by Tokyo Chemical Industry Co., Ltd.) (0.44 g) was added to a solution of Compound 42 (1.2 g) in pyridine (20 mL). 0.80 mmol) and bispentafluorophenyl carbonate (0.67 g, 1.7 mmol) were added and stirred for 23 minutes. N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide (0.19 g, 0.83 mmol) was then added and stirred for 1 hour and 32 minutes.
  • Step 2 Synthesis of Compound 68 Under a nitrogen atmosphere, N 4 -benzoyl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine (in a pyridine (19 mL) solution of Compound 67 (0.72 g) ( Tokyo Chemical Industry Co., Ltd. (0.49 g, 0.77 mmol) and bispentafluorophenyl carbonate (0.60 g, 1.5 mmol) were added and stirred for 22 minutes. Thereafter, N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide (0.18 g, 0.76 mmol) was added as a sulfurizing agent, and the mixture was stirred for 1 hour and 10 minutes.
  • N 4 -benzoyl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine in a pyridine (19 mL) solution of Compound 67 (0.72 g) ( Tokyo Chemical Industry Co
  • reaction mixture was divided into two, and one was concentrated under reduced pressure. After adding toluene (10 g) and concentrating under reduced pressure three times, methylene chloride (10 mL) was added, and pyrrole (51 ⁇ L, 0.74 mmol) and dichloroacetic acid (0.20 mL, 2.4 mmol) were added at 10 ° C. And stirred for 2 hours and 10 minutes. Pyridine (1.2 mL) is added and the temperature is raised to room temperature. The reaction mixture is further divided into two parts, one is added to acetonitrile (50 g) and the precipitated solid is precipitated and filtered to give compound 77 (0.18 g) as a pale skin color. Obtained as a solid.
  • Step 3 Under the same conditions as in Synthesis Step 2 of Compound 73 , Compound 68 is used instead of Compound 67, and N 4 -benzoyl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine is used instead. And N 2 -isobutyryl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxyguanosine (Tokyo Kasei Kogyo Co., Ltd.) (86 mg) was used to give compound 73 (0. 12 g) was obtained as a white solid. MS (ESI ⁇ +> ): [M + H] ⁇ +> 2759.472.
  • Step 4 Under the same conditions as in Synthesis Step 2 of Compound 74 , Compound 73 is used instead of Compound 67, instead of N 4 -benzoyl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine.
  • the reaction was carried out using N 6 -benzoyl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxyadenosine (manufactured by Tokyo Chemical Industry Co., Ltd.) (66 mg).
  • the reaction mixture after sulfurization was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 74 as a main product.
  • the sulfurizing agent was N-[(2-cyanoethyl) thio] succinimide (Journal of Chemical Society Parkin Transaction 1, 2002, pages 2619-2633). (13.7 mg), and the reaction mixture after sulfurization was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 82.
  • Step 1 Synthesis of Compound 83 Under a nitrogen atmosphere, 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzoic acid (synthesized according to the method described in International Publication No. 2014-077292) (3.0 g, 3.2 mmol) Chloromethanesulfonic acid at room temperature in a mixed solution of sodium carbonate (1.1 g, 10 mmol), tetra-n-butylammonium hydrogen sulfate (0.13 g, 0.38 mmol) in methylene chloride (71 g) and water (30 g) Chloride (0.39 mL, 3.9 mmol) was added and stirred for 2 hours and 42 minutes.
  • sodium carbonate 1.1 g, 10 mmol
  • tetra-n-butylammonium hydrogen sulfate 0.13 g, 0.38 mmol
  • methylene chloride 71 g
  • water 30 g
  • Chloride (0.39 mL, 3.9
  • chloromethanesulfonic acid chloride 60 ⁇ L, 0.60 mmol was added and stirred for 18 minutes, and then heated to 40 ° C. and stirred for 10 minutes. Stirring was stopped, liquid separation was performed, and methylene chloride was added to the obtained aqueous layer for extraction. The obtained organic layers were combined, the solvent was distilled off under reduced pressure, acetonitrile (70 g) was added, and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 83 as a white solid (3.16 g).
  • Step 2 Synthesis of Compound 84 Under a nitrogen atmosphere, Compound 83 (1.0 g, 1.1 mmol), 5′-O- (tert-butyldimethylsilyl) -3′-O-levulinylthymidine (0.71 g, 1 .6 mmol) in DMF (50 mL), potassium carbonate (0.21 g, 1.5 mmol) was added at 70 ° C. and stirred for 2 hours and 5 minutes, and potassium carbonate (0.91 g, 6. mmol) was further added. Stir for 2 hours 44 minutes. Thereafter, the reaction mixture was added to acetonitrile (201 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 84 (1.01 g) as a yellow solid.
  • Step 3 Synthesis of Compound 85
  • Compound 84 (0.94 g, 0.67 mmol)
  • acetic acid (0.41 mL, 7.2 mmol
  • THF 10 mL
  • TBAF / THF solution at 30 ° C. (3.5 mL, 3.5 mmol)
  • the reaction mixture was added to methanol (100 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 85 (0.85 g, yield 99% (Step 3)) as a yellow solid.
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride 24 ⁇ L, 0.18 mmol was added to a solution of compound 86 (51 mg) and compound 1 (19 mg, 0.053 mmol) in pyridine (1.0 mL) at 25 ° C., Stir for 19 minutes. Then, a solution of pyridine and water (1.1 mL, 0.055 mmol) containing 0.05 M iodine was added and stirred for 36 minutes. Then, water (0.14 mL) was added, and it heated up at 70 degreeC, and stirred for 15 hours and 43 minutes.
  • reaction mixture was concentrated under reduced pressure, and the operation of adding pyridine and concentrating under reduced pressure was performed twice to obtain a reaction mixture containing a compound in which the TBS group was deprotected.
  • 2,2-dimethylbutyryl chloride 49 ⁇ L, 0.36 mmol
  • phosphorous acid 43 mg, 0.52 mmol
  • pyridine 1.5 mL
  • Step 1 Synthesis of Compound 89
  • compound 31 1.0 g, 0.92 mmol
  • sodium carbonate (0.36 g, 3.4 mmol)
  • tetra-n-butylammonium hydrogen sulfate 34 mg, 0.11 mmol
  • chloromethanesulfonic acid chloride (0.20 mL, 2.0 mmol) was added at room temperature and stirred for 41 minutes. Then, it heated up at 40 degreeC and stirred for 2 hours and 19 minutes. Stirring was stopped, liquid separation was performed, and methylene chloride was added to the obtained aqueous layer for extraction.
  • Step 2 Synthesis of Compound 90
  • Compound 89 (11 mg, 9.7 ⁇ mol), 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-levulinylthymidine (International Publication No. 2014-2004)
  • Potassium carbonate (20 mg, 0.15 mmol) was added at 60 ° C. to a DMF (0.20 mL) solution of (10 mg, 0.016 mmol) (synthesized according to the method described in No. 077292) and stirred for 19 hours and 30 minutes. .
  • the reaction mixture was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 90.
  • Step 1 Synthesis of Compound 93 3′-O- (tert-butyldiphenylsilyl) -5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxy under the same conditions as in Step 66 of Example 66
  • the reaction was carried out using 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine (Chem-Impex) (4.0 g) instead of cytidine to obtain compound 93 (7. 4 g) was obtained as a white solid.
  • Step 2 Synthesis of Compound 94 Under a nitrogen atmosphere, Compound 93 (7.4 g, 4.7 mmol), DMAP (0.065 g, 0.53 mmol), levulinic acid (0.87 g, 7.5 mmol) in methylene chloride (70 mL) To the solution was added WSC ⁇ HCl (1.4 g, 7.5 mmol) at room temperature and stirred for 5 hours and 4 minutes. Thereafter, the reaction mixture was added to acetonitrile (504 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 94 (7.9 g) as a pale yellow solid.
  • the reaction was carried out at 40 ° C. using ethylenediamine (1.5 ⁇ L) instead of hydrazine monohydrate under the same conditions as in Example 75, and the reaction mixture was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 78.
  • Step 1 Synthesis of Compound 74
  • the reaction was carried out under the same conditions as in Step 4 of Example 72, the reaction mixture after sulfurization was added to methanol, and the precipitated solid was filtered to give Compound 74 (2.3 g, 90%). Obtained as a light flesh-colored solid.
  • Step 2 Synthesis of Compound 97
  • a solution of Compound 74 (0.50 g, 0.14 mmol) in THF (20 mL) was cooled to 0 ° C., and acetic acid (3.0 mL) was added, followed by hydrazine monohydrate. (14 ⁇ L, 0.29 mmol) was added and stirred for 6 hours.
  • Acetylacetone (100 ⁇ L) was added to the reaction mixture, the temperature was raised to room temperature, and the mixture was concentrated under reduced pressure, and then added to methanol (102 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 97 (0.45 g).
  • Step 1 Synthesis of Compound 98
  • a methylene chloride solution (10 mL) of Compound 74 (0.51 g, 0.15 mmol) was cooled to 10 ° C.
  • pyrrole (30 ⁇ L, 0.43 mmol) was added, and the mixture was stirred for 14 minutes.
  • dichloroacetic acid (82 ⁇ L, 1.0 mmol) was added and stirred for 4 hours 3 minutes.
  • Pyridine 1.5 mL was added, the temperature was raised to room temperature, the reaction mixture was added to acetonitrile (86 g), and the precipitated solid was filtered to give compound 98 (0.46 g).
  • Step 2 Synthesis of Compound 99 Under a nitrogen atmosphere, a mixed solution of Compound 98 (0.45 g, 0.14 mmol) in methylene chloride (5.0 mL) and pyridine (1.0 mL) at 40 ° C. was added phosphonic acid (0.20 g, 2.4 mmol) and 2,2-dimethylbutyryl chloride (0.19 mL, 1.4 mmol) was added in four divided portions every 10 minutes and stirred for 1 hour 53 minutes. (0.42 mL, 0.71 mmol) was added and the mixture was further stirred for 1 hour and 8 minutes.
  • Step 1 Synthesis of Compound 102
  • a methylene chloride solution (8.0 mL) of compound 100 (0.39 g, 58 ⁇ mol) and indole (21 mg, 0.18 mmol) was cooled to 10 ° C., and dichloroacetic acid (33 ⁇ L, 0 .40 mmol) was added and stirred for 2 hours.
  • Dichloroacetic acid (14 ⁇ L, 0.17 mmol) was further added and stirred for 2 hours and 32 minutes.
  • Pyridine (0.60 mL) was added, the temperature was raised to room temperature, the reaction mixture was added to methanol (100 g), and the precipitated solid was filtered to obtain compound 101 (0.35 g).
  • Step 2 Synthesis of Compound 103 Phosphonic acid (38 mg, 0.46 mmol) at 40 ° C. in a mixed solution of Compound 101 (0.17 g, 27 ⁇ mol) in methylene chloride (1.0 mL) and pyridine (0.20 mL) under nitrogen atmosphere 2,2-dimethylbutyryl chloride (36 ⁇ L, 0.27 mmol) was added in four divided portions every 10 minutes, stirred for 1 hour and 5 minutes, and 2,2-dimethylbutyryl chloride (73 ⁇ L, 0.53 mmol) was added. ) And stirred for an additional 49 minutes.
  • the reaction mixture was mixed with 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-levulinyl-2′-deoxyadenosine (12 mg, 18 ⁇ mol) and diisopropylethylamine (14 ⁇ L, 83 ⁇ mol) in methylene chloride (0 .20 mL) solution was added at 10 ° C. and stirred for 1 hour and 20 minutes.
  • the reaction mixture was analyzed by LC-MS, and the formation of compound 111 was confirmed.
  • thionyl chloride (4.0 ⁇ L, 55 ⁇ L) was added to a mixed solution of compound 31 (12 mg, 11 ⁇ mol) in methylene chloride (0.30 mL) and DMF (5.0 ⁇ L) at room temperature, and the mixture was stirred for 20 minutes. .
  • the reaction mixture was mixed with 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-levulinyl-2′-deoxyguanosine (10 mg, 15 ⁇ mol) and diisopropylethylamine (28 ⁇ L, 0.17 mmol) in methylene chloride. (0.20 mL) was added to the solution at room temperature and stirred for 30 minutes.
  • LC-MS analysis of the reaction mixture confirmed the formation of compound 81.
  • Example 120 (5'-position functional group conversion of adenosine having a pseudo-solid phase protecting group introduced): Synthesis of Compound 114
  • Step 1 Synthesis of Compound 113 Under a nitrogen atmosphere, a solution of Compound 112 (0.29 g, 0.17 mmol) in methylene chloride (1.0 mL) was cooled to 10 ° C., and pyrrole (35 ⁇ L, 0.51 mmol) was added for 5 minutes. Stir. Then, dichloroacetic acid (42 ⁇ L, 0.51 mmol) was added and stirred for 1 hour 13 minutes. Pyridine (0.14 mL) was added, the temperature was raised to room temperature, the reaction mixture was added to acetonitrile (50 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 113 (0.20 g).
  • Step 2 Synthesis of Compound 114 Under a nitrogen atmosphere, a solution of phosphonic acid (17 mg, 0.21 mmol) in pyridine (0.30 mL) was heated to 40 ° C., and 2,2-dimethylbutyryl chloride (6.3 ⁇ L, 46 ⁇ mol) And stirred for 30 minutes. Thereafter, Compound 113 (11 mg, 7.8 ⁇ mol) was added and stirred for 2 hours and 15 minutes, 2,2-dimethylbutyryl chloride (21 ⁇ L, 0.15 mmol) was added, and the mixture was further stirred for 1 hour and 10 minutes. The reaction mixture was analyzed by LC-MS and it was confirmed that compound 114 was the main product. MS (ESI ⁇ +> ): [M + H] ⁇ +> 1480.0474.
  • Example 121 (3′-position deprotection of adenosine having a pseudo solid phase protecting group introduced): Synthesis of Compound 115
  • Example 122 (synthesis of novel pseudo-solid phase protecting group and adenosine 5'-position functional group conversion): synthesis of compound 120
  • Step 1 Synthesis of Compound 116 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-levulinyl-2′-deoxyadenosine (2.0 g, 3.1 mmol) and DMAP (0 .78 g, 6.4 mmol) in methylene chloride (10 mL) was heated to 40 ° C., and N- ⁇ - (9-fluorenylmethoxycarbonyl) -N- ⁇ -methylglycine (2.0 g, 6.3 mmol) was obtained. ) And WSC ⁇ HCl (1.2 g, 6.3 mmol) in this order, and the mixture was stirred at 40 ° C. for 3 hours.
  • Step 2 Synthesis of Compound 117 Under a nitrogen atmosphere, piperidine (32 ⁇ L, 0.32 mmol) was added to a solution of Compound 116 (0.10 g, 0.11 mmol) in acetonitrile (2.1 g) at room temperature and stirred for 2 hours and 39 minutes. . Heptane was added for liquid separation, and the acetonitrile layer was washed 3 times with heptane. The obtained organic layer was concentrated under reduced pressure to obtain Compound 117 (61 mg). MS (ESI ⁇ +> ): [M + H] ⁇ +> 7233.3209.
  • Step 3 Synthesis of Compound 118 Under a nitrogen atmosphere, 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzoic acid (synthesized according to the method described in International Publication No. 2014-077292) (51 mg, 55 ⁇ mol) and Compound 117 ( To a solution of 61 mg, 85 ⁇ mol) in methylene chloride (2.5 g) was added HOBt (anhydrous) (12 mg, 90 ⁇ mol), followed by WSC ⁇ HCl (18 mg, 92 ⁇ mol), and stirred for 4 hours and 39 minutes. The reaction mixture was added to methanol (31 g) to precipitate a solid, followed by filtration to obtain compound 118 (65 mg) as a white solid.
  • HOBt anhydrous
  • Step 4 Synthesis of Compound 120
  • a solution of compound 118 (11 mg, 6.9 ⁇ mol) and indole (2.1 mg, 18 ⁇ mmol) in methylene chloride (0.20 mL) was cooled to 10 ° C. and phosphonic acid (14 mg, 0 .17 mmol) was added and stirred for 1 hour and 27 minutes.
  • the reaction mixture was analyzed by LC-MS and it was confirmed that compound 119 was the main product.
  • N- (tert-butylthio) phthalimide (Sinlet, 2009, No. 1, pp. 112-116 was used as a sulfurizing agent. (6.4 mg, 27 ⁇ mol) synthesized according to the method) and stirred at room temperature for 3 hours 30 minutes. Then, N- (tert-butylthio) phthalimide (0.11 g, 0.47 mmol) was added and stirred for 1 hour. The reaction mixture was analyzed by LC-MS and it was confirmed that compound 125 was the main product. MS (ESI ⁇ +> ): [M + H] ⁇ +> 2183.3326.
  • Step 1 Synthesis of Compound 128 3′-O-levulinylthymidine (synthesized according to the method described in Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2013, Vol. 21, pp. 8013-8018) (0.75 g, 2. Indole (0.78 g, 6.6 mmol) was added to a methylene chloride (26 g) solution containing the compound 132 synthesized according to the method described in JP-T-2003-525305, and the mixture was cooled to 10 ° C. , Dichloroacetic acid (0.90 mL, 11 mmol) was added and stirred for 1 hour 17 minutes. Further dichloroacetic acid (0.90 mL, 11 mmol) was added and stirred for 40 minutes.
  • Step 2 Synthesis of Compound 130 Compound 133 (0.65 g, 0.91 mmol) and N 2 -isobutyryl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-hydroxyphosphini under nitrogen atmosphere
  • ru-2′-deoxycytidine triethylamine salt (Chem Jeans) (1.0 g, 1.3 mmol) in pyridine (8 mL) was added bispentafluorophenyl carbonate (1.3 g, 3.2 mmol) at room temperature. And stirred for 15 minutes.
  • N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide (0.43 g, 1.9 mmol) was added as a sulfurizing agent, and the mixture was stirred for 1 hour and 57 minutes.
  • Methylene chloride and 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution were added for liquid separation, and the resulting aqueous layer was washed twice with methylene chloride.
  • the obtained organic layers were combined and the solvent was distilled off under reduced pressure to obtain a reaction mixture (13 g) containing compound 134. Of these, 12 g was further concentrated under reduced pressure, toluene was added, and the operation of concentration under reduced pressure was repeated three times.
  • Step 3 Synthesis of Compound 132 Under a nitrogen atmosphere, Compound 130 (0.24 g, 0.20 mmol) and N 6 -benzoyl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-hydroxyphosphini Bi-2pentafluorophenyl carbonate (0.43 g, 1.1 mmol) was added to a pyridine (6 mL) solution of ru-2′-deoxyguanosine triethylamine salt (Chem Jeans) (0.23 g, 0.29 mmol) at room temperature. And stirred for 27 minutes.
  • N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide (0.10 g, 0.43 mmol) was added as a sulfurizing agent, and the mixture was stirred for 1 hour and 34 minutes.
  • Methylene chloride and 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution were added for liquid separation, and the resulting aqueous layer was washed twice with methylene chloride.
  • the obtained organic layers were combined and the solvent was distilled off under reduced pressure to obtain a reaction mixture containing compound 136.
  • Toluene was added and the operation of concentration under reduced pressure was repeated three times, methylene chloride (8.0 g) and indole (77 mg, 0.66 mmol) were added, and the mixture was cooled to 10 ° C.
  • Step 4 Synthesis of Compound 134 Under a nitrogen atmosphere, Compound 132 (0.12 g, 74 ⁇ mol) and N 6 -benzoyl-5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′-O-hydroxyphosphinyl- Bispentafluorophenyl carbonate (0.28 g, 0.71 mmol) was added to a solution of 2′-deoxyadenosine triethylamine salt (Chem Jeans) (90 mg, 0.11 mmol) in pyridine (5 mL) at room temperature for 1 hour. Stir for minutes.
  • 2′-deoxyadenosine triethylamine salt Chem Jeans
  • N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide (37 mg, 0.16 mmol) was added as a sulfurizing agent, and the mixture was stirred for 2 hours and 8 minutes.
  • Methylene chloride, acetonitrile and 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution were added for liquid separation, and the resulting aqueous layer was washed twice with a mixed solvent of methylene chloride and acetonitrile. The obtained organic layers were combined and the solvent was distilled off under reduced pressure to obtain a reaction mixture containing compound 133.
  • Step 1 Synthesis of Compound 135 Under a nitrogen atmosphere, bispentafluorophenyl carbonate (59 mg, 0.15 mmol) was added to a solution of Compound 103 (43 mg) and Compound 134 (19 mg, 8.3 ⁇ mol) in pyridine (1.4 mL) at room temperature. Added and stirred for 58 minutes. Thereafter, N-[(2-cyanoethyl) thio] phthalimide (10 mg, 44 ⁇ mol) was added as a sulfurizing agent and stirred for 40 minutes. Thereafter, the reaction mixture was concentrated under reduced pressure.
  • Step 2 Synthesis of Compound 136 Phosphonic acid (19 mg, 0.23 mmol) at 40 ° C. in a mixed solution of Compound 135 (50 mg, 5.8 ⁇ mol) in methylene chloride (2.0 mL) and pyridine (0.12 mL) under nitrogen atmosphere 2,2-dimethylbutyryl chloride (25 ⁇ L, 0.18 mmol) was added in 5 portions and stirred for 1 hour and 12 minutes. Thereafter, the reaction mixture was added to acetonitrile (39 g), and the precipitated solid was filtered to obtain Compound 136 (44 mg) as a light skin-colored solid. MS (ESI ⁇ +> ): [M + 4H] 4+ 21555.9794.
  • oligonucleotides such as siRNA, antisense nucleic acids and vaccine adjuvants

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Abstract

単離が容易で保存安定性が高いヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを用いる、オリゴヌクレオチドの新規製造方法を提供する。　２'位、３'位、５'位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５'位又は３'位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５'－ヒドロキシ基又は３'－ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化する工程を含むオリゴヌクレオチドの製造方法である。

Description

オリゴヌクレオチドの製造方法
　本発明は、オリゴヌクレオチドの新規な製造方法に関する。
　ゲノム創薬や遺伝子診断・治療などの最先端バイオ関連研究の急速な進歩・発展に伴い近年、ＤＮＡプローブ、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスＤＮＡ、アンチセンスＲＮＡなどのオリゴヌクレオチドが盛んに利用されている。オリゴヌクレオチドの化学合成方法として、ホスホロアミダイト法、Ｈ－ホスホネート法などが知られている。
　ホスホロアミダイト法では、代表的なアミダイト化試薬であるクロロ（ジイソプロピルアミノ）亜ホスフィン酸２－シアノエチル又はビス（ジイソプロピルアミノ）亜ホスフィン酸２－シアノエチルなどが用いられる。これらの試薬は非常に高価であり、アミダイト体の単離時にはカラム精製や超低温での再沈殿などの煩雑な操作が必須である。また、アミダイト体はその安定性の低さから－２０℃での保存が必要である。
　これに対して、Ｈ－ホスホネート法では、代表的なＨ－ホスホネート化試薬である亜リン酸ジフェニル又は亜リン酸などが用いられる。これらは安価であるが、Ｈ-ホスホネート体の単離時にはカラム精製などの煩雑な操作は必須である。Ｈ－ホスホネート体はその安定性により０℃での保存が必要である（例えば、非特許文献１参照）。
　現在では、ホスホロアミダイト法による固相合成法のプロセス最適化及び自動化が進んでいるため、ホスホロアミダイト法による固相合成法がスピード面で有利であり、最も汎用されている。しかし、固相合成法には設備制約上スケールアップに制限があり、試薬及び原料を過剰に使用し、途中段階での反応の進行状況の確認、中間体構造解析等も困難という欠点がある。
　近年では、液相合成法として、擬似固相保護基を用いるＨ－ホスホネート法が検討されている。具体的にはポリエチレングリコール（ＭＰＥＧ）（例えば、特許文献１参照）や長鎖炭化水素含有基（例えば、特許文献２参照）などを擬似固相保護基として用いる合成法が報告されている。
国際公開第２０１４－０１７６１５号 国際公開第２０１４－０７７２９２号
プロトコールズ　フォー　オリゴヌクレオチド　アンド　アナログズ（Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｆｏｒ　Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ　ａｎｄ　Ａｎａｌｏｇｓ）　ヒューマナ　プレス（Ｈｕｍａｎａ　Ｐｒｅｓｓ　（１９９３）、４４－７３頁
　ポリエチレングリコール（ＭＰＥＧ）を用いる合成法においては、２１量体までのオリゴヌクレオチドの合成例が示されているものの、伸長サイクル毎にＧＰＣによるカラム精製が必要である。また、長鎖炭化水素含有基を用いる製法においては、５量体のオリゴヌクレオチドの合成例が示されているが、脱保護工程が低収率である。
　上記のように、オリゴヌクレオチドの化学合成法ではアミダイト体もしくはＨ－ホスホネート体を用いるが、いずれも単離時の操作性や化合物の安定性に課題を抱えており、大量合成に対応できる新規な、オリゴヌクレオチドの製造方法が望まれていた。
　本発明の目的は、単離が容易で保存安定性が高いヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを用いる、オリゴヌクレオチドの新規製造方法を提供することにある。
　このような課題を解決するために本発明者らは鋭意研究した結果、カップリング工程、リン原子を修飾する工程（酸化反応、硫化反応など）、脱保護工程等から構成される通常の製造方法と異なる製造方法であって、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基又は３’位ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化する工程を含む製造方法により、上記課題が解決できることを見出し、本発明を完成させた。
　本発明は以下を含む。
［１］　２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位又は３’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’－ヒドロキシ基又は３’－ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化する工程を含む、オリゴヌクレオチドの製造方法。
［２］　２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位又は３’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’－ヒドロキシ基又は３’－ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化する工程を含む伸長反応サイクルを少なくとも１つ含む、［１］に記載の製造方法。
［３］　前記伸長反応サイクルが、
　２’位、３’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、３’位に基本保護基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して５’－ヒドロキシ基を生成することを含む第一工程と、
　生成した５’－ヒドロキシ基を、Ｈ－ホスホネート化試薬を用いてＨ－ホスホネート化することを含む第二工程と、
　Ｈ－ホスホネート化された５’－ヒドロキシ基と、３’位にヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第二ヌクレオシド又は第二オリゴヌクレオチドの３’－ヒドロキシ基とから亜リン酸ジエステル結合を形成して、第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドと、第二ヌクレオシド又は第二オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第三工程と、
を含む、［２］に記載の製造方法。
［４］　前記結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合に変換することを含む第四工程を更に含む、［３］に記載の製造方法。
［５］　前記結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合又はアミノリン酸ジエステル結合に変換することを含む第四工程を更に含む、［３］に記載の製造方法。
［６］　前記第一工程から第四工程からなる群から選ばれる少なくとも１つの工程で得られる反応混合物に、極性溶媒を添加して沈殿物を生成させることと、生成した沈殿物を固液分離により取得する第五工程を更に含む、［４］又は［５］に記載の製造方法。
［７］　前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、［６］に記載の製造方法。
［８］　前記基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基をすべて除去する第六工程を更に含む、［３］から［７］のいずれか１つに記載の製造方法。
［９］　前記第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドは、３’位に擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有する、［３］から［８］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１０］　前記第三工程は、第二ヌクレオシドを用いる、［３］から［９］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１１］　前記伸長反応サイクルが、
　２’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位に基本保護基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して３’－ヒドロキシ基を生成することを含む第七工程と、
　生成した３’－ヒドロキシ基を、Ｈ－ホスホネート化試薬を用いてＨ－ホスホネート化することを含む第八工程と、
　Ｈ－ホスホネート化された３’－ヒドロキシ基と、５’位にヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第四ヌクレオシド又は第四オリゴヌクレオチドの５’－ヒドロキシ基とから亜リン酸ジエステル結合を形成して、第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドと、第四ヌクレオシド又は第四オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第九工程と、
を含む、［２］に記載の製造方法。
［１２］　前記結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合に変換することを含む第十工程を更に含む、［１１］に記載の製造方法。
［１３］　前記結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合又はアミノリン酸ジエステル結合に変換することを含む第十工程を更に含む、［１１］に記載の製造方法。
［１４］　前記第七工程から第十工程のいずれかの工程で得られる反応混合物に、極性溶媒を添加して沈殿物を生成させることと、生成した沈殿物を固液分離により取得する第十一工程を更に含む、［１２］又は［１３］に記載の製造方法。
［１５］　前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、［１４］に記載の製造方法。
［１６］　前記基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基をすべて除去する第十二工程を更に含む、［１１］から［１５］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１７］　前記第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドは、５’位に擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有する、［１１］から［１６］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１８］　前記第九工程は、第四ヌクレオシドを用いる、［１１］から［１７］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１９］　前記擬似固相保護基が、下記式（Ｉ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
