JPWO2018203574A1 - オリゴヌクレオチドの製造方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチドの製造方法 Download PDF

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Abstract

オリゴヌクレオチドのブロック体同士を高収率でカップリングさせる新規な液相製造方法を提供する。２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位又は３’位に、ヒドロキシ基若しくは、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、擬似固相保護基を有さない別のヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドとをカップリングさせる工程を含むオリゴヌクレオチドの製造方法である。擬似固相保護基を有さないオリゴヌクレオチドは、レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドにヒドラジン誘導体等を反応させ、当該レブリニル型擬似固相保護基を選択的に脱保護することにより製造できる。

Description

本発明は、オリゴヌクレオチドの新規な製造方法に関する。
ゲノム創薬や遺伝子診断・治療などの最先端バイオ関連研究の急速な進歩・発展に伴い近年、ＤＮＡプローブ、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスＤＮＡ、アンチセンスＲＮＡなどのオリゴヌクレオチドが盛んに利用されている。オリゴヌクレオチドの化学合成方法として、ホスホロアミダイト法、Ｈ−ホスホネート法などが知られている。
現在では、ホスホロアミダイト法による固相合成法のプロセス最適化及び自動化が進んでいるため、固相合成法がスピード面で有利であり、最も汎用されている。しかし、固相合成法では１残基ずつ伸長する必要があるため、比較的長鎖（例えば、１５塩基以上）のオリゴヌクレオチドの合成には長時間を要する。
比較的長鎖のオリゴヌクレオチドの場合は、予め５塩基程度のブロック体を合成し、それをビルディングブロックとして用いる収束的な合成法が効率的と考えられる。しかし、固相担体との結合を切断する際に核酸塩基部やリン酸部の保護基も脱保護され、無保護のブロック体が得られるため、該ブロック体を、オリゴヌクレオチドのさらなる塩基の伸長に利用することは困難である。
近年では擬似固相保護基を用いる製造方法が検討されている（例えば、特許文献１から３、非特許文献１参照）。擬似固相保護基を用いる液相合成法においては、他の保護基が維持されたまま、擬似固相保護基を選択的に脱保護できるオリゴヌクレオチドの合成法（例えば、非特許文献１参照）が報告されている。また、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ基にイオン性官能基を結合させる方法も検討され、該イオン性官能基を選択的に除去する方法（例えば、特許文献４参照）が報告されている。
特開２０１０−２７５２５４号公報 国際公開第２０１２／１５７７２３号 国際公開第２０１４／０７７２９２号 国際公開第２０１３／０２６１４２号
オーガニック レターズ（Organic Letters）、２０１６年、１８巻、８００−８０３頁
非特許文献１においては、擬似固相保護基を除去する工程は、低収率である。そのため、オリゴヌクレオチドのビルディングブロックとなるブロック体を高収率で合成でき、大量合成に対応できる新規な、オリゴヌクレオチドの製造方法が望まれていた。
本発明の目的は、オリゴヌクレオチドの新規な収束的合成法、及び該合成法に利用できるビルディングブロック（オリゴヌクレオチド）の、高収率かつ大量合成可能な新規製造方法を提供することにある。
このような課題を解決するために本発明者らは鋭意研究した結果、擬似固相保護基としての性能を有する、アルキルオキシ基で置換されたベンゼン環を、レブリニル基と結合させた新規なレブリニル型擬似固相保護基を見出した。また、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの３’位又は５’位ヒドロキシ基の保護基として該レブリニル型擬似固相保護基を用いる製造方法が、上記課題を解決できることを見出し、本発明を完成させた。
さらに、本発明者らは、トリチル基の少なくとも１のベンゼン環がアルキルオキシ基で置換された、新規なトリチル型擬似固相保護基を見出した。またヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの３’位又は５’位ヒドロキシ基の保護基として該レブリニル型擬似固相保護基を用いる製造方法において、該トリチル型擬似固相保護基を併用することにより、さらに効率よく上記課題を解決できることを見出し、本発明を完成させた。
本発明は以下を含む。
１． ３’位及び５’位の一方が、下記式（ＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを、
溶媒中、ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体から選択される少なくとも１つのアミノ化合物を反応させ、
前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程を含む、
３’位及び５’位の一方がヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドの製造方法。
２． ３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを反応させる、１．に記載の製造方法。
３． 前記アミノ化合物が、ヒドラジン誘導体である、１．又は２．に記載の製造方法。
４． 前記アミノ化合物が、ヒドラジン一水和物である、１．から３．のいずれか１つに記載の製造方法。
５． 前記アミノ化合物が、Ｃ１−６アルキルヒドラジンである、１．から３．のいずれか１つに記載の製造方法。
６． 前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程が、溶媒として、ハロゲン化炭化水素溶媒、環状エーテル溶媒、低級脂肪族酸溶媒及びピリジン系溶媒からなる群から選択される少なくとも１つの溶媒中で実施される、１．から５．のいずれか１つに記載の製造方法。
７． 前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを含む低極性溶媒溶液と、極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させ、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、１．から６．のいずれか１つに記載の製造方法。
８． 前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、７．に記載の製造方法。
９． 前記一時保護基が、それぞれ独立して、ｔｅｒｔ-ブチルジメチルシリル基、トリチル基、モノメトキシトリチル基又はジメトキシトリチル基である、１．から８．のいずれか１つに記載の製造方法。
１０． ３’位及び５’位の一方が、下記式（ＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基、又はヒドロキシ基であるｎ個重合オリゴヌクレオチドと、
３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるｐ個重合オリゴヌクレオチドとを反応させ、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドとｐ個重合オリゴヌクレオチドとの結合体を生成するカップリング工程を含み、
ｎ及びｐは、それぞれ独立して、１以上の整数であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
１１． ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方がヒドロキシ基である、１０．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
１２． 前記カップリング工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’位又は３’位のヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換し、ｎ個重合オリゴヌクレオチドを生成する反応性リン化工程を含む、１１．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
１３． 前記反応性リン化工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該一時保護基を除去し、５’位及び３’位の一方にヒドロキシ基を生成する脱一時保護基工程を含む、１２．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
１４． ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、ヒドロキシ基である、１１．から１３．のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
１５． ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方がヒドロキシ基であり、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、１０．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
１６． 前記カップリング工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該一時保護基を除去し、ｎ個重合オリゴヌクレオチドを生成する脱一時保護基工程を含む、１５．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
１７． ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位がヒドロキシ基であり、３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、１５．又は１６．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
１８． 前記一時保護基が、ｔｅｒｔ-ブチルジメチルシリル基、トリチル基、モノメトキシトリチル基又はジメトキシトリチル基である、１０．から１７．のいずれか１つに記載の製造方法。
１９． 前記反応性リン含有基が、ヒドロキシホスフィニル基であり、カップリング工程が亜リン酸ジエステル結合を形成する、１０．から１８．のいずれか１つに記載の製造方法。
２０． 前記カップリング工程の後に、前記亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸ジエステル結合の変換工程を更に含む、１９．に記載の製造方法。
２１． 前記反応性リン含有基が、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であり、カップリング工程が亜リン酸トリエステル結合を形成する、１０．から１８．のいずれか１つに記載の製造方法。
２２． 前記カップリング工程の後に、前記亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸トリエステル結合の変換工程を更に含む、２１．に記載の製造方法。
２３． 少なくとも１つの工程の反応後に、反応液と極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させ、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、１０．から２２．のいずれか１つに記載の製造方法。
２４． 前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、２３．に記載の製造方法。
２５． ３’位及び５’位の一方が、下記式（ＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
５’位及び３’位の一方が、下記式（ＶＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを、
溶媒中、ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体から選択される少なくとも１つのアミノ化合物を反応させ、
前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程を含む、
３’位及び５’位の一方がヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドの製造方法。
２６． ３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを反応させる、２５．に記載の製造方法。
２７． 前記アミノ化合物が、ヒドラジン誘導体である、２５．又は２６．に記載の製造方法。
２８． 前記アミノ化合物が、ヒドラジン一水和物である、２５．から２７．のいずれか１つに記載の製造方法。
２９． 前記アミノ化合物が、Ｃ１−６アルキルヒドラジンである、２５．から２８．のいずれか１つに記載の製造方法。
３０． 前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程が、反応溶媒として、ハロゲン化炭化水素溶媒、環状エーテル溶媒、低級脂肪族酸溶媒及びピリジン系溶媒からなる群から選択される少なくとも１つの溶媒中で実施される、２５．から２９．のいずれか１つに記載の製造方法。
３１． 前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを含む低極性溶媒溶液と、極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させ、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、２５．から３０．のいずれか１つに記載の製造方法。
３２． 前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、３１．に記載の製造方法。
３３． 前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程の前に、
３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドと、下記式（ＩＸ）
Figure 2018203574
（式中、Ｑは、脱離基を示し、
Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表されるトリアリール化合物を反応させ、
３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
５’位及び３’位の一方が、前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、２５．から３２．のいずれか１つに記載の製造方法。
３４． ３’位及び５’位の一方が、下記式（ＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基、又はヒドロキシ基であるｎ個重合オリゴヌクレオチドと、
３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、下記式（ＶＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、５’位又は３’位のヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるｐ個重合オリゴヌクレオチドとを反応させ、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドとｐ個重合オリゴヌクレオチドとの結合体を生成するカップリング工程を含み、
ｎ及びｐは、それぞれ独立して、１以上の整数であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
３５． ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、
ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位がヒドロキシ基である、３４．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
３６． 前記カップリング工程の前に、３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該式（ＶＩ）で表される保護基を除去し、５’位にヒドロキシ基を生成する工程を含む、３４．又は３５．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
３７． 前記カップリング工程の前に、５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該式（ＩＩ）で表される保護基を除去し、３’位にヒドロキシ基を生成する工程を含む、３４．から３６．のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
３８． 前記カップリング工程の前に、３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’位のヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換し、ｎ個重合オリゴヌクレオチドを生成する反応性リン化工程を含む、３５．に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
３９． 前記反応性リン含有基が、ヒドロキシホスフィニル基であり、カップリング工程が亜リン酸ジエステル結合を形成する、３４．から３８．のいずれか１つに記載の製造方法。
４０． 前記カップリング工程の後に、前記亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸ジエステル結合の変換工程を更に含む、３９．に記載の製造方法。
４１． 前記反応性リン含有基が、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であり、カップリング工程が亜リン酸トリエステル結合を形成する、３４．から３８．のいずれか１つに記載の製造方法。
４２． 前記カップリング工程の後に、前記亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸トリエステル結合の変換工程を更に含む、４１．に記載の製造方法。
４３． 少なくとも１つの工程の反応後に、反応液と極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させ、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、３４．から４２．のいずれか１つに記載の製造方法。
４４． 前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、４３．に記載の製造方法。
４５． 下記式（Ｉ）：
Figure 2018203574
［式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
Ｂａｓｅは、それぞれ独立して、核酸塩基又は基本保護基で置換された核酸塩基を示し、
Ｘは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基又は４‘位炭素原子に架橋する有機基を示し、
Ｙは、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基、基本保護基で置換されたスルファニル基、水素化ホウ素基、モノＣ１−６アルキルアミノ基又はジＣ１−６アルキルアミノ基を示し、
Ｖは、それぞれ独立して、酸素原子又は硫黄原子を示し、
Ｚ１が、水素原子、一時保護基、ヒドロキシホスフィニル基、又は置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であるとき、Ｚ２は、下記式（ＩＩ）で表される保護基を示し、
Ｚ１が、下記式（ＩＩ）で表される保護基であるとき、Ｚ２は、水素原子、一時保護基、ヒドロキシホスフィニル基又は置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基を示し、
式（ＩＩ）が
Figure 2018203574
（式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）である］で表される化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
４６． ｎが、１から１００の整数である、４５．に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
４７． Ｘが、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基又は基本保護基で置換されたヒドロキシ基である、４５．又は４６．に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
４８． Ｙが、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基又は基本保護基で置換されたスルファニル基である、４５．から４７．のいずれか１つに記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
４９． Ｚ１が、前記式（ＩＩ）で表される保護基であり、Ｚ２が、水素原子、一時保護基、ヒドロキシホスフィニル基又は置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基である、４５．から４８．のいずれか１つに記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
５０． 下記式（Ｉａ）：
Figure 2018203574
［式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
Ｂａｓｅは、それぞれ独立して、核酸塩基又は基本保護基で置換された核酸塩基を示し、
Ｘは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基又は４‘位炭素原子に架橋する有機基を示し、
Ｙは、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基、基本保護基で置換されたスルファニル基、水素化ホウ素基、モノＣ１−６アルキルアミノ基又はジＣ１−６アルキルアミノ基を示し、
Ｖは、それぞれ独立して、酸素原子又は硫黄原子を示し、
Ｚ１１が、下記式（ＩＩ）で表される保護基又はヒドロキシホスフィニル基であるとき、Ｚ１２は、下記式（ＶＩ）で表される保護基を示し、
Ｚ１１が、下記式（ＶＩ）で表される保護基であるとき、Ｚ１２は、下記式（ＩＩ）で表される保護基又はヒドロキシホスフィニル基を示し、
式（ＩＩ）が、
Figure 2018203574
（式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）であり、
式（ＶＩ）が、
Figure 2018203574
（式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基、又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である）である］で表される化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
５１． ｎが、１から１００の整数である、５０．に記載の化合物、該化合物の互変異性体若しくはその塩又はそれらの溶媒和物。
５２． Ｘが、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基又は基本保護基で置換されたヒドロキシ基である、５０．又は５１．に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
５３． Ｙが、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基又は基本保護基で置換されたスルファニル基である、５０．から５２．のいずれか１つに記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
５４． Ｚ１１が、前記式（ＩＩ）で表される保護基であり、Ｚ１２が、前記式（ＶＩ）で表される保護基である、５０．から５３．のいずれか１つに記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
５５． 少なくとも１つのＢａｓｅが、基本保護基で置換されたアデニル基であり、当該アデニル基のアミノ基の基本保護基が、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はアラルキルアミノカルボニル基（ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基及び前記アラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換され、前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）である、４５．から５４．のいずれか１つに記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
５６． 少なくとも１つのＢａｓｅが、基本保護基で置換されたシトシル基及び５−メチルシトシル基から選択される少なくとも１つであり、当該シトシル基及び５−メチルシトシル基のアミノ基の基本保護基が、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はアラルキルアミノカルボニル基（ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基及び前記アラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換され、前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）である、４５．から５４．のいずれか１つに記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
５７． １０．から２４．のいずれか１つに記載の方法で、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、１．から９．のいずれか１つに記載の製造方法。
５８． ３４．から４４．のいずれか１つに記載の方法で、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、２５．から３３．のいずれか１つに記載の製造方法。
５９． ３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基又はヒドロキシ基であり、２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選択される少なくとも１カ所に、擬似固相保護基を有する、ｎ個重合オリゴヌクレオチドと、
５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、擬似固相保護基を有さない、ｐ個重合オリゴヌクレオチドとをカップリングさせる工程を含み、
ｎ及びｐは、それぞれ独立して、２以上の整数であり、ｎ＋ｐは、１１以上であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの製造方法。
６０． 前記ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基である、５９．に記載の製造方法。
６１． ｎ＋ｐは、１５以上である、５９．又は６０．に記載の製造方法。
６２． ｎ及びｐは、それぞれ独立して、４以上の整数である、５９．から６１．のいずれか１つに記載の製造方法。
６３． 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、核酸塩基部に擬似固相保護基を有する、５９．から６２．のいずれか１つに記載の製造方法。
６４． 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基である、５９．から６２．のいずれか１つに記載の製造方法。
６５． １．から９．及び５７．のいずれか１つに記載の方法で、ｐ個重合オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、５９．に記載の製造方法。
６６． 下記式（ＩＩ）
Figure 2018203574
［式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である］で表される、擬似固相保護基。
６７． 下記式（ＩＩ）
Figure 2018203574
［式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基であり、
Ｌ１２は、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基である］で表される、擬似固相保護基。
６８． ２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所にヒドロキシ基を有するか、又は２’位及び核酸塩基部の少なくとも１カ所にヒドロキシ基又はアミノ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを、
下記式（ＩＩ−１）
Figure 2018203574
［式中、Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合の時、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である］で表されるカルボキシ化合物、又は下記式（ＩＩ−２）
Figure 2018203574
（式中、Ｗは、ハロゲン原子であり、ｓ、Ｒ１、Ｌ１１、Ｌ１２及びＬ１３は、前記式（ＩＩ−１）における定義と同じである）で表される酸ハロゲン化物と反応させ、
２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部の少なくとも１カ所が、下記式（ＩＩ）
Figure 2018203574
［式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、ｓ、Ｒ１、Ｌ１１、Ｌ１２及びＬ１３は、前記式（ＩＩ−１）における定義と同じである］で表される擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基である、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの製造方法。
６９． 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチド及びｐ個重合オリゴヌクレオチドの少なくとも一方が、少なくとも１つのアデニル基を有し、当該アデニル基のアミノ基の保護基が、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はアラルキルアミノカルボニル基（ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基及び前記アラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換され、前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）である、１０．から２４．又は３４．から４４．又は５９．から６５．のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
７０． 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチド及びｐ個重合オリゴヌクレオチドの少なくとも一方が、シトシル基及び５−メチルシトシル基から選択される少なくとも１つを有し、当該シトシル基及び５−メチルシトシル基のアミノ基の保護基が、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はアラルキルアミノカルボニル基（ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、及び前記アラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換され、前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）である、１０．から２４．又は３４．から４４．又は５９．から６５．又は６９．のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
本発明により、オリゴヌクレオチドの収束的合成法のビルディングブロックとなるブロック体を高収率で合成でき、大量合成に対応できるオリゴヌクレオチドの新規製造方法をを提供することが可能となった。
以下、本発明について詳細に説明する。
特に記述がない限り、本明細書で用いるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されるのと同じ意味をもつ。本明細書に記載されたものと同様又は同等の任意の方法及び材料は、本発明の実施又は試験において使用することができるが、好ましい方法及び材料を以下に記載する。
「工程」との語は、独立した工程だけではなく、他の工程と明確に区別できない場合であってもその工程の所期の目的が達成されれば、本用語に含まれる。また「〜」を用いて示された数値範囲は、「〜」の前後に記載される数値をそれぞれ最小値及び最大値として含む範囲を示す。
尚、本明細書中「ｎ−」はノルマル、「ｉ−」はイソ、「ｓ−」及び「ｓｅｃ−」はセカンダリー、「ｔ−」及び「ｔｅｒｔ−」はターシャリー、を意味し、「Ｐｈ」はフェニル、「Ｐｙ」はピリジル又はピリジン、「Ｍｅ」はメチル、「Ｅｔ」はエチル、「Ｎｉ−Ｐｒ２」はジイソプロピルアミノ、「Ｂｕ」はブチル、「Ｂｎ」はベンジル、「Ｂｚ」はベンゾイル、「Ｂｏｃ」はターシャリーブトキシカルボニル、「ＴＢＳ」はターシャリーブチルジメチルシリル、「ＴＩＰＳ」はトリイソプロピルシリル、「ＴＢＤＰＳ」は、ターシャリーブチルジフェニルシリル、「ＤＭＴｒ」は４，４’−ジメトキシトリチルを意味する。「Ｓｃｈｅｍｅ」は、スキームを意味する。
「−ＣＯＯ−」、「−ＯＣＯ−」、「−ＣＯＮ（Ｒ２）−」、「−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−」、「−ＣＯ−」、「−ＣＳ−」、「−ＯＣＯＮ（Ｒ１２）−」、「−ＣＯＮ（Ｒ１３）−」及び「−ＣＳＮ（Ｒ１４）−」は、それぞれ、「−Ｃ（Ｏ）Ｏ−」、「−ＯＣ（Ｏ）−」、「−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２）−」、「−Ｎ（Ｒ２）Ｃ（Ｏ）−」、「−Ｃ（Ｏ）−」、「−Ｃ（Ｓ）−」、「−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１２）−」、「−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１３）−」及び「−Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ１４）−」と同義である。
本明細書中、「ハロゲン原子」とは、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、又はヨウ素原子である。
「Ｃ１−６アルキル基」とは、炭素数が１から６の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、メチル基、エチル基、ｎ−プロピル基、イソプロピル基、ｎ−ブチル基、イソブチル基、ｓｅｃ−ブチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基、ｎ−ペンチル基、イソペンチル基、ネオペンチル基、ｎ−ヘキシル基及びイソヘキシル基等が挙げられる。
「Ｃ２−６アルケニル基」とは、任意の位置に１以上の二重結合を有する、炭素数が２から６の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、エテニル基（ビニル基）、１−プロペニル基、２−プロペニル基（アリル基）、イソプロペニル基、１−ブテニル基、２−ブテニル基、３−ブテニル基（ホモアリル基）、４−ペンテニル基、５−ヘキセニル基等が挙げられる。
「Ｃ２−６アルキニル基」とは、任意の位置に１以上の三重結合を有する、炭素数が２から６の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、エチニル基、１−プロピニル基、２−プロピニル基、１−ブチニル基、２−ブチニル基、３−ブチニル基、４−ペンチニル基、５−ヘキシニル基等が挙げられる。
「Ｃ１−４０アルキル基」とは、炭素数が１から４０の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、メチル基、エチル基、ｎ−プロピル基、イソプロピル基、ｎ−ブチル基、イソブチル基、ｓｅｃ−ブチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基、ｎ−ペンチル基、イソペンチル基、ネオペンチル基、ｎ−ヘキシル基、イソヘキシル基、デシル基、オクタデシル基、イコシル基、トリアコンチル基、テトラコンチル基等が挙げられる。
「Ｃ２−４０アルケニル基」とは、任意の位置に１以上の二重結合を有する、炭素数が２から４０の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、エテニル基（ビニル基）、１−プロペニル基、２−プロペニル基（アリル基）、イソプロペニル基、１−ブテニル基２−ブテニル基、３−ブテニル基（ホモアリル基）、４−ペンテニル基、５−ヘキセニル基、１０−デセニル基、１８−オクタデセニル基、２０−イコセニル基、３０−トリアコンテニル基、４０−テトラコンテニル基等が挙げられる。
「Ｃ２−４０アルキニル基」とは、任意の位置に１以上の三重結合を有する、炭素数が２から４０の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、エチニル基、１−プロピニル基、２−プロピニル基、１−ブチニル基、２−ブチニル基、３−ブチニル基、４−ペンチニル基、５−ヘキシニル基、１０−デシニル基、１８−オクタデシニル基、２０−イコシニル基、３０−トリアコンチニル基、４０−テトラコンチニル基等が挙げられる。
「Ｃ１０−３０アルキル基」とは、炭素数が１０から３０の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、デシル基、オクタデシル基、イコシル基、トリアコンチル基等が挙げられる。
「Ｃ１０−４０アルキル基」とは、炭素数が１０から４０の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、デシル基、オクタデシル基、イコシル基、トリアコンチル基、テトラコンチル基等が挙げられる。
「Ｃ１５−２５アルキル基」とは、炭素数が１５から２５の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、ペンタデシル基、ヘキサデシル基、ヘプタデシル基、オクタデシル基、ノナデシル基、イコシル基、ドコシル基等が挙げられる。
「Ｃ１５−２２アルキル基」とは、炭素数が１５から２２の直鎖又は分枝状の飽和炭化水素基を意味し、例えば、ペンタデシル基、ヘキサデシル基、ヘプタデシル基、オクタデシル基、ノナデシル基、イコシル基等が挙げられる。
「Ｃ１０−３０アルケニル基」とは、任意の位置に１以上の二重結合を有する、炭素数が１０から３０の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、２−デセニル基、１０−デセニル基、１８−オクタデセニル基、２０−イコセニル基、３０−トリアコンテニル基等が挙げられる。
「Ｃ１０−４０アルケニル基」とは、任意の位置に１以上の二重結合を有する、炭素数が１０から４０の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、２−デセニル基、１０−デセニル基、１８−オクタデセニル基、２０−イコセニル基、３０−トリアコンテニル基、４０−テトラコンテニル基等が挙げられる。
「Ｃ１０−４０アルキニル基」とは、任意の位置に１以上の三重結合を有する、炭素数が１０から４０の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味し、例えば、１０−デシニル基、１８−オクタデシニル基、２０−イコシニル基、３０−トリアコンチニル基、４０−テトラコンチニル基等が挙げられる。
「Ｃ１−６アルキレン基」とは、前記「Ｃ１−６アルキル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の基を意味し、例えば、メチレン基、エチレン基（エタンジイル基）、プロパン−１，３−ジイル基、プロパン−２，２−ジイル基、２，２−ジメチル−プロパン−１，３−ジイル基、ヘキサン−１，６−ジイル基、３−メチルブタン−１，２−ジイル基などが挙げられる。
「Ｃ２−６アルキレン基」とは、前記「Ｃ１−６アルキレン基」のうち、炭素数が２から６の直鎖又は分枝状の２価の基を意味し、例えば、エチレン基（エタンジイル基）、プロパン−１，３−ジイル基、プロパン−２，２−ジイル基、ヘキサン−１，６−ジイル基、３−メチルブタン−１，２−ジイル基などが挙げられる。
「Ｃ２−６アルケニレン基」とは、前記「Ｃ２−６アルケニル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の基を意味し、例えば、エテン−１，１−ジイル基、エテン−１，２−ジイル基、プロペン−１，１−ジイル基、プロペン−１，２−ジイル基、プロペン−１，３−ジイル基、ブタ−１−エン−１，４−ジイル基、ブタ−１−エン−１，３−ジイル基、ブタ−２−エン−１，４−ジイル基、ブタ−１，３−ジエン−１，４−ジイル基、ペンタ−２−エン−１，５−ジイル基、ヘキサ−３−エン−１，６−ジイル基、ヘキサ−２，４−ジエン−１，６−ジイル基などが挙げられる。
「Ｃ２−６アルキニレン基」とは、前記「Ｃ２−６アルキニル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の基を意味し、例えば、エチン−１，２−ジイル基、プロピン−１，３−ジイル基、ブタ−１−イン−１，４−ジイル基、ブタ−１−イン−１，３−ジイル基、ブタ−２−イン−１，４−ジイル基、ペンタ−２−イン−１，５−ジイル基、ペンタ−２−イン−１，４−ジイル基、ヘキサ−３−イン−１，６−ジイル基などが挙げられる。
「Ｃ１−４０アルキレン基」とは、前記「Ｃ１−４０アルキル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の基を意味し、例えば、メチレン基、エチレン基（エタンジイル基）、プロパン−１，３−ジイル基、プロパン−２，２−ジイル基、２，２−ジメチル−プロパン−１，３−ジイル基、３−メチルブタン−１，２−ジイル基、ヘキサン−１，６−ジイル基、デカン−１，１０−ジイル基、ペンタデカン−１，１５−ジイル基、オクタデカン−１，１８−ジイル基、イコサン−１，２０−ジイル基、トリアコンタン−１，３０−ジイル基、テトラコンタン−１，４０−ジイル基などが挙げられる。
「Ｃ１０−２０アルキレン基」とは、前記「Ｃ１−４０アルキレン基」のうち、炭素数が１０から２０の２価の基を意味し、例えば、デカン−１，１０−ジイル基、ウンデカン−１，１１−ジイル基、ドデカン−１，１２−ジイル基、ペンタデカン−１，１５−ジイル基、イコサン−１，２０−ジイル基などが挙げられる。
「Ｃ２−４０アルケニレン基」とは、前記「Ｃ２−４０アルケニル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の基を意味し、例えば、エテン−１，１−ジイル基、エテン−１，２−ジイル基、プロペン−１，１−ジイル基、プロペン−１，２−ジイル基、プロペン−１，３−ジイル基、ブタ−１−エン−１，４−ジイル基、ブタ−１−エン−１，３−ジイル基、ブタ−２−エン−１，４−ジイル基、ブタ−１，３−ジエン−１，４−ジイル基、ペンタ−２−エン−１，５−ジイル基、ヘキサ−３−エン−１，６−ジイル基、ヘキサ−２，４−ジエン−１，６−ジイル基、デカ−２−エン−１，１０−ジイル基、オクタデカ−２−エン−１，１８−ジイル基、イコサ−２−エン−１，２０−ジイル基、トリアコンタ−２−エン−１，３０−ジイル基、テトラコンタ−２−エン−１，４０−ジイル基などが挙げられる。
「Ｃ２−４０アルキニレン基」とは、前記「Ｃ２−４０アルキニル基」から任意の位置の水素原子を１個取り除いた２価の基を意味し、例えば、エチン−１，２−ジイル基、プロピン−１，３−ジイル基、ブタ−１−イン−１，４−ジイル基、ブタ−１−イン−１，３−ジイル基、ブタ−２−イン−１，４−ジイル基、ペンタ−２−イン−１，５−ジイル基、ペンタ−２−イン−１，４−ジイル基、ヘキサ−３−イン−１，６−ジイル基、デカ−２−イン−１，１０−ジイル基、オクタデカ−２−イン−１，１８−ジイル基、イコサ−２−イン−１，２０−ジイル基、トリアコンタ−２−イン−１，３０−ジイル基、テトラコンタ−２−イン−１，４０−ジイル基などが挙げられる。
「Ｃ１−６ハロアルキル基」とは、１以上の前記「ハロゲン原子」で前記「Ｃ１−６アルキル基」の任意の位置の水素原子が置換された基を意味し、例えば、モノフルオロメチル基、モノフルオロエチル基、モノフルオロプロピル基、２，２，３，３，３−ペンタフルオロプロピル基、モノクロロメチル基、トリフルオロメチル基、トリクロロメチル基、２，２，２−トリフルオロエチル基、２，２，２−トリクロロエチル基、１，２−ジブロモエチル基及び１，１，１−トリフルオロプロパン−２−イル基等が挙げられる。
「Ｃ２−６ハロアルケニル基」とは、１以上の前記「ハロゲン原子」で前記「Ｃ２−６アルケニル基」の任意の位置の水素原子が置換された基を意味する。
「Ｃ３−６シクロアルキル基」とは、環を構成する炭素原子数が３乃至６個である、単環系、縮合多環系、橋架け環系又はスピロ環系の脂肪族炭化水素環から任意の位置の水素原子を１個取り除いた１価の基を意味し、具体例としては、シクロプロピル基、シクロブチル基、シクロペンチル基、シクロヘキシル基などが挙げられる。
「Ｃ１−６アルコキシ基」とは、前記「Ｃ１−６アルキル基」が、オキシ基（−Ｏ−）に結合した基を意味する。
「Ｃ１−６ハロアルコキシ基」とは、前記「Ｃ１−６ハロアルキル基」が、オキシ基（−Ｏ−）に結合した基を意味する。
「モノＣ１−６アルキルアミノ基」とは、１つの前記Ｃ１−６アルキル基がアミノ基に結合した基を意味し、例えば、メチルアミノ基、エチルアミノ基、ｎ−プロピルアミノ基、イソプロピルアミノ基、ｎ−ブチルアミノ基、イソブチルアミノ基、ｓｅｃ−ブチルアミノ基、ｔｅｒｔ−ブチルアミノ基、ｎ−ペンチルアミノ基、イソペンチルアミノ基、ネオペンチルアミノ基、ｎ−ヘキシル基アミノ及びイソヘキシルアミノ基等が挙げられる。
「ジＣ１−６アルキルアミノ基」とは、同一又は異なる２個の前記「Ｃ１−６アルキル基」がアミノ基に結合した基を意味し、例えば、ジメチルアミノ基、ジエチルアミノ基、ジ−ｎ−プロピルアミノ基、ジイソプロピルアミノ基、ジ−ｎ−ブチルアミノ基、ジイソブチルアミノ基、ジ−ｔ−ブチルアミノ基、ジ−ｎ−ペンチルアミノ基、ジ−ｎ−ヘキシルアミノ基、Ｎ−エチル−Ｎ−メチルアミノ基、Ｎ−メチル−Ｎ−ｎ−プロピルアミノ基、Ｎ−イソプロピル−Ｎ−メチルアミノ基、Ｎ−ｎ−ブチル−Ｎ−メチルアミノ基、Ｎ−イソブチル−Ｎ−メチルアミノ基、Ｎ−t−ブチル−Ｎ−メチルアミノ基、Ｎ−メチル−Ｎ−ｎ−ペンチルアミノ基、Ｎ−ｎ−ヘキシル−Ｎ−メチルアミノ基、Ｎ−エチル−Ｎ−ｎ−プロピルアミノ基、Ｎ−エチル−Ｎ−イソプロピルアミノ基、Ｎ−ｎ−ブチル−Ｎ−エチルアミノ基、Ｎ−エチル−Ｎ−イソブチルアミノ基、Ｎ−t−ブチル−Ｎ−エチルアミノ基、Ｎ−エチル−Ｎ−ｎ−ペンチルアミノ基、Ｎ−エチル−Ｎ−ｎ−ヘキシルアミノ基などが挙げられる。
「Ｃ１−６アルキルカルボニル基」、「Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基」及び「Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基」等は、それぞれ前記「Ｃ１−６アルキル基」、「Ｃ１−６ハロアルキル基」及び「Ｃ１−６ハロアルコキシ基」が、カルボニル基（−Ｃ（Ｏ）−）に結合した基を意味する。
「Ｃ１−６アルコキシカルボニル基」、「モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基」及び「ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基」等は、それぞれ前記「Ｃ１−６アルコキシ基」、「モノＣ１−６アルキルアミノ基」及び「ジＣ１−６アルキルアミノ基」が、カルボニル基（−Ｃ（Ｏ）−）に結合した基を意味する。
「Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基」とは、１つの前記Ｃ１−６アルコキシ基が、１つの前記「Ｃ１−６アルキル基」の任意の位置に置換した基を意味し、メトキシメチル基、メトキシエチル基、エトキシエチル基等が挙げられる。
「Ｃ１−６アルキルスルホニル基」及び「Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基」は、それぞれ前記「Ｃ１−６アルキル基」及び「Ｃ１−６ハロアルキル基」が、スルホニル基に結合した基を意味する。
「Ｃ６−１０アリール基」とは、環を構成する原子が全て炭素原子であり、炭素原子数が６乃至１０個である、単環式又は二環式の芳香族炭化水素環から任意の位置の水素原子を１個取り除いた１価の基を意味し、具体例としては、フェニル基及びナフチル基等が挙げられる。
「５−１０員ヘテロアリール基」とは、環を構成する原子の数が５乃至１０個であり、環を構成する原子中に１乃至５個のヘテロ原子（該へテロ原子は、窒素原子、酸素原子又は硫黄原子を意味し、２個以上の場合は、同一でも異なっていてもよい。）を含有する単環系又は縮合多環系の芳香族複素環から任意の位置の水素原子を１個取り除いた１価の基を意味する。
単環系の「５−１０員ヘテロアリール基」としては、２−チエニル基、３−チエニル基、２−フリル基、３−フリル基、２−ピラニル基、３−ピラニル基、４−ピラニル基、１−ピロリル基、２−ピロリル基、３−ピロリル基、１−イミダゾリル基、２−イミダゾリル基、４−イミダゾリル基、１−ピラゾリル基、３−ピラゾリル基、４−ピラゾリル基、５−ピラゾリル基、２−チアゾリル基、４−チアゾリル基、５−チアゾリル基、３−イソチアゾリル基、４−イソチアゾリル基、５−イソチアゾリル基、１，２，４−トリアゾール−１−イル基、１，２，４−トリアゾール−３−イル基、１，２，４−トリアゾール−５−イル基、１，２，３−トリアゾール−１−イル基、１，２，３−トリアゾール−４−イル基、１，２，３−トリアゾール−５−イル基、２−オキサゾリル基、４−オキサゾリル基、５−オキサゾリル基、３−イソオキサゾリル基、４−イソオキサゾリル基、５−イソオキサゾリル基、２−ピリジル基、３−ピリジル基、４−ピリジル基、２−ピラジニル基、２−ピリミジニル基、４−ピリミジニル基、５−ピリミジニル基、３−ピリダジニル基、４−ピリダジニル基、１，３，４−オキサジアゾール−２−イル基、１，３，４−チアジアゾール−２−イル基、１，２，４−オキサジアゾール−３−イル基、１，２，４−オキサジアゾール−５−イル基、１，２，４−チアジアゾール−３−イル基、１，２，４−チアジアゾール−５−イル基、１，２，５−オキサジアゾール−３−イル基及び１，２，５−チアジアゾール−３−イル基等が挙げられる。
縮合多環系の「５−１０員ヘテロアリール基」としては、２−ベンゾフラニル基、３−ベンゾフラニル基、４−ベンゾフラニル基、５−ベンゾフラニル基、６−ベンゾフラニル基、７−ベンゾフラニル基、１−イソベンゾフラニル基、４−イソベンゾフラニル基、５−イソベンゾフラニル基、２−ベンゾチエニル基、３−ベンゾチエニル基、４−ベンゾチエニル基、５−ベンゾチエニル基、６−ベンゾチエニル基、７−ベンゾチエニル基、１−イソベンゾチエニル基、４−イソベンゾチエニル基、５−イソベンゾチエニル基、２−ベンゾチアゾリル基、４−ベンゾチアゾリル基、５−ベンゾチアゾリル基、６−ベンゾチアゾリル基、７−ベンゾチアゾリル基、２−クロメニル基、３−クロメニル基、４−クロメニル基、５−クロメニル基、６−クロメニル基、７−クロメニル基、８−クロメニル基、１−インドリジニル基、２−インドリジニル基、３−インドリジニル基、５−インドリジニル基、６−インドリジニル基、７−インドリジニル基、８−インドリジニル基、１−イソインドリル基、２−イソインドリル基、４−イソインドリル基、５−イソインドリル基、１−インドリル基、２−インドリル基、３−インドリル基、４−インドリル基、５−インドリル基、６−インドリル基、７−インドリル基、１−インダゾリル基、２−インダゾリル基、４−インダゾリル基、５−インダゾリル基、６−インダゾリル基、７−インダゾリル基、２−プリニル基、６−プリニル基、７−プリニル基、８−プリニル基、２−キノリル基、３−キノリル基、４−キノリル基、５−キノリル基、６−キノリル基、７−キノリル基、８−キノリル基、１−イソキノリル基、３−イソキノリル基、４−イソキノリル基、５−イソキノリル基、６−イソキノリル基、７−イソキノリル基、８−イソキノリル基、１−フタラジニル基、５−フタラジニル基、６−フタラジニル基、２，７−ナフチリジン−１−イル基、２，７−ナフチリジン−３−イル基、２，７−ナフチリジン−４−イル基、２，６−ナフチリジン−１−イル基、２，６−ナフチリジン−３−イル基、２，６−ナフチリジン−４−イル基、１，８−ナフチリジン−２−イル基、１，８−ナフチリジン−３−イル基、１，８−ナフチリジン−４−イル基、１，７−ナフチリジン−２−イル基、１，７−ナフチリジン−３−イル基、１，７−ナフチリジン−４−イル基、１，７−ナフチリジン−５−イル基、１，７−ナフチリジン−６−イル基、１，７−ナフチリジン−８−イル基、１，６−ナフチリジン−２−イル基、１，６−ナフチリジン−３−イル基、１，６−ナフチリジン−４−イル基、１，６−ナフチリジン−５−イル基、１，６−ナフチリジン−７−イニル基、１，６−ナフチリジン−８−イル基、１，５−ナフチリジン−２−イル基、１，５−ナフチリジン−３−イル基、１，５−ナフチリジン−４−イル基、２−キノキサリニル基、５−キノキサリニル基、６−キノキサリニル基、２−キナゾリニル基、４−キナゾリニル基、５−キナゾリニル基、６−キナゾリニル基、７−キナゾリニル基、８−キナゾリニル基、３−シンノリニル基、４−シンノリニル基、５−シンノリニル基、６−シンノリニル基、７−シンノリニル基、８−シンノリニル基、２−プテリジニル基、４−プテリジニル基、６−プテリジニル基及び７−プテリジニル基等が挙げられる。
「Ｃ１−６アルキルカルボニルオキシ基」、「Ｃ１−６ハロアルキルカルボニルオキシ基」及び「Ｃ６−１０アリールカルボニルオキシ基」は、それぞれ前記「Ｃ１−６アルキル基」、「Ｃ１−６ハロアルキル基」及び「Ｃ６−１０アリール基」が、カルボニルオキシ基に結合した基を意味する。
「Ｃ１−６アルキルスルホニルオキシ基」、「Ｃ１−６ハロアルキルスルホニルオキシ基」及び「Ｃ６−１０アリールスルホニルオキシ基」は、それぞれ前記「Ｃ１−６アルキル基」、「Ｃ１−６ハロアルキル基」及び「Ｃ６−１０アリール基」が、スルホニルオキシ基に結合した基を意味する。
「アラルキル基」とは、前記「Ｃ１−６アルキル基」の任意の位置の水素原子が、前記「Ｃ６−１０アリール基」によって置き換えられた１価の基を意味する。
「ヘテロアラルキル基」とは、前記「Ｃ１−６アルキル基」の任意の位置の水素原子が、前記「５−１０員ヘテロアリール基」によって置き換えられた１価の基を意味する。
「Ｃ６−１０アリールメチル基」とは、１つの前記「Ｃ６−１０アリール基」がメチル基に結合した基を意味する。
「ジＣ６−１０アリールメチル基」とは、２つの前記「Ｃ６−１０アリール基」がメチル基に結合した基を意味する。
「Ｃ６−１０アリールスルホニル基」は、前記「Ｃ６−１０アリール基」が、スルホニル基に結合した基を意味する。
「Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基」、「５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基」、「Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基」及び「アラルキルアミノカルボニル基」は、それぞれ前記「Ｃ６−１０アリール基」、「５−１０員ヘテロアリール」及び「Ｃ６−１０アリールスルホニル基」及び「アラルキル基」が、アミノカルボニル（Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｏ）−）基の窒素原子に置換した基を意味する。
また「アミノカルボニル基」は、本明細書において「カルバモイル基」と互換可能に使用され、例えば「モノＣ１−６アルキルカルバモイル基」及び「ジＣ１−６アルキルカルバモイル基」は、それぞれ上記「モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基」及び「ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基」と同義であり、「Ｎ−（Ｃ６−１０アリール）カルバモイル基」、「Ｎ−（５−１０員ヘテロアリール）カルバモイル基」、「Ｎ−（Ｃ６−１０アリールスルホニル）カルバモイル基」及び「Ｎ−アラルキルカルバモイル基」は、それぞれ上記「Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基」、「５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基」、「Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基」及び「アラルキルアミノカルボニル基」と同義である。
