JP2022109915A - Cd80バリアント免疫調節タンパク質およびその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2016年4月15日に出願された「CD80リガンドバリアント免疫調節タンパク質およびその使用(CD80 Ligand Variant Immunomodulatory Proteins and Uses Thereof)」という表題の米国仮特許出願第62/353,595号、2016年9月14日に出願された「CD80リガンドバリアント免疫調節タンパク質およびその使用(CD80 Ligand Variant Immunomodulatory Proteins and Uses Thereof)」という表題の米国仮特許出願第62/394,743号、2016年10月20日に出願された「ICOSリガンドバリアント免疫調節タンパク質およびその使用(CD80 Ligand Variant Immunomodulatory Proteins and Uses Thereof)」という表題の米国仮特許出願第62/410,844号、2017年3月16日に出願された「CD80リガンドバリアント免疫調節タンパク質およびその使用(ICOS Ligand Variant Immunomodulatory Proteins and Uses Thereof)」という表題の米国仮特許出願第62/472,570号、および2017年3月22日に出願された「CD80リガンドバリアント免疫調節タンパク質およびその使用(CD80 Ligand Variant Immunomodulatory Proteins and Uses Thereof)」という表題の米国仮特許出願第62/475,201号の優先権を主張するものであり、それらの各々の内容は、参照によってその全体として組み入れられる。
本出願は、電子フォーマットの配列表と一緒に出願される。配列表は、2017年4月13日に作成された761612000440SeqList.txtという表題の815,991バイトサイズのファイルとして提供される。配列表の電子フォーマットの情報は、参照によってその全体として組み入れられる。
本開示は、がんおよび免疫学的疾患の治療における免疫応答を調節するための治療用組成物に関する。いくつかの局面において、本開示は、同族結合パートナーに対して変化した結合親和性を示す、CD80の特定のバリアントに関する。
抗原提示細胞(APC)または標的細胞とリンパ球とにより、当該細胞間で形成される免疫シナプス(IS)で起こるプロセスへの介入により免疫応答を調節することに関して医学的関心が高まっている。機構的には、IS内の細胞表面タンパク質は、複数のタンパク質標的とそれらが結合する単一のタンパク質との間の協調的で多くの場合同時の相互作用に関与し得る。ISにおける相互作用は、2つの細胞の接合と密接に関連して起こり、この構造体内の単一のタンパク質は、同じ細胞(シス)上のタンパク質および相互作用している細胞(トランス)上のタンパク質の両方と(おそらく同時に)相互作用することができる。ISを調節することができる治療薬が知られているが、改良された治療薬が必要とされている。このようなニーズを満たす、細胞上に発現することができる可溶性タンパク質または膜貫通型免疫調節タンパク質を含む免疫調節タンパク質を提供する。
いくつかの態様において、IgVドメインもしくはその特異的結合断片、IgCドメインもしくはその特異的結合断片、または両方を含有する、バリアントCD80ポリペプチドであって、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置4、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、20、21、22、24、25、27、28、29、30、31、33、36、37、38、40、41、42、43、44、47、48、50、52、53、54、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、72、74、76、77、80、81、83、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、99、102、103、104、108、107,109、110、114、115、116、117、118、120、121、122、126、127、128、129、130、133、137、140、142、143、144、148、149、152、154、160、162、164、168、169、174、175、177、178、183、178、185、188、190、192、193、または199に対応する、未改変CD80またはその特異的結合断片における1つまたは複数のアミノ酸改変を含有するバリアントCD80ポリペプチドが本明細書において提供される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸改変は、1つまたは複数のアミノ酸置換、挿入、または欠失を含む。いくつかの態様において、未改変CD80は、哺乳動物CD80またはその特異的結合断片である。いくつかの態様において、未改変CD80は、ヒトCD80またはその特異的結合断片である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、IgVドメインまたはその特異的結合断片;およびIgCドメインまたはその特異的結合断片を含む。いくつかの態様において、未改変CD80は、(i)SEQ ID NO:28に示されるアミノ酸配列、(ii)SEQ ID NO:28に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列;または(iii)その一部分であって、IgVドメインもしくはIgCドメインまたはそれらの特異的結合断片を含む部分を、含む。
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。
およびその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。
およびその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。
である。
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。
である。
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。
少なくとも1つの標的リガンド同族結合パートナー(カウンター構造体リガンドタンパク質とも呼ばれる)に対する結合活性または親和性が変化しているCD80のバリアントもしくはCD80の変異体およびその特異的結合断片であるかまたはそれらを含む、免疫調節タンパク質が本明細書に提供される。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、未改変または野生型CD80ポリペプチドと比較して、1つまたは複数のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、欠失、または付加)を含有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、未改変または野生型CD80ポリペプチドと比較して、1つまたは複数のアミノ酸改変(例えば、置換)を含有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸改変(例えば、置換)は、未改変または野生型CD80ポリペプチドのIgSFドメイン(例えば、IgV)にある。いくつかの態様において、変化した結合活性または親和性(例えば、向上または低下した結合活性または親和性)は、同族結合パートナータンパク質CD28、PD-L1、またはCTLA-4の少なくとも1つに対するものである。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、CD28、PD-L1、またはCTLA-4のうちの1つまたは複数に対する結合活性または親和性が、1つまたは複数の改変を含有しない未改変または野生型CD80と比較して変化(例えば、向上または低下)している。いくつかの態様において、免疫調節タンパク質は、可溶性である。いくつかの態様において、免疫調節タンパク質は、細胞の表面上に発現することができる膜貫通型免疫調節タンパク質である。いくつかの態様において、また、本明細書に提供されるバリアントCD80ポリペプチドと1つまたは複数の他の部分またはポリペプチドとを含有するコンジュゲートまたは融合体である、1つまたは複数の他の免疫調節タンパク質も本明細書に提供される。
別段の定義のない限り、本明細書において使用される全ての専門用語、注記、ならびに他の技術および科学用語または関連用語は、請求される主題が属する技術分野の当業者によって通常理解されているものと同じ意味を有することを意図する。いくつかの場合では、通常理解されている意味を有する用語は、明確化のためおよび/またはすぐに参照できるように本明細書において定義され、そして、本明細書におけるこのような定義の包含は、必ずしも一般に当技術分野において理解されているものと大きな差異をなすと解釈されるべきではない。
1つまたは複数のCD80同族結合パートナーに対する結合活性または親和性が変化(向上または低下)しているバリアントCD80ポリペプチドが本明細書に提供される。いくつかの態様において、CD80同族結合パートナーは、CD28、PD-L1、またはCTLA-4である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、免疫グロブリンスーパーファミリー(IgSF)ドメイン(IgD)において、野生型もしくは未改変CD80ポリペプチド、または野生型もしくは未改変CD80のIgDを含有する部分、またはその特異的結合断片と比較して、1つまたは複数のアミノ酸改変、例えば1つまたは複数の置換(あるいは、「変異」または「交換」)、欠失、または付加を含有する。
野生型または未改変CD80ポリペプチドに含有されるIgSFドメインと比較して、少なくとも1つの親和性が改変されたIgSFドメイン(例えば、IgVまたはIgC)またはその特異的結合断片を含有するバリアントCD80ポリペプチドであって、1つまたは複数のリガンドCD28、PD-L1、またはCTLA-4に対する結合活性または親和性が野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して変化(向上または低下)しているバリアントCD80ポリペプチドが本明細書に提供される。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、例えば固相ELISA免疫測定法、フローサイトメトリーまたはBiacoreアッセイによって決定した場合に、野生型または未改変CD80ポリペプチド対照配列の場合とは異なる、CD28、PD-L1、および/またはCTLA-4に対する結合親和性を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、CD28、PD-L1、および/またはCTLA-4に対して向上した結合親和性を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して、CD28、PD L1、および/またはCTLA-4に対して低下した結合親和性を有する。CD28、PD-L1、および/またはCTLA-4は、哺乳動物タンパク質、例えばヒトタンパク質またはネズミタンパク質であることができる。
から選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
またはその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。
から選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
またはその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。
から選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
またはその保存的アミノ酸置換から選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、CD28のエクトドメインに対する親和性および/またはCD28に対する選択性が、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して向上している。
からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、PD-L1に対する親和性および/またはPD-L1に対する選択性が、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して向上している。
からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
ならびにその保存的変異からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、CD28のエクトドメインおよびPD-L1のエクトドメインに対する親和性が、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して向上している。
からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、CTLA-4のエクトドメインに対する親和性および/または選択性が、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して向上している。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、SEQ ID NO:28の位置36、40、52、70、88、89、90、91、92、93、107、118、120、130、144、または169に対応する、1つまたは複数のアミノ酸改変(例えば、置換)を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、CD28のエクトドメインおよびCTLA-4のエクトドメインに対する親和性が、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して向上している。
からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
およびその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、PD-L1のエクトドメインおよびCTLA-4のエクトドメインに対する親和性が、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して向上している。
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、CD28のエクトドメイン、PD-L1のエクトドメイン、およびCTLA-4のエクトドメインに対する親和性が、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して向上している。
からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して、CD28のエクトドメインまたはPD-L1のエクトドメインに対する親和性が向上しており、かつCTLA-4のエクトドメインに対する親和性が低下している。
からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して、CD28のエクトドメインに対する親和性が向上しており、かつCTLA-4のエクトドメインに対する親和性が低下している。
からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される1つまたは複数のアミノ酸置換を有する。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、1つまたは複数のアミノ酸置換は、
である。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドは、例えばSEQ ID NO:28、152、または372に示される配列を含む野生型または未改変CD80ポリペプチドと比較して、PD-L1のエクトドメインに対する親和性が向上しており、かつCTLA-4のエクトドメインに対する親和性が低下している。
