JPH10158294A - 修飾ヌクレオチド - Google Patents

修飾ヌクレオチド

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JPH10158294A
JPH10158294A JP9295889A JP29588997A JPH10158294A JP H10158294 A JPH10158294 A JP H10158294A JP 9295889 A JP9295889 A JP 9295889A JP 29588997 A JP29588997 A JP 29588997A JP H10158294 A JPH10158294 A JP H10158294A
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 検出が容易になるようにポリヌクレオチド等
を化学的に修飾又は標識する。 【解決手段】一般式 【化1】 または 【化2】 を有するヌクレオチド(式中、Pは、リン酸残基であ
り、Sは糖または単糖残基であり、Bは塩基残基であっ
て、前記のヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチドの
場合にはリン酸残基は糖残基の3′および/または5′
位に結合し、前記のヌクレオチドがリボヌクレオチドの
場合には2′,3′および/または5′位に結合し、前
記の塩基はプリンまたはピリミジンであり、前記の塩基
がそれぞれピリミジンまたはプリンの場合には前記の塩
基はN1位またはN9位から糖残基の1′位に結合し、
前記のSigは前記のヌクレオチドの糖または単糖残基
Sまたはリン酸残基Pに共有結合している化学残基であ
り、それ自身が信号となる、またはそれ自身が自己を検
出させる若しくはその存在を知らせることができるもの
である。)

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】発明の要約 本発明は核酸物質に結合および/又は取り込みされた時
に容易に検出できるようにヌクレオチドおよびDNAを
含むポリヌクレオチドを化学的に修飾或いは標識するこ
とに関する。
【0002】発明の背景 例えば水素( 3H)、りん(32P)、炭素(14C)或い
は沃素( 125I)同位体などで放射活性標識した核酸或
いはポリ核酸を作ることは知られている。そのような放
射活性標識した化合物は科学的或いは臨床的に興味ある
核酸や他の分子を検出し、追跡し、局在化し、単離する
のに有用である。しかしながら、残念なことに、放射活
性標識した物質は放射能のため災害をもたらす。又、そ
れらの化合物や物質を標識するのに用いた放射活性物質
の半減期が比較的短いため、作られる標識化合物または
物質は対応して比較的短い貯蔵寿命を持つことになる。
【0003】放射活性標識した化合物や物質に伴なう災
害や問題点を克服し、回避するために、例えば核酸やポ
リ核酸などの興味ある科学的標識化合物も提唱されてい
る。Proc.Natl.Acad.Sci.USA、
第78巻、11号、6633−6637頁(1981年
11月)に掲載の「Enzymatic Syuthe
sis of Biotin−Labeled Pol
ynucleotides:Novel Nuclei
c Acid Affinity Probes」と題
するP.R.Langer、A.A.Waldropお
よびD.C.Wardの論文中に、ピリミジン環のC−
5位にアルキルアミンの連結鎖を介してビオチン分子が
結合しているdUTPおよびUTPのアナログが記載さ
れている。ビオチン標識した核酸は各種DNAおよびR
NAポリメラーゼの試験管内反応の有効な基質である。
低割合でビオチン置換されているポリ核酸(キロベース
当り50分子以下)は非置換の対照と同様な変性、再構
成およびハイブリダイゼーションの特性を有している。
ビオチン標識のポリ核酸は、一本鎖、二本鎖共、8モル
尿素、6モルのグアニジン塩酸、或いは99%ホルムア
ミドで十分洗滌した後も、選択的かつ定量的にアビジン
−セファロース上に保持される。さらに、ビオチン標識
した核酸は抗ビオチン抗体およびStaphyloco
cus aureusたん白Aの存在下で選択的に免疫
沈降を起すことが出来る。ビオチン標識ポリ核酸のこれ
らの特有の性質からあるDNAおよびRNA配列を検出
したり単離するのに有用な親和プローブとなり得る。本
論文記載の事項は保留中の米国特許出願に含まれている
ことが論文に示されている。
【0004】上記記載の論文および上記引用の特許出願
の発表はここに包含され、本発表の一部分を成すもので
ある。
【0005】前述論文に引用される特許出願は、米国特
許第4,711,955号に係るものである。この米国
特許第4,711,955号は本特許に包含され、本発
表の一部を構成する。上記引用の米国特許には上述の論
文の事項が記載され、さらに、次の構造で示される化合
物が生化学研究および組み換えDNA技術においてプロ
ーブとして広く有用であることが記載されている。
【化3】 但し、Bは糖部分のC1′位に共有結合したプリン、デ
アザプリン或いはピリミジンを示し、Bがプリンまたは
7−デアザプリンである時には糖はプリンまたはデアザ
プリンのN9位に結合し、Bがピリミジンである時には
N1位に結合し、Aは少なくとも3個の炭素原子より成
り、二重鎖RNA、二重鎖DNA或いはDNA−RNA
ハイブリッドに取り込まれた時ポリペプチドと検出可能
な複合体を生成することの出来る部分を示し、点線はB
とAを結合する化学結合を示し、Bがプリンであれば結
合はプリンの8位と結合し、Bが7−デアザプリンであ
ればデアザプリンの7位に結合し、Bがビリミジンであ
る場合にはピリミジンの5位に結合し、そして、x、y
およびzはそれぞれ、H−、HO−、
【化4】 を示す。
【0006】上記構造に包含される化合物で特に有用な
のはさらに次の性質の一つまたはそれ以上を有するもの
である。Aが非芳香環である;Aが少なくとも炭素5個
である;BとAとをつなぐ結合がα−オレフィン結合を
含んでいる;Aがビチオン或いはイミノビチオンであ
る;およびBがピリミジン或いは7−デアザプリンであ
る。これらの化合物は以下のような方法で製造され得
る。 (a)下記の構造を有する化合物を、適当な
【化5】 溶媒中、適当な条件下で水銀塩と反応させ、下記構造を
有する水銀化合物を生成させる。
【化6】
【0007】(b) 該水銀化合物と、該水銀化合物の
−Hg+ 部分と反応し、式…Nで示される化学基と反応
させ、当該反応を水溶液中、K2 PdCl4 存在下で適
当な条件下で行ない、下記構造を有する化合物を生成さ
せる。そして、
【化7】
【0008】但し、Nは反応性の末端官能基或いはAで
ある。 (c) NがAである場合には該修飾ヌクレオチドとし
て化合物を回収し、或いはNが反応性の末端官能基の場
合には該化合物をM−Aの構造を有する化合物と反応さ
せて修飾ヌクレオチドを生成し、それを回収する。但
し、Mは水溶液中適当条件下でNと反応性のある官能基
を表わす。米国特許第4,711,955号の発明はま
た下記構造を有する化合物も提供する。
【化8】
【0009】但し、B、B′およびB″のそれぞれは糖
部分のC1′位に共有結合したプリン、7−デアザプリ
ン或いはピリミジン部分を表わし、B、B′或いはB″
がプリンまたは7−デアザプリンである時にはプリンま
たは7−デアザプリンのN9位に結合し、B、B′或い
はB″がピリミジンの場合にはN1位に結合し、Aは少
なくとも3個の炭素原子より成り、相補RNAまたはD
NA分子と形成した二重鎖に取り込まれるとポリペプチ
ドと検出可能な複合体を形成することができる成分を表
わし、点線はBとAをつなぐ化学結合を表わし、Bがプ
リンである時は結合はプリンの8位につき、Bが7−デ
アザプリンの時には結合はデアザプリンの7位に結合
し、そして、Bがピリミジンならば結合はピリミジンの
5位に結合し、zはH−或いはHO−を表わし、そし
て、mおよびnは0からおよそ100,000までの整
数を表わす。
【0010】これらの化合物は米国特許第4,711,
955号の発明に係る修飾ヌクレオチドを含むヌクレオ
チドの混合物の酵素的重合により調製され得る。別の方
法としては、オリゴ−またはポリヌクレオチドとして存
在するヌクレオチドを化学法を用いて修飾することも出
来る。米国特許第4,711,955号の発明の実施に
従って修飾されたヌクレオチドおよび該修飾ヌクレオチ
ドから生成するオリゴ−およびポリヌクレオチドは生化
学研究、臨床診断および組換えDNA技術におけるプロ
ーブとして用いられる。これらの種々の利用は分子がポ
リペプチドと安定な複合体を形成しそれがポリペプチド
固有の性質またはポリペプチドに結合した、或いはポリ
ペプチドと反応する検出可能な成分によって検出され得
るという能力に基づいている。利用例としては例えばバ
クテリアやウイルスのような核酸含有病因物質の検出と
同定;抗生物質耐性細菌のスクリーニング;例えば地中
海貧血および鎌状赤血球貧血症などの遺伝病の診断;染
色体の核型決定;および癌細胞の同定などがある。
【0011】修飾ヌクレオチドが天然存在ヌクレオチド
の放射活性標識体の代用として一般的に適するにはいく
つか必須基準を満たさねばならない。第一に修飾ヌクレ
オチドは特有の、即ち、通常ヌクレオチドやポリヌクレ
オチドと結合して見られないような置換基或いはプロー
ブを含有していなければならない。第二に、そのプロー
ブは化学試薬或いは生化学試薬と特異的に反応して感度
の高い検出系を提供しなければならない。第三に、多く
の実用応用では同族体が酵素的に代謝されることが要求
される、即ち、同族体が核酸ポリメラーゼの基質として
作用しなければならないから、同族体は通常研究される
核酸酵素に対して比較的効率よい基質でなければならな
い。この目的のため、プローブ部分は塩基の通常ワトソ
ン−クリック水素結合ポテンシャルを立体的或いはその
他で阻害するような環位置の上についてはならない。さ
もないと、置換物質はポリメラーゼ基質として不活性な
化合物を形成することになる。通常の“anti”ヌク
レオチド配座を変えるような環位置の置換も避けねばな
らない。それはそのような配座変化は普通ポリメラーゼ
基質として受け入れられないようなヌクレオチド誘導体
を与えるからである。通常このような考慮から置換の位
置がピリミジンの5位およびプリン或いは7−デアザプ
リンの7位に制限される。
【0012】第四番目に、核酸のハイブリダイゼーショ
ン法に用いるために検出方法が一重鎖、二重鎖両方のポ
リヌクレオチドに取り込まれたプローブ置換基と反応す
ることが出来るものでなくてはならない。この基準を満
たすために、プローブ部分はプリン或いはピリミジンと
化学結合または "リンカー鎖" を通して結合するのが好
ましく、そうすることにより、抗体、他の検出たん白或
いは化学試薬と容易に反応することができる。第五番目
に、現行の放射活性ハイブリダイゼーションプローブを
用いる方法を大きく変更する必要がないように、少数の
プローブ置換を有するポリペプチドの物理的並びに生化
学的性質が有意に変更されるべきでない。この基準はプ
ローブが酵素的に導入されても化学的に導入されても満
たされるべきである。
【0013】最後に、プローブ部分をつける結合は、通
常のヌクレオチドおよびポリヌクレオチドが極って受け
る全ゆる実験条件、例えば高温に於いての長時間のハイ
ブリダイゼーション、フェノールおよび有機溶媒抽出、
電気泳動、その他、に耐えられなければならない。本願
に記載の修飾ヌクレオチドはこれら全ての基準を満たし
ている。これらの修飾ヌクレオチドは下記の構造を有
す。
【化9】 但し、Bは糖部分のC1′位に共有結合したプリン、7
−デアザプリンまたはピリミジンを表わし、Bがプリン
或いは7−デアザプリンの時は糖はプリン或いは7−デ
アザプリンのN9位に結合し、Bがピリミジンの時はN
1位に結合する。Aは少なくとも3個の炭素原子より成
り、二重鎖RNA、DNA二重鎖或いはDNA−RNA
ハイブリッドに取り込まれるとポリペプチドと検出可能
な複合体を形成する成分を表わす。点線はBとAをつな
ぐ結合グループを表わし、Bがプリンであれば結合はプ
リンの8位につき、Bが7−デアザプリンであれば結合
はデアザプリンの7位につき、もしBがピリミジンであ
れば結合はピリミジンの5位につく。
【0014】そしてx、yおよびzのそれぞれはH−、
HO−、
【化10】 を表わす。これらの化合物は生化学研究およびDNA組
換え技術のプローブとして広く有用である。基本的には
上記構造式に包含される全ての化合物が米国特許第4,
711,955号の発明の実施例に従って調製され、使
用されるが、ある化合物がより容易に調製されるか使用
され、或いは調製使用され、従って現在好ましい。この
ように、基本的にはプリン類、ピリミジン類および7−
デアザプリン類が使用され得るが、プリンの8位の置換
はポリメラーゼの基質として効力のないヌクレオチドに
する傾向があるため、ピリミジンおよび7−デアザプリ
ンがより好ましい。従って、修飾プリンはある点で有用
ではあるが、一般にピリミジンおよび7−デアザプリン
のように有用ではない。さらに米国特許第4,711,
955号の発明で有用なピリミジンおよび7−デアザプ
リンはそれぞれ5位および7位に天然置換があってはい
けない。その結果、チミン、5−メチルシトシン、およ
び5−ヒドロキシメチルシトシンなどのようなある塩基
は有用でない。現在のところ好ましい塩基はシトシン、
ウラシル、デアザアデニンおよびデアザグアニンであ
る。
【0015】Aは少なくとも3個の炭素原子を有し、修
飾ヌクレオチドがDNAまたはRNAのいずれかを含む
二重鎖に取り込まれた時ポリペプチドと検出可能な複合
体を形成することの出来る成分である。従って、Aは上
記性質を有するいかなるリガンドでもよく、適当な担体
と結合した時のみ免疫性があり、適当な抗体と相互反応
を起して複合体を生成することが出来るハプテンを含
む。有用な成分の例は以下のとおりです。
【化11】 である。これらの中で好ましいAとしてはビオチンおよ
びイミノビオチンである。さらに芳香成分は塩基対のら
線構造内に入り込む傾向があるので成分Aは非芳香であ
ることが好ましい。また小さい成分はポリペプチドと十
分に分子相互作用をし得ないので、Aは安定な複合体を
形成させるのに十分な相互作用が起こるように、少なく
ともC5であることが望ましい。ビオチンおよびイミノ
ビオチンはこれらの両方の基準を満たしている。
【0016】A部分と塩基Bを連結する結合またはグル
ープは、炭素−炭素一重結合、炭素−炭素二重結合、炭
素−窒素単結合または炭素−酸素単結合を含むよく知ら
れているいかなる結合でもよい。しかし、一般にはBに
対してα−位にオレフィン結合を含む化学結合が望まし
い。α位のオレフィン結合の存在は、よく知られる二重
ら線構造中塩基が他の塩基と対を成す時、A成分をその
塩基から離す役目をもつ。これはポリペプチドとの相互
作用を起すのを容易にし、その結果、複合体形成を促進
する。さらに、回転自由度のより大きい一重結合は、ポ
リペプチドによる認識とポリペプチドとの複合体形成を
可能にするほどA部分をら線から必ずしも離さない。さ
らに望ましいのは化学結合グループが一級アミンから誘
導され、−CH2 −NH−の構造を有することで、この
ような結合はよく知られるアミン修飾反応を利用して形
成される。アリルアミンおよびアリル−(3−アミノ−
2−ヒドロキシ−1−プロピル)エーテルグループから
誘導される好ましい結合の例としては、それぞれ
【化12】 がある。これらの結合が望ましいのであるが、特にチオ
ール、カルボン酸およびエポキシド官能基のような他の
修飾官能基をもつオレフィン結合鎖を含む他の結合も使
用される。結合グループは特異的な位置、即ち、ピリミ
ジンの5位、プリンの8位或いはデアザプリンの7位、
に結合する。前述のとおり、プリンの8位における置換
は本明細書に述べる全ての方法で有用な修飾ヌクレオチ
ドを生成しない。窒素原子となっているプリンの7位が
結合位置となり得るかも知れない。しかし、今日まで採
用され、本件で述べられる化学置換方法はこの目的には
適してしない。x、y、zの文字は糖の5′位、3′位
および2′位に結合するグループを表わす。これらの結
合は、
【化13】 のいずれかである。考えとしてはあるが、x、yおよび
zの全てが同時に同じグループであることはないだろ
う。より適当なのは、x、y、およびzの少なくとも一
つがモノ−、ジ−或いはトリりん酸のいずれかりん酸含
有基であり、少なくとも一つがHO−またはH−である
ことだ。容易に判断できるだろうが、zがHO−又はH
−である、即ち、それぞれリボヌクレオチド又はデオキ
シリボヌクレオチドであるのが最も適当であろう。その
ようなヌクレオチドの例としては、5′−リボヌクレオ
シドモノフォスフェート、5′−リボヌクレオシドジフ
ォスフェート、5′−リボヌクレオシドトリフォスフェ
ート、5′−デオキシリボヌクレオシドモノフォスフェ
ート、5′−デオキリボヌクレオシドジフォスフェー
ト、5′−デオキシリボヌクレオシドトリフォスフェー
ト、5′−p−リボヌクレオシド−5′pおよび5′−
p−デオキシリボヌクレオシド−3′pがある。さらに
具体的な例としては、Aがビオチン或いはイミノビオチ
ンであり、化学結合が
【化14】 であり、Bがウラシル又はシトシンであるようなこの種
の修飾ヌクレオチドである。
【0017】塩基にリンカー鎖およびプローブ部分を導
入するのに採用される一般的な合成手段は既に述べられ
ている。(特に:J.L.RuthおよびD.E.Be
rgstrom、J.Org.Chem.43巻、28
70頁〔1987年〕;D.E.Bergstromお
よびM.K.Ogawa、J.Amer.Chem.S
oc.100巻、8106頁〔1978年〕;および
C.F.Bigge、P.Kalaritis、J.
R.Deck、およびM.P.Mertes、J.Am
er.Chem.Soc.102巻、2033頁〔19
80年〕)しかしながら、米国特許第4,711,95
5号の発明で採用されるオレフィン置換は過去に用いら
れていない。プローブ部分Aの結合を促進するため、ア
リルアミン〔AA〕またはアリル−(3−アミノ−2−
ヒドロキシ−1−プロピル)エーテル〔NAGE〕のよ
うな一級アミン官能基をもつオレフィンを採用すること
が特に望ましく、それにより以下のような標準アミン修
飾反応によりプローブ結合が可能である。
【化15】 調製が容易であるためプローブ添加にはNHS−エステ
ルを用いるのが好ましいことがわかっている。しかし、
他の修飾可能な官能基、例えばチオール、カルボン酸、
エポキシド等を有するオレフィンリンカー鎖も利用可能
である。さらに、もし望むならリンカー鎖とプローブの
両方を一段階で導入することができる。
【0018】具体的には、次の構造を有する修飾ヌクレ
オチドを以下に示す方法で調製することが出来る。
【化16】 但し、Bは糖のC1′位に共有結合するプリン、7−デ
アザプリン又はピリミジン部分を表わし、Bがプリン又
は7−デアザプリンである時は糖はプリン又はデアザプ
リンのN9位に結合し、Bがピリミジンである時はN1
−位に結合し、Aは少なくとも3個の炭素原子より成
り、化合物が二重鎖RNA、DNA二重鎖、DNA−R
NAハイブリッドに取り込まれると、ポリペプチドと検
出可能な複合体を形成することが出来る成分を表わし、
点線はBとAを連結する化学結合を表わし、Bがプリン
であれば結合はプリンの8位につき、7−デアザプリン
であればデアザプリンの7位に結合し、Bがピリミジン
であれば結合はピリミジンの5位につき、x、y、およ
びzのそれぞれはH−、HO−、
【化17】 を表わす。反応は;
【0019】(a) 次の構造を有する化合物と水銀と
を適当な溶媒中、適当条件下で反応させ、
【化18】 以下の構造を有する水銀化合物を形成し、
【化19】 (b) 上記水銀化合物を該水銀化合物の−Hg+ と反
応性があり、式…Nで表わされる化学成分と反応させ、
該反応は水溶液中、K2 PdCl4 存在下、適当な条件
下で行ない、次の構造式を有する化合物を生成させ、そ
して、
【化20】 但し、Nは反応性の末端官能基或いはAである。 (c) 上記構造中NがAである時は該化合物を修飾ヌ
クレオチドとして回収し、或いはNが反応性の末端基で
ある時は該化合物をM−Aなる構造を有する化合物と反
応させて修飾ヌクレオチドを形成し、それを回収する。
但し、上記M−A中のMは水溶液中適当条件下でNと反
応性のある官能基を示す。以下の図で実例を示す。
【化21】
【0020】反応は水素イオン濃度pH1の低濃度、或
いはpH14の高濃度で行なうことも出来るが、約4か
ら8の範囲で行なうのが好ましい。これは特に、ヌクレ
オシドポリフォスフェート、ポリヌクレオチドおよびヌ
クレオチド補酵素などのような上記範囲以外のpHでは
加水分解されるような不安定な化合物を扱う場合にそう
である。同様に、不安定な有機化合物の分解を避けるた
め約20℃から30℃の範囲内の温度で行なうことが望
ましい。しかし、反応は約5℃から100℃の温度で行
なうことが可能である。化学反応で一般に普通であるよ
うに、高温では反応速度が促進され、低温では反応が遅
れる。従って反応温度が5℃から100℃の間で、最適
反応時間も約10分から98時間と変化する。望ましい
温度範囲内で反応時間は通常3〜24時間である。pH
を望む範囲内に保持する好ましい方法は緩衝液の使用に
よるものである。各種緩衝液が使用可能である。例え
ば、酢酸ナトリウムまたはカリウム、トリス酢酸および
ほう酸−水酸化ナトリウム緩衝液などである。使用する
際の緩衝液の濃度は約2.0モル濃度までの広い範囲に
亘る。
【0021】水銀化およびパラジウム触媒の添加反応の
利点は特に、反応を水の中で行なうことができる点であ
るが、溶解性助剤として少量の有機溶媒を加えることも
有効である。通常選択される有機溶媒は水と混和できる
ものである。それらはメタノール、エタノール、プロパ
ノール、グリセリン、ジオキサン、アセトン、ピリジン
およびジメチルホルムアミドなどのエーテル類、アルコ
ール類、エステル類、ケトン類、アミド類等から選ばれ
る。しかし、メタノールなどのアルコールの存在でオレ
フィン二重結合にアルコキシ添加が時には見られるの
で、溶解性助剤として使用する有機溶媒は慎重に選ばね
ばならない。α−位又はβ−位環外炭素原子へのアルコ
キシ置換の導入はしばしば酵素基質としてより効率悪く
利用される化合物を生成する。各種水銀塩が利用され得
るが現在望ましい塩は酢酸水銀である。また既に述べた
ように化合物は先ずリンカー鎖を添加し、次にA部分を
加えるか或いは既にAが添加されたものにリンカー鎖を
添加することで調製される。従って式…Nにより表わさ
れる化学成分は最終的に望む化合物を形成することの出
来る多くの物質のいずれでもよい。その例としては、
【化22】 イミノビオチンがある。
【0022】これらの反応に採用される反応物の量は広
い範囲に亘る。しかし、通常、非水銀化合物、水銀化合
物およびパラジウム含有化合物の量は実質的に化学量論
的なものであり、一方、水銀塩および化合物…Nは過剰
モル濃度、即ち、それぞれ水銀化合物又は非水銀化合物
のモル当り5〜20モルの…N又は水銀塩、で存在す
る。実際には量は反応条件の差および反応物の詳細差異
に依って変化する。酵素基質として機能することの出来
るヌクレオチド誘導体にビオチンプローブが直接結合し
ていることにより、実施する実験プロトコールおよび分
析に用いる検出方法(顕微鏡的および非顕微鏡的)の両
方に於いてかなり多様性が出来る。例えば、ビオチンヌ
クレオチドは細胞或いは細胞抽出物により合成されてい
る最中のポリヌクレオチド中に導入することが出来、そ
の結果、初期の(生成中の)ポリヌクレオチド鎖を検出
および/または単離することが可能になる。このような
方法は他のどんな直接化学修飾法によっても行なうこと
が出来ない。さらに、ビオチンのようなプローブをポリ
ヌクレオチドの位置に高度に選択的に或いは特異的箇所
に導入するには酵素が試薬として用いられ得る。同じよ
うなプローブで修飾した生成物を化学合成で達成するの
は極度に困難であろう。ビオチン或いはイミノビオチン
を含有するヌクレオチドの合成は以下に詳細に述べる実
施例に従って達成された。これらのプローブのいずれか
をC5位炭素原子に結合して有するピリミジンヌクレオ
シドトリフォスフェートは原核細胞および真核細胞の両
方の精製核酸ポリメラーゼの広い種類に対し良好乃至優
秀な基質であった。これらはE.coliのDNAポリ
メラーゼI、バクテリオファージT4のDNAポリメラ
ーゼ、ネズミ(A−9)およびヒト(HeLa)細胞か
らのDNAポリメラーゼαおよびβおよびヘルペスシン
プレックスウイルスのDNAポリメラーゼである。E.