「３−１１員含窒素非芳香族ヘテロ環基」とは、少なくとも１個以上の窒素原子を含有する、環を構成する原子数が３乃至１１個である単環系、縮合多環系（該縮合多環系では、非芳香族環が非芳香族環又は芳香族環に縮合していてもよい。）、橋架け環系又はスピロ環系の非芳香族性の複素環から、任意の位置の水素原子を１個取り除いた１価の基を意味し、アゼチジニル基、ピロリジニル基、２−オキソピロリジニル基、ピペリジニル基、３−オキソピペリジニル基、ピペラジニル基、モルホリノ基、チオモルホリノ基、ホモモルホリノ基、ホモピペラジノ基等が挙げられる。
「反応性リン含有基」とは、リン原子を含有する基であり、リン酸ジエステル構造、チオリン酸ジエステル構造、リン酸トリエステル構造、チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル構造又はチオリン酸トリエステル構造が含まれるヌクレオシド間結合を形成するために有用な基を意味し、例えば、ヒドロキシホスフィニル基、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基等が挙げられる。当該分野で公知の反応性リン含有基を本発明に用いることができる。
前記「ヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基」とは、ヒドロキシ基及び前記「ジＣ１−６アルキルアミノ基」が、ホスフィノ基の水素原子に置換した基を意味する。ここで、該ジＣ１−６アルキルアミノ基は、それらが結合する窒素原子と一緒に３−１１員含窒素非芳香族ヘテロ環基を形成していてもよい。
「置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基」とは、前記「ヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基」が有する、リン原子に結合したヒドロキシ基の水素原子が、Ｃ１−６アルキル基等により置き換えられていることを意味する。
ここで、前記Ｃ１−６アルキル基等は、無置換であるか又はハロゲン原子及びシアノ基からなる群から選択される１つ以上の置換基により、置換されている。
「置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基」としては、例えば、シアノエトキシ（ジイソプロピルアミノ）ホスフィノ基等が挙げられる。
「Ｃ１−４０アルキルチオ基」、「Ｃ３−６シクロアルキルチオ基」、「Ｃ６−１０アリールチオ基」、「５−１０員ヘテロアリールチオ基」、「アラルキルチオ基」及び「ヘテロアラルキルチオ基」等は、それぞれ前記「Ｃ１−４０アルキル基」、「Ｃ３−６シクロアルキル基」、「Ｃ６−１０アリール基」、「５−１０員ヘテロアリール基」、「アラルキル基」及び「ヘテロアラルキル基」が、チオ基（−Ｓ−）に結合した基を意味する。
「Ｃ１−６アルキルヒドラジン」とは、１つの前記「Ｃ１−６アルキル基」で置換されたヒドラジンを意味し、メチルヒドラジン、エチルヒドラジン、ｎ−プロピルヒドラジン、イソプロピルヒドラジン、ｎ−ブチルヒドラジン、イソブチルヒドラジン、ｓｅｃ−ブチルヒドラジン、ｔｅｒｔ−ブチルヒドラジン、ｎ−ペンチルヒドラジン、イソペンチルヒドラジン、ネオペンチルヒドラジン、ｎ−ヘキシルヒドラジン及びイソヘキシルヒドラジン等が挙げられる。
「Ｃ３−６シクロアルキルヒドラジン」とは、１つの前記「Ｃ３−６シクロアルキル基」で置換されたヒドラジンを意味し、シクロプロピルヒドラジン、シクロブチルヒドラジン、シクロペンチルヒドラジン及びシクロヘキシルヒドラジン等が挙げられる。
「Ｃ１−６ハロアルキルヒドラジン」、「Ｃ６−１０アリールヒドラジン」、「Ｃ６−１０アリールスルホニルヒドラジン」及び「アラルキルヒドラジン」は、それぞれ１つの前記「Ｃ１−６ハロアルキル基」、「Ｃ６−１０アリール基」、「Ｃ６−１０アリールスルホニル基」及び「アラルキル基」で置換されたヒドラジンを意味する。
「Ｃ１−６カルバゼート」は、１つの前記「Ｃ１−６アルコキシカルボニル基」で置換されたヒドラジンを意味する。
本明細書において、オリゴヌクレオチドの構成単位となる「ヌクレオシド」とは、核酸塩基が糖（例えば、リボース、２’−デオキシリボース、２’位と４’位が架橋したリボース、２’位と３’位が架橋したリボース等）の１’位にＮ−グリコシド化により結合された化合物を意味する。当業者は、オリゴヌクレオチドの構成単位となる「ヌクレオシド」に使用される糖を、認識できる。
ここで、前記リボース及び２’−デオキシリボースは、無置換であるか又は、Ｃ１−６アルキル基、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、アミノ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、基本保護基で置換されたアミノ基からなる群から選択される１つ以上の置換基で置換されている。また、前記Ｃ１−６アルキル基は、無置換であるか、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基及びジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基等から独立して選択される１つ以上の置換基で置換されている。前記Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基及びジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基等は、無置換であるか又は、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ６−１０アリール基、５−１０員ヘテロアリール基又は３−１１員含窒素非芳香族ヘテロ環基より置換されている。また、リボースの２’位ヒドロキシ基は、無置換であるか又は基本保護基で置換されている。前記基本保護基で置換されたアミノ基の基本保護基としては、後述する核酸塩基における「アミノ基の基本保護基」と同様の基が挙げられる。
２’位と４’位が架橋したリボースとは、ヌクレオシドの２’位と４’位とが架橋基を介して架橋されている限り限定されないが、例えば、２’位と４’位とが、Ｃ２−６アルキレン基［該アルキレン基は無置換であるか、又はＣ１−６アルキル基で置換されている。また、該アルキレン基の１若しくは２つのメチレン基は、置き換えられていないか、又は−Ｏ−、−ＮＲ１１−（Ｒ１１は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）、−Ｓ−、−ＣＯ−、−ＣＳ−、−ＣＯＯ−、−ＯＣＯＮＲ１２−（Ｒ１２は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）、−ＣＯＮＲ１３−（Ｒ１３は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）及び−ＣＳＮＲ１４−（Ｒ１４は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）から選ばれる基で置き換えられている］で架橋されたリボースが挙げられる。具体例としては、下記式の化合物が挙げられる。
Figure 2018203574
前記リボース及び２’−デオキシリボースは、好ましくは、無置換であるか又は、Ｃ１−６アルキル基、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、アミノ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、基本保護基で置換されたアミノ基からなる群から選択される１つ以上の置換基で置換されている。ここで、前記Ｃ１−６アルキル基は、無置換であるか、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基及びジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基等から独立して選択される１つ以上の置換基で置換されている。ここで、前記Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基及びジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基等は、無置換であるか又は、Ｃ６−１０アリール基、５−１０員ヘテロアリール基又は３−１１員含窒素非芳香族ヘテロ環基より置換されている。
ヌクレオシドの糖は、好ましくは、リボース又は２’−デオキシリボースである。
中でも好ましくは、リボース、基本保護基で置換されたリボース、又は２’−デオキシリボースであり、より好ましくは、リボース、Ｃ１−６アルキル基若しくはＣ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基で置換されたリボース、又は２’−デオキシリボースである。ここで、前記Ｃ１−６アルキル基及びＣ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基等の基本保護基は、好ましくはリボースの２’位ヒドロキシ基に置換している。さらに好ましくは、リボース、２’−Ｏ−メチルリボース、２’−Ｏ−（メトキシエチル）リボース又は２’−デオキシリボースであり、さらにより好ましくは、リボース、２’−Ｏ−（メトキシエチル）リボース又は２’−デオキシリボースであり、特に好ましくは、２’−Ｏ−（メトキシエチル）リボース又は２’−デオキシリボースである。
本明細書において、「核酸塩基」とは、核酸の合成に使用されるものであれば特に制限されず、例えば、シトシル基、ウラシル基、チミニル基、５−メチルシトシル基等のピリミジン塩基、アデニル基、グアニル基等のプリン塩基を挙げることができる。また、「基本保護基で置換された核酸塩基」とは、例えば、アミノ基を有する核酸塩基であるアデニル基、グアニル基、又はシトシル基において、アミノ基が基本保護基で置換されていること、ヒドロキシ基を有する核酸塩基である場合においてヒドロキシ基が基本保護基で置換されていること、スルファニル基を有する核酸塩基である場合においてスルファニル基が基本保護基で置換されていること、又はカルボニル基を有する核酸塩基において、その環に置換されているアミノ基又はヒドロキシ基と共役してカルボニル基がヒドロキシ基の形になって該ヒドロキシ基が基本保護基で置換されていること等を意味し、３’位又は５’位における一時保護基の脱保護条件に耐え得る保護基により保護されている核酸塩基が好ましい。
前記核酸塩基における「アミノ基の基本保護基」としては、特に限定されず、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（JOHN WILLY & SONS）出版（1999年）等に記載されている保護基を挙げることができる。かかる「アミノ基の基本保護基」の具体例としては、例えば、ピバロイル基、ピバロイロキシメチル基、トリフルオロアセチル基、フェノキシアセチル基、４−イソプロピルフェノキシアセチル基、４−ｔｅｒｔ−ブチルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、ジメチルホルムアミジニル基、ジメチルアセトアミジニル基、９−フルオレニルメチルオキシカルボニル基等を挙げることができる。これらの中でも、ピバロイル基、フェノキシアセチル基、４−イソプロピルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、ジメチルホルムアミジニル基、ジメチルアセトアミジニル基及び９−フルオレニルメチルオキシカルボニル基が好ましく、ベンゾイル基及びイソブチリル基がより好ましい。
また、前記核酸塩基における「アミノ基の基本保護基」の具体例としては、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、アラルキルアミノカルボニル基等のアミノカルボニル型保護基を挙げることができる。
Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基としては、フェニルアミノカルボニル基（ここで、フェニルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又はハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）等が挙げられる。
前記アミノカルボニル型保護基のＣ６−１０アリールは、好ましくは、フェニル、２−ニトロフェニル、２−トリフルオロメチルフェニル、３−トリフルオロメチルフェニル、４−トリフルオロメチルフェニル、２−クロロフェニル、２−フルオロフェニル、２−メチルフェニル、２−シアノフェニル、２−トリフルオロメトキシフェニル、２−クロロ−６−トリフルオロメチルフェニル、２−クロロ−４−トリフルオロメチルフェニル、２，６−ジクロロフェニル、２，６−ジフルオロフェニル、２，６−ジメチルフェニル、ペンタフルオロフェニル、２−メトキシフェニル、２，３−ジメトキシフェニル、２，４−ジメトキシフェニル、２，５−ジメトキシフェニル、２，６−ジメトキシフェニル、３，４，５−トリメトキシフェニル、２，３，４−トリメトキシフェニル、２，４，５−トリメトキシフェニル、２，４，６−トリメトキシフェニルである。
前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基は、好ましくは、２−ピリジルアミノカルボニル基、３−ピリジルアミノカルボニル基、４−ピリジルアミノカルボニル基である。
前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基は、好ましくは、Ｎ−（ｐ−トルエンスルホニル）アミノカルボニル基、ベンゼンスルホニルアミノカルボニル基である。
前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、好ましくは、エチルアミノカルボニル基である。
前記アラルキルアミノカルボニル基は、好ましくは、ベンジルアミノカルボニル基等を挙げることができる。
アデニル基のアミノ基の保護基は、好ましくは、フェニルアミノカルボニル基（該フェニルアミノカルボニル基は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）又は、ピリジルアミノカルボニル基であり、さらに好ましくは、２−ニトロフェニルアミノカルボニル基、２−トリフルオロメチルフェニルアミノカルボニル基、ペンタフルオロフェニルアミノカルボニル基、２−クロロ−６−トリフルオロメチルフェニルアミノカルボニル基、２−クロロ−４−トリフルオロメチルフェニルアミノカルボニル基、３−ピリジルアミノカルボニル基、又は４−ピリジルアミノカルボニル基であり、特に好ましくは、２−クロロ−６−トリフルオロメチルフェニルアミノカルボニル基である。
シトシル基及び５−メチルシトシル基のアミノ基の保護基は、好ましくは、フェニルアミノカルボニル基（該フェニルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は少なくとも１つのＣ１−６アルコキシ基若しくはＣ１−６ハロアルコキシ基で置換されている）又はピリジルアミノカルボニル基であり、より好ましくは、フェニルアミノカルボニル基、２，３−ジメトキシフェニルアミノカルボニル基、２，４−ジメトキシフェニルアミノカルボニル基、２，５−ジメトキシフェニルアミノカルボニル基、３−ピリジルアミノカルボニル基、又は４−ピリジルアミノカルボニル基であり、さらに好ましくは、フェニルアミノカルボニル基、２，３−ジメトキシフェニルアミノカルボニル基、２，４−ジメトキシフェニルアミノカルボニル基又は２，５−ジメトキシフェニルアミノカルボニル基であり、特に好ましくは、フェニルアミノカルボニル基である。
前記核酸塩基における「ヒドロキシ基の基本保護基」としては、特に限定されず、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（JOHN WILLY & SONS）出版（1999年）等に記載されている任意の保護基を挙げることができる。具体的には、Ｃ１−６アルキル基（メチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基等）、Ｃ６−１０アリールメチル基（ベンジル基、ｐ−メトキシベンジル基等）、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基（メトキシメチル基、メトキシエチル基、シアノエトキシメチル基、エトキシエチル基等）、２−テトラヒドロピラニル基、２−シアノエチル基、カルバモイル基（フェニルカルバモイル基、１，１−ジオキソチオモルホリン−４−チオカルバモイル基等）、アシル基（アセチル基、ピバロイル基、イソブチリル基、ベンゾイル基、フェノキシアセチル基、レブリニル基、３−ベンゾイルプロピオニル基等）、シリル基（トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル基等）、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル基（Ｔｏｍ基）、１−（４−クロロフェニル）−４−エトキシピペリジン−４−イル基（Ｃｐｅｐ基）等を挙げることができる。これらの中でも、アセチル基、ベンゾイル基、ベンジル基又はｐ−メトキシベンジル基が好ましい。
前記核酸塩基における「スルファニル基の基本保護基」としては、「ヒドロキシ基の基本保護基」と同様の保護基に加えて、ジスルフィド結合を形成する保護基を挙げることができる。
また、核酸塩基のカルボニル基が共役してヒドロキシ基の形になって保護されているとき、例えば、フェノール、２，５−ジクロロフェノール、３−クロロフェノール、３，５−ジクロロフェノール、２−ホルミルフェノール、２−ナフトール、４−メトキシフェノール、４−クロロフェノール、２−ニトロフェノール、４−ニトロフェノール、４−アセチルアミノフェノール、ペンタフルオロフェノール、４−ピバロイロキシベンジルアルコール、４−ニトロフェネチルアルコール、２−（メチルスルホニル）エタノール、２−（フェニルスルホニル）エタノール、２−シアノエタノール、２−（トリメチルシリル）エタノール、ジメチルカルバミン酸クロリド、ジエチルカルバミン酸クロリド、エチルフェニルカルバミン酸クロリド、１−ピロリジンカルボン酸クロリド、４−モルホリンカルボン酸クロリド、ジフェニルカルバミン酸クロリド等を反応させて、カルボニル基を保護することが出来る。
また、該「核酸塩基」には、上記の基の他に、核酸塩基が任意の置換基（例えば、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、アラルキル基、Ｃ１−６アルコキシ基、アシル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、ヒドロキシ基、アミノ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、カルボキシ基、シアノ基、ニトロ基等）により任意の位置に１から３個置換されている修飾核酸塩基（例えば、８−ブロモアデニル基、８−ブロモグアニル基、５−ブロモシトシル基、５−ヨードシトシル基、５−ブロモウラシル基、５−ヨードウラシル基、５−フルオロウラシル基、５−メチルシトシル基、８−オキソグアニル基、ヒポキサンチニル基等）及びデメチル化された修飾核酸塩基（例えば、チミンの５−デメチル化）等も包含される。また、ジャーナル・オブ・メディシナル・ケミストリ−（２０１６年、５９巻、２１号、９６４５−９６６７頁）、メディシナル・ケミストリー・コミュニケーションズ（２０１４年、５巻、１４５４−１４７１頁）、フューチャー・メディシナル・ケミストリー（２０１１年、３巻、３号、３３９−３６５頁）等に、ヌクレオチドにおける塩基部分の修飾の例が開示されており、これらを用いることができる。
〔伸長反応サイクル〕
本明細書中「伸長反応サイクル」は、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの３’−ヒドロキシ基又は５’−ヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと反応させるか、又は、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの３’−ヒドロキシ基又は５’−ヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換した後に、該３’位又は５’位の反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を、ヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと反応させ、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基又はヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドとの結合体を得る反応サイクルを意味する。
伸長反応サイクルは、例えば、ある実施態様において、擬似固相保護基を少なくとも１つ有し、３’位又は５’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して３’位又は５’位にヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを生成する反応を含む工程と、生成したヒドロキシ基を反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと反応させ、これらが亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合等を介して結合したオリゴヌクレオチドを得る工程と、を含む。
伸長反応サイクルは、ある実施態様においては、擬似固相保護基を少なくとも１つ有し、３’位又は５’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの一時保護基を除去してヒドロキシ基を生成する反応を含む工程と、生成したヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換する工程と、生成した反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を、ヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと反応させ、これらが亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合等を介して結合したオリゴヌクレオチドを得る工程と、を含む。
〔擬似固相保護基〕
本発明に使用される擬似固相保護基とは、該保護基を反応基質が有することにより、反応基質及び反応生成物が低極性溶媒に可溶化し、液相中の反応が可能であると共に、一定以上の極性溶媒の添加により反応生成物又は反応基質が沈殿し、固液分離が可能となる保護基である。擬似固相保護基を有する反応基質を使用することにより、反応性と後処理の簡便性とを両立することができる。
前記伸長反応サイクルにおける擬似固相保護基としては、５’位ヒドロキシ基若しくは３’位ヒドロキシ基の下記一時保護基を除去する条件で安定であることが好ましく、「伸長反応サイクル」において安定であることが好ましい。
擬似固相保護基としては、下記式（ＩＩＩ）で表される基が挙げられる。
Figure 2018203574
式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基であるか、又は
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、
少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１及びＬ３は、それぞれ独立して、単結合、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ２及びＬ４は、それぞれ独立して、単結合、−ＣＯＯ−、−ＣＯＮ（Ｒ２）−（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）、−ＯＣＯ−、−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）、−Ｃ（Ｏ）−又は−Ｏ−であり、
Ｌ５及びＬ６は、それぞれ独立して、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基であり、
ｍは、０又は１である。
本明細書において、「少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上」であるとは、当該式中に存在する１又は複数のＲ１の中で、少なくとも１つのＲ１が、所与の選択肢のいずれかの基であって、かつ炭素数１０以上の炭化水素部分を含む基（例えば、少なくとも１つのＲ１が、Ｃ１０−４０アルキル基、Ｃ１０−４０アルケニル基又はＣ１０−４０アルキニル基であるか、又はＲ１が、式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４であり、かつＬ７が、Ｃ１０−４０アルキレン基、Ｃ１０−４０アルケニレン基又はＣ１０−４０アルキニレン基であるか、及び／又はＲ４が、Ｃ１０−４０アルキル基、Ｃ１０−４０アルケニル基又はＣ１０−４０アルキニル基である）であることを意味する。
式（ＩＩＩ）で表される基の一態様としては、以下が挙げられる。
Figure 2018203574
式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、単結合、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ２は、単結合、−ＣＯＯ−、−ＣＯＮ（Ｒ２）−（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）、−ＯＣＯ−、−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）、−Ｃ（Ｏ）−又は−Ｏ−であり、
Ｌ３は、単結合、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ４は、単結合、−ＣＯＯ−、−ＣＯＮ（Ｒ２）−（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）、−ＯＣＯ−、−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−（式中Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）、−Ｃ（Ｏ）−又は−Ｏ−であり、
Ｌ５は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基であり、
Ｌ６は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基であり、
ｍは、０又は１である。
ここで、Ｌ２が、−ＣＯＯ−又は−Ｏ−であり、Ｌ４が、−ＯＣＯ−又は−Ｏ−であるとき、Ｌ３は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であることが好ましい。また、Ｌ１が、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、Ｌ２が、単結合であるとき、Ｌ３は、単結合であることが好ましい。
擬似固相保護基が、オリゴヌクレオチドの２’位、３’位又は５’位を保護するとき、前記擬似固相保護基が保護する基は、前記２’位、３’位又は５’位のヒドロキシ基である。前記擬似固相保護基が、オリゴヌクレオチドの核酸塩基部を保護するとき、前記擬似固相保護基が保護する基は、前記核酸塩基部のヒドロキシ基又はアミノ基である。
擬似固相保護基としては、レブリニル基を部分構造として含み、該レブリニル基がオリゴヌクレオチドを保護する部位（２’位、３’位、５’位又は核酸塩基部）と結合する、レブリニル型擬似固相保護基も挙げられる。該レブリニル型擬似固相保護基としては、下記式（ＩＩ）で表される基が挙げられる。
Figure 2018203574
式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基であるか、又は式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、
Ｌ１２が、単結合のとき、Ｌ１３は、単結合、又は−Ｃ（Ｏ）−である。
好ましいレブリニル型擬似固相保護基は、前記式（ＩＩ）で表され、
式（ＩＩ）中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基であり、
Ｌ１２は、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基である。
擬似固相保護基としては、トリチル基を部分構造として含み、該トリチル基がオリゴヌクレオチドを保護する部位（２’位、３’位、５’位又は核酸塩基部）と結合する、トリチル型擬似固相保護基も挙げられる。該トリチル型擬似固相保護基としては、下記式（ＶＩ）で表される基が挙げられる。
Figure 2018203574
式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基、又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である。
トリチル型擬似固相保護基は、好ましくは、５’位に結合する。
擬似固相保護基の代表的な例としては、例えば、
３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシスクシニル基、
（３−{３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンジルオキシカルボニル}プロパノイル基）、
３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル基、
４−オキソ−４−（２，４，６−トリス（オクタデシルオキシ）フェニル）ブチリル基、
２−（３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド）エトキシスクシニル基（３−［２−{３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド｝エトキシカルボニル］プロパノイル基）、
２−（Ｎ−メチル−３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド）エトキシスクシニル基（３−［２−{Ｎ−メチル−３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド｝エトキシカルボニル］プロパノイル基）、
（Ｎ−メチル−３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド）アセチル基、
（（３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイル）オキシ）メチル基、
２−（Ｎ−メチル−３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド）エトキシスクシニルオキシメチル基（｛（３−［２−{Ｎ−メチル−３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド｝エトキシカルボニル］プロパノイル）オキシ｝メチル基）、
５−（３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイルオキシ）−４−オキソ−ペンタノイル基、
５−（２，４，６−トリス（オクタデシルオキシ）ベンゾイルオキシ）−４−オキソ−ペンタノイル基、
４−オキソ−６−（３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）フェニル）ヘキサノイル基、
（Ｅ）−４−オキソ−６−（３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）フェニル）−５−ヘキセノイル基、
ジフェニル（３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）フェニル）メチル基、
ジフェニル（３，４−ジ（ドコシルオキシ）フェニル）メチル基、
ジフェニル（３，５−ジ（ドコシルオキシ）フェニル）メチル基、
ビス（４−（ドコシルオキシ）フェニル）フェニルメチル基、
及び、（４−（（１２−（オクタデシルオキシ）ドデシル）オキシ）フェニル）ジフェニルメチル基
などが挙げられる。
擬似固相保護基の具体例としては、特開２０１０−２７５２５４号、国際公開第２０１２／１５７７２３号、国際公開第２０１４−０７７２９２号、オーガニック レターズ（Organic Letters）、２０１６年、１８巻、８００−８０３頁等に開示された基も挙げられる。
〔一時保護基〕
本発明に使用される一時保護基とは、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基若しくは３’位ヒドロキシ基を保護する保護基であって、前記「伸長反応サイクル」において脱保護される保護基であり、かつ前記「擬似固相保護基」が有する機能を有さない保護基である。脱保護された５’位ヒドロキシ基若しくは３’位ヒドロキシ基は、伸長反応サイクルにおいて、別のヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの反応性リン含有基との結合に利用されるか、又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換された後、別のヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基との結合に利用される。一時保護基は、例えば、以下の文献に記載されるような保護基が挙げられる。
Protective Groups in Organic Synthesis, Greene T. W. and Wuts P.G.M., published by Wiley Interscience, 1999及びProtecting Groups, Kocienski P. J., 1994, Georg Thieme Verlag。
〔基本保護基〕
本発明に使用される基本保護基とは、核酸塩基中のアミノ基、カルボニル基、ヒドロキシ基若しくはスルファニル基、又は２’位ヒドロキシ基若しくはアミノ基、３’位ヒドロキシ基若しくは５’位ヒドロキシ基、又はリン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合若しくは亜リン酸ジエステル結合のヒドロキシ基、又はチオリン酸ジエステル結合のスルファニル基を保護する保護基であり、前記「伸長反応サイクル」においては脱保護されず、かつ前記「擬似固相保護基」が有する機能を有さない一般的な保護基である。基本保護基は、例えば、以下の文献に記載される保護基が挙げられる。
Protective Groups in Organic Synthesis, Greene T. W. and Wuts P.G.M., published by Wiley Interscience, 1999及びProtecting Groups, Kocienski P. J., 1994, Georg Thieme Verlag。
擬似固相保護基、一時保護基、又は基本保護基により置換された官能基（ヒドロキシ基、アミノ基、スルファニル基等）とは、官能基が有する水素原子が当該保護基により置き換えられた基を意味する。
擬似固相保護基又は基本保護基により置換された核酸塩基とは、核酸塩基が有する官能基（ヒドロキシ基、アミノ基、スルファニル基等）の水素原子が当該保護基により置き換えられた核酸塩基を意味する。前記核酸塩基が有する官能基には、共役することにより生成する官能基も含まれる。
反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基とは、ヒドロキシ基が有する水素原子が前記「反応性リン含有基」により置き換えられた基を意味する。
「基本保護基で置換されたリン酸ジエステル結合」は、リン酸ジエステル結合がヒドロキシ基を有するとき、当該ヒドロキシ基が基本保護基で置換されていることを意味し、「リン酸トリエステル結合」に包含される。
「基本保護基で置換された亜リン酸ジエステル結合」は、亜リン酸ジエステル結合がヒドロキシ基を有するとき、当該ヒドロキシ基が基本保護基で置換されていることを意味し、「亜リン酸トリエステル結合」に包含される。
「基本保護基で置換されたチオリン酸ジエステル結合」は、チオリン酸ジエステル結合がヒドロキシ基又はスルファニル基を有するとき、当該ヒドロキシ基又はスルファニル基が基本保護基で置換されていることを意味し、それぞれ「チオリン酸トリエステル結合」、「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」に包含される。
本明細書中「４’位炭素原子に架橋する有機基」は、糖の２’位と４’位とを架橋する有機基を意味し、特に限定されないが、例えば、Ｃ２−６アルキレン基［該アルキレン基は無置換であるか、又はＣ１−６アルキル基で置換されている。ここで、該アルキレン基の１若しくは２つのメチレン基は、置き換えられていないか、又は−Ｏ−、−ＮＲ１１−（Ｒ１１は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）、−Ｓ−、−ＣＯ−、−ＣＳ−、−ＣＯＯ−、−ＯＣＯＮＲ１２−（Ｒ１２は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）、−ＣＯＮＲ１３−（Ｒ１３は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）及び−ＣＳＮＲ１４−（Ｒ１４は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）から選ばれる基で置き換えられている］である架橋基を意味する。
〔オリゴヌクレオチドの製造方法〕
次に、本発明にかかるオリゴヌクレオチドの製造方法（以下、「本発明の製造方法」ともいう。）について説明する。具体的には、擬似固相保護基で保護されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（以下、「ｎ個重合オリゴヌクレオチド」ともいう）から、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（以下、「ｐ個重合オリゴヌクレオチド」ともいう）で伸長され、擬似固相保護基で保護されたオリゴヌクレオチド（以下、「ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド」ともいう）を製造する方法について説明する。なお、ｎ個重合オリゴヌクレオチドとは、ｎ個のヌクレオシドがリン含有基を介して結合したオリゴヌクレオチドを意味し、ｎ＝１の場合、ｎ個重合オリゴヌクレオチドはヌクレオシドと解され、ｐ個重合オリゴヌクレオチドについても同様である。
ここで、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の核酸塩基部を有する場合、それぞれの核酸塩基部は同一であっても異なっていてもよく、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の擬似固相保護基を有する場合、それぞれの擬似固相保護基は同一であっても異なっていてもよく、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の基本保護基を有する場合、それぞれの基本保護基は同一であっても異なっていてもよく、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の４’位炭素原子に架橋する有機基を有する場合、それぞれの４’位炭素原子に架橋する有機基は同一であっても異なっていてもよい。
ｐ個重合オリゴヌクレオチドについても同様である。
オリゴヌクレオチドの製造方法は、２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位又は３’位がヒドロキシ基であるか又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、３’位又は５’位がヒドロキシ基であるか又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと結合体を生成させるカップリング工程を含む。
ここで、オリゴヌクレオチドの製造方法は、前記擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが反応性リン含有基を有するかによって、方法Ａ又は方法Ｂに分類される。
方法Ａでは、前記擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの５’位又は３’位が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、前記擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、３’位又は５’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと結合する。
方法Ｂでは、前記擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの５’位又は３’位がヒドロキシ基であり、前記擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、３’位又は５’位が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと結合する。
またオリゴヌクレオチドの製造方法は、前記カップリング工程を含む伸長反応サイクルを少なくとも１つ含む。
オリゴヌクレオチドの製造方法は、Ｈ−ホスホネート法を用いても、ホスホロアミダイト法を用いてもよい。
オリゴヌクレオチドの製造方法の方法Ａは、好ましくは以下の工程ａから工程ｄを伸長反応サイクルに含む。なお、工程ａから工程ｄの順番は、工程ａ、工程ｂ、工程ｃ、工程ｄの順に行うか、工程ａ、工程ｄ、工程ｂ、工程ｃの順に行う。好ましい順は、工程ａ、工程ｂ、工程ｃ、工程ｄの順である。
方法Ｂは、好ましくは以下の工程ａ、工程ｃ及び工程ｄを伸長反応サイクルに含む。その順番は、工程ａ、工程ｃ、工程ｄの順に行うか、工程ａ、工程ｄ、工程ｃの順に行う。好ましい順は、工程ａ、工程ｃ、工程ｄの順である。
（工程ａ）
工程ａは、伸長末端ではないヒドロキシ基、核酸塩基部及び２’位の中の少なくとも１つに擬似固相保護基を有し、かつ伸長末端のヒドロキシ基が一時保護基で保護されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの一時保護基を除去してヒドロキシ基とすることを含む脱一時保護基工程である。
（工程ｂ）
工程ｂは、一時保護基が除去されたヒドロキシ基を反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換することを含む反応性リン化工程である。「反応性リン化」は、「反応性リン含有基化」とも言うことができる。
以下、Ｈ−ホスホネート法の場合の工程ｂを、工程ｂ１とする。工程ｂ１では、前記反応性リン含有基は、ヒドロキシホスフィニル基であり、反応性リン化工程は、Ｈ−ホスホネート化工程という。
以下、ホスホロアミダイト法の場合の工程ｂを、工程ｂ２とする。工程ｂ２では、前記反応性リン含有基は、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であり、反応性リン化工程は、アミダイト化工程という。
（工程ｃ）
工程ｃは、工程ａで一時保護基が除去されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド、又は工程ｂで反応性リン化されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに対して、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを添加して、そのヒドロキシ基を介して亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合により縮合させることを含むカップリング工程である。
方法Ａでは、工程ｃにおいて、工程ｂで反応性リン化されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが用いられ、ヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが添加される。
方法Ｂでは、工程ｃにおいて、工程ａで一時保護基が除去されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが用いられ、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが添加される。
以下、Ｈ−ホスホネート法の場合の工程ｃを、工程ｃ１とする。工程ｃ１では、前記反応性リン含有基は、ヒドロキシホスフィニル基であり、亜リン酸ジエステル結合が形成される。
以下、ホスホロアミダイト法の場合の工程ｃを、工程ｃ２とする。工程ｃ２では、前記反応性リン含有基は、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であり、亜リン酸トリエステル結合が形成される。
（工程ｄ）
工程ｄは、形成された亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合を、変換することを含む、変換工程である。
以下、Ｈ−ホスホネート法の場合の工程ｄを、工程ｄ１とする。工程ｄ１は、前記工程ｃ１で形成された亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合等へと変換することを含む、亜リン酸ジエステル結合の変換工程である。
以下、ホスホロアミダイト法の場合の工程ｄを、工程ｄ２とする。工程ｄ２は、前記工程ｃ２で形成された亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合等へと変換することを含む、亜リン酸トリエステル結合の変換工程である。
ここで、前記アミノリン酸ジエステル結合のアミノ基は、１若しくは２個のＣ１−６アルキル基で置換されている。
前記リン酸トリエステル結合は、リン酸ジエステル結合の１つのヒドロキシ基の水素原子が基本保護基等の置換基によって置き換えられた結合であり、例えば、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ３−６シクロアルキル基、Ｃ６−１０アリール基、５−１０員ヘテロアリール基、アラルキル基又はヘテロアラルキル基等によって置き換えられた結合が挙げられる。
前記亜リン酸トリエステル結合は、亜リン酸ジエステル結合の１つのヒドロキシ基の水素原子が基本保護基等の置換基によって置き換えられた結合であり、例えば、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ３−６シクロアルキル基、Ｃ６−１０アリール基、５−１０員ヘテロアリール基、アラルキル基又はヘテロアラルキル基等によって置き換えられた結合が挙げられる。
チオリン酸トリエステル結合は、チオリン酸ジエステル結合の１つのヒドロキシ基の水素原子が基本保護基等の置換基によって置き換えられた結合であり、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ３−６シクロアルキル基、Ｃ６−１０アリール基、５−１０員ヘテロアリール基、アラルキル基又はヘテロアラルキル基等によって置き換えられた結合である。
チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合は、チオリン酸ジエステル結合の１つのスルファニル基の水素原子が基本保護基等の置換基によって置き換えられた結合であり、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ３−６シクロアルキル基、Ｃ６−１０アリール基、５−１０員ヘテロアリール基、アラルキル基又はヘテロアラルキル基等によって置き換えられた結合である。
ここで、前記リン酸トリエステル結合、前記亜リン酸トリエステル結合、チオリン酸トリエステル結合及びチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合における前記Ｃ１−４０アルキル基は、無置換であるか又は、ハロゲン原子、シアノ基等によって置換されている。前記Ｃ３−６シクロアルキル基、前記Ｃ６−１０アリール基、前記５−１０員ヘテロアリール基、前記アラルキル基及び前記ヘテロアラルキル基は、無置換であるか又は、Ｃ１−６アルキル基、ハロゲン原子、シアノ基等によって置換されている。
Ｈ−ホスホネート法の場合、方法Ａでは、オリゴヌクレオチドの製造方法は、工程ａ、工程ｂ１、工程ｃ１及び工程ｄ１を伸長反応サイクルに含む。順番は、工程ａ、工程ｂ１、工程ｃ１、工程ｄ１の順に行うか、工程ａ、工程ｄ１、工程ｂ１、工程ｃ１の順に行う。好ましい順は、工程ａ、工程ｂ１、工程ｃ１、工程ｄ１の順である。
また、Ｈ−ホスホネート法の方法Ｂでは、オリゴヌクレオチドの製造方法は、工程ａ、工程ｃ１及び工程ｄ１を伸長反応サイクルに含む。このとき、工程ｂ１は伸長反応サイクルに含まれない。順番は、工程ａ、工程ｃ１、工程ｄ１の順に行うか、工程ａ、工程ｄ１、工程ｃ１の順に行う。好ましい順は、工程ａ、工程ｃ１、工程ｄ１の順である。
ホスホロアミダイト法の場合、方法Ａでは、オリゴヌクレオチドの製造方法は、工程ａ、工程ｂ２、工程ｃ２及び工程ｄ２をこの順に伸長反応サイクルに含む。順番は、工程ａ、工程ｂ２、工程ｃ２、工程ｄ２の順に行うか、工程ａ、工程ｄ２、工程ｂ２、工程ｃ２の順に行う。好ましい順は、工程ａ、工程ｂ２、工程ｃ２、工程ｄ２の順である。
また、ホスホロアミダイト法の方法Ｂでは、オリゴヌクレオチドの製造方法は、工程ａ、工程ｃ２及び工程ｄ２を伸長反応サイクルに含む。このとき、工程ｂ２は伸長反応サイクルに含まれない。順番は、工程ａ、工程ｃ２、工程ｄ２の順に行うか、工程ａ、工程ｄ２、工程ｃ２の順に行う。好ましい順は、工程ａ、工程ｃ２、工程ｄ２の順である。
工程ａに用いる擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに含まれるヌクレオシド数ｎは、１以上の任意の整数であれば特に限定されないが、好ましくは、１から１００であり、より好ましくは１から５０であり、更に好ましくは１から３０であり、更により好ましくは１から２０であり、更により好ましくは１から１０であり、特に好ましくは１から５である。
工程ａに用いる擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの擬似固相保護基は、好ましくは、前記一時保護基を除去する条件で安定である。
工程ｃに用いるヒドロキシ基、又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに含まれるヌクレオシド数ｐは、１以上の任意の整数であれば特に限定されないが、好ましくは、１から５０であり、より好ましくは１から３０であり、更に好ましくは１から２０であり、更に好ましくは１から５であり、更により好ましくは１から３であり、特に好ましくは１、つまりヌクレオシドを用いることが特に好ましい。
ある実施態様において、工程ｃに用いるヒドロキシ基、又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（ｐ個重合オリゴヌクレオチド）は、擬似固相保護基を有しても有さなくてもよいが、ｎ＋ｐが１１以上の整数である場合、カップリング反応が良好に進行するという観点から、また、得られたカップリング体が後述する工程ｅで精製し易いという観点から、擬似固相保護基を有さないことが好ましい。また、ｎ＋ｐが１１以上の整数である場合、ｐは１でもよいが、収束的合成の観点から、ｎ及びｐが、それぞれ独立して、２以上の整数であることが好ましく、３以上であることがより好ましく、４以上であることがさらに好ましく、５以上であることがさらにより好ましい。このとき、ｎは、好ましくは６以上であり、より好ましくは８以上であり、さらに好ましくは１０以上である。また、ｎ＋ｐは、好ましくは、１２以上であり、より好ましくは１５以上であり、さらに好ましくは２０以上である。
工程ｄで得られた反応混合物を、そのまま工程ａに使用することもできる。また、工程ｄ終了後に適宜昇温などを行うことで、同時に工程ａを行うこともできる。
オリゴヌクレオチドの製造方法は、更に、下記工程ｅを含むことにより、簡便かつ効果的に過剰原料や副生物を除去してヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを精製することができる。
（工程ｅ）
工程ｅは、工程ａから工程ｄのいずれかで得られた反応混合物と極性溶媒とを混合して、擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する分離工程である。
方法ＡのＨ−ホスホネート法の場合、工程ａ、工程ｂ１、工程ｃ１及び工程ｄ１のいずれかで得られた反応混合物と極性溶媒とを混合する。
方法Ａのホスホロアミダイト法の場合、工程ａ、工程ｂ２、工程ｃ２及び工程ｄ２のいずれかで得られた反応混合物と極性溶媒とを混合する。
方法ＢのＨ−ホスホネート法の場合、工程ａ、工程ｃ１及び工程ｄ１のいずれかで得られた反応混合物と極性溶媒とを混合する。
方法Ｂのホスホロアミダイト法の場合、工程ａ、工程ｃ２及び工程ｄ２のいずれかで得られた反応混合物と極性溶媒とを混合する。
なお、工程ｅは、擬似固相保護基を用いない通常の液相合成法にも、固相合成法にも存在し得ない、擬似固相保護基を用いる液相合成法に特有の工程である。
前記反応混合物と極性溶媒とを混合する際、反応混合物に極性溶媒を添加してもよく、極性溶媒に反応混合物を添加してもよい。好ましくは、極性溶媒に反応混合物を添加する。
伸長反応サイクルに含まれる工程ｅの数は、特に制限されない。工程ｅは、工程ａから工程ｄのいずれの工程の後にも、行うことができる。
方法Ａの場合、工程ｅは、工程ａから工程ｄの各工程の後に、それぞれ独立して、例えば０〜５回含まれ、好ましくは０〜３回含まれ、より好ましくは０〜２回含まれ、さらに好ましくは０又は１回含まれる。ここで、工程ａ〜ｄの後の少なくとも１つに、１回以上の工程ｅが含まれる。
伸長反応サイクルには、１から４回の工程ｅが含まれることが好ましい。工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ａの後、工程ｂの後及び工程ｄの後の少なくとも１つに、それぞれ１回含まれることが、副生物発生を厳格に管理・制御でき、高純度のオリゴヌクレオチドに導けるという観点で好ましい。工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ｂの後に１回含まれるか、工程ｄの後に１回含まれるか、又は工程ｂ及び工程ｄの後にそれぞれ１回含まれることが、より好ましい。
その他の態様として、工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ａの後に１回含まれるか、工程ｂの後に１回含まれるか、又は工程ａ及び工程ｂの後にそれぞれ１回含まれることが、より好ましく、工程ａの後に１回含まれることがさらに好ましく、工程ａ及び工程ｂの後にそれぞれ１回含まれることが、さらにより好ましい。
原料の当量管理と反応を制御することによって副生物の発生量を制御できる状況であれば、工程ａから工程ｄを基本単位として実施し、工程ｅを含有させることが好ましい。
方法Ｂの場合、工程ｅは、工程ａ、工程ｃ、工程ｄの各工程の後に、それぞれ独立して、例えば０〜５回含まれ、好ましくは０〜３回含まれ、より好ましくは０〜２回含まれ、さらに好ましくは０又は１回含まれる。ここで、工程ａ、ｃ、ｄの後の少なくとも１つに、１回以上の工程ｅが含まれる。
伸長反応サイクルには、１から３回の工程ｅが含まれることが好ましい。工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ａの後、工程ｃの後及び工程ｄの後の少なくとも１つに、それぞれ１回含まれることが、副生物発生を厳格に管理・制御でき、高純度のオリゴヌクレオチドに導けるという観点で好ましい。工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ａの後に１回含まれるか、工程ｄの後に１回含まれるか、又は工程ａ及び工程ｄの後にそれぞれ１回含まれることが、より好ましい。工程ｅは、伸長反応サイクル中に、工程ａの後に１回含まれるか、又は工程ａ及び工程ｄの後にそれぞれ１回含まれることが、さらに好ましい。
原料の当量管理と反応を制御することによって副生物の発生量を制御できる状況であれば、工程ａ、工程ｃ、工程ｄを基本単位として繰り返した後、工程ｅを行うことが好ましい。
オリゴヌクレオチドの製造方法は、更に、工程ｆを含んでいてもよい。これにより、所望のオリゴヌクレオチドを単離・製造することができる。
（工程ｆ）
工程ｆは、工程ａから工程ｅで得られたオリゴヌクレオチドの基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基を除去する全脱保護工程である。
オリゴヌクレオチドの製造方法は、前記工程ｆの代わりに、工程ｇを含んでもよい。なお、工程ｇの後に、擬似固相保護基が維持されている場合、工程ｇの後に工程ｆを実施してもよい。これにより、所望のオリゴヌクレオチドを単離、製造することができる。
（工程ｇ）
工程ｇは、工程ａから工程ｅで得られたオリゴヌクレオチドの基本保護基及び／又は一時保護基を維持しながら、選択的に擬似固相保護基を除去する、脱擬似固相保護基工程である。
工程ｇは、工程ｄ又は工程ｅの後に実施されることが好ましい。
オリゴヌクレオチドの製造方法はオリゴヌクレオチドの伸長方向によって、方法Ａは主に方法Ａ（５’）又は方法Ａ（３’）に、方法Ｂは主に方法Ｂ（５’）又は方法Ｂ（３’）に分類される。方法Ａ（５’）及び方法Ｂ（５’）では、５’位のヒドロキシ基を工程ａから工程ｄにより変換し、５’位にヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを伸長する。方法Ａ（３’）及び方法Ｂ（３’）では、３’位のヒドロキシ基を工程ａから工程ｄにより変換し、３’位にヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを伸長する。
