JP2021501570A5 - - Google Patents
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Description
均等物
本明細書で引用した各々の及び全ての特許、特許出願及び刊行物の開示は、それらの全体を参照することにより本明細書に組み込まれる。本発明は、特定の態様を参照して開示されているが、本発明の真の趣旨及び範囲から逸脱することなく、他の当業者によって本発明の他の態様及び変形形態が考案され得ることが明らかである。添付の特許請求の範囲は、全てのそのような態様及び均等な変形形態を含むと解釈されることが意図される。 さらに、本発明は次の態様を包含する。
1. 式(I)の化合物(COF1)/CRBN(セレブロン)結合ポリペプチド及び異種ポリペプチド、例えば異種哺乳動物、細菌又はウイルスポリペプチドを含む融合ポリペプチドであって、式(I)の前記化合物は、
(式中、
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体である、融合ポリペプチド。
2. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、前記異種ポリペプチドに融合される、項1に記載の融合ポリペプチド。
3. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、ペプチド結合によって連結される、項1又は2に記載の融合ポリペプチド。
4. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、ペプチド結合以外の結合によって連結される、項1又は2に記載の融合ポリペプチド。
5. 前記異種ポリペプチドは、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドに直接的に連結される、項1〜4のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
6. 前記異種ポリペプチドは、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドに間接的に連結される、項1〜4のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
7. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、リンカー、例えばグリシン−セリンリンカー、例えば配列番号28のアミノ酸配列を含むリンカーを介して作動可能に連結される、項1〜6のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
8. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、前記異種ポリペプチドのC末端又はN末端に連結される、項1〜7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
9. COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとセレブロン(CRBN)との会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下である、項1〜8のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
10. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、COF1の非存在下でCRBNに結合しない、項1〜9のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
11. COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下である、項1〜10のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
12. COF1の非存在下でCRBNに結合しない、項1〜11のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
13. COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項1〜12のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
14. COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項1〜13のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
15. 前記異種ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドは、COF1の存在下おいて1つ以上のリジン又はメチオニン残基でユビキチン化される、項13又は14に記載の融合ポリペプチド。
16. COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項1〜15のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
17. 前記融合ポリペプチドの分解は、COF1の存在下でユビキチン化によって媒介される、項16に記載の融合ポリペプチド。
18. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項9〜17のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
19. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、10〜95のアミノ酸残基長、15〜90のアミノ酸残基長、20〜85のアミノ酸残基長、25〜80のアミノ酸残基長、30〜75のアミノ酸残基長、35〜70のアミノ酸残基長、40〜65のアミノ酸残基長、45〜60のアミノ酸残基長、50〜65のアミノ酸残基長又は55〜65のアミノ酸残基長である、項1〜18のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
20. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、βターンを含む、項1〜19のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
21. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、βヘアピンを含む、項1〜20のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
22. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、βストランドを含む、項1〜21のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
23. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、αヘリックスを含む、項1〜22のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
24. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド及び第1のαヘリックスを含む、項1〜23のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
25. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド、第1のαヘリックス及び第2のαヘリックスを含む、項1〜24のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
26. 前記βヘアピン及び前記第2のαヘリックスは、60、50、40又は30個以下のアミノ酸残基によって隔てられている、項25に記載の融合ポリペプチド。
27. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド又はそのCOF1/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド又はそのCOF1/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZF1、IKZF2、IKZF3、IKZF4、IKZF5又はそのCOF1/CRBN結合変異体に由来するCOF1/CRBN結合配列を含む、項1〜26のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
28. 前記COF1/CRBN結合配列は、前記天然に存在するポリペプチド、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド、例えば天然に存在するIKZF1、IKZF2、IKZF3、IKZF4又はIKZF5に由来する2つ以上の非連続的な配列を含む、項27に記載の融合ポリペプチド。
29. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZFポリペプチド又はその構造モチーフを含む、項1〜28のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
30. 前記IKZFポリペプチドは、IKZF1ポリペプチド、IKZF3ポリペプチド、H141Q置換(配列番号21に従って番号付けされる)を有するIKZF2ポリペプチド、又はH188Q置換(配列番号22に従って番号付けされる)を有するIKZF4ポリペプチドである、項29に記載の融合ポリペプチド。
31. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF(例えば、IKZF1又はIKZF3)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフを含む、項1〜30のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
32. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項31に記載の融合ポリペプチド。
33. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF1又はIKZF3の約10〜約95個のアミノ酸残基、約15〜約90個のアミノ酸残基、約20〜約85個のアミノ酸残基、約25〜約80個のアミノ酸残基、約30〜約75個のアミノ酸残基、約35〜約70個のアミノ酸残基、約40〜約65個のアミノ酸残基、約45〜約65個のアミノ酸残基、約50〜約65個のアミノ酸残基又は約55〜約65個のアミノ酸残基を含む、項1〜32のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
34. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項1〜33のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
35. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項34に記載の融合ポリペプチド。
36. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号5のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)は1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180から1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項1〜35のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
37. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項1〜33のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
38. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項37に記載の融合ポリペプチド。
39. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号6のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170と1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170から1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項1〜33、37又は38のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
40. 以下のアミノ酸残基:配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミン、148位のシステイン、150位のグルタミン、152位のグリシン、161位のロイシン又は162位のロイシンの1つ、2つ、3つ又は全ては、不変のままである、項36〜39のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
41. 配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミンは、不変のままである、項40に記載の融合ポリペプチド。
42. 配列番号19に従って番号付けされる148位のシステインは、不変のままである、項40に記載の融合ポリペプチド。
43. 配列番号19に従って番号付けされる152位のグリシンは、不変のままである、項40に記載の融合ポリペプチド。
44. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜139(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号40のアミノ酸配列を含む、項1〜43のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
45. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号5又は77のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜44のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
46. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号6又は78のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜44のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
47. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項1〜46のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
48. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項47に記載の融合ポリペプチド。
49. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249から1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項1〜48のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
50. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む、項1〜49のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
51. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、MALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む、項1〜49のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
52. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180及び236〜249に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項1〜51のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
53. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項52に記載の融合ポリペプチド。
54. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列(例えば、配列番号5のアミノ酸配列を含む第1の配列)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列);及びIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第2の配列(例えば、配列番号11のアミノ酸配列を含む第2の配列)又はIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列)を含む、項1〜53のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
55. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1又は3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜54のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
56. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1又は3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜55のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
57. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号14又は85のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
58. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号15又は86のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
59. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、対応する天然配列よりも少なくとも1つ少ないリジンを含む、項1〜58のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
60. 前記対応する天然配列中の1つ以上のリジン残基は、異なるアミノ酸、例えばアルギニンによって置き換えられる、項59に記載の融合ポリペプチド。
61. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、1、2、3、4又は5個未満のリジン残基を含む、項59又は60に記載の融合ポリペプチド。
62. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、リジン残基を含まない、項61に記載の融合ポリペプチド。
63. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、例えば、COF1の存在下において、例えば本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、ユビキチン化されず、任意選択により、ユビキチン化は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項1〜62のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
64. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号4、41、42及び43からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項1〜63のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
65. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号2又は4のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜63のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
66. 前記COF1は、免疫調節性イミド薬剤(IMiD)又はその薬学的に許容される塩である、項1〜65のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
67. 前記COF1は、式(I−a):
(式中、
環Aは、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
Mは、存在しないか、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル又はC 1 〜C 6 ヘテロアルキルであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3a は、水素、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2又は3であり;
oは、0、1、2、3、4又は5であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物若しくは互変異性体の構造を有する、項1〜65のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
68. Xは、Oである、項67に記載の融合ポリペプチド。
69. Mは、存在しない、項67又は68に記載の融合ポリペプチド。
70. 環Aは、ヘテロシクリル(例えば、窒素含有ヘテロシクリル、例えば2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン)である、項67〜69のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
71. R 4 は、オキソ又はOR B (例えば、−OCH 3 又は−OCH 2 CH 3 )であり、且つoは、0、1又は2である、項67〜70のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
72. R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素であるか、又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基を形成する、項67〜71のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
73. R 3a は、ヘテロアルキル(例えば、−CH 2 NHC(O)CH 2 )、−N(R C )(R D )(例えば、−NH 2 )又は−N(R C )C(O)R A (例えば、−NHC(O)CH 3 )である、項67〜72のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
74. nは、0である、項67〜73のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
75. 前記COF1は、サリドマイド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩である、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
76. 前記COF1は、レナリドミド、ポマリドミド、サリドマイド及び2−(4−(tert−ブチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)アセトアミド又はその薬学的に許容される塩からなる群から選択される、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
77. 前記COF1は、
又はその薬学的に許容される塩からなる群から選択される、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
78. 前記COF1は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩である、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
79. 前記COF1は、レナリドミド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩である、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
80. 分解ドメインをさらに含み、前記分解ドメインは、異種プロテアーゼ切断部位によって前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドから隔てられている、項1〜79のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
81. N末端からC末端までに、
i)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチド;
ii)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチド;
iii)前記COF1/CRBN結合ポリペプチド、前記異種ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン;又は
iv)前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン
を含む、項80に記載の融合ポリペプチド。
82. N末端からC末端までに、前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチドを含む、項80に記載の融合ポリペプチド。
83. 異種プロテアーゼ切断部位によって隔てられた第1のドメイン及び第2のドメインを含む融合ポリペプチドであって、前記第1のドメインは、分解ドメインを含み、及び前記第2のドメインは、式(II)の化合物(COF2)/CRBN(セレブロン)結合ポリペプチド及び異種ポリペプチド、例えば異種哺乳動物、細菌又はウイルスポリペプチドを含み、式(II)の前記化合物は、
(式中、
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 10 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )若しくは−N(R C )S(O) x R E 又はL−タグであり;各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 11 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、C(O)R A 、−C(O)OR B 、OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 11 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、ハロ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各Lは、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、−C(O)R A1 、−C(O)OR B1 、−OR B1 、−N(R C1 )(R D1 )、−C(O)N(R C1 )(R D1 )、−N(R C1 )C(O)R A1 、−S(O) x R E1 、−S(O) x N(R C1 )(R D1 )又は−N(R C1 )S(O) x R E1 であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 12 で置換され;
各タグは、標的タンパク質に結合可能な標的化部分であり;
R A1 、R B1 、R C1 、R D1 及びR E1 の各々は、独立して、水素、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 12 で置換され;
各R 12 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、ハロ、シアノ、カルボシクリル又はヘテロシクリルであり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、互変異性体若しくはプロドラッグである、融合ポリペプチド。
84. 前記分解ドメインは、前記融合ポリペプチドの発現の第1のレベルと関連する第1の状態及び前記融合ポリペプチドの発現の第2のレベルと関連する第2の状態を有し、前記第2のレベルは、例えば、安定化化合物の存在下で前記第1のレベルの少なくとも2、3、4、5、10、20又は30倍増大される、項80〜83のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
85. 前記安定化化合物の非存在下において、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上は、分解される、項84に記載の融合ポリペプチド。
86. 前記発現のレベル及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項84又は85に記載の融合ポリペプチド。
87. 前記安定化化合物の存在下において、
i)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;又は
ii)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的である、項84〜86のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
88. 前記分解ドメインは、エストロゲン受容体(ER)ドメイン、FKBタンパク質(FKBP)ドメイン又はジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)ドメインから選択される、項80〜87のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
89. 前記分解ドメインは、エストロゲン受容体(ER)ドメインである、項88に記載の融合ポリペプチド。
90. 前記分解ドメインは、配列番号46又は48と少なくとも90、95、97、98、99又は100%同一であるアミノ酸配列を含む、項89に記載の融合ポリペプチド。
91. 前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項90に記載の融合ポリペプチド。
92. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン若しくは4−ヒドロキシタモキシフェン(4−OHT)又はその薬学的に許容される塩である、項89〜91のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
93. 前記分解ドメインは、FKBタンパク質(FKBP)ドメインである、項88に記載の融合ポリペプチド。
94. 前記分解ドメインは、配列番号50と少なくとも90、95、97、98、99又は100%同一であるアミノ酸配列を含む、項93に記載の融合ポリペプチド。
95. 前記安定化化合物は、Shield−1又はその薬学的に許容される塩である、項93又は94に記載の融合ポリペプチド。
96. 前記分解ドメインは、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)ドメインである、項88に記載の融合ポリペプチド。
97. 前記分解ドメインは、配列番号51と少なくとも90、95、97、98、99又は100%同一であるアミノ酸配列を含む、項96に記載の融合ポリペプチド。
98. 前記安定化化合物は、トリメトプリム又はその薬学的に許容される塩である、項96又は97に記載の融合ポリペプチド。
99. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、哺乳動物の細胞内プロテアーゼによって切断される、項80〜98のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
100. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、フューリン、PCSK1、PCSK5、PCSK6、PCSK7、カテプシンB、グランザイムB、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択されるプロテアーゼによって切断される、項99に記載の融合ポリペプチド。
101. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、RX(K/R)Rコンセンサスモチーフ(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号52)、RXXX[KR]Rコンセンサスモチーフ(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号53)、RRXコンセンサスモチーフ(配列番号54)、I−E−P−D−Xコンセンサスモチーフ(配列番号55)、Ile−Glu/Asp−Gly−Arg(配列番号56)、Asp−Asp−Asp−Asp−Lys(配列番号57)、Pro−Gly−Ala−Ala−His−Tyr(配列番号58)、LPXTG/Aコンセンサスモチーフ(配列番号59)、Leu−Glu−Val−Phe−Gln−Gly−Pro(配列番号60)、Leu−Val−Pro−Arg−Gly−Ser(配列番号61)、E−N−L−Y−F−Q−G(配列番号62)及び[AGSV]−X(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号63)からなる群から選択される切断モチーフを有する配列を含む、項99又は100に記載の融合ポリペプチド。
102. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、フューリンによって切断される、項99に記載の融合ポリペプチド。
103. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、RTKR(配列番号123);GTGAEDPRPSRKRRSLGDVG(配列番号125);GTGAEDPRPSRKRR(配列番号127);LQWLEQQVAKRRTKR(配列番号129);GTGAEDPRPSRKRRSLGG(配列番号131);GTGAEDPRPSRKRRSLG(配列番号133);SLNLTESHNSRKKR(配列番号135);CKINGYPKRGRKRR(配列番号137);及びSARNRQKR(配列番号34)からなる群から選択されるフューリン切断部位を含む、項102に記載の融合ポリペプチド。
104. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、GTGAEDPRPSRKRRSLGDVG(配列番号125)のフューリン切断部位を含む、項102に記載の融合ポリペプチド。
105. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、哺乳動物の細胞外プロテアーゼによって切断される、項80〜98のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
106. 前記哺乳動物の細胞外プロテアーゼは、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択される、項105に記載の融合ポリペプチド。
107. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、Ile−Glu/Asp−Gly−Arg(配列番号56)、Asp−Asp−Asp−Asp−Lys(配列番号57)、Pro−Gly−Ala−Ala−His−Tyr(配列番号58)、LPXTG/Aコンセンサスモチーフ(配列番号59)、Leu−Glu−Val−Phe−Gln−Gly−Pro(配列番号60)、Leu−Val−Pro−Arg−Gly−Ser(配列番号61)、E−N−L−Y−F−Q−G(配列番号62)及び[AGSV]−X(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号63)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項106に記載の融合ポリペプチド。
108. 前記分解ドメインは、前記異種プロテアーゼ切断部位に融合され、前記異種プロテアーゼ切断部位は、前記第2のドメインにさらに融合される、項83〜107のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
109. N末端からC末端までに、
i)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF2/CRBN結合ポリペプチド;
ii)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記COF2/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチド;
iii)前記COF2/CRBN結合ポリペプチド、前記異種ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン;又は
iv)前記異種ポリペプチド及び前記COF2/CRBN結合ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン
を含む、項83〜108のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
110. N末端からC末端までに、前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF2/CRBN結合ポリペプチドを含む、項83〜108のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
111. COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとセレブロン(CRBN)との会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下である、項83〜110のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
112. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、COF2の非存在下でCRBNに結合しない、項83〜111のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
113. COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下である、項83〜112のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
114. COF2の非存在下でCRBNに結合しない、項83〜113のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
115. COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項83〜114のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
116. COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項83〜115のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
117. 前記異種ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドは、COF2の存在下おいて1つ以上のリジン又はメチオニン残基でユビキチン化される、項115又は116に記載の融合ポリペプチド。
118. COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項83〜117のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
119. 前記融合ポリペプチドの分解は、COF2の存在下でユビキチン化によって媒介される、項118に記載の融合ポリペプチド。
120. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項111〜119のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
121. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、10〜95のアミノ酸残基長、15〜90のアミノ酸残基長、20〜85のアミノ酸残基長、25〜80のアミノ酸残基長、30〜75のアミノ酸残基長、35〜70のアミノ酸残基長、40〜65のアミノ酸残基長、45〜60のアミノ酸残基長、50〜65のアミノ酸残基長又は55〜65のアミノ酸残基長である、項83〜120のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
122. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、βターンを含む、項83〜121のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
123. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、βヘアピンを含む、項83〜122のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
124. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、βストランドを含む、項83〜123のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
125. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、αヘリックスを含む、項83〜124のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
126. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド及び第1のαヘリックスを含む、項83〜125のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
127. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド、第1のαヘリックス及び第2のαヘリックスを含む、項83〜126のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
128. 前記βヘアピン及び前記第2のαヘリックスは、60、50、40又は30個以下のアミノ酸残基によって隔てられている、項127に記載の融合ポリペプチド。
129. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド又はそのCOF2/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド又はそのCOF2/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZF1、IKZF2、IKZF3、IKZF4又はIKZF5、そのCOF2/CRBN結合変異体に由来するCOF2/CRBN結合配列を含む、項83〜128のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
130. 前記COF2/CRBN結合配列は、前記天然に存在するポリペプチド、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド、例えば天然に存在するIKZF1、IKZF2、IKZF3、IKZF4又はIKZF5に由来する2つ以上の非連続的な配列を含む、項129に記載の融合ポリペプチド。
131. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZFポリペプチド又はその構造モチーフを含む、項83〜130のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
132. 前記IKZFポリペプチドは、IKZF1ポリペプチド、IKZF3ポリペプチド、H141Q置換(配列番号21に従って番号付けされる)を有するIKZF2ポリペプチド、又はH188Q置換(配列番号22に従って番号付けされる)を有するIKZF4ポリペプチドである、項131に記載の融合ポリペプチド。
133. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF(例えば、IKZF1又はIKZF3)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフを含む、項83〜132のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
134. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項133に記載の融合ポリペプチド。
135. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF1又はIKZF3の約10〜約95個のアミノ酸残基、約15〜約90個のアミノ酸残基、約20〜約85個のアミノ酸残基、約25〜約80個のアミノ酸残基、約30〜約75個のアミノ酸残基、約35〜約70個のアミノ酸残基、約40〜約65個のアミノ酸残基、約45〜約65個のアミノ酸残基、約50〜約65個のアミノ酸残基又は約55〜約65個のアミノ酸残基を含む、項83〜134のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
136. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項83〜135のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
137. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項136に記載の融合ポリペプチド。
138. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号5のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180から1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項83〜137のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
139. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項83〜137のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
140. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項139に記載の融合ポリペプチド。
141. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号6のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170と1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170から1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項83〜137、139又は140のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
142. 以下のアミノ酸残基:配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミン、148位のシステイン、150位のグルタミン、152位のグリシン、161位のロイシン又は162位のロイシンの1つ、2つ、3つ又は全ては、不変のままである、項138〜141のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
143. 配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミンは、不変のままである、項142に記載の融合ポリペプチド。
144. 配列番号19に従って番号付けされる148位のシステインは、不変のままである、項142に記載の融合ポリペプチド。
145. 配列番号19に従って番号付けされる152位のグリシンは、不変のままである、項142に記載の融合ポリペプチド。
146. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜139(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号40のアミノ酸配列を含む、項83〜145のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
147. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号5又は77のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜146のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
148. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号6又は78のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜146のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
149. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項83〜148のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
150. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項149に記載の融合ポリペプチド。
151. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249から1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項83〜150のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
152. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む、項83〜151のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
153. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、MALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む、項83〜152のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
154. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180及び236〜249に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項83〜153のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
155. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項154に記載の融合ポリペプチド。
156. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列(例えば、配列番号5のアミノ酸配列を含む第1の配列)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列);及びIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第2の配列(例えば、配列番号11のアミノ酸配列を含む第2の配列)又はIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列)を含む、項83〜155のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
157. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1又は3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜156のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
158. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1又は3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜157のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
159. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号14又は85のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜158のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
160. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号15又は86のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜159のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
161. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、対応する天然配列よりも少なくとも1つ少ないリジンを含む、項83〜160のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
162. 前記対応する天然配列中の1つ以上のリジン残基は、異なるアミノ酸、例えばアルギニンによって置き換えられる、項161に記載の融合ポリペプチド。
163. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、1、2、3、4又は5個未満のリジン残基を含む、項161又は162に記載の融合ポリペプチド。
164. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、リジン残基を含まない、項163に記載の融合ポリペプチド。
165. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、例えば、COF2の存在下において、例えば本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、ユビキチン化されず、任意選択により、ユビキチン化は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項83〜164のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
166. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号4、41、42及び43からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項83〜165のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
167. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号2又は4のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜165のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
168. 前記COF2は、免疫調節性イミド薬剤(IMiD)又はその薬学的に許容される塩である、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
169. 前記COF2は、式(I):
(式中、
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体の構造を有する、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
170. 前記COF2は、式(I−a):
(式中、
環Aは、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
Mは、存在しないか、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル又はC 1 〜C 6 ヘテロアルキルであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3a は、水素、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2又は3であり;
oは、0、1、2、3、4又は5であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物若しくは互変異性体の構造を有する、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
171. 前記COF2は、サリドマイド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩である、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
172. 前記COF2は、レナリドミド、ポマリドミド、サリドマイド及び2−(4−(tert−ブチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)アセトアミド又はその薬学的に許容される塩からなる群から選択される、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
173. 前記COF2は、
又はその薬学的に許容される塩からなる群から選択される、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
174. 前記COF2は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩である、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
175. 前記COF2は、レナリドミド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩である、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
176. 前記COF2は、式(I):
(式中、
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体の構造を有する、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
177. 前記COF2は、式(I−a):
(式中、
環Aは、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
Mは、存在しないか、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル又はC 1 〜C 6 ヘテロアルキルであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3a は、水素、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2又は3であり;
oは、0、1、2、3、4又は5であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物若しくは互変異性体の構造を有する、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
178. 前記COF2は、免疫調節性イミド薬剤(IMiD)又はその薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
179. 前記COF2は、サリドマイド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
180. 前記COF2は、レナリドミド、ポマリドミド、サリドマイド及び2−(4−(tert−ブチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)アセトアミド又はその薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
181. 前記COF2は、
又はその薬学的に許容される塩からなる群から選択される化合物を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
182. 前記COF2は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
183. 前記COF2は、レナリドミド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
184. 前記COF2は、リガンド(例えば、式(II)のR 10 は、L−タグである)をさらに含む、項176〜183のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
185. 式(II)のR 10 は、L−タグであり、Lは、国際公開第2017/024318号パンフレット(例えば、図28〜31)において開示されるリンカーから選択されるリンカーであり、且つタグは、国際公開第2017/024318号パンフレット(例えば、表T、119〜129頁)において開示されるdTAG標的化リガンドから選択される、項176〜184のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
186. 前記COF2は、IMiD(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及びリガンドを含み、前記IMiD(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)は、例えば、リンカーを介してリガンドに連結される、項83〜184のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
187. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、リガンドに結合し、前記リガンドの非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとIMiD(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)との間の結合は、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドと前記リガンドとの間の結合の0.0001、0.001、0.01、0.1、1又は10%以下であり、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IMiD(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)に結合せず、任意選択により、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、国際公開第2017/024318号パンフレット(例えば、36〜65頁)において開示されるdTAGから選択される、項184〜186のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
188. 前記異種ポリペプチドは、細胞質内及び/若しくは核ポリペプチド又は膜貫通ポリペプチド、例えば表2における異種ポリペプチドから選択される、項1〜187のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
189. 前記細胞質内及び/又は核ポリペプチドは、アポトーシス経路の構成要素(例えば、カスパーゼ9)、CRISPR/Casシステムの構成要素(例えば、Cas9)、転写因子(例えば、MITF、c−Myc、STAT3、STAT5、NF−カッパB、ベータ−カテニン、ノッチ、GLI又はc−JUN)、Tetメチルシトシンジオキシゲナーゼ2(TET2)、FKBP及びタウからなる群から選択される、項188に記載の融合ポリペプチド。
190. 前記膜貫通ポリペプチドは、CD62L、CCR1、CCR2、CCR5、CCR7、CCR10、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR6、CTLA4、PD1、BTLA、VISTA、CD137L、CD80、CD86、TIGIT、CD3、CD8、CD19、CD22、CD20、BCMA,及びキメラ抗原受容体(CAR)からなる群から選択される、項188に記載の融合ポリペプチド。
191. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)、CRISPR/Casシステムの構成要素(例えば、Cas9)、CD8、CD19及びCD22からなる群から選択される、項188に記載の融合ポリペプチド。
192. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)である、項191に記載の融合ポリペプチド。
193. 前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項192に記載の融合ポリペプチド。
194. 前記細胞内シグナル伝達ドメインは、1つ以上の一次シグナル伝達ドメインを含む、項193に記載の融合ポリペプチド。
195. 前記細胞内シグナル伝達ドメインは、1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインを含む、項193又は194に記載の融合ポリペプチド。
196. 前記1つ以上の一次シグナル伝達ドメインの1つは、CD3−ゼータ刺激ドメインを含む、項194に記載の融合ポリペプチド。
197. 前記共刺激シグナル伝達ドメインの1つ以上は、CD27、CD28、4−1BB(CD137)、OX40、GITR、CD30、CD40、ICOS、BAFFR、HVEM、ICAM−1、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CDS、CD7、CD287、LIGHT、NKG2C、NKG2D、SLAMF7、NKp80、NKp30、NKp44、NKp46、CD160、B7−H3及びCD83に特異的に結合するリガンドからなる群から選択される共刺激タンパク質に由来する細胞内ドメインである、項195に記載の融合ポリペプチド。
198. 前記共刺激シグナル伝達ドメインの前記1つ以上は、4−1BB共刺激ドメインを含む、項197に記載の融合ポリペプチド。
199. 前記共刺激シグナル伝達ドメインの前記1つ以上は、CD28共刺激ドメインを含む、項197又は198に記載の融合ポリペプチド。
200. 前記抗原結合ドメインは、scFvである、項193〜199のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
201. 前記抗原結合ドメインは、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1;C型レクチン様分子−1、CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRvIII);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3;TNF受容体ファミリーメンバー;B細胞成熟抗原;Tn抗原((Tn Ag)又は(GalNAcα−Ser/Thr));前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);Fms様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;癌胎児抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン−13受容体サブユニットアルファ−2;メソセリン;インターロイキン11受容体アルファ(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21;血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR−ベータ);ステージ特異的胎児抗原−4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体アルファ;受容体チロシン−タンパク質キナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性ホスファターゼ(PAP);変異した伸張因子2(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質アルファ(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−I受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロペイン)サブユニット、ベータ型、9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);切断点クラスター領域(BCR)及びエーベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)(bcr−abl)からなる癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3;トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);o−アセチル−GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体ベータ;腫瘍内皮細胞マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮細胞マーカー7−関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5、メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーティングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);globoHグリコセラミド(GloboH)のヘキササッカリド部分;哺乳動物腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体ベータ3(ADRB3);パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役型受容体20(GPR20);リンパ球抗原6複合体、座位K9(LY6K);嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRガンマ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ESO−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリー、メンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie 2);黒色腫癌精巣抗原−1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原−2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;生存;テロメラーゼ;前立腺癌腫瘍抗原−1、T細胞によって認識される黒色腫抗原1;ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転移ブレークポイント;アポトーシスの黒色腫抑制分子(ML−IAP);ERG(膜貫通プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);N−アセチルグルコサミニル−トランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−mycトリ骨髄細胞腫症ウイルス癌遺伝子神経芽細胞腫由来ホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロムP450 1B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、Xブレークポイント2(SSX2);終末糖化産物のための受容体(RAGE−1);腎臓遍在性1(RU1);腎臓遍在性2(RU2);レグマイン;ヒトパピローマウイルスE6(HPV E6);ヒトパピローマウイルスE7(HPV E7);腸管カルボキシルエステラーゼ;変異熱ショックタンパク質70−2(mut hsp70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1);IgA受容体のFc断片(FCAR又はCD89);白血病免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン−3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);及び免疫グロブリンラムダ様ポリペプチド1(IGLL1)からなる群から選択される抗原に結合する、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
202. 前記抗原は、CD19、CD22、BCMA、CD20、CD123、EGFRvIII又はメソセリンから選択される、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
203. 前記抗原は、CD19である、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
204. 前記抗原は、CD22である、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
205. 前記抗原は、BCMAである、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
206. 前記抗原は、CD20である、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
207. 前記抗原は、CD123である、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
208. 前記抗原は、EGFRvIIIである、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
209. 項1〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子。
210. 項209に記載の核酸分子を含むベクター。
211. ウイルスベクターである、項210に記載のベクター。
212. レンチウイルスベクターである、項210に記載のベクター。
213. 項210〜212のいずれか一項に記載のベクターを含むウイルス粒子。
214. 項1〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、項209に記載の核酸分子又は項210〜212のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞、例えば宿主細胞。
215. 前記細胞、例えば宿主細胞は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞、例えばヒトエフェクター細胞、例えばヒトT細胞又はヒトNK細胞である、項214に記載の細胞。
216. 前記細胞、例えば宿主細胞は、CAR発現細胞、例えばCAR−T細胞である、項214又は215に記載の細胞。
217. 前記細胞、例えば宿主細胞は、CRISPR/CASシステムの構成要素を含む、項214又は215に記載の細胞。
218. 前記細胞、例えば宿主細胞は、ヒト癌細胞、例えばヒト腫瘍細胞である、項214〜217のいずれか一項に記載の細胞。
219. 前記細胞、例えば宿主細胞は、ユビキチンリガーゼ複合体、例えばE3ユビキチンリガーゼ複合体を含み、前記ユビキチンリガーゼ複合体は、CRBNを含む、項214〜218のいずれか一項に記載の細胞。
220. 項1〜79若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含むか、又は項1〜79若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、前記細胞がCOF1、例えば過剰量のCOF1と接触されるとき、
i)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
ii)前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
iii)前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記異種ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
iv)前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
v)前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの分解と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;又は
vi)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項214〜219のいずれか一項に記載の細胞。
221. COF1、例えばレナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩をさらに含む、項214〜220のいずれか一項に記載の細胞。
222. 項80〜82、84〜107若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含むか、又は項80〜82、84〜107若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、安定化化合物の非存在下において、前記融合ポリペプチドは、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上は、分解される、項214〜219のいずれか一項に記載の細胞。
223. 項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含むか、又は項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、安定化化合物の非存在下において、前記融合ポリペプチドは、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上は、分解される、項214〜219のいずれか一項に記載の細胞。
224. 前記異種プロテアーゼ切断部位を切断できるプロテアーゼをさらに含む、項222又は223に記載の細胞。
225. 前記細胞が安定化化合物、例えば過剰量の安定化化合物と接触されるとき、
i)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;
ii)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;又は
iii)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞が前記安定化化合物と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大される、項222〜224のいずれか一項に記載の細胞。
226. 安定化化合物をさらに含む、項222〜225のいずれか一項に記載の細胞。
227. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項222〜226のいずれか一項に記載の細胞。
228. 前記細胞が安定化化合物、例えば過剰量の安定化化合物及びCOF1、例えば過剰量のCOF1と接触されるとき、
i)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物とのみ接触される場合の前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
ii)前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
iii)前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記異種ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
iv)前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
v)前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの分解と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;又は
vi)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項222又は224〜227のいずれか一項に記載の細胞。
229. COF1、例えばレナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩をさらに含む、項222又は224〜228のいずれか一項に記載の細胞。
230. 前記細胞が安定化化合物、例えば過剰量の安定化化合物及びCOF2、例えば、過剰量のCOF2と接触されるとき、
i)前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物とのみ接触される場合の前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
ii)前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
iii)前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記異種ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
iv)前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
v)前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの分解と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;又は
vi)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項223〜229のいずれか一項に記載の細胞。
231. COF2、例えばレナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩をさらに含む、項223〜230のいずれか一項に記載の細胞。
232. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)であり、任意選択により、前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項214〜231のいずれか一項に記載の細胞。
233. 項1〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は項214〜232のいずれか一項に記載の細胞及び薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤を含む医薬組成物。
234. 項214〜232のいずれか一項に記載の細胞を作製する方法であって、細胞、例えば免疫エフェクター細胞を、項209に記載の核酸分子、項210〜212のいずれか一項に記載のベクター又は項213に記載のウイルスベクターによってもたらすことを含む、方法。
235. 項1〜79若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触させることを含む、融合ポリペプチドを分解する方法であって、任意選択により、COF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、方法。
236. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボでCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触される、項235に記載の方法。
237. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、インビボでCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触される、項235に記載の方法。
238. 融合ポリペプチドの発現を制御する方法であって、
i)項80〜82、84〜107若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により前記安定化化合物の存在下において、
a)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;
b)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;又は
c)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大される、工程
を含む、方法。
239. 工程i)後、
ii)項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触させる工程であって、任意選択により、COF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程
をさらに含む、項238に記載の方法。
240. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項238又は239に記載の方法。
241. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボでCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及び/又は前記安定化化合物と接触される、項238〜240のいずれか一項に記載の方法。
242. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、インビボでCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及び/又は前記安定化化合物と接触される、項238〜240のいずれか一項に記載の方法。
243. 融合ポリペプチドの発現を制御する方法であって、
i)項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により前記安定化化合物の存在下において、
a)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;
b)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;又は
c)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大される、工程
を含む、方法。
244. 工程i)後、
ii)項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF2(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触させる工程であって、任意選択により、COF2(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程
をさらに含む、項243に記載の方法。
245. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項243又は244に記載の方法。
246. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボでCOF2(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及び/又は前記安定化化合物と接触される、項243〜245のいずれか一項に記載の方法。
247. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、インビボでCOF2(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及び/又は前記安定化化合物と接触される、項243〜245のいずれか一項に記載の方法。
248. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)であり、任意選択により、前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項234〜247のいずれか一項に記載の方法。
249. 細胞を作製する方法であって、
i)式1の化合物(COF1)/CRBN結合ポリペプチド及びキメラ抗原受容体(CAR)を含む融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含む細胞をもたらす工程であって、任意選択により、前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、工程;及び
ii)前記細胞をエクスビボでCOF1と接触させる工程であって、任意選択により、COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程
を含み、式(I)の前記化合物は、
(式中、
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体である、方法。
250. 前記細胞がエクスビボでCOF1と接触された後、前記細胞の増殖は、COF1との前記接触前の前記細胞の増殖に対して少なくとも例えば1.2、1.5、2、5又は10倍増大される、項249に記載の方法。
251. COF1は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩である、項250に記載の方法。
252. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる)、項249又は250に記載の方法。
253. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)エクスビボで、項1〜79又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞をCOF1と接触させる工程であって、任意選択により、COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記細胞がエクスビボでCOF1と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少される、工程、及び
ii)有効量の前記細胞を前記対象に投与する工程
を含み、任意選択により、工程i)後及び工程ii)前に、
前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/又は周囲で接触するCOF1の量を減少させ、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、方法。
254. 工程ii)後、
iii)有効量のCOF1を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、COF1の投与は、工程ii)後及び工程iii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF1の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項253に記載の方法。
255. 工程iii)後、
iv)COF1の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF1の投与の中断は、工程iii)後及び工程iv)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF1の投与の中断は、工程ii)後及び工程iii)前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF1の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項254に記載の方法。
256. 工程iv)後、
v)工程iii)及び/又はiv)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項255に記載の方法。
257. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)有効量の、項1〜79又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、前記細胞は、投与前にエクスビボでCOF1と接触され、任意選択により、COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記細胞がエクスビボでCOF1と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少され、任意選択により、前記細胞がエクスビボでCOF1と接触された後及び前記細胞が前記対象に投与される前に、前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/又は周囲で接触するCOF1の量は、減少され、それによって前記疾患を治療する、工程
を含む、方法。
258. 前記細胞は、投与前にエクスビボでCOF1と接触されない、項257に記載の方法。
259. 工程i)後、
ii)有効量のCOF1を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、COF1の投与は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF1の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項257又は258に記載の方法。
260. 工程ii)後、
iii)COF1の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF1の投与の中断は、工程ii)後及び工程iii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF1の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF1の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項259に記載の方法。
