WO2014077292A1 - 核酸の液相合成方法 - Google Patents

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満 野々川
敏明 長田
齋藤 英樹
常雄 安間
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武田薬品工業株式会社
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Definitions

  • the present invention relates to a method for liquid phase synthesis of nucleic acids. More particularly, the present invention provides that the base portion of the nucleoside is (i) an aromatic hydrocarbon ring carbonyl group having at least one hydrophobic group or (ii) an aromatic hydrocarbon ring having at least one hydrophobic group.
  • the present invention relates to a novel nucleoside monomer compound substituted with a thiocarbonyl group, and a method for producing a nucleic acid oligomer that can avoid column chromatographic purification for each reaction and can be efficiently synthesized in large quantities using the nucleoside monomer compound as a synthesis unit.
  • the present invention also relates to a method for producing the nucleic acid oligomer in a liquid phase. [Background of the invention]
  • nucleic acid oligomers such as DNA probes, siRNA, antisense DNA, and antisense RNA have been actively used. Yes.
  • a solid phase synthesis method using a phosphoramidite method is mainly known.
  • Patent Document 1 discloses a nucleoside compound into which polyethylene glycol (PEG), which is a hydrophilic polymer having a molecular weight distribution in the base part of a nucleoside, is introduced, as a terminal starting material or a building block. It has been proposed to synthesize nucleic acid oligomers by facilitating the separation and purification of intermediate products.
  • PEG polyethylene glycol
  • Non-Patent Document 1 synthesizes nucleotide dimers or trimers in which adenine, which is the base part of a nucleoside, is substituted with an unsubstituted benzoyl group by repeating reaction in a liquid phase and column chromatography purification, and these are synthesized. There has been proposed a method for producing a nucleic acid oligomer by performing column chromatographic purification after binding by the loamidite method.
  • Non-Patent Document 2 uses a phosphotriester method in a liquid phase using a nucleoside in which thymine, which is a base moiety of a nucleoside, is substituted with a p-methoxybenzoyl group (p-toluyl group).
  • p-toluyl group p-methoxybenzoyl group
  • Patent Document 2 a compound having a property of changing from a liquid phase state to a solid phase state due to a change in solution composition or solution temperature after an organic synthesis reaction is used as an organic synthesis reagent. It has been proposed to perform the separation step easily.
  • an organic synthesis reagent a compound having a hydrophobic holding group on an aromatic ring, for example, benzylamine substituted with two docosyloxy groups, which is an alkoxy group having 22 carbon atoms, is described. The use for peptide synthesis has been proposed.
  • the production method mainly used in the production of nucleic acid oligomers is a solid phase synthesis method.
  • the solid-phase synthesis method can easily achieve the production of nucleic acid oligomers, but due to the reaction on the resin, the reaction field is limited, requires a dedicated synthesizer, and it is difficult to increase the scale. is there.
  • synthesis in a liquid phase that can use a general-purpose reactor is effective, but it is necessary for synthesis of nucleic acid oligomers such as siRNA and antisense nucleic acids.
  • the problem of the present invention is that it is easy to remove unreacted reagents and activators for each reaction, and can avoid complicated steps such as column chromatography purification, both in the 3 ′ direction and in the 5 ′ direction. It is an object of the present invention to provide a novel nucleoside monomer compound capable of base extension and enabling the synthesis of a nucleic acid oligomer utilizing a building block, a method for producing a nucleic acid oligomer using the same, and the like.
  • the base portion of the nucleoside is (i) an aromatic hydrocarbon ring carbonyl group having at least one hydrophobic group or (ii) at least one.
  • the use of the novel nucleoside monomer compound makes it possible to extend the base in both the 3 'direction and the 5' direction. Furthermore, the inventors have found that a large amount of nucleic acid oligomers can be efficiently synthesized by synthesizing nucleic acid oligomers in a liquid phase, and as a result of further research based on such knowledge, the present invention has been completed.
  • X and R 1 each independently represent a hydrogen atom or a protecting group for a hydroxy group
  • Y represents an optionally protected hydroxy group, a hydrogen atom, an optionally substituted C 1-6 alkoxy group, or a halogen atom
  • Base represents thymine, adenine, guanine, cytosine, uracil, or a modified form thereof
  • Z represents an oxygen atom or a sulfur atom
  • Ar ring represents an aromatic hydrocarbon ring which may be further substituted with a substituent selected from the following substituent group B
  • R 2 represents a substituent selected from the following substituent group A
  • R 3 independently represents a substituent selected from the following substituent group B
  • n represents an integer of 1 to 4.
  • Substituent group A (I) an optionally substituted C 10-30 alkoxy group, (Ii) an optionally substituted C 10-30 alkyl group, (Iii) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfanyl group, (Iv) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfinyl group, (V) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfonyl group, (Vi) an optionally substituted C 10-30 alkylsiloxy group, and (vii) an optionally substituted C 10-30 alkylsilyl group.
  • Substituent group B (I) an optionally substituted C 1-30 alkoxy group, (Ii) a halogen atom, (Iii) an optionally substituted C 1-30 alkyl group, (Iv) a nitro group, (V) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfanyl group, (Vi) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfinyl group, (Vii) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfonyl group, (Viii) an optionally substituted C 1-30 alkylsiloxy group, (Ix) an optionally substituted C 1-30 alkylsilyl group, (X) a cyano group, (Xi) an optionally substituted amino group, (Xii) an optionally substituted C 1-32 alkoxy-carbonyl group, and (xiii) an optionally substituted C 1-32 alkyl-carbonyl group.
  • Substituent group A (I) an optionally substituted C 10-30 alkoxy group, (Ii) an optionally substituted C 10-30 alkyl group, (Iii) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfanyl group, (Iv) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfinyl group, (V) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfonyl group, (Vi) an optionally substituted C 10-30 alkylsiloxy group, and (vii) an optionally substituted C 10-30 alkylsilyl group.
  • Substituent group B (I) an optionally substituted C 1-30 alkoxy group, (Ii) a halogen atom, (Iii) an optionally substituted C 1-30 alkyl group, (Iv) a nitro group, (V) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfanyl group, (Vi) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfinyl group, (Vii) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfonyl group, (Viii) an optionally substituted C 1-30 alkylsiloxy group, (Ix) an optionally substituted C 1-30 alkylsilyl group, (X) a cyano group, (Xi) an optionally substituted amino group, (Xii) an optionally substituted C 1-32 alkoxy-carbonyl group, and (xiii) an optionally substituted C 1-32 alkyl-carbonyl group.
  • Step (b0) A process for producing a compound represented by the formula: Step (b0): A step of producing a compound represented by the above formula (II) or a salt thereof using the compound represented by the above formula (IV ′) or a salt thereof;
  • Step (a1) In the presence of a coupling reagent used in nucleic acid synthesis, Formula (III) below: [Where: X 1 represents a protecting group for a hydroxy group, Pr 1 independently represents a protected hydroxy group, Pr 2a represents a substituted amino group, Base W is independently thymine, adenine, guanine, cytosine, uracil or a modified form thereof, or the following formula: [Where: Z independently represents an oxygen atom or a sulfur atom, Ar ring independently represents an aromatic hydrocarbon ring which may be further substituted with a substituent selected from the following substituent group B; R 2 independently represents a substituent selected from the following substituent group A; R 3 independently represents a substituent selected from the following substituent group B, n represents an integer of 1 to 4, Base has the same meaning as above.
  • Substituent group A (I) an optionally substituted C 10-30 alkoxy group, (Ii) an optionally substituted C 10-30 alkyl group, (Iii) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfanyl group, (Iv) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfinyl group, (V) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfonyl group, (Vi) an optionally substituted C 10-30 alkylsiloxy group, and (vii) an optionally substituted C 10-30 alkylsilyl group.
  • Substituent group B (I) an optionally substituted C 1-30 alkoxy group, (Ii) a halogen atom, (Iii) an optionally substituted C 1-30 alkyl group, (Iv) a nitro group, (V) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfanyl group, (Vi) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfinyl group, (Vii) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfonyl group, (Viii) an optionally substituted C 1-30 alkylsiloxy group, (Ix) an optionally substituted C 1-30 alkylsilyl group, (X) a cyano group, (Xi) an optionally substituted amino group, (Xii) an optionally substituted C 1-32 alkoxy-carbonyl group, and (xiii) an optionally substituted C 1-32 alkyl-carbonyl group.
  • Y represents an optionally protected hydroxy group, a hydrogen atom, an optionally substituted C 1-6 alkoxy group, or a halogen atom; Q and r are as defined above.
  • Q and r are as defined above.
  • Substituent group A (I) an optionally substituted C 10-30 alkoxy group, (Ii) an optionally substituted C 10-30 alkyl group, (Iii) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfanyl group, (Iv) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfinyl group, (V) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfonyl group, (Vi) an optionally substituted C 10-30 alkylsiloxy group, and (vii) an optionally substituted C 10-30 alkylsilyl group.
  • Substituent group B (I) an optionally substituted C 1-30 alkoxy group, (Ii) a halogen atom, (Iii) an optionally substituted C 1-30 alkyl group, (Iv) a nitro group, (V) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfanyl group, (Vi) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfinyl group, (Vii) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfonyl group, (Viii) an optionally substituted C 1-30 alkylsiloxy group, (Ix) an optionally substituted C 1-30 alkylsilyl group, (X) a cyano group, (Xi) an optionally substituted amino group, (Xii) an optionally substituted C 1-32 alkoxy-carbonyl group, and (xiii) an optionally substituted C 1-32 alkyl-carbonyl group.
  • Y represents an optionally protected hydroxy group, a hydrogen atom, an optionally substituted C 1-6 alkoxy group, or a halogen atom.
  • Step (a3) A method for producing a compound represented by the formula: Step (a3): In the presence of a coupling reagent used in nucleic acid synthesis, the following formula (VIII): [Where: X + represents a cation, X 1 represents a protecting group for a hydroxy group, Q independently represents an oxygen atom or a sulfur atom, Pr 4 represents (i) a hydrogen atom when Q is an oxygen atom, a protected hydroxy group or a protected thiol group, and (ii) a protected hydroxy group when Q is a sulfur atom, Base W is independently thymine, adenine, guanine, cytosine, uracil or a modified form thereof, or the following formula: [Where: Z independently represents an oxygen atom or a sulfur atom, Ar ring independently represents an aromatic hydrocarbon ring which may be further substituted with a substituent selected from the following substituent group B; R 2 independently represents a substituent selected from the following substituent group A; R 3 independently
  • Substituent group A (I) an optionally substituted C 10-30 alkoxy group, (Ii) an optionally substituted C 10-30 alkyl group, (Iii) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfanyl group, (Iv) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfinyl group, (V) an optionally substituted C 10-30 alkylsulfonyl group, (Vi) an optionally substituted C 10-30 alkylsiloxy group, and (vii) an optionally substituted C 10-30 alkylsilyl group.
  • Substituent group B (I) an optionally substituted C 1-30 alkoxy group, (Ii) a halogen atom, (Iii) an optionally substituted C 1-30 alkyl group, (Iv) a nitro group, (V) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfanyl group, (Vi) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfinyl group, (Vii) an optionally substituted C 1-30 alkylsulfonyl group, (Viii) an optionally substituted C 1-30 alkylsiloxy group, (Ix) an optionally substituted C 1-30 alkylsilyl group, (X) a cyano group, (Xi) an optionally substituted amino group, (Xii) an optionally substituted C 1-32 alkoxy-carbonyl group, and (xiii) an optionally substituted C 1-32 alkyl-carbonyl group.
  • Y represents an optionally protected hydroxy group, a hydrogen atom, an optionally substituted C 1-6 alkoxy group, or a halogen atom.
  • a salt thereof and the following formula (IX): [Wherein, Pr 3 represents a protecting group for a hydroxy group, and other symbols have the same meaning as described above. ] Is reacted with a compound represented by the following formula (X): [Wherein each symbol has the same meaning as described above.
  • Step (b3) A process for producing a compound represented by the formula: Step (b3): The compound represented by the formula (X) produced in the step (a3) or a salt thereof is subjected to an oxidation reaction or a sulfuration reaction to give the following formula (XI): [Where: Q 1 represents an oxygen atom or a sulfur atom, Pr 5 represents an optionally protected hydroxy group or a protected thiol group when Q is an oxygen atom, and (ii) represents a protected hydroxy group when Q is a sulfur atom.
  • Step (c3) a step of subjecting the compound represented by the formula (XI) produced by the step (b3) or a salt thereof to a deprotection reaction; It is about.
  • the base part of the nucleoside is (i) an aromatic hydrocarbon ring carbonyl group having at least one hydrophobic group or (ii) an aromatic hydrocarbon ring thiocarbonyl group having at least one hydrophobic group, etc.
  • a nucleic acid oligomer is produced by using a substituted novel nucleoside compound as a synthesis unit. By using the present invention, column chromatography purification for each reaction can be avoided. Further, by using the present invention, base extension can be performed in both the 3 'direction and the 5' direction. By using the present invention, nucleic acid oligomers can be efficiently synthesized in large quantities by a liquid phase synthesis method. The present invention can be applied to the production of nucleic acid oligomers such as siRNA, antisense nucleic acids and vaccine adjuvants, and is extremely useful in fields such as genome drug discovery and gene diagnosis / treatment.
  • novel Nucleoside monomer compound of the present invention has the following formula (I): It is represented by In the nucleoside monomer compound, the base part (Base) of the nucleoside is (i) an aromatic hydrocarbon ring having at least one hydrophobic group (represented by Ar in formula (I)) a carbonyl group or (ii) An aromatic hydrocarbon ring having at least one hydrophobic group (represented by Ar in formula (I)) is substituted with a thiocarbonyl group.
  • X and R 1 each independently represent a hydrogen atom or a protecting group for a hydroxy group.
  • the protecting group for the hydroxy group any protecting group can be used as long as it is usually used as a protecting group for the hydroxy group of a nucleic acid.
  • protecting groups include trimethylsilyl (TMS), triethylsilyl, isopropyldimethylsilyl, t-butyldimethylsilyl (TBDMS), (triphenylmethyl) dimethylsilyl, t-butyldiphenylsilyl, methyldiisopropylsilyl, methyldi -Silyl type protecting groups such as t-butylsilyl, tribenzylsilyl, tri-p-xylylsilyl, triisopropylsilyl, triphenylsilyl; trityl type such as trityl, 4-methoxytrityl, 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) Protecting group; tetrahydropyranyl, 3-bromotetrahydropyranyl, tetrahydrothiopyranyl, 4-methoxytetrahydropyranyl, 4-methoxytetrahydrothiopyr
  • X is preferably a protecting group for a hydroxy group, more preferably a trityl-type protecting group, and particularly preferably a DMTr group.
  • R 1 is preferably a hydrogen atom or an aliphatic acyl-type protecting group, more preferably a hydrogen atom or a levulinyl group, and particularly preferably a levulinyl group.
  • Y represents an optionally protected hydroxy group, a hydrogen atom, an optionally substituted C 1-6 alkoxy group, or a halogen atom.
  • the hydroxy group of the hydroxy group which may be protected in Y may be protected with the protective group of the hydroxy group.
  • the C 1-6 alkoxy group a C 1-6 alkoxy group which may be substituted in Y, methoxy group, and ethoxy group or propoxy group.
  • the C 1-6 alkoxy group may be substituted with 1 to 3 substituents.
  • substituents include a halogen atom such as fluorine, chlorine, bromine or iodine; substituted with 1 to 3 substituents selected from a halogen atom, a C 1-6 alkoxy group or a cyano group.
  • C 6-10 aryloxy group eg, phenyloxy or naphthyloxy
  • biphenyloxy substituted with 1 to 3 substituents selected from a halogen atom, a C 1-6 alkoxy group or a cyano group Or a di-C 1-6 alkylamino group which may be substituted (for example, dimethylamino, diethylamino or isobutylamino); or a cyano group.
  • halogen atom for Y examples include fluorine, chlorine, bromine and iodine.
  • Y represents a protected hydroxy group (preferably a hydroxy group protected with a trityl-type protecting group or a hydroxy group protected with a silyl-type protecting group), a hydrogen atom or a C 1-6 alkoxy group (preferably a methoxy group). Group), preferably a protected hydroxy group (preferably a hydroxy group protected with a trityl-type protecting group or a hydroxy group protected with a silyl-type protecting group) or a hydrogen atom, more particularly protected with TBDMS A hydroxy group is particularly preferred.
  • Base refers to the base portion of the nucleoside and indicates thymine, adenine, guanine, cytosine, uracil, or a modified form thereof.
  • the modified product means a product in which the amino group of the base moiety is protected with an amino-protecting group.
  • any protecting group can be used as long as it is normally used as the amino-protecting group of the base portion of the nucleic acid. Examples of such an amino-protecting group include aliphatic acyl groups (eg, acetyl, propionyl, n-butyryl, isobutyryl) which may be substituted with 1 to 3 halogen atoms or C 1-6 alkoxy groups.
  • An aromatic acyl group optionally substituted with 1 to 3 halogen atoms, a C 1-6 alkyl group or a C 1-6 alkoxy group (for example, benzoyl, 4-methylbenzoyl or 4-methoxybenzoyl); A C 7-12 aralkyl acyl group (eg, phenylacetyl); a C 6-10 aryloxy-acyl group (eg, phenoxyacetyl, 4-t-butylphenoxyacetyl or 4) optionally substituted with a C 1-6 alkyl group; -Isopropylphenoxyacetyl): Ethyl with electron withdrawing group that can be removed by ⁇ -elimination Group (e.g., 2-cyanoethyl, 2- (p-nitrophenyl) ethyl or 2- (benzenesulfonyl) ethyl); di-C 1-6 alkylamino methylene group (e.g., dimethylamin
  • thymine, adenine, guanine, cytosine or uracil is preferable, thymine, cytosine or uracil is more preferable, and thymine or uracil is further preferable.
  • Z represents an oxygen atom or a sulfur atom.
  • Z is preferably an oxygen atom.
  • the Ar ring represents an aromatic hydrocarbon ring which may be further substituted with a substituent selected from the substituent group B in addition to R 2 and R 3 .
  • the aromatic hydrocarbon ring include a ring corresponding to a C 6-10 aryl group such as phenyl and naphthyl (that is, C 6-10 arene).
  • Substituent group B is (I) an optionally substituted C 1-30 alkoxy group.
  • a C 1-30 alkyl group optionally substituted by eg methyl, ethyl, n- or iso-propyl, n-, iso-, sec-, or t-butyl, pentyl, hexyl, heptyl, octyl, nonyl Decyl, undecyl, dodecyl, tridecyl, tetradecyl, pentadecyl, hexadecyl, heptadecyl, octadecyl, nonadecyl, icosyl or triacontyl); (Iv) a nitro group; (V) an optionally
  • a C 1-30 alkylsulfanyl group optionally substituted by for example, methylsulfanyl, ethylsulfanyl, n- or iso-propylsulfanyl, n-, iso-, sec-, or t-butylsulfanyl, pentylsulfanyl, hexyl
  • Sulfanyl for example, methylsulfanyl, ethylsulfanyl, n- or iso-propylsulfanyl, n-, iso-, sec-, or t-butylsulfanyl, pentylsulfanyl, hexyl
  • an amino group optionally mono- or di-substituted with a C 1-30 alkyl group; (Xii) an optionally substituted C 1-32 alkoxy-carbonyl group.
  • a C 1-32 alkoxy-carbonyl group optionally substituted by (for example, methyloxycarbonyl, ethyloxycarbonyl, n- or iso-propyloxycarbonyl, n-, iso-, sec-, or t-butyloxycarbonyl) Pentyloxycarbonyl, hexyloxycarbonyl, heptyloxycarbonyl, octyloxycarbonyl, nonyloxycarbonyl, decyloxycarbon
  • a C 1-32 alkyl-carbonyl group optionally substituted by for example, methylcarbonyl, ethylcarbonyl, n- or iso-propylcarbonyl, n-, iso-, sec-, or t-butylcarbonyl, pentylcarbonyl, Hexylcarbonyl, heptylcarbonyl, octylcarbonyl, nonylcarbonyl, decylcarbonyl, uncylylcarbonyl, dodecylcarbonyl, tridecylcarbonyl, tetradecylcarbonyl, pentadecylcarbonyl, hexadecylcarbonyl
  • the Ar ring is preferably a C 6-10 aromatic hydrocarbon ring (arene) which may be further substituted with a substituent selected from the substituent group B, more preferably a C 6-10 arene, and particularly benzene.
  • a ring is particularly preferred.
  • R 2 represents a substituent selected from the substituent group A.
  • the substituent group A is (I) an optionally substituted C 10-30 alkoxy group; Preferably, 1 to 3 substituents selected from a C 1-6 alkoxy group, a C 6-10 aryl group, a C 6-10 aryloxy group, a halogen atom, a diC 1-6 alkylamino group; a cyano group and the like
  • a C 10-30 alkoxy group optionally substituted by (for example, decyloxy, undecyloxy, dodecyloxy, tridecyloxy, tetradecyloxy, pentadecyloxy, hexadecyloxy, heptadecyloxy, octadecyloxy, nonadecyloxy, Icosyloxy, heicosyloxy, docosyloxy or triacontyloxy); (Ii) an optionally substituted C 10-30 alkyl
  • a C 10-30 alkylsilyl group optionally substituted with for example, dimethyldecylsilyl, dimethylundecylsilyl, dimethyldodecylsilyl, dimethyltridecylsilyl, dimethyltetradecylsilyl, dimethylpentadecylsilyl, dimethylhexadecylsilyl, Dimethylheptadecylsilyl, dimethyloctadecylsilyl, dimethylnonadecylsilyl, dimethylicosylsilyl, dimethylhenicosylsilyl, dimethyldocosylsilyl, dimethyltriacontylsilyl
  • R 2 is preferably an optionally substituted C 10-30 alkoxy group, more preferably a docosyloxy group, an icosyloxy group, an octadecyloxy group, a hexadecyloxy group or a tetradecyloxy group, more preferably an octadecyloxy group or a tetradecyloxy group.
  • a decyloxy group is more preferable.
  • R 3 independently represents a substituent selected from the substituent group B described above.
  • R 3 is preferably a halogen atom or an optionally substituted C 1-30 alkoxy group, more preferably a halogen atom, a docosyloxy group, an icosyloxy group, an octadecyloxy group, a hexadecyloxy group, or a tetradecyloxy group.
  • a fluorine atom, an octadecyloxy group or a tetradecyloxy group is more preferable.
  • R 3 includes an optionally substituted C 10-30 alkoxy group (preferably docosyloxy group, icosyloxy group, octadecyloxy group, hexadecyloxy group or tetradecyloxy group).
  • n represents an integer of 1 to 4. n is preferably an integer of 1 to 3, more preferably 1 or 2.
  • X is a protecting group for a hydroxy group (preferably a trityl-type protecting group (particularly a DMTr group));
  • R 1 is a hydrogen atom or an aliphatic acyl-type protecting group (preferably a levulinyl group);
  • Y is an optionally protected hydroxy group (preferably a hydroxy group protected with a trityl-type protecting group or a hydroxy group protected with a silyl-type protecting group (more preferably a hydroxy group protected with TBDMS))
  • Base is thymine, adenine, guanine, cytosine, or uracil (preferably thymine, cytosine or uracil);
  • Z is an oxygen atom;
  • the Ar ring is a C 6-10 arene (preferably a benzen
  • the compound represented by the formula (I) of the present invention may be in the form of a salt thereof.
  • salts include sulfate, nitrate, perchlorate, phosphate, carbonate, bicarbonate, hydrofluoride, hydrochloride, hydrobromide, and hydroiodide.
  • Inorganic acid salts such as acetate, oxalate, maleate, tartrate, fumarate, citrate, etc .; methane sulfonate, trifluoromethane sulfonate, ethane sulfonate, Organic sulfonates such as benzenesulfonate, toluenesulfonate and camphorsulfonate; amino acid salts such as aspartate and glutamate; quaternary amine salts; alkali metal salts such as sodium salts and potassium salts; magnesium salts And alkaline earth metal salts such as calcium salts.
  • the raw material or production intermediate may be a salt.
  • salts include those exemplified as the salts of the compound represented by the formula (I) of the present invention.
  • a protective group which is generally used may be introduced into these groups.
  • the target compound can be obtained by removing the protecting group as necessary after the reaction.
  • amino-protecting group examples include a formyl group, a C 1-6 alkyl-carbonyl group (eg, acetyl, ethylcarbonyl etc.) each optionally having a substituent, a phenylcarbonyl group, C 1-6.
  • Alkyloxy-carbonyl groups eg, methoxycarbonyl, ethoxycarbonyl, tert-butoxycarbonyl (Boc), etc.
  • allyloxycarbonyl (Alloc) groups phenyloxycarbonyl groups, fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) groups, C 7- 10 alkyl-carbonyl groups (eg, benzylcarbonyl, etc.), C 7-10 aralkyl-oxycarbonyl groups (eg, benzyloxycarbonyl (Z), etc.), C 7-10 aralkyl groups (eg, benzyl, etc.), 2- ( Trimethylsilyl) ethoxymethyl (SEM) group, trityl group, fluorine Royle group, N, N-dimethylaminomethylene group, etc.
  • SEM Trimethylsilyl
  • substituents include a phenyl group, a halogen atom (eg, fluorine atom, chlorine atom, bromine atom, iodine atom), C 1-6 alkyl-carbonyl group (eg, methylcarbonyl, ethylcarbonyl, butylcarbonyl, etc.) , A nitro group or the like is used, and the number of substituents is about 1 to 3.
  • a phenyl group e.g, a halogen atom (eg, fluorine atom, chlorine atom, bromine atom, iodine atom), C 1-6 alkyl-carbonyl group (eg, methylcarbonyl, ethylcarbonyl, butylcarbonyl, etc.) , A nitro group or the like is used, and the number of substituents is about 1 to 3.
  • Examples of the protecting group for the carboxyl group include, for example, C 1-6 alkyl groups (eg, methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, tert-butyl, etc.) each optionally having a substituent, An allyl group, benzyl group, phenyl group, trityl group, trialkylsilyl group and the like are used.
  • C 1-6 alkyl groups eg, methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, tert-butyl, etc.
  • An allyl group, benzyl group, phenyl group, trityl group, trialkylsilyl group and the like are used.
  • substituents include halogen atoms (eg, fluorine atom, chlorine atom, bromine atom, iodine atom), formyl group, C 1-6 alkyl-carbonyl group (eg, acetyl, ethylcarbonyl, butylcarbonyl, etc.), A nitro group or the like is used, and the number of substituents is about 1 to 3.
  • halogen atoms eg, fluorine atom, chlorine atom, bromine atom, iodine atom
  • formyl group eg, C 1-6 alkyl-carbonyl group (eg, acetyl, ethylcarbonyl, butylcarbonyl, etc.), A nitro group or the like is used, and the number of substituents is about 1 to 3.
  • hydroxyl-protecting group examples include a C 1-6 alkyl group (eg, methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, tert-butyl, etc.), which may have a substituent, respectively, C 7-10 aralkyl group (eg, benzyl, etc.), formyl group, C 1-6 alkyl-carbonyl group (eg, acetyl, ethylcarbonyl, etc.), benzoyl group, C 7-10 aralkyl-carbonyl group (eg, benzylcarbonyl, etc.) ), Tetrahydropyranyl group, furanyl group, silyl group and the like.
  • C 1-6 alkyl group eg, methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, tert-butyl, etc.
  • C 7-10 aralkyl group e
  • substituents include a halogen atom (eg, fluorine atom, chlorine atom, bromine atom, iodine atom, etc.), C 1-6 alkyl group (eg, methyl, ethyl, n-propyl etc.), phenyl group, C 7 A -10 aralkyl group (eg, benzyl etc.), a C 1-6 alkoxy group (eg methoxy, ethoxy, n-propoxy etc.), a nitro group, etc. are used, and the number of substituents is about 1 to 4.
  • halogen atom eg, fluorine atom, chlorine atom, bromine atom, iodine atom, etc.
  • C 1-6 alkyl group eg, methyl, ethyl, n-propyl etc.
  • phenyl group eg, C 7 A -10 aralkyl group (eg, benzyl etc.)
  • the novel nucleoside monomer compound of the present invention includes, for example, the following formula (a): [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ] And a compound represented by the following formula (b): [Wherein, G represents a leaving group, and other symbols have the same meanings as described above. ] It can manufacture by making the compound represented by these react.
  • the leaving group represented by G includes a halogen atom; a C 1-6 acyloxy group such as acetyloxy, propionyloxy, butyryloxy; an optionally halogenated C 1- 6 alkylsulfonyloxy group; C 6-10 arylsulfonyloxy group such as phenylsulfonyloxy; azolyl group and the like.
  • the compound of the formula (a) can be produced from a known or commercially available nucleoside compound by a reaction known per se.
  • the compound of the formula (b) can also be produced by a method known per se (for example, a method in which a compound in which G is OH in the formula (b) is subjected to a halogenation reaction).
  • the reaction of the compound of formula (a) with the compound of formula (b) is, for example, pyridine, N, N-dimethylformamide, 1,3-dimethyl-2-imidazolidinone, acetone, methylene chloride, chloroform, dioxane, acetonitrile. , Benzene, toluene, diethyl ether, tetrahydrofuran, t-butyl methyl ether, etc., in a solvent that does not inhibit the reaction, the reaction can be carried out at 0 ° C. to 100 ° C. for 5 minutes to 72 hours.
  • This reaction is carried out by, for example, organic bases such as triethylamine, tributylamine, N, N′-diisopropylethylamine, 1,8-diazabicyclo [5.4.0] -7-undecene; sodium hydroxide, potassium hydroxide, hydrogen carbonate Inorganic bases such as sodium, sodium carbonate, cesium carbonate and cesium fluoride; organometallic compounds such as n-butyllithium, lithium diisopropylamide and (diethylamino) lithium; in the presence of reaction accelerators such as chlorotrimethylsilane and chlorotriethylsilane Can also be done.
  • organic bases such as triethylamine, tributylamine, N, N′-diisopropylethylamine, 1,8-diazabicyclo [5.4.0] -7-undecene
  • sodium hydroxide, potassium hydroxide hydrogen carbonate
  • Inorganic bases such as sodium, sodium carbon
  • the compound represented by the formula (I) or a salt thereof includes a compound labeled with an isotope (eg, 3 H, 14 C, 35 S, 125 I etc.) or a salt thereof.
  • deuterium converter which converts the 1 H 2 to H (D) is also encompassed compounds of formula (I) or a salt thereof.
  • the compound represented by the formula (I) or a salt thereof includes a solvate (eg, hydrate etc.) or a solvate (eg, non-hydrate etc.). .
  • the compound represented by the formula (I) or a salt thereof can be used for a coupling reaction with a nucleic acid monomer or a nucleic acid oligomer.
  • a coupling reaction with a nucleic acid monomer or a nucleic acid oligomer.
  • the compound represented by the formula (I) or a salt thereof it becomes possible to easily purify the product while avoiding column chromatography purification for each reaction in the above reaction. Further, by avoiding column chromatography purification for each reaction, the purified product can be recovered with an excellent yield. Further, by using the compound represented by the formula (I) or a salt thereof, it becomes possible to extend the base both in the 3 'direction and in the 5' direction.
  • nucleic acid oligomers can be efficiently synthesized in large quantities by a liquid phase synthesis method using a compound represented by the formula (I) or a salt thereof.
  • a compound represented by the formula (I) or a salt thereof In the coupling reaction, one or more compounds represented by the formula (I) or salts thereof may be used, and the number is not limited.
  • a compound in which one of R 2 and R 3 is a sulfanyl group, a sulfinyl group, a sulfonyl group, a siloxy group, or a silyl group is produced in the same manner as the compound represented by the formula (I). It can be used for a coupling reaction with a nucleic acid monomer or nucleic acid oligomer.
  • Nucleic acid oligomers can be produced using the novel nucleoside monomer compounds of the present invention.
  • Examples of such a nucleic acid oligomer include the following formula (II): [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ] Or a salt thereof.
  • Y 1 independently represents a hydrogen atom, a hydroxy group, an optionally substituted C 1-6 alkoxy group, or a halogen atom in each structural unit.
  • Y 1 as the C 1-6 alkoxy group a C 1-6 alkoxy group which may be substituted, include those exemplified as the Y.
  • Y 1 is preferably a hydrogen atom or a hydroxy group.
  • Q is preferably an oxygen atom or a sulfur atom.
  • r and r ′ are each an integer of 0 to 100, preferably an integer of 0 to 3.
  • the compound represented by the formula (II) or a salt thereof can be produced by the following steps (a0) and (b0).
  • Step (a0) The following formula (I): [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ] Or a salt thereof represented by the following formula (IV ′): [Wherein each symbol is as defined above. ] Or a salt thereof.
  • Pr 4 independently represents (i) when Q is an oxygen atom, it represents a hydrogen atom, a protected hydroxy group or a protected thiol group, and (ii) Q is a sulfur atom. Represents a protected hydroxy group.
  • examples of the protective group in the protected hydroxy group represented by Pr 4 or the protected thiol group include methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, isobutyl, s-butyl, and t-butyl.
  • C 1-6 alkyl groups such as pentyl and isopentyl; cyanated C 1-6 alkyl groups such as 2-cyanoethyl and 2-cyano-1,1-dimethylethyl; ethyl groups substituted with substituted silyl groups (eg, 2-methyldiphenylsilylethyl, 2-trimethylsilylethyl, 2-triphenylsilylethyl); 2,2,2-trichloroethyl, 2,2,2-tribromoethyl, 2,2,2-trifluoroethyl, etc.
  • substituted silyl groups eg, 2-methyldiphenylsilylethyl, 2-trimethylsilylethyl, 2-triphenylsilylethyl
  • Halogenated C 1-6 alkyl group ethenyl, 1-propenyl, 2-propenyl, 1-methyl-2-propenyl, 1-methyl
  • a C 2-6 alkenyl group such as til-1-propenyl
  • a C 3-6 cycloalkyl group such as cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl
  • 1 to 3 selected from a C 1-6 alkyl group, a halogen atom and a nitro group substituents, with unsubstituted or optionally cyanated optionally C 1-6 alkenyl group (e.g., 2-Shianobusociu); benzyl, alpha-naphthylmethyl, C 7-11 aralkyl group such as ⁇ - naphthylmethyl; C 1- A C 6-10 aryl group (eg, phenyl, indenyl, naphthyl) optionally substituted with 1 to 3 substituent
  • Pr 4 includes a hydroxy group protected with a cyanated C 1-6 alkyl group (in particular, 2-cyanoethyl is preferable).
  • a cyanated C 1-6 alkyl group in particular, 2-cyanoethyl is preferable.
  • Q is an oxygen atom and Pr 4 represents a hydrogen atom, a protected hydroxy group or a protected thiol group (in particular, a hydroxy group protected with 2-cyanoethyl) Is preferred).
  • Base W is independently thymine, adenine, guanine, cytosine, uracil or a modified form thereof, or the following formula: [Wherein each symbol is as defined above. ] Or a salt thereof.
  • a modified body what was illustrated as said Base is mentioned.
  • the novel nucleoside monomer compound of the present invention is used as a starting material, and these monomer compounds are coupled to each other by a phosphoramidite method, a method using a dihalophosphine derivative, an H-phosphonate method, or the like.
  • a phosphoramidite method a method using a dihalophosphine derivative, an H-phosphonate method, or the like.
  • the same coupling is repeated, or oligomers such as a dimer and a trimer are coupled with each other as necessary.
  • the couplings are appropriately combined and repeated, and then the oxidation reaction or sulfuration reaction is performed.
  • the nucleoside moiety at the 5 ′ end is removed by a deprotection reaction.
  • a compound represented by the formula (IV ′) or a salt thereof can be produced by converting to a 5-OH form. These production methods will be described in detail later by taking the phosphoramidite method, the method using a dihalophosphine derivative, the H-phosphonate method and the like as examples.
  • Step (b0) In the step (b0), the compound represented by the formula (IV ′) obtained in the step (a0) or a salt thereof, the novel nucleoside monomer compound of the present invention, or a dimer or trimer thereof. Oligomer is coupled by phosphoramidite method, dihalophosphine derivative method, H-phosphonate method, etc., and subjected to oxidation reaction or sulfuration reaction as necessary. When necessary, an oxidation reaction or a sulfuration reaction is performed, and finally, the following nucleoside base moiety of each nucleoside in the obtained nucleic acid oligomer is substituted: [Wherein each symbol is as defined above.
  • the protecting group of the moiety represented by formula (1) or the base moiety is removed, and if necessary, the protected hydroxy group of each nucleoside is converted to a free form by a deprotection reaction. Or a salt thereof can be produced.
  • X 1 represents a protecting group for a hydroxy group.
  • the protecting group for the hydroxy group include the same protecting groups as the hydroxy group for X and R 1 described above.
  • X 1 is preferably a trityl-type protecting group, and DMTr is particularly preferable.
  • Pr 1 represents a protected hydroxy group independently in each constituent unit. Examples of the protecting group for hydroxy group include the protecting group for hydroxy group in Pr 4 .
  • Pr 1 is preferably a hydroxy group protected with a cyanated C 1-6 alkyl group, and more preferably a hydroxy group protected with 2-cyanoethyl.
  • Pr 2a represents a substituted amino group. The amino group may be mono- or di-substituted with a substituent.
  • Examples of such a substituent include C 1-6 alkyl groups such as methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, t-butyl, pentyl, hexyl and the like.
  • Preferred examples of Pr 2a include dimethylamino, diethylamino, dipropylamino, diisopropylamino and dibutylamino (among others, diisopropylamino is preferred).
  • the substituted amino group represented by Pr 2a also includes cyclic amino groups such as morpholinyl and pyrrolidinyl.
  • Pr 3 represents a hydroxy-protecting group, and examples of the hydroxy-protecting group include the hydroxy-protecting groups in X and R 1 .
  • an aliphatic acyl-type protecting group is preferable, and a levulinyl group is particularly preferable.
  • the compound represented by the formula (III) or a salt thereof is represented by the following formula (d): [Wherein, X 1 , Pr 1 , Q, Base W , Y and r have the same meaning as described above. ] And a compound represented by the following formula (e): [Wherein J represents a leaving group, and Pr 1 and Pr 2a have the same meaning as described above. ] It can be obtained by reacting the compound represented by the formula or a salt thereof.
  • the leaving group represented by J include an amino group (eg, diisopropylamino) optionally substituted with a C 1-6 alkyl group in addition to the leaving group exemplified as G above.
  • the reaction of the compound represented by the formula (d) or a salt thereof and the compound represented by the formula (e) or a salt thereof is, for example, N, N-dimethylformamide, acetone, methylene chloride, chloroform, dioxane, acetonitrile,
  • the reaction is carried out in a solvent that does not inhibit the reaction, such as benzene, toluene, tetrahydrofuran, tert-butyl methyl ether, and the like at 0 ° C. to 100 ° C. for 5 minutes to 72 hours.
  • This reaction is carried out, for example, with an organic base such as 2,6-lutidine, collidine, pyridine, triethylamine, tributylamine, 1,8-diazabicyclo [5.4.0] -7-undecene; sodium hydroxide, potassium hydroxide,
  • an organic base such as 2,6-lutidine, collidine, pyridine, triethylamine, tributylamine, 1,8-diazabicyclo [5.4.0] -7-undecene
  • sodium hydroxide potassium hydroxide
  • the reaction can also be performed in the presence of an inorganic base such as cesium carbonate and cesium fluoride; an organic metal base such as n-butyllithium, lithium diisopropylamide, and (diethylamino) lithium; and a reaction accelerator such as 1-methylimidazole.
  • the novel nucleoside monomer compound of the present invention in which X is a hydrogen atom may be used as it is.
  • a compound of the formula (IV) in which r ′ is 1 or a salt thereof includes a novel nucleoside monomer compound of the present invention in which X is a hydrogen atom, a compound of the formula (III) in which r is 0, or a salt thereof: It is obtained by subjecting it to the step (a1) described below.
  • the compound of formula (IV) or a salt thereof wherein r 'is 2 or more can also be produced by repeating the step (a1).
  • Examples of the “coupling reagent used in nucleic acid synthesis” used in the step (a1) include coupling reagents usually used in the phosphoramidite method, such as 1H-tetrazole, diisopropylammonium tetrazole, 5 -(Ethylthio) -1H-tetrazole, 5-benzoylmercapto-1H-tetrazole, 4,5-dicyanoimidazole, 4,5-dichloroimidazole, hydroxybenztriazole, 1-hydroxy-6-nitrobenzolorazole, imidazolinium Triflates can be used.
  • coupling reagents usually used in the phosphoramidite method such as 1H-tetrazole, diisopropylammonium tetrazole, 5 -(Ethylthio) -1H-tetrazole, 5-benzoylmercapto-1H-tetrazole, 4,5-dicyanoimidazo
  • a compound of formula (III) or a salt thereof and a compound of formula (IV) or a salt thereof are converted into an alkyl nitrile such as acetonitrile, propionitrile, butyronitrile; methylene chloride, dichloromethane, 1 Halogenated alkanes such as 1,1-dichloroethane, 1,2-dichloroethane, trichloroethane; ethers such as tetrahydrofuran, dioxane, dimethoxyethane; dimethylformamide; -70 ° C. to 80 ° C.
  • an alkyl nitrile such as acetonitrile, propionitrile, butyronitrile
  • methylene chloride dichloromethane
  • Halogenated alkanes such as 1,1-dichloroethane, 1,2-dichloroethane, trichloroethane
  • ethers such as tetrahydrofuran, di
  • the coupling reaction can be carried out by reacting at 50 to 50 ° C. for 10 minutes to 24 hours. In the present invention, this coupling reaction can be performed in a liquid phase.
  • a phosphoramidite group introduced into the 3′-OH of the 3′-terminal nucleoside moiety of the compound of formula (III) or a salt thereof by a coupling reaction and the 5 ′ end of the compound of formula (IV) or a salt thereof Reaction with 5′-OH of the nucleoside moiety can give a compound of formula (V) or a salt thereof.
  • the compound of the formula (V) or a salt thereof has a structural portion having a hydrophobic group represented by the above formula (c) in the molecule, the compound is converted into a solvent after the reaction in the liquid phase. Separation can be performed without performing column chromatography purification using solubility or the like. For example, the solvent can be concentrated after the reaction and separated by suction filtration.
  • step (b1) of the step (b1) the compound of the formula (V) obtained in the step (a1) or a salt thereof is subjected to an oxidation reaction or a sulfuration reaction to give the following formula (VI) : [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ] Or a salt thereof.
  • an oxidation reaction usually used for nucleic acid synthesis can be employed.
  • the oxidation reaction include, for example, simple halogens such as chlorine, bromine and iodine (among others iodine is preferable); t-butyl hydroperoxide, bis (trimethylsilyl) peroxide, 1,1-dihydroperoxycyclododecane No.), peroxides such as m-chloroperbenzoic acid; hydrogen peroxide solution, 10- (camphorsulfonyl) oxaziridine (M. Manaoharan. Y. Lu et al., Org.
  • a sulfurization reaction usually used for the synthesis of a modified nucleic acid having a phosphorothioate bond can be employed.
  • the sulfurization reaction include sulfur pyridine suspension, sulfur 2,6-lutidine suspension, sulfur collidine suspension, sulfur carbon disulfide solution, tetraethylthiuram disulfide (TETD) (H. Vu et al., Tetrahedron Lett., 32, 3005-3008 (1991), Beaugue reagent (RP ⁇ ⁇ Lyer et al., J. Am. Chem.
  • the compound of formula (VI) having a pentavalent phosphate triester bond or a salt thereof is obtained by an oxidation reaction or a sulfuration reaction. If a partially unreacted compound of the formula (IV) or a 5′-OH form of the salt thereof remains in the step (a1) after the oxidation reaction or the sulfuration reaction, it can be obtained as necessary.
  • the resulting solution may be subjected to a capping reaction.
  • the capping reaction can be carried out by an ordinary method using an acetic anhydride / 4-dimethylaminopyridine or acetic anhydride / lutidine / N-methylimidazole acylating agent as a capping agent.
  • step (c1) of the step (c1) the compound of the formula (VI) obtained in the step (b1) or a salt thereof is subjected to a deprotection reaction to give the desired formula (II) Or a salt thereof.
  • a deprotection reaction the protecting group for the hydroxy group of X 1 , Pr 1 and Pr 3 in the compound of formula (VI) or a salt thereof is eliminated, and when Y is a protecting group for a hydroxy group, The protecting group of the hydroxy group is eliminated, and Base W is represented by the following formula: [Wherein each symbol has the same meaning as described above.
  • the aromatic hydrocarbon ring (Ar) carbonyl or thiocarbonyl group having at least one hydrophobic group (—R 2 and —R 3 ) bonded to Base is removed, and similarly, the 3 ′ end The carbonyl or thiocarbonyl group bonded to the side nucleoside moiety is eliminated.
  • Base is a modified product of thymine, adenine, guanine, cytosine or uracil, that is, when the amino group of thymine, adenine, guanine, cytosine or uracil is protected, a protective group for these amino groups Are also desorbed in the same manner.
  • the deprotection reaction may be a deprotection reaction used in normal nucleic acid synthesis.
  • a deprotecting agent concentrated aqueous ammonia, methylamine aqueous solution, ethylamine aqueous solution, dimethylamine aqueous solution, diethylamine aqueous solution, sodium hydroxide aqueous solution, potassium carbonate aqueous solution or the like and an organic solvent that does not inhibit the reaction, such as ethanol, A solution in which methanol, isopropyl alcohol and the like are mixed in an arbitrary ratio; or, for example, methylamine, t-butylamine, triethylamine, N, N-diisopropylethylamine, 1,8-diazabicyclo "5.4.0" undecaker 7-ene A solution in which an organic base such as ethanol, methanol, isopropyl alcohol, acetonitrile, dimethyl sulfoxide, tetrahydrofuran alone
  • the target compound of formula (II) or a salt thereof can be produced by the phosphoramidite method.
  • the synthetic intermediate used in each step has a structural portion having a hydrophobic group
  • each synthetic compound is dissolved in a solvent and the like. It can be separated by extraction operation or filtration operation without performing column chromatography purification.
  • the solvent can be concentrated after the reaction and separated by suction filtration.
  • steps (a2), (b2) and (c2) described below are carried out by a method using a dihalophosphine derivative.
  • a compound of the formula (II) or a salt thereof can be produced.
  • nucleic acid oligomers using dihalophosphine derivatives refer to the Chemical Society of Japan, 4th edition, Experimental Chemistry Lecture 22, Metal Complex / Transition Metal Cluster 1999, pages 426-431.
  • Pr 2b represents a halogen atom such as fluorine, chlorine, bromine or iodine.
  • the compound of formula (VII) or a salt thereof is represented by the following formula (d): [Wherein, X 1 , Pr 1 , Q, Base W , Y and r have the same meaning as described above. ] Or a salt thereof, and the following formula (f) [Wherein Hal represents a halogen atom, and Pr 1 and Pr 2b have the same meaning as described above. ] It is obtained by reacting a phosphiting agent represented by An example of a halogen atom of Hal of formula (f) is chlorine. As the halogen atom of Pr 2b , chlorine is preferable.
  • Examples of the phosphiting agent include 2-cyanoethyl phosphorodichloridite, methyl phosphorodichloridite, 2,2,2-trichloroethyl phosphoryl dichloride, 2,2,2-trichloro-1, Examples include 1-dimethylethyl phosphorodichloride, allyl phosphorodichloride and 2-chlorophenyl phosphorodichloride.
  • the reaction of the compound of the formula (d) or a salt thereof and the phosphiting agent represented by the formula (f) can also be carried out in the presence of a reaction accelerator such as collidine and 2,6-lutidine.
  • a reaction accelerator such as collidine and 2,6-lutidine.
  • the reaction of the compound of the formula (d) or a salt thereof with the phosphiting agent represented by the formula (f) includes tetrahydrofuran, N, N-dimethylformamide, acetone, chloroform, dichloromethane, dioxane, t-butyl methyl ether,
  • the reaction can be carried out in a solvent that does not inhibit the reaction, such as acetonitrile, benzene, toluene, and the like, for example, by reacting at ⁇ 78 ° C. to 50 ° C. for 5 minutes to 72 hours in the presence of collidine and 2,6-lutidine.
  • reaction of the compound of formula (VII) or a salt thereof thus obtained with the compound of formula (IV) or a salt thereof is usually represented by the above-described compound of formula (d) or a salt thereof and formula (f).
  • the reaction can be continued by adding the compound of the formula (IV) or a salt thereof and continuing the reaction.
  • the compound of the formula (V) or a salt thereof has a structural part having a hydrophobic group represented by the above formula (c) in the molecule. Therefore, after the reaction in the liquid phase, separation can be performed without performing column chromatography purification using solubility in a solvent or the like. For example, the solvent can be concentrated after the reaction and separated by suction filtration. Further, the compound of the formula (V) or a salt thereof can be subjected to the next step (b2) as it is without isolation.
  • step (b2) of the step (b2) the compound of the formula (V) obtained in the step (a2) or a salt thereof is obtained in the same manner as the step (b1) of the phosphoramidite method. Then, it is subjected to an oxidation reaction or a sulfuration reaction to produce a compound of formula (VI) or a salt thereof.
  • the oxidation reaction, the sulfuration reaction, and then the capping reaction performed as necessary can be performed in the same manner as described in the step (b1) of the phosphoramidite method.
  • step (c2) of the step (c2) the compound of the formula (VI) obtained in the step (b2) or a salt thereof is obtained in the same manner as the step (c1) of the phosphoramidite method.
  • step (c1) of the phosphoramidite method To the deprotection reaction to produce the desired compound of formula (II) or a salt thereof.
  • the deprotection reaction can be carried out in the same manner as described in the step (c1) of the phosphoramidite method.
  • the target compound of formula (II) or a salt thereof can be produced by a method using a dihalophosphine derivative. Also in the method using a dihalophosphine derivative, as described above, since the synthetic intermediate used in each step has a structural portion having a hydrophobic group, each synthetic compound is added to the column after the reaction in the liquid phase. Separation is possible without chromatographic purification. For example, the solvent can be concentrated after the reaction and separated by suction filtration.
  • the H-phosphonate method involves coupling 5-OH of Compound 2 to the H-phosphonate of Compound 1 in the presence of a coupling reagent such as pivaloyl chloride.
  • a coupling reagent such as pivaloyl chloride.
  • nucleic acid monomers or oligomer units are linked by an H-phosphonate structure. [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ]
  • the resulting compound 3 is derivatized to the corresponding phosphate or thiophosphate as shown in Reaction Scheme 2. That is, the compound 3 can be directly oxidized to the compound 4 by using an oxidizing agent such as iodine, and is sulfurated (RS represents a protected thiol group. Protection of the thiol group) Examples of the group include the same protecting groups as those in the protected thiol group represented by Pr 4. ). In addition, compound 3 can be directly sulfurized (oxidized) to be derived into compound 6, and can be deprotected from compound 5 to be induced into compound 6. [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ]
  • X + represents a cation
  • examples of the cation include an ammonium ion or a metal ion which may be substituted.
  • the substituted ammonium ion include mono-C 1-6 alkyl ammonium ions such as methyl ammonium ion, ethyl ammonium ion, and isobutyl ammonium ion; di-C such as dimethyl ammonium ion, diethyl ammonium ion, and diisobutyl ammonium ion.
  • 1-6 alkylammonium ion examples include sodium ion, potassium ion, and lithium ion.
  • the compound of the formula (VIII) has, for example, the following structure when Q is an oxygen atom.
  • Compound 7 corresponds to a compound in which Pr 4 is a hydrogen atom
  • compound 8 corresponds to a hydroxy group in which Pr 4 is protected with a cyanoethyl group
  • compound 9 corresponds to a compound in which Pr 4 is a thiol group protected with a cyanoethyl group.
  • Q is a sulfur atom
  • the compound of formula (VIII) has the following structure, for example.
  • Compound 10 corresponds to a compound in which Pr 4 is a hydroxy group protected with a cyanoethyl group.
  • the compound of formula (VIII) or a salt thereof is, for example, the following formula (g): [Wherein, X 1 , Pr 4 , Q, Base W and Y have the same meaning as described above. ] Or a salt thereof, a salt such as triethylammonium salt of p-toluyl H-phosphonate and an accelerator such as pivaloyl chloride in pyridine at ⁇ 78 ° C. to 50 ° C., preferably ⁇ It can be obtained by reacting at 78 ° C to 10 ° C.
  • the compound of the formula (g) or a salt thereof diphenyl phosphite, di (t-butyl) N, N-diethyl phosphoramidite, di (tribenzylmethyl) N, N-diethyl phosphoramidite, di ( 2-trimethylsilyl-1,1-dimethylethyl) N, N-diethyl phosphoramidite is reacted with a phosphitylating agent to phosphitylate the compound of formula (g) or a salt thereof, and then triethylamine, tributylamine It can be obtained as a 3′-H-phosphonate by treating with a tertiary amine such as potassium hydroxide or an alkali metal hydroxide such as lithium hydroxide.
  • a tertiary amine such as potassium hydroxide or an alkali metal hydroxide such as lithium hydroxide.
  • the compound of the formula (IX) or a salt thereof may be used as it is the novel nucleoside monomer compound of the present invention in which X is a hydrogen atom and R 1 is a hydroxy protecting group.
  • a compound of the formula (IX) in which r ′ is 1 or a salt thereof includes a novel nucleoside monomer compound of the present invention in which X is a hydrogen atom and a compound of the formula (III) in which r is 0 or a salt thereof, for example , Subjected to a coupling reaction by the phosphoramidite method described above, then subjected to an oxidation or sulfuration reaction, and, if necessary, a protective group such as a cyanoethyl group is introduced into a hydroxy group or a thiol group Can be manufactured.
  • a compound of formula (IX) or a salt thereof wherein r ′ is 2 or more can also be produced by repeating a similar reaction.
  • Examples of the coupling reagent used in the nucleic acid synthesis used in the step (a3) include coupling reagents usually used in the H-phosphonate method, such as pivaloyl chloride, 2- (benzoyltriazole). 1-yloxy) -1,3-dimethyl-2-pyrrolidin-1-yl-1,3,2-diazaphosphoridinium hexafluorate (BOMP), N, N-bis (2-oxazolidinyl) phosphonic Chloride (BopCl), benzoyl chloride, and benzoic anhydride can be used.
  • coupling reagents usually used in the H-phosphonate method such as pivaloyl chloride, 2- (benzoyltriazole).
  • BopCl N-bis (2-oxazolidin
  • a compound of formula (VIII) or a salt thereof and a compound of formula (IX) or a salt thereof are converted into methylene chloride, chloroform, tetrahydrofuran, dioxane, dimethoxyethane, N, N-dimethylformamide.
  • the coupling reaction can be carried out by reacting in a suitable organic solvent such as acetonitrile, toluene, pyridine, etc. at ⁇ 60 ° C. to 100 ° C., preferably ⁇ 20 to 50 ° C. for 10 minutes to 24 hours. In the present invention, this coupling reaction can be performed in a liquid phase.
  • the compound of formula (X) or a salt thereof can be obtained by binding to free OH of the nucleoside moiety.
  • step (b3) of the step (b3) the compound of the formula (X) obtained in the step (a3) or a salt thereof is subjected to an oxidation reaction or a sulfuration reaction to give the following formula (XI) ): [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ] Or a salt thereof.
  • Pr 5 represents an optionally protected hydroxy group or a protected thiol group when (i) Q is an oxygen atom, and (ii) a protected group when Q is a sulfur atom.
  • Pr 6 represents (i) a hydroxyl group or a protected thiol group when Q 1 is an oxygen atom, and (ii) a hydroxyl group when Q 1 is a sulfur atom .
  • the protective group in the hydroxy group which may be protected and the protected thiol group the protecting groups exemplified for the above Pr 4 may be mentioned.
  • Pr 5 is preferably a protected hydroxy group, more preferably a hydroxy group protected with a cyanated C 1-6 alkyl group, and particularly preferably a hydroxy group protected with 2-cyanoethyl.
  • Pr 6 is preferably a protected hydroxy group, more preferably a hydroxy group protected with a cyanated C 1-6 alkyl group, and particularly a hydroxy group protected with 2-cyanoethyl.
  • step (b3) in the same manner as the step (b1) of the phosphoramidite method described above, the compound of the formula (X) obtained in the step (a3) or a salt thereof is oxidized or sulfurated. To produce a compound of formula (XI) or a salt thereof.
  • the oxidation reaction, the sulfuration reaction, and then the capping reaction performed as necessary can be performed in the same manner as described in the step (b1) of the phosphoramidite method.
  • Pr 5 in the compound of the formula (XI) corresponds to a substituent obtained by removing the H-phosphonate structure from Pr 4 .
  • the compound of the formula (XI) has, for example, the following structure (or a structure obtained by adding a salt to the following structure). [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ]
  • Compound 11 corresponds to a compound in which Pr 6 is a hydroxy group
  • compound 12 corresponds to a compound in which Pr 6 is a thiol group
  • compound 13 corresponds to a compound in which Pr 6 is a thiol group protected with a cyanoethyl group.
  • the compound of formula (XI) has, for example, the following structure (or a structure obtained by adding a salt to the following structure). [Wherein each symbol has the same meaning as described above. ]
  • Compound 12 ′ corresponds to a compound in which Pr 6 is a hydroxy group.
  • step (c3) of the step (c3) the compound of the formula (XI) obtained in the step (b3) or a salt thereof is obtained in the same manner as the step (c1) of the phosphoramidite method.
  • step (c1) of the phosphoramidite method To the deprotection reaction to produce the desired compound of formula (II) or a salt thereof.
  • the deprotection reaction can be carried out in the same manner as described in the step (c1) of the above phosphoramidite method.
  • the desired compound of formula (II) or a salt thereof can be produced by the H-phosphonate method.
  • the synthetic intermediate used in each step has a structural portion having a hydrophobic group, and therefore, after the reaction in the liquid phase, each synthetic compound is subjected to column chromatography purification. It can be separated without doing. For example, the solvent can be concentrated after the reaction and separated by suction filtration.
  • the nucleic acid oligomer when the phosphate moiety has an asymmetric point, the nucleic acid oligomer may be an optically active substance or a mixture of optically active substances such as a racemate. When it has a plurality of asymmetry points, it may be a mixture of diastereomers.
  • the nucleic acid oligomer produced in this way when used as, for example, siRNA, has usefulness as a “medicine that inhibits the function of genes and treats diseases” including antitumor agents and antiviral agents. Be expected.
  • the nucleic acid oligomer can be formulated into a parenteral preparation by blending with conventional auxiliaries such as a buffer and / or a stabilizer. Further, a topical preparation such as an ointment, cream, liquid, or salve can be prepared by blending the above-mentioned nucleic acid oligomer with a conventional pharmaceutical carrier.
  • compound (E2) (15 g) was suspended in toluene (120 mL), thionyl chloride (3.5 mL) and N, N′-dimethylformamide (2.5 mL) were added, and the mixture was stirred at 50 ° C. for 2 hours. Stir. The reaction solution was concentrated under reduced pressure to obtain compound (E3) (15.1 g, yield 98.7%).
  • 1,3-Dimethyl-2-imidazolidinone (100 mL) was added to methyl gallate (5.5 g) and potassium carbonate (62.2 g), and the mixture was stirred at 80 ° C. for 45 minutes.
  • 1-Bromotetradecane (26.9 mL) was added thereto, and the mixture was stirred at 80 ° C. for 12 hours. Water was added to the reaction solution to suspend it, and then the precipitate was collected by suction filtration. The obtained solid was washed with 50% acetonitrile aqueous solution and acetonitrile to obtain compound (E9) (22.6 g).
  • 1,3-Dimethyl-2-imidazolidinone 100 mL was added to methyl 3,5-dihydroxybenzoate (5.0 g) and potassium carbonate (41.5 g), and the mixture was stirred at 80 ° C. for 25 minutes.
  • 1-Bromooctadecane 27.6 mL was added thereto, and the mixture was stirred at 70 ° C. for 14 hours. Water was added to the reaction solution and stirred, and then the precipitate was collected by suction filtration, and the resulting solid was washed with water and acetonitrile to obtain compound (E12) (6.5 g).
  • 1,3-Dimethyl-2-imidazolidinone 100 mL was added to methyl gallate (5.5 g) and potassium carbonate (62.2 g), and the mixture was stirred at 80 ° C for 30 minutes.
  • 1-Bromohexadecane (30.2 mL) was added thereto, and the mixture was stirred at 80 ° C. for 14 hours.
  • the obtained white solid was dissolved in dichloromethane (500 mL), methanol was added, and the precipitated solid was collected by suction filtration to obtain a compound represented by E35 (24.2 kg, yield 94%).
  • Ethanol 100 mL was added to the compound represented by E35 (8.6 ⁇ ⁇ ⁇ ⁇ g) and potassium hydroxide (6.7 g), and the mixture was stirred at 85 ° C for 2.5 hours. After the reaction solution was cooled to room temperature, water (200 mL) was added and stirred. To this was added 6N hydrochloric acid (21mL). The precipitate was collected by suction filtration, and the obtained solid was washed with water (200 L) and acetonitrile (200 L) to quantitatively obtain the compound (8.6 L) represented by E40.
  • 1,3-Dimethyl-2-imidazolidinone 140 mL was added to methyl gallate (5.5 g) and potassium carbonate (62.2 ⁇ g), and the mixture was stirred at 80 ° C for 1 hour and then cooled to 70 ° C. To this was added 1-bromodocosane (38.6 g), and the mixture was stirred at 70 ° C. for 14 hours. After adding water (300 mL) to the reaction mixture and stirring, the precipitate was collected by suction filtration and washed with water (300 mL), acetonitrile (200 mL), acetone (500 mL), and dichloromethane (200 mL). Thus, a compound represented by E36 (28.6 g, yield 86%) was obtained.
  • Ethanol 100 mL was added to the compound indicated by E36 (11.1 g) and potassium hydroxide (6.7 g), and the mixture was stirred at 85 ° C for 2.5 hours. After the reaction solution was cooled to room temperature, water (200 mL) was added and stirred. To this was added 6N hydrochloric acid (21mL). The precipitate was collected by suction filtration, and the obtained solid was washed with water (300 mL) and acetonitrile (200 mL) to obtain a compound represented by E41 (10.8 g, yield 99%).
  • 1,3-Dimethyl-2-imidazolidinone (100 mL) was added to methyl 3,5-dihydroxybenzoate (5.0 g) and potassium carbonate (41.5 g), and the mixture was stirred at 80 ° C for 30 minutes. To this was added 1-bromodocosane (25.7 g), and the mixture was stirred at 80 ° C. for 14 hours. Water (400 mL) was added to the reaction mixture and stirred, and then the precipitate was collected by suction filtration, washed with acetone (300 mL) and acetonitrile (300 mL) to give the compound indicated by E37 (23.8 g). Obtained quantitatively.
  • Ethanol 100 mL was added to the compound indicated by E37 (7.9 g) and potassium hydroxide (6.7 g), and the mixture was stirred at 85 ° C for 2.5 hours. After the reaction solution was cooled to room temperature, water (200 mL) was added and stirred. To this was added 6N hydrochloric acid (21mL). The precipitate was collected by suction filtration, and the resulting solid was washed with water (200 mL) and acetonitrile (200 mL) to obtain the compound represented by E42 (7.4 g, yield 96%).
  • Trimethylsilane 500 ⁇ L was added, and the mixture was stirred at 60 ° C for 5 hours, concentrated with methanol, cooled with ice, and the precipitated solid was collected by suction filtration and washed with methanol to give compound (E53) (919 mg, yield 87%) was obtained.
  • 1, 1,3-Dimethyl-2-imidazolidinone (80 mL) was added to methyl vanillate (4.6 g) and potassium carbonate (17.3 g), stirred at 80 °C for 30 minutes, and then cooled to 70 °C. To this was added 1-bromodocosane (10.7 g), and the mixture was stirred at 70 ° C. for 15 hours. Water (300 mL) was added to the reaction mixture and stirred, and then the precipitate was collected by suction filtration and washed with water and acetonitrile to obtain a compound represented by E38 (12.1 kg, yield 99%).
  • Ethanol 100 mL was added to the compound indicated by E38 (4.9 g) and potassium hydroxide (6.7 g), and the mixture was stirred at 85 ° C for 2.5 hours. After the reaction solution was cooled to room temperature, water (200 mL) was added and stirred. To this was added 6N hydrochloric acid (21mL). The precipitate was collected by suction filtration, and the obtained solid was washed with water (200 L) and acetonitrile (200 L) to quantitatively obtain the compound (4.8 L) indicated by E43.
  • 1,3-Dimethyl-2-imidazolidinone (10 mL) was added to methyl 3-fluor-4-hydroxybenzoate (850 mg) and potassium carbonate (3.5 mg), and the mixture was stirred at 70 ° C. for 15 minutes. To this was added 1-bromodocosane (2.1 g), and the mixture was stirred at 70 ° C. for 13 hours. Water (200 mL) was added to the reaction mixture and stirred, and then the precipitate was collected by suction filtration and washed with acetonitrile (100 mL) to give the compound indicated by E39 (2.2 g, 93% yield). It was.
  • Ethanol (20 mL) was added to the compound indicated by E39 (1.2 g) and potassium hydroxide (1.7 g), and the mixture was stirred at 85 ° C for 2.5 hours. After the reaction solution was cooled to room temperature, water (80 mL) was added and stirred. To this was added 6N hydrochloric acid (5mL). The precipitate was collected by suction filtration, and the obtained solid was washed with water (50 L) and acetonitrile (50 L) to quantitatively obtain the compound (1.2 L) indicated by E44.
  • 2,3-Dihydroxybenzoic acid methyl ester (4.65 g, 27.65 mmol), potassium carbonate (11.47 g, 82.96 mmol), DMF (250 mL) were weighed into a 500-mL eggplant-shaped flask and stirred at 40 ° C. for 1 h. Then, nC 20 H 41 Br (24.99 g, 69.13 mmol) was added and stirred at 70 ° C. for 8 h. After cooling to room temperature, city water (250 mL) was added and the suspension was stirred for 2 h. White crystals were collected by suction filtration and washed twice with city water (100 mL). This was dried under reduced pressure at 40 ° C.
  • Acetonitrile was added and the mixture was concentrated, cooled to 0 ° C., and a precipitate (355.6 mg) was obtained by suction filtration.
  • a 3% trichloroacetic acid / dichloromethane solution (1 mL) was added to the obtained precipitate (11.0 mg), and the mixture was stirred at room temperature for 10 minutes.
  • Acetonitrile was added to the reaction solution and the mixture was concentrated.
  • a 10% methanol / acetonitrile solution was added and the mixture was cooled to 0 ° C., and a precipitate (8.7 mg) was obtained by centrifugation.
  • the obtained product (27.3 mg) was suspended in ethanol (1.0 mL), 40% methylamine aqueous solution (3.0 mL) was added, and the mixture was stirred at 45 ° C. for 20 min. The solid component was removed by filtration. The residue was washed with dimethyl sulfoxide, and the washings were combined with the filtrate and cooled in an ice bath. Triethylamine trihydrofluoride (640 ⁇ L) was added thereto and stirred at 40 ° C. for 75 minutes to obtain a reaction solution (12.3 ⁇ g) containing the compound (E100). The obtained reaction solution (5.7 g) was purified using anion exchange chromatography to obtain compound (E100) (2.09 ⁇ mol). The obtained compound (E100) was identified by HPLC and ESI-MS.
  • the precipitated product was recovered (26.2 mg) by centrifugal sedimentation.
  • the collected product (20.1 mg) was suspended in ethanol (1.0 mL), 40% aqueous methylamine solution (3.0 mL) was added, and the mixture was stirred at 45 ° C. for 20 min.
  • the solid component was removed by filtration.
  • the residue was washed with dimethyl sulfoxide, and the washings were combined with the filtrate and cooled in an ice bath.
  • Triethylamine trihydrofluoride (640 ⁇ L) was added thereto, and the mixture was stirred at 40 ° C. for 75 minutes to obtain a reaction solution (12.0 g) containing the compound (E88).
  • the resulting reaction solution (11.3 g) was purified using anion exchange chromatography to obtain compound (E88) (0.18 ⁇ mol).
  • the obtained compound (E88) was identified by HPLC and ESI-MS.
  • Example 38 Synthesis of nucleic acid oligomer (5′-dTdTdTdT-3 ′) (compound (E106)) from block nucleic acid oligomer (5′-dTdT-3 ′) using a convergent synthesis method based on block synthesis
  • Methyl dichlorophosphite 48.2 ⁇ L was added to THF (500 ⁇ L) cooled to ⁇ 78 ° C., and 1-((2R, 4S, 5R) -5-((bis (4-methoxyphenyl) (phenyl ) Methoxy) methyl) -4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl) -5-methylpyrimidine-2,4 (1H, 3H) -dione (326.8 mg) and 2,4,6-trimethylpyridine (191.6 ⁇ L) in THF The solution dissolved in (4.4 mL) was added dropwise at ⁇ 78 ° C. over 30 minutes, and the mixture was further stirred for 40 minutes.
  • the base part of the nucleoside is (i) an aromatic hydrocarbon ring carbonyl group having at least one hydrophobic group or (ii) an aromatic hydrocarbon ring thiocarbonyl group having at least one hydrophobic group, etc.
  • Nucleic acid oligomers are produced using the substituted novel nucleoside compound as a synthesis unit, column chromatography purification for each reaction can be avoided, base extension can be performed in both 3 ′ direction and 5 ′ direction, and nucleic acid can be extended. Oligomer can be efficiently synthesized in large quantities by a liquid phase synthesis method. Therefore, the present invention can be applied to the production of nucleic acid oligomers such as siRNA, antisense nucleic acid, and vaccine adjuvant, and is extremely useful in fields such as genome drug discovery and gene diagnosis / treatment.

