JP2023058485A - ゲルパターン化した表面 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2013年2月26日出願の米国仮特許出願第61/769289号および
2013年3月6日出願の米国出願第13/787396号の利益を主張する。上記の出
願はいずれも、その全体を本明細書に参照として組み込む。
核酸アレイへの特定の適用性を有する。
、ゲノム規模での配列決定法における進歩の恩恵を受ける立場にある。この分類の取り組
みは、各人のゲノム中のマーカーの同定が期待でき、その人の疾患に対する感受性、処方
薬などの具体的な療法に対する反応性、危険な薬の副作用およびその他の医学的に作用可
能な特性に対する感受性を決定する上で医療専門家の助けとなるであろう。分類の取り組
みは、かなり進歩してきている。これは主に、十分に高い費用対効果で、研究の場で評価
する対象を検査することを可能にする、商用のゲノム解読法に起因する。分類の取り組み
を加速するためにも配列決定法における改善が必要とされている。その上、比較的高価な
シークエンシングは、技術が、研究センターを超えて医師が一般集団の患者の配列を得る
ことができる医院に移行するのを妨害している。
。実質的なコスト削減をもたらす改善が、これらの技法のいくつかで示されている。しか
し、たとえあったとしても、どの技法がコスト削減につながる改善があるかを推定するこ
とは困難である。配列決定系における技法間の依存状態から判断して、どの技法が、手法
または系の全体的性能に悪影響を与えずに、修正することができるかを推定することはさ
らにより困難である。そのため、ゲノミクス研究の可能性を、生命を改善し、多くの場合
、救助することができる医院に移すことができる改善点を特定する必要がある。本発明は
、この要望を満たし、関連の利点も同様に提供する。
がゲル材料を含有し、該ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分けられ、該間隙領域
が各ウェルのゲル材料を他の複数のウェルのゲル材料から隔離する、固体支持体と、ゲル
材料中の標的核酸のライブラリーであって、各ウェルのゲル材料がライブラリーの単一種
の標的核酸を含む、ライブラリーとを含むアレイを提供する。
れに応じて、本開示は、表面を有する固体支持体であって、該表面に複数のウェルがあり
、該ウェルがゲル材料を含有し、該ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分けられ、
該間隙領域は各ウェルのゲル材料を他の複数のウェルのゲル材料から隔離する、固体支持
体と、ゲル材料中の標的核酸のライブラリーであって、各ウェルのゲル材料がライブラリ
ーの単一種の標的核酸を含む、ライブラリーとを含むアレイを提供する。
持体を設けるステップであって、該平面が1つ以上の凹状フィーチャーによって断続され
、1つ以上の凹状フィーチャーが、平面上の1つ以上の間隙領域に隣接しているステップ
と、(b)固体支持体の少なくとも一部をゲル材料でコーティングするステップであって
、該一部が少なくとも1つの凹状フィーチャーおよび少なくとも1つの間隙領域を含むス
テップと、(c)平面を研磨して、少なくとも1つの間隙領域からゲル材料を除去し、か
つゲル材料を少なくとも1つの凹状フィーチャーに保持させるステップとを含むことがで
きる。
ステップであって、該ウェルがゲル材料を含有し、該ウェルが表面上の間隙領域によって
互いに分けられ、該間隙領域が各ウェルのゲル材料を他の複数のウェルのゲル材料から隔
離するステップと、(b)標的核酸のライブラリーを固体支持体のウェルに送達して、各
ウェルのゲル材料に付着している単一種の標的核酸を有するウェルのアレイを作製するス
テップであって、アレイ中の異なるウェルがライブラリー由来の異なる標的核酸種を有す
るステップと、(c)アレイのウェル中のゲル材料に付着している標的核酸を増幅して、
アレイの各ウェルで個々の標的核酸のクローン集団を作製するステップとを含むことがで
きる。
支持体を設けるステップであって、該平面が1つ以上の凹状フィーチャーによって断続さ
れ、該凹状フィーチャーがゲル材料を含有し、1つ以上の凹状フィーチャーが、平面上の
1つ以上の間隙領域に隣接し、該間隙領域が実質的にゲル材料を含まず、該ゲル材料が標
的検体に付着しているまたは標的検体を含有するステップと、(b)標的検体が特異的に
プローブと相互作用する条件下で、固体支持体をプローブに接触させるステップと、(c
)固体支持体を検出して、プローブの1つ以上と相互作用する標的検体の少なくともサブ
セットを識別するステップとを含むことができる。
る。例えば、核酸を検出する方法は、(a)表面および核酸ライブラリーを有する固体支
持体を設けるステップであって、該表面が複数のウェルを有し、該ウェルがゲル材料を含
有し、該ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分けられ、該間隙領域が各ウェルのゲ
ル材料を他の複数のウェルのゲル材料から隔離し、ライブラリーの単一種の標的核酸が、
各ウェルのゲル材料に付着しているステップと、(b)固体支持体を、標的核酸に結合し
た少なくとも1つのプローブに接触させるステップと、(c)固体支持体を検出して、少
なくとも1つのプローブに結合する標的核酸種を有するウェルを識別するステップとを含
むことができる。
。ゲル材料は、代表例であり、例えば、表面コーティングを形成することができ、それ自
体が必ずしもゲルと見なされないポリマーなどの他の有機材料との置き換えが可能である
ことを理解されたい。分析方法または調製方法などにおいて作製したアレイを使用して、
表面にゲル材料を適用し、間隙領域からゲル材料を除去し、検体をゲル材料に付着させる
、本明細書に記載の方法は、ゲル材料を非ゲル材料と置き換えることによって容易に適応
させることができる。
する。特定の実施形態では、基板は、ゲル材料を含有する(例えば、ゲル材料でコーティ
ングされた)ウェルなどの凹状領域を有する固体支持体を含む。ゲル材料は、次いで、対
象の検体、例えば核酸に付着させることができる。特定の実施形態では、ゲル含有領域は
離散しており、対象の検体を付着する能力を欠く間隙領域によって分けられる。例えば、
間隙領域は、ゲル材料を欠く場合がある。あるいは、間隙領域中のゲル材料が不活性であ
り得る、またはそうでなければ凹状領域中のゲル材料の活性もしくは特性、例えば検体付
着を助ける能力がないように修正され得る。結果として生じるゲル領域の隔離は、検体へ
の反応を行うときおよび/または検体を検出するとき、利点をもたらす。代表的な利点は
、ゲル含有ウェルの内で分布する標的核酸のアレイの例で実証することができる。本明細
書では、鋳型として核酸を使用して構造化基板上で増幅反応を実施して、ゲル中またはゲ
ル上で成長する核酸コロニー(例えば、アレイの核酸フィーチャー)を形成することがで
きる。間隙領域は、コロニーが成長する面積を限定する働きをする。得られたアレイの個
々のフィーチャーは、ゲル含有ウェルによって作られた個別のパターンのために、相対的
に容易に区別できる。パターンは、フィーチャーの密度を高め、核酸のランダムアレイと
比較して画像レジストレーションの処理要件を減らす利点をももたらし得る。
の断面図を、図によって示す。例において、ウェルは1.5μmのピッチ(中心間スペー
シング)を有し、各ウェルの直径は0.5μmである。ウェルパターン化基板は、材料が
ウェルに入り、間隙領域を被覆するように、ゲル材料でコーティングすることができる。
結果として得られるゲルコーティング基板を研磨して、ウェル中にゲル材料を残したまま
間隙領域からゲル材料を除去することにより、ゲルパターン化基板を形成することができ
る。ゲルは、DNA鋳型の捕捉および鋳型の増幅を支持する働きをすることができる。例
えば、表面コーティングの前、表面コーティングの後および研磨の前、または研磨の後に
、ゲルをオリゴヌクレオチドプライマーでグラフト化することができる。プライマーは、
DNA鋳型を捕捉し、捕捉した鋳型を使用して主要な増幅のために機能することができる
。得られるDNAパターン化基板は、例えば配列決定法において分析することができる。
らす。ランダムアレイ(すなわち、ランダムなフィーチャーパターンを有するアレイ)と
比較したときの利点の例として、高密度のフィーチャーパッキン、濃度非依存性鋳型播種
を利用したフィーチャー密度の向上した制御およびチューニング、削減された画像レジス
トレーションに要する処理、および容易化された信号抽出が挙げられる。各フィーチャー
が与える核酸集団の空間的閉じ込めからさらなる利点がもたらされ得る。本開示のパター
ン化アレイのフィーチャーは、核酸コロニーが成長する(例えば、クラスターの増幅によ
って)面積または体積を制限する働きができる。面積または体積の制限なしに、いくつか
の核酸コロニーは、他よりも大きなサイズに増幅し得るが、その理由は、その配列中のグ
アニンおよびシトシンのパーセント含有率(すなわちGC含有率)の差異により、これは
相対的な増幅率に影響する。本明細書に記載の方法および組成物の場合、個々のフィーチ
ャーの体積または面積は、別の考え方として、増幅する鋳型種間のGC含有率の差異が原
因の増幅反応から生じると考えられる核酸コロニーのサイズの差異を防止または最小化す
るように選択することができる。例えば、フィーチャーの体積または面積は、最高速で成
長するコロニーの成長を制限するのに十分小さくすることができ、その一方で、ゆっくり
成長するコロニーが、増幅反応の完了時に効果的にフィーチャーを埋めるようにすること
ができる。
(5-アジドアセトアミジルペンチル)アクリルアミド-コ-アクリルアミド)(PAZ
AM、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国仮特許出願第61/753833
号を参照)を有する、ガラス、シリコン、プラスチックまたはその他の好適な固体支持体
上のウェル(例えばマイクロウェルまたはナノウェル)の製造を提供する。プロセスは、
配列決定に使用されるゲルパッドを作製し、これは多数回のサイクルの配列決定を実施す
る間ずっと安定性であることができる。ポリマーのウェルへの共有結合は、様々に使用さ
れる中、構造化基板の寿命を通して、構造化フィーチャー中のゲルを保持するのに役立つ
。しかし、多くの実施形態では、ゲルは必ずしもウェルに共有結合していなくてもよい。
例えば、いくつかの条件下では、構造化基板のいかなる部分にも共有結合していないシラ
ン非含有アクリルアミド(SFA、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許
出願公開第2011/0059865号を参照)をゲル材料として使用してもよい。
支持材料をパターン化し、パターン化支持体をゲル材料(例えばPAZAM、SFAまた
はこれらの化学的に修飾した変異体、例えばSFAのアジド化タイプ(azidolyz
ed version)(アジド-SFA))でコーティングし、ゲルコーティング支持
体を、例えば化学的または機械的に研磨することによって研磨し、これによりウェル中に
ゲルを保持しながら、ウェル間の構造化基板の表面上の間隙領域から実質的にすべてのゲ
ルを除去または不活性化することによって、構造化基板を作製することができる。プライ
マー核酸をゲル材料に付着させることができる。次いで、標的核酸(例えば断片化したヒ
トゲノム)の溶液を、研磨した基板と接触させることができ、その結果、個々の標的核酸
が、ゲル材料に付着しているプライマーと相互作用することによって個々のウェルに播種
するが、間隙領域はゲル材料が不在または不活性であるため、標的核酸が間隙領域を占め
ることはない。間隙領域のゲルが不在または不活性であることにより、成長した核酸コロ
ニーの外への移動が防止されるため、標的核酸の増幅はウェルの範囲内にとどめられるで
あろう。本プロセスは、好都合に製造可能であり、拡張可能であり、従来のマイクロまた
はナノ加工法を利用する。
他のゲル含有凹状フィーチャー)の同定および局在化のために構造化基板に含まれる。基
準マーカーは、他のフィーチャーの相対的位置のための基準点を与えるので、基準マーカ
ーは、空間的に整列されたパターンのフィーチャーを有する構造化基板に特に有用である
。基準マーカーは、ランダムアレイの画像のレジストレーションにも使用できるが、Il
lumina,Inc.社(San Diego、CA州)製のHiSeq、Genom
e AnalyzerまたはMiSeqプラットフォームなどの市販の配列プラットフォ
ーム上で生じるランダムアレイで使用する場合、代わりに固有のクラスターの乱れを使用
してもよい。基準マーカーは、構造化基板を繰り返し検出して、個々フィーチャーで経時
的に起こる変化を追跡する応用例にとりわけ有益である。基準マーカーは、複数の配列決
定サイクルを通して得た連続画像によって個々の核酸クラスターの追跡を可能にし、その
結果、個々のクラスターの配列を個別に決定することができる。
マーカーの代表的な設計は、以下:凹リング、間隙リングおよびウェルまたは他の凹状フ
ィーチャー(例えば「ブルズアイ」)のリングのうち2つ以上の代替パターンを有する同
心円のセットである。一部の実施形態では、基準マーカーの凹状領域はゲル材料を含有し
、一方で間隙領域は含有していない。この表面上のゲルの特異的な位置は、本明細書に記
載のゲルコーティング法および研磨法を使用して実現できる。典型的には、ゲル含有領域
を間隙領域から区別できる検出法を使用する。一部の例では、識別は、間隙領域では存在
しないゲル領域中の特定の検体の存在に基づくものでもよい。例えば、核酸アレイの場合
、基準マーカーのゲル含有領域は、アレイ上の標的核酸を標識化するために使用するもの
と同じ方法によって標識化される核酸を含有することができる。したがって、基準マーカ
ーは、検体フィーチャーを製造するために使用したものと同じ方法を使用して好都合に製
造することができる。これに応じて、必要であれば、基準マーカーおよび検体フィーチャ
ーを1つ以上のステップを経て同時に製造してもよい。本明細書に記載の構造化基板およ
び方法において使用できる別の有用な基準マーカーは、サブ領域を有するものであり、1
つのサブ領域中のウェル(または他の凹状フィーチャー)のパターンが、別のサブ領域中
のパターンを基準にして回転するものである。このような基準格子は、参照により本明細
書に組み込まれる米国特許出願第13/267565号に記載されるような画像レジスト
レーション向けに設定および使用することができる。
どの標識を含むことができる。この場合、表面には少なくとも2種類のウェル(または他
の凹状フィーチャー)を有し得る。相対的に大きなウェルは、1つ以上の基準ビーズを収
容でき、一方で小さいウェルはビーズを含有するのは小さ過ぎていて、ゲル材料のみ含有
する。したがって、小さい方のウェルは分析のための分析フィーチャーとして働き、より
大きい、ビーズが充填されたウェルは基準として働く。ウェルの代替として、基準フィー
チャーが、上記に例示したブルズアイの構成に存在するようなチャンネルであってもよく
、該チャンネルはビーズを収容する寸法を有することができる。そういうものとして、い
くつかのビーズがチャンネル中に位置して、例えば、はっきりとした一連のビーズの形状
の基準を作製することができる。
使用されるゲル材料に関連して、本明細書において実証されている。ゲル材料は、典型的
なものであり、検体の表面上のフィーチャーへの局所化を介在するように使用できる他の
有機材料と置き換えてもよいことを理解されたい。このような有機材料は、例えば、表面
コーティングを形成することができ、それ自体が必ずしもゲルとは見なさなくてもよいポ
リマーを含む。具体例は、ATRP(原子移動ラジカル重合)法または表面開始重合法に
よって形成されるポリマーである。分析法または調製法などで得られるアレイを使用して
、ゲル材料を表面に適用し、間隙領域からゲル材料を除去する、本明細書に記載の方法は
、非ゲル材料の使用にも容易に適合させることができる。
らえられると理解されたい。本明細書で使用されるいくつかの用語およびそれらの意味を
以下に記載する。
、接着する、接続する、または結合する状態を意味する。例えば、核酸などの検体は、共
有結合または非共有結合によって、ゲルまたは固体支持体などの材料に付着することがで
きる。共有結合は、原子間の電子対の共有を特徴とする。非共有結合は、電子対の共有を
必要としない化学結合であり、例えば、水素結合、イオン結合、ファンデルワールス力、
親水性相互作用および疎水性相互作用を挙げることができる。
な核酸の集団を意味する。均一な配列は通常、少なくとも10ヌクレオチド長であるが、
さらに長いこともあり、例えば、少なくとも50、100、250、500、1000ま
たは2500ヌクレオチド長を含む。クローン集団は、単一の標的核酸または鋳型核酸に
由来したものでもよい。クローン集団は、標的ヌクレオチド配列のコピーを少なくとも2
、5、10、100、1000以上含んでもよい。コピーは、例えばコンカテマーとして
、単一の核酸分子中に存在していてもよく、またはコピーは、単独の核酸分子上に存在し
ていてもよい(すなわち、クローン集団は、同じ標的ヌクレオチド配列を有する核酸分子
を少なくとも2、5、10、100、1000個以上含むことができる)。典型的には、
クローン集団中のすべての核酸が同じヌクレオチド配列を有することになる。クローン性
から逸脱することなく、ごく僅かな数の不純核酸または突然変異体(例えば、増幅人工産
物(amplification artifacts)が原因)がクローン集団中で生
じ得ることを理解されたい。したがって、集団は、少なくとも80%、90%、95%ま
たは99%のクローンであり得る。一部の例では、100%純粋なクローン集団が存在す
ることもある。
たは被覆物を付与することを意味するよう意図されている。少なくとも表面の一部は、層
または被覆物を備えていてもよい。一部の例では、全表面が、層または被覆物を備えてい
てもよい。代替の例では、表面の一部のみが層または被覆物を備えることになる。「コー