261. 工程iii)後、
iv)工程ii)及び/又はiii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項260に記載の方法。
262. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)有効量のCOF1を前記対象に投与する工程であって、前記対象は、項1〜79又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を含み、任意選択により、COF1の投与は、COF1の投与前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF1の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
を含む、方法。
263. 工程i)後、
ii)COF1の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF1の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF1の投与の中断は、COF1の投与前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF1の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項262に記載の方法。
264. 工程ii)後、
iii)工程i)及び/又はii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項263に記載の方法。
265. COF1は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる)、項253〜264のいずれか一項に記載の方法。
266. COF1は、レナリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、レナリドミド又はその薬学的に許容される塩は、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mg又は25mgで投与される、項259〜265のいずれか一項に記載の方法。
267. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)前記対象に、
(1)安定化化合物、及び
(2)有効量の、項80〜82、84〜107又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞又は有効量の、項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞
を投与する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍高く、それによって前記疾患を治療する、工程
を含む、方法。
268. 工程i)後、
ii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、工程i)の治療に応答し(例えば、前記対象は、工程i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象は、腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象は、腫瘍細胞の減少を示すか、又は工程i)の治療は、前記対象において有効である)、且つ/又は
b)前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)の治療に対する前記対象の応答に対して応答する(例えば、前記対象は、工程i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象は、腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象は、腫瘍細胞の減少を示すか、又は工程i)の治療は、前記対象において有効である)、工程
をさらに含む、項267に記載の方法。
269. 工程i)後、
iii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)前記安定化化合物の投与の中断は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)前記安定化化合物の投与の中断は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項267に記載の方法。
270. 工程i)後、
iv)前記安定化化合物の投与を中断し、且つ有効量のCOF1又はCOF2を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、工程iv)は、工程i)後及び工程iv)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)工程iv)は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)工程iv)は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項267に記載の方法。
271. 前記有害作用は、急性毒性である、項270に記載の方法。
272. 工程iv)後、
v)例えば、表面に前記融合ポリペプチドを発現する細胞の量が既定値より小さくなった後、例えば1日、5日、10日又は15日間にわたり、COF1又はCOF2の投与を中断する工程
をさらに含む、項270又は271に記載の方法。
273. 工程ii)、iii)、iv)又はv)後、
vi)有効量の安定化化合物を投与する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与は、工程ii)、iii)、iv)又はv)後及び工程vi)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)前記安定化化合物の投与は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)前記安定化化合物の投与は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項268〜272のいずれか一項に記載の方法。
274. 工程vi)後、
vii)工程iii)、iv)、v)又はvi)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項273に記載の方法。
275. 工程i)前に、
viii)エクスビボで前記細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍高い、工程
をさらに含む、項267〜274のいずれか一項に記載の方法。
276. 前記細胞は、投与前にエクスビボで前記安定化化合物と接触されない、項267〜274のいずれか一項に記載の方法。
277. 前記細胞は、投与前にエクスビボで前記安定化化合物、COF1又はCOF2のいずれとも接触されない、項276に記載の方法。
278. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項267〜277のいずれか一項に記載の方法。
279. COF1は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる)、項270〜278のいずれか一項に記載の方法。
280. COF2は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる)、項270〜278のいずれか一項に記載の方法。
281. COF1又はCOF2は、レナリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、レナリドミド又はその薬学的に許容される塩は、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mg又は25mgで投与される、項270〜280のいずれか一項に記載の方法。
282. 前記融合ポリペプチドの前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)であり、任意選択により、前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項253〜281のいずれか一項に記載の方法。
283. 医薬としての使用のための、項1〜233のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、核酸分子、ベクター、ウイルス粒子、細胞又は医薬組成物。
284. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象の治療における使用のための、例えば項253〜282のいずれか一項に記載の方法における使用のための、項1〜233のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、核酸分子、ベクター、ウイルス粒子、細胞又は医薬組成物。
285. 腫瘍抗原の発現を伴う前記疾患は、癌である、項253〜284のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
286. 前記癌は、例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における中皮腫(例えば、悪性胸膜中皮腫);肺癌(例えば、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、扁平細胞肺癌又は肺大細胞癌);膵臓癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における例えば膵管腺癌又は転移性膵管腺癌(PDA));食道腺癌、卵巣癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療のレジメン後に進行してきた対象における例えば漿液性卵巣上皮癌)、乳癌、結腸直腸癌、膀胱癌又はその任意の組合せである、項285に記載の使用のための方法又は組成物。
287. 腫瘍抗原の発現を伴う前記疾患は、血液癌、例えば白血病又はリンパ腫から選択される血液癌である、項253〜284のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
288. 前記癌は、慢性リンパ球性白血病(CLL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、多発性骨髄腫、急性リンパ性白血病(ALL)、ホジキンリンパ腫、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、小リンパ球性白血病(SLL)、B細胞前リンパ性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫(DLBCL)、慢性炎症に関連するDLBCL、慢性骨髄性白血病、骨髄増殖性腫瘍、濾胞性リンパ腫、小児濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型若しくは大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、MALTリンパ腫(粘膜関連リンパ組織型節外性辺縁帯リンパ腫)、辺縁帯リンパ腫、脊髄形成異常、骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンストレーム型マクログロブリン血症、脾辺縁帯リンパ腫、脾リンパ腫/脾性白血病、びまん性赤脾髄小細胞型B細胞リンパ腫、ヘアリーセル白血病−バリアント、リンパ形質細胞性リンパ腫、重鎖病、形質細胞性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫、骨外形質細胞腫、節性辺縁帯リンパ腫、小児節性辺縁帯リンパ腫、原発性皮膚濾胞中心リンパ腫、リンパ腫様肉芽腫症、原発性縦隔(胸腺)大細胞型B細胞リンパ腫、血管内大細胞型B細胞リンパ腫、ALK+大細胞型B細胞リンパ腫、HHV8関連多中心性キャッスルマン病の際に生じる大細胞型B細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、B細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病(AML)又は分類不能リンパ腫から選択される、項287に記載の使用のための方法又は組成物。
289. 前記癌は、MCL、CLL、ALL、ホジキンリンパ腫、AML又は多発性骨髄腫から選択される、項287に記載の使用のための方法又は組成物。
290. 前記細胞は、前記対象に対して自己由来である、項253〜289のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
291. 前記細胞は、前記対象に対して同種異系である、項253〜289のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
292. 前記細胞は、CAR発現細胞、例えばCART細胞である、項253〜291のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
293. 前記対象は、COF1又はCOF2の投与前に、項1〜208のいずれか一項に記載の少なくとも1つの融合ポリペプチドを発現する細胞を投与されている、項253〜292のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
294. 特定の生物学的表現型と関連する遺伝因子、例えば癌の発症及び/又は進行と関連する遺伝因子を同定する方法であって、
i)前記細胞をCOF1、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に暴露することにより、細胞において、項1〜79又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの発現を調節する工程、
(ii)目的の表現型、例えば癌の発症及び/又は進行と関連する表現型を有する細胞を選択する工程、及び
(iii)目的の前記表現型を誘導する前記融合ポリペプチドを同定する工程
を含み、
COF1、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に対する前記細胞の暴露は、COF1、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に対する暴露前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させる、方法。
295. 特定の生物学的表現型と関連する遺伝因子、例えば癌の発症及び/又は進行と関連する遺伝因子を同定する方法であって、
i)前記細胞を安定化化合物、例えばバゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩及び続いてCOF1又はCOF2、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に暴露することにより、細胞において、項80〜82、84〜107若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの発現又は項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの発現を調節する工程、
(ii)目的の表現型、例えば癌の発症及び/又は進行と関連する表現型を有する細胞を選択する工程、及び
(iii)目的の前記表現型を誘導する前記融合ポリペプチドを同定する工程
を含み、
前記安定化化合物、例えばバゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩に対する前記細胞の暴露は、前記安定化化合物、例えばバゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩に対する暴露前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ、COF1又はCOF2、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に対する前記細胞の暴露は、前記安定化化合物に対する暴露後及びCOF1又はCOF2、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に対する暴露前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させる、方法。
296. 式(III)の化合物(COF3)/CRBN(セレブロン)結合ポリペプチド及び異種ポリペプチド、例えば異種哺乳動物、細菌又はウイルスポリペプチドを含む融合ポリペプチドであって、式(III)の前記化合物は、
(式中、
X 1 は、CR 3 であり;
は、X 1 がCR 3 であり且つR 3 が存在しない場合、任意選択により二重結合であり;
各R 1 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ヒドロキシアルキル又はハロであるか、又は
2つのR 1 は、それらが結合される炭素原子とともに5員又は6員ヘテロシクリル環を形成するか、又は
2つのR 1 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともにC 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員若しくは6員ヘテロアリール環を形成し;
R 2 は、水素、C 1 〜C 6 アルキル、−C(O)C 1 〜C 6 アルキル、−C(O)(CH 2 ) 0〜3 −C 6 〜C 10 アリール、−C(O)O(CH 2 ) 0〜3 −C 6 〜C 10 アリール、C 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員若しくは6員ヘテロアリール、C 3 〜C 8 カルボシクリル又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7−ヘテロシクリルであり、前記アルキルは、任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;及び前記アリール、ヘテロアリール、カルボシクリル及びヘテロシクリルは、任意選択により1つ以上のR 5 で置換されるか、又は
R 1 及びR 2 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともに5員又は6員ヘテロシクリル環を形成し;
R 3 は、水素であるか、又は
が二重結合であるとき、R 3 は、存在せず;
各R 4 は、−C(O)OR 6 、−C(O)NR 6 R 6’ 、−NR 6 C(O)R 6’ 、ハロ、−OH、−NH 2 、シアノ、C 6 〜C 10 アリール、O、N及びSから選択される1〜4個のヘテロ原子を含む5員又は6員ヘテロアリール、C 3 〜C 8 カルボシクリル並びにO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリル環から独立して選択され、前記アリール、ヘテロアリール、カルボシクリル及びヘテロシクリルは、任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
各R 5 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ハロアルコキシ、C 1 〜C 6 ヒドロキシアルキル、ハロ、−OH、−NH 2 、シアノ、C 3 〜C 7 カルボシクリル、O、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリル、C 6 〜C 10 アリール並びにO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員又は6員ヘテロアリールから独立して選択されるか、又は
2つのR 5 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともにC 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員若しくは6員ヘテロアリールを形成し、任意選択により1つ以上のR 10 で置換されるか、又は
2つのR 5 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともにC 5 〜C 7 カルボシクリル又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルを形成し、任意選択により1つ以上のR 10 で置換され;
R 6 及びR 6’ は、それぞれ独立して、水素、C 1 〜C 6 アルキル又はC 6 〜C 10 アリールであり;
各R 7 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ハロアルコキシ、−C(O)R 8 、−(CH 2 ) 0〜3 C(O)OR 8 、−C(O)NR 8 R 9 、−NR 8 C(O)R 9 、−NR 8 C(O)OR 9 、−S(O) p NR 8 R 9 、−S(O) p R 12 、(C 1 〜C 6 )ヒドロキシアルキル、ハロ、−OH、−O(CH 2 ) 1〜3 CN、−NH 2 、シアノ、−O(CH 2 ) 0〜3 −C 6 〜C 10 アリール、アダマンチル、O、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む−O(CH 2 ) 0〜3 −5員又は6員ヘテロアリール、C 6 〜C 10 アリール、O、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む単環式又は二環式5〜10員ヘテロアリール、C 3 〜C 7 カルボシクリル並びにO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルから独立して選択され、前記アルキルは、任意選択により1つ以上のR 11 で置換され、且つ前記アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルは、任意選択により、ハロゲン、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 ハロアルキル及びC 1 〜C 6 アルコキシからそれぞれ独立して選択される1つ以上の置換基で置換されるか、又は
2つのR 7 は、それらが結合される炭素原子とともにa=(O)を形成するか、又は
2つのR 7 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともにC 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員若しくは6員ヘテロアリールを形成し、任意選択により1つ以上のR 10 で置換されるか、又は
2つのR 7 は、それらが結合される原子とともにC 5 〜C 7 カルボシクリル又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルを形成し、任意選択により1つ以上のR 10 で置換され;
R 8 及びR 9 は、それぞれ独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 10 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ハロアルコキシ、C 1 〜C 6 ヒドロキシアルキル、ハロ、−OH、−NH 2 及びシアノから独立して選択されるか、又は
2つのR 10 は、それらが結合される炭素原子とともにa=(O)を形成し;
各R 11 は、シアノ、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 6 〜C 10 アリール並びにO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルから独立して選択され、各アリール及びヘテロシクリルは、任意選択により、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ハロアルコキシ、C 1 〜C 6 ヒドロキシアルキル、ハロ、−OH、−NH 2 及びシアノからそれぞれ独立して選択される1つ以上の置換基で置換され;
R 12 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルであり;
R x は、水素又は重水素であり;
pは、0、1又は2であり;
nは、0、1又は2であり;
yは、1又は2であり、ここで、n+y≦3であり;及び
qは、0、1、2、3又は4である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体である、融合ポリペプチド。
297. 式(III)の前記化合物は、式(III−b):
(式中、X 1 、R 1 、R 2 、n、q及びその下位の変数は、項296に記載の式(III)について記載されるとおりに定義される)
の化合物又はその薬学的に許容される塩、水和物、溶媒和物、プロドラッグ、立体異性体及び互変異性体である、項296に記載の融合ポリペプチド。
298. 式(III)の前記化合物は、式(III−d):
(式中、R 1 、R 2 、q及びその下位の変数は、項296に記載の式(III)について記載されるとおりに定義される)
の化合物又はその薬学的に許容される塩、水和物、溶媒和物、プロドラッグ、立体異性体及び互変異性体である、項296又は297に記載の融合ポリペプチド。
299. (i)前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、前記異種ポリペプチドに融合されるか、
(ii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、ペプチド結合によって連結されるか、
(iii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、ペプチド結合以外の結合によって連結されるか、
(iv)前記異種ポリペプチドは、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドに直接的に連結されるか、
(v)前記異種ポリペプチドは、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドに間接的に連結されるか、
(vi)前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、リンカー、例えばグリシン−セリンリンカー、例えば配列番号28のアミノ酸配列を含むリンカーを介して作動可能に連結されるか、又は
(vii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、前記異種ポリペプチドのC末端又はN末端に連結される、項296〜298のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
300. (i)COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF3、例えば過剰量のCOF3の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であり、任意選択により、前記融合ポリペプチドは、COF3の非存在下でCRBNに結合しないか;
(ii)COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF3、例えば過剰量のCOF3の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であり、任意選択により、前記融合ポリペプチドは、COF3の存在下で1つ以上のリジン又はメチオニン残基でユビキチン化されるか;又は
(iii)COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF3、例えば過剰量のCOF3の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であり、任意選択により、前記融合ポリペプチドの分解は、COF3の存在下でユビキチン化によって媒介され;
任意選択により、前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項296〜299のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
301. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、10〜95のアミノ酸残基長、15〜90のアミノ酸残基長、20〜85のアミノ酸残基長、25〜80のアミノ酸残基長、30〜75のアミノ酸残基長、35〜70のアミノ酸残基長、40〜65のアミノ酸残基長、45〜60のアミノ酸残基長、50〜65のアミノ酸残基長又は55〜65のアミノ酸残基長である、項296〜300のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
302. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、βターン、βヘアピン、βストランド又はαヘリックスを含み、任意選択により、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド及び第1のαヘリックスを含み、任意選択により、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド、第1のαヘリックス及び第2のαヘリックスを含み、任意選択により、前記βヘアピン及び前記第2のαヘリックスは、60、50、40又は30個以下のアミノ酸残基によって隔てられている、項296〜301のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
303. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド又はそのCOF3/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド又はそのCOF3/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZF2又はそのCOF3/CRBN結合変異体に由来するCOF3/CRBN結合配列を含み、任意選択により、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、天然に存在するIKZFポリペプチド、例えば天然に存在するIKZF2に由来する2つ以上の非連続的な配列を含む、項296〜302のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
304. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF2のアミノ酸残基130〜174(配列番号21に従って番号付けされる)(例えば、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号113のアミノ酸配列を含む)又はIKZF2のアミノ酸残基130〜174(配列番号21に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号21のアミノ酸残基130〜174と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号21のアミノ酸残基130〜174から1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項296〜303のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
305. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF2のアミノ酸残基230〜243(配列番号21に従って番号付けされる)(例えば、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号114のアミノ酸配列を含む)又はIKZF2のアミノ酸残基230〜243(配列番号21に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5又は10個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号21のアミノ酸残基230〜243と1、2、3、4、5又は10個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号21のアミノ酸残基230〜243から1、2、3、4、5又は10個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項296〜304のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
306. 配列番号21に従って番号付けされる141位のヒスチジンは、不変のままである、項304又は305に記載の融合ポリペプチド。
307. (i)前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF2のアミノ酸残基130〜174(配列番号21に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号113のアミノ酸配列を含み;及び/又は
(ii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF2のアミノ酸残基230〜243(配列番号21に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号114のアミノ酸配列を含む、項296〜306のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
308. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号109のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項296〜307のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
309. 前記異種ポリペプチドは、細胞質内及び/若しくは核ポリペプチド又は膜貫通ポリペプチド、例えば表2における異種ポリペプチドから選択される、項296〜308のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
310. 前記細胞質内及び/又は核ポリペプチドは、アポトーシス経路の構成要素(例えば、カスパーゼ9)、CRISPR/Casシステムの構成要素(例えば、Cas9)、転写因子(例えば、MITF、c−Myc、STAT3、STAT5、NF−カッパB、ベータ−カテニン、ノッチ、GLI又はc−JUN)、Tetメチルシトシンジオキシゲナーゼ2(TET2)、FKBP及びタウからなる群から選択される、項309に記載の融合ポリペプチド。
311. 前記膜貫通ポリペプチドは、CD62L、CCR1、CCR2、CCR5、CCR7、CCR10、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR6、CTLA4、PD1、BTLA、VISTA、CD137L、CD80、CD86、TIGIT、CD3、CD8、CD19、CD22、CD20、BCMA,及びキメラ抗原受容体(CAR)からなる群から選択される、項309に記載の融合ポリペプチド。
312. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)、CRISPR/Casシステムの構成要素(例えば、Cas9)、CD8、CD19及びCD22からなる群から選択され、任意選択により、前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)である、項309に記載の融合ポリペプチド。
313. 前記CARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、一次シグナル伝達ドメイン又は共刺激シグナル伝達ドメイン)を含み、任意選択により、前記一次シグナル伝達ドメインは、CD3−ゼータ刺激ドメインを含み、且つ/又は前記共刺激シグナル伝達ドメインは、CD27、CD28、4−1BB(CD137)、OX40、GITR、CD30、CD40、ICOS、BAFFR、HVEM、ICAM−1、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CDS、CD7、CD287、LIGHT、NKG2C、NKG2D、SLAMF7、NKp80、NKp30、NKp44、NKp46、CD160、B7−H3及びCD83に特異的に結合するリガンドからなる群から選択される共刺激タンパク質に由来する細胞内ドメインを含む、項312に記載の融合ポリペプチド。
314. 前記抗原結合ドメインは、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1;C型レクチン様分子−1、CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRvIII);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3;TNF受容体ファミリーメンバー;B細胞成熟抗原;Tn抗原((Tn Ag)又は(GalNAcα−Ser/Thr));前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);Fms様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;癌胎児抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン−13受容体サブユニットアルファ−2;メソセリン;インターロイキン11受容体アルファ(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21;血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR−ベータ);ステージ特異的胎児抗原−4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体アルファ;受容体チロシン−タンパク質キナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性ホスファターゼ(PAP);変異した伸張因子2(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質アルファ(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−I受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロペイン)サブユニット、ベータ型、9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);切断点クラスター領域(BCR)及びエーベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)(bcr−abl)からなる癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3;トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);o−アセチル−GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体ベータ;腫瘍内皮細胞マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮細胞マーカー7−関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5、メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーティングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);globoHグリコセラミド(GloboH)のヘキササッカリド部分;哺乳動物腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体ベータ3(ADRB3);パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役型受容体20(GPR20);リンパ球抗原6複合体、座位K9(LY6K);嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRガンマ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ESO−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリー、メンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie 2);黒色腫癌精巣抗原−1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原−2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;生存;テロメラーゼ;前立腺癌腫瘍抗原−1、T細胞によって認識される黒色腫抗原1;ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転移ブレークポイント;アポトーシスの黒色腫抑制分子(ML−IAP);ERG(膜貫通プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);N−アセチルグルコサミニル−トランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−mycトリ骨髄細胞腫症ウイルス癌遺伝子神経芽細胞腫由来ホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロムP450 1B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、Xブレークポイント2(SSX2);終末糖化産物のための受容体(RAGE−1);腎臓遍在性1(RU1);腎臓遍在性2(RU2);レグマイン;ヒトパピローマウイルスE6(HPV E6);ヒトパピローマウイルスE7(HPV E7);腸管カルボキシルエステラーゼ;変異熱ショックタンパク質70−2(mut hsp70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1);IgA受容体のFc断片(FCAR又はCD89);白血病免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン−3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);及び免疫グロブリンラムダ様ポリペプチド1(IGLL1)からなる群から選択される抗原に結合し、任意選択により、前記抗原結合ドメインは、CD19、CD22、BCMA、CD20、CD123、EGFRvIII又はメソセリンから選択される抗原に結合する、項312に記載の融合ポリペプチド。
315. 分解ドメインをさらに含み、前記分解ドメインは、異種プロテアーゼ切断部位によって前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドから隔てられている、項296〜314のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
316. N末端からC末端までに、
i)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF3/CRBN結合ポリペプチド;
ii)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチド;
iii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチド、前記異種ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン;又は
iv)前記異種ポリペプチド及び前記COF3/CRBN結合ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン
を含む、項315に記載の融合ポリペプチド。
317. 前記分解ドメインは、前記融合ポリペプチドの発現の第1のレベルと関連する第1の状態及び前記融合ポリペプチドの発現の第2のレベルと関連する第2の状態を有し、前記第2のレベルは、例えば、安定化化合物の存在下で前記第1のレベルの少なくとも2、3、4、5、10、20又は30倍増大され、任意選択により、前記安定化化合物の非存在下において、前記融合ポリペプチドは、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上は、分解されるか;又は
前記安定化化合物の存在下において、
i)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;又は
ii)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的である、項315又は316に記載の融合ポリペプチド。
318. 前記分解ドメインは、エストロゲン受容体(ER)ドメイン、FKBタンパク質(FKBP)ドメイン又はジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)ドメインから選択される、項315〜317のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
319. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、フューリン、PCSK1、PCSK5、PCSK6、PCSK7、カテプシンB、グランザイムB、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択される哺乳動物の細胞内プロテアーゼによって切断される、項315〜318のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
320. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択される哺乳動物の細胞外プロテアーゼによって切断される、項315〜318のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
321. 項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子。
322. 任意選択により、ウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノウイルスベクターである、項321に記載の核酸分子を含むベクター。
323. 項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、項321に記載の核酸分子又は項322に記載のベクターを含む細胞、例えば宿主細胞であって、任意選択により、T細胞、NK細胞又は腫瘍細胞である、細胞、例えば宿主細胞。
324. 項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は項323に記載の細胞及び薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤を含む医薬組成物。
325. 項323に記載の細胞を作製する方法であって、細胞、例えば免疫エフェクター細胞を、項321に記載の核酸分子又は項322に記載のベクターによってもたらすことを含む、方法。
326. 項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF3と接触させることを含む、融合ポリペプチドを分解する方法であって、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少され、任意選択により、
前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボでCOF3と接触されるか、又は
前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、インビボでCOFと接触される、方法。
327. 融合ポリペプチドの発現を制御する方法であって、