Abstract

ヌクレオシドの塩基部分が、少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環カルボニルもしくはチオカルボニル基で置換された式(I)の新規ヌクレオシドモノマー化合物を合成ユニットとして用いて、核酸オリゴマーを製造することにより、各反応毎のカラムクロマト精製を回避でき、3'方向へも5'方向へも塩基伸長ができ、核酸オリゴマーを、液相合成法により効率的に大量合成することができる。[式中、X、R1、Y、Base、Z、Ar、R2、R3、nは請求項1に記載の意味を表す。]

Description

核酸の液相合成方法
 本発明は、核酸の液相合成方法に関する。更に詳細には、本発明は、ヌクレオシドの塩基部分が、(i)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環カルボニル基もしくは(ii)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環チオカルボニル基で置換された新規ヌクレオシドモノマー化合物、および該ヌクレオシドモノマー化合物を合成ユニットとして用いた、各反応毎のカラムクロマト精製が回避可能であり、効率的に大量合成できる核酸オリゴマーの製造方法に関する。また、本発明は液相中で上記核酸オリゴマーの製造を行う方法に関する。
[発明の背景]
 ゲノム創薬や遺伝子診断・治療などの最先端バイオ関連研究の急速な進歩・発展に伴い近年、DNAプローブ、siRNA、アンチセンスDNA、アンチセンスRNAなどの核酸オリゴマーの利用が盛んにな行われている。上記核酸オリゴマー合成方法としてはホスホロアミダイト法による固相合成法が主に知られている。
 液相で核酸オリゴマーを合成する方法として、特許文献1には、ヌクレオシドの塩基部分に分子量分布を持つ親水性のポリマーであるポリエチレングリコール(PEG)を導入したヌクレオシド化合物を、末端出発原料またはビルディングブロックとして用い、中間生成物の分離・精製を容易にして、核酸オリゴマーを合成することが提案されている。非特許文献1には、ヌクレオシドの塩基部分であるアデニンが無置換のベンゾイル基で置換されたヌクレオチドのダイマーまたはトリマーを液相中での反応とカラムクロマト精製を繰り返すことにより合成し、これらをホスホロアミダイト法により結合させてカラムクロマト精製を行うことにより核酸オリゴマーを製造する方法が提案されている。また、非特許文献2には、ヌクレオシドの塩基部分であるチミンがp-メトキシベンゾイル基(p-トルイル基)で置換されたヌクレオシドを用いて、液相にてリン酸トリエステル法を用い、各反応毎にカラムクロマト精製を行うことで核酸オリゴマーを製造する方法が提案されている。
 一方、特許文献2には、有機合成反応後の溶液組成や溶液温度の変化により液相状態から固相状態に変化する性質を有する化合物を有機合成試薬として用いて、反応後の副生物などの分離工程を容易に行うことが提案されている。そして、そのような有機合成試薬として、芳香族環上に疎水性保持基を有する化合物、例えば、炭素数が22個のアルコキシ基であるドコシルオキシ基が2個置換したベンジルアミンなどが記載されており、ペプチド合成への利用などが提案されている。
特開2000-327694号公報 特開2009-185063号公報
Chen et al., Aust. J. Chem. 2010, 63, 227-235 Reese et al., NUCLEOSIDES & NUCLEOTIDES, 17(1-3), 451-470 (1998)
 現在、核酸オリゴマーの製造において主として使用されている製法は、固相合成法である。固相合成法は、容易に核酸オリゴマーの製造を達成しうるが、樹脂上で反応を行う都合上、反応場に制限があり、専用の合成機を必要とし、スケールを大きくすることが困難である。大量(例えば、バッチ当り数kgを超える)の核酸オリゴマーを供給するには、汎用のリアクターを使用できる液相での合成が有効であるが、siRNAやアンチセンス核酸などの核酸オリゴマーの合成に必要となる数十工程についてカラムクロマト精製が必要となる等の理由から、大量のオリゴRNAを製造するのに相応しくない。また、例えば、約20塩基程度からなるsiRNAを合成する場合に、最終工程で合成が失敗となるリスクを考慮すると、例えば、2ないし11塩基のビルディングブロックを用いてsiRNAの合成を行うことが好ましいと考えられる。そのような合成においては3’方向へも、5’方向へも塩基伸張できる方法が必要となる。これまでに、各工程毎のカラムクロマト精製を行う必要がなく、かつ、3’方向へも5’方向へも塩基伸張できるオリゴRNAなどの核酸オリゴマーの製造方法は知られていない。
 したがって、本発明の課題は、各反応毎に未反応試薬や活性化剤などの除去が容易であってカラムクロマト精製などの煩雑な工程を回避でき、3’方向へも、5’方向へも塩基伸張ができ、ビルディングブロックを利用した核酸オリゴマーの合成を可能にする新規ヌクレオシドモノマー化合物およびそれを用いた核酸オリゴマーの製造方法等を提供することに在る。
 このような課題を解決するために本発明者らは鋭意研究した結果、ヌクレオシドの塩基部分が、(i)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環カルボニル基もしくは(ii) 少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環チオカルボニル基で置換された新規ヌクレオシドモノマー化合物(または、該モノマー化合物を含むダイマー化合物やトリマー化合物等)を合成ユニットとして用いることにより、核酸モノマーや核酸オリゴマーとのカップリング反応の際の各反応毎のカラムクロマト精製を回避できることを見出した。また、上記新規ヌクレオシドモノマー化合物を用いることにより、3’方向へも、5’方向へも塩基を伸張させることが可能となるとなることを見出した。さらに、核酸オリゴマーを液相中で合成することにより効率的に大量合成できることを見出し、かかる知見に基づき更に研究を重ねた結果、本発明を完成させた。
 したがって、本発明は、
 [1].下記式(I):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000024

[式中、
 XおよびRは、それぞれ独立して、水素原子、またはヒドロキシ基の保護基を示し、
 Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
 Baseは、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
 Zは、酸素原子または硫黄原子を示し、
 Ar環は、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
 Rは、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
 Rは、独立して、下記置換基B群から選択される置換基を示し、
 nは、1ないし4の整数を示す。
 置換基A群:
(i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
(ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
(iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
(iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
(v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
(vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
(vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
 置換基B群:
(i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
(ii)  ハロゲン原子、
(iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
(iv)  ニトロ基、
(v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
(vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
(vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
(viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
(ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
(x)   シアノ基、
(xi)  置換されていてもよいアミノ基、
(xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
(xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]
で表される化合物またはその塩;
 [2].Ar環が、さらに置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよいC6-10芳香族炭化水素環である、上記[1]に記載の化合物またはその塩;
 [3].Rが、置換されていてもよいC10-30アルコキシ基である、上記[1]または[2]に記載の化合物またはその塩;
 [4].Rが、置換されていてもよいC10-30アルコキシ基である、上記[1]ないし[3]のいずれかに記載の化合物またはその塩;
 [5].nが、1または2である、上記[1]ないし[4]のいずれかに記載の化合物またはその塩;
 [6].下記(a0)および(b0)の工程を含む、下記式(II):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000025

[式中、
 Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
 Yは、独立して、ヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
 Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
 r、r’は、それぞれ独立して、0ないし100の整数を示す。]
で表される化合物またはその塩の製造方法:
(a0)の工程:
 下記式(I):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000026

[式中、
 Baseは、上記と同義を示し、
 XおよびRは、それぞれ独立して、水素原子、またはヒドロキシ基の保護基を示し、
 Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
 Zは、酸素原子または硫黄原子を示し、
 Ar環は、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
 Rは、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
 Rは、独立して下記置換基B群から選択される置換基を示し、
 nは、1ないし4の整数を示す。
 置換基A群:
(i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
(ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
(iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
(iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
(v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
(vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
(vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
 置換基B群:
(i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
(ii)  ハロゲン原子、
(iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
(iv)  ニトロ基、
(v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
(vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
(vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
(viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
(ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
(x)   シアノ基、
(xi)  置換されていてもよいアミノ基、
(xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
(xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]
で表される化合物またはその塩を用いて下記式(IV’):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000027

[式中、
 R、Base、Z、Ar環、R、R、Q、r’およびnは、それぞれ上記と同義を示し、
 Yは、独立して上記と同義を示し、
 Prは、独立して、(i)Qが酸素原子のときは、水素原子、保護されたヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、保護されたヒドロキシ基を示し、
 Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000028