方法Ａ（５’）は、
２’位、３’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、３’位に基本保護基又は擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有する第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して５’−ヒドロキシ基を生成することを含む第一工程（工程ａ）と、
生成した５’−ヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換することを含む第二工程（工程ｂ）と、
生成した、反応性リン含有基で置換された５’−ヒドロキシ基と、３’位にヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有する第二ヌクレオシド又は第二オリゴヌクレオチドの３’−ヒドロキシ基とから、亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合を形成して、第一ヌクレオシド又は第一オリゴヌクレオチドと、第二ヌクレオシド又は第二オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第三工程（工程ｃ）と、
結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換すること、あるいは
結合体の亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む第四工程（工程ｄ）と、を含むオリゴヌクレオチドの製造方法である。
方法Ａ（３’）は、
２’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位に基本保護基又は擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有する第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して３’−ヒドロキシ基を生成することを含む第七工程（工程ａ）と、
生成した３’−ヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換することを含む第八工程（工程ｂ）と、
生成した、反応性リン含有基で置換された３’−ヒドロキシ基と、５’位にヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有する第四ヌクレオシド又は第四オリゴヌクレオチドの５’−ヒドロキシ基とから、亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合を形成して、第三ヌクレオシド又は第三オリゴヌクレオチドと、第四ヌクレオシド又は第四オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第九工程（工程ｃ）と、
結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換すること、あるいは
結合体の亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む第十工程（工程ｄ）と、を含むオリゴヌクレオチドの製造方法である。
方法Ｂ（５’）は、
２’位、３’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、３’位に基本保護基又は擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有する第五ヌクレオシド又は第五オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して５’−ヒドロキシ基を生成することを含む第十三工程（工程ａ）と、
生成した５’−ヒドロキシ基と、３’位に反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有し、５’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有する第六ヌクレオシド又は第六オリゴヌクレオチドの反応性リン含有基で置換された３’−ヒドロキシ基とから、亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合を形成して、第五ヌクレオシド又は第五オリゴヌクレオチドと、第六ヌクレオシド又は第六オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第十四工程（工程ｃ）と、
結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換すること、あるいは
結合体の亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む第十五工程（工程ｄ）と、を含むオリゴヌクレオチドの製造方法である。
方法Ｂ（３’）は、
２’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所に擬似固相保護基を有し、５’位に基本保護基又は擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有する第七ヌクレオシド又は第七オリゴヌクレオチドの一時保護基を除去して３’−ヒドロキシ基を生成することを含む第十八工程（工程ａ）と、
生成した３’−ヒドロキシ基と、５’位にに反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基を有し、３’位に一時保護基で置換されたヒドロキシ基を有する第八ヌクレオシド又は第八オリゴヌクレオチドの反応性リン含有基で置換された５’−ヒドロキシ基とから、亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合を形成して、第七ヌクレオシド又は第七オリゴヌクレオチドと、第八ヌクレオシド又は第八オリゴヌクレオチドとの結合体を得る第十九工程（工程ｃ）と、
結合体の亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換すること、あるいは
結合体の亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む第二十工程（工程ｄ）と、を含むオリゴヌクレオチドの製造方法である。
方法Ａ（５’）、方法Ａ（３’）、方法Ｂ（５’）及び方法Ｂ（３’）のいずれにおいても、Ｈ−ホスホネート法の場合、カップリング工程は亜リン酸ジエステル結合を形成し、該亜リン酸ジエステル結合は、工程ｄでリン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換される（工程ｃ１、工程ｄ１）。ホスホロアミダイト法の場合、カップリング工程は亜リン酸トリエステル結合を形成し、該亜リン酸トリエステル結合は、工程ｄでリン酸トリエステル結合、又はチオリン酸トリエステル結合に変換される（工程ｃ２、工程ｄ２）。
以下に、工程ａから工程ｇについて順に詳細に説明する。
（工程ａ）（脱一時保護基工程）
まず、方法Ａ（５’）、方法Ａ（３’）、方法Ｂ（５’）又は方法Ｂ（３’）のそれぞれの場合の工程ａをスキーム１又は２に示す。
方法Ａ（５’）及び方法Ｂ（５’）における工程ａは、低極性溶媒中において、５’位ヒドロキシ基がフッ素試薬、酸又は塩基で除去可能な一時保護基Ｒで保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉａ）（式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、ｎ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）の一時保護基Ｒを、フッ素試薬、酸又は塩基の添加により除去する工程（脱一時保護基工程）である（スキーム１）。
Figure 2018203574
スキーム中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、Ｂａｓｅｚは、それぞれ独立して、核酸塩基、基本保護基で置換された核酸塩基又は擬似固相保護基で置換された核酸塩基を示し、Ｒは、一時保護基を示し、Ｘｚは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、４’位炭素原子に架橋する有機基又は擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基を示し、Ｖは、それぞれ独立して、酸素原子又は硫黄原子を示し、Ｙは、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基、基本保護基で置換されたスルファニル基、水素化ホウ素基、モノＣ１−６アルキルアミノ基又はジＣ１−６アルキルアミノ基を示し、Ｚは、基本保護基、一時保護基又は擬似固相保護基を示す。ここで、Ｖが硫黄原子のとき、該硫黄原子が結合するリン原子に結合するＹは、基本保護基で置換されたヒドロキシ基を示す。ここで、ＢａｓｅＺ、ＸＺ及びＺの中の少なくとも１つに擬似固相保護基が含まれる。
ここで、スキーム１中化合物（ｉａ）又は（ｉｉａ）が、２以上の核酸塩基部を有する場合、それぞれの核酸塩基部は同一であっても異なっていてもよく、（ｉａ）又は（ｉｉａ）が、２以上の擬似固相保護基を有する場合、それぞれの擬似固相保護基は同一であっても異なっていてもよく、（ｉａ）又は（ｉｉａ）が、２以上の基本保護基を有する場合、それぞれの基本保護基は同一であっても異なっていてもよく、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、２以上の４’位炭素原子に架橋する有機基を有する場合、それぞれの４’位炭素原子に架橋する有機基は同一であっても異なっていてもよい。
方法Ａ（３’）及び方法Ｂ（３’）における（工程ａ）は、低極性溶媒中において、３’位ヒドロキシ基がフッ素試薬、酸又は塩基で除去可能な一時保護基Ｒで保護されたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｂ）（式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、ｎ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）の一時保護基Ｒを、フッ素試薬、酸又は塩基の添加により除去する工程（脱一時保護基工程）である（スキーム２）。なお、スキーム中、ｎ、Ｂａｓｅｚ、Ｒ、Ｘｚ、Ｖ、Ｙ及びＺは、スキーム１における定義に同じである。
Figure 2018203574
ＢａｓｅＺにおける、核酸塩基、基本保護基で置換された核酸塩基又は擬似固相保護基で置換された核酸塩基の核酸塩基は、好ましくは、シトシン、ウラシル、チミン、５−メチルシトシン、アデニン及びグアニンから独立して選択される。
擬似固相保護基は、ＢａｓｅＺ及びＺの中の少なくとも１つに含まれることが好ましく、Ｚの中に含まれることがより好ましい。
Ｚは、好ましくは、基本保護基又は擬似固相保護基であり、より好ましくは擬似固相保護基である。
少なくとも１つの擬似固相保護基は、一時保護基を除去する条件で安定である。
ＸＺ又はＺに含まれる好ましい擬似固相保護基は、前述の式（ＩＩＩ）で表される基であり、より好ましくは、前述の式（ＩＩＩ）中、ｍが０である基である。前述の式（ＩＩＩ）中、Ｒ１は、好ましくは、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基、又は式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、より好ましくは、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である。
ＸＺ又はＺに含まれる擬似固相保護基は、更に好ましくは、下記式（ＩＩＩ−２）で表される基である。
Figure 2018203574
式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、Ｒ１は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１は、Ｃ１−６アルキレン基又はＣ２−６アルケニレン基であり、
Ｌ３は、Ｃ１−６アルキレン基又はＣ２−６アルケニレン基であり、
Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基又はＣ２−６アルケニル基である。
その他の態様として、ＸＺ又はＺに含まれる好ましい擬似固相保護基は、前述の式（ＩＩ）で表される、レブリニル型擬似固相保護基である。
その他の態様として、ＸＺ又はＺに含まれる好ましい擬似固相保護基は、前述の式（ＶＩ）で表される、トリチル型擬似固相保護基である。
ＢａｓｅＺに含まれる好ましい擬似固相保護基は、前述の式（ＩＩＩ）で表される基であり、より好ましくは、前述の式（ＩＩＩ）中、ｍが０であり、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３及びＬ４のうち単結合の数が０から３である基である。
擬似固相保護基のさらに好ましい形態及び他の態様は、ＸＺ又はＺに含まれる擬似固相保護基と同様である。
式（ＩＩＩ）又は（ＩＩＩ−２）において、Ｒ１は、好ましくは、Ｃ１０−３０アルキル基又はＣ１０−３０アルケニル基であり、より好ましくはＣ１０−３０アルキル基であり、さらに好ましくはＣ１５−２５アルキル基であり、さらにより好ましくは、Ｃ１５−２２アルキル基であり、特に好ましくは、オクタデシル基である。その他の態様として、特に好ましくは、ドコシル基である。
式（ＩＩＩ）又は（ＩＩＩ−２）において、ｓは、好ましくは、２から４の整数であり、より好ましくは３である。ｓが２から５であるとき、それぞれのＲ１は、同一であっても異なっていてもよい。
式（ＩＩＩ）又は（ＩＩＩ−２）において、Ｌ１は、好ましくはＣ１−６アルキレン基であり、特に好ましくはエチレン基である。
式（ＩＩＩ）又は（ＩＩＩ−２）において、Ｌ３は、好ましくはＣ１−６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基又はエチレン基である。
式（ＩＩＩ）又は（ＩＩＩ−２）において、Ｒ２は、好ましくは水素原子又はＣ１−６アルキル基であり、より好ましくは水素原子又はメチル基であり、特に好ましくはメチル基である。
前述式（ＩＩＩ）において、ｍが１であるとき、Ｌ５及びＬ６は、好ましくは、水素原子又はＣ１−６アルキル基であり、より好ましくは、水素原子である。
前記式（ＩＩ）において、Ｒ１は、好ましくはＣ１０−３０アルキル基又はＣ１０−３０アルケニル基であり、より好ましくはＣ１０−３０アルキル基であり、さらに好ましくはＣ１５−２５アルキル基であり、さらにより好ましくは、Ｃ１５−２２アルキル基であり、特に好ましくは、オクタデシル基である。その他の態様として、特に好ましくは、ドコシル基である。
前記式（ＩＩ）において、ｓは、好ましくは、２から４の整数であり、特に好ましくは、３である。ｓが２から５であるとき、それぞれのＲ１は、同一であっても異なっていてもよい。
前記式（ＩＩ）において、Ｌ１１は、好ましくは、Ｃ１−６アルキレン基又はＣ２−６アルケニレン基であり、より好ましくはＣ１−６アルキレン基であり、特に好ましくはメチレン基である。
前記式（ＩＩ）において、Ｌ１２は、好ましくは−Ｏ−である。
前記式（ＩＩ）において、Ｌ１３は、好ましくは−Ｃ（Ｏ）−である。
その他の態様として、前記式（ＩＩ）において、Ｌ１１は、好ましくは、エチレン基又はエテン−１，２−ジイル基であり、Ｌ１２は、好ましくは単結合であり、Ｌ１３は、好ましくは単結合である。
前記レブリニル型擬似固相保護基は、３’位又は５’位に結合することが好ましく、３’位に結合することがさらに好ましい。
前記式（ＶＩ）において、Ｒ１は、好ましくはＣ１０−３０アルキル基又はＣ１０−３０アルケニル基であり、より好ましくはＣ１０−３０アルキル基であり、さらに好ましくはＣ１５−２５アルキル基であり、特に好ましくは、オクタデシル基又はドコシル基である。
その他の態様として、Ｒ１は、好ましくは、−Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
で表される基であり、中でもＲ４は、好ましくは、Ｃ１０−３０アルキル基又はＣ１０−３０アルケニル基であり、より好ましくはＣ１０−３０アルキル基であり、さらに好ましくはＣ１５−２２アルキル基であり、特に好ましくは、オクタデシル基又はドコシル基であり、Ｌ７は、好ましくは、Ｃ１０−２０アルキレン基であり、特に好ましくは、ドデカン−１、１２−ジイル基である。
前記式（ＶＩ）において、ｓは、好ましくは、１から３の整数である。
前記式（ＶＩ）において、ｔは、好ましくは０である。
前記式（ＶＩ）において、Ａｒ３は、好ましくは、フェニル基である。
オリゴヌクレオチドの伸長末端のヒドロキシ基に用いることができる一時保護基Ｒは、フッ素試薬、酸又は塩基で脱保護可能であり、ヒドロキシ基の保護基として用いられるものであれば、特に限定はされない。フッ素試薬で脱保護可能な一時保護基Ｒとしては、シリル基（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリメチルシリル基等）が挙げられる。酸で脱保護可能な一時保護基Ｒとしては、キサンテニル基（９−（９−フェニル）キサンテニル基、９−フェニルチオキサンテニル基等）、アルコキシメチル基（１−メトキシ−１−メチルエチル基、１，３−ジオキソラン−２−イル基、１，３−ベンゾジオキソール−２−イル基等）、アルキルチオメチル基（１，３−ジチオラン−２−イル基、１，３−ベンゾジチオール−２−イル基）、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基（ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニル基等）、及びトリアリールメチル基（トリチル基、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等）等が挙げられる。塩基で脱保護可能な一時保護基Ｒとしては、レブリニル基、３−ベンゾイルプロピオニル基が挙げられる。好ましくは、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリチル基、９−（９−フェニル）キサンテニル基、９−フェニルチオキサンテニル基、１，１−ビス（４−メトキシフェニル）−１−フェニルメチル基（ジメトキシトリチル基）、１−（４−メトキシフェニル）−１，１−ジフェニルメチル基（モノメトキシトリチル基）である。これらの中でも、脱保護のしやすさ、入手の容易さの観点から、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、モノメトキシトリチル基、ジメトキシトリチル基であることが好ましく、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、ジメトキシトリチル基がより好ましく、ジメトキシトリチル基が特に好ましい。
前記一時保護基は、Ｘｚ又はＺにおける擬似固相保護基及び後述の基本保護基に応じて選択される。
例えば、Ｘｚ又はＺにおける擬似固相保護基がレブリニル型擬似固相保護基である場合、一時保護基は、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリエチルシリル基等のシリル基、又はトリチル基、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等のトリアリールメチル基が好ましい。
Ｘｚ又はＺにおける擬似固相保護基がトリチル型擬似固相保護基である場合、一時保護基は、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリエチルシリル基等のシリル基、又はレブリニル基又は３−ベンゾイルプロピオニル基等が好ましい。
Ｘｚにおける「基本保護基で置換されたヒドロキシ基」の基本保護基としては、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（JOHN WILLY & SONS）出版（1999年）等に記載されている保護基を挙げることができる。具体的には、Ｃ１−６アルキル基（メチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基等）；Ｃ６−１０アリールメチル基（ベンジル基、ｐ−メトキシベンジル基等）；ジＣ６−１０アリールメチル基（ジフェニルメチル基等）；Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基（メトキシメチル基、メトキシエチル基、エトキシエチル基、シアノエトキシメチル基等）；２−テトラヒドロピラニル基；シアノエチル基；カルバモイル基（フェニルカルバモイル基、１，１−ジオキソチオモルホリン−４−チオカルバモイル基等）；アシル基（アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、レブリニル基、３−ベンゾイルプロピオニル基等）；シリル基（トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル基等）；［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（Ｔｏｍ）基；１−（４−クロロフェニル）−４−エトキシピペリジン−４−イル（Ｃｐｅｐ）基；カルバモイル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基等で置換されたＣ１−６アルキル基（Ｎ−メチルカルバモイルエチル基等）等を挙げることができる。これらの中でも、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル基、メチル基又はメトキシエチル基であることが好ましく、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、又はｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル基であることがより好ましく、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基であることがさらに好ましい。その他の態様として、レブリニル基又は３−ベンゾイルプロピオニル基が好ましく、レブリニル基がより好ましい。
Ｘｚは、好ましくは水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で保護されたヒドロキシ基又は４’位炭素原子に架橋する有機基であり、より好ましくは、水素原子、ヒドロキシ基、又はＣ１−６アルキル基、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基若しくはｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル基で置換されたヒドロキシ基であり、さらに好ましくは水素原子又は、Ｃ１−６アルキル基若しくはｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基で置換されたヒドロキシ基である。ここで、前記Ｃ１−６アルキル基は、無置換であるか、又はＣ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基からなる群から選ばれる基で置換されている。Ｘｚは、さらにより好ましくは、水素原子、ヒドロキシ基、メチル基又はメトキシエチル基であり、特に好ましくは、水素原子又はメトキシエチル基である。
その他の態様として、Ｘｚはより好ましくは、Ｃ２−６アルキレン基（該アルキレン基は無置換であるか、又はメチル基で置換されている。ここで、該アルキレン基の１若しくは２つのメチレン基は、置き換えられていないか、又は−Ｏ−、−ＮＲ１１−（Ｒ１１は水素原子又はメチル基を示す）、−ＣＯ−、−ＣＳ−、−ＣＯＯ−、−ＯＣＯＮＲ１２−（Ｒ１２は水素原子又はメチル基を示す）、−ＣＯＮＲ１３−（Ｒ１３は水素原子又はメチル基を示す）及び−ＣＳＮＲ１４−（Ｒ１４は水素原子又はメチル基を示す）から選ばれる基で置き換えられている）で表される４’位炭素原子に架橋する有機基である。Ｘｚはより好ましくは、エチレン基（該エチレン基の１若しくは２つのメチレン基は、置き換えられていないか、又は−Ｏ−、−ＣＯＮＲ１３−（Ｒ１３は水素原子又はメチル基を示す）及び−ＣＳＮＲ１４−（Ｒ１４は水素原子又はメチル基を示す）から選ばれる基で置き換えられている）で表される４’位炭素原子に架橋する有機基である。
Ｚにおける基本保護基としては、Ｘｚにおける「基本保護基で置換されたヒドロキシ基」の基本保護基として挙げられたものが挙げられる。
中でもｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル基、レブリニル基又は３−ベンゾイルプロピオニル基が好ましく、レブリニル基又は３−ベンゾイルプロピオニル基がより好ましく、レブリニル基が更に好ましい。
Ｘｚ又はＺにおける基本保護基には、一時保護基及び擬似固相保護基を脱保護する条件で脱保護されない保護基を用いることができる。例えば、酸で脱保護される一時保護基又は擬似固相保護基を用いる場合、前記一時保護基に挙げられたものの内、酸では脱保護されず塩基又はフッ素試薬で脱保護される保護基を、基本保護基として用いることができる。逆に、塩基で脱保護される一時保護基又は擬似固相保護基を用いる場合、前記一時保護基に挙げられたものの内、塩基では脱保護されず酸又はフッ素試薬で脱保護される保護基を、基本保護基として用いることができる。また、フッ素試薬で脱保護される一時保護基を用いる場合、前記一時保護基に挙げられたものの内、フッ素試薬では脱保護されず酸又は塩基で脱保護される保護基を、基本保護基として用いることができる。
例えば、Ｘｚ又はＺにおける基本保護基がレブリニル基又は３−ベンゾイルプロピオニル基等である場合、一時保護基は、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリエチルシリル基等のシリル基、又はトリチル基、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等のトリアリールメチル基であることが好ましい。
一時保護基がレブリニル基又は３−ベンゾイルプロピオニル基等である場合、Ｘｚ又はＺにおける基本保護基は、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、トリエチルシリル基等のシリル基、又はトリチル基、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等のトリアリールメチル基であることが好ましい。特に方法Ｂの場合に、レブリニル基又は３−ベンゾイルプロピオニル基等が一時保護基として用いられる。
ｎは、工程ａに用いる擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに含まれるヌクレオシド数ｎであり、その好ましい態様は、前述の通りである。
Ｖは、好ましくは酸素原子である。
Ｙは、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基、基本保護基で置換されたスルファニル基、水素化ホウ素基、モノＣ１−６アルキルアミノ基又はジＣ１−６アルキルアミノ基を示す。基本保護基で置換されたヒドロキシ基は、前述の工程ｄで変換される「リン酸トリエステル結合」においてヒドロキシ基の水素原子を置き換える置換基と同様の基が挙げられる。基本保護基で置換されたスルファニル基は、前述の工程ｄで変換される「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」においてスルファニル基の水素原子を置き換える基と同様の基が挙げられる。
Ｙを含めたリン含有基は、例えば以下の構造（又は、以下の構造に塩を付した構造）を有する。
Figure 2018203574
Ｖが酸素原子であるとき、該酸素原子が結合するリン原子に結合するＹは、それぞれ独立して、好ましくは、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基又は基本保護基で置換されたスルファニル基であり、より好ましくは、水素原子、ヒドロキシ基又は基本保護基で置換されたヒドロキシ基であり、さらに好ましくは、水素原子、ヒドロキシ基又は２−シアノエトキシ基であり、さらにより好ましくは、ヒドロキシ基又は２−シアノエトキシ基であり、特に好ましくは２−シアノエトキシ基である。その他の態様として、さらに好ましくは、水素原子又は２−シアノエチルチオ基である。
Ｖが硫黄原子であるとき、該硫黄原子が結合するリン原子に結合するＹは、それぞれ独立して、基本保護基で置換されたヒドロキシ基であり、より好ましくは、２−シアノエトキシ基である。
工程ａは、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われる。当該溶媒における溶解度が高い程、優れた反応性が期待できるため、目的とする化合物の溶解度の高い低極性溶媒を選択することが好ましい。具体的には、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２−ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒が挙げられる。これらの溶媒は２種以上を任意の割合で混合して用いてもよい。また、上記低極性溶媒に、ピリジンなどの含窒素芳香族系溶媒、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド系溶媒等の極性溶媒を、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが溶解し得る限り、任意の割合で混合して用いてもよい。中でも、工程ａに用いる溶媒は、ジクロロメタン、クロロホルム、１，２−ジクロロエタン、ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピル、テトラヒドロフラン、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、又は、これらの組合せが好ましく、ジクロロメタン又はテトラヒドロフランがより好ましく、テトラヒドロフランが特に好ましい。
工程ａにおけるｎ個重合オリゴヌクレオチドの溶媒中の濃度は、溶解していれば特に限定されないが、好ましくは１から３０重量％である。
工程ａに使用されるフッ素試薬、酸又は塩基としては、一時保護基の良好な脱保護が達成できれば特に限定されない。当業者は、一時保護基の種類に応じて、適切なフッ素試薬、酸又は塩基を選択できる。
フッ素試薬としては、フッ化水素のピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオリド、フッ化水素のトリエチルアミン塩、フッ化水素酸、フッ化アンモニウム、フッ化アンモニウムのフッ化水素付加体、フッ化カリウム又はフッ化カリウムのフッ化水素付加体が好ましく、中でも、フッ化水素のピリジン塩又はテトラブチルアンモニウムフルオリドがより好ましく、テトラブチルアンモニウムフルオリドが特に好ましい。
酸としては、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、塩酸、酢酸、硝酸アンモニウムセリウム、ホスホン酸又はリン酸が好ましく、中でも、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、塩酸、酢酸又は硝酸アンモニウムセリウムがより好ましく、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸又は酢酸がさらに好ましく、酢酸が特に好ましい。その他の態様として、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸又はホスホン酸が特に好ましい。また、塩化水素（水溶液、１，４−ジオキサン溶液等）も好ましく、塩化水素−１，４−ジオキサン溶液が特に好ましい。
塩基としては、ヒドラジン誘導体（ヒドラジン一水和物、ヒドラジン酢酸塩、硫酸ヒドラジニウム、メチルヒドラジン、イソプロピルヒドラジン塩酸塩、ｔｅｒｔ−ブチルヒドラジン、アセトヒドラジド、メチルカルバゼート、フェニルヒドラジン、ｐ−トルエンスルホニルヒドラジン、シクロペンチルヒドラジン塩酸塩、シクロヘキシルヒドラジン塩酸塩、ベンジルヒドラジン塩酸塩、２，２，２−トリフルオロエチルヒドラジン（７０％水溶液）及び２−シアノエチルヒドラジン等）、ジアミン誘導体（エチレンジアミン等）、ヒドロキシルアミン誘導体（ヒドロキシルアミン塩酸塩等）、アミノアルコール誘導体（エタノールアミン、Ｎ−メチルエタノールアミン等）、及び無機塩基（炭酸カリウム等）等が挙げられる。前記ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体は、例えば後述の式（Ｖ）中、式（Ｖ−１）又は式（Ｖ−２）で表すことができる。塩基としては、ヒドラジン誘導体が好ましく、ヒドラジン一水和物又はメチルヒドラジンがより好ましい。
これらフッ素試薬、酸及び塩基は、上記低極性溶媒で希釈して使用することができる。 また、フッ素試薬、酸及び塩基以外では、Ｃｈｉｒａｚｙｍｅ Ｌ−２、Ｃｈｉｒａｚｙｍｅ Ｌ−５等の酵素により脱保護することも可能である。
工程ａにおけるフッ素試薬、酸又は塩基の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド１モルに対し、１から１００モル使用することができ、好ましくは１から４０モルであり、より好ましくは１から３０モルであり、さらに好ましくは１から２０モルである。中でも下限は、好ましくは、２モルであり、より好ましくは、３モルであり、さらにより好ましくは、４モルである。
工程ａの反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−３０℃から６０℃が好ましく、−１０℃から５０℃がより好ましく、０℃から４０℃がさらに好ましく、２０℃から４０℃がさらにより好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、フッ素試薬、酸又は塩基の種類、溶媒の種類、反応温度等により異なるが、５分間から５０時間が好ましく、５分間から１２時間がより好ましく、３０分間から６時間がより好ましい。
脱保護剤として使用されるフッ素試薬、酸又は塩基が、後述する工程ｃのカップリング反応中に存在すると、ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ又はｉｖｂ）、（ｖｉｉｉａ又はｖｉｉｉｂ）又は（ｘｉａ又はｘｉｂ）の５’位若しくは３’位ヒドロキシ基の一時保護基Ｒの脱保護を誘発するため、クエンチ処理によって除去されることが必要である。クエンチ処理は、脱保護剤がフッ素試薬又は酸である場合、ケイ素試薬又は有機塩基により行い、脱保護剤が前記塩基である場合、ケトン化合物により行う。
クエンチ処理に使用されるケイ素試薬としては、前記フッ素試薬をクエンチすることができるものであれば特に限定されないが、ヘキサメチルジシロキサン［ＴＭＳ２Ｏ］、トリメチルシリルクロリド［ＴＭＳＣｌ］、ヘキサメチルジシラザン、トリメチルシリルブロミド、トリメチルシリルヨージド、トリメチルシリルトリフルオロメタンスルホネート、トリエチルシリルクロリド、トリイソプロピルシリルクロリド、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルクロリド、ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリルクロリド、フェニルジメチルシリルクロリド、ジフェニルメチルシリルクロリド、トリフェニルシリルクロリドが好ましく、ＴＭＳ２Ｏ、ＴＭＳＣｌがより好ましく、ＴＭＳ２Ｏが特に好ましい。
クエンチ処理に使用される有機塩基としては、前出の酸を中和することができるものであれば特に限定されないが、ピリジン、２，４，６−トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４−トリアゾール、Ｎ−フェニルイミダゾール、２−アミノ−４，６−ジメチルピリミジン、１，１０−フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ−メチルイミダゾール、２−クロロベンズイミダゾール、２−ブロモベンズイミダゾール、２−メチルイミダゾール、２−フェニルベンズイミダゾール、Ｎ−フェニルベンズイミダゾール、５−ニトロベンズイミダゾールが好ましく、ピリジン、２，４，６−トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４−トリアゾール、Ｎ−フェニルイミダゾール、Ｎ−メチルイミダゾール、２−アミノ−４，６−ジメチルピリミジン、１，１０−フェナントロリンがより好ましく、ピリジンが特に好ましい。
クエンチ処理に使用されるケトン化合物としては、前出の塩基を消費することができるものであれば特に限定されないが、アセチルアセトン、アセトン等が挙げられ、好ましくは、アセチルアセトンである。
工程ａにおけるクエンチ処理に使用されるケイ素試薬、有機塩基又はケトン化合物の使用量は、フッ素試薬、酸又は塩基１モルに対し、例えば０．０１から１００モルであり、好ましくは０．１から５０モルであり、より好ましくは１から２０モルであり、さらに好ましくは１から３モルである。
工程ａ、それに続く方法Ａの工程ｂ（工程ｂ１又は工程ｂ２）又は方法Ｂの工程ｃ（工程ｃ１又は工程ｃ２）を液相で連続化して行うためには、工程ａにおける一時保護基Ｒの脱保護反応中、又は脱保護反応後に、カチオン捕捉剤を添加することが好ましい。前記工程ａと工程ｂ、又は工程ａと工程ｃを連続化しない場合には、カチオン捕捉剤を添加してもよく、しなくてもよいが、添加しないことが好ましい。
カチオン捕捉剤としては、除去された保護基Ｒによる再保護（原料戻り）や脱保護された官能基への副反応が進行しなければ、特に限定されないが、ピロール、２−メチルピロール、３−メチルピロール、２，３−ジメチルピロール、２，４−ジメチルピロール等のピロール誘導体；インドール、４−メチルインドール、５−メチルインドール、５−メトキシインドール、６−メチルインドール、７−メチルインドール、５，６−ジメチルインドール、６，７−ジメチルインドール等のインドール誘導体を使用することができる。良好なカチオン捕捉効果が得られるという観点で、ピロール、３−メチルピロール、２，４−ジメチルピロール、インドール、４−メチルインドール、５−メチルインドール、６−メチルインドール、７−メチルインドール、５，６−ジメチルインドール又は６，７−ジメチルインドールが好ましく、ピロール、３−メチルピロール又はインドールがより好ましく、ピロール又はインドールが更に好ましく、インド―ルが特に好ましい。
前記カチオン捕捉剤の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉａ又はｉｂ）１モルに対し、例えば１から５０モルであり、好ましくは１から１５モルであり、より好ましくは、１から５モルである。
方法Ａでは、工程ａの後に、工程ｂ又は工程ｄが実施される。工程ｂ又は工程ｄの前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去によって、工程ｂ又は工程ｄで用いられる溶媒への置換、工程ｅを行いｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉａ）若しくは３’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉｂ）の単離等を行うことができる。
方法Ｂでは、工程ａの後に、工程ｃ又は工程ｄが実施される。工程ｃ又は工程ｄの前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去によって、工程ｃ又は工程ｄで用いられる溶媒への置換、工程ｅを行いｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉａ）若しくは３’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉｂ）の単離等を行うことができる。
（工程ｂ１）（反応性リン化工程）：Ｈ−ホスホネート化工程
まず、方法Ａ（５’）又は方法Ａ（３’）のそれぞれの場合について、Ｈ−ホスホネート法の工程ｂである工程ｂ１をスキーム３又は４に示す。
方法Ａ（５’）における工程ｂ１は、方法Ａ（５’）における前記工程ａ若しくは後述の工程ｄ１で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉａ）の５’位ヒドロキシ基をＨ−ホスホネート化させる工程（下記スキーム３）である。スキーム３中、各記号は、前記定義と同義である。
Figure 2018203574
方法Ａ（３’）における工程ｂ１は、方法Ａ（３’）における前記工程ａ若しくは後述の工程ｄ１で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉｂ）の３’位ヒドロキシ基をＨ−ホスホネート化させる工程（下記スキーム４）である。スキーム４中、各記号は、前記定義に同義である。
Figure 2018203574
工程ｂ１で用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げられる。中でも、ジクロロメタン、クロロホルム、１，２−ジクロロエタン、ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピル、テトラヒドロフラン、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、又は、これらの組合せが好ましく、ピリジン、ジクロロメタン、又はこれらの組み合わせが更に好ましく、ピリジンが特に好ましい。
工程ｂ１でピリジンなどの含窒素芳香族系溶媒以外の溶媒を用いる場合は、ピリジンなどの求核剤を添加することが好ましい。求核剤としては、良好なＨ−ホスホネート化が達成できれば特に限定されないが、具体的には、ピリジン、２，６−ジーｔｅｒｔ−ブチルピリジン、２−ピコリン、３−ピコリン、４−ピコリン、３，４−ルチジン，２，６−ルチジン、２，４−ルチジン、３，５−ルチジン、２，４，６−コリジン、４−アセチルピリジン、Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノピリジン、２−シアノピリジン、３−シアノピリジン、４−シアノピリジン、２−クロロピリジン、３−クロロピリジン、４−クロロピリジン、２−メトキシピリジン、３−メトキシピリジン、４−メトキシピリジン、ピコリン酸エチル、ニコチン酸エチル、イソニコチン酸エチルなどのピリジン系求核剤；（Ｓ，Ｓ）−２，６−ビス（４−イソプロピル−２−オキサゾリン−２−イル）ピリジン、（Ｒ，Ｒ）−２，６−ビス（４−フェニル−２−オキサゾリン−２−イル）ピリジンなどのＰｙｂｏｘ系求核剤、キノリン、キニン、キニジン、シンコニンなどのキノリン系求核剤、Ｎ−メチルイミダゾール、ピリミジン、２−メチルピラジン、３−メチルピリダジン、１，１０−フェナントロリンなどの含窒素芳香族系求核剤（上記ピリジン系求核剤は除く）；；４−メトキシピリジン−Ｎ−オキシドなどのＮ−オキシド系求核剤；Ｎ，Ｎ−ジメチルアニリンなどのアニリン系求核剤；１，３−ジ−ｔｅｒｔ−ブチルイミダゾール−２−イリデン、１，３−ジメシチルイミダゾール−２−イリデンなどのＮ−ヘテロサイクリックカルベン系求核剤；トリフェニルホスフィン、亜リン酸トリメチルなどのリン系求核剤；トリエチルアミン、１，４−ジアザビシクロ［２．２．２］オクタンなどの脂肪族アミン系求核剤などが挙げられる。中でも、ピリジン、２−ピコリン、４−ピコリン、３，４−ルチジン，２，６−ルチジン、２，４，６−コリジン、Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノピリジン、３−メトキシピリジン、４−メトキシピリジン、（Ｓ，Ｓ）−２，６−ビス（４−イソプロピル−２−オキサゾリン−２−イル）ピリジン、（Ｒ，Ｒ）−２，６−ビス（４−フェニル−２−オキサゾリン−２−イル）ピリジン、キノリン、キニジン、Ｎ−メチルイミダゾール、３−メチルピリダジン及び４−メトキシピリジン−Ｎ−オキシドが好ましく、ピリジン、２−ピコリン、４−ピコリン、３，４−ルチジン，２，６−ルチジン、２，４，６−コリジン、Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノピリジン、３−メトキシピリジン及び４−メトキシピリジンがより好ましく、ピリジンが特に好ましい。
工程ｂ１における求核剤の使用量は、特に制限されないが、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から３００モルであり、好ましくは１から１００モルであり、より好ましくは１から４０モルである。
工程ｂ１に使用されるＨ−ホスホネート化試薬は、良好なＨ−ホスホネート化が達成できれば特に限定されないが、亜リン酸、亜リン酸ジアリール（亜リン酸ジフェニルなど）、アリール−Ｈ−ホスホネートのアンモニウム塩（フェニル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、ｐ−トルイル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩など）、ハロゲン化リン（２−クロロ−４Ｈ−１，３，２−ベンゾジオキサホスホリン−４−オン、三塩化リンなど）などが挙げられる。中でも、亜リン酸、亜リン酸ジフェニル、フェニル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、ｐ−トルイル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、２−クロロ−４Ｈ−１，３，２−ベンゾジオキサホスホリン−４−オン又は三塩化リンが好ましく、亜リン酸又は亜リン酸ジフェニルがより好ましく、亜リン酸がさらにより好ましい。
Ｈ−ホスホネート化試薬として、亜リン酸、アリール−Ｈ−ホスホネートのアンモニウム塩を用いる場合は、縮合剤を添加することが好ましい。この縮合剤としては、Ｈ−ホスホネート法において通常使用される縮合剤を挙げることができ、具体的には、２，２−ジメチルブチリルクロリド、イソブチリルクロリド、ピバロイルクロリド、アセチルクロリド、１−アダマンチルクロリド、クロロリン酸ジフェニル、２，４，６−トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド、２−（ベンゾイルトリアゾール１−イルオキシ）−１，３−ジメチル−２−ピロリジン−１−イル−１，３，２−ジアザホスホリジリニウム ヘキサフルオロホスフェート［ＢＯＭＰ］、ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド［ＢｏｐＣｌ］、ベンゾイルクロリド、無水安息香酸、炭酸ジフェニル、炭酸ジ−ｐ−ニトロフェニルや炭酸ビスペンタフルオロフェニル等の炭酸ジアリール等が挙げられる。中でも、２，２−ジメチルブチリルクロリド、イソブチリルクロリド、１−アダマンチルクロリド、クロロリン酸ジフェニル、２，４，６−トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド、ＢｏｐＣｌが好ましく、２，２−ジメチルブチリルクロリドがより好ましい。
Ｈ−ホスホネート化試薬として、亜リン酸ジアリール、アリール−Ｈ−ホスホネートのアンモニウム塩又はハロゲン化リンを用いる場合は、反応終了後に水とトリエチルアミンなどの３級アミンで処理することにより、Ｈ−ホスホネート基に変換することができる。
工程ｂ１におけるＨ−ホスホネート化試薬の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、１から１００モルが好ましく、１から４０モルがより好ましく、１０から４０モルがさらに好ましい。
工程ｂ１における縮合剤の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、１から１００モル使用が好ましく、１から４０モルがより好ましく、１０から３０モルがさらに好ましい。
工程ｂ１の反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−１０℃から６０℃が好ましく、２０℃から５０℃がより好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、溶媒の種類、求核剤の種類、Ｈ−ホスホネート化試薬の種類、縮合剤の種類、反応温度等により異なるが、５分間から２４時間が好ましく、１０分間から１２時間がより好ましく、３０分間から６時間がより好ましい。
工程ｂ１の後に、工程ｃ１が実施される。工程ｃ１の前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去による工程ｃ１で用いられる溶媒への置換、又は工程ｅによるｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位Ｈ−ホスホネート体（ｉｉｉａ）若しくは３’位Ｈ−ホスホネート体（ｉｉｉｂ）の単離を行うことができる。
（工程ｂ２）（反応性リン化工程）：ホスホロアミダイト化工程
まず、方法Ａ（５’）又は方法Ａ（３’）のそれぞれの場合について、ホスホロアミダイト法の工程ｂ（工程ｂ２）をスキーム５又は６に示す。
方法Ａ（５’）における工程ｂ２は、方法Ａ（５’）における前記工程ａ若しくは後述の工程ｄ２で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉａ）の５’位ヒドロキシ基をホスホロアミダイト化合物と反応させて、ホスホロアミダイト化させる工程（下記スキーム５）である。スキーム５中、Ｐｒは、ジＣ１−６アルキルアミノ基であり、その他の記号は、前記定義と同義である。ここで、ＰｒにおけるジＣ１−６アルキルアミノ基は、その２つのＣ１−６アルキル基が、それらが結合する窒素原子と一緒になって３−１１員含窒素非芳香族ヘテロ環基を形成してもよい。
Figure 2018203574
方法Ａ（３’）における工程ｂ２は、方法Ａ（３’）における前記工程ａ若しくは後述の工程ｄ２で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ基の脱保護体（ｉｉｂ）の３’位ヒドロキシ基をホスホロアミダイト化合物と反応させて、ホスホロアミダイト化させる工程（下記スキーム６）である。スキーム６中、各記号は、前記定義に同義である。
Figure 2018203574
Ｐｒは、好ましくはジイソプロピルアミノ基又はモルホリノ基であり、より好ましくはジイソプロピルアミノ基である。
工程ｂ２で用いられる溶媒は、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われる。当該溶媒における溶解度が高い程、優れた反応性が期待できるため、目的とする化合物の溶解度の高い低極性溶媒を選択することが好ましい。具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げ
られる。中でも、ジクロロメタン、クロロホルム、１，２−ジクロロエタン、ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピル、テトラヒドロフラン、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、又は、これらの組合せが好ましく、ジクロロメタン、クロロホルム、テトラヒドロフランが更に好ましく、ジクロロメタンが特に好ましい。
工程ｂ２に使用されるホスホロアミダイト化合物は、以下の式（ＩＶ）で表される構造で示される。
Figure 2018203574
式中、Ｊは脱離基を示し、その他の記号は前記定義に同じである。
Ｊで示される脱離基としては、ハロゲン原子、ジＣ１−６アルキルアミノ基が挙げられる。Ｊは、好ましくは、ハロゲン原子又はジイソプロピルアミノ基である。
ホスホロアミダイト化合物は、好ましくは、２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルクロロホスホロアミダイト又は２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイトである。
ホスホロアミダイト化合物の脱離基Ｊが、ジＣ１−６アルキル基アミノ基である場合、縮合剤を使用する。縮合剤は、ホスホロアミダイト化が良好に進行すれば特に限定されないが、具体的には、ジイソプロピルアンモニウムテトラゾール、４，５−ジシアノイミダゾール、１Ｈ−テトラゾール、５−（エチルチオ）−１Ｈ−テトラゾール、５−ベンゾイルメルカプト−１Ｈ−テトラゾール、４，５−ジクロロイミダゾール、ヒドロキシベンズトリアゾール、１−ヒドロキシ−６−ニトロベンゾロリアゾール、ピリジン・トリフルオロ酢酸塩、イミダゾリニウム・トリフルオロメタンスルホン酸塩を用いることができる。
ホスホロアミダイト化合物の脱離基Ｊがハロゲン原子である場合、塩基を使用する。塩基は、ホスホロアミダイト化が良好に進行すれば特に限定されないが、具体的には、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、ピリジン、２，４，６−トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、１，２，４−トリアゾール、Ｎ−フェニルイミダゾール、２−アミノ−４，６−ジメチルピリミジン、１，１０−フェナントロリン、イミダゾール、Ｎ−メチルイミダゾール、２−クロロベンズイミダゾール、２−ブロモベンズイミダゾール、２−メチルイミダゾール、２−フェニルベンズイミダゾール、Ｎ−フェニルベンズイミダゾール、５−ニトロベンズイミダゾールを用いることができる。
工程ｂ２におけるｎ個重合オリゴヌクレオチドの溶媒中の濃度は、溶解していれば特に限定されないが、好ましくは１から３０重量％である。
工程ｂ２におけるホスホロアミダイト化合物の使用量は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、１から１００モルが好ましく、１から５０モルがより好ましく、１から１０モルがさらに好ましい。
工程ｂ２に使用される縮合剤は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から１００モルであり、好ましくは１から５０モルであり、より好ましくは１から１０モルである。
工程ｂ２に使用される塩基は、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から１００モルであり、好ましくは１から５０モルであり、より好ましくは１から１０モルである。
工程ｂ２の反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−３０℃から６０℃が好ましく、−２０℃から５０℃がより好ましく、−１０℃から４０℃がさらに好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、溶媒の種類、求核剤の種類、縮合剤の種類、反応温度等により異なるが、１分間から４８時間が好ましく、２分間から３６時間がより好ましく、５分間から２４時間が更に好ましい。
工程ｂ２の後に、工程ｃ２が実施される。工程ｃ２の前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去による工程ｃ２で用いられる溶媒への置換、又は工程ｅによるｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ホスホロアミダイト体（ｖｉｉａ）若しくは３’位ホスホロアミダイト体（ｖｉｉｂ）の単離を行うことができる。
（工程ｃ１）（カップリング工程）：Ｈ−ホスホネート法のカップリング工程
まず、方法Ａ（５’）、方法Ａ（３’）、方法Ｂ（５’）及び方法Ｂ（３’）のそれぞれの場合の（工程ｃ１）をスキーム７又は８に示す。
方法Ａ（５’）における工程ｃ１は、前記方法Ａ（５’）における工程ｂ１で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基のＨ−ホスホネート体（ｉｉｉａ）と、５’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ３’位ヒドロキシ基を持つｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム７）。
Figure 2018203574
式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、他の記号は前記定義と同義であるが、化合物（ｉｖａ）におけるＢａｓｅＺ及びＸＺの中の少なくとも１つには擬似固相保護基が含まれていてもよく、含まれていなくてもよい。２以上の核酸塩基部を有する場合、２以上の擬似固相保護基を有する場合、及び２以上の基本保護基を有する場合も前記定義と同様である。
方法Ａ（３’）における工程ｃ１は、前記方法Ａ（３’）における工程ｂ１で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ基のＨ−ホスホネート体（ｉｉｉｂ）と、３’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ５’位ヒドロキシ基を持つｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖｂ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム８）。スキーム８中、各記号は、前記定義に同義であるが、化合物（ｉｖｂ）におけるＢａｓｅＺ及びＸＺの中の少なくとも１つに擬似固相保護基が含まれていてもよく、含まれていなくてもよい。２以上の核酸塩基部を有する場合、２以上の擬似固相保護基を有する場合、及び２以上基本保護基を有する場合も前記定義と同様である。
Figure 2018203574
方法Ｂ（５’）における工程ｃ１は、前記方法Ｂ（５’）における工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ体（ｉｉａ）と、５’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ３’位ヒドロキシ基がＨ−ホスホネート化されたｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖｉｉｉａ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム９）。