i)項315〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により前記安定化化合物の存在下において、
a)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;
b)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;又は
c)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大される、工程であって、任意選択により、前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボ又はインビボで前記安定化化合物と接触される、工程
を含む、方法。
328. 工程i)後、
ii)項315〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF3と接触させる工程であって、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程であって、任意選択により、前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボ又はインビボでCOF3と接触される、工程
をさらに含む、項327に記載の方法。
329. 細胞を作製する方法であって、
i)細胞、例えば免疫エフェクター細胞を、項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子によってもたらす工程;及び
ii)前記細胞をエクスビボでCOF3と接触させる工程であって、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程
を含む、方法。
330. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)エクスビボで、項296〜314のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞をCOF3と接触させる工程であって、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記細胞がエクスビボでCOF3と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少される、工程、及び
ii)有効量の前記細胞を前記対象に投与する工程
を含み、任意選択により、工程i)後及び工程ii)前に、
前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/又は周囲で接触するCOF3の量を減少させ、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、方法。
331. 工程ii)後、
iii)有効量のCOF3を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、COF3の投与は、工程ii)後及び工程iii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF3の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項330に記載の方法。
332. 工程iii)後、
iv)COF3の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF3の投与の中断は、工程iii)後及び工程iv)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF3の投与の中断は、工程ii)後及び工程iii)前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF3の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項331に記載の方法。
333. 工程iv)後、
v)工程iii)及び/又はiv)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項332に記載の方法。
334. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)有効量の、項296〜314のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、前記細胞は、投与前にエクスビボでCOF3と接触され、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記細胞がエクスビボでCOF3と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少され、任意選択により、前記細胞がエクスビボでCOF3と接触された後及び前記細胞が前記対象に投与される前に、前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/又は周囲で接触するCOF3の量は、減少され、それによって前記疾患を治療する、工程
を含む、方法。
335. 前記細胞は、投与前にエクスビボでCOF3と接触されない、項334に記載の方法。
336. 工程i)後、
ii)有効量のCOF3を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、COF3の投与は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF3の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項334又は335に記載の方法。
337. 工程ii)後、
iii)COF3の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF3の投与の中断は、工程ii)後及び工程iii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF3の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF3の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項336に記載の方法。
338. 工程iii)後、
iv)工程ii)及び/又はiii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項337に記載の方法。
339. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)有効量のCOF3を前記対象に投与する工程であって、前記対象は、項296〜314のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を含み、任意選択により、COF3の投与は、COF3の投与前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF3の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
を含む、方法。
340. 工程i)後、
ii)COF3の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF3の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF3の投与の中断は、COF3の投与前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF3の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項339に記載の方法。
341. 工程ii)後、
iii)工程i)及び/又はii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項340に記載の方法。
342. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)前記対象に、
(1)安定化化合物、及び
(2)有効量の、項315〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞又は有効量の、項315〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞
を投与する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍高く、それによって前記疾患を治療する、工程
を含む、方法。
343. 工程i)後、
ii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、工程i)の治療に応答し(例えば、前記対象は、工程i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象は、腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象は、腫瘍細胞の減少を示すか、又は工程i)の治療は、前記対象において有効である)、且つ/又は
b)前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)の治療に対する前記対象の応答に対して応答する(例えば、前記対象は、工程i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象は、腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象は、腫瘍細胞の減少を示すか、又は工程i)の治療は、前記対象において有効である)、工程
をさらに含む、項342に記載の方法。
344. 工程i)後、
iii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)前記安定化化合物の投与の中断は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)前記安定化化合物の投与の中断は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項342に記載の方法。
345. 工程i)後、
iv)前記安定化化合物の投与を中断し、且つ有効量のCOF3を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、工程iv)は、工程i)後及び工程iv)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)工程iv)は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)工程iv)は、有害作用を低減又は予防する、工程であって、
任意選択により、前記有害作用は、急性毒性である、工程
をさらに含む、項342に記載の方法。
346. 工程iv)後、
v)例えば、表面に前記融合ポリペプチドを発現する細胞の量が既定値より小さくなった後、例えば1日、5日、10日又は15日間にわたり、COF3の投与を中断する工程
をさらに含む、項345に記載の方法。
347. 工程ii)、iii)、iv)又はv)後、
vi)有効量の安定化化合物を投与する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与は、工程ii)、iii)、iv)又はv)後及び工程vi)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)前記安定化化合物の投与は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)前記安定化化合物の投与は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項343〜346のいずれか一項に記載の方法。
348. 工程vi)後、
vii)工程iii)、iv)、v)又はvi)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項347に記載の方法。
349. 工程i)前に、
viii)エクスビボで前記細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍高い、工程
をさらに含む、項342〜348のいずれか一項に記載の方法。
350. 前記細胞は、投与前にエクスビボで前記安定化化合物と接触されない、項342〜348のいずれか一項に記載の方法。
351. 腫瘍抗原の発現を伴う前記疾患は、癌である、項330〜350のいずれか一項に記載の方法。
352. 前記癌は、例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における中皮腫(例えば、悪性胸膜中皮腫);肺癌(例えば、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、扁平細胞肺癌又は肺大細胞癌);膵臓癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における例えば膵管腺癌又は転移性膵管腺癌(PDA));食道腺癌、卵巣癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療のレジメン後に進行してきた対象における例えば漿液性卵巣上皮癌)、乳癌、結腸直腸癌、膀胱癌又はその任意の組合せである、項351に記載の方法。
353. 前記癌は、慢性リンパ球性白血病(CLL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、多発性骨髄腫、急性リンパ性白血病(ALL)、ホジキンリンパ腫、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、小リンパ球性白血病(SLL)、B細胞前リンパ性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫(DLBCL)、慢性炎症に関連するDLBCL、慢性骨髄性白血病、骨髄増殖性腫瘍、濾胞性リンパ腫、小児濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型若しくは大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、MALTリンパ腫(粘膜関連リンパ組織型節外性辺縁帯リンパ腫)、辺縁帯リンパ腫、脊髄形成異常、骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンストレーム型マクログロブリン血症、脾辺縁帯リンパ腫、脾リンパ腫/脾性白血病、びまん性赤脾髄小細胞型B細胞リンパ腫、ヘアリーセル白血病−バリアント、リンパ形質細胞性リンパ腫、重鎖病、形質細胞性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫、骨外形質細胞腫、節性辺縁帯リンパ腫、小児節性辺縁帯リンパ腫、原発性皮膚濾胞中心リンパ腫、リンパ腫様肉芽腫症、原発性縦隔(胸腺)大細胞型B細胞リンパ腫、血管内大細胞型B細胞リンパ腫、ALK+大細胞型B細胞リンパ腫、HHV8関連多中心性キャッスルマン病の際に生じる大細胞型B細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、B細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病(AML)又は分類不能リンパ腫から選択される血液癌である、項351に記載の方法。
本明細書で引用した各々の及び全ての特許、特許出願及び刊行物の開示は、それらの全体を参照することにより本明細書に組み込まれる。本発明は、特定の態様を参照して開示されているが、本発明の真の趣旨及び範囲から逸脱することなく、他の当業者によって本発明の他の態様及び変形形態が考案され得ることが明らかである。添付の特許請求の範囲は、全てのそのような態様及び均等な変形形態を含むと解釈されることが意図される。 さらに、本発明は次の態様を包含する。
1. 式(I)の化合物(COF1)/CRBN(セレブロン)結合ポリペプチド及び異種ポリペプチド、例えば異種哺乳動物、細菌又はウイルスポリペプチドを含む融合ポリペプチドであって、式(I)の前記化合物は、
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体である、融合ポリペプチド。
2. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、前記異種ポリペプチドに融合される、項1に記載の融合ポリペプチド。
3. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、ペプチド結合によって連結される、項1又は2に記載の融合ポリペプチド。
4. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、ペプチド結合以外の結合によって連結される、項1又は2に記載の融合ポリペプチド。
5. 前記異種ポリペプチドは、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドに直接的に連結される、項1〜4のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
6. 前記異種ポリペプチドは、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドに間接的に連結される、項1〜4のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
7. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、リンカー、例えばグリシン−セリンリンカー、例えば配列番号28のアミノ酸配列を含むリンカーを介して作動可能に連結される、項1〜6のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
8. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、前記異種ポリペプチドのC末端又はN末端に連結される、項1〜7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
9. COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとセレブロン(CRBN)との会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下である、項1〜8のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
10. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、COF1の非存在下でCRBNに結合しない、項1〜9のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
11. COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下である、項1〜10のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
12. COF1の非存在下でCRBNに結合しない、項1〜11のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
13. COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項1〜12のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
14. COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項1〜13のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
15. 前記異種ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドは、COF1の存在下おいて1つ以上のリジン又はメチオニン残基でユビキチン化される、項13又は14に記載の融合ポリペプチド。
16. COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項1〜15のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
17. 前記融合ポリペプチドの分解は、COF1の存在下でユビキチン化によって媒介される、項16に記載の融合ポリペプチド。
18. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項9〜17のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
19. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、10〜95のアミノ酸残基長、15〜90のアミノ酸残基長、20〜85のアミノ酸残基長、25〜80のアミノ酸残基長、30〜75のアミノ酸残基長、35〜70のアミノ酸残基長、40〜65のアミノ酸残基長、45〜60のアミノ酸残基長、50〜65のアミノ酸残基長又は55〜65のアミノ酸残基長である、項1〜18のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
20. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、βターンを含む、項1〜19のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
21. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、βヘアピンを含む、項1〜20のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
22. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、βストランドを含む、項1〜21のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
23. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、αヘリックスを含む、項1〜22のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
24. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド及び第1のαヘリックスを含む、項1〜23のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
25. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド、第1のαヘリックス及び第2のαヘリックスを含む、項1〜24のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
26. 前記βヘアピン及び前記第2のαヘリックスは、60、50、40又は30個以下のアミノ酸残基によって隔てられている、項25に記載の融合ポリペプチド。
27. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド又はそのCOF1/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド又はそのCOF1/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZF1、IKZF2、IKZF3、IKZF4、IKZF5又はそのCOF1/CRBN結合変異体に由来するCOF1/CRBN結合配列を含む、項1〜26のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
28. 前記COF1/CRBN結合配列は、前記天然に存在するポリペプチド、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド、例えば天然に存在するIKZF1、IKZF2、IKZF3、IKZF4又はIKZF5に由来する2つ以上の非連続的な配列を含む、項27に記載の融合ポリペプチド。
29. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZFポリペプチド又はその構造モチーフを含む、項1〜28のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
30. 前記IKZFポリペプチドは、IKZF1ポリペプチド、IKZF3ポリペプチド、H141Q置換(配列番号21に従って番号付けされる)を有するIKZF2ポリペプチド、又はH188Q置換(配列番号22に従って番号付けされる)を有するIKZF4ポリペプチドである、項29に記載の融合ポリペプチド。
31. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF(例えば、IKZF1又はIKZF3)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフを含む、項1〜30のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
32. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項31に記載の融合ポリペプチド。
33. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF1又はIKZF3の約10〜約95個のアミノ酸残基、約15〜約90個のアミノ酸残基、約20〜約85個のアミノ酸残基、約25〜約80個のアミノ酸残基、約30〜約75個のアミノ酸残基、約35〜約70個のアミノ酸残基、約40〜約65個のアミノ酸残基、約45〜約65個のアミノ酸残基、約50〜約65個のアミノ酸残基又は約55〜約65個のアミノ酸残基を含む、項1〜32のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
34. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項1〜33のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
35. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項34に記載の融合ポリペプチド。
36. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号5のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)は1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180から1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項1〜35のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
37. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項1〜33のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
38. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項37に記載の融合ポリペプチド。
39. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号6のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170と1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170から1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項1〜33、37又は38のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
40. 以下のアミノ酸残基:配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミン、148位のシステイン、150位のグルタミン、152位のグリシン、161位のロイシン又は162位のロイシンの1つ、2つ、3つ又は全ては、不変のままである、項36〜39のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
41. 配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミンは、不変のままである、項40に記載の融合ポリペプチド。
42. 配列番号19に従って番号付けされる148位のシステインは、不変のままである、項40に記載の融合ポリペプチド。
43. 配列番号19に従って番号付けされる152位のグリシンは、不変のままである、項40に記載の融合ポリペプチド。
44. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜139(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号40のアミノ酸配列を含む、項1〜43のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
45. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号5又は77のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜44のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
46. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号6又は78のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜44のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
47. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項1〜46のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
48. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項47に記載の融合ポリペプチド。
49. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249から1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項1〜48のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
50. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む、項1〜49のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
51. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、MALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む、項1〜49のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
52. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180及び236〜249に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項1〜51のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
53. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項52に記載の融合ポリペプチド。
54. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列(例えば、配列番号5のアミノ酸配列を含む第1の配列)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列);及びIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第2の配列(例えば、配列番号11のアミノ酸配列を含む第2の配列)又はIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列)を含む、項1〜53のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
55. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1又は3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜54のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
56. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1又は3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜55のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
57. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号14又は85のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
58. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号15又は86のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
59. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、対応する天然配列よりも少なくとも1つ少ないリジンを含む、項1〜58のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
60. 前記対応する天然配列中の1つ以上のリジン残基は、異なるアミノ酸、例えばアルギニンによって置き換えられる、項59に記載の融合ポリペプチド。
61. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、1、2、3、4又は5個未満のリジン残基を含む、項59又は60に記載の融合ポリペプチド。
62. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、リジン残基を含まない、項61に記載の融合ポリペプチド。
63. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、例えば、COF1の存在下において、例えば本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、ユビキチン化されず、任意選択により、ユビキチン化は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項1〜62のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
64. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号4、41、42及び43からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項1〜63のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
65. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号2又は4のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項1〜63のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
66. 前記COF1は、免疫調節性イミド薬剤(IMiD)又はその薬学的に許容される塩である、項1〜65のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
67. 前記COF1は、式(I−a):
環Aは、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
Mは、存在しないか、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル又はC 1 〜C 6 ヘテロアルキルであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3a は、水素、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2又は3であり;
oは、0、1、2、3、4又は5であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物若しくは互変異性体の構造を有する、項1〜65のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
68. Xは、Oである、項67に記載の融合ポリペプチド。
69. Mは、存在しない、項67又は68に記載の融合ポリペプチド。
70. 環Aは、ヘテロシクリル(例えば、窒素含有ヘテロシクリル、例えば2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン)である、項67〜69のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
71. R 4 は、オキソ又はOR B (例えば、−OCH 3 又は−OCH 2 CH 3 )であり、且つoは、0、1又は2である、項67〜70のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
72. R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素であるか、又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基を形成する、項67〜71のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
73. R 3a は、ヘテロアルキル(例えば、−CH 2 NHC(O)CH 2 )、−N(R C )(R D )(例えば、−NH 2 )又は−N(R C )C(O)R A (例えば、−NHC(O)CH 3 )である、項67〜72のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
74. nは、0である、項67〜73のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
75. 前記COF1は、サリドマイド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩である、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
76. 前記COF1は、レナリドミド、ポマリドミド、サリドマイド及び2−(4−(tert−ブチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)アセトアミド又はその薬学的に許容される塩からなる群から選択される、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
77. 前記COF1は、
78. 前記COF1は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩である、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
79. 前記COF1は、レナリドミド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩である、項1〜74のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
80. 分解ドメインをさらに含み、前記分解ドメインは、異種プロテアーゼ切断部位によって前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドから隔てられている、項1〜79のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
81. N末端からC末端までに、
i)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチド;
ii)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチド;
iii)前記COF1/CRBN結合ポリペプチド、前記異種ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン;又は
iv)前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン
を含む、項80に記載の融合ポリペプチド。
82. N末端からC末端までに、前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチドを含む、項80に記載の融合ポリペプチド。
83. 異種プロテアーゼ切断部位によって隔てられた第1のドメイン及び第2のドメインを含む融合ポリペプチドであって、前記第1のドメインは、分解ドメインを含み、及び前記第2のドメインは、式(II)の化合物(COF2)/CRBN(セレブロン)結合ポリペプチド及び異種ポリペプチド、例えば異種哺乳動物、細菌又はウイルスポリペプチドを含み、式(II)の前記化合物は、
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 10 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )若しくは−N(R C )S(O) x R E 又はL−タグであり;各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 11 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、C(O)R A 、−C(O)OR B 、OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 11 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、ハロ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各Lは、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、−C(O)R A1 、−C(O)OR B1 、−OR B1 、−N(R C1 )(R D1 )、−C(O)N(R C1 )(R D1 )、−N(R C1 )C(O)R A1 、−S(O) x R E1 、−S(O) x N(R C1 )(R D1 )又は−N(R C1 )S(O) x R E1 であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 12 で置換され;
各タグは、標的タンパク質に結合可能な標的化部分であり;
R A1 、R B1 、R C1 、R D1 及びR E1 の各々は、独立して、水素、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 12 で置換され;
各R 12 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、ハロ、シアノ、カルボシクリル又はヘテロシクリルであり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、互変異性体若しくはプロドラッグである、融合ポリペプチド。
84. 前記分解ドメインは、前記融合ポリペプチドの発現の第1のレベルと関連する第1の状態及び前記融合ポリペプチドの発現の第2のレベルと関連する第2の状態を有し、前記第2のレベルは、例えば、安定化化合物の存在下で前記第1のレベルの少なくとも2、3、4、5、10、20又は30倍増大される、項80〜83のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
85. 前記安定化化合物の非存在下において、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上は、分解される、項84に記載の融合ポリペプチド。
86. 前記発現のレベル及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項84又は85に記載の融合ポリペプチド。
87. 前記安定化化合物の存在下において、
i)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;又は
ii)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的である、項84〜86のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
88. 前記分解ドメインは、エストロゲン受容体(ER)ドメイン、FKBタンパク質(FKBP)ドメイン又はジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)ドメインから選択される、項80〜87のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
89. 前記分解ドメインは、エストロゲン受容体(ER)ドメインである、項88に記載の融合ポリペプチド。
90. 前記分解ドメインは、配列番号46又は48と少なくとも90、95、97、98、99又は100%同一であるアミノ酸配列を含む、項89に記載の融合ポリペプチド。
91. 前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項90に記載の融合ポリペプチド。
92. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン若しくは4−ヒドロキシタモキシフェン(4−OHT)又はその薬学的に許容される塩である、項89〜91のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
93. 前記分解ドメインは、FKBタンパク質(FKBP)ドメインである、項88に記載の融合ポリペプチド。
94. 前記分解ドメインは、配列番号50と少なくとも90、95、97、98、99又は100%同一であるアミノ酸配列を含む、項93に記載の融合ポリペプチド。
95. 前記安定化化合物は、Shield−1又はその薬学的に許容される塩である、項93又は94に記載の融合ポリペプチド。
96. 前記分解ドメインは、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)ドメインである、項88に記載の融合ポリペプチド。
97. 前記分解ドメインは、配列番号51と少なくとも90、95、97、98、99又は100%同一であるアミノ酸配列を含む、項96に記載の融合ポリペプチド。
98. 前記安定化化合物は、トリメトプリム又はその薬学的に許容される塩である、項96又は97に記載の融合ポリペプチド。
99. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、哺乳動物の細胞内プロテアーゼによって切断される、項80〜98のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
100. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、フューリン、PCSK1、PCSK5、PCSK6、PCSK7、カテプシンB、グランザイムB、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択されるプロテアーゼによって切断される、項99に記載の融合ポリペプチド。
101. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、RX(K/R)Rコンセンサスモチーフ(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号52)、RXXX[KR]Rコンセンサスモチーフ(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号53)、RRXコンセンサスモチーフ(配列番号54)、I−E−P−D−Xコンセンサスモチーフ(配列番号55)、Ile−Glu/Asp−Gly−Arg(配列番号56)、Asp−Asp−Asp−Asp−Lys(配列番号57)、Pro−Gly−Ala−Ala−His−Tyr(配列番号58)、LPXTG/Aコンセンサスモチーフ(配列番号59)、Leu−Glu−Val−Phe−Gln−Gly−Pro(配列番号60)、Leu−Val−Pro−Arg−Gly−Ser(配列番号61)、E−N−L−Y−F−Q−G(配列番号62)及び[AGSV]−X(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号63)からなる群から選択される切断モチーフを有する配列を含む、項99又は100に記載の融合ポリペプチド。
102. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、フューリンによって切断される、項99に記載の融合ポリペプチド。
103. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、RTKR(配列番号123);GTGAEDPRPSRKRRSLGDVG(配列番号125);GTGAEDPRPSRKRR(配列番号127);LQWLEQQVAKRRTKR(配列番号129);GTGAEDPRPSRKRRSLGG(配列番号131);GTGAEDPRPSRKRRSLG(配列番号133);SLNLTESHNSRKKR(配列番号135);CKINGYPKRGRKRR(配列番号137);及びSARNRQKR(配列番号34)からなる群から選択されるフューリン切断部位を含む、項102に記載の融合ポリペプチド。
104. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、GTGAEDPRPSRKRRSLGDVG(配列番号125)のフューリン切断部位を含む、項102に記載の融合ポリペプチド。
105. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、哺乳動物の細胞外プロテアーゼによって切断される、項80〜98のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
106. 前記哺乳動物の細胞外プロテアーゼは、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択される、項105に記載の融合ポリペプチド。
107. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、Ile−Glu/Asp−Gly−Arg(配列番号56)、Asp−Asp−Asp−Asp−Lys(配列番号57)、Pro−Gly−Ala−Ala−His−Tyr(配列番号58)、LPXTG/Aコンセンサスモチーフ(配列番号59)、Leu−Glu−Val−Phe−Gln−Gly−Pro(配列番号60)、Leu−Val−Pro−Arg−Gly−Ser(配列番号61)、E−N−L−Y−F−Q−G(配列番号62)及び[AGSV]−X(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号63)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項106に記載の融合ポリペプチド。
108. 前記分解ドメインは、前記異種プロテアーゼ切断部位に融合され、前記異種プロテアーゼ切断部位は、前記第2のドメインにさらに融合される、項83〜107のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
109. N末端からC末端までに、
i)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF2/CRBN結合ポリペプチド;
ii)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記COF2/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチド;
iii)前記COF2/CRBN結合ポリペプチド、前記異種ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン;又は
iv)前記異種ポリペプチド及び前記COF2/CRBN結合ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン
を含む、項83〜108のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
110. N末端からC末端までに、前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF2/CRBN結合ポリペプチドを含む、項83〜108のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
111. COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとセレブロン(CRBN)との会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下である、項83〜110のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
112. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、COF2の非存在下でCRBNに結合しない、項83〜111のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
113. COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下である、項83〜112のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
114. COF2の非存在下でCRBNに結合しない、項83〜113のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
115. COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項83〜114のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
116. COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項83〜115のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
117. 前記異種ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドは、COF2の存在下おいて1つ以上のリジン又はメチオニン残基でユビキチン化される、項115又は116に記載の融合ポリペプチド。
118. COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項83〜117のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
119. 前記融合ポリペプチドの分解は、COF2の存在下でユビキチン化によって媒介される、項118に記載の融合ポリペプチド。
120. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項111〜119のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
121. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、10〜95のアミノ酸残基長、15〜90のアミノ酸残基長、20〜85のアミノ酸残基長、25〜80のアミノ酸残基長、30〜75のアミノ酸残基長、35〜70のアミノ酸残基長、40〜65のアミノ酸残基長、45〜60のアミノ酸残基長、50〜65のアミノ酸残基長又は55〜65のアミノ酸残基長である、項83〜120のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
122. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、βターンを含む、項83〜121のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
123. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、βヘアピンを含む、項83〜122のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
124. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、βストランドを含む、項83〜123のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
125. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、αヘリックスを含む、項83〜124のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
126. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド及び第1のαヘリックスを含む、項83〜125のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
127. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド、第1のαヘリックス及び第2のαヘリックスを含む、項83〜126のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
128. 前記βヘアピン及び前記第2のαヘリックスは、60、50、40又は30個以下のアミノ酸残基によって隔てられている、項127に記載の融合ポリペプチド。
129. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド又はそのCOF2/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド又はそのCOF2/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZF1、IKZF2、IKZF3、IKZF4又はIKZF5、そのCOF2/CRBN結合変異体に由来するCOF2/CRBN結合配列を含む、項83〜128のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
130. 前記COF2/CRBN結合配列は、前記天然に存在するポリペプチド、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド、例えば天然に存在するIKZF1、IKZF2、IKZF3、IKZF4又はIKZF5に由来する2つ以上の非連続的な配列を含む、項129に記載の融合ポリペプチド。
131. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZFポリペプチド又はその構造モチーフを含む、項83〜130のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
132. 前記IKZFポリペプチドは、IKZF1ポリペプチド、IKZF3ポリペプチド、H141Q置換(配列番号21に従って番号付けされる)を有するIKZF2ポリペプチド、又はH188Q置換(配列番号22に従って番号付けされる)を有するIKZF4ポリペプチドである、項131に記載の融合ポリペプチド。
133. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF(例えば、IKZF1又はIKZF3)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフを含む、項83〜132のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
134. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項133に記載の融合ポリペプチド。
135. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF1又はIKZF3の約10〜約95個のアミノ酸残基、約15〜約90個のアミノ酸残基、約20〜約85個のアミノ酸残基、約25〜約80個のアミノ酸残基、約30〜約75個のアミノ酸残基、約35〜約70個のアミノ酸残基、約40〜約65個のアミノ酸残基、約45〜約65個のアミノ酸残基、約50〜約65個のアミノ酸残基又は約55〜約65個のアミノ酸残基を含む、項83〜134のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
136. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項83〜135のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
137. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項136に記載の融合ポリペプチド。
138. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号5のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180から1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項83〜137のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
139. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項83〜137のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
140. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項139に記載の融合ポリペプチド。
141. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号6のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170と1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜170から1、2、3、4、5、10、15、20、25又は30個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項83〜137、139又は140のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
142. 以下のアミノ酸残基:配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミン、148位のシステイン、150位のグルタミン、152位のグリシン、161位のロイシン又は162位のロイシンの1つ、2つ、3つ又は全ては、不変のままである、項138〜141のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
143. 配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミンは、不変のままである、項142に記載の融合ポリペプチド。
144. 配列番号19に従って番号付けされる148位のシステインは、不変のままである、項142に記載の融合ポリペプチド。
145. 配列番号19に従って番号付けされる152位のグリシンは、不変のままである、項142に記載の融合ポリペプチド。
146. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜139(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号40のアミノ酸配列を含む、項83〜145のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
147. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号5又は77のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜146のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
148. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号6又は78のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜146のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
149. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項83〜148のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
150. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項149に記載の融合ポリペプチド。
151. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む)又はIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249から1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項83〜150のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
152. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む、項83〜151のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
153. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、MALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む、項83〜152のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
154. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、
i)COF2の非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
ii)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であるか;
iii)COF2の非存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記異種ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;
iv)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であるか;又は
v)COF2の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF2、例えば過剰量のCOF2の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、
IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180及び236〜249に由来する十分なアミノ酸配列及び/又は構造モチーフ)を含む、項83〜153のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
155. 前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項154に記載の融合ポリペプチド。
156. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列(例えば、配列番号5のアミノ酸配列を含む第1の配列)又はIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列);及びIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第2の配列(例えば、配列番号11のアミノ酸配列を含む第2の配列)又はIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6又は7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列)を含む、項83〜155のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
157. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1又は3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜156のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
158. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1又は3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜157のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
159. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号14又は85のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜158のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
160. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF3のアミノ酸残基136〜170(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号15又は86のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜159のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
161. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、対応する天然配列よりも少なくとも1つ少ないリジンを含む、項83〜160のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
162. 前記対応する天然配列中の1つ以上のリジン残基は、異なるアミノ酸、例えばアルギニンによって置き換えられる、項161に記載の融合ポリペプチド。
163. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、1、2、3、4又は5個未満のリジン残基を含む、項161又は162に記載の融合ポリペプチド。
164. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、リジン残基を含まない、項163に記載の融合ポリペプチド。
165. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、例えば、COF2の存在下において、例えば本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、ユビキチン化されず、任意選択により、ユビキチン化は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項83〜164のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
166. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号4、41、42及び43からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項83〜165のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
167. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号2又は4のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項83〜165のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
168. 前記COF2は、免疫調節性イミド薬剤(IMiD)又はその薬学的に許容される塩である、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
169. 前記COF2は、式(I):
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体の構造を有する、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
170. 前記COF2は、式(I−a):
環Aは、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
Mは、存在しないか、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル又はC 1 〜C 6 ヘテロアルキルであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3a は、水素、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2又は3であり;
oは、0、1、2、3、4又は5であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物若しくは互変異性体の構造を有する、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
171. 前記COF2は、サリドマイド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩である、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
172. 前記COF2は、レナリドミド、ポマリドミド、サリドマイド及び2−(4−(tert−ブチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)アセトアミド又はその薬学的に許容される塩からなる群から選択される、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
173. 前記COF2は、
174. 前記COF2は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩である、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
175. 前記COF2は、レナリドミド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩である、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
176. 前記COF2は、式(I):
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体の構造を有する、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
177. 前記COF2は、式(I−a):
環Aは、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
Mは、存在しないか、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル又はC 1 〜C 6 ヘテロアルキルであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3a は、水素、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2又は3であり;
oは、0、1、2、3、4又は5であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物若しくは互変異性体の構造を有する、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
178. 前記COF2は、免疫調節性イミド薬剤(IMiD)又はその薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
179. 前記COF2は、サリドマイド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
180. 前記COF2は、レナリドミド、ポマリドミド、サリドマイド及び2−(4−(tert−ブチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)アセトアミド又はその薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
181. 前記COF2は、
182. 前記COF2は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
183. 前記COF2は、レナリドミド又はその類似体若しくは薬学的に許容される塩を含む、項83〜167のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
184. 前記COF2は、リガンド(例えば、式(II)のR 10 は、L−タグである)をさらに含む、項176〜183のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
185. 式(II)のR 10 は、L−タグであり、Lは、国際公開第2017/024318号パンフレット(例えば、図28〜31)において開示されるリンカーから選択されるリンカーであり、且つタグは、国際公開第2017/024318号パンフレット(例えば、表T、119〜129頁)において開示されるdTAG標的化リガンドから選択される、項176〜184のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
186. 前記COF2は、IMiD(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及びリガンドを含み、前記IMiD(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)は、例えば、リンカーを介してリガンドに連結される、項83〜184のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
187. 前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、リガンドに結合し、前記リガンドの非存在下での前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとIMiD(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)との間の結合は、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドと前記リガンドとの間の結合の0.0001、0.001、0.01、0.1、1又は10%以下であり、例えば、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、IMiD(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)に結合せず、任意選択により、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、国際公開第2017/024318号パンフレット(例えば、36〜65頁)において開示されるdTAGから選択される、項184〜186のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
188. 前記異種ポリペプチドは、細胞質内及び/若しくは核ポリペプチド又は膜貫通ポリペプチド、例えば表2における異種ポリペプチドから選択される、項1〜187のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
189. 前記細胞質内及び/又は核ポリペプチドは、アポトーシス経路の構成要素(例えば、カスパーゼ9)、CRISPR/Casシステムの構成要素(例えば、Cas9)、転写因子(例えば、MITF、c−Myc、STAT3、STAT5、NF−カッパB、ベータ−カテニン、ノッチ、GLI又はc−JUN)、Tetメチルシトシンジオキシゲナーゼ2(TET2)、FKBP及びタウからなる群から選択される、項188に記載の融合ポリペプチド。
190. 前記膜貫通ポリペプチドは、CD62L、CCR1、CCR2、CCR5、CCR7、CCR10、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR6、CTLA4、PD1、BTLA、VISTA、CD137L、CD80、CD86、TIGIT、CD3、CD8、CD19、CD22、CD20、BCMA,及びキメラ抗原受容体(CAR)からなる群から選択される、項188に記載の融合ポリペプチド。
191. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)、CRISPR/Casシステムの構成要素(例えば、Cas9)、CD8、CD19及びCD22からなる群から選択される、項188に記載の融合ポリペプチド。
192. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)である、項191に記載の融合ポリペプチド。
193. 前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項192に記載の融合ポリペプチド。
194. 前記細胞内シグナル伝達ドメインは、1つ以上の一次シグナル伝達ドメインを含む、項193に記載の融合ポリペプチド。
195. 前記細胞内シグナル伝達ドメインは、1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインを含む、項193又は194に記載の融合ポリペプチド。
196. 前記1つ以上の一次シグナル伝達ドメインの1つは、CD3−ゼータ刺激ドメインを含む、項194に記載の融合ポリペプチド。
197. 前記共刺激シグナル伝達ドメインの1つ以上は、CD27、CD28、4−1BB(CD137)、OX40、GITR、CD30、CD40、ICOS、BAFFR、HVEM、ICAM−1、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CDS、CD7、CD287、LIGHT、NKG2C、NKG2D、SLAMF7、NKp80、NKp30、NKp44、NKp46、CD160、B7−H3及びCD83に特異的に結合するリガンドからなる群から選択される共刺激タンパク質に由来する細胞内ドメインである、項195に記載の融合ポリペプチド。
198. 前記共刺激シグナル伝達ドメインの前記1つ以上は、4−1BB共刺激ドメインを含む、項197に記載の融合ポリペプチド。
199. 前記共刺激シグナル伝達ドメインの前記1つ以上は、CD28共刺激ドメインを含む、項197又は198に記載の融合ポリペプチド。
200. 前記抗原結合ドメインは、scFvである、項193〜199のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
201. 前記抗原結合ドメインは、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1;C型レクチン様分子−1、CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRvIII);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3;TNF受容体ファミリーメンバー;B細胞成熟抗原;Tn抗原((Tn Ag)又は(GalNAcα−Ser/Thr));前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);Fms様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;癌胎児抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン−13受容体サブユニットアルファ−2;メソセリン;インターロイキン11受容体アルファ(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21;血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR−ベータ);ステージ特異的胎児抗原−4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体アルファ;受容体チロシン−タンパク質キナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性ホスファターゼ(PAP);変異した伸張因子2(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質アルファ(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−I受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロペイン)サブユニット、ベータ型、9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);切断点クラスター領域(BCR)及びエーベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)(bcr−abl)からなる癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3;トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);o−アセチル−GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体ベータ;腫瘍内皮細胞マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮細胞マーカー7−関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5、メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーティングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);globoHグリコセラミド(GloboH)のヘキササッカリド部分;哺乳動物腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体ベータ3(ADRB3);パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役型受容体20(GPR20);リンパ球抗原6複合体、座位K9(LY6K);嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRガンマ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ESO−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリー、メンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie 2);黒色腫癌精巣抗原−1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原−2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;生存;テロメラーゼ;前立腺癌腫瘍抗原−1、T細胞によって認識される黒色腫抗原1;ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転移ブレークポイント;アポトーシスの黒色腫抑制分子(ML−IAP);ERG(膜貫通プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);N−アセチルグルコサミニル−トランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−mycトリ骨髄細胞腫症ウイルス癌遺伝子神経芽細胞腫由来ホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロムP450 1B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、Xブレークポイント2(SSX2);終末糖化産物のための受容体(RAGE−1);腎臓遍在性1(RU1);腎臓遍在性2(RU2);レグマイン;ヒトパピローマウイルスE6(HPV E6);ヒトパピローマウイルスE7(HPV E7);腸管カルボキシルエステラーゼ;変異熱ショックタンパク質70−2(mut hsp70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1);IgA受容体のFc断片(FCAR又はCD89);白血病免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン−3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);及び免疫グロブリンラムダ様ポリペプチド1(IGLL1)からなる群から選択される抗原に結合する、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
202. 前記抗原は、CD19、CD22、BCMA、CD20、CD123、EGFRvIII又はメソセリンから選択される、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
203. 前記抗原は、CD19である、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
204. 前記抗原は、CD22である、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
205. 前記抗原は、BCMAである、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
206. 前記抗原は、CD20である、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
207. 前記抗原は、CD123である、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
208. 前記抗原は、EGFRvIIIである、項193〜200のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
209. 項1〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子。
210. 項209に記載の核酸分子を含むベクター。
211. ウイルスベクターである、項210に記載のベクター。
212. レンチウイルスベクターである、項210に記載のベクター。
213. 項210〜212のいずれか一項に記載のベクターを含むウイルス粒子。
214. 項1〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、項209に記載の核酸分子又は項210〜212のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞、例えば宿主細胞。
215. 前記細胞、例えば宿主細胞は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞、例えばヒトエフェクター細胞、例えばヒトT細胞又はヒトNK細胞である、項214に記載の細胞。
216. 前記細胞、例えば宿主細胞は、CAR発現細胞、例えばCAR−T細胞である、項214又は215に記載の細胞。
217. 前記細胞、例えば宿主細胞は、CRISPR/CASシステムの構成要素を含む、項214又は215に記載の細胞。
218. 前記細胞、例えば宿主細胞は、ヒト癌細胞、例えばヒト腫瘍細胞である、項214〜217のいずれか一項に記載の細胞。
219. 前記細胞、例えば宿主細胞は、ユビキチンリガーゼ複合体、例えばE3ユビキチンリガーゼ複合体を含み、前記ユビキチンリガーゼ複合体は、CRBNを含む、項214〜218のいずれか一項に記載の細胞。
220. 項1〜79若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含むか、又は項1〜79若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、前記細胞がCOF1、例えば過剰量のCOF1と接触されるとき、
i)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
ii)前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
iii)前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記異種ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
iv)前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
v)前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの分解と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;又は
vi)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項214〜219のいずれか一項に記載の細胞。
221. COF1、例えばレナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩をさらに含む、項214〜220のいずれか一項に記載の細胞。
222. 項80〜82、84〜107若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含むか、又は項80〜82、84〜107若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、安定化化合物の非存在下において、前記融合ポリペプチドは、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上は、分解される、項214〜219のいずれか一項に記載の細胞。
223. 項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含むか、又は項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、安定化化合物の非存在下において、前記融合ポリペプチドは、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上は、分解される、項214〜219のいずれか一項に記載の細胞。