vIgDを含有する本明細書に提供されるバリアントCD80を含む免疫調節ポリペプチドは、例えば、可溶性タンパク質、融合体もしくはコンジュゲート、膜結合型タンパク質、分泌タンパク質として、または感染性物質における送達のため、多種多様な方法でフォーマットされることができる。いくつかの態様において、特定のフォーマットを所望の治療用途向けに選択することができる。いくつかの場合では、バリアントCD80ポリペプチドを含む免疫調節ポリペプチドは、その同族結合パートナー(例えば、CD28、PD-L1、および/またはCTLA-4)の活性に拮抗するかまたはそれを遮断するフォーマットで提供される。いくつかの態様において、CTLA-4に対する拮抗作用は、腫瘍における免疫を促進するのに有用であり得る。いくつかの態様において、CD28に対する拮抗作用は、炎症または自己免疫を治療するのに有用であり得る。いくつかの場合では、バリアントCD80ポリペプチドを含む免疫調節ポリペプチドは、その同族結合パートナー(例えば、CD28、PD-L1、および/またはCTLA-4)の活性を作動させるまたは刺激するフォーマットで提供される。いくつかの態様において、CTLA-4に対する作動作用は、炎症または自己免疫を治療するのに有用であり得る。いくつかの態様において、CD28に対する作動作用は、腫瘍を治療するのに有用であり得る。当業者は、例えば1つまたは複数の特異的同族結合パートナーに拮抗するかまたはそれを作動させるための特定のフォーマットの活性を容易に決定することができる。そのような活性を評価するための例示的な方法は、実施例を含め、本明細書において提供される。
いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドを含有する免疫調節タンパク質は、可溶性タンパク質である。当業者であれば、細胞表面タンパク質が、典型的には、細胞内ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞外ドメイン(ECD)を有すること、ならびに、細胞外ドメインまたはその免疫学的に活性な配列を使用してそのようなタンパク質の可溶性形態を製造することができることを認識するだろう。したがって、いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドを含有する免疫調節タンパク質は、膜貫通ドメインまたは膜貫通ドメインの一部分を欠いている。いくつかの態様において、バリアントCD80を含有する免疫調節タンパク質は、細胞内(細胞質)ドメインを欠いているか、または細胞内ドメインの一部分を欠いている。いくつかの態様において、バリアントCD80ポリペプチドを含有する免疫調節タンパク質は、アミノ酸改変を含有するIgVドメインおよび/もしくはIgC(例えば、IgC2)ドメインまたはその特異的結合断片を含有するECDドメインまたはその一部分を含有するvIgD部分のみ含有する。
等の改変;WO 2008/092117に記載されているG236R/L328R、L235G/G236R、N325A/L328R、およびN325LL328Rのような改変;位置233、234、235、および237(EUナンバリングによって表示される)におけるアミノ酸挿入;ならびにWO 2000/042072に記載されている部位における改変を含む。
いくつかの態様において、免疫調節タンパク質は、1つまたは複数の他の免疫グロブリンスーパーファミリー(IgSF)ドメインに直接的または間接的に連結された本明細書において提供されるバリアントCD80ポリペプチドのいずれかを含有することができる(「スタックされた」免疫調節タンパク質構築物、また「II型」免疫調節タンパク質とも呼ばれる)。いくつかの局面において、これは、2つ以上、例えば3つ以上の同族結合パートナーと結合することによって免疫シナプスの多標的化調節を提供する、固有のマルチドメイン免疫調節タンパク質を作製することができる。
いくつかの態様において、IgSFファミリーのIgドメイン(vIgD)のバリアントを含む免疫調節タンパク質である本明細書において提供されるバリアントポリペプチドを、部分、例えばエフェクター部分、例えば別のタンパク質と、直接的または間接的に、コンジュゲートまたは融合して、コンジュゲート(「IgSFコンジュゲート」)を形成することができる。いくつかの態様において、結合は、共有結合または非共有結合(例えば、ビオチン-ストレプトアビジン非共有相互作用を介したもの)であることができる。CD80-Fcバリアント融合体のいくつかの態様において、任意の2つ以上の前述のコンジュゲートのいずれか1つまたは組み合わせを、FcまたはバリアントCD80ポリペプチドまたは両方に結合させることができる。
免疫調節バリアントCD80ポリペプチドを発現する改変細胞(あるいは、「改変細胞」)が本明細書において提供される。いくつかの態様において、発現する免疫調節バリアントCD80ポリペプチドは、膜貫通型タンパク質であり、かつ、表面に発現する。いくつかの態様において、発現する免疫調節バリアントCD80ポリペプチドは、細胞において発現して該細胞から分泌される。
いくつかの態様において、バリアントCD80を含む免疫調節ポリペプチドは、膜結合タンパク質であることができる。以下により詳細に記載するとおり、免疫調節ポリペプチドは、少なくとも1つの親和性改変IgSFドメイン(IgVまたはIgC)を含有するエクトドメイン、膜貫通ドメイン、および任意で、細胞質ドメインを含有する、バリアントCD80を含む膜貫通型免疫調節ポリペプチドであることができる。いくつかの態様において、膜貫通型免疫調節タンパク質は、リンパ球(例えば、T細胞またはNK細胞)または抗原提示細胞の表面を含む、免疫細胞、例えば哺乳動物細胞の表面上に発現することができる。いくつかの態様において、膜貫通型免疫調節タンパク質は、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞(あるいは、細胞傷害性Tリンパ球またはCTL)、ナチュラルキラーT細胞、制御性T細胞、メモリーT細胞、またはγδT細胞のようなT細胞を含む、哺乳動物T細胞の表面上に発現する。いくつかの態様において、哺乳動物細胞は、抗原提示細胞(APC)である。典型的には、しかし排他的ではないが、エクトドメイン(あるいは、「細胞外ドメイン」)は、本発明のバリアントCD80の1つまたは複数のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換)を含む。したがって、例えば、いくつかの態様において、膜貫通型タンパク質は、本発明のバリアントCD80の1つまたは複数のアミノ酸置換を含むエクトドメインを含む。
いくつかの態様において、本明細書に記載のとおりのアミノ酸変異のいずれか1つまたは複数を含有するCD80バリアント免疫調節ポリペプチドは、例えば細胞に発現するとき、分泌可能である。そのようなバリアントCD80免疫調節タンパク質は、膜貫通ドメインを含まない。いくつかの態様において、バリアントCD80免疫調節タンパク質は、半減期延長部分(例えば、Fcドメインまたは多量体化ドメイン)にコンジュゲートされない。いくつかの態様において、バリアントCD80免疫調節タンパク質は、ドメインを細胞外に出す、シグナルペプチド、例えば抗体シグナルペプチドまたは他の効率的なシグナル配列を含む。免疫調節タンパク質がシグナルペプチドを含みかつ改変細胞によって発現されるとき、シグナルペプチドは、免疫調節タンパク質が改変細胞によって分泌されるようにする。概して、シグナルペプチド、またはシグナルペプチドの一部分は、分泌と共に免疫調節タンパク質から切断される。免疫調節タンパク質は、核酸(発現ベクターの一部分であることができる)によってコードされることができる。いくつかの態様において、免疫調節タンパク質は、細胞(例えば、免疫細胞、例えば初代免疫細胞)によって発現および分泌される。
提供される免疫調節ポリペプチドのいずれかを発現する改変細胞が本明細書において提供される。いくつかの態様において、改変細胞は、それらの表面上に、提供される膜貫通型免疫調節ポリペプチドのいずれかを発現する。いくつかの態様において、改変細胞は、免疫調節タンパク質を発現して、タンパク質の分泌に好適な条件下で細胞から分泌可能であるか、または分泌することができる。いくつかの態様において、免疫調節タンパク質は、リンパ球、例えば腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、T細胞もしくはNK細胞上、または骨髄系細胞上に発現する。いくつかの態様において、改変細胞は、抗原提示細胞(APC)である。いくつかの態様において、改変細胞は、改変された哺乳動物T細胞または改変された哺乳動物抗原提示細胞(APC)である。いくつかの態様において、改変されたT細胞またはAPCは、ヒトまたはネズミ細胞である。
また、本明細書に記載の分泌性または膜貫通型免疫調節タンパク質を含むバリアントポリペプチド、例えばCD80 vIgDポリペプチドのいずれかをコードする核酸を含有する感染性物質が提供される。いくつかの態様において、そのような感染性物質は、本明細書に記載のバリアント免疫調節ポリペプチド、例えばCD80 vIgDポリペプチドをコードする核酸を、対象の標的細胞、例えば、対象の免疫細胞および/もしくは抗原提示細胞(APC)または腫瘍細胞に送達することができる。また、そのような感染性物質に含有される核酸、および/または、そのような感染性物質の生成もしくは改変のための核酸、例えばベクターおよび/またはプラスミド、ならびにそのような感染性物質を含有する組成物が提供される。
いくつかの態様において、感染性物質は、ウイルスである。いくつかの態様において、感染性物質は、腫瘍溶解性ウイルス、または、特定の細胞、例えば免疫細胞を標的化するウイルスである。いくつかの態様において、感染性物質は、対象の腫瘍細胞および/またはがん細胞を標的化する。いくつかの態様において、感染性物質は、免疫細胞または抗原提示細胞(APC)を標的化する。
いくつかの態様において、感染性物質は、細菌である。例えば、いくつかの態様において、細菌は、本明細書に記載のバリアント免疫調節ポリペプチドのいずれか、例えば、バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質をコードする核酸を、対象の標的細胞、例えば腫瘍細胞、免疫細胞、抗原提示細胞および/または食細胞に送達することができる。いくつかの態様において、細菌は、バリアント免疫調節ポリペプチドの発現および/もしくは分泌のため、ならびに/または、バリアント免疫調節ポリペプチドの発現のために環境の特異的細胞を標的化するため、対象内の特定の環境、例えば腫瘍微小環境(TME)に優先的に標的化されることができる。
本明細書において提供されるバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドの種々の提供される態様のいずれかをコードする、単離されたまたは組換え核酸(「核酸」と総称される)が本明細書において提供される。いくつかの態様において、後述の全てを含む本明細書において提供される核酸は、本明細書において提供されるバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドの組換え産生(例えば、発現)に有用である。いくつかの態様において、後述の全てを含む本明細書において提供される核酸は、本明細書において提供されるバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドの細胞、例えば改変細胞、例えば免疫細胞、または感染性物質細胞における発現に有用である。本明細書において提供される核酸は、RNAの形態またはDNAの形態にあることができ、mRNA、cRNA、組換えまたは合成RNAおよびDNA、ならびにcDNAを含むことができる。本明細書において提供される核酸は、典型的には、DNA分子、通常二本鎖のDNA分子である。しかしながら、本発明のヌクレオチド配列のうちのいずれかを含む、一本鎖DNA、一本鎖RNA、二本鎖RNA、およびハイブリッドDNA/RNA核酸またはその組み合わせも提供される。
いくつかの態様において、本明細書において提供されるバリアントCD80ポリペプチド(例えば、その完全長および/もしくは特異的結合断片またはコンジュゲート、スタック構築物または誘導体)は、T細胞活性化を調節する免疫調節活性を示す。いくつかの態様において、CD80ポリペプチドは、初代T細胞アッセイにおいて、野生型または未改変CD80対照と比べてIFN-γ発現を調節する。いくつかの場合では、IFN-γ発現の調節は、対照と比べて、IFN-γ発現を増加または減少させることができる。特異的結合およびIFN-γ発現を決定するアッセイは、当技術分野において周知であり、培養上清中のインターフェロン-γサイトカインレベルを測定するMLR(混合リンパ球反応)アッセイ(Wang et al., Cancer Immunol Res. 2014 Sep: 2(9):846-56)、SEB(ブドウ球菌エンテロトキシンB)T細胞刺激アッセイ(Wang et al., Cancer Immunol Res. 2014 Sep: 2(9):846-56)、および抗CD3 T細胞刺激アッセイ(Li and Kurlander, J Transl Med. 2010: 8: 104)を含む。
本明細書に記載のバリアントCD80ポリペプチド、免疫調節タンパク質、コンジュゲート、改変細胞または感染性物質のいずれかを含有する組成物が本明細書において提供される。薬学的組成物は、薬学的に許容し得る賦形剤をさらに含むことができる。例えば、薬学的組成物は、例えば、組成物の、pH、オスモル濃度、粘性、透明性、色、等張性、臭気、無菌性、安定性、溶解もしくは放出の速度、吸着、または浸透を調節、維持、または保存するための1つまたは複数の賦形剤を含有することができる。いくつかの局面において、当業者は、細胞を含有する薬学的組成物がタンパク質を含有する薬学的組成物と異なってよいことを理解する。
また、本明細書に記載の薬学的組成物を好適な包装に含む製造品が本明細書において提供される。本明細書に記載の組成物(例えば、眼科用組成物)用の好適な包装は、当技術分野において公知であり、例えば、バイアル(例えば、密封バイアル)、広口瓶(vessels)、アンプル、ボトル(bottles)、ジャー、フレキシブル包装(例えば、密封マイラー(Mylar)またはプラスチック袋)などを含む。これらの製造品は、さらに滅菌および/または密封されてよい。
本明細書に記載の薬学的組成物(本明細書に記載のバリアントCD80ポリペプチド、免疫調節タンパク質、コンジュゲート、および改変細胞を含む、薬学的組成物を含む)を、多種多様な治療用途、例えば疾患の治療に使用することができる。例えば、いくつかの態様において、該薬学的組成物を使用して、哺乳動物において炎症性または自己免疫性障害、がん、臓器移植、ウイルス感染、および/または細菌感染が治療される。薬学的組成物は、免疫応答を調節(例えば、増強または低減)して、疾患を治療することができる。いくつかの態様において、提供される方法は、本明細書に記載のバリアントCD80ポリペプチド、免疫調節タンパク質、コンジュゲート、改変細胞および感染性物質の治療投与に適用可能である。提供される開示を考慮して、望まれる免疫応答の調節のタイプ(例えば、増強または低減)に応じて適応症のためのフォーマットを選択することは、当業者のレベルの範囲内である。
提供される態様としては、以下の態様が挙げられる。
1. IgVドメインもしくはその特異的結合断片、IgCドメインもしくはその特異的結合断片、または両方を含む、バリアントCD80ポリペプチドであって、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置4、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、20、21、22、24、25、27、28、29、30、31、33、36、37、38、40、41、42、43、44、47、48、50、52、53、54、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、72、74、76、77、80、81、83、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、99、102、103、104、107、108、109、110、114、115、116、117、118、120、121、122、126、127、128、129、130、133、137、140、142、143、144、148、149、152、154、160、162、164、168、169、174、175、177、178、183、185、188、190、192、193、または199に対応する、未改変CD80またはその特異的結合断片における1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、バリアントCD80ポリペプチド。
2. 前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、1つまたは複数のアミノ酸置換、挿入、または欠失を含む、態様1のバリアントCD80ポリペプチド。
3. 前記未改変CD80が哺乳動物CD80である、態様1または態様2のバリアントCD80ポリペプチド。
4. 前記CD80がヒトCD80である、態様1~3のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
5. IgVドメインまたはその特異的結合断片;および
IgCドメインまたはその特異的結合断片
を含む、態様1~4のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
6. 前記未改変CD80が、
(i)SEQ ID NO:28に示されるアミノ酸配列、(ii)SEQ ID NO:28に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列;あるいは(iii)それらの一部分であって、IgVドメインもしくはIgCドメインまたはそれらの特異的結合断片を含む、部分
を含む、態様1~5のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
