JP5687684B2 - 光分析装置、光分析方法並びに光分析用コンピュータプログラム - Google Patents
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Description
2…光源
3…シングルモードオプティカルファイバー
4…コリメータレンズ
5…ダイクロイックミラー
6、7、11…反射ミラー
8…対物レンズ
9…マイクロプレート
10…ウェル(試料溶液容器)
12…コンデンサーレンズ
13…ピンホール
14…バリアフィルター
15…マルチモードオプティカルファイバー
16…光検出器
17…ミラー偏向器
17a…ステージ位置変更装置
18…コンピュータ
本発明による光分析技術を実現する光分析装置は、基本的な構成に於いて、図1(A)に模式的に例示されている如き、FCS、FIDA等が実行可能な共焦点顕微鏡の光学系と光検出器とを組み合わせてなる装置であってよい。同図を参照して、光分析装置1は、光学系2〜17と、光学系の各部の作動を制御すると共にデータを取得し解析するためのコンピュータ18とから構成される。光分析装置1の光学系は、通常の共焦点顕微鏡の光学系と同様であってよく、そこに於いて、光源2から放射されシングルモードファイバー3内を伝播したレーザー光(Ex)が、ファイバーの出射端に於いて固有のNAにて決まった角度にて発散する光となって放射され、コリメーター4によって平行光となり、ダイクロイックミラー5、反射ミラー6、7にて反射され、対物レンズ8へ入射される。対物レンズ8の上方には、典型的には、1〜数十μLの試料溶液が分注される試料容器又はウェル10が配列されたマイクロプレート9が配置されており、対物レンズ8から出射したレーザー光は、試料容器又はウェル10内の試料溶液中で焦点を結び、光強度の強い領域(励起領域)が形成される。試料溶液中には、観測対象物である発光粒子、典型的には、蛍光性粒子又は蛍光色素等の発光標識が付加された粒子が分散又は溶解されており、かかる発光粒子が励起領域に進入すると、その間、発光粒子が励起され光が放出される。放出された光(Em)は、対物レンズ8、ダイクロイックミラー5を通過し、ミラー11にて反射してコンデンサーレンズ12にて集光され、ピンホール13を通過し、バリアフィルター14を透過して(ここで、特定の波長帯域の光成分のみが選択される。)、マルチモードファイバー15に導入されて、光検出器16に到達し、時系列の電気信号に変換された後、コンピュータ18へ入力され、後に説明される態様にて光分析のための処理が為される。なお、当業者に於いて知られている如く、上記の構成に於いて、ピンホール13は、対物レンズ8の焦点位置と共役の位置に配置されており、これにより、図1(B)に模式的に示されている如きレーザー光の焦点領域、即ち、励起領域内から発せられた光のみがピンホール13を通過し、励起領域以外からの光は遮断される。図1(B)に例示されたレーザー光の焦点領域は、通常、1〜10fL程度の実効体積を有する本光分析装置に於ける光検出領域であり(典型的には、光強度が領域の中心を頂点とするガウス様分布となる。実効体積は、光強度が1/e2となる面を境界とする略楕円球体の体積である。)、コンフォーカル・ボリュームと称される。また、本発明では、1つの発光粒子からの光、例えば、一つの蛍光色素分子からの微弱光が検出されるので、光検出器16としては、好適には、フォトンカウンティングに使用可能な超高感度の光検出器が用いられる。光の検出がフォトンカウンティングによる場合、光強度の測定は、所定時間に亘って、逐次的に、所定の単位時間毎(BIN TIME)に、光検出器に到来するフォトンの数を計測する態様にて実行される。従って、この場合、時系列の光強度のデータは、時系列のフォトンカウントデータである。また、顕微鏡のステージ(図示せず)には、観察するべきウェル10を変更するべく、マイクロプレート9の水平方向位置を移動するためのステージ位置変更装置17aが設けられていてよい。ステージ位置変更装置17aの作動は、コンピュータ18により制御されてよい。かかる構成により、検体が複数在る場合にも、迅速な計測が達成可能となる。