（式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　ｍは、０又は１であり、
　前記擬似固相保護基を核酸塩基部に有し、その擬似固相保護基のｍが０である場合、その擬似固相保護基のＬ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち、単結合の数は０から３である）で表される、［１］から［１８］のいずれか１つに記載の製造方法。
［２０］　前記擬似固相保護基が、下記式（ＩＩ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017
（式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
　前記擬似固相保護基を核酸塩基部に有する場合、その擬似固相保護基のＬ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち、単結合の数は０から３である）で表される、［１］から［１８］のいずれか１つに記載の製造方法。
［２１］　前記一時保護基が、ｔｅｒｔ-ブチルジメチルシリル基、４、４’－ジメトキシトリチル基、又はレブリニル基である、［３］から［２０］のいずれか１つに記載の製造方法。
［２２］　前記Ｈ－ホスホネート化する工程が、亜リン酸、亜リン酸ジフェニル、フェニル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、ｐ－トルイル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、２－クロロ－４Ｈ－１，３，２－ベンゾジオキサホスホリン－４－オン、三塩化リンからなる群より選択される少なくとも一種のＨ-ホスホネート化試薬を用いる、［１］から［２１］のいずれか１つに記載の製造方法。
［２３］　前記ヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドに含まれる核酸塩基が、それぞれ独立して、６－アミノプリン－９－イル基（アデニン残基）、２－アミノ－６－ヒドロキシプリン－９－イル基（グアニン残基）、２－オキソ－４－アミノ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基（シトシン残基）、２－オキソ－４－アミノ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基（５－メチルシトシン残基）、２－オキソ－４－ヒドロキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基（ウラシル残基）及び２－オキソ－４－ヒドロキシ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基（チミン残基）からなる群から選択される少なくとも１種である、［１］から［２２］のいずれか１つに記載の製造方法。
［２４］　下記式（ＸＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018
（式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
　ＢａｓｅＺは、それぞれ独立して核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、
　ＸＺは、それぞれ独立して水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、
　Ｙは、それぞれ独立して水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素基、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、
　Ｚは、水素原子、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示し、
；かつＢａｓｅＺの少なくとも１つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、ＸＺの少なくとも１つが擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも１つを満たす。）
で示される化合物、又はその塩。
［２５］　前記擬似固相保護基が、下記式（ＩＩ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019
（式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
　擬似固相保護基を核酸塩基部に有する場合、その擬似固相保護基のＬ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち、単結合の数は０から３である）で表される、［２４］に記載の化合物、又はその塩。
［２６］　前記式（ＸＩ）におけるＢａｓｅＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも一方を満たす、［２４］又は［２５］に記載の化合物、又はその塩。
［２７］　前記式（ＸＩ）におけるＺが擬似固相保護基である、［２４］から［２６］のいずれか１つに記載の化合物、又はその塩。
［２８］　前記式（ＸＩ）におけるｎが１から３０である、［２４］から［２７］のいずれか１つに記載の化合物、又はその塩。
［２９］　下記式（ＸＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000020
（式中、
　ｎは、１以上の任意の整数を示し、
　ＢａｓｅＺは、独立してそれぞれ核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、
　ＸＺは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、
　Ｙは、独立してそれぞれ水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素基、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、
　Ｚは、水素原子、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示し、
；かつＢａｓｅＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、ＸＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも１つを満たす。）
で示される化合物、又はその塩。
［３０］　前記擬似固相保護基が、下記式（ＩＩ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000021
（式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
　前記擬似固相保護基を核酸塩基部に有する場合、その擬似固相保護基のＬ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち、単結合の数は０から３である）で表される、［２９］に記載の化合物、又はその塩。
［３１］　前記式（ＸＩＩ）におけるＢａｓｅＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも一方を満たす、［２９］又は［３０］に記載の化合物、又はその塩。
［３２］　前記式（ＸＩＩ）におけるＺが擬似固相保護基である、［２９］から［３１］のいずれか１つに記載の化合物、又はその塩。
［３３］　前記式（ＸＩＩ）におけるｎが１から３０である、［２９］から［３２］のいずれか１つに記載の化合物、又はその塩。
［３４］　下記式（ＸＩＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000022
［式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
　ＢａｓｅＺは、それぞれ独立して核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、
　ＸＺは、それぞれ独立して水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、
　Ｗは、水素原子又は一時保護基を示し、
　Ｙは、それぞれ独立して水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素基、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、
　Ｚは、水素原子、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示し、
；かつＢａｓｅＺの少なくとも１つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、ＸＺの少なくとも１つが擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも１つを満たし、
　前記擬似固相保護基の少なくとも１つが、式（Ｉ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000023
（式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　ｍは、０又は１であり、ｍが０である場合、Ｌ４は、単結合ではない。）で表される。］化合物、又はその塩。
［３５］　下記式（ＸＩＶ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000024
（式中、
　ｎは、１以上の任意の整数を示し、
　ＢａｓｅＺは、独立してそれぞれ核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、
　ＸＺは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、
　Ｗは、水素原子又は一時保護基を示し、
　Ｙは、独立してそれぞれ水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素基、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、
　Ｚは、水素原子、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示し、
；かつＢａｓｅＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、ＸＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも１つを満たし、
　前記擬似固相保護基の少なくとも１つが、式（Ｉ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000025
（式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　ｍは、０又は１であり、ｍが０である場合、Ｌ４は、単結合ではない。）で表される。］
で示される化合物、又はその塩。
［３６］　下記式（Ｉ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000026
（式中、＊は、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの２’位、３’位及び５’位のヒドロキシ基並びに核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所との結合位置を示し、
　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　ｍは、０又は１であり、ｍが０である場合、Ｌ４は、単結合ではない。）で表される、擬似固相保護基。
［３７］　３’位及び５’位に、独立してヒドロキシ基又は保護されたヒドロキシ基を有し、
　２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所にヒドロキシ基を有するか、又は２’位及び核酸塩基部の少なくとも１カ所にヒドロキシ基又はアミノ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを、
下記式（Ｘ－１）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000027
（式中、Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－である）で表されるカルボキシ化合物、下記式（Ｘ－２）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000028
（式中、Ｘは、ハロゲン原子であり、Ｒ１、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４は、前記式（Ｘ－１）における定義と同じである。）で表される酸ハロゲン化物又は、下記式（Ｘ－３）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000029
（式中、Ｘは、ハロゲン原子であり、Ｒ１、Ｌ１、Ｌ２、及びＬ３は、前記式（Ｘ－１）における定義と同じであり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基である。）で表されるハロゲン化アルキル化合物と反応させ、
　２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に、
下記式（Ｉ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000030
（式中、＊は、２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所との結合位置を示し、
　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
　ｍは、０又は１であり、ｍが０である場合、Ｌ４は単結合ではない。）で表される擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの製造方法。
　本発明により、単離が容易で保存安定性が高いヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを用いる、オリゴヌクレオチドの新規製造方法を提供することが可能となった。また該新規製造方法は、オリゴヌクレオチドの大量合成に対応できる。
オリゴヌクレオチド合成に用いる核酸モノマーの安定性を示す図である。
　以下、本発明について詳細に説明する。
　特に記述がない限り、本明細書で用いるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されるのと同じ意味をもつ。本明細書に記載されたものと同様又は同等の任意の方法及び材料は、本発明の実施又は試験において使用することができるが、好ましい方法及び材料を以下に記載する。
　「工程」との語は、独立した工程だけではなく、他の工程と明確に区別できない場合であってもその工程の所期の目的が達成されれば、本用語に含まれる。また「～」を用いて示された数値範囲は、「～」の前後に記載される数値をそれぞれ最小値及び最大値として含む範囲を示す。
　尚、本明細書中「ｎ－」はノルマル、「ｉ－」はイソ、「ｔ－」及び「ｔｅｒｔ－」はターシャリー、を意味し、「Ｐｈ」はフェニル、「Ｐｙ」はピリジル又はピリジン、「Ｍｅ」はメチル、「Ｅｔ」はエチル、「Ｐｒ」はプロピル、「Ｂｕ」はブチル、「Ｂｎ」はベンジル、「Ｂｏｃ」はターシャリーブトキシカルボニル、「ＴＢＳ」はターシャリーブチルジメチルシリル、「ＴＩＰＳ」はトリイソプロピルシリル、「ＴＢＤＰＳ」は、ターシャリーブチルジフェニルシリル、「ＤＭＴｒ」は４，４’－ジメトキシトリチルを意味する。
　「Ｌ１」と「Ｌ１」は同義であり、「Ｌ２」と「Ｌ２］は同義であり、「Ｌ３」と「Ｌ３」は同義であり、「Ｌ４」と「Ｌ４」は同義であり、「Ｌ５」と「Ｌ５」は同義であり、「Ｌ６」と「Ｌ６」は同義である。
　本明細書中、「ハロゲン原子」とは、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、又はヨウ素原子である。
　「Ｃ１－６アルキル基」とは、炭素数が１から６の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、メチル基、エチル基、ｎ－プロピル基、イソプロピル基、ｎ－ブチル基、イソブチル基、ｓｅｃ－ブチル基、ｔｅｒｔ－ブチル基、ｎ－ペンチル基、イソペンチル基、ネオペンチル基、ｎ－ヘキシル基及びイソヘキシル基等が挙げられる。
　「Ｃ２－６アルケニル基」とは、任意の位置に１以上の二重結合を有する、炭素数が２から６の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、エテニル基（ビニル基）、１－プロペニル基、２－プロペニル基（アリル基）、イソプロペニル基、１－ブテニル基、２－ブテニル基、３－ブテニル基（ホモアリル基）、４－ペンテニル基、５－ヘキセニル基等が挙げられる。
　「Ｃ２－６アルキニル基」とは、任意の位置に１以上の三重結合を有する、炭素数が２から６の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、エチニル基、１－プロピニル基、２－プロピニル基、１－ブチニル基、２－ブチニル基、３－ブチニル基、４－ペンチニル基、５－ヘキシニル基等が挙げられる。
　「Ｃ１－４０アルキル基」とは、炭素数が１から４０の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、メチル基、エチル基、ｎ－プロピル基、イソプロピル基、ｎ－ブチル基、イソブチル基、ｓｅｃ－ブチル基、ｔｅｒｔ－ブチル基、ｎ－ペンチル基、イソペンチル基、ネオペンチル基、ｎ－ヘキシル基、イソヘキシル基、デシル基、オクタデシル基、イコシル基、トリアコンチル基、テトラコンチル基等が挙げられる。
　「Ｃ２－４０アルケニル基」とは、任意の位置に１以上の二重結合を有する、炭素数が２から４０の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、エテニル基（ビニル基）、１－プロペニル基、２－プロペニル基（アリル基）、イソプロペニル基、１－ブテニル基、２－ブテニル基、３－ブテニル基（ホモアリル基）、４－ペンテニル基、５－ヘキセニル基、１０－デセニル基、１８－オクタデセニル基、２０－イコセニル基、３０－トリアコンテニル基、４０－テトラコンテニル基等が挙げられる。
　「Ｃ２－４０アルキニル基」とは、任意の位置に１以上の三重結合を有する、炭素数が２から４０の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、エチニル基、１－プロピニル基、２－プロピニル基、１－ブチニル基、２－ブチニル基、３－ブチニル基、４－ペンチニル基、５－ヘキシニル基、１０－デシニル基、１８－オクタデシニル基、２０－イコシニル基、３０－トリアコンチニル基、４０－テトラコンチニル基等が挙げられる。
　「Ｃ１０－３０アルキル基」とは、炭素数が１０から３０の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、デシル基、オクタデシル基、イコシル基、トリアコンチル基等が挙げられる。
　「Ｃ１５－２５アルキル基」とは、炭素数が１５から２５の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、ペンタデシル基、ヘキサデシル基、ヘプタデシル基、オクタデシル基、ノナデシル基、イコシル基、ドコシル基等が挙げられる。
　「Ｃ１５－２０アルキル基」とは、炭素数が１５から２０の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、ペンタデシル基、ヘキサデシル基、ヘプタデシル基、オクタデシル基、ノナデシル基、イコシル基等が挙げられる。
　「Ｃ１０－３０アルケニル基」とは、任意の位置に１以上の二重結合を有する、炭素数が１０から３０の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、２－デセニル基、１０－デセニル基、１８－オクタデセニル基、２０－イコセニル基、３０－トリアコンテニル基等が挙げられる。
　「Ｃ１－６アルキレン基」とは、前記「Ｃ１－６アルキル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の置換基を意味し、例えば、メチレン基、エチレン基（エタンジイル基）、プロパン－１，３－ジイル基、プロパン－２，２－ジイル基、２，２－ジメチル－プロパン－１，３－ジイル基、ヘキサン－１，６－ジイル基、３－メチルブタン－１，２－ジイル基などが挙げられる。
　「Ｃ２－６アルキレン基」とは、前記「Ｃ１－６アルキレン基」のうち、炭素数が２から６の直鎖又は分枝状の２価の置換基を意味し、例えば、エチレン基（エタンジイル基）、プロパン－１，３－ジイル基、プロパン－２，２－ジイル基、ヘキサン－１，６－ジイル基、３－メチルブタン－１，２－ジイル基などが挙げられる。
　「Ｃ２－６アルケニレン基」とは、前記「Ｃ２－６アルケニル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の置換基を意味し、例えば、エテン－１，１－ジイル基、エテン－１，２－ジイル基、プロペン－１，１－ジイル基、プロペン－１，２－ジイル基、プロペン－１，３－ジイル基、ブタ－１－エン－１，４－ジイル基、ブタ－１－エン－１，３－ジイル基、ブタ－２－エン－１，４－ジイル基、ブタ－１，３－ジエン－１，４－ジイル基、ペンタ－２－エン－１，５－ジイル基、ヘキサ－３－エン－１，６－ジイル基、ヘキサ－２，４－ジエン－１，６－ジイル基などが挙げられる。
　「Ｃ２－６アルキニレン基」とは、前記「Ｃ２－６アルキニル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の置換基を意味し、例えば、エチン－１，２－ジイル基、プロピン－１，３－ジイル基、ブタ－１－イン－１，４－ジイル基、ブタ－１－イン－１，３－ジイル基、ブタ－２－イン－１，４－ジイル基、ペンタ－２－イン－１，５－ジイル基、ペンタ－２－イン－１，４－ジイル基、ヘキサ－３－イン－１，６－ジイル基などが挙げられる。
　「Ｃ１－６ハロアルキル基」とは、１以上の前記「ハロゲン原子」で前記「Ｃ１－６アルキル基」の任意の位置の水素原子が置換されてなる基を意味し、例えば、モノフルオロメチル基、モノフルオロエチル基、モノフルオロプロピル基、２，２，３，３，３－ペンタフルオロプロピル基、モノクロロメチル基、トリフルオロメチル基、トリクロロメチル基、２，２，２－トリフルオロエチル基、２，２，２－トリクロロエチル基、１，２－ジブロモエチル基及び１，１，１－トリフルオロプロパン－２－イル基等が挙げられる。
　「Ｃ２－６ハロアルケニル基」とは、１以上の前記「ハロゲン原子」で前記「Ｃ２－６アルケニル基」の任意の位置の水素原子が置換されてなる基を意味する。
　「Ｃ３－６シクロアルキル基」とは、環を構成する炭素原子数が３乃至６個である、単環系、縮合環系、橋架け環系又はスピロ環系の脂肪族炭化水素環から任意の位置の水素原子を１個取り除いた１価の置換基を意味し、具体例としては、シクロプロピル基、シクロブチル基、シクロペンチル基、シクロヘキシル基などが挙げられる。
　「Ｃ１－６アルコキシ基」とは、前記「Ｃ１－６アルキル基」が、オキシ基（－Ｏ－）に結合した基を意味する。
　「モノＣ１－６アルキルアミノ基」とは、１つの前記Ｃ１－６アルキル基がアミノ基に結合した基を意味し、例えば、メチルアミノ基、エチルアミノ基、ｎ－プロピルアミノ基、イソプロピルアミノ基、ｎ－ブチルアミノ基、イソブチルアミノ基、ｓｅｃ－ブチルアミノ基、ｔｅｒｔ－ブチルアミノ基、ｎ－ペンチルアミノ基、イソペンチルアミノ基、ネオペンチルアミノ基、ｎ－ヘキシル基アミノ及びイソヘキシルアミノ基等が挙げられる。
　「ジＣ１－６アルキルアミノ基」とは、同一又は異なる２個の前記「Ｃ１－６アルキル基」がアミノ基に結合した基を意味し、例えば、ジメチルアミノ基、ジエチルアミノ基、ジ－ｎ－プロピルアミノ基、ジイソプロピルアミノ基、ジ－ｎ－ブチルアミノ基、ジイソブチルアミノ基、ジ－ｔ－ブチルアミノ基、ジ－ｎ－ペンチルアミノ基、ジ－ｎ－ヘキシルアミノ基、Ｎ－エチル－Ｎ－メチルアミノ基、Ｎ－メチル－Ｎ－ｎ－プロピルアミノ基、Ｎ－イソプロピル－Ｎ－メチルアミノ基、Ｎ－ｎ－ブチル－Ｎ－メチルアミノ基、Ｎ－イソブチル－Ｎ－メチルアミノ基、Ｎ－t－ブチル－Ｎ－メチルアミノ基、Ｎ－メチル－Ｎ－ｎ－ペンチルアミノ基、Ｎ－ｎ－ヘキシル－Ｎ－メチルアミノ基、Ｎ－エチル－Ｎ－ｎ－プロピルアミノ基、Ｎ－エチル－Ｎ－イソプロピルアミノ基、Ｎ－ｎ－ブチル－Ｎ－エチルアミノ基、Ｎ－エチル－Ｎ－イソブチルアミノ基、Ｎ－t－ブチル－Ｎ－エチルアミノ基、Ｎ－エチル－Ｎ－ｎ－ペンチルアミノ基、Ｎ－エチル－Ｎ－ｎ－ヘキシルアミノ基などが挙げられる。
　「Ｃ１－６アルコキシカルボニル基」、「モノＣ１－６アルキルアミノカルボニル基」及び「ジＣ１－６アルキルアミノカルボニル基」等は、それぞれ前記「Ｃ１－６アルコキシ基」、「モノＣ１－６アルキルアミノ基」及び「ジＣ１－６アルキルアミノ基」が、カルボニル基（－Ｃ（Ｏ）－）に結合した基を意味する。
　「Ｃ６－１０アリール基」とは、環を構成する原子が全て炭素原子であり、炭素原子数が６乃至１０個である、単環式又は二環式の芳香族炭化水素環から任意の位置の水素原子を１個取り除いた１価の置換基を意味し、具体例としては、フェニル基及びナフチル基等が挙げられる。
　「５－１０員ヘテロアリール基」とは、環を構成する原子の数が５乃至１０個であり、環を構成する原子中に１乃至５個のヘテロ原子（該へテロ原子は、窒素原子、酸素原子又は硫黄原子を意味し、２個以上の場合は、同一でも異なっていてもよい。）を含有する単環系又は縮合環系の芳香族複素環から任意の位置の水素原子を１個取り除いた１価の置換基を意味する。
　単環系の「５－１０員ヘテロアリール基」としては、２－チエニル基、３－チエニル基、２－フリル基、３－フリル基、２－ピラニル基、３－ピラニル基、４－ピラニル基、１－ピロリル基、２－ピロリル基、３－ピロリル基、１－イミダゾリル基、２－イミダゾリル基、４－イミダゾリル基、１－ピラゾリル基、３－ピラゾリル基、４－ピラゾリル基、２－チアゾリル基、４－チアゾリル基、５－チアゾリル基、３－イソチアゾリル基、４－イソチアゾリル基、５－イソチアゾリル基、１，２，４－トリアゾール－１－イル基、１，２，４－トリアゾール－３－イル基、１，２，４－トリアゾール－５－イル基、１，２，３－トリアゾール－１－イル基、１，２，３－トリアゾール－４－イル基、１，２，３－トリアゾール－５－イル基、２－オキサゾリル基、４－オキサゾリル基、５－オキサゾリル基、３－イソオキサゾリル基、４－イソオキサゾリル基、５－イソオキサゾリル基、２－ピリジル基、３－ピリジル基、４－ピリジル基、２－ピラジニル基、２－ピリミジニル基、４－ピリミジニル基、５－ピリミジニル基、３－ピリダジニル基、４－ピリダジニル基、１，３，４－オキサジアゾール－２－イル基、１，３，４－チアジアゾール－２－イル基、１，２，４－オキサジアゾール－３－イル基、１，２，４－オキサジアゾール－５－イル基、１，２，４－チアジアゾール－３－イル基、１，２，４－チアジアゾール－５－イル基、１，２，５－オキサジアゾール－３－イル基及び１，２，５－チアジアゾール－３－イル基等が挙げられる。
　縮合環系の「５－１０員ヘテロアリール基」としては、２－ベンゾフラニル基、３－ベンゾフラニル基、４－ベンゾフラニル基、５－ベンゾフラニル基、６－ベンゾフラニル基、７－ベンゾフラニル基、１－イソベンゾフラニル基、４－イソベンゾフラニル基、５－イソベンゾフラニル基、２－ベンゾチエニル基、３－ベンゾチエニル基、４－ベンゾチエニル基、５－ベンゾチエニル基、６－ベンゾチエニル基、７－ベンゾチエニル基、１－イソベンゾチエニル基、４－イソベンゾチエニル基、５－イソベンゾチエニル基、２－ベンゾチアゾリル基、３－ベンゾチアゾリル基、４－ベンゾチアゾリル基、５－ベンゾチアゾリル基、６－ベンゾチアゾリル基、７－ベンゾチアゾリル基、２－クロメニル基、３－クロメニル基、４－クロメニル基、５－クロメニル基、６－クロメニル基、７－クロメニル基、８－クロメニル基、１－インドリジニル基、２－インドリジニル基、３－インドリジニル基、５－インドリジニル基、６－インドリジニル基、７－インドリジニル基、８－インドリジニル基、１－イソインドリル基、２－イソインドリル基、４－イソインドリル基、５－イソインドリル基、１－インドリル基、２－インドリル基、３－インドリル基、４－インドリル基、５－インドリル基、６－インドリル基、７－インドリル基、１－インダゾリル基、２－インダゾリル基、３－インダゾリル基、４－インダゾリル基、５－インダゾリル基、６－インダゾリル基、７－インダゾリル基、１－プリニル基、２－プリニル基、３－プリニル基、６－プリニル基、７－プリニル基、８－プリニル基、２－キノリル基、３－キノリル基、４－キノリル基、５－キノリル基、６－キノリル基、７－キノリル基、８－キノリル基、１－イソキノリル基、３－イソキノリル基、４－イソキノリル基、５－イソキノリル基、６－イソキノリル基、７－イソキノリル基、８－イソキノリル基、１－フタラジニル基、５－フタラジニル基、６－フタラジニル基、２，７－ナフチリジン－１－イル基、２，７－ナフチリジン－３－イル基、２，７－ナフチリジン－４－イル基、２，６－ナフチリジン－１－イル基、２，６－ナフチリジン－３－イル基、２，６－ナフチリジン－４－イル基、１，８－ナフチリジン－２－イル基、１，８－ナフチリジン－３－イル基、１，８－ナフチリジン－４－イル基、１，７－ナフチリジン－２－イル基、１，７－ナフチリジン－３－イル基、１，７－ナフチリジン－４－イル基、１，７－ナフチリジン－５－イル基、１，７－ナフチリジン－６－イル基、１，７－ナフチリジン－８－イル基、１，６－ナフチリジン－２－イル基、１，６－ナフチリジン－３－イル基、１，６－ナフチリジン－４－イル基、１，６－ナフチリジン－５－イル基、１，６－ナフチリジン－７－イニル基、１，６－ナフチリジン－８－イル基、１，５－ナフチリジン－２－イル基、１，５－ナフチリジン－３－イル基、１，５－ナフチリジン－４－イル基、１，５－ナフチリジン－６－イル基、１，５－ナフチリジン－７－イル基、１，５－ナフチリジン－８－イル基、２－キノキサリニル基、５－キノキサリニル基、６－キノキサリニル基、２－キナゾリニル基、４－キナゾリニル基、５－キナゾリニル基、６－キナゾリニル基、７－キナゾリニル基、８－キナゾリニル基、３－シンノリニル基、４－シンノリニル基、５－シンノリニル基、６－シンノリニル基、７－シンノリニル基、８－シンノリニル基、２－プテリジニル基、４－プテリジニル基、６－プテリジニル基及び７－プテリジニル基等が挙げられる。
　「アラルキル基」とは、前記「Ｃ１－６アルキル基」の任意の水素原子が、前記「Ｃ６－１０アリール基」によって置き換えられた１価の置換基を意味する。
　「ヘテロアラルキル基」とは、前記「Ｃ１－６アルキル基」の任意の水素原子が、前記「５－１０員ヘテロアリール基」によって置き換えられた１価の置換基を意味する。
　「３－１１員含窒素非芳香族ヘテロ環基」とは、少なくとも１個以上の窒素原子を含有する、環を構成する原子数が３乃至１１個である単環系、縮合環系（該縮合環系では、非芳香族環が非芳香族環又は芳香族環に縮合していてもよい。）、橋架け環系又はスピロ環系の非芳香族性の複素環から、任意の位置の水素原子を１個取り除いた１価の置換基を意味し、アゼチジニル基、ピロリジニル基、２－オキソピロリジニル基、ピペリジニル基、３－オキソピペリジニル基、ピペラジニル基、モルホリノ基、チオモルホリノ基、ホモモルホリノ基、ホモピペラジノ基等が挙げられる。
　「Ｃ１－４０アルキルチオ基」、「Ｃ３－６シクロアルキルチオ基」、「Ｃ６－１０アリールチオ基」、「５－１０員ヘテロアリールチオ基」、「アラルキルチオ基」及び「ヘテロアリールチオ基」等は、それぞれ前記「Ｃ１－４０アルキル基」、「Ｃ３－６シクロアルキル基」、「Ｃ６－１０アリール基」、「５－１０員ヘテロアリール基」、「アラルキル基」及び「ヘテロアリール基」が、チオ基（－Ｓ－）に結合した基を意味する。
　本明細書において、オリゴヌクレオチドの構成単位となる「ヌクレオシド」とは、核酸塩基が糖（例えば、リボース、２’－デオキシリボース、２’位と４’位が架橋したリボース）の１’位にＮ－グリコシド化により結合された化合物を意味する。
　ここで、前記リボース及び２’－デオキシリボースは、無置換であるか又は、Ｃ１－６アルキル基、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、アミノ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、保護されたアミノ基からなる群から選択される１つ以上の置換基で置換されている。また、前記Ｃ１－６アルキル基は、無置換であるか、ハロゲン原子、Ｃ１－６アルコキシカルボニル基、モノＣ１－６アルキルアミノカルボニル基及びジＣ１－６アルキルアミノカルボニル基等から独立して選択される１つ以上の置換基で置換されている。前記Ｃ１－６アルコキシカルボニル基、モノＣ１－６アルキルアミノカルボニル基及びジＣ１－６アルキルアミノカルボニル基等は、無置換であるか又は、Ｃ６－１０アリール基、５－１０員ヘテロアリール基又は３－１１員含窒素非芳香族ヘテロ環基より置換されている。
　２’位と４’位が架橋したリボースとは、ヌクレオシドの２’位と４’位とが架橋基を介して架橋されている限り限定されないが、例えば、２’位と４’位とが、Ｃ２－６アルキレン基（該アルキレン基は無置換であるか、又はＣ１－６アルキル基で置換されている。また、該アルキレン基の１若しくは２つのメチレン基は、置き換えられていないか、又は－Ｏ－、－ＮＲ１１－（Ｒ１１は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）、－Ｓ－、－ＣＯ－、－ＣＳ－、－ＣＯＯ－、－ＯＣＯＮＲ１２－（Ｒ１２は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）、－ＣＯＮＲ１３－（Ｒ１３は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）及び－ＣＳＮＲ１４－（Ｒ１４は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）から選ばれる基で置き換えられている）で架橋されたリボースが挙げられる。具体例としては、下記式の化合物が挙げられる。ヌクレオシドの糖は、好ましくは、リボース又は２’－デオキシリボースである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000031
　本明細書において、「核酸塩基」とは、核酸の合成に使用されるものであれば特に制限されず、例えば、シトシル基、ウラシル基、チミニル基、５－メチルシトシル基等のピリミジン塩基、アデニル基、グアニル基等のプリン塩基を挙げることができる。また、「保護された核酸塩基」とは、例えば、アミノ基を有する核酸塩基であるアデニル基、グアニル基、又はシトシル基において、アミノ基が保護されていること、ヒドロキシ基を有する核酸塩基である場合においてヒドロキシ基が保護されていること、チオール基を有する核酸塩基である場合においてチオール基が保護されていること、又はカルボニル基を有する核酸塩基において、その環に置換されているアミノ基又はヒドロキシ基と共役してカルボニル基がヒドロキシ基の形になって保護されていること等を意味し、３’位又は５’位における一時保護基の脱保護条件に耐え得る保護基により保護されている核酸塩基が好ましい。
　前記核酸塩基における「アミノ基の保護基」としては、特に限定されず、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（１９９９年）等に記載されている保護基を挙げることができる。かかる「アミノ基の保護基」の具体例としては、例えば、ピバロイル基、ピバロイロキシメチル基、トリフルオロアセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、４－ｔｅｒｔ－ブチルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、ジメチルホルムアミジニル基、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル基等を挙げることができる。これらの中でも、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、及びジメチルホルムアミジニル基が好ましい。
　前記核酸塩基における「ヒドロキシ基の保護基」としては、特に限定されず、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（１９９９年）等に記載されている任意の保護基を挙げることができる。具体的には、アルキル基（メチル基、ｔｅｒｔ－ブチル基等）、アリールメチル基（ベンジル基、ｐ－メトキシベンジル基等）、アルコキシアルキル基（メトキシメチル基、メトキシエチル基、シアノエトキシメチル基、エトキシエチル基等）、２－テトラヒドロピラニル基、シアノエチル基、カルバモイル基（フェニルカルバモイル基、１，１－ジオキソチオモルホリン－４－チオカルバモイル基等）、アシル基（アセチル基、ピバロイル基、イソブチリル基、ベンゾイル基、フェノキシアセチル基、レブリニル基、３－ベンゾイルプロピオニル基等）、シリル基（トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル基等）、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル基（Ｔｏｍ基）、１－（４－クロロフェニル）－４－エトキシピペリジン－４－イル基（Ｃｐｅｐ基）等を挙げることができる。これらの中でも、アセチル基、ベンゾイル基、ベンジル基又はｐ－メトキシベンジル基が好ましい。
　前記核酸塩基における「チオール基の保護基」としては、「ヒドロキシ基の保護基」と同様の保護基に加えて、ジスルフィド結合を形成する保護基を挙げることができる。
　また、核酸塩基のカルボニル基が共役してヒドロキシ基の形になって保護されているとき、例えば、フェノール、２，５－ジクロロフェノール、３－クロロフェノール、３，５－ジクロロフェノール、２－ホルミルフェノール、２－ナフトール、４－メトキシフェノール、４－クロロフェノール、２－ニトロフェノール、４－ニトロフェノール、４－アセチルアミノフェノール、ペンタフルオロフェノール、４－ピバロイロキシベンジルアルコール、４－ニトロフェネチルアルコール、２－（メチルスルフォニル）エタノール、２－（フェニルスルフォニル）エタノール、２－シアノエタノール、２－（トリメチルシリル）エタノール、ジメチルカルバミン酸クロライド、ジエチルカルバミン酸クロライド、エチルフェニルカルバミン酸クロライド、１－ピロリジンカルボン酸クロライド、４－モルホリンカルボン酸クロライド、ジフェニルカルバミン酸クロライド等を反応させて、カルボニル基を保護することが出来る。
　また、該「核酸塩基」には、上記の基の他に、核酸塩基が任意の置換基（例えば、ハロゲン原子、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、アシル基、アルコキシアルキル基、ヒドロキシ基、アミノ基、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、カルボキシ、シアノ、ニトロ等）により任意の位置に１から３個置換されている修飾核酸塩基（例えば、８－ブロモアデニル基、８－ブロモグアニル基、５－ブロモシトシル基、５－ヨードシトシル基、５－ブロモウラシル基、５－ヨードウラシル基、５－フルオロウラシル基、５－メチルシトシル基、８－オキソグアニル基、ヒポキサンチニル基等）も包含される。
〔伸長反応サイクル〕
　本明細書中「伸長反応サイクル」とは、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドをＨ－ホスホネート化した後、ヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと反応させ、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、ヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドとがリン含有基を介して結合した結合体を得る反応サイクルを意味する。
　伸長反応サイクルは、たとえば、擬似固相保護基を有し、３’位又は５’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの一時保護基を除去してヒドロキシ基を生成することを含む工程と、生成したヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化してＨ－ホスホネート体を得ることを含む工程と、Ｈ－ホスホネート体と、ヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドとから、これらが亜リン酸ジエステル結合を介して結合したオリゴヌクレオチドを得る工程と、を含む。
〔擬似固相保護基〕
　本発明に使用される擬似固相保護基とは、該保護基を反応基質が有することにより、反応基質及び反応生成物が低極性溶媒に可溶化し、液相中の反応が可能であると共に、一定以上の極性溶媒の添加により反応生成物又は反応基質が沈殿し、固液分離が可能となる保護基であって、５’位ヒドロキシ基もしくは３’位ヒドロキシ基の下記一時保護基を除去し得る条件では安定な保護基である。擬似固相保護基を有する反応基質を使用することにより、反応性と後処理の簡便性とを両立することができる。
　擬似固相保護基としては、下記式（Ｉ）で表される基が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000032
　式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
ｍは、０又は１である。
　ここで、Ｌ２が、－ＣＯＯ－又は－Ｏ－であり、Ｌ４が、－ＯＣＯ－又は－Ｏ－であるとき、Ｌ３は、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であることが好ましい。
　擬似固相保護基の代表的な例としては、例えば、
３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシスクシニル基（３－{３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシカルボニル}プロパノイル基）、
３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル基、
４－オキソ－４－（２，４，６－トリス（オクタデシルオキシ）フェニル）ブチリル基、
２－（３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド）エトキシスクシニル基（３－［２－{３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド｝エトキシカルボニル］プロパノイル基）、
２－（Ｎ－メチル－３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド）エトキシスクシニル基（３－［２－{Ｎ－メチル－３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド｝エトキシカルボニル］プロパノイル基）、
（Ｎ－メチル－３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド）アセチル基、
（（３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル）オキシ）メチル基、及び
２－（Ｎ－メチル－３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド）エトキシスクシニルオキシメチル基（｛（３－［２－{Ｎ－メチル－３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド｝エトキシカルボニル］プロパノイル）オキシ｝メチル基）
などが挙げられる。
　擬似固相保護基の具体例としては、国際公開第２０１４－０７７２９２号等に開示された基も挙げられる。
　擬似固相保護基は、好ましくは、下記式（ＩＩ）で表される基である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000033
　式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－である。
　ここで、Ｌ２が、－ＣＯＯ－又は－Ｏ－であり、Ｌ４が、－ＯＣＯ－又は－Ｏ－であるとき、Ｌ３は、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であることがより好ましい。
　擬似固相保護基は、さらに好ましくは、下記式（ＩＩＩ）で表される基である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000034
　式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、Ｃ１－６アルキレン基又はＣ２－６アルケニレン基であり、
Ｌ３は、Ｃ１－６アルキレン基又はＣ２－６アルケニレン基であり、
Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基又はＣ２－６アルケニル基である。
　また、擬似固相保護基は、さらに好ましくは、下記式（ＩＶ）で表される基である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000035
　式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、Ｃ１－６アルキレン基又はＣ２－６アルケニレン基であり、
Ｌ３は、Ｃ１－６アルキレン基又はＣ２－６アルケニレン基である。
　また、擬似固相保護基は、さらに好ましくは、下記式（ＩＶ－２）で表される基である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000036
　式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、Ｃ１－６アルキレン基又はＣ２－６アルケニレン基である。
　また、擬似固相保護基は、さらに好ましくは、下記式（ＩＶ－３）で表される基である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000037
　式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、Ｃ１－６アルキレン基又はＣ２－６アルケニレン基であり、
Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基又はＣ２－６アルケニル基である。
　式（ＩＩ）から式（ＩＶ－２）において、Ｌ１は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはエチレン基である。
　式（ＩＶ－３）において、Ｌ１は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基である。
　式（ＩＩ）から式（ＩＶ）において、Ｌ３は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基又はエチレン基である。
　式（ＩＩ）、式（ＩＩＩ）及び式（ＩＶ－３）において、Ｒ２は、好ましくは水素原子又はＣ１－６アルキル基であり、特に好ましくは水素原子又はメチル基である。
　その他の態様として、擬似固相保護基は好ましくは、下記式（Ｖ）で表される基である。
　式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基である。
　ここで、Ｌ２が、－ＣＯＯ－又は－Ｏ－であり、Ｌ４が、－ＯＣＯ－又は－Ｏ－であるとき、Ｌ３は、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であることがより好ましい。
　擬似固相保護基は、さらに好ましくは、下記式（ＶＩ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000039
　（式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、Ｃ１－６アルキレン基又はＣ２－６アルケニレン基であり、
Ｌ３は、Ｃ１－６アルキレン基又はＣ２－６アルケニレン基であり、
Ｌ４は、単結合又は－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基又はＣ２－６アルケニル基である）であり、
Ｌ５は、水素原子又はＣ１－６アルキル基であり、
Ｌ６は、水素原子又はＣ１－６アルキル基である）で表される基、又は下記式（ＶＩＩ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000040
　（式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｌ５は、水素原子又はＣ１－６アルキル基であり、
Ｌ６は、水素原子又はＣ１－６アルキル基である）で表される基である。
　擬似固相保護基は、さらにより好ましくは、前記式（ＶＩＩ）で表される基である。
　式（Ｉ）、式（Ｖ）及び（ＶＩ）において、Ｌ１は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基又はエチレン基である。
　式（Ｉ）、式（Ｖ）及び（ＶＩ）において、Ｌ３は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基又はエチレン基である。
　式（Ｉ）、式（Ｖ）から式（ＶＩＩ）において、Ｌ５及びＬ６は、特に好ましくは水素原子である。
　式（Ｉ）から式（ＶＩＩ）で表される擬似固相保護基のＲ１は、好ましくは、Ｃ１０－３０アルキル基又はＣ１０－３０アルケニル基であり、より好ましくはＣ１０－３０アルキル基であり、さらに好ましくはＣ１５－２５アルキル基であり、さらにより好ましくは、Ｃ１５－２０アルキル基であり、特に好ましくは、オクタデシル基である。
　式（Ｉ）から式（ＶＩＩ）で表される擬似固相保護基のｓは、好ましくは、２から４の整数であり、より好ましくは３である。
　式（Ｉ）から式（ＶＩＩ）において、ｓが２から５であるとき、それぞれのＲ１は、同一であっても異なっていてもよい。
〔一時保護基〕
　本発明に使用される一時保護基とは、５’位ヒドロキシ基もしくは３’位ヒドロキシ基を保護する保護基であり、前記「伸長反応サイクル」において脱保護される保護基である。脱保護された５’位ヒドロキシ基もしくは３’位ヒドロキシ基は、伸長反応サイクルにおいて、Ｈ－ホスホネート化された後、別のヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドとの結合に利用される。一時保護基は、例えば、以下の文献に記載されるような保護基が挙げられる。
　Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ　Ｇｒｏｕｐｓ　ｉｎ　Ｏｒｇａｎｉｃ　Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｇｒｅｅｎｅ　Ｔ．Ｗ．ａｎｄ　Ｗｕｔｓ　Ｐ．Ｇ．Ｍ．，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ　ｂｙ　Ｗｉｌｅｙ　Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９及びＰｒｏｔｅｃｔｉｎｇ　Ｇｒｏｕｐｓ，Ｋｏｃｉｅｎｓｋｉ　Ｐ．Ｊ．，１９９４，Ｇｅｏｒｇ　Ｔｈｉｅｍｅ　Ｖｅｒｌａｇ。
〔基本保護基〕
　本発明に使用される基本保護基とは、核酸塩基中のアミノ基、カルボニル基、ヒドロキシ基、若しくはチオール基又は、２’位ヒドロキシ基、３’位ヒドロキシ基若しくは５’位ヒドロキシ基、又はリン酸ジエステル結合のヒドロキシ基若しくはチオリン酸ジエステル結合のチオール基を保護する保護基であり、前記「伸長反応サイクル」においては脱保護されず、かつ前記「擬似固相保護基」が有する機能は有さない一般的な保護基である。基本保護基は、例えば、以下の文献に記載される保護基が挙げられる。
　Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ　Ｇｒｏｕｐｓ　ｉｎ　Ｏｒｇａｎｉｃ　Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｇｒｅｅｎｅ　Ｔ．Ｗ．ａｎｄ　Ｗｕｔｓ　Ｐ．Ｇ．Ｍ．，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ　ｂｙ　Ｗｉｌｅｙ　Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９及びＰｒｏｔｅｃｔｉｎｇ　Ｇｒｏｕｐｓ，Ｋｏｃｉｅｎｓｋｉ　Ｐ．Ｊ．，１９９４，Ｇｅｏｒｇ　Ｔｈｉｅｍｅ　Ｖｅｒｌａｇ。
　核酸塩基中のアミノ基、ヒドロキシ基、若しくはチオール基に使用される基本保護基は、前記核酸塩基における「アミノ基の保護基」、前記核酸塩基における「ヒドロキシ基の保護基」、前記核酸塩基における「チオール基の保護基」の通りである。
　核酸塩基中のカルボニル基に使用される基本保護基は、フェノキシ基、２，５－ジクロロフェニル基、３－クロロフェニル基、３，５－ジクロロフェニル基、２－ホルミルフェニル基、２－ナフチル基、４－メトキシフェニル基、４－クロロフェニル基、２－ニトロフェニル基、４－ニトロフェニル基、４－アセチルアミノフェニル基、ペンタフルオロフェニル、４－ピバロイロキシベンジルアルキル基、４－ニトロフェネチルアルキル基、２－（メチルスルフォニル）エチル基、２－（フェニルスルフォニル）エタチル基、２－シアノエチル基、２－（トリメチルシリル）エチル基、ジメチルアミノカルボニル基、ジエチルアミノカルボニル基、Ｎ－メチル－Ｎ－フェニルカルバモイル基、１－ピロリジノカルボニル基、４－モルホリノカルボニル基、Ｎ，Ｎ－ジフェニルアミノカルボニル基等が挙げられ、前述の方法に従い、上記保護されたカルボニル基を有するヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドが得られる。
　２’位ヒドロキシ基の基本保護基は、Ｘｚにおける「基本保護基で保護されたヒドロキシ基」の基本保護基として後述する。３’位ヒドロキシ基及び５’位ヒドロキシ基の基本保護基は、Ｚにおける「基本保護基で保護されたヒドロキシ基」の基本保護基として後述する。
　リン酸ジエステル結合のヒドロキシ基若しくはチオリン酸ジエステル結合のチオール基を保護する基本保護基は、後述する。
　保護基で保護された官能基（擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基及び核酸塩基、一時保護基で保護されたヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、アミノ基、チオール基等）は、それぞれ、その官能基の水素原子がその保護基により置換されていることを意味する。
　本明細書中「４位炭素原子に架橋する有機基」は、糖の２’位と４’位とを架橋する有機基を意味し、特に限定されないが、例えば、Ｃ２－６アルキレン基（該アルキレン基は無置換であるか、又はＣ１－６アルキル基で置換されている。ここで、該アルキレン基の１若しくは２つのメチレン基は、置き換えられていないか、又は－Ｏ－、－ＮＲ１１－（Ｒ１１は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）、－Ｓ－、－ＣＯ－、－ＣＳ－、－ＣＯＯ－、－ＯＣＯＮＲ１２－（Ｒ１２は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）、－ＣＯＮＲ１３－（Ｒ１３は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）及び－ＣＳＮＲ１４－（Ｒ１４は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）から選ばれる基で置き換えられている）である架橋基を意味する。
