WO2017104836A1 - オリゴヌクレオチドの製造方法、およびヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド - Google Patents

オリゴヌクレオチドの製造方法、およびヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド Download PDF

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智 片山
廣瀬　直子
泰介 市丸
山下　健
高橋　大輔
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Definitions

  • the present invention relates to a method for producing an oligonucleotide, and a nucleoside, nucleotide or oligonucleotide that can be effectively used in the production method.
  • Non-patent Document 1 a solid phase method using a phosphoramidite method is widely used as a method for producing an oligonucleotide.
  • the solid-phase method has been optimized for process optimization and automation, and is advantageous in terms of speed, but has the disadvantage of limited scale-up due to equipment constraints.
  • a method for producing an oligonucleotide by a liquid phase method has been studied.
  • the liquid phase method is complicated in operation and has a low yield, it is difficult to synthesize oligonucleotides having a high degree of polymerization in a large amount and quickly. There is a drawback of being.
  • Patent Document 1 a production method using a hydrophobic group-bonded nucleoside (Patent Document 1), or a hydroxyl group at the 3 ′ position is protected with a specific organic group.
  • Patent Document 2 a production method using a nucleoside or an oligonucleotide
  • Patent Document 2 described above includes the following steps (i) to (iv): (I) removal (deprotection) of a protecting group (for example, dimethoxytrityl group) of the 5′-position hydroxyl group of a nucleoside or oligonucleotide; (Ii) condensation of the nucleoside or oligonucleotide obtained by deprotection with a nucleoside or oligonucleotide in which the 3′-position hydroxyl group is converted to a phosphoramidite and the 5′-position hydroxyl group is protected, (Iii) oxidation or sulfidation of a phosphite triester obtained by condensation, and (iv) production of an oligonucleotide comprising solid-liquid separation of the oligonucleotide protected at the 5′-position hydroxyl group obtained by oxidation or sulfidation A method is described. By repeating the above steps (i) to (
  • JP 2010-275254 A International Publication No. 2012/157723
  • An object of the present invention is to provide a method for producing an oligonucleotide capable of efficiently performing condensation.
  • step (ii) is performed after the deprotection (step (i)).
  • steps (I) to (IV) described above are performed.
  • solid-liquid separation or extraction (step (IV)) is followed by condensation (step (I)). Therefore, in the production method including the above-described steps (I) to (IV), impurities generated by deprotection are not present during the condensation, and the condensation can be performed efficiently.
  • the present invention based on the above findings is as follows.
  • Method for producing oligonucleotide comprising the following steps (1), (3), (4) and (6): (1) in a nonpolar solvent, 5'-position hydroxyl group is not protected, amino group and imino group of nucleobase, 2'-position hydroxyl group of ribose residue, 3'-position hydroxyl group and 3'-position amino group, and 3'-position hydroxyl group of deoxyribose residue And at least one group selected from the 3′-position amino group is not removed under acidic conditions, but is protected with a protecting group that can be removed under basic conditions, and other groups are further used for nucleic acid synthesis.
  • a reaction solution containing The 3′-position hydroxyl group or the 3′-position amino group is phosphoramidated
  • the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are not further removed under acidic conditions.
  • a protecting group selected from a protecting group removable under basic conditions and a protecting group used in nucleic acid synthesis
  • the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) is condensed with the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b), and the 5 ′ hydroxyl group can be removed under acidic conditions.
  • reaction solution containing a phosphite triester (c) protected with a temporary protecting group (3) An oxidizing agent or sulfurizing agent is added to the reaction solution containing the phosphite triester body (c) to oxidize or sulfidize the phosphite triester body (c), and the 5′-position hydroxyl group is removed under acidic conditions.
  • reaction solution containing the oligonucleotide (d) protected with a possible temporary protecting group Obtaining a reaction solution containing the oligonucleotide (d) protected with a possible temporary protecting group; (4) A step of adding an acid to the reaction solution after oxidation or sulfuration to remove the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group to obtain a reaction solution containing the oligonucleotide (e) in which the 5′-position hydroxyl group is not protected; And (6) A step of adding a polar solvent to the reaction solution containing the oligonucleotide (e) and purifying the oligonucleotide (e) by solid-liquid separation or extraction.
  • step (1) 5'-position hydroxyl group is not protected, and at least one selected from amino group and imino group of nucleobase, 2'-position hydroxyl group and 3'-position hydroxyl group of ribose residue, and 3'-position hydroxyl group of deoxyribose residue
  • a nucleoside, nucleotide or oligo group that is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group removable under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used in nucleic acid synthesis.
  • nucleotide (a) or the hydroxyl group at the 5 ′ position is not protected, and one hydroxyl group of the 3 ′ position phosphate group is replaced with —OL n1 —OH (where L n1 represents an organic group).
  • the hydroxyl group of -OL n1 -OH is not removed under acidic conditions, it is protected with a removable protecting group under basic conditions, and other groups are further protected with a protecting group to be used in nucleic acid synthesis
  • a nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) that is not removed under acidic conditions but may be protected with a protecting group that can be removed under basic conditions and a protecting group used for nucleic acid synthesis The production method according to [1], wherein
  • step (1) 5'-position hydroxyl group is not protected, at least one selected from amino group and imino group of nucleobase, 2'-position hydroxyl group and 3'-position hydroxyl group of ribose residue, and 3'-position hydroxyl group of deoxyribose residue
  • a nucleoside or oligonucleotide in which the group is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group removable under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used in nucleic acid synthesis) a), and the hydroxyl group at the 3 ′ position is phosphoramidated, the hydroxyl group at the 5 ′ position is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are further protected with protecting groups used for nucleic acid synthesis.
  • nucleosides or oligonucleotides (b) The production method according to [1], wherein
  • step (3) A mixture of carboxylic acid and organic base, inorganic acid or amine is added to the reaction solution after step (1) and before step (4).
  • step (3) 5- [ The production method according to any one of [1] to [5] above, wherein (N, N-dimethylaminomethylidene) amino] -3H-1,2,4-dithiazole-3-thione is added to the reaction solution. .
  • step 7 The production method according to [6], wherein the organic base has an amount of basic nitrogen atoms of 1 to 2 moles relative to 1 mole of a carboxy group of the carboxylic acid.
  • the sulfurizing agent used in step (3) is 3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1-dioxide, 3H-1,2-benzodithiol-3-one, phenylacetyl disulfide, At least one selected from tetraethylthiuram disulfide, dipentamethylenethiuram tetrasulfide, phenyl-3H-1,2,4-dithiazol-3-one, 3-amino-1,2,4-dithiazol-5-thione and sulfur The production method according to any one of the above [1] to [5].
  • the oxidizing agent used in step (3) is iodine, (1S)-(+)-(10-camphanylsulfonyl) oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide, 2-butanone peroxide, 1,1-dihydroperoxy
  • the nonpolar solvent is at least one selected from a halogen solvent, an aromatic solvent, an ester solvent, and an aliphatic solvent.
  • the acid used in the step (4) is at least one selected from trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, hydrochloric acid, acetic acid and p-toluenesulfonic acid.
  • An aliphatic group that is not removed under acidic conditions but can be removed under basic conditions has a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms, or one or more branched chains
  • step (6) is a step of adding a polar solvent to the reaction solution containing the oligonucleotide (e) and purifying the oligonucleotide (e) by solid-liquid separation.
  • the manufacturing method as described in any one.
  • the polar solvent used in the step (6) is a nitrile solvent.
  • step (5) A step of neutralizing the reaction solution containing the oligonucleotide (e) by adding a base.
  • the base used in step (5) is pyridine, 2,4,6-trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4-triazole, N-phenylimidazole, 2-amino-4,6-dimethylpyrimidine.
  • the removal reaction of the temporary protecting group in the step (4) is performed in the presence of a cation scavenger, or the cation scavenger is added to the reaction solution after the removal reaction of the temporary protecting group.
  • the manufacturing method as described in any one of these.
  • the cation scavenger is pyrrole, 2-methylpyrrole, 3-methylpyrrole, 2,3-dimethylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole, indole, 3-methylindole, 4-methylindole, 5-methylindole.
  • a good nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′), or the 3′-position hydroxyl group or the 3′-position amino group is not protected, and one hydroxyl group of the 5′-position phosphate group is —OL n1 —OH (wherein L n1 is replaced by an organic group.), the hydroxyl group of -OL n1 -OH is not removed under acidic conditions, it is protected with a removable protecting group under basic conditions, and other groups are further Nucleic acid synthesis to be used is protected by a protective group is substituted may be a nucleotide or oligonucleotide (alpha ') In a reaction solution containing The 5 'hydroxyl group is phosphoramidated, the 3' hydroxyl group or the 3 'amino group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are not further removed under acidic conditions.
  • An oxidizing agent or a sulfurizing agent is added to the reaction solution containing the phosphite triester body (c ′) to oxidize or sulfidize the phosphite triester body (c ′),
  • step (1 ′) At least one selected from the amino group and imino group of the nucleobase, the 2 'and 5' hydroxyl groups of the ribose residue, and the 5 'hydroxyl group of the deoxyribose residue, wherein the 3' hydroxyl group is not protected
  • a nucleoside, nucleotide or oligo group that is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group removable under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used in nucleic acid synthesis.
  • the nucleotide (a ′) or the hydroxyl group at the 3 ′ position is not protected, and one hydroxyl group of the 5 ′ position phosphate group is replaced with —OL n1 —OH (wherein L n1 represents an organic group).
  • L n1 represents an organic group.
  • the hydroxyl group of —OL n1 —OH is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group that can be removed under basic conditions, and other groups are further protected with protecting groups used for nucleic acid synthesis.
  • nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b ′) which is not removed under acidic conditions and may be protected with a protecting group selected from protecting groups removable under basic conditions and those used for nucleic acid synthesis [21] The production method according to [21].
  • step (1 ′) The 3′-position hydroxyl group is not protected, and one hydroxyl group of the 5′-position phosphate group is replaced with —OL n1 —OH (wherein L n1 represents an organic group), and —OL n1 —OH
  • a substituted nucleotide or oligonucleotide that is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group that can be removed under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used for nucleic acid synthesis ( ⁇ ′), and the 5′-position hydroxyl group is phosphoramidite, the 3′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are not further removed under acidic conditions.
  • a nucleoside or oligonucleotide (b ′) optionally protected with a protecting group selected from a protecting group removable under basic conditions and a protecting group used in nucleic acid synthesis [21] The production method according to [21].
  • step (1 ′) At least one selected from the amino group and imino group of the nucleobase, the 2 'and 5' hydroxyl groups of the ribose residue, and the 5 'hydroxyl group of the deoxyribose residue, wherein the 3' hydroxyl group is not protected
  • a nucleoside or oligonucleotide in which the group is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group removable under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used in nucleic acid synthesis) a ′), and the 5′-position hydroxyl group is phosphoramidated, the 3′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are further protected with protecting groups used for nucleic acid synthesis.
  • nucleoside or oligonucleotide (b ′) [21] The production method according to [21].
  • step (1 ′) and before step (4 ′) a mixture of carboxylic acid and organic base, inorganic acid or amine is added, and in step (3 ′), as a sulfiding agent 5.
  • step (3 ′) to [26] wherein 5-[(N, N-dimethylaminomethylidene) amino] -3H-1,2,4-dithiazole-3-thione is added to the reaction solution Manufacturing method.
  • the organic base has an amount of basic nitrogen atoms of 1 to 2 moles relative to 1 mole of a carboxy group of the carboxylic acid.
  • the sulfurizing agent used in step (3 ′) is 3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1-dioxide, 3H-1,2-benzodithiol-3-one, phenylacetyl disulfide , Tetraethylthiuram disulfide, dipentamethylenethiuram tetrasulfide, phenyl-3H-1,2,4-dithiazol-3-one, 3-amino-1,2,4-dithiazol-5-thione and sulfur
  • the oxidizing agent used in step (3 ′) is iodine, (1S)-(+)-(10-camphanylsulfonyl) oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide, 2-butanone peroxide, 1,1-dihydro
  • the acid used in the step (4 ′) is at least one selected from trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, hydrochloric acid, acetic acid, and p-toluenesulfonic acid.
  • the production method according to any one of [21] to [32].
  • An aliphatic group that is not removed under acidic conditions and can be removed under basic conditions has a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms, or one or more branched chains
  • step (6 ′) is a step of adding a polar solvent to the reaction solution containing the oligonucleotide (e ′) and purifying the oligonucleotide (e ′) by solid-liquid separation.
  • the polar solvent used in the step (6 ′) is a nitrile solvent.
  • step (5 ′) A step of neutralizing the reaction solution containing the oligonucleotide (e ′) by adding a base.
  • the base used in step (5 ′) is pyridine, 2,4,6-trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4-triazole, N-phenylimidazole, 2-amino-4,6-dimethyl.
  • the removal reaction of the temporary protecting group in the step (4 ′) is performed in the presence of a cation scavenger, or the cation scavenger is added to the reaction solution after the removal reaction of the temporary protecting group.
  • Cation scavenger is pyrrole, 2-methylpyrrole, 3-methylpyrrole, 2,3-dimethylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole, indole, 3-methylindole, 4-methylindole, 5-methylindole 6-methylindole, 7-methylindole, 5,6-dimethylindole, 6,7-dimethylindole, 2-methylfuran, 2,3-dimethylfuran, 2-methyl-3- (methylthio) furan, and menthol
  • the production method according to [40] which is at least one selected from furan.
  • m represents an integer of 0 or more;
  • m Bases each independently represent an optionally protected nucleobase;
  • m + 1 X's each independently represent a hydrogen atom, a halogen atom, an optionally protected hydroxyl group, or a divalent organic group bonded to a 2-position carbon atom and a 4-position carbon atom;
  • m R 10 s each independently represent an oxygen atom or a sulfur atom;
  • m R p1 each independently represents a protecting group for a phosphate group;
  • L is a single bond, or formula (a1) or (a1 ′):
  • Y represents a single bond, an oxygen atom or NR (R represents a hydrogen atom, an alkyl group or an aralkyl group); and Z represents a formula (a2), a formula (a2 ′) or a formula (a2 ′′) :
  • R 6 is a hydrogen atom or R b is a group represented by the following formula (a3)
  • R 6 of ring A or ring B is combined with R 8 to form a single bond
  • R 8 represents —O—, which may form a condensed ring together with ring A or ring B and ring C
  • k represents an integer of 1 to 4
  • k R 7 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • Ring A and Ring B are each independently, in addition to k QR 7 , further substituted with a halogen atom, an optionally substituted C 1-6 alkyl group, and a halogen atom.
  • R a represents a hydrogen atom; and
  • R b represents a hydrogen atom or the formula (a3):
  • j represents an integer of 0 to 4; j Q's are independently the same as defined above; j R 9 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • R 8 represents a hydrogen atom, or together with R 6 of ring A or ring B represents a single bond or —O— to form a condensed ring together with ring A or ring B and ring C It is good;
  • R a and R b together form an oxo group. ] Is represented.
  • R 11 represents a methyl group
  • R 12 and R 13 each independently represent a C 1-5 alkyl group, or R 11 and R 12 are taken together to form a carbon atom and a nitrogen atom to which they are bonded.
  • a 5-membered or 6-membered nitrogen-containing hydrocarbon ring may be formed together.
  • m represents an integer of 0 or more;
  • m + 1 Bases each independently represent an optionally protected nucleobase;
  • m + 1 X's each independently represent a hydrogen atom, a halogen atom, an optionally protected hydroxyl group, or a divalent organic group bonded to a 2-position carbon atom and a 4-position carbon atom;
  • m R 10 s each independently represent an oxygen atom or a sulfur atom;
  • m R p1 each independently represents a protecting group for a phosphate group;
  • L is a single bond, or formula (a1) or (a1 ′):
  • Y represents a single bond, an oxygen atom, or NR (R represents a hydrogen atom, an alkyl group or an aralkyl group); and Z ′ represents a formula (a2 ′′):
  • R 6 is a hydrogen atom or R b is a group represented by the following formula (a3)
  • R 6 together with R 8 represents a single bond or —O—
  • ring B And may form a condensed ring together with ring C
  • k represents an integer of 1 to 4
  • k R 7 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • Ring B includes, in addition to k QR 7 , a halogen atom, a C 1-6 alkyl group which may be substituted with a halogen atom, and a C 1-6 alkoxy group which may be substituted with a halogen atom.
  • j represents an integer of 0 to 4; j Q's are independently the same as defined above; j R 9 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • R 8 represents a hydrogen atom, or together with R 6 may represent a single bond or —O— to form a condensed ring together with ring B and ring C;
  • ring C is j in addition to the number of QR 9, selected further halogen atoms, optionally substituted by a halogen atom C 1-6 alkyl groups, and from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group optionally substituted by a halogen atom May have a substituent.
  • R a and R b together form an oxo group. ] Is represented.
  • a nucleoside or oligonucleotide represented by [47] The nucleoside or oligonucleotide according to the above [46], wherein R p1 is a group represented by —CH 2 CH 2 WG (wherein WG represents an electron-withdrawing group). [48] The nucleoside according to [46] or [47], wherein m is 0.
  • m represents an integer of 0 or more;
  • m + 1 Bases each independently represent an optionally protected nucleobase;
  • m + 1 X's each independently represent a hydrogen atom, a halogen atom, an optionally protected hydroxyl group, or a divalent organic group bonded to a 2-position carbon atom and a 4-position carbon atom;
  • m R 10 s each independently represent an oxygen atom or a sulfur atom;
  • m R p1 each independently represents a protecting group for a phosphate group;
  • One of R n1 and R n2 represents a hydrogen atom, and the other one is represented by the formula (II):
  • R 10 represents an oxygen atom or a sulfur atom
  • R p1 represents a protecting group for a phosphate group
  • L n1 represents an organic group
  • L is a single bond, or formula (a1) or (a1 ′):
  • Y represents a single bond, an oxygen atom or NR (R represents a hydrogen atom, an alkyl group or an aralkyl group); and Z represents a formula (a2), a formula (a2 ′) or a formula (a2 ′′) :
  • R 6 is a hydrogen atom or R b is a group represented by the following formula (a3)
  • R 6 of ring A or ring B is combined with R 8 to form a single bond
  • R 8 represents —O—, which may form a condensed ring together with ring A or ring B and ring C
  • k represents an integer of 1 to 4
  • k R 7 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • Ring A and Ring B are each independently, in addition to k QR 7 , further substituted with a halogen atom, an optionally substituted C 1-6 alkyl group, and a halogen atom.
  • R a represents a hydrogen atom; and
  • R b represents a hydrogen atom or the formula (a3):
  • j represents an integer of 0 to 4; j Q's are independently the same as defined above; j R 9 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • R 8 represents a hydrogen atom, or together with R 6 of ring A or ring B represents a single bond or —O— to form a condensed ring together with ring A or ring B and ring C It is good;
  • R a and R b together form an oxo group. ] Is represented.
  • a nucleotide or oligonucleotide represented by [50] The nucleotide or oligonucleotide according to [49], wherein R n1 is a group represented by formula (II), and R n2 is a hydrogen atom.
  • R n1 is a group represented by formula (II)
  • R n2 is a hydrogen atom.
  • L n1 is an ethylene group.
  • condensation can be performed efficiently.
  • nucleoside which is a structural unit of an oligonucleotide means that a nucleobase is linked to a sugar (for example, 2-deoxyribose, ribose, 2-position carbon atom and 4-position carbon atom by a divalent organic group.
  • a sugar for example, 2-deoxyribose, ribose, 2-position carbon atom and 4-position carbon atom by a divalent organic group.
  • the “sugar” includes an amino sugar in which a hydroxyl group is replaced with an amino group, and a ribose in which a hydroxyl group at the 2-position is replaced with a halogen atom.
  • Examples of 2-deoxyribose or ribose in which the 2-position carbon atom and the 4-position carbon atom are bonded by a divalent organic group include the following compounds.
  • amino sugars examples include 2-deoxyribose in which the hydroxyl group at the 3-position is replaced with an amino group as shown below, ribose in which the hydroxyl group at the 3-position is replaced with an amino group, and the hydroxyl group at the 3-position is an amino group and the hydroxyl group at the 2-position is Examples include ribose substituted with halogen (in the following formula, X s represents a halogen atom).
  • the “phosphate group” includes not only —O—P (O) (OH) 2 but also a group in which an oxygen atom is replaced with a sulfur atom or NH (for example, —O—P (S) (OH ) 2, -NH-P (O ) (OH) 2, -NH-P (S) (OH) 2) also encompasses.
  • a group for example, a protected phosphate group in which a hydroxyl group (—OH) in the phosphate group is replaced by —OR p (wherein R p represents an organic group such as a protecting group for a phosphate group). ) Is also included in the “phosphate group”.
  • nucleotide means a compound in which a phosphate group is bonded to a nucleoside.
  • examples of the nucleotide in which the 3′-position hydroxyl group or the 5′-position hydroxyl group is replaced with a phosphate group include compounds represented by the following formulas (wherein R m1 and R m2 are each independently a hydrogen atom or the organic group (excluding nucleoside residues) indicates, X m represents a hydrogen atom, a hydroxyl group or a halogen atom.).
  • oligonucleotide means a compound in which one or more nucleotides are linked to a nucleoside.
  • the “oligonucleotide” includes phosphorothioate-type oligonucleotides in which the oxygen atom of the phosphate group is replaced with a sulfur atom, oligonucleotides in which —O— of the phosphate group is replaced with —NH—, and hydroxyl groups in the phosphate group. Oligonucleotides in which (—OH) is replaced by —OR p (wherein R p represents an organic group) are also included.
  • the number of nucleosides of the oligonucleotide in the present invention is not particularly limited, but is preferably 3 to 50, more preferably 5 to 30.
  • the “3′-position amino group” means an amino group bonded to the 3′-position carbon atom of a nucleoside, nucleotide or oligonucleotide.
  • the “5′-position amino group” means an amino group bonded to the 5′-position carbon atom of a nucleoside, nucleotide or oligonucleotide.
  • the “3′-position phosphate group” means a phosphate group bonded to the 3′-position carbon atom of a nucleotide or oligonucleotide.
  • the “5′-position phosphate group” means a phosphate group bonded to the 5′-position carbon atom of a nucleotide or oligonucleotide.
  • nucleobase is not particularly limited as long as it is used for nucleic acid synthesis, and examples thereof include pyrimidine bases such as cytosyl group, uracil group, and thyminyl group, adenyl group, guanyl group and the like. Mention may be made of purine bases.
  • nucleobase means, for example, that an amino group may be protected in an adenyl group, guanyl group, or cytosyl group, which is a nucleobase having an amino group, Nucleobases in which the amino group of the nucleobase is protected by a protecting group that can withstand the deprotection conditions at the 5 ′ position of the nucleotide are preferred.
  • the protecting group for the amino group is not particularly limited.
  • Specific examples of the protective group include pivaloyl group, pivaloyloxymethyl group, acetyl group, trifluoroacetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, 4-tert-butylphenoxyacetyl group, benzoyl group, isobutyryl.
  • the carbonyl group of the nucleobase may also be protected.
  • the nucleobase includes any substituent (for example, halogen atom, alkyl group, aralkyl group, alkoxy group, acyl group, alkoxyalkyl group, hydroxyl group, amino group, monoalkylamino, Modified nucleobases (eg, 8-bromoadenyl group, 8-bromoguanyl group, 5-bromocytosyl group, 5-iodocytosyl group) substituted by 1 to 3 at any position by dialkylamino, carboxy, cyano, nitro, etc. 5-bromouracil group, 5-iodouracil group, 5-fluorouracil group, 5-methylcytosyl group, 8-oxoguanyl group, hypoxanthinyl group and the like.
  • substituent for example, halogen atom, alkyl group, aralkyl group, alkoxy group, acyl group, alkoxyalkyl group, hydroxyl group, amino group, monoalkylamin
  • halogen atom is a fluorine atom, a chlorine atom, a bromine atom, or an iodine atom.
  • the “alkyl (group)” may be either linear or branched.
  • Examples of the “alkyl (group)” include an alkyl group having 1 or more carbon atoms. When there is no particular limitation on the carbon number range, a C 1-10 alkyl group is preferable, and a C 1-6 is more preferable.
  • Preferable specific examples in the case where the carbon number range is not limited include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl, pentyl, hexyl and the like, and methyl and ethyl are particularly preferable.
  • “C ab ” means a carbon number of a to b (a and b are integers).
  • examples of the “aralkyl (group)” include a C 7-20 aralkyl group, preferably a C 7-16 aralkyl group (C 6-10 aryl-C 1-6 alkyl group). Specific examples include benzyl, 1-phenylethyl, 2-phenylethyl, 1-phenylpropyl, naphthylmethyl, 1-naphthylethyl, 1-naphthylpropyl and the like, and benzyl is particularly preferable.
  • the “alkoxy (group)” may be either linear or branched.
  • Examples of the “alkoxy (group)” include an alkoxy group having 1 or more carbon atoms. When there is no particular limitation on the carbon number range, a C 1-10 alkoxy group is preferable, and a C 1-6 is more preferable. An alkoxy group.
  • Preferable specific examples in the case where the carbon number range is not limited include methoxy, ethoxy, propoxy, isopropoxy, butoxy, isobutoxy, sec-butoxy, tert-butoxy, pentyloxy, hexyloxy, etc. Ethoxy is preferred.
  • acyl (group) may be either linear or branched.
  • examples of the “acyl (group)” include a C 1-6 alkanoyl group, a C 7-13 aroyl group, and the like. Specific examples include formyl, acetyl, n-propionyl, isopropionyl, n-butyryl, isobutyryl, pivaloyl, valeryl, hexanoyl, benzoyl, naphthoyl, levulinyl and the like, which may each be substituted.
  • alkenyl (group) may be linear or branched.
  • alkenyl (group) examples include a C 2-6 alkenyl group. Specific examples include vinyl, 1-propenyl, allyl, isopropenyl, butenyl, isobutenyl and the like. Of these, a C2-4 alkenyl group is preferable.
  • alkynyl (group) may be either linear or branched.
  • examples of the “alkynyl (group)” include a C 2-6 alkynyl group. Specifically, for example, ethynyl, 1-propynyl, 2-propynyl, 1-butynyl, 2-butynyl, 3-butynyl, 1-pentynyl, 2-pentynyl, 3-pentynyl, 4-pentynyl, 1-hexynyl, 2 -Hexynyl, 3-hexynyl, 4-hexynyl, 5-hexynyl and the like. Of these, a C 2-4 alkynyl group is preferable.
  • cycloalkyl (group) means a cyclic alkyl group, and examples thereof include cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, cyclooctyl and the like. Among them, C 3-6 cycloalkyl groups such as cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl and the like are preferable, and cyclohexyl is particularly preferable.
  • aryl (group) means a monocyclic or polycyclic (fused) hydrocarbon group exhibiting aromaticity, and specifically includes, for example, phenyl, 1-naphthyl, 2 -C 6-14 aryl groups such as naphthyl, biphenylyl, 2-anthryl and the like. Among them, a C 6-10 aryl group is more preferable, and phenyl is particularly preferable.
  • examples of the “hydrocarbon group” include an aliphatic hydrocarbon group, an araliphatic hydrocarbon group, a monocyclic saturated hydrocarbon group, an aromatic hydrocarbon group, and the like.
  • a monovalent group such as an alkyl group, an alkenyl group, an alkynyl group, a cycloalkyl group, an aryl group, an aralkyl group, and a divalent group derived therefrom.
  • examples of the “C 6-14 hydrocarbon ring” include C 6-10 cycloalkane, C 6-10 cycloalkene, and C 6-14 aromatic hydrocarbon ring.
  • examples of the “C 6-10 cycloalkane” include cyclohexane, cycloheptane, and cyclooctane.
  • Examples of the “C 6-10 cycloalkene” include cyclohexene, cycloheptene, and cyclooctene.
  • Examples of the “C 6-14 aromatic hydrocarbon ring” include benzene and naphthalene.
  • the “alkylene (group)” may be linear or branched.
  • Examples of the “alkylene (group)” include an alkylene group having 1 or more carbon atoms. When there is no particular limitation on the carbon number range, a C 1-10 alkylene group is preferable, and a C 1-6 is more preferable.
  • examples of the “linker” include —O—, —C ( ⁇ O) —, —C ( ⁇ O) O—, —OC ( ⁇ O) —, —C ( ⁇ O) NH—.
  • substituted includes the halogen atom, alkyl group, aralkyl group, alkoxy group, acyl group, alkenyl group, alkynyl group, cycloalkyl group, aryl group.
  • An alkylsulfinyl group (the alkyl part is the same as the alkyl group), an alkylsulfonyl group (the alkyl part is the same as the alkyl group), an amino group, a monoalkylamino group (the alkyl part is the same as the alkyl group), a dialkylamino group ( The alkyl part is the same as the above alkyl group), an oxo group and the like.
  • the oligonucleotide chain is extended in the direction from the 3 ′ end to the 5 ′ end (hereinafter sometimes abbreviated as “3′-5 ′ synthesis”) and the 5 ′ end to the 3 ′ end. It includes both embodiments in which the oligonucleotide chain is extended in the direction toward the end (hereinafter sometimes abbreviated as “5′-3 ′ synthesis”).
  • the production method of the present invention which is a 3′-5 ′ synthesis, will be described.
  • 3′-5 ′ Synthesis The production method of the present invention which is 3′-5 ′ synthesis includes the following steps (1), (3), (4) and (6). This manufacturing method may further include the following steps (2), (5) and (7) as necessary.
  • (1) in a nonpolar solvent 5'-position hydroxyl group is not protected, amino group and imino group of nucleobase, 2'-position hydroxyl group of ribose residue, 3'-position hydroxyl group and 3'-position amino group, and 3'-position hydroxyl group of deoxyribose residue
  • at least one group selected from the 3′-position amino group is not removed under acidic conditions, but is protected with a protecting group that can be removed under basic conditions, and other groups are further used for nucleic acid synthesis.
  • a reaction solution containing The 3′-position hydroxyl group or the 3′-position amino group is phosphoramidated
  • the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are not further removed under acidic conditions.
  • a protecting group selected from a protecting group removable under basic conditions and a protecting group used in nucleic acid synthesis
  • the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) is condensed with the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b), and the 5 ′ hydroxyl group can be removed under acidic conditions.
  • reaction solution containing a phosphite triester (c) protected with a temporary protecting group (2) A step of adding a quenching agent to the reaction solution after condensation, if necessary; (3) An oxidizing agent or sulfurizing agent is added to the reaction solution containing the phosphite triester body (c) to oxidize or sulfidize the phosphite triester body (c), and the 5′-position hydroxyl group is removed under acidic conditions.
  • reaction solution containing the oligonucleotide (d) protected with a possible temporary protecting group Obtaining a reaction solution containing the oligonucleotide (d) protected with a possible temporary protecting group; (4) A step of adding an acid to the reaction solution after oxidation or sulfuration to remove the temporary protecting group at the 5′-position hydroxyl group to obtain a reaction solution containing the oligonucleotide (e) in which the 5′-position hydroxyl group is not protected; (5) If necessary, a step of neutralizing the reaction solution containing the oligonucleotide (e) by adding a base; (6) a step of adding a polar solvent to the reaction solution containing the oligonucleotide (e) and purifying the oligonucleotide (e) by solid-liquid separation or extraction; and (7) if necessary, Isolating unprotected oligonucleotides after removing all protecting groups.
  • the oligonucleotide chain can be elongated by repeating the cycle of steps (1), (3), (4) and (6) (preferably steps (1) to (6)).
  • the manufacturing method of the oligonucleotide containing process (1), (3), (4) and (6) is included by this invention.
  • Step (1) (Condensation)
  • the 5′-position hydroxyl group is not protected, and at least one of the 3′-position hydroxyl group and the like is not removed under acidic conditions, but is protected with a protecting group that can be removed under basic conditions, nucleotides
  • oligonucleotide (a) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) is a temporary protecting group that can be removed at 3′-position hydroxyl group or 3′-position amino group by phosphoramidite and 5′-position hydroxyl group can be removed under acidic conditions.
  • a phosphite trie in which a 5'-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions by condensation with a nucleotide or oligonucleotide (b) A step of obtaining ether body (c).
  • 5'-position hydroxyl group is not protected, and at least one selected from amino group and imino group of nucleobase, 2'-position hydroxyl group and 3'-position hydroxyl group of ribose residue, and 3'-position hydroxyl group of deoxyribose residue
  • a nucleoside, nucleotide or oligo group that is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group removable under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used in nucleic acid synthesis.
  • nucleotide (a) or the hydroxyl group at the 5 ′ position is not protected, and one hydroxyl group of the 3 ′ position phosphate group is replaced with —OL n1 —OH (where L n1 represents an organic group).
  • the hydroxyl group of -OL n1 -OH is not removed under acidic conditions, it is protected with a removable protecting group under basic conditions, and other groups are further protected with a protecting group to be used in nucleic acid synthesis
  • the organic group of L n1 means a hydrocarbon group or a group in which a carbon atom in the hydrocarbon group is replaced with a hetero atom.
  • the hetero atom include an oxygen atom, a nitrogen atom, and a sulfur atom.
  • the organic group may have a substituent such as a hydroxyl group, an amino group, or an oxo group ( ⁇ O).
  • the hydroxyl group and amino group that the organic group may have are preferably protected with a protecting group.
  • the shape of the organic group may be any of a chain (linear or branched), a ring, or a combination thereof.
  • the organic group may have a group having functionality with respect to the cell.
  • the group having functionality with respect to the cells is preferably bonded to the end of the main chain or side chain of the organic group.
  • groups having functionality with respect to cells include, for example, “groups that improve the cell membrane permeability of compounds by improving the lipid solubility of compounds”, “incorporation of compounds into cells via cell membrane receptors” And the like ".
  • Examples of the “group that improves the cell membrane permeability of the compound by improving the fat solubility of the compound” include cholesterol residues and tocopherol residues.
  • Examples of the “group that improves the uptake of a compound into a cell via a cell membrane receptor” include an N-acetylgalactosamine residue and the like.
  • —OL n1 —OH examples include the following (in the following formula, * represents a bonding position with a phosphorus atom, and Ac represents an acetyl group).
  • L n1 is preferably a C 2-6 alkylene group, more preferably an ethylene group.
  • 5'-position hydroxyl group is not protected, at least one selected from amino group and imino group of nucleobase, 2'-position hydroxyl group and 3'-position hydroxyl group of ribose residue, and 3'-position hydroxyl group of deoxyribose residue
  • a nucleoside or oligonucleotide in which the group is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group removable under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used in nucleic acid synthesis) a), and the hydroxyl group at the 3 ′ position is phosphoramidated, the hydroxyl group at the 5 ′ position is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are further protected with protecting groups used for nucleic acid synthesis.
  • nucleosides or oligonucleotides (b) Is used.
  • the concentration of the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) used in this step is not particularly limited as long as they are dissolved in a solvent, but preferably 1 to 30 wt. %.
  • the amino group of the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a), substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) and nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) is preferably protected with the above-described protecting group.
  • the protecting group include cetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, benzoyl group, isobutyryl group, (2-hexyl) decanoyl group, dimethylformamidinyl group, and 1- (dimethylamino) ethylidene group. preferable.
  • nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) and the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) have a plurality of amino groups
  • the amino group may be a single protective group or two or more.
  • the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) is composed of an amino group and an imino group of a nucleobase, a 2′-position hydroxyl group, a 3′-position hydroxyl group and a 3′-position amino group of a ribose residue, and a 3′-position hydroxyl group of a deoxyribose residue And at least one group selected from the 3′-position amino group is not removed under acidic conditions, but is protected with a protecting group removable under basic conditions.
  • nucleoside nucleotide or oligonucleotide (a)
  • at least one group selected from the amino group and imino group of a nucleobase, the 3′-position hydroxyl group of a ribose residue, and the 3′-position hydroxyl group of a deoxyribose residue is protected It is preferable that the 3′-position hydroxyl group of the ribose residue or the 3′-position hydroxyl group of the deoxyribose residue is more preferably protected with the protecting group.
  • the hydroxyl group of —OL n1 —OH is not removed under acidic conditions, but is protected with a protecting group that can be removed under basic conditions.
  • Nucleosides, nucleotides or oligonucleotides (a) and substituted nucleotides or oligonucleotides ( ⁇ ) have “protecting groups that are not removed under acidic conditions and can be removed under basic conditions”, as well as nucleosides, nucleotides or oligonucleotides (b ) May have a “protecting group that is not removed under acidic conditions and can be removed under basic conditions” independently of step (6) (solid-liquid separation or extraction).
  • a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms or at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains, and has a total carbon number of 14 to 300 It is preferably a protecting group having an organic group (hereinafter sometimes abbreviated as “anchor”).
  • Anchors impart hydrophobicity to nucleosides, nucleotides or oligonucleotides (a) and substituted nucleotides or oligonucleotides ( ⁇ ) (optionally nucleosides, nucleotides or oligonucleotides (b)) to improve solubility in nonpolar solvents Let Moreover, the solubility with respect to a polar solvent can also be reduced.
  • Such anchor-protected nucleosides, nucleotides or oligonucleotides (a) and substituted nucleotides or oligonucleotides ( ⁇ ) can be subjected to a condensation reaction in a liquid phase of a nonpolar solvent, and the subsequent step (6)
  • a polar solvent By adding a polar solvent to the reaction solution, the anchor-protected oligonucleotide (e) is precipitated, and the solid-liquid separation can be performed.
  • the extraction can be performed by adding a polar solvent to the reaction solution in step (6), separating the layer between a polar solvent and a nonpolar solvent, and transferring the oligonucleotide (e) to the nonpolar solvent.
  • an anchor for example, those described in Patent Document 1, Patent Document 2, and International Publication No. 2013/122236 can be used.
  • the anchor is preferably a protecting group having a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms, and purification by extraction in step (6).
  • the anchor is preferably a protecting group having an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and a total carbon number of 14 or more and 300 or less.
  • Suitable anchors for solid-liquid separation include, for example, C 6 having a straight-chain aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms bonded through a linker or a hydrocarbon group bonded through a linker. And a protecting group having a -14 hydrocarbon ring.
  • the linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is preferably a group selected from a linear C 10-40 alkyl group and a linear C 10-40 alkenyl group, more preferably.
  • a straight chain C 10-40 alkyl group more preferably a straight chain C 10-30 alkyl group, particularly preferably a straight chain C 12-28 alkyl group, most preferably a straight chain In the form of a C 14-26 alkyl group.
  • the linker is preferably —O—, —C ( ⁇ O) —, —C ( ⁇ O) O—, —OC ( ⁇ O) —, —C ( ⁇ O) NH—, —NHC ( ⁇ O).
  • a hydrogen atom or a C 1-22 hydrocarbon group more preferably —O—, —C ( ⁇ O) —, —C ( ⁇ O) O—, —OC ( ⁇ O ) —, —C ( ⁇ O) NH— and —NHC ( ⁇ O) —, more preferably —O—.
  • the C 6-14 hydrocarbon ring is preferably selected from a benzene ring, a naphthalene ring and a cyclohexane ring, more preferably a benzene ring and a cyclohexane ring, and still more preferably a benzene ring.
  • a suitable anchor for solid-liquid separation is preferably a benzene ring in which a hydrocarbon group in which a linear C 10-40 alkyl group is bonded through a single bond or —O— is bonded through —O—.
  • the “branched chain” in the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having at least one branched chain and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less” is linear or branched saturated
  • the “branched chain” may be substituted with one or more halogen atoms.
  • the “aliphatic hydrocarbon group” in “an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and a total carbon number of 14 or more and 300 or less” is linear saturated or an aliphatic unsaturated hydrocarbon group, C 2-300 alkyl groups (preferably, C 3-100 alkyl groups, more preferably, C 3-60 alkyl group), C 2-300 alkenyl group (preferably, A C 3-100 alkenyl group, more preferably a C 3-60 alkynyl group) or a C 2-300 alkynyl group (preferably a C 3-100 alkynyl group, more preferably a C 3-60 alkynyl group).
  • the “aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains” in the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and a total carbon number of 14 to 300” is , Not particularly limited, it may be present at the terminal (monovalent group) or may be present at other sites (for example, divalent group).
  • Examples of the “aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains” include propyl group, butyl group, pentyl group, hexyl group, heptyl group, octyl group, nonyl group, decyl group, undecyl group, dodecyl group (lauryl group). ), Tridecyl group, myristyl group, cetyl group, stearyl group, aralkyl group, behenyl group, oleyl group, linolyl group, lignoceryl group, and the like, which are monovalent groups having one or more branched chains and from them Examples thereof include a divalent group to be derived.
  • the “aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains” is preferably a 3,7,11-trimethyldodecyl group, a 3,7,11,15-tetramethylhexadecyl group (hereinafter referred to as 2,3-dihydrophyl group). And a 2,2,4,8,10,10-hexamethylundecan-5-yl group.
  • aliphatic hydrocarbon groups having one or more branched chains there are a plurality of “aliphatic hydrocarbon groups having one or more branched chains” in “an organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and a total carbon number of 14 to 300”. If present, each may be the same or different.
  • a site part can be set arbitrarily. For example, it has a moiety such as —O—, —S—, —CO—, —NH—, —COO—, —OCONH—, —CONH—, —NHCO—, a hydrocarbon group (monovalent group or divalent group). You may do it.
  • the “hydrocarbon group” include an aliphatic hydrocarbon group, an araliphatic hydrocarbon group, a monocyclic saturated hydrocarbon group, an aromatic hydrocarbon group, and the like.
  • an alkyl group Monovalent groups such as alkenyl group, alkynyl group, cycloalkyl group, aryl group, aralkyl group and the like and divalent groups derived therefrom are used.
  • the “alkyl group” is preferably a C 1-6 alkyl group, and examples thereof include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl, pentyl, hexyl and the like.
  • alkenyl group is preferably a C 2-6 alkenyl group, and examples thereof include vinyl, 1-propenyl, allyl, isopropenyl, butenyl, isobutenyl and the like.
  • alkynyl group is preferably a C 2-6 alkynyl group, and examples thereof include ethynyl, propargyl, 1-propynyl and the like.
  • cycloalkyl group is preferably a C 3-6 cycloalkyl group, and examples thereof include cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, and cyclohexyl.
  • the “aryl group” is preferably a C 6-14 aryl group, and examples thereof include phenyl, 1-naphthyl, 2-naphthyl, biphenylyl, 2-anthryl and the like. Among them, a C 6-10 aryl group is more preferable, and phenyl is particularly preferable.
  • the “aralkyl group” is preferably a C 7-20 aralkyl group, and examples thereof include benzyl, 1-phenylethyl, 2-phenylethyl, 1-phenylpropyl, naphthylmethyl, 1-naphthylethyl, 1-naphthylpropyl and the like. It is done.
  • a C 7-16 aralkyl group (C 6-10 aryl-C 1-6 alkyl group) is more preferable, and benzyl is particularly preferable.
  • the “hydrocarbon group” may be substituted with a substituent selected from a halogen atom (chlorine atom, bromine atom, fluorine atom, iodine atom), oxo group and the like.
  • total carbon number in the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less” is 14 or more, preferably 16 or more. Preferably it is 18 or more, 300 or less, preferably 200 or less, more preferably 160 or less.
  • the number of branched chains in the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and a total carbon number of 14 or more and 300 or less” is not particularly limited, but preferably 2 or more. 3 or more is more preferable, 4 or more is more preferable, 8 or more is more preferable, and 10 or more is more preferable.
  • oligonucleotide chain As the number of branched chains increases, even when the oligonucleotide chain becomes long, it has at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains, and the total number of carbon atoms is 14 or more and 300 or less.
  • An nucleoside or oligonucleotide protected with an anchor having an organic group dissolves well in organic solvents (especially nonpolar solvents).
  • R 14 and R 15 each independently represent a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group; and X 1 represents a single bond or a C 1-4 alkylene group. However, R 14 and R 15 are not both hydrogen atoms.
  • the group which has the same or different bivalent group represented by these is preferable.
  • Examples of the group having a divalent group represented by the formula (A) include groups represented by any of the following formulas (B) to (D).
  • the number of carbons in the definition of each symbol, the number of repeating units (m 1 , n 0 to n 2 ), etc. are shown for convenience, and the total number of carbons is 14 It can be appropriately changed within the above-defined range so as to be above (preferably 16 or more, more preferably 18 or more) and 300 or less (preferably 200 or less, more preferably 160 or less).
  • formulas (B) to (D) will be described in order.
  • R 16 and R 17 represent a hydrogen atom or together represent ⁇ O;
  • n 0 represents an integer of 2 to 40;
  • n 0 R 18 and R 19 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group;
  • n 0 X 2 s each independently represent a single bond or a C 1-4 alkylene group;
  • R 20 represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group;
  • R 21 represents a C 1-4 alkyl group.
  • R 18 and R 19 are not both hydrogen atoms, and when n 0 is 2, R 20 represents a C 1-4 alkyl group.
  • R 16 and R 17 are both hydrogen atoms; n 0 is an integer from 2 to 40; n 0 R 18 and R 19 are each independently a hydrogen atom, a methyl group or an ethyl group; n 0 X 2 s are each independently a single bond, a methylene group or an ethylene group; and R 20 is a group which is a hydrogen atom, a methyl group or an ethyl group (provided that R 18 and R 19 are both together) When it is not a hydrogen atom and n 0 is 2, R 20 represents a methyl or ethyl group.
  • More preferred groups of the formula (B) are branched isomers having 14 to 160 carbon atoms such as a myristyl group, a cetyl group, a stearyl group, an aralkyl group, and a behenyl group, among which 2,3-dihydrophytyl group, 3 , 7,11-trimethyldodecyl group and 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-dodecanoyl group are particularly preferred.
  • m 1 OR 22 each independently represents a hydroxyl group substituted with a group represented by the formula (B); and m 1 represents an integer of 1 to 3.
  • the “group represented by the formula (B)” in the formula (C) is as described above except that the * represents the bonding position with O (that is, an adjacent atom).
  • R 22 is more preferably a group that is a branched isomer having 14 to 30 carbon atoms such as a myristyl group, a cetyl group, a stearyl group, an aralkyl group, or a behenyl group, and in particular, 2,3-dihydro A phytyl group and a 3,7,11-trimethyldodecyl group are particularly preferred.
  • n 1 represents an integer of 1 to 10
  • n 2 represents an integer of 1 to 10
  • n 1 R 26 and R 27 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group
  • n 1 X 3 each independently represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • n two R 28 and R 29 each independently represent a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group
  • n 2 X 5 each independently represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • X 4 represents a single bond or a C 1-4 alkylene group
  • R 23 , R 24 , R 25 , R 30 , R 31 and R 32 each independently represents a hydrogen atom or a C 1-4 alkyl group.
  • R 26 and R 27 and / or R 28 and R 29 are not both hydrogen atoms and n 1 + n 2 is 2, two or more of R 23 , R 24 and R 25 Each independently represents a C 1-4 alkyl group, or two or more of R 30 , R 31 and R 32 each independently represent a C 1-4 alkyl group.
  • R 26 and R 27 , and / or R 28 and R 29 are not both hydrogen atoms and n 1 + n 2 is 2,
  • R 23 , R 24 and R 25 Two or more each independently represent a C 1-4 alkyl group, or two or more of R 30 , R 31 and R 32 each independently represent a C 1-4 alkyl group). preferable.
  • Particularly preferred groups of formula (D) include n 1 is an integer from 1 to 5; n 2 is an integer from 1 to 5; n 1 R 26 and R 27 are each independently a hydrogen atom or a methyl group; n 1 X 3 is each independently a single bond or a methylene group; n 2 R 28 and R 29 are each independently a hydrogen atom or a methyl group; n 2 X 5 are each independently a single bond or a methylene group; X 4 is a single bond or a methylene group; and R 23 , R 24 , R 25 , R 31 , R 31 and R 32 are groups that are methyl groups (provided that R 26 and R 27 , and / or R 28 and R 29 are not both hydrogen atoms).
  • organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having at least one branched chain and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less include the following groups. * In each group represents a bonding position; n 3 in the formula represents an integer of 3 or more; n 4 can be appropriately set so that the total carbon number of the group is 14 or more and 300 or less.
  • Preferred examples of the “organic group having at least one aliphatic hydrocarbon group having one or more branched chains and having a total carbon number of 14 or more and 300 or less” include the following groups: 3,7,11,15-tetramethylhexadecyl group (also known as 2,3-dihydrophytyl group); 3,7,11-trimethyldodecyl group; 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-dodecanoyl group; 3,4,5-tri (3 ′, 7 ′, 11 ′, 15′-tetramethylhexadecyloxy) benzyl group; and 3,5-di (3 ′, 7 ′, 11 ′, 15′-tetramethyl Hexadecyloxy) benzyl group.
  • the anchor is more preferably a group represented by the following formula (gI) (hereinafter sometimes abbreviated as “anchor (gI)”). ** LYZ (gI) [Where: ** indicates the position of attachment to the protected group; L is a single bond, or formula (a1) or (a1 ′):
  • Y represents a single bond, an oxygen atom or NR (R represents a hydrogen atom, an alkyl group or an aralkyl group); and Z represents a formula (a2), a formula (a2 ′) or a formula (a2 ′′) :
  • R 6 is a hydrogen atom or R b is a group represented by the following formula (a3)
  • R 6 of ring A or ring B is combined with R 8 to form a single bond
  • R 8 represents —O—, which may form a condensed ring together with ring A or ring B and ring C
  • k represents an integer of 1 to 4
  • k R 7 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • Ring A and Ring B are each independently, in addition to k QR 7 , further substituted with a halogen atom, an optionally substituted C 1-6 alkyl group, and a halogen atom.
  • R a represents a hydrogen atom; and
  • R b represents a hydrogen atom or the formula (a3):
  • j represents an integer of 0 to 4; j Q's are independently the same as defined above; j R 9 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • R 8 represents a hydrogen atom, or together with R 6 of ring A or ring B represents a single bond or —O— to form a condensed ring together with ring A or ring B and ring C It is good;
  • R a and R b together form an oxo group.
  • Equation (a2), R 7, and aliphatic hydrocarbon group having a carbon number of 10 or more straight chain R 9 has the formula (a3) in the formula (a2 ') and the formula (a2 ") are each independently Preferably, it is a group selected from a linear C 10-40 alkyl group and a linear C 10-40 alkenyl group, more preferably a linear C 10-40 alkyl group, Preferred is a linear C 10-30 alkyl group, particularly preferred is a linear C 12-28 alkyl group, and most preferred is a linear C 14-26 alkyl group.
  • Equation (a2), the formula (a2 ') and the formula (a2 ") R 7 in, and the formula (a3) in R 9 of the" aliphatic hydrocarbon group having 10 or more straight is a single bond or
  • the “hydrocarbon group bonded via a linker” is preferably a linear C 10-40 alkyl group and 1 to 3 linear C 10-40 alkyl groups bonded via —O—. It is a benzyl group or a cyclohexylmethyl group in which 1 to 3 linear C 10-40 alkyl groups are bonded via —O—.
  • Each having a total number of carbon atoms of 14 or more and 300 or less is preferably a group having a divalent group represented by the above formula (A), more preferably A group represented by any one of formulas (B) to (D), more preferably a group represented by the above formula (B), particularly preferably a 2,3-dihydrophytyl group, 3,7 , 11-trimethyldodecyl group, or 2,2,4,8,10,10-hexamethyl-5-dodecanoyl group.
  • Q in formula (a2), formula (a2 ′), formula (a2 ′′) and formula (a3) is preferably —O—, —C ( ⁇ O) NH— or —NHC ( ⁇ O) —. More preferably, it is —O—.
  • L 1 is a divalent C 1-22 hydrocarbon group; and L 2 is a group that is a single bond.
  • L 1 is an ethylene group
  • L 1 is an ethylene group
  • L 2 is *** C ( ⁇ O) N (R 3 ) —R 4 —N (R 5 ) **** (where *** is L 1 indicates a bonding position with 1 , **** indicates a bonding position with C ⁇ O, and the N (R 3 ) —R 4 —N (R 5 ) moiety forms a 1,4-piperazinediyl group.
  • L 1 is an ethylene group
  • L 2 is *** C ( ⁇ O) N (R 3 ) —R 4 —N (R 5 ) **** (where *** is L 1 represents a bonding position with 1 , **** represents a bonding position with C ⁇ O, R 4 represents a pentylene group or a hexylene group, and R 3 and R 5 each independently represents hydrogen. An atom or a methyl group).
  • a particularly preferable embodiment of L represented by the formula (a1) is an easily available and inexpensive succinyl group.
  • L 1 in the formula (a1 ′) is preferably a divalent C 6-10 aromatic hydrocarbon group, more preferably a phenylene group.
  • L 2 in formula (a1 ′) is preferably a single bond.
  • a preferred combination of L 1 and L 2 in the formula (a1 ′) is a combination in which L 1 is a divalent C 6-10 aromatic hydrocarbon group and L 2 is a single bond.
  • a more preferable combination of L 1 and L 2 in the formula (a1 ′) is a combination in which L 1 is a phenylene group and L 2 is a single bond.
  • R 1 and R 2 in formula (a1 ′) are each independently preferably a C 1-22 alkyl group, more preferably a C 1-10 alkyl group.
  • L represented by the formula (a1 ′) is R 1 and R 2 are each independently a C 1-22 alkyl group; L 1 is a divalent C 6-10 aromatic hydrocarbon group; and L 2 is a group that is a single bond.
  • L represented by the formula (a1 ′) is R 1 and R 2 are each independently a C 1-10 alkyl group; L 1 is a phenylene group; and L 2 is a group that is a single bond.
  • R is preferably a hydrogen atom, a C 1-6 alkyl group or a C 7-16 aralkyl group, more preferably a hydrogen atom, methyl, ethyl or Benzyl, more preferably a hydrogen atom.
  • Y is preferably a single bond, an oxygen atom or NR, more preferably a single bond or an oxygen atom.
  • Z in the formula (gI) is preferably a group represented by the formula (a2) or the formula (a2 ′′), more preferably a group represented by the formula (a2 ′′).
  • an anchor having Z that is, a structure of cyclohexylmethyl group
  • an anchor having Z that is, the structure of benzyl group
  • the solubility in non-polar solvents such as nucleosides, nucleotides or oligonucleotides (a) can be dramatically improved, whereby the production method of the present invention can be carried out at a higher concentration and the productivity is greatly improved. To do.
  • R 6 is preferably a hydrogen atom.
  • R a and R b are preferably hydrogen atoms or together form an oxo group.
  • a preferred embodiment for solid-liquid separation of Z represented by the formula (a2) is: R a and R b are hydrogen atoms; R 6 is a hydrogen atom; k is an integer from 1 to 3; k Q's are -O-; and k R 7 are each independently a linear C 10-40 alkyl group. It is a group.
  • R a and R b are hydrogen atoms;
  • R 6 is a hydrogen atom;
  • k is an integer from 1 to 3;
  • k Q's are -O-;
  • k R 7 s are each independently a benzyl group in which 1 to 3 linear C 10-40 alkyl groups are bonded via —O—, or 1 to 3 linear C 10-40 alkyl group is cyclohexyl methyl group attached through an -O-;
  • ring a in addition to the k QR 7, which may be further substituted halogen atom, a halogen atom C 1- A 6 alkyl group, and a substituent selected from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group optionally substituted with a halogen atom, It is a group.
  • R a is a hydrogen atom
  • R b is a group represented by formula (a3) (wherein * is a bonding position, j is an integer of 0 to 3, and j Qs are —O— And j R 9 s are each independently a linear C 10-40 alkyl group, and R 6 and R 8 are both hydrogen atoms.) It is a group.
  • R a is a hydrogen atom
  • R b is a group represented by formula (a3) (wherein * is a bonding position, j is an integer of 0 to 3, and j Qs are —O—
  • Each of j R 9 is independently a linear C 10-40 alkyl group, and R 8 together with R 6 represents a single bond or —O—, And a condensed ring together with ring C.) It is a group.
  • R a and R b together form an oxo group;
  • R 6 is a hydrogen atom;
  • k is an integer from 1 to 3;
  • k Q's are -O-; and
  • k R 7 are each independently a linear C 10-40 alkyl group. It is a group.
  • R a and R b together form an oxo group;
  • R 6 is a hydrogen atom;
  • k is an integer from 1 to 3;
  • k Q's are -O-;
  • k R 7 s are each independently a benzyl group in which 1 to 3 linear C 10-40 alkyl groups are bonded via —O—, or 1 to 3 linear C 10-40 alkyl group is cyclohexyl methyl group attached through an -O-;
  • ring a in addition to the k QR 7, which may be further substituted halogen atom, a halogen atom C 1- A 6 alkyl group, and a substituent selected from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group optionally substituted with a halogen atom, It is a group.
  • R 6 is preferably a hydrogen atom.
  • R a and R b are a hydrogen atom or together form an oxo group. It is preferable.
  • a preferred embodiment for solid-liquid separation of Z represented by the formula (a2 ′′) is: R a and R b are hydrogen atoms; R 6 is a hydrogen atom; k is an integer from 1 to 3; k Q's are -O-; and k R 7 are each independently a linear C 10-40 alkyl group. It is a group.
  • R a and R b are hydrogen atoms;
  • R 6 is a hydrogen atom;
  • k is an integer from 1 to 3;
  • k Q's are -O-;
  • k R 7 s are each independently a benzyl group in which 1 to 3 linear C 10-40 alkyl groups are bonded via —O—, or 1 to 3 linear C 10-40 alkyl group is cyclohexyl methyl group attached through an -O-;
  • ring B is, in addition to the k QR 7, which may be further substituted halogen atom, a halogen atom C 1- A 6 alkyl group, and a substituent selected from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group optionally substituted with a halogen atom, It is a group.
  • R a is a hydrogen atom
  • R b is the formula (a3) (wherein * is a bonding position, j is an integer of 0 to 3, j Q is —O—, j R 9 is Independently a C 10-40 alkyl group, and R 6 and R 8 are both hydrogen atoms.) It is a group.
  • R a is a hydrogen atom
  • R b is the formula (a3) (wherein * is a bonding position, j is an integer of 0 to 3, j Q is —O—, j R 9 is Independently, it is a linear C 10-40 alkyl group, and R 8 together with R 6 represents a single bond or —O— to form a condensed ring together with ring B and ring C. Is a group represented by It is a group.
  • R a and R b together form an oxo group
  • R 6 is a hydrogen atom
  • k is an integer from 1 to 3
  • k Q's are -O-
  • k R 7 are each independently a linear C 10-40 alkyl group. It is a group.
  • R a and R b together form an oxo group
  • R 6 is a hydrogen atom
  • k is an integer from 1 to 3
  • k Q's are -O-
  • k R 7 s are each independently a benzyl group in which 1 to 3 linear C 10-40 alkyl groups are bonded via —O—, or 1 to 3 linear C 10-40 alkyl group is cyclohexyl methyl group attached through an -O-
  • ring B is, in addition to the k QR 7, which may be further substituted halogen atom, a halogen atom C 1- A 6 alkyl group, and a substituent selected from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group optionally substituted with a halogen atom, It is a group.
  • An anchor (gI) suitable for solid-liquid separation is preferably L is a succinyl group or a group represented by the formula (a1 ′) (in the formula (a1 ′), R 1 and R 2 are each independently a C 1-10 alkyl group, 1 is a divalent phenylene group, L 2 is a single bond), and YZ is a 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyloxy group, 3,5-bis (Docosyloxy) benzyloxy group, 3,5-bis [3 ′, 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) benzyloxy] benzyloxy group, 3,4,5-tris [3 ′, 4 ′, 5 ′ -Tris (octadecyloxy) benzyloxy] benzyloxy group, 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzylamino group, 2,4-bis (docosyloxy)
  • An anchor (gI) suitable for solid-liquid separation is more preferably L is a succinyl group, and YZ is 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyloxy group, 3,5-bis (docosyloxy) benzyloxy group, 3,5-bis [3 ′, 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) benzyloxy] benzyloxy group, 3,4,5-tris [3 ′, 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) benzyloxy] benzyloxy group, 3,4 , 5-tris (octadecyloxy) benzylamino group, 2,4-bis (docosyloxy) benzylamino group, 3,5-bis (docosyloxy) benzylamino group, bis (4-docosyloxyphenyl) methylamino group, 4 -Methoxy-2- [3 ', 4', 5
  • Oxy) benzoyl group 3,5-bis (docosyloxy) benzoyl group, 3,5-bis [3 ′, 4 ′, 5 ′ Tris (octadecyloxy) benzyloxy] benzoyl group or 3,4,5-tris [3 '4', 5'-tris (octadecyloxy) benzyloxy] benzoyl group.
  • An anchor (gI) suitable for solid-liquid separation is more preferably L is a succinyl group, and YZ is a 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyloxy group, 3,4,5-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy group, 3,5-bis (Docosyloxy) cyclohexylmethyloxy group, 3,5-bis [3 ′, 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy] cyclohexylmethyloxy group, 3,4,5-tris [3 ′, 4 ′ , 5′-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy] cyclohexylmethyloxy group, 3,4,5-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethylamino group, 2,4-bis (docosyloxy) cyclohexylmethylamin
  • An anchor (gI) suitable for solid-liquid separation is particularly preferably L is a succinyl group, and YZ is a 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyloxy group, 3,4,5-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy group or phenyl (2,3 , 4-tris (octadecyloxy) phenyl) methylamino group, or LY is a succinyl-1,4-piperazinediyl group, and Z is 3,4,5-tris ( An octadecyloxy) benzoyl group.
  • An anchor (gI) suitable for solid-liquid separation is most preferably L is a succinyl group, and YZ is a group that is a 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyloxy group or a 3,4,5-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy group.
  • LY is a succinyl-1,4-piperazinediyl group, and Z is a group that is a 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzoyl group.
  • Suitable anchors (gI) for extraction are preferably 2- ⁇ 2,4-di (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzylaminocarbonyl ⁇ ethylcarbonyl group; 3,5-di (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzyloxysuccinyl group; 4- (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzyloxysuccinyl group; 2- ⁇ 1-[(2-chloro-5- ( 2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) phenyl)] benzylaminocarbonyl ⁇ ethylcarbonyl group; 3,4,5-tri (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzyloxysuccinyl group; 2- ⁇ 3 , 4,5-tri (2 ′, 3′-dihydrophytyloxy) benzylaminocarbonyl ⁇ ethylcarbon
  • the alcohol compound or amine compound represented by the formula: Z—Y—H used for forming the anchor can be produced, for example, by the following steps or steps similar thereto.
  • [Q ′ in the formula represents —O—, —S—, —C ( ⁇ O) O— or —NH—, wherein R g represents a hydrogen atom, an OR h group (where R h represents C 1 -6 represents an alkyl group such as an alkyl group, an aralkyl group such as a benzyl group, etc.) or formula (a3):
  • Y 1 represents a leaving group such as a halogen atom, and the other symbols are as defined above.
  • Step (a) In this step, Q′H (where Q ′ is —O—, —S—, —C ( ⁇ O) of a compound represented by formula (IV) (hereinafter abbreviated as compound (IV)). ) Represents O— or —NH—, and is a step for producing a compound represented by formula (IVa) (hereinafter abbreviated as compound (IVa)) by introducing R 7 .
  • Q ′ is —O—, —S— or —NH—
  • alkylsulfonyloxy compound corresponding to the carboxylic acid or acid halide or R 7 corresponds to R 7 (e.g., methanesulfonyloxy compound, etc.) or arylsulfonyloxy halide (e.g., p- toluenesulfonyl Oxygenated compounds are used.
  • R 7 e.g., methanesulfonyloxy compound, etc.
  • arylsulfonyloxy halide e.g., p- toluenesulfonyl Oxygenated compounds are used.
  • Q ′ is —O—
  • this reaction may be performed under Mitsunobu reaction conditions in which a compound (IV) and a hydroxide corresponding to R 7 are reacted in the presence of triphenylphosphine and diisopropyl azodicarboxylate. it can.
  • Examples of the base include alkali metal salts such as sodium carbonate, sodium hydrogen carbonate, potassium carbonate, sodium hydride, potassium hydride, potassium tert-butoxide; pyridine, triethylamine, N, N-dimethylaniline, 1,8-diazabicyclo
  • Examples thereof include amines such as [5.4.0] -7-undecene, among which sodium carbonate, potassium carbonate, sodium hydride and the like are preferable.
  • the solvent examples include aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; amides such as dimethylformamide and dimethylacetamide; halogenated hydrocarbons such as chloroform and dichloromethane; nitriles such as acetonitrile. N-methylpyrrolidone and the like, or a mixture thereof. Among them, dimethylformamide, tetrahydrofuran, toluene, N-methylpyrrolidone and the like are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 50 to 150 ° C, more preferably 60 to 130 ° C.
  • the reaction time is preferably 2 to 30 hours, more preferably 3 to 10 hours.
  • Step (b) This step is a step for producing a compound represented by formula (Ia) (hereinafter abbreviated as compound (Ia)) by reducing compound (IVa).
  • This reduction reaction can be performed by a method using a reducing agent.
  • Examples of the reducing agent used in this reduction reaction include metal hydrides (sodium borohydride, lithium borohydride, sodium cyanoborohydride, sodium triacetoxyborohydride, dibutylaluminum hydride, aluminum hydride, hydrogenation) Among them, sodium borohydride, dibutylaluminum hydride and the like are preferable.
  • This reaction is performed in a solvent that does not affect the reaction.
  • the solvent include alcohols such as methanol and ethanol; ethers such as diethyl ether, tetrahydrofuran and dioxane; aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; or a mixture thereof, among which tetrahydrofuran, toluene and the like are mentioned.
  • the reaction temperature is preferably 0 to 100 ° C, more preferably 30 to 70 ° C.
  • the reaction time is preferably 1 to 24 hours, more preferably 2 to 5 hours.
  • Step (c) is a step of reducing compound (IVa) (in formula (IVa), R g is not a hydrogen atom or an OR h group) by the same method as in the above step (b).
  • Step (d-1) In this step, compound (IVa) (in formula (IVa), wherein R g is a hydrogen atom) is subjected to oximation to produce a compound represented by formula (I′-a) (hereinafter referred to as compound (I ′) Abbreviated as -a)).
  • This oximation reaction is carried out by reacting compound (IVa) with an acid addition salt of hydroxylamine in the presence of a base in a solvent that does not affect the reaction.
  • Examples of the acid addition salt of hydroxylamine include mineral acid salts such as hydrochloride, sulfate, and nitrate, acetate, trifluoroacetate, methanesulfonate, trifluoromethanesulfonate, p-toluenesulfonate, and the like.
  • the organic acid salt and the like can be mentioned, and the hydrochloride is particularly preferable.
  • Examples of such bases include alkali metal salts such as potassium hydroxide, sodium hydroxide, sodium hydrogen carbonate, potassium carbonate; pyridine, triethylamine, diisopropylethylamine, N, N-dimethylaniline, 1,8-diazabicyclo [5.4. 0.0] undec-7-ene and the like, among which triethylamine, diisopropylethylamine and the like are preferable.
  • alkali metal salts such as potassium hydroxide, sodium hydroxide, sodium hydrogen carbonate, potassium carbonate
  • pyridine triethylamine, diisopropylethylamine, N, N-dimethylaniline, 1,8-diazabicyclo [5.4. 0.0] undec-7-ene and the like, among which triethylamine, diisopropylethylamine and the like are preferable.
  • the solvent examples include halogen solvents such as chloroform and dichloromethane; aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; and / or mixtures thereof. Among them, dichloromethane, chloroform, Toluene and the like are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 100 ° C., more preferably 20 to 60 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-2) In this step, compound (I′-a) is reduced by a catalytic hydrogenation reaction in the presence of a metal catalyst such as palladium-carbon or Raney nickel, or a reducing agent such as a metal hydride similar to step (b). To produce a compound represented by formula (Ib) (hereinafter abbreviated as compound (Ib)).
  • a metal catalyst such as palladium-carbon or Raney nickel
  • a reducing agent such as a metal hydride similar to step (b).
  • Compound (Ib) can also be produced through step (d-3), step (d-4) and step (d-5).
  • Step (d-3) the compound (Ia) is halogenated using a chlorinating agent such as acetyl chloride or thionyl chloride or a brominating agent such as acetyl bromide, phosphorus tribromide or diphenylphosphine / bromine.
  • a chlorinating agent such as acetyl chloride or thionyl chloride
  • a brominating agent such as acetyl bromide, phosphorus tribromide or diphenylphosphine / bromine.
  • the solvent examples include halogenated hydrocarbons such as chloroform and dichloromethane; aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; and mixtures thereof, among which chloroform, tetrahydrofuran and toluene Etc. are preferred.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 150 ° C, more preferably 30 to 80 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-4) In this step, compound (I′-b) is azidated using an azidating agent such as sodium azide to give a compound represented by formula (I′-c) (hereinafter referred to as compound (I′-c) Abbreviated as))).
  • This reaction is carried out by reacting compound (I′-b) with an azidating agent in a solvent that does not affect the reaction.
  • the solvent examples include halogenated hydrocarbons such as chloroform and dichloromethane; aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; amides such as N, N-dimethylformamide; and mixtures thereof Among them, chloroform, N, N-dimethylformamide and the like are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 150 ° C, more preferably 20 to 100 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-5) This step is a step for producing compound (Ib) by amination of compound (I′-c). This reaction is carried out by reacting compound (I′-c) with triphenylphosphine in the presence of water in a solvent that does not affect the reaction, or by catalytic hydrogenation reduction.
  • the amount of triphenylphosphine to be used is preferably 1 to 10 mol, particularly preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of compound (I′-c).
  • the amount of water to be used is preferably 1 to 10 mol, particularly preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of compound (I′-c).
  • the solvent examples include aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; and mixtures thereof, among which toluene and tetrahydrofuran are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 150 ° C, more preferably 20 to 100 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-6) In this step, compound (I′-b) is reacted with RNH 2 (where R is as defined above), whereby compound represented by formula (Ic) wherein Y is a —NHR group (hereinafter, This is a step for producing compound (Ic).
  • compound (I′-b) is represented by R—NH 2 in a solvent that does not affect the reaction, if necessary, for example, in the presence of a base such as a tertiary amine such as triethylamine or diisopropylethylamine. By reacting with an amine.
  • the solvent examples include aromatic hydrocarbons such as toluene and xylene; ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; and halogen solvents such as chloroform and dichloromethane, or a mixture thereof. Etc. are preferred.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 100 ° C, more preferably 20 to 60 ° C.
  • the reaction time is preferably 0.5 to 30 hours, more preferably 2 to 20 hours.
  • Step (d-7) This step is a step for producing compound (Ie) by reacting compound (Id) with a compound having —CONH 2 group or —OCONH 2 group and then treating with a base.
  • the reaction of compound (Id) with a compound having a —CONH 2 group or —OCONH 2 group is carried out in an acid catalyst in a solvent that does not affect the reaction.
  • the acid catalyst examples include methane sulfonic acid, trifluoromethane sulfonic acid, toluene sulfonic acid, and the like. Among them, methane sulfonic acid and toluene sulfonic acid are preferable.
  • the amount of the acid catalyst to be used is preferably 0.05 to 0.5 mol, particularly preferably 0.1 to 0.3 mol, per 1 mol of compound (Id).
  • Examples of the compound having —CONH 2 group or —OCONH 2 group include Fmoc-NH 2 , HCONH 2 , CF 3 CONH 2 , AcNH 2 , EtOCONH 2 , Cbz—NH 2, etc., among which Fmoc-NH 2 EtOCONH 2 and the like are preferable.
  • Fmoc- means a 9-fluorenylmethoxycarbonyl group (hereinafter also referred to as Fmoc group)
  • Cbz- means a benzyloxycarbonyl group (hereinafter also referred to as Cbz group).
  • the reagent used as the raw material in the step (a) [that is, a hydroxide, halide, alkylsulfonyloxylate (eg, methanesulfonyloxylate) corresponding to R 7 , or arylsulfonyloxylate (eg, p- Hereinafter referred to as “reagent of step (a)”. ] Can use a commercial item.
  • the reagent in step (a) is, for example, (1) by halogenation, alkylsulfonyloxylation or arylsulfonyloxylation of a hydroxide corresponding to R 7 , or (2) a reduction reaction of an unsaturated hydroxide corresponding to R 7 (eg, platinum-carbon ( Pt / C), palladium-carbon (Pd / C), rhodium-carbon (Rh / C), catalytic hydrogenation reaction in the presence of a metal catalyst such as Raney nickel), and subsequent halogenation, alkylsulfonyloxylation Or by arylsulfonyloxylation Can be manufactured.
  • Pt / C platinum-carbon
  • Pd / C palladium-carbon
  • Rh / C rhodium-carbon
  • catalytic hydrogenation reaction in the presence of a metal catalyst such as Raney nickel
  • examples of the reagent used for converting the hydroxyl group to the leaving group include chlorinating agents such as thionyl chloride and N-chlorosuccinimide (NCS), hydrobromic acid, bromide, and the like.
  • halogenating agents such as brominating agents such as acetyl, N-bromosuccinimide (NBS), phosphorus tribromide and diphenylphosphine / bromine
  • alkylsulfonylating agents such as methanesulfonyl chloride and trifluoromethanesulfonyl chloride
  • benzenesulfonyl chloride Arylsulfonylating agents such as p-toluenesulfonyl chloride, and the like.
  • halogenating agents such as thionyl chloride and hydrobromic acid are preferable.
  • This reaction is performed in a solvent that does not affect the reaction.
  • the solvent include water; halogenated hydrocarbons such as chloroform and dichloromethane; aromatic hydrocarbons such as benzene, toluene and xylene; acetonitrile, Nitriles such as propionitrile; ethers such as tetrahydrofuran, 1,4-dioxane, diethyl ether and the like.
  • halogenated hydrocarbons such as water and chloroform are preferable.
  • the reaction temperature is preferably 10 to 120 ° C, more preferably 50 to 100 ° C.
  • the reaction time is preferably 1 to 72 hours, more preferably 3 to 24 hours.
  • the compound represented by ZYH in which Q ′ is a single bond can also be produced, for example, by the following method. That is, the introduction of R 7 onto the benzene ring is (1) a halide corresponding to R 7 (chloride, bromide or iodide), Friedel-Crafts reaction using a carboxylic acid or acid halide corresponding to R 7, (2) A method corresponding to the above compound (IV) (however, a compound in which Q′H is replaced with —CHO group) is increased by Wittig reaction and then catalytic hydrogenation or the like, or (3) a metal catalyst Can be carried out by a conventional organic synthesis reaction such as cross-coupling using
  • nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) used in this step include compounds represented by the following formula (aI) (ie, nucleoside or oligonucleotide).
  • m represents an integer of 0 or more; m + 1 Bases each independently represent an optionally protected nucleobase; m + 1 X's each independently represent a hydrogen atom, a halogen atom, an optionally protected hydroxyl group, or a divalent organic group bonded to a 2-position carbon atom and a 4-position carbon atom; m + 1 X n1 each independently represents an oxygen atom or NH; m R 10 s each independently represent an oxygen atom or a sulfur atom; m R p1 each independently represents a protecting group for a phosphate group; L, Y, and Z are as defined above. ]
  • compound (aI) may be abbreviated as “compound (aI)”.
  • compounds represented by other formulas may be abbreviated.
  • the amino group of the nucleobase is preferably protected with a protecting group.
  • the protecting group include acetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, benzoyl group, isobutyryl group, (2-hexyl) decanoyl group, dimethylformamidinyl group, and ⁇ NC (R 11 ) —N ( R 12 ) (R 13 ) group (wherein R 11 represents a methyl group, R 12 and R 13 each independently represent a C 1-5 alkyl group, or R 11 and R 12 are taken together) And a 5- or 6-membered nitrogen-containing hydrocarbon ring may be formed together with the carbon atom and nitrogen atom to which they are bonded.
  • Examples of the ⁇ NC (R 11 ) —N (R 12 ) (R 13 ) group include a 1- (dimethylamino) ethylidene group.
  • the amino protecting group may be only one type or two or more types.
  • compound (aI) is a nucleoside, and when m is 1 or more, compound (aI) is an oligonucleotide.
  • m is preferably 49 or less, more preferably 29 or less, further preferably 19 or less, particularly preferably 4 or less, and most preferably 2 or less.
  • the halogen atom for X is preferably a fluorine atom or a chlorine atom, and more preferably a fluorine atom.
  • the protecting group of the hydroxyl group which may be protected by X is not particularly limited.
  • PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS 3rd edition, John Willie &.
  • An arbitrary protecting group described in Sands (JOHN WILLY & SONS) publication (1999) can be exemplified.
  • the protective group for the hydroxyl group which may be protected is preferably a triethylsilyl group, a triisopropylsilyl group, or a tert-butyldimethylsilyl group. From the viewpoint of economy and availability, tert-butyldimethylsilyl group is preferable. Particularly preferred is a group.
  • the “divalent organic group bonded to the 2-position carbon atom and 4-position carbon atom” of X is not particularly limited as long as it is bonded to the 2-position carbon atom and 4-position carbon atom of the nucleoside.
  • the divalent organic group include an optionally substituted C 2-7 alkylene group, and —O—, —NR 33 — (R 33 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group), —S—, —CO—, —COO—, —OCONR 34 — (R 34 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group) and —CONR 35 — (R 35 represents a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group) And a divalent organic group composed of an optionally substituted C 1-7 alkylene group.
  • an optionally substituted C 2-7 alkylene group an optionally substituted C 2-7 alkylene group, —OR i — (R i is bonded to the 4-position carbon atom C 1-6 alkylene group), —O—NR 33 —R j — (R j represents a C 1-6 alkylene group bonded to the 4-position carbon atom, and R 33 is as defined above), — O-R k -O-R l - (R k represents a C 1-6 alkylene group, R l represents a C 1-6 alkylene group bonded crosslinked with 4-position carbon atom) are preferred, -OR i - (R i is as defined above), —O—NR 33 —R j — (R j and R 33 are as defined above), —O—R k —O—R 1 — (R k and R More preferably, l is as defined above.
  • R i is bonded to the 4-position carbon atom C 1-6 alkylene group
  • Examples of the “divalent organic group bonded to the 2-position carbon atom and the 4-position carbon atom” include —O—CH 2 —, —O—CH 2 —CH 2 —, —O—NR 33 —CH 2 — (R 33 is as defined above), —O—CH 2 —O—CH 2 — is more preferred, —O—CH 2 —, —O—CH 2 —CH 2 —, —O—NH—CH 2 —, Further, —O—N (CH 3 ) —CH 2 —, —O—CH 2 —O—CH 2 — (each of which binds to the carbon atom on the left side and bonds to the carbon atom on the right side on the right side) are further added. preferable.
  • M + 1 Xs are each independently preferably a hydrogen atom, a halogen atom, or an optionally protected hydroxyl group, more preferably a hydrogen atom or an optionally protected hydroxyl group.
  • the protecting group for the phosphate group of R p1 is not particularly limited as long as it can be removed under basic conditions and can be used as a protecting group for the phosphate group, but —CH 2 CH 2 WG (WG Represents an electron-withdrawing group).
  • Examples of the electron-withdrawing group of WG include a cyano group and a nitro group, and a cyano group is preferable.
  • the m R p1 groups are preferably each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • m + 1 X n1 are preferably oxygen atoms.
  • L, Y and Z is as described above.
  • the compound (aI) is preferably a compound represented by the following formula (ai) (the definitions and explanations of symbols in the following formula are as described above).
  • Compound (aI) can be produced by a method known per se or a method analogous thereto.
  • X n1 is an oxygen atom
  • L is a succinyl group
  • the nucleoside (ii) protected by the protecting group Q ′′ is reacted with succinic anhydride to synthesize the nucleoside (ii), and then the resulting nucleoside (ii) and compound Z— are present in the presence of a condensing agent.
  • It can be produced by condensing YH to synthesize a nucleoside in which the 3′-position and 5′-position hydroxyl groups are protected, and then removing the temporary protecting group Q ′′ with an acid.
  • the conversion reaction from nucleoside (i) to nucleoside (ii) is advantageously performed in a solvent inert to the reaction.
  • a solvent is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but halogen solvents such as dichloromethane, 1,2-dichloroethane, chloroform and carbon tetrachloride, aromatic solvents such as benzene, toluene and xylene, or pentane.
  • An aliphatic solvent such as hexane, heptane and octane, or an ether solvent such as diethyl ether, tetrahydrofuran and cyclopentyl methyl ether, and a mixed solvent thereof are preferred.
  • dichloromethane or chloroform is particularly preferred.
  • nucleoside (ii) Although it does not specifically limit as a base used for the synthesis
  • the condensation reaction for synthesizing the nucleoside (iii) is advantageously performed in a solvent inert to the reaction.
  • a solvent is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but halogen solvents such as dichloromethane, 1,2-dichloroethane, chloroform and carbon tetrachloride, aromatic solvents such as benzene, toluene and xylene, pentane, Aliphatic solvents such as hexane, heptane and octane, or combinations thereof are preferred. Of these, dichloromethane and chloroform are particularly preferred.
  • Examples of the condensing agent used in the condensation reaction of nucleoside (ii) and ZYH include dicyclohexylcarbodiimide (DCC), diisopropylcarbodiimide (DIC), N-ethyl-N′-3-dimethylaminopropylcarbodiimide, and hydrochloric acid thereof.
  • EDC.HCl hexafluorophosphoric acid (benzotriazol-1-yloxy) tripyrrolidinophosphonium (PyBop), O- (benzotriazol-1-yl) -N, N, N ′, N′-tetramethyl Uronium tetrafluoroborate (TBTU), 1- [bis (dimethylamino) methylene] -5-chloro-1H-benzotriazolium-3-oxide hexafluorophosphate (HCTU), O-benzotriazole-N, N, N ', N'-tetramethyluronium Hexafluorophosphate (HBTU) and the like.
  • HBTU, HCTU, N-ethyl-N′-3-dimethylaminopropylcarbodiimide and its hydrochloride (EDC ⁇ HCl) are preferred.
  • the amount of the condensing agent to be used is, for example, 1 to 10 mol, preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of nucleoside (ii).
  • the amount of ZYH used is, for example, 1 to 10 mol, preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of nucleoside (ii).
  • the reaction temperature is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but it is preferably ⁇ 10 ° C. to 50 ° C., more preferably 0 ° C. to 30 ° C.
  • the reaction time is, for example, 30 minutes to 70 hours.
  • the removal (deprotection) of the temporary protecting group Q of the nucleoside (iii) can be carried out in the same manner as in the step (4) of the present invention.
  • the compound (aI) in which L is other than a succinyl group is also obtained by using a corresponding acid anhydride, a corresponding dicarboxylic acid halide, an active ester of the corresponding dicarboxylic acid, etc., instead of the succinic anhydride in the above synthesis method. Can be synthesized by carrying out the same reaction.
  • the compound (aI) in which X n1 is NH is synthesized by carrying out the same reaction using a nucleoside in which the 3′-position hydroxyl group is an amino group instead of the nucleoside (i) in the above synthesis method. be able to.
  • compound (aI) in which m is 1 or more can be synthesized by repeating the 5 ′ terminal extension process using compound (aI) in which m is 0 as a starting material.
  • compounds represented by the formula (a-II) that is, nucleosides or oligonucleotides are preferable.
  • m, m Base, m + 1 X, m R 10 , m R p 1 , L, Y and Z are each independently as defined above;
  • R 11 represents a methyl group, and
  • R 12 and R 13 each independently represent a C 1-5 alkyl group, or R 11 and R 12 taken together, and the carbon atom and nitrogen to which they are bonded
  • a 5-membered or 6-membered nitrogen-containing hydrocarbon ring may be formed together with the atoms.
  • m R p1 each independently represents a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • m is preferably 0. That is, among the compounds (a-II), a compound represented by the formula (a-III) (that is, a nucleoside) is preferable (the definitions and explanations of symbols in the following formula are as described above).
  • R 11 is a methyl group
  • R 12 and R 13 are preferably each independently a C 1-5 alkyl group
  • R 11 , R More preferably, 12 and R 13 are methyl groups.
  • the explanation of other symbols in formula (a-II) and formula (a-III) is as described above.
  • a compound (a-II) when producing an oligonucleotide having the first residue as a nucleobase, a compound (a-II) (particularly compound (a-III) is used as the starting nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a). )) can be used to suppress the generation of branch bodies.
  • branch body refers to a by-product formed by the removal of the protecting group of the amino group in the nucleobase of the target compound and the combination of the amino group and the monomer.
  • compounds represented by the formula (a-IV) that is, nucleosides or oligonucleotides are preferable.
  • R 6 is a hydrogen atom or R b is a group represented by the following formula (a3)
  • R 6 together with R 8 represents a single bond or —O—
  • ring B And may form a condensed ring together with ring C
  • k represents an integer of 1 to 4
  • k R 7 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • Ring B includes, in addition to k QR 7 , a halogen atom, a C 1-6 alkyl group which may be substituted with a halogen atom, and a C 1-6 alkoxy group which may be substituted with a halogen atom.
  • * indicates a bonding position
  • j represents an integer of 0 to 4
  • j Q's are independently the same as defined above
  • j R 9 s each independently represent a hydrocarbon group in which a linear aliphatic hydrocarbon group having 10 or more carbon atoms is bonded through a single bond or a linker, or has one or more branched chains.
  • R 8 represents a hydrogen atom, or together with R 6 may represent a single bond or —O— to form a condensed ring together with ring B and ring C;
  • ring C is j in addition to the number of QR 9, selected further halogen atoms, optionally substituted by a halogen atom C 1-6 alkyl groups, and from the group consisting of a C 1-6 alkoxy group optionally substituted by a halogen atom May have a substituent.
  • R a and R b together form an oxo group. ] Is represented. ]
  • m R p1s are each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • m is preferably 0.
  • the explanation of other symbols in the formula (a-IV) is as described above.
  • a compound represented by the following formula (aV) that is, a nucleoside is preferable (the definition and explanation of symbols in the following formula are as described above).
  • the compound (a-IV) in particular, the compound (aV)
  • Z ′ that is, the structure of the cyclohexylmethyl group represented by the formula (a2 ′′) in the anchor Is more soluble in a nonpolar solvent than other compounds (aI) having Z (namely, the structure of a benzyl group) represented by the formula (a2) in the anchor.
  • -IV) in particular, compound (aV)
  • the production method of the present invention can be carried out at a higher concentration, and the productivity is greatly improved.
  • Z ′ represented by the formula (a2 ′′) The description of is the same as the description of Z represented by the above formula (a2 ′′).
  • L is a succinyl group or a group represented by the formula (a1 ′) (in the formula (a1 ′), R 1 and R 2 are each independently a C 1-10 alkyl group, 1 is a divalent phenylene group, L 2 is a single bond, and YZ ′ is 3,4,5-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy group, 3,5 -Bis (docosyloxy) cyclohexylmethyloxy group, 3,5-bis [3 ', 4', 5'-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy] cyclohexylmethyloxy group, 3,4,5-tris [3 ', 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy] cyclohexylmethyloxy group, 3,4,5-tris [3 ', 4 ′, 5′-tris (octadecy
  • L is a succinyl group
  • YZ ′ is 3,4,5-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy group, 3,5-bis (docosyloxy) cyclohexylmethyloxy group, 3,5-bis [ 3 ′, 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy] cyclohexylmethyloxy group, 3,4,5-tris [3 ′, 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy] cyclohexyl Methyloxy group, 3,4,5-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethylamino group, 2,4-bis (docosyloxy) cyclohexylmethylamino group, 3,5-bis (docosyloxy) cyclohexylmethylamino
  • L is a succinyl group
  • YZ ′ is 3,4,5-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy group, 3,5-bis (docosyloxy) cyclohexylmethyloxy group, 3,5-bis [ 3 ′, 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy] cyclohexylmethyloxy group, or 3,4,5-tris [3 ′, 4 ′, 5′-tris (octadecyloxy) cyclohexylmethyloxy]
  • a combination that is a cyclohexylmethyloxy group is more preferred for solid-liquid separation.
  • nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) examples include compounds represented by the following formula (a-VI) (that is, nucleoside or oligonucleotide).
  • At least one of the m + 1 of Base 1 shows a nucleobase protected by -L-Y-Z, the remaining represents a nucleic acid base which may be protected;
  • m X n1 each independently represents an oxygen atom or NH;
  • X n2 represents a protected hydroxyl group or amino group;
  • m, m + 1 X, m R 10 , m R p 1 , L, Y and Z are each independently as defined above.
  • Base 1 is a nucleobase protected with -LYZ.
  • the explanation of nucleobase and -LYZ is as described above.
  • the explanation of the nucleobase which may be protected is also as described above.
  • the protecting group for the protected hydroxyl group (X n2 ) is not particularly limited.
  • PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS, 3rd edition, John Willy and Any protecting group described in JOHN WILLY & SONS publication (1999) can be used.
  • the protecting group for a hydroxyl group is preferably a triethylsilyl group, a triisopropylsilyl group or a tert-butyldimethylsilyl group, and more preferably a tert-butyldimethylsilyl group from the viewpoint of economy and availability.
  • protection and deprotection of a hydroxyl group are well known, and can be performed, for example, by the method described in the above-mentioned Protective Groups in Organic Synthesis.
  • the protecting group of the protected amino group (X n2 ) is not particularly limited.
  • Green's PROTECTIVE GROUPS in ORGANIC SYNTHESIS, 4th edition, Protecting groups described in Wiley-Interscience (2006) and the like can be mentioned.
  • Specific examples of each protecting group include pivaloyl, pivaloyloxymethyl, acetyl, trifluoroacetyl, phenoxyacetyl, 4-isopropylphenoxyacetyl, 4-tert-butylphenoxyacetyl, benzoyl, isobutyryl.
  • the amino protecting group is preferably an acetyl group, a phenoxyacetyl group, a 4-isopropylphenoxyacetyl group, a benzoyl group, an isobutyryl group, a (2-hexyl) decanoyl group, a dimethylformamidinyl group, or 1- (dimethylamino). ) Ethylidene group.
  • protection and deprotection of an amino group are well known, and can be performed, for example, by the method described in the above-mentioned Protective Groups in Organic Synthesis.
  • m X n1 are preferably oxygen atoms.
  • X n2 in formula (a-VI) is preferably a protected hydroxyl group.
  • m R p1 are preferably groups independently represented by —CH 2 CH 2 WG. The explanation of the other symbols in the formula (a-VI) is as described above.
  • the compound (a-VI) is preferably a compound represented by the following formula (a-vi).
  • R n4 represents a hydroxyl-protecting group
  • m, m + 1 Base 1 , m + 1 X, m R 10 , m R p1 , L, Y, and Z are each independently as defined above.
  • R n4 in formula (a-vi) is the same as the description of the hydroxyl-protecting group for X n2 .
  • the explanation of the other symbols in the formula (a-vi) is as described above.
  • examples of the substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) include compounds represented by the following formula (a-VII).
  • m + 1 X n1 each independently represents an oxygen atom or NH; L n1 represents an organic group; m, m + 1 Base, m + 1 X, m + 1 R 10 , m + 1 R p1 , L, Y, and Z are each independently as defined above. ]
  • L n1 in formula (a-VII) is preferably a C 2-6 alkylene group, more preferably an ethylene group.
  • m + 1 X n1 are preferably oxygen atoms.
  • m + 1 R p1 are preferably each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG. The description of other symbols in formula (a-VII) is as described above.
  • the compound (a-VII) is preferably a compound represented by the following formula (a-vii) (the definition and explanation of symbols in the following formula are as described above).
  • Compound (a-VII) can be produced by a method known per se or a method analogous thereto.
  • Compound (a-VII) in which m is 0, X n1 is an oxygen atom, and L is a succinyl group can be produced, for example, by the following steps.
  • the compound (a-VII) in which L is other than a succinyl group can be prepared in the same manner by using a corresponding acid anhydride, a corresponding dicarboxylic acid halide, an active ester of the corresponding dicarboxylic acid, etc. instead of succinic anhydride. It can manufacture by performing.
  • compound (a-VII) in which X n1 is NH can be produced by carrying out a similar reaction using a nucleoside in which the 3′-position amino group is phosphoramidite-ized.
  • the compound (a-VII) in which m is 1 or more can be produced by repeating the elongation process using the compound (a-VII) in which m is 0 as a starting material.
  • the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) used in this step is preferably compound (aI), compound (a-VI) or compound (a-VII), More preferred is compound (ai), compound (a-vi) or compound (a-vii), still more preferred is compound (ai) or compound (a-vi), and further preferred is compound. (Ai), still more preferably compound (a-II) or compound (a-IV), particularly preferably compound (a-III) or compound (aV).
  • the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group.
  • the hydroxyl-protecting group is not particularly limited as long as it can be deprotected under acidic conditions and can be used as a hydroxyl-protecting group.
  • a trityl group 9- (9-phenyl) Bis (C 1-6 alkoxy) trityl group such as xanthenyl group, 9-phenylthioxanthenyl group, 1,1-bis (4-methoxyphenyl) -1-phenylmethyl group (dimethoxytrityl group), 1- (4 And a mono (C 1-18 alkoxy) trityl group such as -methoxyphenyl) -1,1-diphenylmethyl group (monomethoxytrityl group).
  • the temporary protecting group for a hydroxyl group is preferably a monomethoxytrityl group or a dimethoxytrityl group, and more preferably a dimethoxytrityl group.
  • Nucleosides, nucleotides or oligonucleotides (b) can be prepared by known methods of reacting phosphoramidination reagents (eg, M. H. Caruthers et al., Method in Enzymology 1987, 154, 287-313; S. L. Beaucage and M. H. Caruthers, Tetrahedron Letters 1981, 22, 1859-1862). Phosphoramididation reagents are commercially available and can be easily obtained.
  • nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) having a 3 ′ amino group For example, by reacting a nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) having a 3 ′ amino group with 2-cyanoethyl N, N-diisopropylchlorophosphoramidite in a halogen-based solvent such as dichloromethane, the 3 ′ A nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) in which the position amino group is phosphoramidite can be synthesized.
  • a halogen-based solvent such as dichloromethane
  • nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b), a phosphoramidite-modified nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) having a 3′-position hydroxyl group hereinafter abbreviated as “compound (b)”.
  • compound (b) A nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) having a hydroxyl group at the 3′-position phosphorylated (hereinafter sometimes abbreviated as “phosphoramidated compound (b)”).
  • this manufacturing method is a manufacturing method of the phosphoramidite-ized compound (b) including the following steps (P1) and (P2).
  • P1 In a solvent, the following formula (p1):
  • X p1 represents an oxygen atom or a sulfur atom
  • R p2 represents an aromatic ring, a hydroxyl protecting group or a thiol protecting group
  • R p3 and R p4 each independently represent an alkyl group, and the alkyl group may be combined with an adjacent nitrogen atom to form a ring.
  • An activating agent is allowed to act on a phosphitylating agent precursor represented by the following formula (p2):
  • the aromatic ring represented by R p2 includes phenyl, 4-nitrophenyl, 2,4-dinitrophenyl, pentafluorophenyl, pentachlorophenyl, 2-bromophenyl, 4-bromophenyl, 2-methylphenyl, 2,6-dimethylphenyl and the like can be mentioned, and 4-nitrophenyl is preferable.
  • examples of the hydroxyl protecting group or the thiol protecting group for R p2 include a C 1-6 alkyl group (eg, methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, isobutyl, s -Butyl, t-butyl, pentyl, isopentyl); cyanated C 1-6 alkyl group (eg, 2-cyanoethyl, 2-cyano-1,1-dimethylethyl); ethyl group substituted with substituted silyl group (eg, 2-methyldiphenylsilylethyl, 2-trimethylsilylethyl, 2-triphenylsilylethyl); halogenated C 1-6 alkyl group (eg, 2,2,2-trichloroethyl, 2,2,2-tribromoethyl) , 2,2,2-trifluoroethyl); C 2-6 alkenyl group
  • R p3 and R p4 each independently represent an alkyl group, and the alkyl group may be combined with an adjacent nitrogen atom to form a ring (eg, pyrrolidine).
