JP2022531876A - オリゴヌクレオチドの収束液相合成 - Google Patents

Abstract

本開示は、それぞれが２つ以上のヌクレオチドを有する２つ以上のオリゴヌクレオチドフラグメントをカップリングさせることによって、オリゴヌクレオチドを製造するための収束液相プロセスを記載する。また、本開示によって提供されるのは、収束液相プロセスに関わる反応ステップである。【選択図】なし

Description

関連出願
本出願は、２０１９年５月８日に出願された米国仮特許出願第６２／８５６，１６０号の、米国特許法のもとでの出願日の利益を主張するものであり、この内容全体が、参照により本明細書に援用される。

オリゴヌクレオチドは、幅広い用途向けに化学的に合成可能な短いＤＮＡまたはＲＮＡオリゴマーである。合成オリゴヌクレオチドを治療剤として利用することにおける最近の開発により、高効率かつ高純度でオリゴヌクレオチドを大量に生産し得る合成方法に対する需要が増大している。

伝統的に、オリゴヌクレオチドは、ホスホルアミダイト化学を利用する固相自動シンセサイザーによって合成され、２モル未満のスケールに制限されている。したがって、固相合成は、大規模な適応症におけるオリゴヌクレオチド薬の臨床開発及び商業化に必要な材料の製造には不十分である。さらに、固相合成はしばしば過剰な試薬の使用を必要とし、その結果、標的オリゴヌクレオチドの生産に関連するコストが増大する。

したがって、高効率かつ高純度の大規模製造プロセスに適した、オリゴヌクレオチドを合成するための堅調な方法が必要である。

本開示は、それぞれが２つ以上（例えば、３つ、４つ、５つ、６つなど）のヌクレオチドを有する２つ以上（例えば、３つ、４つ、５つ、６つなど）のオリゴヌクレオチドフラグメントをカップリングさせることによって、オリゴヌクレオチドを製造するための収束液相プロセスを記載する。驚くべきことに、本開示の収束液相プロセスを使用して、クロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）による精製を必要とせずに、保護されたオリゴヌクレオチドを高純度で合成し得、これにより、このプロセスは、大規模な製造プロセスとしての使用に適したものになることが見出されている。脱保護及び標準的な下流精製の後、治療用途に適した高純度のＡＳＯオリゴヌクレオチドを得てもよい。また、本開示によって提供されるのは、収束液相プロセスに関わる反応ステップである。

生成物化合物１～７のアンモノリシス後に得られた化合物１－７－ａの逆相ＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 沈殿後に得られた生成物化合物２－９のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 沈殿後に得られた生成物化合物３－５のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 沈殿後に得られた生成物化合物４－９のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 生成物化合物５－２のアンモノリシス後に得られた化合物５－２－ａのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 生成物化合物５－３のアンモノリシス後に得られた化合物５－３－ａのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 生成物化合物５－５のアンモノリシス後に得られた化合物５－５－ａのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 生成物化合物５－６のアンモノリシス後に得られた化合物５－６－ａのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 生成物化合物１のアンモノリシス後に得られた化合物１－ａのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 ＵＣＣ三量体脱トリチル化反応中に得られた脱アミノ化生成物のＨＰＬＣ比較を示す。 ＣＣ二量体脱トリチル化反応中に得られた脱アミノ化生成物のＨＰＬＣ比較を示す。 生成物ＡＳＯ ９のＨＰＬＣ－ＭＳを示す。 ６量体のＤＭＴ－ｄＧ－ｄＴ－ｄＴ－ｄＧ－ｄＴ－ｄＴ－ＯＴＢＤＰＳのＭＳを示す。 １０量体のＤＭＴ－Ｍｏｅ Ｇ－Ｍｏｅ Ｕ－Ｍｏｅ Ｕ－Ｍｏｅ Ｕ－Ｍｏｅ Ｕ－ｄＴ－ｄＴ－ｄＧ－ｄＴ－ｄＴ－ＯＴＢＤＰＳのＭＳを示す。 化合物１－３Ａ－ＨのＭＳを示す。 化合物４－３Ａ－ＨのＭＳを示す。 化合物５－３Ａ－ＨのＭＳを示す。 １５量体の５’－ＡＣｏＡＧＡＴＡＴＴＴＴＴＧＴＴ－３’－ＯＴＢＤＰＳのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 生成物ＡＳＯ ８のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 ５’－ＤＭＴ－ＧＵＵＵＵＵＧＣＡＡ－ＮＯ_２－ベンゾイルのＭＳを示す。 ＬＨＰＧ脱保護化合物７－ａのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 ＬＨＰＧ脱保護化合物７－ｂのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 ＬＨＰＧ脱保護化合物７－ｃのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 ＬＨＰＧ脱保護７－ｄ化合物のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 ＡＳＯ－９－１のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 ＬＨＰＧ脱保護７－ｅ化合物のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 ＡＳＯ－９－２のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 化合物８．４のキラルＳＦＣ－ＭＳを示す。 化合物８．４のラセミ混合物のＳＦＣ－ＭＳを示す。 化合物８ＡのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 化合物８．２．１２のＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 化合物８ＢのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。 化合物８ＣのＨＰＬＣ及びＭＳを示す。

本開示の発明者は、標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスを初めて開発した。驚くべきことに、収束液相プロセスは、オリゴヌクレオチドフラグメントのアセンブリからのクロマトグラフィー精製を必要とせずに、保護された標的オリゴヌクレオチドを、高純度で大規模に生成し得る。収束液相プロセスは、３’末端から５’末端への伸長（すなわち、３’－５’伸長）または５’末端から３’末端への伸長（すなわち、５’－３’伸長）によって標的オリゴヌクレオチドを生成し得る。本開示はまた、副生成物の生成を最小化するために他の感受性基に影響を及ぼさない３’－ヒドロキシル保護基の選択的脱保護の方法も提供する。本開示の発明者らは、脱トリチル化反応における水の存在が、脱アミノ化副反応（例えば、オリゴヌクレオチド合成で一般的に使用されるシトシンまたは５－メチルシトシンまたはそれらの誘導体の脱アミノ化）をもたらし得ることを発見した。脱アミノ化副生成物（複数可）の形成を低減または防止するために、水のレベルを制御及び最小化するための反応条件が開発され、脱トリチル化ステップ中の脱アミノ化を最小化している。さらに、脱トリチル化反応でカチオンスカベンジャー（例えば、ＲＳＨ）を使用すると、脱トリチル化反応の完了が容易になる（すなわち、反応がより容易に完了する）ことも発見された。カチオンスカベンジャーの存在はまた、反応が逆脱トリチル化を起こしにくくする（すなわち、ＤＭＴ保護基が脱保護された５’－ＯＨ基に再び追加される）。３’－ヒドロキシル基のホスフィチル化は、クロマトグラフィーによる精製なしに液相で実施され得ることも実証されている。本開示の方法を使用して、液相において４つまたは５つのヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドフラグメントを首尾よく合成し、完全に保護された標的オリゴヌクレオチドにカップリングした。一般に、本開示に記載されている液相プロセスは、クロマトグラフィー精製なしに、大量の所望の保護されたヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド生成物を合成するために使用され得る。脱保護及び標準的な下流精製の後、治療用途に適した高純度のＡＳＯオリゴヌクレオチドが得られる。

定義
「核酸塩基」という用語は、ヌクレオシドの複素環式塩基部分を意味する。核酸塩基は、天然に存在してもよいし、または修飾されてもよい。特定の実施形態では、核酸塩基は、別の核酸の核酸塩基に水素結合し得る任意の原子または原子の群を含んでもよい。特に、核酸塩基は複素環式塩基であり、典型的にはプリン及びピリミジンである。プリン核酸塩基アデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン核酸塩基チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）などの「未修飾」または「天然」の核酸塩基に加えて、多くの修飾核酸塩基または当業者に公知の核酸塩基模倣物は、本明細書に記載の方法によって合成された化合物への組み込みに適している。特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、例えば、７－デアザプリン、５－メチルシトシン、またはＧクランプなどの、親核酸塩基と構造がかなり類似している核酸塩基である。特定の実施形態では、核酸塩基模倣物は、例えば、三環系フェノキサジン核酸塩基模倣物などのより複雑な構造を含む。上述の修飾核酸塩基の調製方法は、当業者に周知である。

「ヌクレオシド」という用語は、複素環式塩基部分及び糖部分を含む化合物を意味し、これらは２’末端で修飾され得る。

「ヌクレオチド」という用語は、リン酸またはチオリン酸またはジチオリン酸結合基を含むヌクレオシドを意味する。

「オリゴヌクレオチド」という用語は、複数の連結されたヌクレオシドを含む化合物を指す。特定の実施形態では、複数のヌクレオシドのうちの１つ以上が修飾されている。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のリボヌクレオシド（ＲＮＡ）及び／またはデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）を含む。

本明細書で使用される場合、「標的オリゴヌクレオチド」とは、本開示の収束液相プロセスによって調製され得るオリゴヌクレオチド生成物を指す。特定の実施形態では、標的オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０または少なくとも１５ヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、標的オリゴヌクレオチドは、１０～５００、１５～５００、１５～２００、１５～１００、１５～５０、１５～４０、１５～３０または１６～３０ヌクレオチドを有する。

本明細書で使用される場合、「収束的合成」とは、標的オリゴヌクレオチドを作製するための合成プロセスを指し、２つ以上のオリゴヌクレオチドフラグメントが５’－３’方向または３’－５’方向のいずれかからアセンブルされる。

本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチドフラグメント」とは、標的オリゴヌクレオチドを作製するためにアセンブルされる短いオリゴヌクレオチドを指す。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドフラグメントは、３～１０、３～８、３～６または４～６ヌクレオチドを有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドフラグメントは４または５ヌクレオチドを有する。

「ヌクレオシド間結合」という用語は、オリゴヌクレオチド中の隣接したヌクレオシド間の共有結合を意味する。

「ギャップマー」という用語は、ＲＮａｓｅ Ｈ切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域が１つ以上のヌクレオシドを有する外部領域間に位置付けられ、内部領域を含むこれらのヌクレオシドが、外部領域を含むヌクレオシド（複数可）とは化学的にはっきりと異なる、キメラアンチセンス化合物を意味する。

本明細書で使用される、「アルキル」という用語は、完全飽和分岐のまたは非分岐の炭化水素部分を指す。好ましくは、アルキルは、１～２０個の炭素原子、より好ましくは、１～１６個の炭素原子、１～１０個の炭素原子、１～６個の炭素原子、または１～４個の炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、アルキルは、６～２０個の炭素原子を含む。アルキルの代表的な例としては、限定するものではないが、メチル、エチル、ｎ－プロピル、イソ－プロピル、ｎ－ブチル、ｓｅｃ－ブチル、イソ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ｎ－ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、ｎ－ヘキシル、３－メチルヘキシル、２，２－ジメチルペンチル、２，３－ジメチルペンチル、ｎ－ヘプチル、ｎ－オクチル、ｎ－ノニル、またはｎ－デシルが挙げられる。

「アリール」という用語は、環部分に６～１４個の炭素原子を有する単環式、二環式または三環式芳香族炭化水素基を指す。一実施形態では、アリールという用語は、６～１０個の炭素原子を有する単環式及び二環式芳香族炭化水素基を指す。アリール基の代表例としては、フェニル、ナフチル、フルオレニル及びアントラセニルが挙げられる。

「アリール」という用語はまた、少なくとも１つの環が芳香族であり、１つまたは２つの非芳香族炭化水素環（複数可）に融合している二環式または三環式基を指す。非限定的な例としては、テトラヒドロナフタレン、ジヒドロナフタレニル及びインダニルが挙げられる。

アルキル基またはアリール基の両方の任意の置換基は、各存在について、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_２－６アルケニル、Ｃ_２－６アルキニル、３～７員のカルボシクリル、３～７員のヘテロシクリル、ハロ、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ^ａ、－Ｃ（Ｏ）_２Ｒ^ａ、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ^ａ）_２、－ＯＲ^ａ、－Ｎ（Ｒ^ａ）_２、－Ｎ（Ｒ^ａ）Ｃ（Ｏ）Ｒ^ａ、－Ｎ（Ｒ^ａ）Ｎ（Ｒ^ａ）_２、－ＮＯ_２、－Ｎ（Ｒ^ａ）Ｃ（Ｏ）_２Ｒ^ａ、－Ｎ（Ｒ^ａ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ^ａ）_２、－Ｎ（Ｒ^ａ）Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^ａ、－ＳＲ^ａ、－Ｓ（Ｏ）Ｒ^ａ、－Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^ａ、－Ｓ（Ｏ）Ｎ（Ｒ^ａ）_２、及び－Ｓ（Ｏ）_２Ｎ（Ｒ^ａ）_２から独立して選択され；及び

各存在についてＲ^ａは、Ｈ、Ｃ_１～６アルキル、３～６員の単環式カルボシクリル、及び３～６員の単環式ヘテロシクリルから独立して選択される。

本明細書で使用される、「カルボシクリル」という用語は、３～７個の炭素原子、３～６、または５～７個の炭素原子の飽和のまたは不飽和の単環式または二環式炭化水素基を指す。「カルボシクリル」という用語は、シクロアルキル基及び芳香族基を包含する。「シクロアルキル」という用語は、３～７個の炭素原子、３～６個の炭素原子、または５～７個の炭素原子の完全に飽和された単環式または二環式の炭化水素基を指す。例示的な単環式カルボシクリル基としては、限定するものではないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロプロペニル、シクロブテニル、シクロペネンチル（ｃｙｃｌｏｐｅｎｅｎｔｙｌ）、シクロヘキセニル、シクロヘプテニル、シクロブタジエニル、シクロペンタジエニル、シクロヘキサジエニル、シクロヘプタジエニル、フェニル及びシクロヘプタトリエニルが挙げられる。例示的な二環式カルボシクリル基としては、ビシクロ［２．１．１］ヘキシル、ビシクロ［２．２．１］ヘプチル、ビシクロ［２．２．１］ヘプテニル、トリシクロ［２．２．１．０^２，６］ヘプタニル、６，６－ジメチルビシクロ［３．１．１］ヘプチル、または２，６，６－トリメチルビシクロ［３．１．１］ヘプチル、スピロ［２．２］ペンタニル、及びスピロ［３．３］ヘプタニルが挙げられる。

本明細書で使用される、「架橋環系」という用語は、カルボシクリルまたはヘテロシクリル環を有する環系であり、ここでは、この環の２つの非隣接原子が、Ｃ、Ｎ、Ｏ、またはＳから選択される１つ以上（好ましくは１～３個）の原子によって結合（架橋）されている。架橋環系は、６～７個の環員を有し得る。

本明細書で使用される、「スピロ環系」という用語は、各々の環が独立して、カルボシクリルまたはヘテロシクリルから選択される２つの環を有する環系であり、ここでは、この２つの環構造が、１つの環原子を共有している。スピロ環系は、５～７個の環員を有する。

本明細書で使用される、「ヘテロシクリル」という用語は、飽和または不飽和、単環式または二環式（例えば、架橋環またはスピロ環系）の環系であって、これは、３～７個の環員、または特に、３～６個の環員もしくは５～７個の環員を有し、その少なくとも１個がヘテロ原子であり、その４個まで（例えば、１、２、３、または４個）がヘテロ原子であってもよく、このヘテロ原子は、独立して、Ｏ、Ｓ及びＮから選択され、ここでＣは酸化されてもよく（例えば、Ｃ（Ｏ））、Ｎは酸化されても（例えば、Ｎ（Ｏ））、または四級化されてもよく、Ｓは任意選択で、スルホキシド及び／またはスルホンに酸化されてもよい。不飽和複素環には、ヘテロアリール環が含まれる。本明細書で使用される場合、「ヘテロアリール」という用語は、Ｏ、Ｓ及びＮから独立して選択される１～４個のヘテロ原子を有する芳香族の５または６員の単環式環系を指し、ここで、Ｎは酸化され（例えば、Ｎ（Ｏ））てもよく、または四級化されてもよく、Ｓは任意選択で、スルホキシド及びスルホンに酸化されてもよい。１つの実施形態では、ヘテロシクリルは、３～７員の飽和単環式または３～６員の飽和単環式または５～７員の飽和単環式環である。１つの実施形態では、ヘテロシクリルは、３～７員の単環式または３～６員の単環式または５～７員の単環式環である。別の実施形態では、ヘテロシクリルは、６～７員の二環式環である。このヘテロシクリル基は、ヘテロ原子または炭素原子で結合され得る。ヘテロシクリルの例としては、アジリジニル、オキシラニル、チイラニル、オキサジリジニル、ジオキシラニル、アゼチジニル、オキセタニル、チエタニル、ピロリジニル、テトラヒドロフラニル、チオラニル、イミダゾリジニル、ピラゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、ジオキソラニル、ジチオラニル、オキサチオラニル、ピペリジニル、テトラヒドロピラニル、チアニル、ピペラジニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ジオキサニル、ジチアニル、トリオキサニル、トリチアニル、アゼパニル、オキセパニル、チエパニル、ジヒドロフラニル、イミダゾリニル、ジヒドロピラニル、ならびに、ヘテロアリール環、例としては、アジリニル、オキシレニル、チイレニル、ジアジリニル、アゼチル、オキセチル、チエチル（ｔｈｉｅｔｙｌ）、ピロリル、フラニル、チオフェニル（またはチエニル）、イミダゾリル、ピラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、フラザニル、オキサジアゾリル、チアジアゾリル、ジチアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、ピリジニル、ピラニル、チオピラニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、オキサジニル、チアジニル、ジオキシニル、ジチイニル、オキサチアニル、トリアジニル、テトラジニル、アゼピニル、オキセピニル、チエピニル、ジアゼピニル、及びチアゼピニル等が挙げられる。二環式複素環系の例としては、３－アザビシクロ［３．１．０］ヘキサニル、３－アザビシクロ［３．１．１］ヘプタニル、２－アザスピロ［３．３］ヘプタニル、２－オキサ－６－アザスピロ［３．３］ヘプタニル、及び５－アザスピロ［２．３］ヘキサニルが挙げられる。

「ハロゲン」または「ハロ」は、フルオロ、クロロ、ブロモまたはヨードであり得る。

本明細書で使用される場合、「実質的に無水」という用語は、約１０００パーツパーミリオン（ｐｐｍ）以下、好ましくは５００ｐｐｍ以下、より好ましくは１００ｐｐｍ以下の含水量を指す。水分含有量は、５００～１０００ｐｐｍ、１００～５００ｐｐｍ、５０～１００ｐｐｍ、または５０ｐｐｍ未満である。有機溶液または溶媒は、乾燥剤を使用することによって、または水の共沸除去（共沸蒸留）によって、実質的に無水にされる。

本明細書で使用される場合、「乾燥剤」という用語は、有機溶媒もしくは有機化合物、または有機化合物の溶液から水を除去するために使用される化学試薬を指す。任意の適切な乾燥剤を使用してもよい。例示的な乾燥剤としては、限定するものではないが、塩化カルシウム、塩化カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カルシウム、硫酸マグネシウム、または分子篩が挙げられる。いくつかの実施形態では、分子篩は３Åまたは４Åである。

本明細書で使用される場合、「ヒドロキシル保護基」とは、ヒドロキシル基、－ＯＨを他の試薬との反応から保護するのに適した基を指す。ヒドロキシル保護基の例は、Ｇｒｅｅｎｅ，ＴＷ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，４ｔｈ Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（２００７）に見出され得る。

特定の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、例えば、アセチル（Ａｃ）；ベンゾイル（Ｂｚ）；ベンジル（Ｂｎ）；β－メトキシエトキシメチルエーテル（ＭＥＭ）；メトキシメチルエーテル（ＭＯＭ）；メトキシトリチル［（４－メトキシフェニル）ジフェニルメチル、ＭＭＴ）；ｐ－メトキシベンジルエーテル（ＰＭＢ）；メチルチオメチルエーテル；ピバロイル（Ｐｉｖ）；テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）；テトラヒドロフラン（ＴＨＦ）；シリルエーテル（トリメチルシリル（ＴＭＳ）、ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル（ＴＢＤＰＳ）、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、トリ－イソ－プロピルシリルオキシメチル（ＴＯＭ）、及びトリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）エーテルを含むがこれらに限定されない）；メチルエーテル、及びエトキシエチルエーテル（ＥＥ）から選択され得る。

特定の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、ヌクレオシドの３’－ヒドロキシルを保護する（３’－ヒドロキシル保護基と呼ばれる）。特定の実施形態では、３’－ヒドロキシル保護基としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル、ジメチルイソプロピルシリル、ジエチルイソプロピルシリル、ジメチルヘキシルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリベンジルシリル、トリ－ｐ－キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル、ジ－ｔ－ブチルメチルシリルトリ（トリメチルシリル）シリル、ｔ－ブチルメトキシフェニルシリル、及びｔ－ブトキシジフェニルシリルなどのシリルヒドロキシル保護基が挙げられる。特定の実施形態では、３’－ヒドロキシル保護基は、ＴＢＤＰＳである。特定の実施形態では、３’－ヒドロキシル保護基は、本明細書に記載されるものなどの大きな疎水性保護基（ＬＨＰＧ）である。

特定の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、ヌクレオシドの５’－ヒドロキシルを保護する（５’－ヒドロキシル保護基と呼ばれる）。例示的な５’－ヒドキシル基としては、限定するものではないが、本明細書に記載されるもの（例えば、任意の態様または実施形態におけるＲ^１５）が挙げられる。特定の実施形態では、５’－ヒドキシル保護基は、酸に不安定な４，４’－ジメトキシトリチル（またはビス－（４－メトキシフェニル）フェニルメチル）（ＤＭＴまたはＤＭＴｒ）保護基である。特定の実施形態では、５’－ヒドロキシル保護基は、本明細書に記載されるものなどの大きな疎水性保護基（ＬＨＰＧ）である。

本明細書で使用される場合、「共沸蒸留」という用語は、材料分離剤を使用する蒸留による有機溶液または溶媒からの水の除去を指す。材料分離剤としては、ベンゼン、トルエンが含まれるが、これらに限定されない。

本明細書で使用される場合、「選択的沈殿」とは、溶媒に溶液を加えて生成物を沈殿させること（この溶液中に１つ以上の不純物を残したまま）によって、溶液中の１つ以上の不純物から所望の生成物を分離する精製方法を指す。あるいは、この溶媒を、粗生成物及び１つ以上の不純物を含む溶液に添加して、生成物を沈殿させてもよい。特定の実施形態では、本開示の所望の化合物またはオリゴヌクレオチドは、疎水性基（例えば、疎水性３’－ヒドロキシル保護基または疎水性５’－ヒドロキシル保護基（例えば、本明細書に記載のＬＨＰＧ基））を含み、化合物またはオリゴヌクレオチド及び１つ以上の不純物を含む溶液中に極性溶媒（例えばＣＨ_３ＣＮ）を添加して所望のオリゴヌクレオチドを沈殿させる。特定の実施形態では、本開示の所望の化合物またはオリゴヌクレオチドは、共溶媒または、溶媒混合物（例えば、ヘプタン、ｔｅｒｔ－ブチルメチルエーテル（ＴＢＭＥまたはＭＢＴＥ）、ヘプタン／ＭＢＴＥ混合物（例えば、ヘプタンとＭＢＴＥの体積比が２０：１～１：２０、９：１～１：９、または４：１～１：４の範囲のヘプタン／ＭＢＴＥ混合物、またはヘプタンとＭＢＴＥの体積比が９：１、４：１、２：１、１：１、２：５、１：２、１：４または１：９のヘプタン／ＭＢＴＥ混合物）を、有機溶媒中に粗生成物及び１つ以上の不純物を含む溶液（例えば、ジクロロメタン（ＤＣＭ）またはエチルアセテート（ＥｔＯＡｃ））に添加して生成物を沈殿させることによって精製してもよい。あるいは、この粗生成物及び１つ以上の不純物を含む溶液を、非極性または極性が低い溶媒または溶媒混合物に添加して、生成物を沈殿させてもよい。適切な共溶媒は、生成物の疎水性に基づいて決定され得る。特定の実施形態では、共溶媒は、生成物が溶解される有機溶媒よりも極性が低い。

本明細書で使用される場合、「抽出」とは、溶液を、生成物が溶解可能な溶媒と接触させること（１つ以上の不純物が不溶性のまま）によって、溶液中の１つ以上の不純物から所望の生成物を分離する精製方法を指す。あるいは、生成物及び１つ以上の不純物を含む溶液を、１つ以上の不純物が溶解可能な溶媒と接触させてもよい（生成物が不溶性のまま）。特定の実施形態では、有機溶媒（例えば、ＤＣＭ、ＥｔＯＡｃまたはＴＨＦ）または有機溶媒混合物中に生成物及び１つ以上の不純物を含む溶液（例えば、反応混合物または粗生成物の溶液）を、水または水溶液（例えば、ＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２Ｏ溶液またはＮａＣｌ／Ｈ_２Ｏ溶液）と接触（抽出または洗浄）させて、親水性不純物を除去してもよい。

本明細書で使用される場合、「強酸」という用語は、以下に示すように、溶液中で完全に解離する酸を指す。
ＨＡ＋Ｓ ⇔ ＳＨ^＋＋Ａ^－
Ｓは溶媒分子を表す。例示的な強酸としては、限定するものではないが、ＨＣｌ、ＨＢｒ、ＨＩ、トリフリン酸、過塩素酸、ＣＣ１_３ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨ及びＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨが挙げられる。特定の実施形態では、強酸は、ＣＦ_３ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨ及びＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨなどの強有機酸である。

本明細書で使用される場合、「塩基」という用語は、水溶液中で水酸化物イオン（ＯＨ^－）を生成し得る物質、または一対の非結合性電子を供与し得る物質を指す。例示的な塩基としては、限定するものではないが、アルカリ水酸化物、アルカリ土類水酸化物、アルキルアミン類（例えば、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、２－メチルプロパン－２－アミン）、８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン（ＤＢＵ）、イミダゾール、Ｎ－メチルイミダゾール、ピリジン及び３－ピコリンが挙げられる。

本明細書で使用される場合、「塩」という用語は、本明細書に記載の化合物、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの有機または無機塩を指す。特定の実施形態では、塩は、その薬学的に許容される塩である。「薬学的に許容される」という語句は、物質または組成物が、製剤が含む他の成分及び／またはそれを用いて治療されている哺乳動物と、化学的及び／または毒物学的に適合性でなければならないことを示す。特定の実施形態では、本明細書に記載の化合物、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの塩は、ナトリウム塩、カリウム塩またはアンモニウム塩である。特定の実施形態では、塩はナトリウム塩またはアンモニウム塩である。

本開示の方法
Ｉ． フラグメント合成：
本明細書に記載のプロセスは、液（溶液）相におけるヌクレオチドの段階的添加を含み、所望のオリゴヌクレオチドフラグメントを形成する。特定の実施形態では、各ヌクレオチド付加は、ヌクレオチドを成長中のオリゴヌクレオチドに付加するための少なくとも３つの反応（カップリング、硫化または酸化、及び脱保護）を伴う。最初に、第１のヌクレオシドの５’末端が第２のヌクレオチドの３’末端にカップリングされて二量体が形成される。次いで、二量体は硫化または酸化されて、ホスホチオエート（すなわち、Ｐ＝Ｓ結合）またはホスホジエステル（すなわち、Ｐ＝Ｏ結合）を形成する。次いで、第２のヌクレオチドの５’－ヒドロキシル基が脱保護され、このプロセスが繰り返されて次のヌクレオシドが付加される。

ａ． ５’－脱保護反応：
第１の態様では、本開示は、ヌクレオチド、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド上の５’－ヒドロキシル保護基を除去する脱保護方法を提供する。一実施形態では、脱保護の方法は、５’－トリチル基を除去するための脱トリチル化法である。脱トリチル化反応が無水または実質的に無水の条件下で行われる場合、副反応（例えば、核酸塩基シトシンもしくは５－メチルシトシンまたはオリゴヌクレオチド合成に一般的に使用されるそれらの誘導体の脱アミノ化）の有意な減少が達成され得ることが発見された（実施例３を参照のこと）。本発明の脱トリチル化法はまた、反応の完了を容易にするためにカチオンスカベンジャーの添加を含む。結果として、クロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）を必要とせずに、高純度の生成物を得ることができる。脱トリチル化反応の水のレベルは、乾燥剤（例えば、分子篩）、共沸蒸留、または当技術分野で公知の他の適切な方法を使用することによって制御され得る。あるいは、脱トリチル化反応で使用される溶媒、酸、及び他の試薬、脱トリチル化反応に供される基質、及び反応容器は、脱トリチル化反応に使用する前に、残留水のレベルを満たすように乾燥させてもよい。

第１の態様の第１の実施形態は、式（ＡＩ^ａ）の化合物：

またはその塩を調製するための液相プロセスであり、式（ＡＩＩ^ａ）の化合物：

またはその塩を脱保護することを含み、この脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、存在する場合、アミン保護基によって保護される。
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は

であり；
Ｚは、０または１～２００の整数であり、
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
ＷはＨ、Ｙ、またはＺであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基であり：かつ
Ｚは、ヒドロキシル保護基である。

第１の態様の第１の実施形態はまた、式（ＡＩ）の化合物：

またはその塩を調製するための液相プロセスを含み、このプロセスは、式（ＡＩＩ）の化合物：

またはその塩を脱保護することを含み、ここで、この脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、この変数は、式（ＡＩ^ａ）及び（ＡＩＩ^ａ）について上で定義されたとおりである。

また、第１の実施形態には、式（ＡＩ’）の化合物：

またはその塩を調製するための液相プロセスも含み、このプロセスは、式（ＡＩＩ’）：の化合物：

またはその塩を脱保護することを含み、ここで、この脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、ここでＷは、ＨまたはＺであり；Ｚはシリルヒドロキシル保護基であり；かつ残りの変数は、式（ＡＩ^ａ）及び（ＡＩＩ^ａ）について上で定義されたとおりである。

特定の実施形態では、Ｒ^１６は以下のうちの１つである：

Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１７ Ｓｅｐ；３５（９）：８４５－８５１；Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９９９，６４，７５１５－７５２２；Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ（Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ），２００１，６０，３（これらのそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと。

第２の実施形態では、脱保護反応は、乾燥剤の存在下で実施される。任意の適切な乾燥剤を脱保護反応に使用してもよい。いくつかの実施形態では、乾燥剤は、塩化カルシウム、塩化カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カルシウム、硫酸マグネシウム、及び分子篩から選択される。

第３の実施形態では、第２の実施形態で使用される乾燥剤は、分子篩である。

第４の実施形態では、第３の実施形態の分子篩のサイズは３Åまたは４Åである。好ましい実施形態では、分子篩のサイズは３Åである。

第５の実施形態では、脱保護反応のための無水または実質的に無水の溶液は、脱保護反応の前に共沸蒸留を使用して水を除去することによって得られる。

あるいは、溶媒、酸または酸溶液、及び脱トリチル化反応で使用される試薬を含む他の試薬または溶液、脱トリチル化反応に供される基質または基質溶液、ならびに反応容器は、脱トリチル化反応の前に個別にまたは組み合わせて乾燥させてもよい。

第６の実施形態では、脱保護反応は、－ＳＨ基を含むカチオンスカベンジャー、シランスカベンジャー（ＨＳｉＰｈ_３、ＨＳｉＢｕ_３、トリイソプロピルシランなど）、シロキサン、ポリスチレン、フラン、ピロール及びインドールから選択されるスカベンジャーの存在下で実施される。

特定の実施形態では、脱保護反応は、１－ドデカンチオール、シクロヘキサンチオール、１－オクタンチオール、トリイソプロピルシラン、インドール、２，３－ジメチルフラン、ジフェニルシラン、２－メルカプトイミダゾール、ジフェニルメチルシラン、フェニルシラン、５－メトキシインドール、メチルフェニルシラン、クロロジメチルシラン、１，１，３，３－テトラメチルジシロキサン、１－チオグリセロール、トリフェニルシラン、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシラン、ブチルシラン、メチルジエトキシシラン、１，１，３，３，５，５－ヘキサメチルトリシロキサン、ヘキシルシラン、（メルカプトメチル）ポリスチレン、またはジメチルフェニルシランから選択されるスカベンジャーの存在下で実施される。

第７の実施形態では、第６の実施形態のカチオンスカベンジャーは、式ＲＳＨの化合物であり、式中、Ｒは、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはヘテロアリール基であり、これらのそれぞれは、任意選択で置換される。

第８の実施形態では、第７の実施形態のＲＳＨ基は、ＣＨ_３（ＣＨ_２）_５ＳＨ、ＣＨ_３（ＣＨ_２）_１１ＳＨ、シクロヘキサンチオール（ＣｙＳＨ）、またはＣＨ_３ＣＨ_２ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ_２ＣＨ_２ＳＨである。

本開示の第９の実施形態は、Ｒ^１５が４，４’－ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基である、第１～第８の実施形態のいずれか１つに記載されるようなプロセスである。

第１０の実施形態では、脱保護反応は、式（ＡＩＩ）の化合物を脱トリチル化試薬と反応させることによって実施される。任意の適切な脱トリチル化試薬を使用してもよい。

第１１の実施形態では、第１０の実施形態の脱トリチル化試薬は、強い有機酸である。

第１２の実施形態では、脱トリチル化試薬は、ＣＦ_３ＣＯＯＨ、ＣＣ１_３ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨ、ＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨ、Ｈ_３ＰＯ_４、メタンスルホン酸（ＭＳＡ）、ベンゼンスルホン酸（ＢＳＡ）、ＣＣｌＦ_２ＣＯＯＨ、ＣＨＦ_２ＣＯＯＨ、ＰｈＳＯ_２Ｈ（フェニルスルフィン酸）などから選択される。好ましい実施形態では、脱トリチル化試薬は、ＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨである。別の特定の実施形態では、脱トリチル化試薬は、ＣＦ_３ＣＯＯＨである。さらに別の特定の実施形態では、脱トリチル化試薬はＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨである。

特定の実施形態では、脱トリチル化試薬は、クエン酸である。特定の実施形態では、脱トリチル化試薬は、飽和クエン酸溶液である。

第１の態様の第１３の実施形態は、上記で開示された実施形態のいずれか１つに記載されているプロセスであり、ここで、ＷはＺである。

第１４の実施形態では、Ｚ基はシリルヒドロキシル保護基である。例示的なシリル保護基としては、限定するものではないが、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル、ジメチルイソプロピルシリル、ジエチルイソプロピルシリル、ジメチルテキシルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリベンジルシリル、トリ－ｐ－キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル、ジ－ｔ－ブチルメチルシリルトリ（トリメチルシリル）シリル、ｔ－ブチルメトキシフェニルシリル、及びｔ－ブトキシジフェニルシリルが挙げられる。

第１５の実施形態では、第１４の実施形態のシリルヒドロキシル保護基は、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳ

から選択され、
ここで、Ｒ_５、Ｒ_６及びＲ_７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ_１－３０アルキル、またはＣ_１－３０アルコキシである。

第１６の実施形態では、第１４の実施形態のシリル保護基は、以下：

であり、
ここで、ｓは１～３０の整数である。

第１７の実施形態では、第１４の実施形態のＺ基はＴＢＤＰＳである。

第１８の実施形態は、第１～第１２の実施形態のいずれか１つに記載されるプロセスを開示しており、ここで、Ｗは、以下の式：

によって表されるＹであり、
ここで、Ｘ_０は、Ｃ_１－１０アルキルであり、１つ以上のＣＨ_２基が独立してＣ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、シクロアルキルまたはヘテロシクリル基で置換されており；Ｘ_１は、Ｃ_１－２５アルキルまたはＣ_１－２５アルコキシである。特定の実施形態では、Ｙは次の式で表される：

ここで、ｐは１から１０までの整数であり；Ｈｅｔは飽和複素環であり；残りの変数は上記のとおりである。より具体的な実施形態では、Ｈｅｔはピペラジンである。

第１９の実施形態では、第１８の実施形態のＹは、以下の式で表される。

第２０の実施形態は、式（ＡＩ）もしくは（ＡＩ’）の化合物またはその塩がクロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）によって精製されない、第１～第１９の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第２１の実施形態は、式（ＡＩ）もしくは（ＡＩ’）の化合物またはその塩が選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、第１～第２０の実施形態に記載のプロセスを開示する。特定の実施形態では、式（ＡＩ）の化合物またはその塩は、選択的沈殿によって精製される。特定の実施形態では、式（ＡＩ）の化合物またはその塩の選択的沈殿は、ＤＣＭ中の粗生成物の溶液にアセトニトリルを添加することによって達成され得る。あるいは、粗生成物の溶液をアセトニトリルに加えて、所望の生成物を沈殿させてもよい。

特定の実施形態では、式（ＡＩ’）の化合物またはその塩は、選択的沈殿によって精製される。特定の実施形態では、式（ＡＩ’）の化合物またはその塩は、選択的沈殿に加えて、水溶液（例えば、ＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２ＯまたはＮａＣｌ／Ｈ_２Ｏ）を用いて有機溶媒（ＭＢＴＥ、ＥｔＯＡｃ、ヘプタン／ＭＢＴＥ混合物、ＤＣＭなど）中の式（ＡＩ’）の化合物またはその塩を含む溶液を抽出することによって精製される。特定の実施形態では、抽出は、選択的沈殿の前に実施される。あるいは、抽出は選択的沈殿の後に実施される。特定の実施形態では、式（ＡＩ’）の化合物またはその塩の選択的沈殿は、ヘプタンまたはヘプタン／ＭＢＴＥ混合物を、ＤＣＭまたはＥｔＯＡｃ中の粗生成物の溶液に添加することによって達成され得る。あるいは、粗生成物の溶液をヘプタンまたはヘプタン／ＭＢＴＥ混合物に添加して、所望の生成物を沈殿させてもよい。適切な体積比（例えば、本明細書に記載の体積比）を有するヘプタン／ＭＢＴＥ混合物を使用してもよい。

いくつかの実施形態では、第１の態様のプロセスまたはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第１～第２１の実施形態のいずれか１つに記載されるプロセス）について、ｚは１～１５０、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０または１～５である。

いくつかの実施形態では、第１の態様またはそこに記載される任意の実施形態のプロセス（例えば、第１～第２１の実施形態のいずれか１つに記載されるプロセス）について、Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１～６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらのそれぞれは、任意選択で－ＣＮ、－ＮＯ_２、もしくはハロゲンで置換されているか；またはＲ^１６は、

である。特定の実施形態では、Ｒ^１６は以下のうちの１つである：

いくつかの実施形態では、第１の態様のプロセスまたはそこに記載される任意の実施形態のプロセス（例えば、第１～第２１の実施形態のいずれか１つに記載されるプロセス）について：
各Ｒ^２は独立して、Ｈ、ハロゲン、またはＣ_１－４アルコキシ（任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換されている）から選択され；
Ｒ^４はＨであり；かつ
Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである。

特定の実施形態では、Ｒ^２は、－ＯＣＨ_２ＣＨ_２ＯＭｅである。

ｂ． ３’－脱保護反応：
第２の態様では、本開示は、オリゴヌクレオチド上の３’－ヒドロキシル保護基を除去する液相脱保護法を記載している。一実施形態では、この脱保護法は、脱シリル化プロセスである。本開示の脱シリル化プロセスは、オリゴヌクレオチド上の他の感受性基、例えば５’－トリチル基、核酸塩基の種々の保護基（例えば、ベンゾイルまたはイソブチリル基）、シアノエチル及び－ＯＣＨ_２ＣＨ_２ＯＭｅ（メトキシエチル（ＭＯＥ）としても公知である）基への影響なく、３’－ヒドロキシル基のシリル保護基を選択的に除去し得ることが発見されている。

第２２の実施形態では、本開示の第２の態様は、式（ＢＩ）の化合物：

またはその塩を調製するための液相プロセスに関し、このプロセスは、式（ＢＩＩ）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（ＢＩ）の化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、Ｈまたはヒドロキシル保護基であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されているか；あるいは
Ｒ^１６は

であり；
ｑは、１～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、ヒドロキシル保護基（例えば、シリルヒドロキシル保護基）である。

第２３の実施形態では、本開示の第２の態様は、式（Ｂ２Ｉ）の化合物：

またはその塩を調製するための液相プロセスに関し、このプロセスは、式（Ｂ２ＩＩ）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（Ｂ２Ｉ）の化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換されており；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は

であり；
ｑは、１～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基であり；かつ
Ｚは、ヒドロキシル保護基である。

第２４の実施形態では、第２３の実施形態のＹは、以下の式で表され：

ここで、Ｘ^ａは、Ｃ_１－１０アルキルであり、１つ以上のＣＨ_２基が独立して、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、シクロアルキルまたはＣ_１－６ヘテロシクリル基で置換されており；Ｘ_１は、Ｃ_１－２５アルキル、またはＣ_１－２５アルコキシである。特定の実施形態では、Ｙは次の式で表される：

ここで、ｐは１から１０までの整数であり；Ｈｅｔは飽和複素環であり；残りの変数は上記のとおりである。より具体的な実施形態では、Ｈｅｔは、ピペラジンである。

第２５の実施形態では、第２３の実施形態のＹは、以下の式によって表される：

第２６の実施形態では、脱保護反応は、式（ＢＩＩ）もしくは（Ｂ２ＩＩ）の化合物またはその塩を、塩基の存在下でＨＦと反応させることによって実施される。

第２７の実施形態では、第２６の実施形態における塩基は、イミダゾールまたはピリジンであり、ここで、イミダゾールまたはピリジンは、必要に応じて置換されている。

第２８の実施形態は、ＨＦに対して過剰量の塩基が使用される、第２２～第２７の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第２９の実施形態では、脱保護反応は、式（ＢＩＩ）もしくは（Ｂ２ＩＩ）の化合物またはその塩を、ピリジン及びイミダゾールの存在下でＨＦと反応させることによって実施される。

第３０の実施形態では、第２９の実施形態のイミダゾール対ＨＦのモル比は、１．１：１～５：１の範囲である。いくつかの実施形態では、イミダゾール対ＨＦのモル比は、１．１：１～３：１、１．５：１～３：１、または１．５：１～２．５：１の範囲にある。