[式中、Base、Z、Ar環、R、Rおよびnは、それぞれ独立して上記と同義を示す。]を示す。]
で表わされる化合物またはその塩を製造する工程;
(b0)の工程:
 上記式(IV’)で表される化合物またはその塩を用いて上記式(II)で表される化合物またはその塩を製造する工程;
 [7].下記(a1)、(b1)および(c1)の工程を含む、下記式(II):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000029

[式中、
 Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
 Yは、独立して、ヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
 Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
 r、r’は、それぞれ独立して、0ないし100の整数を示す。]
で表される化合物またはその塩の製造方法:
(a1)の工程:
 核酸合成で使われるカップリング試薬の存在下に、
下記式(III):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000030

[式中、
 Xは、ヒドロキシ基の保護基を示し、
 Prは、独立して、保護されたヒドロキシ基を示し、
 Pr2aは、置換されたアミノ基を示し、
 Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000031

[式中、
 Zは、独立して、酸素原子または硫黄原子を示し、
 Ar環は、独立して、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
 Rは、独立して、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
 Rは、独立して、下記置換基B群から選択される置換基を示し、
 nは、1ないし4の整数を示し、
 Baseは、上記と同義を示す。
 置換基A群:
(i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
(ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
(iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
(iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
(v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
(vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
(vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
 置換基B群:
(i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
(ii)  ハロゲン原子、
(iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
(iv)  ニトロ基、
(v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
(vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
(vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
(viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
(ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
(x)   シアノ基、
(xi)  置換されていてもよいアミノ基、
(xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
(xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]を示し、
 Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
 Qおよびrは、上記と同義を示す。]
で表わされる化合物またはその塩と、下記式(IV):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000032

[式中、Prはヒドロキシ基の保護基を示し、その他の記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を反応させて、下記式(V):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000033

[式中、各記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する工程;
(b1)の工程:
 上記(a1)の工程で製造される式(V)で表される化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して、下記式(VI):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000034

[式中、各記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する工程;
(c1)の工程:
 上記(b1)の工程により製造される式(VI)で表される化合物またはその塩を脱保護反応に付す工程;
 [8].下記(a2)、(b2)および(c2)の工程を含む、下記式(II):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000035

[式中、
 Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
 Yは、独立して、ヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
 Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
 r、r’は、それぞれ独立して、0ないし100の整数を示す。]
で表される化合物またはその塩の製造方法:
(a2)の工程:
 下記式(VII):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000036

[式中、
 Xは、ヒドロキシ基の保護基を示し、
 Prは、独立して、保護されたヒドロキシ基を示し、
 Pr2bは、ハロゲン原子を示し、
 Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000037

[式中、
 Zは、独立して、酸素原子または硫黄原子を示し、
 Ar環は、独立して、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
 Rは、独立して、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
 Rは、独立して、下記置換基B群から選択される置換基を示し、
 nは、1ないし4の整数を示し、
 Baseは、上記と同義を示す。
 置換基A群:
(i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
(ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
(iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
(iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
(v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
(vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
(vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
 置換基B群:
(i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
(ii)  ハロゲン原子、
(iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
(iv)  ニトロ基、
(v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
(vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
(vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
(viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
(ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
(x)   シアノ基、
(xi)  置換されていてもよいアミノ基、
(xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
(xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]を示し、
 Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示す。]
で表される化合物またはその塩と、下記式(IV):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000038

[式中、Prはヒドロキシ基の保護基を示し、その他の記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を反応させて、下記式(V):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000039

[式中、各記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する工程;
(b2)の工程:
 上記(a2)の工程で製造される式(V)で表される化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して下記式(VI):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000040

[式中、各記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する工程;
(c2)の工程:
 上記(b2)の工程により製造される式(VI)で表される化合物またはその塩を脱保護反応に付す工程;および
 [9].下記(a3)、(b3)および(c3)の工程を含む、下記式(II):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000041

[式中、Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
 Yは、独立して、ヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
 Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
 r、r’は、それぞれ独立して、0ないし100の整数を示す。]
で表される化合物またはその塩の製造方法:
(a3)の工程:
 核酸合成で使われるカップリング試薬の存在下に、下記式(VIII):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000042

[式中、
 Xは、カチオンを示し、
 Xは、ヒドロキシ基の保護基を示し、
 Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
 Prは、(i)Qが酸素原子のときは水素原子、保護されたヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは保護されたヒドロキシ基を示し、
 Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000043

[式中、
 Zは、独立して、酸素原子または硫黄原子を示し、
 Ar環は、独立して、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
 Rは、独立して、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
 Rは、独立して、下記置換基B群から選択される置換基を示し、
 nは、1ないし4の整数を示し、
 Baseは、上記と同義を示す。
 置換基A群:
(i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
(ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
(iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
(iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
(v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
(vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
(vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
 置換基B群:
(i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
(ii)  ハロゲン原子、
(iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
(iv)  ニトロ基、
(v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
(vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
(vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
(viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
(ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
(x)   シアノ基、
(xi)  置換されていてもよいアミノ基、
(xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
(xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]を示し、
 Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示す。]
で表される化合物またはその塩と、下記式(IX):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000044

[式中、Prはヒドロキシ基の保護基を示し、その他の記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を反応させて、下記式(X):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000045

[式中、各記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する工程;
(b3)の工程:
 上記(a3)の工程で製造される式(X)で表される化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して、下記式(XI):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000046

[式中、
 Qは、酸素原子または硫黄原子を示し、
 Prは、(i)Qが酸素原子のときは、保護されていてもよいヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、保護されたヒドロキシ基を示し、
 Prは、(i)Qが酸素原子のときは、ヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、ヒドロキシ基を示し、
その他の記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する工程:
(c3)の工程:上記(b3)の工程により製造される式(XI)で表される化合物またはその塩を脱保護反応に付す工程;
に関するものである。
 本発明は、ヌクレオシドの塩基部分が、(i)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環カルボニル基もしくは(ii)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環チオカルボニル基などで置換された新規ヌクレオシド化合物を合成ユニットとして用いて、核酸オリゴマーを製造するものである。本発明を用いることにより、各反応毎のカラムクロマト精製を回避できる。また、本発明を用いれば、3’方向へも、5’方向へも塩基伸張をすることができる。本発明を用いることにより、核酸オリゴマーを、液相合成法により効率的に大量合成できる。本発明は、siRNA、アンチセンス核酸、ワクチンのアジュバントなどの核酸オリゴマーの製造に適用することができ、ゲノム創薬や遺伝子診断・治療などの分野において極めて有用なものである。
 以下、本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物およびそれを用いた核酸オリゴマーの製造方法について詳細に説明する。
 なお、本明細書中の各式において、特記しない限り、同一の記号は同一の意味を有する。
1.新規ヌクレオシドモノマー化合物
 本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物は、下記式(I):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000047

で表わされる。該ヌクレオシドモノマー化合物は、ヌクレオシドの塩基部分(Base)が、(i)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環(式(I)中、Arで表される)カルボニル基もしくは(ii)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環(式(I)中、Arで表される)チオカルボニル基で置換されたものである。
 XおよびRは、それぞれ独立して、水素原子、またはヒドロキシ基の保護基を示す。
 ヒドロキシ基の保護基としては、核酸のヒドロキシ基の保護基として通常使用されているものであればいずれの保護基も使用し得る。このような保護基としては、例えば、トリメチルシリル(TMS)、トリエチルシリル、イソプロピルジメチルシリル、t-ブチルジメチルシリル(TBDMS)、(トリフェニルメチル)ジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、メチルジイソプロピルシリル、メチルジ-t-ブチルシリル、トリベンジルシリル、トリ-p-キシリルシリル、トリイソプロピルシリル、トリフェニルシリルなどのシリル型保護基;トリチル、4-メトキシトリチル、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)などのトリチル型保護基;テトラヒドロピラニル、3-ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、4-メトキシテトラヒドロピラニル、4-メトキシテトラヒドロチオピラニル、4-メトキシテトラヒドロチオピラニルS,S-ジオキシド、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニルなどの複素環型保護基;ベンジル、4-メトキシベンジル、2-ニトロベンジル、4-ニトロベンジル、4-シアノベンジルなどのベンジル型保護基;アセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ブチリル、プロピオニル、ピバロイル、レブリニル、ペンタノイル、バレリル、オクタノイルなど脂肪族アシル型保護基;ベンゾイル、2-フルオロベンゾイル、2,6-ジクロロベンゾイル、2-トルオイル、2,4,6-トリメチルベンゾイルなどの芳香族アシル型保護基;2-(シアノエトキシ)エチル(CEE)、シアノエトキシメチル(CEM)などのエーテル型保護基;ジメチルカルバモイル、ジフェニルカルバモイルなどのカルバモイル型保護基が挙げられる。
 これらのヒドロキシ基の保護基については、Wuts et al., Protective Groups in Organic Synthesis, 4th Edition, 2006, John Wiley & Sons, Inc. などを参照することができる。
 Xとしてはヒドロキシ基の保護基が好ましく、トリチル型保護基がより好ましく、なかでもDMTr基が特に好ましい。
 Rとしては、水素原子または脂肪族アシル型保護基が好ましく、水素原子またはレブリニル基がより好ましく、なかでもレブリニル基が特に好ましい。
 Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示す。
 Yにおける保護されていてもよいヒドロキシ基のヒドロキシ基は、前記ヒドロキシ基の保護基で保護されていてもよい。
 Yにおける置換されていてもよいC1-6アルコキシ基のC1-6アルコキシ基としては、メトキシ基、エトキシ基またはプロポキシ基などが挙げられる。該C1-6アルコキシ基は1ないし3個の置換基で置換されていてもよい。そのような置換基としては、例えば、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素などのハロゲン原子;ハロゲン原子、C1-6アルコキシ基またはシアノ基から選択される1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC6-10アリールオキシ基(例えば、フェニルオキシまたはナフチルオキシ);ビフェニルオキシ;ハロゲン原子、C1-6アルコキシ基またはシアノ基から選択される1ないし3個の置換基で置換されていてもよいで置換されていてもよいジC1-6アルキルアミノ基(例えば、ジメチルアミノ、ジエチルアミノまたはイソブチルアミノ);またはシアノ基が挙げられる。
 Yにおけるハロゲン原子としては、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素などを挙げることができる。
 Yとしては、保護されたヒドロキシ基(好ましくは、トリチル型保護基で保護されたヒドロキシ基またはシリル型保護基で保護されたヒドロキシ基)、水素原子またはC1-6アルコキシ基(好ましくは、メトキシ基)が好ましく、保護されたヒドロキシ基(好ましくは、トリチル型保護基で保護されたヒドロキシ基またはシリル型保護基で保護されたヒドロキシ基)または水素原子がより好ましく、なかでもTBDMSで保護されたヒドロキシ基が特に好ましい。
 Baseは、ヌクレオシドの塩基部分を指し、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示す。ここで、修飾体とは、塩基部分のアミノ基がアミノ基の保護基で保護されたものを意味する。ここで、アミノ基の保護基としては、核酸の塩基部分のアミノ基の保護基として通常使用されているものであればいずれの保護基も使用し得る。このようなアミノ基の保護基としては、例えば、1ないし3個のハロゲン原子またはC1-6アルコキシ基で置換されていてもよい脂肪族アシル基(例えば、アセチル、プロピオニル、n-ブチリル、イソブチリル);1ないし3個のハロゲン原子、C1-6アルキル基またはC1-6アルコキシ基で置換されていてもよい芳香族アシル基(例えば、ベンゾイル、4-メチルベンゾイルまたは4-メトキシベンゾイル);C7-12アラルキルアシル基(例えば、フェニルアセチル);C1-6アルキル基で置換されていてもよいC6-10アリーロキシ-アシル基(例えば、フェノキシアセチル、4-t-ブチルフェノキシアセチルまたは4-イソプロピルフェノキシアセチル);β脱離による除去が可能な、電子吸引基を有するエチル基(例えば、2-シアノエチル、2-(p-ニトロフェニル)エチルまたは2-(ベンゼンスルホニル)エチル);ジC1-6アルキルアミノメチレン基(例えば、ジメチルアミノメチレンまたはジブチルアミノメチレン);β脱離による除去が可能な、電子吸引基を有するC1-6アルコキシ-カルボニル基(例えば、2-シアノエトキシカルボニル、2-(p-ニトロフェニル)エトキシカルボニルまたは2-(ベンゼンスルホニル)エトキシカルボニル)が挙げられる。
 Baseとしては、チミン、アデニン、グアニン、シトシンまたはウラシルが好ましく、チミン、シトシンまたはウラシルがより好ましく、チミンまたはウラシルがさらに好ましい。
 Zは、酸素原子または硫黄原子を示す。
 Zとしては、酸素原子が好ましい。
 Ar環は、RおよびR以外にさらに置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示す。ここで、芳香族炭化水素環としては、例えば、フェニル、ナフチルなどのC6-10アリール基に対応する環(すなわち、C6-10アレーン)を挙げることができる。
置換基B群は、
(i)置換されていてもよいC1-30アルコキシ基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-30アルコキシ基(例えば、メチルオキシ、エチルオキシ、n-または iso-プロピルオキシ、n-, iso-, sec-, またはt-ブチルオキシ、ペンチルオキシ、ヘキシルオキシ、ヘプチルオキシ、オクチルオキシ、ノニルオキシ、デシルオキシ、ウンデシルオキシ、ドデシルオキシ、トリデシルオキシ、テトラデシルオキシ、ペンタデシルオキシ、ヘキサデシルオキシ、ヘプタデシルオキシ、オクタデシルオキシ、ノナデシルオキシ、イコシルオキシ、ヘンイコシルオキシ、ドコシルオキシまたはトリアコンチルオキシ);
(ii)フッ素、塩素または臭素などのハロゲン原子;
(iii)置換されていてもよいC1-30アルキル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-30アルキル基(例えば、メチル、エチル、n-または iso-プロピル、n-, iso-, sec-, またはt-ブチル、ペンチル、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシル、ウンデシル、ドデシル、トリデシル、テトラデシル、ペンタデシル、ヘキサデシル、ヘプタデシル、オクタデシル、ノナデシル、イコシルまたはトリアコンチル);
(iv)ニトロ基;
(v)置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基(例えば、メチルスルファニル、エチルスルファニル、n-若しくは iso-プロピルスルファニル、n-, iso-, sec-, 若しくはt-ブチルスルファニル、ペンチルスルファニル、ヘキシルスルファニル、ヘプチルスルファニル、オクチルスルファニル、ノニルスルファニル、デシルスルファニル、ウンデシルスルファニル、ドデシルスルファニル、トリデシルスルファニル、テトラデシルスルファニル、ペンタデシルスルファニル、ヘキサデシルスルファニル、ヘプタデシルスルファニル、オクタデシルスルファニル、ノナデシルスルファニル、イコシルスルファニル、ヘンイコシルスルファニル、ドコシルスルファニルまたはトリアコンチルスルファニル);
(vi)置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基(例えば、メチルスルフィニル、エチルスルフィニル、n-若しくは iso-プロピルスルフィニル、n-, iso-, sec-, 若しくはt-ブチルスルフィニル、ペンチルスルフィニル、ヘキシルスルフィニル、ヘプチルスルフィニル、オクチルスルフィニル、ノニルスルフィニル、デシルスルフィニル、ウンデシルスルフィニル、ドデシルスルフィニル、トリデシルスルフィニル、テトラデシルスルフィニル、ペンタデシルスルフィニル、ヘキサデシルスルフィニル、ヘプタデシルスルフィニル、オクタデシルスルフィニル、ノナデシルスルフィニル、イコシルスルフィニル、ヘンイコシルスルフィニル、ドコシルスルフィニルまたはトリアコンチルスルフィニル);
(vii)置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基(例えば、メチルスルホニル、エチルスルホニル、n-若しくは iso-プロピルスルホニル、n-, iso-, sec-, 若しくはt-ブチルスルホニル、ペンチルスルホニル、ヘキシルスルホニル、ヘプチルスルホニル、オクチルスルホニル、ノニルスルホニル、デシルスルホニル、ウンデシルスルホニル、ドデシルスルホニル、トリデシルスルホニル、テトラデシルスルホニル、ペンタデシルスルホニル、ヘキサデシルスルホニル、ヘプタデシルスルホニル、オクタデシルスルホニル、ノナデシルスルホニル、イコシルスルホニル、ヘンイコシルスルホニル、ドコシルスルホニルまたはトリアコンチルスルホニル);
(viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基(例えば、トリメチルシロキシ、トリエチルシロキシ、トリ n-若しくは iso-プロピルシロキシ、ジメチル n-, iso-, sec-,若しくは t-ブチルシロキシ、ジメチルシペンチルシロキシ、ジメチルヘキシルシロキシ、ジメチルヘプチルシロキシ、ジメチルオクチルシロキシ、ジメチルノニルシロキシ、ジメチルデシルシロキシ、ジメチルウンデシルシロキシ、ジメチルドデシルシロキシ、ジメチルトリデシルシロキシ、ジメチルテトラデシルシロキシ、ジメチルペンタデシルシロキシ、ジメチルヘキサデシルシロキシ、ジメチルヘプタデシルシロキシ、ジメチルオクタデシルシロキシ、ジメチルノナデシルシロキシ、ジメチルイコシルシロキシ、ジメチルヘンイコシルシロキシ、ジメチルドコシルシロキシ、ジメチルトリアコンチルシロキシ、トリデシルシロキシ、トリウンデシルシロキシ、トリドデシルシロキシ、トリトリデシルシロキシ、トリテトラデシルシロキシ、トリペンタデシルシロキシ、トリヘキサデシルシロキシ、トリヘプタデシルシロキシ、トリオクタデシルシロキシ、トリノナデシルシロキシ、トリイコシルシロキシ、トリヘンイコシルシロキシ、トリドコシルシロキシまたはトリトリアコンチルシロキシ);
(ix)置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基(例えば、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリプロピルシリル、ジメチルt-ブチルシリル、ジメチルシペンチルシリル、ジメチルヘキシルシリル、ジメチルヘプチルシリル、ジメチルオクチルシリル、ジメチルノニルシリル、ジメチルデシルシリル、ジメチルウンデシルシリル、ジメチルドデシルシリル、ジメチルトリデシルシリル、ジメチルテトラデシルシリル、ジメチルペンタデシルシリル、ジメチルヘキサデシルシリル、ジメチルヘプタデシルシリル、ジメチルオクタデシルシリル、ジメチルノナデシルシリル、ジメチルイコシルシリル、ジメチルヘンコシルシリル、ジメチルドコシルシリル、ジメチルトリアコンチルシリル、トリデシルシリル、トリウンデシルシリル、トリドデシルシリル、トリトリデシルシリル、トリテトラデシルシリル、トリペンタデシルシリル、トリヘキサデシルシリル、トリヘプタデシルシリル、トリオクタデシルシリル、トリノナデシルシリル、トリイコシルシリル、トリヘンイコシルシリル、トリドコシルシリルまたはトリトリアコンチルシリル);
(x)シアノ基;
(xi)置換されていてもよいアミノ基。好ましくは、C1-30アルキル基でモノまたはジ置換されていてもよいアミノ基;
(xii)置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基(例えば、メチルオキシカルボニル、エチルオキシカルボニル、n-若しくは iso-プロピルオキシカルボニル、n-, iso-, sec-,若しくは t-ブチルオキシカルボニル、ペンチルオキシカルボニル、ヘキシルオキシカルボニル、ヘプチルオキシカルボニル、オクチルオキシカルボニル、ノニルオキシカルボニル、デシルオキシカルボニル、ウンデシルオキシカルボニル、ドデシルオキシカルボニル、トリデシルオキシカルボニル、テトラデシルオキシカルボニル、ペンタデシルオキシカルボニル、ヘキサデシルオキシカルボニル、ヘプタデシルオキシカルボニル、オクタデシルオキシカルボニル、ノナデシルオキシカルボニル、イコシルオキシカルボニル、ヘンイコシルオキシカルボニル、ドコシルオキシカルボニルまたはトリアコンチルオキシカルボニル);および
(xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基(例えば、メチルカルボニル、エチルカルボニル、n-若しくは iso-プロピルカルボニル、n-, iso-, sec-,若しくは t-ブチルカルボニル、ペンチルカルボニル、ヘキシルカルボニル、ヘプチルカルボニル、オクチルカルボニル、ノニルカルボニル、デシルカルボニル、ウンシイルカルボニル、ドデシルカルボニル、トリデシルカルボニル、テトラデシルカルボニル、ペンタデシルカルボニル、ヘキサデシルカルボニル、ヘプタデシルカルボニル、オクタデシルカルボニル、ノナデシルカルボニル、イコシルカルボニル、ヘンイコシルカルボニル、ドコシルカルボニルまたはトリアコンチルカルボニル)からなる。
 Ar環としては、さらに置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよいC6-10芳香族炭化水素環(アレーン)が好ましく、C6-10アレーンがより好ましく、なかでもベンゼン環が特に好ましい。
 Rは、置換基A群から選択される置換基を示す。ここで、置換基A群は、
(i)置換されていてもよいC10-30アルコキシ基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC10-30アルコキシ基(例えば、デシルオキシ、ウンデシルオキシ、ドデシルオキシ、トリデシルオキシ、テトラデシルオキシ、ペンタデシルオキシ、ヘキサデシルオキシ、ヘプタデシルオキシ、オクタデシルオキシ、ノナデシルオキシ、イコシルオキシ、ヘンイコシルオキシ、ドコシルオキシまたはトリアコンチルオキシ);
(ii)置換されていてもよいC10-30アルキル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC10-30アルキル基(例えば、デシル、ウンデシル、ドデシル、トリデシル、テトラデシル、ペンタデシル、ヘキサデシル、ヘプタデシル、オクタデシル、ノナデシル、イコシル、ヘンイコシル、ドコシルまたはトリアコンチル);
(iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基(例えば、デシルスルファニル、ウンデシルスルファニル、ドデシルスルファニル、トリデシルスルファニル、テトラデシルスルファニル、ペンタデシルスルファニル、ヘキサデシルスルファニル、ヘプタデシルスルファニル、オクタデシルスルファニル、ノナデシルスルファニル、イコシルスルファニル、ヘンイコシルスルファニル、ドコシルスルファニルまたはトリアコンチルスルファニル);
(iv)置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基(例えば、デシルスルフィニル、ウンデシルスルフィニル、ドデシルスルフィニル、トリデシルスルフィニル、テトラデシルスルフィニル、ペンタデシルスルフィニル、ヘキサデシルスルフィニル、ヘプタデシルスルフィニル、オクタデシルスルフィニル、ノナデシルスルフィニル、イコシルフィニル、ヘンイコシルスルフィニル、ドコシルスルフィニルまたはトリアコンチルスルフィニル);
(v)置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基(例えば、デシルスルホニル、ウンデシルスルホニル、ドデシルスルホニル、トリデシルスルホニル、テトラデシルスルホニル、ペンタデシルスルホニル、ヘキサデシルスルホニル、ヘプタデシルスルホニル、オクタデシルスルホニル、ノナデシルスルホニル、イコシルホニル、ヘンイコシルスルホニル、ドコシルスルホニルまたはトリアコンタチスルホニル);
(vi)置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基(例えば、ジメチルデシルシロキシ、ジメチルウンデシルシロキシ、ジメチルドデシルシロキシ、ジメチルトリデシルシロキシ、ジメチルテトラデシルシロキシ、ジメチルペンタデシルシロキシ、ジメチルヘキサデシルシロキシ、ジメチルヘプタデシルシロキシ、ジメチルオクタデシルシロキシ、ジメチルノナデシルシロキシ、ジメチルイコシルシロキシ、ジメチルヘンイコシルシロキシ、、ジメチルドコシルシロキシ、ジメチルトリアコンチルシロキシ、トリデシルシロキシ、トリウンデシルシロキシ、トリドデシルシロキシ、トリトリデシルシロキシ、トリテトラデシルシロキシ、トリペンタデシルシロキシ、トリヘキサデシルシロキシ、トリヘプタデシルシロキシ、トリオクタデシルシロキシ、トリノナデシルシロキシ、トリイコシルシロキシ、トリヘンイコシルシロキシ、トリドコシルシロキシまたはトリトリアコンチルシロキシ);および
(vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。好ましくは、C1-6アルコキシ基、C6-10アリール基、C6-10アリールオキシ基、ハロゲン原子、ジC1-6アルキルアミノ基;シアノ基等から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基(例えば、ジメチルデシルシリル、ジメチルウンデシルシリル、ジメチルドデシルシリル、ジメチルトリデシルシリル、ジメチルテトラデシルシリル、ジメチルペンタデシルシリル、ジメチルヘキサデシルシリル、ジメチルヘプタデシルシリル、ジメチルオクタデシルシリル、ジメチルノナデシルシリル、ジメチルイコシルシリル、ジメチルヘンイコシルシリル、ジメチルドコシルシリル、ジメチルトリアコンチルシリル、トリデシルシリル、トリウンデシルシリル、トリドデシルシリル、トリトリデシルシリル、トリテトラデシルシリル、トリペンタデシルシリル、トリヘキサデシルシリル、トリヘプタデシルシリル、トリオクタデシルシリル、トリノナデシルシリル、トリイコシルシリル、トリヘンイコシルシリル、トリドコシルシリルまたはトリトリアコンチルシリル)からなる。
 Rとしては、置換されていてもよいC10-30アルコキシ基が好ましく、なかでもドコシルオキシ基、イコシルオキシ基、オクタデシルオキシ基、ヘキサデシルオキシ基またはテトラデシルオキシ基がより好ましく、オクタデシルオキシ基またはテトラデシルオキシ基がさらに好ましい。
 Rは、独立して、上記した置換基B群から選択される置換基を示す。
 Rとしては、ハロゲン原子または置換されていてもよいC1-30アルコキシ基が好ましく、なかでもハロゲン原子、ドコシルオキシ基、イコシルオキシ基、オクタデシルオキシ基、ヘキサデシルオキシ基、またはテトラデシルオキシ基がより好ましく、フッ素原子、オクタデシルオキシ基またはテトラデシルオキシ基がさらに好ましい。
 Rの別の好ましい態様としては、置換されていてもよいC10-30アルコキシ基(好ましくは、ドコシルオキシ基、イコシルオキシ基、オクタデシルオキシ基、ヘキサデシルオキシ基またはテトラデシルオキシ基)が挙げられる。
 nは、1ないし4の整数を示す。
 nは、好ましくは1ないし3の整数であり、より好ましくは1または2である。
 本発明の新規ヌクレオシドモノマーの好適な具体例としては以下が挙げられる:
式(I)において、
Xが、ヒドロキシ基の保護基(好ましくは、トリチル型保護基(特に、DMTr基))であり;
 Rが、水素原子または脂肪族アシル型保護基(好ましくは、レブリニル基)であり;
 Yが、保護されていてもよいヒドロキシ基(好ましくは、トリチル型保護基で保護されたヒドロキシ基またはシリル型保護基で保護されたヒドロキシ基(さらに好ましくは、TBDMSで保護されたヒドロキシ基))、水素原子、または置換されていてもよいC1-6アルコキシ基(好ましくは、メトキシ)であり;
 Baseが、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、またはウラシル(好ましくは、チミン、シトシンまたはウラシル)であり;
 Zが、酸素原子であり;
 Ar環が、C6-10アレーン(好ましくは、ベンゼン環)であり;
 Rが、置換されていてもよいC10-30アルコキシ基(好ましくは、ドコシルオキシ基、イコシルオキシ基、オクタデシルオキシ基、ヘキサデシルオキシ基またはテトラデシルオキシ基)であり;
 Rが、独立して、ハロゲン原子または置換されていてもよいC1-30アルコキシ基(例、ドコシルオキシ基、イコシルオキシ基、オクタデシルオキシ基、ヘキサデシルオキシ基、またはテトラデシルオキシ基)であり;
 nが、1または2
である化合物またはその塩。
 本発明の式(I)で表される化合物は、その塩の形態にあってもよい。そのような塩としては、例えば、硫酸塩、硝酸塩、過塩素酸塩、リン酸塩、炭酸塩、重炭酸塩、フッ化水素酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩などの無機酸塩;酢酸塩、シュウ酸塩、マレイン酸塩、酒石酸塩、フマル酸塩、クエン酸塩などの有機カルボン酸塩;メタンスルホン酸塩、トリフルオロメタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、トルエンスルホン酸塩、カンファースルホン酸塩などの有機スルホン酸塩;アスパラギン酸塩、グルタミン酸塩などのアミノ酸塩;四級アミン塩;ナトリウム塩、カリウム塩などのアルカリ金属塩;マグネシウム塩、カルシウム塩などのアルカリ土類金属塩が挙げられる。
 以下に、本発明の式(I)および式(II)で表される化合物の製造法について説明する。
 以下の反応における、原料または製造中間体は、それぞれ塩であってもよい。そのような塩としては、本発明の式(I)で表される化合物の塩として例示したものが挙げられる。
 また、以下の各反応において、原料化合物が置換基としてアミノ基、カルボキシル基、水酸基または水酸基を有する場合、これらの基は、一般的に用いられるような保護基が導入されていてもよい。この場合、反応後に、必要に応じて保護基を除去することにより目的化合物を得ることができる。
 アミノ基の保護基としては、例えば、ホルミル基、それぞれ置換基を有していてもよい、C1-6アルキル-カルボニル基(例、アセチル、エチルカルボニル等)、フェニルカルボニル基、C1-6アルキルオキシ-カルボニル基(例、メトキシカルボニル、エトキシカルボニル、tert-ブトキシカルボニル(Boc)等)、アリルオキシカルボニル(Alloc)基、フェニルオキシカルボニル基、フルオレニルメトキシカルボニル(Fmoc)基、C7-10アルキル-カルボニル基(例、ベンジルカルボニル等)、C7-10アラルキル-オキシカルボニル基(例、ベンジルオキシカルボニル(Z)等)、C7-10アラルキル基(例、ベンジル等)、2-(トリメチルシリル)エトキシメチル(SEM)基、トリチル基、フタロイル基、N,N-ジメチルアミノメチレン基等が用いられる。これらの置換基としては、フェニル基、ハロゲン原子(例、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等)、C1-6アルキル-カルボニル基(例、メチルカルボニル、エチルカルボニル、ブチルカルボニル等)、ニトロ基等が用いられ、置換基の数は1ないし3個程度である。
 カルボキシル基の保護基としては、例えば、それぞれ置換基を有していてもよい、C1-6アルキル基(例、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、tert-ブチル等)、アリル基、ベンジル基、フェニル基、トリチル基、トリアルキルシリル基等が用いられる。これらの置換基としては、ハロゲン原子(例、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等)、ホルミル基、C1-6アルキル-カルボニル基(例、アセチル、エチルカルボニル、ブチルカルボニル等)、ニトロ基等が用いられ、置換基の数は1ないし3個程度である。
 水酸基の保護基としては、例えば、それぞれ置換基を有していてもよい、C1-6アルキル基(例、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、tert-ブチル等)、C7-10アラルキル基(例、ベンジル等)、ホルミル基、C1-6アルキル-カルボニル基(例、アセチル、エチルカルボニル等)、ベンゾイル基、C7-10アラルキル-カルボニル基(例、ベンジルカルボニル等)、テトラヒドロピラニル基、フラニル基、シリル基等が用いられる。これらの置換基としては、ハロゲン原子(例、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等)、C1-6アルキル基(例、メチル、エチル、n-プロピル等)、フェニル基、C7-10アラルキル基(例、ベンジル等)、C1-6アルコキシ基(例、メトキシ、エトキシ、n-プロポキシ等)、ニトロ基等が用いられ、置換基の数は1ないし4個程度である。
 これらの保護基の導入あるいは除去は、自体公知の方法、例えば、Wiley-Interscience社、2006年刊、「Protective Groups in Organic Synthesis, 4thEd.」(Wuts et.al. 著)に記載の方法等に準じて行えばよい。
 本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物は、例えば、下記式(a):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000048

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
で表わされる化合物と、下記式(b):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000049

[式中、Gは脱離基を示し、他の記号は前記と同義を示す。]
で表わされる化合物とを反応させることによって製造することができる。式(b)においてGで示される脱離基としては、ハロゲン原子;アセチルオキシ、プロピオニルオキシ、ブチリルオキシなどのC1-6アシルオキシ基;トリフルオロメタンスルホニルオキシなどのハロゲン化されていてもよいC1-6アルキルスルホニルオキシ基;フェニルスルホニルオキシなどのC6-10アリールスルホニルオキシ基;アゾリル基などが挙げられる。式(a)の化合物は、公知または市販のヌクレオシド化合物から、自体公知の反応により製造することができる。また、式(b)の化合物も、自体公知の方法(例えば、式(b)においてGがOHである化合物を、ハロゲン化反応に付す方法)により製造することができる。
 式(a)の化合物と式(b)の化合物の反応は、例えば、ピリジン、N,N-ジメチルホルムアミド、1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン、アセトン、塩化メチレン、クロロホルム、ジオキサン、アセトニトリル、ベンゼン、トルエン、ジエチルエーテル、テトラヒドロフラン、t-ブチルメチルエーテルなどの反応を阻害しない溶媒中で、0℃から100℃で5分間から72時間反応させることにより行うことができる。本反応は、例えば、トリエチルアミン、トリブチルアミン、N,N’-ジイソプロピルエチルアミン、1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]-7-ウンデセンなどの有機塩基;水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、炭酸水素ナトリウム、炭酸ナトリウム、炭酸セシウム、フッ化セシウムなどの無機塩基;n-ブチルリチウム、リチウムジイソプロピルアミド、(ジエチルアミノ)リチウムなどの有機金属化合物;クロロトリメチルシラン、クロロトリエチルシランなどの反応促進剤の存在下に行うこともできる。
 なお、式(I)で表される化合物またはその塩には、同位元素(例、H、14C、35S、125I等)等で標識された化合物またはその塩も包含される。
 また、HをH(D)に変換した重水素変換体も、式(I)で表される化合物またはその塩に包含される。
 さらに、式(I)で表される化合物またはその塩には、溶媒和物(例、水和物等)であっても、無溶媒和物(例、非水和物等)も包含される。
 式(I)で表される化合物またはその塩は、核酸モノマーや核酸オリゴマーとのカップリング反応に使用できる。式(I)で表される化合物またはその塩を用いることにより、上記反応における各反応毎のカラムクロマト精製を回避して容易に生成物を精製する可能ことが可能となる。また各反応毎のカラムクロマト精製を回避することにより、優れた収率で精製物を回収することができる。また、式(I)で表される化合物またはその塩を用いることにより、3’方向へも、5’方向へも塩基を伸張させることが可能となるとなる。さらに、式(I)で表される化合物またはその塩を用いた液相合成法により、核酸オリゴマーを効率的に大量合成できる。なお、上記カップリング反応において式(I)で表される化合物またはその塩は1以上用いられていればよく、その数は限定されない。
 なお、式(I)において、RおよびRの一つが、スルファニル基、スルフィニル基、スルホニル基、シロキシ基またはシリル基である化合物も、式(I)で表される化合物と同様に製造し、核酸モノマーや核酸オリゴマーとのカップリング反応に使用することができる。
2.核酸オリゴマーの製造
 本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物を用いて、核酸オリゴマーを製造することができる。このような核酸オリゴマーとしては、例えば、下記式(II):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000050

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩が挙げられる。式(II)において、Yは、それぞれの構成単位において独立して、水素原子、ヒドロキシ基、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示す。Yにおける、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基のC1-6アルコキシ基としては、前記Yとして例示したものが挙げられる。
 Yは、好ましくは水素原子またはヒドロキシ基である。
 Qは、好ましくは酸素原子または硫黄原子である。
 r、r’は、それぞれ0ないし100の整数、好ましくは0ないし3の整数である。
 式(II)で表される化合物またはその塩は、下記(a0)の工程および(b0)の工程により製造することができる。
1)(a0)の工程
 下記式(I):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000051

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を用いて、下記式(IV’):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000052

[式中、各記号は前記と同意義を示す。]
で表わされる化合物またはその塩を製造する。式(IV’)において、Prは、独立して、(i)Qが酸素原子のときは、水素原子、保護されたヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、保護されたヒドロキシ基を示す。
 ここで、Prで示される保護されたヒドロキシ基または保護されたチオール基における保護基としては、例えば、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、イソブチル、s-ブチル、t-ブチル、ペンチル、イソペンチルなどのC1-6アルキル基;2-シアノエチル、2-シアノ-1,1-ジメチルエチルなどのシアノ化C1-6アルキル基;置換シリル基で置換されたエチル基(例、2-メチルジフェニルシリルエチル、2-トリメチルシリルエチル、2-トリフェニルシリルエチル);2,2,2-トリクロロエチル、2,2,2-トリブロモエチル、2,2,2-トリフルオロエチルなどのハロゲン化C1-6アルキル基;エテニル、1-プロペニル、2-プロペニル、1-メチル-2-プロペニル、1-メチル-1-プロペニルなどのC2-6アルケニル基;シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシルなどのC3-6シクロアルキル基;C1-6アルキル基、ハロゲン原子およびニトロ基から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいシアノ化C1-6アルケニル基(例、2-シアノブテニル);ベンジル、α-ナフチルメチル、β-ナフチルメチルなどのC7-11アラルキル基;C1-6アルキル基、ハロゲン原子およびニトロ基から選ばれる1ないし3個の置換基で置換されていてもよいC6-10アリール基(例、フェニル、インデニル、ナフチル)が挙げられる。
 好ましいPrとしては、シアノ化C1-6アルキル基(なかでも、2-シアノエチルが好ましい)で保護されたヒドロキシ基が挙げられる。
 式(IV’)においては、Qが酸素原子であり、かつ、Prが水素原子、保護されたヒドロキシ基または保護されたチオール基を示す場合(なかでも、2-シアノエチルで保護されたヒドロキシ基が好ましい)が好ましい。
 Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000053

[式中、各記号は前記と同意義を示す。]
で表わされる化合物またはその塩を示す。
ここで、修飾体としては、前記Baseとして例示したものが挙げられる。
 (a0)の工程では、本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物を出発原料として、それらのモノマー化合物同士を、ホスホロアミダイト法、ジハロホスフィン誘導体を用いる方法、H-ホスホネート法などにより、カップリングさせて、2量体とし、必要に応じて酸化反応あるいは硫黄化反応に付した後、更に、同様のカップリングを繰り返し、あるいは、2量体や3量体などのオリゴマー同士をカップリングし、必要に応じて酸化反応あるいは硫黄化反応に付し、これらのカップリングを適当に組み合せて繰り返し、次いで、酸化反応あるいは硫黄化反応に付し、最後に、5’末端のヌクレオシド部分を、脱保護反応により5-OH体に変換することにより、式(IV’)で表される化合物またはその塩を製造することができる。これらの製造方法については、ホスホロアミダイト法、ジハロホスフィン誘導体を用いる方法、H-ホスホネート法などを例にとって、後に詳細に説明する。
2)(b0)の工程
 (b0)の工程では、(a0)の工程で得られた式(IV’)で表される化合物またはその塩と、更に、本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物あるいは、その2量体や3量体などのオリゴマーを、ホスホロアミダイト法、ジハロホスフィン誘導体を用いる方法、H-ホスホネート法などにより、カップリングさせて、必要に応じて酸化反応あるいは硫黄化反応に付し、同様のカップリングとその都度必要に応じて酸化反応あるいは硫黄化反応を行い、最後に、得られた核酸オリゴマー中の各ヌクレオシドの塩基部分に置換された下記式(c):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000054