ティング」という用語は、表面および材料間の関係を説明するために使用される場合、材
料が表面上に層または被覆物として存在することを意味するよう意図されている。材料は
、表面を封止していてもよく、例えば、液体またはガスが表面に接触するのを防止する。
しかし、材料は必ずしもシールを形成しなくてもよい。例えば、材料は、液体、ガス、ま
たは液体もしくはガス中に担持される1種以上の成分に対して浸透性であってもよい。表
面をコーティングできる典型的な材料として、これらに限定されないが、ゲル、ポリマー
、有機ポリマー、液体、金属、第2の表面、プラスチック、シリカ、またはガスが挙げら
れる。
場合、固体支持体中の窪みまたは圧痕を意味する。典型的な凹状フィーチャーとして、こ
れらに限定されないが、ウェル、ピッチ、孔、へこみ、チャンネル、またはトラフが挙げ
られる。凹状フィーチャーは、任意選択により曲断面(固体支持体の表面と直交する寸法
)を有することがあるが、1つ以上の線形断面、角または隅部を有する横断面も可能であ
る。曲断面および線形断面の組み合わせを有する横断面も可能である。一般的には、凹状
フィーチャーは必ずしも完全に固体支持体を通過していなくてもよく、むしろ例えば、基
板中で底面または底部を有する。
いに同じではないヌクレオチド配列を有することを意味する。2つ以上の核酸は、それら
の全長の中で異なるヌクレオチド配列を有することができる。あるいは、2つ以上の核酸
は、それらの長さの本質的部分の中で異なるヌクレオチド配列を有することができる。例
えば、2つ以上の核酸は、2つ以上の分子で異なる標的ヌクレオチド配列部分を有するが
、一方、2つ以上分子で同じ普遍的配列部分をも有することができる。
コレクション中の個々の項目を特定することを意図するが、必ずしもコレクション中の全
項目を指すわけではない。明確な開示または文脈が別段はっきりと指示していれば、例外
もあり得る。
体中の分子および流体に接触する位置に関連して用いられる場合、分子が流体の中にまた
は流体を通って移動して、その位置に接触するまたは入る能力を指す。この用語は、分子
がその位置から分かれるまたはその位置から出ていき、溶液に入る能力をも指すことがで
きる。流体アクセスは、分子がその位置に入り、その位置と接触し、その位置から分かれ
、かつ/またはその位置を出るのを防止するバリアがないときに生じ得る。しかし、流体
アクセスが絶対的に防止されていない限り、拡散が停滞、低減または変更したとしても、
流体アクセスは存在すると理解される。
味するよう意図されている。通常、ゲル材料は、液体が取り込まれるときには膨張し、乾
燥によって液体が除去されるときには収縮し得る。典型的なゲルには、これらに限定され
ないが、アガロースなどのコロイド構造、ゼラチンなどのポリマーメッシュ構造、または
ポリアクリルアミド、SFA(例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願
公開第2011/0059865号を参照)もしくはPAZAM(例えば、参照により本
明細書に組み込まれる米国仮特許出願第61/753833号を参照)などの架橋ポリマ
ー構造を有するものが挙げられる。特に有用なゲル材料は、それがあるウェルまたは他の
凹状フィーチャーの形状に合う。一部の有用なゲル材料は、(a)それがあるウェルまた
は他の凹状フィーチャーの形状に適合でき、また(b)それがあるウェルまたは凹状フィ
ーチャーの体積を実質的に超えない体積を有することもできる。
中または表面上の面積を指す。例えば、間隙領域は、アレイの一凹状フィーチャーを、ア
レイの別の凹状フィーチャーから分離することができる。互いに分離する2つの領域は、
離散し得、互いに接触がない。別の例では、間隙領域は、第1のフィーチャー部分を、第
2のフィーチャー部分から分離することができる。多くの実施形態では、間隙領域は連続
的である一方で、例えば、別に連続する表面内のウェルのアレイの場合のように、各フィ
ーチャーは離散している。間隙領域によってもたらされる分離は、一部の分離でも完全な
分離でもよい。間隙領域は、通常、表面上のフィーチャーの表面物質とは異なる表面物質
を有するであろう。例えば、アレイのフィーチャーは、間隙領域で存在する量または濃度
を超える量または濃度のゲル材料または検体を有することができる。一部の実施形態では
、ゲル材料または検体は間隙領域に存在しなくてもよい。
る化学組成を有する検体のコレクションを意味する。典型的には、ライブラリー中の検体
は、属またはクラスの共通の特徴または特性を有するが、別の部分で何らか異なっている
、異なる種であろう。例えば、ライブラリーは、ヌクレオチド配列が異なるが、糖-リン
酸の骨格を有する面では類似している核酸種を含むことができる。
の使用と一致し、天然起源の種またはその機能的類似体を含むよう意図されている。特に
有用な核酸の機能的類似体は、配列特異的なやり方で核酸にハイブリダイズすることがで
きる、または特定のヌクレオチド配列の複製のための鋳型として使用することができる。
天然起源の核酸は、一般的に、リン酸ジエステル結合を含有する骨格を有する。類似体構
造は、当技術分野で公知のもののいずれかを有する代替の骨格連結を有することができる
。天然起源の核酸は、一般的に、デオキシリボース糖(例えば、デオキシリボ核酸(DN
A)中にあるもの)またはリボース糖(例えば、リボ核酸(RNA)中にあるもの)を有
する。核酸は、当技術分野で公知のこれらの糖部分の種々の類似体のいずれかを有するヌ
クレオチドを含有することができる。核酸は、天然または非天然のヌクレオチドを含むこ
とができる。これに関連し、天然デオキシリボ核酸は、アデニン、チミン、シトシンまた
はグアニンからなる群から選択される1種以上の塩基を有することができ、リボ核酸は、
ウラシル、アデニン、シトシンまたはグアニンからなる群から選択される1種以上の塩基
を有することができる。核酸またはヌクレオチドに含まれ得る有用な非天然の塩基は、当
技術分野で知られている。「プローブ」または「標的」の用語は、核酸に関連して用いら
れる場合、本明細書に記載の方法または組成との関連で、核酸の意味識別子(seman
tic identifier)を意図し、核酸の構造または機能を、必ずしも別段明確
に指示するものを超えて限定しなくてもよい。「プローブ」および「標的」の用語は、タ
ンパク質、小分子、細胞などの他の検体にも同様に適用することができる。
れる場合、表面の一領域中のウェルのサブセットの相対的位置が知られていない、または
表面の別の領域中のウェルのサブセットの位置から予測不可能であることを意味する。測
定法に使用されるサブセットは、一般的に、少なくとも3個のウェルを含むが、少なくと
も4、5、6、10個以上のウェルを含むことができる。ランダムパターンは、一般的に
、任意のサブパターンの多重反復を含まない。この用語は、ウェルの他に別の凹状フィー
チャーに適用できる。
れる場合、表面の一領域中のウェルのサブセットの相対的位置が、表面の少なくとも1つ
の他の領域中のウェルのサブセットの相対的位置と同じであることを意味する。したがっ
て、繰り返しパターンの1つの領域中のウェルの相対的位置は、一般的に、繰り返しパタ
ーンの別の領域中のウェルの相対的位置から予測可能である。測定法に使用されるサブセ
ットは、一般的に、少なくとも3個のウェルを含むが、少なくとも4、5、6、10個以
上のウェルを含むことができるであろう。代表的な繰り返しパターンは、直線パターンお
よび六角形パターンを含む。繰り返しパターンは、サブパターンの多重反復を含んでもよ
い。この用語は、ウェルの他に別の凹状フィーチャーに適用できる。
)中のゲル材料に関連して用いられる場合、ウェルの1つ(またはフィーチャーの1つ)
の中のゲル材料を、他のウェル(または他のフィーチャー)中のゲル材料から分離または
単離することを意味する。したがって、第1のウェル(または第1のフィーチャー)中の
ゲル材料は、他のウェル(または他のフィーチャー)中のゲル材料と直接接触しない。一
部の実施形態では、2つのウェル(または2つのフィーチャー)中のゲル材料は、例えば
、2つのウェル(またはフィーチャー)に接触する溶液を介して、間接的に接触する。あ
るいは、2つのウェル(または2つのフィーチャー)中のゲル材料は、間接的な接触です
らしていない。表面上の間隙領域は、ゲル材料を有さないことによって、2つのウェル(
または2つのフィーチャー)中のゲル材料を隔離することができる。特定の実施形態では
、ゲル材料は、表面上で不連続的であってもよく、ウェルなどの凹状フィーチャーに存在
するが、各フィーチャー間の間隙領域には存在しない。
意味するよう意図されている。表面は、ガス、液体、ゲル、ポリマー、有機ポリマー、類
似のもしくは異なる材料の第2の表面、金属、またはコートなどの別の材料と接触させて
もよい。表面またはその領域は、実質的に平らであってもよい。表面は、ウェル、ピッチ
、チャンネル、隆起部、盛り上がった領域、ペグ、ポストなどの表面フィーチャーを有し
ていてもよい。
意味する。この用語は、存在する単一種を表す数を制限するものとは必ずしも意図しない
。例えば、それぞれが同じヌクレオチド配列を有する核酸分子の集団は、単一種の核酸を
含む。これに関連する「単一の」という用語は、関連の属の範囲内にない他のものの存在
を除外することを意図するものではない。例えば、ライブラリーからの単一種の標的核酸
を含有するウェルは、同じ配列を有する複数の核酸を含んでもよく、ライブラリーからの
他の標的核酸を除外するが、他の任意の非核酸成分は必ずしも除外しないであろう。明確
な単一種の集団が、当業者が集団の特定用途向けには無視できるレベルの不純物または人
工物と考えるレベルで存在する少量の別の種を有することができることを理解されたい。
例えば、第1の配列を有する単一の鋳型に由来する核酸クラスターは、第1の配列を検出
した際に、第2の配列を有する任意の核酸分子の量が検出不可であるまたは無視されるほ
ど十分に低い場合、明らかに単一種有するものと考えられるであろう。あるいは、絶対的
に単一種の集団は、1つ、また1種のみ有するであろう。
。基板は無孔であっても多孔質であってもよい。基板は、任意選択により、液体を取り込
むことができる(例えば多孔性のため)が、通常は、基板が、液体を取り込む際に実質的
に膨張せず、乾燥によって液体が除去される際に実質的に収縮することがないほど十分に
剛性であろう。無孔の固体支持体は、概して、液体またはガスに対して不浸透性である。
固体支持体は、任意選択により、ゲルを修飾するために用いられる化学反応に対し不活性
であってもよい。例えば、固体支持体は、本明細書に記載の方法において核酸などの検体
をゲルに付着させるために用いる化学反応に対して不活性であってもよい。代表的な固体
支持体として、これらに限定されないが、ガラスおよび変性または機能性ガラス、プラス
チック(アクリル樹脂、ポリスチレンならびにスチレンと他の材料、ポリプロピレン、ポ
リエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、Teflon(登録商標)、環状オレフィン
、ポリイミドなどとのコポリマーなど)、ナイロン、セラミック、樹脂、Zeonoa、
シリコンおよび変性シリコンなどのシリカまたはシリカ系材料、炭素、金属、無機ガラス
、光ファイバー束、ならびにポリマーが挙げられる。一部の実施形態に特に有用な固体支
持体は、フローセル装置内部に配置される。代表的なフローセルを、以下でさらに詳細に
記述する。
を有する固体支持体中の離散した凹状フィーチャーを指す。ウェルは、表面中のその開口
部に様々な形状のうちいずれかを有することができ、これらに限定されないが、円形、楕
円形、正方形、多角形、星形(任意の数の頂点を有する)などが挙げられる。表面に直交
して見たウェルの横断面は、曲線、正方形、多角形、双曲線、円錐形、角などがあっても
よい。
ことができる。
くとも1つの凹状フィーチャーを有し、該少なくとも1つの凹状フィーチャーはゲル材料
を含有し、該少なくとも1つの凹状フィーチャーは、表面上の少なくとも1つの間隙領域
に隣接し、また本開示は、ゲル材料中の検体ライブラリーを提供するものであり、各ウェ
ル中のゲル材料は、ライブラリーの検体を単一種含む。
に応じて、本開示は、表面を有する固体支持体を含むアレイを提供し、該表面は、複数の
ウェルを有し、該ウェルは、ゲル材料を含有し、該ウェルは、表面上の間隙領域によって
互いに分離され、該間隙領域は、各ウェル中のゲル材料を他の複数のウェル中のゲル材料
から隔離するものであり、また本開示は、ゲル材料中の標的核酸のライブラリーを提供す
るが、各ウェル中のゲル材料は、ライブラリーの標的核酸を単一種含む。
、上記の定義、下記の実施例またはすぐ後に記述する様々な材料のうちいずれかで作製さ
れ得る。特に有用な材料はガラスである。その他の好適な基板材料は、ポリマー材料、プ
ラスチック、シリコン、石英(溶融シリカ)、ボロフロートガラス、シリカ、シリカ系材
料、炭素、金属、光ファイバーまたは光ファイバー束、サファイア、またはCOCおよび
エポキシ樹脂などのプラスチック材料を含むことができる。特定の材料を、特定の使用に
望まれる特性に基づいて選択することができる。例えば、所望の波長の放射線に透明な材
料は、所望の波長の放射線を利用する分析法、例えば本明細書に記載の1つ以上の技法に
有用である。反対に、特定の波長の放射線を通過しない(例えば不透明、吸収性または反
射性である)材料を選択することが望ましいこともある。これは、本明細書に記載の方法
など、構造化基板の製造中に使用する、または本明細書に記載のものなど、構造化基板を
使用して実施する化学反応もしくは分析的検出に使用する、マスクの形成に有用であり得
る。活用できる材料の他の特性は、本明細書に記載のものなど、下流プロセスにおいて使
用する特定の試薬に対する不活性もしくは反応性であり、または本明細書に記載のものな
ど、製造工程中の操作の容易さもしくは低コストである。本開示の構造化基板または方法
において使用できる材料のさらなる例は、参照により本明細書にそれぞれ組み込まれる米
国特許出願第13/661524号および米国特許出願第2012/0316086号に
記載されている。
-ゲルベースのパターン成形は、例えば、スピンコーティング、ディッピングまたは吹き
付けコーティングによって、ガラス、シリコン、プラスチック、金属などの剛性または可
撓性基板をゾル-ゲルコーティング剤でコーティングすることによって実現できる。ゾル
-ゲルは、基板に適用されるときに液体状態で供給され得、ゾル-ゲルを光または熱に晒
すことによって硬化することができる(液体をゲルにすることができる)光開始剤または
熱開始剤のいずれかを含有することができる。基板をゾル-ゲルでコーティングした後に
続いて、材料を硬化する前、ゾル-ゲルを、単一または複数の隆起型フィーチャーを有す
る鋳型(三次元のスタンプ)で刻印付けすることができる。鋳型は、例えば、シリコン、
ガラス(石英など)、金属(ニッケルなど)、プラスチックまたはポリマー(PDMSな
ど)で作製されているものでよい。ゾル-ゲルへのスタンプの刻印付けは、鋳型をゾル-
ゲルと接触するように配置することによって実現できる。鋳型がゾル-ゲルと接触すると
、ゾル-ゲルは、再分配して、等角的に鋳型の構造を囲む。鋳型がゾル-ゲルと接触する
と、外力が鋳型または基板にかかることによって、またはパターン化鋳型の性質に固有の
毛管力によって、ゾル-ゲルの再分配が促進され得る。鋳型がゾル-ゲルと接触すると、
基板+ゾル-ゲル+鋳型のスタックが光または熱に曝露されてゾル-ゲルを硬化し、元々
鋳型中にあったパターンをゾル-ゲル中に固定できる。このパターン成形法は、従来より
、ナノインプリントリソグラフィーと呼ばれている。ゾル-ゲルの硬化後、鋳型は、基板
+ゾル-ゲルのスタックから分離でき、この鋳型は廃棄してもよいが、別の未硬化ゾル-
ゲルでコーティングした基板をパターン化成形するために再利用してもよい。硬化済みの
パターン化ゾル-ゲルを有する基板は、次いで化学蒸着法にかけることができる、または
純ガラス様の表面が望まれる場合は、基板+パターン化ゾル-ゲルのスタックを、ゾル-
ゲル中に元々存在していた有機材料を除去する熱工程(焼結)にかけることができる。こ
れは必要条件ではないが、基板を特定の化学的付加スキームにおいてメリットのある純S
iO2材料にすることができる。
pasなど)などのプラスチック材料を使用し、熱エンボス加工を実施して圧痕アレイを
作るものである。この方法は、ナノインプリントリソグラフィーに似ている。プラスチッ
クの基板を、温度制御できるチャックの上にマウントしてもよい。次いで、プラスチック
基板を、プラスチックの外板がガラス転移温度を上回る温度まで加熱することができる。
基板が高温にある間、鋳型を鋳型(例えば、石英、シリコン、ポリマーの、または金属の
もの)と密接させる。鋳型は、典型的には、プラスチックが等角的に構造化鋳型をコーテ
ィングすることを確実にするために、外力が加えられる。高温で接触する間、プラスチッ
クはそれ自体が再分配し、鋳型のネガティブレプリカとなり、例えば鋳型がポストアレイ
を有すると、エンボス加工したプラスチックはウェルのアレイになる。鋳型がプラスチッ
ク基板と接触する間、基板の温度は低減し、したがってエンボス加工したパターンが基板
中に固定される。
基板上の形状の観点から、フィーチャーは、湾曲側面、線状側面、隅部またはこれらの組
み合わせを有することができる。例えば、フィーチャーは、円形、楕円形、正方形、多角
形、星形(任意の数の頂点を有する)、または不規則な形状の開口部を表面に有するウェ
ルであってもよい。フィーチャーは、チャンネルであってもよく、表面上のチャンネルの
形状は、湾曲、線状、角のある、またはこれらの組み合わせの側面を含むことができる。
その他のチャンネルフィーチャーは、線状、ヘビ状、長方形、正方形、三角形、円形、楕
円形、双曲線状、またはこれらの組み合わせであることができる。チャンネルは、1つ以
上の分岐または隅部を有することができる。チャンネルは、表面上の2点をつなぐことが
でき、その片方がまたは両方ともが基板の端部であってもよい。図3Bおよび図3Cは、
