JP5750209B2 - 機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法 - Google Patents
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Description
ある特定の蛋白質に対してアフィニティーを有する分子を得る最も一般的な手法は、動物の免疫系を用い、アフィニティー抗体を作製する方法である。しかし、この方法では動物を用いるため、多量の蛋白質や多大な工程、費用が必要となり、しかもある特定の物質に対するアフィニティー抗体は生成されないという欠点があった。
本発明の機能性分子は、塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含み、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。前記機能性分子では、標的物質との結合に関与する前記置換基を、例えば標的物質との結合の後に、アンモニア処理等を行うことにより前記塩基から脱離することができる。そのため、前記機能性分子は、例えば異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、アンモニア処理等を行うことによりそれらの置換基を前記塩基から脱離することができ(前記機能性分子が天然の核酸と同様な構造となる)、各々の置換基の影響を考慮することなく、PCR増幅を容易に行うことが可能となる。
また、前記機能性分子合成用アミダイドは、前記置換基が更に保護基で保護されていてもよい。この場合、前記保護基は、前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で(例えばアセトニトリル中でのDBU処理等により)脱保護可能であることが好ましい。前記機能性分子合成用アミダイドを用いて前記機能性分子を製造する際に、前記置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で前記保護基の脱保護を行うことにより、標的物質との結合に関与する前記置換基が安定して残存した、本発明の前記機能性分子を製造することが可能となる。
また、前記標的物質解析方法では、前記機能性分子の合成の際に、前記機能性分子合成用アミダイドの置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で(例えばアセトニトリル中でのDBU処理等により)保護基の脱保護を行うことが好ましい。前記脱保護は、前記置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で行われることから、標的物質との結合に関与する前記置換基はこの段階では安定して残存する。このため、続く、標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程を、安定に行うことが可能となる。
本発明の機能性分子は、塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子であって、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。
前記置換基は、その末端に脱離され易い構造を有してなり、前記脱離され易い構造を介して前記塩基に導入されている。前記脱離され易い構造としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、芳香族カルボン酸構造、脂肪族カルボン酸構造などが好ましい。また、前記塩基がアデニン(A)又はシトシン(C)である場合には、前記脱離され易い構造としては芳香族カルボン酸構造が好ましく、前記塩基がグアニン(G)である場合には、前記脱離され易い構造としては脂肪族カルボン酸構造が好ましい。
前記芳香族カルボン酸構造の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、4−(アルキルカルボキシルアミノメチル)安息香酸、4−((2−アルキルカルボキシルアミノ)エトキシ)安息香酸などが挙げられる。前記脂肪族カルボン酸構造の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、N−アルキルカルボキシルβ−アラニン、N−アルキルカルボキシルピペリジンカルボン酸などが挙げられる。
前記金属錯体としては、金属イオンに配位子が配位した化合物であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、Ruビピリジル錯体、フェロセン錯体、ニッケルイミダゾール錯体などが挙げられる。
前記蛍光色素としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、フルオレセイン系列、ローダミン系列、エオシン系列、NBD系列等の蛍光色素などが挙げられる。
前記酸化還元色素としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ロイコアニリン、ロイコアントシアニン等のロイコ色素などが挙げられる。
前記スピンラベル体としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、鉄N−(ジチオカルボキシ)サルコシン(sarcosine)、TEMPO(テトラメチルピペリジン)誘導体などが挙げられる。
前記炭素数1〜10のアルキル基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、tert−ブチル基、ペンチル基、ネオペンチル基、ヘキシル基、シクロヘキシル基、オクチル基、ノニル基、デシル基などが挙げられる。
これらは、置換基で更に置換されていてもよい。
前記塩基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、ウラシル(U)などが挙げられる。また、前記塩基に前記置換基が導入される位置としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、アデニン塩基の6位、シトシン塩基の6位、グアニン塩基の2位などが好ましい。
前記置換基は、前記塩基から脱離可能であるように導入されていれば、その脱離方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アンモニア処理による方法、NaOH等によるアルカリ処理による方法、ふっ酸及びフッ化物塩処理による方法、ヒドラジン処理による方法、光照射による方法などが挙げられる。これらの中でも、アンモニア処理による方法が、特に好ましい。
前記アンモニア処理時のアンモニア濃度としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、1〜30%が好ましく、10〜30%がより好ましく、20〜30%が特に好ましい。前記アンモニア処理時の温度としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば0〜80℃が好ましく、25〜60℃がより好ましく、50〜55℃が特に好ましい。前記アンモニア処理の時間としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば15分間〜24時間が好ましく、1〜16時間がより好ましく、4〜8時間が特に好ましい。
前記機能性分子は、例えば、後述する本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いることにより好適に製造することができる。前記機能性分子の製造方法については、後述する本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目に詳述するものとする。
前記機能性分子は、複数のヌクレオチド単位から構成されてなり、その少なくとも一部に、前記したような、塩基に脱離可能に導入された置換基を有する修飾ヌクレオチド単位を含む。
前記機能性分子を構成するヌクレオチド単位の個数としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、10〜200個が好ましく、20〜100個がより好ましく、30〜80個が特に好ましい。なお、前記機能性分子を構成するヌクレオチド単位のうち、前記したような置換基を有する修飾ヌクレオチド単位の割合としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。また、前記機能性分子は、類似DNA配列及び類似RNA配列のいずれであってもよく、また、前記類似DNA配列及び類似RNA配列は一本鎖であってもよいし二本鎖であってもよい。