7. 前記IgVドメインまたはIgCドメインの特異的結合断片が、少なくとも50、60、70、80、90、100、110アミノ酸またはそれより多いアミノ酸の長さを有するか;
前記IgVドメインの特異的結合断片が、SEQ ID NO:1の35~135番目のアミノ酸として示されるIgVドメインの長さの少なくとも80%の長さを含むか;または
前記IgCドメインの特異的結合断片が、SEQ ID NO:1の145~230番目のアミノ酸として示されるIgCドメインの長さの少なくとも80%の長さを含む、
態様1~6のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
8. 最大1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個のアミノ酸改変、任意でアミノ酸置換を含む、態様1~7のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
9. SEQ ID NO:28またはその特異的結合断片に対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む、態様1~8のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
10. 前記未改変CD80と比較して変化した、CD28、PD-L1、またはCTLA-4のエクトドメインに対する結合特異性を示す、態様1~9のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
11. 前記変化した結合性が、変化した結合親和性および/または変化した結合選択性である、態様9のバリアントCD80ポリペプチド。
12. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が
またはその保存的アミノ酸置換である、態様1~11のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
13. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~12のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
14. SEQ ID NO:55~108、280~346、414~475のうちのいずれかもしくはその特異的結合断片に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:55~108、280~346、414~475のうちのいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつ前記1つまたは複数のアミノ酸置換を含有するアミノ酸配列を含む、態様1~13のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
15. 前記IgVドメインまたはその特異的結合断片を含む、態様1~14のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
16. 前記IgVドメインまたはその特異的断片が、前記バリアントCD80ポリペプチドの唯一のCD80部分である、態様1~15のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
17. 前記IgCドメインまたはその特異的断片が、前記バリアントCD80ポリペプチドの唯一のCD80部分である、態様1~14のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
18. SEQ ID NO:153~195、347、373~386、476~477のいずれかもしくはその特異的結合断片に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:153~195、347、373~386、476~477のいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつ前記1つまたは複数のアミノ酸置換を含有するアミノ酸配列を含む、態様1~17のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
19. CD28、PD-L1、またはCTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、態様1~17のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
20. CD28、PD-L1、またはCTLA-4のエクトドメインに、該エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合性と比較して向上した選択性で特異的に結合する、態様1~19のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
21. 前記選択性の向上が、CD28、PD-L1、およびCTLA-4の中から選択される1つの同族結合パートナーに対する結合性と、該同族結合パートナーのうちの別のものに対する結合性との比率が、該1つの同族結合パートナーに対する前記未改変CD80ポリペプチドの結合性と、該同族結合パートナーのうちの該別のものに対する該未改変CD80ポリペプチドの結合性との比率と比較して大きいことを含む、態様20のバリアントCD80ポリペプチド。
22. CD28のエクトドメインに、該CD28のエクトドメインに対する前記未改変CD80の結合性と比較して向上した選択性で特異的に結合する、態様19または態様20のバリアントCD80ポリペプチド。
23. 前記選択性の向上が、CD28に対する結合性と、PD-L1またはCTLA-4に対する結合性との比率が、CD28に対する前記未改変CD80ポリペプチドの結合性と、PD-L1またはCTLA-4に対する該未改変CD80ポリペプチドの結合性との比率と比較して大きいことを含む、態様22のバリアントCD80ポリペプチド。
24. 前記比率が、少なくともまたは少なくとも約1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、またはそれ以上大きい、態様21または態様23のバリアントCD80ポリペプチド。
25. CD28のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、態様1~24のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
26. 前記エクトドメインに対する向上した親和性が、前記エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合親和性と比較して、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく向上している、態様19または態様25のバリアントCD80ポリペプチド。
27. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置12、18、20、29、31、36、40、41、43、52、59、60、63、67、70、77、81、87、88、89、90、91、92、93、107、109、114、117、118、120、122、127、130、144、169、177、または199に対応する、態様1~26のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
28. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~27のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
29. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~28のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
30. PD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、態様1~29のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
31. 前記エクトドメインに対する向上した親和性が、前記エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合親和性と比較して、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく向上している、態様30のバリアントCD80ポリペプチド。
32. PD-L1のエクトドメインに、該エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合性と比較して向上した選択性で特異的に結合する、態様1~31のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
33. 前記選択性の向上が、PD-L1に対する結合性と、CD28またはCTLA-4に対する結合性との比率が、PD-L1に対する前記未改変CD80ポリペプチドの結合性と、CD28またはCTLA-4に対する該未改変CD80ポリペプチドの結合性との比率と比較して大きいことを含む、態様32のバリアントCD80ポリペプチド。
34. 前記比率が、少なくともまたは少なくとも約1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、またはそれ以上大きい、態様33のバリアントCD80ポリペプチド。
35. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置12、18、29、31、33、36、38、40、41、42、43、47、48、59、64、67、68、70、77、81、85、87、88、89、90、91、92、93、94、97、104、109、115、117、118、120、122、126、130、133、140、144、148、149、168、178、183、188または193に対応する、態様1~34のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
36. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~35のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
37. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~36のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
38. CD28のエクトドメインおよびPD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、態様1~37のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
39. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置12、18、36、40、43、59、77、88、89、90、91、92、93、94、109、118、122、または177に対応する、態様1~38のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
40. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
およびその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~39のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
41. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~40のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
42. CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、態様1~41のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
43. 前記エクトドメインに対する向上した親和性が、前記エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合親和性と比較して、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく向上している、態様42のバリアントCD80ポリペプチド。
44. CTLA-4のエクトドメインに、該エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合性と比較して向上した選択性で特異的に結合する、態様1~43のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
45. 選択性の向上が、CTLA-4に対する結合性と、CD28またはPD-L1に対する結合性との比率が、CTLA-4に対する前記未改変CD80ポリペプチドの結合性と、CD28またはPD-L1に対する該未改変CD80ポリペプチドの結合性との比率と比較して大きいことを含む、態様44のバリアントCD80ポリペプチド。
46. 前記比率が、少なくともまたは少なくとも約1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍またはそれ以上大きい、態様45のバリアントCD80ポリペプチド。
47. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置4、29、31、36、40、41、52、67、68、70、87、88、89、90、91、92、93、107、109、110、118、120、130、144、または169に対応する、態様1~46のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
48. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~47のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
49. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~48のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
50. CD28のエクトドメインおよびCTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、態様1~49のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
51. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置36、40、52、70、88、89、90、91、92、93、107、118、120、130、144、または169に対応する、態様1~50のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
52. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~51のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
53. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~52のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
54. PD-L1のエクトドメインおよびCTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、態様1~53のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
55. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置29、31、36、40、41、67、70、87、88、89、90、91、92、93、109、118、120、122、130、または178に対応する、態様1~54のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
56. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
およびその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~55のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
57. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~56のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
58. CD28のエクトドメイン、PD-L1のエクトドメイン、およびCTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、態様1~57のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
59. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置36、40、88、89、90、91、92、または93に対応する、態様1~58のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
60. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、K36G、L40M、E88D、K89R、D90K、A91G、F92Y、K93R、およびその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~59のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
61. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~60のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
62. CD28のエクトドメインまたはPD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合し、かつ、
CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して低下した親和性で特異的に結合する、
態様1~41のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
63. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置29、31、33、36、38、41、42、43、47、63、67、70、81、85、87、88、89、90、91、92、93、94、109、114、118、120、127、130、144、148、または149に対応する、態様1~41および62のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
64. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~41、62、および63のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
65. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~41および62~64のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
66. CD28のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合し、かつ、
CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して低下した親和性で特異的に結合する、
態様1~41および62~65のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
67. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置63、70、81、87、91、114、118、120、127、または130に対応する、態様1~41および62~66のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
68. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~41、および62~67のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
69. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~41、および62~67のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
70. PD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合し、かつ、
CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して低下した親和性で特異的に結合する、
態様1~41および62~69のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
71. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置29、31、33、36、38、41、42、43、47、67、70、81、85、87、88、89、90、91、92、93、94、109、118、120、144、148、または149に対応する、態様1~41および62~70のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
72. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~41、および62~71のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
73. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、
である、態様1~41、および62~72のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
74. CD28のエクトドメインおよびPD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合し、かつ、
CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して低下した親和性で特異的に結合する、
態様1~41および62~73のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
75. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置70、81、87、91、または120に対応する、態様1~41および62~74のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
76. 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、L70Q、Y87N、A91G、およびT120S、ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、態様1~41、および62~75のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
77. CD28がヒトCD28である、態様10~76のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
78. PD-L1がヒトPD-L1である、態様10~77のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
79. CTLA-4がヒトCTLA-4である、態様10~78のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
80. 前記結合活性が、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、または50倍より大きく変化(向上または低下)している、態様1~79のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
81. 可溶性タンパク質である、態様1~80のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
82. 多量体化ドメインに連結されている、態様1~81のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
83. 多量体化ドメインに連結された第一のバリアントCD80ポリペプチドおよび多量体化ドメインに連結された第二のバリアントCD80ポリペプチドを含む、多量体ポリペプチド、任意で二量体ポリペプチドである、態様1~81のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
84. 前記第一のバリアントCD80ポリペプチドおよび前記第二のバリアントCD80ポリペプチドが、同じであるかまたは異なる、態様83のバリアントCD80ポリペプチド。
85. 前記多量体化ドメインが、エフェクター機能が低下しているFcドメインまたはそのバリアントである、態様82~84のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
86. 前記ポリペプチドの生物学的半減期を延長させる部分に連結されている、態様1~85のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
87. エフェクター機能が低下しているFcドメインまたはそのバリアントに連結されている、態様1~86のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
88. 前記Fcドメインが、哺乳動物のもの、任意でヒトのものであるか;または
哺乳動物のもの、任意でヒトのものである未改変Fcドメインと比較して、前記バリアントFcドメインが1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、
態様85~87のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
89. 前記Fcドメインまたはそのバリアントが、SEQ ID NO:226もしくはSEQ ID NO:227に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:226もしくはSEQ ID NO:227に対して少なくとも85%の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む、態様85~88のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
90. リンカーを介して間接的に連結されている、態様82~89のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
91. 前記バリアントCD80ポリペプチドの細胞外ドメイン(ECD)またはその特異的結合断片に連結された膜貫通ドメインをさらに含む膜貫通型免疫調節タンパク質である、態様1~90のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
92. 前記膜貫通ドメインが、SEQ ID NO:1の243~263番目の残基として示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:1の243~263番目の残基に対して少なくとも85%の配列同一性を示すその機能的バリアントを含む、態様91のバリアントCD80ポリペプチド。
93. 前記膜貫通ドメインに連結された細胞質ドメインをさらに含む、態様91または態様92のバリアントCD80ポリペプチド。
94. 前記細胞質ドメインが、SEQ ID NO:1の264~288番目の残基として示されるアミノ酸配列、または、SEQ ID NO:1の264~288番目の残基に対して少なくとも85%の配列同一性を示すその機能的バリアントを含む、態様93のバリアントCD80ポリペプチド。
95. インビトロ初代T細胞アッセイにおいて、前記未改変CD80と比べてIFN-γ(インターフェロン-γ)発現を増加させる、態様1~94のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
96. インビトロ初代T細胞アッセイにおいて、前記未改変CD80と比べてIFN-γ(インターフェロン-γ)発現を減少させる、態様1~95のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
97. 脱グリコシル化されている、態様1~96のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド。
98. 免疫グロブリンスーパーファミリー(IgSF)ドメインを含む第二のポリペプチドに連結された態様1~97のいずれかのバリアントCD80を含む、免疫調節ポリペプチド。
99. 前記IgSFドメインが、未改変または野生型IgSFドメインと比較して、親和性が改変されており、かつその同族結合パートナーのうちの1つまたは複数に対する変化した結合性を示す、態様98の免疫調節ポリペプチド。
100. 前記IgSFドメインが、未改変または野生型IgSFドメインと比較して、その同族結合パートナーのうちの1つまたは複数に対する向上した結合性を示す、態様99の免疫調節ポリペプチド。
101. 前記バリアントCD80が第一のバリアントCD80であり、前記第二のポリペプチドのIgSFドメインが態様1~97のいずれかの第二のバリアントCD80由来のIgSFドメインであり、該第一および該第二のバリアントCD80が、同じであるかまたは異なる、態様98~100のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
102. 前記バリアントCD80ポリペプチドが、CD28、PD-L1、またはCTLA-4に特異的に結合することができ、前記第二のポリペプチドのIgSFドメインが、該バリアントCD80ポリペプチドが特異的に結合するもの以外の同族結合パートナーに結合することができる、態様98~101のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
103. 前記バリアントCD80ポリペプチドが、CD28またはPD-L1に特異的に結合することができ、前記IgSFドメインが、該バリアントCD80ポリペプチドが特異的に結合するもの以外の同族結合パートナーに結合することができる、態様98~102のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
104. 前記バリアントCD80ポリペプチドが、CD28またはCTLA-4に特異的に結合することができ、前記IgSFドメインが、該バリアントCD80ポリペプチドが特異的に結合するもの以外の同族結合パートナーに結合することができる、態様98~103のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
105. 前記バリアントCD80ポリペプチドが、CTLA-4またはPD-L1に特異的に結合することができ、前記IgSFドメインが、該バリアントCD80ポリペプチドが特異的に結合するもの以外の同族結合パートナーに結合することができる、態様98~103のいずれかの免疫調節タンパク質。
106. 前記IgSFドメインが、B7ファミリーのメンバー由来である、態様98~105のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
107. 前記IgSFドメインが、腫瘍上に発現するリガンドに結合する腫瘍局在化部分である、態様82~90のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
108. 前記リガンドがB7H6である、態様107の免疫調節ポリペプチド。
109. 前記IgSFドメインがNKp30由来である、態様107または態様108の免疫調節ポリペプチド。
110. 前記IgSFドメインが、未改変または野生型IgSFドメインと比較して、親和性が改変されており、かつその同族結合パートナーのうちの1つまたは複数に対する向上した結合性を示す、態様98~109のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
111. 前記IgSFドメインが、IgVドメインであるかまたはIgVドメインを含む、態様98~110のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
112. 前記バリアントCD80ポリペプチドが、IgVドメインであるかまたはIgVドメインを含む、態様98~111のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
113. 前記バリアントCD80ポリペプチドおよび前記IgSFドメインを含む第二のポリペプチドのうちの一方または両方に連結された多量体化ドメインを含む、態様98~112のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