第３１の実施形態では、第３０の実施形態におけるイミダゾール対ＨＦのモル比は２：１である。

第３２の実施形態では、第２９～第３１の実施形態のいずれかに記載されるプロセスについて、ピリジン対ＨＦのモル比は、１．１：１～２０：１の範囲にある。いくつかの実施形態では、ピリジン対ＨＦのモル比は、５：１～２０：１または５：１～１５：１の範囲である。特定の実施形態では、ピリジン対ＨＦのモル比は１０：１である。

第３３の実施形態は、第２２～第３２の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示しており、ここで、Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である。特定の実施形態では、シリル保護基としては、限定するものではないが、第１４の実施形態で上記に記載されたものが挙げられる。

第３４の実施形態では、シリルヒドロキシル保護基は、第１５、第１６、または第１７の実施形態に記載されているように、ＴＢＤＰＳ、ＴｏＢＤＰＳまたはＴＢＤＡＳである。特定の実施形態では、シリルヒドロキシル保護基は、ＴＢＤＰＳである。

特定の実施形態では、上記の脱保護反応（例えば、第２３～第３４の実施形態のいずれか１つにおいて）は、適切な有機溶媒、例えば、ＴＨＦ中で実施される。

第３５の実施形態は、式（ＢＩ）もしくは（Ｂ２Ｉ）の化合物またはその塩がクロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）によって精製されない、第２２～第３４の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第３６の実施形態では、式（ＢＩ）もしくは（Ｂ２Ｉ）の化合物またはその塩は、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される。特定の実施形態では、式（Ｂ２Ｉ）の化合物またはその塩は、選択的沈殿によって精製される。特定の実施形態では、式（Ｂ２Ｉ）の化合物またはその塩の選択的沈殿は、ＤＣＭ中の粗生成物の溶液にアセトニトリルを添加することによって達成され得る。あるいは、粗生成物の溶液をアセトニトリルに加えて、所望の生成物を沈殿させてもよい。

特定の実施形態では、式（ＢＩ）の化合物またはその塩は、選択的沈殿によって精製される。特定の実施形態では、式（ＢＩ）の化合物またはその塩は、選択的沈殿に加えて、水溶液（例えば、ＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２ＯまたはＮａＣｌ／Ｈ_２Ｏ）を用いて有機溶媒（ＭＢＴＥ、ＥｔＯＡｃ、ヘプタン／ＭＢＴＥ混合物、ＤＣＭなど）中の式（ＢＩ）の化合物またはその塩を含む溶液を抽出することによって精製される。特定の実施形態では、抽出は、選択的沈殿の前に実施される。あるいは、抽出は選択的沈殿の後に実施される。特定の実施形態では、式（ＢＩ）の化合物またはその塩の選択的沈殿は、ヘプタンまたはヘプタン／ＭＢＴＥ混合物を、ＤＣＭまたはＥｔＯＡｃ中の粗生成物の溶液に添加することによって達成され得る。あるいは、粗生成物の溶液をヘプタンまたはヘプタン／ＭＢＴＥ混合物に添加して、所望の生成物を沈殿させてもよい。適切な体積比（例えば、本明細書に記載の体積比）を有するヘプタン／ＭＢＴＥ混合物を使用してもよい。

いくつかの実施形態では、第２の態様またはそこに記載の任意の実施形態（例えば、第２２、第２６～第３６の実施形態）に記載のプロセスでは、Ｒ^１５は４，４’－ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基である。

いくつかの実施形態では、第２の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２２～第３６の実施形態）に記載のプロセスについて、各Ｒ^２は、ＨまたはＣ_１－４アルコキシから独立して選択され、Ｃ_１－４アルコキシで任意選択で置換され；Ｒ^４はＨであり；かつＲ^１６は－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである。

いくつかの実施形態では、第２の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２２、第２６～第３６の実施形態）に記載のプロセスについて、各Ｒ^２は、Ｈ、ハロまたはＣ_１－４アルコキシから独立して選択され、Ｃ_１－４アルコキシで任意選択で置換され；Ｒ^４はＨであり；Ｒ^１５は４，４’－ジメトキシトリチルであり；かつＲ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである。特定の実施形態では、Ｒ^２は、ＭＯＥである。

いくつかの実施形態では、第２の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２２～第３６の実施形態）に記載されるプロセスについて、各Ｒ^２は、Ｈ、ハロ（例えば、Ｆ）、またはＣ_１－４アルコキシから独立して選択され、Ｃ_１－４アルコキシで任意選択で置換され；Ｒ^４は、Ｈであり；かつＲ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである。特定の実施形態では、Ｒ^２は、－ＯＣＨ_２ＣＨ_２ＯＣＨ_３（ＭＯＥ）である。

ｃ． ホスフィチル化反応
本開示の第３の態様は、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドの液相ホスフィチル化法を提供する。この方法は、３’－ＯＨ基をホスホルジアミダイトまたはＨ－ホスホネート（ＨＯ）Ｐ（Ｏ）Ｈと反応させることを含む。本開示のホスフィチル化法は、クロマトグラフィー精製なしで、高純度で３つ以上のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドフラグメントを合成するために使用され得る。

第３７の実施形態は、式（ＣＩ）もしくは（ＣＩ’）の化合物：

またはその塩を調製するための液体プロセスを開示しており、このプロセスは、式（ＣＩＩ）：

またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２またはＨ－ホスホネート（ＨＯ）Ｐ（Ｏ）Ｈと反応させて、それぞれ式（ＣＩ）または（ＣＩ’）の化合物を形成することを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、存在する場合、アミン保護基によって保護され；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でハロゲンまたはＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は、

であり；
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり
ｑ１は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である。

第３８の実施形態は、式（Ｃ２Ｉ）の化合物：

またはその塩を調製するための液体プロセスを開示しており、このプロセスは、式（Ｃ２ＩＩ）の化合物：

またはその塩と、ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２とを反応させて式（Ｃ２Ｉ）の化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でハロゲンまたはＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は

であり；
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり
ｑ１は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である。

いくつかの実施形態では、第３８の実施形態に記載のプロセスでは、各Ｒ^２は、Ｈ、Ｆ、またはＣ_１－４アルコキシから独立して選択され、Ｃ_１－４アルコキシで任意選択で置換され；Ｒ^４は、Ｈであり；Ｒ^１６は－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；かつＺは、本明細書に記載のシリルヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、Ｚは、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳから選択される。特定の実施形態では、Ｒ^２はＨであり、Ｒ^４はＨであり；Ｒ^１６は－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは両方とも－ＣＨ（ＣＨ_３）_２であり；ＺはＴＢＤＰＳである。別の特定の実施形態では、Ｒ^２はＭＯＥであり、Ｒ^４はＨであり；Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；Ｒ^１７ａ及び^Ｒ１７ｂは両方とも、－ＣＨ（ＣＨ_３）_２であり；ＺはＴＢＤＰＳである。

第３９の実施形態は、反応が活性剤の存在下で実施される、第３の態様、または本明細書に記載の任意の実施形態（例えば、第３７または第３８の実施形態）に記載のプロセスを開示する。本明細書で使用される場合、活性剤は、ホスホルジアミダイトまたはＨ－ホスホネートとオリゴヌクレオチドの３’－ヒドロキシル基との間の反応を促進する化学試薬である（例えば、式（ＣＩＩ）または（Ｃ２ＩＩ）の化合物）。例示的な活性剤としては、限定するものではないが、以下の試薬が挙げられる：

第４０の実施形態では、本開示は、活性剤がピリジントリフルオロ酢酸塩（Ｐｙ●ＴＦＡ）またはＮ－メチルイミダゾリウムトリフラートである、第３９の実施形態に記載されるようなプロセスを提供する。

第４１の実施形態は、式（ＣＩ）、（ＣＩ’）または（Ｃ２Ｉ）の化合物がクロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）によって精製されない、第３４～第３６の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第４２の実施形態は、式（ＣＩ）、（ＣＩ’）もしくは（Ｃ２Ｉ）の化合物またはその塩が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、第３４～第３６の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示している。特定の実施形態では、式（ＣＩ）、（ＣＩ’）もしくは（Ｃ２Ｉ）の化合物またはその塩は、選択的沈殿によって精製される。特定の実施形態では、式（ＣＩ）、（ＣＩ’）もしくは（Ｃ２Ｉ）の化合物またはその塩は、選択的沈殿に加えて、水溶液（例えば、ＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２ＯまたはＮａＣｌ／Ｈ_２Ｏ）を用いて有機溶媒（ＭＢＴＥ、ＥｔＯＡｃ、ヘプタン／ＭＢＴＥ混合物、ＤＣＭなど）中に式（ＣＩ）、（ＣＩ’）もしくは（Ｃ２Ｉ）の化合物またはその塩を含む溶液を抽出することによって精製される。特定の実施形態では、抽出は、選択的沈殿の前に実施される。あるいは、抽出は選択的沈殿の後に実施される。特定の実施形態では、式（ＣＩ）、（ＣＩ’）もしくは（Ｃ２Ｉ）の化合物またはその塩の選択的沈殿は、ヘプタンまたはヘプタン／ＭＢＴＥ混合物を、ＤＣＭまたはＥｔＯＡｃ中の粗生成物の溶液に添加することによって達成され得る。あるいは、粗生成物の溶液をヘプタンまたはヘプタン／ＭＢＴＥ混合物に添加して、所望の生成物を沈殿させてもよい。適切な体積比（例えば、本明細書に記載の体積比）を有するヘプタン／ＭＢＴＥ混合物を使用してもよい。

いくつかの実施形態では、第３の態様またはそこに説明された任意の実施形態（例えば、第３７の実施形態）に記載されるプロセスについて、式（ＣＩ）、（ＣＩ’）または（ＣＩＩ）の変数は以下に定義される。
各Ｒ^２は、Ｈ、Ｆ、またはＣ_１－４アルコキシから独立して選択され、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換される；
Ｒ^４はＨであり；
Ｒ^１５は４，４’－ジメトキシトリチルであり；
Ｒ^１６は－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつ
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルである。

特定の実施形態では、Ｒ^２は、ＭＯＥである。別の特定の実施形態では、Ｒ^２はＨであり；Ｒ^４はＨであり；Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつＲ^１７ａ及びＲ^１７ｂは両方とも、－ＣＨ（ＣＨ_３）_２である。別の特定の実施形態では、Ｒ^２はＭＯＥであり、Ｒ^４はＨであり；Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつＲ^１７ａ及びＲ^１７ｂは両方とも、－ＣＨ（ＣＨ_３）_２である。

第４３の実施形態は、式（ＣＩ’）の化合物：

またはその塩を調製するための液体プロセスを開示しており、
このプロセスは、以下のステップ：
１）式（ＣＩ’Ａ）の化合物：

またはその塩と、
式（Ａ１）の化合物：

またはその塩とを反応させて、式（ＣＩ’Ｂ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
３）式（ＣＩ’Ｂ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＣＩ’Ｃ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
４）式（ＣＩ’Ｃ）の化合物またはその塩を脱保護して式（ＣＩ’Ｄ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
５）式（ＣＩ’Ｄ）の化合物から始めて、ステップ１）、２）３）、及び４）をｑ１～３回繰り返し、続いてステップ１）、２）、及び３）を繰り返して、式（ＣＩ’）のフラグメント、またはその塩を生成することと、を含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基（例えば、ＤＭＴ基）であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は

であり；
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
ｑ１は、２～２００の整数であり；かつ
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳである。

第４４の実施形態は、式（ＣＩ^ｃ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を調製するための液相プロセスを開示し、
このプロセスは、式（ＣＩ^ａ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩を、
式（ＣＩ^ｂ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とカップリングして、式（ＣＩ^ｃ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を形成することを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は

であり；
ｑ１ａは、２～２０の整数であり；
ｑ１ｂは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、ヒドロキシル保護基である。

特定の実施形態では、第４４の実施形態のカップリング反応は、塩化アシルの存在下で実施される。特定の実施形態では、式（ＣＩ^ａ）のオリゴヌクレオチドと式（ＣＩ^ｂ）のオリゴヌクレオチドとの間のカップリング反応は、塩化ピバロイルの存在下で実施される。別の特定の実施形態では、このカップリング反応は、塩化ピバロイル及び塩基（例えば、ピリジン）の存在下で実施される。

特定の実施形態では、第４３または第４４の実施形態に記載のプロセスでは、そこに記載されている反応ステップのいずれか１つの反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーは使用されない。特定の実施形態では、そこに記載される反応ステップのいずれか１つの反応生成物は、本明細書に記載されるように（例えば、第２１、第３５または第４２の実施形態に記載されるように）選択的沈殿及び／または抽出によって精製される。

ｄ． ３’－オリゴヌクレオチドフラグメントの合成
第４の態様では、本開示は、３’末端に疎水性ヒドロキシル保護基を有するオリゴヌクレオチドフラグメント（本明細書では「３’フラグメント」と呼ぶ）を調製する液相プロセスを記載している。驚くべきことに、３’フラグメントを合成するための本開示の方法を使用して、３～２０（例えば、３～１０、３～８、３～５または４～５）個のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドフラグメントをクロマトグラフィー精製なしに高純度で調製し得ることが発見された。いくつかの実施形態では、疎水性３’－ヒドロキシル保護基を使用し、これは、選択的沈殿によるオリゴヌクレオチドフラグメント生成物の分離を容易にする。いくつかの実施形態では、液相プロセスは、（１）５’－ＯＨ脱保護ステップ、（２）カップリングステップ、及び（３）酸化または硫化ステップを含み、ステップ（１）、（２）及び（３）は、所望の数のヌクレオチドが一緒に結合して３’－オリゴヌクレオチドフラグメントを形成するまで繰り返される。

第４５の実施形態は、式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩を調製するための液相プロセスを開示しており、このプロセスは、
１）式（Ｉ’Ａ）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（ＩＡ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
２）式（ＩＡ）の化合物またはその塩を式（Ａ１）の化合物：

またはその塩と反応させて、式（ＩＢ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
３）式（ＩＢ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＣ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
４）式（ＩＣ）の化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＤ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
５）式（ＩＤ）の化合物から開始し、ステップ２）、３）及び４）をｎ－２回繰り返して、式（Ｉ）のフラグメントまたはその塩を生成することと、を含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、存在する場合、アミン保護基によって保護され；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は

であり；
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
ｎは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である。

第４６の実施形態は、式（Ｉ）のフラグメントがクロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）によって精製されない、第４５の実施形態に記載のプロセスを開示する。

第４７の実施形態は、式（Ｉ）のフラグメントが、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される第４５または第４６の実施形態に記載のプロセスを開示する。特定の実施形態では、式（Ｉ）のフラグメントは、選択的沈殿によって精製される。特定の実施形態では、式（Ｉ）のフラグメントは、粗生成物を含む反応混合物にＣＨ_３ＣＮを添加し、続いて濾過してフラグメント生成物を単離することによって精製される。

第４８の実施形態は、第４５、第４６、または第４７の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここでは、ステップ１）、２）、３）及び４）のいずれか１つの反応生成物を精製するためにクロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）は使用されない。

第４９の実施形態は、第４５～第４８の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示しており、ここでは、ステップ１）、２）、３）及び４）のいずれか１つの反応生成物は、（例えば、第２１、第３５または第４２の実施形態に記載されているように）選択的沈殿によって精製される。

第５０の実施形態では、第４５～第４９の実施形態のいずれか１つに記載されているプロセスについて、Ｙは以下の式で表され：

ここで、Ｘ_０は、Ｃ_１－１０アルキルであり、１つ以上のＣＨ_２基が独立してＣ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、シクロアルキルまたはヘテロシクリル基で置換されており；Ｘ_１は、Ｃ_１－２５アルキルまたはＣ_１－２５アルコキシである。特定の実施形態では、Ｙは以下の式で表され：

ここで、ｐは１から１０までの整数であり；Ｈｅｔは飽和複素環であり；残りの変数は上記のとおりである。より具体的な実施形態では、Ｈｅｔは、ピペラジンである。

第５１の実施形態は、第４５～第４９の実施形態のいずれか１つに記載されたプロセスを開示し、ここで、Ｙは、以下のとおりである。

特定の実施形態では、第４の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第４５～第５１の実施形態）に記載されるプロセスについて、ステップ１）及び／またはステップ４）の脱保護反応は、第１の態様またはそこに記載されている任意の実施形態（例えば、第２～第１２の実施形態）に記載されるように実施される。

特定の実施形態では、第４の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第４５～第５１の実施形態）に記載されるプロセスについて、ステップ２）のカップリング反応は、本明細書に記載の活性剤（例えば、第３９の実施形態に記載されている活性剤）の存在下で実施され得る。特定の実施形態では、活性剤は、４，５－ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）または５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（ＥＴＴ）である。

特定の実施形態では、第４の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第４５～第５１の実施形態）に記載されるプロセスについて、ステップ３）の硫化反応は、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（キサンタンヒドリドまたはＡＤＴＴ）、３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノ－メチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール（ＤＤＴＴ）、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン１，１－ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ Ｒｅａｇｅｎｔ）、またはフェニル－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－オン（ＰＯＳ）などの硫化剤を使用して実施される。特定の実施形態では、硫化剤はＤＤＴＴである。特定の実施形態では、硫化剤はキサンタンヒドリドである。特定の実施形態では、硫化反応は、本明細書に記載されるような塩基の存在下で実施される。特定の実施形態では、塩基は、ピリジンまたはイミダゾールである。特定の実施形態では、ステップ３）の硫化反応は、ＤＤＴＴ及び４，５－ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）の存在下で実施される。

特定の実施形態では、第４の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第４５～第５１の実施形態）に記載されるプロセスについて、ステップ３）の酸化反応は、文献で公知の標準的な酸化剤を使用することによって実施される。例示的な酸化剤としては、限定するものではないが、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド（ｔ－ＢｕＯＯＨ）、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファースルホニル）オキサジリジン（ＣＳＯ）、Ｉ_２、及びヨウ素－ピリジン－水酸化剤溶液が挙げられる。特定の実施形態では、酸化剤はｔ－ＢｕＯＯＨである。

ｅ． ５’－オリゴヌクレオチドフラグメントの合成
第５の態様では、本開示は、上記の３’フラグメントとカップリングし得るホスホルアミダイト基を有するオリゴヌクレオチドフラグメント（５’フラグメント）を調製する液相プロセスを説明する。驚くべきことに、５’フラグメントを調製するための本開示の方法を使用して、３～２０（例えば、３～１０、３～８、３～５または４～５）のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドフラグメントをクロマトグラフィー精製なしに高純度で合成し得ることが発見された。いくつかの実施形態では、この方法は、３’－ヒドロキシル保護基の選択的脱保護を含む。いくつかの実施形態では、液相プロセスは、（１）５’－ＯＨ脱保護ステップ、（２）カップリングステップ、及び（３）酸化または硫化ステップを含み、このステップ（１）、（２）及び（３）を、所望の数のヌクレオチドが一緒に結合して５’－オリゴヌクレオチドフラグメントを形成するまで繰り返す。

第５２の実施形態は、式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩を調製するための液相プロセスを開示し、このプロセスは、
１’）式（ＩＩＡ’）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（ＩＩＡ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
２’）式（ＩＩＡ）の化合物またはその塩を式（Ａ２）の化合物：

またはその塩と反応させて、式（ＩＩＢ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
３’）式（ＩＩＢ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＩＣ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
４’）式（ＩＩＣ）の化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＩＤ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
５’）ｍが３の場合、式（ＩＩＤ）の化合物またはその塩から始めて、ステップ２’）及びステップ３’）を繰り返して、式（ＩＩＥ）の化合物またはその塩を形成するか、あるいは
ｍが３より大きい場合、式（ＩＩＤ）の化合物またはその塩から始めて、ステップ２’）、３’）及び４’）をｍ－３回繰り返し、続いてステップ２’）及びステップ３’）によって式（ＩＩＥ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
６’）式（ＩＩＥ）の化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＩＦ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
７’）式（ＩＩＦ）の化合物またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２と反応させて、式（ＩＩ）のフラグメントまたはその塩を生成することとを含み：
式中、
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシから独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換されており；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は、

であり
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
ｍは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、ヒドロキシルシリル保護基である。

第５３の実施形態では、第５２の実施形態に記載のプロセスでは、式（ＩＩ）のフラグメントは、クロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）によって精製されない。

第５４の実施形態は、第５２または第５３の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここでは式（ＩＩ）のフラグメントは、本明細書に記載の（例えば、第２１、３５または４２の実施形態に記載のように）抽出及び／または選択的沈殿によって精製される。

第５５の実施形態は、ステップ１’）、２’）、３’）、４’）、５’）、６’）及び７’）のいずれか１つの反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーは使用していない、第５２～第５４の実施形態に記載のプロセスを開示している。

第５６の実施形態は、第５２～第５５の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここでは、ステップ１’）、２’）、３’）、４’）、５’）、６’）及び７’）のいずれか１つの反応生成物は、本明細書に記載されるように（例えば、第２１、第３５または第４２の実施形態に記載されるように）抽出及び／または選択的沈殿によって精製される。

いくつかの実施形態では、ステップ１’）及びステップ４’）の脱保護反応は、第１の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２～第１２の実施形態のいずれか１つ）に記載されるように実施される。

いくつかの実施形態では、ステップ２’）のカップリング反応は、第４の態様で説明したように実施される。特定の実施形態では、カップリング反応は、本明細書に記載の活性剤（例えば、第３９の実施形態に記載の活性剤）の存在下で実施される。特定の実施形態では、活性剤は、４，５－ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）または５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール（ＥＴＴ）である。

いくつかの実施形態では、ステップ３’）の硫化または酸化反応は、第４の態様で説明したように実施される。

いくつかの実施形態では、ステップ６’）の脱保護反応は、第２の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２６～第３４の実施形態のいずれか１つ）に記載されるように実施される。

いくつかの実施形態では、ステップ７’）のホスフィチル化反応は、第３の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第３９～第４２の実施形態のいずれか１つ）に記載されるように実施される。

ＩＩ． 標的オリゴヌクレオチドの合成
ｉ）３’－５’伸長：
第６の態様において、本開示は、標的オリゴヌクレオチドの液相収束合成を記載し、ここで、標的オリゴヌクレオチドは、３’末端から５’末端の方向（３’－５’方向）にアセンブルされる。本開示の収束液相プロセスは、標的オリゴヌクレオチドを大量に合成するために首尾よく使用されることが実証されている。さらに、高純度の保護された標的オリゴヌクレオチドは、クロマトグラフィー精製なしで本開示の方法によって得ることができる。

特定の実施形態では、本明細書に記載の収束液相プロセスは、標的オリゴヌクレオチドを合成するために液（溶液）相にオリゴヌクレオチドフラグメントを段階的に添加することを含む。例えば、５量体及び４量体フラグメントを最初にカップリングして９量体フラグメントを合成し、これをさらに別の５量体フラグメントと反応させて１４量体オリゴヌクレオチドを合成する。１４量体オリゴヌクレオチドは、標的オリゴヌクレオチドの所望の長さが得られるまで、別のフラグメントとさらにカップリングされ得る。特定の実施形態では、３’－疎水性ヒドロキシル保護基（３’－ＬＨＰＧ）（３’末端フラグメント）を有する５量体フラグメントは、最初に５量体フラグメントとカップリングされて、３’－ＬＨＰＧ基を有する１０量体フラグメントを形成し、これが次に、さらに４量体のフラグメントと反応して１４量体のフラグメントを形成し、これが次に別の４量体のフラグメントとカップリングして標的の１８量体のオリゴヌクレオチドを形成する。特定の実施形態では、ｎ個のヌクレオチドを有する３’末端フラグメント（例えば、５量体フラグメント）は、３’－ＬＨＰＧ基を有する単一のヌクレオチドをｎ－１ヌクレオチドを有するフラグメント（例えば、４量体フラグメント）とカップリングすることによって合成される。

第５７の実施形態は、標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスを開示しており、これは以下のステップ：
ａ）式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩を、
式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩と、
溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと；
ｂ）式（ＩＩＩ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩、を形成することとを含み、
式中、
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は、

であり；
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
ｎは、２～２００の整数であり；
ｍは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である。

第５７の実施形態にはまた、標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスも開示しており、これは以下のステップ：
ａ）式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩を、
式（ＩＩ^ａ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩と、
溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ^ａ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することを含み；ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は、

であり；
ｎは、２～２００の整数であり；
ｍは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である。

第５８の実施形態は、第５７の実施形態に記載のプロセスを開示ており、ここでは式（Ｉ）のフラグメントは、式（Ｉａ１）のヌクレオチド：

またはその塩を、
式（Ｉａ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩と、
溶液中でカップリングして、式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩を形成することによって合成され得る。

特定の実施形態では、第５８の実施形態に記載されているプロセスの場合、ｎは３～２０の整数である。特定の実施形態では、ｎは３～６である。別の特定の実施形態では、ｎは５である。

特定の実施形態では、第５８の実施形態に記載のプロセスでは、フラグメント（Ｉ）はクロマトグラフィーによって精製されない。別の実施形態では、フラグメント（Ｉ）は、（例えば、第４６及び第４７の実施形態に記載されるように）選択的沈殿及び／または抽出によって精製される。

第５９の実施形態は、第５７または第５８の実施形態に記載のプロセスを開示しており、このプロセスは、式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して式（Ｖ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成するステップｃ）をさらに含む。

第５９の実施形態では、第５７または第５８の実施形態に記載のプロセスも提供され、このプロセスは、式（ＩＩＩ^ａ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して式（Ｖ^ａ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成するステップｂ）をさらに含む。

第６０の実施形態は、第５９の実施形態に記載されたプロセスを開示しており、このプロセスはさらに以下：
ｄ）式（Ｖ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を、式（ＩＩ’）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とカップリングして、
式（ＶＩ）のオリゴヌクレオチド

またはその塩を形成すること、
ｅ）式（ＶＩ）のオリゴヌクレオチドを硫化または酸化して、式（ＶＩＩ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成すること、
ｆ）式（ＶＩＩ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＶＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと、
ｇ）ｄ）、ｅ）及びｆ）のステップをｒ－１回繰り返し、続いてｄ）及びｅ）のステップを繰り返して式（ＩＸ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することとを含み、
式中：
ｒは、１～５０の整数であり；
ｐ_ｉは、各存在について、独立して２～２０までの整数であり、
ｉは、１～ｒの整数であり；かつ

である。

第６１の実施形態は、第６０の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、ｒは２であり、式（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドは、式（Ｘ）によって表され：

ここで、ｐ１及びｐ２はそれぞれ独立して２から２０までの整数である。特定の実施形態では、ｍ、ｎ、ｐ１及びｐ２は、それぞれ独立して、３～１０、３～６または４～６の整数である。特定の実施形態では、ｍ、ｎ、ｐ１及びｐ２は、それぞれ独立して４または５である。特定の実施形態では、ｍ及びｎは両方とも５であり；かつｐ１及びｐ２は両方とも４である。

第６２の実施形態は、第５７～第６１の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの反応生成物を精製するためにクロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）は使用されない。

第６３の実施形態は、第５７～第６２の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの反応生成物は、本明細書に記載されるように（例えば、第２１、第３５、第４２、第４６及び第４７の実施形態に記載されるように）抽出及び／または選択的沈殿によって精製される。

特定の実施形態では、第６０～第６３の実施形態に記載されるプロセスは、以下のステップ：
ｈ１）オリゴヌクレオチド（ＩＸ）または（Ｘ）を脱保護して式（ＩＸＡ）もしくは（ＸＡ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することをさらに含む。

特定の実施形態では、第６０～第６３の実施形態に記載されるプロセスは、以下のステップ：
ｈ１）オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＡ）または（ＸＡ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと；
ｈ２）オリゴヌクレオチド（ＩＸＡ）または（ＸＡ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＢ）もしくは（ＸＢ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと、を含む。

特定の実施形態では、上記のステップｈ１）について、式（ＩＸＡ）または（ＸＡ）のオリゴヌクレオチドは、式（ＩＸ）または（Ｘ）のオリゴヌクレオチドをＮＨ_４ＯＨと反応させることによって得られる。特定の実施形態では、ＮＨ_４ＯＨでの処理はまた、任意の核酸塩基中の保護基（例えば、核酸塩基上のＮＨ_２保護基）などのオリゴヌクレオチド中の他の保護基も除去する。特定の実施形態では、ＮＨ_４ＯＨでの処理は、式（ＩＸＡ）もしくは（ＸＡ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩をもたらし、ここで、Ｒ^１は、それぞれの発生について、独立して核酸塩基であり、核酸塩基のＮＨ_２は、存在する場合、保護されていない。

第６４の実施形態では、第６０～第６３の実施形態に記載のプロセスにおいて、Ｒ^１６が－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである場合、オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を脱保護すると、式（ＩＸＡｂ）または（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩が形成される。特定の実施形態では、脱保護反応は、オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を、ＮＨ_４ＯＨと反応させて、式（ＩＸＡｂ）または（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチドを形成することによって実施される。特定の実施形態では、ＮＨ４ＯＨでの処理はまた、任意の核酸塩基中の保護基（例えば、核酸塩基上のＮＨ２保護基）などのオリゴヌクレオチド中の他の保護基も除去する。特定の実施形態では、ＮＨ４ＯＨでの処理は、式（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩をもたらし、ここで、Ｒ１は、それぞれの発生について、独立して核酸塩基であり、核酸塩基のＮＨ_２は、存在する場合、保護されていない。

特定の実施形態では、第６４の実施形態に記載のプロセスにおいて、プロセスは、以下のステップ：
オリゴヌクレオチド（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＢａ）もしくは（ＸＢａ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することをさらに含む。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（ＩＸＡ）または（ＸＡ）は、クエン酸と反応して、式（ＩＸＢａ）または（ＸＢａ）のオリゴヌクレオチドを形成する。

第６５の実施形態では、Ｒ^１６が－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである、第６０～第６３の実施形態に記載のプロセスにおいて、このプロセスは、以下のステップ。
ｈ１）オリゴヌクレオチド（ＩＸ）、または（Ｘ）を脱保護して、式（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成すること、をさらに含む。

特定の実施形態では、第６５の実施形態のプロセスにおいて、脱保護反応は、オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を塩基と反応させることによって実施される。特定の実施形態では、塩基は、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン、アルキルアミン（例えば、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、トリメチルアミン）及び他の適切な有機塩基から選択される。

第６６の実施形態は、第６５の実施形態に記載のプロセスを開示し、この方法は、オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩を脱保護して式（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成するステップをさらに含む。

特定の実施形態では、第６６の実施形態に記載のプロセスにおいて、オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩の脱保護は、オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩をＮＨ_４ＯＨと反応させることによって実施される。特定の実施形態では、ＮＨ_４ＯＨでの処理はまた、任意の核酸塩基中の保護基（例えば、核酸塩基上のＮＨ_２保護基）などのオリゴヌクレオチド中の他の保護基を除去する。特定の実施形態では、ＮＨ_４ＯＨでの処理は、式（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩をもたらし、ここで、Ｒ^１は、それぞれの存在について、独立して核酸塩基であり、核酸塩基のＮＨ_２は、存在する場合、保護されていない。

特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）またはその塩は、脱保護試薬（例えば、脱トリチル化試薬）とさらに反応して、式（ＩＸＢａ）もしくは（ＸＢａ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を形成し得る。

一実施形態では、第６の態様またはそこに記載されている任意の実施形態（例えば、第５７～第６６の実施形態）に記載されているプロセスの場合、Ｙは：

である。

特定の実施形態では、ステップｈ１）から得られた式（ＩＸＡ）または（ＸＡ）のオリゴヌクレオチドまたは式（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチドは、深層濾過によって精製される。一実施形態では、ステップｈ１）の反応混合物は、深層濾過に供される前に硫酸アンモニウム溶液で希釈される。硫酸アンモニウムで希釈すると、オリゴヌクレオチドがフィルターに付着することが防止され得る。

特定の実施形態では、硫酸アンモニウム溶液の濃度は、１００ｍＭ～５Ｍ、５００ｍＭ～２Ｍ、５００ｍＭ～１５００ｍＭ、または１０００ｍＭ～１２００ｍＭである。

深層濾過には、任意の適切な深層フィルターを使用できる。本明細書で使用される場合、「深層フィルター」という用語は、多孔質濾過媒体を使用して、媒体の表面だけでなく、媒体全体に粒子を保持するフィルターを指す。これらのフィルターは、他のタイプのフィルターと比較して、目詰まりする前に大量の粒子を保持し得るので、濾過する流体に大量の粒子が含まれている場合、一般的に使用される。驚くべきことに、深層濾過は、混合物をＨＩＣ精製にかける前の反応混合物からの副産物ＬＨＰＧ－ＯＨ（例えば、Ｙ－ＯＨ）を効率的に除去できることがわかった。

特定の実施形態では、深層フィルターは、珪藻土、セルロース、ポリアクリル繊維及びシリカなどの濾過助剤、ならびに活性炭を含む。

特定の実施形態では、ステップｈ１）から得られた式（ＩＸＡ）、（ＩＸＡｂ）、（ＸＡ）または（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチドは、深層濾過、続いて疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）によって精製される。

特定の実施形態では、上記のステップｈ２）について、式（ＩＸＡ）、（ＩＸＡａ）、（ＩＸＡｂ）、（ＸＡ）、（ＸＡａ）または（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチドを、本明細書に記載の脱トリチル化試薬と反応させて、式（ＩＸＢ）、（ＩＸＢａ）、（ＸＢ）または（ＸＢａ）のオリゴヌクレオチドを形成する。一実施形態では、脱トリチル化試薬は有機酸である。一実施形態では、有機酸は酢酸またはクエン酸である。特定の実施形態では、脱トリチル化試薬はクエン酸である。一実施形態では、式（ＩＸＡ）、（ＩＸＡａ）、（ＩＸＡｂ）、（ＸＡ）、（ＸＡａ）または（ＸＡｂ）のＲ^１５は、４，４’－ジメトキシトリチル基である。特定の実施形態では、ステップｈ２）の脱トリチル化反応は、水溶液中で実施される。

特定の実施形態では、ステップｈ２）から得られた式（ＩＸＢ）、（ＩＸＢａ）、（ＸＢ）または（ＸＢａ）のオリゴヌクレオチドは、陰イオン交換クロマトグラフィーによって精製される。

第６７の実施形態は、第５７～第６６の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、フラグメント（Ｉ）は、以下：
１）式（Ｉ’Ａ）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（ＩＡ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
２）式（ＩＡ）の化合物またはその塩を式（Ａ１）の化合物：

またはその塩と反応させて、式（ＩＢ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
３）式（ＩＢ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＣ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
４）式（ＩＣ）の化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＤ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
５）式（ＩＤ）の化合物から開始し、ステップ２）、３）及び４）をｎ－２回繰り返して、式（Ｉ）のフラグメントまたはその塩を生成することと、によって得られる。

第６８の実施形態は、第６７の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここでは、ステップ１）、２）、３）、４）及び５）のいずれか１つの反応生成物を精製するために、クロマトグラフィー（例えば、カラムクロマトグラフィー）は使用されない。

第６９の実施形態は、第６７または第６８の実施形態に記載のプロセスを開示し、ここで、ステップ１）、２）、３）、４）及び５）のいずれか１つの反応生成物は、本明細書に記載のように（例えば、第２１、第３５、第４２、第４６または第４７の実施形態に記載されるように）抽出及び／または選択的沈殿によって精製される。

第７０の実施形態は、第５７～第６９の実施形態に記載されたプロセスを開示しており、ここで、Ｙは、以下の式によって表される。

ここで、Ｘ_０は、Ｃ_１－１０アルキルであり、１つ以上のＣＨ_２基が独立してＣ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、シクロアルキルまたはヘテロシクリル基で置換されており；Ｘ_１は、Ｃ_１－２５アルキルまたはＣ_１－２５アルコキシである。特定の実施形態では、Ｙは以下の式で表され：

ここで、ｐは１から１０までの整数であり；Ｈｅｔは飽和複素環であり；残りの変数は、上記のとおりである。より具体的な実施形態では、Ｈｅｔは、ピペラジンである。

第７１の実施形態は、第５７～第６９の実施形態に記載されたプロセスを開示しており、ここで、Ｙは：

である。

第７２の実施形態は、第５７～第７１の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで式（ＩＩ）のフラグメントは、以下：
１’）式（ＩＩＡ’）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（ＩＩＡ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
２’）式（ＩＩＡ）の化合物またはその塩を式（Ａ２）の化合物：

またはその塩と反応させて、式（ＩＩＢ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
３’）式（ＩＩＢ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＩＣ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
４’）式（ＩＩＣ）の化合物またはその塩を脱保護して、式（ＩＩＤ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
５’）ｍが３の場合、式（ＩＩＤ）の化合物またはその塩から始めて、ステップ２’）及びステップ３’）を繰り返して、式（ＩＩＥ）の化合物またはその塩を形成するか、あるいは
ｍが３より大きい場合、式（ＩＩＤ）の化合物またはその塩から始めて、ステップ２’）、３’）及び４’）をｍ－３回繰り返し、続いてステップ２’）及びステップ３’）によって式（ＩＩＥ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
６’）式（ＩＩＥ）の化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＩＦ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
７’）式（ＩＩＦ）の化合物またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２と反応させて、式（ＩＩ）のフラグメントまたはその塩を生成することと、によって得られ、ここでＺはヒドロキシル保護基である。

第７３の実施形態は、式（ＩＩ）のフラグメントが、式（Ｉ）のフラグメントと反応する前にクロマトグラフィーによって精製されない、第７２の実施形態に記載のプロセスを開示する。

第７４の実施形態は、第７２または第７３の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、ステップ１’）、２’）、３’）、４’）、５’）、６’）及び７’）のいずれか１つの反応生成物は、（例えば、第２１、第３５、第４２、第４６または第４７の実施形態に記載されているように）抽出及び／または選択的沈殿によって精製される。

第７５の実施形態は、第５９～第７４の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで式（ＩＩ’）のフラグメントは、以下：
１’’）式（ＩＩ’Ａ’）の化合物、

またはその塩を脱保護して、式（ＩＩ’Ａ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
２’’）式（ＩＩ’Ａ）の化合物またはその塩を、式（Ａ２）の化合物：

またはその塩と反応させて、式（ＩＩ’Ｂ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
３’’）式（ＩＩ’Ｂ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＩ’Ｃ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
４’’）式（ＩＩ’Ｃ）の化合物またはその塩を脱保護して、式（ＩＩ’Ｄ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
５’’）式（ＩＩ’Ｄ）の化合物またはその塩から開始し、ステップ１’）、２’）及び３’）をｐ_ｉ－２回繰り返し、続いてステップ１’）及びステップ２’）によって式（ＩＩ’Ｅ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
６’’）式（ＩＩ’Ｅ）の化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＩ’Ｆ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
７’’）式（ＩＩ’Ｆ）の化合物またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２と反応させて、式（ＩＩ’）のフラグメントまたはその塩を生成することによって得ることとによって調製され、ここでＺはヒドロキシル保護基である。

第７６の実施形態は、式（ＩＩ’）のフラグメントが式（Ｖ）のオリゴヌクレオチドと反応する前にクロマトグラフィー（カラムクロマトグラフィー）によって精製されない、第７５の実施形態に記載のプロセスを開示する。

第７７の実施形態は、第７５または第７６の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここでは、ステップ１’’）、２’’）、３’’）、４’’）、５’’）、６’’）及び７’’）のいずれか１つの反応生成物は、本明細書に記載のような（例えば、第２１、第３５、第４２、第４６または第４７の実施形態に記載されているような）抽出及び／または選択的沈殿によって精製される。

第７８の実施形態は、ｎが３、４、５または６である、第５７～第７７の実施形態のいずれか１つのプロセスを開示している。

第７９の実施形態は、ｍが３、４、５または６である、第５７～第７８の実施形態のいずれか１つのプロセスを開示している。

第８０の実施形態は、ｐ_ｉが、各存在について、独立して３、４、５または６である第５９～第７９の実施形態のいずれか１つのプロセスを開示している。

第８１の実施形態は、第６０～第７９の実施形態のいずれか１つのプロセスを開示しており、ここでは、ｐ１及びｐ２は、それぞれ独立して３、４、５、または６である。

第８２の実施形態は、ｒが１、２、３、４、５または６である、第６０～第８１の実施形態のうちのいずれか１つのプロセスを開示している。

いくつかの実施形態では、ステップｃ）、ｆ）、１）、４）、１’）、４’）、１”）及び４”）の脱保護反応または脱トリチル化反応は、第１の態様またはそこに記載されている任意の実施形態（例えば、第２～第１２の実施形態）で説明したように実施される。

いくつかの実施形態では、ステップａ）、ｄ）、２）、２’）及び２’’）のカップリング反応は、３’－ＯＨ保護ヌクレオチドフラグメント及び５’－ＯＨで保護されたホスファミダイトまたはホスホネートフラグメントを含む有機溶液に活性剤を加えることによって実施され得る。

いくつかの実施形態では、ステップｂ）、ｅ）、３）、３’）及び３”）の硫化反応は、硫化剤（例えば、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（ＸＨまたはＡＤＴＴ）、３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノ－メチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール（ＤＤＴＴ）、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン１，１－ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ Ｒｅａｇｅｎｔ）、またはフェニル－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－オン（ＰＯＳ）を使用することによって実施され得る。特定の実施形態では、硫化剤はＤＤＴＴである。特定の実施形態では、塩基は、ピリジンまたはイミダゾールである。

特定の実施形態では、ステップｂ）、ｅ）、３）、３’）及び３’’）の酸化反応は、文献で公知の標準的な酸化剤を使用することによって実施され得る。例示的な酸化剤としては、限定するものではないが、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド（ｔ－ＢｕＯＯＨ）、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファースルホニル）オキサジリジン（ＣＳＯ）、Ｉ_２、及びヨウ素－ピリジン－水酸化剤溶液が挙げられる。特定の実施形態では、酸化剤はｔ－ＢｕＯＯＨである。

いくつかの実施形態では、ステップ６’）または６’’）の脱保護反応は、第２の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２３～第３１の実施形態）のいずれか１つに記載されるとおりである。

いくつかの実施形態では、ステップ７’）または７’’）のホスフィチル化反応は、第３の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第３５～第３８の実施形態）に記載されるとおりである。