Figure 2018203574
式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、化合物（ｖｉｉｉａ）におけるＢａｓｅは、それぞれ独立して、核酸塩基又は基本保護基で置換された核酸塩基を意味し、Ｘは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基又は４’位炭素原子に架橋する有機基を意味し、他の記号は前記定義と同義である。２以上の核酸塩基部を有する場合、及び２以上の基本保護基を有する場合も前記定義と同様である。Ｘの好適例は、ＸＺと同様であり、Ｂａｓｅにおける、核酸塩基、基本保護基で置換された核酸塩基の好適な核酸塩基は、ＢａｓｅＺと同様である。
方法Ｂ（３’）における工程ｃ１は、前記方法Ｂ（３’）における工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ体（ｉｉｂ）と、３’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ５’位ヒドロキシ基がＨ−ホスホネート化されたｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖｉｉｉｂ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム１０）。スキーム１０中、各記号は、前記定義に同義である。
Figure 2018203574
工程ｃ１で用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げられる。中でも、ピリジン、ジクロロメタン、テトラヒドロフラン、トルエン等が好ましく、ピリジンが特に好ましい。
工程ｃ１でピリジンなどの含窒素芳香族系溶媒以外の溶媒を用いる場合は、ピリジンなどの求核剤を添加することが好ましい。求核剤としては、良好なカップリング反応が達成できれば特に限定されないが、具体的には、前記工程ｂ１と同様の求核剤が挙げられ、ピリジンが特に好ましい。
工程ｃ１に使用される前記求核剤は、工程ｂ１で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドのＨ−ホスホネート体（ｉｉｉａ又はｉｉｉｂ）１モル又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位又は５’位ヒドロキシ体（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１〜１００モル、好ましくは１〜２０モル、さらに好ましくは１〜１０モルである。
工程ｃ１に使用されるｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ又はｉｖｂ）又は（ｖｉｉｉａ又はｖｉｉｉｂ）の使用量は、工程ｂで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドのＨ−ホスホネート体（ｉｉｉａ又はｉｉｉｂ）１モル又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’ 位又は５’ 位ヒドロキシ体（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、好ましくは１から１０モルであり、より好ましくは１から５モルであり、さらに好ましくは１から３モルであり、特に好ましくは１から１．５モルである。
工程ｃ１に使用される縮合剤は、カップリング反応が良好に進行すれば特に限定されないが、具体的には、前記工程ｂ１と同様の縮合剤が挙げられる。中でも、２，２−ジメチルブチリルクロリド、イソブチリルクロリド、１−アダマンチルクロリド、クロロリン酸ジフェニル、２，４，６−トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド、ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド、炭酸ビスペンタフルオロフェニル等が好ましく、２，２−ジメチルブチリルクロリド又は炭酸ビスペンタフルオロフェニルがより好ましく、炭酸ビスペンタフルオロフェニルが特に好ましい。
工程ｃ１に使用される縮合剤は、工程ｂ１で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドのＨ−ホスホネート体（ｉｉｉａ又はｉｉｉｂ）１モル又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’ 位又は５’ 位ヒドロキシ体（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から２００モルであり、好ましくは１から１００モルであり、より好ましくは１から５０モルである。
工程ｃ１の反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−１０℃から６０℃が好ましく、０℃から５０℃がより好ましく、０℃から３０℃がさらに好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、溶媒の種類、求核剤の種類、縮合剤の種類、反応温度等により異なるが、１分間から１２時間が好ましく、２分間から６時間がより好ましく、５分間から３時間が更に好ましい。
工程ｃ１の反応の後に、スキーム７又は８中、式（ｉｖａ又はｉｖｂ）で表される化合物又はその塩、あるいはスキーム３、４、９又は１０中、式（ｉｉａ又はｉｉｂ）で表される化合物又はその塩が残存している場合には、必要に応じて、得られた溶液をキャッピング反応に付してもよい。キャッピング反応は、無水酢酸、無水安息香酸などの酸無水物を用いて、又は前述の縮合剤に加えて、メチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、エチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、イソプロピル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩及び２−シアノエチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩などのアルキル−Ｈ−ホスホネートのアンモニウム塩を用いて、通常の方法により実施することができる。
なお、キャッピング反応とは、カップリング反応、酸化反応後に残存したヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基を、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを伸長できない置換基に変換する反応である。
キャッピング反応は、後述する工程ｄ１の後に実施してもよい。キャッピング反応は、工程ｃ１又は工程ｄ１の後に実施することが好ましい。
工程ｃ１の後には、工程ｄ１又は工程ａが実施される。工程ｄ１又は工程ａの前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去によって、工程ｄ１又は工程ａで用いられる溶媒への置換、工程ｅを行いｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）又は（ｉｘａ又はｉｘｂ）の単離等を行うことができる。また、工程ｃ１の反応溶液をそのまま、次の工程ｄ１又は工程ａに用いることもできる。
（工程ｃ２）（カップリング工程）：ホスホロアミダイト法のカップリング工程
まず、方法Ａ（５’）、方法Ａ（３’）、方法Ｂ（５’）及び方法Ｂ（３’）のそれぞれの場合の（工程ｃ２）をスキーム１１又は１２に示す。
方法Ａ（５’）における工程ｃ２は、前記方法Ａ（５’）における工程ｂ２で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ基のホスホロアミダイト体（ｖｉｉａ）と、５’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ３’位ヒドロキシ基を持つｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム１１）。
Figure 2018203574
方法Ａ（３’）における工程ｃ２は、前記方法Ａ（３’）における工程ｂ２で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ基のホスホロアミダイト体（ｖｉｉｂ）と、３’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ５’位ヒドロキシ基を持つｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖｂ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム１２）。スキーム１１、１２中、各記号は、前記定義に同義である。
Figure 2018203574
方法Ｂ（５’）における工程ｃ２は、前記方法Ｂ（５’）における工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位ヒドロキシ体（ｉｉａ）と、５’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ３’位ヒドロキシ基がホスホロアミダイト化されたｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘｉａ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム１３）。スキーム１３中、各記号は、前記定義に同義である。
Figure 2018203574
方法Ｂ（３’）における工程ｃ２は、前記方法Ｂ（３’）における工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位ヒドロキシ体（ｉｉｂ）と、３’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより保護され、かつ５’位ヒドロキシ基がホスホロアミダイト化されたｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘｉｂ）（式中、ｐは、１以上の任意の整数を示し、ｐ＝１の場合は、ヌクレオシドを示す。）と、を縮合させる工程である（スキーム１４）。スキーム１４中、各記号は、前記定義に同義である。
Figure 2018203574
工程ｃ２で用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の低極性溶媒が挙げられる。中でも、ジクロロメタン、トルエン等が好ましく、ジクロロメタンが特に好ましい。
また、上記低極性溶媒に、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒；アセトン、２−ブタノン等のケトン系溶媒；Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド系溶媒；１，４−ジオキサン、テトラヒドロフラン等の極性エーテル系溶媒；ジメチルスルホキシド等のスルホキシド系溶媒を、５’位又は３’位ヒドロキシ基のホスホロアミダイト体（ｖｉｉａ又はｖｉｉｂ）、５’位又は３’位ヒドロキシ体（ｉｉａ又はｉｉｂ）が溶解し得る限り、適宜の割合で混合して用いてもよい。この場合、極性溶媒としては、アミド系溶媒、ニトリル系溶媒、及びこれらの組合せが好ましく、アセトニトリル、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ−メチルピペリドン、及びこれらの組合せがより好ましく、アセトニトリルが特に好ましい。
極性溶媒は、３’位又は５’位ヒドロキシ基がホスホロアミダイト化され、かつ５’位又は３’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより置換されたｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘｉａ又はｘｉｂ）、又は３’位又は５’位がヒドロキシ基であり、かつ５’位又は３’位ヒドロキシ基が一時保護基Ｒにより置換されたｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ又はｉｖｂ）及び縮合剤等の溶液として添加してもよい。
工程ｃ２に使用されるｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ又はｉｖｂ）、又は（ｘｉａ又はｘｉｂ）の使用量は、工程ｂ２で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドのホスホロアミダイト体（ｖｉｉａ又はｖｉｉｂ）１モル、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの脱保護体（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、好ましくは１から１０モルであり、より好ましくは１から５モルであり、さらに好ましくは１から３モルであり、さらにより好ましくは１から１．６モルである。
工程ｃ２に使用される縮合剤は、カップリング反応が良好に進行すれば特に限定されないが、ホスホロアミダイト法において通常使用される縮合剤を挙げることができ、具体的には、１Ｈ−テトラゾール、ジイソプロピルアンモニウムテトラゾール、５−（エチルチオ）−１Ｈ−テトラゾール、５−ベンジルメルカプト−１Ｈ−テトラゾール、４，５−ジシアノイミダゾール、４，５−ジクロロイミダゾール、ヒドロキシベンゾトリアゾール、１−ヒドロキシ−６−ニトロベンゾトリアゾール、ピリジン・トリフルオロ酢酸塩及びイミダゾリニウム・トリフルオロメタンスルホン酸塩等が挙げられる。中でも、５−ベンジルメルカプト−１Ｈ−テトラゾール又は１Ｈ−テトラゾールが好ましく、５−ベンジルメルカプト−１Ｈ−テトラゾールがより好ましい。
工程ｃ２に使用される縮合剤は、工程ｂ２で得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドのホスホロアミダイト体（ｖｉｉａ又はｖｉｉｂ）１モル、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの脱保護体（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から２００モルであり、好ましくは１から１００モルであり、より好ましくは１から５０モルであり、さらにより好ましくは２から１０モルである。
工程ｃ２の反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−１０℃から６０℃が好ましく、０℃から５０℃がより好ましく、０℃から３０℃がさらに好ましく、１０℃から２０℃がさらにより好ましく、２０℃から３０℃が特に好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、溶媒の種類、求核剤の種類、縮合剤の種類、反応温度等により異なるが、１分間から４８時間が好ましく、２分間から３６時間がより好ましく、５分間から２４時間が更に好ましい。
工程ｃ２の反応の後に、スキーム１１又は１２中、式（ｉｖａ又はｉｖｂ）で表される化合物又はその塩、あるいはスキーム５、６、１３又は１４中、式（ｉｉａ又はｉｉｂ）で表される化合物又はその塩が残存している場合には、必要に応じて、得られた溶液をキャッピング反応に付してもよい。キャッピング反応は、無水酢酸、無水安息香酸などの酸無水物を用いて、又は前述の縮合剤に加えて、メチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、エチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、イソプロピル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩及び２−シアノエチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩などのアルキル−Ｈ−ホスホネートのアンモニウム塩を用いて、通常の方法により実施することができる。
工程ｃ２の後には、工程ｄ２又は工程ａが実施される。工程ｄ２又は工程ａの前に、必要に応じて分液処理、溶媒留去によって、工程ｄ２又は工程ａで用いられる溶媒への置換、工程ｅを行い、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘａ又はｘｂ）又は（ｘｉｉａ又はｘｉｉｂ）の単離等を行うことができる。また、工程ｃ２の反応溶液をそのまま、次の工程ｄ２又は工程ａに用いることもできる。
（工程ｄ１）（変換工程）：Ｈ−ホスホネート法の変換工程
工程ｄ１は、工程ｃ１で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）若しくは（ｉｘａ又はｉｘｂ）、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドにリン原子を修飾する試薬を反応させることにより、該ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）若しくは（ｉｘａ又はｉｘｂ）又は、工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの亜リン酸ジエステル結合をリン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合へと変換する工程である。
方法Ａ（５’）における工程ｄ１は下記スキーム１５（スキーム１５中、各記号は、前記定義と同義であるが、工程ａ後の場合、Ｒは水素原子である）で表される。
Figure 2018203574
方法Ａ（３’）における工程ｄ１は下記スキーム１６（スキーム１６中、各記号は、前記定義と同義であるが、工程ａ後の場合、Ｒは水素原子である）で表される。
Figure 2018203574
方法Ｂ（５’）又は方法Ｂ（３’）における工程ｄ１は、スキーム９又は１０で生成した縮合体（ｉｘａ又はｉｘｂ）を出発物質として用い、スキーム１５又は１６と同様に亜リン酸ジエステル結合が変換される。（工程ａ後の場合、（ｉｘａ又はｉｘｂ）で表される化合物のＲは水素原子である。）
工程ｄ１は、工程ｃ１で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）又は（ｉｘａ又はｉｘｂ）又は、工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）を単離することなく、工程ｃ１又は工程ａ後の反応混合物に、リン原子を修飾する試薬を直接添加するだけで行うことができる。リン原子を修飾する試薬としては、酸化剤、硫化剤、アミダイト化剤又はホウ素化剤が使用される。酸化剤又は硫化剤を使用して、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合、又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合へ変換することが好ましく、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合へ変換することがより好ましく、チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合へ変換することがさらに好ましい。工程ｄ１は、工程ｃ１で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ又はｖｂ）又は（ｉｘａ又はｉｘｂ）又は、工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）を単離して行ってもよい。
工程ｄ１で用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げられ、使用する酸化剤、硫化剤、アミダイト化剤又はホウ素化剤によって適宜選択される。
工程ｄ１に使用される「酸化剤」は、他の部位を酸化することなく、亜リン酸ジエステル結合をリン酸ジエステル結合に酸化する能力があれば、特に限定されないが、ヨウ素、（１Ｓ）−（＋）−（１０−カンファニルスルフォニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ−ブチルヒドロペルオキシド（ＴＢＨＰ）、２−ブタノンペルオキシド、１，１−ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシド、ｍ−クロロ過安息香酸が好ましい。収率又は反応速度が良好な酸化反応を達成できるという観点で、ヨウ素、ｔｅｒｔ−ブチルヒドロペルオキシド、２−ブタノンペルオキシドがより好ましく、ヨウ素が特に好ましい。かかる酸化剤は、０．０５から２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ピリジン、テトラヒドロフラン［ＴＨＦ］、ジクロロメタン、水、又はこれらの混合溶媒を挙げることができる。中でも、例えば、ヨウ素／水／ピリジンの混合溶液若しくはヨウ素／水／ピリジン／ＴＨＦの混合溶液を用いることが好ましく、ヨウ素／水／ピリジン／ＴＨＦの混合溶液を用いることがより好ましい。
工程ｄ１で前記酸化剤を使用する場合、工程ｄ１の反応溶媒は、前記希釈溶媒と同様である。
工程ｄ１に使用される「硫化剤」は、亜リン酸ジエステル結合をチオリン酸ジエステル結合に変換しうる能力があれば、特に限定されないが、単体硫黄、３−アミノ−１，２，４−ジチアゾール−５−チオン（ＡＤＴＴ）、３−（（Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノメチリデン）アミノ）−３Ｈ−１，２，４−ジチアゾール−５−チオン（ＤＤＴＴ）、３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール−３−オン−１，１−ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬）、３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール−３−オン、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）、テトラエチルチウラムジスルフィド（ＴＥＴＤ）、Ｎ−（ベンゾイルチオ）−スクシンイミドが好ましい。収率又は反応速度が良好な反応が進行しうるという観点で、単体硫黄、ＡＤＴＴがより好ましく、単体硫黄が特に好ましい。その他の態様として、ＤＤＴＴが好ましい。かかる硫化剤は、０．０５から２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられる。
工程ｄ１で前記硫化剤を使用する場合、工程ｄ１の反応溶媒は、前記希釈溶媒と同様である。
亜リン酸ジエステル結合を、「リン酸トリエステル結合」へ変換する際の試薬は、その変換能力を有していれば、特に限定されないが、対応するアルコール化合物と、四塩化炭素、ヨウ素、臭化三塩化炭素、Ｎ−クロロコハク酸イミド、トリクロロイソシアヌル酸、次亜塩素酸ナトリウム、３，３−ジクロロ−５，５−ジメチルヒダントイン、Ｎ，Ｎ’−ジクロロビス（２，４，６−トリクロロフェニル）尿素などの酸化剤が好ましい。前記変換反応の溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ジクロロメタン、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられ、好ましくはジクロロメタン又はピリジンであり、より好ましくはピリジンである。
亜リン酸ジエステル結合を、「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」へ変換する際の試薬は、その変換能力を有していれば、特に限定されないが、フタルイミド系硫化剤、含コハク酸系硫化剤及びモルホリンジオン系硫化剤等が挙げられる。前記変換反応の溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ジクロロメタン、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられ、好ましくはジクロロメタン又はピリジンであり、より好ましくはピリジンである。
フタルイミド系硫化剤としては、目的の「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」に対応する、Ｎ−（Ｃ１−４０アルキルチオ）フタルイミド、Ｎ−（Ｃ３−６シクロアルキルチオ）フタルイミド、Ｎ−（Ｃ６−１０アリールチオ）フタルイミド、Ｎ−（５−１０員ヘテロアリールチオ）フタルイミド、Ｎ−（アラルキルチオ）フタルイミド及びＮ−（ヘテロアラルキルチオ）フタルイミド等が挙げられる。ここで、目的の「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」が、ハロゲン原子、シアノ基、Ｃ１−６アルキル基等の置換基を含む場合、前記Ｎ−（Ｃ１−４０アルキルチオ）フタルイミド、Ｎ−（Ｃ３−６シクロアルキルチオ）フタルイミド、Ｎ−（Ｃ６−１０アリールチオ）フタルイミド、Ｎ−（５−１０員ヘテロアリールチオ）フタルイミド、Ｎ−（アラルキルチオ）フタルイミド及びＮ−（ヘテロアラルキルチオ）フタルイミドの対応する部分にそれらの置換基を含む硫化剤を使用することができる。フタルイミド系硫化剤としては、具体的には、Ｎ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド、Ｎ−（メチルチオ）フタルイミド、Ｎ−（エチルチオ）フタルイミド、Ｎ−（プロピルチオ）フタルイミド、Ｎ−（イソプロピルチオ）フタルイミド、Ｎ−（ブチルチオ）フタルイミド、Ｎ−（ｔｅｒｔ−ブチルチオ）フタルイミド、Ｎ−（シクロヘキシルチオ）フタルイミド、Ｎ−（ドデシルチオ）フタルイミド、Ｎ−（ベンジルチオ）フタルイミド、Ｎ−（フェニルチオ）フタルイミド、Ｎ−｛（ｐ−クロロフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（ｐ−メチルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−メチルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−エチルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−イソプロピルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（３−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（４−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−メチル−５−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−メトキシフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（３−メトキシフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（４−メトキシフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２，５−ジメトキシフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（３，４−ジメトキシフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−フルオロフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−クロロフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２−ブロモフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２，６−ジメチルフェニル）チオ｝フタルイミド、Ｎ−｛（２，６−ジクロロフェニル）チオ｝フタルイミド及びＮ−｛（２−ベンゾチアゾリル）チオ｝フタルイミド等が挙げられる。
コハク酸系硫化剤としては、目的の「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」に対応する、Ｎ−（Ｃ１−４０アルキルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（Ｃ３−６シクロアルキルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（Ｃ６−１０アリールチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（５−１０員ヘテロアリールチオ）コハク酸イミド、アラルキルチオコハク酸イミド及びＮ−（ヘテロアラルキルチオ）コハク酸イミド等が挙げられる。ここで、目的の「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」が、ハロゲン原子、シアノ基、Ｃ１−６アルキル基等の置換基を含む場合、前記Ｎ−（Ｃ１−４０アルキルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（Ｃ３−６シクロアルキルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（Ｃ６−１０アリールチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（５−１０員ヘテロアリールチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（アラルキルチオ）コハク酸イミド及びＮ−（ヘテロアラルキルチオ）コハク酸イミドの対応する部分にそれらの置換基を含む硫化剤を使用することができる。含コハク酸イミド硫化剤としては、具体的には、Ｎ−［（２−シアノエチル）チオ］コハク酸イミド、Ｎ−（メチルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（エチルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（プロピルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（イソプロピルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（ブチルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（ｔｅｒｔ−ブチルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（シクロヘキシルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（ドデシルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（ベンジルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−（フェニルチオ）コハク酸イミド、Ｎ−｛（ｐ−クロロフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（ｐ−メチルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−メチルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−エチルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−イソプロピルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（３−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（４−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−メチル−５−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−メトキシフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（３−メトキシフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（４−メトキシフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２，５−ジメトキシフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（３，４−ジメトキシフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−フルオロフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−クロロフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２−ブロモフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２，６−ジメチルフェニル）チオ｝コハク酸イミド、Ｎ−｛（２，６−ジクロロフェニル）チオ｝コハク酸イミド及びＮ−｛（２−ベンゾチアゾリル）チオ｝コハク酸イミド等が挙げられる。
モルホリンジオン系硫化剤としては、目的の「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」に対応する、Ｎ−（Ｃ１−４０アルキルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（Ｃ３−６シクロアルキルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（Ｃ６−１０アリールチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（５−１０員ヘテロアリールチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（アラルキルチオ）モルホリン−３，５−ジオン及びＮ−（ヘテロアラルキルチオ）モルホリン−３，５−ジオン等が挙げられる。ここで、目的の「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」が、ハロゲン原子、シアノ基、Ｃ１−６アルキル基等の置換基を含む場合、前記Ｎ−（Ｃ１−４０アルキルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（Ｃ３−６シクロアルキルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（Ｃ６−１０アリールチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（５−１０員ヘテロアリールチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（アラルキルチオ）モルホリン−３，５−ジオン及びＮ−（ヘテロアラルキルチオ）モルホリン−３，５−ジオンの対応する部分にそれらの置換基を含む硫化剤を使用することができる。モルホリンジオン系硫化剤としては、具体的には、Ｎ−［（２−シアノエチル）チオ］モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（メチルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（エチルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（プロピルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（イソプロピルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（ブチルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（ｔｅｒｔ−ブチルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（シクロヘキシルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（ドデシルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（ベンジルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−（フェニルチオ）モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（ｐ−クロロフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（ｐ−メチルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−メチルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−エチルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−イソプロピルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（３−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（４−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−メチル−５−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−メトキシフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（３−メトキシフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（４−メトキシフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２，５−ジメトキシフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（３，４−ジメトキシフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−フルオロフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−クロロフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２−ブロモフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２，６−ジメチルフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン、Ｎ−｛（２，６−ジクロロフェニル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン及びＮ−｛（２−ベンゾチアゾリル）チオ｝モルホリン−３，５−ジオン等が挙げられる。
当業者は、前記フタルイミド系硫化剤、コハク酸イミド系硫化剤及びモルホリンジオン系硫化剤を、公知の合成法（フタルイミド系硫化剤及びモルホリンジオン系硫化剤：Tetrahedron，1997年，53巻, 14411頁−14416頁、コハク酸イミド系硫化剤：J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1, 2002年, 2619頁−2633頁）を利用して、同様に製造できる。
亜リン酸ジエステル結合を、「チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合」へ変換する際の試薬は、好ましくは、フタルイミド系硫化剤であり、特に好ましくは、Ｎ−｛（２−シアノエチル）チオ｝フタルイミドである。
工程ｄ１に使用する「アミダイト化剤」は、亜リン酸ジエステル結合をアミノリン酸ジエステル結合に変換しうる能力があれば、特に限定されないが、対応するアミン化合物と、四塩化炭素、ヨウ素、臭化三塩化炭素、Ｎ−クロロコハク酸イミド、トリクロロイソシアヌル酸、次亜塩素酸ナトリウム、３，３−ジクロロ−５，５−ジメチルヒダントイン、Ｎ，Ｎ’−ジクロロビス（２，４，６−トリクロロフェニル）尿素などの酸化剤が好ましい。前記変換反応の溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ジクロロメタン、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられ、好ましくはジクロロメタン又はピリジンであり、より好ましくはピリジンである。
工程ｄ１に使用する「ホウ素化剤」は、亜リン酸ジエステル結合をボラノリン酸ジエステル結合に変換しうる能力があれば、特に限定されないが、水素化ホウ素（ＢＨ３）、ＢＨ３−ＴＨＦ錯体、ＢＨ３−ジメチルスルフィド錯体、ＢＨ３−ピリジン錯体などが好ましい。前記変換反応の溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ジクロロメタン、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられ、好ましくはジクロロメタン又はピリジンであり、より好ましくはピリジンである。
リン原子を修飾する試薬の使用量は、工程ｃ１で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ若しくはｖｂ）又は（ｉｘａ若しくはｉｘｂ）、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ若しくはｉｉｂ）１モルに対し、１から５０モルが好ましく、より好ましくは１から１５モルであり、さらに好ましくは１から１０モルであり、さらにより好ましくは１から７モルであり、特に好ましくは１から３モルである。
反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−１０℃から６０℃が好ましく、２０℃から５０℃がより好ましい。反応時間は、工程ｃ１で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖａ若しくはｖｂ）又は（ｉｘａ若しくはｉｘｂ）、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ若しくはｉｉｂ）の種類、使用するリン原子を修飾する試薬の種類、反応温度等によって異なるが、好ましくは１分間から２４時間であり、より好ましくは、１０分間から１２時間であり、更に好ましくは、３０分間から６時間である。
酸化剤や硫化剤を用いる場合、該酸化剤及び硫化剤は反応終了後又は次工程以降で望まない副反応を誘発する可能性があり、該副反応を抑制するため、反応終了後に還元剤を用いてクエンチ処理を行うことができる。具体的には、還元剤として、３価のリン試薬（例えば、亜リン酸トリメチル、亜リン酸トリエチル、トリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン等の亜リン酸トリアルキルや、亜リン酸ジメチルや亜リン酸ジエチルなどの亜リン酸ジアルキル）、チオ硫酸ナトリウム等の還元剤を用いる。前記クエンチ処理は、省略することも可能である。
工程ｃ１の後に工程ｄ１を行う際、工程ｄ１の反応の後に、スキーム７又は８中、式（ｉｖａ又はｉｖｂ）で表される化合物又はその塩、あるいはスキーム３、４、９又は１０中、式（ｉｉａ又はｉｉｂ）で表される化合物又はその塩が残存している場合には、必要に応じて、得られた溶液をキャッピング反応に付してもよい。キャッピング反応は、無水酢酸、無水安息香酸などの酸無水物を用いて、又は前述の縮合剤に加えて、メチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、エチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、イソプロピル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩及び２−シアノエチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩などのアルキル−Ｈ−ホスホネートのアンモニウム塩を用いて、通常の方法により実施することができる。
キャッピング反応は、前述する工程ｃ１の後に実施してもよい。
方法Ａを用い、工程ａの後に工程ｄ１を行う際には、工程ｄ１の後には、前記キャッピング反応を実施しない。
（工程ｄ２）（変換工程）：ホスホロアミダイト法の変換工程
工程ｄ２は、工程ｃ２で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘａ又はｘｂ）若しくは（ｘｉｉａ又はｘｉｉｂ）、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドにリン原子を修飾する試薬を反応させることにより、該ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘａ又はｘｂ）若しくは（ｘｉｉａ又はｘｉｉｂ）、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチドの亜リン酸トリエステル結合をリン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合へと変換する工程である。
方法Ａ（５’）における工程ｄ２は下記スキーム１７（スキーム１７中、各記号は、前記定義と同義であるが、工程ａ後の場合、Ｒは水素原子である）で表される。
Figure 2018203574
方法Ａ（３’）における工程ｄ２は下記スキーム１８（スキーム１８中、各記号は、前記定義と同義であるが、工程ａ後の場合、Ｒは水素原子である）で表される。
Figure 2018203574
方法Ｂ（５’）又は方法Ｂ（３’）における工程ｄ２は、スキーム１３又は１４で生成した縮合体（ｘｉｉａ又はｘｉｉｂ）を出発物質として用い、スキーム１７又は１８と同様に亜リン酸トリエステル結合が変換される。（工程ａ後の場合、（ｘｉｉａ）又は（ｘｉｉｂ）で表される化合物のＲは水素原子である。）
工程ｄ２は、工程ｃ２で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘａ又はｘｂ）若しくは（ｘｉｉａ又はｘｉｉｂ）又は、工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）を単離することなく、工程ｃ２後の反応混合物に、リン原子を修飾する試薬を直接添加するだけで行うことができる。リン原子を修飾する試薬としては、酸化剤又は硫化剤が使用される。酸化剤又は硫化剤を使用して、リン酸トリエステル結合、チオリン酸トリエステル結合変換することができる。工程ｄ２は、工程ｃ２で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘａ又はｘｂ）若しくは（ｘｉｉａ又はｘｉｉｂ）又は、工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）を単離して行ってもよい。
工程ｄ２で用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げられ、使用する酸化剤、硫化剤によって適宜選択される。
工程ｄ２に使用される「酸化剤」は、他の部位を酸化することなく、亜リン酸トリエステル結合をリン酸トリエステル結合に酸化する能力があれば、特に限定されないが、ヨウ素、（１Ｓ）−（＋）−（１０−カンファニルスルホニル）オキサジリジン、ｔｅｒｔ−ブチルヒドロペルオキシド（ＴＢＨＰ）、２−ブタノンペルオキシド、１，１−ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス（トリメチルシリル）ペルオキシド、ｍ−クロロ過安息香酸が好ましい。収率又は反応速度が良好な酸化反応を達成できるという観点で、ヨウ素、ｔｅｒｔ−ブチルヒドロペルオキシド、２−ブタノンペルオキシドがより好ましく、ヨウ素が特に好ましい。かかる酸化剤は、０．０５から２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、ピリジン、テトラヒドロフラン［ＴＨＦ］、ジクロロメタン、水、又はこれらの混合溶媒を挙げることができる。中でも、例えば、ヨウ素／水／ピリジンの混合溶液若しくはヨウ素／水／ピリジン／ＴＨＦの混合溶液を用いることが好ましく、ヨウ素／水／ピリジン／ＴＨＦの混合溶液を用いることが好ましい。
工程ｄ２で前記酸化剤を使用する場合、工程ｄ２の反応溶媒は、前記希釈溶媒と同様である。
工程ｄ２に使用される「硫化剤」は、亜リン酸トリエステル結合をチオリン酸トリエステル結合に変換しうる能力があれば、特に限定されないが、単体硫黄、３−アミノ−１，２，４−ジチアゾール−５−チオン（ＡＤＴＴ）、３−（（Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノメチリデン）アミノ）−３Ｈ−１，２，４−ジチアゾール−５−チオン（ＤＤＴＴ）、３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール−３−オン−１，１−ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬）、３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール−３−オン、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）、テトラエチルチウラムジスルフィド（ＴＥＴＤ）、Ｎ−（ベンゾイルチオ）−スクシンイミドが好ましい。収率又は反応速度が良好な反応が進行しうるという観点で、単体硫黄、ＡＤＴＴがより好ましく、単体硫黄がさらに好ましい。その他の態様として、ＤＤＴＴが特に好ましい。かかる硫化剤は、０．０５から２Ｍの濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することができる。かかる希釈溶媒としては、反応に不活性な溶媒であれば特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、ピリジン又はこれらの混合溶媒が挙げられる。
工程ｄ２で前記硫化剤を使用する場合、工程ｄ２の反応溶媒は、前記希釈溶媒と同様である。
リン原子を修飾する試薬の使用量は、工程ｃ２で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘａ若しくはｘｂ）又は（ｘｉｉａ若しくはｘｉｉｂ）、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ若しくはｉｉｂ）１モルに対し、１から５０モルが好ましく、より好ましくは１から１５モルであり、さらに好ましくは１から１０モルであり、さらにより好ましくは１から７モルであり、特に好ましくは、１から３モルである。
反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−１０℃から６０℃が好ましく、０℃から５０℃がより好ましく、２０℃から３０℃がさらに好ましい。反応時間は、工程ｃ２で得られたｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｘａ若しくはｘｂ）又は（ｘｉｉａ若しくはｘｉｉｂ）、又は工程ａで得られたｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ若しくはｉｉｂ）の種類、使用するリン原子を修飾する試薬の種類、反応温度等によって異なるが、好ましくは１分間から２４時間であり、より好ましくは、１０分間から１２時間であり、更に好ましくは、３０分間から６時間である。
該酸化剤及び硫化剤は反応終了後又は次工程以降で望まない副反応を誘発する可能性があり、該副反応を抑制するため、反応終了後に還元剤を用いてクエンチ処理を行うことができる。還元剤としては、例えば、３価のリン試薬（例えば、亜リン酸トリメチル、亜リン酸トリエチル、トリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン等の亜リン酸トリアルキル；亜リン酸ジメチル、亜リン酸ジエチル等の亜リン酸ジアルキル）、チオ硫酸ナトリウム等が用いられる。前記クエンチ処理は、省略することも可能である。
工程ｃ２の後に工程ｄ２を行う際、工程ｃ２の反応の後に、スキーム１１又は１２中、式（ｉｖａ又はｉｖｂ）で表される化合物又はその塩、あるいはスキーム５、６、１３又は１４中、式（ｉｉａ又はｉｉｂ）で表される化合物又はその塩が残存している場合には、必要に応じて、得られた溶液をキャッピング反応に付してもよい。キャッピング反応は、無水酢酸、無水安息香酸などの酸無水物を用いて、又は前述の縮合剤に加えて、メチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、エチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩、イソプロピル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩及び２−シアノエチル−Ｈ−ホスホネートのトリエチルアンモニウム塩などのアルキル−Ｈ−ホスホネートのアンモニウム塩を用いて、通常の方法により実施することができる。
方法Ａを用い、工程ａの後に工程ｄ２を行う際には、工程ｄ２の後には、前記キャッピング反応を実施しない。
（工程ｅ）（沈殿化及び固液分離工程）
工程ｅは、工程ａから工程ｄのいずれかで得られた反応溶液と極性溶媒とを混合することによりオリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程である。
工程ｅにおける極性溶媒としては、例えば、メタノール、エタノール、イソプロパノールｎ−ブタノール等のアルコール系溶媒；アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒；アセトン、２−ブタノン等のケトン系溶媒；Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピペリドン等のアミド系溶媒；ジメチルスルホキシド等のスルホキシド系溶媒；水、ならびにこれら２種以上の混合溶媒が用いられる。工程ｅにおける極性溶媒は、好ましくはアルコール系溶媒、ニトリル系溶媒であり、より好ましくは、炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒であり、さらに好ましくはメタノール又はアセトニトリルであり、特に好ましくはアセトニトリルである。その他の態様として、さらに好ましくは、アセトニトリルとＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミドの混合溶媒、メタノールとＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミドの混合溶媒、アセトニトリルとアセトンの混合溶媒又はメタノールとアセトンの混合溶媒である。
工程ｄで得られた反応溶液を用いて工程ｅを行う場合、前述の還元剤を、沈殿化溶媒であるメタノールやアセトニトリルに加えた溶液として使用することにより、リン原子を修飾する試薬のクエンチ処理と同時に工程ｅを行うことができる。
本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法は、上記工程ａから工程ｅを所望の回数繰返すことで高純度かつ高収率で目的のオリゴヌクレオチドを得ることができる。
上記工程ａから工程ｄ及び工程ｆ及び工程ｇにおける反応の進行の確認は、いずれも一般的な液相有機合成反応と同様の方法を適用できる。すなわち、薄層シリカゲルクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー等を用いて反応を追跡することができる。
（工程ｆ）（脱保護・オリゴヌクレオチド単離工程）
オリゴヌクレオチドの製造方法においては、工程ｅの後に、基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基の種類と性質に応じて、脱保護を行い、オリゴヌクレオチドを単離することができる。脱保護の方法としては、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（JOHN WILLY & SONS）出版（1999年）等に記載されている脱保護方法に従い、オリゴヌクレオチドの保護基を除去する工程を行うことができる。具体的には、擬似固相保護基、ならびに基本保護基であるベンゾイル基、イソブチリル基、フェノキシアセチル基、アセチル基、レブリニル基等、亜リン酸ジエステル結合、リン酸ジエステル結合又はチオリン酸ジエステル結合を保護している基本保護基である２−シアノエチル基等は、アンモニア水、アンモニア水／エタノール溶液、又はアンモニア水とメチルアミン水溶液の混合液で処理することにより、除去することができる。また、５’位又は３’位ヒドロキシ基の一時保護基は、工程ａで使用されるフッ素試薬、酸又は塩基、又はそれらを適宜希釈した溶液で処理することにより除去することができる。また、ジャーナルオブザケミカルソサイエティー パーキントランザクション１、２００２年、２６１９頁−２６３３頁に記載されている脱保護方法に従い、ＤＢＵ［１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］−７−ウンデセン］及びトリメチルシリルクロリドで処理して、リン酸ジエステル結合又はチオリン酸ジエステル結合を保護している２−シアノエチル基等を除去した後に、アンモニア水で擬似固相保護基、ならびに基本保護基であるベンゾイル基、イソブチリル基、フェノキシアセチル基、アセチル基、レブリニル基等を除去する方法を用いることもできる。また、無機塩基（炭酸カリウム等）で基本保護基であるベンゾイル基、イソブチリル基、フェノキシアセチル基、アセチル基、レブリニル基等を除去する方法を用いることもできる。