coli DNAポリメラーゼIについて確認データを
Rigbyらのニックトランスレーション条件(P.
W.J.Rigby,M.Dieckmann,C.R
hodesおよびP.Berg;J.Mol.Bio
l.113巻、237頁:1977年)或いはBour
guignonらにより記載されたギャップ修復反応
(G.J.Bourguignon,P.J.Tatt
ersallおよびD.C.Ward;J.Viro
l.20巻290頁:1976年)を用いて得ている。
ビオチン−dUTPはまたmillerらの方法(M.
R.miller,J.C.Castellot,J
r.およびA.B.Pardee;Exp.Cell
Res.120巻、421頁:1979年)に従ってリ
ゾレシチン処理により透過させたCHO細胞中およびヘ
ルペスシンプレックスウイルスを感染したBHK細胞か
ら調製した核複製系の両方でポリメラーゼの基質として
機能することもわかっている。ビオチンリボヌクレオチ
ドトリフォスフェートはE.coli.およびバクテリ
オファージT7のRNAポリメラーゼの基質として働く
ことがわかっているが、対応するデオキシリボヌクレオ
チドトリフォスフェートのように効率よく利用されな
い。事実、これらは調べた真核細胞RNAポリメラーゼ
(HeLa細胞RNAポリメラーゼIII、仔牛胸腺R
NAポリメラーゼIIおよびマウス細胞RNAポリメラ
ーゼII)による取り込みがあるとしても非常に低い。
この基質作用の範囲が限られていることは生体内或いは
試験管内転写実験における利用性を制限するが、ビオチ
ン標識RNAプローブはE.coli又はT7 RNA
ポリメラーゼを用いてDNA鋳型から、或いはRNAリ
ガーゼを用いてビオチニル -pCpのような化合物との
3′末端標識法により酵素的に調製することが出来る。
しかし、UTPのAA−およびNAGE−誘導体は上述
の真核細胞RNAポリメラーゼの基質となる。これらの
アナログの抗体が入手できれば初期の転写物の単離が免
疫法或いはアフィニティー法により可能である。
【0023】ビオチン又はイミノビオチン置換を有する
ヌクレオチドの酵素的ポリメリゼーションは、これらの
いずれのプローブも放射標識されていなかったので追跡
出来なかった。しかし、二つの実験的証拠からビオチン
−ヌクレオチドが確かに取り込まれたことが明かであ
る。一つはビオチン−ヌクレオチド存在下で合成された
ポリヌクレオチドはアビジン或いはストレプトアビジン
アフィニティカラムでクロマトグラフを行なうと選択的
に吸着すること。(第1表および第2表)例えば、32
−dAMPでニック修復した通常のDNAは0.5M食
塩の添加で定量的に溶出するのに対し、大部分のビオチ
ニルDNA又はイミノビオチニルDNAは高濃度の塩、
尿素、グアニジン塩酸、ホルムアミドまたは50mM水
酸化ナトリウムで十分洗った後も樹脂に結合したままで
ある。これらの洗滌条件下で溶出した僅かの放射標識区
分は再び樹脂に吸着させても結合していないことから、
放射活性はビオチン置換のないDNA断片に関連してい
ると思われる。二つ目の証拠は、精製抗ビオチンIgG
および続いてのホルマリン固定Staphylococ
cus aureusによる処理によりビオチン標識ポ
リヌクレオチドのみが免疫沈澱をすることである。(第
3表)これらの表のデータよりこの方法によると非常に
少量のビオチンが検出可能であることが明確である。こ
れらの結果はまた、ビオチン分子がDNAがまだ天然の
二重鎖である時にアビジン、ストレプトアビジン或いは
特異抗体により認識され得ることを示している。このこ
とは、ハイブリダイゼーション技法を用いてプローブの
検出を行なうのに抗体結合またはアビジンアフィニティ
−法を有効に利用するためには絶対的に必須な条件であ
る。
【表1】
【表2】
【表3】 このように、以下に示す構造を有する新規化合物を製造
することが可能である。
【化23】
【0024】但し、B,B′およびB″のそれぞれは糖
部分のC1′−位に共有結合するプリン、デアザプリン
或いはピリミジン部を表わし、B,B′又はB″がプリ
ン或いは7−デアザプリンである場合には糖はプリン或
は7−デアザプリンのN9位に結合し、B,B′或いは
B″がピリミジンである場合にはN1位に結合し、Aは
少なくとも3個の炭素原子より成り、相補RNA又はD
NA分子より成る二重鎖ら線に取り込まれるとポリペプ
チドと検出可能な複合体を形成することのできる成分を
表わし、点線はBとAを連結する結合グループを表わ
し、Bがプリンの時は結合はプリンの8位に連結し、B
が7−デアザプリンの時は結合はデアザプリンの7位に
連結し、Bがピリミジンである時には結合はピリミジン
の5位に連結し、ZはH−またはHO−を示し、そし
て、mおよびnは0からおよそ100,000までの整
数を表わす。勿論、一般にmとnが同時に0となること
がないのは容易に理解できよう。それは、もしそうなる
と化合物は単に前述のような修飾ヌクレオチドとなるか
らである。一般にB′とB″は同じオリゴ−又はポリヌ
クレオチドの中を変化し、交互にウラシル、シトシン、
チミン、グアニン、アデニン等々を示す。又、一般にそ
の変化はよく知られる遺伝暗号に従ったペプチド合成を
コードするヌクレオチドの整った配列に対応する。しか
し、示した構造はまた、仔牛DNA、E.coli又は
酵母のリボゾームRNA、バクテリオファージのRNA
およびDNA(R17,fd)、動物ウイルス(SV
40 DNA)、染色体DNAなどと共にpolyC,
polyU,poly(A−U)およびpolyd(A
−U)などのポリヌクレオチドをも、それらが米国特許
第4,711,955号の発明に従って修飾されている
限り、包含する。又、本構造はオリゴマーまたはポリマ
ー中一個以上の修飾ヌクレオチドを含むもの、例えば、
2個から30個の修飾ヌクレオチドを含むものも包含す
る。これに関して限界要因は修飾が多すぎてポリヌクレ
オチドが目的の利用に対し効果なくならないということ
である。
【0025】最後に、修飾オリゴ−およびポリ−ヌクレ
オチドは結合し、同じ構造を有し、末端基が両立し、或
いは反応性を示す限りより大きい物質を形成することも
出来る。これらの化合物は適当な条件下で合成を指示す
る核酸鋳型の存在下、適当なヌクレオチド、特にヌクレ
オチドトリフォスフェート、の酵素的重合により作製さ
れ得る。そのような条件は使用する酵素、存在するヌク
レオチドの量および他の要因により広く変わる。酵素の
実例としてはE.coliのDNAポリメラーゼI、バ
クテリオファージT4DNAポリメラーゼ、、ネズミお
よびヒト(HeLa)細胞からのDNAポリメラーゼα
およびβ、E.coliのRNAポリメラーゼ、バクテ
リオファージT7のRNAポリメラーゼ、HeLa細胞
RNAポリメラーゼIIIを含む真核細胞RNAポリメ
ラーゼ、仔牛RNAポリメラーゼIIおよび,ネズミ細
胞RNAポリメラーゼIIがある。化合物はまたオリゴ
−およびポリヌクレオチドに末端付加してその付加が
5′側か3′位かによりm又はnが0である化合物を生
成することで調製可能である。さらに、塩基がビオチン
化されたpCp又はpUpのような化合物を酵素RNA
リガーゼを使用して既存分子に付加することも出来る。
修飾オリゴおよびポリヌクレオチドはまた既に個々のヌ
クレオチド修飾としてて述べられた方法を用い、既にあ
るオリゴ又はポリヌクレオチドの化学修飾により調製で
きる。米国特許第4,711,955号の発明の種々の
修飾ヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよびポリヌク
レオチドは、該化合物を、複合体を形成するような適当
な条件下でそれと複合体を形成することのできるポリペ
プチドと接触することにより検出される。但し、ポリペ
プチドは複合体を形成すると一般に既知の検出方法によ
り検出され得る成分を一つ以上有しているものとする。
ビオチン型のプローブ用のポリペプチド検出体はアビジ
ンである。アビジン−ビオチン相互作用は天然に見られ
る最も強い非共有結合定数(Kdis=10-1 5 )を示
す。もしアビジンを潜在的表示指示分子、例えば螢光染
料(フルオレセイン、ロダミン)、電子密度試薬(フェ
リチン、ヘモシアニン、コロイド金)或いは不溶性反応
生成物を放出できる酵素(ペルオキシダーゼ、アルカリ
フォスファターゼ)と連結するとビオチンプローブの存
在、位置および/又は量が決定できる。
【0026】残念ながらアビジンは核酸又はクロマチン
と共に用いるとビオチン指示たん白として望ましくない
性質が一つある。報告によると(M.H.Heggen
ess;Stain Technol.52巻165
頁、1977年;M.H.Heggenessおよび
J.F.Ash;J.Cell Biol.73巻、7
83頁、1977年;E.A.BayerおよびM.W
ilchek;methods of Biochem
ical Analysis26巻、1頁、1980
年)アビジンは縮合クロマチンや核酸を多量に含む細胞
分画とビオチン結合とは別の結合で強く結合する。アビ
ジンはpIが10.5である塩基性糖たん白であるの
で、そのヒストン様特質又はその糖部分がこの非特異的
相互作用に関係していると思われる。ビオチン含有ヌク
レオチドおよびその誘導体の望ましいプローブはストレ
プトアビジンで、これは土壌分離菌Streptomy
ces avidiniiにより合成されるアビジン様
たん白である。本物質の調製と精製はHoffman
ら、Proc.Natl.Acad.Sci.77巻、
4666頁(1980年)に記載されている。ストレプ
トアビジンはより低いPI値(5.0)を有し、糖がつ
いてなく、DNAに対する非特異的結合がアビジンより
低く、従って核酸検出の方法に関する応用の潜在的利点
を有する。ビオチン様プローブ検出のための最も好まし
いたん白は単特異性ウサギIgG、抗ビオチン免疫グロ
ブリンである。本化合物は既に報告されているように
(M.Berger,methods in Enzy
mology,62巻319頁:1979年)ウサギを
ウシ血清アルブミン結合ビオチンで免疫して調製し、ア
フィニティークロマトグラフィ−により精製する。免疫
グロブリン−ハプテンの会合定数はKassn106
ら1010という値でアビジン−ビオチン複合体に対する
よりかなり低いが、アビジン−イミノビオチン複合体で
観察されるものと実質的に同等である。さらに、抗ビオ
チン抗体はクロマチン物質との非特異的結合があるとし
ても少ないのでその場所でのハイブリダイゼーションに
よる染色体上の特定ポリヌクレオチド配列を検出するの
に非常に有用であることがわかった。
【0027】米国特許第4,711,955号の発明の
修飾ポリヌクレオチドはハイブリッド形成プローブとし
ての使用と両立する条件下で変性および再生することが
できる。いくつかのビオチン置換DNAおよびRNAポ
リマーの熱変性プロフィルおよびハイブリダイゼーショ
ン特質の分析がこれを明確に示している。例えば、キロ
ベース当りおよそ10〜100個のビオチン残基を導入
して修復されたpBR322DNAまたはλDNAはビ
オチン非含有の対照DNAと本質的に同じTm値を有す
る。さらに、32P−標識のビオチン置換pBR322D
NAはこのプラズミドを含む細胞コロニーを検出するハ
イブリダイゼーションプローブとして用いた時チミジン
含有の対照DNAと同じ程度の比活性とオートラジオグ
ラフィー信号強度とを示した。一方の鎖の全てのチミジ
ン残基(全体として5kb当り1250)をビオチンヌ
クレオチドで置換した例えばMVM RF DNAのよ
うな二重鎖DNAに於いて、Tm値は非置換の対照DN
AのTmより5℃低いだけである。各塩基対がビオチン
−dUMP残基を含むポリd(A−ビオチンU)のTm
はポリd(A−T)対照より15℃低いが、変性および
再生中に観察される共同性の程度および深色化の度合は
2つのポリマーで同じであった。二重鎖RNAおよびD
NA/RNAハイブリッドの比較分析でポリマー中のビ
オチン含量が増加するにつれてTm値は低下することが
わかる。しかし、ポリマーのハイブリッド形成化の特質
を有意に変えることなくかなりの数のビオチン分子を導
入することが出来るのは明かである。これらの結果はビ
オチン置換ポリヌクレオチドが染色体、固定細胞或いは
組織分画中の特定ポリヌクレオチド配列を検出しそして
/または位置を定めるためのプローブとして利用できる
ことを強く示唆している。ビオチン置換プローブの検出
のための一般的プロトコールを以下に図示する。コロニ
ーハイブリダイゼーションまたはノーザン/サザンハイ
ブリダイゼーション法によるプローブ検出のプロトコー
【化24】 この一般スキームは遺伝子マッピング(細胞遺伝学)お
よび組換えDNA技術に用いられる手法のみを示してい
る。しかし、これは臨床サンプル中のバクテリア、ウイ
ルス或いは病原菌由来の核酸配列の検出にも同様に十分
応用できるもので、これは放射性同位元素に依存しない
臨床診断の強力な新しいアプローチの基本を成す。ビオ
チン検出のための免疫学的および組織化学的方法は、そ
の場のハイブリッド形成化による遺伝子地図作成の迅速
法およびブロットハイブリダイゼーション法による特異
核酸配列検出のための非放射活性法に使用し得る基本的
アプローチを提供する。本技術を用いて新しい臨床診断
方法の開発もできよう。本アプローチを用いて特異DN
A又はRNA分子、特に例えば細菌、カビ、ウイルス、
酵母または哺乳類など生物から由来する分子の存在を決
定することが可能である。
【0028】さらに、細菌の抗生物質耐性を決定する検
索のための方法も提供する。即ち、例えば、Strep
tococcus pyogenesまたはneiss
eris meningitidisのペニシリン耐
性、Staphylococcus aureus,C
andida albicars,Pseudomon
as aeruginosa,Streptococc
us pyogenes又はneisseria go
norrhoeaeのテトラサイクリン耐性およびmy
cobacterium tuberculosisの
アミノグリコシド耐性を決定することが出来る。これら
の方法では、その生物の抗生物質耐性を支配する核酸配
列に相補的であり、さらに米国特許第4,711,95
5号の発明による修飾ヌクレオチドを1個又はそれ以上
含むポリヌクレオチドを調製する。このポリヌクレオチ
ドを検査している微生物から得られる核酸とハイブリッ
ド形成する。ハイブリッド形成をしないということはそ
の微生物或いは耐性特質を欠いていることを示す。ハイ
ブリッド形成した核酸二重鎖は検出可能成分をもつ適当
なポリペプチドと複合体を形成させて同定し、適当な検
出方法を用いてその複合体の存在を検出する。陽性で検
出されるということは複合体が、二重鎖が、従って注目
している核酸配列が、存在することを示す。このアプロ
ーチは地中海貧血および鎌状赤血球貧血症のような遺伝
病の診断にも拡大され得る。その存在、非存在(地中海
貧血の場合)がその疾患に関連するDNA遺伝子配列を
米国特許第4,711,955号の発明によるポリヌク
レオチドプローブとハイブリダイズした後適当な検出可
能なポリペプチドと複合体形成することに基づく検出を
行なうことができる。
【0029】遺伝子の地図作成および遺伝子の染色体上
の特定位置決定はこれまで厭な時間のかかる仕事で主に
細胞融合と融合細胞の遺伝学の技術を用いるものであっ
た。その場のハイブリダイゼーションはDrosoph
ilaのような染色体が多系性の種の単コピー遺伝子配
列の地図作成への使用は成功しているが、ほとんどの高
等真核細胞染色体での特有配列遺伝子の検出は標準ハイ
ブリダイゼーション法を用いて、不可能でないとしても
非常に困難であった。ハイブリダイゼーションの箇所を
効率よくオートラジオグラフィーにより位置決定するに
は非常に高い放射比活性を持つポリヌクレオチドプロー
ブが必要であり、その結果、プローブの放射分解が速
く、同時に銀粒子の付着による地のノイズが増加する。
低比活性乃至中庸の比活性の放射活性を有するハイブリ
ダイゼーションプローブを用いるとリボゾームRNA遺
伝子や付随DNAのような多コピー配列を検出するので
さえ多くの日数、或いは週の露出時間が必要である。組
み換えDNA技術により真核細胞に存在する実際上全て
の単コピー配列の分子クローン化が可能となったためそ
のクローンの遺伝子断片の染色体上の由来を地図作成す
るための迅速かつ鋭敏な方法を持つことは非常に有利で
ある。修飾ヌクレオチドはその場のハイブリダイゼーシ
ョンによる遺伝子地図作成の方法に利用され、これは放
射性同位元素の使用に代わるものである。本法はニック
トランスレーションによりDNAプローブ中に酵素的に
取り込まれ得るビオチン含有チミジンアナログの利点を
利用している。ハイブリッド形成の後、ビオチン分子は
アフィニティー精製ウサギ抗ビオチン抗体のための抗原
として作用する。螢光標識した山羊抗ウサギIgGとで
作成した免疫螢光抗体サンドイッチによりクローン遺伝
子配列の迅速かつ特異的細胞遺伝的位置決定が緑黄帯と
して可能となる。本法は従来のその場の遺伝子位置決定
のオートラジオグラフィー法に比して4つの主な利点が
ある。それは地のノイズの減少;バンド間の分解能の増
加:プローブハイブリッド形成の位置決定のために必要
な時間の短縮;およびハイブリッド形成プローブの化学
的安定性である。本法はDrosopaila mil
anogasterの多糸性染色体のくり返しの特有D
NA配列およびマウスの中期染色体の付随DNAの位置
決定にうまく応用されている。
【0030】このように間接免疫螢光により検出する米
国特許第4,711,955号の発明による修飾ヌクレ
オチドをその場の遺伝子地図作成に用いてプローブの効
率を確立する試験システムに多糸性染色体を用いること
が出来るということがわかった。プローブとしてはOt
to SchmidtおよびDieter Soell
により得られたショウジョウバエの各種クローン配列、
例えば約5から約22キロベースに亘る大きさの挿入を
もつプラズミッドベクターにクローンされたtRNAの
遺伝子等、が含まれた。これらのクローンの多くは放射
同位元素を用いた従来のハイブリダイゼーション法によ
りショウジョウバエ染色体地図上の特定バンドに既に決
定されている。DNAプローブはビオチン−dUTP存
在でニックトランスレーションされる。場合によっては
ニックトンスレーション反応液中に 3H−dATPおよ
び/又は 3HdCTPを加えた。これにより一つの染色
体展開でオートラジオグラフィーおよび免疫螢光法の両
者による配列の位置決定が可能である。その場のハイブ
リダイゼーションはM.L.PardueおよびJ.