ブルズアイ基準の範囲内およびその周囲のウェルと共に、ブルズアイ基準中の代表的なチ
ャンネルフィーチャーを示す。
の組み合わせの壁を有していてもよい。したがって、横断面の形状は、円形もしくは楕円
形の一部(例えばU字形)であってもよく、または隅部で合わさる2つ以上の線状側面(
例えば、V字形、正方形、多角形、または星形)を有していてもよい。横断面の形状の観
点から、凹状フィーチャーの底部は狭くなっていても、広がっていても、表面上の開口部
と概ね同じでもよい。これらの横断面の形状を、凹状フィーチャーがウェルであり、ウェ
ルが円筒断面を有するとき、表面にある開口部がウェルの底部と概して同じ面積であり、
一方でウェルが円錐断面を有するとき、ウェルの底部が、表面上の開口部の面積とは異な
る(通常は小さくなる)場合について説明することができる。当然ながら、横断面は、ウ
ェルについて説明したが、チャンネルにも該当し得る。
とができる任意の体積を有することができる。最小または最大の体積は、例えば、基板の
下流使用に適した、スループット(例えば、多重度)、解像度、検体組成、または検体反
応性に対応するように選択することができる。例えば、体積は、少なくとも1×10-3
μm3、1×10-2μm3、0.1μm3、1μm3、10μm3、100μm3以上
でよい。あるいは、または追加的には、この体積は、最大1×104μm3、1×103
μm3、100μm3、10μm3、1μm3、0.1μm3以下でもよい。ゲル材料は
、全体積または一部の体積のウェルを満たすことができることを理解されたい。個々のウ
ェル中のゲルの体積は、上記で指定した値より大きくても、小さくても、またはこれらの
値の間であってもよい。
に基づいて選択してもよい。例えば、表面上の各ウェル開口部の面積は、少なくとも1×
10-3μm2、1×10-2μm2、0.1μm2、1μm2、10μm2、100μ
m2以上でよい。あるいは、または追加的には、この面積は、最大1×103μm2、1
00μm2、10μm2、1μm2、0.1μm2、1×10-2μm2以下でもよい。
各ウェルの深さは、少なくとも0.1μm、1μm、10μm、100μm以上でもよい
。あるいは、または追加的には、この深さは、最大1×103μm、100μm、10μ
m、1μm、0.1μm以下でもよい。
ルまたは他の凹状フィーチャーのレイアウトが想定され得る。例えば、ウェルは、最密充
填および密度の改善のために六角格子中に配置してもよい。その他のレイアウトには、例
えば、直線(すなわち長方形の)レイアウト、三角形レイアウトなどを挙げることができ
る。特定のレイアウト、およびドメインの異なる(使用する場合)レイアウト間の差異は
、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第7813013号および/または米国特
許出願第13/267565号の各教示に従ったものでもよい。様々な結晶パターンまた
は非結晶パターンのいずれかが有用となり得る。
特徴付けることができる。パターンは、平均ピッチ前後の変動係数が小さくなるように規
則的であってもよく、またはパターンは、変動係数が相対的に大きくなる不規則なもので
あってもよい。どちらの場合でも、平均ピッチは、例えば、少なくとも10nm、0.1
μm、0.5μm、1μm、5μm、10μm、100μm以上であってもよい。あるい
は、または追加的には、平均ピッチは、例えば、最大100μm、10μm、5μm、1
μm、0.5μm、0.1μm以下でもよい。当然ながら、ウェルの特定のパターンでの
平均ピッチは、上記の範囲から選択される最小値の1つと最大値の1つとの間であっても
よい。
を基準にして特徴付けることもできる。例えば、ウェルは、約2百万/mm2の密度で存
在してもよい。本明細書に記載の製造方法によれば、密度は、例えば少なくとも100/
mm2、1000/mm2、100000/mm2、1000000/mm2、2000
000/mm2、5000000/mm2以上の密度など、異なる密度に容易に調整でき
る。あるいは、または追加的には、この密度は、5000000/mm2以下、2000
000/mm2、1000000/mm2、100000/mm2、1000/mm2、
100/mm2以下に調整してもよい。当然ながら、基板上のウェルの密度は、上記の範
囲から選択される最小値の1つと最大値の1つとの間であってもよい。
材料を液体状態の固体支持体に供給し、次いでゲルに変換される。重合性材料の例として
、これらに限定されないが、アクリルアミド、メタクリルアミド、ヒドロキシエチルメタ
クリレート、N-ビニルピロリジノンまたはこれらの誘導体が挙げられる。このような材
料は、ヒドロゲルを調製する上で有用である。一部の実施形態では、重合性材料は、コポ
リマーを形成する2つ以上の異なる種の化合物を含むことができる。例えば、アクリルア
ミド、メタクリルアミド、ヒドロキシエチルメタクリレート、N-ビニルピロリジノンま
たはこれらの誘導体のうち2つ以上の異なる種は、重合によりコポリマーヒドロゲルを形
成するコモノマーとして機能することができる。有用なヒドロゲルは、これらに限定され
ないが、シラン非含有アクリルアミド(SFA)ポリマー(参照により本明細書に組み込
まれる米国特許出願公開第2011/0059865号を参照)、ポリ(N-(5-アジ
ドアセトアミジルペンチル)アクリルアミド-コ-アクリルアミド)(PAZAM、参照
により本明細書に組み込まれる米国仮特許出願第61/753833号を参照)、例えば
、WO00/31148(参照により本明細書に組み込まれる)に記載のアクリルアミド
およびアクリル酸もしくはビニル基を含有するアクリル酸から形成されるポリアクリルア
ミドポリマー、例えば、WO01/01143もしくはWO03/014392(それぞ
れ、参照により本明細書に組み込まれる)に記載の、[2+2]光付加環化反応を形成す
るモノマーから形成されるポリアクリルアミドポリマー、または米国特許第646517
8号、WO01/62982もしくはWO00/53812(それぞれ、参照により本明
細書に組み込まれる)に記載のポリアクリルアミドコポリマーを含む。これらのゲル材料
の化学的に処理した変異体、例えば対応する反応性基を有するオリゴヌクレオチドと反応
させた化学的に処理したSFA(例えば5’-または3’-アルキニル修飾オリゴヌクレ
オチドと反応するアジド-SFAを生成するSFAのアジドリシス)も有用である。代表
的なヒドロゲルおよびヒドロゲルを形成するために使用できる重合性材料は、例えば、そ
れぞれ参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願第61/753833号または米
国特許出願公開第2011/0059865号に記載されている。その他の有用なゲルは
、液体からゼラチン状への温度依存性変化によって形成されるものである。例えば、これ
らに限定されないが、寒天、アガロース、またはゼラチンが挙げられる。
共有結合することができる。例えば、PAZAMは、表面物質および参照により本明細書
に組み込まれる米国特許出願第61/753833号および本明細書の実施例の項に記載
の他の試薬を使用して表面に共有結合することができる。しかし、ゲル材料は、以下の実
施例の項のSFAについて実証されるように、ウェルまたは他の凹状フィーチャーに必ず
しも共有結合しなくてもよい。
もよい。本開示のゲル含有基板は、検体の検出または検体との合成反応の実施に特に有用
である。したがって、検出、特徴付け、修飾、合成などが実施される様々な任意の検体が
、本明細書に記載の基板のゲル材料中またはゲル材料上に存在することができる。代表的
な検体には、これらに限定されないが、核酸(例えばDNA、RNAまたはこれらの類似
体)、タンパク質、多糖、細胞、抗体、エピトープ、レセプター、リガンド、酵素(例え
ばキナーゼ、ホスファターゼまたはポリメラーゼ)、小分子薬剤候補などが挙げられる。
構造化基板は、検体のライブラリーからの複数の異なる種を含むことができる。例えば、
種は、抗体ライブラリーからの種々の抗体、核酸のライブラリーからの異なる配列を有す
る核酸、タンパク質のライブラリーからの異なる構造および/または機能を有するタンパ
ク質、小分子などの組み合わせライブラリーからの薬剤候補であってもよい。
ができる。例えば、各検体の単一分子は、構造化基板の各ゲル含有ウェル中に存在するこ
とができる。あるいは、検体は、コロニーまたは集団として存在し得、その結果、個々の
分子は必ずしも溶解されない。コロニーまたは集団は、(複数のコピーだが)単一種のみ
の検体の含有に対して均一であることができる。核酸を例にすると、構造化基板上の各ウ
ェルは、核酸のコロニーまたは集団を含むことができ、コロニーまたは集団中の核酸はす
べて、同じヌクレオチド配列(一本鎖または二本鎖のいずれか)を有することができる。
このようなコロニーは、本明細書中の別の箇所でさらに詳細に記載するクラスター増幅ま
たはブリッジ増幅によって作製され得る。標的配列の多重反復、例えばローリングサーク
ル増幅手法を用いて作製されるコンカテマーは、核酸単一分子中に存在できる。したがっ
て、構造化基板上の各ウェル中のゲル材料は、単一種の検体の複数のコピーを含有しても
よい。あるいは、ウェル中の検体のコロニーまたは集団は2つ以上の異なる種を含むこと
ができる。例えば、構造化基板上の1つ以上のウェルはそれぞれ、2種以上の異なる核酸
種(すなわち、異なる配列を有する核酸分子)を有する混合コロニーを含有することがで
きる。混合コロニー中の2種以上の核酸種は、無視できない量で存在し得、例えば、混合
コロニー中の複数の核酸を検出することを可能にする。
よい。核酸をゲルに付着させるための代表的な方法および反応物質は、例えば、それぞれ
参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2011/0059865号また
は米国仮特許出願第61/753833号に記載されている。検体は、核酸であってもよ
く、核酸は、その長さ上にあるその3’酸素、5’酸素、またはその他の位置を介して、
例えば3’末端ヌクレオチドの塩基部分、5’ヌクレオチドの塩基部分、および/または
分子中の別の箇所にある1つ以上の塩基部分を介して、ゲルに付着することができる。非
共有様式の付着は、例えば、核酸およびゲル間のイオン相互作用、ゲルの孔内部の核酸の
取り込み、タンパク質間相互作用、ゲルおよび/または核酸上のレセプターおよびリガン
ド間の結合、ならびにその他の公知の様式を含む。
その後、ゲル材料を間隙領域から除去する。したがって、ゲル材料は、間隙領域に存在し
、間隙領域にあるゲル材料は、1種以上の異なる検体に付着することができる。あるいは
、間隙領域からゲル材料を除去した後に、検体を凹状フィーチャー中のゲル材料に加える
。
法およびその使用方法は、それぞれ参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開
第2010/0111768号または同第2012/0270305号、またはWO05
/065814に記載されている。フローセルは、本開示の方法によって作製されるアレ
イを収容するのに好都合なフォーマットを設け、合成時解読(SBS)またはサイクル中
で試薬の繰り返し送達を要するその他の技法(例えば、反復ステップまたは循環ステップ
を有する合成法または検出法)にかける。代表的な検出法は、以下でさらに詳細に記載す
る。
一の表面のみにゲル含有凹状フィーチャー(例えばウェル)があるような多重表面を有す
る容器を使用してもよい。あるいは容器中に存在する2つ以上の表面にゲル含有凹状フィ
ーチャーがあってもよい。フローセルの1つ以上の表面を選択的に検出することができる
。例えば、フローセル内部の向かい合う表面を、共焦点法などの当技術分野において公知
の方法を用いて、集束放射によって選択的に対処することができる。有用な共焦点法およ
び容器(例えばフローセル)の多重表面に放射線を選択的に向かわせる装置は、例えば、
それぞれ参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2009/027291
4号または米国特許第8039817号に記載されている。
体を設けるステップであって、該平面が1つ以上の凹状フィーチャーによって断続され、
該1つ以上の凹状フィーチャーが平面上の1つ以上の間隙領域に隣接するステップと、(
b)固体支持体の少なくとも一部をゲル材料でコーティングするステップであって、該一
部が少なくとも1つの凹状フィーチャーおよび少なくとも1つの間隙領域を含むステップ
と、(c)平面を研磨して、ゲル材料を少なくとも1つの間隙領域から除去し、少なくと
も1つの凹状フィーチャー中にゲル材料を保持するステップとを含むことができる。
を有するように製造することができる。多くの実施形態では、凹状フィーチャーは、ナノ
メートルまたはマイクロメートルの寸法の配列上にある小型のものであるであろう。この
ような場合、ナノ加工法またはマイクロ加工法を使用できる。これらの技法の例は、以下
の実施例2など、本明細書中の別の箇所に記載されている。さらなる代表的なナノ加工法
およびマイクロ加工法の技法は、それぞれ参照により本明細書に組み込まれる米国特許出
願第13/661524号および米国特許出願公開第2012/0316086号に記載
されている。
は次いでゲル材料を生成する液体でコーティングすることができる。従来の手法の例は、
スピンコーティング、ディッピング、陽圧もしくは陰圧下のゲルの流れ、または参照によ
り本明細書に組み込まれる米国仮特許出願第61/753833号に記載の技法を用いた
、予め生成しておいたPAZAMによる基板のコーティングである。予め生成しておいた
PAZAMによるウェルのアレイのコーティングは、以下の実施例3で実証している。次
いでゲル材料を生成する液体を適用する例として、液体状態のシラン非含有アクリルアミ
ドおよびN-[5-(2-ブロモアセチル)アミノペンチル]アクリルアミド(BRAP
A)によるウェルアレイのコーティングがあり、試薬を表面上で重合させることによって
ゲルを生成させる。このような方法によるアレイのコーティングは、以下の実施例1で示
し、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2011/0059865号
に記載の化学試薬および手法を使用することができる。一部の実施形態では、例えば、ウ
ェル含有基板を予め生成しておいたゲル材料に浸すと、ゲル材料がウェルを選択的に満た
すことができ、研磨の必要をなくすことができる。
体をゲルに添加しても(すなわち、ゲルがその前駆試薬から生成された後)、検体をゲル
生成試薬溶液に添加してもよい(すなわち、ゲル生成前)。一部の実施形態では、ゲル生
成前に種々の検体を添加して、ゲル生成後にその他を添加してもよい。一実施例において
、プライマー核酸をゲル生成溶液に添加し、次いで溶液をゲル生成させる(例えば、SF
AおよびPAZAMで起きた重合によって)。ゲル生成は、固体支持体上で発生してもよ
く、またはゲルを予め生成し、次いで固体支持体上にコーティングしてもよい。どちらの
方法でも、プライマーは、ウェルなどの凹状フィーチャー中に存在するゲルに付着するで
あろう。次いで、プライマーに補完的な標的核酸を、プライマー含有ゲルに添加し、その
結果、ゲル材料が固体支持体上にコーティングされた後で、(ハイブリダイゼーションを
介して)標的核酸をゲルに付着させることができる。標的核酸のハイブリダイゼーション
は、研磨ステップが実施された後に、任意選択により生じ得る(研磨については、以下で
さらに詳細に記載する)。先行の実施例は、構造化基板の異なる製造段階で、核酸(プラ
イマーまたは標的のいずれかとして機能する)をゲルに添加するいくつかの事例を記載し
ている。
に存在する)プライマー核酸を、鋳型核酸の捕捉および/または増幅のために使用するこ
とができる。プライマーは、ライブラリー中の種々の標的核酸に付着するユニバーサルア
ダプター配列にハイブリダイズするユニバーサルプライマーであってもよい(すなわち、
各標的核酸は、ライブラリー中の他の標的核酸とは異なる標的領域を含み、ライブラリー
中のいくつかの標的核酸は、同じユニバーサルアダプター配列を有する)。一部の実施形
態では、標的核酸はゲル材料に付着させることができ、プライマー(溶液中のもの、また
はゲルに付着したもののいずれも)を使用して付着した標的核酸を増幅することができる
(すなわち、標的核酸は、増幅の鋳型として働くことができる)。
な技法には、これらに限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、ローリングサ
ークル増幅法(RCA)、多置換増幅法(MDA)、またはランダムプライム増幅法(R
PA)が挙げられる。特定の実施形態では、増幅に使用される1つ以上のプライマーをゲ
ル材料に付着させることができる。PCR実施形態では、増幅に使用される片方または両
方のプライマーをゲル材料に付着させることができる。2種の付着プライマーを利用する
フォーマットは、ブリッジ増幅と呼ばれることが多いが、その理由は、二本鎖のアンプリ
コンが、コピーされた鋳型配列の側面に位置する2つの付着プライマー間にブリッジ様構
造を形成するためである。ブリッジ増幅に使用できる代表的な試薬および条件は、例えば
、それぞれ参照により本明細書に組み込まれる米国特許第5641658号、米国特許公
開第2002/0055100号、米国特許第7115400号、米国特許公開第200
4/0096853号、米国特許公開第2004/0002090号、米国特許公開第2
007/0128624号、および米国特許公開第2008/0009420号に記載さ
れている。PCR増幅は、ゲル材料に付着している増幅プライマーおよび溶液中の第2の
プライマーのうち1つを用いて実施することもできる。一固相付着プライマーと液相プラ
イマーとの組み合わせを使用する代表的なフォーマットは、例えば、それぞれ参照により
本明細書に組み込まれるDressmanら、Proc.Natl.Acad.Sci.