前記機能性分子は、標的物質との結合に関与する置換基が、塩基に脱離可能に導入されているため、標的物質との結合後、アンモニア処理等によって前記置換基を前記塩基から脱離することによって、天然核酸と同様な構造とすることができ、その結果、前記機能性分子をPCR等により容易に増幅することが可能となる。なお、本発明においては、前記機能性分子について、置換基を有する状態のもの、及び、置換基が脱離された後の状態のもの(天然核酸と同様な状態のもの)のいずれをも「機能性分子」と称し、文脈に応じて適宜使い分けるものとする。
従来の機能性分子では、その構造に異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む場合、各々の置換基の特性を考慮してPCR増幅条件の選定を行う必要があり、そのため、至適PCR増幅条件の選定が非常に困難であった。これに対して、本発明の前記機能性分子によれば、その構造に異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、それらの置換基をアンモニア処理等によって一度に脱離し、天然核酸と同様な構造とすることができるために、容易に至適PCR増幅条件を選定することが可能となる。
本発明の機能性分子合成用アミダイドは、本発明の前記機能性分子の製造に用いられるアミダイドであって、下記一般式(I)で表され、置換基Yが塩基Xから脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。
前記機能性分子合成用アミダイドが前記保護基Zを有する場合、前記保護基Zは、前記置換基Yを脱離しない条件下で脱保護可能であることが好ましく、前記保護基としては、例えば、フルオレニルメチルカルボニル基、β−シアノエチルカルボニル基などが挙げられる。前記置換基Yを脱離しない条件下で前記保護基Zが脱保護可能であれば、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に(前記機能性分子の製造における脱保護時に)失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することが可能となる。
前記置換基Yを脱離せず、前記保護基Zを脱保護する方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法、テトラブチルアンモニウムフルオライド処理による方法などが挙げられる。これらの中でも、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法が、特に好ましい。前記非プロトン性溶媒としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アセトニトリル、ジクロロメタン、DMF(N,N−ジメチルホルムアミド)、N−メチルピロリドンなどが挙げられる。また、前記嵩高い塩基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、DBU(1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]−7−ウンデセン)、DBN(1,5−ジアザビシクロ[4.3.0]−5−ノネン)、テトラメチルグアニジンなどが挙げられる。これらの中でも、前記保護基は、前記アセトニトリル中、前記DBUにより脱保護可能であることが好ましい。また、この場合、前記保護基の脱保護に要するDBU濃度としては、0.5M以下が好ましく、0.1M以下がより好ましく、0.01M以下が特に好ましい。前記脱保護に要する時間としては、8時間以内が好ましく、1時間以内がより好ましく、15分間以内が特に好ましい。
前記機能性分子合成用アミダイドの具体例としては、例えば、下記構造式(1)〜(5)のいずれかで表されるものなどが挙げられるが、前記機能性分子合成用アミダイドとしては、これらに限定されるものではない。
前記機能性分子合成用アミダイドの製造方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、後述する実施例に記載の合成方法等により製造することができる。
前記機能性分子合成用アミダイドは、本発明の前記機能性分子の製造に好適に利用可能である。
前記機能性分子合成用アミダイドを用いて前記機能性分子を製造する方法としては、特に制限はなく、例えば、公知の核酸合成方法を適宜利用することができる。具体的には、例えば、前記機能性分子合成用アミダイドの単量体を用い、ジエステル法、トリエステル法、ホスファイト法、ホスホロアミダイト法、H−ホスホネート法、チオホスファイト法などにより、前記機能性分子合成用アミダイドの二量体や三量体等のオリゴマーを合成し、これらを重合する方法などが挙げられる。前記オリゴマーを重合する方法としても、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、DNAシンセサイザー(DNA自動合成装置)を用いる方法などが好適に挙げられる。
前記機能性分子合成用アミダイドは、置換基がアンモニア処理等によって塩基から容易に脱離する構造を有しているため、これを用いて機能性分子を合成することにより、例えば標的物質との結合後に、前記置換基を脱離することができ、そのためPCR増幅を容易に行うことが可能な、本発明の前記機能性分子を提供することができる。
また、好ましくは、前記機能性分子合成用アミダイドは、前記置換基が更に保護基で保護されてなり、かつ前記保護基が前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で脱保護可能であるために、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に(前記機能性分子の製造における脱保護時に)失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することができる。
本発明の標的物質解析方法は、本発明の前記機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子(本発明の前記機能性分子)を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程と、必要に応じてその他の工程とを含み、前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする。
前記標的物質解析方法における、前記「ランダムプール作製工程」、前記「選別工程」、前記「増幅工程」、及び前記「その他の工程」の各工程は、例えば、国際公開第2003/078623号パンフレットの内容を参照して好適に行うことができる。具体的には、例えば、以下のようにして行うことができる。
前記ランダムプール作製工程は、前記機能性分子合成用アミダイドから機能性分子を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製する工程である。
ここで、前記「機能性分子合成用アミダイド」、前記「機能性分子」、及び前記「機能性分子合成用アミダイドから機能性分子を合成する方法(機能性分子の製造方法)」としては、前記した本発明の機能性分子の項目、及び本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目にそれぞれ記載した通りである。前記のようにして機能性分子を合成した結果、得られた機能性分子を含む反応物は、精製・分離等することなくそのまま、機能性分子のランダムプールとして使用可能である。
前記保護基の脱保護の方法としては、前記置換基が脱離しない条件で行うことのできる方法であれば特に制限はなく、前記保護基及び前記置換基の種類等に応じて適宜選択することができ、例えば、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法、テトラブチルアンモニウムフルオライド処理による方法などが挙げられる。これらは、1種単独で行ってもよいし、2種以上を行ってもよい。これらの中でも、前記脱保護の方法としては、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法が、特に好ましい。
前記「非プロトン性溶媒」、前記「嵩高い塩基」、及び前記「非プロトン性溶媒中での前記嵩高い塩基による処理の方法」の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、前記した本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目に記載した通りである。