FCS、FIDA等の分光分析技術は、従前の生化学的な分析技術に比して、必要な試料量が極めて少なく、且つ、迅速に検査が実行できる点で優れている。しかしながら、FCS、FIDA等の分光分析技術では、原理的に、観測対象粒子の濃度や特性は、蛍光強度のゆらぎに基づいて算定されるので、精度のよい測定結果を得るためには、試料溶液中の観測対象粒子の濃度又は数密度が、図12(A)に模式的に描かれているように、蛍光強度の計測中に常に一個程度の観測対象粒子が光検出領域CV内に存在するレベルであり、同図の右側に示されている如く、計測時間中に常に有意な光強度(フォトンカウント)が検出されることが要求される。もし観測対象粒子の濃度又は数密度がそれよりも低い場合、例えば、図12(B)に描かれているように、観測対象粒子がたまにしか光検出領域CV内へ進入しないレベルである場合には、同図の右側に例示されている如く、有意な光強度(フォトンカウント)が、計測時間の一部にしか現れないこととなり、精度のよい光強度のゆらぎの算定が困難となる。また、観測対象粒子の濃度が計測中に常に一個程度の観測対象粒子が光検出領域内に存在するレベルよりも大幅に低い場合には、光強度のゆらぎの演算に於いて、バックグラウンドの影響を受けやすく、演算に十分な量の有意な光強度データを得るために計測時間が長くなる。
図1(A)に例示の光分析装置1を用いた本発明による光分析に於いては、具体的には、(1)発光粒子(観測対象粒子)を含む試料溶液の光強度の測定処理過程と、(2)測定された光強度の分析処理過程とが実行される。
本発明の光分析技術の観測対象物となる粒子は、溶解された分子等の、試料溶液中にて分散し溶液中にてランダムに運動する粒子であれば、任意のものであってよく、例えば、タンパク質、ペプチド、核酸、脂質、糖鎖、アミノ酸若しくはこれらの凝集体などの生体分子、ウイルス、細胞、或いは、金属コロイド、その他の非生物学的分子などであってよい。観測対象物となる粒子が光を発する粒子でない場合には、発光標識(蛍光分子、りん光分子、化学・生物発光分子)が観測対象物となる粒子に任意の態様にて付加されたものが用いられる。試料溶液は、典型的には水溶液であるが、これに限定されず、有機溶媒その他の任意の液体であってよい。
(2Wo)2=6D・Δt …(1)
から、
Δt=(2Wo)2/6D …(2)
となるので、発光粒子がブラウン運動により移動する速度(拡散移動速度)Vdifは、概ね、
Vdif=2Wo/Δt=3D/Wo …(3)
となる。そこで、光検出領域の位置の移動速度は、かかるVdifを参照して、それよりも十分に早い値に設定されてよい。例えば、観測対象粒子の拡散係数が、D=2.0×10−10m2/s程度であると予想される場合には、Woが、0.62μm程度だとすると、Vdifは、1.0×10−3m/sとなるので、光検出領域の位置の移動速度は、その10倍以上の15mm/sと設定されてよい。なお、観測対象粒子の拡散係数が未知の場合には、光検出領域の位置の移動速度を種々設定して光強度の変化のプロファイルが、予想されるプロファイル(典型的には、励起光強度分布と略同様)となる条件を見つけるための予備実験を繰り返し実行して、好適な光検出領域の位置の移動速度が決定されてよい。
上記の処理により試料溶液の時系列の光強度データが得られると、コンピュータ18に於いて、記憶装置に記憶されたプログラム(時系列の光強度データを平滑化する手順、平滑化された時系列の光強度データに於いて個々の発光粒子からの光信号を個別に検出する手順)に従った処理により、下記の如き光強度の分析が実行されてよい。