USA100:8817~8822(2003)、WO05/010145、または米国
特許公開第2005/0130173号もしくは同第2005/0064460号に記載
のエマルションPCRである。エマルションPCRは、フォーマットの実例であり、本明
細書に記載の方法を目的として、エマルションの使用が任意選択によるものであり、実際
にいくつかの実施形態ではエマルションは使用されていないことを理解されたい。さらに
、プライマーは、ePCRリファレンスに記載の固体支持体に直接付着する必要はなく、
むしろ本明細書に記載のゲル材料に付着させることができる。一部の固相PCRまたはブ
リッジ増幅フォーマットでは、標的核酸は、ゲル材料に付着でき、増幅の鋳型として使用
することができる。
リコンを生成するRCA反応および原理において使用することができる代表的な成分は、
例えば、それぞれ参照により本明細書に組み込まれるLizardiら、Nat.Gen
et.19:225~232(1998)および米国特許出願公開第2007/0099
208号に記載されている。RCAに使用されるプライマーは、溶液中にあってもゲル材
料に付着していてもよい。
つかの基本原理および有用な条件を、例えば、それぞれ参照により本明細書に組み込まれ
るDeanら、Proc Natl.Acad.Sci.USA 99:5261~66
(2002);Lageら、Genome Research 13:294~307(
2003);Walkerら、Molecular Methods for Viru
s Detection、Academic Press,Inc.、1995;Wal
kerら、Nucl.Acids Res.20:1691~96(1992);米国特
許第5455166号;同第5130238号;および同第6214587号に記載され
ている。MDAに使用するプライマーは、溶液中にあってもゲル材料に付着していてもよ
い。
例えば、RCAおよびMDAを組み合わせて使用してもよく、RCAは、(例えば液相プ
ライマーを使用して)溶液中にコンカテマーのアンプリコンを生じるために使用する。次
いで、ゲル材料に付着しているプライマーを使用するMDAのために、アンプリコンを鋳
型として使用することができる。この例では、RCAおよびMDAを組み合わせたステッ
プの後に生成されたアンプリコンは、ゲル材料に付着するであろう。アンプリコンは、一
般的に、標的ヌクレオチド配列のコンカテマー反復を含有するであろう。
成するために使用することができる。ウェルなどの個々のフィーチャーは、RCAによっ
て生成されるものなどの単一分子コンカテマーの形態またはブリッジPCRによって生成
されるものなどの同じ配列を持つ多数の核酸分子の形態のヌクレオチド配列のクローン集
団を有することができる。一般的に、増幅した標的のコピーをいくつか有する核酸は、ゲ
ル材料に付着するであろう。
が第1の標的核酸由来のアンプリコンで占有され、また第2の標的核酸または増幅中に生
じた自然突然変異由来の汚染アンプリコンが低レベルで占有し得る。アレイは、十分低レ
ベルの汚染アンプリコンを有する1つ以上の増幅位置を有することがあり、これによって
後続するアレイの使用に許容できない衝撃を与えることがある。例えば、アレイを検出用
途に使用する場合、許容可能なレベルの汚染は、検出技法の信号対雑音または解像度に許
容できないやり方で衝撃を与えることがないレベルと思われる。これに応じて、明白なク
ローン性は、一般的に、本明細書に記載の方法によって作製されたアレイの特定の使用ま
たは用途に関連するであろう。特定の用途向けの個々のウェルまたは他のフィーチャーで
許容され得る代表的な汚染レベルは、これらに限定されないが、最大0.1%、0.5%
、1%、5%、10%または25%の汚染アンプリコンを含む。アレイは、これらの代表
的な汚染レベルのアンプリコンを有する1つ以上ウェルまたは他のフィーチャーを含むこ
とができる。例えば、アレイ中の最大5%、10%、25%、50%、75%、または1
00%のフィーチャーが、いくらかの汚染アンプリコンを有し得る。
上記の通り、核酸などの検体をゲル材料に付着させるステップは、構造化基板の様々な異
なる製造段階で実施することができる。したがって、検体をゲル材料に付着させる前また
はその後でゲル材料を固体支持体に付着させることができる。ゲル材料の固体支持体への
付着は、任意の有用な化学反応、例えば限定されないが、参照により本明細書に組み込ま
れる米国仮特許出願第61/753833号に記載のもの、または以下の実施例3で実証
されているものを使用して実施することができる。固体支持体へのゲル材料の共有結合は
、必ずしもすべての実施形態におけるものではないことを理解されたい。したがって、後
続するゲルコーティング支持体を研磨するステップまたは研磨した基板を使用するステッ
プは、任意選択によるものであり必須ではないが、ウェルなどの凹状フィーチャーに共有
結合しているゲル材料を有する基板に対して実施することができる。
とができる。固体支持体上にコーティングされているゲル材料は、様々な技法のいずれか
を使用して、間隙領域から選択的に除去することができる。例えば、ゲル材料は、機械的
研磨法によって、凹状フィーチャーおよび間隙領域を有する固体支持体から除去できる。
機械的研磨は、固体支持体の表面に研磨力を加えることによって実施することができる。
代表的な方法は、ビーズのスラリーによる研磨、シートまたは布を用いたワイピング、擦
過などを含む。研磨の一例は、3μmのシリカビーズスラリー(水中10%w/v)でコ
ーティングされたリントフリー(クリーンルーム級)ワイプを使用して格子間のゲルを除
去することを含む。ポリッシングホイール/グラインダーをこのスラリーと共に使用して
もよい。機械的研磨はまた、流体ジェットまたは空気ジェットを使用して実現でき、間隙
領域からゲルを除去する。
kovら、Russian Journal of Applied Chemistr
y、75:1039~1050(2002);Caulfieldら、Polym.44
:1331~1337(2003);およびCaulfieldら、Chem.Rev.
102:3067~3083(2002)に記載の過酸化ベンゾイルまたは希釈過酸化水
素に曝露することを介する)などの化学的研磨を要することがある。
イド懸濁液を含有する化学的スラリーを使用して機械的に剥離し、次いで間隙領域から離
れた部分のゲル材料を化学的に溶解する。間隙領域を研磨または掃除する他の方法には、
接着ベースの技法、例えば、ゲル材料と親和性がある剛性平面接着膜を表面上に被覆し、
これによって(例えば化学結合を介して)間隙領域中のゲル材料と密接させる技法が挙げ
られる。この接着膜の機械的除去/剥離は、間隙領域からゲル材料を機械的に除去させる
が、同時に凹状フィーチャー中のゲル材料を残留させるであろう。
ら除去することができる。水で湿ったワットマンワイプを酸化アルミニウム(約100m
g、0.3um)またはスチールビーズに塗り込んでもよい。次いで、均一な圧力を用い
て、形成したスラリーを固体支持体の表面上の小さい同心円中に擦り込んでもよい。次い
で清浄な水で湿ったワットマンワイプを使用して、表面上のスラリーを除去することがで
きる。ゲル材料を間隙領域から除去するための、本明細書に例示された機械的および化学
的研磨法を使用して、ゲル材料が除去されていようとなかろうと、間隙領域でゲル材料を
不活性化させることもできる。例えば、ゲル材料は、核酸などの検体に付着する能力につ
いて、または核酸の増幅を助長する能力について不活性化することができる。
該ウェルがゲル材料を含有し、該ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分かれており
、該間隙領域が各ウェル中のゲル材料を他の複数のウェル中のゲル材料から隔離するステ
ップと、(b)標的核酸のライブラリーを固体支持体のウェルに送達し、各ウェル中のゲ
ル材料に付着している単一種の標的核酸を有するウェルのアレイを作製するステップであ
って、アレイ中の異なるウェルがライブラリー由来の異なる標的核酸種を有するステップ
と、(c)アレイのウェル中のゲル材料に付着している標的核酸を増幅し、アレイの各ウ
ェルで個々の標的核酸のクローン集団を作製するステップとを含むことができる。
る検体を基板上の個別の位置に好都合に送達することによって、アレイを構成する利点を
もたらす。構造化基板は、それぞれの個々のゲル含有ウェル(または他の凹状フィーチャ
ー)で、基板と接触している検体混合物から単一検体を選択的に捕捉することを促進する
。構造化基板上のゲル含有ウェル(または他の凹状フィーチャー)のパターンおよび充填
効率は、検体密度および単一種の検体を有することを基準にしたときの各フィーチャーの
純度などの所望の特性を有するアレイを得るように調節することができる。例えば、高密
度のウェルは、アレイ上に高密度の検体を得るために使用され、反対に、低密度のウェル
は、アレイ上に低密度の検体を得るために使用される。あるいは、または追加的には、溶
液中の検体の濃度もしくは量を増やしてアレイ上に高密度の検体を得てもよく、または減
らしてアレイ上に低密度の検体を得てもよい。各ゲル含有ウェル(または他の凹状フィー
チャー)の検体の平均純度は、以下にさらに詳細に記載され、また実施例の項で実証され
る基板または検体を送達するための条件の特性を変更することによって調節することがで
きる。
節して、捕捉した検体の純度に影響させることができる。例えば、ウェルは、特定のタイ
プの単一検体のみを収容するゲル材料の面積または体積を有することができ、したがって
立体排除によって複数の検体分子が捕捉されるのを防止する、またはウェルに播種するの
を防止する。立体排除は、核酸などの大きな検体に特に有用であり得る。より具体的には
、ウェル(または他の凹状フィーチャー)は、基板上に播種される標的核酸の排除体積の
直径以下の面積を有するゲル表面を存在させることができる。標的核酸の排除体積および
その直径は、例えば、標的核酸の長さから決定することができる。核酸の排除体積および
排除体積の直径を求める方法は、例えば、それぞれ参照により本明細書に組み込まれる米
国特許第7785790号;Rybenkovら、Proc.Natl.Acad.Sc
i.U.S.A.90:5307~5311(1993);Zimmermanら、J.
Mol.Biol.222:599~620(1991);またはSobelら、Bio
polymers31:1559~1564(1991)に記載されている。立体排除の
条件は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願第13/661524号および
米国特許第7785790号に記載されており、本開示の構造化基板に容易に使用できる
。
された標的核酸の排除体積の直径より実質的に大きい面積を有するゲル表面を与え得るこ
とを理解されたい。したがって、フィーチャーの面積は、立体排除が起こらないほど十分
に大きい可能性がある。
は、増幅工程が始まる前に、固体支持体のゲル含有ウェル(または他の凹状フィーチャー
)に送達されてもよい。例えば、標的核酸は、基板中のゲル材料に標的核酸を播種する条
件下で、構造化基板に送達することができる。基板は、任意選択により、洗浄して、ゲル
に播種されない標的核酸ならびに後続の工程または基板の使用に不要な任意の他の材料を
除去することができる。増幅は、本明細書中で先に記載した1つ以上の技法を含むことが
できる。
他の凹状フィーチャー)に送達してもよく、増幅プロセスは播種事象と同時に起こり得る
。例えば、播種は、例えば参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願第61/71
5478号に記載される速度論的除外(kinetic exclusion)を活用す
る方式下で生じ得る。速度論的除外は、別の事象または作用が発生するのを効果的に遮断
するのに十分速い速度で作用が生じるときに起こり得る。ゲル含有ウェルのアレイの場合
、ウェルに、溶液からランダムに標的核酸が播種され、標的核酸のコピーが増幅作用で生
じ、各播種位置を容量いっぱいに満たすことができる。増幅速度が播種速度を超える条件
下で播種および増幅工程を同時に進めることができる。そのようなものとして、第1の標
的核酸が播種された位置で相対的に速い速度でコピーが作製され、これにより第2の核酸
が増幅位置に播種されるのを効果的に遮断する。同様に、速度論的除外は、後続する標的
核酸のコピーまたは第1のコピーを作製する相対的に速い速度に対して、標的核酸の第1
のコピーを作製する相対的に遅い速度を活用することができる。例えば、速度論的除外は
、後続のコピーが作製されてその位置を満たす相対的に速い速度に対し、ゲル含有ウェル
に播種した標的核酸の第1のコピーの形成における遅延(例えば遅延またはゆっくりな活
性化)によって起こり得る。この例では、個々のゲル含有ウェルは、いくつもの異なる標
的核酸によって播種されたものであってもよい(例えば、いくつもの標的核酸が、増幅前
に各位置に存在することができる)。しかし、どのような標的核酸であっても第1のコピ
ー形成はランダムに活性化され得、その結果、第1のコピー形成の平均速度は、後続のコ
ピーが生成される速度よりも相対的に遅くなる。この場合、個々のゲル含有ウェルに、い
くつかの異なる標的核酸が播種され得たが、速度論的除外により、これらの標的核酸のう
ち1種のみが増幅される。一般的に、ゲル含有ウェル(または他の凹状フィーチャー)は
、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願第61/715478号に記載の方法
における増幅およびアレイ構成の場所として機能し得る。
、検体を純粋な原料から個々のフィーチャーに離散的に送達してもよい。同様に、合成構
成要素の離散的送達によって、個々のフィーチャーで検体を合成してもよい(例えば、ヌ
クレオチド前駆体を連続的に送達して核酸を合成することができる)。純粋な検体または
検体をインサイチュで合成するための構成要素の代表的な送達方法は、これらに限定され
ないが、インクジェットアレイ位置決定法およびフォトリソグラフィーアレイ合成法が挙
げられる。有用なフォトリソグラフィー法は、GeneChip(登録商標)マイクロア
レイを製造するためにAffymetrix(Santa Clare,CA州)によっ
て商業ベースで利用されているもの、またはそれぞれ参照により本明細書に組み込まれる
米国特許第5324633号、同第5744305号、同第5624711号、同第60
22963号、同第6291183号、および同第6416949号に記載されているも
のを含む。また、インクジェット位置決定法、例えばSurePrint(登録商標)ア
レイを印刷するための、Agilent(Santa Clara、CA州)によって商
品化されているもの、またはそれぞれ参照により本明細書に組み込まれる米国特許第63
37393号、同第6419883号、同第6420180号または同第6689319
号に記載されているものも有用である。このような方法は、本開示のゲル含有フィーチャ
ーへの送達に誘導するように容易に変更できる。
わけではない。むしろ、一部の実施形態では、凹状フィーチャーは、いくつかの異なる種
の検体をその中のゲル中に含有し得る。例えば、図5のブルズアイ基準マーカーによって
実証される。基準マーカーは、2つの「明るい」リング形状のチャンネルを含み、これら
2つのチャンネルはそれぞれゲル材料を含有し、それぞれの明るいチャンネル中のゲル材
料は、複数の異なる核酸コロニーに付着する。明るいチャンネルの中の核酸コロニーは、
増幅手法において鋳型として機能するいくつかの異なる種の標的核酸を各リングに播種す
ることによって形成された。また、基準マーカーは、2つの「暗い」リング形状の領域も
含む。暗いリングは、間隔表面パターンによって構成されている。代表的なブルズアイは
、同心パターン中の暗いリングと明るいリングを交代にすることによって形成される。図
5の例において、構造化基板は、それぞれ一般的に単一の核酸標的物に由来するクローン
集団を含有するゲル含有ウェルをも含む。ウェルは、明るいリングと暗いリングとの間の
リング形状のバンド中に存在する。したがって、基準は、間隙リングの交互パターン、ウ
ェル含有バンドおよびチャンネルリングを有する。同じ増幅手法を使用して、ウェル中の
クローン性核酸コロニーおよび基準マーカー中の混合集団を同時に成長させた(以下の実
施例3を参照)。リングの交互パターンを有する基準の他の例を図3Bおよび図3Cに示
す。
体支持体を設けるステップであって、該平面が1つ以上の凹状フィーチャーによって断続
され、該凹状フィーチャーがゲル材料を含有し、1つ以上の凹状フィーチャーが平面上で
1つ以上の間隙領域に隣接し、該間隙領域が実質的にゲル材料を含まず、ゲル材料が標的
検体に付着する、またはこれを含有するステップと、(b)標的検体が特異的にプローブ
と相互作用する条件下で固体支持体をプローブと接触させるステップと、(c)固体支持
体を検出して、プローブの1つ以上と相互作用する少なくとも標的検体のサブセットを識
別するステップとを含むことができる。
。例えば、核酸を検出する方法は、(a)表面および核酸ライブラリーを有する固体支持
体を設けるステップであって、該表面は複数のウェルを有し、該ウェルはゲル材料を含有
し、該ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分けられ、該間隙領域が各ウェルのゲル
材料を他の複数のウェルのゲル材料から隔離し、ライブラリーのうち単一種の標的核酸が
各ウェルのゲル材料に付着するステップと、(b)固体支持体を、標的核酸に結合する少
なくとも1つのプローブと接触させるステップと、(c)固体支持体を検出して、少なく
とも1つのプローブに結合する標的核酸種を有するウェルを識別するステップとを含むこ
とができる。
することができる。核酸の特に望ましい使用法は、相補配列を有する標的核酸にハイブリ
ダイズする捕捉プローブとして働くことである。いったん捕捉プローブにハイブリダイズ
した標的核酸は、例えば、捕捉プローブに補充した標識によって検出することができる。
捕捉プローブに対するハイブリダイゼーションを介した標的核酸の検出法は、当技術分野
で知られており、例えば、それぞれ参照により本明細書に組み込まれる米国特許第758
2420号、同第6890741号、同第6913884号もしくは同第6355431
号または米国特許出願公開第2005/0053980号、同第2009/018634
9号もしくは同第2005/0181440号に記載されているものを含む。例えば、捕
捉プローブを、標識を持つ標的プローブにハイブリダイズすることによって、標識を捕捉
プローブに補充することができる。別の例では、標的プローブを捕捉プローブにハイブリ
ダイズさせて、その結果、標識オリゴヌクレオチドにライゲーションすることによって(
例えばリガーゼ活性によって)または標識ヌクレオチドを追加することによって(例えば
ポリメラーゼ活性によって)、捕捉プローブが延長できるようにして、標識を捕捉プロー
ブに補充することができる。
できる。簡潔に説明すると、SBSは、標的核酸を1つ以上の標識ヌクレオチド、DNA
ポリメラーゼなどと接触させることによって開始できる。標的核酸を鋳型として使用して
プライマーが伸長されるフィーチャーは、検出可能な標識ヌクレオチドを導入する。任意
選択により、標識ヌクレオチドは、可逆的終止(reversible termina
tion)特性をさらに含むことができ、これは、ヌクレオチドがプライマーに加えられ
たら、さらなるプライマー伸長を終止する特性である。例えば、可逆的終止部分を有する
ヌクレオチド類似体をプライマーに加え、これによって脱ブロック剤が送達されて該部分
を除去するまで、後続の伸長が生じ得なくすることができる。したがって、可逆的終止法
を利用する実施形態では、脱ブロック化薬剤をフローセルに送達してもよい(検出は前ま
たは後で行う)。種々の送達ステップ間で洗浄を実施してもよい。次いで、サイクルをn
回繰り返して、nヌクレオチド分、プライマーを伸長し、これにより長さnの配列を検出
することができる。代表的なSBS手法、流体系、および検出プラットフォームは、本開
示の方法によって製作されるアレイと共に使用する上で容易に適応させることができ、例
えば、それぞれ参照により本明細書に組み込まれるBentleyら、Nature45
6:53~59(2008)、WO04/018497、WO91/06678、WO0
7/123744、米国特許第7057026号、同第7329492号、同第7211
414号、同第7315019号または同第7405281号、および米国特許出願公開
第2008/0108082号に記載されている。
てもよい。パイロシーケンシングは、特定のヌクレオチドが新生核酸鎖に導入されると、
無機ピロリン酸塩(PPi)の放出を検出する(それぞれ参照により本明細書に組み込ま
れるRonaghiら、Analytical Biochemistry 242(1
)、84~9(1996);Ronaghi、Genome Res.11(1)、3~
11(2001);Ronaghiら、Science 281(5375)、363(
1998);米国特許第6210891号;同第6258568号および同第62743
20号)。パイロシーケンシングにおいて、放出されたPPiは、ATPスルフリラーゼ
によってアデノシン三リン酸(ATP)に変換することによって検出でき、生じたATP
はルシフェラーゼ発光光子を介して検出できる。したがって、シーケンシング反応は、ル
ミネセンス検出系を介してモニタリングすることができる。蛍光ベースの検出系に使用さ
れる励起放射線源は、パイロシーケンシング手法には必要ではない。有用な流体系、検出
器および手法は、本開示のアレイに対してパイロシーケンシングを適用するために使用で
き、例えば、それぞれ参照により本明細書に組み込まれるWIPO特許出願PCT/US
第11/57111号、米国特許出願公開第2005/0191698号、米国特許第7
595883号、および米国特許第7244559号に記載されている。
れるShendureら、Science 309:1728~1732(2005);
米国特許第5599675号;および米国特許第5750341号に記載されているもの
を含む。一部の実施形態は、例えば、それぞれ参照により本明細書に組み込まれるBai
nsら、Journal of Theoretical Biology 135(3
)、303-7(1988);Drmanacら、Nature Biotechnol
ogy 16、54~58(1998);Fodorら、Science251(499
5)、767~773(1995);およびWO1989/10977に記載のハイブリ
ダイゼーション時解読を含むことができる。ライゲーション時解読およびハイブリダイゼ
ーション時解読の両方において、ゲル含有ウェル(または他の凹状フィーチャー)中に存
在する核酸を、オリゴヌクレオチド送達および検出の繰り返しサイクルにかける。本明細
書に記載のまたは本明細書に列挙される文献中のSBS法のための流体系は、ライゲーシ
ョン時解読またはハイブリダイゼーション時解読のための試薬送達に容易に適応させるこ
とができる。典型的には、オリゴヌクレオチドを蛍光標識し、本明細書中のまたは本明細
書に列挙する文献中のSBS手法に関して記載されるものと同様の蛍光検出器を用いて検
出することができる。
を利用することができる。例えば、ヌクレオチドの取り込みは、フルオロフォア担持ポリ
メラーゼおよびγ-ホスフェート標識ヌクレオチド間の蛍光共鳴エネルギー移動(FRE
T)相互作用によって、またはzeromode waveguides法によって検出
できる。FRETベースのシークエンシングの技法および試薬は、例えば、開示が参照に
より本明細書に組み込まれるLeveneら、Science 299、682~686
(2003);Lundquistら、Opt.Lett.33、1026~1028(
2008);Korlachら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA105
、1176~1181(2008)に記載されている。
検出を含む。例えば、放出光子の検出に基づいたシークエンシングは、Ion Torr
ent(Guilford、CT州、Life Technologiesの子会社)か
ら市販されている電気的検出器および関連技術またはそれぞれが参照により本明細書に組
み込まれる米国特許出願公開第2009/0026082号;同第2009/01275
89号;同第2010/0137143号;または同第2010/0282617号に記
載のシークエンシングの方法および系を使用してもよい。特定の実施形態では、放出光子
を検出するために使用する電気的検出器を変更してウェルを含んでもよく、該ウェルは本
明細書に記載のゲル材料含有することができる。
配列決定法、例えばデジタルRNA配列決定法と呼ばれるものを利用して検出または定量
化することができる。RNA配列決定法は、当技術分野において知られている配列決定法
、例えば上記のものを用いて実施することができる。遺伝子発現は、ハイブリダイゼーシ
