WO2013122236A1 - 塩基部保護オリゴヌクレオチド - Google Patents

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WO2013122236A1
WO2013122236A1 PCT/JP2013/053769 JP2013053769W WO2013122236A1 WO 2013122236 A1 WO2013122236 A1 WO 2013122236A1 JP 2013053769 W JP2013053769 W JP 2013053769W WO 2013122236 A1 WO2013122236 A1 WO 2013122236A1
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group
formula
protected
linear
oligonucleotide
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PCT/JP2013/053769
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邦博 平井
智 片山
鳥居　高好
遼太朗 中谷
高橋　大輔
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味の素株式会社
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    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
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    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C07H19/073—Pyrimidine radicals with 2-deoxyribosyl as the saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
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    • C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
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    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
    • Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
    • Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups

Definitions

  • the present invention relates to a specific nucleotide-protecting oligonucleotide and a method for producing an oligonucleotide using the same.
  • the present invention also relates to an oligonucleotide using a specific branched-chain-containing aromatic protecting group, an oligonucleotide in which the 3′-position hydroxyl group is protected with the protecting group, and an oligonucleotide in which the 3′-position hydroxyl group is protected with the protecting group.
  • the present invention relates to a method for producing nucleotides.
  • Oligonucleotide synthesis methods include the phosphate triester method, the H-phosphonate method, and the phosphoramidite method.
  • solid phase synthesis solid phase method
  • phosphoramidite method is most widely used.
  • Non-Patent Document 1 The solid-phase method is optimized for process and automated, and is advantageous in terms of speed, but there are restrictions on scale-up due to equipment constraints, the use of excessive reagents and raw materials, and the progress of the reaction at an intermediate stage Confirmation and intermediate structure analysis are also difficult.
  • Non-patent Document 3 an oligonucleotide production method using an ionic liquid as a protecting group has been reported, and an example of DNA synthesis up to a pentamer is shown (Non-patent Document 3).
  • the crystallization isolation operation in each reaction is necessary and operation time is required, it is inferior in speed and efficiency as compared with the solid phase method.
  • Patent Document 1 a method for synthesizing oligonucleotides using a hydrophobic group-linked nucleoside is disclosed.
  • An object of the present invention is to provide a protected nucleotide for extension that can achieve an oligonucleotide production method by the phosphoramidite method, which can be purified by a liquid-liquid extraction operation in an efficient and high yield.
  • the present invention includes the following.
  • q represents an arbitrary integer of 0 or more; q + 1 Base 2 independently represents a nucleobase protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, respectively; P 1 represents a hydrogen atom or a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions; X represents a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a halogen atom, or an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom; q X ′ each independently represents a hydrogen atom, a hydroxyl group which may be protected, a halogen atom or an organic group which crosslinks to a 4-position carbon atom; q + 1 P 2 each independently represents a protecting group removable under basic conditions; q R 34 each independently represents an oxygen atom or a sulfur atom; R e and R f each independently represent a C 1-6 alkyl group or a 5- or 6-membered saturated cyclic
  • R 27 represents a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • * indicates a binding position with a nucleobase
  • Q 1 represents —O—, —S— or —NR 30 —
  • R 30 represents a hydrogen atom or a C 1-22 alkyl group
  • R c and R d each independently represents a hydrogen atom or a C 1-22 alkyl group
  • R 28 represents a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • * indicates a binding position with a nucleobase
  • l represents an integer of 1 to 5
  • 1 Q 2 each independently represents a single bond, or —O—, —S—, —OC ( ⁇ O) —, —C ( ⁇ O) O—, —O—CH 2 —.
  • Ring C includes, in addition to 1 Q 2 R 29 and * C ⁇ O, a halogen atom, a C 1-6 alkyl group which may be substituted with one or more halogen atoms, and one or more A benzene ring or a cyclohexane ring which may have a substituent selected from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group which may be substituted with a halogen atom.
  • R 35 and R 36 each independently represent a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • R 27 , R 28 , and one R 29 , R 35 and R 36 are each independently 2,6,10,14-tetramethylpentadecyl group, 2,6,10-trimethylundecyl 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-undecyl group, 2,6,10-trimethylundeca-1,5,9-trienyl group, 2,6-dimethylheptyl group, 2, 6-dimethylhept-5-enyl group, 2,6-dimethylhepta-1,5-dienyl group, 9-nonadecyl group, 12-methyltridecyl group, 11-methyltridecyl group, 11-methyldodecyl group, 10 -Methylundecyl group, 8-heptadecyl group, 7-pentadecyl group, 7-methyloctyl group, 3-methyloctyl group, 3,7-dimethyloctyl group, 3-methylhepty
  • the C 5-30 linear or branched alkyl group and / or the C 5-30 linear or branched alkenyl group is a C 5-30 branched alkyl group and / or a C 5-30 branched alkenyl group.
  • the nucleotide-protecting oligonucleotide according to any one of [1] to [4].
  • a method for producing an oligonucleotide comprising using the base-protected oligonucleotide according to any one of [1] to [6].
  • (2) The hydroxyl group at the 3 ′ position is phosphoramidated, the hydroxyl group at the 5 ′ position is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and the nucleobase is a C 5-30 linear or branched alkyl P-polymerized base moiety-protected oligonucleotide protected with a group and / or a group having a C 5-30 linear or branched alkenyl group (p represents an arbitrary integer of 1 or more), N-polymerized oligonucleotide in which 3′-position hydroxyl group is protected (n represents an arbitrary integer of 1 or more) and a phosphite triester bond via the 5′-position hydroxyl group
  • Step (1) is performed in the presence of at least one cation scavenger selected from pyrrole derivatives and indole derivatives, and after removing the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group, neutralization with an organic base is performed.
  • the 3′-position hydroxyl group is phosphoramidated, the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and the nucleobase is a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or Or the p-polymerized base-protected oligonucleotide protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkenyl group is the base-protected oligonucleotide according to any one of [1] to [6] The production method according to any one of [8] to [14].
  • R 4 is a hydrogen atom, or when R b is a group represented by the following formula (a3), together with R 6 represents a single bond or —O— May form a fluorenyl group or a xanthenyl group;
  • the k Q's each independently represent a single bond or —O—, —S—, —OC ( ⁇ O) —, —NHC ( ⁇ O) — or —NH—;
  • k R 5 's each independently represents an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less; k represents an integer of 1 to 4;
  • Ring A includes R 4 , k QR 5 , and * C (R a ) (R b ), and a C 1-6 alkyl which may be further substituted with a halogen atom or one or more halogen atoms.
  • At least one nucleobase of the n-polymerized oligonucleotide is protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • R 27 represents a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • * indicates a binding position with a nucleobase
  • Q 1 represents —O—, —S— or —NR 30 —
  • R 30 represents a hydrogen atom or a C 1-22 alkyl group
  • R c and R d each independently represents a hydrogen atom or a C 1-22 alkyl group
  • R 28 represents a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • * indicates a binding position with a nucleobase
  • l represents an integer of 1 to 5
  • 1 Q 2 each independently represents a single bond, or —O—, —S—, —OC ( ⁇ O) —, —C ( ⁇ O) O—, —O—CH 2 —.
  • Ring C includes, in addition to 1 Q 2 R 29 and * C ⁇ O, a halogen atom, a C 1-6 alkyl group which may be substituted with one or more halogen atoms, and one or more A benzene ring or a cyclohexane ring which may have a substituent selected from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group which may be substituted with a halogen atom.
  • R 35 and R 36 each independently represent a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • R 27 , R 28 , 1 R 29 , R 35 and R 36 are each independently 2,6,10,14-tetramethylpentadecyl group, 2,6,10-trimethylundecyl 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-undecyl group, 2,6,10-trimethylundeca-1,5,9-trienyl group, 2,6-dimethylheptyl group, 2, 6-dimethylhept-5-enyl group, 2,6-dimethylhepta-1,5-dienyl group, 9-nonadecyl group, 12-methyltridecyl group, 11-methyltridecyl group, 11-methyldodecyl group, 10 -Methylundecyl group, 8-heptadecyl group, 7-pentadecyl group, 7-methyloctyl group, 3-methyloctyl group, 3,7-dimethyloctyl group, 3-methylheptyl
  • the C 5-30 linear or branched alkyl group and / or the C 5-30 linear or branched alkenyl group is a C 5-30 branched alkyl group and / or a C 5-30 branched alkenyl group.
  • a pharmaceutical comprising the oligonucleotide produced by the production method according to any one of [7] to [20].
  • m represents an arbitrary integer of 0 or more; m + 1 pieces of Base 1 are each independently a protected or unprotected nucleic acid base; P 1 represents a hydrogen atom or a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions; X represents a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a halogen atom, or an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom; m X ′ each independently represents a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a halogen atom, or an organic group that crosslinks to a 4-position carbon atom; each of the m P 2 independently represents a protecting group removable under basic conditions; m R 34 s each independently represent an oxygen atom or a sulfur atom; L represents the formula (a1):
  • R 4 is a hydrogen atom, or when R b is a group represented by the following formula (a3), together with R 6 represents a single bond or —O— May form a fluorenyl group or a xanthenyl group;
  • the k Q's each independently represent a single bond or —O—, —S—, —OC ( ⁇ O) —, —NHC ( ⁇ O) — or —NH—;
  • k R 5 's each independently represents an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less; k represents an integer of 1 to 4;
  • Ring A includes R 4 , k QR 5 , and * C (R a ) (R b ), and a C 1-6 alkyl which may be further substituted with a halogen atom or one or more halogen atoms.
  • j represents an integer of 0 to 4; j Q's are independently the same as above; j R 7 's each independently represents an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less; R 6 represents a hydrogen atom, or together with R 4 may represent a single bond or —O— to form a fluorenyl group or a xanthenyl group together with ring A; and ring B is j In addition to the QR 7 and R 6 , it may further be substituted with a halogen atom, a C 1-6 alkyl group optionally substituted by one or more halogen atoms, and one or more halogen atoms A group selected from the group consisting of C 1-6 alkoxy groups, which may have a substituent.
  • a branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide represented by:
  • R 5 and R 7 are each independently 3,7,11,15-tetramethylhexadecyl group, 3,7,11-trimethyldodecyl group, 2,2,4,8,10,10 -Hexamethyl-5-dodecanoyl group, 3,4,5-tri (3 ', 7', 11 ', 15'-tetramethylhexadecyloxy) benzyl group, or 3,5-di (3', 7 ', The branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide according to [22] or [23], which is an 11 ′, 15′-tetramethylhexadecyloxy) benzyl group.
  • [25] -LYZ is a 2- ⁇ 2,4-di (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzylaminocarbonyl ⁇ ethylcarbonyl group; 3,5-di (2 ′, 3 ′ -Dihydrophytyloxy) benzylsuccinyl group; 4- (2 ', 3'-dihydrophytyloxy) benzylsuccinyl group; 2- ⁇ 1-[(2-chloro-5- (2', 3'-dihydrophyl Tiloxy) phenyl)] benzylaminocarbonyl ⁇ ethylcarbonyl group; 3,4,5-tri (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzylsuccinyl group; 2- ⁇ 3,4,5-tri (2 ′) , 3′-dihydrophytyloxy) benzylaminocarbonyl ⁇ ethylcarbonyl group; 2- ⁇
  • At least one of the nucleobases is protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, [22] to [25 ] The branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide according to any one of the above.
  • R 4 is a hydrogen atom, or when R b is a group represented by the following formula (a3), together with R 6 represents a single bond or —O— May form a fluorenyl group or a xanthenyl group;
  • the k Q's each independently represent a single bond or —O—, —S—, —OC ( ⁇ O) —, —NHC ( ⁇ O) — or —NH—;
  • k R 5 's each independently represents an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less; k represents an integer of 1 to 4;
  • Ring A includes R 4 , k QR 5 , and * C (R a ) (R b ), and a C 1-6 alkyl which may be further substituted with a halogen atom or one or more halogen atoms.
  • j represents an integer of 0 to 4; j Q's are independently the same as above; j R 7 's each independently represents an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less; R 6 represents a hydrogen atom, or together with R 4 may represent a single bond or —O— to form a fluorenyl group or a xanthenyl group together with ring A; and ring B is j In addition to the QR 7 and R 6 , it may further be substituted with a halogen atom, a C 1-6 alkyl group optionally substituted by one or more halogen atoms, and one or more halogen atoms A group selected from the group consisting of C 1-6 alkoxy groups, which may have a substituent.
  • a nucleotide 3′-hydroxyl protecting group represented by:
  • R 5 and R 7 are each independently 3,7,11,15-tetramethylhexadecyl group, 3,7,11-trimethyldodecyl group, 2,2,4,8,10,10 -Hexamethyl-5-dodecanoyl group, 3,4,5-tri (3 ', 7', 11 ', 15'-tetramethylhexadecyloxy) benzyl group, or 3,5-di (3', 7 ', [11]
  • N ′ + p ′ polymerization oligonucleotide production method A step of condensing with an n′-polymerized oligonucleotide protected with the above-described protecting group (n ′ represents an arbitrary integer of 1 or more) and a phosphite triester bond via its 5′-position hydroxyl group.
  • [31] The production method of [30], wherein p ′ is 1.
  • [32] The production method according to [30] or [31], further comprising the following step (3 ′).
  • (3 ′) An oxidizing agent or a sulfurizing agent is added to the reaction solution in the condensation step (2 ′), and the phosphite triester bond of the n ′ + p′-polymerized oligonucleotide obtained in the condensation step is converted into a phosphate triester. Converting to a bond or thiophosphate triester bond.
  • Step (1 ′) is performed in the presence of at least one cation scavenger selected from pyrrole derivatives and indole derivatives, and after removing the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group, neutralization with an organic base is performed.
  • a method for producing an oligonucleotide by the phosphoramidite method which can be purified efficiently and in a liquid-liquid extraction operation, can be provided.
  • the base-protecting oligonucleotide of the present invention particularly the branched-chain base-protecting oligonucleotide
  • the intermediate oligonucleotide obtained in each step of the nucleotide extension reaction and the lipophilicity to organic solvents (particularly nonpolar solvents) Since the solubility is greatly improved and isolation and purification can be performed only by extraction operation, complicated and time-consuming operations such as solidification isolation are not required, speed is improved, and efficiency and productivity are remarkably improved. improves.
  • the extended oligonucleotide can be isolated and purified only by the extraction operation, it can be connected to the extension reaction of the next cycle without removing the product from the reaction apparatus, so that the oligonucleotide can be continuously produced in one pot. Became. Further, as another embodiment of the present invention, the same kind of solubility improving effect can be obtained by protecting the nucleotide 3′-hydroxyl group with a protecting group having a specific branched chain-containing aromatic structure. It became clear that a synergistic effect was acquired by using together.
  • the hydroxyl group at the 3 ′ position is phosphoramidated
  • the hydroxyl group at the 5 ′ position is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions
  • the nucleobase is a C 5-30 linear or branched alkyl
  • the present invention relates to a novel nucleotide-protected oligonucleotide protected with a protecting group having a group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • a base-particulate protecting oligo in which a nucleobase is protected with a protecting group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • the present invention relates to a method for producing an oligonucleotide characterized by using a nucleotide, and preferably comprises the following step (2).
  • the 3′-position hydroxyl group is converted to phosphoramidite, the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and the nucleobase is a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or Or a p-polymerized base moiety-protected oligonucleotide protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkenyl group (p represents any integer of 1 or more), and the hydroxyl group at the 5′-position is protected.
  • p represents any integer of 1 or more
  • N-polymerized oligonucleotide (n represents an arbitrary integer of 1 or more) in which the 3′-position hydroxyl group is protected and condensed with a phosphite triester bond via the 5′-position hydroxyl group. , Obtaining n + p polymerized oligonucleotides.
  • Another embodiment of the present invention is a novel compound in which the 3′-position hydroxyl group is protected with a specific branched chain-containing aromatic protecting group, and the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions.
  • the present invention relates to a branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide.
  • Yet another aspect of the present invention relates to certain branched chain-containing aromatic protecting groups used for protecting nucleotide 3′-hydroxy groups.
  • another embodiment of the present invention relates to a method for producing an oligonucleotide, characterized by using an oligonucleotide in which the 3′-position hydroxyl group is protected with the branched chain-containing aromatic protecting group, preferably The following step (2 ′) is included.
  • nucleoside refers to a compound in which a nucleobase is linked to the 1′-position of a sugar (eg, ribose, 2-deoxyribose, ribose linked to the 2-position and 4-position) by N-glycosidation. Means.
  • ribose in which the 2-position and 4-position are cross-linked include compounds of the following formula.
  • nucleobase is not particularly limited as long as it is used for nucleic acid synthesis, and examples thereof include pyrimidine bases such as cytosyl group, uracil group and thyminyl group, adenyl group, guanyl group and the like. Mention may be made of purine bases.
  • nucleobase includes a nucleobase having an arbitrary substituent (eg, halogen atom, alkyl group, aralkyl group, alkoxy group, acyl group, alkoxyalkyl group, hydroxy group, amino group).
  • Modified nucleobases eg, 8-bromoadenyl group, 8-bromoguanyl group, 5-bromocytosyl group
  • Modified nucleobases substituted at any position by a group, monoalkylamino, dialkylamino, carboxy, cyano, nitro, etc.
  • halogen atom is a fluorine atom, a chlorine atom, a bromine atom, or an iodine atom.
  • examples of the “hydrocarbon group” include an aliphatic hydrocarbon group, an araliphatic hydrocarbon group, a monocyclic saturated hydrocarbon group, an aromatic hydrocarbon group, and the like.
  • a monovalent group such as an alkyl group, an alkenyl group, an alkynyl group, a cycloalkyl group, an aryl group, an aralkyl group, an acyl group, and a divalent group derived therefrom.
  • examples of the “alkyl (group)” include linear or branched alkyl groups having 1 or more carbon atoms.
  • C 1- 10 alkyl group more preferably C 1-6 alkyl group.
  • Preferable specific examples in the case where the carbon number range is not limited include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl, pentyl, hexyl and the like, and methyl and ethyl are particularly preferable. .
  • examples of the “aralkyl (group)” include a C 7-20 aralkyl group, preferably a C 7-16 aralkyl group (C 6-10 aryl-C 1-6 alkyl group). Specific examples include benzyl, 1-phenylethyl, 2-phenylethyl, 1-phenylpropyl, naphthylmethyl, 1-naphthylethyl, 1-naphthylpropyl and the like, and benzyl is particularly preferable.
  • examples of the “alkoxy (group)” include an alkoxy group having 1 or more carbon atoms.
  • the carbon number range it is preferably a C 1-10 alkoxy group, more preferably Is a C 1-6 alkoxy group.
  • the carbon number range is not limited include methoxy, ethoxy, propoxy, isopropoxy, butoxy, isobutoxy, sec-butoxy, tert-butoxy, pentyloxy, hexyloxy, etc. Ethoxy is preferred.
  • examples of the “acyl (group)” include a linear or branched C 1-6 alkanoyl group, a C 7-13 aroyl group, and the like. Specific examples include formyl, acetyl, n-propionyl, isopropionyl, n-butyryl, isobutyryl, pivaloyl, valeryl, hexanoyl, benzoyl, naphthoyl, levulinyl and the like, which may each be substituted.
  • alkenyl (group) is preferably a linear or branched C 2-6 alkenyl group, such as vinyl, 1-propenyl, allyl, isopropenyl, butenyl, isobutenyl and the like. Can be mentioned. Of these, a C2-4 alkenyl group is preferable.
  • alkynyl (group) is preferably a C 2-6 alkynyl group, for example, ethynyl, 1-propynyl, 2-propynyl, 1-butynyl, 2-butynyl, 3-butynyl, 1- Examples include pentynyl, 2-pentynyl, 3-pentynyl, 4-pentynyl, 1-hexynyl, 2-hexynyl, 3-hexynyl, 4-hexynyl, 5-hexynyl and the like. Of these, a C 2-4 alkynyl group is preferable.
  • cycloalkyl (group) means a cyclic alkyl group, and examples thereof include cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, cyclooctyl and the like.
  • C 3-6 cycloalkyl groups such as cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl and the like are preferable, and cyclohexyl is particularly preferable.
  • aryl (group) means a monocyclic or polycyclic (fused) hydrocarbon group exhibiting aromaticity, and specifically includes, for example, phenyl, 1-naphthyl, 2 -C 6-14 aryl groups such as naphthyl, biphenylyl, 2-anthryl and the like. Among them, a C 6-10 aryl group is more preferable, and phenyl is particularly preferable.
  • the “organic group having a hydrocarbon group” means a group having the “hydrocarbon group”, and the portion other than the “hydrocarbon group” in the “organic group having a hydrocarbon group” It can be set arbitrarily.
  • the linker may have sites such as —O—, —S—, —COO—, —OCONH—, and —CONH—.
  • examples of the “alkylene (group)” include linear or branched alkylene groups having 1 or more carbon atoms.
  • carbon number range C 1- 10 alkylene group, more preferably C 1-6 alkylene group.
  • Preferable specific examples in the case where the carbon number range is not limited include methylene, ethylene, propylene, butylene, pentylene, hexylene and the like, and methylene and ethylene are particularly preferable.
  • Base part protecting oligonucleotide The base part protecting oligonucleotide used in the synthesis of the oligonucleotide of the present invention is protected with a temporary protecting group in which the 3 'hydroxyl group is phosphoramidite and the 5' hydroxyl group can be removed under acidic conditions.
  • a temporary protecting group in which the 3 'hydroxyl group is phosphoramidite and the 5' hydroxyl group can be removed under acidic conditions.
  • the group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group includes a C 5-30 branched alkyl group and / or Or a C5-30 branched alkenyl group is preferable.
  • nonpolar solvent includes halogen solvents such as chloroform, dichloromethane and 1,2-dichloroethane; aromatic solvents such as benzene, toluene, xylene and mesitylene; esters such as ethyl acetate and isopropyl acetate.
  • the solvent examples include aliphatic solvents such as hexane, pentane, heptane, octane, nonane, and cyclohexane; and nonpolar ether solvents such as diethyl ether, cyclopentyl methyl ether, and tert-butyl methyl ether. Two or more of these solvents may be mixed and used at an appropriate ratio.
  • aromatic solvents, aliphatic solvents, or combinations thereof are preferable, benzene, toluene, hexane, pentane, heptane, nonane, cyclohexane, or combinations thereof are preferable, toluene, heptane, nonane, or these A combination is more preferred, with toluene, heptane or combinations thereof being particularly preferred.
  • a novel compound represented by the following general formula (I) (hereinafter referred to as the present invention) And may be referred to as the invention compound (I).
  • the base part-protected oligonucleotide represented by the formula (I) is interpreted as “base part-protected nucleoside”.
  • q represents an arbitrary integer of 0 or more; q + 1 Base 2 independently represents a nucleobase protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, respectively; P 1 represents a hydrogen atom or a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions; X represents a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a halogen atom, or an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom; q X ′ each independently represents a hydrogen atom, a hydroxyl group which may be protected, a halogen atom or an organic group which crosslinks to a 4-position carbon atom; q + 1 P 2 each independently represents a protecting group removable under basic conditions; q R 34 each independently represents an oxygen atom or a sulfur atom; R e and R f each independently represent a C 1-6 alkyl group or a 5- or 6-membered saturated cyclic
  • q represents an arbitrary integer of 0 or more, and 0 is preferable.
  • the upper limit of q is not particularly limited, but is preferably 49 or less, more preferably 29 or less, further preferably 19 or less, still more preferably 4 or less, still more preferably 2 or less, and particularly preferably 1.
  • the 2-position group X and q number X ′ of the ribose residue constituting the base part-protected oligonucleotide which is the compound (I) of the present invention are independently a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a halogen atom. An organic group that crosslinks to an atom or a 4-position carbon atom.
  • the protecting group of the “optionally protected hydroxyl group” is not particularly limited.
  • a triethylsilyl group, a triisopropylsilyl group, or a tert-butyldimethylsilyl group is preferable, and a tert-butyldimethylsilyl group is particularly preferable from the viewpoints of economy and availability.
  • halogen atom represented by X and X ′ a fluorine atom, a chlorine atom and the like are preferable, and a fluorine atom is more preferable.
  • the “organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom” represented by X and X ′ is not particularly limited as long as the nucleoside 2-position and 4-position are cross-linked, and examples thereof include a C 2-7 alkylene group.
  • the alkylene group includes, for example, —O—, —NR 37 — (R 37 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group), —S—, —CO—, —COO—, —OCONR 38 — (R 38 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group), —CONR 39 — (R 39 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group) or the like, and is one or more positions (preferably 1 or 2 locations) may be interrupted.
  • the “organic group that bridges to the 4-position carbon atom” is preferably, for example, —ORi (Ri represents a C 1-6 alkylene group that bridges to the 4-position), —O—NR 37 —Rj (Rj is in the 4-position)
  • R 37 is as defined above
  • —O—Rk—O—Rl Rk is a C 1-6 alkylene group, Rl is a C 1 bridge at the 4-position
  • -6 represents an alkylene group).
  • a methylene group or an ethylene group is preferable independently.
  • Examples of the “organic group bridging to the 4-position carbon atom” include —O—CH 2 —, —O—CH 2 —CH 2 —, —O—NR 37 —CH 2 — (R 37 is as defined above). , —O—CH 2 —O—CH 2 — and the like are preferable, —O—CH 2 —, —O—CH 2 —CH 2 —, —O—NH—CH 2 —, —O—NMe—CH 2 — , —O—CH 2 —O—CH 2 — (each bonded to the 2-position on the left side and bonded to the 4-position on the right side) is more preferable.
  • any compound that can be deprotected under acidic conditions and used as a protecting group for a hydroxyl group can be used.
  • di (C 1- 1 ) such as trityl group, 9- (9-phenyl) xanthenyl group, 9-phenylthioxanthenyl group, 1,1-bis (4-methoxyphenyl) -1-phenylmethyl group, etc.
  • monomethoxytrityl groups such as mono (C 1-18 alkoxy) trityl groups such as 6alkoxy) trityl group and 1- (4-methoxyphenyl) -1,1-diphenylmethyl group.
  • monomethoxytrityl group and a dimethoxytrityl group are preferable, and a dimethoxytrityl group is more preferable.
  • the 5- or 6-membered saturated cyclic amino group formed by R e and R f together with the adjacent nitrogen atom has one oxygen atom or sulfur atom as a ring constituent atom in addition to the nitrogen atom.
  • examples thereof include a pyrrolidinyl group, piperidinyl group, morpholinyl group, thiomorpholinyl group, N-methylpyrazinyl group and the like.
  • R e and R f an isopropyl group is preferable.
  • the q + 1 protecting group P 2 that can be used as a protecting group for the phosphoramidite or the nucleotide phosphate group of the compound (I) of the present invention is deprotectable under basic conditions, and is a protecting group for a hydroxyl group.
  • the group represented by —CH 2 CH 2 WG (WG represents an electron-withdrawing group) is preferable, and WG is preferably a cyano group.
  • q R 34 s independently represent an oxygen atom or a sulfur atom, preferably an oxygen atom.
  • the “group having a linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group” refers to “C 5-30 linear or branched alkyl group and / or C 5 ” in its molecular structure.
  • the group is not particularly limited as long as it is a protecting group having one or more “ -30 linear or branched alkenyl groups”, but is preferably a group represented by the following formula (k), (l), (m) or (s) Is mentioned.
  • R 27 represents a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • * indicates a binding position with a nucleobase
  • Q 1 represents —O—, —S— or —NR 30 —
  • R 30 represents a hydrogen atom or a C 1-22 alkyl group
  • R c and R d each independently represents a hydrogen atom or a C 1-22 alkyl group
  • R 28 represents a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • * indicates a binding position with a nucleobase
  • l represents an integer of 1 to 5
  • 1 Q 2 each independently represents a single bond, or —O—, —S—, —OC ( ⁇ O) —, —C ( ⁇ O) O—, —O—CH 2 —.
  • Ring C includes, in addition to 1 Q 2 R 29 and * C ⁇ O, a halogen atom, a C 1-6 alkyl group which may be substituted with one or more halogen atoms, and one or more A benzene ring or a cyclohexane ring which may have a substituent selected from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group which may be substituted with a halogen atom.
  • R 35 and R 36 each independently represent a C 5-30 linear or branched alkyl group or a C 5-30 linear or branched alkenyl group. ) Group represented by.
  • formula (l) preferably -O- it is as Q 1, is preferably a hydrogen atom R c and R d.
  • Q 2 is preferably —O—
  • ring C is preferably a benzene ring.
  • Formula (k), (l), (m) and the (s), respectively indicated by R 27, R 28, l pieces of R 29, R 35 and R 36 "C 5-30 straight or branched chain alkyl group or lower limit of the carbon number of the "C 5-30 straight-chain or branched-chain alkyl group” and "C 5-30 linear or branched alkenyl group” C 5-30 linear or branched alkenyl group ", 5 or more 16 or more is preferable, and 18 or more is more preferable.
  • the upper limit of the carbon number is 30 or less, preferably 25 or less, and more preferably 20 or less.
  • C 5-30 linear or branched alkyl group or C 5-30 linear or branched alkenyl group represented by R 27 , R 28 , 1 R 29 , R 35 and R 36
  • the branched alkyl group represented by a following formula (n) or (e ') is mentioned.
  • n 19 represents an integer of 2 to 6; n 19 R 30 and R 31 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group; n 19 X 6 each independently represents a single bond or a C 1-4 alkylene group; and R 32 represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group; R 33 represents a C 1-4 alkyl group.
  • R 30 and R 31 are not both hydrogen atoms and n 19 is 2, R 32 represents a C 1-4 alkyl group.
  • n 19 R 30 and R 31 are each independently a hydrogen atom, a methyl group or an ethyl group; n 19 X 6 are each independently a single bond, a methylene group or an ethylene group; R 32 is a hydrogen atom, a methyl group or an ethyl group; and R 33 is preferably a group which is a methyl group or an ethyl group (provided that R 30 and R 31 are not both hydrogen atoms and n When 19 is 2, R 32 represents a methyl group or an ethyl group.)
  • More preferred groups of the formula (n) include 2,6,10,14-tetramethylpentadecyl group, 2,6,10-trimethylundecyl group, 2,6-dimethylheptyl group and the like.
  • n 20 represents an integer of 1 to 5
  • n 21 represents an integer of 1 to 5
  • n 20 R 20 and R 21 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group
  • n 20 X 3 each independently represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • n 21 R 22 and R 23 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group
  • n 21 X 5 each independently represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • X 4 represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • R 17 , R 18 , R 19 , R 24 , R 25 and R 26 are each independently a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group.
  • R 20 and R 21 and / or R 22 and R 23 are not both hydrogen atoms and n 20 + n 21 is 2, two or more of R 17 , R 18 and R 19 Each independently represents a C 1-4 alkyl group, or two or more of R 24 , R 25 and R 26 each independently represent a C 1-4 alkyl group.
  • Particularly preferred groups of the formula (e ′) include n 20 is an integer from 1 to 5; n 21 is an integer from 1 to 5; n 20 R 20 and R 21 are each independently a hydrogen atom or a methyl group; n 20 X 3 are each independently a single bond or a methylene group; n 21 R 22 and R 23 are each independently a hydrogen atom or a methyl group; n 21 X 5 are each independently a single bond or a methylene group; X 4 is a single bond or a methylene group; and R 17 , R 18 , R 19 , R 24 , R 25, and R 26 include a group that is a methyl group (provided that R 20 and R 21 , and And / or R 22 and R 23 are not both hydrogen atoms).
  • More preferred groups of the formula (e ′) include 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-undecyl group and the like.
  • C 5-30 linear or branched alkyl group or C 5-30 linear or branched alkenyl group represented by R 27 , R 28 , 1 R 29 , R 35 and R 36 2,6,10,14-tetramethylpentadecyl group, 2,6,10-trimethylundecyl group, 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-undecyl group, 2,6 , 10-trimethylundeca-1,5,9-trienyl group, 2,6-dimethylheptyl group, 2,6-dimethylhept-5-enyl group, 2,6-dimethylhepta-1,5-dienyl group, 9-nonadecyl group, 12-methyltridecyl group, 11-methyltridecyl group, 11-methyldodecyl group, 10-methylundecyl group, 8-heptadecyl group, 7-pentadecyl group, 7-methyloctyl group,
  • nucleobase protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group examples include the following formulas (A 1 ) to (A 12 ): Can be mentioned.
  • a method of introducing a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group into a nucleobase uses an activated derivative of the protective group as a protective reagent, Green's PROTECTIVE GROUPS in ORGANIC SYNTHESIS, 4th edition, John Willy & Sons (2006), ORGANIC LETTERS, 2005 . 7, no. 24, 5389-5392, JOURNAL OF AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 1982, Vol. 104, 1316-1319 and the like.
  • An activated derivative of a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group is represented by the above formula (k), (l) or (m).
  • a compound in which a halogen atom eg, a chlorine atom, a bromine atom, etc.
  • a halogen atom eg, a chlorine atom, a bromine atom, etc.
  • a halogen atom eg, a chlorine atom, a bromine atom, etc.
  • the activated derivative of the protecting group can be obtained as a commercial product, or can be produced according to a method known per se or a method analogous thereto.
  • compound represented by general formula (I), in general formula (I), q is 0;
  • Base 2 is protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, respectively, cytosyl group, uracil group, thyminyl group, adenyl A group or a guanyl group;
  • P 1 is a di (C 1-6 alkoxy) trityl group or a mono (C 1-6 alkoxy) trityl group;
  • X is a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a fluorine atom, —ORi (Ri is as defined above), —O—NR 37 —Rj (Rj and R 37 are as defined above), or -O-Rk-O-Rl (Rk and Rl are as defined above);
  • R e and R f are each independently a C 1-6 alkyl group; and P 2
  • q is 0;
  • Base 2 is protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, respectively, cytosyl group, uracil group, thyminyl group, adenyl A group or a guanyl group;
  • P 1 is a dimethoxytrityl group or a monomethoxytrityl group;
  • X is a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a fluorine atom, —O—CH 2 —, —O—CH 2 —CH 2 —, or —O—NR 37 —CH 2 — (R 37 is as defined above.
  • q is 0;
  • Base 2 is protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, respectively, cytosyl group, uracil group, thyminyl group, adenyl A group or a guanyl group;
  • P 1 is a dimethoxytrityl group;
  • X represents a hydrogen atom, a methoxy group, a tert-butyldimethylsilyloxy group, a fluorine atom, —O—CH 2 —, —O—CH 2 —CH 2 —, —O—NH—CH 2 —, —O—NMe.
  • a base-protected nucleoside represented by the general formula (I ′) in which q is 0 among the base-protected oligonucleotides of the present invention represented by the following general formula (I) is represented by the formula:
  • the hydroxyl group at the 5 ′ position represented by (Ia) is protected by a temporary protecting group P 1 , and the nucleobase is a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • Hal represents a halogen atom, and other symbols are as defined above.
  • the compound represented by the formula (Ia) used as a raw material is obtained from the corresponding nucleoside in which the nucleobase is not protected, from the above-mentioned “C 5-30 linear or branched alkyl group and / or C 5-30 straight chain”.
  • Method for Introducing Group Having Chain or Branched Alkenyl Group to Nucleobase “Group having C 5-30 Linear or Branched Alkyl Group and / or C 5-30 Linear or Branched Alkenyl Group” It can be produced by protecting the nucleobase.
  • the corresponding nucleoside in which the nucleobase is not protected can be obtained as a commercial product, or can be produced according to a method known per se or a method analogous thereto.
  • the 3′-position hydroxyl group represented by the formula (Ib) is phosphoramidated, and the 5′-position hydroxyl group is a temporary protecting group P 1.
  • a known method of reacting a nucleoside protected by a nucleoside with a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group. ORGANIC LETTERS, 2005, Vol. 7, No. 24, 5389-5392).
  • Base represents an unprotected nucleobase, and other symbols are as defined above.
  • the compound represented by the formula (Ib) used as a raw material is a protective group in which a nucleobase is commonly used in nucleic acid synthesis (eg, acetyl group, phenoxyacetyl group, p-isopropylphenoxyacetyl group, benzoyl group, isobutyryl group, etc.) From the corresponding nucleosides protected with ORGANIC LETTERS, 2005, Vol. 7, no. 24, 5389-5392, and the like.
  • the corresponding nucleoside in which the nucleobase is protected with a protecting group commonly used in nucleic acid synthesis can be obtained as a commercial product, or can be produced according to a method known per se or a method analogous thereto.
  • the base-protected oligonucleotide represented by the general formula (I) in which q is 1 or more includes, for example, the method described in Aust. J. Chem. 2010, 63, 227-235, and the method for producing the oligonucleotide described in the present specification.
  • P 4 represents a protecting group for the nucleotide 3′-hydroxy group, and other symbols are as defined above.
  • the protecting group for the nucleotide 3′-hydroxyl represented by P 4 is such that the protecting group P 1 for the 5′-hydroxyl, the protecting group when the nucleobase has a protecting group, and the protecting group P 2 for the phosphate group are not deprotected.
  • Protecting groups that can be deprotected under conditions are used.
  • a protecting group that can be deprotected with hydrazine can be mentioned.
  • Preferred examples of the protecting group deprotectable with hydrazine include a levnyl group (see Aust. J. Chem. 2010, 63, 227-235).
  • the production method of the present invention a method for producing an oligonucleotide according to the present invention (hereinafter also referred to as “the production method of the present invention”) will be described.
  • the production method of the present invention is characterized in that the base part-protected oligonucleotide is used.
  • the production method of the present invention preferably includes the following step (2).
  • the 3′-position hydroxyl group is converted to phosphoramidite, the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and the nucleobase is a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or Or a p-polymerized base moiety-protected oligonucleotide protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkenyl group (p represents any integer of 1 or more), and the hydroxyl group at the 5′-position is protected.
  • p represents any integer of 1 or more
  • N-polymerized oligonucleotide (n represents an arbitrary integer of 1 or more) in which the 3′-position hydroxyl group is protected and condensed with a phosphite triester bond via the 5′-position hydroxyl group. , Obtaining n + p polymerized oligonucleotides.
  • the production method of the present invention preferably further comprises the following step (3), wherein the phosphite triester bond of the n + p polymerized oligonucleotide obtained in step (2) is a phosphate triester bond or a thiophosphate triester. Converted to an ester bond. (3) An oxidizing agent or a sulfurizing agent is added to the reaction solution in the condensation step (2), and the phosphite triester bond of the n + p polymerization oligonucleotide obtained in the condensation step is converted into a phosphate triester bond or a thiophosphate triester. Converting to ester bond.
  • the production method of the present invention preferably further comprises the following step (1), wherein the 5 ′ hydroxyl group used in step (2) is not protected and the 3 ′ hydroxyl group is protected: Individual polymerized oligonucleotides are prepared. (1) Before the condensation step (2), n-polymerized oligos in which the 3′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions in a nonpolar solvent Reacting the nucleotide with an acid to remove the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group.
  • Step (1) is preferably performed in the presence of at least one cation scavenger selected from a pyrrole derivative and an indole derivative, and after removing the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group, neutralization with an organic base is performed.
  • the method further includes a step. Steps (1), (2) and (3) can be continuously performed in the solution, and an oligonucleotide having p nucleosides extended can be isolated and purified only by extraction.
  • step (4) it is possible to easily and effectively remove excess raw materials and by-products without requiring complicated solidification isolation, and purify n + p-polymerized oligonucleotides.
  • the product can be connected to the next step without removing the product from the reaction vessel.
  • step (1) to step (3) as a basic unit and include step (4).
  • steps (1) to (4) as a basic unit from the viewpoint that the generation of by-products can be strictly controlled and controlled and can be led to a highly pure oligonucleotide. By repeating such a cycle in the liquid phase method, the final oligonucleotide can be produced in one pot without changing the reaction vessel.
  • an oligonucleotide can be isolated and produced.
  • n represents an arbitrary integer of 1 or more, and the upper limit thereof is not particularly limited, but is usually 100 or less, preferably 75 or less, more preferably 50 or less, and further preferably 30 or less.
  • p represents an arbitrary integer of 1 or more, and 1 is preferable.
  • the upper limit of p is not particularly limited, but is preferably 50 or less, more preferably 30 or less, still more preferably 20 or less, still more preferably 5 or less, and particularly preferably 3 or less.
  • n Polymerized Oligonucleotide First, the n polymerized oligonucleotide used as a raw material in the steps (1) and (2) will be described.
  • the hydroxyl group at the 3 ′ position is protected as shown in the following general formula (i), where P 1 is a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions.
  • the n-polymerized oligonucleotide in which the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions and the n-polymerized oligonucleotide used in step (2) has, for example, the following general formula:
  • the n-polymerized oligonucleotide shown in (ii) where the 5′-position hydroxyl group is not protected and the 3′-position hydroxyl group is protected is shown.
  • m represents an arbitrary integer of 0 or more
  • m + 1 Bases each independently represents a nucleobase which may be protected
  • m R 34s each independently represent: Represents an oxygen atom or a sulfur atom
  • each of m P 2 independently represents a protecting group removable under basic conditions
  • P 3 represents a nucleotide 3′-hydroxyl protecting group
  • m + 1 X ′ is independently synonymous with X, and other symbols are as defined above.
  • the upper limit of m is not particularly limited, but is usually 99 or less, preferably 74 or less, Preferably it is 49 or less, More preferably, it is 29 or less.
  • Protecting group removable under basic conditions represented by P 2 has the same meaning as P 2 of the formula (I). Each symbol in the general formulas (i) and (ii) will be described below.
  • nucleotide 3′-hydroxyl protecting group “nucleotide 3′-hydroxyl protecting group” represented by P 3 in general formulas (i) and (ii) is a 5′-position hydroxyl protecting group removed There is no particular limitation as long as it is a group that is stable under acidic conditions and can dissolve n-polymerized oligonucleotides in a nonpolar solvent that is a reaction solvent so that the reaction proceeds in steps (1) and (2). However, a group represented by the following general formula (III ′) is preferable.
  • L 1 represents an ethylene group or CH 2 —O-1,4-phenylene-O—CH 2 ;
  • L 2 represents a single bond, or ** C ( ⁇ O) N (R 2 ) —R 1 —N (R 3 ) *** (wherein ** represents the bonding position with L 1 ) *** represents a bonding position with C ⁇ O,
  • R 1 represents a C 1-6 alkylene group, and
  • R 2 and R 3 each independently represents a hydrogen atom or a substituted group.
  • a good C 1-6 alkyl group, or R 2 and R 3 may be combined together to form an optionally substituted C 1-6 alkylene bond.
  • L 1 represents an ethylene group
  • L 2 represents a single bond
  • linker L of formula (a1) wherein (a1), L 1 is, represents an ethylene group; and in L 2 in N (R 2) -R 1 -N ( R 3 ) is a group that represents a piperazinylene group.
  • L 1 represents an ethylene group
  • L 2 is ** C ( ⁇ O) N (R 2 ) —R 1 —N (R 3 ) *** (wherein ** represents a bonding position with L 1 , *** represents a bonding position with C ⁇ O, and R 1 represents A pentylene group or a hexylene group, wherein R 2 and R 3 each independently represents a hydrogen atom or a methyl group.
  • linker L is a succinyl group that is easily available and inexpensive.
  • Y in the above formula (III ′) represents an oxygen atom or NR (R represents a hydrogen atom, an alkyl group or an aralkyl group).
  • examples of the “alkyl group” represented by R include a C 1-30 alkyl group, preferably a C 1-10 alkyl group, more preferably a C 1-6 alkyl group.
  • Preferable specific examples include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl and the like, and methyl and ethyl are particularly preferable.
  • examples of the “aralkyl group” represented by R include a C 7-30 aralkyl group, preferably a C 7-20 aralkyl group, more preferably a C 7-16 aralkyl group (C 6-10 aryl group). -C 1-6 alkyl group).
  • Preferred examples include benzyl, 1-phenylethyl, 2-phenylethyl, 1-phenylpropyl, ⁇ -naphthylmethyl, 1- ( ⁇ -naphthyl) ethyl, 2- ( ⁇ -naphthyl) ethyl, 1- ( Examples include ⁇ -naphthyl) propyl, ⁇ -naphthylmethyl, 1- ( ⁇ -naphthyl) ethyl, 2- ( ⁇ -naphthyl) ethyl, 1- ( ⁇ -naphthyl) propyl, and benzyl is particularly preferable.
  • R is preferably a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group or a C 7-16 aralkyl group, more preferably a hydrogen atom, methyl, ethyl or benzyl, and particularly preferably a hydrogen atom.
  • Y is preferably an oxygen atom or NH.
  • Examples of the “organic group having a hydrocarbon group” represented by Z ′ include alkyl having 1 to 6 carbon atoms such as methyl, ethyl and tert-butyl, benzyl, p-nitrobenzyl, p-methoxybenzyl and diphenylmethyl. Allyl, 1,1-dimethyl-2-phenyl-ethyl, 2,4-dimethoxybenzyl, bis (4-methoxyphenyl) methyl and the like. Moreover, what has a branched chain as an organic group which has a hydrocarbon group is preferable.
  • Suitable “group having a branched chain” for Z ′ includes, for example, formula (a2):
  • R 4 is a hydrogen atom, or when R b is a group represented by the following formula (a3), together with R 6 represents a single bond or —O— May form a fluorenyl group or a xanthenyl group;
  • the k Q's each independently represent a single bond or —O—, —S—, —OC ( ⁇ O) —, —NHC ( ⁇ O) — or —NH—;
  • k R 5 's each independently represents an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less; k represents an integer of 1 to 4;
  • Ring A includes R 4 , k QR 5 , and * C (R a ) (R b ), and a C 1-6 alkyl which may be further substituted with a halogen atom or one or more halogen atoms.
  • j represents an integer of 0 to 4; j Q's are independently the same as above; j R 7 's each independently represents an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less; R 6 represents a hydrogen atom, or together with R 4 may represent a single bond or —O— to form a fluorenyl group or a xanthenyl group together with ring A; and ring B is j In addition to the QR 7 and R 6 , it may further be substituted with a halogen atom, a C 1-6 alkyl group optionally substituted by one or more halogen atoms, and one or more halogen atoms A group selected from the group consisting of C 1-6 alkoxy groups, which may have a substituent. ] Is represented.
  • Z' is changed to a "group having a branched chain", preferably a group represented by the formula (a2), so that a nucleoside or As the solvent for improving the solubility of the oligonucleotide, a nonpolar solvent is preferable.
  • L and Y in the above formula (III) are the same as L and Y in the above formula (III ′).
  • a preferred embodiment of Z ′ in the formula (III ′), that is, a group represented by the formula (a2) of Z in the formula (III) is a specific benzyl group (in the formula (a2), R a and R b Are both hydrogen atoms and R 4 is a hydrogen atom); a specific diphenylmethyl group (in formula (a2), R a is a hydrogen atom, R 4 is a hydrogen atom, and k is 1 to 3
  • R b is a group represented by the formula (a3) (wherein R 6 is a hydrogen atom and j is 0 or 1); a specific fluorenyl group (formula (a2)) R a is a hydrogen atom, k is 1, R b is a group represented by the formula (a3) (where j is 0), and R 6 is together with R 4 It is to indicate a single bond to form a fluorene ring with ring a); in particular xanthenyl group (formula (a
  • an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having at least one branched chain and having a total carbon number of 14 to 300 represented by R 5 and R 7 is It is an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains in the molecular structure and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less.
  • the “branched chain” in the “aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains” is a linear or branched saturated aliphatic hydrocarbon group, preferably a C 1-6 alkyl group, and a C 1-4 alkyl group. A group is more preferable, and a methyl group or an ethyl group is more preferable.
  • the “branched chain” may be substituted with one or more halogen atoms.
  • the “aliphatic hydrocarbon group” in the “aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains” is a linear saturated or unsaturated aliphatic hydrocarbon group, preferably a C 2 -C 300 alkyl group (preferably Is a C 3 -C 100 alkyl group, more preferably a C 3 -C 60 alkyl group), a C 2 -C 300 alkenyl group (preferably a C 3 -C 100 alkenyl group, more preferably a C 3 -C 60 alkenyl group) or a C 2 -C 300 alkynyl group (preferably a C 3 -C 100 alkynyl group, more preferably a C 3 -C 60 alkynyl group).
  • a C 2 -C 300 alkyl group preferably Is a C 3 -C 100 alkyl group, more preferably a C 3 -C 60 alkyl group
  • a C 2 -C 300 alkenyl group preferably a C 3
  • the “aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains” in the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and a total carbon number of 14 or more and 300 or less” It does not specifically limit and may exist in the terminal (monovalent group), and may exist in other site
  • aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains include a propyl group, a butyl group, a pentyl group, a hexyl group, a heptyl group, an octyl group, a nonyl group, a decyl group, an undecyl group, and a dodecyl group.
  • aliphatic hydrocarbon groups having one or more branched chains there are multiple “aliphatic hydrocarbon groups having one or more branched chains” in “an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and a total carbon number of 14 to 300”. If so, each may be the same or different.
  • Sites other than “aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains” in “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and a total carbon number of 14 to 300” Can be set arbitrarily. For example, it has a moiety such as —O—, —S—, —CO—, —NH—, —COO—, —OCONH—, —CONH—, —NHCO—, a hydrocarbon group (monovalent group or divalent group). You may do it.
  • Examples of the “hydrocarbon group” include an aliphatic hydrocarbon group, an araliphatic hydrocarbon group, a monocyclic saturated hydrocarbon group, an aromatic hydrocarbon group, and the like.
  • an alkyl group Monovalent groups such as alkenyl group, alkynyl group, cycloalkyl group, aryl group, aralkyl group and the like and divalent groups derived therefrom are used.
  • alkyl group for example, a C 1-6 alkyl group is preferable, and examples thereof include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl, pentyl, hexyl and the like.
  • alkenyl group for example, a C 2-6 alkenyl group is preferable, and examples thereof include vinyl, 1-propenyl, allyl, isopropenyl, butenyl, isobutenyl and the like.
  • alkynyl group for example, a C 2-6 alkynyl group and the like are preferable, and examples thereof include ethynyl, propargyl, 1-propynyl and the like.
  • cycloalkyl group for example, a C 3-6 cycloalkyl group is preferable, and examples thereof include cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, and cyclohexyl.
  • the “aryl group” is preferably, for example, a C 6-14 aryl group, and examples thereof include phenyl, 1-naphthyl, 2-naphthyl, biphenylyl, 2-anthryl and the like. Among them, a C 6-10 aryl group is more preferable, and phenyl is particularly preferable.
  • the “aralkyl group” for example, a C 7-20 aralkyl group is preferable, and examples thereof include benzyl, 1-phenylethyl, 2-phenylethyl, 1-phenylpropyl, naphthylmethyl, 1-naphthylethyl, 1-naphthylpropyl and the like. Is mentioned.
  • a C 7-16 aralkyl group (C 6-10 aryl-C 1-6 alkyl group) is more preferable, and benzyl is particularly preferable.
  • the “hydrocarbon group” may be substituted with a substituent selected from a halogen atom (chlorine atom, bromine atom, fluorine atom, iodine atom), oxo group and the like.
  • Z has k QR 5 groups.
  • Q is each independently a single bond, or —O—, —S—, —OC ( ⁇ O) —, —NHC ( ⁇ O) — or —NH—, preferably O.
  • the k QR 5 groups may be the same or different.
  • the total number of carbon atoms in the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having at least one branched chain and having a total number of carbon atoms of 14 to 300” represented as R 5 and R 7 is: 14 or more, preferably 16 or more, and more preferably 18 or more.
  • the total number of carbon atoms in the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less” represented by R 5 and R 7 is 300 It is below, 200 or less is preferable and 160 or less is more preferable.
  • the total number of branched chains is not particularly limited, but is preferably 2 or more, more preferably 3 or more, more preferably 4 or more, more preferably 8 or more, and still more preferably 10 or more.
  • the oligonucleotide in which the 3′-position hydroxyl group is protected by the protecting group is more soluble in various organic solvents (particularly nonpolar solvents). It becomes a good oil.
  • Examples of the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less” represented by R 5 and R 7 include formula (b):
  • R 8 and R 9 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group
  • X 1 represents a single bond or a C 1-4 alkylene group.
  • R 8 and R 9 are not both hydrogen atoms.
  • a group having the same or different divalent group represented by formula (c) to (e) is preferable.
  • the number of carbons in the definition of each symbol, the number of repeating units (m 1 , n 0 to n 2 ), etc. are shown for convenience, and the total number of carbons is 14 It can be appropriately changed within the above-defined range so as to be above (preferably 16 or more, more preferably 18 or more) and 300 or less (preferably 200 or less, more preferably 160 or less).
  • the expressions (c) to (e) will be described in order.
  • * represents a bonding position with Q; R 10 and R 11 both represent a hydrogen atom or taken together to represent ⁇ O; n 0 represents an integer of 2 to 40; n 0 R 12 and R 13 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group; n 0 X 2 each independently represents a single bond or a C 1-4 alkylene group; and R 14 represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group; R 15 represents a C 1-4 alkyl group.
  • R 12 and R 13 are not both hydrogen atoms and n 0 is 2, R 14 represents a C 1-4 alkyl group.
  • More preferred groups of the formula (c) are branched isomers having 14 to 160 carbon atoms such as a myristyl group, a cetyl group, a stearyl group, an aralkyl group, and a behenyl group, among which 2,3-dihydrophytyl group, 3 , 7,11-trimethyldodecyl group and 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-dodecanoyl group are particularly preferred.
  • n 1 represents an integer of 1 to 10
  • n 2 represents an integer of 1 to 10
  • n 1 R 20 and R 21 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group
  • n 1 X 3 each independently represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • n 2 R 22 and R 23 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group
  • n 2 X 5 each independently represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • X 4 represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • R 17 , R 18 , R 19 , R 24 , R 25 and R 26 are each independently a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group.
  • R 20 and R 21 and / or R 22 and R 23 are not both hydrogen atoms and n 1 + n 2 is 2, two or more of R 17 , R 18 and R 19 Each independently represents a C 1-4 alkyl group, or two or more of R 24 , R 25 and R 26 each independently represent a C 1-4 alkyl group.
  • R 20 and R 21 , and / or R 22 and R 23 are not both hydrogen atoms, and when n 1 + n 2 is 2, R 17 , R 18 and Two or more of R 19 each independently represent a C 1-4 alkyl group, or two or more of R 24 , R 25 and R 26 each independently represent a C 1-4 alkyl group. ).
  • Particularly preferred groups of formula (e) include n 1 is an integer from 1 to 5; n 2 is an integer from 1 to 5; n 1 R 20 and R 21 are each independently a hydrogen atom or a methyl group; n 1 X 3 is each independently a single bond or a methylene group; n 2 R 22 and R 23 are each independently a hydrogen atom or a methyl group; n 2 X 5 are each independently a single bond or a methylene group; X 4 is a single bond or a methylene group; and R 17 , R 18 , R 19 , R 25 , R 25, and R 26 include a group that is a methyl group (provided that R 20 and R 21 , and / Or R 22 and R 23 are not both hydrogen atoms).
  • R 5 and R 7 Specific examples of the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 to 300” represented by R 5 and R 7 include the following groups: It is done. * In each group represents a bonding position, n 3 in the formula represents an integer of 3 or more, and n 4 can be appropriately set so that the total carbon number of the group is 14 or more and 300 or less.
  • the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 to 300” represented by R 5 and R 7 include the following groups: To mention: 3,7,11,15-tetramethylhexadecyl group; 3,7,11-trimethyldodecyl group; 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-dodecanoyl group; 3,4,5-tri (3 ′, 7 ′, 11 ′, 15′-tetramethylhexadecyloxy) benzyl group; and 3,5-di (3 ′, 7 ′, 11 ′, 15′-tetramethyl) Hexadecyloxy) benzyl group.
  • the protecting group represented by formula (III ′) or formula (III) of the present invention include the following benzyl succinyl group or diphenylmethyl succinyl group, but the present invention is limited to these. Do not mean: 2- ⁇ 2,4-di (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzylaminocarbonyl ⁇ ethylcarbonyl group; 3,5-di (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzylsuccinyl group; 4 -(2 ', 3'-dihydrophytyloxy) benzylsuccinyl group; 2- ⁇ 1-[(2-chloro-5- (2', 3'-dihydrophytyloxy) phenyl)] benzylaminocarbonyl ⁇ ethyl Carbonyl group; 3,4,5-tri (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzylsucciny
  • the “optionally protected nucleobase” represented by Base in the general formulas (i) and (ii) is, for example, a nucleobase having an amino group. It means that an amino group may be protected in a certain adenyl group, guanyl group, or cytosyl group, or that an imide group may be protected in a thymyl group or uracil group having a cyclic imide group.
  • a nucleobase in which the amino group of the nucleobase is protected by a protecting group capable of withstanding 5′-position deprotection conditions is preferred.
  • amino group protecting group and “imide group protecting group” are not particularly limited, and examples thereof include Green's PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS, No. 1 Protecting groups described in 4th edition, JOHN WILLY & SONS publication (2006) and the like can be mentioned.
  • amino group protecting group and “imide group protecting group” include, for example, pivaloyl group, pivaloyloxymethyl group, trifluoroacetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, 4 -Tert-butylphenoxyacetyl group, acetyl group, benzoyl group, isobutyryl group, dimethylformamidinyl group, 9-fluorenylmethyloxycarbonyl group and the like can be mentioned.
  • phenoxyacetyl group 4-isopropylphenoxyacetyl group, acetyl group, benzoyl group, isobutyryl group, and dimethylformamidinyl group are preferable.
  • the carbonyl group of the nucleobase may be protected, for example, phenol, 2,5-dichlorophenol, 3-chlorophenol, 3,5-dichlorophenol, 2-formylphenol, 2-naphthol, 4-methoxy Phenol, 4-chlorophenol, 2-nitrophenol, 4-nitrophenol, 4-acetylaminophenol, pentafluorophenol, 4-pivaloyloxybenzyl alcohol, 4-nitrophenethyl alcohol, 2- (methylsulfonyl) ethanol, 2 -(Phenylsulfonyl) ethanol, 2-cyanoethanol, 2- (trimethylsilyl) ethanol, dimethylcarbamic acid chloride, diethylcarbamic acid chloride, ethylphenyl
  • another preferred embodiment of the protecting group for nucleobase includes “a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group”.
  • the “group having a C 5-30 straight chain or branched chain alkyl group and / or C 5-30 straight chain or branched chain alkenyl group” refers to “C 5-30 straight” of Base 2 in the above formula (I).
  • the n-polymerized oligonucleotide is further liposoluble and organic. Solubility in solvents (particularly nonpolar solvents) is imparted, which is advantageous for the synthesis of long-chain oligonucleotides.
  • At least one nucleobase of the n-polymerized oligonucleotide is preferably protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, More preferably, it is protected with a group having a C 5-30 branched chain alkyl group and / or a C 5-30 branched chain alkenyl group.
  • nucleobase of the n-polymerized oligonucleotide is protected with the protecting group, and all n nucleobases may be protected with the protecting group, and a part thereof It is protected with a protecting group, and other nucleobases are commonly used in the field of nucleic acid synthesis (for example, pivaloyl group, pivaloyloxymethyl group, trifluoroacetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group).
  • nucleic acid synthesis for example, pivaloyl group, pivaloyloxymethyl group, trifluoroacetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group.
  • nucleobase represented by Base is protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group.
  • the resulting n + p-polymerized oligonucleotide is further improved in fat solubility and solubility in organic solvents (particularly nonpolar solvents), facilitating the extraction operation in the next step (4), and having a higher degree of polymerization. Oligonucleotide synthesis is possible.
  • n nucleobases the proportion protected by a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group is such that n polymerized oligonucleotides are organic solvents What is necessary is just to set suitably so that it may have sufficient solubility (especially nonpolar solvent).
  • Group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or C 5-30 linear or branched alkenyl group and “C 5-30 branched alkyl group and / or C 5-30 branched alkenyl” Preferred examples of the “group having a group” are as described in the above formula (I).
  • Branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide Further preferred embodiment of the n-polymerized oligonucleotide in the present invention is the above-mentioned formula (i) and (ii), and the protecting group for the 3′-position hydroxyl group represented by P 3 Is a group represented by the above formula (III): -LYZ (which may be referred to as “branched chain-containing aromatic protecting group” in the present specification), in the following general formula (II) It is a novel oligonucleotide represented (sometimes referred to herein as a “branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide”). When m is 0, the branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide represented by the formula (II) is interpreted as “branched chain-containing aromatic protected nucleoside”.
  • the branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide of the present invention is a reaction solvent for the production method of the present invention, and is easily soluble in a nonpolar solvent with excellent liquid separation operability. It is extremely useful as a novel compound that can be used in a method for producing an oligonucleotide (also referred to as a one-pot synthesis method) that leads to a final product only through extraction and separation without crystallizing and isolating each intermediate.
  • solubility means a percentage (mass%) of the mass of a solute with respect to the total mass of the solvent and the solute when the solute is saturated in the solvent.
  • m represents an arbitrary integer of 0 or more; m + 1 pieces of Base 1 are each independently a protected or unprotected nucleic acid base; P 1 represents a hydrogen atom or a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions; X represents a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a halogen atom, or an organic group that crosslinks to the 4-position carbon atom; m X ′ each independently represents a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a halogen atom, or an organic group that crosslinks to a 4-position carbon atom; each of the m P 2 independently represents a protecting group removable under basic conditions; m R 34 s each independently represent an oxygen atom or a sulfur atom; L, Y, and Z are as defined above. ]
  • the compound (II) of the present invention comprises a p-polymerized oligonucleotide in which the 3′-position hydroxyl group is converted to a phosphoramidite and the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group via the oxygen atom of the 5′-position hydroxyl group; Combine to form m + 1 + p polymerized oligonucleotides.
  • the compound (II) of the present invention in which m is 0 is a 3′-terminal starting compound in oligonucleotide synthesis.
  • the compounds of the present invention include those in which the 5′-position hydroxyl group is unprotected (P 1 is a hydrogen atom) in a broad sense.
  • P 1 , P 2 , X, X ′ and R 34 are the same as those of the above compound (I).
  • the definition of m, a preferable aspect, etc. are the same as that of the said compounds (i) and (ii).
  • L, Y and Z in the general formula (II) are the same as the preferred embodiments of L, Y and Z in the general formula (III ′) or the general formula (III).
  • Base 1 The “optionally protected nucleobase” represented by Base 1 is the same as the Base in the general formulas (i) and (ii).
  • the branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide represented by the general formula (II) is not always necessary because the branched chain-containing aromatic protecting group is sufficiently lipid-soluble, but in order to further improve the lipid solubility.
  • Base 1 may be protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, preferably a C 5-30 branched alkyl group. It may be protected with a group and / or a group having a C 5-30 branched alkenyl group.
  • Group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or C 5-30 linear or branched alkenyl group and “C 5-30 branched alkyl group and / or C 5-30 branched alkenyl” Preferred examples of the “group having a group” are as described above.
  • m is 0;
  • Base 1 is a cytosyl group, a uracil group, a thyminyl group, an adenyl group, or a guanyl group, each of which may be protected;
  • P 1 is a di (C 1-6 alkoxy) trityl group or a mono (C 1-6 alkoxy) trityl group;
  • X is a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group fluorine atom, —ORi (Ri is as defined above), —O—NR 37 —Rj (Rj and R 37 are as defined above), or — O—Rk—O—Rl (Rk and Rl have the same meaning as described above); and
  • LYZ represents each of the preferred embodiments shown in the general formula (III ′) or the general formula (III). Similar to the combination of groups, Compound (IIa).
  • m is 0;
  • Base 1 is a cytosyl group, a uracil group, a thyminyl group, an adenyl group, or a guanyl group, each of which may be protected;
  • P 1 is a dimethoxytrityl group or a monomethoxytrityl group;
  • X is a hydrogen atom, an optionally protected hydroxyl group, a fluorine atom, —O—CH 2 —, —O—CH 2 —CH 2 —, or —O—NR 37 —CH 2 — (R 37 is as defined above.
  • L—Y—Z represents the above general formula (III ′) or the combinations of groups shown as preferred embodiments in formula (III) are the same, Compound (IIb).
  • m is 0;
  • Base 1 is a cytosyl group, a uracil group, a thyminyl group, an adenyl group, or a guanyl group, each of which may be protected;
  • P 1 is a dimethoxytrityl group;
  • X represents a hydrogen atom, a methoxy group, tert-butyldimethylsilyloxy group, a fluorine atom, —O—CH 2 —, —O—CH 2 —CH 2 —, —O—NH—CH 2 —, —O—NMe— CH 2 —, —O—CH 2 —O—CH 2 — (the left side is bonded to the 2nd position and the right side is bonded to the 4th position); and
  • LYZ is represented by the general formula ( III ′) or the combinations of groups shown as preferred embodiments in formula
  • Branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide production method Branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide represented by the general formula (II) Branched chain-containing aromatic protected by the general formula (II ′) wherein m is 0
  • the production method of the protected nucleoside is not particularly limited, and can be produced according to a method known per se or a method analogous thereto (Richard T. Pont et al., Nucleic Acids Research 2004, 32, 623-631.).
  • the reaction is generally performed after protecting the raw material compound with an appropriate protecting group in accordance with a known method in advance.
  • a protecting group can be removed after the reaction according to a known method such as acid treatment, alkali treatment, or catalytic reduction.
  • a general method for producing a branched chain-containing aromatic protected nucleoside wherein L in the general formula (II ′) is a succinyl group is shown below.
  • each symbol in the formula is as defined above.
  • a compound (r) in which succinic acid is introduced into the 3′-position hydroxyl group is obtained.
  • the branched chain-containing aromatic protected nucleoside represented by the general formula (II ′) can be obtained by dehydrating condensation of the compound (r) with ZYH in the presence of a condensing agent.
  • the conversion step of the above nucleoside (q) to compound (r) is advantageously performed in a solvent inert to the reaction.
  • a solvent is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but halogenated hydrocarbon solvents such as dichloromethane, 1,2-dichloroethane, chloroform and carbon tetrachloride, and aromatic hydrocarbons such as benzene, toluene and xylene.
  • a solvent, an aliphatic hydrocarbon solvent such as pentane, hexane, heptane, and octane, an ether solvent such as diethyl ether, tetrahydrofuran, cyclopentyl methyl ether, or a mixed solvent thereof is preferable.
  • dichloromethane or chloroform is particularly preferred.
  • the base is not particularly limited, and examples thereof include organic bases as described below, and triethylamine is preferable.
  • the above dehydration condensation step is advantageously performed in a solvent inert to the reaction.
  • a solvent is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but halogenated hydrocarbon solvents such as dichloromethane, 1,2-dichloroethane, chloroform and carbon tetrachloride, and aromatic hydrocarbons such as benzene, toluene and xylene.
  • a solvent, an aliphatic hydrocarbon solvent such as pentane, hexane, heptane, and octane, or a mixed solvent thereof is preferable.