時系列の光強度データに於いて、一つの発光粒子の光検出領域を通過する際の軌跡が、図4(A)に示されている如く略直線状である場合、その発光粒子に対応する光強度の変化は、図5(A)に模式的に描かれている如く、(光学系により決定される)光検出領域の光強度分布を反映したプロファイル(通常、略釣鐘状)を有する。そこで、発光粒子の検出の一つの手法に於いて、光強度に対して閾値Ioが設定され、その閾値を超える光強度が継続する時間幅Δτが所定の範囲にあるとき、その光強度のプロファイルが一つの発光粒子が光検出領域を通過したことに対応すると判定され、一つの発光粒子の検出が為されるようになっていてよい。光強度に対する閾値Io及び時間幅Δτに対する所定の範囲は、光検出領域に対して所定の速度にて相対的に移動する発光粒子から発せられる光の強度として想定されるプロファイルに基づいて定められるところ、具体的な値は、実験的に任意に設定されてよく、また、観測対象粒子の特性によって選択的に決定されてよい。
I=A・exp(−2t2/a2) …(4)
であると仮定できるときには、有意な光強度のプロファイル(バックグラウンドでないと明らかに判断できるプロファイル)に対して式(4)をフィッティングして算出された強度A及び幅aが所定の範囲内にあるとき、その光強度のプロファイルが一つの発光粒子が光検出領域を通過したことに対応すると判定され、一つの発光粒子の検出が為されてよい。(強度A及び幅aが所定の範囲外にあるときには、ノイズ又は異物として分析に於いて無視されてよい。)
発光粒子のカウンティングは、上記の発光粒子の検出の手法により検出された発光粒子の数を、任意の手法により、計数することにより為されてよい。しかしながら、発光粒子の数が大きい場合には、例えば、以下に示す如き態様にて為されてよい。
発光粒子のカウンティングが為されると、光検出領域の通過した領域の総体積を用いて、発光粒子の数密度又は濃度が決定される。しかしながら、光検出領域の実効体積は、励起光又は検出光の波長、レンズの開口数、光学系の調整状態に依存して変動するため、設計値から算定することは困難である。そこで、本実施形態に於いては、発光粒子の濃度が既知の溶液(対照溶液)について、検査されるべき試料溶液の測定と同様の条件にて、上記に説明した光強度の測定、発光粒子の検出及びカウンティングを行い、検出された発光粒子の数と対照溶液の発光粒子の濃度とから、光検出領域の通過した領域の総体積、即ち、発光粒子の検出数と濃度との関係が決定されるようになっていてよい。対照溶液の発光粒子としては、好ましくは、観測対象粒子と同様の波長特性を有する発光標識(蛍光色素等)であってよい。具体的には、例えば、発光粒子の濃度Cの対照溶液について、対照溶液の発光粒子の検出数がNであったとすると、光検出領域の通過した領域の総体積Vtは、
Vt=N/C …(5)
により与えられる。また、対照溶液として、発光粒子の複数の異なる濃度の溶液が準備され、それぞれについて測定が実行されて、算出されたVtの平均値が光検出領域の通過した領域の総体積Vtとして採用されるようになっていてよい。そして、Vtが与えられると、発光粒子のカウンティング結果がnの試料溶液の発光粒子の数密度cは、
c=n/Vt …(6)
により与えられる。なお、光検出領域の体積、光検出領域の通過した領域の総体積は、上記の方法によらず、任意の方法にて、例えば、FCS、FIDAを利用するなどして与えられるようになっていてよい。また、本実施形態の光分析装置に於いては、想定される光検出領域の移動パターンについて、種々の標準的な発光粒子についての濃度Cと発光粒子の数Nとの関係(式(5))の情報をコンピュータ18の記憶装置に予め記憶しておき、装置の使用者が光分析を実施する際に適宜記憶された関係の情報を利用できるようになっていてよい。
本発明の光分析技術の原理により、試料溶液内の発光粒子の数密度に対応した発光粒子のカウンティング結果が得られることを確認するために、下記の如き計算実験を行った。図7は、計算実験に於いて仮定したモデルを説明する図を示している。
I=A・exp[−2(X2+Y2+Z2)/Wo2] …(7)