114. 前記多量体化ドメインが、エフェクター機能が低下しているFcドメインまたはそのバリアントである、態様113の免疫調節タンパク質。
115. 二量体である、態様98~114のいずれかの免疫調節ポリペプチド。
116. ホモ二量体である、態様115の免疫調節タンパク質。
117. ヘテロ二量体である、態様115の免疫調節タンパク質。
118. ある部分に連結された、態様1~98のいずれかのバリアントCD80または態様99~117のいずれかの免疫調節ポリペプチドを含む、コンジュゲート。
119. 前記部分が、細胞の表面上の分子に特異的に結合する標的化部分である、態様118のコンジュゲート。
120. 前記標的化部分が、免疫細胞の表面上の分子に特異的に結合する、態様119のコンジュゲート。
121. 前記免疫細胞が、抗原提示細胞またはリンパ球である、態様120のコンジュゲート。
122. 前記標的化部分が、腫瘍の表面上の分子に結合する腫瘍局在化部分である、態様119のコンジュゲート。
123. 前記部分が、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、またはナノ粒子である、態様118~122のいずれかのコンジュゲート。
124. 前記部分が、抗体または抗原結合断片である、態様118~123のいずれかのコンジュゲート。
125. 二価、四価、六価、または八価である、態様118~124のいずれかのコンジュゲート。
126. 態様1~98のいずれかのバリアントCD80ポリペプチドまたは態様99~117のいずれかの免疫調節ポリペプチドをコードする、核酸分子。
127. 合成核酸である、態様126の核酸分子。
128. cDNAである、態様126または態様127の核酸分子。
129. 態様125~128のいずれかの核酸分子を含む、ベクター。
130. 発現ベクターである、態様129のベクター。
131. 哺乳動物ベクターまたはウイルスベクターである、態様129または態様130のベクター。
132. 態様129~131のいずれかのベクターを含む、細胞。
133. 哺乳動物細胞である、態様132の細胞。
134. ヒト細胞である、態様133の細胞。
135. バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質を生産する方法であって、態様125~128のいずれかの核酸分子または態様129~131のいずれかのベクターを、宿主細胞において該タンパク質が発現する条件下で宿主細胞に導入する工程を含む、方法。
136. 前記バリアントCD80ポリペプチドまたは前記免疫調節タンパク質を前記細胞から単離または精製する工程をさらに含む、態様135の方法。
137. バリアントCD80ポリペプチドを発現する細胞を改変する方法であって、態様1~98のいずれかのバリアントCD80ポリペプチドをコードする核酸分子を、宿主細胞において該ポリペプチドが発現する条件下で宿主細胞に導入する工程を含む、方法。
138. 態様1~98のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド、態様99~117のいずれかの免疫調節タンパク質、態様125~128のいずれかの核酸分子、または態様129~131のいずれかのベクターを発現する、改変細胞。
139. 前記バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、シグナルペプチドを含む、態様138の改変細胞。
140. 前記バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、膜貫通ドメインを含まず、かつ/または、前記細胞の表面上には発現しない、態様138または態様139の改変細胞。
141. 前記バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、前記改変細胞から分泌される、態様138~140のいずれかの改変細胞。
142. 膜貫通ドメインを含みかつ/または態様91~97のいずれかの膜貫通型免疫調節タンパク質である、バリアントCD80ポリペプチド
を含む、態様138または態様139の改変細胞。
143. 前記バリアントCD80ポリペプチドが、前記細胞の表面上に発現する、態様138、態様139、または態様142の改変細胞。
144. 免疫細胞である、態様138~143のいずれかの改変細胞。
145. 前記免疫細胞が、抗原提示細胞(APC)またはリンパ球である、態様144の改変細胞。
146. 初代細胞である、態様138~145のいずれかの改変細胞。
147. 哺乳動物細胞である、態様138~146のいずれかの改変細胞。
148. ヒト細胞である、態様138~147のいずれかの改変細胞。
149. 前記リンパ球がT細胞である、態様145~148のいずれかの改変細胞。
150. 前記APCが人工APCである、態様145~149のいずれかの改変細胞。
151. キメラ抗原受容体(CAR)または改変されたT細胞受容体をさらに含む、態様138~150のいずれかの改変細胞。
152. 態様1~97のいずれかのバリアントCD80ポリペプチドまたは態様98~117のいずれかの免疫調節ポリペプチドをコードする核酸分子を含む、感染性物質。
153. 前記コードされているバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、膜貫通ドメインを含まず、かつ/または、それを発現する細胞の表面上には発現しない、態様152の感染性物質。
154. 前記コードされているバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、それを発現する細胞から分泌される、態様152または態様153の感染性物質。
155. 前記コードされているバリアントCD80ポリペプチドが、膜貫通ドメインを含む、態様152の感染性物質。
156. 前記コードされているバリアントCD80ポリペプチドが、それを発現する細胞の表面上に発現する、態様152または態様155の感染性物質。
157. 細菌またはウイルスである、態様152~156のいずれかの感染性物質。
158. 前記ウイルスが腫瘍溶解性ウイルスである、態様157の感染性物質。
159. 前記腫瘍溶解性ウイルスが、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス、水疱性口腔ウイルス(Vesticular Stomatic virus)、レオウイルス、ニューカッスル病ウイルス、パルボウイルス、麻疹ウイルス、水疱性口内炎ウイルス(vesticular stomatitis virus)(VSV)、コクサッキーウイルス、またはワクシニアウイルスである、態様158の感染性物質。
160. 前記ウイルスが、樹状細胞(DC)を特異的に標的化し、かつ/または、樹状細胞指向性である、態様159の感染性物質。
161. 前記ウイルスが、改変されたシンドビスウイルスエンベロープ産物で偽型化されたレンチウイルスベクターである、態様160の感染性物質。
162. 標的細胞の死をもたらすかまたは免疫応答を増強もしくは強化することができるさらなる遺伝子産物をコードする核酸分子をさらに含む、態様152~161のいずれかの感染性物質。
163. 前記さらなる遺伝子産物が、抗がん剤、抗転移剤、抗血管新生剤、免疫調節分子、免疫チェックポイント阻害剤、抗体、サイトカイン、成長因子、抗原、細胞傷害性遺伝子産物、アポトーシス促進性遺伝子産物、抗アポトーシス性遺伝子産物、細胞マトリックス分解性遺伝子、組織再生のための遺伝子、またはヒト体細胞の多能性へのリプログラミングのための遺伝子から選択される、態様162の感染性物質。
164. 態様1~97のいずれかのバリアントCD80ポリペプチド、態様98~117のいずれかの免疫調節タンパク質、態様118~125のいずれかのコンジュゲート、態様138~151のいずれかの改変細胞、または態様152~163のいずれかの感染性物質を含む、薬学的組成物。
165. 薬学的に許容し得る賦形剤を含む、態様164の薬学的組成物。
166. 滅菌されている、態様164または165の薬学的組成物。
167. 態様164~166のいずれかの薬学的組成物をバイアル中に含む、製造品。
168. 前記バイアルが密閉されている、態様167の製造品
169. 態様164~166のいずれかの薬学的組成物と使用説明書とを含む、キット。
170. 態様167および168の製造品と使用説明書とを含む、キット。
171. 対象における免疫応答を調節する方法であって、態様164~166のいずれかの薬学的組成物を該対象に投与する工程を含む、方法。
172. 対象における免疫応答を調節する方法であって、態様138~151のいずれかの改変細胞を投与する工程を含む、方法。
173. 前記改変細胞が、前記対象にとって自家である、態様172の方法。
174. 前記改変細胞が、前記対象にとって同種である、態様172の方法。
175. 前記免疫応答の調節が、前記対象における疾患または病態を治療する、態様171~174のいずれかの方法。
176. 免疫応答が増強される、態様171~175のいずれかの方法。
177. 腫瘍局在化部分に連結されたバリアントCD80ポリペプチドを含む免疫調節タンパク質またはコンジュゲートが前記対象に投与される、態様171、175、および176のいずれかの方法。
178. 前記腫瘍局在化部分が、腫瘍抗原を認識する結合分子であるかまたはそれを含む、態様177の方法。
179. 前記結合分子が、抗体もしくはその抗原結合断片を含むか、または、野生型IgSFドメインもしくはそのバリアントを含む、態様178の方法。
180. 態様107~117のいずれかの免疫調節タンパク質または態様118~125のいずれかのコンジュゲートを含む薬学的組成物が前記対象に投与される、態様171および175~179のいずれかの方法。
181. 膜貫通型免疫調節タンパク質であるバリアントCD80ポリペプチドを含む改変細胞が前記対象に投与され、かつ/または、態様138、139および142~151のいずれかの改変細胞が前記対象に投与される、態様172~176のいずれかの方法。
182. 膜貫通型免疫調節タンパク質であるバリアントCD80ポリペプチドをコードする感染性物質が、任意で該感染性物質が腫瘍細胞または免疫細胞に感染しかつ該膜貫通型免疫調節タンパク質が該感染細胞の表面上に発現する条件下で、前記対象に投与される、態様171、175および176のいずれかの方法。
183. 前記膜貫通型免疫調節タンパク質が、態様91~97のいずれかの膜貫通型免疫調節タンパク質である、態様181または態様182のいずれかの方法。
184. 前記疾患または病態が、腫瘍またはがんである、態様171~183のいずれかの方法。
185. 前記疾患または病態が、黒色腫、肺がん、膀胱がん、血液悪性腫瘍、肝臓がん、脳がん、腎臓がん、乳がん、膵臓がん、大腸がん、脾臓がん、前立腺がん、精巣がん、卵巣がん、子宮がん、胃がん、筋骨格がん、頭頚部がん、消化器がん、生殖細胞がん、または内分泌および神経内分泌がんから選択される、態様171~184のいずれかの方法。
186. 免疫応答が低下する、態様171~175のいずれかの方法。
187. 可溶性であるバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質が前記対象に投与される、態様171、175および186のいずれかの方法。
188. 前記可溶性ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質が、Fc融合タンパク質である、態様187の方法。
189. 態様1~90および95~97のいずれかのバリアントCD80ポリペプチドまたは態様98~106および111~117のいずれかの免疫調節タンパク質を含む薬学的組成物が前記対象に投与される、態様171、175および186~188のいずれかの方法。
190. 分泌性バリアントCD80ポリペプチドを含む改変細胞が前記対象に投与される、態様172~175および186のいずれかの方法。
191. 態様138~141および144~151のいずれかの改変細胞が前記対象に投与される、態様172~175および186~188のいずれかの方法。
192. 分泌性免疫調節タンパク質であるバリアントCD80ポリペプチドをコードする感染性物質が、任意で該感染性物質が腫瘍細胞または免疫細胞に感染しかつ該分泌性免疫調節タンパク質が該感染細胞から分泌される条件下で、前記対象に投与される、態様171、175および186~188のいずれかの方法。
193. 前記疾患または病態が、炎症性または自己免疫性の疾患または病態である、態様171~175および186~192のいずれかの方法。
194. 前記疾患または病態が、抗好中球細胞質抗体(ANCA)関連血管炎、血管炎、自己免疫性皮膚疾患、移植手術(transplantation)、リウマチ性疾患、炎症性消化器疾患、炎症性眼疾患、炎症性神経系疾患、炎症性肺疾患、炎症性内分泌疾患、または自己免疫性血液学的疾患である、態様171~175および186~193のいずれかの方法。
195. 前記疾患または病態が、炎症性腸疾患、移植(transplant)、クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、喘息、関節リウマチ、または乾癬から選択される、態様193または態様194の方法。
以下の実施例は、単に例示を目的に含まれるものであり、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
IgSFドメインの変異体DNA構築物の生成
実施例1は、酵母ディスプレイライブラリーとしての酵母の表面上での翻訳および発現のための、ヒトCD80 IgSFドメインの変異体DNA構築物の生成を記載する。
野生型ヒトCD80アミノ酸配列の(UniProt Accession No. P33681に記載の配列の35~242番目の残基に相当する)SEQ ID NO:28に記載の細胞外ドメイン(ECD):
に基づいて構築物を生成した。
また、ランダムライブラリーを構築して、(UniProt Accession No. P33681に記載の配列の35~135番目の残基に相当するIgVドメインを含有すし、野生型配列のC末端側の隣接残基を伴う)SEQ ID NO:28に記載のCD80のECDのバリアントを同定した。野生型ECDをコードするDNAを、改変された酵母ディスプレイベクターpBYDS03のBamH1部位とKpn1部位との間にクローニングし、次いで、同じ制限酵素を使用して切り離した。次いで、ライブラリーバリアント当たり平均3~5つのアミノ酸変化を生成するために、切り離したDNAをGenemorph II kit(Agilent, USA)で変異誘発させた。次いで、変異誘発させたDNAを2工程PCRによって増幅させ、標的化ライブラリーについて上記のとおりさらに処理した。
酵母へのDNAライブラリーの導入
実施例2は、酵母へのCD80 DNAライブラリーの導入を記載する。縮重およびランダムライブラリーDNAを酵母に導入するために、酵母BJ5464系統(ATCC.org;ATCC number 208288)のエレクトロポレーションコンピテントセルを調製し、そして、上の工程からのエレクトロポレーション可能なDNAを用いてGene Pulser II(Biorad, USA)で基本的には記載のとおりエレクトロポレーションした(Colby, D.W. et al. 2004 Methods Enzymology 388, 348-358)。唯一の例外は、改変プラスミドpBYDS03によって担持されるLEU2選択マーカーに対応するために形質転換細胞を非誘導最小選択SCD-Leu培地中で成長させたことであった。
酵母の選択
実施例3は、CD80の親和性が改変されたバリアントを発現する酵母の選択を記載する。ライブラリーサイズの少なくとも10倍に等しい数の細胞を、個々のライブラリーストックから解凍し、非誘導SCD-Leu培地中0.1×106個の細胞/mlに懸濁し、一晩成長させた。翌日、ライブラリーサイズの10倍に等しい数の細胞を2000 RPMで2分間遠心分離し、誘導SCDG-Leu培地中0.5×106個の細胞/mlに再懸濁した。SCDG-Leu誘導培地1リットルは、水に溶解させて0.22μmの膜濾過装置に通して滅菌した、Na2HPO4 5.4グラム、NaH2PO4・H20 8.56グラム、ガラクトース20グラム、デキストロース2.0グラム、Difco酵母用ニトロゲンベース6.7グラム、およびロイシン不含の酵母用合成ドロップアウト培地サプリメント1.6グラムからなる。培養物を20℃で2日間成長させて、酵母細胞表面でライブラリータンパク質の発現を誘導した。
Fc融合物としてのおよび種々の免疫調節タンパク質タイプにおける選択アウトプットの再編成
実施例4は、Fc分子に融合されたCD80の親和性が改変された(バリアント)細胞外ドメイン(ECD)(バリアントECD-Fc融合分子)を含有する免疫調節タンパク質としての選択アウトプットの再編成を記載する。
Fc融合物の発現および精製
実施例5は、バリアントECD CD80を含有するFc融合タンパク質のハイスループット発現および精製を記載する。
親和性成熟されたIgSFドメイン含有分子の結合および活性の評価
A.細胞に発現しているカウンター構造体に対する結合性
この実施例は、同族結合パートナーに対するCD80ドメインバリアント免疫調節タンパク質の特異性および親和性を示すFc融合物結合研究を記載する。