  • dichloromethane and chloroform are particularly preferred.
  • Examples of the condensing agent used in the condensation reaction between the compound (r) and ZYH include dicyclohexylcarbodiimide (DCC), diisopropylcarbodiimide (DIC), N-ethyl-N′-3-dimethylaminopropylcarbodiimide and hydrochloric acid thereof.
  • EDC.HCl hexafluorophosphoric acid (benzotriazol-1-yloxy) tripyrrolidinophosphonium (PyBop), O- (benzotriazol-1-yl) -N, N, N ′, N′-tetramethyl Uronium tetrafluoroborate (TBTU), 1- [bis (dimethylamino) methylene] -5-chloro-1H-benzotriazolium-3-oxide hexafluorophosphate (HCTU), O-benzotriazole-N, N, N ', N'-tetramethyluronium hexafluo Borate (HBTU) and the like.
  • HBTU, HCTU, N-ethyl-N′-3-dimethylaminopropylcarbodiimide and its hydrochloride (EDC ⁇ HCl) are preferred.
  • the amount of the condensing agent to be used can be 1 to 10 mol, preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of compound (r).
  • the amount of Z—Y—H used can be 1 to 10 mol, preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of compound (r).
  • the reaction temperature is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but it is preferably ⁇ 10 ° C. to 50 ° C., more preferably 0 ° C. to 30 ° C.
  • the reaction time is 30 minutes to 70 hours.
  • ZYH (alcohol or amine)
  • Method for producing an alcohol compound or amine compound represented by the general formula: ZYH which is a raw material compound used in the production of a branched chain-containing aromatic protected oligonucleotide Although it does not specifically limit as, For example, it can manufacture by the following processes.
  • [Q ′ in the formula represents —O—, —S—, —C ( ⁇ O) O— or —NH—, wherein R g represents a hydrogen atom, an OR h group (where R h represents C 1 -6 represents an alkyl group such as an alkyl group, an aralkyl group such as a benzyl group, etc.) or formula (a3):
  • Y 1 represents a leaving group such as a halogen atom, and the other symbols are as defined above.
  • the halide corresponding to the R 5 group in the presence or absence of a base in a solvent that does not affect the reaction ( chloride, bromide or iodide), alkylsulfonyloxy compound corresponding to the carboxylic acid or acid halide or R 5 groups corresponding to R 5 groups (e.g., methanesulfonyloxy compound, etc.) or arylsulfonyloxy halide (e.g., p -Toluenesulfonyloxylate etc.).
  • Examples of the base include alkali metal salts such as sodium carbonate, sodium hydrogen carbonate, potassium carbonate, sodium hydride, potassium hydride, potassium tert-butoxide; pyridine, triethylamine, N, N-dimethylaniline, 1,8-diazabicyclo
  • Examples thereof include amines such as [5.4.0] -7-undecene, among which sodium carbonate, potassium carbonate, sodium hydride and the like are preferable.
  • the solvent examples include aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; amides such as dimethylformamide and dimethylacetamide; halogenated hydrocarbons such as chloroform and dichloromethane; nitriles such as acetonitrile. N-methylpyrrolidone and the like, or a mixture thereof. Among them, dimethylformamide, tetrahydrofuran, toluene, N-methylpyrrolidone and the like are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 50 to 150 ° C, more preferably 60 to 130 ° C.
  • the reaction time is preferably 2 to 30 hours, more preferably 3 to 10 hours.
  • Step (b) This step is a step of producing a compound represented by formula (Ia) (hereinafter abbreviated as compound (Ia)) by reducing compound (IVa).
  • the reduction reaction can be performed by a method using a reducing agent.
  • Examples of the reducing agent used in the reduction reaction include metal hydrides (sodium borohydride, lithium borohydride, sodium cyanoborohydride, sodium triacetoxyborohydride, dibutylaluminum hydride, aluminum hydride, hydrogenation) Among them, sodium borohydride, dibutylaluminum hydride and the like are preferable.
  • the reaction is performed in a solvent that does not affect the reaction.
  • the solvent include alcohols such as methanol and ethanol; ethers such as diethyl ether, tetrahydrofuran and dioxane; aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; or a mixture thereof, among which tetrahydrofuran, toluene and the like are mentioned.
  • the reaction temperature is preferably 0 to 100 ° C, more preferably 30 to 70 ° C.
  • the reaction time is preferably 1 to 24 hours, more preferably 2 to 5 hours.
  • Step (c) is a step of reducing compound (IVa) (in formula (IVa), R g is not a hydrogen atom or an OR h group) by the same method as in the above step (b).
  • Step (d-1) This step involves oximation of compound (IVa) (wherein R g is a hydrogen atom) in formula (IVa), whereby a compound represented by formula (I′-a) (hereinafter referred to as compound (I ′ ′) Abbreviated as -a)).
  • the oximation reaction is carried out by reacting compound (IVa) with hydroxylamine acid addition salt in the presence of a base in a solvent that does not affect the reaction.
  • Examples of the acid addition salt of hydroxylamine include mineral acid salts such as hydrochloride, sulfate, and nitrate, acetate, trifluoroacetate, methanesulfonate, trifluoromethanesulfonate, p-toluenesulfonate, and the like.
  • the organic acid salt and the like can be mentioned, and the hydrochloride is particularly preferable.
  • Examples of such bases include alkali metal salts such as potassium hydroxide, sodium hydroxide, sodium hydrogen carbonate, potassium carbonate; pyridine, triethylamine, diisopropylethylamine, N, N-dimethylaniline, 1,8-diazabicyclo [5.4. 0.0] undec-7-ene and the like, among which triethylamine, diisopropylethylamine and the like are preferable.
  • alkali metal salts such as potassium hydroxide, sodium hydroxide, sodium hydrogen carbonate, potassium carbonate
  • pyridine triethylamine, diisopropylethylamine, N, N-dimethylaniline, 1,8-diazabicyclo [5.4. 0.0] undec-7-ene and the like, among which triethylamine, diisopropylethylamine and the like are preferable.
  • the solvent examples include halogen solvents such as chloroform and dichloromethane; aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; and / or mixtures thereof. Among them, dichloromethane, chloroform, Toluene and the like are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 100 ° C., more preferably 20 to 60 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-2) In this step, compound (I′-a) is reduced by a catalytic hydrogenation reaction in the presence of a metal catalyst such as palladium-carbon or Raney nickel, or a reducing agent such as a metal hydride similar to step (b).
  • a metal catalyst such as palladium-carbon or Raney nickel
  • a reducing agent such as a metal hydride similar to step (b).
  • Compound (Ib) can also be produced through steps (d-3) to (d-4) and (d-5).
  • Step (d-3) the compound (Ia) is halogenated using a chlorinating agent such as acetyl chloride or thionyl chloride or a brominating agent such as acetyl bromide, phosphorus tribromide or diphenylphosphine / bromine.
  • a chlorinating agent such as acetyl chloride or thionyl chloride
  • a brominating agent such as acetyl bromide, phosphorus tribromide or diphenylphosphine / bromine.
  • the solvent examples include halogenated hydrocarbons such as chloroform and dichloromethane; aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; and mixtures thereof, among which chloroform, tetrahydrofuran and toluene Etc. are preferred.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 150 ° C, more preferably 30 to 80 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-4) In this step, compound (I′-b) is azidated by using an azidating agent such as sodium azide to give a compound represented by formula (I′-c) (hereinafter referred to as compound (I′-c) Abbreviated as))).
  • This reaction is carried out by reacting compound (I′-b) with an azidating agent in a solvent that does not affect the reaction.
  • the solvent examples include halogenated hydrocarbons such as chloroform and dichloromethane; aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; amides such as N, N-dimethylformamide; and mixtures thereof Among them, chloroform, N, N-dimethylformamide and the like are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 150 ° C, more preferably 20 to 100 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-5) This step is a step of producing compound (Ib) by amination of compound (I′-c).
  • the reaction is carried out by reacting compound (I′-c) with triphenylphosphine in a solvent that does not affect the reaction in the presence of water or by catalytic hydrogenation reduction.
  • the amount of triphenylphosphine to be used is preferably 1 to 10 mol, particularly preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of compound (I′-c).
  • the amount of water to be used is preferably 1 to 10 mol, particularly preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of compound (I′-c).
  • the solvent examples include aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; and mixtures thereof, among which toluene and tetrahydrofuran are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 150 ° C, more preferably 20 to 100 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-6) In this step, compound (I′-b) is reacted with RNH 2 (where R is as defined above) to give a compound represented by formula (Ic) wherein Y is a —NHR group (hereinafter, This is a step for producing compound (Ic).
  • the compound (I′-b) is represented by R—NH 2 in a solvent that does not affect the reaction, if necessary, for example, in the presence of a base such as a tertiary amine such as triethylamine or diisopropylethylamine. By reacting with an amine.
  • the solvent examples include aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; and halogen solvents such as chloroform and dichloromethane, or a mixture thereof. Etc. are preferred.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 100 ° C, more preferably 20 to 60 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-7) is a step of producing compound (Ie) by reacting compound (Id) with a compound having —CONH 2 group or —OCONH 2 group and then treating with a base.
  • the reaction of compound (Id) with a compound having a —CONH 2 group or —OCONH 2 group is carried out in an acid catalyst in a solvent that does not affect the reaction.
  • the acid catalyst include methanesulfonic acid, trifluoromethanesulfonic acid, toluenesulfonic acid and the like, and methanesulfonic acid and toluenesulfonic acid are particularly preferable.
  • the amount of the acid catalyst to be used is preferably 0.05 to 0.5 mol, particularly preferably 0.1 to 0.3 mol, per 1 mol of compound (Id).
  • Examples of the compound having —CONH 2 group or —OCONH 2 group include Fmoc-NH 2 , HCONH 2 , CF 3 CONH 2 , AcNH 2 , EtOCONH 2 , Cbz—NH 2, etc., among which Fmoc-NH 2 EtOCONH 2 and the like are preferable.
  • Fmoc- means a 9-fluorenylmethoxycarbonyl group (hereinafter also referred to as Fmoc group)
  • Cbz- means a benzyloxycarbonyl group (hereinafter also referred to as Cbz group). Means.
  • R 5 reagent i.e. to be used as starting compound for the step (a)
  • the hydroxide corresponding to the R 5 groups
  • halides alkylsulfonyloxy compound (e.g., methanesulfonyloxy compound, etc.) or arylsulfonyloxy halide
  • commercially available products can be used for (eg, p-toluenesulfonyloxylate).
  • R 5 reagent for example, (1) by halogenation, alkylsulfonyloxylation or arylsulfonyloxylation of a hydroxide corresponding to R 5 group, or (2) a reduction reaction of an unsaturated hydroxide corresponding to R 5 group (for example, platinum- Carbon (Pt / C), palladium-carbon (Pd / C), rhodium-carbon (Rh / C), catalytic hydrogenation reaction in the presence of a metal catalyst such as Raney nickel), and subsequent halogenation, alkylsulfonyl By oxidation or arylsulfonyloxylation, Can be manufactured.
  • Pt / C platinum- Carbon
  • Pd / C palladium-carbon
  • Rh / C rhodium-carbon
  • catalytic hydrogenation reaction in the presence of a metal catalyst such as Raney nickel
  • the reagent used in conversion of the hydroxyl group to a leaving group for example, thionyl chloride, chlorinating agents, such as N- chlorosuccinimide (NCS), hydrobromic acid, acetyl bromide
  • chlorinating agents such as N- chlorosuccinimide (NCS)
  • N-bromosuccinimide (NBS) N-bromosuccinimide
  • alkylsulfonylating agents such as methanesulfonyl chloride and trifluoromethanesulfonyl chloride, benzenesulfonyl chloride
  • arylsulfonylating agents such as p-toluenesulfonyl chloride, and among them, halogenating agents such as thionyl chloride and hydrobromic acid are preferable.
  • the reaction is performed in a solvent that does not affect the reaction.
  • the solvent include water; halogenated hydrocarbons such as chloroform and dichloromethane; aromatic hydrocarbons such as benzene, toluene and xylene; acetonitrile, Nitriles such as propionitrile; ethers such as tetrahydrofuran, 1,4-dioxane, diethyl ether and the like.
  • halogenated hydrocarbons such as water and chloroform are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 120 ° C, more preferably 50 to 100 ° C.
  • the reaction time is preferably 1 to 72 hours, more preferably 3 to 24 hours.
  • the compound represented by ZYH where Q is a single bond can also be produced, for example, by the following method. That is, the introduction of the R 5 group onto the benzene ring is (1) a halide corresponding to R 5 groups (chloride, bromide or iodide), Friedel-Crafts reaction using a carboxylic acid or acid halide corresponding to R 5 groups, (2) A method in which a compound corresponding to the above compound (II) (provided that the Q′H group is replaced by a —CHO group) is increased by Wittig reaction and then catalytic hydrogenation or the like, or (3) a metal It can be carried out by a conventional organic synthesis reaction such as cross coupling using a catalyst.
  • the 3′-position hydroxyl group is phosphoramidated, the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and the nucleobase is a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or C 5-30 “Hydroxyl group protected by a group having a linear or branched alkenyl group”
  • the “3′-position hydroxyl group is phosphoramidite-modified to form a 5′-position hydroxyl group.
  • p-polymerized base moiety-protected oligonucleotide (p represents an arbitrary integer of 1 or more) is not particularly limited as long as the structural requirements are satisfied.
  • the hydroxyl group at the 3 ′ position is phosphoramidite means that the hydroxyl group at the 3 ′ position of the oligonucleotide is, for example, —P (OP 2 ) (NR e R f ) (wherein each symbol is as defined above). It is modified with a phosphoramidite group represented by: Definitions, examples, and preferred embodiments of P 2 , R e, and R f are as described in the above formula (I). The definition, examples, and preferred embodiments of the “temporary protecting group that can be removed under acidic conditions” are as described in the above formula (I).
  • Step (1) (Deprotection Step)
  • the 3'-position hydroxyl group is protected and the 5'-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions.
  • This step is performed in a solvent that does not affect the reaction. Since the higher the solubility in the solvent, the better the reactivity can be expected, it is preferable to select a nonpolar solvent having high solubility of the n-polymerized oligonucleotide of the present invention.
  • halogen solvents such as chloroform, dichloromethane and 1,2-dichloroethane
  • aromatic solvents such as benzene, toluene, xylene and mesitylene
  • ester solvents such as ethyl acetate and isopropyl acetate
  • hexane, pentane and heptane Aliphatic solvents such as octane, nonane and cyclohexane
  • nonpolar ether solvents such as diethyl ether, cyclopentyl methyl ether and tert-butyl methyl ether. Two or more of these solvents may be mixed and used at an appropriate ratio.
  • n non-polar solvents are polymerized with n polar solvents such as nitrile solvents such as acetonitrile and propionitrile, and amide solvents such as N, N-dimethylformamide, N, N-dimethylacetamide and N-methylpiperidone.
  • n polar solvents such as nitrile solvents such as acetonitrile and propionitrile
  • amide solvents such as N, N-dimethylformamide, N, N-dimethylacetamide and N-methylpiperidone.
  • aromatic solvents, aliphatic solvents, or combinations thereof are preferable, benzene, toluene, hexane, pentane, heptane, nonane, cyclohexane, or combinations thereof are preferable, toluene, heptane, nonane, or these A combination is more preferred, with toluene, heptane or combinations thereof being particularly preferred.
  • the concentration of the n-polymerized oligonucleotide (i) in the solvent in this step is not particularly limited as long as it is dissolved, but is preferably 1 to 30% by mass.
  • the cation scavenger is not particularly limited as long as reprotection (returning raw materials) by the removed protecting group P 1 and side reaction to the deprotected functional group do not proceed, but pyrrole, 2-methylpyrrole, 3 -Pyrrole derivatives such as methylpyrrole, 2,3-dimethylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole; indole, 4-methylindole, 5-methylindole, 6-methylindole, 7-methylindole, 5,6-dimethylindole Indole derivatives such as 6,7-dimethylindole can be used.
  • pyrrole, 3-methylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole, indole, 4-methylindole, 5-methylindole, 6-methylindole, 7-methylindole, 5, 6-dimethylindole and 6,7-dimethylindole are preferred, pyrrole, 3-methylpyrrole and indole are more preferred, pyrrole and indole are more preferred, and pyrrole is particularly preferred.
  • the cation scavenger can be used in an amount of 1 to 50 mol, preferably 5 to 20 mol, per 1 mol of n polymerized oligonucleotide (i).
  • the acid used in this step is not particularly limited as long as good deprotection can be achieved, but trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, hydrochloric acid, acetic acid, p-toluene It is preferable to use sulfonic acid or the like.
  • trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid and trichloroacetic acid are more preferable, trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid and trifluoromethanesulfonic acid are more preferable, and trifluoroacetic acid and dichloroacetic acid are more preferable. Still more preferred is trifluoroacetic acid. These acids may be diluted with the nonpolar solvent. Moreover, when using the said acid, you may use combining a specific base and adjusting acidity suitably.
  • the amount of acid used in this step can be 1 to 100 mol, preferably 1 to 40 mol, per 1 mol of n-polymerized oligonucleotide (i).
  • the reaction temperature in this step is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but it is preferably ⁇ 10 ° C. to 50 ° C., more preferably 0 ° C. to 40 ° C.
  • the reaction time varies depending on the type of n-polymerized oligonucleotide to be used, the type of acid, the type of solvent, the reaction temperature, etc., but is 5 minutes to 5 hours.
  • the subsequent condensation step, and the oxidation step continuously in the liquid it is preferable to neutralize with an organic base after removing the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group in this step.
  • the organic base used for neutralization is not particularly limited as long as the acid can be neutralized and the obtained salt can function as a condensing agent, but the viewpoint that the reaction proceeds well.
  • the amount of the organic base used in this step can be 1 to 10 mol, preferably 1 to 3 mol, per 1 mol of acid.
  • a particularly preferred combination of an acid and an organic base is trifluoroacetic acid and pyridine and / or N-methylimidazole.
  • Step (2) (Condensation step)
  • n-polymerized oligonucleotide (ii) in which the 5′-position hydroxyl group is not protected and the 3′-position hydroxyl group is protected, and the 3′-position hydroxyl group is converted to phosphoramidite, and the 5′-position hydroxyl group is Protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions and the nucleobase protected with a group having a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group
  • the n-polymerized oligonucleotide (ii) is not particularly limited, but the one obtained in the step (1) can be preferably used. In that case, it can carry out by adding p polymerization base part protection oligonucleotide (iii) directly to the reaction liquid after a process (1), without isolating n polymerization oligonucleotide (ii).
  • This condensation step is an acid salt of an organic base (for example, pyridine / trifluoroacetate salt) formed by salt formation between the acid added during the deprotection reaction in step (1) and the organic base added during the neutralization reaction. Acts as a condensing agent, so that the steps (1) and (2) are continuously carried out in the liquid have not only the omission of the isolation operation but also the advantage of improving the reaction efficiency.
  • the reaction efficiency can also be improved by adding a condensing agent (for example, pyridine / trifluoroacetate, tetrazole, 5-benzylthio-1H-tetrazole, 4,5-dicyanoimidazole, etc.).
  • a condensing agent for example, pyridine / trifluoroacetate, tetrazole, 5-benzylthio-1H-tetrazole, 4,5-dicyanoimidazole, etc.
  • N-methylimidazole is added for the purpose of suppressing acidification of the reaction solution. It is preferable.
  • the amount of N-methylimidazole added for adjusting the acidity can be 0.1 to 1 mol, preferably 0.5 mol, per 1 mol of the organic base used for neutralization. It is.
  • a base-partition protected oligonucleotide represented by the above general formula (I) can be preferably used.
  • the nonpolar solvent includes a nitrile solvent such as acetonitrile or propionitrile; acetone, Ketone solvents such as 2-butanone; polar ether solvents such as N, N-dimethylformamide, N, N-dimethylacetamide, 1,4-dioxane and tetrahydrofuran; amide solvents such as N-methylpyrrolidone; dimethyl sulfoxide and the like It is preferable to use a polar solvent such as a sulfoxide solvent mixed at an appropriate ratio as long as the n-polymerized oligonucleotide (ii) from which the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group has
  • polar solvent amide solvents, nitrile solvents, and combinations thereof are preferable, acetonitrile, N, N-dimethylformamide, N-methylpiperidone, and combinations thereof are more preferable, and acetonitrile is particularly preferable.
  • the polar solvent may be added as a solution of p-polymerized base moiety-protected oligonucleotide (iii), a condensing agent, and the like.
  • the amount of the p-polymerized base moiety-protected oligonucleotide (iii) used can be 1 to 10 mol, preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of the n-polymerized oligonucleotide (ii).
  • the reaction temperature is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably 0 ° C to 100 ° C, more preferably 20 ° C to 50 ° C.
  • the reaction time varies depending on the type of n-polymerized oligonucleotide to be condensed, the reaction temperature, etc., but is 30 minutes to 24 hours.
  • Process (3) (oxidation process or sulfurization process) By reacting the n + p polymerized oligonucleotide (iv) obtained in step (2) with an oxidizing agent or a sulfurizing agent, the phosphite triester bond of the n + p polymerized oligonucleotide (iv) is converted into a phosphate triester bond or This is a step of converting to a thiophosphate triester bond.
  • This step is performed by directly adding an oxidizing agent or a sulfurizing agent to the reaction solution after step (2) without isolating the n + p polymerization oligonucleotide (iv) obtained in step (2). be able to.
  • the “oxidant” used in this step is not particularly limited as long as it has an ability to oxidize a phosphite triester bond to a phosphate triester bond without oxidizing other sites.
  • iodine, (1S)-(+)-(10-camphanylsulfonyl) oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide, 2-butanone peroxide, 1,1-dihydroperoxycyclododecane More preferably, iodine, (1S)-(+)-(10-camphanylsulfonyl) oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide, and 2-butanone peroxide are more preferable, iodine and tert-butyl hydroperoxide are still more preferable, and iodine is preferable. Particularly preferred.
  • Such an oxidizing agent can be used by diluting with an appropriate solvent so as to have a concentration of 0.05 to 2M.
  • a diluting solvent is not particularly limited as long as it is inert to the reaction, and examples thereof include pyridine, THF, dichloromethane, water, nonane, and any mixed solvent thereof.
  • iodine / water / pyridine-THF, iodine / pyridine-acetic acid, peroxide (TBHP) / dichloromethane, tert-butyl hydroperoxide / nonane or hydrogen peroxide / potassium iodide / phosphate buffer are used. preferable.
  • the “sulfurizing agent” used in this step is not particularly limited as long as it has an ability to convert a phosphite triester bond into a thiophosphate triester bond, but 3-((N, N-dimethylamino) is not limited.
  • Methylidene) amino) -3H-1,2,4-dithiazol-5-thione DDTT
  • 3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1-dioxide Beaucage reagent
  • 3H-1, 2-Benzodithiol-3-one phenylacetyl disulfide (PADS), tetraethylthiuram disulfide (TETD), 3-amino-1,2,4-dithiazol-5-thione (ADTT), and sulfur are preferably used.
  • PADS phenylacetyl disulfide
  • TETD tetraethylthiuram disulfide
  • ADTT 3-amino-1,2,4-dithiazol-5-thione
  • Such a sulfurizing agent can be used by diluting with a suitable solvent so as to have a concentration of 0.05 to 2M.
  • a diluting solvent is not particularly limited as long as it is an inert solvent for the reaction, and examples thereof include dichloromethane, acetonitrile, pyridine, and any mixed solvent thereof.
  • the amount of the oxidizing agent or sulfurizing agent used can be 1 to 50 mol, preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of the n + p polymerization oligonucleotide (iv) obtained in the step (2).
  • the reaction temperature is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably 0 ° C to 100 ° C, more preferably 20 ° C to 50 ° C.
  • the reaction time varies depending on the type of n + p-polymerized oligonucleotide (iv), the type of oxidizing agent or sulfurizing agent used, the reaction temperature, etc., but is 1 minute to 3 hours.
  • Step (4) (Extraction and isolation step)
  • n + p-polymerized oligonucleotide (v) is obtained only by extraction from the reaction solution containing n + p-polymerized oligonucleotide (v) having the phosphate triester bond or thiophosphate triester bond obtained in step (3). Is a method for isolation and purification.
  • the extraction operation is not particularly limited, but preferably, a polar solvent and / or a nonpolar solvent is added to the reaction solution obtained in step (3) as necessary to separate the solvent between the polar solvent and the nonpolar solvent. This is done by layering and transferring n + p polymerized oligonucleotides to a nonpolar solvent.
  • a nonpolar solvent is added to the reaction mixture and separate the layers.
  • the remaining raw materials and reagents for example, acid, cation scavenger, organic base, 3′-position hydroxyl group is converted to phosphoramidite, and the 5′-position hydroxyl group is a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions. Impurities such as protected p-polymerized oligonucleotides, oxidizing agents or sulfiding agents) can be trapped in the polar solvent.
  • Non-polar solvents added as necessary to transfer the n + p-polymerized oligonucleotides in this step into the non-polar solvent include halogen solvents such as chloroform, dichloromethane, 1,2-dichloroethane; benzene, toluene, Aromatic solvents such as xylene and mesitylene; ester solvents such as ethyl acetate and isopropyl acetate; aliphatic solvents such as hexane, pentane, heptane, octane, nonane and cyclohexane; diethyl ether, cyclopentyl methyl ether, tert-butyl methyl Nonpolar ether solvents such as ether can be mentioned.
  • halogen solvents such as chloroform, dichloromethane, 1,2-dichloroethane
  • Aromatic solvents such as xylene and mesitylene
  • ester solvents such
  • Two or more of these solvents may be mixed and used at an appropriate ratio.
  • aromatic solvents, aliphatic solvents, or combinations thereof are preferable, benzene, toluene, hexane, pentane, heptane, nonane, cyclohexane, or combinations thereof are preferable, toluene, heptane, nonane, or these A combination is more preferred, toluene, heptane or a combination thereof is more preferred, and heptane is particularly preferred.
  • Examples of the polar solvent added as necessary for transferring impurities in this step into the polar solvent include alcohol solvents such as methanol, ethanol and isopropanol, nitrile solvents such as acetonitrile and propionitrile, acetone. , Ketone solvents such as 2-butanone, polar ether solvents such as 1,4-dioxane and tetrahydrofuran, amide solvents such as N, N-dimethylformamide, N, N-dimethylacetamide and N-methylpiperidone, dimethyl sulfoxide and the like And sulfoxide solvents, water, etc., and a mixed solvent of two or more of these.
  • alcohol solvents such as methanol, ethanol and isopropanol
  • nitrile solvents such as acetonitrile and propionitrile
  • acetone. Ketone solvents such as 2-butanone
  • polar ether solvents such as 1,4-dioxane and
  • amide solvents, nitrile solvents, and combinations thereof are preferable, and acetonitrile, N, N-dimethylformamide, N-methylpiperidone, and combinations thereof are more preferably used.
  • acetonitrile is particularly preferable from a practical viewpoint.
  • Removing the polar solvent after the layer separation between the polar solvent and the nonpolar solvent can remove impurities from the BR. Further, by adding the polar solvent to the nonpolar solvent from which the polar solvent has been removed, stirring, and separating the layers to remove the polar solvent (referred to as washing in the present invention), it is possible to further remove a small amount of remaining impurities. it can.
  • the number of washings with a polar solvent is not particularly limited, but the nonpolar solvent is analyzed by thin layer silica gel chromatography, high performance liquid chromatography, etc., and impurities are contained in the nonpolar solvent layer to the extent that the nucleotide elongation reaction of the next cycle is not inhibited. You may repeat until it reduces.
  • the polar solvent used for the layer separation and washing may contain water in order to improve the layer separation property with the nonpolar solvent.
  • the content of water in the polar solvent is preferably 1 to 10% (v / v), more preferably 3 to 8% (v / v). If the water content is too low, the layer separation may be insufficient. If the water content is too high, the solubility in polar solvents such as by-products to be removed, remaining raw materials, and reagents will be reduced. Efficiency tends to decrease.
  • n + p polymerized oligonucleotides (v) can be isolated.
  • nucleotide elongation can be repeated in one pot by adding the solvent and reagent of the next cycle to the concentrated reaction vessel.
  • the nonpolar solvent layer after washing can be subjected to nucleotide extension in the next cycle without concentrating.
  • a desired high degree of polymerization oligonucleotide can be obtained with high purity and high yield by repeating the above steps (1) to (4) a desired number of times.
  • Step (5) (Deprotection / Oligonucleotide Isolation Step)
  • the oligonucleotide can be isolated by performing deprotection according to the type and nature of the protecting group.
  • deprotection for example, Green's PROTECTIVE GROUPS in ORGANIC SYNTHESIS, 4th edition, John WILLY & SONS publication (2006)
  • the step of removing all protecting groups from the oligonucleotide can be carried out according to the deprotection method described in Y. et al.
  • the nucleotide 3′-hydroxyl protecting group and the nucleobase protecting group phenoxyacetyl group, acetyl group, C 5-30 linear or branched alkyl group and / or C 5-30 in the present invention.
  • All cyanoethyl groups bonded to phosphate groups, such as groups having straight or branched alkenyl groups, should be removed by treatment with aqueous ammonia / ethanol solution, aqueous ammonia / methylamine aqueous solution, ethylenediamine, etc. Can do.
  • the protecting group for the nucleotide 5′-hydroxyl group can be removed by treating with the acid used in step (1) or a solution obtained by diluting them appropriately. Since an oligonucleotide having no protecting group is easily degraded by an enzyme, it is preferable to isolate the oligonucleotide under air cleanliness control.
  • the confirmation of the progress of the reaction in each of the above steps can be performed by the same method as a general liquid phase organic synthesis reaction. That is, the reaction can be followed using thin layer silica gel chromatography, high performance liquid chromatography or the like.
  • the oligonucleotide obtained from step (4) or step (5) can be further led to a desired oligonucleotide derivative by further organic synthesis reaction.
  • Steps (1 ′) to (5 ′) Another embodiment of the method for producing an oligonucleotide of the present invention includes a method comprising the following step (2 ′).
  • P ′ represents an arbitrary integer of 1 or more.
  • the hydroxyl group at the 5 ′ position was not protected, and the hydroxyl group at the 3 ′ position was protected by the protecting group represented by the general formula (III).
  • n ′ represents an arbitrary integer of 1 or more
  • n ′ + p′-polymerized oligonucleotide is condensed with a phosphite triester bond via its 5′-hydroxyl group to form an n ′ + p′-polymerized oligonucleotide.
  • the method preferably further comprises the following step (3 ′), wherein the phosphite triester bond of the n ′ + p ′ polymerized oligonucleotide obtained in step (2 ′) is a phosphate triester bond or thio Converted to phosphate triester linkage.
  • step (3 ′) An oxidizing agent or a sulfurizing agent is added to the reaction solution in the condensation step (2 ′), and the phosphite triester bond of the n ′ + p′-polymerized oligonucleotide obtained in the condensation step is converted into a phosphate triester. Converting to a bond or thiophosphate triester bond.
  • the method preferably further comprises the following step (1 ′), the 5′-position hydroxyl group used in step (2 ′) is not protected, and the 3′-position hydroxyl group is the above general formula (III).
  • the 3′-position hydroxyl group is protected with the protecting group represented by the general formula (III), and the 5′-position hydroxyl group is under acidic conditions.
  • Step (1 ′) is preferably performed in the presence of at least one cation scavenger selected from pyrrole derivatives and indole derivatives, and after removing the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group, neutralization with an organic base is performed.
  • the process further includes. Steps (1 ′), (2 ′) and (3 ′) can be continuously performed in the solution, and an oligonucleotide having p′-extended nucleosides can be isolated and purified only by extraction operation.
  • step (4 ′) it is possible to easily and effectively remove excess raw materials and by-products without requiring complicated solidification isolation, and to produce n ′ + p′-polymerized oligonucleotides. It can refine
  • (4 ′) A step of isolating n ′ + p′-polymerized oligonucleotide from the reaction solution obtained in the step (3 ′) only by an extraction operation.
  • step (1 ′) to step (3 ′) can be repeated as a basic unit to include step (4 ′).
  • an oligonucleotide can be isolated and produced.
  • n ′ represents an arbitrary integer of 1 or more, and the upper limit thereof is not particularly limited, but is usually 100 or less, preferably 75 or less, more preferably 50 or less, and further preferably 30 or less.
  • p ′ represents an arbitrary integer of 1 or more, and 1 is preferable.
  • the upper limit of p is not particularly limited, but is preferably 50 or less, more preferably 30 or less, still more preferably 20 or less, still more preferably 5 or less, and particularly preferably 3 or less.
  • n ′ polymerized oligonucleotide used in the step (1 ′) is, for example, the 3 ′ position as shown in the following general formula (i ′) in which P 1 is a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions.
  • n′-polymerized oligonucleotide in which a hydroxyl group is protected with a protecting group represented by the above general formula (III) and a 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions,
  • the n ′ polymerized oligonucleotide used in “) is not protected at the 5′-position hydroxyl group as shown in the following general formula (ii ′), and the 3′-position hydroxyl group is represented by the above general formula (
  • the n ′ polymerized oligonucleotide protected with a protecting group represented by III) is shown.
  • m ′ represents an arbitrary integer of 0 or more, and other symbols are as defined above.
  • the upper limit of m ′ is not particularly limited, but is usually 99 or less, preferably Is 74 or less, more preferably 49 or less, and even more preferably 29 or less.
  • the definitions, examples, and preferred embodiments of other symbols are the same as those described in the formulas (i) and (ii).
  • the “3′-position hydroxyl group used in the step (2 ′) may be phosphoramidated, the 5′-position hydroxyl group may be protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and the nucleobase may be protected.
  • the “p′-polymerized oligonucleotide” is not particularly limited as long as the structural requirement is satisfied. “The hydroxyl group at the 3 ′ position is phosphoramidite” means that the hydroxyl group at the 3 ′ position of the oligonucleotide is, for example, —P (OP 2 ) (NR e R f ) (wherein each symbol is as defined above).
  • a phosphoramidite group represented by: Definitions, examples, and preferred embodiments of P 2 , R e, and R f are as described in the above formula (I).
  • the definition, examples, and preferred embodiments of the “temporary protecting group that can be removed under acidic conditions” are as described in the above formula (I).
  • the protecting group in “the nucleobase may be protected” has the same meaning as the protecting group exemplified in the “optionally protected nucleobase” of Base in the general formulas (i) and (ii) above. .
  • the protecting group is preferably a group that does not contain a C 5-30 linear or branched alkyl group and / or a C 5-30 linear or branched alkenyl group, such as a pivaloyl group, a pivaloyloxymethyl group, Fluoroacetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, 4-tert-butylphenoxyacetyl group, acetyl group, benzoyl group, isobutyryl group, dimethylformamidinyl group, 9-fluorenylmethyloxycarbonyl group, etc.
  • phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, acetyl group, benzoyl group, isobutyryl group, and dimethylformamidinyl group are more preferable.
  • oligonucleotide having a nucleobase having a 3′-position hydroxyl group converted to a phosphoramidite and a 5′-position hydroxyl group protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions and may be protected For example, it is represented by the following general formula (iii ′).
  • Base represents an optionally substituted nucleobase
  • q ′ represents an arbitrary integer of 0 or more, and other symbols are as defined above.
  • the “optionally substituted nucleobase” represented by Base is synonymous with the “optionally protected nucleobase” of Base in the general formulas (i) and (ii).
  • q ′ represents an arbitrary integer of 0 or more, and 0 is preferable.
  • the upper limit of q ′ is not particularly limited, but is preferably 49 or less, more preferably 29 or less, further preferably 19 or less, still more preferably 4 or less, still more preferably 2 or less, and particularly preferably 1. .
  • oligonucleotides produced according to the present invention can be used for various human or veterinary drugs (RNA, DNA, oligonucleic acid drugs, etc.), functional foods, specified health foods, foods, chemical products, It can be used for various applications such as industrial polymer materials.
  • the yield in the following preparation examples and examples shows mol / mol%. Unless otherwise defined, “%” in the present specification represents “mass%”. Moreover, the ratio of the solvent in the following preparation examples and Examples shows volume ratio.
  • tetramethylsilane was used as an internal standard, and CDCl 3 was used as a measurement solvent.
  • the NMR spectrum was measured using a Bruker AVANCE AV300 (300 MHz) nuclear magnetic resonance apparatus or a Bruker AVANCE 400 (400 MHz) nuclear magnetic resonance apparatus.
  • Electrospray ionization liquid chromatography / mass spectrometry (hereinafter abbreviated as LC / MS) was subjected to flow injection analysis (FIA) using 6130 Quadrupole LC / MS (Agilent Technologies) (solvent: 0.1 mol / l TEAA buffer pH 7). 0.0, acetonitrile, ionization mode: ESI, ion mode: negative, mass spectrometer: quadrupole, fragmentor voltage: 200V).
  • quadrupole mass spectrometry ZQ2000 (manufactured by Nippon Waters Co., Ltd.) was used, and flow injection analysis (FIA) was performed (solvent: acetonitrile, ionization mode: ESI, ion mode: positive / negative, mass spectrometer: quadrupole). Fragmenter voltage: 71V).
  • Preparation Example 3 Synthesis of 3,7,11-trimethyldodecan-1-ol 3,7,11-trimethyldodecane-1 using farnesol (3.00 g, 13.5 mmol) according to the same method as in Preparation Example 1. -I got an oar. This was used in the next reaction without purification.
  • Preparation Example 4 Synthesis of 1-bromo- 3,7,11-trimethyldodecane Using 3,7,11-trimethyldodecan-1-ol obtained in Preparation Example 3, according to the same method as in Preparation Example 2, -Bromo-3,7,11-trimethyldodecane (2.98 g, 10.2 mmol, 76% vs. farnesol) was obtained.
  • reaction solution was returned to room temperature, ethyl acetate (25 ml) and 1 mol / l hydrochloric acid (25 ml) were added and stirred to separate the layers, and the aqueous layer was separated and discarded.
  • the organic layer was washed twice with purified water (25 ml), and the organic layer was distilled off under reduced pressure to obtain 2-chloro-5- (2,3-dihydrophytyloxy) benzophenone.
  • reaction mixture was extracted with hexane (800 ml), washed with 1 mol / l hydrochloric acid (400 ml), 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (400 ml), 20% brine (400 ml), dried over sodium sulfate, and then the solvent of the filtrate.
  • methyl 3,4,5-tri (2,3-dihydrophytyloxy) benzoate (29.3 g, 30.0 mmol) is dissolved in THF (400 ml), and diisobutylaluminum hydride is hydrogenated at 0 ° C. in a nitrogen atmosphere.
  • DIBAL DIBAL
  • 1.0 mol / l toluene solution, 96 ml, 96 mmol was added dropwise over 30 minutes.
  • 0.2 mol / l hydrochloric acid 50 ml was added dropwise at 0 ° C. to stop the reaction.
  • Methyl 3,5-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzoate (0.78 g, yield 92%) was obtained.
  • the methyl 3,5-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzoate (0.70 g, 1.00 mmol) was dissolved in THF (10 ml), and lithium aluminum hydride (2. 0 mol / l THF solution, 1.2 ml, 2.4 mmol) was added dropwise. After stirring at room temperature for 5 hours, water was added dropwise at 0 ° C. to stop the reaction.
  • 2-methoxy-4- (2,3-dihydrophytyloxy) benzaldoxime was obtained, and the structure was confirmed by NMR and transferred to the next step.
  • the 2-methoxy-4- (2,3-dihydrophytyloxy) benzaldoxime is dissolved in a methanol-THF mixed solvent (20 + 10 ml), and 10% palladium-carbon (K) (200 mg) is added thereto under a hydrogen atmosphere. Stir overnight at room temperature.
  • Methyl (2,3-dihydrophytyloxy) -2-methylbenzoate was obtained, and after confirming the structure by NMR, it was transferred to the next step.
  • the methyl 4- (2,3-dihydrophytyloxy) -2-methylbenzoate (1.08 mmol) is dissolved in THF (6 ml), and DIBAL (1.0 M, 4.9 ml, 4.9 mmol) is added. And stirred at room temperature for 100 minutes.
  • Preparation Example 16 Synthesis of 4- (3,7,11-trimethyldodecyloxy) benzyl alcohol 1-Bromo-3,7,11-trimethyldodecane (1.00 g, 3.43 mmol) obtained in Preparation Example 4 was used. It was dissolved in DMF (5 ml), 4-hydroxybenzyl alcohol (0.85 g, 6.85 mmol) and potassium carbonate (1.42 g, 10.3 mmol) were added, and the mixture was stirred at 120 ° C. overnight.
  • the reaction mixture was cooled to room temperature, extracted with chloroform (50 ml), washed 3 times with 1 mol / l hydrochloric acid (30 ml), once with 5% aqueous sodium hydrogen carbonate (30 ml), and once with purified water (30 ml). did.
  • the solvent of the organic layer was distilled off to give 4- (3,7,11-trimethyldodecyloxy) benzyl alcohol (1.09 g, 3.26 mmol, yield 95% vs. 1-bromo-3,7,11- Trimethyldodecane) was obtained.
  • the concentrated oil (10.1 g) was purified by chromatography (silica gel; 250 g, eluent; 50: 1 ⁇ 3: 1 hexane-ethyl acetate) to give the title compound (6.78 g, 72.3%). ) Was obtained as a pale blue oil.
  • Preparation Example 18 Synthesis of 3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyl chloride The compound synthesized in Preparation Example 17 (2.81 g, 9.0 mmol) was dissolved in anhydrous chloroform (4.5 ml). , Thionyl chloride (1.31 ml, 18.0 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour. After completion of the reaction, the solvent was distilled off under reduced pressure, and the resulting oil (3.07 g) was used as it was in the next reaction as the title compound.
  • Preparation Example 19 Synthesis of chloromethyl 3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoate
  • the compound synthesized in Preparation Example 17 (6.56 g, 21.0 mmol) was dissolved in anhydrous chloroform (10 ml).
  • Thionyl chloride (3.06 ml, 42.0 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • the solvent was distilled off under reduced pressure, and the resulting oily substance was added to an ice bath against a mixed solid of 90% paraformaldehyde (840 mg, 25.2 mmol) and zinc chloride (42.9 mg, 0.32 mmol). The solution was added dropwise over 30 minutes under cooling.
  • the obtained mixed solution was heated and stirred at 60 ° C. for 5 hours, then cooled to room temperature, 10% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (30 ml) and dichloromethane (15 ml) were added, and the layers were separated, and further twice with the same amount of dichloromethane. Extracted. The combined organic layers were washed with saturated brine (30 ml), dried over anhydrous sodium sulfate, and the solvent was evaporated under reduced pressure. The concentrated oil (7.40 g) was purified by chromatography (silica gel; 120 g, eluent; 10: 1 hexane-dichloromethane) to give the title compound (5.01 g, 66.1%) as a colorless oil. Obtained as a thing.
  • the reaction solution was filtered to remove potassium carbonate, water (50 ml) was added, and the mixture was extracted with hexane (250 ml).
  • the extract was washed successively with 1.0 mol / l aqueous hydrochloric acid solution (100 ml), aqueous sodium hydrogen carbonate solution (100 ml) and saturated brine (100 ml), and the resulting organic layer was dried over sodium sulfate, filtered and concentrated under reduced pressure. This gave the title compound (16.1 g, 95.7%) as a colorless oil.
  • the reaction mixture was cooled to room temperature, extracted with hexane (50 ml), washed successively with 1 mol / l hydrochloric acid aqueous solution (20 ml), 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (20 ml) and saturated brine (20 ml), and washed with sodium sulfate. Dried.
  • the reaction mixture was cooled to room temperature, washed with 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (20 ml) and saturated brine (20 ml), and dried over sodium sulfate.
  • Methanesulfonic acid (95.3 ⁇ l, 1.47 mmol) was added and stirred at 100 ° C. for 2 hours. After confirming the completion of the reaction, the temperature was returned to room temperature, and 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (20 ml) was added and stirred. The layers were separated, and the organic layer was further washed with water (20 ml) and saturated brine (20 ml). The organic layer was distilled off under reduced pressure to obtain the title compound (5.10 g, quant).
  • Preparation Example 26 Synthesis of 3,5-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzylamine (1) Synthesis of 3,5-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzyl chloride 3,5-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzyl alcohol described in Preparation Example 9 under an argon atmosphere ( 4.70 g, 6.70 mmol) was dissolved in chloroform (34 ml), pyridine (a few drops) and thionyl chloride (0.97 ml, 13.4 mmol) were added, and the mixture was stirred at room temperature for 90 minutes. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to give the title compound (4.93 g, quant) as an oil.
  • Example 1 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-O- [3,4,5-tris (3,7,11,15-tetra Synthesis of methyl-1-hexadecanyloxy) benzyl] succinate [5′-O-DMTr-dT-suc-TPB] (1) Synthesis of 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidine-3′-O-succinate Under argon atmosphere, 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidine (4.98 g, 9.14 mmol) and tetrahydrofuran-2,5-dione (1.39 g, 13.9 mmol) were dissolved in dehydrated dichloromethane (100 ml), and then triethylamine (3.80 ml, 27.3 mmol) was
  • reaction solution was washed with 2.0 mol / l triethylammonium phosphate aqueous solution (70 ml) three times, and then the organic layer was dried over sodium sulfate, filtered, and concentrated under reduced pressure to obtain toluene (10 ml).
  • toluene 10 ml
  • Example 2 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [3,4,5-tris (3,7,11,15-tetra Synthesis of methyl-1-hexadecanyloxy) benzyl] succinamate [5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB] 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidine -3′-O-succinate triethylamine salt (1.45 g, 1.94 mmol), 3,4,5-tris (3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanyl synthesized in Preparation Example 8 The title compound (1.22 g, 72.4%) was obtained as a viscous solid in the same manner as in Example 1- (2) using oxy) benzylamine (1.02 g, 1.10 mmol).
  • Example 3 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -N 4 -(3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyl) -2'-deoxycytidine-3'-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5 ' -O-DMTr-dC Phy -PA]
  • Example 4 Synthesis of N 3- [4- (3,7-dimethyl-1-octyloxy) benzoyl] -2'-deoxythymidine (1) Synthesis of 4- (3,7-dimethyl-1-octyloxy) benzoyl chloride 4- (3,7-dimethyl-1-octyloxy) benzoic acid was dissolved in dehydrated chloroform (25 ml) under an argon atmosphere. After ice cooling, thionyl chloride (6.72 ml, 92.7 mmol) was added dropwise. The reaction was stirred at room temperature overnight and then concentrated under reduced pressure to give the title compound as an oil. This compound was directly used in the next step.
  • the extract was washed with 5% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (75 ml) and saturated brine (75 ml), and the organic layer was dried over sodium sulfate and filtered.
  • the residue obtained by evaporating the solvent of the filtrate was purified by silica gel column chromatography (dichloromethane / methanol) to obtain the title compound (7.10 g, 68.5%) as a white solid.
  • Example 5 Synthesis of 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -N 3- [4- (3,7-dimethyl-1-octyloxy) benzoyl] -2'-deoxythymidine under argon atmosphere N 3- [4- (3,7-dimethyl-1-octyloxy) benzoyl] -2′-deoxythymidine (7.10 g, 14.1 mmol) azeotroped three times with dehydrated pyridine (10 ml) After dissolving in (130 ml), 4,4′-dimethoxytrityl chloride (4.83 g, 14.3 mmol) was added and stirred overnight.
  • Example 6 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -N 3- [4- (3,7-dimethyl-1-octyloxy) benzoyl] -2′-deoxythymidine-3′-O -Synthesis of [(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5'-O-DMTr-dT (4-Cit-Bz) -PA] 3 times with dehydrated acetonitrile (10 ml) under argon atmosphere Azeotropic 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -N 3- [4- (3,7-dimethyl-1-octyloxy) benzoyl] -2′-deoxythymidine (6.47 g, 8 0.03 mmol) was dissolved in dehydrated dichloromethane (40 ml).
  • Example 7 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -3′ -O-levulinoyl-N 3- (3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyloxy) methyl- Synthesis of 2′-deoxythymidine Compound (3.65 g) synthesized in Preparation Example 19 was added to dehydrated N, N-dimethylformamide (50 ml) in which potassium carbonate (2.10 g, 15.2 mmol) was suspended in an argon atmosphere.
  • Example 8 Synthesis of 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -N 3- (3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyloxy) methyl-2'-deoxythymidine
  • the compound synthesized in Example 7 (4.80 g, 4.96 mmol) was dissolved in a mixed solvent of pyridine (40 ml) and acetic acid (10 ml), and then anhydrous hydrazine (244 ⁇ l, 7.71 mmol) was added thereto at room temperature for 30. After stirring for 5 minutes, acetylacetone (1.07 ml, 10.3 mmol) was added and stirred at room temperature for 5 minutes.
  • Example 9 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -N 3- (3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyloxy) methyl-2′-deoxythymidine-3 Synthesis of '-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5'-O-DMTr-dT PhyOM - PA ] Azeotropized with dehydrated acetonitrile (10 ml) three times under argon atmosphere The compound synthesized in Example 8 (3.58 g, 4.12 mmol) was dissolved in dehydrated dichloromethane (22 ml), and N, N-diisopropylethylamine (2.49 ml, 16.5 mmol) was added dropwise, followed by dehydration.
  • Example 10 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -N 3- (3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyloxy) methyl-2′-deoxythymidine-3 Synthesis of '-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5'-O-DMTr-dT PhyOM - PA ] 5'-O- (4,4'- Dimethoxytrityl) -2'-deoxythymidine-3'-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (1.00 g, 1.34 mmol) was dehydrated N, N-dimethylformamide (15 ml ), Potassium carbonate (279 mg, 2.02 mmol) and (3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyloxy) methyl chloride
  • Example 11 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -N 2- (3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyl) -2′-deoxyguanosine-3′- Synthesis of O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5'-O-DMTr-dG Phy - PA ] 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl ) under argon atmosphere ) -2′-deoxyguanosine-3′-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (1.52 g, 1.98 mmol) was dissolved in dehydrated tetrahydrofuran (20 ml), N, N-diisopropylethylamine (696 ⁇ l, 4.00 mmol) was added, and 3,7,11,15-
  • Example 12 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -N 6- (3,7,11,15-tetramethyl-1-hexadecanoyl) -2'-deoxyadenosine-3'- Synthesis of O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5′-O-DMTr-dA Phy - PA ] 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2 ′ -Deoxyadenosine-3'-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (1.76 g, 2.33 mmol) was used in the same manner as in Example 11 and the title compound ( 1.12 g, 45.8%) was obtained as a pale yellow viscous solid.
  • Example 13 Synthesis of deoxythymidinyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxythymidinyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxythymidine (5'-d [TTT] -3 ') (1) Synthesis of 5′-O-DMTr-dT PhyOM- dT-suc-NH-TPB 5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB (206 mg, 127 ⁇ mol) synthesized in Example 2 under an argon atmosphere ) was dissolved in a mixed solvent of dehydrated heptane (650 ⁇ l) and dehydrated toluene (650 ⁇ l), trifluoroacetic acid (26.0 ⁇ l, 350 ⁇ mol), 1H-pyrrole (17.5 ⁇ l, 254 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred for 5 minutes.
  • Example 14 Synthesis of deoxythymidinyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxythymidinyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxythymidine (5'-d [TTT] -3 ') (1) Synthesis of 5′-O-DMTr-dT (4-Cit-Bz) -dT-suc-NH-TPB 5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB (206 mg ) synthesized in Example 2 , 127 ⁇ mol) and the compound synthesized in Example 6 (256 mg, 254 ⁇ mol), and the title compound (273 mg, 96.0%) was obtained as a viscous solid according to the same method as in Example 13- (1).
  • Example 15 Synthesis of deoxyadenylyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxyadenylyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxythymidine (5'-d [AAT] -3 ') (1) Synthesis of 5′-O-DMTr-dA Phy- dT-suc-NH-TPB 5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB (213 mg, 131 ⁇ mol) synthesized in Example 2 under an argon atmosphere ) was dissolved in a mixed solvent of dehydrated heptane (700 ⁇ l) and dehydrated toluene (700 ⁇ l), trifluoroacetic acid (28.0 ⁇ l, 377 ⁇ mol), 1H-pyrrole (18.1 ⁇ l, 262 ⁇ mol) were added, and the mixture was stirred for 5 minutes.
  • Example 12 The compound synthesized in Example 12 dissolved in a mixed solvent of 0.25 mol / l 5- (benzylthio) -1H-tetrazole / acetonitrile solution (1.0 ml) and dehydrated toluene (300 ⁇ l) in the reaction solution after neutralization ( (275 mg, 262 ⁇ mol) was added and stirred for 10 minutes, then 5.78 mol / l tert-butyl hydroperoxide / nonane solution (45.3 ⁇ l) was added and stirred for 5 minutes.
  • Example 15 (1) compounds synthesized in the (301mg, 131 ⁇ mol) and the compound synthesized in Example 12 ( The title compound (387 mg) was quantitatively obtained as a viscous solid according to the same method as in Example 15- (1) using 275 mg, 262 ⁇ mol).
  • Example 16 Synthesis of deoxyguanosinyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxyguanosineyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxythymidine (5'-d [GGT] -3 ') (1) Synthesis of 5′-O-DMTr-dG Phy- dT-suc-NH-TPB 5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB (201 mg, 124 ⁇ mol) synthesized in Example 2 and Examples Using the compound synthesized in (11) (266 mg, 250 ⁇ mol), the title compound (303 mg) was quantitatively obtained as a viscous solid in the same manner as in Example 15- (1).
  • Example 11 (2) Synthesis of 5′-O-DMTr-dG Phy -dG Phy -dT -suc-NH-TPB
  • the synthesized compound (265 mg, 249 ⁇ mol) was quantitatively obtained as a viscous solid in the same manner as in Example 15- (1).
  • Example 17 Synthesis of deoxycytidinyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxycytidinyl- [3 ' ⁇ 5']-deoxythymidine (5'-d [CCT] -3 ') (1) Synthesis of 5′-O-DMTr-dC Phy -dT -suc-NH-TPB 5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB (203 mg, 125 ⁇ mol) synthesized in Example 2 under an argon atmosphere ) And the compound synthesized in Example 3 (260 mg, 254 ⁇ mol), and the title compound (366.9 mg) was quantitatively obtained as a viscous solid according to the same method as in Example 15- (1).
  • Example 19 5'-O- (4,4'- dimethoxytrityl) -N 4 - (2-ethyl-1-hexanoyl) -2'-deoxycytidine -3'-O - [(2- cyanoethyl) - Synthesis of N, N-diisopropylphosphoramidite] [5'-O-DMTr-dC (2Et-Hex) -PA] 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl ) -2'- under argon atmosphere
  • Deoxycytidine-3′-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (20.4 g, 28.0 mmol) was dissolved in 200 ml of tetrahydrofuran, and N, N-diisopropylethylamine (7.4 g) was dissolved.
  • Example 20 5'-O- (4,4'- dimethoxytrityl) -N 4 - (3,5,5-trimethyl-1-hexanoyl) -2'-deoxycytidine -3'-O - [(2 -Cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5'-O-DMTr-dC (3,5,5-Me3Hex) -PA]
  • N 4 - (3,5,5- trimethyl-1-hexanoyl) -2'-deoxycytidine synthesis 2'-deoxycytidine (2.3 g, 10.0 mmol) of were suspended in dry pyridine, concentrated under reduced pressure Was azeotropically dehydrated three times, then resuspended in 60 ml of dry pyridine, and trimethylsilyl chloride (6.4 ml, 50 mmol) was added dropwise over 5 minutes.
  • 3,5,5-Trimethyl-1-hexanoyl chloride (9.5 ml, 50.0 mmol) was added to the reaction mixture over 5 minutes. After completion of the reaction, 25 ml of aqueous ammonia was added under ice cooling, and after reaction for 20 minutes, the reaction solution was concentrated under reduced pressure. 150 ml of water was added to the concentrate, and the organic layer obtained by concentrating the organic layer extracted three times with 100 ml of ethyl acetate was purified by silica gel column chromatography to obtain the title compound (4.7 g).
  • the obtained compound (4.7 g) was dissolved in dry pyridine, concentrated under reduced pressure three times to perform azeotropic dehydration, then dissolved in 40 ml of dry pyridine, and 4,4′-dimethoxytrityl chloride (3.8 g, 11. 0 mmol) was added and stirred for 30 minutes. 100 ml of water was added to the reaction solution, and the mixture was extracted 3 times with 100 ml of ethyl acetate.
  • Example 21 5'-O- (4,4'- dimethoxytrityl) -N 4 - (2,2,4,8,10,10- hexamethyl-5-dodecanoyl) -2'-deoxycytidine-3 ' Synthesis of —O — [(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5′-O-DMTr-dC (Me6Dodecanoyl) -PA] According to the method described in Example 19, 5′-O— ( 4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine-3′-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (25.6 g, 35.1 mmol) gives 2,2 , 4,8,10,10-Hexamethyl-5-dodecanoyl chloride (16.5 g, 54.5 mmol) as the acylating agent
  • Example 22 5'-O- (4,4'- dimethoxytrityl) -N 4 - (2-heptyl-1-undecanoyl) -2'-deoxycytidine -3'-O - [(2- cyanoethyl) - Synthesis of N, N-diisopropylphosphoramidite] [5′-O-DMTr-dC (2-HepUndecanoyl) -PA] According to the method described in Example 19, 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2'-deoxycytidine-3'-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (1.8 g, 2.5 mmol) was added to 2-heptyl-1-undecanoic acid anhydrous The product (2.1 g, 3.8 mmol) was reacted as an acylating agent.
  • Example 23 5'-O- (4,4'- dimethoxytrityl) -N 4 - (2-hexyl-1-decanoyl) -2'-deoxycytidine -3'-O - [(2- cyanoethyl) - Synthesis of N, N-diisopropylphosphoramidite] [5′-O-DMTr-dC (2-HexDecanyl) -PA] According to the method described in Example 19, 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2'-deoxycytidine-3'-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (20.2 g, 28.0 mmol) from 2-hexyl-1-decanoyl chloride (11 The title compound (12.6 g, 47.0%) was prepared using 4 g, 41.0 mmol) as the acylating agent.
  • Example 24 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -N 4 -n-tetradecanoyl-2′-deoxycytidine-3′-O-[(2-cyanoethyl) -N, N— Synthesis of diisopropyl phosphoramidite] [5′-O-DMTr-dC Myr -PA] According to the method described in Example 19, 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxycytidine-3 From '-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (2.0 g, 2.7 mmol), the corresponding tetradecanoyl chloride (751 mg, 3.0 mmol) is used as the acylating agent. This prepared the title compound (1.3 g, 49.2%).
  • Example 25 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -N 2- [bis (3,7-dimethyl-octyl) amino-methylene] -2′-deoxyguanosine-3′-O— [ Synthesis of (2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] [5′-O-DMTr-dG (N, N-Cit2-methylene) -PA] 5′-O— ( 4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxyguanosine-3′-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (1.0 g, 1.3 mmol) was suspended in dry pyridine.
  • Example 26 Synthesis of dA Bz -dC Bz -dA Bz -dT- dG ibu -dC Bz -dA Bz -dT-dT-suc-NH-TPB (1) Synthesis of dT-dT-suc-NH-TPB 5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB (225 mg, 139 ⁇ mol) was dissolved in dehydrated cyclopentyl methyl ether (1.0 ml) under an argon atmosphere.
  • phosphate buffer (1.0 ml) having a pH of 6.8, aqueous hydrogen peroxide (47 ⁇ l, 417 ⁇ mol) and potassium iodide (23.1 mg, 139 ⁇ mol) were added and stirred for 15 minutes.
  • aqueous hydrogen peroxide 47 ⁇ l, 417 ⁇ mol
  • potassium iodide 23.1 mg, 139 ⁇ mol
  • phosphate buffer (1.0 ml) having a pH of 6.8, potassium iodide (20.0 mg, 97.4 ⁇ mol), and hydrogen peroxide (16.0 ⁇ l, 139 ⁇ mol) were added and stirred for 15 minutes. .
  • 1H-pyrrole (9.6 ⁇ l, 139 ⁇ mol) and trifluoroacetic acid (206 ⁇ l, 2.8 mmol) were added and stirred for 10 minutes. It was washed with a 10% aqueous potassium hydrogen sulfate solution, a 10% aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and brine.
  • Example 27 Synthesis of 5'-O-DMTr-dC (2Et-Hex) -dC (2Et-Hex) -dT -suc-NH-TPB (1) Synthesis of 5′-O-DMTr-dC (2Et-Hex) -dT- suc-NH-TPB 5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB (207 mg, 127 ⁇ mol) and Example 19 Using the synthesized phosphoramidite monomer (336 mg, 393 ⁇ mol) and according to a method similar to that in Example 15- (1), the title compound (226 mg, 84.9%) was obtained as a viscous solid.
  • Example 29 5'-O-DMTr- dC (2-HepUndecanoyl) -dC (2-HepUndecanoyl) -dC (2-HepUndecanoyl) -dC (2-HepUndecanoyl) -dC (2-HepUndecanoyl) -dC (2-HepUndecanoyl) -dC (2-HepUndecanoyl) -dC (2-HepUndecanoyl) -dC (2-HepUndecanoyl) -dT -suc-NH-TPB Synthesis Based on the method described in Example 27, 5'-O-DMTr- The extension of the cytidine derivative was repeated 9 times from dT-suc-NH-TPB (203 mg, 125 ⁇ mol) using the phosphoramidite monomer described in Example 22 to obtain the title compound (210 mg, 49.1%). Got. Thin layer chromatography: Rf 0.13
  • Example 31 5'-O-DMTr- dC (Me6Dodecanoyl) -dC (Me6Dodecanoyl) -dC (Me6Dodecanoyl) -dC (Me6Dodecanoyl) -dC (Me6Dodecanoyl) -dC (Me6Dodecanoyl) -dC Phy -dC Phy -dT- Synthesis of suc-NH-TPB Based on the method described in Example 27, 5′-O-DMTr-dT-suc-NH-TPB (210 mg, 129 ⁇ mol) to 5′-O-DMTr-dC Phy - PA was used.
  • the extension of the cytidine derivative was repeated 4 times to obtain 5′-O-DMTr-dC Phy -dC Phy -dC Phy -dC Phy -dT -suc-NH-TPB (534 mg, 97.9%). Further, based on the method described in Example 27, the cytidine derivative was extended five times using 5′-O-DMTr-dC (Me6Dodecanoyl) 2 -PA described in Example 21 to give the title compound (598 mg, 64. 6%).
  • Example 32 2′-Deoxycytidine- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-Deoxycytidine- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-Deoxycytidine- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-Deoxy Cytidine- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-deoxycytidine- [3 ′ ⁇ 5 ′]-deoxycytidine- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-deoxycytidine- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2 Synthesis of '-deoxycytidine- [3' ⁇ 5 ']-2'-deoxycytidine- [3' ⁇ 5 ']-2'-deoxythymidine [5'-d (CCCCCCCT) -3']
  • Example 31 A 40% methylamine aqueous solution (2.0 ml) and 28% aqueous ammonia (2.0 ml) were added to the synthesized compound (20.0 mg,
  • reaction solution was concentrated under reduced pressure using a centrifugal evaporator, adsorbed on a C-18 reverse phase cartridge column, washed with 0.1 mol / l ammonium acetate aqueous solution, and bound to a hydroxyl group at the 5 ′ end with 2% trifluoroacetic acid aqueous solution.
  • the dimethoxytrityl group was deprotected and eluted with 20% aqueous acetonitrile to give the title compound.
  • Example 33 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [2,3,4-tris (2,3-dihydrophytyloxy) Synthesis of benzhydryl] succinamate 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidine-3′-O-succinate triethylamine salt (3.52 g, 4.63 mmol), obtained in Preparation 24 The reaction solution was filtrated using 2,3,4-tris (2,3-dihydrophytyloxy) benzhydrylamine (2.92 g, 2.73 mmol) according to the same method as in Example 1- (2).
  • Example 34 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [4,4′-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzhydryl Synthesis of succinamate 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -2'-deoxythymidine-3'-O-succinate triethylamine salt (2.88 g, 3.79 mmol), obtained in Preparation 25 Using 4,4′-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzhydrylamine (1.73 g, 2.23 mmol) and following the same method as in Example 1- (2), a filtrate of the reaction solution was obtained.
  • Example 35 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [3,5-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzyl] Synthesis of Succinamate 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -2'-deoxythymidine-3'-O-succinate triethylamine salt (2.84 g, 3.74 mmol), obtained in Preparation 26 , 5-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzylamine (1.54 g, 2.20 mol) was used in the same manner as in Example 1- (2) to obtain a filtrate of the reaction solution.
  • Example 36 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [2,3,4-tris (2,3-dihydrophytyloxy) Synthesis of 2′-deoxythymidinyl- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-deoxythymidine (5′-d [TT] -3 ′) using benzhydryl] succinamate (1) 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidine-3 ′-[O- (2-cyanoethyl)] phosphoryl-2′-deoxythymidin-3′-yl-N Synthesis of [2,3,4-tris (2,3-dihydrophytyloxy) benzhydryl] succinamate The compound synthesized in Example 33 (199.0 mg, 117.1 ⁇ mol) and dT-CE phosphoramidite reagent (5′-O- (4
  • Example 37 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [2,3,4-tris (2,3-dihydrophytyloxy) Synthesis of 2′-methoxyuridinyl- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-deoxythymidine (5′-U (M) dT-3 ′) using benzhydryl] succinamate
  • Example 38 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [4,4′-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzhydryl Synthesis of 2′-deoxythymidinyl- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-deoxythymidine (5′-d [TT] -3 ′) using succinamate
  • Example 39 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [4,4′-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzhydryl Synthesis of 2′-methoxyuridinyl- [3 ′ ⁇ 5 ′]-2′-deoxythymidine (5′-U (M) dT-3 ′) using succinamate
  • Example 40 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [3,5-bis (2,3-dihydrophytyloxy) benzyl] Synthesis of 2'-deoxythymidinyl- [3 ' ⁇ 5']-2'-deoxythymidine (5'-d [TT] -3 ') using succinamate
  • Example 36- (2) The title compound was obtained in the same manner as in Example 36- (2) using the compound synthesized in Example 40- (1) (about 50 mg).
  • Example 42 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -2′-deoxythymidin-3′-yl-N- [3,4,5-tris (2,3-dihydrophytyloxy) Synthesis of 2'-O, 4'-C-methylenethymidinyl [3 ' ⁇ 5']-2'-deoxythymidine (5 '-(LNA) TdT-3') using [benzyl] succinamate
  • Example 42- (1) To the compound synthesized in Example 42- (1) (about 50 mg), a solution (5.0 ml) of 10% (v / v) tert-butylamine dissolved in 28% aqueous ammonia solution was added, and 65% in an autoclave. The mixture was heated to ° C and reacted overnight. The reaction solution was concentrated with a centrifugal evaporator, and the resulting crude product was adsorbed on a C-18 reverse phase cartridge column, washed with 0.1 mol / l aqueous ammonium acetate solution, and 5 'with 2% aqueous trifluoroacetic acid solution.
  • Example 43 5′-O- (4,4′-dimethoxytrityl) -N 3- [4- (2,3-dihydrophytyloxy) benzoyl] -2′-O, 4′-C-methylenethymidine Synthesis of -3'-O-[(2-cyanoethyl) -N, N-diisopropyl phosphoramidite] (1) Synthesis of 4- (2,3-dihydrophytyloxy) benzoic acid According to the same method as in Preparation Example 2, 2,3-dihydrophytyl bromide and methyl (4-hydroxy) described in Preparation Example 2 The title compound was prepared using benzoate.
  • the target fraction was collected and concentrated.
  • the concentrated residue was azeotroped with toluene and dried to obtain the title compound (0.77 g, 65.5%).
  • Example 44- (1) The compound synthesized in Example 44- (1) (about 20 mg) was treated in the same manner as in Example 32, deprotected and cleaved from the anchor to give the title compound.
  • the title compound was synthesized by repeating the same operation repeatedly using the corresponding commercially available phosphoramidite monomer.
  • the product When deoxyguanosine was elongated, the product was insufficient in fat solubility, and the yield after the extraction operation was reduced to 90%. Further, when deoxythymidine was further elongated, it was not completely dissolved in a heptane / toluene mixed solvent, and the yield after reaction and extraction was reduced to 85%.
  • the table below shows the phosphoramidite monomer used in each stage and the yield.
  • Tables 2 to 13 below show the structural formulas and data of the compounds produced in Preparation Examples 1 to 27, Examples 1, 2, 4 to 12, 19 to 25, 33 to 35, 43, and Comparative Example 2. To do.
  • Test Example 1 Solubility test of 3'-position hydroxyl protected nucleoside
  • the 5'-position hydroxyl group was protected with a dimethoxytrityl group
  • the 3'-position hydroxyl group was protected with a branched chain-containing aromatic protecting group.
  • Thymidine Example 2
  • a thymidine Comparative Example 2 in which the 5′-hydroxyl group as a comparison target was protected with a dimethoxytrityl group and the 3′-hydroxyl group was protected with a group containing the corresponding linear structure.
  • the reaction solvent and extraction solvent of the present invention is the most typical non-polar solvent heptane, as well as a solvent in which heptane is appropriately mixed with non-polar solvent with different polarity, toluene and polar solvent with acetonitrile.
  • the nucleoside 3 'hydroxyl group contains a branched chain. It has been found that branched chain-containing aromatic protected nucleosides protected with aromatic protecting groups exhibit significant solubility.
  • nucleotide-protecting oligonucleotide of the present invention it is possible to provide a method for producing an oligonucleotide by the phosphoramidite method, which can be purified by a liquid-liquid extraction operation in an efficient and high yield.
  • the base-protected oligonucleotide of the present invention the fat solubility of the intermediate oligonucleotide obtained in each step of the nucleotide extension reaction and the solubility in organic solvents (particularly nonpolar solvents) are greatly improved, and extraction is performed.
  • Isolation and purification are possible only by operation, so there is no need for complicated and time-consuming operations such as solidification isolation, speed is improved, and efficiency and productivity of oligonucleotide synthesis with a high degree of polymerization are remarkably improved. To do.
  • a deprotection step of the 5′-terminal hydroxyl group protected with a temporary protecting group (2) an extension step to the 5′-end by adding a base-protecting oligonucleotide, and (3) oxidation of the phosphite triester site
  • the nucleotide extension reaction including the step or the sulfurization step is protected with a temporary protecting group using a base-protected (oligo) nucleotide to which the lipophilicity and solubility in an organic solvent (particularly a nonpolar solvent) of the present invention are added.
  • a specific cation scavenger is added during or after the deprotection reaction of the 5 ′ terminal hydroxyl group, a neutralization treatment is performed after the deprotection reaction is completed, and a specific oxidant or sulfide is added in the oxidation step or the sulfurization step.
  • steps (1), (2) and (3) can be performed in the solution, and the oligonucleotide with an extended nucleotide is extracted only. Since it is isolated and purified, without removing the product from the reactor, it is possible to connect the extension reaction next cycle, production of oligonucleotides were able to perform in touch manner in one pot.
  • the oligonucleotide production method of the present invention can be stably dissolved and transferred in a non-polar solvent irrespective of the sequence and chain length of the oligonucleotide, compared to the conventional liquid phase method.
  • the isolation / purification process can be simplified, and overall, there is an advantage that high purity and high yield can be secured.