を設定し、立方体内の座標(X,Y,Z)に位置する粒子が、式(7)によって与えられる光を発すると仮定した。式(7)に於いて、Aは、中心の強度であり、A=1とし、Woは、ビームウェストであり、Wo=620nmとした。Woを半径とする球体は、実効的な光検出領域に相当し、その体積が略1fLに設定されることとなる。更に、本発明の光分析技術では、光検出領域の位置が試料溶液に対して移動せしめられる。即ち、試料溶液の空間が光検出領域に対して相対的に移動するということもできる。そこで、モデルに於いて、光検出領域が−X方向に移動速度Vにて空間(試料溶液)に対して移動することをモデル化すべく、立方体内の各粒子のΔt=10μ秒毎の変位に於いて、X方向に、V・Δtが加算されるものとした。図5(B)の上段は、光検出領域の移動速度を15mm/s、粒子濃度を10pMとして、上記のモデルに従って2m秒間に亘って、立方体内の粒子を変位させた場合に得られた光強度データであり、図から理解される如く、直観的に2つの粒子が光検出領域を通過し、強度変化のプロファイルは、それぞれ、概ね、ガウス分布となることが確認された。
濃度 10pM 0.1pM
カウント数 3668個 35.6個
CV値 1.7% 13.3%
この結果から理解される如く、設定された粒子濃度に略比例した粒子のカウント数が得られた。即ち、この結果は、或る特性を有する色素等の発光粒子を、所与の強度の励起光にて励起し、所与の光検出領域の移動速度、計測時間の条件に於いて、発光粒子のカウンティングを実行すると、発光粒子の濃度に定量的に対応したカウント数が得られ、発光粒子の濃度を決定できることを示している。更に、上記と同様の手法にて光検出領域の移動速度を60mm/sとして実験を行ったところ、粒子のカウント数の平均値とCV値(標準偏差/平均値)は、以下の通りとなった。
濃度 10pM 0.1pM
カウント数 11499個 126個
CV値 1.1% 9.4%
この結果によれば、光検出領域の移動速度を増大すると、CV値が低減し、即ち、発光粒子のカウンティングのばらつきを低減することが可能であることを示している。また、同様に、粒子濃度を1fMとし、光検出領域の移動速度を100mm/sとして実験を行ったところ、粒子のカウント数の平均値とCV値(標準偏差/平均値)は、それぞれ、11.6個、7.7%となった。この結果によれば、観測対象粒子の濃度がFCS、FIDAに於いて通常取り扱われる濃度よりも大幅に低い場合でも、本発明に於いては、発光粒子のカウンティングが実行できることを示唆している。
(a)時系列フォトンカウントデータのスムージング処理−移動平均法により、時系列フォトンカウントデータのスムージングを行った。一度に平均するデータ点は9個とし、移動平均処理を5回繰り返した。図8(B)は、図8(A)のデータをスムージングした結果を示している。
(b)時系列フォトンカウントデータに於けるパルス状の信号の存在領域の検出−(a)の処理により得られたスムージング処理後の時系列フォトンカウントデータに於けるパルス状の信号の始点と終点とを決定し、パルス状の信号の存在する領域を画定した。具体的には、まず、スムージング処理後の時系列フォトンカウントデータの全域に亘って時間についての一次微分値を演算し、時系列のフォトンカウントデータの微分値データを調製した。そして、時系列のフォトンカウントデータの微分値データ上の値を参照して、図8(D)に模式的に例示されている如く、パルス状の信号の微分値の変化が大きくなる点をパルス状の信号の始点として選択し、パルス状の信号の微分値の変化が小さくなる点をパルス状の信号の終点として選択して、かかる始点と終点との間をパルス状の信号の存在領域として画定した。パルス状の信号の存在領域の画定は、時系列のフォトンカウントデータの全域に亘って実行した。
(c)釣鐘状関数のフィッティング−(b)の処理により画定されたパルス状の信号の存在領域の各々に対して、釣鐘状関数の関数として、式(4)のガウス関数をフィッティングした。フィッティングは、最小二乗法により行い、(ガウス関数に於ける)ピーク強度A、ピーク幅(半値全幅)a、相関係数を決定した。図8(C)は、図8(B)のデータにフィッティングされた関数を示している。