この実施例は、ヒト初代T細胞インビトロアッセイにおけるFc融合バリアントタンパク質の生物活性の特性決定をさらに記載する。
可溶性rCD80.Fcの生物活性をヒト混合リンパ球反応(MLR)で試験した。PBMC(BenTech Bio, USA)から単離された単球をEx-Vivo 15培地(Lonza, Switzerland)中500U/ml rIL-4(R&D Systems, USA)および250U/ml rGM-CSF(R&D Systems, USA)とインビトロで7日間培養することによって、ヒト初代樹状細胞(DC)を生成した。10,000個の成熟DCおよび100,000個の精製同種CD4+T細胞(BenTech Bio, USA)を、96ウェル丸底プレート内、最終容量200μlのEx-Vivo 15培地中でバリアントCD80 Fc融合タンパク質および対照と共培養した。5日目に、Human IFN-gamma Duoset ELISA kit(R&D Systems, USA)を使用して培養上清中のIFN-γ分泌を分析した。VMax ELISA Microplate Reader(Molecular Devices, USA)によって光学密度を測定し、IFN-gamma Duo-set kit(R&D Systems, USA)に含まれる用量設定したrIFN-γ標準に対して定量した。
CD80融合バリアントの共刺激生物活性を抗CD3同時固定アッセイで決定した。1nMまたは4nMのマウス抗ヒトCD3(OKT3, Biolegends, USA)を、1nM~80nMのrCD80.Fcバリアントタンパク質のPBS溶液で希釈した。この混合物を、組織培養処理平底96ウェルプレート(Corning, USA)に一晩加え、プレートのウェルへの刺激タンパク質の付着を促進させた。翌日、未結合のタンパク質をプレートから洗い出し、最終容量200μlのEx-Vivo 15 media(Lonza, Switzerland)中、100,000個の精製ヒトパンT細胞(BenTech Bio, US)またはヒトT細胞クローンBC3(Astarte Biologics, USA)を、各ウェルに加えた。細胞を3日間培養した後、培養上清を採取し、上に述べたとおりDuoset ELISA kit(R&D Systems, USA)でヒトIFN-γレベルを測定した。
例示的な試験バリアントについての結合および活性研究の結果を表7および8に示した。具体的には、表7は、それぞれの同族構造体CD28に対する親和性成熟スクリーニングにおいて選択されたCD80のECDにおける例示的なIgSFドメインアミノ酸置換(交換)を示す。表8は、それぞれの同族構造体PD-L1に対する親和性成熟スクリーニングにおいて選択されたCD80のECDにおける例示的なIgSFドメインアミノ酸置換(交換)を示す。当該表において、例示的なアミノ酸置換は、それぞれの参照未改変ECD配列に対応するアミノ酸位置番号によって示されている。例えば、表7および8の参照未改変ECD配列は、SEQ ID NO:28に示される未改変CD80 ECD配列である。アミノ酸位置が中央に示されており、対応する未改変(例えば、野生型)アミノ酸が番号の前に示されており、同定されたバリアントアミノ酸置換が番号の後に示されている。2列目は、各バリアントECD-Fc融合分子のバリアントECDの配列番号を示す。
リガンド結合競合アッセイ
実施例6に示すとおり、数種のバリアントCD80分子は、CD28およびPD-L1の一方または両方への改善された結合を示した。リガンドCD28およびPD-L1へのCD80の結合活性をさらに評価するために、この実施例は、CD28およびPD-L1の両方に結合する例示的なバリアントCD80ポリペプチドの非競合性を評価するリガンド競合アッセイを記載する。
追加の親和性改変IgSFドメイン
この実施例は、免疫活性化および阻害の両方において実証された二重の役割を有する免疫シナプス(IS)の他の成分である、追加の親和性が改変されたICOSL、CD86(B7-2)およびNKp30免疫調節タンパク質の設計、作製、およびスクリーニングを記載する。これらの実施例は、IgSFドメインの親和性改変が、免疫活性を増強および低減するようにいずれにも作用できるタンパク質を生成することを実証する。この仕事はまた、II型免疫調節タンパク質を形成して免疫調節活性を達成する、バリアント親和性改変CD80と対になって融合された(すなわち、スタックされた)これらのドメインの種々の組み合わせを記載する。
*:親に対する比率は、WT ICOSLに対して346pg/mlのIFN-γを使用して計算された
異なる親和性改変ドメインを含有するスタックされた分子の生成および評価
この実施例は、同定されたバリアントCD80ポリペプチドと、もう1つのさらなるバリアントCD80、CD86、ICOSL、およびNKp30分子とが互いに連結されてFcに融合されたものに由来する、少なくとも2つの異なる親和性が改変されたドメインを含有するスタック構築物として生成された、さらなる免疫調節タンパク質について記載する。
上記のバリアントCD80、またはICOSL親和性改変IgSFドメインのいずれかを含有する細胞外ドメイン(ECD)を含有する膜貫通型免疫調節タンパク質(TIP)がキメラ抗原受容体(CAR)と共発現された、改変されたT細胞を生成した。当該TIPは、対応する野生型CD80またはICOSL膜貫通型タンパク質配列の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインも含有していた。改変細胞の免疫調節活性を、CARだけを発現している細胞または対応する野生型CD80もしくはICOSL膜貫通型タンパク質をCARと共発現している細胞と比較した。
CD80 IgSFドメインバリアントの結合性および活性の評価
追加のECD CD80バリアントを同定し、これを使用して、実施例5に記載のとおりにECD-Fc融合タンパク質を生産した。結合研究を実施して、実施例6に記載のとおり同族結合パートナーに対するCD80ドメインバリアント免疫調節タンパク質の特異性および親和性を実質的に評価した。細胞が発現したカウンター構造体への追加のCD80 IgSFドメインバリアントの結合および抗CD3同時固定アッセイからの生物活性の例示的な結果を表16に示す。
Claims (195)
- IgVドメインもしくはその特異的結合断片、IgCドメインもしくはその特異的結合断片、または両方を含む、バリアントCD80ポリペプチドであって、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置4、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、20、21、22、24、25、27、28、29、30、31、33、36、37、38、40、41、42、43、44、47、48、50、52、53、54、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、72、74、76、77、80、81、83、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、99、102、103、104、107、108、109、110、114、115、116、117、118、120、121、122、126、127、128、129、130、133、137、140、142、143、144、148、149、152、154、160、162、164、168、169、174、175、177、183、178、185、188、190、192、193、または199に対応する、未改変CD80またはその特異的結合断片における1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、バリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、1つまたは複数のアミノ酸置換、挿入、または欠失を含む、請求項1記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記未改変CD80が哺乳動物CD80である、請求項1または請求項2記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記CD80がヒトCD80である、請求項1~3のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- IgVドメインまたはその特異的結合断片;および
IgCドメインまたはその特異的結合断片
を含む、請求項1~4のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。 - 前記未改変CD80が、
(i)SEQ ID NO:28に示されるアミノ酸配列、(ii)SEQ ID NO:28に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列;あるいは(iii)それらの一部分であって、IgVドメインもしくはIgCドメインまたはそれらの特異的結合断片を含む、部分
を含む、請求項1~5のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。 - 前記IgVドメインまたはIgCドメインの特異的結合断片が、少なくとも50、60、70、80、90、100、110アミノ酸またはそれより多いアミノ酸の長さを有するか;
前記IgVドメインの特異的結合断片が、SEQ ID NO:1の35~135番目のアミノ酸として示されるIgVドメインの長さの少なくとも80%の長さを含むか;または
前記IgCドメインの特異的結合断片が、SEQ ID NO:1の145~230番目のアミノ酸として示されるIgCドメインの長さの少なくとも80%の長さを含む、
請求項1~6のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。 - 最大1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個のアミノ酸改変、任意でアミノ酸置換を含む、請求項1~7のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- SEQ ID NO:28またはその特異的結合断片に対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む、請求項1~8のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記未改変CD80と比較して変化した、CD28、PD-L1、またはCTLA-4のエクトドメインに対する結合特異性を示す、請求項1~9のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記変化した結合性が、変化した結合親和性および/または変化した結合選択性である、請求項9記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- SEQ ID NO:55~108、280~346、414~475のうちのいずれかもしくはその特異的結合断片に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:55~108、280~346、414~475のうちのいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつ前記1つまたは複数のアミノ酸置換を含有するアミノ酸配列を含む、請求項1~13のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記IgVドメインまたはその特異的結合断片を含む、請求項1~14のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記IgVドメインまたはその特異的断片が、前記バリアントCD80ポリペプチドの唯一のCD80部分である、請求項1~15のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記IgCドメインまたはその特異的断片が、前記バリアントCD80ポリペプチドの唯一のCD80部分である、請求項1~14のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- SEQ ID NO:153~195、347、373~386、476~477のいずれかもしくはその特異的結合断片に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:153~195、347、373~386、476~477のいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつ前記1つまたは複数のアミノ酸置換を含有するアミノ酸配列を含む、請求項1~17のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28、PD-L1、またはCTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、請求項1~17のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28、PD-L1、またはCTLA-4のエクトドメインに、該エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合性と比較して向上した選択性で特異的に結合する、請求項1~19のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記選択性の向上が、CD28、PD-L1、およびCTLA-4の中から選択される1つの同族結合パートナーに対する結合性と、該同族結合パートナーのうちの別のものに対する結合性との比率が、該1つの同族結合パートナーに対する前記未改変CD80ポリペプチドの結合性と、該同族結合パートナーのうちの該別のものに対する該未改変CD80ポリペプチドの結合性との比率と比較して大きいことを含む、請求項20記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28のエクトドメインに、該CD28のエクトドメインに対する前記未改変CD80の結合性と比較して向上した選択性で特異的に結合する、請求項19または請求項20記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記選択性の向上が、CD28に対する結合性と、PD-L1またはCTLA-4に対する結合性との比率が、CD28に対する前記未改変CD80ポリペプチドの結合性と、PD-L1またはCTLA-4に対する該未改変CD80ポリペプチドの結合性との比率と比較して大きいことを含む、請求項22記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記比率が、少なくともまたは少なくとも約1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、またはそれ以上大きい、請求項21または請求項23記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、請求項1~24のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記エクトドメインに対する向上した親和性が、前記エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合親和性と比較して、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく向上している、請求項19または請求項25記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置12、18、20、29、31、36、40、41、43、52、59、60、63、67、70、77、81、87、88、89、90、91、92、93、107、109、114、117、118、120、122、127、130、144、169、177、または199に対応する、請求項1~26のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- PD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、請求項1~29のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記エクトドメインに対する向上した親和性が、前記エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合親和性と比較して、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく向上している、請求項30記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- PD-L1のエクトドメインに、該エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合性と比較して向上した選択性で特異的に結合する、請求項1~31のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記選択性の向上が、PD-L1に対する結合性と、CD28またはCTLA-4に対する結合性との比率が、PD-L1に対する前記未改変CD80ポリペプチドの結合性と、CD28またはCTLA-4に対する該未改変CD80ポリペプチドの結合性との比率と比較して大きいことを含む、請求項32記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記比率が、少なくともまたは少なくとも約1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、またはそれ以上大きい、請求項33記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置12、18、29、31、33、36、38、40、41、42、43、47、48、59、64、67、68、70、77、81、85、87、88、89、90、91、92、93、94、97、104、109、115、117、118、120、122、126、130、133、140、144、148、149、168、169、177、183、188または193に対応する、請求項1~34のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28のエクトドメインおよびPD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、請求項1~37のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置12、18、36、40、43、59、77、88、89、90、91、92、93、109、118、122、または177に対応する、請求項1~38のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、請求項1~41のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記エクトドメインに対する向上した親和性が、前記エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合親和性と比較して、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく向上している、請求項42記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CTLA-4のエクトドメインに、該エクトドメインに対する前記未改変CD80の結合性と比較して向上した選択性で特異的に結合する、請求項1~43のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 選択性の向上が、CTLA-4に対する結合性と、CD28またはPD-L1に対する結合性との比率が、CTLA-4に対する前記未改変CD80ポリペプチドの結合性と、CD28またはPD-L1に対する該未改変CD80ポリペプチドの結合性との比率と比較して大きいことを含む、請求項44記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記比率が、少なくともまたは少なくとも約1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍またはそれ以上大きい、請求項45記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置4、29、31、36、40、41、52、67、68、70、87、88、89、90、91、92、93、107、109、110、118、120、130、144、または169に対応する、請求項1~46のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28のエクトドメインおよびCTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、請求項1~49のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置36、40、52、70、88、89、90、91、92、93、107、118、120、130、144、または169に対応する、請求項1~50のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- PD-L1のエクトドメインおよびCTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、請求項1~53のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置29、31、36、40、41、67、70、87、88、89、90、91、92、93、109、118、120、122、または178に対応する、請求項1~54のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28のエクトドメイン、PD-L1のエクトドメイン、およびCTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合する、請求項1~57のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置36、40、88、89、90、91、92、または93に対応する、請求項1~58のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、K36G、L40M、E88D、K89R、D90K、A91G、F92Y、K93R、およびその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、請求項1~59のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28のエクトドメインまたはPD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合し、かつ、
CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して低下した親和性で特異的に結合する、
請求項1~41のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。 - 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28のナンバリングを基準にした位置29、31、33、36、38、41、42、43、47、63、67、70、81、85、87、88、89、90、91、92、93、94、109、114、118、120、127、130、144、148、または149に対応する、請求項1~41および62のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合し、かつ、
CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して低下した親和性で特異的に結合する、
請求項1~41および62~65のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。 - 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置63、70、81、87、91、114、118、120、127、または130に対応する、請求項1~41および62~66のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- PD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合し、かつ、
CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して低下した親和性で特異的に結合する、
請求項1~41および62~69のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。 - 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置29、31、33、36、38、41、42、43、47、67、70、81、85、87、88、89、90、91、92、93、94、109、118、120、144、148、または149に対応する、請求項1~41および62~70のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28のエクトドメインおよびPD-L1のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して向上した親和性で特異的に結合し、かつ、
CTLA-4のエクトドメインに、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して低下した親和性で特異的に結合する、
請求項1~41および62~73のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。 - 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、SEQ ID NO:28の位置70、81、87、91、または120に対応する、請求項1~41および62~74のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸置換が、L70Q、Y87N、A91G、およびT120S、ならびにその保存的アミノ酸置換からなる群より選択される、請求項1~41、および62~75のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CD28がヒトCD28である、請求項10~76のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- PD-L1がヒトPD-L1である、請求項10~77のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- CTLA-4がヒトCTLA-4である、請求項10~78のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記結合活性が、前記未改変CD80ポリペプチドと比較して、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、または50倍より大きく変化(向上または低下)している、請求項1~79のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 可溶性タンパク質である、請求項1~80のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 多量体化ドメインに連結されている、請求項1~81のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 多量体化ドメインに連結された第一のバリアントCD80ポリペプチドおよび多量体化ドメインに連結された第二のバリアントCD80ポリペプチドを含む、多量体ポリペプチド、任意で二量体ポリペプチドである、請求項1~82のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記第一のバリアントCD80ポリペプチドおよび前記第二のバリアントCD80ポリペプチドが、同じであるかまたは異なる、請求項83記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記多量体化ドメインが、エフェクター機能が低下しているFcドメインまたはそのバリアントである、請求項82~84のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドの生物学的半減期を延長させる部分に連結されている、請求項1~85のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- エフェクター機能が低下しているFcドメインまたはそのバリアントに連結されている、請求項1~86のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記Fcドメインが、哺乳動物のもの、任意でヒトのものであるか;または
哺乳動物のもの、任意でヒトのものである未改変Fcドメインと比較して、前記バリアントFcドメインが1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、
請求項85~87のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。 - 前記Fcドメインまたはそのバリアントが、SEQ ID NO:226もしくはSEQ ID NO:227に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:226もしくはSEQ ID NO:227に対して少なくとも85%の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む、請求項85~88のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- リンカーを介して間接的に連結されている、請求項82~89のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドの細胞外ドメイン(ECD)またはその特異的結合断片に連結された膜貫通ドメインをさらに含む膜貫通型免疫調節タンパク質である、請求項1~90のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記膜貫通ドメインが、SEQ ID NO:1の243~263番目の残基として示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:1の243~263番目の残基に対して少なくとも85%の配列同一性を示すその機能的バリアントを含む、請求項91記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記膜貫通ドメインに連結された細胞質ドメインをさらに含む、請求項91または請求項92記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 前記細胞質ドメインが、SEQ ID NO:1の264~288番目の残基として示されるアミノ酸配列、または、SEQ ID NO:1の264~288番目の残基に対して少なくとも85%の配列同一性を示すその機能的バリアントを含む、請求項93記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- インビトロ初代T細胞アッセイにおいて、前記未改変CD80と比べてIFN-γ(インターフェロン-γ)発現を増加させる、請求項1~94のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- インビトロ初代T細胞アッセイにおいて、前記未改変CD80と比べてIFN-γ(インターフェロン-γ)発現を減少させる、請求項1~95のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 脱グリコシル化されている、請求項1~96のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド。
- 免疫グロブリンスーパーファミリー(IgSF)ドメインを含む第二のポリペプチドに連結された請求項1~97のいずれか一項記載のバリアントCD80を含む、免疫調節ポリペプチド。
- 前記IgSFドメインが、未改変または野生型IgSFドメインと比較して、親和性が改変されており、かつその同族結合パートナーのうちの1つまたは複数に対する変化した結合性を示す、請求項98記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記IgSFドメインが、未改変または野生型IgSFドメインと比較して、その同族結合パートナーのうちの1つまたは複数に対する向上した結合性を示す、請求項99記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記バリアントCD80が第一のバリアントCD80であり、前記第二のポリペプチドのIgSFドメインが請求項1~97のいずれか一項記載の第二のバリアントCD80由来のIgSFドメインであり、該第一および該第二のバリアントCD80が、同じであるかまたは異なる、請求項98~100のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドが、CD28、PD-L1、またはCTLA-4に特異的に結合することができ、前記第二のポリペプチドのIgSFドメインが、該バリアントCD80ポリペプチドが特異的に結合するもの以外の同族結合パートナーに結合することができる、請求項98~101のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドが、CD28またはPD-L1に特異的に結合することができ、前記IgSFドメインが、該バリアントCD80ポリペプチドが特異的に結合するもの以外の同族結合パートナーに結合することができる、請求項98~102のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドが、CD28またはCTLA-4に特異的に結合することができ、前記IgSFドメインが、該バリアントCD80ポリペプチドが特異的に結合するもの以外の同族結合パートナーに結合することができる、請求項98~103のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドが、CTLA-4またはPD-L1に特異的に結合することができ、前記IgSFドメインが、該バリアントCD80ポリペプチドが特異的に結合するもの以外の同族結合パートナーに結合することができる、請求項98~103のいずれか一項記載の免疫調節タンパク質。