  • R p3 and R p4 are preferably both isopropyl groups.
  • the phosphitylating agent precursor the following compounds are particularly preferable.
  • a phosphitylating agent is obtained by making an activator act on a phosphitylating agent precursor.
  • An activator is an acid that can displace an amine on the phosphoramidite to give a reactive substituent with a hydroxyl group or the like. Specifically, it is at least one selected from a weakly acidic activator having a pKa of 5 or more, more preferably an azole compound having a pKa of 5 or more and a C-substituted product thereof. Examples of the azole compound include tetrazole, triazole, imidazole, and the like.
  • a compound disubstituted with a halogen atom such as dicyanoimidazole, bis (trifluoromethyl) imidazole, dichloroimidazole, or the like is used. Particularly preferred are dicyanoimidazole and dichloroimidazole.
  • Za is a group derived from an activator, for example, a group obtained by removing one hydrogen atom from the activator.
  • Za is dicyanoimidazolyl.
  • dichloroimidazole is used as the activator, Za is dichloroimidazolyl.
  • the solvent used in this step is not particularly limited as long as it dissolves the phosphitylating agent precursor and the activator becomes hardly soluble, but usually does not have an acidic or basic functional group.
  • “slightly soluble” refers to the fact that the concentration of the activator in the solvent is 6 ⁇ M or less.
  • Examples include ether, carbon tetrachloride, etc., preferably toluene and cyclohexane, particularly preferably toluene.
  • the reaction temperature and reaction time in this step are not particularly limited as long as the substrate / product does not precipitate, but each is usually 40 ° C. or less, preferably 0 to 30 ° C., more preferably 5 to 15 ° C., and particularly preferably 10 ° C.
  • the temperature is approximately 0.5 to 24 hours, preferably 1 to 12 hours, more preferably 1 to 6 hours.
  • the amount of the activator and the phosphitylating agent precursor used is not particularly limited as long as the phosphitylating agent precursor is activated, but is usually an excess amount relative to the phosphitylating agent precursor, preferably 1.5. Used in ⁇ 10 molar equivalents.
  • the phosphitylating agent precursor is activated, and at the same time, diisopropylamine formed as a by-product during phosphitylation is precipitated as a salt with the activator. . Therefore, if necessary, a step of separating insoluble matters such as precipitation can be performed between the step (P1) and the following step (P2), and it is preferable to perform the step.
  • step (P2) the phosphitylating agent obtained in step (P1) is allowed to act on compound (b) in the presence of a base in a solvent to phosphitylate the 3′-position hydroxyl group of compound (b), thereby phosphorylating. Amidated compound (b) is produced.
  • the same solvent as used in the step (P1) for example, toluene
  • a solvent used at this process a dichloromethane, chloroform, etc. are mentioned, for example.
  • a mixed solvent of toluene and dichloromethane is preferred.
  • the base used in this step is selected from bases that have sufficient basicity to neutralize the acid (activator) generated by the reaction, do not cause decyanoethyl on phosphoric acid, and do not form a PN bond. Is done.
  • Specific examples of such a base include pKa bases of 5 to 8, preferably collidine, N-methylmorpholine, diethylaniline and the like. When a base higher than pKa 8 is used, decyanoation becomes remarkable, and when a base less than pKa 5 is used, capture of the regenerated activator becomes insufficient with the progress of the reaction, and a by-product is generated.
  • the phosphitylating agent precursor may or may not be added, but it is preferable to add it.
  • nucleoside, nucleotide, or oligonucleotide (b) examples include compounds represented by the following formula (bI) (that is, nucleoside or oligonucleotide).
  • q represents an integer of 0 or more; q + 1 Base 2 each independently represents -LXZ and a nucleobase which may be protected with a protecting group selected from protecting groups used for nucleic acid synthesis; q + 1 X, q + 1 R p1 , q R 10 , L, X and Z are each independently as defined above; q + 1 X n1 each independently represents an oxygen atom or NH; Q ′′ represents a temporary protecting group for a hydroxyl group that can be removed under acidic conditions; R 36 and R 37 each independently represents an alkyl group or a 5- or 6-membered saturated cyclic amino group formed together with an adjacent nitrogen atom, and the saturated cyclic amino group is a nitrogen In addition to the atoms, it may have one oxygen atom or sulfur atom as a ring constituent atom. ]
  • R 36 and R 37 are each independently preferably a C 1-10 alkyl group or a 5- or 6-membered saturated cyclic amino group formed together with an adjacent nitrogen atom, more preferably Is a C 1-10 alkyl group, more preferably a C 1-6 alkyl group.
  • Q ′′ is preferably a monomethoxytrityl group or a dimethoxytrityl group, and more preferably a dimethoxytrityl group.
  • the amino group of the nucleobase in the formula (bI) is preferably protected with a protecting group.
  • the protecting group include -LXZ and a protecting group selected from protecting groups used for nucleic acid synthesis.
  • the description of L, X and Z is as described above.
  • Protecting groups used for nucleic acid synthesis include acetyl, phenoxyacetyl, 4-isopropylphenoxyacetyl, benzoyl, isobutyryl, (2-hexyl) decanoyl, dimethylformamidinyl, and ⁇ NC (R 11 ) —N (R 12 ) (R 13 ) group (wherein R 11 represents a methyl group, R 12 and R 13 each independently represent a C 1-5 alkyl group, or R 11 and R 12 may be taken together to form a 5- or 6-membered nitrogen-containing hydrocarbon ring together with the carbon atom and nitrogen atom to which they are bonded.
  • Examples of the ⁇ NC (R 11 ) —N (R 12 ) (R 13 ) group include a 1- (dimethylamino) ethylidene group.
  • the amino protecting group may be only one type or two or more types.
  • compound (bI) is a nucleoside, and when q is 1 or more, compound (bI) is an oligonucleotide.
  • q is preferably 49 or less, more preferably 29 or less, further preferably 19 or less, particularly preferably 4 or less, and most preferably 2 or less.
  • q + 1 X's are each independently preferably a hydrogen atom, a halogen atom, or an optionally protected hydroxyl group, more preferably a hydrogen atom or an optionally protected hydroxyl group.
  • Base 2 is each independently a nucleobase which may be preferably protected with a protecting group selected from protecting groups used for nucleic acid synthesis.
  • q + 1 R p1 are each independently preferably a group represented by CH 2 CH 2 WG.
  • q + 1 X n1 is preferably an oxygen atom.
  • the description of L, X and Z is as described above.
  • the compound (bI) is preferably a compound represented by the following formula (bi).
  • Bases 3 each independently represent a nucleobase which may be protected with a protecting group used for nucleic acid synthesis; q, q + 1 X, q + 1 R p1 , q R 10 , Q ′′, R 36 and R 37 are each independently as defined above.]
  • the protecting groups used for nucleic acid synthesis q, q + 1 X, q + 1 R p1 , q R 10 , Q ′′, R 36 and R 37 are as described above. It is.
  • the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) used in this step or a combination of a substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) and a nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) is:
  • compound (aI), compound (a-VI) or a combination of compound (a-VII) and compound (bI) More preferably, it is a compound (ai), a compound (a-vi) or a combination of a compound (a-vii) and a compound (bi), Even more preferably, the compound (ai) or a combination of the compound (a-vi) and the compound (bi), More preferably, it is a combination of compound (ai) and compound (bi), Even more preferably, it is a combination of compound (a-II) or compound (a-IV) and compound (bi), Particularly preferred is compound (a-III) or a combination of compound (a-
  • a condensing agent for example, pyridine / trifluoroacetate, tetrazole, 5-benzylthio-1H-tetrazole, 4,5-dicyanoimidazole, etc.
  • a condensing agent for example, pyridine / trifluoroacetate, tetrazole, 5-benzylthio-1H-tetrazole, 4,5-dicyanoimidazole, etc.
  • Nonpolar solvents include, for example, halogen solvents such as chloroform, dichloromethane and 1,2-dichloroethane; aromatic solvents such as benzene, toluene, xylene and mesitylene; ester solvents such as ethyl acetate and isopropyl acetate; hexane, Examples include aliphatic solvents such as pentane, heptane, octane, nonane, and cyclohexane; nonpolar ether solvents such as diethyl ether, cyclopentyl methyl ether, and tert-butyl methyl ether.
  • halogen solvents such as chloroform, dichloromethane and 1,2-dichloroethane
  • aromatic solvents such as benzene, toluene, xylene and mesitylene
  • ester solvents such as ethyl acetate and isopropyl acetate
  • a nonpolar solvent may use only 1 type and may use 2 or more types together.
  • Nonpolar solvents are preferably halogen solvents, aromatic solvents, ester solvents, aliphatic solvents, and combinations thereof; dichloromethane, chloroform, 1,2-dichloroethane, benzene, toluene, xylene, mesitylene, hexane. , Pentane, heptane, nonane, cyclohexane, ethyl acetate, isopropyl acetate and combinations thereof are more preferred; chloroform, dichloromethane, toluene, and combinations thereof are more preferred. The same applies to nonpolar solvents used in the steps after this step.
  • the amount of the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) used in this step is, for example, 1 to 10 per 1 mol of the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ) used in this step. Mol, preferably 1 to 5 mol.
  • the reaction temperature in this step is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably 0 ° C to 100 ° C, more preferably 20 ° C to 50 ° C.
  • the reaction time varies depending on the type of raw material used, reaction temperature, etc., but is, for example, 5 minutes to 24 hours.
  • Step (2) Phosphoramididized Nucleoside, Nucleotide or Oligonucleotide (b) Quenching
  • the step (3) oxidation or sulfurization
  • the step (4) deprotection
  • the step (3) oxidation or sulfurization
  • the step (4) deprotection
  • the manufacturing method of this invention includes the process (2) which adds a quenching agent to the reaction liquid after condensation.
  • a phosphoramidite-modified nucleoside or a known oligonucleotide quenching agent can be used as the quenching agent in this step. Only 1 type may be used for a quenching agent and it may use 2 or more types together. Examples of the quenching agent include alcohols, phenols, and amines.
  • alcohols that can be used as quenching agents include methanol, 2-propanol, t-butanol, 2,2,2, -trifluoroethanol, tetrahydrofurfuryl alcohol, furfuryl alcohol, 2,3-O-isopropyl alcohol.
  • examples thereof include monovalent alcohols that may be halogenated, such as redene-D-ribofuranose, 3′-O-triisopropylsilyl-thymidine, and polyhydric alcohols that may be halogenated, such as ethylene glycol and diethylene glycol.
  • phenols that can be used as a quenching agent include 4-nitrophenol and pentafluorophenol.
  • examples of amines that can be used as a quenching agent include morpholine.
  • the quenching agent is preferably at least one selected from alcohols and amines, more preferably methanol, 2-propanol, t-butanol, 2,2,2-trifluoroethanol, tetrahydrofurfuryl alcohol, and It is at least one selected from morpholine.
  • the quenching agent is more preferably 2-propanol, t-butanol. And at least one selected from 2,2-trifluoroethanol.
  • the amount of quenching agent used in this step is preferably 1 to 20 mol, more preferably 1 to 10 mol, and even more preferably relative to 1 mol of nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) used in step (1). Is 1 to 5 moles.
  • the temperature of the reaction solution after addition of the quenching agent is not particularly limited as long as the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b) can be quenched, but is preferably 5 ° C to 40 ° C, more preferably 15 ° C to 30 ° C.
  • the stirring time of the reaction solution after addition of the quenching agent varies depending on the type of quenching agent used, temperature, and the like, but is, for example, 10 minutes to 3 hours.
  • Step (3) (oxidation or sulfidation)
  • the phosphite triester bond is formed by reacting the phosphite triester body (c) in which the 5′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, with an oxidizing agent or a sulfurizing agent.
  • This is a step of converting to a phosphate triester bond or a thiophosphate triester bond to obtain an oligonucleotide (d) in which the 5 'hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions.
  • an oxidizing agent only 1 type may be used and 2 or more types may be used together.
  • a sulfurizing agent only 1 type may be used and 2 or more types may be used together.
  • the oxidizing agent used in this step is not particularly limited as long as it has an ability to oxidize a phosphite triester bond to a phosphate triester bond without oxidizing other sites, but iodine, (1S) From-(+)-(10-camphanylsulfonyl) oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide (TBHP), 2-butanone peroxide, 1,1-dihydroperoxycyclododecane, bis (trimethylsilyl) peroxide and m-chloroperbenzoic acid It is preferable to use at least one selected.
  • the oxidizing agent is preferably iodine, (1S)-(+)-(10-campanylsulfonyl) oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide, 2-butanone peroxide and 1, At least one selected from 1-dihydroperoxycyclododecane, more preferably from iodine, (1S)-(+)-(10-camphanylsulfonyl) oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide, and 2-butanone peroxide At least one selected, more preferably at least one selected from iodine and tert-butyl hydroperoxide, and particularly preferably iodine.
  • Such an oxidizing agent can be used by diluting with an appropriate solvent so as to have a concentration of 0.05 to 2M.
  • a diluting solvent is not particularly limited as long as it is inert to the reaction, and examples thereof include pyridine, THF, dichloromethane, water, or a combination thereof. Among them, for example, iodine / water / pyridine-THF or iodine / pyridine-acetic acid, peroxide (TBHP) / dichloromethane or tert-butyl hydroperoxide / nonane is preferably used.
  • the sulfurizing agent used in this step is not particularly limited as long as it has an ability to convert a phosphite triester bond to a thiophosphate triester bond, but 5-[(N, N-dimethylaminomethylidene).
  • DDTT 3H-1,2,4-dithiazol-3-thione
  • Beaucage reagent 3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1-dioxide
  • PADS phenylacetyl disulfide
  • TETD tetraethylthiuram disulfide
  • ADTT 3-amino-1,2,4-dithiazol-5-thione
  • 5-[(N, N-dimethylaminomethylidene) amino] -3H-1,2,4-dithiazole-3-thione, 3H-1,2-benzodithiol- 3-one-1,1-dioxide, 3H-1,2-benzodithiol-3-one, and phenylacetyl disulfide are more preferable, and 5-[(N, N-dimethylaminomethylidene) amino] -3H-1, 2,4-dithiazol-3-thione, 3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1-dioxide is more preferred, and 5-[(N, N-dimethylaminomethylidene) amino] -3H— 1,2,4-dithiazole-3-thione is particularly preferred.
  • Such a sulfurizing agent can be used by diluting with a suitable solvent so as to have a concentration of 0.05 to 2M.
  • a diluting solvent is not particularly limited as long as it is a solvent inert to the reaction, and examples thereof include dichloromethane, acetonitrile, pyridine, and any mixed solvent thereof.
  • the amount of the oxidizing agent or sulfurizing agent used is, for example, 1 to 50 mol, preferably 1 to 5 mol, per 1 mol of the phosphite triester (c).
  • the reaction temperature is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably 0 ° C to 100 ° C, more preferably 20 ° C to 50 ° C.
  • the reaction time varies depending on the type of phosphite triester (c), the type of oxidizing agent or sulfurizing agent used, the reaction temperature, etc., but is, for example, 1 minute to 3 hours.
  • step (4) deprotection
  • step (3) oxidation or sulfurization
  • step (4) deprotection
  • step (3) oxidation or sulfurization
  • step (4) deprotection
  • step (3) oxidation or sulfurization
  • step (4) deprotection
  • step (3) oxidation or sulfurization
  • step (4) deprotection
  • step (3) oxidation or sulfurization
  • step (4) deprotection
  • step (3) oxidation or sulfurization
  • step (3) a carboxylic acid is added to the reaction solution after step (1) and before step (4). It was found that the side reaction can be suppressed by adding a mixture of organic base (neutralized salt), inorganic acid or amines.
  • organic base neutralized salt
  • inorganic acid or amines.
  • the carboxylic acid, the organic base, the inorganic acid, and the amines only one kind may be used, or two or more kinds may be used in combination.
  • the carboxylic acid in the mixture may preferably be substituted with a halogen atom such as acetic acid, chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, trifluoroacetic acid, propionic acid, butyric acid, valeric acid and the like.
  • a halogen atom such as acetic acid, chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, trifluoroacetic acid, propionic acid, butyric acid, valeric acid and the like.
  • C 2-5 carboxylic acid more preferably acetic acid optionally substituted with a halogen atom, and further preferably acetic acid.
  • the organic base in the mixture is preferably pyridine optionally substituted with 1 to 3 C 1-3 alkyl groups such as pyridine, 2,4,6-trimethylpyridine, imidazole, N-methylimidazole, and the like. It is at least one selected from imidazoles optionally substituted with 1 to 3 C 1-3 alkyl groups, more preferably pyridine optionally substituted with 1 to 3 C 1-3 alkyl groups More preferably 2,4,6-trimethylpyridine.
  • the amount of organic base is preferably equal to or more than the amount of carboxylic acid.
  • the amount of the basic nitrogen atom of the organic base is more preferably 1 to 5 mol, further preferably 1 to 2 mol, particularly preferably 1 mol, relative to 1 mol of the carboxy group of the carboxylic acid. is there.
  • imidazole is used as the organic base, only the nitrogen atom at the 3-position is counted as a basic nitrogen atom.
  • the amount of the mixture used is determined based on the amount of carboxylic acid (that is, the amount of neutralized salt) contained in the mixture.
  • the amount of the carboxylic acid is preferably 1 to 10 mol, more preferably 1 to 5 mol, and still more preferably 1 to 3 mol with respect to 1 mol of DDTT used in step (3).
  • the side reaction can also be suppressed by adding an inorganic acid instead of the above-mentioned mixture of carboxylic acid and organic base (neutralized salt).
  • the inorganic acid include hydrochloric acid, hydrofluoric acid, and hydrobromic acid. Among these, hydrochloric acid and hydrofluoric acid are preferable, and hydrochloric acid is more preferable.
  • the amount of the inorganic acid used is preferably 1.0 to 20 mol, more preferably 1.5 to 10 mol, and still more preferably 2.0 to 5. mol with respect to 1 mol of DDTT used in step (3). 0 mole.
  • the side reaction can also be suppressed by adding amines instead of the above-mentioned mixture of carboxylic acid and organic base (neutralized salt).
  • amines include aniline, 2-chloroaniline, 3-chloroaniline, 2,4-dichloroaniline, 2-fluoroaniline, 4-methoxyaniline, 4-nitroaniline, 2,6-dichloroaniline, 2, An example is 6-dimethylaniline.
  • 2-chloroaniline and 2,6-dimethylaniline are preferable, and 2,6-dimethylaniline is more preferable.
  • the amount of amine used is preferably 1.0 to 20 mol, more preferably 1.5 to 10 mol, and still more preferably 2.0 to 5. mol with respect to 1 mol of DDTT used in step (3). 0 mole.
  • Step (4) (deprotection)
  • the temporary protecting group of the oligonucleotide (d) is removed with an acid to obtain an oligonucleotide (e) in which the 5′-position hydroxyl group is not protected. Only 1 type may be used for an acid and it may use 2 or more types together.
  • the acid used in this step is not particularly limited as long as good deprotection can be achieved, but trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, hydrochloric acid, acetic acid, p-toluene It is preferable to use sulfonic acid or the like.
  • trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, and trichloroacetic acid are more preferable, trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, and trifluoromethanesulfonic acid are further preferable, and trifluoroacetic acid, trifluoromethanesulfone are preferable.
  • Acid is even more preferred, and trifluoroacetic acid is particularly preferred.
  • These acids may be diluted with the nonpolar solvent.
  • you may use combining a specific base and adjusting acidity suitably.
  • the amount of acid used in this step is, for example, 1 to 100 mol, preferably 1 to 40 mol, per 1 mol of oligonucleotide (d).
  • the reaction temperature in this step is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but it is preferably ⁇ 10 ° C. to 50 ° C., more preferably 0 ° C. to 40 ° C.
  • the reaction time varies depending on the oligonucleotide (d) to be used, the type of acid and the type of nonpolar solvent, the reaction temperature, etc., but is, for example, 5 minutes to 5 hours.
  • a cation scavenger during the removal reaction or after the removal reaction of the 5′-position hydroxyl group of the oligonucleotide (d). That is, it is preferable to carry out the removal reaction of the temporary protecting group in the presence of a cation scavenger, or add the cation scavenger to the reaction solution after the removal reaction of the temporary protecting group. Only one type of cation scavenger may be used, or two or more types may be used in combination.
  • the cation scavenger is not particularly limited as long as reprotection (return to raw material) by the removed temporary protecting group or side reaction to the deprotected functional group does not proceed, but pyrrole, 2-methylpyrrole, 3- Pyrrole derivatives such as methylpyrrole, 2,3-dimethylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole; indole, 3-methylindole, 4-methylindole, 5-methylindole, 6-methylindole, 7-methylindole, 5, Indole derivatives such as 6-dimethylindole and 6,7-dimethylindole; furan derivatives such as 2-methylfuran, 2,3-dimethylfuran, 2-methyl-3- (methylthio) furan and mentofuran may be used.
  • Step (5) neutralization
  • step (4) deprotection
  • a base may be added to the reaction solution to neutralize the acid used in step (4).
  • step (6) solid-liquid separation or extraction
  • washing are carried out to wash the acid used in step (4) with the oligonucleotide. It is possible to remove from (e). Therefore, step (5) is not essential.
  • Organic bases include pyridine, 2,4,6-trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4-triazole, N-phenylimidazole, 2-amino-4,6-dimethylpyrimidine, 1,10-phenanthroline, imidazole N-methylimidazole, 2-chlorobenzimidazole, 2-bromobenzimidazole, 2-methylimidazole, 2-phenylbenzimidazole, N-phenylbenzimidazole, 5-nitrobenzimidazole are preferred, pyridine, 2,4,6 -Trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4-triazole, N-phenylimidazole, N-methylimidazole, 2-amino-4,6-dimethylpyrimidine, 1,10-phenanthroline are more preferred, pyridine, 2,4 , 6 Trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4-triazole, N-phenylimidazole, N-methylimidazole,
  • the amount of base used in this step is, for example, 1 to 10 mol, preferably 1 to 3 mol, per 1 mol of acid used in step (4).
  • Step (6) solid-liquid separation or extraction
  • a polar solvent is added to the reaction solution containing the oligonucleotide (e), and the oligonucleotide (e) is precipitated and purified (solid-liquid separation), or a polar solvent is added to the reaction solution, -A step of separating (separating) between nonpolar solvents and transferring the oligonucleotide (e) to the nonpolar solvent layer for purification (extraction).
  • polar solvent a polar solvent is added to the reaction solution containing the oligonucleotide (e)
  • a polar solvent is added to the reaction solution
  • only one type of polar solvent may be used, or two or more types may be used in combination.
  • the solid-liquid separation will be explained.
  • the polar solvent used in solid-liquid separation include alcohol solvents such as methanol, ethanol and isopropanol; nitrile solvents such as acetonitrile and propionitrile; ketone solvents such as acetone and 2-butanone; 1,4- Examples include polar ether solvents such as dioxane and tetrahydrofuran; amide solvents such as dimethylformamide, dimethylacetamide and N-methylpiperidone; sulfoxide solvents such as dimethyl sulfoxide; water and the like, and mixed solvents thereof.
  • nitrile solvents are preferable, and acetonitrile is more preferable.
  • the addition amount of the polar solvent in the solid-liquid separation is preferably 1 to 20 mL, more preferably 1 to 10 mL with respect to 1 mL of the nonpolar solvent contained in the reaction solution. More preferably, it is 1 to 5 mL.
  • the polar solvent may contain water in order to minimize loss of the oligonucleotide (e) into the polar solvent.
  • the content of water in the polar solvent is preferably 1 to 10% (v / v), more preferably 3 to 8% (v / v).
  • the loss of the oligonucleotide (e) into the polar solvent may increase.
  • the removal of impurities into the polar solvent is insufficient. Tend to be.
  • a precipitation accelerator for example, 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl 2,2-dimethylpropanoate) as described in WO2016 / 117663 May be used.
  • the operation of the extraction is not particularly limited, but preferably, a polar solvent is added to the reaction solution containing the oligonucleotide (e) to separate the layer between the polar solvent and the nonpolar solvent, and the oligonucleotide ( e) by migrating.
  • a polar solvent is added to the reaction solution containing the oligonucleotide (e) to separate the layer between the polar solvent and the nonpolar solvent, and the oligonucleotide ( e) by migrating.
  • polar solvents used in extraction include alcohol solvents such as methanol, ethanol and isopropanol, nitrile solvents such as acetonitrile and propionitrile, ketone solvents such as acetone and 2-butanone, and 1,4-dioxane.
  • Polar ether solvents such as tetrahydrofuran
  • amide solvents such as N, N-dimethylformamide, N, N-dimethylacetamide, N-methylpiperidone
  • sulfoxide solvents such as dimethyl sulfoxide, water, etc., and mixtures of two or more thereof A solvent is mentioned.
  • amide solvents nitrile solvents, and combinations thereof are preferable, and acetonitrile, N, N-dimethylformamide, N-methylpiperidone, and combinations thereof are more preferably used.
  • nitrile solvents are preferable, and acetonitrile is more preferable.
  • the polar solvent used in the extraction may contain water in order to improve the layer separation with the nonpolar solvent.
  • the content of water in the polar solvent is preferably 1 to 10% (v / v), more preferably 3 to 8% (v / v).
  • the layer separation property may not be improved so much.
  • the solubility of impurities in a polar solvent decreases, and the removal efficiency tends to decrease.
  • a nonpolar solvent may be added to the reaction solution together with the polar solvent.
  • a nonpolar solvent may use only 1 type and may use 2 or more types together.
  • Nonpolar solvents added as necessary include halogen solvents such as chloroform, dichloromethane and 1,2-dichloroethane; aromatic solvents such as benzene, toluene, xylene and mesitylene; esters such as ethyl acetate and isopropyl acetate Examples of the solvent include aliphatic solvents such as hexane, pentane, heptane, octane, nonane, and cyclohexane; and nonpolar ether solvents such as diethyl ether, cyclopentyl methyl ether, and tert-butyl methyl ether.
  • aromatic solvents, aliphatic solvents, or combinations thereof are preferable, benzene, toluene, hexane, pentane, heptane, nonane, cyclohexane, or combinations thereof are preferable, toluene, heptane, nonane, or These combinations are more preferred, toluene, heptane or combinations thereof are more preferred, and heptane is particularly preferred.
  • Impurities can be removed by separating the polar solvent layer from the nonpolar solvent and then removing the polar solvent layer.
  • the amount of impurities may be further reduced by adding a polar solvent to the nonpolar solvent layer excluding the polar solvent layer, stirring and separating the layers, and then removing the polar solvent.
  • the amount of the polar solvent used for one extraction operation is preferably 0.1 to 10 mL, more preferably 0.2 to 5 mL, and still more preferably 0.2 to 1 mL with respect to 1 mL of the nonpolar solvent. is there.
  • Oligonucleotide (e) can be isolated by concentrating the obtained nonpolar solvent layer.
  • Step (7) (Deprotection and Isolation)
  • the production method of the present invention includes, after step (6) (solid-liquid separation or extraction), after removing all protecting groups of the obtained oligonucleotide, isolating an unprotected oligonucleotide. Also good. Deprotection methods are described, for example, in PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS, 3rd edition, John WILLY & Sons (1999), etc. According to the deprotection method that has been described, a step of removing all the protecting groups of the oligonucleotide can be performed.
  • the anchor and the cyanoethyl group protecting the phosphate skeleton are ammonia water, ammonia water / ethanol solution, or ammonia water and methyl. All can be removed by treatment with a mixed solution of an aqueous amine solution.
  • the protecting group for the 5 ′ hydroxyl group can be removed by treating with the acid used in step (4) or a solution obtained by appropriately diluting them. Since oligonucleotides that are not protected (ie, that do not have a protecting group) are easily degraded by enzymes, it is preferable to isolate the unprotected oligonucleotides under air cleanliness control.
  • the confirmation of the progress of the reaction in each of the above steps can be performed by the same method as a general liquid phase organic synthesis reaction. That is, the reaction can be followed using thin layer silica gel chromatography, high performance liquid chromatography or the like.
  • the production method of the present invention which is 5′-3 ′ synthesis, includes the following steps (1 ′), (3 ′), (4 ′) and (6 ′). This manufacturing method may further include the following steps (2 ′), (5 ′) and (7 ′) as necessary.
  • a good nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′), or the 3′-position hydroxyl group or the 3′-position amino group is not protected, and one hydroxyl group of the 5′-position phosphate group is —OL n1 —OH (wherein L n1 is replaced by an organic group.), the hydroxyl group of -OL n1 -OH is not removed under acidic conditions, it is protected with a removable protecting group under basic conditions, and other groups are further Nucleic acid synthesis to be used is protected by a protective group is substituted may be a nucleotide or oligonucleotide (alpha ') In a reaction solution containing The 5 'hydroxyl group is phosphoramidated, the 3' hydroxyl group or the 3 'amino group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are not further removed under acidic conditions.
  • Nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ′) and nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b ′) to condense, 3′-position hydroxyl group or 3′-position amino group Obtaining a reaction solution containing a phosphite triester (c ′) protected with a temporary protecting group, the group of which can be removed under acidic conditions; (2 ′) a step of adding a quenching agent to the reaction solution after the condensation as necessary; (3 ′) An oxidizing agent or a sulfurizing agent is added to the reaction solution containing the phosphite triester body (c ′) to
  • reaction solution containing the oligonucleotide (e ′) a reaction solution containing the oligonucleotide (e ′);
  • 5 ′ a step of neutralizing the reaction solution containing the oligonucleotide (e ′) by adding a base, if necessary;
  • (6 ′) a step of adding a polar solvent to the reaction solution containing the oligonucleotide (e ′) as necessary to obtain a precipitated oligonucleotide (e ′); and (7 ′) obtained as necessary.
  • the oligonucleotide chain can be extended.
  • the manufacturing method of the oligonucleotide containing process (1 '), (3') and (4 ') is included by this invention.
  • the description of the production method of the present invention is a nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′) in which the 3′-position hydroxyl group or the 3′-position amino group is not protected, or a substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ (1) and a nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b ′) in which the 5′-position hydroxyl group is phosphoramidite-modified, an oligonucleotide in which the 3′-position hydroxyl group or the 3′-position amino group is not protected ( Except for producing e ′), it is basically the same as the description of the production method of the present invention, which is the 3′-5 ′ synthesis described above.
  • steps (1 ′) to (7 ′), nucleosides, nucleotides or oligonucleotides (a ′) except that the 3′-position hydroxyl group or the 3′-amino group and the 5′-position hydroxyl group are protected.
  • nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a), substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ), nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b), phosphite triester (c), oligo Nucleotides (d) and oligonucleotides This is basically the same as the description of leotide (e). The difference between 5'-3 'synthesis and 3'-5' synthesis will be described below.
  • Step (1 ′) (Condensation)
  • the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b ′) used in this step is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions and has a 3′-position hydroxyl group or a 3′-position amino group.
  • the explanation of the temporary protecting group for the hydroxyl group is the same as that in the step (1).
  • Examples of the temporary protecting group for the amino group include a trityl group, a monomethoxytrityl group, a dimethoxytrityl group, and the like. Among these, a trityl group and a monomethoxytrityl group are preferable.
  • At least one selected from the amino group and imino group of the nucleobase, the 2 'and 5' hydroxyl groups of the ribose residue, and the 5 'hydroxyl group of the deoxyribose residue, wherein the 3' hydroxyl group is not protected A nucleoside, nucleotide or oligo group that is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group removable under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used in nucleic acid synthesis.
  • the nucleotide (a ′) or the hydroxyl group at the 3 ′ position is not protected, and one hydroxyl group of the 5 ′ position phosphate group is replaced with —OL n1 —OH (wherein L n1 represents an organic group).
  • L n1 represents an organic group.
  • the hydroxyl group of —OL n1 —OH is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group that can be removed under basic conditions, and other groups are further protected with protecting groups used for nucleic acid synthesis.
  • nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b ′) which is not removed under acidic conditions and may be protected with a protecting group selected from protecting groups removable under basic conditions and those used for nucleic acid synthesis Is used.
  • the 3′-position hydroxyl group is not protected, and one hydroxyl group of the 5′-position phosphate group is replaced with —OL n1 —OH (wherein L n1 represents an organic group), and —OL n1 —OH
  • a substituted nucleotide or oligonucleotide that is not removed under acidic conditions, protected with a protecting group that can be removed under basic conditions, and other groups may be further protected with protecting groups used for nucleic acid synthesis ( ⁇ ′), and the 5′-position hydroxyl group is phosphoramidite, the 3′-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions, and other groups are not further removed under acidic conditions.
  • a nucleoside or oligonucleotide (b ′) optionally protected with a protecting group selected from a protecting group removable under basic conditions and a protecting group used in nucleic acid synthesis Is used.
  • nucleoside or oligonucleotide (b ′) Is used.
  • step (1 ′) the explanation of the condensation in step (1 ′) is as follows: “nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ )” is replaced with “nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′) or substituted nucleotide or oligonucleotide.
  • step (1) It is the same as the description of the step (1) except that it is replaced with “nucleotide ( ⁇ ′)” and “nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b)” is replaced with “nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b ′)”.
  • step (1 ′) the explanation of the condensation in step (1 ′) is as follows: “nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ )” is replaced with “nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′) or substituted nucleotide or oligonucleotide.
  • step (1) It is the same as the description of the step (1) except that it is replaced with “nucleotide ( ⁇ ′)” and “nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b)” is replaced with “nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b ′)”.
  • nucleoside, nucleotide, or oligonucleotide (a ′) examples include compounds represented by the following formula (a-I ′) (that is, nucleoside or oligonucleotide).
  • m, m + 1 Base, m + 1 X, m R 10 , m R p 1 , L, Y and Z are each independently as defined above; m X n1 each independently represents an oxygen atom or NH; X n3 represents a hydroxyl group or an amino group. ]
  • m X n1 are preferably an oxygen atom.
  • X n3 in the formula ( aI ′) is preferably a hydroxyl group.
  • m R p1 are preferably each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG. The explanation of other symbols in formula (aI ′) is as described above.
  • the compound (aI ′) is preferably a compound represented by the following formula (ai ′) (the definitions and explanation of symbols in the following formula are as described above).
  • m R p1 are each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • m is preferably 0.
  • the explanation of other symbols in formula (a-II ′) is as described above.
  • compounds represented by the following formula (a-III ′) that is, nucleosides are preferable (the definitions and explanations of symbols in the following formula are as described above).
  • the m R p1 are each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • m is preferably 0.
  • the explanation of other symbols in the formula (a-IV ′) is as described above.
  • compounds represented by the following formula (aV ′) that is, nucleosides are preferable (the definitions and explanations of symbols in the following formula are as described above).
  • examples of the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′) include compounds represented by the following formula (a-VI ′) (that is, nucleoside or oligonucleotide).
  • At least one of the m + 1 of Base 1 shows a nucleobase protected by -L-Y-Z, the remaining represents a nucleic acid base which may be protected;
  • m X n1 each independently represents an oxygen atom or NH;
  • X n3 represents a hydroxyl group or an amino group;
  • R n4 represents a hydroxyl-protecting group;
  • m, m + 1 X, m R 10 , m R p 1 , L, Y and Z are each independently as defined above.
  • m X n1 are preferably an oxygen atom.
  • X n3 in the formula (a-VI ′) is preferably a hydroxyl group.
  • m R p1 are preferably each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • the explanation of other symbols in formula (a-VI ′) is as described above.
  • the compound (a-VI ′) is preferably a compound represented by the following formula (a-vi ′) (the definition and explanation of symbols in the following formula are as described above).
  • examples of the substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ′) include a compound represented by the following formula (a-VII ′).
  • m + 1 X n1 each independently represents an oxygen atom or NH; X n3 represents a hydroxyl group or an amino group; L n1 represents an organic group; m, m + 1 Base, m + 1 X, m + 1 R 10 , m + 1 R p1 , L, Y, and Z are each independently as defined above. ]
  • X n3 in formula (a-VII ′) is preferably a hydroxyl group.
  • m + 1 R p1 are preferably each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • the explanation of other symbols in the formula (a-VII ′) is as described above.
  • the compound (a-VII ′) is preferably a compound represented by the following formula (a-vii ′) (the definition and explanation of symbols in the following formula are as described above).
  • the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ′) used in this step is preferably compound (aI ′), compound (a-VI ′) or compound (a-VII). '), More preferably a compound (ai'), a compound (a-vi ') or a compound (a-vii'), still more preferably a compound (ai ') or a compound (a-vii). '), Particularly preferably compound (a-vii').
  • nucleoside, nucleotide, or oligonucleotide (b ′) examples include compounds represented by the following formula (b-I ′) (that is, nucleoside or oligonucleotide).
  • q + 1 Base 2 each independently represents -LXZ and a nucleobase which may be protected with a protecting group selected from protecting groups used for nucleic acid synthesis; each of q X n1 independently represents an oxygen atom or NH; X n4 represents a hydroxyl group or an amino group protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions; q, q + 1 X, q + 1 R p1 , q R 10 , R 36 , R 37 and Q ′′ are each independently as defined above.]
  • X n4 is preferably a hydroxyl group protected with a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions.
  • q + 1 R p1 are preferably each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • the description of other symbols in the formula (bI ′) is as described above.
  • the compound (bI ′) is preferably a compound represented by the following formula (bi ′) (the definitions and explanation of symbols in the following formula are as described above).
  • the combination of the nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (a ′) or substituted nucleotide or oligonucleotide ( ⁇ ′) and nucleoside, nucleotide or oligonucleotide (b ′) used in this step is Preferably, the compound (aI ′), the compound (a-VI ′) or a combination of the compound (a-VII ′) and the compound (bI ′) More preferably, it is a compound (ai ′), a compound (a-vi ′) or a combination of a compound (a-vii ′) and a compound (bi ′), More preferably, it is a combination of the compound (ai ′) or the compound (a-vii ′) and the compound (bi ′), Particularly preferred is a combination of the compound (a-vii ′) and the compound (bi ′).
  • Step (4 ′) (deprotection)
  • the 3′-position hydroxyl group or the 3′-position amino group temporary protecting group of the oligonucleotide (d ′) is removed with an acid, and the 3′-position hydroxyl group or the 3′-position amino group is not protected by the oligonucleotide (e ') Is the process of obtaining. Only 1 type may be used for an acid and it may use 2 or more types together.
  • the explanation of the removal of the temporary protecting group for the hydroxyl group is the same as that in the step (1).
  • the acid used for removing the temporary protecting group of the amino group is not particularly limited as long as good deprotection can be achieved, but trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, hydrochloric acid It is preferable to use acetic acid, p-toluenesulfonic acid and the like. These acids may be diluted with the nonpolar solvent.
  • the amount of the acid used for removing the temporary protecting group of the amino group is, for example, 1 to 100 mol, preferably 1 to 40 mol, per 1 mol of the oligonucleotide (d ′).
  • the reaction temperature for removing the amino protecting group is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but it is preferably ⁇ 10 ° C. to 50 ° C., more preferably 0 ° C. to 40 ° C.
  • the reaction time of the temporary protecting group for the amino group varies depending on the oligonucleotide (d ′) used, the type of acid and the type of nonpolar solvent, the reaction temperature, etc., but is, for example, 5 minutes to 5 hours.
  • the unprotected oligonucleotide obtained by (1) can be led to a desired derivative by further conducting an organic synthesis reaction.
  • Oligonucleotides obtained by the production method of the present invention are used for human or animal drugs (RNA, DNA, oligonucleic acid drugs, etc.), functional foods, specified health foods, foods, chemicals, biomedical and industrial products. It can be used for various applications such as polymer materials.
  • Nucleotide or Oligonucleotide The present invention provides a compound represented by the following formula (I) (that is, nucleotide or oligonucleotide) that can be used in the above-mentioned step (1) or step (1 ′).
  • R n1 and R n2 represent a hydrogen atom, and the remaining one represents a group represented by the formula (II) (the definitions of symbols in the following formula are as described above).
  • R n1 is preferably a group represented by formula (II), and R n2 is preferably a hydrogen atom.
  • m + 1 R p1 are preferably each independently a group represented by —CH 2 CH 2 WG.
  • L n1 in formula (II) is preferably a C 2-6 alkylene group, more preferably an ethylene group.
  • M in the formula (I) is preferably 0. The explanation of the other symbols in formula (I) and formula (II) is as described above.
  • the compound (I) in which R n1 is a hydrogen atom and R n2 is a group represented by the formula (II) corresponds to the above-mentioned compound (a-vii).
  • the compound (I) in which R n1 is a group represented by the formula (II) and R n2 is a hydrogen atom corresponds to the above-described compound (a-vii ′).
  • Oligonucleotides obtained using compound (I) as a starting material have a phosphate group modified at the 3 'or 5' position. Such modified oligonucleotides are known to have a function of improving resistance to exonucleases (Bioorganic® & “Medicinal® Chemistry” 1997, 5, 2235-2243.).
  • rAOMe (Bz) -CE phosphoramidite and the like used in the examples and the like to be described later are sometimes collectively referred to as phosphoramidite monomers.
  • the meanings of the abbreviations used in the examples and the like described below are as follows.
  • Example 1 Phosphorothioate dimer (2′-O-methyl-uridine-3 ′-[O- (2-cyanoethyl)] phosphorothionyl 2′-O-methyl-uridine-3′-yl- [3,4, Of 5-tris (octadecyloxy) benzyl] succinate)
  • 2,2,2-trifluoroethanol (70.3 ⁇ L, 983 ⁇ mol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 15 minutes, then PADS (178 mg, 590 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours.
  • 5-Methoxyindole (193 mg, 1.31 mmol) and trifluoroacetic acid (45.2 ⁇ L, 590 ⁇ mol) were sequentially added, and the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours.
  • 2,4,6-trimethylpyridine (85.5 ⁇ L, 649 ⁇ mol) was added, acetonitrile (10 mL) was added to the reaction solution, and the precipitated solid was suction filtered with a Kiriyama funnel, dried and dried.
  • Example 2 Continuous synthesis of phosphorothioate 20-mer (SEQ ID NO: 1 5'-TCCCGCCCTGTGACATGCATT-3 ') in liquid (1) Synthesis of phosphorothioate dimer in which 3'-position hydroxyl group is protected with an anchor
  • HO-dT-SUC-TOB (619 mg, 0.500 mmol) and AcO-TOB (773 mg, 0.808 mmol) were placed in a 200 mL four-necked flask and dissolved in dehydrated dichloromethane (25 mL). The resulting solution was mixed with 5-benzylthio-1H-tetrazole (288 mg, 1.50 mmol) and dT-CE phosphoramidite (1.12 g, 1.50 mmol) prepared by dissolving in dehydrated acetonitrile (2.0 mL). The solution was added and then stirred at room temperature for 1.5 hours.
  • 2,2,2-trifluoroethanol (1.07 mL, 15.0 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 15 minutes, and then acetic acid (172 ⁇ L, 3.00 mmol) and 2,4,6-trimethylpyridine were added. (594 ⁇ L, 4.50 mmol) was added and stirred for 15 minutes at room temperature. After adding DDTT (340 mg, 1.65 mmol) and stirring at room temperature for 30 minutes, 5-methoxyindole (1.47 g, 10.0 mmol) and trifluoroacetic acid (689 ⁇ L, 9.00 mmol) were sequentially added, and 1 at room temperature was added. Stir for 5 hours.
  • Example 3 Continuous synthesis in liquid without neutralization of acid after deprotection (step (5)) (1) Synthesis of phosphorothioate dimer in which 3'-position hydroxyl group is protected by an anchor Under argon atmosphere, 10 mL Schlenk HO-dT-SUC-TOB (100 mg, 81 ⁇ mol) and MeOC (O) -TOB (100 mg, 106 ⁇ mol) were placed in a tube and dissolved in dehydrated dichloromethane (4.0 mL).
  • 2,2,2-trifluoroethanol (86.6 ⁇ L, 1.21 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 15 minutes. Further, DPTT (28.0 mg, 73.0 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes, and then 5-methoxyindole (234 mg, 1.62 mmol) and trifluoroacetic acid (55.7 ⁇ L, 727 ⁇ mol) were sequentially added at room temperature. Stir for 1.5 hours.
  • reaction solution was neutralized with 2,4,6-trimethylpyridine (105 ⁇ L, 800 ⁇ mol), triethyl phosphite (8.6 ⁇ L, 73.0 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 15 minutes. (10 mL) was added, and the precipitated solid was subjected to suction filtration with a Kiriyama funnel, then dried and dimer (deoxythymidine-3 ′-[O- (2-cyanoethyl)] phosphorothionyl deoxythymidin-3′-yl. -[3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl] succinate) was obtained as a white solid (222 mg, 88% yield).
  • 2,2,2-trifluoroethanol (69.5 ⁇ mL, 973 ⁇ mol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 15 minutes. Further, PADS (177 mg, 584 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes. Then, 5-methoxyindole (191 mg, 1.30 mmol) and trifluoroacetic acid (44.7 ⁇ L, 584 ⁇ mol) were sequentially added, and the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours. Stir.
  • (2R, 8aS)-(+)-(camphorylsulfonyl) oxaziridine 54.7 mg, 0.239 mmol was added and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour, and then 5-methoxyindole (223 mg, 1.52 mmol) and Fluoroacetic acid (34.8 ⁇ L, 0.455 mmol) was sequentially added, and the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours.
  • acetonitrile (10 mL) was added to the reaction solution, and the precipitated solid was subjected to suction filtration with a Kiriyama funnel and then dried.
  • Test Example 1 Examination of quenching agent (1) Preparation of reaction solution Under argon atmosphere, HO-dT-SUC-TOB (100 mg, 80.8 ⁇ mol) and MeOC (O) -TOB (100 mg, 106 ⁇ mol) were mixed with dehydrated dichloromethane (4 0.0 mL). To this solution was added a mixture of dG-CE phosphoramidite (204 mg, 242 ⁇ mol) and 5-benzylthio-1H-tetrazole (46.5 mg, 242 ⁇ mol) prepared by dissolving in dehydrated acetonitrile (0.5 mL) at room temperature. For 30 minutes.
  • reaction solution 50 ⁇ L was dispensed into a 1.5 mL vial, diluted with tetrahydrofuran (450 ⁇ L), DBU (20 ⁇ L) was added, and the mixture was stirred for 30 seconds to prepare a test solution.
  • the obtained test solution was subjected to mass spectrometry using LC-TOF MS (Agilent 6230). Based on the observed abundance of each compound (target compound and by-product), the amount of by-product was calculated according to the following formula.
  • Amount of branch body (%) (Branch body abundance / target compound abundance) x 100
  • Amount of phosphoric ester triester (%) (Abundance of truncated phosphate triester / Abundance of target compound) ⁇ 100
  • the target compound refers to the target oligonucleotide contained in the reaction solution
  • the branch body means that the protecting group of the amino group in the nucleobase of the target compound is dropped and the amino group and the monomer are bonded.
  • the by-product produced by cleavage of the phosphate triester refers to a by-product produced by cleavage of the phosphate triester of the target compound. The results are shown in Table 1.
  • Test Example 2 Examination of quenching agent (1) Preparation of reaction solution In an argon atmosphere, HO-dT-SUC-TOB (100 mg, 80.8 ⁇ mol) was dissolved in dehydrated dichloromethane (4.0 mL), and then rA OMe ( A mixed solution of Bz) -CE phosphoramidite (215 mg, 242 ⁇ mol) and 5-benzylthio-1H-tetrazole (46.5 mg, 242 ⁇ mol) in dehydrated acetonitrile (0.5 mL) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • Test Example 3 Examination of quenching agent (1) Preparation of reaction solution Reaction solutions were prepared as shown in Reference Examples 1 to 11 described later.
  • test solution was subjected to mass spectrometry, and the amount of the + 1-mer and the amount of the base-part deprotected body were calculated. The results are shown in Table 3.