〔オリゴヌクレオチドの製造方法〕
　次に、本発明にかかるオリゴヌクレオチドの製造方法（以下、「本発明の製造方法」ともいう。）について説明する。具体的には、擬似固相保護基で保護されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（以下、「ｎ個重合オリゴヌクレオチド」ともいう）から、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（以下、「ｐ個重合オリゴヌクレオチド」ともいう）で伸長され、擬似固相保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（以下、「ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド」ともいう）を製造する方法について説明する。なお、ｎ個重合オリゴヌクレオチドとは、ｎ個のヌクレオシドがリン含有基を介して結合したオリゴヌクレオチドを意味し、ｎ＝１の場合、ｎ個重合オリゴヌクレオチドはヌクレオシドと解され、ｐ個重合オリゴヌクレオチドについても同様である。
　ここで、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の核酸塩基部を有する場合、それぞれの核酸塩基部は同一であっても異なっていてもよく、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の擬似固相保護基を有する場合、それぞれの擬似固相保護基は同一であっても異なっていてもよく、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の基本保護基を有する場合、それぞれの基本保護基は同一であっても異なっていてもよく、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の４位炭素原子に架橋する有機基を有する場合、それぞれの４位炭素原子に架橋する有機基は同一であっても異なっていてもよい。
　ｐ個重合オリゴヌクレオチドについても同様である。
　オリゴヌクレオチドの製造方法は、２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位又は３’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’－ヒドロキシ基又は３’－ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化するホスホネート化工程を含む。
　またオリゴヌクレオチドの製造方法は、前記Ｈ－ホスホネート化工程を含む伸長反応サイクルを少なくとも１つ含む。
　オリゴヌクレオチドの製造方法は、伸長反応サイクルに、擬似固相保護基を持つヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基又は３’位ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化する工程を含むことを特徴とする。オリゴヌクレオチドの製造方法は、好ましくは以下の工程ａから工程ｄを伸長反応サイクルに含む。なお、工程ａから工程ｄの順番は、工程ａ、工程ｂ、工程ｃ、工程ｄの順に行うか、工程ａ、工程ｄ、工程ｂ、工程ｃの順に行う。好ましい順は、工程ａ、工程ｂ、工程ｃ、工程ｄの順である。
（工程ａ）
　工程ａは、伸長末端ではないヒドロキシ基、核酸塩基部及び２’位の中の少なくとも１つに擬似固相保護基を有し、かつ伸長末端のヒドロキシ基が一時保護基で保護されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの一時保護基を除去してヒドロキシ基とすることを含む脱一時保護基工程である。
（工程ｂ）
　工程ｂは、一時保護基が除去されたヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化試薬によりＨ－ホスホネート化することを含むホスホネート化工程である。
（工程ｃ）
　工程ｃは、工程ｂでＨ－ホスホネート化されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに対して、ヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを添加して、そのヒドロキシ基を介して亜リン酸ジエステル結合により縮合させることを含むカップリング工程である。
（工程ｄ）
　工程ｄは、形成された亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合（リン酸トリエステル結合）又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合（チオリン酸－Ｏ，Ｏ，Ｓ－トリエステル結合）等へと変換することを含む変換工程である。
　ここで、前記アミノリン酸ジエステル結合のアミノ基は、無置換であるか、又は１若しくは２個のＣ１－６アルキル基で置換されている。
　基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合は、リン酸ジエステル結合の１つのヒドロキシ基の水素原子が、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ３－６シクロアルキル基、Ｃ６－１０アリール基、５－１０員ヘテロアリール基、アラルキル基又はヘテロアラルキル基等によって置き換えられた結合である。ここで前記Ｃ１－６アルキル基は、無置換であるか又は、ハロゲン原子、シアノ基等によって置換されている。Ｃ３－６シクロアルキル基、Ｃ６－１０アリール基、５－１０員ヘテロアリール基、アラルキル基及びヘテロアラルキル基は、無置換であるか又は、Ｃ１－６アルキル基、ハロゲン原子、シアノ基等によって置換されている。
　基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合は、チオリン酸ジエステル結合の１つのチオール基の水素原子が、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ３－６シクロアルキル基、Ｃ６－１０アリール基、５－１０員ヘテロアリール基、アラルキル基又はヘテロアラルキル基等によって置き換えられた結合である。ここで前記Ｃ１－４０アルキル基は、無置換であるか又は、ハロゲン原子、シアノ基等によって置換されている。Ｃ３－６シクロアルキル基、Ｃ６－１０アリール基、５－１０員ヘテロアリール基、アラルキル基及びヘテロアラルキル基は、無置換であるか又は、Ｃ１－６アルキル基、ハロゲン原子、シアノ基等によって置換されている。
　工程ａに用いる擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに含まれるヌクレオシド数ｎは、１以上の任意の整数であれば特に限定されないが、好ましくは、１から５０であり、より好ましくは１から３０であり、更に好ましくは１から２０であり、更により好ましくは１から１０であり、特に好ましくは１から５である。
　工程ｃに用いるヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに含まれるヌクレオシド数ｐは、１以上の任意の整数であれば特に限定されないが、好ましくは、１から５０であり、より好ましくは１から３０であり、更に好ましくは１から２０であり、更に好ましくは１から５であり、更により好ましくは１から３であり、特に好ましくは１、つまりヌクレオシドを用いることが特に好ましい。
　なお、工程ｄで得られた反応混合物を、そのまま工程ａに使用することもできる。また、工程ｄ終了後に適宜昇温などを行うことで、同時に工程ａを行うこともできる。
　オリゴヌクレオチドの製造方法は、更に、下記工程ｅを含むことにより、簡便かつ効果的に過剰原料や副生物を除去してヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを精製することができる。
（工程ｅ）
　工程ｅは、工程ａから工程ｄのいずれかで得られた反応混合物に極性溶媒を添加して、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する分離工程である。
　なお、工程ｅは、擬似固相保護基を用いない通常の液相合成法にも、固相合成法にも存在し得ない、擬似固相保護基を用いる液相合成法に特有の工程である。
　伸長反応サイクルに含まれる工程ｅの数は、特に制限されない。工程ｅは、工程ａから工程ｄのいずれの工程の後にも、行うことができる。
　工程ｅは、工程ａから工程ｄの各工程の後に、それぞれ独立して例えば０～５回含まれ、好ましくは０～３回含まれ、より好ましくは０～２回含まれ、さらに好ましくは０又は１回含まれる。ここで、工程ａ～ｄの後の少なくとも１つに、１回以上の工程ｅが含まれる。
　伸長反応サイクルには、１から４回の工程ｅが含まれることが好ましい。工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ａの後、工程ｂの後及び工程ｄの後の少なくとも１つに、それぞれ１回含まれることが、副生物発生を厳格に管理・制御でき、高純度のオリゴヌクレオチドに導けるという観点で好ましい。工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ｂの後に１回含まれるか、工程ｄの後に１回含まれるか、又は工程ｂ及び工程ｄの後にそれぞれ１回含まれることが、より好ましい。
　その他の態様として、工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ａの後に１回含まれるか、工程ｂの後に１回含まれるか、又は工程ａ及び工程ｂの後にそれぞれ１回含まれることが、より好ましく、工程ａ及び工程ｂの後にそれぞれ１回含まれることが、さらに好ましい。
　原料の当量管理と反応を制御することによって副生物の発生量を制御できる状況であれば、工程ａから工程ｄを基本単位として繰り返した後、工程ｅを行うことが好ましい。
　オリゴヌクレオチドの製造方法は、更に、工程ｆを含んでいてもよい。これにより、所望のオリゴヌクレオチドを単離・製造することができる。
（工程ｆ）
　工程ｆは、工程ａから工程ｅで得られたオリゴヌクレオチドの基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基を全て除去する脱保護工程である。
　オリゴヌクレオチドの製造方法はオリゴヌクレオチドの伸長方向によって、主に方法Ａ又は方法Ｂに分類される。方法Ａでは、５’位のヒドロキシ基を工程ａから工程ｃにより変換し、５’位にヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを伸長する。方法Ｂでは、３’位のヒドロキシ基を工程ａから工程ｃにより変換し、３’位にヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを伸長する。
　方法Ａは、
　２’位、３’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、３’位に基本保護基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して５’－ヒドロキシ基を生成することを含む第一工程（工程ａ）と、
　生成した５’－ヒドロキシ基を、Ｈ－ホスホネート化試薬を用いてＨ－ホスホネート化することを含む第二工程（工程ｂ）と、
　Ｈ－ホスホネート化された５’－ヒドロキシ基と、３’位にヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第二ヌクレオシド又は第二オリゴヌクレオチドの３’－ヒドロキシ基とから亜リン酸ジエステル結合を形成して、第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドと、第二ヌクレオシド又は第二オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第三工程（工程ｃ）と、
　結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合、又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合に変換することを含む第四工程（工程ｄ）と、を含むオリゴヌクレオチドの製造方法である。
　方法Ｂは、
　２’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位に基本保護基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して３’－ヒドロキシ基を生成することを含む第七工程（工程ａ）と、
　生成した３’－ヒドロキシ基を、Ｈ－ホスホネート化試薬を用いてＨ－ホスホネート化することを含む第八工程（工程ｂ）と、
　Ｈ－ホスホネート化された３’－ヒドロキシ基と、５’位にヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第四ヌクレオシド又は第四オリゴヌクレオチドの５’－ヒドロキシ基とから亜リン酸ジエステル結合を形成して、第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドと、第四ヌクレオシド又は第四オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第九工程（工程ｃ）と、
　結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合、又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合に変換することを含む第十工程（工程ｄ）と、を含むオリゴヌクレオチドの製造方法である。
　以下に、工程ａから工程ｆについて順に詳細に説明する。
（工程ａ）（脱一時保護基工程）
　まず、方法Ａ又は方法Ｂのそれぞれの場合の工程ａをスキーム１又は２に示す。
　方法Ａにおける工程ａは、低極性溶媒中において、５’位ヒドロキシ基がフッ素試薬、酸又は塩基で除去可能な一時保護基Ｒで保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉａ）（式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、ｎ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）の一時保護基Ｒを、フッ素試薬、酸又は塩基の添加により除去する工程（脱一時保護基工程）である（スキーム１）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000041
　スキーム中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、Ｂａｓｅｚは、独立してそれぞれ核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、Ｒは、一時保護基を示し、Ｘｚは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、Ｙは、独立してそれぞれ水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、Ｚは、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示す。ここで、ＢａｓｅＺ、ＸＺ及びＺの中の少なくとも１つに擬似固相保護基が含まれる。
　ここで、スキーム１中化合物（ｉａ）又は（ｉｉａ）が、２以上の核酸塩基部を有する場合、それぞれの核酸塩基部は同一であっても異なっていてもよく、（ｉａ）又は（ｉｉａ）が、２以上の擬似固相保護基を有する場合、それぞれの擬似固相保護基は同一であっても異なっていてもよく、（ｉａ）又は（ｉｉａ）が、２以上の基本保護基を有する場合、それぞれの基本保護基は同一であっても異なっていてもよく、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の４位炭素原子に架橋する有機基を有する場合、それぞれの４位炭素原子に架橋する有機基は同一であっても異なっていてもよい。
　方法Ｂにおける（工程ａ）は、低極性溶媒中において、３’位ヒドロキシ基がフッ素試薬、酸又は塩基で除去可能な一時保護基Ｒで保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｂ）（式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、ｎ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）の一時保護基Ｒを、フッ素試薬、酸又は塩基の添加により除去する工程（脱一時保護基工程）である（スキーム２）。なお、スキーム中、ｎ、Ｂａｓｅｚ、Ｒ、Ｘｚ、Ｙ及びＺは、スキーム１における定義に同じである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000042
　擬似固相保護基は、ＢａｓｅＺ及びＺの中の少なくとも１つに含まれることが好ましく、Ｚの中に含まれることがより好ましい。
　Ｚは、好ましくは、基本保護基又は擬似固相保護基であり、より好ましくは擬似固相保護基である。
　ＸＺ又はＺに含まれる好ましい擬似固相保護基は、前述の式（Ｉ）から（ＶＩＩ）で表される基であり、好ましい態様もまた同様である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる擬似固相保護基は、下記式（Ｉ）で表される基であって、ｍが１である基か、又は、ｍが０であり、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち単結合の数が０から３である基が好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000043
　式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は、前記式（Ｉ）における定義に同じであり、好ましい態様もまた同様である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる擬似固相保護基は、下記式（ＩＩ）で表される基であって、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち単結合の数が０から３である基がより好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000044
　式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は、前記式（ＩＩ）における定義に同じであり、好ましい態様もまた同様である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる擬似固相保護基は、下記式（ＩＩＩ）で表される基がさらに好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000045
　式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は、前記式（ＩＩ）における定義に同じである。
　また、Ｂａｓｅｚに含まれる擬似固相保護基は、下記式（ＩＶ）で表される基がさらに好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000046
　式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は、前記式（ＩＶ）における定義に同じである。
　また、ＸＺ又はＺに含まれる擬似固相保護基は、下記式（ＩＶ－２）で表される基がさらに好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000047
　　式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は、前記式（ＩＶ－２）における定義に同じである。
　また、ＸＺ又はＺに含まれる擬似固相保護基は、下記式（ＩＶ－３）で表される基がさらに好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000048
　式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は、前記式（ＩＶ－３）における定義に同じである。
　Ｂａｓｅｚに含まれる、式（ＩＩ）から式（ＩＶ－３）で表される擬似固相保護基のＬ１は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはエチレン基である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる、式（ＩＩ）から式（ＩＶ）で表される擬似固相保護基のＬ３は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基又はエチレン基である。
　その他の態様として、Ｂａｓｅｚに含まれる擬似固相保護基は好ましくは、下記式（Ｖ）で表される基である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000049
　式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は前記式（Ｖ）における定義に同じであり、好ましい態様も同様である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる擬似固相保護基は、さらに好ましくは、下記式（ＶＩ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000050
　（式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は、前記式（ＶＩ）における定義に同じである）で表される基、又は下記式（ＶＩＩ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000051
　（式中、＊は、核酸塩基部との結合位置を示し、その他の記号は、前記式（ＶＩＩ）における定義に同じである）で表される基である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる擬似固相保護基は、さらにより好ましくは、前記式（ＶＩＩ）で表される基である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる、式（Ｉ）、式（Ｖ）又は（ＶＩ）で表される擬似固相保護基のＬ１は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基又はエチレン基である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる、式（Ｉ）、式（Ｖ）又は（ＶＩ）で表される擬似固相保護基のＬ３は、好ましくはＣ１－６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基又はエチレン基である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる、式（Ｉ）、式（Ｖ）から式（ＶＩＩ）で表される擬似固相保護基のＬ５及びＬ６は、特に好ましくは水素原子である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる、式（Ｉ）から式（ＶＩＩ）で表される擬似固相保護基のＲ１は、好ましくは、Ｃ１０－３０アルキル基又はＣ１０－３０アルケニル基であり、より好ましくはＣ１０－３０アルキル基である。
　Ｂａｓｅｚに含まれる、式（Ｉ）から式（ＶＩＩ）で表される擬似固相保護基のｓは、好ましくは、２から４の整数であり、より好ましくは３である。
　式（Ｉ）から式（ＶＩＩ）において、ｓが２から５であるとき、それぞれのＲ１は、同一であっても異なっていてもよい。
　ｍ＝１である式（Ｉ）、式（Ｖ）から式（ＶＩＩ）で表される擬似固相保護基は、チミン又はウラシルに導入された場合に、特に有用である。
　オリゴヌクレオチドの伸長末端のヒドロキシ基に用いることができる一時保護基Ｒは、フッ素試薬、酸又は塩基で脱保護可能であり、ヒドロキシ基の保護基として用いられるものであれば、特に限定はされない。フッ素試薬で脱保護可能な一時保護基Ｒとしては、シリル基（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリメチルシリル基等）が挙げられる。酸で脱保護可能な一時保護基Ｒとしては、キサンテニル基（９－（９－フェニル）キサンテニル基、９－フェニルチオキサンテニル基等）、アルコキシアルキル基（１－メトキシ－１－メチルエチル基、１，３－ジオキソラン－２－イル基、１，３－ベンゾジオキソール－２－イル基等）、アルキルチオアルキル基（１，３－ジチオラン－２－イル基、１，３－ベンゾジチオール－２－イル基）、アルコキシカルボニル基（ｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル基等）、及びトリアリールメチル基（トリチル基、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等）等が挙げられる。塩基で脱保護可能な一時保護基Ｒとしては、レブリニル基、３－ベンゾイルプロピオニル基が挙げられる。好ましくは、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、トリチル基、９－（９－フェニル）キサンテニル基、９－フェニルチオキサンテニル基、１，１－ビス（４－メトキシフェニル）－１－フェニルメチル基（ジメトキシトリチル基）、１－（４－メトキシフェニル）－１，１－ジフェニルメチル基（モノメトキシトリチル基）である。これらの中でも、脱保護のしやすさ、入手の容易さの観点から、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、モノメトキシトリチル基、ジメトキシトリチル基であることが好ましく、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、ジメトキシトリチル基がより好ましく、ジメトキシトリチル基が特に好ましい。ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基も特に好ましい。
　Ｘｚにおける「基本保護基で保護されたヒドロキシ基」の基本保護基としては、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（１９９９年）等に記載されている保護基を挙げることができる。具体的には、アルキル基（メチル基、ｔｅｒｔ－ブチル基等）、アリールメチル基（ベンジル基、ｐ－メトキシベンジル基等）、ジアリールメチル基（ジフェニルメチル基等）、アルコキシアルキル基（メトキシメチル基、メトキシエチル基、エトキシエチル基、シアノエトキシメチル基等）、２－テトラヒドロピラニル基、シアノエチル基、カルバモイル基（フェニルカルバモイル基、１，１－ジオキソチオモルホリン－４－チオカルバモイル基等）、アシル基（アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、レブリニル基、３－ベンゾイルプロピオニル基等）、シリル基（トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル基等）、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（Ｔｏｍ）基、１－（４－クロロフェニル）－４－エトキシピペリジン－４－イル（Ｃｐｅｐ）基等を挙げることができる。これらの中でもｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、又はｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル基であることが好ましく、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基であることがより好ましい。その他の態様として、レブリニル基又は３－ベンゾイルプロピオニル基が好ましく、レブリニル基がより好ましい。
　Ｘｚは、好ましくは水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基又は４位炭素原子に架橋する有機基であり、より好ましくは、水素原子、ヒドロキシ基、又はＣ１－６アルキル基、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基若しくはｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル基で保護されたヒドロキシ基であり、さらに好ましくは水素原子又はトリイソプロピルシリル基で保護されたヒドロキシ基である。ここで、前記Ｃ１－６アルキル基は、無置換であるか、Ｃ１－６アルコキシカルボニル基、モノＣ１－６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１－６アルキルアミノカルボニル基からなる群から選ばれる基で置換されている。
　その他の態様として、Ｘｚはより好ましくは、Ｃ２－６アルキレン基（該アルキレン基は無置換であるか、又はメチル基で置換されている。ここで、該アルキレン基の１若しくは２つのメチレン基は、置き換えられていないか、又は－Ｏ－、－ＮＲ１１－（Ｒ１１は水素原子又はメチル基を示す）、－ＣＯ－、－ＣＳ－、－ＣＯＯ－、－ＯＣＯＮＲ１２－（Ｒ１２は水素原子又はメチル基を示す）、－ＣＯＮＲ１３－（Ｒ１３は水素原子又はメチル基を示す）及び－ＣＳＮＲ１４－（Ｒ１４は水素原子又はメチル基を示す）から選ばれる基で置き換えられている）で表される４位炭素原子に架橋する有機基である。Ｘｚはより好ましくは、エチレン基（該エチレン基の１若しくは２つのメチレン基は、置き換えられていないか、又は－Ｏ－、－ＣＯＮＲ１３－（Ｒ１３は水素原子又はメチル基を示す）及び－ＣＳＮＲ１４－（Ｒ１４は水素原子又はメチル基を示す）から選ばれる基で置き換えられている）で表される４位炭素原子に架橋する有機基である。
　Ｚにおける基本保護基としては、Ｘｚにおける「基本保護基で保護されたヒドロキシ基」の基本保護基として挙げられたものが挙げられる。
　中でもｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル基、レブリニル基又は３－ベンゾイルプロピオニル基が好ましく、レブリニル基又は３－ベンゾイルプロピオニル基がより好ましく、レブリニル基が更に好ましい。
　Ｘｚ又はＺにおける基本保護基には、一時保護基を脱保護する条件で脱保護されない保護基を用いることができる。例えば、酸で脱保護される一時保護基を用いる場合、前記一時保護基に挙げられたものの内、酸では脱保護されず塩基又はフッ素試薬で脱保護される保護基を、基本保護基として用いることができる。逆に、塩基で脱保護される一時保護基を用いる場合、前記一時保護基に挙げられたものの内、塩基では脱保護されず酸又はフッ素試薬で脱保護される保護基を、基本保護基として用いることができる。また、フッ素試薬で脱保護される一時保護基を用いる場合、前記一時保護基に挙げられたものの内、フッ素試薬では脱保護されず酸又は塩基で脱保護される保護基を、基本保護基として用いることができる。
　例えば、Ｘｚ又はＺにおける基本保護基がレブリニル基又は３－ベンゾイルプロピオニル基等である場合、一時保護基は、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、トリエチルシリル基等のシリル基、又はトリチル基、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等のトリアリールメチル基であることが好ましい。
　一時保護基がレブリニル基又は３－ベンゾイルプロピオニル基等である場合、Ｘｚ又はＺにおける基本保護基は、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、トリエチルシリル基等のシリル基、又はトリチル基、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等のトリアリールメチル基であることが好ましい。特に方法Ｂの場合に、レブリニル基又は３－ベンゾイルプロピオニル基等を一時保護基として用いてもよい。
　Ｙは、独立してそれぞれ水素原子、ヒドロキシ基、保護されたヒドロキシ基、チオール基、保護されたチオール基、水素化ホウ素、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示す。保護されたヒドロキシ基は、後述する工程ｄで変換される「基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合」においてヒドロキシ基を置き換える基と同様である。保護されたチオール基は、後述する工程ｄで変換される「基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合」においてチオール基を置き換える基と同様である。
　Ｙは、独立してそれぞれ、好ましくは、水素原子、ヒドロキシ基、チオール基又は２－シアノエトキシ基であり、より好ましくは、ヒドロキシ基又はチオール基である。Ｙを含めたリン官能基は、例えば以下の構造（又は、以下の構造に塩を付した構造）を有する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000052
　工程ａは、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われる。当該溶媒における溶解度が高い程、優れた反応性が期待できるため、目的とする化合物の溶解度の高い低極性溶媒を選択することが好ましい。具体的には、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒が挙げられる。これらの溶媒は２種以上を任意の割合で混合して用いてもよい。また、上記低極性溶媒に、ピリジンなどの含窒素芳香族系溶媒、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ－ジメチルアセトアミド、Ｎ－メチルピロリドン等のアミド系溶媒等の極性溶媒を、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが溶解し得る限り、任意の割合で混合して用いてもよい。中でも、工程ａに用いる溶媒は、ジクロロメタン、クロロホルム、１，２－ジクロロエタン、ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピル、テトラヒドロフラン、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、又は、これらの組合せが好ましく、ジクロロメタン、テトラヒドロフランが特に好ましい。
　工程ａにおけるｎ個重合オリゴヌクレオチドの溶媒中の濃度は、溶解していれば特に限定されないが、好ましくは１から３０重量％である。
　工程ａに使用されるフッ素試薬、酸又は塩基としては、一時保護基の良好な脱保護が達成できれば特に限定されない。
　フッ素試薬としては、フッ化水素のピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオリド、フッ化水素のトリエチルアミン塩、フッ化水素酸、フッ化アンモニウム、フッ化アンモニウムのフッ化水素付加体、フッ化カリウム又はフッ化カリウムのフッ化水素付加体が好ましく、中でも、フッ化水素のピリジン塩又はテトラブチルアンモニウムフルオリドがより好ましく、フッ化水素のピリジン塩が特に好ましい。
　酸としては、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、塩酸、酢酸、硝酸アンモニウムセリウム、ホスホン酸又はリン酸が好ましく、中でも、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、塩酸、酢酸又は硝酸アンモニウムセリウムがより好ましく、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸又はｐ－トルエンスルホン酸がさらに好ましく、ジクロロ酢酸又はホスホン酸が特に好ましい。トリフルオロ酢酸又はｐ－トルエンスルホン酸も特に好ましい。
　塩基としては、ヒドラジン誘導体（ヒドラジン一水和物、ヒドラジン酢酸塩、硫酸ヒドラジニウム、アセトヒドラジド、メチルカルバゼート、フェニルヒドラジン、ｐ－トルエンスルホニルヒドラジン等）、エチレンジアミン誘導体（エチレンジアミン等）及び無機塩基（炭酸カリウム等）等が挙げられる。塩基としては、ヒドラジン誘導体が好ましく、ヒドラジン一水和物がより好ましい。
　これらフッ素試薬、酸及び塩基は、上記低極性溶媒で希釈して使用することができる。　また、フッ素試薬、酸及び塩基以外では、Ｃｈｉｒａｚｙｍｅ　Ｌ－２、Ｃｈｉｒａｚｙｍｅ　Ｌ－５等の酵素により脱保護することも可能である。
　工程ａにおけるフッ素試薬、酸又は塩基の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド１モルに対し、１から１００モル使用することができ、好ましくは１から４０モルであり、より好ましくは１から３０モルであり、さらに好ましくは５から３０モルである。
　工程ａの反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、－１０℃から６０℃が好ましく、０℃から５０℃がより好ましく、０℃から３０℃がさらに好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、フッ素試薬、酸又は塩基の種類、溶媒の種類、反応温度等により異なるが、５分間から５０時間が好ましく、５分間から１２時間がより好ましく、３０分間から６時間がより好ましい。
　脱保護剤として使用されるフッ素試薬、酸又は塩基が、後述する工程ｃのカップリング反応中に存在すると、ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖ）の５’位若しくは３’位ヒドロキシ基の一時保護基Ｒの脱保護を誘発するため、クエンチ処理によって除去されることが必要である。クエンチ処理は、脱保護剤がフッ素試薬又は酸である場合、ケイ素試薬又は有機塩基により行い、脱保護剤が前記塩基である場合、ケトン化合物により行う。
　クエンチ処理に使用されるケイ素試薬としては、前記フッ素試薬をクエンチすることができるものであれば特に限定されないが、ヘキサメチルジシロキサン［ＴＭＳ２Ｏ］、トリメチルシリルクロリド［ＴＭＳＣｌ］、ヘキサメチルジシラザン、トリメチルシリルブロミド、トリメチルシリルヨージド、トリメチルシリルトリフルオロメタンスルホネート、トリエチルシリルクロリド、トリイソプロピルシリルクロリド、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリルクロリド、ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリルクロリド、フェニルジメチルシリルクロリド、ジフェニルメチルシリルクロリド、トリフェニルシリルクロリドが好ましく、ＴＭＳ２Ｏ、ＴＭＳＣｌがより好ましく、ＴＭＳ２Ｏが特に好ましい。
　クエンチ処理に使用される有機塩基としては、前出の酸を中和することができるものであれば特に限定されないが、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－クロロベンズイミダゾール、２－ブロモベンズイミダゾール、２－メチルイミダゾール、２－フェニルベンズイミダゾール、Ｎ－フェニルベンズイミダゾール、５－ニトロベンズイミダゾールが好ましく、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリンがより好ましく、ピリジンが特に好ましい。
　クエンチ処理に使用されるケトン化合物としては、前出の塩基を消費することができるものであれば特に限定されないが、アセチルアセトン、アセトン等が挙げられ、好ましくは、アセチルアセトンである。
　工程ａにおけるクエンチ処理に使用されるケイ素試薬、有機塩基又はケトン化合物の使用量は、フッ素試薬、酸又は塩基１モルに対し、例えば０．０１から１００モルであり、好ましくは０．１から５０モルであり、より好ましくは１から２０モルであり、さらに好ましくは１から３モルである。
　工程ａ、それに続く工程ｂを液相で連続化して行うためには、工程ａにおける一時保護基Ｒの脱保護反応中、または脱保護反応後に、カチオン捕捉剤を添加することが好ましい。工程ａと工程ｂを連続化しない場合には、カチオン捕捉剤を添加してもよく、しなくてもよい。
　カチオン捕捉剤としては、除去された保護基Ｒによる再保護（原料戻り）や脱保護され
た官能基への副反応が進行しなければ、特に限定されないが、ピロール、２－メチルピロ
ール、３－メチルピロール、２，３－ジメチルピロール、２，４－ジメチルピロール等の
ピロール誘導体；インドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチ
ルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチル
インドール等のインドール誘導体を使用することができる。良好なカチオン捕捉効果が得
られるという観点で、ピロール、３－メチルピロール、２，４－ジメチルピロール、イン
ドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メ
チルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドールが好ましく
、ピロール、３－メチルピロール、インドールがより好ましく、ピロール、インドールが
更に好ましく、ピロールが特に好ましい。
　前記カチオン捕捉剤の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉａ又はｉｂ）１モルに対し、例えば１から５０モルであり、好ましくは１から１５モルであり、より好ましくは、１から３モルである。
　工程ａの後に、工程ｂ又は工程ｄが実施される。工程ｂ又は工程ｄの前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去によって、工程ｂ又は工程ｄで用いられる溶媒への置換、工程ｅを行いｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉａ）若しくは３’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉｂ）の単離等を行うことができる。
（工程ｂ）（ホスホネート化工程）
　まず、方法Ａ又は方法Ｂのそれぞれの場合の工程ｂをスキーム３又は４に示す。
　方法Ａにおける工程ｂは、方法Ａにおける前記工程ａ若しくは後述の工程ｄで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉａ）の５’位ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化させる工程（下記スキーム３）である。スキーム３中、各記号は、前記定義と同義である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000053
　方法Ｂにおける工程ｂは、方法Ｂにおける前記工程ａ若しくは後述の工程ｄで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉｂ）の３’位ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化させる工程（下記スキーム４）である。スキーム４中、各記号は、前記定義に同義である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000054
　工程ｂで用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げられる。中でも、ジクロロメタン、クロロホルム、１，２－ジクロロエタン、ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピル、テトラヒドロフラン、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、又は、これらの組合せが好ましく、ピリジン、ジクロロメタンが更に好ましく、ピリジンが特に好ましい。
　工程ｂでピリジンなどの含窒素芳香族系溶媒以外の溶媒を用いる場合は、ピリジンなどの求核剤を添加することが好ましい。求核剤としては、良好なＨ－ホスホネート化が達成できさえすれば特に限定されないが、具体的には、ピリジン、２，６－ジーｔｅｒｔ－ブチルピリジン、２－ピコリン、３－ピコリン、４－ピコリン、３，４－ルチジン，２，６－ルチジン、２，４－ルチジン、３，５－ルチジン、２，４，６－コリジン、４－アセチルピリジン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノピリジン、２－シアノピリジン、３－シアノピリジン、４－シアノピリジン、２－クロロピリジン、３－クロロピリジン、４－クロロピリジン、２－メトキシピリジン、３－メトキシピリジン、４－メトキシピリジン、ピコリン酸エチル、ニコチン酸エチル、イソニコチン酸エチルなどのピリジン系求核剤；（Ｓ，Ｓ）－２，６－ビス（４－イソプロピル－２－オキサゾリン－２－イル）ピリジン、（Ｒ，Ｒ）－２，６－ビス（４－フェニル－２－オキサゾリン－２－イル）ピリジンなどのＰｙｂｏｘ系求核剤、キノリン、キニン、キニジン、シンコニンなどのキノリン系求核剤、Ｎ－メチルイミダゾール、ピリミジン、２－メチルピラジン、３－メチルピリダジン、１，１０－フェナントロリンなどの含窒素芳香族系求核剤；４－メトキシピリジン－Ｎ－オキシドなどのＮ－オキシド系求核剤；Ｎ，Ｎ－ジメチルアニリンなどのアニリン系求核剤；１，３－ジ－ｔｅｒｔ－ブチルイミダゾール－２－イリデン、１，３－ジメシチルイミダゾール－２－イリデンなどのＮ－ヘテロサイクリックカルベン系求核剤；トリフェニルホスフィン、亜リン酸トリメチルなどのリン系求核剤；トリエチルアミン、１，４－ジアザビシクロ［２．２．２］オクタンなどの脂肪族アミン系求核剤などが挙げられる。中でも、ピリジン、２－ピコリン、４－ピコリン、３，４－ルチジン，２，６－ルチジン、２，４，６－コリジン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノピリジン、３－メトキシピリジン、４－メトキシピリジン、（Ｓ，Ｓ）－２，６－ビス（４－イソプロピル－２－オキサゾリン－２－イル）ピリジン、（Ｒ，Ｒ）－２，６－ビス（４－フェニル－２－オキサゾリン－２－イル）ピリジン、キノリン、キニジン、Ｎ－メチルイミダゾール、３－メチルピリダジン、４－メトキシピリジン－Ｎ－オキシドが好ましく、ピリジンが特に好ましい。
　工程ｂにおける求核剤の使用量は、特に制限されないが、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から３００モルであり、好ましくは１から１００モルであり、より好ましくは１から４０モルである。
　工程ｂに使用されるＨ－ホスホネート化試薬は、良好なＨ－ホスホネート化が達成できれば特に限定されないが、亜リン酸、亜リン酸ジアリール（亜リン酸ジフェニルなど）、アリール－Ｈ－ホスホネートのアンモニウム塩（フェニル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、ｐ－トルイル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩など）、ハロゲン化リン（２－クロロ－４Ｈ－１，３，２－ベンゾジオキサホスホリン－４－オン、三塩化リンなど）などが挙げられる。中でも、亜リン酸、亜リン酸ジフェニル、フェニル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、ｐ－トルイル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、２－クロロ－４Ｈ－１，３，２－ベンゾジオキサホスホリン－４－オン、三塩化リンが好ましく、亜リン酸、亜リン酸ジフェニルがより好ましい。
　Ｈ－ホスホネート化試薬として、亜リン酸、アリール－Ｈ－ホスホネートのアンモニウム塩を用いる場合は、縮合剤を添加することが好ましい。この縮合剤としては、Ｈ－ホスホネート法において通常使用される縮合剤を挙げることができ、具体的には、２，２－ジメチルブチリルクロリド、イソブチリルクロリド、ピバロイルクロリド、アセチルクロリド、１－アダマンチルクロリド、クロロリン酸ジフェニル、２，４，６－トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド、２－（ベンゾイルトリアゾール１－イルオキシ）―１，３－ジメチル－２－ピロリジン－１－イル－１，３，２－ジアザホスホリジリニウム　ヘキサフルオレート［ＢＯＭＰ］、Ｎ，Ｎ－ビス（２－オキサゾリジニル）ホスホニッククロリド［ＢｏｐＣｌ］、ベンゾイルクロライド、無水安息香酸、炭酸ジフェニル、炭酸ジ－ｐ－ニトロフェニルや炭酸ビスペンタフルオロフェニル等の炭酸ジアリール等が挙げられる。中でも、２，２－ジメチルブチリルクロリド、イソブチリルクロリド、１－アダマンチルクロリド、クロロリン酸ジフェニル、２，４，６－トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド、ＢｏｐＣｌが好ましく、２，２－ジメチルブチリルクロリドがより好ましい。
　Ｈ－ホスホネート化試薬として、亜リン酸ジアリール又はアリール－Ｈ－ホスホネートのアンモニウム塩を用いる場合は、反応終了後に水とトリエチルアミンなどの３級アミンで処理することにより、Ｈ－ホスホネート基に変換することができる。
　工程ｂにおけるＨ－ホスホネート化試薬の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、１から１００モルが好ましく、１から４０モルがより好ましく、１０から４０モルがさらに好ましい。
　工程ｂにおける縮合剤の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、１から１００モル使用が好ましく、１から４０モルがより好ましく、１０から３０モルがさらに好ましい。
　工程ｂの反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、－１０℃から６０℃が好ましく、２０℃から５０℃がより好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、溶媒の種類、求核剤の種類、Ｈ－ホスホネート化試薬の種類、縮合剤の種類、反応温度等により異なるが、５分間から２４時間が好ましく、１０分間から１２時間がより好ましく、３０分間から６時間がより好ましい。
　工程ｂの後に、工程ｃが実施される。工程ｃの前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去による工程ｃで用いられる溶媒への置換、又は工程ｅによるｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位Ｈ－ホスホネート体（ｉｉｉａ）若しくは３’位Ｈ－ホスホネート体（ｉｉｉｂ）の単離を行うことができる。
（工程ｃ）（カップリング工程）
　まず、方法Ａ又は方法Ｂのそれぞれの場合の（工程ｃ）をスキーム５又は６に示す。
　方法Ａにおける（工程ｃ）は、前記方法Ａにおける（工程ｂ）で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基のＨ－ホスホネート体（ｉｉｉａ）と、５’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ３’位ヒドロキシ基を持つｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム５）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000055
　式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、他の記号は前記定義と同義であるが、化合物（ｉｖａ）におけるＢａｓｅＺ及びＸＺの中の少なくとも１つには擬似固相保護基が含まれていてもよく、含まれていなくてもよい。２以上の核酸塩基部を有する場合、２以上の擬似固相保護基を有する場合、及び２以上基本保護基を有する場合も前記定義と同様である。
　方法Ｂにおける工程ｃは、前記方法Ｂにおける工程ｂで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ基のＨ－ホスホネート体（ｉｉｉｂ）と、３’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ５’位ヒドロキシ基を持つｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖｂ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム６）。スキーム６中、各記号は、前記定義に同義であるが、化合物（ｉｖｂ）におけるＢａｓｅＺ及びＸＺの中の少なくとも１つに擬似固相保護基が含まれていてもよく、含まれていなくてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000056
　工程ｃで用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げられる。中でも、ピリジン、ジクロロメタン、テトラヒドロフラン、トルエン等が好ましく、ピリジンが特に好ましい。
　工程ｃでピリジンなどの含窒素芳香族系溶媒以外の溶媒を用いる場合は、ピリジンなどの求核剤を添加することが好ましい。求核剤としては、良好なカップリング反応が達成できれば特に限定されないが、具体的には、前記工程ｂと同様の求核剤が挙げられ、ピリジンが特に好ましい。
　工程ｃに使用される前記求核剤は、工程ｂで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドのＨ－ホスホネート体（ｉｉｉａ又はｉｉｉｂ）１モルに対し、例えば１～１００モル、好ましくは１～２０モル、さらに好ましくは１～１０モルである。
　工程ｃに使用されるｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ又はｉｖｂ）の使用量は、工程ｂで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドのＨ－ホスホネート体（ｉｉｉａ又はｉｉｉｂ）１モルに対し、好ましくは１から１０モルであり、より好ましくは１から５モルであり、さらに好ましくは１から３モルであり、特に好ましくは１から１．５モルである。
　工程ｃに使用される縮合剤は、カップリング反応が良好に進行すれば特に限定されないが、具体的には、前記工程ｂと同様の縮合剤が挙げられる。中でも、２，２－ジメチルブチリルクロリド、イソブチリルクロリド、１－アダマンチルクロリド、クロロリン酸ジフェニル、２，４，６－トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド、ビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド、炭酸ビスペンタフルオロフェニル等が好ましく、２，２－ジメチルブチリルクロリド又は炭酸ビスペンタフルオロフェニルが特に好ましい。
　工程ｃに使用される縮合剤は、工程ｂで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドのＨ－ホスホネート体（ｉｉｉａ又はｉｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から２００モルであり、好ましくは１から１００モルであり、より好ましくは１から５０モルである。
　工程ｃの反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、－１０℃から６０℃が好ましく、０℃から５０℃がより好ましく、０℃から３０℃がさらに好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、溶媒の種類、求核剤の種類、縮合剤の種類、反応温度等により異なるが、１分間から１２時間が好ましく、２分間から６時間がより好ましく、５分間から３時間が更に好ましい。