G.Gall;Methods in Cell Bi
ol 10巻、1頁(1975年)に記載されているよ
うに行なった。ハイブリダイズしなかったプローブの2
×SSCによる最後の洗滌の後スライドをPBS(りん
酸緩衝生理食塩水)で洗い、10mg/mlBSA加P
BS中2.5μg/mlのウサギ抗ビオチンと37℃、
2〜16時間反応させる。その後、スライドをFITC
標識のヤギ抗ウサギIgG(Miles Labora
tories,10mg/ml BSA加PBS中1:
100に希釈する。)と1〜4時間インキュベートす
る。染色体を螢光発色で見るために赤色平衡色素として
エバンスブルーを時々必要とする。それぞれ5キロベー
スおよび22キロベースの挿入を含むプラスミッドpB
R17DおよびpPW539をこの方法によりハイブリ
ダイズすると、ハイブリッド形成のパターンは展開毎に
再現性があり一つのスライドで染色体展開の90%以上
で明白に観察される。
【0031】クローン化された転化可能な因子pAC1
04はショウジョウバエのゲノム上で多くの位置にマッ
プすることが知られる。本プローブのその場のハイブリ
ダイゼーションにより得られるオートラジオグラフと螢
光像とを比較すると、本法の主な利点がわかる。即ち、
オートラジオグラフでは銀粒子の拡散部がみられるのに
対し、免疫螢光標識によると二重線又はいくつかのバン
ドが識別できる。本法の他の直接的はっきりした利点
は、間接の免疫螢光により行なう遺伝子の割当てに要す
る時間が非常に軽減することである。DNA断片の特定
バンドへの割付けは6時間以内のハイブリッド形成で行
なうことができる。これはオートラジオグラフィー露出
の何日、何週間に匹敵する。この要因と分解能の増加と
により間接免疫螢光により検出される修飾ヌクレオチド
の利用が古典的方法よりも直ちにより好ましいものとし
ている。この免疫法はまた哺乳動物染色体にも用いられ
ることがわかっており、付随DNAがマウス中期染色体
の動原体地域に位置づけられている。その結果はヒトお
よび他の哺乳動物染色体の単コピー(特異)配列を簡単
に遺伝子マッピングする方法開発のための基礎を提供す
る。そのような方法により染色体の遺伝的構成の理解が
大いに深まり、臨床細胞遺伝的診断がより迅速でかつ実
用的になる。
【0032】染色体展開にハイブリッド形成後にウサギ
抗ビオチンIgGを反応させる一般抗体サンドウイッチ
法は成功かもしれないがこのプロトコールははっきりし
た遺伝子割付けに十分な蛍光を発生しないかも知れな
い。しかし、1972年Lammらにより又1974年
Wofsyらにより記載される“ハプテン−抗体サンド
イッチ法”を用いることによりより強い蛍光信号を達成
することができる。この手法では一次抗体、我々の例で
は単一特異性のウサギ抗ビオチンIgG、を例えば2,
4−ジニトロフルオロベンゼンのようなハプテン化試薬
で、好ましくは免疫グルブリンが抗原親和カラム(ビオ
チン−セファロースTM)に結合している間に、化学的
修飾を行なう。15〜20もの多くのハプテン(DN
P)基が抗原結合の親和性や特異性を低下することなく
一次抗体に連結され得る(WallaceおよびWof
sy(1979年))。もし試験サンプルの一次抗体処
理の後、蛍光標識した抗IgGでなく蛍光標識した抗−
ハプテンIgGを反応させると、5〜7倍増加した蛍光
信号が達成できる。単一特異性のモルモット抗−DNP
IgGも又入手可能であるのでこの二次抗体もビオチン
とハプテン化することが出来、その結果、DNP−標識
抗ビオチンIgGおよびビオチン標識抗DNPIgGの
2つの抗ハプテンIgG集団を得る。もしこれらを交代
に用いてハプテン−抗体サンドイッチの何回かを行な
い、続いて多くの哺乳動物種からのIgGと特異的に結
合するStaphylococcus aureusか
らの蛍光標識たん白Aと行なうと一次抗体信号の莫大な
増幅と同時に利用性の増加となる。
【0033】Streptomyces avidin
iから得られるたん白ストレプトアビジンは連結可視化
システム〔たとえば蛍光プローブ或いは組織化学的試
薬〕をハイブリッド形成したビオチン含有ポリヌクレオ
チドの位置まで特異的に導く運搬役として抗ビオチンI
gGの代りとなり得る。ストレプトアビジンの抗ビオチ
ンIgGに対する利点の一つはビオチンに対する親和性
がKassn=1015であり、一方ハプテン−IgGと
の相互作用の会合定数は107 から1010である点であ
る。反応速度が速いことと親和性が非常に高いというの
はビオチン化したプローブを局在させるのに要する時間
が免疫試薬で数時間であるのに対してストレプトアビジ
ンで数分であることを示す。ストレプトアビジン検出シ
ステムの最初の評価は現在進行中である。ビオチン化D
NAプローブとハイブリッド形成したポリテン染色体を
ストレプトアビジンと反応させ、続いてビオチンとFI
TCで二重標識したウシ血清アルブミン(FITC、ビ
オチン−BSA)とインキュベートする。ストレプトア
ビジンの4個のサブユニットの内1個のみが各ビオチン
化DNA部位との結合に関与しているらしいためストレ
プトアビジン−ビオチンヌクレオチド複合体の残りの3
個の非結合サブユニットのそれぞれに1個の標識BSA
分子が潜在的には結合可能である。この1個のストレプ
トアビジン+FITC、ビオチンBSA層からの蛍光シ
グナルを前述の基本的“抗体サンドイッチ法”を用いて
対照と比較する。
【0034】もし“抗体サンドイッチ法”とストレプト
アビジン+FITC、ビオチンBSA検出の強度が匹敵
するものであれば、ストレプトアビジン−FITC、ビ
オチンBSAシステムを多重“ハプテン−抗体サンドイ
ッチ”アプローチと同じような方法で単一コピー感度を
高める試みが出来る。BSA上のビオチン基のいくつか
はストレプトアビジンの第一層と結合しないので、十分
なシグナルが得られるまでストレプトアビジンの第二層
を加える。例えば、もし第二層でただ2個のストレプト
アビジンサブユニットが各第一層BSAと結合し、これ
らのストレプトアビジンサブユニットのそれぞれが3個
のFITC−ビオチンBSA分子と結合するなら、第二
層の強度は第一層のシグナルの2倍の強さとなり、第三
層は類似の結合化学量論で蛍光強度は第一層の12倍に
なる。従って総強度は連続に加えた層に従って急速に増
加する。結合する蛍光およびビオチンプローブの量を最
大にするためにBSAでなく甲状腺グロブリンのような
より大きい担体たん白を使用する計画もある。さらに、
ビオチンプローブと担体たん白の間により長いリンカー
鎖を使用することも必要かも知れない。長いリンカー鎖
はビオチン化蛍光担体分子をストレプトアビジンの各非
結合サブユニットへの理論的移動を立体的に最適化し、
次の層でビオチン化蛍光担体と結合するストレプトアビ
ジンのサブユニットの数を最大とする。以前と同様に、
担体たん白の蛍光プローブおよびビオチンでの置換が溶
解性および/または非特異的結合の問題を起こさないよ
う適当な調整が成される。ストレプトアビジン担体たん
白の運搬システムはその運搬速度に加えて免疫蛍光法に
くらべて2つの有意な利点を有している。第一に、層形
成にたった2つのたん白成分が必要であること。第二に
担体たん白のみが修飾される必要があり、ビオチン基が
ストレプトアビジンに接触可能である限り、機能上或い
は全構造的完全を維持する必要がない。
【0035】ハイブリッド形成したプローブの可視化の
ための蛍光法の代用としてペルオキシダーゼ、アルカリ
フォスターゼ又はβ−ガラクトシダーゼのような酵素を
ハイブリッド形成の部位に導き、そこで可溶性基質を不
溶性の着色沈でんに酵素的に変換して光学顕微鏡で見え
るようにすることができる。この技法の重要な利点は組
織化学法が蛍光検出より10乃至100倍感度が高いこ
とである。その上、着色沈でん物は過激な露光でも退色
せず、従って蛍光顕微鏡での一般的欠点の一つを避ける
ことができる。これらの酵素は“ハプテン抗体サンドイ
ッチ”法で蛍光プローブの代りに最終抗体と共役し、そ
の際グルタルアルデヒドのような二官能試薬を用い、或
いはペルオキシダーゼの場合にはペルオキシダーゼの炭
水化物部分をアルデヒドに酸化し、そしてこれらの残基
を望むたん白のε−アミノ基と共役させる。ストレプト
アビジン−ビオチン化担体たん白法では、ビオチン基と
共役した酵素は蛍光−ビオチン化担体システムと置き代
えることが出来た。代りとして、酵素はビオチンを通し
てストレプトアビジンの最終層と共役し、ビオチン化B
SA或いは甲状腺グロブリンを用いてそれ以前の層でス
トレプトアビジンの部位の増幅ができる。近い将来、必
要な組織化学試薬と、その場のハイブリッド形成の基底
値のない可視化のための適当な基質/不溶性産物の組み
合わせの開発を始める。シグナル増幅の組織化学的アプ
ローチは従って1981年の夏には試験できる筈であ
る。非常の低レベルの蛍光を検出しそして/または像形
成することは現在入手可能な像増強装置或いはレーザー
と光電子増倍装置より成るシステムを用いることにより
可能である。これらの方法により個々の光子のレベルも
の低い光の検出が可能である。適合した数字処理システ
ムにより像の各点、即ち、各図がその物の点から放出す
る光子の数に完全に相関しているような像を形成するこ
とが出来る。このようなシステム或いはセル又はセルの
部分がレーザー光線を通って流れるようなフローシステ
ムを用いることにより目で検出できるよりも100〜1
000倍で蛍光物質の感度を増加することが出来る。こ
の増加は単コピー遺伝子の蛍光を検出するのに十分なも
のである。望ましい修飾としてピリミジン環のC5位に
アリルアミンの連結鎖を通してビオチン分子が共有結合
しているdUTPおよびUTPのアナログが合成されて
いる。これらのビオチン化ヌクレオチドは試験管内で各
種DNAおよびRNAポリメラーゼの基質として効率よ
く働く。低レベルのビオチン置換を有するDNA(キロ
ベース当り50分子以下)は非置換の対照DNAを区別
出来ない変性、再会合およびハイブリッド形成の特性を
有する。
【0036】さらに米国特許第4,711,955号の
発明は染色体の核型分析の方法をも提供する。本法では
わかっている遺伝子に対応し、修飾ヌクレオチドを含む
修飾ポリヌクレオチドを調製する。出来たポリヌクレオ
チドを染色体DNAとハイブリッド形成させ、生成する
二重鎖を適当な条件下で特定のポリペプチドと接触させ
て複合体形成をさせる。ポリペプチドは検出可能な部分
を含有し、そのため複合体の位置が決定でき、それによ
り特定遺伝子の位置が決定できる。米国特許第4,71
1,955号の発明の他の実例としてはウラシル塩基の
いくつかをプローブを含有するように修飾してあるポリ
Uを用いてポリA含有配列を検出することが挙げられ
る。さらに他の実例として環状修飾ヌクレオチドがあ
り、該環状修飾ヌクレオチドでx,y,zの中の2つは
次に示す環状部を形成するように反応する。
【化25】 このような環状修飾ヌクレオチドは細胞表層のホルモン
受容体の検出に用いられ、またガン或いは腫瘍細胞検出
法としても利用できる。最後に、米国特許第4,71
1,955号の発明により修飾され、α−胎児たん白或
いは発がん抗原のようなその存在がある腫瘍細胞の診断
となるポリペプチド合成に関与しているDNA遺伝子配
列から合成されるmRNAに相補性のポリヌクレオチド
を調製することにより腫瘍細胞を診断することができ
る。このようにしてハイブリッド二重鎖のハイブリッド
形成と検出により腫瘍細胞の検出法を提供できる。
【0037】以下に記載する参考例は米国特許第4,7
11,955号の発明のいろいろな局面の実例を示すも
のであるが、特許請求の範囲に特に述べた範囲を決して
制限するものではない。
【0038】参考例1及び2 ビオチニル−UTP及びビオチニル−dUTPの合成 a) 水銀化ヌクレオチド類の調製 UTP(570mg、1.0m mole)又はdUT
P(554mg、1.0m mole)を100mlの
0.1M酢酸ナトリウム緩衝液pH6.0に溶解し、酢
酸水銀(1.59gm、5.0m moles)を添加
した。溶液を50℃で4時間加熱し、次いで氷上にて冷
却した。塩化リチウム(392mg、9.0m mol
es)を加え、溶液を等量の酢酸エチルで6回抽出し、
過剰のHgCl2 を除いた。抽出操作の効率を、4,
4′−ビス(ジメチルアミノ)−チオベンゾフェノン
(A.N.Christoper、Analyst、
、392(1969))を用いて有機溶媒層中の水銀
イオン濃度を概算することによりモニターした。Dal
e等(R.M.K.Dale、D.C.Ward、D.
C.Livingston、and E.Marti
n、Nucleic Acid Res.、915
(1975))の記載にある如く水溶液の一部のヨード
化の後、分光光度計で決定した、ヌクレオチド、水銀化
の程度は、通常90から100%の間であった。しばし
ば、酢酸エチル抽出中に濁って来る、水層中のヌクレオ
チド産物を、三倍量の氷冷エタノールを添加して沈澱さ
せ、遠沈により集めた。沈澱を冷無水アルコールで二
回、エチルエーテルで一回洗滌し、次いで風乾した。こ
れら、この様にして調製した、水銀化ヌクレオチド類
を、さらに精製せずに、アリルアミン−ヌクレオチド類
の合成に使用した。b) アリルアミン−dUTP及びアリルアミン−UT
Pの合成 水銀化ヌクレオチド類(方法a)の)を、0.1M酢酸
ナトリウム緩衝液pH5.0に溶解し、濃度を20mM
(267nmで200 OD/ml)になるように調整
した。新らしい、酢酸水溶液中の酢酸アリルアミン2.
0M溶液を、8.5mlの氷冷4M酢酸に1.5mlの
アリルアミン(13.3m moles)をゆっくり加
えることにより調製した。3ml(6.0m mole
s)の中和したアリルアミン貯蔵液を25ml(0.5
m mole)のヌクレオチド溶液に添加した。4ml
の水に溶解した、1ヌクレオチド等量のK2 PdCl4
(163mg、0.5m mole)を、次いで加え、
反応を開始した。パラジウム塩(Alfa−Ventr
on)の添加に伴って、溶液は、反応容器壁に析出し始
める金属(HgとPd)で、次第に黒色を呈するように
なった。室温で18〜24時間放置後、反応液を、0.
45mmメンブレンフィルター(nalgene)に掛
け残留する大部分の金属沈澱を除いた。黄色の濾過液を
5倍稀釈し、DEAE−Sephadex TMA−2
5(Pharmacia)の100mlカラムにかけ
た。1カラム等量の0.1M酢酸ナトリウム緩衝液pH
5.0で洗滌後、産物を、酢酸ナトリウムpH〜8〜
9、又はトリエチルアンモニウムバイカーボネート(T
EAB)pH7.5の1リットル直線勾配法(リニアー
・グラジエント)で溶出した。目的の産物は0.30と
0.35M間の塩濃度で溶出して来る、主要紫外部吸収
部分に存在した。分光分析の結果、このピークには幾つ
かの産物が含まれていて、最終的精製を、Partis
il−ODS2カラムの逆相−HPLCクロマトグラフ
ィーで、0.5M NH4 2 PO4 緩衝液pH3.3
(分析用分離)、又は0.5M酢酸トリエチルアンモニ
ウムpH4.3(調製用分離)を溶出溶媒として、行っ
た。5−(3−アミノプロペン−1−イル)ウリジン
(ウリジンのアリルアミン付加物)の5′−三燐酸化物
が、HPLCカラムから溶出されて来る最終部分であ
り、それらは、未同定の三つの汚染物質からは、はっき
りと分離していた。これらのヌクレオチドを、陽子核磁
気共鳴元素分析で特性ずけを分光及びクロマトグラフ法
により行った〔AA−dUTP(C12163 143
Na4 ・1H2 O):理論値C,22.91;H,2.
88;N,6.68;P,14.77。実測値C,2
3.10;H,2.85;N,6.49;P,14.7
5。AA−UTP(C12163 153 Na4 ・4H
2 O):理論値C,20.61;H,3.46;N,
6.01;P,13.3。実測値C,20.67;H,
4.11;N,5.39;P,13.54〕。c) AA−dUTP又はAA−UTPのビオチン化 ビオチニル−N−ヒドロキシサクシニミドエステル(N
HSB)を前述の方法に従って(H.Heitzman
n and F.M.Richards、Proc.N
atl.Acad.Sci.USA.71、3537
〔1974〕)ビオチン(Sigma)より調製した。
AA−dUTP・H2 O(63mg、0.1m mol
e)又はAA−UTP・4H2 O(70mg、0.1m
mole)を20mlの0.1Mホウ酸ナトリウム緩
衝液pH8.5に溶かし、2mlのジメチルフォルムア
ミドに溶かしたNHSB(34.1mg、0.1m m
ole)を添加した。反応混液を4時間室温に放置し、
次いで前もって、0.1M TEAB pH7.5で平
衡化しておいたDEAE−Sephadex TM A
−25の30mlカラムに直接充てんした。カラムを4
00mlのTEABの直線勾配(0.1−0.9M)法
で溶出した。0.55と0.65M TEABの所で溶
出して来た、ビオチニル−dUTP又はビオチニル−U
TPを含む画分を、メタノールと再留水の存在下に回転
蒸発を行って脱塩した。時折やや白濁した溶液が得られ
た:或るTEAB溶液中の夾雑物に由来する、この濁り
を0.45mmフィルタを通す濾過により除去した。長
期保存用には、ヌクレオチド類を、Dowex TM5
0(Na+ 型)の存在下に短時間攪拌することによりナ
トリウム塩に変換した。濾過後、ヌクレオチドを、3倍
量の冷エタノール添加で沈澱させ、エチルエーテルで洗
い、水酸化ナトリウムペレット上で減圧下乾燥し、−2
0℃で、デシケーターに貯蔵した。すぐに使用する場合
は、ヌクレオチド溶液をトリス−塩酸pH7.5中で2
0mMとし、最終ヌクレオチド濃度を5mMになるよう
調整した。貯蔵液は、−20℃で凍結保存した。ビオ−
dUTPとビオ−UTP産物の元素分析結果は以下の通
りであった。ビオ−dUTP(C22305 183
1 Na4 ・1H2 O)。理論値:C,29.80;H,
3.38;N,7.89;P,10.47;S,3.6
1。実測値;C,30.14;H,3.22;N,7.
63;P,10.31;S,3.70。ビオ−UTP
(C22305 193 1 Na4 ・3H2 O);理論
値;C,29.15;H,3.19;N,7.45;
P,9.89;S,3.41。実測値;C,28.7
6;H,3.35;N,7.68;P,9.81;S,
3.32。pH7.5下のビオ−dUTP及びビオ−U
TPのスペクトル特性〔λmax 、289nm(ε=7,
100);λmax 、240nm(ε=10,700);
λ min 、262nm(ε=4,300)〕はピリジン環
と共役した、環外二重結合の存在を反映している。これ
らヌクレオチド類は、ビオチン定量に使う方法(D.
B.McCormick and J.A.Roth、
Aral.Biochem.、34、326、197
0)である、エタノール性硫酸中、p−ジメチルアミノ
シンナムアルデヒドで処理すると、強い陽性反応(橙−
赤色)を示す。しかしながら、それらは出発物質AA−
dUTPやAA−UTPに特有の反応である、ニンヒド
リンとは、最早反応しない。
【0039】参考例3及び4 ビオチニル−CTP及びビオチニル−dCTPの合成 CTP及びdCTPを、特に参考例1に述べた如く、
a)水銀化し、b)アリルアミンと反応させ、そして
c)NHS−ビオチンでビオチン化した。CTP(5
6.3mg、0.1m mole)又はdCTP(5
9.1mg、0.1mmole)を、20mlの0.1
M酢酸ナトリウム緩衝液pH5.0に溶解し、酢酸水銀
(0.159gm、0.5m moles)を添加し
た。溶液を50℃で4.5時間加熱し、次いで氷上で冷
却した。塩化リチウム(39.2mg、0.9m mo
les)を加え、その溶液を酢酸エチルで6回抽出し
た。水層のヌクレオチド産物を三倍量の冷エタノールの
添加で沈澱させ、沈澱を遠沈により集めた。沈澱を無水
エタノール、エチルエーテルで洗滌し、次いで乾燥し
た。これら生成物は、それぞれAA−CTP及びAA−
dCTPの合成に更に精製することなしに使用した。水
銀化ヌクレオチド類を、0.1M酢酸ナトリウム緩衝液
pH5.0に溶かし、濃度を10mM(275nmで9
2 OD/ml)に調整した。0.6ml(1.2m
mole)の2.0M酢酸アリルアミン貯蔵液(参考例
1に記載した如く調製)を、10mlのヌクレオチド溶
液(0.1m mole)に加え、次いで1.0mlの
水に溶かしたK2 PdCl4 (32.6mg、0.1m
mole)を添加した。24時間室温放置後、溶液を
0.45mMメンブレンで濾過し、金属沈澱物を除い
た。濾液を5−倍稀釈し、前もって50mM TEAB
pH7.5で平衡化した、DEAE−Sephadex
A−25の50mlカラムに充てんした。ヌクレオチ
ド産物を、TEAB pH7.5の500ml直線勾配
(0.05−0.6M)法で分画した。目的の産物は、
0.28と0.38M間の塩濃度で溶出する主要紫外部
吸収部分に含まれていた。プールした試料を回転蒸発で
脱塩、0.5M酢酸トリエチルアンモニウムpH4.2
に溶かし、最終的精製を、0.5M酢酸トリエチルアン
モニウムを溶出液として、Partisil ODS−
2のカラムを用いたHPLCクロマトグラフィーで行っ
た。適当な画分をプールし、凍結乾燥し、そして生成物
をH2 Oに溶解した。ヌクレオチド類を、Dowex
TM50(Na+ 型)の存在下で短時間攪拌し、Na+
塩に変換した。濾過してDowex樹脂を除去後、ヌク
レオチド類を3倍量の冷エタノールを加えて沈澱させ
た。沈澱をエーテルで洗い、次いで風乾した。分析結
果:AA−dCTP(C12174 133 Na4 ・2
2 O):理論値、C,22.29;H,2.63;
N,8.67;P,14.40。実測値C,22.1
6;H,2.89;N,8.77;P,14.18。A
A−CTP(C12174 14Na4 ・2H2 O):理
論値C,21.75;H,2.57;N,8.46;
P,14.01。実測値,C,22.03;H,2.4
7;N,8.69;P,13.81;0.1Mホウ酸緩
衝液pH8.0中でのスペクトル特性、λmax 301n
m(ε=6,400)、λmin 271nm(ε=3,9
50)、λmax 250nm(ε=9,700)。AA−
dCTUとAA−CTPは両者共ニンヒドリン試験陽性
だった。AA−CTP(6.6mg、0.01m mo
le)又はAA−dCTP(6.4mg、0.01m
mole)を5mlの0.1Mホウ酸ナトリウム緩衝液
pH8.5に溶かし、0.2mlのジメチルフォルムア
ミドに溶かした。NHS−ピオチン(3.4mg、0.