ョン法を用いて検出または定量化することもでき、これは、アレイに直接ハイブリダイズ
することによって、またはマルチプレックスアッセイを用いて実施することができ、その
生成物はアレイ上で検出される。本開示のアレイは、1つ以上の個体由来のゲノムDNA
サンプルの遺伝子型を決定するために使用することもできる。本開示のアレイ上で実施可
能な、アレイをベースとした発現および遺伝子型の解析のための代表的な方法は、それぞ
れ参照により本明細書に組み込まれる米国特許第7582420号、同第6890741
号、同第6913884号もしくは同第6355431号、または米国特許出願公開第2
005/0053980号、同第2009/0186349号もしくは同第2005/0
181440号に記載されている。
たが、ここで標的核酸の複数のコピーが各フィーチャーに存在し、一緒に検出される。代
替の実施形態では、単一核酸が、標的核酸またはそのアンプリコンのどちらでも、各フィ
ーチャーで検出され得る。例えば、ゲル含有ウェル(または他の凹状フィーチャー)は、
検出される標的ヌクレオチド配列を有する単一核酸分子を含有するように構成することが
できる。様々な単一分子検出法のうちのいずれかを使用することができ、例えば、解像度
を上げた位置で検出するように、またはより感受性の標識を使用するように、上記のアン
サンブル検出法を変更したものを含む。使用可能な他の単一分子検出法の例は、それぞれ
参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2011/0312529号、米
国特許出願第61/578684号、および米国特許出願第61/540714号に記載
されている。
も検出法に使用するわけではないことを理解されたい。むしろ、構造化基板は、核酸ライ
ブラリーを保存するために使用することができる。これに応じて、構造化基板は、その中
に核酸を保管する状態で保存することができる。例えば、核酸に付着するゲル含有ウェル
を有する基板は、乾燥状態、凍結状態(例えば液体窒素中)、または核酸を保護する溶液
中で保存してもよい。あるいは、または追加的には、構造化基板は、核酸ライブラリーを
複製するために使用することができる。例えば、核酸に付着するゲル含有ウェルを有する
基板は、アレイ上の1つ以上のウェルから複製アンプリコンを作製するために使用しても
よい。
ない。
この実施例は、シラン非含有アクリルアミド(SFA)でナノウェル基板をコーティン
グし、その後、チオホスフェートプライマーによりグラフト化し、ゲルグラフト化プライ
マーを相補的な蛍光オリゴヌクレオチドにハイブリダイズして、機能化手法の成功を裏付
けることを実証している。
n Diego、CA州)から入手した。チップは、シリコンまたはZeonor(Ze
on Corp.、日本、東京)で構成され、ピッチ1.5μmの六角形パターンに配置
された0.5μmのウェルを有するが、該ウェルはビーズを含有していなかった。以下に
記載するように、また図1に示すように、チップをゲルパッドでパターン化した。
によって酸素を除去した。チャンバ中のチップ上でSFAを重合した。SFAを生成する
試薬および重合の条件は、別に、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第
2011/0059865号に記載されていた。密封チャンバを、重合混合物をチップに
直接接触させて置くために使用し、SFAのフリーラジカル重合は空気不安定性の工程で
あるため、空気の完全除去を徹底した。重合後、米国特許出願公開第2011/0059
865号および以下に記載の通り、密封チャンバ中で、プライマーをSFAポリマーにグ
ラフト化した。プライマーを含有する溶液をポリマーコーティングしたBeadChip
sの表面全体にわたって展開し、次いで混合物を65℃で1.25時間インキュベートし
た(密封アセンブリ全体を大きなオーブン中に入れた)。
Aに示す。不連続なポリマー領域を作製するために、基板上のウェル間に位置している「
過剰」ポリマーを、蒸留水中の酸化アルミニウムナノ粒子(直径300nm)のスラリー
を使用した機械的な研磨法によって除去した。3ミクロンのシリカ粒子の10wt%スラ
リー(Kisker Biotech GmbH、Steinfurt、ドイツ)も使用
できる。糸くずの出ない光学ティッシュを使用してナノ粒子スラリーで表面を手でこすっ
た。スラリーおよびポリマー残骸を除去するために洗浄した後、蛍光標識したプローブの
溶液をチップにハイブリダイズした。蛍光顕微鏡を用いて撮影した画像は、この手法が、
間隙領域が空のポリマーフィーチャーを作製できたことを示した(図2、パネルB~C)
。
ととは対照的に、空間的に離散していたことを示す。また、これらの結果は、ナノ加工さ
れたウェルを有する基板上の非共有結合したゲル材料を使用してゲルパターン化が実現で
きることをも実証した。
複数の技法を使用して、次いでゲル材料をローディングすることができる構造化アレイ
を製造できる。
ってパターンを基板に導入することができる。基板/ウエハーの材料は、普通のシリコン
、ガラス、プラスチック、COCまたは構築可能な種々の材料のいずれかであってよい。
基板にパターン化を取り入れるための代表的な技法は、フォトリソグラフィー、ナノイン
プリントリソグラフィー、プラスチック/COCベースの材料への構造のエンボス、およ
びパターン化された構造を有するマスター型へのプラスチックまたはCOCの射出成形を
含む。フォトリソグラフィーをベースとした手法は、典型的には、フォトレジストの使用
を必要とし、ステッパーまたはマスクアライナーでパターン化され、放射線で曝露され、
これによりレチクル/フォトマスク上に存在するパターンをフォトレジストに移し、次い
でレジストを現像して、基板の上部に構造化膜(フォトレジスト)を得る。構造化レジス
トは、場合により、後続のゲルコーティングに使用できる最終基板である、またはレジス
ト中のパターンを、後続する処理によって、基板に移してもよい。後続する処理ステップ
は、典型的には、反応性エッチング(プラズマベースエッチング)またはウェットエッチ
ング(化学的に基づいた)方法を含む。パターンを基板に移す場合、パターン化フォトレ
ジストを次いで除去して、後続のゲルコーティングのためのパターン化基板を得る。クロ
ムまたはチタン(金属)などの犠牲材料膜をフォトレジスト下に使用することが望ましい
場合があり、先ずフォトレジストのパターンを金属膜に移し、次いでこの膜をハードマス
クとして使用することによって、パターンを基板に移す。パターンを基板に移した後、膜
を取り除き、したがって加工プロセスに対して犠牲的と考えられる。ナノインプリントリ
ソグラフィーを用いた場合、刷り込みフォトレジストが犠牲物質になり得、パターン化レ
ジストを基板に移す中間ツールとして同様に使用できる、または刷り込みレジストが後続
のコーティングステップへのインプットとして働くようにレジストのばらつきを使用でき
る。以下のパターン化を残すと思われるレジストの例は、ゾル-ゲルベースの材料であろ
う。
パターン化基板の画像を、様々な倍率レベルで、図3Bおよび図3Cに示す。
、本実施例の中で先に説明した1つ以上のナノ加工法を必要とし得る。そしてプロセスに
は、任意選択により、1つ以上の化学処理ステップ、例えば次いでシランを介してゲルポ
リマーを基板に結合させるシラン化処理を含まれ得る。次いで化学的/機械的研磨(CM
P)によって、基板の表面上の間隙ポリマーをすべて除去する。研磨工程は、トップダウ
ン様式で材料を除去し、基板中の構造化フィーチャーは、アレイの間隙領域の平面から効
果的にオフセットされるので、構造化フィーチャーを除く前に、研磨によって間隙からポ
リマーが除去される。研磨工程を最適時間経過後に止めれば、構造はポリマーコーティン
グを保持し、間隙領域にはポリマーは含まれなくなる。次いでパターン化ゲルパッド基板
をプライマーにグラフト化し、標的核酸をゲルパッドで播種し、標的核酸を、ゲルパッド
で核酸クラスターを作製するための鋳型として使用する。
この実施例は、ゲル含有ウェルのアレイの製造、ウェル中の核酸クラスターの増幅、お
よびクラスター中の核酸のシークエンシングを示す。
、深さ300nmのウェル)を、ナノインプリントリソグラフィーを用いて製造した。ア
ミノシラン(APTESまたはAPTMS)単層/多層を、化学蒸着法を用いて、基板の
表面全体に蒸着させた。次に、1mlのNHSアクリレート溶液を表面に添加し、それを
薄い硝子製のカバースリップで覆い、室温で1時間反応を進行させることによって、濃度
100mMのアクリル酸N-ヒドロキシスクシンイミドエステル(Aldrich PN
8060)のリン酸緩衝生理食塩水(pH7.4)を、アミノシラン表面と反応させた。
次いで、500μlの2wt%PAZAM水溶液を、新規に形成したアクリルアミド機能
化表面上にスピンコーティングすることによって、ポリマー(PAZAM)を表面に適用
した。PAZAMは、参照により本明細書に組み込まれる米国仮特許出願第61/753
833号に記載の通りに合成した。次いでPAZAMコーティングした基板を60℃で1
時間加熱した結果、ポリマーと表面との間に共有結合をもたらした。間隙の共有結合した
ポリマーは、10wt%の水中に3μmSiO2微粒子を溶かしたスラリーで表面を研磨
することによって除去した。Janeway表面(塩化アクリロイル+DIPEA(Me
CN中))を、上記の手法において、アミノシランでコーティングした表面の代わりに使
用してもよい。
記載の通り、パターン化ポリマー基板をプライマーにグラフト化した。次に、色素標識(
Cy5)したグラフト化プライマーの逆相補配列(reverse complimen
t)を、相補配列の濃度20μMで1XPBS緩衝液中の表面に曝露し、次いで表面を、
噴射ボトルを用いて、50mlの1PBS緩衝液で洗浄した。基板上の標識相補体を、C
y5スキャンチャンネルに設定し、PMT設定450を利用したFLA9500Typh
oon Imagerで画像化した。基板上の標識相補体は、高解像度顕微鏡によっても
画像化し、間隙にポリマー/プライマーが残っていないパターン化またはポリマー/プラ
イマーを示した(図4)。次いで基板にphiX DNAを播種し、参照により本明細書
に組み込まれる米国特許出願第61/715478号に記載の通り、クラスターが成長し
た。
c.、San Diego、CA州)上で配列決定した。パターン化シークエンシングク
ラスターの位置を取り出すアルゴリズム(剛体レジストレーション)を用いて、成功裏に
高品質のシークエンシング測定基準(sequencing metrics)を得た(
図5および図6)。シークエンシングの結果は、クローン性に対する占有率が、標準ポア
ソン分布で予測したものよりも驚くほど高かったことを示す。とりわけ、図7に「×」で
示した、実行したシークエンシングについて測定したクローン性に対する平均占有率は、
ポアソン曲線の境界の上にあり、理想的クローン率の直線に近づく。
の刊行物の開示は、その内容全体が、参照により本出願に組み込まれ、本発明が関わる最
新技術をより完全に説明する。
なく、任意の追加の要素もさらに包含することを意図する。
変更が可能であることを理解すべきである。したがって、本発明は、特許請求の範囲のみ
に限定される。
Claims (96)
- 表面を含む固体支持体であって、前記表面が複数のウェルを含み、前記ウェルがゲル材
料を含有し、前記ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分けられ、前記間隙領域が、
各ウェルのゲル材料を、他の複数のウェルのゲル材料から隔離する、固体支持体と、
ゲル材料中の標的核酸のライブラリーであって、各ウェルのゲル材料がライブラリーの
明白な単一種の標的核酸を含む、ライブラリーと
を含む、アレイ。 - 各ウェルの体積が最大1000μm3である、請求項1に記載のアレイ。
- 各ウェル中のゲルの体積が最大1000μm3である、請求項1に記載のアレイ。
- 各ウェルが、最大100μm2の開口部を表面に含む、請求項1に記載のアレイ。
- 複数のウェルが、繰り返しパターンを有するアレイを構成する、請求項1から4のいず
れか一項に記載のアレイ。 - パターン中のウェルが、5マイクロメートル以下のピッチを有する、請求項5に記載の
アレイ。 - 複数のウェルが、ランダムなパターンを有するアレイを構成する、請求項1から4のい
ずれか一項に記載のアレイ。 - ゲルが、ヒドロゲルを含む、請求項1から7のいずれか一項に記載のアレイ。
- ゲルが、SFAまたはPAZAMを含む、請求項1から7のいずれか一項に記載のアレ
イ。 - 各ウェル中のゲル材料が、ライブラリー中の単一種の標的核酸を含む、請求項1から9
のいずれか一項に記載のアレイ。 - 単一種の複数のコピーが、各ウェル中で核酸分子のクローン集団を構成する、請求項1
0に記載のアレイ。 - 単一種の複数のコピーが、核酸分子中でコンカテマー反復として存在する、請求項10
に記載のアレイ。 - 単一種が、単なる単一核酸分子として、各ウェル中に存在する、請求項1から10のい
ずれか一項に記載のアレイ。 - 単一核酸分子が、2本の相補鎖を含む、請求項13に記載のアレイ。
- 表面が、少なくとも1000個のウェル/mm2の密度を含む、請求項1から13のい
ずれか一項に記載のアレイ。 - ゲル材料が、ウェルの表面に共有結合する、請求項1から15のいずれか一項に記載の
アレイ。 - (a)平面を含む固体支持体を設けるステップであって、前記平面が1つ以上の凹状フ
ィーチャーによって断続され、前記1つ以上の凹状フィーチャーが、平面上の1つ以上の
間隙領域に隣接するステップと、
(b)固体支持体の少なくとも一部をゲル材料でコーティングするステップであって、
前記一部が少なくとも1つの凹状フィーチャーおよび少なくとも1つの間隙領域を含むス
テップと、
(c)平面を研磨し、ゲル材料を少なくとも1つの間隙領域から除去し、少なくとも1
つの凹状フィーチャー中にゲル材料を保持するステップと
を含む、基板を作製する方法。 - 凹状フィーチャーが、間隙領域に取り囲まれるウェルを含む、請求項17に記載の方法
。 - 各ウェルの体積が最大1000μm3である、請求項18に記載の方法。
- 各ウェル中のゲルの体積が最大1000μm3である、請求項18に記載の方法。
- 各ウェルが、表面中に最大100μm2の開口部を有する開口部を含む、請求項18に
記載の方法。 - ウェルが、繰り返しパターンを有するアレイを構成する、請求項18から21のいずれ
か一項に記載の方法。 - パターン中のウェルが、5μm以下のピッチを有する、請求項22に記載の方法。
- 複数のウェルが、ランダムなパターンを有するアレイを構成する、請求項18から22
のいずれか一項に記載の方法。 - 表面が、少なくとも1000個のウェル/mm2の密度を含む、請求項18から24の
いずれか一項に記載の方法。 - コーティングが、固体支持体を、予め生成しておいたゲル材料と接触させることを含む
、請求項17から24のいずれか一項に記載の方法。 - コーティングが、固体支持体を、次いでゲル材料を生成する液体と接触させることを含
む、請求項17から24のいずれか一項に記載の方法。 - ゲル材料が、ヒドロゲルを含む、請求項17から27のいずれか一項に記載の方法。
- ゲル材料が、SFAまたはPAZAMを含む、請求項17から27のいずれか一項に記
載の方法。 - ゲル材料が、核酸にさらに付着されている、請求項17から29のいずれか一項に記載
の方法。 - 核酸が、増幅用プライマーを含む、請求項30に記載の方法。
- 核酸が、鋳型核酸を含み、方法が、凹状フィーチャー中のゲル材料中の鋳型核酸を増幅
することをさらに含む、請求項30または31に記載の方法。 - 増幅が、鋳型核酸のコピーを複数作製し、核酸分子のクローン集団を形成する、請求項
32に記載の方法。 - 増幅が、鋳型核酸のコピーを複数作製して、核酸分子のコンカテマー反復を形成する、
請求項32に記載の方法。 - ゲル材料をウェルの表面に共有結合させることをさらに含む、請求項18から34のい
ずれか一項に記載の方法。 - 研磨が、ビーズのスラリーによる機械的な摩耗を含む、請求項17から35のいずれか
一項に記載の方法。 - 研磨が、固体支持体の表面を拭く、または擦ることによる機械的な摩耗を含む、請求項
17から36のいずれか一項に記載の方法。 - 研磨が、化学的研磨を含む、請求項17から37のいずれか一項に記載の方法。
- ゲル材料をタンパク質にさらに付着させる、請求項17から38のいずれか一項に記載
の方法。 - (a)表面を含む固体支持体を設けるステップであって、前記表面が複数のウェルを含
み、前記ウェルがゲル材料を含有し、前記ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分け
られ、前記間隙領域が、各ウェルのゲル材料を、他の複数のウェルのゲル材料から隔離す
る、ステップと、
(b)標的核酸のライブラリーを固体支持体のウェルに送達して、各ウェル中のゲル材
料に付着している単一種の標的核酸を有するウェルのアレイを製造するステップであって
、アレイ中の種々のウェルが、ライブラリーからの種々の標的核酸種を含むステップと、
(c)アレイのウェル中のゲル材料に付着している標的核酸を増幅して、アレイの各ウ
ェルで個々の標的核酸のクローン集団を生成するステップと
を含む、アレイを作製する方法。 - 各ウェル中のゲルの体積が最大1000μm3である、請求項40に記載の方法。
- 各ウェルが、表面中に最大100μm2の開口部を有する開口部を含む、請求項40に
記載の方法。 - 複数のウェルが、表面上に繰り返しパターンを構成する、請求項40に記載の方法。
- パターン中のウェルが、5μm以下のピッチを有する、請求項43に記載の方法。
- 複数のウェルが、表面上にランダムなパターンを構成する、請求項40に記載の方法。
- ゲルがヒドロゲルを含む、請求項40に記載の方法。
- ゲルがSFAまたはPAZAMを含む、請求項40に記載の方法。
- 表面が、少なくとも1000個のウェル/mm2の密度を含む、請求項40に記載の方
法。 - ゲル材料をウェルの表面に共有結合させる、請求項40に記載の方法。
- ステップ(a)における固体支持体を設けることが、
(i)平面を含む固体支持体を設けることであって、前記表面が複数のウェルを含み、前
記ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分けられることと、
(ii)前記ウェルおよび前記間隙領域をゲル材料でコーティングすることと、
(iii)平面を研磨して、少なくとも1つの間隙領域からゲル材料を除去し、ウェル中
のゲル材料を保持することと
を含む、請求項40から49のいずれか一項に記載の方法。 - コーティングが、固体支持体を、予め生成しておいたゲル材料と接触させることを含む
、請求項50に記載の方法。 - コーティングが、固体支持体を、次いでゲル材料を生成する液体と接触させることを含
む、請求項50または51に記載の方法。 - 研磨が、ビーズのスラリーによる機械的な摩耗を含む、請求項50から52のいずれか
一項に記載の方法。 - 研磨が、固体支持体の表面を拭く、または擦ることによる機械的な摩耗を含む、請求項
50から53のいずれか一項に記載の方法。 - 研磨が、化学的研磨を含む、請求項50から54のいずれか一項に記載の方法。
- ステップ(b)がステップ(c)の前に行われる、請求項40から55のいずれか一項
に記載の方法。 - ステップ(b)およびステップ(c)が同時に行われる、請求項40から55のいずれ
か一項に記載の方法。 - ステップ(b)の送達が、ライブラリーを、流体中の標的核酸混合液として準備し、前
記流体を固体支持体に接触させ、それによって、標的核酸が、ウェルおよび間隙領域への
流体アクセスを有することを含む、請求項40から57のいずれか一項に記載の方法。 - 増幅が、固相ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、多置換増幅(MDA)またはローリン
グサークル増幅(RCA)を含む、請求項40から58のいずれか一項に記載の方法。 - 増幅が、ウェル中のゲル材料に付着している少なくとも1つのプライマー種のポリメラ
ーゼ伸長を含む、請求項59に記載の方法。 - 増幅が、ウェル中のゲル材料に付着している少なくとも2つのプライマー種を使用した
ブリッジ増幅を含む、請求項40から58のいずれか一項に記載の方法。 - クローン集団がそれぞれ、ライブラリーからの少なくとも1000個の標的核酸のコピ
ーを含む、請求項40から61のいずれか一項に記載の方法。 - (a)表面および核酸ライブラリーを含む固体支持体を設けるステップであって、前記
表面が複数のウェルを含み、前記ウェルがゲル材料を含有し、前記ウェルが、表面上の間
隙領域によって互いに分けられ、前記間隙領域が、各ウェルのゲル材料を、他の複数のウ
ェルのゲル材料から隔離し、ライブラリーの単一種の標的核酸が、各ウェルのゲル材料に
付着している、ステップと、
(b)固体支持体を、標的核酸に結合する少なくとも1つのプローブと接触させるステ
ップと、
(c)固体支持体を検出して、少なくとも1つのプローブに結合する標的核酸種を有す
るウェルを識別するステップと
を含む、核酸を検出する方法。 - 各ウェルのゲルの体積が、最大1000μm3である、請求項63に記載の方法。
- 各ウェルが、表面中に最大100μm2の開口部を有する開口部を含む、請求項63に
記載の方法。 - 複数のウェルが、表面上に繰り返しパターンを構成する、請求項63に記載の方法。
- パターン中のウェルが、5マイクロメートル以下のピッチを有する、請求項66に記載
の方法。 - 複数のウェルが、表面上にランダムなパターンを構成する、請求項63に記載の方法。
- ゲルがヒドロゲルを含む、請求項63に記載の方法。
- ゲルがSFAまたはPAZAMを含む、請求項63に記載の方法。
- 表面が、少なくとも1000個のウェル/mm2の密度を含む、請求項63に記載の方
法。 - ゲル材料が、ウェルの表面に共有結合する、請求項63に記載の方法。
- ステップ(a)における固体支持体を設けることが、
(i)平面を含む固体支持体を設けることであって、前記表面が複数のウェルを含み、前
記ウェルが表面上の間隙領域によって互いに分けられることと、
(ii)前記ウェルおよび前記間隙領域をゲル材料でコーティングすることと、
(iii)平面を研磨して、少なくとも1つの間隙領域からゲル材料を除去し、ウェル中
のゲル材料を保持することと
を含む、請求項63から72のいずれか一項に記載の方法。 - コーティングが、固体支持体を、予め生成しておいたゲル材料と接触させることを含む
、請求項73に記載の方法。 - コーティングが、固体支持体を、次いでゲル材料を生成する液体と接触させることを含
む、請求項73または74に記載の方法。 - 研磨が、ビーズのスラリーによる機械的な摩耗を含む、請求項73から75のいずれか
一項に記載の方法。 - 研磨が、固体支持体の表面を拭く、または擦ることによる機械的な摩耗を含む、請求項
73から76のいずれか一項に記載の方法。 - 研磨が、化学的研磨を含む、請求項73から77のいずれか一項に記載の方法。
- ステップ(a)における設けることが、
(iv)ライブラリーの単一種の標的核酸を各ウェルのゲル材料に付着させる条件下で
、標的核酸のライブラリーを固体支持体のウェルに送達することと、
(v)アレイのウェル中のゲル材料に付着している標的核酸を増幅して、アレイの各ウ
ェルで個々の標的核酸のクローン集団を生成することと
をさらに含む、請求項73から77のいずれか一項に記載の方法。 - ステップ(iv)がステップ(v)の前に行われる、請求項79に記載の方法。
- ステップ(iv)およびステップ(v)が同時に行われる、請求項79に記載の方法。
- ステップ(iv)における送達が、ライブラリーを、流体中の標的核酸混合液として準
備し、前記流体を固体支持体に接触させ、それによって、標的核酸が、ウェルおよび間隙
領域への流体アクセスを有することを含む、請求項79から81のいずれか一項に記載の
方法。 - 増幅が、固相ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、多置換増幅(MDA)またはローリン
グサークル増幅(RCA)を含む、請求項79から82のいずれか一項に記載の方法。 - 増幅が、ウェル中のゲル材料に付着している少なくとも1つのプライマー種を使用する
、請求項83に記載の方法。 - 増幅が、ウェル中のゲル材料に付着している少なくとも2つのプライマー種を使用した
ブリッジ増幅を含む、請求項79から82のいずれか一項に記載の方法。 - クローン集団がそれぞれ、ライブラリーからの少なくとも1000個の標的核酸のコピ
ーを含む、請求項79から85のいずれか一項に記載の方法。 - 少なくとも1つのプローブが、少なくとも1種の標的核酸の少なくとも一部に相補的な
少なくとも1種の核酸を含む、請求項63から86のいずれか一項に記載の方法。 - 少なくとも1つのプローブが、ステップ(c)で検出される蛍光標識を含む、請求項8