　工程ｃの反応の後に、スキーム５又は６中、式（ｉｖａ又はｉｖｂ）で表される化合物又はその塩、あるいはスキーム３又は４中、式（ｉｉａ又はｉｉｂ）で表される化合物又はその塩が残存している場合には、必要に応じて、得られた溶液をキャッピング反応に付してもよい。キャッピング反応は、無水酢酸、無水安息香酸などの酸無水物を用いて、又は前述の縮合剤に加えて、メチル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、エチル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、イソプロピル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩及び２－シアノエチル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩などのアルキル－Ｈ－ホスホネートのアンモニウム塩を用いて、通常の方法により実施することができる。
　なお、キャッピング反応とは、カップリング反応、酸化反応後に残存したヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基を、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを伸長できない置換基に変換する反応である。
　キャッピング反応は、後述する工程ｄの後に実施してもよい。キャッピング反応は、工程ｃ又は工程ｄの後に実施することが好ましい。
　工程ｃの後には、工程ｄ又は工程ａが実施される。工程ｄ又は工程ａの前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去によって、工程ｂ又は工程ａで用いられる溶媒への置換、工程ｅを行いｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）の単離等を行うことができる。また、工程ｃの反応溶液をそのまま、次の工程ｄ又は工程ａに用いることもできる。
（工程ｄ）（変換工程）
　工程は、工程ｃで得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）若しくは工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドにリン原子を修飾する試薬を反応させることにより、該ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）の亜リン酸ジエステル結合をリン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合へと変換する工程である。
　方法Ａにおける工程ｄは下記スキーム７（スキーム７中、各記号は、前記定義と同義であるが、工程ａ後の場合、Ｒは水素原子である）で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000057
　方法Ｂにおける工程ｄは下記スキーム８（スキーム８中、各記号は、前記定義と同義であるが、工程ａ後の場合、Ｒは水素原子である）で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000058
　工程ｄは、工程ｃで得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）又は、工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）を単離することなく、工程ｃ又は工程ａ後の反応混合物に、リン原子を修飾する試薬を直接添加するだけで行うことができる。リン原子を修飾する試薬としては、酸化剤、硫化剤、アミダイト化剤又はホウ素化剤が使用される。酸化剤又は硫化剤を使用して、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合、又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合へ変換することが好ましく、リン酸ジエステル結合又はチオリン酸ジエステル結合へ変換することがより好ましい。工程ｄは、工程ｃで得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）又は、工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）を単離して行ってもよい。
　工程ｄで用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げられ、使用する酸化剤、硫化剤、アミダイト化剤又はホウ素化剤によって適宜選択される。
　工程ｄに使用される「酸化剤」は、他の部位を酸化することなく、亜リン酸ジエステル結合をリン酸ジエステル結合に酸化する能力があれば、特に限定されないが、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルフォニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド（ＴＢＨＰ）、２－ブタノンペルオキシド、１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシド、ｍ－クロロ過安息香酸が好ましい。収率又は反応速度が良好な酸化反応を達成できるという観点で、ヨウ素、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、２－ブタノンペルオキシドがより好ましく、ヨウ素が特に好ましい。かかる酸化剤は、０．０５から２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ピリジン、テトラヒドロフラン［ＴＨＦ］、ジクロロメタン、水、又はこれらの混合溶媒を挙げることができる。中でも、例えば、ヨウ素／水／ピリジンの混合溶媒若しくはヨウ素／水／ピリジン／ＴＨＦの混合溶媒を用いることが好ましい。
　工程ｄで前記酸化剤を使用する場合、工程ｄの反応溶媒は、前記希釈溶媒と同様である。
　工程ｄに使用される「硫化剤」は、亜リン酸ジエステル結合をチオリン酸ジエステル結合に変換しうる能力があれば、特に限定されないが、単体硫黄、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（ＡＤＴＴ）、３－（（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（ＤＤＴＴ）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）、テトラエチルチウラムジスルフィド（ＴＥＴＤ）、Ｎ－（ベンゾイルチオ）－スクシンイミドが好ましい。収率又は反応速度が良好な反応が進行しうるという観点で、単体硫黄、ＡＤＴＴがより好ましく、単体硫黄が特に好ましい。かかる硫化剤は、０．０５から２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられる。
　工程ｄで前記硫化剤を使用する場合、工程ｄの反応溶媒は、前記希釈溶媒と同様である。
　亜リン酸ジエステル結合を、「基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合」へ変換する際の試薬は、その変換能力を有していれば、特に限定されないが、対応するアルコール化合物と、四塩化炭素、ヨウ素、臭化三塩化炭素、Ｎ－クロロコハク酸イミド、トリクロロイソシアヌル酸、次亜塩素酸ナトリウム、３，３－ジクロロ－５，５－ジメチルヒダントイン、Ｎ，Ｎ’－ジクロロビス（２，４，６－トリクロロフェニル）尿素などの酸化剤が好ましい。前記変換反応の溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ジクロロメタン、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられ、好ましくはジクロロメタン又はピリジンであり、より好ましくはピリジンである。
　亜リン酸ジエステル結合を、「基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合」へ変換する際の試薬は、その変換能力を有していれば、特に限定されないが、フタルイミド系硫化剤、含コハク酸系硫化剤及びモルホリンジオン系硫化剤等が挙げられる。前記変換反応の溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ジクロロメタン、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられ、好ましくはジクロロメタン又はピリジンであり、より好ましくはピリジンである。
　フタルイミド系硫化剤としては、目的の「基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合」に対応する、Ｎ－（Ｃ１－４０アルキルチオ）フタルイミド、Ｎ－（Ｃ３－６シクロアルキルチオ）フタルイミド、Ｎ－（Ｃ６－１０アリールチオ）フタルイミド、Ｎ－（５－１０員ヘテロアリールチオ）フタルイミド、Ｎ－（アラルキルチオ）フタルイミド及びＮ－（ヘテロアリールチオ）フタルイミド等が挙げられる。ここで、目的の「基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合」が、ハロゲン原子、シアノ基、Ｃ１－６アルキル基等の置換基を含む場合、前記Ｎ－（Ｃ１－４０アルキルチオ）フタルイミド、Ｎ－（Ｃ３－６シクロアルキルチオ）フタルイミド、Ｎ－（Ｃ６－１０アリールチオ）フタルイミド、Ｎ－（５－１０員ヘテロアリールチオ）フタルイミド、Ｎ－（アラルキルチオ）フタルイミド及びＮ－（ヘテロアリールチオ）フタルイミドの対応する部分にそれらの置換基を含む硫化剤を使用することができる。フタルイミド系硫化剤としては、具体的には、Ｎ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド、Ｎ－（メチルチオ）フタルイミド、Ｎ－（エチルチオ）フタルイミド、Ｎ－（プロピルチオ）フタルイミド、Ｎ－（イソプロピルチオ）フタルイミド、Ｎ－（ブチルチオ）フタルイミド、Ｎ－（ｔｅｒｔ－ブチルチオ）フタルイミド、Ｎ－（シクロヘキシルチオ）フタルイミド、Ｎ－（ドデシルチオ）フタルイミド、Ｎ－（ベンジルチオ）フタルイミド、Ｎ－（フェニルチオ）フタルイミド、Ｎ－｛（ｐ－クロロフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ－｛（ｐ－メチルフェニル）チオ］フタルイミド及びＮ－［（２－ベンゾチアゾリル)チオ]フタルイミド等が挙げられる。
　コハク酸系硫化剤としては、目的の「基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合」に対応する、Ｎ－（Ｃ１－４０アルキルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（Ｃ３－６シクロアルキルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（Ｃ６－１０アリールチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（５－１０員ヘテロアリールチオ）アラルキルチオコハク酸イミド及びＮ－（ヘテロアリールチオ）コハク酸イミド等が挙げられる。ここで、目的の「基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合」が、ハロゲン原子、シアノ基、Ｃ１－６アルキル基等の置換基を含む場合、前記Ｎ－（Ｃ１－４０アルキルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（Ｃ３－６シクロアルキルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（Ｃ６－１０アリールチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（５－１０員ヘテロアリールチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（アラルキルチオ）コハク酸イミド及びＮ－（ヘテロアリールチオ）コハク酸イミドの対応する部分にそれらの置換基を含む硫化剤を使用することができる。含コハク酸イミド硫化剤としては、具体的には、Ｎ－［（２－シアノエチル）チオ］コハク酸イミド、Ｎ－（メチルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（エチルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（プロピルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（イソプロピルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（ブチルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（ｔｅｒｔ－ブチルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（シクロヘキシルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（ドデシルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（ベンジルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－（フェニルチオ）コハク酸イミド、Ｎ－｛（ｐ－クロロフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ－｛（ｐ－メチルフェニル）チオ］コハク酸イミド及びＮ－［（２－ベンゾチアゾリル)チオ]コハク酸イミド等が挙げられる。
　モルホリンジオン系硫化剤としては、目的の「基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合」に対応する、Ｎ－（Ｃ１－４０アルキルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（Ｃ３－６シクロアルキルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（Ｃ６－１０アリールチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（５－１０員ヘテロアリールチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（アラルキルチオ）モルホリン－３，５－ジオン及びＮ－（ヘテロアリールチオ）モルホリン－３，５－ジオン等が挙げられる。ここで、目的の「基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合」が、ハロゲン原子、シアノ基、Ｃ１－６アルキル基等の置換基を含む場合、前記Ｎ－（Ｃ１－４０アルキルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（Ｃ３－６シクロアルキルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（Ｃ６－１０アリールチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（５－１０員ヘテロアリールチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（アラルキルチオ）モルホリン－３，５－ジオン及びＮ－（ヘテロアリールチオ）モルホリン－３，５－ジオンの対応する部分にそれらの置換基を含む硫化剤を使用することができる。モルホリンジオン系硫化剤としては、具体的には、Ｎ－［（２－シアノエチル）チオ］モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（メチルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（エチルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（プロピルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（イソプロピルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（ブチルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（ｔｅｒｔ－ブチルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（シクロヘキシルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（ドデシルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（ベンジルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－（フェニルチオ）モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－｛（ｐ－クロロフェニル）チオ｝モルホリン－３，５－ジオン、Ｎ－｛（ｐ－メチルフェニル）チオ］モルホリン－３，５－ジオン及びＮ－［（２－ベンゾチアゾリル)チオ]モルホリン－３，５－ジオン等が挙げられる。
　工程ｄに使用する「アミダイト化剤」は、亜リン酸ジエステル結合をアミノリン酸ジエステル結合に変換しうる能力があれば、特に限定されないが、対応するアミン化合物と、四塩化炭素、ヨウ素、臭化三塩化炭素、Ｎ－クロロコハク酸イミド、トリクロロイソシアヌル酸、次亜塩素酸ナトリウム、３，３－ジクロロ－５，５－ジメチルヒダントイン、Ｎ，Ｎ’－ジクロロビス（２，４，６－トリクロロフェニル）尿素などの酸化剤が好ましい。前記変換反応の溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ジクロロメタン、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられ、好ましくはジクロロメタン又はピリジンであり、より好ましくはピリジンである。
　工程ｄに使用する「ホウ素化剤」は、亜リン酸ジエステル結合をボラノリン酸ジエステル結合に変換しうる能力があれば、特に限定されないが、水素化ホウ素（ＢＨ３）、ＢＨ３－ＴＨＦ錯体、ＢＨ３－ジメチルスルフィド錯体、ＢＨ３－ピリジン錯体などが好ましい。前記変換反応の溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ジクロロメタン、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられ、好ましくはジクロロメタン又はピリジンであり、より好ましくはピリジンである。
　リン原子を修飾する試薬の使用量は、工程ｃで得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ若しくはｖｂ）又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ若しくはｉｉｂ）１モルに対し、１から５０モルが好ましく、より好ましくは１から１５モルであり、さらに好ましくは１から１０モルであり、さらにより好ましくは１から７モルである。
　反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、－１０℃から６０℃が好ましく、２０℃から５０℃がより好ましい。反応時間は、工程ｃで得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ若しくはｖｂ）又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ若しくはｉｉｂ）の種類、使用するリン原子を修飾する試薬の種類、反応温度等によって異なるが、好ましくは１分間から２４時間であり、より好ましくは、１０分間から１２時間であり、更に好ましくは、３０分間から６時間である。
　酸化剤や硫化剤を用いる場合、該酸化剤及び硫化剤は反応終了後又は次工程以降で望まない副反応を誘発する可能性があり、該副反応を抑制するため、反応終了後に還元剤を用いてクエンチ処理を行うことができる。具体的には、還元剤として、３価のリン試薬（例えば、亜リン酸トリメチル、亜リン酸トリエチル、トリス（２－カルボキシエチル）ホスフィン等の亜リン酸トリアルキルや、亜リン酸ジメチルや亜リン酸ジエチルなどの亜リン酸ジアルキル）、チオ硫酸ナトリウム等の還元剤を用いる。前記クエンチ処理は、省略することも可能である。
　工程ｃの後に工程ｄを行う際、工程ｄの反応の後に、スキーム５又は６中、式（ｉｖａ又はｉｖｂ）で表される化合物又はその塩、あるいはスキーム３又は４中、式（ｉｉａ又はｉｉｂ）で表される化合物又はその塩が残存している場合には、必要に応じて、得られた溶液をキャッピング反応に付してもよい。キャッピング反応は、無水酢酸、無水安息香酸などの酸無水物を用いて、又は前述の縮合剤に加えて、メチル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、エチル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、イソプロピル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩及び２－シアノエチル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩などのアルキル－Ｈ－ホスホネートのアンモニウム塩を用いて、通常の方法により実施することができる。
　キャッピング反応は、前述する工程ｃの後に実施してもよい。
　工程ａの後に工程ｄを行う際には、工程ｄの後には、前記キャッピング反応を実施しない。
（工程ｅ）（沈殿化及び固液分離工程）
　工程ｅは、工程ａから工程ｄのいずれかで得られた反応溶液に極性溶媒を添加することによりオリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程である。
　工程ｅにおける極性溶媒としては、例えば、メタノール、エタノール、イソプロパノールｎ－ブタノール等のアルコール系溶媒；アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒；アセトン、２－ブタノン等のケトン系溶媒；ジメチルホルムアミド、ジメチルアセトアミド、Ｎ－メチルピペリドン等のアミド系溶媒、ジメチルスルホキシド等のスルホキシド系溶媒；水、ならびにこれら２種以上の混合溶媒が用いられる。工程ｅにおける極性溶媒は、好ましくはアルコール系溶媒、ニトリル系溶媒であり、より好ましくは、炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒であり、特に好ましくはメタノール又はアセトニトリルである。
　工程ｄで得られた反応溶液を用いて工程ｅを行う場合、前述の還元剤を沈殿化溶媒であるメタノールやアセトニトリルに加えた溶液を使用することにより、リン原子を修飾する試薬のクエンチ処理と同時に工程ｅを行うことができる。
　本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法は、上記工程ａから工程ｅを所望の回数繰返すことで高純度かつ高収率で目的のオリゴヌクレオチドを得ることができる。
（工程ｆ）（脱保護・オリゴヌクレオチド単離工程）
　オリゴヌクレオチドの製造方法においては、工程ｅの後に、基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基の種類・性質に応じて、脱保護を行い、オリゴヌクレオチドを単離することができる。脱保護の方法としては、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（１９９９年）等に記載されている脱保護方法に従い、オリゴヌクレオチドの全ての保護基を除去する工程を行うことができる。具体的には、擬似固相保護基、ならびに基本保護基であるベンゾイル基、イソブチリル基、フェノキシアセチル基、アセチル基、レブリニル基等、リン酸ジエステル結合又はチオリン酸ジエステル結合を保護している基本保護基である２－シアノエチル基等は、アンモニア水、アンモニア水／エタノール溶液、又はアンモニア水とメチルアミン水溶液の混合液で処理することにより、全て除去することができる。また、５’位又は３’位ヒドロキシ基の一時保護基は、工程ａで使用されるフッ素試薬、酸又は塩基、又はそれらを適宜希釈した溶液で処理することにより除去することができる。また、ジャーナルオブザケミカルソサイエティー　パーキントランザクション１、２００２年、２６１９頁－２６３３頁に記載されている脱保護方法に従い、ＤＢＵ［１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］－７－ウンデセン］及びトリメチルシリルクロリドで処理して、リン酸ジエステル結合又はチオリン酸ジエステル結合を保護しているシアノエチル基等を除去した後に、アンモニア水で擬似固相保護基、ならびに基本保護基であるベンゾイル基、イソブチリル基、フェノキシアセチル基、アセチル基、レブリニル基等を除去する方法を用いることもできる。また、無機塩基（炭酸カリウム等）で基本保護基であるベンゾイル基、イソブチリル基、フェノキシアセチル基、アセチル基、レブリニル基等を除去する方法を用いることもできる。
　基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合は、例えば、ジャーナルオブザケミカルソサイエティー　パーキントランザクション１、１９９９、１４７７頁－１４８６頁に記載されている方法（（Ｅ）－２－ニトロベンズアルドキシム、ピリジン－２－アルドキシムなどのオキシム化合物及び、１、１、３、３－テトラメチルグアニジン、ＤＢＵ等の塩基で処理する方法）で脱保護することにより、リン酸ジエステル結合へ変換することができる。２－シアノエチル基等、β脱離によって脱保護可能な基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合は、前記塩基性条件下での脱保護により、チオリン酸ジエステル結合へ変換できる。その他の基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合は、例えば、ジャーナルオブザケミカルソサイエティー　パーキントランザクション１、１９９９、１４７７頁－１４８６頁に記載されている方法（前記オキシム化合物及び前記塩基で処理する方法等）で脱保護することにより、リン酸ジエステル結合へ変換できる。
　保護基を有しないオリゴヌクレオチドは、酵素により容易に分解されやすいため、空気清浄度管理下でオリゴヌクレオチドを単離することが好ましい。
　上記工程ａから工程ｄ及び工程ｆにおける反応の進行の確認は、いずれも一般的な液相有機合成反応と同様の方法を適用できる。すなわち、薄層シリカゲルクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー等を用いて反応を追跡することができる。
　工程ｅ又は工程ｆより得られたオリゴヌクレオチドは、更に有機合成反応を施すことにより、所望のオリゴヌクレオチド誘導体へと導くこともできる。方法Ａを使用して製造されたオリゴヌクレオチド及び方法Ｂを使用して製造されたオリゴヌクレオチドを用いて、方法Ａ又は方法Ｂを使用してオリゴヌクレオチドを製造することもできる。
　例えば、方法Ａにおける工程ｂで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基のＨ－ホスホネート体（ｉｉｉａ）と、方法Ｂにおける工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉｂ）とを、前記工程ｃと同様の条件で、亜リン酸ジエステル結合により縮合させることができる。本工程をスキーム９に示す。スキーム中の記号は、前記定義に同じであり、式（ｉｉｉａ）のｎと式（ｉｉｂ）のｎとは同一でも異なっていてもよく、式（ｉｉｉａ）のＺと式（ｉｉｂ）のＺとは同一でも異なっていてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000059
　また、方法Ｂにおける工程ｂで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基のＨ－ホスホネート体（ｉｉｉｂ）と、方法Ａにおける工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ）とを、前記工程ｃと同様の条件で、亜リン酸ジエステル結合により縮合させることができる。本工程をスキーム１０に示す。スキーム中の記号は、前記定義に同じであり、式（ｉｉｉｂ）のｎと式（ｉｉａ）のｎとは同一でも異なっていてもよく、式（ｉｉｉｂ）のＺと式（ｉｉａ）のＺとは同一でも異なっていてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000060
　前記縮合されたオリゴヌクレオチド（ｖｉｉ）の亜リン酸ジエステル結合を、工程ｄと同様の条件で、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合へと変換することができる。本工程をスキーム１１に示す。スキーム中の記号は、前記定義に同じであり、式（ｖｉｉ）中の２つのｎは同一でも異なっていてもよく、式（ｖｉｉ）中の２つのＺは同一でも異なっていてもよい。式（ｖｉｉｉ）も同様である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000061
　前記亜リン酸ジエステル結合により縮合させる工程により得られた反応混合物を用いて、工程ｅと同様に擬似固相保護基を有する縮合された前記ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（ｖｉｉ）を沈殿させて、固液分離により取得する分離工程を実施することができる。また、前記亜リン酸ジエステル結合を変換する工程により得られた反応混合物を用いて、工程ｅと同様に擬似固相保護基を有する亜リン酸ジエステル結合が変換されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（ｖｉｉｉ）を沈殿させて、固液分離により取得する分離工程を実施することができる。
　前記分離工程の後に、工程ｆと同様に、基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基の種類・性質に応じて、脱保護を行い、オリゴヌクレオチドを単離することができる。
　前記亜リン酸ジエステル結合による縮合体（ｖｉｉ）、又はその亜リン酸ジエステル結合の変換体（ｖｉｉｉ）が有する２つのＺの内の少なくとも１つが基本保護基であり、該基本保護基を一時保護基としても使用できる場合、前記亜リン酸ジエステル結合による縮合体（ｖｉｉ）、又はその亜リン酸ジエステル結合の変換体（ｖｉｉｉ）を、スキーム１又は２中、式（ｉａ又はｉｂ）で表される化合物として用い、方法Ａ又は方法Ｂにおける工程ａを実施することができる。
　製造されたオリゴヌクレオチドは、各種人体用又は動物用の医薬品（ＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴヌクレオチド医薬、等）、機能性食品、特定保健食品、食品、化成品、生体用高分子材料、工業用高分子材料等の各種用途に使用することができる。
　オリゴヌクレオチドの製造方法における出発物質は、既存の酸化、還元、加水分解、エステル化反応、アミド縮合等、一般的に知られている官能基変換法（例えば、コンプリヘンシブ・オーガニック・トランスフォーメーションズ第2版（Comprehensive Organic Transformations, Second Edition）、ラロック（R.C.Larock）著、ワイリー－ブイシーエイチ（Wiley-VCH）（1999年）など参照）を行うことにより製造できる。
　例えば、２’位と４’位が－ＣＳＮＲ１４－（Ｒ１４は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）で架橋したリボースに、核酸塩基が結合したヌクレオシドは、対応する－ＣＯＮＲ１３－（Ｒ１３は水素原子又はＣ１－６アルキル基を示す）で架橋した構造を有するヌクレオシド等から、チオカルボニル化試薬（例えばローソン試薬等）を用いて、必要に応じて保護反応及び脱保護反応を行って、合成することができる。
　擬似固相保護基が導入されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは以下に示す方法によって製造することができるが、下記製造方法は一般的な製造方法の一例を示すものであり、本実施形態に係る擬似固相保護基が導入されたヌクレオシド等の製造方法を限定するものではない。
　前記式（I）で表される擬似固相保護基のうち、ｍが０である基が導入されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、例えば、下記式（Ｘ－１）に示されるカルボン酸若しくは下記式（Ｘ－２）に示されるカルボン酸ハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基若しくは核酸塩基との反応により得ることができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000062
　式中、Ｘは、ハロゲン原子を意味し、その他の記号は前記定義に同じである。
　擬似固相保護基の導入にカルボン酸を用いる場合は、溶媒中、ジシクロヘキシルカルボジイミド、１－エチル－３－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチル－Ｏ－（ベンゾトリアゾール－１－イル）ウロニウムヘキサフルオロホスファート及びカルボニルジイミダゾール等の縮合剤を用いて、擬似固相保護基をヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドへ導入することができる。必要に応じて１－ヒドロキシベンゾトリアゾール等の添加剤を組み合わせて用いることができる。カルボン酸ハライドを用いる場合は、溶媒中、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミンなどの塩基を用いる方法が挙げられる。溶媒としては、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒；Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ－ジメチルアセトアミド、Ｎ－メチルピロリドン等のアミド系溶媒等が挙げられる。
　当該カルボン酸若しくは酸ハライドは、既存の酸化、還元、加水分解等、一般的に知られている官能基変換法（例えば、コンプリヘンシブ・オーガニック・トランスフォーメーションズ第2版（Comprehensive Organic Transformations, Second Edition）、ラロック（R.C.Larock）著、ワイリー－ブイシーエイチ（Wiley-VCH）（1999年）など参照）を行うことにより製造できる。
　また、Ｌ１とＬ２間の結合、Ｌ２とＬ３間の結合、Ｌ３とＬ４間の結合の内、任意の結合を上記縮合法や官能基変換法等を用いて形成させ、段階的に擬似固相保護基を導入することもできる。また、Ｌ２が、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－、ＯＣＯ－又は－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－である場合、Ｌ２が含むエステル結合又はアミド結合を、上記縮合法や官能基変換法等を用いて形成させ、段階的に擬似固相保護基を導入することもできる。Ｌ４が、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－、ＯＣＯ－又は－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－である場合も同様である。ここで、Ｒ２は前記定義に同じである。
　例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、式（Ｘ－４）で表されるジカルボン酸無水物（コハク酸無水物等）とを反応させ、カルボキシ基を有する下記式（Ｘ－５）で表される基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを得た後に、該カルボキシ基を有する式（Ｘ－５）で表される基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、下記式（Ｘ－６）に示されるアルコール化合物又は下記式（Ｘ－７）に示されるアミン化合物とを縮合させ、前記式（Ｉ）で表される擬似固相保護基のうち、ｍが０であり、Ｌ２が－ＣＯＯ－又は－ＣＯＮ（Ｒ２）－である基を有する、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを製造することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000063
　式中、Ｌ１は前記定義に同じである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000064
　式中の記号は前記定義に同じである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000065
　式中の記号は前記定義に同じである。
　前記カルボキシ基を有する式（Ｘ－５）で表される基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、前記式（Ｘ－６）に示されるアルコール化合物又は前記式（Ｘ－７）に示されるアミン化合物との縮合は、通常、溶媒中、ジシクロヘキシルカルボジイミド、１－エチル－３－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチル－Ｏ－（ベンゾトリアゾール－１－イル）ウロニウムヘキサフルオロホスファート又はカルボニルジイミダゾール等の縮合剤を用いて行われる。必要に応じて１－ヒドロキシベンゾトリアゾール等の添加剤を組み合わせて用いることができる。溶媒は、前記式（Ｘ－１）若しくは式（Ｘ－２）に示される化合物と、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドとの反応と同様である。
　また、例えば、下記式（Ｘ－８）若しくは（Ｘ－１０）に示されるカルボン酸又は下記式（Ｘ－９）若しくは（Ｘ－１１）に示されるカルボン酸ハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基若しくは核酸塩基とを、前記縮合反応と同様の条件で縮合させ、必要に応じてその後脱保護反応を行うことにより、下記式（Ｘ－１２）で表されるアルコール化合物又は下記式（Ｘ－１３）で表されるアミノ化合物を得て、得られた式（Ｘ－１２）で表されるアルコール化合物又は式（Ｘ－１３）で表されるアミノ化合物と、式（Ｘ－１４）で表されるカルボキシ化合物又は式（Ｘ－１５）で表されるアリールカルボン酸ハライドとを前記縮合反応と同様の条件で縮合させ、前記式（Ｉ）で表される擬似固相保護基のうち、ｍが０であり、Ｌ４が－ＯＣＯ－又は－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－である基を有する、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを製造することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000066
　（式中、Ｐ１はヒドロキシ基の保護基を表し、Ｐ２はアミノ基の保護基を表し、Ｘはハロゲン原子を表し、その他の記号は前記定義に同じである。）Ｐ１は、ヒドロキシ基を保護する一時保護基又は基本保護基から選択することができ、Ｐ２は、アミノ基を保護する基本保護基から選択することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000067
　式中の記号は前記定義に同じである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000068
　式中の記号は前記定義に同じであり、Ｘはハロゲン原子を表す。
　前記脱保護反応の条件は、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（１９９９年）等を参照できる。
　前記式（Ｉ）に示される擬似固相保護基のうち、ｍが１である基が導入されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、例えば、下記式（Ｘ－３）に示されるアルキルハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基若しくは核酸塩基とを溶媒中で反応させることにより得ることができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000069
　式中、Ｘは、ハロゲン原子を意味し、その他の記号は前記定義に同じである。
　前記式（Ｘ－３）に示されるアルキルハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの反応には、塩基（炭酸カリウム、トリエチルアミン等）が用いられる。前記溶媒としては、前述のハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒、脂肪族系溶媒、エーテル系溶媒又はアミド系溶媒等が用いられ、中でもアミド系溶媒が用いられる。
　前記式（Ｘ－３）に示されるアルキルハライドは、前記式（Ｘ－１）に示されるカルボン酸とクロロメタンスルホン酸クロリドを溶媒中で反応させることにより（国際公開第２０１４－１４４２８５号に記載の方法）、また前記式（Ｘ－１）に示されるカルボン酸、パラホルムアルデヒド及び塩化亜鉛を溶媒中で反応させることにより（ジャーナルオブメディシナルケミストリー、２００９年、５２巻、７７１頁－７７８頁の方法）、製造できる。
　また、Ｌ１とＬ２の間の結合、Ｌ２とＬ３の間の結合、Ｌ３とＬ４の間の結合の内、任意の結合を上記縮合法や官能基変換法等を用いて形成させ、段階的に擬似固相保護基を導入することもできる。また、Ｌ２が、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－、ＯＣＯ－又は－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－である場合、Ｌ２が含むエステル結合又はアミド結合を、上記縮合法や官能基変換法等を用いて形成させ、段階的に擬似固相保護基を導入することもできる。Ｌ４が、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－、ＯＣＯ－又は－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－である場合も同様である。ここで、Ｒ２は前記定義に同じである。
　次に実施例を挙げて本発明を具体的に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。なお、実施例中、ＮＭＲは核磁気共鳴スペクトルを、ＭＳは質量分析を意味する。
　１Ｈ－ＮＭＲデータが記載されている場合には、３００ＭＨｚ（ＪＮＭ－ＥＣＰ３００；日本電子（ＪＥＯＬ）社製、又はＪＮＭ－ＥＣＸ３００；日本電子（ＪＥＯＬ）社製）で測定し、テトラメチルシランを内部標準としたシグナルの化学シフトδ（単位：ｐｐｍ）（分裂パターン、積分値）を表す。「ｓ」はシングレット、「ｄ」はダブレット、「ｔ」はトリプレット、「ｑ」はカルテット、「ｑｕｉｎｔ」はクインテット、「ｄｄ」はダブレット・オブ・ダブレット、「ｍ」はマルチプレット、「ｂｒｓ」はブロードシングレット、「ＣＤＣｌ３」は重クロロホルム、「Ｃ５Ｄ５Ｎ」は重ピリジンを意味する。
　３１Ｐ－ＮＭＲデータが記載されている場合には、ＪＮＭ－ＥＣＸ３００；日本電子（ＪＥＯＬ）社製）で測定したシグナルの化学シフトδ（単位：ｐｐｍ）を表す。
　ＭＳは、特に記述がない場合は、以下の条件１で、ＥＳＩ（エレクトロスプレーイオン化）法を用いて測定した。「ＥＳＩ＋」はＥＳＩ正イオンモード、「ＥＳＩ－」はＥＳＩ負イオンモードを意味する。
条件１：
　装置：ＡＢ　ＳＣＩＥＸ　ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ　５６００
　カラム：Ｋｉｎｅｔｅｘ　ＰＦＰ（２．６μｍ、２．１×７５ｍｍ）
　カラム温度：４０℃
　溶離液組成：
　　有機層：テトラヒドロフラン／アセトニトリル＝１／１（体積比）
　　水層：１０ｍＭ　ギ酸アンモニウム水溶液
有機層と水層の混合比を５０／５０で測定開始後、１０分間で９０／１０に直線的に変えた。その後５分間、有機層と水層の混合比を９０／１０に固定した。
　流速：０．５０ｍＬ／ｍｉｎ、
　検出波長：２６０ｎｍ
　シリカゲルカラムクロマトグラフィーでの精製は、特に記述がない場合は、山善製Ｈｉ－Ｆｌａｓｈカラムを用いた。
参考例　（５’位ヒドロキシ基に４，４’－ジメトキシトリチル基を持つ核酸モノマーの安定性評価）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000070
　オリゴヌクレオチド合成に用いる核酸モノマーとして、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン［ＯＨ］、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－ヒドロキシホスフィニルチミジン　トリエチルアミン塩［ｐ（Ｈ）］、及び５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－シアノエトキシ（ジイソプロピルアミノ）ホスフィノチミジン［ＰＡ］を選択した。それぞれ固体のまま１００℃で撹拌し、一定時間経過後にＨＰＬＣ分析を行った。その結果を、図１に示す。
　図１から、Ｈ－ホスホネート体及びアミダイト体と比較して、ヌクレオシドが安定であることが分かる。
参考合成例１　（５’位ヒドロキシ基にｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基を持つヌクレオシドの合成）：化合物１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000071
　窒素雰囲気下、チミジン（２４．２０ｇ、１００ｍｍｏｌ）のピリジン（６０ｍＬ）懸濁液に、０℃でｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリルクロリド（１６．６２ｇ、１１０ｍｍｏｌ）を加え、２２時間２９分撹拌した。溶媒を減圧下留去し、塩化メチレンと水を加えて分液した。得られた水層に塩化メチレンを加えて分液し、得られた有機層を合わせて５％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄し、水で洗浄した。溶媒を減圧下留去し、トルエンを加えて析出した固体をろ過し化合物１（２９．７７ｇ、収率８４％）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１１（ｓ、３Ｈ）、０．１２（ｓ、３Ｈ）、０．９２（ｓ、９Ｈ）、１．９２（ｄ、３Ｈ）、２．０２－２．１６（ｍ、２Ｈ）、２．３２－２．３９（ｍ、１Ｈ）、３．８１－３．９２（ｍ、２Ｈ）、４．０１－４．０４（ｍ、１Ｈ）、４．４５－４．４９（ｍ、１Ｈ）、６．３６（ｑ、１Ｈ）、７．４８（ｄ、１Ｈ）、８．２７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
参考合成例２　（５’位ヒドロキシ基にｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基を持ち、２’位ヒドロキシ基にトリイソプロピルシリル基を持つヌクレオシドの合成）：５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－Ｏ－トリイソプロピルシリルウリジンの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000072
工程１　５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）ウリジンの合成
　窒素雰囲気下、ウリジン（１２．０３ｇ、４９．３ｍｍｏｌ）、イミダゾール（６．７４ｇ、９９．０ｍｍｏｌ）のＮ，Ｎ－ジメチルホルムアミド［ＤＭＦ］（１２０ｇ）溶液に、室温でｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリルクロリド（７．７６ｇ、５１．５ｍｍｏｌ）を加え、５時間１分撹拌した。この反応混合物を水（２４０ｇ）に滴下し、析出した固体をろ過した。得られた粗物にトルエンを加えて３０分間撹拌し、ろ過して５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）ウリジン（１０．４９ｇ、収率５９％）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１１（ｓ、６Ｈ）、０．９２（ｓ、９Ｈ）、３．８２－３．８７（ｍ、１Ｈ）、４．００－４．０５（ｍ、１Ｈ）、４．１４－４．１５（ｍ、１Ｈ）、４．２１－４．２６（ｍ、２Ｈ）、５．６７（ｄ、１Ｈ）、５．９０（ｄ、１Ｈ）、８．０６（ｄ、１Ｈ）．
工程２　５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－Ｏ－トリイソプロピルシリルウリジンの合成
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）ウリジン（５．４０ｇ、１５．１ｍｍｏｌ）、硝酸銀［ＡｇＮＯ３］（１０．３ｇ、６０．６ｍｍｏｌ）、ピリジン（６．１ｍＬ，７５ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（５０ｍＬ）懸濁液に、室温でトリイソプロピルシリルクロリド（１１．６５ｇ、６０．４ｍｍｏｌ）を加え、２３時間６分撹拌した。この反応混合物をセライトろ過し、溶媒を減圧下留去して酢酸エチルを加えた。水を加えて分液し、得られた水層に酢酸エチルを加えて分液した。得られた有機層を合わせて６％炭酸水素カリウム水溶液で洗浄し、水で洗浄した。溶媒を減圧下留去し、ヘキサンを加えて固体を析出させ、０℃に冷却後、ろ過し５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－Ｏ－トリイソプロピルシリルウリジン（５．２４ｇ、収率６８％）を白色固体として得た。
　得られたろ液を減圧下留去して、シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン－酢酸エチル）で精製し、５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－Ｏ－トリイソプロピルシリルウリジン（１．７２ｇ、収率２２％）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１２（ｓ、６Ｈ）、０．９４（ｓ、９Ｈ）、１．０４－１．１６（ｍ、２１Ｈ）、２．８０（ｄ、１Ｈ）、３．８１（ｄ、１Ｈ）、３．９６（ｄ、１Ｈ）、４．１３－４．２０（ｍ、２Ｈ）、４．３６（ｔ、１Ｈ）、５．７０（ｄ、１Ｈ）、６．０７（ｄ、１Ｈ）、７．９５（ｄｄ、１Ｈ）、８．１７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
実施例１（３’位ヒドロキシ基に擬似固相保護基が結合したヌクレオシドの合成）：化合物３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000073
工程１　化合物２の合成
　窒素雰囲気下、化合物１（８．０２ｇ、２２．４ｍｍｏｌ）、無水コハク酸（３．３５ｇ、３３．５ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（８０ｇ）溶液に、室温でトリエチルアミン（６．２１ｍＬ、４４．８ｍｍｏｌ）を加え、４時間３分撹拌した。反応混合物に２．０Ｍ　リン酸－トリエチルアミン水溶液を加えて分液した。得られた有機層を、２Ｍ　リン酸－トリエチルアミン水溶液で２回分液により洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥後、溶媒を減圧下留去し、化合物２を薄紫色固体（１１．３７ｇ、収率９１％）として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１３（ｓ、６Ｈ）、０．９３（ｓ、９Ｈ）、１．２３（ｔ、９Ｈ）、１．９２（ｄ、３Ｈ）、２．０４－２．１３（ｍ、１Ｈ）、２．３９－２．４６（ｍ、１Ｈ）、２．５５－２．６６（ｍ、４Ｈ）、３．０２（ｑ、６Ｈ）、３．８６－３．９５（ｍ、２Ｈ）、４．１３（ｄ、１Ｈ）、５．２５（ｄ、１Ｈ）、６．３５（ｑ、１Ｈ）、７．５５（ｄ、１Ｈ）．
工程２　化合物３の合成
　窒素雰囲気下、化合物２（２．７９ｇ、５．０ｍｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルアルコール（Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ、２０１１、６７、６６３３－６６４３に記載の方法に準じて合成した）（３．１３ｇ、３．４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（６５ｇ）溶液に、室温で２－（１Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－イル）－１，１，３，３－テトラメチルウロニウムヘキサフルオホスフェート［ＨＢＴＵ］（２．５５ｇ、６．７ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン（１．２ｍＬ、７．１ｍｍｏｌ）、ジメチルアミノピリジン［ＤＭＡＰ］（８４７ｍｇ、６．９ｍｍｏｌ）を加え、１時間８分撹拌した。反応混合物にメタノールを加えて析出した固体をろ過し、化合物３（４．５３ｇ、収率９８％）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１３０（ｓ、３Ｈ）、０．１３３（ｓ、３Ｈ）、０．８８（ｔ、９Ｈ）、０．９４（ｓ、９Ｈ）、１．１４－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９３（ｄ、３Ｈ）、２．０５－２．１５（ｍ、１Ｈ）、２．３７－２．４４（ｍ、１Ｈ）、２．６８（ｔ、４Ｈ）、３．８９－３．９７（ｍ、８Ｈ）、４．０７（ｄ、１Ｈ）、５．０２（ｓ、２Ｈ）、５．２７（ｄ、１Ｈ）、６．３４（ｑ、１Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、７．５４（ｄ、１Ｈ）、８．１１（ｂｒｓ、１Ｈ）．
実施例２（ＴＢＳ基の脱保護）：化合物４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000074
　窒素雰囲気下、化合物３（２．９７ｇ、２．２ｍｍｏｌ）のテトラヒドロフラン［ＴＨＦ］（６５ｇ）溶液に、室温で１．０Ｍ　テトラブチルアンモニウムフルオリド［ＴＢＡＦ］／ＴＨＦ溶液（２．４ｍＬ、２．４ｍｍｏｌ）を加え、２時間１０分撹拌した。反応混合物にメタノールを加えて析出した固体をろ過し、化合物４（２．６６ｇ、収率９８％）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．０９－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、１．９３（ｄ、３Ｈ）、２．３０－２．４５（ｍ、２Ｈ）、２．６２－２．７３（ｍ、４Ｈ）、３．８２－４．０４（ｍ、９Ｈ）、５．０２（ｓ、２Ｈ）５．２５－５．２９（ｍ、１Ｈ）、６．１９（ｑ、１Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、７．４９（ｄ、１Ｈ）、８．０７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