224. 前記異種プロテアーゼ切断部位を切断できるプロテアーゼをさらに含む、項222又は223に記載の細胞。
225. 前記細胞が安定化化合物、例えば過剰量の安定化化合物と接触されるとき、
i)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;
ii)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;又は
iii)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞が前記安定化化合物と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大される、項222〜224のいずれか一項に記載の細胞。
226. 安定化化合物をさらに含む、項222〜225のいずれか一項に記載の細胞。
227. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項222〜226のいずれか一項に記載の細胞。
228. 前記細胞が安定化化合物、例えば過剰量の安定化化合物及びCOF1、例えば過剰量のCOF1と接触されるとき、
i)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物とのみ接触される場合の前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
ii)前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
iii)前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記異種ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
iv)前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
v)前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの分解と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;又は
vi)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項222又は224〜227のいずれか一項に記載の細胞。
229. COF1、例えばレナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩をさらに含む、項222又は224〜228のいずれか一項に記載の細胞。
230. 前記細胞が安定化化合物、例えば過剰量の安定化化合物及びCOF2、例えば、過剰量のCOF2と接触されるとき、
i)前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物とのみ接触される場合の前記COF2/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
ii)前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000又は10000倍増大されるか;
iii)前記異種ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記異種ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
iv)前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;
v)前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの分解と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大されるか;又は
vi)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF2ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下である、項223〜229のいずれか一項に記載の細胞。
231. COF2、例えばレナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩をさらに含む、項223〜230のいずれか一項に記載の細胞。
232. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)であり、任意選択により、前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項214〜231のいずれか一項に記載の細胞。
233. 項1〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は項214〜232のいずれか一項に記載の細胞及び薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤を含む医薬組成物。
234. 項214〜232のいずれか一項に記載の細胞を作製する方法であって、細胞、例えば免疫エフェクター細胞を、項209に記載の核酸分子、項210〜212のいずれか一項に記載のベクター又は項213に記載のウイルスベクターによってもたらすことを含む、方法。
235. 項1〜79若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触させることを含む、融合ポリペプチドを分解する方法であって、任意選択により、COF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、方法。
236. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボでCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触される、項235に記載の方法。
237. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、インビボでCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触される、項235に記載の方法。
238. 融合ポリペプチドの発現を制御する方法であって、
i)項80〜82、84〜107若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により前記安定化化合物の存在下において、
a)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;
b)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;又は
c)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大される、工程
を含む、方法。
239. 工程i)後、
ii)項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触させる工程であって、任意選択により、COF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程
をさらに含む、項238に記載の方法。
240. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項238又は239に記載の方法。
241. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボでCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及び/又は前記安定化化合物と接触される、項238〜240のいずれか一項に記載の方法。
242. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、インビボでCOF1(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及び/又は前記安定化化合物と接触される、項238〜240のいずれか一項に記載の方法。
243. 融合ポリペプチドの発現を制御する方法であって、
i)項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により前記安定化化合物の存在下において、
a)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;
b)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;又は
c)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大される、工程
を含む、方法。
244. 工程i)後、
ii)項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF2(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)と接触させる工程であって、任意選択により、COF2(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程
をさらに含む、項243に記載の方法。
245. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項243又は244に記載の方法。
246. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボでCOF2(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及び/又は前記安定化化合物と接触される、項243〜245のいずれか一項に記載の方法。
247. 前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、インビボでCOF2(例えば、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩)及び/又は前記安定化化合物と接触される、項243〜245のいずれか一項に記載の方法。
248. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)であり、任意選択により、前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項234〜247のいずれか一項に記載の方法。
249. 細胞を作製する方法であって、
i)式1の化合物(COF1)/CRBN結合ポリペプチド及びキメラ抗原受容体(CAR)を含む融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含む細胞をもたらす工程であって、任意選択により、前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、工程;及び
ii)前記細胞をエクスビボでCOF1と接触させる工程であって、任意選択により、COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程
を含み、式(I)の前記化合物は、
Xは、O又はSであり;
R 1 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR 4 によって独立して且つ任意選択により置換され;
R 2a 及びR 2b の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであるか;又はR 2a 及びR 2b は、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基又はチオカルボニル基を形成し;
R 3 の各々は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )又は−N(R C )S(O) x R E であり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 6 で置換され;
各R 4 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)R A 、−C(O)OR B 、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、−S(O) x R E 、−S(O) x N(R C )(R D )、−N(R C )S(O) x R E 、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール又はヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
R A 、R B 、R C 、R D 及びR E の各々は、独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 6 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )、−N(R C )C(O)R A 、アリール又はヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立して且つ任意選択により1つ以上のR 8 で置換され;
各R 7 は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
各R 8 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、シアノ、−OR B 、−N(R C )(R D )、−C(O)N(R C )(R D )又は−N(R C )C(O)R A であり;
nは、0、1、2、3又は4であり;及び
xは、0、1又は2である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体である、方法。
250. 前記細胞がエクスビボでCOF1と接触された後、前記細胞の増殖は、COF1との前記接触前の前記細胞の増殖に対して少なくとも例えば1.2、1.5、2、5又は10倍増大される、項249に記載の方法。
251. COF1は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩である、項250に記載の方法。
252. 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる)、項249又は250に記載の方法。
253. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)エクスビボで、項1〜79又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞をCOF1と接触させる工程であって、任意選択により、COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記細胞がエクスビボでCOF1と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少される、工程、及び
ii)有効量の前記細胞を前記対象に投与する工程
を含み、任意選択により、工程i)後及び工程ii)前に、
前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/又は周囲で接触するCOF1の量を減少させ、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、方法。
254. 工程ii)後、
iii)有効量のCOF1を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、COF1の投与は、工程ii)後及び工程iii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF1の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項253に記載の方法。
255. 工程iii)後、
iv)COF1の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF1の投与の中断は、工程iii)後及び工程iv)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF1の投与の中断は、工程ii)後及び工程iii)前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF1の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項254に記載の方法。
256. 工程iv)後、
v)工程iii)及び/又はiv)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項255に記載の方法。
257. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)有効量の、項1〜79又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、前記細胞は、投与前にエクスビボでCOF1と接触され、任意選択により、COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記細胞がエクスビボでCOF1と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少され、任意選択により、前記細胞がエクスビボでCOF1と接触された後及び前記細胞が前記対象に投与される前に、前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/又は周囲で接触するCOF1の量は、減少され、それによって前記疾患を治療する、工程
を含む、方法。
258. 前記細胞は、投与前にエクスビボでCOF1と接触されない、項257に記載の方法。
259. 工程i)後、
ii)有効量のCOF1を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、COF1の投与は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF1の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項257又は258に記載の方法。
260. 工程ii)後、
iii)COF1の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF1の投与の中断は、工程ii)後及び工程iii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF1の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF1の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項259に記載の方法。
261. 工程iii)後、
iv)工程ii)及び/又はiii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項260に記載の方法。
262. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)有効量のCOF1を前記対象に投与する工程であって、前記対象は、項1〜79又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を含み、任意選択により、COF1の投与は、COF1の投与前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF1の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
を含む、方法。
263. 工程i)後、
ii)COF1の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF1の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF1の投与の中断は、COF1の投与前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF1の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF1の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項262に記載の方法。
264. 工程ii)後、
iii)工程i)及び/又はii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項263に記載の方法。
265. COF1は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる)、項253〜264のいずれか一項に記載の方法。
266. COF1は、レナリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、レナリドミド又はその薬学的に許容される塩は、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mg又は25mgで投与される、項259〜265のいずれか一項に記載の方法。
267. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)前記対象に、
(1)安定化化合物、及び
(2)有効量の、項80〜82、84〜107又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞又は有効量の、項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞
を投与する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍高く、それによって前記疾患を治療する、工程
を含む、方法。
268. 工程i)後、
ii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、工程i)の治療に応答し(例えば、前記対象は、工程i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象は、腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象は、腫瘍細胞の減少を示すか、又は工程i)の治療は、前記対象において有効である)、且つ/又は
b)前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)の治療に対する前記対象の応答に対して応答する(例えば、前記対象は、工程i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象は、腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象は、腫瘍細胞の減少を示すか、又は工程i)の治療は、前記対象において有効である)、工程
をさらに含む、項267に記載の方法。
269. 工程i)後、
iii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)前記安定化化合物の投与の中断は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)前記安定化化合物の投与の中断は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項267に記載の方法。
270. 工程i)後、
iv)前記安定化化合物の投与を中断し、且つ有効量のCOF1又はCOF2を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、工程iv)は、工程i)後及び工程iv)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)工程iv)は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)工程iv)は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項267に記載の方法。
271. 前記有害作用は、急性毒性である、項270に記載の方法。
272. 工程iv)後、
v)例えば、表面に前記融合ポリペプチドを発現する細胞の量が既定値より小さくなった後、例えば1日、5日、10日又は15日間にわたり、COF1又はCOF2の投与を中断する工程
をさらに含む、項270又は271に記載の方法。
273. 工程ii)、iii)、iv)又はv)後、
vi)有効量の安定化化合物を投与する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与は、工程ii)、iii)、iv)又はv)後及び工程vi)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)前記安定化化合物の投与は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)前記安定化化合物の投与は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項268〜272のいずれか一項に記載の方法。
274. 工程vi)後、
vii)工程iii)、iv)、v)又はvi)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項273に記載の方法。
275. 工程i)前に、
viii)エクスビボで前記細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍高い、工程
をさらに含む、項267〜274のいずれか一項に記載の方法。
276. 前記細胞は、投与前にエクスビボで前記安定化化合物と接触されない、項267〜274のいずれか一項に記載の方法。
277. 前記細胞は、投与前にエクスビボで前記安定化化合物、COF1又はCOF2のいずれとも接触されない、項276に記載の方法。
278. 前記安定化化合物は、バゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインは、配列番号46のアミノ酸配列を含む、項267〜277のいずれか一項に記載の方法。
279. COF1は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる)、項270〜278のいずれか一項に記載の方法。
280. COF2は、レナリドミド若しくはポマリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF2/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる)、項270〜278のいずれか一項に記載の方法。
281. COF1又はCOF2は、レナリドミド又はその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、レナリドミド又はその薬学的に許容される塩は、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mg又は25mgで投与される、項270〜280のいずれか一項に記載の方法。
282. 前記融合ポリペプチドの前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)であり、任意選択により、前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項253〜281のいずれか一項に記載の方法。
283. 医薬としての使用のための、項1〜233のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、核酸分子、ベクター、ウイルス粒子、細胞又は医薬組成物。
284. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象の治療における使用のための、例えば項253〜282のいずれか一項に記載の方法における使用のための、項1〜233のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、核酸分子、ベクター、ウイルス粒子、細胞又は医薬組成物。
285. 腫瘍抗原の発現を伴う前記疾患は、癌である、項253〜284のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
286. 前記癌は、例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における中皮腫(例えば、悪性胸膜中皮腫);肺癌(例えば、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、扁平細胞肺癌又は肺大細胞癌);膵臓癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における例えば膵管腺癌又は転移性膵管腺癌(PDA));食道腺癌、卵巣癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療のレジメン後に進行してきた対象における例えば漿液性卵巣上皮癌)、乳癌、結腸直腸癌、膀胱癌又はその任意の組合せである、項285に記載の使用のための方法又は組成物。
287. 腫瘍抗原の発現を伴う前記疾患は、血液癌、例えば白血病又はリンパ腫から選択される血液癌である、項253〜284のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
288. 前記癌は、慢性リンパ球性白血病(CLL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、多発性骨髄腫、急性リンパ性白血病(ALL)、ホジキンリンパ腫、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、小リンパ球性白血病(SLL)、B細胞前リンパ性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫(DLBCL)、慢性炎症に関連するDLBCL、慢性骨髄性白血病、骨髄増殖性腫瘍、濾胞性リンパ腫、小児濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型若しくは大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、MALTリンパ腫(粘膜関連リンパ組織型節外性辺縁帯リンパ腫)、辺縁帯リンパ腫、脊髄形成異常、骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンストレーム型マクログロブリン血症、脾辺縁帯リンパ腫、脾リンパ腫/脾性白血病、びまん性赤脾髄小細胞型B細胞リンパ腫、ヘアリーセル白血病−バリアント、リンパ形質細胞性リンパ腫、重鎖病、形質細胞性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫、骨外形質細胞腫、節性辺縁帯リンパ腫、小児節性辺縁帯リンパ腫、原発性皮膚濾胞中心リンパ腫、リンパ腫様肉芽腫症、原発性縦隔(胸腺)大細胞型B細胞リンパ腫、血管内大細胞型B細胞リンパ腫、ALK+大細胞型B細胞リンパ腫、HHV8関連多中心性キャッスルマン病の際に生じる大細胞型B細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、B細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病(AML)又は分類不能リンパ腫から選択される、項287に記載の使用のための方法又は組成物。
289. 前記癌は、MCL、CLL、ALL、ホジキンリンパ腫、AML又は多発性骨髄腫から選択される、項287に記載の使用のための方法又は組成物。
290. 前記細胞は、前記対象に対して自己由来である、項253〜289のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
291. 前記細胞は、前記対象に対して同種異系である、項253〜289のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
292. 前記細胞は、CAR発現細胞、例えばCART細胞である、項253〜291のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
293. 前記対象は、COF1又はCOF2の投与前に、項1〜208のいずれか一項に記載の少なくとも1つの融合ポリペプチドを発現する細胞を投与されている、項253〜292のいずれか一項に記載の使用のための方法又は組成物。
294. 特定の生物学的表現型と関連する遺伝因子、例えば癌の発症及び/又は進行と関連する遺伝因子を同定する方法であって、
i)前記細胞をCOF1、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に暴露することにより、細胞において、項1〜79又は188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの発現を調節する工程、
(ii)目的の表現型、例えば癌の発症及び/又は進行と関連する表現型を有する細胞を選択する工程、及び
(iii)目的の前記表現型を誘導する前記融合ポリペプチドを同定する工程
を含み、
COF1、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に対する前記細胞の暴露は、COF1、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に対する暴露前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させる、方法。
295. 特定の生物学的表現型と関連する遺伝因子、例えば癌の発症及び/又は進行と関連する遺伝因子を同定する方法であって、
i)前記細胞を安定化化合物、例えばバゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩及び続いてCOF1又はCOF2、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に暴露することにより、細胞において、項80〜82、84〜107若しくは188〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの発現又は項83〜208のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの発現を調節する工程、
(ii)目的の表現型、例えば癌の発症及び/又は進行と関連する表現型を有する細胞を選択する工程、及び
(iii)目的の前記表現型を誘導する前記融合ポリペプチドを同定する工程
を含み、
前記安定化化合物、例えばバゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩に対する前記細胞の暴露は、前記安定化化合物、例えばバゼドキシフェン又はその薬学的に許容される塩に対する暴露前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ、COF1又はCOF2、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に対する前記細胞の暴露は、前記安定化化合物に対する暴露後及びCOF1又はCOF2、例えばレナリドミド又はその薬学的に許容される塩に対する暴露前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させる、方法。
296. 式(III)の化合物(COF3)/CRBN(セレブロン)結合ポリペプチド及び異種ポリペプチド、例えば異種哺乳動物、細菌又はウイルスポリペプチドを含む融合ポリペプチドであって、式(III)の前記化合物は、
X 1 は、CR 3 であり;
各R 1 は、独立して、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ヒドロキシアルキル又はハロであるか、又は
2つのR 1 は、それらが結合される炭素原子とともに5員又は6員ヘテロシクリル環を形成するか、又は
2つのR 1 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともにC 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員若しくは6員ヘテロアリール環を形成し;
R 2 は、水素、C 1 〜C 6 アルキル、−C(O)C 1 〜C 6 アルキル、−C(O)(CH 2 ) 0〜3 −C 6 〜C 10 アリール、−C(O)O(CH 2 ) 0〜3 −C 6 〜C 10 アリール、C 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員若しくは6員ヘテロアリール、C 3 〜C 8 カルボシクリル又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7−ヘテロシクリルであり、前記アルキルは、任意選択により1つ以上のR 4 で置換され;及び前記アリール、ヘテロアリール、カルボシクリル及びヘテロシクリルは、任意選択により1つ以上のR 5 で置換されるか、又は
R 1 及びR 2 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともに5員又は6員ヘテロシクリル環を形成し;
R 3 は、水素であるか、又は
各R 4 は、−C(O)OR 6 、−C(O)NR 6 R 6’ 、−NR 6 C(O)R 6’ 、ハロ、−OH、−NH 2 、シアノ、C 6 〜C 10 アリール、O、N及びSから選択される1〜4個のヘテロ原子を含む5員又は6員ヘテロアリール、C 3 〜C 8 カルボシクリル並びにO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリル環から独立して選択され、前記アリール、ヘテロアリール、カルボシクリル及びヘテロシクリルは、任意選択により1つ以上のR 7 で置換され;
各R 5 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ハロアルコキシ、C 1 〜C 6 ヒドロキシアルキル、ハロ、−OH、−NH 2 、シアノ、C 3 〜C 7 カルボシクリル、O、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリル、C 6 〜C 10 アリール並びにO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員又は6員ヘテロアリールから独立して選択されるか、又は
2つのR 5 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともにC 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員若しくは6員ヘテロアリールを形成し、任意選択により1つ以上のR 10 で置換されるか、又は
2つのR 5 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともにC 5 〜C 7 カルボシクリル又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルを形成し、任意選択により1つ以上のR 10 で置換され;
R 6 及びR 6’ は、それぞれ独立して、水素、C 1 〜C 6 アルキル又はC 6 〜C 10 アリールであり;
各R 7 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 2 〜C 6 アルケニル、C 2 〜C 6 アルキニル、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ハロアルコキシ、−C(O)R 8 、−(CH 2 ) 0〜3 C(O)OR 8 、−C(O)NR 8 R 9 、−NR 8 C(O)R 9 、−NR 8 C(O)OR 9 、−S(O) p NR 8 R 9 、−S(O) p R 12 、(C 1 〜C 6 )ヒドロキシアルキル、ハロ、−OH、−O(CH 2 ) 1〜3 CN、−NH 2 、シアノ、−O(CH 2 ) 0〜3 −C 6 〜C 10 アリール、アダマンチル、O、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む−O(CH 2 ) 0〜3 −5員又は6員ヘテロアリール、C 6 〜C 10 アリール、O、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む単環式又は二環式5〜10員ヘテロアリール、C 3 〜C 7 カルボシクリル並びにO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルから独立して選択され、前記アルキルは、任意選択により1つ以上のR 11 で置換され、且つ前記アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルは、任意選択により、ハロゲン、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 ハロアルキル及びC 1 〜C 6 アルコキシからそれぞれ独立して選択される1つ以上の置換基で置換されるか、又は
2つのR 7 は、それらが結合される炭素原子とともにa=(O)を形成するか、又は
2つのR 7 は、隣接する原子上にある場合、それらが結合される原子とともにC 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5員若しくは6員ヘテロアリールを形成し、任意選択により1つ以上のR 10 で置換されるか、又は
2つのR 7 は、それらが結合される原子とともにC 5 〜C 7 カルボシクリル又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルを形成し、任意選択により1つ以上のR 10 で置換され;
R 8 及びR 9 は、それぞれ独立して、水素又はC 1 〜C 6 アルキルであり;
各R 10 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ハロアルコキシ、C 1 〜C 6 ヒドロキシアルキル、ハロ、−OH、−NH 2 及びシアノから独立して選択されるか、又は
2つのR 10 は、それらが結合される炭素原子とともにa=(O)を形成し;
各R 11 は、シアノ、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 6 〜C 10 アリール並びにO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルから独立して選択され、各アリール及びヘテロシクリルは、任意選択により、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 アルコキシ、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 1 〜C 6 ハロアルコキシ、C 1 〜C 6 ヒドロキシアルキル、ハロ、−OH、−NH 2 及びシアノからそれぞれ独立して選択される1つ以上の置換基で置換され;
R 12 は、C 1 〜C 6 アルキル、C 1 〜C 6 ハロアルキル、C 6 〜C 10 アリール又はO、N及びSから選択される1〜3個のヘテロ原子を含む5〜7員ヘテロシクリルであり;
R x は、水素又は重水素であり;
pは、0、1又は2であり;
nは、0、1又は2であり;
yは、1又は2であり、ここで、n+y≦3であり;及び
qは、0、1、2、3又は4である)
又はその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物若しくは互変異性体である、融合ポリペプチド。
297. 式(III)の前記化合物は、式(III−b):
の化合物又はその薬学的に許容される塩、水和物、溶媒和物、プロドラッグ、立体異性体及び互変異性体である、項296に記載の融合ポリペプチド。
298. 式(III)の前記化合物は、式(III−d):
の化合物又はその薬学的に許容される塩、水和物、溶媒和物、プロドラッグ、立体異性体及び互変異性体である、項296又は297に記載の融合ポリペプチド。
299. (i)前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、前記異種ポリペプチドに融合されるか、
(ii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、ペプチド結合によって連結されるか、
(iii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、ペプチド結合以外の結合によって連結されるか、
(iv)前記異種ポリペプチドは、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドに直接的に連結されるか、
(v)前記異種ポリペプチドは、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドに間接的に連結されるか、
(vi)前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドは、リンカー、例えばグリシン−セリンリンカー、例えば配列番号28のアミノ酸配列を含むリンカーを介して作動可能に連結されるか、又は
(vii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、前記異種ポリペプチドのC末端又はN末端に連結される、項296〜298のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
300. (i)COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、COF3、例えば過剰量のCOF3の存在下での前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合の例えば0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%又は20%以下であり、任意選択により、前記融合ポリペプチドは、COF3の非存在下でCRBNに結合しないか;
(ii)COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化は、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、COF3、例えば過剰量のCOF3の存在下での前記融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であり、任意選択により、前記融合ポリペプチドは、COF3の存在下で1つ以上のリジン又はメチオニン残基でユビキチン化されるか;又は
(iii)COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解は、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF3、例えば過剰量のCOF3の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%又は70%以下であり、任意選択により、前記融合ポリペプチドの分解は、COF3の存在下でユビキチン化によって媒介され;
任意選択により、前記会合、ユビキチン化及び/又は分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定されるとおりである、項296〜299のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
301. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、10〜95のアミノ酸残基長、15〜90のアミノ酸残基長、20〜85のアミノ酸残基長、25〜80のアミノ酸残基長、30〜75のアミノ酸残基長、35〜70のアミノ酸残基長、40〜65のアミノ酸残基長、45〜60のアミノ酸残基長、50〜65のアミノ酸残基長又は55〜65のアミノ酸残基長である、項296〜300のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
302. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、βターン、βヘアピン、βストランド又はαヘリックスを含み、任意選択により、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド及び第1のαヘリックスを含み、任意選択により、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド、第1のαヘリックス及び第2のαヘリックスを含み、任意選択により、前記βヘアピン及び前記第2のαヘリックスは、60、50、40又は30個以下のアミノ酸残基によって隔てられている、項296〜301のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
303. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド又はそのCOF3/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZFポリペプチド又はそのCOF3/CRBN結合変異体、例えば天然に存在するIKZF2又はそのCOF3/CRBN結合変異体に由来するCOF3/CRBN結合配列を含み、任意選択により、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、天然に存在するIKZFポリペプチド、例えば天然に存在するIKZF2に由来する2つ以上の非連続的な配列を含む、項296〜302のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
304. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF2のアミノ酸残基130〜174(配列番号21に従って番号付けされる)(例えば、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号113のアミノ酸配列を含む)又はIKZF2のアミノ酸残基130〜174(配列番号21に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号21のアミノ酸残基130〜174と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号21のアミノ酸残基130〜174から1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35又は40個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項296〜303のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
305. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF2のアミノ酸残基230〜243(配列番号21に従って番号付けされる)(例えば、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号114のアミノ酸配列を含む)又はIKZF2のアミノ酸残基230〜243(配列番号21に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5又は10個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号21のアミノ酸残基230〜243と1、2、3、4、5又は10個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号21のアミノ酸残基230〜243から1、2、3、4、5又は10個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、項296〜304のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
306. 配列番号21に従って番号付けされる141位のヒスチジンは、不変のままである、項304又は305に記載の融合ポリペプチド。
307. (i)前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF2のアミノ酸残基130〜174(配列番号21に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号113のアミノ酸配列を含み;及び/又は
(ii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、IKZF2のアミノ酸残基230〜243(配列番号21に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号114のアミノ酸配列を含む、項296〜306のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
308. 前記COF3/CRBN結合ポリペプチドは、配列番号109のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、項296〜307のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
309. 前記異種ポリペプチドは、細胞質内及び/若しくは核ポリペプチド又は膜貫通ポリペプチド、例えば表2における異種ポリペプチドから選択される、項296〜308のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
310. 前記細胞質内及び/又は核ポリペプチドは、アポトーシス経路の構成要素(例えば、カスパーゼ9)、CRISPR/Casシステムの構成要素(例えば、Cas9)、転写因子(例えば、MITF、c−Myc、STAT3、STAT5、NF−カッパB、ベータ−カテニン、ノッチ、GLI又はc−JUN)、Tetメチルシトシンジオキシゲナーゼ2(TET2)、FKBP及びタウからなる群から選択される、項309に記載の融合ポリペプチド。
311. 前記膜貫通ポリペプチドは、CD62L、CCR1、CCR2、CCR5、CCR7、CCR10、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR6、CTLA4、PD1、BTLA、VISTA、CD137L、CD80、CD86、TIGIT、CD3、CD8、CD19、CD22、CD20、BCMA,及びキメラ抗原受容体(CAR)からなる群から選択される、項309に記載の融合ポリペプチド。
312. 前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)、CRISPR/Casシステムの構成要素(例えば、Cas9)、CD8、CD19及びCD22からなる群から選択され、任意選択により、前記異種ポリペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)である、項309に記載の融合ポリペプチド。
313. 前記CARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、一次シグナル伝達ドメイン又は共刺激シグナル伝達ドメイン)を含み、任意選択により、前記一次シグナル伝達ドメインは、CD3−ゼータ刺激ドメインを含み、且つ/又は前記共刺激シグナル伝達ドメインは、CD27、CD28、4−1BB(CD137)、OX40、GITR、CD30、CD40、ICOS、BAFFR、HVEM、ICAM−1、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CDS、CD7、CD287、LIGHT、NKG2C、NKG2D、SLAMF7、NKp80、NKp30、NKp44、NKp46、CD160、B7−H3及びCD83に特異的に結合するリガンドからなる群から選択される共刺激タンパク質に由来する細胞内ドメインを含む、項312に記載の融合ポリペプチド。
314. 前記抗原結合ドメインは、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1;C型レクチン様分子−1、CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRvIII);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3;TNF受容体ファミリーメンバー;B細胞成熟抗原;Tn抗原((Tn Ag)又は(GalNAcα−Ser/Thr));前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);Fms様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;癌胎児抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン−13受容体サブユニットアルファ−2;メソセリン;インターロイキン11受容体アルファ(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21;血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR−ベータ);ステージ特異的胎児抗原−4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体アルファ;受容体チロシン−タンパク質キナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性ホスファターゼ(PAP);変異した伸張因子2(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質アルファ(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−I受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロペイン)サブユニット、ベータ型、9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);切断点クラスター領域(BCR)及びエーベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)(bcr−abl)からなる癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3;トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);o−アセチル−GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体ベータ;腫瘍内皮細胞マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮細胞マーカー7−関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5、メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーティングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);globoHグリコセラミド(GloboH)のヘキササッカリド部分;哺乳動物腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体ベータ3(ADRB3);パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役型受容体20(GPR20);リンパ球抗原6複合体、座位K9(LY6K);嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRガンマ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ESO−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリー、メンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie 2);黒色腫癌精巣抗原−1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原−2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;生存;テロメラーゼ;前立腺癌腫瘍抗原−1、T細胞によって認識される黒色腫抗原1;ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転移ブレークポイント;アポトーシスの黒色腫抑制分子(ML−IAP);ERG(膜貫通プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);N−アセチルグルコサミニル−トランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−mycトリ骨髄細胞腫症ウイルス癌遺伝子神経芽細胞腫由来ホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロムP450 1B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、Xブレークポイント2(SSX2);終末糖化産物のための受容体(RAGE−1);腎臓遍在性1(RU1);腎臓遍在性2(RU2);レグマイン;ヒトパピローマウイルスE6(HPV E6);ヒトパピローマウイルスE7(HPV E7);腸管カルボキシルエステラーゼ;変異熱ショックタンパク質70−2(mut hsp70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1);IgA受容体のFc断片(FCAR又はCD89);白血病免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン−3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);及び免疫グロブリンラムダ様ポリペプチド1(IGLL1)からなる群から選択される抗原に結合し、任意選択により、前記抗原結合ドメインは、CD19、CD22、BCMA、CD20、CD123、EGFRvIII又はメソセリンから選択される抗原に結合する、項312に記載の融合ポリペプチド。
315. 分解ドメインをさらに含み、前記分解ドメインは、異種プロテアーゼ切断部位によって前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドから隔てられている、項296〜314のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
316. N末端からC末端までに、
i)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF3/CRBN結合ポリペプチド;
ii)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記COF3/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチド;
iii)前記COF3/CRBN結合ポリペプチド、前記異種ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン;又は
iv)前記異種ポリペプチド及び前記COF3/CRBN結合ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン
を含む、項315に記載の融合ポリペプチド。
317. 前記分解ドメインは、前記融合ポリペプチドの発現の第1のレベルと関連する第1の状態及び前記融合ポリペプチドの発現の第2のレベルと関連する第2の状態を有し、前記第2のレベルは、例えば、安定化化合物の存在下で前記第1のレベルの少なくとも2、3、4、5、10、20又は30倍増大され、任意選択により、前記安定化化合物の非存在下において、前記融合ポリペプチドは、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上は、分解されるか;又は
前記安定化化合物の存在下において、
i)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;又は
ii)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的である、項315又は316に記載の融合ポリペプチド。
318. 前記分解ドメインは、エストロゲン受容体(ER)ドメイン、FKBタンパク質(FKBP)ドメイン又はジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)ドメインから選択される、項315〜317のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
319. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、フューリン、PCSK1、PCSK5、PCSK6、PCSK7、カテプシンB、グランザイムB、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択される哺乳動物の細胞内プロテアーゼによって切断される、項315〜318のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
320. 前記異種プロテアーゼ切断部位は、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択される哺乳動物の細胞外プロテアーゼによって切断される、項315〜318のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
321. 項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子。
322. 任意選択により、ウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノウイルスベクターである、項321に記載の核酸分子を含むベクター。
323. 項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、項321に記載の核酸分子又は項322に記載のベクターを含む細胞、例えば宿主細胞であって、任意選択により、T細胞、NK細胞又は腫瘍細胞である、細胞、例えば宿主細胞。
324. 項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は項323に記載の細胞及び薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤を含む医薬組成物。
325. 項323に記載の細胞を作製する方法であって、細胞、例えば免疫エフェクター細胞を、項321に記載の核酸分子又は項322に記載のベクターによってもたらすことを含む、方法。
326. 項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF3と接触させることを含む、融合ポリペプチドを分解する方法であって、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少され、任意選択により、
前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボでCOF3と接触されるか、又は
前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、インビボでCOFと接触される、方法。
327. 融合ポリペプチドの発現を制御する方法であって、
i)項315〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により前記安定化化合物の存在下において、
a)前記分解ドメインは、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;
b)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;又は
c)前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大される、工程であって、任意選択により、前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボ又はインビボで前記安定化化合物と接触される、工程
を含む、方法。
328. 工程i)後、
ii)項315〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド又は前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF3と接触させる工程であって、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程であって、任意選択により、前記融合ポリペプチド又は前記細胞は、エクスビボ又はインビボでCOF3と接触される、工程
をさらに含む、項327に記載の方法。
329. 細胞を作製する方法であって、
i)細胞、例えば免疫エフェクター細胞を、項296〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子によってもたらす工程;及び
ii)前記細胞をエクスビボでCOF3と接触させる工程であって、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析又はフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF3の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント実質的に減少される、工程
を含む、方法。
330. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)エクスビボで、項296〜314のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞をCOF3と接触させる工程であって、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記細胞がエクスビボでCOF3と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少される、工程、及び
ii)有効量の前記細胞を前記対象に投与する工程
を含み、任意選択により、工程i)後及び工程ii)前に、
前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/又は周囲で接触するCOF3の量を減少させ、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、方法。
331. 工程ii)後、
iii)有効量のCOF3を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、COF3の投与は、工程ii)後及び工程iii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF3の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項330に記載の方法。
332. 工程iii)後、
iv)COF3の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF3の投与の中断は、工程iii)後及び工程iv)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF3の投与の中断は、工程ii)後及び工程iii)前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF3の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項331に記載の方法。
333. 工程iv)後、
v)工程iii)及び/又はiv)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項332に記載の方法。
334. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)有効量の、項296〜314のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、前記細胞は、投与前にエクスビボでCOF3と接触され、任意選択により、COF3の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記細胞がエクスビボでCOF3と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少され、任意選択により、前記細胞がエクスビボでCOF3と接触された後及び前記細胞が前記対象に投与される前に、前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/又は周囲で接触するCOF3の量は、減少され、それによって前記疾患を治療する、工程
を含む、方法。
335. 前記細胞は、投与前にエクスビボでCOF3と接触されない、項334に記載の方法。
336. 工程i)後、
ii)有効量のCOF3を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、COF3の投与は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF3の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項334又は335に記載の方法。
337. 工程ii)後、
iii)COF3の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF3の投与の中断は、工程ii)後及び工程iii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF3の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF3の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項336に記載の方法。
338. 工程iii)後、
iv)工程ii)及び/又はiii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項337に記載の方法。
339. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)有効量のCOF3を前記対象に投与する工程であって、前記対象は、項296〜314のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を含み、任意選択により、COF3の投与は、COF3の投与前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100パーセント減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)COF3の投与は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与は、有害作用を低減又は予防する、工程
を含む、方法。
340. 工程i)後、
ii)COF3の投与を中断する工程であって、任意選択により、COF3の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ(例えば、COF3の投与の中断は、COF3の投与前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)COF3の投与の中断は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)COF3の投与の中断は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項339に記載の方法。
341. 工程ii)後、
iii)工程i)及び/又はii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項340に記載の方法。
342. 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象を治療する方法であって、
i)前記対象に、
(1)安定化化合物、及び
(2)有効量の、項315〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞又は有効量の、項315〜320のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞
を投与する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍高く、それによって前記疾患を治療する、工程
を含む、方法。
343. 工程i)後、
ii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、工程i)の治療に応答し(例えば、前記対象は、工程i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象は、腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象は、腫瘍細胞の減少を示すか、又は工程i)の治療は、前記対象において有効である)、且つ/又は
b)前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)の治療に対する前記対象の応答に対して応答する(例えば、前記対象は、工程i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象は、腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象は、腫瘍細胞の減少を示すか、又は工程i)の治療は、前記対象において有効である)、工程
をさらに含む、項342に記載の方法。
344. 工程i)後、
iii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与の中断は、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)前記安定化化合物の投与の中断は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)前記安定化化合物の投与の中断は、有害作用を低減又は予防する、工程
をさらに含む、項342に記載の方法。
345. 工程i)後、
iv)前記安定化化合物の投与を中断し、且つ有効量のCOF3を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、工程iv)は、工程i)後及び工程iv)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍減少させ、任意選択により、
a)前記対象は、有害反応を発症したか、発症しているか又は発症することが予測され、
b)工程iv)は、前記対象における有害反応の発生に応答するか、又は前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、且つ/又は
c)工程iv)は、有害作用を低減又は予防する、工程であって、
任意選択により、前記有害作用は、急性毒性である、工程
をさらに含む、項342に記載の方法。
346. 工程iv)後、
v)例えば、表面に前記融合ポリペプチドを発現する細胞の量が既定値より小さくなった後、例えば1日、5日、10日又は15日間にわたり、COF3の投与を中断する工程
をさらに含む、項345に記載の方法。
347. 工程ii)、iii)、iv)又はv)後、
vi)有効量の安定化化合物を投与する工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の投与は、工程ii)、iii)、iv)又はv)後及び工程vi)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍増大させ、任意選択により、
a)前記対象は、再発したか、再発しているか又は再発することが予測され、
b)前記安定化化合物の投与は、前記対象における腫瘍再発に応答するか、又は前記対象における再発の予測に応答し、且つ/又は
c)前記安定化化合物の投与は、腫瘍再発を治療又は予防する、工程
をさらに含む、項343〜346のいずれか一項に記載の方法。
348. 工程vi)後、
vii)工程iii)、iv)、v)又はvi)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、項347に記載の方法。
349. 工程i)前に、
viii)エクスビボで前記細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により、前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルは、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40又は50倍高い、工程
をさらに含む、項342〜348のいずれか一項に記載の方法。
350. 前記細胞は、投与前にエクスビボで前記安定化化合物と接触されない、項342〜348のいずれか一項に記載の方法。
351. 腫瘍抗原の発現を伴う前記疾患は、癌である、項330〜350のいずれか一項に記載の方法。
352. 前記癌は、例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における中皮腫(例えば、悪性胸膜中皮腫);肺癌(例えば、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、扁平細胞肺癌又は肺大細胞癌);膵臓癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における例えば膵管腺癌又は転移性膵管腺癌(PDA));食道腺癌、卵巣癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療のレジメン後に進行してきた対象における例えば漿液性卵巣上皮癌)、乳癌、結腸直腸癌、膀胱癌又はその任意の組合せである、項351に記載の方法。
353. 前記癌は、慢性リンパ球性白血病(CLL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、多発性骨髄腫、急性リンパ性白血病(ALL)、ホジキンリンパ腫、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、小リンパ球性白血病(SLL)、B細胞前リンパ性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫(DLBCL)、慢性炎症に関連するDLBCL、慢性骨髄性白血病、骨髄増殖性腫瘍、濾胞性リンパ腫、小児濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型若しくは大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、MALTリンパ腫(粘膜関連リンパ組織型節外性辺縁帯リンパ腫)、辺縁帯リンパ腫、脊髄形成異常、骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンストレーム型マクログロブリン血症、脾辺縁帯リンパ腫、脾リンパ腫/脾性白血病、びまん性赤脾髄小細胞型B細胞リンパ腫、ヘアリーセル白血病−バリアント、リンパ形質細胞性リンパ腫、重鎖病、形質細胞性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫、骨外形質細胞腫、節性辺縁帯リンパ腫、小児節性辺縁帯リンパ腫、原発性皮膚濾胞中心リンパ腫、リンパ腫様肉芽腫症、原発性縦隔(胸腺)大細胞型B細胞リンパ腫、血管内大細胞型B細胞リンパ腫、ALK+大細胞型B細胞リンパ腫、HHV8関連多中心性キャッスルマン病の際に生じる大細胞型B細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、B細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病(AML)又は分類不能リンパ腫から選択される血液癌である、項351に記載の方法。
Claims (25)
- 式(I)の化合物(COF1)/CRBN(セレブロン)結合ポリペプチド(COF1/CRBN結合ポリペプチド)及び異種膜貫通ポリペプチド、例えば、任意選択で、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体(CAR)であって、
(i)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドがIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号5のアミノ酸配列を含む)またはIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)は1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35または40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35または40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列)(例えば、配列番号19のアミノ酸残基136〜180から1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35または40個以下のアミノ酸置換を有する配列)を含む、および
(ii)式(I)の前記化合物が
Xは、OまたはSであり、
R1は、C1〜C6アルキル、C2〜C6アルケニル、C2〜C6アルキニル、C1〜C6ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリールまたはヘテロアリールであり、それらの各々は、1つ以上のR4によって独立しておよび任意選択により置換され、
R2a及びR2bの各々は、独立して、水素またはC1〜C6アルキルであるか;またはR2a及びR2bは、それらが結合される炭素原子と合わせて、カルボニル基またはチオカルボニル基を形成し、
R3の各々は、独立して、C1〜C6アルキル、C2〜C6アルケニル、C2〜C6アルキニル、C1〜C6ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、−C(O)RA、−C(O)ORB、−ORB、−N(RC)(RD)、−C(O)N(RC)(RD)、−N(RC)C(O)RA、−S(O)xRE、−S(O)xN(RC)(RD)または−N(RC)S(O)xREであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル及びヘテロアルキルは、独立しておよび任意選択により1つ以上のR6で置換され、
各R4は、独立して、C1〜C6アルキル、C2〜C6アルケニル、C2〜C6アルキニル、C1〜C6ヘテロアルキル、ハロ、シアノ、オキソ、−C(O)RA、−C(O)ORB、−ORB、−N(RC)(RD)、−C(O)N(RC)(RD)、−N(RC)C(O)RA、−S(O)xRE、−S(O)xN(RC)(RD)、−N(RC)S(O)xRE、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリールまたはヘテロアリールであり、各アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールは、独立しておよび任意選択により1つ以上のR7で置換され、
RA、RB、RC、RD及びREの各々は、独立して、水素またはC1〜C6アルキルであり、
各R6は、独立して、C1〜C6アルキル、オキソ、シアノ、−ORB、−N(RC)(RD)、−C(O)N(RC)(RD)、−N(RC)C(O)RA、アリールまたはヘテロアリールであり、各アリール及びヘテロアリールは、独立しておよび任意選択により1つ以上のR8で置換され、
各R7は、独立して、ハロ、オキソ、シアノ、−ORB、−N(RC)(RD)、−C(O)N(RC)(RD)または−N(RC)C(O)RAであり、
各R8は、独立して、C1〜C6アルキル、シアノ、−ORB、−N(RC)(RD)、−C(O)N(RC)(RD)または−N(RC)C(O)RAであり、
nは、0、1、2、3または4であり;及び
xは、0、1または2である)
またはその薬学的に許容される塩、エステル、水和物、溶媒和物もしくは互変異性体である、融合ポリペプチド。 - (i)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが前記異種ポリペプチドに融合される、
(ii)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは前記異種ポリペプチドにペプチド結合によって連結される、
(iii)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドに直接的または間接的に連結される、
(vi)前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドがリンカー、例えばグリシン−セリンリンカー、例えば配列番号28のアミノ酸配列を含むリンカーを介して作動可能に連結され、および/または
(v)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが前記異種ポリペプチドのC末端またはN末端に連結される、請求項1に記載の融合ポリペプチド。 - (i)COF1の非存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドまたは融合ペプチドとセレブロン(CRBN)との会合が、COF1、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記COF1/CRBN結合ポリペプチドまたは融合ペプチドとCRBNとの会合の0.01%、0.1%、1%、5%、10%、15%または20%以下であり、任意選択により、
(a)会合が本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定され、および/または
(b)会合が哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定される、
(ii)COF1の非存在下での前記異種ポリペプチドまたは融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記異種ポリペプチドまたは融合ポリペプチドのユビキチン化の例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%または70%以下であり、任意選択により、
(a)ユビキチン化が本明細書に記載されるアッセイによって測定される、
(b)前記異種ポリペプチドまたは前記融合ポリペプチドがCOF1の存在下おいて1つ以上のリジンまたはメチオニン残基でユビキチン化され、および/または
(c)ユビキチン化が哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定される、
(iii)COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの分解が、例えば過剰量のCOF1の存在下での前記融合ポリペプチドの分解の0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%または70%以下であり、任意選択により、
(a)分解が本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定される、
(b)前記融合ポリペプチドの分解がCOF1の存在下でユビキチン化によって媒介され、および/または
(c)前記分解が哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定される、
請求項1または2に記載の融合ポリペプチド。 - 前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが、
(i)10〜95のアミノ酸残基長、15〜90のアミノ酸残基長、20〜85のアミノ酸残基長、25〜80のアミノ酸残基長、30〜75のアミノ酸残基長、35〜70のアミノ酸残基長、40〜65のアミノ酸残基長、45〜60のアミノ酸残基長、50〜65のアミノ酸残基長または55〜65のアミノ酸残基長である、
(ii)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが、βターン、βヘアピン、βストランドおよび/またはαヘリックスを含む、
(iii)N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド及び第1のαヘリックスを含む、
(iv)N末端からC末端までに、第1のβストランド、βヘアピン、第2のβストランド、第1のαヘリックス及び第2のαヘリックスを含み、任意選択により前記βヘアピン及び前記第2のαヘリックスは、60、50、40または30個以下のアミノ酸残基によって隔てられている、
(v)天然に存在するIKZF3ポリペプチドまたはそのCOF1/CRBN結合変異体に由来するCOF1/CRBN結合配列を含に、任意選択により前記COF1/CRBN結合配列は、前記天然に存在するポリペプチドに由来する2つ以上の非連続的な配列を含む、
(vi)IKZF3ポリペプチドである、
(vii)IKZF3の約10〜約95個のアミノ酸残基、約15〜約90個のアミノ酸残基、約20〜約85個のアミノ酸残基、約25〜約80個のアミノ酸残基、約30〜約75個のアミノ酸残基、約35〜約70個のアミノ酸残基、約40〜約65個のアミノ酸残基、約45〜約65個のアミノ酸残基、約50〜約65個のアミノ酸残基または約55〜約65個のアミノ酸残基を含む、
(viii)配列番号19に従って番号付けされる147位のグルタミン、148位のシステイン、150位のグルタミン、152位のグリシン、161位のロイシンまたは162位のロイシンの1つ、2つ、3つまたは全てが不変のままであるアミノ酸残基を含む、
(ix)IKZF3のアミノ酸残基136〜139、136〜170または130〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号40のアミノ酸配列を含むまたは前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号5、77またはのアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、
(x)IKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)またはIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6または7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列を含み、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドは配列番号11のアミノ酸配列または配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6または7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列を含む、
(xi)MALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む、
(xii)IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列またはIKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35または40個以下のアミノ酸残基だけ異なる第1の配列;及びIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第2の配列(例えば、配列番号11のアミノ酸配列を含む第2の配列)またはIKZF3のアミノ酸残基236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)と1、2、3、4、5、6または7個以下のアミノ酸残基だけ異なる第2の配列を含み、任意選択により、
(a)前記第1の配列は配列番号5のアミノ酸配列または配列番号19のアミノ酸残基136〜180と1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35または40個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列を含む、および/または
(b)前記第2の配列は配列番号11のアミノ酸配列または配列番号19のアミノ酸残基236〜249と1、2、3、4、5、6または7個以下のアミノ酸残基だけ異なる配列を含む、