01m mole)を加えた。4時間室温放置後、試料
を、TEAB pH7.5を溶出液とした150ml直
線勾配(0.1−0.9M)法を用いて、DEAE−S
ephadex A−25の10mlカラムでクロマト
グラフを行った。0.50と0.60M TEAB間に
溶出して来たビオチニル−CTP又はビオチニル−dC
TPを含む画分を、回転蒸発で脱塩し、そして0.02
Mトリス−塩酸緩衝液pH7.5中に、最終濃度が5m
Mになる様に調整した後、−20℃で凍結した。生成物
は、エタノール性硫酸中でp−ジメチルアミノシンナム
アルデヒドを用いたビオチン検出反応に強い陽性を示し
たが、ニンヒドリンを噴霧した際の第1級アミン試験に
は陰性を示した。この生産物のより詳細な構造上の特性
につき目下検討中である。
【0040】参考例5及び6 イミノビオチニル−UTPとイミノビオチニル−dUT
Pの合成 イミノビオチンを既報の通り(K.Hofmann、
D.B.Melville and V.du Vig
neaud、J.Biol.Chem.、141207
−211、1941;K.Hofmann and
A.E.Axelrod、Ibid.、187、29−
33、1950)ビオチンから調製した。イミノビオチ
ンのN−ヒドロキシサクシニミド(NHS)エステル
を、NHS−ビオチンの合成法に関する既報(H.He
itzmann and F.M.Richards、
Proc.Nat.Acad.Sci.USA、71
5537、1974)のプロトコールを用いて調製し
た。参考例1(b部分)に詳細を述べた方法で調製し
た、AA−UTP(7.0mg、0.01m mol
e)又はAA−dUTP(6.3mg、0.01m m
ole)を、5mlのホウ酸ナトリウム緩衝液pH8.
5に溶解し、ジメチルフォルムアミド0.5mlに溶か
したNHS−イミノビオチン(3.5mg、0.01m
mole)を加えた。反応混液を12時間室温に放置
し、次いで前もって0.05M TEAB pH7.5
で平衡化しておいた、DEAE−Sephadex A
−25の10mlカラムに直接充てんした。カラムをT
EABの150ml直線勾配法(0.05−0.6M)
により溶出した。TEAB0.35と0.40Mの間で
溶出して来た、イミノビオチン−UTP又はイミノビオ
チン−dUTPを、メタノールの存在下で回転蒸発によ
り脱塩し、H2 Oに溶解した。生産物は、ニンヒドリン
試験で弱い陽性を示す結果から判断して、少量のアリル
アミン−ヌクレオチド付加物を不純物として含んでい
た。最終的精製は、アビデイン−セファロースの親和
(アフィニティ)クロマトグラフィーにより行った。ホ
ウ酸ナトリウム緩衝液pH8.5中、0.1Mにした、
不純物を含む画分をアヴィディン−セファロースの5m
lカラムにかけ、25mlの同緩衝液で洗滌した。次い
でカラムを50mM酢酸アンモニウム緩衝液pH4.0
で洗滌し、目的のイミノビオチン−ヌクレオチド産物
を、鋭いピークとして溶出した。ヌクレオチドを3倍量
の冷エタノール添加で沈澱させ、エチルエーテルで洗
い、水酸化ナトリウムペレット上で減圧下に乾燥し、−
20℃でデシケーターに保存した。生産物を元素分析、
スペクトル及びクロマトグラフよりの性質より、特性化
した。
【0041】参考例7及び8 NAGE−UTP及びNAGE−dUTPの合成 アリル(3−アミノ−2−ヒドロキシ−)プロピルエテ
ール、NAGEと略記、をアリルグリシディルエーテル
(Age)(Aldrich Chemical Co
より入手)から調製した。10mlのAge(84m
mole)を9M水酸化アンモニウムに徐徐に添加(ド
ラフト中で)し、混合液を、6時間、室温に放置した。
余剰アンモニアを減圧下回転蒸発で除去し、粘ちょうな
黄色油状物質を得た。この生産物を陽子核磁気共鳴で分
析した結果、目的の構造を有することが示された。5−
水銀−dUTP(0.1m mole)又は5−水銀−
UTP(0.2mmole)を2−4mlの0.2M酢
酸ナトリウム緩衝液に溶かし、使用前酢酸で、pH5.
0に調整した、16倍モル濃度過剰のNAGEを添加し
た。最終的な反応液量(4.3及び8.4ml)中のヌ
クレオチド濃度はそれぞれ、43及び42mMであっ
た。1当量のK2 PdCl4 (0.1又は0.2m m
oles)を、反応を開始するために添加した。18時
間室温放置後、反応混液を0.45μmMメンブレンを
通して濾過し、試料を5倍稀釈し、酢酸ナトリウムの直
線勾配法(0.1−0.6M)を用いて、DEAE−S
ephadex A−25のカラムでクロマトグラフィ
ーを行った。UVスペクトル及びPartisil O
DS−2での特徴的なHPLC溶出像(プロフィール)
から判定した、目的生産物を含む画分をプールし、稀釈
し、pH8.5のアンモニウムビカーボネートの皮相
(シャロー)勾配(0.1−0.5M)を用いたDEA
E−Sephadexでの再クロマトグラフィーによ
り、更に精製した。この条件下でNAGE−dUTP
(又はNAGE−UTP)の大部分を、残りの不純物か
らきれいに分離出来た。陽子核磁気共鳴スペクトルを、
この精製段階でヌクレオチドを凍結乾燥し、D2 Oに再
溶解後、得た。元素分析のため、生産物を相当するナト
リウム塩型に変換した。典型的分析結果:Nage−d
UTP(C15223 163 Na4 ・2H2O)、理
論値,C,24.99;H,3.63;N,5.83;
P,12.88:実測値,C,25.39;H,3.7
1;N,5.63;P,12.88。
【0042】参考例9 標識DNA配列の利用 I 核型分析 (a) 人間遺伝子ライブラリーから、約100から2
00のクローンを選択する。それらを前述の如く標識
し、各クローンには、そのハイブリダイゼーション部位
を視覚的に、或いは低光レベルのヴィディオ系で位置決
めをする。特異的配列遺伝子に相当するクローンでは、
これが特定の人間染色体上のクローン化DNAの位置を
決定する。各染色体につき幾つかのクローンを得る。そ
れぞれ標識したクローンを特定の染色体の同定に使用出
来る。これらを又共同して、46染色体のそれぞれを、
22常染色体ペアの1つか又はXかYかを同定するのに
使用出来る。標識した一組のクローンを染色体と交配
(ハイブリダイズ)させ、次いで標識に蛍光着色を施す
ことにより、そのクローンセットとその位置を視覚化で
き、特定の色と蛍光を発するようになる。次いで、標識
クローンの第二のセットを使って、第二の蛍光染料を反
応させることが出来る。同じ工程を何回も繰返すことが
できる。この様にしても、もし希望すれば、染色体のそ
れぞれの上の異った、しかし特定の位置の細胞DNAに
幾組もの蛍光標識を付けることが出来る。これらの標識
を、視覚的、或いはコンピュータ化した自動核型分析に
利用出来る。 (b) 自動核型分析には核染色体上の標識部位の数に
相当するスポットのセットを見出すことにより、46染
色体のそれぞれの、おおよその位置を同定する目的で、
或るセットのクローンを利用出来る。この様にして、も
し染色体が適当に広がって、さらに解析可能なら、ディ
ジタル化した像のコンピューター解析により、決定する
ことが出来る。もし染色体が適度に広がっていれば、次
いでコンピューター解析を使って、各染色体上の標識し
たスポットの位置ぎめと、配置により、個個の染色体の
それぞれを同定出来る。蛍光スポットを各染色体の特定
の位置に付けることが出来る事実を利用して、その様な
標識のない場合に比し極めて効果的に、手動又は自動核
型分析を行うことが出来る。II. 遺伝的疾患の診断 特定の染色体、例えば第23番目、に特異的に結合する
クローンを選択することにより、例え染色体が中期(メ
タフェース)に濃縮されていなくても、細胞中の特定の
染色体のコピー数を、数えることが出来る。この様に、
胎児細胞を、トリソミ−21の出生前診断用に取得すれ
ば、万一染色体が中期に濃縮されていなくても診断出来
る。もし必要なら、二組の標識を利用出来る−1つは染
色体23に特異的で他はその外の、ある染色体というよ
うに。多分、色の違う、二つの標識の比を各細胞で測定
することにより、異常な数の染色体第23番を示す細胞
を同定出来る。この方法を低光レベルヴィデオ系を用い
たスライド上でも、又はレーザー励起を利用した流動血
球計算器にも利用出来る。如何なる異常染色体数の決定
にも利用出来る。III. 微生物検出及び同定 上述の如く、DNAの特定の配列を標識することにより
各細菌の同定と計数が可能である。特定のDNA切片が
ハイブリダイゼーションする個々の細菌を同定するに
は、感度が単一の標識構造を検出できるほどでなければ
ならない。このことは低光レルビデオ系と像のコンピュ
ーター集計、又は光像を増強する何らかの他の装置を使
って行うことができる。流動系も又、もし感度を充分大
きく出来れば利用可能である。もし細菌をスライド上に
固定すれば、それらの位置を定め、その様な蛍光スポッ
トの計数が出来る。このことから用いた特定のクローン
とハイブリダイズ出来るDNAを含む細菌の計数が可能
である。もしクローンを特定の細菌株に特異的なものと
して選定すれば、その菌株数を数えることが出来る。更
に特定の遺伝子が同定されている様な抗生物質耐性菌株
の性質を、抗生物質耐性遺伝子に含まれているDNA配
列を、プローブとして使い、同様の方法で特性づけるこ
とができる。更に、1つか又は多くの耐性遺伝子を含ん
でいる耐性プラスミドで、どれが特異的な耐性遺伝子か
を調らべるのにプローブを利用出来る。個々の細菌に加
えて、もしそれらが小さいスポットとして局在し、その
スポット中でハイブリダイズしたDNAに特異的な全蛍
光体を測定出来れば特定菌株の細菌細胞群を検出し菌数
の概算も可能である。
【0043】このようにして、特定のDNA配列を含む
微生物の数を細菌の混合物中で測定可能である。上述で
確認したProcNatlAcadSciUS
のLanger等の論文のビオチン−ポリヌクレオチ
ドの利用に関する背景として、“Drosophila
多糸性染色体上の遺伝子マッピングのための免疫学的方
法”の題でGeneticsに発表のあるP.R.La
nger−Safer、M.Levine及びD.C.
Wardによる報告は、Drosophila多糸性染
色体にその場でハイブリダイズしたDNA配列の位置決
定にビオチン化したヌクレオチドをプローブとして利用
する方法を記載している。この応用例では、これらのプ
ローブを、アフィニティクロマトグラフィーで精製した
うさぎの抗ビオチン抗体を一次の抗体として、又蛍光化
したひつじの抗うさぎ抗体を二次抗体として用いて、検
出している。このLanger−Safer等のGen
eticsの文献発表もまた、この公告に含まれ、一部
分を成している。アビジン又は酵素標識したアビジン試
薬と共にビオチン標識試薬を用いる、他の技法が、液体
培地中で、配位子(リーガンド)の検出及び決定法とし
て知られている。米国特許4,228,237参照。
又、アビジン−ビオチン相互作用に基づき遺伝子濃縮
(エンリッチメント)を行うことが、特にDrosop
hila(しょうじょうばえ)のリボゾームRNA遺伝
子に応用されている様に、知られている。J.Mann
ing、M.Pellegrini及びN.David
sonのBiochemistry、vol.16、N
o.7、1364−1369頁(1977)の発表文献
参照。米国特許第4,711,955号の発明の実施に
関連した背景として重要な他の文献は、D.J.EcK
ermann and R.H.Symonsの論文
で、題は「Sequence at the site
of Attachment of an Affi
nity−Label Derivativeof P
uromycim on 23−S Ribosoma
l RNA of Escherichia coli
Ribosomes」、Biochem 82、
225−234(1978);S.B.Zimmerm
an、S.R.Kornberg and A.Kor
nbergの論文で、題は「Glucosylatio
n of Deoxyribonucleic Aci
d−II−Glucosyl Transferase
s from T2− and T6−Infecte
Escherichia coli」、Journ
al of Biological Chemistr
、vol.237、No.2、2月号、1962、並
びにJ.Josse and A.Kornbergの
論文で「III、α−and β−Glucosyl
Transferases from T4−infe
cted Escherichiacoli」、これも
Journal of Biological Che
mistry、vol.237、No.6、6月号、1
962に出たものである。米国特許第4,711,95
5号の発明と関連し更に重要なものは、Biol
Chem.、vol、236、No.5、5月号196
1、1487−1493頁に出た発表文献、同じ雑誌の
vol、237、No.4、1251−1259頁(1
962)、同じ雑誌のvol、239、No.9、29
57−2963頁(1964)である。特に重要なのは
Journal of Histochemistry
and Cytochemistry、vol、2
7、No.8 1131−1139頁(1979)並び
Nucleic AcidsResearch、vo
l、5、No.9、1977、2961−2973頁に
出た論文である。同じく重要なものは、Biochim
ical et BiophysicaActaにA
De Waardにより発表された「Specific
ityDifference Between the
Hydroxymethylcyfosine β−
Glucosyl−Transferases Ind
uced by Bacteriophages T
2、T4 and T6」と題する論文の286−30
4頁、そして又、T.W.North andC.K.
Mathewsによる、「T4 Phage−Code
d Deoxycytidylate Hydroxy
methylase:Purification an
d Studies in Intermolecul
ar Interactions」と題する、Acad
emic Pressより出版された論文、1977、
898−904頁、そしてE.A.Bayer and
M.Wilchekによる「The Use of A
vidin−Biotin Complex as a
Tool in Molecular Biolog
y」と題する論文でMethods of Bioch
emical Analysis、vol、26、1−
45頁(1980)に発表されたものである。米国特許
第4,711,955号の発明の実施に有用な他の技術
としては、DNAポリメラーゼを用いたDNAのニック
トランスレーションを含む。ニックトランスレーション
を実施する技法はP.W.Rigby、M.Dieck
mann、C.Rhodes及びP.Borgによる
「Labeling Deoxyribonuclei
c Acid to High Specific A
ctivity in vitro by Nick
Translationwith DNA Polym
erase」と題する、MolBiol.(19
77)、113、237−251に発表されている。ス
トレプトアビジンの回収、例えばStreptomyc
es avidiniiの培養液からの回収に関して
は、K.Hofmann、S.W.Wood、C.C.