[式中、各記号は前記と同意義を示す。]
で表わされる部分や塩基部分の保護基を除去し、また、必要に応じて、各ヌクレオシドの保護されたヒドロキシ基を、脱保護反応によりフリー体に変換することにより、式(II)で表される化合物またはその塩を製造することができる。これらの製造方法については、ホスホロアミダイト法、ジハロホスフィン誘導体を用いる方法、H-ホスホネート法などを例にとって、後に詳細に説明する。
3.ホスホロアミダイト法による核酸オリゴマーの製造
 本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物を用いて、ホスホロアミダイト法により、以下に説明する(a1)、(b1)および(c1)の工程を実施して、式(II)で表される化合物またはその塩を製造することができる。なお、ホスホロアミダイト法による核酸オリゴマーの製造については、日本化学会編 第5版 実験化学講座16 有機化合物IV 2010年 377-381頁などが参照される。
1)(a1)の工程
 (a1)の工程では、核酸合成で使われるカップリング試薬の存在下に、下記式(III):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000055

[式中、各記号は前記と同意義を示す。]
で表される化合物またはその塩と、下記式(IV):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000056

[式中、各記号は前記と同意義を示す。]
で表される化合物またはその塩とを反応させて、下記式(V):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000057

[式中、各記号は前記と同意義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する。
 式(III)において、Xはヒドロキシ基の保護基を示す。該ヒドロキシ基の保護基としては、前記XおよびRにおけるヒドロキシ基の保護基と同様のものが挙げられる。Xとしては、トリチル型保護基が好ましく、なかでもDMTrが好ましい。
 Prは、各構成単位において独立して、保護されたヒドロキシ基を示す。該ヒドロキシ基の保護基としては、例えば、前記Prにおけるヒドロキシ基の保護基が挙げられる。Prは、好ましくはシアノ化C1-6アルキル基で保護されたヒドロキシ基であり、さらに好ましくは2-シアノエチルで保護されたヒドロキシ基である。
 Pr2aは、置換されたアミノ基を示す。該アミノ基は置換基でモノまたはジ置換されていてもよい。そのような置換基としては、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、t-ブチル、ペンチル、ヘキシルなどのC1-6アルキル基を挙げることができる。Pr2aの好ましい例として、ジメチルアミノ、ジエチルアミノ、ジプロピルアミノ、ジイソプロピルアミノ、ジブチルアミノを挙げることができる(なかでも、ジイソプロピルアミノが好ましい)。また、Pr2aで示される置換されたアミノ基としては、モルホリニル、ピロリジニルなどの環状アミノ基も含まれる。
 Prはヒドロキシ基の保護基を示し、該ヒドロキシ基の保護基としては、前記XおよびRにおけるヒドロキシ基の保護基が挙げられる。Prとしては、脂肪族アシル型保護基が好ましく、なかでもレブリニル基が好ましい。
 式(III)で表される化合物またはその塩は、下記式(d):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000058

[式中、X、Pr、Q、Base、Yおよびrは、上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩と、下記式(e):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000059

[式中、Jは脱離基を示し、PrおよびPr2aは、上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩とを反応させることにより得られる。Jで示される脱離基としては、上記Gとして例示した脱離基に加え、C1-6アルキル基で置換されていてもよいアミノ基(例、ジイソプロピルアミノ)が挙げられる。式(d)で表される化合物またはその塩と式(e)で表される化合物またはその塩との反応は、例えば、N,N-ジメチルホルムアミド、アセトン、塩化メチレン、クロロホルム、ジオキサン、アセトニトリル、ベンゼン、トルエン、テトラヒドロフラン、tert-ブチルメチルエーテルなどの反応を阻害しない溶媒中で、0℃から100℃で5分間から72時間反応させることによって行われる。本反応は、例えば、2,6-ルチジン、コリジン、ピリジン、トリエチルアミン、トリブチルアミン、1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]-7-ウンデセンなどの有機塩基;水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、炭酸セシウム、フッ化セシウムなどの無機塩基;n-ブチルリチウム、リチウムジイソプロピルアミド、(ジエチルアミノ)リチウムなどの有機金属塩基、1-メチルイミダゾールなどの反応促進剤の存在下でも行うことができる。
 式(IV)の化合物またはその塩は、r’が0の場合には、Xが水素原子である本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物をそのまま使用すればよい。r’が1である式(IV)の化合物またはその塩は、Xが水素原子である本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物と、rが0である式(III)の化合物またはその塩とを、以下に説明する(a1)の工程に付すことにより得られる。r’が2以上である式(IV)の化合物またはその塩も、同様に、(a1)の工程を繰り返すことによって製造することができる。
 (a1)の工程で用いる「核酸合成で使われるカップリング試薬」としては、ホスホロアミダイト法において通常使用されているカップリング試薬を挙げることができ、例えば、1H-テトラゾール、ジイソプロピルアンモニウムテトラゾール、5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール、5-ベンゾイルメルカプト-1H-テトラゾール、4,5-ジシアノイミダゾール、4,5-ジクロロイミダゾール、ヒドロキシベンズトリアゾール、1-ヒドロキシ-6-ニトロベンゾロリアゾール、イミダゾリニウムトリフレートを用いることができる。これらのカップリング試薬を用いて、式(III)の化合物またはその塩と、式(IV)の化合物またはその塩とを、アセトニトリル、プロピオニトリル、ブチロニトリル等のアルキルニトリル;塩化メチレン、ジクロロメタン、1,1-ジクロロエタン、1,2-ジクロロエタン、トリクロロエタン等のハロゲン化アルカン;テトラヒドロフラン、ジオキサン、ジメトキシエタン等のエーテル;ジメチルホルムアミド;トルエンなどの適当な有機溶媒中で、-70℃から80℃好ましくは-50℃から50℃で、10分から24時間反応させることによりカップリング反応を実施することができる。本発明では、このカップリング反応は、液相で行うことができる。カップリング反応により、式(III)の化合物またはその塩の3’末端のヌクレオシド部分の3’-OHに導入されたホスホロアミダイト基と、式(IV)の化合物またはその塩の5’末端のヌクレオシド部分の5’-OHとが反応して、式(V)の化合物またはその塩を得ることができる。
 式(V)の化合物またはその塩は、その分子中に、上記した式(c)で表わされる、疎水性基を有する構造部分を有しているため、液相での反応後に、溶媒への溶解性などを利用して、カラムクロマト精製を行うことなく、分離することができる。例えば、反応後に溶媒を濃縮し吸引濾過により分離することができる。
2)(b1)の工程
 (b1)の工程では、上記(a1)の工程で得られた式(V)の化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して下記式(VI):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000060

[式中、各記号は上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する。
 酸化反応には、核酸合成に通常使用される酸化反応を採用することができる。上記酸化反応として、例えば、塩素、臭素、ヨウ素などのハロゲン単体(なかでもヨウ素が好ましい);t-ブチルヒドロペルオキシド、ビス(トリメチルシリル)ペルオキシド、1,1-ジヒドロペルオキシシクロドデカン(特開2008-100976号公報)、m-クロロ過安息香酸などの過酸化物;過酸化水素水、10-(カンファースルホニル)オキサジリジン(M. Manaoharan. Y. Lu et al., Org. Lett., 2, 243 (2000))、四酸化二窒素等の酸化剤を、ピリジン、水、アセトニトリル、テトラヒドロフランなどの単独溶媒もしくはこれらの任意の混合溶媒に、0.01Mから2Mの濃度になるように溶解した溶液中で行う酸化反応が挙げられる。
 硫黄化反応は、ホスホロチオエート結合を持つ修飾核酸の合成に通常使用されている硫黄化反応を採用することができる。上記硫黄化反応として、例えば、硫黄のピリジン懸濁液、硫黄の2,6-ルチジン懸濁液、硫黄のコリジン懸濁液、硫黄の二硫化炭素溶液、テトラエチルチウラムジスルフィド(TETD)(H. Vu et al., Tetrahedron Lett., 32, 3005-3008 (1991)、Beauge試薬(R.P. Lyer et al., J. Am. Chem. Soc., 112, 1253-1254 (1990)、ローソン試薬、フェニルアセチルジスルフィドを用いた硫黄化反応が挙げられる。これらの硫黄化反応には、反応を阻害しない溶媒、例えば、N,N-ジメチルホルムアミド、トルエン、ジクロロメタン、クロロホルム、2,4,6-トリメチルピリジン、2,6-ルチジン、ピリジン、N-メチルピロリドン、アセトン、テトラヒドロフラン、アセトニトリルを用いることもできる。硫黄化反応は、例えば、-80℃から100℃好ましくは-10℃から50℃で5分間から24時間程度、反応液を攪拌することにより実施できる。
 酸化反応あるいは硫黄化反応により、5価のリン酸トリエステル結合を有する式(VI)の化合物またはその塩が得られる。酸化反応あるいは硫黄化反応の後に上記(a1)の工程において一部未反応の式(IV)の化合物またはその塩の5’-OH体が残存している場合には、必要に応じて、得られた溶液をキャッピング反応に付してもよい。キャッピング反応は、無水酢酸/4-ジメチルアミノピリジン系あるいは無水酢酸/ルチジン/N-メチルイミダゾール系のアシル化剤をキャッピング剤として用いる、通常の方法により実施することができる。
3)(c1)の工程
 (c1)の工程では、上記(b1)の工程で得られた式(VI)の化合物またはその塩を、脱保護反応に付して、目的とする式(II)の化合物またはその塩を得る。この脱保護反応により、式(VI)の化合物またはその塩における、X、PrおよびPrのヒドロキシ基の保護基が脱離され、またYがヒドロキシ基の保護基である場合、Yのヒドロキシ基の保護基が脱離され、Baseが下記式:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000061

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
の場合に、Baseに結合した、少なくとも1つの疎水性基(―Rおよび―R)を有する芳香族炭化水素環(Ar)カルボニルもしくはチオカルボニル基が脱離され、同様に、3’末端側のヌクレオシド部分に結合した該カルボニルもしくはチオカルボニル基が脱離される。また、Baseが、チミン、アデニン、グアニン、シトシンまたはウラシルの修飾体、すなわち、チミン、アデニン、グアニン、シトシンまたはウラシルのアミノ基が保護されたものである場合には、これらのアミノ基の保護基も同様に脱離される。
 脱保護反応は、通常の核酸合成に用いられる脱保護反応を採用することができる。例えば、脱保護剤として、濃アンモニア水、メチルアミン水溶液、エチルアミン水溶液、ジメチルアミン水溶液、ジエチルアミン水溶液、水酸化ナトリウム水溶液、炭酸カリウム水溶液などのアルカリ性水溶液と、反応を阻害しない有機溶媒、例えば、エタノール、メタノール、イソプロピルアルコールなどを任意の比率で混合した溶液;あるいは、例えば、メチルアミン、t―ブチルアミン、トリエチルアミン、N,N-ジイソプロピルエチルアミン、1,8-ジアザビシクロ「5.4.0」ウンデカー7-エンなどの有機塩基を反応を阻害しない溶媒、例えば、エタノール、メタノール、イソプロピルアルコール、アセトニトリル、ジメチルスルホキシド、テトラヒドロフランの単独溶媒もしくは任意の比率の混合溶媒に溶解した溶液;あるいはフッ化テトラブチルアンモニウム、フッ化テトラブチルアンモニウムー酢酸、フッ化水素ピリジン、トリエチルアミン・三フッ化水素、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸などを反応を阻害しない有機溶媒、例えば、ジクロロメタン、クロロホルム、1,2-ジクロロエタン、アセトニトリル、テトヒドロフラン、ジメチルスルホキシドなどに溶解した溶液;などを用いることができる。
 かくして、ホスホロアミダイト法により、目的とする式(II)の化合物またはその塩を製造することができる。本発明では、上記したとおり、各工程で用いる合成中間体が、疎水性基を有する構造部分を有しているため、液相での反応後に、各合成化合物を、溶媒への溶解性等を利用して、カラムクロマト精製を行うことなく、抽出の操作やろ過の操作などで分離することができる。例えば、反応後に溶媒を濃縮し吸引濾過により分離することができる。
4.ジハロホスフィン誘導体を用いる核酸オリゴマーの製造
 本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物を用いて、ジハロホスフィン誘導体を用いる方法により、以下に説明する(a2)、(b2)および(c2)の工程を実施して、式(II)の化合物またはその塩を製造することができる。なお、ジハロホスフィン誘導体を用いる核酸オリゴマーの製造については、日本化学会編 第4版 実験化学講座22 金属錯体・遷移金属クラスター 1999年 426-431頁などが参照される。
1)(a2)の工程
 (a2)の工程では、下記式(VII):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000062

[式中、Pr2bはハロゲン原子を示し、その他の各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩と、下記式(IV):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000063

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩とを反応させて、下記式(V):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000064

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する。
 式(VII)において、Pr2bは、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素などのハロゲン原子を示す。
 式(VII)の化合物またはその塩は、下記式(d):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000065

[式中、X、Pr、Q、Base、Yおよびrは、上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩と、下記式(f)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000066

[式中、Halはハロゲン原子を示し、PrおよびPr2bは、上記と同義を示す。]
で表わされるホスファイト化剤を反応させることにより得られる。式(f)のHalのハロゲン原子の例としては、塩素が挙げられる。Pr2bのハロゲン原子としては、塩素が好ましい。上記ホスファイト化剤としては、例えば、2-シアノエチル=ホスホロジクロリダイト、メチル=ホスホロジクロリダイド、2,2,2-トリクロロエチル=ホスホロジクロリダイド、2,2,2-トリクロロ-1,1-ジメチルエチル=ホスホロジクロリダイド、アリル=ホスホロジクロリダイドおよび2-クロロフェニル=ホスホロジクロリダイドが挙げられる。
 式(d)の化合物またはその塩と、式(f)で表されるホスファイト化剤との反応は、コリジン、2,6-ルチジンなどの反応促進剤の存在下に行うこともできる。式(d)の化合物またはその塩と式(f)で表されるホスファイト化剤との反応は、テトラヒドロフラン、N,N-ジメチルホルムアミド、アセトン、クロロホルム、ジクロロメタン、ジオキサン、t-ブチルメチルエーテル、アセトニトリル、ベンゼン、トルエンなどの反応を阻害しない溶媒中で、例えば、コリジン、2,6-ルチジンの存在下、-78℃から50℃で5分間から72時間反応させることにより実施することができる。
 かくして得られる式(VII)の化合物またはその塩と、式(IV)の化合物またはその塩との反応は、通常、上記した式(d)の化合物またはその塩と式(f)で表されるホスファイト化剤との反応後に、そのまま引き続いて、式(IV)の化合物またはその塩を加えて反応を継続することによって実施することができる。
 このようにして、式(d)の化合物またはその塩と、式(f)のホスファイト化剤(例えば、メチル=ホスホロジクロリダイド、2,2,2-トリクロロエチル=ホスホロジクロリダイドなどのジハロホスフィン誘導体)を反応させて、式(VII)の化合物またはその塩を得て、引き続き、式(IV)の化合物またはその塩を反応させることにより、式(VII)の化合物またはその塩の3’末端のヌクレオシド部分の3’-OHに導入されたホスファイト基と、式(IV)の化合物またはその塩の5’末端のヌクレオシド部分の5’-OHが結合して、式(V)の化合物またはその塩を得ることができる。
 ホスホロアミダイト法による核酸オリゴマーの製造において説明したように、式(V)の化合物またはその塩は、その分子中に、上記した式(c)で表わされる、疎水性基を有する構造部分を有しているため、液相での反応後に、溶媒への溶解性などを利用して、カラムクロマト精製を行うことなく、分離することができる。例えば、反応後に溶媒を濃縮し吸引濾過により分離することができる。また、式(V)の化合物またはその塩を、単離することなく、そのまま、次の(b2)の工程に付すこともできる。
2)(b2)の工程
 (b2)の工程では、上記したホスホロアミダイト法の(b1)の工程と同様に、上記(a2)の工程で得られた式(V)の化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して、式(VI)の化合物またはその塩を製造する。酸化反応、硫黄化反応、その後に必要に応じて行うキャッピング反応は、上記したホスホロアミダイト法の(b1)の工程で説明した方法と同様に行うことができる。
3)(c2)の工程
 (c2)の工程では、上記したホスホロアミダイト法の(c1)の工程と同様に、上記(b2)の工程で得られた式(VI)の化合物またはその塩を、脱保護反応に付して、目的とする式(II)の化合物またはその塩を製造する。脱保護反応は、ホスホロアミダイト法の(c1)の工程で説明した方法と同様に行うことができる。
 かくして、ジハロホスフィン誘導体を用いる方法により、目的とする式(II)の化合物またはその塩を製造することができる。ジハロホスフィン誘導体を用いる方法においても、上記したとおり、各工程で用いる合成中間体が、疎水性基を有する構造部分を有しているため、液相での反応後に、各合成化合物を、カラムクロマト精製を行うことなく、分離することができる。例えば、反応後に溶媒を濃縮し吸引濾過により分離することができる。
5.H-ホスホネート法を用いる核酸オリゴマーの製造
 本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物を用いて、H-ホスホネート法を用いる方法により、以下に説明する(a3)、(b3)および(c3)の工程を実施して、式(II)の化合物またはその塩を製造することができる。
 先ず、本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物を用いるH-ホスホネート法について、以下に、概略的な反応スキームを用いて、その概略を説明する。
 以下の反応スキーム1に示すように、H-ホスホネート法は、化合物1のH-ホスホネートに対して、化合物2の5-OHをピバロイルクロリドなどのカップリング試薬の存在下でカップリングさせることによる、核酸モノマーもしくは核酸オリゴマーユニット同士をH-ホスホネート構造により結合させる方法である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000067

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
 得られる化合物3は、反応スキーム2に示すように、化合物3は対応するリン酸エステルもしくはチオリン酸エステルへ誘導される。すなわち、化合物3に対してヨウ素等の酸化剤を用いて、直接酸化して化合物4へ誘導することができ、また、硫黄化(RSは、保護されたチオール基を示す。該チオール基の保護基として、前記Prで示される保護されたチオール基における保護基と同一の保護基が挙げられる。)した化合物5から誘導することもできる。また、化合物3を直接硫黄化(酸化)して化合物6に誘導することもでき、化合物5から脱保護して化合物6へ誘導することもできる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000068

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
 これらの概略的説明を踏まえて、以下に、(a3)、(b3)および(c3)の工程を実施して、式(II)の化合物またはその塩の核酸オリゴマーを製造する方法について説明する。なお、これらの方法については、Colin B. Reese et al., J. Chem. Soc., Perkin Trans. I, 1999, 1477-1468;Colin B. Reese et al., J. Chem. Soc., Perkin Trans. I, 2002, 2619-2633 などの文献が参照される。また、H-ホスホネート法を用いる核酸オリゴマーの製造については、日本化学会編 第5版 実験化学講座16 有機化合物IV 2010年 381-384頁などが参照される。
1)(a3)の工程
 (a3)の工程では、下記式(VIII):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000069

[式中、Xは、カチオンを示し、
 Prは、Qが酸素原子のときは、水素原子、保護されたヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、Qが硫黄原子のときは、保護されたヒドロキシ基を示し、
 その他の各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩と、核酸合成で使われるカップリング試薬の存在下に、下記式(IX):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000070

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩とを反応させて、下記式(X):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000071

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する。この工程(a3)は、上記反応スキーム1の反応に相当する。
 式(VIII)において、Xは、カチオンを示し、カチオンとしては、例えば、置換されていてもよいアンモニウムイオンまたは金属イオンを挙げることができる。ここで、置換されたアンモニウムイオンとしては、例えば、メチルアンモニウムイオン、エチルアンモニウムイオン、イソブチルアンモニウムイオンなどのモノC1-6アルキルアンモニウムイオン;ジメチルアンモニウムイオン、ジエチルアンモニウムイオン、ジイソブチルアンモニウムイオンなどのジC1-6アルキルアンモニウムイオン;トリメチルアンモニウムイオン、トリエチルアンモニウムイオンなどのトリC1-6アルキルアンモニウムイオン;N-エチル-N-イソプロピルプロパン-2-アミニウムおよび3,4,5,6,7,8,9,10-オクタヒドリド-2H-ピリミド[1,2-a]アゼピン-5-イウムが挙げられる。金属イオンとしては、例えば、ナトリウムイオン、カリウムイオン、リチウムイオンが挙げられる。
 ここで、式(VIII)の化合物は、Qが酸素原子のときには、例えば、以下の構造を有する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000072

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
 化合物7は、Prが水素原子、化合物8は、Prがシアノエチル基で保護されたヒドロキシ基、化合物9は、Prがシアノエチル基で保護されたチオール基である化合物にそれぞれ相当する。
 Qが硫黄原子のときには、式(VIII)の化合物は例えば以下の構造を有する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000073

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
化合物10は、Prがシアノエチル基で保護されたヒドロキシ基である化合物に相当する。
 式(VIII)の化合物またはその塩は、例えば下記式(g):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000074

[式中、X、Pr、Q、BaseおよびYは、上記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩と、p-トルイルH-ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩などの塩とピバロイルクロライドなどの促進剤の存在下で、ピリジン中で、-78℃~50℃好ましくは-78℃~10℃で反応させることにより得ることができる。また、式(g)の化合物またはその塩と、亜リン酸ジフェニル、ジ(t-ブチル)N,N-ジエチルホスホロアミダイト、ジ(トリベンジルメチル)N,N-ジエチルホスホロアミダイト、ジ(2-トリメチルシリル-1,1-ジメチルエチル)N,N-ジエチルホスホロアミダイトなどのホスフィチル化剤とを反応させて、式(g)の化合物またはその塩を、ホスフィチル化し、次いで、トリエチルアミン、トリブチルアミンなどの3級アミンあるいは水酸化カリウム、水酸化リチウムなどの水酸化アルカリ金属で処理することにより、3’-H-ホスホネートとして得ることができる。
 式(IX)の化合物またはその塩は、r’が0の場合には、Xが水素原子であり、Rがヒドロキシ基の保護基である本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物をそのまま使用すればよい。r’が1である式(IX)の化合物またはその塩は、Xが水素原子である本発明の新規ヌクレオシドモノマー化合物と、rが0である式(III)の化合物またはその塩とを、例えば、前記したホスホロアミダイト法によりカップリング反応に付して、次いで、酸化または硫黄化反応に付し、必要に応じて、例えば、シアノエチル基をなどの保護基をヒドロキシ基またはチオール基に導入することにより製造することができる。r’が2以上である式(IX)の化合物またはその塩も、同様の反応を繰り返すことによって製造することができる。
 (a3)の工程で用いる、核酸合成で使われるカップリング試薬としては、H-ホスホネート法において通常使用されているカップリング試薬を挙げることができ、例えば、ピバロイルクロリド、2-(ベンゾイルトリアゾール1-イルオキシ)―1,3-ジメチル-2-ピロリジン-1-イル-1,3,2-ジアザホスホリジリニウム ヘキサフルオレート(BOMP)、N,N-ビス(2-オキサゾリジニル)ホスホニッククロリド(BopCl)、ベンゾイルクロライド、無水安息香酸を用いることができる。
 これらのカップリング試薬を用いて、式(VIII)の化合物またはその塩と、式(IX)の化合物またはその塩とを、塩化メチレン、クロロホルム、テトラヒドロフラン、ジオキサン、ジメトキシエタン、N,N-ジメチルホルムアミド、アセトニトリル、トルエン、ピリジンなどの適当な有機溶媒中で、-60℃から100℃好ましくは-20から50℃で、10分から24時間反応させることにより、カップリング反応を実施することができる。本発明では、このカップリング反応は、液相で行うことができる。カップリング反応により、式(VIII)の化合物またはその塩の3’末端のヌクレオシド部分の3-OHに導入された亜リン酸ジエステル基と、式(IX)の化合物またはその塩の5’末端のヌクレオシド部分のフリー体の5-OHとが結合して、式(X)の化合物またはその塩を得ることができる。
2)(b3)の工程
 (b3)の工程では、上記(a3)の工程で得られた式(X)の化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して、下記式(XI):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000075

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
で表される化合物またはその塩を製造する。
 式(XI)において、Prは、(i)Qが酸素原子のときは、保護されていてもよいヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、保護されたヒドロキシ基を示し、Prは、(i)Qが酸素原子のときは、ヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、ヒドロキシ基を示す。ここで、保護されていてもよいヒドロキシ基および保護されたチオール基における保護基としては、前記Prについて例示した保護基が同様に挙げられる。
 Prは、好ましくは保護されたヒドロキシ基であり、なかでもシアノ化C1-6アルキル基で保護されたヒドロキシ基が好ましく、とりわけ2-シアノエチルで保護されたヒドロキシ基が好ましい。
 Prは、好ましくは保護されたヒドロキシ基であり、なかでもシアノ化C1-6アルキル基で保護されたヒドロキシ基が好ましく、とりわけ2-シアノエチルで保護されたヒドロキシ基が好ましい。
 (b3)の工程では、上記したホスホロアミダイト法の(b1)の工程と同様に、上記(a3)の工程で得られた式(X)の化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して、式(XI)の化合物またはその塩を製造する。酸化反応、硫黄化反応、その後に必要に応じて行うキャッピング反応は、上記したホスホロアミダイト法の(b1)の工程で説明した方法と同様に行うことができる。
 ここで、式(XI)の化合物におけるPrは、PrからH-ホスホネート構造を除いた置換基に相当する。Qが酸素原子のとき、式(XI)の化合物は、例えば、以下の構造(または、以下の構造に塩を付した構造)を有する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000076

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
 化合物11は、Prがヒドロキシ基、化合物12は、Prがチオール基、化合物13は、Prがシアノエチル基で保護されたチオール基である化合物にそれぞれ相当する。
 Qが硫黄原子のとき、式(XI)の化合物は、例えば、以下の構造(または、以下の構造に塩を付した構造)を有する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000077

[式中、各記号は前記と同義を示す。]
化合物12’は、Prがヒドロキシ基である化合物に相当する。
3)(c3)の工程
 (c3)の工程では、上記したホスホロアミダイト法の(c1)の工程と同様に、上記(b3)の工程で得られた式(XI)の化合物またはその塩を、脱保護反応に付して、目的とする式(II)の化合物またはその塩を製造する。脱保護反応は、上記したホスホロアミダイト法の(c1)の工程で説明した方法と同様に行うことができる。
 かくして、H-ホスホネート法により、目的とする式(II)の化合物またはその塩を製造することができる。H-ホスホネート法においても、上記したとおり、各工程で用いる合成中間体が、疎水性基を有する構造部分を有しているため、液相での反応後に、各合成化合物を、カラムクロマト精製を行うことなく、分離することができる。例えば、反応後に溶媒を濃縮し吸引濾過により分離することができる。
 なお、上記の核酸オリゴマーの製造方法の説明において、リン酸部位が不斉点を有する場合、核酸オリゴマーは光学活性体であっても、ラセミ体等、各光学活性体の混合物であってもよく、複数の不斉点を有する場合はジアステレオマー体の混合物でもよい。
 このようにして製造した核酸オリゴマーは、例えばsiRNAとして用いた場合には、抗腫瘍剤、抗ウイルス剤をはじめとした、「遺伝子の働きを阻害して疾病を治療する医薬品」としての有用性が期待される。上記核酸オリゴマーは、例えば緩衝剤及び/又は安定剤等の慣用の助剤を配合して非経口投与用製剤とすることができる。また、上記核酸オリゴマーに慣用の医薬用担体を配合して軟膏、クリーム、液剤、又は膏薬等の局所用製剤とすることもできる。
 以下、実施例に基いて本発明を更に詳細に説明するが、本発明は、これらの実施例に限定されるものではない。
実施例1
3個のオクタデシルオキシ基を有するデオキシチミン(dT)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E5))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000078
(1)3個のオクタデシルオキシ基が置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E1))
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000079

 没食子酸メチル(9.2g)と炭酸カリウム(103.7g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(170mL)を加えて80℃で30分間攪拌した。これに1-ブロモオクタデカン(69.1mL)を加えて80℃で12時間攪拌した。反応液に40℃の温水を加えて懸濁した後、吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体をアセトニトリルとアセトン、メタノールで洗浄してE1で示した化合物(48.0g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.25 (s, 2H), 3.99-4.03 (m, 6 H), 3.89 (s, 3 H), 1.78-1.84 (m, 4H), 1.71-1.77 (m, 2H), 1.44-1.50 (m, 6H), 1.20-1.38 (m, 84H), 0.88 (t, J = 7.0 Hz, 9H)
(2)3個のオクタデシルオキシ基で置換された安息香酸(化合物(E2))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000080
 ナス型フラスコに化合物(E1)(22.5g)とエタノール(225mL)を量り、懸濁した。これに水酸化カリウム(13.4g)を添加し、80℃で3時間撹拌した。反応液を減圧濃縮し、室温で1M塩酸(240mL)を添加し、30分撹拌した。吸引濾過によって得られた固体を50℃でメタノールに懸濁した後、吸引ろ取し、化合物(E2)を得た(21.4g、収率96.7%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.32 (s, 2H), 4.04 (t, J = 6.5 Hz, 2H), 4.02 (t, J = 6.5 Hz, 4H), 1.78-1.86 (m, 4H), 1.71-1.78 (m, 2H), 1.43-1.52 (m, 6H), 1.21-1.40 (m, 84H), 0.88 (t, J = 7.0 Hz, 9H). 
(3)3個のオクタデシルオキシ基で置換された安息香酸クロライド(化合物(E3))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000081
 ナス型フラスコに、化合物(E2)(15g)をトルエン(120mL)に懸濁し、塩化チオニル(3.5mL)と、N,N’-ジメチルホルムアミド(2.5mL)を加え、50℃で2時間撹拌した。反応液を減圧濃縮し、化合物(E3)を得た(15.1g、収率98.7%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.33 (s, 2H), 4.08 (t, J = 6.5 Hz, 2H), 4.02 (t, J = 6.5 Hz, 4H), 1.78-1.86 (m, 4H), 1.70-1.78 (m, 2H), 1.40-1.52 (m, 6H), 1.21-1.40 (m, 84H), 0.88 (t, J = 7.0 Hz, 9H).
(4)dT型のヌクレオシド(化合物(E4))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000082
 1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4‐メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(100g)をテトラヒドロフラン(500mL)に溶解し、レブリン酸(33.0g)とN,N’-ジメチルアミノピリジン2.24g(18.4mmol,0.1当量)と1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(53.8g)を順に添加し、室温で90分撹拌した。反応液に室温で10%酢酸/トリエチルアミン水溶液(500mL)と酢酸エチル(500mL)を添加し、分液抽出した。有機層を減圧濃縮し、化合物(E4)(132.6g、収率112.4%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 9.93 (brs, 1H), 7.62 (s, 1H), 7.40 (d, J = 7.3Hz, 2H), 7.26-7.33 (m, 6H), 7.20-7.26 (m, 1H), 6.84 (d, J = 8.8 Hz, 4H), 6.46 (dd, J = 8.8, 5.7 Hz, 1H), 5.48 (d, J = 5.7 Hz, 1H), 4.15 (d, J = 1.6 Hz, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.44-3.50 (m, 2H), 2.70-2.82 (m, 2H), 2.55-2.63 (m, 2H), 2.40-2.53 (m, 2H), 2.15-2.21 (m, 3H), 1.38 (s, 3H).
(5)3個のオクタデシルオキシ基を有するdT型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E5))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000083
 化合物(E4)(8.15g)にピリジン(100mL)、N,N’-ジイソプロピルエチルアミン(6.83g)、クロロトリメチルシラン(2.87g)を順に加え、室温で30分撹拌した。混合液に3,4,5-トリ(オクタデシルオキシ)安息香酸クロリド(化合物(E3))(10g)を添加し、60℃で3時間撹拌した。反応液に室温でメタノールを添加し、氷冷した。析出した固体を吸引ろ取し、化合物(E5)(13.3g、収率81.1%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.71 (brs, 1H), 7.36-7.42 (d, J = 7.3 Hz, 2H), 7.23-7.34 (m, 7H), 7.13 (s, 2H), 6.86 (d, J = 8.8 Hz, 4H), 6.38-6.46 (m, 1H), 5.48 (d, J = 5.4 Hz, 1H), 4.16 (d, J = 1.3 Hz, 1H), 3.92-4.07 (m, 6H), 3.80 (s, 6H), 3.49 (br_s, 2H), 2.67-2.81 (m, 2H), 2.38-2.62 (m, 2H), 2.15-2.21 (m, 2H), 2.18 (s, 3H), 1.76-1.84 (m, 4H), 1.68-1.76 (m, 2H), 1.41-1.50 (m, 6H), 1.39 (s, 3H), 1.17-1.36 (m, 84H), 0.88 (t, J = 7.0 Hz, 9H).
実施例2
3個のオクタデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E7))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000084
(1)U型のヌクレオシド(化合物(E6))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000085
 1-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-3-((t-ブチルジメチルシリル)オキシ)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(1g)をテトラヒドロフラン(5mL)に溶解した。これにレブリン酸(0.272g)、N,N’-ジメチルアミノピリジン(0.0185g)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(0.444g)を順に添加し、室温で18時間撹拌した。反応液に室温で10%酢酸/トリエチルアミン水溶液(10mL)と酢酸エチル(10mL)を添加し、分液抽出した。得られた有機層を減圧濃縮し、化合物(E6)(1.21g、収率105.7%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 9.02 (brs, 1H), 7.89 (d, J = 8.2 Hz, 1H), 7.33-7.38 (m, 2H), 7.31 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 7.22-7.28 (m, 5H), 6.85 (d, J = 8.2 Hz, 4H), 5.98 (d, J = 5.0 Hz, 1H), 5.34 (t, J = 4.6 Hz, 1H), 5.29 (d, J = 8.2 Hz, 1H), 4.50 (t, J = 5.0 Hz, 1H), 4.21-4.27 (m, 1H), 3.80 (s, 6H), 3.53 (dd, J = 11.1, 2.2 Hz, 1H), 3.44 (dd, J = 11.0, 1.9 Hz, 1H), 2.75-2.84 (m, 1H), 2.64-2.75 (m, 2H), 2.56-2.63 (m, 1H), 2.20 (s, 3H), 0.86 (s, 9H), 0.09 (s, 3H), 0.08 (s, 3H).
(2)3個のオクタデシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E7))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000086
 化合物(E6)(1.60g)にピリジン(15mL)、N,N’-ジイソプロピルエチルアミン(1.02g)、クロロトリメチルシラン(0.431g)を順に添加し、室温で30分撹拌した。混合液に3,4,5-トリ(オクタデシルオキシ)安息香酸クロリド(1.5g)を添加し、60℃で3時間撹拌した。反応液に室温でメタノールを添加した後、氷冷した。吸引ろ取し、化合物(E7)(2.34g、収率88.5%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.98 (brd, J = 7.6 Hz, 1H), 7.35-7.41 (m, 2H), 7.32 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 7.23-7.30 (m, 5H), 7.13 (s, 2H), 6.84-6.90 (m, 4H), 5.99 (d, J = 4.7 Hz, 1H), 5.31-5.45 (m, 2H), 4.54 (t, J = 4.9 Hz, 1H), 4.24 (brs, 1H), 4.04 (t, J = 6.6 Hz, 2H), 3.91-4.01 (m, 4H), 3.80 (d, J = 1.3 Hz, 6H), 3.56 (dd, J = 11.1, 2.2 Hz, 1H), 3.47 (dd, J = 11.1, 2.2 Hz, 1H), 2.74-2.83 (m, 1H), 2.64-2.73 (m, 2H), 2.53-2.61 (m, 1H), 2.19 (s, 3H), 1.75-1.83 (m, 4H), 1.69-1.75 (m, 2H), 1.45 (m, 6H), 1.17-1.36 (m, 84H), 0.88 (t, J = 7.3 Hz, 9H), 0.86 (s, 9H),0.09 (s, 3H), 0.08 (s, 3H).
実施例3
3個のテトラデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E8))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000087
(1)3個のテトラデシルオキシ基で置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E9))
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000088
 没食子酸メチル(5.5g)と炭酸カリウム(62.2g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(100mL)を加えて80℃で45分間攪拌した。これに1-ブロモテトラデカン(26.9mL)を加えて80℃で12時間攪拌した。反応液に水を加えて懸濁した後、吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を50%アセトニトリル水溶液とアセトニトリルで洗浄して化合物(E9)(22.6g)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.25 (2 H, s), 3.99-4.03 (6 H, m), 3.89 (3 H, s, COOMe), 1.71-1.84 (6 H, m), 1.44-1.50 (6 H, m), 1.23-1.38(60 H, br), 0.88 (9 H,t J = 7.0 Hz).
(2)3個のテトラデシルオキシ基で置換された安息香酸(化合物(E10))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000089