前記選別工程は、前記ランダムプール作製工程において作製された前記機能性分子のランダムプールの中から、所望の標的物質と親和性のある機能性分子を選別する工程である。前記選別の方法としては、特に制限はなく、目的に応じて公知の方法から適宜選択することができ、例えば、アフィニティークロマトグラフィー、フィルター結合、液−液分割、ろ過、ゲルシフト、密度勾配遠心分離などの各種方法が挙げられる。これらは、1種単独で行ってもよいし、2種以上を行ってもよい。これらの中でも、前記選別の方法としては、アフィニティークロマトグラフィーが、特に好ましい。
前記脱離工程は、本発明の標的物質解析方法において特徴的な工程であり、後述する増幅工程前に行われる。前記脱離工程では、例えば前記選別工程で選別された機能性分子から、置換基を脱離する。増幅工程前に前記置換基の脱離が行われることにより、前記機能性分子は天然核酸と同様な構造となり、PCR等による増幅が容易となる。
前記「アンモニア処理」の具体的な方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、本発明の前記機能性分子の項目に記載した通りである。
また、前記置換基を脱離した結果、その脱離箇所において、別の種類の基への置換が生じる場合もあるが、PCR等の進行を妨げず、前記機能性分子が増幅可能であれば、このような別の種類の基が生じていても構わない。
なお、前記ランダムプール作製工程における前記脱保護方法と、前記脱離工程における前記脱離方法との組み合わせとしては、前記置換基を脱離すること無しに脱保護を行うことが可能な脱保護方法と、その後、残存した前記置換基を脱離することが可能な脱離方法との組み合わせであれば、特に制限はなく、使用する機能性分子合成用アミダイドの構造等に応じて適宜選択することができる。例えば、前記組み合わせとしては、脱保護方法が非プロトン性溶媒中での嵩高い塩基による処理(例えば、アセトニトリル中でのDBU処理)であり、脱離方法がアンモニア処理である組み合わせ;脱保護方法がテトラブチルアンモニウムフルオライド処理であり、脱離方法が光照射である組み合わせ;などが好ましい。
また、例えば温度や時間等の反応条件を調整することにより、前記脱保護を、前記置換基が脱離されない程度の緩やかな条件で行うことができる場合には、前記脱保護方法と前記脱離方法とを、同じ種類の方法を用いて行うこともできる。
前記増幅工程は、前記選別工程により選別した前記機能性分子の塩基配列を決定すること等を目的に、前記機能性分子を増幅する工程である。前記増幅工程において、前記機能性分子は、前もって行われた前記脱離工程により、前記置換基が脱離され、天然核酸と同様な状態となっているために、PCR等の増幅条件の選定が非常に容易である。
そのため、前記増幅の方法としては、対象となる前記機能性分子のオリゴヌクレオチド配列の数を増やすことができれば、特に制限はなく、当該技術分野において公知の方法の中から適宜選択することができ、例えば、PCR(Polymerase Chain Reaction)法、LCR(Ligase chain Reaction)法、3SR(Self−sustained Sequence Replication)法、SDA(Strand Displacement Amplification)法、RT−PCR法、ICAN法、LAMP法などが挙げられる。これらは、1種単独で行ってもよいし、2種以上を行ってもよい。
また、前記機能性分子の塩基配列の決定方法としても、特に制限はなく、当該技術分野において公知の方法の中から適宜選択することができ、例えば、遺伝子クローニングによる方法、チェーンターミネーター法、サンガー法、ジデオキシ法等によるDNAシーケンサー(DNA塩基配列自動決定装置)などを利用することができる。これらは、1種単独で行ってもよいし、2種以上を行ってもよい。
前記その他の工程としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、翻訳工程などが挙げられる。
前記翻訳工程は、例えば、前記増幅工程で決定した前記機能性分子の塩基配列を翻訳し、前記標的物質との親和性を有した機能性分子の構造を確認する工程である。前記翻訳は、例えば、国際公開第2003/078623号パンフレットの記載を参照して行うことができる。
例えば、予め前記機能性分子合成用アミダイドの二量体や三量体等のオリゴマーに導入させた置換基の種類を、対応表(オリゴマーの塩基配列と、置換基の種類との対応表)等で定めておく。次いで、前記オリゴマーを重合させることにより得られた前記機能性分子を、標的物質と結合させ、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を選別した後に、前記機能性分子から置換基を脱離し、PCR増幅、シーケンシング(塩基配列決定)を行う。前記塩基配列の結果から、前記機能性分子に導入されていた置換基の種類を、前記対応表等に基づいて確認(翻訳)することができ、これに基づき、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を複製等することが可能となる。
本発明の標的物質解析方法では、前記増幅工程の前に、前記機能性分子の置換基を脱離する前記脱離工程を含むため、前記増幅工程の際には、前記機能性分子は、天然核酸と同様な状態となっており、したがって、PCR等により容易に前記機能性分子を増幅し、その塩基配列を確認、分析等することができる。
更に、本発明の標的物質解析方法では、好ましくは、前記ランダムプール作製工程において、前記機能性分子合成用アミダイドの前記保護基を前記置換基が脱離しない条件下で脱保護する。そのため、前記選別工程の際には、前記標的物質との結合に関与する置換基は、前記機能性分子の表面に露出した状態で安定に残存しており、そのため、前記機能性分子と前記標的物質との結合を安定に行うことができる。
このように、本発明の標的物質解析方法では、好ましくは、前記保護基及び前記置換基が二段階で外され、そのため、全体を通して標的物質の解析を安定かつ効率的に行うことができる(一段階目:ランダムプール作製工程における保護基の脱保護、二段階目:脱離工程における置換基の脱離)。
本発明の機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法は、薬品、ドラッグデリバリー、バイオセンサー、遺伝子の発現量の制御、遺伝子異常による疾病の克服、遺伝子により翻訳される蛋白質の機能解明、反応触媒の開発などの様々な分野で好適であると考えられる。例えば、特定の代謝系に関与する蛋白質に親和性のある分子を同定することにより、多機能薬品、高精度ドラッグデリバリーを行う物質を提供することができると考えられる。また、特定のDNA配列に親和性のある分子を同定することにより、一連の遺伝子の発現量を制御することができるようになり、遺伝子産物の相互作用を解き明かすことができると期待される。更に、反応中間体をミミックした分子に親和性のある分子を同定することにより、不安定な反応中間体を経由する多段階反応を、効率よく進めることができるようになると考えられる。
本発明の機能性分子合成用アミダイド(IXLys(前記構造式(1))、IXLeu(前記構造式(2))、IXPhe(前記構造式(3))、IXGlu(前記構造式(4))、XVI(前記構造式(5)))、及び前記機能性分子合成用アミダイドを用いたアミダイド二量体(XIILeu(前記構造式(6))、XIIPhe(前記構造式(7))、XIIGlu(前記構造式(8))、XIILys(前記構造式(9))、XIX(前記構造式(10)))を、それぞれ以下のようにして合成した。
Nメチルアミノ酪酸塩酸塩7.68g(50mmol)を50mLの水に溶かし、NaHCO34.20g(50mmol)を加え、10分間攪拌した。この溶液に炭酸9−フルオレニルメチルスクシンイミジル13.49g(40mmol)、アセトニトリル100mL、及び硫酸水素テトラブチルアンモニウム0.14g(0.4mmol)を加え、室温で2日間攪拌した。溶液を減圧濃縮した後、塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、脱水アセトニトリルで2回共沸した後、脱水塩化メチレンで共沸した。残渣を200mLの脱水塩化メチレンに溶かし、0℃でN,N’−ジシクロヘキシルカルボジイミド4.13g(20mmol)を加え、室温で2時間攪拌した。不溶物をろ過した後、減圧濃縮し、残渣Aを得た。