(xiii)IKZF3のアミノ酸残基136〜180及び236〜249(配列番号19に従って番号付けされる)を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1または3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、
(xiv)IKZF3のアミノ酸残基136〜180(配列番号19に従って番号付けされる)を含む第1の配列及びMALEKMALEKMALEのアミノ酸配列(配列番号91)を含む第2の配列を含み、例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号14、15、85または86のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、
(xv)対応する天然配列よりも少なくとも1つ少ないリジンを含み。任意選択により、
(a)前記対応する天然配列中の1つ以上のリジン残基は、異なるアミノ酸、例えばアルギニンによって置き換えられる、および/または
(b)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが1、2、3、4または5個未満のリジン残基を含む、またはリジン残基を含まない、
(xiv)例えば、COF1の存在下においてユビキチン化されず;任意選択により、
(a)ユビキチン化が本明細書に記載されるアッセイによって測定され、および/または
(b)ユビキチン化が哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定され、および/または
(xvii)配列番号4、41、42及び43からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、または配列番号2または4のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、
請求項1〜3のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。 - 前記COF1が
(i)免疫調節性イミド薬剤(IMiD)またはその薬学的に許容される塩である、および/または
(ii)レナリドミドまたは類似体、ポマリドミド、サリドマイドまたは類似体及び2−(4−(tert−ブチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩からなる群から選択される、
請求項1〜4のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。 - 分解ドメインをさらに含み、これは、安定化化合物の存在下で発現されるときに安定な立体構造をとると考えられ、前記分解ドメインが異種プロテアーゼ切断部位によって前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチドから隔てられており、任意選択で、
(i)前記融合ポリペプチドがN末端からC末端までに、
(a)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチド、
(b)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記COF1/CRBN結合ポリペプチド及び前記異種ポリペプチド、
(c)前記COF1/CRBN結合ポリペプチド、前記異種ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン、
(d)前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチド、前記異種プロテアーゼ切断部位及び前記分解ドメイン、または
(e)前記分解ドメイン、前記異種プロテアーゼ切断部位、前記異種ポリペプチド及び前記COF1/CRBN結合ポリペプチド
を含む、
(ii)前記分解ドメインが前記融合ポリペプチドの発現の第1のレベルと関連する第1の状態及び前記融合ポリペプチドの発現の第2のレベルと関連する第2の状態を有し、前記第2のレベルが、例えば、安定化化合物の存在下で前記第1のレベルの少なくとも2、3、4、5、10、20または30倍増大され、任意選択により、
(a)前記安定化化合物の非存在下において、細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上が分解される、
(b)前記発現のレベル及び/または分解は、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞において測定され、および/または
(c)前記安定化化合物の存在下において、
(I)前記分解ドメインが前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか;または
(II)前記分解ドメイが、異種切断部位を露出し、それにより、前記融合ポリペプチドの前記立体構造が前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的とし、融合ポリペプチドの残りから分解ドメインの除去に至る、
(iii)前記分解ドメインがエストロゲン受容体(ER)ドメイン、FKBタンパク質(FKBP)ドメインまたはジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)ドメインから選択され、任意選択により、
(a)前記分解ドメインがエストロゲン受容体(ER)ドメインである、および
(I)前記分解ドメインが配列番号46または48と少なくとも90、95、97、98、99または100%同一であるアミノ酸配列を含む、および/または
(II)前記安定化化合物は、バゼドキシフェンもしくは4−ヒドロキシタモキシフェン(4−OHT)またはその薬学的に許容される塩である、
(b)前記分解ドメインがFKBタンパク質(FKBP)ドメインであり、任意選択により、
(I)前記分解ドメインが配列番号50と少なくとも90、95、97、98、99または100%同一であるアミノ酸配列を含む、
(c)前記分解ドメインがジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)ドメインである、または
(I)前記分解ドメインが配列番号51と少なくとも90、95、97、98、99または100%同一であるアミノ酸配列を含む、および/または
(II)前記安定化化合物は、トリメトプリムまたはその薬学的に許容される塩である、
(iv)前記異種プロテアーゼ切断部位が哺乳動物の細胞内プロテアーゼによって切断され、任意選択で
(a)前記異種プロテアーゼ切断部位が
(I)フューリン、PCSK1、PCSK5、PCSK6、PCSK7、カテプシンB、グランザイムB、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択されるプロテアーゼによって切断され、および/または
(II)RX(K/R)Rコンセンサスモチーフ(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号52)、RXXX[KR]Rコンセンサスモチーフ(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号53)、RRXコンセンサスモチーフ(配列番号54)、I−E−P−D−Xコンセンサスモチーフ(配列番号55)、Ile−Glu/Asp−Gly−Arg(配列番号56)、Asp−Asp−Asp−Asp−Lys(配列番号57)、Pro−Gly−Ala−Ala−His−Tyr(配列番号58)、LPXTG/Aコンセンサスモチーフ(配列番号59)、Leu−Glu−Val−Phe−Gln−Gly−Pro(配列番号60)、Leu−Val−Pro−Arg−Gly−Ser(配列番号61)、E−N−L−Y−F−Q−G(配列番号62)及び[AGSV]−X(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号63)からなる群から選択される切断モチーフを有する配列を含む;または
(b)前記異種プロテアーゼ切断部位がフューリンによって切断され、任意選択により、前記異種プロテアーゼ切断部位がRTKR(配列番号123);GTGAEDPRPSRKRRSLGDVG(配列番号125);GTGAEDPRPSRKRR(配列番号127);LQWLEQQVAKRRTKR(配列番号129);GTGAEDPRPSRKRRSLGG(配列番号131);GTGAEDPRPSRKRRSLG(配列番号133);SLNLTESHNSRKKR(配列番号135);CKINGYPKRGRKRR(配列番号137);及びSARNRQKR(配列番号34)からなる群から選択されるフューリン切断部位を含む、および/または
(v)前記異種プロテアーゼ切断部位が哺乳動物の細胞外プロテアーゼによって切断され、任意選択により、前記哺乳動物の細胞外プロテアーゼは、因子XA、エンテロキナーゼ、genenase、ソルターゼ、precissionプロテアーゼ、トロンビン、TEVプロテアーゼ,及びエラスターゼ1からなる群から選択され、そして、前記異種プロテアーゼ切断部位がIle−Glu/Asp−Gly−Arg(配列番号56)、Asp−Asp−Asp−Asp−Lys(配列番号57)、Pro−Gly−Ala−Ala−His−Tyr(配列番号58)、LPXTG/Aコンセンサスモチーフ(配列番号59)、Leu−Glu−Val−Phe−Gln−Gly−Pro(配列番号60)、Leu−Val−Pro−Arg−Gly−Ser(配列番号61)、E−N−L−Y−F−Q−G(配列番号62)及び[AGSV]−X(Xは、いずれのアミノ酸でもあり得る;配列番号63)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、
請求項1〜5のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。 - 前記異種ポリペプチドが
(i)表2から選択され、任意選択により、前記異種膜貫通ポリペプチドがCD62L、CCR1、CCR2、CCR5、CCR7、CCR10、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR6、CTLA4、PD1、BTLA、VISTA、CD137L、CD80、CD86、TIGIT、CD3、CD8、CD19、CD22、CD20、BCMA,及びキメラ抗原受容体(CAR)からなる群から選択される;または
(ii)前記CARは、N末端からC末端方向において、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含み、任意選択により、
(a)前記細胞内シグナル伝達ドメインが1つ以上の一次シグナル伝達ドメインを含む、例えば、前記1つ以上の一次シグナル伝達ドメインの1つは、CD3−ゼータ刺激ドメインを含む、
(b)前記細胞内シグナル伝達ドメインは1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインを含み、例えば、前記共刺激シグナル伝達ドメインの1つ以上は、CD27、CD28、4−1BB(CD137)、OX40、GITR、CD30、CD40、ICOS、BAFFR、HVEM、ICAM−1、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CDS、CD7、CD287、LIGHT、NKG2C、NKG2D、SLAMF7、NKp80、NKp30、NKp44、NKp46、CD160、B7−H3及びCD83に特異的に結合するリガンドからなる群から選択される共刺激タンパク質に由来する細胞内ドメインである、
(c)前記抗原結合ドメインがscFvである、および/または
(d)前記抗原結合ドメインがCD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1;C型レクチン様分子−1、CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRvIII);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3;TNF受容体ファミリーメンバー;B細胞成熟抗原;Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα−Ser/Thr));前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);Fms様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;癌胎児抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン−13受容体サブユニットアルファ−2;メソセリン;インターロイキン11受容体アルファ(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21;血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR−ベータ);ステージ特異的胎児抗原−4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体アルファ;受容体チロシン−タンパク質キナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性ホスファターゼ(PAP);変異した伸張因子2(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質アルファ(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−I受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロペイン)サブユニット、ベータ型、9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);切断点クラスター領域(BCR)及びエーベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)(bcr−abl)からなる癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3;トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);o−アセチル−GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体ベータ;腫瘍内皮細胞マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮細胞マーカー7−関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5、メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーティングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);globoHグリコセラミド(GloboH)のヘキササッカリド部分;哺乳動物腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体ベータ3(ADRB3);パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役型受容体20(GPR20);リンパ球抗原6複合体、座位K9(LY6K);嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRガンマ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ESO−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリー、メンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie 2);黒色腫癌精巣抗原−1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原−2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;生存;テロメラーゼ;前立腺癌腫瘍抗原−1、T細胞によって認識される黒色腫抗原1;ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転移ブレークポイント;アポトーシスの黒色腫抑制分子(ML−IAP);ERG(膜貫通プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);N−アセチルグルコサミニル−トランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−mycトリ骨髄細胞腫症ウイルス癌遺伝子神経芽細胞腫由来ホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロムP450 1B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、Xブレークポイント2(SSX2);終末糖化産物のための受容体(RAGE−1);腎臓遍在性1(RU1);腎臓遍在性2(RU2);レグマイン;ヒトパピローマウイルスE6(HPV E6);ヒトパピローマウイルスE7(HPV E7);腸管カルボキシルエステラーゼ;変異熱ショックタンパク質70−2(mut hsp70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1);IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血病免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン−3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);及び免疫グロブリンラムダ様ポリペプチド1(IGLL1)からなる群から選択される抗原に結合する、
請求項1〜6のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。 - 請求項1〜7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子。
- 請求項8に記載の核酸分子を含むベクター。
- 請求項9に記載のベクターを含むウイルス粒子。
- 請求項1〜7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、請求項8に記載の核酸分子または請求項9に記載のベクターを含む細胞、例えば宿主細胞。
- 前記細胞が
(i)哺乳動物細胞、例えばヒト細胞、例えばヒトエフェクター細胞、例えばヒトT細胞またはヒトNK細胞である、
(ii)CAR発現細胞、例えばCAR−T細胞であるまたは前記細胞がCRISPR/CASシステムの構成要素を含む、
(iii)ヒト癌細胞、例えばヒト腫瘍細胞である、および/または
(iv)ユビキチンリガーゼ複合体、例えばE3ユビキチンリガーゼ複合体を含み、前記ユビキチンリガーゼ複合体がCRBNを含む、
請求項11に記載の細胞。 - (i)請求項1〜5もしくは7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含むか、または請求項1〜5もしくは7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、前記細胞がCOF1、例えば過剰量のCOF1と接触されるとき、
(a)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000または10000倍増大されるか、
(b)前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して例えば少なくとも10、50、100、1000または10000倍増大されるか、
(c)前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記異種ポリペプチドのユビキチン化と比較して例えば少なくとも1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大されるか、
(d)前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドのユビキチン化と比較して例えば少なくとも1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大されるか、
(e)前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの分解と比較して例えば少なくとも1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大されるか;または
(f)前記融合ポリペプチドの発現レベルが、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%または70%以下である、および/または
(ii)COF1、例えばレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩をさらに含む、
請求項11または12に記載の細胞。 - 請求項6または7に記載の融合ポリペプチドを含むか、または請求項6または7に記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、安定化化合物の非存在下において、前記融合ポリペプチドが細胞の分解経路によって分解され、例えば本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、例えば、前記融合ポリペプチドの少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上が分解され、任意選択により、
(i)前記細胞が前記異種プロテアーゼ切断部位を切断できるプロテアーゼをさらに含む、
(ii)前記細胞が安定化化合物、例えば過剰量の安定化化合物と接触されるとき、
(a)前記分解ドメインが前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとるか、
(b)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的であるか;または
(c)前記融合ポリペプチドの発現レベルが、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞が前記安定化化合物と接触されていない場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大される、
(iii)前記細胞が安定化化合物をさらに含む、
(iv)前記安定化化合物は、バゼドキシフェンまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインが配列番号46のアミノ酸配列を含む、
(v)前記細胞が安定化化合物、例えば過剰量の安定化化合物及びCOF1、例えば過剰量のCOF1と接触されるとき、
(a)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物とのみ接触される場合の前記COF1/CRBN結合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000または10000倍増大される、
(b)前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えば免疫沈降によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドとCRBNとの会合と比較して少なくとも例えば10、50、100、1000または10000倍増大される、
(c)前記異種ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記異種ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大される、
(d)前記融合ポリペプチドのユビキチン化が、例えば、本明細書に記載されるアッセイによって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドのユビキチン化と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大される、
(e)前記融合ポリペプチドの分解が、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの分解と比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大されるか;または
(f)前記融合ポリペプチドの発現レベルが、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記細胞がCOF1ではなく前記安定化化合物のみと接触される場合の前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して例えば0.01%、0.1%、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%または70%以下である、および/または
(vi)前記細胞がCOF1、例えばレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩をさらに含む、
請求項11または12に記載の細胞。 - 請求項1〜7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドまたは請求項11〜14のいずれか一項に記載の細胞及び薬学的に許容される担体、賦形剤または安定剤を含む医薬組成物。
- 請求項1〜5もしくは7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドまたは前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF1(例えば、レナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩)と接触させることを含む、融合ポリペプチドを分解する方法であって、任意選択により、
(i)COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルが、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90または100パーセント実質的に減少される、
(ii)前記融合ポリペプチドまたは前記細胞がエクスビボまたはインビボでCOF1(例えば、レナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩)と接触される、
方法。 - 融合ポリペプチドの発現を制御する方法であって、
(i)請求項6または7に記載の融合ポリペプチドまたは前記融合ポリペプチドを含む細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により、
(a)前記安定化化合物の存在下において、
(I)前記分解ドメインが前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、細胞性分解に対してより耐性のある立体構造をとる、
(II)前記融合ポリペプチドの前記立体構造は、前記安定化化合物が存在しない場合の立体構造に対して、前記異種プロテアーゼ切断部位での切断により許容的である;または
(III)前記融合ポリペプチドの発現レベルが、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルと比較して少なくとも例えば1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大される、工程
を含み、
(b)前記安定化化合物は、バゼドキシフェンまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記分解ドメインが配列番号46のアミノ酸配列を含む、および/または
(c)前記融合ポリペプチドまたは前記細胞がエクスビボまたはインビボでCOF1(例えば、レナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩)と接触される、工程を含み、任意選択により、
工程(i)後、
(ii)請求項6または7に記載の融合ポリペプチドまたは前記融合ポリペプチドを含む細胞をCOF1(例えば、レナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩)と接触させる工程であって、任意選択により、COF1)の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルが、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90または100パーセント実質的に減少される、工程
をさらに含む、方法。 - 細胞を作製する方法であって、
(i)前記細胞が請求項11〜14の何れか一項に記載の細胞であり、請求項8に記載の核酸分子、請求項9に記載のベクターまたは請求項10に記載のウイルス粒子を有する細胞、例えば、免疫エフェクター細胞をもたらすことを含むか;または
請求項1〜7の何れか一項記載の融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含む細胞をもたらし、前記細胞とエクスビボでCOF1を接触させる工程を含み、ここで、前記異種ポリペプチドはキメラ抗原受容体(CAR)であり、任意選択により、
(a)COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルが、例えば、本明細書に記載されるアッセイ、例えばウエスタンブロット分析またはフローサイトメトリー分析によって測定されるとおり、COF1の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90または100パーセント実質的に減少される、工程を含む、
(b)前記細胞がエクスビボでCOF1と接触された後、前記細胞の増殖は、COF1との前記接触前の前記細胞の増殖に対して例えば少なくとも1.2、1.5、2、5または10倍増大され。任意選択により、COF1がレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩である、および/または
(c)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる)、
方法。 - 対象における腫瘍抗原の発現を伴う疾患を治療する方法のための医薬の製造における、請求項1〜5または7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞の使用であって、前記方法が、前記対象に有効量の前記細胞を投与し、それにより前記疾患を処置することを含み、任意選択により、
(i)前記細胞が投与前にエクスビボでCOF1と接触されるかまたは接触されず、任意選択により、
(a)COF1の存在下において、前記融合ポリペプチドの発現レベルが前記細胞がエクスビボでCOF1と接触される前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90または100パーセント減少される、および/または
(b)前記細胞がエクスビボでCOF1と接触された後及び前記細胞が前記対象に投与される前に、前記細胞に例えば前記細胞の内部及び/または周囲で接触するCOF1の量は、減少される、
(ii)細胞の投与後、有効量のCOF1を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、
(a)COF1の投与が前記細胞の投与後及びCOF1の投与前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90または100パーセント減少させ、任意選択により、
(b)前記対象が有害反応を発症したか、発症しているかまたは発症することが予測され、
(c)COF1の投与が前記対象における有害反応の発生に応答するか、または前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、および/または
(d)COF1の投与が有害作用を低減または予防する、
工程を含み、
(e)前記方法が、COF1の投与後、
(iii)COF1の投与を中断する工程であって、
(I)任意選択により、COF1の投与の中断がCOF1の投与後及びCOF1投与中断前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大させ(例えば、COF1の投与の中断が前記細胞の投与後及びCOFの投与前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、
(II)前記対象が再発したか、再発しているかまたは再発することが予測され、
(III)COF1の投与の中断が前記対象における腫瘍再発に応答するか、または前記対象における再発の予測に応答し、および/または
(IV)COF1の投与の中断が腫瘍再発を治療または予防する、工程、および/または
(V)COF1投与中断後、COFを投与する工程及び/またはCOF1の投与を中断する工程を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含む、および/または
(f)COF1がレナリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、レナリドミドまたはその薬学的に許容される塩が、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mgまたは25mgで投与され、および/または
(iii)COF1がレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる)、
使用。 - 対象における腫瘍抗原の発現を伴う疾患を治療する方法のための医薬の製造におけるCOF1の使用であって、前記方法が、前記対象に有効量のCOF1を投与し、それにより、前記疾患を処置することを含み、
(i)有効量のCOF1を前記対象に投与する工程であって、前記対象が請求項1〜5または7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む細胞を含み、任意選択により、
(a)COF1の投与がCOF1の投与前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90または100パーセント減少させ、
(b)前記対象が有害反応を発症したか、発症しているかまたは発症することが予測され、
(c)COF1の投与が前記対象における有害反応の発生に応答するか、または前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、および/または
(d)COF1の投与が有害作用を低減または予防する、工程
を含み、
(e)工程(i)後、(ii)COF1の投与を中断する工程であって、任意選択により、
(I)COF1の投与の中断が工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大させ(例えば、COF1の投与の中断がCOF1の投与前の発現レベルに前記融合ポリペプチドの発現レベルを回復させる)、
(II)前記対象が再発したか、再発しているかまたは再発することが予測され、
(III)COF1の投与の中断が前記対象における腫瘍再発に応答するか、または前記対象における再発の予測に応答し、および/または
(IV)COF1の投与の中断が腫瘍再発を治療または予防する、工程、および/または
(V)工程(ii)後、(iii)工程(i)及び/または(ii)を繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程
をさらに含み、および/または
(f)COF1がレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、
(I)前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる)、および/または
(II)レナリドミドまたはその薬学的に許容される塩が、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mgまたは25mgで投与される、
使用。 - 対象における腫瘍抗原の発現を伴う疾患を治療する方法において、請求項6または7に記載の融合ポリペプチドを含む細胞または安定化化合物と組み合わせて使用するための前記融合ポリペプチドを含む細胞を含む医薬組成物であって、前記使用が(i)対象への前記組み合わせの有効量の投与を含み、それにより、前記疾患を処置し、任意選択により、前記使用が
(a)工程(i)後、(ii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、
(I)前記安定化化合物の投与の中断が工程(i)後及び工程(ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍減少させ、
(II)前記対象が工程(i)の治療に応答し(例えば、前記対象が工程(i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象が腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象が腫瘍細胞の減少を示すか、または工程(i)の治療は、前記対象において有効である)、および/または
(III)前記安定化化合物の投与の中断が工程(i)の治療に対する前記対象の応答に対して応答する(例えば、前記対象が工程(i)の治療に対して完全奏功を有するか、前記対象が腫瘍塊における縮小を示すか、前記対象が腫瘍細胞の減少を示すか、または工程(i)の治療は、前記対象において有効である)、工程
(b)工程(i)後、(iii)前記安定化化合物の投与を中断する工程であって、任意選択により、
(I)前記安定化化合物の投与の中断が工程i)後及び工程ii)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍減少させ、
(II)前記対象が有害反応を発症したか、発症しているかまたは発症することが予測され、
(III)前記安定化化合物の投与の中断が前記対象における有害反応の発生に応答するか、または前記対象における有害反応の発生の予測に応答し、および/または
(IV)前記安定化化合物の投与の中断が有害作用を低減または予防する、工程;または
(c)工程(i)後、(iv)前記安定化化合物の投与を中断し、および有効量のCOF1またはCOF2を前記対象に投与する工程であって、任意選択により、
(I)工程(iv)が、工程(i)後及び工程(iv)前の前記融合ポリペプチドの発現に対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍減少させ、
(II)前記対象が有害反応、例えば、急性毒性を発症したか、発症しているかまたは発症することが予測され、
(III)工程(iv)が、前記対象における有害反応、例えば、急性毒性の発生に応答するか、または前記対象における有害反応、例えば、急性毒性の発生の予測に応答し、
(IV)工程(iv)が、有害作用、例えば、急性毒性を低減または予防する、工程、
(V)工程(iv)後、(v)例えば、表面に前記融合ポリペプチドを発現する細胞の量が既定値より小さくなった後、例えば1日、5日、10日または15日間にわたり、COF1の投与を中断する工程であって、ここで、
(VI)COF1がレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる)、および/または
(VII)COF1がレナリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、レナリドミドまたはその薬学的に許容される塩が、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mgまたは25mgで投与される工程
をさらに含む、医薬組成物。 - (a)前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルが前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍高い
(b)使用が、さらに工程(ii)、(iii)、(iv)または(v)後、工程(vi)有効量の安定化化合物を投与する工程をさらに含み、任意選択により、
(I)前記安定化化合物の投与が工程(ii)、(iii)、(iv)または(v)後及び工程(vi)前の前記融合ポリペプチドの発現レベルに対して前記融合ポリペプチドの発現レベルを例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍増大させ、
(II)前記対象が再発したか、再発しているかまたは再発することが予測され、
(III)前記安定化化合物の投与が前記対象における腫瘍再発に応答するか、または前記対象における再発の予測に応答し、
(IV)前記安定化化合物の投与が腫瘍再発を治療または予防する、
(V)方法が工程(vi)後、工程(vii)工程(iii)、(iv)、(v)または(viを繰り返し、それによって前記疾患を治療する工程をさらに含む、
(VI)COF1がレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる)、および/または
(VII)COF1がレナリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、レナリドミドまたはその薬学的に許容される塩が、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mgまたは25mgで投与される、
(c)使用が、工程i)前に、工程(viii)エクスビボで前記細胞を安定化化合物と接触させる工程であって、任意選択により、
(I)前記安定化化合物の存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルが前記安定化化合物の非存在下での前記融合ポリペプチドの発現レベルより例えば少なくとも約1.5、2、3、4、5、10、20、30、40または50倍高い、工程
をさらに含む、
(II)COF1がレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる)、および/または
(III)COF1がレナリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、レナリドミドまたはその薬学的に許容される塩が、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mgまたは25mgで投与される、
(d)前記細胞が投与前にエクスビボで前記安定化化合物と接触されない;任意選択により、
(I)前記細胞が投与前にエクスビボでCOF1と接触されない、
(II)COF1がレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる)、および/または
(III)COF1がレナリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、レナリドミドまたはその薬学的に許容される塩が、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mgまたは25mgで投与される、
(e)前記安定化化合物は、バゼドキシフェンまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、
(I)前記分解ドメインが配列番号46のアミノ酸配列を含む、
(II)COF1がレナリドミドもしくはポマリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、任意選択により、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号1〜6、11〜15、40、41〜43、77、78、84〜86及び100からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる(例えば、前記COF1/CRBN結合ポリペプチドが配列番号3のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる)、および/または
(III)COF1がレナリドミドまたはその薬学的に許容される塩であり、レナリドミドまたはその薬学的に許容される塩が、例えば、1日当たり2.5mg、5mg、10mg、15mgまたは25mgで投与される、
請求項21に記載の使用のための医薬組成物。 - 医薬としての使用のための、請求項1〜7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、請求項8に記載の核酸分子、請求項9に記載のベクター、請求項10に記載のウイルス粒子、請求項11〜14の何れか一項に記載の細胞または請求項15に記載の医薬組成物。
- 腫瘍抗原の発現を伴う疾患を有する対象の治療における使用のための、請求項1〜7のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド、請求項8に記載の核酸分子、請求項9に記載のベクター、請求項10に記載のウイルス粒子、請求項11〜14の何れか一項に記載の細胞または請求項15に記載の医薬組成物であって、任意選択により、
(i)前記処置は請求項19〜22の何れかに記載の使用であり、
(ii)腫瘍抗原の発現を伴う前記疾患は、癌であり、任意選択により、前記癌が、例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における中皮腫(例えば、悪性胸膜中皮腫);肺癌(例えば、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、扁平細胞肺癌または肺大細胞癌);膵臓癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療に対して進行してきた対象における例えば膵管腺癌または転移性膵管腺癌(PDA));食道腺癌、卵巣癌(例えば、少なくとも1つの事前の標準的治療のレジメン後に進行してきた対象における例えば漿液性卵巣上皮癌)、乳癌、結腸直腸癌、膀胱癌またはその任意の組合せである、
融合ポリペプチド、記載の核酸分子、ベクター、ウイルス粒子、細胞または医薬組成物。 - (i)腫瘍抗原の発現を伴う前記疾患は、血液癌、例えば白血病またはリンパ腫から選択される血液癌であり、任意選択により、前記癌は、慢性リンパ球性白血病(CLL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、多発性骨髄腫、急性リンパ性白血病(ALL)、ホジキンリンパ腫、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、小リンパ球性白血病(SLL)、B細胞前リンパ性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫(DLBCL)、慢性炎症に関連するDLBCL、慢性骨髄性白血病、骨髄増殖性腫瘍、濾胞性リンパ腫、小児濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型もしくは大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、MALTリンパ腫(粘膜関連リンパ組織型節外性辺縁帯リンパ腫)、辺縁帯リンパ腫、脊髄形成異常、骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンストレーム型マクログロブリン血症、脾辺縁帯リンパ腫、脾リンパ腫/脾性白血病、びまん性赤脾髄小細胞型B細胞リンパ腫、ヘアリーセル白血病−バリアント、リンパ形質細胞性リンパ腫、重鎖病、形質細胞性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫、骨外形質細胞腫、節性辺縁帯リンパ腫、小児節性辺縁帯リンパ腫、原発性皮膚濾胞中心リンパ腫、リンパ腫様肉芽腫症、原発性縦隔(胸腺)大細胞型B細胞リンパ腫、血管内大細胞型B細胞リンパ腫、ALK+大細胞型B細胞リンパ腫、HHV8関連多中心性キャッスルマン病の際に生じる大細胞型B細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、B細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病(AML)または分類不能リンパ腫から選択される、
(ii)前記細胞が前記対象に対して自己由来であるまたは前記細胞が前記対象に対して同種異系である;前記細胞がCAR発現細胞、例えばCART細胞である、
(iii)前記対象がCOF1の投与前に、請求項1〜8のいずれか一項に記載の少なくとも1つの融合ポリペプチドを発現する細胞を投与されている、
請求項19〜22のいずれか一項に記載の使用。
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