 化合物(E9)(7.7g)と水酸化カリウム(6.7g)にエタノール(100mL)を加えて85℃で2時間撹拌した。反応液を減圧濃縮し、室温で1N塩酸(21mL)を添加して30分間撹拌した。吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を水とアセトニトリルで洗浄して化合物(E10)(8.2g)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.19 (2 H, s), 3.96 (2 H, t J = 6.5 Hz), 3.91 (4 H, t J = 6.5 Hz), 1.70-1.76 (6 H, m), 1.37-1.49 (6 H, m), 1.21-1.35 (60 H, br), 0.88 (9 H, t J = 7.0 Hz).
(3)3個のテトラデシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E8))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000090
 化合物(E10)(532mg)に塩化チオニル(5.2mL)とN,N-ジメチルホルムアミド(110μL)を加え、50℃で6.5時間攪拌した後、溶媒を減圧下留去し、N,N,-ジイソプロピルエチルアミン(2mL)とピリジン(2.6mL)を加え、そこに化合物(E6)(1.59g)をピリジン(2mL)に溶解した溶液を加えて室温で2.5時間攪拌した後、メタノールを加えて濃縮し、0℃に冷却して析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E8)(595mg)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.98 (1 H, br d J = 7.5 Hz), 7.25-7.38 (9 H, m), 7.13 (2 H, s), 6.85-6.88 (4 H, m), 5.99 (1 H, d J = 4.8 Hz), 5.33-5.39 (2 H, m), 4.53 (1 H,m), 4.26 (1 H, br), 3.94-4.08 (6 H, m), 3.81 (6 H, s), 3.43-3.57 (2 H, m), 2.51-2.82 (4 H, m), 2.19 (3 H, s), 1.70-1.83 (6 H, m), 1.42-1.50 (6 H, m), 1.21- 1.34 (60 H, br), 0.85-0.89 (18 H, m), 0.06-0.09 (6 H, m).
実施例4
2個のオクタデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E11))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000091
(1)2個のオクタデシルオキシ基で置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E12))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000092
 3,5-ジヒドロキシ安息香酸メチル(5.0g)と炭酸カリウム(41.5g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(100mL)を加えて80℃で25分間攪拌した。これに1-ブロモオクタデカン(27.6mL)を加えて70℃で14時間攪拌した。反応液に水を加えて攪拌した後、吸引ろ過にて析出物をろ取し、得られた固体を水とアセトニトリルで洗浄して化合物(E12)(6.5g)を得た。
(2)2個のオクタデシルオキシ基で置換された安息香酸(化合物(E13))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000093
 化合物(E12)(6.8g)と水酸化カリウム(6.7g)にエタノール(100mL)を加えて85℃で2時間攪拌した。反応液を減圧下濃縮し、室温で1N塩酸(21mL)を加えて30分間攪拌した。吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を水とアセトニトリルで洗浄して化合物(E13)(6.5g)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.20 (2 H, d J = 2.2 Hz), 6.68 (1 H, t J 2.4 Hz), 3.97 (4 H, t J = 6.5 Hz), 1.75-1.81 (4 H, m), 1.42-1.48 (4 H, m), 1.21-1.36 (56 H, br), 0.88 (6 H, t J = 7.0 Hz).
(3)2個のオクタデシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E11))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000094
 化合物(E13)(461mg)に塩化チオニル(5.2mL)とN,N-ジメチルホルムアミド(110μL)を加え、50℃で4時間攪拌した後、溶媒を減圧下留去し、N,N-ジイソプロピルエチルアミン(2mL)とピリジン(2.6mL)を加え、そこに化合物(E6)(1.59g)をピリジン(2mL)に溶解した溶液を加えて50℃で3時間攪拌した後、メタノールを加えて濃縮し、-30℃に冷却して析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E11)(658mg)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.96 (1 H, br d J = 8.4 Hz), 7.25-7.38 (9 H, m), 7.02 (2 H, br d J = 2.0 Hz), 6.85-6.88 (4 H, m),6.69 (1 H, br s), 5.99 (1 H, m), 5.40 (1 H, t J = 4.3 Hz), 5.34 (1 H, m), 4.54 (1 H, t J = 4.8 Hz), 4.24 (1 H, br), 3.95 (4 H, t J = 6.5 Hz), 3.81 (6 H, br s), 3.43-3.56 (2 H, m), 2.52-2.82 (4 H, m), 2.19, 2.17 (3 H, s), 1.74-1.79 (4 H, m), 1.41-1.47 (4 H, m), 1.22- 1.33 (56 H, br), 0.84-0.89 (15 H, m), 0.06-0.11 (6 H, m).
実施例5
1個のオクタデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E14))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000095

(1)1個のオクタデシルオキシ基で置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E15))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000096
 3-フルオロ-4-ヒドロキシ安息香酸メチル(851mg)と炭酸カリウム(3.5g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(10mL)を加えて70℃で15分間攪拌した後、1-ブロモオクタデカン(2.3mL)を加えて70℃で10時間攪拌した。反応液に水を加えて攪拌した後、吸引ろ過にて析出物をろ取し、得られた固体を水とアセトニトリルで洗浄して化合物(E15)(2.0g)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.78-7.80 (1 H,m), 7.73 (1 H, dd J = 11.5, 2.3 Hz), 6.96 (1 H, t J = 8.0 Hz), 4.07 (2 H, t J = 6.3 Hz), 3.89 (3 H,s), 1.81-1.87 (2 H, m), 1.44-1.50 (2 H, m), 1.22-1.38 (28 H, br), 0.88 (3 H, t J = 7.0 Hz).
(2)1個のオクタデシルオキシ基で置換された安息香酸(化合物(E16))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000097
 化合物(E15)(1.1g)と水酸化カリウム(1.7g)にエタノール(20mL)を加えて85℃で2時間攪拌した。反応液を減圧下濃縮し、室温で1N塩酸(5mL)を加えて30分間攪拌した。吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を水とアセトニトリルで洗浄して化合物(E16)(1.1g)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.84-7.86 (1 H, m), 7.78 (1 H, dd J = 11.4, 1.9 Hz), 6.99 (1 H, t J = 8.5 Hz), 4.09 (2 H, t J = 6.6 Hz), 1.85 (2 H, m), 1.48 (2 H, m), 1.20-1.39 (28 H, br), 0.88 (3 H, t J = 7.0 Hz).
(3)1個のオクタデシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E14))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000098
 化合物(E16)(286mg)に塩化チオニル(5.2mL)とN,N-ジメチルホルムアミド(110μL)を加え、50℃で5時間攪拌した後、溶媒を減圧下留去し、N,N-ジイソプロピルエチルアミン(2mL)とピリジン(2.6mL)を加え、そこに化合物(E6)(1.59g)をピリジン(2.0mL)に溶解した溶液を加えて50℃で1.5時間攪拌した後、メタノールを加えて濃縮し、-30℃に冷却して析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E14)(309mg)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.99 (1 H, br d J = 8.0), 7.61-7.85 (2 H, m), 7.24-7.38 (9 H, m), 6.94-7.01 (1 H, m), 6.84-6.88 (4 H, m), 5.96-5.98 (1 H, m), 5.26-5.40 (2 H, m), 4.55 (1 H, br t J = 4.9 Hz), 4.25 (1 H, br), 4.08-4.11 (2 H, m), 3.80-3.81 (6 H, m), 3.43-3.57 (2 H, m), 2.54-2.82 (4 H, m), 2.17-2.20 (3 H, m), 1.81-1.88 (2 H, m), 1.43-1.49 (2 H, m), 1.22- 1.39 (28 H, br), 0.86-0.89 (12 H, m), 0.11 (3 H, s), 0.08 (3H, s). 
実施例6
3個のヘキサデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E51))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000099
(1)3個のヘキサデシルオキシ基が置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E35))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000100
 没食子酸メチル(5.5 g)と炭酸カリウム(62.2 g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(100 mL)を加えて80℃で30分間攪拌した。これに1-ブロモヘキサデカン(30.2 mL)を加えて80℃で14時間攪拌した。反応液に水(300 mL)を加えて懸濁した後、吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体をアセトンの水溶液(1:1)で洗浄した。得られた白色固体をジクロロメタン(500 mL)に溶解させ、メタノールを加えて析出した固体を吸引ろ過によりろ取してE35で示した化合物(24.2 g、収率94%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.25 (2 H, s), 3.99-4.03 (6 H, m), 3.89 (3 H, s, COOMe), 1.71-1.84 (6 H, m), 1.44-1.50 (6 H, m), 1.23-1.38 (72 H, br), 0.88 (9 H,t J = 7.0 Hz).
(2)3個のヘキサデシルオキシ基が置換された安息香酸(化合物(E40))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000101
 E35で示した化合物(8.6 g)と水酸化カリウム(6.7 g)にエタノール(100 mL)を加えて85℃で2.5時間撹拌した。反応液を室温へと冷却した後、水(200 mL)を加えて攪拌した。これに6 N塩酸(21 mL)を添加した。吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を水(200 mL)とアセトニトリル(200 mL)で洗浄してE40で示した化合物(8.6 g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.25 (2 H, s), 3.96-4.01 (6 H, m), 1.71-1.81 (6 H, m), 1.42-1.50 (6 H, m), 1.21-1.36 (72 H, br), 0.88 (9 H, t J = 6.9 Hz).
(3)3個のヘキサデシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E51))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000102
 化合物(E40)(590 mg)に塩化チオニル(5.2 mL)とN,N-ジメチルホルムアミド(110 μL)を加え、50℃で3.5時間攪拌した後、溶媒を減圧下留去し、N,N-ジイソプロピルエチルアミン(2.0 mL)とピリジン(4.0 mL)を加え、そこに化合物(E6)(1.6 g)をピリジン(6 mL)とN,N-ジイソプロピルエチルアミン(1.0 mL)に溶解した溶液を加え、クロロトリメチルシラン(500 μL)を添加して60℃で5時間攪拌した後、メタノールを加えて濃縮し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E51)(946 mg、収率85%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.98 (1 H, br d J = 8.0 Hz), 7.26-7.38 (9 H, m), 7.13 (2 H, s), 6.85-6.88 (4 H, m), 5.99 (1 H, d J = 4.9 Hz), 5.34-5.38 (2 H, m), 4.53 (1 H, t J = 4.8 Hz), 4.26 (1 H, br), 3.94-4.08 (6 H, m), 3.81 (6 H, s), 3.44-3.57 (2 H, m), 2.54-2.82 (4 H, m), 2.19 (3 H, s), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.21- 1.35 (72 H, s), 0.85-0.89 (18 H,s), 0.09 (3 H, s), 0.08 (3H, s).
実施例7
3個のドコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E52))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000103
(1)3個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E36))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000104
 没食子酸メチル(5.5 g)と炭酸カリウム(62.2 g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(140 mL)を加えて80℃で1時間攪拌した後70℃に冷却した。これに1-ブロモドコサン(38.6 g)を加えて70℃で14時間攪拌した。反応液に水(300 mL)を加えて攪拌した後、析出物を吸引ろ過によりろ取し、水(300 mL)とアセトニトリル(200 mL)、アセトン(500 mL)、ジクロロメタン(200 mL)で洗浄してE36で示した化合物(28.6 g、収率86%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.25 (2 H, s), 3.99-4.03 (6 H, m), 3.89 (3 H, s, COOMe), 1.71-1.84 (6 H, m), 1.47 (6 H, m), 1.22-1.38 (108 H, br), 0.88 (9 H,t J = 9.0 Hz).
(2)3個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸(化合物(E41))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000105
 E36で示した化合物(11.1 g)と水酸化カリウム(6.7 g)にエタノール(100 mL)を加えて85℃で2.5時間撹拌した。反応液を室温へと冷却した後、水(200 mL)を加えて攪拌した。これに6 N塩酸(21 mL)を添加した。吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を水(300 mL)とアセトニトリル(200 mL)で洗浄してE41で示した化合物(10.8 g、収率99%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.28 (2 H, s), 3.99-4.04 (6 H, m), 1.71-1.85 (6 H, m), 1.44-1.50 (6 H, m), 1.22-1.36 (108 H, br), 0.88 (9 H, t J = 7.0 Hz).
(3)3個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸クロライド(化合物(E46))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000106
 ナス型フラスコに、化合物(E41)(24.1 g)をトルエン(82 mL)に懸濁し、65℃で30分間攪拌した。塩化チオニル(14.5 mL)と、N,N’-ジメチルホルムアミド(3.4 mL)を加え、65℃で3.5時間撹拌した。反応液を減圧濃縮し、化合物(E46)(24.2g、収率99%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.32 (2 H, s), 4.08 (2 H, t J = 6.6 Hz), 4.02 (4 H, t J = 6.4 Hz), 1.79-1.85 (4 H, m), 1.71-1.77 (2 H, m), 1.43-1.50 (6 H, m), 1.21-1.37 (108 H, br), 0.88 (9 H, t J = 6.7 Hz).
(4)3個のドコシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E52))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000107
 化合物(E6)(11.4 g)にピリジン(111 mL)、N,N’-ジイソプロピルエチルアミン(8.7 mL)、クロロトリメチルシラン(3.2 mL)を順に添加した。混合液に化合物(E46)(11.1 g)を添加し、60℃で5.5時間撹拌した。反応液に室温でメタノール(100 mL)を添加した後、氷冷した。析出した固体を吸引ろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E52)(16.4 g、収率89%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.99 (1 H, br), 7.25-7.38 (9 H, m), 7.13 (2 H, s), 6.85-6.88 (4 H, m), 5.99 (1 H, d J = 4.8 Hz), 5.33-5.39 (2 H, m), 4.53 (1 H, br t J = 4.1 Hz), 4.26 (1 H, m), 3.95-4.07 (6 H, m), 3.81 (6 H, s), 3.46-3.57 (2 H, m), 2.52-2.82 (4 H, m), 2.19 (3 H, s), 1.69-1.82 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.14- 1.34 (108 H, s), 0.85-0.89 (18 H,s), 0.09 (3 H, s), 0.08 (3H, s).
実施例8
2個のドコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E53))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000108
(1)2個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E37))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000109
 メチル3,5-ジヒドロキシベンゾエート(5.0 g)と炭酸カリウム(41.5 g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(100 mL)を加えて80℃で30分間攪拌した。これに1-ブロモドコサン(25.7 g)を加えて80℃で14時間攪拌した。反応液に水(400 mL)を加えて攪拌した後、析出物を吸引ろ過によりろ取し、アセトン(300 mL)とアセトニトリル(300 mL)で洗浄してE37で示した化合物(23.8 g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.15 (2 H, br d J = 2.1 Hz), 6.63 (1 H,t J = 6.4 Hz), 3.96 (4 H, t J = 6.3 Hz), 3.89 (3 H, s, COOMe), 1.74-1.80 (4 H, m), 1.41-1.47 (4 H, m), 1.23-1.37 (72 H, br), 0.88 (6 H,t J = 7.0 Hz).
(2)2個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸(化合物(E42))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000110
 E37で示した化合物(7.9 g)と水酸化カリウム(6.7 g)にエタノール(100 mL)を加えて85℃で2.5時間撹拌した。反応液を室温へと冷却した後、水(200 mL)を加えて攪拌した。これに6 N塩酸(21 mL)を添加した。吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を水(200 mL)とアセトニトリル(200 mL)で洗浄してE42で示した化合物(7.4 g、収率96%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.20 (2 H, br), 6.67 (1 H, br), 3.97 (4 H, br), 1.77 (4 H, br), 1.44 (4 H, br), 1.25 (72 H, br), 0.88 (6 H,br).
(3)2個のドコシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E53))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000111
 化合物(E42)(540 mg)に塩化チオニル(5.2 mL)とN,N-ジメチルホルムアミド(110 μL)を加え、50℃で3時間攪拌した後、溶媒を減圧下留去し、N,N-ジイソプロピルエチルアミン(2.0 mL)とピリジン(4.0 mL)を加え、そこに化合物(E6)(1.6 g)をピリジン(6 mL)とN,N-ジイソプロピルエチルアミン(1.0 mL)に溶解した溶液を加え、クロロトリメチルシラン(500 μL)を添加して60℃で5時間攪拌した後、メタノールを加えて濃縮し、氷冷して析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E53)(919 mg、収率87%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.97 (1 H, br d J = 8.5 Hz), 7.25-7.38 (9 H, m), 7.02 (2 H, br), 6.85-6.88 (4 H, m),6.69 (1 H, br s), 6.00 (1 H, d J = 4.7 Hz), 5.26-5.41 (2 H, m), 4.54 (1 H, t J = 5.0 Hz), 4.24 (1 H, br), 3.95 (4 H, t J = 6.3 Hz), 3.81 (6 H, br s), 3.43-3.56 (2 H, m), 2.52-2.82 (4 H, m), 2.19 (3 H, br s), 1.74-1.79 (4 H, m), 1.41-1.47 (4 H, m), 1.11- 1.35 (72 H, s), 0.84-0.89 (15 H, s), 0.11 (3 H, s), 0.08 (3 H, s).
実施例9
1個のドコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E54))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000112
(1)1個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E38))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000113
 バニリン酸メチル(4.6 g)と炭酸カリウム(17.3 g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(80 mL)を加えて80℃で30分間攪拌した後70℃へ冷却した。これに1-ブロモドコサン(10.7 g)を加えて70℃で15時間攪拌した。反応液に水(300 mL)を加えて攪拌した後、析出物を吸引ろ過によりろ取し、水とアセトニトリルで洗浄してE38で示した化合物(12.1 g、収率99%)を得た。 
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.65 (1 H, dd J = 8.5, 1.9 Hz), 7.54 (1 H, d J = 1.9 Hz), 6.87 (1 H, d J = 8.5 Hz), 4.06 (2 H, t J = 6.9 Hz), 3.89 (3 H, s), 3.9 (3 H, s), 1.86 (2 H, m), 1.46 (2 H, m), 1.21-1.39 (36 H, br), 0.88 (3 H,t J = 7.0 Hz).
(2)1個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸(化合物(E43))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000114
 E38で示した化合物(4.9 g)と水酸化カリウム(6.7 g)にエタノール(100 mL)を加えて85℃で2.5時間撹拌した。反応液を室温へと冷却した後、水(200 mL)を加えて攪拌した。これに6 N塩酸(21 mL)を添加した。吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を水(200 mL)とアセトニトリル(200 mL)で洗浄してE43で示した化合物(4.8 g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.72 (1 H, dd J = 8.5, 1.9 Hz), 7.58 (1 H, d J = 1.9 Hz), 6.89 (1 H, d J = 8.5 Hz), 4.08 (2 H, t J = 7.1 Hz), 3.92 (3 H, s), 1.84-1.90 (2 H, m), 1.42-1.50 (2 H, m), 1.13-1.37 (36 H, br), 0.88 (3 H, t J = 7.1 Hz).
(3)1個のドコシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E54))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000115
 化合物(E43)(334 mg)に塩化チオニル(5.2 mL)とN,N-ジメチルホルムアミド(110 μL)を加え、50℃で3時間攪拌した後、溶媒を減圧下留去し、N,N-ジイソプロピルエチルアミン(2.0 mL)とピリジン(4.0 mL)を加え、そこに化合物(E6)(1.6 g)をピリジン(6 mL)とN,N-ジイソプロピルエチルアミン(1.0 mL)に溶解した溶液を加え、クロロトリメチルシラン(500 μL)を添加して50℃で5時間攪拌した後、メタノールを加えて濃縮し、-30℃に冷却して析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E54)(684 mg、収率80%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.98 (1 H, br d J = 6.9 Hz), 7.6 (1 H, br d J = 1.9 Hz), 7.24-7.38 (10 H, m), 6.82-6.88 (5 H, m), 5.98 (1 H, d J = 5.0 Hz), 5.33-5.40 (2 H, m), 4.55 (1 H, br), 4.25 (1 H, br), 4.07 (2 H, t J = 6.8 Hz), 3.92 (3 H, s), 3.81 (6 H, br), 3.45-3.57 (2 H, m), 2.54-2.82 (4 H, m), 2.19 (3 H, s), 1.83-1.88 (2 H, m), 1.42-1.49 (2 H, m), 1.21- 1.37 (36 H, br), 0.86-0.89 (12 H, m), 0.11 (3 H, s), 0.08 (3H, s).
実施例10
1個のドコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E55))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000116
(1)1個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E39))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000117
 メチル3-フルオ-4-ヒドロキシベンゾエート(850 mg)と炭酸カリウム(3.5 g)に1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノン(10 mL)を加えて70℃で15分間攪拌した。これに1-ブロモドコサン(2.1 g)を加えて70℃で13時間攪拌した。反応液に水(200 mL)を加えて攪拌した後、析出物を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリル(100 mL)で洗浄してE39で示した化合物(2.2 g、収率93%)を得た。 
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.79 (1 H,br d J = 8.6 Hz), 7.73 (1 H, dd J = 11.7, 2.0 Hz), 6.96 (1 H, t J = 8.3 Hz), 4.08 (2 H, t J = 6.6 Hz), 3.89 (3 H, s), 1.84 (2 H, m), 1.47 (2 H, m), 1.19-1.37 (36 H, br), 0.88 (3 H,t J = 7.0 Hz).
(2)1個のドコシルオキシ基が置換された安息香酸(化合物(E44))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000118
 E39で示した化合物(1.2 g)と水酸化カリウム(1.7 g)にエタノール(20 mL)を加えて85℃で2.5時間撹拌した。反応液を室温へと冷却した後、水(80 mL)を加えて攪拌した。これに6 N塩酸(5 mL)を添加した。吸引ろ過により析出物をろ取し、得られた固体を水(50 mL)とアセトニトリル(50 mL)で洗浄してE44で示した化合物(1.2 g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, THF-d8) δ 7.75-7.78 (1 H, m), 7.68 (1 H, dd J = 11.7, 2.0 Hz), 7.10 (1 H, t J = 8.5 Hz), 4.10 (2 H, t J = 6.6 Hz), 1.78-1.84 (2 H, m), 1.43-1.53 (2 H, m), 1.23-1.42 (36 H, br), 0.87-0.91 (3 H, m).
(3)1個のドコシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E55))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000119
 化合物(E44)(327 mg)に塩化チオニル(5.2 mL)とN,N-ジメチルホルムアミド(110 μL)を加え、50℃で3時間攪拌した後、溶媒を減圧下留去し、N,N-ジイソプロピルエチルアミン(2.0 mL)とピリジン(4.0 mL)を加え、そこに化合物(E6)(1.6 g)をピリジン(6 mL)とN,N-ジイソプロピルエチルアミン(1.0 mL)に溶解した溶液を加え、クロロトリメチルシラン(500 μL)を添加して50℃で4時間攪拌した後、メタノールを加えて濃縮し、-30℃に冷却して析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E55)(425 mg、収率50%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.99 (1 H, br d J = 7.7 Hz), 7.69 (1 H, br d J = 8.6 Hz), 7.63 (1 H, dd J = 11.2, 2.0 Hz), 7.24-7.38 (9 H, m), 6.97 (1 H, t J = 8.1 Hz), 6.85-6.88 (4 H, m), 5.98 (1 H, d J = 5.0 Hz), 5.40 (1 H, t J = 4.4 Hz), 5.34 (1 H, d J = 8.2 Hz), 4.55 (1 H, br t J = 5.0 Hz), 4.25 (1 H, br), 4.09 (2 H, t J = 6.7 Hz), 3.81 (6 H, br), 3.45-3.56 (2 H, m), 2.54-2.82 (4 H, m), 2.19 (3 H, s), 1.81-1.87 (2 H, m), 1.43-1.49 (2 H, m), 1.21-1.39 (36 H, br), 0.85-0.90 (12 H, m), 0.11 (3 H, s), 0.08 (3H, s).
実施例11
3個のヘキサデカイルオキシ基を有するデオキシチミン(dT)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E56))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000120
(1)3個のヘキサデシルオキシ基で置換された安息香酸クロライド(化合物(E45))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000121
 ナス型フラスコに、化合物(E40)(2.5 g)をトルエン(11.2 mL)に懸濁し、65℃で30分間攪拌した。塩化チオニル(2.0 mL)と、N,N’-ジメチルホルムアミド(464 μL)を加え、65℃で3.5時間撹拌した。反応液を減圧濃縮し、化合物(E45)(2.5 g、収率97%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.33 (2 H, s), 4.08 (2 H, t J = 6.6 Hz), 4.02 (4 H, t J = 6.3 Hz), 1.79-1.85 (4 H, m), 1.71-1.77 (2 H, m), 1.44-1.51 (6 H, m), 1.21-1.37 (72 H, br), 0.88 (9 H, t J = 6.6 Hz).
(2)3個のヘキサデシルオキシ基を有するdT型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E56))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000122
 化合物(E4)(1.9 g)にピリジン(22 mL)、N,N’-ジイソプロピルエチルアミン(1.7 mL)、クロロトリメチルシラン(640 μL)を順に添加した。混合液に化合物(E45)(1.7 g)を添加し、60℃で5.5時間撹拌した。反応液に室温でメタノールを添加して析出した固体を吸引ろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E56)(2.7 g、収率90%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.71 (1 H, br s), 7.38-7.41 (2 H, m), 7.24-7.33 (7 H, m), 7.13 (2 H, s), 6.84-6.87 (4 H, m), 6.42 (1 H, dd J = 6.5, 8.4 Hz), 5.47 (1 H, br d J = 5.7 Hz), 4.15 (1 H, br), 3.95-4.05 (6 H, m), 3.80 (6 H, s), 3.49 (2 H, br), 2.69-2.80 (2 H, m), 2.42-2.61 (4 H, m), 2.17 (3 H, s), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.40 (3 H, s), 1.23-1.36 (72 H, br s), 0.88 (9 H, t J = 7.0 Hz).
実施例12
3個のオクタデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E57))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000123
(1)U型のヌクレオシド(化合物(E47))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000124
 100-mLナス型フラスコに3’-OH rU (2’-OMe) (3.00 g, 5.35 mmol), N,N-ジメチルアミノピリジン (65 mg, 0.53 mmol), THF (15 mL)を量って溶解した後、レブリン酸( 0.93 g, 8.03 mmol)を添加した。1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(1.54 g, 8.03 mmol)を添加し、そのまま3.5 h撹拌した。THFを減圧下にて留去した後、EtOAc (40 mL)と0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (20 mL)を加え、分液した。有機層に0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (20 mL)を再度添加し、分液した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥後、ろ去した。有機層を減圧下にて濃縮し、乾固すると3’-OLev rU (2’-OMe) (3.61 g)が得られた。これをカラムクロマト精製 [Silicagel 60 (20 g), 5% Et3N contained EtOAc/n-hexane 0:95-95:0]した。有効区を減圧下にて濃縮し、乾固すると精3’-OLev rU (2’-OMe) (見かけ収量 3.85 g, 残留EtOAc 6.85%, Et3N 0.53%, n-hexane 2.28%, 水分 3.75%, 含量補正収量 3.34 g, 含量補正収率 94.7%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 2.19 (3 H, s), 2.62 (2 H, t, J = 6.00 Hz), 2.72-2.79 (2 H, m), 3.46 (1 H, AB dd, J = 11.00, 2.50 Hz), 3.48 (3 H, s), 3.58 (1 H, AB dd, J = 11.00, 2.50 Hz), 3.80 (6 H, s), 4.08 (1 H, dd, J = 5.00, 2.40 Hz), 4.24 (1 H, dt, J = 8.00, 2.00, 2.00 Hz), 5.28 (1 H, brq, J = 5.50 Hz), 5.32 (1 H, d, J = 5.10 Hz), 6.03 (1 H, d, J = 4.00 Hz), 6.85 (4 H, dd, J = 8.50, 2.00 Hz), 7.24-7.32 (7 H, m), 7.37 (2 H, dd, J = 9.00, 1.50 Hz), 7.87 (1 H, d, J = 8.50 Hz), 8.2-9.0 (0.4 H, brs, NH).
(2)3個のオクタデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E57))の合成
 
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000125
 100-mL ナス型フラスコに3,4,5-tris(octadecyloxy)benzoic acid(化合物(E2)) (1.000 g), toluene (3.5 mL)を量り、外温度70 ℃に加熱し、溶解した。DMF (0.17 mL), SOCl2 (0.71 mL)を順に添加し、外温度70 ℃にて2.5時間反応した。溶媒を減圧留去した。トルエン (10 mL)を加えて再度留去し、濃縮乾固する操作を2回実施すると溶媒を含む3,4,5-tris(octadecyloxy)benzoyl chloride(化合物(E3))の粉末 (2.12 g)が得られた。
 別の50-mL ナス型フラスコに化合物(E47)(901 mg相当, 1.19 mmol), i-Pr2NEt (1.29 mL), pyridine (9 mL)を量り、溶解した。室温でクロロトリメチルシラン (0.48 mL), 3,4,5-tris(octadecyloxy)benzoyl chloride (1.55 g相当)を添加した。Pyridine (5 mL)で洗い込んだ。この混合物を外温度60 ℃にて3.5時間反応した。室温に冷却し、MeOH (15 mL)を滴下した。懸濁液を氷冷下にて0.5 h撹拌し、吸引ろ取した。紛体をMeOH (5 mLX7)で洗浄した。得られた紛体を減圧下、室温で18 h乾燥すると化合物(E57)(1.33 g, みかけ収率81.9%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (9 H, t, J = 6.75 Hz), 1.22-1.39 (84 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.67-1.82 (6 H, m), 2.19 (3 H, s), 2.62 (2 H, t, J = 6.45 Hz), 2.73-2.81 (2 H, m), 3.46 (3 H, s), 3.48 (1 H, AB dd, J = 11.55, 1.90 Hz), 3.63 (1 H, AB dd, J = 11.30, 2.15 Hz), 3.808 (3 H, s), 3.808 (3 H, s), 3.99 (4 H, t, J = 6.60 Hz), 4.05 (2 H, t, J = 6.40 Hz), 4.10 (1 H, dd, J = 5.00, 3.00 Hz), 4.27 (1 H, brd, J = 6.80 Hz), 5.27 (1 H, brt, J = 5.75 Hz), 5.41 (1 H, d, J = 8.25 Hz), 6.00 (1 H, d, J = 2.90 Hz), 6.87 (4 H, dd, J = 11.85, 3.00 Hz), 7.13 (2 H, s), 7.24-7.33 (7 H, m), 7.38 (2 H, dd, J = 8.65, 1.40 Hz), 8.05 (1 H, brd, J = 7.85 Hz).
実施例13
3個のドコシルオキシ基を有するアデニン(A)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E58))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000126
(1)A型のヌクレオシド(化合物(E48))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000127
 5’-O-(1,1-ビス(4-メトキシフェニル)-1-フェニルメチル)2'-O-tert-ブチルジメチルシリルアデノシン(5.0 g)をテトラヒドロフラン(21 mL)に溶解した。これにN,N-ジメチルアミノピリジン(77 mg)とレブリン酸(973 μL)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(1.8 g)を順に加えて室温で75分間撹拌した後、N,N-ジメチルアミノピリジン(56 mg)とレブリン酸(645 μL)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(1.2 g)を加えて室温でさらに1時間攪拌した。反応液に酢酸エチル(20 mL)と10%硫酸水素カリウム水溶液(75 mL)と水(40 mL)を添加し、分液抽出した。得られた有機層を10%炭酸水素ナトリウム水溶液(75 mL)で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、ろ去した。これを減圧濃縮し、化合物(E48)(5.6 g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.99 (1 H, br s), 8.74 (1 H, s), 8.23 (1 H, s), 8.03 (2 H, d J = 7.6 Hz), 7.60-7.63 (1 H, m), 7.52-7.55 (2 H, m), 7.43-7.46 (2 H, m), 7.21-7.34 (7 H, m), 6.81-6.84 (4 H, m), 6.12 (1 H, d J = 6.7 Hz), 5.48 (1 H, dd J = 5.2, 2.4 Hz), 5.13 (1 H, dd J = 5.1, 6.6 Hz), 4.32-4.34 (1 H, m), 3.78 (6 H, d J = 1.0 Hz), 3.40-3.57 (2 H, m), 2.60-2.84 (4 H, m), 2.20 (3 H, s), 0.73 (9 H, s), -0.20 (3 H, s), -0.27 (3 H, s).
(2)3個のドコシルオキシ基を有するA型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E58))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000128
 化合物(E48)(75 mg)をピリジン(1.7 mL)とトルエン(1.7 mL)の混合溶液中に溶解させ、N,N’-ジイソプロピルエチルアミン(325 μL)、クロロトリメチルシラン(162 μL)を順に添加して室温で10分間攪拌した。化合物(E46)(95 mg)を添加し、50℃で21時間撹拌した。反応液を室温に冷却した後、モルホリン(219 μL)を加えて室温で2時間攪拌した後、でメタノール(100 mL)を添加して析出した固体を吸引ろ取し、メタノールで洗浄した。これを乾燥した後、移動相にトルエン/アセトニトリル/ピリジン(48/1/1)を用いてカラムクロマト精製し、化合物(E58)(98 mg、収率62%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.91 (1 H, br), 8.70 (1 H, s), 8.22, (1 H, s), 7.10-7.46 (11 H, m), 6.81-6.84 (4 H, m), 6.11 (1 H, d J = 6.6 Hz), 5.47 (1 H, dd J = 4.9, 2.8 Hz), 5.12-5.15 (1 H, m), 4.31-4.33 (1 H, m), 3.93-4.07 (6 H, m), 3.78 (6 H, d J = 1.5 Hz), 3.53-3.57 (1 H, m), 3.38-3.41 (1 H, m), 2.59-2.83 (4 H, m), 2.20 (3 H, s), 1.70-1.85 (6 H, m), 1.43-1.52 (6 H, m), 1.20-1.37 (108 H, br m), 0.88 (9 H, t J = 6.9 Hz), 0.74 (9 H, s), -0.02 (3 H, s), -0.26 (3 H, s).
実施例14
3個のドコシルオキシ基を有するシトシン(C)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E59))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000129
(1)C型のヌクレオシド(化合物(E49))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000130
 5’-O-(1,1-ビス(4-メトキシフェニル)-1-フェニルメチル)2'-O-tert-ブチルジメチルシリルシチジン(5.0 g)をテトラヒドロフラン(20 mL)に溶解した。これにN,N-ジメチルアミノピリジン(80 mg)とレブリン酸(997 μL)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(1.9 g)を順に加えて室温で1.3時間撹拌した後、N,N-ジメチルアミノピリジン(53 mg)とレブリン酸(665 μL)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(1.3 g)を加えて室温でさらに1.7時間攪拌した。反応液に酢酸エチル(20 mL)と10%硫酸水素カリウム水溶液(75 mL)と水(40 mL)を添加し、分液抽出した。得られた有機層を10%炭酸水素ナトリウム水溶液(60 mL)で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、ろ去した。これを減圧濃縮し、化合物(E49)(6.1 g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.86 (1 H, br), 8.48 (1 H, br), 7.90 (2 H, br d J = 6.9 Hz), 7.54-7.62 (1 H, m), 7.50-7.53 (2 H, m), 7.39-7.41 (2 H, m), 7.13-7.35 (8 H, m), 6.87-6.90 (4 H, m), 5.98 (1 H, d J = 2.5 Hz), 5.23 (1 H, dd J = 4.4, 7.4 Hz), 4.54-4.55 (1 H, m), 4.36-4.39 (1 H, m), 3.83 (6 H, s), 3.42-3.66 (2 H, m), 2.53-2.80 (4 H, m), 2.19 (3 H, s), 0.89 (9 H, s), 0.20 (3 H, s), 0.07 (3 H, s).
(2)3個のドコシルオキシ基を有するC型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E59))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000131
 化合物(E49)(259 mg)をピリジン(3.0 mL)とトルエン(3.0 mL)の混合溶液中に溶解させ、N,N’-ジイソプロピルエチルアミン(191 μL)、クロロトリメチルシラン(95 μL)を順に添加して室温で10分間攪拌した。化合物(E46)(167 mg)を添加し、50℃で21時間撹拌した。反応液を室温に冷却した後、モルホリン(385 μL)を加えて室温で2時間攪拌した後、でメタノール(100 mL)を添加して析出した固体を吸引ろ取し、メタノールで洗浄した。これを乾燥した後、移動相にトルエン/ピリジン(100/1)を用いてカラムクロマト精製し、化合物(E59)(92 mg、収率34%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.70 (1 H, br), 8.44 (1 H, br s), 7.39-7.41 (2 H, m), 7.26-7.35 (8 H, m), 7.08 (2 H, br), 6.88 (4 H, m), 6.00 (1 H, d J = 2.6 Hz), 5.24 (1 H, dd J = 4.4, 6.9 Hz), 4.54 (1 H, dd J = 2.9, 2.8 Hz), 4.35-4.38 (1 H, m), 3.99-4.04 (6 H, m), 3.82 (6 H, s), 3.42-3.64 (2 H, m), 2.73-2.80 (1 H, m), 2.61-2.71 (2 H, m), 2.53-2.59 (1 H, m), 2.19 (3 H, s), 1.71-1.86 (6 H, m), 1.42-1.51 (6 H, m), 1.21-1.36 (108 H, br s), 0.86-0.89 (18 H, m), 0.19 (3 H, s), 0.07 (3 H, s).
実施例15
3個のドコシルオキシ基を有するグアニン(G)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E60))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000132
(1)G型のヌクレオシド(化合物(E50))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000133
 5’-O-(1,1-ビス(4-メトキシフェニル)-1-フェニルメチル)2'-O-tert-ブチルジメチルシリルグアノシン(5.0 g)をテトラヒドロフラン(21 mL)に溶解した。これにN,N-ジメチルアミノピリジン(159 mg)とレブリン酸(1.33 mL)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(2.6 g)を順に加えて室温で2時間撹拌した後、N,N-ジメチルアミノピリジン(79 mg)とレブリン酸(666 μL)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(1.3 g)を加えて室温でさらに2.5時間攪拌した。反応液に酢酸エチル(50 mL)と10%硫酸水素カリウム水溶液(75 mL)を添加し、分液抽出した。得られた有機層を10%炭酸水素ナトリウム水溶液(75 mL)で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、ろ去した。これを減圧濃縮し、化合物(E50)(5.8 g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 11.90 (1 H, br s), 7.78 (1 H, s), 7.59-7.62 (2 H, m), 7.38-7.43 (4 H, m), 7.20-7.28 (4 H, m), 6.77-6.83 (4 H, m), 5.69 (1 H, d J = 7.8 Hz), 5.53 (1 H, dd J = 3.6, 1.8 Hz), 5.39 (1 H, dd J = 5.8, 8.5 Hz), 4.19-4.21 (1 H, br m), 3.77 (6 H, d J = 9.7 Hz), 3.59 (1 H, dd J = 10.9, 1.7 Hz), 3.05 (1 H, dd J = 11.0, 2.5 Hz), 2.55-2.84 (5 H, m), 3.06 (3 H, s), 0.79 (3 H, d J = 7.0 Hz), 0.77 (9 H, s), 0.53 (3 H, d J = 6.9 Hz), 0.04 (3 H, s), -0.21 (3 H, s).
(2)3個のドコシルオキシ基を有するG型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E60))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000134
 化合物(E50)(98 mg)をピリジン(1.7 mL)とトルエン(1.7 mL)の混合溶液中に溶解させ、N,N’-ジイソプロピルエチルアミン(287 μL)、クロロトリメチルシラン(143 μL)を順に添加して室温で10分間攪拌した。化合物(E46)(84 mg)を添加し、50℃で21時間撹拌した。反応液を室温に冷却した後、モルホリン(175 μL)を加えて室温で2時間攪拌した後、でメタノール(を添加して析出した固体を吸引ろ取し、メタノールで洗浄した。これを乾燥した後、移動相にトルエン/アセトニトリル/ピリジン(48/1/1)を用いてカラムクロマト精製し、化合物(E60)(57 mg、収率40%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.20 (1 H, br s), 8.46 (1 H, br s), 7.86 (1 H, s), 7.42-7.45 (2 H, m), 7.31-7.33 (4 H, m), 7.23-7.27 (3 H, m), 6.85 (2 H, s), 6.78-6.81 (4 H, m), 5.84 (1 H, d J = 6.2 Hz), 5.54 (1 H, dd J = 3.2, 4.9 Hz), 4.95 (1 H, dd J = 5.1, 6.1 Hz), 4.25-4.27 (1 H, br m), 3.92-4.04 (6 H, m), 3.75 (6 H, s), 3.49-3.52 (1 H, m), 3.27-3.30 (1 H, m), 2.58-2.80 (4 H, m), 2.18(3 H, s), 1.71-1.81 (6 H, m), 1.44-1.50 (6 H, m), 1.21-1.37 (108 H, br s), 0.88 (9 H, t J = 6.6 Hz), 0.78 (9 H, s), -0.01 (3 H, s), -0.15 (3 H, s).
実施例16
3個のヘキサデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E61))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000135
 化合物(E51)(15.8 mg)をクロロホルム(200 μL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(200 μL)を加えた。ヒドラジン1水和物(2.0 μL)を加えて室温で60分間攪拌し、アセチルアセトン(8.4 μL)を加えて室温で5分間攪拌した。室温でアセトニトリル(4 mL)を加えて攪拌し、-30℃に冷却した。析出物を遠心沈降してアセトニトリルで洗浄し、化合物(E61)(10.0 mg、収率67%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.05 (1 H, br d J = 8.2 Hz), 7.36-7.40 (2 H, m), 7.26-7.33 (7 H, m), 7.13 (2 H, s), 6.85-6.87 (4 H, m), 5.96 (1 H, d J = 3.7 Hz), 5.39 (1 H, d J = 8.2 Hz), 4.36-4.42 (2 H, m), 4.12-4.14 (1 H, m), 3.94-4.05 (6 H, m), 3.81 (6 H, d J = 1.0 Hz), 3.54 (2 H, br), 2.25 (1 H, br), 1.70-1.83 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.22-1.37 (72 H, br), 0.91 (9 H, s), 0.88 (9 H, t J = 6.9 Hz), 0.17 (3 H, br s), 0.16 (3 H, s).
実施例17
3個のオクタデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E62))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000136
 化合物(E7)(16.7 mg)をクロロホルム(200 μL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(200 μL)を加えた。ヒドラジン1水和物(2.0 μL)を加えて室温で60分間攪拌し、アセチルアセトン(8.4 μL)を加えて室温で5分間攪拌した。室温でアセトニトリル(4 mL)を加えて攪拌し、-30℃に冷却した。析出物を遠心沈降してアセトニトリルで洗浄し、化合物(E62)(14.9 mg、収率95%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.06 (1 H, br d J = 7.8 Hz), 7.36-7.40 (2 H, m), 7.25-7.34 (7 H, m), 7.13 (2 H, s), 6.85-6.88 (4 H, m), 5.96 (1 H, d J = 3.5 Hz), 5.39 (1 H, d J = 8.2 Hz), 4.36-4.42 (2 H, m), 4.12-4.14 (1 H, m), 3.94-4.05 (6 H, m), 3.81 (6 H, br), 3.54 (2 H, br), 2.25 (1 H, br), 1.69-1.82 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.21-1.36 (84 H, br), 0.91 (9 H, s), 0.88 (9 H, t J = 6.9 Hz), 0.17 (3 H, br s), 0.16 (3 H, s).
実施例18
3個のドコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E63))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000137
 化合物(E52)(110 mg)をトルエン(1 mL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(1 mL)を加えた。ヒドラジン1水和物(5.8 μL)を加えて室温で50分間攪拌し、アセチルアセトン(37 μL)を加えて室温で5分間攪拌した。室温でメタノール(20 mL)を加えて攪拌した後、析出物を吸引ろ過によりろ取してメタノールで洗浄して化合物(E63)(100 mg、収率96%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.04 (1 H, br d J = 8.1 Hz), 7.38-7.40 (2 H, m), 7.25-7.34 (7 H, m), 7.13 (2 H, s), 6.84-6.87 (4 H, m), 5.96 (1 H, d J = 3.3 Hz), 5.39 (1 H, d J = 8.3 Hz), 4.37-4.41 (2 H, m), 4.11-4.13 (1 H, m), 3.94-4.05 (6H, m), 3.81 (6 H, d J = 1.0 Hz), 3.54 (2 H, br), 2.57 (1 H, br), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.23-1.36 (108 H, br), 0.91 (9 H, s), 0.88 (9 H, t J = 6.9 Hz), 0.17 (3 H, br s), 0.16 (3 H, s).
実施例19
3個のオクタデシルオキシ基を有するデオキシチミン(dT)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E64))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000138
 化合物(E5)(50 mg)をジクロロメタン(1 mL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(1 mL)を加えた。ヒドラジン1水和物(2.3 μL)を加えて室温で30分間攪拌し、アセチルアセトン(10 μL)を加えて室温で5分間攪拌した。室温でアセトニトリル(10 mL)を加えて攪拌した後、減圧濃縮し、これを2回繰り返した。懸濁液を0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取してアセトニトリルで洗浄して化合物(E64)(44.2 mg、収率95%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.69 (1 H, br), 7.39-7.42 (2 H, m), 7.24-7.33 (7 H, m), 7.13 (2 H, s), 6.84-6.87 (4 H, dd J = 9.0, 1.5), 6.39 (1 H, t J = 7.0), 4.60 (1 H, m), 3.96-4.07 (7 H, m), 3.80 (6 H, s), 3.39-3.53 (2 H, m), 2.62 (1 H, br), 2.33-2.47 (2 H, m), 1.71-1.83 (6 H, m), 1.51 (3 H, br), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.21-1.35 (84 H, br), 0.88 (9 H, J = 7.0). 
実施例20
3個のヘキサデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E65))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000139
 化合物(E51)(158 mg)に248 mM トリクロロ酢酸/トルエン溶液(5 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(5 mL)を加えて攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、メタノール(50 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E65)(110 mg, 収率86%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.90 (1 H, br), 7.13 (2 H, s), 5.81-5.87 (1 H, m), 5.69 (1 H, br), 5.18 (1 H, br), 4.57 (1 H,br), 4.21-4.25 (1 H, m), 3.94-4.09 (7 H, m), 3.79 (1 H, br d J = 12.2 Hz), 2.54-2.87 (5 H, m), 2.20 (3 H, s), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.24-1.31 (72 H, br), 0.86-0.89 (18 H, m), 0.08 (3 H, s), 0.06 (3 H, s).
実施例21
2個のドコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E66))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000140
 化合物(E53)(151 mg)に248 mM トリクロロ酢酸/トルエン溶液(5 mL)を加えて室温で10分間攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、10 %メタノール/アセトニトリル溶液(80 mL)を加えて遠心沈降し、沈殿物をアセトニトリルで洗浄して化合物(E66)(110 mg, 収率91%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.85 (1 H, br d J = 8.2 Hz), 7.02 (2 H, d J = 2.2 Hz), 6.70 (1 H, t J = 2.3 Hz), 5.85 (1 H, d J = 8.3 Hz), 5.66 (1 H, d J = 4.8 Hz), 5.2 (1 H, t J = 4.7 Hz), 4.59 (1 H, t J = 4.8 Hz), 4.21-4.24 (1 H, m), 3.91-3.99 (5 H, m), 3.77 (1 H, br d J = 12.6), 2.54-2.87 (5 H, m), 2.20 (3 H, s), 1.73-1.79 (4 H, m), 1.40-1.46 (4 H, m), 1.21- 1.35 (72 H, s), 0.86-0.89 (15 H, s), 0.08 (3 H, s), 0.06 (3 H, s).
実施例22
3個のドコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E67))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000141
 化合物(E52)(11.0 g)に490 mM トリクロロ酢酸/トルエン溶液(150 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(75 mL)を加えて5分間攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、アセトニトリル(75 mL)を加えて減圧濃縮した。メタノール(72 mL)と水(46 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(160 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E67)(9.3 g)を定量的に得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.91 (1 H, br), 7.13 (2 H, s), 5.85 (1 H, d J = 8.2 Hz), 5.68 (1 H, br), 5.18 (1 H, br), 4.57 (1 H, br), 4.22-4.25 (1 H, br m), 3.94-4.09 (7 H, m), 3.77-3.80 (1 H, m), 2.54-2.87 (5 H, m), 2.20 (3 H, s), 1.69-1.82 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.22-1.36 (108 H, br), 0.86-0.89 (18 H, m), 0.08 (3 H, s), 0.06 (3 H, s).
実施例23
3個のヘキサデシルオキシ基を有するデオキシチミン(dT)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E68))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000142
 化合物(E56)(2.6 g)に490 mM トリクロロ酢酸/トルエン溶液(44.3 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(20 mL)を加えて攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、メタノール(100 mL)と水(3 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E68)(2.0 g, 収率99%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.65 (1 H, br), 7.11 (2 H, s), 6.26 (1 H, br), 5.34-5.37 (1 H, m), 4.10-4.12 (1 H, m), 3.89-4.05 (9 H, m), 2.71-2.82 (2 H, m), 2.52-2.62 (2 H, m), 2.43 (2 H, br), 2.19 (3 H, s), 1.97 (3 H, d, J = 1.3 Hz), 1.69-1.84 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.22-1.37 (72 H, br), 0.86-0.89 (9 H, m).
実施例24
3個のオクタデシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E69))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000143
 50-mL ナス型フラスコに化合物(E57)(500 mg)とtoluene (5 mL)を量り、溶解した。これにトリクロロ酢酸 (0.4 g)を添加し、室温で10分撹拌した。 メタノール (2.5 mL) を添加後、アセトニトリル(10 mL)を5分で滴下した後、15分間氷冷下にて撹拌した。 析出物を吸引ろ取し、5%メタノール含有アセトニトリル (5 mL)で5回洗浄した。得られた粉末を減圧下、40 ℃にて1.5時間乾燥すると化合物(E69)(379 mg, 収率88.2%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (9 H, t, J = 6.80 Hz), 1.22-1.39 (84 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.67-1.82 (6 H, m), 2.20 (3 H, s), 2.59-2.86 (5 H, m), 3.46 (3 H, s), 3.80 (1 H, AB brd, J = 11.65 Hz), 3.97 (4 H, t, J = 6.45 Hz), 4.00 (1 H, AB dd, J = 11.65 Hz), 4.05 (2 H, t, J = 6.60 Hz), 4.18 (1 H, brs), 4.22-4.24 (1 H, brm), 5.25 (1 H, brm), 5.81 (1 H, brm), 5.86 (1 H, d, J = 8.22 Hz), 7.12 (2 H, s), 7.94 (1 H, brs).
実施例25
2個のイコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E111))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000144
(1)2個のイコシルオキシ基が置換された安息香酸メチルエステル(化合物(E107))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000145
 500-mLナス型フラスコに2,3-ジヒドロキシ安息香酸メチルエステル(4.65 g, 27.65 mmol), 炭酸カリウム(11.47 g, 82.96 mmol), DMF (250 mL)を量り、40 ℃で1 h攪拌した。次いでn-C20H41Br (24.99 g, 69.13 mmol)を添加し、70 ℃で8 h攪拌した。室温まで冷却し、市水 (250 mL)を添加し、懸濁液を2 h攪拌した。白色結晶を吸引ろ取し、市水(100 mL)で2回洗浄した。これを40 ℃で28 h減圧乾燥すると粗体(25.64 g)が得られた。これにMeOH (500 mL)を加え、外温80 ℃, 0.5 hにて懸濁液を攪拌した。これを冷却後、吸引ろ取し、MeOH (50 mL)で洗浄した。この操作を再度繰り返した。得られた白色結晶を40 ℃にて減圧乾燥すると2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸メチルエステル(E107, 19.15 g, 収率94.9%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 7.05 Hz), 1.15-1.40 (68H, m), 1.40-1.51 (2H, m), 1.75-1.84 (2H, m), 3.89 (3H, s), 3.97 (2H, t, J = 6.40 Hz), 4.02 (2H, t, J = 6.70 Hz), 7.02 (1H, d, J = 6.30 Hz), 7.03 (1H, d, J = 3.15 Hz), 7.28 (1H, dd, J = 6.30, 3.15 Hz).
(2)2個のイコシルオキシ基が置換された安息香酸(化合物(E108))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000146
 1-L ナス型フラスコに2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸メチルエステル(E107, 18.0 g, 24.68 mmol), 水酸化カリウム (16.62 g, 296.21 mmol), EtOH (180 mL)を順に量り、85 ℃にて2 h反応した。冷却し、氷冷しながら2 M HCl (180 mL)を滴下した。そして市水(200 mL)を滴下した。結晶を吸引ろ取すると2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸(E108, 17.9 g, 収率101%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 7.05 Hz), 1.10-1.40 (68H, m), 1.40-1.51 (2H, m), 1.82-1.86 (2H, m), 4.02 (2H, t, J = 6.40 Hz), 4.28 (2H, t, J = 6.85 Hz), 7.11-7.18 (2H, m), 7.72 (1H, dd, J = 8.70, 1.85 Hz), 11.63 (1H, brs).
(3)2個のイコシルオキシ基が置換された安息香酸クロライド(化合物(E109))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000147