7に記載の方法。 - 少なくとも1つのプローブが、ポリメラーゼおよびヌクレオチドをさらに含む、請求項
87に記載の方法。 - ステップ(c)における検出が、ヌクレオチドのプローブ中への、または標的核酸中へ
の取り込みを検出することを含む、請求項89に記載の方法。 - ステップ(c)における検出が、合成時解読法を含む、請求項89に記載の方法。
- シークエンシング法において、ステップ(b)および(c)を数回繰り返す、請求項6
3から91のいずれか一項に記載の方法。 - プローブが、タンパク質と結合する核酸を含む、請求項63から91のいずれか一項に
記載の方法。 - 検出が、光学的検出、電気的検出、および熱検出からなる群から選択される、請求項6
3から93のいずれか一項に記載の方法。 - 光学的検出が、蛍光、ルミネセンス、化学ルミネセンス、吸光度、および蛍光共鳴エネ
ルギー移動からなる群から選択される、請求項94に記載の方法。 - (a)平面を含む固体支持体を設けるステップであって、前記平面が、1つ以上の凹状
フィーチャーによって断続され、前記凹状フィーチャーがゲル材料を含有し、1つ以上の
凹状フィーチャーが、平面上の1つ以上の間隙領域に隣接し、前記間隙領域が実質的にゲ
ル材料を含まず、前記ゲル材料が標的検体を含む、ステップと、
(b)標的検体が特異的にプローブと相互作用する条件下で、前記固体支持体をプロー
ブに接触させるステップと、
(c)前記固体支持体を検出して、プローブの1つ以上と相互作用する標的検体の少な
くとも1つのサブセットを識別するステップと
を含む、検体を検出する方法。
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CN107223161B (zh) | 2014-12-15 | 2022-03-22 | 亿明达股份有限公司 | 用于基底上的单分子放置的组合物和方法 |
CN113186256A (zh) | 2015-04-10 | 2021-07-30 | 空间转录公司 | 生物样本的空间区别、多重核酸分析 |
EP3696536A1 (en) | 2015-04-14 | 2020-08-19 | Illumina, Inc. | A method of manufacturing a substrate and a method of analyzing biomolecules capable of generating light emissions |
DK3822365T3 (da) | 2015-05-11 | 2023-02-06 | Illumina Inc | Platform til opdagelse og analyse af terapeutiske midler |
CN107924121B (zh) | 2015-07-07 | 2021-06-08 | 亿明达股份有限公司 | 经由纳米压印的选择性表面图案化 |
US20180207920A1 (en) | 2015-07-17 | 2018-07-26 | Illumina, Inc. | Polymer sheets for sequencing applications |
KR20180108578A (ko) | 2016-01-11 | 2018-10-04 | 일루미나, 인코포레이티드 | 마이크로 형광 측정기, 유체 시스템, 및 플로우 셀 래치 클램프 모듈을 구비하는 검출 장치 |
SG11201805787YA (en) | 2016-03-24 | 2018-10-30 | Illumina Inc | Photonic superlattice-based devices and compositions for use in luminescent imaging, and methods of using the same |
PL3377226T3 (pl) | 2016-03-28 | 2021-07-26 | Illumina, Inc. | Wielopłaszczyznowe mikromacierze |
EP4224219A3 (en) | 2016-04-22 | 2023-08-30 | Illumina Inc | Photonic stucture-based devices and compositions for use in luminescent imaging of multiple sites within a pixel, and methods of using the same |
CN109313396B (zh) | 2016-05-18 | 2022-11-22 | Illumina公司 | 使用图案化疏水性表面进行的自组装图案化 |
DK3488002T3 (da) | 2016-07-22 | 2021-06-21 | Univ Oregon Health & Science | Enkeltcelle-helgenombiblioteker og kombinatoriske indekseringsfremgangsmåder til fremstilling deraf |
US20210371782A1 (en) * | 2016-08-05 | 2021-12-02 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for optical micropatterning of hydrogels and uses thereof |
CN110248725B (zh) | 2016-12-22 | 2022-08-02 | 伊鲁米那股份有限公司 | 包括树脂膜和图案化的聚合物层的阵列 |
JP7084402B2 (ja) * | 2016-12-22 | 2022-06-14 | イラミーナ インコーポレーテッド | インプリント装置 |
WO2018119101A1 (en) * | 2016-12-22 | 2018-06-28 | Illumina, Inc. | Flow cell package and method for making the same |
CN110325651B (zh) * | 2016-12-22 | 2024-03-15 | 伊鲁米那股份有限公司 | 具有质量控制示踪剂的阵列 |
WO2018119057A2 (en) * | 2016-12-22 | 2018-06-28 | Illumina, Inc. | Array including sequencing primer and non-sequencing entity |
EP3562929B1 (en) | 2016-12-29 | 2024-05-01 | Ador Diagnostics S.r.l. | An electrophoretic chip for electrophoretic applications |
GB201704754D0 (en) | 2017-01-05 | 2017-05-10 | Illumina Inc | Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries |
GB201701686D0 (en) * | 2017-02-01 | 2017-03-15 | Illunina Inc | System & method with fiducials having offset layouts |
GB201701691D0 (en) | 2017-02-01 | 2017-03-15 | Illumina Inc | System and method with reflective fiducials |
US11896944B2 (en) | 2017-02-01 | 2024-02-13 | Illumina, Inc. | System and method with fiducials responding to multiple excitation frequencies |
GB201701689D0 (en) | 2017-02-01 | 2017-03-15 | Illumia Inc | System and method with fiducials of non-closed shapes |
GB201701688D0 (en) | 2017-02-01 | 2017-03-15 | Illumia Inc | System and method with fiducials in non-recliner layouts |
JP6955569B2 (ja) * | 2017-02-24 | 2021-10-27 | イラミーナ インコーポレーテッド | 炭酸カルシウムスラリー |
EP3615671B1 (en) | 2017-04-23 | 2021-07-21 | Illumina Cambridge Limited | Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries |
ES2929837T3 (es) | 2017-04-23 | 2022-12-02 | Illumina Cambridge Ltd | Composiciones y métodos para mejorar la identificación de muestras en bibliotecas de ácidos nucleicos indexados |
EP3615691B1 (en) | 2017-04-23 | 2021-05-26 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries |
NL2019044B1 (en) * | 2017-05-11 | 2018-11-15 | Illumina Inc | Protective surface coatings for flow cells |
EP3635136B1 (en) | 2017-06-07 | 2021-10-20 | Oregon Health & Science University | Single cell whole genome libraries for methylation sequencing |
US20200202977A1 (en) | 2017-07-31 | 2020-06-25 | Illumina, Inc. | Sequencing system with multiplexed biological sample aggregation |
WO2019028047A1 (en) | 2017-08-01 | 2019-02-07 | Illumina, Inc | SPATIAL INDEXING OF GENETIC MATERIAL AND PREPARATION OF PHARMACOTOQUE USING HYDROGEL BALLS AND FLOW CELLS |
US11499962B2 (en) | 2017-11-17 | 2022-11-15 | Ultima Genomics, Inc. | Methods and systems for analyte detection and analysis |
US10344328B2 (en) | 2017-11-17 | 2019-07-09 | Ultima Genomics, Inc. | Methods for biological sample processing and analysis |
JP7087010B2 (ja) * | 2017-12-21 | 2022-06-20 | イラミーナ インコーポレーテッド | ヒドロゲルコーティングを有するフローセル |
WO2019125785A1 (en) * | 2017-12-22 | 2019-06-27 | Illumina, Inc. | Catalytically active substances |
JP7027459B2 (ja) | 2018-02-13 | 2022-03-01 | イルミナ インコーポレイテッド | ヒドロゲルビーズを用いるdna配列決定 |
JP6974504B2 (ja) | 2018-04-02 | 2021-12-01 | イルミナ インコーポレイテッド | 配列に基づく遺伝子試験のための対照を作製するための組成物及び方法 |
WO2019219757A1 (de) * | 2018-05-15 | 2019-11-21 | Albert-Ludwig-Universität Freiburg | Mikroarray-transformer |
US20210102194A1 (en) | 2018-06-04 | 2021-04-08 | Illumina, Inc. | High-throughput single-cell transcriptome libraries and methods of making and of using |
WO2020005503A1 (en) | 2018-06-29 | 2020-01-02 | Illumina, Inc. | Flow cells |
TWI730352B (zh) * | 2018-08-06 | 2021-06-11 | 英商伊路米納劍橋有限公司 | 流體槽與定序系統及製備用於其之基板的方法 |
US20210317524A1 (en) | 2018-08-28 | 2021-10-14 | 10X Genomics, Inc. | Resolving spatial arrays |
US11519033B2 (en) | 2018-08-28 | 2022-12-06 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample |
CN113286893A (zh) | 2018-08-28 | 2021-08-20 | 10X基因组学股份有限公司 | 生成阵列的方法 |
KR20210098842A (ko) | 2018-12-05 | 2021-08-11 | 일루미나 케임브리지 리미티드 | 브릿지 증폭에 의한 클러스터 생성을 위한 방법 및 조성물 |
US10512911B1 (en) | 2018-12-07 | 2019-12-24 | Ultima Genomics, Inc. | Implementing barriers for controlled environments during sample processing and detection |
EP3894590A2 (en) | 2018-12-10 | 2021-10-20 | 10X Genomics, Inc. | Methods of using master / copy arrays for spatial detection |
CA3103633A1 (en) | 2018-12-18 | 2020-06-25 | Illumina Cambridge Limited | Methods and compositions for paired end sequencing using a single surface primer |
WO2020132103A1 (en) | 2018-12-19 | 2020-06-25 | Illumina, Inc. | Methods for improving polynucleotide cluster clonality priority |
US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
TW202100247A (zh) * | 2019-01-29 | 2021-01-01 | 美商伊路米納有限公司 | 流通槽 |
TW202043486A (zh) * | 2019-01-29 | 2020-12-01 | 美商伊路米納有限公司 | 定序套組 |
TW202045709A (zh) | 2019-01-29 | 2020-12-16 | 美商伊路米納有限公司 | 流體槽 |
CN114174531A (zh) | 2019-02-28 | 2022-03-11 | 10X基因组学有限公司 | 用空间条码化寡核苷酸阵列对生物分析物进行概况分析 |
US20220033805A1 (en) | 2019-03-01 | 2022-02-03 | Sanjay Srivatsan | High-throughput single-nuclei and single-cell libraries and methods of making and of using |
US10852518B1 (en) | 2019-03-14 | 2020-12-01 | Ultima Genomics, Inc. | Methods, devices, and systems for analyte detection and analysis |
US10900078B2 (en) | 2019-03-14 | 2021-01-26 | Ultima Genomics, Inc. | Methods, devices, and systems for analyte detection and analysis |
US11118223B2 (en) | 2019-03-14 | 2021-09-14 | Ultima Genomics, Inc. | Methods, devices, and systems for analyte detection and analysis |
US10830703B1 (en) | 2019-03-14 | 2020-11-10 | Ultima Genomics, Inc. | Methods, devices, and systems for analyte detection and analysis |
CN114127309A (zh) | 2019-03-15 | 2022-03-01 | 10X基因组学有限公司 | 使用空间阵列进行单细胞测序的方法 |
WO2020191387A1 (en) | 2019-03-21 | 2020-09-24 | Illumina, Inc. | Artificial intelligence-based base calling |
NL2023310B1 (en) | 2019-03-21 | 2020-09-28 | Illumina Inc | Training data generation for artificial intelligence-based sequencing |
US11210554B2 (en) | 2019-03-21 | 2021-12-28 | Illumina, Inc. | Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata |
NL2023311B9 (en) | 2019-03-21 | 2021-03-12 | Illumina Inc | Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata |
NL2023316B1 (en) | 2019-03-21 | 2020-09-28 | Illumina Inc | Artificial intelligence-based sequencing |
WO2020198071A1 (en) | 2019-03-22 | 2020-10-01 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
WO2020219901A1 (en) | 2019-04-26 | 2020-10-29 | 10X Genomics, Inc. | Imaging support devices |
WO2020243579A1 (en) | 2019-05-30 | 2020-12-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
SG11202012812PA (en) | 2019-05-31 | 2021-01-28 | Illumina Inc | Flow cell with selective deposition or activation of nucleotides |
US11590505B2 (en) | 2019-05-31 | 2023-02-28 | Illumina, Inc. | System and method for storage |
CN112689751A (zh) | 2019-05-31 | 2021-04-20 | 伊鲁米那股份有限公司 | 具有一个或更多个屏障特征的流通池 |
US11282588B2 (en) | 2019-05-31 | 2022-03-22 | Illumina, Inc. | Storage device, system, and method |
SG11202012826XA (en) | 2019-05-31 | 2021-01-28 | Illumina Inc | Systems and methods for information storage and retrieval using flow cells |
US11137385B2 (en) | 2019-05-31 | 2021-10-05 | Illumina, Inc. | Obtaining information from a biological sample in a flow cell |
CN114761992B (zh) | 2019-10-01 | 2023-08-08 | 10X基因组学有限公司 | 用于识别组织样品中的形态学模式的系统和方法 |
EP4025711A2 (en) | 2019-11-08 | 2022-07-13 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
WO2021091611A1 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing |
US20230002812A1 (en) | 2019-11-13 | 2023-01-05 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
EP4062316A1 (en) | 2019-11-18 | 2022-09-28 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for tissue classification |
WO2021102039A1 (en) | 2019-11-21 | 2021-05-27 | 10X Genomics, Inc, | Spatial analysis of analytes |
WO2021102005A1 (en) | 2019-11-22 | 2021-05-27 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for spatial analysis of analytes using fiducial alignment |
MX2021011847A (es) | 2019-12-19 | 2021-11-17 | Illumina Inc | Genotecas de celulas unicas de alto rendimiento y metodos para elaborarlas y usarlas. |
FI3891300T3 (fi) | 2019-12-23 | 2023-05-10 | 10X Genomics Inc | Menetelmät spatiaalista analyysiä varten rna-templatoitua ligaatiota käyttäen |
US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
US11821035B1 (en) | 2020-01-29 | 2023-11-21 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods of making gene expression libraries |
US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
WO2021167986A1 (en) | 2020-02-17 | 2021-08-26 | 10X Genomics, Inc. | In situ analysis of chromatin interaction |
JP2023514749A (ja) | 2020-02-21 | 2023-04-07 | 10エックス ジェノミクス インコーポレイテッド | 統合型インサイチュ空間的アッセイのための方法および組成物 |
US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
AU2021233133A1 (en) | 2020-03-09 | 2022-01-06 | Illumina, Inc. | Improvements in nucleic acid sequencing |