ｉｉ）５’－３’伸長：
第７の態様において、本開示は、標的オリゴヌクレオチドの液相収束合成を記載し、ここで、標的オリゴヌクレオチドは、５’末端から３’末端の方向（５’－３’方向）にアセンブルされる。本開示の収束液相プロセスを、５’－３’方向で、首尾よく使用して、標的オリゴヌクレオチドを合成することが実証されている。さらに、高純度の保護された標的オリゴヌクレオチドは、クロマトグラフィー精製なしで本開示の方法によって得ることができる。

特定の実施形態では、本明細書に記載の収束液相プロセスは、標的オリゴヌクレオチドを合成するために液（溶液）相にオリゴヌクレオチドフラグメントを段階的に添加することを含む。例えば、５’－疎水性ヒドロキシル保護基（５’－ＬＨＰＧ）を有する５量体フラグメント（５’末端フラグメント）を最初に５量体フラグメントとカップリングさせて、５’－ＬＨＰＧ基を有する１０量体フラグメントを形成し、次に、これを別の５量体フラグメントとさらに反応させて、１５量体オリゴヌクレオチドを形成する。特定の実施形態では、ｎ個のヌクレオチドを有する５’末端フラグメント（例えば、５量体フラグメント）は、５’－ＬＨＰＧ基を有する単一のヌクレオチドをｎ－１ヌクレオチドを有するフラグメント（例えば、４量体フラグメント）とカップリングすることによって合成される。

第８３の実施形態は、標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスを開示しており、これは以下のステップ：
ａ）式（ＩＩ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩と、
式（Ｉ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とを、
溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと；
ｂ）式（ＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＶ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することとを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ^１６は

であり；
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
ｎ_１は、２～２０の整数であり；
ｍ_１は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基であり；
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である。

第８４の実施形態は、第８３の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、フラグメント（ＩＩ２）は、以下：
ｉａ）式（ＩＩ２ａ１）のヌクレオチド：

またはその塩と、
式（ＩＩ２ａ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とを、
溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩ２ａ３）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと；
ｉｉａ）式（ＩＩ２ａ３）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＩ２ａ４）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと、
ｉｉａ）式（ＩＩ２ａ４）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＩＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を形成することとによって調製される。

第８５の実施形態は、第８４の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、フラグメント（ＩＩ２ａ２）は、式（ＩＩ２ａ５）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩と、
ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２とを反応させて、（ＩＩ２ａ２）の化合物を形成することによって得られる。

第８６の実施形態は、第８５の実施形態に記載のプロセスを開示しており、式（ＩＩ２ａ３）のオリゴヌクレオチドは、以下：
ｉＡ）式（ＩＩ２Ａ’）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（ＩＩ２Ａ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｉｉＡ）式（ＩＩ２Ａ）の化合物またはその塩と式（Ａ１２）の化合物：

またはその塩と反応させて、式（ＩＩ２Ｂ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｉｉｉＡ）式（ＩＩ２Ｂ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＩ２Ｃ）の化合物：

またはその塩を形成することと、
ｉｖＡ）式（ＩＩ２Ｃ）の化合物またはその塩を脱保護して、式（ＩＩＤ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｖＡ）ｍ_１が３より大きい場合、式（ＩＩＤ）の化合物から開始し、ｉｉ）、ｉｉｉ）、及びｉｖ）のステップを、ｍ_１－３回繰り返して、式（ＩＩ２ａ３）の化合物またはその塩を形成することによって得られる。

特定の実施形態では、第８４～第８６の実施形態のいずれかで開示されるプロセス、ｍ_１は、３から２０までの整数である。特定の実施形態では、ｍ_１は３から６である。別の特定の実施形態では、ｍ_１は４である。さらに別の特定の実施形態では、ｍ_１は５である。

第８７の実施形態は、第７の態様または第８３～第８６の実施形態のいずれかに記載のプロセスを開示しており、フラグメント（Ｉ２）は、式（Ｉ２ａ１）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩と、
ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２とを反応させて、式（Ｉ２）のフラグメントを形成することによって得られる。

第８８の実施形態は、第８７の実施形態に記載のプロセスを開示しており、式（Ｉ２ａ１）のオリゴヌクレオチドは、以下：
ｉ’）式（Ｉ２Ａ’）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（Ｉ２Ａ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｉｉ’）式（Ｉ２Ａ）の化合物またはその塩と、式（Ａ１１）の化合物：

またはその塩とを反応させて、式（Ｉ２Ｂ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｉｉｉ’）式（Ｉ２Ｂ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（Ｉ２Ｃ）の化合物：

またはその塩を形成することと、
ｉｖ’）式（Ｉ２Ｃ）の化合物またはその塩を脱保護して、式（Ｉ２Ｄ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｖ’）ｎ_１が２より大きい場合、式（Ｉ２Ｄ）の化合物から開始し、ｉｉ’）、ｉｉＩ’）、及びｉｖ’）のステップを、ｎ_１－２回繰り返して、式（Ｉ２ａ１）の化合物またはその塩を形成することと、によって得られる。

第８９の実施形態は、式（ＩＶ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して式（Ｖ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成するステップｃ）をさらに含む、第８３～第８８の実施形態に記載のプロセスを開示する。

第９０の実施形態は、第８９の実施形態に記載されたプロセスを開示しており、さらに以下を含む：
ｄ）式（Ｖ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を、式（ＩＩ２’）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とカップリングさせて、
式（ＶＩ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと、
ｅ）式（ＶＩ２）のオリゴヌクレオチドを硫化または酸化して、式（ＶＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと：
ｆ）式（ＶＩＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＶＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと、
ｇ）ｄ）、ｅ）及びｆ）のステップをｒ_１－１回繰り返し、続いてｄ）及びｅ）のステップを繰り返して式（ＩＸ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することとを含み、
ここで：
ｒ_１は、１～５０の整数であり；
ｓ_ｉは、各存在について、独立して２～２０までの整数であり、
ｉが１～ｒ_１の整数であり；かつ

である。

第９１の実施形態は、第９０の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、ｒ_１は２であり、式（ＩＸ２）のオリゴヌクレオチドは、式（Ｘ２）：

またはその塩によって表され、ここで、ｓ１及びｓ２はそれぞれ独立して２から２０までの整数である。

第９２の実施形態は、第９０の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、ｒ１は１であり、式（ＩＸ２）のオリゴヌクレオチドは、式（Ｘ２’）：

またはその塩によって表され、ここで、ｓ１は２から２０までの整数である。

特定の実施形態では、第９１または第９２の実施形態のプロセスについて、ｓ１、ｓ２、ｍ１及びｎ１は、それぞれ独立して、３から１０、３～６または４～６の整数である。特定の実施形態では、ｓ１、ｓ２、ｍ１、及びｎ１は、それぞれ独立して４または５である。

第９３の実施形態は、第９０、第９１、または第９２の実施形態に記載のプロセスを開示しており、式（ＩＩ２’）のオリゴヌクレオチドフラグメントは、式（ＩＩ２ａ１’）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩と、
ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２と反応させて、式（ＩＩ２’）のフラグメントまたはその塩を形成することによって得られる。

第９４の実施形態は、第９３の実施形態に記載のプロセスを開示しており、式（ＩＩ２ａ１’）のオリゴヌクレオチドは、以下：
ｉ’’）式（ＩＩ’２Ａ’）の化合物：

またはその塩を脱保護して、式（ＩＩ’２Ａ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｉｉ’’）式（ＩＩ’２Ａ）の化合物またはその塩と式（Ａ１２’）の化合物：

またはその塩とを反応させて、式（ＩＩ’２Ｂ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｉｉｉ’’）式（ＩＩ’２Ｂ）の化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＩ’２Ｃ）の化合物：

またはその塩を形成することと、
ｉｖ’’）式（ＩＩ’２Ｃ）の化合物またはその塩を脱保護して、式（ＩＩ’２Ｄ）の化合物：

またはその塩を形成することと；
ｖ’’）ｓ_ｉが２より大きい場合、（ＩＩ’２Ｄ）の化合物から開始し、ｉｉ’’）、ｉｉｉ’’）、及びｉｖ’’）のステップをｓ_ｉ－２回繰り返して、式（ＩＩ２ａ１’）の化合物またはその塩を形成することとによって得られる。

第９５の実施形態は、第８３～第９４の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここでは、ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーを使用しない。

第９６の実施形態は、第８３～第９４の実施形態に記載のプロセスを開示しており、ここで、ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの反応生成物は、本明細書に記載されるように（例えば、第２１、第３５、第４２、第４６及び第４７の実施形態に記載されるように）抽出及び／または選択的沈殿によって精製される。

第９７の実施形態は、第９０～第９６の実施形態に記載のプロセスを開示しており、この方法は、式（ＩＸ２）、（Ｘ２）または（Ｘ２’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して式（ＩＸ２Ａ）、（Ｘ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を形成することをさらに含む：

特定の実施形態では、Ｚは、式（ＩＸ２）の基であり、（Ｘ２）または（Ｘ２’）は、ＴＢＤＰＳ、ＴｏＢＤＰＳ及びＴＢＤＡＳから選択される。特定の実施形態では、脱保護反応は、第２の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２６～第３２の実施形態）に記載されるように実施される。

第９８の実施形態は、第８３～第９７の実施形態のいずれかに記載のプロセスを開示し、Ｒ^１６が－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである場合、このプロセスは、さらに以下のステップ：
ｈ１）オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａ）、（Ｘ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ’）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸ２Ａａ）、（Ｘ２Ａａ）または（Ｘ２Ａａ’）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することを含む。

第９９の実施形態は、オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａ）、（Ｘ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ’）またはその塩を塩基と反応させることによって脱保護反応が行われる、第９８の実施形態に記載のプロセスを開示する。いくつかの実施形態では、塩基は、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン、アルキルアミン（例えば、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、トリメチルアミン）及び他の適切な有機塩基から選択される。

第１００の実施形態は、第９８または第９９の実施形態に記載のプロセスを開示し、この方法は、オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａａ）、（Ｘ２Ａａ）もしくは（Ｘ２Ａａ’）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸ２Ｂ）、（Ｘ２Ｂ）または（Ｘ２Ｂ’）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することを含む。

第１０１の実施形態は、オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａａ）もしくは（Ｘ２Ａａ）またはその塩をＮＨ_４ＯＨと反応させることによって脱保護が行われる、第１００の実施形態に記載のプロセスを開示する。特定の実施形態では、ＮＨ_４ＯＨでの処理はまた、任意の核酸塩基中の保護基（例えば、核酸塩基上のＮＨ_２保護基）などのオリゴヌクレオチド中の他の保護基も除去する。特定の実施形態では、ＮＨ_４ＯＨでの処理は、式（ＩＸ２Ｂ）、（Ｘ２Ｂ）または（Ｘ２Ｂ’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩をもたらし、ここで、Ｒ^１は、それぞれの発生について、独立して核酸塩基であり、核酸塩基のＮＨ_２は、存在する場合、保護されていない。

第１０２の実施形態は、第８３～第１０１の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示しており、ここで、ｎ_１は、３、４、５または６である。

第１０３の実施形態は、第９０～第１０１の実施形態のいずれか１つに記載されるようなプロセスを開示し、ここで、ｓ_ｉは、各発生について、独立して３、４、５または６である。

第１０４の実施形態は、第９１～第１０１の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示しており、ここで、ｓ_１及びｓ_２は、それぞれ独立して３、４、５または６である。

第１０５の実施形態は、第８３～第１０１の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示しており、ここで、ｒ_１は、１、２、３、４、５または６である。

第１０６の実施形態は、化合物またはオリゴヌクレオチド中の全てのＰ＝Ｘ基がＰ＝Ｓである、第１～１０５の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第１０７の実施形態は、化合物またはオリゴヌクレオチド中の全てのＰ＝Ｘ基がＰ＝Ｏである、第１から１０５の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第１０８の実施形態は、化合物またはオリゴヌクレオチド中のＰ＝Ｘ基の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％超が、Ｐ＝Ｓである、第１～１０５の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第１０９の実施形態は、化合物またはオリゴヌクレオチド中のＰ＝Ｘ基の１０～９０％、２０～８０％。３０～７０％、または４０～６０％がＰ＝Ｓである、第１～１０５の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第１１０の実施形態は、化合物またはオリゴヌクレオチド中のＰ＝Ｘ基の１０～９０％、２０～８０％。３０～７０％、または４０～６０％がＰ＝Ｏである、第１～１０５の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

いくつかの実施形態では、第８４～第９０の実施形態のいずれか、及び第９６の実施形態のステップｉｉａ）、ステップｃ）及びｆ）の脱保護反応は、第１の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２６～第３４の実施形態）に記載されるように実施され得る

いくつかの実施形態では、第７の態様のｉＡ）、ｉｖＡ）、ｉ’）、ｉｖ’）、ｉ’’）及びｉｖ”）の脱保護ステップは、第１の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第２～第１２の実施形態）に記載されるように実施され得る。

いくつかの実施形態では、ステップａ）、ｉａ）、ｉｉ）、ｉｉＡ）、ｉｉ’）、ｄ）及びｉｉ”）のカップリング反応は、３’－ＯＨ保護ヌクレオチドフラグメント及び５’－ＯＨで保護されたホスファミダイトまたはホスホネートフラグメントを含む有機溶液に活性剤を加えることによって実施され得る。

いくつかの実施形態では、ステップｂ）、ｉｉｉ）、ｉｉｉＡ）、ｉｉｉ’）ｅ）及びｉｉｉ”）の硫化反応は、硫化剤（例えば、３－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－５－チオン（ＸＨまたはＡＤＴＴ）、３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノ－メチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール（ＤＤＴＴ）、フェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）、３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン１，１－ジオキシド（Ｂｅａｕｃａｇｅ Ｒｅａｇｅｎｔ）、またはフェニル－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール－３－オン（ＰＯＳ）を使用することによって実施され得る。特定の実施形態では、硫化剤はＤＤＴＴである。特定の実施形態では、塩基は、ピリジンまたはイミダゾールである。

特定の実施形態では、ステップｂ）、ｉｉｉ）、ｉｉｉＡ）、ｉｉｉ’）ｅ）及びｉｉｉ”）の酸化反応は、文献で公知の標準的な酸化剤を使用することによって実施され得る。例示的な酸化剤としては、限定するものではないが、ｔｅｒｔ－ブチルヒドロペルオキシド（ｔ－ＢｕＯＯＨ）、（１Ｓ）－（＋）－（１０－カンファースルホニル）オキサジリジン（ＣＳＯ）、Ｉ_２、及びヨウ素－ピリジン－水酸化剤溶液が挙げられる。特定の実施形態では、酸化剤はｔ－ＢｕＯＯＨである。

いくつかの実施形態では、第８５、第８７及び第９２の実施形態のホスフィチル化反応は、第３の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第３９～第４２の実施形態）に記載されるように実施され得る。

一実施形態では、Ｙは：

である。

特定の実施形態では、脱保護反応から得られた式（ＩＸ２Ｂ）、（Ｘ２Ｂ）または（Ｘ２Ｂ’）のオリゴヌクレオチドは、深層濾過によって精製される。一実施形態では、脱保護反応の反応混合物は、深層濾過に供される前に硫酸アンモニウム溶液で希釈される。硫酸アンモニウムで希釈すると、オリゴヌクレオチドがフィルターに付着することが防止され得る。

特定の実施形態では、硫酸アンモニウム溶液の濃度は、１００ｍＭ～５Ｍ、５００ｍＭ～２Ｍ、５００ｍＭ～１５００ｍＭ、または１０００ｍＭ～１２００ｍＭである。

任意の適切な深層フィルターは深層濾過、例えば、本明細書に記載の適切な深層フィルターに使用され得る。

特定の実施形態では、式（ＩＸ２Ａ）、（ＩＸ２Ａａ）、（ＩＸ２Ａａ’）、（Ｘ２Ａ）、（Ｘ２Ａ’）、（Ｘ２Ａａ）、（Ｘ２Ａａ’）、（Ｘ２Ｂ）または（Ｘ２Ｂ’）のオリゴヌクレオチドは、深層濾過とそれに続く疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）によって精製し得る。

特定の実施形態では、第１～第８の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第１から１３５番目の実施形態）に記載される反応のいずれかは、適切な溶媒または適切な溶媒の混合物中で実施され得る。特定の実施形態では、反応は、適切な有機溶媒または適切な有機溶媒の混合物中で実施され得る。本開示で使用され得る例示的な有機溶媒としては、限定するものではないが、ジクロロメタン（ＤＣＭ）、アセトニトリル（ＡＣＮ）、テトラヒドロフラン（ＴＨＦ）、アセトン、２－メチルテトラヒドロフラン、メチルｔｅｒｔ－ブチルエーテル、酢酸エチルなどが挙げられる。

特定の実施形態では、第１～第８の態様またはそこに記載される任意の実施形態（例えば、第１～第１３５の実施形態）に記載される任意の反応は、適切な温度で実施され得る。特定の実施形態では、反応は室温で実施される。特定の実施形態では、反応は、２０℃～３０℃の温度で実施される。特定の実施形態では、反応は－１０℃～１０℃の温度で、－５℃～５℃の温度で実施される。特定の実施形態では、反応は、２５℃±２℃で実施される。一実施形態では、反応は、０±２℃で実施される。

第１１１の実施形態は、本明細書に記載の任意の一実施形態（例えば、第１～第１３５の実施形態）のプロセスを開示しており、ここでは、核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、及び５－ヒドロキシメチルシトシンからなる群より選択され、核酸塩基のＮＨ_２基が、もし存在する場合、ＰｈＣＯ－、ＣＨ_３ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ_２Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ_２Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている。

第１１２の実施形態は、本明細書に記載の任意の一実施形態（例えば、第１～第１３５の実施形態）のプロセスを開示しており、ここでは、Ｒ^１が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、及び５－メチルシトシンからなる群より選択され、ここで核酸塩基のＮＨ_２基が、もし存在する場合、ＰｈＣＯ－、ＣＨ_３ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ_２Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ_２Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている。

第１１３の実施形態は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つ（例えば、第１～第１３５の実施形態）のいずれか１つのプロセスを開示しており、
各Ｒ^２は、Ｈ、Ｆ、及びＣ_１－４アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換され；
各Ｒ^４は独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し、ここで、この環は、１～３個のＣ_１－４アルキル基で任意選択で置換された５または６員環である；
Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつ
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－４アルキルである。

特定の実施形態では、このプロセスは、第１１３の実施形態に記載されているプロセスであり、ここで：
各Ｒ^２は独立してＨまたは－ＯＣＨ_２ＣＨ_２ＯＭｅであり；
各Ｒ^４は、Ｈであり；
Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつ
Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは両方とも－ＣＨ（ＣＨ_３）_２である。

第１１４の実施形態は、第５１～第１３５の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示しており、ここで、標的オリゴヌクレオチドは、１６～３０ヌクレオチドを含むアンチセンスオリゴヌクレオチドである。

第１１５の実施形態は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが修飾されたＲＮＡのみを含む、第１１４の実施形態に記載のプロセスを開示する。

第１１６の実施形態は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがＤＮＡ及び修飾されたＲＮＡを含む、第１１４の実施形態に記載のプロセスを開示する。

第１１７の実施形態は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがギャップマーである、第１１４の実施形態に記載のプロセスを開示する。

第１１８の実施形態は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがＤＮＡのみを含む、第１１４の実施形態に記載のプロセスを開示する。

特定の実施形態では、５’－ＤＭＴ基（Ｒ^１５によって表される）を有する本明細書に記載の標的オリゴヌクレオチドは、クロマトグラフィー（例えば、疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ））、続いて５’－ＤＭＴ基を除去するための脱トリチル化反応によって精製される。

ＩＩＩ． キラルなホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチドの合成
第８の態様では、本開示は、Ｐ（Ｖ）－ＰＳＩ試薬を使用して立体特異的オリゴヌクレオチドを合成するための液相プロセスを記載する（Ｋ．Ｗ．Ｋｎｏｕｓｅ，Ｊ．Ｎ．ｄｅＧｒｕｙｔｅｒ，Ｍ．Ａ．Ｓｃｈｍｉｄｔ，ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｖｏｌ．３６１，Ｉｓｓｕｅ ６４０８，ｐｐ１２３４－１２３８（２０１８））。線形合成されたオリゴヌクレオチドフラグメントは、本明細書に記載の液相収束合成法を使用して組み合わせて、立体選択的標的オリゴヌクレオチド（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ））を生成してもよい。

第１１９の実施形態は、式（ＰＩ１）または（ＰＩ２）のオリゴヌクレオチド、

またはその塩を調製するための液相プロセスを開示しており：
１）式（ＰＩＢ）の化合物：

またはその塩を、
式（ＰＩ１Ａ）または（ＰＩ２Ａ）の化合物：

またはその塩とカップリングして、
式（ＰＩ１Ｃ）または（ＰＩ２Ｃ）の化合物：

またはその塩を形成すること；
２）式（ＰＩ１Ｃ）もしくは（ＰＩ２Ｃ）の化合物、またはその塩を脱保護して、式（ＰＩ１Ｄ）もしくは（ＰＩ２Ｄ）の化合物：

またはその塩を形成すること；
３）式（ＰＩ１Ｄ）もしくは（ＰＩ２Ｄ）の化合物またはその塩から始めて、ステップ１）及び２）をｔ－３回繰り返し、続いてステップ１）によって、式（ＰＩ’）または塩を生成することを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
ｔは３から２０までの整数であり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である。

１２０番目の実施形態では、１１９番目の実施形態に記載のプロセスについて、式（ＰＩ１Ａ）の化合物は、式（ＰＩＡ１）の化合物：

またはその塩を、
式（１）の化合物：

と反応させて、
式（ＰＩ１Ａ）の化合物またはその塩を形成することによって調製され；及び
式（ＰＩ２Ａ）の化合物は、式（ＰＩＡ１）の化合物またはその塩を式（２）の化合物：

と反応させて、
式（ＰＩ２Ａ）の化合物またはその塩を形成させることによって調製される。

第１２１の実施形態は、第１１９または第１２０の実施形態のプロセスに記載されるようなプロセスを開示しており、式（ＰＩＢ）のフラグメントは、式（ＰＩＢ１）の化合物：

またはその塩を脱保護することによって調製される。

第１２２の実施形態は、ステップ１）のカップリング反応が塩基の存在下で実施される、第１１９、第１２０、または第１２１の実施形態のプロセスに記載のプロセスを開示する。特定の実施形態では、塩基は、８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン（ＤＢＵ）、アルキルアミン（例えば、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、２－メチルプロパン－２－アミンなど）及び他の適切な有機塩基から選択される。特定の実施形態では、塩基はＤＢＵである。

特定の実施形態では、ステップ１）のカップリング反応は、塩基の存在下で無水または実質的に無水の溶液中で実施される。特定の実施形態では、無水または実質的に無水の溶液は、反応の前に共沸蒸留を使用して水を除去することによって得られる。特定の実施形態では、無水または実質的に無水の溶液は、乾燥剤の添加によって得られる。

第１２３の実施形態は、第１２２の実施形態のプロセスに記載されるようなプロセスを開示し、ここで、カップリング反応は、塩基及び乾燥剤の存在下で実施される。任意の適切な乾燥剤を使用してもよい。いくつかの実施形態では、乾燥剤は、塩化カルシウム、塩化カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カルシウム、硫酸マグネシウム、及び分子篩から選択される。特定の実施形態では、乾燥剤は分子篩である。

特定の実施形態では、塩基はＤＢＵであり、乾燥剤は分子篩である。特定の実施形態では、分子篩のサイズは３Åである。

第１２４の実施形態は、第１１９～第１２１の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示しており、この脱保護反応は、化合物を脱トリチル化試薬と反応させることによって実施される。特定の実施形態では、脱トリチル化試薬は、有機酸である。特定の実施形態では、脱トリチル化試薬は、ＣＦ_３ＣＯＯＨ、ＣＣｌ_３ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨ、ＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨ、クエン酸、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、ＣＣｌＦ_２ＣＯＯＨ、ＣＨＦ_２ＣＯＯＨ、またはＰｈＳＯ_２Ｈである。特定の実施形態では、脱トリチル化試薬は、ＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨである。別の好ましい実施形態では、脱トリチル化試薬はクエン酸である。

第１２５の実施形態は、Ｒ^１５が４，４’－ジメトキシトリチル基である、第１１９の実施形態～第１２４の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

第１２６の実施形態は、式（ＰＩＡ１）の化合物と式（１）または（２）の化合物との間の反応が無水物中で、または実質的に無水の溶液中で塩基の存在下で行われる、第１２０～第１２５の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示する。

特定の実施形態では、無水または実質的に無水の溶液は、反応の前に共沸蒸留を使用して水を除去することによって得られる。特定の実施形態では、無水または実質的に無水の溶液は、乾燥剤の添加によって得られる。

特定の実施形態では、塩基は、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン（ＤＢＵ）、アルキルアミン（例えば、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミンなど）及び他の適切な有機塩基から選択される。特定の実施形態では、塩基はＤＢＵである。

第１２７の実施形態は、第１１９～第１２６の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示し、このプロセスは、さらに式（ＰＩ１）もしくは（ＰＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＰＩ１’）または（ＰＩ２’）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することを含む。

第１２８の実施形態は、シリル保護基が、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳ

から選択される、第１２７の実施形態に記載のプロセスを開示しており、
ここで、Ｒ_５、Ｒ_６及びＲ_７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ_１－３０アルキル、またはＣ_１－３０アルコキシである。特定の実施形態では、ＺはＴＢＤＰＳである。

第１２９の実施形態は、第１２８の実施形態に記載のプロセスを開示しており、この脱保護反応は、式（ＰＩ１）もしくは（ＰＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩の脱シリル化試薬（例えば、本明細書に記載の第２の態様またはそこに記載される任意の実施形態に記載）との反応によって実施される。特定の実施形態では、脱シリル化試薬はテトラ－ｎ－ブチルアンモニウムフルオリド（ＴＥＡＦ）である。

第１３０の実施形態は、第１１９～第１２９の実施形態のいずれか１つに記載のプロセスを開示しており、ここでは：各Ｒ^２は独立してＨ、Ｆ、またはＣ_１－４アルコキシから選択され、必要に応じてＣ_１－４アルコキシで置換されており；かつＲ^４はＨである。特定の実施形態では、Ｒ^２はＨである。別の特定の実施形態では、Ｒ^２は、－ＯＣＨ_２ＣＨ_２ＯＣＨ_３である。

第１３１の実施形態は、式（ＰＩ１Ａ）、（ＰＩ２Ａ）（ＰＩＢ）、（ＰＩ１Ｃ）、（ＰＩ２Ｃ）、（ＰＩ１Ｄ）、（ＰＩ２Ｄ）、（ＰＩ１）、（ＰＩ２）、（ＰＩ１’）及び／または（ＰＩ２’）の化合物が、カラムクロマトグラフィーによって精製される、第１１９～第１３０のいずれか１項に記載のプロセスを開示する。

本開示はまた、オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスを提供しており、ここで、オリゴヌクレオチド中のホスホロチオレート結合の少なくとも一部は、ジアステレオ特異的ホスホロチオレートである。

第１３２の実施形態は、オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスを開示しており、このプロセスは、式（Ｐ１Ｆ１）または（Ｐ２Ｆ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩、
を、式（Ｐ１Ｆ２）または（Ｐ２Ｆ２）のオリゴヌクレオチド

またはその塩とカップリングして、式（ＰＩＩＩ１）または（ＰＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチド

またはその塩を形成するステップを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換されており；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
ｔ１は３から２０までの整数であり；
ｘ１は３から２０までの整数であり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である。

具体的には、式（ＰＩＩＩ１）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（Ｐ１Ｆ１）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩と式（Ｐ１Ｆ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩との間のカップリング反応によって形成される。同様に、式（ＰＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（Ｐ２Ｆ１）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩と式（Ｐ２Ｆ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩との間のカップリング反応によって形成される。

特定の実施形態では、式（ＰＩＩＩ１）もしくは（ＰＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、クロマトグラフィーによって精製される。

第１３３の実施形態は、オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスを開示しており、このプロセスは、式（Ｐ１Ｆ３）または（Ｐ２Ｆ３）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩と、
式（ＰＦ４）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とをカップリングさせて、
式（ＰＩＶ１）または（ＰＩＶ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成するステップを含み、ここで：
Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、この核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換されており；
Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２のアルコキシ基と環を形成し；
Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり
ｔ２は３から２０までの整数であり；
ｘ２は３から２０までの整数であり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である。

具体的には、式（ＰＩＶ１）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（Ｐ１Ｆ３）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩と式（ＰＦ４）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩との間のカップリング反応によって形成される。同様に、式（ＰＩＶ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（Ｐ２Ｆ３）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩と、式（ＰＦ４）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩との間のカップリング反応によって形成される

特定の実施形態では、式（ＰＩＶ１）もしくは（ＰＩＶ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、クロマトグラフィーによって精製される。

第１３４の実施形態は、第１３３の実施形態に記載のプロセスを開示しており、このプロセスは、さらに以下のステップ：
ａ）式（ＰＩＶ１）または（ＰＩＶ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＰＩＶ１’）または（ＰＩＶ２’）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成するステップと；
ｂ）式（ＰＩＶ１’）もしくは（ＰＩＶ２’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を式（Ｐ１Ｆ５）または（Ｐ２Ｆ５）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とカップリングして、
式（ＰＶ１）または（ＰＶ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成するステップであって、ｙ１は３から２０までの整数であるステップをさらに含む。

具体的には、式（ＰＶ１）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（ＰＩＶ１’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩と式（Ｐ１Ｆ５）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩とのカップリング反応によって形成される。同様に、式（ＰＶ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（ＰＩＶ２’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩と、式（Ｐ２Ｆ５）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩との間のカップリング反応によって形成される。

特定の実施形態では、式（ＰＩＶ１’）もしくは（ＰＩＶ２’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩及び／または式（ＰＶ１）もしくは（ＰＶ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、クロマトグラフィーによって精製される。

特定の実施形態では、式（Ｐ１Ｆ５）もしくは（Ｐ２Ｆ５）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩は、式（ＰＦ５ａ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とＰＳＩ試薬（すなわち、式（１）もしくは（２）の化合物またはその塩）とを反応させることによって調製される。

特定の実施形態では、式（ＰＦ５ａ）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（ＰＦ５ｂ）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩と、塩基とを反応させることによって調製され、ここでＲ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである。特定の実施形態では、塩基は、ＤＢＵ、アルキルアミン（例えば、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、２－メチルプロパン－２－アミンなど）及び他の適切な有機塩基から選択される。特定の実施形態では、塩基はトリエチルアミンまたは２－メチルプロパン－２－アミンである。別の特定の実施形態では、塩基はトリエチルアミンである。

第１３５の実施形態は、第１３３の実施形態に記載のプロセスを開示しており、このプロセスは、さらに以下のステップ：
ａ）式（ＰＩＶ１）もしくは（ＰＩＶ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＰＩＶ１’）または（ＰＩＶ２’）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと；
ｂ）式（ＰＩＶ１’）もしくは（ＰＩＶ２’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を式（Ｐ１Ｆ６）もしくは（Ｐ２Ｆ６）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とカップリングして、
式（ＰＶＩ１）もしくは（ＰＶＩ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと；
ｃ）式（ＰＶＩ１）もしくは（ＰＩＶ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＰＶＩ１’）もしくは（ＰＶＩ２’）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することと、
ｃ）式（ＰＶＩ１’）もしくは（ＰＶＩ２’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を、式（Ｐ１Ｆ５）もしくは（Ｐ２Ｆ５）のオリゴヌクレオチドフラグメント：

またはその塩とカップリングして、
式（ＰＶＩＩ１）もしくは（ＰＶＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：

またはその塩を形成することとをさらに含み、ここで、ｙ１は３から２０までの整数であり；ｚ１は３から２０までの整数である。

具体的には、式（ＰＶＩ１）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（ＰＩＶ１’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩と式（Ｐ１Ｆ６）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩とのカップリング反応によって形成され、及び式（ＰＶＩＩ１）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（ＰＶＩ１’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩と式（Ｐ１Ｆ５）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩とのカップリング反応によって形成される。同様に、式（ＰＶＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（ＰＩＶ２’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩と式（Ｐ２Ｆ６）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩とのカップリング反応によって形成され、及び式（ＰＶＩＩ２）のオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式（ＰＶＩ２’）のオリゴヌクレオチドまたはその塩と式（Ｐ２Ｆ５）のオリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩とのカップリング反応によって形成される。

特定の実施形態では、式（ＰＩＶ１’）、（ＰＩＶ２’）、（ＰＶＩ１）、（ＰＶＩ２）、（ＰＶＩ１’）、（ＰＶＩ２’）、（ＰＶＩＩ１）及び（ＰＶＩＩ２）のオリゴヌクレオチドのいずれか１つまたはその塩は、クロマトグラフィーにより精製される。

特定の実施形態では、第１３２～第１３５の実施形態のいずれか１つに記載されているカップリング反応は、第１２２または第１２３の実施形態に記載されているように実施される。特定の実施形態では、カップリング反応は、塩基の存在下で実施される。別の特定の実施形態では、カップリング反応は、塩基及び乾燥剤の存在下で実施される。さらに別の特定の実施形態では、カップリング反応は、ＤＢＵ及び分子篩の存在下で実施される。

特定の実施形態では、第１３２～第１３５の実施形態のいずれか１つに記載されている脱保護反応は、第１２４の実施形態に記載されているように実施される。

特定の実施形態では、本明細書に開示されるプロセスは、以下のオリゴヌクレオチドの調製を含む：
１． ＡＳＯ １（ＢＩＩＢ ０５８）（配列番号１）、１８量体のホスホロチオエートオリゴヌクレオチド（各リボオリゴヌクレオチドは２’位にメトキシエチル（ＭｏＥ）を含む）。
２． ＡＳＯ ２（ＢＩＩＢ ０６７）（配列番号２）、５－１０－５ギャップマーホスホチオエステル及びホスホジエステル混合骨格オリゴヌクレオチド。ギャップマーの中央ブロックは、１０個のデオキシリボヌクレオチドであり、２’－ＭｏＥリボヌクレオチドのブロックが隣接している。
３．以下の表２に示すような、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、及びＥ。
４． ＡＳＯ ８（配列番号８）、４－８－６ギャップマーホスホチオエステル及びホスホジエステル混合骨格オリゴヌクレオチド。ギャップマーの中央ブロックは、８個のデオキシリボヌクレオチドであり、２’－ＭｏＥリボヌクレオチドのブロックが隣接している。

（配列番号８）
５． ＡＳＯ ９（配列番号９）、５－８－５ギャップマーホスホチオエステル及びホスホジエステル混合骨格オリゴヌクレオチド。ギャップマーの中央ブロックは、８個のデオキシリボヌクレオチドであり、２’－ＭｏＥリボヌクレオチドのブロックが隣接している。

ここで、下線：ＭＯＥリボヌクレオチド
Ｐ＝Ｏ：ホスホジエステル
その他：ホスホチオエステル

特定の実施形態では標的アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下（５’から３’）の配列
ＴＣＡＣＴＴＴＣＡＴＡＡＴＧＣＴＧＧ（配列番号１）、
を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドであり、
ここで、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’－Ｏ－メトキシエチル（ＭＯＥ）ヌクレオシドであり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。配列番号１はまた、ＢＩＩＢ０５８としても知られており、ＷＯ２００７／００２３９０、ＷＯ２０１０／１４８２４９、及び米国特許第８，９８０，８５３号に記載されており、それぞれの教示は、参照により本明細書に組み込まれる。

特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドの配列は、以下（５’から３’）の配列
ＣＡＧＧＡＴＡＣＡＴＴＴＣＴＡＣＡＧＣＴ（配列番号２）
を有する５－１０－５ ＭＯＥギャップマーであり、
ここで、ヌクレオシド１～５及び１６～２０のそれぞれは２’－Ｏ－メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド６～１５のそれぞれは２’－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、４～５、１６～１７、及び１８～１９のヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル結合であり、及びヌクレオシド１～２、３～４、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１７～１８、及び１９～２０のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５’－メチルシトシンである。配列番号２は、次の化学表記：ｍＣｅｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅで記述され；ここで、
Ａ＝アデニンであり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシンであり、
Ｇ＝グアニンであり、
Ｔ＝チミンであり、
ｅ＝２’－Ｏ－メトキシエチルリボース修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、かつ
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
配列番号２は、ＢＩＩＢ０６７またはＩＳＩＳ ６６６８５３として知られており、ＷＯ２０１５１５３８００に記載されており、その教示は、参照により本明細書に組み込まれる。

特定の実施形態では、プロセスは、上記実施形態のいずれか、またはその態様のいずれかに記載されるとおりであり、ここで、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、４－８－６ギャップマーであり、以下（５’～３’）の配列：
ＧＵＵＵＵＣＡＴＣＡＡＴＡＴＣＵＧＣＡＡ（配列番号８）を有し、
ここで、ヌクレオシド１～４及び１３～１８のそれぞれは２’－Ｏ－メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５～１２のそれぞれは２’－デオキシヌクレオチドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、１３～１４、１４～１５、及び１５～１６のヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル結合であり、及びヌクレオシド１～２、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１６～１７、及び１７～１８のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５－メチルシトシンであり、ここでウラシルは、５－メチルウラシルである。配列番号８は、以下の化学表記法によって記載されている：

下線＝ＭｏＥリボヌクレオチド
Ｇ＝グアニンであり
^ＭｅＣ＝５－メチルシトシンであり
Ｔ＝チミンであり
Ａ＝アデニンであり
^ＭｅＵ＝５－メチルウラシル（チミンとしても知られている）
Ｐ＝Ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である
任意の他のヌクレオシド間結合は、ホスホチオエステル結合である。

特定の実施形態では、プロセスは、上記実施形態のいずれか、またはその態様のいずれかに記載されるとおりであり、ここで、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５－８－５ギャップマー（ＡＳＯ ９）であり、以下（５’～３’）の配列
ＣＣＧＵＵＴＴＣＴＴＡＣＣＡＣＣＣＵ（配列番号９）を有し、
ここで、ヌクレオシド１～５及び１４～１８のそれぞれは２’－Ｏ－メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド６～１３のそれぞれは２’－デオキシヌクレオチドであり、ヌクレオシド３～４、及び１６～１７のヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル結合であり、及びヌクレオシド１～２、２～３、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、及び１７～１８のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５－メチルシトシンであり、ここでウラシルは、５－メチルウラシルである。
配列番号９は、以下の化学表記法によって記載されている：

（配列番号９）
下線＝ＭｏＥリボヌクレオチド
Ｇ＝グアニンであり、
^ＭｅＣ＝５－メチルシトシンであり
Ｔ＝チミンであり、
Ａ＝アデニンであり、
^ＭｅＵ＝５－メチルウラシル（チミンとしても知られている）であり
Ｐ＝Ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である

特定の実施形態では、ＡＳＯ ９は、以下のように、本開示のオリゴヌクレオチド合成の収束液相プロセスを使用して調製された。

特定の実施形態では、ＡＳＯ ９は、本開示のオリゴヌクレオチド合成の収束液相プロセスを使用して調製された。特定の実施形態では、プロセスは、フラグメントＤＭＴｒＯ－Ｔ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓ－ＯＨの３’－ヒドロキシルでのホスホルアミダイトの添加を含み、フラグメントＤＭＴｒＯ－Ｔ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓ－ＯＰが生じる。フラグメントＤＭＴｒＯ－Ｔ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓ－ＯＰは、ＨＯ－Ａ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣ_ｓＵ－ＬＨＰＧとカップリングされ、続いて硫化されてＤＭＴｒＯ－Ｔ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓＡ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣ_ｓＵ－ＬＨＰＧが得られる。このＤＭＴ保護フラグメントは、５’－ヒドキシル脱保護（脱トリチル化）を受けて、ＨＯ－Ｔ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓＡ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣ_ｓＵ－ＬＨＰＧを生成し、さらにホスホルアミダイトフラグメントＤＭＴｒＯ－Ｕ_ｓＴ_ｓＴ_ｓＣ－ＯＰ（上記のＤＭＴｒＯ－Ｔ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓ－ＯＰ合成と同様の方法で合成）とカップリングされ、続いて硫化されてＤＭＴｒＯ－Ｕ_ｓＴ_ｓＴ_ｓＣ_ｓＴ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓＡ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣ_ｓＵ－ＬＨＰＧが得られる。このＤＭＴ保護フラグメントは、５’－ヒドロキシル脱保護（脱トリチル化）を受けて、ＨＯ－Ｕ_ｓＴ_ｓＴ_ｓＣ_ｓＴ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓＡ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣ_ｓＵ－ＬＨＰＧが生成され、ＤＭＴｒＯ－Ｃ_ｓＣ_ｏＧ_ｓＵ－ＯＰ（（上記で考察されるＤＭＴｒＯ－Ｔ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓ－ＯＰ合成と同様の方法で合成された））とカップリングされ、続いて硫化されてＤＭＴｒＯ－Ｃ_ｓＣ_ｏＧ_ｓＵｓＵ_ｓＴ_ｓＴ_ｓＣ_ｓＴ_ｓＴ_ｓＡ_ｓＣ_ｓＣ_ｓＡ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣ_ｓＵ－ＬＨＰＧ（完全保護ＡＳＯ ９）が得られる。特定の実施形態では、フラグメントＨＯ－Ａ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣ_ｓＵ－ＬＨＰＧは、ＨＯ－Ｕ－ＬＨＰＧがＤＭＴｒＯＡ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣＰとカップリングされ、続いて硫化及び５’－ヒドキシル脱保護（脱トリチル化）によって調製され得る。フラグメントＤＭＴｒＯＡ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣＰは、フラグメントＤＭＴｒＯＡ_ｓＣ_ｏＣ_ｓＣ－ＯＨの３’ヒドロキシルにホスホルアミダイトを添加することによって調製され得る。本明細書で使用される場合、Ｏは、ホスホジエステル結合であり、ｓはホスホチオレート結合である。