 500-mLナス型フラスコに2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸(E108, 10.00 g, 13.98 mmol), トルエン (70 mL), DMF (2.2 mL), 塩化チオニル(9.18 mL, 125.84 mmol)を順に混合し、アルゴン雰囲気下、70℃にて2 h反応した。溶媒を減圧留去し、トルエン (200 mL)で2回共沸した。最終的に減圧下にて濃縮乾固すると2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸クロライド(E109, 10.26 g, 収率100%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 6.85 Hz), 1.10-1.40 (68H, m), 1.40-1.51 (2H, m), 1.77-1.84 (2H, m), 3.99 (2H, t, J = 6.40 Hz), 4.05 (2H, t, J = 6.70 Hz), 7.07-7.11 (2H, m), 7.49 (1H, dd, J = 7.30, 2.25 Hz).
(4)U型のヌクレオシド(化合物(E110))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000148
 100-mLナス型フラスコに1-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-3-フルオロ-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(3.00 g, 5.47 mmol), DMAP (67 mg, 0.55 mmol), THF (15 mL)を量って溶解した後、Levrinic acid (0.95 g, 8.20 mmol)を添加した。WSC.HCl (1.57 g, 8.20 mmol)を添加し、そのまま2.0 h撹拌した。THFを減圧下にて留去した後、EtOAc (40 mL)と0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (15 mL)を加え、分液した。有機層に0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (15 mL)を再度添加し、分液した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥後、ろ去した。有機層を減圧下にて濃縮し、乾固すると3’-OLev rU (2’-F) (E110, 3.61 g)が得られた。これをカラムクロマト精製 [Silicagel 60 (20 g), 5% Et3N contained EtOAc/n-hexane 0:95-95:0]した。有効区を減圧下にて濃縮し、乾固すると精3’-OLev rU (2’-F) (E110, 収量3.57 g, 収率 93.5%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 2.19 (3H, s), 2.57-2.66 (2H, m), 2.67-2.84 (2H, m), 3.46 (1H, dd, J = 11.35, 2.50 Hz), 3.62 (1H, dd, J = 11.35, 2.30 Hz), 3.799 (3H, s), 3.800 (3H, s), 4.30 (1H, brd, J = 7.25 Hz), 5.22 (1H, dddd, 2JHF= 51.61 Hz, J = 4.50, 2.25, 2.25 Hz), 5.31-5.37 (1H, m), 5.34 (1H, d, J = 8.15 Hz), 6.11 (1H, dd, 3JHF = 16.10 Hz, J = 2.20 Hz), 6.85 (4H, dd, J = 8.95, 2.15 Hz), 7.24-7.37 (9H, m), 7.84 (1H, d, J = 8.20 Hz), 8.80 (1H, brs).
(5)2個のイコシルオキシ基を有するU型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E111))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000149
 200-mL ナス型フラスコに化合物(E110)(1.23 g, 1.77 mmol), i-Pr2NEt (1.26 mL), pyridine (11 mL)を量り、溶解した。室温でTMSCl (0.56 mL), 2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸クロライド(E109, 0.828 g相当)を順に添加した。この混合物を外温度60 ℃にて3.5時間反応した。室温に冷却し、MeOH (72 mL)を滴下した。懸濁液を氷冷下にて0.5 h撹拌し、吸引ろ取した。紛体をMeOH (5 mLX7)で洗浄した。得られた紛体を減圧下、室温で18 h乾燥すると化合物(E111) (1.33 g, 収率81.9%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 7.10 Hz), 1.00-1.40 (64H, m), 1.40-1.52 (2H, m), 1.53-1.75 (4H, m), 1.75-1.88 (2H, m), 2.18 (3H, s), 2.55-2.86 (4H, m), 3.46 (1H, dd, J = 11.40, 2.28 Hz), 3.64 (1H, dd, J = 11.40, 2.30 Hz), 3.801 (3H, s), 3.803 (3H, s), 3.95 (2H, t, J = 6.45 Hz), 3.99 (2H, t, J = 7.05 Hz), 4.28 (1H, brd, J = 7.40 Hz), 5.22 (1H, dddd, 2JHF= 51.56 Hz, J = 4.40, 2.10, 2.10 Hz), 5.32-5.38 (1H, m), 5.40 (1H, d, J = 8.25 Hz), 6.11 (1H, dd, 3JHF = 15.90 Hz, J = 2.05 Hz), 6.85 (4H, dd, J = 8.95, 1.95 Hz), 7.05-7.11 (2H, m), 7.23-7.33 (7H, m), 7.37 (2H, dd, J = 8.70, 1.50 Hz), 7.47 (1H, dd, J = 7.50, 2.05 Hz), 7.91 (1H, d, J = 8.25 Hz).
実施例26
2個のイコシルオキシ基を有するデオキシチミン(dT)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E113))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000150
(1)dT型のヌクレオシド(化合物(E112))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000151
 100-mLナス型フラスコに1-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシ-3-(2-メトキシエトキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(3.00 g, 4.85 mmol), DMAP (59 mg, 0.48 mmol), THF (15 mL)を量って溶解した後、Levrinic acid (0.85 g, 7.27 mmol)を添加した。WSC.HCl (1.39 g, 7.27 mmol)を添加し、そのまま2.0 h撹拌した。THFを減圧下にて留去した後、EtOAc (40 mL)と0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (30 mL)を加え、分液した。有機層に0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (30 mL)を再度添加し、分液した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥後、ろ去した。有機層を減圧下にて濃縮し、乾固すると3’-OLev rT (2’-OMOE) (E112, 3.13 g, 収率89.8%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 1.36 (3H, d, J = 1.15 Hz), 2.19 (3H, s), 2.64-2.82 (4H, m), 3.28 (3H, s), 3.37 (1H, dd, J = 10.90, 2.35 Hz), 3.49-3.52 (3H, m), 3.66-3.71 (1H, m), 3.75-3.80 (1H, m), 3.79 (3HX2, s), 4.23-4.25 (1H, m), 4.45 (1H, t, J = 5.65 Hz), 5.41 (1H, dd, J = 5.25, 3.75 Hz), 6.08 (1H, d, J = 6.00 Hz), 6.85 (4H, dd, J = 8.65, 3.00 Hz), 7.22-7.31 (7H, m), 7.39 (2H, dd, J = 7.10, 1.50 Hz), 7.57 (1H, d, J = 1.15 Hz), 8.57 (1H, brs).
(2)2個のイコシルオキシ基を有するdT型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E113))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000152
 200-mL ナス型フラスコに化合物(E112)(1.27 g, 1.77 mmol), i-Pr2NEt (1.62 mL), pyridine (11 mL)を量り、溶解した。室温でTMSCl (0.54 mL), 2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸クロライド(E109, 0.828 g相当)を順に添加した。この混合物を外温度60 ℃にて1.5時間反応した。室温に冷却し、MeOH (55 mL)を滴下した。懸濁液を氷冷下にて0.5 h撹拌し、吸引ろ取した。紛体をMeOH (10 mLX2)で洗浄した。得られた紛体を減圧下、室温で18 h乾燥すると化合物(E113)(1.22 g, 収率74.4%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 6.80 Hz), 1.19-1.37 (64H, m), 1.37 (3H, d, J = 0.80 Hz), 1.43-1.48 (2H, m), 1.62-1.68 (4H, m), 1.77-1.83 (2H, m), 2.18 (3H, s), 2.60-2.78 (4H, m), 3.29 (3H, s), 3.37 (1H, dd, J = 7.53, 2.35 Hz), 3.49 (2H, t, J = 4.30Hz), 3.52 (1H, dd, J = 10.90, 2.35 Hz), 3.64-3.68 (1H, m), 3.76-3.79 (1H, m), 3.80 (3HX2, s), 3.94 (2H, t, J = 6.40 Hz), 3.99 (2H, t, J = 7.00 Hz), 4.22-4.24 (1H, m), 4.44 (1H, t, J = 5.30 Hz), 5.39 (1H, t, J = 4.85 Hz), 6.06 (1H, d, J = 6.00 Hz), 6.85 (4H, dd, J = 8.85, 1.80 Hz), 7.04-7.10 (2H, m), 7.23-7.32 (7H, m), 7.39 (2H, dd, J = 7.35, 1.40 Hz), 7.43 (1H, dd, J = 7.40, 2.05 Hz), 7.64 (1H, d, J = 1.05 Hz).
実施例27
2個のイコシルオキシ基を有するデオキシチミン(dT)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E114))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000153
 300-mL ナス型フラスコに化合物(E4)(10.91 g, 15.95 mmol), i-Pr2NEt (10.31 g), pyridine (98 mL)を量り、溶解した。室温でTMSCl (5.07 mL), 2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸クロライド(E109, 7.46, 10.16 mmol)を順に添加した。この混合物を外温度60 ℃にて3.5時間反応した。室温に冷却し、MeOH (55 mL)を滴下した。懸濁液を氷冷下にて0.5 h撹拌し、吸引ろ取した。紛体をMeOH (50 mLX2)で洗浄した。得られた紛体を減圧下、室温で48 h乾燥すると化合物(E114)(11.09 g, 収率81.5%)が得られた。ろ液中の沈殿物を再度ろ取し、MeOH洗浄した。得られた紛体を減圧下、室温で18 h乾燥すると化合物(E114)(1.21 g, 収率8.9%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 6.75 Hz), 1.18-1.39 (64H, m), 1.37 (3H, d, J = 0.90 Hz), 1.43-1.49 (2H, m), 1.62-1.68 (4H, m), 1.77-1.84 (2H, m), 2.17 (3H, s), 2.40-2.49 (2H, m), 2.49-2.56 (2H, m), 2.68-2.78 (2H, m), 3.45 (1H, dd, J = 10.65, 2.30 Hz), 3.50 (1H, dd, J = 10.65, 2.45 Hz), 3.80 (3HX2, s), 3.93-4.02 (4H, m), 4.11-4.12 (1H, m), 5.45-5.46 (1H, m), 6.41 (1H, dd, J = 5.80, 3.05 Hz), 6.84 (4H, dd, J = 9.00, 1.25 Hz), 7.05-7.11 (2H, m), 7.22-7.32 (7H, m), 7.40 (2H, dd, J = 8.65, 1.40 Hz) 7.46 (1H, dd, J = 7.15, 2.40 Hz), 7.66 (1H, d, J = 1.20 Hz).
実施例28
2個のイコシルオキシ基を有するウラシル(U)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E115))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000154
 50-mL ナス型フラスコに化合物(E111)(530 mg)とtoluene (2 mL)を量り、溶解した。これにトリクロロ酢酸 (0.4 g)を添加し、室温で10分撹拌した。 メタノール (2.5 mL) を添加後、アセトニトリル(10 mL)を5分で滴下した後、15分間氷冷下にて撹拌した。 析出物を吸引ろ取し、5%メタノール含有アセトニトリル (5 mL)で5回洗浄した。得られた粉末を減圧下、40 ℃にて1.5時間乾燥すると目的物 (E115, 440 mg, 収率107%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 7.05 Hz), 1.00-1.40 (64H, m), 1.40-1.52 (2H, m), 1.53-1.75 (2H, m), 1.75-1.88 (2H, m), 2.0-2.35 (2H, brs), 2.19 (3H, s), 2.55-2.90 (4H, m), 3.79 (1H, dd, J = 12.70, 2.05 Hz), 3.94-4.01 (6H, m), 4.23-4.30 (1H, brm), 5.27-5.87 (2H, m), 5.83 (1H, d, J = 8.25 Hz), 5.90 (1H, dd, 3JHF = 16.70 Hz, J = 2.60 Hz), 7.08-7.11 (2H, m), 7.50 (1H, dd, J = 7.50, 2.10 Hz), 7.78 (1H, d, J = 8.20 Hz).
実施例29
2個のイコシルオキシ基を有するデオキシチミン(dT)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E116))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000155
 50-mL ナス型フラスコに化合物(E113)(500 mg)とtoluene (5 mL)を量り、溶解した。これにトリクロロ酢酸 (0.4 g)を添加し、室温で10分撹拌した。 メタノール (2.5 mL) を添加後、アセトニトリル(10 mL)を5分で滴下した後、15分間氷冷下にて撹拌した。 ゲル状物を吸引ろ取し、メタノール (5 mL), 5%メタノール含有アセトニトリル (5 mL)で5回洗浄した。得られた粉末を減圧下、40 ℃にて1.5時間乾燥すると目的物 (E116, 256 mg, 収率65%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 7.05 Hz), 1.19-1.37 (64H, m), 1.43-1.48 (2H, m), 1.62-1.68 (2H, m), 1.77-1.83 (2H, m), 1.94 (3H, d, J = 0.95 Hz), 2.05-2.30 (3H, m), 2.20 (3H, s), 2.63-2.84 (4H, m), 3.31 (3H, s), 3.45-3.48 (2H, m), 3.67-3.72 (2H, m), 3.74 (1H, dd, J = 12.65, 2.15 Hz), 3.90 (1H, dd, J = 12.65, 1.95 Hz), 3.93-3.98 (4H, m), 4.20-4.21 (1H, m), 4.48 (1H, t, J = 5.25 Hz), 5.29 (1H, t, J = 4.70 Hz), 5.64 (1H, d, J = 5.10 Hz), 7.05-7.11 (2H, m), 7.47 (1H, dd, J = 7.60, 2.00 Hz), 7.50 (1H, d, J = 1.00 Hz).
実施例30
2個のイコシルオキシ基を有するデオキシチミン(dT)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E117))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000156
 50-mL ナス型フラスコに化合物(E114)(630 mg)とtoluene (2 mL)を量り、溶解した。これにトリクロロ酢酸 (0.5 g)を添加し、室温で10分撹拌した。 メタノール (2.5 mL) を添加後、アセトニトリル(10 mL)を5分で滴下した後、15分間氷冷下にて撹拌した。 析出物を吸引ろ取し、5%メタノール含有アセトニトリル (5 mL)で5回洗浄した。得られた粉末を減圧下、40 ℃にて1.5時間乾燥すると目的物 (E117, 518 mg, 101%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 6.80 Hz), 1.18-1.39 (64H, m), 1.43-1.49 (2H, m), 1.62-1.68 (2H, m), 1.77-1.84 (2H, m), 1.95 (3H, d, J = 1.80 Hz), 2.36 (3H, s), 2.40-2.49 (2H, m), 2.49-2.56 (5H, m), 2.74-2.78 (2H, m), 3.89-3.91 (2H, m), 3.93-3.99 (4H, m), 4.07-4.09 (1H, m), 5.33-5.34 (1H, m), 6.23 (1H, t, J = 6.65 Hz), 7.16-7.18 (2H, m), 7.47 (1H, dd, J = 7.35, 2.25 Hz), 7.57 (1H, d, J = 1.15 Hz).
実施例31
ホスホロアミダイト法を用いた5’方向への伸長による核酸オリゴマー(5’-ACGdTdT-3’)(化合物(E30))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000157
(1)化合物(E5)の5’-OH体(化合物(E17))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000158
 実施例1(5)で示した化合物(E5)(310.4mg)に248mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(10mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(8mL)を加えて攪拌した。反応液に10%メタノール/アセトニトリル溶液を加えて濃縮した後0℃に冷却して、吸引ろ過により化合物(E17)(265.9mg)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.62 (1 H, br), 7.11 (2 H, s), 6.26 (1 H, br), 5.36 (1 H, m), 4.12 (1 H, m), 3.90-4.07 (8H, m), 2.98-3.12 (1 H, br), 2.77 (2 H, m), 2.58 (2 H, m), 2.43 (2 H, br), 2.20 (3 H, s), 1.97 (3 H, d, J = 1.0 Hz), 1.69-1.84 (6 H, m), 1.41-1.50 (6 H, m), 1.19-1.40 (84 H, br), 0.88 (9 H, t, J = 7.0 Hz).
(2)化合物(E17)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸ダイマー(化合物(E18)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000159
 化合物(E17)(257.0mg)と(2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル (2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(223.4mg)にトルエン(10mL)を加え室温で1時間攪拌した。これにアセトニトリル(1.5mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(144.2mg)を加え、室温で2時間攪拌した。反応液にアセトニトリルを加えて濃縮した後、吸引ろ過により化合物(E18)(379.3mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ7.89, 7.97 (1 H, br), 7.44-7.61 (2 H, m), 7.39 (2 H, m), 7.28 (7 H, m), 7.13-7.18 (2 H, m), 6.78-6.87 (4 H, m), 6.28-6.46 (2 H, m), 5.19-5.30 (1 H, br m), 4.90-5.02 (1 H, br m), 3.91-4.29 (12 H, m), 3.76-3.81 (6 H, m), 3.33-3.57 (2 H, m), 2.21-3.14 (10 H, m), 2.17, 2.16 (3 H, s), 1.95 (3 H, s), 1.69-1.84 (6 H, m), 1.40-1.50 (9 H, br m), 1.19-1.38 (84 H, m), 0.88 (9 H, t, J = 6.8 Hz).
 なお、上述の(2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル (2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイトは、自体公知の方法または後述するE33の製造方法に準ずる方法を用いて、下式
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000160

で表される化合物またはその塩から製造することができる。
(3)化合物(E18)の酸化による化合物(E19)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000161
 化合物(E18)(344.1mg)に0.02 Mヨウ素/ピリジン溶液(10mL)と水(500μL)を加え、室温で45分間攪拌した。アセトニトリルを加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により化合物(E19)(346.5mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.08 (1 H, br s), 7.44-7.57 (2 H, m), 7.36 (2 H, m), 7.19-7.34 (7 H, m), 7.17, 7.14 (2 H, s), 6.82-6.87 (4 H, m), 6.29-6.45 (2 H, m), 5.15-5.32 (2 H, m), 4.09-4.41 (6 H, m), 3.92-4.07 (6 H, m), 3.79-3.80 (6 H, m), 3.55 (1 H, m), 3.41, (1 H, m), 2.18-3.13 (10 H, m), 2.16 (3 H, m), 2.01 (3 H, m), 1.69-1.84 (6 H, m), 1.40-1.50 (9 H, br m), 1.10-1.39 (84 H, m), 0.88 (9 H, t, J = 6.8 Hz).
(4)化合物(E19)の5’-OH体(化合物(E20))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000162
 化合物(E19)(325.2mg)に248mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(10mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(8mL)を加えて攪拌した。反応液に10%メタノール/アセトニトリル溶液を加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により化合物(E20)(288.4mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.03 (1 H, br s), 7.39-7.50 (2 H, m), 7.15, 7.13 (2 H, s), 6.26-6.40 (1 H, br), 6.07-6.21 (1 H, m), 5.15-5.37 (2 H, br m), 4.16-4.45 (6 H, m), 3.93-4.08 (6 H, m), 3.76-3.93 (2 H, m), 3.17-2.27 (11 H, br m), 2.19 (3 H, s), 2.02 (3 H, m), 1.92 (3 H, m), 1.69-1.84 (6 H, m), 1.40-1.50 (6 H, br m), 1.10-1.40 (84 H, m), 0.88 (9 H, t, J = 7.0 Hz).
(4-2)化合物(E19)の5’-OH体(化合物(E20))の合成
 ナス型フラスコに、0.27M 5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール/アセトニトリル溶液(28.8mL)と(2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル(2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト/トルエン溶液(0.12M,23mL)と化学式(E17)で示される化合物(2.3g)をトルエン(13.8 mL)に溶解した溶液とを順次添加し、室温で90分撹拌した。反応液にアセトニトリルを添加し、氷冷した。吸引ろ取して得た湿結晶をトルエン(4.6mL)に懸濁させ、ヨウ素/水/ピリジン溶液(0.58g/0.082ml/0.73g混合溶液)を添加して室温で15分撹拌した。反応液を減圧濃縮し、トルエンに置換した。そこに0.67Mトリクロロ酢酸/トルエン溶液(27.5mL)を添加し、室温で10分撹拌した。反応溶液にメタノールを添加し、氷冷した。吸引ろ取し、上記化学式(E20)で示した化合物(2.5g)を得た。
(5)化合物(E20)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸トリマー(化合物(E21))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000163
 化合物(E20)(272.1mg)と(2R,3R,4R,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(2-イソブチルアミド-6-オキソ-1H-プリン-9(6H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル (2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(291.1mg)にトルエン(10mL)を加え、室温で55分間攪拌した。これにアセトニトリル(1.5mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(144.2mg)を加え、室温で2時間攪拌した。反応液にアセトニトリルを加えて濃縮した後、吸引ろ過により化合物(E21)(411.9mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ11.95-12.16 (1 H, m), 7.82-7.91 (2 H,m), 7.20-7.55 (12 H, m), 7.13 (2 H, m), 6.79-6.87 (4 H, m), 6.30 (2 H, br), 5.75-5.89 (1 H, m), 4.47-5.33 (3 H, m), 4.07-4.44 (8 H, m), 3.90-4.06 (6 H, m), 3.74-3.81 (6 H, m), 1.94-3.55 (25 H, m), 1.68-1.83 (6 H, m), 1.40-1.51 (6 H, br m), 0.92-1.39 (93 H, m), 0.88 (9 H,m), 0.76-0.83 (9 H, m), -0.09 - -0.02 (3 H, m), -0.27 - -0.20 (3 H, m).
 なお、上述の(2R,3R,4R,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(2-イソブチルアミド-6-オキソ-1H-プリン-9(6H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル (2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイトは、自体公知の方法または後述するE33の製造方法に準ずる方法を用いて、下式
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000164

で表される化合物またはその塩から製造することができる。
(6)化合物(E21)の酸化による化合物(E22)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000165
 化合物(E21)(353.7mg)をトルエン(4mL)に溶解させた後、0.02Mヨウ素/ピリジン溶液(10mL)と水(500μL)を加え、室温で15分間攪拌した。アセトニトリルを加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により化合物(E22)(362.6mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.11 (1 H, m), 7.72-9.54 (2 H,m), 7.22-7.56 (12 H, m), 7.12-7.14 (2 H, m), 6.79-6.85 (4 H, m), 6.15-6.38 (2 H, br), 5.72-5.80 (1 H, m), 4.12-5.34 (14 H, m), 3.94-4.08 (6 H, m), 3.76-3.80 (6 H, m), 1.87-3.60 (22 H, m), 1.69-1.84 (6 H, m), 1.45 (6 H, br), 0.95-1.38 (93 H, m), 0.88 (9 H,m), 0.77 (9 H, m), -0.12 - -0.04 (3 H, m), -0.31 - -0.14 (3 H, m).
(7)化合物(E22)の5’-OH体(化合物(E23))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000166
 化合物(E22)(360.0mg)に248mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(10mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(8mL)を加えて攪拌した。反応液に10%メタノール/アセトニトリル溶液を加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により化合物(E23)(297.2mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.24-12.37 (1 H, m), 9.68-11.28 (2 H,m), 7.44-7.70 (3H, m), 7.07-7.13 (2 H, m), 5.08-6.34 (6 H, m), 4.08-4.69 (11 H, m), 3.88-4.05 (9 H, m), 1.88-3.31 (23 H, m), 1.69-1.83 (6 H, m), 1.40-1.50 (6 H, br m), 0.99-1.39 (90 H, m), 0.86-0.89 (9 H, m), 0.68-0.80 (9 H, m), -0.24 - -0.21 (3 H, m), -0.47 - -0.40 (3 H, m).
(8)化合物(E23)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸テトラマー(化合物(E24)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000167
 化合物(E23)(284.5mg)と(2R,3R,4R,5R)-5-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル(2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(270.6mg)にトルエン(10mL)を加え、室温で10分間攪拌した。これにアセトニトリル(1.5mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(144.2mg)を加え、室温で2時間攪拌した。反応液にアセトニトリルを加えて濃縮した後、吸引ろ過により化合物(E24)(360.8mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.14-12.22 (1 H, m), 7.75-9.90 (3 H,m), 6.97-7.55 (15 H, m), 6.80-6.89 (4 H, m), 3.37-6.36 (39 H, m), 1.94-3.11 (26 H, m), 1.69-1.83 (6 H, m), 1.45 (6 H, br m), 0.98-1.38 (93 H, m), 0.68-0.95 (27 H, m), -0.25 - -0.19 (12 H, m).
 なお、上述の(2R,3R,4R,5R)-5-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル(2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイトは、自体公知の方法または後述するE33の製造方法に準ずる方法を用いて、下式
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000168