  • Test Example 4 Examination of unreacted raw materials (1) Preparation of reaction solution Reaction solutions were prepared as shown in Reference Examples 12 to 15 described later.
  • Test Example 5 Examination of purity of phosphorothioate decamer The phosphorothioate decamer obtained in Reference Examples 16 to 20 described later was subjected to HPLC analysis, and the purity (area%) of the obtained decamer was calculated. Table 5 shows the results of the quenching agent, the neutralized salt, and the purity (area%) of the 10-mer.
  • the dimer (deoxythymidine-3 ′-[O- (2-cyanoethyl)] phosphorothionyl deoxythymidine-3′-yl- [3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl] succinate) was obtained as a white solid ( 762 mg, 95% yield).
  • Reference Example 10 Preparation of reaction solution HO-dA-SUC-TOB (182 mg, 60.5 ⁇ mol) was placed in a 10 mL Schlenk tube under an argon atmosphere and dissolved in dehydrated dichloromethane (3.0 mL). To the resulting solution, a mixed solution of 5-benzylthio-1H-tetrazole (35.0 mg, 182 ⁇ mol) and dT-CE phosphoramidite (135 mg, 182 ⁇ mol) prepared by dissolving in dehydrated acetonitrile (0.5 mL) was added. Thereafter, the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours.
  • 2,2,2-trifluoroethanol (65.3 ⁇ L, 910 ⁇ mol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 15 minutes, then DDTT (41.1 mg, 200 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour. Thereafter, 5-methoxyindole (88.4 mg, 600 ⁇ mol) and trifluoroacetic acid (41.8 ⁇ L, 546 ⁇ mol) were sequentially added, and the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours to prepare a reaction solution.
  • 2,2,2-Trifluoroethanol (69.6 ⁇ L, 973 ⁇ mol) was added to the reaction solution, DDTT (44.0 mg, 214 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour. Thereafter, 5-methoxyindole (94.6 mg, 642 ⁇ mol) and trifluoroacetic acid (44.7 ⁇ L, 584 ⁇ mol) were sequentially added, and the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours. Further, 2,4,6-trimethylpyridine (84.6 ⁇ L, 642 ⁇ mol) was added, acetonitrile (10 mL) was added to the reaction solution, and the precipitated solid was suction filtered with a Kiriyama funnel, dried, and dried.
  • the dimer (deoxythymidine-3 ′-[O- (2-cyanoethyl)] phosphorothionyl deoxythymidine-3′-yl- [3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl] succinate) was obtained as a white solid ( 98.3 mg, 94% yield).
  • 5-methoxyindole (1.47 g, 10.0 mmol) and trifluoroacetic acid (345 ⁇ L, 4.50 mmol) were sequentially added, and the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours. Further, 2,4,6-trimethylpyridine (654 ⁇ L, 4.95 mmol) was added, acetonitrile (150 mL) was added to the reaction solution, and the precipitated solid was suction filtered with a Kiriyama funnel, dried, and dried.
  • the dimer (deoxythymidine-3 ′-[O- (2-cyanoethyl)] phosphorothionyl deoxythymidine-3′-yl- [3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl] succinate) was obtained as a white solid ( 762 mg, 95% yield).
  • 5-methoxyindole (1.47 g, 10.0 mmol) and trifluoroacetic acid (345 ⁇ L, 4.50 mmol) were sequentially added, and the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours. Further, 2,4,6-trimethylpyridine (653 ⁇ L, 4.94 mmol) was added, acetonitrile (150 mL) was added to the reaction solution, and the precipitated solid was suction filtered with a Kiriyama funnel, dried, and dried.
  • the dimer (deoxythymidine-3 ′-[O- (2-cyanoethyl)] phosphorothionyl deoxythymidine-3′-yl- [3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl] succinate) was obtained as a white solid ( 753 mg, 94% yield).
  • the resulting solution was mixed with 5-benzylthio-1H-tetrazole (288 mg, 1.50 mmol) and dT-CE phosphoramidite (1.12 g, 1.50 mmol) prepared by dissolving in dehydrated acetonitrile (2.0 mL). The solution was added and then stirred at room temperature for 1.5 hours. A mixture of 2,2,2-trifluoroethanol (1.09 mL, 15.0 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 15 minutes.
  • the resulting solution was mixed with 5-benzylthio-1H-tetrazole (288 mg, 1.50 mmol) and dT-CE phosphoramidite (1.12 g, 1.50 mmol) prepared by dissolving in dehydrated acetonitrile (2.0 mL). The solution was added and then stirred at room temperature for 1.5 hours. A mixture of t-butanol (1.43 mL, 15.0 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 15 minutes.
  • Example 27 Synthesis of phosphorothioate dimer (5'-TT-3 ') (1) Synthesis of phosphorothioate monomer in which the hydroxyl group at 5'- position was protected with an anchor
  • 2,2,2-trifluoroethanol (87.4 ⁇ L, 1.20 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes, and then 2,6-dimethylaniline (152 ⁇ L, 1.236 mmol), DDTT (51 0.7 mg, 252 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour. Further, 2,3-dimethylfuran (127 ⁇ L, 1.20 mmol) was added, and then a solution of trifluoroacetic acid (184 ⁇ L, 2.40 mmol) dissolved in dehydrated dichloromethane (368 ⁇ L) was added dropwise, followed by stirring at room temperature for 1 hour. did.
  • 2,2,2-trifluoroethanol (65.6 ⁇ L, 900 ⁇ mol) was added to the reaction solution, stirred at room temperature for 30 minutes, 2,6-dimethylaniline (114 ⁇ L, 927 ⁇ mol), DDTT (38.8 mg, 189 ⁇ mol). ) And stirred at room temperature for 1 hour.
  • 2,3-Dimethylfuran (94.9 ⁇ L, 900 ⁇ mol) was added, and then a solution of trifluoroacetic acid (138 ⁇ L, 1.80 mmol) dissolved in dehydrated dichloromethane (276 ⁇ L) was added dropwise to the reaction solution, followed by stirring at room temperature for 1 hour. did.
  • Example 28 Continuous synthesis in liquid without quenching after condensation (step (2)) (1) Synthesis of phosphorothioate dimer in which 3′-position hydroxyl group is protected by an anchor
  • 2,6-Dimethylaniline (78.8 ⁇ L, 639 ⁇ mol) and DDTT (48.3 mg, 235 ⁇ mol) were added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • 2,3-Dimethylfuran (118 ⁇ L, 1.12 mmol) was added, and then a solution of trifluoroacetic acid (172 ⁇ L, 2.24 mmol) dissolved in dehydrated dichloromethane (255 ⁇ L) was added dropwise, followed by stirring at room temperature for 1 hour. .
  • Example 29 Continuous synthesis of phosphorothioate tetramer (5′-TAGT-3 ′) in liquid (1) Synthesis of phosphorothioate dimer in which the 3′- position hydroxyl group is protected with an anchor
  • the dimer (63.5 mg, 34.2 ⁇ mol) obtained in (1) above and 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl 2,2-dimethylpropanoate ( 44.9 mg, placed 45.0 ⁇ mol), was dissolved in a mixed solvent of dehydrated dichloromethane (1.7 mL) and anhydrous acetonitrile (0.5mL), a MOE (Bz ) -CE phosphoramidite (112 mg, 120 [mu] mol) And 5-ethylthio-1H-tetrazole (15.6 mg, 120 ⁇ mol) were added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • 2,2,2-trifluoroethanol (43.6 ⁇ L, 595 ⁇ mol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes, and then 2,6-dimethylaniline (75.9 ⁇ L, 571 ⁇ mol) and DDTT (25. 8 mg, 126 ⁇ mol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • 2,3-Dimethylfuran (63.1 ⁇ L, 595 ⁇ mol) was added, and then a solution of trifluoroacetic acid (91.7 ⁇ L, 1.20 mmol) dissolved in dehydrated dichloromethane (183 ⁇ L) was added dropwise, and then at room temperature. Stir for 1 hour.
  • the trimer (62.7 mg, 26.0 ⁇ mol) obtained in the above (2) and 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl 2,2-dimethylpropanoate ( 34.0 mg, 34.1 ⁇ mol) was dissolved in a mixed solvent of dehydrated dichloromethane (1.3 mL) and dehydrated acetonitrile (0.4 mL), and then T MOE -CE phosphoramidite (63.8 mg, 78.0 ⁇ mol) was dissolved. ) And 5-ethylthio-1H-tetrazole (10.1 mg, 78.0 ⁇ mol) were added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • 2,2,2-trifluoroethanol 28.4 ⁇ L, 390 ⁇ mol was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes, and then 2,6-dimethylaniline (49.4 ⁇ L, 401 ⁇ mol) and DDTT (16.8 mg). , 82.0 ⁇ mol), and stirred at room temperature for 1 hour.
  • 2,3-Dimethylfuran (41.0 ⁇ L, 390 ⁇ mol) was added, and then a solution of trifluoroacetic acid (59.6 ⁇ L, 780 ⁇ mol) dissolved in dehydrated dichloromethane (119 ⁇ L) was added dropwise, followed by stirring at room temperature for 1 hour. .
  • Example 30 Synthesis of trimer using raw material in which nucleobase part was protected with anchor (1) Synthesis of phosphorothioate dimer in which nucleobase part was protected with anchor
  • the dimer (114 mg, 70.0 ⁇ mol), 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl 2,2-dimethylpropanoate (87.87) obtained in (1) above was placed in a 10 mL Schlenk tube.
  • 5 mg, 87.7 ⁇ mol) and 2′F-G-CE phosphoramidite (180 mg, 210 ⁇ mol) were added and dissolved in a mixed solvent of dehydrated dichloromethane (3.5 mL) and dehydrated acetonitrile (0.3 mL).
  • 5-ethylthio-1H-tetrazole (27.3 mg, 210 ⁇ mol) was added and stirred at room temperature for 1 hour.
  • 2,2,2-trifluoroethanol (76.5 ⁇ L, 1.05 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes, and then 2,6-dimethylaniline (133 ⁇ L, 1.08 mmol), DDTT (45 .3 mg, 220 ⁇ mol) and stirred at room temperature for 1 hour. Further, 2,3-dimethylfuran (111 ⁇ L, 1.05 mmol) was added, and trifluoroacetic acid (161 ⁇ L, 2.10 mmol) and 2,6-dimethylaniline (2.6 ⁇ L, 20 ⁇ mol) dissolved in dehydrated dichloromethane (321 ⁇ L) were added. The mixed solution was added dropwise and stirred at room temperature for 1 hour.
  • N 6- [1- (dimethylamino) ethylidene] -deoxyadenosine-3′-yl- [3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl] succinate (105 mg, 80.0 ⁇ mol)
  • 3,4,5-tris (octadecyloxy) benzyl 2,2-dimethylpropanoate (105 mg, 106 ⁇ mol)
  • U-CE phosphoramidite 183 mg, 240 ⁇ mol
  • dehydrated dichloromethane 4.0 mL
  • a mixed solvent of dehydrated acetonitrile 0.4 mL.
  • 2,2,2-trifluoroethanol (76.5 ⁇ L, 1.05 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes, and then 2,6-dimethylaniline (133 ⁇ L, 1.08 mol) and DDTT (45 3 mg, 221 ⁇ mol) and stirred at room temperature for 1 hour. Further, 2,3-dimethylfuran (111 ⁇ L, 1.05 mmol) was added, and then a solution of trifluoroacetic acid (161 ⁇ L, 2.10 mmol) dissolved in dehydrated dichloromethane (322 ⁇ L) was added dropwise, followed by stirring at room temperature for 1 hour. did.
  • Oligonucleotides obtained by the production method of the present invention can be used for human or animal drugs (RNA, DNA, oligonucleic acid drugs, etc.), functional foods, foods for specified health use, foods, chemical products, biomedical products and industrial products. It can be used for various applications such as polymer materials.

Abstract

本発明は、（１）非極性溶媒中、５'位水酸基が保護されていないヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）等と、５'位水酸基が保護されたヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）とを縮合させて、ホスファイトトリエステル体（ｃ）を含む反応液を得る工程；（３）ホスファイトトリエステル体（ｃ）を酸化または硫化し、５'位水酸基が保護されたオリゴヌクレオチド（ｄ）を含む反応液を得る工程；（４）オリゴヌクレオチド（ｄ）を脱保護し、５'位水酸基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液を得る工程；および（６）オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ）を固液分離または抽出により精製する工程を含むオリゴヌクレオチドの製造方法を提供する。

Description

オリゴヌクレオチドの製造方法、およびヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド
　本発明は、オリゴヌクレオチドの製造方法、および前記製造方法で有効に使用し得るヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドに関する。
　オリゴヌクレオチドの製造方法として、現在、ホスホロアミダイト法を用いた固相法が汎用されている（非特許文献１）。固相法はプロセス最適化がなされ自動化も進んでおり、スピード面で有利であるが、設備制約上スケールアップに制限があるという欠点がある。また、液相法によるオリゴヌクレオチドの製造方法も検討されてきたが、液相法は、操作が煩雑であり、収率も低いため、多重合度のオリゴヌクレオチドを大量且つ迅速に合成することは困難であるという欠点がある。
　近年、固相法と液相法のそれぞれの欠点を解消しようとする試みとして、疎水性基結合ヌクレオシドを用いる製造方法（特許文献１）、または３’位の水酸基が特定の有機基で保護されたヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドを用いる製造方法（特許文献２）等が開示されている。
　上述の特許文献２には、以下の工程（ｉ）～（ｉｖ）：
　（ｉ）ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドの５’位水酸基の保護基（例えば、ジメトキシトリチル基）の除去（脱保護）、
　（ｉｉ）脱保護で得られたヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドと、３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、且つ５’位水酸基が保護されたヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドとの縮合、
　（ｉｉｉ）縮合で得られたホスファイトトリエステル体の酸化または硫化、および
　（ｉｖ）酸化または硫化で得られた、５’位水酸基が保護されたオリゴヌクレオチドの固液分離
を含むオリゴヌクレオチドの製造方法が記載されている。上述の工程（ｉ）～（ｉｖ）を繰り返すことによって、オリゴヌクレオチド鎖を伸長させることができる。
特開２０１０－２７５２５４号公報 国際公開第２０１２／１５７７２３号
S. L. Beaucage, D. E. Bergstorm, G. D. Glick, R. A. Jones, Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry; John Wiley & Sons (2000)
　本発明の目的は、縮合を効率的に行うことができるオリゴヌクレオチドの製造方法を提供することにある。
　本発明者らが鋭意検討を重ねた結果、特許文献２に記載の工程順序を変更し、
　（Ｉ）５’位水酸基が保護されておらず、且つ３’位水酸基等の少なくとも一つの基が保護基で保護されたヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）等と、３’位水酸基または３’位アミノ基がホスホロアミダイト化され、且つ５’位水酸基が保護されたヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）との縮合、
　（ＩＩ）縮合で得られたホスファイトトリエステル体（ｃ）の酸化または硫化、
　（ＩＩＩ）酸化または硫化で得られたオリゴヌクレオチド（ｄ）の５’位水酸基の保護基の除去（脱保護）、および
　（ＩＶ）脱保護で得られた、５’位水酸基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ）の固液分離または抽出による精製
を行うことによって、効率的に縮合を行い得ることを見出した。
　特許文献２に記載の工程（ｉ）～（ｉｖ）の繰返しでは、脱保護（工程（ｉ））の後に縮合（工程（ｉｉ））が行われるが、上述の工程（Ｉ）～（ＩＶ）の繰返しでは、固液分離または抽出（工程（ＩＶ））の後に縮合（工程（Ｉ））が行われる。そのため、上述の工程（Ｉ）～（ＩＶ）を含む製造方法では、脱保護で生ずる不純物が縮合時に存在せず、効率的に縮合を行うことができる。以上のような知見に基づく本発明は以下の通りである。
　［１］　以下の工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むオリゴヌクレオチドの製造方法：
　（１）非極性溶媒中、
　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基、３’位水酸基および３’位アミノ基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基および３’位アミノ基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、或いは
　５’位水酸基が保護されておらず、３’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）
を含む反応液に、
　３’位水酸基または３’位アミノ基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
を添加して、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）とヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）とを縮合させ、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたホスファイトトリエステル体（ｃ）を含む反応液を得る工程；
　（３）ホスファイトトリエステル体（ｃ）を含む反応液に酸化剤または硫化剤を添加して、ホスファイトトリエステル体（ｃ）を酸化または硫化し、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（ｄ）を含む反応液を得る工程；
　（４）酸化または硫化後の反応液に酸を添加して５’位水酸基の一時保護基を除去し、５’位水酸基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液を得る工程；および
　（６）オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ）を固液分離または抽出により精製する工程。
　［２］　工程（１）で、
　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および３’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、或いは
　５’位水酸基が保護されておらず、３’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）、並びに
　３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
を使用する前記［１］に記載の製造方法。
　［３］　工程（１）で、
　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および３’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、並びに
　３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
を使用する前記［１］に記載の製造方法。
　［４］　工程（１）の後および工程（３）の前に、さらに以下の工程（２）を含む前記［１］～［３］のいずれか一つに記載の製造方法：
　（２）縮合後の反応液にクエンチ剤を添加する工程。
　［５］　工程（２）で使用するクエンチ剤が、アルコール類、フェノール類およびアミン類から選ばれる少なくとも一つである前記［４］に記載の製造方法。
　［６］　工程（１）の後および工程（４）の前の反応液に、カルボン酸および有機塩基の混合物、無機酸またはアミン類を添加し、工程（３）において、硫化剤として５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオンを反応液に添加する前記［１］～［５］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［７］　有機塩基が有する塩基性窒素原子の量が、カルボン酸が有するカルボキシ基１モルに対して１～２モルである前記［６］に記載の製造方法。
　［８］　工程（３）で使用する硫化剤が、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィド、テトラエチルチウラムジスルフィド、ジペンタメチレンチウラムテトラスルフィド、フェニル－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－オン、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオンおよび硫黄から選ばれる少なくとも一つである前記［１］～［５］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［９］　工程（３）で使用する酸化剤が、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルホニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、２－ブタノンペルオキシド、１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシドおよびｍ－クロロ過安息香酸から選ばれる少なくとも一つである前記［１］～［５］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［１０］　一時保護基が、ジメトキシトリチル基またはモノメトキシトリチル基である前記［１］～［９］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［１１］　非極性溶媒が、ハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒および脂肪族系溶媒から選ばれる少なくとも一つである前記［１］～［１０］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［１２］　工程（４）で使用する酸が、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、塩酸、酢酸およびｐ－トルエンスルホン酸から選ばれる少なくとも一つである前記［１］～［１１］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［１３］　酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基が、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基を有するか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を有する前記［１］～［１２］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［１４］　工程（６）が、オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ）を固液分離により精製する工程である前記［１］～［１３］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［１５］　工程（６）で使用する極性溶媒が、ニトリル系溶媒である前記［１］～［１４］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［１６］　工程（４）の後および工程（６）の前に、さらに以下の工程（５）を含む前記［１］～［１５］のいずれか一つに記載の製造方法：
　（５）オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に塩基を添加して中和する工程。
　［１７］　工程（５）で使用する塩基が、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－クロロベンズイミダゾール、２－ブロモベンズイミダゾール、２－メチルイミダゾール、２－フェニルベンズイミダゾール、Ｎ－フェニルベンズイミダゾールおよび５－ニトロベンズイミダゾールから選ばれる少なくとも一つである前記［１６］に記載の製造方法。
　［１８］　工程（６）の後に、さらに以下の工程（７）を含む前記［１］～［１７］のいずれか一つに記載の製造方法：
　（７）得られたオリゴヌクレオチドの保護基を全て除去した後、保護されていないオリゴヌクレオチドを単離する工程。
　［１９］　工程（４）の一時保護基の除去反応をカチオン捕捉剤の存在下で行うか、または一時保護基の除去反応後に反応液にカチオン捕捉剤を添加する前記［１］～［１８］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［２０］　カチオン捕捉剤が、ピロール、２－メチルピロール、３－メチルピロール、２，３－ジメチルピロール、２，４－ジメチルピロール、インドール、３－メチルインドール，４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドール、２－メチルフラン、２，３－ジメチルフラン、２－メチル－３－（メチルチオ）フラン、およびメントフランから選ばれる少なくとも一つである前記［１９］に記載の製造方法。
　［２１］　以下の工程（１’）、（３’）、（４’）および（６’）を含むオリゴヌクレオチドの製造方法：
　（１’）非極性溶媒中、
　３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、或いは
　３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）
を含む反応液に、
　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
を添加して、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）とヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）とを縮合させ、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたホスファイトトリエステル体（ｃ’）を含む反応液を得る工程；
　（３’）ホスファイトトリエステル体（ｃ’）を含む反応液に酸化剤または硫化剤を添加して、ホスファイトトリエステル体（ｃ’）を酸化または硫化し、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（ｄ’）を含む反応液を得る工程；
　（４’）酸化または硫化後の反応液に酸を添加して３’位水酸基または３’位アミノ基の一時保護基を除去し、３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液を得る工程；および
　（６’）オリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ’）を固液分離または抽出により精製する工程。
　［２２］　工程（１’）で、
　３’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、或いは
　３’位水酸基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）、並びに
　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
を使用する前記［２１］に記載の製造方法。
　［２３］　工程（１’）で、
　３’位水酸基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）、並びに
　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
を使用する前記［２１］に記載の製造方法。
　［２４］　工程（１’）で、
　３’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、並びに
　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
を使用する前記［２１］に記載の製造方法。
　［２５］　工程（１’）の後および工程（３’）の前に、さらに以下の工程（２’）を含む前記［２１］～［２４］のいずれか一つに記載の製造方法：
　（２’）縮合後の反応液にクエンチ剤を添加する工程。
　［２６］　工程（２’）で使用するクエンチ剤が、アルコール類、フェノール類およびアミン類から選ばれる少なくとも一つである前記［２５］に記載の製造方法。
　［２７］　工程（１’）の後および工程（４’）の前の反応液に、カルボン酸および有機塩基の混合物、無機酸またはアミン類を添加し、工程（３’）において、硫化剤として５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオンを反応液に添加する前記［２１］～［２６］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［２８］　有機塩基が有する塩基性窒素原子の量が、カルボン酸が有するカルボキシ基１モルに対して１～２モルである前記［２７］に記載の製造方法。
　［２９］　工程（３’）で使用する硫化剤が、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィド、テトラエチルチウラムジスルフィド、ジペンタメチレンチウラムテトラスルフィド、フェニル－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－オン、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオンおよび硫黄から選ばれる少なくとも一つである前記［２１］～［２６］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［３０］　工程（３’）で使用する酸化剤が、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルホニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、２－ブタノンペルオキシド、１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシドおよびｍ－クロロ過安息香酸から選ばれる少なくとも一つである前記［２１］～［２６］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［３１］　水酸基の一時保護基が、ジメトキシトリチル基またはモノメトキシトリチル基である前記［２１］～［３０］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［３２］　非極性溶媒が、ハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒および脂肪族系溶媒から選ばれる少なくとも一つである前記［２１］～［３１］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［３３］　工程（４’）で使用する酸が、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、塩酸、酢酸およびｐ－トルエンスルホン酸から選ばれる少なくとも一つである前記［２１］～［３２］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［３４］　酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基が、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基を有するか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を有する前記［２１］～［３３］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［３５］　工程（６’）が、オリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ’）を固液分離により精製する工程である前記［２１］～［３４］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［３６］　工程（６’）で使用する極性溶媒が、ニトリル系溶媒である前記［２１］～［３５］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［３７］　工程（４’）の後および工程（６’）の前に、さらに以下の工程（５’）を含む前記［２１］～［３６］のいずれか一つに記載の製造方法：
　（５’）オリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液に塩基を添加して中和する工程。
　［３８］　工程（５’）で使用する塩基が、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－クロロベンズイミダゾール、２－ブロモベンズイミダゾール、２－メチルイミダゾール、２－フェニルベンズイミダゾール、Ｎ－フェニルベンズイミダゾールおよび５－ニトロベンズイミダゾールから選ばれる少なくとも一つである前記［３７］に記載の製造方法。
　［３９］　工程（６’）の後に、さらに以下の工程（７’）を含む前記［２１］～［３８］のいずれか一つに記載の製造方法：
　（７’）得られたオリゴヌクレオチドの保護基を全て除去した後、保護されていないオリゴヌクレオチドを単離する工程。
　［４０］　工程（４’）の一時保護基の除去反応をカチオン捕捉剤の存在下で行うか、または一時保護基の除去反応後に反応液にカチオン捕捉剤を添加する前記［２１］～［３９］のいずれか一つに記載の製造方法。
　［４１］　カチオン捕捉剤が、ピロール、２－メチルピロール、３－メチルピロール、２，３－ジメチルピロール、２，４－ジメチルピロール、インドール、３－メチルインドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドール、２－メチルフラン、２，３－ジメチルフラン、２－メチル－３－（メチルチオ）フラン、およびメントフランから選ばれる少なくとも一つである前記［４０］に記載の製造方法。
　［４２］　式（ａ－ＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
［式中、
　ｍは、０以上の整数を示し；
　ｍ個のＢａｓｅは、それぞれ独立して、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
　ｍ＋１個のＸは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、保護されていてもよい水酸基、または２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基を示し；
　ｍ個のＲ１０は、それぞれ独立して、酸素原子または硫黄原子を示し；
　ｍ個のＲｐ１は、それぞれ独立して、リン酸基の保護基を示し；
　Ｌは、単結合、または式（ａ１）若しくは（ａ１’）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015
（式中、
　＊は、Ｙとの結合位置を示し；
　＊＊は、酸素原子との結合位置を示し；
　Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、Ｃ１－２２炭化水素基を示し；
　Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；
　Ｌ２は、単結合を示すか、または***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子若しくはＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、環を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で表される基を示し；
　Ｙは、単結合、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し；および
　Ｚは、式（ａ２）、式（ａ２’）または式（ａ２”）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
［式中、
　＊は、結合位置を示し；
　Ｒ６は、水素原子であるか、あるいはＲｂが、下記式（ａ３）で表される基である場合には、環Ａまたは環ＢのＲ６は、Ｒ８と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；
　ｋは、１～４の整数を示し；
　ｋ個のＱは、それぞれ独立して、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－を示し；
　ｋ個のＲ７は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　環Ａおよび環Ｂは、それぞれ独立して、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく；
　Ｒａは、水素原子を示し；および
　Ｒｂは、水素原子、または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017
（式中、
　＊は、結合位置を示し；
　ｊは、０～４の整数を示し；
　ｊ個のＱは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　ｊ個のＲ９は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　Ｒ８は、水素原子を示すか、または環Ａまたは環ＢのＲ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；および
　環Ｃは、ｊ個のＱＲ９に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。）で表される基を示すか、或いは
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成する。］で表される基を示す。
　Ｒ１１は、メチル基を示し、Ｒ１２およびＲ１３は、それぞれ独立にＣ１－５アルキル基を示すか、またはＲ１１およびＲ１２が一緒になって、それらが結合する炭素原子および窒素原子と共に５員または６員の含窒素炭化水素環を形成していてもよい。］
で表されるヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
　［４３］　Ｒｐ１が、－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧ（式中、ＷＧは、電子吸引性基を示す。）で表される基である前記［４２］に記載のヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
　［４４］　Ｒ１１がメチル基であり、Ｒ１２およびＲ１３が、それぞれ独立にＣ１－５アルキル基である前記［４２］または［４３］に記載のヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
　［４５］　ｍが０である前記［４２］～［４４］のいずれか一つに記載のヌクレオシド。
　［４６］　式（ａ－ＩＶ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018
［式中、
　ｍは、０以上の整数を示し；
　ｍ＋１個のＢａｓｅは、それぞれ独立して、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
　ｍ＋１個のＸは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、保護されていてもよい水酸基、または２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基を示し；
　ｍ個のＲ１０は、それぞれ独立して、酸素原子または硫黄原子を示し；
　ｍ個のＲｐ１は、それぞれ独立して、リン酸基の保護基を示し；
　Ｌは、単結合、または式（ａ１）若しくは（ａ１’）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019
（式中、
　＊は、Ｙとの結合位置を示し；
　＊＊は、酸素結合との結合位置を示し；
　Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、Ｃ１－２２炭化水素基を示し；
　Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；
　Ｌ２は、単結合を示すか、または***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子若しくはＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、環を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で表される基を示し；
　Ｙは、単結合、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し；および
　Ｚ’は、式（ａ２”）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000020
［式中、
　＊は、結合位置を示し；
　Ｒ６は、水素原子であるか、あるいはＲｂが、下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ８と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；
　ｋは、１～４の整数を示し；
　ｋ個のＱは、それぞれ独立して、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－を示し；
　ｋ個のＲ７は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　環Ｂは、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく；
　Ｒａは、水素原子を示し；および
　Ｒｂは、水素原子、または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000021
（式中、
　＊は、結合位置を示し；
　ｊは、０～４の整数を示し；
　ｊ個のＱは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　ｊ個のＲ９は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　Ｒ８は、水素原子を示すか、またはＲ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；および
　環Ｃは、ｊ個のＱＲ９に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。）で表される基を示すか、或いは
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成する。］で表される基を示す。］
で表されるヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
　［４７］　Ｒｐ１が、－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧ（式中、ＷＧは、電子吸引性基を示す。）で表される基である前記［４６］に記載のヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
　［４８］　ｍが０である前記［４６］または［４７］に記載のヌクレオシド。
　［４９］　式（Ｉ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000022
［式中、
　ｍは、０以上の整数を示し；
　ｍ＋１個のＢａｓｅは、それぞれ独立して、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
　ｍ＋１個のＸは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、保護されていてもよい水酸基、または２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基を示し；
　ｍ個のＲ１０は、それぞれ独立して、酸素原子または硫黄原子を示し；
　ｍ個のＲｐ１は、それぞれ独立して、リン酸基の保護基を示し；
　Ｒｎ１およびＲｎ２の一つが水素原子を示し、残りの一つが式（ＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000023
｛式中、
　＊は、結合位置を示し；
　Ｒ１０は、酸素原子または硫黄原子を示し；
　Ｒｐ１は、リン酸基の保護基を示し；
　Ｌｎ１は有機基を示し；
　Ｌは、単結合、または式（ａ１）若しくは（ａ１’）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000024
（式中、
　＊は、Ｙとの結合位置を示し；
　＊＊は、酸素原子との結合位置を示し；
　Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、Ｃ１－２２炭化水素基を示し；
　Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；
　Ｌ２は、単結合を示すか、または***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子若しくはＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、環を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で表される基を示し；
　Ｙは、単結合、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し；および
　Ｚは、式（ａ２）、式（ａ２’）または式（ａ２”）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000025
［式中、
　＊は、結合位置を示し；
　Ｒ６は、水素原子であるか、あるいはＲｂが、下記式（ａ３）で表される基である場合には、環Ａまたは環ＢのＲ６は、Ｒ８と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；
　ｋは、１～４の整数を示し；
　ｋ個のＱは、それぞれ独立して、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－を示し；
　ｋ個のＲ７は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　環Ａおよび環Ｂは、それぞれ独立して、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく；
　Ｒａは、水素原子を示し；および
　Ｒｂは、水素原子、または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000026
（式中、
　＊は、結合位置を示し；
　ｊは、０～４の整数を示し；
　ｊ個のＱは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　ｊ個のＲ９は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　Ｒ８は、水素原子を示すか、または環Ａまたは環ＢのＲ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；および
　環Ｃは、ｊ個のＱＲ９に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。）で表される基を示すか、或いは
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成する。］で表される基を示す。｝で表される基を示す。］
で表されるヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
　［５０］　Ｒｎ１が式（ＩＩ）で表される基であり、Ｒｎ２が水素原子である前記［４９］に記載のヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
　［５１］　Ｌｎ１がエチレン基である前記［４９］または［５０］に記載のヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
　［５２］　ｍが０である前記［４９］～［５１］のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
　本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法によれば、縮合を効率的に行うことができる。
［用語］
　文中で特に断らない限り、本明細書で用いるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されるのと同じ意味をもつ。本明細書に記載されたものと同様または同等の任意の方法および材料は、本発明の実施または試験において使用することができるが、好ましい方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及したすべての刊行物および特許は、例えば、記載された発明に関連して使用されうる刊行物に記載されている、構築物および方法論を記載および開示する目的で、参照として本明細書に組み入れられる。
　本明細書において、オリゴヌクレオチドの構成単位となる「ヌクレオシド」とは、核酸塩基が糖（例えば、２－デオキシリボース、リボース、２位炭素原子および４位炭素原子が２価の有機基により結合された２－デオキシリボースまたはリボースなど）の１位にＮ－グリコシド化により結合された化合物を意味する。
　本明細書における「糖」は、水酸基がアミノ基に置き換わったアミノ糖、および２位水酸基がハロゲン原子に置き換わったリボースも包含する。
　２位炭素原子および４位炭素原子が２価の有機基により結合された２－デオキシリボースまたはリボースとしては、例えば、以下の化合物が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000027
　アミノ糖としては、例えば、以下に示すような３位水酸基がアミノ基に置き換わった２－デオキシリボース、３位水酸基がアミノ基に置き換わったリボース、および３位水酸基がアミノ基に、２位水酸基がハロゲンに置き換わったリボースが挙げられる（下記式中、Ｘｓはハロゲン原子を示す。）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000028
　本明細書中、「リン酸基」は、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）２だけでなく、酸素原子が硫黄原子またはＮＨに置き換わった基（例えば、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）２）も包含する。また、リン酸基中の水酸基（－ＯＨ）が－ＯＲｐ（式中、Ｒｐは、リン酸基の保護基などの有機基を示す）に置き換わった基（例えば、保護されたリン酸基）も、「リン酸基」に包含される。
　本明細書中、「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドにリン酸基が結合した化合物を意味する。３’位水酸基または５’位水酸基がリン酸基に置き換わったヌクレオチドとしては、例えば、下記式に示す化合物が挙げられる（下記式中、Ｒｍ１およびＲｍ２は、それぞれ独立して、水素原子または有機基（但し、ヌクレオシド残基を除く）を示し、Ｘｍは、水素原子、水酸基またはハロゲン原子を示す。）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000029
　本明細書中、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシドにヌクレオチドが１個以上連結した化合物を意味する。なお、「オリゴヌクレオチド」には、リン酸基の酸素原子が硫黄原子に置き換わったホスホロチオエート型のオリゴヌクレオチド、リン酸基の－Ｏ－が－ＮＨ－に置き換わったオリゴヌクレオチド、リン酸基中の水酸基（－ＯＨ）が－ＯＲｐ（式中、Ｒｐは有機基を示す）に置き換わったオリゴヌクレオチドも包含される。本発明におけるオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの数は特に限定されないが、好ましくは３～５０、より好ましくは５～３０である。
　本明細書中、「３’位アミノ基」とは、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの３’位の炭素原子に結合したアミノ基を意味する。
　本明細書中、「５’位アミノ基」とは、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの５’位の炭素原子に結合したアミノ基を意味する。
　本明細書中、「３’位リン酸基」とは、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの３’位の炭素原子に結合したリン酸基を意味する。
　本明細書中、「５’位リン酸基」とは、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの５’位の炭素原子に結合したリン酸基を意味する。
　本明細書中、「核酸塩基」とは、核酸の合成に使用されるものであれば特に制限されず、例えば、シトシル基、ウラシル基、チミニル基等のピリミジン塩基、アデニル基、グアニル基等のプリン塩基を挙げることができる。また、「保護されていてもよい核酸塩基」とは、例えば、アミノ基を有する核酸塩基であるアデニル基、グアニル基、またはシトシル基において、アミノ基が保護されていてもよいことを意味し、核酸塩基のアミノ基が、ヌクレオチドの５’位の脱保護条件に耐え得る保護基により保護されている核酸塩基が好ましい。
　アミノ基の保護基としては、特に限定されず、例えば、グリーンズ・プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（Ｇｒｅｅｎｅ’ｓ　ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ｉｎ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第４版、ウィリー・インターサイエンス（Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ）出版（２００６年）等に記載されている保護基を挙げることができる。該保護基の具体例としては、ピバロイル基、ピバロイロキシメチル基、アセチル基、トリフルオロアセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、４－ｔｅｒｔ－ブチルフェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、（２－ヘキシル）デカノイル基、ジメチルホルムアミジニル基、１－（ジメチルアミノ）エチリデン基、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル基を挙げることができる。これらの中でも、アセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、（２－ヘキシル）デカノイル基、ジメチルホルムアミジニル基、および１－（ジメチルアミノ）エチリデン基が好ましい。
　核酸塩基のカルボニル基も保護されていてもよい。例えば、フェノール、２，５－ジクロロフェノール、３－クロロフェノール、３，５－ジクロロフェノール、２－ホルミルフェノール、２－ナフトール、４－メトキシフェノール、４－クロロフェノール、２－ニトロフェノール、４－ニトロフェノール、４－アセチルアミノフェノール、ペンタフルオロフェノール、４－ピバロイロキシベンジルアルコール、４－ニトロフェネチルアルコール、２－（メチルスルホニル）エタノール、２－（フェニルスルホニル）エタノール、２－シアノエタノール、２－（トリメチルシリル）エタノール、ジメチルカルバミン酸クロライド、ジエチルカルバミン酸クロライド、エチルフェニルカルバミン酸クロライド、１－ピロリジンカルボン酸クロライド、４－モルホリンカルボン酸クロライド、ジフェニルカルバミン酸クロライド等を反応させて、核酸塩基のカルボニル基を保護することができる。ここで、カルボニル基の保護基については、特に導入しなくてもよい場合がある。
　核酸塩基には、上記した基の他に、核酸塩基が任意の置換基（例えば、ハロゲン原子、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、アシル基、アルコキシアルキル基、水酸基、アミノ基、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、カルボキシ、シアノ、ニトロ等）により任意の位置に１～３個置換されている修飾核酸塩基（例えば、８－ブロモアデニル基、８－ブロモグアニル基、５－ブロモシトシル基、５－ヨードシトシル基、５－ブロモウラシル基、５－ヨードウラシル基、５－フルオロウラシル基、５－メチルシトシル基、８－オキソグアニル基、ヒポキサンチニル基等）も包含される。
　本明細書中、「ハロゲン原子」とは、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、またはヨウ素原子である。
　本明細書中、「アルキル（基）」は、直鎖状または分岐鎖状のいずれでもよい。「アルキル（基）」としては、炭素数１以上のアルキル基が挙げられ、特に炭素数範囲の限定がない場合には、好ましくはＣ１－１０アルキル基であり、より好ましくはＣ１－６アルキル基、さらに好ましくはＣ１－５アルキル基である。炭素数範囲の限定がない場合の好適な具体例としては、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ペンチル、ヘキシル等が挙げられ、特にメチル、エチルが好ましい。
　本明細書中、「Ｃａ－ｂ」とは、炭素数がａ以上ｂ以下（ａ、ｂは整数を示す）を意味する。
　本明細書中、「アラルキル（基）」としては、Ｃ７－２０アラルキル基が挙げられ、好ましくはＣ７－１６アラルキル基（Ｃ６－１０アリール－Ｃ１－６アルキル基）である。好適な具体例としては、ベンジル、１－フェニルエチル、２－フェニルエチル、１－フェニルプロピル、ナフチルメチル、１－ナフチルエチル、１－ナフチルプロピル等が挙げられ、特にベンジルが好ましい。
　本明細書中、「アルコキシ（基）」は、直鎖状または分岐鎖状のいずれでもよい。「アルコキシ（基）」としては、炭素数１以上のアルコキシ基が挙げられ、特に炭素数範囲の限定がない場合には、好ましくはＣ１－１０アルコキシ基であり、より好ましくはＣ１－６アルコキシ基である。炭素数範囲の限定がない場合の好適な具体例としては、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ブトキシ、イソブトキシ、ｓｅｃ－ブトキシ、ｔｅｒｔ－ブトキシ、ペンチルオキシ、ヘキシルオキシ等が挙げられ、特にメトキシ、エトキシが好ましい。
　本明細書中、「アシル（基）」は、直鎖状または分岐鎖状のいずれでもよい。「アシル（基）」としては、例えば、Ｃ１－６アルカノイル基、Ｃ７－１３アロイル基等が挙げられる。具体的には、例えば、ホルミル、アセチル、ｎ－プロピオニル、イソプロピオニル、ｎ－ブチリル、イソブチリル、ピバロイル、バレリル、ヘキサノイル、ベンゾイル、ナフトイル、レブリニル等が挙げられ、これらはそれぞれ置換されていてもよい。
　本明細書中、「アルケニル（基）」は、直鎖状または分岐鎖状のいずれでもよい。「アルケニル（基）」としては、例えば、Ｃ２－６アルケニル基等が挙げられる。具体的には、例えば、ビニル、１－プロペニル、アリル、イソプロペニル、ブテニル、イソブテニル等が挙げられる。中でも、Ｃ２－４アルケニル基が好ましい。
　本明細書中、「アルキニル（基）」は、直鎖状または分岐鎖状のいずれでもよい。「アルキニル（基）」としては、例えば、Ｃ２－６アルキニル基等が挙げられる。具体的には、例えば、エチニル、１－プロピニル、２－プロピニル、１－ブチニル、２－ブチニル、３－ブチニル、１－ペンチニル、２－ペンチニル、３－ペンチニル、４－ペンチニル、１－ヘキシニル、２－ヘキシニル、３－ヘキシニル、４－ヘキシニル、５－ヘキシニル等が挙げられる。中でも、Ｃ２－４アルキニル基が好ましい。
　本明細書中、「シクロアルキル（基）」は、環状アルキル基を意味し、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル等が挙げられる。中でも、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル等のＣ３－６シクロアルキル基が好ましく、シクロヘキシルが特に好ましい。
　本明細書中、「アリール（基）」は、芳香族性を示す単環式あるいは多環式（縮合）の炭化水素基を意味し、具体的には、例えば、フェニル、１－ナフチル、２－ナフチル、ビフェニリル、２－アンスリル等のＣ６－１４アリール基等が挙げられる。中でもＣ６－１０アリール基がより好ましく、フェニルが特に好ましい。
　本明細書中、「炭化水素基」としては、例えば、脂肪族炭化水素基、芳香脂肪族炭化水素基、単環式飽和炭化水素基および芳香族炭化水素基等が挙げられ、具体的には、例えば、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基等の１価基およびそれらから誘導される２価基である。
　本明細書中、「Ｃ６－１４炭化水素環」としては、例えば、Ｃ６－１０シクロアルカン、Ｃ６－１０シクロアルケン、Ｃ６－１４芳香族炭化水素環が挙げられる。
　該「Ｃ６－１０シクロアルカン」としては、例えば、シクロヘキサン、シクロヘプタン、シクロオクタンが挙げられる。
　該「Ｃ６－１０シクロアルケン」としては、例えば、シクロヘキセン、シクロヘプテン、シクロオクテンが挙げられる。
　該「Ｃ６－１４芳香族炭化水素環」としては、例えば、ベンゼン、ナフタレンが挙げられる。
　本明細書中、「アルキレン（基）」は、直鎖状または分岐鎖状のいずれでもよい。「アルキレン（基）」としては、炭素数１以上のアルキレン基が挙げられ、特に炭素数範囲の限定がない場合には、好ましくはＣ１－１０アルキレン基であり、より好ましくはＣ１－６アルキレン基である。好適な具体例としては、メチレン、エチレン、プロピレン、ブチレン、ペンチレン、ヘキシレンが挙げられ、特にメチレン、エチレンが好ましい。
　本明細書中、「リンカー」としては、例えば、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－、－Ｓ－、－ＳＯ－、－ＳＯ２－、－Ｓｉ（Ｒ’）（Ｒ”）Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒ’）（Ｒ”）－（Ｒ’、Ｒ”は、それぞれ独立して、水素原子またはＣ１－２２炭化水素基を示す。）等が挙げられる。
　本明細書中、「置換されていてもよい」における「置換基」には、前記のハロゲン原子、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、アシル基、アルケニル基、アルキニル基、シクロアルキル基、アリール基の他、水酸基、ニトロ基、シアノ基、グアニジル基、カルボキシ基、アルコキシカルボニル基（アルコキシ部は前記アルコキシ基と同様）、スルホ基、ホスホ基、アルキルチオ基（アルキル部は前記アルキル基と同様）、アルキルスルフィニル基（アルキル部は前記アルキル基と同様）、アルキルスルホニル基（アルキル部は前記アルキル基と同様）、アミノ基、モノアルキルアミノ基（アルキル部は前記アルキル基と同様）、ジアルキルアミノ基（アルキル部は前記アルキル基と同様）、オキソ基などが包含される。
［オリゴヌクレオチドの製造方法］
　本発明の製造方法は、３’末端から５’末端への方向にオリゴヌクレオチド鎖の伸長を行う態様（以下「３’－５’合成」と略称することがある）および５’末端から３’末端への方向にオリゴヌクレオチド鎖の伸長を行う態様（以下「５’－３’合成」と略称することがある）の両方を包含する。まず、３’－５’合成である本発明の製造方法から説明する。
３’－５’合成
　３’－５’合成である本発明の製造方法は、以下の工程（１）、（３）、（４）および（６）を含む。この製造方法は、必要に応じて、さらに以下の工程（２）、（５）および（７）を含んでいてもよい。
　（１）非極性溶媒中、
　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基、３’位水酸基および３’位アミノ基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基および３’位アミノ基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、或いは
　５’位水酸基が保護されておらず、３’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）
を含む反応液に、
　３’位水酸基または３’位アミノ基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
を添加して、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）とヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）とを縮合させ、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたホスファイトトリエステル体（ｃ）を含む反応液を得る工程；
　（２）必要に応じて、縮合後の反応液にクエンチ剤を添加する工程；
　（３）ホスファイトトリエステル体（ｃ）を含む反応液に酸化剤または硫化剤を添加して、ホスファイトトリエステル体（ｃ）を酸化または硫化し、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（ｄ）を含む反応液を得る工程；
　（４）酸化または硫化後の反応液に酸を添加して５’位水酸基の一時保護基を除去し、５’位水酸基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液を得る工程；
　（５）必要に応じて、オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に塩基を添加して中和する工程；
　（６）オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ）を固液分離または抽出により精製する工程；および
　（７）必要に応じて、得られたオリゴヌクレオチドの保護基を全て除去した後、保護されていないオリゴヌクレオチドを単離する工程。
　工程（１）、（３）、（４）および（６）（好ましくは工程（１）～（６））のサイクルを繰り返すことによって、オリゴヌクレオチド鎖を伸長させることができる。なお、工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むオリゴヌクレオチドの製造方法は、本発明に包含される。