実施例３（Ｈ－ホスホネート化）：化合物５ａの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000075
　窒素雰囲気下、亜リン酸（３３６ｍｇ、４．０ｍｍｏｌ）のピリジン（１０ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．３３ｍＬ、２．４ｍｍｏｌ）を加え、３９分間撹拌した。この反応混合物に化合物４（４９８ｍｇ、０．４０ｍｍｏｌ）を加えて、４０℃で１時間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（５６μＬ、０．４０ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間４５分撹拌した。アセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し化合物５ａ（５６２ｍｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１６－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９２（ｄ、３Ｈ）、２．３１－２．３５（ｍ、２Ｈ）、２．６８（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．９０－３．９８（ｍ、６Ｈ）、４．１７－４．２４（ｍ、３Ｈ）、５．０２（ｓ、２Ｈ）、５．３９（ｄ、１Ｈ）、６．３８（ｑ、１Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、６．９４（ｄ、１Ｈ）、７．６８（ｄ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ６．５４．
実施例４（Ｈ－ホスホネート化）：化合物５ｂ（トリエチルアミン塩）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000076
　窒素雰囲気下、亜リン酸ジフェニル（０．７２ｇ、３．１ｍｍｏｌ）のピリジン（７ｇ）溶液に、３５℃で化合物４（０．５ｇ、０．４０ｍｍｏｌ）のピリジン（５ｇ）溶液を加えて、ピリジン（３ｇ）で洗浄した。３５℃で１時間５５分撹拌し、水（２．５ｇ）、トリエチルアミン（１．９ｇ）を順に加えて２６分間撹拌した。アセトニトリルを加えて析出した固体をろ過し、化合物５ｂ（５０７ｍｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２０－１．８１（ｍ、１０５Ｈ）、１．９８（ｓ、３Ｈ）、２．３２－２．３５（ｍ、２Ｈ）、２．６７（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．００－３．０９（ｍ、６Ｈ）、３．９０－４．１７（ｍ、９Ｈ）、５．０２（ｓ、２Ｈ）、５．４１（ｔ、１Ｈ）、６．４１（ｔ、１Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、６．９０（ｄ、１Ｈ）、７．８４（ｓ、１Ｈ）、７．９２（ｂｒｓ、１Ｈ）、１２．６７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ５．１１．
実施例５（カップリング及び酸化）：化合物６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000077
　窒素雰囲気下、化合物５ａ（４９ｍｇ）と化合物１（２０ｍｇ、０．０５６ｍｍｏｌ）のピリジン（１ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（２５μＬ、０．１８ｍｍｏｌ）を加え、４１分間撹拌した。その後０．１Ｍ　ヨウ素　ピリジン／ＴＨＦ／水溶液（０．７３ｍＬ、０．０７３ｍｍｏｌ）を加え、２９分間撹拌し、亜リン酸トリメチル（４．３μＬ、０．０３６ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を減圧下濃縮し、アセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物６（３４ｍｇ）を肌色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０９１－０．１３（ｍ、６Ｈ）、０．８５－０．９５（ｍ、１８Ｈ）、１．０８－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９０（ｓ、３Ｈ）、１．９１（ｓ、３Ｈ）、２．３６（ｂｒｓ、２Ｈ）、２．５７－２．６７（ｍ、６Ｈ）、３．８１－４．２９（ｍ、１２Ｈ）、４．９１（ｔ、１Ｈ）、５．０１（ｓ、２Ｈ）、５．４２（ｓ、１Ｈ）、６．２８－６．３７（ｍ、２Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、７．５１（ｓ、１Ｈ）、７．７２（ｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．７０．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１６５４．１１９７．
実施例６（３ｍｅｒ合成）：化合物９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000078
工程１　化合物６の合成
　窒素雰囲気下、化合物３（１．００ｇ、０．７４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５ｍＬ）溶液に、４０℃でフッ化水素－ピリジン（８６．５μＬ、３．３ｍｍｏｌ）を加え、４時間４２分撹拌し、ヘキサメチルジシロキサン［ＴＭＳ２Ｏ］（０．５５ｍＬ、２．６ｍｍｏｌ）を加えた。この反応混合物のうち、化合物３　０．５７ｍｍｏｌ分に、ピリジン（８ｍＬ）を加え、減圧下濃縮した。再度ピリジン（８ｍＬ）を加え、減圧下濃縮し、ピリジン（６ｍＬ）を加え、化合物４のピリジン溶液とした。
　窒素雰囲気下、亜リン酸（０．５０ｇ、６．１ｍｍｏｌ）のピリジン（１６ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４１ｍＬ、３．０ｍｍｏｌ）を加え、３５分間撹拌した。この溶液に化合物４のピリジン溶液を加えてピリジン（１ｍＬ）で洗浄した。４０℃で６時間３５分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．１２ｍＬ、０．８７ｍｍｏｌ）を加えてさらに３時間撹拌した。アセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物５ａ（７３７ｍｇ）を白色固体として得た。
　窒素雰囲気下、化合物５ａ（７０２ｍｇ）と化合物１（２７９ｍｇ、０．７８ｍｍｏｌ）のピリジン（１４ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．３６ｍＬ、２．６ｍｍｏｌ）を加え、３３分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（６．３ｍＬ、０．６３ｍｍｏｌ）を加え、２１分間撹拌し、亜リン酸トリメチル（１２μＬ、０．１１ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物にアセトニトリルを加えて固体を析出させ、減圧下濃縮し、アセトニトリルを加えて氷冷した後にろ過し、化合物６（７９９ｍｇ）を薄い肌色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０９６（ｓ、３Ｈ）、０．１１（ｓ、３Ｈ）、０．８５－０．９５（ｍ、１８Ｈ）、１．１０－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９０（ｓ、３Ｈ）、１．９１（ｓ、３Ｈ）、２．３５（ｂｒｓ、２Ｈ）、２．５７－２．６７（ｍ、６Ｈ）、３．８６－４．２８（ｍ、１２Ｈ）、４．９２（ｔ、１Ｈ）、５．０２（ｓ、２Ｈ）、５．３５（ｓ、１Ｈ）、６．２８－６．３３（ｍ、２Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、７．４９（ｓ、１Ｈ）、７．５９（ｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．９６．
工程２　化合物９の合成
　窒素雰囲気下、化合物６（７５０ｍｇ）の塩化メチレン（４ｍＬ）溶液に、４０℃でフッ化水素－ピリジン（５１．９μＬ、２．０ｍｍｏｌ）を加え、３時間２３分撹拌し、ヘキサメチルジシロキサン［ＴＭＳ２Ｏ］（０．３３ｍＬ、１．６ｍｍｏｌ）を加えた。ピリジン（８ｍＬ）を加え、減圧下濃縮した。再度ピリジン（８ｍＬ）を加え、減圧下濃縮し、ピリジン（６ｍＬ）を加え、化合物７のピリジン溶液とした。
　窒素雰囲気下、亜リン酸（０．３７ｇ、４．４ｍｍｏｌ）のピリジン（１２ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．３７ｍＬ、２．７ｍｍｏｌ）を加え、３９分間撹拌した。この溶液に化合物７のピリジン溶液を加えてピリジン（１ｍＬ）で洗浄した。４０℃で１時間４３分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（６１μＬ、０．４４ｍｍｏｌ）を加えてさらに３時間３１分撹拌した。アセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物８（６１１ｍｇ）を白色固体として得た。
　窒素雰囲気下、化合物８（６００ｍｇ）と化合物１（１９４ｍｇ、０．５４ｍｍｏｌ）のピリジン（１０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．２５ｍＬ、１．８ｍｍｏｌ）を加え、３４分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（４．３ｍＬ、０．４３ｍｍｏｌ）を加え、５８分間撹拌し、亜リン酸トリメチル（１６μＬ、０．１４ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物にアセトニトリルを加えて固体を析出させ、減圧下濃縮し、アセトニトリルを加えて氷冷した後にろ過し、化合物９（６３４ｍｇ）を薄い肌色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０９３（ｓ、３Ｈ）、０．１０（ｓ、３Ｈ）、０．８５－０．９２（ｍ、１８Ｈ）、１．０９－１．８９（ｍ、１０５Ｈ）、２．０１－２．５２（ｍ、６Ｈ）、２．６７（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．８５－４．２６（ｍ、１５Ｈ）、４．９２（ｓ、１Ｈ）、５．０１（ｓ、２Ｈ）、５．０２（ｓ、１Ｈ）、５．３８（ｓ、１Ｈ）、６．１３（ｓ、１Ｈ）、６．２４－６．３０（ｍ、２Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、７．４２（ｓ、１Ｈ）、７．４８（ｓ、１Ｈ）、７．６０（ｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－１．５２、－１．３３．
実施例７（カップリング及び硫化）：化合物１０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000079
　窒素雰囲気下、化合物５ａ（１０２ｍｇ）と化合物１（３８ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）のピリジン（２ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（４９μＬ，０．３６ｍｍｏｌ）を加え、２３分間撹拌した。その後、単体硫黄（２８ｍｇ、０．８７ｍｍｏｌ）を加え、１時間８分撹拌し、アセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物１０（１２１ｍｇ）を白色固体として得た。
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ６０．４６、６１．０７．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１６７０．０９５９．
実施例８（一時保護基がジメトキシトリチル基の場合の２ｍｅｒ合成）：化合物１１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000080
　窒素雰囲気下、化合物５ａ（１０３ｍｇ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（６１ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）のピリジン（２ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（５０μＬ，０．３６ｍｍｏｌ）を加え、２２分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（０．８８ｍＬ、８８μｍｏｌ）を加え、５７分間撹拌し、亜リン酸トリメチル（１．７μＬ，１４μｍｏｌ）を加えた。アセトニトリルを加え、反応混合物を減圧下濃縮した。アセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物１１（９６ｍｇ）を薄赤色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．０９－２．０１（ｍ、１０２Ｈ）、２．３７－２．６９（ｍ、８Ｈ）、３．６７－４．２２（ｍ、１８Ｈ）、４．９１－５．０２（ｍ、３Ｈ）、５．３８（ｓ、１Ｈ）、６．０９（ｓ、１Ｈ）、６．２５（ｓ、１Ｈ）、６．５４（ｓ、２Ｈ）、６．８１－７．３６（ｍ、１３Ｈ）、７．５１（ｓ、１Ｈ）、７．５６（ｓ、１Ｈ）．
実施例９（５'→３’方向への２ｍｅｒ合成）：化合物１６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000081
工程１　化合物１２の合成
　窒素雰囲気下、３’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）チミジン（ベリー社製）（３．０７ｇ、８．６ｍｍｏｌ）、無水コハク酸（１．２９ｇ、１２．９ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（３１ｇ）溶液に、室温でトリエチルアミン（２．６４ｇ、２６．１ｍｍｏｌ）を加え、２時間３３分撹拌した。反応混合物に２．０Ｍ　リン酸－トリエチルアミン水溶液を加えて分液した。得られた有機層を２Ｍ　リン酸－トリエチルアミン水溶液で２回分液により洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥後、溶媒を減圧下留去し、化合物１２を白色泡状固体（３．７３ｇ）として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１０（ｓ、３Ｈ）、０．１２（ｓ、３Ｈ）、０．９０（ｓ、９Ｈ）、１．２３（ｔ、９Ｈ）、１．９０（ｓ、３Ｈ）、２．０５－２．１４（ｍ、１Ｈ）、２．３６－２．４３（ｍ、１Ｈ）、２．５１－２．８６（ｍ、４Ｈ）、３．００（ｑ、６Ｈ）、４．１０（ｂｒｓ、１Ｈ）、４．２１－４．２６（ｍ、１Ｈ）、４．４０－４．４３（ｍ、１Ｈ）、４．５９－４．６３（ｍ、１Ｈ）、５．３０（ｓ、１Ｈ）、６．０８（ｑ、１Ｈ）、７．４１（ｄ、１Ｈ）、９．９５（ｂｒｓ、１Ｈ）．
工程２　化合物１３の合成
　窒素雰囲気下、化合物１２（３．７３ｇ、８．２ｍｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルアルコール（４．９６ｇ、５．４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（２２４ｇ）溶液に、室温で２－（１Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－イル）－１，１，３，３－テトラメチルウロニウムヘキサフルオホスフェート［ＨＢＴＵ］（４．１３ｇ、１０．９ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン（１．４２ｇ、１１．０ｍｍｏｌ）、ジメチルアミノピリジン（１．３７ｇ、１１．２ｍｍｏｌ）を加え、１６時間１８分撹拌した。反応混合物にメタノールを加えて析出した固体をろ過し、化合物１３（７．１８ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０８０－０．０８５（ｍ、６Ｈ）、０．８６－０．８９（ｍ、１８Ｈ）、１．１８－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、１．９４（ｄ、３Ｈ）、２．０５－２．１４（ｍ、１Ｈ）、２．２７－２．３４（ｍ、１Ｈ）、２．６４－２．７４（ｍ、４Ｈ）、３．９１－３．９８（ｍ、６Ｈ）、４．０４－４．０７（ｍ、１Ｈ）、４．２０－４．３９（ｍ、３Ｈ）、５．０１（ｓ、２Ｈ）、６．２５（ｔ、１Ｈ）、６．５２（ｓ、２Ｈ）、７．２７（ｄ、１Ｈ）、８．０１（ｂｒｓ、１Ｈ）．
工程３（伸長反応サイクル工程ａ：脱保護）化合物１４の合成
　窒素雰囲気下、化合物１３（６．０６ｇ、４．５ｍｍｏｌ）のテトラヒドロフラン[ＴＨＦ]（６０ｇ）溶液に、室温で１．０Ｍ　テトラブチルアンモニウムフルオリド[ＴＢＡＦ]／ＴＨＦ溶液（４．５ｍＬ、４．９ｍｍｏｌ）を加え、１時間２３分撹拌した。反応混合物にメタノールを加えて析出した固体をろ過し、化合物１４（５．４５ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．０８－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、１．９３（ｄ、３Ｈ）、２．０７－２．１６（ｍ、１Ｈ）、２．３２－２．４０（ｓ、１Ｈ）、２．６２－２．７９（ｍ、４Ｈ）、３．９１－４．００（ｍ、７Ｈ）、４．１６（ｄｄ、１Ｈ）、４．２７（ｑｕｉｎｔ、１Ｈ）、４．３９（ｄｄ、１Ｈ）、５．０１（ｑ、２Ｈ）、６．２５（ｔ、１Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、７．２４（ｄ、１Ｈ）．
工程４（伸長反応サイクル工程ｂ：Ｈ－ホスホネート化）化合物１５の合成
　窒素雰囲気下、亜リン酸ジフェニル（１．３６ｇ、５．８ｍｍｏｌ）のピリジン（１５ｍＬ）溶液に、室温で化合物１４（１．０５ｇ、０．８５ｍｍｏｌ）のピリジン（１０ｍＬ）溶液を加えて、ピリジン（５ｍＬ）で洗浄した。４０℃で１時間２２分撹拌し、水（５．１３ｇ）、トリエチルアミン（３．７９ｇ）を順に加えて１４分間撹拌した。反応混合物にアセトニトリルを加えて析出した固体をろ過し、化合物１５（１．０９ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２０－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９３（ｄ、３Ｈ）、２．１４－２．２３（ｍ、１Ｈ）、２．５４－２．７４（ｍ、５Ｈ）、３．９０－３．９８（ｍ、６Ｈ）、４．３２－４．３９（ｍ、３Ｈ）、４．８０－４．８６（ｍ、１Ｈ）、５．００（ｓ、２Ｈ）、６．３０（ｔ、１Ｈ）、６．５２（ｓ、２Ｈ）、６．８９（ｄ、１Ｈ）、７．２８（ｄ、１Ｈ）、８．１７（ｂｒｓ、１Ｈ）、１２．３２（ｂｒｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ３．８６．
工程５（伸長反応サイクル工程ｃ及びｄ：カップリング及び酸化）化合物１６の合成
　窒素雰囲気下、化合物１５（２５０ｍｇ）と３’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）チミジン（９７ｍｇ、０．２７ｍｍｏｌ）のピリジン（５ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．１２ｍＬ、０．９０ｍｍｏｌ）を加え、２９分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（２．２ｍＬ、０．２２ｍｍｏｌ）を加え、４０分間撹拌し、亜リン酸トリメチル（４．３μＬ、３６μｍｏｌ）を加えた。反応混合物を減圧下濃縮し、アセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物１６（２７０ｍｇ）を淡肌色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０７６（ｓ、６Ｈ）、０．８３－０．９６（ｍ、１８Ｈ）、１．０６－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．８９（ｓ、３Ｈ）、１．９２（ｓ、３Ｈ）、２．１１－２．６７（ｍ、８Ｈ）、３．９０－４．４７（ｍ、１３Ｈ）、４．９２（ｓ、１Ｈ）、４．９９（ｓ、２Ｈ）、６．１９－６．２８（ｍ、２Ｈ）、６．５２（ｓ、２Ｈ）、７．２６（ｓ、１Ｈ）、７．５５（ｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－０．４８．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１６５４．１１２３．
実施例１０（２ｍｅｒ合成）：化合物２０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000082
工程１　化合物１８の合成
　窒素雰囲気下、化合物１７（特開第２０１１－１２６９９３号に記載の方法に準じて合成した）（４．２６ｇ、４．８ｍｍｏｌ）のニトロベンゼン（４３ｇ）溶液に、６０℃でコハク酸モノエチルクロリド（１．３６ｍＬ，９．７ｍｍｏｌ）を加え、塩化アルミニウム（１．３０ｇ、９．８ｍｍｏｌ）を加え、６０℃で２時間２分撹拌した。室温まで冷却し、水で２回分液により洗浄した。得られた有機層にメタノールを加えて固体を析出させ、ろ過して淡黄色固体を得た。
　この固体のＴＨＦ（１５ｇ）溶液に、水酸化カリウム（３．１７ｇ、４８ｍｍｏｌ）水溶液を加え、加熱還流下１時間２５分撹拌した。水（２ｇ）を加え、濃塩酸で水層のｐＨを７から８に調整した。塩化メチレン（３８ｇ）、水（１２ｇ）を加えて分液し、得られた有機層を減圧下濃縮した。得られた残渣をＴＨＦに溶解させ、メタノールを加えて析出した固体をろ過し、化合物１８（３．７０ｇ）を褐色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；Ｃ５Ｄ５Ｎ）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１１－１．８８（ｍ、９６Ｈ）、３．１７（ｔ、２Ｈ）、３．６２（ｔ、２Ｈ）、４．０４（ｔ、４Ｈ）、４．１１（ｔ、２Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　９８１．８８８４．
工程２　化合物１９の合成
　窒素雰囲気下、化合物１８（３．５６ｇ、３．６ｍｍｏｌ）、化合物１（１．９８ｇ、５．６ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（２２ｇ）溶液に、室温で２－（１Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－イル）－１，１，３，３－テトラメチルウロニウムヘキサフルオホスフェート［ＨＢＴＵ］（２．７５ｇ、７．３ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン（１．２３ｍＬ、７．２ｍｍｏｌ）、ジメチルアミノピリジン（０．９１ｇ、７．４ｍｍｏｌ）を加え、１時間３１分撹拌した。反応混合物に水を加えて分液した。得られた水層を塩化メチレンで分液し、得られた有機層を合わせて飽和塩化ナトリウム水溶液で洗浄し、減圧下濃縮した。ヘキサンを加えて固体を析出させ、ろ過して固体を除去した。得られた粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン－酢酸エチル）で精製し、化合物１９（２．８５ｇ）をオレンジ色油状物として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１３（ｓ、６Ｈ）、０．８８（ｔ、９Ｈ）、０．９３（ｓ、９Ｈ）、１．１４－１．８７（ｍ、９６Ｈ）、１．９２（ｄ、３Ｈ）、２．０５－２．１４（ｍ、１Ｈ）、２．３９－２．４５（ｍ、１Ｈ）、２．６７（ｔ、２Ｈ）、３．０９（ｔ、２Ｈ）、３．８８－３．９４（ｍ、８Ｈ）、４．１１（ｄ、１Ｈ）、５．２７（ｄ、１Ｈ）、６．０５（ｓ、２Ｈ）、６．３５（ｑ、１Ｈ）、７．５５（ｄ、１Ｈ）、８．０１（ｄ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１３２２．０６１９．
工程３　化合物２０の合成
　窒素雰囲気下、化合物１９（２２．５ｍｇ）の塩化メチレン（０．３ｍＬ）溶液に、フッ化水素－ピリジン（３μＬ）を加え、７時間３分撹拌し、トリメチルシリルクロリド［ＴＭＳＣｌ］（１０μＬ）を加えた。ピリジン（０．１ｍＬ）を加え、亜リン酸（２．９ｍｇ）、２，２－ジメチルブチリルクロリド（２０μＬ）を加え、化合物１（１２．９ｍｇ）を加えた。２日間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（１０μＬ）を加えてさらに１時間２８分撹拌した。０．１Ｍのヨウ素を含むピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（１ｍＬ）を加え、１日間撹拌し、チオ硫酸ナトリウムが飽和したアセトニトリルと水の混合溶媒（セトニトリル／水＝９／１（重量比））を加えてろ過し、化合物２０を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１６２４．１１０４．
実施例１１（２ｍｅｒ合成）：化合物２３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000083
工程１　化合物２２の合成
　窒素雰囲気下、亜リン酸（３２９ｍｇ、４．０ｍｍｏｌ）のピリジン（１１ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．３３ｍＬ、２．４ｍｍｏｌ）を加え、３２分間撹拌した。この溶液に化合物２１（国際公開第２０１４－０７７２９２号に記載の方法に準じて合成した）（４９２ｍｇ、０．３９ｍｍｏｌ）を加え、ピリジン（０．４０ｍＬ）で洗浄した。４０℃で３時間４０分撹拌し、アセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物２２（４９５ｍｇ）を淡黄色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１７－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９７（ｄ、３Ｈ）、２．１８（ｓ、３Ｈ）、２．３３－２．４４（ｍ、２Ｈ）、２．５４－２．５８（ｍ、２Ｈ）、２．７３－２．７９（ｍ、２Ｈ）、３．９５－４．０５（ｍ、６Ｈ）、４．２０（ｔ、１Ｈ）、４．２７（ｄ、２Ｈ）、５．３７（ｄ、１Ｈ）、６．３８（ｔ、１Ｈ）、７．１０（ｓ、２Ｈ）、６．９４（ｄ、１Ｈ）、７．７６（ｄ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ６．６２．
工程２　化合物２３の合成
　窒素雰囲気下、化合物２２（４５３ｍｇ）と化合物１（１７７ｍｇ、０．５０ｍｍｏｌ）のピリジン（９ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．１４ｍＬ、１．０ｍｍｏｌ）を加え、２８分間撹拌した。２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．１４ｍＬ、１．０ｍｍｏｌ）を加えてさらに４４分間撹拌し、その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（４．０ｍＬ、０．４０ｍｍｏｌ）を加え、１時間３６分撹拌し、亜リン酸トリメチル（７．８μＬ、０．０６６ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物にアセトニトリルを加えて固体を析出させ、減圧下濃縮し、アセトニトリルを加えて氷冷した後にろ過し、化合物２３（４７８ｍｇ）を薄褐色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０９５－０．１３（ｍ、６Ｈ）、０．８５－０．９７（ｍ、１８Ｈ）、１．０８－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．８９－１．９５（ｍ、６Ｈ）、２．０６－２．３９（ｍ、７Ｈ）、２．５４－２．６５（ｍ、２Ｈ）、２．７５－２．８２（ｍ、２Ｈ）、３．８６－４．３０（ｍ、１２Ｈ）、４．９０－５．３９（ｍ、２Ｈ）、６．１２－６．４０（ｍ、２Ｈ）、７．１２（ｄ、２Ｈ）、７．４５－７．８２（ｍ、２Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－１．２７．
実施例１２（２ｍｅｒ合成）：化合物２６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000084
工程１　化合物２４の合成
　窒素雰囲気下、化合物２（８９ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）－３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド（特開第２００１－１２２８８９号に記載の方法に準じて合成した）（１００ｍｇ、０．１０ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１ｍＬ）溶液に、４０℃で２－（１Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－イル）－１，１，３，３－テトラメチルウロニウムヘキサフルオホスフェート［ＨＢＴＵ］（７７ｍｇ、０．２０ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン（３５μＬ、０．２１ｍｍｏｌ）、ジメチルアミノピリジン（２５ｍｇ、０．２０ｍｍｏｌ）を加え、１時間２１分撹拌した。反応混合物にメタノールを加えて析出した固体をろ過し、化合物２４（１３５ｍｇ、収率９３％）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０９６（ｓ、３Ｈ）、０．１１（ｓ、３Ｈ）、０．８８（ｔ、９Ｈ）、０．９１（ｓ、９Ｈ）、１．１２－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、１．９２（ｄ、３Ｈ）、２．０４－２．１４（ｍ、１Ｈ）、２．３４－２．４１（ｍ、１Ｈ）、２．６８（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．７０（ｑ、２Ｈ）、３．８６（ｓ、２Ｈ）、３．９６－４．０２（ｍ、６Ｈ）、４．０７（ｓ、１Ｈ）、４．３２（ｔ、２Ｈ）、５．２５（ｄ、１Ｈ）、６．２９－６．３４（ｍ、１Ｈ）、６．５５（ｔ、１Ｈ）、６．９８（ｓ、２Ｈ）、７．５２（ｄ、１Ｈ）、８．０７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１４０９．０９５６．
工程２　化合物２５の合成
　窒素雰囲気下、化合物２４（９９ｍｇ、０．０７０ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（０．５ｍＬ）溶液に、４０℃でフッ化水素－ピリジン（８．３μＬ、０．３２ｍｍｏｌ）を加え、３時間３４分撹拌し、ヘキサメチルジシロキサン［ＴＭＳ２Ｏ］（５３ｍＬ、０．２５ｍｍｏｌ）を加えた。ピリジン（１ｍＬ）を加え、減圧下濃縮した。再度ピリジン（１ｍＬ）を加え、減圧下濃縮し、ピリジン（０．８ｍＬ）を加え、脱保護された化合物のピリジン溶液とした。
　窒素雰囲気下、亜リン酸（５７ｍｇ、０．６９３ｍｍｏｌ）のピリジン（２ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（５９μＬ、０．４３ｍｍｏｌ）を加え、３１分間撹拌した。この混合物に上記の脱保護された化合物のピリジン溶液を加えてピリジン（０．５ｍＬ）で洗浄した。４０℃で１時間１２分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（１５μＬ、０．１１ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間１７分撹拌した。反応混合物にアセトニトリルを加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物２５（７８ｍｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１８－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９１（ｓ、３Ｈ）、２．１９－２．３６（ｍ、２Ｈ）、２．６５（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．６９（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９５－４．０１（ｍ、６Ｈ）、４．１３（ｓ、１Ｈ）、４．１７（ｓ、１Ｈ）、４．２０（ｓ、１Ｈ）、４．３２（ｔ、２Ｈ）、５．２８（ｄ、１Ｈ）、６．２９（ｑ、１Ｈ）、６．８０（ｂｒｓ、１Ｈ）、６．８８（ｄ、１Ｈ）、７．００（ｓ、２Ｈ）、７．５３（ｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ６．８６．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１３５６．９６５０．
工程３　化合物２６の合成
　窒素雰囲気下、化合物２５（６９ｍｇ）と化合物１（２８ｍｇ、７８ｍｍｏｌ）のピリジン（１．４ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（３５μＬ、０．２５ｍｍｏｌ）を加え、４８分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（０．６ｍＬ、０．０６０ｍｍｏｌ）を加え、１時間撹拌し、亜リン酸トリメチル（１．２μＬ、０．０１０ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を減圧下濃縮し、アセトニトリルを加えて氷冷した後にろ過し、化合物２６（７６ｍｇ）を淡褐色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０８７－０．１２（ｍ、６Ｈ）、０．８５－０．９５（ｍ、１８Ｈ）、１．１７－１．７８（ｍ、９６Ｈ）、１．８６－１．８９（ｍ、６Ｈ）、２．０２－２．６５（ｍ、８Ｈ）、３．６７－４．３０（ｍ、１６Ｈ）、４．９２－５．３６（ｍ、２Ｈ）、６．１２－６．３２（ｍ、２Ｈ）、６．９０（ｂｒｓ、１Ｈ）、６．９９－７．０３（ｍ、２Ｈ）、７．４５－７．６０（ｍ、２Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－１．１１．
実施例１３（ＲＮＡでの２ｍｅｒ合成）：化合物２７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000085
　窒素雰囲気下、化合物２５（９．４ｍｇ）と５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－Ｏ－トリイソプロピルシリルウリジン（参考合成例２記載）（５．３ｍｇ、１０ｍｍｏｌ）のピリジン（０．５０ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（９．４μＬ、６９μｍｏｌ）を加え、３７分間撹拌した。その後０．０５Ｍのヨウ素を含む、ピリジンと水の溶液（０．１７ｍＬ、８．５μｍｏｌ）を加え４時間撹拌し、その後８０℃で１５時間２３分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物２７を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７５５．１６１２．
実施例１４（カップリング～脱保護連続化）：化合物２８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000086
　窒素雰囲気下、化合物２５（１００ｍｇ）と化合物１（３８ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）のピリジン（５．０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（４７μＬ、０．３４ｍｍｏｌ）を加え、１４分間撹拌した。その後０．０５Ｍのヨウ素を含む、ピリジンと水の溶液（１．７ｍＬ、０．０８５ｍｍｏｌ）を加え、５５分間撹拌し、さらに０．０５Ｍのヨウ素を含む、ピリジンと水の溶液（０．４１ｍＬ、０．０２１ｍｍｏｌ）を加え、３８分間撹拌した。その後、亜リン酸ジメチル（０．６３μＬ、０．００６９ｍｍｏｌ）を加え、１００℃で５時間５７分撹拌した。反応混合物を冷却し、アセトニトリル（４１ｇ）に加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物２８（０．１１ｇ）を肌色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１７－１．８２（ｍ、９６Ｈ）、１．８６（ｓ、３Ｈ）、２．２３－２．３４（ｍ、４Ｈ）、２．６４（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．６７－４．３１（ｍ、１６Ｈ）、５．０４（ｂｒｓ、１Ｈ）、５．４１（ｓ、１Ｈ）、６．１３（ｔ、１Ｈ）、６．２９（ｔ、１Ｈ）、６．９７－７．００（ｍ、１Ｈ）、７．０２（ｓ、２Ｈ）、７．２６－７．６３（ｍ、２Ｈ）、９．２８（ｂｒｓ、２Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－０．０６９．
実施例１５（炭酸ビスペンタフルオロフェニルを縮合剤として用いるカップリング）：化合物２９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000087
　窒素雰囲気下、化合物２５（１０ｍｇ）と化合物１（４．２ｍｇ、０．０１２ｍｍｏｌ）のピリジン（０．５０ｍＬ）溶液に、２５℃で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（１５．４ｍｇ、０．０３９ｍｍｏｌ）を加え、２０分間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物２９を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７１１．１４２４．
実施例１６（ベンゾイルクロリドを縮合剤に用いる１サイクル）：化合物３０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000088
　窒素雰囲気下、化合物２５（１０２ｍｇ）と化合物１（３９ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）のピリジン（５．０ｍＬ）溶液に、２５℃でベンゾイルクロリド（２４μＬ、０．２１ｍｍｏｌ）を加え、１５分間撹拌した。その後０．０５Ｍのヨウ素を含む、ピリジンと水の溶液（２．１ｍＬ、０．１１ｍｍｏｌ）を加え、３６分間撹拌した後、亜リン酸ジメチル（３．２μＬ、０．０３５ｍｍｏｌ）を加えた。１００℃で４時間３１分撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。ピリジン（５．０ｍＬ）を加えて、減圧下濃縮した後に、ピリジン（５．０ｍＬ）を加えた。亜リン酸（５６ｍｇ、０．６８ｍｍｏｌ）を加え、ベンゾイルクロリド（５０μＬ、０．４３ｍｍｏｌ）を３分割して４０℃で１０分おきに加え、２時間３５分撹拌し、ベンゾイルクロリド（８．３μＬ、０．０７１ｍｍｏｌ）を加えてさらに５４分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（４４ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３０（０．１１ｇ）を淡褐色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８７（ｔ、９Ｈ）、１．０８－１．９９（ｍ、１０２Ｈ）、２．２３－２．６３（ｍ、８Ｈ）、３．６７（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９６（ｔ、６Ｈ）、４．１５－４．２７（ｍ、６Ｈ）、５．０８（ｂｒｓ、１Ｈ）、５．３５（ｓ、１Ｈ）、６．１６（ｓ、１Ｈ）、６．２４（ｓ、１Ｈ）、６．８３（ｄ、１Ｈ）、７．０４（ｓ、２Ｈ）、７．１３（ｂｒｓ、１Ｈ）、７．４７（ｓ、１Ｈ）、７．５３（ｓ、１Ｈ）、９．８６（ｂｒｓ、２Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－１．５９、５．８９．
実施例１７（ＤＮＡで脱保護連続化で１サイクル）：化合物３５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000089
工程１　化合物３１の合成
　窒素雰囲気下、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）－Ｎ－メチル－３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド（特開第２００１－２５３８９６号に記載の方法に準じて合成した）（５．０ｇ、５．１ｍｍｏｌ）と無水コハク酸（１．０ｇ、１０ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５０ｇ）溶液に、室温でトリエチルアミン（２．１ｍＬ、１５ｍｍｏｌ）を加え、１時間５７分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（５１３ｇ）に加えて固体を析出させた後にろ過し、化合物３１（５．３ｇ、収率９５％）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８６－０．９０（ｍ、９Ｈ）、１．０９－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、２．６５（ｓ、４Ｈ）、３．０５（ｓ、３Ｈ）、３．７６（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９６（ｔ、６Ｈ）、４．３８（ｂｒｓ、２Ｈ）、６．５８（ｓ、２Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ）：［Ｍ－Ｈ］－　１０８２．９３４３．
工程２　化合物３２の合成
　窒素雰囲気下、化合物３１（１．０ｇ、０．９２ｍｍｏｌ）と化合物１（０．５１ｇ、１．４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（２５ｍＬ）溶液に、室温でＨＢＴＵ（０．７０ｇ、１．８ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン（０．３１ｍＬ、１．８ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（０．２３ｇ、１．９ｍｍｏｌ）を加え、１時間９分撹拌した。その後、反応混合物をメタノール（１０２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３２（１．３ｇ、収率９９％）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１３（ｓ、６Ｈ）、０．８６－０．９４（ｍ、１８Ｈ）、１．０９－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、１．９２（ｓ、３Ｈ）、２．１４－２．４３（ｍ、２Ｈ）、２．６６（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．０６（ｓ、３Ｈ）、３．６８（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９０－３．９８（ｍ、８Ｈ）、４．１０（ｓ、１Ｈ）、４．３４（ｂｒｓ、２Ｈ）、５．２７（ｄ、１Ｈ）、６．３４（ｑ、１Ｈ）、６．５７（ｓ、２Ｈ）、７．５４（ｓ、１Ｈ）、８．０７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１４２１．１０６０．
工程３　化合物３３の合成
　窒素雰囲気下、化合物３２（１．２ｇ、０．８６ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（１０ｍＬ）溶液に、室温で１．０Ｍ　ＴＢＡＦ／ＴＨＦ溶液（０．９５ｍＬ、０．９５ｍｍｏｌ）を加え、１時間１０分撹拌した。その後、反応混合物をメタノール（１２３ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３３（１．２ｇ、定量的）を薄い肌色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．０３－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、１．９２（ｓ、３Ｈ）、２．３６－２．４１（ｍ、２Ｈ）、２．６５（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．０６（ｓ、３Ｈ）、３．７５（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．８６（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９３－３．９８（ｍ、６Ｈ）、４．０７（ｄ、１Ｈ）、４．３６（ｂｒｓ、２Ｈ）、５．３０－５．３４（ｍ、１Ｈ）、６．２１（ｔ、１Ｈ）、６．５９（ｓ、２Ｈ）、７．５１（ｓ、１Ｈ）、８．２１（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１３０７．０２４１．
工程４　化合物３４の合成
　窒素雰囲気下、亜リン酸（０．６３ｇ、７．６ｍｍｏｌ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．６８ｍＬ、５．０ｍｍｏｌ）を加え、３２分間撹拌した。この溶液に化合物３３（１．０ｇ、０．７７ｍｍｏｌ）を加えて４０℃で３時間３分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（５２μＬ、０．３８ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間４分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（２１０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３４（１．０ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１０－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、１．９１（ｓ、３Ｈ）、２．３３－２．３７（ｍ、２Ｈ）、２．６６（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．０６（ｓ、３Ｈ）、３．６８－３．８０（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９４－４．３６（ｍ、１１Ｈ）、６．３６（ｑ、１Ｈ）、６．５９（ｓ、２Ｈ）、６．９０（ｄ、１Ｈ）、７．６０（ｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ６．５６．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１３７０．９９０４．
工程５　化合物３５の合成
　窒素雰囲気下、化合物３４（１０６ｍｇ）と化合物１（４３ｍｇ、０．１２ｍｍｏｌ）のピリジン（２．０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（４９μＬ、０．３６ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。その後０．０５Ｍのヨウ素を含む、ピリジンと水の溶液（２．０ｍＬ、０．１０ｍｍｏｌ）を加え、３８分間撹拌し、さらに０．０５Ｍのヨウ素を含むピリジンと水の溶液（０．１３ｍＬ、０．００６３ｍｍｏｌ）を加え、１０分間拌した。その後、亜リン酸ジメチル（３．３μＬ、０．０３６ｍｍｏｌ）を加え、１００℃で３時間３３分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、ピリジン（５．０ｍＬ）を加えて、再度減圧下濃縮した後に、ピリジン（１．５ｍＬ）を加えた。
　窒素雰囲気下、亜リン酸（６４ｍｇ、０．７７ｍｍｏｌ）のピリジン（２．０ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（６４μＬ、０．４６ｍｍｏｌ）を加え、２８分間撹拌した。この溶液に上記の脱保護された化合物を含む反応混合物を加えて４０℃で１時間５分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（２０μＬ、０．１４ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間１２分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（５１ｇ）に加えて析出した固体を析出ろ過し、化合物３５（０．１２ｇ）を褐色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１５－１．８９（ｍ、１０２Ｈ）、２．２３－２．３８（ｍ、４Ｈ）、２．６６（ｂｒｓ、４Ｈ）、３．０５（ｓ、３Ｈ）、３．７２（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９３－４．３５（ｍ、１４Ｈ）、５．１１（ｂｒｓ、１Ｈ）、５．３７（ｓ、１Ｈ）、６．１７（ｂｒｓ、１Ｈ）、６．２８（ｔ、１Ｈ）、６．５８（ｓ、２Ｈ）、６．８３（ｄ、１Ｈ）、７．４６（ｓ、１Ｈ）、７．５４（ｓ、１Ｈ）、９．６１（ｂｒｓ、２Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－１．５２、６．０１．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１６７５．０４７６．
実施例１８～２９（縮合剤検討）：化合物２９の合成
　実施例１５と同様の条件で、縮合剤を、ＨＢＴＵ（１６．１ｍｇ、実施例１８）、１，１’－カルボニルジイミダゾール［ＣＤＩ］（５．６ｍｇ、実施例１９）、メタンスルホニルクロリド［ＭｓＣｌ］（２．８μＬ、実施例２０）ヘキサフルオロリン酸（ベンゾトリアゾール-1-イルオキシ）トリピロリジノホスホニウム［ＰｙＢＯＰ］（２０．８ｍｇ、実施例２１）、Ｎ，Ｎ’－ジシクロヘキシルカルボジイミド［ＤＣＣ］（９．１ｍｇ、実施例２２）、無水トリフルオロ酢酸［ＴＦＡＡ］（４．７μＬ、実施例２３）、トリフルオロ酢酸ペンタフルオロフェニル（６．１μＬ、実施例２４）、ｐ－トルエンスルホニルクロリド（９．１ｍｇ、実施例２５）、イソブチリルクロリド（３．８μＬ、実施例２６）、アセチルクロリド（２．６μＬ、実施例２７）、プロピオニルクロリド（３．１μＬ、実施例２８）又はブチリルクロリド（３．７μＬ、実施例２９）に変更して反応を実施し、化合物２９を得た。実施例１９、２０、２１、２２、２５、２６では、主生成物として化合物２９を得た。
実施例３０（デオキシシチジンを用いる２ｍｅｒ合成）：化合物３６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000090
　実施例１７の工程５と同様の条件で、化合物１をＮ４－ベンゾイル－５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－デオキシシチジン（東京化成工業社製）（５．３ｍｇ）に変更して反応を実施し、化合物３６を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７００．０８６８．
実施例３１（デオキシアデノシンを用いる２ｍｅｒ合成）：化合物３７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000091
　実施例１７の工程５と同様の条件で、化合物１をＮ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－デオキシアデノシン（東京化成工業社製）（５．４ｍｇ）に変更して反応を実施し、化合物３７を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１７２６．１２８３．
実施例３２（デオキシグアノシンを用いる２ｍｅｒ合成）：化合物３８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000092
　実施例１７の工程５と同様の条件で、化合物１をＮ２－イソブチリル－５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－デオキシグアノシン（東京化成工業社製）（６．５ｍｇ）に変更して反応を実施し、化合物３８を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７０６．１２７５．
実施例３３（核酸塩基に擬似固相保護基を導入したモノマー及び２ｍｅｒ合成）：化合物４０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000093
工程１　化合物３９の合成
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－２’－デオキシシチジン（ジャーナルオブオーガニックケミストリー、２０１１年、７６巻、１０５頁－１２６頁に記載の方法に準じて合成した）（２．５ｇ、７．３ｍｍｏｌ）と化合物３１（５．３ｇ、４．９ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１５５ｍＬ）及びＤＭＦ（２５ｍＬ）の混合溶液に、４０℃で１－ヒドロキシベンゾトリアゾール［ＨＯＢｔ］（無水）（０．７４ｇ、５．５ｍｍｏｌ）を加え、続いて１－エチル－３－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩［ＷＳＣ・ＨＣｌ］（１．９ｇ、９．９ｍｍｏｌ）を加えて、１時間４０分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮した後にメタノール（５０３ｇ）に加えて固体を析出させた後にろ過し、化合物３９（６．８ｇ、収率９８％）を黄色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０９－０．１０（ｍ、６Ｈ）、０．８４－０．９０（ｍ、１８Ｈ）、１．２０－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、２．１２－２．２１（ｍ、１Ｈ）、２．２８－２．３６（ｍ、１Ｈ）、２．６１－２．７７（ｍ、５Ｈ）、３．０５（ｓ、３Ｈ）、３．７６（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．８１－３．９７（ｍ、８Ｈ）、４．０７（ｑ、１Ｈ）、４．３７（ｂｒｓ、２Ｈ）、４．４０－４．４５（ｍ、１Ｈ）、６．２９（ｔ、１Ｈ）、６．５７（ｓ、２Ｈ）、７．３１（ｄ、１Ｈ）、８．３１（ｄ、１Ｈ）、８．８８（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１４０６．１１０７．
工程２　化合物４０の合成