(d)発光粒子のカウンティング−フィッティングされた関数のピーク強度、ピーク幅及び相関係数を参照して、下記の条件:
20μ秒<ピーク幅<400μ秒
ピーク強度>1(フォトン/10μ秒) …(A)
相関係数>0.95
を満たすパルス状信号のみを発光粒子に対応する光信号であると判定する一方、上記の条件を満たさないパルス状信号はノイズとして無視し、発光粒子に対応する光信号であると判定された信号の数を「パルス数」として計数した。図9は、発光粒子の光信号として判定された信号の例とノイズとして判定された信号との例を示している。
Claims (24)
- 共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する発光粒子からの光を検出する光分析装置であって、
前記試料溶液内に於ける前記光学系の光検出領域の位置を移動する光検出領域移動部と、
前記光検出領域からの光を検出する光検出部と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら前記光検出部にて検出された前記光検出領域からの光の時系列の光強度データを生成し、前記時系列の光強度データを平滑化し、前記平滑化された時系列の光強度データに於いて前記発光粒子の各々からの光信号を個別に検出する信号処理部と
を含むことを特徴とする装置。 - 請求項1の装置であって、前記信号処理部が、前記個別に検出された発光粒子からの光信号の数を計数して前記光検出領域の位置の移動中に検出された前記発光粒子の数を計数することを特徴とする装置。
- 請求項1又は2の装置であって、前記光検出部がフォトンカウンティングにより前記光検出領域からの光を検出し、前記時系列の光強度データが時系列のフォトンカウントデータであることを特徴とする装置。
- 請求項1乃至3のいずれかの装置であって、前記光検出領域移動部が所定の速度にて前記光検出領域の位置を移動することを特徴とする装置。
- 請求項1乃至4のいずれかの装置であって、前記光検出領域移動部が前記発光粒子の拡散移動速度よりも速い速度にて前記光検出領域の位置を移動することを特徴とする装置。
- 請求項1乃至5のいずれかの装置であって、前記信号処理部が、前記平滑化された時系列の光強度データに於ける光信号の形状に基づいて、1つの発光粒子が前記光検出領域に入ったことを検出することを特徴とする装置。
- 請求項1乃至6のいずれかの装置であって、前記信号処理部が、前記平滑化された時系列の光強度データに於いて所定の閾値より大きい強度を有する光信号が検出されたときに1つの発光粒子が前記光検出領域に入ったことを検出することを特徴とする装置。
- 請求項1乃至7のいずれかの装置であって、前記信号処理部が前記検出された発光粒子の数に基づいて、前記試料溶液中の発光粒子の数密度又は濃度を決定することを特徴とする装置。
- 共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する発光粒子からの光を検出する光分析方法であって、
前記試料溶液内に於ける前記光学系の光検出領域の位置を移動する過程と、
前記試料溶液内に於ける前記光検出領域の位置を移動させながら前記光検出領域からの光を検出して時系列の光強度データを生成する過程と、
前記時系列の光強度データを平滑化する過程と、
前記平滑化された時系列の光強度データに於いて個々の発光粒子からの光信号を個別に検出する過程と
を含むことを特徴とする方法。 - 請求項9の方法であって、更に、前記個別に検出された発光粒子からの光信号の数を計数して前記光検出領域の位置の移動中に検出された前記発光粒子の数を計数する過程を含むことを特徴とする方法。
- 請求項9又は10の方法であって、前記光検出領域からの光を検出して時系列の光強度データを生成する過程に於いて、前記光検出領域からの光がフォトンカウンティングにより検出され、前記時系列の光強度データが時系列のフォトンカウントデータであることを特徴とする方法。