デオキシヌクレオシド(dA、dG、又はdC、20mmol)を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を3回行った。残渣を100mLの脱水ピリジンで懸濁し、0℃でトリメチルクロロシラン8.45mL(66mmol)を加え、室温で1時間攪拌した後、再び0℃に冷却し、本溶液を残渣Aに導入した。反応混合物を、室温で2時間攪拌した。氷冷下、20mLの水を加え、室温で一晩攪拌した。本溶液を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール19:1→4:1)にて精製し、目的物Ia 6.91g(60%)、Ig 9.43g(80%)、Ic 8.80g(80%)を得た。
Ia、Ig、又はIc、10mmolを脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を50mLの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、4,4’−ジメトキシトリチルクロリド3.36g(10.5mmol)を加え、室温にて4時間攪拌した。続いてメタノール10mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール98:2→9:1)にて精製し、目的物IIa 7.92g(91%)、IIg 8.35g(94%)、IIc 7.64g(90%)を得た。
IIa、IIg又はIIc、5mmolを脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を20mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン30.5mg(0.25mmol)、ジイソプロピルエチルアミン1.05mL(6.0mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト1.23mL(5.5mmol)の5mL塩化メチレン溶液を15分間以上かけ滴下した。混合溶液を0℃(IIa、IIc)又は室温(IIg)で2時間攪拌した。続いてメタノール5mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を25mLの酢酸エチルに溶解し、−30℃で500mLのヘキサンに15分間以上かけ滴下した。不溶物をろ過し、冷ヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物IIIa 5.22g(97%)、IIIg 5.22g(96%)、IIIc 4.70g(94%)を得た。
IIa、IIg、又はIIc、5mmolを脱水ジオキサンに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を25mLの脱水ジオキサンに溶解し、10℃でジメチルアミノピリジン48.9mg(0.4mmol)、ジシクロヘキシルカルボジイミド2.06g(10mmol)、及びレブリン酸1.02mL(10mmol)を加え、室温で2時間攪拌した。反応溶液に2mLのメタノールを加え、30分間攪拌した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を5mLのジクロロメタンで懸濁し、不溶物をろ過した。濾液を減圧濃縮し、残渣を100mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、2mLのトリフロロ酢酸を加え、0℃で2時間攪拌した後、10mLの脱水メタノール及び5mLの脱水ピリジンを加えた。反応混合物を室温で一晩攪拌した。反応混合物を水で洗浄し、ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール98:2→4:1)にて精製し、目的物IVa 3.00g(89%)、IVg 2.96g(86%)、IVc 2.95g(91%)を得た。
4−(FMOC−アミノメチル)安息香酸28.0g(75mmol)を375mLの脱水ジクロロメタンに懸濁し、アルゴン雰囲気下、オキサリルクロリド12.9mL(150mmol)、及びジメチルフォルムアミド0.12mL(1.5mmol)を加え、室温で7時間攪拌した。反応溶液を減圧濃縮し、残渣に脱水トルエンを加えた後、減圧濃縮し、残渣Aを得た。
デオキシアデノシン1水和物24.2g(90mmol)を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を3回行った。残渣を375mLの脱水ピリジンで懸濁し、0℃でトリメチルクロロシラン38.0mL(297mmol)を加え、室温で1時間攪拌した後、再び0℃に冷却し、本溶液を残渣Aに導入した。反応混合物を4時間以上かけ室温に昇温し、室温で一晩攪拌した。氷冷下、75mLの水を加え、室温で8時間攪拌した。本溶液を減圧濃縮した。残渣を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール9:1→4:1)にて精製し、目的物V 15.5g(34%)、少量のV’と思われる不純物を含むV 18.2g、粗収率74%を得た。
V 15.5g(25.5mmol)を脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を130mLの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、4,4’−ジメトキシトリチルクロリド9.09g(26.8mmol)を加え、室温にて4時間攪拌した。続いてメタノール25mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(酢酸エチル−エタノール39:1→19:1)にて精製し、目的物VI 21.3g(92%)を得た。
同様の手法で,少量のV’を含むV 18.2gからはVI 22.4gを得た。よって2段階収率64%でVIを得た。
VI 1.82g(2.0mmol)を脱水ジオキサンに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を15mLの脱水ジオキサンに溶解し、10℃でジメチルアミノピリジン19.5mg(0.16mmol)、ジシクロヘキシルカルボジイミド825mg(4.0mmol)、及びレブリン酸0.41mL(4.1mmol)を加え、室温で2時間攪拌した。反応溶液に2mLのメタノールを加え、30分間攪拌した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を2mLのジクロロメタンで懸濁し、不溶物をろ過した。濾液を減圧濃縮し、残渣を40mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、0.8mLのトリフロロ酢酸を加え、0℃で2時間攪拌した後、4mLの脱水メタノール、及び2mLの脱水ピリジンを加えた。反応混合物を室温で一晩攪拌した。反応混合物を水で洗浄し、ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール98:2→9:1)にて精製し、目的物VII 1.15g(82%)を得た。
VI 4.54g(5mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を20mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン30.5mg(0.25mmol)、ジイソプロピルエチルアミン1.13mL(6.5mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト1.34mL(6.0mmol)の5mL塩化メチレン溶液を15分間以上かけ滴下した。混合溶液を0℃で2時間、攪拌した。続いてメタノール5mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を60mLの酢酸エチルに溶解し、−30℃で500mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物IXLys 5.23g(94%)を得た。
VI 8.20g(9.12mmol)を46mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン1.63mL(10.9mmol)を加え、室温にて3時間攪拌し、反応混合物Aを得た。