Brinton、J.A.Monibeller an
d F.M.Finnによる「Iminobiotin
Affinity Columnsand thei
r Application to Retrieva
l of Streptavidin」と題する、Pr
ocNatlAcadSci.USA、vol
77、No.8、4666−4668頁(1980)の
論文に、ストレプトアビジン−含有物質、例えば培養
液、からストレプトアビジンを回収するための適当な研
究方法が発表されている。ストレプトアビジンは米国特
許第4,711,955号の発明の参考例の或るものに
試薬として有用である。前述の発表文献類は米国特許第
4,711,955号の発明に取入れられており、その
一部を成している。
【0044】
【発明の概要】本発明の実施に伴い、ヌクレオチド、例
えば、ピリミジンの5位、又はプリンの7位、を修飾
し、これはDNA又は他の核酸材料へ付加、又は取り込
ませるのに適したヌクレオチドプローブを調製する予備
段階である。本発明の実施にあたり、ヌクレオチド、即
ち核酸を、好ましくは、非解裂的方法で修飾し、出来た
修飾ヌクレオチドが核酸に取込まれ、一旦、核酸に取込
まれた後では、修飾ヌクレオチドがこの修飾ヌクレオチ
ドを含む核酸の二重らせん構造の形成又は安定化に著し
い妨げにならないようにする。ヌクレオチドの非解裂的
修飾及びその様な修飾ヌクレオチドを取り込んだ核酸を
作ることは、解裂的修飾として特性づけされるヌクレオ
チドの修飾方法とは対照的である。解裂的に修飾したヌ
クレオチドとそれを含む核酸は適当な二重らせん形成を
阻害する。本発明の実施にあたっては、ヌクレオチド類
を、ピリミジンの5位、又はプリンの7位を修飾するの
が望ましい。そのように修飾されたヌクレオチド類は、
非解裂的に修飾を受けていて、その様なヌクレオチドを
含む核酸は二重らせん配列を形成出来る。本発明の広
く、他の実施分野として、種々の方法を、非解裂的方法
でDNAのタッグ付け又は標識化に利用出来る。例え
ば、ビオチンを、DNA又はRNAの末端に付加する。
ビオチンの付加はリボヌクレオチドの付加で行う。
3′,4′ビシナル水酸基を過沃素酸酸化で酸化し、次
いで、ビオチンヒドラジドの存在下で、水素化ホウ素で
還元する。他の可能性として、カルボジイミドも、又ビ
オチンをアルデヒド基と結合するために利用する。DN
AやRNAの様な核酸材料にタッグ付けをする他の技術
としては、DNA又はRNA分子の末端に大きなマーカ
ーを付加する方法がある。この技術の一例としてアミノ
基にビオチンのタグを付けた、リシルグリシンの様な分
子の付加がある。他の例は上述の方法に従うが、カルボ
ジイミドを橋架結合剤として使用することである。更に
この技術を使う他の例としては、ビオチン化したdA:
dU二重らせんポリマーを作り、本発明に従って、この
ポリマーをプローブに結合させることを挙げられる。
【0045】非解裂的方法でDNAにタグを付ける他の
技術としては、PS16又はファージ感染細胞から、5
位にプトリシン又はスペルミジンを持ったdPyrTP
を分離することを挙げられる。望むならば、dPyrT
PをファージDNAより調製し、dPyrTPにリン酸
化し、通常の求核性試薬NHS−ビオチンで、ポリアミ
ン側鎖の修飾をする。
【0046】非解裂的方法でDNAにタグを付ける他の
技術としては、T4ファージグリコシル化酵素を用いて
DNA中の5−ヒドロキシ−メチルシトシン(5HM
C)にグルコースを付加し、レクチンに基づいた分析で
スクリーニングすることがある。更に、非解裂的方法で
DNAにタグを付ける他の技術としては、T4−DNA
の加水分解後5HMCMPを5HMCTPにリン酸化し
て調製した5−HMC−3リン酸を用いることがある。
次いで5HMCTPをポリメラーゼ1を利用してDNA
中に取り込ませる。この様にして、如何なるDNAで
も、5HMCをその中に、非解裂的に取込んだ形に修飾
出来る。温和に解裂的方法でDNAにタグを付ける方法
としては、二重らせん形の中の核酸を、例えばベンゾピ
レンジオールエポキシド又はアフラトキシンの様なアル
キル化剤と反応させる事をあげられる。適当な条件下
で、グアニンのN2 基、アデニンのN4 基、又はシトシ
ンのN4基をアルキル化する。これら修飾ヌクレオチド
類を、抗体で直接検出出来るし、又、ビオチンの如きレ
ポーター分子を付加する結合腕として利用出来る。
【0047】以下の実施例は、本発明実施に係る種種の
具体化した例をあげたものである。
【実施例】実施例I ビオチニル−N−ヒドロキシサクシニドエステル(BN
HS)をBecker等P.N.A.S.68 26
04(1971)の方法に従って調製した。ビオチン
(0.24g、1.0m mol)を脱水ジメチルホル
ムアミド5mlに溶かした。ジシクロヘキシルカルボジ
イミド(0.21g、1.0m mol)とN−ヒドロ
キシサクシニミド(0.12g、1.0m mol)を
加え、溶液を15時間室温で攪拌した。得られる沈澱を
濾過後、濾液を減圧下で蒸発し、残渣をエタノールで二
回洗浄し熱イソプロピルアルコールから回収し融点21
6−218℃の白色結晶製品を得た。実施例II ビオチニル−1,6−シアミノヘキサンアミドを以下の
如く調製した。1,6−ジアミノヘキサン(320m
g、2.0m mol)溶液を50mlの水に溶かした
ものを、二酸化炭素の添加でpH8.5に調整した。1
0mlのジメチルフォルムアミドに溶かした、ビオチニ
ル−N−ヒドロキシ−サクシニミドエステル(100m
g、0.29m mol)を加えた。室温で18時間放
置後、混合液を蒸発し、残渣をエーテルで洗い、次いで
デシケーター中で乾燥した。
【0048】実施例III ポリビオチン化したポリ−L−リジンを次の方法で調製
した。2mlの0.1Mホウ酸ナトリウム、pH8.5
に溶かしたポリリジン(100μ molリジン)を、
0.5mlのジメチルフォルムアミドに溶かしたビオチ
ニル−N−ヒドロキシサクシミドエステル(17.5m
g、50μ mol)に加えた。室温で18時間攪拌
後、混合液を10mMトリス緩衝液、pH7.5に対し
透析を行った。
【0049】実施例IV オリゴデオキシリボヌクレオチド類を、下記の如く、シ
チジン−5′−3リン酸及び末端トランスフェラーゼを
用いて末端標識した。0.2N水酸化ナトリウムでアル
カリ切断し、カコデイル酸カリウム(0.1M)、トリ
ス塩基(ベース)(25mm)、塩化コバルト(1m
M)及びジチオスレイトール(0.2M)中で2A260
ユニット/mlに稀釈した、精製ファージDNAを用い
た。このDNA溶液に対し、シチジン−5′−3リン酸
(10m mol)及び末端トランスフェラーゼ(20
0ユニット)を加えた。37°で5〜8時間インキュベ
ート(温置)後、中和したフェノール(100μl)。
0.5M EDTA(100μl)及び1%ドデシル硫
酸ナトリウムを添加して反応を停止した。DNAをエタ
ノール沈澱後、Sephadex G−100を通すゲ
ル濾過クロマトグラフィーで精製した。実施例V ビオチンとポリビオチン化したポリ−L−リジンをHa
lloran andParker、Immuno
.、96 373(1966)記載のカルボジミドカ
ップリング法を用いて結合しオリゴリボヌクレオチドに
した。一例として、0.1N水酸化ナトリウムで切断し
たトリス緩衝液pH8.2中のDNA(1μg/ml、
1ml)を10分間煮沸してた後、氷浴中で急冷して変
性した。ビオチニル−1,6−ジアミノヘキサンアミド
(2mg、6μ mol)又はポリビオチン化したポリ
−L−リジン(2mg)と1−エチル−3−ジイソプロ
ピルアミノカルボイミド塩酸(10mg、64μ mo
l)を添加し、pHを、8.2に再調整した。室温、暗
所で24時間放置後、混合物を生理食塩水を基にして調
製した10mMトリス緩衝液に対して透析した。DNA
をエタノールで沈澱した。
【0050】実施例VI チトクロームCに結合したビオチンを次の方法で調製し
た。0.1Mホウ酸ナトリウム、pH8.5、1ml中
に、チトクロームC(10mg)溶けた溶液に、1ml
ジメチルフォルムアミドに溶かしたビオチニル−N−ヒ
ドロキシサクシニミドエステル(10mg、29μ m
ol)を添加した。室温で4時間放置後、ビオチン化し
たたん白をSephadex G−50カラムを通すゲ
ル濾過クロマトグラフィーで精製した。実施例VII チトクロームC−ビオチンとポリビオチン化ポリ−L−
リジンをフォルムアルデヒドカップリング法で結合して
オリゴデオキシリボヌクレオチドを作る事をManni
ng等がChromosoma53、107(197
5)に記載したと同様の方法を用いて行なった。精製D
NA(10mMトリエタノールアミン、pH7.8中で
100μg/ml)の水酸化ナトリウム切断により調製
したオリゴデオキシリボヌクレオチド断片(フラグメン
ト)を、10分間煮沸後氷中で急冷により変性した。チ
トクロームCビオチン0.05g ml又は1mlの1
0mMトリエタノールアミンpH7.8に溶かした3m
gのポリビオチン化:ポリ−L−リジン溶液(0.05
ml)を、10mMトリエタノールアミン、pH7.8
中で6%ホルムアルデヒド溶液の0.1mlと共に、1
mlの変性オリゴデオキシリボヌクレオチド溶液に加え
た。40°で30分間攪拌後、混合液を同じ緩衝液に対
して透析した。オリゴデオキシリボヌクレオチド−ビオ
チン複合体を、Sephadex G−100のゲル濾
過クロマトグラフィーで最後の精製を行い、次いでエタ
ノールより沈澱させた。
【0051】実施例VIII 二重鎖ポリデオキシアデニン酸:ポリビオチン化デオキ
シウリジン酸を以下の如く合成した。トリス−塩酸pH
8.0(70mM);塩化マグネシウム(1.0mM)
及びジチオスレイトール(10mM)を含む、200μ
lエキソヌクレアーゼIII緩衝液に溶解した、300
塩基対の長さの、二重鎖オリゴヌクレオチドポリデオキ
シアデニン酸:ポリチミジル酸(20μg)を、100
単位のエキソヌクレアーゼIIIと、20分間、20℃
でインキュベートした。一部分分解したオリゴヌクレオ
チドを、フェノールで直ちに抽出し、DNAを70%水
性エタノールで沈澱した。部分分解したオリゴヌクレオ
チドを、20μlの5mMトリス−塩酸pH7.6に再
溶解し、2′−デオキシ−アデノシン−5′−3リン酸
(15μM)チミジン−5′−3リン酸(置換度を決定
する量)及びビオチン化5−(3−アミノ−1−プロペ
ン)2′−デオキシウリジン−5′−3リン酸(5μ
M)、0.1mMリン酸カリウム、pH8.0に0.2
単位1μlの濃度になるように調整したKlenow
DNAポリメラーゼI(200単位)を含む反応液中で
20℃2時間インキュベートした。ビオチン化ポリd
A:ポリdT、ビオチニルdUをSephadex G
−100のゲル濾過クロマトグラフィーで精製した。D
NAをエタノール沈澱し、酢酸ナトリウムpH4.6
(30mM)、塩化ナトリウム(50mM)、硫酸亜鉛
(1mM)及びグリセロール(5%)を含む、20μl
の溶液に再溶解した。S1 ヌクレアーゼ(200単位)
を添加し、反応液を37℃で10分間インキュベートし
た。反応を、1mlの酢酸アンモニウムと6mlのエタ
ノールを加えて止めた。DNAをG−100ゲル濾過ク
ロマトグラフィー及びエタノール沈澱で再精製した。実施例IX ポリdA:ポリdT、ビオチニルdUのオリゴデオキシ
リボヌクレオチドへの結合を次の様にして行った。アル
カリ切断した精製DNA(実施例VIIIで述べた如
く)のDNA切片をS1 ヌクレアーゼで分解し、フェノ
ール抽出とエタノール沈澱で再精製した。切断末端(b
lund end)を持ったDNA切片(1μg)とポ
リdA:ポリdT、ビオチニルdU(2μg)を、塩化
マグネシウム(6.6mM)、アデノシン3リン酸(2
4mM)及びジチオスレイトール(1.0mM)を含む
トリス−塩酸pH7.4(66mM)緩衝液、6μlに
溶解し、T4DNAリガーゼ(50単位)を加え、全量
を水で20μlとした。反応液を37℃で3時間インキ
ュベートした。DNAをSephadex G−100
を通すゲル濾過クロマトグラフィー精製し、エタノール
で沈澱した。
【0052】実施例X 5−ヒドロキシメチル−2′−デオキシシチブル酸を、
非グリコシル化ファージT4DNAの酵素的加水分解に
より調製した。1mlの50mMトリスpH7.4及び
10mM塩化マグネシウムに溶解した、精製ファージD
NA(2mg)を、デオキシリボネクレアーゼIと37
°で20時間インキュベートした。pHを9.0に調整
し、塩化ナトリウム(20mM)を加えた。蛇毒液フォ
スフォジエステラーゼ(0.5mlの水に0.05g単
位を含む)を加え、37°で5時間インキュベートを継
続した。更に0.05単位のフォスフォジエステラーゼ
を添加し、インキュベーションを18時間続けた。ヌク
レオチドをSephadex G−50のゲル濾過クロ
マトグラフィーで分離した。5−ヒドロキシメチル−
2′−デオキシシチゲル酸を、逆相高速液体クロマトグ
ラフィーで精製した。実施例XI 5−(4−アミノブチルアミノメチル)−2′−デオキ
シウリジル酸を、ファージφW−14由来DNAの酵素
加水分解で取得した。ファージを、Kropinski
and Warren,GenVirol.6、8
5(1970)記載の方法に従ってPsendomon
as acidovorans 29に生育させ、Kr
opinski等、Biochem12、151(1
973)の方法に従って、ファージDNAを精製した。
DNAをデオキシリボヌクレアーゼI及び蛇毒液フォス
フォジエステラーゼで、他に(実施例X)記述の方法を
用いて、酵素的に加水分解した。5−(4−アミノブチ
ルアミノメチル)−2′−デオキシウリジル酸を逆相高
速液体クロマトグラフィーで精製した。実施例XII ビオチニル化−5−(4−アミノブチルアミノメチル)
−2′−デオキシ−ウリジル酸を以下の如く調整した:
1mlのジメチルフォルムアミドに溶かした、ビオチニ
ル−n−ヒドロキシサクシニミドエステル(70mg、
0.2m mol)を20mlの0.1Mホウ酸ナトリ
ウムpH8.5中の5−(4−アミノブチルアミノメチ
ル)−2′−デオキシウリジル酸に添加した。4時間
後、溶液を蒸発で0.5mlまで濃縮し、ビオチニル化
ヌクレオチドを逆相高速液体クロマトグラフィーで精製
した。
【0053】実施例XIII Mertes and Shipchandler、
Heterocyclic Chem 1、751
(1970)の方法に従って、5−フォルミル−2′−
デオキシウリジンを調製した。5−ヒドロキシメチルウ
ラシル(1m mol)を20mlのジメチルスルフォ
ネートに溶かし、二酸化マンガンと共に100℃で15
分間加熱した。溶媒を減圧下で蒸発した。残渣熱エタノ
ールに取り、5−フォルミルウラシルをエタノールより
再結晶化した。5−フォルミルウラシル(0.10g)
をシリル化し、脱水アセトニトリル(2.5ml)、2
−デオキシ−3,5−ジ−O−P−トリイル−D−リボ
フラノシルクロリド(Bhat、SynProc
Nucleic Acid Chem.、Vol.
1、521頁(1968)(0.22g)と分子ふるい
(0.2g)を加え、混合物を無水条件下、25℃で4
0時間攪拌した。混合物を濾過し蒸発した。生成する油
状物質を、無水エタノール(2ml)で処理し、シリカ
ゲルのクロマトグラフィーを行うと部分的に純粋なアノ
マーが得られ、これをエタノールから再結晶化した(融
点195−196℃)。トルイル基を、生成物をメタノ
ールベンゼン中、メトキシドナトリウムと反応させるこ
とにより除去した。混合物をDowex 50(H+
で中和した。5−フォルミル−2′−デオキシウリジン
を、エタノールから再結晶化した、融点175−176
℃。実施例XIV ビオチンを以下の如く、5−フォルミル−2′−デオキ
シウリジンにカップルさせた。300mlの0.05M
ホウ酸ナトリウムに溶解した5−フォルミル−2′−デ
オキシウリジン(0.320g、1.0m mol)
を、ビオチニル−1,6−ジアミノヘキサンアミド
(0.74g、2m mol)に加えた。1時間攪拌
後、ボロヒドリドナトリウム(0.2g、5m mo
l)を加え、攪拌を更に4時間継続し、次いで8mlの
1Mギ酸を添加した。ビオチン化化合物を、逆相HPL
Cでメタノール:0.5M酢酸トリエチルアンモニウ
ム、pH4.0 を溶出液として精製した。
【0054】実施例XV ビオチンを5−アミノ−2′−デオキシウリジンに以下
の如くカップルさせた。5−アミノ−2′−デオキシウ
リジン(0.24g、1m mol)、ビオチン(0.
25g、1m mol)及びジシクロヘキシルカルボイ
ミド(0.21g、1m mol)を脱水ジメチルフォ
ルムアミドに溶かし、一夜室温で攪拌した。濾過と溶媒
の蒸発後、残渣をエーテルで洗滌した。ビオチンのカッ
プルした生成物を水メタノール勾配法を用いて、逆相高
速液体クロマトグラフィーにより精製した。実施例XVI 5−(オキシ)酢酸−2′−デオキシウリジンをDes
champs andDeClerq、Med
hem.、21、228(1978)の方法に従って調
整した。5−ヒドロキシ−2−デオキシウリジン(28
2mg、1.15m mol)を、1.16ml、1N
水酸化カリウムに溶かし、次いで1mlの水中のヨード
酢酸(603mg、3.4m mol)を加えた。室温
で48時間反応後、1N塩酸(1.06ml)を加え
た。この溶液を濃縮しエタノールを添加して生ずる沈澱
を濾過し、冷エタノールで洗い、熱エタノールから再結
晶化した。実施例XVII ビオチニル−1,6−ジアミノヘキサンアミドを、以下
の様に、5−(オキシ)酢酸−2′−デオキシウリジン
にカップルした。ビオチニル−1,5−ジアミノヘキサ
ンアミド(0.74g、0.2m mol)、5−(オ
キシ)酢酸−2′−デオキシウリジン(0.60g、
0.2m mol)及びジシクロヘキシルカルボイミド
(0.41g、0.2m mol)を、5mlの脱水ジ
メチルフォルムアミドに溶かし、室温で一夜放置した。
次いで反応液を濾過し、溶媒を蒸発により除去した。残
渣を0.1N塩酸とエーテルで洗滌した。ビオチン化し
たウリジン誘導体を、水−メタノール勾配法を用いて、
逆相高速液体クロマトグラフィーで精製した。
【0055】実施例XVIII 5位置換ピリミジンヌクレオチド類のリン酸化は下記に
ビオチン化−5−(オキシ)酢酸−2′−デオキシウリ
ジン用に記述した一般法により行った。ヌクレオチド
(0.16g、0.5m mol)を脱水ピリジンから
の蒸発を繰り返えして乾燥し、10mlの脱水ピリジン
に再溶解した。モノメトキシトリチルクロリド(0.3
0g、0.8m mol)を加え、混合物を室温暗所で
18時間攪拌した。溶液をクロロホルム(200ml)
で希釈し、0.1N重炭酸ナトリウムで抽出した。有機
溶媒層を脱水し、蒸発した。トリチル化ヌクレオシドを
脱水ピリジン(20ml)に再溶解し、無水酢酸(0.
1ml、20m mol)と室温で反応させてアセチル
化した。混合液を4℃まで冷却しメタノール(40m
l)を添加した。室温で10時間攪拌後、反応液を蒸発
濃縮した。化合物を、クロロホルム(20ml)中、1
%ベンゼンスルフォン酸に溶解して脱トリチル化を行っ
た。溶媒の蒸発後、ヌクレオシドを、2%メタノール:
クロロホルムを溶出溶媒系としたシリカゲルのクロマト
グラフィーで精製した。3′−アセチル化したヌクレオ
シドを脱水ピリジンの蒸発を繰り返えして乾燥した。亜
リン酸フォスフォクロリド(100μl、1m mo
l)、(1−H)。1,2,4−トリアゾイック(14
0mg、2.2m mol)及びトリエチルアミン(2
60μl、2.0m mol)の混合物を5mlの無水
ジオキサン中で10°−15℃で30分間、そして室温
で1時間攪拌した。これに3′−アセチル化ヌクレオシ
ドを加えて、混合物を室温で1時間攪拌後0℃まで冷却
した。水(5ml)を加え、反応液を室温で18時間攪
拌した。塩化バリウム(100mg、5m mol)を
加え、ヌクレオチドのバリウム塩を濾過により集めた。
塩を水とエーテルで洗った。バリウム塩を、Dowex
50(Na+ 型)と、10mlの水中で室温4時間攪
拌してナトリウム塩に変換した。2N水酸化ナトリウム
(2N、10ml)を加え、反応液を室温で15分間攪
拌し、次いで過剰のDowex 50(H+ )型を加え
て中和した。脱アセチル化したヌクレオチドを蒸発によ
り濃縮し、逆相高速液体クロマトグラフィーにより精製
した。
【0056】実施例XIX 5位置換ピリミジン3リン酸を、Michelson、
Biochem Biophys Acta91
1、(1964)の方法を用いて、相当する5′−モノ
リン酸塩から化学的に調製した。5−ヒドロキシメチル
−2′−デオキシシチジン−5′−3リン酸の実施例を
下記に示す。他のものは、同様にして調製した。5−ヒ
ドロキシル−2′−デオキシシチジル酸(遊離酸)
(0.63g、0.2m mol)を、メタノールに懸
濁しトリ−n−オクチルアンモニウムヒドロキシド
(0.74g、0.2m mol)添加により、相当す
るトリ−n−オクチルアンモニウム塩に変換した。懸濁
液を、清澄液になるまで還流し、溶媒を減圧下で除去す
る。塩を脱水ピリジンに溶解し、次いで脱水ピリジンよ
り数度蒸発することにより乾燥した。脱水ジメチルフォ
ルムアミド(0.1ml)及びジオキサン(1ml)に
溶かした塩に、ジフェニルフォスフォクロリデート
(0.1ml)とトリ−n−ブチルアミン(0.2m
l)を添加した。室温で25時間放置後、溶媒を除去
し、エーテルを加えて、ヌクレオシド−5′−ジフェニ
ルピロフォスフェートを沈澱させた。この沈澱をジオキ
サン(0.5ml)に溶かし、1mlピリジン中のジ
(トリ−n−ブチルアンモニウム)ピロフォスフェート
(0.5m mol)溶液を加えた。室温で45分間放
置後、混合液を減圧下で少量になるまで濃縮した。粗生
成物を、エーテルで沈澱させた。沈澱を0.1Mリン酸
緩衝液pH8.0に溶かした。3リン酸塩を、重炭酸ト
リエチルアンモニウムpH7.5の0.1から0.6M
への勾配溶出系を用いたDEAEセルロースのクロマト
グラフィーによって精製した。
【0057】実施例XX DNAを、適当な3リン酸の存在下に、ニックトランス
レートを行うDNAにより、5位置換ピリミジン3リン
酸で標識した。以下に示すのはビオチン化5−フォルミ
ル−2′−デオキシウリジンで、精製DNAを標識した
一例を述べたものである。DNA(20μg/ml)
を、塩化マグネシューム(5mM)、2′−デオキシ−
シチジン−5′−3リン酸(15mM)、2′−デオキ
シアデノシン−5′−3リン酸(15μM)、2′−デ
オキシグアノジン−5′−3リン酸(15μM)ビオチ
ン化−5−フォルミル−2′−デオキシウリジン−5′
−3リン酸(20μM)、活性化膵臓デオキシリボヌク
レアーゼI(13mg/ml)、大腸菌DNAポリメラ
ーゼI(40単位/ml)及びトリス塩酸、pH7.4
(50mM)の存在下に14℃でインキュベートした。
2時間後に、0.3MEDTA(0.05ml)を添加
し、次いで65°で5分間加熱することにより、反応を
停止した。標識したオリゴヌクレオチドをSephad
ex G−100のゲル濾過クロマトグラフィー並びに
冷エタノールからの沈澱により精製した。
【0058】実施例XXI グリコシル化DNAのコンカナバリンAによる沈澱方法
反応混合液(1.0ml)を1.5mlエッペンドルフ
管に、以下の如く調製した。 リン酸ナトリウムカリウム、pH6.5 10mM NaCl 150mM MgSO4 5mM CaCl2 1mM DNA(仔牛胸腺のT4) 50μg コンカナバリンA(10mg/ml) 50−500μg 反応を、コンカナバリンA(Con A)の添加により
開始した。溶液を混合し、室温で60分放置した。管を
1200gで15〜20分間遠心した。上澄液を希釈
し、A260を測定した。Con Aは260ナノメー
タに吸収を示すのでDNAを欠くが、ConAを含む標
準液を調製した。完全反応混液の吸収値より、Con
Aの吸収値を引いた。この反応の結果を、添付の第1図
に示した。実施例XXII グリコシル化DNAのコンカナバリンAへの結合 ファージT4DNA及びファージDNAを、Rigby
等の方法に従って、ニックトランスレーションで、H3
−デオキシアデノシン3リン酸をDNA中に取り込ませ
ることにより、標識した。T4DNAを比活性5×10
5 cpm/ミクログラムで、平均二重鎖サイズ5キロベ
ースになるように、ニックトランスレーションした。ラ
ムダDNAを、比活性3×105 cpm/ミクログラム
で平均二重鎖サイズを、アガロースゲル電気泳動で測っ
て6.0キロベースになるようにニックトランスレーシ
ョンした。取込まれなかったヌクレオチド類をBio−
Gel P−60クロマトグラフィーにより、反応混液
から除去した。Con Aセファロースを、製造者(P
harmacia)の記述する方法に従って調製した。
1mlの調製済みゲルには18mgの結合型Con A
が含まれていた。滅菌パスツールピペット中に、1ml
のカラムを作り、PBS(0.15M NaCl:0.