で表される化合物またはその塩から製造することができる。
(9)化合物(E24)の酸化による化合物(E25)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000169
 化合物(E24)(258.2mg)をトルエン(4mL)に溶解させた後、0.02Mヨウ素/ピリジン溶液(10mL)と水(500μL)を加え、室温で15分間攪拌した。アセトニトリルを加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により化合物(E25)(336.1mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.15-12.23 (1 H, m), 7.47-10.05 (4 H,m), 7.02-7.41 (14 H, m), 6.81-6.87 (4 H, m), 3.40-6.35 (39 H, m), 1.91-3.08 (26 H, m), 1.70-1.83 (6 H, m), 1.45 (6 H, br m), 0.96-1.39 (93 H, m), 0.68-0.95 (27 H, m), -0.30 - -0.20 (12 H, m).
(10)化合物(E25)の5’-OH体(化合物(E26))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000170
 化合物(E25)(328.7mg)に248mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(10mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(8mL)を加えて攪拌した。反応液に10%メタノール/アセトニトリル溶液を加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により化合物(E26)(295.3mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.19-12.27 (1 H, br m), 7.09-10.49 (9 H, br m), 3.67-6.39 (33 H, m), 1.88-3.09 (27 H, m), 1.70-1.84 (6 H, m), 1.45 (6 H, br m), 1.00-1.38 (93 H, m), 0.67-0.94 (27 H, m), -0.30 - -0.27 (12 H, m).
(11)化合物(E26)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸ペンタマー(化合物(E27)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000171
 化合物(E26)(256.4mg)と(2R,3R,4R,5R)-5-(6-ベンズアミド-9H-プリン-9-イル)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル(2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(296.5mg、300μmol)にトルエン(10mL)を加え、室温で10分間攪拌した。これにアセトニトリル(1.5mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(144.2mg)を加え、室温で2時間攪拌した。反応液にアセトニトリルを加えて濃縮した後、吸引ろ過により化合物(E27)(337.3mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.03-12.23 (1 H, m), 7.60-10.14 (7 H, br m), 7.05-7.55 (19 H, m), 6.79-6.87 (4 H, m), 1.90-6.42 (75 H, br m), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.45 (6 H, br m), 1.04-1.36 (93 H, m), 0.85-0.93 (18 H, m), 0.69-0.78 (18 H, m), -0.35 - -0.23 (18 H, m).
(12)化合物(E27)の酸化による化合物(E28)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000172
 化合物(E27)(322.9mg)をトルエン(4mL)に溶解させた後、0.02Mヨウ素/ピリジン溶液(10mL)と水(500μL)を加え、室温で15分間攪拌した。アセトニトリルを加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により化合物(E28)(308.4mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.10-12.25 (1 H, br m), 7.77-10.07 (7 H, br m), 7.05-7.64 (19 H, m), 6.78-6.85 (4 H, m),1.90-6.39 (75 H, br m), 1.70-1.84 (6 H, m), 1.45 (6 H, br m), 1.00-1.38 (93 H, m), 0.82-0.92 (18 H, m), 0.68-0.81 (18 H, m), -0.29 - -0.19 (18 H, br m).
(13)化合物(E28)の5’-OH体(化合物(E29))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000173
 化合物(E28)(328.7mg)に248mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(10mL)を加えて室温で10分間攪拌した。反応液に10%メタノール/アセトニトリル溶液を加えて濃縮した後0℃に冷却し、遠心分離により化合物(E29)(269.0mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.14-12.27 (1 H, br m), 7.23-10.08 (15 H,br m), 7.11-7.15 (2 H, m), 1.87-6.35 (70 H, br m), 1.70-1.83 (6 H, m), 1.45 (6 H, br m), 1.06-1.39 (93 H, m), 0.69-0.93 (36 H, m), -0.34 - -0.19 (18 H, m).
(14)化合物(E29)の脱保護による化合物(E30)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000174
 化合物(E29)(165.5mg)をエタノール(1.5mL)中にけん濁し、40%メチルアミン水溶液(5mL)を加え45℃で25分間反応した後、固体成分をフィルターろ過により除いた。残渣をジメチルスルホキシドで洗浄し、洗液をろ液と合わせてドライアイスで冷却した。トリエチルアミン三フッ化水素酸塩(7.5mL)を加えて40℃で135分間反応させて、化合物(E30)を含む反応溶液(28.8g)を得た。得られた反応溶液(4.6g)を陰イオン交換クロマトグラフィーを用いて精製し、化合物(E30)(4.1μmol)を得た。得られた化合物(E30)についてHPLC及びESI-MSにより同定した。
LC-ESI-MS m/z 1524.30 [M - H]
実施例32
ホスホロアミダイト法を用いた3’方向への伸長による核酸オリゴマー(5’-GUdT-3’)(化合物(E34))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000175
(1)3個のオクタデシルオキシ基を有するdT型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E5))からの核酸ダイマー(化合物(E31))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000176
 化合物(E5)の代わりに、化合物(E7)(352.4mg)を用いて、実施例31の(1)から(3)と同様の反応を行い、ダイマーブロック(化合物(E31))をジアステレオマー混合物(400.9mg)として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.18, 12.13 (1 H, s), 10.13, 9.55 (1 H, br s), 7.83-8.05, (2 H, m), 7.20-7.48 (9H, m), 7.13 (2 H, m), 6.82-6.86 (4 H, m), 6.39, 6.23 (1 H, d, J = 8.0, 8.5 Hz), 5.87-5.96 (2 H, m), 4.72-5.19 (3 H, br m), 3.90-4.56 (14 H, br m), 3.78-3.80 (6 H, m), 3.56-3.68 (1 H, br m), 3.17-3.54 (1 H, br m), 2.44-2.88 (6 H, m), 2.20 (3 H, s), 1.70-1.83 (6 H, m),1.45 (6 H, br m) 1.19-1.36 (90 H, m), 0.74-0.91 (27 H, m), -0.04 - -014 (9 H, m), -0.16 - -0.24 (3 H, s).
(2)化合物(E31)の3’-OH体(化合物(E32))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000177
 化合物(E31)(396.7mg)をジクロロメタン(5mL)に溶解し、20%酢酸/2,4,6-トリメチルピリジン溶液(5mL)を加え、ヒドラジン一水和物(17μL)を加えて室温で1時間攪拌した。アセトニトリルを加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により化合物(E32)(329.2mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.16-12.20 (1 H, m), 10.10- 9.96 (1 H, br m), 7.77- 8.01 (2 H, m), 7.18-7.47 (9H, m), 7.12 (2 H, m), 6.83-6.87 (4 H, m), 6.35, 6.23 (1 H, d, J = 8.0, 8.0 Hz), 5.88-5.98 (2 H, m), 4.74-5.12 (2 H, m), 3.91-4.57 (14 H,br m), 3.79 (6 H, m), 3.17-3.65 (2 H, m), 2.03-2.77 (4 H, m), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.45 (6 H, br), 1.12-1.37 (90 H, m), 0.75-0.96 (27 H, m), 0.08-0.21 (6 H, m), -0.02 - -0.04 (3 H, m), -0.23 - -0.17 (3 H, m).
(3)化合物(E32)の3’-ホスホロアミダイト体(化合物(E33))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000178
 化合物(E32)(322.9mg)をジクロロメタン(9.8mL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン(270μL)と1-メチルイミダゾール(9μL)、2-シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジド(200μL)を加え、室温で2時間攪拌した。アセトニトリルを加えて濃縮した後、吸引ろ過により化合物(E33)(341mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.14-12.23 (1 H, m), 9.71-10.45 (1 H, br m), 7.59-8.07 (2 H, m), 7.21-7.46 (9 H, m), 7.09-7.19 (2 H, m), 6.79-6.87 (4 H, m), 5.84-6.60 (3 H, m), 3.16-5.07 (28 H, br m), 1.97-2.85 (5 H, br m), 1.67-1.83 (6 H, br m),1.40-1.50 (6 H, br m) 1.09-1.39 (102 H, br m), 0.73-0.97 (27 H, m), -0.24 - -0.17 (12 H, m).
(4)核酸オリゴマー(5’-GUdT-3’)(化合物(E34))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000179
 化合物(E33)(331.0mg)と実施例31に示した化合物(E17)(58.7mg)をジクロロメタン(3.8mL)に溶解し、これにアセトニトリル(1.5mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(33.9mg)を加え、室温で5.5時間攪拌した。反応液にアセトニトリルを加えて濃縮した後、吸引ろ過により析出物(372mg)を得た。得られた析出物(363.9mg)をジクロロメタン(5mL)に溶解した後、0.02Mヨウ素/ピリジン溶液(10mL)と水(500μL)を加え、室温で15分間攪拌した。アセトニトリルを加えて濃縮した後0℃に冷却し、吸引ろ過により析出物(355.6mg)を得た。得られた析出物(11.0mg)に3% トリクロロ酢酸/ジクロロメタン溶液(1mL)を加えて室温で10分間攪拌した。反応液にアセトニトリルを加えて濃縮した後、10%メタノール/アセトニトリル溶液を加えて0℃に冷却し、遠心分離により析出物(8.7mg)を得た。得られた析出物(7.4mg)をエタノール(500μL)中にけん濁し、40%メチルアミン水溶液(1.5mL)を加え45℃で25分間反応した後、固体成分をフィルターろ過により除いた。残渣をジメチルスルホキシドで洗浄し、洗液をろ液と合わせて0℃に冷却した。トリエチルアミン三フッ化水素酸塩(320μL)を加えて40℃で75分間反応させて、化合物(E34)を含む反応溶液(5.9g)を得た。得られた反応溶液(961mg)を陰イオン交換クロマトグラフィーを用いて精製し、化合物(E34)(36nmol)を得た。化合物(E34)についてHPLC及びESI-MSにより同定した。
LC-ESI-MS m/z 892.19 [M - H
実施例33
ホスホロアミダイト法を用いた5’方向への伸長による核酸オリゴマー(5’-CGUACGU-3’)(化合物(E88))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000180
(1)化合物(E67)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸ダイマー(化合物(E76))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000181
 化合物(E67)(613.8 mg)と(2R,3R,4R,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(2-イソブチルアミド-6-オキソ-1H-プリン-9(6H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル (2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(776.1 mg)にトルエン(10.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(2.0 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(231.0 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。0.1 M I2/ピリジン溶液(8.0 mL)と水(500 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(18 mL)を加えて減圧濃縮し、さらにアセトニトリル(18 mL)を加えて減圧濃縮した後、アセトニトリル(36 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、これをアセトニトリルで洗浄して化合物(E76)(934.4 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.17, 12.12 (1 H, s, s), 10.13, 9.54 (1 H, br, br), 8.03, 7.85 (1 H, br d J = 8.5 Hz, br d J = 8.5 Hz), 7.93 (1 H, s), 7.41-7.47 (2 H, m), 7.23-7.36 (7 H, m), 7.13 (2 H, br), 6.82-6.86 (4 H, m), 6.39, 6.22 (1 H, d J = 8.2 Hz, d J = 8.2 Hz), 5.87-5.96 (2 H, m), 5.18, 5.06 (2 H, br, br m), 4.92-4.95, 4.86 (1 H, m, br t J = 5.7 Hz), 4.72-4.75, 4.47-4.56 (2 H, m), 4.15-4.41 (5 H, m), 3.90-4.06 (7 H, m), 3.78-3.80 (6 H, m), 3.57-3.64 (1 H, m), 3.49-3.53, 3.27-2.29 (1 H, m, m), 2.45-2.88 (6 H, m), 2.19 (3 H, s), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.41-1.49 (6 H, m), 1.20-1.36 (114 H, br m), 0.86-0.89 (18 H, m), 0.76, 0.78 (9 H, s),0.12, 0.10 (3 H, s), 0.04, 0.03 (3 H, s), 0.00, -0.03 (3 H, s), -0.16, -0.24 (3 H, s).
(2)化合物(E76)の5’-OH体(化合物(E77))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000182
 化合物(E76)(918.5 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(9.5 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(4.8 mL)を加えて5分間攪拌した。これにアセトニトリル(9.5 mL)を加えて減圧濃縮した後、再度アセトニトリル(9.5 mL)を加えて減圧濃縮した。さらに、メタノール(15.0 mL)と水(5.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(38.0 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E77)(767.6 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.20, 12.19 (1 H, br s, br s), 10.18, 9.67 (1 H, br, br), 8.33, 8.17 (1 H, s, br s) 8.00, 7.81 (1 H, br d J = 8.5 Hz, br d J = 7.6 Hz), 7.14, 7.13 (2 H, br s, br s), 6.40, 6.21 (1 H, d J = 8.2 Hz, d J = 8.2 Hz), 5.90-5.99 (2 H, m), 5.19-5.21 (2 H, m), 4.96-5.06, 4.62-4.85 (2 H, m, m), 4.36-4.64, (7 H, m), 3.87-4.06 (8 H, m), 2.31-2.89 (7 H, m), 2.19 (3 H, s), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.40-1.49 (6 H, m), 1.20-1.36 (114 H, br m), 0.86-0.89 (18 H, m), 0.73, 0.76 (9 H, s), 0.11, 0.09 (3 H, s), 0.05, 0.04 (3 H, s), -0.07, -0.08 (3 H, s), -0.22, -0.27 (3 H, s).
(3)化合物(E77)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸トリマー(化合物(E78))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000183
 化合物(E77)(755.6 mg)と(2R,3R,4R,5R)-5-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル(2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(721.7 mg)にトルエン(10.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(2.0 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(231.0 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。0.1 M I2/ピリジン溶液(8.0 mL)と水(500 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(18 mL)を加えて減圧濃縮し、さらにアセトニトリル(18 mL)を加えて減圧濃縮した後、アセトニトリル(36 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、これをアセトニトリルで洗浄して化合物(E78)(1.03 g)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.18-12.21 (1 H, m), 10.46, 10.37, 10.01, 9.67 (1 H, br, br, br, br), 7.67-8.82 (3 H,m), 7.25-7.40 (9 H, m), 7.13, 7.15 (2 H, br s, br s), 6.94-7.12 (1 H, m), 6.83-6.88 (4 H, m), 5.76-6.24 (4 H, m), 3.95-5.37 (23 H, m),3.43-3.82 (9 H, m), 2.35-2.89 (9 H, m), 2.19-2.25 (6 H, s), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.41-1.49 (6 H, m), 1.14-1.36 (114 H, br m), 0.83-1.00 (27 H, m), 0.79, 0.77, 0.75, 0.74 (9 H, s), 0.03-0.29 (12 H, s), -0.06, -0.07, -0.08 (3 H, s), -0.19, -0.28, -0.29, -0.31 (3 H, s). 
(4)化合物(E78)の5’-OH体(化合物(E79))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000184
 化合物(E78)(1.01 g)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(8.7 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(4.4 mL)を加えて5分間攪拌した。これにアセトニトリル(8.7 mL)を加えて減圧濃縮した後、再度アセトニトリル(8.7 mL)を加えて減圧濃縮した。さらに、メタノール(15.0 mL)と水(5.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(38.0 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E79)(881.6 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.24, 12.21 (1 H, br s, br s), 10.46, 10.43, 10.37, 9.95, 8.81 (1 H, br, br, br, br, br), 7.63-8.53 (3 H, m), 7.29-7.42  (1 H, m), 7.13, (2 H, br s), 3.52-6.23 (31 H, m), 2.44-2.91 (9 H, m), 2.19-2.24 (6 H, m), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.40-1.49 (6 H, m), 1.15-1.37 (114 H, br m), 0.84-0.93 (27 H, m), 0.78, 0.76, 0.74, 0.71 (9 H, s), 0.04-0.24 (12 H, s), -0.06-0.09 (3 H, m),-0.21, -0.28 (3 H, s, br s).
(5)化合物(E79)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸テトラマー(化合物(E80))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000185
 化合物(E79)(876.0 mg)と(2R,3R,4R,5R)-5-(6-ベンズアミド-9H-プリン-9-イル)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル(2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(790.6 mg)にトルエン(10.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(2.0 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(231.0 mg)を加え、室温で2.5時間攪拌した。0.1 M I2/ピリジン溶液(8.0 mL)と水(500 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(18 mL)を加えて減圧濃縮し、さらにアセトニトリル(18 mL)を加えて減圧濃縮した後、アセトニトリル(36 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、これをアセトニトリルで洗浄して化合物(E80)(1.19 g)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.13-12.22 (1 H, m), 8.61-10.48 (3 H, m), 7.74-8.36 (5 H, m), 7.43-7.63 (5 H, m), 7.13-7.36 (11 H, m), 6.79-6.85 (4 H, m), 3.96-6.32 (34 H, br m), 3.62-3.80 (9 H, m), 3.37-3.48 (1 H, m), 2.38-2.87 (11 H, m), 2.16-2.25 (6 H, m), 1.70-1.83 (6 H, m), 1.41-1.49 (6 H, br m), 1.11-1.36 (114 H, br m), 0.83-0.93 (27 H, m), 0.68-0.78 (18 H, m), 0.01-0.22 (12 H, m), -0.09--0.02 (6 H, m), -0.33-0.17 (6 H, m).
(6)化合物(E80)の5’-OH体(化合物(E81))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000186
 化合物(E80)(590.0 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(4.2 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(2.1 mL)を加えて5分間攪拌した。これにアセトニトリル(4.2 mL)を加えて減圧濃縮した後、再度アセトニトリル(4.2  mL)を加えて減圧濃縮した。さらに、メタノール(7.5 mL)と水(2.5 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(19.0 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E81)(499.7 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.12-12.27 (1 H, m), 7.37-10.45 (13 H, m), 7.12-7.14 (2 H, br m), 3.78-6.31 (39 H, br m), 2.49-2.96 (11 H, m), 2.19-2.26 (6 H, m), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.42-1.49 (6 H, br m), 1.10-1.37 (114 H, br m), 0.85-0.92 (27 H, m), 0.71-0.78 (18 H, m), 0.02-0.22 (12 H, m), -0.16--0.01 (6 H, m), -0.36-0.19 (6 H, m).
(7)化合物(E81)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸ペンタマー(化合物(E82))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000187
 化合物(E81)(473.2 mg)と(2R,3R,4R,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル (2-シアノエチル) ジイソプロピルホスホロアミダイト(344.4 mg)にトルエン(5 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(1 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(115.3 mg)を加え、室温で2.5時間攪拌した。0.1 M I2/ピリジン溶液(4.0 mL)と水(250 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(9 mL)を加えて減圧濃縮し、さらにアセトニトリル(9 mL)を加えて減圧濃縮した後、アセトニトリル(18 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、これをアセトニトリルで洗浄して化合物(E82)(586.7 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ12.13-12.22 (1 H, m), 7.16-10.51 (24 H, m), 7.13-7.14 (2 H, br m), 6.81-6.86 (4 H, m), 3.41-6.33 (54 H, br m), 2.50-2.88 (12 H, m), 2.14-2.24 (6 H, m), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.41-1.48 (6 H, br m), 1.11-1.37 (114 H, br m), 0.74-0.93 (54 H, m), -0.32-0.21 (30 H, m).
(8)化合物(E82)の5’-OH体(化合物(E83))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000188
 化合物(E82)(540.9 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(3.4 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(1.7 mL)を加えて5分間攪拌した。これにアセトニトリル(3.5 mL)を加えて減圧濃縮した後、再度アセトニトリル(3.5 mL)を加えて減圧濃縮した。さらに、メタノール(7.5 mL)と水(1.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(40 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E83)(479.0 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.14-12.24 (1 H, m), 7.12-10.51 (17 H, m), 3.77-6.36 (49 H, br m), 2.49-2.92 (12 H, m), 2.15-2.24 (6 H, m), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.41-1.48 (6 H, br m), 1.05-1.38 (114 H, br m), 0.74-0.93 (54 H, m), -0.34-0.17 (30 H, m).
(9)化合物(E83)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸ヘキサマー(化合物(E84))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000189
 化合物(E83)(464.1 mg)と(2R,3R,4R,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(2-イソブチルアミド-6-オキソ-1H-プリン-9(6H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル (2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(388.1 mg)にトルエン(8.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(1.0 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(115.3 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。0.1 M I2/ピリジン溶液(4.0 mL)と水(250 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(9 mL)を加えて減圧濃縮した。さらに、アセトニトリル(18 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E84)(578.6 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.12-12.30 (2 H, m), 7.11-10.56 (28 H, m), 6.76-6.87 (4 H, m), 3.21-6.32 (63 H, br m), 2.41-2.92 (14 H, m), 2.14-2.25 (6 H, m), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.41-1.50 (6 H, br m), 1.04-1.37 (120 H, br m), 0.68-0.93 (63 H, m), -0.38-0.24 (36 H, m).
(10)化合物(E84)の5’-OH体(化合物(E85))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000190
 化合物(E84)(546.2 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(3.0 mL)を加えて室温で15分間攪拌した後、メタノール(3.0 mL)を加えて5分間攪拌した。これにアセトニトリル(5.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、再度アセトニトリル(5.0 mL)を加えて減圧濃縮した。さらに、メタノール(7.5 mL)と水(1.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(40 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E85)(493.2 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.12-12.30 (2 H, m), 7.37-10.52 (17 H, m), 7.12-7.15 (2 H, br m), 3.76-6.16 (58 H, br m), 2.47-2.96 (14 H, m), 2.17-2.29 (6 H, m), 1.70-1.83 (6 H, m), 1.40-1.49 (6 H, br m), 0.98-1.39 (120 H, br m), 0.61-0.94 (63 H, m), -0.43-0.20 (36 H, m).
(11)化合物(E85)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸ヘプタマー(化合物(E86))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000191
 化合物(E85)(469.6 mg)と(2R,3R,4R,5R)-5-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル(2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(360.8 mg)にトルエン(8.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(1.0 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(115.3 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。0.1 M I2/ピリジン溶液(4.0 mL)と水(250 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(9 mL)を加えて減圧濃縮した。これに、アセトニトリル(18 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E86)(496.0 mg、)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.22 (2 H, br), 6.93-10.56 (30 H, m), 6.77-6.88 (4 H, m), 3.38-6.18 (72 H, br m), 2.14-2.96 (22 H, m), 1.70-1.81 (9 H, m), 1.41-1.50 (6 H, br m), 1.04-1.37 (120 H, br m), 0.79-0.93 (72 H, m), -0.34-0.25 (42 H, m).
(12)化合物(E86)の5’-OH体(化合物(E87))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000192
 化合物(E86)(476.0 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(3.0 mL)とトルエン(2.0 mL)を加えて室温で15分間攪拌した後、メタノール(5.0 mL)を加えて5分間攪拌した。これにアセトニトリル(5 mL)を加えて減圧濃縮した後、再度アセトニトリル(5 mL)を加えて減圧濃縮した。さらに、メタノール(7.5 mL)と水(1.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(40 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E87)(409.4 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.12-12.30 (2 H, m), 7.42-10.59 (19 H, m), 7.09-7.14 (2 H, br m), 3.60-6.38 (67 H, br m), 2.47-2.96 (16 H, m), 2.13-2.29 (6 H, m), 1.70-1.85 (9 H, m), 1.40-1.49 (6 H, br m), 0.99-1.39 (120 H, br m), 0.59-0.99 (72 H, m), -0.37-0.28 (42 H, m).
(13)化合物(E87)の脱保護による化合物(E88)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000193
 化合物(E87)(5.5 mg)をエタノール(500 μL)中にけん濁し、40%メチルアミン水溶液(1.5 mL)を加えて45℃で30分間攪拌した後、固体成分をフィルターろ過により除いた。残渣をジメチルスルホキシドで洗浄し、洗液をろ液と合わせて氷浴中で冷却した。これにトリエチルアミン三フッ化水素酸塩(320 μL)を加えて40℃で75分間攪拌し、化合物(E88)を含む反応溶液(5.0 g)を得た。得た反応溶液(4.0g)を陰イオン交換クロマトグラフィーを用いて精製し、化合物(E88)(0.23 μmol)を得た。得た化合物(E88)についてHPLC及びESI-MSにより同定した。
LC-ESI-MS m/z 1088.66 [M - 2H]2-
実施例34
ホスホロアミダイト法を用いた5’方向への伸長による核酸オリゴマー(5’-ACGUACGU-3’)(化合物(E91))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000194
(1)化合物(E87)とホスホロアミダイト化合物とのカップリング反応による核酸オクタマー(化合物(E89))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000195
 化合物(E87)(348.1 mg)と (2R,3R,4R,5R)-5-(6-ベンズアミド-9H-プリン-9-イル)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル(2-シアノエチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト(395.3 mg)にトルエン(8.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(1.0 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(115.3 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。0.1 M I2/ピリジン溶液(4.0 mL)と水(250 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(9 mL)を加えて減圧濃縮し、さらに、アセトニトリル(18 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E89)(395.8 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.21 (2 H, br), 6.75-10.56 (42 H, m), 3.34-6.18 (80 H, m), 2.14-2.96 (24 H, m), 1.70-1.81 (9 H, m), 1.40-1.50 (6 H, br m), 1.04-1.39 (120 H, br m), 0.64-0.96 (81 H, m), -0.38-0.22 (48 H, m).
(2)化合物(E89)の5’-OH体(化合物(E90))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000196
 化合物(E89)(57.1 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(250 μL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(20.0 mL)と水(5.0 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、これをメタノールで洗浄して化合物(E90)(49.2 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.21 (2 H, br), 7.31-10.52 (27 H, br m), 7.13 (2 H, br), 3.64-6.16 (75 H, br m), 2.46-2.98 (18 H, br m), 2.14-2.29 (6 H, m), 1.66-1.95 (9 H, m), 1.39-1.51 (6 H, br m), 1.07-1.39 (120 H, br m), 0.68-0.96 (81 H, m), -0.35-0.22 (48 H, m).
(3)化合物(E90)の脱保護による化合物(E91)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000197
 化合物(E90)(48.3 mg)をエタノール(1.0 mL)中にけん濁し、40%メチルアミン水溶液(3.0 mL)を加えて45℃で20分間攪拌した後、固体成分をフィルターろ過により除いた。残渣をジメチルスルホキシドで洗浄し、洗液をろ液と合わせて氷浴中で冷却した。これにトリエチルアミン三フッ化水素酸塩(640 μL)を加えて40℃で75分間攪拌し、化合物(E91)を含む反応溶液(11.0 g)を得た。得た反応溶液(5.0g)を陰イオン交換クロマトグラフィーを用いて精製し、化合物(E91)(1.18 μmol)を得た。得た化合物(E91)についてHPLC及びESI-MSにより同定した。
LC-ESI-MS m/z 1253.18 [M - 2H]2-
実施例35
H-ホスホネート法を用いた5’方向への伸長による核酸オリゴマー(5’-dTdTdTdTU-3’)(化合物(E100))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000198
(1)化合物(E67)とホスホネート化合物とのカップリング反応による核酸ダイマー(化合物(E92))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000199
 化合物(E67)(153.4 mg)とトリエチルアンモニウム (2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル ホスホネート(106.5 mg)にトルエン(5.0 mL)とピリジン(5.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにピバロイルクロリド(61.6 μL)を加え、室温で75分間攪拌した後、アセトニトリル(20 mL)を加えて減圧濃縮した。再度アセトニトリル(20 mL)を加えて減圧濃縮した後、これに、アセトニトリル(40 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E92)(211.4 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.99, 7.62-7.72 (2 H, s, m), 7.55, 7.50 (1 H, d J = 1.3 Hz, br s), 7.23-7.38 (9 H, m), 7.12-7.20 (2 H, m), 6.82-6.86 (4 H, m), 6.44, 6.35-6.40 (1 H, dd J = 5.5, 8.6 Hz, m), 6.21, 6.22 (1 H, s), 5.82-5.86 ( 2 H, m), 5.22-5.27 (1 H, m), 5.08, 5.01 (1 H, t J = 5.8, t J = 5.2 Hz), 4.21-4.46 (5 H, m), 3.93-4.05 (6 H, m), 3.79 (6 H, br s), 3.51-3.56 (1 H, m), 3.37-3.44 (1 H, m), 2.40-2.82 (6 H, m), 2.13-2.20 (3 H, m), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.40-1.49 (9 H, m), 1.21-1.36 (108 H, br s), 0.85-0.89 (18 H, m), 0.07, 0.07, 0.06 (3 H, s), 0.03, 0.03 (3 H, s).
(2)化合物(E92)の5’-OH体(化合物(E93))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000200
 化合物(E92)(209.4 mg)に245 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(5.0 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(5.0 mL)を加えて5分間攪拌した。これにアセトニトリル(5.0 mL)を加えて減圧濃縮した。メタノール(4.0 mL)と水(1.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、さらに、メタノール(10 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E93)(136.0 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ7.40-8.25 (3 H, m), 7.12-7.15 (2 H, m), 6.11-6.28 (2 H, m), 5.80-5.93 ( 2 H, m), 5.25, (1 H, br m), 5.13, 5.10 (1 H, t J = 5.4 Hz, t J = 5.4 Hz), 4.46-4.48 (1 H, m), 4.14-4.42 (4 H, m), 3.78-4.06 (9 H, m), 2.42-2.87 (6 H, m), 2.20, 2.19 (3 H, s, s), 1.93, 1.92 (3 H, br d J = 1.2 Hz, br d J = 1.2 Hz), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.41-1.48 (6 H, m), 1.21-1.37 (108 H, br s), 0.85-0.90 (18 H, m), 0.07, 0.06 (3 H, s), 0.04 (3 H, s).
(3)化合物(E93)とホスホネート化合物とのカップリング反応による核酸トリマー(化合物(E94))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000201
 化合物(E93)(132.0 mg)とトリエチルアンモニウム (2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル ホスホネート(106.5 mg)にトルエン(5.0 mL)とピリジン(5.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにピバロイルクロリド(61.6 μL)を加え、室温で75分間攪拌した後、アセトニトリル(20 mL)を加えて減圧濃縮した。再度アセトニトリル(20 mL)を加えて減圧濃縮した後、アセトニトリル(40 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E94)(170.9 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.12-8.53 (16 H, m), 6.82-6.86 (4 H, m), 5.79-6.45 (6 H, m), 5.00-5.33 (3 H, m), 3.37-4.49 (22 H, m), 2.38-2.88 (8 H, m), 2.16-2.20 (3 H, m), 1.87-1.91 (3 H, br m), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.38-1.49 (9 H, m), 1.22-1.36 (108 H, br s), 0.85-0.89 (18 H, m), 0.02-0.08, (6 H, m).
(4)化合物(E94)の5’-OH体(化合物(E95))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000202
 化合物(E94)(161.7 mg)に245 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(5.0 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(5.0 mL)を加えて5分間攪拌した。アセトニトリル(15 mL)を加えて減圧濃縮した。メタノール(4.0 mL)と水(1.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(10 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E95)(129.3 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.12-8.77 (7 H, m), 5.77-6.32 (6 H, m), 5.23-5.34 (2 H, br), 5.08-5.14 (1 H, m), 3.38-4.51 (17 H, m), 2.36-2.87 (8 H, m), 2.18-2.20 (3 H, m), 1.88-1.94 (6 H, m), 1.69-1.83 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.19-1.35 (108 H, br s), 0.84-0.90 (18 H, m), 0.03-0.08, (6 H, m).
(5)化合物(E95)とホスホネート化合物とのカップリング反応による核酸テトラマー(化合物(E96))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000203
 化合物(E95)(121.5 mg)とトリエチルアンモニウム (2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル ホスホネート(106.5 mg)にトルエン(5.0 mL)とピリジン(5.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにピバロイルクロリド(61.6 μL)を加え、室温で75分間攪拌した後、これにアセトニトリル(20 mL)を加えて減圧濃縮した。再度アセトニトリル(20 mL)を加えて減圧濃縮した後、アセトニトリル(40 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E96)(146.8 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.12-9.98 (18 H,br m), 6.81-6.87 (4 H, m), 5.75-6.45 (7 H,br m), 5.06-5.43 (4 H,br m), 3.32-4.54 (26 H, br m), 2.32-2.88 (10 H, br m), 2.16-2.21 (3 H, m), 1.60-1.94 (12 H, br m), 1.06-1.49 (117 H, m), 0.80-0.90 (18 H, m), 0.03-0.08 (6 H, m).
(6)化合物(E96)の5’-OH体(化合物(E97))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000204
 化合物(E96)(128.8 mg)に245 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(5.0 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(5.0 mL)を加えて5分間攪拌した。アセトニトリル(15 mL)を加えて減圧濃縮した。メタノール(4.0 mL)と水(1.0 mL)を加えて減圧濃縮した後、メタノール(10 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E97)(95.4 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.11-8.77 (9 H, br m), 5.72-6.30 (7 H, br m), 5.07-5.39 (4 H, br m), 3.70-4.51 (21 H,br m), 2.38-2.88 (10 H, br m), 2.17-2.21 (3 H, m), 1.83-1.94 (9 H, m), 1.69-1.82 (6 H, m), 1.40-1.49 (6 H, m), 1.19-1.38 (108 H, br s), 0.83-0.90 (18 H, m), 0.03-0.12, (6 H, m).
(7)化合物(E97)とホスホネート化合物とのカップリング反応による核酸ペンタマー(化合物(E98))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000205
 化合物(E97)(65.9 mg)とトリエチルアンモニウム (2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル ホスホネート(106.5 mg)にトルエン(5.0 mL)とピリジン(5.0 mL)を室温で加えて攪拌した。これにピバロイルクロリド(61.6 μL)を加え、室温で75分間攪拌し後、アセトニトリル(20 mL)を加えて減圧濃縮した。これに再度アセトニトリル(20 mL)を加えて減圧濃縮した後、アセトニトリル(40 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E98)(81.3 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.12-9.69 (20 H, br m), 6.81-6.86 (4 H, m), 5.78-6.44 (8 H, br m), 5.06-5.42 (5 H, br m), 3.34-4.53 (30 H, br m), 2.34-2.87 (12 H, br m), 2.17-2.20 (3 H, m), 1.70-1.94 (15 H, br m), 1.07-1.49 (117 H, m), 0.81-0.90 (18 H, m), 0.02-0.12 (6 H, m).
(8)化合物(E98)の亜リン酸エステルの酸化反応によるP-OH体(化合物(E99))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000206
 化合物(E98)(44.8 mg)にTHF(2.0 mL)と0.1 M I2/ピリジン溶液(4.0 mL)と水 (150 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリルを加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E99)(45.6 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
(9)化合物(E99)の脱保護による化合物(化合物(E100))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000207
 化合物(E99)(40.5 mg)に245 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(2.0mL)とトルエン(1.0 mL)、THF(1.0 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(2.0 mL)を加えて室温で5分間攪拌した。これにメタノール(10 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して生成物(34.3 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。得た生成物(27.3 mg)をエタノール(1.0 mL)中にけん濁し、40%メチルアミン水溶液(3.0 mL)を加えて45℃で20分間攪拌した後、固体成分をフィルターろ過により除いた。残渣をジメチルスルホキシドで洗浄し、洗液をろ液と合わせて氷浴中で冷却した。これにトリエチルアミン三フッ化水素酸塩(640 μL)を加えて40℃で75分間攪拌し、化合物(E100)を含む反応溶液(12.3 g)を得た。得た反応溶液(5.7g)を陰イオン交換クロマトグラフィーを用いて精製し、化合物(E100)(2.09 μmol)を得た。得た化合物(E100)についてHPLC及びESI-MSにより同定した。
LC-ESI-MS m/z 1459.25 [M - H]
実施例36
ブロック合成法を用いた5’-側ブロック核酸オリゴマー(5’-CGU-3’)と3’-側ブロック核酸オリゴマー(5’-ACGU-3’)からの核酸オリゴマー(5’-CGUACGU-3’)(化合物(E88))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000208
(1)5’-側ブロック核酸トリマー(5’-CGU-3’)(化合物(E78))の3’-OH体(化合物(E101))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000209
 化合物(E78)(880.2 mg)をTHF(5.0 mL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(5.0 mL)を加えた。溶液を0℃に冷却した後、ヒドラジン1水和物(17.5 μL)を加えて0℃で120分間攪拌し、これに2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(5.0 mL)を加えて室温で60分間攪拌した。反応液にアセチルアセトン(200 μL)を加えて室温で5分間攪拌した。室温でメタノールを加えて攪拌した後、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E101)(768.4 mg)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 12.25-12.20 (1 H, br), 10.45, 10.36, 10.01, 10.28, 10.26 (1 H, br, br, br, br), 8.65 (1 H, br), 8.32, 8.26, 8.21, 8.15 (1 H, d J = 6.9 Hz, d J = 6.9 Hz, d J = 7.9 Hz, d J = 7.6 Hz), 7.61-7.87 (2 H, m), 7.23-7.39 (9 H, m), 7.12-7.15 (2 H, m), 6.98-7.05 (1 H, m), 6.83-6.88 (4 H, m), 5.68-6.23 (4 H, m), 3.93-5.14 (23 H, m),3.40-3.83 (8 H, m), 2.39-2.91 (6 H, m), 2.16-2.25 (3 H, s), 1.70-1.84 (6 H, m), 1.39-1.51 (6 H, m), 1034-1.38 (114 H, br m), 0.86-0.93 (27 H, m), 0.75-0.79 (9 H, s), 0.10-0.21 (12 H, s), -0.06-0.03 (3 H, s), -0.27-0.18 (3 H, s). 
(2)5’-側ブロック核酸トリマー(5’-CGU-3’)(化合物(E101))と3’-側ブロック核酸オリゴマー(5’-ACGU-3’)(化合物(E81))とのカップリング反応による化合物(E88)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000210
 化合物(E101)(170.2 mg)をクロロホルム(1.8 mL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン(40.0 μL)と1-メチルイミダゾール(2.9 μL)、2-シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジド(40.2 μL)を加え、室温で1時間攪拌した。これに化合物(E81)(64.6 mg)とアセトニトリル(900 μL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(104.0 mg)を加え、室温で2.5時間攪拌した。さらに反応液を50 ℃に加熱して2時間攪拌した後、反応液を室温へと冷却して0.1 M I2/ピリジン溶液(1.8 mL)と水(113 μL)を加えて室温で15分間攪拌した。これにアセトニトリルを加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して生成物(246.0 mg)を得た。この生成物(23.1 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(300 μL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(1.7 mL)を加えて5分間攪拌した。析出した生成物を遠心沈降により回収(26.2 mg)した。回収した生成物(20.1 mg)をエタノール(1.0 mL)中にけん濁し、40%メチルアミン水溶液(3.0 mL)を加えて45℃で20分間攪拌した後、固体成分をフィルターろ過により除いた。残渣をジメチルスルホキシドで洗浄し、洗液をろ液と合わせて氷浴中で冷却した。これにトリエチルアミン三フッ化水素酸塩(640 μL)を加えて40℃で75分間攪拌し、化合物(E88)を含む反応溶液(12.0 g)を得た。得た反応溶液(11.3g)を陰イオン交換クロマトグラフィーを用いて精製し、化合物(E88)(0.18 μmol)を得た。得た化合物(E88)についてHPLC及びESI-MSにより同定した。
LC-ESI-MS m/z 1088.66 [M - 2H]2-
実施例37
ブロック合成法による収束的な合成法を用いたブロック核酸オリゴマー(5’-dTdT-3’)からの核酸オリゴマー(5’-dTdTdTdT-3’)(化合物(E106))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000211
(1)5’-側ブロック核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E19))の3’-OH体(化合物(E104))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000212
 化合物(E19)(477.1 mg)をトルエン(4.2 mL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(4.2 mL)を加えて0 ℃に冷却した。これにヒドラジン1水和物(14.6 μL)を加えて0 ℃で120分間攪拌し、2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(4.2 mL)を加えてさらに60分間室温で攪拌した後、アセチルアセトン(200 μL)を加えて室温で5分間攪拌した。これにメタノールを加えて攪拌した後、析出物を吸引ろ過によりろ取してメタノールで洗浄して化合物(E104)(401.2 mg)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.65, 8.50 (1 H, br, br s), 7.57, 7.55 (1 H, br d J =1.3 Hz, br d J = 1.0 Hz), 7.23-7.38 (10 H, m), 7.14, 7.12 (2 H, br, br s), 6.83-6.87 (4 H, m), 6.35-6.42 (1 H,m), 6.20-6.25 (1 H, m), 5.12-5.18 (1 H, m), 4.51-4.56, 4.43-4.48 (1 H, m), 4.15-4.37 (5 H, m), 3.93-4.08 (8 H, m), 3.77-3.80 (6 H, m), 3.53-3.58 (1 H, m), 3.38-3.42, (1 H, m), 2.23-2.94 (6 H, m), 1.92-1.99 (3 H, m), 1.69-1.82 (6 H, m), 1.40-1.49 (9 H, m), 1.10-1.38 (84 H, m), 0.85-0.90 (9 H, m).
(2)5’-側ブロック核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E104))の3’-ホスホロアミダイト体(化合物(E105))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000213
 化合物(E104)(23.5 mg)をジクロロメタン(5.2 mL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン(155 μL)と1-メチルイミダゾール(6.2 μL)、2-シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジド(87.0 μL)を加え、室温で1時間攪拌した。アセトニトリルを加えて濃縮した後、吸引ろ過により化合物(E105)(250.9 mg)をジアステレオマー混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.06 (1 H, br), 7.10-7.70 (11 H, m), 7.11,-7.18 (2 H, m), 6.82-6.86 (4 H, m), 6.22-6.46 (2 H, m), 5.19 (1 H, br), 3.37-4.60 (25 H, m), 2.16-2.85 (8 H, m), 1.91-1.97 (3 H, m), 1.68-1.82 (6 H, m), 1.12-1.50 (105 H, m), 0.85-0.90 (9 H, m).
(3)5’-側ブロック核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E104))と3’-側ブロック核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E20))とのカップリング反応による(化合物(E106))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000214
 化合物(E20)(16.1 mg)と 化合物(E105)(80.5 mg)にトルエン(300 μL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(100 μL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(11.5 mg)を加え、室温で5時間攪拌した。0.1 M I2/ピリジン溶液(400 μL)と水(25 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(20 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して生成物(90.8 mg)を得た。得られた生成物(30.2 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(500  μL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノールを加えて0℃に冷却し、析出した生成物(29.3 mg)を遠心沈降により回収した。回収した生成物(11.0 mg)をエタノール(500 μL)中にけん濁し、40%メチルアミン水溶液(1.5 mL)を加えて45℃で20分間攪拌した後、固体成分をフィルターろ過により除いた。残渣をジメチルスルホキシドで洗浄し、洗液をろ液と合わせて化合物(E106)を含む反応溶液(5.8 g)を得た。この反応溶液(5.3 g)を陰イオン交換クロマトグラフィーを用いて精製し、化合物(E106)(32.2 nmol)を得た。得た化合物(E106)についてHPLC及びESI-MSにより同定した。
LC-ESI-MS m/z 1153.22 [M - H]
実施例38
ブロック合成法による収束的な合成法を用いたブロック核酸オリゴマー(5’-dTdT-3’)からの核酸オリゴマー(5’-dTdTdTdT-3’)(化合物(E106))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000215
(1)dT型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E56))からの核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E74))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000216
 化合物(E56)(233 mg)と5’-O-(4, 4’-ジメトキシトリチル)-2’-デオキシチミジン-N, N’-ジイソプロピルアミノシアノエチルホスホロアミダイト(233 mg)にトルエン(5 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(750 μL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(87 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。0.1 M I2ピリジン溶液(3 mL)と水(188 μL)を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリルを加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E74)(326 mg、収率89%)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.30, 8.10 (1 H, br, br s), 7.46-7.56 (2 H, m), 7.35-7.38 (2 H, m), 7.24-7.33 (7 H, m), 7.17, 7.14 (2 H, br, br s), 6.82-6.86 (4 H, m), 6.42, 6.38 (1 H, dd J = 5.5, 8.7 Hz, dd J = 8.7, 8.3 Hz), 6.32 (1 H, br), 5.16-5.31 (2 H, m), 4.15-4.38 (6 H, m), 3.96-4.05 (6 H, m), 3.80, 3.79 (6 H, s), 3.54-3.57 (1 H, m), 3.38-3.42, (1 H, m), 2.44-2.81 (9 H, m), 2.19-2.31 (1 H, m), 2.17 (3 H, d J = 1.9 Hz), 1.96 (3 H, m), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.41-1.48 (9 H, m), 1.23-1.35 (72 H, m), 0.88 (9 H, t, J = 6.9 Hz).
(2)ブロック核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E74))の3’-OH体(化合物(E102))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000217
 化合物(E74)(200.1 mg)をトルエン(1.9 mL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(1.9  mL)を加えて0℃に冷却した。ヒドラジン1水和物(6.7 μL)を加えて0℃で120分間攪拌した後、トルエン(1.9 mL)と2,4,16-トリメチルピリジン/酢酸(4/1)溶液(1.9 mL)を加えて室温で60分間攪拌した。アセチルアセトン(100 μL)を加えて室温で5分間攪拌した。室温でメタノールを加えて攪拌した後、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E102)(180.0 mg)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.31, 8.16 (1 H, br, br s), 7.57, 7.55 (1 H, br, br d J = 1.0 Hz), 7.23-7.38 (10 H, m), 7.14, 7.12 (2 H, br, br s), 6.85 (4 H, d J = 8.5 Hz), 6.35-6.42 (1 H,m), 6.19-6.24 (1 H, m), 5.13-5.17 (1 H, m), 4.53-4.55, 4.44-4.49 (1 H, m), 4.16-4.36 (5 H, m), 3.94-4.06 (8 H, m), 3.80 (6 H, s), 3.54-3.57 (1 H, m), 3.38-3.42, (1 H, m), 2.24-2.79 (6 H, m), 1.95 (3 H, s), 1.70-1.81 (6 H, m), 1.41-1.48 (9 H, m), 1.22-1.36 (72 H, m), 0.88 (9 H, t, J = 6.9 Hz).
(3)ブロック核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E74))の5’-OH体(化合物(E103))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000218
 化合物(E74)(127.5 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(1.8 mL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(1.8  mL)を加えて5分間攪拌した。メタノール(20 mL)0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E103)(97.6 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 8.30, 8.04 (1 H, br, s), 7.50, 7.47 (1 H, br, s), 7.41-7.42 (1 H, m), 7.15, 7.13 (2 H, s, s), 6.32 (1 H, m), 6.11-6.20 (1 H, m), 5.33-5.34, 5.27-5.30 (1 H, m), 5.17-5.21 (1 H, m), 4.29-4.41 (4 H, m), 4.21-4.25 (2 H, m), 3.97-4.05 (6 H, m), 3.80-3.94 (2 H, m), 2.72-2.86 (5 H, m), 2.47-2.62 (5 H, m), 2.33 (1 H, br), 2.20, 2.19 (3 H, d J = 2.2 Hz), 2.02, 2.00 (3 H, br s, br d J = 0.6 Hz), 1.92-1.93 (3 H, m),1.80-1.82 (6 H, m), 1.42-1.48 (6 H, m), 1.23-1.35 (72 H, m), 0.88 (9 H,m).
(3)ブロック核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E102))とブロック核酸ダイマー(5’-dTdT-3’)(化合物(E103))とのカップリング反応による化合物(E106)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000219
 化合物(E102)(34.5 mg)をクロロホルム(600 μL)に溶解し、2,4,6-トリメチルピリジン(13.3 μL)と1-メチルイミダゾール(1.0 μL)、2-シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジド(13.4 μL)を加え、室温で1時間攪拌した。これに化合物(E103)(15.2 mg)とアセトニトリル(300 μL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(34.7 mg)を加え、室温で4時間攪拌した後、0.1 M I2/ピリジン溶液(600 μL)と水1(37.5 μL)を加えて室温で15分間攪拌した。これにアセトニトリルを加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して生成物(51.9 mg)を得た。この生成物(26.7 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(300 μL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノールを加えて5分間攪拌した。析出した生成物を遠心沈降により回収(24.9 mg)した。回収した生成物(17.3 mg)をエタノール(1.0 mL)中にけん濁し、40%メチルアミン水溶液(3.0 mL)を加えて45℃で20分間反応した後、固体成分をフィルターろ過により除いた。残渣をジメチルスルホキシドで洗浄し、洗液をろ液と合わせて化合物(E106)を含む反応溶液(11.4 g)を得た。得た反応溶液(10.7g)を陰イオン交換クロマトグラフィーを用いて精製し、化合物(E106)(0.79 μmol)を得た。得た化合物(E106)についてHPLC及びESI-MSにより同定した。
LC-ESI-MS m/z 1153.22 [M - H]
実施例39
核酸オリゴマーの合成におけるダイマー中間体(E70)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000220
 化合物(E65)(256 mg)と5’-O-(4, 4’-ジメトキシトリチル)-2’-O-t-ブチルジメチルシリル-グアノシン-N2-イソブチリル-N, N’-ジイソプロピルシアノエチルホスホロアミダイト(485 mg)にジクロロメタン(10 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(1.5 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(135 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、アセトニトリル(60 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E70)(347 mg、収率81%)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ 12.21, 12.14 (1 H, br s), 10.14, 9.88 (1 H, br), 8.30, 8.15 (1 H, br, br d J = 8.3 Hz), 7.93, 7.87 (1 H, s), 7.42-7.47 (2 H, m), 7.30-7.36 (6 H, m), 7.24-7.27 (1 H, m), 7.13, 7.12 (2 H, m), 6.84-6.87 (4 H, m), 6.42, 6.22 (1 H, d J = 8.4, d J = 7.9 Hz), 5.87-6.01 (1 H, d J = 3.9 Hz, d, J = 2.5 Hz), 5.93, 5,95 (1 H, d J = 8.9 Hz, d J = 7.4 Hz), 5.19, 5.13 (1 H, t J = 4.9 Hz, dd J = 4.5, 7.0 Hz), 4.66-4.72 (1 H, m), 4.51-4.60 (1 H, m), 3.76-4.42 (19 H, br m), 3.50-3.58 (1 H, m), 3.37-3.41 (1 H, m), 2.65-2.86 (4 H, m), 2.50-2.60, (2 H, m), 2.12-2.20 (4 H, m), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.39-1.48 (6 H, br m), 1.22-1.35 (72 H, br m), 0.76-0.89 (33 H, m), 0.11, 0.08 (3 H, s), 0.04, 0.02 (3 H, m), -0.04, -0.05 (3 H, s), -0.27, -0.28 (3 H, s). 
実施例40
核酸オリゴマーの合成におけるダイマー中間体(E71)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000221
 化合物(E70)(344 mg)に0.02 M ヨウ素/ピリジン溶液(8 mL)と水(400 μL)を加えて室温で15分間攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、アセトニトリル(40 mL)を加えて0 ℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取して化合物(E71)(218 mg、収率63%)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ 12.19, 12.14 (1 H, s), 10.15, 9.57 (1 H, br), 8.03, 7.85 (1 H, br d J = 8.7 Hz, br d J = 7.9 Hz), 7.94, 7.93, (1 H, s), 7.40-7.47 (2 H, m), 7.23-7.37 (7 H. m), 7.13 (2 H, br), 6.82-6.87 (4 H, m), 6.39, 6.23 (1 H, d, J = 8.3, 8.3 Hz), 5.87-5.96 (2 H, m), 4.72-5.18 (3 H, br m), 3.90-4.56 (13 H, br m), 3.79-3.80 (6 H, m), 3.27-3.64 (2 H, m), 2.45-2.90 (6 H, m), 1.95-2.20 (4 H, br), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.45 (6 H, br m) 1.23-1.34 (72 H, br m), 0.75-0.91 (33 H, m), 0.12, 0.10 (3 H, s), 0.04, 0.02 (3 H, s), 0.01, -0.03 (3 H, s), -0.16, -0.24 (3 H, s).
実施例41
核酸オリゴマーの合成におけるダイマー中間体(E72)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000222
 化合物(E66)(133 mg)と5’-O-(4, 4’-ジメトキシトリチル)-2’-O-t-ブチルジメチルシリル-グアノシン-N2-イソブチリル-N, N’-ジイソプロピルシアノエチルホスホロアミダイト(267 mg)にジクロロメタン(10 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(1.5 mL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(135 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、アセトニトリル(60 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E72)(181 mg、収率79%)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ 12.20, 12.13 (1 H, br s), 10.15, 9.84 (1 H, br), 8.31, 8.13 (1 H, br, br d J = 7.7 Hz), 7.93, 7.87 (1 H, s), 7.43-7.46 (2 H, m), 7.24-7.36 (7 H, m), 7.01, 7.00 (2 H, br d J = 2.3 Hz, br d J = 2.1 Hz), 6.84-6.87 (4 H, m), 6.69-6.71 (1 H, m), 6.43, 6.22 (1 H, d J = 8.2 Hz, d J = 8.4 Hz), 5.83-6.04 (2 H, m), 5.31-5.21 (1 H, m), 4.64-4.71 (1 H, m), 4.52-4.60 (1 H, m), 3.76-4.41 (17 H, br m), 3.50-3.58 (1 H, m), 3.37-3.41 (1 H, m), 2.50-2.87 (6 H, m), 2.10-2.20, (4 H, m), 1.71-1.78 (4 H, m), 1.39-1.44 (4 H, br m), 1.22-1.35 (72 H, br m), 0.76-0.89 (30 H, m), 0.12, 0.09 (3 H, s), 0.04, 0.03 (3 H, s), -0.03, -0.05 (3 H, s), -0.27, (3 H, br).
実施例42
核酸オリゴマーの合成におけるダイマー中間体(E73)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000223
 化合物(E72)(159 mg)に0.02 M ヨウ素/ピリジン溶液(3.8 mL)と水(192 μL)を加えて室温で15分間攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、アセトニトリル(50 mL)を加えて0 ℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取して化合物(E73)(141 mg、収率88%)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ 12.17, 12.13 (1 H, s), 10.06, 9.56 (1 H, br), 8.02, 7.82 (1 H, br d J = 8.0 Hz, br d J = 8.9 Hz), 7.94, 7.93, (1 H, s), 7.40-7.47 (2 H, m), 7.24-7.37 (7 H. m), 7.00-7.02 (2 H, m), 6.82-6.86 (4 H, m), 6.69-6.71 (1 H, m), 6.38, 6.23 (1 H, d, J = 8.2 Hz, d J = 8.1 Hz), 5.87-5.96 (2 H, m), 4.71-5.20 (3 H, br m), 3.90-4.59 (11 H, m), 3.79-3.80 (6 H, m), 3.27-3.64 (2 H, m), 2.46-2.88 (6 H, m), 2.20 (3 H, s), 1.95-2.15 (1 H, br m), 1.72-1.79 (4 H, m), 1.39-1.45 (4 H, br m), 1.20-1.35 (72 H, br m), 0.76-0.89 (30 H, m), 0.12, 0.10 (3 H, s), 0.05, 0.03 (3 H, s), 0.01, -0.04 (3 H, s), -0.15, -0.24 (3 H, s).
実施例43
核酸オリゴマーの合成におけるダイマー中間体(E75)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000224
 化合物(E67)(174mg)と5’-O-(4, 4’-ジメトキシトリチル)-2’-O-t-ブチルジメチルシリル-グアノシン-N2-イソブチリル-N, N’-ジイソプロピルシアノエチルホスホロアミダイト(194 mg)にトルエン(2.5 mL)を室温で加えて攪拌した。これにアセトニトリル(500 μL)に溶解した5-ベンジルメルカプト-1H-テトラゾール(58 mg)を加え、室温で2時間攪拌した。2,4,6-トリメチルピリジン(1 mL)に溶解したビス(フェニルアセチル)ジスルフィド(67 mg)を加えて室温で30分間攪拌した後、アセトニトリル(50 mL)を加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E75)(233 mg、収率96%)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ 12.17, 12.15 (1 H, s), 10.13, 9.86 (1 H, br), 8.13, 8.01 (1 H, d J = 8.0 Hz, br), 7.97, 7.94, (1 H, s), 7.43-7.49 (2 H, m), 7.29-7.39 (6 H. m), 7.23-7.28 (1 H, m), 7.14, 7.12 (2 H, br), 6.84-6.88 (4 H, m), 6.42, 6.24 (1 H, d, J = 8.3, 8.6 Hz), 5.85-5.96 (2 H, m), 5.17-5.20 (1 H, m), 5.07, 4.95 (1 H, dd J = 11.1, 5.3 Hz, dd J = 4.5, 7.5 Hz), 4.86-4.89, 4.74-4.77 (1 H, br m, br m), 3.75-4.52 (19 H, br m), 3.30-3.60 (2 H, m), 2.49-2.88 (6 H, m), 1.99-2.25 (4 H, br), 1.70-1.82 (6 H, m), 1.43-1.49 (6 H, br m) 1.21-1.35 (108 H, br m), 0.72-0.89 (33 H, m),0.12 (3 H, br), 0.04, 0.02 (3 H, br s), -0.03, -0.05 (3 H, s), -0.21, -0.26 (3 H, s).
実施例44
核酸オリゴマーの合成におけるダイマー中間体(E118)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000225
 ジクロロ亜リン酸メチル(48.2 μL)を-78℃に冷却したTHF(500 μL)に加え、そこに1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4‐メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(326.8 mg)と2,4,6-トリメチルピリジン(191.6 μL)をTHF(4.4 mL)に溶解した溶液を30分かけて-78℃下で滴下し、そのままさらに40分間攪拌した。これに化合物(E67)(43.5 mg)と2,4,6-トリメチルピリジン(10.6 μL)をTHF(350 μL)に溶解した溶液を加えて-78℃で2.5時間攪拌した後、室温下でさらに2時間攪拌した。この反応液にヨウ素(126.9 mg)と水(312μL)をピリジン(5 mL)に溶解した溶液を加えて室温で15分間攪拌した後、アセトニトリル(30 mL)加えて0℃に冷却し、析出した固体を吸引ろ過によりろ取し、アセトニトリルで洗浄して化合物(E118)(45.5 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.62-8.26 (2 H, br m), 7.57, 7.52 (1 H, br d J = 1.18 Hz, br s), 7.23-7.39 (9 H, m), 7.14, 7.19 (2 H, s, br s), 6.83-6.86 (4 H, m), 6.37-6.43 (1 H, m), 5.86-5.91 (2 H, m), 5.07-5.26 (2 H, m), 4.17-4.44 (5 H, m), 3.94-4.07 (6 H, m), 3.79-3.80 (9 H, m), 3.50-3.56 (1 H, m), 3.37-3.43 (1 H, m), 2.40-2.85 (6 H, m), 2.16, 2.14 (3 H, s), 1.69-1.82 (6 H, m), 1.40-1.49 (9 H, br m), 1.20-1.36 (108 H, br m),  0.86-0.90 (18 H, m), 0.02-0.07 (6 H, m).
実施例45
核酸オリゴマーの合成におけるダイマー中間体(E119)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000226
 化合物(E118)(10.8 mg)に490 mMトリクロロ酢酸/トルエン溶液(300 μL)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(20.0 mL)と水(2.0 mL)を加えて0℃に冷却し、析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E119)(6.6 mg)をジアステレオマーの混合物として得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ8.30, 8.16, 7.80, 7.71, 7.64, 7.42 (3 H, br, br, br, d J = 8.3 Hz, br d J = 8.3 Hz, dd J = 7.4, 0.9 Hz), 7.15, 7.13 (2 H, s), 6.18, 6.14 (1 H, t J = 7.3 Hz, br t J = 6.6 Hz), 5.84-5.94 (2 H, m), 5.10-5.17 (2 H, m), 4.43 (1 H, t J = 4.5 Hz), 4.20-4.41 (4 H, m), 3.78-4.06 (12 H, m), 2.47-2.86 (6 H, m), 2.19, 2.20 (3 H, s), 1.92 (3 H, dd J = 3.5, 1.0 Hz), 1.70-1.83 (6 H, m), 1.41-1.48 (6 H, m), 1.19-1.37 (108 H, br m), 0.86-0.89 (18 H, m), 0.07, 0.07 (3 H, s, s), 0.04 (3 H, s).
実施例46
3個のオクタデシルオキシ基を有するシトシン(C)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E121))の合成
(1)C型のヌクレオシド(化合物(E120))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000227
 100-mLナス型フラスコにN-(1-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシ-3-メトキシテトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)アセトアミド (3.00 g, 4.99 mmol), DMAP (56 mg, 0.49 mmol), THF (30 mL)を量って溶解した後、Levrinic acid (0.87 g, 7.48 mmol)を添加した。WSC.HCl (1.43 g, 7.48 mmol)を添加し、そのまま2.0 h撹拌した。THFを減圧下にて留去した後、EtOAc (40 mL)と0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (30 mL)を加え、分液した。有機層に0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (30 mL)を再度添加し、分液した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥後、濾過した。有機層を減圧下にて濃縮し、乾固すると化合物(E120)(収量 3.41 g, 収率 97.7%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 2.19 (3H, s), 2.25 (3H, s), 2.57-2.63 (2H, m), 2.71-2.78 (2H, m), 3.43 (1H, dd, J = 11.3, 2.2 Hz), 3.57 (3H, s), 3.67 (1H, dd, J = 11.7, 2.5 Hz), 3.82 (6H, s), 
4.08 (1H, dd, J = 4.7, 1.3 Hz), 4.33 (1H, dt, J = 8.6, 2.2 Hz), 5.12 (1H, dd, 8.8, 5.0 Hz), 6.05 (1H, d, J = 1.3 Hz), 6.83-6.90 (4H, m), 7.12 (1H, d, J = 7.3 Hz), 7.24-7.36 (7H, m), 7.36-7.40 (2H, m), 8.48 (1H, d, J = 7.5 Hz), 9.51 (1H, brs).
(2)3個のオクタデシルオキシ基を有するシトシン(C)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E121))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000228
 100-mL ナス型フラスコに化合物(E120)(0.822 g相当, 1.06 mmol), i-Pr2NEt (0.682 g, 5.29 mmol), pyridine (7.5 mL)を量り、溶解した。室温でTMSCl (0.23 mL), 3,4,5-トリ(オクタデシロキシ)安息香酸クロライド (0.50 g相当)を順に添加した。この混合物を外温60 oCにて3時間撹拌した。室温に冷却した後、morpholine (1.40 mL)を添加し、室温で2 h撹拌した。MeOH (50 mL)を滴下し、得られた懸濁液を室温で0.5 h撹拌した後、吸引濾取した。濾取した紛体をMeOH (50 mL)で洗浄した。得られた紛体を減圧下、室温で18 h乾燥した後、移動相にトルエン/ピリジン(50/1)を用いてカラムクロマト精製し、化合物(E121)(0.400 g、収率48%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (9H, t, J = 7.0 Hz), 1.19-1.41 (84H, m), 1.43-1.53 (6H, m), 1.69-1.78 (2H, m), 1.79-1.88 (4H, m), 2.19 (3H, s), 2.59-2.65 (2H, m), 2.69-2.82 (2H, m), 3.45 (1H, dd, J = 11.3, 2.2 Hz), 3.59 (3H, s), 3.67 (1H, dd, J = 11.7, 1.3 Hz), 3.83 (6H, s), 3.98-4.06 (6H, m), 4.13 (1H, dd, J = 5.0, 1.5 Hz), 4.34 (1H, brd, J = 8.2 Hz), 5.17 (1H, dd, J =8.0, 1.5 Hz), 6.09 (1H, d, J = 1.3 Hz), 6.88 (4H, dd, J = 9.1, 2.2 Hz), 7.06 (1H, brs), 7.24-7.28 (2H, m), 7.30 (4H, dd, 8.8, 3.5 Hz), 7.34 (2H, t, J = 7.6 Hz), 7.37-7.42 (3H, m), 8.51 (1H, brs), 8.58 (1H, brs).
実施例47
3個のオクタデシルオキシ基を有するシトシン(C)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E123))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000229
 50-mL ナス型フラスコに化合物(E121) (0.400 g)を量り、そこにトルエン (4 mL)を加え、溶解した。トリクロロ酢酸(0.417 g)を加えて室温で10分間攪拌した後、メタノール(8 mL)を加えて攪拌した。反応液を減圧濃縮した後、メタノール(20 mL)を加えて0℃に冷却した。析出物を吸引ろ過によりろ取し、メタノールで洗浄して化合物(E123)(0.32 g, 収率99%)を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (9H, t, J = 7.0 Hz), 1.19-1.41 (84H, m), 1.43-1.53 (6H, m), 1.69-1.78 (2H, m), 1.79-1.88 (4H, m), 2.00-3.20 (1H, brs), 2.20 (3H, s), 2.60-2.72 (2H, m), 2.73-2.87 (2H, m), 3.54 (3H, s), 3.80 (1H, dd, J = 12.9, 1.9 Hz), 3.95-4.11 (7H, m), 4.30 (1H, brd, J = 6.0 Hz), 4.39 (1H, t, J = 4.3 Hz), 5.28 (1H, t, J = 5.5 Hz), 5.78 (1H, d, J = 3.8 Hz), 7.09 (2H, s), 7.57 (1H, brs), 8.25 (1H, d, J = 7.6 Hz), 8.85 (1H, brs).
実施例48
2個のイコシルオキシ基を有するシトシン(C)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E125))の合成
(1)C型のヌクレオシド(化合物(E124))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000230
 100-mLナス型フラスコにLevrinic acid (1.10 g, 9.47 mmol), DMAP (77 mg, 0.63 mmol), THF (20 mL), (2R,3S,5R)-5-(4-ベンズアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-イル 4-オキソペンタノアート (4.00 g, 6.31 mmol)を量って溶解した。WSC.HCl (1.82 g, 9.47 mmol)を添加し、そのまま2.0 h撹拌した。THFを減圧下にて留去した後、EtOAc (50 mL)と0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (40 mL)を加え、分液した。有機層に0.2 M AcOH・Et3N水溶液 (pH 7.0) (40 mL)を再度添加し、分液した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥後、ろ去した。有機層を減圧下にて濃縮し、乾固すると化合物(E124)(4.66 g, 収率101%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 2.20 (3H, s), 2.32-2.37 (1H, m), 2.53-2.64 (2H, m), 2.70-2.84 (4H, m), 3.44-3.50 (1H, m), 3.79 (3H, s), 3.80 (3H, s), 4.27 (1H, brdd, J = 5.65, 2.95 Hz), 5.41-5.44 (1H, m), 6.30 (1H, dd, J = 7.20, 6.00 Hz), 6.83-6.87 (4H, m), 7.21-7.32 (8H, m), 7.38 (2H, dd, J = 7.95, 0.65 Hz), 7.51 (2H, t like, J = 7.95 Hz), 7.61 (1H, t, J = 7.45 Hz), 7.90 (2H, d, J = 7.50 Hz), 8.15 (1H, d, J = 7.50 Hz), 8.05 (1H, brs).
(2)2個のイコシルオキシ基を有するシトシン(C)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E125))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000231
 200-mL ナス型フラスコに化合物(E124) (0.75 g相当, 1.03 mmol), i-Pr2NEt (0.93 mL), pyridine (7 mL)を量り、溶解した。室温でTMSCl (0.33 mL), 2,3-ビス(イコシルオキシ)安息香酸クロライド (0.58 g, 0.79 mmol)を順に添加した。この混合物を外温度60 oCにて3.5時間反応した。室温に冷却し、モルホリン (1.45 mL)を添加し、1 h攪拌した。そしてMeOH (75 mL)を滴下し、得られた懸濁液を1.0 h撹拌した。析出物を吸引ろ取し、MeOH (10 mLX3)で洗浄した。得られた紛体を減圧下、40 oC にて1 h乾燥すると目的物(0.83 g)が得られた。これをカラムクロマト精製 [Silicagel 60 (9 g), 5% Et3N contained EtOAc/toluene 0:95 to 20:75]した。有効区を減圧濃縮すると黄土色の粉末化合物(E125) (0.72 g, 69% yield)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 6.45 Hz), 0.90-1.55 (66H, m), 1.81-1.92 (6H, m), 2.20 (3H, s), 2.19-2.33 (1H, m), 2.57-2.61 (2H, m), 2.73-2.82 (3H, m), 3.46 (2H, d, J = 3.15 Hz), 3.79 (3H, s), 3.80 (3H, s), 3.99-4.02 (2H, m), 4.14-4.20 (2H, m), 4.24-4.29 (1H, m), 5.39-5.42 (1H, m), 6.32 (1H, dd, J = 7.30, 5.90 Hz), 6.82-6.87 (4H, m), 7.08-7.15 (2H, m), 7.21-7.34 (8H, m), 7.34-7.39 (2H, m), 7.66 (1H, dd, J = 7.70, 1.85 Hz), 8.09 (1H, d, J = 7.45 Hz), 10.69 (1H, brs).
実施例49
2個のイコシルオキシ基を有するシトシン(C)型のヌクレオシドモノマー化合物(化合物(E126))の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000232
 35-mL ナス型フラスコに化合物(E125) (170 mg)とtoluene (2 mL)を量り、溶解した。これにトリクロロ酢酸 (110 mg)を添加し、室温で10分撹拌した。 メタノール (0.5 mL) を添加後、アセトニトリル(15 mL)を滴下した後、10分間室温にて撹拌した。 生成した粉末を吸引ろ取し、5%メタノール含有アセトニトリル (5 mL)で3回洗浄した。得られた粉末を減圧下、室温にて2.5時間乾燥すると化合物(E126) (103 mg, 収率79%)が得られた。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ 0.88 (6H, t, J = 7.05 Hz), 0.90-1.55 (66H, m), 1.80-1.91 (6H, m), 1.50-2.00 (1H, brs, OH), 2.20 (3H, s), 2.45-2.51 (1H, m), 2.57-2.68 (3H, m), 2.75-2.80 (2H, m), 3.89 (1H, AB dd, J = 11.95, 2.75 Hz), 3.97 (1H, AB dd, J = 11.95, 2.60 Hz), 3.98-4.01 (2H, m), 4.15-4.19 (3H, m), 5.35-5.38 (1H, m), 6.22 (1H, dd, J = 7.45, 6.05 Hz), 7.08-7.15 (2H, m), 7.63 (1H, d, J = 7.45 Hz), 7.66 (1H, dd, J = 7.75, 1.85 Hz), 8.16 (1H, d, J = 7.50 Hz), 10.72 (1H, brs).
 本発明は、ヌクレオシドの塩基部分が、(i)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環カルボニル基もしくは(ii)少なくとも1つの疎水性基を有する芳香族炭化水素環チオカルボニル基などで置換された新規ヌクレオシド化合物を合成ユニットとして用いて、核酸オリゴマーを製造するものであり、各反応毎のカラムクロマト精製を回避でき、3’方向へも、5’方向へも塩基伸張ができ、核酸オリゴマーを、液相合成法により効率的に大量合成できる。したがって、本発明は、siRNA、アンチセンス核酸、ワクチンのアジュバントなどの核酸オリゴマーの製造に適用することができ、ゲノム創薬や遺伝子診断・治療などの分野において極めて有用なものである。
 