Abstract

　効率的かつ高収率に、液－液抽出操作で精製可能な、ホスホロアミダイト法によるオリゴヌクレオチド製造方法を達成しうる、伸長用の保護ヌクレオチドを提供すること。　特定の塩基部保護オリゴヌクレオチド及び／又は特定の３'位分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチドにより、上記課題が解決できることを見出した。

Description

塩基部保護オリゴヌクレオチド
　本発明は、特定の塩基部保護オリゴヌクレオチドおよびそれを用いたオリゴヌクレオチドの製造方法に関する。また、本発明は、特定の分岐鎖含有芳香族保護基、当該保護基で３’位水酸基が保護されたオリゴヌクレオチド、並びに当該保護基で３’位水酸基が保護されたオリゴヌクレオチドを用いたオリゴヌクレオチドの製造方法に関する。
　オリゴヌクレオチドの合成方法には、リン酸トリエステル法、Ｈ－ホスホネート法、ホスホロアミダイト法などがあり、現在ではホスホロアミダイト法を用いた固相合成（固相法）が最も汎用されている（非特許文献１）。固相法はプロセス最適化がなされ自動化も進んでおり、スピード面で有利であるが、設備制約上スケールアップに制限があり、試薬・原料を過剰に使用し、途中段階での反応の進行状況の確認、中間体構造解析等も困難という欠点がある。
　一方、液相法によるオリゴヌクレオチドの合成方法も検討されてきたが、通常、（１）反応液を直接濃縮してシリカゲルカラムクロマトグラフィーで単離精製、（２）塩化メチレン、クロロホルム等の溶媒で抽出、水溶液で洗浄、濃縮後、シリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製などの方法で各反応後の処理が行われており、操作が煩雑であり収率も低くなる。特に、多重合度のオリゴヌクレオチドを大量かつ迅速に合成することは困難であり、工業的製造プロセスとしては実用的でなかった。
　近年、液相法と固相法のそれぞれの欠点を解消しようとする試みとして擬似固相法的アプローチが報告されており、その一例として、モノメトキシポリエチレングリコール（ＭＰＥＧ）等の可溶性ポリマーを保護基として用いるオリゴヌクレオチド製法が開示されている（非特許文献２）。しかしながら２０量体までのＤＮＡの合成例が示されているものの、各反応での晶析単離操作が必須であることや、ＭＰＥＧ分子自身が単分子ではないために反応の進行状況等を確認することが困難であった。
　また、擬似固相法的な方法として、イオン液体を保護基として用いるオリゴヌクレオチドの製法が報告されており、５量体までのＤＮＡの合成例が示されている（非特許文献３）。しかし、各反応での晶析単離操作が必要であり操作時間を要するため、固相法と比べスピードや効率面で見劣りするものであった。
　さらに、疎水性基結合ヌクレオシドを用いたオリゴヌクレオチドの合成方法が開示されている（特許文献１）。当該方法により２１量体のオリゴヌクレオチドの合成が達成できたと報告されているが、５’－保護基の脱保護、カップリング、酸化の各工程で固化単離が毎回必要であり、著しく煩雑であった。
特開２０１０－２７５２５４号公報
S. L. Beaucage, D. E. Bergstorm, G. D. Glick, R. A. Jones, Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry; John Wiley & Sons (2000) Nucleic Acid Res., 1990, Vol.18, No.11, 3155-3159 J. Org. Chem., 2006, Vol.71, No.20, 7907-7910
　本発明の課題は、効率的かつ高収率に、液－液抽出操作で精製可能な、ホスホロアミダイト法によるオリゴヌクレオチド製造方法を達成しうる、伸長用の保護ヌクレオチドを提供することである。
　本発明者らは鋭意検討の結果、特定の塩基部保護オリゴヌクレオチドにより、上記課題を達成できることを見出し、本発明を完成するに至った。
　本発明は以下を含む。
［１］一般式（Ｉ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018
（式中、ｑは、０以上の任意の整数を示し；