略称
ＡＣＮ＝アセトニトリル
ＤＢＵ＝８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン
ＤＣＡ＝ＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨまたはジクロロ酢酸
ＤＣＭ＝ジクロロメタン
ＤＤＴＴ＝３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノ－メチリデン）アミノ）－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾール
ＤＣＩ＝４，５－ジシアノイミダゾールＤＩ＝
ＤＩＰＥＡ＝Ｎ，Ｎ－ジイソピルエチルアミン
ＤＭＴまたはＤＭＴｒ＝４，４’－ジメトキシトリチルまたはビス－（４－メトキシフェニル）フェニルメチル
ＤＭＳＯ＝ジメチルスルホキシド
ＥｔＯＡｃまたはＥＡ＝酢酸エチル
ＥＴＴ＝５－エチルチオ－１Ｈ－テトラゾール
ｈまたはｈｒ＝時間
ＨＢＴＵ＝３－［ビス（ジメチルアミノ）メチリウムイル］－３Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－オキシドヘキサフルオロホスフェート
ＨＯＢｔ＝ヒドロキシベンゾトリアゾール
ｉｍｉｄ＝イミダゾール
ｉＰｒＯＨ＝イソプロピルアルコール
ＭＯＥ＝メトキシエチル
ＭＳ＝分子篩
ＭＴＢＥまたはＴＢＭＥ＝メチルｔｅｒｔ－ブチルエーテル
Ｐｙ＝ピリジン
ＲＴ＝保持時間
ＴＢＡＦ＝テトラ－ｎ－ブチルアンモニウムフルオリド
ＴＢｕＡＡ＝トリブチルアミンアセテート
ＴＢＤＰＳＣｌ＝ｔｅｒｔ－ブチル（クロロ）ジフェニルシラン
ＴＣＡ＝トリクロロ酢酸
ＴＥＡ＝トリエチルアミン
ＴＥＡＢ＝臭化テトラエチルアンモニウム
ＴＦＡ＝トリフルオロ酢酸
ＴＨＦ＝テトラヒドロフラン

実施例１． ＡＳＯ ９の合成
Ａ． ３’フラグメントの調製：
１． ５’－ＯＨ－ＡＣＣＣＵ－ＬＨＰＧフラグメントの合成（フラグメント１）
化合物１－２の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（１８００ｍＬ）中の化合物１－１（１７６ｇ、１０３ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＤＣＡ（６６．８ｇ、５１８ｍｍｏｌ、４２．６ｍＬ、５．００当量）及びＣｙＳＨ（２４．１ｇ、２０７ｍｍｏｌ、２５．３ｍＬ、２．００当量）を０℃で添加した。その混合物を０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．４３）によって、化合物１－１が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによると反応はクリーンであった。反応混合物をＮａＨＣＯ_３（２．５０％、２０００ｍＬ）を加えることによりクエンチし、そしてジクロロメタン（ＤＣＭ）層を収集した。無水アセトニトリル（ＡＣＮ）（５０００ｍＬ、３０．０ Ｖ）を２５℃で緩徐に加え、生成物を沈殿させた。化合物１－２（１４４ｇ、１０３ｍｍｏｌ、９９．５％収率）を白色固体として得た。

化合物１－３の調製のための一般的な手順

化合物１－２（１２５ｇ、８９．６ｍｍｏｌ、１．００当量）及び５’－ＤＭＴ－ＭＯＥ Ｃ－３’－Ｐアミダイト（１２４ｇ、１３４ｍｍｏｌ、１．５０当量）をＡＣＮ（３００ｍＬ）及びＤＣＭ（７００ｍＬ）と共蒸発させた。
ＤＣＭ／ＡＣＮ＝３：１（１８００ｍＬ）中の化合物１－２（１２５ｇ、８９．６ｍｍｏｌ、１．００当量）及び５’－ＤＭＴ－ＭＯＥ Ｃ－３’－Ｐアミダイト（１２４ｇ、１３４ｍｍｏｌ、１．５０当量）の溶液に対して分子篩３Ａ（５４．０ｇ）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。その混合物にＤＣＩ（２１．１ｇ、１７９ｍｍｏｌ、２．００当量）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．５５）によって、化合物１－２が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによると反応はクリーンであった。

混合物にＤＤＴＴ（３６．７ｇ、１７８ｍｍｏｌ、２．００当量）及びプロパン－２－オール（３．２２ｇ、５３．６ｍｍｏｌ、４．１１ｍＬ、０．６００当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．５５）によって、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによると反応はクリーンであった。

その混合物に、ＣｙＳＨ（２０．６ｇ、１７８ｍｍｏｌ、２１．７ｍＬ、２．００当量）及びＴＦＡ（１０１ｇ、８９０ｍｍｏｌ、６５．９ｍＬ、１０．０当量）を０℃で加えた。この混合物を０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．５１）によって、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによると反応はクリーンであった。

ピリジン（Ｐｙ）（８４．４ｇ、１．０７モル、８６．２ｍＬ、１２．０当量）をこの混合物に加えた。分子篩を濾過により除去し、固体ケーキをＤＣＭ（５００ｍＬ）で洗浄した。反応混合物のｐＨ値を、２．５％ＮａＨＣＯ_３水溶液（１０００ｍＬ）で６～７に調整した。合わせた有機層を、Ｍｇ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、濃縮した。粗生成物を、ＤＣＭ（４５０ｍＬ）に再溶解し、激しく撹拌しながらＡＣＮ（４０００ｍｌ、３０．０Ｖ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。化合物１－３（１７３ｇ、８８．９ｍｍｏｌ、９９．９％収率）を白色固体として得た。

化合物１－４の調製のための一般的な手順

化合物１－３（１２３ｇ、６３．２ｍｍｏｌ、１当量）及び５’－ＤＭＴ－ＭＯＥ Ｃ－３’－Ｐアミダイト（８７．４ｇ、９４．８ｍｍｏｌ、１．５０当量）を、ＡＣＮ（５００ｍＬ）及びＤＣＭ（１５００ｍＬ）と共蒸発させた。
ＤＣＭ／ＡＣＮ＝３：１（１６００ｍＬ）中の化合物１－３（１２３ｇ、６３．２ｍｍｏｌ、１．００当量）及び５’－ＤＭＴ－ＭＯＥ Ｃ－３’－Ｐアミダイト（８７．４ｇ、９４．８ｍｍｏｌ、１．５０当量）の溶液に対して、分子篩３Ａ（４８．０ｇ）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。その混合物にＤＣＩを加えた（１４．９ｇ、１２６ｍｍｏｌ、２．００当量）。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．６４）によって、化合物１－３が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

混合物にＤＤＴＴ（２５．９ｇ、１２６ｍｍｏｌ、２．００当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。その混合物にプロパン－２－オール（２．２８ｇ、３７．９５ｍｍｏｌ、２．９１ｍＬ、０．６当量）を２５℃で加えた。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．６８）によって、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

この混合物に、トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）（８６．５ｇ、７５８ｍｍｏｌ、５６．１ｍＬ、１２．０当量）及びＣｙＳＨ（１４．７ｇ、１２６ｍｍｏｌ、１５．４ｍＬ、２．０当量）を０℃で加えた。その混合物を０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．５６）によって、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

Ｐｙ（７０．０３ｇ、８８５．３１ｍｍｏｌ、７１．４６ｍＬ、１４当量）をこの混合物に加えた。分子篩を濾過により除去し、固体ケーキをＤＣＭ（１０００ｍＬ）で洗浄した。反応混合物のｐＨ値を、２．５％ＮａＨＣＯ_３水溶液（２０００ｍＬ）で６～７に調整した。合わせた有機層を、Ｍｇ_２ＳＯ_４上で乾燥させた。粗生成物を、ＤＣＭ（６００ｍＬ）に再溶解し、激しく撹拌しながらＡＣＮ（５０００ｍｌ、３０Ｖ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。化合物１－４（１４３ｇ、５７．３１ｍｍｏｌ、９０．６３％収率）を白色固体として得た。

化合物１－５の調製のための一般的な手順

化合物１－４（２９０ｇ、１１６ｍｍｏｌ、１．００当量）及び５’－ＤＭＴ－ＭＯＥ Ｃ－３’－Ｐアミダイト（１６０ｇ、１７４ｍｍｏｌ、１．５０当量）を、ＡＣＮ（５００ｍＬ）及びＤＣＭ（１５００ｍＬ）と共蒸発させた。ＤＣＭ／ＡＣＮ＝３：１（２３００ｍＬ）中の化合物１－４（２９０ｇ、１１６．２３ｍｍｏｌ、１当量）及び５’－ＤＭＴ－ＭＯＥ Ｃ－３’－Ｐアミダイト（１６０ｇ、１７４ｍｍｏｌ、１．５０当量）の溶液に、分子篩３Å（６９．０ｇ）を加えた。混合物を２５℃で１時間撹拌した。その混合物にＤＣＩ（３４．３ｇ、２９０ｍｍｏｌ、２．５０当量）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．７０）によって、化合物１－４が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

混合物にｔ－ＢｕＯＯＨ（Ｈ_２Ｏ、３１．８ｍＬ、純度７０．０％、２．００当量）を加え、得られた混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．７２）によって、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。分子篩を濾過により除去し、固体ケーキをＤＣＭ（１０００ｍＬ）で洗浄した。激しく撹拌しながら、粗生成物をＡＣＮ（９０００ｍｌ、３０．０Ｖ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。化合物１－５（３８６ｇ、１１６ｍｍｏｌ、９９．８％収率）を白色固体として得た。

化合物１－６の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（５７００ｍＬ）中の化合物１－５（３８６ｇ、１１５ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＣｙＳＨ（４０．３ｇ、３４７ｍｍｏｌ、４２．５ｍＬ、３．００当量）及びジクロロ酢酸（ＤＣＡ）（２９８ｇ、２．３２ｍｏｌ、１９０ｍＬ、２０．０当量）を０℃で添加した。その混合物を０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．４６）によって、化合物１－５が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。Ｐｙ（２０１ｇ、２．５５ｍｏｌ、２０５ｍＬ、２２．０当量）をこの混合物に加えた。分子篩を濾過により除去し、固体ケーキをＤＣＭ（８００ｍＬ）で洗浄した。反応混合物のｐＨ値を、２．５％ＮａＨＣＯ_３水溶液（４０００ｍＬ）で６～７に調整した。合わせた有機層をＭｇ_２ＳＯ_４上で乾燥させた。粗生成物を、ＤＣＭ（５００ｍＬ）に再溶解し、激しく撹拌しながらＡＣＮ（１２０００ｍｌ、３０Ｖ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。化合物１－６（３１０ｇ、１０２ｍｍｏｌ、８８．３％収率）を白色固体として得た。

化合物１－７（５’－ＯＨ－ＡＣＣＣＵ－ＬＨＰＧ）の調製のための一般的な手順

化合物１－６（１５４ｇ、５０．８ｍｍｏｌ、１．００当量）及び５’－ＤＭＴ－ＭＯＥ Ａ－３’－Ｐアミダイト（７１．０ｇ、７６．２ｍｍｏｌ、１．５０当量）をＡＣＮ（５００ｍＬ）及びＤＣＭ（１５００ｍＬ）と共蒸発させた。

ＤＣＭ／ＡＣＮ＝３：１（１２００ｍＬ）中の化合物１－６（１５４ｇ、５０．８ｍｍｏｌ、１．００当量）及び５’－ＤＭＴ－ＭＯＥ Ａ－３’－Ｐアミダイト（７１．０ｇ、７６．２ｍｍｏｌ、１．５０当量）の溶液に、分子篩３Ａ（３６．０ｇ）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。その混合物にＤＣＩ（１５．０ｇ、１２７ｍｍｏｌ、２．５０当量）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．５７）によって、化合物１－６が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。
混合物にＤＤＴＴ（１７．７ｇ、８６．３ｍｍｏｌ、１．７０当量）及びプロパン－２－オール（ｉＰｒＯＨ）（１．８３ｇ、３０．４ｍｍｏｌ、２．３３ｍＬ、０．６００当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．５９）によって、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

その混合物に、ＴＦＡ（７５．２ｇ、６５９ｍｍｏｌ、４８．８ｍＬ、１３．０当量）及びＣｙＳＨ（１１．７ｇ、１０１ｍｍｏｌ、１２．４ｍＬ、２．００当量）を０℃で加えた。その混合物を０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：酢酸エチル：メタノール＝１０：１０：１、生成物Ｒｆ＝０．４７）によって、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

Ｐｙ（５８．５ｇ、７３９ｍｍｏｌ、５９．７ｍＬ、１５．０当量）をこの混合物に加えた。分子篩を濾過により除去し、固体ケーキをＤＣＭ（３００ｍＬ）で洗浄した。反応混合物のｐＨ値を、２．５％ＮａＨＣＯ_３水溶液（２０００ｍＬ）で６～７に調整した。合わせた有機層をＭｇ_２ＳＯ_４上で乾燥させた。その粗生成物を、ＤＣＭ（４００ｍＬ）に再溶解し、激しく撹拌しながらＡＣＮ（４５００ｍｌ、３０．０Ｖ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。化合物１－７（５’－ＯＨ－ＡＣＣＣＵ－ＬＨＰＧ）（１６９ｇ、４７．０ｍｍｏｌ、９２．７％収率）を白色固体として得た。化合物１－７のＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳ分析では、以下に開示する化合物１のアンモノリシスに使用した手順と同様のアンモノリシス（ＮＨ_３／Ｈ_２Ｏ）手順を使用して脱保護して、１－７－ａ（５’－ＯＨ－ＡＣＣＣＵ－ＯＨ）を得た。化合物１－７－ａのＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳを図１に示す。

化合物１－７－ａのＨＰＬＣ－ＭＳ法を以下に説明する：
●カラム－ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨシールドＲＰ１８カラム、１３０Å、１．７μｍ、２．１ｍｍ×１５０ｍＭ；
●カラム温度：６５℃；
●質量分析スキャン範囲：３００～２０００ｍ／ｚ；
●ＭＳ極性：負
●溶液Ａ：１０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍＥＤＴＡ中の５ｍＭ酢酸トリブチルアミン（ＴＢｕＡＡ）；溶液Ｂ：８０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍ ＥＤＴＡ中の５ｍＭ ＴＢｕＡＡ
●勾配：

２． ５’－ＯＨ－ＡＣＣＣＵ－ＬＨＰＧフラグメントの別法の合成（フラグメント１）
５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣ－３’ＯＨの調製

５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣ－３’－ＯＨ（１－８）は、化合物１－３についての上記と同様の手順を使用して、上記のスキームに基づいて調製した。
５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣ－３’－Ｐアミダイト（１－８ａ）の一般的な調製手順

５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣ－３’－ＯＨ（２８０．０ｇ、１．０当量）を、Ｎ_２保護下のリアクター（Ｒ１）に充填した。ＤＣＭ（１０００ｍＬ ３．５７Ｖ）をＮ_２保護下でフラスコに充填した。その化合物を２５～３０℃の真空下でＤＣＭと共蒸発させた。残留水のレベルが０．０１％を下回るまで、ＤＣＭとの共蒸発を３回繰り返した。ＴＨＦ（１４００ｍＬ ５Ｖ）を、Ｎ２保護下でＲ１に充填した。分析のためにサンプルを収集した。Ｒ１の温度は、－５℃から５℃の間で調整した。Ｐ試薬（１０６．７ｇ、２．９９２当量）を、Ｎ_２保護下でＲ１に充填した。（ピリジン；２，２，２－トリフルオロ酢酸４５．７ｇ、２．００１当量）を、Ｎ_２保護下でＲ１に入れ、その反応混合物を－５℃から５℃で１時間撹拌した。

メチルｔｅｒｔ－ブチルエーテル（ＭＴＢＥ）（１００８０ｍＬ ３６Ｖ）を、Ｎ_２保護下で別のフラスコ（Ｒ２）に充填した。Ｐｙ（７０ｍＬ ０．２５Ｖ）をＮ_２保護下でＲ２に充填した。ヘプタン（３９２０ｍＬ １４Ｖ）を、Ｎ_２保護下でＲ１に充填した。－５℃～５℃で３０分間、Ｎ_２でＲ２をパージする。Ｒ１からの溶液を、Ｎ_２保護下でＲ２の溶液に緩徐に充填した。Ｒ２は、－５℃～５℃で１時間撹拌した。その反応混合物を濾過した。そのケーキを、ＭＴＢＥ：ヘプタン（５：２、７００ｍＬ）の溶液で２回洗浄した。濾液のサンプルを分析のために収集した。ケーキを２５℃～３０℃で２４時間乾燥して、５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣ－３’－Ｐアミダイト１－８ａ（２９２．３ｇ、収率：９６．２５％、純度：９８％）を得た。

５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣＵ－３’－ＬＨＰＧ（１－９）の調製の一般的な手順

５’－ＨＯ－Ｕ－３’－ＬＨＰＧ（１２０．０ｇ）をリアクターに充填し、続いて分子篩（３Å）（３００．０ｇ）、５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣ－Ｐ－アミダイト（２８０．６８ｇ、１．２７当量）及びＤＣＭ（３０００ｍＬ、２５ Ｖ）を充填した。その反応混合物を２０℃～３０℃で１時間撹拌した。ＤＣＩ（２０．３３ｇ、２．００当量）を反応混合物に投入し、その混合物を２０℃～３０℃で３０分間撹拌した。分析のためにサンプルを収集した。ＤＤＴＴ（３５．３５ｇ、２．０当量）を反応混合物に充填した。分析のためにサンプルを収集した。反応混合物を濾過し、濃縮し、ＤＣＭ（７２０ｍＬ、６Ｖ）で溶解した。ＤＣＭ溶液を、ＡＣＮ（９０００ｍＬ、７５Ｖ）の溶液に滴下して加え、続いて回転蒸留によってほとんどのＤＣＭを除去した。その混合物を濾過し、濾過ケーキをＡＣＮ（６００ｍＬ、１０Ｖ）で２回洗浄した。ウェットケーキを、２０℃～３０℃で１６時間乾燥して、５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣＵ－３’－ＬＨＰＧ（２８７．１５ｇ、８５．７％収率）を得た。

５’－ＯＨ－ＡＣＣＣＵ－３’－ＬＨＰＧ（１－７）の調製の一般的な手順

５’－ＤＭＴ－ＡＣＣＣＣ－３’－ＬＨＰＧ（２８５．５４ｇ）、分子篩（３Ａ）（１４２．７７ｇ）及びＤＣＭ（２８５５ｍＬ、１０Ｖ）をリアクターに入れた。その反応混合物を２０℃～３０℃で１時間撹拌し、反応温度を－５℃～５℃に調整した。ドデカン－１－チオール（５１．９７ｇ、３．５当量）をリアクターに充填し、続いてＴＦＡ（５８．５５ｇ、７．０当量）を入れ、その反応混合物を－５℃～５℃で１時間撹拌した。１－メチルイミダゾール（ＮＭＩ）（５４．２１ｇ、９．０当量）をリアクターに充填し、その反応混合物を２０℃～３０℃で５分間撹拌した。反応混合物を濾過して、その溶液を濃縮してＤＣＭを除いた。粗生成物をＤＣＭ（４２７．５ｍＬ、１．５Ｖ）に溶解し、この溶液をＡＣＮの溶液（８５６６ｍＬ、３０Ｖ）に滴下した。得られた混合物を、回転蒸留によってほとんどのＤＣＭを除去することによって濃縮し、そして濾過した。ケーキをＡＣＮ（５７１ｍＬ、４Ｖ）で２回洗浄し、２０℃～３０℃で乾燥させて、化合物１－７（２３９．９２ｇ；９１．１％の収率）を得た。

Ｂ． ５’フラグメントの調製のための一般的な手順
１． デオキシ－ＴＴＡＣＣ５量体フラグメント（フラグメント２）の合成
化合物２－２の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（２３００ｍＬ）中の化合物２－１（３００ｇ、４６３ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、２５℃でイミダゾール（９４．６ｇ、１．３９ｍｏｌ、３．００当量）を加えた。その混合物は淡黄色の均質な溶液であった。ＴＢＤＰＳＣｌ（ｔｅｒｔ－ブチル（クロロ）ジフェニルシラン）（１６６ｇ、６０２ｍｍｏｌ、１５５ｍＬ、１．３０当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で１２時間撹拌した。注：ＴＢＤＰＳＣｌの添加中に温度が５℃上昇した。ＨＰＬＣによって、反応物が完全に消費されたことが示された。プロパン－２－オール（２７．８ｇ、４６３ｍｍｏｌ、３５．５ｍＬ、１．００当量）を加え、その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。

上記の溶液に、シクロヘキサンチオール（７０．０ｇ、６０２ｍｍｏｌ、７３．７ｍＬ、１．３０当量）を０℃で加えた。その混合物を０℃で１５分間撹拌した。ＴＦＡ（２６４．０６ｇ、２．３２ｍｏｌ、１７１．４７ｍＬ、５当量）を０℃で４５分間かけて滴下した。その混合物を０℃で１時間撹拌した。溶液の色は、淡黄色から深紅に変化し、ＴＦＡの添加中に白色の固体が観察された。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。

反応混合物を、Ｎａ_２ＣＯ_３溶液（１．５Ｌの水中の２４５ｇのＮａ_２ＣＯ_３）に注ぎ、メチルｔｅｒｔ－ブチルエーテル（ＴＢＭＥまたはＭＴＢＥ）（１．５Ｌ）で希釈し、２つの層を分離した。有機層をブライン（７５０ｍＬ×２）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４（２３２ｇ）で乾燥し、セライトで濾過して濃縮した。Ｎａ_２ＣＯ_３水溶液の添加中にいくらかの白色固体が観察され、生成物が蒸発乾固して黄色の泡状固体として粗生成物が得られるまで、濃縮プロセス中に生成物が沈殿しなかったことに留意されたい。

この粗生成物をＤＣＭ（３００ｍＬ）に溶解し、１０００ｍＬの分液漏斗にロードした。ヘプタン／ＴＢＭＥの溶媒混合物（ｖ／ｖ９：１、３．０Ｌ）に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に滴下して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには、約３０分かかった。純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色の固体として収集し、生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（１００ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。化合物２－２（２３５ｇ、３９５ｍｍｏｌ、８５．２％収率、９８．０％純度）を、白色固体として得た。

化合物２－４の調製のための一般的な手順

化合物２－２（１０．０ｇ、１７．１ｍｍｏｌ、１．００当量）及び化合物単量体２－３（１７．４ｇ、２０．６ｍｍｏｌ、１．２０当量）を、２５０ｍＬのシングルネックラウンドボトル中でＡｒ_２下でＣＨ_３ＣＮ（２０ｍＬ×２）と共蒸発させた。

化合物２－２（１０．０ｇ、１７．１ｍｍｏｌ、１．００当量）及び化合物単量体２－３（１７．４ｇ、２０．６ｍｍｏｌ、１．２０当量）を、ＡＣＮ（８０ｍＬ）及びＤＣＭ（８０ｍＬ）（ＣＨ_３ＣＮ／ＤＣＭ＝１／１）に２５℃で溶解した。ＥＴＴ（３．３４ｇ、２５．７ｍｍｏｌ、１．５０当量）を加え、その混合溶液をＡｒ_２下で２５℃で３０分間撹拌した。反応に使用したアセトニトリルは純度９９．９％であり、分子篩でさらに乾燥させて水分含有量を５０ｐｐｍ以下にしたことに注意することが重要である。使用したＤＣＭも無水ＤＣＭであった。この混合物は、淡黄色の均質な溶液から淡黄色の濁った溶液に変化した。ＨＰＬＣによって、化合物２－２が完全に消費されたことが示された。

上記の溶液に、２５℃でキサンタンヒドリド（２．８３ｇ、１８．８ｍｍｏｌ、１．１０当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。注意：この混合物は、淡黄色の均質な溶液から黄色の濁った溶液に変化した。ＨＰＬＣによって、この反応が完了したことが示された。

上記の溶液を氷水浴中で３０分間０℃に冷却した。ＴＦＡ（１３．７ｇ、１２０ｍｍｏｌ、８．８８ｍＬ、７．００当量）を０℃で反応混合物に加えた。その混合物を、０℃で２．５時間撹拌した。混合物の色は、黄色の濁りから赤に変化した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。

Ｎａ_２ＣＯ_３溶液（８３ｍＬの水中の１２．７ｇ Ｎａ_２ＣＯ_３）を反応混合物に緩徐に加えた（反応溶液の突沸を避けるためにＣＯ_２放出の速度を監視した）。順応（ｎａｔｕｒａｌｉｚａｔｉｏｎ）プロセスは約１２時間で行い、次に反応混合物の全ての溶媒をロータベーパー（ｒｏｔａｖａｐｏｒ）によって除去して、粗生成物の乳白色の水懸濁物を得た。

粗生成物を、ＥｔＯＡｃ／ＴＢＭＥの混合溶媒（ｖ／ｖ１：３、８００ｍＬ）に溶解し、２つの層を分離した。有機層を水（４００ｍＬ）及びブライン（２×４００ｍＬ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４（約４２．０ｇ）で乾燥し、セライトを通して濾過して濃縮した。

この粗生成物を、ＤＣＭ（５５ｍＬ）に溶解し、１００ｍＬの分液漏斗にロードした。ヘプタン／ＴＢＭＥの溶媒混合物（ｖ／ｖ９、１６００ｍＬ）に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に添加して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには、約６０分かかった。クエンチングステップの時間を１時間延長した。

純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色固体として収集した。生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（５０ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。化合物二量体２－４（２５．５ｇ、１６．６ｍｍｏｌ、収率９６．６％、純度６８．２％）を、淡黄色の固体として得た。

化合物２－６の調製のための一般的な手順

化合物二量体２－４（１０．０ｇ、９．４３ｍｍｏｌ、１．００当量）及び化合物単量体２－５（８．９０ｇ、１０．４ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、５００ｍＬのシングルネックラウンドボトルでＡＣＮ（１００ｍＬ×３）と共蒸発させ、次いで２５℃でＡＣＮ（３０ｍＬ）及びＤＣＭ（３０ｍＬ）（ＣＨ_３ＣＮ／ＤＣＭ＝１／１）に溶解した。５－エチルスルファニル－２Ｈ－テトラゾール（１．８４ｇ、１４．２ｍｍｏｌ、１．５当量）を２５℃で加え、その混合物を２５℃で３０分間撹拌した。ＨＰＬＣによって、反応物二量体２－４が完全に消費されたことが示された。

上記の溶液に、２５℃で５－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオン（１．５６ｇ、１０．４ｍｍｏｌ、１．１０当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。この混合物は、淡黄色の均質な溶液から黄色の濁った溶液に変化した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。

上記の溶液を０℃に冷却した。ＴＦＡ（６．４５ｇ、５６．６ｍｍｏｌ、４．２０ｍＬ、６．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０～２５℃で３時間撹拌した。混合物の色は、黄色の濁りから橙黄色の懸濁液に変化した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。

Ｎａ_２ＣＯ_３溶液（４６．６ｍＬの水中の６．００ｇ、Ｎａ_２ＣＯ_３）を反応混合物に緩徐に加えた（反応溶液の突沸を避けるためにＣＯ_２放出の速度を監視した）。順応プロセスは約１時間で行い、次に反応混合物の全ての溶媒をロータベーパーによって除去して、粗生成物の乳白色の水懸濁液を得た。
粗生成物を、ＥｔＯＡｃ／ＴＢＭＥの混合溶媒（ｖ／ｖ３：１、６２２ｍＬ）に溶解し、２つの層を分離した。有機層を水（１５５ｍＬ）、ブライン（２×１５５ｍＬ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４で乾燥し（約１５．５ｇ）濾過して、減圧下で濃縮した。このプロセスでは、黄色のゲル固形物が沈殿しなかったことに注意のこと。この粗生成物を、ＤＣＭ（７０ｍＬ）に溶解し、１００ｍＬの分液漏斗にロードした。

ＴＢＭＥの溶媒（１．２４Ｌ）に、沈殿プロセスのために漏斗からの粗生成物の溶液を緩徐に加えた。このプロセスには約１．５時間かかった。純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色の固体として収集し、生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（５０ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。化合物三量体２－６（１１．４ｇ、６．６３ｍｍｏｌ、７０．３％収率、９０．０％純度）を淡黄色の固体として得た。

化合物２－８の調製のための一般的な手順

ＣＨ_３ＣＮ（１０ｍＬ）中の化合物三量体２－６（４．２０ｇ、２．７２ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、単量体２－７（３．０３ｇ、４．０７ｍｍｏｌ、１．５０当量）を加え、その溶液を、１００ｍＬシングルネックラウンドボトル内のＡｒ_２下でＣＨ_３ＣＮ（１０ｍＬ×２）を使用して共蒸発させた。

化合物三量体２－６（４．２０ｇ、２．７２ｍｍｏｌ、１．００当量）及び単量体２－７（３．０３ｇ、４．０７ｍｍｏｌ、１．５０当量）をＣＨ_３ＣＮ（１２ｍＬ）及びＤＣＭ（１２ｍＬ）（ＣＨ_３ＣＮ／ＤＣＭ＝１／１）に２５℃で溶解した。分子篩３Å（４．００ｇ、１．００当量）を加え、その混合溶液をＡｒ_２下で２５℃で１時間撹拌した。５－エチルスルファニル－２Ｈ－テトラゾール（５３０ｍｇ、４．０７ｍｍｏｌ、１．５０当量）を２５℃で加えた。この混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。この混合物は、淡黄色の均質な溶液から淡黄色の濁った溶液に変化した。反応混合物を濾過して、３Å分子篩を除去した。

アセトニトリルとＤＣＭの両方が新たに再蒸留されたことに注意することが重要である。ＨＰＬＣによって、三量体が完全に消費されたことが示された。

上記の溶液に、２５℃で５－アミノ－１，２，４－ジチアゾール－３－チオン（４４９ｍｇ、２．９９ｍｍｏｌ、１．１０当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。この混合物は、淡黄色の均質な溶液から黄色の濁った溶液に変化した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。

上記の混合物に、ＴＦＡ（２．４８ｇ、２１．７ｍｍｏｌ、１．６１ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で４．５時間撹拌した。その混合物は、黄色の濁りから橙黄色の懸濁液に変化した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。

Ｎａ_２ＣＯ_３溶液（２０ｍＬの水中の２．８８ｇのＮａ_２ＣＯ_３）を反応混合物に緩徐に加えた（反応溶液の突沸を避けるためにＣＯ_２放出の速度を監視した）。順応プロセスは、約１時間で行い、次に反応混合物の全ての溶媒を、ロータベーパーによって除去して、粗生成物の乳白色の水懸濁液を得た。

粗生成物を、ＥｔＯＡｃ／ＴＢＭＥの混合溶媒（ｖ／ｖ３：１、２６０ｍＬ）に溶解し、２つの層を分離した。有機層を、水（６４ｍＬ）、ブライン（２×６４ｍＬ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４（約６．４４ｇ）で乾燥し、セライトを通して濾過して濃縮した。

この粗生成物を、ＤＣＭ（２８ｍＬ）に溶解し、１００ｍＬの分液漏斗にロードした。溶媒ＴＢＭＥ（５１８ｍＬ）に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に滴下して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには、約３０分かかった。

純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色固体として収集した。生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（２０ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。化合物四量体２－８（４．３７ｇ、２．０７ｍｍｏｌ、７６．２％収率、９１．０％純度）を、淡黄色の固体として得た。

化合物２－９（デオキシ－ＴＴＡＣＣ ５量体）の調製のための一般的な手順

四量体２－８（１２０ｇ、６２．５ｍｍｏｌ、１．００当量）をＡＣＮ（５００ｍＬ×２）と共蒸発させた後、単量体２－７（５１．２ｇ、６８．８ｍｍｏｌ、１．１０当量）を加え、この溶液を、３Ｌのシングルネックラウンド中で、Ａｒ_２下でＡＣＮ（５００ｍＬ×２）を使用して、共蒸発させた。

ＡＣＮ（４８５ｍＬ）中の四量体２－８（１２０ｇ、６２．５ｍｍｏｌ、１．００当量）及び単量体２－７（５１．２ｇ、６８．８ｍｍｏｌ、１．１０当量）の混合溶液に、分子篩３Ａ（３６ｇ）を２５℃で添加した。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。Ｐｙ●ＴＦＡ（１Ｍ、９３．８ｍＬ、１．５０当量）を２５℃で添加した。得られた混合物を、２５℃で３０分間撹拌した。アセトニトリルは新たに再蒸留されたことに注意することが重要である。ＨＰＬＣによって、四量体２－８が完全に消費されたことが示された。

上記の混合物に、２５℃でＤＤＴＴ（１４．１ｇ、６８．８ｍｍｏｌ、１．１０当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。硫化が完了した後、上記の混合物を再蒸留したＭｅＣＮ（４８０ｍＬ）で希釈し、次いで、０℃に冷却した。Ｐｙ（４９．４ｇ、６２５ｍｍｏｌ、５０．５ｍＬ、１０．０当量）を０℃で加えた。

同時に、１Ｌの３つ首丸底フラスコに、イミダゾール（８５．１ｇ、１．２５ｍｏｌ、２０．０当量）及び無水ＴＨＦ（２４０ｍＬ）を充填し、氷浴に３０分間入れた。ＨＦ（１７．９ｇ、６２５ｍｍｏｌ、１６．３ｍＬ、純度７０％、１０．０当量）を緩徐に加え、次いでさらに１５分間撹拌した（このステップで均一性が得られた）。その溶液をシリンジポンプ（２ｍＬ／分の滴下速度）により０℃で上記の懸濁液に加えた。その混合物を０℃で３時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、その反応が完了したことが示された。

その反応混合物をＥｔＯＡｃ（２．８Ｌ）に溶解した。有機層を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液（１．４Ｌ×２）、水（１．４Ｌ×３）、ブライン（１．４Ｌ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４（約２０８ｇ）で乾燥し、濾過して真空中で濃縮した。このプロセスでは、黄色のゲル固形物は沈殿しなかった。

この粗生成物を、ＤＣＭ（８４０ｍＬ）及びＡＣＮ（２４０ｍＬ）に溶解し、１Ｌの分液漏斗にロードした。ＴＢＭＥ（８．５Ｌ）の溶媒に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に添加して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには約３時間かかった。純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色の固体として収集し、生成物のケーキを、ＴＢＭＥの溶媒混合物（１Ｌ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。デオキシ－ＴＴＡＣＣ５量体（１４５．５ｇ、５７．８ｍｍｏｌ、９２．４％収率、９３．６％純度）を白色固体として得た。ＲＴ＝７．１７４分のデオキシ－ＴＴＡＣＣ５量体（２－９）のＨＰＬＣ－ＭＳを図２に示す。

化合物２－９のＨＰＬＣ－ＭＳ法：
●カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｓｈｉｅｌｄ ＲＰ１８ Ｃｏｌｕｍｎ、１３０Å、１．７μｍ、２．１ｍｍ×１５０ｍｍ；
●カラム温度：６０℃；
●ＭＳ分析は、６００００の分解能及び７００～２０００の質量範囲のＴｈｅｒｍｏ Ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｆｕｓｉｏｎで行った。
●ＭＳ極性：正
●移動相Ａ：ＡＣＮ中の２０ｍＭ酢酸アンモニウム：水＝２５：７５；移動相Ｂ：アセトニトリル；
●勾配：

２． ＵＴＴＣ ４量体の合成（フラグメント３）
化合物３－２の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（３８００ｍＬ）中の化合物３－１（５００ｇ、７７２ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、イミダゾール（１５８ｇ、２．３２モル、３．０当量）を加えた。ＴＢＤＰＳＣｌ（２７６ｇ、１．００ｍｏｌ、２５８ｍＬ、１．３０当量）を加えた。その混合物を２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１、生成物：Ｒｆ＝０．４０）によって、化合物３－１が完全に消費されたことが示された。プロパン－２－オール（４６．４ｇ、５９．１ｍＬ、１．００当量）を加え、その混合物を３０分で撹拌した。

上記の溶液に、０℃でＣｙＳＨ（１１７ｇ、１．００ｍｏｌ、１２３ｍＬ、１．３０当量）を加えた。その混合物を０℃で１５分間撹拌した。ＴＦＡ（４４０ｇ、３．８６ｍｏｌ、２８６ｍＬ、５．００当量）を０℃で３０分間かけて滴下した。その混合物を０℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。溶液の色は、淡黄色から深紅に変化したことが、ＴＦＡの添加中に観察されたことに注意のこと。

反応混合物を、Ｎａ_２ＣＯ_３溶液（２．５Ｌの水中の４１０ｇのＮａ_２ＣＯ_３）に注ぎ、ＴＢＭＥ（２．５Ｌ）で希釈し、２つの層を分離した。有機層をブライン（１．３Ｌ×２）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４（３２１ｇ）で乾燥し、セライトで濾過して濃縮した。

この粗生成物を、ＤＣＭ（６００ｍＬ）に溶解し、１０００ｍＬの分液漏斗にロードした。ヘプタン／ＴＢＭＥの溶媒混合物（ｖ／ｖ９：１、５．０Ｌ）に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に添加して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには約３０分かかった。純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色の固体として収集し、生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（５００ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。化合物３－２（３９０ｇ、６６０ｍｍｏｌ、８５．５％収率、９８．８％純度）を、白色固体として得た。

化合物３－３の調製のための一般的な手順

化合物３－２（１１０ｇ、１８８ｍｍｏｌ、１．００当量）及びｄＴアミダイト（１６８ｇ、２２６ｍｍｏｌ、１．２０当量）を、ＣＨ_３ＣＮ（１．０Ｌ×３）と共蒸発させた。その混合物を２５℃でＣＨ_３ＣＮ（５００ｍＬ）及びＤＣＭ（５００ｍＬ）に溶解した。５－（エチルチオ）－１Ｈ－テトラゾール（ＥＴＴ）（１．６７ｇ、１２．８ｍｍｏｌ、１．５０当量）を撹拌しながら加え、その混合溶液をＡｒ_２雰囲気下で２５℃で３０分間撹拌した。アセトニトリルとＤＣＭは両方とも新たに再蒸留されたことに注意のこと。ＨＰＬＣによって、化合物３－２が完全に消費されたことが示された。ｄＴアミダイトは、以下のＤＭＴ－２’－デオキシチミジン－ホスホラミダイトであることに注意のこと。

上記の溶液に、２５℃でキサンタンヒドリド（３１．１ｇ、２０７ｍｍｏｌ、１．１０当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。

上記の溶液を氷水中で０℃に冷却した。ＣｙＳＨ（２４．１ｇ、２０７ｍｍｏｌ、２５．４ｍＬ、１．１０当量）を、０℃で反応混合物に加えた。ＴＦＡ（２１５ｇ、１．８８ｍｏｌ、１４０ｍＬ、１０．０当量）を、０℃で反応混合物に加えた。その混合物を２５℃で２時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。混合物の色は、黄色の濁りから赤に変化した。

Ｎａ_２ＣＯ_３溶液（２５４ｇ、３．４Ｌの水中のＮａ_２ＣＯ_３）を反応混合物に緩徐に加えた（反応溶液の突沸を避けるためにＣＯ_２放出の速度を監視した）。順応プロセスは約１時間で行い、次に反応混合物の全ての溶媒をロータベーパーによって除去して、粗生成物の乳白色の水懸濁液を得た。

ここで２つの反応を組み合わせ、得られた粗生成物の水溶液を、７．５ＬのＭｅＣＮで希釈し（ＭｅＣＮの添加により、粗生成物のケーキを溶解し得る）、ＴＢＭＥ／ヘプタン（３×３．４Ｌ、ｖ／ｖ、１：４）で３回抽出し、非極性不純物（ＣｙＳＨ及びＤＭＴｒＳＣｙなど）を除去した。水層画分を３．０Ｌの丸底フラスコに集め、ロータベーパーで減圧して全てのＭｅＣＮを除去し、再度粗生成物の黄色ゲルケーキを含む水溶液を得た。

粗生成物の水溶液を、ＥｔＯＡｃ／ＴＢＭＥの混合溶媒（ｖ／ｖ＝１：３、５．１Ｌ）で希釈し（溶液中にゲル固体が残っていないことを確認する）、２つの層を分離した。有機層を、ＤＩ水で３回（３×２．５Ｌ）、ブライン（２．５Ｌ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４（約５００ｇ）で乾燥し、凝縮乾固して、粗生成物の黄色の泡状物を得て、これを、それ以上の処理なしで次のステップに直接使用した。化合物３－３（４２０ｇ、３３０ｍｍｏｌ、８８．５％収率、７６．０％純度）を淡黄色の固体として得た。

化合物３－４の調製のための一般的な手順

化合物３－３（２００ｇ、２０８ｍｍｏｌ、１．００当量）及びｄＴアミダイト（１８６ｇ、２５０ｍｍｏｌ、１．２０当量）を、Ａｒ_２下でＡＣＮ（１．０Ｌｘ３）と３Ｌシングルネックラウンド中で共蒸発させた。ＡＣＮ（５２５ｍＬ）及びＤＣＭ（５２５ｍＬ）中の上記の溶液に、２５℃で分子篩３Ａ（５２．０ｇ）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＥＴＴ（４０．８ｇ、３１３ｍｍｏｌ、１．５０当量）を２５℃で加えた。得られた混合物を、２５℃で３０分間撹拌した。アセトニトリル及びＤＣＭは両方とも新たに再蒸留されたことに注意のこと。ＨＰＬＣは、化合物３－３が完全に消費されたことを示した。

上記の溶液に、２５℃でキサンタンヒドリド（３４．５ｇ、２２９ｍｍｏｌ、１．１０当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、反応が完了したことが示された。

上記の溶液を氷水中で０℃に冷却した。ＣｙＳＨ（２６．７ｇ、２２９ｍｍｏｌ、２８．１ｍＬ、１．１０当量）を、０℃で１０分間反応混合物に加えた。ＴＦＡ（２３８ｇ、２．０９ｍｏｌ、１５４ｍＬ、１０．０当量）を０℃で反応混合物に加えた。その混合物を、２５℃で２時間撹拌した。ＨＰＬＣは、反応の完了を示した。混合物の色は、黄色の濁りから赤に変化したことに注意のこと。

Ｎａ_２ＣＯ_３溶液（１５６ｇ、２１００ｍＬの水中のＮａ_２ＣＯ_３）を反応混合物に緩徐に加えた（反応溶液の突沸を避けるためにＣＯ_２放出の速度を監視した）。順応プロセスは、約１時間で行い、次に反応混合物の全ての溶媒をロータベーパー（ｒｏｔａｖａｂ）によって除去して、粗生成物の乳白色の水懸濁液を得た。
粗生成物を、ＥｔＯＡｃ／ＴＢＭＥの混合溶媒（ｖ／ｖ１：２、６４００ｍＬ）に溶解し、２つの層を分離した。有機層を、水（３×３２００ｍＬ）、ブライン（３２００ｍＬ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４（約５２０ｇ）によって乾燥し、濾過して減圧下で濃縮した。