基本保護基で置換されたリン酸ジエステル結合は、例えば、ジャーナルオブザケミカルソサイエティー パーキントランザクション１、１９９９、１４７７頁−１４８６頁に記載されている方法（（Ｅ）−２−ニトロベンズアルドキシム、ピリジン−２−アルドキシムなどのオキシム化合物及び、１，１，３，３−テトラメチルグアニジン、ＤＢＵ等の塩基で処理する方法）で脱保護することにより、リン酸ジエステル結合へ変換することができる。２−シアノエチル基等、β脱離によって脱保護可能な基本保護基で置換されたチオリン酸ジエステル結合は、前記塩基性条件下での脱保護により、チオリン酸ジエステル結合へ変換できる。その他の基本保護基で置換されたチオリン酸ジエステル結合のうち、チオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に包含される結合は、例えば、ジャーナルオブザケミカルソサイエティー パーキントランザクション１、１９９９、１４７７頁−１４８６頁に記載されている方法（前記オキシム化合物及び前記塩基で処理する方法等）で脱保護することにより、リン酸ジエステル結合へ変換できる。
保護基を有しないオリゴヌクレオチドは、酵素により容易に分解されやすいため、空気清浄度管理下でオリゴヌクレオチドを単離することが好ましい。
基本保護基のうちＣ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、アラルキルアミノカルボニル基等は、水存在下加熱することで除去することができる。この時、アンモニア水を用いてもよい。
工程ｅ又は工程ｆより得られたオリゴヌクレオチドは、更に有機合成反応を施すことにより、所望のオリゴヌクレオチド誘導体へと導くこともできる。Ｈ−ホスホネート法の方法Ａ、ホスホロアミダイト法の方法Ａ、Ｈ−ホスホネート法の方法Ｂ及びホスホロアミダイト法の方法Ｂのいずれかを使用して製造されたオリゴヌクレオチドを用いて、Ｈ−ホスホネート法の方法Ａ、ホスホロアミダイト法の方法Ａ、Ｈ−ホスホネート法の方法Ｂ及びホスホロアミダイト法の方法Ｂのいずれかを使用してオリゴヌクレオチドを製造することもできる。擬似固相保護基を３’位に有する場合、方法Ａ（５’）及び／又は方法Ｂ（５’）が使用され、擬似固相保護基を５’位に有する場合、方法Ａ（３’）及び／又は方法Ｂ（３’）が使用される。
前記カップリング工程後の亜リン酸ジエステル結合による縮合体（ｖａ若しくはｖｂ）又は（ｉｘａ若しくはｉｘｂ）、又は亜リン酸トリエステル結合による縮合体（ｘａ若しくはｘｂ）又は（ｘｉｉａ又はｘｉｉｂ）、又はその亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合の変換体（ｖｉａ若しくはｖｉｂ）又は（ｘｉｉｉａ若しくはｘｉｉｉｂ）を、スキーム１又は２中、式（ｉａ又はｉｂ）で表される化合物として用い、方法Ａ又は方法Ｂにおける工程ａを実施することができる。
（工程ｇ）（擬似固相保護基の選択的脱保護工程）
工程ａから工程ｅのいずれかの後に、基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基の種類と性質に応じて、一時保護基及び／又は基本保護基を維持したまま、選択的に擬似固相保護基の脱保護を行うことが可能である。
工程ｇは、低極性溶媒中において、２’位、３’位又は５’位に擬似固相保護基を有する、オリゴヌクレオチドの当該擬似固相保護基を、ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体から選択される少なくとも１つのアミノ化合物の添加により除去する工程（脱擬似固相保護基工程）である。
一時保護基及び／又は基本保護基を維持したまま、選択的に脱保護できる擬似固相保護基としては、前記レブリニル型擬似固相保護基が挙げられる。
前記レブリニル型擬似固相保護基としては、下記式（ＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、前記擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基、又は
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される擬似固相保護基が挙げられる。
前記式（ＩＩ）において、好適な、Ｒ１、ｓ、Ｌ１１、Ｌ１２及びＬ１３は、前述の通りである。前記レブリニル型擬似固相保護基は、３’位又は５’位のヒドロキシ基の酸素原子に結合することが、好ましい。
前記レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドの３’位又は５’位の一時保護基は、好ましくは、ｔｅｒｔ-ブチルジメチルシリル基、トリチル基、モノメトキシトリチル基又はジメトキシトリチル基であり、特に好ましくはジメトキシトリチル基である。
前記レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドに含まれるリン酸ジエステル結合、亜リン酸トリエステル結合及びチオリン酸ジエステル結合の基本保護基は、好ましくは、２−シアノエチル基である。
前記レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドの２’位の基本保護基は、好ましくは、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル基、メトキシエチル基又はメチル基であり、より好ましくは、メトキシエチル基又はメチル基であり、特に好ましくはメトキシエチル基である。
前記レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドの核酸塩基部の基本保護基は、好ましくは、ピバロイル基、フェノキシアセチル基、４−イソプロピルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、ジメチルホルムアミジニル基、ジメチルアセトアミジニル基又は９−フルオレニルメチルオキシカルボニル基であり、より好ましくは、ベンゾイル基又はイソブチリル基である。
その他の態様として、前記レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドの核酸塩基部の基本保護基は、好ましくは、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、アラルキルアミノカルボニル基等のアミノカルボニル型保護基である。
ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、及びアラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又はハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている。前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又はハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている。
アデニル基、シトシル基及び５−メチルシトシル基は、前記アミノカルボニル型保護基で置換されていることが好ましく、好ましいアミノカルボニル型保護基は、核酸塩基における「アミノ基の保護基」で前述した通りである。
工程ｇは、反応に影響を及ぼさない溶媒中で行われる。当該溶媒における溶解度が高い程、優れた反応性が期待できるため、目的とする化合物の溶解度の高い低極性溶媒を選択することが好ましい。具体的には、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２−ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒が挙げられる。これらの溶媒は２種以上を任意の割合で混合して用いてもよい。また、上記低極性溶媒に、酢酸などのカルボン酸系溶媒、ピリジンなどの含窒素芳香族系溶媒、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル系溶媒、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド系溶媒等の極性溶媒を、ｎ個重合オリゴヌクレオチドが溶解し得る限り、任意の割合で混合して用いてもよい。中でも、工程ｇに用いる溶媒は、ジクロロメタン、トルエン、テトラヒドロフラン、酢酸、ピリジンと、又は、これらの組合せが好ましく、ジクロロメタン／酢酸／ピリジンの混合溶媒、ジクロロメタン／酢酸の混合溶媒、テトラヒドロフラン／酢酸／ピリジンの混合溶媒及びテトラヒドロフラン／酢酸の混合溶媒がさらに好ましく、テトラヒドロフラン／酢酸の混合溶媒が特に好ましい。
工程ｇにおけるｎ個重合オリゴヌクレオチドの溶媒中の濃度は、溶解していれば特に限定されないが、好ましくは１から３０重量％である。
工程ｇにおける酢酸、ピリジン等の極性溶媒の低極性溶媒中の割合は、溶解していれば特に限定されない。
工程ｇに使用されるヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体から選択されるアミノ化合物としては、擬似固相保護基の選択的脱保護が達成できれば特に限定されないが、例えば下記式（Ｖ）中、式（Ｖ−１）又は式（Ｖ−２）で表される化合物が挙げられる。
Figure 2018203574
式（Ｖ）中、Ｌ１０は、単結合又はＣ２−６アルキレン基であり、
Ｒ３は、それぞれ独立して、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、シアノ基で置換されたＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ３−６シクロアルキル基、フェニル基、ベンゾイル基、フェニルスルホニル基、フェノキシカルボニル基、又はベンジル基（該フェニル基、ベンゾイル基、フェニルスルホニル基、フェノキシカルボニル基、及びベンジル基は、無置換であるか又は、ハロゲン原子、ニトロ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基及びＣ１−６アルコキシ基からなる群から独立して選択される１つ以上の置換基によって置換されている）である。
ここで、ベンゼン環上が、前記置換基で置換されているとき、該置換基は、ベンゼン環が置換されていても、メチレン基が置換されていてもよい。
式（Ｖ）中、Ｌ１０は、単結合又はＣ２−６アルキレン基であり、
Ｒ３は、好ましくは、それぞれ独立して、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、フェニル基、ベンゾイル基、フェニルスルホニル基又はフェノキシカルボニル基（該フェニル基、ベンゾイル基、フェニルスルホニル基及びフェノキシカルボニル基は、無置換であるか又は、ハロゲン原子、ニトロ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基及びＣ１−６アルコキシ基からなる群から独立して選択される１つ以上の置換基によって置換されている）である。
工程ｇに使用されるヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体から選択されるアミノ化合物は、前記式（Ｖ−１）又は前記式（Ｖ−２）で表される化合物の塩、又はその溶媒和物を含む。
前記式（Ｖ）中、（Ｖ−１）で表される化合物のうち、Ｌ１０が単結合である化合物は、ヒドラジン誘導体に包含される。
前記式（Ｖ）中、（Ｖ−１）で表される化合物のうち、Ｌ１０がＣ２−６アルキレン基である化合物は、ジアミン誘導体に包含される。
前記式（Ｖ）中、（Ｖ−２）で表される化合物のうち、Ｌ１０が単結合である化合物は、ヒドロキシルアミン誘導体に包含される。
前記式（Ｖ）中、（Ｖ−２）で表される化合物のうち、Ｌ１０がＣ２−６アルキレン基である化合物は、アミノアルコール誘導体に包含される。
前記ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体は、溶媒和物又は塩として用いられてもよい。
ヒドラジン誘導体としては、ヒドラジン、Ｃ１−６アルキルヒドラジン、Ｃ１−６ハロアルキルヒドラジン、Ｃ３−６シクロアルキルヒドラジン、Ｃ６−１０アリールヒドラジン、Ｃ６−１０アリールスルホニルヒドラジン、アラルキルヒドラジン、カルボン酸ヒドラジド、Ｃ１−６カルバゼート、又はその塩若しくはその水和物等であり、具体的には、ヒドラジン一水和物、ヒドラジン酢酸塩、硫酸ヒドラジニウム、エチルヒドラジンシュウ酸塩、イソプロピルヒドラジン塩酸塩、ｔ−ブチルヒドラジン塩酸塩、アセトヒドラジド、メチルカルバゼート、フェニルヒドラジン、ｐ−トルエンスルホニルヒドラジン、シクロペンチルヒドラジン塩酸塩、シクロヘキシルヒドラジン塩酸塩、ベンジルヒドラジン塩酸塩、２，２，２−トリフルオロエチルヒドラジン（７０％水溶液）及び２−シアノエチルヒドラジン等が挙げられる。好ましくは、ヒドラジン、Ｃ１−６アルキルヒドラジン、Ｃ３−６シクロアルキルヒドラジン、アラルキルヒドラジン、又はその塩若しくはその水和物等であり、具体的には、ヒドラジン一水和物、ヒドラジン酢酸塩、エチルヒドラジンシュウ酸塩、イソプロピルヒドラジン塩酸塩、シクロペンチルヒドラジン塩酸塩、シクロヘキシルヒドラジン塩酸塩及びベンジルヒドラジン塩酸塩が挙げられる。より好ましくは、ヒドラジン、Ｃ１−６アルキルヒドラジン、Ｃ３−６シクロアルキルヒドラジン、又はその塩若しくはその水和物等であり、具体的には、ヒドラジン一水和物、エチルヒドラジンシュウ酸塩、イソプロピルヒドラジン塩酸塩、シクロペンチルヒドラジン塩酸塩及びシクロヘキシルヒドラジン塩酸塩等が挙げられる。
ヒドロキシルアミン誘導体としては、ヒドロキシルアミン塩酸塩、Ｎ−メチル−ヒドロキシルアミン塩酸塩等が挙げられる。
ジアミン誘導体としては、エチレンジアミン、１，２−ジアミノプロパン、１，３−ジアミノプロパン、２，２−ジメチルプロピレンジアミン、１，４−ジアミノブタン、１，５−ジアミノペンタン、１，６−ジアミノヘキサン等が挙げられる。
アミノアルコール誘導体としては、エタノールアミン、Ｎ−メチル−エタノールアミン等が挙げられる。
工程ｇに使用される前記アミノ化合物は、ヒドラジン誘導体が好ましく、ヒドラジン又はＣ１−６アルキルヒドラジンがより好ましく、ヒドラジン一水和物又はメチルヒドラジンがさらに好ましい。
前記ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体は、上記低極性溶媒で希釈して使用することができる。
前記ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体が塩である場合は、水に溶かして水溶液として使用することができる。また、塩の中和のために、無機塩基（酢酸ナトリウム等）又は有機塩基（２，４，６−コリジン等）の存在下、使用することができる。
工程ｇにおける前記アミノ化合物の使用量は、例えば、オリゴヌクレオチド１モルに対し、１から１００モルであり、好ましくは１から４０モルであり、より好ましくは１から３０モルであり、さらに好ましくは、１から２０モルであり、さらにより好ましくは１から１０モルである。
工程ｇの反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−１０℃から６０℃が好ましく、０℃から５０℃がより好ましく、０℃から３０℃がさらに好ましい。反応時間は、使用するオリゴヌクレオチドの種類、塩基の種類、溶媒の種類、反応温度等により異なるが、５分間から５０時間が好ましく、５分間から１２時間がより好ましく、３０分間から６時間がより好ましい。
工程ｇで擬似固相保護基が選択的に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、単離してもよく、そのまま連続的に次の工程に使用してもよい。
前述のように、レブリニル型新規擬似固相保護基は、オリゴヌクレオチドの他の保護基である、一時保護基及び／又は基本保護基を維持したまま、選択的に脱保護することが可能である。上記レブリニル型擬似固相保護基が選択的に脱保護されたオリゴヌクレオチドであるブロック体は、レブリニル型に限らず擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドとカップリングさせることが可能で、該カップリングが高収率で進行することを見出した。該製造方法は、以下の様に表すことができる。
［１］ ３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基又はヒドロキシ基であり、２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部の少なくとも１カ所に、擬似固相保護基を有する、ｎ個重合オリゴヌクレオチドと、
５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、擬似固相保護基を有さない、ｐ個重合オリゴヌクレオチドとをカップリングさせる工程を含み、
ｎ及びｐは、それぞれ独立して、２以上の整数であり、ｎ＋ｐは、１１以上であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの製造方法。
［２］ 前記ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基である、［１］に記載の製造方法。
［３］ ｎ＋ｐは、１５以上である、［１］又は［２］に記載の製造方法。
［４］ ｎ及びｐは、それぞれ独立して、４以上の整数である、［１］から［３］のいずれか１つに記載の製造方法。
［５］ 反応後に、反応液と極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させることと、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、［１］から［４］のいずれか１つに記載の製造方法。
［６］ 前記カップリング工程の前に、３’位及び５’位の一方が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基であり、２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部の少なくとも１カ所に、擬似固相保護基を有するｎ個重合オリゴヌクレオチドの当該一時保護基を除去する工程を含む、［１］から［５］のいずれか１つに記載の製造方法。
［７］ 前記一時保護基を除去する工程の反応後に、反応液と極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させることと、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、［６］に記載の製造方法。
［８］ 前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、［５］又は［７］に記載の製造方法。
［９］ 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、核酸塩基部に擬似固相保護基を有する、［１］から［８］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１０］ 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位が基本保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
前記ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、ヒドロキシ基であり、５’位が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基である、［９］に記載の製造方法。
［１１］ 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が、ヒドロキシ基であり、３’位が基本保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
前記ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基である、［９］に記載の製造方法。
［１２］ 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基である、［１］から［８］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１３］ 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、
前記ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、ヒドロキシ基であり、５’位が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基である、［１２］に記載の製造方法。
［１４］ 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が、ヒドロキシ基であり、
前記ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基である、［１２］に記載の製造方法。
［１５］ 前記一時保護基が、それぞれ独立して、ｔｅｒｔ-ブチルジメチルシリル基、トリチル基、モノメトキシトリチル基又はジメトキシトリチル基である、［２］、［６］から［８］、［１０］、［１１］、［１３］及び［１４］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１６］ 前記反応性リン含有基が、ヒドロキシホスフィニル基であり、前記カップリング工程が、亜リン酸ジエステル結合を形成する、［１］から［１５］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１７］ 前記亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸ジエステル結合の変換工程を更に含む、［１６］に記載の製造方法。
［１８］ 前記反応性リン含有基が、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であり、前記カップリング工程が、亜リン酸トリエステル結合を形成する、［１］から［１５］のいずれか１つに記載の製造方法。
［１９］ 前記亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸トリエステル結合の変換工程を更に含む、［１８］に記載の製造方法。
［１］から［１８］における擬似固相保護基として、好ましくは、一時保護基を除去する条件では安定な保護基が用いられる。
具体的に、工程ｇで、３’位又は５’位のレブリニル型擬似固相保護基が選択的に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、前述の工程ｃ（カップリング工程）におけるｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ又はｉｖｂ）として使用できる。また、工程ｇで３’位又は５’位のレブリニル型擬似固相保護基が選択的に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、前述の工程ｂ（反応性リン化工程）と同様の条件で、Ｈ−ホスホネート化又はホスホロアミダイト化した後、工程ｃ（カップリング工程）におけるｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｖｉｉｉａ又はｖｉｉｉｂ）又は（ｘｉａ又はｘｉｂ）として使用できる。
脱保護剤として使用される前記ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体又はアミノアルコール誘導体が、工程ｃのカップリング反応中に存在すると、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉｉａ又はｉｉｉｂ）、（ｉｉａ又はｉｉｂ）又は（ｖｉｉａ又はｖｉｉｂ）の擬似固相保護基がレブリニル型擬似固相保護基である場合に、該擬似固相保護基の脱保護を誘発するため、クエンチ処理によって除去されることが好ましい。クエンチ処理は、ケトン化合物により行う。
クエンチ処理に使用されるケトン化合物としては、前記アミノ化合物を消費することができるものであれば特に限定されないが、アセチルアセトン、アセトン等が挙げられ、好ましくは、アセチルアセトンである。
工程ｇにおけるクエンチ処理に使用されるケトン化合物の使用量は、前記アミノ化合物１モルに対し、例えば０．０１から１００モルであり、好ましくは０．１から５０モルであり、より好ましくは１から２０モルであり、さらに好ましくは１から３モルである。
工程ｃにおける前記ｐ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｖａ又はｉｖｂ）、（ｖｉｉｉａ又はｖｉｉｉｂ）及び（ｘｉａ又はｘｉｂ）のうち、擬似固相保護基を有さないオリゴヌクレオチドを製造するための、レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドは、好ましくは、下記式（Ｉ）で表される化合物、該化合物の互変異性体又はその塩である。
Figure 2018203574
式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
Ｂａｓｅは、それぞれ独立して、核酸塩基又は基本保護基で置換された核酸塩基を示し、
Ｘは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基又は４’位炭素原子に架橋する有機基を示し、
Ｙは、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、置換されたヒドロキシ基、スルファニル基、置換されたスルファニル基、水素化ホウ素基、モノＣ１−６アルキルアミノ基又はジＣ１−６アルキルアミノ基を示し、
Ｖは、それぞれ独立して、酸素原子又は硫黄原子を示し、
Ｚ１は、Ｚ又はＲであり、
Ｚ１がＺのとき、Ｚ２はＲであり、Ｚ１がＲのとき、Ｚ２はＺであり、
Ｚは、前記式（ＩＩ）で表される保護基を示し、
Ｒは、水素原子、一時保護基、ヒドロキシホスフィニル基、又は置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基を示す。
ここで、Ｖが硫黄原子のとき、該硫黄原子が結合するリン原子に結合するＹは、基本保護基で置換されたヒドロキシ基を示す。
式（Ｉ）中、Ｚ１がＺであり、Ｚ２はＲである化合物は、方法Ａ（５’）又は方法Ｂ（５’）における工程ｃに用いられる前記ｐ個重合オリゴヌクレオチド又はその製造に使用できる。
式（Ｉ）中、Ｚ１がＲであり、Ｚ２はＺである化合物は、方法Ａ（３’）又は方法Ｂ（３’）における工程ｃに用いられる前記ｐ個重合オリゴヌクレオチド又はその製造に使用できる。
式（Ｉ）中、Ｚ１及びＺ２以外の記号の好適例は、工程ａから工程ｄの好適例と同様である。
特に工程ｇでは、式（Ｉ）中、Ｚが前記式（ＩＩ）で表される保護基であり、Ｒが一時保護基である化合物の当該式（ＩＩ）で表される保護基を除去し、式（Ｉ）中、Ｚが水素原子であり、Ｒが一時保護基である化合物を得ることができる。
〔擬似固相保護基の位置と種類の変換〕
３’位又は５’位に、前記レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドは、以下の工程ｈ及び工程ｉにより、５’位又は３’位に、前記トリチル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドへ変換することができる。
（工程ｈ）
工程ｈは、５’位又は３’位がヒドロキシ基であり、３’位又は５’位がレブリニル型擬似固相保護基であるオリゴヌクレオチドの当該５’位又は３’位ヒドロキシ基を、式（ＶＩ）で表されるトリチル型擬似固相保護基で保護する工程である。
（工程ｉ）
工程ｉは、５’位又は３’位がトリチル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位又は５’位がレブリニル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドのレブリニル型擬似固相保護基を、除去する工程である。
具体的には、スキーム１又は２中、Ｚがレブリニル型擬似固相保護基である、５’又は３’位ヒドロキシ体（ｉｉａ又はｉｉｂ）、又はスキーム１５から１８中、Ｚがレブリニル型擬似固相保護基である、５’又は３’位ヒドロキシ体（ｖａ若しくはｖｂ、又はｘａ若しくはｘｂ）の当該５’又は３’位ヒドロキシ基を、前記トリチル型擬似固相保護基で保護し、その後、前記レブリニル型擬似固相保護基を選択的に脱保護することにより、５’位又は３’位に、前記トリチル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドを得ることができる。
例えば、スキーム１中（ｉｉａ）で表され、Ｚがレブリニル型擬似固相保護基である５’位ヒドロキシ体は、スキーム２中（ｉｉｂ）で表され、Ｚがトリチル型擬似固相保護基である３’位ヒドロキシ体に変換できる。スキーム２中（ｉｉｂ）で表され、Ｚがレブリニル型擬似固相保護基である３’位ヒドロキシ体は、スキーム１中（ｉｉａ）で表され、Ｚがトリチル型擬似固相保護基である５’位ヒドロキシ体に変換できる。
同様に、スキーム１５中（ｖｉａ）で表され、Ｚがレブリニル型擬似固相保護基である５’位ヒドロキシ体は、スキーム１６中（ｖｉｂ）で表され、Ｚがトリチル型擬似固相保護基である３’位ヒドロキシ体に変換できる。スキーム１６中（ｖｉｂ）で表され、Ｚがレブリニル型擬似固相保護基である３’位ヒドロキシ体は、スキーム１５中（ｖｉａ）で表され、Ｚがトリチル型擬似固相保護基である５’位ヒドロキシ体に変換できる。
また、スキーム１７中（ｘｉｉｉａ）で表され、Ｚがレブリニル型擬似固相保護基である５’位ヒドロキシ体は、スキーム１８中（ｘｉｉｉｂ）で表され、Ｚがトリチル型擬似固相保護基である３’位ヒドロキシ体に変換できる。スキーム１８中（ｘｉｉｉｂ）で表され、Ｚがレブリニル型擬似固相保護基である３’位ヒドロキシ体は、スキーム１７中（ｘｉｉｉａ）で表され、Ｚがトリチル型擬似固相保護基である５’位ヒドロキシ体に変換できる。
前記レブリニル型擬似固相保護基は、前記式（ＩＩ）で表される基が挙げられる。
レブリニル型擬似固相保護基は、好ましくは、工程ａにおける前記式（ＩＩ）で表される擬似固相保護基と同様である。
前記トリチル型擬似固相保護基は、前記式（ＶＩ）で表される基が挙げられる。
トリチル型擬似固相保護基は、好ましくは、工程ａにおける前記式（ＶＩ）で表される擬似固相保護基と同様である。
（工程ｈ）（５’ヒドロキシ基又は３’ヒドロキシ基のトリチル型擬似固相保護工程）
工程ｈは、低極性溶媒中において、塩基存在下、３’位又は５’位にレブリニル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基を有し、５’位又は３’位にヒドロキシ基を有するｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）に対して、長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤を反応させ、当該ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位又は３’位ヒドロキシ基を前記トリチル型擬似固相保護基で保護する工程である（スキーム１９又は２０）。スキーム中、Ｚは、レブリニル型擬似固相保護基であり、Ｒは、トリチル型擬似固相保護基であり、その他の記号は、前記定義に同じである。
Figure 2018203574
Figure 2018203574
前記長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤は、下記式（ＩＸ）で表される。
Figure 2018203574
式中、Ｑは、脱離基を示し、
Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基、又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である。
ここで、Ｑで示される脱離基は、反応が進行すれば特に限定されないが、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキルカルボニルオキシ基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニルオキシ基、Ｃ１−６アルキルスルホニルオキシ基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニルオキシ基、Ｃ６−１０アリールカルボニルオキシ基及びＣ６−１０アリールスルホニルオキシ基等が挙げられ、ここで、Ｃ６−１０アリールスルホニルオキシ基は、無置換であるか又は、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、ハロゲン原子及びニトロ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている。当業者は、本工程に有用な脱離基を認識できる。
Ｑで示される脱離基は、好ましくは、ハロゲン原子、メタンスルホニルオキシ基、トリフルオロメタンスルホニル基、ｐ−トルエンスルホニルオキシ基、アセトキシ基又はトリフルオロアセトキシ基であり、より好ましくは、ハロゲン原子であり、特に好ましくは、塩素原子又は臭素原子である。
工程ｈで用いられる溶媒は、具体的には、前記工程ａと同様の溶媒が挙げられる。中でも、ジクロロメタン、クロロホルム、１，２−ジクロロエタン、ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピル、テトラヒドロフラン、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、又は、これらの組合せが好ましく、ピリジン、ジクロロメタン、又はこれらの組み合わせが更に好ましく、ジクロロメタンが特に好ましい。
工程ｈで用いられる長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤は、例えば、対応するトリアリールメタノールに、溶媒中、塩化水素−１，４−ジオキサン溶液、塩化チオニル、塩化オキサリル、塩化アセチル、無水トリフルオロメタンスルホン酸、無水−ｐ−トルエンスルホン酸又は無水トリフルオロ酢酸などの試剤を添加することで、製造できる。溶媒としては、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２−ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒；Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド系溶媒等が挙げられる。
前記長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤は、対応する長鎖アルコキシトリアリールメタノールから製造した後に、長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤を再沈殿などで単離して用いてもよく、適切なクエンチ処理の後単離を行わずに、長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤を含有する反応混合物として用いてもよい。
長鎖アルコキシトリアリールメタノールは、既存の酸化、還元、加水分解等、一般的に知られている官能基変換法（例えば、コンプリヘンシブ・オーガニック・トランスフォーメーションズ第2版（Comprehensive Organic Transformations, Second Edition）、ラロック（R.C.Larock）著、ワイリー−ブイシーエイチ（Wiley-VCH）（1999年）など参照）を行うことにより製造できる。例えば、対応する安息香酸エステルやベンゾフェノンと、アリールグリニャール試薬との反応により製造する方法が挙げられる。
工程ｈで用いられる長鎖アルコキシトリアリールメタノール又は長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤の使用量は、特に制限されないが、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から５モルであり、好ましくは１から２モルであり、より好ましくは１から１．５モルである。
工程ｈで用いられる塩基は、良好なトリチル型擬似固相保護基の導入が達成できれば特に限定されないが、ピリジンなどの含窒素芳香環化合物、トリエチルアミン等の鎖状アミン、Ｎ−メチルモルホリン等の環状アミンなどが挙げられる。中でも、ピリジンが好ましい。
工程ｈで用いられる塩基の使用量は、特に制限されないが、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１モルに対し、例えば１から３００モルであり、好ましくは１から１００モルであり、より好ましくは１から４０モルである。
工程ｈでは、脱水剤を用いてもよい。脱水剤としては、例えば、モレキュラーシーブス（中でもモレキュラーシーブス３Ａ及びモレキュラーシーブス４Ａ）などが挙げられる。
工程ｈで用いられる脱水剤の使用量は、特に制限されないが、ｎ個重合オリゴヌクレオチド（ｉｉａ又はｉｉｂ）１グラムに対し、例えば０．１から５０グラムであり、好ましくは０．５から１０グラムであり、より好ましくは１から５グラムである。
工程ｈの反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、−１０℃から６０℃が好ましく、２０℃から５０℃がより好ましい。反応時間は、使用するｎ個重合オリゴヌクレオチドの種類、溶媒、長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤、塩基等の種類や使用量、脱水剤の有無、種類や使用量、反応温度等により異なるが、５分間から４８時間が好ましく、１０分間から２４時間がより好ましく、３０分間から１２時間がより好ましい。
トリチル型擬似固相保護基を導入した後、カチオン捕捉剤を用いて残存する長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤（ＩＸ）を、ピロール又はインドール誘導体に付加して除去してもよい。カチオン捕捉剤は、工程ａと同様のカチオン捕捉剤を使用できる。
工程ｈで用いられるカチオン捕捉剤の使用量は、特に制限されないが、長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤１モルに対し、例えば１から１００モルであり、好ましくは１から５０モルであり、より好ましくは１から２０モルである。
工程ｈの後に、工程ｅと同様の操作による沈殿化及び固液分離工程を行ってもよく、工程ｅと同様の操作を実施することが好ましい。工程ｈの後に、工程ｅと同様の操作を実施するとき、好ましくは１〜３回、より好ましくは１又は２回、さらに好ましくは１回、工程ｅと同様の操作が実施される。
（工程ｉ）（レブリニル型擬似固相保護基の選択的脱保護工程）
５’位又は３’位がトリチル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位又は５’位がレブリニル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドは、トリチル型擬似固相保護基を維持したまま、レブリニル型擬似固相保護基を選択的に除去できる。
反応条件や、試薬等は、工程ｇと同様である。
工程ｅと同様の操作による沈殿化及び固液分離工程は、工程ｉの前及び後の少なくとも一方に実施することが好ましく、工程ｉの後に実施することがより好ましく、工程ｉの前及び後の両方に実施することが特に好ましい。工程ｉの後に、工程ｅと同様の操作を実施するとき、好ましくは１〜３回、より好ましくは１又は２回、さらに好ましくは１回、工程ｅと同様の操作が実施される。工程ｉの前も同様である。
工程ｉで選択的にレブリニル型擬似固相保護基が除去された、トリチル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドは、必要に応じて、工程ｅと同様の条件で、沈殿化及び固液分離工程を実施した後、スキーム３又は４中（ｉｉａ又はｉｉｂ）又はスキーム５又は６中（ｉｉａ又はｉｉｂ）として用い、それぞれ前記反応性リン化工程ｂ１又は工程ｂ２を実施できる。また、スキーム９又は１０中（ｉｉａ又はｉｉｂ）又はスキーム１３又は１４中（ｉｉａ又はｉｉｂ）として用い、それぞれ前記カップリング工程ｃ１又は工程ｃ２を実施できる。また、スキーム７又は８中（ｉｖａ又はｉｖｂ）又はスキーム１１又は１２中（ｉｖａ又はｉｖｂ）として用い、それぞれ前記カップリング工程ｃ１又は工程ｃ２と同様に、カップリング反応を実施し、縮合体を得ることができる（但し、この場合、スキーム７、８、１１及び１２中のＲは、前記トリチル型擬似固相保護基である）。さらに、得られた縮合体は、スキーム１５又は１６中（ｖａ又はｖｂ）又はスキーム１７又は１８中（ｘａ又はｘｂ）として用い、それぞれ前記変換工程ｄ１又は工程ｄ２と同様に、亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合を変換できる（但し、この場合、スキーム１５、１６、１７及び１８中のＺ又はＲは、前記トリチル型擬似固相保護基である）。さらに、得られた変換体は、スキーム１又は２中（ｉａ又はｉｂ）として用いることができる。トリチル型でない擬似固相保護基と、トリチル型擬似固相保護基の両方を有するオリゴヌクレオチドでは、これら擬似固相保護基の脱保護条件に応じて、一方を一時保護基の代わりとして扱い、工程ａと同様の条件で、一時保護基の代わりに用いた基を除去することができる（但し、この場合、スキーム１及び２中のＲは、前記トリチル型擬似固相保護基又はトリチル型でない擬似固相保護基である）。
工程ｉで選択的にレブリニル型擬似固相保護基が除去された、トリチル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドは、特に好ましくは、レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドとのカップリング反応に使用できる。
工程ｉの後に、工程ｈで残留した長鎖アルコキシトリアリールメタノール、長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤のピロール又はインドール誘導体への付加体の除去を目的に、低極性溶媒を用いた沈殿化及び固液分離工程を行ってもよい。例えば、レブリニル型擬似固相保護基を除去したオリゴヌクレオチドを塩化メチレン、テトラヒドロフラン、トルエンなどの低極性溶媒に溶解させ、当該溶液とヘプタンやヘキサン、シクロヘキサンなどの炭化水素系溶媒とを混合し、オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得できる。前記溶液に、炭化水素系溶媒を添加してもよく、前記溶液を、炭化水素系溶媒に添加してもよい。
（工程ｊ）（３’位又は５’位がレブリニル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドと、５’位又は３’位がトリチル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドとをカップリングする工程）
スキーム７中５’位ヒドロキシのＨ−ホスホネート体（ｉｉｉａ）と、スキーム２中３’位ヒドロキシ体（ｉｉｂ）とを、前記工程ｃ１と同様の条件で、亜リン酸ジエステル結合により縮合させることができる。本工程をスキーム２１に示す。スキーム中、（ｉｉｉａ）のｎと（ｉｉｂ）のｎは、同一でも異なっていてもよく、（ｉｉｉａ）のＺと（ｉｉｂ）のＺの内、一方は、レブリニル型擬似固相保護基であり、他方は、トリチル型擬似固相保護基であり、その他の記号は、前記定義に同じである。
Figure 2018203574
スキーム８中３’位ヒドロキシのＨ−ホスホネート体（ｉｉｉｂ）と、スキーム１中５’位ヒドロキシ体（ｉｉａ）とを、前記工程ｃ１と同様の条件で、亜リン酸ジエステル結合により縮合させることができる。本工程をスキーム２２に示す。スキーム中、（ｉｉｉｂ）のｎと（ｉｉａ）のｎは、同一でも異なっていてもよく、（ｉｉｉｂ）のＺと（ｉｉａ）のＺの内、一方は、レブリニル型擬似固相保護基であり、他方は、トリチル型擬似固相保護基であり、その他の記号は、前記定義に同じである。
Figure 2018203574
スキーム１１中５’位ヒドロキシのホスホロアミダイト体（ｖｉｉａ）と、スキーム２中３’位ヒドロキシ体（ｉｉｂ）とを、前記工程ｃ２と同様の条件で、亜リン酸トリエステル結合により縮合させることができる。本工程をスキーム２３に示す。スキーム中、（ｖｉｉｂ）のｎと（ｉｉａ）のｎは、同一でも異なっていてもよく、（ｖｉｉｂ）のＺと（ｉｉａ）のＺの内、一方は、レブリニル型擬似固相保護基であり、他方は、トリチル型擬似固相保護基であり、その他の記号は、前記定義に同じである。
Figure 2018203574
スキーム１２中３’位ヒドロキシのホスホロアミダイト体（ｖｉｉｂ）と、スキーム１中５’位ヒドロキシ体（ｉｉａ）とを、前記工程ｃ２と同様の条件で、亜リン酸トリエステル結合により縮合させることができる。本工程をスキーム２４に示す。スキーム中、（ｖｉｉｂ）のｎと（ｉｉａ）のｎは、同一でも異なっていてもよく、（ｖｉｉｂ）のＺと（ｉｉａ）のＺの内、一方は、レブリニル型擬似固相保護基であり、他方は、トリチル型擬似固相保護基であり、その他の記号は、前記定義に同じである。
Figure 2018203574
スキーム２１から２４において、好ましくは３’位のＺがレブリニル型擬似固相保護基であり、５’位のＺが、トリチル型擬似固相保護基である。
前記縮合されたオリゴヌクレオチド（ｘｉｖ）の亜リン酸ジエステル結合を、工程ｄ１と同様の条件で、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合等へとへと変換することができる。本工程をスキーム２５に示す。スキーム中、式（ｘｉｖ）中の２つのｎは同一でも異なっていてもよく、式（ｘｖｉ）中の２つのｎは同一でも異なっていてもよい。式（ｘｉｖ）中の２つのＺの内、一方は、レブリニル型擬似固相保護基であり、他方は、トリチル型擬似固相保護基である。式（ｘｖｉ）中の２つのＺも同様である。その他の記号は、前記定義に同じである。
Figure 2018203574
前記縮合されたオリゴヌクレオチド（ｘｖ）の亜リン酸トリエステル結合を、工程ｄ２と同様の条件で、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合等へとへと変換することができる。本工程をスキーム２６に示す。スキーム中、式（ｘｖ）中の２つのｎは同一でも異なっていてもよく、式（ｘｖｉｉ）中の２つのｎは同一でも異なっていてもよい。式（ｘｖ）中の２つのＺの内、一方は、レブリニル型擬似固相保護基であり、他方は、トリチル型擬似固相保護基である。式（ｘｖｉｉ）中の２つのＺも同様である。その他の記号は、前記定義に同じである。
Figure 2018203574
前記亜リン酸ジエステル結合により縮合させる工程により得られた反応混合物を用いて、工程ｅと同様に、縮合された前記ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（ｘｉｖ）を沈殿させて、固液分離により取得する分離工程を実施することができる。前記亜リン酸トリエステル結合により縮合させる工程により得られた反応混合物を用いて、工程ｅと同様に、縮合された前記ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（ｘｖ）を沈殿させて、固液分離により取得する分離工程を実施することができる。
前記亜リン酸ジエステル結合を変換する工程により得られた反応混合物を用いて、工程ｅと同様に、亜リン酸ジエステル結合が変換されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（ｘｖｉ）を沈殿させて、固液分離により取得する分離工程を実施することができる。前記亜リン酸トリエステル結合を変換する工程により得られた反応混合物を用いて、工程ｅと同様に、亜リン酸トリエステル結合が変換されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド（ｘｖｉｉ）を沈殿させて、固液分離により取得する分離工程を実施することができる。
前記分離工程の後に、工程ｆと同様に、基本保護基、一時保護基及び擬似固相保護基の種類・性質に応じて、脱保護を行い、オリゴヌクレオチドを単離することができる。
（工程ｋ）（トリチル型擬似固相保護基の選択的脱保護工程）
５’位又は３’位がトリチル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位又は５’位がレブリニル型擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドは、低極性溶媒中、酸を添加することにより、レブリニル型擬似固相保護基を維持したまま、トリチル型擬似固相保護基を選択的に除去できる。
工程ｋに用いられる溶媒、及び溶媒中のオリゴヌクレオチドの濃度は、工程ａと同様である。
工程ｋに使用される酸は、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、塩酸、酢酸、硝酸アンモニウムセリウム、ホスホン酸又はリン酸が好ましく、中でも、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、塩酸、酢酸又は硝酸アンモニウムセリウムがより好ましく、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸又は酢酸がさらに好ましく、酢酸が特に好ましい。その他の態様として、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸又はホスホン酸が特に好ましい。また、塩化水素（水溶液、１，４−ジオキサン溶液等）も好ましく、塩化水素−１，４−ジオキサン溶液が特に好ましい。
工程ｋにおける酸の使用量は、オリゴヌクレオチド１モルに対し、１から１００モル使用することができ、好ましくは１から４０モルであり、より好ましくは１から３０モルであり、さらに好ましくは１から２０モルである。
工程ｋの反応温度は、工程ａと同様である。
工程ｋにおいて、生成する長鎖アルコキシトリアリールメチル化剤を、カチオン捕捉剤を用いてピロール又はインドール誘導体に付加して、除去してもよい。カチオン捕捉剤は、工程ａと同様の化合物を使用できる。
工程ｋで用いられるカチオン捕捉剤の使用量は、特に制限されないが、オリゴヌクレオチド１モルに対し、例えば１から１００モルであり、好ましくは１から５０モルであり、より好ましくは１から２０モルである。
工程ｋの後に、工程ｊ等のカップリング工程を実施する場合、脱保護剤として使用される酸が、カップリング反応中に存在すると、スキーム２１から２４中のオリゴヌクレオチド（ｉｉｉａ又はｉｉｉｂ）、（ｖｉｉａ又はｖｉｉｂ）の５’位若しくは３’位ヒドロキシ基のトリチル型擬似固相保護基の脱保護を誘発するため、クエンチ処理によって除去されることが必要である。クエンチ処理は、有機塩基により行う。
クエンチ処理に使用される有機塩基は、工程ａと同様である。
工程ｋの後に、工程ｅと同様の操作による沈殿化及び固液分離工程を行ってもよく、工程ｅと同様の操作を実施することが好ましい。工程ｋの後に、工程ｅと同様の操作を実施するとき、好ましくは１〜３回、より好ましくは１又は２回、さらに好ましくは１回、工程ｅと同様の操作が実施される。
工程ｋで選択的にトリチル型擬似固相保護基が除去された、レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドは、必要に応じて、工程ｅと同様の条件で、沈殿化及び固液分離工程を実施した後、スキーム３又は４中（ｉｉａ又はｉｉｂ）又はスキーム５又は６中（ｉｉａ又はｉｉｂ）として用い、それぞれ前記反応性リン化工程ｂ１又は工程ｂ２を実施できる。また、スキーム９又は１０中（ｉｉａ又はｉｉｂ）又はスキーム１３又は１４中（ｉｉａ又はｉｉｂ）として用い、それぞれ前記カップリング工程ｃ１又は工程ｃ２を実施できる。また、スキーム７又は８中（ｉｖａ又はｉｖｂ）又はスキーム１１又は１２中（ｉｖａ又はｉｖｂ）として用い、それぞれ前記カップリング工程ｃ１又は工程ｃ２と同様に、カップリング反応を実施し、縮合体を得ることができる（但し、この場合、スキーム７、８、１１及び１２中のＲは、前記レブリニル型擬似固相保護基である）。さらに、得られた縮合体は、スキーム１５又は１６中（ｖａ又はｖｂ）又はスキーム１７又は１８中（ｘａ又はｘｂ）として用い、それぞれ前記変換工程ｄ１又は工程ｄ２と同様に、亜リン酸ジエステル結合又は亜リン酸トリエステル結合を変換できる（但し、この場合、スキーム１５、１６、１７及び１８中のＲは、前記レブリニル型擬似固相保護基である）。
工程ｋで選択的にトリチル型擬似固相保護基が除去された、レブリニル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドは、特に好ましくは、反応性リン化工程（前記工程ｂ）を経てトリチル型擬似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドとのカップリング反応（前記工程ｊ）に使用できる。
レブリニル型擬似固相保護基及びトリチル型擬似固相保護基を使用してオリゴヌクレオチドを製造する方法は、例えば、以下のように表すことができる。
（１） ３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基、又はヒドロキシ基であるｎ個重合オリゴヌクレオチドと、
３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるｐ個重合オリゴヌクレオチドとを反応させ、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドとｐ個重合オリゴヌクレオチドとの結合体を生成するカップリング工程を含み、
ｎ及びｐは、それぞれ独立して、１以上の整数であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基であり、
ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
（２） ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、
ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位がヒドロキシ基である、（１）に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
（３） 前記カップリング工程の前に、３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’位のヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換し、ｎ個重合オリゴヌクレオチドを生成する反応性リン化工程を含む、（２）に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
（４） ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位がヒドロキシ基であり、
ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、（１）に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
（５） 前記カップリング工程の前に、５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該３’位のヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換し、ｐ個重合オリゴヌクレオチドを生成する反応性リン化工程を含む、（４）に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
（６） 前記カップリング工程の前に、３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該式（ＶＩ）で表される保護基を除去し、５’位にヒドロキシ基を生成する工程を含む、（１）から（５）のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
（７） 前記カップリング工程の前に、５’位が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該式（ＩＩ）で表される保護基を除去し、３’位にヒドロキシ基を生成する工程を含む、（１）から（６）のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
（８） 前記反応性リン含有基が、ヒドロキシホスフィニル基であり、カップリング工程が亜リン酸ジエステル結合を形成する、（１）から（７）のいずれか１つに記載の製造方法。
（９） 前記カップリング工程の後に、前記亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸ジエステル結合の変換工程を更に含む、（８）に記載の製造方法。
（１０） 前記反応性リン含有基が、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であり、カップリング工程が亜リン酸トリエステル結合を形成する、（１）から（７）のいずれか１つに記載の製造方法。
（１１） 前記カップリング工程の後に、前記亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸トリエステル結合の変換工程を更に含む、（１０）に記載の製造方法。
（１２） 少なくとも１つの工程の反応後に、反応液と極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させ、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、（１）から（１１）のいずれか１つに記載の製造方法。
（１３） 前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、（１２）に記載の製造方法。
レブリニル型擬似固相保護基及びトリチル型擬似固相保護基を使用してオリゴヌクレオチド製造するためのオリゴヌクレオチドは、好ましくは、下記式（Ｉａ）で表される化合物、該化合物の互変異性体又はその塩である。
Figure 2018203574
［式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
Ｂａｓｅは、それぞれ独立して、核酸塩基又は基本保護基で置換された核酸塩基を示し、