4−メチル吉草酸1.38mL(10.9mmol)を33mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、N−ヒドロキシこはく酸イミド1.39g(12.0mmol)を加え、氷冷下、ジシクロヘキシルカルボジイミド2.37g(11.5mmol)を加え、室温で2時間攪拌した。不溶物を濾別し、濾液を反応混合物Aに加えた。反応混合物を室温にて4時間攪拌した。続いてメタノール5mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール49:1→17:3)にて精製し、目的物VIIILeu 5.03g(70%)を得た。
VIIILeu 3.92g(5mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を20mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン30.5mg(0.25mmol)、ジイソプロピルエチルアミン1.13mL(6.5mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト1.34mL(6.0mmol)の5mL塩化メチレン溶液を15分間以上かけ滴下した。混合溶液を0℃で2時間、攪拌した。続いてメタノール5mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を60mLの酢酸エチルに溶解し、−30℃で、500mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物IXLeu 4.74g(97%)を得た。
IXLeu 4.19g(4.25mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を21mLの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Aを得た。IVa 2.86g(4.25mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を21mLの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Aに加えた。反応混合物にテトラゾール1.49g(21.3mmol)を加え、室温で1時間攪拌した。続いてメタノール2.1mLを加え、30分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン89mL、ピリジン26mL及び水13mLに溶解し、ヨウ素3.77g(14.9mmol)を加え、室温で30分間攪拌した。反応混合物に380mLのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム9.37g(74.3mmol)を加え、室温で15分間攪拌した。反応混合物に約25gの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール49:1→9:1)にて精製し、目的物XLeu 4.38g(66%)を得た。
XLeu 4.18g(2.66mmol)を27mLのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン1水和物1.29mL(26.7mmol)の希釈溶液27mL(ピリジン:酢酸=3:2)を加え、室温で20分間攪拌した。氷冷下、アセトン26mLを加え、0℃で10分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール19:1→17:3)にて精製し、目的物XILeu 3.05g(79%)を得た。
XILeu 870mg(0.59mmol)を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を6.0mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン3.6mg(0.029mmol)、ジイソプロピルエチルアミン139μL(0.80mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト158mL(0.629mmol)を加えた。混合溶液を、0℃で3時間攪拌した。続いてメタノール0.6mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液を酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を9mLの酢酸エチルに溶解し、−30℃で、59mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物XIILeu 885mg(89%)を得た。
VI 8.06g(8.87mmol)を45mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン1.59mL(10.6mmol)を加え、室温にて3時間攪拌し、反応混合物Aを得た。
N−ヒドロキシこはく酸イミド1.38g(11.7mmol)の32mL脱水ジクロロメタン溶液に、トリエチルアミン1.72mL(12.4mmol)を加え、氷冷下、フェニルアセチルクロリド1.41mL(10.6mmol)を加え、室温で30分間攪拌した。本溶液を反応混合物Aに加えた。反応混合物を室温にて4時間攪拌した。続いてメタノール5mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール49:1→9:1)にて精製し、目的物VIIIPhe 6.79g(86%)を得た。
VIIIPhe 4.83g(6mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を48mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン37mg(0.30mmol)、ジイソプロピルエチルアミン1.36mL(7.8mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト1.61mL(7.2mmol)の12mL塩化メチレン溶液を15分間以上かけ滴下した。混合溶液を0℃で2時間攪拌した。続いてメタノール6mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を60mLの酢酸エチルに溶解し、−30℃で、600mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物IXPhe 5.51g(quant)を得た。
IXPhe 4.90g(4.87mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を25mLの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Aを得た。IVc 3.14g(4.87mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を25mLの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Aに加えた。反応混合物にテトラゾール1.71g(24.3mmol)を加え、室温で1時間攪拌した。続いてメタノール2.5mLを加え、30分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン102mL、ピリジン30mL、及び水15mLに溶解し、ヨウ素4.33g(17.0mmol)を加え、室温で30分間攪拌した。反応混合物に440mLのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム10.7g(85.2mmol)を加え、室温で15分間攪拌した。反応混合物に約30gの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール49:1→17:3)にて精製し、目的物XPhe 5.10g(67%)を得た。
XPhe 4.85g(3.10mmol)を31mLのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン1水和物1.50mL(26.7mmol)の希釈溶液31mL(ピリジン:酢酸=3:2)を加え、室温で20分間攪拌した。氷冷下、アセトン30mLを加え、0℃で10分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール19:1→4:1)にて精製し、目的物XIPhe 4.05g(89%)を得た。