工程（１）（縮合）
　本工程は、５’位水酸基が保護されておらず、３’位水酸基等の少なくとも一つが、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護されたヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）と、３’位水酸基または３’位アミノ基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）とを縮合させて、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたホスファイトトリエステル体（ｃ）を得る工程である。
　本工程の好ましい態様では、
　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および３’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、或いは
　５’位水酸基が保護されておらず、３’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）、並びに
　３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
が使用される。
　Ｌｎ１の有機基とは、炭化水素基、または炭化水素基中の炭素原子がヘテロ原子で置き換わった基を意味する。ヘテロ原子としては、例えば、酸素原子、窒素原子、硫黄原子等が挙げられる。また、有機基は、水酸基、アミノ基、オキソ基（＝Ｏ）等の置換基を有していてもよい。有機基が有し得る水酸基およびアミノ基は、保護基で保護されていることが好ましい。有機基の形状は、鎖状（直鎖状または分岐鎖状）、環状またはこれらの組合せのいずれでもよい。
　有機基は、細胞に対して機能性を有する基を有していてもよい。細胞に対して機能性を有する基は、有機基の主鎖または側鎖の末端に結合していることが好ましい。細胞に対して機能性を有する基としては、例えば、「化合物の脂溶性を向上させることによって、化合物の細胞膜透過性を向上させる基」、「細胞膜受容体を介して細胞内への化合物の取込みを向上させる基」等が挙げられる。「化合物の脂溶性を向上させることによって、化合物の細胞膜透過性を向上させる基」としては、例えば、コレステロール残基、トコフェロール残基等が挙げられる。「細胞膜受容体を介して細胞内への化合物の取込みを向上させる基」としては、例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン残基等が挙げられる。
　－ＯＬｎ１－ＯＨの具体例としては、以下のものが挙げられる（下記式中の＊は、リン原子との結合位置を示し、Ａｃはアセチル基を示す。）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000030
　Ｌｎ１は、好ましくはＣ２－６アルキレン基、より好ましくはエチレン基である。
　本工程のより好ましい態様では、
　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および３’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、並びに
　３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
が使用される。
　本工程で使用するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）の溶液中の濃度は、それらが溶媒に溶解していれば特に限定されないが、好ましくは１～３０重量％である。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）およびヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）のアミノ基は、上述の保護基で保護されていることが好ましい。該保護基としては、セチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、（２－ヘキシル）デカノイル基、ジメチルホルムアミジニル基、および１－（ジメチルアミノ）エチリデン基が好ましい。ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）およびヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）が複数のアミノ基を有する場合、アミノ基の保護基は１種のみでもよく、２種以上でもよい。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）は、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基、３’位水酸基および３’位アミノ基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基および３’位アミノ基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護されている。ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）は、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の３’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、前記保護基で保護されていることが好ましく、リボース残基の３’位水酸基またはデオキシリボース残基の３’位水酸基が、前記保護基で保護されていることがより好ましい。
　置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）は、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護されている。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）および置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）が有する「酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基」、並びにヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）が有していてもよい「酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基」は、それぞれ独立して、工程（６）（固液分離または抽出）を効率的に行うために、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基を有するか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を有する保護基（以下「アンカー」と略称することがある）であることが好ましい。
　アンカーは、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）および置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）（場合によりヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ））に疎水性を付与して、非極性溶媒に対する溶解性を向上させる。また極性溶媒に対する溶解性を低下させることもできる。このようなアンカーで保護されたヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）および置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）は、非極性溶媒の液相中で縮合反応を行うことができ、その後の工程（６）で反応液に極性溶媒を添加することによって、アンカーで保護されたオリゴヌクレオチド（ｅ）が沈殿し、その固液分離を行うことができる。または工程（６）で反応液に極性溶媒を添加して、極性溶媒－非極性溶媒間で分層させ、非極性溶媒にオリゴヌクレオチド（ｅ）を移行させることにより、その抽出を行うことができる。このようなアンカーとしては、例えば、特許文献１、特許文献２および国際公開第２０１３／１２２２３６号に記載されているものを使用することができる。
　工程（６）で固液分離による精製を行う場合、アンカーは、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基を有する保護基であることが好ましく、工程（６）で抽出による精製を行う場合、アンカーは、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を有する保護基であることが好ましい。
　まず、固液分離のために好適なアンカーについて説明する。固液分離のために好適なアンカーとしては、例えば、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基がリンカーを介して結合したＣ６－１４炭化水素環を有する保護基が挙げられる。
　前記炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基は、好ましくは直鎖状のＣ１０－４０アルキル基および直鎖状のＣ１０－４０アルケニル基から選ばれる基であり、より好ましくは直鎖状のＣ１０－４０アルキル基であり、さらに好ましくは直鎖状のＣ１０－３０アルキル基であり、特に好ましくは直鎖状のＣ１２－２８アルキル基であり、最も好ましくは直鎖状のＣ１４－２６アルキル基である。
　前記リンカーは、好ましくは－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－、－ＮＨＣ（＝Ｏ）－、－Ｓ－、－ＳＯ－、－ＳＯ２－、および－Ｓｉ（Ｒ’）（Ｒ”）Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒ’）（Ｒ”）－（Ｒ’、Ｒ”は、それぞれ独立して、水素原子またはＣ１－２２炭化水素基を示す。）から選ばれ、より好ましくは－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－および－ＮＨＣ（＝Ｏ）－から選ばれ、より好ましくは－Ｏ－である。
　前記Ｃ６－１４炭化水素環は、好ましくはベンゼン環、ナフタレン環およびシクロヘキサン環から選ばれ、より好ましくはベンゼン環およびシクロヘキサン環から選ばれ、さらに好ましくはベンゼン環である。
　固液分離のために好適なアンカーは、好ましくは、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が単結合または－Ｏ－を介して結合した炭化水素基が－Ｏ－を介して結合したベンゼン環を有する保護基である。
　次に、抽出のために好適なアンカーについて説明する。「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」における「分岐鎖」としては、直鎖状または分岐鎖状の飽和脂肪族炭化水素基であり、Ｃ１－６アルキル基が好ましく、Ｃ１－４アルキル基がより好ましく、メチル基またはエチル基が一層好ましい。また、該「分岐鎖」は、１個以上のハロゲン原子で置換されていてもよい。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」における「脂肪族炭化水素基」とは、直鎖状の飽和または不飽和の脂肪族炭化水素基であり、Ｃ２-３００アルキル基（好ましくは、Ｃ３-１００アルキル基、より好ましくは、Ｃ３-６０アルキル基）、Ｃ２-３００アルケニル基（好ましくは、Ｃ３-１００アルケニル基、より好ましくは、Ｃ３-６０アルケニル基）またはＣ２-３００アルキニル基（好ましくは、Ｃ３-１００アルキニル基、より好ましくは、Ｃ３-６０アルキニル基）である。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」における「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」の部位は、特に限定されず、末端に存在しても（１価基）、それ以外の部位に存在してもよい（例えば２価基）。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」としては、例えば、プロピル基、ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基、ヘプチル基、オクチル基、ノニル基、デシル基、ウンデシル基、ドデシル基（ラウリル基）、トリデシル基、ミリスチル基、セチル基、ステアリル基、アラキル基、ベヘニル基、オレイル基、リノリル基、リグノセリル基等の分岐異性体であって、１以上の分岐鎖を有する１価基およびそれらから誘導される２価基が挙げられる。「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」は、好ましくは、３，７，１１－トリメチルドデシル基、３，７，１１，１５－テトラメチルヘキサデシル基（以下、２，３－ジヒドロフィチル基ということもある。）、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチルウンデカン－５－イル基等である。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」中に「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」が複数存在する場合には、その各々は同一のものであっても、異なるものであってもよい。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」中の「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基」以外の部位は任意に設定することができる。例えば－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＯ－、－ＮＨ－、－ＣＯＯ－、－ＯＣＯＮＨ－、－ＣＯＮＨ－、－ＮＨＣＯ－、炭化水素基（１価基または２価基）等の部位を有していてもよい。「炭化水素基」としては、例えば、脂肪族炭化水素基、芳香脂肪族炭化水素基、単環式飽和炭化水素基および芳香族炭化水素基等が挙げられ、具体的には、例えば、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基等の１価基およびそれらから誘導される２価基が用いられる。「アルキル基」としては、Ｃ１－６アルキル基が好ましく、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ペンチル、ヘキシル等が挙げられる。「アルケニル基」としては、Ｃ２－６アルケニル基が好ましく、例えば、ビニル、１－プロペニル、アリル、イソプロペニル、ブテニル、イソブテニル等が挙げられる。「アルキニル基」としては、Ｃ２－６アルキニル基が好ましく、例えば、エチニル、プロパルギル、１－プロピニル等が挙げられる。「シクロアルキル基」としては、Ｃ３－６シクロアルキル基が好ましく、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシルが挙げられる。「アリール基」は、Ｃ６－１４アリール基が好ましく、例えば、フェニル、１－ナフチル、２－ナフチル、ビフェニリル、２－アンスリル等が挙げられる。中でもＣ６－１０アリール基がより好ましく、フェニルが特に好ましい。「アラルキル基」としては、Ｃ７－２０アラルキル基が好ましく、例えば、ベンジル、１－フェニルエチル、２－フェニルエチル、１－フェニルプロピル、ナフチルメチル、１－ナフチルエチル、１－ナフチルプロピル等が挙げられる。中でも、Ｃ７－１６アラルキル基（Ｃ６－１０アリール－Ｃ１－６アルキル基）がより好ましく、ベンジルが特に好ましい。該「炭化水素基」は、ハロゲン原子（塩素原子、臭素原子、フッ素原子、ヨウ素原子）、オキソ基等から選択される置換基で置換されていてもよい。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」における「総炭素数」は、１４以上、好ましくは１６以上、より好ましくは１８以上であり、３００以下、好ましくは２００以下、より好ましくは１６０以下である。また、「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」における分岐鎖の数は特に制限されないが、２以上が好ましく、３以上がより好ましく、４以上がより好ましく、８以上がより好ましく、１０以上がさらに好ましい。この分岐鎖の数が多いほど、オリゴヌクレオチド鎖が長鎖になった場合でも、分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を有するアンカーで保護されたヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドは、有機溶媒（特に、非極性溶媒）に対して良好に溶解する。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」としては、式（Ａ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000031
［式中、
　＊は、隣接原子との結合位置を示し；
　Ｒ１４およびＲ１５は、それぞれ独立して、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；および
　Ｘ１は、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示す。
　但し、Ｒ１４およびＲ１５が共に水素原子であることはない。］
で表される同一または異なる２価の基を有する基が好ましい。
　式（Ａ）で表される２価の基を有する基としては、例えば、下記式（Ｂ）～（Ｄ）のいずれかで表される基が挙げられる。なお、式（Ｂ）～（Ｄ）における各記号の定義中の炭素数、繰り返し単位の数（ｍ１、ｎ０～ｎ２）等は便宜上示されたものであって、総炭素数が１４以上（好ましくは１６以上、より好ましくは１８以上）、３００以下（好ましくは２００以下、より好ましくは１６０以下）になるよう上記した定義の範囲内で適宜変更することができる。以下、式（Ｂ）～（Ｄ）について、順に説明する。
　式（Ｂ）は、以下の通りである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000032
［式中、
　＊は、隣接原子との結合位置を示し；
　Ｒ１６およびＲ１７は、水素原子を示すか、または一緒になって＝Ｏを示し；
　ｎ０は、２～４０の整数を示し；
　ｎ０個のＲ１８およびＲ１９は、それぞれ独立して、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
　ｎ０個のＸ２は、それぞれ独立して、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；
　Ｒ２０は、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；および
　Ｒ２１は、Ｃ１－４アルキル基を示す。
　但し、Ｒ１８およびＲ１９が共に水素原子であることはなく、且つｎ０が２の場合には、Ｒ２０はＣ１－４アルキル基を示す。］
　式（Ｂ）の基としては、
　Ｒ１６およびＲ１７は、共に水素原子であり；
　ｎ０は、２～４０の整数であり；
　ｎ０個のＲ１８およびＲ１９は、それぞれ独立して、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
　ｎ０個のＸ２は、それぞれ独立して、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；および
　Ｒ２０は、水素原子、メチル基またはエチル基である
基（但し、Ｒ１８およびＲ１９が共に水素原子であることはなく、且つｎ０が２の場合には、Ｒ２０はメチルまたはエチル基を示す。）が好ましい。
　より好適な式（Ｂ）の基は、ミリスチル基、セチル基、ステアリル基、アラキル基、ベヘニル基等の炭素数１４～１６０の分岐異性体であり、中でも２，３－ジヒドロフィチル基、３，７，１１－トリメチルドデシル基、２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル基が特に好ましい。
　式（Ｃ）は、以下の通りである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000033
［式中、
　＊は、隣接原子との結合位置を示し；
　ｍ１個のＯＲ２２は、それぞれ独立して、式（Ｂ）で表される基により置換された水酸基を示し；および
　ｍ１は、１～３の整数を示す。］
　なお、式（Ｃ）中の「式（Ｂ）で表される基」は、その＊がＯ（即ち、隣接原子）との結合位置を示すこと以外は上述した通りである。
　式（Ｃ）の基において、Ｒ２２は、ミリスチル基、セチル基、ステアリル基、アラキル基、ベヘニル基等の炭素数１４～３０の分岐異性体である基がより好ましく、中でも２，３－ジヒドロフィチル基、３，７，１１－トリメチルドデシル基が特に好ましい。
　式（Ｄ）は、以下の通りである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000034
［式中、
　＊は、Ｑとの結合位置を示し；
　ｎ１は、１～１０の整数を示し；
　ｎ２は、１～１０の整数を示し；
　ｎ１個のＲ２６およびＲ２７は、それぞれ独立して、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
　ｎ１個のＸ３は、それぞれ独立して、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；
　ｎ２個のＲ２８およびＲ２９は、それぞれ独立して、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示し；
　ｎ２個のＸ５は、それぞれ独立して、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；
　Ｘ４は、単結合またはＣ１－４アルキレン基を示し；および
　Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ３０、Ｒ３１およびＲ３２は、それぞれ独立して、水素原子またはＣ１－４アルキル基を示す。
　但し、Ｒ２６およびＲ２７、および／またはＲ２８およびＲ２９が共に水素原子であることはなく、且つｎ１＋ｎ２が２の場合には、Ｒ２３、Ｒ２４およびＲ２５の２個以上がそれぞれ独立して、Ｃ１－４アルキル基を示すか、またはＲ３０、Ｒ３１およびＲ３２の２個以上がそれぞれ独立して、Ｃ１－４アルキル基を示す。］
　式（Ｄ）の基としては、
　ｎ１は、１～５の整数であり；
　ｎ２は、１～５の整数であり；
　ｎ１個のＲ２６およびＲ２７は、それぞれ独立して、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
　ｎ１個のＸ３は、それぞれ独立して、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；
　ｎ２個のＲ２８およびＲ２９は、それぞれ独立して、水素原子、メチル基またはエチル基であり；
　ｎ２個のＸ５は、それぞれ独立して、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；
　Ｘ４は、単結合、メチレン基またはエチレン基であり；および
　Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ３０、Ｒ３１およびＲ３２は、それぞれ独立して、水素原子またはＣ１－４アルキル基である
基（但し、Ｒ２６およびＲ２７、および／またはＲ２８およびＲ２９が共に水素原子であることはなく、且つｎ１＋ｎ２が２の場合には、Ｒ２３、Ｒ２４およびＲ２５の２個以上がそれぞれ独立して、Ｃ１－４アルキル基を示すか、またはＲ３０、Ｒ３１およびＲ３２の２個以上がそれぞれ独立して、Ｃ１－４アルキル基を示す。）がより好ましい。
　特に好適な式（Ｄ）の基としては、
　ｎ１は、１～５の整数であり；
　ｎ２は、１～５の整数であり；
　ｎ１個のＲ２６およびＲ２７は、それぞれ独立して、水素原子またはメチル基であり；
　ｎ１個のＸ３は、それぞれ独立して、単結合またはメチレン基であり；
　ｎ２個のＲ２８およびＲ２９は、それぞれ独立して、水素原子またはメチル基であり；
　ｎ２個のＸ５は、それぞれ独立して、単結合またはメチレン基であり；
　Ｘ４は、単結合またはメチレン基であり；および
　Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ３１、Ｒ３１およびＲ３２は、メチル基である
基（但し、Ｒ２６およびＲ２７、および／またはＲ２８およびＲ２９が、共に水素原子であることはない）が挙げられる。
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」の具体例として、以下の基が挙げられる。各基中の＊は結合位置を示し；式中のｎ３は、３以上の整数を示し；ｎ４は、該基の総炭素数が１４以上３００以下になるように適宜設定され得る。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000035
　「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」の好ましい具体例として、以下の基が挙げられる：
　３，７，１１，１５－テトラメチルヘキサデシル基（別名：２，３－ジヒドロフィチル基）；
　３，７，１１－トリメチルドデシル基；
　２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル基；
　３，４，５－トリ（３’，７’，１１’，１５’－テトラメチルヘキサデシルオキシ）ベンジル基；および
　３，５－ジ（３’，７’，１１’，１５’－テトラメチルヘキサデシルオキシ）ベンジル基。
　アンカーは、より好ましくは、下記式（ｇ－Ｉ）で表される基（以下「アンカー（ｇ－Ｉ）」と略称することがある。）である。
＊＊Ｌ－Ｙ－Ｚ　　　（ｇ－Ｉ）
［式中、
　＊＊は保護される基との結合位置を示し；
　Ｌは、単結合、または式（ａ１）若しくは（ａ１’）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000036
（式中、
　＊は、Ｙとの結合位置を示し；
　＊＊は前記と同義であり；
　Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、Ｃ１－２２炭化水素基を示し；
　Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；
　Ｌ２は、単結合を示すか、または***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子若しくはＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、環を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で表される基を示し；
　Ｙは、単結合、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し；および
　Ｚは、式（ａ２）、式（ａ２’）または式（ａ２”）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000037
［式中、
　＊は、結合位置を示し；
　Ｒ６は、水素原子であるか、あるいはＲｂが、下記式（ａ３）で表される基である場合には、環Ａまたは環ＢのＲ６は、Ｒ８と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；
　ｋは、１～４の整数を示し；
　ｋ個のＱは、それぞれ独立して、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－を示し；
　ｋ個のＲ７は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　環Ａおよび環Ｂは、それぞれ独立して、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく；
　Ｒａは、水素原子を示し；および
　Ｒｂは、水素原子、または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000038
（式中、
　＊は、結合位置を示し；
　ｊは、０～４の整数を示し；
　ｊ個のＱは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　ｊ個のＲ９は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　Ｒ８は、水素原子を示すか、または環Ａまたは環ＢのＲ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；および
　環Ｃは、ｊ個のＱＲ９に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。）で表される基を示すか、或いは
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成する。］で表される基を示す。］
　式（ａ２）、式（ａ２’）および式（ａ２”）中のＲ７、並びに式（ａ３）中のＲ９が有する炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基は、それぞれ独立して、好ましくは直鎖状のＣ１０－４０アルキル基および直鎖状のＣ１０－４０アルケニル基から選ばれる基であり、より好ましくは直鎖状のＣ１０－４０アルキル基であり、さらに好ましくは直鎖状のＣ１０－３０アルキル基であり、特に好ましくは直鎖状のＣ１２－２８アルキル基であり、最も好ましくは直鎖状のＣ１４－２６アルキル基である。
　式（ａ２）、式（ａ２’）および式（ａ２”）中のＲ７、並びに式（ａ３）中のＲ９が有するリンカーは、それぞれ独立して、好ましくは－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－であり、より好ましくは－Ｏ－である。
　式（ａ２）、式（ａ２’）および式（ａ２”）中のＲ７、並びに式（ａ３）中のＲ９の「炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基」は、好ましくは、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基、１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したベンジル基、または１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したシクロヘキシルメチル基である。
　式（ａ２）、式（ａ２’）および式（ａ２”）中のＲ７、並びに式（ａ３）中のＲ９の一態様である「分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基」は、それぞれ独立して、好ましくは上記式（Ａ）で表される２価の基を有する基であり、より好ましくは上記式（Ｂ）～（Ｄ）のいずれかで表される基であり、さらに好ましくは上記式（Ｂ）で表される基であり、特に好ましくは２，３－ジヒドロフィチル基、３，７，１１－トリメチルドデシル基、または２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイル基である。
　式（ａ２）、式（ａ２’）、式（ａ２”）および式（ａ３）中のＱは、好ましくは－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－であり、より好ましくは－Ｏ－である。
　式（ｇ－Ｉ）において、式（ａ１）で表されるＬの好ましい態様は、
　Ｌ１が、２価のＣ１－２２炭化水素基、またはＣＨ２－Ｏ－１，４－フェニレン－Ｏ－ＣＨ２であり；および
　Ｌ２が、単結合であるか、または***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－６アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して水素原子、若しくは置換されていてもよいＣ１－６アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、置換されていてもよいＣ１－６アルキレン基を形成していてもよい。）で表される基である、
基である。
　式（ａ１）で表されるＬの別の好ましい態様は、
　Ｌ１が、２価のＣ１－２２炭化水素基であり；および
　Ｌ２が単結合である
基である。
　式（ａ１）で表されるＬの別の好ましい態様は、
　Ｌ１が、エチレン基であり；および
　Ｌ２が、***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子若しくはＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、環を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で表される基である
基である。
　式（ａ１）で表されるＬの別の好ましい態様は、
　Ｌ１が、エチレン基であり；および
　Ｌ２が、***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）部分が、１，４－ピペラジンジイル基を形成する。）で表される基である
基である。
　式（ａ１）で表されるＬの別の好ましい態様は、
　Ｌ１が、エチレン基であり；および
　Ｌ２が、***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、ペンチレン基、またはヘキシレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子またはメチル基を示す。）で表される基である
基である。
　式（ａ１）で表されるＬの特に好ましい態様は、入手が容易で安価なスクシニル基である。
　次に、式（ｇ－Ｉ）において式（ａ１’）で表されるＬについて説明する。
　式（ａ１’）中のＬ１は、好ましくは２価のＣ６－１０芳香族炭化水素基であり、より好ましくはフェニレン基である。
　式（ａ１’）中のＬ２は、好ましくは単結合である。
　式（ａ１’）中のＬ１およびＬ２の好ましい組合せとしては、Ｌ１が２価のＣ６－１０芳香族炭化水素基であり、Ｌ２が単結合である、組合せである。式（ａ１’）中のＬ１およびＬ２のより好ましい組合せとしては、Ｌ１がフェニレン基であり、Ｌ２が単結合である、組合せである。
　式（ａ１’）中のＲ１およびＲ２は、それぞれ独立して、好ましくはＣ１－２２アルキル基であり、より好ましくはＣ１－１０アルキル基である。
　式（ａ１’）で表されるＬの好ましい態様は、
　Ｒ１およびＲ２が、それぞれ独立して、Ｃ１－２２アルキル基であり；
　Ｌ１が、２価のＣ６－１０芳香族炭化水素基であり；および
　Ｌ２が、単結合である
基である。
　式（ａ１’）で表されるＬの別の好ましい態様は、
　Ｒ１およびＲ２が、それぞれ独立して、Ｃ１－１０アルキル基であり；
　Ｌ１が、フェニレン基であり；および
　Ｌ２が、単結合である
基である。
　式（ｇ－Ｉ）におけるＹがＮＲである場合、前記Ｒは、好ましくは、水素原子、Ｃ１－６アルキル基またはＣ７－１６アラルキル基であり、より好ましくは水素原子、メチル、エチルまたはベンジルであり、さらに好ましくは水素原子である。Ｙは、好ましくは単結合、酸素原子またはＮＲであり、より好ましくは単結合または酸素原子である。
　式（ｇ－Ｉ）におけるＺは、好ましくは、式（ａ２）または式（ａ２”）で表される基であり、より好ましくは式（ａ２”）で表される基である。式（ａ２）で表されるＺ（即ち、ベンジル基の構造）を有するアンカーに比べて、式（ａ２”）で表されるＺ（即ち、シクロヘキシルメチル基の構造）を有するアンカーを使用することにより、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）等の非極性溶媒に対する溶解性を飛躍的に向上することができる。それによって、本発明の製造方法をより高濃度で実行でき、生産性が大きく向上する。
　式（ａ２）において、Ｒ６は水素原子であることが好ましい。また、式（ａ２）において、ＲａおよびＲｂが、水素原子であるか、または一緒になってオキソ基を形成することが好ましい。
　式（ａ２）で表されるＺの、固液分離のために好ましい態様は、
　ＲａおよびＲｂが、水素原子であり；
　Ｒ６が、水素原子であり；
　ｋが、１～３の整数であり；
　ｋ個のＱが、－Ｏ－であり；および
　ｋ個のＲ７が、それぞれ独立して、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基である、
基である。
　式（ａ２）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　ＲａおよびＲｂが、水素原子であり；
　Ｒ６が、水素原子であり；
　ｋが、１～３の整数であり；
　ｋ個のＱが、－Ｏ－であり；
　ｋ個のＲ７が、それぞれ独立して、１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したベンジル基、または１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したシクロヘキシルメチル基であり；および
　環Ａが、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい、
基である。
　式（ａ２）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　Ｒａが、水素原子であり；および
　Ｒｂが、式（ａ３）（式中、＊は結合位置であり、ｊが、０～３の整数であり、ｊ個のＱが、－Ｏ－であり、ｊ個のＲ９が、それぞれ独立して、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基であり、Ｒ６およびＲ８が、共に水素原子である。）で表される基である、
基である。
　式（ａ２）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　Ｒａが、水素原子であり；および
　Ｒｂが、式（ａ３）（式中、＊は結合位置であり、ｊが、０～３の整数であり、ｊ個のＱが、－Ｏ－であり、ｊ個のＲ９が、それぞれ独立して、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基であり、Ｒ８は、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａおよび環Ｃと共に縮合環を形成する。）で表される基である、
基である。
　式（ａ２）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成し；
　Ｒ６が、水素原子であり；
　ｋが、１～３の整数であり；
　ｋ個のＱが、－Ｏ－であり；および
　ｋ個のＲ７が、それぞれ独立して、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基である、
基である。
　式（ａ２）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成し；
　Ｒ６が、水素原子であり；
　ｋが、１～３の整数であり；
　ｋ個のＱが、－Ｏ－であり；
　ｋ個のＲ７が、それぞれ独立して、１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したベンジル基、または１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したシクロヘキシルメチル基であり；および
　環Ａが、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい、
基である。
　式（ａ２”）において、Ｒ６は水素原子であることが好ましい。また、式（ａ２”）において、ＲａおよびＲｂが、水素原子であるか、または一緒になってオキソ基を形成することが好ましい。
　式（ａ２”）で表されるＺの、固液分離のために好ましい態様は、
　ＲａおよびＲｂが、水素原子であり；
　Ｒ６が、水素原子であり；
　ｋが、１～３の整数であり；
　ｋ個のＱが、－Ｏ－であり；および
　ｋ個のＲ７が、それぞれ独立して、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基である、
基である。
　式（ａ２”）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　ＲａおよびＲｂが、水素原子であり；
　Ｒ６が、水素原子であり；
　ｋが、１～３の整数であり；
　ｋ個のＱが、－Ｏ－であり；
　ｋ個のＲ７が、それぞれ独立して、１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したベンジル基、または１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したシクロヘキシルメチル基であり；および
　環Ｂが、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい、
基である。
　式（ａ２”）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　Ｒａが、水素原子であり；
　Ｒｂが、式（ａ３）（式中、＊は結合位置であり、ｊが、０～３の整数であり、ｊ個のＱが、－Ｏ－であり、ｊ個のＲ９が、それぞれ独立して、Ｃ１０－４０アルキル基であり、Ｒ６およびＲ８が、共に水素原子である。）で表される基である、
基である。
　式（ａ２”）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　Ｒａが、水素原子であり；
　Ｒｂが、式（ａ３）（式中、＊は結合位置であり、ｊが、０～３の整数であり、ｊ個のＱが、－Ｏ－であり、ｊ個のＲ９が、それぞれ独立して、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基であり、Ｒ８は、Ｒ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成する。）で表される基である、
基である。
　式（ａ２”）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成し；
　Ｒ６が、水素原子であり；
　ｋが、１～３の整数であり；
　ｋ個のＱが、－Ｏ－であり；および
　ｋ個のＲ７が、それぞれ独立して、直鎖状のＣ１０－４０アルキル基である、
基である。
　式（ａ２”）で表されるＺの、固液分離のために好ましい別の態様は、
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成し；
　Ｒ６が、水素原子であり；
　ｋが、１～３の整数であり；
　ｋ個のＱが、－Ｏ－であり；
　ｋ個のＲ７が、それぞれ独立して、１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したベンジル基、または１～３個の直鎖状のＣ１０－４０アルキル基が－Ｏ－を介して結合したシクロヘキシルメチル基であり；および
　環Ｂが、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい、
基である。
　固液分離のために好適なアンカー（ｇ－Ｉ）は、好ましくは、
　Ｌが、スクシニル基であるか、または式（ａ１’）で表される基（式（ａ１’）中、Ｒ１およびＲ２が、それぞれ独立して、Ｃ１－１０アルキル基であり、Ｌ１が、２価のフェニレン基であり、Ｌ２が、単結合である。）であり、および
　Ｙ－Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）ベンジルオキシ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルオキシ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルアミノ基、２，４－ビス（ドコシルオキシ）ベンジルアミノ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）ベンジルアミノ基、ビス（４－ドコシルオキシフェニル）メチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］ベンジルアミノ基、２，４－ビス（ドデシルオキシ）ベンジルアミノ基、フェニル（２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）フェニル）メチルアミノ基、ビス［４－（１２－ドコシルオキシドデシルオキシ）フェニル］メチルアミノ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルアミノ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルアミノ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、ビス（４－ドコシルオキシシクロへキシル）メチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、フェニル（２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）シクロへキシル）メチルアミノ基、ビス［４－（１２－ドコシルオキシドデシルオキシ）シクロへキシル］メチルアミノ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、または３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基である
基であるか、または
　Ｌ－Ｙが、単結合またはスクシニル－１，４－ピペラジンジイル基であり、および
　Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）ベンゾイル基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンゾイル基、または３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンゾイル基である
基である。
　固液分離のために好適なアンカー（ｇ－Ｉ）は、より好ましくは、
　Ｌが、スクシニル基であり、および
　Ｙ－Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）ベンジルオキシ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルオキシ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルアミノ基、２，４－ビス（ドコシルオキシ）ベンジルアミノ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）ベンジルアミノ基、ビス（４－ドコシルオキシフェニル）メチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］ベンジルアミノ基、２，４－ビス（ドデシルオキシ）ベンジルアミノ基、フェニル（２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）フェニル）メチルアミノ基、ビス［４－（１２－ドコシルオキシドデシルオキシ）フェニル］メチルアミノ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルアミノ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンジルアミノ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、ビス（４－ドコシルオキシシクロへキシル）メチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、フェニル（２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）シクロへキシル）メチルアミノ基、ビス［４－（１２－ドコシルオキシドデシルオキシ）シクロへキシル］メチルアミノ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、または３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基である
基であるか、または
　Ｌ－Ｙが、単結合またはスクシニル－１，４－ピペラジンジイル基であり、および
　Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）ベンゾイル基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンゾイル基、または３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］ベンゾイル基である。
　固液分離のために好適なアンカー（ｇ－Ｉ）は、さらに好ましくは、
　Ｌが、スクシニル基であり、および
　Ｙ－Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、または３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基である
基であるか、または
　Ｌ－Ｙが、単結合またはスクシニル－１，４－ピペラジンジイル基であり、および
　Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル基である
基である。
　固液分離のために好適なアンカー（ｇ－Ｉ）は、特に好ましくは、
　Ｌが、スクシニル基であり、および
　Ｙ－Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基またはフェニル（２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）フェニル）メチルアミノ基である
基であるか、または
　Ｌ－Ｙが、スクシニル－１，４－ピペラジンジイル基であり、および
　Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル基である
基である。
　固液分離のために好適なアンカー（ｇ－Ｉ）は、最も好ましくは、
　Ｌが、スクシニル基であり、および
　Ｙ－Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ基、または３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基である
基であるか、または
　Ｌ－Ｙが、スクシニル－１，４－ピペラジンジイル基であり、および
　Ｚが、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル基である
基である。
　抽出のために好適なアンカー（ｇ－Ｉ）は、好ましくは、２－{２，４－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，５－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルオキシスクシニル基；４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルオキシスクシニル基；２－{１－［（２－クロロ－５－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル）］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルオキシスクシニル基；２－{３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{２－［３’，４’，５’－トリ（２”，３”－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルオキシ］－４－メトキシベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メトキシベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルオキシスクシニル基；２－{４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）－２－メチルベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－［２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルアミノ］ベンジルオキシスクシニル基；２－{４－［２，２，４，８，１０，１０－ヘキサメチル－５－ドデカノイルアミノ］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルオキシスクシニル基；２－｛４－（３，７，１１－トリメチルドデシルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{３，５－ジ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{１－［２，３，４－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；２－{１－［４－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）フェニル］－４’－（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基；３，４，５－トリス［３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］ベンジルオキシスクシニル基；または２－{３，４，５－トリス［３，４，５－トリ（２’，３’－ジヒドロフィチルオキシ）ベンジル］ベンジルアミノカルボニル}エチルカルボニル基である。
　アンカーを形成するために用いられる式：Ｚ－Ｙ－Ｈで表されるアルコール化合物またはアミン化合物は、例えば、以下の工程またはそれに準じた工程によって製造することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000039
［式中のＱ’は、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－または－ＮＨ－を示し、Ｒｇは、水素原子、ＯＲｈ基（ここで、ＲｈはＣ１－６アルキル基等のアルキル基、ベンジル基等のアラルキル基等を示す。）または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000040
（式中の各記号は、前記と同意義である。）
で表される基を示し、Ｙ１はハロゲン原子等の脱離基を示し、他の記号は、前記と同義である。］
工程（ａ）
　本工程は、式（ＩＶ）で表される化合物（以下、化合物（ＩＶ）と略称する。）のＱ’Ｈ（ここで、Ｑ’は、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－または－ＮＨ－を示す。）にＲ７を導入することにより、式（ＩＶａ）で表される化合物（以下、化合物（ＩＶａ）と略称する。）を製造する工程である。この反応は、Ｑ’が、－Ｏ－、－Ｓ－または－ＮＨ－の場合、反応に影響を及ぼさない溶媒中、塩基の存在下または非存在下で、Ｒ７に対応するハロゲン化物（塩化物、臭化物またはヨウ化物）、Ｒ７に対応するカルボン酸若しくは酸ハロゲン化物またはＲ７に対応するアルキルスルホニルオキシ化物（例えば、メタンスルホニルオキシ化物等）若しくはアリールスルホニルオキシ化物（例えば、ｐ－トルエンスルホニルオキシ化物等）を用いて行われる。また、Ｑ’が－Ｏ－の場合、化合物（ＩＶ）とＲ７に対応する水酸化物をトリフェニルホスフィンおよびアゾジカルボン酸ジイソプロピル存在下で反応させる光延反応条件下で、この反応を行うこともできる。さらにＱ’が－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－の場合、例えば、化合物（ＩＶ）とＲ７に対応するアミン若しくは水酸化物を後述する縮合剤の存在下で反応させることにより化合物（ＩＶａ）を合成することができる。
　塩基としては、例えば、炭酸ナトリウム、炭酸水素ナトリウム、炭酸カリウム、水素化ナトリウム、水素化カリウム、カリウム　ｔｅｒｔ－ブトキシド等のアルカリ金属塩；ピリジン、トリエチルアミン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアニリン、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］－７－ウンデセン等のアミン類等が挙げられ、中でも炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、水素化ナトリウム等が好ましい。
　溶媒としては、例えば、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；ジメチルホルムアミド、ジメチルアセトアミド等のアミド類；クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン化炭化水素類；アセトニトリル等のニトリル類、Ｎ－メチルピロリドン等あるいはそれらの混合物が挙げられ、中でも、ジメチルホルムアミド、テトラヒドロフラン、トルエン、Ｎ－メチルピロリドン等が好ましい。
　反応温度は、５０～１５０℃が好ましく、６０～１３０℃がより好ましい。反応時間は、２～３０時間が好ましく、３～１０時間がより好ましい。
工程（ｂ）
　本工程は、化合物（ＩＶａ）を還元することにより、式（Ｉ－ａ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ－ａ）と略称する。）を製造する工程である。この還元反応は、還元剤を用いる方法により行うことができる。
　この還元反応に用いる還元剤としては、例えば、金属水素化物（水素化ホウ素ナトリウム、水素化ホウ素リチウム、シアノ水素化ホウ素ナトリウム、トリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウム、水素化ジブチルアルミニウム、水素化アルミニウム、水素化アルミニウムリチウム等）等が挙げられ、中でも、水素化ホウ素ナトリウム、水素化ジブチルアルミニウム等が好ましい。
　この反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われる。溶媒としては、例えば、メタノール、エタノール等のアルコール類；ジエチルエーテル、テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；あるいはそれらの混合物が挙げられ、中でもテトラヒドロフラン、トルエン等が好ましい。反応温度は、０～１００℃が好ましく、３０～７０℃がより好ましい。反応時間は、１～２４時間が好ましく、２～５時間がより好ましい。
工程（ｃ）
　本工程は、化合物（ＩＶａ）（式（ＩＶａ）中、Ｒｇは、水素原子またはＯＲｈ基ではない。）を、上記工程（ｂ）と同様の方法により還元する工程である。
工程（ｄ－１）
　本工程は、化合物（ＩＶａ）（式（ＩＶａ）中、Ｒｇは水素原子である）を、オキシム化することにより、式（Ｉ’－ａ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ’－ａ）と略称する。）を製造する工程である。
　このオキシム化反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、塩基存在下で化合物（ＩＶａ）とヒドロキシルアミンの酸付加塩とを反応させることにより行われる。
　ヒドロキシルアミンの酸付加塩としては、例えば、塩酸塩、硫酸塩、硝酸塩等の鉱酸塩、酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、メタンスルホン酸塩、トリフルオロメタンスルホン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩等の有機酸塩等が挙げられるが、塩酸塩が特に好ましい。
　かかる塩基としては、例えば、水酸化カリウム、水酸化ナトリウム、炭酸水素ナトリウム、炭酸カリウムなどのアルカリ金属塩；ピリジン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアニリン、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エンなどの有機アミン類等が挙げられ、中でも、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン等が好ましい。
　溶媒としては、例えば、クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン溶媒；トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；および／または、それらの混合物が挙げられ、中でも、ジクロロメタン、クロロホルム、トルエン等が好ましい。反応温度は、１０～１００℃が好ましく、２０～６０℃でがより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－２）
　本工程は、化合物（Ｉ’－ａ）を、パラジウム－炭素、ラネーニッケル等の金属触媒存在下の接触水素添加反応、または前記工程（ｂ）と同様の金属水素化物等の還元剤により還元することにより、式（Ｉ－ｂ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ－ｂ）と略称する。）を製造する工程である。
　化合物（Ｉ－ｂ）は、工程（ｄ－３）、工程（ｄ－４）および工程（ｄ－５）を経て製造することもできる。
工程（ｄ－３）
　本工程は、化合物（Ｉ－ａ）を、例えば塩化アセチル、塩化チオニル等のクロル化剤、または、例えば臭化アセチル、三臭化リン、ジフェニルホスフィン／臭素等のブロム化剤を用いてハロゲン化することにより、式（Ｉ’－ｂ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ’－ｂ）と略称する。）を製造する工程である。
　溶媒としては、例えば、クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン化炭化水素類；トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；それらの混合物が挙げられ、中でも、クロロホルム、テトラヒドロフラン、トルエン等が好ましい。反応温度は、１０～１５０℃が好ましく、３０～８０℃がより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－４）
　本工程は、化合物（Ｉ’－ｂ）をアジ化ナトリウム等のアジド化剤を用いてアジド化することにより、式（Ｉ’－ｃ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ’－ｃ）と略称する。）を製造する工程である。この反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、化合物（Ｉ’－ｂ）をアジド化剤と反応させることにより行われる。
　溶媒としては、例えば、クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン化炭化水素類；トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド等のアミド類；それらの混合物が挙げられ、中でも、クロロホルム、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド等が好ましい。反応温度は、１０～１５０℃が好ましく、２０～１００℃がより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－５）
　本工程は、化合物（Ｉ’－ｃ）をアミノ化することにより、化合物（Ｉ－ｂ）を製造する工程である。この反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、水存在下、化合物（Ｉ’－ｃ）をトリフェニルホスフィンと反応させるか、接触水素化還元により行われる。
　トリフェニルホスフィンの使用量としては、化合物（Ｉ’－ｃ）１モルに対して、好ましくは１～１０モル、特に好ましくは１～５モルである。水の使用量は、化合物（Ｉ’－ｃ）１モルに対して、好ましくは１～１０モル、特に好ましくは１～５モルである。
　溶媒としては、例えば、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；および、それらの混合物が挙げられ、中でも、トルエン、テトラヒドロフラン等が好ましい。反応温度は、１０～１５０℃が好ましく、２０～１００℃でがより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－６）
　本工程は、化合物（Ｉ’－ｂ）をＲＮＨ２（Ｒは前記と同義である）と反応させることにより、Ｙが－ＮＨＲ基である式（Ｉ－ｃ）で表される化合物（以下、化合物（Ｉ－ｃ）と略称する。）を製造する工程である。本工程は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、必要により、例えば、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン等の第３級アミン等の塩基の存在下、化合物（Ｉ’－ｂ）をＲ－ＮＨ２で表されるアミンと反応させることにより行われる。
　溶媒としては、例えば、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類；テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類；および、クロロホルム、ジクロロメタン等のハロゲン溶媒または、それらの混合物が挙げられ、中でも、トルエン、テトラヒドロフラン、クロロホルム等が好ましい。反応温度は、１０～１００℃が好ましく、２０～６０℃がより好ましい。反応時間は、０．５～３０時間が好ましく、２～２０時間がより好ましい。
工程（ｄ－７）
　本工程は、化合物（Ｉ－ｄ）を－ＣＯＮＨ２基または－ＯＣＯＮＨ２基を有する化合物と反応させた後、塩基で処理することにより、化合物（Ｉ－ｅ）を製造する工程である。化合物（Ｉ－ｄ）と－ＣＯＮＨ２基または－ＯＣＯＮＨ２基を有する化合物との反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、酸触媒下で行われる。
　酸触媒としては、例えば、メタンスルホン酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トルエンスルホン酸等が挙げられ、中でもメタンスルホン酸、トルエンスルホン酸が好ましい。酸触媒の使用量は、化合物（Ｉ－ｄ）１モルに対して、好ましくは０．０５～０．５モル、特に好ましくは０．１～０．３モルである。
　－ＣＯＮＨ２基または－ＯＣＯＮＨ２基を有する化合物としては、例えば、Ｆｍｏｃ－ＮＨ２、ＨＣＯＮＨ２、ＣＦ３ＣＯＮＨ２、ＡｃＮＨ２、ＥｔＯＣＯＮＨ２、Ｃｂｚ－ＮＨ２等が挙げられ、中でもＦｍｏｃ－ＮＨ２、ＥｔＯＣＯＮＨ２等が好ましい。ここで、「Ｆｍｏｃ－」とは、９－フルオレニルメトキシカルボニル基（以下、Ｆｍｏｃ基ともいう。）を意味し、「Ｃｂｚ－」は、ベンジルオキシカルボニル基（以下、Ｃｂｚ基ともいう。）を意味する。
　なお、工程（ａ）の原料として使用する試薬［すなわち、Ｒ７に対応する水酸化物、ハロゲン化物、アルキルスルホニルオキシ化物（例えば、メタンスルホニルオキシ化物等）またはアリールスルホニルオキシ化物（例えば、ｐ－トルエンスルホニルオキシ化物等）、以下「工程（ａ）の試薬」と略称する。］は、市販品を用いることができる。また、工程（ａ）の試薬は、例えば、
（１）Ｒ７に対応する水酸化物のハロゲン化、アルキルスルホニルオキシ化またはアリールスルホニルオキシ化により、或いは
（２）Ｒ７に対応する不飽和水酸化物の還元反応（例えば、白金－炭素（Ｐｔ／Ｃ）、パラジウム－炭素（Ｐｄ／Ｃ）、ロジウム－炭素（Ｒｈ／Ｃ）、ラネーニッケル等の金属触媒の存在下での接触水素添加反応等）、およびそれに続くハロゲン化、アルキルスルホニルオキシ化またはアリールスルホニルオキシ化により、
製造することができる。
　工程（ａ）の試薬の製造において、ヒドロキシル基から脱離基への変換に用いる試薬としては、例えば、塩化チオニル、Ｎ－クロロスクシンイミド（ＮＣＳ）等のクロロ化剤、臭化水素酸、臭化アセチル、Ｎ－ブロモスクシンイミド（ＮＢＳ）、三臭化リン、ジフェニルホスフィン／臭素等のブロモ化剤等のハロゲン化剤の他、塩化メタンスルホニル、塩化トリフルオロメタンスルホニル等のアルキルスルホニル化剤、塩化ベンゼンスルホニル、塩化ｐ－トルエンスルホニル等のアリールスルホニル化剤等が挙げられ、中でも、ハロゲン化剤である塩化チオニル、臭化水素酸等が好ましい。
　この反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われ、溶媒としては、例えば、水；クロロホルム、ジクロロメタンなどのハロゲン化炭化水素類；ベンゼン、トルエン、キシレンなどの芳香族炭化水素類；アセトニトリル、プロピオニトリルなどのニトリル類；テトラヒドロフラン、１，４－ジオキサン、ジエチルエーテルなどのエーテル類が挙げられ、中でも水、クロロホルム等のハロゲン化炭化水素類が好ましい。反応温度は、１０～１２０℃が好ましく、５０～１００℃がより好ましい。反応時間は、１～７２時間が好ましく、３～２４時間がより好ましい。
　前記Ｑ’が単結合であるＺ－Ｙ－Ｈで表される化合物は、例えば、以下の方法によっても製造することができる。すなわち、ベンゼン環上へのＲ７の導入は、
（１）Ｒ７に対応するハロゲン化物（塩化物、臭化物、またはヨウ化物）、Ｒ７に対応するカルボン酸若しくは酸ハロゲン化物を用いるフリーデルクラフツ反応、
（２）上記化合物（ＩＶ）に対応する化合物（但し、Ｑ’Ｈが－ＣＨＯ基に置き換わった化合物）をＷｉｔｔｉｇ反応により増炭させた後に、接触水素添加等する方法、または
（３）金属触媒を使用したクロスカップリング等の慣用の有機合成反応
によって行うことができる。
　なお、上記各スキーム中、Ｒ７で示される有機基の炭素数やハロゲン原子の種類、反応試薬等は便宜上示されたものであって、上記した定義の範囲内で適宜変更することができる。
　本工程で使用するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）としては、例えば、下記式（ａ－Ｉ）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000041
［式中、
　ｍは、０以上の整数を示し；
　ｍ＋１個のＢａｓｅは、それぞれ独立して、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
　ｍ＋１個のＸは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、保護されていてもよい水酸基、または２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基を示し；
　ｍ＋１個のＸｎ１は、それぞれ独立して、酸素原子またはＮＨを示し；
　ｍ個のＲ１０は、それぞれ独立して、酸素原子または硫黄原子を示し；
　ｍ個のＲｐ１は、それぞれ独立して、リン酸基の保護基を示し；
　Ｌ、ＹおよびＺは、前記と同義である。］
　以下では、式（ａ－Ｉ）で表される化合物を「化合物（ａ－Ｉ）」と略称することがある。他の式で表される化合物も同様に略称することがある。
　核酸塩基のアミノ基は、保護基で保護されていることが好ましい。該保護基としては、アセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、（２－ヘキシル）デカノイル基、ジメチルホルムアミジニル基、および＝ＮＣ（Ｒ１１）－Ｎ（Ｒ１２）（Ｒ１３）基（式中、Ｒ１１は、メチル基を示し、Ｒ１２およびＲ１３は、それぞれ独立してＣ１－５アルキル基を示すか、またはＲ１１およびＲ１２が一緒になって、それらが結合する炭素原子および窒素原子と共に５員または６員の含窒素炭化水素環を形成していてもよい。）が好ましい。なお、前記＝ＮＣ（Ｒ１１）－Ｎ（Ｒ１２）（Ｒ１３）基としては、例えば、１－（ジメチルアミノ）エチリデン基が挙げられる。化合物（ａ－Ｉ）が複数のアミノ基を有する場合、アミノ基の保護基は１種のみでもよく、２種以上でもよい。
　ｍが０である場合、化合物（ａ－Ｉ）はヌクレオシドであり、ｍが１以上である場合、化合物（ａ－Ｉ）はオリゴヌクレオチドである。ｍは、４９以下が好ましく、２９以下がより好ましく、１９以下がさらに好ましく、４以下が特に好ましく、２以下が最も好ましい。
　Ｘのハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子が好ましく、フッ素原子がより好ましい。
　Ｘの保護されていてもよい水酸基の保護基としては、特に限定されず、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（１９９９年）等に記載されている任意の保護基を挙げることができる。具体的には、メチル基、ベンジル基、ｐ－メトキシベンジル基、ｔｅｒｔ－ブチル基、メトキシメチル基、メトキシエチル基、２－テトラヒドロピラニル基、エトキシエチル基、シアノエチル基、シアノエトキシメチル基、フェニルカルバモイル基、１，１－ジオキソチオモルホリン－４－チオカルバモイル基、アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（Ｔｏｍ）基、１－（４－クロロフェニル）－４－エトキシピペリジン－４－イル（Ｃｐｅｐ）基等を挙げることができる。保護されていてもよい水酸基の保護基は、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、またはｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基であることが好ましく、経済性および入手の容易さの観点から、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基であることが特に好ましい。
　Ｘの「２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基」としては、ヌクレオシドの２位炭素原子および４位炭素原子と結合する限り特に限定はない。この２価の有機基としては、例えば、置換されていてもよいＣ２－７アルキレン基、並びに－Ｏ－、－ＮＲ３３－（Ｒ３３は水素原子またはＣ１－６アルキル基を示す）、－Ｓ－、－ＣＯ－、－ＣＯＯ－、－ＯＣＯＮＲ３４－（Ｒ３４は水素原子またはＣ１－６アルキル基を示す）および－ＣＯＮＲ３５－（Ｒ３５は水素原子またはＣ１－６アルキル基を示す）から選ばれる２価のリンカーと、置換されていてもよいＣ１－７アルキレン基とから構成される２価の有機基等が挙げられる。Ｃ１－７アルキレン基およびＣ２－７アルキレン基が有していてもよい置換基としては、例えば、メチリデン基（ＣＨ２＝）が挙げられる。
　「２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基」としては、置換されていてもよいＣ２－７アルキレン基、－ＯＲｉ－（Ｒｉは４位炭素原子と結合するＣ１－６アルキレン基を示す）、－Ｏ－ＮＲ３３－Ｒｊ－（Ｒｊは４位炭素原子と結合するＣ１－６アルキレン基を示し、Ｒ３３は前記と同義を示す）、－Ｏ－Ｒｋ－Ｏ－Ｒｌ－（ＲｋはＣ１－６アルキレン基を示し、Ｒｌは４位炭素原子と結合架橋するＣ１－６アルキレン基を示す）が好ましく、－ＯＲｉ－（Ｒｉは前記と同義を示す）、－Ｏ－ＮＲ３３－Ｒｊ－（ＲｊおよびＲ３３は前記と同義を示す）、－Ｏ－Ｒｋ－Ｏ－Ｒｌ－（ＲｋおよびＲｌは前記と同義を示す）がより好ましい。Ｒｉ、Ｒｊ、ＲｋおよびＲｌで示されるＣ１－６アルキレン基としては、それぞれ独立して、メチレン基またはエチレン基が好ましい。
　「２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基」としては、－Ｏ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＲ３３－ＣＨ２－（Ｒ３３は前記と同義を示す）、－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－がより好ましく、－Ｏ－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２－、－Ｏ－ＮＨ－ＣＨ２－、－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－ＣＨ２－、－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－（それぞれ、左側が２位炭素原子に結合し、右側が４位炭素原子に結合する。）がさらに好ましい。
　ｍ＋１個のＸは、それぞれ独立して、好ましくは水素原子、ハロゲン原子、または保護されていてもよい水酸基であり、より好ましくは水素原子または保護されていてもよい水酸基である。
　Ｒｐ１のリン酸基の保護基としては、塩基性条件下で除去可能であり、リン酸基の保護基として用いられるものであれば、特に限定はされないが、－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧ（ＷＧは、電子吸引性基を示す。）で表される基が好ましい。
　ＷＧの電子吸引性基としては、例えば、シアノ基、ニトロ基等が挙げられ、好ましくはシアノ基である。
　ｍ個のＲｐ１は、好ましくは、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　ｍ＋１個のＸｎ１は、好ましくは酸素原子である。
　Ｌ、ＹおよびＺの説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－Ｉ）は、好ましくは下記式（ａ－ｉ）で表される化合物である（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000042
　化合物（ａ－Ｉ）は、自体公知の方法またはこれに準ずる方法で製造することができる。例えば、ｍが０であり、Ｘｎ１が酸素原子であり、Ｌがスクシニル基である化合物（ａ－Ｉ）は、例えば、次式のように、まず、塩基存在下で５’位水酸基が一時保護基Ｑ”により保護されたヌクレオシド（ｉ）とコハク酸無水物とを反応させて、ヌクレオシド（ｉｉ）を合成し、次いで、縮合剤の存在下、得られたヌクレオシド（ｉｉ）と化合物Ｚ－Ｙ－Ｈとを縮合させて、３’位および５’位水酸基が保護されたヌクレオシドを合成した後、一時保護基Ｑ”を酸で除去することによって、製造することができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000043
　ヌクレオシド（ｉ）からヌクレオシド（ｉｉ）への転化反応は、反応に不活性な溶媒中で行うのが有利である。このような溶媒としては、反応が進行する限り特に限定されないが、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン、クロロホルム、四塩化炭素等のハロゲン系溶媒、ベンゼン、トルエン、キシレン等の芳香族系溶媒、またはペンタン、ヘキサン、ヘプタン、オクタン等の脂肪族系溶媒、またはジエチルエーテル、テトラヒドロフラン、シクロペンチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒、およびこれらの混合溶媒が好ましい。中でもジクロロメタン、またはクロロホルムが特に好ましい。
　ヌクレオシド（ｉｉ）の合成に使用される塩基としては、特に限定されないが、有機塩基が好ましく、トリエチルアミンがより好ましい。
　ヌクレオシド（ｉｉｉ）を合成するための縮合反応は、反応に不活性な溶媒中で行うのが有利である。このような溶媒としては、反応が進行する限り特に限定されないが、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン、クロロホルム、四塩化炭素等のハロゲン系溶媒、ベンゼン、トルエン、キシレン等の芳香族系溶媒、ペンタン、ヘキサン、ヘプタン、オクタン等の脂肪族系溶媒、またはこれらの組合せが好ましい。中でもジクロロメタン、クロロホルムが特に好ましい。