ここで２つの反応を組み合わせ、粗生成物を、ＤＣＭ（１．０Ｌ×２）に溶解し、１０００ｍＬの分液漏斗にロードした。ＴＢＭＥ／ヘプタン（ｖ／ｖ＝９：１、２１Ｌ）の溶媒に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に添加して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには約３時間かかった。純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色の固体として収集し、生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（８００ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。化合物３－４（３０１ｇ、２１６ｍｍｏｌ、５１．８％収率、９５．８％純度）を淡黄色の固体として得た。ＨＰＬＣは、化合物２－４を示している：ＲＴ＝６．７７８分。

３－５（ＵＴＴＣ ４量体）の調製のための一般的な手順

化合物３－４（２００ｇ、１５０ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｕアミダイト（１２９ｇ、１５７．８５ｍｍｏｌ、１．０５当量）をＣＨ_３ＣＮ（５００ｍＬ×３）と共蒸発させた。無水ＣＨ_３ＣＮ（８００ｍＬ）中の化合物３－４（２００ｇ、１５０ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｕアミダイト（１２９ｇ、１５７ｍｍｏｌ、１．０５当量）の溶液に、分子篩（ＭＳ）３Å（４０．０ｇ、１５０ｍｍｏｌ、１．００当量）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。次に、Ｐｙ－ＴＦＡ（１．００ Ｍ、２２５ｍＬ、１．５０当量）を２５℃で混合反応物に加えた。得られた混合物を、２５℃で３０分間撹拌した。アセトニトリル及びＤＣＭは、両方とも新たに再蒸留されたことに注意のこと。ＨＰＬＣによって、化合物２－４が完全に消費されたことが示された。ＭＯＥ Ｕアミダイトは以下であることに注意のこと：

上記の溶液に、２５℃でＤＤＴＴ（３３．９ｇ、１６５ｍｍｏｌ、１．１０当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。次に、その混合物を氷浴で３０分間０℃に冷却した。ＨＰＬＣは、反応が完了したことを示した。この混合物は、黄色の濁りから黄色の均質な溶液に変化したことに注意のこと。

同時に、１Ｌの３つ口丸底フラスコにイミダゾール（２０４ｇ、３．０１ｍｏｌ、２０．０当量）及び無水ＴＨＦ（４００ｍＬ）を充填し、氷浴に３０分間入れた。ＨＦ（４３．０ｇ、１．５０ｍｏｌ、３９．１ｍＬ、純度７０．０％、１０．０当量）を緩徐に加え、次いで、さらに１５分間撹拌した。その混合物を上記の懸濁液に０℃で１時間加えた。その混合物を０℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣは、反応の完了を示した。

その反応混合物をＥｔＯＡｃ（５．２Ｌ）に溶解した。有機層を、飽和ＮａＨＣＯ_３（３．６×２）水溶液、水（２．６Ｌ×３）、ブライン（２．６Ｌ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ_４（約４４０ｇ）で乾燥し、濾過して真空中で濃縮した。このプロセスでは、黄色のゲル固形物が沈殿しなかったことに注意のこと。

この粗生成物を、ＤＣＭ（２．０Ｌ）に溶解し、１Ｌの分液漏斗にロードした。ＴＢＭＥ（１７．６Ｌ）の溶媒混合物に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に添加して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには、約３０分かかった。純粋な生成物をブフナー漏斗で白色固体として収集し、生成物のケーキを、ＴＢＭＥ（５００ｍＬ×２）の溶媒混合物で洗浄し、濃縮して乾燥させた。化合物３－５（ＵＴＴＣ ４量体）（２５８ｇ、１３４ｍｍｏｌ、収率８９．０％、純度９５．６％）を淡黄色の固体として得た。化合物ＵＴＴＣ４量体（３－５）のＨＰＬＣ－ＭＳを図３に示す。

化合物３－５のＨＰＬＣ－ＭＳ法：
●カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｓｈｉｅｌｄ ＲＰ１８カラム、１３０Å、１．７μｍ、２．１ｍｍ×１５０ｍｍ；
●カラム温度：６０℃
●ＭＳ分析は、６００００の分解能及び３００～２０００の質量範囲を有するＴｈｅｒｍｏ Ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｆｕｓｉｏｎで行った。
●ＭＳ極性：正；
●移動相Ａ：ＡＣＮ中の２０ｍＭ酢酸アンモニウム：水＝２５：７５；移動相Ｂ：アセトニトリル；
●勾配：

３． ５’ＤＭＴ－ＭＯＥ ＣＣＧＵ－ＯＨ（フラグメント４）の合成
化合物４－２の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（１６００ｍＬ）中の化合物４－１（２００ｇ、３２３ｍｍｏｌ）の溶液に、２５℃でイミダゾール（６６．０ｇ、９６９ｍｍｏｌ）及びＴＢＤＰＳＣｌ（１１５ｇ、４２０ｍｍｏｌ、１０７ｍＬ）を加えた。混合物を、２５℃で１２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝１／１、Ｒ_ｆ＝０．６３分）は、極性のより低い１つの主要な新しいスポットとともに化合物４－１を示した。プロパン－２－オール（１９．４ｇ、３２３ｍｍｏｌ、２４．７ｍＬ）を混合物に加え、２５℃で０．５時間撹拌した。

最後のステップの溶液に、ＣｙＳＨ（４８．８ｇ、４２０ｍｍｏｌ）及びＴＦＡ（１８４ｇ、１．６２ｍｏｌ）を０℃で滴下した。その混合物を０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝１／１、Ｒｆ＝０．５０）によって、反応が完了したことが示された。その反応混合物を、２５℃でＮａ_２ＣＯ_３溶液（１８５ｇ、１６００ｍＬ ＤＩ Ｈ_２Ｏ）を加えることによりクエンチし、次いで、ＴＢＭＥ（５００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離した。組み合わせた有機層を、ブライン（５００ｍＬ）で洗浄し、ＭｇＳＯ_４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物化合物４－２を、ＡＣＮ（２０００ｍＬ）及びＤＩ Ｈ_２Ｏ（３００ｍＬ）に溶解し、ヘプタン／ＴＢＭＥ（４／１、８Ｌ、１．６Ｌ×５）で抽出した。ＡＣＮ層を、ＤＣＭ（３．２Ｌ）で希釈し、水を分離し、乾燥ＭｇＳＯ_４で乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物４－２（１７６ｇ、収率９８．１％、純度９５．８％）を白色泡状物として得た。^１Ｈ ＮＭＲ：４００ ＭＨｚ ＤＭＳＯ：１１．３０（ｓ，１Ｈ），７．６９（ｍ，Ｊ＝６．４Ｈｚ，３Ｈ），７．６１（ｄｄ，Ｊ＝７．７３，１．４７Ｈｚ，２Ｈ），７．４４（ｍ，６Ｈ），５．９７（ｄ，Ｊ＝５．８７Ｈｚ，１Ｈ），５．１２（ｔ，Ｊ＝４．８９，４．８９Ｈｚ，１Ｈ），４．３１（ｍ，１Ｈ），３．９（ｑ，Ｊ＝２．８，２．８，２．８Ｈｚ，１Ｈ），３．７６（ｔ，Ｊ＝５．３８，５．３８Ｈｚ，１Ｈ），３．４６（ｍ，２Ｈ），３．２８（ｍ，２Ｈ），３．２１（ｄｄｄ，Ｊ＝１２．２３，４．４，３．１３Ｈｚ，１Ｈ），３．１４（ｓ，３Ｈ），１．７３（ｓ，３Ｈ），１．０５（ｓ，９Ｈ）

化合物４－４の調製のための一般的な手順

化合物４－３（１６４ｇ、１７９ｍｍｏｌ）及び化合物４－２（９０．５ｇ、１６３ｍｍｏｌ）を、３０００ｍＬのシングルネックラウンドボトル中でＡｒ_２下でＡＣＮ（４５０ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Åの分子篩（１０．０ｇ）を、シングルネックボトルに加え、Ａｒ_２圧力下でＡＣＮ（１０００ｍＬ）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（２８．９ｇ、２４４ｍｍｏｌ）をその混合物に加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応の完了後、ＤＤＴＴ（３７．７ｇ、１８３ｍｍｏｌ）を混合物に加えた。その反応混合物を２５℃で０．５時間撹拌し、次いでＤＩ Ｈ_２Ｏ（０．１２ｍＬ）、ＰＰｈ_３（４．３８ｇ、１６．７ｍｍｏｌ）を混合物に加え、その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

ロータベーパーでＡＣＮの大部分を除去し、次いで、反応液をｔＢｕＯＭｅ／ＥｔＯＡｃ（３／１、１５００ｍＬ）で希釈する。黄色の固体が沈殿した。濾液を濾過して、ＤＩ Ｈ_２Ｏ（１０００ｍＬ×２）、ブライン（６００ｍＬ×２）で洗浄する。有機層を乾燥させ、濃縮乾固した。化合物４－４（２３３．８ｇ、粗製、純度８０．１％）を淡黄色の固体として得て、さらに精製することなく次のステップに使用した。

化合物４－５の調製のための一般的な手順

化合物４－４（２３４ｇ、１６７ｍｍｏｌ）を無水ＤＣＭ（１６００ｍＬ）に溶解し、次いで０℃でＴＣＡ（８１．８ｇ、５０１ｍｍｏｌ）及びＣｙＳＨ（２９．１ｇ、２５０ｍｍｏｌ）を加えた。その混合物を０℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

ＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２Ｏ（１２００ｍＬのＤＩ Ｈ_２Ｏ中の８４．０ｇのＮａＨＣＯ_３）を緩徐に加えることにより、反応をクエンチした。その混合物を１０分間激しく撹拌し、２つの層を分離した。Ｈ_２Ｏ層を、ＤＣＭ（６００ｍＬ）で抽出し、合わせた有機層を乾燥させ、凝縮乾固させた。その混合物を、ＣＨ_３ＣＮ／ＤＩ Ｈ_２Ｏ（２／１、１２００ｍＬ）に再溶解し、ＣＨ_３ＣＮ／Ｈ_２Ｏ層を、ヘプタン／ｔＢｕＯＭｅ（４／１、１０００ｍＬ×５）によって洗浄した。ロータベーパーでＣＨ_３ＣＮの大部分を除去し、次いでその混合物をｔＢｕＯＭｅ／ＥｔＯＡｃ（２／１、１５００ｍＬ）で希釈し、その混合物をＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２Ｏ（１０００ｍＬ×２、ＤＣＩを除去）、ブライン（６００ｍＬ×２）で洗浄する。その有機層を、ＭｇＳＯ_４上で乾燥し、濾過して、濃縮乾固した。その粗生成物を、さらに精製することなく、次のステップで使用した。粗生成物化合物４－５（１８０ｇ、収率９８．２％、純度９４．６％）を淡黄色の固体として得て、さらに精製することなく次のステップに使用した。

化合物４－７の調製の一般的手順

化合物４－５（１１５ｇ、１０４ｍｍｏｌ）及び化合物４－６（１０６ｇ、１１５ｍｍｏｌ）を、２０００ｍＬのシングルネックラウンドボトル中でＡｒ_２下でＡＣＮ（５００ｍＬ×３）と共蒸発させ、及び３Å分子篩（４５．０ｇ）をシングルネックボトルに添加し、Ａｒ_２圧力下でＡＣＮ（１０５０ｍＬ）を添加した。その混合物を２５℃で１時間撹拌し、次にＤＣＩ（１８．６ｇ、１５７ｍｍｏｌ）を混合物に加えた。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、ｔＢｕＯＯＨ（５．５Ｍ、３８．１ｍＬ）及びＨ_２Ｏ（１０ｍＬ）を反応混合物に加えた。その反応混合物を２５℃で３０分間撹拌した。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

酸化の完了後、反応混合物を氷水浴中で５分間０℃に冷却し、市販のグレードＩ_２酸化溶液（ピリジン／Ｈ_２Ｏ、ｖ／ｖ９：１中の６２８．８７ｍＬの０．０５Ｍ）を２０分で混合物に加えた。この反応混合物を、０℃でさらに５分間撹拌した。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

この反応混合物を、Ｎａ_２Ｓ_２Ｏ_３／Ｈ_２Ｏ溶液（Ｎａ_２Ｓ_２Ｏ_３ ３３．１ｇを２３００ｍＬのＨ_２Ｏ中に含有）に緩徐に注ぎ、その溶液を１０分間激しく撹拌した。次に、その混合物を、ＥｔＯＡｃ／ｔＢｕＯＭｅ（１／３）の３０００ｍＬの混合溶媒で希釈した。その有機層を分離し、ＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２Ｏ（２０００ｍＬ）、ブライン（１０００ｍＬ）で洗浄した。その有機層を乾燥させ、濃縮乾固した。その粗生成物を、ＤＣＭ／ｔＢｕＯＭｅ（１／１、４６０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、ヘプタン／^ｔＢｕＯＭｅ（２／１、２３００ｍＬ）の溶媒混合物に緩徐に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を淡黄色の固体として収集し、固体のケーキを、ヘプタン／^ｔＢｕＯＭｅ（１／１、２３０ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７（２１７ｇ、粗製、純度８７．６％）を淡黄色の固体として得て、さらに精製することなく次のステップに使用した。

化合物４－８の調製のための一般的な手順

化合物４－７（２０４ｇ、１０４ｍｍｏｌ）を、無水ＤＣＭ（２０００ｍＬ）に溶解し、次いで０℃でＤＣＡ（６７．５ｇ、５２４ｍｍｏｌ）及びＣｙＳＨ（１８．２ｇ、１５７ｍｍｏｌ）を加えた。その混合物を２５℃まで温め、２時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

その反応を、Ｎａ_２ＣＯ_３／Ｈ_２Ｏ（７７．４ｇ Ｎａ_２ＣＯ_３含有１２００ｍＬ ＤＩ Ｈ_２Ｏ）を緩徐に添加することによってクエンチした。その混合物を１０分間激しく撹拌し、２つの層を分離した。Ｈ_２Ｏ層を、ＤＣＭ（６００ｍＬ）で抽出し、合わせた有機層を、乾燥して、凝縮乾固させた。その混合物を、ＣＨ_３ＣＮ／Ｈ_２Ｏ（２／１、９００ｍＬ）に再溶解し、ＣＨ_３ＣＮ／Ｈ_２Ｏ層を、ヘプタン／ｔＢｕＯＭｅ＝（４／１、８００ｍＬ×５）によって洗浄した。ロータベーパーでＣＨ_３ＣＮの大部分を除去し、次にその混合物をｔＢｕＯＭｅ／ＥｔＯＡｃ（１／３、１８００ｍＬ）で希釈し、その混合物をＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２Ｏ（９００ｍＬ×２）、ブライン（６００ｍＬ）で洗浄する。その有機層を乾燥させ、濃縮乾固した。その粗生成物を、さらに精製することなく、次のステップで使用した。化合物４－８（１３０ｇ、収率７５．３％、純度９２．４％）を淡黄色の固体として得て、さらに精製することなく次のステップに使用した。

５’ＤＭＴ－ＭＯＥ ＣＣＧＵ－ＯＨの調製の一般的な手順

化合物４－８（１５３ｇ、９２．８ｍｍｏｌ）及び化合物４－６（８９．９ｇ、９７．５ｍｍｏｌ）を、３０００ｍＬのシングルネックラウンドボトル中で、Ａｒ_２下でＡＣＮ（４００ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Ａ分子篩（４５．０ｇ）をシングルネックボトルに加え、Ａｒ_２圧力下でＡＣＮ（９２８ｍＬ）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌し、次にＰｙ－ＴＦＡ（１Ｍ、１３９ｍＬ）をこの混合物に加えた。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、ＤＤＴＴ（２０．０ｇ、９７．５ｍｍｏｌ）を混合物に加えた。反応混合物を２５℃で０．５時間撹拌し、反応が完了したことを示唆する黄色の濁った溶液から黄色の均質な溶液に変化させ、次いで氷浴中で３０分間０℃に冷却した。

同時に、５００ｍＬの丸底フラスコにイミダゾール（１２７ｇ、１．８７ｍｏｌ）及び無水ＴＨＦ（２３２ｍＬ）を入れ、氷浴に３０分間入れた。ＨＦ－Ｐｙ（２４．３ｍＬ、純度７０．０％）を緩徐に加え、さらに１５分間撹拌した（このステップで均一な溶液が得られた）。最後のステップ由来の溶液を、蠕動ポンプ（１ｍＬ／５分の滴下速度）によって最後の反応混合物由来の反応混合物に緩徐に加え、０℃で１～２時間撹拌した。反応の完了は、ＨＰＬＣでモニターされ得る。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。混合物を、ＥＡ（４５００ｍＬ）で希釈し、０℃でＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２Ｏ（２５００ｍＬ）でゆっくり中和した。有機層を分離し、ＮａＨＣＯ_３／Ｈ_２Ｏ（２５００ｍＬ）、ブライン（２０００ｍＬ）で洗浄した。その有機層を乾燥させ、濃縮乾固した。粗生成物をＤＣＭ（６００ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を緩徐にｔＢｕＯＭｅの溶媒（６０００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を淡黄色の固体として収集し、固体のケーキをｔＢｕＯＭｅ（６００ｍＬ×２）で洗浄した。４－９（５’ＤＭＴ－ＭＯＥ ＣＣＧＵ－ＯＨ）（１９０ｇ、９０．５％収率、９４．８％純度）を淡黄色の固体として得た。ＭＯＥ－ＣＣＧＵ ４量体（４－９）のＨＰＬＣ－ＭＳを図４に示す。

化合物４－９のＨＰＬＣ－ＭＳ法：
●カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｓｈｉｅｌｄ ＲＰ１８ Ｃｏｌｕｍｎ、１３０Å、１．７μｍ、２．１ｍｍ×１５０ｍｍ；
●カラム温度：６０℃
●ＭＳ分析は、６００００の分解能及び４００～２０００の質量範囲のＴｈｅｒｍｏ Ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｆｕｓｉｏｎで行った。
●ＭＳ極性：正
●移動相Ａ：ＡＣＮ中の２０ｍＭ酢酸アンモニウム：水＝２５：７５；移動相Ｂ：アセトニトリル；
●勾配：

Ｃ． 標的オリゴヌクレオチドの収束的合成
化合物５－１の調製のための一般的な手順

アミダイト試薬（６３．９ｇ、２１２ｍｍｏｌ、６７．３ｍＬ、５．０当量）及び化合物２－９（１００ｇ、４２．４ｍｍｏｌ、１．０当量）のＴＨＦ（４００ｍＬ）溶液に、Ｐｙ－ＴＦＡ（２４．５ｇ、１２７ｍｍｏｌ、１５．９ｍＬ、３．０当量）を０℃で添加した。この混合物を０℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、化合物２－９が完全に消費されたことが示された。

反応混合物を、５００ｍＬの分液漏斗に移した（ＤＣＭ洗浄体積と組み合わせた後、約２０ｍＬ）。溶媒ＴＢＭＥ／ｐｙ（ｖ／ｖ１００：０．７、１５Ｌ）に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に滴下して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには約９０分かかった。純粋な生成物を、前のステップ由来のオフホワイトの固体として収集し、生成物のケーキを、純粋なＴＢＭＥ（１．０Ｌ×３）で洗浄し、真空乾燥した。化合物５－１（１０６ｇ、収率９０．８％、純度９３％）を白色固体として得た。無水ＴＨＦを使用したことに注意のこと。化合物２－９及びＰｙ－ＴＦＡをＴＨＦと３回共蒸発させた。ピリジンを添加して、アミダイト生成物の加水分解を最小限に抑えるために塩基性の環境を維持した。

化合物５－２の調製のための一般的な手順

化合物５－１（１２２ｇ、４８．０ｍｍｏｌ、１．５当量）、３Å分子篩（４５．０ｇ）及び化合物１－７（１１５ｇ、３２．０ｍｍｏｌ、１．０当量）は、ＤＣＭ／ＡＣＮ＝２／１（９００ｍＬ）に含まれており、ＤＣＩ（９．４６ｇ、８０．０８ｍｍｏｌ、２．５当量）を加えた。その混合物を１０℃で１時間撹拌した。

ＴＬＣで反応をモニターする（６０分の完全変換）。カップリング反応が終了した後、ＤＤＴＴ（９．８７ｇ、４８．０５ｍｍｏｌ、１．５当量）を混合物に加えた。反応混合物を１０℃で３０分間撹拌した。反応混合物を濾過し、その濾液を１／２体積に濃縮した。残留溶液をＡＣＮ（５．０Ｌ）に加えた。生成物が沈殿した。濾過して、濾過ケーキを収集した。その濾過ケーキを、ＡＣＮ（１Ｌ）で洗浄し、真空下で乾燥させた。化合物５－２（１９４ｇ、収率９９．６％）を、淡黄色の固体として得た。アセトニトリルとＤＣＭの両方は、新たに再蒸留されたことに注意のこと。化合物５－１及び化合物１－７を、ＤＣＭ／ＡＣＮと３回共蒸発させた。

化合物５－２のＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳ分析では、以下に開示する化合物１のアンモノリシスに使用した手順と同様のアンモノリシス（ＮＨ_３／Ｈ_２Ｏ）手順を使用して脱保護し、５－２－ａ（ＤＭＴｒＯ－ＴｓＴｓＡｓＣｓＣｓＡｓＣｏＣｓＣｓＵ－ＯＨ）を得た。化合物５－２－ａのＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳを図５に示す。

化合物５－３の調製の一般的手順

化合物５－２（１９４ｇ、３１．９ｍｍｏｌ、１．０当量）及び３Å分子篩（６５．０ｇ）を丸底フラスコに加え、Ａｒ圧下で無水ＤＣＭ（１．３Ｌ）を加えた。混合物を１５℃で１時間撹拌し、次いで、ＣｙＳＨ（７．４２ｇ、６３．８ｍｍｏｌ、７．８１ｍＬ、２．０当量）及びＴＣＡ（５２．１ｇ、３１９ｍｍｏｌ、３２．１ｍＬ、１０．０当量）を０℃で混合物に加えた。

反応物を０℃で９０分間撹拌し（ＴＬＣにより反応を確認）、次いでＰｙ（３０．２ｇ、３８２ｍｍｏｌ、３０．９ｍＬ、１２．０当量）を混合物に加えた。この混合物を１５℃で５分間撹拌した。３Ａ分子篩を濾過により除去した。ＤＣＭ溶媒を、ＣＨ_３ＣＮ（７．０Ｌ）に緩徐に加えると、淡黄色の固体が沈殿した。ロータベーパー（ｒｏｔａｖａｐ）でＤＣＭの大部分を除去し、白い沈殿物を収集してＣＨ_３ＣＮ（５００ｍＬ×３）で洗浄した。化合物５－３（１８０ｇ、収率９７．６％）を、淡黄色の固体として得た。ＤＣＭは新たに再蒸留されたことに注意のこと。化合物５－２を、ＤＣＭと３回共蒸発させた。生成物はＤＣＭに溶解性が良好で、濾過する前にほとんどのＤＣＭを除去することが重要である。化合物５－３のＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳ分析では、以下に開示する化合物１のアンモノリシスに使用した手順と同様のアンモノリシス（ＮＨ３／Ｈ２Ｏ）手順を使用して脱保護し、５－３－ａ（ＨＯ－ＴｓＴｓＡｓＣｓＣｓＡｓＣｏＣｓＣｓＵ－ＯＨ）を得た。化合物５－３－ａのＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳを図６に示す。

５－３－ａのＨＰＬＣ－ＭＳ法
●カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｃ１８カラム、１．７μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ；
●カラム温度：５０℃
●イオン化モード：ＡＰＩ－ＥＳ；
●１３５０～２３００の質量範囲
●ＭＳ極性：負；
●移動相Ａ：１０％ＣＨ３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；溶液Ｂ：８０％ＣＨ３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；
●勾配

化合物５－４の調製のための一般的な手順

化合物３－５（１０２ｇ、５５．３ｍｍｏｌ、１．０当量）をＴＨＦ（３００ｍＬ×３）と共蒸発させた。Ｐｙ－ＴＦＡ（３２．０ｇ、１６６ｍｍｏｌ、３．０当量）をＴＨＦ（３００ｍＬ×３）と共蒸発させた。２０００ｍＬの丸底フラスコに、化合物３－５（１０２ｇ、５５．３ｍｍｏｌ、１．０当量）及びＡＭｉｄｉｔｅ試薬（８３．４ｇ、２７６ｍｍｏｌ、８７．９ｍＬ、５．０当量）を無水ＴＨＦ（４００ｍＬ）に加え、氷浴中で３０分間０℃に冷却した。活性剤Ｐｙ－ＴＦＡ（３２．０ｇ、１６６ｍｍｏｌ、３．０当量）を加え、次いで、その反応混合物を０℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

溶媒ＴＢＭＥ／ヘプタン／Ｐｙ（９５／５／１、１５．８Ｌ）に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に滴下して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには、約３０分かかった。前のステップから純粋な生成物をオフホワイトの固体として収集し、生成物のケーキを純粋なＴＢＭＥ（５００ｍＬ×３）で洗浄し、高真空で３時間乾燥させた。

化合物５－４（１０７ｇ、５２．４ｍｍｏｌ、９４．６％収率）を白色固体として得た。ＴＨＦは無水であり、化合物３－５及びＰｙ－ＴＦＡを無水ＴＨＦと３回共蒸発させたことに注意のこと。

化合物５－５の調製のための一般的な手順

化合物５－３（１７７ｇ、３０．６ｍｍｏｌ、１．０当量）、化合物５－４（１０６ｇ、５２．０ｍｍｏｌ、１．７当量）、及び３Å分子篩（６０ｇ）を、丸いフラスコに加え、無水ＤＣＭ（８５０ｍＬ、Ｈ_２Ｏ＜５０ｐｐｍ）中、Ａｒ圧力下で、ＡＣＮ（４２５ｍＬ、Ｈ_２Ｏ＜５０ｐｐｍ）を添加した。その混合物を１５℃で１時間撹拌し、次いで、ＤＣＩ（９．０５ｇ、７６．６ｍｍｏｌ、２．５当量）を混合物に加えた。その混合物を１５℃で０．６７時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１）によって、化合物５－３が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、ＤＤＴＴ（１０．７ｇ、５２．０ｍｍｏｌ、１．７当量）を混合物に加えた。この反応混合物を、１５℃で１０分間撹拌した。

３Å分子篩を濾過により除去し、反応物を６０００ｍｌのＣＨ_３ＣＮで希釈した（白色固体が沈殿した）。ロータベーパーでＤＣＭを除去し、白色固体を収集してＣＨ_３ＣＮ（５００ｍＬ×３）で洗浄した。淡黄色固体を、精製なしに次のステップに直接使用した。化合物５－５（２３７ｇ、収率９９．６％）を、淡黄色の固体として得た。

化合物５－５のＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳ分析では、以下に開示する化合物１のアンモノリシスに使用した手順と同様のアンモノリシス（ＮＨ３／Ｈ２Ｏ）手順を使用して脱保護し、５－５－ａ（ＤＭＴｒＯ－ＵｓＴｓＴｓＣｓＴｓＴｓＡｓＣｓＣｓＡｓＣｏＣｓＣｓＵ－ＯＨ）を得た。化合物５－５－ａのＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳを図７に示す。

５－５－ａのＨＰＬＣ－ＭＳ法
●カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｃ１８カラム、１．７μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ；
●カラム温度：５０℃；
●イオン化モード：ＡＰＩ－ＥＳ；
●１３５０～２３００の質量範囲；
●ＭＳ極性：負；
●移動相Ａ：１０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；溶液Ｂ：８０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；
●勾配：

化合物５－６の調製のための一般的な手順

化合物５－５（２３４ｇ、３０．２ｍｍｏｌ、１．０当量）、及び３Å分子篩（１２．５ｇ）を丸底フラスコに加え、Ａｒ圧力下で無水ＤＣＭ（１５００ｍＬ、Ｈ_２Ｏ ＜５０ｐｐｍ）を加えた。その混合物を１５℃で１時間撹拌し、次いで、ＣｙＳＨ（１０．５ｇ、９０．５ｍｍｏｌ、１１．１ｍＬ、３．０当量）及びＴＣＡ（５９．２ｇ、３６２ｍｍｏｌ、１２．０当量）を混合物に加えた。

この反応物を０℃で６０分間撹拌し（ＴＬＣにより反応を確認）、次いでＰｙ（３５．８ｇ、４５２ｍｍｏｌ、３６．５ｍＬ、１５．０当量）をこの混合物に加えた。この混合物を１５℃で５分間撹拌した。

３Å分子篩を濾過により除去した。ＤＣＭ溶媒を、ＣＨ_３ＣＮの１０Ｌに緩徐に加えると、淡黄色の固体が沈殿した。ロータベーパーでＤＣＭの大部分を除去し、白い沈殿物を収集してＣＨ_３ＣＮ（５００ｍＬ×３）で洗浄した。化合物５－６（２１０ｇ、９３．３％収率）を淡黄色の固体として得た。

化合物５－６のＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳ分析では、以下に開示する化合物１のアンモノリシスに使用した手順と同様のアンモノリシス（ＮＨ３／Ｈ２Ｏ）手順を使用して脱保護し、５－６－ａ（ＨＯ－ＵｓＴｓＴｓＣｓＴｓＴｓＡｓＣｓＣｓＡｓＣｏＣｓＣｓＵ－ＯＨ）を得た。化合物５－６－ａのＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳを図８に示す。

５－６－ａのＨＰＬＣ－ＭＳ法
●カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｃ１８カラム、１．７μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ；
●カラム温度：５０℃；
●イオン化モード：ＡＰＩ－ＥＳ；
●１３５０～２３００の質量範囲；
●ＭＳ極性：負；
●移動相Ａ：１０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；溶液Ｂ：８０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；
●勾配：

化合物５－７の調製のための一般的な手順

２０００ｍＬの丸底フラスコに、化合物４－９（１３０ｇ、５７．８ｍｍｏｌ、１．０当量）及びＡｍｉｄｉｔｅ試薬（８７．２ｇ、２８９ｍｍｏｌ、９１．９ｍＬ、５．０当量）を、無水ＴＨＦ（５２０ｍＬ）に加え、氷浴中で３０分間０℃に冷却した。活性剤Ｐｙ－ＴＦＡ（３３．５ｇ、１７３ｍｍｏｌ、３４．２ｍＬ、３．０当量）を加え、次いで、その反応混合物を０℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

溶媒ＴＢＭＥ／ヘプタン／Ｐｙ（９５／５／１、１５８５０ｍＬ）に、粗生成物の溶液を、漏斗から緩徐に滴下して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには、約３０分かかった。前のステップから純粋な生成物をオフホワイトの固体として収集し、生成物のケーキを純粋なＴＢＭＥ（５００ｍＬ×３）で洗浄し、高真空を使用して３時間乾燥させた。

化合物５－７（１３３ｇ、９３．９％収率）を白色固体として得た。

化合物１の調製のための一般的な手順、完全に保護されたＡＳＯ ９

丸いフラスコ中の化合物５－６（２４２ｇ、３２．５ｍｍｏｌ、１．０当量）、化合物５－７（１３５ｇ、５５．２ｍｍｏｌ、１．７当量）及び３Å分子篩（８０．０ｇ）に、無水ＤＣＭ（１２００ｍＬ、Ｈ_２Ｏ＜５０ｐｐｍ）及びＡＣＮ（６００ｍＬ、Ｈ_２Ｏ＜５０ｐｐｍ）をＡｒ圧力下で添加した。その混合物を１５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（９．６０ｇ、８１．２ｍｍｏｌ、２．５当量）をこの混合物に加えた。この混合物を１５℃で１時間撹拌した。反応の終了はＴＬＣで確認した。

カップリング反応が終了した後、ＤＤＴＴ（１１．３ｇ、５５．２ｍｍｏｌ、１．７当量）を混合物に加えた。反応混合物を１５℃で１０分間撹拌した。３Å分子篩を濾過により除去し、反応物を１０ＬのＣＨ_３ＣＮで希釈した（淡黄色固体が沈殿した）。ＤＣＭをロータベーパー（ｒｏｔｏｖａｐ）で除去し、淡黄色の固体を収集してＣＨ_３ＣＮ（５００ｍＬ×３）で洗浄した。化合物１（２６４ｇ、収率８２．８％）を淡黄色の固体として得た。

化合物１のＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳ分析では、以下に説明するアンモノリシス（ＮＨ_３／Ｈ_２Ｏ）手順を使用して脱保護し、１－ａ（ＤＭＴｒＯ－ＣｓＣｏＧｓＵｓＵｓＴｓＴｓＣｓＴｓＴｓＡｓＣｓＣｓＡｓＣｏＣｓＣｓＵ－ＯＨ）を取得した。化合物１－ａのＨＰＬＣ及びＬＣ－ＭＳを図９に示す。

１－ａのＨＰＬＣ－ＭＳ法
●カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｃ１８カラム、１．７μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ；
●カラム温度：５０℃；
●イオン化モード：ＡＰＩ－ＥＳ；
●１３５０～２３００の質量範囲
●ＭＳ極性：負；
●移動相Ａ：１０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；溶液Ｂ：８０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；
●勾配：

化合物１の脱保護及びアンモノリシス、完全に保護されたＡＳＯ ９

１Ｌフラスコに化合物１（６４ｇ）及びＣＨ_３ＣＮ：Ｅｔ_３Ｎ（６４０ｍｌ、ｖ／ｖ）を加えた。その混合物を２５℃で２時間撹拌し、次いで溶媒をロータベーパー（Ｒｏｔｏｖａｐ）により除去した。このフラスコに５００ｍｌのＮＨ_４ＯＨ（約３０重量％）を加え、その混合物を２５℃で約３０分間撹拌した。得られた溶液を１Ｌのガラス製圧力フラスコに移し、その混合物を６５℃に５時間加熱した。下流の精製のために、混合物を周囲温度に冷却した。

ＡＳＯ ９精製プロセス：
アンモノリシス（２Ｌ）からのＤＭＴ－ｏｎ ＡＳＯ ９を、１１１１ｍＭ硫酸アンモニウム溶液（１８Ｌ）で希釈して、最終硫酸アンモニウム濃度を約１０００ｍＭにした。次いで、懸濁液を深層濾過器で濾過し、これを湿らせ、洗い流し、３床容量の溶液（１０００ｍＭ硫酸アンモニウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ８．５）で平衡化した。

疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）ステップでは、ベッド高さ（ＢＨ）２０ｃｍ×内径（ＩＤ）１４ｃｍのＨＩＣカラムを、４カラム容積（ＣＶ）の平衡化緩衝液（１０００ｍＭ硫酸アンモニウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）で平衡化した。深層濾過器からの濾液をカラムにロードした。そのカラムを４ＣＶの緩衝液（１０００ｍＭ硫酸アンモニウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）で追跡し、ＵＶゲート（２ｍｍフローセル）が０．５ＡＵにヒットするまで１００ｃｍ／時間で緩衝液（８００ｍＭ硫酸アンモニウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）で洗浄した。ＵＶゲートが、一旦、０．５ＡＵに達したら、同じ緩衝液（８００ｍＭ硫酸アンモニウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）のさらに２つのＣＶでカラムを洗浄した。洗浄ステップでは、流量は１００ｃｍ／時間であった。そのカラムを、８ＣＶの緩衝液（５０ｍＭ硫酸アンモニウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）で溶出し、ＤＭＴ－ｏｎ ＡＳＯ ９を得た。カラムを、４ＣＶの脱イオン水でストリッピングした。そのカラムを３ＣＶの１Ｎ水酸化ナトリウムで浄化し、０．１Ｎ水酸化ナトリウムに保存した。ＨＩＣプロセスは、１００ｃｍ／時間で行った洗浄を除いて、２００ｃｍ／時間で実施した。

ＤＭＴ－ｏｎ ＡＳＯ ９を含むＨＩＣ溶出液（約９Ｌ）を、１０℃に冷却し、２５％（ｗ／ｗ）クエン酸の溶液（０．９Ｌ）を加えて、混合物のｐＨを２．７にした。この混合物を、１０℃で４．５時間撹拌し、そして５Ｎ水酸化ナトリウム（０．８Ｌ）を加えてｐＨ８．５にした。次に、混合物を濾過して、０．２２μｍの滅菌フィルターを使用してＤＭＴ－ＯＨ副産物を除去した。次に、濾液を陰イオン交換クロマトグラフィーによって精製した。

陰イオン交換クロマトグラフィー（ＡＥＸ）の場合、１５ｃｍ ＢＨ×１４ｃｍ ＩＤ ＡＥＸカラムに対して２ＣＶの高塩緩衝液（２０００ｍＭ塩化ナトリウム、２５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）を充填し、４ＣＶの平衡緩衝液（１００ｍＭ塩化ナトリウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）で平衡化した。脱トリチル化ステップからの濾液を、水で約２０ｍＳの導電率に希釈し、カラムにロードした。ＵＶゲート（２ｍｍフローセル）が０．４ ＡＵに達するまで、カラムを緩衝溶液（３００ｍＭ塩化ナトリウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）で洗浄した。カラムを同じ緩衝液（３００ｍＭ塩化ナトリウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）のさらに４つのＣＶで連続的に洗浄した。このカラムを７ＣＶの緩衝液（５２５ｍＭ塩化ナトリウム、５０ｍＭトリス、ｐＨ８．５）で溶出して、ＡＳＯ ９溶液を提供した。カラムを、４ＣＶの緩衝液（２０００ｍＭ塩化ナトリウム、２５０ｍＭトリス、ｐＨ ８．５）でストリッピングし、次いで、３ＣＶの１Ｎ水酸化ナトリウムで浄化して、０．１Ｎ水酸化ナトリウムに保存した。ＡＥＸプロセスは、２００ｃｍ／時間で実施された。ＡＳＯ ９のＨＰＬＣ－ＭＳを、図１２に示す。

実施例２． ５’末端から３’末端への伸長戦略を使用したＡＳＯの合成（１０量体）
１． ５’Ｐアミダイトフラグメント（５量体）の一般的な合成

１－２Ａ及びホスホルアミダイトから始めて、化合物１－８ａの合成について上記したのと同様の手順を使用して、化合物２－２Ａを＞９８％の収率で得た。
２． ＡＳＯ６量体の合成

化合物４－２Ａを、化合物３－２Ａとカップリングさせて、フラグメント１－９の合成についての上記と同様の手順を使用し、続いて４－９合成のステップ３に記載されている脱シリル化手順を使用して、６量体（化合物５－２Ａ）を＞９８％の収率で得た。脱シリル化前のＡＳＯ ６量体の質量スペクトルを図１３に示す。

３． ＡＳＯ１０量体の合成

ＡＳＯ ５量体６－２Ａを、５量体フラグメント２－２Ａとカップリングさせて、フラグメント１～９の合成について上記したのと同様の手順を使用して、＞９８％の収率でＡＳＯ １０量体を生成した。ＡＳＯ１０量体の質量スペクトルを図１４に示す。

４． ＡＳＯ １５量体５’－ＡＣｏＡＧＡＴＡＴＴＴＴＴＧＴＴ－３’－ＯＨの収束合成

ＡＳＯ １５量体は、上記と同様の手順を使用して、上記のスキームに示されている収束合成法に基づいて合成された。収束合成で使用される３つのフラグメントは次のとおりである：５’－ＬＨＰＧ－ＡＣｏＡＧＡ－３’－ＯＨ（フラグメント１）；５’－Ｐ－ＴＡＴＴＴ－３’－ＯＴＢＤＰＳ（フラグメント２）；及び５’－Ｐ－ＴＴＧＴＴ－３’－ＯＴＢＤＰＳ（フラグメント３）。
１）フラグメント１の合成：５’－ＬＨＰＧ－ＡＣｏＡＧＡ－３’－ＯＨ（１－３Ａ）

フラグメント１（化合物１～３Ａ）は、上記と同様の手順を使用して、上記のスキームに示されるように合成した。脱保護されたフラグメント１（化合物１－３Ａ～Ｈ）の質量スペクトルを図１５に示す。

２）フラグメント２の合成：５’－Ｐ－ＴＡＴＴＴ－３’－ＯＴＢＤＰＳ（化合物２－３Ａ）
フラグメント２は、２－２Ａ合成について上記したのと同様の手順を使用して合成した。
３）フラグメント３の合成：５’－Ｐ－ＴＴＧＴＴ－３’－ＯＴＢＤＰＳ（化合物３－３Ａ）
フラグメント３はまた、２－２Ａ合成について上記したのと同様の手順を使用して合成した。
４）ＡＳＯ １５量体の収束合成：
ＡＳＯ １５量体は、本明細書に記載の液相収束合成法を使用して合成した。フラグメント１とフラグメント２とをカップリングさせた後、硫化して化合物４－３Ａを形成した。化合物４－３Ａを脱シリル化して３’－ＴＢＤＰＳ基を除去すると、化合物５－３Ａが生成され、次いで、これをフラグメント３とカップリングさせた後、硫化によってＡＳＯ １５量体６－３Ａを生成した。４－３Ａ及び５－３Ａの形成は、化合物４－３Ａまたは５－３ＡをＮＨ_３／Ｈ_２Ｏで処理することによって形成された、対応する脱保護生成物４－３Ａ－Ｈ及び５－３Ａ－ＨのＬＣ－ＭＳ分析によって確認された。化合物４－３Ａ－Ｈ及び５－３Ａ－Ｈの質量スペクトルを、それぞれ図１６及び図１７に示す。化合物４－３Ａ及び５－３Ａのアンモノリシス反応を以下に示す：

５）ＡＳＯ １５量体６－３Ａの脱保護及びアンモノリシス

上記のＤＭＴ－ｏｎ ＡＳＯ ９合成と同様の脱保護及びアンモノリシス手順を使用して、ＡＳＯ １５量体６－３ＡをＮＨ_４ＯＨで処理すると、６ａ及び６ｂの混合物が得られ、５’－ＬＨＰＧ保護基の完全な除去、及び３’末端でのＴＢＤＰＳ基の部分的除去が示されている（図１８を参照のこと）。