XIPhe 1.00g(0.68mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を7.0mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン5.6mg(0.034mmol)、ジイソプロピルエチルアミン154μL(0.88mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト182μL(0.82mmol)を加えた。混合溶液を、0℃で3時間攪拌した。続いてメタノール0.7mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液を酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を10mLの酢酸エチル:ジクロロメタン=4:1に溶解し、−30℃で、68mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物XIIPhe 890mg(78%)を得た。
VI 2.49g(2.74mmol)を20mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン0.41mL(2.74mmol)を加え、室温にて3時間攪拌した。反応混合物に、トリフロロ酢酸245μL及びトリエチルアミン230μLのジクロロメタン10mL希釈溶液を加え、反応混合物Aを得た。
モノフルオレニルメチルクルタレート1.02g(3.29mmol)及びN−ヒドロキシこはく酸イミド417mg(3.62mmol)の10mL脱水ジクロロメタン溶液に、氷冷下、ジシクロヘキシルカルボジイミド712mg(3.45mmol)を加え、室温で3時間攪拌した。不溶物を濾別し、濾液を反応混合物Aに加えた。反応混合物を室温にて2時間攪拌した。続いてメタノール5mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール49:1→9:1)にて精製し、目的物VIIIGlu 1.86g(69%)を得た。
VIIIGlu 490mg(0.5mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を10mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン3.1mg(25μmol)、ジイソプロピルエチルアミン128μL(0.75mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト134μL(0.6mmol)を加えた。混合溶液を、室温で2時間攪拌した。続いてメタノール2mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を4mLのトルエンに溶解し、−30℃で50mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物IXGlu 548mg(93%)を得た。
VIIIGlu 2.91g(2.97mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を10mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Aを得た。5’−(2−シアノエチルジイソプロピルホスホロアミジル)−3’レブロイルチミジン1.93g(3.56mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を15mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Aに加えた。反応混合物にテトラゾール1.04g(14.9mmol)を加え、室温で1時間攪拌した。続いてメタノール1.0mLを加え、30分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン56mL、ピリジン16mL、及び水8mLに溶解し、ヨウ素2.64g(10.4mmol)を加え、室温で30分間攪拌した。反応混合物に250mLのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム6.54gを加え、室温で15分間攪拌した。反応混合物に約15gの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール97:3→9:1)にて精製し、目的物XGlu 3.67g(86%)を得た。
XGlu 3.67g(2.56mmol)を20mLのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン1水和物1.2mLの希釈溶液30mL(ピリジン:酢酸=3:2)を加え、室温で10分間攪拌した。氷冷下、アセトン20mLを加え、0℃で10分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール19:1→4:1)にて精製し、目的物XIGlu 2.81g(82%)を得た。
XIGlu 600mg(0.45mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を10mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン2.7mg(0.023mmol)、ジイソプロピルエチルアミン115μL(0.67mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト120μL(0.54mmol)を加えた。混合溶液を、室温で3時間攪拌した。続いてメタノール0.9mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を5.5mLのジクロロメタンに溶解し、−30℃で、50mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物XIIGlu 655mg(95%)を得た。
VII 1.00g(1.42mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を15mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、5’−(2−シアノエチルジイソプロピルホスホロアミジル)−チミジン1.25g(1.68mmol)を加えた。反応混合物にテトラゾール497mg(7.10mmol)を加え、室温で1時間攪拌した。続いてメタノール0.5mLを加え、30分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン42mL、ピリジン12mL、及び水6mLに溶解し、ヨウ素1.26g(4.97mmol)を加え、室温で30分間攪拌した。反応混合物に120mLのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム3.12gを加え、室温で15分間攪拌した。反応混合物に約11gの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール97:3→9:1)にて精製し、目的物XLys 1.73g(89%)を得た。
XLys 1.72g(1.26mmol)を10mLのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン1水和物580μLの希釈溶液15mL(ピリジン:酢酸=3:2)を加え、室温で10分間攪拌した。氷冷下、アセトン10mLを加え、0℃で10分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール19:1→9:3)にて精製し、目的物XILys 1.33g(83%)を得た。
XILys 1.32g(1.04mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を20mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン6.4mg(0.052mmol)、ジイソプロピルエチルアミン115μL(0.67mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト270μL(1.57mmol)を加えた。混合溶液を、室温で4時間攪拌した。続いてメタノール2.0mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を8.0mLの酢酸エチルに溶解し、−30℃で、104mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物XIILys 1.16g(76%)を得た。