01Mリン酸ナトリウムカリウム、pH6.5)で平衡
化した。H3−DNA試料を0.5mlの緩衝液(実施
例XXIにCon Aを含まない緩衝液として記述)に
調製した。T4DNA溶液は176,000cpm/
0.5ml含み、DNA溶液は108,000cpm/
0.5ml含有していた。0.5mlの試料をカラムに
かけた。10.5ml量の緩衝液をカラムに通し、溶出
画分(0.33m)を採り、Beckman LSC−
100シンチレーションカウンター、3.5mlリーフ
ルアコクティル(Beckman)中で測数した。その
結果(第2A及び2B図)から、非グルコシル化DNA
は結合しないが、グルコシル化T4DNAはカラムに結
合した事がわかった。結合したT4DNAを、高pH緩
衝液(トリス−塩酸、pH7.2−8.2)でカラムを
洗滌することにより除去した。更に、グリコースとCo
n Aの相互作用に対応して、マンノースは、DNAを
カラムに掛ける際の緩衝液中に含まれていると、グルコ
シル化DNAのConAセファロースへの結合を阻止す
る。同じく、マンノース含有緩衝液(0.056Mマン
ノース含有PBS)は結合T4DNAをCon Aセフ
ァロースから遊離させてしまう(第3A及び3B図)。
さらに非放射能的方法、又は、特定の核酸を分析する技
術を指向した本発明実施例としては、以下の例で糖−レ
クチン系を利用している。この例では、実際、グルコシ
ル化するのではなくて、これから述べる如く、ニックト
ランスレーションでDNAにマルトトリオース基を付加
したDNAを利用する。マルトトリオース修飾dUTP
及び、それに由来する修飾を受けたDNAは、セファロ
ースに共有結合したコンカナバリンAのカラムに特異的
に結合する。この技術により、そして、本発明の実施例
に従って、如何なる核酸をも糖で、特異的に標識する方
法が提示されている。前述の如く、ニックトランスレー
ションは、本発明による、修飾核酸の生産を可能にする
ための多数の技術並びに研究方法の1つに過ぎない。
【0059】実施例XXIII ラムダDNAを、本発明記述の如く、マルトトリオース
のカップルした5−(3−アミノ−1−プロペニル)−
2′−デオキシウリジン−5′−3リン酸及び 3 H−
2′−デオキシアデノシン−5′−3リン酸とニックト
ランスレーションした。当条件下で、DNAは、そのチ
ミジン残基の40%まで、マルトトリオースヌクレオチ
ドで置換され、DNAミクログラムあたり、8×105
cpmの比活性を有していた。3 H−dATPでのみ置
換されたDNAの標準サンプルの比活性は、DNAミク
ログラム当り、6×105 cpmだった。ニックトラン
スレーションを施したDNAサンプルを、本発明記述の
如く、Biogel P−60クロマトグラフィーで精
製し、反応混液の他の成分を除去した。精製したサンプ
ルを、第2A及び2B図に述べた如く、Con A−セ
ファロースカラムにかけた。マルトトリオース標識DN
AはPBSで洗滌時はカラムに保持されるが、次いで、
10mMトリス−塩酸、pH8.2(第4A図)で溶出
すると、除去された。非置換トリチウム化DNAはpH
7.4(第4B図)ではカラムに結合しなかった。実施例XXIV 潜在的に免疫原性のハプテン類を、既報の種々の方法に
より、ウリジンの5位に導入可能である。5−(パーフ
ルオロブチル)−2′−デオキシウリジンを、Cech
等、NuclAcids Res、2183(1
979)の方法を用いて合成した。銅−青銅を硫酸銅
(5g、20m mol)と亜鉛粉末(2g)を20m
lの水中で反応させて調製した。混液をデカントし、残
渣を水で、次いで5%塩酸と水で洗滌した。使用直前
に、固体(2g)を、アセトン(20ml)中、2%ヨ
ードで活性化した。濾過後、残渣をアセトン:濃塩酸
で、次いで純アセトンで洗った。活性化銅−青銅(13
0mg、2m mol)及び、1−ヨード−1′,2,
2′,3,3′,4,4′−ヘプタフルオロブタン
(1.3mg、4m mol)を3mlのジメチルスル
フォキシド中で110℃、1時間攪拌した。冷却と濾過
後、2′−デオキシウリジン(245mg、1m mo
l)を加え、混液を110℃で1時間加熱した。水(5
ml)を加え、混液をエーテルで抽出した。エーテル抽
出物を乾燥し、減圧下で蒸発した。残渣をシリカゲルカ
ラムでクロマトグラフィーにかけ、酢酸エチルで溶出し
た。
【0060】実施例XXV ツベリジンの5位を、5−シアノ化合物、トコカマイシ
ンの誘導体を作って置換した。一例として、4−アミノ
−5(テトラゾル)−5−イル−7−(β−D−リボフ
ラノシル)ピロロ〔2,3−d〕ピリミジンを、Sch
ram andTownsend、Carbohy
drate、Nucleosides:Nucleot
ides 、38(1974)の方法を用いて合成し
た。水(100ml)と氷酢酸(13ml)に溶かした
トヨカマイシン(1.0g)を加熱して還流した。アジ
ド・ナトリウム(7.5g)を10時間にわたって1.
25g部分づつに分けて添加した。溶液を5℃まで冷却
し、沈澱生成物を集めた、融点276−277℃。実施例XXVI 5−シアノ−2′−デオキシウリジンをBleckle
y等、NuclAcids Res、683(1
975)の方法に従って調製した。5−ヨード−2′−
デオキシウリジン(1.0g、2.82m mol)を
還流中のヘキサメチルジシリザン(HMDS)(10m
l)に溶解した。過剰のHMDSを減圧下に除去し、生
ずる油状物質を脱水ピリジン(50ml)に溶かした。
シアン化第1銅(350mg、3.8m mol)を加
え、溶液を160℃で20時間加熱した。ピリジンを減
圧下で除去し、残渣をトルエン中に抽出し、次いでトル
エンを蒸発させた。残渣を50%水性エタノール中で1
00℃2時間加熱した。生産物を、逆相高速液体クロマ
トグラフィーで精製し、エタノールから再結晶化した。
融点161℃。
【0061】実施例XXVII 4−アミノ−5−アミノメチレン−7−(β−D−2−
デオキシフラノシル)ピロロ〔2,3−d〕ピリミジン
ジヒドロクロリドを以下の如く調製した。4−アミノ−
5−シアノ−7−(β−D−2−デオキシフラノシル)
ピロロ〔2,3−d〕ピリミジン(トヨカマイシン)
(0.2g)を塩酸(10ml)に溶かした。混合物を
40psiで室温、5時間水素化している間に、木炭
(0.1g)上10%パラジウムを添加した。濾過後水
を減圧下で蒸発した。残渣をエタノールと共に粉砕し、
生成物を50%エタノールより再結した。実施例XXVIII 5−アミノ−2′−デオキシウリジンを5−ブロモ−
2′−デオキシウリジンから、Roberts and
Visser、AmChemSoc.14:
665−669(1952)の方法により調製した。液
体アンモニア(20ml)に溶解した5−ブロモ−2′
−デオキシウリジン(2g、6.2m mol)を、ガ
ラス管にスケール(scale)50℃で5日間加熱し
た。管を開き、アンモニアを蒸発した。5−アミノ−
2′−デオキシウリジンを5mlの水と75mlの熱イ
ソプロピルアルコールより再結した。実施例XXIX 5−(メチルアミノ)−2′−デオキシウリジン(0.
2g)を次の如く調整した。5−シアノ−2′−デオキ
シウリジン(0.2g、0.05m mol)を1N塩
酸(10ml)に溶解した。木炭上10%パラジウムを
加え、混合物を室温で10時間40psiで水素化し
た。混合物を濾過し、水を減圧下で蒸発した。残渣をエ
ーテルと粉砕し、生成物を80%エタノールから再結し
た。実施例XXX マルトーストリオースを、以下の方法により、酸化して
相当するカルボキシル酸にした。マルトーストリオース
(0.5g、0.94m mol)を水(5ml)に溶
かした。カルボン酸鉛(0.42g、1.1m mo
l)とブロミン(0.17ml、3.3m mol)を
加え、混合物を6日間室温で反応させた。反応後、還元
糖は少しも残存していなかった。混合物を濾過し、カル
ボン酸銀(0.2g)を加えた。再濾過後、濾液をDo
wex 50(H+ 型)を通して溶出することにより脱
イオン化を行った。水を蒸発し、5酸化亜リン酸の存在
下に乾燥して、目的とする生成物を得た。
【0062】実施例XXXI マルトーストリオースを以下の方法で5−(3−アミノ
−1−プロペニル)−2′−デオキシウリジン−5′−
3リン酸にカップルした。酸化マルトース(190m
g、0.18m mol)をジメチルホルムアミド
(0.8ml)に溶かし、4℃に冷却した。イソブチル
クロロフォルマート(25mg、0.18mmol)と
トリ−n−ブチルアミン(43μl、0.38m mo
l)を加え、溶液を4℃で15分間反応させた。ジメチ
ルフォルムアミド(1.2ml)と、0.1Mホウ酸ナ
トリウムに溶かし、4℃に冷却した。5−(3−アミノ
−1−プロペニル)−2′−デオキシウリジン−5′−
3リン酸(9.0μmol)を上記溶液に加えた。混合
液を4℃で1時間そして室温で18時間インキュベート
した。次いで反応液をDEAE−セルロースカラムにか
け、0.1から0.6M重炭酸トリエチルアンモニウ
ム、pH7.5の勾配法により溶出した。生産物を、最
後に、逆相高速液体クロマトグラフィーで精製した。以
下は実施例XXXII及びXXXIIIである。実施例
XXXIIはアリルアミンで修飾したdUTPを、フル
オレシン置換体で標識(タグを付ける)する方法であ
る。これは核酸プローブの自己検出法の一例を示したも
のである。実施例XXXIIIは、二重らせん核酸中グ
アニンのN2 位及びアデニンのN6 位に標識する方法で
ある。実施例XXXVIIは、プローブに結合した、検
出分子を有する例である。Chromosoma
:1−18(1981)及びExp Cell Re
128:485−490には、RNAをローダミン
で末端標識する方法の発表がある。しかしながら、本発
明の方法は、解裂が少なく、内部のヌクレオチドを標識
する。
【0063】実施例XXXII フルオレシンを以下の方法で5−(3−アミノ−1−プ
ロピル)−2′−デオキシウリジン−5′−3リン酸
(AA−dUTP)にカップルした。2mlのホウ酸ナ
トリウム緩衝液(0.1m)、pH9.0に溶かした、
AA−dUTP(10μ mol)を、1mlジメチル
フォルムアミドに溶かした、フルオレシンイソチオシア
ネートに加えた。室温に4時間放置後、混合液を、重炭
酸トリエチルアンモニウム緩衝液、pH7.5で平衡化
した、DEAE−セルロースカラムに充てんした。フル
オレシンのカップルしたAA−dUTPを、0.1から
0.6m重炭酸、トリエチルアンモニウム、pH7.5
の勾配法により溶出、精製した。実施例XXXIII DNAを化学的アルキル化剤と反応させて修飾可能であ
る。ラムダDNAを、芳香族炭化水素、7−ブロモメチ
ルベンズ〔a〕アントラセンと、反応させることによ
り、グアニンのN2 位とアデニンのN6 位にアルキル化
を行った。7−ブロモメチルベンズ〔a〕アントラセン
を以下の様にして取得した。二硫化炭素溶液中の7−メ
チル〔a〕アントラセンを凍結混液中で冷却し、モル等
量の臭素を滴下して反応させた。30分後、懸濁した生
成物を集め、脱水エーテルで洗滌し、ベンゼンより再結
した。収量は66%で融点は190.5−191.5℃
であった。ファージラムダより精製したDNA(1.6
mg)を5.0mlの20mMリン酸カリウム、pH
6.5に可溶化した。4.0mlのDNA溶液に、脱水
アセトン中の500ミクログラムの7−ブロモメチルベ
ンズ〔a〕アントラセンを加えた。20°で30分後、
DNAを二倍量の冷エタノールで沈澱させた。沈澱を連
続して、エタノール、アセトン、エーテルで洗い、未結
合7−ブロモメチルベンズ〔a〕アントラセンを除去し
た。DNAを酵素的加水分解でヌクレオシドにし、次い
で生成物のSephadex LH−20カラムを用い
たクロマトグラフィーで検討した所、DNA中のアデニ
ンの18%及びグアニンの48%が、それぞれN6 及び
2 位に修飾を受けていた。修飾したDNAを次の何れ
かの方法で一重鎖にした。 (1) DNAを100°で5分間加熱し、急冷する。 (2) DNAを等量の0.1M NaOHと10分間
インキュベートし、次いで、0.5mlのEDTAを含
む、1mlのトリス−塩酸pH8.0に対し4時間、溶
液の透析を行って、DNAを一重鎖形に維持した。
【0064】実施例 XXXIV DNAプローブを大腸菌のlacオペレーターDNA配
列を繰り返えして含む合成DNAに結合させた。アンチ
プローブ配列を検出するハイブリダイゼーションの後、
ハイブリダイズしたDNAをビオチン化したlacレプ
レッサーとの反応により検出し、ビオチン化lacレプ
レッサーの方は、ビオチンと反応するやぎのアンチビオ
チン1GGと、わさびのペルオキシダーゼにカップルし
た、第二の抗体とを利用した酵素結合免疫吸着検定法に
より検出した。lacポリオペレーターDNAに関して
は、Caruthers(Second Annual
Congress for Recombinant
DNA Research.Los Angeles,
1982)による報告があり、lacポリオペレーター
DNAを、T4リガーゼを利用した、ブラントエンド結
合で、アデノヴイールスのDNAプローブに結合した。
ポリオペレーター標識プローブDNAのその場所での
(in situ)ハイブリディゼーションを、Ger
hard等(ProcNatlAcadSci
USA,78,3755(1981))らの報告に従っ
て行った。ビオチン化lacレプレッサーをManni
ng等(Chromosoma53,107−117
(1975))の報告に従って調製し、ガラススライド
に固定した、アデノヴイルス感染細胞に、結合緩衝液中
で作用させた。結合緩衝液は、下記成分を含有する、
0.01M KCl、0.01Mトリス(pH7.
6)、0.01M MgSO4 、10-4M EDTA、
10-4M DTT、5%DMSO(ジエチルスルフォキ
シド)及びJ.Miller、Experiments
in Moleculer Genetics,Co
ld Spring Harbor Laborato
ry(1972)による50μg/ml牛血清アルブミ
ン。スライドを結合緩衝液で洗滌して未結合ビオチン化
lacレプレッサーを除去し、次いでわさびペルオキシ
ダーゼ結合二重抗体法を用いてビオチンを検定した。本
法は、プローブを固定化レプレッサー蛋白に結合し、次
いで特定のインデューサー、例えば、イソプロピルチオ
ガラクトシド又は、チオメチルガラクトシド、での溶出
で除去するような、アフィニティカラムの創設に利用で
きる。レプレッサーオペレーター複合物の親和度は極め
て高く、10-11 Mである。特定のインデューサーがレ
プレッサーに結合するとオペレーターレプレッサー複合
体は崩解する。実施例 XXXV 2−ブロモ−2′−デオキシウリジン−5′−フォスフ
ェートを以下の如く調製した。2′−デオキシウリジン
−5′−フォスフェート(6.2g)を60mlのピリ
ジンと30ml酢酸の混液に懸濁した。臭素(0.84
ml)を氷水浴槽中で攪拌し、攪拌を室温で20時間継
続した。溶液を減圧濃縮した。最少量の水に再溶解後、
粗生成物を、エタノールを加えて沈澱させた。粗生成物
をDowex50(H+ )でクロマトグラフィーを行
い、水で溶出した。遊離酸生成物を、溶出液を濃縮後、
エタノールを添加して沈澱させた。
【0065】実施例 XXXVI 仔牛腸アルカリフォスファターゼを以下の如くビオチン
化した。酵素(1mg、7.7m mol)をG−50
カラムでクロマトグラフィーを行い、0.1M塩化ナト
リウム含有0.1M Hepes緩衝液pH8.0で溶
出した。プールした画分を、10mlジメチルフォルム
アミドに室温で1時間溶解したN−ビオチニル−6−ア
ミノ−カプロイン酸−N−ヒドロキシサクシニミドエス
テル(0.675mg、0.77μ mol)と反応さ
せた。過ヨード酸ナトリウム(0.1M、125μl)
を加え、2時間攪拌を続けた。混合液を4°で一夜、
0.1M NaClと共に0.1M Hepes緩衝液
pH8.0中で透析し、次いでpHを7.4に調整し
た。0.1M Hepes緩衝液pH7.4と0.1M
NaClに溶かしたビオチンヒドラジド(0.1M、
0.5ml)を加え、反応液を室温で30分間攪拌し
た。pHを0.2M炭酸ナトリウムで8.0に調整し水
に新らしく調製した0.5mlの0.1Mボロヒドリド
ナトリウムを加え、溶液を0.1M NaClを含む
0.1Mトリス緩衝液pH8.0に対して透析した。実施例 XXXVII 6−シアノ−2′−デオキシウリジン−5′−フォスフ
ェートをVeder等、CarbohydrNu
clesidesNucleotides,5,26
1(1978)記載と同様の方法で調製した。ピリジン
からの連続蒸発で乾燥した5−ブロモ−2′−デオキシ
ウリジン−5′−リン酸(2.0g、15m mol)
を50mlのジメチルスルフィドに溶解した。シアン化
ナトリウム(490mg、10m mol)を加え、溶
液を2日間室温で攪拌した。溶液を400mlの水で稀
釈しpHを7.5に調整した。溶液をDEAE−セルロ
ースカラム(HCO3 - 型)にかけ、2000mlの
0.02M重炭酸トリエチルアンモニウムで洗滌し目的
の生産物を得た。
【0066】実施例 XXXVIII 6−(メチルアミノ)−2′−デオキシウリジン−5′
−リン酸を次の様にして調製した。6−シアノ−2′−
デオキシウリジン−5′−リン酸(0.2g、60m
mol)を0.1M塩酸に溶かした。木炭(0.1g)
上10%パラジウム添加後、混合物を室温で20時間4
0psiで水素化した。混合液を濾過し水酸化リチウム
で中和し凍結乾燥した。生産物の残りをエタノールで抽
出した。実施例 XXXIX 5mlの蒸溜水に溶かしたわさびペルオキシダーゼ(2
0mg)を新らしく調製した0.1M過ヨード酸ナトリ
ウム液に加えた。室温で20分間攪拌した後で、1mM
酢酸ナトリウムpH4.4に対し4℃で一夜透析した。
0.1M塩化ナトリウムを含む、0.1M Hepes
緩衝液pH7.4の2mlに溶かしたビオチンヒドラジ
ド(2.6mg、5×10-2m mol)を、0.2M
炭酸ナトリウムでpH8.0にし、水に新らしく調製し
た0.1Mボロヒドリドナトリウムを加えた。4℃で2
時間放置後、その蛋白をSephadex G−50カ
ラムにかけ、0.1M Hepesと0.1M NaC
lで溶出して精製した。
【0067】実施例 XL 人参の酸性フォスファターゼはBrunngraber
and Chargaff,BiolChe
.,(1967)242,4834−4840にフォ
スフォトランスフェラーゼ精製の際の副産物として述べ
られていて、パラニトロフェニルフォスフェートを基質
として37℃、460μM/mg/minの比活性まで
精製されている。精製には次の工程が関与している。即
ち、(a)DEAEセルロースによる非特異的蛋白の吸
着;(b)酸性下での酵素精製;(c)アセトン分画;
(d)コンカナバリンAアフィニティクロマトグラフィ
ー;(e)ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィーそ
して(f)SephadexG−100分画。Seph
adex G−100分画に供した酵素の比活性は、前
段階のアフィニティクロマトグラフィー工程(d)での
活性減量のため170μM/mg/mであった。(d)
段階での溶出条件を変えることにより、これらの減量
(ロス)を避け、Sephadex G−100分画前
の酵素の比活性を340μM/mg/mまで改良出来
る。Sephadex G−100分画工程で、比活性
800μM/mg/mか或いはもっと高い酵素が得る必
要がある。人参酸性フォスファターゼを、Wilche
k等Biochemistry 6、247(196
7)の方法を用いてビオチン化した。0.1M NaC
l、pH5に溶かした酵素(20mg)にビオチンヒド
ラジド(2.0mg、7×10-3m mol)と0.1
M NaCl、pH5に溶かした1−エチル−3−(3
−ジメチルアミノプロピル)カルボジミド塩酸(1m
g、7×10-3m mol)を添加した。4℃にて2時
間放置後、酵素をSephadex G−50でクロマ
トグラフィーを行い、0.1M酢酸ナトリウム、pH
5.0で溶出した。
【0068】本発明実施にあたり、特に重要且つ有意義
な点は、自己−信号発信、自己−指示又は自己−検出核
酸を利用することであり、しかも二重鎖DNA及び同類
のものに取り込まれる様な核酸を利用することにある。
その様な自己−信号発信又は自己−検出核酸は、アリル
アミン置換体に共有結合で付加させ、本発明に従って、
特定のイオン類、即ち重金属、希土類とキレートする様
な分子である修飾ヌクレオチドを形成することにより作
り出すことが出来る。一般にキレートしたイオンを
(a)放射活性放出か又は(b)そのイオンを利用して
色素形成又は蛍光発生反応を触媒させることにより検出
出来る。例として、3,4−ジニトロフェノールを還元
して3,4−ジアミノシクロヘキサンにする。
【化26】 次いでこの物を臭素化して
【化27】 3,4−ジアミノ−ブロモ−シクロヘキサン(dABC
H)を作る。この化合物を、ハロゲン(U,Br,I)
に置換したカルボキシメチル化合物と反応させて、テト
ラカルボキシメチル化合物又はdABCH(TCM−d
ABCH)を生成する:
【化28】 この臭素を、可溶性アンモニアを用いてアミノ基と置換
する:
【化29】 次いでこの化合物をクロロチオフォスゲンと反応させて
(TCM−dANCH)のイソチオシアネート誘導体を
生成する。
【化30】 最後に、この化合物をdUTP−アリルアミン誘導体と
反応して修飾dUTPを作る。
【化31】 コバルトや他の重金属イオン又は他の希土類イオンを上
記第3ステップ以後で、この化合物にキレートさせるこ
とが出来る。或いは核酸を、この付加物に置き替え、次
いでイオンを付加することも出来る。(例、コバルトを
結合恒数が10 -19 MであるpH6で付加する)。
【0069】コバルトは放射活性で検定出来る。コバル
トは又、分子状酸素の存在下でメチレンブルーを酸化し
てロイコ(leuco)形にする能力によっても検出で
きる。コバルトを利用して、これも分子状酸素の存在下
で可溶性スルフヒドロ基を、酸化して二硫酸結合を形成
出来る。この型の自己−信号発信分子を、如何なる核酸
のハイブリディゼーション反応のモニターにも利用出来
る。特にゲル中、(例えばシ−クエンシングゲル)で核
酸を検出することは特に重要である。放射活性の利用に
関しては、必要とするアイソトープを調製出来る。即
ち、もし弱い、又は強いβ又はα放射体が必要な場合、
そのアイソトープをキレートできる。
【0070】利用出来るアイソトープの例を以下に表示
した。 アンチモン−124 ガドリニウム−153 アンチモン−125 金 −195 砒 素−74 金 −199 バリウム−133 ハフニウム−175 バリウム−140 ハフニウム−175+181 ベリリウム−7 ハフニウム−181 ビスマス−206 水素−3 トリチウム参照 ビスマス−207 沃 素−125 カドミウム−109 沃 素−131 カドミウム−115m 沃 素−132 カルシウム−45 イリジウム−192 炭 素−14 鉄 −55 セリウム−139 鉄 −59 セリウム−141 セリウム−144 クリプトン−85 セシウム−134 セシウム−137 鉛 −210 塩 素−36 ルテシウム−177 クロミウム−51 コバルト−56 マンガン−54 コバルト−57 水 銀−197 コバルト−58 水 銀−203 コバルト−60 モリブテン−99 エルビウム−169 ユーロピウム−152 ネオジミウム−147 タンタル−182 ネプッニウム−237 テクネチウム−99 ニッケル−63 テルル−125m ニオビウム−95 テルル−132 テルビウム−160 オスミウム−185+191 タリウム−204 トリウム−228 パラジウム−103 トリウム−232 ツリウム−170 プラチナ−195m 錫 −113 プラセオジミウム−143 チタニウム−44 プロメチウム−147 トリチウム プロトアクチニウム−233 タングステン−185 ラジウム−226 バナジウム−48 レニウム−186 バナジウム−49 ルビジウム−86 ルテニウム−103 イッテルビウム−169 ルテニウム−106 イットリウム−88 イットリウム−90 スカンジウム−44 イットリウム−91 スカンジウム−46 セレニウム−75 亜 鉛−65 銀 −110m ジルコニウム−95 銀 −111 ナトリウム−22 ストロンチウム−85 ストロンチウム−89 ストロンチウム−90 硫 黄−35
【0071】Streptomyces avidin
iiによって生産される蛋白、ストレプトアビジンは、
相乗作用を示す一組の化合物の中の大分子量成分であ
り、両成分共に本微生物の培養濾液中に存在する。この
組のそれぞれは不活性だが、組合わせるとグラム−陰性
の微生物に対して活性を示す。この抗生物質の小さい成
分がビタミンのビオチンのde novo合成を阻害
し、従って、少くとも合成培地中では、抗菌活性を示す
ことが知られている。しかしながら、複雑な培地中で
は、同じ抗菌効果を示すには、大きな成分の存在が必要
である。この事は、複雑な培地中では外部からのビオチ
ンの持込みのためであることが示されている。大分子成
分は外部からのビオチンに結合し、卵子や産卵中の鳥の
輸卵管由来のアビジンと同様の活性を示すことが知られ
ている。ストレプトアビジンは精製し、60,000タ
ルトンのポリペプチドであることが示されている。アビ
ジンと同様に、ストレプトアビジンは4つのサブユニッ
トを含み、4分子のビオチンと固く結合する。しかしな
がら、アビジンとは異なり、ストレプトアビジンは、グ
リコシル化されていず、P1は、アビジンのP1=1
0.5に比して5.0である。P1の差により、ストレ
プトアビジンはDNAと非特異的に相互作用をしない。
【0072】ストレプトアビジンの調製 塩、1%グルコース、0.1%アスパラギン、0.05
%酵母抽出物及び微量元素を含む、半合成培地を調製し
た。培養物を26℃で3日間生育させた。菌体を遠心分
離で除き、上澄液の蛋白を、1M HClでpH7.2
に調整した後、バッチ操作でDEAE−セルロースに吸
着させた。DEAE−セルロースを濾別し、280nm
で吸収がなくなるまで、20mMトリス−HCl(pH
7.2)で洗滌した。ストレプトアビジンを、0.5M
NaCl含有の20mMトリス−HCl(pH7.