実施例３：５’ＯＨ脱保護中の脱アミノ化研究：
ＵＣＣ三量体及びＣＣ二量体の脱トリチル化研究
１． ＵＣＣ三量体脱アミノ化研究：

ＵＣＣ三量体の脱トリチル化は、脱アミノ化副反応を最小限に抑えるために必要な最良の条件と試薬を見つけるために、さまざまな反応条件下で研究された。表１は、さまざまな反応条件と、それらの条件下での不要な脱アミノ化生成物の量の比較を示している。図９に見られるように、３Å分子篩の使用及び反応のピリジンによるクエンチでは、篩なしで７％の脱アミノ化、篩なしで及びピリジンクエンチなしで１０％の脱アミノ化と比較して、０．５％未満の脱アミノ化が生じた。

２． ＣＣ二量体脱アミノ化研究：
ＵＣＣ三量体に対して行われた上記の研究と同様に、脱アミノ化反応を最小化または回避するために、さまざまな試薬及び条件を使用してＣＣ二量体に対して脱トリチル化を実施した。表２及び図１１に見られるように、ＤＣＡ、チオール及び３Å分子篩を使用した場合、水を加えても、室温で１４時間後に脱アミノ化生成物は検出されなかった。一方、分子篩及び水を添加しない場合は４．４６％の脱アミノ化生成物が得られ、室温で１４時間撹拌すると分子篩を含まないが水を含む４９％の脱アミノ化生成物が得られた。

３． フラグメント合成からの脱トリチル化の脱アミノ化研究結果
５量体ＭＯＥ ＤＭＴＯ－ＡＣ_ｏＣＣＵ－ＯＨ（ＤＭＴＯ－ＡＣＣＣＵ－ＯＬＨＰＧから）には、約１０％の脱アミノ化不純物が含まれていた（Ｉａ、Ｉｂ、及びＩｃの合計、比率は決定されていない）（スキームＡ）。
スキームＡ．ＤＭＴＯ－ＡＣＣＣＵ－ＯＬＨＰＧにおける高レベルの脱アミノ化不純物

次に、その類似体であるＨＯ－ＣＣＣ－ＯＴＢＤＰＳの合成を、同じ手順を使用して完了し、この三量体生成物が少なくとも１０％の総脱アミノ化不純物を含むことがわかった（スキームＢ）。
スキームＢ：ＨＯ－ＣＣＣ－ＯＴＢＤＰＳにおける高レベルの脱アミノ化不純物

ＭＯＥフラグメント－ＬＨＰＧ（Ｉ）：上記の結果、５量体ＭＯＥ ＤＭＴＯ－ＡＣ_ｏＣＣＵ－ＯＨ、を、脱トリチル化の手順を変更して繰り返した。この合成では、それぞれの脱トリチル化反応に酸を加える前に、溶液を３Å分子篩で乾燥させた。脱アミノ化副産物は、完全に抑制された（表３）。

実施例４． ＡＳＯ ８の合成
５’末端にＤＭＴ基及び３’末端にＬＨＰＳ基を有する完全に保護されたＡＳＯ ８は、ＡＳＯ ９について実施例１に記載された同様の手順を使用して調製された。合成に用いたオリゴヌクレオチドフラグメントは、以下のスキームに示される。
１． ５＋６＋（４＋５）カップリングによるＡＳＯ ８の合成

２． ５＋６＋４＋５カップリングによるＡＳＯ ８の合成

ＤＭＴ－ｏｎ ＡＳＯ ８は、ＡＳＯ ９について実施例１に記載されたものと同様の手順を使用して脱トリチル化及び精製された。ＡＳＯ ８のＨＰＬＣ－ＭＳが図１９に示されている。

ＡＳＯ ８のＨＰＬＣ－ＭＳ法：
●カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｃ１８カラム、１．７μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ；
●カラム温度：５０℃；
●イオン化モード：ＡＰＩ－ＥＳ；
●１３５０～２３００の質量範囲；
●ＭＳ極性：負；
●移動相Ａ：１０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；溶液Ｂ：８０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍのＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ；
●勾配：

実施例５． 脱シリル化研究
不純物の形成を最小限に抑えるために、３’－ＯＴＢＤＰＳの新規で、容易で、穏やかでかつクリーンな脱保護法を開発した。イミダゾールの存在がＴＢＤＰＳの脱保護を大幅に加速し、不純物の生成を最小限に抑えることが発見された。以下に説明する比較研究は、既知の条件を使用した脱シリル化が、Ｎ－２及びジオール副生成物などのさまざまな副生成物の形成につながったことを示している。対照的に、新しい脱シリル化法は、これらの副産物の有意な低減をもたらす。
ａ． 既知の脱シリル化条件を使用したＣＣＧＵ四量体の脱シリル化：

２５０ｍｇのＣＣＧＵ四量体を、２０当量のＨＦ及び３０当量のピリジンを用いて０℃で７時間、処理した。Ｎ－２及びジオール副生成物が観察された。ＴＢＡＦまたはＣｓＦなどの他の公知の方法による脱シリル化反応は、複雑な混合物をもたらす。

Ｎ－２及びジオール副産物の存在は、最終的な標的オリゴヌクレオチドの純度に有意に影響し得る。
ｂ． ＨＦ／イミダゾール脱シリル化条件下でのＣＣＧＵ四量体の脱シリル化：

上記の既知の条件で実施された脱シリル化反応とは対照的に、ＨＦ／イミダゾールによる脱シリル化は、２時間で脱シリル化反応の完了をもたらし、０．５％未満のジオール及びＮ－２副生成物が観察された。さらに、既知の脱シリル化条件で必要な２０当量のＨＦと比較して、出発物質の完全な変換を達成するために必要なのは５当量のＨＦだけであった。

実施例６． Ｈホスホネートケミストリーによる５’－ＤＭＴ－ＧＵＵＵＵＵＧＣＡＡ－ＮＯ_２－ベンゾイルの合成

ＳＭ１（３．７８ｇ）及びＳＭ２（２．６４ｇ）を、２０ｍｌのＣＨ_３ＣＮに溶解した。０℃で、ピリジン２．４ｍｌ及び塩化ピバロイル０．６２ｍｌを、混合物に緩徐に加えた。０℃で４０分間撹拌した後、Ｉ_２／ｐｙ（０．０５Ｍ ４０ｍｌ）を混合物に加えた。０℃で３０分間撹拌した後、反応をＮａ_２Ｓ_２Ｏ_３／Ｈ_２Ｏ溶液でクエンチし、５’－ＤＭＴ－ＧＵＵＵＵＵＧＣＡＡ－ＮＯ_２－ベンゾイルを淡黄色の固体として得た。５’－ＤＭＴ－ＧＵＵＵＵＵＧＣＡＡ－ＮＯ_２－ベンゾイルの構造は、ＭＳによって確認された（図２０を参照）。

実施例７． 種々のＰＯ／ＰＳ結合を有するＡＳＯ ９類似体の収束液相合成の実現可能性の評価
ＨＰＬＣ法（Ａ）。
カラム：Ｘｂｒｉｄｇｅ Ｓｈｉｅｌｄ ＲＰ１８ ５ μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍカラム。
カラム温度：４０℃；
移動相：
溶液Ａ：１０ｍＭ ＮＨ_４ＨＣＯ_３水溶液
溶液Ｂ：１００％アセトニトリル
勾配：

ＨＰＬＣ法（Ｂ）。
カラム：Ｘｂｒｉｄｇｅ Ｃ１８ ３．５ μｍ、４．６ｍｍ×１５０ｍｍカラム。
カラム温度：４０℃
移動相：
溶液Ａ：１０ｍＭ ＮＨ_４ＨＣＯ_３水溶液
溶液Ｂ：１００％アセトニトリル
勾配：

ＨＰＬＣ法（Ｃ）。
カラム：Ｘｂｒｉｄｇｅ Ｓｈｉｅｌｄ ＲＰ１８ ５ μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍカラム。
カラム温度：４０℃
移動相：
溶液Ａ：１０ｍＭ ＮＨ_４ＨＣＯ_３水溶液
溶液Ｂ：１００％アセトニトリル
勾配：

ＨＰＬＣ－ＭＳ法（Ｄ）。
カラム：Ｘｂｒｉｄｇｅ Ｓｈｉｅｌｄ ＲＰ１８ ５ μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍカラム。
カラム温度：４０℃；
１００～１０００の質量範囲；
ＭＳ極性：負；
移動相：
溶液Ａ：１０ｍＭ ＮＨ_４ＨＣＯ_３水溶液
溶液Ｂ：１００％アセトニトリル
勾配：

ＨＰＬＣ－ＭＳ法（Ｅ）。
カラム：Ｌｕｎａ Ｃ１８ ３．０μｍ、２．０ｍｍ×３０ｍｍカラム。
カラム温度：４０℃；
１００～２０００の質量範囲；
ＭＳ極性：正
移動相：
溶液Ａ：０．０３７％ＴＦＡ（ｖ／ｖ）水溶液
溶液Ｂ：０．０１８％ＴＦＡ（ｖ／ｖ）アセトニトリル溶液。
勾配：

ＨＰＬＣ－ＭＳ法（Ｆ）。
カラム：Ｘｂｒｉｄｇｅ Ｓｈｉｅｌｄ ＲＰ１８ ５ μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍカラム。
カラム温度：４０℃；
１００～１０００の質量範囲；
ＭＳ極性：正
移動相：
溶液Ａ：１０ｍＭ ＮＨ_４ＨＣＯ_３水溶液
溶液Ｂ：１００％アセトニトリル
勾配：

アミダイト化合物７－１－６ａ、７－３－１０ａ及び７－４－８ａのＨＰＬＣ－ＭＳ法（Ｇ）。
カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｃ１８ １．７μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ。
カラム温度：５０℃；
５００～２２００の質量範囲；
ＭＳ極性：負；
移動相：
溶液Ａ：１０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍ ＥＤＴＡ中の５ｍＭ酢酸トリブチルアミン（ＴＢｕＡＡ）；
溶液Ｂ：８０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍ ＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ
勾配：

異なる数のＰ＝Ｏ／Ｓ結合を有するＡＳＯ ９類似体を合成した。

Ａ． ５’フラグメントの調製
１． ５’－ＤＭＴｒ－ＣＣＧＵ－ＯＨまたは５’－ＯＨ－ＣＣＧＵ－ＴＢＤＰＳ４量体（フラグメント４）の調製
化合物７－１－２の合成

ＤＣＭ（８５ｍＬ）中の化合物７－１－１（８．５０ｇ、１３．７ｍｍｏｌ、１．００当量）及びイミダゾール（４．６８ｇ、６８．７ｍｍｏｌ、５．００当量）の溶液に、ＴＢＤＰＳＣｌ（４．１５ｇ、１５．１ｍｍｏｌ、３．８８ｍＬ、１．１０当量）を加えた。その混合物を、２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：２、生成物：Ｒ_ｆ＝０．５５）によって、化合物７－１－１が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。プロパン－２－オール（８２５ｍｇ、１３．７ｍｍｏｌ、１．００当量）を加え、その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。

上記の溶液に、０℃に冷却したドデカン－１－チオール（７．２３ｇ、３５．７ｍｍｏｌ、８．５６ｍＬ、１．３０当量）を加え、次いでＴＦＡ（２５．０ｇ、２１９ｍｍｏｌ、１６．２ｍＬ、８．００当量）を、この反応混合物に０℃で添加した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：２、生成物：Ｒ_ｆ＝０．２８）は、出発物質が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことを示した。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（５００ｍＬ）を加えることによりクエンチし、次いでＤＣＭ（１００ｍＬ）で希釈し、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）で抽出した。組み合わせた有機層を、ブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、ＭｇＳＯ_４上で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して残渣を得た。この粗生成物を、ＤＣＭ（６００ｍＬ）に溶解し、１０００ｍＬの分液漏斗にロードした。

この粗生成物を、ＡＣＮ１００ｍＬ及び５０ｍＬのＤＩ水に溶解し、その混合物をヘプタン：ＴＢＭＥ＝４：１（１２０ｍＬ×４）によって抽出した。（生成物について示されたＴＬＣは、ＡＣＮ及びＤＩ水でクリーンであった）。生成物はＡＣＮ及び水中であった。その混合物を、ＴＢＭＥ（１００ｍＬ）で抽出し、有機層を乾燥させ、白色固体として濃縮乾固した。化合物７－２（１４．０ｇ、２３．４ｍｍｏｌ、収率８５．１％、純度９２．７％）を白色の泡状物として得られた。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝３．４４６分；ＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．３７１分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝５５５．３（化合物７－１－２の場合）。

化合物７－１－３の合成

化合物７－１－２（１２．０ｇ、２１．６ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｇアミダイト（２１．７ｇ、２３．８ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、アルゴン下で２５０ｍＬシングルネックラウンドボトル中でＡＣＮ（１０ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（３．００ｇ）を、アルゴン圧力下でＡＣＮ（６０ｍＬ）をシングルネックボトルに追加した。その混合物を２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（３．８３ｇ、３２．４ｍｍｏｌ、１．５０当量）をその混合物に加えた。反応混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１５：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．３９）によって、化合物７－１－２が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．１９９分；出発物質：ＲＴ＝５．１９４分）によって、化合物２が完全に消費されたことが示された。

上記の溶液にＢｕＯＯＨ（３．９０ｇ、４３．２ｍｍｏｌ、４．１５ｍＬ、２．００当量）を加えた。混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣ（７－１－３、生成物：ＲＴ＝６．８６９分；出発物質：ＲＴ＝７．１９９分）によって、反応が完了したことが示された。この反応混合物をＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（４００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＤＣＭ（１００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。化合物７－１－３（３２．０ｇ、１８．９ｍｍｏｌ、収率８７．６％、純度８２．０％）を淡黄色の泡状物として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝６．８６８分；ＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．５０１、１．５２０分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１３８３．５（化合物７－１－３の場合）。

化合物７－１－３ａの調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（１２０ｍＬ）中の化合物７－１－３（２５．０ｇ、１８．０ｍｍｏｌ、１．００当量）にドデカン－１－チオール（４．７５ｇ、２３．４ｍｍｏｌ、５．６３ｍＬ、１．３０当量）を０℃で加え、次いでＴＦＡ（１６．４ｇ、１４４ｍｍｏｌ、１０．７ｍＬ、８．００当量）を０℃で反応混合物に加えた。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．２４）によって、化合物７－１－３が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３溶液（３００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＤＣＭ（１００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（１００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して、濃縮した。

その混合物を、ＣＨ_３ＣＮ：Ｈ_２Ｏ（２：１、７０ｍＬ）に再溶解し、ＣＨ_３ＣＮ／Ｈ_２Ｏ層を、ヘプタン：ＭＴＢＥ＝４：１（１００ｍＬ×４）で洗浄し、次いで、ＣＨ_３ＣＮ及びＨ_２Ｏの層をＥｔＯＡｃ（１００ｍＬ）で希釈し、その有機層をブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過し、そして濃縮した。化合物７－１－３ａ（１７．０ｇ、１５．０ｍｍｏｌ、収率８３．３％、純度９５．８％）を淡黄色の泡状物として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝６．７７８分；ＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．３２２分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１０８１．４（化合物７－１－３ａの場合）。

化合物７－１－４の合成

化合物７－１－３ａ（１７．０ｇ、１５．７ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｃアミダイト（１５．９ｇ、１７．２ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、Ａｒ下で２５０ｍＬシングルネックラウンドボトル中で、ＡＣＮ（５０ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（４．００ｇ）をシングルネックボトルに添加し、Ａｒ圧力下でＡＣＮ（８５ｍＬ）を添加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（２．７８、２３．５ｍｍｏｌ、１．５０当量）を混合物に加えた。その反応混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．９３２、８．００１分；出発物質：ＲＴ＝５．１１１、５．１６９分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

上記の溶液に、ＢｕＯＯＨ（４．０５ｇ、３１．４ｍｍｏｌ、４．３１ｍＬ、純度７０．０％、２．００当量）を加えた。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣ（７－１－４、生成物：ＲＴ＝７．７４６、７．８３２、７．９１６分；出発物質：ＲＴ＝７．９３２、８．００１分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（４００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（１００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。化合物７－１－４（３３．４ｇ、１２．７ｍｍｏｌ、８１．３％の収率、７３．５％の純度）を白色の固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝７．７４６、７．８３２、７．９１６分；ＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．６０３分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１９１７．７（化合物７－１－４の場合）。

化合物７－１－４ａの合成

ＡＣＮ（１２０ｍＬ）中の化合物７－１－４（２３．０ｇ、１１．９ｍｍｏｌ、１．００当量）に、ドデカン－１－チオール（３．１５ｇ、１５．５ｍｍｏｌ、３．７３ｍＬ、１．３０当量）を０℃で加え、次にＴＦＡ（１０．９ｇ、９５．８ｍｍｏｌ、７．１０ｍＬ、８．００当量）を０℃で反応混合物に添加した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝７：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．４０）によって、化合物７－１－４が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３溶液（４００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３水溶液（１５０ｍＬ）、ブライン（１５０ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して、濃縮した。粗生成物を、ＤＣＭ（５０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にイソプロピルエーテルの溶媒（５００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を淡黄色の固体として収集し、固体のケーキをイソプロピルエーテル（５０ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－１－４ａ（２２．０ｇ、１１．１ｍｍｏｌ、９３．０％の収率、８１．９％の純度）を淡黄色の固体として得た。
化合物７－１－４ａ（１３．０ｇ、８．０４ｍｍｏｌ、８６．９％の収率、９８．３％の純度）を、ＨＰＬＣ精製後に白色の泡状物として得た。ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝６．１２７、６．１９３、６．２７７分、及びＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．４３１分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１６１５．５。

ＣＣＧＵ４量体の調製

化合物７－１－４ａ（１３．０ｇ、８．０４ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｃアミダイト（８．１７ｇ、８．８４ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、Ａｒ下で２５０ｍＬシングルネックラウンドボトル中で、ＡＣＮ（３０ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（３．５０ｇ）をシングルネックボトルに添加し、Ａｒ圧力下でＡＣＮ（６５ｍＬ）を添加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（１．４２ｇ、１２．０ｍｍｏｌ、１．５０当量）を混合物に加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。
ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝８．５４７分；出発物質：ＲＴ＝６．１２７、６．１９３、６．２７７分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

上記の溶液に、２５℃でＢｕＯＯＨ（２．０７ｇ、１６．０ｍｍｏｌ、２．２０ｍＬ、７０．０％純度、２．００当量）を添加した。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣ（７－５、生成物：ＲＴ＝８．４００分；出発物質：ＲＴ＝８．５４７分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（５００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（３００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。粗生成物をＤＣＭ（５０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にイソプロピルエーテルの溶媒（６００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を淡黄色の固体として収集し、固体のケーキをイソプロピルエーテル（５０ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－１－５（ＣＣＧＵ）（１５．０ｇ、５．９４ｍｍｏｌ、７３．９％の収率、９７．３％の純度）を、ＨＰＬＣ精製後に黄色の固体として得た。ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝８．４００分、及びＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．６６５分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋２Ｈ］^２＋／２＝１２２６．４

ＤＭＴｒ－ＣＣＧＵ－ＯＨ（７－１－６）の調製

７－１－５（６．００ｇ、２．４４ｍｍｏｌ、１．００当量）含有ＡＣＮ（３５ｍＬ）の溶液、及び次にピリジンの溶液に；フッ化水素酸（６９８ｍｇ、２４．４ｍｍｏｌ、６３４ｕＬ、純度７０．０％、１０．０当量）及びイミダゾール（３．３３ｇ、４８．８ｍｍｏｌ、２０．０当量）含有ＴＨＦ（８ｍＬ）を０℃で滴下して加えた。その混合物を、０℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝１０：１）によって、化合物７－１－５が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。

その反応混合物をＥｔＯＡｃ（２０ｍＬ）に溶解した。有機層を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液（２０ｍＬ×２）、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、真空で濃縮した。粗生成物を、ＤＣＭ（５ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（５０ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキをイソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－１－６（４．９０ｇ、２．０７ｍｍｏｌ、収率８４．５％、純度９３．５％）を白色の固体として得た。ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝１０．９８６、１１．１８２、１１．２６４分、及びＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．５０２分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋２Ｈ］^２＋／２＝１１０７．４。

ＤＭＴｒ－ＣＣＧＵ－ＯＨ（７－１－６ａ）の調製

７－１－６ａは、ホスホルアミダイト合成について上記したのと同様の手順を使用して、７－１－６から合成した。ＨＰＬＣ－ＭＳ（方法Ｇ）：ＲＴ＝９．７４０、９．８４３、９．９４９分；ｍ／ｚ：［Ｍ－２Ｈ］^２－／２＝１２０５．８（化合物７－１－６ａの場合）。

ＨＯ－ＣＣＧＵ－ＯＴＢＤＰＳ（７－１－７）の調製

ＡＣＮ（３０ｍＬ）中の７－１－５（６．２０ｇ、２．５２ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、０℃でドデカン－１－チオール（７６６ｍｇ、３．７９ｍｍｏｌ、９０６ｕＬ、１．５０当量）を添加し、次いで、ＴＦＡ（２．３０ｇ、２０．１ｍｍｏｌ、１．４９ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．３５）によって、化合物７－１－５が完全に消費され、２つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。

反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（１００ｍＬのＤＩ水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次にＥｔＯＡｃ ５０ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液１００ｍＬで抽出した。合わせた有機層を、ブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、ＤＣＭ（８０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（３００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキを、イソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。

化合物７－１－７（４．８６ｇ、２．１８ｍｍｏｌ、収率８６．４％、純度９６．６％）を、ＨＰＬＣ精製により白色の固体として得た。ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝０．６６４、１０．７９４、１０．９１７分、及びＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．４３１分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋２Ｈ］^２＋／２＝１０７５．９。

Ｂ． ３’フラグメントの調製
１． ５’－ＯＨ－ＡＣＣＣＵ－ＬＨＰＧ５量体（フラグメント１）の調製の一般的な手順
化合物７－２－１の調製のための一般的な手順

化合物７－２－ａを、トルエン（６０．０ｍｌ×３）と共蒸発させた。ＤＣＭ（１００ｍＬ）中の化合物７－２－ａ（１０．０ｇ、１６．１ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、Ｎ，Ｎ－ジエチルエタンアミン（８．１８ｇ、８０．８ｍｍｏｌ、１１．２ｍＬ、５．００当量）及びテトラヒドロフラン－２，５－ジオン（３．２４ｇ、３２．３ｍｍｏｌ、２．００当量）を添加した。その混合物を、２５℃で４時間撹拌した。ＨＰＬＣによって、化合物７－２－ａが完全に消費されたことが示された。反応混合物をＴＥＡＢ（０．５Ｍ、３００ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物７－２－１（１１．０ｇ、１５．３ｍｍｏｌ、９４．６％収率）を褐色の固体として得た。

ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝２．４０５分

化合物７－２－２の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（３００ｍＬ）中の化合物７－２－１ａ（１０．１ｇ、１０．２ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、化合物７－２－２（１１．０ｇ、１４．５ｍｍｏｌ、１．４３当量、ＨＣｌ）、ＨＢＴＵ（１３．１ｇ、３４．６ｍｍｏｌ、３．４０当量）、ＨＯＢｔ（４．６９ｇ、３４．６ｍｍｏｌ、３．４０当量）及びＤＩＥＡ（４．４８ｇ、３４．６ｍｍｏｌ、６．０４ｍＬ、３．４０当量）を添加した。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（出発物質、Ｒ_ｆ＝０．３８、生成物、Ｒ_ｆ＝０．４２）によって、化合物７－２－１ａが完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。粗生成物をＡＣＮ（７００ｍｌ）で２５℃で１５分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－２（１６．０ｇ、９．４３ｍｍｏｌ、９２．４％収率）を褐色の固体として得た。

化合物７－２－３の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（１６０ｍＬ）中の化合物７－２－２（１６．０ｇ、９．４３ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ドデカン－１－チオール（５．７３ｇ、２８．３ｍｍｏｌ、６．７８ｍＬ、３．００当量）及びＴＦＡ（１０．７ｇ、９４．３ｍｍｏｌ、６．９８ｍＬ、１０．０当量）を添加した。混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．５０、生成物、Ｒ_ｆ＝０．４３）によって、化合物７－２－２が完全に消費されたことが示された。反応混合物を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液を用いて、ｐＨ＞７になるまで洗浄し、ジクロロメタン（３００ｍＬ）で抽出し、ブライン（２００ｍｌ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物をＡＣＮ（８００ｍｌ）で２５℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－３（１１．７ｇ、８．３９ｍｍｏｌ、８８．９％収率）を白色固体として得た。

化合物７－２－４の調製のための一般的な手順

化合物７－２－３及びＭＯＥ Ｃアミダイトを（ＡＣＮ ６０．０ｍＬ×３）及び（ＤＣＭ ２０．０ｍＬ×３）と共蒸発させた。化合物７－２－３（１１．７ｇ、８．３９ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｃアミダイト（１５．４ｇ、１６．７ｍｍｏｌ、２．００当量）の溶液に、ＤＣＭ（１２０ｍＬ）及びＡＣＮ（２０ｍＬ）を加え、次いで、３Ａ ＭＳを加え、その混合物を１時間撹拌し、次いで混合物中にＤＣＩ（２．９８ｇ、２０．９８ｍｍｏｌ、２．５０当量）を加え、その混合物を０．５時間撹拌し、次いで２－ヒドロペルオキシ－２－メチル－プロパン（３．２４ｇ、２５．１ｍｍｏｌ、５．０４ｍＬ、５Ｍ、３．００当量）を混合物中に加え、その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝２０：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．４３、生成物、Ｒ_ｆ＝０．４８）によって、化合物７－２－３が完全に消費されたことが示された。反応混合物をＮａＨＣＯ_３水溶液及びＮａ_２ＳＯ_３水溶液（２００ｍｌ）で洗浄し、ブライン（２００ｍｌ）で洗浄し、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、ＡＣＮ（３５０ｍｌ）で２５℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－４（１７．１ｇ、７．３３ｍｍｏｌ、８７．２％収率）を白色固体として得た。

化合物７－２－５の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（１７０ｍＬ）中の化合物７－２－４（１７．１ｇ、７．３３ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ドデカン－１－チオール（４．４５ｇ、２１．９ｍｍｏｌ、５．２６ｍＬ、３．００当量）及びＴＦＡ（８．３５ｇ、７３．２ｍｍｏｌ、５．４２ｍＬ、１０．０当量）を添加した。その混合物を０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．４３、生成物、Ｒ_ｆ＝０．４８）は、化合物７－２－４が完全に消費されたことを示した。この反応混合物を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液を用いて、ｐＨ＞７になるまで洗浄し、ジクロロメタン（３００ｍＬ）で抽出し、ブライン（２００ｍｌ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、ＡＣＮを用いて０℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－５（１３．７ｇ、６．７４ｍｍｏｌ、９２．０％収率）を、白色固体として得た。

化合物７－２－６の調製のための一般的な手順

化合物５及びＭＯＥ Ｃアミダイトを（ＡＣＮ ８０．０ｍＬ×３）及び（ＤＣＭ ３０．０ｍＬ×３）と共蒸発させた。化合物７－２－５（１３．７ｇ、６．７４ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｃアミダイト（１２．４ｇ、１３．４ｍｍｏｌ、２．００当量）の溶液に、ＤＣＭ（８０．０ｍＬ）及びＡＣＮ（２０．０ｍＬ）を加え、次いで、３Å分子篩を加え、その混合物を１時間撹拌し、次いで混合物中にＤＣＩ（２．３９ｇ、１６．８ｍｍｏｌ、２．５０当量）を加え、その混合物を０．５時間撹拌し、次いで２－ヒドロペルオキシ－２－メチル－プロパン（５Ｍ、４．０５ｍＬ、３．００当量）を混合物中に加え、その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１５：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．４３、生成物、Ｒ_ｆ＝０．５０）によって、化合物７－２－５が完全に消費されたことが示された。反応混合物を濾過した。その濾液を、ＡＣＮを用いて２５℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－６（１７．０ｇ、６．１５ｍｍｏｌ、９１．１％収率）を白色固体として得た。

化合物７－２－７の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（１９０ｍＬ）中の化合物７－２－６（１７．０ｇ、６．１５ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ドデカン－１－チオール（３．７３ｇ、１８．４ｍｍｏｌ、４．４２ｍＬ、３．００当量）及びＴＦＡ（７．０１ｇ、６１．４ｍｍｏｌ、４．５５ｍＬ、１０．０当量）を添加した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．４３、生成物、Ｒ_ｆ＝０．３８）によって、化合物７－２－６が完全に消費されたことが示された。この反応混合物を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液を用いて、ｐＨ＞７になるまで洗浄し、ジクロロメタン（３００ｍＬ）で抽出し、ブライン（２００ｍｌ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、ＡＣＮを用いて０℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－７（１４．７ｇ、５．９７ｍｍｏｌ、９７．０％収率）を白色固体として得た。

化合物７－２－８の調製のための一般的な手順

化合物７－２－７及びＭＯＥ Ｃアミダイトを（ＡＣＮ ６０．０ｍｌ×３）及び（ＤＣＭ ２０．０ｍｌ×３）と共蒸発させた。化合物７－２－７（１３．０ｇ、５．３１ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｃアミダイト（９．８０ｇ、１０．６ｍｍｏｌ、２．００当量）の溶液に、ＤＣＭ（６０．０ｍＬ）及びＡＣＮ（２０．０ｍＬ）を加え、次いで、３Å分子篩（ＭＳ）を加え、その混合物を１時間撹拌し、次いで混合物中にＤＣＩ（１．８９ｇ、１３．２ｍｍｏｌ、２．５０当量）を加え、その混合物を０．５時間撹拌し、次いで２－ヒドロペルオキシ－２－メチル－プロパン（５Ｍ、３．１９５ｍＬ、３．００当量）を混合物中に加え、その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１５：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．４３、生成物、Ｒ_ｆ＝０．４８）によって、化合物７－２－７が完全に消費されたことが示された。その反応混合物を濾過した。その濾液を、ＡＣＮ（８００ｍｌ）を用いて２５℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－８（１４．４ｇ、４．３６ｍｍｏｌ、８２．１％収率）を白色固体として得た。

化合物７－２－９の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（７０．０ｍＬ）中の化合物７－２－８（１４．４７ｇ、４．３９ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ドデカン－１－チオール（２．６６ｇ、１３．１ｍｍｏｌ、３．１５ｍＬ、３．００当量）及びＴＦＡ（５．００ｇ、４３．８ｍｍｏｌ、３．２５ｍＬ、１０．０当量）を添加した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．４３、生成物、Ｒ_ｆ＝０．３８）によって、化合物７－２－８が完全に消費されたことが示された。その反応混合物を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液を用いて、ｐＨ＞７になるまで洗浄し、ジクロロメタン（３００ｍＬ）で抽出し、ブライン（２００ｍｌ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、ＡＣＮ（８００ｍｌ）で２５℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－９（１１．６ｇ、３．８８ｍｍｏｌ、８８．５％収率）を白色固体として得た。

化合物７－２－１０の調製のための一般的な手順

化合物７－２－９及びＭＯＥ Ａアミダイトを（ＡＣＮ ６０ｍｌ×３）及び（ＤＣＭ ２０ｍｌ×３）と共蒸発させた。化合物７－２－９（１１．６ｇ、３．８７ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ａアミダイト（７．２１ｇ、７．７４ｍｍｏｌ、２．００当量）の溶液に、ＤＣＭ（６０．０ｍＬ）及びＡＣＮ（２０．０ｍＬ）を加え、次いで、３Å ＭＳを加え、その混合物を１時間撹拌し、次いで混合物中にＤＣＩ（１．３７ｇ、９．６７ｍｍｏｌ、２．５０当量）を加え、その混合物を０．５時間撹拌し、次いで２－ヒドロペルオキシ－２－メチル－プロパン（５Ｍ、２．３２ｍＬ、３．００当量）を混合物中に加え、その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１５：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．４３、生成物、Ｒ_ｆ＝０．４７）によって、化合物７－２－９が完全に消費されたことが示された。反応混合物を濾過した。その濾液を、ＡＣＮ（８００ｍｌ）を用いて２５℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－１０（１４．０ｇ、３．６４ｍｍｏｌ、９４．１％収率）を白色固体として得た。

フラグメント１の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（７０．０ｍＬ）中の化合物７－２－１０（１４．０ｇ、３．６４ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ドデカン－１－チオール（２．２１ｇ、１０．９ｍｍｏｌ、２．６２ｍＬ、３．００当量）を加えた。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１５：１、出発物質、Ｒ_ｆ＝０．４３、生成物、Ｒ_ｆ＝０．３９）によって、化合物７－２－１０が完全に消費されたことが示された。その反応混合物を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液を用いて、ｐＨ＞７になるまで洗浄し、ジクロロメタン（３００ｍＬ）で抽出し、ブライン（２００ｍｌ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物をＡＣＮ（８００ｍｌ）で２５℃で３０分間粉砕した。次いで、濾過し、ＡＣＮ（１００ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－２－１０（フラグメント１）（１０．０ｇ、２．８２ｍｍｏｌ、７７．５％収率）を白色固体として得た。７－２－１０（フラグメント１）は、アンモノリシスを使用してＬＨＰＧ基を脱保護した後、ＨＰＬＣ及び質量分析によって特徴付けられた。ＨＰＬＣ（方法Ｃ）：ＲＴ＝２．１１分及びＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝０．２１９分；ｍ／ｚ：［Ｍ－２Ｈ］^２－／２＝９１６．６。

２． ５’－デオキシ－ＴＴＡＣＣ５量体または５’－ＤＭＴｒ－ＴＴＡＣＣ－ＯＨまたは５’－ＯＨ－ＴＴＡＣＣ－ＴＢＤＰＳ５量体（フラグメント２）の調製の一般的な手順
化合物７－３－２の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（２００ｍＬ）中の化合物７－３－１（４０．０ｇ、６１．７ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、イミダゾール（２１．０ｇ、３０８ｍｍｏｌ、５．００当量）を加えた。その混合物は、淡黄色の均質な溶液であった。ＴＢＤＰＳＣｌ（２２．０ｇ、８０．２ｍｍｏｌ、２０．６ｍＬ、１．３０当量）を加えた。その混合物を、２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝２：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．４６）によって、化合物７－３－１が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

プロパノール－２－オール（４．７３ｍＬ、１．００当量）を加え、その混合物を０．５時間撹拌した。上記の混合物を氷水浴中で０℃に冷却した。ドデカン－１－チオール（１６．２ｇ、８０．２ｍｍｏｌ、１９．２ｍＬ、１．３０当量）を加え、その混合物を０℃で１５分間撹拌した。ＴＦＡ（５６．３ｇ、４９４ｍｍｏｌ、３６．５ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝２：１、Ｒ_ｆ＝０．２４）によって、出発物質が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（５００ｍＬのＤＩ水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いでＤＣＭ１００ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液２００ｍＬで抽出した。合わせた有機層を、ブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して、残渣を得た。

粗生成物を、ＤＣＭ １００ｍＬに溶解し、ヘプタン／ＴＢＭＥ（ｖ／ｖ９：１、１２００ｍＬ）の溶媒混合物に、漏斗から粗生成物の溶液を緩徐に滴下して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには約３０分かかった。純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色の固体として収集し、生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（１００ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。
化合物７－３－２（３４．８ｇ、５６．１ｍｍｏｌ、９１．０％の収率、９４．２％の純度）を白色の固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝７．１３６分、及びＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．５７０分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝５８４．２。

化合物７－３－３の調製のための一般的な手順

化合物７－３－２（１３．０ｇ、２２．２ｍｍｏｌ、１．００当量）及びｄＣアミダイト（２０．７ｇ、２４．５ｍｍｏｌ、１．１０当量）の溶液に、２５０ｍＬのシングルネックラウンドボトル中でＡｒ下でＡＣＮ（１００ｍＬｘ３）と共蒸発させ、及び３Å分子篩（３．００ｇ）をシングルネックボトルに追加し、Ａｒ圧力下でＡＣＮ／ＤＣＭ＝１：１（１００ｍＬ）を追加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（３．９４ｇ、３３．４ｍｍｏｌ、１．５０当量）をこの混合物に加えた。この混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝６．２０７分；出発物質：ＲＴ＝７．１３６分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、上記の溶液に、２５℃でＢｕＯＯＨ（５．７３ｇ、４４．５ｍｍｏｌ、６．１０ｍＬ、７０．０％純度、２．００当量）を加えた。この混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（７－３－３、生成物：ＲＴ＝９．０２８分；出発物質：ＲＴ＝６．０２７分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（４００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。
化合物７－３－３（３３．０ｇ、２２．０ｍｍｏｌ、９８．７％収率、８９．７％純度）を白色泡状物として得た。ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝５．５１８分、及びＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝１．７８７分；ｍ／ｚ：［Ｍ－Ｈ］^－＝１３４４．６。

化合物７－３－４の調製のための一般的な手順

ＡＣＮ（１２０ｍＬ）中の化合物７－３－３（２４．０ｇ、１７．８ｍｍｏｌ、１．００当量）にドデカン－１－チオール（４．６９ｇ、２３．１ｍｍｏｌ、５．５５ｍＬ、１．３０当量）を０℃で加え、次にＴＦＡ（１６．２ｇ、１４２ｍｍｏｌ、１０．５ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．５５）によって、化合物７－３－３が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。その反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（３００ｍＬのＤＩ水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いで、ＥｔＯＡｃ １００ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液１００ｍＬで抽出した。合わせた有機層を、ブライン（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して残渣を得た。
その混合物を、ＣＨ_３ＣＮ：Ｈ_２Ｏ（２：１、１００ｍＬ）に再溶解し、ＣＨ_３ＣＮ／Ｈ_２Ｏ層を、ヘプタン：ｔＢｕＯＭｅ＝４：１（２００ｍＬ×４）で洗浄し、次いで、ＣＨ_３ＣＮ及びＨ_２Ｏの層を、ＥｔＯＡｃ／ＭＴＢＥ（１／３、１２０ｍＬ）で希釈した。その有機層をＤＩ水（１００ｍＬ）で洗浄し、有機層を、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物７－３－４（１６．４ｇ、１４．３ｍｍｏｌ、８０．４％収率、９１．２％純度）を白色固体として得た。粗生成物を、逆相ＨＰＬＣ（ｐＨ＝７条件）によって精製した。化合物７－３－４（１４．７ｇ、１３．４ｍｍｏｌ、８７．４％収率、９５．２％純度）を白色泡状物として得た。ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝７．３４４分、及びＬＣＭＳ（方法Ｅ）：ＲＴ＝１．４５１分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１０４４．７。

化合物７－３－５の調製のための一般的な手順

化合物７－３－４（１４．７ｇ、１４．０ｍｍｏｌ、１．００当量）及びｄＡアミダイト（１３．２ｇ、１５．４ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、Ａｒ下で２５０ｍＬシングルネックラウンドボトル中で、ＡＣＮ（１００ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（４．００ｇ）をシングルネックボトルに添加し、Ａｒ圧力下でＡＣＮ（７５ｍＬ）を添加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（２．４９ｇ、２１．１ｍｍｏｌ、１．５０当量）を混合物に加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．３４４分；出発物質：ＲＴ＝８．５０１分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、上記の溶液に、２５℃でＢｕＯＯＨ（３．６２ｇ、２８．１ｍｍｏｌ、３．８６ｍＬ、７０．０％純度、２．００当量）を加えた。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣ（７－３－５、生成物：ＲＴ＝８．２３２分；出発物質：ＲＴ＝８．５０１分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（５００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。

粗生成物を、ＤＣＭ（８０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（１０００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキをイソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－３－５（３０．０ｇ、１３．４ｍｍｏｌ、９５．７％収率、８１．６％純度）を白色固体として得た。粗生成物を、逆相ＨＰＬＣ（ｐＨ＝７条件）によって精製した。化合物７－３－５（２４．０ｇ、１３．０ｍｍｏｌ、９６．９％収率、９８．８％純度）を白色固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝８．２３３分；ＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝１．６２２分；ｍ／ｚ：［Ｍ－２Ｈ］^２－／２＝９０６．８。

化合物７－３－６の調製のための一般的な手順

ＡＣＮ（９０ｍＬ）中の化合物７－３－５（１８．３ｇ、１０．０ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、０℃でドデカン－１－チオール（２．６５ｇ、１３．０ｍｍｏｌ、３．１４ｍＬ、１．３０当量）を加え、次いで、ＴＦＡ（９．１９ｇ、８０．５ｍｍｏｌ、５．９７ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．４３）によって、化合物７－３－５が完全に消費され、２つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。

その反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（３００ｍＬのＤＩ水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いで、ＥｔＯＡｃ １００ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液１００ｍＬで抽出した。合わせた有機層を、ブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して残渣を得た。粗生成物を、ＤＣＭ（８０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（１０００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキをイソプロピルエーテルヘプタン（５０ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－３－６（１４．３ｇ、９．３４ｍｍｏｌ、９２．７％の収率、９８．８％の純度）を白色の固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝７．００８分；ＬＣＭＳ（方法Ｅ）：ＲＴ＝１．４４４分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１５１４．８。

化合物７－３－７の調製のための一般的な手順

化合物７－３－６（１４．３ｇ、９．４４ｍｍｏｌ、１．００当量）及びｄＴアミダイト（７．７３ｇ、１０．３ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、Ａｒ下で２５０ｍＬシングルネックラウンドボトル中で、ＡＣＮ（５０ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（４．００ｇ）を、シングルネックボトルに添加し、Ａｒ圧力下でＡＣＮ（７５ｍＬ）を添加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（１．６７ｇ、１４．１ｍｍｏｌ、１．５０当量）を混合物に加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝８．０６１分；出発物質：ＲＴ＝７．００８分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、上記の溶液に、２５℃でＢｕＯＯＨ（２．４３ｇ、１８．８ｍｍｏｌ、２．５９ｍＬ、７０．０％純度、２．００当量）を加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（７－３－７、生成物：ＲＴ＝７．８５６分；出発物質：ＲＴ＝８．０６１分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（４００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。

化合物７－３－７（２１．９ｇ、８．７８ｍｍｏｌ、９３．０％の収率、８７．１％の純度）を白色の固体として得た。この粗生成物を、逆相ＨＰＬＣ（ｐＨ＝７条件）によって精製した。化合物７－３－７（１９．０ｇ、８．５７ｍｍｏｌ、９７．６％の収率、９８．０％の純度）を白色の泡状物として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝７．８４８分；ＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝１．５６９分；ｍ／ｚ：［Ｍ－２Ｈ］^２－／２＝１０８５．５。