FMOC−β−アラニン12.5g(40mmol)を200mLの脱水塩化メチレンに溶かし、0℃でN,N’−ジシクロヘキシルカルボジイミド4.13g(20mmol)を加え、室温で2時間攪拌した。不溶物をろ過した後、減圧濃縮し、残渣Aを得た。
デオキシグアノシン1水和物5.71g(20mmol)を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を3回行った。残渣を100mLの脱水ピリジンで懸濁し、0℃でトリメチルクロロシラン8.45mL(66mmol)を加え、室温で1時間攪拌した後、再び0℃に冷却し、本溶液を残渣Aに導入した。反応混合物を室温で2時間攪拌した。氷冷下、20mLの水を加え、室温で一晩攪拌した。本溶液を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール19:1→4:1)にて精製し、目的物XIII 8.90g(79%)を得た。
XIII 8.41g(15mmol)を脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を75mLの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、4,4’−ジメトキシトリチルクロリド5.34g(15.8mmol)を加え、室温にて4時間攪拌した。続いてメタノール15mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール19:1→9:1)にて精製し、目的物XIV 11.5g(89%)を得た。
XIV 7.13g(8.27mmol)を17mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、トリエチルシラン1.58mL、及びジアザビシクロウンデセン1.24mL(8.27mmol)を加え、室温にて3時間攪拌した。反応混合物にトリフロロ酢酸762μL及びピリジン401μLの脱水ジクロロメタン5mL希釈溶液を加え、反応混合物Aを得た。
4−(FMOC−アミノメチル)安息香酸3.35g(9.92mmol)を40mLの脱水ジクロロメタンに懸濁し、アルゴン雰囲気下、オキサリルクロリド1.70mL(18.8mmol)、及びジメチルフォルムアミド15μL(0.19mmol)を加え、室温で一晩攪拌した。反応溶液を減圧濃縮し、残渣に脱水トルエンを加えた後、減圧濃縮した。残渣を50mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、1−ヒドロキシベンゾトリアゾール1.61g(11.9mmol)を加えた後、氷冷し、ピリジン1.20mLを加えた。室温で1時間攪拌後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、12mL脱水ジクロロメタンを用いて反応混合物Aに加え、室温で3時間攪拌した。続いてメタノール10mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール49:1→9:1)にて精製し、目的物XV 5.20g(63%)を得た。
XV 5.10g(5.12mmol)を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を40mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン31mg(0.26mmol)、ジイソプロピルエチルアミン1.3mL(7.6mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト1.3mL(5.8mmol)を加えた。混合溶液を、室温で2時間攪拌した。続いてメタノール15mLを加え、30分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を55mLの酢酸エチルに溶解し、−30℃で、515mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物XVI 5.78g(94%)を得た。
XVI 2.13g(1.78mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を20mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Aを得た。IVc 1.15g(1.78mmol)を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタンに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を、8mLの脱水ジクロロメタンを用いて溶液Aに加えた。反応混合物にテトラゾール623mg(8.9mmol)を加え、室温で2時間攪拌した。続いてメタノール1.0mLを加え、30分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン28mL、ピリジン8mL、及び水4mLに溶解し、ヨウ素1.6g(6.3mmol)を加え、室温で30分間攪拌した。反応混合物に100mLのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム4.0gを加え、室温で15分間攪拌した。反応混合物に約10gの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール19:1→9:1)にて精製し、目的物XVII 2.09g(67%)を得た。
XVII 1.92g(1.10mmol)を12mLのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン1水和物0.51mLの希釈溶液14mL(ピリジン:酢酸=3:2)を加え、室温で10分間攪拌した。氷冷下、アセトン10mLを加え、0℃で10分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー(ジクロロメタン−エタノール93:7→17:3)にて精製し、目的物XVIII 1.54g(85%)を得た。
XVIII 830mg(0.50mmol)を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を3回行った。残渣を10mLの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン3.1mg(0.025mmol)、ジイソプロピルエチルアミン103μL(0.60mmol)を加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト123μL(0.55mmol)を加えた。混合溶液を、室温で3時間攪拌した。続いてメタノール1.0mLを加え、30分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を5mLのジクロロメタンに溶解し、−30℃で、50mLのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、coldヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物XIX 882mg(95%)を得た。
前記各化合物の構造確認を、以下のようにして行った。結果を図1〜41に示す。なお、前記I〜IIIの各化合物の構造確認結果は、特願2007−000576号明細書に記載の通りである。
[MALDI−TOF]
脂溶性化合物については、Dithranol 10mg/mL アセトン溶液8μLと、サンプル希釈液(20pmol/Lが目安)2μLを混合し、Massive Targetに1μLを展開し、測定した。検量線用内部標準としてはDithranolマトリックスを用いた。
水溶性のオリゴヌクレオチドについては、まずサンプルの希釈液を水素イオン型イオン交換樹脂にて処理した。別にクエン酸一水素二アンモニウム(DAC)と3−ヒドロキシピコリン酸(HPA)の1:1混合水溶液1μLを、あらかじめTOF−MSターゲットAnchorChipに展開し、更にサンプル液1μLを混合し、ゆっくりと風乾した後に測定した。検量線用標準物質としては規定の検量線用ペプチド混合サンプルを用いた。
[1H−NMR]
各サンプル約5mgを重溶媒に溶解し、測定した。内部標準は重溶媒ピークを基準とした。
[31P−NMR]
外部標準としてPPh3を用い、−6.2ppmを基準として測定した。BCMにて測定を行った。