　窒素雰囲気下、化合物３９（６．７ｇ、４．８ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（０．０６２ｇ、０．５０ｍｍｏｌ）、レブリン酸（０．８６ｇ、７．４ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（６９ｇ）溶液に、室温でＷＳＣ・ＨＣｌ（１．４ｇ、７．５ｍｍｏｌ）を加え、５０分間撹拌した。その後、ＤＭＡＰ（０．２６ｇ、２．１ｍｍｏｌ）を加えて、室温で３日間撹拌した。反応混合物をろ過後に、得られたろ液を減圧下濃縮し、ＴＨＦ（３８ｇ）を加えて溶液とした後、アセトニトリル（５０５ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４０（６．７ｇ、収率９３％）を淡黄色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．０９（ｓ、６Ｈ）、０．８６－０．９０（ｍ、１８Ｈ）、１．２６－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、２．０１－２．１３（ｍ、２Ｈ）、２．２０（ｓ、３Ｈ）、２．５２－２．８０（ｍ、８Ｈ）、３．０６（ｓ、３Ｈ）、３．７７（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．８６－３．９８（ｍ、８Ｈ）、４．２０（ｓ、１Ｈ）、４．３８（ｂｒｓ、２Ｈ）、５．２６（ｄ、１Ｈ）、６．３２－６．３７（ｍ、１Ｈ）、６．５７（ｓ、２Ｈ）、７．３３（ｄ、１Ｈ）、８．２７（ｄ、１Ｈ）、９．１７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１５０４．１４１２．
工程３　化合物４１の合成
　窒素雰囲気下、化合物３７（６．５ｇ、４．３ｍｍｏｌ）、酢酸（２．９ｍＬ、５０ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（７１ｇ）溶液に、３０℃で１．０Ｍ　ＴＢＡＦ／ＴＨＦ溶液（２８ｍＬ、２８ｍｍｏｌ）を加え、４時間５３分撹拌した。その後、反応混合物をメタノール（５３１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４１（６．０ｇ、定量的）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２０－１．８０（ｍ、９６Ｈ）、２．２０（ｓ、３Ｈ）、２．３８－２．８０（ｍ、１０Ｈ）、３．０５（ｓ、３Ｈ）、３．７８（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．８８－３．９８（ｍ、８Ｈ）、４．１８（ｄ、１Ｈ）、４．３９（ｂｒｓ、２Ｈ）、５．３６（ｑｕｉｎｔ、１Ｈ）、６．２０（ｄｄ、１Ｈ）、６．５９（ｓ、２Ｈ）、７．２１－７．３１（ｍ、１Ｈ）、８．１９（ｄ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１３９０．０５４１．
工程４　化合物４２の合成
　窒素雰囲気下、亜リン酸（１．２０ｇ、１４．６ｍｍｏｌ）のピリジン（４０ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（１．２８ｍＬ、９．３ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。この溶液に化合物４１（２．０ｇ、１．４ｍｍｏｌ）を加えて４０℃で１時間２３分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリルに加えて析出した固体をろ過し、化合物４２（２．２ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２６－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、２．１９（ｓ、３Ｈ）、２．３８－２．８８（ｍ、１０Ｈ）、３．０６（ｓ、３Ｈ）、３．７５（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９２－４．３５（ｍ、１１Ｈ）、５．３７（ｄ、１Ｈ）、６．１７（ｔ、１Ｈ）、６．５８（ｓ、２Ｈ）、６．８８（ｄ、１Ｈ）、７．２６－７．２８（ｍ、１Ｈ）、８．５１（ｄ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ５．７３．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１４５４．０２３７．
工程５　化合物４３の合成
　窒素雰囲気下、化合物４２（９６ｍｇ）と化合物１（３６ｍｇ、０．１０ｍｍｏｌ）のピリジン（２．０ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（４５μＬ、０．３３ｍｍｏｌ）を加え、２３分間撹拌した。その後０．０５Ｍのヨウ素を含む、ピリジンと水の溶液（２．６ｍＬ、０．１３ｍｍｏｌ）を加え、１時間２９分撹拌した。その後、亜リン酸ジメチル（３．０μＬ、０．０３３ｍｍｏｌ）を加え、水（０．２６ｍＬ，１４．４ｍｍｏｌ）を加えた後、７０℃で１５時間５５分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４３を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１６９４．１１１０．
実施例３４（２ｍｅｒ合成）：化合物４４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000094
　窒素雰囲気下、化合物４２（１．０ｇ）と化合物１（０．３５ｇ、０．９８ｍｍｏｌ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４５ｍＬ、３．３ｍｍｏｌ）を加え、１７分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（９．８ｍＬ、０．９８ｍｍｏｌ）を加え、３８分間撹拌した。その後、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（２７ｇ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１２ｇ）を加え、不溶物をろ過で除去し、塩化メチレン（６ｇ）で二回洗浄した。この溶液に、フッ化水素－ピリジン（７６．１μＬ、２．９ｍｍｏｌ）を室温で加え、１８時間５７分撹拌した。ＴＭＳＣｌ（０．２９ｍＬ、２．３ｍｍｏｌ）を加え、１７分間撹拌した。その後、反応混合物を減圧下濃縮し、ピリジンを加えて、減圧下濃縮した。
　窒素雰囲気下、亜リン酸（０．７０ｇ、８．５ｍｍｏｌ）のピリジン（１８ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．８０ｍＬ、５．８ｍｍｏｌ）を加え、３９分間撹拌した。この溶液に前記濃縮物を加えて４０℃で２時間３７分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（５１８ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４４（１．０ｇ）をうす肌色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１５－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９０（ｓ、３Ｈ）、２．１８（ｓ、３Ｈ）、２．４６－２．９５（ｍ、１２Ｈ）、３．０６（ｓ、３Ｈ）、３．６８（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９２－４．３４（ｍ、１４Ｈ）、５．０２（ｓ、１Ｈ）、５．３５（ｓ、１Ｈ）、６．１６（ｔ、１Ｈ）、６．２５（ｔ、１Ｈ）、６．５９（ｓ、２Ｈ）、６．８２（ｄ、１Ｈ）、７．０７（ｄ、１Ｈ）、７．４６（ｓ、１Ｈ）、８．６５（ｄ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－２．１６、４．９７．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７５８．０７５４．
実施例３５（４ｍｅｒ合成）：化合物４６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000095
工程１　化合物４４の合成
　窒素雰囲気下、化合物４２（０．９４ｇ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（０．４９ｇ、０．９１ｍｍｏｌ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に、２５℃で縮合剤として２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４２ｍＬ、３．０ｍｍｏｌ）を加え、２０分間撹拌した（カップリング反応）。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（９．１ｍＬ、０．９１ｍｍｏｌ）を加え、２０分間撹拌した。その後、オルトギ酸トリメチル（１．３ｍＬ、１２ｍｍｏｌ）を加えて２５℃で３４分間撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（３０ｇ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１０ｍＬ）を加え、不溶物を吸引ろ過で除去し、塩化メチレン（５ｍＬ）で２回抽出した。この溶液に、ピロール（０．１３ｍＬ、１．８ｍｍｏｌ）、ホスホン酸（０．７３ｇ、９．１ｍｍｏｌ）を室温で加え、２９分間撹拌した。ピリジン（２．８ｍＬ）を室温で加えた後、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．８３ｍＬ、６．０ｍｍｏｌ）を３分割して１０分間おきに加えて１時間１６分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．１４ｍＬ、１．０ｍｍｏｌ）を加えてさらに４５分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（３９６ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４４（１．０ｇ）を薄い灰色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７５８．０５１２．
工程２　化合物４５の合成
　窒素雰囲気下、化合物４４（０．９８ｇ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（０．４５ｇ、０．８３ｍｍｏｌ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．３８ｍＬ、２．８ｍｍｏｌ）を加え、２７分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（８．３ｍＬ、０．８３ｍｍｏｌ）を加え、４４分間撹拌した。その後、オルトギ酸トリメチル（１．２ｍＬ、１１ｍｍｏｌ）を加えて２５℃で４２分間撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（３０ｇ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１０ｍＬ）を加え、不溶物を吸引ろ過で除去し、塩化メチレン（５ｍＬ）で２回抽出した。この溶液に、ピロール（０．１２ｍＬ、１．７ｍｍｏｌ）、ホスホン酸（０．６９ｇ、８．３ｍｍｏｌ）を２０℃で加え、３０分間撹拌した。ピリジン（２．８ｍＬ）を２５℃で加えた後、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．７６ｍＬ、５．５ｍｍｏｌ）を３分割して１０分間おきに加えて３９分間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．１４ｍＬ、１．０ｍｍｏｌ）を加えてさらに４９分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（３９６ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４５（１．２ｇ）を薄灰色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２０６４．１１９１．
工程３　化合物４６の合成
　窒素雰囲気下、化合物４５（１．１６ｇ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（０．４３ｇ、０．８１ｍｍｏｌ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．３７ｍＬ、２．７ｍｍｏｌ）を加え、２９分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（８．１ｍＬ、０．８１ｍｍｏｌ）を加え、２５分間撹拌した。その後、オルトギ酸トリメチル（１．２ｍＬ、１１ｍｍｏｌ）を加えて２５℃で２１分間撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（３０ｇ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１０ｍＬ）を加え、不溶物を吸引ろ過で除去し、塩化メチレン（５ｍＬ）で２回洗浄した。この溶液に、ピロール（０．１１ｍＬ、１．６ｍｍｏｌ）及びホスホン酸（０．６５ｇ、８．１ｍｍｏｌ）を２７～３０℃で加え、２４分間撹拌した。ピリジン（３．０ｍＬ）を２２～２８℃で加えた後、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．７４ｍＬ、５．４ｍｍｏｌ）を３分割して１０分間おきに加えて４１分間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４９ｍＬ、３．６ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間２０分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（３９７ｇ）に加えて析出した固体を析出ろ過し、化合物４６（１．３３ｇ）を薄い灰色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２３６８．１５７４．
実施例３６（ＲＮＡでの２ｍｅｒ合成）：化合物４７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000096
　窒素雰囲気下、化合物４２（９．５ｍｇ）と２’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）ウリジン（関東化学社から購入）（７．８ｍｇ、０．０１２ｍｍｏｌ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（４．５μＬ、０．０３３ｍｍｏｌ）を加え、３５分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（９８μＬ、０．０９８ｍｍｏｌ）を加え、２０分間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、トルエン（１ｍＬ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（０．３０ｍＬ）を加え、不溶物を吸引ろ過で除去し、塩化メチレン（０．２０ｍＬ×２回）で抽出した。この溶液に、ピロール（２μＬ、０．０２９ｍｍｏｌ）、ホスホン酸（９．１ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）を室温で加え、３０分間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４７を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１８１０．２１３１．
実施例３７（２ｍｅｒ合成）：化合物４９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000097
　窒素雰囲気下、化合物４２（１０４ｍｇ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（５８ｍｇ、１０７ｍｍｏｌ）のピリジン（２．０ｍＬ）溶液に、室温で２，２－ジメチルブチリルクロリド（４６μＬ、０．３４ｍｍｏｌ）を加え、３２分間撹拌することで、カップリング反応を行った。その後、硫化剤として単体硫黄（３．２ｍｇ、０．１０ｍｍｏｌ）を加え、１時間３２分撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（４．０ｍＬ）を加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１．０ｍＬ）を加え、不溶物をシリンジフィルターで除去し、塩化メチレン（０．５０ｍＬ×２回）で洗浄した。この溶液に、ピロール（１４μＬ、０．２０ｍｍｏｌ）、ホスホン酸（８０ｍｇ、１．０ｍｍｏｌ）を室温で加え、３６分間撹拌することで、脱一時保護基反応を行った。ピリジン（０．３０ｍＬ）を室温で加えた後、２，２－ジメチルブチリルクロリド（９２μＬ、０．６７ｍｍｏｌ）を３分割して１０分間おきに加えて２時間２４分間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（１６μＬ、０．１２ｍｍｏｌ）を加えてさらに４０分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（４９ｇ）に加えて析出した固体を析出ろ過し、化合物４９（９８ｍｇ）を白色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７７４．０４４３．
実施例３８（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物４９の合成
　実施例３７と同様の条件で、硫化剤を３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（１１．８ｍｇ）に変更して反応を実施し、化合物４９（９９ｍｇ）を淡黄色固体として得た。
実施例３９（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物４８の合成
　実施例３７と同様の条件で、硫化剤を３－（（ジメチルアミノ－メチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオン［ＤＤＴＴ］（１１．８ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４８を主生成物として得た。
実施例４０（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物４８の合成
　実施例３７と同様の条件で実施したカップリング反応後の反応溶液を４分割し、硫化剤を３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン（３．７ｍｇ）に変更して実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４８を主生成物として得た。
実施例４１（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物４８の合成
　実施例４０で得られたカップリング反応後の反応溶液の４分の１を用い、実施例３７と同様の条件で、硫化剤を３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド（３．３ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４８を主生成物として得た。
実施例４２（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物４８の合成
　実施例４０で得られたカップリング反応後の反応溶液の４分の１を用い、実施例３７と同様の条件で、硫化剤をテトラエチルチウラムジスルフィド（４．４ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４８を主生成物として得た。
実施例４３（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物４８の合成
　実施例３７と同様の条件で、硫化剤をビス（フェニルアセチル）ジスルフィド（４．５ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４８を主生成物として得た。
実施例４４（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物４８の合成
　実施例３７と同様の条件で、硫化剤をＮ－（ベンゾイルチオ）－スクシンイミド（シンセシス、１９８０年、７２１－７２２頁に記載の方法に準じて合成した）（３．７ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４８を主生成物として得た。
実施例４５（デオキシアデノシンを用いる２ｍｅｒ合成）：化合物５０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000098
　実施例３７と同様の条件で、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジンをＮ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン（東京化成工業社製）（６６．４ｍｇ）に変更して反応を実施し、脱一時保護基反応後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５０を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１８２３．１２１３．
実施例４６（デオキシグアノシンを用いる２ｍｅｒ合成）：化合物５１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000099
　実施例３７と同様の条件で、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジンをＮ２－イソブチリル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシグアノシン（東京化成工業社製）（６．６ｍｇ）に変更して反応を実施し、カップリング反応後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５１を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　２０７５．２８９６．
実施例４７（３ｍｅｒ合成）：化合物５２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000100
　窒素雰囲気下、化合物４４（９．５ｍｇ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（６．０ｍｇ、０．０１１ｍｍｏｌ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（３．８μＬ、０．０２８ｍｍｏｌ）を加え、２６分間撹拌した。その後、単体硫黄（２．１ｍｇ、０．０６５ｍｍｏｌ）を加え、１時間４０分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し，化合物５２を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　２３１６．２５４７．
実施例４８（Ｈ－ホスホネートジエステルで２ｍｅｒ合成）：化合物５３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000101
　窒素雰囲気下、化合物４２（１２ｍｇ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（７．０ｍｇ、０．０１３ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（０．２０ｍＬ）溶液に２５℃でピリジン（１．７μＬ、０．０３４ｍｍｏｌ）を加えた後に、２，２－ジメチルブチリルクロリド（４．６μＬ、０．０３４ｍｍｏｌ）を加え、４５分間撹拌した。その後、ピリジン（１．７μＬ、０．０３４ｍｍｏｌ）を追加し、１８分間撹拌した。この溶液に、ピロール（１．４μＬ、０．０２０ｍｍｏｌ）、ホスホン酸（８．５ｍｇ、０．１０ｍｍｏｌ）を２５℃で加え、４４分間撹拌した。塩化メチレン（０．２０ｍＬ）を加え、さらに１時間２０分撹拌した。ピリジン（３０μＬ）を２５℃で加えた後、２，２－ジメチルブチリルクロリド（９．２μＬ、０．０６７ｍｍｏｌ）を３分割して１０分間おきに加えて３５分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物５３を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７４２．１０１６．
実施例４９（Ｈ－ホスホネート化）：化合物５ｂ（トリエチルアミン塩）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000102
　窒素雰囲気下、亜リン酸（３４５ｍｇ、４．２ｍｍｏｌ）のピリジン（１０ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．３３ｍＬ、２．４ｍｍｏｌ）を加え、３５分間撹拌した。この反応混合物に化合物４（４９７ｍｇ、０．４０ｍｍｏｌ）を加えて、４０℃で１時間２分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（８３μＬ、０．６１ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間１３分撹拌した。トリエチルアミン（２．８ｍＬ、２０ｍｍｏｌ）を加えた後にアセトニトリル（２１１ｇ）を加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物５ｂ（５４７ｍｇ）を白色固体として得た。
実施例５０（Ｈ－ホスホネート化）：化合物５ｃ（Ｎ－メチルイミダゾール塩）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000103
　窒素雰囲気下、亜リン酸（２４１ｍｇ、２．９ｍｍｏｌ）のピリジン（７ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．２３ｍＬ、１．７ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。この反応混合物に化合物４（３５０ｍｇ、０．２８ｍｍｏｌ）を加えて、４０℃で１時間４９分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（３９μＬ、０．２８ｍｍｏｌ）を加えてさらに２時間撹拌した。得られた溶液を３分割し（化合物４：０．０９３ｍｍｏｌ相当）、Ｎ－メチルイミダゾール（０．３２ｍＬ、４．１ｍｍｏｌ）を加えた後にアセトニトリル（４０ｇ）を加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し化合物５ｃ（１０３ｍｇ）を固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２６－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．９２（ｓ、３Ｈ）、２．３２－２．３６（ｍ、２Ｈ）、２．６７（ｓ、４Ｈ）、３．８９－３．９８｛ｍ、６Ｈ＋３Ｈ（Ｎ－メチルイミダゾール）｝、４．１８－４．２１（ｍ、３Ｈ）、５．０２（ｓ、２Ｈ）、５．４１（ｔ、１Ｈ）、６．３８（ｔ、１Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、６．９３（ｄ、１Ｈ）、７．０４（ｓ、１Ｈ、Ｎ－メチルイミダゾール）、７．３１（ｓ、１Ｈ、Ｎ－メチルイミダゾール）、７．７３（ｄ、１Ｈ）、８．８４（ｓ、１Ｈ、Ｎ－メチルイミダゾール）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ５．７４．
実施例５１（Ｈ－ホスホネート化）：化合物５ｄ（Ｎ－メチルモルホリン塩）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000104
　実施例５０で３分割した溶液の１つ（化合物４：０．０９３ｍｍｏｌ相当）に対して、Ｎ－メチルモルホリン（０．４５ｍＬ、４．１ｍｍｏｌ）を加えた後にアセトニトリル（４３ｇ）を加えて固体を析出させ、氷冷した後にろ過し、化合物５ｄ（９６ｍｇ）を固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．０９－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、１．９６（ｓ、３Ｈ）、２．０１（ｓ、３Ｈ、Ｎ－メチルモルホリン）、２．３１－２．３６（ｍ、２Ｈ）、２．６８（ｓ、４Ｈ）、２．７６（ｓ、４Ｈ、Ｎ－メチルモルホリン）、３．９０－３．９８｛ｍ、６Ｈ＋４Ｈ（Ｎ－メチルモルホリン）｝、４．１０－４．１７（ｍ、３Ｈ）、５．０２（ｓ、２Ｈ）、５．４１（ｔ、１Ｈ）、６．３８（ｔ、１Ｈ）、６．５３（ｓ、２Ｈ）、６．８９（ｄ、１Ｈ）、７．７１（ｄ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ５．８８．
実施例５２（２ｍｅｒ合成）：化合物５４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000105
　窒素雰囲気下、化合物４２（９９ｍｇ）とＮ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン（東京化成工業社製）（６６ｍｇ、０．１０ｍｍｏｌ）のピリジン（２．０ｍＬ）溶液に、２５℃で縮合剤として２，２－ジメチルブチリルクロリド（２８μＬ、０．２０ｍｍｏｌ）を加え、２１分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－（フェニルチオ）フタルイミド（２７ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）を加え、４３分間撹拌した。水（３．６μＬ、０．２０ｍｍｏｌ）を加えて１時間３７分撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（４．０ｍＬ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（２．０ｍＬ）を加え、ピロール（１４μＬ、０．２０ｍｍｏｌ）、ホスホン酸（８．７ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）を室温で加え、１時間２８分間撹拌することで、脱一時保護基反応を行った。ピリジン（０．３０ｍＬ）、ホスホン酸（７４ｍｇ、０．９０ｍｍｏｌ）を室温で加えた後、２，２－ジメチルブチリルクロリド（９２μＬ、０．６７ｍｍｏｌ）を３分割して１０分間おきに加えて５９分間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（３１μＬ、０．２２ｍｍｏｌ）を加えてさらに４２分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（５１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物５４（１００ｍｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１３－１．８０（ｍ、９６Ｈ）、２．１７－２．８５（ｍ、１５Ｈ）、３．０３（ｓ、３Ｈ）、３．６８－４．３３（ｍ、１６Ｈ）、５．２０－５．３５（ｍ、２Ｈ）、６．０７－６．１７（ｍ、２Ｈ）、６．４３－６．５３（ｍ、２Ｈ）、６．５６（ｓ、２Ｈ）、７．２４－８．７８（ｍ、１４Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ６．１０、２５．２０、２５．３０．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１９６５．１２０２．
実施例５３（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000106
　実施例５２と同様の条件で、硫化剤をＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（テトラへドロン、１９９７年、５３巻、１４４１１－１４４１６頁に記載の方法に準じて合成した）（４．３ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５５を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２１８０．２８６２．
実施例５４（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000107
　実施例５２と同様の条件で、硫化剤をＮ－［（ｐ－メチルフェニル）チオ］フタルイミド（ヌクレイック　アシッズ　リサーチ、１９９９年、２７巻、９６３－９７１頁に記載の方法に準じて合成した）（２７ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５６を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２２１７．２９８１．
実施例５５（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000108
　実施例５２と同様の条件で、Ｎ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシンを５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（５．２ｍｇ）に、硫化剤をＮ－［（ｐ－クロロフェニル）チオ］フタルイミド（テトラへドロン、１９９７年、５３巻、１４４１１－１４４１６頁に記載の方法に準じて合成した）（４．３ｍｇ）に変更して実施し、脱一時保護基反応後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５７を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１７８８．１２６２．
実施例５６（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000109
　実施例５２と同様の条件で、Ｎ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシンをＮ２－イソブチリル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシグアノシン（東京化成工業社製）（７．０ｍｇ）に、硫化剤をＮ－（シクロヘキシルチオ）フタルイミド（３．３ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５８を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２１９１．３４０１．
実施例５７（２ｍｅｒ合成）：化合物５５の合成
　実施例５３と同様の条件で、縮合剤を炭酸ビスペンタフルオロフェニル（９．１ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５５を主生成物として得た。
実施例５８（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000110
　実施例５２と同様の条件で、硫化剤をＮ－（メチルチオ）フタルイミド（テトラへドロン、１９９７年、５３巻、１４４１１－１４４１６頁に記載の方法に準じて合成した）（９．９ｍｇ）に変更して反応を実施し、脱一時保護基反応後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５９を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１８３９．１３７３．
参考合成例３（硫化剤合成）：Ｎ－（ドデシルチオ）フタルイミドの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000111
　窒素雰囲気下、フタルイミド（４．０ｇ、２７ｍｍｏｌ）のアセトニトリル（１５ｍＬ）とピリジン（１２ｍＬ）の混合溶液にドデカンチオール（６．８ｍＬ、２９ｍｍｏｌ）を加えて、室温で臭素（１．７ｍＬ、３３ｍｍｏｌ）のアセトニトリル（２０ｍＬ）溶液を４０分かけて滴下し、室温で２時間４３分撹拌した。メタノール（３２ｇ）、水（５ｇ）を加えて０℃に冷却し、析出した固体をろ過して、目的物（６．０ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、３Ｈ）、１．０８－１．６４（ｍ、２０Ｈ）、２．８８（ｔ、２Ｈ）、７．７５－７．８０（ｍ、２Ｈ）、７．８９－７．９５（ｍ、２Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　３４８．２００３．
参考合成例４（硫化剤合成）：Ｎ－［（２－ベンゾ［ｄ］チアゾリル）チオ］フタルイミドの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000112
　窒素雰囲気下、フタルイミド（４．０ｇ、２７ｍｍｏｌ）のアセトニトリル（１５ｍＬ）とピリジン（１２ｍＬ）の混合溶液に２－メルカプトベンゾチアゾール（４．８ｇ、２９ｍｍｏｌ）を加えて、室温で臭素（１．７ｍＬ、３３ｍｍｏｌ）のアセトニトリル（２０ｍＬ）溶液を３８分かけて滴下し、室温で４時間３０分撹拌した。メタノール（３０ｇ）、水（５ｇ）を加えて１７分間撹拌し、析出した固体をろ過して目的物（６．８ｇ）を薄いピンク色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ７．２７－７．３８（ｍ、１Ｈ）、７．４０－７．４８（ｍ、１Ｈ）、７．６９－７．７７（ｍ、１Ｈ）、７．８２－７．９４（ｍ、３Ｈ）、７．９９－８．６２（ｍ、２Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　３１３．００９０．
実施例５９（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物６０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000113
　実施例５２と同様の条件で、硫化剤をＮ－（ドデシルチオ）フタルイミド（４．０ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物６０を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２２９５．４５７０．
実施例６０（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物６１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000114
　実施例５２と同様の条件で、硫化剤をＮ－［（２－ベンゾ［ｄ］チアゾリル）チオ］フタルイミド（４．８ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物６１を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２２７７．２７４７．
実施例６１（縮合剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５５の合成
　実施例５３と同様の条件で、縮合剤を酢酸ペンタフルオロフェニル（７．１ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５５を主生成物として得た。
実施例６２（縮合剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５５の合成
　実施例５３と同様の条件で、縮合剤をクロロリン酸ジフェニル（４．２μＬ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５５を主生成物として得た。
実施例６３（縮合剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５５の合成
　実施例５２と同様の条件で、縮合剤をクロロリン酸ビス（２－クロロフェニル）（４．６μＬ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５５を主生成物として得た。
実施例６４（縮合剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５５の合成
　実施例５３と同様の条件で、縮合剤をクロロリン酸ビス（２、４－ジクロロフェニル）（１０．７ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５５を主生成物として得た。
実施例６５（縮合剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物５５の合成
　実施例５３と同様の条件で、縮合剤をクロロリン酸ビス（２、６－ジメチルフェニル）（７．１ｍｇ）に変更して反応を実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物５５を主生成物として得た。
実施例６６（３’位ＴＢＤＰＳ基での２ｍｅｒ合成）：化合物６５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000115
工程１　３’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジンの合成
　窒素雰囲気下、Ｎ４－ベンゾイル－３’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン（バイオケミストリー、２００４年、４３巻、６１６７－６１８１頁に記載の方法に準じて合成した）（６．５ｇ、６．８ｍｍｏｌ）のメタノール（３０１ｇ）溶液に、室温で４０％メチルアミン水溶液（５．８ｍＬ、６９ｍｍｏｌ）を加え、２３時間２６分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮した後にシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、目的物（５．１ｇ、収率９８％）を泡状固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ１．００（ｓ、９Ｈ）、１．９５－１．９７（ｍ、１Ｈ）、２．５１－２．５９（ｍ、１Ｈ）、３．０２－３．０７（ｍ、１Ｈ）、３．２５－３．３０（ｍ、１Ｈ）、３．７７（ｓ、６Ｈ）、４．４４－４．４９（ｍ、１Ｈ）、５．２２（ｄ、１Ｈ）、６．３５（ｔ、１Ｈ）、６．７１－６．７５（ｍ、４Ｈ）、７．０８－７．４１（ｍ、１６Ｈ）、７．５３－７．５９（ｍ、４Ｈ）、７．７７（ｄ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　７６８．３３９１．
工程２　化合物６２の合成
　窒素雰囲気下、３’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン（２．５ｇ、３．２ｍｍｏｌ）と化合物３１（２．２ｇ、２．０ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（７０ｍＬ）及びピリジン（１４ｍＬ）の混合溶液に、４０℃でＨＯＢｔ（無水）（０．３５ｇ、２．６ｍｍｏｌ）を加え、続いてＷＳＣ・ＨＣｌ（０．９２ｇ、４．８ｍｍｏｌ）を加えて２時間２６分撹拌した。反応混合物中の不溶物をろ過により除去し、減圧下濃縮した後にメタノール（２５０ｇ）に加えて固体を析出させた後にろ過し、化合物６２（３．５ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｓ、９Ｈ）、１．０１（ｓ、９Ｈ）、１．２６－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、１．９１－１．９９（ｍ、１Ｈ）、２．６８－２．７１（ｍ、５Ｈ）、３．０４－３．０８（ｍ、４Ｈ）、３．２５－３．２９（ｍ、１Ｈ）、３．７７（ｂｒｓ、８Ｈ）、３．９５（ｔ、６Ｈ）、４．１３－４．４６（ｍ、４Ｈ）、６．３０（ｔ、１Ｈ）、６．５６（ｓ、２Ｈ）、６．７２－６．７５（ｍ、４Ｈ）、６．９１（ｄ、１Ｈ）、７．０８－７．４２（ｍ、１５Ｈ）、７．５３－７．５９（ｍ、４Ｈ）、８．０５（ｄ、１Ｈ）、８．９２（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１８３４．２７５４．
工程３　化合物６３の合成
　窒素雰囲気下、化合物６２（３．５ｇ、１．９ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（３５ｇ）溶液に室温でピロール（０．３９ｍＬ、５．７ｍｍｏｌ）を加え、１０℃でジクロロ酢酸（１．６ｍＬ、１９ｍｍｏｌ）を加え、１時間５３分撹拌した。ピリジン（０．７７ｍＬ、９．５ｍｍｏｌ）を加え、反応混合物をメタノール（３５１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６３（２．８ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｓ、９Ｈ）、１．０８（ｓ、９Ｈ）、１．２６－１．８２（ｍ、９６Ｈ）、２．１６－２．２５（ｍ、１Ｈ）、２．５１－２．５９（ｍ、１Ｈ）、２．６９－２．７５（ｍ、４Ｈ）、３．０４（ｓ、３Ｈ）、３．１９－３．２４（ｍ、１Ｈ）、３．６１－３．６５（ｍ、３Ｈ）、３．９２－４．４３（ｍ、１０Ｈ）、６．２１（ｔ、１Ｈ）、６．５７（ｓ、２Ｈ）、７．２１（ｄ、１Ｈ）、７．３５－７．４５（ｍ、６Ｈ）、７．６０－７．６６（ｍ、４Ｈ）、８．０３（ｄ、１Ｈ）、９．０２（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１５３２．１３８３．
工程４　化合物６４の合成
　窒素雰囲気下、亜リン酸（０．３９ｇ、４．７ｍｍｏｌ）のピリジン（１４ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４１ｍＬ、３．０ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。この溶液に３０℃で化合物６３（０．７０ｇ、０．４６ｍｍｏｌ）を加えて３０℃で４６分間撹拌した。その後、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．３８ｍＬ、２．７ｍｍｏｌ）を加え、５８分間撹拌した。反応混合物をアセトニトリル（２００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６４（０．７０ｇ）を白色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１５９６．１０９８．
工程５　化合物６５の合成
　窒素雰囲気下、化合物６４（０．７０ｇ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（０．３７ｇ、０．６８ｍｍｏｌ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．５７ｇ、１．４ｍｍｏｌ）を加え、２４分間撹拌した。その後Ｎ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．１７ｇ、０．７１ｍｍｏｌ）を加え、１６時間５４分間撹拌した。反応混合物をメタノール（２００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６５（０．８８ｇ）を得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｓ、９Ｈ）、１．０７（ｓ、９Ｈ）、１．２５－２．０１（ｍ、９７Ｈ）、２．３３－２．９３（ｍ、１０Ｈ）、３．０４（ｓ、３Ｈ）、３．３２－４．３４（ｍ、２４Ｈ）、５．０８－５．１８（ｍ、１Ｈ）、６．２５－６．３６（ｍ、２Ｈ）、６．５８（ｓ、２Ｈ）、６．８２－６．８５（ｍ、４Ｈ）、７．２２－７．６５（ｍ、２１Ｈ）、７．７９－７．８５（ｍ、１Ｈ）、８．９６（ｂｒｓ、１Ｈ）、９．２８（ｂｒｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ２７．０８、２７．２０．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２２０７．３１５２．
実施例６７（３’位ＴＢＤＰＳ基の脱保護）：化合物６６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000116
　窒素雰囲気下、化合物６５（１０ｍｇ）の塩化メチレン（０．２０ｍＬ）溶液に、室温でフッ化水素－ピリジン（１．３μＬ、０．０４５ｍｍｏｌ）を加え、３時間４５分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮して、化合物６６を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１９６９．２０１０．
実施例６８（４ｍｅｒ合成）：化合物６９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000117
工程１　化合物６７の合成
　窒素雰囲気下、化合物４２（１．５ｇ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（０．３４ｇ、０．６２ｍｍｏｌ）、炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．７４ｇ、１．９ｍｍｏｌ）を加え、２２分間撹拌した。その後Ｎ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．１９ｇ、０．８１ｍｍｏｌ）を加え、１５時間２９分間撹拌して、化合物８２を含む反応溶液を得た。その後、亜リン酸トリエチル（９０μＬ、０．５２ｍｍｏｌ）、水（０．２８ｍＬ、１６ｍｍｏｌ）を加えて２５℃で１時間撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（２５ｇ）を加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（２０ｍＬ）を加え、ピロール（０．１１ｍＬ、１．６ｍｍｏｌ）、ホスホン酸（１．０ｇ、１３ｍｍｏｌ）を１０℃で加え、１時間１５分間撹拌した。ピリジン（３．０ｍＬ）を加えた後、室温で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．９６ｍＬ、７．０ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて３３分間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４８ｍＬ、３．５ｍｍｏｌ）を加えてさらに３５分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（２００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６７（１．９ｇ）を白色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１８２９．０８１９．
工程２　化合物６８の合成
　工程１と同様の条件で、化合物４２の代わりに化合物６７を、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジンの代わりにＮ４－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン（東京化成工業社製）（０．６０ｇ）を用いて反応を実施し、化合物６８（０．９７ｇ）を白色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２２９１．１６６４．
工程３　化合物６９の合成
　窒素雰囲気下、化合物６８（０．９６ｇ）とＮ２－イソブチリル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシグアノシン（東京化成工業社製）（０．５１ｇ、０．８０ｍｍｏｌ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に、２５℃で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．６５ｇ、１．７ｍｍｏｌ）を加え、１０分間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮して、化合物６９を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２９１２．４３１２．
実施例６９（４ｍｅｒ合成）：化合物７０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000118
　実施例６８の工程１と同様の条件で、化合物４２の代わりに化合物６８を用いて反応を実施し、化合物７０を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２８１７．３７５３．
実施例７０（４ｍｅｒ合成）：化合物７１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000119
　実施例６８の工程１と同様の条件で、化合物４２の代わりに化合物６８を、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジンの代わりにＮ４－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン（東京化成工業社製）（５．４ｍｇ）を用いて反応を実施し、化合物７１を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２９０６．４２４２．
実施例７１（４ｍｅｒ合成）：化合物７２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000120
　実施例６８の工程１と同様の条件で、化合物４２の代わりに化合物６８を、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－チミジンの代わりにＮ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン（東京化成工業社製）（４．９ｍｇ）を用いて反応を実施し、化合物７２を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２９３０．４１８４．
実施例７２（５ｍｅｒ合成）：化合物７４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000121
工程１　化合物６７の合成
　窒素雰囲気下、化合物４２（１．２ｇ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（０．４４ｇ、０．８０ｍｍｏｌ）、炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．６７ｇ、１．７ｍｍｏｌ）を加え、２３分間撹拌した。その後Ｎ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．１９ｇ、０．８３ｍｍｏｌ）を加え、１時間３２分間撹拌した。その後、亜リン酸トリエチル（９０μＬ、０．５２ｍｍｏｌ）、水（０．２８ｍＬ、１６ｍｍｏｌ）を加えて２５℃で５０分間撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（２５ｇ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（２０ｍＬ）を加え、ピロール（０．１１ｍＬ、１．６ｍｍｏｌ）、ジクロロ酢酸（０．４３ｍＬ、５．３ｍｍｏｌ）を１０℃で加え、２時間２７分間撹拌した。ピリジン（３．０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をアセトニトリル（２００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物９５（０．７２ｇ）を薄い肌色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２５－１．８９（ｍ、９９Ｈ）、２．２０（ｓ、３Ｈ）、２．２１－２．８９（ｍ、１３Ｈ）、３．０６－３．２０（ｍ、５Ｈ）、３．２１－３．９８（ｍ、１１Ｈ）、４．１９－４．４．４４（ｍ、６Ｈ）、５．３２－５．３４（ｍ、２Ｈ）、６．１０－６．２３（ｍ、２Ｈ）、６．５８（ｓ、２Ｈ）、７．４１（ｔ、１Ｈ）、７．５１（ｄ、１Ｈ）、７．９５－８．０８（ｍ、１Ｈ）、８．７０－９．６０（ｍ、２Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ２７．５５、２７．９４．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１７６５．１１６２．