- 前記IgSFドメインが、B7ファミリーのメンバー由来である、請求項98~105のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記IgSFドメインが、腫瘍上に発現するリガンドに結合する腫瘍局在化部分であるか、または、炎症環境の細胞もしくは組織上に発現するリガンドに結合する炎症局在化部分である、請求項82~90のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記リガンドがB7H6である、請求項107記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記IgSFドメインがNKp30由来である、請求項107または請求項108記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記IgSFドメインが、未改変または野生型IgSFドメインと比較して、親和性が改変されており、かつその同族結合パートナーのうちの1つまたは複数に対する向上した結合性を示す、請求項98~109のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記IgSFドメインが、IgVドメインであるかまたはIgVドメインを含む、請求項98~110のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドが、IgVドメインであるかまたはIgVドメインを含む、請求項98~111のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドおよび前記IgSFドメインを含む第二のポリペプチドのうちの一方または両方に連結された多量体化ドメインを含む、請求項98~112のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- 前記多量体化ドメインが、エフェクター機能が低下しているFcドメインまたはそのバリアントである、請求項113記載の免疫調節タンパク質。
- 二量体である、請求項98~114のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチド。
- ホモ二量体である、請求項115記載の免疫調節タンパク質。
- ヘテロ二量体である、請求項115記載の免疫調節タンパク質。
- ある部分に連結された、請求項1~97のいずれか一項記載のバリアントCD80または請求項98~117のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチドを含む、コンジュゲート。
- 前記部分が、細胞の表面上の分子に特異的に結合する標的化部分である、請求項118記載のコンジュゲート。
- 前記標的化部分が、免疫細胞の表面上の分子に特異的に結合する、請求項119記載のコンジュゲート。
- 前記免疫細胞が、抗原提示細胞またはリンパ球である、請求項120記載のコンジュゲート。
- 前記標的化部分が、腫瘍の表面上の分子に結合する腫瘍局在化部分である、請求項119記載のコンジュゲート。
- 前記部分が、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、またはナノ粒子である、請求項118~122のいずれか一項記載のコンジュゲート。
- 前記部分が、抗体または抗原結合断片である、請求項118~123のいずれか一項記載のコンジュゲート。
- 二価、四価、六価、または八価である、請求項118~124のいずれか一項記載のコンジュゲート。
- 請求項1~97のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチドまたは請求項98~117のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチドをコードする、核酸分子。
- 合成核酸である、請求項126記載の核酸分子。
- cDNAである、請求項126または請求項127記載の核酸分子。
- 請求項125~128のいずれか一項記載の核酸分子を含む、ベクター。
- 発現ベクターである、請求項129記載のベクター。
- 哺乳動物ベクターまたはウイルスベクターである、請求項129または請求項130記載のベクター。
- 請求項129~131のいずれか一項記載のベクターを含む、細胞。
- 哺乳動物細胞である、請求項132記載の細胞。
- ヒト細胞である、請求項133記載の細胞。
- バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質を生産する方法であって、請求項125~128のいずれか一項記載の核酸分子または請求項129~131のいずれか一項記載のベクターを、宿主細胞において該タンパク質が発現する条件下で宿主細胞に導入する工程を含む、方法。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドまたは前記免疫調節タンパク質を前記細胞から単離または精製する工程をさらに含む、請求項135記載の方法。
- バリアントCD80ポリペプチドを発現する細胞を改変する方法であって、請求項1~97のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチドをコードする核酸分子を、宿主細胞において該ポリペプチドが発現する条件下で宿主細胞に導入する工程を含む、方法。
- 請求項1~97のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド、請求項98~117のいずれか一項記載の免疫調節タンパク質、請求項126~128のいずれか一項記載の核酸分子、または請求項129~131のいずれか一項記載のベクターを発現する、改変細胞。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、シグナルペプチドを含む、請求項138記載の改変細胞。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、膜貫通ドメインを含まず、かつ/または、前記細胞の表面上には発現しない、請求項138または請求項139記載の改変細胞。
- 前記バリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、前記改変細胞から分泌される、請求項138~140のいずれか一項記載の改変細胞。
- 膜貫通ドメインを含みかつ/または請求項91~97のいずれか一項記載の膜貫通型免疫調節タンパク質である、バリアントCD80ポリペプチド
を含む、請求項138または請求項139記載の改変細胞。 - 前記バリアントCD80ポリペプチドが、前記細胞の表面上に発現する、請求項138、請求項139、または請求項142記載の改変細胞。
- 免疫細胞である、請求項138~143のいずれか一項記載の改変細胞。
- 前記免疫細胞が、抗原提示細胞(APC)またはリンパ球である、請求項144記載の改変細胞。
- 初代細胞である、請求項138~145のいずれか一項記載の改変細胞。
- 哺乳動物細胞である、請求項138~146のいずれか一項記載の改変細胞。
- ヒト細胞である、請求項138~147のいずれか一項記載の改変細胞。
- 前記リンパ球がT細胞である、請求項145~148のいずれか一項記載の改変細胞。
- 前記APCが人工APCである、請求項145~149のいずれか一項記載の改変細胞。
- キメラ抗原受容体(CAR)または改変されたT細胞受容体をさらに含む、請求項138~150のいずれか一項記載の改変細胞。
- 請求項1~97のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチドまたは請求項98~117のいずれか一項記載の免疫調節ポリペプチドをコードする核酸分子を含む、感染性物質。
- 前記コードされているバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、膜貫通ドメインを含まず、かつ/または、それを発現する細胞の表面上には発現しない、請求項152記載の感染性物質。
- 前記コードされているバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節ポリペプチドが、それを発現する細胞から分泌される、請求項152または請求項153記載の感染性物質。
- 前記コードされているバリアントCD80ポリペプチドが、膜貫通ドメインを含む、請求項152記載の感染性物質。
- 前記コードされているバリアントCD80ポリペプチドが、それを発現する細胞の表面上に発現する、請求項152または請求項155記載の感染性物質。
- 細菌またはウイルスである、請求項152~156のいずれか一項記載の感染性物質。
- 前記ウイルスが腫瘍溶解性ウイルスである、請求項157記載の感染性物質。
- 前記腫瘍溶解性ウイルスが、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス、水疱性口腔ウイルス(Vesticular Stomatic virus)、レオウイルス、ニューカッスル病ウイルス、パルボウイルス、麻疹ウイルス、水疱性口内炎ウイルス(vesticular stomatitis virus)(VSV)、コクサッキーウイルス、またはワクシニアウイルスである、請求項158記載の感染性物質。
- 前記ウイルスが、樹状細胞(DC)を特異的に標的化し、かつ/または、樹状細胞指向性である、請求項159記載の感染性物質。
- 前記ウイルスが、改変されたシンドビスウイルスエンベロープ産物で偽型化されたレンチウイルスベクターである、請求項160記載の感染性物質。
- 標的細胞の死をもたらすかまたは免疫応答を増強もしくは強化することができるさらなる遺伝子産物をコードする核酸分子をさらに含む、請求項152~161のいずれか一項記載の感染性物質。
- 前記さらなる遺伝子産物が、抗がん剤、抗転移剤、抗血管新生剤、免疫調節分子、免疫チェックポイント阻害剤、抗体、サイトカイン、成長因子、抗原、細胞傷害性遺伝子産物、アポトーシス促進性遺伝子産物、抗アポトーシス性遺伝子産物、細胞マトリックス分解性遺伝子、組織再生のための遺伝子、またはヒト体細胞の多能性へのリプログラミングのための遺伝子から選択される、請求項162記載の感染性物質。
- 請求項1~97のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチド、請求項98~117のいずれか一項記載の免疫調節タンパク質、請求項118~125のいずれか一項記載のコンジュゲート、請求項138~151のいずれか一項記載の改変細胞、または請求項152~163のいずれか一項記載の感染性物質を含む、薬学的組成物。
- 薬学的に許容し得る賦形剤を含む、請求項164記載の薬学的組成物。
- 滅菌されている、請求項164または165記載の薬学的組成物。
- 請求項164~166のいずれか一項記載の薬学的組成物をバイアル中に含む、製造品。
- 前記バイアルが密閉されている、請求項167記載の製造品
- 請求項164~166のいずれか一項記載の薬学的組成物と使用説明書とを含む、キット。
- 請求項167および168記載の製造品と使用説明書とを含む、キット。
- 対象における免疫応答を調節する方法であって、請求項164~166のいずれか一項記載の薬学的組成物を該対象に投与する工程を含む、方法。
- 対象における免疫応答を調節する方法であって、請求項138~151のいずれか一項記載の改変細胞を投与する工程を含む、方法。
- 前記改変細胞が、前記対象にとって自家である、請求項172記載の方法。
- 前記改変細胞が、前記対象にとって同種である、請求項172記載の方法。
- 前記免疫応答の調節が、前記対象における疾患または病態を治療する、請求項171~174のいずれか一項記載の方法。
- 免疫応答が増強される、請求項171~175のいずれか一項記載の方法。
- 腫瘍局在化部分に連結されたバリアントCD80ポリペプチドを含む免疫調節タンパク質またはコンジュゲートが前記対象に投与される、請求項171、175、および176のいずれか一項記載の方法。
- 前記腫瘍局在化部分が、腫瘍抗原を認識する結合分子であるかまたはそれを含む、請求項177記載の方法。
- 前記結合分子が、抗体もしくはその抗原結合断片を含むか、または、野生型IgSFドメインもしくはそのバリアントを含む、請求項178記載の方法。
- 請求項107~117のいずれか一項記載の免疫調節タンパク質または請求項118~125のいずれか一項記載のコンジュゲートを含む薬学的組成物が前記対象に投与される、請求項171および175~179のいずれか一項記載の方法。
- 膜貫通型免疫調節タンパク質であるバリアントCD80ポリペプチドを含む改変細胞が前記対象に投与され、かつ/または、請求項138、139および142~151のいずれか一項記載の改変細胞が前記対象に投与される、請求項172~176のいずれか一項記載の方法。
- 膜貫通型免疫調節タンパク質であるバリアントCD80ポリペプチドをコードする感染性物質が、任意で該感染性物質が腫瘍細胞または免疫細胞に感染しかつ該膜貫通型免疫調節タンパク質が該感染細胞の表面上に発現する条件下で、前記対象に投与される、請求項171、175および176のいずれか一項記載の方法。
- 前記膜貫通型免疫調節タンパク質が、請求項91~97のいずれか一項記載の膜貫通型免疫調節タンパク質である、請求項181または請求項182のいずれか一項記載の方法。
- 前記疾患または病態が、腫瘍またはがんである、請求項171~183のいずれか一項記載の方法。
- 前記疾患または病態が、黒色腫、肺がん、膀胱がん、血液悪性腫瘍、肝臓がん、脳がん、腎臓がん、乳がん、膵臓がん、大腸がん、脾臓がん、前立腺がん、精巣がん、卵巣がん、子宮がん、胃がん、筋骨格がん、頭頚部がん、消化器がん、生殖細胞がん、または内分泌および神経内分泌がんから選択される、請求項171~184のいずれか一項記載の方法。
- 免疫応答が低下する、請求項171~175のいずれか一項記載の方法。
- 可溶性であるバリアントCD80ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質が前記対象に投与される、請求項171、175および186のいずれか一項記載の方法。
- 前記可溶性ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質が、Fc融合タンパク質である、請求項187記載の方法。
- 請求項1~90および95~97のいずれか一項記載のバリアントCD80ポリペプチドまたは請求項98~106および111~117のいずれか一項記載の免疫調節タンパク質を含む薬学的組成物が前記対象に投与される、請求項171、175および186~188のいずれか一項記載の方法。
- 分泌性バリアントCD80ポリペプチドを含む改変細胞が前記対象に投与される、請求項172~175および186のいずれか一項記載の方法。
- 請求項138~141および144~151のいずれか一項記載の改変細胞が前記対象に投与される、請求項172~175および186~188のいずれか一項記載の方法。
- 分泌性免疫調節タンパク質であるバリアントCD80ポリペプチドをコードする感染性物質が、任意で該感染性物質が腫瘍細胞または免疫細胞に感染しかつ該分泌性免疫調節タンパク質が該感染細胞から分泌される条件下で、前記対象に投与される、請求項171、175および186~188のいずれか一項記載の方法。
- 前記疾患または病態が、炎症性または自己免疫性の疾患または病態である、請求項171~175および186~192のいずれか一項記載の方法。
- 前記疾患または病態が、抗好中球細胞質抗体(ANCA)関連血管炎、血管炎、自己免疫性皮膚疾患、移植手術(transplantation)、リウマチ性疾患、炎症性消化器疾患、炎症性眼疾患、炎症性神経系疾患、炎症性肺疾患、炎症性内分泌疾患、または自己免疫性血液学的疾患である、請求項171~175および186~193のいずれか一項記載の方法。
- 前記疾患または病態が、炎症性腸疾患、移植(transplant)、クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、喘息、関節リウマチ、または乾癬から選択される、請求項193または請求項194記載の方法。
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