ｑ＋１個のＢａｓｅ２は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている核酸塩基を示し；
Ｐ１は、水素原子、または酸性条件下で除去可能な一時保護基を示し；
Ｘは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
ｑ個のＸ’は、独立してそれぞれ、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
ｑ＋１個のＰ２は、独立してそれぞれ、塩基性条件下で除去可能な保護基を示し；
ｑ個のＲ３４は、独立してそれぞれ、酸素原子もしくは硫黄原子を示し；
Ｒｅ及びＲｆは、独立してそれぞれ、Ｃ１－６アルキル基を示すか、または隣接する窒素原子と一緒になって形成する、５または６員の飽和環状アミノ基を示す。）
で表される、塩基部保護オリゴヌクレオチド。
［２］ｑが０である、［１］記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
［３］Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基が、
式（ｋ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
Ｒ２７は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）
で表される基、
式（ｌ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000020
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
Ｑ１は、－Ｏ－、－Ｓ－または－ＮＲ３０－（式中、Ｒ３０は、水素原子またはＣ１－２２アルキル基を示す。）を示し；
Ｒｃ及びＲｄは、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－２２アルキル基を示し；
Ｒ２８は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）
で表される基、
式（ｍ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000021
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
ｌは、１～５の整数を示し；
ｌ個のＱ２は、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－Ｏ－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－、－ＮＨ－ＣＨ２－又は－ＣＨ２－を示し；
ｌ個のＲ２９は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示し；
環Ｃは、ｌ個のＱ２Ｒ２９、および＊Ｃ＝Ｏに加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよいベンゼン環又はシクロヘキサン環を示す。）で表される基、または
式（ｓ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000022
（式中、＊は、核酸塩基のアミノ基とイミノ結合を形成する位置を示し；
Ｒ３５及びＲ３６は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）で表される基
である、［１］または［２］に記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
［４］Ｒ２７、Ｒ２８、ｌ個のＲ２９、Ｒ３５及びＲ３６が、独立してそれぞれ、２，６，１０，１４－テトラメチルペンタデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデシル基、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ウンデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデカ－１，５，９－トリエニル基、２，６－ジメチルヘプチル基、２，６－ジメチルヘプタ－５－エニル基、２，６－ジメチルヘプタ－１，５－ジエニル基、９－ノナデシル基、１２－メチルトリデシル基、１１－メチルトリデシル基、１１－メチルドデシル基、１０－メチルウンデシル基、８－ヘプタデシル基、７－ペンタデシル基、７－メチルオクチル基、３－メチルオクチル基、３，７－ジメチルオクチル基、３－メチルヘプチル基、３－エチルヘプチル基、５－ウンデシル基、２－ヘプチル基、２－メチル－２－ヘキシル基、２－ヘキシル基、３－ヘプチル基、４－ヘプチル基、４－メチル－ペンチル基、３－メチル－ペンチル基、及び２，４，４－トリメチルペンチル基からなる群から選択される分岐鎖アルキル基又は分岐鎖アルケニル基；あるいは、テトラデシル基、トリデシル基、ドデシル基、ウンデシル基、デシル基、ノニル基、オクチル基、ヘプチル基、ヘキシル基、及びペンチル基からなる群から選択される直鎖アルキル基である、［３］に記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
［５］Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基が、Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基である、［１］～［４］のいずれか１つに記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
［６］Ｐ１が、モノメトキシトリチル基、またはジメトキシトリチル基である、［１］～［５］のいずれか１つに記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
［７］［１］～［６］のいずれか１つに記載の塩基部保護オリゴヌクレオチドを用いることを特徴とする、オリゴヌクレオチドの製造方法。
［８］（２）３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｐは、１以上の任意の整数を示す。）を、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｎは、１以上の任意の整数を示す。）と、その５’位水酸基を介してホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程を含む、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの製造方法。
［９］ｐが１である、［８］記載の製造方法。
［１０］更に、下記工程（３）を含有する、［８］または［９］に記載の製造方法。
（３）縮合工程（２）の反応液に、酸化剤または硫化剤を添加して、縮合工程で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
［１１］更に、下記工程（１）を含有する、［８］～［１０］のいずれか１つに記載の製造方法。
（１）縮合工程（２）の前に、非極性溶媒中において、３’位水酸基が保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチドを酸と反応させて５’位水酸基の一時保護基を除去する工程。
［１２］工程（１）が、ピロール誘導体およびインドール誘導体から選択される少なくとも一種のカチオン捕捉剤の存在下に行われ、５’位水酸基の一時保護基を除去した後、有機塩基により中和する工程をさらに含む、［１１］に記載の製造方法。
［１３］更に、下記工程（４）を含有する、［１０］～［１２］のいずれか１つに記載の製造方法。
（４）工程（３）で得られた反応液から抽出操作のみで、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程。
［１４］更に、下記工程（５）を含有する、［１３］に記載の製造方法。
（５）工程（４）で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
［１５］３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチドが、［１］～［６］のいずれか１つに記載の塩基部保護オリゴヌクレオチドである、［８］～［１４］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１６］ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位水酸基が、
一般式（ＩＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000023
［式中、
Ｌは、式（ａ１）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000024
（式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；＊＊は、ヌクレオチド３’位水酸基との結合位置を示し；

Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；かつ
Ｌ２は、単結合を示すか、または＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、独立してそれぞれ、水素原子もしくは置換されていてもよいＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ２およびＲ３が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン結合を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で示される基を示し、
Ｙは、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し、ならびに
Ｚは、式（ａ２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000025
［式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；
Ｒ４は、水素原子であるか、あるいはＲｂが下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；
ｋ個のＱは、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－または－ＮＨ－を示し；
ｋ個のＲ５は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
ｋは、１～４の整数を示し；
環Ａは、Ｒ４、ｋ個のＱＲ５、および＊Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよく；
Ｒａは、水素原子を示し；かつ
Ｒｂは、水素原子または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000026
（式中、＊は結合位置を示し；
ｊは、０～４の整数を示し；
ｊ個のＱは、独立してそれぞれ、前記と同意義を示し；
ｊ個のＲ７は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
Ｒ６は、水素原子を示すか、またはＲ４と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；かつ
環Ｂは、ｊ個のＱＲ７、およびＲ６に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよい）で表される基を示す。］
で表される基により保護されている、［８］～［１５］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１７］ｎ個重合オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの核酸塩基が、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている、［８］～［１６］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１８］Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基が、
式（ｋ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000027
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
Ｒ２７は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）
で表される基、
式（ｌ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000028
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
Ｑ１は、－Ｏ－、－Ｓ－または－ＮＲ３０－（式中、Ｒ３０は、水素原子またはＣ１－２２アルキル基を示す。）を示し；
Ｒｃ及びＲｄは、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－２２アルキル基を示し；
Ｒ２８は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）
で表される基、
式（ｍ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000029
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
ｌは、１～５の整数を示し；
ｌ個のＱ２は、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－Ｏ－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－、－ＮＨ－ＣＨ２－又は－ＣＨ２－を示し；
ｌ個のＲ２９は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示し；
環Ｃは、ｌ個のＱ２Ｒ２９、および＊Ｃ＝Ｏに加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよいベンゼン環又はシクロヘキサン環を示す。）で表される基、または
式（ｓ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000030
（式中、＊は、核酸塩基のアミノ基とイミノ結合を形成する位置を示し；
Ｒ３５及びＲ３６は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）で表される基
である、［８］～［１７］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１９］Ｒ２７、Ｒ２８、ｌ個のＲ２９、Ｒ３５及びＲ３６が、独立してそれぞれ、２，６，１０，１４－テトラメチルペンタデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデシル基、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ウンデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデカ－１，５，９－トリエニル基、２，６－ジメチルヘプチル基、２，６－ジメチルヘプタ－５－エニル基、２，６－ジメチルヘプタ－１，５－ジエニル基、９－ノナデシル基、１２－メチルトリデシル基、１１－メチルトリデシル基、１１－メチルドデシル基、１０－メチルウンデシル基、８－ヘプタデシル基、７－ペンタデシル基、７－メチルオクチル基、３－メチルオクチル基、３，７－ジメチルオクチル基、３－メチルヘプチル基、３－エチルヘプチル基、５－ウンデシル基、２－ヘプチル基、２－メチル－２－ヘキシル基、２－ヘキシル基、３－ヘプチル基、４－ヘプチル基、４－メチル－ペンチル基、３－メチル－ペンチル基、及び２，４，４－トリメチルペンチル基からなる群から選択される分岐鎖アルキル基又は分岐鎖アルケニル基；あるいは、テトラデシル基、トリデシル基、ドデシル基、ウンデシル基、デシル基、ノニル基、オクチル基、ヘプチル基、ヘキシル基、及びペンチル基からなる群から選択される直鎖アルキル基である、［１８］に記載の製造方法。
［２０］Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基が、Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基である、［８］～［１９］のいずれか１つに記載の製造方法。
［２１］［７］～［２０］のいずれか１つに記載の製造方法により製造されたオリゴヌクレオチドを含有することを特徴とする、医薬品。
［２２］一般式（ＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000031
［式中、ｍは、０以上の任意の整数を示し；

ｍ＋１個のＢａｓｅ１は、独立してそれぞれ、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
Ｐ１は、水素原子、または酸性条件下で除去可能な一時保護基を示し；
Ｘは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
ｍ個のＸ’は、独立してそれぞれ、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
ｍ個のＰ２は、独立してそれぞれ、塩基性条件下で除去可能な保護基を示し；
ｍ個のＲ３４は、独立してそれぞれ、酸素原子もしくは硫黄原子を示し；
Ｌは、式（ａ１）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000032
（式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；＊＊は、ヌクレオチド３’位水酸基との結合位置を示し；

Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；かつ
Ｌ２は、単結合を示すか、または＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、独立してそれぞれ、水素原子もしくは置換されていてもよいＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ２およびＲ３が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン結合を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で示される基を示し、
Ｙは、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し、ならびに
Ｚは、式（ａ２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000033
［式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；
Ｒ４は、水素原子であるか、あるいはＲｂが下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；
ｋ個のＱは、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－または－ＮＨ－を示し；
ｋ個のＲ５は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
ｋは、１～４の整数を示し；
環Ａは、Ｒ４、ｋ個のＱＲ５、および＊Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよく；
Ｒａは、水素原子を示し；かつ
Ｒｂは、水素原子または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000034
（式中、＊は結合位置を示し；
ｊは、０～４の整数を示し；
ｊ個のＱは、独立してそれぞれ、前記と同意義を示し；
ｊ個のＲ７は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
Ｒ６は、水素原子を示すか、またはＲ４と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；かつ
環Ｂは、ｊ個のＱＲ７、およびＲ６に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよい）で表される基を示す。］
で表される、分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド。
［２３］ｍが０である、［２２］記載の分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド。
［２４］Ｒ５およびＲ７が、独立してそれぞれ、３，７，１１，１５－テトラメチルヘキサデシル基、３，７，１１－トリメチルドデシル基、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル基、３，４，５－トリ（３’，７’，１１’，１５’－テトラメチルヘキサデシルオキシ）ベンジル基、または３，５－ジ（３’，７’，１１’，１５’－テトラメチルヘキサデシルオキシ）ベンジル基である、［２２］または［２３］に記載の分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド。
［２５］－Ｌ－Ｙ－Ｚが、２－{２，４－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，５－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－{１－［（２－クロロ－５－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－{３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{２－［３’，４’，５’－トリ（２’’，３’’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルオキシ］－４－メトキシベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メトキシベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルスクシニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－［２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルアミノ］ベンジルスクシニル基；２－{４－［２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルアミノ］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－｛４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{３，５－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{１－［２，３，４－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{１－［４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル］－４’－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，４，５－トリス［３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］ベンジルスクシニル基；および２－{３，４，５－トリス［３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基からなる群から選択される、［２２］または［２３］に記載の分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド。
［２６］核酸塩基の少なくとも1つが、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている、［２２］～［２５］のいずれか１つに記載の分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド。
［２７］一般式（ＩＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000035
［式中、
Ｌは、式（ａ１）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000036
（式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；＊＊は、ヌクレオチド３’位水酸基との結合位置を示し；

Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；かつ
Ｌ２は、単結合を示すか、または＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、独立してそれぞれ、水素原子もしくは置換されていてもよいＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ２およびＲ３が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン結合を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で示される基を示し、
Ｙは、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。
）を示し、ならびに
Ｚは、式（ａ２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000037
［式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；
Ｒ４は、水素原子であるか、あるいはＲｂが下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；
ｋ個のＱは、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－または－ＮＨ－を示し；
ｋ個のＲ５は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
ｋは、１～４の整数を示し；
環Ａは、Ｒ４、ｋ個のＱＲ５、および＊Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよく；
Ｒａは、水素原子を示し；かつ
Ｒｂは、水素原子または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000038
（式中、＊は結合位置を示し；
ｊは、０～４の整数を示し；
ｊ個のＱは、独立してそれぞれ、前記と同意義を示し；
ｊ個のＲ７は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
Ｒ６は、水素原子を示すか、またはＲ４と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；かつ
環Ｂは、ｊ個のＱＲ７、およびＲ６に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよい）で表される基を示す。］
で表される、ヌクレオチド３’－水酸基の保護基。
［２８］Ｒ５およびＲ７が、独立してそれぞれ、３，７，１１，１５－テトラメチルヘキサデシル基、３，７，１１－トリメチルドデシル基、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル基、３，４，５－トリ（３’，７’，１１’，１５’－テトラメチルヘキサデシルオキシ）ベンジル基、または３，５－ジ（３’，７’，１１’，１５’－テトラメチルヘキサデシルオキシ）ベンジル基である、［２７］に記載のヌクレオチド３’－水酸基の保護基。
［２９］２－{２，４－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，５－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－{１－［（２－クロロ－５－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－{３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{２－［３’，４’，５’－トリ（２’’，３’’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルオキシ］－４－メトキシベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メトキシベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルスクシニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－［２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルアミノ］ベンジルスクシニル基；
２－{４－［２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルアミノ］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－｛４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{３，５－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{１－［２，３，４－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{１－［４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル］－４’－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，４，５－トリス［３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］ベンジルスクシニル基；および２－{３，４，５－トリス［３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基
からなる群から選択される、［２７］に記載のヌクレオチド３’－水酸基の保護基。
［３０］（２’）３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基が保護されていてもよいｐ’個重合オリゴヌクレオチド（ｐ’は、１以上の任意の整数を示す。）を、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が［２７］～［２９］のいずれか１つに記載の保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチド（ｎ’は、１以上の任意の整数を示す。）と、その５’位水酸基を介してホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程を含む、ｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドの製造方法。
［３１］ｐ’が１である、［３０］記載の製造方法。
［３２］更に、下記工程（３’）を含有する、［３０］または［３１］に記載の製造方法。
（３’）縮合工程（２’）の反応液に、酸化剤または硫化剤を添加して、縮合工程で得られたｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
［３３］更に、下記工程（１’）を含有する、［３０］～［３２］のいずれか１つに記載の製造方法。
（１’）縮合工程（２’）の前に、非極性溶媒中において、３’位水酸基が［２７］～［２９］のいずれか一つに記載の保護基で保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチドを酸と反応させて５’位水酸基の一時保護基を除去する工程。
［３４］工程（１’）が、ピロール誘導体およびインドール誘導体から選択される少なくとも一種のカチオン捕捉剤の存在下に行われ、５’位水酸基の一時保護基を除去した後、有機塩基により中和する工程をさらに含む、［３３］に記載の製造方法。
［３５］更に、下記工程（４’）を含有する、［３２］～［３４］のいずれか１つに記載の製造方法。
（４’）工程（３’）で得られた反応液から抽出操作のみで、ｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程。
［３６］更に、下記工程（５’）を含有する、［３５］に記載の製造方法。
（５’）工程（４’）で得られたｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
　本発明の特定の塩基部保護オリゴヌクレオチドにより、効率的かつ高収率に、液－液抽出操作で精製可能な、ホスホロアミダイト法によるオリゴヌクレオチドの製造方法を提供できるようになった。
　本発明の塩基部保護オリゴヌクレオチド、特に分岐鎖塩基部保護オリゴヌクレオチドを用いることにより、ヌクレオチド伸長反応の各工程で得られる中間体のオリゴヌクレオチドの脂溶性及び有機溶媒（特に、非極性溶媒）に対する溶解性が格段に向上し、抽出操作のみで単離精製が可能となるため、固化単離などの煩雑で時間を要する操作を必要とせず、スピードが向上し、効率性・生産性が格段に向上する。
　さらに、伸長したオリゴヌクレオチドを抽出操作のみで単離精製できるため、反応装置から生成物を取り出すことなく、次サイクルの伸長反応に繋げることができ、ワンポットでオリゴヌクレオチドの製造が連続的に行えるようになった。
　また、本発明の別の態様として、特定の分岐鎖含有芳香族構造を有する保護基でヌクレオチド３’－水酸基を保護することによっても同種の溶解性向上効果が得られ、さらに塩基部保護オリゴヌクレオチドと併用することにより、相乗効果が得られることが明らかとなった。
　本発明は、３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ、核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する保護基で保護された新規な塩基部保護オリゴヌクレオチドに関する。
　また、本発明の別の態様は、核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する保護基で保護された塩基部保護オリゴヌクレオチドを用いることを特徴とする、オリゴヌクレオチドの製造方法に関するものであり、好ましくは、以下の工程（２）を含む。
（２）３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｐは、１以上の任意の整数を示す。）を、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｎは、１以上の任意の整数を示す。）と、その５’位水酸基を介してホスファイトトリエステル結合により縮合させ、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを得る工程。
　また、本発明のもう一つの態様は、３’位水酸基が特定の分岐鎖含有芳香族保護基で保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護された新規分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチドに関する。
　さらに、本発明のさらにもう一つの態様は、ヌクレオチド３’－水酸基の保護に用いられる特定の分岐鎖含有芳香族保護基に関する。
　さらに、本発明のもう一つの態様は、前記分岐鎖含有芳香族保護基で３’位水酸基が保護されたオリゴヌクレオチドを用いることを特徴とする、オリゴヌクレオチドの製造方法に関するものであり、好ましくは、以下の工程（２’）を含む。
（２’）３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基が保護されていてもよいｐ’個重合オリゴヌクレオチド（ｐ’は、１以上の任意の整数を示す。）を、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が前記分岐鎖含有芳香族保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチド（ｎ’は、１以上の任意の整数を示す。）と、その５’位水酸基を介してホスファイトトリエステル結合により縮合させて、ｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドを得る工程。
　以下、説明する。
１．用語の説明
　文中で特に断らない限り、本明細書で用いるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されるのと同じ意味をもつ。本明細書に記載されたものと同様または同等の任意の方法および材料は、本発明の実施または試験において使用することができるが、好ましい方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及したすべての刊行物および特許は、例えば、記載された発明に関連して使用されうる刊行物に記載されている、構築物および方法論を記載および開示する目的で、参照として本明細書に組み入れられる。
　本明細書において、「ヌクレオシド」とは、核酸塩基が糖（例えば、リボース、２－デオキシリボース、２位と４位が架橋したリボースなど）の１’位にＮ－グリコシド化により結合された化合物を意味する。
　２位と４位が架橋したリボースとしては、例えば、下記式の化合物が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000039
　本明細書において、「核酸塩基」とは、核酸の合成に使用されるものであれば特に制限されず、例えば、シトシル基、ウラシル基、チミニル基等のピリミジン塩基、アデニル基、グアニル基等のプリン塩基を挙げることができる。
　また、該「核酸塩基」には、上記した基の他に、核酸塩基が任意の置換基（例えば、ハロゲン原子、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、アシル基、アルコキシアルキル基、ヒドロキシ基、アミノ基、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、カルボキシ、シアノ、ニトロ等）により任意の位置に１～３個置換されている修飾核酸塩基（例えば、８－ブロモアデニル基、８－ブロモグアニル基、５－ブロモシトシル基、５－ヨードシトシル基、５－ブロモウラシル基、５－ヨードウラシル基、５－フルオロウラシル基、５－メチルシトシル基、８－オキソグアニル基、ヒポキサンチニル基等）も包含される。
　本明細書中、「ハロゲン原子」とは、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、またはヨウ素原子である。
　本明細書中、「炭化水素基」としては、例えば、脂肪族炭化水素基、芳香脂肪族炭化水素基、単環式飽和炭化水素基および芳香族炭化水素基等が挙げられ、具体的には、例えば、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基、アシル基等の１価基およびそれらから誘導される２価基である。
　本明細書中、「アルキル（基）」としては、直鎖状または分岐鎖状の炭素数１以上のアルキル基が挙げられ、特に炭素数範囲の限定がない場合には、好ましくはＣ１－１０アルキル基であり、より好ましくはＣ１－６アルキル基である。炭素数範囲の限定がない場合の好適な具体例としては、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ペンチル、ヘキシル等が挙げられ、特にメチル、エチルが好ましい。
　本明細書中、「アラルキル（基）」としては、Ｃ７－２０アラルキル基が挙げられ、好ましくはＣ７－１６アラルキル基（Ｃ６－１０アリール－Ｃ１－６アルキル基）である。好適な具体例としては、ベンジル、１－フェニルエチル、２－フェニルエチル、１－フェニルプロピル、ナフチルメチル、１－ナフチルエチル、１－ナフチルプロピル等が挙げられ、特にベンジルが好ましい。
　本明細書中、「アルコキシ（基）」としては、炭素数１以上のアルキコキシ基が挙げられ、特に炭素数範囲の限定がない場合には、好ましくはＣ１－１０アルコキシ基であり、より好ましくはＣ１－６アルコキシ基である。炭素数範囲の限定がない場合の好適な具体例としては、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ブトキシ、イソブトキシ、ｓｅｃ－ブトキシ、ｔｅｒｔ－ブトキシ、ペンチルオキシ、ヘキシルオキシ等が挙げられ、特にメトキシ、エトキシが好ましい。
　本明細書中、「アシル（基）」としては、例えば、直鎖状または分岐鎖状のＣ１－６アルカノイル基、Ｃ７－１３アロイル基等が挙げられる。具体的には、例えば、ホルミル、アセチル、ｎ－プロピオニル、イソプロピオニル、ｎ－ブチリル、イソブチリル、ピバロイル、バレリル、ヘキサノイル、ベンゾイル、ナフトイル、レブリニル等が挙げられ、これらはそれぞれ置換されていてもよい。
　本明細書中、「アルケニル（基）」としては、直鎖状または分岐鎖状のＣ２－６アルケニル基等が好ましく、例えば、ビニル、１－プロペニル、アリル、イソプロペニル、ブテニル、イソブテニル等が挙げられる。中でも、Ｃ２－４アルケニル基が好ましい。
　本明細書中、「アルキニル（基）」としては、Ｃ２－６アルキニル基等が好ましく、例えば、エチニル、１－プロピニル、２－プロピニル、１－ブチニル、２－ブチニル、３－ブチニル、１－ペンチニル、２－ペンチニル、３－ペンチニル、４－ペンチニル、１－ヘキシニル、２－ヘキシニル、３－ヘキシニル、４－ヘキシニル、５－ヘキシニル等が挙げられる。中でも、Ｃ２－４アルキニル基が好ましい。
　本明細書中、「シクロアルキル（基）」は、環状アルキル基を意味し、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル等が挙げられる。中でも、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル等のＣ３－６シクロアルキル基が好ましく、シクロヘキシルが特に好ましい。
　本明細書中、「アリール（基）」は、芳香族性を示す単環式あるいは多環式（縮合）の炭化水素基を意味し、具体的には、例えば、フェニル、１－ナフチル、２－ナフチル、ビフェニリル、２－アンスリル等のＣ６－１４アリール基等が挙げられる。中でもＣ６－１０アリール基がより好ましく、フェニルが特に好ましい。
　本明細書中、「炭化水素基を有する有機基」とは、前記「炭化水素基」を有する基を意味し、「炭化水素基を有する有機基」中の「炭化水素基」以外の部位は任意に設定することができる。例えば、リンカーとして－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＯＯ－、－ＯＣＯＮＨ－、および－ＣＯＮＨ－等の部位を有していてもよい。
　本明細書中、「アルキレン（基）」としては、直鎖状または分岐鎖状の炭素数１以上のアルキレン基が挙げられ、特に炭素数範囲の限定がない場合には、好ましくはＣ１－１０アルキレン基であり、より好ましくはＣ１－６アルキレン基である。炭素数範囲の限定がない場合の好適な具体例としては、メチレン、エチレン、プロピレン、ブチレン、ペンチレン、ヘキシレン等が挙げられ、特にメチレン、エチレンが好ましい。
２．塩基部保護オリゴヌクレオチド
　本発明オリゴヌクレオチド合成に使用される塩基部保護オリゴヌクレオチドは、３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたヌクレオチドの核酸塩基をＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護することにより、中間体のオリゴヌクレオチドの脂溶性、有機溶媒（特に、非極性溶媒）に対する溶解性が顕著に向上し、液相合成に適したオリゴヌクレオチドの製造法を提供することができる。
　有機溶媒に対する溶解性の観点から、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基としては、Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基が好ましい。
　本明細書の塩基部保護オリゴヌクレオチドにより、オリゴヌクレオチドの溶解性が向上される溶媒としては、非極性溶媒が好ましい。
　本明細書において、「非極性溶媒」としては、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル等の非極性エーテル系溶媒が挙げられる。これらの溶媒は２種以上を適宜の割合で混合して用いてもよい。中でも、芳香族系溶媒、脂肪族系溶媒、またはこれらの組合せが好ましく、ベンゼン、トルエン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサンまたは、これらの組合せ等が好ましく、トルエン、ヘプタン、ノナンまたは、これらの組合せがより好ましく、トルエン、ヘプタンまたは、これらの組合せが特に好ましい。
　中でも目的とするオリゴヌクレオチド製造方法において、スピードアップ、高収率、高効率が達成できるという観点で好ましい塩基部保護オリゴヌクレオチドとしては、下記一般式（Ｉ）で表される新規化合物（以下、本発明化合物（Ｉ）と称することもある。）が挙げられる。
　なお、ｑが０の場合には、式（Ｉ）で表される塩基部保護オリゴヌクレオチドは、「塩基部保護ヌクレオシド」と解される。
　一般式（Ｉ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000040
（式中、ｑは、０以上の任意の整数を示し；

ｑ＋１個のＢａｓｅ２は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている核酸塩基を示し；
Ｐ１は、水素原子、または酸性条件下で除去可能な一時保護基を示し；
Ｘは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
ｑ個のＸ’は、独立してそれぞれ、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
ｑ＋１個のＰ２は、独立してそれぞれ、塩基性条件下で除去可能な保護基を示し；
ｑ個のＲ３４は、独立してそれぞれ、酸素原子もしくは硫黄原子を示し；
Ｒｅ及びＲｆは、独立してそれぞれ、Ｃ１－６アルキル基を示すか、または隣接する窒素原子と一緒になって形成する、５または６員の飽和環状アミノ基を示す。）
　ｑは、０以上の任意の整数を示し、０が好ましい。ｑの上限は、特に限定されるものではないが、４９以下が好ましく、２９以下がより好ましく、１９以下が更に好ましく、４以下が更に一層好ましく、２以下が更に一層好ましく、１が特に好ましい。
　本発明化合物（Ｉ）である塩基部保護オリゴヌクレオチドを構成するリボース残基の２位の基Ｘ及びｑ個のＸ’は、独立してそれぞれ、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基である。
　かかる「保護されていてもよい水酸基」の保護基としては、特に限定されず、例えば、グリーンズ・プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（Ｇｒｅｅｎｅ’ｓ　ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第４版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（２００６年）等に記載されている任意の保護基を挙げることができる。具体的には、メチル基、ベンジル基、ｐ－メトキシベンジル基、ｔｅｒｔ－ブチル基、メトキシメチル基、メトキシエチル基、２－テトラヒドロピラニル基、エトキシエチル基、シアノエチル基、シアノエトキシメチル基、フェニルカルバモイル基、１，１－ジオキソチオモルホリン－４－チオカルバモイル基、アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（Ｔｏｍ）基、１－（４－クロロフェニル）－４－エトキシピペリジン－４－イル（Ｃｐｅｐ）基等を挙げることができる。これらの中でも、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、またはｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基であることが好ましく、経済性及び入手の容易さの観点から、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基であることが特に好ましい。
　Ｘ及びＸ’で示されるハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子等が好ましく、フッ素原子がより好ましい。
　Ｘ及びＸ’で示される「４位炭素原子に架橋する有機基」としては、ヌクレオシド２位と４位を架橋する限り特に限定はないが、例えば、Ｃ２－７アルキレン基が挙げられる。当該アルキレン基は、例えば、－Ｏ－、－ＮＲ３７－（Ｒ３７は水素原子またはＣ１－６アルキル基を示す）、－Ｓ－、－ＣＯ－、－ＣＯＯ－、－ＯＣＯＮＲ３８－（Ｒ３８は水素原子またはＣ１－６アルキル基を示す）、－ＣＯＮＲ３９－（Ｒ３９は水素原子またはＣ１－６アルキル基を示す）等から選ばれるリンカーで１箇所以上（好ましくは、１又は２箇所）中断されていてもよい。
　「４位炭素原子に架橋する有機基」として好ましくは、例えば、－ＯＲｉ（Ｒｉは４位に架橋するＣ１－６アルキレン基を示す）、－Ｏ－ＮＲ３７－Ｒｊ（Ｒｊは４位に架橋するＣ１－６アルキレン基を示し、Ｒ３７は前記と同義を示す）、－Ｏ－Ｒｋ－Ｏ－Ｒｌ（ＲｋはＣ１－６アルキレン基を示し、Ｒｌは４位に架橋するＣ１－６アルキレン基を示す）等が挙げられる。Ｒｉ、Ｒｊ、Ｒｋ及びＲｌで示されるＣ１－６アルキレン基としては、それぞれ独立して、メチレン基またはエチレン基が好ましい。
　「４位炭素原子に架橋する有機基」としては、－Ｏ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＲ３７－ＣＨ２－（Ｒ３７は前記と同義を示す）、－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－等が好ましく、－Ｏ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＨ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＭｅ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－（それぞれ、左側が２位に結合し、右側が４位に結合する。）等がより好ましい。
　本発明化合物（Ｉ）の５’位水酸基の保護基として用いることができる一時保護基Ｐ１としては、酸性条件下で脱保護可能であり、水酸基の保護基として用いられるものであれば、特に限定はされないが、トリチル基、９－（９－フェニル）キサンテニル基、９－フェニルチオキサンテニル基、１，１－ビス（４－メトキシフェニル）－１－フェニルメチル基等のジ（Ｃ１－６アルコキシ）トリチル基、１－（４－メトキシフェニル）－１，１－ジフェニルメチル基等のモノ（Ｃ１－１８アルコキシ）トリチル基等のモノメトキシトリチル基を挙げることができる。これらの中でも、脱保護のしやすさ、入手の容易さの観点から、モノメトキシトリチル基、ジメトキシトリチル基であることが好ましく、より好ましくは、ジメトキシトリチル基である。
　Ｒｅ及びＲｆが、隣接する窒素原子と一緒になって形成する、５または６員の飽和環状アミノ基は、窒素原子の他に環構成原子として酸素原子または硫黄原子を１個有していてもよく、例えば、ピロリジニル基、ピペリジニル基、モルホリニル基、チオモルホリニル基、Ｎ－メチルピラジニル基などが挙げられる。
　Ｒｅ及びＲｆとしては、イソプロピル基が好ましい。
　本発明化合物（Ｉ）のホスホロアミダイトの保護基またはヌクレオチドリン酸基の保護基として用いることができるｑ＋１個の保護基Ｐ２としては、塩基条件下で脱保護可能であり、水酸基の保護基として用いられるものであれば、特に限定はされないが、－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧ（ＷＧは、電子吸引性基を示す。）で表される基が好ましく、ＷＧとしてはシアノ基が好ましい。　ｑ個のＲ３４は、独立してそれぞれ酸素原子もしくは硫黄原子を示し、好ましくは酸素原子である。
　ｑ＋１個のＢａｓｅ２における「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３直鎖又は０分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている核酸塩基」の「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」としては、その分子構造中に「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基」を１以上有する保護基であれば特に限定はないが、好ましくは、下記式（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）または（ｓ）で表される基が挙げられる。
式（ｋ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000041
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
Ｒ２７は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）
で表される基、
式（ｌ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000042
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
Ｑ１は、－Ｏ－、－Ｓ－または－ＮＲ３０－（式中、Ｒ３０は、水素原子またはＣ１－２２アルキル基を示す。）を示し；
Ｒｃ及びＲｄは、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－２２アルキル基を示し；
Ｒ２８は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）
で表される基、
式（ｍ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000043
（式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
ｌは、１～５の整数を示し；
ｌ個のＱ２は、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－Ｏ－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－、－（＝Ｏ）ＮＨＣ－、－ＮＨ－ＣＨ２－又は－ＣＨ２－を示し；
ｌ個のＲ２９は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示し；
環Ｃは、ｌ個のＱ２Ｒ２９、および＊Ｃ＝Ｏに加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよいベンゼン環又はシクロヘキサン環を示す。）で表される基、または
式（ｓ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000044
（式中、＊は、核酸塩基のアミノ基とイミノ結合を形成する位置を示し；
Ｒ３５及びＲ３６は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）で表される基。
　式（ｌ）において、Ｑ１としては－Ｏ－が好ましく、Ｒｃ及びＲｄとしては水素原子が好ましい。
　式（ｍ）において、ｌとしては１が好ましく、Ｑ２としては－Ｏ－が好ましく、環Ｃとしてはベンゼン環が好ましい。
　式（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）および（ｓ）において、それぞれＲ２７、Ｒ２８、ｌ個のＲ２９、Ｒ３５及びＲ３６が示す「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基」の「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基」および「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基」の炭素数の下限は、５以上であり、１６以上が好ましく、１８以上がより好ましい。当該炭素数の上限は、３０以下であり、２５以下が好ましく、２０以下がより好ましい。
　Ｒ２７、Ｒ２８、ｌ個のＲ２９、Ｒ３５及びＲ３６で示される「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基」として特に限定されるものではないが、好ましくは、下記式（ｎ）または（ｅ’）で表される分岐鎖アルキル基が挙げられる。
　なお、式（ｎ）、（ｅ’）における各記号の定義中の炭素数、繰り返し単位の数（ｎ１９、ｎ２０、またはｎ２１）等は便宜上示されたものであって、総炭素数が５以上（好ましくは１６以上、より好ましくは１８以上）、３０以下（好ましくは２５以下、より好ましくは２０以下）になるよう上記した定義の範囲内で適宜変更することができる。以下、式（ｎ）および（ｅ’）について、順に説明する。
　式（ｎ）は、以下のとおりである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000045
（式中、＊は、結合位置を示し；
ｎ１９は、２～６の整数を示し；
ｎ１９個のＲ３０およびＲ３１は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
ｎ１９個のＸ６は、独立してそれぞれ、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；かつ
Ｒ３２は、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
Ｒ３３は、Ｃ１－４アルキル基を示す。
但し、Ｒ３０およびＲ３１が共に水素原子であることはなく、かつｎ１９が２の場合には、Ｒ３２はＣ１－４アルキル基を示す。）で表される分岐鎖アルキル基。
　式（ｎ）の基において、
ｎ１９個のＲ３０およびＲ３１は、独立してそれぞれ、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
ｎ１９個のＸ６は、独立してそれぞれ、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；
Ｒ３２は、水素原子、メチル基またはエチル基であり；かつ
Ｒ３３は、メチル基またはエチル基である基が好ましい（但し、Ｒ３０およびＲ３１が共に水素原子であることはなく、かつｎ１９が２の場合には、Ｒ３２はメチル基またはエチル基を示す。）。
　より好適な式（ｎ）の基としては、２，６，１０，１４－テトラメチルペンタデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデシル基、２，６－ジメチルヘプチル基等が挙げられる。
　式（ｅ’）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000046
（式中、＊は、結合位置を示し；
ｎ２０は、１～５の整数を示し；
ｎ２１は、１～５の整数を示し；
ｎ２０個のＲ２０およびＲ２１は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
ｎ２０個のＸ３は、独立してそれぞれ、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；
ｎ２１個のＲ２２およびＲ２３は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
ｎ２１個のＸ５は、独立してそれぞれ、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；
Ｘ４は、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；かつ
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２４、Ｒ２５およびＲ２６は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示す。
但し、Ｒ２０およびＲ２１、および／またはＲ２２およびＲ２３が共に水素原子であることはなく、かつｎ２０＋ｎ２１が２の場合には、Ｒ１７、Ｒ１８およびＲ１９の２個以上が独立してそれぞれ、Ｃ１－４アルキル基を示すか、またはＲ２４、Ｒ２５およびＲ２６の２個以上が独立してそれぞれ、Ｃ１－４アルキル基を示す。）で表される分岐鎖アルキル基。
　式（ｅ’）の基において、
ｎ２０は、１～５の整数であり；
ｎ２１は、１～５の整数であり；
ｎ２０個のＲ２０およびＲ２１は、独立してそれぞれ、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
ｎ２０個のＸ３は、独立してそれぞれ、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；
ｎ２１個のＲ２２およびＲ２３は、独立してそれぞれ、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
ｎ２１個のＸ５は、独立してそれぞれ、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；
Ｘ４は、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２４、Ｒ２５およびＲ２６は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基である基が好ましい（但し、Ｒ２０およびＲ２１、および／またはＲ２２およびＲ２３が共に水素原子であることはなく、かつｎ２０＋ｎ２１が２の場合には、Ｒ１７、Ｒ１８およびＲ１９の２個以上が独立してそれぞれ、Ｃ１－４アルキル基を示すか、またはＲ２４、Ｒ２５およびＲ２６の２個以上が独立してそれぞれ、Ｃ１－４アルキル基を示す。）。
　特に好適な式（ｅ’）の基としては、
ｎ２０は、１～５の整数であり；
ｎ２１は、１～５の整数であり；
ｎ２０個のＲ２０およびＲ２１は、独立してそれぞれ、水素原子またはメチル基であり；
ｎ２０個のＸ３は、独立してそれぞれ、単結合またはメチレン基であり；
ｎ２１個のＲ２２およびＲ２３は、独立してそれぞれ、水素原子またはメチル基であり；
ｎ２１個のＸ５は、独立してそれぞれ、単結合またはメチレン基であり；
Ｘ４は、単結合またはメチレン基であり；かつ
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２４、Ｒ２５およびＲ２６は、メチル基である基が挙げられる（但し、Ｒ２０およびＲ２１、および／またはＲ２２およびＲ２３が共に水素原子であることはない。）。
　より好適な式（ｅ’）の基としては、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ウンデシル基等が挙げられる。
　Ｒ２７、Ｒ２８、ｌ個のＲ２９、Ｒ３５及びＲ３６で示される「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基」の別の好ましい例としては、２，６，１０，１４－テトラメチルペンタデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデシル基、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ウンデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデカ－１，５，９－トリエニル基、２，６－ジメチルヘプチル基、２，６－ジメチルヘプタ－５－エニル基、２，６－ジメチルヘプタ－１，５－ジエニル基、９－ノナデシル基、１２－メチルトリデシル基、１１－メチルトリデシル基、１１－メチルドデシル基、１０－メチルウンデシル基、８－ヘプタデシル基、７－ペンタデシル基、７－メチルオクチル基、３－メチルオクチル基、３，７－ジメチルオクチル基、３－メチルヘプチル基、３－エチルヘプチル基、５－ウンデシル基、２－ヘプチル基、２－メチル－２－ヘキシル基、２－ヘキシル基、３－ヘプチル基、４－ヘプチル基、４－メチル－ペンチル基、３－メチル－ペンチル基、及び２，４，４－トリメチルペンチル基からなる群から選択される分岐鎖アルキル基又は分岐鎖アルケニル基；あるいは、テトラデシル基、トリデシル基、ドデシル基、ウンデシル基、デシル基、ノニル基、オクチル基、ヘプチル基、ヘキシル基、及びペンチル基からなる群から選択される直鎖アルキル基が挙げられる。
　Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている核酸塩基としては、下記式（Ａ１）～（Ａ１２）が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000047
（式中、各記号は、前記と同義である。）
　Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基を核酸塩基に導入する方法は、当該保護基の活性化誘導体を保護試薬として用い、グリーンズ・プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（Ｇｒｅｅｎｅ’ｓ　ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第４版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（２００６年）、ＯＲＧＡＮＩＣ　ＬＥＴＴＥＲＳ，２００５，Ｖｏｌ．７，Ｎｏ．２４，５３８９－５３９２、ＪＯＵＲＮＡＬ　ＯＦ　ＡＭＥＲＩＣＡＮ　ＣＨＥＭＩＣＡＬ　ＳＯＣＩＥＴＹ，１９８２，Ｖｏｌ．１０４，１３１６－１３１９等に記載されている公知の方法に準じて行うことができる。
　Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基の活性化誘導体としては、上記式（ｋ）、（ｌ）または（ｍ）で示される基の＊の部分にハロゲン原子（例、塩素原子、臭素原子等）が結合した化合物；上記式（ｋ）または（ｍ）で示される二つの基が＊の部分で酸素原子と結合した対称酸無水物；上記式（ｋ）または（ｍ）で示される基が＊の部分で他のアシル基（例、イソブチリル基）で結合した混合酸無水物、（ＭｅＯ）２ＣＨ－ＮＲ３５Ｒ３６で表される化合物などが挙げられる。
　当該保護基の活性化誘導体は、市販品として入手可能であるか、あるいは、自体公知の方法またはこれらに準ずる方法に従って製造することができる。
　一般式（Ｉ）で表される本発明化合物の好ましい態様としては、一般式（Ｉ）中、
ｑが、０であり；
Ｂａｓｅ２が、それぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている、シトシル基、ウラシル基、チミニル基、アデニル基、またはグアニル基であり；
Ｐ１が、ジ（Ｃ１－６アルコキシ）トリチル基、またはモノ（Ｃ１－６アルコキシ）トリチル基であり；
Ｘが、水素原子、保護されていてもよい水酸基、フッ素原子、－ＯＲｉ（Ｒｉは前記と同義を示す）、－Ｏ－ＮＲ３７－Ｒｊ（Ｒｊ及びＲ３７は前記と同義を示す）、または－Ｏ－Ｒｋ－Ｏ－Ｒｌ（Ｒｋ及びＲｌは前記と同義を示す）であり；
Ｒｅ及びＲｆが、独立してそれぞれ、Ｃ１－６アルキル基であり；かつ
Ｐ２が、－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧ（ＷＧは、電子吸引性基を示す。）で表される基である、
化合物（Ｉ）である。
　上記一般式（Ｉ）で表される本発明化合物の別の好ましい態様としては、一般式（Ｉ）中、
ｑが、０であり；
Ｂａｓｅ２が、それぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている、シトシル基、ウラシル基、チミニル基、アデニル基、またはグアニル基であり；
Ｐ１が、ジメトキシトリチル基、またはモノメトキシトリチル基であり；
Ｘが、水素原子、保護されていてもよい水酸基、フッ素原子、－Ｏ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２－、または－Ｏ－ＮＲ３７－ＣＨ２－（Ｒ３７は前記と同義を示す）、－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－（それぞれ、左側が２位に結合し、右側が４位に結合する。）であり；
Ｒｅ及びＲｆが、イソプロピル基であり；かつ
Ｐ２が、－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧ（ＷＧは、電子吸引性基を示す。）で表される基である、
化合物（Ｉ）である。
　上記一般式（Ｉ）で表される本発明化合物の更に別の好ましい態様としては、一般式（Ｉ）中、
ｑが、０であり；
Ｂａｓｅ２が、それぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている、シトシル基、ウラシル基、チミニル基、アデニル基、またはグアニル基であり；
Ｐ１が、ジメトキシトリチル基であり；
Ｘが、水素原子、メトキシ基、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリロキシ基、フッ素原子、－Ｏ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＨ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＭｅ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－（それぞれ、左側が２位に結合し、右側が４位に結合する。）であり；
Ｒｅ及びＲｆが、イソプロピル基であり；かつ
Ｐ２が、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＮで表される基である、
化合物（Ｉ）である。
３．塩基部保護オリゴヌクレオチドの製造方法
　下記一般式（Ｉ）で表される本発明の塩基部保護オリゴヌクレオチドのうちｑが０である一般式（Ｉ’）で表される塩基部保護ヌクレオシドは、式（Ｉａ）で表される５’位水酸基が一時保護基Ｐ１により保護され、核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたヌクレオシドに下記一般式（ｏ）、（ｐ）で表されるホスホロアミダイト化試薬を反応させる公知の方法（Ｍ．Ｈ．Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ　ｅｔ　ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ　１９８７，１５４，２８７－３１３；Ｓ．Ｌ．Ｂｅａｕｃａｇｅ　ａｎｄ　Ｍ．Ｈ．Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ　Ｌｅｔｔｅｒｓ　１９８１，２２，１８５９－１８６２．）に従い、製造することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000048
（式中、Ｈａｌは、ハロゲン原子を示し、他の記号は、前記と同義である。）
　原料として用いられる式（Ｉａ）で表される化合物は、核酸塩基が保護されていない対応するヌクレオシドから、上記記載の「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基を核酸塩基に導入する方法」に従い、「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」で核酸塩基を保護することによって製造することができる。なお、核酸塩基が保護されていない対応するヌクレオシドは、市販品として入手可能であるか、あるいは、自体公知の方法またはこれらに準ずる方法に従って製造することができる。
　下記一般式（Ｉ’）で表される本発明の塩基部保護ヌクレオシドは、式（Ｉｂ）で表される３’位水酸基がホスホロアミダイド化され、５’位水酸基が一時保護基Ｐ１により保護され、核酸塩基が保護されていないヌクレオシドに、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する保護化試薬を反応させる公知の方法（ＯＲＧＡＮＩＣ　ＬＥＴＴＥＲＳ，２００５，Ｖｏｌ．７，Ｎｏ．２４，５３８９－５３９２）によっても、製造することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000049
（式中、Ｂａｓｅ’は、保護されていない核酸塩基を示し、他の記号は、前記と同義である。）
　原料として用いられる式（Ｉｂ）で表される化合物は、核酸塩基が核酸合成で常用される保護基（例、アセチル基、フェノキシアセチル基、ｐ－イソプロピルフェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基等）で保護された対応するヌクレオシドから、ＯＲＧＡＮＩＣ　ＬＥＴＴＥＲＳ，２００５，Ｖｏｌ．７，Ｎｏ．２４，５３８９－５３９２等に記載された公知の方法で脱保護することにより製造することができる。なお、核酸塩基が核酸合成で常用される保護基で保護された対応するヌクレオシドは、市販品として入手可能であるか、あるいは、自体公知の方法またはこれらに準ずる方法に従って製造することができる。
ｑが１以上である一般式（Ｉ）で示される塩基部保護オリゴヌクレオチドは、例えば、Aust.J.Chem.2010,63,227-235に記載の方法、本願明細書記載のオリゴヌクレオチドの製造方法を適宜適用して３’－水酸基が保護された対応する塩基部保護オリゴヌクレオチドを製造した後に、３’－水酸基の保護基を除去し、一般式（ｏ）、（ｐ）で表されるホスホロアミダイト化試薬を反応させる公知の方法（Ｍ．Ｈ．Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ　ｅｔ　ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ　１９８７，１５４，２８７－３１３；Ｓ．Ｌ．Ｂｅａｕｃａｇｅ　ａｎｄ　Ｍ．Ｈ．Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ　Ｌｅｔｔｅｒｓ　１９８１，２２，１８５９－１８６２．）に従い、製造することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000050
（式中、Ｐ４はヌクレオチド３’－水酸基の保護基を示し、他の記号は、前記と同義である。）