　窒素雰囲気下、得られた化合物９５（０．７２ｇ）の塩化メチレン（１５ｍＬ）とピリジン（２．３ｍＬ）の混合溶液に室温でホスホン酸（０．５６ｇ、６．８ｍｍｏｌ）を加え、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．５６ｍＬ、４．１ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて３１分間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４２ｍＬ、３．１ｍｍｏｌ）を加えてさらに２３分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（２０３ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６７（０．７２ｇ）を白色固体として得た。
工程２　化合物６８の合成
　窒素雰囲気下、化合物６７（０．７２ｇ）のピリジン（１９ｍＬ）溶液にＮ４－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン（東京化成工業社製）（０．４９ｇ、０．７７ｍｍｏｌ）、炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．６０ｇ、１．５ｍｍｏｌ）を加え、２２分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．１８ｇ、０．７６ｍｍｏｌ）を加え、１時間１０分間撹拌した。その後、反応混合物を２分割し、一方を減圧下濃縮した。トルエン（１０ｇ）を加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１０ｍＬ）を加え、ピロール（５１μＬ、０．７４ｍｍｏｌ）、ジクロロ酢酸（０．２０ｍＬ、２．４ｍｍｏｌ）を１０℃で加え、２時間１０分撹拌した。ピリジン（１．２ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をさらに２分割し、一方をアセトニトリル（５０ｇ）に加えて析出した固体を析出ろ過し、化合物７７（０．１８ｇ）を薄い肌色固体として得た。
　窒素雰囲気下、得られた化合物７７（０．１８ｇ）の塩化メチレン（３．０ｍＬ）とピリジン（０．５０ｍＬ）の混合溶液に室温でホスホン酸（０．１２ｇ、１．５ｍｍｏｌ）を加え、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．１３ｍＬ、０．９６ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて５７分間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（３３μＬ、０．２４ｍｍｏｌ）を加えてさらに４０分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（５１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６８（０．１５ｇ）を白色固体として得た。
工程３　化合物７３の合成
　工程２と同様の条件で、化合物６７の代わりに化合物６８を、Ｎ４－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジンの代わりにＮ２－イソブチリル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシグアノシン（東京化成工業社製）（８６ｍｇ）を用いて、反応を実施し、化合物７３（０．１２ｇ）を白色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２７５９．２４７２．
工程４　化合物７４の合成
　工程２と同様の条件で、化合物６７の代わりに化合物７３を、Ｎ４－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジンの代わりにＮ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン（東京化成工業社製）（６６ｍｇ）を用いて、反応を実施した。硫化後の反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７４を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋２Ｈ］２＋　１７４２．２６５５．
実施例７３（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000122
　実施例７２の工程４で得られた硫化後の反応混合物の半分を０℃に冷却し、ヒドラジン１水和物（４．４μＬ、０．０９１ｍｍｏｌ）を加えて３時間４０分撹拌した。さらにヒドラジン１水和物（２．２μＬ、０．０４５ｍｍｏｌ）を加えて１時間７分撹拌し、アセチルアセトン（５０μＬ）を加えた。その後、反応混合物をアセトニトリル（２５ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物７５を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋２Ｈ］２＋　１６９３．２３１４．
実施例７４（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000123
　実施例６８の工程１で得られた、化合物８２を含む硫化後の反応混合物の０．５重量％に、室温でヒドラジン１水和物（１．３μＬ）を加えて４時間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７６を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１９６９．２１３４．
実施例７５（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000124
　窒素雰囲気下、化合物７７（９９ｍｇ、４５μｍｏｌ）の塩化メチレン（２．０ｍＬ）と酢酸（０．４０ｍＬ）の混合溶液を０℃に冷却し、ヒドラジン１水和物（５．２μＬ、０．１１ｍｍｏｌ）を加えて１０時間２８分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮して、メタノール（３０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物７８（７０ｍｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２１２９．１４６６．
実施例７６（硫化剤検討２ｍｅｒ合成）：化合物８２の合成
　実施例６８の工程２と同様の条件で、硫化剤をＮ－［（２－シアノエチル）チオ］コハク酸イミド（ジャーナル　オブ　ケミカル　ソサイエティー　パーキン　トランザクション　１、２００２年、２６１９－２６３３頁に記載の方法に準じて合成した）（１３．７ｍｇ）に変更して実施し、硫化後の反応混合物を減圧下濃縮し、化合物８２を得た。
実施例７７（アデニンへの擬似固相保護基導入）：化合物７９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000125
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン（東京化成工業社製）（４１ｍｇ、０．０７５ｍｍｏｌ）と化合物３１（５３ｍｇ、０．０４９ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１．５ｍＬ）及びピリジン（０．３０ｍＬ）の混合溶液に、４０℃でＨＯＢｔ（無水）（７．０ｍｇ、０．０５２ｍｍｏｌ）を加え、続いてＷＳＣ・ＨＣｌ（１７．７ｍｇ、０．０９２ｍｍｏｌ）を加えて５時間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物７９を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１６２０．１５８３．
実施例７８（グアニンへの擬似固相保護基導入）：化合物８０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000126
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシグアノシン（東京化成工業社製）（４３ｍｇ、０．０７５ｍｍｏｌ）と化合物３１（５０ｍｇ、０．０４６ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１．５ｍＬ）及びピリジン（０．３０ｍＬ）の混合溶液に、４０℃でＨＯＢｔ（無水）（７．２ｍｇ、０．０５３ｍｍｏｌ）を加え、続いてＷＳＣ・ＨＣｌ（１８．４ｍｇ、０．０９６ｍｍｏｌ）を加えて約１週間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物８０を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１６３６．１８７９．
参考合成例５（アデノシン３’位レブリニル化）：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシアデノシンの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000127
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン（ケム－インペックス社製）（２．６ｇ、４．６ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（５８ｍｇ、０．４８ｍｍｏｌ）及びレブリン酸（０．８０ｇ、６．９ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５０ｍＬ）溶液に、室温でＷＳＣ・ＨＣｌ（１．３ｇ、６．８ｍｍｏｌ）を加え、３時間５５分撹拌した。酢酸（０．４５ｍＬ）及びトリエチルアミン（０．７８ｍＬ）の水（２０ｇ）溶液を加えて５分間撹拌し、分液した。得られた有機層に水（２０ｇ）を加えて３分間撹拌し、分液した。得られた有機層の溶媒を減圧下留去した後に、シリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシアデノシン（２．８ｇ、収率９３％）を淡黄色泡状固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ２．２１（ｓ、３Ｈ）、２．５８－２．６６（ｍ、３Ｈ）、２．７６－２．８１（ｍ、２Ｈ）、２．９０－３．００（ｍ、１Ｈ）、３．４２（ｄ、２Ｈ）、３．７８（ｓ、６Ｈ）、４．２９（ｓ、１Ｈ）、５．５１（ｄ、１Ｈ）、５．９６（ｓ、２Ｈ）、６．４３－６．４８（ｍ、１Ｈ）、６．８０（ｄ、４Ｈ）、７．１８－７．４４（ｍ、９Ｈ）、７．９７（ｓ、１Ｈ）、８．２８（ｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　６５２．２７４１．
参考合成例６（グアノシン３’位レブリニル化）：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシグアノシンの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000128
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン（ケム－インペックス社製）（１．５ｇ、２．６ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（３９ｍｇ、０．３２ｍｍｏｌ）及びレブリン酸（０．６３ｇ、５．４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（６０ｍＬ）溶液に、室温でＷＳＣ・ＨＣｌ（１．０ｇ、５．４ｍｍｏｌ）を加え、２７時間４４分撹拌した。酢酸（０．２６ｍＬ）及びトリエチルアミン（０．４６ｍＬ）の水（２０ｇ）溶液を加えて２３分間撹拌し、分液した。得られた有機層に水（２１ｇ）を加えて８分間撹拌し、分液した。得られた有機層の溶媒を減圧下留去し、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシグアノシン（１．８ｇ）を淡黄色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ２．２０（ｓ、３Ｈ）、２．４９－２．９４（ｍ、６Ｈ）、３．３９（ｓ、２Ｈ）、３．７７（ｄ、６Ｈ）、４．２４（ｓ、１Ｈ）、５．５２（ｄ、１Ｈ）、６．０７（ｓ、２Ｈ）、６．１９－６．２４（ｍ、１Ｈ）、６．８０（ｄ、４Ｈ）、７．１９－７．４０（ｍ、９Ｈ）、７．６３（ｓ、１Ｈ）、１１．９７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　６６８．２７１５．
実施例７９（グアニンへの擬似固相保護基導入）：化合物８１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000129
　窒素雰囲気下、化合物３１（８．９ｍｇ、８．２μｍｏｌ）の塩化メチレン（１．０ｍＬ）溶液に、室温でクロロギ酸エチル（１．３μＬ、０．０１４ｍｍｏｌ）を加え、続いてトリエチルアミン（１．９μＬ、０．０１４ｍｍｏｌ）を加えて１時間５７分撹拌した。さらに、クロロギ酸エチル（１．３μＬ、０．０１４ｍｍｏｌ）、トリエチルアミン（１．９μＬ、０．０１４ｍｍｏｌ）を加えて３６分間撹拌した。その後、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシグアノシン（１０．５ｍｇ、０．０１６ｍｍｏｌ）を室温で加えて５９分間撹拌後、トリエチルアミン（０．１０ｍＬ、０．７２ｍｍｏｌ）を室温で加え、４０℃に昇温して３時間３分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物８１を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１７３４．１９８３．
実施例８０（グアニンへの擬似固相保護基導入）：化合物８１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000130
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシグアノシン（０．９４ｇ、１．４ｍｍｏｌ）と化合物３１（１．０ｇ、０．９３ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１００ｍＬ）溶液に、４０℃でジイソプロピルエチルアミン（０．７８ｍＬ、４．６ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（０．５７ｇ、４．７ｍｍｏｌ）、ＷＳＣ・ＨＣｌ（０．８９ｇ、４．６ｍｍｏｌ）の順に加え、３時間２１分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、メタノール（１００ｇ）を加えて析出した固体をろ過し、化合物８１の粗物（１．５ｇ）を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、化合物８１（４７ｍｇ）を得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２６－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、２．１９（ｓ、３Ｈ）、２．２０－２．６０（ｍ、７Ｈ）、２．７５－２．８０（ｍ、２Ｈ）、２．９４－３．０６（ｍ、４Ｈ）、３．３７（ｄ、２Ｈ）、３．３８－３．７９（ｍ、８Ｈ）、３．９５（ｔ、６Ｈ）、３．９０－４．５０（ｍ、３Ｈ）、５．５０（ｄ、１Ｈ）、６．１２－６．２０（ｍ、１Ｈ）、６．５７（ｓ、２Ｈ）、６．７６－６．８０（ｍ、４Ｈ）、７．１９－７．４３（ｍ、９Ｈ）、７．７９（ｓ、１Ｈ）、９．３４（ｂｒｓ、１Ｈ）、１１．８９（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１７３４．１９５１．
参考合成例７：５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－３’－Ｏ－レブリニルチミジンの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000131
　窒素雰囲気下、化合物１（５．３ｇ、１５ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（０．１７ｇ、１．４ｍｍｏｌ）及びレブリン酸（２．８ｇ、２４ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（３８ｇ）溶液に、室温でＷＳＣ・ＨＣｌ（４．６ｇ、２４ｍｍｏｌ）を加え、１５時間１３分撹拌した。酢酸（１．５ｇ、２６ｍｍｏｌ）及びトリエチルアミン（２．６ｇ、１９ｍｍｏｌ）の水（３８ｇ）溶液を加えて５分間撹拌し、酢酸エチル（３７ｇ）を加えて１４分間撹拌し、分液した。得られた有機層の溶媒を減圧下留去し、５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－３’－Ｏ－レブリニルチミジン（６．９ｇ）を薄いオレンジ色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１３（ｓ、６Ｈ）、０．９３（ｓ、９Ｈ）、１．９２（ｄ、３Ｈ）、２．０５－２．１５（ｍ、１Ｈ）、２．２１（ｓ、３Ｈ）、２．３９－２．４５（ｍ、１Ｈ）、２．５８－２．６２（ｍ、２Ｈ）、２．７６－２．８１（ｍ、２Ｈ）、３．９０－３．９１（ｍ、２Ｈ）、４．０９９－４．１０３（ｍ、１Ｈ）、５．２６（ｄ、１Ｈ）、６．３７（ｑ、１Ｈ）、７．５５（ｄ、１Ｈ）、９．３４（ｂｒｓ、１Ｈ）．
実施例８１（チミン３位に擬似固相保護基が結合したヌクレオシドの合成）：化合物８５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000132
工程１　化合物８３の合成
　窒素雰囲気下、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）安息香酸（国際公開第２０１４－０７７２９２号に記載の方法に準じて合成した）（３．０ｇ、３．２ｍｍｏｌ）、炭酸ナトリウム（１．１ｇ、１０ｍｍｏｌ）、硫酸水素テトラ－ｎ－ブチルアンモニウム（０．１３ｇ、０．３８ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（７１ｇ）と水（３０ｇ）の混合溶液に、室温でクロロメタンスルホン酸クロリド（０．３９ｍＬ、３．９ｍｍｏｌ）を加え、２時間４２分撹拌した。さらにクロロメタンスルホン酸クロリド（６０μＬ、０．６０ｍｍｏｌ）を加えて１８分間撹拌した後に、４０℃に昇温して１０分間撹拌した。撹拌を停止して分液し、得られた水層に塩化メチレンを加えて抽出した。得られた有機層を合わせて、溶媒を減圧下留去し、アセトニトリル（７０ｇ）を加えて析出した固体をろ過し、化合物８３を白色固体（３．１６ｇ）として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８６－０．９０（ｍ、９Ｈ）、１．２６－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、３．９９－４．０５（ｍ、６Ｈ）、５．９３－６．０１（ｍ、２Ｈ）、７．２７－７．３６（ｍ、２Ｈ）．
工程２　化合物８４の合成
　窒素雰囲気下、化合物８３（１．０ｇ、１．１ｍｍｏｌ）、５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－３’－Ｏ－レブリニルチミジン（０．７１ｇ、１．６ｍｍｏｌ）のＤＭＦ（５０ｍＬ）溶液に、７０℃で炭酸カリウム（０．２１ｇ、１．５ｍｍｏｌ）を加えて２時間５分撹拌し、さらに炭酸カリウム（０．９１ｇ、６．ｍｍｏｌ）を加えて２時間４４分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（２０１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物８４（１．０１ｇ）を黄色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．１４（ｓ、６Ｈ）、０．８６－０．９３（ｍ、１８Ｈ）、１．２６－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、２．１３－２．４３（ｍ、５Ｈ）、２．５６－２．６０（ｍ、２Ｈ）、２．７４－２．７９（ｍ、２Ｈ）、３．９２－４．１２（ｍ、９Ｈ）、５．２６（ｄ、１Ｈ）、６．２２（ｑ、２Ｈ）、６．４２（ｑ、１Ｈ）、７．２２（ｓ、２Ｈ）、７．５９（ｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１３９４．０８２７．
工程３　化合物８５の合成
　窒素雰囲気下、化合物８４（０．９４ｇ、０．６７ｍｍｏｌ）、酢酸（０．４１ｍＬ、７．２ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（１０ｍＬ）溶液に、３０℃で１．０Ｍ　ＴＢＡＦ／ＴＨＦ溶液（３．５ｍＬ、３．５ｍｍｏｌ）を加え、４時間２分撹拌した。その後、反応混合物をメタノール（１００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物８５（０．８５ｇ、収率９９％（工程３））を黄色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２６－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、２．２０（ｓ、３Ｈ）、２．３９－２．４４（ｍ、２Ｈ）、２．５８－２．６０（ｍ、２Ｈ）、２．７６－２．７８（ｍ、２Ｈ）、３．９３（ｔ、３Ｈ）、３．９６－４．０１（ｍ、６Ｈ）、４．１１（ｄ、１Ｈ）、５．３４－５．３８（ｍ、１Ｈ）、６．２１（ｑ、２Ｈ）、６．３２（ｔ、１Ｈ）、７．２１（ｓ、２Ｈ）、７．６１（ｄ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１２７９．９９５０．
実施例８２（Ｈ－ホスホネート化）：化合物８６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000133
　窒素雰囲気下、亜リン酸（０．４０ｇ、４．９ｍｍｏｌ）のピリジン（１５ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４５ｍＬ、３．３ｍｍｏｌ）を加え、３９分間撹拌した。この溶液に化合物８５（０．６５ｇ、０．５１ｍｍｏｌ）を加えて４０℃で１時間２７分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（１５１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物８６（０．６６ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２６－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、１．９７（ｄ、３Ｈ）、２．１９（ｓ、３Ｈ）、２．３４－２．４１（ｍ、２Ｈ）、２．５５－２．５９（ｍ、２Ｈ）、２．７４－２．７８（ｍ、２Ｈ）、３．９６－４．０１（ｍ、６Ｈ）、４．２０－４．２９（ｍ、３Ｈ）、５．３９（ｄ、１Ｈ）、６．２０（ｑ、２Ｈ）、６．４５－６．５０（ｍ、１Ｈ）、６．９６（ｄ、１Ｈ）、７．２１（ｓ、２Ｈ）、７．７６－７．８１（ｍ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ６．２８．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１３４１．９７２２．
実施例８３（２ｍｅｒ合成）：化合物８７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000134
　窒素雰囲気下、化合物８６（５１ｍｇ）と化合物１（１９ｍｇ、０．０５３ｍｍｏｌ）のピリジン（１．０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（２４μＬ、０．１８ｍｍｏｌ）を加え、１９分間撹拌した。その後０．０５Ｍのヨウ素を含む、ピリジンと水の溶液（１．１ｍＬ、０．０５５ｍｍｏｌ）を加え、３６分間撹拌した。その後、水（０．１４ｍＬ）を加えて７０℃に昇温し、１５時間４３分撹拌した。その後、反応混合物を減圧下濃縮し、ピリジンを加えて減圧下濃縮する操作を２回実施し、ＴＢＳ基が脱保護体された化合物を含む反応混合物を得た。
　窒素雰囲気下、亜リン酸（４３ｍｇ、０．５２ｍｍｏｌ）のピリジン（１．５ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（４９μＬ、０．３６ｍｍｏｌ）を加え、３８分間撹拌した。この溶液に上記の脱保護された化合物を含む反応混合物を加えて４０℃で２時間１４分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（２６ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物８７（５２ｍｇ）を褐色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．０８－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、１．８９（ｓ、３Ｈ）、１．９４（ｓ、３Ｈ）、２．１９（ｓ、３Ｈ）、２．２３－２．７９（ｍ、８Ｈ）、３．９６－４．００（ｍ、６Ｈ）、４．１８－４．４１（ｍ、６Ｈ）、５．１８（ｂｒｓ、１Ｈ）、５．３８（ｄ、１Ｈ）、６．１４－６．２５（ｍ、３Ｈ）、６．４３－６．４８（ｍ、１Ｈ）、６．８６（ｄ、１Ｈ）、７．２１（ｓ、２Ｈ）、７．４６（ｓ、１Ｈ）、７．６５（ｓ、１Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ－１．１０、６．０８．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１６４６．０２２６．
実施例８４（２ｍｅｒ合成）：化合物８８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000135
　窒素雰囲気下、化合物８６（５２ｍｇ）とＮ４－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン（東京化成工業社製）（３６ｍｇ、０．０５７ｍｍｏｌ）のピリジン（１．０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（１５μＬ、０．１１ｍｍｏｌ）を加え、５３分間撹拌した。その後単体硫黄（１３ｍｇ、０．４１ｍｍｏｌ）を加え、２時間１０分撹拌した。その後、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（２ｍＬ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（０．５０ｍＬ）を加え、不溶物を吸引ろ過で除去し、塩化メチレン（０．２５ｍＬ×２回）で洗浄した。この溶液に、ピロール（７．４μＬ、０．１１ｍｍｏｌ）及びホスホン酸（４６ｍｇ、０．５６ｍｍｏｌ）を室温で加え、５１分間撹拌した。ピリジン（０．１５ｍＬ）を室温で加えた後、２，２－ジメチルブチリルクロリド（４９μＬ、０．３６ｍｍｏｌ）を３分割して１０分間おきに加えて３５分間撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（１６μＬ、０．１２ｍｍｏｌ）を加えてさらに４５分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（２６ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物８８（４７ｍｇ）を淡黄色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、０．９８－１．９９（ｍ、９９Ｈ）、２．１３－２．３４（ｍ、７Ｈ）、２．５６（ｂｒｓ、２Ｈ）、２．７５（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９７－４．２１（ｍ、１２Ｈ）、５．１７－５．３５（ｍ、２Ｈ）、６．１４－６．２１（ｍ、３Ｈ）、６．４４（ｔ、１Ｈ）、６．９３（ｄ、１Ｈ）、７．２０（ｓ、２Ｈ）、７．５４－８．３４（ｍ、８Ｈ）．
３１Ｐ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ５．１１、５９．７７、６１．３８．
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　１７５１．００７９．
実施例８５（チミン３位に擬似固相保護基が結合したヌクレオシドの合成）：化合物９０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000136
工程１　化合物８９の合成
　窒素雰囲気下、化合物３１（１．０ｇ、０．９２ｍｍｏｌ）、炭酸ナトリウム（０．３６ｇ、３．４ｍｍｏｌ）、硫酸水素テトラ－ｎ－ブチルアンモニウム（３４ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（３０ｇ）と水（１０ｇ）の混合溶液に、室温でクロロメタンスルホン酸クロリド（０．２０ｍＬ、２．０ｍｍｏｌ）を加えて４１分間撹拌した。その後、４０℃に昇温し、２時間１９分撹拌した。撹拌を停止して分液し、得られた水層に塩化メチレンを加えて抽出した。得られた有機層を合わせて、溶媒を減圧下留去し、アセトニトリル（５０ｇ）を加えて析出した固体をろ過し、化合物８９を淡黄色固体（０．９６ｇ）として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２６－１．８４（ｍ、９６Ｈ）、２．７０－２．７３（ｍ、４Ｈ）、３．０５（ｓ、３Ｈ）、３．７４（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．９３－３．９８（ｍ、６Ｈ）、４．３６（ｂｒｓ、２Ｈ）、５．６９（ｓ、２Ｈ）、６．５８（ｓ、２Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１１３２．９２４８．
工程２　化合物９０の合成
　窒素雰囲気下、化合物８９（１１ｍｇ、９．７μｍｏｌ）、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニルチミジン（国際公開第２０１４－０７７２９２号に記載の方法に準じて合成した）（１０ｍｇ、０．０１６ｍｍｏｌ）のＤＭＦ（０．２０ｍＬ）溶液に、６０℃で炭酸カリウム（２０ｍｇ、０．１５ｍｍｏｌ）を加えて１９時間３０分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物９０を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１７３９．１９８３．
実施例８６（チミン３位に擬似固相保護基が結合したヌクレオシドの合成）：化合物９１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000137
　実施例８５の工程２と同様の条件で、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニルチミジンを５’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）－３’－Ｏ－レブリニルチミジン（１１ｍｇ）に変更して反応を実施した。反応混合物を減圧下濃縮し、化合物９１を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１５５１．１５４０．
実施例８７（塩化メチレン溶媒で２ｍｅｒ合成）：化合物４３の合成
　窒素雰囲気下、化合物４２（９８ｍｇ）、化合物１（３６ｍｇ、０．１０ｍｍｏｌ）とピリジン（５３μＬ、０．６６ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（２．０ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（４５μＬ、０．３３ｍｍｏｌ）を加え、５０分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（０．９８ｍＬ、０．０９８ｍｍｏｌ）を加え、３８分間撹拌した。その後、亜リン酸ジメチル（３．０μＬ、０．０３３ｍｍｏｌ）を加え、塩化メチレン（１．０ｍＬ）を加えて、減圧下濃縮した。塩化メチレン（５．０ｍＬ）を加え、再度減圧下濃縮した。不溶物を吸引ろ過で除去し、塩化メチレン（１．０ｍＬ×２回）洗浄した。この溶液に、フッ化水素－ピリジン（８４．５μＬ、３．３ｍｍｏｌ）を４０℃で加え、５時間３３分撹拌した。ＴＭＳＣｌ（０．４１ｍＬ、３．３ｍｍｏｌ）を加えて、反応混合物を減圧下濃縮し、化合物４３を得た。
実施例８８（ＴＨＦ溶媒で２ｍｅｒ合成）：化合物４３の合成
　窒素雰囲気下、化合物４２（８５ｍｇ）、化合物１（３０ｍｇ、０．０８４ｍｍｏｌ）とピリジン（４５μＬ、０．５５ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（１．５ｍＬ）溶液に、２５℃で２，２－ジメチルブチリルクロリド（３８μＬ、０．２８ｍｍｏｌ）を加え、１４分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（１．２ｍＬ、０．１２ｍｍｏｌ）を加え、３時間４９分撹拌した。その後、亜リン酸ジメチル（３．０μＬ、０．０３３ｍｍｏｌ）を加え、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（３．０ｍＬ）を加えて、減圧下濃縮を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１．０ｍＬ）を加え、不溶物を吸引ろ過で除去し、塩化メチレン（１．０ｍＬ×２回）で洗浄した。この溶液に、フッ化水素－ピリジン（６．５μＬ、０．２５ｍｍｏｌ）を２５℃で加え、４０℃で終夜撹拌した。その後、反応混合物を減圧下濃縮して、化合物４３を得た。
実施例８９（縮合剤検討）：化合物９２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000138
　実施例３５の工程２と同様の条件で、縮合剤を２、４、６－トリイソプロピルベンゼンスルホン酸クロリド（８．４ｍｇ）に変更して反応を実施し、カップリング反応後の反応混合物を減圧下濃縮して、化合物９２を主生成物として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ－）：［Ｍ－Ｈ］－　２２８４．３２４３．
実施例９０（縮合剤検討）：化合物９２の合成
　実施例３５の工程２と同様の条件で、縮合剤を２、４－メシチレンジスルホン酸ジクロリド（８．８ｍｇ）に変更して反応を実施し、カップリング後反応の反応混合物を減圧下濃縮して、化合物９２を主生成物として得た。
実施例９１（縮合剤検討）：化合物９２の合成
　実施例３５の工程２と同様の条件で、縮合剤を１－アダマンタンカルボニルクロリド（５．５ｍｇ）に変更して反応を実施し、カップリング反応後の反応混合物を減圧下濃縮して、化合物９２を主生成物として得た。
実施例９２（核酸塩基に擬似固相保護基を導入したモノマー及び２ｍｅｒ合成）：化合物４１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000139
工程１　化合物９３の合成
　実施例６６の工程２と同様の条件で、３’－Ｏ－（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジンの代わりに５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン（ケム－インペックス社製）（４．０ｇ）を用いて反応を実施し、化合物９３（７．４ｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１９－１．８０（ｍ、９６Ｈ）、２．１７－２．２８（ｍ、１Ｈ）、２．６９－２．８０（ｍ、５Ｈ）、３．０５（ｓ、３Ｈ）、３．４１－３．７９（ｍ、１０Ｈ）、３．９２－３．９７（ｍ、６Ｈ）、４．０９－４．４６（ｍ、４Ｈ）、６．２４（ｔ、１Ｈ）、６．５７（ｓ、２Ｈ）、６．８４（ｄ、４Ｈ）、７．１５－７．４０（ｍ、１０Ｈ）、８．２０（ｄ、１Ｈ）、９．２７（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１５９６．１５９５．
工程２　化合物９４の合成
　窒素雰囲気下、化合物９３（７．４ｇ、４．７ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（０．０６５ｇ、０．５３ｍｍｏｌ）、レブリン酸（０．８７ｇ、７．５ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（７０ｍＬ）溶液に、室温でＷＳＣ・ＨＣｌ（１．４ｇ、７．５ｍｍｏｌ）を加え、５時間４分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（５０４ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物９４（７．９ｇ）を淡黄色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２０－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、２．１９（ｓ、３Ｈ）、２．２３－２．３３（ｍ、１Ｈ）、２．５１－２．６０（ｍ、２Ｈ）、２．７０－２．８０（ｍ、７Ｈ）、３．０６（ｓ、３Ｈ）、３．４４（ｄ、２Ｈ）、３．７９（ｂｒｓ、８Ｈ）、３．９３－３．９８（ｍ、６Ｈ）、４．０３－４．３６（ｍ、３Ｈ）、５．３９（ｄ、２Ｈ）、６．２７（ｔ、１Ｈ）、６．５７（ｓ、２Ｈ）、６．８１－６．８５（ｍ、４Ｈ）、７．１１（ｄ、１Ｈ）、７．２１－７．３６（ｍ、９Ｈ）、８．０７（ｄ、１Ｈ）、９．３２（ｂｒｓ、１Ｈ）．
工程３　化合物４１の合成
　窒素雰囲気下、化合物９４（５．８ｇ、３．４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５０ｇ）溶液に、室温でピロール（０．７１ｍＬ、１０ｍｍｏｌ）、ジクロロ酢酸（１．４ｍＬ、１７ｍｍｏｌ）を加え、２３分間撹拌した。ピリジン（１．４ｍＬ、１７ｍｍｏｌ）を加え、反応混合物をメタノール（５０２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４１（４．６ｇ）を白色固体として得た。
実施例９３（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７８の合成
　実施例７５と同様の条件で、ヒドラジン１水和物の代わりにアセトヒドラジド（７．６ｍｇ）を用いて室温で反応を実施し、反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７８を得た。
実施例９４（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７８の合成
　窒素雰囲気下、化合物７７（１０ｍｇ、４．５μｍｏｌ）の塩化メチレン（０．２０ｍＬ）とピリジン（０．２０ｍＬ）の混合溶液を０℃に冷却し、硫酸ヒドラジニウム（１０．７ｍｇ、０．０８２ｍｍｏｌ）を加えて、４０℃で終夜撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７８を得た。
実施例９５（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７８の合成
　実施例７５と同様の条件で、ヒドラジン１水和物の代わりにエチレンジアミン（１．５μＬ）を用いて４０℃で反応を実施し、反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７８を得た。
実施例９６（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７８の合成
　実施例７５と同様の条件で、ヒドラジン１水和物の代わりにヒドラジン酢酸塩（０．７ｍｇ）を用いて反応を実施し、反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７８を主生成物として得た。
実施例９７（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７８の合成
　実施例７５と同様の条件で、ヒドラジン１水和物の代わりにフェニルヒドラジン（２．５ｍｇ）を用いて反応を実施し、反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７８を得た。
実施例９８（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７８の合成
　実施例７５と同様の条件で、ヒドラジン１水和物の代わりにｐ－トルエンスルホニルヒドラジン（２．０ｍｇ）を用いて反応を実施し、反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７８を得た。
実施例９９（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物７８の合成
　実施例７５と同様の条件で、ヒドラジン１水和物の代わりにメチルカルバゼート（３．１ｍｇ）を用いて反応を実施し、反応混合物を減圧下濃縮して、化合物７８を得た。
実施例１００（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物９６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000140
　窒素雰囲気下、ヒドラジン１水和物（０．５０ｍｇ、１０．３ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（０．２０ｍＬ）と酢酸（４０μＬ）の混合溶液を０℃に冷却し、化合物４１（１０ｍｇ、７．３μＬ）の塩化メチレン（０．１０ｍＬ）溶液を加え、５時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物９６の生成を確認した。
実施例１０１（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物９６の合成
　窒素雰囲気下、Ｃｈｉｒａｚｙｍｅ　Ｌ－２（３．７ｍｇ）を０．１５Ｍリン酸緩衝液（ｐＨ６．８）（０．２３ｇ）に加えた。その後、化合物４１（９．０ｍｇ、６．５μｍｏｌ）の１，４－ジオキサン（１．０ｇ）溶液を加えて４０℃に昇温し、１３時間２０分撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物９６の生成を確認した。
実施例１０２（３’位レブリニル基の脱保護）：化合物９６の合成
　窒素雰囲気下、Ｃｈｉｒａｚｙｍｅ　Ｌ－５（１０ｍｇ）を０．１５Ｍリン酸緩衝液（ｐＨ６．８）（０．２１ｇ）に加えた。その後、化合物４１（１０ｍｇ、７．２μｍｏｌ）の１，４－ジオキサン（１．０ｇ）溶液を加えて４０℃に昇温し、１３時間２０分撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物９６の生成を確認した。
実施例１０３（３’末端にヒドロキシ基を持つ５ｍｅｒ合成）：化合物９７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000141
工程１　化合物７４の合成
　実施例７２の工程４と同様の条件で反応を実施し、硫化後の反応混合物をメタノールに加えて析出した固体をろ過し、化合物７４（２．３ｇ、９０％）を薄い肌色固体として得た。
工程２　化合物９７の合成
　窒素雰囲気下、化合物７４（０．５０ｇ、０．１４ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（２０ｍＬ）溶液を０℃に冷却し、酢酸（３．０ｍＬ）を加えた後に、ヒドラジン１水和物（１４μＬ、０．２９ｍｍｏｌ）を加え、６時間撹拌した。反応混合物にアセチルアセトン（１００μＬ）を加えて室温まで昇温し、減圧下濃縮した後に、メタノール（１０２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物９７（０．４５ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋２Ｈ］２＋　１６９３．２４５６．
実施例１０４（５’末端にＨ－ホスホネート基を持つ５ｍｅｒ合成）：化合物９９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000142
工程１　化合物９８の合成
　窒素雰囲気下、化合物７４（０．５１ｇ、０．１５ｍｍｏｌ）の塩化メチレン溶液（１０ｍＬ）を１０℃に冷却し、ピロール（３０μＬ、０．４３ｍｍｏｌ）を加えて１４分間撹拌した。その後、ジクロロ酢酸（８２μＬ、１．０ｍｍｏｌ）を加え、４時間３分撹拌した。ピリジン（１．５ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をアセトニトリル（８６ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物９８（０．４６ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋２Ｈ］２＋　１５９１．１９２２．
工程２　化合物９９の合成
　窒素雰囲気下、化合物９８（０．４５ｇ、０．１４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５．０ｍＬ）とピリジン（１．０ｍＬ）の混合溶液に４０℃でホスホン酸（０．２０ｇ、２．４ｍｍｏｌ）を加え、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．１９ｍＬ、１．４ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて１時間５３分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（０．４２ｍＬ、０．７１ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間８分撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（８４ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物９９（０．４２ｇ）を白色固体として得た。
 
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋２Ｈ］２＋　１６２３．１８２４．
実施例１０５（５ｍｅｒ合成）：化合物９９の合成
　窒素雰囲気下、化合物７４（１０ｍｇ、２．９μｍｏｌ）、ピロール（６０μＬ、８．６μｍｍｏｌ）の塩化メチレン溶液（０．２０ｍＬ）を１０℃に冷却し、ホスホン酸（０．７１ｍｇ、８．６μｍｏｌ）を加え、１時間３５分撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物９８が主生成物であることを確認した。その後、ピリジン（３０μＬ）を加えて室温まで昇温し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（８．０μＬ、５８μｍｍｏｌ）を加えて３０分間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳ分析し、化合物９９が主生成物であることを確認した。
実施例１０６（１０ｍｅｒ合成）：化合物１００の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000143
　窒素雰囲気下、化合物９７（０．４４ｇ、０．１３ｍｍｏｌ）と化合物９９（０．４１ｇ）のピリジン（１０ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．８０ｇ、２．０ｍｍｏｌ）を加え、１１分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（６２ｍｇ、０．２７ｍｍｏｌ）を加え、１時間５２分撹拌した。反応混合物をメタノール（１０２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１００（０．８１ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋３Ｈ］３＋　２２３２．９３４６．
実施例１０７（３’末端にヒドロキシ基を持つ１０ｍｅｒ合成）：化合物１０１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000144
　窒素雰囲気下、化合物１００（０．３９ｇ、５８μｍｏｌ）のＴＨＦ（１５ｍＬ）溶液を０℃に冷却し、酢酸（２．３ｍＬ）を加えた後に、ヒドラジン１水和物（５．５μＬ、０．１１ｍｍｏｌ）を加え、７時間撹拌した。更にヒドラジン１水和物（５．５μＬ、０．１１ｍｍｏｌ）を加え、１時間１２分撹拌した。反応混合物にアセチルアセトン（０．５０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、減圧下濃縮した後に、該濃縮物をメタノール（１００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１０１（０．３５ｇ）を得た。
　窒素雰囲気下、化合物１０１（０．１５ｇ、２３μｍｏｌ）のＴＨＦ（３．０ｍＬ）溶液を１０℃に冷却し、酢酸（０．９０ｍＬ）を加えた後に、ヒドラジン１水和物（７．５μＬ、０．１５ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。反応混合物をメタノール（５７ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１０１（０．１４ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋３Ｈ］３＋　２２００．２６５６．
実施例１０８（５’末端にＨ－ホスホネート基を持つ１０ｍｅｒ合成）：化合物１０３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000145
工程１　化合物１０２の合成
　窒素雰囲気下、化合物１００（０．３９ｇ、５８μｍｏｌ）、インドール（２１ｍｇ、０．１８ｍｍｏｌ）の塩化メチレン溶液（８．０ｍＬ）を１０℃に冷却し、ジクロロ酢酸（３３μＬ、０．４０ｍｍｏｌ）を加え、２時間撹拌した。更にジクロロ酢酸（１４μＬ、０．１７ｍｍｏｌ）を加え、２時間３２分撹拌した。ピリジン（０．６０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をメタノール（１００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１０１（０．３５ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋３Ｈ］３＋　２１３２．２２３５．
工程２　化合物１０３の合成
　窒素雰囲気下、化合物１０１（０．１７ｇ、２７μｍｏｌ）の塩化メチレン（１．０ｍＬ）とピリジン（０．２０ｍＬ）の混合溶液に４０℃でホスホン酸（３８ｍｇ、０．４６ｍｍｏｌ）を加え、２，２－ジメチルブチリルクロリド（３６μＬ、０．２７ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて１時間５分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（７３μＬ、０．５３ｍｍｏｌ）を加えてさらに４９分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（５１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１０２（０．１７ｇ）を白色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋３Ｈ］３＋　２１５３．５５７０．
実施例１０９（１１ｍｅｒ合成）：化合物１０４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000146
　窒素雰囲気下、化合物１０１（５．５ｍｇ、０．８３μｍｏｌ）と化合物４２（２．７ｍｇ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（５０ｍｇ、０．１３ｍｍｏｌ）を加え、３時間８分撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（３．４ｍｇ、１５μｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１０４の生成を確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋３Ｈ］３＋　２７０７．５９８５．
実施例１１０（１１ｍｅｒ合成）：化合物１０５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000147
　窒素雰囲気下、化合物１０２（５．８ｍｇ、０．９１μｍｏｌ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－ヒドロキシホスフィニル－２’－デオキシシチジントリエチルアミン塩（ケムジーンズ社製）（２．３ｍｇ、２．９μｍｍｏｌ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（２８ｍｇ、７２μｍｏｌ）を加え、１時間４０分撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（３．６ｍｇ、１６μｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１０５が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋３Ｈ］３＋　２３８６．９６４０．
実施例１１１（１１ｍｅｒ合成）：化合物１０５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000148
　窒素雰囲気下、化合物１０３（４．５ｍｇ、０．７０μｍｏｌ）とＮ４－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン（東京化成工業社製）（２．９ｍｇ、４．６μｍｍｏｌ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（２３ｍｇ、５７μｍｏｌ）を加え、２８分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（２．８ｍｇ、１２μｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１０５の生成を確認した。
実施例１１２（３’末端にＨ－ホスホネート基を持つ１０ｍｅｒ合成）：化合物１０６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000149