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて核酸類似体を合成した後、アセトニトリル中でのDBU処理を行うことにより、保護基(一段階目の基)が外れ、所望の置換基を有する核酸類似体(機能性分子)が合成できていることを以下のようにして確認した。
結果、HPLC Chart3の反応混合物とHPLC Chart5の反応混合物は一致した。したがって、本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて核酸類似体を合成した後、アセトニトリル中でのDBU処理を行うことにより保護基(一段階目の基)が外れ、所望の置換基を含有する核酸類似体(機能性分子)が合成できることが確認できた。
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて合成された本発明の機能性分子の置換基(二段階目の基)が、アンモニア処理によって脱離可能であり、これにより、前記機能性分子が容易にPCRで増幅可能となることを以下のようにして確認した。
合成した類似DNAランダムミックスは、アセトニトリル中、0.01Mジアザビシクロウンデセン(DBU)溶液を流すことにより脱保護を行い、0.1 TCEP−tris pH−7.0 250μL水溶液により固相担体から切り出し、得られたSH末端類似DNA溶液に0.5Mマレインイミド水溶液を加えた。CTTCACCTTC(配列番号:2)オリゴマー修飾レジンを用いることにより、修飾類似DNA(機能性分子)を粗精製し、DNA濃度をλ=260で概算した。
上記と同様にして、以下の配列:GAAGGTGAAGGTCGGAGTCAACG88V88V88V88V88V88V88VGCT88V88V88V88V88V88V88VGGAAATCCCATCACCATCTTC(配列番号:3(配列表中には、A、C、G、T部位のみを表示))を合成し、固相単体から修飾類似DNA(機能性分子)を回収した。粗精製し、アンモニア水処理し、PCR増幅した後に、PCR産物を用いて、クローニング及びシーケンシングをした結果の一部を図49に示す。図49から分かるように、XIILeu(AA)、XIIPhe(AC)、XIIGlu(AT)、XIILys(TA)、XIX(GC)の混合アミダイドを使用した前記「8」に相当する残基では、各アミダイドに対応するAA、AC、AT、TA、GCのみが出現しており、このことから、各アミダイドのダイマーコードはPCR、クローニング及びシーケンシングの過程によって変化しないことが確認できた。
即ち、本発明によれば、例えば、予め各ダイマーアミダイドに導入させた置換基の種類をダイマーコード対応表(ダイマーアミダイドの塩基配列と、置換基の種類との対応表)等で定めておき、前記ダイマーアミダイドから合成された前記機能性分子を標的物質と結合させ、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を選別した後に、前記機能性分子から置換基を脱離し、PCR増幅、シーケンシング(塩基配列決定)を行うことで、前記機能性分子に導入されていた置換基の種類を前記ダイマーコード対応表等から確認することができ、これに基づき、前記機能性分子を複製等することが可能となる。
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて合成された本発明の機能性分子が、標的物質の解析に好適であることを以下のようにして確認した。
[修飾類似DNAランダム配列]
ttatcaacaaaatactccaattgact(NpNpG/Cp)7gct(NpNpG/Cp)7ttcgaaagatcccaacgaaaagp(CH2)3SH(配列番号:4(配列表中には、a、c、g、t部位のみを表示))
次に、本レジンにエンテロキナーデを作用させて、GFP流出を蛍光により確認した。GFPを含有する溶液を用い、アンモニア水を加え、加熱して、アンモニア処理を行った。その後、アンモニアを減圧除去した。
(付記1) 塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子であって、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子。
(付記2) 置換基が、前記置換基中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基に導入されてなる付記1に記載の機能性分子。
(付記3) 置換基が、前記置換基中の芳香族カルボン酸構造を介して塩基に導入されてなり、かつ前記塩基がアデニン及びシトシンのいずれかである付記1から2のいずれかに記載の機能性分子。
(付記4) 置換基が、前記置換基中の脂肪族カルボン酸構造を介して塩基に導入されてなり、かつ前記塩基がグアニンである付記1から2のいずれかに記載の機能性分子。
(付記5) 置換基が、アンモニア処理により脱離可能である付記1から4のいずれかに記載の機能性分子。
(付記6) 置換基が、アンモニア処理により脱離可能であり、かつアセトニトリル中でのDBU処理では脱離されない付記1から5のいずれかに記載の機能性分子。
(付記7) 異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む付記1から6のいずれかに記載の機能性分子。
(付記8) 付記1から7のいずれかに記載の機能性分子の製造に用いられる下記一般式(I)で表される機能性分子合成用アミダイドであって、置換基Yが塩基Xから脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子合成用アミダイド。
(付記9) 置換基Yが、前記置換基Y中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基Xに導入されてなる付記8に記載の機能性分子合成用アミダイド。
(付記10) 置換基Yが、前記置換基Y中の芳香族カルボン酸構造を介して塩基Xに導入されてなり、かつ前記塩基Xがアデニン及びシトシンのいずれかである付記8から9のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
(付記11) 置換基Yが、前記置換基Y中の脂肪族カルボン酸構造を介して塩基Xに導入されてなり、かつ前記塩基Xがグアニンである付記8から9のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
(付記12) 置換基Yが、アンモニア処理により脱離可能である付記8から11のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
(付記13) 置換基Yが、アンモニア処理により脱離可能であり、かつアセトニトリル中でのDBU処理では脱離されない付記8から12のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
(付記14) 置換基Yが更に保護基Zで保護されてなる、下記一般式(II)で表される付記8から13のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
(付記15) 置換基Yを脱離しない条件下で保護基Zを脱保護可能である付記14に記載の機能性分子合成用アミダイド。
(付記16) 保護基Zが、アセトニトリル中でのDBU処理により脱保護可能である付記14から15のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
(付記17) 付記8から16のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程とを含む標的物質解析方法であって、
前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする標的物質解析方法。
(付記18) 機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成する際に、機能性分子合成用アミダイドの置換基を脱離しない条件下で保護基の脱保護を行う付記17に記載の標的物質解析方法。
Claims (2)
- 下記構造式(1)〜(5)のいずれかで表されるアミダイドを構成単位として有してなることを特徴とする修飾類似DNA。
- 下記構造式(1)〜(5)のいずれかで表されることを特徴とする、請求項1に記載の修飾類似DNA合成用アミダイド。
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