化合物７－３－８の調製のための一般的な手順

ＡＣＮ（７０ｍＬ）中の化合物７－３－７（１４．０ｇ、６．４４ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、０℃でドデカン－１－チオール（１．６９ｇ、８．３７ｍｍｏｌ、２．０１ｍＬ、１．３０当量）を加え、次いで、ＴＦＡ（５．８７ｇ、５１．５ｍｍｏｌ、３．８１ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（メタノール：ジクロロメタン＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．４１）によって、化合物７－３－７が完全に消費され、２つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。その反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（３００ｍＬの脱イオン（ＤＩ）水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いで、ＥｔＯＡｃ １００ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液１００ｍＬで抽出した。合わせた有機層をブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して残渣を得た。

粗生成物を、ＤＣＭ（８０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（１０００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキを、イソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－３－８（１１．５ｇ、６．００ｍｍｏｌ、９３．１％収率、９７．６％純度）を白色固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝６．７０５分。

デオキシ－ＴＴＡＣＣ５量体７－３－９の調製の一般的な手順

化合物７－３－８（１１．５ｇ、６．１４ｍｍｏｌ、１．００当量）及びｄＴアミダイト（５．０３ｇ、６．７６ｍｍｏｌ、１．１０当量）の溶液に、Ａｒ下で２５０ｍＬシングルネックラウンドボトル中で、ＡＣＮ（５０ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（４．００ｇ）をシングルネックボトルに添加し、Ａｒ圧力下でＡＣＮ（７５ｍＬ）を添加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（１．６７ｇ、１４．１ｍｍｏｌ、１．５０当量）をその混合物に加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．７３０分；出発物質：ＲＴ＝６．７０５分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、上記の溶液にＢｕＯＯＨ（１．５８ｇ、１２．２ｍｍｏｌ、１．６８ｍＬ、純度７０．０％、２．００当量）を加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．５１７分；出発物質：ＲＴ＝７．７３０分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（５００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。

その粗生成物を、ＤＣＭ（８０ｍＬ）に再溶解した。その粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（８００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキをイソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。ＬＣＭＳ：生成物：ＲＴ＝１．４４３分。
この粗生成物を、逆相ＨＰＬＣ（ｐＨ＝７条件）によって精製した。
７－３－９（デオキシ－ＴＴＡＣＣ ５量体）（１４．３ｇ、５．４７ｍｍｏｌ、８９．３％収率、９６．８％純度）を淡黄色の固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝１１．９９３、１２．１２０、１２．２４０分；ＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝１．４４３分；ｍ／ｚ：［Ｍ－２Ｈ］^２－／２＝１２６３．７。

ＤＭＴｒ－ＴＴＡＣＣ－ＯＨ７－３－１０の調製のための一般的な手順

化合物７－３－９（７．２０ｇ、２．８４ｍｍｏｌ、１．００当量）のＡＣＮ（３５ｍＬ）溶液、及び次にピリジンの溶液に；フッ化水素酸（８１３ｍｇ、２８．４ｍｍｏｌ、７３９ｕＬ、純度７０．０％、１０．０当量）及びイミダゾール（３．８７ｇ、５６．８ｍｍｏｌ、２０．０当量）含有ＴＨＦ（１２ｍＬ）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、純度：Ｒ_ｆ＝０．３０）によって、化合物７－３－９が完全に消費され、２つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。

その反応混合物をＥｔＯＡｃ（５０ｍＬ）に溶解した。その有機層を飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液（１００ｍＬ×２）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、及び無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過し、真空中で濃縮した。
粗生成物を、ＤＣＭ（５ｍＬ）に再溶解した。その粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（３００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキを、イソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。
化合物７－３－１０ＤＭＴｒ－ＴＴＡＣＣ－ＯＨ（６．００ｇ、２．３３ｍｍｏｌ、８２．０％収率、８９．１％純度）を白色固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝６．４４９、６．５９１分；ＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．３１２分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋２Ｈ］^２＋／２＝１１４７．４。

化合物７－３－１０ａの調製

化合物７－３－１０ａは、ホスホルアミダイト合成について上記したのと同様の手順を使用して、７－３－１０から合成した。ＨＰＬＣ－ＭＳ（方法Ｇ）：ＲＴ＝８．１７４、８．２５１、８．４２０、８．４９４分；ｍ／ｚ：［Ｍ－２Ｈ］^２－／２＝１２４５．４（化合物７－３－１０ａの場合）。

ＨＯ－ＴＴＡＣＣ－ＯＴＢＤＰＳ７－３－１１の調製

ＡＣＮ（３５ｍＬ）中の化合物７－３－９（６．６０ｇ、２．６１ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、０℃でドデカン－１－チオール（７９１ｍｇ、３．９１ｍｍｏｌ、９３６ｕＬ、１．５０当量）を添加し、次いで、ＴＦＡ（２．３８ｇ、２０．８ｍｍｏｌ、１．５４ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．３５）によって、化合物７－３－９が完全に消費され、２つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（１００ｍＬのＤＩ水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いでＥｔＯＡｃ ５０ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液１００ｍＬで抽出した。合わせた有機層を、ブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して、残渣を得た。

粗生成物を、ＤＣＭ（８０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（３００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキをイソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。化合物７－３－１１（ＨＯ－ＴＴＡＣＣ－ＯＴＢＤＰＳ）（５．３５ｇ、２．３７ｍｍｏｌ、９０．７％収率、９８．６％純度）を白色固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝９．５０８、９．６５０分；ＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝１．４４４分；ｍ／ｚ：［Ｍ－２Ｈ］^２－／２＝１１１３．３。

３． ５’－ＵＴＴＣ４量体または５’－ＤＭＴｒ－ＵＴＴＣ－ＯＨまたは５’－ＯＨ－ＵＴＴＣ－ＴＢＤＰＳ４量体の調製の一般的な手順（フラグメント３）
化合物７－４－２の調製のための一般的な手順

ＤＣＭ（２００ｍＬ）中の化合物７－４－１（４０．０ｇ、６１．７ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、イミダゾール（２１．０ｇ、３０８ｍｍｏｌ、５．００当量）を加えた。その混合物は淡黄色の均質な溶液であった。ＴＢＤＰＳＣｌ（２２．０ｇ、８０．２ｍｍｏｌ、２０．６ｍＬ、１．３０当量）を加えた。その混合物を、２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝２：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．４６）によって、化合物７－４－１が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。

プロパノール－２－オール（４．７３ｍＬ、１．００当量）を加え、その混合物を０．５時間撹拌した。上記の混合物を氷水浴中で０℃に冷却した。ドデカン－１－チオール（１６．２ｇ、８０．２ｍｍｏｌ、１９．２ｍＬ、１．３０当量）を加え、その混合物を０℃で１５分間撹拌した。ＴＦＡ（５６．３ｇ、４９４ｍｍｏｌ、３６．５ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝２：１、Ｒ_ｆ＝０．２４）によって、出発混合物が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。その反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（５００ｍＬのＤＩ水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いでＤＣＭ １００ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液２００ｍＬで抽出した。合わせた有機層を、ブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して、残渣を得た。

粗生成物を、ＤＣＭ １００ｍＬに溶解し、ヘプタン／ＴＢＭＥ（ｖ／ｖ９：１、１２００ｍＬ）の溶媒混合物に、漏斗から粗生成物の溶液を緩徐に滴下して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには約０．５時間かかった。純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色の固体として収集し、生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（１００ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。化合物７－４－２（３４．８ｇ、５６．１ｍｍｏｌ、９１．０％の収率、９４．２％の純度）を白色の固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝７．１３６分、及びＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．５７０分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝５８４．２

化合物７－４－３の調製のための一般的な手順

化合物７－４－２（１５．０ｇ、２５．７ｍｍｏｌ、１．００当量）及びｄＴアミダイト（２１．０ｇ、２８．２ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、Ａｒ下で、２５０ｍＬのシングルネックラウンドボトル中で、ＡＣＮ／ＤＣＭ（１／１、１００ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（６．５０ｇ）を、Ａｒ圧力下でシングルネックボトルに追加しＡＣＮ（６０ｍＬ）及びＤＣＭ（６０ｍＬ）を追加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（４．５５ｇ、３８．５ｍｍｏｌ、１．５０当量）を混合物に加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝８．２３３分）によって、化合物７－４－２が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、上記の溶液に、２５℃でＢｕＯＯＨ（６．６２ｇ、５１．３ｍｍｏｌ、７．０４ｍＬ、７０．０％純度、２．００当量）を加えた。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．７６４、７．８２６分）によって、反応が完了したことが示された。この反応混合物をＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（４００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．０当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＤＣＭ（２００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。

化合物７－４－３（３６．０ｇ、２４．９ｍｍｏｌ、９７．１％の収率、８６．２％の純度）を白色の固体として得た。ＨＰＬＣ：生成物：ＲＴ＝７．７６４、７．８２６分；ＬＣＭＳ：化合物７－４－３、ＲＴ＝１．６０２分。粗化合物３を次のステップに使用した。

化合物７－４－３（１０．０ｇ、６．９３ｍｍｏｌ、純度８６．２％）を、逆相ＭＰＬＣ（ｐＨ＝７条件ＭｅＣＮ／水）で精製した。化合物７－４－３（８．００ｇ、６．１９ｍｍｏｌ、収率８９．２％、純度９６．１％）を白色の泡状物として得た。ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝７．７９２、７．８４５分、及びＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．６０２分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１２４３．４。

化合物７－４－４の調製のための一般的な手順

ＡＣＮ（１２０ｍＬ）中の化合物７－４－３（２６．０ｇ、２０．９ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、０℃に冷却したドデカン－１－チオール（５．５０ｇ、２７．１８ｍｍｏｌ、６．５１ｍＬ、１．３０当量）を加え、次にＴＦＡ（１９．０ｇ、１６７ｍｍｏｌ、１２．３ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．４６）によって、化合物７－４－３が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３溶液（４００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いで、その混合物をＥｔＯＡｃ（３００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４上で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して、残渣を得た。

その混合物を、ＣＨ_３ＣＮ：Ｈ_２Ｏ（２：１、１００ｍＬ）に再溶解し、ＣＨ_３ＣＮ／Ｈ_２Ｏ層を、ヘプタン：ｔＢｕＯＭｅ＝４：１（２００ｍＬ×４）で洗浄し、次いで、ＣＨ_３ＣＮ及びＨ_２Ｏの層を、ＥｔＯＡｃ／ＭＴＢＥ（１／３、１２０ｍＬ）で希釈した。有機層をＤＩ水（１００ｍＬ）で洗浄し、有機層を、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。
化合物７－４－４（１７．０ｇ、１６．７ｍｍｏｌ、８０．０％収率、９２．６％純度）を白色泡状物として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝５．９７７分、及びＬＣＭＳ（方法Ｅ）：ＲＴ＝１．２４１分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝９４１．５。

化合物７－４－５の調製のための一般的な手順

化合物７－４－４（１７．０ｇ、１８．０ｍｍｏｌ、１．００当量）及びｄＴアミダイト（１４．８ｇ、１９．８ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、Ａｒ下で２５０ｍＬシングルネックラウンドボトル中で、ＡＣＮ（１００ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（４．５０ｇ）をシングルネックボトルに添加し、Ａｒ圧力下でＡＣＮ（８５ｍＬ）を添加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（３．２０ｇ、２７．１ｍｍｏｌ、１．５０当量）を混合物に加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．４５１分；出発物質：ＲＴ＝５．９７７分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、上記の溶液にＢｕＯＯＨ（４．６５ｇ、３６．１ｍｍｏｌ、４．９５ｍＬ、純度７０．０％、２．００当量）を加えた。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．８１０分；出発物質：ＲＴ＝７．４５１分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（４００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。化合物７－４－５（３４．０ｇ、１７．２ｍｍｏｌ、９５．２％収率、８１．０％純度）を、白色泡状物として得た。

化合物７－４－５（２４．０ｇ、１５．０ｍｍｏｌ、純度８１．０％）を、逆相ＨＰＬＣ（ｐＨ＝７条件；ＭｅＣＮ／水）で精製した。化合物７－４－５（１７．８ｇ、１１．１ｍｍｏｌ、収率８９．７％、純度９８．２％）を白色の泡状物として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝７．１７９分、及びＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝１．５３０分；ｍ／ｚ：［Ｍ－Ｈ］^－＝１５９９．６。

化合物７－４－６の調製のための一般的な手順

ＡＣＮ（６５ｍＬ）中の化合物７－４－５（１２．６ｇ、７．８７ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、０℃でドデカン－１－チオール（２．０７ｇ、１０．２ｍｍｏｌ、２．４５ｍＬ、１．３０当量）を加え、次いで、ＴＦＡ（７．１８ｇ、６２．９ｍｍｏｌ、４．６６ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．３６）によって、化合物７－４－５が完全に消費され、１つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応はクリーンであった。その反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬのＤＩ水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次いで、ＥｔＯＡｃ １００ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液１００ｍＬで抽出した。合わせた有機層を、ブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して残渣を得た。

粗生成物を、ＤＣＭ １００ｍＬに溶解し、ヘプタン／ＴＢＭＥ（ｖ／ｖ９：１、５００ｍＬ）の溶媒混合物に、漏斗から粗生成物の溶液を緩徐に滴下して、沈殿プロセスを実施した。このプロセスには約０．５時間かかった。純粋な生成物を、ブフナー漏斗で白色の固体として収集し、生成物のケーキを、ヘプタンの溶媒混合物（１００ｍＬ×２）で洗浄し、濃縮して乾燥させた。
化合物７－４－６（１１．０ｇ、７．７５ｍｍｏｌ、９８．４％収率、９１．４％純度）を白色固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ａ）：ＲＴ＝５．６６１分、及びＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．３６５分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１２９８．４。

ＵＴＴＣ ４量体７－４－７の調製のための一般的な手順

化合物７－４－６（１１．０ｇ、８．４７ｍｍｏｌ、１．００当量）及びＭＯＥ Ｔアミダイト（７．６３ｇ、９．３２ｍｍｏｌ、１．１０当量）を、Ａｒ下で２５０ｍＬシングルネックラウンドボトル中で、ＡＣＮ（１００ｍＬ×３）と共蒸発させ、３Å分子篩（３．００ｇ）をシングルネックボトルに添加し、Ａｒ圧力下でＡＣＮ（５５ｍＬ）を添加した。その混合物を、２５℃で１時間撹拌し、次いでＤＣＩ（１．５０ｇ、１２．７ｍｍｏｌ、１．５０当量）を混合物に加えた。その混合物を、２５℃で１時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝７．０５６、７．１８０分；出発物質：ＲＴ＝５．６６１分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。

カップリング反応が終了した後、上記の溶液にＢｕＯＯＨ（２．１８ｇ、１６．９ｍｍｏｌ、２．３２ｍＬ、純度７０．０％、２．００当量）を加えた。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＨＰＬＣ（生成物：ＲＴ＝６．８９７、６．９６１分；出発物質：ＲＴ＝７．０５６分、７．１８０分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。この反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３及びＮａ_２ＳＯ_３溶液（５００ｍＬのＤＩ水中で１０．０当量のＮａＨＣＯ_３及び５．００当量のＮａ_２ＳＯ_３）に注ぎ、次いでその混合物をＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、２つの層を分離し、その有機層を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、ブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、乾燥濾過して濃縮した。

粗生成物を、ＤＣＭ（５０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（６００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキをイソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。粗固体を、逆相ＨＰＬＣ（ｐＨ＝７条件；ＭｅＣＮ／水）で精製した。化合物７－４－７（ＵＴＴＣ ４量体）（１４．５ｇ、７．０６ｍｍｏｌ、８３．３％収率、９８．９％純度）を白色固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝１０．６３８、１０．８２２分、及びＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝１．３９６分；ｍ／ｚ：［ＭＨ］^－＝１０１４．３。

７－４－８（ＤＭＴｒ－ＵＴＴＣ－ＯＨ）の調製のための一般的な手順

７－４－７（６．６０ｇ、３．２５ｍｍｏｌ、１．００当量）のＡＣＮ（３５ｍＬ）、次にピリジン中の溶液に；フッ化水素酸（９２８ｍｇ、３２．４ｍｍｏｌ、８４４ｕＬ、純度７０．０％、１０．０当量）及びイミダゾール（４．４２ｇ、６４．９ｍｍｏｌ、２０．０当量）含有ＴＨＦ（８ｍＬ）を０℃で滴下した。この混合物を、０℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．３３）によって、化合物７－４－７が完全に消費され、２つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。

その反応混合物をＥｔＯＡｃ（２０ｍＬ）に溶解した。その有機層を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液（５０ｍＬ×２）、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、真空で濃縮した。この粗生成物を、ＤＣＭ（５ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（３００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキをイソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。

化合物７－４－８（ＤＭＴｒ－ＵＴＴＣ－ＯＨ）（５．５７ｇ、２．９０ｍｍｏｌ、８９．３％収率、９３．４％純度）を白色固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝４．４６１、４．７６１分、及びＬＣＭＳ（方法Ｄ）：ＲＴ＝１．２３７分；ｍ／ｚ：［Ｍ－Ｈ］^－＝１７９１．５。

７－４－８ａ（フラグメント３）の調製のための一般的な手順

化合物７－４－８ａは、ホスホルアミダイト合成について上記したのと同様の手順を使用して、７－４－８から合成した。ＨＰＬＣ－ＭＳ（方法Ｇ）：ＲＴ＝７．３３５、７．４４６、７．５８３、７．６３７分；ｍ／ｚ：［Ｍ－Ｈ］^－＝１９９１．６（化合物７－４－８ａの場合）。

７－４－９（ＨＯ－ＵＴＴＣ－ＯＴＢＤＰＳ）の調製のための一般的な手順

ＡＣＮ（３０ｍＬ）中の７－４－７（６．００ｇ、２．９５ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ドデカン－１－チオール（８９６ｍｇ、４．４３ｍｍｏｌ、１．０６ｍＬ、１．５０当量）、次にＴＦＡ（２．６９ｇ、２３．６ｍｍｏｌ、１．７５ｍＬ、８．００当量）を０℃で滴下した。その混合物を、０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１０：１、生成物：Ｒ_ｆ＝０．３５）によって、７－４－７が完全に消費され、２つの新しいスポットが形成されたことが示された。ＴＬＣによるとこの反応は乱雑であった。

反応混合物を、ＮａＨＣＯ_３（１００ｍＬのＤＩ水中の１０．０当量のＮａＨＣＯ_３）に注ぎ、次にＥｔＯＡｃ ５０ｍＬで希釈し、ＮａＨＣＯ_３水溶液１００ｍＬで抽出した。合わせた有機層を、ブライン２００ｍＬ（１００ｍＬ×２）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、減圧下で濃縮して、残渣を得た。

粗生成物を、ＤＣＭ（８０ｍＬ）に再溶解した。粗溶媒を、緩徐にＭＴＢＥの溶媒（３００ｍＬ）に滴下した。所望の生成物が沈殿した。濾過後、生成物を白色の固体として収集し、その固体のケーキをイソプロピルエーテルＭＴＢＥ（５０ｍＬ×２）で洗浄した。
化合物７－４－９（ＨＯ－ＵＴＴＣ－ＯＴＢＤＰＳ）（４．９７ｇ、２．８６ｍｍｏｌ、９６．６％の収率、及び９９．３％の純度）を白色の固体として得た。
ＨＰＬＣ（方法Ｂ）：ＲＴ＝６．８９５分；ＬＣＭＳ（方法Ｆ）：ＲＴ＝１．３２３分；ｍ／ｚ：［Ｍ＋Ｈ］^＋＝１７２９．６。

Ｃ． 標的オリゴヌクレオチドＡＳＯ ９－１の収束的合成

ＡＳＯ ９－１及び９－２及びそれらの中間体７ａ～ｅを合成するためのＨＰＬＣ－ＭＳ法。
カラム：ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣオリゴヌクレオチドＢＥＨ Ｃ１８カラム、１３０Å、１．７μｍ、２．１ｍｍ×１５０ｍｍ；
カラム温度：３５℃
２００～２３００の質量範囲；
ＭＳ極性：負；
移動相：
溶液Ａ：１０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍ ＥＤＴＡ中の５ｍＭ酢酸トリブチルアミン（ＴＢｕＡＡ）；
溶液Ｂ：８０％ＣＨ_３ＣＮ、１μｍ ＥＤＴＡ中の５ｍＭのＴＢｕＡＡ
勾配：

ＡＳＯ ９－１は、ＡＳＯ ９合成のための上記に開示された方法と同様の収束合成手順を使用して合成された。

化合物７－ａの調製のための一般的な手順

フラグメント１及び２をカップリングして、上記に開示したのと同様の手順を使用して７－ａを合成した。７－ａは、アンモノリシスを使用してＬＨＰＧ基を脱保護した後、ＨＰＬＣ及び質量分析によって特徴付けられた。ＨＰＬＣ－ＭＳ：ＲＴ＝７．２４７分及びｍ／ｚ＝１８３１．５（図２１を参照のこと）。

化合物７－ｂの調製のための一般的な手順

化合物７－ｂは、上記に開示された脱トリチル化法を使用して７－ａから合成された。７－ｂは、アンモノリシスを使用してＬＨＰＧ基を脱保護した後のＨＰＬＣ及び質量分析によって特徴付けられた ＨＰＬＣ－ＭＳ：ＲＴ＝６．２５０分及びｍ／ｚ＝１６８０．４（図２２を参照のこと）。

化合物７－ｃの調製のための一般的な手順

フラグメント３及び７－ｂをカップリングして、上記に開示したのと同様の手順を使用して７－ｃを合成した。７－ｃは、アンモノリシスを使用してＬＨＰＧ基を脱保護した後、ＨＰＬＣ及び質量分析によって特徴付けられた ＨＰＬＣ－ＭＳ：ＲＴ＝７．６２７分及びｍ／ｚ＝１６５０．６（図２３を参照のこと）。

化合物７－ｄの調製のための一般的な手順

化合物７－ｄは、上記に開示された脱トリチル化法を使用して７－ｃから合成された。７－ｄは、アンモノリシスを使用してＬＨＰＧ基を脱保護した後のＨＰＬＣ及び質量分析によって特徴付けられた；ＨＰＬＣ－ＭＳ：ＲＴ＝７．８０１分及びｍ／ｚ＝１５４９．９（図２４を参照のこと）。

化合物ＡＳＯ－９－１の調製のための一般的な手順

ＡＳＯ－９－１は、ＡＳＯ ９の合成について開示されたのと同様の手順を使用してフラグメント７－ｄ及びフラグメント４をカップリングすることによって合成された。ＡＳＯ－９－１は、ＨＰＬＣ－ＭＳ：ＲＴ＝１０．２２４分及びｍ／ｚ：＝２１６８．０によって確認された（図２５を参照のこと）。

Ｄ． 標的オリゴヌクレオチドＡＳＯ－９－２の収束的合成

ＡＳＯ ９－２は、ＡＳＯ ９及びＡＳＯ－９－１合成のための上記に開示された方法と同様の収束合成手順を使用して合成された。

化合物７－ｅは、フラグメント５－４及びフラグメント７－ｂを、上記に開示されたカップリング手順、続いて上記に開示された脱トリチル化法を使用してカップリングすることによって合成された。７－ｅは、アンモノリシスを使用してＬＨＰＧ基を脱保護した後、ＨＰＬＣ及び質量分析によって特徴付けられた；ＨＰＬＣ－ＭＳ：ＲＴ＝７．７７３分及びｍ／ｚ＝１５７０．９（図２６を参照のこと）

化合物ＡＳＯ－９－２の調製のための一般的な手順

ＡＳＯ－９－２は、ＡＳＯ ９及びＡＳＯ－９－１の合成について開示されたのと同様の手順を使用して、フラグメント７－ｅ及びフラグメント４をカップリングすることによって合成された。ＡＳＯ－９－２はＨＰＬＣ－ＭＳ：ＲＴ＝９．９１７分及びｍ／ｚ：＝２１８９．４によって確認された（図２７を参照のこと）。

実施例８． ＰＳＩケミストリーを使用した立体特異的オリゴヌクレオチドの合成
以下に説明するＰｒｅｐ－ＨＰＬＣ法の場合、移動相溶媒は［Ａ－Ｂ］の形式で記述され、ここで、Ａは移動相Ａを指し、Ｂは移動相Ｂを指す。例えば、移動相［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］は、１０ｍＭ ＴＥＡＢが移動相Ａとして使用され、ＨＰＬＣグレードのアセトニトリルが移動相Ｂとして使用されたことを意味する。

以下の分析方法を、実施例８に記載の化合物及びオリゴヌクレオチドの合成に使用した。

ＨＰＬＣ法：

LC－MC法：

１．１ ｄＴｄＡｄＣｄＣフラグメントの線形合成

化合物８．２の調製
化合物ｄＣ（１０ｇ、１５．４４ｍｍｏｌ、１当量）を、ＡＣＮ（１０ｍＬ×２）と共沸させた。化合物ｄＣ（１０ｇ、１５．４４ｍｍｏｌ、１当量）及びＰＳＩ試薬の溶液に対して、化合物８．１（８．９６ｇ、２０．０７ｍｍｏｌ、１．３当量）含有ＡＣＮ（６０ｍＬ）を、Ｎ_２下、０℃で、ＤＢＵ（３．０６ｇ、２０．０７ｍｍｏｌ、３．０３ｍＬ、１．３当量）を加えた。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝２：１、Ｒｆ＝０．５４）は、化合物ｄＣが完全に消費されたことを示した。その混合物を、シリカゲルの短いパッドを通して濾過し、次にシリカゲルをＥＡ（６０ｍＬ×２）で洗浄した。その有機相を、飽和ＫＨ_２ＰＯ_４（３０ｍＬ）、飽和ＮａＨＣＯ_３（３０ｍＬ）、ブライン（３０ｍＬ×２）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、そして溶媒を真空中で除去した。粗生成物をクロマトグラフィー（ＳｉＯ_２、石油エーテル／酢酸エチル＝５０／１～１／１）で精製した。化合物８．２（７．３ｇ、８．００ｍｍｏｌ、５１．８３％収率、９８％純度）を白色固体として得た。ＩＰＣ（プロセス制御中）：ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝２：１、生成物（Ｒ_ｆ）＝０．５４）ＨＰＬＣはＲＴ＝８．６６６を示す。

化合物８．４の調製
化合物８．３（４ｇ、６．８５ｍｍｏｌ、１当量）を、ＡＣＮ（１０ｍＬ×２）と共沸させた。ＡＣＮ（２４ｍＬ）中の化合物８．３（３．５ｇ、６．００ｍｍｏｌ、１当量）を２５℃で分子篩３Ａ（１ｇ、１．００当量）に加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。次に、化合物８．２（５．９０ｇ、６．６０ｍｍｏｌ、１．１当量）及びＤＢＵ（２．７４ｇ、１７．９９ｍｍｏｌ、２．７１ｍＬ、３当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＬＣＭＳ（生成物：ＲＴ＝１．４６９分）によって、化合物８．２が完全に消費されたことが示された。その混合物を酢酸エチル（１０ｍＬ）、２０％クエン酸（１０ｍＬ）で希釈した。その有機相をＨ_２Ｏ（１０ｍＬ）、飽和ＮａＨＣＯ_３（１０ｍＬ）、ブライン（１０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過し、そして溶媒を真空中で除去した。この粗生成物をさらに精製することなく使用した。化合物８．４［（ｍ／ｚＨ^＋）＝１３０７．６、９．４８ｇ、粗製］を、黄色の固体として得た。

化合物８．４の立体選択性は、超流動クロマトグラフ（ＳＦＣ）（以下に説明）によって試験した。化合物８．４は、ＲＴ＝２．３０分で単一のピークを示した（図２８を参照のこと）。他のピークは検出されない。立体選択性は＞９９．５％である。
ＳＦＣ方式：
機器：ＣＡＳ－ＴＪ－ＡＮＡ－ＳＦＣ－１（Ｗａｔｅｒｓ ＳＦＣ－ＭＳ）
カラム：キラルセルＯＤ－３、４．６＊１００ｍｍ、３ｕｍ
移動相：ＳＦＣ ＣＯ２の場合はＡ、ＥｔＯＨ（０．０５％ＩＰＡｍ）の場合はＢ
勾配：Ｂは１０分で４０％である
流量：４．０ｍＬ／分
カラム温度：３５℃
検出波長：２２０ｎｍ
システム背圧：１００バール

比較のために、ラセミサンプルは、２．７９分と４．３３分の２つの保持時間で標準としてアミダイトケミストリーによって合成された（図２９を参照のこと）。

化合物８．５の調製
ＤＣＭ（５５ｍＬ）中の化合物８．４（７．８５ｇ、５．９９ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、２，２－ジクロロ酢酸（５．１８ｇ、４０．１８ｍｍｏｌ、３．３ｍＬ、６．７０当量）を２５℃でＮ_２下で加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＬＣＭＳ（生成物：ＲＴ＝１．３５２分）によって、化合物８．４が完全に消費されたことが示された。その混合物を、ＴＥＡＢ（１０ｍＬ）及びＤＣＭ（１０ｍＬ）で希釈した。有機相を、Ｈ_２Ｏ（１０ｍＬ）、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液（１０ｍＬ）、ブライン（１０ｍＬ×２）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過して、溶媒を真空中で除去した。残渣を、分取ＨＰＬＣ（中性条件）で精製した（カラム：ＹＭＣ－Ｔｒｉａｒｔ Ｐｒｅｐ Ｃ１８ ２５０＊５０ｍｍ＊１０ｕｍ；移動相：［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：４５％－６５％、２２分）。化合物８．５（３．８ｇ、３．７０ｍｍｏｌ、６１．６８％の収率、９８％の純度）を白色の固体として得た。ＭＳ（ｍ－Ｈ^＋）／ｚ＝１００５．４，

化合物８．７の調製
化合物８．５（３．５ｇ、３．４８ｍｍｏｌ、１当量）を、ＡＣＮ（１０ｍＬ×２）と共沸した。ＡＣＮ（２５ｍＬ）中の化合物８．５（３．５ｇ、３．４８ｍｍｏｌ、１当量）を２５℃で分子篩３Å（０．５ｇ、３．４８ｍｍｏｌ、１．００当量）に加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。次に、化合物８．６（４．７１ｇ、５．２１ｍｍｏｌ、１．５当量）及びＤＢＵ（１．５９ｇ、１０．４３ｍｍｏｌ、１．５７ｍＬ、３当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＬＣＭＳ（生成物：ＲＴ＝１．３１４分、（ｍ－Ｈ^＋）／ｚ＝１７４０．４）によって、化合物８．５が完全に消費されたことが示された。混合物を、ＤＣＭ（１０ｍＬ）、２０％クエン酸（１０ｍＬ×２）で希釈した。有機相を、Ｈ_２Ｏ（１０ｍＬ）、ＮａＨＣＯ_３（１０ｍＬ）、ブライン（１０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過して、溶媒を真空中で除去した。粗生成物を、分取ＨＰＬＣ（機器：島津２０ＡＰ；カラム：ＹＭＣ－Ａｃｔｕｓ Ｔｒｉａｒｔ Ｃ１８ １５０＊３０ｍｍ＊５ｕｍ；移動相：［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：２０％－６０％、１２分）によって精製した。化合物８．７（２．７ｇ、収率５３．７９％、純度９７％）を黄色の固体として得た。

化合物８．９の調製
化合物８．７（１ｇ、６９４．２０ｕｍｏｌ、１当量）を、ＡＣＮ（５ｍＬ×２）と共沸させた。ＡＣＮ（７ｍＬ）中の化合物８．７（１ｇ、６９４．２０ｕｍｏｌ、１当量）に分子篩３Å（０．５ｇ、２０８．２６ｕｍｏｌ、１．００当量）を２５℃で添加した。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。次いで、化合物８．８（１．１０ｇ、１．３９ｍｍｏｌ、２当量）及びＤＢＵ（３１７．０６ｍｇ、２．０８ｍｍｏｌ、３１３．９２ｕＬ、３当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＬＣＭＳ（生成物：ＲＴ＝１．２５４分）によって、化合物８．７が完全に消費されたことが示された。その混合物をＤＣＭ（３０ｍＬ）、ｐＨ＝３クエン酸（２０ｍＬ）で希釈した。その有機相を、Ｈ_２Ｏ（２０ｍＬ）、ＴＥＡＢ（２０ｍＬ）、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過して、溶媒を真空中で除去した。この粗生成物をさらに精製することなく使用した。化合物８．９を黄色の固体として得た（ＭＳ（ｍ－２Ｈ^＋）／ｚ＝８０７．３、２．１ｇ、７５．４９％のＬＣＭＳ純度）。

化合物８Ａの調製
ＤＣＭ（１２ｍＬ）中の化合物８．９（１．４３ｇ、６９３．１２ｕｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ｎ_２下、２５℃で２，２－ジクロロ酢酸（１．１３ｇ、８．７７ｍｍｏｌ、７２０．００ｕＬ、１２．６５当量）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＬＣＭＳ（生成物：ＲＴ＝１．１６８分）によって、出発物質が完全に消費されたことが示された。その混合物を、ＴＥＡＢ（１５ｍＬ）、ＤＣＭ（２５ｍＬ）で希釈した。その有機相を、Ｈ_２Ｏ（２０ｍＬ）、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過して、溶媒を真空中で除去した。粗生成物を、分取ＨＰＬＣ（中性条件）で精製した（カラム：ＹＭＣ－Ａｃｔｕｓ Ｔｒｉａｒｔ Ｃ１８ １５０＊３０ｍｍ＊５ｕｍ；移動相：［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：１０％－４０％、１０分。化合物８Ａ［（ｍ－２Ｈ^＋）／ｚ＝８７９．６、５２２ｍｇ、２段階で４１．０％の収率、９７．６％の純度）を白色固体として得て、ＨＰＬＣ及びＭＳによって特徴付けられた（図３０を参照）。

１．１．１ ＴＡＣＣ四量体合成中のカップリング条件：：
カップリング反応後のＩＰＣに基づいて、カップリングステップの変換が完了した。さまざまな段階でのカップリングステップの条件及びＨＰＬＣ純度のまとめは以下のとおりである。

結論として、四量体オリゴヌクレオチドは、ＰＳＩ試薬を用いた液相線形伸長法を使用して合成された。ＤＣＡによる脱トリチル化は、アデノシンの脱ｐｒｕｎｉｎａｔｉｏｎを引き起こした。三量体の脱トリチル化は、２０％クエン酸を使用した酸性後処理ステップによって達成された。オリゴヌクレオチドが長く成長するにつれて、カップリング効率は低下する。カップリングの後の段階で、ＰＳＩ－アミダイト及びＤＢＵとの等価物を追加する必要がある。ベンジル及びイソブチリル保護基の存在は、カップリング条件下、特にＤＢＵの処理下では妨げられない。

１．２ ＰＳＩケミストリーを使用したＭＯＥフラグメントＤＭＴＯ－ＡＧＵＣＵ－ＯＨの線形伸長
ＰＳＩ試薬を使用したＭＯＥオリゴの合成は報告されていない。ＰＳＩケミストリーを、２’ＭＯＥヌクレオシドのカップリング反応に適用し、２’ＭＯＥオリゴ８Ｂの伸長のための液相合成プロセスを開発した。

化合物８．２．２の合成
ＡＣＮ（３５ｍＬ）中の化合物８．２．１（５．００ｇ、６．９３ｍｍｏｌ、１当量）及びＰＳＩ試薬（４．０２ｇ、９．０１ｍｍｏｌ、１．３当量）の溶液に、ＤＢＵ（１．３７ｇ、９．０１ｍｍｏｌ、１．３６ｍＬ、１．３当量）を０℃で添加した。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１、Ｒｆ＝０．８２）によって、反応物８．２．１が完全に消費されたことが示された。その混合物を、シリカゲルの短いパッドを通して濾過し、次にシリカゲルをＥＡ（８０ｍＬ×２）で洗浄した。濾過したものを飽和ＫＨ_２ＰＯ_４（１００ｍＬ）、飽和ＮａＨＣＯ_３（１００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して濃縮した。その残渣をクロマトグラフィー（ＳｉＯ_２、石油エーテル／酢酸エチル＝３０／１～０／１）で精製した。化合物８．２．２［（ｍ－Ｈ^＋）／ｚ＝９６６．４、５．５ｇ、５．５１ｍｍｏｌ、７９．５５％収率、９７％純度］を白色固体として得た。

化合物８．２．４の合成
化合物８．２．２（５．００ｇ、９．０１ｍｍｏｌ、１当量）を、ＡＣＮ（４０ｍＬ×２）と共沸し、化合物８．２．３（９．６０ｇ、９．９２ｍｍｏｌ、１．１当量）を、ＡＣＮ（４０ｍＬ×２）と共蒸発させた。ＡＣＮ（３５ｍＬ）中の化合物８．２．２（５ｇ、９．０１ｍｍｏｌ、１当量）及び化合物８．２．３（９．６０ｇ、９．９２ｍｍｏｌ、１．１当量）の溶液に、ＤＢＵ（４．１２ｇ、２７．０４ｍｍｏｌ、４．０８ｍＬ、３当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＬＣＭＳによって、化合物８．２．２が完全に消費されたことが示された。その混合物をＥＡ（１５０ｍＬ）、２０％クエン酸（８０ｍＬ）で希釈した。その有機層を飽和ＮａＨＣＯ_３（１５０ｍＬ）、Ｈ_２Ｏ（１５０ｍＬ）、ブライン（１５０ｍＬ×２）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、その溶媒を真空中で除去した。粗生成物を、さらに精製することなく、次のステップで使用した。化合物８．２．４［（ｍ－Ｈ^＋）／ｚ＝１３５３．６、１２．２１ｇ、粗製］を、黄色の固体として得た。

化合物８．２．５の合成
ＤＣＭ（８５ｍＬ）中の化合物８．２．４（１２．２１ｇ、９．０１ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、２５℃で２，２－ジクロロ酢酸（８．０１ｇ、６２．１０ｍｍｏｌ、５．１ｍＬ、６．８９当量）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＬＣＭＳによって、化合物８．２．４が完全に消費されたことが示された。その混合物にＴＥＡＢ（１５０ｍＬ）を緩徐に加え、ＤＣＭ（１５０ｍＬ）で抽出した。次いで、有機相を洗浄し、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液（１５０ｍＬ）、Ｈ_２Ｏ（１５０ｍＬ）、ブライン（１５０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥し、濾過して、その溶媒を真空中で除去した。粗生成物を分取ＨＰＬＣにより精製した：カラム：Ａｇｅｌａ ＤｕｒａＳｈｅｌｌ Ｃ１８ ２５０＊５０ｍｍ＊１０ｕｍ；移動相：［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：３０％－５３％、２２分。化合物８．２．５［（ｍＨ^＋）／ｚ＝１０５０．５、６．９ｇ、６．３６ｍｍｏｌ、７０．５７％収率、９７％純度］を白色固体として得た。

化合物８．２．７の合成
化合物８．２．５（４．５０ｇ、４．２８ｍｍｏｌ、１当量）を、ＡＣＮ（４０ｍＬ×２）と共沸し、化合物８．２．６（５．５５ｇ、６．４２ｍｍｏｌ、１．５当量）を、ＡＣＮ（４０ｍＬ×２）と共蒸発させた。ＡＣＮ（３０ｍＬ）中の化合物８．２．５（４．５ｇ、４．２８ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、分子篩３Ａ（２．４０ｇ、４．２８ｍｍｏｌ、１．００当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。次いで、化合物８．２．６（５．５５ｇ、６．４２ｍｍｏｌ、１．５当量）を２５℃で加えた。ＤＢＵ（１．９５ｇ、１２．８３ｍｍｏｌ、１．９３ｍＬ、３当量）を２５℃で緩徐に加えた。この混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＬＣＭＳによって、化合物８．２．５が完全に消費されたことが示された。その混合物をＤＣＭ（２００ｍＬ）、ｐＨ約３クエン酸（１５０ｍＬ）で希釈した。有機相を、ＮａＨＣＯ_３（２００ｍＬ）、Ｈ_２Ｏ（２００ｍＬ）、ブライン（２００ｍＬ）で洗浄して、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過して、溶媒を真空中で除去した。粗生成物を、さらに精製することなく、次のステップで使用した。化合物８．２．７（９．３ｇ、粗製）を黄色の固体として得た。

化合物８．２．８の合成
ＤＣＭ（６０ｍＬ）中の化合物８．２．７（７．４８ｇ、４．２８ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、２５℃で２，２－ジクロロ酢酸（７．８５ｇ、６０．８８ｍｍｏｌ、５ｍＬ、１４．２３当量）を加えた。その混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＬＣＭＳによって、化合物８．２．７が完全に消費されたことが示された。その混合物をＤＣＭ（１５０ｍＬ）で希釈し、ＴＥＡＢ（１５０ｍＬ）でクエンチした。その有機相を、ＮａＨＣＯ_３（１５０ｍＬ）、Ｈ_２Ｏ（１５０ｍＬ）、ブライン（１５０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過して、溶媒を真空中で除去した。粗生成物をＴＢＭＥ（２５０ｍＬ）で粉砕し、次に濾過し、その固体をＴＥＡＢで洗浄した。粗生成物を、分取ＨＰＬＣにより精製した：カラム：ＹＭＣ－Ｔｒｉａｒｔ Ｐｒｅｐ Ｃ１８ ２５０＊５０ｍｍ＊１０ｕｍ；移動相：［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：２５％－４８％、２２分。化合物８．２．８［（ｍ－Ｈ^＋）／ｚ＝１４４４．５、３．３ｇ、２．２１ｍｍｏｌ、収率５１．７４％、純度９７％］を黄色の固体として得た。

化合物８．２．１０の合成
化合物２．１８（３．３ｇ、２．２８ｍｍｏｌ、１当量）を、ＡＣＮ（２０ｍＬ×２）と共沸し、化合物８．２．９（３．２９ｇ、３．４２ｍｍｏｌ、１．５当量）を、ＡＣＮ（２０ｍＬ×２）と共蒸発させた。ＡＣＮ（２０ｍＬ）中の化合物８．２．８（３．３ｇ、２．２８ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、２５℃で分子篩３Ａ（１．６ｇ、２．２８ｍｍｏｌ、１当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。次に、化合物８．２．９（３．２９ｇ、３．４２ｍｍｏｌ、１．５当量）及びＤＢＵ（１．７４ｇ、１１．４１ｍｍｏｌ、１．７２ｍＬ、５当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＬＣＭＳによって、化合物８．２．８が完全に消費されたことが示された。その混合物を、ＤＣＭ（５０ｍＬ）、２０％クエン酸（５０ｍＬ）で希釈した。その有機相を、ＴＥＡＢ（５０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、濾過して、その溶媒を真空中で除去した。粗生成物を、分取ＨＰＬＣにより精製した：カラム：Ａｇｅｌａ ＤｕｒａＳｈｅｌｌ Ｃ１８ ２５０＊５０ｍｍ＊１０ｕｍ；移動相：［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：１５％－４５％、２２分。化合物８．２．１０［（ｍ－２Ｈ^＋）／ｚ＝９６７．１、３．１ｇ、１．５４ｍｍｏｌ、６７．３８％収率、９６％純度）を白色固体として得た。