　窒素雰囲気下、亜リン酸ジフェニル（２．０μＬ、１０μｍｏｌ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、室温で化合物１０１（９．３ｍｇ、１．４μｍｏｌ）を加えて、室温で３時間７分撹拌した。その後、亜リン酸ジフェニル（２．０μＬ、１０μｍｏｌ）を追加し、室温で１１時間５０分撹拌した。水、トリエチルアミンを順に加え、反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１０６の生成を確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋３Ｈ］３＋　２２２１．５８３３．
実施例１１３（１０ｍｅｒの脱保護）：化合物１０７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000150
　窒素雰囲気下、化合物１０１（８．７ｍｇ、１．３μｍｏｌ）のエタノール（０．１５ｇ）懸濁液を４５℃に昇温し、４０％メチルアミン水溶液（０．５０ｍＬ）を加え、２０分間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１０７の生成を確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋２Ｈ］２＋　１５６６．１６３３
実施例１１４（３’末端にＨ－ホスホネート基を持つ５ｍｅｒ合成）：化合物１０８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000151
　窒素雰囲気下、亜リン酸ジフェニル（３．９μＬ、２０μｍｏｌ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、室温で化合物９７（９．０ｍｇ、２．７μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。その後、水（５０μＬ）を加え、反応混合物をアセトニトリルに加えて析出した固体をろ過し、化合物１０８（０．８０ｍｇ）を白色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋２Ｈ］２＋　１７２５．２２３１．
実施例１１５（１５ｍｅｒ合成）：化合物１０９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000152
　窒素雰囲気下、化合物１０２（１．７ｍｇ、０．２７μｍｏｌ）と化合物１０８（０．８０ｍｇ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（２９ｍｇ、７３μｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳ分析し、化合物１０９の生成を確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋４Ｈ］４＋　２４５７．０２０９．
実施例１１６（１５ｍｅｒ合成）：化合物１０７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000153
　窒素雰囲気下、化合物１０１（１１ｍｇ、１．７μｍｏｌ）と化合物９９（４．８ｍｇ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（６４ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）を加え、１時間５分撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（５．０ｍｇ、２２μｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１１０の生成を確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋４Ｈ］４＋　２４７８．２７０７．
実施例１１７（アデニンへの擬似固相保護基導入）：化合物１１１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000154
　窒素雰囲気下、化合物３１（１１ｍｇ、１０μｍｏｌ）の塩化メチレン（０．２０ｍＬ）とＤＭＦ（５．０μＬ）の混合溶液を１０℃に冷却し、塩化チオニル（４．０μＬ、５５μＬ）を加えた後に室温に昇温し、５８分間撹拌した。この反応混合物を、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシアデノシン（１２ｍｇ、１８μｍｏｌ）とジイソプロピルエチルアミン（１４μＬ、８３μｍｏｌ）の塩化メチレン（０．２０ｍＬ）溶液に１０℃で加え、１時間２０分撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１１１の生成を確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１７１８．２００７．
実施例１１８（グアニンへの擬似固相保護基導入）：化合物８１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000155
　窒素雰囲気下、化合物３１（１２ｍｇ、１１μｍｏｌ）の塩化メチレン（０．３０ｍＬ）とＤＭＦ（５．０μＬ）の混合溶液に、室温で塩化チオニル（４．０μＬ、５５μＬ）を加えて、２０分間撹拌した。この反応混合物を、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシグアノシン（１０ｍｇ、１５μｍｏｌ）とジイソプロピルエチルアミン（２８μＬ、０．１７ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（０．２０ｍＬ）溶液に室温で加え、３０分間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳ分析し、化合物８１の生成を確認した。
実施例１１９（アデニンへの擬似固相保護基導入）：化合物１１２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000156
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシアデノシン（０．９３ｇ、１．４ｍｍｏｌ）と化合物３１（１．１ｇ、０．９７ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１００ｍＬ）溶液に、４０℃でＤＭＡＰ（０．５６ｇ、４．６ｍｍｏｌ）、ＷＳＣ・ＨＣｌ（０．９０ｇ、４．７ｍｍｏｌ）の順に加え、１６時間３５分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、メタノール（１０２ｇ）を加えて析出した固体をろ過し、化合物１１２の粗物（１．３ｇ）を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、化合物１１２（０．６８ｇ）を得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８５（ｔ、９Ｈ）、１．２５－１．８１（ｍ、９６Ｈ）、２．２１（ｓ、３Ｈ）、２．５９－３．０７（ｍ、１１Ｈ）、３．２６－３．７８（ｍ、１２Ｈ）、３．９３－４．３１（ｍ、９Ｈ）、５．５３（ｄ、１Ｈ）、６．４８－６．４９（ｍ、１Ｈ）、６．５９（ｓ、２Ｈ）、６．７７－６．８０（ｍ、４Ｈ）、７．２０－７．３８（ｍ、９Ｈ）、８．１０（ｓ、１Ｈ）、８．６１（ｓ、１Ｈ）、８．８３（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１７１８．２０１５．
実施例１２０（擬似固相保護基が導入されたアデノシンの５’位官能基変換）：化合物１１４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000157
工程１　化合物１１３の合成
　窒素雰囲気下、化合物１１２（０．２９ｇ、０．１７ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１．０ｍＬ）溶液を１０℃に冷却し、ピロール（３５μＬ、０．５１ｍｍｏｌ）を加えて５分間撹拌した。その後、ジクロロ酢酸（４２μＬ、０．５１ｍｍｏｌ）を加え、１時間１３分撹拌した。ピリジン（０．１４ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をアセトニトリル（５０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１１３（０．２０ｇ）を得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．１６－１．８３（ｍ、９６Ｈ）、２．２２（ｓ、３Ｈ）、２．４５－２．５１（ｍ、１Ｈ）、２．５９－２．６３（ｍ、２Ｈ）、２．７９－２．８３（ｍ、４Ｈ）、３．０７－３．２０（ｍ、４Ｈ）、３．２７－４．２９（ｍ、１５Ｈ）、５．５６（ｄ、１Ｈ）、６．３１－６．３６（ｍ、１Ｈ）、６．５８（ｓ、２Ｈ）、８．０６（ｄ、１Ｈ）、８．６４（ｓ、１Ｈ）、８．９３（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１４１６．０７８５．
工程２　化合物１１４の合成
　窒素雰囲気下、ホスホン酸（１７ｍｇ、０．２１ｍｍｏｌ）のピリジン（０．３０ｍＬ）溶液を４０℃に昇温し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（６．３μＬ、４６μｍｏｌ）を加えて３０分撹拌した。その後、化合物１１３（１１ｍｇ、７．８μｍｏｌ）を加えて２時間１５分撹拌し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（２１μＬ、０．１５ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間１０分撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１１４が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１４８０．０４７４．
実施例１２１（擬似固相保護基が導入されたアデノシンの３’位脱保護）：化合物１１５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000158
　窒素雰囲気下、化合物１１２（３３ｍｇ、１９μｍｏｌ）の塩化メチレン（０．１３ｇ）溶液に室温で酢酸（０．２０ｍＬ）を加えた後に０℃に冷却し、ヒドラジン１水和物（１．９μＬ、３９μｍｏｌ）を加え、４時間３０分撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１１５が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１６２０．１６２６．
実施例１２２（新規擬似固相保護基の合成及びアデノシンの５’位官能基変換）：化合物１２０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000159
工程１　化合物１１６の合成
　窒素雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリニル－２’－デオキシアデノシン（２．０ｇ、３．１ｍｍｏｌ）とＤＭＡＰ（０．７８ｇ、６．４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１０ｍＬ）溶液を４０℃に昇温し、Ｎ－α－（９－フルオレニルメトキシカルボニル）－Ｎ－α－メチルグリシン（２．０ｇ、６．３ｍｍｏｌ）、ＷＳＣ・ＨＣｌ（１．２ｇ、６．３ｍｍｏｌ）の順に加えて、４０℃で３時間撹拌した。室温に冷却して、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で２回洗浄し、得られた有機層を水で１回洗浄した。有機層を減圧下濃縮した後にシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、化合物１１６（１．３ｇ）を得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ２．２１（ｓ、３Ｈ）、２．４２－２．８１（ｍ、５Ｈ）、３．０５－３．１４（ｍ、４Ｈ）、３．４５（ｂｒｓ、２Ｈ）、３．７７（ｓ、６Ｈ）、４．００－４．６９（ｍ、６Ｈ）、５．５５（ｂｒｓ、１Ｈ）、６．５０（ｂｒｓ、１Ｈ）、６．７７－６．９１（ｍ、４Ｈ）、７．１９－７．７８（ｍ、１７Ｈ）、８．１４（ｄ、１Ｈ）、８．５２－８．９０（ｍ、２Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　９４５．３７７６．
工程２　化合物１１７の合成
　窒素雰囲気下、化合物１１６（０．１０ｇ、０．１１ｍｍｏｌ）のアセトニトリル（２．１ｇ）溶液に、室温でピペリジン（３２μＬ、０．３２ｍｍｏｌ）を加えて２時間３９分撹拌した。ヘプタンを加えて分液し、アセトニトリル層をヘプタンで３回洗浄した。得られた有機層を減圧下濃縮し、化合物１１７（６１ｍｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　７２３．３２０９．
工程３　化合物１１８の合成
　窒素雰囲気下、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）安息香酸（国際公開第２０１４－０７７２９２号に記載の方法に準じて合成した）（５１ｍｇ、５５μｍｏｌ）と化合物１１７（６１ｍｇ、８５μｍｏｌ）の塩化メチレン（２．５ｇ）溶液に、ＨＯＢｔ（無水）（１２ｍｇ、９０μｍｏｌ）を加え、続いてＷＳＣ・ＨＣｌ（１８ｍｇ、９２μｍｏｌ）を加えて、４時間３９分撹拌した。反応混合物をメタノール（３１ｇ）に加えて固体を析出させた後にろ過し、化合物１１８（６５ｍｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ：（３００ＭＨｚ；ＣＤＣｌ３）δ０．８８（ｔ、９Ｈ）、１．２６－１．７７（ｍ、９６Ｈ）、２．２１（ｓ、３Ｈ）、２．５８－２．８１（ｍ、５Ｈ）、３．０１－３．１６（ｍ、４Ｈ）、３．７８（ｓ、６Ｈ）、３．９６（ｓ、６Ｈ）、４．８１（ｓ、２Ｈ）、５．５３（ｄ、１Ｈ）、６．４８（ｑ、１Ｈ）、６．７０（ｓ、２Ｈ）、６．７７－７．３９（ｍ、１４Ｈ）、８．１１（ｓ、１Ｈ）、８．５８（ｂｒｓ、１Ｈ）．
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１６３２．１６１１．
工程４　化合物１２０の合成
　窒素雰囲気下、化合物１１８（１１ｍｇ、６．９μｍｏｌ）及びインドール（２．１ｍｇ、１８μｍｍｏｌ）の塩化メチレン（０．２０ｍＬ）溶液を１０℃に冷却し、ホスホン酸（１４ｍｇ、０．１７ｍｍｍｏｌ）を加え、１時間２７分撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１１９が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１３３０．０３８２．
　その後、ピリジン（０．０５０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、２，２－ジメチルブチリルクロリド（１４μＬ、０．１０ｍｍｍｏｌ）を加えて１時間４０分撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１２０が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１３９４．００５４．
実施例１２３（硫化剤検討）：化合物１２１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000160
　窒素雰囲気下、化合物４２（０．１５ｇ）とＮ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン（東京化成工業社製）（０．１０ｇ、０．１６ｍｍｏｌ）のピリジン（３．０ｍＬ）溶液に、２５℃で縮合剤として炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．１３ｇ、０．３２ｍｍｏｌ）を加え、２０分間撹拌することで、カップリング反応を行った。反応混合物（３．５３ｇ）のうち０．４７ｇに硫化剤としてＮ－（エチルチオ）フタルイミド（シンレット、２００９年、１号、１１２頁－１１６頁に記載の方法に準じて合成した）（４．５ｍｇ、２２μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１２１が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２１５５．２８７１．
実施例１２４（硫化剤検討）：化合物１２２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000161
　実施例１２３にて得られたカップリング反応後の反応混合物（０．４６ｇ）に、硫化剤としてＮ－（ｎ－プロピルチオ）フタルイミド（バイオオーガニック　アンド　メディシナル　ケミストリー、２００６年、１４巻、１１号、３７７５頁－３７８４頁に記載の方法に準じて合成した）（５．７ｍｇ、２６μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１２２が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２１６９．３１０７．
実施例１２５（硫化剤検討）：化合物１２３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000162
　実施例１２３にて得られたカップリング反応後の反応混合物（０．４８ｇ）に、硫化剤としてＮ－（イソプロピルチオ）フタルイミド（バイオオーガニック　アンド　メディシナル　ケミストリー、２００６年、１４巻、１１号、３７７５頁－３７８４頁に記載の方法に準じて合成した）（５．６ｍｇ、２５μｍｏｌ）を加えて、室温で３時間３０分間撹拌した。その後、Ｎ－（イソプロピルチオ）フタルイミド（３２ｍｇ、０．１５ｍｍｏｌ）を追加して、１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１２３が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２１６９．２９５９．
実施例１２６（硫化剤検討）：化合物１２４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000163
　実施例１２３にて得られたカップリング反応後の反応混合物（０．４８ｇ）に、硫化剤としてＮ－（ｎ－ブチルチオ）フタルイミド（バイオオーガニック　アンド　メディシナル　ケミストリー、２００６年、１４巻、１１号、３７７５頁－３７８４頁に記載の方法に準じて合成した）（６．６ｍｇ、２８μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１２４が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２１８３．３２７３．
実施例１２７（硫化剤検討）：化合物１２５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000164
　実施例１２３にて得られたカップリング反応後の反応混合物（０．４７ｇ）に、硫化剤としてＮ－（ｔｅｒｔ－ブチルチオ）フタルイミド（シンレット、２００９年、１号、１１２頁－１１６頁に記載の方法に準じて合成した）（６．４ｍｇ、２７μｍｏｌ）を加えて、室温で３時間３０分間撹拌した。その後、Ｎ－（ｔｅｒｔ－ブチルチオ）フタルイミド（０．１１ｇ、０．４７ｍｍｏｌ）を追加して、１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１２５が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２１８３．３３２６．
実施例１２８（硫化剤検討）：化合物１２６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000165
　実施例１２３にて得られたカップリング反応後の反応混合物（０．４８ｇ）に、硫化剤としてＮ－（ベンジルチオ）フタルイミド（バイオオーガニック　アンド　メディシナル　ケミストリー、２００６年、１４巻、１１号、３７７５頁－３７８４頁に記載の方法に準じて合成した）（５．７ｍｇ、２１μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳにより分析し、化合物１２６が主生成物であることを確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２２１７．３２３２
参考合成例８（５ｍｅｒ合成）：化合物１３４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000166
工程１　化合物１２８の合成
　３’－Ｏ－レブリニルチミジン（バイオオーガニック　アンド　メディシナル　ケミストリー、２０１３年、２１巻、８０１３頁－８０１８頁に記載の方法に準じて合成した）（０．７５ｇ、２．２ｍｍｏｌ）を用いて、特表２００３－５２５３０５に記載の方法に準じて合成した化合物１３２を含有する塩化メチレン（２６ｇ）溶液にインドール（０．７８ｇ、６．６ｍｍｏｌ）を加えて１０℃に冷却し、ジクロロ酢酸（０．９０ｍＬ、１１ｍｍｏｌ）を加え、１時間１７分撹拌した。更にジクロロ酢酸（０．９０ｍＬ、１１ｍｍｏｌ）を加え、４０分間撹拌した。反応混合物を５％炭酸水素ナトリウム水溶液に加えて分液した。得られた水層に塩化メチレンを加えて分液を行う再抽出操作を１１回実施し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、化合物１２８（０．６５ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　７１４．１８６５．
工程２　化合物１３０の合成
　窒素雰囲気下、化合物１３３（０．６５ｇ、０．９１ｍｍｏｌ）とＮ２－イソブチリル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－ヒドロキシホスフィニル－２’－デオキシシチジントリエチルアミン塩（ケムジーンズ社製）（１．０ｇ、１．３ｍｍｏｌ）のピリジン（８ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（１．３ｇ、３．２ｍｍｏｌ）を加え、１５分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．４３ｇ、１．９ｍｍｏｌ）を加え、１時間５７分撹拌した。塩化メチレンと５％炭酸水素ナトリウム水溶液を加えて分液し、得られた水層を塩化メチレンで２回洗浄した。得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、化合物１３４を含有する反応混合物（１３ｇ）を得た。このうち１２ｇを更に減圧下濃縮し、トルエンを加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１６ｇ）、インドール（０．３０ｇ、２．６ｍｍｏｌ）を加えて１０℃に冷却し、ジクロロ酢酸（０．６９ｍＬ、８．４ｍｍｏｌ）を加え、１時間４０分撹拌した。反応混合物を５％炭酸水素ナトリウム水溶液に加えて分液した。得られた水層に塩化メチレンを加えて分液を行う再抽出操作を２回実施し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、化合物１３０（０．３０ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１１７６．２６５０．
工程３　化合物１３２の合成
　窒素雰囲気下、化合物１３０（０．２４ｇ、０．２０ｍｍｏｌ）とＮ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－ヒドロキシホスフィニル－２’－デオキシグアノシントリエチルアミン塩（ケムジーンズ社製）（０．２３ｇ、０．２９ｍｍｏｌ）のピリジン（６ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．４３ｇ、１．１ｍｍｏｌ）を加え、２７分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．１０ｇ、０．４３ｍｍｏｌ）を加え、１時間３４分撹拌した。塩化メチレンと５％炭酸水素ナトリウム水溶液を加えて分液し、得られた水層を塩化メチレンで２回洗浄した。得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、化合物１３６を含有する反応混合物を得た。トルエンを加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（８．０ｇ）及びインドール（７７ｍｇ、０．６６ｍｍｏｌ）を加えて１０℃に冷却し、ジクロロ酢酸（０．１７ｍＬ、２．０ｍｍｏｌ）を加え、２時間８分撹拌した。反応混合物を５％炭酸水素ナトリウム水溶液に加えて分液した。得られた水層に塩化メチレンを加えて分液を行う再抽出操作を２回実施し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、化合物１３２（０．１２ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　１６４４．３６４８．
工程４　化合物１３４の合成
　窒素雰囲気下、化合物１３２（０．１２ｇ、７４μｍｏｌ）とＮ６－ベンゾイル－５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－ヒドロキシホスフィニル－２’－デオキシアデノシントリエチルアミン塩（ケムジーンズ社製）（９０ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）のピリジン（５ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．２８ｇ、０．７１ｍｍｏｌ）を加え、１時間２分撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（３７ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）を加え、２時間８分撹拌した。塩化メチレン、アセトニトリルと５％炭酸水素ナトリウム水溶液を加えて分液し、得られた水層を塩化メチレンとアセトニトリルの混合溶媒で２回洗浄した。得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、化合物１３３を含有する反応混合物を得た。この反応混合物に塩化メチレン（３．１ｇ）を加えて０℃に冷却し、酢酸（０．１５ｍＬ）を加えた後に、ヒドラジン１水和物（３６μＬ、０．７４ｍｍｏｌ）を加え、１時間２６分撹拌した。反応混合物にアセチルアセトン（０．３０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液を加えて分液した得られた水層に塩化メチレンを加えて分液を行う再抽出操作を２回実施し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム－メタノール）で精製し、化合物１３４（５５ｍｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋　２３３４．５２２４．
実施例１２９（１５ｍｅｒ合成）：化合物１３６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000167
工程１　化合物１３５の合成
　窒素雰囲気下、化合物１０３（４３ｍｇ）と化合物１３４（１９ｍｇ、８．３μｍｏｌ）のピリジン（１．４ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（５９ｍｇ、０．１５ｍｍｏｌ）を加え、５８分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（１０ｍｇ、４４μｍｏｌ）を加え、４０分間撹拌した。その後、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（２ｇ）を加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１．２ｍＬ）を加え、インドール（２．５ｍｇ、２１μｍｏｌ）、ジクロロ酢酸（６．２μＬ、７６ｍｍｏｌ）を１０℃で加え、１時間５１分間撹拌した。その後、ジクロロ酢酸（６．２μＬ、７６ｍｍｏｌ）を追加し、２時間４１分間撹拌した。さらに、ジクロロ酢酸（６．２μＬ、７６ｍｍｏｌ）を追加し、１時間３８分間撹拌した。ピリジン（０．２０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をアセトニトリル（３８ｇ）に加えて析出した固体を析出ろ過し、化合物１３５（５１ｍｇ）を薄い肌色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋４Ｈ］４＋　２１４０．００８０．
工程２　化合物１３６の合成
　窒素雰囲気下、化合物１３５（５０ｍｇ、５．８μｍｏｌ）の塩化メチレン（２．０ｍＬ）とピリジン（０．１２ｍＬ）の混合溶液に４０℃でホスホン酸（１９ｍｇ、０．２３ｍｍｏｌ）を加え、２，２－ジメチルブチリルクロリド（２５μＬ、０．１８ｍｍｏｌ）を５分割して加えて１時間１２分間撹拌した。その後、反応混合物をアセトニトリル（３９ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１３６（４４ｍｇ）を薄い肌色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋４Ｈ］４＋　２１５５．９７９４．
実施例１３０（２０ｍｅｒ合成）：化合物１３７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000168
　窒素雰囲気下、化合物１３４（１９ｍｇ、８．１μｍｏｌ）と化合物１３６（４４ｍｇ）のピリジン（１．２ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（２７４ｍｇ、０．６９ｍｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ－［（２－シアノエチル）チオ］フタルイミド（５．１ｍｇ、２２μｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。反応混合物をメタノール（３０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１３７（４６ｍｇ）を白色固体として得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋５Ｈ］５＋　２２０５．１２１０．
実施例１３１（２０ｍｅｒの脱保護）：化合物１３８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000169
　窒素雰囲気下、化合物１３７（２．６ｍｇ、０．２４μｍｏｌ）の塩化メチレン（０．３８ｇ）溶液に、室温で１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］－７－ウンデセン［ＤＢＵ］（３．５μＬ、２３μｍｏｌ）、ＴＭＳＣｌ（０．７０μＬ、５．５μｍｏｌ）を加えて、３０分間撹拌した。反応混合物（１．６ｇ）を減圧下濃縮し、２８％アンモニア水（１．０ｍＬ）、エチレンジアミン四酢酸（３．１ｍｇ、１１μｍｏｌ）を加えて、８０℃で２時間６分間撹拌した。反応混合物をＬＣ－ＭＳ分析し、化合物１３８の生成を確認した。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋３Ｈ］３＋　２１２３．８９７６．
　カップリング工程、酸化反応や硫化反応などのリン原子を修飾する工程、脱保護工程等から構成される通常の製造方法と異なる製造方法であって、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基又は３’位ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化する工程を含む製造方法により、単離が容易で保存安定性が高いヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを用いる、大量合成に対応できるオリゴヌクレオチドの新規製造方法を提供できるようになった。したがって、本発明は、ｓｉＲＮＡ、アンチセンス核酸、ワクチンのアジュバントなどのオリゴヌクレオチドの製造に適用することができ、ゲノム創薬や遺伝子診断・治療などの分野において極めて有用なものである。

Claims (37)

  1. 　２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位又は３’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’－ヒドロキシ基又は３’－ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化する工程を含む、オリゴヌクレオチドの製造方法。
  2. 　２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位又は３’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’－ヒドロキシ基又は３’－ヒドロキシ基をＨ－ホスホネート化する工程を含む伸長反応サイクルを少なくとも１つ含む、請求項１に記載の製造方法。
  3. 　前記伸長反応サイクルが、
    　２’位、３’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、３’位に基本保護基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して５’－ヒドロキシ基を生成することを含む第一工程と、
    　生成した５’－ヒドロキシ基を、Ｈ－ホスホネート化試薬を用いてＨ－ホスホネート化することを含む第二工程と、
    　Ｈ－ホスホネート化された５’－ヒドロキシ基と、３’位にヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第二ヌクレオシド又は第二オリゴヌクレオチドの３’－ヒドロキシ基とから亜リン酸ジエステル結合を形成して、第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドと、第二ヌクレオシド又は第二オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第三工程と、
    を含む請求項２に記載の製造方法。
  4. 　前記結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合に変換することを含む第四工程を更に含む、請求項３に記載の製造方法。
  5. 　前記結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合又はアミノリン酸ジエステル結合に変換することを含む第四工程を更に含む、請求項３に記載の製造方法。
  6. 　前記第一工程から第四工程からなる群から選ばれる少なくとも１つの工程で得られる反応混合物に、極性溶媒を添加して沈殿物を生成させることと、生成した沈殿物を固液分離により取得する第五工程を更に含む、請求項４又は５に記載の製造方法。
  7. 　前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、請求項６に記載の製造方法。
  8. 　前記基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基をすべて除去する第六工程を更に含む、請求項３から７のいずれか１項に記載の製造方法。
  9. 　前記第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドは、３’位に擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有する、請求項３から８のいずれか１項に記載の製造方法。
  10. 　前記第三工程は、前記第二ヌクレオシドを用いる、請求項３から９のいずれか１項に記載の製造方法。
  11. 　前記伸長反応サイクルが、
    　２’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位に基本保護基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して３’－ヒドロキシ基を生成することを含む第七工程と、
    　生成した３’－ヒドロキシ基を、Ｈ－ホスホネート化試薬を用いてＨ－ホスホネート化することを含む第八工程と、
    　Ｈ－ホスホネート化された３’－ヒドロキシ基と、５’位にヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で保護されたヒドロキシ基を有する第四ヌクレオシド又は第四オリゴヌクレオチドの５’－ヒドロキシ基とから亜リン酸ジエステル結合を形成して、第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドと、第四ヌクレオシド又は第四オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第九工程と、
    を含む請求項２に記載の製造方法。
  12. 　前記結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、基本保護基で保護されたリン酸ジエステル結合又は基本保護基で保護されたチオリン酸ジエステル結合に変換することを含む第十工程を更に含む、請求項１１に記載の製造方法。
  13. 　前記結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合又はアミノリン酸ジエステル結合に変換することを含む第十工程を更に含む、請求項１１に記載の製造方法。
  14. 　前記第七工程から第十工程のいずれかの工程で得られる反応混合物に、極性溶媒を添加して沈殿物を生成させることと、生成した沈殿物を固液分離により取得する第十一工程を更に含む請求項１２又は１３に記載の製造方法。
  15. 　前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、請求項１４に記載の製造方法。
  16. 　前記基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基をすべて除去する第十二工程を更に含む、請求項１１から１５のいずれか１項に記載の製造方法。
  17. 　前記第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドは、５’位に擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を有する、請求項１１から１６のいずれか１項に記載の製造方法。
  18. 　前記第九工程は、第四ヌクレオシドを用いる、請求項１１から１７のいずれか１項に記載の製造方法。
  19. 　前記擬似固相保護基が、下記式（Ｉ）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
    （式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
    　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　ｍは、０又は１であり、
    　前記擬似固相保護基を核酸塩基部に有し、その擬似固相保護基のｍが０である場合、その擬似固相保護基のＬ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち、単結合の数は０から３である）で表される、請求項１から１８のいずれか１項に記載の製造方法。
  20. 　前記擬似固相保護基が、下記式（ＩＩ）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
    （式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
    　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
    　前記擬似固相保護基を核酸塩基部に有する場合、その擬似固相保護基のＬ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち、単結合の数は０から３である）で表される、請求項１から１８のいずれか１項に記載の製造方法。
  21. 　前記一時保護基が、ｔｅｒｔ-ブチルジメチルシリル基、４、４’－ジメトキシトリチル基、又はレブリニル基である、請求項３から２０のいずれか１項に記載の製造方法。
  22. 　前記Ｈ-ホスホネート化する工程が、亜リン酸、亜リン酸ジフェニル、フェニル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、ｐ－トルイル－Ｈ－ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、２－クロロ－４Ｈ－１，３，２－ベンゾジオキサホスホリン－４－オン、三塩化リンからなる群より選択される少なくとも一種のＨ-ホスホネート化試薬を用いる、請求項１から２１のいずれか１項に記載の製造方法。
  23. 　前記第一から第四ヌクレオシド及び第一から第四オリゴヌクレオチドに含まれる核酸塩基が、それぞれ独立して、６－アミノプリン－９－イル基（アデニン残基）、２－アミノ－６－ヒドロキシプリン－９－イル基（グアニン残基）、２－オキソ－４－アミノ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基（シトシン残基）、２－オキソ－４－アミノ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基（５－メチルシトシン残基）、２－オキソ－４－ヒドロキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基（ウラシル残基）及び２－オキソ－４－ヒドロキシ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基（チミン残基）からなる群から選択される少なくとも１種である、請求項１から２２のいずれか１項に記載の製造方法。
  24. 　下記式（ＸＩ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
    [式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
    　ＢａｓｅＺは、それぞれ独立して核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、
    　ＸＺは、それぞれ独立して水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、
    　Ｙは、それぞれ独立して水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素基、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、
    　Ｚは、水素原子、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示し、
    ；かつＢａｓｅＺの少なくとも１つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、ＸＺの少なくとも１つが擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも１つを満たす。］
    で示される化合物、又はその塩。
  25. 　前記擬似固相保護基が、下記式（ＩＩ）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004
    （式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
    　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
    　前記擬似固相保護基を核酸塩基部に有する場合、その擬似固相保護基のＬ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち、単結合の数は０から３である）で表される、請求項２４に記載の化合物、又はその塩。
  26. 　前記式（ＸＩ）におけるＢａｓｅＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも一方を満たす、請求項２４又は２５に記載の化合物、又はその塩。
  27. 　前記式（ＸＩ）におけるＺが擬似固相保護基である、請求項２４から２６のいずれか１項に記載の化合物、又はその塩。
  28. 　前記式（ＸＩ）におけるｎが１から３０である、請求項２４から２７のいずれか１項に記載の化合物、又はその塩。
  29. 　下記式（ＸＩＩ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
    [式中、
    　ｎは、１以上の任意の整数を示し、
    　ＢａｓｅＺは、独立してそれぞれ核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、
    　ＸＺは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、
    　Ｙは、独立してそれぞれ水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素基、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、
    　Ｚは、水素原子、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示し、
    ；かつＢａｓｅＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、ＸＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも１つを満たす。］
    で示される化合物、又はその塩。
  30. 　前記擬似固相保護基が、下記式（ＩＩ）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
    （式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
    　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）又は－Ｏ－であり、
    　前記擬似固相保護基を核酸塩基部に有する場合、その擬似固相保護基のＬ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち、単結合の数は０から３である）で表される、請求項２９に記載の化合物、又はその塩。
  31. 　前記式（ＸＩＩ）におけるＢａｓｅＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも一方を満たす、請求項２９又は３０に記載の化合物、又はその塩。
  32. 　前記式（ＸＩＩ）におけるＺが擬似固相保護基である、請求項２９から３１のいずれか１項に記載の化合物、又はその塩。
  33. 　前記式（ＸＩＩ）におけるｎが１から３０である、請求項２９から３２のいずれか１項に記載の化合物、又はその塩。
  34. 　下記式（ＸＩＩＩ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
    ［式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
    　ＢａｓｅＺは、それぞれ独立して核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、
    　ＸＺは、それぞれ独立して水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、
    　Ｗは、水素原子又は一時保護基を示し、
    　Ｙは、それぞれ独立して水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素基、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、
    　Ｚは、水素原子、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示し、
    ；かつＢａｓｅＺの少なくとも１つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、ＸＺの少なくとも１つが擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも１つを満たし、
    　前記擬似固相保護基の少なくとも１つが、式（Ｉ）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008
    （式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
    　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　ｍは、０又は１であり、ｍが０である場合、Ｌ４は、単結合ではない。）で表される。］化合物、又はその塩。
  35. 　下記式（ＸＩＶ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
    （式中、
    　ｎは、１以上の任意の整数を示し、
    　ＢａｓｅＺは、独立してそれぞれ核酸塩基、基本保護基で保護された核酸塩基又は擬似固相保護基で保護された核酸塩基を示し、
    　ＸＺは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、４位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基を示し、
    　Ｗは、水素原子又は一時保護基を示し、
    　Ｙは、独立してそれぞれ水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基、チオール基、基本保護基で保護されたチオール基、水素化ホウ素基、モノＣ１－６アルキルアミノ基又はジＣ１－６アルキルアミノ基を示し、
    　Ｚは、水素原子、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示し、
    ；かつＢａｓｅＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護された核酸塩基であること、ＸＺの少なくとも一つが擬似固相保護基で保護されたヒドロキシ基であること、及びＺが擬似固相保護基であることの少なくとも１つを満たし、
    　前記擬似固相保護基の少なくとも１つが、式（Ｉ）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
    （式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
    　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　ｍは、０又は１であり、ｍが０である場合、Ｌ４は、単結合ではない。）で表される。］で示される化合物、又はその塩。
  36. 　下記式（Ｉ）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
    （式中、＊は、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの２’位、３’位及び５’位ノヒドロキシ基並びに核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所との結合位置を示し、
    　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　ｍは、０又は１であり、ｍが０である場合、Ｌ４は、単結合ではない。）で表される、擬似固相保護基。
  37. 　３’位及び５’位に、独立してヒドロキシ基又は保護されたヒドロキシ基を有し、
    　２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所にヒドロキシ基を有するか、又は２’位及び核酸塩基部の少なくとも１カ所にヒドロキシ基又はアミノ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを、
    下記式（Ｘ－１）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
    　（式中、Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－である）で表されるカルボキシ化合物、下記式（Ｘ－２）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
    　（式中、Ｘは、ハロゲン原子であり、Ｒ１、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４は、前記式（Ｘ－１）における定義と同じである。）で表される酸ハロゲン化物又は、下記式（Ｘ－３）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
    　（式中、Ｘは、ハロゲン原子であり、Ｒ１、Ｌ１、Ｌ２、及びＬ３は、前記式（Ｘ－１）における定義と同じであり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基である。）で表されるハロゲン化アルキル化合物と反応させ、
    　２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に、
    下記式（Ｉ）
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015
    （式中、＊は、２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所との結合位置を示し、
    　Ｒ１は、Ｃ１－４０アルキル基、Ｃ２－４０アルケニル基又はＣ２－４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
    　Ｌ１は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ２は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ３は、単結合、Ｃ１－６アルキレン基、Ｃ２－６アルケニレン基又はＣ２－６アルキニレン基であり、
    　Ｌ４は、単結合、－ＣＯＯ－、－ＣＯＮ（Ｒ２）－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－ＯＣＯ－、－Ｎ（Ｒ２）ＣＯ－（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基を示す）、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｏ－であり、
    　Ｌ５は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　Ｌ６は、水素原子、Ｃ１－６アルキル基、Ｃ１－６ハロアルキル基、Ｃ２－６アルケニル基又はＣ２－６ハロアルケニル基であり、
    　ｍは、０又は１であり、ｍが０である場合、Ｌ４は単結合ではない。）で表される擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの製造方法。
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