　ヌクレオシド（ｉｉ）とＺ－Ｙ－Ｈとの縮合反応に使用する縮合剤としては、ジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）、ジイソプロピルカルボジイミド（ＤＩＣ）、Ｎ－エチル－Ｎ’－３－ジメチルアミノプロピルカルボジイミドおよびその塩酸塩（ＥＤＣ・ＨＣｌ）、ヘキサフルオロリン酸（ベンゾトリアゾール－１－イルオキシ）トリピロリジノホスホニウム（ＰｙＢｏｐ）、Ｏ－（ベンゾトリアゾール－１－イル）－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウム　テトラフルオロボレート（ＴＢＴＵ）、１－［ビス（ジメチルアミノ）メチレン］－５－クロロ－１Ｈ－ベンゾトリアゾリウム－３－オキシド　ヘキサフルオロホスフェート（ＨＣＴＵ）、Ｏ－ベンゾトリアゾール－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウム　ヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ）等が挙げられる。中でもＨＢＴＵ、ＨＣＴＵ、Ｎ－エチル－Ｎ’－３－ジメチルアミノプロピルカルボジイミドおよびその塩酸塩（ＥＤＣ・ＨＣｌ）が好ましい。
　縮合剤の使用量は、ヌクレオシド（ｉｉ）１モルに対して、例えば１～１０モル、好ましくは１～５モルである。また、Ｚ－Ｙ－Ｈの使用量は、ヌクレオシド（ｉｉ）１モルに対して、例えば１～１０モル、好ましくは１～５モルである。反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、－１０℃～５０℃が好ましく、０℃～３０℃がより好ましい。反応時間は、例えば３０分～７０時間である。
　ヌクレオシド（ｉｉｉ）の一時保護基Ｑの除去（脱保護）は、本発明の工程（４）と同様にして行うことができる。
　Ｌがスクシニル基以外である化合物（ａ－Ｉ）も、上記合成法におけるコハク酸無水物に代えて、対応する酸無水物、対応するジカルボン酸ハライド、対応するジカルボン酸の活性エステル等を用いて、同様の反応を行うことにより合成することができる。また、Ｘｎ１がＮＨである化合物（ａ－Ｉ）は、上記合成法におけるヌクレオシド（ｉ）に代えて３’位水酸基がアミノ基であるヌクレオシドを用いて、同様の反応を行うことにより合成することができる。また、ｍが１以上である化合物（ａ－Ｉ）は、ｍが０である化合物（ａ－Ｉ）を出発原料として用いて５’末端伸長プロセスを繰り返すことによって合成することができる。
　化合物（ａ－ｉ）の中で、式（ａ－ＩＩ）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000044
［式中、
　ｍ、ｍ個のＢａｓｅ、ｍ＋１個のＸ、ｍ個のＲ１０、ｍ個のＲｐ１、Ｌ、ＹおよびＺは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　Ｒ１１は、メチル基を示し、Ｒ１２およびＲ１３は、それぞれ独立してＣ１－５アルキル基を示すか、またはＲ１１およびＲ１２が一緒になって、それらが結合する炭素原子および窒素原子と共に５員または６員の含窒素炭化水素環を形成していてもよい。］
　式（ａ－ＩＩ）において、ｍ個のＲｐ１が、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基であることが好ましい。
　式（ａ－ＩＩ）において、ｍが０であることが好ましい。即ち、化合物（ａ－ＩＩ）の中で、式（ａ－ＩＩＩ）で表される化合物（即ち、ヌクレオシド）が好ましい（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000045
　式（ａ－ＩＩ）および式（ａ－ＩＩＩ）において、Ｒ１１がメチル基であり、Ｒ１２およびＲ１３は、それぞれ独立してＣ１－５アルキル基であることが好ましく、Ｒ１１、Ｒ１２およびＲ１３が、メチル基であることがより好ましい。
　式（ａ－ＩＩ）および式（ａ－ＩＩＩ）における他の記号の説明は、前記の通りである。
　本発明において、最初の残基がアデニンを核酸塩基として有するオリゴヌクレオチドを製造する場合、出発物質であるヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）として化合物（ａ－ＩＩ）（特に、化合物（ａ－ＩＩＩ））を使用することで、ブランチ体の生成等を抑制できる。ここで、ブランチ体とは、目的化合物の核酸塩基におけるアミノ基の保護基が脱落し、該アミノ基とモノマーとが結合して生成した副生成物をいう。
　また、化合物（ａ－ｉ）の中で、式（ａ－ＩＶ）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000046
［式中、
　ｍ、ｍ＋１個のＢａｓｅ、ｍ＋１個のＸ、ｍ個のＲ１０、ｍ個のＲｐ１、ＬおよびＹは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　Ｚ’は、式（ａ２”）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000047
［式中、
　＊は、結合位置を示し；
　Ｒ６は、水素原子であるか、あるいはＲｂが、下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ８と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；
　ｋは、１～４の整数を示し；
　ｋ個のＱは、それぞれ独立して、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－を示し；
　ｋ個のＲ７は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　環Ｂは、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく；
　Ｒａは、水素原子を示し；および
　Ｒｂは、水素原子、または式（ａ３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000048
（式中、＊は、結合位置を示し；
　ｊは、０～４の整数を示し；
　ｊ個のＱは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　ｊ個のＲ９は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
　Ｒ８は、水素原子を示すか、またはＲ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；および
　環Ｃは、ｊ個のＱＲ９に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。）で表される基を示すか、或いは
　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成する。］で表される基を示す。］
　式（ａ－ＩＶ）において、ｍ個のＲｐ１が、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基であることが好ましい。
　式（ａ－ＩＶ）において、ｍが０であることが好ましい。
　式（ａ－ＩＶ）における他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－ＩＶ）の中で、下記式（ａ－Ｖ）で表される化合物（即ち、ヌクレオシド）が好ましい（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000049
　化合物（ａ－Ｉ）の中でも、アンカー中に式（ａ２”）で表されるＺ’（即ち、シクロヘキシルメチル基の構造）を有する化合物（ａ－ＩＶ）（特に、化合物（ａ－Ｖ））は、アンカー中に式（ａ２）で表されるＺ（即ち、ベンジル基の構造）を有する他の化合物（ａ－Ｉ）に比べて、非極性溶媒に対する溶解性が高い。そのため、化合物（ａ－ＩＶ）（特に、化合物（ａ－Ｖ））を使用することによって、本発明の製造方法をより高濃度で実行でき、生産性が大きく向上する。式（ａ２”）で表されるＺ’の説明は、上述の式（ａ２”）で表されるＺの説明と同じである。
　式（ａ－ＩＶ）および（ａ－Ｖ）において、
　Ｌが、スクシニル基であるか、または式（ａ１’）で表される基（式（ａ１’）中、Ｒ１およびＲ２が、それぞれ独立して、Ｃ１－１０アルキル基であり、Ｌ１が、２価のフェニレン基であり、Ｌ２が、単結合である。）であり、および
　Ｙ－Ｚ’が、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、または３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基である
組合せが、固液分離のために好ましい。
　式（ａ－ＩＶ）および（ａ－Ｖ）において、
　Ｌが、スクシニル基であり、および
　Ｙ－Ｚ’が、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、４－メトキシ－２－［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、２，４－ビス（ドデシルオキシ）シクロヘキシルメチルアミノ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基、または３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルアミノ基である
組合せが、固液分離のためにより好ましい。
　式（ａ－ＩＶ）および（ａ－Ｖ）において、
　Ｌが、スクシニル基であり、および
　Ｙ－Ｚ’が、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス（ドコシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基、３，５－ビス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基、または３，４，５－トリス［３’，４’，５’－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ］シクロヘキシルメチルオキシ基である
組合せが、固液分離のためにさらに好ましい。
　式（ａ－ＩＶ）および（ａ－Ｖ）において、
　Ｌが、スクシニル基であり、および
　Ｙ－Ｚ’が、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシルメチルオキシ基である
組合せが、固液分離のために特に好ましい。
　また、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）としては、例えば、下記式（ａ－ＶＩ）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000050
［式中、
　ｍ＋１個のＢａｓｅ１の少なくとも一つは、－Ｌ－Ｙ－Ｚで保護されている核酸塩基を示し、残りは保護されていてもよい核酸塩基を示し；
　ｍ個のＸｎ１は、それぞれ独立して、酸素原子またはＮＨを示し；
　Ｘｎ２は、保護されている水酸基またはアミノ基を示し；
　ｍ、ｍ＋１個のＸ、ｍ個のＲ１０、ｍ個のＲｐ１、Ｌ、ＹおよびＺは、それぞれ独立して、前記と同義である。］
　式（ａ－ＶＩ）中、ｍ＋１個のＢａｓｅ１の少なくとも一つは、－Ｌ－Ｙ－Ｚで保護されている核酸塩基である。核酸塩基および－Ｌ－Ｙ－Ｚの説明は、前記の通りである。
　また、保護されていてもよい核酸塩基の説明も、前記の通りである。
　保護されている水酸基（Ｘｎ２）の保護基としては、特に限定されず、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（１９９９年）等に記載されている任意の保護基を挙げることができる。具体的には、メチル基、ベンジル基、ｐ－メトキシベンジル基、ｔｅｒｔ－ブチル基、メトキシエチル基、、エトキシエチル基、シアノエチル基、シアノエトキシメチル基、フェニルカルバモイル基、１，１－ジオキソチオモルホリン－４－チオカルバモイル基、アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（Ｔｏｍ）基、１－（４－クロロフェニル）－４－エトキシピペリジン－４－イル（Ｃｐｅｐ）基等を挙げることができる。水酸基の保護基は、好ましくは、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基またはｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基であり、経済性および入手の容易さの観点から、より好ましくはｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル基である。なお、水酸基の保護および脱保護は周知であり、例えば上述のプロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシスに記載の方法によって行うことができる。
　保護されているアミノ基（Ｘｎ２）の保護基としては、特に限定されず、例えば、グリーンズ・プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（Ｇｒｅｅｎｅ’ｓ　ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ｉｎ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第４版、ウィリー・インターサイエンス（Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ）出版（２００６年）等に記載されている保護基を挙げることができる。各保護基の具体例としては、ピバロイル基、ピバロイロキシメチル基、アセチル基、トリフルオロアセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、４－ｔｅｒｔ－ブチルフェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、（２－ヘキシル）デカノイル基、ジメチルホルムアミジニル基、１－（ジメチルアミノ）エチリデン基、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル基を挙げることができる。アミノ基の保護基は、好ましくは、アセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、（２－ヘキシル）デカノイル基、ジメチルホルムアミジニル基、または１－（ジメチルアミノ）エチリデン基である。なお、アミノ基の保護および脱保護は周知であり、例えば上述のプロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシスに記載の方法によって行うことができる。
　式（ａ－ＶＩ）中のｍ個のＸｎ１は、好ましくは酸素原子である。
　式（ａ－ＶＩ）中のＸｎ２は、好ましくは保護されている水酸基である。
　式（ａ－ＶＩ）中のｍ個のＲｐ１は、好ましくは、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　式（ａ－ＶＩ）中の他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－ＶＩ）は、好ましくは下記式（ａ－ｖｉ）で表される化合物である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000051
［式中、
　Ｒｎ４は、水酸基の保護基を示し；
　ｍ、ｍ＋１個のＢａｓｅ１、ｍ＋１個のＸ、ｍ個のＲ１０、ｍ個のＲｐ１、Ｌ、ＹおよびＺは、それぞれ独立して、前記と同義である。］
　式（ａ－ｖｉ）中のＲｎ４の説明は、Ｘｎ２における水酸基の保護基の説明と同じである。
　式（ａ－ｖｉ）中の他の記号の説明は、前記の通りである。
　また、置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）としては、例えば、下記式（ａ－ＶＩＩ）で表される化合物が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000052
［式中、
　ｍ＋１個のＸｎ１は、それぞれ独立して、酸素原子またはＮＨを示し；
　Ｌｎ１は有機基を示し；
　ｍ、ｍ＋１個のＢａｓｅ、ｍ＋１個のＸ、ｍ＋１個のＲ１０、ｍ＋１個のＲｐ１、Ｌ、ＹおよびＺは、それぞれ独立して、前記と同義である。］
　式（ａ－ＶＩＩ）中のＬｎ１は、好ましくはＣ２－６アルキレン基、より好ましくはエチレン基である。
　式（ａ－ＶＩＩ）中のｍ＋１個のＸｎ１は、好ましくは酸素原子である。
　式（ａ－ＶＩＩ）中のｍ＋１個のＲｐ１は、好ましくは、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　式（ａ－ＶＩＩ）中の他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－ＶＩＩ）は、好ましくは下記式（ａ－ｖｉｉ）で表される化合物である（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000053
　化合物（ａ－ＶＩＩ）は、自体公知の方法またはこれに準ずる方法で製造することができる。ｍが０であり、Ｘｎ１が酸素原子であり、Ｌがスクシニル基である化合物（ａ－ＶＩＩ）は、例えば、以下のような工程によって製造することができる。
　（ｉ）化合物Ｚ－Ｙ－Ｈとコハク酸無水物とを縮合させて、Ｚ－Ｙ－ＣＯ（ＣＨ２）２ＣＯＯＨを製造する、
　（ｉｉ）得られたＺ－Ｙ－ＣＯ（ＣＨ２）２ＣＯＯＨを、縮合剤の存在下、式：ＨＯ－Ｌｎ１－ＯＱ”で表される化合物（前記式中、Ｑ”は一時保護基を示し、Ｌｎ１は有機基を示す。）と縮合させた後、脱保護して、Ｚ－Ｙ－ＣＯ（ＣＨ２）２ＣＯ－Ｏ－Ｌｎ１－ＯＨを製造する、
　（ｉｉｉ）得られたＺ－Ｙ－ＣＯ（ＣＨ２）２ＣＯ－Ｏ－Ｌｎ１－ＯＨにホスホロアミダイト化されたヌクレオシドを反応させて、ｍが０であり、Ｘｎ１が酸素原子であり、Ｌがスクシニル基である化合物（ａ－ＶＩＩ）を製造する。
　上述のような縮合反応および脱保護反応は当業者にとって周知であり、当業者は、適宜条件を設定して行うことができる。
　Ｌがスクシニル基以外である化合物（ａ－ＶＩＩ）も、コハク酸無水物に代えて、対応する酸無水物、対応するジカルボン酸ハライド、対応するジカルボン酸の活性エステル等を用いて、同様の反応を行うことにより製造することができる。また、Ｘｎ１がＮＨである化合物（ａ－ＶＩＩ）は、３’位アミノ基がホスホロアミダイト化されたヌクレオシドを用いて、同様の反応を行うことにより製造することができる。また、ｍが１以上である化合物（ａ－ＶＩＩ）は、ｍが０である化合物（ａ－ＶＩＩ）を出発原料として用いて伸長プロセスを繰り返すことによって製造することができる。
　本工程で使用するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）は、好ましくは化合物（ａ－Ｉ）、化合物（ａ－ＶＩ）または化合物（ａ－ＶＩＩ）であり、より好ましくは化合物（ａ－ｉ）、化合物（ａ－ｖｉ）または化合物（ａ－ｖｉｉ）であり、より一層好ましくは化合物（ａ－ｉ）または化合物（ａ－ｖｉ）であり、さらに好ましくは化合物（ａ－ｉ）であり、さらに一層好ましくは化合物（ａ－ＩＩ）または化合物（ａ－ＩＶ）であり、特に好ましくは化合物（ａ－ＩＩＩ）または化合物（ａ－Ｖ）である。
　本工程で使用するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）は、５’位水酸基が一時保護基で保護されている。水酸基の一時保護基としては、酸性条件下で脱保護が可能であり、且つ水酸基の保護基として用いられるものであれば、特に限定はされないが、例えば、トリチル基、９－（９－フェニル）キサンテニル基、９－フェニルチオキサンテニル基、１，１－ビス（４－メトキシフェニル）－１－フェニルメチル基（ジメトキシトリチル基）等のビス（Ｃ１－６アルコキシ）トリチル基、１－（４－メトキシフェニル）－１，１－ジフェニルメチル基（モノメトキシトリチル基）等のモノ（Ｃ１－１８アルコキシ）トリチル基等を挙げることができる。これらの中でも、脱保護のしやすさ、入手の容易さの観点から、水酸基の一時保護基は、モノメトキシトリチル基またはジメトキシトリチル基であることが好ましく、ジメトキシトリチル基であることがより好ましい。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）は、ホスホロアミダイト化試薬を反応させる公知の方法（例えば、M. H. Caruthers et al., Method in Enzymology 1987, 154, 287-313; S. L. Beaucage and M. H. Caruthers, Tetrahedron Letters 1981, 22, 1859-1862）に従い合成することができる。ホスホロアミダイト化試薬は市販されており、容易に入手することができる。例えば、ジクロロメタン等のハロゲン系溶媒中で、３’位アミノ基を有するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）と、２－シアノエチル　Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルクロロホスホロアミダイトとを反応させることによって、３’位アミノ基がホスホロアミダイト化されたヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）を合成することができる。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）の製造方法の一例として、以下、３’位水酸基を有するホスホロアミダイトされた化ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）（以下「化合物（ｂ）」と略称することがある）から、３’位水酸基がホスホロアミダイト化されたヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）（以下「ホスホロアミダイト化された化合物（ｂ）」と略称することがある）を製造する方法を説明する。
　この製造方法は、三価のリン上に二つの窒素置換基を有するホスフィチル化剤前駆体をモノ選択的に活性化してホスフィチル化剤とし、該ホスフィチル化剤を用いて、塩基存在下、化合物（ｂ）の３’位水酸基をホスフィチル化する反応を含む。即ち、この製造方法は、以下の工程（Ｐ１）および工程（Ｐ２）を含むホスホロアミダイト化された化合物（ｂ）の製造方法である。
　（Ｐ１）溶媒中で、下記式（ｐ１）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000054
［式中、
　Ｘｐ１は、酸素原子または硫黄原子を示し；
　Ｒｐ２は、芳香環、水酸基の保護基またはチオール基の保護基を示し；
　Ｒｐ３およびＲｐ４は、それぞれ独立してアルキル基を示し、該アルキル基は、隣接する窒素原子と一緒になって環を形成してもよい。］
で表されるホスフィチル化剤前駆体に活性化剤を作用させて、下記式（ｐ２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000055
［式中、
　Ｚａは活性化剤に由来する基を示し；
　他の記号は、前記と同義である。］
で表されるホスフィチル化剤を調製する工程、および
　（Ｐ２）溶媒中で、化合物（ｂ）に、塩基の存在下、工程（Ｐ１）で得られたホスフィチル化剤を作用させて、化合物（ｂ）の３’位水酸基をホスフィチル化する工程
工程（Ｐ１）
　式（ｐ１）中、Ｒｐ２の芳香環としては、フェニル、４－ニトロフェニル、２，４－ジニトロフェニル、ペンタフルオロフェニル、ペンタクロロフェニル、２－ブロモフェニル、４－ブロモフェニル、２－メチルフェニル、２，６－ジメチルフェニル等が挙げられ、好ましくは４－ニトロフェニルである。
　式（ｐ１）中、Ｒｐ２における水酸基の保護基またはチオール基の保護基としては、例えば、Ｃ１－６アルキル基（例、メチル、エチル、ｎ－プロピル、イソプロピル、ｎ－ブチル、イソブチル、ｓ－ブチル、ｔ－ブチル、ペンチル、イソペンチル）；シアノ化Ｃ１－６アルキル基（例、２－シアノエチル、２－シアノ－１，１－ジメチルエチル）；置換シリル基で置換されたエチル基（例、２－メチルジフェニルシリルエチル、２－トリメチルシリルエチル、２－トリフェニルシリルエチル）；ハロゲン化Ｃ１－６アルキル基（例、２，２，２－トリクロロエチル、２，２，２－トリブロモエチル、２，２，２－トリフルオロエチル）；Ｃ２－６アルケニル基（例、エテニル、１－プロペニル、２－プロペニル、１－メチル－２－プロペニル、１－メチル－１－プロペニル）；Ｃ３－６シクロアルキル基（例、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル）；シアノ化Ｃ１－６アルケニル基（例、２－シアノブテニル）；Ｃ７－１１アラルキル基（例、ベンジル、α－ナフチルメチル、β－ナフチルメチル）；Ｃ６－１０アリール基（例、フェニル、インデニル、ナフチル）が挙げられ、より好ましくはシアノ化Ｃ１－６アルキル基であり、特に好ましくは２－シアノエチルである。
　式（ｐ１）中、Ｒｐ３およびＲｐ４は、それぞれ独立してアルキル基を示すが、該アルキル基は隣接する窒素原子と一緒になって環（例、ピロリジン）を形成してもよい。Ｒｐ３およびＲｐ４は、好ましくは、いずれもイソプロピル基である。
　ホスフィチル化剤前駆体としては、下記化合物が特に好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000056
　活性化剤をホスフィチル化剤前駆体に作用させることで、ホスフィチル化剤が得られる。
　活性化剤は、ホスホロアミダイト上のアミンを置換して、水酸基等との反応性置換基を付与し得る酸である。具体的には、ｐＫａ　５以上の弱酸性活性化剤、より好ましくはｐＫａ　５以上のアゾール系化合物およびそのＣ上置換体から選ばれる少なくとも１種である。アゾール系化合物としては、テトラゾール、トリアゾール、イミダゾール等が挙げられ、Ｃ上置換体としては、ジシアノイミダゾール、ビス(トリフルオロメチル)イミダゾール、ジクロロイミダゾール等のハロゲン原子でジ置換された化合物が用いられる。特に好ましくはジシアノイミダゾールおよびジクロロイミダゾールである。
　式（ｐ２）において、Ｚａは活性化剤に由来する基であり、例えば活性化剤から水素原子を１つ除いた基であり、活性化剤としてジシアノイミダゾールを用いた場合、Ｚａはジシアノイミダゾリルであり、活性化剤としてジクロロイミダゾールを用いた場合、Ｚａはジクロロイミダゾリルである。
　本工程で使用する溶媒は、ホスフィチル化剤前駆体を溶解し、活性化剤が難溶性となるものであれば特に限定されないが、酸性または塩基性の官能基を通常有さない。ここで「難溶性」とは、溶媒中の活性化剤の濃度が６μＭ以下であることを目安とする。具体的には、トルエン、ベンゼン、ｏ－キシレン、ｍ－キシレン、ｐ－キシレン、エチルベンゼン、ペンタン、ヘキサン、ヘプタン、オクタン、シクロペンタン、シクロヘキサン、ジエチルエーテル、ジイソプロピルエーテル、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、四塩化炭素等が挙げられ、好ましくはトルエン、シクロヘキサン、特に好ましくはトルエンである。
　本工程の反応温度および反応時間は、基質・生成物が析出しない限り特に限定されないが、それぞれ、通常、４０℃以下、好ましくは０～３０℃、より好ましくは５～１５℃、特に好ましくは１０℃程度であり、通常０．５～２４時間、好ましくは１～１２時間、より好ましくは１～６時間である。
　活性化剤とホスフィチル化剤前駆体との使用量は、ホスフィチル化剤前駆体が活性化される限り特に限定されないが、ホスフィチル化剤前駆体に対して、通常過剰量で、好ましくは１．５～１０モル当量で用いられる。過剰量の活性化剤をホスフィチル化剤前駆体に溶媒中で作用させることで、ホスフィチル化剤前駆体を活性化すると同時に、ホスフィチル化時に副生するジイソプロピルアミンを活性化剤との塩として沈殿させる。従って、必要に応じて、工程（Ｐ１）と下記工程（Ｐ２）との間に、沈殿等の不溶物を分離する工程を実施することができ、また、実施することが好ましい。
工程（Ｐ２）
　本工程では、溶媒中で、化合物（ｂ）に、塩基の存在下、工程（Ｐ１）で得られたホスフィチル化剤を作用させて、化合物（ｂ）の３’位水酸基をホスフィチル化し、ホスホロアミダイト化された化合物（ｂ）を製造する。
　本工程で使用する溶媒としては、工程（Ｐ１）で使用した溶媒と同様のもの（例えば、トルエン）を用いることができる。また、本工程で使用する溶媒として、例えば、ジクロロメタン、クロロホルム等が挙げられる。トルエンとジクロロメタンの混合溶媒が好ましい。
　本工程で使用する塩基は、反応により生じた酸（活性化剤）の中和に十分な塩基性を有し、且つリン酸上の脱シアノエチルを引き起こさずＰ－Ｎ結合を形成しない塩基が選択される。そのような塩基としては、具体的には、ｐＫａ　５～８の塩基、好ましくは、コリジン、Ｎ－メチルモルホリン、ジエチルアニリン等が用いられる。ｐＫａ　８より高い塩基を用いると脱シアノ化が顕著となり、ｐＫａ　５未満の塩基を用いると反応の進行に伴い再生した活性化剤の捕捉が不十分となり副生物が生じる。
　工程（Ｐ２）では、ホスフィチル化剤前駆体は添加してもしなくてもよいが、添加することが好ましい。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）としては、例えば、下記式（ｂ－Ｉ）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000057
［式中、
　ｑは、０以上の整数を示し；
　ｑ＋１個のＢａｓｅ２は、それぞれ独立して、－Ｌ－Ｘ－Ｚおよび核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよい核酸塩基を示し；
　ｑ＋１個のＸ、ｑ＋１個のＲｐ１、ｑ個のＲ１０、Ｌ、ＸおよびＺは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　ｑ＋１個のＸｎ１は、それぞれ独立して、酸素原子またはＮＨを示し；
　Ｑ”は、酸性条件下で除去可能な水酸基の一時保護基を示し；
　Ｒ３６およびＲ３７は、それぞれ独立して、アルキル基を示すか、または隣接する窒素原子と一緒になって形成する５または６員の飽和環状アミノ基を示し、かかる飽和環状アミノ基は、窒素原子の他に環構成原子として酸素原子または硫黄原子を１個有していてもよい。］
　Ｒ３６およびＲ３７は、それぞれ独立して、好ましくはＣ１－１０アルキル基であるか、または隣接する窒素原子と一緒になって形成する５または６員の飽和環状アミノ基であり、より好ましくはＣ１－１０アルキル基であり、さらに好ましくはＣ１－６アルキル基である。
　酸性条件下で除去可能な水酸基の一時保護基の説明は、前記の通りである。Ｑ”は、好ましくはモノメトキシトリチル基またはジメトキシトリチル基であり、より好ましくはジメトキシトリチル基である。
　式（ｂ－Ｉ）中の核酸塩基のアミノ基は、保護基で保護されていることが好ましい。該保護基としては、－Ｌ－Ｘ－Ｚおよび核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基が挙げられる。Ｌ、ＸおよびＺの説明は、前記の通りである。核酸合成に用いられる保護基としては、アセチル基、フェノキシアセチル基、４－イソプロピルフェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、（２－ヘキシル）デカノイル基、ジメチルホルムアミジニル基、および＝ＮＣ（Ｒ１１）－Ｎ（Ｒ１２）（Ｒ１３）基（式中、Ｒ１１は、メチル基を示し、Ｒ１２およびＲ１３は、それぞれ独立してＣ１－５アルキル基を示すか、またはＲ１１およびＲ１２が一緒になって、それらが結合する炭素原子および窒素原子と共に５員または６員の含窒素炭化水素環を形成していてもよい。）が好ましい。なお、前記＝ＮＣ（Ｒ１１）－Ｎ（Ｒ１２）（Ｒ１３）基としては、例えば１－（ジメチルアミノ）エチリデン基が挙げられる。化合物（ｂ－Ｉ）が複数のアミノ基を有する場合、アミノ基の保護基は１種のみでもよく、２種以上でもよい。
　ｑが０である場合、化合物（ｂ－Ｉ）はヌクレオシドであり、ｑが１以上である場合、化合物（ｂ－Ｉ）はオリゴヌクレオチドである。本工程で使用する化合物（ｂ－Ｉ）において、ｑは、４９以下が好ましく、２９以下がより好ましく、１９以下がさらに好ましく、４以下が特に好ましく、２以下が最も好ましい。
　ｑ＋１個のＸは、それぞれ独立して、好ましくは水素原子、ハロゲン原子、または保護されていてもよい水酸基であり、より好ましくは水素原子または保護されていてもよい水酸基である。
　Ｂａｓｅ２は、それぞれ独立して、好ましくは核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよい核酸塩基である。
　ｑ＋１個のＲｐ１は、それぞれ独立して、好ましくはＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　ｑ＋１個のＸｎ１は、好ましくは酸素原子である。
　Ｌ、ＸおよびＺの説明は、前記の通りである。
　化合物（ｂ－Ｉ）は、好ましくは下記式（ｂ－ｉ）で表される化合物である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000058
［式中、
　ｑ＋１個のＢａｓｅ３は、それぞれ独立して、核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい核酸塩基を示し、
　ｑ、ｑ＋１個のＸ、ｑ＋１個のＲｐ１、ｑ個のＲ１０、Ｑ”、Ｒ３６およびＲ３７は、それぞれ独立して、前記と同義である。］
　式（ｂ－ｉ）中、核酸合成に用いられる保護基、ｑ、ｑ＋１個のＸ、ｑ＋１個のＲｐ１、ｑ個のＲ１０、Ｑ”、Ｒ３６およびＲ３７の説明は、前記の通りである。
　本工程で使用するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）とヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）との組合せは、
　好ましくは化合物（ａ－Ｉ）、化合物（ａ－ＶＩ）または化合物（ａ－ＶＩＩ）と化合物（ｂ－Ｉ）との組合せであり、
　より好ましくは化合物（ａ－ｉ）、化合物（ａ－ｖｉ）または化合物（ａ－ｖｉｉ）と化合物（ｂ－ｉ）との組合せであり、
　より一層好ましくは化合物（ａ－ｉ）または化合物（ａ－ｖｉ）と化合物（ｂ－ｉ）との組合せであり、
　さらに好ましくは化合物（ａ－ｉ）と化合物（ｂ－ｉ）との組合せであり、
　さらに一層好ましくは化合物（ａ－ＩＩ）または化合物（ａ－ＩＶ）と化合物（ｂ－ｉ）との組合せであり、
　特に好ましくは化合物（ａ－ＩＩＩ）または化合物（ａ－Ｖ）と化合物（ｂ－ｉ）との組合せである。
　本工程の縮合反応の進行が遅い場合には、縮合剤（例えば、ピリジン・トリフルオロ酢酸塩、テトラゾール、５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール、４，５－ジシアノイミダゾール等）を添加してもよい。
　本工程は、非極性溶媒中で行われる。非極性溶媒としては、例えば、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル等の非極性エーテル系溶媒が挙げられる。非極性溶媒は、１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。非極性溶媒としては、ハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒、脂肪族系溶媒、およびこれらの組合せが好ましく；ジクロロメタン、クロロホルム、１，２－ジクロロエタン、ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピルおよびこれらの組合せがより好ましく；クロロホルム、ジクロロメタン、トルエン、およびこれらの組合せがさらに好ましい。本工程以降の工程で用いられる非極性溶媒も同様である。
　本工程におけるヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）の使用量は、本工程におけるヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）使用量１モルに対して、例えば１～１０モル、好ましくは１～５モルである。
　本工程における反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、０℃～１００℃が好ましく、２０℃～５０℃がより好ましい。反応時間は、使用する原料の種類、反応温度等によって異なるが、例えば５分～２４時間である。
工程（２）（ホスホロアミダイト化されたヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）のクエンチ）
　本発明では、工程（１）（縮合）の後に工程（３）（酸化または硫化）および工程（４）（脱保護）を行う。そのため、工程（３）および（４）の際の副生成物の生成を抑制するために、工程（３）の前にヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）をクエンチすることが好ましい。そのため、本発明の製造方法は、縮合後の反応液にクエンチ剤を添加する工程（２）を含むことが好ましい。
　オリゴヌクレオチド製法の分野において、ホスホロアミダイト化されたヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドのクエンチ剤として公知のものを、本工程におけるクエンチ剤として使用することができる。クエンチ剤は、１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。クエンチ剤としては、例えば、アルコール類、フェノール類およびアミン類が挙げられる。
　クエンチ剤として使用し得るアルコール類としては、例えば、メタノール、２－プロパノール、ｔ－ブタノール、２，２，２，－トリフルオロエタノール、テトラヒドロフルフリルアルコール、フルフリルアルコール、２，３－Ｏ－イソプロピリデン－Ｄ－リボフラノース、３’－Ｏ－トリイソプロピルシリル－チミジン等のハロゲン化されていてもよい１価アルコール、エチレングリコール、ジエチレングリコール等のハロゲン化されていてもよい多価アルコールが挙げられる。
　クエンチ剤として使用し得るフェノール類としては、例えば、４－ニトロフェノールやペンタフルオロフェノールが挙げられる。クエンチ剤として使用し得るアミン類としては、例えば、モルホリンが挙げられる。
　クエンチ剤は、好ましくは、アルコール類およびアミン類から選ばれる少なくとも一つであり、より好ましくはメタノール、２－プロパノール、ｔ－ブタノール、２，２，２－トリフルオロエタノール、テトラヒドロフルフリルアルコール、およびモルホリンから選ばれる少なくとも一つである。工程（４）（脱保護）の脱保護時に、オリゴヌクレオチド（ｅ）の核酸塩基におけるアミノ基の保護基の脱落を防止するために、クエンチ剤は、さらに好ましくは、２－プロパノール、ｔ－ブタノールおよび２，２－トリフルオロエタノールから選ばれる少なくとも一つである。
　本工程におけるクエンチ剤の使用量は、工程（１）におけるヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）の使用量１モルに対して、好ましくは１～２０モル、より好ましくは１～１０モル、さらに好ましくは１～５モルである。
　クエンチ剤の添加後の反応液の温度は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）がクエンチできさえすれば特に限定されないが、５℃～４０℃が好ましく、１５℃～３０℃がより好ましい。クエンチ剤の添加後の反応液の撹拌時間は、使用するクエンチ剤の種類、温度等によって異なるが、例えば１０分～３時間である。
工程（３）（酸化または硫化）
　本工程は、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたホスファイトトリエステル体（ｃ）に酸化剤または硫化剤を反応させることにより、そのホスファイトトリエステル結合をホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換させて、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（ｄ）を得る工程である。酸化剤を使用する場合、その１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。また、硫化剤を使用する場合も、その１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
　本工程で使用する酸化剤としては、他の部位を酸化することなく、ホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合に酸化する能力がありさえすれば、特に限定されないが、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルホニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド（ＴＢＨＰ）、２－ブタノンペルオキシド、１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシドおよびｍ－クロロ過安息香酸から選ばれる少なくとも一つを使用することが好ましい。
　良好な酸化反応が達成できるという観点から、酸化剤は、好ましくは、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルホニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、２－ブタノンペルオキシドおよび１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカンから選ばれる少なくとも一つであり、より好ましくは、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルホニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、および２－ブタノンペルオキシドから選ばれる少なくとも一つであり、さらに好ましくは、ヨウ素およびｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシドから選ばれる少なくとも一つであり、特に好ましくはヨウ素である。かかる酸化剤は、０．０５～２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ピリジン、ＴＨＦ、ジクロロメタン、水、またはこれらの組合せを挙げることができる。中でも、例えば、ヨウ素／水／ピリジン－ＴＨＦあるいはヨウ素／ピリジン－酢酸、過酸化剤（ＴＢＨＰ）／ジクロロメタンまたはｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド／ノナンを用いるのが好ましい。
　本工程に使用する硫化剤としては、ホスファイトトリエステル結合を、チオホスフェートトリエステル結合に変換しうる能力がありさえすれば、特に限定されないが、５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオン（ＤＤＴＴ）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）、テトラエチルチウラムジスルフィド（ＴＥＴＤ）、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（ＡＤＴＴ）、硫黄が好ましい。
　良好な反応が進行しうるという観点で、５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオン、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィドがより好ましく、５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオン、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシドがさらに好ましく、５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオンが特に好ましい。かかる硫化剤は、０．０５～２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、ピリジンまたはこれら任意の混合溶媒が挙げられる。
　酸化剤または硫化剤の使用量は、ホスファイトトリエステル体（ｃ）１モルに対し、例えば１～５０モル、好ましくは１～５モルである。
　反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、０℃～１００℃が好ましく、２０℃～５０℃がより好ましい。反応時間は、ホスファイトトリエステル体（ｃ）の種類、使用する酸化剤または硫化剤の種類、反応温度等によって異なるが、例えば１分～３時間である。
　工程（３）（酸化または硫化）の後に、固液分離を行わずに、工程（４）（脱保護）を行う本発明の製造方法では、硫化剤として５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオン（ＤＤＴＴ）を使用すると、ＤＤＴＴの分解物が、工程（４）の際に５’位水酸基に付加する副反応が生じ、その後の縮合反応を阻害することを本発明者らは見出した。この問題を解決するため、本発明者らが鋭意検討を重ねた結果、工程（３）でＤＤＴＴを使用する場合、工程（１）の後および工程（４）の前の反応液に、カルボン酸および有機塩基の混合物（中和塩）、無機酸またはアミン類を添加すれば、前記副反応を抑制し得ることを見出した。前記カルボン酸、有機塩基、無機酸およびアミン類は、いずれも、１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
　前記混合物中のカルボン酸は、好ましくは、酢酸、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、トリフルオロ酢酸、プロピオン酸、酪酸、吉草酸等のハロゲン原子で置換されていてもよいＣ２－５カルボン酸であり、より好ましくはハロゲン原子で置換されていてもよい酢酸であり、さらに好ましくは酢酸である。
　前記混合物中の有機塩基は、好ましくは、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール等の１～３個のＣ１－３アルキル基で置換されていてもよいピリジンおよび１～３個のＣ１－３アルキル基で置換されてもよいイミダゾールから選ばれる少なくとも一つであり、より好ましくは１～３個のＣ１－３アルキル基で置換されていてもよいピリジンであり、さらに好ましくは２，４，６－トリメチルピリジンである。
　前記混合物中、有機塩基の量がカルボン酸の量と同量以上であることが好ましい。前記混合物中、有機塩基が有する塩基性窒素原子の量は、カルボン酸が有するカルボキシ基１モルに対して、より好ましくは１～５モル、さらに好ましくは１～２モル、特に好ましくは１モルである。なお、有機塩基としてイミダゾールを使用する場合、その３位の窒素原子のみを塩基性窒素原子として数える。
　前記混合物の使用量は、その混合物に含まれるカルボン酸の量（即ち、中和塩の量）に基づき定められる。このカルボン酸の量は、工程（３）におけるＤＤＴＴの使用量１モルに対して、好ましくは１～１０モル、より好ましくは１～５モル、さらに好ましくは１～３モルである。
　上述のカルボン酸および有機塩基の混合物（中和塩）の代わりに、無機酸を添加することによっても、前記副反応を抑制することができる。無機酸としては、例えば、塩酸、フッ化水素酸、臭化水素酸が挙げられる。これらの中で、塩酸、フッ化水素酸が好ましく、塩酸がより好ましい。無機酸の使用量は、工程（３）におけるＤＤＴＴの使用量１モルに対して、好ましくは１．０～２０モル、より好ましくは１．５～１０モル、さらに好ましくは２．０～５．０モルである。
　上述のカルボン酸および有機塩基の混合物（中和塩）の代わりに、アミン類を添加することによっても、前記副反応を抑制することができる。アミン類としては、例えば、アニリン、２－クロロアニリン、３－クロロアニリン、２，４－ジクロロアニリン、２－フルオロアニリン、４－メトキシアニリン、４－ニトロアニリン、２，６－ジクロロアニリン、２，６－ジメチルアニリンが挙げられる。これらの中で、２－クロロアニリン、２，６－ジメチルアニリンが好ましく、２，６－ジメチルアニリンがより好ましい。アミン類の使用量は、工程（３）におけるＤＤＴＴの使用量１モルに対して、好ましくは１．０～２０モル、より好ましくは１．５～１０モル、さらに好ましくは２．０～５．０モルである。
工程（４）（脱保護）
　本工程は、オリゴヌクレオチド（ｄ）の一時保護基を酸によって除去し、５’位水酸基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ）を得る工程である。酸は、１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
　本工程に使用する酸としては、良好な脱保護が達成できさえすれば特に限定されないが、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、塩酸、酢酸、ｐ－トルエンスルホン酸等を使用することが好ましい。良好な反応を達成できるという観点で、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸がより好ましく、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸がさらに好ましく、トリフルオロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸がさらに一層好ましく、トリフルオロ酢酸が特に好ましい。これら酸は、前記非極性溶媒で希釈しても構わない。また、前記酸を使用する際には、特定の塩基を組み合わせて、酸性度を適宜調整して使用しても構わない。本工程における酸の使用量は、オリゴヌクレオチド（ｄ）１モルに対し、例えば１～１００モル、好ましくは１～４０モルである。
　本工程の反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、－１０℃～５０℃が好ましく、０℃～４０℃がより好ましい。反応時間は、使用するオリゴヌクレオチド（ｄ）、酸の種類および非極性溶媒の種類、反応温度等により異なるが、例えば５分～５時間である。
　本工程において、オリゴヌクレオチド（ｄ）の５’位水酸基の一時保護基の除去反応中、または除去反応後に、カチオン捕捉剤を使用することが好ましい。即ち、一時保護基の除去反応をカチオン捕捉剤の存在下で行うか、または一時保護基の除去反応後に反応液にカチオン捕捉剤を添加することが好ましい。カチオン捕捉剤は、１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
　カチオン捕捉剤としては、除去された一時保護基による再保護（原料戻り）や脱保護された官能基への副反応が進行しなければ、特に限定されないが、ピロール、２－メチルピロール、３－メチルピロール、２，３－ジメチルピロール、２，４－ジメチルピロール等のピロール誘導体；インドール、３－メチルインドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドール等のインドール誘導体；２－メチルフラン、２，３－ジメチルフラン、２－メチル－３－（メチルチオ）フラン、メントフラン等のフラン誘導体を使用することができる。良好なカチオン捕捉効果が得られるという観点で、ピロール、２－メチルピロール、３－メチルピロール、２，３－ジメチルピロール、２，４－ジメチルピロール、インドール、３－メチルインドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドール、２－メチルフラン、２，３－ジメチルフラン、２－メチル－３－（メチルチオ）フラン、メントフランが好ましく、ピロール、３－メチルピロール、２，４－ジメチルピロール、インドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドールがより好ましく、ピロール、３－メチルピロール、インドールがさらに好ましく、ピロール、インドールがさらに一層好ましく、ピロールが特に好ましい。本工程におけるカチオン捕捉剤の使用量は、オリゴヌクレオチド（ｄ）１モルに対し、例えば１～５０モル、好ましくは５～２０モルである。
工程（５）（中和）
　工程（４）（脱保護）の後に、工程（４）で使用した酸を中和するため、反応液に塩基を添加してもよい。但し、本発明の製造方法では、工程（４）の後に、必要に応じて、工程（６）（固液分離または抽出）および洗浄を行うことによって、工程（４）で使用した酸をオリゴヌクレオチド（ｅ）から除去することが可能である。そのため、工程（５）は必須ではない。
　本工程において、塩基は１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。使用する塩基としては、有機塩基が好ましい。有機塩基としては、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－クロロベンズイミダゾール、２－ブロモベンズイミダゾール、２－メチルイミダゾール、２－フェニルベンズイミダゾール、Ｎ－フェニルベンズイミダゾール、５－ニトロベンズイミダゾールが好ましく、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリンがより好ましく、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾールがさらに好ましく、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾールが特に好ましく、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾールが最も好ましい。
　本工程における塩基の使用量は、工程（４）における酸の使用量１モルに対し、例えば１～１０モルであり、好ましくは１～３モルである。
工程（６）（固液分離または抽出）
　本工程は、オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ）を沈殿させて精製するか（固液分離）、または反応液に極性溶媒を添加し、極性溶媒－非極性溶媒間で分層させ、非極性溶媒層にオリゴヌクレオチド（ｅ）を移行させて精製する（抽出）工程である。固液分離および抽出のいずれの場合も、極性溶媒は、１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
　まず固液分離から説明する。固液分離で使用する極性溶媒としては、例えば、メタノール、エタノール、イソプロパノール等のアルコール系溶媒；アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒；アセトン、２－ブタノン等のケトン系溶媒；１，４－ジオキサン、テトラヒドロフラン等の極性エーテル系溶媒；ジメチルホルムアミド、ジメチルアセトアミド、Ｎ－メチルピペリドン等のアミド系溶媒、ジメチルスルホキシド等のスルホキシド系溶媒；水等、並びにこれらの混合溶媒が挙げられる。これらの中でも、ニトリル系溶媒が好ましく、アセトニトリルがより好ましい。
　オリゴヌクレオチド（ｅ）の回収率を高めるために、固液分離における極性溶媒の添加量は、反応液中に含まれる非極性溶媒１ｍＬに対して、好ましくは１～２０ｍＬ、より好ましくは１～１０ｍＬ、さらに好ましくは１～５ｍＬである。
　極性溶媒は、オリゴヌクレオチド（ｅ）の極性溶媒中へのロスを最小限とするために水を含んでいてもよい。この場合、極性溶媒中の水の含有量は、１～１０％（ｖ／ｖ）が好ましく、３～８％（ｖ／ｖ）がより好ましい。水の含有量が低すぎる場合は、オリゴヌクレオチド（ｅ）の極性溶媒中へのロスが増える場合があり、水の含有量が高すぎる場合は、不純物の極性溶媒中への除去が不十分となる傾向がある。
　オリゴヌクレオチド（ｅ）の回収率を高めるために、ＷＯ２０１６／１１７６６３に記載されているような沈殿促進剤（例えば、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート）を使用してもよい。
　次に抽出について説明する。抽出の操作は、特に限定されないが、好ましくは、オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に極性溶媒を添加して、極性溶媒－非極性溶媒間で分層させ、非極性溶媒層にオリゴヌクレオチド（ｅ）を移行させることによって行われる。この抽出によって、残存する原料、副生成物等の不純物を極性溶媒層に移行させ、除去することができる。
　抽出で使用される極性溶媒としては、例えば、メタノール、エタノール、イソプロパノール等のアルコール系溶媒、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒、アセトン、２－ブタノン等のケトン系溶媒、１，４－ジオキサン、テトラヒドロフラン等の極性エーテル系溶媒、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ－ジメチルアセトアミド、Ｎ－メチルピペリドン等のアミド系溶媒、ジメチルスルホキシド等のスルホキシド系溶媒、水等、並びにこれら２種以上の混合溶媒が挙げられる。中でも、アミド系溶媒、ニトリル系溶媒、およびこれらの組合せが好ましく、アセトニトリル、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、Ｎ－メチルピペリドン、およびこれらの組合せがより好適に使用される。これらの中でも、ニトリル系溶媒が好ましく、アセトニトリルがより好ましい。
　抽出で使用される極性溶媒は、非極性溶媒との分層性を向上させるために水を含んでいてもよい。この場合、極性溶媒中の水の含有量は、１～１０％（ｖ／ｖ）が好ましく、３～８％（ｖ／ｖ）がより好ましい。水の含有量が低すぎる場合は、分層性があまり向上しない場合があり、水の含有量が高すぎる場合は、不純物の極性溶媒に対する溶解度が下がり、その除去効率が低下する傾向がある。
　抽出のために必要に応じて、極性溶媒と共に、非極性溶媒を反応液に添加してもよい。非極性溶媒は、１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。必要に応じて添加される非極性溶媒としては、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２－ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル等の非極性エーテル系溶媒が挙げられる。これらの中でも、芳香族系溶媒、脂肪族系溶媒、またはこれらの組合せが好ましく、ベンゼン、トルエン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサンまたは、これらの組合せ等が好ましく、トルエン、ヘプタン、ノナンまたは、これらの組合せがより好ましく、トルエン、ヘプタンまたは、これらの組合せがさらに好ましく、ヘプタンが特に好ましい。
　極性溶媒－非極性溶媒間で分層後に、極性溶媒層を除く操作によって、不純物を除去することができる。極性溶媒層を除いた非極性溶媒層に、さらに極性溶媒を添加し、攪拌し、分層させた後、極性溶媒を除く操作を行うことによって、さらに不純物の量を低減させてもよい。
　１回の抽出操作のために用いられる極性溶媒の量は、非極性溶媒１ｍＬに対して、好ましくは０．１～１０ｍＬ、より好ましくは０．２～５ｍＬ、さらに好ましくは０．２～１ｍＬである。
　得られた非極性溶媒層を濃縮することによって、オリゴヌクレオチド（ｅ）を単離することができる。
工程（７）（脱保護および単離）
　本発明の製造方法は、工程（６）（固液分離または抽出）の後に、得られたオリゴヌクレオチドの保護基を全て除去した後、保護されていないオリゴヌクレオチドを単離する工程を含んでいてもよい。脱保護の方法としては、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（ＰＲＯＴＥＣＴＩＶＥ　ＧＲＯＵＰＳ　ＩＮ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（ＪＯＨＮ　ＷＩＬＬＹ＆ＳＯＮＳ）出版（１９９９年）等に記載されている脱保護方法に従い、オリゴヌクレオチドの全ての保護基を除去する工程を行うことができる。具体的には、アンカー、および核酸塩基の保護基であるフェノキシアセチル基、アセチル基等、リン酸骨格を保護しているシアノエチル基等は、アンモニア水、アンモニア水／エタノール溶液、またはアンモニア水とメチルアミン水溶液の混合液で処理することにより、全て除去することができる。また、５’水酸基の保護基は、工程（４）で使用される酸またはそれらを適宜希釈した溶液で処理することにより除去することができる。保護されていない（即ち、保護基を有さない）オリゴヌクレオチドは酵素により容易に分解されやすいため、空気清浄度管理下で、保護されていないオリゴヌクレオチドを単離することが好ましい。
　上記各工程における反応の進行の確認は、いずれも一般的な液相有機合成反応と同様の方法を適用できる。即ち、薄層シリカゲルクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー等を用いて反応を追跡することができる。
５’－３’合成
　５’－３’合成である本発明の製造方法は、以下の工程（１’）、（３’）、（４’）および（６’）を含む。この製造方法は、必要に応じて、さらに以下の工程（２’）、（５’）および（７’）を含んでいてもよい。
　（１’）非極性溶媒中、
　３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、或いは
　３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）
を含む反応液に、
　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
を添加して、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）とヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）とを縮合させ、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたホスファイトトリエステル体（ｃ’）を含む反応液を得る工程；
　（２’）必要に応じて、縮合後の反応液にクエンチ剤を添加する工程；
　（３’）ホスファイトトリエステル体（ｃ’）を含む反応液に酸化剤または硫化剤を添加して、ホスファイトトリエステル体（ｃ’）を酸化または硫化し、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（ｄ’）を含む反応液を得る工程；
　（４’）酸化または硫化後の反応液に酸を添加して３’位水酸基または３’位アミノ基の一時保護基を除去し、３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液を得る工程；
　（５’）必要に応じて、オリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液に塩基を添加して中和する工程；
　（６’）必要に応じて、オリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液に極性溶媒を添加し、沈殿したオリゴヌクレオチド（ｅ’）を得る工程；および
　（７’）必要に応じて、得られたオリゴヌクレオチドの保護基を全て除去した後、保護されていないオリゴヌクレオチドを単離する工程。
　工程（１’）、（３’）、（４’）および（６’）（好ましくは工程（１’）～（６’））のサイクルを繰り返すことによって、オリゴヌクレオチド鎖を伸長させることができる。なお、工程（１’）、（３’）および（４’）を含むオリゴヌクレオチドの製造方法は、本発明に包含される。
　５’－３’合成である本発明の製造方法の説明は、３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されていないヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）と、５’位水酸基がホスホロアミダイト化されているヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）とを使用して、３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ’）を製造すること以外は、上述の３’－５’合成である本発明の製造方法の説明と、基本的に同じである。言い換えると、３’位水酸基または３’アミノ基および５’位水酸基の保護等の態様が入れ替わっていること以外は、工程（１’）～（７’）、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）、ホスファイトトリエステル体（ｃ’）、オリゴヌクレオチド（ｄ’）およびオリゴヌクレオチド（ｅ’）の説明は、上述の工程（１）～（７）、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）、ホスファイトトリエステル体（ｃ）、オリゴヌクレオチド（ｄ）およびオリゴヌクレオチド（ｅ）の説明と、基本的に同じである。５’－３’合成について、３’－５’合成と異なる点を以下で説明する
工程（１’）（縮合）
　本工程で使用するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）は、酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され３’位水酸基または３’位アミノ基を有する。水酸基の一時保護基の説明は、工程（１）での説明と同じである。
　アミノ基の一時保護基としては、例えば、トリチル基、モノメトキシトリチル基、ジメトキシトリチル基等が挙げられる。これらの中で、トリチル基およびモノメトキシトリチル基が好ましい。
　本工程の好ましい態様では、
　３’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、或いは
　３’位水酸基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）、並びに
　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
が使用される。
　本工程のより好ましい態様では、
　３’位水酸基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）、並びに
　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
が使用される。
　本工程のより好ましい別の態様では、
　３’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、並びに
　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
が使用される。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）が有する３’位水酸基と、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）が有するホスホロアミダイト化された５’位水酸基との縮合は、工程（１）と同様に行うことができる。そのため、工程（１’）の縮合の説明は、「ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）」を「ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）」に置き換え、「ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）」を「ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）」に置き換えたこと以外、工程（１）の説明と同じである。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）が有する３’位アミノ基と、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）が有するホスホロアミダイト化された５’位水酸基との縮合も、工程（１）の縮合と同様に行うことができる。そのため、工程（１’）の縮合の説明は、「ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）」を「ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）」に置き換え、「ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）」を「ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）」に置き換えたこと以外、工程（１）の説明と同じである。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）としては、例えば、下記式（ａ－Ｉ’）で表される化合物（即ち、ヌクレオシド、またはオリゴヌクレオチド）が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000059
［式中、
　ｍ、ｍ＋１個のＢａｓｅ、ｍ＋１個のＸ、ｍ個のＲ１０、ｍ個のＲｐ１、Ｌ、ＹおよびＺは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　ｍ個のＸｎ１は、それぞれ独立して、酸素原子またはＮＨを示し；
　Ｘｎ３は、水酸基またはアミノ基を示す。］
　式（ａ－Ｉ’）中のｍ個のＸｎ１は、好ましくは酸素原子である。
　式（ａ－Ｉ’）中のＸｎ３は、好ましくは水酸基である。
　式（ａ－Ｉ’）中のｍ個のＲｐ１は、好ましくは、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　式（ａ－Ｉ’）中の他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－Ｉ’）は、好ましくは下記式（ａ－ｉ’）で表される化合物である（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000060
　化合物（ａ－ｉ’）の中で、式（ａ－ＩＩ’）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が好ましい（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000061
　式（ａ－ＩＩ’）において、ｍ個のＲｐ１が、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基であることが好ましい。
　式（ａ－ＩＩ’）において、ｍが０であることが好ましい。
　式（ａ－ＩＩ’）における他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－ＩＩ’）の中で、下記式（ａ－ＩＩＩ’）で表される化合物（即ち、ヌクレオシド）が好ましい（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000062
　また、化合物（ａ－ｉ’）の中で、下記式（ａ－ＩＶ’）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が好ましい（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000063
　式（ａ－ＩＶ’）において、ｍ個のＲｐ１が、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基であることが好ましい。
　式（ａ－ＩＶ’）において、ｍが０であることが好ましい。
　式（ａ－ＩＶ’）における他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－ＩＶ’）の中で、下記式（ａ－Ｖ’）で表される化合物（即ち、ヌクレオシド）が好ましい（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000064
　また、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）としては、例えば、下記式（ａ－ＶＩ’）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000065
［式中、
　ｍ＋１個のＢａｓｅ１の少なくとも一つは、－Ｌ－Ｙ－Ｚで保護されている核酸塩基を示し、残りは保護されていてもよい核酸塩基を示し；
　ｍ個のＸｎ１は、それぞれ独立して、酸素原子またはＮＨを示し；
　Ｘｎ３は、水酸基またはアミノ基を示し；
　Ｒｎ４は、水酸基の保護基を示し；
　ｍ、ｍ＋１個のＸ、ｍ個のＲ１０、ｍ個のＲｐ１、Ｌ、ＹおよびＺは、それぞれ独立して、前記と同義である。］
　式（ａ－ＶＩ’）中のｍ個のＸｎ１は、好ましくは酸素原子である。
　式（ａ－ＶＩ’）中のＸｎ３は、好ましくは水酸基である。
　式（ａ－ＶＩ’）中のｍ個のＲｐ１は、好ましくは、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　式（ａ－ＶＩ’）中の他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－ＶＩ’）は、好ましくは下記式（ａ－ｖｉ’）で表される化合物である（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000066
　また、置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）としては、例えば、下記式（ａ－ＶＩＩ’）で表される化合物が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000067
［式中、
　ｍ＋１個のＸｎ１は、それぞれ独立して、酸素原子またはＮＨを示し；
　Ｘｎ３は、水酸基またはアミノ基を示し；
　Ｌｎ１は有機基を示し；
　ｍ、ｍ＋１個のＢａｓｅ、ｍ＋１個のＸ、ｍ＋１個のＲ１０、ｍ＋１個のＲｐ１、Ｌ、ＹおよびＺは、それぞれ独立して、前記と同義である。］
　式（ａ－ＶＩＩ’）中のＸｎ３は、好ましくは水酸基である。
　式（ａ－ＶＩＩ’）中のｍ＋１個のＲｐ１は、好ましくは、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　式（ａ－ＶＩＩ’）中の他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ａ－ＶＩＩ’）は、好ましくは下記式（ａ－ｖｉｉ’）で表される化合物である（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000068
　本工程で使用するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）は、好ましくは化合物（ａ－Ｉ’）、化合物（ａ－ＶＩ’）または化合物（ａ－ＶＩＩ’）であり、より好ましくは化合物（ａ－ｉ’）、化合物（ａ－ｖｉ’）または化合物（ａ－ｖｉｉ’）であり、さらに好ましくは化合物（ａ－ｉ’）または化合物（ａ－ｖｉｉ’）であり、特に好ましくは化合物（ａ－ｖｉｉ’）である。
　ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）としては、例えば、下記式（ｂ－Ｉ’）で表される化合物（即ち、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド）が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000069
［式中、
　ｑ＋１個のＢａｓｅ２は、それぞれ独立して、－Ｌ－Ｘ－Ｚおよび核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよい核酸塩基を示し；
　ｑ個のＸｎ１は、それぞれ独立して、酸素原子またはＮＨを示し；
　Ｘｎ４は、酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されている水酸基またはアミノ基を示し；
　ｑ、ｑ＋１個のＸ、ｑ＋１個のＲｐ１、ｑ個のＲ１０、Ｒ３６、Ｒ３７およびＱ”は、それぞれ独立して、前記と同義である。］
　式（ｂ－Ｉ’）中の水酸基の一時保護基およびアミノ基の一時保護基の説明は、前記の通りである。Ｘｎ４は、好ましくは酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されている水酸基である。
　式（ｂ－Ｉ’）中のｑ＋１個のＲｐ１は、好ましくは、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　式（ｂ－Ｉ’）中の他の記号の説明は、前記の通りである。
　化合物（ｂ－Ｉ’）は、好ましくは下記式（ｂ－ｉ’）で表される化合物である（下記式中の記号の定義および説明は、前記の通りである）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000070
　３’位水酸基および５’位水酸基の保護等の態様が入れ替わっていること以外は、上述の化合物（ａ－Ｉ’）～化合物（ａ－ｖｉｉ’）並びに化合物（ｂ－Ｉ’）および（ｂ－ｉ’）の説明は、上述の化合物（ａ－Ｉ）～化合物（ａ－ｖｉｉ）並びに化合物（ｂ－Ｉ）および（ｂ－ｉ）の説明と、基本的に同じである。
　本工程で使用するヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）とヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）との組合せは、
　好ましくは化合物（ａ－Ｉ’）、化合物（ａ－ＶＩ’）または化合物（ａ－ＶＩＩ’）と化合物（ｂ－Ｉ’）との組合せであり、
　より好ましくは化合物（ａ－ｉ’）、化合物（ａ－ｖｉ’）または化合物（ａ－ｖｉｉ’）と化合物（ｂ－ｉ’）との組合せであり、
　さらに好ましくは化合物（ａ－ｉ’）または化合物（ａ－ｖｉｉ’）と化合物（ｂ－ｉ’）との組合せであり、
　特に好ましくは化合物（ａ－ｖｉｉ’）と化合物（ｂ－ｉ’）との組合せである。
工程（４’）（脱保護）
　本工程は、オリゴヌクレオチド（ｄ’）の３’位水酸基または３’位アミノ基の一時保護基を酸によって除去し、３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ’）を得る工程である。酸は、１種のみを使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
　水酸基の一時保護基の除去の説明は、工程（１）での説明と同じである。
　アミノ基の一時保護基の除去に使用する酸としては、良好な脱保護が達成できさえすれば特に限定されないが、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、塩酸、酢酸、ｐ－トルエンスルホン酸等を使用することが好ましい。これら酸は、前記非極性溶媒で希釈しても構わない。アミノ基の一時保護基の除去における酸の使用量は、オリゴヌクレオチド（ｄ’）１モルに対し、例えば１～１００モル、好ましくは１～４０モルである。アミノ基の一時保護基の除去のための反応温度は、反応が進行しさえすれば特に限定されないが、－１０℃～５０℃が好ましく、０℃～４０℃がより好ましい。アミノ基の一時保護基の反応時間は、使用するオリゴヌクレオチド（ｄ’）、酸の種類および非極性溶媒の種類、反応温度等により異なるが、例えば５分～５時間である。
オリゴヌクレオチド
　工程（６）または（６’）（固液分離または抽出）により得られたオリゴヌクレオチド（ｅ）または（ｅ’）、或いは工程（７）または（７’）（脱保護および単離）により得られた保護されていないオリゴヌクレオチドは、さらに有機合成反応を施すことにより、所望の誘導体へと導くこともできる。本発明の製造方法によって得られたオリゴヌクレオチドは、人体用または動物用の医薬品（ＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴ核酸医薬、等）、機能性食品、特定保健食品、食品、化成品、生体用や工業用の高分子材料等の各種用途に使用することができる。
ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド
　本発明は、上述の工程（１）または工程（１’）で使用し得る、下記式（Ｉ）で表される化合物（即ち、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド）を提供する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000071
［式中、
　ｍ、ｍ＋１個のＢａｓｅ、ｍ＋１個のＸ、ｍ個のＲ１０、およびｍ個のＲｐ１は、それぞれ独立して、前記と同義であり；
　Ｒｎ１およびＲｎ２の一つが水素原子を示し、残りの一つが式（ＩＩ）で表される基を示す（下記式中の記号の定義は、前記の通りである）。］
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000072
　式（Ｉ）中、Ｒｎ１が式（ＩＩ）で表される基であり、Ｒｎ２が水素原子であることが好ましい。
　式（Ｉ）および（ＩＩ）中のｍ＋１個のＲｐ１は、好ましくは、それぞれ独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧで表される基である。
　式（ＩＩ）中のＬｎ１は、好ましくはＣ２－６アルキレン基、より好ましくはエチレン基である。
　式（Ｉ）中のｍは、好ましくは０である。
　式（Ｉ）および式（ＩＩ）中の他の記号の説明は、前記の通りである。
　なお、Ｒｎ１が水素原子であり、且つＲｎ２が式（ＩＩ）で表される基である化合物（Ｉ）は、上述の化合物（ａ－ｖｉｉ）に対応する。また、Ｒｎ１が式（ＩＩ）で表される基であり、且つＲｎ２が水素原子である化合物（Ｉ）は、上述の化合物（ａ－ｖｉｉ’）に対応する。
　出発物質として化合物（Ｉ）を使用して得られるオリゴヌクレオチドは、３’位または５’位に修飾されたリン酸基を有する。このような修飾されたオリゴヌクレオチドは、エキソヌクレアーゼに対する耐性を向上させる働きがあることが知られている（Bioorganic & Medicinal Chemistry 1997, 5, 2235-2243.）。
　以下、実施例等を挙げて本発明をより具体的に説明するが、本発明は以下の実施例等によって制限を受けるものではなく、上記・下記の趣旨に適合し得る範囲で適当に変更を加えて実施することも勿論可能であり、それらはいずれも本発明の技術的範囲に包含される。
　後述の実施例等で使用する略号の意味は、以下の通りである。
　また、後述の実施例等で使用するｒＡＯＭｅ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト等を、以下では、ホスホロアミダイトモノマーと総称することがある。
　後述の実施例等で使用する略号の意味は、以下の通りである。
　ＤＭＴｒ：４，４’－ジメトキシトリチル
　ＴＯＢ：３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ
　ＳＵＣ：スクシニル
　Ａｃ－ＴＯＢ：３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　アセテート
　ＨＯ－ｄＡ－ＳＵＣ－ＴＯＢ：Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート
　ＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ：デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート
　ＨＯ－Ｕ－ＳＵＣ－ＴＯＢ：２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート
　ＭｅＯＣ（Ｏ）－ＴＯＢ：メチル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾエート
　ＨＯ－（ＣＨ２）２－ＳＵＣ－ＴＯＢ：３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２－ヒドロキシエチル　スクシネート
　ＣＳＯ：（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルホニル）オキサジリジン
　ＤＢＵ：１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］－７－ウンデセン
　ＤＤＴＴ：５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオン
　ＤＰＴＴ：ジペンタメチレンチウラムテトラスルフィド
　ＰＡＤＳ：フェニルアセチルジスルフィド
　ｒＡＯＭｅ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ６－ベンゾイル－２’－Ｏ－メチル－アデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　２’－ＯＭｅ－ｒＡ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ６－ベンゾイル－２’－Ｏ－メチル－アデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　ｄＧ－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－イソブチリル－デオキシアデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　ｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　Ｕ－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　ｄＴ－５’－ＣＥ　ホスホロアミダイト：３’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）デオキシチミジン－５’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　Ｃｍ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ４－ベンゾイル－２’－Ｏ－メチル－シチジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　ＧＭＯＥ（ｉＢｕ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－イソブチリル－２’－Ｏ－メトキシエチル－グアノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　ＡＭＯＥ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ６－ベンゾイル－２’－Ｏ－メトキシエチル－アデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　ＴＭＯＥ－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－Ｏ－メトキシエチル－チミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　２’Ｆ－Ｕ－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－２’－フルオロ－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　２’Ｆ－Ｇ－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－イソブチリル－２’－フルオロ－グアノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
　Ｎ４－ベンゾイル－５－Ｍｅ－ｄＣ－ＣＥ　ホスホロアミダイト：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ４－ベンゾイル－２’－デオキシ－５－メチルシチジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）－（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）］－ホスホロアミダイト
実施例１：ホスホロチオエート２量体（２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000073
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＨＯ－Ｕ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（８２．２ｍｇ，６６．０μｍｏｌ）とＭｅＯＣ（Ｏ）－ＴＯＢ（１００ｍｇ，１０６μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．８ｍｇ，１９７μｍｏｌ）とＵ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１５０ｍｇ，１９７μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（７０．３μＬ，９８３μｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＰＡＤＳ（１７８ｍｇ，５９０μｍｏｌ）を加え、室温で２時間撹拌した。５－メトキシインドール（１９３ｍｇ，１．３１ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４５．２μＬ，５９０μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（８５．５μＬ，６４９μｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（１９７ｍｇ，収率９５％）。
実施例２：ホスホロチオエート２０量体（配列番号１：５’－ＴＣＣＣＧＣＣＴＧＴＧＡＣＡＴＧＣＡＴＴ－３’）の液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000074
　アルゴン雰囲気下、２００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，０．５００ｍｍｏｌ）とＡｃＯ－ＴＯＢ（７７３ｍｇ，０．８０８ｍｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（１．０７ｍＬ，１５．０ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、さらに酢酸（１７２μＬ，３．００ｍｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（５９４μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）の混合物を加えて、１５分間室温で撹拌した。ＤＤＴＴ（３４０ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（６８９μＬ，９．００ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（１．３１ｍＬ，９．９０ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７８９ｍｇ，収率９８％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート１９量体の合成
　上記（１）と同様の操作をさらに１８回繰返して、１９量体（デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－ベンゾイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－ベンゾイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を得た（２．７８ｇ）。
（３）３’位水酸基がアンカーで保護され、５’位水酸基がＤＭＴｒ基で保護されたホスホロチオエート２０量体の合成
　アルゴン雰囲気下、２００ｍＬ四口フラスコに上記（２）で得られた１９量体（２．７８ｇ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８７ｍｇ，１．４９ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１１ｇ，１．４９ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。ＤＤＴＴ（３３８ｍｇ，１．６４ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過後、乾燥して、２０量体（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－アセチル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－アセチル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－アセチル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を白色固体として得た（２．７９ｇ）。
（４）ＤＭＴｒ基の除去
　アルゴン雰囲気下、１００ｍＬ二口フラスコに、上記（３）で得られた２０量体（１．００ｇ）を入れ、脱水ジクロロメタン（１０ｍ）に溶解させた。５－メトキシインドール（２４５ｍｇ，１．６６ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（１００μＬ，１．３１ｍｍｏｌ）を加え、室温で１．５時間撹拌した後、２，４，６－トリメチルピリジン（１９０μＬ，１．４４ｍｍｏｌ）により中和した後、アセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、ＤＭＴｒ基が除去された２０量体（デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－アセチル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－アセチル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－アセチル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を白色固体として得た（８６７ｍｇ）。
（５）脱保護
　上記（４）で得られた２０量体（２０ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．００ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、５５℃で１６時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物であるデオキシチミジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシシチジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシシチジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシシチジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシグアノシン－３’－ホスホロチオニル－デオキシシチジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシシチジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシチミジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシグアノシン－３’－ホスホロチオニル－デオキシチミジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシグアノシン－３’－ホスホロチオニル－デオキシアデノシン－３’－ホスホロチオニル－デオキシシチジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシアデノシン－３’－ホスホロチオニル－デオキシチミジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシグアノシン－３’－ホスホロチオニル－デオキシシチジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシアデノシン－３’－ホスホロチオニル－デオキシチミジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシチミジンを得た。
　ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　６０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝６．８７ｍｉｎ（８３．３ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：６６４６．０５
実施例３：脱保護後の酸の中和（工程（５））を行わない液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブ中にＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（１００ｍｇ，８１μｍｏｌ）とＭｅＯＣ（Ｏ）－ＴＯＢ（１００ｍｇ，１０６μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（４．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（４６．６ｍｇ，２４２μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１８１ｍｇ，２４２μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（８６．６μＬ，１．２１ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した。さらに酢酸（１３．９μＬ，２４２μｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（３１．９μＬ，２４２μｍｏｌ）の混合物と、ＤＤＴＴ（５４．７ｍｇ，２６７μｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、５－メトキシインドール（２３８ｍｇ，１．６２ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（５５．７μＬ，７２７μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体を、アセトニトリル（２０ｍＬ）で洗浄しながらキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、減圧乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（２２２ｍｇ，収率９６％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート３量体の合成
　上記（１）と同様の操作をさらに１回繰返して、３量体（Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を得た（２５１ｍｇ，収率８９％）。
実施例４：ホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000075
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブ中にＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（１００ｍｇ，８１μｍｏｌ）とＭｅＯＣ（Ｏ）－ＴＯＢ（１００ｍｇ，１０６μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（５．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（４６．６ｍｇ，２４２μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１８１ｍｇ，２４２μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（８６．６μＬ，１．２１ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した。さらにＤＰＴＴ（２８．０ｍｇ，７３．０μｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、５－メトキシインドール（２３４ｍｇ，１．６２ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（５５．７μＬ，７２７μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（１０５μＬ，８００μｍｏｌ）で反応液を中和後、トリエチルホスファイト（８．６μＬ，７３．０μｍｏｌ）を加えて、室温で１５分間撹拌した後に、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（２２２ｍｇ，収率８８％）。
実施例５：ホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000076
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブ中にＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（８０．３ｍｇ，６５．０μｍｏｌ）とＭｅＯＣ（Ｏ）－ＴＯＢ（９９．０ｍｇ，１０５μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．４ｍｇ，１９５μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１４５ｍｇ，１９５μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（６９．５μｍＬ，９７３μｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した。さらにＰＡＤＳ（１７７ｍｇ，５８４μｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、５－メトキシインドール（１９１ｍｇ，１．３０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４４．７μＬ，５８４μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。反応液を２，４，６－トリメチルピリジン（８４．６μＬ，６４２μｍｌ）で中和した後、アセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７３．３ｍｇ，８５％）。
　ＴＯＦ／ＭＳ：１５５７．０１１６
実施例６：ホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000077
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブ中にデオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシル－１－メチル］スクシネート（５００ｍｇ，０．４０２ｍｍｏｌ）と３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシル－１－カルボン酸メチル（５００ｍｇ，０．５２８ｍｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（４．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．４ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（１１６ｍｇ，０．６０３ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（４４９ｍｇ，０．６０３ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（１２９μＬ，１．８１ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した。さらにＤＰＴＴ（５４．１ｍｇ，０．１４１ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、５－メトキシインドール（１．１８ｇ，８．０４ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（１１５μＬ，１．５１ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（２１８μＬ，１．６６ｍｍｏｌ）で反応液を中和後、反応液中にアセトニトリル（２０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシル－１－メチル］スクシネート）を白色固体として得た（１．１５ｇ，収率１００％）。
実施例７：ホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000078
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブ中にデオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイルピペラジン］スクシネート（１００ｍｇ，７６．０μｍｍｏｌ）と３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）シクロヘキシル－１－カルボン酸メチル（１００ｍｇ，０．１０６ｍｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．３ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（４３．７ｍｇ，２２７μｍｏｌ）と２’－ＯＭｅ－ｒＡ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト（２０２ｍｇ，０．２２７ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にモルホリン（９９．０μＬ，１．１４ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した。さらに（２Ｒ，８ａＳ）－（＋）－（カンファリルスルホニル）オキサジリジン（５４．７ｍｇ，０．２３９ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した後、５－メトキシインドール（２２３ｍｇ，１．５２ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（３４．８μＬ，０．４５５ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（６５．９μＬ，５００μｍｏｌ）で反応液を中和後、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（Ｎ６－ベンゾイル－２’－Ｏ－メチル－アデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイルピペラジン］スクシネート）を白色固体として得た（２１４ｍｇ，収率８９％）。
実施例８：ジヌクレオチドの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000079
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブ中に３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート（１００ｍｇ，８１．０μｍｍｏｌ）と３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）フェニル－１－カルボン酸メチル（１００ｍｇ，０．１０６ｍｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（５．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（４６．６ｍｇ，２４２μｍｏｌ）とｄＧ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（２０４ｍｇ，０．２４２ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にモルホリン（１０６μＬ，１．２１ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した。さらにヨウ素（６４．６ｍｇ，０．２５４ｍｍｏｌ）、２，４，６－トリメチルピリジン（８３．８μＬ，０．６３６ｍｍｏｌ）、および水（６．６０μＬ，０．３６４ｍｍｏｌ）の混合溶液を加え、室温で１時間撹拌した後、５－メトキシインドール（２３８ｍｇ，１．６２ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（５５．７μＬ，０．７２７ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（１０５μＬ，８００μｍｏｌ）で反応液を中和した後、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、ジヌクレオチド（Ｎ２－イソブチリル－デオキシアデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（２０９ｍｇ，収率８８％）。
試験例１：クエンチ剤の検討
（１）反応液の調製
　アルゴン雰囲気下、ＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（１００ｍｇ，８０．８μｍｏｌ）とＭｅＯＣ（Ｏ）－ＴＯＢ（１００ｍｇ，１０６μｍｏｌ）を脱水ジクロロメタン（４．０ｍＬ）に溶解させた。この溶液に脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）中に溶解させて調製したｄＧ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（２０４ｍｇ，２４２μｍｏｌ）と５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（４６．５ｍｇ，２４２μｍｏｌ）の混合物を加えて、室温で３０分間撹拌した。反応終了を薄層クロマトグラフィー（ジクロロメタン／メタノール＝１０／１（体積比））で確認した後、表１に示す種類および量のクエンチ剤を加えて室温で３０分間撹拌し、次いで表１に示す酸化剤（２５４μｍｏｌ，ホスホロアミダイトモノマーに対して１．０５モル当量）を添加して室温で１時間撹拌して、反応液を調製した。
（２）試験液の調製（分析のための前処理）
　得られた反応液（５０μＬ）を１．５ｍＬバイアル瓶の中に分取し、テトラヒドロフラン（４５０μＬ）で希釈した後、ＤＢＵ（２０μＬ）を入れて、３０秒間撹拌して、試験液を調製した。
（３）分析
　得られた試験液を、ＬＣ－ＴＯＦ　ＭＳ（Ａｇｉｌｅｎｔ６２３０）により質量分析した。観測された各化合物（目的化合物および副生成物）のアバンダンスをもとに、下記式により副生成物の量を算出した。
　ブランチ体の量（％）
＝（ブランチ体のアバンダンス／目的化合物のアバンダンス）×１００
　リン酸トリエステル切断体の量（％）
＝（リン酸トリエステル切断体のアバンダンス／目的化合物のアバンダンス）×１００
　ここで、目的化合物とは、反応液中に含まれる目的のオリゴヌクレオチドを指し、ブランチ体とは、目的化合物の核酸塩基におけるアミノ基の保護基が脱落し、該アミノ基とモノマーとが結合して生成した副生成物を指し、リン酸トリエステル切断体とは、目的化合物のリン酸トリエステルが切断して生成した副生成物を指す。結果を表１に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000080
　表１に示されるように、酸化剤としてＣＳＯを用い、クエンチ剤として、モルホリン、テトラヒドロフルフリルアルコール、ジエチレングリコール、エチレングリコールを用いた場合に、ブランチ体およびリン酸トリエステル切断体の生成が効果的に抑制されることが確認された。
試験例２：クエンチ剤の検討
（１）反応液の調製
　アルゴン雰囲気下、ＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（１００ｍｇ，８０．８μｍｏｌ）を脱水ジクロロメタン（４．０ｍＬ）に溶解させた後、ｒＡＯＭｅ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト（２１５ｍｇ，２４２μｍｏｌ）と５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（４６．５ｍｇ，２４２μｍｏｌ）の脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）混合溶液を加えて、室温で１時間撹拌した。反応終了を薄層クロマトグラフィー（ジクロロメタン／メタノール＝１０／１（体積比））で確認した後、表２に示す種類および量のクエンチ剤を加えて室温で３０分間撹拌し、次いでＣＳＯ（５８．２ｍｇ，２５４μｍｏｌ）を加えて室温で１時間撹拌した。さらに反応液に５－メトキシインドール（２３８ｍｇ，１．６２ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（９２．５μＬ，１．２１ｍｍｏｌ）を加えて室温で１８時間撹拌し、反応液を調製した。
（２）試験液の調製および分析
　試験例１と同様にして、調製した試験液を質量分析し、観測された各化合物（目的化合物および副生成物）のアバンダンスをもとに、下記式により副生成物の量を算出した。
　＋１量体の量（％）
＝（＋１量体のアバンダンス／目的化合物のアバンダンス）×１００
　塩基部脱保護体の量（％）
＝（塩基部脱保護体のアバンダンス／目的化合物のアバンダンス）×１００
　ここで、＋１量体とは、目的化合物にさらに余分なモノマーが一つ結合して生成した副生成物を指し、塩基部脱保護体とは、目的化合物の核酸塩基におけるアミノ基の保護基が脱落して生成した副生成物を指す。結果を表２に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000081
　表２に示されるように、クエンチ剤として、テトラヒドロフルフリルアルコール、ジエチレングリコール、エチレングリコールを用いた場合に、＋１量体および塩基部脱保護体の生成が効果的に抑制されることが確認された。
試験例３：クエンチ剤の検討
（１）反応液の調製
　後述の参考例１～１１に示すようにして、反応液を調製した。
（２）試験液の調製および分析
　試験例２と同様にして、調製した試験液を質量分析し、＋１量体の量および塩基部脱保護体の量を算出した。結果を表３に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000082
　表３に示されるように、クエンチ剤としてメタノール、ｔ－ブタノール、２，２，２－トリフルオロエタノール、２－プロパノールを用いた場合に、＋１量体の生成抑制効果があることが認められた。さらに、ｔ－ブタノール、２，２，２－トリフルオロエタノール、２－プロパノールを用いた場合に、塩基部脱保護体の生成も抑制されることが確認された。また、＋１量体および塩基部脱保護体の生成抑制効果が認められたアルコールと共に、酢酸と２，４，６－トリメチルピリジンとの中和塩を共存させた場合も、副生成物の生成が抑制されることが確認された。
試験例４：未反応原料の検討
（１）反応液の調製
　後述の参考例１２～１５に示すようにして、反応液を調製した。
（２）試験液の調製
　参考例１２～１５で得られた反応液に、表４に示す種類および量のクエンチ剤および中和塩を添加した。この反応液（５０μＬ）を１．５ｍＬバイアル瓶の中に分取し、ＤＤＴＴ（２．５ｍｇ，１２μｍｏｌ）を入れた後、３０秒間振盪した。次いで、テトラヒドロフラン（４５０μＬ）で希釈した後、ＤＢＵ（２０μＬ）を入れて３０秒間撹拌して、試験液を調製した。
（３）分析
　得られた試験液を、ＬＣ－ＴＯＦＭＳ（Ａｇｉｌｅｎｔ６２３０）により質量分析した。観測された各化合物（目的化合物および未反応原料）のアバンダンス（ｍ／ｚ＝２）をもとに、下記式により、未反応原料の量を算出した。
　未反応原料の量（％）＝（未反応原料のアバンダンス／目的化合物のアバンダンス）×１００
　ここで、未反応原料とは、反応液の調製の際に使用したホスホロアミダイトモノマーを指す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000083
　表４に示されるように、ｔ－ブタノールまたは２，２，２－トリフルオロエタノールおよび酢酸と２，４，６－トリメチルピリジンとの中和塩を共存させることにより、縮合反応時に未反応原料が残ることなく、効果的に縮合反応が進行することが確認された。
試験例５：ホスホロチオエート１０量体の純度の検討
　後述の参考例１６～２０で得られたホスホロチオエート１０量体をＨＰＬＣ分析し、得られた１０量体の純度（面積％）を算出した。使用したクエンチ剤、中和塩および１０量体の純度（面積％）の結果を表５に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000084
　表５に示されるように、２，２，２－トリフルオロエタノールまたはｔ－ブタノールおよび酢酸および２，４，６－トリメチルピリジンの中和塩を用いた場合に、１０量体の純度が高くなることが確認された。
参考例１（実施例９）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，５００μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，６４８μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にメタノール（６０８μＬ，１５．０ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３４０ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（３４５μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（６５４μＬ，４．９５ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７６２ｍｇ，収率９５％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（７６２ｍｇ，４７３μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２７３ｍｇ，１．４２ｍｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．２２ｇ，１．４２ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にメタノール（５７５μＬ，１４．２ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３２１ｍｇ，１．５６ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．３９ｇ，９．４６ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（３２６μＬ，４．２６ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
　なお、参考例１は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例２（実施例１０）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（８０．４ｍｇ，６４．９μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（９９．６ｍｇ，１０４μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．４ｍｇ，１９５μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１４５ｍｇ，１９５μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にメタノール（３９．５μＬ，９７５μｍｏｌ）を加えた後、酢酸（２２．３μＬ，３９０μｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（７７．０μＬ，５８５μｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４４．０ｍｇ，２１５μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（８９．６μＬ，１．１７ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（１７０μＬ，１．２９ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（１０４ｍｇ，収率９９％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（１０４ｍｇ，６４．２μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．５ｍｇ，１９５μｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１６５ｍｇ，１９５μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にメタノール（３９．５μＬ，９７５μｍｏｌ）を加えた後、酢酸（２２．３μＬ，３９０μｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（７７．０μＬ，５８５μｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４４．０ｍｇ，２１４μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１５８ｍｇ，１．０７ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（７４．７μＬ，９７５μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
　なお、参考例２は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例３（実施例１１）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１８ｍｇ，４９９μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（６１８ｍｇ，６４６μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１１ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に酢酸（８５７μＬ，１５．０ｍｍｏｌ）とピリジン（１．８２ｍＬ，２２．４ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３３８ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（３４４μＬ，４．４９ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（６５３μＬ，４．９４ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７５３ｍｇ，収率９４％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（７５３ｍｇ，４６８μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２７０ｍｇ，１．４０ｍｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．２０ｇ，１．４０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に酢酸（４０２μＬ，７．０１ｍｍｏｌ）とピリジン（５６７μＬ，７．０１ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３１７ｍｇ，１．５４ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．３８ｇ，９．３５ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（３２２μＬ，４．２１ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
　なお、参考例３は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例４（実施例１２）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，５００μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（７７０ｍｇ，８０７μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に酢酸（１７２μＬ，３．００ｍｍｏｌ）とＮ－メチルイミダゾール（１７８μＬ，２．２５ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３３９ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（５７４μＬ，７．５０ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらにＮ－メチルイミダゾール（６５３μＬ，８．２５ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７９２ｍｇ，９８％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（７９２ｍｇ，４９２μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８４ｍｇ，１．４８ｍｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．２７ｇ，１．４８ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に酢酸（１６９μＬ，２．９５ｍｍｏｌ）とＮ－メチルイミダゾール（１７５μＬ，２．２１ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３３３ｍｇ，１．６２ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４５ｇ，９．８３ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（５６５μＬ，７．３７ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
　なお、参考例４は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例５（実施例１３）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，５００μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（７７０ｍｇ，８０７μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にメタノール（６０８μＬ，１５．０ｍｍｏｌ）を加えた後、酢酸（１７２μＬ，３．００ｍｍｏｌ）とＮ－メチルイミダゾール（３５６μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３３９ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（６８９μＬ，９．００ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらにＮ－メチルイミダゾール（７８４μＬ，９．９０ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７７９ｍｇ，収率９７％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（７７９ｍｇ，４８３μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２７９ｍｇ，１．４５ｍｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．２４ｇ，１．４５ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にメタノール（５８８μＬ，１４．５ｍｍｏｌ）を加えた後、酢酸（１６６μＬ，２．９０ｍｍｏｌ）とＮ－メチルイミダゾール（３４４μＬ，４．３５ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３２８ｍｇ，１．６０ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４２ｇ，９．６７ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（６６６μＬ，８．７０ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
　なお、参考例５は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例６（実施例１４）および参考例１３（実施例１５）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（８０．３ｍｇ，６５．０μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（１００ｍｇ，１０５μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．４ｍｇ，１９５μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１４５ｍｇ，１９５μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にｔ－ブタノール（１８６μＬ，１．９５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４４．０ｍｇ，２１４μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（９４．６ｍｇ，６４２μｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４４．７μＬ，５８４μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（８４．６μＬ，６４２μｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（１０４ｍｇ，収率１００％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（１０４ｍｇ，６５．０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．３ｍｇ，１９４μｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１６７ｍｇ，１９４μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。なお、この時点で得られた反応液を、参考例１３の反応液として上記試験例４で使用した。
　上記のようにして得られた反応液にｔ－ブタノール（１８６μＬ，１．９４ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４３．９ｍｇ，２１４μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（９４．３ｍｇ，６４１μｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４４．６μＬ，５８３μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。なお、この時点で得られた反応液を、参考例６の反応液として上記試験例３で使用した。
　なお、参考例６および参考例１３は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例７（実施例１６）および参考例１４（実施例１７）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，５００μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（７７２ｍｇ，８０８μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にｔ－ブタノール（１．４３ｍＬ，１５．０ｍｍｏｌ）を加えた後、酢酸（１７３μＬ，３．００ｍｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（５９４μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３３９ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（６８９μＬ，８．９９ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（１．３１ｍＬ，９．８９ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７９８ｍｇ，収率９９％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（７９８ｍｇ，４９５μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８６ｍｇ，１．４９ｍｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．２７ｇ，１．４９ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。なお、この時点で得られた反応液を、参考例１４の反応液として上記試験例４で使用した。
　上記のようにして得られた反応液にｔ－ブタノール（１．４２ｍＬ，１４．８ｍｍｏｌ）を加えた後、酢酸（１７１μＬ，２．９７ｍｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（５８９μＬ，４．４６ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３３５ｍｇ，１．６３ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４６ｇ，９．９０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（５６９μＬ，７．４３ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。なお、この時点で得られた反応液を、参考例７の反応液として上記試験例３で使用した。
　なお、参考例７および参考例１４は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例８（実施例１８）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（８０．３ｇ，６５．０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．４ｍｇ，１９５μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１４５ｍｇ，１９５μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２－プロパノール（７４．８μＬ，９７４μｍｏｌ）を加えた後、酢酸（２２．２μＬ，３９０μｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（７７．１μＬ，５８５μｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４４．０ｍｇ，２１４μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（９４．６ｍｇ，６４３μｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４４．７μＬ，５８４μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（８４．６μＬ，６４３μｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（１０１ｍｇ，収率９８％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（１０１ｍｇ，６３．０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３６．３ｍｇ，１８９μｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１６２ｍｇ，１８９μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２－プロパノール（７２．５μＬ，９４４μｍｏｌ）を加えた後、酢酸（１０．８μＬ，１８９μｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（３７．３μＬ，２８３μｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４２．６ｍｇ，２０８μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（９１．７ｍｇ，６２３μｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４３．４μＬ，５６６μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
　なお、参考例８は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例９（実施例１９）および参考例１５（実施例２０）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（１８０ｍｇ，６４．９μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．４ｍｇ，１９５μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１４５ｍｇ，１９５μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（１４０μＬ，１．９５ｍｍｏｌ）を加えた後、酢酸（２２．３μＬ，３９０μｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（７７．０μＬ，５８５μｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４４．０ｍｇ，２１５μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１８９ｍｇ，１．１７ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（８９．６μＬ，１．１７ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（１７０μＬ，１．２９ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（１０４ｍｇ，収率９９％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（１０１ｍｇ，６２．５μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３６．１ｍｇ，１８８μｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１６１ｍｇ，１８８μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。なお、この時点で得られた反応液を、参考例１５の反応液として上記試験例４で使用した。
　上記のようにして得られた反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（１３４μＬ，１．８８ｍｍｏｌ）を加えた後、酢酸（２１．５μＬ，３７６μｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（７４．３μＬ，５６４μｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４２．５ｍｇ，２０７μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１４７ｍｇ，１．００ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（７２．０μＬ，９１０μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。なお、この時点で得られた反応液を、参考例９の反応液として上記試験例３で使用した。
　なお、参考例９および参考例１５は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例１０：反応液の調製
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＨＯ－ｄＡ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（１８２ｍｇ，６０．５μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３５．０ｍｇ，１８２μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１３５ｍｇ，１８２μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（６５．３μＬ，９１０μｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４１．１ｍｇ，２００μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（８８．４ｍｇ，６００μｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４１．８μＬ，５４６μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
参考例１１：反応液の調製
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＨＯ－ｄＡ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（１８２ｍｇ，６０．５μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３５．０ｍｇ，１８２μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１３５ｍｇ，１８２μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にｔ－ブタノール（８７．０μＬ，９１０μｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（４１．１ｍｇ，２００μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（８８．４ｍｇ，６００μｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４１．８μＬ，５４６μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
参考例１２（実施例２１）：反応液の調製
（１）２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（８０．３ｍｇ，６５．０μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（１００ｍｇ，１０５μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３７．４ｍｇ，１９５μｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１４５ｍｇ，１９５μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（６９．６μＬ，９７３μｍｏｌ）を加えた後、ＤＤＴＴ（４４．０ｍｇ，２１４μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（９４．６ｍｇ，６４２μｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（４４．７μＬ，５８４μｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（８４．６μＬ，６４２μｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（９８．３ｍｇ，収率９４％）。
（２）３量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（１）で得られた２量体（９８．３ｍｇ，６１．０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３５．２ｍｇ，１８３μｍｏｌ）とｄＡ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１５７ｍｇ，１８３μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌し、反応液を調製した。
　なお、参考例１２は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例１６（実施例２２）：ホスホロチオエート１０量体（配列番号２：５’－ＧＡＣＡＴＧＣＡＴＴ－３’）の液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，５００μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，６４８μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にメタノール（６０８μＬ，１５．０ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３４０ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（３４５μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（６５４μＬ，４．９５ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７６２ｍｇ，収率９５％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート９量体の合成
　上記（１）と同様の操作をさらに７回繰返して、９量体（Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を得た（２．０３ｇ）。
（３）３’位水酸基がアンカーで保護され、５’位水酸基がＤＭＴｒ基で保護されたホスホロチオエート１０量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（２）の９量体（２．０３ｇ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２２８ｍｇ，１．１９ｍｍｏｌ）とｄＧ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．００ｇ，１．１９ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。ＤＤＴＴ（３３８ｍｇ，１．６４ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過後、乾燥して、１０量体（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を白色固体として得た（２．２８ｇ）。
（４）脱保護
　上記（３）で得られた１０量体（２０ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．００ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、５５℃で１６時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物であるデオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジンを得た。
　ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　６０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝６．６１、６．７５ｍｉｎ（４１．３＋４１．３％）；
　ＴＯＦ／ＭＳ：３４７１．４８９
　なお、参考例１６は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例１７（実施例２３）：ホスホロチオエート１０量体（配列番号２：５’－ＧＡＣＡＴＧＣＡＴＴ－３’）の液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，５００μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，６４８μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にメタノール（６０８μＬ，１５．０ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間撹拌した。その後、別途調製した酢酸（１７２μＬ，３．００ｍｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（５９５μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）の混合物を加え、さらにＤＤＴＴ（３３９ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加えて室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（６８９μＬ，９．００ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（６５４μＬ，４．９５ｍｍｏｌ）を加えて中和し、アセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７６５ｍｇ，収率９５％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート９量体の合成
　上記（１）と同様の操作をさらに７回繰返して、９量体（Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を得た（２．１８ｇ）。
（３）３’位水酸基がアンカーで保護され、５’位水酸基がＤＭＴｒ基で保護されたホスホロチオエート１０量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（２）で得られた９量体（２．１８ｇ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２７２ｍｇ，１．４２ｍｍｏｌ）とｄＧ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１９ｇ，１．４２ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。ＤＤＴＴ（３２０ｍｇ，１．５６ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過後、乾燥して、１０量体（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を白色固体として得た（２．３９ｇ）。
（４）脱保護
　上記（３）で得られた１０量体（２０ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．００ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、５５℃で１６時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物であるデオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジンを得た。
　ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　６０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝７．０６、７．１９ｍｉｎ（４１．１＋４２．３％）；
　ＴＯＦ／ＭＳ：３４７１．４９
　なお、参考例１７は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例１８（実施例２４）：ホスホロチオエート１０量体（配列番号２：５’－ＧＡＣＡＴＧＣＡＴＴ－３’）の液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１７．５ｍｇ，４９９μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，６４８μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（３．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に別途調製した酢酸（８５７μＬ，１５．０ｍｍｏｌ）と脱水ピリジン（１．８２ｍＬ，２２．５ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した後、ＤＤＴＴ（３３８ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（３４５μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（６５３μＬ，４．９４ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７５３ｍｇ，収率９４％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート９量体の合成
　上記（１）と同様の操作をさらに７回繰返して、９量体（Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を得た（１．４１ｇ）。
（３）３’位水酸基がアンカーで保護され、５’位水酸基がＤＭＴｒ基で保護されたホスホロチオエート１０量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（２）で得られた９量体（１．４１ｇ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（１５９ｍｇ，８２９μｍｏｌ）とｄＧ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（６９６ｍｇ，８２９μｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。ＤＤＴＴ（１８７ｍｇ，９１２μｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過後、乾燥して、１０量体（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を白色固体として得た（１．５１ｇ）。
（４）脱保護
　上記（３）で得られた１０量体（２０ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．００ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、５５℃で１６時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物であるデオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジンを得た。
　ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　６０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝７．３２、７．４７ｍｉｎ（４０．３ａｒｅａ％＋３９．７ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：３４７１．４９３
　なお、参考例１８は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例１９（実施例２５）：ホスホロチオエート１０量体（配列番号２：５’－ＧＡＣＡＴＧＣＡＴＴ－３’）の液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，５００μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，６４８μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（１．０９ｍＬ，１５．０ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した。その後、別途調製した酢酸（１７２μＬ，３．００ｍｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（５９５μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）の混合物を加え、さらにＤＤＴＴ（３３９ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（３４５μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（６５３μＬ，４．９４ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７８８ｍｇ，収率９８％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート９量体の合成