2)で溶出した。硫酸アンモニウム沈澱を利用して、ス
トレプトアビジンを更に濃縮した(4℃で50%w/
v)。沈澱を水に溶かし、1.0M NaCl、50m
M Na2 CO3 に対して透析した。次のステップとし
て、イミノビオチンセファロースのアフィニティカラム
クロマトグラフィーを用いた。イミノビオチンセファロ
ースカラムから溶出したストレプトアビジンは、非−変
性アガロース−ゲル電気泳動でクロマトグラフィー的に
純粋であった。ストレプトアビジンの最終精製を、イミ
ノビオチン−セファロースカラムを通す、アフィニティ
精製で行った。イミノビオチンはビオチンの同族体(ア
ナログ)であり、ビオチンの尿素部分のカルボニルが、
イミン官能基で置換されている。イミノビオチンは、塩
基性pHではアビジン及びストレプトアビジンと結合す
るが、複合体は酸性pHで解離する。イミノビオチン
を、何段階かの工程でビオチンから調製する。ビオチン
を水酸化バリウムで加水分解してシス−3,4−ジアミ
ノ−2−テトラヒドロチオフェン−ヴァレリン酸にし、
それを臭化シアノジエンと反応させてイミノビオチンに
する。イミノビオチンを、その臭化水素塩のN−ヒドロ
キシサクシニミドエステルとしてアミノセファロースに
カップルする。DEAEが溶出したStreptomy
ces avidinii培養液の粗蛋白混合物を、5
0mM炭酸ナトリウムと、1.0M塩化ナトリウム(p
H11)に溶かし、当液で前処理して平衡化した、イミ
ノピオチンカラムに充てんする。カラムをpH11で溶
出する。ストレプトアビジンを次いで0.5M塩化ナト
リウムを含む、50mM酢酸アンモニウム、pH4.0
で溶出する。溶出物を1mMトリスpH7.4に対し3
回透析し、凍結乾燥する。本発明実施に当り、アビジン
は、ビオチン標識DNAの如き、標識DNAの検出機構
として有用である。しかしながら、中性附近のpH下で
は、アビジン自体がDNAと複合体を形成し、その結
果、ビオチン標識DNAとアビジン間で形成されている
複合体由来の信号(シグナル)が、アビジンと標識して
いないDNA間で複合体の形成があるために、消滅する
か或いは検出不能になる可能性がある。本発明実施中、
アビジンを利用する際のこの欠点をストレプトアビジン
は持っていない、即ち、ストレプトアビジンは中性附近
のpHでDNAと複合体を作らず、ビオチン標識DNA
のビオチン部分と複合体を形成出来る。DNA以外の標
識化合物の検出に巾広くアビジン及びストレプトアビジ
ンを利用する事を目的とした他の応用面では、アビジン
とストレプトアビジンが標識した蛋白類、多糖類及び脂
質類の検出機構として、特に有効だということである。
例として、固体基材(マトリックス)に特定の抗原を固
定し、この抗原にビオチン化した抗体を働かせることが
出来る。次いで、酵素、例えば、仔牛腸アルカルフォス
ファターゼ、又は蛍光分子、例えばフルオレシンを結合
して作ったアビジン又はストレプトアビジン複合体と反
応させて、このビオチン化抗体の存在を検定する。抗原
或いは抗体を検出するために、抗原−抗体系を利用する
ことは、よく知られている。これに匹敵する系として
は、グリコシル化した基質又は分子とレクチンを適合さ
せる(マッチング)か或いはレクチンを充当することに
基づく系がある。この系ではレクチンが、フルオレシン
や適当な酵素のような標識を担うことになる。このグリ
コシル−レクチン系では、標識したレクチンが、グリコ
シル部分と、抗原−抗体複合体に相当する、複合体を形
成する。グリコシル化した分子と、適当な標識をしたレ
クチンを含み、かつ必要なグリコシル又は糖部特異性を
有するこの複合体は、次いで、標識レクチンの標識部分
から目的の反応を自動的に引き出して、グリコシル−レ
クチン複合体を作りあげる。
【0073】本発明を実施する上で特に有利な他の応用
面としては、検出されるべきDNAとそのDNAを検出
するプローブとの間に液相中でハイブリディゼーション
を起こさせて検出することである。この液相系では検出
されるDNAも、適当なDNA検出プローブも、両者
共、如何なる不溶性基質又は不溶性化学的分子にも附着
しているわけではない。液相検出系の利点は、被検出D
NAと適当なDNA検出プローブ間で、ハイブリディゼ
ーション、即ち、ハイブリド形成の起るスピードにあ
る。例えば、固相−液相系では確認とハイブリディゼー
ション形成に要する時間は、万一それが完全な液相系の
み、即ち、被検出DNAも検出DNAも共に不溶性部分
に固着していない場合に比し約10倍もの時間が掛る。
本発明の実施方法によって調製するプローブ類は上述の
如く、液体中のヴイルスや細菌の検出に適用し利用でき
る。被検液体中に大量の蛋白が含まれていない場合、液
中のヴイルスをハイドロキシアパタイトに吸着させ、少
量のリン酸緩衝液で溶出できる。被検液に多量の蛋白が
含まれている場合には、ヴイルスを高速遠心で濃縮でき
る。もし抗体が利用可能なら、アフィニティカラムに吸
着させ酸で溶出するのが望ましい、というのも本発明の
実施により、多くのプローブを同時に処理できるからで
ある。被検細菌を通常、容易に遠心により濃縮する。本
発明実施方法に従って、分離した粒子、ヴイルスや細菌
の同定や特性化をするには、特性化する、或いは同定す
べきDNAと本発明の実施方法に従って調製した特異的
単鎖DNAプローブとハイブリダイブさせることであ
る。ハイブリディゼーションの後、余剰の非ハイブリデ
ィゼーションプローブDNAを、S1 ヌクレアーゼのニ
ック活性を抑制するため高塩濃度下で、S1 ヌクレアー
ゼと大腸菌エクソヌクレアーゼIで分解する、Vog
t,Methods in Enzymology,V
ol.65,248−255頁(1980)参照。この
ヌクレアーゼ処理で、余剰の非ハイブリディゼーション
単鎖DNAプローブからモノヌクレオチド類が生成する
が、二重鎖のハイブリダイズしたDNAは無疵で残る。
この反応液を、次いで、高塩濃度下でDowex陰イオ
ン交換樹脂に吸着させる(ヌクレオチド類と、少量のオ
リゴヌクレオチドは、高塩濃度下では樹脂に結合しな
い)。得られる、ハイブリダイズしたDNAを、次い
で、本発明実施に際し、適用可能な各種方法で、同定又
は特性づけを行う。
【0074】本発明に係る特別なヌクレオチド類として
は、リン酸のP部分、糖又はモノサッカライドのS部
分、塩基のB部分、プリン又はピリミジン並びに、P,
S又はB部分に、共有結合で付いた、信号(シグナル)
発信する化学的部分のSigが含まれている。以下に各
種塩基B部分の構造式並びに、本発明の実施方法に従っ
て修飾を受けるヌクレオチド類を示してある。主要プリン類 アデニン グアニン (6−アミノプリン) (2−アミノ−6−オキシプリン)
【化32】 二つのマイナープリン類 2−メチルアデニン 1−メチルグアニン
【化33】 主要ピリミジン類 シトシン ウラシル (2−オキシ−4−アミノピリミジン) (2,4−ジオキシピリミジン)
【化34】 チミン (5−メチル−2,4−ジオキシピリミジン)
【化35】
【0075】二つのマイナーピリミジン類 5−メチルシトシン 5−ヒドロキシメチルシトシン
【化36】 ピリミジン プリン
【化37】 主要リボヌクレオチド並びにデオキシリボヌクレオチド リボヌクレオシド 2′−デオキシリボヌクレオシド 5′−モノリン酸 5′−モノリン酸
【化38】
【0076】 一般構造式 一般構造式 アデノシン5′−リン酸 デオキシアデノシン5′−リン酸 (アデニル酸;AMP) (デオキシアデニル酸;dAMP) グアノシン5′−リン酸 デオキシグアノシン5′−リン酸 (グアニル酸;GMP) (デオキシグアニル酸;dGMP) シチジン5′−リン酸 デオキシシチジン5′−リン酸 (シチジル酸;CMP) (デオキシシチジル酸;dCMP) ウリジン5′−リン酸 デオキシチミジン5′−リン酸 (ウリジル酸;UMP) (デオキシチミジル酸;dTMP)
【0077】本発明により、上述の如く、特別のヌクレ
オチド類とは、P,S及びB部分の外に、P,S、及び
/又はB部分に共有結合で付着している化学的部分Si
gを含む。本発明の実施に際し特に重要なのは、P−S
−B−Sigの一般式で表わされるヌクレオチド類であ
る。ここでPとはモノ−、ジ−、トリ−、テトラリン酸
を含む、リン酸部分、Sは糖又はモノサッカライド部
分、Bは塩基部分でプリンかピリミジンを表わす。リン
酸部分のPは、ヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチ
ドの場合、S部分の3′及び/又は5′位に付き、ヌク
レオチドがリボヌクレオチドの場合、2′,3′及び/
又は5′位に付く。塩基B部分は、塩基がピリミジンの
時はN1 位から、プリンの時はN9 位から、それぞれS
部分の1′位に付いている。Sig部分は、ヌクレオチ
ドのB部分に共有結合で付いている。そして、その様な
付き方で、自己信号発信能力を有するか、自己−検出又
はその存在を明らかに出来、願わくば、又は望むらく
は、生成するヌクレオチドP−S−B−Sinを二重鎖
らせんDNA又はRNA又はDNA−RNAハイブリド
に取込ませるか又はそれらを形成することができ、そし
て/又は、そこで検出可能なことである。
【0078】本発明に係る他の特別ヌクレオチドは一般
【化39】 で特性づけられる。本発明に係るその様なヌクレオチド
類は、リボヌクレオチドとして特性づけられる。りん酸
部分は、糖S部分の2′,3′及び/又は5′位に付い
ていて、塩基Bは、塩基がピリミジンの時はN1 位か
ら、プリンの場合はN9 位から、それぞれ糖S部分の
1′位に付いている。Sig化学的部分は糖S部分に共
有結合で付き、そのSig化学的部分が、そのS部分に
付いている時、自己信号発信能力を有するか、自己−検
出又は、その存在を明らかにでき、そして望むらくは、
そのリボヌクレオチドを相当する二重鎖RNA又はDN
A−RNAハイブリドに取り込ませることができる。
【化40】 この様なヌクレオチドでは、願わくば、Sig化学的部
分が、S部分のC2′位又はS部分のC3′位にあるこ
とが望ましい。更に、本発明実施に係る他のヌクレオチ
ドとしては、
【化41】 式を有するヌクレオチド類を含む。ここで、Pはリン酸
部分、Sは糖部分そしてBは塩基部分である。これら特
別のヌクレオチド類ではP部分が、ヌクレオチドがデオ
キシリボヌクレオチドの時は、S部分の3′及び/又は
5′位に付き、ヌクレオチドがリボヌクレオチドの時
は、2′,3′及び/又は5位に付いている。塩基Bは
プリン又はピリミジンで、B部分は、そのB部分がピリ
ミジンの時はN1 から、プリンの時にはN9 位から、そ
れぞれ糖部分の1′位に付いている。Sig化学的部分
は化学結合
【化42】 を通してリン酸P部分に、共有結合で付いていて、当該
Sigが、当該P部位に付いる時は、自己信号発信能力
を有するか、自己−検出又は、その存在を明らかにで
き、そして願わくば、ヌクレオチドが、DNA、RNA
又はDNA−RNAハイブリドの様な二重鎖ポリヌクレ
オチドに取込まれることができ、そしてそのように取込
まれた時でも、まだ自己−検出能力を有する。一般式P
−S−B−Sigで、上記の通り表わした、又は定義し
た、本発明実施に係る特別ヌクレオチド類は、又、Si
g化学部分が、B部分がアデニンの場合B部分のN6
は6−アミノ基位に、或いはB部分がグアニンの場合に
は、N2 又は2−アミノ基位、又はB部分がシトシンの
場合、N4 又は4−アミノ基位に、共有結合で付いたヌ
クレオチド類を含む。それらに付いたS部分を有する、
生成ヌクレオチド類は、自己信号発信能力を有するか、
自己−検出、又は自己の存在を明らかにする能力を有
し、二重鎖又はDNA、RNA又はDNA−RNAハイ
ブリド中で検出可能である。
【0079】要約として、本発明記載の各種特定のヌク
レオチドの組立方に関して上述の如く、特定のヌクレオ
チド類は、リン酸部分P、糖部分S及びプリン又はピリ
ミジンである塩基部分Sを含有し、その結合物P−S−
Bは、デオキシリボヌクレオチド類及びリボヌクレオチ
ド類の両者のヌクレオチドに関して、よく知られ又、定
義づける結合様式である。次いでヌクレオチド類は、本
発明実施により化学部分Sigを共有結合で、P部分及
び/又はS部分及び/又はB部分に付けて修飾する。ヌ
クレオチドP−S−Bに、その様に付着した化学部分S
igは、すでにSig部分が他部分の1つ又はそれ以上
に付加したP−S−B構造を含む、生成ヌクレオチド
に、ポリヌクレオチド、二重鎖DNA、二重鎖RNA又
は二重鎖DNA−RNAハイブリドの如き、特に二重鎖
ポリヌクレオチドに取込まれた時、自己−検出、又は信
号発信又は、それ自体、自己の存在を明らかにさせ又は
することができる。Sig部分は、願わくはヌクレオチ
ドが、本発明記載の特定のSig−含有ヌクレオチドを
含む二重鎖ポリヌクレオチドを形成する能力を阻害せ
ず、又その様に取り込まれた場合には、Sig−含有ヌ
クレオチドは、検出、局在化及び観察が可能である。本
発明の特定のヌクレオチド類の組立てに使用するSig
部分は、アルカリフォスファターゼ、グルコースオキシ
ダーゼ、わさびペルオキシダーゼ又はリボヌクレアーゼ
の如き酵素又は酵素素材を含有できる。
【0080】Sig部分は、又、フルオレシン又はロー
ダミン又はダンシルの様な蛍光成分を含有できる。望む
ならばSig部分は磁気酸化物や磁気酸化鉄の如き、磁
気成分を結合又は付着して含むことができ、この様な磁
気含有Sig部分を含むヌクレオチド又はポリヌクレオ
チドを、磁気的方法で検出可能にする。Sig部分は
又、フェリチンの如き、電子稠密な成分を含み、観察に
よる利用ができる。Sig部分は又、放射性コバルトの
如き、放射性同位元素成分を含み、生成するヌクレオチ
ドを放射線検出装置で観察可能にできる。Sig部分は
又、ハプテン成分又はそれ自体を含み、それに対する特
異的抗体と複合体を形成さすこともできる。最も有用な
のは、Sig部分が多糖又はオリゴ糖又は単糖でレクチ
ン即ちコンカナバリンAの如き糖や多糖に結合する蛋白
と複合体を形成するか又は付加することである。本発明
記載のSig成分又は特定のヌクレオチド類は又、化学
ルミネッセント成分を含有できる。
【0081】本発明実施により示された如く、Sig成
分は、直接又は化学結合又は結合腕を通じて、ヌクレオ
チド例えばその中の塩基B成分、又はその中の糖S成
分、又はリン酸P成分に付着可能な如何なる化学的部分
をも包含する。本発明に記載したヌクレオチド類のSi
g成分及びSig成分を含む、本発明のヌクレオチド類
を取り込んだヌクレオチド類やポリヌクレオチド類は、
上記確認の米国特許第4,711,955号記載のヌク
レオチド類と同じ目的に相当しそして有用である。より
明確にすると、米国特許第4,711,955号記載の
化学部分Aは機能的にはSig成分、又は本発明の特定
のヌクレオチドの化学的部分と同等である。従ってSi
g成分、或いは本発明のヌクレオチド類の化学的部分は
直接P、S又はB部分に共有結合で付加し、又は米国特
許第4,711,955号のヌクレオチド類のBとAを
結ぶ点線で示される如く、米国特許4,711,955
号に記載の如き化学結合又は結合腕を通してそれらに付
加出来る。米国特許第4,711,955号中で確認し
た各種結合腕或いは結合は、本発明の特定ヌクレオチド
類に適用でき、そしてその調製に有用である。
【0082】本発明の特定ヌクレオチド類の特に重要で
有用な面は、DNA又はRNAプローブ類の調製にその
様なヌクレオチド類を利用することにある。その様なプ
ローブ類は、実質的にDNAとマッチするヌクレオチド
配列や、局在化及び/又は同定する遺伝材料のRNA配
列を含む。プローブは1つ又はより多くの本発明の特定
ヌクレオチド類を含む。一重鎖ポリヌクレオチドの如き
目的のヌクレオチド配列を有するプローブで、DNAか
又はRNAプローブは、次いで同定するDNA又はRN
A遺伝材料と接触させる。プローブの局在化やプローブ
を含む二重鎖ポリヌクレオチドの形成し、同定すべきD
NA又はRNA材料とマッチさせるに際し、生成した二
重鎖DNA又はRNA含有材料は次いで観察可能で同定
できる。本発明記載のプローブは、必要に応じて約5ヌ
クレオチドから約500又はより多くの如何なる数のヌ
クレオチド単位をも実質的に含有できる。12のマッチ
する、望ましくは連続したヌクレオチド単位は、もしプ
ローブの12ヌクレオチド配列が、検査する又は同定す
べきDNA又はRNA材料中の相当する協調的配列にマ
ッチすれば検査する又は同定するDNA又はRNA材料
の大部分の同定を行うのに充分であろう。提示の如く、
その様なプローブは、本発明記載の特定Sig含有ヌク
レオチドを1つか又はそれ以上含み、望ましくは少くと
も、プローブ中のヌクレオチド5〜10につき1つの特
定ヌクレオチドを含む。
【0083】上記に提示した如く、種々の技術を本発明
の特定ヌクレオチドのDNA及び関連構造体中への取込
みのために本発明実施にあたり使用できる。上述した1
つの特に有用な技術は、ポリピリミジンの3′末端や単
鎖DNAにビオチン化したdUMPを付加するために末
端トランスフェラーゼを利用することである。3′末端
に付加したビオチン化dUMPを有する単鎖又はクロー
ン化DNAの如き、生成する生産物をアビジンがDNA
の末端にあるビオチン化dUMPと複合体を形成した後
回収するようなSepharose−アビジンカラムク
ロマトグラフィにより回収出来る。本発明実施により、
mRNAへのハイブリディゼーションを溶液中で行なわ
せ、生成するハイブリドをSepharose−アビジ
ンカラムで回収しそれからm−RNAを回収できる。同
様の技術を使って、DNA−RNAハイブリドを分離で
きる。本発明記載の特定ヌクレオチドの付加に末端トラ
ンスフェラーゼを利用するこの技術は広範に応用可能で
あり、特定のビオチン化ヌクレオチドや特定のグリコシ
ル化ヌクレオチドを含む、本発明記載の特定ヌクレオチ
ドを含む生成修飾ヌクレオチドをSepharose−
アビジンカラム処理でアビジンと複合体を形成するか又
はコンカナバリンAの如き、レクチンと複合体を形成す
るか或いはセファロース−コンカナバリンAカラムで選
択的に回収出来る。本発明実施の実例として、ビオチン
化したdUTPを末端トランスフェラーゼを利用してd
UTPの3′末端に付加し、生成する生産物をG−50
セファロースで精製しセファロース−アビジンアフィニ
ティカラムで分離した。その結果dUTP分子の69%
をビオチン化し、セファロース−アビジンカラムで回収
した。本実験の結果により、末端トランスフェラーゼが
ポリピリミジンの3′末端にビオチン化dUMPを付加