Ｘは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基又は４’位炭素原子に架橋する有機基を示し、
Ｙは、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基、基本保護基で置換されたスルファニル基、水素化ホウ素基、モノＣ１−６アルキルアミノ基又はジＣ１−６アルキルアミノ基を示し、
Ｖは、それぞれ独立して、酸素原子又は硫黄原子を示し、
Ｚ１１が、下記式（ＩＩ）で表される保護基、水素原子、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基又はヒドロキシホスフィニル基であるとき、Ｚ１２は、下記式（ＶＩ）で表される保護基を示し、
Ｚ１１が、下記式（ＶＩ）で表される保護基であるとき、Ｚ１２は、下記式（ＩＩ）で表される保護基、水素原子、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基又はヒドロキシホスフィニル基を示し、
式（ＩＩ）が、
Figure 2018203574
（式中、＊は、前記保護基が保護する基との結合位置を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基、又は、式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）であり、
式（ＶＩ）が、
Figure 2018203574
（式中、＊は、前記基が保護する基との結合位置を示し、
Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基、又は、
式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
Figure 2018203574
（式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である）である］化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
ここで、Ｖが硫黄原子のとき、該硫黄原子が結合するリン原子に結合するＹは、基本保護基で置換されたヒドロキシ基を示す。
Ｚ１１及びＺ１２の組み合わせは、好ましくは、Ｚ１１が、前記式（ＩＩ）で表される保護基又はヒドロキシホスフィニル基であり、Ｚ１２が、前記式（ＶＩ）で表される保護基であるか、又は、
Ｚ１１が、前記式（ＶＩ）で表される保護基であり、Ｚ１２は、前記式（ＩＩ）で表される保護基又はヒドロキシホスフィニル基である。
Ｚ１１及びＺ１２の組み合わせは、より好ましくは、Ｚ１１が、前記式（ＩＩ）で表される保護基又は、ヒドロキシホスフィニル基であり、Ｚ１２が、前記式（ＶＩ）で表される保護基である。
Ｚ１１及びＺ１２の組み合わせは、さらに好ましくは、Ｚ１１が、前記式（ＩＩ）で表される保護基であり、Ｚ１２が、前記式（ＶＩ）で表される保護基である。
式（Ｉａ）中、Ｚ１１及びＺ１２以外の記号の好適例は、工程ａから工程ｉの好適例と同様である。前記式（ＩＩ）で表される基及び前記式（ＶＩ）で表される基の好ましい例は、工程ａから工程ｉと同様である。
Ｚ１１又はＺ１２が、水素原子又は、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であるとき、前記式（ＶＩ）において、
ｓは２から５の整数であるか、又は
ｓが１であって、Ｒ１が、 式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
（式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、Ｒ４の炭素数が１０以上であることが好ましい。
その他の態様として、前記式（ＶＩ）において、ｓが１であって、Ｒ１が、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基であり、Ｒ１の炭素数が１９以上であることが好ましく、２１以上であることがより好ましい。
工程ａからｄの各出発原料は、固相合成機により合成して、使用することも可能である。例えば、スキーム２中３’位ヒドロキシ体（ｉｉｂ）及びスキーム１中５’位ヒドロキシ体（ｉｉａ）は、固相合成機により合成して、使用してもよい。
また、スキーム８中３’位ヒドロキシのＨ−ホスホネート体（ｉｉｉｂ）及びスキーム１２中３’位ヒドロキシのホスホロアミダイト体（ｖｉｉｂ）は、固相合成機により合成された３’位ヒドロキシ体（ｉｉｂ）から工程ｂ１又は工程ｂ２を実施して合成し、用いても良い。スキーム７中５’位ヒドロキシのＨ−ホスホネート体（ｉｉｉａ）及びスキーム１１中５’位ヒドロキシのホスホロアミダイト体（ｖｉｉａ）は、固相合成機により合成された５’位ヒドロキシ体（ｉｉａ）から工程ｂ１又は工程ｂ２を実施して合成し、用いてもよい。
また、工程ｈと同様の反応を、固相合成に適用することも可能である。
オリゴヌクレオチドの製造方法における出発物質は、既存の酸化、還元、加水分解、エステル化反応、アミド縮合等、一般的に知られている官能基変換法（例えば、コンプリヘンシブ・オーガニック・トランスフォーメーションズ第2版（Comprehensive Organic Transformations, Second Edition）、ラロック（R.C.Larock）著、ワイリー−ブイシーエイチ（Wiley-VCH）（1999年）など参照）を行うことにより製造できる。
例えば、２’位と４’位が−ＣＳＮＲ１４−（Ｒ１４は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）で架橋したリボースに、核酸塩基が結合したヌクレオシドは、対応する−ＣＯＮＲ１３−（Ｒ１３は水素原子又はＣ１−６アルキル基を示す）で架橋した構造を有するヌクレオシド等から、チオカルボニル化試薬（例えばローソン試薬等）を用いて、必要に応じて保護反応及び脱保護反応を行って、合成することができる。
擬似固相保護基が導入されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは以下に示す方法によって製造することができるが、下記製造方法は一般的な製造方法の一例を示すものであり、本実施形態に係る擬似固相保護基が導入されたヌクレオシド等の製造方法を限定するものではない。
前記式（ＩＩＩ）で表される擬似固相保護基のうち、ｍが０である基が導入されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、例えば、下記式（Ｘ−１）に示されるカルボン酸若しくは下記式（Ｘ−２）に示されるカルボン酸ハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基若しくは核酸塩基との反応により得ることができる。
Figure 2018203574
式中、Ｗは、ハロゲン原子を意味し、その他の記号は前記式（ＩＩＩ）における定義に同じである。
擬似固相保護基の導入にカルボン酸を用いる場合は、溶媒中、ジシクロヘキシルカルボジイミド、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−Ｏ−（ベンゾトリアゾール−１−イル）ウロニウムヘキサフルオロホスファート及びカルボニルジイミダゾール等の縮合剤を用いて、擬似固相保護基をヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドへ導入することができる。必要に応じて１−ヒドロキシベンゾトリアゾール等の添加剤を組み合わせて用いることができる。カルボン酸ハライドを用いる場合は、溶媒中、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミンなどの塩基を用いる方法が挙げられる。溶媒としては、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２−ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒；Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド系溶媒等が挙げられる。
当該カルボン酸若しくは酸ハライドは、既存の酸化、還元、加水分解等、一般的に知られている官能基変換法（例えば、コンプリヘンシブ・オーガニック・トランスフォーメーションズ第2版（Comprehensive Organic Transformations, Second Edition）、ラロック（R.C.Larock）著、ワイリー−ブイシーエイチ（Wiley-VCH）（1999年）など参照）を行うことにより製造できる。
また、Ｌ１とＬ２間の結合、Ｌ２とＬ３間の結合、Ｌ３とＬ４間の結合の内、任意の結合を上記縮合法や官能基変換法等を用いて形成させ、段階的に擬似固相保護基を導入することもできる。また、Ｌ２が、−ＣＯＯ−、−ＣＯＮ（Ｒ２）−、ＯＣＯ−又は−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−である場合、Ｌ２が含むエステル結合又はアミド結合を、上記縮合法や官能基変換法等を用いて形成させ、段階的に擬似固相保護基を導入することもできる。Ｌ４が、−ＣＯＯ−、−ＣＯＮ（Ｒ２）−、ＯＣＯ−又は−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−である場合も同様である。ここで、Ｒ２は前記定義に同じである。
例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、式（Ｘ−４）で表されるジカルボン酸無水物（コハク酸無水物等）とを反応させ、カルボキシ基を有する下記式（Ｘ−５）で表される基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを得た後に、該カルボキシ基を有する式（Ｘ−５）で表される基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、下記式（Ｘ−６）に示されるアルコール化合物又は下記式（Ｘ−７）に示されるアミン化合物とを縮合させ、前記式（ＩＩＩ）で表される擬似固相保護基のうち、ｍが０であり、Ｌ２が−ＣＯＯ−又は−ＣＯＮ（Ｒ２）−である基を有する、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを製造することができる。
Figure 2018203574
式中、Ｌ１は前記式（ＩＩＩ）における定義に同じである。
Figure 2018203574
式中の記号は前記式（ＩＩＩ）における定義に同じである。
Figure 2018203574
式中の記号は前記式（ＩＩＩ）における定義に同じである。
前記カルボキシ基を有する式（Ｘ−５）で表される基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドと、前記式（Ｘ−６）に示されるアルコール化合物又は前記式（Ｘ−７）に示されるアミン化合物との縮合は、通常、溶媒中、ジシクロヘキシルカルボジイミド、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−Ｏ−（ベンゾトリアゾール−１−イル）ウロニウムヘキサフルオロホスファート又はカルボニルジイミダゾール等の縮合剤を用いて行われる。必要に応じて１−ヒドロキシベンゾトリアゾール等の添加剤を組み合わせて用いることができる。溶媒は、前記式（Ｘ−１）若しくは式（Ｘ−２）に示される化合物と、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドとの反応と同様である。
また、例えば、下記式（Ｘ−８）若しくは（Ｘ−１０）に示されるカルボン酸又は下記式（Ｘ−９）若しくは（Ｘ−１１）に示されるカルボン酸ハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基若しくは核酸塩基とを、前記縮合反応と同様の条件で縮合させ、必要に応じてその後脱保護反応を行うことにより、下記式（Ｘ−１２）で表されるアルコール化合物又は下記式（Ｘ−１３）で表されるアミノ化合物を得て、得られた式（Ｘ−１２）で表されるアルコール化合物又は式（Ｘ−１３）で表されるアミノ化合物と、式（Ｘ−１４）で表されるカルボキシ化合物又は式（Ｘ−１５）で表されるアリールカルボン酸ハライドとを前記縮合反応と同様の条件で縮合させ、前記式（ＩＩＩ）で表される擬似固相保護基のうち、ｍが０であり、Ｌ４が−ＯＣＯ−又は−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−である基を有する、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを製造することができる。
Figure 2018203574
（式中、Ｐ１はヒドロキシ基の保護基を表し、Ｐ２はアミノ基の保護基を表し、Ｗはハロゲン原子を表し、その他の記号は前記式（ＩＩＩ）における定義に同じである。）Ｐ１は、ヒドロキシ基を保護する一時保護基又は基本保護基から選択することができ、Ｐ２は、アミノ基を保護する基本保護基から選択することができる。
Figure 2018203574
式中の記号は前記式（ＩＩＩ）における定義に同じである。
Figure 2018203574
式中の記号は前記式（ＩＩＩ）における定義に同じであり、Ｗはハロゲン原子を表す。
前記脱保護反応の条件は、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス（PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS）、第３版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（JOHN WILLY & SONS）出版（1999年）等を参照できる。
前記式（ＩＩＩ）に示される擬似固相保護基のうち、ｍが１である基が導入されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、例えば、下記式（Ｘ−３）に示されるアルキルハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基若しくは核酸塩基とを溶媒中で反応させることにより得ることができる。
Figure 2018203574
式中、Ｗは、ハロゲン原子を意味し、その他の記号は前記式（ＩＩＩ）における定義に同じである。
前記式（Ｘ−３）に示されるアルキルハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの反応には、塩基（炭酸カリウム、トリエチルアミン等）が用いられる。前記溶媒としては、前述のハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒、脂肪族系溶媒、エーテル系溶媒又はアミド系溶媒等が用いられ、中でもアミド系溶媒が用いられる。
前記式（Ｘ−３）に示されるアルキルハライドは、前記式（Ｘ−１）に示されるカルボン酸とクロロメタンスルホン酸クロリドを溶媒中で反応させることにより（国際公開第２０１４−１４４２８５号に記載の方法）、また前記式（Ｘ−１）に示されるカルボン酸、パラホルムアルデヒド及び塩化亜鉛を溶媒中で反応させることにより（ジャーナルオブメディシナルケミストリー、２００９年、５２巻、７７１頁−７７８頁の方法）、製造できる。
また、Ｌ１とＬ２の間の結合、Ｌ２とＬ３の間の結合、Ｌ３とＬ４の間の結合の内、任意の結合を上記縮合法や官能基変換法等を用いて形成させ、段階的に擬似固相保護基を導入することもできる。また、Ｌ２が、−ＣＯＯ−、−ＣＯＮ（Ｒ２）−、ＯＣＯ−又は−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−である場合、Ｌ２が含むエステル結合又はアミド結合を、上記縮合法や官能基変換法等を用いて形成させ、段階的に擬似固相保護基を導入することもできる。Ｌ４が、−ＣＯＯ−、−ＣＯＮ（Ｒ２）−、ＯＣＯ−又は−Ｎ（Ｒ２）ＣＯ−である場合も同様である。ここで、Ｒ２は前記定義に同じである。
前記式（ＩＩ）で表される保護基は、例えば、下記式（ＩＩ−１）に示されるカルボン酸若しくは下記式（ＩＩ−２）に示されるカルボン酸ハライドと、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基若しくは核酸塩基等との反応により得ることができる。
Figure 2018203574
（式中の記号は前記式（ＩＩ）における定義と同じである。）
Figure 2018203574
（式中、Ｗは、ハロゲン原子を意味し、その他の記号は前記式（ＩＩ）における定義と同じである。）
擬似固相保護基の導入にカルボン酸を用いる場合、カルボン酸ハライドを用いる場合の反応条件は、前述の通りである。
当該カルボン酸若しくは酸ハライドは、既存の酸化、還元、加水分解等、一般的に知られている前記の官能基変換法により製造できる。
前記式（ＶＩ）で表される擬似固相保護基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、必要に応じて保護と脱保護を行い、前記工程ｈと同様の条件で、合成できる。
アデニン、シトシン及び５−メチルシトシン等の核酸塩基のアミノ基の保護基がアミノカルボニル型保護基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、対応するアリールイソシアネート若しくはアリールアミン等と、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの核酸塩基との反応により得ることができる。
例えば、アリールイソシアネートを用いる前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基の導入は、溶媒中、対応するアリールイソシアネートを混合することで、実施できる。溶媒としては、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２−ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒；Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド系溶媒等が挙げられる。
アリールアミンを用いる前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基の導入は、溶媒中、塩基とケイ素試薬を用いてヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドのヒドロキシ基を保護した後、カルボニルジイミダゾールなどのカルボニル化剤で核酸塩基のアミノ基をカルボニル化し、対応するアリールアミンを添加することで、実施できる。溶媒としては、クロロホルム、ジクロロメタン、１，２−ジクロロエタン等のハロゲン系溶媒；ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン等の芳香族系溶媒；酢酸エチル、酢酸イソプロピル等のエステル系溶媒；ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、オクタン、ノナン、シクロヘキサン等の脂肪族系溶媒；テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、ｔｅｒｔ−ブチルメチルエーテル等のエーテル系溶媒；Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド系溶媒等が挙げられる。塩基としては、ピリジンなどの含窒素芳香環アミン、トリエチルアミン等の鎖状アミン、Ｎ−メチルモルホリン等の環状アミンなどが挙げられる。ピリジンを用いる場合、塩基兼溶媒として用いてもよい。ケイ素試薬としては、ＴＭＳＣｌ、トリメチルシリルブロミド、トリメチルシリルヨージド、トリメチルシリルトリフルオロメタンスルホネート、トリエチルシリルクロリド、トリイソプロピルシリルクロリド、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルクロリド、ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリルクロリド、フェニルジメチルシリルクロリド、ジフェニルメチルシリルクロリド、トリフェニルシリルクロリドなどを用いることができる。
アリールイソシアネートを用いる場合でも、アリールアミンを用いる場合と同様に、ピリジン溶媒中、ＴＭＳＣｌでヒドロキシ基を保護した後にアリールイソシアネートと反応させてもよい。
Ｃ５−１０ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、アラルキルアミノカルボニル基及びモノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基も、対応するイソシアネート若しくはアミンを用いて、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基の導入と同様に、導入できる。
カップリング工程で使用されるｐ個重合オリゴヌクレオチドである、スキーム７から１４中、（ｉｖａ若しくはｉｖｂ）、（ｖｉｉｉａ若しくはｖｉｉｉｂ）又は（ｘｉａ若しくはｘｉｂ）で表されるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、従来のホスホロアミダイト法又はＨ−ホスホネート法により、又は前記工程ａから工程ｇの条件を用いて合成できる。例えば、前記（ｖｉｉｉａ若しくはｖｉｉｉｂ）又は（ｘｉａ若しくはｘｉｂ）で表されるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドは、その反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基部分がヒドロキシ基である化合物を、上述の工程ｂの条件でＨ−ホスホネート化又はホスホロアミダイト化することにより、合成できる。
製造されたオリゴヌクレオチドは、各種人体用又は動物用の医薬品（ＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴヌクレオチド医薬、等）、機能性食品、特定保健食品、食品、化成品、生体用高分子材料、工業用高分子材料等の各種用途に使用することができる。
次に実施例を挙げて本発明を具体的に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。なお、実施例中、ＮＭＲは核磁気共鳴スペクトルを、ＭＳは質量分析を意味する。
１Ｈ−ＮＭＲデータが記載されている場合には、３００ＭＨｚ（ＪＮＭ−ＥＣＰ３００；日本電子（ＪＥＯＬ）社製、又はＪＮＭ−ＥＣＸ３００；日本電子（ＪＥＯＬ）社製）で測定し、テトラメチルシランを内部標準としたシグナルの化学シフトδ（単位：ｐｐｍ）（分裂パターン、積分値）を表す。「ｓ」はシングレット、「ｄ」はダブレット、「ｔ」はトリプレット、「ｑ」はカルテット、「ｑｕｉｎｔ」はクインテット、「ｄｄ」はダブレット・オブ・ダブレット、「ｄｔ」はダブレット・オブ・トリプレット、「ｍ」はマルチプレット、「ｂｒｓ」はブロードシングレット、「ＣＤＣｌ３」は重クロロホルム、「ＤＭＳＯ−ｄ６」は重ジメチルスルホキシドを意味する。
３１Ｐ−ＮＭＲデータが記載されている場合には、ＪＮＭ−ＥＣＸ３００；日本電子（ＪＥＯＬ）社製）で測定したシグナルの化学シフトδ（単位：ｐｐｍ）を表す。
ＭＳは、下記表１に記載の条件１〜７のいずれかで、ＥＳＩ（エレクトロスプレーイオン化）法を用いて測定した。特に記述がない場合は、条件１で測定した。「ＥＳＩ＋」はＥＳＩ正イオンモード、「ＥＳＩ−」はＥＳＩ負イオンモードを意味する。
Figure 2018203574
なお、表１中の略語は、以下の通りである。
装置Ａ：ＡＢ ＳＣＩＥＸ ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ ５６００
装置Ｂ：ＢＲＵＫＥＲ ｍａＸｉｓ
カラムＡ：Ｋｉｎｅｔｅｘ ＰＦＰ（２．６μｍ、２．１×７５ｍｍ）
カラムＢ：ＸＢｒｉｄｇｅＣ１８（２．６μｍ、２．１×７５ｍｍ）
カラムＣ：Ｌ−ｃｏｌｕｍｎ ＯＤＳ（３．０μｍ、３．０×１５０ｍｍ）
溶離液種類Ａ：有機層は、テトラヒドロフラン［ＴＨＦ］／アセトニトリル［ＭｅＣＮ］＝１／１（体積比）を、水層は、１０ｍＭ ギ酸アンモニウム水溶液を用いた。
溶離液種類Ｂ：有機層は、ＭｅＣＮを、水層は、水を用いた。
溶離液組成Ａ：有機層と水層の混合比（体積比）を５０／５０で測定開始後、１０分間で９０／１０に直線的に変えた。その後５分間、当該混合比を９０／１０に固定した。
溶離液組成Ｂ：有機層と水層の混合比（体積比）を５０／５０で測定開始後、５分間固定し、８分間で９５／５に直線的に変えた。その後５分間、当該混合比を９５／５に固定した。
溶離液組成Ｃ：有機層と水層の混合比（体積比）を２／９８で測定開始後、１２分間で９８／２に直線的に変えた。その後３分間、当該混合比を９８／２に固定した。
溶離液組成Ｄ：有機層と水層の混合比（体積比）を９０／１０で測定開始後、８分間固定し、２分間で９９／１に直線的に変えた。その後５分間、混合比を９９／１に固定した。
溶離液組成Ｅ：有機層と水層の混合比（体積比）を９０／１０で測定開始後５分間固定し、８分間で９９／１に直線的に変えた。その後５分間、当該混合比を９９／１に固定した。
溶離液組成Ｆ：有機層と水層の混合比（体積比）を７０／３０で測定開始後、１０分間で９０／１０に直線的に変えた。その後５分間、当該混合比を９０／１０に固定した。
シリカゲルカラムクロマトグラフィーでの精製は、特に記述がない場合は、山善製Ｈｉ−Ｆｌａｓｈカラムを用いた。シリカゲルカラムクロマトグラフィーで使用された混合溶媒の比は、体積比である。
薄層シリカゲルクロマトグラフィーでの精製は、特に記述がない場合は、メルク社製ＰＬＣプレートを用いた。薄層シリカゲルカラムクロマトグラフィーで使用された混合溶媒の比は、体積比である。
表２から４中、「Ｎｏ．」は、化合物番号を意味する。
実施例１−１：化合物４の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物３の合成
窒素雰囲気下、化合物１（国際公開第２０１４−０７７２９２号に記載の方法に準じて合成した）（３．７５ｇ、４．０ｍｍｏｌ）、及び化合物２（New Journal of Chemistry, 2016, 40, 8786-8808に記載の方法に準じて合成した）（１．８５ｇ、６．５ｍｍｏｌ）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド［ＤＭＦ］（７７ｍＬ）懸濁液に、６０℃で炭酸水素ナトリウム（０．６８ｇ、８．１ｍｍｏｌ）を加え、２２時間５２分間撹拌した。室温まで冷却し、反応混合物にＴＨＦ（４０ｇ）を加えて撹拌した後、吸引ろ過を行い、不溶物を除いた。得られたろ液を減圧下濃縮し、反応混合物をメタノール［ＭｅＯＨ］（５０１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３（４．１ｇ、収率９０％）を淡黄色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.87(t,9H),1.08-1.80(m,96H),2.73-2.82(m,4H),4.00-4.05(m,6H),4.88-4.90(m,2H),5.11-5.12(m,2H),7.25-7.37(m,7H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1131.9532.（条件１）
工程２ 化合物４の合成
窒素雰囲気下、化合物３（３．９９ｇ、３．５ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（５３ｇ）溶液に、室温で１０％パラジウム−炭素（Ｋタイプ）（０．３９ｇ）を加え、水素置換を行い６時間１０分間撹拌した。窒素置換を行った後に、セライトろ過を行い、不溶物を除いた。得られたろ液を減圧下濃縮し、反応混合物をＭｅＣＮ（５０８ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４（３．６ｇ、収率９７％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.86(t,9H),1.13-1.81(m,96H),2.72-2.77(m,4H),4.00-4.02(m,6H),4.86-4.92(m,2H),7.23-7.34(m,2H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1041.9151.（条件１）
実施例１−２：化合物６の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物６の合成
窒素雰囲気下、化合物４（１．０ｇ、０．９６ｍｍｏｌ）、化合物５（東京化成工業社製）（０．８７ｇ、１．６ｍｍｏｌ）、及びＮ，Ｎ−ジメチルアミノピリジン［ＤＭＡＰ］（０．１８ｇ、１．５ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（３１ｇ）溶液に、室温で１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩［ＷＳＣ・ＨＣｌ］（０．２９ｇ、１．５ｍｍｏｌ）を加え、３０時間５４分間撹拌した。反応混合物をＭｅＣＮ（３０３ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６（１．４ｇ、収率９４％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.26-1.79(m,99H),2.42-2.46(m,2H),2.65-2.69(m,2H),2.79-2.83(m,2H),3.44(d,2H),3.78(s,6H),4.00(q,6H),4.13(d,1H),4.89(s,2H),5.46(d,1H),6.41(q,1H),6.83(d,4H),7.24-7.39(m,11H),7.57(s,1H)．
MS(ESI-):[M-H]- 1566.1142.（条件１）
工程２ 化合物７の合成
窒素雰囲気下、化合物６（１．４ｇ、０．８７ｍｍｏｌ）、及びインドール（０．４０ｇ、３．５ｍｍｏｌ）の塩化メチレン溶液（２０ｍＬ）を１０℃に冷却し、ホスホン酸（１．０ｇ、１３ｍｍｏｌ）を加え、４０分間撹拌した。塩化メチレン（５．０ｍＬ）を追加して３時間２３分間撹拌した。ピリジン（５．０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をＭｅＣＮ（５００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物７（１．１ｇ、収率９９％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.26-1.83(m,96H),1.92(d,3H),2.38-2.47(m,2H),2.68(t,2H),2.83(t,2H),3.89-3.91(m,2H),4.01(q,6H),4.09(d,2H),4.90(s,2H),5.35-5.37(m,1H),6.17-6.21(m,1H),7.29(s,2H),7.46(d,2H),8.33(brs,1H)．
MS(ESI-):[M-H]- 1263.9780.（条件１）
実施例２：化合物９の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物７（９７ｍｇ、７７μｍｏｌ）及び化合物８（Link Technologies社から購入）（０．３３ｇ、０．３８ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（６．０ｍＬ）及びＭｅＣＮ（０．６０ｍＬ）の混合溶液に、室温で５−（ベンジルチオ）−１Ｈ−テトラゾール［ＢＴＴ］（８１ｍｇ、０．４２ｍｍｏｌ）を加え、１時間５１分間撹拌した。その後０．１Ｍのヨウ素を含む、ピリジン、ＴＨＦ及び水の溶液（４．０ｍＬ、０．４０ｍｍｏｌ）を加え、１時間３６分間撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＯＨ（６０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物９（０．１４ｇ、収率９０％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.25-1.82(m,96H),1.91-1.92(m,3H),2.26-2.44(m,2H),2.66-2.81(m,7H),3.10-3.18(m,1H),3.39-3.50(m,2H),3.77(s,6H),3.97-4.03(m,6H),4.16-4.46(m,6H),4.87(s,2H),5.27-5.33(m,2H),6.21-6.30(m,1H),6.48-6.52(m,1H),6.77-6.81(m,4H),7.23-7.37(m,12H),7.52-7.60(m,3H),8.01(s,1H),8.03(s,1H),8.14(s,1H),8.70(d,1H),9.02(s,1H)．
31P-NMR:(300MHz;CDCl3)δ-2.02,-1.94．
MS(ESI+):[M+H]+ 2038.2223.（条件１）
実施例３：化合物１０の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物９（５０ｍｇ、２５μｍｏｌ）のＴＨＦ（１．０ｍＬ）溶液に室温でピリジン（０．５０ｍＬ）及び酢酸（０．２５ｍＬ）を加えた後に１０℃に冷却し、ヒドラジン一水和物（３．６μＬ、７４μｍｏｌ）を加え、２時間３１分間撹拌した。ＴＨＦ（１．０ｍＬ）を加え、３時間５９分間撹拌した。アセチルアセトン（５０μＬ）を加えて室温に昇温し、減圧下濃縮した。その後、反応混合物をＭｅＯＨ（５．１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、固体をＭｅＯＨで洗浄した。得られたろ液を減圧下濃縮し、薄層シリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム／ＭｅＯＨ＝９／１、体積比）にて精製し、化合物１０（２４ｍｇ、収率９６％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ1.81-1.83(m,3H),2.25(t,2H),2.84-2.86(m,3H),3.31-3.42(m,3H),3.73-3.74(m,6H),4.04-4.06(m,1H),4.25-4.44(m,6H),5.40-5.46(m,1H),6.19-6.25(m,1H),6.50-6.55(m,1H),6.74-6.79(m,4H),7.17-7.57(m,13H),8.05-8.08(m,2H),8.42-8.44(m,1H),8.56-8.57(m,1H)．
31P-NMR:(300MHz;CDCl3)δ3.81,4.01．
MS(ESI+):[M+H]+ 1015.3334.（条件３）
実施例４：化合物１０の合成
窒素雰囲気下、化合物９（１０ｍｇ、４．７μｍｏｌ）のＴＨＦ（０．２０ｍＬ）溶液に室温でピリジン（０．１０ｍＬ）及び酢酸（５０μＬ）を加えた後に１０℃に冷却し、５０％ヒドロキシルアミン水溶液（０．９０μＬ、１４μｍｏｌ）を加え、１時間３０分間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物１０の生成を確認した。
実施例５：化合物１０の合成
窒素雰囲気下、化合物９（９．３ｍｇ、４．６μｍｏｌ）のＴＨＦ（０．４０ｍＬ）溶液に室温で酢酸（５０μＬ）を加えた後に０℃に冷却し、メチルヒドラジン（３．９μＬ、７４μｍｏｌ）を加え、１６時間５０分間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物１０が主生成物であることを確認した。
実施例６：化合物１１の生成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物７（４．６ｍｇ、３．６μｍｏｌ）のＴＨＦ（０．２０ｍＬ）溶液に室温で酢酸（５０μＬ）を加え、室温で水（１．３μＬ、７２μｍｏｌ）、メチルヒドラジン（０．７８μＬ、１５μｍｏｌ）を加え、４時間４０分間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物１１が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+H]+ 1051.9344.（条件１）
実施例７：化合物１３の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物７（５０ｍｇ、３９μｍｏｌ）及び化合物１２（Link Technologies社から購入）（４９ｍｇ、６６μｍｏｌ）の塩化メチレン（３．４ｇ）及びＭｅＣＮ（０．４２ｇ）の混合溶液に、室温でＢＴＴ（３０ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）を加え、１時間５５分撹拌した（カップリング反応）。その後３−（（Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノメチリデン）アミノ）−３Ｈ−１，２，４−ジチアゾール−５−チオン［ＤＤＴＴ］（１６ｍｇ、７６μｍｏｌ）を加え、１時間３０分撹拌した（硫化反応）。その後、反応混合物を２分割して１０℃に冷却し、トリフルオロ酢酸［ＴＦＡ］（１５μＬ、０．２０ｍｍｏｌ）を加えて２時間２９分間撹拌した。ＭｅＯＨ（０．５０ｇ）を加えて１０分間撹拌し、ピリジン（１６μＬ、０．２０ｍｍｏｌ）を加えて１０分間撹拌した。３５℃に昇温し、１４時間３１分間撹拌した。ＭｅＯＨ（３０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１３（２２ｍｇ、収率６８％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.21-1.83(m,96H),1.89(s,3H),1.96(s,3H),2.28-2.84(m,11H),3.88(s,2H),3.98-4.04(m,6H),4.20-4.34(m,4H),4.90(s,2H),5.15-5.36(m,2H),6.15(t,1H),6.29(t,1H),7.26-7.42(m,3H),7.44(d,3H)．
31P-NMR:(300MHz;CDCl3)δ66.98,67.34．
MS(ESI+):[M+H]+ 1639.0296.（条件１）
実施例８：化合物１６の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１５の合成
窒素雰囲気下、化合物４（０．８０ｇ、０．７７ｍｍｏｌ）、化合物１４（Hongene Biotech社製）（０．７２ｇ、１．２ｍｍｏｌ）、及びＤＭＡＰ（０．１４ｇ、１．２ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（３０ｇ）溶液に、室温でＷＳＣ・ＨＣｌ（０．２２ｇ、１．２ｍｍｏｌ）を加え、１９時間２０分間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮後、ＭｅＣＮ（１０３ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１５（１．２ｇ、収率９７％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.24-1.80(m,99H),2.69-2.75(m,4H),3.26(s,3H),3.38-4.01(m,18H),4.24(d,1H),4.42-4.47(m,1H),4.90(s,2H),5.40(q,1H),6.00-6.08(m,1H),6.82-6.85(m,4H),7.23-7.37(m,11H),7.55(d,1H)．
MS(ESI+):[M+NH4]+ 1659.1710.（条件１）
工程２ 化合物１６の合成
窒素雰囲気下、化合物１５（１．２ｇ、０．７３ｍｍｏｌ）、及びインドール（０．２６ｇ、２．２ｍｍｏｌ）の塩化メチレン溶液（２５ｍＬ）を１０℃に冷却し、ＴＦＡ（０．２８ｍＬ、３．７ｍｍｏｌ）を加え、３時間３２分間撹拌した。ピリジン（０．３０ｍＬ、３．７ｍｍｏｌ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をＭｅＯＨ（３００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１６（０．９７ｇ、収率９７％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1340.0201.（条件１）
実施例９：化合物１９の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１８の合成
実施例８の工程１と同様の条件で、化合物１４の代わりに化合物１７（Hongene Biotech社製）（０．８５ｇ、１．２ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１８（１．２ｇ、収率９１％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.25-1.82(m,96H),2.79-2.83(m,4H),3.14(s,3H),3.36-3.66(m,6H),3.77(s,6H),3.96-4.04(m,6H),4.37(q,1H),4.91(d,2H),5.06(t,1H),5.54(q,1H),6.16(d,1H),6.79(d,4H),7.22-7.61(m,14H),8.03(d,2H),8.21(s,1H),8.71(s,1H),9.02(brs,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1755.1882.（条件１）
工程２ 化合物１９の合成
窒素雰囲気下、化合物１８（１０ｍｇ、５．７μｍｏｌ）の塩化メチレン溶液（０．２ｍＬ）を１０℃に冷却し、ＴＦＡ（４．４μＬ、５８μｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物１９が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+H]+ 1453.0515.（条件１）
実施例１０：化合物２２の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物２１の合成
実施例８の工程１と同様の条件で、化合物１４の代わりに化合物２０（Hongene Biotech社製）（０．８２ｇ、１．２ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物２１（１．３ｇ、収率９４％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.75(d,3H),0.85-0.95(m,12H),1.20-1.82(m,96H),2.70-2.82(m,4H),3.11-3.77(m,16H),3.96-4.04(m,6H),4.25(d,1H),4.91(d,2H),5.12(q,1H),5.60(q,1H),5.81(d,1H),6.76-6.81(m,4H),7.22-7.52(m,11H),7.82(s,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1737.1490.（条件１）
工程２ 化合物２２の合成
実施例９の工程２と同様の条件で、化合物１８の代わりに化合物２１（１．２ｇ、０．６８ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、３時間２５分間撹拌した。ＭｅＯＨ（１．０ｍＬ）を加えて１０分間撹拌し、ピリジン（０．８２ｍＬ、１０ｍｍｏｌ）を加えて１２分間撹拌した。室温に昇温した後、ＭｅＯＨ（３０１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物２２（０．９５ｇ、収率９８％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88-1.85(m,111H),2.62-2.87(m,4H),3.13(s,3H),3.29-4.04(m,13H),4.32(s,1H),4.70(q,1H),4.94(q,2H),5.55(d,1H),5.81(d,1H),7.29(s,2H),7.78(s,1H),8.45(s,1H),12.11(brs,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1435.0575.（条件１）
実施例１１：化合物２４の合成
Figure 2018203574
実施例７と同様の条件で、化合物７の代わりに化合物２２（０．９３ｇ、０．６５ｍｍｏｌ）を、化合物１２の代わりに化合物２３（Hongene Biotech社製）（１．７０ｇ、１．９ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施した。硫化反応後の反応混合物をＭｅＯＨ（３００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物２４（１．４ｇ、収率９２％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.86-1.83(m,117H),2.60-2.89(m,8H),3.16-3.78(m,22H),3.97-4.39(m,12H),4.71(t,1H),4.85-4.92(m,3H),5.55(d,1H),5.89(d,1H),6.80-6.83(m,4H),7.22-7.31(m,9H),7.40-7.42(m,2H),7.78-7.81(m,1H),7.93(s,1H),8.69-8.94(m,1H),9.97-10.53(m,1H),12.23(brs,1H)．
31P-NMR:(300MHz;CDCl3)δ67.83,68.37．
MS(ESI+):[M+H]+ 2279.3339.(条件２)
実施例１２：化合物２８の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物２５の合成
窒素雰囲気下、オクタデシルブロミド（東京化成工業社製）（３．１ｇ、９．３ｍｍｏｌ）、及び２，４，６−トリヒドロキシ安息香酸メチル（Alfa Aesar社製）（０．５５ｇ、３．０ｍｍｏｌ）のＤＭＦ（３．０ｍＬ）懸濁液に、室温で炭酸カリウム（２．６ｇ、１９ｍｍｏｌ）を加え、７０℃に昇温して１９時間４８分間撹拌した。室温まで冷却し、水とジエチルエーテルを加えて分液した。得られた水層をジエチルエーテルで２回抽出し、得られた有機層を合わせて、塩化ナトリウム水溶液で洗浄した。得られた水層をジエチルエーテルで抽出し、得られた有機層を合わせて、減圧下濃縮した。シリカゲルカラムクロマトグラフィー（ヘキサン／クロロホルム＝９／１→１／１）により精製し、化合物２５（１．４ｇ、収率５１％）を白色ロウ状固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.06-1.80(m,96H),3.84(s,3H),3.90-3.95(m,6H),6.05(s,2H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 941.8906.（条件１）
工程２ 化合物２６の合成
窒素雰囲気下、化合物２５（０．２８ｇ、０．２９ｍｍｏｌ）のエタノール（２．０ｇ）懸濁液に、室温で水酸化カリウム（０．１９ｇ、３．５ｍｍｏｌ）を加え、８０℃に昇温して２４時間２０分間撹拌した。室温まで冷却し、反応混合物を減圧下濃縮し、３５％塩酸（０．３６ｇ）と水（３．３ｇ）の混合液を加えて、析出した固体をろ過した。得られた粗物にＭｅＯＨ（５．０ｇ）を加えて５０℃に昇温し、析出した固体をろ過し、化合物２６（０．２４ｇ、収率８７％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.06-1.79(m,96H),3.89-3.97(m,6H),6.07(s,2H)．
MS(ESI-):[M-H]- 925.8669.（条件１）
工程３ 化合物２７の合成
実施例１−１の工程１と同様の条件で、化合物１の代わりに化合物２６（０．１９ｇ、０．２０ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施した。室温まで冷却し、反応混合物にＴＨＦ（３ｍＬ）を加えて撹拌した後、吸引ろ過を行い、不溶物を除いた。得られたろ液を減圧下濃縮し、反応混合物を氷冷したＭｅＯＨ（１０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物２７（０．２０ｇ、収率８４％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.25-1.80(m,96H),2.67(t,3H),2.92(t,3H),3.93(t,6H),4.76(s,2H),5.11(s,2H),6.06(s,2H),7.30-7.35(m,5H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1131.9482.（条件１）
工程４ 化合物２８の合成
実施例１−１の工程２と同様の条件で、化合物３の代わりに化合物２７（０．１７ｇ、０．１５ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施した。窒素置換を行った後に、セライトろ過を行い、不溶物を除いた。得られたろ液を減圧下濃縮し、反応混合物を氷冷したＭｅＣＮ（２０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物２８（０．１５ｇ、収率９２％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.06-1.79(m,96H),2.67-2.87(m,4H),3.91-3.97(m,6H),4.75-4.77(m,2H),6.07(s,2H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1041.9039.（条件１）
実施例１３：化合物２９の合成
Figure 2018203574
実施例１−２の工程１と同様の条件で、化合物４の代わりに化合物２８（０．１２ｇ、０．１２ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施した。反応混合物をＭｅＯＨ（２０ｇ）に加えた後に氷冷し、析出した固体をろ過し、化合物２９（０．１２ｇ、収率６５％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.10-1.79(m,99H),2.42-2.92(m,6H),3.05-3.49(m,2H),3.79(s,6H),3.92-3.96(m,6H),4.14(s,1H),4.76(s,2H),5.46(d,1H),6.07(s,2H),6.42(t,1H),6.83(d,4H),7.23-7.60(m,10H)．
MS(ESI+):[M+NH4]+ 1585.1657.（条件１）
実施例１４：化合物３０の生成
Figure 2018203574
実施例１２の工程３と同様の条件で、化合物２６（１０ｍｇ、１１μｍｏｌ）を用いて反応を実施して得られた、化合物２７の固体をＴＨＦに溶解した（０．９０ｇ）。このうち０．４０ｇを用いて、実施例５と同様の条件で、化合物９の代わりに化合物２７を用いて反応を実施し、室温で１時間５０分間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物３０が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+H]+ 1051.9392.（条件１）
実施例１５：化合物３１の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）−Ｎ−メチル−３，４，５−トリス（オクタデシルオキシ）ベンズアミド（特開第２００１−２５３８９６号に記載の方法に準じて合成した）（５．０ｇ、５．１ｍｍｏｌ）と無水コハク酸（１．０ｇ、１０ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５０ｇ）溶液に、室温でトリエチルアミン（２．１ｍＬ、１５ｍｍｏｌ）を加え、１時間５７分撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（５１３ｇ）に加えて固体を析出させた後にろ過し、化合物３１（５．３ｇ、収率９５％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.86-0.90(m、9H)、1.09-1.84(m、96H)、2.65(s、4H)、3.05(s、3H)、3.76(brs、2H)、3.96(t、6H)、4.38(brs、2H)、6.58(s、2H).
MS(ESI):[M-H]- 1082.9343.（条件１）
実施例１６：化合物３５の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物３２の合成
窒素雰囲気下、５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシシチジン（ジャーナルオブオーガニックケミストリー、２０１１年、７６巻、１０５頁−１２６頁に記載の方法に準じて合成した）（２．５ｇ、７．３ｍｍｏｌ）と化合物３１（５．３ｇ、４．９ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１５５ｍＬ）及びＤＭＦ（２５ｍＬ）の混合溶液に、４０℃で１−ヒドロキシベンゾトリアゾール［ＨＯＢｔ］（無水）（０．７４ｇ、５．５ｍｍｏｌ）を加え、続いてＷＳＣ・ＨＣｌ（１．９ｇ、９．９ｍｍｏｌ）を加えて、１時間４０分撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮した後にＭｅＯＨ（５０３ｇ）に加えて固体を析出させた後にろ過し、化合物３２（６．８ｇ、収率９８％）を黄色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.09-0.10(m、6H)、0.84-0.90(m、18H)、1.20-1.81(m、96H)、2.12-2.21(m、1H)、2.28-2.36(m、1H)、2.61-2.77(m、5H)、3.05(s、3H)、3.76(brs、2H)、3.81-3.97(m、8H)、4.07(q、1H)、4.37(brs、2H)、4.40-4.45(m、1H)、6.29(t、1H)、6.57(s、2H)、7.31(d、1H)、8.31(d、1H)、8.88(brs、1H).
MS(ESI-):[M-H]- 1406.1107.（条件１）
工程２ 化合物３３の合成
窒素雰囲気下、化合物３２（６．７ｇ、４．８ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（０．０６２ｇ、０．５０ｍｍｏｌ）、及びレブリン酸（０．８６ｇ、７．４ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（６９ｇ）溶液に、室温でＷＳＣ・ＨＣｌ（１．４ｇ、７．５ｍｍｏｌ）を加え、５０分間撹拌した。その後、ＤＭＡＰ（０．２６ｇ、２．１ｍｍｏｌ）を加えて、室温で３日間撹拌した。反応混合物をろ過後に、得られたろ液を減圧下濃縮し、ＴＨＦ（３８ｇ）を加えて溶液とした後、ＭｅＣＮ（５０５ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３３（６．７ｇ、収率９３％）を淡黄色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.09(s、6H)、0.86-0.90(m、18H)、1.26-1.81(m、96H)、2.01-2.13(m、2H)、2.20(s、3H)、2.52-2.80(m、8H)、3.06(s、3H)、3.77(brs、2H)、3.86-3.98(m、8H)、4.20(s、1H)、4.38(brs、2H)、5.26(d、1H)、6.32-6.37(m、1H)、6.57(s、2H)、7.33(d、1H)、8.27(d、1H)、9.17(brs、1H).
MS(ESI-):[M-H]- 1504.1412.（条件１）
工程３ 化合物３４の合成
窒素雰囲気下、化合物３３（６．５ｇ、４．３ｍｍｏｌ）、及び酢酸（２．９ｍＬ、５０ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（７１ｇ）溶液に、３０℃で１．０Ｍ テトラ−ｎ−ブチルアンモニウムフルオリド［ＴＢＡＦ］／ＴＨＦ溶液（２８ｍＬ、２８ｍｍｏｌ）を加え、４時間５３分撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＯＨ（５３１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３４（６．０ｇ、定量的）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t、9H)、1.20-1.80(m、96H)、2.20(s、3H)、2.38-2.80(m、10H)、3.05(s、3H)、3.78(brs、2H)、3.88-3.98(m、8H)、4.18(d、1H)、4.39(brs、2H)、5.36(quint、1H)、6.20(dd、1H)、6.59(s、2H)、7.21-7.31(m、1H)、8.19(d、1H).
MS(ESI-):[M-H]- 1390.0541.（条件１）
工程４ 化合物３５の合成
窒素雰囲気下、亜リン酸（１．２０ｇ、１４．６ｍｍｏｌ）のピリジン（４０ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２−ジメチルブチリルクロリド（１．２８ｍＬ、９．３ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。この溶液に化合物３４（２．０ｇ、１．４ｍｍｏｌ）を加えて４０℃で１時間２３分撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮに加えて析出した固体をろ過し、化合物３５（２．２ｇ）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t、9H)、1.26-1.83(m、96H)、2.19(s、3H)、2.38-2.88(m、10H)、3.06(s、3H)、3.75(brs、2H)、3.92-4.35(m、11H)、5.37(d、1H)、6.17(t、1H)、6.58(s、2H)、6.88(d、1H)、7.26-7.28(m、1H)、8.51(d、1H).