　Ｐ４で示されるヌクレオチド３’－水酸基の保護基は、５’－水酸基の保護基Ｐ１、核酸塩基が保護基を有する場合の該保護基及びリン酸基の保護基Ｐ２が脱保護されない条件下で脱保護可能な保護基を用いる。例えば、ヒドラジンで脱保護できる保護基が挙げられる。ヒドラジンで脱保護可能な保護基で好ましいものとしてはレブニル基等が挙げられる（Aust.J.Chem.2010,63,227-235参照）。
４．オリゴヌクレオチドの製造方法
　次に、本発明にかかるオリゴヌクレオチドの製造方法（以下、「本発明の製造方法」ともいう。）について説明する。
　本発明の製造方法は、前記塩基部保護オリゴヌクレオチドを用いることを特徴とする。具体的には、ｎ個重合オリゴヌクレオチドから、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドへの製造方法について説明していくが、例えば、ｎ＝１の場合には、ｎ個重合オリゴヌクレオチドは、「ヌクレオシド」と解し、ｐ＝１の場合には、ｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチドは、「塩基部保護ヌクレオシド」と解し、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドは、「ジヌクレオシド」と解すべきものである。
　本発明の製造方法は、好ましくは、以下の工程（２）を含有する。
（２）３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｐは、１以上の任意の整数を示す。）を、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｎは、１以上の任意の整数を示す。）と、その５’位水酸基を介してホスファイトトリエステル結合により縮合させ、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを得る工程。
　本発明の製造方法は、好ましくは、更に、下記工程（３）を含有し、工程（２）で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合が、ホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換される。
（３）縮合工程（２）の反応液に、酸化剤または硫化剤を添加して、縮合工程で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
　本発明の製造方法は、好ましくは、更に、下記工程（１）を含有し、工程（２）で使用される５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチドが調製される。
（１）縮合工程（２）の前に、非極性溶媒中において、３’位水酸基が保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチドを酸と反応させて５’位水酸基の一時保護基を除去する工程。
　工程（１）は、好ましくは、ピロール誘導体およびインドール誘導体から選択される少なくとも一種のカチオン捕捉剤の存在下に行われ、５’位水酸基の一時保護基を除去した後、有機塩基により中和する工程をさらに含む。これに工程（１）、（２）及び（３）を液中で連続的に行うことが可能になり、ヌクレオシドがｐ個伸長したオリゴヌクレオチドを抽出操作のみで単離精製できる。
　更に、下記工程（４）を含有させることにより、煩雑な固化単離を要せずして、簡便かつ効果的に過剰原料や副生物を除去して、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを精製し、同一反応容器から生成物を取り出すことなく、次工程に繋げることができる。
（４）工程（３）で得られた反応液から抽出操作のみで、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程。
　原料の当量管理と反応制御することによって副生物の発生量を制御できる状況であれば、工程（１）～工程（３）を基本単位として繰り返し、工程（４）を含有させることが好ましい。
　また、副生物発生を厳格に管理・制御でき、高純度のオリゴヌクレオチドに導けるという観点で、工程（１）～工程（４）を基本単位として繰り返すことが好ましい。
　液相法においてこのようなサイクルを繰り返すことにより、反応容器を変えることなく、ワンポットで最終のオリゴヌクレオチドまで製造することができる。
　本発明の製造方法には、更に、工程（５）を含有させることにより、オリゴヌクレオチドを単離・製造することができる。
（５）工程（４）で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
　ｎは１以上の任意の整数を示し、その上限は、特に限定されるものではないが、通常１００以下、好ましくは７５以下、さらに好ましくは５０以下、さらに好ましくは３０以下である。
　ｐは、１以上の任意の整数を示し、１が好ましい。ｐの上限は、特に限定されるものではないが、５０以下が好ましく、３０以下がより好ましく、２０以下が更に好ましく、５以下が更に一層好ましく、３以下が特に好ましい。
４－１．「ｎ個重合オリゴヌクレオチド」の説明
　まず、工程（１）及び（２）の原料に用いられるｎ個重合オリゴヌクレオチドについて説明する。
　工程（１）で使用されるｎ個重合オリゴヌクレオチドは、例えば、Ｐ１が酸性条件下で除去可能な一時保護基である下記一般式（ｉ）に示されるような、３’位水酸基が保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチドを示し、工程（２）で使用されるｎ個重合オリゴヌクレオチドは、例えば、下記一般式（ｉｉ）に示されるような、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチドを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000051
（式中、ｍは、０以上の任意の整数を示し、ｍ＋１個のＢａｓｅは、独立してそれぞれ、保護されていてもよい核酸塩基を示し、ｍ個のＲ３４は、独立してそれぞれ、酸素原子もしくは硫黄原子を示し、ｍ個のＰ２は、独立してそれぞれ、塩基性条件下で除去可能な保護基を示し、Ｐ３はヌクレオチド３’－水酸基の保護基を示し、ｍ＋１個のＸ’は、それぞれ独立してＸと同義であり、他の記号は、前記と同義である。）　ｍの上限は、特に限定されるものではないが、通常９９以下、好ましくは７４以下、さらに好ましくは４９以下、さらに好ましくは２９以下である。

　Ｐ２で示される「塩基性条件下で除去可能な保護基」は、式（Ｉ）のＰ２と同義である。
　一般式（ｉ）及び（ｉｉ）中の各記号について、以下に説明する。
４－２．「ヌクレオチド３’－水酸基の保護基」の説明
　一般式（ｉ）及び（ｉｉ）中のＰ３で示される「ヌクレオチド３’－水酸基の保護基」とは、５’位水酸基の保護基を除去し得る酸性条件で安定な基であり、工程（１）及び（２）において反応が進行するように反応溶媒である非極性溶媒にｎ個重合オリゴヌクレオチドを溶解させうるものであれば特に限定はないが、下記一般式（ＩＩＩ’）で表される基が好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000052
［式中、
Ｌは、式（ａ１）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000053
（式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；＊＊は、ヌクレオチド３’位水酸基との結合位置を示し；
Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；かつ
Ｌ２は、単結合を示すか、または＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、独立してそれぞれ、水素原子もしくは置換されていてもよいＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ２およびＲ３が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン結合を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で示される基を示し、
Ｙは、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し、ならびに
Ｚ’は、炭化水素基を有する有機基を示す。］。
　上記式（ａ１）で表されるリンカーＬの好ましい態様としては、式（ａ１）中、Ｌ１が、エチレン基、またはＣＨ２－Ｏ－１，４－フェニレン－Ｏ－ＣＨ２を示し；かつ
Ｌ２が、単結合を示すか、または＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、Ｃ１－６アルキレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、独立してそれぞれ水素原子、もしくは置換されていてもよいＣ１－６アルキル基を示すか、またはＲ２およびＲ３が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－６アルキレン結合を形成していてもよい。）で表される基である、基である。
　上記式（ａ１）で表されるリンカーＬの別の好ましい態様としては、式（ａ１）中、Ｌ１が、エチレン基を示し；かつ
Ｌ２が、単結合を示す、基である。
　上記式（ａ１）で表されるリンカーＬの別の好ましい態様としては、式（ａ１）中、Ｌ１が、エチレン基を示し；かつ
Ｌ２中のＮ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）部分が、ピペラジニレン基を示す、基である。
　上記式（ａ１）で表されるリンカーＬの更に別の好ましい態様としては、式（ａ１）中、Ｌ１が、エチレン基を示し；かつ
Ｌ２が、＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、ペンチレン基、またはヘキシレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、水素原子もしくはメチル基を示す。）で表される基である、基である。
　上記リンカーＬの特に好ましい例は、入手が容易で安価なスクシニル基である。
　上記式（ＩＩＩ’）におけるＹは、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示す。
　本明細書中、Ｒで示される「アルキル基」としては、Ｃ１－３０アルキル基が挙げられ、好ましくはＣ１－１０アルキル基、より好ましくはＣ１－６アルキル基である。好適な具体例としては、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル等が挙げられ、特にメチル、エチルが好ましい。
　本明細書中、Ｒで示される「アラルキル基」としては、Ｃ７－３０アラルキル基が挙げられ、好ましくはＣ７－２０アラルキル基、より好ましくはＣ７－１６アラルキル基（Ｃ６－１０アリール－Ｃ１－６アルキル基）である。好適な具体例としては、ベンジル、１－フェニルエチル、２－フェニルエチル、１－フェニルプロピル、α－ナフチルメチル、１－（α－ナフチル）エチル、２－（α－ナフチル）エチル、１－（α－ナフチル）プロピル、β－ナフチルメチル、１－（β－ナフチル）エチル、２－（β－ナフチル）エチル、１－（β－ナフチル）プロピル等が挙げられ、特にベンジルが好ましい。
　Ｒとしては、水素原子、Ｃ１－６アルキル基またはＣ７－１６アラルキル基が好ましく、水素原子、メチル、エチルまたはベンジルがより好ましく、水素原子が特に好ましい。
　Ｙとしては、酸素原子またはＮＨが好ましい。
　Ｚ’で示される「炭化水素基を有する有機基」としては、例えば、メチル、エチル、ｔｅｒｔ－ブチル等の炭素数１～６のアルキル、ベンジル、ｐ－ニトロベンジル、ｐ－メトキシベンジル、ジフェニルメチル、アリル、１，１－ジメチル－２－フェニル－エチル、２，４－ジメトキシベンジル、ビス（４－メトキシフェニル）メチル等が挙げられる。また、炭化水素基を有する有機基としては、分枝鎖を有するものが好ましい。分枝鎖を有する基を使用すれば、ｎ個重合オリゴヌクレオチドおよびｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの脂溶性、溶媒（特に、非極性溶媒）に対する溶解性を向上させることができ、工程（１）を円滑に行うことができ、また、後述する工程（４）の抽出単離工程において、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを非極性溶媒に移行させやすくなる。
　Ｚ’における好適な「分枝鎖を有する基」としては、例えば、式（ａ２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000054
［式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；
Ｒ４は、水素原子であるか、あるいはＲｂが下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；
ｋ個のＱは、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－または－ＮＨ－を示し；
ｋ個のＲ５は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
ｋは、１～４の整数を示し；
環Ａは、Ｒ４、ｋ個のＱＲ５、および＊Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよく；
Ｒａは、水素原子を示し；かつ
Ｒｂは、水素原子または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000055
（式中、＊は結合位置を示し；
ｊは、０～４の整数を示し；
ｊ個のＱは、独立してそれぞれ、前記と同意義を示し；
ｊ個のＲ７は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
Ｒ６は、水素原子を示すか、またはＲ４と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；かつ
環Ｂは、ｊ個のＱＲ７、およびＲ６に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよい）で表される基を示す。］で表される基が挙げられる。
　即ち、本発明におけるｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’－水酸基の保護基の好適な一実施態様は、下記一般式（ＩＩＩ）で表される。
一般式（ＩＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000056
［式中、
ＬおよびＹは前記と同義であり、
Ｚは、式（ａ２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000057
［式中、各記号は前記と同義である。］。
　ヌクレオチド３’－水酸基の保護基が－Ｌ－Ｙ－Ｚ’である場合に、Ｚ’を「分岐鎖を有する基」、好ましくは式（ａ２）で表される基にすることにより、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドの溶解性が向上される溶媒としては、非極性溶媒が好ましい。
　上記式（ＩＩＩ）におけるＬ及びＹの好ましい態様は、上記式（ＩＩＩ’）におけるＬ及びＹと同様である。
　上記式（ＩＩＩ’）におけるＺ’の好ましい態様、即ち、上記式（ＩＩＩ）におけるＺの式（ａ２）で表される基は、特定のベンジル基（式（ａ２）中、ＲａとＲｂが共に水素原子であり、かつＲ４が水素原子である）；特定のジフェニルメチル基（式（ａ２）中、Ｒａが水素原子であり、Ｒ４が水素原子であり、ｋが１～３であり、かつＲｂが式（ａ３）（式中、Ｒ６が水素原子であり、ｊが０または１である。）で表される基である）；特定のフルオレニル基（式（ａ２）中、Ｒａが水素原子であり、ｋが１であり、Ｒｂが式（ａ３）（式中、ｊが０である。）で表される基であり、かつＲ６がＲ４と一緒になって単結合を示して、環Ａと共にフルオレン環を形成する）；特定のキサンテニル基（式（ａ２）中、Ｒａが水素原子であり、ｋが１であり、Ｒｂが式（ａ３）（式中、ｊが０である。）で表される基であり、かつＲ６がＲ４と一緒になって－Ｏ－を示して、環Ａと共にキサンチン環を形成する）を包含する。
　式（ＩＩＩ）中、Ｒ５、Ｒ７として示される「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」とは、その分子構造中に分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基である。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」における「分岐鎖」としては、直鎖または分岐状の飽和脂肪族炭化水素基であり、Ｃ１－６アルキル基が好ましく、Ｃ１－４アルキル基がより好ましく、メチル基またはエチル基が一層好ましい。また、該「分岐鎖」は、１個以上のハロゲン原子で置換されていてもよい。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」における「脂肪族炭化水素基」とは、直鎖状の飽和または不飽和の脂肪族炭化水素基であり、Ｃ２－Ｃ３００アルキル基（好ましくは、Ｃ３－Ｃ１００アルキル基、より好ましくは、Ｃ３－Ｃ６０アルキル基）、Ｃ２－Ｃ３００アルケニル基（好ましくは、Ｃ３－Ｃ１００アルケニル基、より好ましくは、Ｃ３－Ｃ６０アルケニル基）またはＣ２－Ｃ３００アルキニル基（好ましくは、Ｃ３－Ｃ１００アルキニル基、より好ましくは、Ｃ３－Ｃ６０アルキニル基）である。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」における「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」の部位は、特に限定されず、末端に存在しても（１価基）、それ以外の部位に存在してもよい（例えば２価基）。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」としては、具体的には、プロピル基、ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基、ヘプチル基、オクチル基、ノニル基、デシル基、ウンデシル基、ドデシル基（ラウリル基）、トリデシル基、ミリスチル基、セチル基、ステアリル基、アラキル基、ベヘニル基、オレイル基、リノリル基、リグノセリル基等の分岐異性体であって、１以上の分岐鎖を有する１価基およびそれらから誘導される２価基が挙げられ、好ましくは、３，７，１１－トリメチルドデシル基、３，７，１１，１５－テトラメチルヘキサデシル基（以下、２，３－ジヒドロフィチル基ということもある。）、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチルウンデカン－５－イル基等である。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」中に「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」が複数存在する場合には、その各々は同一のものであっても異なるものであってもよい。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」中の「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」以外の部位は任意に設定することができる。例えば－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＯ－、－ＮＨ－、－ＣＯＯ－、－ＯＣＯＮＨ－、－ＣＯＮＨ－、－ＮＨＣＯ－、炭化水素基（１価基または２価基）等の部位を有していてもよい。「炭化水素基」としては、例えば、脂肪族炭化水素基、芳香脂肪族炭化水素基、単環式飽和炭化水素基および芳香族炭化水素基等が挙げられ、具体的には、例えば、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基等の１価基およびそれらから誘導される２価基が用いられる。「アルキル基」としては、例えば、Ｃ１－６アルキル基等が好ましく、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ペンチル、ヘキシル等が挙げられる。「アルケニル基」としては、例えば、Ｃ２－６アルケニル基等が好ましく、例えば、ビニル、１－プロペニル、アリル、イソプロペニル、ブテニル、イソブテニル等が挙げられる。「アルキニル基」としては、例えば、Ｃ２－６アルキニル基等が好ましく、例えば、エチニル、プロパルギル、１－プロピニル等が挙げられる。「シクロアルキル基」としては、例えば、Ｃ３－６シクロアルキル基等が好ましく、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシルが挙げられる。「アリール基」は、例えば、Ｃ６－１４アリール基等が好ましく、例えば、フェニル、１－ナフチル、２－ナフチル、ビフェニリル、２－アンスリル等が挙げられる。中でもＣ６－１０アリール基がより好ましく、フェニルが特に好ましい。「アラルキル基」としては、例えば、Ｃ７－２０アラルキル基が好ましく、例えば、ベンジル、１－フェニルエチル、２－フェニルエチル、１－フェニルプロピル、ナフチルメチル、１－ナフチルエチル、１－ナフチルプロピル等が挙げられる。中でも、Ｃ７－１６アラルキル基（Ｃ６－１０アリール－Ｃ１－６アルキル基）がより好ましく、ベンジルが特に好ましい。当該「炭化水素基」は、ハロゲン原子（塩素原子、臭素原子、フッ素原子、ヨウ素原子）、オキソ基等から選択される置換基で置換されていてもよい。
　Ｚは、ｋ個のＱＲ５基を有する。ここで、Ｑは、独立してそれぞれ、単結合であるか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－または－ＮＨ－であり、好ましくはＯである。ｋ個のＱＲ５基は、それぞれ同一のものであっても異なるものであってもよい。
　Ｚにおいては、Ｒ５、Ｒ７として示される「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」における、炭素数合計は、１４以上であり、１６以上が好ましく、１８以上がより好ましい。一方、Ｒ５、Ｒ７として示される「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」における、炭素数合計は、３００以下であり、２００以下が好ましく、１６０以下がより好ましい。また、本発明化合物においては、Ｒ５、Ｒ７として示される「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」における、総分岐鎖数は特に制限されないが、２以上が好ましく、３以上がより好ましく、４以上がより好ましく、８以上がより好ましく、１０以上が更に好ましい。当該総分岐鎖数が多いほど、オリゴヌクレオチド鎖が長鎖になった場合でも３’位水酸基が当該保護基により保護されたオリゴヌクレオチドは、各種有機溶媒（特に、非極性溶媒）に対する溶解性が良好な油状物となる。
　Ｒ５、Ｒ７として示される「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」としては、式（ｂ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000058
（式中、＊は、隣接原子との結合位置を示し；
Ｒ８およびＲ９は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
Ｘ１は、単結合、Ｃ１－４アルキレン基を示す。
但し、Ｒ８およびＲ９が共に水素原子であることはない。）で表される同一または異なる２価の基を有する基が好ましく、例えば、下記式（ｃ）～（ｅ）のいずれかで表される基が挙げられる。
　なお、式（ｃ）～（ｅ）における各記号の定義中の炭素数、繰り返し単位の数（ｍ１、ｎ０～ｎ２）等は便宜上示されたものであって、総炭素数が１４以上（好ましくは１６以上、より好ましくは１８以上）、３００以下（好ましくは２００以下、より好ましくは１６０以下）になるよう上記した定義の範囲内で適宜変更することができる。以下、式（ｃ）～（ｅ）について、順に説明する。
　式（ｃ）は、以下の通りである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000059
［式中、＊は、Ｑとの結合位置を示し；
Ｒ１０およびＲ１１は、共に水素原子を示すか、または一緒になって＝Ｏを示し；
ｎ０は、２～４０の整数を示し；
ｎ０個のＲ１２およびＲ１３は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
ｎ０個のＸ２は、独立してそれぞれ、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；かつ
Ｒ１４は、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
Ｒ１５は、Ｃ１－４アルキル基を示す。
但し、Ｒ１２およびＲ１３が共に水素原子であることはなく、かつｎ０が２の場合には、Ｒ１４はＣ１－４アルキル基を示す。］
　式（ｃ）の基において、
Ｒ１０およびＲ１１は、共に水素原子であり；
ｎ０は、２～４０の整数であり；
ｎ０個のＲ１２およびＲ１３は、独立してそれぞれ、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
ｎ０個のＸ２は、独立してそれぞれ、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；かつ
Ｒ１４は、水素原子、メチル基またはエチル基である基が好ましい（但し、Ｒ１２およびＲ１３が共に水素原子であることはなく、かつｎ０が２の場合には、Ｒ１４はメチルまたはエチル基を示す。）。
　より好適な式（ｃ）の基は、ミリスチル基、セチル基、ステアリル基、アラキル基、ベヘニル基等の炭素数１４～１６０の分岐異性体であり、中でも２，３－ジヒドロフィチル基、３，７，１１－トリメチルドデシル基、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル基が特に好ましい。
　式（ｄ）は、以下の通りである。
（式中、＊は、Ｑとの結合位置を示し；
ｍ１個のＯＲ１６は、独立してそれぞれ、式（ｃ）で表される基により置換されたヒドロキシル基を示し；
ｍ１は、１～３の整数を示す。）
　なお、式（ｃ）で表される基は、＊が、Ｑとの結合位置ではなく、Ｏとの結合位置を示すこと以外は、上記式（ｃ）で表される基と同じである。
　式（ｄ）の基において、Ｒ１６は、ミリスチル基、セチル基、ステアリル基、アラキル基、ベヘニル基等の炭素数１４～３０の分岐異性体である基がより好ましく、中でも２，３－ジヒドロフィチル基、３，７，１１－トリメチルドデシル基が特に好ましい。
　式（ｅ）は、以下の通りである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000061
（式中、＊は、Ｑとの結合位置を示し；
ｎ１は、１～１０の整数を示し；
ｎ２は、１～１０の整数を示し；
ｎ１個のＲ２０およびＲ２１は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
ｎ１個のＸ３は、独立してそれぞれ、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；
ｎ２個のＲ２２およびＲ２３は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
ｎ２個のＸ５は、独立してそれぞれ、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；
Ｘ４は、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；かつ
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２４、Ｒ２５およびＲ２６は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示す。
但し、Ｒ２０およびＲ２１、および／またはＲ２２およびＲ２３が共に水素原子であることはなく、かつｎ１＋ｎ２が２の場合には、Ｒ１７、Ｒ１８およびＲ１９の２個以上が独立してそれぞれ、Ｃ１－４アルキル基を示すか、またはＲ２４、Ｒ２５およびＲ２６の２個以上が独立してそれぞれ、Ｃ１－４アルキル基を示す。）
　式（ｅ）の基において、
ｎ１は、１～５の整数であり；
ｎ２は、１～５の整数であり；
ｎ１個のＲ２０およびＲ２１は、独立してそれぞれ、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
ｎ１個のＸ３は、独立してそれぞれ、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；
ｎ２個のＲ２２およびＲ２３は、独立してそれぞれ、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
ｎ２個のＸ５は、独立してそれぞれ、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；
Ｘ４は、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；かつ
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２４、Ｒ２５およびＲ２６は、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－４アルキル基である基がより好ましい（但し、Ｒ２０およびＲ２１、および／またはＲ２２およびＲ２３が共に水素原子であることはなく、かつｎ１＋ｎ２が２の場合には、Ｒ１７、Ｒ１８およびＲ１９の２個以上が独立してそれぞれ、Ｃ１－４アルキル基を示すか、またはＲ２４、Ｒ２５およびＲ２６の２個以上が独立してそれぞれ、Ｃ１－４アルキル基を示す。）。
　特に好適な式（ｅ）の基としては、
ｎ１は、１～５の整数であり；
ｎ２は、１～５の整数であり；
ｎ１個のＲ２０およびＲ２１は、独立してそれぞれ、水素原子またはメチル基であり；
ｎ１個のＸ３は、独立してそれぞれ、単結合またはメチレン基であり；
ｎ２個のＲ２２およびＲ２３は、独立してそれぞれ、水素原子またはメチル基であり；
ｎ２個のＸ５は、独立してそれぞれ、単結合またはメチレン基であり；
Ｘ４は、単結合またはメチレン基であり；かつ
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２５、Ｒ２５およびＲ２６は、メチル基である基が挙げられる（但し、Ｒ２０およびＲ２１、および／またはＲ２２およびＲ２３が、共に水素原子であることはない）。
　Ｒ５、Ｒ７として示される「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」の具体例として、以下の基が挙げられる。各基中の＊は結合位置を示し、式中のｎ３は、３以上の整数を示し、ｎ４は、該基の総炭素数が１４以上３００以下になるように適宜設定され得る。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000062
　Ｒ５、Ｒ７として示される「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基」の好ましい具体例として、以下の基が挙げられる：
３，７，１１，１５－テトラメチルヘキサデシル基；
３，７，１１－トリメチルドデシル基；
２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル基；
３，４，５－トリ（３’，７’，１１’，１５’－テトラメチルヘキサデシルオキシ）ベンジル基；および
３，５－ジ（３’，７’，１１’，１５’－テトラメチルヘキサデシルオキシ）ベンジル基。
　本発明の一般式（ＩＩＩ’）または式（ＩＩＩ）で表される保護基の好ましい例として、以下のベンジルスクシニル基、またはジフェニルメチルスクシニル基が挙げられるが、本発明は、これらに限定されるわけではない：
２－{２，４－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，５－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－{１－［（２－クロロ－５－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－{３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{２－［３’，４’，５’－トリ（２’’，３’’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルオキシ］－４－メトキシベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メトキシベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルスクシニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－［２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルアミノ］ベンジルスクシニル基；２－{４－［２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルアミノ］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルスクシニル基；２－｛４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{３，５－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{１－［２，３，４－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{１－［４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル］－４’－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，４，５－トリス［３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］ベンジルスクシニル基；および２－{３，４，５－トリス［３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基。
４－３．「保護されていてもよい核酸塩基」の説明
　一般式（ｉ）及び（ｉｉ）中のＢａｓｅで表される「保護されていてもよい核酸塩基」とは、例えば、アミノ基を有する核酸塩基であるアデニル基、グアニル基、またはシトシル基において、アミノ基が保護されていてもよいこと、或いは、環状イミド基を有するチミル基、ウラシル基において、イミド基が保護されていてもよいことを意味し、核酸塩基のアミノ基が５’位の脱保護条件に耐え得る保護基により保護されている核酸塩基が好ましい。かかる「アミノ基の保護基」及び「イミド基の保護基」としては、特に限定されず、例えば、グリーンズ・プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（Ｇｒｅｅｎｅ’ｓ　ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第４版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（２００６年）等に記載されている保護基を挙げることができる。かかる「アミノ基の保護基」及び「イミド基の保護基」の具体例としては、例えば、ピバロイル基、ピバロイロキシメチル基、トリフルオロアセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、４－tert－ブチルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、ジメチルホルムアミジニル基、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル基等を挙げることができる。これらの中でも、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、及びジメチルホルムアミジニル基が好ましい。また、核酸塩基のカルボニル基が保護されていてもよく、例えば、フェノール、２，５－ジクロロフェノール、３－クロロフェノール、３，５－ジクロロフェノール、２－ホルミルフェノール、２－ナフトール、４－メトキシフェノール、４－クロロフェノール、２－ニトロフェノール、４－ニトロフェノール、４－アセチルアミノフェノール、ペンタフルオロフェノール、４－ピバロイロキシベンジルアルコール、４－ニトロフェネチルアルコール、２－（メチルスルフォニル）エタノール、２－（フェニルスルフォニル）エタノール、２－シアノエタノール、２－（トリメチルシリル）エタノール、ジメチルカルバミン酸クロライド、ジエチルカルバミン酸クロライド、エチルフェニルカルバミン酸クロライド、１－ピロリジンカルボン酸クロライド、４－モルホリンカルボン酸クロライド、ジフェニルカルバミン酸クロライド等を反応させて、カルボニル基を保護することが出来る。ここで、カルボニル基の保護基については、特に導入しなくてもよい場合がある。
　また、核酸塩基の保護基の別の好ましい態様としては、「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」が挙げられる。当該「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」としては、上記式（Ｉ）中のＢａｓｅ２の「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている核酸塩基」の「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」と同義である。
　中でも、「Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基を有する基」が好ましく、「Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基を有する基」がより好ましい。
　核酸塩基を「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」で保護することにより、ｎ個重合オリゴヌクレオチドにさらに脂溶性、有機溶媒（特に、非極性溶媒）に対する溶解性が付与され、長鎖のオリゴヌクレオチド合成に有利である。
　ｎ個重合オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの核酸塩基は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されていることが好ましく、Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されていることがさらに好ましい。
　この場合に、ｎ個重合オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの核酸塩基が当該保護基で保護されていればよく、ｎ個すべての核酸塩基が当該保護基で保護されていてもよく、その一部が当該保護基で保護されており、その他の核酸塩基が、核酸合成分野で常用されている保護基（例えば、ピバロイル基、ピバロイロキシメチル基、トリフルオロアセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、４－tert－ブチルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、ジメチルホルムアミジニル基、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル基等）で保護されるものであってもよい。
　このように、Ｂａｓｅで表される核酸塩基の全て又は一部がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている場合、得られるｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの脂溶性、有機溶媒（特に、非極性溶媒）に対する溶解性がさらに向上し、次工程の工程（４）の抽出操作が容易になり、より重合度が高いオリゴヌクレオチドの合成が可能になる。
　ｎ個の核酸塩基のうち、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護する割合は、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが有機溶媒（特に、非極性溶媒）に十分な溶解性を有するように適宜設定すればよい。
　「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」及び「Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基を有する基」の好ましい例は、上述の式（Ｉ）で説明したとおりである。
４－４．分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド
　本発明におけるｎ個重合オリゴヌクレオチドの更に好適な一実施態様は、前記式（ｉ）及び（ｉｉ）において、かつＰ３で表される３’位水酸基の保護基が前記式（ＩＩＩ）：－Ｌ－Ｙ－Ｚで表される基（本明細書において、「分岐鎖含有芳香族保護基」と称する場合がある。）である、下記一般式（ＩＩ）で表される新規オリゴヌクレオチド（本明細書において、「分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド」と称することもある。）である。
　なお、ｍが０の場合には、式（ＩＩ）で表される分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチドは、「分岐鎖含有芳香族保護ヌクレオシド」と解される。
　本発明の分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチドは、本発明の製造方法の反応溶媒であり、分液操作性の優れた非極性溶媒に易溶であるので、各工程の反応を円滑に行える上、各中間体を晶析単離することなく抽出分離のみを経て最終生成物へと導くオリゴヌクレオチドの製造方法（ワンポット合成方法ともいう）に使用しうる、新規化合物として極めて有用である。
　特に非極性溶媒の代表溶媒としてのヘプタンに対して良好な溶解性を示すという点で、特開２０１０－２７５２５４号公報に記載の直鎖構造を有する保護基とは明確に差別化されるべきものである。
　一方、従来の液相法に比べても、オリゴヌクレオチドの重合度（配列および鎖長）によらず、非極性溶媒中に安定的に溶解・移行させられるため、工程上では単離・精製工程を簡便化でき、総合的には高純度・高収率を確保できるという利点を有する。
　２０℃におけるヘプタン中のｍが０である分岐鎖含有芳香族保護ヌクレオシドの溶解度（＝溶質／（溶媒＋溶質）×１００）（質量％）の下限値は、反応基質との結合やその後の反応が進行しさえすれば特に制限はないが、１質量％が好ましく、２質量％がより好ましく、５質量％が更に好ましく、１０質量％が更に一層好ましく、２５質量％が殊更好ましく、５０質量％が特に好ましい。
　２０℃におけるヘプタン中のｍが０である分岐鎖含有芳香族保護ヌクレオシドの溶解度（＝溶質／（溶媒＋溶質）×１００）（質量％）の上限値は、工業的に反応の進行度合いによらず安定的に反応を進行させられるという観点から、８０質量％が好ましく、８５質量％がより好ましく、９０質量％が更に好ましく、９５質量％が更に一層好ましく、９８質量％が殊更好ましい。
　本明細書において、「溶解度」とは、溶媒に溶質を飽和させた場合の、溶媒と溶質の合計質量に対する溶質の質量の百分率（質量％）を意味する。
一般式（ＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000063
［式中、ｍは、０以上の任意の整数を示し；