- 請求項9乃至11のいずれかの方法であって、前記光検出領域の位置を移動する過程に於いて、前記光検出領域の位置が所定の速度にて移動されることを特徴とする方法。
- 請求項9乃至12のいずれかの方法であって、前記光検出領域の位置を移動する過程に於いて、前記光検出領域の位置が前記発光粒子の拡散移動速度よりも速い速度にて移動されることを特徴とする方法。
- 請求項9乃至13のいずれかの方法であって、前記個々の発光粒子からの光信号を個別に検出する過程に於いて、前記平滑化された時系列の光強度データに於ける光信号の形状に基づいて、1つの発光粒子が前記光検出領域に入ったことが検出されることを特徴とする方法。
- 請求項9乃至14のいずれかの方法であって、前記平滑化された時系列の光強度データに於いて所定の閾値より大きい強度を有する光信号が検出されたときに1つの発光粒子が前記光検出領域に入ったことが検出されることを特徴とする方法。
- 請求項9乃至15のいずれかの方法であって、更に、前記検出された発光粒子の数に基づいて、前記試料溶液中の発光粒子の数密度又は濃度を決定する過程を含むことを特徴とする方法。
- 共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する発光粒子からの光を検出するための光分析用コンピュータプログラムであって、
前記試料溶液内に於ける前記光学系の光検出領域の位置を移動する手順と、
前記試料溶液内に於ける前記光検出領域の位置の移動中に前記光検出領域からの光を検出して時系列の光強度データを生成する手順と、
前記時系列の光強度データを平滑化する手順と、
前記平滑化された時系列の光強度データに於いて個々の発光粒子からの光信号を個別に検出する手順と
をコンピュータに実行させることを特徴とするコンピュータプログラム。 - 請求項17のコンピュータプログラムであって、更に、前記個別に検出された発光粒子からの光信号の数を計数して前記光検出領域の位置の移動中に検出された前記発光粒子の数を計数する手順を含むことを特徴とするコンピュータプログラム。
- 請求項17又は18のコンピュータプログラムであって、前記光検出領域からの光を検出して時系列の光強度データを生成する手順に於いて、前記光検出領域からの光がフォトンカウンティングにより検出され、前記時系列の光強度データが時系列のフォトンカウントデータであることを特徴とするコンピュータプログラム。
- 請求項17乃至19のいずれかのコンピュータプログラムであって、前記光学系の光検出領域の位置を移動する手順に於いて、前記光検出領域の位置が所定の速度にて移動されることを特徴とするコンピュータプログラム。
- 請求項17乃至20のいずれかのコンピュータプログラムであって、前記光学系の光検出領域の位置を移動する手順に於いて、前記光検出領域の位置が前記発光粒子の拡散移動速度よりも速い速度にて移動されることを特徴とするコンピュータプログラム。
- 請求項17乃至21のいずれかのコンピュータプログラムであって、前記個々の発光粒子からの光信号を個別に検出する手順に於いて、前記平滑化された時系列の光強度データに於ける光信号の形状に基づいて、1つの発光粒子が前記光検出領域に入ったことが検出されることを特徴とするコンピュータプログラム。
- 請求項17乃至22のいずれかのコンピュータプログラムであって、前記個々の発光粒子からの光信号を個別に検出する手順に於いて、所定の閾値より大きい強度を有する光信号が検出されたときに1つの発光粒子が前記光検出領域に入ったことが検出されることを特徴とするコンピュータプログラム。
- 請求項17乃至23のいずれかのコンピュータプログラムであって、更に、前記検出された発光粒子の数に基づいて、前記試料溶液中の発光粒子の数密度又は濃度を決定する手順を含むことを特徴とするコンピュータプログラム。
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