31P-NMR:(300MHz;CDCl3)δ5.73.
MS(ESI-):[M-H]- 1454.0237.（条件１）
実施例１７：化合物４１の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物３７の合成
窒素雰囲気下、化合物３５（１．２ｇ）のピリジン（２０ｍＬ）溶液に５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）チミジン（東京化成工業社製）（０．４４ｇ、０．８０ｍｍｏｌ）、及び炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．６７ｇ、１．７ｍｍｏｌ）を加え、２３分間撹拌した。その後Ｎ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（テトラへドロン、１９９７年、５３巻、１４４１１−１４４１６頁に記載の方法に準じて合成した）（０．１９ｇ、０．８３ｍｍｏｌ）を加え、１時間３２分間撹拌した。その後、亜リン酸トリエチル（９０μＬ、０．５２ｍｍｏｌ）、水（０．２８ｍＬ、１６ｍｍｏｌ）を加えて２５℃で５０分間撹拌し、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（２５ｇ）を加えて減圧下濃縮する操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（２０ｍＬ）を加え、ピロール（０．１１ｍＬ、１．６ｍｍｏｌ）、ジクロロ酢酸（０．４３ｍＬ、５．３ｍｍｏｌ）を１０℃で加え、２時間２７分間撹拌した。ピリジン（３．０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をＭｅＣＮ（２００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３６（０．７２ｇ）を薄い肌色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t、9H)、1.25-1.89(m、99H)、2.20(s、3H)、2.21-2.89(m、13H)、3.06-3.20(m、5H)、3.21-3.98(m、11H)、4.19-4.4.44(m、6H)、5.32-5.34(m、2H)、6.10-6.23(m、2H)、6.58(s、2H)、7.41(t、1H)、7.51(d、1H)、7.95-8.08(m、1H)、8.70-9.60(m、2H).
31P-NMR:(300MHz;CDCl3)δ27.55、27.94.
MS(ESI+):[M+H]+ 1765.1162.（条件１）
窒素雰囲気下、得られた化合物３６（０．７２ｇ）の塩化メチレン（１５ｍＬ）とピリジン（２．３ｍＬ）の混合溶液に室温でホスホン酸（０．５６ｇ、６．８ｍｍｏｌ）を加え、２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．５６ｍＬ、４．１ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて３１分間撹拌し、２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．４２ｍＬ、３．１ｍｍｏｌ）を加えてさらに２３分間撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（２０３ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３７（０．７２ｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1829.0819.（条件１）
工程２ 化合物３９の合成
窒素雰囲気下、化合物３７（０．７２ｇ）のピリジン（１９ｍＬ）溶液にＮ４−ベンゾイル−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−２’−デオキシシチジン（東京化成工業社製）（０．４９ｇ、０．７７ｍｍｏｌ）、炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．６０ｇ、１．５ｍｍｏｌ）を加え、２２分間撹拌した（カップリング反応）。その後、硫化剤としてＮ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．１８ｇ、０．７６ｍｍｏｌ）を加え、１時間１０分間撹拌した（硫化反応）。その後、反応混合物を２分割し、一方を減圧下濃縮した。トルエン（１０ｇ）を加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１０ｍＬ）を加え、ピロール（５１μＬ、０．７４ｍｍｏｌ）、ジクロロ酢酸（０．２０ｍＬ、２．４ｍｍｏｌ）を１０℃で加え、２時間１０分撹拌した。ピリジン（１．２ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をさらに２分割し、一方をＭｅＣＮ（５０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３８（０．１８ｇ）を薄い肌色固体として得た。
窒素雰囲気下、得られた化合物３８（０．１８ｇ）の塩化メチレン（３．０ｍＬ）とピリジン（０．５０ｍＬ）の混合溶液に室温でホスホン酸（０．１２ｇ、１．５ｍｍｏｌ）を加え、２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．１３ｍＬ、０．９６ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて５７分間撹拌し、２，２−ジメチルブチリルクロリド（３３μＬ、０．２４ｍｍｏｌ）を加えてさらに４０分間撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（５１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物３９（０．１５ｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2291.1664.（条件１）
工程３ 化合物４０の合成
工程２と同様の条件で、化合物３７の代わりに化合物３９を、Ｎ４−ベンゾイル−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−２’−デオキシシチジンの代わりにＮ２−イソブチリル−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−２’−デオキシグアノシン（東京化成工業社製）（８６ｍｇ）を用いて、反応を実施し、化合物４０（０．１２ｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2759.2472.（条件１）
工程４ 化合物４１の合成
工程２と同様の条件で、化合物３７の代わりに化合物４０を、Ｎ４−ベンゾイル−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−２’−デオキシシチジンの代わりにＮ６−ベンゾイル−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−２’−デオキシアデノシン（東京化成工業社製）（０．７３ｇ）を用いて、カップリング反応及び硫化反応を実施した。硫化反応後の反応混合物をＭｅＯＨに加えて析出した固体をろ過し、化合物４１（２．３ｇ、９０％）を薄い肌色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1742.2655.（条件１）
実施例１８：化合物４２の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物４１（０．５０ｇ、０．１４ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（２０ｍＬ）溶液を０℃に冷却し、酢酸（３．０ｍＬ）を加えた後に、ヒドラジン１水和物（１４μＬ、０．２９ｍｍｏｌ）を加え、６時間撹拌した。反応混合物にアセチルアセトン（１００μＬ）を加えて室温まで昇温し、減圧下濃縮した後に、ＭｅＯＨ（１０２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４２（０．４５ｇ）を得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1693.2456.（条件１）
実施例１９：化合物４４の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物４３の合成
窒素雰囲気下、化合物４１（０．５１ｇ、０．１５ｍｍｏｌ）の塩化メチレン溶液（１０ｍＬ）を１０℃に冷却し、ピロール（３０μＬ、０．４３ｍｍｏｌ）を加えて１４分間撹拌した。その後、ジクロロ酢酸（８２μＬ、１．０ｍｍｏｌ）を加え、４時間３分撹拌した。ピリジン（１．５ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をＭｅＣＮ（８６ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４３（０．４６ｇ）を得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1591.1922.（条件１）
工程２ 化合物４４の合成
窒素雰囲気下、化合物４３（０．４５ｇ、０．１４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５．０ｍＬ）とピリジン（１．０ｍＬ）の混合溶液に４０℃でホスホン酸（０．２０ｇ、２．４ｍｍｏｌ）を加え、２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．１９ｍＬ、１．４ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて１時間５３分撹拌し、２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．４２ｍＬ、０．７１ｍｍｏｌ）を加えてさらに１時間８分撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（８４ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４４（０．４２ｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1623.1824.（条件１）
実施例２０：化合物４５の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物４２（０．４４ｇ、０．１３ｍｍｏｌ）と化合物４４（０．４１ｇ）のピリジン（１０ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．８０ｇ、２．０ｍｍｏｌ）を加え、１１分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（６２ｍｇ、０．２７ｍｍｏｌ）を加え、１時間５２分撹拌した。反応混合物をＭｅＯＨ（１０２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４５（０．８１ｇ）を得た。
MS(ESI+):[M+3H]3+ 2232.9346.（条件１）
実施例２１：化合物４７の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物４６の合成
窒素雰囲気下、化合物４５（０．３９ｇ、５８μｍｏｌ）、及びインドール（２１ｍｇ、０．１８ｍｍｏｌ）の塩化メチレン溶液（８．０ｍＬ）を１０℃に冷却し、ジクロロ酢酸（３３μＬ、０．４０ｍｍｏｌ）を加え、２時間撹拌した。更にジクロロ酢酸（１４μＬ、０．１７ｍｍｏｌ）を加え、２時間３２分撹拌した。ピリジン（０．６０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をＭｅＯＨ（１００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４６（０．３５ｇ）を得た。
MS(ESI+):[M+3H]3+ 2132.2235.（条件１）
工程２ 化合物４７の合成
窒素雰囲気下、化合物４６（０．１７ｇ、２７μｍｏｌ）の塩化メチレン（１．０ｍＬ）とピリジン（０．２０ｍＬ）の混合溶液に４０℃でホスホン酸（３８ｍｇ、０．４６ｍｍｏｌ）を加え、２，２−ジメチルブチリルクロリド（３６μＬ、０．２７ｍｍｏｌ）を４分割して１０分間おきに加えて１時間５分撹拌し、２，２−ジメチルブチリルクロリド（７３μＬ、０．５３ｍｍｏｌ）を加えてさらに４９分間撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（５１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物４７（０．１７ｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+3H]3+ 2153.5570.（条件１）
参考合成例１（５ｍｅｒ合成）：化合物５５の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物４９の合成
３’−Ｏ−レブリニルチミジン（バイオオーガニック アンド メディシナル ケミストリー、２０１３年、２１巻、８０１３頁−８０１８頁に記載の方法に準じて合成した）（０．７５ｇ、２．２ｍｍｏｌ）を用いて、特表２００３−５２５３０５に記載の方法に準じて合成した化合物４８を含有する塩化メチレン（２６ｇ）溶液にインドール（０．７８ｇ、６．６ｍｍｏｌ）を加えて１０℃に冷却し、ジクロロ酢酸（０．９０ｍＬ、１１ｍｍｏｌ）を加え、１時間１７分撹拌した。更にジクロロ酢酸（０．９０ｍＬ、１１ｍｍｏｌ）を加え、４０分間撹拌した。反応混合物を５％炭酸水素ナトリウム水溶液に加えて分液した。得られた水層に塩化メチレンを加えて分液を行う再抽出操作を１１回実施し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム−メタノール）で精製し、化合物４９（０．６５ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋ ７１４．１８６５．（条件３）
工程２ 化合物５１の合成
窒素雰囲気下、化合物４９（０．６５ｇ、０．９１ｍｍｏｌ）とＮ４−ベンゾイル−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−３’−Ｏ−ヒドロキシホスフィニル−２’−デオキシシチジントリエチルアミン塩（ケムジーンズ社製）（１．０ｇ、１．３ｍｍｏｌ）のピリジン（８ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（１．３ｇ、３．２ｍｍｏｌ）を加え、１５分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．４３ｇ、１．９ｍｍｏｌ）を加え、１時間５７分撹拌した。塩化メチレンと５％炭酸水素ナトリウム水溶液を加えて分液し、得られた水層を塩化メチレンで２回洗浄した。得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、化合物５０を含有する反応混合物（１３ｇ）を得た。このうち１２ｇを更に減圧下濃縮し、トルエンを加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１６ｇ）、インドール（０．３０ｇ、２．６ｍｍｏｌ）を加えて１０℃に冷却し、ジクロロ酢酸（０．６９ｍＬ、８．４ｍｍｏｌ）を加え、１時間４０分撹拌した。反応混合物を５％炭酸水素ナトリウム水溶液に加えて分液した。得られた水層に塩化メチレンを加えて分液を行う再抽出操作を２回実施し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム−メタノール）で精製し、化合物５１（０．３０ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋ １１７６．２６５０．（条件３）
工程３ 化合物５３の合成
窒素雰囲気下、化合物５１（０．２４ｇ、０．２０ｍｍｏｌ）とＮ２−イソブチリル−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−３’−Ｏ−ヒドロキシホスフィニル−２’−デオキシグアノシントリエチルアミン塩（ケムジーンズ社製）（０．２３ｇ、０．２９ｍｍｏｌ）のピリジン（６ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．４３ｇ、１．１ｍｍｏｌ）を加え、２７分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．１０ｇ、０．４３ｍｍｏｌ）を加え、１時間３４分撹拌した。塩化メチレンと５％炭酸水素ナトリウム水溶液を加えて分液し、得られた水層を塩化メチレンで２回洗浄した。得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、化合物５２を含有する反応混合物を得た。トルエンを加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（８．０ｇ）及びインドール（７７ｍｇ、０．６６ｍｍｏｌ）を加えて１０℃に冷却し、ジクロロ酢酸（０．１７ｍＬ、２．０ｍｍｏｌ）を加え、２時間８分撹拌した。反応混合物を５％炭酸水素ナトリウム水溶液に加えて分液した。得られた水層に塩化メチレンを加えて分液を行う再抽出操作を２回実施し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム−メタノール）で精製し、化合物５３（０．１２ｇ）を得た。
ＭＳ（ＥＳＩ＋）：［Ｍ＋Ｈ］＋ １６４４．３６４８．（条件３）
工程４ 化合物５５の合成
窒素雰囲気下、化合物５３（０．１２ｇ、７４μｍｏｌ）とＮ６−ベンゾイル−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−３’−Ｏ−ヒドロキシホスフィニル−２’−デオキシアデノシントリエチルアミン塩（ケムジーンズ社製）（９０ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）のピリジン（５ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．２８ｇ、０．７１ｍｍｏｌ）を加え、１時間２分撹拌した。その後、硫化剤としてＮ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（３７ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）を加え、２時間８分撹拌した。塩化メチレン、アセトニトリルと５％炭酸水素ナトリウム水溶液を加えて分液し、得られた水層を塩化メチレンとアセトニトリルの混合溶媒で２回洗浄した。得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、化合物５４を含有する反応混合物を得た。この反応混合物に塩化メチレン（３．１ｇ）を加えて０℃に冷却し、酢酸（０．１５ｍＬ）を加えた後に、ヒドラジン１水和物（３６μＬ、０．７４ｍｍｏｌ）を加え、１時間２６分撹拌した。反応混合物にアセチルアセトン（０．３０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液を加えて分液した得られた水層に塩化メチレンを加えて分液を行う再抽出操作を２回実施し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム−メタノール）で精製し、化合物５５（５５ｍｇ）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2334.5224.（条件３）
実施例２２：化合物５７の合成
Figure 2018203574
Figure 2018203574
工程１ 化合物５６の合成
窒素雰囲気下、化合物４７（４３ｍｇ）と化合物５５（１９ｍｇ、８．３μｍｏｌ）のピリジン（１．４ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（５９ｍｇ、０．１５ｍｍｏｌ）を加え、５８分間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（１０ｍｇ、４４μｍｏｌ）を加え、４０分間撹拌した。その後、反応混合物を減圧下濃縮した。トルエン（２ｇ）を加えて減圧下濃縮の操作を３回繰り返した後に、塩化メチレン（１．２ｍＬ）を加え、インドール（２．５ｍｇ、２１μｍｏｌ）、ジクロロ酢酸（６．２μＬ、７６μｍｏｌ）を１０℃で加え、１時間５１分間撹拌した。その後、ジクロロ酢酸（６．２μＬ、７６μｍｏｌ）を追加し、２時間４１分間撹拌した。さらに、ジクロロ酢酸（６．２μＬ、７６μｍｏｌ）を追加し、１時間３８分間撹拌した。ピリジン（０．２０ｍＬ）を加えて室温まで昇温し、反応混合物をＭｅＣＮ（３８ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物５６（５１ｍｇ）を薄い肌色固体として得た。
MS(ESI+):[M+4H]4+ 2140.0080.（条件１）
工程２ 化合物５７の合成
窒素雰囲気下、化合物５６（５０ｍｇ、５．８μｍｏｌ）の塩化メチレン（２．０ｍＬ）とピリジン（０．１２ｍＬ）の混合溶液に４０℃でホスホン酸（１９ｍｇ、０．２３ｍｍｏｌ）を加え、２，２−ジメチルブチリルクロリド（２５μＬ、０．１８ｍｍｏｌ）を５分割して加えて１時間１２分間撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（３９ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物５７（４４ｍｇ）を薄い肌色固体として得た。
MS(ESI+):[M+4H]4+ 2155.9794.（条件１）
実施例２３：化合物５８の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物５５（１９ｍｇ、８．１μｍｏｌ）と化合物５７（４４ｍｇ）のピリジン（１．２ｍＬ）溶液に、室温で炭酸ビスペンタフルオロフェニル（２７４ｍｇ、０．６９ｍｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。その後、硫化剤としてＮ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（５．１ｍｇ、２２μｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。反応混合物をＭｅＯＨ（３０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物５８（４６ｍｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+5H]5+ 2205.1210.（条件１）
実施例２４：化合物６５の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物５９の合成
実施例９の工程２と同様の条件で、化合物１８の代わりに化合物２４（１．３ｇ、０．５９ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物５９（１．１ｇ、収率９６％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1977.2053.（条件２）
工程２ 化合物６１の合成
実施例１１と同様の条件で、化合物２２の代わりに化合物５９（１．１ｇ、０．５６ｍｍｏｌ）を、化合物２３の代わりに化合物６０（Hongene Biotech社製）（１．５ｇ、１．７ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物６１（１．４ｇ、収率９２％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2726.4152.（条件２）
工程３ 化合物６２の合成
実施例９の工程２と同様の条件で、化合物１８の代わりに化合物６１（１．４ｇ、０．５０ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物６２（１．１ｇ、収率９１％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2424.3080.（条件２）
Figure 2018203574
工程４ 化合物６４の合成
実施例２４の工程２と同様の条件で、化合物５９の代わりに化合物６２（１．０ｇ、０．４２ｍｍｏｌ）を、化合物６０の代わりに化合物６３（Hongene Biotech社製）（１．２ｇ、１．３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物６４（１．２ｇ、収率８５％）を得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1639.7885.（条件４）
工程５ 化合物６５の合成
窒素雰囲気下、化合物６４（０．２０ｇ、６１μｍｏｌ）、インドール（３６ｍｇ、０．３１ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（２ｍＬ）溶液を１０℃に冷却し、トリフルオロ酢酸（４８μＬ，０．６１ｍｍｏｌ）を加えて５０分間撹拌した。ピリジン（０．５０ｍＬ）を加えて室温に昇温し、反応混合物をＭｅＣＮ（１５０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６５（０．１４ｇ、収率７９％）を得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1487.7157.（条件５）
実施例２５：化合物６７の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物６６（国際公開第２０１２−１５７７２３号に記載の方法に準じて合成した）（５．８ｇ、７．０ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（７０ｍＬ）溶液に、６５℃で１．０Ｍ フェニルマグネシウムブロミド／ＴＨＦ溶液（１４ｍＬ、１４ｍｍｏｌ）を加え、４時間３０分撹拌した。反応混合物に塩化メチレン（１３０ｍＬ）、水（１３０ｍＬ）を加えて分液し、得られた水層を塩化メチレンで２回洗浄した。得られた有機層を合わせて５％炭酸水素ナトリウム水溶液（１３０ｍＬ）で洗浄し、ＭｅＣＮ（５００ｍＬ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６７（６．０ｇ、収率９５％）を得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,6H),1.19-1.80(m,80H),2.68(s,1H),3.90-3.95(m,4H),6.79-6.82(m,4H),7.11-7.15(m,4H),7.23-7.30(m,5H)．
MS(ESI-):[M-H]- 907.7946.（条件４）
実施例２６：化合物７２の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物６９の合成
窒素雰囲気下、化合物６７（０．５０ｇ、０．５５ｍｍｏｌ）と化合物６８（Berry社製）（０．２２ｇ、０．６０ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５ｍＬ）とピリジン（５ｍＬ）の混合溶液に、室温で塩化チオニル（０．１２ｍＬ、１．６ｍｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した。その後、化合物６８（０．８４ｍｇ、２．４ｍｍｏｌ）、塩化チオニル（０．３０ｍＬ、４．１ｍｍｏｌ）を追加し、２６時間撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（３００ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６９の３’−ＯＴＢＳ保護体の湿結晶（２．４ｇ）を得た。
窒素雰囲気下、化合物６９の３’−ＯＴＢＳ体の湿結晶（２．４ｇ）のＴＨＦ（３５ｍＬ）溶液に、室温で１．０Ｍ ＴＢＡＦ／ＴＨＦ溶液（１．０ｍＬ、１．０ｍｍｏｌ）を加えて２１時間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、ＭｅＣＮ（２５３ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６９の粗結晶（０．３４ｇ）を得た。薄層シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル／トリエチルアミン＝４９／４９／２）にて精製した。得られた固体を塩化メチレンに溶解させた後、ＭｅＣＮ（５ｍＬ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物６９（５０ｍｇ、収率８％）を得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.89(t,6H),1.27-1.81(m,83H),2.33-2.40(m,2H),3.37-3.53(m,2H),3.91-3.96(m,4H),4.04-4.05(m,1H),4.52-4.67(m,1H),6.40(t,1H),6.83(d,4H),7.24-7.58(m,9H),7.90(s,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1133.8825.（条件６）
Figure 2018203574
工程２ 化合物７１の合成
窒素雰囲気下、ホスホン酸（３１ｍｇ、０．３８ｍｍｏｌ）のピリジン（０．４０ｍＬ）溶液に４０℃で２，２−ジメチルブチリルクロリド（３１μＬ、０．２３ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。その後、化合物６５（６９ｍｇ、２３μｍｏｌ）を加えて１時間撹拌し、２，２−ジメチルブチリルクロリド（６２μＬ、０．４６ｍｍｏｌ）を加えて３時間撹拌した。反応混合物をＭｅＣＮ（１４ｍＬ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物７０（５６ｍｇ）を得た（Ｈ−ホスホネート化工程）。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1519.7002.（条件４）
窒素雰囲気下、化合物７０（５６ｍｇ）のピリジン（０．２０ｍＬ）溶液に化合物６９（２３ｍｇ、２０μｍｏｌ）、炭酸ビスペンタフルオロフェニル（２７ｍｇ、７０μｍｏｌ）を加え、１時間撹拌した（カップリング工程）。その後、Ｎ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（８．１ｍｇ、３５μｍｏｌ）を加え、２０時間３０分撹拌した（硫化工程）。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（２０ｍＬ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物７１（４０ｍｇ、収率４１％）を得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 2119.6333.（条件６）
Figure 2018203574
工程３ 化合物７２の合成
窒素雰囲気下、化合物７１（１．０ｍｇ、０．２４μｍｏｌ）のＴＨＦ（０．２０ｍＬ）溶液に室温で酢酸（５０μＬ）、２，４，６−コリジン（５０μＬ）を加え、ベンジルヒドラジン塩酸塩（０．１９μｇ、１．２μｍｏｌ）を含む水（２．３μＬ）溶液を加え、３時間撹拌した。その後、ベンジルヒドラジン塩酸塩（０．３８μｇ、２．４μｍｏｌ）を含む水（４．７μＬ）溶液を加え、３時間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物７２が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1608.1779.（条件５）
実施例２７：化合物７３の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物６４（１０ｍｇ、３．１μｍｏｌ）のＴＨＦ（０．２０ｍＬ）溶液に室温で酢酸（５０μＬ）を加え、メチルヒドラジン（１．６μＬ、３０μｍｏｌ）を加え、１８時間４０分撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物７３が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+H]+ 2253.6741.（条件３）
実施例２８：化合物７３の合成
実施例２８−１ ｔｅｒｔ−ブチルヒドラジン塩酸塩を用いる検討
窒素雰囲気下、化合物６４（１０ｍｇ、３．１μｍｏｌ）のＴＨＦ（０．２０ｍＬ）溶液に室温で酢酸（５０μＬ）、２，４，６−コリジン（５０μＬ）を加え、ｔｅｒｔ−ブチルヒドラジン塩酸塩（４．４ｍｇ、３５μｍｏｌ）を含む水（３０μＬ）溶液を加え、７時間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物７３の生成を確認した。
実施例２８−２から２８−９ ヒドラジン誘導体の検討
実施例２８−１と同様の条件で、ｔｅｒｔ−ブチルヒドラジン塩酸塩の代わりに、シクロペンチルヒドラジン塩酸塩（４．２ｍｇ、３０μｍｏｌ；実施例２８−２）、イソプロピルヒドラジン塩酸塩（３．４ｍｇ、３０μｍｏｌ；実施例２８−３）、ベンジルヒドラジン塩酸塩（２．４ｍｇ、１５μｍｏｌ；実施例２８−４）、シクロヘキシルヒドラジン塩酸塩（４．６ｍｇ、３０μｍｏｌ；実施例２８−５）又はエチルヒドラジンシュウ酸塩（４．６ｍｇ、３０μｍｏｌ；実施例２８−６；水は６０μＬ用いた）を用いて反応を実施した。各反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物７３が主生成物であることを確認した。
実施例２８−１と同様の条件で、ｔｅｒｔ−ブチルヒドラジン塩酸塩の代わりに２，２，２−トリフルオロエチルヒドラジン（７０％水溶液）（５．０μＬ、３０μｍｏｌ；実施例２８−７）又は２−シアノエチルヒドラジン（２．６ｍｇ、３０μｍｏｌ；実施例２８−８）を用いて、溶解のための水を用いずに反応を実施した。各反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物７３の生成を確認した。
実施例２８−１と同様の条件で、ｔｅｒｔ−ブチルヒドラジン塩酸塩の代わりにベンジルヒドラジン塩酸塩（２．４ｍｇ、１５μｍｏｌ；実施例２８−９）、２，４，６−コリジンの代わりに酢酸ナトリウム（１．３ｍｇ、１５μｍｏｌ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物７３が主生成物であることを確認した。
参考合成例２：化合物７５の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物７４（Chem-Impex社製）（１０ｇ、１８ｍｍｏｌ）のピリジン（１００ｍＬ）溶液に室温でトリメチルシリルクロリド［ＴＭＳＣｌ］（９．１ｍＬ、７２ｍｍｏｌ）を加えて３０分間撹拌し、２−クロロ−６−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナート（３．８ｍＬ、２５ｍｍｏｌ）を加え、４時間撹拌した。２８％アンモニア水（５０ｍＬ）を加え、１５時間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、塩化メチレン（６００ｇ）、水（１５０ｇ）を加えて分液した。得られた水層に塩化メチレン（４０ｇ）を加えて分液し、得られた有機層を合わせて溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル／トリエチルアミン＝７１／２４／５→酢酸エチル／ＭｅＯＨ／トリエチルアミン＝９４／１／５）にて精製し、化合物７５（１１ｇ、収率７９％）を淡黄色泡状固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ2.37-2.90(m,3H),3.41-3.46(m,2H),3.77(s,6H),4.14-4.17(m,1H),4.70(s,1H),6.44-6.48(m,1H),6.78-6.82(m,4H),7.19-7.41(m,10H),7.64-7.73(m,2H),8.18(s,1H),8.48(s,1H),8.60(s,1H),11.66(s,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 775.2190.（条件３）
参考合成例３：化合物７７の合成
Figure 2018203574
参考合成例２と同様の条件で、化合物７４の代わりに化合物７６（ChemGenes社製）（５．４ｇ、８．７ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施した。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル／トリエチルアミン＝７１／２４／５→酢酸エチル／ＭｅＯＨ／トリエチルアミン＝９４／１／５）にて精製し、化合物７７（６．４ｇ、収率８７％）を白色泡状固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;DMSO-d6)δ3.16-4.14(m,16H),4.48(s,1H),4.68-4.70(m,1H),5.20-5.31(brs,1H),6.15-6.16(m,1H),6.80-6.85(m,4H),7.18-7.26(m,7H),7.35(d,2H),7.60(t,1H),7.82(d,1H),7.95(d,1H),8.56(s,1H),8.63(s,1H),10.65(s,1H),11.64(s,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 849.2548.（条件３）
参考合成例４：化合物７９の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物７８（Cool Pharm社製）（１０ｇ、１８ｍｍｏｌ）のＤＭＦ（２００ｍＬ）溶液に室温で２，５−ジメトキシフェニルイソシアナート（３．０ｇ、１７ｍｍｏｌ）を加え、１９時間撹拌した。ＭｅＯＨ（２．５ｍＬ）を加えて減圧下濃縮し、ヘプタンによるＤＭＦの共沸除去を３回実施した。水（１００ｇ）、酢酸エチル（１００ｇ）を加えて分液し、得られた水層に酢酸エチル（１００ｇ）を加えて分液した後、得られた有機層を合わせて水（１００ｇ）で洗浄した。得られた有機層を減圧下濃縮し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル／トリエチルアミン＝４７．５／４７．５／５→酢酸エチル／ＭｅＯＨ／トリエチルアミン＝９４／１／５）にて精製し、化合物７９（９．８ｇ、収率８２％）を得た。
1H-NMR:(300MHz;DMSO-d6)δ1.71(s,3H),2.19-2.36(m,2H),3.18-4.32(m,15H),5.36-5.37(m,1H),5.76-5.77(m,1H),6.19-6.22(m,1H),6.57-6.61(m,1H),6.57-6.61(m,1H),6.89-6.97(m,5H),7.25-7.41(m,9H),7.85-7.87(m,2H),9.13(s,1H),12.76(s,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 723.3010.（条件３）
参考合成例５：化合物８１の合成
Figure 2018203574
参考合成例４と同様の条件で、化合物７８の代わりに化合物８０（ChemGenes社製）（２０ｇ、３２ｍｍｏｌ）を、ＤＭＦの代わりに塩化メチレン（４００ｍＬ）を用いて反応を実施した。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル／トリエチルアミン＝４７．５／４７．５／５→０／９５／５）にて精製し、化合物８１（２１ｇ、収率９０％）を得た。
1H-NMR:(300MHz;DMSO-d6)δ1.60(s,3H),3.26-3.33(m,5H),3.50-3.54(m,2H),3.70-3.86(m,17H),4.00-4.06(m,2H),4.26-4.28(m,1H),5.10-5.13(m,1H),5.87-5.88(m,1H),6.57-6.61(m,1H),6.90-6.97(m,5H),7.25-7.42(m,9H),7.80-7.86(m,2H),9.12(s,1H),12.71(s,1H)．
参考合成例６：化合物８２の合成
Figure 2018203574
参考合成例５と同様の条件で、２，５−ジメトキシフェニルイソシアナートの代わりにフェニルイソシアナート（１．９ｍＬ、１８ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施した。１時間３４分撹拌後に水（５１ｇ）を加えて分液した。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル／トリエチルアミン＝５１／４４／５→３１／６４／５→酢酸エチル／クロロホルム／トリエチルアミン＝９４／１／５）にて精製し、化合物８２（８．２ｇ、収率６９％）を白色泡状固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ1.26-1.63(m,3H),3.38-4.27(m,18H),5.93-6.03(m,1H),6.83-7.62(m,19H),8.14(s,1H),12.06-12.85(m,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 737.3108.（条件３）
参考合成例７：化合物８３の合成
Figure 2018203574
参考合成例３と同様の条件で、化合物７６の代わりに化合物８０（６．９ｇ、１１ｍｍｏｌ）、２−クロロ−６−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナートの代わりに４−イソシアナトピリジン（４．０ｇ、３４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施した。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（酢酸エチル／ＭｅＯＨ／トリエチルアミン＝８５．５／９．５／５）にて精製し、化合物８３（７．０ｇ、収率８５％）を白色泡状固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;DMSO-d6)δ1.52(s,3H),3.15-4.27(m,18H),5.17(d,1H),5.83(d,1H),6.88-8.40(m,17H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 738.3097.（条件３）
参考合成例８：化合物８５−９５の合成
Figure 2018203574
化合物８５〜９５のＸｐは、表２の通りである。
Figure 2018203574
参考合成例８−１ 化合物８５の合成
窒素雰囲気下、化合物８４（Organic Letters, 2014年, 16巻, 4059頁−4061頁に記載の方法に準じて合成した）（０．１０ｇ、０．２０ｍｍｏｌ）のピリジン（２．０ｍＬ）溶液に室温でｐ−トルエンスルホニルイソシアナート（０．１９ｍＬ、１．２ｍｍｏｌ）を加えて１８時間３０分間撹拌した。酢酸エチル、水を加えて分液した。得られた有機層を減圧下濃縮し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム／ＭｅＯＨ＝１８／１）にて精製し、化合物８５（９９ｍｇ、収率７１％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 691.2713.（条件３）
参考合成例８−２ 化合物８６の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりに２−ニトロフェニルイソシアナート（０．２４ｇ、１．５ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物８６（９７ｍｇ、収率７３％）を黄色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 658.2784.（条件３）
参考合成例８−３ 化合物８７の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりに２−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナート（０．１８μＬ、１．２ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物８７（０．１７ｇ、定量的）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 681.2802.（条件３）
参考合成例８−４ 化合物８８の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりに３−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナート（０．１１μＬ、０．８１ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物８８を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 681.2796.（条件３）
参考合成例８−５ 化合物８９の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりに４−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナート（０．１２μＬ、０．８１ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物８９（５８．７ｍｇ、収率４３％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 681.2846.（条件３）
参考合成例８−６ 化合物９０の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりに２−シアノフェニルイソシアナート（０．１２ｍｇ、０．８１ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物９０（２５ｍｇ、収率１８％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.86-1.11(m,28H),2.67-2.82(m,2H),3.90-3.95(m,1H),4.06-4.08(m,2H),4.92-5.00(m,1H),6.34-6.37(m,1H),7.16(t,1H),7.58-7.65(m,2H),8.36(s,1H),8.55(d,1H),8.71(s,2H),13.14(s,1H)．
参考合成例８−７ 化合物９１の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりに２−（トリフルオロメトキシ）フェニルイソシアナート（０．１２μＬ、０．８１ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物９１（５３ｍｇ、収率３８％）を淡黄色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 697.2735.（条件３）
参考合成例８−８ 化合物９２の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりに２−クロロ−４−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナート（８９ｍｇ、０．４０ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物９２（３０ｍｇ、収率４２％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88-1.25(m,28H),2.67-2.76(m,2H),3.90-3.93(m,1H),4.05-4.07(m,2H),4.92-4.95(m,1H),6.32-6.36(m,1H),7.53(dd,1H),7.63(d,1H),8.29(s,1H),8.34(d,1H),8.43(s,1H),8.54(s,1H),12.42(s,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 715.2489.（条件３）
参考合成例８−９ 化合物９３の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりに４−イソシアナトピリジン（０．２２ｇ、１．８ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物９３を白色泡状固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 614.2952.（条件３）
参考合成例８−１０ 化合物９４の合成
参考合成例８−１と同様の条件で、ｐ−トルエンスルホニルイソシアナートの代わりにペンタフルオロフェニルイソシアナート（０．１１μＬ、０．８１ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物９４（６９ｍｇ、収率４８％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 703.2538.（条件３）
参考合成例８−１１ 化合物９５の合成
窒素雰囲気下、ニコチン酸（３０ｍｇ、０．２４ｍｍｏｌ）、及びジフェニルホスホリルアジド（４７μＬ、０．２２ｍｍｏｌ）のＭｅＣＮ（０．８０ｍＬ）溶液に室温でトリエチルアミン（６１μＬ、０．４４ｍｍｏｌ）を加えて２０時間撹拌した。反応混合物を８分割し化合物８４（５．５ｍｇ、１１μｍｏｌ）を加えて、６０℃で２日間撹拌した。その後室温まで冷却した後、析出した固体をろ取して、化合物９５（２．８ｍｇ、収率４１％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 614.2864.（条件３）
参考合成例９：化合物９７−１０６の合成
Figure 2018203574
化合物９７から１０６のＸｐは、表３の通りである。
Figure 2018203574
参考合成例９−１ 化合物９７の合成
窒素雰囲気下、化合物９６（Organic Letters, 2014年, 16巻, 4059頁−4061頁に記載の方法に準じて、２’−デオキシアデノシンの代わりに２’−デオキシ−５−メチルシチジン（東京化成工業社製）（３．０ｇ、１２ｍｍｏｌ）を用いて合成し、化合物９６（２．３ｇ、収率３９％）を得た）（０．１０ｇ、０．２１ｍｍｏｌ）のピリジン（２．０ｍＬ）溶液に室温で２−（トリフルオリメチル）フェニルイソシアナート（０．１３ｍＬ、０．８３ｍｍｏｌ）を加えて２時間３０分間撹拌した。酢酸エチル、水を加えて分液した。得られた有機層を減圧下濃縮し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルムのみ）にて精製し、化合物９７（６５ｍｇ、収率４６％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 671.2830.（条件３）
参考合成例９−２ 化合物９８の合成
参考合成例９−１と同様の条件で、２−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナートの代わりに２−ニトロフェニルイソシアナート（０．１３ｍｇ、０．８１ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物９８（０．１０ｇ、収率７６％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 648.2807.（条件３）
参考合成例９−３ 化合物９９の合成
参考合成例９−１と同様の条件で、２−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナートの代わりにフェニルイソシアナート（９０μＬ、０．８３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物９９を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 603.3000.（条件３）
参考合成例９−４ 化合物１００の合成
参考合成例９−１と同様の条件で、２−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナートの代わりに２−クロロフェニルイソシアナート（０．１０ｍＬ、０．８３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１００（７７ｍｇ、収率５９％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 637.2566.（条件３）
参考合成例９−５ 化合物１０１の合成
参考合成例９−１と同様の条件で、２−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナートの代わりに２−フルオロフェニルイソシアナート（９３μＬ、０．８３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１０１（２５ｍｇ、収率２０％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 621.2862.（条件３）
参考合成例９−６ 化合物１０２の合成
参考合成例９−１と同様の条件で、２−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナートの代わりにベンジルイソシアナート（０．１０ｍＬ、０．８３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１０２（０．１４ｇ、定量的）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 617.3167.（条件３）
参考合成例９−７ 化合物１０３の合成
参考合成例９−１と同様の条件で、２−（トリフルオロメチル）フェニルイソシアナートの代わりにエチルイソシアナート（６５μＬ、０．８３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１０３（８２ｍｇ、収率７１％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 555.3019.（条件３）
参考合成例９−８ 化合物１０４の合成
参考合成例８−１１と同様の条件で、ニコチン酸の代わりにピコリン酸（６０ｍｇ、０．４９ｍｍｏｌ）を用いて反応を行った。反応混合物を２分割して、化合物８４の代わりに化合物９６（３０ｍｇ、６２μｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１０４（３．５ｍｇ、収率９％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 604.2959.（条件３）
参考合成例９−９ 化合物１０５の合成
参考合成例９−８と同様の条件で、ピコリン酸の代わりにニコチン酸（３０ｍｇ、０．２４ｍｍｏｌ）を用いて反応を行った。反応混合物を２分割して化合物９６（１０ｍｇ、２１μｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１０５（１．５ｍｇ、収率１２％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 604.2967.（条件３）
参考合成例９−１０ 化合物１０６の合成
窒素雰囲気下、１，１’−カルボニルジイミダゾール［ＣＤＩ］（０．１０ｇ、０．６２ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（２．０ｍＬ）溶液に室温で４−アミノピリジン（５９ｍｇ、０．６３ｍｍｏｌ）のＤＭＦ（１．０ｍＬ）溶液を加えて３時間３５分間撹拌した。化合物９６（７４ｍｇ、０．１５ｍｍｏｌ）を加えて１晩撹拌した後、酢酸エチル、水を加えて分液した。得られた有機層を減圧下濃縮し、粗物を得た。粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム／ＭｅＯＨ＝３０／１）にて精製し、化合物１０６（６４ｍｇ、収率６８％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 604.2951.（条件３）
参考合成例１０：化合物１０７−１２４の合成
Figure 2018203574
化合物１０７から１２３のＸｐは、表４の通りである。
Figure 2018203574
参考合成例１０−１ 化合物１０７の合成
参考合成例７と同様の条件で、化合物８０の代わりに化合物７８（６．９ｇ、１３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、粗物をシリカゲルクロマトグラフィー（酢酸エチル／メタノール／トリエチルアミン＝８５．５／９．５／５）にて精製し、化合物１０７（４．２ｇ、収率４９％）を白色泡状固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 664.2762.（条件３）
参考合成例１０−２ 化合物１０８の合成
窒素雰囲気下、化合物７８（３６ｍｇ、６６μｍｏｌ）のＤＭＦ（０．７０ｍＬ）溶液に室温で２−メトキシフェニルイソシアナート（８．５μＬ、６６μｍｏｌ）を加えて１６時間２０分間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、粗物を得た。粗物を薄層シリカゲルクロマトグラフィー（酢酸エチル／トリエチルアミン＝９５／５）にて精製し、化合物１０８（３２ｍｇ、収率７０％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 693.2883.（条件３）
参考合成例１０−３ 化合物１０９の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに２−（トリフルオロメトキシ）フェニルイソシアナート（１０μＬ、６６μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１０９（３６ｍｇ、収率７２％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 747.2594.（条件３）
参考合成例１０−４ 化合物１１０の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに２，６−ジクロロフェニルイソシアナート（１３μＬ、６６μｍｏｌ）を用いて反応を行った。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物１１０が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+H]+ 731.1975.（条件３）
参考合成例１０−５ 化合物１１１の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに２−クロロフェニルイソシアナート（８．０μＬ、６６μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１１（１５ｍｇ、収率３３％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 697.2391.（条件３）
参考合成例１０−６ 化合物１１２の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに２−フルオロフェニルイソシアナート（７．５μＬ、６６μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１２（１３ｍｇ、収率２９％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 681.2701.（条件３）
参考合成例１０−７ 化合物１１３の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに２−メチルフェニルイソシアナート（８．２μＬ、６６μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１３（２８ｍｇ、収率６３％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 677.2956.（条件３）
参考合成例１０−８ 化合物１１４の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに２，６−ジメチルフェニルイソシアナート（９．２μＬ、６６μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１４（３３ｍｇ、収率７３％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 691.3101.（条件３）
参考合成例１０−９ 化合物１１５の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに２，６−ジフルオロフェニルイソシアナート（１０ｍｇ、６６μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１５（２９ｍｇ、収率６２％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 699.2597.（条件３）
参考合成例１０−１０ 化合物１１６の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりにフェニルイソシアナート（２．０ｍＬ、１８ｍｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１６（５．５ｇ、収率４５％）を白色泡状固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;DMSO-d6)δ1.59-2.78(m,3H),2.23-2.49(m,2H),3.23-3.34(m,2H),3.73(s,6H),3.95-4.32(m,2H),5.36-5.37(m,1H),6.17-6.22(m,1H),6.89-6.92(m,4H),7.09-7.85(m,15H),9.20-9.75(m,1H),12.52-12.69(m,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 663.2767.（条件３）
参考合成例１０−１１ 化合物１１７の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに２，４−ジメトキシフェニルイソシアナート（１２ｍｇ、７４μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１７（３７ｍｇ、収率７７％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 723.2998.（条件３）
参考合成例１０−１２ 化合物１１８の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに３，４−ジメトキシフェニルイソシアナート（１１μＬ、７４μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１８（３１ｍｇ、収率５９％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 723.3019.（条件３）
参考合成例１０−１３ 化合物１１９の合成
参考合成例１０−２と同様の条件で、２−メトキシフェニルイソシアナートの代わりに３，５−ジメトキシフェニルイソシアナート（１３ｍｇ、７４μｍｏｌ）を用いて反応を行い、化合物１１９（１２ｍｇ、収率２３％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 723.3010.（条件３）
参考合成例１０−１４ 化合物１２０の合成
窒素雰囲気下、化合物７８（５０ｍｇ、９２μｍｏｌ）のピリジン（１．０ｍＬ）溶液に、室温でＴＭＳＣｌ（４７μＬ、０．３７ｍｍｏｌ）を加えて３０分間撹拌した。その後、ＣＤＩ（２２ｍｇ、０．１４ｍｍｏｌ）を加えて１時間撹拌し、２，６−ジメトキシアニリン（２１ｍｇ、０．１４ｍｍｏｌ）を加え、１６時間１５分撹拌した。２８％アンモニア水（０．２５ｍＬ）を加え、２１時間撹拌した。反応混合物を減圧下濃縮し、塩化メチレン（０．７５ｇ）、及び水（０．４０ｇ）を加えて分液した。得られた有機層を水（０．４０ｍＬ）で洗浄した後に溶媒を減圧下留去し、粗物を得た。粗物を薄層シリカゲルクロマトグラフィー（クロロホルム／ＭｅＯＨ／トリエチルアミン＝９０／５／５）にて精製し、化合物１２０（４６ｍｇ、収率６１％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 723.3003.（条件３）
参考合成例１０−１５ 化合物１２１の合成
参考合成例１０−１４と同様の条件で、２，６−ジメトキシアニリンの代わりに３，４，５−トリメトキシアニリン（２５ｍｇ、０．１４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１２１（２２ｍｇ、収率３２％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 753.3112.（条件３）