ｍ＋１個のＢａｓｅ１は、独立してそれぞれ、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
Ｐ１は、水素原子、または酸性条件下で除去可能な一時保護基を示し；
Ｘは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
ｍ個のＸ’は、独立してそれぞれ、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
ｍ個のＰ２は、独立してそれぞれ、塩基性条件下で除去可能な保護基を示し；
ｍ個のＲ３４は、独立してそれぞれ、酸素原子もしくは硫黄原子を示し；
Ｌ、ＹおよびＺは、前記と同義である。］
　本発明化合物（ＩＩ）は、５’位の水酸基の酸素原子を介して、３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、かつ５’位水酸基が一時保護基で保護されたｐ個重合オリゴヌクレオチドと結合し、ｍ＋１＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを形成する。
　ｍが０である本発明化合物（ＩＩ）は、オリゴヌクレオチド合成における３’位末端の出発化合物である。また、本発明化合物には、広義には５’位水酸基が未保護（Ｐ１が水素原子）のものも包含される。
　Ｐ１、Ｐ２、Ｘ、Ｘ’およびＲ３４の定義、好ましい態様等は、上記化合物（Ｉ）と同様である。
　ｍの定義、好ましい態様等は、上記化合物（ｉ）及び（ｉｉ）と同様である。
　一般式（ＩＩ）中のＬ、ＹおよびＺの好ましい態様は、前記一般式（ＩＩＩ’）または一般式（ＩＩＩ）におけるＬ、ＹおよびＺの好ましい態様と同様である。
　Ｂａｓｅ１で表される「保護されていてもよい核酸塩基」は、前記一般式（ｉ）及び（ｉｉ）におけるＢａｓｅと同様である。
　一般式（ＩＩ）で示される分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチドは、分岐鎖含有芳香族保護基で十分に脂溶性が付与されているため必ずしも必要ではないが、さらに脂溶性を向上させるために、Ｂａｓｅ１はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されていてもよく、好ましくは、Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されていてもよい。
　「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」及び「Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基を有する基」の好ましい例は、上述のとおりである。
　一般式（ＩＩ）で表される本発明化合物の好ましい態様としては、一般式（ＩＩ）中、
ｍが０であり；
Ｂａｓｅ１が、それぞれ保護されていてもよい、シトシル基、ウラシル基、チミニル基、アデニル基、またはグアニル基であり；
Ｐ１が、ジ（Ｃ１－６アルコキシ）トリチル基、またはモノ（Ｃ１－６アルコキシ）トリチル基であり；
Ｘが、水素原子、保護されていてもよい水酸基フッ素原子、－ＯＲｉ（Ｒｉは前記と同義を示す）、－Ｏ－ＮＲ３７－Ｒｊ（Ｒｊ及びＲ３７は前記と同義を示す）、または－Ｏ－Ｒｋ－Ｏ－Ｒｌ（Ｒｋ及びＲｌは前記と同義を示す）であり；かつ
Ｌ－Ｙ－Ｚが、前記一般式（ＩＩＩ’）または一般式（ＩＩＩ）において好ましい態様として示された各基の組合せと同様である、
化合物（ＩＩａ）である。
　上記一般式（ＩＩ）で表される本発明化合物の別の好ましい態様としては、一般式（ＩＩ）中、
ｍが０であり；
Ｂａｓｅ１が、それぞれ保護されていてもよい、シトシル基、ウラシル基、チミニル基、アデニル基、またはグアニル基であり；
Ｐ１が、ジメトキシトリチル基、またはモノメトキシトリチル基であり；
Ｘが、水素原子、保護されていてもよい水酸基、フッ素原子、－Ｏ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２－、または－Ｏ－ＮＲ３７－ＣＨ２－（Ｒ３７は前記と同義を示す）、－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－（それぞれ、左側が２位に結合し、右側が４位に結合する。）であり；かつ
Ｌ－Ｙ－Ｚが、前記一般式（ＩＩＩ’）または一般式（ＩＩＩ）において好ましい態様として示された各基の組合せと同様である、
化合物（ＩＩｂ）である。
　上記一般式（ＩＩ）で表される本発明化合物の更に別の好ましい態様としては、一般式（ＩＩ）中、
ｍが０であり；
Ｂａｓｅ１が、それぞれ保護されていてもよい、シトシル基、ウラシル基、チミニル基、アデニル基、またはグアニル基であり；
Ｐ１が、ジメトキシトリチル基であり；
Ｘが、水素原子、メトキシ基ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリロキシ基、フッ素原子、－Ｏ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＨ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＭｅ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－（それぞれ、左側が２位に結合し、右側が４位に結合する。）であり；かつ
Ｌ－Ｙ－Ｚが、前記一般式（ＩＩＩ’）または一般式（ＩＩＩ）において好ましい態様として示された各基の組合せと同様である、
化合物（ＩＩｃ）である。
４－５．分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチドの製造方法
　一般式（ＩＩ）で表される分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチドのうちｍが０である一般式（ＩＩ’）で表される分岐鎖含有芳香族保護ヌクレオシドの製造方法としては、特に限定されないが、自体公知の方法またはこれらに準ずる方法（Ｒｉｃｈａｒｄ Ｔ．Ｐｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２００４，３２，６２３－６３１．）に従って製造することができる。
　原料化合物が反応に影響を及ぼす置換基（例えば、水酸基、アミノ基、カルボキシ基）を有する場合には、原料化合物を予め公知の方法に従い、適当な保護基で保護した後に反応を行うことが一般的である。かかる保護基は、反応後に、酸処理、アルカリ処理、接触還元等の公知の方法に従い除去することができる。
　上記一般式（ＩＩ’）のＬがスクシニル基である分岐鎖含有芳香族保護ヌクレオシドの一般的な製造方法を以下に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000064
（式中の各記号は前記と同義である。）
　５’位水酸基が保護基Ｐ１により保護されたヌクレオシド（ｑ）を、塩基存在下、コハク酸無水物と反応させることにより、３’位水酸基にコハク酸が導入された化合物（ｒ）を得る。化合物（ｒ）を縮合剤存在下、Ｚ－Ｙ－Ｈと脱水縮合させることにより、一般式（ＩＩ’）で表される分岐鎖含有芳香族保護ヌクレオシドを得ることができる。
　上記ヌクレオシド（ｑ）から化合物（ｒ）の変換工程は、反応に不活性な溶媒中で行うのが有利である。このような溶媒としては、反応が進行する限り特に限定されないが、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン、クロロホルム、四塩化炭素等のハロゲン化炭化水素溶媒、ベンゼン、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素系溶媒、またはペンタン、ヘキサン、ヘプタン、オクタン等の脂肪族炭化水素系溶媒、またはジエチルエーテル、テトラヒドロフラン、シクロペンチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒、あるいはそれらの混合溶媒が好ましい。中でもジクロロメタン、またはクロロホルムが特に好ましい。
　塩基としては、特に限定されないが、例えば、後述するような有機塩基が挙げられ、好ましくはトリエチルアミンである。
　上記脱水縮合工程は、反応に不活性な溶媒中で行うのが有利である。このような溶媒としては、反応が進行する限り特に限定されないが、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン、クロロホルム、四塩化炭素等のハロゲン化炭化水素溶媒、ベンゼン、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素系溶媒、またはペンタン、ヘキサン、ヘプタン、オクタン等の脂肪族炭化水素系溶媒、或いはそれらの混合溶媒が好ましい。中でもジクロロメタン、クロロホルムが特に好ましい。
　化合物（ｒ）とＺ－Ｙ－Ｈとの縮合反応に使用する縮合剤としては、ジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）、ジイソプロピルカルボジイミド（ＤＩＣ）、Ｎ－エチル－Ｎ’－３－ジメチルアミノプロピルカルボジイミドおよびその塩酸塩（ＥＤＣ・ＨＣｌ）、ヘキサフルオロリン酸（ベンゾトリアゾール-1-イルオキシ）トリピロリジノホスホニウム(ＰｙＢｏｐ)、Ｏ－（ベンゾトリアゾール－１－イル）－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウム　テトラフルオロボレート（ＴＢＴＵ）、１－［ビス（ジメチルアミノ）メチレン］－５－クロロ－１Ｈ－ベンゾトリアゾリウム－３－オキシド　ヘキサフルオロホスフェート（ＨＣＴＵ）、Ｏ－ベンゾトリアゾール－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウム　ヘキサフルオロボレート（ＨＢＴＵ）等が挙げられる。中でもＨＢＴＵ、ＨＣＴＵ、Ｎ－エチル－Ｎ’－３－ジメチルアミノプロピルカルボジイミドおよびその塩酸塩（ＥＤＣ・ＨＣｌ）が好ましい。
　縮合剤の使用量は、化合物（ｒ）１モルに対して、１～１０モル使用することができ、好ましくは１～５モルである。また、Ｚ－Ｙ－Ｈの使用量は、化合物（ｒ）１モルに対して１～１０モル使用することができ、好ましくは１～５モルである。反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、－１０℃～５０℃が好ましく、０℃～３０℃がより好ましい。反応時間は、３０分～７０時間である。
　上記一般式（ＩＩ’）中のＬがスクシニル基以外の化合物についても、上記製造方法におけるコハク酸無水物に代えて、対応する酸無水物、対応するジカルボン酸ハライド、対応するジカルボン酸の活性エステル等を用いて、同様の反応を行うことにより製造することができる。
　ｍが１以上である一般式（ＩＩ）で示される化合物は、出発原料として、一般式（ＩＩ’）で示される化合物を用いて、下記の本発明の製造方法に従い、５’末端伸長プロセスを繰り返すことにより製造することができる。
４－６．Ｚ－Ｙ－Ｈ（アルコールまたはアミン）の製造方法
　分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチドの製造に用いられる原料化合物である一般式：Ｚ－Ｙ－Ｈで表されるアルコール化合物またはアミン化合物の製造方法としては、特に限定されないが、例えば、以下の工程により製造することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000065
［式中のＱ’は、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－または－ＮＨ－を示し、Ｒｇは、水素原子、ＯＲｈ基（ここで、ＲｈはＣ１－６アルキル基等のアルキル基、ベンジル基等のアラルキル基等を示す。）または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000066
（式中の各記号は、前記と同意義である。）で表される基を示し、Ｙ１はハロゲン原子等の脱離基を示し、他の記号は、前記と同意義である。］
工程（ａ）
　当該工程は、式（ＩＶ）で表される化合物（以下、化合物（ＩＶ）と略称する。）のＱ’Ｈ基（ここで、Ｑ’は、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－または－ＮＨ－を示す。）にＲ５基を導入することにより、式（ＩＶａ）で表される化合物（以下、化合物（ＩＶａ）と略称する。）を製造する工程である。
　当該反応は、Ｑ’が、－Ｏ－、－Ｓ－または－ＮＨ－の場合、反応に影響を及ぼさない溶媒中、塩基の存在下または非存在下で、Ｒ５基に対応するハロゲン化物（塩化物、臭化物またはヨウ化物）、Ｒ５基に対応するカルボン酸若しくは酸ハロゲン化物またはＲ５基に対応するアルキルスルホニルオキシ化物（例えば、メタンスルホニルオキシ化物等）若しくはアリールスルホニルオキシ化物（例えば、ｐ－トルエンスルホニルオキシ化物等）を用いて行われる。また、Ｑ’が－Ｏ－の場合、化合物（ＩＶ）とＲ５基に対応する水酸化物をトリフェニルホスフィンおよびアゾジカルボン酸ジイソプロピル存在下で反応させる光延反応条件下で、当該反応を行うこともできる。さらにＱ’が－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－の場合、例えば、化合物（ＩＶ）とＲ５基に対応するアミン若しくは水酸化物を後述する縮合剤の存在下で反応させることにより化合物（ＩＶａ）を合成することができる。
　塩基としては、例えば、炭酸ナトリウム、炭酸水素ナトリウム、炭酸カリウム、水素化ナトリウム、水素化カリウム、カリウム　ｔｅｒｔ－ブトキシド等のアルカリ金属塩；ピリジン、トリエチルアミン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアニリン、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］－７－ウンデセン等のアミン類等が挙げられ、中でも炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、水素化ナトリウム等が好ましい。
　溶媒としては、例えば、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；ジメチルホルムアミド、ジメチルアセトアミド等のアミド類；クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン化炭化水素類；アセトニトリル等のニトリル類、Ｎ－メチルピロリドン等あるいはそれらの混合物が挙げられ、中でも、ジメチルホルムアミド、テトラヒドロフラン、トルエン、Ｎ－メチルピロリドン等が好ましい。
　反応温度は、５０～１５０℃が好ましく、６０～１３０℃がより好ましい。反応時間は、２～３０時間が好ましく、３～１０時間がより好ましい。
工程（ｂ）
　当該工程は、化合物（ＩＶａ）を還元することにより、式（Ｉ－ａ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ－ａ）と略称する。）を製造する工程である。当該還元反応は、還元剤を用いる方法により行うことができる。
　当該還元反応に用いる還元剤としては、例えば、金属水素化物（水素化ホウ素ナトリウム、水素化ホウ素リチウム、シアノ水素化ホウ素ナトリウム、トリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウム、水素化ジブチルアルミニウム、水素化アルミニウム、水素化アルミニウムリチウム等）等が挙げられ、中でも、水素化ホウ素ナトリウム、水素化ジブチルアルミニウム等が好ましい。
　当該反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われる。溶媒としては、例えば、メタノール、エタノール等のアルコール類；ジエチルエーテル、テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；あるいはそれらの混合物が挙げられ、中でもテトラヒドロフラン、トルエン等が好ましい。
　反応温度は、０～１００℃が好ましく、３０～７０℃がより好ましい。反応時間は、１～２４時間が好ましく、２～５時間がより好ましい。
工程（ｃ）
　当該工程は、化合物（ＩＶａ）（式（ＩＶａ）中、Ｒｇが水素原子でもＯＲｈ基でもない。）を、上記工程（ｂ）と同様の方法により還元する工程である。
工程（ｄ－１）
　当該工程は、化合物（ＩＶａ）（式（ＩＶａ）中、Ｒｇが水素原子である）を、オキシム化することにより、式（Ｉ’－ａ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ’－ａ）と略称する。）を製造する工程である。
　当該オキシム化反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、塩基存在下で化合物（ＩＶａ）とヒドロキシルアミンの酸付加塩とを反応させることにより行われる。
　ヒドロキシルアミンの酸付加塩としては、例えば、塩酸塩、硫酸塩、硝酸塩等の鉱酸塩、酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、メタンスルホン酸塩、トリフルオロメタンスルホン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩等の有機酸塩等が挙げられるが、塩酸塩が特に好ましい。
　かかる塩基としては、例えば、水酸化カリウム、水酸化ナトリウム、炭酸水素ナトリウム、炭酸カリウムなどのアルカリ金属塩；ピリジン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアニリン、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エンなどの有機アミン類等が挙げられ、中でも、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン等が好ましい。
　溶媒としては、例えば、クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン溶媒；トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；および／または、それらの混合物が挙げられ、中でも、ジクロロメタン、クロロホルム、トルエン等が好ましい。
　反応温度は、１０～１００℃が好ましく、２０～６０℃でがより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－２）
　当該工程は、化合物（Ｉ’－ａ）を、パラジウム－炭素、ラネーニッケル等の金属触媒存在下の接触水素添加反応、または前記工程（ｂ）と同様の金属水素化物等の還元剤により還元することにより、本発明化合物である式（Ｉ－ｂ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ－ｂ）と略称する。）を製造する工程である。
　化合物（Ｉ－ｂ）は、工程（ｄ－３）から工程（ｄ－４）および工程（ｄ－５）を経て製造することもできる。
工程（ｄ－３）
　当該工程は、化合物（Ｉ－ａ）を、例えば塩化アセチル、塩化チオニル等のクロル化剤、または、例えば臭化アセチル、三臭化リン、ジフェニルホスフィン／臭素等のブロム化剤を用いてハロゲン化することにより、式（Ｉ’－ｂ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ’－ｂ）と略称する。）を製造する工程である。
　溶媒としては、例えば、クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン化炭化水素類；トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；それらの混合物が挙げられ、中でも、クロロホルム、テトラヒドロフラン、トルエン等が好ましい。
　反応温度は、１０～１５０℃が好ましく、３０～８０℃がより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－４）
　当該工程は、化合物（Ｉ’－ｂ）をアジ化ナトリウム等のアジド化剤を用いてアジド化することにより、式（Ｉ’－ｃ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ’－ｃ）と略称する。）を製造する工程である。
　当該反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、化合物（Ｉ’－ｂ）をアジド化剤と反応させることにより行われる。
　溶媒としては、例えば、クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン化炭化水素類；トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド等のアミド類；それらの混合物が挙げられ、中でも、クロロホルム、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド等が好ましい。
　反応温度は、１０～１５０℃が好ましく、２０～１００℃がより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－５）
　当該工程は、化合物（Ｉ’－ｃ）をアミノ化することにより、化合物（Ｉ－ｂ）を製造する工程である。
　当該反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、水存在下、化合物（Ｉ’－ｃ）をトリフェニルホスフィンと反応させるか、接触水素化還元により行われる。
　トリフェニルホスフィンの使用量としては、化合物（Ｉ’－ｃ）１モルに対して、好ましくは１～１０モル、特に好ましくは１～５モルである。
　水の使用量は、化合物（Ｉ’－ｃ）１モルに対して、好ましくは１～１０モル、特に好ましくは１～５モルである。
　溶媒としては、例えば、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；および、それらの混合物が挙げられ、中でも、トルエン、テトラヒドロフラン等が好ましい。
　反応温度は、１０～１５０℃が好ましく、２０～１００℃でがより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－６）
　当該工程は、化合物（Ｉ’－ｂ）をＲＮＨ２（Ｒは前記と同義である）と反応させることにより、Ｙが－ＮＨＲ基である式（Ｉ－ｃ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ－ｃ）と略称する。）を製造する工程である。
　当該工程は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、必要により、例えば、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン等の第３級アミン等の塩基の存在下、化合物（Ｉ’－ｂ）をＲ－ＮＨ２で表されるアミンと反応させることにより行われる。
　溶媒としては、例えば、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；および、クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン溶媒または、それらの混合物が挙げられ、中でも、トルエン、テトラヒドロフラン、クロロホルム等が好ましい。
　反応温度は、１０～１００℃が好ましく、２０～６０℃がより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－７）
　当該工程は、化合物（Ｉ－ｄ）を－ＣＯＮＨ２基または－ＯＣＯＮＨ２基を有する化合物と反応させた後、塩基で処理することにより、化合物（Ｉ－ｅ）を製造する工程である。
　化合物（Ｉ－ｄ）と－ＣＯＮＨ２基または－ＯＣＯＮＨ２基を有する化合物との反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、酸触媒下で行われる。
　酸触媒としては、例えば、メタンスルホン酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トルエンスルホン酸等が挙げられ、中でもメタンスルホン酸、トルエンスルホン酸が好ましい。
　酸触媒の使用量は、化合物（Ｉ－ｄ）１モルに対して、好ましくは０．０５～０．５モル、特に好ましくは０．１～０．３モルである。
　－ＣＯＮＨ２基または－ＯＣＯＮＨ２基を有する化合物としては、例えば、Ｆｍｏｃ－ＮＨ２、ＨＣＯＮＨ２、ＣＦ３ＣＯＮＨ２、ＡｃＮＨ２、ＥｔＯＣＯＮＨ２、Ｃｂｚ－ＮＨ２等が挙げられ、中でもＦｍｏｃ－ＮＨ２、ＥｔＯＣＯＮＨ２等が好ましい。
　ここで、「Ｆｍｏｃ－」とは、９－フルオレニルメトキシカルボニル基（以下、Ｆｍｏｃ基ともいう。）を意味し、「Ｃｂｚ－」は、ベンジルオキシカルボニル基（以下、Ｃｂｚ基ともいう。）を意味する。
　なお、工程（ａ）の原料化合物として使用するＲ５化試薬［すなわち、Ｒ５基に対応する水酸化物、ハロゲン化物、アルキルスルホニルオキシ化物（例えば、メタンスルホニルオキシ化物等）またはアリールスルホニルオキシ化物（例えば、ｐ－トルエンスルホニルオキシ化物等）］は、市販品を用いることができる。また、Ｒ５化試薬は、例えば、
（１）Ｒ５基に対応する水酸化物のハロゲン化、アルキルスルホニルオキシ化またはアリールスルホニルオキシ化により、或いは
（２）Ｒ５基に対応する不飽和水酸化物の還元反応（例えば、白金－炭素（Ｐｔ／Ｃ）、パラジウム－炭素（Ｐｄ／Ｃ）、ロジウム－炭素（Ｒｈ／Ｃ）、ラネーニッケル等の金属触媒の存在下での接触水素添加反応等）、およびそれに続くハロゲン化、アルキルスルホニルオキシ化またはアリールスルホニルオキシ化により、
製造することができる。
　当該Ｒ５化試薬の製造において、ヒドロキシル基から脱離基への変換に用いる試薬としては、例えば、塩化チオニル、Ｎ－クロロスクシンイミド（ＮＣＳ）等のクロロ化剤、臭化水素酸、臭化アセチル、Ｎ－ブロモスクシンイミド（ＮＢＳ）、三臭化リン、ジフェニルホスフィン／臭素等のブロモ化剤等のハロゲン化剤の他、塩化メタンスルホニル、塩化トリフルオロメタンスルホニル等のアルキルスルホニル化剤、塩化ベンゼンスルホニル、塩化ｐ－トルエンスルホニル等のアリールスルホニル化剤等が挙げられ、中でも、ハロゲン化剤である塩化チオニル、臭化水素酸等が好ましい。
　当該反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われ、溶媒としては、例えば、水；クロロホルム、ジクロロメタンなどのハロゲン化炭化水素類；ベンゼン、トルエン、キシレンなどの芳香族炭化水素類；アセトニトリル、プロピオニトリルなどのニトリル類；テトラヒドロフラン、１，４－ジオキサン、ジエチルエーテルなどのエーテル類が挙げられ、中でも水、クロロホルム等のハロゲン化炭化水素類が好ましい。
　反応温度は、１０～１２０℃が好ましく、５０～１００℃がより好ましい。反応時間は、１～７２時間が好ましく、３～２４時間がより好ましい。
　前記Ｑが単結合であるＺ－Ｙ－Ｈで表される化合物は、例えば、以下の方法によっても製造することができる。すなわち、ベンゼン環上へのＲ５基の導入は、
（１）Ｒ５基に対応するハロゲン化物（塩化物、臭化物、またはヨウ化物）、Ｒ５基に対応するカルボン酸若しくは酸ハロゲン化物を用いるフリーデルクラフツ反応、
（２）上記化合物（ＩＩ）に対応する化合物（但し、Ｑ’Ｈ基が－ＣＨＯ基に置き換わった化合物）をＷｉｔｔｉｇ反応により増炭させた後に、接触水素添加等する方法、または
（３）金属触媒を使用したクロスカップリング等の慣用の有機合成反応
によって行うことができる。
　なお、上記各スキーム中、Ｒ５基で示される有機基の炭素数やハロゲン原子の種類、反応試薬等は便宜上示されたものであって、上記した定義の範囲内で適宜変更することができる。
４－７．「３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ ５－３０ 直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ ５－３０ 直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護された塩基部保護オリゴヌクレオチド」の説明
　工程（２）で使用される「３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｐは、１以上の任意の整数を示す。）」としては、当該構造要件を満たす限り特に限定されない。
　「３’位水酸基がホスホロアミダイト化され」とは、オリゴヌクレオチド３’位水酸基が、例えば、－Ｐ（ＯＰ２）（ＮＲｅＲｆ）（式中、各記号は、前記と同義である）で表されるホスホロアミダイト基で修飾されていることを意味する。
　Ｐ２、Ｒｅ及びＲｆの定義、例示、好ましい態様は、上記式（Ｉ）で説明した通りである。
　「酸性条件下で除去可能な一時保護基」の定義、例示、好ましい態様は、上記式（Ｉ）で説明した通りである。
　「Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基」の定義、例示、好ましい態様は、上記式（Ｉ）で説明した通りである。
　工程（２）で使用されるｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチドとしては、上記式（Ｉ）で表される塩基部保護オリゴヌクレオチドが好ましい。
４－８．工程（１）～（５）の説明
　以下、工程（１）～（５）を、便宜上、式（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）等を参照して説明するが、これに限定されるものではない。
工程（１）（脱保護工程）
　本工程は、縮合工程（２）の前に、非極性溶媒中において、３’位水酸基が保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉ）の５’末端水酸基の一時保護基Ｐ１（Ｐ１は酸性条件下で除去可能な一時保護基である。）を、酸との反応により除去する工程（脱保護工程）である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000067
（式中、各記号は、前記と同義である。）
　本工程は、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われる。当該溶媒における溶解度が高い程、優れた反応性が期待できるため、本発明のｎ個重合オリゴヌクレオチドの溶解度の高い非極性溶媒を選択することが好ましい。具体的には、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル等の非極性エーテル系溶媒が挙げられる。これらの溶媒は２種以上を適宜の割合で混合して用いてもよい。また、上記非極性溶媒に、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ－ジメチルアセトアミド、Ｎ－メチルピペリドン等のアミド系溶媒等の極性溶媒を、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが溶解し得る限り、適宜の割合で混合して用いてもよい。中でも、芳香族系溶媒、脂肪族系溶媒、またはこれらの組合せが好ましく、ベンゼン、トルエン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサンまたは、これらの組合せ等が好ましく、トルエン、ヘプタン、ノナンまたは、これらの組合せがより好ましく、トルエン、ヘプタンまたは、これらの組合せが特に好ましい。
　本工程におけるｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉ）の溶媒中の濃度は、溶解していれば特に限定されないが、好ましくは１～３０質量％である。
　本脱保護工程、それに続く縮合工程、および酸化工程を液中で連続して行うためには、本工程において、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉ）の５’位水酸基の一時保護基Ｐ１の除去反応中、または除去反応後に、カチオン捕捉剤を使用することが好ましい。
　カチオン捕捉剤としては、除去された保護基Ｐ１による再保護（原料戻り）や脱保護された官能基への副反応が進行しなければ、特に限定されないが、ピロール、２－メチルピロール、３－メチルピロール、２，３－ジメチルピロール、２，４－ジメチルピロール等のピロール誘導体；インドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドール等のインドール誘導体を使用することができる。良好なカチオン捕捉効果が得られるという観点で、ピロール、３－メチルピロール、２，４－ジメチルピロール、インドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドールが好ましく、ピロール、３－メチルピロール、インドールがより好ましく、ピロール、インドールが更に好ましく、ピロールが特に好ましい。
　本工程におけるカチオン捕捉剤の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉ）１モルに対し、１～５０モル使用することができ、好ましくは５～２０モルである。
　本工程に使用する酸としては、良好な脱保護が達成できさえすれば特に限定されないが、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、塩酸、酢酸、ｐ－トルエンスルホン酸等を使用することが好ましい。
　良好な反応を達成できるという観点で、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸がより好ましく、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸が更に好ましく、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸が更に一層好ましく、トリフルオロ酢酸が特に好ましい。これら酸は、上記非極性溶媒で希釈しても構わない。また、前記酸を使用する際には、特定の塩基を組み合わせて、酸性度を適宜調整して使用しても構わない。
　本工程における酸の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉ）１モルに対し、１～１００モル使用することができ、好ましくは１～４０モルである。
　本工程の反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、－１０℃～５０℃が好ましく、０℃～４０℃がより好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、酸の種類、溶媒の種類、反応温度等により異なるが、５分～５時間である。
　本脱保護工程、それに続く縮合工程、および酸化工程を液中で連続して行うためには、本工程において５’位水酸基の一時保護基を除去した後、有機塩基により中和することが好ましい。
　中和に使用する有機塩基としては、前出の酸を中和することができ、得られた塩が縮合剤として機能しうるものであれば特に限定されないが、反応が良好に進行するという観点で、ピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－クロロベンズイミダゾール、２－ブロモベンズイミダゾール、２－メチルイミダゾール、２－フェニルベンズイミダゾール、Ｎ－フェニルベンズイミダゾール、５－ニトロベンズイミダゾールが好ましく、ピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリンがより好ましく、ピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾールが更に好ましく、ピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾールが更に一層好ましく、ピリジンが特に好ましい。
　本工程における有機塩基の使用量は、酸１モルに対し、１～１０モル使用することができ、好ましくは１～３モルである。
　本工程において、特に好ましい酸と有機塩基との組合せは、トリフルオロ酢酸と、ピリジン及び／又はＮ－メチルイミダゾールである。
工程（２）（縮合工程）
　本工程は、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉ）と、３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｉｉｉ）とを縮合させる工程である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000068
［式中、Ｘ’は、Ｘと同義であり、他の記号は前記と同義である。］
　本工程においては、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉ）としては特に限定されるものではないが、好ましくは、前記工程（１）で得られたものを使用することできる。その場合、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉ）を単離することなく、工程（１）後の反応液に、ｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｉｉｉ）を直接添加するだけで行うことができる。本縮合工程は、工程（１）の脱保護反応の際に添加した酸と、中和反応の際に添加した有機塩基が塩形成した有機塩基の酸塩（例えば、ピリジン・トリフルオロ酢酸塩）が縮合剤として作用することから、工程（１）および（２）を液中で連続して行うことは、単離操作の省略のみならず、反応効率を向上させるという利点も有する。
　本縮合反応においては、縮合剤（例えば、ピリジン・トリフルオロ酢酸塩、テトラゾール、５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール、４，５－ジシアノイミダゾール等）を添加することにより反応効率を向上させることもできる。
　また、本工程においては、反応液の酸性度が高くなると、一時保護基Ｐ１が脱離する副反応が生じることがあるので、反応液の酸性化を抑える目的でＮ－メチルイミダゾールを添加することが好ましい。
　酸性度の調整のために添加するＮ－メチルイミダゾールの使用量は、中和の際に使用する有機塩基１モルに対し、０．１～１モル使用することができ、好ましくは０．５モルである。
　本工程に使用される、ｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｉｉｉ）としては、好ましくは、上記一般式（Ｉ）で表される塩基部保護オリゴヌクレオチドを使用することができる。
　本工程は、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われる。具体的には、前記工程（１）と同様の非極性溶媒が挙げられる。また、ｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｉｉｉ）のホスホロアミダイド基を効率的に活性化するという観点からは、上記非極性溶媒に、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒；アセトン、２－ブタノン等のケトン系溶媒；Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ－ジメチルアセトアミド、１，４－ジオキサン、テトラヒドロフラン等の極性エーテル系溶媒、Ｎ－メチルピロリドン等のアミド系溶媒；ジメチルスルホキシド等のスルホキシド系溶媒等の極性溶媒を、５’位水酸基の一時保護基が除去されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉ）が溶解し得る限り、適宜の割合で混合して用いることが好ましい。
　この場合、極性溶媒としては、アミド系溶媒、ニトリル系溶媒、及びこれらの組合せが好ましく、アセトニトリル、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ－メチルピペリドン、及びこれらの組合せがより好ましく、アセトニトリルが特に好ましい。
　極性溶媒は、ｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｉｉｉ）、縮合剤等の溶液として添加してもよい。
　ｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｉｉｉ）の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉ）１モルに対し、１～１０モル使用することができ、好ましくは１～５モルである。
　反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、０℃～１００℃が好ましく、２０℃～５０℃がより好ましい。反応時間は、縮合させるｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、反応温度等によって異なるが、３０分～２４時間である。
工程（３）（酸化工程、または硫化工程）
　工程（２）で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖ）に酸化剤または硫化剤を反応させることにより、該ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖ）のホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000069
（式中の記号は、前記と同義である。）
　本工程は、工程（２）で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖ）を単離することなく、工程（２）後の反応液に、酸化剤または硫化剤を、直接添加するだけで行うことができる。
　本工程に使用する「酸化剤」としては、他の部位を酸化することなく、ホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合に酸化する能力がありさえすれば、特に限定されないが、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルフォニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド（ＴＢＨＰ）、２－ブタノンペルオキシド、１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシド、ｍ－クロロ過安息香酸、過酸化水素を使用することが好ましい。良好な酸化反応が達成できるという観点で、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルフォニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、２－ブタノンペルオキシド、１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカンがより好ましく、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルフォニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、２－ブタノンペルオキシドが更に好ましく、ヨウ素、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシドが更に一層好ましく、ヨウ素が特に好ましい。かかる酸化剤は、０．０５～２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ピリジン、ＴＨＦ、ジクロロメタン、水、ノナン、またはこれら任意の混合溶媒を挙げることができる。中でも、例えば、ヨウ素／水／ピリジン―ＴＨＦ、ヨウ素／ピリジン―酢酸や過酸化剤（ＴＢＨＰ）／ジクロロメタン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド／ノナンまたは過酸化水素／ヨウ化カリウム／リン酸バッファーを用いるのが好ましい。
　本工程に使用する「硫化剤」としては、ホスファイトトリエステル結合を、チオホスフェートトリエステル結合に変換しうる能力がありさえすれば、特に限定されないが、３－（（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（ＤＤＴＴ）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）、テトラエチルチウラムジスルフィド（ＴＥＴＤ）、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（ＡＤＴＴ）、硫黄を使用することが好ましい。良好な反応が進行しうるという観点で、３－（（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（ＤＤＴＴ）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）がより好ましく、３－（（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシドが更に好ましく、３－（（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオンが特に好ましい。かかる硫化剤は、０．０５～２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、ピリジン又はこれら任意の混合溶媒が挙げられる。
　酸化剤または硫化剤の使用量は、工程（２）で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖ）１モルに対し、１～５０モル使用することができ、好ましくは１～５モルである。
　反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、０℃～１００℃が好ましく、２０℃～５０℃がより好ましい。反応時間は、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖ）の種類、使用する酸化剤または硫化剤の種類、反応温度等によって異なるが、１分～３時間である。
工程（４）（抽出単離工程）
　本工程は、工程（３）で得られたホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合を有するｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖ）を含む反応液から抽出操作のみで、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖ）を単離精製する方法である。
　抽出操作については、特に限定されないが、好ましくは、工程（３）で得られた反応液に必要に応じて極性溶媒及び／又は非極性溶媒を添加して、極性溶媒－非極性溶媒間で分層させ、非極性溶媒にｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを移行させることにより行われる。工程（２）で非極性溶媒に極性溶媒を混合して反応を行った場合は、反応混合物に非極性溶媒を加えて分層させることが好ましい。
　当該抽出操作により、残存した原料、試薬（例えば、酸、カチオン捕捉剤、有機塩基、３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｐ個重合オリゴヌクレオチド、酸化剤または硫化剤）等の不純物を極性溶媒中に淘汰することができる。
　本工程におけるｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを非極性溶媒中に移行させるために必要に応じて添加される非極性溶媒としては、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル等の非極性エーテル系溶媒が挙げられる。これらの溶媒は２種以上を適宜の割合で混合して用いてもよい。中でも、芳香族系溶媒、脂肪族系溶媒、またはこれらの組合せが好ましく、ベンゼン、トルエン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサンまたは、これらの組合せ等が好ましく、トルエン、ヘプタン、ノナンまたは、これらの組合せがより好ましく、トルエン、ヘプタンまたは、これらの組合せがさらに好ましく、ヘプタンが特に好ましい。
　本工程における不純物を極性溶媒中に移行させるために必要に応じて添加される極性溶媒としては、例えば、メタノール、エタノール、イソプロパノール等のアルコール系溶媒、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒、アセトン、２－ブタノン等のケトン系溶媒、１，４－ジオキサン、テトラヒドロフラン等の極性エーテル系溶媒、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ－ジメチルアセトアミド、Ｎ－メチルピペリドン等のアミド系溶媒、ジメチルスルホキシド等のスルホキシド系溶媒、水等、ならびにこれら２種以上の混合溶媒が挙げられる。中でも、アミド系溶媒、ニトリル系溶媒、及びこれらの組合せが好ましく、アセトニトリル、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ－メチルピペリドン、及びこれらの組合せがより好適に使用される。本発明における極性溶媒としては、特に実用的観点からアセトニトリルが好ましい。
　極性溶媒－非極性溶媒間で分層後に、極性溶媒を除去すること・BR>ノより、不純物を淘汰することができる。
　さらに、極性溶媒を除去した非極性溶媒に極性溶媒を添加、攪拌し、分層させて極性溶媒を除去することにより（本発明において、洗浄という。）、少量残存した不純物をさらに淘汰することができる。
　極性溶媒による洗浄の回数は特に限定はないが、非極性溶媒を薄層シリカゲルクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィーなどで分析し、非極性溶媒層に次サイクルのヌクレオチド伸長反応が阻害されない程度に不純物が低減するまで繰り返し行ってもよい。
　分層及び洗浄に用いられる極性溶媒は、非極性溶媒との分層性を向上させるために水を含んでいてもよい。
　この場合、極性溶媒中の水の含量は、１～１０％（ｖ／ｖ）が好ましく、３～８％（ｖ／ｖ）がより好ましい。水含量が低すぎる場合は、分層性が不十分になる場合があり、水含量が高すぎる場合は、除去される副生成物、残存した原料、試薬などの極性溶媒に対する溶解度が下がり、淘汰効率が低下する傾向がある。
　極性溶媒での洗浄後の非極性溶媒層を濃縮することにより、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖ）を単離することができる。その際、濃縮した反応容器に次サイクルの溶媒、試薬を添加することにより、ワンポットでヌクレオチド伸長を繰り返し行うことができる。
　あるいは、洗浄後の非極性溶媒層を濃縮することなく、次サイクルのヌクレオチド伸長に付することも可能である。
　本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法は、上記工程（１）～（４）を所望の回数繰返すことで高純度かつ高収率で目的の高重合度オリゴヌクレオチドを得ることができる。
工程（５）（脱保護・オリゴヌクレオチド単離工程）
　本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法においては、工程（４）の後に、保護基の種類・性質に応じて、脱保護を行い、オリゴヌクレオチドを単離することができる。脱保護の方法としては、例えば、グリーンズ・プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（Ｇｒｅｅｎｅ’ｓ　ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第４版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（２００６年）等に記載されている脱保護方法に従い、オリゴヌクレオチドの全ての保護基を除去する工程を行うことができる。具体的には、本願発明におけるヌクレオチド３’－水酸基の保護基、ならびに核酸塩基の保護基であるフェノキシアセチル基、アセチル基、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基等、リン酸基に結合しているシアノエチル基等は、アンモニア水／エタノール溶液、アンモニア水／メチルアミン水溶液、エチレンジアミン等で処理することにより、全て除去することができる。また、ヌクレオチド５’－水酸基の保護基は、工程（１）で使用される酸またはそれらを適宜希釈した溶液で処理することにより除去することができる。
　保護基を有しない、オリゴヌクレオチドは酵素により容易に分解されやすいため、空気清浄度管理下でオリゴヌクレオチドを単離することが好ましい。
　上記各工程における反応の進行の確認は、いずれも一般的な液相有機合成反応と同様の方法を適用できる。すなわち、薄層シリカゲルクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー等を用いて反応を追跡することができる。
　工程（４）、あるいは工程（５）より得られたオリゴヌクレオチドは、更に有機合成反応を施すことにより、所望のオリゴヌクレオチド誘導体へと導くこともできる。
５．工程（１’）～（５’）の説明
　本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法の別の態様として、以下の工程（２’）を含有する方法が挙げられる。
（２’）３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基が保護されていてもよいｐ’個重合オリゴヌクレオチド（ｐ’は、１以上の任意の整数を示す。）を、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が上記一般式（ＩＩＩ）で表される保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチド（ｎ’は、１以上の任意の整数を示す。）と、その５’位水酸基を介してホスファイトトリエステル結合により縮合させて、ｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドを得る工程。
　当該方法は、好ましくは、更に、下記工程（３’）を含有し、工程（２’）で得られたｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合が、ホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換される。
（３’）縮合工程（２’）の反応液に、酸化剤または硫化剤を添加して、縮合工程で得られたｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
　当該方法は、好ましくは、更に、下記工程（１’）を含有し、工程（２’）で使用される５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が上記一般式（ＩＩＩ）で表される保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチドが調製される。
（１’）縮合工程（２’）の前に、非極性溶媒中において、３’位水酸基が上記一般式（ＩＩＩ）で表される保護基で保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチドを酸と反応させて５’位水酸基の一時保護基を除去する工程。
　工程（１’）は、好ましくは、ピロール誘導体およびインドール誘導体から選択される少なくとも一種のカチオン捕捉剤の存在下に行われ、５’位水酸基の一時保護基を除去した後、有機塩基により中和する工程をさらに含む。これに工程（１’）、（２’）及び（３’）を液中で連続的に行うことが可能になり、ヌクレオシドがｐ’個伸長したオリゴヌクレオチドを抽出操作のみで単離精製できる。
　更に、下記工程（４’）を含有させることにより、煩雑な固化単離を要せずして、簡便かつ効果的に過剰原料や副生物を除去して、ｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドを精製し、同一反応容器から生成物を取り出すことなく、次工程に繋げることができる。
（４’）工程（３’）で得られた反応液から抽出操作のみで、ｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程。
　原料の当量管理と反応制御することによって副生物の発生量を制御できる状況であれば、工程（１’）～工程（３’）を基本単位として繰り返し、工程（４’）を含有させることが好ましい。
　また、副生物発生を厳格に管理・制御でき、高純度のオリゴヌクレオチドに導けるという観点で、工程（１’）～工程（４’）を基本単位として繰り返すことが好ましい。
　液相法においてこのようなサイクルを繰り返すことにより、反応容器を変えることなく、ワンポットで最終のオリゴヌクレオチドまで製造することができる。
　本発明の製造方法には、更に、工程（５’）を含有させることにより、オリゴヌクレオチドを単離・製造することができる。
（５’）工程（４’）で得られたｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。　ｎ’は１以上の任意の整数を示し、その上限は、特に限定されるものではないが、通常１００以下、好ましくは７５以下、さらに好ましくは５０以下、さらに好ましくは３０以下である。
　ｐ’は、１以上の任意の整数を示し、１が好ましい。ｐの上限は、特に限定されるものではないが、５０以下が好ましく、３０以下がより好ましく、２０以下が更に好ましく、５以下が更に一層好ましく、３以下が特に好ましい。
　工程（１’）で使用されるｎ’個重合オリゴヌクレオチドは、例えば、Ｐ１が酸性条件下で除去可能な一時保護基である下記一般式（ｉ’）に示されるような、３’位水酸基が上記一般式（ＩＩＩ）で表される保護基で保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチドを示し、工程（２’）で使用されるｎ’個重合オリゴヌクレオチドは、例えば、下記一般式（ｉｉ’）に示されるような、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が上記一般式（ＩＩＩ）で表される保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチドを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000070
（式中、ｍ’は、０以上の任意の整数を示し、他の各記号は、前記と同義を示す。）　ｍ’の上限は、特に限定されるものではないが、通常９９以下、好ましくは７４以下、さらに好ましくは４９以下、さらに好ましくは２９以下である。