ES2965354T3 (es) | 2020-04-22 | 2024-04-12 | 10X Genomics Inc | Métodos para análisis espacial que usan eliminación de ARN elegido como diana |
US20230203592A1 (en) | 2020-05-05 | 2023-06-29 | Akershus Universitetssykehus Hf | Compositions and methods for characterizing bowel cancer |
US11188778B1 (en) | 2020-05-05 | 2021-11-30 | Illumina, Inc. | Equalization-based image processing and spatial crosstalk attenuator |
EP4150065A2 (en) | 2020-05-12 | 2023-03-22 | Illumina Inc | Generating nucleic acids with modified bases using recombinant terminal deoxynucleotidyl transferase |
WO2021236929A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
AU2021275906A1 (en) | 2020-05-22 | 2022-12-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
KR102468839B1 (ko) * | 2020-06-03 | 2022-11-18 | 주식회사 제노헬릭스 | Rna 검출 방법 |
WO2021252499A1 (en) | 2020-06-08 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
WO2021252617A1 (en) | 2020-06-09 | 2021-12-16 | Illumina, Inc. | Methods for increasing yield of sequencing libraries |
EP4165207A1 (en) | 2020-06-10 | 2023-04-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
AU2021294334A1 (en) | 2020-06-25 | 2023-02-02 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis of DNA methylation |
CA3177299A1 (en) | 2020-06-30 | 2022-01-06 | Illumina Inc. | Catalytically controlled sequencing by synthesis to produce scarless dna |
CN111760601B (zh) * | 2020-07-03 | 2022-04-22 | 中国科学院合肥物质科学研究院 | 一种集成液路切换阀的微流控芯片及核酸检测方法 |
US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
EP4179109A1 (en) | 2020-07-08 | 2023-05-17 | Illumina, Inc. | Beads as transposome carriers |
US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
WO2022098810A1 (en) | 2020-11-06 | 2022-05-12 | 10X Genomics, Inc. | Assay support devices |
US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
EP4012046A1 (en) | 2020-12-11 | 2022-06-15 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for multimodal in situ analysis |
WO2022140028A1 (en) | 2020-12-21 | 2022-06-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
CN116848263A (zh) | 2020-12-23 | 2023-10-03 | 10X基因组学有限公司 | 用于分析物检测的方法和组合物 |
KR20230128281A (ko) | 2021-01-05 | 2023-09-04 | 일루미나, 인코포레이티드 | 기재에 결합된 작용기를 포함하는 조성물 및 이의 제조방법 |
CA3203805A1 (en) | 2021-01-08 | 2022-07-14 | Cellanome, Inc. | Devices and methods for analyzing biological samples |
US20220235403A1 (en) | 2021-01-26 | 2022-07-28 | 10X Genomics, Inc. | Nucleic acid analog probes for in situ analysis |
CN117043352A (zh) | 2021-01-29 | 2023-11-10 | 伊鲁米纳公司 | 使用多核苷酸改善流通池的接种效率的方法、组合物和试剂盒 |
US20220282319A1 (en) | 2021-03-03 | 2022-09-08 | 10X Genomics, Inc. | Analyte detection in situ using nucleic acid origami |
US20220333178A1 (en) | 2021-03-22 | 2022-10-20 | Illumina Cambridge Limited | Methods for improving nucleic acid cluster clonality |
WO2022234360A1 (en) * | 2021-05-06 | 2022-11-10 | 3M Innovative Properties Company | Angular physical vapor deposition for coating substrates |
WO2022251514A1 (en) * | 2021-05-27 | 2022-12-01 | Palamedrix, Inc. | Solution phase single molecule capture and associated techniques |
EP4347877A1 (en) | 2021-06-01 | 2024-04-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for analyte detection and probe resolution |
CN117751197A (zh) | 2021-06-02 | 2024-03-22 | 10X基因组学有限公司 | 使用不对称可环化探针的样品分析 |
US20230016633A1 (en) | 2021-06-15 | 2023-01-19 | Illumina, Inc. | Hydrogel-free surface functionalization for sequencing |
WO2022269033A1 (en) | 2021-06-25 | 2022-12-29 | Illumina Cambridge Limited | Linear fourier fiducial |
EP4359122A1 (en) | 2021-06-25 | 2024-05-01 | Illumina, Inc. | Fiducials for use in registration of a patterned surface |
US20230012607A1 (en) | 2021-07-09 | 2023-01-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for detecting analytes using sparse labelling |
CN117651855A (zh) | 2021-07-13 | 2024-03-05 | 10X基因组学有限公司 | 用于制备具有可控厚度的聚合基质的方法 |
US11455487B1 (en) | 2021-10-26 | 2022-09-27 | Illumina Software, Inc. | Intensity extraction and crosstalk attenuation using interpolation and adaptation for base calling |
WO2023003757A1 (en) | 2021-07-19 | 2023-01-26 | Illumina Software, Inc. | Intensity extraction with interpolation and adaptation for base calling |
WO2023015192A1 (en) | 2021-08-03 | 2023-02-09 | 10X Genomics, Inc. | Nucleic acid concatemers and methods for stabilizing and/or compacting the same |
EP4326898A1 (en) | 2021-08-16 | 2024-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Probes comprising a split barcode region and methods of use |
WO2023034489A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-03-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
WO2023129898A2 (en) | 2021-12-27 | 2023-07-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for rolling circle amplification |
WO2023141588A1 (en) | 2022-01-21 | 2023-07-27 | 10X Genomics, Inc. | Multiple readout signals for analyzing a sample |
US20230296516A1 (en) | 2022-02-17 | 2023-09-21 | Illumina, Inc. | Ai-driven signal enhancement of sequencing images |
WO2023158809A1 (en) | 2022-02-17 | 2023-08-24 | Illumina, Inc. | Ai-driven enhancement of motion blurred sequencing images |
US11795505B2 (en) | 2022-03-10 | 2023-10-24 | Singular Genomics Systems, Inc. | Nucleic acid delivery scaffolds |
WO2023192616A1 (en) | 2022-04-01 | 2023-10-05 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for targeted masking of autofluorescence |
WO2023196526A1 (en) | 2022-04-06 | 2023-10-12 | 10X Genomics, Inc. | Methods for multiplex cell analysis |
AU2023248405A1 (en) | 2022-04-07 | 2024-01-04 | Illumina, Inc. | Altered cytidine deaminases and methods of use |
US20240002902A1 (en) | 2022-05-06 | 2024-01-04 | 10X Genomics, Inc. | Analysis of antigen and antigen receptor interactions |
US20240026427A1 (en) | 2022-05-06 | 2024-01-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for in situ analysis of v(d)j sequences |
WO2023220300A1 (en) | 2022-05-11 | 2023-11-16 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for in situ sequencing |
WO2023239917A1 (en) | 2022-06-09 | 2023-12-14 | Illumina, Inc. | Dependence of base calling on flow cell tilt |
WO2023245190A1 (en) | 2022-06-17 | 2023-12-21 | 10X Genomics, Inc. | Catalytic de-crosslinking of samples for in situ analysis |
US20240033738A1 (en) | 2022-07-27 | 2024-02-01 | Illumina, Inc. | Flow cell based motion system calibration and control methods |
WO2024072799A1 (en) | 2022-09-26 | 2024-04-04 | Illumina, Inc. | Flow cell based motion system calibration and control methods |
WO2024073047A1 (en) | 2022-09-30 | 2024-04-04 | Illumina, Inc. | Cytidine deaminases and methods of use in mapping modified cytosine nucleotides |
WO2024069581A1 (en) | 2022-09-30 | 2024-04-04 | Illumina Singapore Pte. Ltd. | Helicase-cytidine deaminase complexes and methods of use |
WO2024073043A1 (en) | 2022-09-30 | 2024-04-04 | Illumina, Inc. | Methods of using cpg binding proteins in mapping modified cytosine nucleotides |
WO2024081869A1 (en) | 2022-10-14 | 2024-04-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for analysis of biological samples |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010026950A1 (ja) * | 2008-09-08 | 2010-03-11 | 株式会社日立製作所 | Dna検出装置、及びdna検出デバイス、並びにdna検出方法 |
WO2012170936A2 (en) * | 2011-06-09 | 2012-12-13 | Illumina, Inc. | Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis |
Family Cites Families (120)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US3554704A (en) * | 1969-02-10 | 1971-01-12 | Cordis Corp | Biological assay cell |
GB8810400D0 (en) | 1988-05-03 | 1988-06-08 | Southern E | Analysing polynucleotide sequences |
US5130238A (en) | 1988-06-24 | 1992-07-14 | Cangene Corporation | Enhanced nucleic acid amplification process |
US5744101A (en) | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
EP0450060A1 (en) | 1989-10-26 | 1991-10-09 | Sri International | Dna sequencing |
US5223414A (en) | 1990-05-07 | 1993-06-29 | Sri International | Process for nucleic acid hybridization and amplification |
US5455166A (en) | 1991-01-31 | 1995-10-03 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification |
CA2118806A1 (en) | 1991-09-18 | 1993-04-01 | William J. Dower | Method of synthesizing diverse collections of oligomers |
US5324633A (en) | 1991-11-22 | 1994-06-28 | Affymax Technologies N.V. | Method and apparatus for measuring binding affinity |
CA2185239C (en) | 1994-03-16 | 2002-12-17 | Nanibhushan Dattagupta | Isothermal strand displacement nucleic acid amplification |
US5552278A (en) | 1994-04-04 | 1996-09-03 | Spectragen, Inc. | DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage |
US5641658A (en) | 1994-08-03 | 1997-06-24 | Mosaic Technologies, Inc. | Method for performing amplification of nucleic acid with two primers bound to a single solid support |
US5750341A (en) | 1995-04-17 | 1998-05-12 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions |
US5624711A (en) | 1995-04-27 | 1997-04-29 | Affymax Technologies, N.V. | Derivatization of solid supports and methods for oligomer synthesis |
US6022963A (en) | 1995-12-15 | 2000-02-08 | Affymetrix, Inc. | Synthesis of oligonucleotide arrays using photocleavable protecting groups |
GB9620209D0 (en) | 1996-09-27 | 1996-11-13 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
GB9626815D0 (en) | 1996-12-23 | 1997-02-12 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
US6419883B1 (en) | 1998-01-16 | 2002-07-16 | University Of Washington | Chemical synthesis using solvent microdroplets |
ATE269908T1 (de) | 1997-04-01 | 2004-07-15 | Manteia S A | Methode zur sequenzierung von nukleinsäuren |
US6465178B2 (en) | 1997-09-30 | 2002-10-15 | Surmodics, Inc. | Target molecule attachment to surfaces |
US6485944B1 (en) | 1997-10-10 | 2002-11-26 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
US6511803B1 (en) | 1997-10-10 | 2003-01-28 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
US6177558B1 (en) | 1997-11-13 | 2001-01-23 | Protogene Laboratories, Inc. | Method and composition for chemical synthesis using high boiling point organic solvents to control evaporation |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
US6214745B1 (en) * | 1998-11-19 | 2001-04-10 | United Microelectronics Corp. | Method of improving surface planarity of chemical-mechanical polishing operation by forming shallow dummy pattern |
US6391937B1 (en) | 1998-11-25 | 2002-05-21 | Motorola, Inc. | Polyacrylamide hydrogels and hydrogel arrays made from polyacrylamide reactive prepolymers |
US6699693B1 (en) | 1999-02-04 | 2004-03-02 | Sloan-Kettering Institute For Cancer Research | Process for DNA replication |
WO2000046408A1 (en) | 1999-02-04 | 2000-08-10 | Sloan-Kettering Institute For Cancer Research | Process for dna replication |
US20060275782A1 (en) | 1999-04-20 | 2006-12-07 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid reactions on bead arrays |
US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
US20050191698A1 (en) | 1999-04-20 | 2005-09-01 | Illumina, Inc. | Nucleic acid sequencing using microsphere arrays |