参考合成例１０−１６ 化合物１２２の合成
参考合成例１０−１４と同様の条件で、２，６−ジメトキシアニリンの代わりに２，４，５−トリメトキシアニリン（２５ｍｇ、０．１４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１２２（３１ｍｇ、収率４４％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 753.3075.（条件３）
参考合成例１０−１７ 化合物１２３の合成
参考合成例１０−１４と同様の条件で、２，６−ジメトキシアニリンの代わりに２，３，４−トリメトキシアニリン（２５ｍｇ、０．１４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１２３（１９ｍｇ、収率２７％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 753.306.（条件３）
実施例２９：化合物１３１の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１２４の合成
実施例１−２の工程１と同様の条件で、化合物５の代わりに化合物７５（１．１ｇ、１．４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１２４（１．６ｇ、収率９４％）を得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.20-1.82(m,96H),2.68-3.10(m,6H),3.42-3.44(m,2H),3.78(s,6H),3.96-4.04(m,6H),4.31-4.32(m,1H),4.91(s,2H),5.50-5.60(m,1H),6.40-6.51(m,1H),6.78-6.81(m,4H),7.21-7.39(m,10H),7.64-7.73(m,2H),8.11(s,1H),8.21(s,1H),8.47(s,1H),11.57(s,1H)．
MS(ESI-):[M-H]- 1796.1126.（条件７）
Figure 2018203574
工程２ 化合物１２７の合成
窒素雰囲気下、化合物１２４（１．５ｇ、０．８６ｍｍｏｌ）、及びインドール（０．３０ｇ、２．６ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（３０ｍＬ）溶液を１０℃に冷却し、トリフルオロ酢酸（０．２０ｍＬ，２．６ｍｍｏｌ）を加えて１時間撹拌した。ピリジン（４．６ｍＬ）を加えて室温に昇温し、反応混合物をＭｅＣＮ（３３９ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１２５（１．２ｇ、収率９７％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1495.9817.（条件７）
窒素雰囲気下、ホスホン酸（０．６４ｇ、７．８ｍｍｏｌ）のピリジン（２９ｍＬ）溶液に、４０℃で２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．６４ｍＬ、４．７ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。この溶液に化合物１２５（１．２ｇ、０．７８ｍｍｏｌ）を加えて４０℃で１時間１５分撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＣＮ（２５０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、Ｈ−ホスホネート体（７．３ｇ）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1559.9517.（条件６）
窒素雰囲気下、前記Ｈ−ホスホネート体（６．９ｇ）のピリジン（２３ｍＬ）溶液に化合物１２６（東京化成工業社製）（０．７５ｇ、１．２ｍｍｏｌ）、炭酸ビスペンタフルオロフェニル（１．８ｇ、４．７ｍｍｏｌ）を加え、３０分間撹拌した。その後、Ｎ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．２７ｇ、１．２ｍｍｏｌ）を加え、１時間５０分撹拌した。その後、無水イソ酪酸（２．６ｍＬ，１６ｍｍｏｌ）、Ｎ−メチルイミダゾール（０．６２ｍＬ、７．８ｍｍｏｌ）を加えて１時間１５分撹拌し、反応混合物をＭｅＯＨ（２３０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１２７（１．５ｇ、収率８５％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2266.1980.（条件７）
Figure 2018203574
工程３ 化合物１２９の合成
窒素雰囲気下、化合物１２７（１．２ｇ、０．５３ｍｍｏｌ）、及びインドール（１．２ｇ、１１ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（２４ｍＬ）溶液に１０℃で、４．０Ｍ塩化水素−ジオキサン溶液（０．２６ｍＬ，１．１ｍｍｏｌ）を加えて２時間３５分撹拌して、化合物１２８を得た（脱一時保護基工程）。ピリジン（３．６ｍＬ）を加えて室温に昇温し、ホスホン酸（０．６５ｇ、７．９ｍｍｏｌ）を加え、２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．１１ｍＬ、０．７９ｍｍｏｌ）を５分割して１０分間隔で加えて１時間４０分撹拌し、２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．１１ｍＬ、０．７９ｍｍｏｌ）を加えて４０分間撹拌し、さらに２，２−ジメチルブチリルクロリド（０．１１ｍＬ、０．７９ｍｍｏｌ）を加えて５５分間撹拌した。反応混合物をＭｅＣＮ（２５４ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、Ｈ−ホスホネート体（１．３ｇ）を得た。
窒素雰囲気下、前記Ｈ−ホスホネート体（１．３ｇ）のピリジン（２４ｍＬ）溶液に化合物１２６（０．５０ｇ、０．７９ｍｍｏｌ）、炭酸ビスペンタフルオロフェニル（０．６２ｇ、１．６ｍｍｏｌ）を加え、２時間撹拌した。その後、Ｎ−［（２−シアノエチル）チオ］フタルイミド（０．１８ｇ、０．７９ｍｍｏｌ）を加え、１時間５０分撹拌した。その後、無水イソ酪酸（０．８８ｍＬ，５．３ｍｍｏｌ）、Ｎ−メチルイミダゾール（０．４２ｍＬ、５．３ｍｍｏｌ）を加えて１時間４０分撹拌し、反応混合物をＭｅＯＨ（２４１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１２９（１．２ｇ、収率８７％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2734.3031.（条件６）
Figure 2018203574
工程４ 化合物１３０の合成
実施例２９の工程３と同様の条件で、化合物１２７の代わりに化合物１２９（１．１ｇ、０．４０ｍｍｏｌ）、化合物１２６の代わりに化合物７５（０．４６ｇ、０．６０ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１３０（１．１ｇ、収率８７％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1669.1845.（条件６）
Figure 2018203574
工程５ 化合物１３１の合成
実施例２９の工程３と同様の条件で、化合物１２７の代わりに化合物１３０（０．９６ｇ、０．２９ｍｍｏｌ）、化合物１２６の代わりに化合物１１６（０．２９ｇ、０．４３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１３１（０．９３ｇ、収率８６％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1914.7332.（条件６）
実施例３０：化合物１３５の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１３２の合成
実施例２９の工程３の脱一時保護基工程と同様の条件で、化合物１２７の代わりに化合物１３０（０．１０ｇ、３０μｍｏｌ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＭｅＯＨ（２０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１３２（７５ｍｇ、収率８３％）を得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1518.1199.（条件６）
工程２ 化合物１３３の合成
窒素雰囲気下、化合物６７（０．２５ｇ、０．２８ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（５ｍＬ）溶液に、室温で塩化チオニル（１０μＬ、０．１４ｍｍｏｌ）を加えて３０分間撹拌し、クロロ化体の溶液を調製した。
窒素雰囲気下、上記クロロ化体の溶液のうち３分の１に、ピリジン（０．６０ｍＬ）を加えた。この溶液に室温で化合物１３２（５８ｍｇ、１９μｍｏｌ）を加えて、１７時間撹拌した。５％炭酸水素ナトリウム水溶液で分液し、得られた有機層をＭｅＣＮ（２５ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１３３（０．１４ｇ）を得た。
MS(ESI-):[M-2H]2- 1961.5124.（条件７）
Figure 2018203574
工程３ 化合物１３４の合成
窒素雰囲気下、化合物１３３（０．１３ｇ）のＴＨＦ（１．５ｍＬ）溶液に室温で酢酸（０．２５ｍＬ）を加え、メチルヒドラジン（１０μＬ、０．２０ｍｍｏｌ）を加え、６時間３０分撹拌した。その後、反応混合物をＭｅＯＨ（２７ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１３４（０．１１ｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI-):[M-2H]2- 1450.0510.（条件６）
工程４ 化合物１３５の合成
窒素雰囲気下、化合物１３４のＴＨＦ溶液を室温で２０時間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物１３５が主生成物であることを確認した。その後、ＨＰＬＣ分析を行い、化合物１３５の面積百分率は９０％であった。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1006.6731.（条件３）
ＨＰＬＣ分析条件は、以下の通りである。
カラム：Ｌ−ｃｏｌｕｍｎ ＯＤＳ（３．０μｍ、３．０×１５０ｍｍ）
カラム温度：５０℃
溶離液組成：有機層としてＭｅＣＮを、水層として水を用いた。
有機層と水層の混合比（体積比）を１０／９０で５分間固定した後、１０分間で９５／５に直線的に変えた。その後５分間、有機層と水層の混合比を９５／５に固定した。
流速：０．８０ｍＬ／ｍｉｎ
検出波長：２６０ｎｍ
比較例１：化合物１３５の合成
Figure 2018203574
窒素雰囲気下、化合物１３２（１０ｍｇ、３．３μｍｏｌ）のＴＨＦ（０．２０ｍＬ）溶液に室温で酢酸（３８μＬ）を加え、メチルヒドラジン（１．７μＬ、３３μｍｏｌ）を加え、５時間撹拌した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物１３５が主生成物であることを確認した。その後、ＨＰＬＣ分析を行い、化合物１３５の面積百分率は８２％であった。
実施例３１：化合物１３８の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１３７の合成
窒素雰囲気下、ドコシルブロミド（東京化成工業社製）（６．６ｇ、１７ｍｍｏｌ）、及び化合物１３６（東京化成工業社製）（１．４ｇ、８．１ｍｍｏｌ）のＤＭＦ（２０ｍＬ）懸濁液を８０℃に昇温して、炭酸カリウム（４．４ｇ、３２ｍｍｏｌ）を加えて５０時間２０分撹拌した。室温まで冷却し、反応混合物にＴＨＦを加えて撹拌した後、吸引ろ過し、不溶物を除いた。得られたろ液を減圧下濃縮した後、ＭｅＯＨ（７０２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１３７（６．３ｇ、収率９９％）を淡黄色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,6H),1.05-1.88(m,80H),3.88(s,3H),4.00-4.06(m,4H),6.85(d,1H),7.53(d,1H),7.63(dd,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 785.7363.（条件６）
工程２ 化合物１３８の合成
窒素雰囲気下、化合物１３７（５．２ｇ、６．７ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（１０２ｇ）溶液に、室温で１．０Ｍ フェニルマグネシウムブロミド／ＴＨＦ溶液（２０ｍＬ、２０ｍｍｏｌ）を加え、５０℃で３時間撹拌した。室温に冷却し、１ ｍｏｌ／Ｌ塩酸（３０ｇ）、酢酸エチル（３１ｇ）を加えて分液した。得られた有機層を５％炭酸水素ナトリウム水溶液（３０ｍＬ）、５％塩化ナトリウム水溶液（３０ｍＬ）で洗浄した後、反応混合物をＭｅＯＨ（５２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１３８（５．９ｇ、収率９７％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.90(t,6H),1.08-1.86(m,80H),2.77(s,1H),3.88(t,2H),3.98(t,2H),6.64(dd,1H),6.77(d,1H),6.88(d,1H),7.24-7.34(m,10H)．
実施例３２：化合物１４３の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１３９の合成
実施例１−２の工程１と同様の条件で、化合物５の代わりに化合物１２６（０．９２ｇ、１．４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１３９（１．５ｇ、収率９６％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1663.1637.（条件６）
Figure 2018203574
工程２ 化合物１４０の合成
実施例２９の工程２と同様の条件で、化合物１２４の代わりに化合物１３９（１．５ｇ、０．８８ｍｍｏｌ）、化合物１２６の代わりに化合物７５（０．８４ｇ、１．１ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１４０（１．３ｇ、収率８０％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2266.2098.（条件６）
Figure 2018203574
工程３ 化合物１４１の合成
実施例２９の工程３と同様の条件で、化合物１２７の代わりに化合物１４０（０．９７ｇ、０．４３ｍｍｏｌ）、化合物１２６の代わりに化合物１１６（０．４３ｇ、０．６４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１４１（０．９０ｇ、収率７６％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2638.2663.（条件６）
Figure 2018203574
工程４ 化合物１４２の合成
実施例２９の工程３と同様の条件で、化合物１２７の代わりに化合物１４１（０．８２ｇ、０．３０ｍｍｏｌ）、化合物１２６の代わりに化合物５（０．２５ｇ、０．４５ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１４２（０．７４ｇ、収率８１％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1565.6859.（条件６）
Figure 2018203574
工程５ 化合物１４３の合成
実施例２９の工程３と同様の条件で、化合物１２７の代わりに化合物１４２（０．６９ｇ、０．２２ｍｍｏｌ）、化合物１２６の代わりに化合物１２０（０．２２ｇ、０．３３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１４３（０．６１ｇ、収率７７％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1811.2333.（条件６）
実施例３３：化合物１４８の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１４４の合成
実施例２９の工程３と同様の条件で、化合物１２７の代わりに化合物１４３（０．４１ｇ、０．１１ｍｍｏｌ）を用いて脱一時保護基工程を実施し、反応混合物をＭｅＣＮ（８０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１４４（０．３４ｇ、収率９２％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1660.1891.（条件６）
工程２ 化合物１４５の合成
窒素雰囲気下、化合物１３８（０．１２ｇ、０．１４ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（２．２）溶液に、室温で４．０Ｍ 塩化水素／ジオキサン溶液（０．１０ｍＬ、０．４１ｍｍｏｌ）を加えて３０分間撹拌し、化合物１３８のクロロ化体の溶液を調製した。
窒素雰囲気下、化合物１４４（０．２０ｇ、６１μｍｏｌ）、ピリジン（４８μＬ、０．６０ｍｍｍｏｌ）及びモレキュラーシーブス４Ａ（０．２０ｇ）の塩化メチレン（４．０ｍＬ）懸濁液を室温で４５分間撹拌し、上記クロロ化体の溶液の６割を加えて１５時間撹拌した。インドール（３６ｍｇ、０．３１ｍｍｏｌ）を加えて３時間撹拌し、反応混合物をＭｅＣＮ（４４ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１４５（０．２２ｇ）を淡黄色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 2105.5634.（条件６）
Figure 2018203574
工程３ 化合物１４６の合成
実施例３０の工程３と同様の条件で、化合物１３３の代わりに化合物１４５（０．１６ｇ）を用いて反応を実施し、化合物１４６（６３ｍｇ）を黄色固体として得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1594.1236.（条件６）
Figure 2018203574
工程４ 化合物１４８の合成
実施例２６の工程２（Ｈ−ホスホネート化工程）と同様の条件で、化合物６５の代わりに化合物１４４（０．１２ｇ、３０μｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１４７を得た。実施例２６の工程２（カップリング工程及び硫化工程）と同様の条件で、化合物７０の代わりに化合物１４７、化合物６９の代わりに化合物１４６（４２ｍｇ）を用いて反応を実施し、化合物１４８（０．１１ｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+3H]3+ 2212.8775.（条件６）
実施例３４：化合物１５０の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１４９の合成
実施例１−２の工程１と同様の条件で、化合物５の代わりに化合物７７（１．２ｇ、１．４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１４９（１．６ｇ、収率９３％）を薄肌色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.26-1.82(m,96H),2.70-2.95(m,4H),3.15(s,3H),3.37-4.02(m,18H),4.35-4.45(m,1H),4.80-5.15(m,3H),5.46-5.55(m,1H),6.10-6.20(m,1H),6.78-6.82(m,4H),7.22-7.78(m,14H),8.20(s,1H),8.35(s,1H),8.47(s,1H),11.59(s,1H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1872.1504.（条件６）
Figure 2018203574
工程２ 化合物１５０の合成
実施例２９の工程２と同様の条件で、化合物１２４の代わりに化合物１４９（１．５ｇ、０．８２ｍｍｏｌ）、化合物１２６の代わりに化合物８３（０．９０ｇ、１．２ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１５０（１．６ｇ、収率９１％）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2438.2903.（条件６）
実施例３５：化合物１５２の合成
Figure 2018203574
実施例３１の工程２と同様の条件で、化合物１３７の代わりに化合物１５１（国際公開第２０１６−１１７６６３号に記載の方法に準じて合成した）（１．０ｇ、１．１ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＭｅＣＮ（１３３ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１５２（１．１ｇ、収率９２％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.25-1.76(m,96H),2.75(s,1H),3.80(t,4H),3.94(t,2H),6.24(s,2H),7.25-7.33(m,10H)．
実施例３６：化合物１５８の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１５５の合成
実施例３１の工程１と同様の条件で、化合物１３６の代わりに化合物１５４（０．８９ｇ，５．９ｍｍｏｌ）、ドコシルブロミドの代わりに化合物１５３（国際公開第２０１０−１０４１６９号に記載の方法に準じて合成した）（３．２ｇ、５．６ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＭｅＣＮ（９０ｍＬ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１５５（３．９ｇ、収率８１％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,3H),1.19-1.85(m,60H),3.39(t,4H),3.88(s,3H),4.00(t,2H),6.87-6.92(m,2H),7.95-8.00(m,2H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 645.5813.（条件６）
工程２ 化合物１５６の合成
実施例３１の工程２と同様の条件で、化合物１３７の代わりに化合物１５５（１．５ｇ、２．３ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＭｅＣＮ（１５１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１５６（１．６ｇ、収率９２％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.89(t,3H),1.27-1.82(m,60H),2.76(s,1H),3.40(t,4H),3.95(t,2H),6.83(dt,2H),7.16(dt,2H),7.24-7.35(m,10H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 769.6353.（条件６）
Figure 2018203574
工程３ 化合物１５７の合成
窒素雰囲気下、化合物１５６（０．３２ｍｇ、０．４０ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１０ｍＬ）溶液に、室温で塩化オキサリル（０．１０ｍＬ、１．２ｍｍｏｌ）を加えて、２時間撹拌した。反応混合物をＭｅＣＮ（３０ｍＬ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１５７（０．３３ｇ、定量的）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,3H),1.25-2.00(m,60H),3.38(t,4H),3.95(t,2H),6.80(dt,2H),7.11(dt,2H),7.22-7.32(m,10H)．
Figure 2018203574
工程４ 化合物１５８の合成
窒素雰囲気下、化合物１２８（３１ｍｇ、１６μｍｏｌ）、ピリジン（６．２μＬ、７７μｍｏｌ）、モレキュラーシーブス４Ａ（アルドリッチ社製）（３４ｍｇ）の塩化メチレン（１ｍＬ）懸濁液に、室温で化合物１５７（１６ｍｇ、２０μｍｏｌ）を加えて、１７時間撹拌した。反応混合物をＭｅＯＨに加えて析出した固体をろ過し、化合物１５８（３４ｍｇ、収率８３％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2714.7099.（条件６）
実施例３７：化合物１６１の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１６０の合成
実施例３１と同様の条件で、化合物１３７の代わりに化合物１５９（国際公開第２０１２−１５７７２３号に記載の方法に準じて合成した）（２．７ｇ、３．４ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＭｅＣＮ（２７８ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１６０（３．０ｇ、収率９５％）を得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,6H),1.25-1.88(m,80H),2.76(s,1H),3.84(t,4H),6.36-6.41(m,3H),7.03-7.60(m,10H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 909.8009.（条件６）
工程２ 化合物１６１の合成
窒素雰囲気下、化合物１６０（０．５３ｇ、０．５８ｍｍｏｌ）の塩化メチレン（１０ｍＬ）溶液に、室温で塩化オキサリル（０．１５ｍＬ、１．７ｍｍｏｌ）を加えて２時間撹拌した。反応混合物をＭｅＣＮ（３０ｍＬ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１６１（０．４９ｇ、収率９２％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,6H),1.07-1.74(m,80H),3.83(t,4H),6.36-6.39(m,3H),7.23-7.32(m,10H)．
実施例３８：化合物１６４の合成及びヒドラジン１水和物との反応
Figure 2018203574
工程１ 化合物１６３の合成
窒素雰囲気下、ジクロロ酢酸（０．１８ｍＬ、２．２ｍｍｏｌ）、レブリン酸（０．４５ｍＬ、４．４ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（５．１ｇ）溶液に室温でピロリジン（０．１７ｍＬ、２．１ｍｍｏｌ）を加え、６６℃に昇温した。その後、化合物１６２（Chem. Asian. J., 2010年, 5巻, 904頁−909頁に記載の方法に準じて合成した）（１．０ｇ、１．１ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（５．３ｇ）溶液を加えて、２時間１９分撹拌した。反応混合物をＭｅＣＮ（１０１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１６３（１．０ｇ、収率９０％）を黄土色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.26-1.95(m,96H),2.70(t,2H),2.99(t,2H),3.98(t,6H),6.62(d,1H),6.74(s,2H),7.47(d,1H).
MS(ESI+):[M+H]+ 1009.9120.（条件７）
工程２ 化合物１６４の合成
実施例１−２の工程１と同様の条件で、化合物４の代わりに化合物１６３（０．１０ｇ、０．１０ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＭｅＣＮ（１２ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１６４（０．１３ｇ、収率８１％）を茶色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.26-1.86(m,99H),2.43-2.51(m,2H),2.69-2.72(m,2H),3.00-3.07(m,2H),3.40-3.58(m,2H),3.78(s,6H),3.96-4.00(m,6H),4.16-4.17(m,1H),5.45-5.55(m,1H),6.44-6.45(m,1H),6.62(d,1H),6.74(s,2H),6.82-7.40(m,13H),7.48(d,1H),7.61(d,1H),8.00-8.18(brs,1H)．
MS(ESI+):[M+NH4]+ 1553.1530.（条件７）
Figure 2018203574
工程３ 化合物１６４のヒドラジン１水和物との反応
実施例５と同様の条件で、化合物９の代わりに化合物１６４（１０ｍｇ、６．５μｍｏｌ）を用いて反応を実施した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物５及び化合物１６５が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+H]+ 1005.9341.（条件６、化合物１６５）
実施例３９：化合物１６７の合成及びヒドラジン１水和物との反応
Figure 2018203574
工程１ 化合物１６６の合成
実施例１−１の工程２と同様の条件で、化合物３の代わりに化合物１６３（０．３０ｇ、０．３０ｍｍｏｌ）を、１０％パラジウム−炭素（Ｋタイプ）の代わりに５％パラジウム−アルミナ（９２ｍｇ）を用いて反応を実施し、化合物１６６（０．２１ｇ、収率７０％）を得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.26-1.82(m,98H),2.51-2.81(m,6H),3.81-3.95(m,6H),6.35(s,2H)．
MS(ESI+):[M+H]+ 1011.9281.（条件７）
工程２ 化合物１６７の合成
実施例１−２の工程１と同様の条件で、化合物４の代わりに化合物１６６（０．１０ｇ、０．１０ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＭｅＣＮ（１１ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１６７（０．１１ｇ、収率７０％）を白色固体として得た。
1H-NMR:(300MHz;CDCl3)δ0.88(t,9H),1.26-1.80(m,101H),2.25-2.78(m,8H),3.40-3.52(m,2H),3.79(s,6H),3.90-3.94(m,6H),4.10-4.17(m,1H),5.40-5.50(m,1H),6.35(s,2H),6.43(t,1H),6.82-6.85(m,4H),7.24-7.39(m,9H),7.61(s,1H),7.85-8.15(brs,1H)．
MS(ESI+):[M+NH4]+ 1555.1683.（条件６）
Figure 2018203574
工程３ 化合物１６７とヒドラジン１水和物との反応
実施例５と同様の条件で、化合物９の代わりに化合物１６７（１０ｍｇ、６．５μｍｏｌ）を用いて反応を実施した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物５及び化合物１６８が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+H]+ 1007.9448.（条件６、化合物１６８）
実施例４０：化合物１７０の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１６９の合成
実施例１−２の工程１と同様の条件で、化合物５の代わりに化合物８１（２．５ｇ、３．２ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１６９（３．６ｇ、収率９４％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1820.2229.（条件６）
Figure 2018203574
工程２ 化合物１７０の合成
実施例２９の工程２と同様の条件で、化合物１２４の代わりに化合物１６９（３．５ｇ、１．９ｍｍｏｌ）、化合物１２６の代わりに化合物８１（２．３ｇ、２．９ｍｍｏｌ）を用いて反応を実施し、化合物１７０（４．１ｇ、収率８８％）を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2445.3879.（条件６）
実施例４１：化合物１７４の合成
Figure 2018203574
工程１ 化合物１７１の合成
実施例３０の工程３と同様の条件で、化合物１３３の代わりに化合物１４８（４０ｍｇ）を用いて反応を実施し、化合物１７１（３０ｍｇ）を得た。
MS(ESI+):[M+3H]3+ 1871.8923.（条件６）
Figure 2018203574
Figure 2018203574
工程２ 化合物１７２の合成
実施例２９の工程３（脱一時保護基工程）と同様の条件で、化合物１２７の代わりに化合物１４８（５５ｍｇ）を用いて反応を実施し、反応混合物をＭｅＣＮ（１０ｇ）に加えて析出した固体をろ過し、化合物１７２（４１ｍｇ）を白色固体として得た。
MS(ESI+):[M+3H]3+ 1915.9278.（条件６）
工程３ 化合物１７４の合成
実施例２６の工程２（Ｈ−ホスホネート化工程）と同様の条件で、化合物６５の代わりに化合物１７２（３０ｍｇ）を用いて反応を実施し、化合物１７３を得た。
MS(ESI+):[M+3H]3+ 1937.2397.（条件６）
実施例２６の工程２（カップリング工程及び硫化工程）と同様の条件で、化合物７０の代わりに化合物１７３（７．７ｍｇ）、化合物６９の代わりに化合物１７１（４．５ｍｇ）を用いて反応を実施した。反応混合物をＬＣ−ＭＳにより分析し、化合物１７４が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+5H]5+ 2298.6761.（条件６）
擬似固相保護基としての性能を有する長鎖アルキル基が導入されたベンゼン環部分と、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの２’位、３’位、５’位又は核酸塩基部とをレブリニル基を介して結合させた、レブリニル型新規擬似固相保護基を用いる製造方法により、オリゴヌクレオチドの収束的合成法のビルディングブロックとなるブロック体を高収率で合成でき、大量合成に対応できるオリゴヌクレオチドの新規製造方法を提供することが可能となった。
したがって、本発明は、ｓｉＲＮＡ、アンチセンス核酸、ワクチンのアジュバントなどのオリゴヌクレオチドの製造に適用することができ、ゲノム創薬や遺伝子診断・治療などの分野において極めて有用なものである。
日本国特許出願２０１７−０９１７４７号（出願日：２０１７年５月２日）及び２０１７−０９７４６７号（出願日：２０１７年５月１６日）の開示はその全体が参照により本明細書に取り込まれる。本明細書に記載された全ての文献、特許出願、及び技術規格は、個々の文献、特許出願、及び技術規格が参照により取り込まれることが具体的かつ個々に記された場合と同程度に、本明細書に参照により取り込まれる。

Claims (48)

  1. ３’位及び５’位の一方が、下記式（ＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
    Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
    ５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを、
    溶媒中、ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体から選択される少なくとも１つのアミノ化合物を反応させ、
    前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程を含む、
    ３’位及び５’位の一方がヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドの製造方法。
  2. ３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを反応させる、請求項１に記載の製造方法。
  3. 前記アミノ化合物が、ヒドラジン誘導体である、請求項１又は２に記載の製造方法。
  4. 前記アミノ化合物が、ヒドラジン一水和物である、請求項１から３のいずれか１項に記載の製造方法。
  5. 前記アミノ化合物が、Ｃ１−６アルキルヒドラジンである、請求項１から３のいずれか１項に記載の製造方法。
  6. 前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程が、溶媒として、ハロゲン化炭化水素溶媒、環状エーテル溶媒、低級脂肪族酸溶媒及びピリジン系溶媒からなる群から選択される少なくとも１つの溶媒中で実施される、請求項１から５のいずれか１項に記載の製造方法。
  7. 前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを含む低極性溶媒溶液と、極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させ、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、請求項１から６のいずれか１項に記載の製造方法。
  8. 前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、請求項７に記載の製造方法。
  9. 前記一時保護基が、それぞれ独立して、ｔｅｒｔ-ブチルジメチルシリル基、トリチル基、モノメトキシトリチル基又はジメトキシトリチル基である、請求項１から８のいずれか１項に記載の製造方法。
  10. ３’位及び５’位の一方が、下記式（ＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
    Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
    ５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基、又はヒドロキシ基であるｎ個重合オリゴヌクレオチドと、
    ３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるｐ個重合オリゴヌクレオチドとを反応させ、
    ｎ個重合オリゴヌクレオチドとｐ個重合オリゴヌクレオチドとの結合体を生成するカップリング工程を含み、
    ｎ及びｐは、それぞれ独立して、１以上の整数であり、
    ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基であり、
    ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
  11. ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方がヒドロキシ基である、請求項１０に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  12. 前記カップリング工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方がヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該５’位又は３’位のヒドロキシ基を、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基へ変換し、ｎ個重合オリゴヌクレオチドを生成する反応性リン化工程を含む、請求項１１に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  13. 前記反応性リン化工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該一時保護基を除去し、５’位及び３’位の一方にヒドロキシ基を生成する脱一時保護基工程を含む、請求項１２に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  14. ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、３’位が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
    ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、ヒドロキシ基である、請求項１１から１３のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  15. ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方がヒドロキシ基であり、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、請求項１０に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  16. 前記カップリング工程の前に、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの当該一時保護基を除去し、ｎ個重合オリゴヌクレオチドを生成する脱一時保護基工程を含む、請求項１５に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  17. ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位がヒドロキシ基であり、３’位が前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
    ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、請求項１５又は１６に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  18. 前記一時保護基が、ｔｅｒｔ-ブチルジメチルシリル基、トリチル基、モノメトキシトリチル基又はジメトキシトリチル基である、請求項１０から１７のいずれか１項に記載の製造方法。
  19. 前記反応性リン含有基が、ヒドロキシホスフィニル基であり、カップリング工程が亜リン酸ジエステル結合を形成する、請求項１０から１８のいずれか１項に記載の製造方法。
  20. 前記カップリング工程の後に、前記亜リン酸ジエステル結合を、リン酸ジエステル結合、チオリン酸ジエステル結合、ボラノリン酸ジエステル結合、アミノリン酸ジエステル結合、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸−Ｏ，Ｏ，Ｓ−トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸ジエステル結合の変換工程を更に含む、請求項１９に記載の製造方法。
  21. 前記反応性リン含有基が、置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であり、カップリング工程が亜リン酸トリエステル結合を形成する、請求項１０から１８のいずれか１項に記載の製造方法。
  22. 前記カップリング工程の後に、前記亜リン酸トリエステル結合を、リン酸トリエステル結合又はチオリン酸トリエステル結合に変換することを含む亜リン酸トリエステル結合の変換工程を更に含む、請求項２１に記載の製造方法。
  23. 少なくとも１つの工程の反応後に、反応液と極性溶媒とを混合して沈殿物を生成させ、生成した沈殿物を固液分離により取得する精製工程を更に含む、請求項１０から２２のいずれか１項に記載の製造方法。
  24. 前記極性溶媒が炭素数１から６のアルコール溶媒又は炭素数１から６のニトリル溶媒である、請求項２３に記載の製造方法。
  25. ３’位及び５’位の一方が、下記式（ＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
    Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、
    ５’位及び３’位の一方が、下記式（ＶＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
    Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
    Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
    置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
    ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを、
    溶媒中、ヒドラジン誘導体、ジアミン誘導体、ヒドロキシルアミン誘導体及びアミノアルコール誘導体から選択される少なくとも１つのアミノ化合物を反応させ、
    前記式（ＩＩ）で表される保護基を除去する工程を含む、
    ３’位及び５’位の一方がヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が前記式（ＶＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドの製造方法。
  26. ３’位及び５’位の一方が、下記式（ＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
    Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基、又はヒドロキシ基であるｎ個重合オリゴヌクレオチドと、
    ３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が、下記式（ＶＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、５’位又は３’位のヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
    Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
    Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
    置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
    ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であるｐ個重合オリゴヌクレオチドとを反応させ、
    ｎ個重合オリゴヌクレオチドとｐ個重合オリゴヌクレオチドとの結合体を生成するカップリング工程を含み、
    ｎ及びｐは、それぞれ独立して、１以上の整数であり、
    ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基であり、
    ｎ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
  27. 下記式（Ｉ）：
    Figure 2018203574
    ［式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
    Ｂａｓｅは、それぞれ独立して、核酸塩基又は基本保護基で置換された核酸塩基を示し、
    Ｘは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基又は４‘位炭素原子に架橋する有機基を示し、
    Ｙは、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基、基本保護基で置換されたスルファニル基、水素化ホウ素基、モノＣ１−６アルキルアミノ基又はジＣ１−６アルキルアミノ基を示し、
    Ｖは、それぞれ独立して、酸素原子又は硫黄原子を示し、
    Ｚ１が、水素原子、一時保護基、ヒドロキシホスフィニル基、又は置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基であるとき、Ｚ２は、下記式（ＩＩ）で表される保護基を示し、
    Ｚ１が、下記式（ＩＩ）で表される保護基であるとき、Ｚ２は、水素原子、一時保護基、ヒドロキシホスフィニル基又は置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基を示し、
    式（ＩＩ）が
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
    Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）である］で表される化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  28. ｎが、１から１００の整数である、請求項２７に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  29. Ｘが、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基又は基本保護基で置換されたヒドロキシ基である、請求項２７又は２８に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  30. Ｙが、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基又は基本保護基で置換されたスルファニル基である、請求項２７から２９のいずれか１項に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  31. Ｚ１が、前記式（ＩＩ）で表される保護基であり、Ｚ２が、水素原子、一時保護基、ヒドロキシホスフィニル基又は置換されたヒドロキシ（ジアルキルアミノ）ホスフィノ基である、請求項２７から３０のいずれか１項に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  32. 下記式（Ｉａ）：
    Figure 2018203574
    ［式中、ｎは、１以上の任意の整数を示し、
    Ｂａｓｅは、それぞれ独立して、核酸塩基又は基本保護基で置換された核酸塩基を示し、
    Ｘは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基又は４‘位炭素原子に架橋する有機基を示し、
    Ｙは、それぞれ独立して、水素原子、ヒドロキシ基、基本保護基で置換されたヒドロキシ基、スルファニル基、基本保護基で置換されたスルファニル基、水素化ホウ素基、モノＣ１−６アルキルアミノ基又はジＣ１−６アルキルアミノ基を示し、
    Ｖは、それぞれ独立して、酸素原子又は硫黄原子を示し、
    Ｚ１１が、下記式（ＩＩ）で表される保護基又はヒドロキシホスフィニル基であるとき、Ｚ１２は、下記式（ＶＩ）で表される保護基を示し、
    Ｚ１１が、下記式（ＶＩ）で表される保護基であるとき、Ｚ１２は、下記式（ＩＩ）で表される保護基又はヒドロキシホスフィニル基を示し、
    式（ＩＩ）が、
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
    Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である）であり、
    式（ＶＩ）が、
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、
    Ａｒ１は、下記式（ＶＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、Ａｒ１が結合する炭素原子を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基、又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数である）で表される基であり、
    Ａｒ２及びＡｒ３は、それぞれ独立して、前記式（ＶＩＩ）で表される基又は下記式（ＶＩＩＩ）
    Figure 2018203574
    （式中、＊は、Ａｒ２及びＡｒ３が結合する炭素原子を示し、
    Ｒ１０は、置換基群Ａから選択される置換基であり、
    置換基群Ａは、ハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ２−６アルキニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６ハロアルケニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、モノＣ１−６アルキルアミノ基、ジＣ１−６アルキルアミノ基、Ｃ１−６アルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルキルカルボニル基、Ｃ１−６ハロアルコキシカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、ジＣ１−６アルキルアミノカルボニル基、Ｃ１−６アルコキシＣ１−６アルキル基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基及びＣ１−６ハロアルキルスルホニル基により構成される置換基群を意味し、
    ｔは、０から５の整数であり、ｔが２から５のとき、Ｒ１０は、同一でも異なっていてもよい）で表される基である）である］で表される化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  33. Ｚ１１が、前記式（ＩＩ）で表される保護基であり、Ｚ１２が、前記式（ＶＩ）で表される保護基である、請求項３２に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  34. 少なくとも１つのＢａｓｅが、基本保護基で置換されたアデニル基であり、当該アデニル基のアミノ基の基本保護基が、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はアラルキルアミノカルボニル基（ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基及び前記アラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換され、前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）である、請求項３２又は３３に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  35. 少なくとも１つのＢａｓｅが、基本保護基で置換されたシトシル基及び５−メチルシトシル基から選択される少なくとも１つであり、当該シトシル基及び５−メチルシトシル基のアミノ基の基本保護基が、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はアラルキルアミノカルボニル基（ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、及び前記アラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換され、前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）である、請求項３２から３４のいずれか１項に記載の化合物、該化合物の互変異性体又はその塩。
  36. 請求項１０から２４のいずれか１項に記載の方法で、３’位及び５’位の一方が、前記式（ＩＩ）で表される保護基で置換されたヒドロキシ基であり、５’位及び３’位の一方が一時保護基で置換されたヒドロキシ基であるオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、請求項１から９のいずれか１項に記載の製造方法。
  37. ３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基又はヒドロキシ基であり、２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選択される少なくとも１カ所に、擬似固相保護基を有する、ｎ個重合オリゴヌクレオチドと、
    ５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基又は反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であり、擬似固相保護基を有さない、ｐ個重合オリゴヌクレオチドとをカップリングさせる工程を含み、
    ｎ及びｐは、それぞれ独立して、２以上の整数であり、ｎ＋ｐは、１１以上であり、
    ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、ヒドロキシ基であり、
    ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、ヒドロキシ基であるとき、ｐ個重合オリゴヌクレオチドの５’位及び３’位の一方が、反応性リン含有基で置換されたヒドロキシ基である、ｎ＋ｐ個重合オリゴヌクレオチドの製造方法。
  38. 前記ｐ個重合オリゴヌクレオチドの３’位及び５’位の一方が、一時保護基で置換されたヒドロキシ基である、請求項３７に記載の製造方法。
  39. ｎ＋ｐは、１５以上である、請求項３７又は３８に記載の製造方法。
  40. ｎ及びｐは、それぞれ独立して、４以上の整数である、請求項３７から３９のいずれか１項に記載の製造方法。
  41. 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドが、核酸塩基部に擬似固相保護基を有する、請求項３７から４０のいずれか１項に記載の製造方法。
  42. 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチドの３’位が、擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基である、請求項３７から４０のいずれか１項に記載の製造方法。
  43. 請求項１から９及び３６のいずれか１項に記載の方法で、ｐ個重合オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、請求項３７に記載の製造方法。
  44. 下記式（ＩＩ）
    Figure 2018203574
    ［式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
    Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
    Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合のとき、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である］で表される、擬似固相保護基。
  45. 下記式（ＩＩ）
    Figure 2018203574
    ［式中、＊は、擬似固相保護基が保護する基との結合位置を示し、
    Ｒ１は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基であり、
    Ｌ１２は、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基である］で表される、擬似固相保護基。
  46. ２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部からなる群から選ばれる少なくとも１か所にヒドロキシ基を有するか、又は２’位及び核酸塩基部の少なくとも１カ所にヒドロキシ基又はアミノ基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを、
    下記式（ＩＩ−１）
    Figure 2018203574
    ［式中、Ｒ１は、それぞれ独立して、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基、Ｃ２−４０アルキニル基又は、
    式 −Ｌ７−Ｏ−Ｒ４
    （式中、Ｌ７は、Ｃ１−４０アルキレン基、Ｃ２−４０アルケニレン基又はＣ２−４０アルキニレン基であり、Ｒ４は、Ｃ１−４０アルキル基、Ｃ２−４０アルケニル基又はＣ２−４０アルキニル基である）で表される基であり、少なくとも１つのＲ１の炭素数は１０以上であり、ｓは、１から５の整数であり、
    Ｌ１１は、Ｃ１−６アルキレン基、Ｃ２−６アルケニレン基又はＣ２−６アルキニレン基であり、
    Ｌ１２は、単結合、−Ｏ−又は−Ｎ（Ｒ２）−（式中、Ｒ２は、水素原子、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ１−６ハロアルキル基、Ｃ２−６アルケニル基又はＣ２−６ハロアルケニル基を示す）であり、
    Ｌ１３は、単結合、−Ｃ（Ｏ）−又はＣ１−６アルキレン基であり、Ｌ１２が単結合の時、Ｌ１３は、単結合又は−Ｃ（Ｏ）−である］で表されるカルボキシ化合物、又は下記式（ＩＩ−２）
    Figure 2018203574
    （式中、Ｗは、ハロゲン原子であり、ｓ、Ｒ１、Ｌ１１、Ｌ１２及びＬ１３は、前記式（ＩＩ−１）における定義と同じである）で表される酸ハロゲン化物と反応させ、
    ２’位、３’位、５’位及び核酸塩基部の少なくとも１カ所が、下記式（ＩＩ）
    Figure 2018203574
    ［式中、＊は、ヒドロキシ基との結合位置を示し、ｓ、Ｒ１、Ｌ１１、Ｌ１２及びＬ１３は、前記式（ＩＩ−１）における定義と同じである］で表される擬似固相保護基で置換されたヒドロキシ基である、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの製造方法。
  47. 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチド及びｐ個重合オリゴヌクレオチドの少なくとも一方が、少なくとも１つのアデニル基を有し、当該アデニル基のアミノ基の保護基が、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はアラルキルアミノカルボニル基（ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、及び前記アラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換され、前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）である、請求項１０から２６又は請求項３７から４３のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  48. 前記ｎ個重合オリゴヌクレオチド及びｐ個重合オリゴヌクレオチドの少なくとも一方が、シトシル基及び５−メチルシトシル基から選択される少なくとも１つを有し、当該シトシル基及び５−メチルシトシル基のアミノ基の保護基が、Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基又はアラルキルアミノカルボニル基（ここで、前記Ｃ６−１０アリールアミノカルボニル基、前記５−１０員ヘテロアリールアミノカルボニル基、前記Ｃ６−１０アリールスルホニルアミノカルボニル基、及び前記アラルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基、Ｃ１−６ハロアルコキシ基、Ｃ１−６アルキル基、Ｃ２−６アルケニル基、Ｃ１−６ハロアルキル基及びＣ２−６ハロアルケニル基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換され、前記モノＣ１−６アルキルアミノカルボニル基は、無置換であるか、又は、ハロゲン原子、ニトロ基、シアノ基、Ｃ１−６アルキルスルホニル基、Ｃ１−６ハロアルキルスルホニル基、Ｃ１−６アルコキシ基及びＣ１−６ハロアルコキシ基からなる群から選択される少なくとも１つの置換基で置換されている）である、請求項１０から２６又は請求項３７から４３又は４７のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
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