　上記（１）と同様の操作をさらに７回繰返して、９量体（Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を得た（１．９７ｇ）。
（３）３’位水酸基がアンカーで保護され、５’位水酸基がＤＭＴｒ基で保護されたホスホロチオエート１０量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（２）の化合物（１．９７ｇ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２２２ｍｇ，１．１６ｍｍｏｌ）とｄＧ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（９７２ｍｇ，１．１６ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。ＤＤＴＴ（２６１ｍｇ，１．２７ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過後、乾燥して、１０量体（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を白色固体として得た（２．２１ｇ）。
（４）脱保護
　上記（３）で得られた１０量体（２０ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．００ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、５５℃で１６時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物であるデオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジンを得た。
　ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　６０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝７．３６、７．４８ｍｉｎ（４８．８ａｒｅａ％＋４４．８ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：３４７１．４９５
　なお、参考例１９は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
参考例２０（実施例２６）：ホスホロチオエート１０量体（配列番号２：５’－ＧＡＣＡＴＧＣＡＴＴ－３’）の液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコにＨＯ－ｄＴ－ＳＵＣ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，５００μｍｏｌ）とＡｃ－ＴＯＢ（６１９ｍｇ，６４８μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２８８ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）とｄＴ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１．１２ｇ，１．５０ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。反応液にｔ－ブタノール（１．４３ｍＬ，１５．０ｍｍｏｌ）の混合物を加え、室温で１５分間撹拌した。その後、別途調製した酢酸（１７３μＬ，３．００ｍｍｏｌ）と２，４，６－トリメチルピリジン（５９４μＬ，４．５０ｍｍｏｌ）の混合物を加え、さらにＤＤＴＴ（３３９ｍｇ，１．６５ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。その後、５－メトキシインドール（１．４７ｇ，１０．０ｍｍｏｌ）とトリフルオロ酢酸（６８９μＬ，８．９９ｍｍｏｌ）を順次加え、室温で１．５時間撹拌した。さらに２，４，６－トリメチルピリジン（１．３１ｍＬ，９．８９ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過した後、乾燥して、２量体（デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（７９８ｍｇ，収率９９％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート９量体の合成
　上記（１）と同様の操作をさらに７回繰返して、９量体（Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を得た（１．９３ｇ）。
（３）３’位水酸基がアンカーで保護され、５’位水酸基がＤＭＴｒ基で保護されたホスホロチオエート１０量体の合成
　アルゴン雰囲気下、３００ｍＬ四口フラスコに上記（２）で得られた９量体（１．９３ｇ）を入れ、脱水ジクロロメタン（２５ｍＬ）に溶解させた。得られた溶液に、脱水アセトニトリル（２．０ｍＬ）に溶かして調製した５－ベンジルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２１８ｍｇ，１．１３ｍｍｏｌ）とｄＧ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（９５０ｍｇ，１．１３ｍｍｏｌ）の混合溶液を加えた後、室温で１．５時間撹拌した。ＤＤＴＴ（２５６ｍｇ，１．２３ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、反応液中にアセトニトリル（１５０ｍＬ）を添加し、析出した固体をキリヤマ漏斗で吸引濾過後、乾燥して、１０量体（５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ２－イソブチリル－デオキシグアノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－（２－ヘキシル）デカノイル－デオキシシチジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ６－ベンゾイル－デオキシアデノシン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン　３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホリル－デオキシチミジン　３’－イル　３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　スクシネート）を白色固体として得た（２．１４ｇ）。
（４）脱保護
　上記（３）で得られた１０量体（２０ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．００ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、５５℃で１６時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物であるデオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシグアニジル－［３’→５’］－デオキシシチジニル－［３’→５’］－デオキシアデニリル－［３’→５’］－デオキシチミジニル－［３’→５’］－デオキシチミジンを得た。
　ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　６０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝６．９５、７．０８ｍｉｎ（４４．３ａｒｅａ％＋４２．７ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：３４７１．４９３
　なお、参考例２０は、上記２量体の合成において工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むため、本発明の一態様である。
実施例２７：ホスホロチオエート２量体（５’－ＴＴ－３’）の合成
（１）５’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート単量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000085
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＨＯ－（ＣＨ２）２－ＳＵＣ－ＴＯＢ（８４．６ｍｇ，８０μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（８４．６ｍｇ，８４．８μｍｏｌ）、およびｄＴ－５’－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１７９ｍｇ，２４０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（４．０ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．４ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３１．２ｍｇ，２４０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に、２，２，２－トリフルオロエタノール（８７．４μＬ，１．２０ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（１５２μＬ，１．２３６ｍｍｏｌ）、ＤＤＴＴ（５１．７ｍｇ，２５２μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。さらに２，３－ジメチルフラン（１２７μＬ，１．２０ｍｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（３６８μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（１８４μＬ，２．４０ｍｍｏｌ）の溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（６６６μＬ，５．０４ｍｍｏｌ）を添加して、中和した後、反応液にアセトニトリル（１７ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、単量体（５’－｛［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］スクシニルオキシ－エチル－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル｝－デオキシチミジン）を白色固体として得た（１０６ｍｇ，収率９２％）。
（２）５’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000086
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブに上記（１）で得られた単量体（８５．９ｍｇ，６０．０μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（６３．４ｍｇ，６３．５μｍｏｌ）、およびｄＴ－５’－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１３４ｍｇ，１８０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．０ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．３ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２３．４ｍｇ，１８０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に、２，２，２－トリフルオロエタノール（６５．６μＬ，９００μｍｏｌ）を加え、室温で３０分撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（１１４μＬ，９２７μｍｏｌ）、ＤＤＴＴ（３８．８ｍｇ，１８９μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。２，３－ジメチルフラン（９４．９μＬ，９００μｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（２７６μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（１３８μＬ，１．８０ｍｍｏｌ）の溶液を反応液に滴下し、室温で１時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（５００μＬ，３．７８ｍｍｏｌ）を加えた後、反応液にアセトニトリル（１３ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、２量体（５’－｛［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］スクシニルオキシ－エチル－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル｝－デオキシチミジン）を白色固体として得た（１０７ｍｇ，収率９９％）。
（３）脱保護
　上記（２）で得られた２量体（３．０１ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．０ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、６５℃で４時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物である５’－［Ｏ－（２－ヒドロキシエチル）］ホスホロチオニル－デオキシチミジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシチミジンを得た。
ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　３０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝１．４９ｍｉｎ（９９．３ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：７０２．０９
実施例２８：縮合後のクエンチ（工程（２））を行わない液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000087
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブに２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート（１０４ｍｇ，８３．３μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（１０５ｍｇ，１０６μｍｏｌ）、およびＣｍ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト（２１６ｍｇ，２５０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（４．２ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．４ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３２．６ｍｇ，２５０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に２，６－ジメチルアニリン（７８．８μＬ，６３９μｍｏｌ）、ＤＤＴＴ（５３．８ｍｇ，２６３μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。２，３－ジメチルフラン（１３２μＬ，１．２５ｍｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（２５５μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（１９１μＬ，２．５０ｍｍｏｌ）の溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。反応液に２，４，６－トリメチルピリジン（４６３μＬ，３．５０ｍｍｏｌ）を加えた後、アセトニトリル（１８ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、２量体（Ｎ４－ベンゾイル－２’－Ｏ－メチル－シチジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（１４０ｍｇ，収率９６％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート３量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000088
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブに上記（１）で得られた２量体（１３０ｍｇ，７４．５μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（９４．５ｍｇ，９４．８μｍｏｌ）、およびＣｍ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１８６ｍｇ，２２４μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（４．２ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．４ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２９．２ｍｇ，２２４μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に２，６－ジメチルアニリン（７８．８μＬ，６３９μｍｏｌ）、ＤＤＴＴ（４８．３ｍｇ，２３５μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。２，３－ジメチルフラン（１１８μＬ，１．１２ｍｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（２５５μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（１７２μＬ，２．２４ｍｍｏｌ）の溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。反応液に２，４，６－トリメチルピリジン（４６３μＬ，３．５０ｍｍｏｌ）を加えた後、アセトニトリル（１８ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、３量体（Ｎ４－ベンゾイル－２’－Ｏ－メチル－シチジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－ベンゾイル－２’－Ｏ－メチル－シチジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル－Ｎ４－ベンゾイル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（１５３ｍｇ，収率９２％）。
（３）脱保護
　上記（２）で得られた３量体（３．０１ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．０ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、６５℃で４時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物である２’－Ｏ－メチル－シチジン－３’－ホスホロチオニル－２’－Ｏ－メチル－シチジン－３’－ホスホロチオニル－２’－Ｏ－メチル－ウリジンを得た。
ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　３０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝１．７２、１．９８ｍｉｎ（４７．９＋５０．６ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：９２８．１１
実施例２９：ホスホロチオエート４量体（５’－ＴＡＧＴ－３’）の液中連続合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000089
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにデオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメート（４９．８ｍｇ，３７．９μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（４９．８ｍｇ，４９．９μｍｏｌ）、およびＧＭＯＥ（ｉＢｕ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１０４ｍｇ，１１４μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（１．９ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．６ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（１４．８ｍｇ，１１４μｍｏｌ）を加えて、室温で１．５時間撹拌した。反応液に、２，２，２－トリフルオロエタノール（４１．４μＬ，５７０μｍｏｌ）を加えて、室温で３０分間撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（７２．２μＬ，５８６μｍｏｌ）およびＤＤＴＴ（２４．５ｍｇ，１１９μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。さらに、２，３－ジメチルフラン（６０．０μＬ，５７０μｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（１７４μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（８７．１μＬ，１．１４ｍｍｏｌ）の溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（３１６μＬ，２．３９ｍｍｏｌ）で中和した後、反応液にアセトニトリル（８．０ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、２量体（Ｎ２－イソブチリル－２’－Ｏ－メトキシエチル－グアノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメート）を白色固体として得た（６９．９ｍｇ，収率９９％）。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート３量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000090
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブに上記（１）で得られた２量体（６３．５ｍｇ，３４．２μｍｏｌ）および３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（４４．９ｍｇ，４５．０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（１．７ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．５ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた後、ＡＭＯＥ（Ｂｚ）－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１１２ｍｇ，１２０μｍｏｌ）と５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（１５．６ｍｇ，１２０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に、２，２，２－トリフルオロエタノール（４３．６μＬ，５９５μｍｏｌ）を加えて、室温で３０分間撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（７５．９μＬ，５７１μｍｏｌ）およびＤＤＴＴ（２５．８ｍｇ，１２６μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。２，３－ジメチルフラン（６３．１μＬ，５９５μｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（１８３μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（９１．７μＬ，１．２０ｍｍｏｌ）の溶液を滴下しながら加えた後、室温で１時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（３３２μＬ，２．５１ｍｍｏｌ）で中和した後、反応液にアセトニトリル（８．０ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、３量体（Ｎ６－ベンゾイル－２’Ｏ－メトキシエチル－アデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　Ｎ２－イソブチリル－２’－Ｏ－メトキシエチル－グアノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメート）を白色固体として得た（６９．９ｍｇ，収率８５％）。
（３）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート４量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000091
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブに上記（２）で得られた３量体（６２．７ｍｇ，２６．０μｍｏｌ）および３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（３４．０ｍｇ，３４．１μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（１．３ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．４ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた後、ＴＭＯＥ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（６３．８ｍｇ，７８．０μｍｏｌ）および５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（１０．１ｍｇ，７８．０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に、２，２，２－トリフルオロエタノール（２８．４μＬ，３９０μｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（４９．４μＬ，４０１μｍｏｌ）およびＤＤＴＴ（１６．８ｍｇ，８２．０μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。２，３－ジメチルフラン（４１．０μＬ，３９０μｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（１１９μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（５９．６μＬ，７８０μｍｏｌ）の溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。２，４，６－トリメチルピリジン（２１６μＬ，１．６４ｍｍｏｌ）、水（２μＬ）を加え、室温で１時間撹拌した後、反応液にアセトニトリル（６ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、４量体（２’－Ｏ－メトキシエチル－チミジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　Ｎ６－ベンゾイル－２’－Ｏ－メトキシエチル－アデノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　Ｎ２－イソブチリル－２’－Ｏ－メトキシエチル－グアノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　デオキシチミジン－３’－イル－Ｎ－［２，３，４－トリス（オクタデシルオキシ）ベンズヒドリル］スクシナメート）を白色固体として得た（５８．９ｍｇ，収率７９．２％）。
（４）脱保護
　上記（３）で得られた４量体（３．１０ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．０ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、６５℃で４時間加熱した後、氷浴にて冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物である２’－Ｏ－メトキシエチル－チミジン－３’－ホスホロチオニル－２’－Ｏ－メトキシエチル－アデノシン－３’－ホスホロチオニル－２’－Ｏ－メトキシエチル－グアノシン－３’－ホスホロチオニル－デオキシチミジンを得た。
ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　３０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝４．４２，４．４９ｍｉｎ（３１．０＋６６．７ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：１４５８．３０
実施例３０：核酸塩基部がアンカーで保護された原料を用いた３量体の合成
（１）核酸塩基部がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000092
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＮ４－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］スクシニル－３’－Ｏ－（１，１－ジメチルエチル）ジメチルシリル－デオキシシチジン（１００ｍｇ，８０．０μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（１００ｍｇ，１００μｍｏｌ）、および２’Ｆ－Ｕ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１８０ｍｇ，２４０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（４．０ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．４ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３１．２ｍｇ，２４０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した後、反応液に２，２，２－トリフルオロエタノール（８７．４μＬ，１．２０ｍｍｏｌ）を加えて、室温で３０分間撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（１５２μＬ，１．２４ｍｍｏｌ）、ＤＤＴＴ（５１．７ｍｇ，２５２μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。さらに２，３－ジメチルフラン（１２７μＬ，１．２０ｍｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（３６８μＬ）中に溶解したトリフルオロ酢酸（１８４μＬ，２．４０ｍｍｏｌ）および２，６－ジメチルアニリン（３．０μＬ，２０μｍｏｌ）の混合溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。反応液に２，４，６－トリメチルピリジン（６６６μＬ，５．０４ｍｍｏｌ）を加えた後、アセトニトリル（１７ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、２量体（２’－フルオロ－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　Ｎ４－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］スクシニル－３’－Ｏ－（１，１－ジメチルエチル）ジメチルシリル－デオキシシチジン）を白色固体として得た（１２７ｍｇ，収率９８％）。
（２）核酸塩基部がアンカーで保護されたホスホロチオエート３量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000093
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブに上記（１）で得られた２量体（１１４ｍｇ，７０．０μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（８７．５ｍｇ，８７．７μｍｏｌ）および２’Ｆ－Ｇ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１８０ｍｇ，２１０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（３．５ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．３ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２７．３ｍｇ，２１０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に、２，２，２－トリフルオロエタノール（７６．５μＬ，１．０５ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（１３３μＬ，１．０８ｍｍｏｌ）、ＤＤＴＴ（４５．３ｍｇ，２２０μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。さらに２，３－ジメチルフラン（１１１μＬ，１．０５ｍｍｏｌ）を加え、脱水ジクロロメタン（３２１μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（１６１μＬ，２．１０ｍｍｏｌ）および２，６－ジメチルアニリン（２．６μＬ，２０μｍｏｌ）の混合溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。反応液に２，４，６－トリメチルピリジン（５８３μＬ，４．４１ｍｍｏｌ）を加えた後、アセトニトリル（１５ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、３量体（Ｎ２－イソブチリル－２’－フルオロ－グアノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　２’－フルオロ－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　Ｎ４－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］スクシニル－３’－Ｏ－（１，１－ジメチルエチル）ジメチルシリル－デオキシシチジン）を白色固体として得た（１３９ｍｇ，収率９４％）。
（３）３’位水酸基のシリル保護基の除去
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000094
　１０ｍＬシュレンクチューブに上記（２）で得られた２量体（１１０ｍｇ，５０．０μｍｏｌ）および３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（６２．５ｍｇ，６２．６μｍｏｌ）を入れ、ジクロロメタン（２．０ｍＬ）およびテトラヒドロフラン（４．０ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、トリエチルアミントリヒドロフルオリド（１９６μＬ，１．２０ｍｍｏｌ）およびピリジン（１９３μＬ，２．４０ｍｍｏｌ）を加えて、室温で１６時間撹拌した。反応液にアセトニトリル（２０ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、３量体（Ｎ２－イソブチリル－２’－フルオロ－グアノシン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　２’－フルオロ－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　Ｎ４－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシ］スクシニル－デオキシシチジン）を白色固体として得た（１００ｍｇ，収率９６％）。
（４）脱保護
　上記（３）でで得られた３量体（３．１２ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．０ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、６５℃で４時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物である２’－フルオロ－グアノシン－３’－ホスホロチオニル－２’－フルオロ－ウリジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシシチジンを得た。
ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　３０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝１．１５、１．４０ｍｉｎ（１１．２＋８５．１ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：９１４．１１
実施例３１：ホスホロチオエート３量体の合成
（１）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート２量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000095
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブにＮ６－［１－（ジメチルアミノ）エチリデン］－デオキシアデノシン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート（１０５ｍｇ，８０．０μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（１０５ｍｇ，１０６μｍｏｌ）、およびＵ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１８３ｍｇ，２４０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（４．０ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．４ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（３１．２ｍｇ，２４０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に、２，２，２－トリフルオロエタノール（８７．４μＬ，１．２０ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（１５２μＬ，１．２４ｍｏｌ）およびＤＤＴＴ（５１．７ｍｇ，２５２μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。さらに２，３－ジメチルフラン（１２７μＬ，１．２０ｍｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（３６８μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（１８４μＬ，２．４０ｍｍｏｌ）の溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。反応液に２，４，６－トリメチルピリジン（６６６μＬ，５．０４ｍｍｏｌ）を加えた後、アセトニトリル（１７ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、２量体（２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　Ｎ６－［１－（ジメチルアミノ）エチリデン］－デオキシアデノシン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として定量的に得た。
（２）３’位水酸基がアンカーで保護されたホスホロチオエート３量体の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000096
　アルゴン雰囲気下、１０ｍＬシュレンクチューブに上記（１）で得られた化合物（１１９ｍｇ，７０．０μｍｏｌ）、３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル　２，２－ジメチルプロパノエート（９２．２ｍｇ，９２．４μｍｏｌ）およびＮ４－ベンゾイル－５－Ｍｅ－ｄＣ－ＣＥ　ホスホロアミダイト（１７８ｍｇ，２１０μｍｏｌ）を入れ、脱水ジクロロメタン（４．０ｍＬ）および脱水アセトニトリル（０．４ｍＬ）の混合溶媒に溶解させた。得られた溶液に、５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（２７．３ｍｇ，２１０μｍｏｌ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液に、２，２，２－トリフルオロエタノール（７６．５μＬ，１．０５ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分撹拌した後、２，６－ジメチルアニリン（１３３μＬ，１．０８ｍｏｌ）およびＤＤＴＴ（４５．３ｍｇ，２２１μｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。さらに２，３－ジメチルフラン（１１１μＬ，１．０５ｍｍｏｌ）を加えた後、脱水ジクロロメタン（３２２μＬ）に溶解したトリフルオロ酢酸（１６１μＬ，２．１０ｍｍｏｌ）の溶液を滴下しながら加え、室温で１時間撹拌した。反応液に２，４，６－トリメチルピリジン（５８３μＬ，４．４１ｍｍｏｌ）を加えた後、アセトニトリル（１７ｍＬ）を添加し、析出した固体を濾過し、乾燥して、３量体（Ｎ４－ベンゾイル－５－メチル－デオキシシチジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－［Ｏ－（２－シアノエチル）］ホスホロチオニル　Ｎ６－［１－（ジメチルアミノ）エチリデン］－デオキシアデノシン－３’－イル－［３，４，５－トリス（オクタデシルオキシ）ベンジル］スクシネート）を白色固体として得た（１３１ｍｇ，収率８５％）。
（３）脱保護
　上記（２）で得られた３量体（３．０２ｍｇ）と３０重量％アンモニア水（５．０ｍＬ）の混合物をオートクレーブに入れて、６５℃で４時間加熱した後、室温まで冷却した。シリンジフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ　２５ｍｍ　ＧＤ／Ｘ　ＰＶＤＦ　０．４５μｍ）により反応液中の不溶物を除去した後、凍結乾燥し、目的物である５－メチル－デオキシシチジン－３’－ホスホロチオニル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン－３’－ホスホロチオニル－デオキシアデノシンを得た。
ＨＰＬＣ（ＷＡＴＥＲＳ　ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　Ｃ１８　２．５μｍ　４．６×７５ｍｍ　ｃｏｌｕｍｎ、ｆｌｏｗ　ｒａｔｅ　１．０ｍＬ／ｍｉｎ、８ｍＭ　ＴＥＡ＋１００ｍＭ　ＨＦＩＰ、ＭｅＯＨ、ｇｒａｄｉｅｎｔ：０－１０ｍｉｎ；５　ｔｏ　３０％、λ＝２６０ｎｍ）：Ｒｔ＝１．９２、２．２３ｍｉｎ（１４．８＋７５．６ａｒｅａ％）；ＴＯＦ／ＭＳ：　９０６．１７
　本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法によれば、縮合を効率的に行うことができる。本発明の製造方法によって得られたオリゴヌクレオチドは、人体用または動物用の医薬品（ＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴ核酸医薬等）、機能性食品、特定保健用食品、食品、化成品、生体用や工業用の高分子材料等の各種用途に使用することができる。
　本願は、日本で出願された特願２０１５－２４５５６４号を基礎としており、その内容は本願明細書に全て包含される。

Claims (52)

  1. 　以下の工程（１）、（３）、（４）および（６）を含むオリゴヌクレオチドの製造方法：
    　（１）非極性溶媒中、
    　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基、３’位水酸基および３’位アミノ基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基および３’位アミノ基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、或いは
    　５’位水酸基が保護されておらず、３’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）
    を含む反応液に、
    　３’位水酸基または３’位アミノ基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
    を添加して、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）とヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）とを縮合させ、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたホスファイトトリエステル体（ｃ）を含む反応液を得る工程；
    　（３）ホスファイトトリエステル体（ｃ）を含む反応液に酸化剤または硫化剤を添加して、ホスファイトトリエステル体（ｃ）を酸化または硫化し、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（ｄ）を含む反応液を得る工程；
    　（４）酸化または硫化後の反応液に酸を添加して５’位水酸基の一時保護基を除去し、５’位水酸基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液を得る工程；および
    　（６）オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ）を固液分離または抽出により精製する工程。
  2. 　工程（１）で、
    　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および３’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、或いは
    　５’位水酸基が保護されておらず、３’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α）、並びに
    　３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
    を使用する請求項１に記載の製造方法。
  3. 　工程（１）で、
    　５’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および３’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の３’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ａ）、並びに
    　３’位水酸基がホスホロアミダイト化され、５’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ）
    を使用する請求項１に記載の製造方法。
  4. 　工程（１）の後および工程（３）の前に、さらに以下の工程（２）を含む請求項１～３のいずれか一項に記載の製造方法：
    　（２）縮合後の反応液にクエンチ剤を添加する工程。
  5. 　工程（２）で使用するクエンチ剤が、アルコール類、フェノール類およびアミン類から選ばれる少なくとも一つである請求項４に記載の製造方法。
  6. 　工程（１）の後および工程（４）の前の反応液に、カルボン酸および有機塩基の混合物、無機酸またはアミン類を添加し、工程（３）において、硫化剤として５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオンを反応液に添加する請求項１～５のいずれか一項に記載の製造方法。
  7. 　有機塩基が有する塩基性窒素原子の量が、カルボン酸が有するカルボキシ基１モルに対して１～２モルである請求項６に記載の製造方法。
  8. 　工程（３）で使用する硫化剤が、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィド、テトラエチルチウラムジスルフィド、ジペンタメチレンチウラムテトラスルフィド、フェニル－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－オン、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオンおよび硫黄から選ばれる少なくとも一つである請求項１～５のいずれか一項に記載の製造方法。
  9. 　工程（３）で使用する酸化剤が、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルホニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、２－ブタノンペルオキシド、１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシドおよびｍ－クロロ過安息香酸から選ばれる少なくとも一つである請求項１～５のいずれか一項に記載の製造方法。
  10. 　一時保護基が、ジメトキシトリチル基またはモノメトキシトリチル基である請求項１～９のいずれか一項に記載の製造方法。
  11. 　非極性溶媒が、ハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒および脂肪族系溶媒から選ばれる少なくとも一つである請求項１～１０のいずれか一項に記載の製造方法。
  12. 　工程（４）で使用する酸が、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、塩酸、酢酸およびｐ－トルエンスルホン酸から選ばれる少なくとも一つである請求項１～１１のいずれか一項に記載の製造方法。
  13. 　酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基が、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基を有するか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を有する請求項１～１２のいずれか一項に記載の製造方法。
  14. 　工程（６）が、オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ）を固液分離により精製する工程である請求項１～１３のいずれか一項に記載の製造方法。
  15. 　工程（６）で使用する極性溶媒が、ニトリル系溶媒である請求項１～１４のいずれか一項に記載の製造方法。
  16. 　工程（４）の後および工程（６）の前に、さらに以下の工程（５）を含む請求項１～１５のいずれか一項に記載の製造方法：
    　（５）オリゴヌクレオチド（ｅ）を含む反応液に塩基を添加して中和する工程。
  17. 　工程（５）で使用する塩基が、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－クロロベンズイミダゾール、２－ブロモベンズイミダゾール、２－メチルイミダゾール、２－フェニルベンズイミダゾール、Ｎ－フェニルベンズイミダゾールおよび５－ニトロベンズイミダゾールから選ばれる少なくとも一つである請求項１６に記載の製造方法。
  18. 　工程（６）の後に、さらに以下の工程（７）を含む請求項１～１７のいずれか一項に記載の製造方法：
    　（７）得られたオリゴヌクレオチドの保護基を全て除去した後、保護されていないオリゴヌクレオチドを単離する工程。
  19. 　工程（４）の一時保護基の除去反応をカチオン捕捉剤の存在下で行うか、または一時保護基の除去反応後に反応液にカチオン捕捉剤を添加する請求項１～１８のいずれか一項に記載の製造方法。
  20. 　カチオン捕捉剤が、ピロール、２－メチルピロール、３－メチルピロール、２，３－ジメチルピロール、２，４－ジメチルピロール、インドール、３－メチルインドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドール、２－メチルフラン、２，３－ジメチルフラン、２－メチル－３－（メチルチオ）フラン、およびメントフランから選ばれる少なくとも一つである請求項１９に記載の製造方法。
  21. 　以下の工程（１’）、（３’）、（４’）および（６’）を含むオリゴヌクレオチドの製造方法：
    　（１’）非極性溶媒中、
    　３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、或いは
    　３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）
    を含む反応液に、
    　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
    を添加して、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）或いは置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）とヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）とを縮合させ、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたホスファイトトリエステル体（ｃ’）を含む反応液を得る工程；
    　（３’）ホスファイトトリエステル体（ｃ’）を含む反応液に酸化剤または硫化剤を添加して、ホスファイトトリエステル体（ｃ’）を酸化または硫化し、３’位水酸基または３’位アミノ基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（ｄ’）を含む反応液を得る工程；
    　（４’）酸化または硫化後の反応液に酸を添加して３’位水酸基または３’位アミノ基の一時保護基を除去し、３’位水酸基または３’位アミノ基が保護されていないオリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液を得る工程；および
    　（６’）オリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ’）を固液分離または抽出により精製する工程。
  22. 　工程（１’）で、
    　３’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、或いは
    　３’位水酸基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）、並びに
    　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
    を使用する請求項２１に記載の製造方法。
  23. 　工程（１’）で、
    　３’位水酸基が保護されておらず、５’位リン酸基の一つの水酸基が－ＯＬｎ１－ＯＨ（式中、Ｌｎ１は有機基を示す。）に置き換わっており、－ＯＬｎ１－ＯＨの水酸基が酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい置換ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（α’）、並びに
    　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基および核酸合成に用いられる保護基から選ばれる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
    を使用する請求項２１に記載の製造方法。
  24. 　工程（１’）で、
    　３’位水酸基が保護されておらず、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の２’位水酸基および５’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の５’位水酸基から選ばれる少なくとも一つの基が、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ａ’）、並びに
    　５’位水酸基がホスホロアミダイト化され、３’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド（ｂ’）
    を使用する請求項２１に記載の製造方法。
  25. 　工程（１’）の後および工程（３’）の前に、さらに以下の工程（２’）を含む請求項２１～２４のいずれか一項に記載の製造方法：
    　（２’）縮合後の反応液にクエンチ剤を添加する工程。
  26. 　工程（２’）で使用するクエンチ剤が、アルコール類、フェノール類およびアミン類から選ばれる少なくとも一つである請求項２５に記載の製造方法。
  27. 　工程（１’）の後および工程（４’）の前の反応液に、カルボン酸および有機塩基の混合物、無機酸またはアミン類を添加し、工程（３’）において、硫化剤として５－［（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノメチリデン）アミノ］－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオンを反応液に添加する請求項２１～２６のいずれか一項に記載の製造方法。
  28. 　有機塩基が有する塩基性窒素原子の量が、カルボン酸が有するカルボキシ基１モルに対して１～２モルである請求項２７に記載の製造方法。
  29. 　工程（３’）で使用する硫化剤が、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン－１，１－ジオキシド、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン、フェニルアセチルジスルフィド、テトラエチルチウラムジスルフィド、ジペンタメチレンチウラムテトラスルフィド、フェニル－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－オン、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオンおよび硫黄から選ばれる少なくとも一つである請求項２１～２６のいずれか一項に記載の製造方法。
  30. 　工程（３’）で使用する酸化剤が、ヨウ素、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファニルスルホニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド、２－ブタノンペルオキシド、１，１－ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシドおよびｍ－クロロ過安息香酸から選ばれる少なくとも一つである請求項２１～２６のいずれか一項に記載の製造方法。
  31. 　水酸基の一時保護基が、ジメトキシトリチル基またはモノメトキシトリチル基である請求項２１～３０のいずれか一項に記載の製造方法。
  32. 　非極性溶媒が、ハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒および脂肪族系溶媒から選ばれる少なくとも一つである請求項２１～３１のいずれか一項に記載の製造方法。
  33. 　工程（４’）で使用する酸が、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、塩酸、酢酸およびｐ－トルエンスルホン酸から選ばれる少なくとも一つである請求項２１～３２のいずれか一項に記載の製造方法。
  34. 　酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な保護基が、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基を有するか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を有する請求項２１～３３のいずれか一項に記載の製造方法。
  35. 　工程（６’）が、オリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液に極性溶媒を添加し、オリゴヌクレオチド（ｅ’）を固液分離により精製する工程である請求項２１～３４のいずれか一項に記載の製造方法。
  36. 　工程（６’）で使用する極性溶媒が、ニトリル系溶媒である請求項２１～３５のいずれか一項に記載の製造方法。
  37. 　工程（４’）の後および工程（６’）の前に、さらに以下の工程（５’）を含む請求項２１～３６のいずれか一項に記載の製造方法：
    　（５’）オリゴヌクレオチド（ｅ’）を含む反応液に塩基を添加して中和する工程。
  38. 　工程（５’）で使用する塩基が、ピリジン、２，４，６－トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４－トリアゾール、Ｎ－フェニルイミダゾール、２－アミノ－４，６－ジメチルピリミジン、１，１０－フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、２－クロロベンズイミダゾール、２－ブロモベンズイミダゾール、２－メチルイミダゾール、２－フェニルベンズイミダゾール、Ｎ－フェニルベンズイミダゾールおよび５－ニトロベンズイミダゾールから選ばれる少なくとも一つである請求項３７に記載の製造方法。
  39. 　工程（６’）の後に、さらに以下の工程（７’）を含む請求項２１～３８のいずれか一項に記載の製造方法：
    　（７’）得られたオリゴヌクレオチドの保護基を全て除去した後、保護されていないオリゴヌクレオチドを単離する工程。
  40. 　工程（４’）の一時保護基の除去反応をカチオン捕捉剤の存在下で行うか、または一時保護基の除去反応後に反応液にカチオン捕捉剤を添加する請求項２１～３９のいずれか一項に記載の製造方法。
  41. 　カチオン捕捉剤が、ピロール、２－メチルピロール、３－メチルピロール、２，３－ジメチルピロール、２，４－ジメチルピロール、インドール、３－メチルインドール、４－メチルインドール、５－メチルインドール、６－メチルインドール、７－メチルインドール、５，６－ジメチルインドール、６，７－ジメチルインドール、２－メチルフラン、２，３－ジメチルフラン、２－メチル－３－（メチルチオ）フラン、およびメントフランから選ばれる少なくとも一つである請求項４０に記載の製造方法。
  42. 　式（ａ－ＩＩ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
    ［式中、
    　ｍは、０以上の整数を示し；
    　ｍ個のＢａｓｅは、それぞれ独立して、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
    　ｍ＋１個のＸは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、保護されていてもよい水酸基、または２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基を示し；
    　ｍ個のＲ１０は、それぞれ独立して、酸素原子または硫黄原子を示し；
    　ｍ個のＲｐ１は、それぞれ独立して、リン酸基の保護基を示し；
    　Ｌは、単結合、または式（ａ１）若しくは（ａ１’）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
    （式中、
    　＊は、Ｙとの結合位置を示し；
    　＊＊は、酸素原子との結合位置を示し；
    　Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、Ｃ１－２２炭化水素基を示し；
    　Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；
    　Ｌ２は、単結合を示すか、または***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子若しくはＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、環を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で表される基を示し；
    　Ｙは、単結合、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し；および
    　Ｚは、式（ａ２）、式（ａ２’）または式（ａ２”）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
    ［式中、
    　＊は、結合位置を示し；
    　Ｒ６は、水素原子であるか、あるいはＲｂが、下記式（ａ３）で表される基である場合には、環Ａまたは環ＢのＲ６は、Ｒ８と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；
    　ｋは、１～４の整数を示し；
    　ｋ個のＱは、それぞれ独立して、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－を示し；
    　ｋ個のＲ７は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
    　環Ａおよび環Ｂは、それぞれ独立して、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく；
    　Ｒａは、水素原子を示し；および
    　Ｒｂは、水素原子、または式（ａ３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004
    （式中、
    　＊は、結合位置を示し；
    　ｊは、０～４の整数を示し；
    　ｊ個のＱは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
    　ｊ個のＲ９は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
    　Ｒ８は、水素原子を示すか、または環Ａまたは環ＢのＲ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；および
    　環Ｃは、ｊ個のＱＲ９に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。）で表される基を示すか、或いは
    　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成する。］で表される基を示す。
    　Ｒ１１は、メチル基を示し、Ｒ１２およびＲ１３は、それぞれ独立にＣ１－５アルキル基を示すか、またはＲ１１およびＲ１２が一緒になって、それらが結合する炭素原子および窒素原子と共に５員または６員の含窒素炭化水素環を形成していてもよい。］
    で表されるヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
  43. 　Ｒｐ１が、－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧ（式中、ＷＧは、電子吸引性基を示す。）で表される基である請求項４２に記載のヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
  44. 　Ｒ１１がメチル基であり、Ｒ１２およびＲ１３が、それぞれ独立にＣ１－５アルキル基である請求項４２または４３に記載のヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
  45. 　ｍが０である請求項４２～４４のいずれか一項に記載のヌクレオシド。
  46. 　式（ａ－ＩＶ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
    ［式中、
    　ｍは、０以上の整数を示し；
    　ｍ＋１個のＢａｓｅは、それぞれ独立して、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
    　ｍ＋１個のＸは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、保護されていてもよい水酸基、または２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基を示し；
    　ｍ個のＲ１０は、それぞれ独立して、酸素原子または硫黄原子を示し；
    　ｍ個のＲｐ１は、それぞれ独立して、リン酸基の保護基を示し；
    　Ｌは、単結合、または式（ａ１）若しくは（ａ１’）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
    （式中、
    　＊は、Ｙとの結合位置を示し；
    　＊＊は、酸素結合との結合位置を示し；
    　Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、Ｃ１－２２炭化水素基を示し；
    　Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；
    　Ｌ２は、単結合を示すか、または***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子若しくはＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、環を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で表される基を示し；
    　Ｙは、単結合、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し；および
    　Ｚ’は、式（ａ２”）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
    ［式中、
    　＊は、結合位置を示し；
    　Ｒ６は、水素原子であるか、あるいはＲｂが、下記式（ａ３）で表される基である場合には、Ｒ８と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；
    　ｋは、１～４の整数を示し；
    　ｋ個のＱは、それぞれ独立して、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－を示し；
    　ｋ個のＲ７は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
    　環Ｂは、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく；
    　Ｒａは、水素原子を示し；および
    　Ｒｂは、水素原子、または式（ａ３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008
    （式中、
    　＊は、結合位置を示し；
    　ｊは、０～４の整数を示し；
    　ｊ個のＱは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
    　ｊ個のＲ９は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
    　Ｒ８は、水素原子を示すか、またはＲ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；および
    　環Ｃは、ｊ個のＱＲ９に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。）で表される基を示すか、或いは
    　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成する。］で表される基を示す。］
    で表されるヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
  47. 　Ｒｐ１が、－ＣＨ２ＣＨ２ＷＧ（式中、ＷＧは、電子吸引性基を示す。）で表される基である請求項４６に記載のヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド。
  48. 　ｍが０である請求項４６または４７に記載のヌクレオシド。
  49. 　式（Ｉ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
    ［式中、
    　ｍは、０以上の整数を示し；
    　ｍ＋１個のＢａｓｅは、それぞれ独立して、保護されていてもよい核酸塩基を示し；
    　ｍ＋１個のＸは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、保護されていてもよい水酸基、または２位炭素原子および４位炭素原子と結合する２価の有機基を示し；
    　ｍ個のＲ１０は、それぞれ独立して、酸素原子または硫黄原子を示し；
    　ｍ個のＲｐ１は、それぞれ独立して、リン酸基の保護基を示し；
    　Ｒｎ１およびＲｎ２の一つが水素原子を示し、残りの一つが式（ＩＩ）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
    ｛式中、
    　＊は、結合位置を示し；
    　Ｒ１０は、酸素原子または硫黄原子を示し；
    　Ｒｐ１は、リン酸基の保護基を示し；
    　Ｌｎ１は有機基を示し；
    　Ｌは、単結合、または式（ａ１）若しくは（ａ１’）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
    （式中、
    　＊は、Ｙとの結合位置を示し；
    　＊＊は、酸素原子との結合位置を示し；
    　Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、Ｃ１－２２炭化水素基を示し；
    　Ｌ１は、置換されていてもよい２価のＣ１－２２炭化水素基を示し；
    　Ｌ２は、単結合を示すか、または***Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ３）－Ｒ４－Ｎ（Ｒ５）****（式中、***は、Ｌ１との結合位置を示し、****は、Ｃ＝Ｏとの結合位置を示し、Ｒ４は、Ｃ１－２２アルキレン基を示し、Ｒ３およびＲ５は、それぞれ独立して、水素原子若しくはＣ１－２２アルキル基を示すか、またはＲ３およびＲ５が一緒になって、環を形成していてもよい。）で表される基を示す。）で表される基を示し；
    　Ｙは、単結合、酸素原子、またはＮＲ（Ｒは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。）を示し；および
    　Ｚは、式（ａ２）、式（ａ２’）または式（ａ２”）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
    ［式中、
    　＊は、結合位置を示し；
    　Ｒ６は、水素原子であるか、あるいはＲｂが、下記式（ａ３）で表される基である場合には、環Ａまたは環ＢのＲ６は、Ｒ８と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；
    　ｋは、１～４の整数を示し；
    　ｋ個のＱは、それぞれ独立して、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－または－ＮＨＣ（＝Ｏ）－を示し；
    　ｋ個のＲ７は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
    　環Ａおよび環Ｂは、それぞれ独立して、ｋ個のＱＲ７に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく；
    　Ｒａは、水素原子を示し；および
    　Ｒｂは、水素原子、または式（ａ３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
    （式中、
    　＊は、結合位置を示し；
    　ｊは、０～４の整数を示し；
    　ｊ個のＱは、それぞれ独立して、前記と同義であり；
    　ｊ個のＲ９は、それぞれ独立して、炭素数１０以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示すか、または分岐鎖を１以上有する脂肪族炭化水素基を少なくとも一つ有し、且つ総炭素数が１４以上３００以下である有機基を示し；
    　Ｒ８は、水素原子を示すか、または環Ａまたは環ＢのＲ６と一緒になって単結合または－Ｏ－を示して、環Ａまたは環Ｂおよび環Ｃと共に縮合環を形成していてもよく；および
    　環Ｃは、ｊ個のＱＲ９に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいＣ１－６アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。）で表される基を示すか、或いは
    　ＲａおよびＲｂが、一緒になってオキソ基を形成する。］で表される基を示す。｝で表される基を示す。］
    で表されるヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
  50. 　Ｒｎ１が式（ＩＩ）で表される基であり、Ｒｎ２が水素原子である請求項４９に記載のヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
  51. 　Ｌｎ１がエチレン基である請求項４９または５０に記載のヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
  52. 　ｍが０である請求項４９～５１のいずれか一項に記載のヌクレオチド。
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