化合物８．２．１２の合成
化合物８．２．１０（２．１ｇ、１．０８ｍｍｏｌ、１当量）を、ＡＣＮ（２０ｍＬ×２）と共沸し、化合物８．２．１１（２．１２ｇ、２．１７ｍｍｏｌ、２当量）を、ＡＣＮ（２０ｍＬ×２）と共蒸発させた。ＡＣＮ（１４ｍＬ）中の化合物８．２．１０（２．１ｇ、１．０８ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、２５℃で分子篩３Å（１．２ｇ、１．０８ｍｍｏｌ、１当量）を加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。次に、化合物８．２．１１（２．１２ｇ、２．１７ｍｍｏｌ、２当量）及びＤＢＵ（４９５．４２ｍｇ、３．２５ｍｍｏｌ、４９０．５１ｕＬ、３当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で０．５時間撹拌した。ＬＣＭＳによって、化合物８．２．１０が完全に消費されたことが示された。その混合物を３Ａ ＭＳで濾過し、その濾過ケーキをＡＣＮ（５ｍＬ）で洗浄した。その粗生成物を、分取ＨＰＬＣにより精製した（カラム：ＹＭＣ－Ｔｒｉａｒｔ Ｐｒｅｐ Ｃ１８ ２５０＊５０ｍｍ＊１０ｕｍ；移動相：［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：１８％－５０％、２２分。化合物８．２．１２［（ｍ－２Ｈ^＋）／ｚ＝１３７１．８、１．９２ｇ、６７８．２８ｕｍｏｌ、６２．５３％収率、９７％純度］を白色固体として得て、ＨＰＬＣ及びＬＣＭＳによって特徴付けられた（図３１を参照のこと）。

化合物８Ｂの合成
ＴＨＦ（２ｍＬ）中の化合物８．２．１２（０．１８ｇ、６５．５６ｕｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＴＢＡＦ（１Ｍ、１９６．６７ｕＬ、３当量）を２５℃で加えた。その混合物を２５℃で２４時間撹拌した。ＬＣＭＳによって、化合物８．２．１２が完全に消費されたことが示された。その混合物を、ＴＥＡＢ（１０ｍＬ）で洗浄し、ＤＣＭ（１０ｍＬ）で希釈し、無水Ｎａ_２ＳＯ_４で乾燥させ、次いで濾過し、そして濃縮した。その粗生成物を、分取ＨＰＬＣ（カラム：ＹＭＣ－Ａｃｔｕｓ Ｔｒｉａｒｔ Ｃ１８ １５０＊３０ｍｍ＊５ｕｍ；移動相：［ＴＥＡＢ（１０ｍＭ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：３０％－６０％、１２分）によって精製した。化合物８Ｂ［（ｍ－３Ｈ^＋）／ｚ＝８３４．８、０．１２４ｇ、４７．４８ｕｍｏｌ、７２．４２％収率、９６％純度）を白色固体として得て、ＨＰＬＣ及びＬＣＭＳによって特徴付けられた（図３２を参照のこと）。

１．２．１ ＭＯＥフラグメントのカップリング条件
カップリング反応後のＩＰＣに基づいて、カップリングステップの変換が完了した。さまざまな段階でのカップリングステップの条件及びＨＰＬＣ純度のまとめを以下のとおり列挙した。

結論として、五量体オリゴヌクレオチドは、ＰＳＩ試薬による２’－ＭＯＥアミダイトの液相線形伸長を使用して合成された。ＤＣＡによる脱トリチル化は、アデノシンの脱ｐｒｕｎｉｎａｔｉｏｎを引き起こした。三量体の脱トリチル化は、２０％クエン酸を使用した酸性後処理ステップによって達成された。デオキシオリゴヌクレオチドの伸長と同様に、オリゴヌクレオチドが長く成長するにつれてカップリング効率は低下する。カップリングの後の段階で、ＰＳＩ－アミダイト及びＤＢＵとの等価物を追加する必要がある。

１．３ フラグメントの収束合成。

フラグメント８Ｃは、フラグメント８Ａ及び８Ｂ－２を組み合わせることによって合成された。フラグメント８Ｂ－２は、８Ｂ－１から合成され、フラグメント８Ａの合成は上記に記載された。

ＵｄＴｄＴｄＣフラグメント８Ｂ－２の合成
ＵｄＴｄＴｄＣフラグメントの形成は、ＡＳＯ ９合成中にアミダイトケミストリーから得られた四量体フラグメントのアミンを処理してシアノエチル基を切断し、次いで０℃でＡＣＮ中のＰＳＩ試薬（１０当量）とカップリングすることによって提供された。生成物８Ｂ－２は水に非常に敏感である。後処理が空気にさらされた場合、その生成物は湿気によって加水分解される。

シアノエチル基の開裂のための２種類のアミン、２－メチルプロパン－２－アミン及びＴＥＡをスクリーニングした。その結果を以下の表に列挙する。

ＡＳＯ ８Ｃの収束的合成

化合物８Ａ（０．０５ｇ、２８．４０ｕｍｏｌ、１当量）をＡＣＮ（２ｍＬ＊２）と共沸させた。化合物８Ｂ－２（１６４．３２ｍｇ、８５．１９ｕｍｏｌ、３当量）は、ＡＣＮ（２ｍＬ＊２）と共沸混合した。ＡＣＮ（０．１ｍＬ）中の化合物８Ｂ－２に、２５℃で分子篩３Å（０．０１５ｇ、１．００当量）を添加した。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。化合物８Ａ（０．０５ｇ、２８．４０ｕｍｏｌ、１当量）をＡＣＮ（０．２ｍＬ）中のＤＢＵ（３０．２６ｍｇ、１９８．７８μｍｏｌ、２９．９６μＬ、７当量）と事前に混合して混合物を作成し、次いで上記の混合物を、化合物８Ｂ－２（１６４．３２ｍｇ、８５．１９ｕｍｏｌ、３当量）含有ＡＣＮ（０．１ｍＬ）に、２５℃でＡｒ下で滴下する。その混合物を、２５℃で０．５時間撹拌した。ＬＣＭＳ及びＨＰＬＣによって、出発物質が９０％超消費されたことが示された。この反応混合物を濾過した。その混合物を、分取ＨＰＬＣ（中性条件、カラム：Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ Ｇｅｍｉｎｉ－ＮＸ ８０＊３０ｍｍ＊３ｕｍ；移動相：［水（１０ｍＭ ＮＨ_４ＨＣＯ_３）－ＡＣＮ］；Ｂ％：２５％－５５％、７分）で精製した。化合物８Ｃ［（ｍ－４Ｈ^＋）／ｚ＝８７９．４、４０．０ｍｇ、９．７７ｕｍｏｌ、３４．４％収率、８６％純度］を白色固体として得て、ＨＰＬＣ及びＬＣＭＳによって特徴付けられた（図３３を参照）。

結論として、ＰＳＩケミストリーは、デオキシ四量体と２’－ＭＯＥ五量体の液相合成、及び立体制御されたＡＳＯの収束液相合成にうまく適用された。収束カップリング反応は、湿気に非常に敏感である。反応の高い変換率を確保するには、ＡＣＮによるＨ_２Ｏの前共沸混合物が必要である。さらに、高変換に推奨されるように、ＤＢＵの濃度は、０．６４ Ｍ（ＤＢＵからＡＣＮへの１０体積％）の変換収率にとって重要である。

実施例９． ＡＳＯ全長生成物の脱保護

最初に、シアノエチル基は、６４グラムの保護されたＡＳＯ ９を６４０ｍｌのＣＨ_３ＣＮ：Ｅｔ_３Ｎ＝１：１溶液に溶解することによって脱保護した。その混合物を２５℃で２時間撹拌した後、その溶媒をロータベーパー（Ｒｏｔｏｖａｐ）により除去した。粗生成物を、ＬＨＰＧ及びアミン保護基を脱保護するための次のステップに持ち込んだ。粗混合物に５００ｍｌの濃縮ＮＨ_３／Ｈ_２Ｏを加え、固体が完全に溶解するまで（約２０～３０分）、反応混合物を２５℃で撹拌した。固体をＮＨ_３／Ｈ_２Ｏに溶解した後、その混合物を１Ｌのガラス製圧力フラスコに移し、次いで、６５℃で５時間加熱した。その反応混合物を室温まで冷却し、脱保護したＡＳＯ ９を、下流で精製する準備をした。この操作では、ＡＳＯ ９の全ての保護基（５’－ＤＭＴｒを除く）が脱保護された。ＤＭＴｒ基は、下流のＨＩＣ精製後に除去した。

Claims (148)

1. 式（ＡＩ）の化合物：
   

   

   
   またはその塩を調製するための液相プロセスであって、式（ＡＩＩ）の化合物：
   

   

   
   またはその塩を脱保護することを含み、ここで前記脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、ここで：
   Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
   Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、Ｃ_１－６アルコキシで任意選択で置換され；
   Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
   Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
   Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
   Ｒ^１６は
   

   

   であり；
   Ｚは、０または１～２００の整数であり、
   Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
   Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
2. Ｒ^１５が４，４’－ジメトキシトリチル基である、請求項１に記載のプロセス。
3. 前記脱保護反応が乾燥剤の存在下で実施される、請求項１または２に記載の方法。
4. 前記乾燥剤が分子篩である、請求項３に記載の方法。
5. 前記分子篩のサイズが３Åである、請求項４に記載のプロセス。
6. 前記無水または実質的に無水の溶液が、脱保護反応の前に共沸蒸留を使用して水を除去することによって得られる、請求項１または２に記載のプロセス。
7. 前記脱保護反応が、－ＳＨ基、シラン基、シロキサン基、ポリスチレン基、フラン、ピロールまたはインドールを含むカチオンスカベンジャーの存在下で実施される、請求項１～６のいずれか１項に記載のプロセス。
8. 前記カチオンスカベンジャーが式ＲＳＨの化合物であり、式中、Ｒがアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはヘテロアリール基であり、これらのそれぞれが任意選択で置換されている、請求項７に記載のプロセス。
9. ＲＳＨがＣＨ_３（ＣＨ_２）_５ＳＨ、ＣＨ_３（ＣＨ_２）_１１ＳＨ、シクロヘキサンチオール、ＣＨ_３ＣＨ_２ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ_２ＣＨ_２ＳＨである、請求項８に記載のプロセス。
10. 式（ＡＩＩ）の前記化合物を脱トリチル化試薬と反応させることにより前記脱保護反応を実施する、請求項１～９のいずれか１項に記載のプロセス。
11. 前記脱トリチル化試薬が強有機酸である、請求項１０に記載のプロセス。
12. 前記脱トリチル化試薬が、ＣＦ_３ＣＯＯＨ、ＣＣｌ_３ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨ、ＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨ、Ｈ_３ＰＯ_４、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、ＣＣｌＦ_２ＣＯＯＨ、ＣＨＦ_２ＣＯＯＨ、またはＰｈＳＯ_２Ｈである、請求項１０に記載のプロセス。
13. 前記脱トリチル化試薬がＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨである、請求項１１に記載のプロセス。
14. 前記脱トリチル化試薬がＣＦ_３ＣＯＯＨまたはＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨである、請求項１０に記載のプロセス。
15. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｙが以下の式：
    

    

    
    で表され、
    式中、Ｘが、Ｃ_１－１０アルキルであり、ここで１つ以上のＣＨ_２基が独立して、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、シクロアルキルまたはＣ_１－６ヘテロシクリル基であり；かつＸ_１がＣ_１－２５アルキルまたはＣ_１－２５アルコキシである、前記プロセス。
16. Ｙが以下の式で表される、請求項１５に記載のプロセス：
    

    
17. 請求項１～１６のいずれか１項に記載のプロセスであって、
    各Ｒ^２は独立して、ｍｊ、ｋ、Ｈ、ＦまたはＣ_１－４アルコキシであり、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換されている；
    Ｒ^４はＨであり；かつ
    Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである、前記プロセス。
18. 式（ＡＩ）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されない、請求項１～１７のいずれか１項に記載のプロセス。
19. 式（ＡＩ）の前記化合物が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、請求項１～１７のいずれか１項に記載のプロセス。
20. 式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント、
    

    

    
    またはその塩を調製するための液相プロセスであって：
    １）式（Ｉ’Ａ）の化合物：
    

    

    
    またはその塩を脱保護して、式（ＩＡ）の化合物：
    

    

    
    またはその塩を形成することと；
    ２）式（ＩＡ）の前記化合物またはその塩を式（Ａ１）の化合物：
    

    

    
    またはその塩と反応させて、式（ＩＢ）の化合物：
    

    

    
    またはその塩を形成することと；
    ３）式（ＩＢ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＣ）の化合物：
    

    

    
    またはその塩を形成することと；
    ４）式（ＩＣ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＤ）の化合物：
    

    

    
    またはその塩を形成することと；
    ５）式（ＩＤ）の前記化合物から開始し、ステップ２）、３）及び４）をｎ－２回繰り返して、式（Ｉ）の前記フラグメントまたはその塩を生成することと、を含み、ここで：
    Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
    Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換されており；
    Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
    Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
    Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
    Ｒ^１６は
    

    

    であり；
    Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
    ｎが、２～２０の整数であり；
    Ｘが、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
    Ｙが、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
21. 式（Ｉ）の前記フラグメントがクロマトグラフィーによって精製されない、請求項２０に記載のプロセス。
22. 式（Ｉ）の前記フラグメントが、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、請求項２１に記載のプロセス。
23. ステップ１）、２）、３）及び４）のいずれか１つの反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーが使用されない、請求項２０～２２のいずれか１項に記載のプロセス。
24. ステップ１）、２）、３）及び４）のいずれか１つの前記反応生成物が、選択的沈殿によって精製される、請求項２０～２３のいずれか１項に記載のプロセス。
25. 請求項２０～２４のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｙが、
    

    

    
    である、前記プロセス。
26. ステップ１）及びステップ４）の前記脱保護反応のいずれか１つが、請求項２～１４に定義されるように実施される、請求項２０～２５のいずれか１項に記載のプロセス。
27. 標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスであって、以下のステップ：
    ａ）式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
    

    

    
    またはその塩を、
    式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
    

    

    
    またはその塩と、
    溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと；
    ｂ）式（ＩＩＩ）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩、を形成することとを含み、
    式中：
    Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
    Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
    Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
    Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
    Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルもしくはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
    Ｒ^１６は
    

    

    であり；
    Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
    ｎは、２～２００の整数であり；
    ｍは、２～２０の整数であり；
    Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
    Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記収束液相プロセス。
28. 請求項２７に記載のプロセスであって、式（Ｉａ１）のヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を、
    式（Ｉａ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
    

    

    
    またはその塩と、溶液中でカップリングして、式（Ｉ）の前記オリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩を形成することによって合成され得る、前記プロセス。
29. ｎが３から２０までの整数である、請求項２７または２８に記載のプロセス。
30. ｎが３～６である、請求項２７または２８に記載のプロセス。
31. ｎが５である、請求項２７または２８に記載のプロセス。
32. 請求項２７～３１のいずれか１項に記載のプロセスであって、さらに、式（ＩＶ）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（Ｖ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成するステップｃ）をさらに含む、前記プロセス。
33. 請求項３２に記載のプロセスであって、さらに以下：
    ｄ）式（Ｖ）の前記オリゴヌクレオチド、またはその塩を、式（ＩＩ’）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
    

    

    
    またはその塩とカップリングして、
    式（ＶＩ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと、
    ｅ）式（ＶＩ）の前記オリゴヌクレオチドを硫化または酸化して、式（ＶＩＩ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと、
    ｆ）式（ＶＩＩ）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＶＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと、
    ｇ）ｄ）、ｅ）及びｆ）のステップをｒ－１回繰り返し、続いてｄ）及びｅ）のステップを繰り返して式（ＩＸ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと、を含み、
    式中、
    ｒは、１～５０の整数であり；
    ｐ_ｉは、各存在について、独立して２～２０の整数であり、
    ｉが、１～ｒの整数であり；かつ
    

    

    
    である、前記プロセス。
34. 請求項３３に記載のプロセスであって、ｒが２であり、式（ＩＸ）の前記オリゴヌクレオチドが式（Ｘ）によって表され：
    

    

    
    ここで、ｐ１及びｐ２がそれぞれ独立して２から２０までの整数である、前記プロセス。
35. ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの前記反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーが用いられない、請求項２７～３４のいずれか１項に記載のプロセス。
36. ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの前記反応生成物が、抽出または選択的沈殿によって精製される、請求項２７～３５のいずれか１項に記載のプロセス。
37. 請求項３３～３６のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記プロセスがさらに以下のステップ：
    ｈ１）前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＡ）もしくは（ＸＡ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成するステップを含む、前記プロセス。
38. 請求項３７に記載のプロセスであって、前記方法が、以下のステップ：
    ｈ２）前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡ）、または（ＸＡ）を脱保護して、式（ＩＸＢ）もしくは（ＸＢ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成するステップを含み、任意選択で前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡ）または（ＸＡ）をクエン酸と反応させて、式（ＩＸＢ）または（ＸＢ）の前記オリゴヌクレオチドを形成する、前記プロセス。
39. 請求項３７に記載のプロセスであって、Ｒ^１６が－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである場合、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を脱保護すると、式（ＩＸＡｂ）または（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩が形成される、前記プロセス。
40. 請求項３９に記載のプロセスであって、前記方法が、以下のステップ：
    前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＢａ）もしくは（ＸＢａ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成するステップを含み、任意選択で前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡ）または（ＸＡ）をクエン酸と反応させて、式（ＩＸＢａ）または（ＸＢａ）の前記オリゴヌクレオチドを形成する、前記プロセス。
41. 請求項３３～３６のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｒ^１６が－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである場合、前記プロセスがさらに以下のステップ：
    ｈ１）前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ）、または（Ｘ）を脱保護して、式（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成するステップを含む、前記プロセス。
42. 前記脱保護反応が、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を塩基と反応させることによって実施される、請求項４１に記載のプロセス。
43. 前記塩基が、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、及びトリエチルアミンから選択される、請求項４２に記載のプロセス。
44. 請求項４１、４２、または４３に記載のプロセスであって、前記方法がさらに、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成するステップをさらに含む、前記プロセス。
45. 前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩の前記脱保護が、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩をＮＨ_４ＯＨと反応させることによって実施される、請求項４４に記載のプロセス。
46. ｎが３、４、５または６である、請求項２７～４５のいずれか１項に記載のプロセス。
47. ｍが３、４、５または６である、請求項２７～４６のいずれか１項に記載のプロセス。
48. 各発生についてのｐ_ｉが独立して３、４、５、または６である、請求項３３～４７のいずれか１項に記載のプロセス。
49. ｐ１及びｐ２がそれぞれ独立して３、４、５、または６である、請求項３４～４７のいずれか１項に記載のプロセス。
50. ｒが１、２、３、４、５または６である、請求項３３及び３５～４８のいずれか１項に記載のプロセス。
51. 標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスであって、以下のステップ：
    ａ）式（ＩＩ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
    

    

    
    またはその塩と、
    式（Ｉ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
    

    

    
    またはその塩とを、
    溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと；
    ｂ）式（ＩＩＩ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＶ２）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することとを含み、ここで：
    Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
    Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
    Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
    Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
    Ｒ^１６は
    

    

    であり；
    Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
    ｎ_１は、２～２０の整数であり；
    ｍ_１は、２～２００の整数であり；
    Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
    Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基であり；
    Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記収束液相プロセス。
52. 請求項５１に記載のプロセスであって、フラグメント（ＩＩ２）が以下：
    ｉａ）式（ＩＩ２ａ１）のヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩と、
    式（ＩＩ２ａ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
    

    

    
    またはその塩とを、
    溶液中でカップリングして、式（ＩＩ２ａ３）のオリゴヌクレオチドまたはその塩、
    

    

    
    またはその塩を形成することと；
    ｉｉａ）式（ＩＩ２ａ３）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＩ２ａ４）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと、
    ｉｉａ）式（ＩＩ２ａ４）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＩＩ２）の前記オリゴヌクレオチドを形成することと、によって調製される、前記プロセス。
53. 請求項５１または５２に記載のプロセスであって、さらに、式（ＩＶ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（Ｖ２）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成するステップｃ）を含む、前記プロセス。
54. 請求項５３に記載のプロセスであって、さらに、以下：
    ｄ）式（Ｖ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を、式（ＩＩ２’）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
    

    

    
    またはその塩とカップリングさせて、
    式（ＶＩ２）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと、
    ｅ）式（ＶＩ２）の前記オリゴヌクレオチドを硫化または酸化して、式（ＶＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと：
    ｆ）式（ＶＩＩ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＶＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することと、
    ｇ）ｄ）、ｅ）及びｆ）のステップをｒ_１－１回繰り返し、続いてｄ）及びｅ）のステップを繰り返して、式（ＩＸ２）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    
    またはその塩を形成することとを含み、
    式中、
    ｒ_１が、１～５０の整数であり；
    ｓ_ｉが、各存在について、独立して２～２０の整数であり、
    ｉが１～ｒ_１の整数であり；かつ
    

    

    
    である、前記プロセス。
55. 請求項５４に記載のプロセスであって、ｒ_１が２であり、式（ＩＸ２）の前記オリゴヌクレオチドが式（Ｘ２）：
    

    

    
    によって表され、
    式中、ｓ１及びｓ２がそれぞれ独立して２～２０の整数である、前記プロセス。
56. ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの前記反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーが用いられない、請求項５１～５５のいずれか１項に記載のプロセス。
57. ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの前記反応生成物が、抽出または選択的沈殿によって精製される、請求項５１～５６のいずれか１項に記載のプロセス。
58. 請求項５４～５７のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記方法がさらに、（ＩＸ２）または（Ｘ２）の式の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＩＸ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成することを含む、前記プロセス。
59. 請求項５４～５７のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｒ^１６が－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである場合、前記プロセスがさらに以下のステップ：
    ｈ１）前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸ２Ａａ）または（Ｘ２Ａａ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成するステップをさらに含む、前記プロセス。
60. 前記脱保護反応が、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａ）または（Ｘ２Ａ）またはその塩と塩基とを反応させることによって実施される、請求項５９に記載のプロセス。
61. 前記塩基が、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、及びトリエチルアミンから選択される、請求項６０に記載のプロセス。
62. 請求項５９～６１のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記方法がさらに、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａａ）もしくは（Ｘ２Ａａ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸ２Ｂ）もしくは（Ｘ２Ｂ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成するステップを含む、前記プロセス。
63. 前記脱保護が、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａａ）もしくは（Ｘ２Ａａ）またはその塩とＮＨ_４ＯＨとを反応させることによって実施される、請求項６２に記載のプロセス。
64. 請求項５４～６３のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記方法がさらに、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２）もしくは（Ｘ２）またはその塩をＮＨ_４ＯＨで脱保護して、式（ＩＸ２Ｂ）もしくは（Ｘ２Ｂ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成し、式中、Ｒ^１６が－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである場合、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２）もしくは（Ｘ２）またはその塩の前記脱保護が、式（ＩＸ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ）のオリゴヌクレオチド：
    

    

    またはその塩を形成するステップを含む、前記プロセス。
65. ｎ_１が３、４、５、または６である、請求項５１～６４のいずれか１項に記載のプロセス。
66. ｍ_１が３、４、５、または６である、請求項５１～６５のいずれか１項に記載のプロセス。
67. 各発生についてのｓ_ｉが独立して３、４、５、または６である、請求項５４～６６のいずれか１項に記載のプロセス。
68. ｓ_１及びｓ_２がそれぞれ独立して３、４、５または６である、請求項５５～６６のいずれか１項に記載のプロセス。
69. ｒ_１が１、２、３、４、５または６である、請求項５４～６７のいずれか１項に記載のプロセス。
70. 前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の全ての前記Ｐ＝Ｘ基がＰ＝Ｓである、請求項１～６９のいずれか１項に記載のプロセス。
71. 前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の全ての前記Ｐ＝Ｘ基がＰ＝Ｏである、請求項１～６９のいずれか１項に記載のプロセス。
72. 前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の前記Ｐ＝Ｘ基の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％超がＰ＝Ｓである、請求項１～６９のいずれか１項に記載のプロセス。
73. 前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の前記Ｐ＝Ｘ基のうち１０～９０％、２０～８０％、３０～７０％または４０～６０％がＰ＝Ｓである、請求項１～６９のいずれか１項に記載のプロセス。
74. 前記核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、及び５－ヒドロキシメチルシトシンからなる群より選択され、前記核酸塩基のＮＨ_２基が、もし存在する場合ＰｈＣＯ－、ＣＨ_３ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ_２Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ_２Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている、請求項１～７３のいずれか１項に記載のプロセス。
75. 前記核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、及び５－メチルシトシンからなる群より選択され、前記核酸塩基のＮＨ_２基が、もし存在する場合、ＰｈＣＯ－、ＣＨ_３ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ_２Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ_２Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている、請求項１～７３のいずれか１項に記載のプロセス。
76. 請求項１～７５のいずれか１項に記載のプロセスであって、
    各Ｒ^２は、Ｈ、Ｆ、及びＣ_１－４アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換され；
    各Ｒ^４は独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し、ここで、前記環は、１～３個のＣ_１－４アルキル基で任意選択で置換された５または６員環であり；
    Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつ
    Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－４アルキルである、前記プロセス。
77. 請求項７６に記載のプロセスであって、式中
    各Ｒ^２は独立して、Ｈまたは－ＯＣＨ_２ＣＨ_２ＯＭｅから選択され；
    各Ｒ^４は、Ｈであり；
    Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつ
    Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは両方とも－ＣＨ（ＣＨ_３）_２である、前記プロセス。
78. 前記標的オリゴヌクレオチドが、１６～３０ヌクレオチドを含むアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項２７～７７のいずれか１項に記載のプロセス。
79. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、修飾されたＲＮＡのみを含む、請求項７８に記載のプロセス。
80. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ及び修飾されたＲＮＡを含む、請求項７８に記載のプロセス。
81. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドがギャップマーである、請求項７８に記載のプロセス。
82. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡのみを含む、請求項７８に記載のプロセス。
83. 式（ＡＩ’）の化合物：
    

    

    
    またはその塩を調製するための液相プロセスであって、前記プロセスは、式（ＡＩＩ’）：の化合物：
    

    

    
    またはその塩を脱保護することを含み、ここで、前記脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、ここで：
    Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
    Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
    Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
    Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
    Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
    Ｒ^１６は、
    

    

    であり；
    Ｚは、０または１～２００の整数であり、
    Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
    Ｗは、ＨまたはＺであり；かつ
    Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
84. Ｒ^１５が４，４’－ジメトキシトリチル基である、請求項８３に記載のプロセス。
85. 前記脱保護反応が乾燥剤の存在下で実施される、請求項８３または８４に記載の方法。
86. 前記乾燥剤が分子篩である、請求項８５に記載の方法。
87. 前記分子篩のサイズが３Åである、請求項８６に記載のプロセス。
88. 前記無水または実質的に無水の溶液が、前記脱保護反応の前に共沸蒸留を使用して水を除去することによって得られる、請求項８３または８４に記載のプロセス。
89. 前記脱保護反応が、－ＳＨ基、シラン基、シロキサン基、ポリスチレン基、フラン、ピロールまたはインドールを含むカチオンスカベンジャーの存在下で実施される、請求項８３～８８のいずれか１項に記載のプロセス。
90. 前記カチオンスカベンジャーが式ＲＳＨの化合物であり、式中、Ｒがアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはヘテロアリール基であり、これらのそれぞれが任意選択で置換されている、請求項８９に記載のプロセス。
91. ＲＳＨが、ＣＨ_３（ＣＨ_２）_５ＳＨ、ＣＨ_３（ＣＨ_２）_１１ＳＨ、シクロヘキサンチオール、ＣＨ_３ＣＨ_２ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ_２ＣＨ_２ＳＨである、請求項９０に記載のプロセス。
92. 式（ＡＩＩ’）の前記化合物を脱トリチル化試薬と反応させることにより、前記脱保護反応を実施する、請求項８３～９１のいずれか１項に記載のプロセス。
93. 前記脱トリチル化試薬が強有機酸である、請求項９２に記載のプロセス。
94. 前記脱トリチル化試薬が、ＣＦ_３ＣＯＯＨ、ＣＣｌ_３ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨ、ＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨ、Ｈ_３ＰＯ_４、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、ＣＣｌＦ_２ＣＯＯＨ、ＣＨＦ_２ＣＯＯＨ、またはＰｈＳＯ_２Ｈである、請求項９２に記載のプロセス。
95. 前記脱トリチル化試薬がＣＨ_２ＣｌＣＯＯＨである、請求項９３に記載のプロセス。
96. 前記脱トリチル化試薬がＣＦ_３ＣＯＯＨまたはＣＨＣｌ_２ＣＯＯＨである、請求項９２に記載のプロセス。
97. ＷがＺである、請求項８３～９６のいずれか１項に記載のプロセス。
98. 請求項９７に記載のプロセスであって、Ｚが、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳ
    

    

    から選択されるシリル保護基であり、ここで、Ｒ_５、Ｒ_６及びＲ_７が、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ_１－３０アルキル、またはＣ_１－３０アルコキシである、前記プロセス。
99. 請求項９８に記載のプロセスであって、前記ＴＢＤＡＳ基が以下：
    

    

    
    であり、ｓが、１～３０の整数である、前記プロセス。
100. ＺがＴＢＤＰＳである、請求項９７に記載のプロセス。
101. ｚが０または１～１０の整数である、請求項８３～１００のいずれか１項に記載のプロセス。
102. 請求項８３～１０１のいずれか１項に記載のプロセスであって、
     各Ｒ^２は独立して、Ｈ、ＦまたはＣ_１－４アルコキシから選択され、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換されており；
     Ｒ^４はＨであり；かつ
     Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである、前記プロセス。
103. 式（ＡＩ’）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されない、請求項８３～１０２のいずれか１項に記載のプロセス。
104. 式（ＡＩ’）の前記化合物が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、請求項８３～１０２のいずれか１項に記載のプロセス。
105. 式（ＢＩ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を調製するための液相プロセスであって、前記プロセスは、式（ＢＩＩ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を脱保護して、式（ＢＩ）の前記化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
     Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
     Ｒ^２は、各存在について、独立して、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
     Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
     Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
     Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
     Ｒ^１６は
     

     

     であり；
     ｑは、１～２００の整数であり；
     Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
     Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
106. 式（ＢＩＩ）の前記化合物を塩基の存在下でＨＦと反応させることによって前記脱保護反応を実施する、請求項１０５に記載のプロセス。
107. 前記塩基がイミダゾールまたはピリジンであり、イミダゾールまたはピリジンが任意選択で置換されている、請求項１０６に記載のプロセス。
108. ＨＦに対して過剰量の塩基が使用される、請求項１０６または１０７に記載のプロセス。
109. 式（ＢＩＩ）の前記化合物をピリジン及びイミダゾールの存在下でＨＦと反応させることによって前記脱保護反応を実施する、請求項１０５のいずれか１項に記載のプロセス。
110. イミダゾール対ＨＦのモル比が１．１：１から５：１の範囲にある、請求項１０９に記載のプロセス。
111. イミダゾール対ＨＦのモル比が２：１である、請求項１１０に記載のプロセス。
112. ピリジン対ＨＦのモル比が１．１：１～２０：１である、請求項１０９～１１１のいずれか１項に記載のプロセス。
113. 請求項１０５～１１２に記載のプロセスであって、Ｚが、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳ
     

     

     から選択されるシリル保護基であり、ここで、Ｒ_５、Ｒ_６及びＲ_７が、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ_１－３０アルキル、またはＣ_１－３０アルコキシである、前記プロセス。
114. 請求項１１３に記載のプロセスであって、前記ＴＢＤＡＳ基が以下：
     

     

     
     であり、
     式中、ｓが、１～３０の整数である、前記プロセス。
115. ＺがＴＢＤＰＳである、請求項１１３に記載のプロセス。
116. Ｒ^１５が４，４’－ジメトキシトリチル基である、請求項１０５～１１５のいずれか１項に記載のプロセス。
117. 請求項１０５～１１６のいずれか１項に記載のプロセスであって：
     各Ｒ^２は、Ｈ、Ｆ、及びＣ_１－４アルコキシから独立して選択され、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換され；
     Ｒ^４はＨであり；かつ
     Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮである、前記プロセス。
118. ｑが２～１０の整数である、請求項１０５～１１７のいずれか１項に記載のプロセス。
119. 式（ＢＩ）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されない、請求項１０５～１１８のいずれか１項に記載のプロセス。
120. 式（ＢＩ）の前記化合物が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、請求項１０５～１１９のいずれか１項に記載のプロセス。
121. 式（ＣＩ）または（ＣＩ’）の化合物：
     

     

     またはその塩を調製するための液体プロセスであって、式（ＣＩＩ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２またはＨ－ホスホネートと反応させて、式（ＣＩ）または（ＣＩ’）の前記化合物を形成することを含み、ここで：
     Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
     Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でハロゲンまたはＣ_１－６アルコキシで置換され；
     Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
     Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
     Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
     Ｒ^１６は、
     

     

     であり；
     Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり
     ｑ１は、２～２００の整数であり；
     Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
     Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記プロセス。
122. 式（Ｃ２Ｉ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を調製するための液体プロセスであって、式（Ｃ２ＩＩ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩と、ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２とを反応させて式（Ｃ２Ｉ）の前記化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
     Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
     Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でハロゲンまたはＣ_１－６アルコキシで置換され；
     Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
     Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
     Ｒ^１６は、
     

     

     であり；
     Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり
     ｑ１は、２～２００の整数であり；
     Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
     Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記プロセス。
123. 請求項１２１に記載のプロセスであって、
     各Ｒ^２は、Ｈ、Ｆ、またはＣ_１－４アルコキシから独立して選択され、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換され；
     Ｒ^４は、Ｈであり；
     Ｒ^１５は、４，４’－ジメトキシトリチルであり；
     Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつ
     Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルである、前記プロセス。
124. 請求項１２２に記載のプロセスであって、
     各Ｒ^２は、独立して、Ｈ、Ｆ、またはＣ_１－４アルコキシから選択され、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換され；
     Ｒ^４は、Ｈであり；
     Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；
     Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；かつ
     Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記プロセス。
125. ｑ１が２～１０の整数である、請求項１２１～１２４のいずれか１項に記載のプロセス。
126. Ｚが、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳから選択される、請求項１２２、１２４または１２５に記載のプロセス。
127. 前記反応が活性剤の存在下で行われる、請求項１２１～１２６のいずれか１項に記載のプロセス。
128. 前記活性剤がピリジントリフルオロ酢酸塩またはＮ－メチルイミダゾールトリフラートである、請求項１２７に記載のプロセス。
129. 式（ＣＩ）、（ＣＩ’）または（Ｃ２Ｉ）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されない、請求項１２１～１２８のいずれか１項に記載のプロセス。
130. 式（ＣＩ）、（ＣＩ’）または（Ｃ２Ｉ）の前記化合物が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、請求項１２１～１２９のいずれか１項に記載のプロセス。
131. 式（ＣＩ’）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
     以下のステップ：
     １）式（ＣＩ’Ａ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩と、
     式（Ａ１）の化合物：
     

     

     
     またはその塩とを反応させて、式（ＣＩ’Ｂ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ３）式（ＣＩ’Ｂ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＣＩ’Ｃ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ４）式（ＣＩ’Ｃ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＣＩ’Ｄ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ５）式（ＣＩ’Ｄ）の前記化合物から始めて、ステップ１）、２）３）、及び４）をｑ１～３回繰り返し、続いてステップ１）、２）、及び３）を繰り返して、式（ＣＩ’）のフラグメント、またはその塩を生成することと、を含み、ここで：
     Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
     Ｒ^２は、各存在について、独立してＨ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
     Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
     Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
     Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
     Ｒ^１６は、
     

     

     であり；
     Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
     ｑ１は、２～２００の整数であり；かつ
     Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳである、前記プロセス。
132. 式（ＣＩ^ｃ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
     

     

     
     またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
     式（ＣＩ^ａ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
     

     

     
     またはその塩を、
     式（ＣＩ^ｂ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
     

     

     
     またはその塩とカップリングして、式（ＣＩ^ｃ）の前記オリゴヌクレオチドを形成することを含み、ここで：
     Ｒ^１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
     Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
     Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
     Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
     Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
     Ｒ^１６は、
     

     

     であり；
     ｑ１ａは、２～２０の整数であり；
     ｑ１ｂは、２～２０の整数であり；
     Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
     Ｚは、ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
133. 式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチドフラグメント、
     

     

     
     またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
     以下のステップ：
     １’）式（ＩＩＡ’）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を脱保護して、式（ＩＩＡ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ２’）式（ＩＩＡ）の前記化合物またはその塩を式（Ａ２）の化合物：
     

     

     
     またはその塩と反応させて、式（ＩＩＢ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ３’）式（ＩＩＢ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＩＣ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ４’）式（ＩＩＣ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＩＤ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ５’）ｍが３の場合、式（ＩＩＤ）の前記化合物またはその塩から始めて、ステップ２’）及びステップ３’）を繰り返して、式（ＩＩＥ）の化合物もしくはその塩を形成するか、または
     ｍが３より大きい場合、式（ＩＩＤ）の前記化合物もしくはその塩から始めて、ステップ２’）、３’）及び４’）をｍ－３回繰り返し、続いてステップ２’）及びステップ３’）によって式（ＩＩＥ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ６’）式（ＩＩＥ）の前記化合物もしくはその塩を脱保護して式（ＩＩＦ）の化合物：
     

     

     
     またはその塩を形成することと；
     ７’）式（ＩＩＦ）の前記化合物またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ^１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ^１７ａＲ^１７ｂ）_２と反応させて、式（ＩＩ）の前記フラグメントまたはその塩を生成することとを含み：
     式中：
     Ｒ^１は、各存在について、独立して核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ_２は、存在する場合、アミン保護基によって保護され；
     Ｒ^２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ_１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－６アルコキシで置換され；
     Ｒ^４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し；
     Ｒ^１５は、ヒドロキシル保護基であり；
     Ｒ^１６は、各存在について、独立してＣ_１－６アルキル基、Ｃ_２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、任意選択で、－ＣＮ、－ＮＯ_２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
     Ｒ^１６は、
     

     

     であり；
     Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－６アルキルであり；
     ｍは、２～２０の整数であり；
     Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
     Ｚは、ヒドロキシルシリル保護基である、前記液相プロセス。
134. ｍが３～１０の整数である、請求項１３３に記載のプロセス。
135. 式（ＩＩ）の前記フラグメントがクロマトグラフィーによって精製されない、請求項１３３または１３４に記載のプロセス。
136. ステップ１’）、２’）、３’）、４’）、５’）、６’）及び７’）のいずれか１つの前記反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーが使用されない、請求項１３３～１３５のいずれか１項に記載のプロセス。
137. ステップ１’）、２’）、３’）、４’）、５’）、６’）及び７’）のいずれか１つの前記反応生成物が、抽出または選択的沈殿によって精製される、請求項１３３～１３５のいずれか１項に記載のプロセス。
138. ステップ１）及びステップ４）の前記脱保護反応のいずれか１つが、請求項８５～９６のいずれか１項に定義されるように実施される、請求項１３３～１３７のいずれか１項に記載のプロセス。
139. ステップ６’）の前記脱保護反応が、請求項１０６～１１２のいずれか１つに定義されているように実施される、請求項１３３～１３８のいずれか１項に記載のプロセス。
140. ステップ７’）の前記ホスフィチル化反応が、請求項１２７または１２８に定義されているように実施される、請求項１３３～１３９のいずれか１項に記載のプロセス。
141. 前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の全ての前記Ｐ＝Ｘ基がＰ＝Ｓである、請求項８３～１４０のいずれか１項に記載のプロセス。
142. 前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の全ての前記Ｐ＝Ｘ基がＰ＝Ｏである、請求項８３～１４０のいずれか１項に記載のプロセス。
143. 前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の前記Ｐ＝Ｘ基の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％超がＰ＝Ｓである、請求項８３～１４０のいずれか１項に記載のプロセス。
144. 前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の前記Ｐ＝Ｘ基のうち１０～９０％、２０～８０％、３０～７０％または４０～６０％がＰ＝Ｓである、請求項８３～１４０のいずれか１項に記載のプロセス。
145. 前記核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、及び５－ヒドロキシメチルシトシンからなる群より選択され、前記核酸塩基のＮＨ_２基が、もし存在する場合、ＰｈＣＯ－、ＣＨ_３ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ_２Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ_２Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている、請求項８３～１４４のいずれか１項に記載のプロセス。
146. 前記核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、及び５－メチルシトシンからなる群より選択され、前記核酸塩基のＮＨ_２基が、もし存在する場合、ＰｈＣＯ－、ＣＨ_３ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ_２Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ_２Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている、請求項８３～１４４のいずれか１項に記載のプロセス。
147. 請求項８３～１４６のいずれか１項に記載のプロセスであって、
     各Ｒ^２が、Ｈ、Ｆ、及びＣ_１－４アルコキシからなる群より独立して選択され、任意選択でＣ_１－４アルコキシで置換され；
     各Ｒ^４は独立してＨであるか、またはＲ^２の前記アルコキシ基と環を形成し、ここで、前記環は、１～３個のＣ_１－４アルキル基で任意選択で置換された５または６員環であり；
     Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつ
     Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは独立してＣ_１－４アルキルである、前記プロセス。
148. 請求項１４７に記載のプロセスであって、式中
     各Ｒ^２は独立して、Ｈまたは－ＯＣＨ_２ＣＨ_２ＯＭｅから選択され；
     各Ｒ^４は、Ｈであり；
     Ｒ^１６は、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＮであり；かつ
     Ｒ^１７ａ及びＲ^１７ｂは両方とも－ＣＨ（ＣＨ_３）_２である、前記プロセス。
     
     

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