Claims (9)

  1.  下記式(I):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001

    [式中、
     XおよびRは、それぞれ独立して、水素原子、またはヒドロキシ基の保護基を示し、
     Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
     Baseは、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
     Zは、酸素原子または硫黄原子を示し、
     Ar環は、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
     Rは、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
     Rは、独立して、下記置換基B群から選択される置換基を示し、
     nは、1ないし4の整数を示す。
     置換基A群:
    (i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
    (ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
    (iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
    (iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
    (v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
    (vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
    (vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
     置換基B群:
    (i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
    (ii)  ハロゲン原子、
    (iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
    (iv)  ニトロ基、
    (v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
    (vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
    (vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
    (viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
    (ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
    (x)   シアノ基、
    (xi)  置換されていてもよいアミノ基、
    (xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
    (xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]
    で表される化合物またはその塩。
  2.  Ar環が、さらに置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよいC6-10芳香族炭化水素環である、請求項1に記載の化合物またはその塩。
  3.  Rが、置換されていてもよいC10-30アルコキシ基である、請求項1に記載の化合物またはその塩。
  4.  Rが、置換されていてもよいC10-30アルコキシ基である、請求項1に記載の化合物またはその塩。
  5.  nが、1または2である、請求項1に記載の化合物またはその塩。
  6.  下記(a0)および(b0)の工程を含む、下記式(II):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002

    [式中、
     Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
     Yは、独立して、ヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
     Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
     r、r’は、それぞれ独立して、0ないし100の整数を示す。]
    で表される化合物またはその塩の製造方法:
    (a0)の工程:
     下記式(I):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003

    [式中、
     Baseは、上記と同義を示し、
     XおよびRは、それぞれ独立して、水素原子、またはヒドロキシ基の保護基を示し、
     Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
     Zは、酸素原子または硫黄原子を示し、
     Ar環は、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
     Rは、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
     Rは、独立して下記置換基B群から選択される置換基を示し、
     nは、1ないし4の整数を示す。
     置換基A群:
    (i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
    (ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
    (iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
    (iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
    (v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
    (vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
    (vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
     置換基B群:
    (i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
    (ii)  ハロゲン原子、
    (iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
    (iv)  ニトロ基、
    (v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
    (vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
    (vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
    (viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
    (ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
    (x)   シアノ基、
    (xi)  置換されていてもよいアミノ基、
    (xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
    (xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]
    で表される化合物またはその塩を用いて下記式(IV’):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004

    [式中、
     R、Base、Z、Ar環、R、R、Q、r’およびnは、それぞれ上記と同義を示し、
     Yは、独立して上記と同義を示し、
     Prは、独立して、(i)Qが酸素原子のときは、水素原子、保護されたヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、保護されたヒドロキシ基を示し、
     Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005

    [式中、Base、Z、Ar環、R、Rおよびnは、それぞれ独立して上記と同義を示す。]を示す。]
    で表わされる化合物またはその塩を製造する工程;
    (b0)の工程:
     上記式(IV’)で表される化合物またはその塩を用いて上記式(II)で表される化合物またはその塩を製造する工程。
  7.  下記(a1)、(b1)および(c1)の工程を含む、下記式(II):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006

    [式中、
     Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
     Yは、独立して、ヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
     Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
     r、r’は、それぞれ独立して、0ないし100の整数を示す。]
    で表される化合物またはその塩の製造方法:
    (a1)の工程:
     核酸合成で使われるカップリング試薬の存在下に、
    下記式(III):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007

    [式中、
     Xは、ヒドロキシ基の保護基を示し、
     Prは、独立して、保護されたヒドロキシ基を示し、
     Pr2aは、置換されたアミノ基を示し、
     Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008

    [式中、
     Zは、独立して、酸素原子または硫黄原子を示し、
     Ar環は、独立して、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
     Rは、独立して、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
     Rは、独立して、下記置換基B群から選択される置換基を示し、
     nは、1ないし4の整数を示し、
     Baseは、上記と同義を示す。
     置換基A群:
    (i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
    (ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
    (iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
    (iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
    (v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
    (vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
    (vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
     置換基B群:
    (i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
    (ii)  ハロゲン原子、
    (iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
    (iv)  ニトロ基、
    (v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
    (vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
    (vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
    (viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
    (ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
    (x)   シアノ基、
    (xi)  置換されていてもよいアミノ基、
    (xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
    (xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]を示し、
     Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
     Qおよびrは、上記と同義を示す。]
    で表わされる化合物またはその塩と、下記式(IV):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009

    [式中、Prはヒドロキシ基の保護基を示し、その他の記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を反応させて、下記式(V):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010

    [式中、各記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を製造する工程;
    (b1)の工程:
     上記(a1)の工程で製造される式(V)で表される化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して、下記式(VI):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011

    [式中、各記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を製造する工程;
    (c1)の工程:
     上記(b1)の工程により製造される式(VI)で表される化合物またはその塩を脱保護反応に付す工程。
  8.  下記(a2)、(b2)および(c2)の工程を含む、下記式(II):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012

    [式中、
     Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
     Yは、独立して、ヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
     Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
     r、r’は、それぞれ独立して、0ないし100の整数を示す。]
    で表される化合物またはその塩の製造方法:
    (a2)の工程:
     下記式(VII):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013

    [式中、
     Xは、ヒドロキシ基の保護基を示し、
     Prは、独立して、保護されたヒドロキシ基を示し、
     Pr2bは、ハロゲン原子を示し、
     Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014

    [式中、
     Zは、独立して、酸素原子または硫黄原子を示し、
     Ar環は、独立して、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
     Rは、独立して、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
     Rは、独立して、下記置換基B群から選択される置換基を示し、
     nは、1ないし4の整数を示し、
     Baseは、上記と同義を示す。
     置換基A群:
    (i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
    (ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
    (iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
    (iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
    (v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
    (vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
    (vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
     置換基B群:
    (i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
    (ii)  ハロゲン原子、
    (iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
    (iv)  ニトロ基、
    (v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
    (vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
    (vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
    (viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
    (ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
    (x)   シアノ基、
    (xi)  置換されていてもよいアミノ基、
    (xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
    (xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]を示し、
     Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示す。]
    で表される化合物またはその塩と、下記式(IV):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015

    [式中、Prはヒドロキシ基の保護基を示し、その他の記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を反応させて、下記式(V):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016

    [式中、各記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を製造する工程;
    (b2)の工程:
     上記(a2)の工程で製造される式(V)で表される化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して下記式(VI):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017

    [式中、各記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を製造する工程;
    (c2)の工程:
     上記(b2)の工程により製造される式(VI)で表される化合物またはその塩を脱保護反応に付す工程。
  9.  下記(a3)、(b3)および(c3)の工程を含む、下記式(II):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018

    [式中、Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、またはそれらの修飾体を示し、
     Yは、独立して、ヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示し、
     Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
     r、r’は、それぞれ独立して、0ないし100の整数を示す。]
    で表される化合物またはその塩の製造方法:
    (a3)の工程:
     核酸合成で使われるカップリング試薬の存在下に、下記式(VIII):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019

    [式中、
     Xは、カチオンを示し、
     Xは、ヒドロキシ基の保護基を示し、
     Qは、独立して、酸素原子、または硫黄原子を示し、
     Prは、(i)Qが酸素原子のときは水素原子、保護されたヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは保護されたヒドロキシ基を示し、
     Baseは、独立して、チミン、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル若しくはそれらの修飾体または下記式:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000020

    [式中、
     Zは、独立して、酸素原子または硫黄原子を示し、
     Ar環は、独立して、さらに下記置換基B群から選択される置換基で置換されていてもよい芳香族炭化水素環を示し、
     Rは、独立して、下記置換基A群から選択される置換基を示し、
     Rは、独立して、下記置換基B群から選択される置換基を示し、
     nは、1ないし4の整数を示し、
     Baseは、上記と同義を示す。
     置換基A群:
    (i)  置換されていてもよいC10-30アルコキシ基、
    (ii) 置換されていてもよいC10-30アルキル基、
    (iii)置換されていてもよいC10-30アルキルスルファニル基、
    (iv) 置換されていてもよいC10-30アルキルスルフィニル基、
    (v)  置換されていてもよいC10-30アルキルスルホニル基、
    (vi) 置換されていてもよいC10-30アルキルシロキシ基、および
    (vii)置換されていてもよいC10-30アルキルシリル基。
     置換基B群:
    (i)   置換されていてもよいC1-30アルコキシ基、
    (ii)  ハロゲン原子、
    (iii) 置換されていてもよいC1-30アルキル基、
    (iv)  ニトロ基、
    (v)   置換されていてもよいC1-30アルキルスルファニル基、
    (vi)  置換されていてもよいC1-30アルキルスルフィニル基、
    (vii) 置換されていてもよいC1-30アルキルスルホニル基、
    (viii)置換されていてもよいC1-30アルキルシロキシ基、
    (ix)  置換されていてもよいC1-30アルキルシリル基、
    (x)   シアノ基、
    (xi)  置換されていてもよいアミノ基、
    (xii) 置換されていてもよいC1-32アルコキシ-カルボニル基、および
    (xiii)置換されていてもよいC1-32アルキル-カルボニル基。]を示し、
     Yは、保護されていてもよいヒドロキシ基、水素原子、置換されていてもよいC1-6アルコキシ基、またはハロゲン原子を示す。]
    で表される化合物またはその塩と、下記式(IX):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000021

    [式中、Prはヒドロキシ基の保護基を示し、その他の記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を反応させて、下記式(X):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000022

    [式中、各記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を製造する工程;
    (b3)の工程:
     上記(a3)の工程で製造される式(X)で表される化合物またはその塩を、酸化反応あるいは硫黄化反応に付して、下記式(XI):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000023

    [式中、
     Qは、酸素原子または硫黄原子を示し、
     Prは、(i)Qが酸素原子のときは、保護されていてもよいヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、保護されたヒドロキシ基を示し、
     Prは、(i)Qが酸素原子のときは、ヒドロキシ基または保護されたチオール基を示し、(ii)Qが硫黄原子のときは、ヒドロキシ基を示し、
    その他の記号は上記と同義を示す。]
    で表される化合物またはその塩を製造する工程:
    (c3)の工程:上記(b3)の工程により製造される式(XI)で表される化合物またはその塩を脱保護反応に付す工程。
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