　その他の各記号の定義、例示、好ましい態様は、式（ｉ）及び（ｉｉ）における説明と同様である。
　工程（２’）で使用される「３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基が保護されていてもよいｐ’個重合オリゴヌクレオチド」は、当該構造要件を満たす限り特に限定されない。
　「３’位水酸基がホスホロアミダイト化され」とは、オリゴヌクレオチド３’位水酸基が、例えば、－Ｐ（ＯＰ２）（ＮＲｅＲｆ）（式中、各記号は、前記と同義である）で表されるホスホロアミダイト基で修飾されていることを意味する。
　Ｐ２、Ｒｅ及びＲｆの定義、例示、好ましい態様は、上記式（Ｉ）で説明した通りである。
　「酸性条件下で除去可能な一時保護基」の定義、例示、好ましい態様は、上記式（Ｉ）で説明した通りである。
　「核酸塩基が保護されていてもよい」における保護基としては、上記一般式（ｉ）及び（ｉｉ）中のＢａｓｅの「保護されていてもよい核酸塩基」で例示した保護基と同義である。
　当該保護基としては、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を含まない基が好ましく、例えば、ピバロイル基、ピバロイロキシメチル基、トリフルオロアセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、４－tert－ブチルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、ジメチルホルムアミジニル基、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル基等が好ましく、これらの中でも、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、及びジメチルホルムアミジニル基がより好ましい。
　３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、保護されていてもよい核酸塩基を有するｐ’個重合オリゴヌクレオチドとしては、例えば、下記一般式（ｉｉｉ’）で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000071
（式中、Ｂａｓｅは置換されていてもよい核酸塩基を示し、ｑ’は０以上の任意の整数を示し、他の記号は、前記と同義である。）
　Ｂａｓｅで示される「置換されていてもよい核酸塩基」は、一般式（ｉ）及び（ｉｉ）中のＢａｓｅの「保護されていてもよい核酸塩基」と同義である。
　ｑ’は、０以上の任意の整数を示し、０が好ましい。ｑ’の上限は、特に限定されるものではないが、４９以下が好ましく、２９以下がより好ましく、１９以下が更に好ましく、４以下が更に一層好ましく、２以下が更に一層好ましく、１が特に好ましい。
　工程（１’）～（５’）は、式（ｉ）、（ｉｉ）及び（ｉｉｉ）をそれぞれ式（ｉ’）、（ｉｉ’）及び（ｉｉｉ’）に読み替えて、上記工程（１）～（５）と同様の条件で行うことができる。
６．オリゴヌクレオチドの用途
　本発明によって製造されたオリゴヌクレオチドは、各種人体用または動物用の医薬品（ＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴ核酸医薬、等）、機能性食品、特定保健食品、食品、化成品、生体用や工業用の高分子材料、等の各種用途に使用することができる。
　以下、調製例、実施例に沿って本発明を更に詳細に説明するが、これら調製例、実施例は本発明の範囲を何ら限定するものではない。また、本発明において使用する試薬や装置、材料は特に言及されない限り、商業的に入手可能である。また、本明細書において、略号で表示する場合、各表示は、ＩＵＰＡＣ－ＩＵＢ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ ｏｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅによる略号あるいは当該分野における慣用略号に基づくものである。
　以下の調製例および実施例中の収率は、ｍｏｌ／ｍｏｌ％を示す。特段の定義がない限り、本明細書中における「％」は、「質量％」を表す。また、以下の調製例および実施例中の溶媒の比率は、体積比を示す。１Ｈ－ＮＭＲスペクトルは内部標準としてテトラメチルシランを用い、測定溶媒としてＣＤＣｌ３を使用した。ＮＭＲスペクトルは、Ｂｒｕｋｅｒ　ＡＶＡＮＣＥ　ＡＶ３００（３００ＭＨｚ）核磁気共鳴装置またはＢｒｕｋｅｒ　ＡＶＡＮＣＥ　４００（４００ＭＨｚ）核磁気共鳴装置を用いて測定した。
　エレクトロスプレーイオン化液体クロマトグラフィー／質量分析（以下、ＬＣ／ＭＳと略す。）は、６１３０　Ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ　ＬＣ／ＭＳ　（Ａｇｉｌｅｎｔ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用い、フローインジェクション分析（ＦＩＡ）した（溶媒：０．１ｍｏｌ／ｌＴＥＡＡバッファーｐＨ７．０、アセトニトリル、イオン化モード：ＥＳＩ、イオンモード：ネガティブ、質量分析部：四重極、フラグメンター電圧：２００Ｖ）。
　四重極型質量分析は、ＺＱ２０００（日本ウォーターズ株式会社製）を用い、フローインジェクション分析（ＦＩＡ）した（溶媒：アセトニトリル、イオン化モード：ＥＳＩ、イオンモード：ポジティブ・ネガティブ、質量分析部：四重極、フラグメンター電圧：７１Ｖ）。
　下記調製例、実施例中で使用される略号は以下の通りである。ヌクレオシドの核酸塩基が保護されている場合、保護基は各ヌクレオシドの後に上付きで表示するものとする。
ｄＴ：２’－デオキシチミジン
ｄＣ：２’－デオキシシチジン
ｄＧ：２’－デオキシグアノシン
ｄＡ：２’－デオキシアデノシン
Ｕ（Ｍ）：２’－メトキシウリジン
Ｕ（Ｆ）：２’－フルオロウリジン
（ＬＮＡ）Ｔ：２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジン
ＤＭＴｒ：４，４’－ジメトキシトリチル
ＰＡ：（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト
ｓｕｃ：スクシニル
ＴＰＢ：３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジル　
（３，４，５－トリス（２，３－フィチルオキシ）ベンジルと同義である。）
Ｐｈｙ：２，３－ジヒドロフィチル（ここで、「２，３－ジヒドロフィチル」は、「３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニル」を意味する。）
ＰｈｙＯＭ：（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイルオキシ）メチル　
（２，３－フィチルオキシメチルと同義である。）
４－Ｃｉｔ－Ｂｚ：４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル　
（４－（ジヒドロシトロネリルオキシ）－ベンジルと同義である。）
２Ｅｔ－Ｈｅｘ：２－エチル－１－ヘキサノイル
３，５，５－Ｍｅ３Ｈｅｘ：３，５，５－トリメチル－１－ヘキサノイル
Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ：２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル
２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ：２－ヘプチル－１－ウンデカノイル
２－ＨｅｘＤｅｃａｎｏｙｌ：２－ヘキシル－１－デカノイル
Ｍｙｒ：テトラデカノイル
（ミリストイルと同義である。）
Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ：２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル
Ｎ，Ｎ－Ｃｉｔ２－ｍｅｔｈｙｌｅｎｅ：ビス（３，７－ジメチル－オクチル）アミノ－メチレン
（Ｎ．Ｎ－ビス－ジヒドロシトロネリル－メチレンと同義である。）
Ｂｚ：ベンゾイル
ｉｂｕ：イソブチリル
調製例１：２，３－ジヒドロフィトールの合成
　フィトール（１０．００ｇ，３３．７ｍｍｏｌ）をメタノールに溶解させ、Ｐｔ／Ｃ（２％，１．００ｇ）を懸濁させて水素雰囲気下で一晩攪拌した。反応終了後、濾過してＰｔ／Ｃを除去し、濾液を濃縮して２，３－ジヒドロフィトールを得た。これは精製することなく次の反応に用いた。
調製例２：２，３－ジヒドロフィチルブロミドの合成
　２，３－ジヒドロフィトール（３３．７ｍｍｏｌ）を４８％臭化水素酸（１００ｍｌ）に懸濁し、濃硫酸（０．１７ｍｌ）を滴下して１００℃で一晩攪拌した。反応混合液を室温に冷却後ヘキサン（２００ｍｌ）で抽出し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（７０ｍｌ）で２回、２０％食塩水（７０ｍｌ）で１回洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ショートカラム、ヘキサンのみ）で精製し、２，３－ジヒドロフィチルブロミド（「２，３－ジヒドロフィチル基」を、以下「Ｐｈｙ」と称することもある。）（１０．４１ｇ，２８．８ｍｍｏｌ，８５％　ｖｓ．フィトール）を得た。
調製例３：３，７，１１－トリメチルドデカン－１－オールの合成
　ファルネソール（３．００ｇ，１３．５ｍｍｏｌ）を用い、調製例１と同様の方法に従い、３，７，１１－トリメチルドデカン－１－オールを得た。これは精製することなく次の反応に用いた。
調製例４：１－ブロモ－３，７，１１－トリメチルドデカンの合成
　調製例３で得られた３，７，１１－トリメチルドデカン－１－オールを用い、調製例２と同様の方法に従い、１－ブロモ－３，７，１１－トリメチルドデカン（２．９８ｇ，１０．２ｍｍｏｌ，７６％　ｖｓ．ファルネソール）を得た。
調製例５：１－［（２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）］－１－フェニルメタンアミンの合成
　２，３－ジヒドロフィチルブロミド（１．０２ｇ，２．８２ｍｍｏｌ）にＤＭＦ（１５ｍｌ）、２－クロロ－５－ヒドロキシベンゾフェノン（０．９９ｇ，４．２３ｍｍｏｌ）、Ｋ２ＣＯ３（０．７８ｇ，５．６４ｍｍｏｌ）を加え、９０℃で３時間攪拌した。反応液を室温に戻し、酢酸エチル（２５ｍｌ），１ｍｏｌ／ｌ塩酸（２５ｍｌ）を加えて攪拌し、分層させ水層を分離・廃棄した。有機層を精製水（２５ｍｌ）で２回洗浄し、有機層を減圧留去させ、２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾフェノンを得た。
　前記２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾフェノンにクロロホルム（２０ｍｌ）、メタノール（２ｍｌ）、水素化ホウ素ナトリウム（４４０ｍｇ，１１．６ｍｍｏｌ）を加え、５０℃で一晩攪拌した。反応液を室温に戻し、さらに氷浴下で１ｍｏｌ／ｌ塩酸（１５ｍｌ）を滴下して未反応の水素化ホウ素ナトリウムを分解させた後、水層を捨て、有機層を精製水（１０ｍｌ）で２回洗浄した。有機層を減圧留去し、さらにアセトニトリルで水分を共沸させ、２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドロールを得た。
　２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドロールにクロロホルム（２０ｍｌ）、ＤＭＦ（４３μｌ，５５９μｍｏｌ）、塩化チオニル（１．０３ｍｌ，１４．１ｍｍｏｌ）を加え、５０℃で４時間攪拌した。反応液を室温に戻して溶媒を減圧留去し、残った塩化チオニルをトルエンで共沸させ、１－クロロ－１－［（２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）フェニルメタンを得た。
　前記１－クロロ－１－［（２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）フェニルメタンにＤＭＦ（１５ｍｌ）、アジ化ナトリウム（７８６ｍｇ，１２．１ｍｍｏｌ）を加え、８０℃で一晩攪拌した。反応液を室温に戻して酢酸エチル（２０ｍｌ）、ヘキサン（２０ｍｌ）を加え、精製水（３０ｍｌ）で１回、精製水（１５ｍｌ）で２回分液洗浄した後、有機層を減圧留去し、１－アジド－１－［（２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）フェニルメタンを得た。
　前記１－アジド－１－［（２－クロロ－５－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）フェニルメタンにＴＨＦ（２０ｍｌ）、精製水（２ｍｌ）、トリフェニルホスフィン（８１３ｍｇ，３．１０ｍｍｏｌ）を加え、５０℃で２時間攪拌した。反応液を室温に戻してＴＨＦを留去し、ヘプタン（３０ｍｌ）－５０％アセトニトリル水溶液（１５ｍｌ）で３回分液させ、ヘプタン層を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝１００：０→５：１）で精製し、１－［（２－クロロ－５－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）］－１－フェニルメタンアミンの油状物（１．３５ｇ，２．６３ｍｍｏｌ，収率９３％　ｖｓ．２，３－ジヒドロフィチルブロミド）を得た。
調製例６：４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアルコールの合成
　２，３－ジヒドロフィチルブロミド（１４．３ｇ，３９．６ｍｍｏｌ）にＤＭＦ（１２０ｍｌ）、４，４’－ジヒドロキシベンゾフェノン（４．０４ｇ，１８．９ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（７．８２ｇ，５６．６ｍｍｏｌ）を加え、８０℃で５時間攪拌した。反応液を室温に戻し、酢酸エチル（３００ｍｌ），１ｍｏｌ／ｌ塩酸（１００ｍｌ）を加えて攪拌し、分層させ、水層を分離・廃棄した。有機層を精製水（１００ｍｌ）で２回洗浄し、有機層を減圧留去させ、４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾフェノン油状物を得た。これをクロロホルム（６０ｍｌ）とメタノール（１０ｍｌ）に溶解させて水素化ホウ素ナトリウム（４．４９ｇ，１１９ｍｍｏｌ）を加え、６０℃で３時間攪拌した。反応液に１ｍｏｌ／ｌ塩酸（８０ｍｌ）を添加し、濃縮し、酢酸エチル（１００ｍｌ）を加え、１ｍｏｌ／ｌ塩酸と水にて順次洗浄した。有機層を濃縮し、４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアルコール油状物を得た。
調製例７：３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコールの合成
　２，３－ジヒドロフィチルブロミド（４０．６ｇ，１１２ｍｍｏｌ）、没食子酸メチル（５．９０ｇ，３２．０ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（２２．１４ｇ，１６０ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（４００ｍｌ）に懸濁させ、１１０℃で一晩攪拌した。反応混合液をヘキサン（８００ｍｌ）で抽出し、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（４００ｍｌ）、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（４００ｍｌ）、２０％食塩水（４００ｍｌ）で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した後濾液の溶媒を留去して、３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）安息香酸メチル（２９．３ｇ，収率９３％）を得た。
　前記３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）安息香酸メチル（２９．３ｇ，３０．０ｍｍｏｌ）をＴＨＦ（４００ｍｌ）に溶解させ、窒素雰囲気下、０℃で水素化ジイソブチルアルミニウム（ＤＩＢＡＬ）（１．０ｍｏｌ／ｌ　トルエン溶液，９６ｍｌ，９６ｍｍｏｌ）を３０分間かけて滴下した。室温で一晩攪拌した後、０℃で０．２ｍｏｌ／ｌ塩酸（５０ｍｌ）を滴下して反応を停止した。溶媒を半分程度留去したものを、酢酸エチル（６００ｍｌ）に溶解させ、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（３００ｍｌ）で３回、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（３００ｍｌ）で１回、２０％食塩水（３００ｍｌ）で１回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した後、濾液の溶媒を留去して、３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコール（２６．８ｇ，収率９４％）を得た。
調製例８：３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミンの合成
　３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルクロリド（６．４６ｇ，６．６３ｍｍｏｌ）をＤＭＦ－クロロホルム（６０＋２０ｍｌ）に溶解させ、アジ化ナトリウム（８６１ｍｇ，１３．２ｍｍｏｌ）を加えて７０℃で２時間攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、酢酸エチル（１６０ｍｌ）を加えて、水（８０ｍｌ）で２回、２０％食塩水（５０ｍｌ）で３回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して、３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアジド油状物を得て、そのまま次工程に移行させた。
　前記３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアジド油状物をＴＨＦ（８０ｍｌ）に溶解させ、水（１．１９ｍｌ，６６．１ｍｍｏｌ）、トリフェニルホスフィン（１．９１ｇ，７．２８ｍｍｏｌ）を加えて７０℃で１時間攪拌した。室温まで冷却後、溶媒を留去し、残渣をヘプタン（１６０ｍｌ）に溶解させ、５０％アセトニトリル水溶液（５０ｍｌ）で３回、２０％食塩水（５０ｍｌ）で２回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝５：１→クロロホルム：メタノール：アンモニア水＝１００：１０：１）で精製して３，４，５－トリ（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミン（５．３１ｇ，５．３２ｍｍｏｌ，収率８０％　ｖｓ．クロル体）を得た。
調製例９：３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコールの合成
　２，３－ジヒドロフィチルブロミド（８９５ｍｇ，２．４８ｍｍｏｌ）、３，５－ジヒドロキシ安息香酸メチル（２０４ｍｇ，１．２１ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（５１３ｍｇ，３．７１ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（１０ｍｌ）に懸濁させ、１００℃で７時間攪拌した。反応混合液を酢酸エチル（３０ｍｌ）で抽出し、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（１０ｍｌ）で３回、２０％食塩水（１０ｍｌ）で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した後、濾液の溶媒を留去して、３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）安息香酸メチル（０．７８ｇ，収率９２％）を得た。
　前記３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）安息香酸メチル（０．７０ｇ，１．００ｍｍｏｌ）をＴＨＦ（１０ｍｌ）に溶解させ、窒素雰囲気下０℃で水素化アルミニウムリチウム（２．０ｍｏｌ／ｌ　ＴＨＦ溶液，１．２ｍｌ，２．４ｍｍｏｌ）を滴下した。室温で５時間攪拌した後、０℃で水を滴下して反応を停止した。溶液を酢酸エチル（３０ｍｌ）に溶解させ、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（１０ｍｌ）で３回、２０％食塩水（２０ｍｌ）で１回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサンのみ→ヘキサン：酢酸エチル＝５：１）で精製して、３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコール（０．６１ｇ，収率９０％）を得た。
調製例１０：４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコールの合成
　２，３－ジヒドロフィチルブロミド（６００ｍｇ，１．６６ｍｍｏｌ）、４－ヒドロキシベンズアルデヒド（２２３ｍｇ，１．８３ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（３４４ｍｇ，２．４９ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（６ｍｌ）中に懸濁し、６０℃で３日間攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、酢酸エチル（３０ｍｌ）で抽出し、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（６ｍｌ）で３回、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（６ｍｌ）で３回、２０％食塩水（６ｍｌ）で１回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝１５：１→５：１）で精製して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズアルデヒド（６４０ｍｇ，収率１００％　ｖｓ．２，３－ジヒドロフィチルブロミド）を得た。
　前記４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズアルデヒド（６４０ｍｇ，１．６６ｍｍｏｌ）をＴＨＦ－メタノール混合溶液（７＋０．３ｍｌ）に溶解させ、０℃で水素化ホウ素ナトリウム（１１０ｍｇ，９０％，２．６２ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合液を０℃に冷却後、１ｍｏｌ／ｌ塩酸で反応を停止し、酢酸エチル（３０ｍｌ）を加えて１ｍｏｌ／ｌ塩酸（５ｍｌ）で３回、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（５ｍｌ）で３回、２０％食塩水（５ｍｌ）で１回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコール（６１９ｍｇ，１．５３ｍｍｏｌ，収率９２％　ｖｓ．２，３－ジヒドロフィチルブロミド）を得た。
調製例１１：４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミンの合成
　４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコール（６１９ｍｇ，１．５３ｍｍｏｌ）をクロロホルム（６ｍｌ）に溶解させ、塩化チオニル（１６７μｌ，２．２９ｍｍｏｌ）を加えて５時間攪拌した。反応終了後、溶媒を留去して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－ベンジルクロリドの油状物を得て、そのまま次工程に移行させた。
　前記４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルクロリド（１．５３ｍｍｏｌ）をＤＭＦ－ＣＨＣｌ３混合溶媒（６＋３ｍｌ）に溶解させ、アジ化ナトリウム（２９８ｍｇ，４．５８ｍｍｏｌ）を加えて７０℃で一晩攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、酢酸エチル（２０ｍｌ）を加えて、水（１０ｍｌ）で５回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアジド（６３２ｍｇ，収率９６％　ｖｓ．４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコール）を得た。
　前記４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアジド（６３２ｍｇ，１．４７ｍｍｏｌ）をＴＨＦ（６ｍｌ）に溶解させ、水（２６５μｌ，１４．７ｍｍｏｌ）、トリフェニルホスフィン（４２４ｍｇ，１．６２ｍｍｏｌ）を加えて７０℃で一晩攪拌した。室温まで冷却後、溶媒を留去し、残渣をヘキサン（１０ｍｌ）に溶解、５０％アセトニトリル水溶液（５ｍｌ）で３回洗浄した。溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝５：１→クロロホルム：メタノール：アンモニア水＝５０：５：１）で精製して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミン（５５５ｍｇ，１．３７ｍｍｏｌ，収率９４％）を得た。
調製例１２：２－メトキシ－４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミンの合成
　２，３－ジヒドロフィチルブロミド（２．００ｇ，５．５３ｍｍｏｌ）、２－メトキシ－４－ヒドロキシベンズアルデヒド（８８４ｍｇ，５．８１ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（１．１５ｇ，８．３２ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（２０ｍｌ）中に懸濁し、８０℃で一晩攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、酢酸エチル（５０ｍｌ）で抽出し、１Ｎ塩酸（２０ｍｌ）で３回、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（２０ｍｌ）で３回、２０％食塩水（２０ｍｌ）で１回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝２０：１）で精製して、２－メトキシ－４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズアルデヒド油状物を得て、次工程に移行させた。
　前記２－メトキシ－４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズアルデヒド、ヒドロキシルアミン塩酸塩（１．１５ｇ，１６．５ｍｍｏｌ）をジクロロメタン（２５ｍｌ）に懸濁し、０℃でトリエチルアミン（３．８４ｍｌ，２７．７ｍｍｏｌ）を加えて室温で３時間攪拌した。反応混合液にクロロホルム（３０ｍｌ）を加え１ｍｏｌ／ｌ塩酸（１５ｍｌ）で３回、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（１５ｍｌ）で３回、２０％食塩水（１５ｍｌ）で１回洗浄し、溶媒を留去して、２－メトキシ－４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズアルドキシムを得、ＮＭＲで構造を確認後、次工程に移行させた。
　前記２－メトキシ－４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズアルドキシムをメタノール－ＴＨＦ混合溶媒（２０＋１０ｍｌ）に溶解させ、１０％パラジウム－炭素（Ｋ）（２００ｍｇ）を加えて水素雰囲気下室温で一晩攪拌した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（クロロホルム：メタノール：アンモニア水＝１００：１０：１）で精製して、２－メトキシ－４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミン（１．８７ｇ，４．３１ｍｍｏｌ，収率７８％　ｖｓ．２，３－ジヒドロフィチルブロミド）を得た。
調製例１３：４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアルコールの合成
　０℃で、メタノール（１０ｍｌ）に塩化チオニル（１．９２ｍｌ，２６．３ｍｍｏｌ）を滴下し、４－ヒドロキシ－２－メチル安息香酸（２．００ｇ，１３．１ｍｍｏｌ）を加えて、６０℃で一晩攪拌した。反応終了後、溶媒を留去し、残渣を酢酸エチル（２０ｍｌ）に溶解させて５％炭酸水素ナトリウム水溶液（１０ｍｌ）で２回、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（１０ｍｌ）で１回、水（１０ｍｌ）で１回洗浄し、溶媒を留去して、４－ヒドロキシ－２－メチル安息香酸メチル（２．２４ｇ，収率１００％）を得た。
　前記４－ヒドロキシ－２－メチル安息香酸メチル（２６９ｍｇ，１．６２ｍｍｏｌ）、２，３－ジヒドロフィチルブロミド（３８９ｍｇ，１．０８ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（２９７ｍｇ，２．１５ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（５ｍｌ）中に懸濁し、９０℃で５時間攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、ヘキサン－酢酸エチル（１０＋１０ｍｌ）で抽出し、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（１５ｍｌ）で１回、水（１０ｍｌ）で２回洗浄し、溶媒を留去して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチル安息香酸メチルを得、ＮＭＲで構造を確認後、次工程に移行させた。
　前記４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチル安息香酸メチル（１．０８ｍｍｏｌ）をＴＨＦ（６ｍｌ）に溶解させ、ＤＩＢＡＬ（１．０Ｍ，４．９ｍｌ，４．９ｍｍｏｌ）を加え、室温で１００分間攪拌した。反応混合液を０℃に冷却後、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（１５ｍｌ）で反応を停止し、ヘキサン（１０ｍｌ）、酢酸エチル（１０ｍｌ）を加えて分液し、０．５ｍｏｌ／ｌ塩酸（１０ｍｌ）で１回、水（１０ｍｌ）で１回洗浄し、溶媒を留去して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアルコールを得た。
調製例１４：４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアミンの合成
　４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチル－ベンジルアルコール（１．０８ｍｍｏｌ）をクロロホルム（８ｍｌ）に溶解させ、チオニルクロリド（３９３μｌ，５．３８ｍｍｏｌ）を加えて５０℃で４．５時間攪拌した。反応終了後、溶媒を留去して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルクロリドを得、ＮＭＲで構造を確認後、次工程に移行させた。
　前記４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルクロリド（１．０８ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（６ｍｌ）に溶解させ、アジ化ナトリウム（３５０ｍｇ，５．３８ｍｍｏｌ）を加えて７０℃で一晩攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、ヘキサン（１０ｍｌ）、酢酸エチル（５ｍｌ）を加えて、水（１０ｍｌ）で３回洗浄した。濾液の溶媒を留去して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアジドを得、ＮＭＲで構造を確認後、次工程に移行させた。
　前記４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアジド（１．０８ｍｍｏｌ）をＴＨＦ（１０ｍｌ）に溶解させ、水（２ｍｌ）、トリフェニルホスフィン（５６５ｍｇ，２．１５ｍｍｏｌ）を加えて６０℃で３時間攪拌した。室温まで冷却後、溶媒を留去し、残渣をヘプタン（１０ｍｌ）に溶解させ、５０％アセトニトリル水溶液（１０ｍｌ）で３回洗浄した。溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝５：１→クロロホルム：メタノール：アンモニア水＝５０：５：１）で精製して、４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアミン（２８１ｍｇ，０．６７ｍｍｏｌ，収率６２％　ｖｓ．２，３－ジヒドロフィチルブロミド）を得た。
調製例１５：２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカン酸（４－ヒドロキシメチル）フェニルアミドの合成
　２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカン酸（２．８１ｇ，９．８８ｍｍｏｌ）、４－アミノベンジルアルコール（１．００ｇ，８．１２ｍｍｏｌ）、３，４－ジヒドロ－３－ヒドロキシ－４－オキソ－１，２，３－ベンゾトリアジン（ＨＯＯＢｔ）（１３３ｍｇ，０．８１２ｍｍｏｌ）を、クロロホルム（１０ｍｌ）に懸濁させて、０℃でＥＤＣ・ＨＣｌ（２．０５ｇ，１０．７ｍｍｏｌ）加え、室温で一晩攪拌した。溶媒を除去し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝２：１）で精製して、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカン酸（４－ヒドロキシメチル）フェニルアミド（２．６９ｇ，６．６７ｍｍｏｌ，収率８２％）を得た。
調製例１６：４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルアルコールの合成
　調製例４で得られた１－ブロモ－３，７，１１－トリメチルドデカン（１．００ｇ，３．４３ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（５ｍｌ）に溶解させ、４－ヒドロキシベンジルアルコール（０．８５ｇ，６．８５ｍｍｏｌ）と炭酸カリウム（１．４２ｇ，１０．３ｍｍｏｌ）を加えて１２０℃で一晩攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、クロロホルム（５０ｍｌ）で抽出し、１ｍｏｌ／ｌ塩酸（３０ｍｌ）で３回、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（３０ｍｌ）で１回、精製水（３０ｍｌ）で１回洗浄した。有機層の溶媒を留去して、４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルアルコール（１．０９ｇ，３．２６ｍｍｏｌ，収率９５％　ｖｓ．１－ブロモ－３，７，１１－トリメチルドデカン）を得た。
調製例１７：３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイックアシッドの合成
　３，７，１１，１５－テトラメチル－ヘキサデカン－１－オール（８．９６ｇ，３０．０ｍｍｏｌ）をアセトン（３６０ｍｌ）と酢酸（１８０ｍｌ）の混合溶媒に溶解させ、無水クロム酸 （７．２７ｇ，７２．７ｍｍｏｌ）の水（９．０ｍｌ）溶液を滴下し、室温で１時間攪拌した。反応終了後の反応液に二亜硫酸ナトリウム（１００ｇ，５２６ｍｍｏｌ）の水（４５０ｍｌ）溶液を加え、室温で終夜撹拌し、ジエチルエーテル（１３５ｍｌ）で６回抽出し、得られた有機層の溶媒を減圧下留去した。濃縮後の油状物にジエチルエーテル（４５０ｍｌ）と水（１５０ｍｌ）を加えて分相し、水層を酢酸エチル（１５０ｍｌ）で３回抽出し、合わせた有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させた後、溶媒を減圧下留去した。濃縮後の油状物（１０．１ｇ）をクロマトグラフィー精製（シリカゲル；２５０ｇ、溶出液；５０：１→３：１ヘキサン－酢酸エチル）することで、表題の化合物（６．７８ｇ，７２．３％）を淡青色の油状物として得た。
調製例１８：３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイルクロリドの合成
　調製例１７で合成した化合物（２．８１ｇ，９．０ｍｍｏｌ）を無水クロロホルム（４．５ｍｌ）に溶解させ 、塩化チオニル（１．３１ｍｌ，１８．０ｍｍｏｌ）を加えて室温で１時間攪拌した。反応終了後、溶媒を減圧下留去し、得られた油状物（３．０７ｇ）を表題の化合物としてそのまま次の反応に使用した。
調製例１９：クロロメチル　３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノエートの合成
　調製例１７で合成した化合物（６．５６ｇ，２１．０ｍｍｏｌ）を無水クロロホルム（１０ｍｌ）に溶解させ 、塩化チオニル（３．０６ｍｌ，４２．０ｍｍｏｌ）を加えて室温で１時間攪拌した。反応終了後、溶媒を減圧下留去して得た油状物を、９０％パラホルムアルデヒド（８４０ｍｇ，２５．２ｍｍｏｌ）と塩化亜鉛（４２．９ｍｇ，０．３２ｍｍｏｌ）の混合固体に対して、氷浴冷却下３０分間かけて滴下した。得られた混合溶液を６０℃で５時間加熱撹拌した後、室温まで冷却させ、１０％炭酸水素ナトリウム水溶液（３０ｍｌ）とジクロロメタン（１５ｍｌ）を加えて分層し、同量のジクロロメタンで更に２回抽出した。合わせた有機層を飽和食塩水（３０ｍｌ）で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、溶媒を減圧下留去した。濃縮後の油状物（７．４０ｇ）をクロマトグラフィー精製（シリカゲル；１２０ｇ、溶出液；１０：１ヘキサン－ジクロロメタン）することで、表題の化合物（５．０１ｇ，６６．１％）を無色の油状物として得た。
調製例２０：４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイックアシッドの合成
（１）１－ブロモ－３，７－ジメチルオクタンの合成
　３，７－ジメチルオクタン－１－オール（１０．０ｇ，６３．２ｍｍｏｌ）を４８％臭化水素酸水溶液に懸濁し、濃硫酸（０．１７ｍｌ）を滴下して１００℃で１６時間攪拌した。反応液を室温に冷却後、ヘキサン（２００ｍｌ）で抽出し５％炭酸水素ナトリウム水溶液（１００ｍｌ）で２回、２０％食塩水（１００ｍｌ）で１回洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、濾液の溶媒を留去することで表題の化合物（１３．３ｇ，９５．１％）を無色の油状物として得た。
（２）メチル［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）］ベンゾエートの合成
　アルゴン雰囲気下、炭酸カリウム（１２．５ｇ，９０．３ｍｍｏｌ）を脱水Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド（１００ｍｌ）に懸濁させた後、１－ブロモ－３，７－ジメチルオクタン（１３．３ｇ，６０．１ｍｍｏｌ）とメチル（４－ヒドロキシ）ベンゾエート（８．７４ｇ，５７．４ｍｍｏｌ）を加えて７０℃で１６時間攪拌した。反応液を濾過して炭酸カリウムを除去した後、水（５０ｍｌ）を加えてヘキサン（２５０ｍｌ）で抽出した。抽出液を１．０ｍｏｌ／ｌ塩酸水溶液（１００ｍｌ）、炭酸水素ナトリウム水溶液（１００ｍｌ）、飽和食塩水（１００ｍｌ）で順次洗浄し、得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後濾過し、減圧濃縮することで表題の化合物（１６．１ｇ，９５．７％）を無色の油状物として得た。
（３）４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイックアシッドの合成
　メチル［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）］ベンゾエート（１６．１ｇ，５４．９ｍｍｏｌ）を１，４－ジオキサン（３００ｍｌ）に溶解し、５０％水酸化カリウム水溶液（２５ｍｌ）を加えて１００℃で６時間攪拌した。反応液が酸性になるまで濃塩酸を滴下した後、酢酸エチル（２００ｍｌ）で抽出し、１０％水酸化ナトリウム水溶液（１００ｍｌ）、飽和食塩水（１００ｍｌ）で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後濾過し、減圧濃縮することで表題の化合物（１４．２ｇ，９２．８％）を白色固体として得た。
調製例２１：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］の合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ４－アセチル－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（３．５ｇ，４．５ｍｍｏｌ）を２．０ｍｏｌ／ｌアンモニア／メタノール溶液（４０ｍｌ）に溶解し、室温で２時間撹拌した。反応液を減圧濃縮して表題化合物（３．４ｇ）を定量的に得た。
調製例２２：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシグアノシン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］の合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－（２－メチル－１－オキソプロピル）－２’－デオキシグアノシン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（５．０ｇ，５．９ｍｍｏｌ）を２．０ｍｏｌ／ｌアンモニア／メタノール溶液（６０ｍｌ）に溶解し、室温で終夜撹拌した。反応液を減圧濃縮して得た油状物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製し、表題化合物（４．６ｇ）を定量的に得た。
（アミジン型保護基となる試薬の調製）
調製例２３：Ｎ，Ｎ－ジ（３，７－ジメチル－オクチル）ホルムアミドジメチルアセタールの合成
（１）３，７－ジメチル－１－オクチルブロミドの合成
　３，７－ジメチル－１－オクタノール（２１．０ｇ，１５７．９ｍｍｏｌ）に４８％ＨＢｒ（２００ｍｌ）及び濃硫酸（０．４６ｍｌ）を加えて終夜加熱した。室温に戻した後、ヘキサンを加えて抽出し、有機層を５％炭酸水素ナトリウム水溶液、飽和食塩水で洗浄し、乾燥、濃縮して表題化合物（２８．７ｇ，８２．１％）を得た。
（２）ジ（３，７－ジメチル－オクチル）ベンジルアミンの合成
　ベンジルアミン（７．１ｍｌ，６４．８ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（１７．９ｇ，１２９．６ｍｍｏｌ）および調製例２３－（１）で得られた化合物（２８．７ｇ，１２９．６ｍｍｏｌ）を乾燥アセトニトリル８０ｍｌに溶解し終夜加熱した。反応液を濃縮した後、ジクロロメタン（２００ｍｌ）を加え、水で洗浄した。有機層を濃縮して得られた油状物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製し、表題化合物（１３．２ｇ，５２．２％）を得た。
（３）Ｎ，Ｎ－ジ（３，７－ジメチル－オクチル）アミンの合成
　調製例２３－（２）で得た化合物（１３．２ｇ，３３．８ｍｍｏｌ）をエタノール（１５０ｍｌ）に溶解し、５％パラジウム炭素（５３％含水、２．８６ｇ）を加え、水素雰囲気下終夜撹拌した。反応液をセライト濾過しパラジウム触媒を除去した後、ろ液を濃縮し、表題化合物（１０．０ｇ，９９．３％）を定量的に得た。
（４）Ｎ，Ｎ－ジ（３，７－ジメチル－オクチル）ホルムアミドジメチルアセタールの合成
　調製例２３－（３）で得た化合物（７．０ｇ，２３．４ｍｍｏｌ）に、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミドジメチルアセタール（２．８ｇ，２３．４ｍｍｏｌ）及び触媒量のピリジニウム　ｐ－トルエンスルホネートを加えて、１６０℃に加熱、終夜撹拌した。反応液を減圧蒸留し、表題化合物（１．４ｇ，１６％）を得た。
調製例２４：２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミンの合成
（１）２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾフェノンの合成
　アルゴン雰囲気下、２，３，４－トリヒドロキシベンゾフェノン（０．９４ｇ，４．０７ｍｍｏｌ）、２，３－ジヒドロフィチルブロミド（６．０１ｇ，１６．６ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（２．５７ｇ，１３８．２ｍｍｏｌ）を脱水Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド（２５ｍｌ）中に加え、８０℃で終夜攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、ヘキサン（５０ｍｌ）で抽出し、１ｍｏｌ／ｌ塩酸水（２０ｍｌ）、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（２０ｍｌ）、飽和食塩水（２０ｍｌ）で順次洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝１００：０～９５／５（ｖ／ｖ））で精製、目的フラクションを集めて濃縮し、表題の化合物（３．９０ｇ，８８．９％）を油状物として得た。
（２）２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアルコールの合成
　調製例２４－（１）で合成した２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾフェノン（３．９０ｇ，３．６４ｍｍｏｌ）を、クロロホルム（３５ｍｌ）とメタノール（３．５ｍｌ）の混合溶媒に溶解させ、水素化ホウ素ナトリウム（０．４１ｇ，１０．９ｍｍｏｌ）を添加し、４５℃で２時間攪拌した。反応終了後、０．１ｍｏｌ／ｌ塩酸水を滴下することで未反応の水素化ホウ素ナトリウムを分解させた後、１．０ｍｏｌ／ｌ塩酸水で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後に濾過し、濾液を減圧濃縮した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝９８：２～９０／１０（ｖ／ｖ））で精製、目的フラクションを集めて濃縮し、表題の化合物（３．５６ｇ，９１．０％）を油状物として得た。
（３）Ｎ－（９－フルオレニルメトキシカルボニル）－２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミンの合成
　アルゴン雰囲気下、調製例２４－（２）で合成した２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアルコール（３．５６ｇ，３．３１ｍｍｏｌ）および９－フルオレニルメチルカーバメート（１．４２ｇ，５．９６ｍｍｏｌ）を脱水トルエン（４０ｍｌ）中に５０℃で溶解させた後、メタンスルホン酸（６４μｌ，９９３μｍｏｌ）を加えて１００℃で２時間攪拌した。反応混合液を室温に冷却後、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（２０ｍｌ）、飽和食塩水（２０ｍｌ）で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝９８：２～９０／１０（ｖ／ｖ））で精製、目的フラクションを集めて濃縮し、表題の化合物（４．００ｇ，９３．３％）を油状物として得た。
（４）２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミンの合成
　調製例２４－（３）で合成したＮ－（９－フルオレニルメトキシカルボニル）－２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミン（４．００ｇ，３．０９ｍｍｏｌ）を、クロロホルム（３０ｍｌ）とアセトニトリル（１５ｍｌ）の混合溶媒に溶解させた後、２０％ピペリジン［１－メチル－２－ピロリドン溶液］（３０．５ｍｌ，６１．８ｍｍｏｌ）を添加し、室温で３０分間攪拌した。反応終了後、酢酸エチル（６０ｍｌ）、ヘキサン（３０ｍｌ）および水（１０ｍｌ）を加え、分層した。有機層を飽和食塩水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝１００：０～８０／２０（ｖ／ｖ））で精製、目的フラクションを集めて濃縮し、表題の化合物（２．９２ｇ，８８．２％）を油状物として得た。
調製例２５：４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミンの合成
（１）Ｎ－（９－フルオレニルメトキシカルボニル）－ビス－４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミンの合成
　調製例６に記した４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアルコール（３．８０ｇ，４．８９ｍｍｏｌ）にトルエン（５０ｍｌ）、９－フルオレニルメチルカーバメート（２．１１ｇ，８．８１ｍｍｏｌ）を加え、５０℃に加熱して溶解させた。メタンスルホン酸（９５．３μｌ，１．４７ｍｍｏｌ）を加え、１００℃で２時間攪拌した。反応終了を確認した後、室温に戻し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液（２０ｍｌ）を加えて攪拌した。分層して有機層を水（２０ｍｌ）、飽和食塩水（２０ｍｌ）でさらに洗浄した。有機層を減圧留去し、表題化合物（５．１０ｇ、ｑｕａｎｔ）を得た。
（２）４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミンの合成
　調製例２５－（１）で得たＮ－（９－フルオレニルメトキシカルボニル）－４－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミン（５．１０ｇ，５．２７ｍｍｏｌ）を、クロロホルム（５０ｍｌ）とアセトニトリル（２５ｍｌ）の混合溶媒に溶解させた後、２０％ピペリジン［１－メチル－２－ピロリドン溶液］（５２．１ｍｌ，１０５．４ｍｏｌ）を添加し、室温で３０分間攪拌した。反応終了後、酢酸エチル（１００ｍｌ）、ヘキサン（６０ｍｌ）および水（１５ｍｌ）を加え、分層した。有機層を飽和食塩水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝１００：０～３０／７０ｖ／ｖ））で精製、目的フラクションを集めて濃縮し、表題の化合物（３．５６ｇ，８６．８％）を油状物として得た。
調製例２６：３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミンの合成
（１）３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルクロリドの合成
　アルゴン雰囲気下、調製例９に記した３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアルコール（４．７０ｇ，６．７０ｍｍｏｌ）をクロロホルム（３４ｍｌ）に溶解させ、ピリジン（数滴）、塩化チオニル（０．９７ｍｌ，１３．４ｍｍｏｌ）を加えて室温で９０分間攪拌した。反応液を減圧濃縮し、表題の化合物（４．９３ｇ，ｑｕａｎｔ）を油状物として得た。
（２）３，５－　ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアジドの合成
　調製例２６－（１）で得た３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルクロリド（４．９３ｇ，６．８５ｍｍｏｌ）をクロロホルム（２７ｍｌ）とＮ，Ｎ－ジメチルホルムアミド（８１ｍｌ）の混合溶媒に溶解させ、アジ化ナトリウム（０．９０ｇ，１３．７ｍｍｏｌ）を加えて８０℃で２時間半攪拌した。反応終了後、反応液を室温まで冷却し、酢酸エチル（２５０ｍｌ）および精製水（１８０ｍｌ）を加えて分層し、有機層を精製水（１８０ｍｌ）及び飽和食塩水（１３０ｍｌ）で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後に濾過し、表題の化合物（４．７９ｇ，９６．４％）を得た。
（３）３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミンの合成
　アルゴン雰囲気下、調製例２６－（２）で得た３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアジド（４．７９ｇ，６．６０ｍｍｏｌ）を脱水テトラヒドロフラン（３３ｍｌ）に溶解させ、氷冷下、水素化リチウムアルミニウム（０．５０ｇ，１３．２ｍｍｏｌ）を添加し、反応液を室温で２時間攪拌した。反応終了後の反応液に１ｍｏｌ／ｌ塩酸水（２５ｍｌ）と酢酸エチル（５０ｍｌ）を滴下して分層し、水層を酢酸エチル（５０ｍｌ）で抽出した。有機層を合わせて、水（９０ｍｌ）で２回洗浄し、更に５％炭酸水素ナトリウム水溶液（９０ｍｌ）、飽和食塩水（９０ｍｌ）で洗浄した。有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し、濾液を減圧濃縮後、シリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製し、表題の化合物（３．２９ｇ，７１．１％）を油状物として得た。
調製例２７：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシ－２’－フルオロウリジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシ－２’－フルオロウリジンの合成
　２’－デオキシ－２’－フルオロウリジン（３．００ｇ，１２．２ｍｍｏｌ）を乾燥ピリジンに溶解した後、減圧濃縮する操作を３回繰り返し、共沸脱水した。その後、アルゴン雰囲気下、乾燥ピリジン（１２０ｍｌ）に溶解し、４，４’－ジメトキシトリチルクロリド（４．５５ｇ，１３．４ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間撹拌した。反応終了を確認後、反応液に酢酸エチル（１５０ｍｌ）と水（６０ｍｌ）を加えて分層し、有機層を５％炭酸水素ナトリウム水溶液（２０ｍｌ）で３回、水（２０ｍｌ）、飽和食塩水（２０ｍｌ）で洗浄し、得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝５０：５０～０／１００（ｖ／ｖ），１％トリエチルアミンを含む）で精製して、目的フラクションを集めて濃縮し、表題の化合物（８．４８ｇ，ｑｕａｎｔ）を得た。
（２）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシ－２’－フルオロウリジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］の合成
　調製例２７－（１）で得た５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシ－２’－フルオロウリジン（３．００ｇ，５．４７ｍｍｏｌ）をアルゴン雰囲気下、脱水ジクロロメタン（５０ｍｌ）に溶解し、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（０．５５ｍｌ，３．１８ｍｍｏｌ）、１Ｈ－テトラゾール（０．４５ｇ，６．４５ｍｍｏｌ）および２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトライソプロピルホスホロジアミダイト（１．９２ｇ，６．３６ｍｍｏｌ）を加えて室温で終夜撹拌した。反応終了を確認後、反応液に５％炭酸水素ナトリウム水溶液（２０ｍｌ）を加えて分層し、有機層を飽和食塩水（２０ｍｌ）で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、濾液を濃縮して得られた粗生物をシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝７５：２５～３０／７０（ｖ／ｖ），３％トリエチルアミンを含む）で精製、目的フラクションを集めて濃縮し、表題の化合物（２．７６ｇ，６７．３％）を得た。
実施例１：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｏ－［３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジル］スクシネート〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＴＰＢ〕の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－スクシネートの合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン（４．９８ｇ，９．１４ｍｍｏｌ）とテトラヒドロフラン－２，５－ジオン（１．３９ｇ，１３．９ｍｍｏｌ）を脱水ジクロロメタン（１００ｍｌ）に溶解させた後、トリエチルアミン（３．８０ｍｌ，２７．３ｍｍｏｌ）を加えて室温で１６時間攪拌した。反応終了後の反応液を２．０ｍｏｌ／ｌトリエチルアンモニウムホスフェート水溶液（７０ｍｌ）で３回洗浄した後、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後濾過し、減圧濃縮して得られた残渣をトルエン（１０ｍｌ）で３回共沸することで、表題の化合物（７．１５ｇ）のトリエチルアミン塩を白色固体として定量的に得た。
（２）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｏ－［３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジル］スクシネート〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＴＰＢ〕の合成
　実施例１－（１）で合成した化合物（６．５５ｇ，８．７８ｍｍｏｌ）、調製例７で合成した３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジルアルコール（５．１９ｇ，５．１６ｍｍｏｌ）を脱水ジクロロメタン（１５ｍｌ）に溶解させた後、２－（１Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－イル）１，１，３，３－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート［ＨＢＴＵ］（１１．８ｇ，３０．８ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（５．５３ｍｌ、３１．２ｍｍｏｌ）を加えて室温で１時間撹拌した。飽和炭酸水素ナトリウム水溶液、飽和食塩水で洗浄し、得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後に濾過した。濾液を減圧濃縮して得られた残渣を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル、１％ｖ／ｖ　トリエチルアミン）で精製することで表題の化合物（３．８３ｇ，４５．３％）を粘性固体として得た。
実施例２：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジル］スクシナメート〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ〕の合成
　５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－スクシネートのトリエチルアミン塩（１．４５ｇ，１．９４ｍｍｏｌ）、調製例８で合成した３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジルアミン（１．０２ｇ，１．１０ｍｍｏｌ）を用い、実施例1－（２）と同様の方法に従い、表題の化合物（１．２２ｇ，７２．４％）を粘性固体として得た。
実施例３：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ Ｐｈｙ －ＰＡ〕の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000072
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（１．４６ｇ，２．００ｍｍｏｌ）を脱水テトラヒドロフラン（１０ｍｌ）中に溶解させ、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（７２０μｌ，４．００ｍｍｏｌ）、調製例１８で合成した化合物（９９０ｍｇ，３．００ｍｍｏｌ）を加えて室温で３時間攪拌した。反応終了後の反応液に酢酸エチル（６０ｍｌ）および５％炭酸水素ナトリウム水溶液（１５ｍｌ）を加えて分相し、水相を酢酸エチル（３０ｍｌ）で抽出し、合わせた有機相を無水硫酸ナトリウムで乾燥させた後、溶媒を減圧下留去した。濃縮後の油状物（２．７０ｇ）をクロマトグラフィー精製（シリカゲル；５０ｇ、溶出液；１％トリエチルアミン含有の１０：１→１：１ヘキサン－酢酸エチル）することで、表題の化合物（１．０８ｇ，５２．６％）を無色の油状物として得た。
１Ｈ－ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：δ０．８４（ｄ，６Ｈ，Ｊ＝６．６Ｈｚ），０．８６（ｄ，６Ｈ，Ｊ＝６．６Ｈｚ），０．９７（ｄ，３Ｈ，Ｊ＝６．６Ｈｚ），１．００－１．４１（ｍ，３２Ｈ），１．４６－１．５６（ｍ，１Ｈ），１．９４－２．１８（ｍ，２Ｈ），２．２１－２．３３（ｍ，１Ｈ），２．３４－２．４６（ｍ，２Ｈ），２．６２（ｔ，１Ｈ，Ｊ＝６．３Ｈｚ），２．６７－２．８３（ｍ，１Ｈ），３．３４－３．６７（ｍ，５Ｈ），３．６９－３．８６（ｍ，１Ｈ），３．８０（ｓ，３Ｈ），３．８１（ｓ，３Ｈ），４．２０－４．２４（ｍ，１Ｈ），４．５５－４．６６（ｍ，１Ｈ），６．２２－６．２９（ｍ，１Ｈ），６．８２－６．８７（ｍ，４Ｈ），７．１０－７．１４（ｍ，１Ｈ），７．２１－７．３３（ｍ，７Ｈ），７．３６－７．４２（ｍ，２Ｈ），７．９４（ｂｒｓ，１Ｈ），８．１７－８．２９（ｍ，１Ｈ）
３１Ｐ－ＮＭＲ（１６０ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：δ１５０．０，１５０．６
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ５９Ｈ８６Ｎ５Ｏ８Ｐ：１０２３．６．Ｆｏｕｎｄ　１０２２．３（Ｍ－Ｈ）－
実施例４：Ｎ ３ －［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル］－２’－デオキシチミジンの合成
（１）４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイルクロリドの合成
　アルゴン雰囲気下、４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイックアシッドを脱水クロロホルム（２５ｍｌ）に溶解し、氷冷後、塩化チオニル（６．７２ｍｌ，９２．７ｍｍｏｌ）を滴下して加えた。反応液を室温で終夜攪拌した後、減圧濃縮して表題の化合物を油状物として得た。本化合物はそのまま次工程に使用した。
（２）３’，５’－Ｏ－ビス（トリメチルシリル）－Ｎ ３ －［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル］２’－デオキシチミジンの合成
　２’－デオキシチミジン（５．００ｇ，２０．６ｍｍｏｌ）を脱水ピリジン（１０ｍｌ）で３回共沸した後、アルゴン雰囲気下、脱水ピリジン（６０ｍｌ）に溶解し、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（１７．９ｍｌ，１０３ｍｍｏｌ）、トリメチルシリルクロリド（６．５０ｍｌ，５１．５ｍｍｏｌ）を加えて室温で３０分間攪拌した。攪拌後、前記４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイルクロリドの油状物を２５分間かけて滴下し、その後室温で４時間攪拌した。反応終了後の反応液を氷冷し、リン酸二水素カリウム（１７ｇ）と水（８０ｍｌ）を加えて５分間攪拌した後、ジエチルエーテル（１００ｍｌ）で抽出し、飽和リン酸二水素カリウム水溶液（５０ｍｌ）、飽和食塩水（５０ｍｌ）で洗浄し、得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後濾過し、濾液を減圧濃縮して表題の化合物を得た。本化合物は、そのまま次工程に使用した。
（３）Ｎ ３ －［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル］２’－デオキシチミジンの合成
　３’，５’－Ｏ－ビス－（トリメチルシリル）－Ｎ３－［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル］－２’－デオキシチミジンをクロロホルム（７０ｍｌ）とメタノール（７０ｍｌ）の混合溶媒に溶解させ、トリフルオロ酢酸（３５０μｌ）を加えて室温で３０分間攪拌した。反応終了後、溶媒を留去し、再度酢酸エチル（１５０ｍｌ）に溶解させた。５％炭酸水素ナトリウム水溶液（７５ｍｌ）、飽和食塩水（７５ｍｌ）で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後濾過した。濾液の溶媒を留去して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ジクロロメタン／メタノール）で精製して表題の化合物（７．１０ｇ，６８．５％）を白色固体として得た。
実施例５：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ３ －［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル］－２’－デオキシチミジンの合成
　アルゴン雰囲気下、脱水ピリジン（１０ｍｌ）で３回共沸したＮ３－［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル］－２’－デオキシチミジン（７．１０ｇ，１４．１ｍｍｏｌ）を脱水ピリジン（１３０ｍｌ）に溶解させた後、４，４’－ジメトキシトリチルクロリド（４．８３ｇ，１４．３ｍｍｏｌ）を加えて終夜攪拌した。反応終了後の反応液に水（１３０ｍｌ）を加えた後、ジエチルエーテル（２６０ｍｌ）で抽出後、水（１３０ｍｌ）で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後濾過し、濾液を濃縮して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ジクロロメタン／メタノール，１％ｖ／ｖ　トリエチルアミン）で精製して表題の化合物（１０．２ｇ，９０．１％）を白色固体として得た。
実施例６：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ３ －［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル］－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ （４－Ｃｉｔ－Ｂｚ） －ＰＡ〕の合成
　アルゴン雰囲気下、脱水アセトニトリル（１０ｍｌ）で３回共沸した５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ３－［４－（３，７－ジメチル－１－オクチルオキシ）ベンゾイル］－２’－デオキシチミジン（６．４７ｇ，８．０３ｍｍｏｌ）を脱水ジクロロメタン（４０ｍｌ）に溶解させた。氷冷下、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（５．６０ｍｌ，３２．０ｍｍｏｌ）を加えた後、クロロ－２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト（２．３６ｍｌ，１０．０ｍｍｏｌ）のジクロロメタン（４０ｍｌ）溶液を２０分間かけて滴下した。反応液を室温で３０分間攪拌した後、減圧濃縮して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル，３％ｖ／ｖ　トリエチルアミン）で精製し、表題の化合物（７．３２ｇ，９１．０％）を白色固体として得た。
実施例７：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリノイル－Ｎ ３ －（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイルオキシ）メチル－２’－デオキシチミジンの合成
　アルゴン雰囲気下、炭酸カリウム（２．１０ｇ，１５．２ｍｍｏｌ）を懸濁させた脱水Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド（５０ｍｌ）に、調製例１９で合成した化合物（３．６５ｇ，１０．１ｍｍｏｌ）と５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－３’－Ｏ－レブリノイル－２’－デオキシチミジン（３．２５ｇ，５．０６ｍｍｏｌ）を溶解させた後、４０℃で２４時間攪拌した。反応液を濾過した後に水（５０ｍｌ）を加え、ジエチルエーテル（１００ｍｌ）で２回抽出した。有機層を水（１００ｍｌ）で洗浄した後、硫酸ナトリウムで乾燥後濾過し、減圧濃縮することで得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ジクロロメタン，１％ｖ／ｖ　トリエチルアミン）で精製し、表題の化合物（４．８０ｇ，９８％）を淡黄色の粘性固体として得た。
実施例８：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ３ －（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイルオキシ）メチル－２’－デオキシチミジンの合成
　実施例７で合成した化合物（４．８０ｇ，４．９６ｍｍｏｌ）をピリジン（４０ｍｌ）と酢酸（１０ｍｌ）の混合溶媒に溶解させた後、無水ヒドラジン（２４４μｌ，７．７１ｍｍｏｌ）を加えて室温で３０分間攪拌後、アセチルアセトン（１．０７ｍｌ，１０．３ｍｍｏｌ）を加えて室温で５分間攪拌した。ジエチルエーテル（１００ｍｌ）を加え、１０％硫酸水素カリウム水溶液（５０ｍｌ）、１０％炭酸水素ナトリウム水溶液（５０ｍｌ）、飽和食塩水（５０ｍｌ）で順次洗浄した後、有機層を濃縮することで表題の化合物（３．５８ｇ，８３．０％）を淡黄色の粘性固体として得た。
実施例９：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ３ －（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイルオキシ）メチル－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ＰＡ〕の合成
　アルゴン雰囲気下、脱水アセトニトリル（１０ｍｌ）で３回共沸した実施例８で合成した化合物（３．５８ｇ，４．１２ｍｍｏｌ）を脱水ジクロロメタン（２２ｍｌ）に溶解し、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（２．４９ｍｌ，１６．５ｍｍｏｌ）を滴下して加えた後、脱水ジクロロメタン（２２ｍｌ）に溶解したクロロ－２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト（１．１５ｍｌ，５．１５ｍｍｏｌ）を２０分間かけて滴下して加えた。室温で３０分間攪拌した後、減圧濃縮して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル＝８／２，３％ｖ／ｖ　トリエチルアミン）で精製し、表題の化合物（３．９０ｇ，８８．６％）を淡黄色の粘性固体として得た。
実施例１０：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ３ －（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイルオキシ）メチル－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ＰＡ〕の合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（１．００ｇ，１．３４ｍｍｏｌ）を脱水Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド（１５ｍｌ）に溶解させた後、炭酸カリウム（２７９ｍｇ，２．０２ｍｍｏｌ）と（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイルオキシ）メチルクロリド（９７０ｍｇ，２．６９ｍｍｏｌ）を加えて室温で１６時間攪拌した。反応液を濾過した後に水（２０ｍｌ）を加えてジエチルエーテル（５０ｍｌ）で抽出した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後濾過し、濾液を減圧濃縮して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（酢酸エチル／ヘキサン，３％ｖ／ｖ　トリエチルアミン）で精製し、表題の化合物（９２９ｍｇ，６５．０％）を薄黄色の粘性固体として得た。
実施例１１：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ２ －（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイル）－２’－デオキシグアノシン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＧ Ｐｈｙ －ＰＡ〕の合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシグアノシン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（１．５２ｇ，１．９８ｍｍｏｌ）を脱水テトラヒドロフラン（２０ｍｌ）に溶解させた後、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（６９６μｌ，４．００ｍｍｏｌ）を加え、調製例１８で合成した３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイルクロリド（９９３ｍｇ，３．００ｍｍｏｌ）を滴下して加えた。室温で１．５時間攪拌後、反応液を濃縮して得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ジクロロメタン／メタノール，１％ｖ／ｖ　トリエチルアミン）で精製し、表題の化合物（１．７３ｇ，８２．０％）を薄黄色の粘性固体として得た。
実施例１２：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ６ －（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカノイル）－２’－デオキシアデノシン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＡ Ｐｈｙ －ＰＡ〕の合成
　５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシアデノシン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（１．７６ｇ，２．３３ｍｍｏｌ）を用い、実施例１１と同様の方法に従い、表題の化合物（１．１２ｇ，４５．８％）を薄黄色の粘性固体として得た。
実施例１３：デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴＴ］－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　アルゴン雰囲気下、実施例２で合成した５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２０６ｍｇ，１２７μｍｏｌ）を脱水ヘプタン（６５０μｌ）と脱水トルエン（６５０μｌ）の混合溶媒に溶解させ、トリフルオロ酢酸（２６．０μｌ，３５０μｍｏｌ）、１Ｈ－ピロール（１７．５μｌ，２５４μｍｏｌ）を加えて５分間撹拌した。薄層クロマトグラフィーにより脱保護反応の終了を確認し、ピリジン（２８．３μｌ，３５０μｍｏｌ）、Ｎ－メチルイミダゾール（１３．９μｌ，１７５μｍｏｌ）を加えて５分間撹拌した。中和後の反応液に０．２５ｍｏｌ／ｌ　５－（ベンジルチオ）－１Ｈ－テトラゾール／アセトニトリル溶液（１．０ｍｌ）で溶解させた実施例１０で合成した化合物（２７１ｍｇ，２５４μｍｏｌ）を加えて１０分間撹拌した後、０．２ｍｏｌ／ｌ ヨウ素　ピリジン／テトラヒドロフラン／水＝４９／４９／２溶液（１．２７ｍｌ）を加えて５分間撹拌した。反応終了後の反応液にヘプタン（５．０ｍｌ）を加えて分層させて下層を抜き出した後、アセトニトリル（１．０ｍｌ）と水（８０μｌ）の混合溶液で洗浄し、得られた有機層を減圧濃縮することで表題の化合物（２９１ｍｇ，９９．５％）を粘性固体として得た。
（２）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例１３－（１）で合成した化合物（２９１ｍｇ，１２６μｍｏｌ）と実施例１０で合成した化合物（２７１ｍｇ，２５４μｍｏｌ）を用い、実施例１３－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（３６９ｍｇ，９８．０％）を粘性固体として得た。
（３）デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴＴ］－３’）の合成
　実施例１３－（２）で合成した化合物と、２８％アンモニア水溶液：４０％メチルアミン水溶液＝１：１の溶液（４．０ｍｌ）をオートクレーブにいれて６５℃で１６時間加熱した後、反応液を遠心エバポレーターで減圧濃縮した。Ｃ－１８逆相カートリッジカラムに吸着させた後、０．１ｍｏｌ／ｌ酢酸アンモニウム水溶液で洗浄し、２％トリフルオロ酢酸水溶液により、５’末端の水酸基に結合したジメトキシトリチル基を脱保護し、２０％アセトニトリル水溶液で溶出して表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ３０Ｈ４０Ｎ６Ｏ１９Ｐ２：８５０．２．Ｆｏｕｎｄ　８４９．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例１４：デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴＴ］－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ （４－Ｃｉｔ－Ｂｚ） －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２で合成した５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２０６ｍｇ，１２７μｍｏｌ）と実施例６で合成した化合物（２５６ｍｇ，２５４μｍｏｌ）を用い、実施例１３－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（２７３ｍｇ，９６．０％）を粘性固体として得た。
（２）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ （４－Ｃｉｔ－Ｂｚ） －ｄＴ （４－Ｃｉｔ－Ｂｚ） －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例１４－（１）で合成した化合物（２７３ｍｇ，１２２μｍｏｌ）と実施例６で合成した化合物（２５６ｍｇ，２５４μｍｏｌ）を用い、実施例１３－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（３３９ｍｇ，９７．５％）を粘性固体として得た。
（３）デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴＴ］－３’）の合成
　実施例１４－（２）で合成した化合物を用い、実施例１３－（３）と同様の方法に従い、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ３０Ｈ４０Ｎ６Ｏ１９Ｐ２：８５０．１８．Ｆｏｕｎｄ　８４９．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例１５：デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＡＡＴ］－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＡ Ｐｈｙ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　アルゴン雰囲気下、実施例２で合成した５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２１３ｍｇ，１３１μｍｏｌ）を脱水ヘプタン（７００μｌ）と脱水トルエン（７００μｌ）の混合溶媒に溶解させ、トリフルオロ酢酸（２８．０μｌ，３７７μｍｏｌ）、１Ｈ－ピロール（１８．１μｌ，２６２μｍｏｌ）を加えて５分間撹拌した。薄層クロマトグラフィーにより脱保護反応の終了を確認し、ピリジン（３０．５μｌ，３７７μｍｏｌ）、Ｎ－メチルイミダゾール（１５．０μｌ，１８９μｍｏｌ）を加えて５分間撹拌した。中和後の反応液に０．２５ｍｏｌ／ｌ　５－（ベンジルチオ）－１Ｈ－テトラゾール／アセトニトリル溶液（１．０ｍｌ）と脱水トルエン（３００μｌ）の混合溶媒で溶解させた実施例１２で合成した化合物（２７５ｍｇ，２６２μｍｏｌ）を加えて１０分間撹拌した後、５．７８ｍｏｌ／ｌ　ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド／ノナン溶液（４５．３μｌ）を加えて５分間撹拌した。反応終了後の反応液にヘプタン（４．０ｍｌ）を加えて分層させて下層を抜き出した後、アセトニトリル（１．０ｍｌ）と水（８０μｌ）の混合溶液で洗浄し、得られた有機層を減圧濃縮することで表題の化合物（３０１ｍｇ）を粘性固体として定量的に得た。
（２）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＡ Ｐｈｙ －ｄＡ Ｐｈｙ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例１５－（１）で合成した化合物（３０１ｍｇ，１３１μｍｏｌ）と実施例１２で合成した化合物（２７５ｍｇ，２６２μｍｏｌ）を用いて、実施例１５－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（３８７ｍｇ）を粘性固体として定量的に得た。
（３）デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＡＡＴ］－３’）の合成
　実施例１５－（２）で合成した化合物と、２８％アンモニア水溶液（４．０ｍｌ）をオートクレーブにいれて６５℃で１６時間加熱した後、反応液を遠心エバポレーターで減圧濃縮した。Ｃ－１８逆相カートリッジカラムに吸着させた後、０．１ｍｏｌ／ｌ酢酸アンモニウム水溶液で洗浄し、２％トリフルオロ酢酸水溶液により、５’末端の水酸基に結合したジメトキシトリチル基を脱保護し、２０％アセトニトリル水溶液で溶出して表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ３０Ｈ３８Ｎ１２Ｏ１５Ｐ２：８６８．２１．Ｆｏｕｎｄ　８６７．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例１６：デオキシグアノシニル－［３’→５’］－デオキシグアノシニル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＧＧＴ］－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＧ Ｐｈｙ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２で合成した５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２０１ｍｇ，１２４μｍｏｌ）と実施例１１で合成した化合物（２６６ｍｇ，２５０μｍｏｌ）を用いて、実施例１５－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（３０３ｍｇ）を粘性固体として定量的に得た。
（２）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＧ Ｐｈｙ －ｄＧ Ｐｈｙ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　アルゴン雰囲気下、実施例１６－（１）で合成した化合物（３０３ｍｇ，１２４μｍｏｌ）と実施例１１で合成した化合物（２６５ｍｇ，２４９μｍｏｌ）を用い、実施例１５－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（４００．０ｍｇ）を粘性固体として定量的に得た。
（３）デオキシグアノシニル－［３’→５’］－デオキシグアノシニル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＧＧＴ］－３’）の合成
　実施例１６－（２）で合成した化合物（２３．８ｍｇ，７．３７ｍｍｏｌ）を用い、実施例１５－（３）と同様の方法に従い、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ３０Ｈ３８Ｎ１２Ｏ１７Ｐ２：９００．２０．Ｆｏｕｎｄ　９００．８（Ｍ＋Ｈ）＋
実施例１７：デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＣＣＴ］－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ Ｐｈｙ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　アルゴン雰囲気下、実施例２で合成した５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２０３ｍｇ，１２５μｍｏｌ）と実施例３で合成した化合物（２６０ｍｇ，２５４μｍｏｌ）を用い、実施例１５－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（３６６．９ｍｇ）を粘性固体として定量的に得た。
（２）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ Ｐｈｙ －ｄＣ Ｐｈｙ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　アルゴン雰囲気下、実施例１７－（１）で合成した化合物（３６７ｍｇ，１２５μｍｏｌ）と実施例３で合成した化合物（２６２ｍｇ，２５６μｍｏｌ）を用い、実施例１５－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（３９４ｍｇ）を粘性固体として定量的に得た。
（３）デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＣＣＴ］－３’）の合成
　実施例１７－（２）で合成した化合物（２０．８ｍｇ，６．５９ｍｍｏｌ）を用い、実施例１３－（３）と同様の方法に従って、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ２８Ｈ３８Ｎ８Ｏ１７Ｐ２：８２０．２．Ｆｏｕｎｄ　８１９．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例１８：５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ ＰｈｙＯＭ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
（１）アルゴン雰囲気下、実施例２で合成した５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２０８ｍｇ，１２８μｍｏｌ）を脱水ヘプタン（６５０μｌ）と脱水トルエン（６５０μｌ）の混合溶媒に溶解させ、トリフルオロ酢酸（２６．０μｌ，３５０μｍｏｌ）、１Ｈ－ピロール（１７．７μｌ，２５６μｍｏｌ）を加えて５分間撹拌した。薄層クロマトグラフィーにより脱保護反応の終了を確認し、ピリジン（２８．３μｌ，３５０μｍｏｌ）、Ｎ－メチルイミダゾール（１３．９μｌ，１７５μｍｏｌ）を加えて５分間撹拌した。中和後の反応液に０．２５ｍｏｌ／ｌ　５－（ベンジルチオ）－１Ｈ－テトラゾール／アセトニトリル溶液（１．０ｍｌ）で溶解させた実施例９で合成した化合物（２７３ｍｇ，２５６μｍｏｌ）を加えて１０分間撹拌した後、５．７８ｍｏｌ／ｌ　ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド／ノナン溶液（３８３μｍｏｌ，６６．３μｌ）を加えて５分間撹拌した。反応終了後の反応液にヘプタン（３．０ｍｌ）を加えて分層させて下層を抜き出した後、アセトニトリル（１．０ｍｌ）と水（８０μｌ）の混合溶液で洗浄し、得られた有機層を減圧濃縮することで実施例１４－（１）で合成した化合物と同一化合物（２９１ｍｇ，９８．８％）を粘性固体として得た。
（２）同様の操作を１８回繰り返すことにより表題の化合物（１．６７ｇ，８９．６％）を橙色の固体として得た。
実施例１９：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －（２－エチル－１－ヘキサノイル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （２Ｅｔ－Ｈｅｘ） －ＰＡ〕の合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（２０．４ｇ，２８．０ｍｍｏｌ）をテトラヒドロフラン２００ｍｌに溶解し、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（７．４ｇ，５７．０ｍｍｏｌ）、２－エチル－１－ヘキサノイックアシッド無水物（１１．４ｇ，４２．０ｍｍｏｌ）を加えて室温で３日間撹拌した。反応終了後の反応液に酢酸エチルおよび水を加えて抽出した後、酢酸エチル層を５％炭酸水素ナトリウム水溶液、飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させた後、溶媒を減圧下留去して得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー精製（溶出液；１％トリエチルアミン含有の１０：１→１：１ヘプタン－酢酸エチル）し、表題の化合物（１５．９ｇ，６６．５％）を得た。
実施例２０：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －（３，５，５－トリメチル－１－ヘキサノイル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （３，５，５－Ｍｅ３Ｈｅｘ） －ＰＡ〕の合成
（１）Ｎ ４ －（３，５，５－トリメチル－１－ヘキサノイル）－２’－デオキシシチジンの合成
　２’－デオキシシチジン（２．３ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）を乾燥ピリジンに懸濁し、減圧濃縮を３回繰り返して共沸脱水した後、乾燥ピリジン６０ｍｌに再懸濁し、塩化トリメチルシリル（６．４ｍｌ、５０ｍｍｏｌ）を５分間かけて滴下した。その反応液に３，５，５－トリメチル－１－ヘキサノイルクロリド（９．５ｍｌ，５０．０ｍｍｏｌ）を５分間かけて加えた。反応終了後、氷冷下、アンモニア水を２５ｍｌ加え、２０分反応後、反応液を減圧濃縮した。濃縮液に水１５０ｍｌを加え、酢酸エチル１００ｍｌで３回抽出した有機層を濃縮して得られた油状物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製し、表題の化合物（４．７ｇ）を得た。
（２）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －（３，５，５－トリメチル－１－ヘキサノイル）－２’－デオキシシチジンの合成
　実施例２０－（１）で得た化合物（４．７ｇ）を乾燥ピリジンに溶解し、減圧濃縮を３回繰り返して共沸脱水した後、乾燥ピリジン４０ｍｌに溶解し、４，４’－ジメトキシトリチルクロリド（３．８ｇ、１１．０ｍｍｏｌ）を加え３０分間撹拌した。反応液に水１００ｍｌを加え、酢酸エチル１００ｍｌで３回抽出した。有機層を更に水で洗浄した後、減圧濃縮して得た油状物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製し、表題の化合物（５．２ｇ，７７．３％）を得た。
（３）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －（３，５，５－トリメチル－１－ヘキサノイル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （３，５，５－Ｍｅ３Ｈｅｘ） －ＰＡ〕の合成
　実施例２０－（２）で得た化合物を乾燥アセトニトリル５ｍｌに溶解し、減圧濃縮を３回繰り返して共沸脱水した後、乾燥ジクロロメタン３０ｍｌに溶解し、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（５．４ｍｌ，３０．９ｍｍｏｌ）を５分かけて滴下し、クロロ－２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト（２．２ｍｌ，９．７ｍｍｏｌ）のジクロロメタン（３０ｍｌ）溶液を１５分かけて滴下した。室温で３０分反応した後、反応液を減圧濃縮して得られた油状物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ジクロロメタン／メタノール／トリエチルアミン＝９４／３／３）で精製し、目的物を含むフラクションを濃縮乾固して表題化合物（３．７ｇ，５５．３％）を白色固体として得た。
実施例２１：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －（２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ） －ＰＡ〕の合成
　実施例１９記載の方法に従い、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（２５．６ｇ，３５．１ｍｍｏｌ）から、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルクロリド（１６．５ｇ，５４．５ｍｍｏｌ）をアシル化剤として用いて、表題の化合物（１６．５ｇ，４７．３％）を調製した。
実施例２２：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －（２－ヘプチル－１－ウンデカノイル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ＰＡ〕の合成
　実施例１９記載の方法に従い、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（１．８ｇ，２．５ｍｍｏｌ）に、２－ヘプチル－１－ウンデカノイックアシッド無水物（２．１ｇ，３．８ｍｍｏｌ）をアシル化剤として反応させた。反応の進行が遅いことから、改めて２－ヘプチル－１－ウンデカノイルクロリド（１．２ｇ，３．８ｍｍｏｌ）をアシル化剤として加え、３０分反応させた。反応終了後、クロロホルムで抽出し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した有機層を濃縮し、シリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製し、表題の化合物（１．７ｇ，６７．５％）を調製した。
実施例２３：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －（２－ヘキシル－１－デカノイル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （２－ＨｅｘＤｅｃａｎｏｙｌ） －ＰＡ〕の合成
　実施例１９記載の方法に従い、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（２０．２ｇ，２８．０ｍｍｏｌ）から、２－ヘキシル－１－デカノイルクロリド（１１．４ｇ，４１．０ｍｍｏｌ）をアシル化剤として用いることで表題の化合物（１２．６ｇ，４７．０％）を調製した。
実施例２４：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ４ －ｎ－テトラデカノイル－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ Ｍｙｒ －ＰＡ〕の合成
　実施例１９記載の方法に従い、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシシチジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（２．０ｇ，２．７ｍｍｏｌ）から、対応するテトラデカノイルクロリド（７５１ｍｇ，３．０ｍｍｏｌ）をアシル化剤として用いることで表題の化合物（１．３ｇ，４９．２％）を調製した。
実施例２５：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ２ －［ビス（３，７－ジメチル－オクチル）アミノ－メチレン］－２’－デオキシグアノシン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］〔５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＧ （Ｎ，Ｎ－Ｃｉｔ２－ｍｅｔｈｙｌｅｎｅ） －ＰＡ〕の合成
　調製例２２で得た５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシグアノシン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］（１．０ｇ，１．３ｍｍｏｌ）を乾燥ピリジンに懸濁して減圧濃縮を２回繰り返し、更にトルエンに溶解、減圧濃縮して、共沸脱水した。その後、乾燥メタノール（２．６ｍｌ）中で、調製例２３で合成した化合物と終夜反応させ、減圧濃縮して得た油状物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製し、表題化合物（１８４ｍｇ、１３．１％）を得た。
実施例２６：ｄＡ Ｂｚ －ｄＣ Ｂｚ －ｄＡ Ｂｚ －ｄＴ－ｄＧ ｉｂｕ －ｄＣ Ｂｚ －ｄＡ Ｂｚ －ｄＴ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
（１）ｄＴ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２２５ｍｇ，１３９μｍｏｌ）を脱水シクロペンチルメチルエーテル（１．０ｍｌ）に溶解させ、１Ｈ－ピロール（９．６μｌ，１３９μｍｏｌ）を加えて、更に別途調製したトリフルオロメタンスルホン酸（２４．４μｌ，２．７８μｍｏｌ）のシクロペンチルメチルエーテル溶液（２．０ｍｌ）を２０μｌ加え、室温で１０分間撹拌した。薄層クロマトグラフィーにより脱保護反応の終了を確認し、０．２ｍｏｌ／ｌＮ－メチルイミダゾールのシクロペンチルメチルエーテル溶液（１４．０μｌ，１７６μｍｏｌ）を加えて中和後、０．３ｍｏｌ／ｌ　４，５－ジシアノイミダゾール／アセトニトリル溶液で溶解させたｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２０７ｍｇ，２７８μｍｏｌ）を加えて１０分間撹拌した。その後の反応液に、ｐＨ６．８のリン酸バッファー（１．０ｍｌ）、過酸化水素水（４７μｌ，４１７μｍｏｌ）、ヨウ化カリウム（２３．１ｍｇ，１３９μｍｏｌ）を加えて１５分間撹拌した。反応液を１０％チオ硫酸ナトリウム水溶液で洗浄して得た有機層に１Ｈ－ピロール（９．６μｌ，１３９μｍｏｌ）、トリフルオロ酢酸（２０６μｌ，２．８ｍｍｏｌ）を加え１０分間撹拌し、有機層を１０％硫酸水素カリウム水溶液、１０％炭酸水素ナトリウム水溶液、食塩水で洗浄した。得られた有機層を減圧濃縮することで表題の化合物（３１６ｍｇ）を粘性固体として定量的に得た。
（２）ｄＡ Ｂｚ －ｄＴ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２６－（１）で得られた化合物（３１６ｍｇ）をジクロロメタン（２．０ｍｌ）に溶解し、０．３ｍｏｌ／ｌ　４，５－ジシアノイミダゾール／アセトニトリル溶液で溶解させたｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ６－ベンゾイル－２’－デオキシアデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２３９ｍｇ，２７８μｍｏｌ）を加えて１０分間撹拌した。その後の反応液に、ｐＨ６．８のリン酸バッファー（１．０ｍｌ）、ヨウ化カリウム（２０．０ｍｇ，９７．４μｍｏｌ）、過酸化水素水（１６．０μｌ，１３９μｍｏｌ）を加えて１５分間撹拌した。反応液を１０％チオ硫酸ナトリウム水溶液で洗浄して得た有機層に１Ｈ－ピロール（９．６μｌ，１３９μｍｏｌ）、トリフルオロ酢酸（２０６μｌ，２．８ｍｍｏｌ）を加え１０分間撹拌し、有機層を１０％硫酸水素カリウム水溶液、１０％炭酸水素ナトリウム水溶液、食塩水で洗浄した。得られた有機層を減圧濃縮することで表題の化合物（４４２ｍｇ）を粘性固体として定量的に得た。
（３）ｄＡ Ｂｚ －ｄＣ Ｂｚ －ｄＡ Ｂｚ －ｄＴ－ｄＧ ｉｂｕ －ｄＣ Ｂｚ －ｄＡ Ｂｚ －ｄＴ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２６－（２）記載の方法を繰り返すことにより表題の化合物を合成した。
実施例２７：５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （２Ｅｔ－Ｈｅｘ） －ｄＣ （２Ｅｔ－Ｈｅｘ） －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
（１）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （２Ｅｔ－Ｈｅｘ） －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２０７ｍｇ，１２７μｍｏｌ）と実施例１９で合成したホスホロアミダイトモノマー（３３６ｍｇ，３９３μｍｏｌ）を用い、実施例１５－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（２２６ｍｇ，８４．９％）を粘性固体として得た。
（２）５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （２Ｅｔ－Ｈｅｘ） －ｄＣ （２Ｅｔ－Ｈｅｘ） －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２７－（１）と同様の条件で、更に実施例１９で合成したホスホロアミダイトモノマーを用いてシチジン誘導体を伸長し、表題の化合物（２４９ｍｇ，９０．０％）を得た。
薄層クロマトグラフィー：Ｒｆ０．１８（展開溶媒＝酢酸エチル）
実施例２８：５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （３，５，５－Ｍｅ３Ｈｅｘ） －ｄＣ （３，５，５－Ｍｅ３Ｈｅｘ） －ｄＣ （３，５，５－Ｍｅ３Ｈｅｘ） －ｄＣ （３，５，５－Ｍｅ３Ｈｅｘ） －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２７に記載の方法に基づき、５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（１９８．６ｍｇ，１２２μｍｏｌ）から実施例２０記載のホスホロアミダイトモノマーを用いてシチジン誘導体の伸長を４回繰り返し、表題化合物（３１４ｍｇ，７２．２％）を得た。
薄層クロマトグラフィー：Ｒｆ０．２１（展開溶媒＝トルエン／アセトニトリル＝９／１（ｖ／ｖ））
実施例２９：５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （２－ＨｅｐＵｎｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２７に記載の方法に基づき、５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２０３ｍｇ，１２５μｍｏｌ）から実施例２２記載のホスホロアミダイトモノマーを用いてシチジン誘導体の伸長を９回繰り返し、表題化合物（２１０ｍｇ、４９．１％）を得た。
薄層クロマトグラフィー：Ｒｆ０．１３（展開溶媒＝酢酸エチル）
実施例３０：５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ Ｍｙｒ －ｄＣ Ｍｙｒ －ｄＣ Ｍｙｒ －ｄＣ Ｍｙｒ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２７に記載の方法に基づき、５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（１０２ｍｇ，６３．１μｍｏｌ）から実施例２４記載のホスホロアミダイトモノマーを用いてシチジン誘導体の伸長を４回繰り返し、表題化合物（１９９ｍｇ、８２．２％）を得た。
薄層クロマトグラフィー：Ｒｆ０．１４（展開溶媒＝酢酸エチル）
実施例３１：５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ （Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ （Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ） －ｄＣ Ｐｈｙ －ｄＣ Ｐｈｙ －ｄＣ Ｐｈｙ －ｄＣ Ｐｈｙ －ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢの合成
　実施例２７に記載の方法に基づき、５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢ（２１０ｍｇ，１２９μｍｏｌ）から５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣＰｈｙ－ＰＡを用いてシチジン誘導体の伸長を４回繰り返し、５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣＰｈｙ－ｄＣＰｈｙ－ｄＣＰｈｙ－ｄＣＰｈｙ－ｄＴ－ｓｕｃ－ＮＨ－ＴＰＢを得た（５３４ｍｇ，９７．９％）。更に、実施例２７に記載の方法に基づき、実施例２１に記載の５’－Ｏ－ＤＭＴｒ－ｄＣ（Ｍｅ６Ｄｏｄｅｃａｎｏｙｌ）－ＰＡを用いてシチジン誘導体を５回伸長し、表題の化合物（５９８ｍｇ，６４．６％）を得た。
実施例３２：２’－デオキシシチジン－［３’→５’］ －２’－デオキシシチジン－［３’→５’］－２’－デオキシシチジン－［３’→５’］ －２’－デオキシシチジン－［３’→５’］ －２’－デオキシシチジン－［３’→５’］ －デオキシシチジン－［３’→５’］ －２’－デオキシシチジン－［３’→５’］－２’－デオキシシチジン－［３’→５’］ －２’－デオキシシチジン－［３’→５’］ －２’－デオキシチミジン〔５’－ｄ（ＣＣＣＣＣＣＣＣＣＴ）－３’〕の合成
　実施例３１で合成した化合物（２０．０ｍｇ，２．８μｍｏｌ）に４０％メチルアミン水溶液（２．０ｍｌ）および２８％アンモニア水（２．０ｍｌ）を加えてオートクレーブ中、６５℃で１時間反応した。反応液を遠心エバポレーターで減圧濃縮し、Ｃ－１８逆相カートリッジカラムに吸着させた後、０．１ｍｏｌ／ｌ酢酸アンモニウム水溶液で洗浄し、２％トリフルオロ酢酸水溶液により、５’末端の水酸基に結合したジメトキシトリチル基を脱保護し、２０％アセトニトリル水溶液で溶出して表題の化合物を得た。
ＩＥＸ－ＨＰＬＣ（ＤＮＡ　Ｐａｃ　ＰＡ２００（４×２５０ｍｍ）），ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１ｍｌ／ｍｉｎ，　ｅｌｕｅｎｔ　Ａ　２０ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．５），ｅｌｕｅｎｔ　Ｂ　４００ｍＭ　ＮａＣｌＯ４／２０ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．５），　ｇｒａｄｉｅｎｔ　２０％　ｔｏ　７０％　ｆｏｒ　３０ｍｉｎ，　λ＝２６０ｎｍ：　ＲＴ＝６．６８ｍｉｎ（９４．０ａｒｅａ％）
ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ／ＭＳ：２８４３．８７［Ｍ－Ｈ］－
実施例３３：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートの合成
　５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－スクシネートのトリエチルアミン塩（３．５２ｇ，４．６３ｍｍｏｌ）、調製例２４で得た２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミン（２．９２ｇ，２．７３ｍｍｏｌ）を用い、実施例１－（２）と同様の方法に従い、反応溶液の濾液を得た。該濾液を減圧濃縮して得たオイルをシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝７５：２５～５０／５０（ｖ／ｖ），３％トリエチルアミンを含む）で精製し、表題の化合物（３．６０ｇ，７７．６％）を油状物として得た。
実施例３４：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートの合成
　５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－スクシネートのトリエチルアミン塩（２．８８ｇ，３．７９ｍｍｏｌ）、調製例２５で得た４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリルアミン（１．７３ｇ，２．２３ｍｍｏｌ）を用い、実施例１－（２）と同様の方法に従い、反応溶液の濾液を得た。該濾液を減圧濃縮して得たオイルをシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝１００：０～３０／７０（ｖ／ｖ），３％トリエチルアミンを含む）で精製し、表題の化合物（１．８７ｇ，５９．８％）を油状物として得た。
実施例３５：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］スクシナメートの合成
　５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－スクシネートのトリエチルアミン塩（２．８４ｇ，３．７４ｍｍｏｌ）、調製例２６で得た３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミン（１．５４ｇ，２．２０ｍｏｌ）を用い、実施例１－（２）と同様の方法に従い、反応溶液の濾液を得た。該濾液を減圧濃縮して得たオイルをシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝９０：１０～２０／８０（ｖ／ｖ），１％トリエチルアミンを含む）で精製し、表題の化合物（０．９７ｇ，３３％）を油状物として得た。
実施例３６：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートを用いた２’－デオキシチミジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴ］－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートの合成