US6664061B2 (en) | 1999-06-25 | 2003-12-16 | Amersham Biosciences Ab | Use and evaluation of a [2+2] photoaddition in immobilization of oligonucleotides on a three-dimensional hydrogel matrix |
US6372813B1 (en) | 1999-06-25 | 2002-04-16 | Motorola | Methods and compositions for attachment of biomolecules to solid supports, hydrogels, and hydrogel arrays |
US6692915B1 (en) * | 1999-07-22 | 2004-02-17 | Girish N. Nallur | Sequencing a polynucleotide on a generic chip |
US7244559B2 (en) | 1999-09-16 | 2007-07-17 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
US6274320B1 (en) | 1999-09-16 | 2001-08-14 | Curagen Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
US6689319B1 (en) | 1999-10-29 | 2004-02-10 | Agilent Technologies, Ind. | Apparatus for deposition and inspection of chemical and biological fluids |
WO2001043876A1 (en) | 1999-12-17 | 2001-06-21 | Motorola, Inc. | Devices and methods for making bioarrays |
US6420180B1 (en) | 2000-01-26 | 2002-07-16 | Agilent Technologies, Inc. | Multiple pass deposition for chemical array fabrication |
AU2001238068A1 (en) | 2000-02-07 | 2001-08-14 | Illumina, Inc. | Nucleic acid detection methods using universal priming |
US7582420B2 (en) | 2001-07-12 | 2009-09-01 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
US6913884B2 (en) | 2001-08-16 | 2005-07-05 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for repetitive use of genomic DNA |
AU2001241723A1 (en) | 2000-02-25 | 2001-09-03 | Affymetrix, Inc. | Methods for multi-stage solid phase amplification of nucleic acids |
KR100792021B1 (ko) * | 2000-03-30 | 2008-01-04 | 가부시키가이샤 에바라 세이사꾸쇼 | 반응성 탐식자 칩 및 그 제조방법 |
JP4314725B2 (ja) * | 2000-05-31 | 2009-08-19 | 株式会社島津製作所 | ゲル処理プレート |
US20030104520A1 (en) * | 2000-06-15 | 2003-06-05 | Ellington Andrew D. | Regulatable, catalytically active nucleic acids |
WO2002004680A2 (en) | 2000-07-07 | 2002-01-17 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Real-time sequence determination |
EP1330306A2 (en) | 2000-10-10 | 2003-07-30 | BioTrove, Inc. | Apparatus for assay, synthesis and storage, and methods of manufacture, use, and manipulation thereof |
US20050100951A1 (en) * | 2000-10-26 | 2005-05-12 | Biocept, Inc. | 3D format biochips and method of use |
US7211414B2 (en) | 2000-12-01 | 2007-05-01 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity |
AR031640A1 (es) | 2000-12-08 | 2003-09-24 | Applied Research Systems | Amplificacion isotermica de acidos nucleicos en un soporte solido |
CA2444649C (en) | 2001-04-20 | 2012-10-02 | The Penn State Research Foundation | Methods for nucleic acid manipulation |
US6682702B2 (en) * | 2001-08-24 | 2004-01-27 | Agilent Technologies, Inc. | Apparatus and method for simultaneously conducting multiple chemical reactions |
WO2003018854A2 (en) * | 2001-08-27 | 2003-03-06 | Surface Logix, Inc. | Immobilization of biological molecules onto surfaces coated with monolayers |
GB0127564D0 (en) | 2001-11-16 | 2002-01-09 | Medical Res Council | Emulsion compositions |
US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
US7399590B2 (en) | 2002-02-21 | 2008-07-15 | Asm Scientific, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US20040002090A1 (en) | 2002-03-05 | 2004-01-01 | Pascal Mayer | Methods for detecting genome-wide sequence variations associated with a phenotype |
EP3795577A1 (en) | 2002-08-23 | 2021-03-24 | Illumina Cambridge Limited | Modified nucleotides |
US7595883B1 (en) | 2002-09-16 | 2009-09-29 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Biological analysis arrangement and approach therefor |
DE602004024034D1 (de) | 2003-01-29 | 2009-12-24 | 454 Corp | Nukleinsäureamplifikation auf basis von kügelchenemulsion |
US20040175845A1 (en) * | 2003-03-03 | 2004-09-09 | Molla Jaynal A. | Method of forming a flux concentrating layer of a magnetic device |
SE0301058D0 (sv) * | 2003-04-10 | 2003-04-10 | Biacore Ab | Method and kit for cell analyte assay |
WO2005003304A2 (en) | 2003-06-20 | 2005-01-13 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping |
EP1641809B2 (en) | 2003-07-05 | 2018-10-03 | The Johns Hopkins University | Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations |
CN1580278A (zh) * | 2003-07-31 | 2005-02-16 | 王进科 | NF-κB检测双链DNA微阵列芯片及制备 |
EP2789383B1 (en) | 2004-01-07 | 2023-05-03 | Illumina Cambridge Limited | Molecular arrays |
CN2699279Y (zh) * | 2004-04-16 | 2005-05-11 | 武汉理工大学 | 一种可用于固定生物样本的载体 |
CN1721547A (zh) * | 2004-07-16 | 2006-01-18 | 王进科 | 核酸外切酶ⅲ消化包被在微孔板上的含有特殊标记的双链核酸分子检测转录因子蛋白 |
JP2008513782A (ja) | 2004-09-17 | 2008-05-01 | パシフィック バイオサイエンシーズ オブ カリフォルニア, インコーポレイテッド | 分子解析のための装置及び方法 |
US7875426B2 (en) * | 2005-02-04 | 2011-01-25 | University Of South Florida | DNA biochip and methods of use |
DK1907571T3 (en) | 2005-06-15 | 2017-08-21 | Complete Genomics Inc | NUCLEIC ACID ANALYSIS USING INCIDENTAL MIXTURES OF NON-OVERLAPPING FRAGMENTS |
CN100334229C (zh) * | 2005-06-17 | 2007-08-29 | 东南大学 | 基于凝胶固定核酸的dna微阵列芯片制备方法 |
EP1929049B1 (en) | 2005-07-25 | 2013-04-10 | Alere San Diego, Inc. | Methods for multiplexing recombinase polymerase amplification |
US7405281B2 (en) | 2005-09-29 | 2008-07-29 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor |
GB0522310D0 (en) | 2005-11-01 | 2005-12-07 | Solexa Ltd | Methods of preparing libraries of template polynucleotides |
JP5537034B2 (ja) * | 2005-12-23 | 2014-07-02 | ナノストリング テクノロジーズ,インコーポレーテッド | ナノレポーターならびにその作製方法および使用方法 |
EP2021503A1 (en) | 2006-03-17 | 2009-02-11 | Solexa Ltd. | Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays |
EP3373174A1 (en) | 2006-03-31 | 2018-09-12 | Illumina, Inc. | Systems and devices for sequence by synthesis analysis |
US8071308B2 (en) | 2006-05-04 | 2011-12-06 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US20080241836A1 (en) * | 2006-08-07 | 2008-10-02 | Gafur Zainiev | Process for self-assembly of structures in a liquid |
US7687103B2 (en) * | 2006-08-31 | 2010-03-30 | Gamida For Life B.V. | Compositions and methods for preserving permeation layers for use on active electronic matrix devices |
CN1944675A (zh) * | 2006-10-20 | 2007-04-11 | 东南大学 | 一种高效率全基因组固定方法 |
AU2007309504B2 (en) | 2006-10-23 | 2012-09-13 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing |
US7813013B2 (en) | 2006-11-21 | 2010-10-12 | Illumina, Inc. | Hexagonal site line scanning method and system |
US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
US8349167B2 (en) | 2006-12-14 | 2013-01-08 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays |
CA2672315A1 (en) | 2006-12-14 | 2008-06-26 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale fet arrays |
US9063133B2 (en) * | 2007-01-30 | 2015-06-23 | The Regents Of The University Of California | Methods and devices for biomolecular arrays |
EP2121983A2 (en) | 2007-02-02 | 2009-11-25 | Illumina Cambridge Limited | Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates |
WO2008157640A2 (en) * | 2007-06-18 | 2008-12-24 | Illumina, Inc. | Microfabrication methods for the optimal patterning of substrates |
AU2008276308A1 (en) | 2007-07-13 | 2009-01-22 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Method and apparatus using electric field for improved biological assays |
EP2657869A3 (en) * | 2007-08-29 | 2015-06-03 | Applied Biosystems, LLC | Alternative nucleic acid sequencing methods |
CN100590204C (zh) * | 2008-02-27 | 2010-02-17 | 东南大学 | 一种无需激发剂三维凝胶微阵列芯片的制备方法 |
US8039817B2 (en) | 2008-05-05 | 2011-10-18 | Illumina, Inc. | Compensator for multiple surface imaging |
US8343773B2 (en) * | 2008-05-29 | 2013-01-01 | Agency For Science, Technology And Research | Array of microcapsules for controlled loading of macromolecules, nanoparticles and other nanoscale items and a method of fabricating it |
EP2291533B2 (en) * | 2008-07-02 | 2020-09-30 | Illumina Cambridge Limited | Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces |
BRPI0822802A2 (pt) * | 2008-10-10 | 2015-09-01 | Histocell Sl | Biomaterial na forma de hidrogel injetável, biomaterial derivado do cordão umbilical humano, processo para a obtenção do biomaterial, processo para a obtenção do biomaterial obtido e uso do biomaterial |
US20100137143A1 (en) | 2008-10-22 | 2010-06-03 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
EP2345676A4 (en) * | 2008-10-31 | 2012-12-05 | Showa Denko Kk | CURABLE COMPOSITION FOR TRANSFER MATERIAL AND METHOD FOR FORMING PATTERNS |
CN101463182B (zh) * | 2009-01-06 | 2012-02-08 | 清华大学 | 一种超微细压电陶瓷阵列结构复合材料及其制备方法 |
GB2466816A (en) * | 2009-01-08 | 2010-07-14 | Ge Healthcare Ltd | High throughput DNA damage assay and separable multi-well plate apparatus |
WO2010088517A1 (en) * | 2009-01-30 | 2010-08-05 | The U.S.A., As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Methods and systems for purifying transferring and/or manipulating nucleic acids |
DE102009012169B3 (de) * | 2009-03-06 | 2010-11-04 | Albert-Ludwigs-Universität Freiburg | Vorrichtung und Verfahren zum Herstellen eines Replikats oder eines Derivats aus einem Array von Molekülen und Anwendungen derselben |
US8574835B2 (en) | 2009-05-29 | 2013-11-05 | Life Technologies Corporation | Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using |
DE102010004741B4 (de) * | 2010-01-14 | 2023-02-23 | Schott Ag | Verfahren zur Herstellung eines Verbundmaterials sowie Küchengerät |
WO2011159942A1 (en) | 2010-06-18 | 2011-12-22 | Illumina, Inc. | Conformational probes and methods for sequencing nucleic acids |
DE202010010860U1 (de) | 2010-07-30 | 2011-11-02 | Geka Gmbh | Applikator und Kosmetikeinheit aufweisend den Applikator |
JP5959516B2 (ja) * | 2010-08-18 | 2016-08-02 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 電気化学的検出装置のためのマイクロウェルの化学コーティング法 |
US9671344B2 (en) * | 2010-08-31 | 2017-06-06 | Complete Genomics, Inc. | High-density biochemical array chips with asynchronous tracks for alignment correction by moiré averaging |
EP2632593B1 (en) | 2010-10-27 | 2021-09-29 | Illumina, Inc. | Flow cells for biological or chemical analysis |
US8951781B2 (en) | 2011-01-10 | 2015-02-10 | Illumina, Inc. | Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis |
WO2012106072A2 (en) | 2011-02-03 | 2012-08-09 | Illumina, Inc. | Methods for minimizing sequence specific bias |
CN102277294B (zh) * | 2011-08-03 | 2013-04-17 | 浙江大学 | 一种用于数字核酸扩增的高密度阵列芯片装置 |
US9566560B2 (en) | 2011-10-06 | 2017-02-14 | Illumina, Inc. | Array domains having rotated patterns |
EP2771103B1 (en) | 2011-10-28 | 2017-08-16 | Illumina, Inc. | Microarray fabrication system and method |
US9012022B2 (en) | 2012-06-08 | 2015-04-21 | Illumina, Inc. | Polymer coatings |
US8895249B2 (en) | 2012-06-15 | 2014-11-25 | Illumina, Inc. | Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries |
US9512422B2 (en) * | 2013-02-26 | 2016-12-06 | Illumina, Inc. | Gel patterned surfaces |
-
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Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010026950A1 (ja) * | 2008-09-08 | 2010-03-11 | 株式会社日立製作所 | Dna検出装置、及びdna検出デバイス、並びにdna検出方法 |
WO2012170936A2 (en) * | 2011-06-09 | 2012-12-13 | Illumina, Inc. | Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
MICROELECTRON. ENG., vol. 86, JPN6023012064, 2009, pages 661 - 664, ISSN: 0005030496 * |
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