する事実が確立された。特定の分子が共有結合で付加し
た核酸の検出を小分子が特異的に結合することが知られ
ている、天然に存在する蛋白を使って行うことが出来
る。この方法では小分子がアリルアミン側鎖を用いてヌ
クレオチドに結合する。これらのヌクレオチド類は、次
いでDNA又はRNAポリメラーゼ、又はリガーゼ反
応、又は化学結合を利用して特定のヌクレオチドに取込
ませる。このプローブを相補性アンチプローブ配列とア
ニーリングの後、プローブの存在をプローブに共有結合
したリガンドに対する蛋白の特異的結合により検出す
る。
【0084】この様な型の検出体系に適当な蛋白−リガ
ンド反応の例としては: 1.酵素とアロステリック作働子(エフェクター)又は
モジュレーター分子。この例としてはヘテロトロピック
酵素のスレオニンデヒドラターゼ酵素で、この系ではエ
フェクター分子が基質のL−スレオニンとは異なる、L
−イソロイシンである、J.Monod,J.Wyma
n and J.P.changeux(1965)、
MolBiol12:88−118。 2.調節に関与するエフェクター分子。この例としては
サイクリックAMP受容体に対する3′,5−サイクリ
ックアデノシンモノフォスフェートの特異的結合があ
る、I.Pastan and R.Perlman,
Science 169:339−344(196
9)。他の例としては、乳糖レプレッサー分子と誘導物
質のイソプロピルチオガラクトシド、又はチオメチルガ
ラクトシドがある。この2つの誘導分子はそれらが誘導
する酵素により代謝されない事から無償性誘導分子と呼
ばれている、W.Gilbert and B.Mul
ler−Hill,Proc.Natl Acad S
ci(US),70:3581−3584、(197
3)。 3.ホルモン受容体、又は有機分子が特異的に結合する
細胞表面の他の受容体。この1例としてはエピネフリン
が、受容体に高い親和性を持ち立体特異的方法で結合す
るエピネフリン−エピネフリン受容体系がある。この系
では、受容体蛋白が水に不溶性なので、例えばリポゾー
ムの如きリピドの様な二層膜構造中に封埋する。適当な
検出体系としては、特異的酵素、又はリピド二層膜の内
側又は中の蛍光分子を含む。 4.小分子の輸送に際して含まれる、特異的リガンド結
合蛋白。この例としては多くのアミノ酸、グルコース、
ガラクトース、リボース及び他の糖類に結合する、細菌
のペリプラスミック結合蛋白Pardee,A.Sci
ence,162:632−637、(1968);
G.L.Hazelbaur and J.Adle
r,Nature New Bio230:101−
104、(1971)。
【0085】上述の例では、核酸に結合したリガンド
は、天然に存在する蛋白と反応する。この反応の特異性
は蛋白のリガンド−結合部位に存在する。天然に存在す
る蛋白と相互作用をする小分子の更に1つの例としては
酵素に対する補酵素又は他の補欠分子の特異的結合があ
る。これら補酵素の例としてはチアミンピロリン酸、フ
ラビンモノヌクレオチド、フラビンアデニンジヌクレオ
チド、ニコチナミドアデニンジヌクレオチド、ニコチン
アデニンジヌクレオチドリン酸、コエンザイムA、ピリ
ドキサールリン酸、ビオチン、テトラヒドロ葉酸コエン
ザイムB12、リポイック酸及びアスコルビン酸がある。
これら分子の多くはそれらのアポ酵素と共有結合を形成
する。しかしながら或るもの例えばコエンザイムA、コ
エンザイムB12及びテトラヒドロ葉酸は、非共有結合だ
が、それらの同類のアポ酵素と特異的方法で結合する。
本系で利用する特定の補酵素−アポ酵素系としては、大
腸菌より分離した、フラビンアデニンジヌクレオチド
(FAD)とフラビンアデニンジヌクレオチドリダクタ
ーゼがある。この系では、FADの結合が充分に強く、
検出が可能である。リン酸部分P、糖又は単糖部分S、
プリン又はピリミジンの塩基部分B、そしてP、S又は
B部分に共有結合で付加した、信号発信又は自己−検出
部分、Sig等の成分を含む本発明の特定ヌクレオチド
やそのようなヌクレオチド、一重鎖又は二重鎖ポリヌク
レオチド、DNA及び/又はRNAを含むポリヌクレオ
チドは、上述の如く、多くの利用方法や用途がある。例
えば、本発明のヌクレオチドや、本発明のヌクレオチド
を含むポリヌクレオチドは、免疫促進剤として、ワクチ
ンのアジュバントとして、リンパ球の様な感能細胞の誘
導、リンフォカイン、サイトカインやサイトキニン、イ
ンターフェロンや他の細胞性生産物の生産に有用であ
る。
【0086】二重鎖ポリA:Uは、活性は弱いが、イン
ターフェロン生産の促進剤又は誘導剤としてよく知られ
ている。同様に、ポリI:Cも、インターフェロン生産
の促進剤又は誘導剤として知られている。本発明記載の
1つ又はより多くのヌクレオチドを含む、二重鎖ポリヌ
クレオチドの様な、ポリヌクレオチドの利点は、実際、
この様なポリヌクレオチドが、インターフェロンや関連
物質の細胞からの生産に関しより効果的でより強力な誘
導又は促進剤であることだろう。例えば、上記の成分
P、S、B及びSigを含む、本発明記載のヌクレオチ
ドを、それから調製したヌクレオチドやポリヌクレオチ
ドがヌクレアーゼ類に対しより耐性である様に適当に調
製する。同様に上記同成分を含むヌクレオチドやポリヌ
クレオチドを、リンパ球の細胞表面や膜又は、インター
フェロンの如き、目的の細胞生産物の生産のために細胞
を刺激するような他の細胞表面や膜に、接触し、刺激
し、浸透するより強い能力を持つ様に適当に調製する。
【0087】本発明記載の、P−S−B式で表わされる
これら特定のヌクレオチド類で格別に有用であり、特に
有用なものは、Sig成分が、ピリミジンの5位又はプ
リン又はデアザプリンの7位又はグアニンのN2 位又は
アデニンのN6 位にあるものである。その様なヌクレオ
チド及び、それを含むポリヌクレオチドで一重鎖と二重
鎖の両方のDNA及び/又はRNAを二重鎖らせんDN
A又はRNA又はそれを含むDNA−RNAハイブリド
の安定性を増加するため本発明に従って調製する。ヌク
レアーゼに耐性を増加することや疎水性の変更又は有利
な変化や、ヌクレオチドやそれを含むポリヌクレオチド
の電気的又は荷電性状の変化を達成出来る。又、本発明
記載のヌクレオチド及びポリヌクレオチドを、人間を投
与する際に、発熱性を減少する、或いはその他の全身毒
性反応の発現を減少せしめる様に調製する。更に、ヌク
レオチド及びポリヌクレオチドを、特定のポリペプチド
が結合してRNA複合体形成を作り出すか生むために結
合できるSig成分の如きリガンドを提供する。従って
本発明のヌクレオチドはP、S、B及びSigがP、S
又はB成分に共有結合で付加するようなSig成分を含
み、治療効果や細胞毒性効果を含む特定の生物学的効果
を有する総勢の化学的作用剤を開発又は提供する。イン
ターフェロン、リンフォカイン及び/又はサイトカイン
の如き、細胞材料や生産物の生産に刺激又は誘導剤とし
て働くことに加えて、本発明の特定のヌクレオチドと、
これらヌクレオチドを含むポリヌクレオチドは、又それ
らの化学療法上の効果の由に、そしてそれに基づく化学
療法剤の調製の由にしかし又、それらの細胞毒性効果と
それに基づく細胞傷害剤の生産に有用である。他の成分
即ち成分P、S、Bを含む、本発明の特定のヌクレオチ
ドに付加したSig部分は、既知の化学療法、或いは細
胞毒性効果を有する特定の作用剤のSig成分に付加す
るための場所をそれ自体で提供している。そのようなヌ
クレオチド類を体或いは細胞DNA及び/又はRNAの
合成を阻害するか、癌を攻撃して、実際殺すか又はさも
なくば、不必要な細胞の生育を阻害するために、体や細
胞のDNA及び/又はRNA成分に取込ませるように、
被処置体、即ち人体又は動物に導入又は投与出来る。ヌ
クレオチド及び/又はヌクレオチド含有ポリヌクレオチ
ドを体、人体や動物に投与するには幾つかの適当な方法
がある。特に有効な方法は、本発明のヌクレオチド含有
標品や適当な生理的に受け入れ可能な担体を静注して導
入することであり、又ヌクレオチドを、皮下や、経皮的
に或いは筋注、又はヌクレオチド類の化学療法的又は細
胞毒性的な効果を発揮させたい部位に直接導入すること
により投与できる。目的の化学療法的又は細胞毒性効果
を、全身的又は局所的に発現させ得るのみならず、上述
の如く、本発明の特定のP、S、B及びS−含有ヌクレ
オチド並びにそれらをヌクレオチドを含む、ポリヌクレ
オチドは免疫促進剤及びその補助剤として有用である。
従って、特定のヌクレオチド及び本発明に従ったポリヌ
クレオチド含有ワクチン類を、効果や融通性を改良して
調製出来る。
【0088】本発明の特定のヌクレオチドを含む、改良
型ポリヌクレオチドの本発明実施に際し特に重要なのは
インターフェロンの誘導物質又は促進物質として使うこ
とである。そのようなポリヌクレオチドは一重鎖又は二
重鎖リボヌクレオチド、dSRNAで次の構造を有し、
【化43】 又は
【化44】 で、A及びBは相補的塩基対で、例えば上述の如くピリ
ミジンの5位又はプリンの7位又はグアニンのN2 、又
はアデニンのN6 又はシトシンのN4 に、本発明記載の
有機部分Sigで修飾したプリン、7−デアザプリンや
ピリミジンである。これらの部位に修飾を受けたポリヌ
クレオチド類は、会合率や融点測定結果から、比較的非
解裂的又は非解裂二重鎖核酸分子になるのがわかる。イ
ンターフェロンや、他の細胞の又は液性の因子やリンフ
ォカインやサイトカイン類の如き成分の誘導物質として
使用する本発明の特定のポリヌクレオチド類では、次の
式で示す基を付加する。
【化45】 インターフェロン生産の誘導工程に本発明の特定dSR
NAの如き、本発明の特定ポリヌクレオチドを利用する
に際し、DEAE−デキストランがこの工程を促進する
ことが知られている。DEAE−デキストランはdSR
NAと複合体を形成し、ヌクレアーゼ分解から保護し、
それによりインターフェロンの誘導を促進すると思われ
る。ポリrc:rlはDEAE−デキストランと複合体
を形成するとより効率よく細胞に取り込まれることも知
られている。従って本発明の実施に際し、本発明の特定
dSRNAの疎水性やイオン又は荷電性状が重要な因子
であり、このものをインターフェロン生産の誘導に応用
可能にしている。インターフェロンの誘導を促進するこ
の様な条件や因子は又リンフォカインやサイトカインな
どの他の細胞性及び液性成分の誘導をし又は促進する。
従って、特定ヌクレオチドや本発明の特定のヌクレオチ
ド含有ポリヌクレオチドは単にインターフェロン生産の
誘導物質として有効というよりも免疫調節物質及び促進
物質として作用する。本発明実施に従った上記目的のた
めの優れた作用剤としてはヌクレオチドを含み、その中
のSig部分がビオチン又はストレプトアビジン又はア
ビジンを取込む。 ポリrl:ポリrc複合ホリレーリジンは補助活性を示
し、その作用は、ポリrlとポリrc成分が本発明に従
った特定ヌクレオチドを1つかもっと多く含む時には、
本発明実施に従って、促進及び改良される。
【0089】本発明に従ったDNAプローブ調製を、本
明細書記載の特定ヌクレオチドの調製又は利用を要しな
い方法で行うことができる。例えば二重鎖DNAは発癌
物質やアルキル化剤と反応する。発癌物質が二重鎖DN
Aと反応したり又アルキル化した後、生成した修飾DN
Aを融かしDNAと発癌物質又はアルキル化剤の反応生
成物を含むDNAハイブリド形成プローブを作る。この
様に修飾又は反応したDNAを、ハイブリド形成プロー
ブとして使う時には生成した二重らせん又は二重鎖DN
Aを二重抗体法により検定又は検査する。主要抗体は抗
発癌物質で二次抗体はわさび−ペルオキシダーゼ共役抗
ペルオキシダーゼ抗体である。この技術の長所は二重鎖
DNAを標識するのが容易であるということである。こ
の方法を本発明記載の例で示し、これは一般に二重鎖又
は二重らせんDNAからDNAプローブを調製すること
に応用出来る。しかしながら、この方法は二重らせんデ
オキシリボヌクレオチドポリマー又はDNAの修飾を伴
う解裂的方法である。本発明実施中用いた又は開発した
特定のヌクレオチド及び修飾DNAに関する記述で、モ
ノ、オリゴ、及びポリサッカライドに関し述べてきた。
モノ、オリゴ及びポリサッカライド誘導体が又本発明の
特定ヌクレオチドの調製に有用である。例えば、特定ヌ
クレオチドの組立てに使う各糖部分を修飾でき、生成す
る修飾糖部分を使って、更に多くの化学反応を起す或い
は行わせることができる。この様な修飾モノ、オリゴ及
びポリサッカライドを、本発明の特定ヌクレオチド調製
の際のSig部分として用いれば、糖S又はそれに由来
するSig部分として、その様な修飾サッカライドを含
むヌクレオチドや他の成分の検出に関し、融通性が追加
される。
【0090】本発明の他の面として、Sig部分をヌク
レオチドに付加させる代りに、蛋白に付加しても使用で
きる。その様な蛋白をヌクレオチドやポリヌクレオチド
に付加できるのみならず、それがヌクレオチド又はポリ
ヌクレオチドに付加するかしないかに拘らず、その様な
蛋白それ自体を確認できる。本発明をこの方面に関し実
施する上で適当な上述の如き蛋白付加物としては次式の
如き式を有するものが挙げられる。
【化46】 ここでR1 はOH又はアミノ酸又は酸、R2 はアミノ酸
側鎖、そしてR3 はH又はアミノ酸又は酸で、Sigは
1 及び/又はR2 及び/又はR3 に付加する。
【図面の簡単な説明】
【図1】図1はグリコシル化DNAとコンカナバリンA
との結合による沈でん生成をコンカナバリンA濃度に対
して調べた結果を示す。
【図2】図2(A)、(B)はラムダDNAおよびT4
DNAのコンカナバリンA−セファロースとの結合の結
果を示す。
【図3】図3(A)、(B)はT4DNAとコンカナバ
リンA−セファロースとの結合に対するマンノースの影
響を示す。
【図4】図4(A)、(B)はマルトトリオース置換ラ
ムダDNAのコンカナバリンA−セファロースへの結合
を示す。
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成9年11月27日
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正内容】
【特許請求の範囲】
【化1】 または
【化2】 (式中、Pはリン酸残基であり、Sはリボースまたはデ
オキシリボース糖残基であり、Bはピリミジン、プリン
または7−デアザプリン残基であって、前記のヌクレオ
チドがリボヌクレオチドの場合にはリン酸残基Pは糖残
基Sの2’位、3’位および5’位から独立に選ばれる
位置に結合し、前記のヌクレオチドがデオキシリボヌク
レオチドの場合にはリン酸残基Pは糖残基Sの3’位お
よび5’位から独立に選ばれる位置に結合し、前記の塩
基Bがピリミジンの場合にはN位から糖残基Sの1’
位に結合し、前記の塩基Bがプリンまたは7−デアザプ
リンの場合には前記の塩基BはN位から糖残基Sの
1’位に結合し、前記のSigは前記の糖残基Sまたは
リン酸残基Pに直接にまたは結合基を介して共有結合し
ている検出可能な残基である。)を有するヌクレオチド
を少なくとも一つ含んでなるオリゴまたはポリヌクレオ
チド。
【化47】 を含んでなる請求項1記載のオリゴまたはポリヌクレオ
チド。
【化48】 のいずれかを含んでなる請求項1記載のオリゴまたはポ
リヌクレオチド。
【化49】 (式中、Pはリン酸残基であり、Sはリボースまたはデ
オキシリボース糖残基であり、Bはピリミジン、プリン
または7−デアザプリン残基であって、前記のヌクレオ
チドがリボヌクレオチドの場合にはリン酸残基Pは糖残
基Sの2’位、3’位および5’位から独立に選ばれる
位置に結合し、前記のヌクレオチドがデオキシリボヌク
レオチドの場合にはリン酸残基Pは糖残基Sの3’位お
よび5’位から独立に選ばれる位置に結合し、前記の塩
基Bがピリミジンの場合にはN位から糖残基Sの1’
位に結合し、前記の塩基Bがプリンまたは7−デアザプ
リンの場合には前記の塩基BはN位から糖残基Sの
1’位に結合し、前記のSigは前記の糖残基Sに直接
にまたは結合基を介して共有結合している検出可能な残
基である。)を有する少なくとも一つのヌクレオチドに
直接または間接に結合したポリマー化合物を含んでなる
組成物。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 FI G01N 33/50 C12Q 1/68 A // C12Q 1/68 G01N 33/566 G01N 33/566 C12N 15/00 A (72)発明者 スタンレイ クライン アメリカ合衆国ニユーヨーク州ブルツクリ ン,リンカーン プレース 235 (72)発明者 ジヤニス ジー.スタブリアノポウロス アメリカ合衆国ニユーヨーク州ニユーヨー ク,ウエスト フイフテイナイン ストリ ート 515 (72)発明者 ドリー カーテイカー アメリカ合衆国ニユーヨーク州エルムハー スト,エイテイ ストリート 42−72

Claims (2)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】一般式 【化1】 または 【化2】 を有するヌクレオチド(式中、Pは、リン酸残基であ
    り、Sは糖または単糖残基であり、Bは塩基残基であっ
    て、前記のヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチドの
    場合にはリン酸残基は糖残基の3′および/または5′
    位に結合し、前記のヌクレオチドがリボヌクレオチドの
    場合には2′,3′および/または5′位に結合し、前
    記の塩基はプリンまたはピリミジンであり、前記の塩基
    がそれぞれピリミジンまたはプリンの場合には前記の塩
    基はN1位またはN9位から糖残基の1′位に結合し、
    前記のSigは前記のヌクレオチドの糖または単糖残基
    Sまたはリン酸残基Pに共有結合している化学残基であ
    り、それ自身が信号となる、またはそれ自身が自己を検
    出させる若しくはその存在を知らせることができるもの
    である。)
  2. 【請求項2】 請求項1に記載のヌクレオチドを少なく
    とも1個含んで成るオリゴまたはポリヌクレオチド。
JP29588997A 1982-06-23 1997-10-28 修飾ヌクレオチド Expired - Lifetime JP3170235B2 (ja)

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