　実施例３３で合成した化合物（１９９．０ｍｇ，１１７．１μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト試薬（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２２３．８ｍｇ，０．３０ｍｍｏｌ）を用い、実施例１８－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（２１３．８ｍｇ，８８．１％）を粘性油状物として得た。
（２）２’－デオキシチミジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴ］－３’）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000073
　実施例３６－（１）で合成した化合物（約５０ｍｇ）に２８％アンモニア水溶液：４０％メチルアミン水溶液＝１：１（ｖ／ｖ）の混合液（５．０ｍｌ）を加え、室温にて１時間インキュベートした。反応液を遠心エバポレータで濃縮し、得られた粗生成物をＣ－１８逆相カートリッジカラムに吸着させた後、０．１ｍｏｌ／ｌ酢酸アンモニウム水溶液で洗浄し、２％トリフルオロ酢酸水溶液により５’末端の水酸基に結合したジメトキシトリチル基を脱保護し、２０％アセトニトリル水溶液で溶出して表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ２０Ｈ２７Ｎ４Ｏ１２Ｐ：５４６．１２　　Ｆｏｕｎｄ　５４５．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例３７：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートを用いた２’－メトキシウリジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－Ｕ（Ｍ）ｄＴ－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－メトキシウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートの合成

　実施例３３で合成した化合物（２００．４ｍｇ，１１７．９μｍｏｌ）と２’－ＯＭｅ－Ｕ－ＣＥ　ホスホロアミダイト試薬（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－メトキシウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２２２．３ｍｇ，０．３０ｍｍｏｌ）を用い、実施例１８－（１）と同様の用法に従い、表題の化合物（２１９．１ｍｇ，８９．２％）を粘性油状物として得た。
（２）２’－メトキシウリジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－Ｕ（Ｍ）ｄＴ－３’）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000074
実施例３７－（１）で合成した化合物（約５０ｍｇ）を用い、実施例３６－（２）と同様の方法に従い、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ２０Ｈ２７Ｎ４Ｏ１３Ｐ：５６２．１３　　Ｆｏｕｎｄ　５６１．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例３８：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートを用いた２’－デオキシチミジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴ］－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートの合成

　実施例３４で合成した化合物（２００．１ｍｇ，０．１４ｍｍｏｌ）と２’－ｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト試薬（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２６７．３ｍｇ，０．３６ｍｍｏｌ）を用い、実施例１８－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（１５４．３ｍｇ，６１．０％）を粘性油状物として得た。
（２）２’－デオキシチミジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴ］－３’）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000075
　実施例３８－（１）で合成した化合物（約５０ｍｇ）を用い、実施例３６－（２）と同様の方法に従い、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ２０Ｈ２７Ｎ４Ｏ１２Ｐ：５４６．１２　　Ｆｏｕｎｄ　５４５．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例３９：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートを用いた２’－メトキシウリジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－Ｕ（Ｍ）ｄＴ－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－メトキシウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［４，４’－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメートの合成

　実施例３４で合成した化合物（２０１．７ｍｇ，０．１４ｍｍｏｌ）と２’－ＯＭｅ－Ｕ－ＣＥ　ホスホロアミダイト試薬（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－メトキシウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２７８．９ｍｇ，０．３７ｍｍｏｌ）を用い、実施例１８－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（１３７．３ｍｇ，５３．３％）を粘性油状物として得た。
（２）２’－メトキシウリジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－Ｕ（Ｍ）ｄＴ－３’）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000076
　実施例３９－（１）で合成した化合物（約５０ｍｇ）を用い、実施例３６－（２）と同様の方法に従い、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ２０Ｈ２７Ｎ４Ｏ１３Ｐ：５６２．１３　　Ｆｏｕｎｄ　５６１．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例４０：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］スクシナメートを用いた２’－デオキシチミジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴ］－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，５－ビス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］スクシナメートの合成

　実施例３５で合成した化合物（１９６．７ｍｇ，０．１５ｍｍｏｌ）と２’－ｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト試薬（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２８８．２ｍｇ，０．３９ｍｍｏｌ）を用い、実施例１８－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（７６．７ｍｇ，３０．５％）を粘性油状物として得た。
（２）２’－デオキシチミジニル－［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－ｄ［ＴＴ］－３’）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000077
　実施例４０－（１）で合成した化合物（約５０ｍｇ）を用い、実施例３６－（２）と同様の方法に従い、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ２０Ｈ２７Ｎ４Ｏ１２Ｐ：５４６．１２　　Ｆｏｕｎｄ　５４５．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例４１：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，４，５－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］スクシナメートを用いた２’－デオキシ－２’－フルオロウリジニル［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－Ｕ（Ｆ）ｄＴ－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシ－２’－フルオロウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，４，５－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］スクシナメートの合成

　実施例２で合成した化合物（２０２．４ｍｇ，０．１３ｍｍｏｌ）と調製例２７で得た２’－Ｆ－Ｕ－ＣＥ　ホスホロアミダイト試薬（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシ－２’－フルオロウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２９１．５ｍｇ，０．３９ｍｍｏｌ）を用い、実施例１８－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（１９８．９ｍｇ，７８．８％）を粘性油状物として得た。
（２）２’－デオキシ－２’－フルオロウリジニル［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－Ｕ（Ｆ）ｄＴ－３’）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000078
　実施例４１－（１）で合成した化合物（約５０ｍｇ）実施例３６－（２）と同様の方法に従い、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ１９Ｈ２４ＦＮ４Ｏ１２Ｐ：５５０．１１　Ｆｏｕｎｄ　５４９．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例４２：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，４，５－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］スクシナメートを用いた２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジニル［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－（ＬＮＡ）ＴｄＴ－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，４，５－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］スクシナメートの合成

　実施例２で合成した化合物（１９７．８ｍｇ，０．１３ｍｍｏｌ）とＬＮＡ－Ｔ－ＣＥ　ホスホロアミダイト試薬（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（２５０．７ｍｇ，０．３２ｍｍｏｌ）を用い、実施例１８－（１）と同様の方法に従い、表題の化合物（２２０．３ｍｇ，８８．３％）を粘性油状物として得た。
（２）２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジニル［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－（ＬＮＡ）ＴｄＴ－３’）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000079
　実施例４２－（１）で合成した化合物（約５０ｍｇ）に対して、２８％アンモニア水溶液に１０％（ｖ／ｖ）ｔｅｒｔ－ブチルアミンを溶解した溶液（５．０ｍｌ）を加え、オートクレーブ中で６５℃に加熱し終夜反応させた。反応液を遠心エバポレータで濃縮し、得られた粗生成物をＣ－１８逆相カートリッジカラムに吸着させた後、０．１ｍｏｌ／ｌ酢酸アンモニウム水溶液で洗浄し、２％トリフルオロ酢酸水溶液により５’末端の水酸基に結合したジメトキシトリチル基を脱保護し、２０％アセトニトリル水溶液で溶出して表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ２１Ｈ２７Ｎ４Ｏ１３Ｐ：５７４．１３　Ｆｏｕｎｄ　５７３．１（Ｍ－Ｈ）－
実施例４３：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ３ －［４－（２，３-ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾイル］－２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］の合成
（１）４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾイックアシッドの合成
　調製例２０と同様の方法に従い、調製例２に記載の２，３－ジヒドロフィチルブロミドおよびメチル（４－ヒドロキシ）ベンゾエートを用いて表題化合物を調製した。
１Ｈ－ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：δ０．８３－０．９８（ｍ，１５Ｈ），１．０１－１．９２（ｍ，２４Ｈ），４．０１－４．１２（ｍ，２Ｈ），６．９１－６．９６（ｍ，２Ｈ），８．０３－８．０８（ｍ，２Ｈ）
（２）４－（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾイルクロリドの合成
　上記実施例４３－（１）で調製したベンゾイックアシッド化合物を実施例４－（１）と同様の方法に従い、対応する酸クロリドへ変換し、油状化合物として得た。本化合物はそのまま次工程に使用した。
（３）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ ３ －［４－（２，３-ジヒドロフィチルオキシ）ベンゾイル］－２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジン－３’－Ｏ－［（２－シアノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト］の合成
　市販のＬＮＡ－Ｔ－ＣＥ　ホスホロアミダイト試薬（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト）（７０１．７ｍｇ，０．９１ｍｍｏｌ）を脱水ピリジン（５．０ｍｌ）に溶解した後減圧濃縮する操作を３回繰り返し、付着水を共沸脱水した。その後、アルゴン雰囲気下、脱水ピリジン（８．０ｍｌ）を加えて溶解し、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（０．１７ｍｌ，１．１２ｍｍｏｌ）および上記実施例４２-(２)で調製した酸クロリド（０．６ｇ，１．３６ｍｍｏｌ）を加えて室温にて９時間撹拌した。反応液に酢酸エチル（５０ｍｌ）および水（１０ｍl）を加えて分層し、有機層を１０％炭酸水素ナトリウム水溶液で３回、２０％食塩水で１回洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過した濾液を濃縮して得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン：酢酸エチル＝１００：０～３０：７０，１％トリエチルアミン含む）で精製し、目的のフラクションを集めて濃縮、濃縮残渣をトルエンを用いて共沸し、乾固することで表題化合物（０．７７ｇ，６５．５％）を得た。
実施例４４：２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジニル［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－（ＬＮＡ）ＴｄＴ－３’）の合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［３，４，５－トリス（２，３－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］スクシナメートの合成
　実施例２で合成した化合物（２００ｍｇ，０．１２ｍｍｏｌ）および実施例４３で合成したホスホロアミダイトモノマー（３６２ｍｇ，０．３１ｍｍｏｌ）を用い、実施例１８－（１）と同様の方法に従い、表題化合物（２９５ｍｇ，９９．４％）を合成した。
（２）２’－Ｏ，４’－Ｃ－メチレンチミジニル［３’→５’］－２’－デオキシチミジン（５’－（ＬＮＡ）ＴｄＴ－３’）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000080
　実施例４４－（１）で合成した化合物（約２０ｍｇ）を実施例３２と同様の方法に従って処理し、脱保護およびアンカーからの切出しを行って、表題の化合物を得た。
ｍ／ｚ（ＥＳＩ－ＭＳ）：Ａｎａｌ．Ｃａｌｃ．ｆｏｒ　Ｃ２１Ｈ２７Ｎ４Ｏ１３Ｐ：５７４．１３　Ｆｏｕｎｄ　５７３．１（Ｍ－Ｈ）－
比較例１　５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－Ｎ ２ －イソブチリル－２’－デオキシグアノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－Ｎ ４ －ベンゾイル－２’－デオキシシチジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－Ｎ ６ －ベンゾイル－２’－デオキシアデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－２’－デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジル］スクシネートの合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジル］スクシネート（５０９ｍｇ，３１３μｍｏｌ）を脱水ヘプタン（３．６ｍｌ）と脱水トルエン（３．６ｍｌ）の混合溶媒に溶解させ、トリフルオロ酢酸（２７９μｌ，３．７６ｍｍｏｌ）、１Ｈ－ピロール（２１７μｌ，３．１３ｍｍｏｌ）を加えて１５分間撹拌した。薄層クロマトグラフィーにより脱保護反応の終了を確認し、アセトニトリル（１．２ｍｌ）、ピリジン（３０４μｌ，３．７６ｍｍｏｌ）およびＮ－メチルイミダゾール（１４９μｌ，１．８８ｍｍｏｌ）を加えて５分間撹拌した。中和後の反応液に５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－（２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロアミダイト）（４６６ｍｇ、６２６μｍｏｌ）のアセトニトリル溶液（１．２ｍｌ）を加えて１時間撹拌した後、２，６－ルチジン（３５０μｌ）、Ｎ－メチルイミダゾール（３５０μｌ）、無水酢酸（３５０μｌ）を加えて５分間撹拌し、１．０Ｍ　ヨウ素　ピリジン／ＴＨＦ／Ｈ２Ｏ溶液（１．２５ｍｌ）を加えて室温で１０分間攪拌した。反応終了後の反応液にヘプタン（７．２ｍｌ）および水（４８０μｌ）を加えて分層させて下層を抜き出した後、更にヘプタン層を含水アセトニトリルで洗浄し、得られた有機層を減圧濃縮することで、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（３，７，１１，１５－テトラメチル－１－ヘキサデカニルオキシ）ベンジル］スクシネート（６２０ｍｇ，９９．８％）を得た。
　目的物の核酸塩基配列に従って、相当する市販のホスホロアミダイトモノマーを用いて同様の操作を回繰り返すことにより表題の化合物を合成した。デオキシグアノシンを伸長したところで生成物の脂溶性が不十分となり、抽出操作後の収率が９０％に低下した。また、更にデオキシチミジンを伸長させる際にヘプタン／トルエン混合溶媒へ溶解しきらず、反応、抽出後の収率は８５％に低下した。下表に各段階で使用したホスホロアミダイトモノマーと収率を記した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000081
比較例２：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－（３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル）スクシナメートの合成
（１）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－スクシネートの合成
　アルゴン雰囲気下、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン（５．００ｇ，９．１８ｍｍｏｌ）、コハク酸無水物（１．３８ｇ，１３．８ｍｍｏｌ）、トリエチルアミン（３．８５ｍＬ，２７．５ｍｍｏｌ）をジクロロメタン（９５ｍＬ）に溶解して室温で８時間攪拌した。薄層クロマトグラフィーで反応の完結を確認した後、２．０Ｍ　リン酸－トリエチルアミン　バッファー（ｐＨ　７．５０）で３回分液洗浄した後、有機層を減圧留去し、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）デオキシチミジン－３’－Ｏ－スクシネートのトリエチルアミン塩（７．０２ｇ，９８％）を無色の泡状固体として得た。
（２）５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－（３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル）スクシナメートの合成
　５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－デオキシチミジン－３’－Ｏ－スクシネートのトリエチルアミン塩（１．４５ｇ，１．９４ｍｍｏｌ）、３，４，５－トリス(オクタデシルオキシ)ベンジルアミン（１．０２ｇ，１．１０ｍｍｏｌ）を脱水ジクロロメタン（１５ｍＬ）に溶解させ、２－（１Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－イル）１，１，３，３－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート［ＨＢＴＵ］（２．５３ｇ，６．６０ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（１．１７ｍＬ、６．６０ｍｍｏｌ）を加えて室温で１時間撹拌した。薄層クロマトグラフィーにて原料の消失を確認した後、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液、飽和食塩水で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後に濾過し、濾液を減圧濃縮した。濃縮液にメタノールを添加後、濾過して得られた固体をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ジクロロメタン／メタノール，１％ｖ／ｖ　トリエチルアミン）で精製し表題の化合物（１．２２ｇ，７２．４％）を白色固体として得た。
　以下、表２～表１３に、調製例１～２７、実施例１、２、４～１２、１９～２５、３３～３５、４３、比較例２で製造された化合物構造式と化合物データを記載する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000082
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000083
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000084
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000085
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000086
  
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000087
  
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000088
  
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000089
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000090
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000091
  
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000092
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000093
試験例１：３’位水酸基保護ヌクレオシドの溶解度試験
　本発明を代表する化合物である、５’位水酸基がジメトキシトリチル基で保護され、３’位水酸基が分岐鎖含有芳香族保護基で保護されたチミジン（実施例２）と、その比較対象としての５’位水酸基がジメトキシトリチル基で保護され、３’位水酸基が対応する直鎖構造を含有する基で保護されたチミジン（比較例２）の下記表２に示す２０℃における溶解度（＝溶質／（溶媒＋溶質）×１００）（質量％）を測定した。
［溶解度測定方法］
１）溶媒１００質量部に、溶質１００質量部を添加し、２０℃で飽和させた。
２）目視で、溶質が残存している場合には、上澄液を下記ＨＰＬＣ条件で定量分析し、濃度を決定し、溶解度（＝溶質／（溶媒＋溶質）×１００）（質量％）とした。
３）目視で、溶質が残存していない場合には、＞５０質量％とした。
［ＨＰＬＣ分析条件］
使用機器：日立高速液体クロマトグラフィーＬａＣｈｒｏｍ　Ｅｌｉｔｅ　Ｌ－２０００シリーズ
カラム：ＹＭＣ－ＰＡＣＫ　５μｍ　１５０×４．６ｍｍ
カラム温度：４０℃
溶離液：ＴＨＦ／ＣＨ３ＣＮ／Ｈ２Ｏ
流速：１．０ｍｌ／ｍｉｎ
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000094
　本発明の反応溶媒、抽出溶媒に好適に使用され、最も代表的な非極性溶媒であるヘプタン、並びにヘプタンに極性の異なる非極性溶媒であるトルエン、極性溶媒であるアセトニトリルを適宜混合した溶媒に対して、公知のヌクレオチド３’－水酸基の保護基（特開２０１０－２７５２５４号公報記載）に類似する直鎖構造を有する基で保護されたヌクレオシドに比較して、ヌクレオシド３’位水酸基が分岐鎖含有芳香族保護基で保護された分岐鎖含有芳香族保護ヌクレオシドは、顕著な溶解度を示すことが分かった。
　本発明の特定の塩基部保護オリゴヌクレオチドにより、効率的かつ高収率に、液－液抽出操作で精製可能な、ホスホロアミダイト法によるオリゴヌクレオチド製造方法を提供できるようになった。
　本発明の塩基部保護オリゴヌクレオチドを用いることにより、ヌクレオチド伸長反応の各工程で得られる中間体のオリゴヌクレオチドの脂溶性及び有機溶媒（特に、非極性溶媒）に対する溶解性が格段に向上し、抽出操作のみで単離精製が可能となるため、固化単離などの煩雑で時間を要する操作を必要とせず、スピードが向上し、高重合度のオリゴヌクレオチド合成の効率性・生産性が格段に向上する。
　さらに、（１）一時保護基で保護された５’末端水酸基の脱保護工程、（２）塩基部保護オリゴヌクレオチド添加による５’末端への伸長工程、および（３）ホスファイトトリエステル部位の酸化工程または硫化工程を含むヌクレオチド伸長反応に、本発明の脂溶性及び有機溶媒（特に、非極性溶媒）に対する溶解性が付与された塩基部保護（オリゴ）ヌクレオチドを用いて、一時保護基で保護された５’末端水酸基の脱保護反応中または脱保護反応後に特定のカチオン捕捉剤を添加すること、脱保護反応終了後に中和処理を施すこと、および酸化工程または硫化工程で特定の酸化剤または硫化剤を使用することにより、工程（１）、（２）及び（３）を液中で行うことが可能になり、ヌクレオチドが伸長したオリゴヌクレオチドを抽出操作のみで単離精製できるため、反応装置から生成物を取り出すことなく、次サイクルの伸長反応に繋げることができ、ワンポットでオリゴヌクレオチドの製造が連絡的に行えるようになった。
　また、本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法は、従来の液相法に比べても、オリゴヌクレオチドの配列および鎖長によらず、非極性溶媒中に安定的に溶解・移行させられるため、工程上では単離・精製工程を簡便化でき、総合的には高純度・高収率を確保できるという利点を有する。
　本出願は、日本で出願された特願２０１２－０３３４２９及び特願２０１２－２５４７１８を基礎としており、その内容は本明細書にすべて包含されるものである。

Claims (21)

  1. 　一般式（Ｉ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
     （式中、ｑは、０以上の任意の整数を示し；

    ｑ＋１個のＢａｓｅ２は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている核酸塩基を示し；
    Ｐ１は、水素原子、または酸性条件下で除去可能な一時保護基を示し；
    Ｘは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
    ｑ個のＸ’は、独立してそれぞれ、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
    ｑ＋１個のＰ２は、独立してそれぞれ、塩基性条件下で除去可能な保護基を示し；
    ｑ個のＲ３４は、独立してそれぞれ、酸素原子もしくは硫黄原子を示し；
    Ｒｅ及びＲｆは、独立してそれぞれ、Ｃ１－６アルキル基を示すか、または隣接する窒素原子と一緒になって形成する、５または６員の飽和環状アミノ基を示す。）
    で表される、塩基部保護オリゴヌクレオチド。
  2. 　ｑが０である、請求項１記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
  3. 　Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基が、
    式（ｋ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
     （式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
    Ｒ２７は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）
    で表される基、
    式（ｌ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
     （式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
    Ｑ１は、－Ｏ－、－Ｓ－または－ＮＲ３０－（式中、Ｒ３０は、水素原子またはＣ１－２２アルキル基を示す。）を示し；
    Ｒｃ及びＲｄは、独立してそれぞれ、水素原子またはＣ１－２２アルキル基を示し；
    Ｒ２８は、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）
    で表される基、
    式（ｍ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004
     （式中、＊は、核酸塩基との結合位置を示し；
    ｌは、１～５の整数を示し；
    ｌ個のＱ２は、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－Ｏ－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－、－ＮＨ－ＣＨ２－又は－ＣＨ２－を示し；
    ｌ個のＲ２９は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示し；
    環Ｃは、ｌ個のＱ２Ｒ２９、および＊Ｃ＝Ｏに加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよいベンゼン環又はシクロヘキサン環を示す。）で表される基、または
    式（ｓ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
     （式中、＊は、核酸塩基のアミノ基とイミノ結合を形成する位置を示し；
    Ｒ３５及びＲ３６は、独立してそれぞれ、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を示す。）で表される基
    である、請求項１または２に記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
  4. 　Ｒ２７、Ｒ２８、ｌ個のＲ２９、Ｒ３５及びＲ３６が、独立してそれぞれ、２，６，１０，１４－テトラメチルペンタデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデシル基、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ウンデシル基、２，６，１０－トリメチルウンデカ－１，５，９－トリエニル基、２，６－ジメチルヘプチル基、２，６－ジメチルヘプタ－５－エニル基、２，６－ジメチルヘプタ－１，５－ジエニル基、９－ノナデシル基、１２－メチルトリデシル基、１１－メチルトリデシル基、１１－メチルドデシル基、１０－メチルウンデシル基、８－ヘプタデシル基、７－ペンタデシル基、７－メチルオクチル基、３－メチルオクチル基、３，７－ジメチルオクチル基、３－メチルヘプチル基、３－エチルヘプチル基、５－ウンデシル基、２－ヘプチル基、２－メチル－２－ヘキシル基、２－ヘキシル基、３－ヘプチル基、４－ヘプチル基、４－メチル－ペンチル基、３－メチル－ペンチル基、及び２，４，４－トリメチルペンチル基からなる群から選択される分岐鎖アルキル基又は分岐鎖アルケニル基；あるいは、テトラデシル基、トリデシル基、ドデシル基、ウンデシル基、デシル基、ノニル基、オクチル基、ヘプチル基、ヘキシル基、及びペンチル基からなる群から選択される直鎖アルキル基である、請求項３に記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
  5. 　Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基が、Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基である、請求項１～４のいずれか一項に記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
  6. 　Ｐ１が、モノメトキシトリチル基、またはジメトキシトリチル基である、請求項１～５のいずれか一項に記載の塩基部保護オリゴヌクレオチド。
  7. （２）３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチド（ｐは、１以上の任意の整数を示す。）を、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｎは、１以上の任意の整数を示す。）と、その５’位水酸基を介してホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程を含む、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの製造方法。
  8. 　ｐが１である、請求項７記載の製造方法。
  9. 　更に、下記工程（３）を含有する、請求項７または８に記載の製造方法。
    （３）縮合工程（２）の反応液に、酸化剤または硫化剤を添加して、縮合工程で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
  10. 　更に、下記工程（１）を含有する、請求項７～９のいずれか一項に記載の製造方法。
    （１）縮合工程（２）の前に、非極性溶媒中において、３’位水酸基が保護され、かつ５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチドを酸と反応させて５’位水酸基の一時保護基を除去する工程。
  11. 　工程（１）が、ピロール誘導体およびインドール誘導体から選択される少なくとも一種のカチオン捕捉剤の存在下に行われ、５’位水酸基の一時保護基を除去した後、有機塩基により中和する工程をさらに含む、請求項１０に記載の製造方法。
  12. 　更に、下記工程（４）を含有する、請求項９～１１のいずれか一項に記載の製造方法。
    （４）工程（３）で得られた反応液から抽出操作のみで、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程。
  13. 　更に、下記工程（５）を含有する、請求項１２に記載の製造方法。
    （５）工程（４）で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
  14. 　３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基がＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されたｐ個重合塩基部保護オリゴヌクレオチドが、請求項１～６のいずれか一項に記載の塩基部保護オリゴヌクレオチドである、請求項７～１３のいずれか一項に記載の製造方法。
  15. 　ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位水酸基が、
    一般式（ＩＩＩ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
     ［式中、
    Ｌは、式（ａ１）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
     （式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；＊＊は、ヌクレオチド３’位水酸基との結合位置を示し；

    Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；かつ
    Ｌ２は、単結合を示すか、または＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、独立してそれぞれ、水素原子もしくは置換されていてもよいＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ２およびＲ３が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン結合を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で示される基を示し、
    Ｙは、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し、ならびに
    Ｚは、式（ａ２）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008
     ［式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；
    Ｒ４は、水素原子であるか、あるいはＲｂが下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；
    ｋ個のＱは、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－または－ＮＨ－を示し；
    ｋ個のＲ５は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
    ｋは、１～４の整数を示し；
    環Ａは、Ｒ４、ｋ個のＱＲ５、および＊Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよく；
    Ｒａは、水素原子を示し；かつ
    Ｒｂは、水素原子または式（ａ３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
     （式中、＊は結合位置を示し；
    ｊは、０～４の整数を示し；
    ｊ個のＱは、独立してそれぞれ、前記と同意義を示し；
    ｊ個のＲ７は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
    Ｒ６は、水素原子を示すか、またはＲ４と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；かつ
    環Ｂは、ｊ個のＱＲ７、およびＲ６に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよい）で表される基を示す。］
    で表される基により保護されている、請求項７～１４のいずれか一項に記載の製造方法。
  16. 　ｎ個重合オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの核酸塩基が、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている、請求項７～１５のいずれか一項に記載の製造方法。
  17. 　Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基が、Ｃ５－３０分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０分岐鎖アルケニル基である、請求項７～１６のいずれか一項に記載の製造方法。
  18. 　一般式（ＩＩ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
     ［式中、ｍは、０以上の任意の整数を示し；

    ｍ＋１個のＢａｓｅ１は、独立してそれぞれ、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
    Ｐ１は、水素原子、または酸性条件下で除去可能な一時保護基を示し；
    Ｘは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
    ｍ個のＸ’は、独立してそれぞれ、水素原子、保護されていてもよい水酸基、ハロゲン原子又は４位炭素原子に架橋する有機基を示し；
    ｍ個のＰ２は、独立してそれぞれ、塩基性条件下で除去可能な保護基を示し；
    ｍ個のＲ３４は、独立してそれぞれ、酸素原子もしくは硫黄原子を示し；
    Ｌは、式（ａ１）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
     （式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；＊＊は、ヌクレオチド３’位水酸基との結合位置を示し；

    Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；かつ
    Ｌ２は、単結合を示すか、または＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、独立してそれぞれ、水素原子もしくは置換されていてもよいＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ２およびＲ３が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン結合を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で示される基を示し、
    Ｙは、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し、ならびに
    Ｚは、式（ａ２）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
     ［式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；
    Ｒ４は、水素原子であるか、あるいはＲｂが下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；
    ｋ個のＱは、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－または－ＮＨ－を示し；
    ｋ個のＲ５は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
    ｋは、１～４の整数を示し；
    環Ａは、Ｒ４、ｋ個のＱＲ５、および＊Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよく；
    Ｒａは、水素原子を示し；かつ
    Ｒｂは、水素原子または式（ａ３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
     （式中、＊は結合位置を示し；
    ｊは、０～４の整数を示し；
    ｊ個のＱは、独立してそれぞれ、前記と同意義を示し；
    ｊ個のＲ７は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
    Ｒ６は、水素原子を示すか、またはＲ４と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；かつ
    環Ｂは、ｊ個のＱＲ７、およびＲ６に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよい）で表される基を示す。］
    で表される、分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド。
  19. 　ｍが０である、請求項１８記載の分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド。
  20. 　核酸塩基の少なくとも1つが、Ｃ５－３０直鎖又は分岐鎖アルキル基及び／又はＣ５－３０直鎖又は分岐鎖アルケニル基を有する基で保護されている、請求項１８または１９に記載の分岐鎖含有芳香族保護オリゴヌクレオチド。
  21. （２’）３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、かつ核酸塩基が保護されていてもよいｐ’個重合オリゴヌクレオチド（ｐ’は、１以上の任意の整数を示す。）を、５’位水酸基が保護されておらず、かつ３’位水酸基が、
    一般式（ＩＩＩ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
     ［式中、
    Ｌは、式（ａ１）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015
     （式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；＊＊は、ヌクレオチド３’位水酸基との結合位置を示し；

    Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；かつ
    Ｌ２は、単結合を示すか、または＊＊Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ２）－Ｒ１－Ｎ（Ｒ３）＊＊＊（式中、＊＊は、Ｌ１との結合位置を示し、＊＊＊は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ２およびＲ３は、独立してそれぞれ、水素原子もしくは置換されていてもよいＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ２およびＲ３が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－２２アルキレン結合を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で示される基を示し、
    Ｙは、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。
    ）を示し、ならびに
    Ｚは、式（ａ２）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
     ［式中、＊は、Ｙとの結合位置を示し；
    Ｒ４は、水素原子であるか、あるいはＲｂが下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；
    ｋ個のＱは、独立してそれぞれ、単結合を示すか、あるいは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－または－ＮＨ－を示し；
    ｋ個のＲ５は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
    ｋは、１～４の整数を示し；
    環Ａは、Ｒ４、ｋ個のＱＲ５、および＊Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよく；
    Ｒａは、水素原子を示し；かつ
    Ｒｂは、水素原子または式（ａ３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017
     （式中、＊は結合位置を示し；
    ｊは、０～４の整数を示し；
    ｊ個のＱは、独立してそれぞれ、前記と同意義を示し；
    ｊ個のＲ７は、独立してそれぞれ、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも１つ有し、かつ総炭素数１４以上３００以下である有機基を示し；
    Ｒ６は、水素原子を示すか、またはＲ４と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａと共にフルオレニル基またはキサンテニル基を形成していてもよく；かつ
    環Ｂは、ｊ個のＱＲ７、およびＲ６に加えて、さらにハロゲン原子、１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、および１個以上のハロゲン原子により置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選ばれる置換基を有していてもよい）で表される基を示す。］
    で表される保護基で保護されたｎ’個重合オリゴヌクレオチド（ｎ’は、１以上の任意の整数を示す。）と、その５’位水酸基を介してホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程を含む、ｎ’＋ｐ’個重合オリゴヌクレオチドの製造方法。
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